##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=GOF,Description="Variant fails goodness-of-fit test.">
##FILTER=<ID=HapScore,Description="Too many haplotypes are supported by the data in this region.">
##FILTER=<ID=MQ,Description="Root-mean-square mapping quality across calling region is low.">
##FILTER=<ID=Q20,Description="Variant quality is below 20.">
##FILTER=<ID=QD,Description="Variants fail quality/depth filter.">
##FILTER=<ID=QualDepth,Description="Variant quality/Read depth ratio is low.">
##FILTER=<ID=REFCALL,Description="This line represents a homozygous reference call">
##FILTER=<ID=SC,Description="Variants fail sequence-context filter. Surrounding sequence is low-complexity">
##FILTER=<ID=alleleBias,Description="Variant frequency is lower than expected for het">
##FILTER=<ID=badReads,Description="Variant supported only by reads with low quality bases close to variant position, and not present on both strands.">
##FILTER=<ID=hp10,Description="Flanking sequence contains homopolymer of length 10 or greater">
##FILTER=<ID=strandBias,Description="Variant fails strand-bias filter">
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allelic frequency for the alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##GATKCommandLine.CombineVariants=<ID=CombineVariants,Version=3.4-0-g7e26428,Date="Tue Mar 05 17:48:22 EST 2019",Epoch=1551826102051,CommandLineOptions="analysis_type=CombineVariants input_file=[] showFullBamList=false read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] disable_read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=10000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 refactor_NDN_cigar_string=false fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false no_cmdline_in_header=false sites_only=false never_trim_vcf_format_field=false bcf=false bam_compression=null simplifyBAM=false disable_bam_indexing=false generate_md5=false num_threads=2 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false variant_index_type=DYNAMIC_SEEK variant_index_parameter=-1 logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false variant=[(RodBindingCollection [(RodBinding name=HC source=/lscratch/21830610//HC.vcf)]), (RodBindingCollection [(RodBinding name=Platypus source=/lscratch/21830610//PL.vcf)])] out=/gpfs/gsfs6/users/MoCha/processedDATA/391396/20170910/391396~364-R~J2-PDC~WES/calls/391396~364-R~J2-PDC~WES.merged.vcf genotypemergeoption=PRIORITIZE filteredrecordsmergetype=KEEP_IF_ANY_UNFILTERED multipleallelesmergetype=BY_TYPE rod_priority_list=HC,Platypus printComplexMerges=false filteredAreUncalled=false minimalVCF=false excludeNonVariants=false setKey=set assumeIdenticalSamples=false minimumN=1 suppressCommandLineHeader=false mergeInfoWithMaxAC=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=ALERT,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is adjacent to other variants, but case was too complex for joinAdjacentSNPs to handle. Please review.">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=BRF,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of reads around this variant that failed filters">
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
##INFO=<ID=ClippingRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref number of hard clipped bases">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Combined depth across samples">
##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Stop position of the interval">
##INFO=<ID=ExcessHet,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value for exact test of excess heterozygosity">
##INFO=<ID=FR,Number=.,Type=Float,Description="Estimated population frequency of variant">
##INFO=<ID=FS,Number=.,Type=Float,Description="Fisher's exact test for strand bias (Phred scale)">
##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length around variant locus">
##INFO=<ID=HapScore,Number=.,Type=Integer,Description="Haplotype score measuring the number of haplotypes the variant is segregating into in a window">
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
##INFO=<ID=JOINED,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is the result of joining adjacent SNPs/MNPs. Please use caution when interpreting sample-specific values.">
##INFO=<ID=MGOF,Number=.,Type=Integer,Description="Worst goodness-of-fit value reported across all samples">
##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MMLQ,Number=1,Type=Float,Description="Median minimum base quality for bases around variant">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
##INFO=<ID=NF,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
##INFO=<ID=NR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reverse reads containing this variant">
##INFO=<ID=PP,Number=.,Type=Float,Description="Posterior probability (phred scaled) that this variant segregates">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant-quality/read-depth for this variant">
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=.,Type=Float,Description="Mann-Whitney Rank sum test for difference between in positions of variants in reads from ref and alt">
##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
##INFO=<ID=SOR,Number=1,Type=Float,Description="Symmetric Odds Ratio of 2x2 contingency table to detect strand bias">
##INFO=<ID=START,Number=.,Type=Integer,Description="Start position of reference call block">
##INFO=<ID=SbPval,Number=.,Type=Float,Description="Binomial P-value for strand bias test">
##INFO=<ID=Size,Number=.,Type=Integer,Description="Size of reference call block">
##INFO=<ID=Source,Number=.,Type=String,Description="Was this variant suggested by Playtypus, Assembler, or from a VCF?">
##INFO=<ID=TC,Number=1,Type=Integer,Description="Total coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCF,Number=1,Type=Integer,Description="Total forward strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCR,Number=1,Type=Integer,Description="Total reverse strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reads containing this variant">
##INFO=<ID=WE,Number=1,Type=Integer,Description="End position of calling window">
##INFO=<ID=WS,Number=1,Type=Integer,Description="Starting position of calling window">
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
##SentieonCommandLine.Haplotyper=<ID=Haplotyper,Version="sentieon-genomics-201711",Date="2019-03-05T22:04:45Z",CommandLine="/data/MoCha/patidarr/sentieon/sentieon-genomics-201711/libexec/driver --temp_dir /lscratch/21825623// -t 26 -r /data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta -i 391396/20170910/391396~364-R~J2-PDC~WES/391396~364-R~J2-PDC~WES.bwa.final.bam --interval /data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed --algo Haplotyper -d /data/MoCha/patidarr/ref/dbsnp_138.hg19.vcf --min_base_qual 20 --min_map_qual 30 /lscratch/21825623//391396~364-R~J2-PDC~WES.HC_DNASeq.raw.vcf">
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##fileDate=2019-03-05
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##platypusOptions={'assemblyRegionSize': 1500, 'trimReadFlank': 0, 'assembleBadReads': 1, 'bamFiles': ['391396/20170910/391396~364-R~J2-PDC~WES/391396~364-R~J2-PDC~WES.bam'], 'minVarDist': 9, 'trimSoftClipped': 1, 'minReads': 2, 'qualBinSize': 1, 'refFile': '/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta', 'maxHaplotypes': 50, 'filterVarsByCoverage': 1, 'maxSize': 1500, 'originalMaxHaplotypes': 50, 'skipDifficultWindows': 0, 'parseNCBI': 0, 'skipRegionsFile': None, 'noCycles': 0, 'trimAdapter': 1, 'minPosterior': 5, 'assembleAll': 1, 'trimOverlapping': 1, 'filterDuplicates': 1, 'abThreshold': 0.001, 'minFlank': 10, 'bufferSize': 1000000, 'fileCaching': 0, 'useEMLikelihoods': 0, 'coverageSamplingLevel': 30, 'calculateFlankScore': 0, 'logFileName': 'log/platypus.391396.20170910.391396~364-R~J2-PDC~WES', 'nCPU': 32, 'filterReadsWithUnmappedMates': 1, 'qdThreshold': 10, 'maxVariants': 8, 'scThreshold': 0.95, 'filterReadsWithDistantMates': 1, 'maxReads': 100000000.0, 'badReadsWindow': 11, 'genIndels': 1, 'largeWindows': 0, 'minMapQual': 20, 'maxVarDist': 15, 'maxGOF': 30, 'rlen': 150, 'minGoodQualBases': 20, 'refCallBlockSize': 1000, 'countOnlyExactIndelMatches': 0, 'longHaps': 0, 'HLATyping': 0, 'filterReadPairsWithSmallInserts': 1, 'minBaseQual': 20, 'getVariantsFromBAMs': 1, 'genSNPs': 1, 'assemble': 0, 'assemblerKmerSize': 15, 'minVarFreq': 0.05, 'alignScoreFile': '', 'verbosity': 2, 'sourceFile': None, 'compressReads': 0, 'rmsmqThreshold': 40, 'filteredReadsFrac': 0.7, 'outputRefCalls': 0, 'badReadsThreshold': 15, 'hapScoreThreshold': 4, 'regions': ['/data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed'], 'sbThreshold': 0.001, 'output': '391396/20170910/391396~364-R~J2-PDC~WES/calls/391396~364-R~J2-PDC~WES.Platypus.raw.vcf', 'assembleBrokenPairs': 0, 'mergeClusteredVariants': 1, 'maxGenotypes': 1275, 'nInd': 1}
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chr1	69511	rs75062661	A	G	7278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=136;PP=2965;SC=TATGGCTGTCACATGGGGAAT;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=194;TCR=136;TR=330;WE=69519;WS=69501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
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chr1	762589	rs71507461	G	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.69;QD=40.89;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	762592	rs71507462	C	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.79;QD=46.22;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	762601	rs71507463	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.44;QD=41.99;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	762632	rs61768173	T	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=8;PP=260;SC=AGAACTAGGGTGGAAGGGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=762640;WS=762622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	792263	rs1044922	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.85;QD=25.30;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	792480	rs2905036	C	T	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=102;PP=2965;SC=TTGTGTTCAACATATTTCATT;SOR=1.050;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=76;TCR=103;TR=178;WE=792488;WS=792470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	866319	rs9988021	G	A	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=22;PP=1638;SC=GTGGCCCAGCGGGGCACTGAC;SOR=1.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=866327;WS=866309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	871334	rs4072383	G	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=65;ReadPosRankSum=1.018;SC=GAGGACGGTGGCGTCTCCACT;SOR=0.836;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=8;WE=871342;WS=871324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr1	874778	.	GCCTCCCCAGCCACGGTGAGGACCCACCCTGGCATGATCCCCCTCATCA	G	2821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.196;QD=23.13;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,76:0.62:122
chr1	874816	.	C	CT	985	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=57.33;NF=9;NR=28;PP=985;QD=27.4594594595;SC=CTGGCATGATCCCCCTCATCA;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=37;WE=874824;WS=874806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr1	876499	rs4372192	A	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=12;PP=940;SC=AGCCGGGGGGATCACTGCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=48;WE=876507;WS=876489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	877715	rs6605066	C	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=9;PP=307;SC=CGAGACGGACCGGGTAGGGGA;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=877723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	877831	rs6672356	T	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	878809	rs191952374	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=1.027;SC=CTGGCAGTCACTACCTCCCTG;SOR=0.242;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=20;WE=878817;WS=878799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr1	879676	rs6605067	G	A	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=588;SC=TCAAAGGAAAGGAACAAATTT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=879695;WS=879666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	879687	rs2839	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=455;SC=GAACAAATTTTCAAAGACTTG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=879695;WS=879666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	880238	rs3748592	A	G	7016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=110;PP=2965;SC=AGCCAGCCTTAGAGGTTACTC;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=133;TCR=110;TR=243;WE=880246;WS=880228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	880639	rs35916504	TC	T	1109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=1013;SC=TCCGCTGACTTCCAGCAGGTG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=25;WE=880647;WS=880629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	882033	rs2272756	G	A	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=43;PP=1301;SC=TACCCCAGGAGGGGACATGGA;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=50;WE=882041;WS=882023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	883625	rs4970378	A	G	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=67;NR=36;PP=1588;SC=GAAGAGCAGGAGAGAGGGCCG;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=103;WE=883633;WS=883615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	884091	.	C	G	2294	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=12;NR=43;PP=2294;QD=42.3412947736;SC=CACCTGGCTGCACCCTGGTCA;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=153;TCF=47;TCR=106;TR=55;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:98,55:0.36:153
chr1	884091	.	C	CACCCTGGTCCCCCTGGTCCCTTTGGCCCTGCACCTGGCTGG	5701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.55;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr1	884101	.	A	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=13;NR=50;PP=2962;QD=20;SC=CACCCTGGTCACCCTGGTCCT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=25;TCR=96;TR=63;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:58,63:0.52:121
chr1	886788	rs10465242	G	A	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=114;PP=2965;SC=TGGGGCTGCAGGTACCTTACC;SOR=2.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=45;TCR=114;TR=159;WE=886796;WS=886778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	886817	rs10465241	C	T	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=64;PP=1648;SC=AGCTTTATTTCAACACGGTGG;SOR=3.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=73;WE=886825;WS=886807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	887560	rs3748595	A	C	12597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=213;NR=236;PP=2965;SC=CCAGGCTGACAAGTCAGGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=449;TCF=213;TCR=236;TR=449;WE=887568;WS=887550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr1	887801	rs3828047	A	G	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=35;PP=2605;SC=CCTTCTTGCGAGTGGTCATGG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=85;TCR=35;TR=120;WE=887809;WS=887791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	888639	rs3748596	T	C	14179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=277;NR=238;PP=2965;SC=GCAGAGACTCTTCCCCAGTGC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=515;TCF=277;TCR=238;TR=515;WE=888647;WS=888629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr1	888659	rs3748597	T	C	14037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=259;NR=249;PP=2965;SC=CTCCATACGATCACCATTCTC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=509;TCF=259;TCR=250;TR=508;WE=888667;WS=888649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr1	889158	rs13303056	GA	CC	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=8;PP=1085;SC=ACTGGGCCACGAACCTTGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=53;WE=889167;WS=889148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	889638	rs13303206	G	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=42;PP=1270;SC=AGGGGCTTAGGAGGACCCTCT;SOR=4.271;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=889646;WS=889628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	892745	rs13303227	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=44;PP=1284;SC=CTTCACAAGGGTTACCAACTA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=892753;WS=892735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	894573	rs13303010	G	A	10684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=154;NR=216;PP=2965;SC=AGGCCAAATCGGCCCTCGGAC;SOR=1.152;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=370;TCF=154;TCR=216;TR=370;WE=894581;WS=894563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr1	897325	rs4970441	G	C	15958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=258;NR=302;PP=2965;SC=TTGCCGATGCGCACTCCTGCA;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=561;TCF=258;TCR=303;TR=560;WE=897333;WS=897315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr1	897564	rs13303229	T	C	18932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=351;NR=333;PP=2965;ReadPosRankSum=1.662;SC=CCGAGACCTTTCTGGATCTGG;SOR=0.225;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=689;TCF=354;TCR=335;TR=684;WE=897583;WS=897554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,686:1.00:687
chr1	898323	rs6605071	T	C	6748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=119;NR=104;PP=2965;SC=CGTTTCCCTCTTGCCCTGTGC;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=120;TCR=104;TR=223;WE=898331;WS=898313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
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chr1	899937	rs143296006	GG	TC	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.38;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	899942	rs71509448	G	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.14;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	899989	rs6669071	A	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	900001	rs28754834	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	900004	.	G	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	900285	rs4970435	CA	TG	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=12;PP=1952;SC=TTTTGTGGTGCAGCCCCTCCC;SOR=3.258;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=71;TCR=12;TR=76;WE=900294;WS=900275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	900505	rs28705211	G	C	10652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=181;NR=211;PP=2965;SC=GTGTGGCGGTGCTGGAGCTGC;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=393;TCF=181;TCR=212;TR=392;WE=900513;WS=900495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr1	908823	rs28687780	G	A	5822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=63;PP=2965;SC=CACAGAGAAGGGGTGGCCTAG;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=135;TCR=63;TR=198;WE=908831;WS=908813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	909238	rs3829740	G	C	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=24;PP=1260;SC=CAGAGTGCACGTGGACCCACG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=909246;WS=909228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	909309	rs3829738	T	C	4148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=59;PP=2754;SC=TCGCTCCTGCTCCTCCGGCCC;SOR=0.945;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=85;TCR=61;TR=143;WE=909317;WS=909299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	909768	rs2340593	A	G	10506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=0.738;SC=CTGCCTCCTGAGGTGAGTGCC;SOR=0.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=186;TCR=184;TR=369;WE=909776;WS=909758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,390:1.00:391
chr1	911916	rs74045046	C	T	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=68;PP=1868;ReadPosRankSum=-2.002;SC=GATCTGACGTCCTCACAGCCC;SOR=0.877;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=450;TCF=239;TCR=211;TR=152;WE=911924;WS=911906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,157:0.34:466
chr1	912126	.	GC	G	85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=15;MQ=53.31;NF=0;NR=4;PP=85;QD=27.75;SC=CACTCCCCCCGCCAACCCCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=912134;WS=912116;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chr1	914192	rs2340595	G	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.771;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr1	914876	rs13302983	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=4.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.341;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,62:0.24:258
chr1	915227	rs13303355	A	G	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,79:0.28:283
chr1	916549	rs6660139	A	G	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=63;PP=1501;ReadPosRankSum=1.497;SC=GGCTCCATCCATGCCCTGAAA;SOR=0.631;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=443;TCF=262;TCR=181;TR=146;WE=916557;WS=916536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,152:0.33:460
chr1	916662	rs56028034	A	C	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=67;PP=1440;ReadPosRankSum=-2.233;SC=CTAGTTCCCAACGCACCCCAA;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=360;TCF=139;TCR=221;TR=111;WE=916670;WS=916652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,112:0.30:368
chr1	917315	rs7547878	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr1	917492	rs28434575	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr1	935398	rs146254088	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GCGCCGCCACGGACCACGGGC;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=9;WE=935406;WS=935388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	948846	rs3841266	T	TA	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.209;NF=6;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=-1.605;SC=GCCTCAGGCTTATAATAGGGC;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=9;WE=948854;WS=948836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr1	948870	rs4615788	C	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.595;NF=17;NR=9;PP=267;ReadPosRankSum=-2.974;SC=TGCTGCCTGCCGAAGCCGGCG;SOR=0.638;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=26;WE=948878;WS=948860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,25:0.32:79
chr1	948921	rs15842	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.321;QD=6.29;ReadPosRankSum=2.268;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,49:0.36:135
chr1	949608	rs1921	G	A	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=72;PP=1577;ReadPosRankSum=0.041;SC=GAACCTCTGAGCATCCTGGTG;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=486;TCF=255;TCR=231;TR=149;WE=949616;WS=949598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,159:0.31:508
chr1	949654	rs8997	A	G	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=64;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CCTACGAGGTACGGCTGACGC;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=401;TCF=190;TCR=211;TR=118;WE=949662;WS=949644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,122:0.29:420
chr1	949925	rs2799070	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
chr1	957640	rs6657048	C	T	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=66;PP=1905;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GCCTGCTGGACGGCGGCAACA;SOR=0.667;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=468;TCF=281;TCR=187;TR=163;WE=957648;WS=957630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,173:0.36:482
chr1	957898	rs2799064	G	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=320;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GTGGCCAAGGGGGACAGGTTG;SOR=1.205;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=20;WE=957906;WS=957888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr1	970544	.	AG	A	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.16;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	970548	.	GT	G	463.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr1	970549	.	TGGG	T	194.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.779;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	970551	rs80124228	G	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.40;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	970554	.	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.34;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	976481	.	CGGAGCGGGGCG	C	1161	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=17;MQ=62.89;NF=7;NR=0;PP=1161;QD=167.714285714;SC=GCCTGGGGGGCGGAGCGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=976499;WS=976471;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr1	976514	rs79290478	C	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.62;QD=23.76;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	977330	rs2799066	T	C	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=25;PP=1922;SC=CACCCCTGCGTCCTAGACCAG;SOR=1.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=96;WE=977338;WS=977320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	977570	rs2710876	G	A	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=72;PP=2305;SC=GAGGCCAGGCGGGGTGGGCTG;SOR=1.397;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=112;WE=977578;WS=977560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	979437	rs151102274	C	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=4.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,64:0.23:273
chr1	981087	rs3128098	A	G	13058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=237;NR=237;PP=2965;SC=TGCGGACATCACGTTCCTCCC;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=476;TCF=238;TCR=238;TR=474;WE=981095;WS=981077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr1	981931	rs2465128	A	G	5237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.463;SC=CGCCCTCATCACGACCTCGGA;SOR=0.688;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=397;TCF=221;TCR=176;TR=251;WE=981939;WS=981921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,246:0.65:381
chr1	982722	rs142416636	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=859;ReadPosRankSum=-0.096;SC=AAGGTGTTCCAGGGCGTCCTG;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=168;TCF=113;TCR=55;TR=68;WE=982730;WS=982712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,67:0.40:169
chr1	982941	rs3128102	T	C	14778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=259;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CCTTGCCTACTCCCTGCCACA;SOR=0.346;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=507;TCF=248;TCR=259;TR=506;WE=982949;WS=982931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,526:1.00:527
chr1	982994	rs10267	T	C	16612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=274;NR=302;PP=2965;SC=AGAAGGATTTTCGGAGTGTCC;SOR=0.810;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=576;TCF=274;TCR=302;TR=576;WE=983002;WS=982984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr1	984860	rs146377446	C	T	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,112:0.28:398
chr1	985443	rs374942603	AG	A	882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.12;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	985450	.	G	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.49;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	986038	rs28758798	G	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=0.241;SC=CCAGCAGGTCGCTCAGGCCCT;SOR=1.075;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=11;WE=986046;WS=986028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr1	986286	rs55707163	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-2.279;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,30:0.23:129
chr1	986443	rs2710887	C	T	5756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.614;SC=GCCTCTCATCCGCTCACCGTC;SOR=0.408;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=345;TCF=161;TCR=184;TR=244;WE=986451;WS=986433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,251:0.72:347
chr1	987200	rs9803031	C	T	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;ReadPosRankSum=0.080;SC=CGAGAGGTAACGTGCCATCCT;SOR=0.685;Source=Platypus;TCF=95;WE=987208;WS=987190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,127:0.69:184
chr1	988932	rs2710871	G	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=916;ReadPosRankSum=0.764;SC=CCTCCCGCCCGTCTCTCTGAT;SOR=0.841;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=57;WE=988940;WS=988922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,64:0.57:113
chr1	989461	rs9778201	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GGGAGGACACGCCTTGCTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=18;WE=989469;WS=989451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	990380	rs3121561	C	T	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=493;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CAGAGCCCCGCGCCCGCTGTA;SOR=0.816;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=37;WE=990388;WS=990370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr1	990417	rs2465136	T	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=23;PP=606;SC=GTAAACTTGTTGCTTTTTGAT;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=990425;WS=990407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	990517	rs2710872	C	T	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=4;PP=74;SC=GACCTAGTGCCGAGGGATGGA;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=990525;WS=990507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	1007203	rs4633229	A	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=9;PP=1364;SC=GGCCCTAATTATCAGTCAGAG;SOR=2.985;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=58;WE=1007211;WS=1007193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	1007222	rs71628928	G	T	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr1	1007432	rs4333796	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,62:0.31:200
chr1	1018144	rs9442395	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=538;ReadPosRankSum=-1.499;SC=GCGGAGGGACTCAGAGCCGAG;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=33;WE=1018152;WS=1018134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr1	1019175	rs2298215	C	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.95;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	1019175	.	CAGACT	GAGACC,GAGACT	573	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6,31;NR=2,12;PP=81,573;QD=16.8084843578;SC=GCCCCCATGACAGACTTCTGC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=8,43;WE=1019188;WS=1019165;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.18:44
chr1	1019180	rs9442396	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-1.726;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr1	1021346	rs10907177	A	G	3714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=89;PP=2455;ReadPosRankSum=0.753;SC=GGCCGGAGCTAATGAAGAACG;SOR=1.009;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=231;TCF=102;TCR=129;TR=154;WE=1021354;WS=1021336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,162:0.66:245
chr1	1021415	rs3737728	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=53;PP=1524;SC=ACCGCTGAGCAGACGGGCAGG;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=70;WE=1021423;WS=1021405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	1023145	rs3737727	G	A	274.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=175;ReadPosRankSum=0.804;SC=GGAGCATGGCGGGGCCGTGAG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=1023153;WS=1023135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	1026707	rs4074137	C	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=389;ReadPosRankSum=0.216;SC=CCCCTCTGACCCCAGCAGTGG;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=31;WE=1026715;WS=1026697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr1	1026801	rs4562563	T	A	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=70;PP=2579;SC=CCCACCGCCCTCCACAGAGGC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=153;WE=1026809;WS=1026791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	1027310	rs5772036	AAG	A	3052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.637;NF=38;NR=18;PP=2425;ReadPosRankSum=0.943;SC=GGTGGGGTGAAAGAGTGAAGG;SOR=0.811;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=56;WE=1027319;WS=1027300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,79:0.72:109
chr1	1111649	.	A	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-2.501;QD=1.54;ReadPosRankSum=-2.322;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr1	1158631	rs6603781	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=315;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CACTTTCCTCATCCACTTTGA;SOR=0.612;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=29;WE=1158639;WS=1158621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,32:0.26:121
chr1	1196863	rs6659787	T	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=38;PP=1115;SC=GTTGGGGGAGTAGCTCATCTC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=1196871;WS=1196853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	1222690	rs115316182	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.291;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=2.194;SC=GTGAGTGTGGCGGGCGGGGGC;SOR=0.284;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=21;WE=1222698;WS=1222680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr1	1225513	.	T	A	108	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=41.85;NF=8;NR=0;PP=108;QD=17.8464015684;SC=CCGTCCCCCGTGTCTCTGCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=8;WE=1225521;WS=1225503;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,8:0.38:21
chr1	1225959	rs1570867	C	G	4154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=91;PP=2865;ReadPosRankSum=1.265;SC=GTTGGGGTCGCGGCCAGGGAT;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=259;TCF=119;TCR=140;TR=166;WE=1225967;WS=1225949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,176:0.64:276
chr1	1229680	rs2477781	G	T	9724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=152;PP=2965;SC=GGGACCGAACGTGGTCCCCAC;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=171;TCR=153;TR=323;WE=1229688;WS=1229670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	1239339	rs11260584	T	G	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=7;PP=1710;SC=GACCAGGACCTGGAGCACCAC;SOR=3.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=78;TCR=7;TR=85;WE=1239347;WS=1239329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	1242707	rs2274262	A	G	10177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=159;NR=203;PP=2965;SC=CACGTTTCCAAGCACCCTACC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=366;TCF=162;TCR=204;TR=362;WE=1242715;WS=1242697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr1	1243896	rs61766198	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=161;SC=TGGCGCGGTGCCACCGCGCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=1243904;WS=1243893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	1245368	rs11590283	G	A	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.152;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=85;PP=2521;ReadPosRankSum=0.595;SC=ACAGCTGGAGGGGATTCGCCC;SOR=2.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=20;TCR=86;TR=104;WE=1245376;WS=1245358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr1	1246004	rs2296474	A	G	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=34;PP=1413;SC=ACAGGTACGTATTTTTCCAGG;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=85;WE=1246012;WS=1245994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	1247494	rs12103	T	C	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=34;PP=1257;SC=CAGAGCCGTCTGGGAGGTGCT;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=1247502;WS=1247484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	1247578	.	T	TGGG	216	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=11;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=15;MQ=55.14;NF=8;NR=0;PP=216;QD=28.5;SC=CCCAAGGGAGTGGGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=8;WE=1247597;WS=1247568;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,8:0.30:27
chr1	1249187	rs12142199	G	A	14560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=266;NR=258;PP=2965;SC=TCCTCTGCACGAAAGTCTTGC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=525;TCF=267;TCR=258;TR=524;WE=1249195;WS=1249177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr1	1254136	rs4970432	G	A	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=17;PP=2965;SC=ACCTAATATAGTTTCAAGAAA;SOR=3.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=119;TCR=17;TR=136;WE=1254144;WS=1254126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	1254436	rs1886773	A	G	15300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr1	1254443	rs1886772	G	A	15514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr1	1254841	rs10907179	C	G	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=90;PP=2952;SC=TGTAGATGGGCCCGTCGTAGC;SOR=1.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=58;TCR=92;TR=148;WE=1254849;WS=1254831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	1260168	rs61766199	C	A	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=242;ReadPosRankSum=1.337;SC=GAGGGCGGGGCGGTGGGCGGG;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=11;WE=1260176;WS=1260158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	1262591	rs2296472	C	T	8038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=99;PP=2965;SC=CAGGCCTGGGCGAGGACTCGA;SOR=1.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=176;TCR=100;TR=275;WE=1262599;WS=1262581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	1262966	rs307349	C	T	9027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=171;NR=150;PP=2965;SC=TCGTGCGCCGCGCCGTCACCG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=171;TCR=151;TR=321;WE=1262974;WS=1262956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	1263144	rs307350	G	A	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=96;PP=2965;SC=CCTGCCCTAGGGGCGGGAAGC;SOR=1.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=61;TCR=96;TR=157;WE=1263152;WS=1263134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	1268847	rs307378	T	G	16671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=306;NR=298;PP=2965;ReadPosRankSum=1.370;SC=GCCCACAGGGTACAAGACGAA;SOR=0.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=605;TCF=307;TCR=298;TR=604;WE=1268867;WS=1268837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,621:1.00:622
chr1	1269554	rs307377	T	C	9189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=188;NR=140;PP=2965;SC=CCAGCCGGGCTGCTACAACCG;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=329;TCF=189;TCR=140;TR=328;WE=1269562;WS=1269544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr1	1273116	rs307371	A	G	9617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=174;NR=176;PP=2965;SC=CCCCATTCACACTGGCTCCTG;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=175;TCR=176;TR=350;WE=1273124;WS=1273106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr1	1273278	rs307370	A	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=38;PP=1199;SC=GTGGGGTGGAACTGGGGGCGG;SOR=1.096;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=55;WE=1273286;WS=1273268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	1275264	.	A	ACAGCCGCATGTCCCCCAGCAGCCCCCACAGACCCACCCG	1376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=30.59;SOR=4.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	1275291	.	G	A	913	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=25;MQ=59.64;NF=4;NR=41;PP=913;QD=21.061582501;SC=AGCAGCCCCCGCAGACCCACC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=45;WE=1275299;WS=1275281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,45:0.70:64
chr1	1275329	.	TA	CG	527	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=24;MQ=58.52;NF=0;NR=11;PP=527;QD=52.7698068057;SC=CAGCAGCCCCTACAGACCCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=11;WE=1275338;WS=1275319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,11:0.37:30
chr1	1276973	rs145370195	G	GACAC	11682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.123;NF=92;NR=102;PP=2975;ReadPosRankSum=0.249;SC=ACCTCATGCAGACACATGCAC;SOR=1.181;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=214;TCF=98;TCR=116;TR=194;WE=1276981;WS=1276963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,416:1.00:418
chr1	1277533	rs307362	T	C	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=64;PP=1742;SC=TGGCCACATTTGGGCTGTGCA;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=109;WE=1277541;WS=1277523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	1278237	rs307361	T	C	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=79;PP=1942;SC=GCCCACACAATGTCACTCTGT;SOR=2.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=19;TCR=79;TR=98;WE=1278245;WS=1278227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	1284490	rs150789461	G	A	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=81;PP=2335;SC=GCCCGGCCCGGGGCTCGGACG;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=26;TCR=81;TR=107;WE=1284498;WS=1284480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	1288471	rs3766183	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=6;PP=395;SC=GGGGAGCTCTCGGTGGCAGGC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=1288479;WS=1288465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	1288583	rs3845295	C	G	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=35;PP=1802;SC=TCCCAGCCCCCGACGAGCAGA;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=104;WE=1288591;WS=1288573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	1288823	rs2296471	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=745;SC=AGCCCCTGGGAGAGGGGTGTG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=1288831;WS=1288813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	1289367	rs140777846	CTG	C	10017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=96;PP=2957;SC=CAGCCCGGGACTGGGAGCCGC;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=47;TCR=102;TR=137;WE=1289376;WS=1289357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	1289911	rs4970365	G	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=69;PP=2106;SC=GCGGGGTCGGGGCGGCGTCAG;SOR=2.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=26;TCR=69;TR=95;WE=1289919;WS=1289901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	1291159	rs201260508	GA	G	401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.48;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	1293764	rs34841888	G	C	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=77;NR=36;PP=1854;SC=TCAGATGGGCGGTTTTGTCCG;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=113;WE=1293772;WS=1293754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	1296691	rs2765025	C	G	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=109;PP=2965;SC=CGTTTGCTGACCACCTCCTGG;SOR=1.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=63;TCR=109;TR=172;WE=1296699;WS=1296681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	1310074	rs2765035	C	G	4929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=80;PP=2961;SC=CGCCCCCGCGCGGCTTCCTAC;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=168;WE=1310082;WS=1310064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	1323078	rs12729599	A	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=39;PP=1484;SC=ACAAGAAACCACCTCAGGGTG;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=1323086;WS=1323068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	1323143	rs35654872	CCT	C	2763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=24;PP=2359;SC=CTGGGTGCGCCCTGAGGCACA;SOR=1.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=51;WE=1323152;WS=1323133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	1323945	rs111530797	GTC	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.524;NF=2;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GTGAGTGTGTGTCTCTCTCTC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=1323954;WS=1323935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	1323963	.	CTA	C	111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5236;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=61.94;NF=1;NR=4;PP=111;QD=23.6;SC=CTCTCTCTCTCTATATATATA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=1323972;WS=1323953;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,5:0.62:8
chr1	1342612	rs2275915	G	C	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=9.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=1.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,61:0.29:210
chr1	1387667	rs1781144	C	G	15565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=285;NR=267;PP=2965;SC=CTGTGTCAAGCCCTCACCCTC;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=556;TCF=287;TCR=269;TR=552;WE=1387680;WS=1387657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr1	1407372	rs188574574	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.478;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GGGACCGCGGTTTGGGAGACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=1407380;WS=1407362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr1	1417696	rs819970	C	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.81;QD=28.60;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	1418531	rs819973	G	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=11;PP=296;SC=AAAAAGAAAAGAATTAGCTGG;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=1418539;WS=1418521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	1431165	rs9792879	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=7.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-4.296;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.935;SOR=0.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr1	1454424	rs147532057	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.042;NF=1;NR=20;PP=325;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TGCTTGTGGACCCGGCGTGCA;SOR=1.972;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=21;WE=1454432;WS=1454414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr1	1469521	rs370388351	CT	C	965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.907;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.166;NF=3;NR=20;PP=811;ReadPosRankSum=0.117;SC=TTGCCGGCCCCTGCACATTTA;SOR=0.419;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=23;WE=1469529;WS=1469511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,33:0.31:108
chr1	1469546	rs3128344	G	A	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=50;PP=1423;SC=ATGCTCCTGGGTGGGGACTGG;SOR=2.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=66;WE=1469554;WS=1469536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	1477244	rs7290	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=-1.169;SC=ATCAATATCCTGCTCATAAGT;SOR=1.473;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=1477252;WS=1477238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	1479333	rs7533	A	G	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=92;PP=2435;ReadPosRankSum=-1.979;SC=CCACGTGCACAGGCTGGCAGG;SOR=0.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=276;TCF=139;TCR=137;TR=182;WE=1479341;WS=1479323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,197:0.66:299
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chr1	1510035	rs150737039	GGC	G	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.200;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=417;ReadPosRankSum=0.844;SC=GCCGGAAGCGGGCGACGCGAA;SOR=2.509;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=12;WE=1510044;WS=1510025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr1	1510801	rs7519837	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=0.525;SC=GCGAGTGTGTCATTCCCCAGC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=10;WE=1510809;WS=1510791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	1551927	rs7418389	T	C	3830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=52;PP=2536;SC=GTCCCAAAGTTTCCAGGCATC;SOR=0.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=128;WE=1551946;WS=1551917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	1558792	rs12755088	T	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	1560100	rs28441650	G	A	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=765;ReadPosRankSum=0.502;SC=CCACTGCATCGCTCTCCCAAG;SOR=0.552;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=205;TCF=121;TCR=84;TR=72;WE=1560108;WS=1560090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,79:0.36:217
chr1	1563789	rs74892851	C	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=789;ReadPosRankSum=0.738;SC=GGTGCGGACGCGGCCCAGTCC;SOR=0.647;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=205;TCF=102;TCR=103;TR=66;WE=1563797;WS=1563779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,67:0.31:213
chr1	1564712	rs61774907	G	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=886;ReadPosRankSum=0.701;SC=GGACGGCGGGGATGGGGTCCG;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=60;WE=1564720;WS=1564702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr1	1564952	rs112177324	TG	T	877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.971;NF=14;NR=10;PP=498;ReadPosRankSum=1.563;SC=TGAGGGTGAGTGGGGGGCCCC;SOR=0.943;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=24;WE=1564960;WS=1564942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,40:0.34:116
chr1	1566067	rs201268514	GA	G	133.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.299;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	1566068	rs28730454	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr1	1571640	rs377058079	G	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.949;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	1572939	rs28688376	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.054;NF=5;NR=32;PP=462;ReadPosRankSum=-3.420;SC=TGCACCCGGGTGCAGCTGCTG;SOR=0.843;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=130;TCF=28;TCR=102;TR=37;WE=1572947;WS=1572929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,28:0.23:120
chr1	1574019	rs9442412	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.59;MQRankSum=0.797;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr1	1575616	rs80012316	T	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.08;QD=29.30;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	1575836	rs72468213	C	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=4.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQRankSum=-6.268;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,56:0.24:235
chr1	1580738	rs149767621	T	A	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.27;MQRankSum=-11.305;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,133:0.47:281
chr1	1581558	rs117719933	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.63;QD=30.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	1581586	rs61774914	T	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.73;QD=30.81;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	1581713	rs76922129	A	C	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.156;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.736;NF=105;NR=39;PP=2511;ReadPosRankSum=-0.537;SC=GTACTTTTTAAAACACTAAGA;SOR=1.106;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=229;TCF=172;TCR=57;TR=144;WE=1581721;WS=1581703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,148:0.74:201
chr1	1581759	rs61774915	G	A	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FS=33.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQRankSum=-16.373;QD=3.27;ReadPosRankSum=-5.195;SOR=2.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,105:0.21:501
chr1	1581881	rs61774916	T	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-4.628;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:429,72:0.14:501
chr1	1581926	rs61774917	G	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.695;NF=15;NR=61;PP=1384;ReadPosRankSum=-1.389;SC=AGGAGAGATAGTTACAGGATA;SOR=0.821;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=203;TCF=44;TCR=159;TR=76;WE=1581934;WS=1581916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,66:0.34:197
chr1	1582106	rs79942991	T	C	7532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.38;QD=28.53;SOR=1.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	1582202	rs61774918	C	T	4915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.273;NF=145;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.577;SC=TGCCTTCTGGCCTCCATTGTT;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=531;TCF=273;TCR=258;TR=279;WE=1582210;WS=1582192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,237:0.49:481
chr1	1582455	rs146214448	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=36.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.79;MQRankSum=-1.379;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.600;SOR=0.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chr1	1582794	rs4648754	C	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=763;SC=GTTCCTTCCCCCATGCCTATT;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=32;WE=1582802;WS=1582786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	1582841	rs61774920	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.91;MQRankSum=-0.889;QD=17.47;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	1582844	rs61774921	G	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQRankSum=-0.377;QD=18.99;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	1582880	rs61774922	G	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.73;MQRankSum=0.613;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	1582961	rs61774949	G	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=6.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.03;MQRankSum=-4.194;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,93:0.35:267
chr1	1583003	rs72468214	C	T	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.312;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.014;NF=56;NR=104;PP=2178;ReadPosRankSum=-2.128;SC=TCTGCCAGGTCCTTTCACGCA;SOR=0.734;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=363;TCF=154;TCR=209;TR=160;WE=1583011;WS=1582993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,108:0.37:290
chr1	1583276	.	TC	T	104	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=47.93;NF=6;NR=0;PP=104;QD=25.5051499783;SC=CCTCCGTGCTTCCCAAGTGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=6;WE=1583284;WS=1583266;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,6:0.20:30
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chr1	1585642	rs3936009	G	T	5729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.185;SC=CCTGATGACGGATACGAGCTA;SOR=0.532;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=376;TCF=211;TCR=165;TR=246;WE=1585650;WS=1585632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,264:0.65:404
chr1	1586752	rs11486023	T	C	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=18;PP=1745;SC=GTTGTCACAGTGACCCTAGGA;SOR=2.331;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=80;WE=1586760;WS=1586742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	1588670	rs61774958	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.333;NF=36;NR=4;PP=662;ReadPosRankSum=-1.959;SC=ATATTTGAATGTTTTTGTTAA;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=86;TCR=10;TR=40;WE=1588678;WS=1588660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr1	1588717	rs61774959	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.396;NF=38;NR=16;PP=746;ReadPosRankSum=3.801;SC=TGCGACATTTGGAAGTACAAA;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=121;TCR=50;TR=54;WE=1588725;WS=1588703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,53:0.32:167
chr1	1588737	rs61776760	C	T	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.94;MQRankSum=-1.263;QD=10.06;ReadPosRankSum=2.182;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,60:0.30:201
chr1	1588743	rs61776761	A	T	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQRankSum=-1.078;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.989;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,61:0.27:223
chr1	1588744	rs79724854	AGCG	A	2000.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=4.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQRankSum=-0.768;QD=8.55;ReadPosRankSum=2.022;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,61:0.26:234
chr1	1599812	rs12729295	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=23.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.31;MQRankSum=-5.320;QD=7.37;ReadPosRankSum=3.023;SOR=4.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr1	1599888	rs2072923	A	G	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=19.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.90;MQRankSum=2.835;QD=10.33;ReadPosRankSum=-3.123;SOR=1.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,109:0.51:212
chr1	1599940	rs61776767	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.867;NF=26;NR=63;PP=1179;ReadPosRankSum=1.412;SC=GGTACTCTATCGGTTTCCATT;SOR=1.105;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=252;TCF=111;TCR=141;TR=89;WE=1599948;WS=1599930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,35:0.17:201
chr1	1599974	rs113499489	A	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQRankSum=-9.034;QD=0.88;ReadPosRankSum=-1.758;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,28:0.15:182
chr1	1599981	rs72634822	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=0.861;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.564;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,41:0.25:162
chr1	1601052	rs72634826	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	1602787	rs4639697	G	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=510;SC=AAACTTACCTGCCGGGGATAC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=1602795;WS=1602777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	1635004	rs874516	T	C	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.930;NF=65;NR=49;PP=1743;ReadPosRankSum=-0.162;SC=AGGTCATCTTTTTGACTACTG;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=114;WE=1635012;WS=1634994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,107:0.61:175
chr1	1635619	rs2076329	T	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.757;NF=19;NR=15;PP=455;ReadPosRankSum=-2.120;SC=TGGGTGGGCCTGGGCGGGTCA;SOR=0.485;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=34;WE=1635627;WS=1635609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr1	1635749	rs55880629	C	A	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.532;NF=28;NR=21;PP=773;ReadPosRankSum=-1.019;SC=GTTTCACCCCCCGCAGCAGCT;SOR=1.067;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=49;WE=1635757;WS=1635739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr1	1636044	rs1059822	G	A	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=6.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.290;NF=67;NR=66;PP=2261;ReadPosRankSum=-2.321;SC=CGTGCTCCACGTAGTTCATCA;SOR=0.844;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=297;TCF=156;TCR=141;TR=133;WE=1636052;WS=1636034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,108:0.39:279
chr1	1636274	rs2179381	C	T	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.290;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.583;NF=46;NR=20;PP=1048;ReadPosRankSum=1.362;SC=GCACCCGGCCCCAGGACAGCA;SOR=1.235;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=66;WE=1636282;WS=1636264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,70:0.70:100
chr1	1639801	rs74378830	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.989;NF=6;NR=17;PP=287;ReadPosRankSum=1.521;SC=ATATGGAGGCTGGGCGCGGTG;SOR=0.145;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=23;WE=1639809;WS=1639791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr1	1644836	rs2179382	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=17.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=0.006;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=3.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,14:0.15:94
chr1	1644908	rs2179383	C	T	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.97;QD=30.65;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	1645050	rs77869096	C	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.31;QD=28.02;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	1645838	rs33938712	CA	C	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.17;QD=35.99;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	1646074	rs201159473	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.44;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	1646077	rs76473385	G	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.44;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	1646113	rs199941510	G	C	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.44;QD=20.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	1646231	rs200994957	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.38;QD=42.65;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	1646236	rs202149796	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.38;QD=42.65;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	1646657	rs760926	T	C	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.19;QD=25.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	1646789	rs760927	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.31;QD=28.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	1647722	rs114460890	G	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-3.081;SOR=2.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr1	1647725	rs368680882	GT	AG	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.272;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-2.996;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr1	1647729	.	CA	TG	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=7.661;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-2.072;SOR=2.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,29:0.32:91
chr1	1647745	rs72634830	G	A	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.998;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,56:0.40:141
chr1	1647753	rs74045984	C	T	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,64:0.39:165
chr1	1647778	rs72901773	C	G	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.06;MQRankSum=1.555;NF=109;NR=43;PP=1949;ReadPosRankSum=-0.741;SC=TGACCCAGCCCACTCACCTTT;SOR=0.675;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=337;TCF=228;TCR=109;TR=152;WE=1647786;WS=1647768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,151:0.45:332
chr1	1647814	rs72901775	T	C	5951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.457;NF=151;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.459;SC=CCCTTGCCATTTCCCTTCTCT;SOR=0.768;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=542;TCF=321;TCR=221;TR=246;WE=1647826;WS=1647804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,284:0.49:584
chr1	1647871	rs72909014	T	C	8151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=1.379;NF=142;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CTTCTCGATGTCGTTTCCGAC;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=664;TCF=318;TCR=346;TR=300;WE=1647879;WS=1647861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,392:0.51:763
chr1	1647893	rs144636354	C	CTTTCTT	10954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.367;NF=10;NR=113;PP=2970;ReadPosRankSum=1.378;SC=TTCGTGCTCTCTTTCTTTCAC;SOR=0.781;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=346;TCF=38;TCR=308;TR=123;WE=1647901;WS=1647883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,281:0.52:542
chr1	1647928	rs1883424	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=4.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,60:0.16:367
chr1	1647968	rs146207119	C	CAT	2938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=8.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.327;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=70;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.705;SC=AAAAATTTCACGAGGCCGGGC;SOR=1.670;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=150;TCF=4;TCR=146;TR=71;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,78:0.45:172
chr1	1647971	rs77394327	G	A	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.699;SC=AATTTCACGAGGCCGGGCACG;SOR=1.410;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=150;TCF=21;TCR=129;TR=58;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,73:0.45:164
chr1	1647983	rs74429813	T	A	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=4.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=-1.536;SOR=1.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr1	1647990	rs76519969	C	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=7.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.713;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.155;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr1	1648002	rs77107184	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-5.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.615;NF=0;NR=23;PP=1744;ReadPosRankSum=-2.002;SC=CCTGTAATCCCAGCACTTTGG;SOR=1.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=2;TCR=64;TR=23;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr1	1648018	rs79409185	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-0.886;QD=4.88;ReadPosRankSum=-2.101;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr1	1648027	rs61776857	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=40;PP=607;SC=CCGAGGCGGGTGGATCACCTG;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=41;WE=1648035;WS=1648008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	1650657	.	C	G	279	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=58.69;NF=14;NR=0;PP=279;QD=22.4122294677;SC=CTTTCAGCTACAGTTTGCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=14;WE=1650665;WS=1650655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	1650787	rs1137003	T	C	7243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.85;ReadPosRankSum=2.486;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,190:0.44:430
chr1	1650797	rs1059830	A	G	8210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=2.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,211:0.45:467
chr1	1650801	rs1137004	T	C	8170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=3.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.50;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,215:0.46:467
chr1	1650807	rs1137005	T	C	5617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.690;SC=ATTTTTCTTTTCTCTTTTCAT;SOR=0.552;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=464;TCF=271;TCR=193;TR=241;WE=1650815;WS=1650777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,256:0.53:480
chr1	1650832	rs72909030	A	G	5395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TCTGTGATGAACTTTTTCTTT;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=527;TCF=291;TCR=236;TR=252;WE=1650853;WS=1650822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,254:0.47:538
chr1	1650845	rs1059831	G	A	6527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTTTCTTTCCGAGACATTTGC;SOR=0.601;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=560;TCF=294;TCR=266;TR=297;WE=1650853;WS=1650822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,307:0.54:573
chr1	1650920	rs36191908	G	A	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=87;PP=2003;ReadPosRankSum=1.114;SC=ACAGCACTGCGTCATGCTTGA;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=470;TCF=204;TCR=266;TR=152;WE=1650929;WS=1650910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,155:0.32:488
chr1	1650938	.	CGG	C	7527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.341;ClippingRankSum=0.000;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.88;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,198:0.44:446
chr1	1650942	.	A	AAG	4643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,185:0.43:427
chr1	1650960	rs72634834	G	A	5721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.44;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,143:0.44:328
chr1	1650967	rs75384210	T	C	5011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,127:0.44:286
chr1	1650996	rs74223875	T	C	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,68:0.42:163
chr1	1651003	rs76941027	G	A	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=4.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.073;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,56:0.41:136
chr1	1651047	.	C	T	645	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=70;MMLQ=27;MQ=58.25;NF=1;NR=29;PP=645;QD=22.6590404182;SC=TCTCCAACTTCAGGCATCTTT;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=30;WE=1651055;WS=1651037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr1	1651076	.	ACGGAGT	A	196	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=67;MMLQ=22;MQ=49.85;NF=0;NR=3;PP=196;QD=79.6666666667;SC=TTTTTTTTAGACGGAGTCTCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=1651089;WS=1651053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,3:1.00:3
chr1	1653004	rs36039898	T	C	4975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=53;PP=2965;SC=CTGTGTACAGTTGGGTCTTGC;SOR=1.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=112;TCR=53;TR=165;WE=1653020;WS=1652994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	1653028	rs16825265	C	T	6311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=68;PP=2965;SC=TCTGTACATCCGCTCACCTGT;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=138;TCR=68;TR=206;WE=1653036;WS=1653018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	1654038	rs61777494	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.324;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=1.838;NF=23;NR=3;PP=537;ReadPosRankSum=-1.478;SC=TGCGACATTTGGAAGTACAAA;SOR=3.064;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=1654046;WS=1654028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr1	1654058	rs61777495	C	T	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.784;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.58;MQRankSum=1.791;QD=50.90;ReadPosRankSum=-1.622;SOR=2.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
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chr1	1654065	rs35174499	AGCG	A	3757.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=7.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.765;NF=24;NR=12;PP=2042;ReadPosRankSum=-1.655;SC=TCACCGAAGAAGCGTTGTTCT;SOR=2.901;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=36;WE=1654075;WS=1654048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr1	1657021	rs9439499	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=48;PP=1115;SC=CTCGCTCTGTTGCCCAGGCTG;SOR=4.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=56;WE=1657029;WS=1657011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	1663831	rs3817856	C	T	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=28;PP=969;ReadPosRankSum=0.976;SC=CAGGAGACCACCATGAGTTCC;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=74;WE=1663839;WS=1663821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,86:0.59:146
chr1	1663851	rs2294486	G	C	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,54:0.40:135
chr1	1663861	rs2294487	G	A	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr1	1664019	rs2294488	T	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=37;PP=863;SC=GCTGCGTGCGTGGTGCACAGC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=1664027;WS=1664009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	1666175	rs61777509	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.08;MQRankSum=-1.139;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	1666250	.	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.368;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=9.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.73;MQRankSum=-3.085;QD=2.49;ReadPosRankSum=-2.245;SOR=2.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,17:0.20:84
chr1	1666251	rs77655487	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=13.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.87;MQRankSum=-4.028;QD=6.79;ReadPosRankSum=-2.230;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr1	1666338	rs2072924	G	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.55;QD=28.52;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	1666342	rs76084492	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQRankSum=-3.083;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr1	1669646	rs201497363	ACT	A	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.84;MQRankSum=0.009;QD=14.90;ReadPosRankSum=-1.418;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	1669734	rs80140081	G	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=8.159;NF=44;NR=16;PP=2473;ReadPosRankSum=0.853;SC=GGCGCAGGCGGAGGGGTGGGG;SOR=1.117;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=60;WE=1669756;WS=1669724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,60:0.63:95
chr1	1669748	rs115554296	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-7.696;NF=28;NR=12;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.902;SC=GGTGGGGCCCAGGGGGCCTCA;SOR=0.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=81;TCR=34;TR=40;WE=1669756;WS=1669724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,39:0.34:114
chr1	1669964	rs369037660	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.92;MQRankSum=-0.674;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	1670415	rs139401485	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.19;MQRankSum=-6.992;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,63:0.17:371
chr1	1670570	rs150051592	T	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQRankSum=-3.195;QD=5.52;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	1684347	rs150880809	C	CCCT	2051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.146;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,65:0.30:215
chr1	1684472	rs7407	C	T	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=52;PP=959;ReadPosRankSum=2.231;SC=TGGAGGGGAGCGGGTAGCATG;SOR=0.808;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=265;TCF=119;TCR=146;TR=90;WE=1684480;WS=1684462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,97:0.35:281
chr1	1685213	rs2072928	C	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=29;PP=880;SC=GCGGACGGTGCAGTGCACGTC;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=1685221;WS=1685203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	1685921	rs139385870	TCCCTGGGACCGAAGTCGCCCCA	T	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.326;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr1	1686040	rs4751	G	T	8589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=3.059;SC=CCTGCGAGCCGTTCTCACCCA;SOR=0.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=514;TCF=291;TCR=223;TR=362;WE=1686048;WS=1686030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,380:0.70:544
chr1	1686943	rs2072929	T	C	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=49;PP=979;ReadPosRankSum=1.129;SC=GGTCACTCAGTGCCCACGCCG;SOR=0.951;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=17;TCR=66;TR=62;WE=1686951;WS=1686933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr1	1686962	rs2076327	C	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.932;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=684;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CGTGCACCCCCGCACCACCCA;SOR=0.170;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=37;WE=1686970;WS=1686952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,37:0.82:45
chr1	1687625	rs34306661	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=0.812;SC=ATGGAAGCCATGCTTGTGAGC;SOR=0.307;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=1687633;WS=1687615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	1687791	rs72634840	C	T	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=42;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.262;SC=ATCTAGGAAACACAAAGCAAA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=90;TCR=74;TR=93;WE=1687799;WS=1687781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,100:0.56:180
chr1	1688192	rs2281173	A	G	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=36;PP=2196;SC=AAACTTCATCACCAACGCGCC;SOR=1.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=82;TCR=36;TR=117;WE=1688200;WS=1688182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	1688469	rs4648623	C	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=564;SC=CCCAGACACCCGGCAGATCCC;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=1688477;WS=1688459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	1688513	rs4648624	G	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=-0.571;SC=AGCAGCCGTTGCCCAGCACTT;SOR=1.518;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=8;WE=1688521;WS=1688503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	1689762	rs2235537	T	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=531;ReadPosRankSum=0.185;SC=CCACAGACCTTAGCCCATCGC;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=27;WE=1689770;WS=1689752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr1	1690126	rs79655042	A	AAC	1626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=32;PP=1573;SC=AACAAAACAAAACAGTTTCCT;SOR=3.967;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=33;WE=1690134;WS=1690116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	1690793	rs2235538	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.398;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr1	1691149	.	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=124;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CTGCATGCCCCTCAAGGCTGC;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=12;WE=1691157;WS=1691139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr1	1696659	rs5021859	A	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=484;SC=CATCCCTCCCAGTTGTACCTG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=1696667;WS=1696649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	1696879	rs187212022	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.023;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,12:0.16:74
chr1	1823922	rs6688000	A	G	12394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=210;NR=242;PP=2965;SC=ACCTGTCCGCATCATTTCTGG;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=453;TCF=210;TCR=243;TR=452;WE=1823930;WS=1823912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr1	1846582	rs2748987	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=7;PP=728;SC=CCTGTACAAGATGGTCAAGCG;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=1846590;WS=1846572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	1846765	rs2247560	G	A	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=776;ReadPosRankSum=-1.027;SC=TGACAGCATGGGACCAGGGTC;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=96;TCR=105;TR=72;WE=1846773;WS=1846755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,78:0.36:219
chr1	1847856	rs2748986	G	T	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=48;PP=1217;ReadPosRankSum=0.667;SC=CTCCTGGTCAGGCCGGTGCGG;SOR=0.368;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=295;TCF=177;TCR=118;TR=105;WE=1847864;WS=1847846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,105:0.35:298
chr1	1848109	rs2803296	G	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=792;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TGGGTCAGGTGTCAGTGCCTA;SOR=0.659;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=166;TCF=89;TCR=77;TR=56;WE=1848117;WS=1848099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,55:0.33:165
chr1	1849529	rs28640257	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,31:0.27:113
chr1	1850428	rs2295363	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=310;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CGACCTCGCCACCCGTGCCTC;SOR=1.205;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=28;WE=1850436;WS=1850418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr1	1850627	.	CAGCGGCAGG	C	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.863;NF=1;NR=3;PP=1056;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CCACCTGCGGCAGCGGCAGGA;SOR=0.148;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=4;WE=1850643;WS=1850617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	1853615	rs113294876	T	TCTGA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=960;SC=CCTATTGGAATCTGGCAGAGG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=1853623;WS=1853605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	1854109	rs2803348	A	G	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.924;SC=AGGGCTCAATAGAGAAACCCT;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=155;TCR=124;TR=86;WE=1854117;WS=1854099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,87:0.30:291
chr1	1854321	rs2250833	A	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=20;PP=767;SC=CCCGGCTGTCAGGACAAGCCC;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=35;WE=1854329;WS=1854311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	1855450	rs28423370	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=524;SC=ATAGAGCTCTACACCCTGCCC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=1855458;WS=1855440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	1856098	rs752965	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=194;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CGCCAGCACACGTGGCGGTTT;SOR=0.105;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=13;WE=1856106;WS=1856088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	1858309	rs941530	T	C	2717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=1452;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GACCACACCCTGTTCTGGCCA;SOR=0.531;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=448;TCF=242;TCR=206;TR=147;WE=1858317;WS=1858299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,154:0.33:468
chr1	1859131	rs4648734	C	T	7173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.173;SC=GCTCGAAGAACGGAGAATGAC;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=472;TCF=264;TCR=208;TR=310;WE=1859139;WS=1859121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,321:0.65:496
chr1	1859296	rs2748984	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=431;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GCAGTTGGGATTGAATGTGGG;SOR=1.390;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=21;WE=1859304;WS=1859286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr1	1860087	rs2748983	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=271;ReadPosRankSum=2.376;SC=CAGCTCGACACGTGCATTGCT;SOR=1.678;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=15;WE=1860095;WS=1860077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	1861582	rs2803295	C	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=890;ReadPosRankSum=0.571;SC=GACGTGGGCCCCATGGGAGAG;SOR=0.588;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=253;TCF=153;TCR=100;TR=81;WE=1861590;WS=1861572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,83:0.33:255
chr1	1870210	rs2803323	G	A	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=1;PP=949;SC=GGTCAGGGGCGGGGATGTGGT;SOR=5.235;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=1870218;WS=1870200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	1871979	rs2748982	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=154;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GAGACGCATCGCGCCGCCCTC;SOR=0.317;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=15;WE=1871987;WS=1871969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr1	1873453	rs2748981	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CGGCCTTGGCGTCCTGGCACC;SOR=0.976;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=11;WE=1873461;WS=1873443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr1	1873514	rs2803326	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=615;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GTGCCTGGATATAGCCTGTCT;SOR=0.759;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=24;WE=1873533;WS=1873504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr1	1873525	rs2803327	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=615;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TAGCCTGTCTTGGGCAGGAGC;SOR=0.815;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=30;WE=1873533;WS=1873504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr1	1873625	rs12758705	G	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=819;ReadPosRankSum=0.464;SC=CACTGGGTCAGGTGCCACAGT;SOR=0.954;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=53;WE=1873633;WS=1873615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr1	1873697	rs2748980	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.413;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr1	1873697	.	GAG	AAC	555	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=6;NR=10;PP=555;QD=38.0292421789;SC=CCAAGCCCCCGAGAGGTGCTC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=16;WE=1873707;WS=1873687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,16:0.40:40
chr1	1873699	rs2748979	G	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr1	1875858	rs2803336	CA	GG	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,97:0.30:326
chr1	1878628	rs2803341	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=0.139;SC=TGGAGCCATCCGTGTGGCCCC;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=10;WE=1878636;WS=1878618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr1	1886500	.	GCGGCTC	G	331.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.809;QD=20.73;ReadPosRankSum=2.024;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	1886501	.	C	A	194	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=28;MQ=60.45;NF=9;NR=1;PP=194;QD=22.8771212547;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=1886509;WS=1886491;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,10:0.48:21
chr1	1886507	.	ACACCGGAAGTGC	A	319.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.005;QD=15.99;ReadPosRankSum=2.211;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	1886517	.	T	TGAG	197.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=-0.746;QD=10.41;ReadPosRankSum=-2.353;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	1886519	.	C	A	630	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=28;MQ=60.37;NF=23;NR=3;PP=630;QD=25.5681235595;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=1886527;WS=1886509;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	1886519	.	C	CTCACACCGGAAGTGA	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-0.804;QD=9.84;ReadPosRankSum=-2.318;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	1886859	rs3795290	C	T	4932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.793;SC=CCGCCCTGTGCGGCTCCGCCC;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=204;TCR=107;TR=207;WE=1886867;WS=1886849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,213:0.66:322
chr1	1887019	rs28548017	A	G	8478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=157;PP=2965;SC=TCGAAGGCCTAGGAAAATTCT;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=133;TCR=157;TR=290;WE=1887027;WS=1887009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr1	1887091	rs139735565	CG	C	3765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=58;PP=2970;ReadPosRankSum=-1.784;SC=AGGCCCTCACCGCCCGCCCAC;SOR=0.473;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=131;TCF=38;TCR=93;TR=84;WE=1887099;WS=1887081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,112:0.70:161
chr1	1887111	rs3838975	GC	G	3749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.239;NF=23;NR=61;PP=2972;ReadPosRankSum=0.616;SC=CCCTGGCTTGGCCTGGCAGCC;SOR=0.802;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=129;TCF=39;TCR=90;TR=84;WE=1887119;WS=1887101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,116:0.67:174
chr1	1887245	rs28575980	G	A	3592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=71;PP=2222;ReadPosRankSum=0.770;SC=AGCTGGTGGCGGCTTTGTCAT;SOR=0.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=111;TCR=105;TR=147;WE=1887253;WS=1887235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,158:0.68:232
chr1	1888193	rs3820011	C	A	5074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.643;SC=ACGTAGCTGCCGAAGTCAATG;SOR=0.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=321;TCF=141;TCR=180;TR=212;WE=1888201;WS=1888183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,218:0.66:332
chr1	1888330	rs28535696	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=566;ReadPosRankSum=-1.774;SC=AGCATTTGTGCGCGTTGTGCA;SOR=0.074;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=34;WE=1888338;WS=1888320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr1	1956362	rs2376805	G	A	13731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=275;NR=215;PP=2965;SC=CTGTCTGACCGGTGGCTTTGC;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=277;TCR=215;TR=490;WE=1956370;WS=1956352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr1	1957037	rs2229110	T	C	10974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=231;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AGACCCTGGGTCTGGACAGCC;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=657;TCF=326;TCR=331;TR=464;WE=1957045;WS=1957027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,487:0.71:685
chr1	1960926	rs28581504	T	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=745;SC=GTCACAGGCATCAAGGCTGGG;SOR=1.292;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=1960934;WS=1960916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	1986736	rs35052584	GA	G	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=389;ReadPosRankSum=0.291;SC=TTGTGTGTGGGAGGGGGGAGG;SOR=0.188;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=12;WE=1986744;WS=1986725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr1	1987803	rs2803309	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=548;ReadPosRankSum=-0.449;SC=GAGGTGGCCAGTCTGAGCATC;SOR=0.412;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=27;WE=1987811;WS=1987799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr1	1987993	rs12184	T	C	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=74;PP=2240;SC=AGTGCAGGGATGAAGGCCTCA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=147;WE=1988001;WS=1987983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	1988044	rs3820005	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,23:0.24:96
chr1	1991014	rs1878745	A	G	7363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=1.478;SC=CTGGCCTGCCATGTCCGGGAG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=446;TCF=230;TCR=216;TR=323;WE=1991022;WS=1991004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,336:0.72:464
chr1	1991123	rs1878746	G	A	4542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TGCCGTTTTCGGAGGTTCACC;SOR=0.917;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=285;TCF=110;TCR=175;TR=190;WE=1991131;WS=1991113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,197:0.67:295
chr1	1991162	rs1878747	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=654;ReadPosRankSum=0.316;SC=AGGAGCAGCCGTGGTGACCGC;SOR=0.933;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=127;TCF=40;TCR=87;TR=45;WE=1991181;WS=1991152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,42:0.34:125
chr1	1991173	rs2247923	A	G	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=77;PP=2735;SC=TGGTGACCGCAGGTGGGGTTT;SOR=1.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=33;TCR=77;TR=110;WE=1991181;WS=1991152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr1	2075560	rs427811	T	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
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chr1	2077409	rs385039	A	G	4925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=0.291;SC=CAGAAGCTACATTGTAACACC;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=338;TCF=213;TCR=125;TR=214;WE=2077417;WS=2077399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,230:0.64:359
chr1	2082458	rs262670	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=1.289;SC=CCCGGGAACGCGCTGCCCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=22;WE=2082466;WS=2082448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr1	2082489	rs262669	G	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=532;SC=GGGCTTTAGCGGAATTAATCC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=2082497;WS=2082479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	2082505	rs9442619	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=1.681;SC=AATCCATGCACGAGAGACCTA;SOR=0.072;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=2082513;WS=2082495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	2087557	rs3123592	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-2.995;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,24:0.21:116
chr1	2101059	rs3737633	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=6.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr1	2106840	rs12135175	T	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=30;PP=822;SC=ACCCCAATATTCACCCAACCC;SOR=6.736;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=31;WE=2106848;WS=2106830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	2106896	.	T	C	185	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=64;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=185;QD=27.4714015684;SC=AACCCCAAATTCATCCAACCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=2106904;WS=2106886;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	2113565	rs262688	T	G	5712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.351;SC=GTTAGTAGAATGGATGTGGGC;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=185;TCR=140;TR=226;WE=2113573;WS=2113555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,240:0.68:351
chr1	2114271	rs74912021	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=755;ReadPosRankSum=1.683;SC=GGCTAGAGAACGAGCAAGGGA;SOR=0.814;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=37;WE=2114279;WS=2114261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr1	2117558	rs3123595	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=811;ReadPosRankSum=1.173;SC=GAGGGGGTCGCGCCACCTCAT;SOR=0.640;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=64;WE=2117566;WS=2117548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr1	2118539	rs2503699	T	C	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=27;PP=1514;SC=TGCGTGGGCGTGGTGCGGGGC;SOR=1.367;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=81;WE=2118547;WS=2118529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	2118724	rs70954587	C	CT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.061;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr1	2121118	rs2503701	C	T	5306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=71;PP=2965;SC=GTCCGGGCGCCGCACTCTGCG;SOR=1.208;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=199;TCF=128;TCR=71;TR=197;WE=2121126;WS=2121108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	2125172	rs1058411	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=647;ReadPosRankSum=0.711;SC=GCCCTGCAGGGATCAGGTGCC;SOR=0.841;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=46;WE=2125180;WS=2125162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr1	2125942	rs71511332	C	G	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=147;SC=GGAAGCTCGGCGTGGGGTGGG;SOR=1.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=2125950;WS=2125932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	2126139	rs6662296	C	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	2144982	rs2480714	G	T	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=90;PP=2763;SC=TCGCCTGGCTGCTTCCTCCCG;SOR=1.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=64;TCR=91;TR=154;WE=2144990;WS=2144972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	2234632	rs2279702	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=555;ReadPosRankSum=-0.281;SC=CCACCTGCCCGCTACTGAGGG;SOR=0.677;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=49;WE=2234640;WS=2234622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,57:0.34:169
chr1	2234903	rs2256178	C	T	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.005;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=1124;ReadPosRankSum=0.234;SC=GCTGTGCATGCGGACGCGCCC;SOR=0.222;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=68;WE=2234911;WS=2234893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,76:0.74:103
chr1	2235656	rs11577387	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr1	2252759	rs35513983	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GAGCAGAGTCACGCAAGCAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=2252767;WS=2252749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	2286947	rs1039100	A	G	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=63;PP=2182;SC=TGGGGCTTCTAGCCACCAGCT;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=118;WE=2286955;WS=2286937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	2288852	rs2645087	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=548;ReadPosRankSum=-0.937;SC=CCCCCAACTGGTTTGTGAGCT;SOR=1.057;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=49;WE=2288860;WS=2288842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr1	2310470	rs903902	A	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=576;ReadPosRankSum=2.282;SC=ATGCATTTTTAAAAAAAGGTT;SOR=0.678;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=54;WE=2310478;WS=2310460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,56:0.30:187
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chr1	2399149	rs2494631	A	G	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.14;ReadPosRankSum=-2.364;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
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chr1	2411451	rs10797428	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=613;ReadPosRankSum=-1.703;SC=ATGCAGACCCAGGGACCGGCC;SOR=0.751;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=169;TCF=85;TCR=84;TR=52;WE=2411459;WS=2411441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,52:0.29:180
chr1	2418625	rs7512269	C	T	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=61;PP=2717;ReadPosRankSum=0.348;SC=TCACCAACTACACCAGGAGCC;SOR=1.009;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=250;TCF=158;TCR=92;TR=177;WE=2418633;WS=2418615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,184:0.70:263
chr1	2418935	rs10910082	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=0.286;SC=TTCTGTGTCCCTCACTGAGCA;SOR=0.151;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=8;WE=2418943;WS=2418933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	2420590	rs10752744	T	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=6;PP=1477;SC=GAGGTGGGGCTTACCCATCCT;SOR=3.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=51;TCR=6;TR=57;WE=2420598;WS=2420580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	2420913	rs6668720	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=135;ReadPosRankSum=-1.535;SC=CATGCCATCCATGGGCATATC;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=11;WE=2420921;WS=2420903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr1	2422614	rs2477699	G	A	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=35;PP=1965;SC=CAACAGGCCGGCCTCTGGCTC;SOR=1.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=116;WE=2422622;WS=2422604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	2426766	rs3001347	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TCGAGAGGGCACCGAGGAGGC;SOR=0.903;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=8;WE=2426774;WS=2426756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	2428874	rs2477706	T	C	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=32;PP=1754;SC=CGTGTGGTGGTGGGTGGGCGG;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=93;WE=2428882;WS=2428864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	2430086	rs142848828	G	GGTGGGGGCC	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=0.970;SC=ACCGTGGGGAGGTGGGGGCCA;SOR=0.250;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=2430094;WS=2430076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr1	2430617	rs2296442	C	T	9906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=174;PP=2965;SC=ACGATCCCATCGGGCGTGACT;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=185;TCR=174;TR=358;WE=2430625;WS=2430607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr1	2433900	rs12736998	C	T	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=1275;ReadPosRankSum=0.803;SC=GTGCGGCCCCCGCGTGTCCTG;SOR=0.548;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=81;WE=2433908;WS=2433890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,83:0.67:123
chr1	2444414	rs7535528	G	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CCAGCCCAGCGCGTCCAGGGA;SOR=0.686;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=311;TCF=155;TCR=156;TR=96;WE=2444422;WS=2444404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,101:0.32:316
chr1	2452569	rs2985862	T	C	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=23;PP=2037;SC=CGATGAGGTCTTTGAACTTGT;SOR=2.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=94;WE=2452577;WS=2452559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	2518186	rs10752746	A	G	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=6;PP=200;SC=CGGCGGCAGCAAGAAAGGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=2518194;WS=2518176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	2522392	rs2296443	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=0.214;SC=TCCGAGCAGCGGGTGGGCGTG;SOR=0.330;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=2522400;WS=2522382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	2527678	rs2260976	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=48;PP=1427;SC=TGGGCCTCTCAGGTGAGGTGT;SOR=3.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=57;WE=2527686;WS=2527668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	2528133	rs2843401	T	C	10426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=220;PP=2965;SC=CAGCGCCTGGTGGGGCCACCC;SOR=0.983;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=175;TCR=220;TR=395;WE=2528141;WS=2528123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr1	2530341	rs34705971	A	AG	708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=803;SC=ATAAGAGAGAAGTGCAGGTAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=2530349;WS=2530331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	2537072	rs4074787	C	T	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1036;ReadPosRankSum=1.037;SC=TCTGGAAATACAGAAGGTGTG;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=86;WE=2537080;WS=2537062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,91:0.59:153
chr1	2560735	rs4648657	A	G	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.40;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	2560882	rs4648658	G	A	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=61;PP=1920;SC=CTGCACGGCCGGCGCTCTCCA;SOR=1.149;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=108;WE=2560890;WS=2560872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	2560903	rs4648659	T	G	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=53;PP=1605;SC=CCATCCCCACTGGGCCTTCGG;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=91;WE=2560911;WS=2560893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	2573199	rs4648662	A	G	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=86;PP=2965;SC=AACTCCTGCAACTCGGCCAGG;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=101;TCR=86;TR=187;WE=2573207;WS=2573177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	2700117	rs4648502	C	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=297;ReadPosRankSum=0.934;SC=TCCCCCACCCCTGCTTGCCCA;SOR=0.561;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=24;WE=2700125;WS=2700107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr1	2983963	rs2297828	G	A	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=1366;ReadPosRankSum=0.955;SC=GGCTCGGGCGGCGAGCTGGCT;SOR=0.505;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=326;TCF=191;TCR=135;TR=108;WE=2983971;WS=2983953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,109:0.33:335
chr1	2984087	rs2297829	C	A	6519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.453;SC=CCCAGCGCACCGCCGCCGCCA;SOR=0.962;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=374;TCF=154;TCR=220;TR=270;WE=2984095;WS=2984077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,279:0.72:390
chr1	2985885	rs7413494	C	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,49:0.74:66
chr1	3044652	rs35529420	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,47:0.23:203
chr1	3301721	rs2282198	C	T	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=21;PP=1701;ReadPosRankSum=-0.944;SC=AGCAGATCTCCGAAGACCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=123;TCF=91;TCR=32;TR=87;WE=3301729;WS=3301711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,86:0.70:123
chr1	3310928	rs145881072	C	CCG	652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=426;SC=TCCAGGAGGGCCGCCCAGCCC;SOR=1.112;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=3310936;WS=3310918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	3311212	rs2493253	C	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=17;PP=556;SC=ACCTGCCCCACGGGCATCAGC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=3311220;WS=3311202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	3311261	rs6702992	C	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=278;SC=TCCACTTGCGCCTGCTACAAT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=3311269;WS=3311251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	3312914	rs871822	T	G	5255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.012;SC=AGTTCCATAGTGGACCCTCTT;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=352;TCF=164;TCR=188;TR=223;WE=3312922;WS=3312904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,230:0.63:364
chr1	3312963	rs12726710	C	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=790;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GGCCGAGCTGCGTCCACAGTG;SOR=0.978;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=203;TCF=80;TCR=123;TR=63;WE=3312971;WS=3312953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,66:0.32:207
chr1	3328358	rs870124	T	C	19137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,728:1.00:728
chr1	3328659	rs2493292	C	T	3453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:482,203:0.30:685
chr1	3329384	rs2493291	C	T	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=52;PP=906;ReadPosRankSum=-0.512;SC=ACCCCAGCCTCACTGGCTCTC;SOR=0.822;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=306;TCF=139;TCR=167;TR=89;WE=3329392;WS=3329374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,96:0.29:326
chr1	3342109	rs41303861	G	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.269;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=496;ReadPosRankSum=-1.302;SC=ATGCAGAGCCGGGGCCTGCAC;SOR=0.254;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=148;TCF=106;TCR=42;TR=50;WE=3342117;WS=3342099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,52:0.35:148
chr1	3342804	rs870171	G	T	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.779;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,88:0.28:315
chr1	3350134	rs10752734	T	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=2;PP=656;SC=CCTGCCTGTCTGGGATGGCCC;SOR=3.611;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=29;WE=3350142;WS=3350124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	3383593	rs3893316	G	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=366;ReadPosRankSum=1.266;SC=CCCAGCCTGGGGCAGTCCCCT;SOR=1.697;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=18;WE=3383601;WS=3383590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr1	3383665	rs7550948	G	A	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.950;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=910;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CTCAGCTGGCGGGTTGCAGGG;SOR=0.393;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=60;WE=3383673;WS=3383655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr1	3383898	rs6424078	A	G	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=813;ReadPosRankSum=0.958;SC=GCCAGCTCCCAGAGGTAGCGC;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=46;WE=3383906;WS=3383888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr1	3385250	rs1417897	C	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=7;PP=804;SC=TGACCCAAGGCGGGTTACACA;SOR=2.432;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=35;WE=3385258;WS=3385241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	3385330	rs2493249	T	C	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=73;NR=43;PP=1869;SC=ACCTGAGCCCTGTGGGGTGGC;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=116;WE=3385338;WS=3385320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr1	3390238	rs2493323	T	A	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=82;PP=2615;SC=GATGGCTTTATTAACCAGGAT;SOR=1.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=143;WE=3390246;WS=3390228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr1	3394674	rs4534324	T	C	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=60;PP=1423;SC=TACAGGGAGTTGGCCCTGAGC;SOR=2.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=83;WE=3394682;WS=3394664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr1	3395229	rs4553117	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=31;PP=744;SC=ATTAGCTCCATGGGGACCGGG;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=3395237;WS=3395219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	3395973	rs70938094	ACC	A	3694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.933;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.628;NF=22;NR=33;PP=1952;ReadPosRankSum=1.562;SC=CACCCCCACCACCCCCATCTC;SOR=1.167;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=55;WE=3395982;WS=3395963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,95:0.74:129
chr1	3396278	rs200308477	T	TGCCCCG	1684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.212;NF=23;NR=3;PP=1406;ReadPosRankSum=1.152;SC=GGGGATGGGGTGCCCCGGCCC;SOR=0.956;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=26;WE=3396286;WS=3396268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr1	3396609	rs881978	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=0.727;SC=CGAGGGCTTCCTCAAAGGGAG;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=3396617;WS=3396599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	3397062	rs56309807	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,78:0.27:288
chr1	3397188	rs2487677	T	C	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=35;PP=1011;SC=ACAGCCTGTCTCCAATCAGCA;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=3397196;WS=3397178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	3413426	rs12405358	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=7.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.687;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr1	3413868	rs4648506	C	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=346;ReadPosRankSum=-2.087;SC=GCAGGCAGCGCCAGGCGGGCA;SOR=1.112;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=30;WE=3413876;WS=3413858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr1	3416449	rs7553399	C	A	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=66;PP=2580;SC=ACACTGGCACCGCTGCTCACA;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=139;WE=3416457;WS=3416439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	3417131	rs2821031	A	G	6185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=93;PP=2965;SC=GTGTGTGTGCACGTGTGCATA;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=121;TCR=93;TR=214;WE=3417139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	3417960	rs4648507	G	A	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=116;PP=2965;SC=CTGGAGCCACGGCCGAGGAGG;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=79;TCR=116;TR=195;WE=3417968;WS=3417950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	3418391	rs4648508	C	T	10592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=200;NR=184;PP=2965;SC=TCCTCCCCGGCGGACACCGGC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=386;TCF=200;TCR=186;TR=384;WE=3418399;WS=3418381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr1	3418565	rs2821030	T	C	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=65;PP=1591;SC=GGGCTCCTGGTGAGTGTGCCC;SOR=1.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=32;TCR=66;TR=97;WE=3418573;WS=3418555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	3418613	rs139503756	CCG	C	1277.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=6;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.644;NF=0;NR=21;PP=1450;ReadPosRankSum=0.445;SC=GTGTGCCCCCCCGGCGCCTCC;SOR=1.938;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=21;WE=3418626;WS=3418603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr1	3418616	rs57408931	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=1.644;QD=34.75;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr1	3418616	.	GCG	ACA	1418	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=20;MQ=43.34;NF=3;NR=17;PP=1418;QD=73.5733937431;SC=TGCCCCCCCGGCGCCTCCTCA;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=20;WE=3418626;WS=3418603;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,20:0.71:28
chr1	3418618	rs57082253	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=1.613;QD=35.74;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=1.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr1	3440647	rs2794322	T	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=670;SC=TAGGGATGGCTGAAGCCAGGA;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=3440655;WS=3440637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	3440824	rs10797399	G	A	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=84;PP=2812;SC=AGCAGGAATGGGGAAGGATCA;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=173;WE=3440832;WS=3440814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	3477414	rs138354618	GGGCT	G	590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=469;ReadPosRankSum=0.417;SC=GGGGGTTGCTGGGCTGGCTGG;SOR=0.352;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=11;WE=3477425;WS=3477404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	3496328	rs2821051	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=625;SC=CGACACATCCTCGCCCCTTGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=3496336;WS=3496318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	3496479	rs2794340	T	C	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	3518944	rs7521546	T	C	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=24;PP=1308;SC=GACGGGGTCCTGGCCTCAGCT;SOR=1.463;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=70;WE=3518952;WS=3518934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	3527944	rs10797402	C	G	3720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=75;PP=2441;SC=CCCGCGCCCGCTCCGCGGAGC;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=123;WE=3527964;WS=3527934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	3528082	rs10797403	T	C	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	3545175	rs147637374	GTTCTGGGAGCTCCTCCCCC	G	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=41.07;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	3548122	rs151110688	G	A	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=49;PP=1909;ReadPosRankSum=1.039;SC=CGGCTGCTGCGGGTCCCACTG;SOR=0.871;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=113;WE=3548144;WS=3548112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,118:0.63:188
chr1	3548136	rs2760321	T	C	5527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=83;PP=2962;SC=CCCACTGAAATGCGCGCACTG;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=107;TCR=83;TR=190;WE=3548144;WS=3548112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	3563512	rs34514629	GC	G	1096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=1137;SC=CTTAAAACCAGCAGAGACCCG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=26;WE=3563520;WS=3563502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	3566625	rs145464993	AGCAGGCTG	A	3157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=38;PP=2969;SC=CTGGGCGCGCAGCAGGCTGCA;SOR=1.577;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=41;WE=3566640;WS=3566615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	3566706	rs2251098	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=435;SC=AGCGCCGCCGGCTTCCGCGCG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=3566714;WS=3566696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	3607520	rs3765730	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,85:0.30:283
chr1	3638674	rs1801174	C	T	17503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=294;NR=366;PP=2965;SC=CCCCAGGCACCGCCATCCGGG;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=661;TCF=294;TCR=367;TR=660;WE=3638682;WS=3638664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,657:1.00:657
chr1	3640085	rs6424091	C	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.32;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	3640134	rs35939665	TCTGC	T	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=1142;SC=AGTTGGCTGATCTGCCTGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=3640145;WS=3640124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	3644349	rs2181486	A	G	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=71;PP=2167;SC=GCGGCCGGCCAGGGGAACTGG;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=106;WE=3644357;WS=3644339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	3644374	rs2146657	A	G	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=53;PP=1555;SC=GTGTGGGAGGAGAAGGGGACA;SOR=3.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=63;WE=3644382;WS=3644364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	3645835	rs2254530	C	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	3645844	rs2096224	G	A	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.24;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	3646137	rs11589885	C	T	6225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=104;PP=2965;SC=GCAGCAGGGTCCAGAGCAGAG;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=120;TCR=104;TR=224;WE=3646145;WS=3646127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	3646192	rs1885867	G	A	9330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=113;PP=2965;SC=AGCACTTGGGGCTGCCCTGGG;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=108;TCR=113;TR=221;WE=3646200;WS=3646182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	3646214	rs1885866	T	C	9353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=113;PP=2965;SC=CCCTGGGTCATGGCCCTTGCT;SOR=0.877;Source=Platypus;TCF=103;TR=216;WE=3646222;WS=3646204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	3646291	rs1885865	G	A	5821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=101;PP=2965;SC=GGTGGCCAGAGTGACCATGAC;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=96;TCR=102;TR=196;WE=3646299;WS=3646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	3647962	rs1745813	T	C	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=20;PP=1397;SC=CTCTCAGAGATGGGGGCTCGC;SOR=1.931;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=70;WE=3647970;WS=3647952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	3659657	rs2298222	G	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=846;ReadPosRankSum=1.299;SC=AGAGGCCGCCGGGAACAGGCA;SOR=0.549;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=201;TCF=132;TCR=69;TR=70;WE=3659665;WS=3659647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,74:0.35:211
chr1	3662845	rs3737589	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=0.121;SC=GAGTTACCCTACAGACCAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=3662853;WS=3662835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	3669201	rs10797410	A	G	5473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:415,167:0.29:582
chr1	3669205	rs10910021	C	G	5337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=1.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.901;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,157:0.28:566
chr1	3672156	rs4648555	C	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=421;ReadPosRankSum=0.151;SC=AGGGCCTCTGCCTGCACCTGC;SOR=0.915;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=92;TCF=16;TCR=76;TR=28;WE=3672164;WS=3672146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,27:0.30:89
chr1	3673496	rs4648405	T	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr1	3677933	rs1181883	T	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-2.557;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,33:0.26:128
chr1	3679139	rs1181879	T	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr1	3679146	rs4648556	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr1	3679307	rs4648557	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-1.855;SC=AGGCACGCAGTGGGGGACCCG;SOR=0.269;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=5;WE=3679315;WS=3679297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	3679775	rs10910024	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-2.118;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr1	3683690	rs1181873	A	C	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.359;NF=43;NR=4;PP=993;ReadPosRankSum=-3.053;SC=GGCGTGAGCCACTGCACCTGG;SOR=1.082;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=63;TCR=7;TR=47;WE=3683698;WS=3683680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr1	3701491	rs2996426	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5024;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=1.133;SC=CCCAGGAGGCAGAGGCTGCAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=10;WE=3701499;WS=3701481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	3701557	rs34940702	CA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	3703337	rs2368537	G	C	317.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=292;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CGGACACGCTGGCCTCAGGAT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=3703345;WS=3703330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	3732103	rs4648409	T	C	5659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.140;SC=GCACAGGACCTGCATTAGGAG;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=317;TCF=138;TCR=179;TR=236;WE=3732111;WS=3732093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,259:0.77:336
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chr1	3732639	rs6702916	T	A	185.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CACAGCCAGTTTGCAGGTGGA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=3732647;WS=3732629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
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chr1	3732782	rs6703035	T	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=553;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CGGGGATGCTTTTTTGAATAA;SOR=0.358;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=35;WE=3732790;WS=3732772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr1	3743109	rs2275834	A	G	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-6.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=9;PP=1062;ReadPosRankSum=0.803;SC=AAAAGGTAGCATGTTTTCCAT;SOR=0.080;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=86;TCF=76;TCR=10;TR=56;WE=3743117;WS=3743099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr1	3743132	rs4648344	T	C	2916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=7;PP=1770;ReadPosRankSum=-0.753;SC=AGCTGGGAGATGGCTGAGGTG;SOR=0.316;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=125;TCF=116;TCR=9;TR=83;WE=3743140;WS=3743122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,84:0.63:133
chr1	3743391	rs6688969	C	T	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.928;NF=29;NR=82;PP=2042;ReadPosRankSum=0.466;SC=GTTTTCATCACGAAAGCACAT;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=163;TCF=39;TCR=124;TR=111;WE=3743399;WS=3743381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,126:0.70:179
chr1	3743433	rs5772126	T	TG	1655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.978;NF=3;NR=40;PP=1579;ReadPosRankSum=-1.199;SC=TTCTACTGGCTGGCAAGGTGG;SOR=0.425;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=43;WE=3743441;WS=3743423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr1	3745721	rs2275833	C	T	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=9;PP=1096;ReadPosRankSum=1.232;SC=GGAATCAAGACGCTCATTTGC;SOR=0.579;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=82;TCF=71;TCR=11;TR=57;WE=3745729;WS=3745711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr1	3745787	rs2275832	T	C	4947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CAAAATACATTTCAGCTAAAA;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=175;TCR=112;TR=195;WE=3745795;WS=3745777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,207:0.69:301
chr1	3746583	rs2275828	G	T	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
chr1	3746585	rs2275827	T	G	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.19;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
chr1	3746589	rs2275826	C	G	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.53;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	3747580	rs6424058	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	3747603	rs6413779	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=589;SC=ACGCGAGGTCTGCTTACCTTC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=3747611;WS=3747593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	3753136	rs2275824	A	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,73:0.29:250
chr1	3755675	rs1891941	T	C	21455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=346;NR=409;PP=2965;ReadPosRankSum=1.684;SC=TCCCAAGGCGTTCACCAACCT;SOR=0.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=756;TCF=347;TCR=409;TR=755;WE=3755683;WS=3755665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,782:1.00:783
chr1	3756120	rs1539649	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=294;ReadPosRankSum=0.402;SC=CTAAGTATACATAAAACCTAT;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=24;WE=3756128;WS=3756110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr1	3759784	rs10797347	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=26;PP=875;SC=TGGCAAGGGAACCACTGTCCC;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=3759792;WS=3759774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	3761479	rs2275822	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.335;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=366;ReadPosRankSum=0.749;SC=ACCTGGCGTACGTTCCTTCTA;SOR=1.238;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=33;WE=3761487;WS=3761469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr1	3761650	rs2275821	A	G	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=37;PP=1092;SC=GCAAGGTTCAATGATCCTCAT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=3761658;WS=3761640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	3761772	rs7538067	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=609;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AAAAATGACACATTTTTTGGG;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=29;WE=3761780;WS=3761762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr1	3764216	rs10492942	C	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.896;SC=TGAAAATGTGCTGTTCAATAA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=72;WE=3764224;WS=3764206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,74:0.60:123
chr1	3775454	rs4376673	C	G	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=73;PP=2216;SC=TGGCACTCTCCGAGGTCCTGG;SOR=1.552;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=115;WE=3775462;WS=3775444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	3782115	rs12127483	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=454;ReadPosRankSum=-0.985;SC=ATGGGAAAGCGGCCGTCTCTT;SOR=0.385;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=29;WE=3782123;WS=3782105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr1	3782608	rs10909809	C	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=13;PP=437;SC=TTCTTTGGAGCCTGAGGTGCC;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=3782616;WS=3782598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	3800242	rs3205087	A	G	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=80;PP=1954;ReadPosRankSum=-2.183;SC=ACTGTGACCCAAGCAGAATCT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=472;TCF=238;TCR=234;TR=161;WE=3800250;WS=3800232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,164:0.33:502
chr1	3806643	rs4520357	T	A	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.753;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=57;PP=1267;ReadPosRankSum=0.602;SC=AGGTCCTTAGTGGAGAAGAAA;SOR=0.935;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=248;TCF=97;TCR=151;TR=89;WE=3806651;WS=3806633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,90:0.35:256
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chr1	4829795	rs3950181	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=298;ReadPosRankSum=-1.226;SC=TTCCCCGCTGCGGATGGGACC;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=16;WE=4829803;WS=4829785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr1	5623965	rs9439613	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-1.792;SC=TATGTGGCTCCAGCCCCAGGT;SOR=0.469;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=12;WE=5623973;WS=5623955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	5934490	rs868163	A	G	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.713;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,87:0.27:318
chr1	5934837	rs1287638	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=212;ReadPosRankSum=-1.804;SC=CAAATCGCCCCGGCTCTCGGG;SOR=0.606;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=15;WE=5934845;WS=5934827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr1	5935162	rs1287637	A	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,26:0.26:99
chr1	5935222	rs963030	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=6.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.942;SOR=2.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
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chr1	5937391	rs3747989	C	T	8119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=162;PP=2965;SC=GTCAGGTAGACGTGCAGTGTC;SOR=0.972;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=129;TCR=162;TR=291;WE=5937399;WS=5937381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr1	5937413	rs3747988	A	C	3643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=96;PP=2086;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GCCTTCCAGGAGCAGACACCA;SOR=0.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=88;TCR=132;TR=160;WE=5937421;WS=5937403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,170:0.73:232
chr1	5939544	rs11121915	T	G	8086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.954;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CAACATAGGGTACTTCAACTT;SOR=0.166;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=282;TCF=162;TCR=120;TR=280;WE=5939552;WS=5939534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr1	5948677	rs2282281	G	A	7173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=140;NR=112;PP=2965;SC=TCTCCTTTAGGGAACAGCCAA;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=140;TCR=112;TR=252;WE=5948685;WS=5948667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	5964991	rs3737234	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=62;PP=1494;SC=GAGGCTGCCGTGGTCACCAAT;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=73;WE=5964999;WS=5964981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	6027167	rs875574	C	A	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=2;PP=156;SC=TCCCTCAGGGCTGGTGTGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=6027175;WS=6027157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	6027252	rs875573	A	G	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=12;PP=776;SC=TTAGCTAAGCAGATAGCAGTT;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=46;WE=6027260;WS=6027242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	6038583	rs4908639	G	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=38;PP=1208;SC=ATATCAGCACGCTGGTTTCCT;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=6038591;WS=6038573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	6100458	rs12566866	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.240;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=1116;ReadPosRankSum=2.067;SC=GGGGCTCCCCGATGCCCTGAA;SOR=1.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=55;WE=6100466;WS=6100448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,54:0.76:71
chr1	6145365	rs2294936	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=683;SC=GAACTATCCCAGGGTCAGCCT;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=6145387;WS=6145355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	6145379	rs2294935	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=0.680;SC=TCAGCCTCGTCGGCCTGTCGT;SOR=1.931;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=18;WE=6145387;WS=6145355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	6147341	rs11584419	A	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=2.248;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=390;ReadPosRankSum=0.287;SC=CTCCATGAGGAGCCCACGCAC;SOR=1.641;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=19;WE=6147349;WS=6147340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr1	6149053	rs2273043	C	T	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CACACGCGGTCGGCCTGTTTT;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=87;WE=6149061;WS=6149043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,95:0.63:151
chr1	6149122	rs2273042	G	A	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=2189;ReadPosRankSum=-0.024;SC=GTGAGGACGCGCTCGGGCACC;SOR=0.879;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=70;WE=6149134;WS=6149112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr1	6149126	.	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=1126;ReadPosRankSum=-1.155;SC=GGACGCGCTCGGGCACCTCAG;SOR=0.510;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=37;WE=6149134;WS=6149112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,41:0.38:108
chr1	6150637	rs12081978	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.289;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=281;ReadPosRankSum=0.623;SC=GCTGGGCACCCGGGTGAGCCG;SOR=1.708;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=17;WE=6150645;WS=6150627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr1	6154417	rs2294932	C	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=849;ReadPosRankSum=0.132;SC=GGCCCTGAGCCCTGGCTGCCC;SOR=1.196;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=50;WE=6154425;WS=6154407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chr1	6155332	rs1555144	T	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=12;PP=1161;SC=CCCGGCAGCCTCCCGCCTGCT;SOR=2.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=49;WE=6155340;WS=6155322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	6157282	rs749434	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.666;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=1.649;SC=CCATCAGGGGCCCCTGTGGTG;SOR=2.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=15;WE=6157290;WS=6157272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	6157297	rs749435	T	C	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=690;ReadPosRankSum=-1.533;SC=GTGGTGGGTGTTTCTCCCTCA;SOR=0.523;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=38;WE=6157305;WS=6157287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr1	6157434	rs2311802	C	T	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.028;SC=GTGAGAGGCCCTGCTGGGCAG;SOR=0.712;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=272;TCF=171;TCR=101;TR=83;WE=6157442;WS=6157424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,84:0.30:283
chr1	6158562	rs2229002	A	G	11633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=212;PP=2965;SC=CGAAACTGTCATCTTCCATTA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=428;TCF=216;TCR=212;TR=428;WE=6158570;WS=6158552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr1	6162054	rs6696489	T	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=46;PP=1447;SC=CTGGCGCGCCTTGCACCCAGC;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=6162062;WS=6162044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	6170300	rs200114858	CACT	C	786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.28;MQRankSum=0.836;NF=15;NR=2;PP=679;ReadPosRankSum=-0.763;SC=AAGGATCCACCACTGTTAGTT;SOR=2.391;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=17;WE=6170310;WS=6170290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr1	6170424	rs78789357	CG	C	4484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.275;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.006;NF=21;NR=51;PP=2876;ReadPosRankSum=0.002;SC=CTCCCTGCCCCGTGCAGCCCT;SOR=0.427;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=72;WE=6170432;WS=6170414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,125:0.75:166
chr1	6172875	rs4908515	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=395;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CCAAGGGGACGGCGCCTGGGA;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=20;WE=6172883;WS=6172865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr1	6173649	rs2785580	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=288;ReadPosRankSum=1.869;SC=TGGAACTTGGAGCTGTGTCTC;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=16;WE=6173657;WS=6173639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr1	6184092	rs2843493	A	G	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=57;PP=2063;ReadPosRankSum=1.683;SC=ACCTCGCCCGACTTCTTCCCC;SOR=0.567;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=199;TCF=117;TCR=82;TR=132;WE=6184100;WS=6184082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,138:0.66:208
chr1	6184286	rs2273040	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GGTAGCTGCTACCTCCGCCCA;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=13;WE=6184294;WS=6184276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	6186961	rs2746060	A	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=229;SC=TGATCACCCCAGCCCTAGCTA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=6186969;WS=6186951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	6239937	rs70981314	C	CG	5708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=39;PP=2936;SC=GCCCGCGCTCCGCCCTGGGCC;SOR=1.386;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=80;WE=6239945;WS=6239927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	6272137	rs709208	A	G	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.25;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,159:0.96:166
chr1	6278414	rs709209	A	G	8140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=147;PP=2965;SC=AGCAGGAACAACGCGGCCTCA;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=131;TCR=147;TR=278;WE=6278422;WS=6278404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	6279370	rs846111	G	C	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=23;PP=826;SC=GCTCCGAACGGCCTCTCAGAA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=6279378;WS=6279360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	6310562	rs142015102	C	G	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	6453520	rs76483502	C	CG	164.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=124;SC=GCGCCGGGGGCAATCGAACGC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=6453528;WS=6453510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	6500712	rs367944375	C	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-4.349;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	6504572	.	C	T	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=95;PP=2423;ReadPosRankSum=-2.452;SC=TCCCGGGATCCATCCGCAGAG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=357;TCF=177;TCR=180;TR=187;WE=6504580;WS=6504562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,196:0.53:373
chr1	6530965	rs111312565	C	CG	2843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=38;PP=2277;SC=GGAGTGGGGGCGGGCTCAGGG;SOR=0.812;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=56;WE=6530973;WS=6530955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	6579607	rs1556035	C	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=35;PP=1182;SC=CTGCCTGGACCTCCAGCCACA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=6579615;WS=6579597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	6585804	rs13513	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=518;SC=AACACTGTTGCTAATAAGGGC;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=6585812;WS=6585794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	6586070	rs7548042	C	T	5006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=104;PP=2965;SC=CACGCTGAAACGGAAACACAG;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=69;TCR=104;TR=173;WE=6586078;WS=6586060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	6591937	rs932112	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=320;SC=GAGCGAGGAGTTATGTAGTGG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=6591945;WS=6591927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	6601773	rs3761927	T	C	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=175;SC=GACCATGAGTTTGGTAGGCGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=6601781;WS=6601772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	6605141	.	G	A	5003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=94;PP=2965;SC=AGGGCTGAAAGGGTACTCTCA;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=78;TCR=94;TR=172;WE=6605149;WS=6605131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	6609559	rs11122091	C	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=394;SC=AAGACAACATCCTACATAGTC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=6609567;WS=6609549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	6609851	rs10864622	A	G	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=79;PP=2260;SC=AACTATAAACATTAGGAGAGT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=125;WE=6609859;WS=6609841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	6609896	rs11579888	G	A	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=42;PP=1116;SC=TCAGGGGGCCGTACTACATAC;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=6609904;WS=6609886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	6610366	rs2063805	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=467;SC=GCTGGGATTATAGGCGTGAGC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=6610374;WS=6610364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	6610382	rs2063806	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=540;SC=TGAGCCACCGCGCCTGGCCCT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=6610390;WS=6610372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	6614391	rs6693391	A	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=576;SC=TCCACGCCGGACGCCTGGGCT;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=6614399;WS=6614381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	6614415	rs6693400	A	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=11;PP=633;SC=AGTAACCGCCACCGTAGGCGC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=6614423;WS=6614405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	6614535	rs4908923	G	A	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=34;PP=1057;SC=CAGGAACCCCGCTTTAGCAGC;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=6614543;WS=6614525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	6614653	rs4908924	C	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=256;SC=GAGGGGCCTCCGAGCCGCCGG;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=6614661;WS=6614643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	6615690	rs925745	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	6615695	rs925744	C	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	6635231	rs10864628	A	G	5514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=58;PP=2965;SC=GGCAGACAAGAAGGCCCCTAG;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=126;TCR=58;TR=184;WE=6635239;WS=6635221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	6645867	rs6682920	G	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=2;PP=560;SC=TTAACCAGCCGGTGTCACCTG;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=6645875;WS=6645857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	6646959	rs3833475	GCCTGCCTTC	G	5029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=49;PP=2986;SC=CTGTCAGGGAGCCTGCCTTCC;SOR=0.838;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=62;WE=6646975;WS=6646949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	6659505	rs2232460	G	A	3787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=102;PP=2600;ReadPosRankSum=0.203;SC=GGGAGCCATCGGACCCACCTG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=235;TCF=83;TCR=152;TR=152;WE=6659513;WS=6659495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,157:0.64:244
chr1	6662913	rs6674407	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=11.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=-2.049;SOR=1.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr1	6677064	rs10779795	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GTCTGGCAGAAATCTGTTTCT;SOR=4.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=6677072;WS=6677054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	6679848	rs2072948	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=173;ReadPosRankSum=-1.688;SC=GAATCTGCCACCTTTGTCTTT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=12;WE=6679856;WS=6679838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr1	6681375	rs6695474	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=353;ReadPosRankSum=0.704;SC=TGGAAGTGTTCTCGTCAGTAG;SOR=0.844;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=76;TCR=25;TR=29;WE=6681383;WS=6681365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,27:0.25:107
chr1	6681744	rs3747994	C	T	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=81;PP=2285;SC=GAAGCGACCGCGGGCTTTTTT;SOR=5.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=5;TCR=81;TR=86;WE=6681752;WS=6681734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	6685442	rs12746591	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=313;SC=CGGGAGGCCCAAAGGCGTGCG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=6685450;WS=6685432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	6690140	rs742394	A	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=230;SC=CACTCTGACCATGATTTGAGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=6690148;WS=6690137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	6693097	rs3174820	A	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.738;NF=6;NR=28;PP=676;ReadPosRankSum=0.634;SC=AAAGGGCACCAGGGACTCCAG;SOR=0.883;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=34;WE=6693105;WS=6693087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr1	6694207	rs12727844	A	G	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=711;ReadPosRankSum=-1.665;SC=TGAACACACAATACACGGAAG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=44;WE=6694215;WS=6694197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr1	6694574	rs6804	G	A	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=1063;ReadPosRankSum=-0.015;SC=GGGGCCCCCCGCGCCAGCTGT;SOR=0.599;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=70;WE=6694582;WS=6694564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,69:0.63:109
chr1	6694927	rs2294532	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CTGGTCCTGTCCTCTTGAGCT;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=5;WE=6694935;WS=6694917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	6695802	rs6577583	A	G	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=133;PP=2965;SC=GAAGGTGGCCATTCCCATGCA;SOR=1.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=58;TCR=133;TR=191;WE=6695810;WS=6695792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
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chr1	6711146	rs12145525	T	C	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GAGTGTGACATGGCAGCAGCA;SOR=0.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=193;TCF=91;TCR=102;TR=122;WE=6711154;WS=6711136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,127:0.62:206
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chr1	7723957	rs12128526	G	A	17448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=321;NR=268;PP=2965;SC=CGGGCAGCTCGGAGAGCCTGT;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=590;TCF=321;TCR=269;TR=589;WE=7723965;WS=7723947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
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chr1	7725309	rs76627442	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=29;PP=855;SC=CCACCCACCTCGCCAGCCCCT;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=7725317;WS=7725299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	7737799	rs3011926	A	G	4948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.968;NF=65;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.238;SC=GGACGGTAAGAACAGTGCTTG;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=91;TCR=195;TR=201;WE=7737807;WS=7737789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,199:0.68:293
chr1	7796641	rs2071985	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=136;ReadPosRankSum=0.525;SC=AGCCTCGCACATCCTCGCTCA;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=10;WE=7796649;WS=7796631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	7797734	rs1417986	T	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.001;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=572;ReadPosRankSum=0.607;SC=TACATTTCAGTTTTTTTGTTA;SOR=0.310;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=32;WE=7797742;WS=7797724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr1	7807897	rs12133253	A	G	6950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=123;NR=133;PP=2965;SC=AGGCCACTGAAGATCCTGGTT;SOR=0.781;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=262;TCF=123;TCR=139;TR=256;WE=7807905;WS=7807887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	7807966	rs34083763	GT	G	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr1	7811014	rs1573753	G	A	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=14;PP=1390;SC=AGAAGGGCAAGATATTTTGAT;SOR=1.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=64;WE=7811022;WS=7811004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr1	7812398	rs9919223	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=232;SC=CATCTTTAACATATGCTGTTG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=7812406;WS=7812388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	7812709	.	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.330;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.250;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=759;ReadPosRankSum=-0.083;SC=AATCAGGGCAGACGTCCCAAA;SOR=0.291;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=45;WE=7812717;WS=7812699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,45:0.80:56
chr1	7831352	rs72853889	C	A	7771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=1.285;SC=CCCCGCGCCGCGCCGTCCCAC;SOR=0.278;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=304;TCF=170;TCR=134;TR=297;WE=7831360;WS=7831342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr1	7839571	rs185217854	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=525;ReadPosRankSum=-1.648;SC=AGGAAATCAGCCCAGTCTAAT;SOR=1.331;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=81;TCR=22;TR=36;WE=7839579;WS=7839561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr1	7845695	rs228729	T	C	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=49;PP=1534;SC=CCAGGACTCATACAAGCAGCC;SOR=3.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=60;WE=7845703;WS=7845685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	7847362	rs35115980	C	CT	297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=315;SC=TTTAGTATATCTTTTTTAATC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=7847370;WS=7847352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	7861345	rs488728	G	A	92.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.674;SC=TATACATTATGTAATTGAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=7861353;WS=7861335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	7863735	rs149164395	CTTA	C	5400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=26;PP=2971;SC=CTATTTTTGTCTTATTATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=77;WE=7863745;WS=7863725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	7869915	rs228668	G	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=15;PP=1308;SC=CATTTGAACAGCCAGCAATTC;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=7869923;WS=7869905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	7870144	rs228670	A	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=27;PP=941;SC=CTCGGTTCTGAATGTGGTGAC;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=7870152;WS=7870134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	7870715	rs79372391	A	C	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=41;PP=1216;SC=GACGTCATGTATGTGATTCGT;SOR=3.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=7870723;WS=7870705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	7880469	rs228691	A	G	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=14;PP=935;SC=TGGGTCTTTTATGTAAATTTC;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=37;WE=7880477;WS=7880459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	7887248	rs2859387	G	A	7143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.376;SC=AGAAGCTGCCGGAGCCGCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=149;TCR=107;TR=253;WE=7887270;WS=7887238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr1	7887262	rs140974114	G	A	4866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CCGCCAGACAGCAGCAGCTCG;SOR=0.651;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=305;TCF=181;TCR=124;TR=209;WE=7887270;WS=7887238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,213:0.68:314
chr1	7887493	rs228696	T	C	14684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=268;NR=251;PP=2965;ReadPosRankSum=1.363;SC=CTGCATGGGCTGCCCTTGTCC;SOR=0.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=521;TCF=269;TCR=252;TR=519;WE=7887501;WS=7887483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,539:1.00:540
chr1	7887605	rs17031614	G	A	17826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=329;NR=304;PP=2965;ReadPosRankSum=1.043;SC=TGTCGCCATCGTTTTTGCCAT;SOR=0.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=638;TCF=332;TCR=306;TR=633;WE=7887613;WS=7887595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,653:1.00:654
chr1	7889804	rs228701	C	G	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=12;PP=2131;SC=GTAACTGAAACTACAGAAAGC;SOR=3.535;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=71;TCR=12;TR=83;WE=7889812;WS=7889794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	7890264	rs1773135	A	G	5539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.99;NF=47;NR=126;PP=2965;SC=CCAATGCCAGACATTCACTAT;SOR=2.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=47;TCR=126;TR=173;WE=7890272;WS=7890254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	7906476	rs172932	G	T	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=68;PP=2965;SC=TAGGGTAAACGCTCTGAGACC;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=173;WE=7906484;WS=7906466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	7906958	rs57751505	G	GAGAA	2138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=39;PP=2144;SC=GGTCAGCCAAGAGAAAGAATC;SOR=4.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=40;WE=7906966;WS=7906948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	7906990	.	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.566;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.071;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr1	7909737	rs2890565	C	T	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=48;PP=1787;SC=AATGTTGGTACTTGAGTCTGA;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=87;WE=7909745;WS=7909727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	7998963	rs226476	T	G	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=64;PP=2143;SC=AAGTTTACAATAAAATAAGAT;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=105;WE=7998971;WS=7998953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	8037607	.	A	G	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=32;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.677;SC=GGCCTCCCCAATTGCTGGGAT;SOR=0.523;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=152;TCF=105;TCR=47;TR=98;WE=8037615;WS=8037597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,103:0.65:159
chr1	8384228	rs78921373	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=-0.127;SC=GTGAGGCCCCGGAGCATCAAC;SOR=0.683;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=13;WE=8384236;WS=8384218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr1	8384268	rs6702047	T	C	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=32;PP=2176;ReadPosRankSum=1.885;SC=TTTCGGGGGATGGTGTTTGAC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=88;TCR=33;TR=119;WE=8384276;WS=8384258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr1	8390495	rs1058619	A	G	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=77;PP=2965;SC=CCCCGTCCCCACCCGTCCTGC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=91;TCR=77;TR=166;WE=8390503;WS=8390485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	8395441	rs2305016	T	C	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=79;PP=2965;SC=GAGCAGGGTCTGCGCTGTGTG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=155;TCR=80;TR=233;WE=8395449;WS=8395431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	8404093	rs1055236	C	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=49;PP=1409;SC=GCCTCGACTCCGGACACGCGC;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=8404101;WS=8404083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	8424978	.	A	G	74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=15;MQ=57.27;NF=0;NR=8;PP=74;QD=13.5964015684;SC=GGTGGGGGGGAGGGGGGAACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=8;WE=8424986;WS=8424968;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	8526142	rs4908760	G	A	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=51;PP=1482;SC=GGACACAATCGATCCAAGGCA;SOR=2.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=8526150;WS=8526132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	8557320	rs7518608	C	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=58;SC=GAGCCAGGGTCCCGATTACAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=8557328;WS=8557310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	8557691	rs7530745	A	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=923;SC=TTTTACTGAGACTCTTTCCTT;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=8557699;WS=8557681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	8716306	rs201665914	T	TCGGTCC	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.674;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr1	8926285	rs3831913	A	AG	1875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=11;PP=1655;SC=CCCCCAACAGAGGGAGCTGGC;SOR=2.262;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=40;WE=8926293;WS=8926275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	8926752	rs2781065	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=301;SC=GAGACAGGGTTTCACTATACT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=8926760;WS=8926742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	8930369	rs2781060	T	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=10;PP=834;SC=ATGTCATGCATGGATTGTTCT;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=8930377;WS=8930359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	8930385	rs2765511	G	A	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=12;PP=1197;SC=GTTCTCGTGCGTGACAGGGAA;SOR=2.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=8930393;WS=8930375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	8935149	rs2038904	A	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=56;PP=1598;SC=GAAAGCAGTGAGAATTCTCCT;SOR=5.856;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=58;WE=8935157;WS=8935139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	9006104	rs5772343	T	TC	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=11.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	9009214	rs2274326	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=244;ReadPosRankSum=0.469;SC=AAGGTGCCTCCGTGGGTCCCC;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=12;WE=9009222;WS=9009204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	9009406	rs2274327	C	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,89:0.28:314
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chr1	9011537	rs7540307	G	A	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.224;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1029;ReadPosRankSum=0.622;SC=GAGAAGGGGCGAAGCACAAAG;SOR=0.430;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=267;TCF=154;TCR=113;TR=84;WE=9011545;WS=9011527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,83:0.30:280
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chr1	9011722	rs3765966	G	T	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=76;PP=2299;SC=AGCGGCTCCCGCCTCCCAATT;SOR=1.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=112;WE=9011730;WS=9011712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr1	9030964	rs3737665	C	T	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=73;PP=2128;ReadPosRankSum=-0.064;SC=ATCACCGCAACAAGACCATCC;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=121;TCR=105;TR=156;WE=9030972;WS=9030954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,167:0.70:238
chr1	9034421	rs3765964	G	A	3980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=72;PP=2893;ReadPosRankSum=1.517;SC=GGCCACGGGGGGCATCGTGGG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=119;TCR=105;TR=154;WE=9034429;WS=9034411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,160:0.68:234
chr1	9034598	rs3765963	A	G	4179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=84;PP=2742;ReadPosRankSum=2.122;SC=CGATGCGGGTATGGTGTCTGG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=241;TCF=120;TCR=121;TR=163;WE=9034606;WS=9034588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,171:0.68:251
chr1	9034815	rs35753212	C	CAGA	3438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.724;NF=5;NR=38;PP=1991;ReadPosRankSum=1.110;SC=CTGACCTAGCCAGAAGTGCCT;SOR=0.969;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=43;WE=9034823;WS=9034805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,86:0.67:129
chr1	9063602	rs4908804	G	C	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=859;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GAGAAAGACAGGAGGGGGCAG;SOR=0.518;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=53;WE=9063610;WS=9063592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr1	9073801	rs7537425	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=773;ReadPosRankSum=1.271;SC=GTTGGGGACCCTGGGACAGGA;SOR=0.885;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=44;WE=9073809;WS=9073791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr1	9074932	rs1556757	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=600;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TCAGAGCTGCGGAAAGCAGAA;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=32;WE=9074940;WS=9074922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr1	9079154	rs12031065	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=330;ReadPosRankSum=0.215;SC=GATGGGAGGACGTCTTGAAAT;SOR=2.004;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=20;WE=9079162;WS=9079147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr1	9084924	rs2027222	T	C	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=858;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GGCAAGATGGTGCCTCCTACA;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=57;WE=9084932;WS=9084914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr1	9117371	.	A	AAAAG	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	9165685	rs72637739	G	A	4262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=90;PP=2605;ReadPosRankSum=0.788;SC=GAGGAGTGGCGCAGCAGGCGG;SOR=0.793;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=245;TCF=123;TCR=122;TR=176;WE=9165693;WS=9165675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,187:0.72:259
chr1	9165868	rs1705303	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=361;SC=GGTGGAGCCCAGATCCTTCTC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=9165876;WS=9165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	9171238	rs12135666	G	T	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=40;PP=1519;ReadPosRankSum=0.304;SC=CCCCAGAGACGCAACCTGTCC;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=91;TCR=65;TR=99;WE=9171246;WS=9171228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,106:0.64:165
chr1	9306849	rs2310925	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=0.124;SC=GGAGGTCACTTGCAAGTTTTT;SOR=0.970;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=41;TCR=0;TR=15;WE=9306857;WS=9306839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr1	9307033	rs7524046	G	A	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=74;PP=1597;ReadPosRankSum=1.526;SC=AGGCTGTGGCGCAGATCCTGC;SOR=0.782;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=422;TCF=215;TCR=207;TR=141;WE=9307041;WS=9307023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,145:0.34:432
chr1	9307138	rs11121350	T	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,60:0.24:248
chr1	9307230	rs12032814	T	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=146;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CAGAGGGAGGTTTTCTGTGGG;SOR=0.569;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=13;WE=9307238;WS=9307220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr1	9416151	rs9435243	G	A	7440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.800;SC=ATGTCTTTGTGAAGGAGGACG;SOR=0.612;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=472;TCF=234;TCR=238;TR=313;WE=9416159;WS=9416141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,334:0.68:489
chr1	9416346	rs3795309	C	T	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=42;PP=1312;ReadPosRankSum=0.889;SC=ACACAACCCTCGTGGGGAATA;SOR=0.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=206;TCR=135;TR=105;WE=9416354;WS=9416336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,108:0.31:348
chr1	9416505	.	C	T	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.887;ClippingRankSum=0.000;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.492;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=66;PP=1807;ReadPosRankSum=0.271;SC=ACATGGACGACGGGACTCTGA;SOR=0.547;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=452;TCF=217;TCR=235;TR=140;WE=9416513;WS=9416495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,147:0.30:482
chr1	9658465	rs9430181	T	G	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=37;PP=2754;SC=AGGCAGCTCATCCACCCCTGC;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=96;TCR=37;TR=132;WE=9658473;WS=9658455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	9658492	rs79894047	C	G	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=53;PP=2395;ReadPosRankSum=0.602;SC=CGAGCCTGTTCCCCCAACCCC;SOR=0.924;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=213;TCF=130;TCR=83;TR=140;WE=9658500;WS=9658482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,149:0.67:224
chr1	9658707	rs9430182	G	A	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=57;PP=1759;SC=TCCACAGGGCGGGGGTGGGGG;SOR=1.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=80;WE=9658715;WS=9658697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	9661061	rs9430184	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=6;PP=1535;SC=AGGATGTGTGAGAACATGGGT;SOR=4.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=55;WE=9661069;WS=9661051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	9668027	rs12411122	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-2.246;SC=AGGAATAGGTGGCTCATGCCT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=9;WE=9668035;WS=9668017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	9670483	rs4244632	T	A	5635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=59;PP=2965;SC=AATAGAAGAATGCCCCCAGAA;SOR=1.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=134;TCR=59;TR=192;WE=9670491;WS=9670473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	9670834	rs4926472	C	T	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=73;PP=2161;SC=CCCCGGAAGCCGCCCCTGCAG;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=31;TCR=73;TR=104;WE=9670842;WS=9670824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	9671257	.	CTT	C	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=9.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=1.261;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	9770690	.	CAG	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.037;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr1	9781412	rs12735071	C	G	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=54;PP=1949;SC=GGCTTGCTCCCTCCTGCCTGG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=84;WE=9781420;WS=9781402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	9782556	rs11589267	C	T	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=72;PP=2965;SC=CAGAAACTCACGCTTCTCCTC;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=96;TCR=72;TR=168;WE=9782573;WS=9782546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	9783405	rs76096384	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=184;ReadPosRankSum=0.505;SC=GTGTGGAGTGGGAGGGCCTCG;SOR=0.133;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=17;WE=9783413;WS=9783395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr1	9792105	rs377673198	G	GA	588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=24;PP=514;SC=GAAAAGGACAGAAAAAAAAAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=24;WE=9792113;WS=9792095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	9793304	rs115393096	C	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=1.757;SC=TAACCTGCAGCAGGCCCCAGG;SOR=0.976;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=9793312;WS=9793294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	9816620	rs6680090	T	C	9741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=192;NR=143;PP=2965;SC=AGAATGAAGATGGAATACACT;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=192;TCR=143;TR=335;WE=9816628;WS=9816610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr1	9932090	rs139825449	C	T	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=75;PP=1873;ReadPosRankSum=1.235;SC=ACATCTCCTCCGGACTCTTCC;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=441;TCF=219;TCR=222;TR=148;WE=9932098;WS=9932080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,156:0.33:471
chr1	10001235	rs137978085	TTTCG	T	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.881;NF=1;NR=17;PP=647;ReadPosRankSum=0.092;SC=CTTTTCTTTCTTTCGTTCGTT;SOR=0.350;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=3;TCR=63;TR=18;WE=10001246;WS=10001225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr1	10027540	rs2890358	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=0.241;SC=AAAGCAAAGCGAGAAATAAAT;SOR=0.120;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=14;WE=10027548;WS=10027530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr1	10041298	.	AT	A	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=3.416;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr1	10057203	rs3811458	G	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=593;ReadPosRankSum=1.247;SC=GACCCACGCGGCCCCACCTGC;SOR=1.236;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=29;WE=10057211;WS=10057193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr1	10163148	rs146544433	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr1	10190884	rs2295294	A	T	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=97;PP=2344;ReadPosRankSum=-0.130;SC=AAGTGTTCAGAAAACAAATCC;SOR=0.533;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=269;TCF=112;TCR=157;TR=172;WE=10190892;WS=10190874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,176:0.64:273
chr1	10218377	rs2273298	A	G	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=11;PP=1242;ReadPosRankSum=-1.276;SC=AAGCAAGAAAATACATATCCC;SOR=0.953;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=76;TCR=17;TR=62;WE=10218385;WS=10218367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,63:0.65:97
chr1	10218439	rs2273299	T	C	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=62;PP=2320;ReadPosRankSum=1.361;SC=GAGCCACCAGTGAGTTTTATG;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=145;TCR=91;TR=159;WE=10218447;WS=10218429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,165:0.67:247
chr1	10238770	rs7546642	A	G	4430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=92;PP=2821;ReadPosRankSum=-1.886;SC=TCAAATCCACAATAGCAATAG;SOR=0.578;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=302;TCF=152;TCR=150;TR=189;WE=10238778;WS=10238760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,205:0.64:322
chr1	10334924	rs17396973	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=209;ReadPosRankSum=-1.135;SC=GATAATGGTCCTGTGGTGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=15;WE=10334932;WS=10334914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	10335315	rs6685773	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=5;PP=331;SC=AAATTACCTTGTTGCGTGAGT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=10335323;WS=10335305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	10342352	rs3748575	C	T	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=667;ReadPosRankSum=0.182;SC=CCCTACTTTTCCTGCCTTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=42;WE=10342360;WS=10342342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr1	10342629	rs3748576	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=1.422;SC=GGTATTCTATGTAGCTCCACA;SOR=0.123;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=20;WE=10342637;WS=10342619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr1	10386506	rs12135774	T	C	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.741;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=1020;ReadPosRankSum=1.780;SC=TAACCTTGCATTAGCCAATTC;SOR=0.219;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=50;WE=10386514;WS=10386496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr1	10412636	rs4846215	A	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=293;ReadPosRankSum=3.096;SC=TAATGAATTCATGTTTTGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=18;WE=10412644;WS=10412626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	10421878	rs12125492	A	G	4839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CAAAGTCACCAGATTCGTAAG;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=307;TCF=151;TCR=156;TR=205;WE=10421886;WS=10421868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,218:0.67:326
chr1	10425117	rs34161257	AT	A	730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=502;ReadPosRankSum=2.943;SC=TTGGAATTGAATTTTTTTTCT;SOR=0.663;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=26;WE=10425133;WS=10425107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr1	10431132	rs12141192	C	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=951;ReadPosRankSum=-1.276;SC=GTTGAAACTCCCTATTGTTAC;SOR=1.323;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=53;WE=10431140;WS=10431122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,60:0.71:84
chr1	10460716	rs35314429	A	AT	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.703;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=316;ReadPosRankSum=-2.386;SC=AACTCTAGAGATTTTTTTTTT;SOR=0.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=24;WE=10460724;WS=10460706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr1	10463354	rs3762289	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=507;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TGTTAAGACACACTTAACAGA;SOR=2.027;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=28;WE=10463362;WS=10463344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr1	10468005	.	CA	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=9.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.691;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.627;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr1	10479635	rs2298570	C	G	10217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.483;SC=GCTGGCCCCTCGGGGGCGTGC;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=606;TCF=326;TCR=280;TR=407;WE=10479643;WS=10479625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,440:0.68:643
chr1	10490285	rs649639	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GTGCTCAGCGTTGTGCCAGGC;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=10490293;WS=10490275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	10490759	rs143754643	TTGGCTTAAC	T	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=644;ReadPosRankSum=1.480;SC=TGCGCATGCGTTGGCTTAACT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=10490775;WS=10490749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	10493742	rs150424444	A	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AGTGGGTCTCATTAACTTATT;SOR=0.180;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=8;WE=10493750;WS=10493732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	10494778	.	C	T	4116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=85;PP=2468;ReadPosRankSum=1.668;SC=TCCGACACTGCGTCTGTGTAG;SOR=0.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=122;TCR=128;TR=170;WE=10494786;WS=10494768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,187:0.70:269
chr1	10502307	rs33919161	AT	A	1592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.507;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.263;NF=28;NR=17;PP=814;ReadPosRankSum=0.516;SC=ATAAATACAGATTTTTTTTTT;SOR=2.267;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=45;WE=10502315;WS=10502297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr1	10511330	rs3838398	AT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	10511544	rs628462	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.686;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,32:0.25:128
chr1	10511589	rs666103	T	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=38;PP=1142;SC=CCCAGCAATCTGCGCGCCGGG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=10511597;WS=10511579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	10523728	rs200149870	CT	C	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=1.101;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr1	10529194	rs2781233	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=0.144;SC=ATGGATGCTGTACTGCATAGG;SOR=0.283;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=8;WE=10529202;WS=10529184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr1	10555257	rs622623	C	T	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=69;PP=2965;SC=CGTTTGAGAACGGAACATCTT;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=123;TCR=69;TR=192;WE=10555265;WS=10555247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	10596341	rs12375	C	T	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=51;PP=1375;ReadPosRankSum=0.136;SC=GGAGAGCATTCCTAAAGAAGA;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=84;WE=10596349;WS=10596331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,86:0.66:130
chr1	10596388	rs2480779	A	G	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=34;PP=1099;SC=AGCACGGCCTACAGGGGGACT;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=10596396;WS=10596378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	10689942	rs11539794	G	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=1.955;SC=ACTGCCTGGGGGTGCAGAGGG;SOR=0.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=23;WE=10689950;WS=10689932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr1	10713765	rs284294	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=1.712;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,65:0.36:181
chr1	10714436	rs35604552	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=572;ReadPosRankSum=0.689;SC=CTTCCCTCCCCGCTTCTGCCC;SOR=0.731;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=35;WE=10714444;WS=10714426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr1	10719645	rs475980	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=206;ReadPosRankSum=0.181;SC=GTGGATGTGTATAAGGTGTGA;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=12;WE=10719653;WS=10719635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr1	11008341	rs10864483	G	A	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=1563;ReadPosRankSum=1.017;SC=CCGTTCCAGAGCACGTTTCCT;SOR=0.797;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=374;TCF=183;TCR=191;TR=124;WE=11008349;WS=11008331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,130:0.33:393
chr1	11008497	rs1281017	G	C	3970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=81;PP=2641;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CGCTTGACAAGCCTCTCAGCA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=115;TCR=114;TR=164;WE=11008505;WS=11008487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,171:0.72:239
chr1	11008695	rs17036032	T	C	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=874;ReadPosRankSum=1.710;SC=TTGGCAAGACTGGACGTGGCC;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=62;WE=11008703;WS=11008685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,68:0.67:101
chr1	11014118	rs45537241	C	T	7966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.693;SC=AGGACCGGGGCAGCCATCTCG;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=516;TCF=262;TCR=254;TR=348;WE=11014126;WS=11014108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,377:0.68:558
chr1	11015165	rs75130475	A	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=599;ReadPosRankSum=0.821;SC=GGTTTCCTCAATGTAGGAACC;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=46;WE=11015173;WS=11015155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr1	11015325	rs41274492	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=265;ReadPosRankSum=-1.051;SC=GGGCCTTTGCCAGGGGCCACA;SOR=1.379;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=19;WE=11015333;WS=11015315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr1	11016942	rs11121660	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=-1.216;SC=ATTTCTGAAACGCATAGCCAA;SOR=0.264;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=13;WE=11016950;WS=11016932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	11016986	rs12030736	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=449;ReadPosRankSum=0.039;SC=GTGGGATGAGACAGAGGGGAA;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=28;WE=11016994;WS=11016976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr1	11017022	rs149410406	C	CAG	2613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=5;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=1821;ReadPosRankSum=0.648;SC=AGGGAGAAAACAGACCAGAAT;SOR=0.522;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=26;WE=11017034;WS=11017012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr1	11017026	rs12041143	C	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.131;NF=27;NR=18;PP=1893;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AGAAAACAGACCAGAATGTGA;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=45;WE=11017034;WS=11017012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,46:0.39:117
chr1	11017609	rs7511959	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	11017617	rs34691090	G	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.87;ReadPosRankSum=0.679;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	11017634	rs35950437	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=498;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GCCCCAGAGGCCCCTCACCTC;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=33;WE=11017642;WS=11017624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr1	11018723	rs60676743	A	G	7632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.327;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CAGTCCTAGCAGAAACTTCCA;SOR=0.465;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=158;TCR=132;TR=289;WE=11018731;WS=11018713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,298:1.00:299
chr1	11024271	rs11121662	G	T	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=63;PP=1864;ReadPosRankSum=-0.987;SC=CGATCACTCCGCTCCAACCCC;SOR=0.864;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=471;TCF=267;TCR=204;TR=161;WE=11024279;WS=11024261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,171:0.35:486
chr1	11024353	rs6659231	A	G	9914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=214;PP=2965;SC=AAATTCATGTATGCAAATGAG;SOR=1.195;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=358;TCF=143;TCR=215;TR=357;WE=11024361;WS=11024343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	11024381	rs6659326	A	G	6304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=153;PP=2965;SC=AATACAGTTAATAGCCTGCAA;SOR=1.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=62;TCR=153;TR=215;WE=11024403;WS=11024371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	11024395	rs11121663	T	C	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=121;PP=2965;SC=CCTGCAATTATAGGTCAGTCC;SOR=2.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=29;TCR=121;TR=150;WE=11024403;WS=11024371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	11030014	rs56044863	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,30:0.24:124
chr1	11036050	rs79323519	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=434;SC=TGCCGCTTCCTTGTTGGGAGA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=11036058;WS=11036040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	11042201	rs56848003	C	CAG	1692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=1392;SC=GTGCAGGTCTCGGGTCACTCA;SOR=2.191;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=28;WE=11042209;WS=11042191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	11119899	rs7545802	T	C	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=102;PP=2678;SC=CCACCTGCAGTGACAGGGCCT;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=78;TCR=102;TR=180;WE=11119907;WS=11119889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	11119955	.	T	TGGCGGCGGGGCCGGA	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.80;ReadPosRankSum=0.574;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	11156045	rs374028571	CT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	11181327	rs11121691	C	T	9315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=198;NR=125;PP=2965;SC=TTTTCAGCCACAGCAGCTTGG;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=198;TCR=125;TR=323;WE=11181343;WS=11181317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr1	11187893	rs1770344	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=40;PP=1192;SC=GAGAGAAGCATCAAGAATCAG;SOR=3.486;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=47;WE=11187901;WS=11187883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	11190526	.	C	T	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=806;ReadPosRankSum=1.375;SC=AACAACGATTCCATTTCTCAG;SOR=0.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=60;WE=11190534;WS=11190516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr1	11190646	rs2275527	G	A	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=47;PP=2005;ReadPosRankSum=0.037;SC=TCTCGGCCTCGCTCTCACTGT;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=111;WE=11190654;WS=11190636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr1	11291461	.	C	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=624;ReadPosRankSum=1.531;SC=CCAGTGCTGGCCACCAACTGT;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=53;WE=11291469;WS=11291451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,55:0.39:140
chr1	11561593	rs2817580	G	A	10541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=207;NR=176;PP=2965;SC=CTCACTCGGTGGCCCAGGCCC;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=384;TCF=208;TCR=176;TR=383;WE=11561601;WS=11561583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr1	11575375	rs2594318	T	A	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=33;PP=2796;SC=GTGGGGTTTGTGTCCCATGAG;SOR=2.111;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=99;TCR=33;TR=132;WE=11575383;WS=11575365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	11579470	rs2072994	G	A	8360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=166;NR=129;PP=2965;SC=CGTGTTTGCCGCTCCCGAGCA;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=167;TCR=129;TR=295;WE=11579478;WS=11579460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	11579608	rs34563951	G	A	3599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=77;PP=2185;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GAGACCCAGCGCTGCCTCTGC;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=96;TCR=110;TR=143;WE=11579616;WS=11579598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,154:0.71:218
chr1	11593793	rs113116961	T	TGCACACACGCAC	2495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.239;NF=23;NR=22;PP=1316;ReadPosRankSum=0.835;SC=CAGACACGCATGCACACACAC;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=45;WE=11593804;WS=11593783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,77:0.90:86
chr1	11708736	rs1055547	T	C	5431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=104;NR=86;PP=2897;SC=TGGGGGAGAGTGGAGGCAGGG;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=104;TCR=86;TR=190;WE=11708744;WS=11708726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	11709051	rs56192923	A	AG	672.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=44.85;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	11709052	.	C	G	470	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=26;MQ=60.57;NF=18;NR=1;PP=470;QD=26.5669059235;SC=GCCCAGCCCACCCCAGCCCAG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=11709060;WS=11709042;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	11709052	.	C	CCCAG	672.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=42.05;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	11714368	rs2272983	T	G	4865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=102;PP=2965;SC=GGTCCAGGCGTCGGCTACCTG;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=74;TCR=103;TR=176;WE=11714376;WS=11714358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	11718195	rs3125816	A	G	293.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=1.551;SC=TGTGATCTGCAGCGTCCCACA;SOR=0.430;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=12;WE=11718203;WS=11718189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr1	11732046	.	G	A	5203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=1.194;SC=GGAGCTACTAGACACATTCCG;SOR=0.827;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=345;TCF=198;TCR=147;TR=223;WE=11732054;WS=11732036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,237:0.64:371
chr1	11740329	rs151210857	AGGCGTGAGCCAC	A	9469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=41;PP=2937;SC=CTAGGATTACAGGCGTGAGCC;SOR=2.382;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=123;TCF=71;TCR=52;TR=104;WE=11740348;WS=11740319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	11772303	rs1883574	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=677;ReadPosRankSum=0.624;SC=CATGCTGTAGAGTGGTGGTAT;SOR=0.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=93;TCR=27;TR=42;WE=11772311;WS=11772293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,40:0.33:122
chr1	11772526	rs1883573	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=734;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CAGGCTGGGTACTGGGAGGGA;SOR=0.350;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=125;TCF=35;TCR=90;TR=49;WE=11772534;WS=11772516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr1	11779499	rs4846028	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=0.202;SC=TTTAAGCTCATTGGGGCTGCC;SOR=0.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=11779507;WS=11779494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	11782781	rs7533583	G	C	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1637;ReadPosRankSum=-1.722;SC=CAGCCACAGAGAGTGTGTAAA;SOR=0.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=109;WE=11782789;WS=11782771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,113:0.66:172
chr1	11782814	rs7414943	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=-2.654;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,62:0.37:168
chr1	11782886	rs6540990	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	11796168	rs146190997	CGGGCG	C	757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=703;SC=GTGGCCGCAACGGGCGGGGCG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=11796180;WS=11796158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	11807426	rs12752700	C	T	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	11808706	rs11121819	T	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=226;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CACCGCTCCCTTCTCTCCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=15;WE=11808714;WS=11808696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr1	11824242	rs4845876	A	C	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=10;PP=1099;SC=GAGAGGAGCCACTGAGAGACC;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=11824250;WS=11824232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	11824303	rs4845877	T	C	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=38;PP=2206;SC=CAAGAGCAGCTAGGAGTACTG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=111;WE=11824311;WS=11824293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	11824346	rs4845878	G	A	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=52;PP=2965;SC=AGAATGGGGTGGGGTTGAATG;SOR=1.209;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=146;WE=11824354;WS=11824336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	11824556	rs4845879	A	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=64;PP=1911;SC=CTGGATGGGCAGTTACAGGAG;SOR=1.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=92;WE=11824564;WS=11824546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	11824575	rs10864536	T	C	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.23;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	11824578	rs11121825	C	T	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=3.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	11825851	rs10218813	G	C	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=66;PP=2965;SC=GAGGCCTGGAGAGCTTCGCCT;SOR=1.204;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=176;WE=11825859;WS=11825841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	11826630	rs6668699	C	T	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;SC=CCAGGAACCCCCCGGTGCTGT;SOR=1.681;Source=Platypus;TCF=42;WE=11826638;WS=11826620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	11827180	rs6540995	A	G	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=39;PP=2680;SC=GGTAGGGGGTAGGAGGTGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=91;TCR=39;TR=130;WE=11827188;WS=11827170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	11827304	rs6540996	A	G	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=123;NR=132;PP=2965;SC=TCACAGCCCCAGAGTCTGAGG;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=123;TCR=132;TR=255;WE=11827312;WS=11827294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	11827355	rs6540997	A	G	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=87;PP=2795;SC=CAGGGGTTGGAGTTGGGGGAC;SOR=1.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=51;TCR=87;TR=138;WE=11827363;WS=11827345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	11828238	rs4845880	G	A	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=49;PP=2041;SC=CAGCTGTTGCGAAAGTGCCTT;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=121;WE=11828246;WS=11828228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	11828319	rs4845881	G	A	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=64;PP=2184;SC=CTGCTGGTCCGGAGCTTCCGA;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=124;WE=11828327;WS=11828309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	11831615	rs6667720	C	T	4729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=71;PP=2724;SC=GATTGCTCAGCGGCTTCTGTC;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=157;WE=11831623;WS=11831605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	11831756	rs6680385	A	G	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=37;PP=1071;SC=CCTGAGCTCCACACTGGGCAG;SOR=2.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=11831764;WS=11831746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	11832100	rs11121827	T	A	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=21;PP=1364;SC=TCCCATCTGCTTACTCTCTCT;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=11832108;WS=11832090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	11832311	rs10779764	G	C	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=44;PP=1306;SC=GAGCTTGGCTGTGCAGGTAGG;SOR=2.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=11832319;WS=11832301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	11836441	rs6699669	TG	CA	6619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=42;PP=2947;SC=AAGAGGGGCCTGAGGCAGCAG;SOR=1.132;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=118;WE=11836463;WS=11836431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	11836628	rs6699881	T	C	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=63;PP=1946;SC=GGATGCCTGCTGGACACTGGC;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=122;WE=11836636;WS=11836618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	11836682	rs7538516	C	T	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=50;PP=1470;SC=GCTTTTCCAGCGCCAGTGGGC;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=88;WE=11836690;WS=11836672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	11838848	rs6697244	G	T	5571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=104;PP=2965;SC=CTGAGCAGCAGCACACTCCAA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=97;TCR=106;TR=201;WE=11838856;WS=11838838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	11839966	rs4846043	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=15;PP=551;SC=GGCCTGTGGCGTCAGCGGCTG;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=31;WE=11839974;WS=11839956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	11839998	rs4846044	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=15;PP=456;SC=GCTGGTGGAGTGGTGGGCCCA;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=11840006;WS=11839988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	11842144	rs10864542	C	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=5;PP=538;SC=GTGGCCTCCTCTGTTCCCACC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=11842152;WS=11842134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	11844330	rs10864543	C	T	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=85;PP=2965;SC=CACTGGGGGCCGTGTTTGCCA;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=87;TCR=85;TR=172;WE=11844338;WS=11844320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	11845113	rs11587953	G	A	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=15;PP=1295;SC=GGCTGGGCCCGGAAGGCCCCC;SOR=1.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=11845121;WS=11845103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	11845169	rs11586659	T	G	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=50;PP=2433;SC=TCCTGGCCTTTATGGCCCTGG;SOR=1.001;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=128;WE=11845177;WS=11845159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	11845297	.	T	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=691;ReadPosRankSum=-1.505;SC=AGGCGCTTCCTGCGGACAGTG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=109;TCR=99;TR=63;WE=11845305;WS=11845287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,69:0.31:220
chr1	11847334	rs35134728	G	GGAA	668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=599;SC=GGGAATGGGTGGAAGAGGCCG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=13;WE=11847342;WS=11847324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	11847759	rs3737966	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=8;PP=287;SC=TCTCTTTGGGCGGCAGGCAGC;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=11847767;WS=11847749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	11848879	rs2077360	A	G	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=53;PP=1701;SC=TGCCACAGCCACGCACCGTGG;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=96;WE=11848887;WS=11848869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	11849447	rs868014	A	G	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=56;PP=2012;SC=GGAAGCCGCCAGAGCACCGCG;SOR=0.936;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=11849455;WS=11849423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	11854457	rs4846051	G	A	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=131;PP=2965;SC=GGTAAAGAACGAAGACTTCAA;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=288;TCF=157;TCR=131;TR=287;WE=11854465;WS=11854447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr1	11854755	rs1994798	G	A	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=106;NR=79;PP=2955;SC=GAACAAAGATGTATTTGCAAG;SOR=0.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=109;TCR=79;TR=185;WE=11854763;WS=11854745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	11856378	rs1801133	G	A	6280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=108;PP=2965;SC=GATGAAATCGGCTCCCGCAGA;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=111;TCR=108;TR=219;WE=11856386;WS=11856368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	11867044	rs3737964	T	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=808;SC=CCCTCACCCCTGAAAGGTTTT;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=11867052;WS=11867034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	11884555	rs198400	A	G	6837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=122;PP=2965;SC=CTCTTCGTGGAGAAGGAAGGC;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=119;TCR=122;TR=241;WE=11884563;WS=11884545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	11900035	rs198410	G	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=6;PP=1657;SC=TTGGCCTCCAGTGTGTGAGCC;SOR=3.973;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=60;TCR=6;TR=66;WE=11900043;WS=11900025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	11917618	rs3831247	A	AT	1456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.841;NF=17;NR=17;PP=1271;ReadPosRankSum=0.965;SC=ACATAAATACATTAAAAAAAT;SOR=1.009;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=34;WE=11917626;WS=11917608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
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chr1	12062205	rs2236057	A	G	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=62;PP=1633;ReadPosRankSum=0.236;SC=CTGCCGAGACAAGGGTGCTCC;SOR=0.979;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=82;WE=12062213;WS=12062195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,83:0.70:118
chr1	12071680	rs1042842	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=0.032;SC=CCTAAGTGCCATGTGGGCTCC;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=18;WE=12071688;WS=12071670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr1	12082334	rs11553925	A	T	4097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=88;PP=2820;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CACCTGCCAAATGCCAGCACC;SOR=0.505;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=256;TCF=119;TCR=137;TR=172;WE=12082342;WS=12082324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,175:0.68:258
chr1	12082881	rs11588779	C	T	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=85;PP=2407;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TCTGTGCTTCCTTCCTCAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=96;TCR=118;TR=153;WE=12082889;WS=12082871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,159:0.70:226
chr1	12082926	rs2295283	A	G	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1451;ReadPosRankSum=0.095;SC=TGCAGTTCCTAAGAGGAGCTG;SOR=0.835;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=80;WE=12082934;WS=12082916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,86:0.72:119
chr1	12090001	rs4514248	T	C	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=90;PP=2482;ReadPosRankSum=0.015;SC=CCTGAACCACTGGTTTTAAGA;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=151;TCR=144;TR=182;WE=12090009;WS=12089991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,189:0.61:309
chr1	12091210	rs946461	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=368;ReadPosRankSum=0.769;SC=AGGCCCTGCCTTGGTGGGGGC;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=18;WE=12091218;WS=12091200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	12157076	rs11121856	A	C	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=11;PP=1358;SC=GAGGGGCGTCAGGGATGAGAG;SOR=2.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=60;WE=12157084;WS=12157066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	12175729	rs1763642	C	T	7878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=155;NR=126;PP=2965;SC=CACCAACTCCCGTGCCCGCTG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=155;TCR=126;TR=281;WE=12175737;WS=12175719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	12183174	rs4846096	A	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GTGTGAGCCAATGTGCCTGGC;SOR=2.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=7;WE=12183182;WS=12183164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr1	12183245	rs2486316	G	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=382;ReadPosRankSum=1.938;SC=CCACGGTGTTGCCTCGCTGGA;SOR=0.874;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=104;TCF=75;TCR=29;TR=29;WE=12183253;WS=12183235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
chr1	12198297	rs476488	T	C	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.896;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=29;PP=1139;ReadPosRankSum=-1.784;SC=AGCTGAGGAGTGGTGCGTCGG;SOR=1.286;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=78;TCR=47;TR=83;WE=12198305;WS=12198287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,87:0.64:135
chr1	12198635	rs6419481	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.835;SC=TTCACCCCAATTGAAGTTTCT;SOR=1.751;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=8;WE=12198643;WS=12198625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	12226940	rs201716195	C	CCAG	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=1.424;SC=GGTCGGAGGCCCAGCAGCGTC;SOR=2.584;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=12226948;WS=12226932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	12248942	rs945439	A	G	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=53;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GCTGCAGCAAATGCTCGCCGG;SOR=0.612;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=266;TCF=102;TCR=164;TR=88;WE=12248950;WS=12248932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,88:0.32:273
chr1	12248965	rs945438	A	G	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.035;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=591;ReadPosRankSum=-1.122;SC=GAGGGCAGCCACGGGGGCACT;SOR=0.423;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=180;TCF=65;TCR=115;TR=55;WE=12248973;WS=12248955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,54:0.30:183
chr1	12249020	rs1815530	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,9:0.16:55
chr1	12249031	rs1201157	A	G	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=34;PP=999;SC=GCAAGAGCATAGCCCTTGATT;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=12249039;WS=12249010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	12250979	rs5746016	C	T	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=51;PP=1230;ReadPosRankSum=0.476;SC=GCAGAAGGCTCGCCCAGCTGA;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=340;TCF=179;TCR=161;TR=106;WE=12250987;WS=12250969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,113:0.31:361
chr1	12251765	rs498906	T	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=579;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TGCTGGGCTGTCTGGGAGGGC;SOR=0.829;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=42;WE=12251773;WS=12251755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,46:0.29:156
chr1	12251808	rs653667	T	G	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=2.932;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,88:0.28:314
chr1	12252333	rs112033722	CTG	C	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=111;ReadPosRankSum=0.414;SC=GTACAGGCATCTGTGTGTGTG;SOR=0.204;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=8;WE=12252348;WS=12252323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	12252892	rs1768642	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=209;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CCCCTGCTGCCTCCTGACCAA;SOR=0.656;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=17;WE=12252900;WS=12252882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
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chr1	12254201	rs2275416	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=1.223;SC=AGCTGGATATGGGGGTCCTTG;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=9;WE=12254209;WS=12254191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	12389831	rs369267836	G	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=939;ReadPosRankSum=1.111;SC=ATCAGCAAAAGGCAGTTTTGG;SOR=0.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=234;TCF=155;TCR=79;TR=73;WE=12389839;WS=12389821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,75:0.31:244
chr1	12401868	rs28551666	A	C	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;NR=76;PP=2965;SC=GCCGGCAGCCATTTGTCCCCT;SOR=1.109;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=122;TCR=76;TR=198;WE=12401876;WS=12401858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	12418700	rs10864552	T	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=53;PP=1239;SC=AACCATTGGCTGATGACCTCA;SOR=2.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=70;WE=12418708;WS=12418690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	12567232	rs7554257	A	G	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=82;PP=2965;SC=CTCAGCAGGAACTCATTTAGG;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=114;TCR=82;TR=195;WE=12567240;WS=12567222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	12628459	rs11121940	G	A	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GTATGCTGGAGTAGGAGGAAG;SOR=0.596;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=55;TCR=84;TR=95;WE=12628479;WS=12628449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,106:0.69:153
chr1	12628471	rs4072868	A	C	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,41:0.30:137
chr1	12632992	rs4846122	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=-2.214;SC=CCTGTCTGAGAGATTCGAGGC;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=12;WE=12633000;WS=12632982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr1	12633052	rs55991483	C	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=1.156;SC=GCCACATTCCCTCACTCCTCC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=12633060;WS=12633042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	12638689	rs6661239	T	C	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=34;PP=1402;ReadPosRankSum=0.353;SC=GCTGACTGAATGGCTTGGGGA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=104;TCR=50;TR=105;WE=12638697;WS=12638679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,112:0.70:161
chr1	12638964	rs2275875	T	C	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=81;PP=2093;SC=CCAGCATACGTGGCAGGAAGG;SOR=1.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=119;WE=12638972;WS=12638954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	12639168	rs3128461	A	G	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=28;PP=2042;SC=AGTCTGATGTATCCTAGAGCT;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=102;WE=12639176;WS=12639158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	12639197	rs144457264	GCCA	G	993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,33:0.22:151
chr1	12639226	rs61776831	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,43:0.22:192
chr1	12639309	rs6670337	G	C	7129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TCTGGCCCCGGATAGCCCTTA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=401;TCF=228;TCR=173;TR=282;WE=12639317;WS=12639299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,301:0.71:425
chr1	12640650	rs11540058	C	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=797;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GGATCTCCTCCGTCGTCTCCT;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=207;TCF=86;TCR=121;TR=73;WE=12640658;WS=12640640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,78:0.35:221
chr1	12776218	rs3000860	A	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=313;SC=CAGCAGCCTGAGTGTTCTCAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=12776226;WS=12776208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	12776344	rs3000859	A	T	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=52;PP=2247;SC=TGCTGTTGACATGGGTGAGTT;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=127;WE=12776352;WS=12776334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	12779560	rs3010876	T	C	9429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=169;NR=168;PP=2965;SC=TAAAGTATGATCCCGATGTTG;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=340;TCF=170;TCR=170;TR=337;WE=12779568;WS=12779550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	12779618	rs3010877	T	C	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=120;PP=2965;SC=GCTGTACCAATCCAAGGCATC;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=75;TCR=120;TR=194;WE=12779626;WS=12779608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	12785093	rs4361998	T	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=621;SC=TTTCACAAAGTGAAGTGAATG;SOR=4.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=22;WE=12785101;WS=12785083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	12785494	rs7513079	G	T	3852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.027;SC=ATCTGCTACTGTTTTTTTCAA;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=309;TCF=125;TCR=184;TR=207;WE=12785502;WS=12785482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,182:0.64:284
chr1	12785749	rs11121969	C	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=562;ReadPosRankSum=0.704;SC=TCTCAGCTCCCGGAAACCTGC;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=56;WE=12785757;WS=12785739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,62:0.33:187
chr1	12785905	.	A	G	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.193;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.991;SC=AGCTTCTTGCACTTTCCCTGC;SOR=1.349;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=67;WE=12785913;WS=12785895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,71:0.61:116
chr1	12786070	rs3000930	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GCTAGGGAGGAGGTAGAGGTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=12786078;WS=12786060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	12820870	rs1132185	T	C	6548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.190;SC=CCTGCATCCTTTCCCACACTT;SOR=1.558;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=80;TCR=146;TR=223;WE=12820878;WS=12820858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
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chr1	12837840	rs848577	G	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=311;SC=CAATGTGAACGGGAAAGGAAA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=12837848;WS=12837830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr1	12854530	rs1063776	C	G	10213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=188;NR=194;PP=2965;SC=TAATGAACTCCAAGGACGGTT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=384;TCF=189;TCR=195;TR=382;WE=12854552;WS=12854520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr1	12854544	rs1063778	T	C	9519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.109;NF=168;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GACGGTTAGTTGCCAAATTCA;SOR=0.291;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=168;TCR=192;TR=359;WE=12854552;WS=12854520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,372:1.00:373
chr1	12884981	rs4989318	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.059;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.300;NF=11;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=0.454;SC=ATAACTTTCCTGCGGGGCAGG;SOR=0.139;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=24;WE=12884989;WS=12884971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr1	12888601	rs113914674	G	GC	1296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=24;PP=1159;SC=AGCAGGCTCCGCCCGCAAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=28;WE=12888609;WS=12888591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	12907282	rs139731855	G	C	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.60;MQRankSum=-9.619;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,44:0.29:153
chr1	12907284	rs149796618	TG	CC	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQRankSum=-9.701;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,44:0.28:155
chr1	12907316	rs112607517	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=10.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-12.750;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,45:0.23:199
chr1	12907350	rs2359486	CA	TG	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=17.817;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-14.980;QD=3.73;ReadPosRankSum=1.138;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,36:0.15:235
chr1	12907370	rs2076063	A	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=29.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-14.978;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.386;SOR=1.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,29:0.12:251
chr1	12907379	rs74055698	T	C	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.755;NF=98;NR=76;PP=2175;ReadPosRankSum=-0.510;SC=AACATCATCATCCAGTGGGTC;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=149;TCR=112;TR=174;WE=12907393;WS=12907360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,171:0.65:265
chr1	12907380	rs141207681	C	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=39.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-9.760;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=3.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,21:0.08:267
chr1	12907777	rs28391533	T	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=47.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-13.083;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.218;SOR=7.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,42:0.10:416
chr1	12907781	rs28441396	T	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=27.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQRankSum=-13.754;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.873;SOR=3.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,56:0.13:435
chr1	12907798	rs150096254	A	C	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=22.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-10.538;QD=5.78;ReadPosRankSum=-2.864;SOR=2.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,88:0.19:466
chr1	12907802	rs138087690	CC	TT	2976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=24.703;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQRankSum=-9.825;QD=6.25;ReadPosRankSum=-2.955;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,96:0.20:476
chr1	12907837	rs1736811	C	T	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.638;NF=105;NR=55;PP=1903;ReadPosRankSum=0.908;SC=CGTACATCTCCGCTGCTGATC;SOR=1.422;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=519;TCF=281;TCR=238;TR=160;WE=12907845;WS=12907827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,163:0.31:533
chr1	12907885	rs848418	T	C	6842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.917;NF=151;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.011;SC=CTTTTGGCTCTGCAGCCAGGT;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=530;TCF=280;TCR=250;TR=302;WE=12907893;WS=12907875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,308:0.57:545
chr1	12908234	rs12568448	C	T	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.87;MQRankSum=-0.314;QD=11.25;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr1	12908236	rs1736809	G	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.07;MQRankSum=-4.901;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=0.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,36:0.33:108
chr1	12908243	rs1736808	A	G	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.81;MQRankSum=-4.845;QD=12.45;ReadPosRankSum=1.052;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr1	12918963	rs9661554	G	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.733;NF=26;NR=7;PP=560;ReadPosRankSum=-3.031;SC=AGCTGCCCAGGGTGCTCTATC;SOR=0.280;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=33;WE=12918971;WS=12918953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr1	12919064	rs3204790	T	G	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=1039;ReadPosRankSum=0.003;SC=CTCCCTCTGGTATCGCTGATG;SOR=0.854;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=70;WE=12919072;WS=12919054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,73:0.59:124
chr1	12919079	rs9659529	C	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=966;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CTGATGAAGACGCTTCATCTG;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=59;WE=12919087;WS=12919069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr1	12919173	rs9308464	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.827;NF=2;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CAGGAGGGCTAGTAGATAGGG;SOR=0.560;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=12;WE=12919181;WS=12919163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	12919928	rs72472698	A	G	10436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=2.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-2.289;QD=30.08;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,255:0.73:347
chr1	12919934	rs3204805	A	G	10641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-2.247;QD=29.56;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,267:0.74:360
chr1	12919963	rs72472699	T	G	7453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.934;NF=170;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=1.424;SC=GAAGACTCTTTGCAAACTCGT;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=431;TCF=231;TCR=200;TR=320;WE=12919971;WS=12919953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,324:0.73:445
chr1	12920067	rs17038709	C	G	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=96;PP=2543;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TGGAACACCTCCAGTTGCTTA;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=57;TCR=130;TR=140;WE=12920075;WS=12920057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,143:0.73:195
chr1	12921110	rs12139546	A	G	4719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.000;NF=65;NR=55;PP=1881;ReadPosRankSum=1.522;SC=CTTGGAATTAACTTGTGGCAA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=127;TCR=107;TR=120;WE=12921118;WS=12921100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,124:0.50:247
chr1	12921127	rs12139549	A	G	4920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-1.317;QD=21.03;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,125:0.53:234
chr1	12921132	rs12139550	A	G	4862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-1.279;QD=21.52;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,124:0.55:226
chr1	13183439	rs28713604	T	C	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.374;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.062;NF=92;NR=62;PP=1924;ReadPosRankSum=0.622;SC=TATGCGCTGGTGTTTCGAGGG;SOR=0.575;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=334;TCF=203;TCR=131;TR=154;WE=13183447;WS=13183429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,155:0.46:338
chr1	13183511	rs72864546	T	C	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=11.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQRankSum=-9.339;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.127;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,114:0.25:452
chr1	13183528	rs76937665	A	C	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=17.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-10.230;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.642;SOR=1.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,88:0.20:450
chr1	13183532	rs77505369	CC	TT	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=17.769;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQRankSum=-10.128;QD=5.55;ReadPosRankSum=-2.270;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,82:0.19:436
chr1	13183573	rs76669210	G	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=69.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-13.121;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=5.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,30:0.08:396
chr1	13802325	rs3013105	T	C	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=10;PP=924;SC=CAGTCATCCTTGTCCTCGTCT;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=13802333;WS=13802315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	13802437	rs3013106	G	A	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=45;PP=1758;ReadPosRankSum=-1.935;SC=CGGCCACACCGGAGAAAATGA;SOR=0.783;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=209;TCF=123;TCR=86;TR=116;WE=13802445;WS=13802427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,126:0.55:229
chr1	13839382	rs2990682	C	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=582;ReadPosRankSum=0.986;SC=ACGGCTCCTCCCACCCAGACT;SOR=1.112;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=39;WE=13839390;WS=13839372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr1	13910417	rs355025	C	T	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=54;PP=1561;ReadPosRankSum=0.668;SC=CTCCGGCCCCCCCACCGTCGC;SOR=0.544;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=313;TCF=174;TCR=139;TR=112;WE=13910425;WS=13910402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,113:0.37:305
chr1	13910741	rs150088145	CGGA	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=169;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GGCTGAGCGCCGGAGGAGGAG;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=13910751;WS=13910731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	13922400	rs61777782	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=-0.017;SC=ATAATTTTAAAGAAGTGTTCC;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=26;WE=13922408;WS=13922390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr1	13933855	rs35870640	A	G	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=81;PP=2611;SC=ATCACATGCAAGGCTATGATG;SOR=1.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=36;TCR=81;TR=117;WE=13933863;WS=13933845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	13936822	rs404658	G	T	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=11;PP=1271;SC=TAAGGCAGGGGATATATTTTA;SOR=2.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=67;WE=13936830;WS=13936812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	13937069	rs137943011	C	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=308;ReadPosRankSum=0.884;SC=TTGGTGCATTCCAAAGTCCAT;SOR=1.127;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=21;WE=13937077;WS=13937059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr1	13937089	rs2487643	G	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=29;PP=767;SC=TCAACAAATAGAATAATCAAT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=13937097;WS=13937079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	13940864	rs2486188	C	G	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=92;PP=2965;SC=TTCATTGGTGCAATCATCGTT;SOR=1.058;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=139;TCR=92;TR=231;WE=13940872;WS=13940854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	14042309	rs7411176	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-1.053;SC=GTGGGTTGGCGTTTCTGTGGT;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=6;WE=14042317;WS=14042299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr1	14057425	.	GA	G	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr1	14059395	rs33969518	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=-1.743;SC=GTAATTCTGATTCTTTGTTTT;SOR=0.188;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=6;WE=14059403;WS=14059385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	14096821	rs1210110	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=0.080;SC=ATAGCACTTATGTTTTAGACA;SOR=0.836;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=16;WE=14096829;WS=14096811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chr1	14099763	rs10803426	C	T	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=435;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TTTATATTGTCCTTCTGAGAA;SOR=0.474;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=110;TCF=28;TCR=82;TR=34;WE=14099771;WS=14099753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr1	14105139	rs2076324	T	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=55;PP=1470;ReadPosRankSum=3.131;SC=AAGAAGAAGATGATGATGATG;SOR=0.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=168;TCR=164;TR=110;WE=14105147;WS=14105126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,79:0.24:324
chr1	14105298	rs1203678	G	A	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.382;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,129:0.28:467
chr1	14106394	rs2308040	A	ACTC	2464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.306;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.102;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,74:0.28:269
chr1	14109114	rs1203651	A	G	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=47;PP=1270;ReadPosRankSum=0.264;SC=GCAAAACATCACGGAGCCTGC;SOR=0.749;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=321;TCF=157;TCR=164;TR=105;WE=14109122;WS=14109104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,106:0.32:331
chr1	14143003	rs1046331	A	G	9579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=173;NR=171;PP=2965;SC=TCAAAGCTCCAGCTGCAGCCC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=173;TCR=171;TR=344;WE=14143011;WS=14142993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr1	14149505	rs2697970	C	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=4;PP=814;SC=TCACTGTGAACATTCATCAAG;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=14149513;WS=14149495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	14149601	rs2697969	C	T	7615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=58;PP=2965;SC=CCACCATGGTCGGCACTGAAT;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=107;TCR=58;TR=165;WE=14149609;WS=14149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	14149622	rs2697968	T	C	8142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=72;PP=2936;SC=GTGTGCTTACTGTTATTATTT;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=111;TCR=72;TR=183;WE=14149630;WS=14149612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	14220186	rs1358577	A	G	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=41;PP=1671;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GCGACATCCAATTCTGCCACA;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=108;WE=14220206;WS=14220176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,115:0.70:165
chr1	14507057	rs10928050	A	G	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=65;PP=1837;ReadPosRankSum=1.073;SC=GTTCCATGATATTGATGAGGC;SOR=0.440;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=164;TCF=65;TCR=99;TR=113;WE=14507065;WS=14507047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,126:0.68:185
chr1	15421216	rs151218750	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=0.867;SC=GGGCAGGAGATGGGGAAGGAG;SOR=1.501;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=17;WE=15421224;WS=15421206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr1	15427934	rs10927676	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=686;ReadPosRankSum=2.011;SC=CCTCCCCCAACCCCATTGCTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=42;WE=15427942;WS=15427924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr1	15427982	rs502918	G	A	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=29;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CTGCCCGTCCGTCTGTTTCTG;SOR=0.614;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=84;TCR=44;TR=82;WE=15427990;WS=15427972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,89:0.64:139
chr1	15428358	rs477953	T	C	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=895;SC=GTCCACCCACTACCCGTCTAT;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=15428366;WS=15428348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	15438990	rs10803354	G	A	6662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=136;NR=94;PP=2965;SC=CGTCACGCGGGCAGGAAAGGA;SOR=0.922;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=137;TCR=94;TR=230;WE=15438998;WS=15438980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	15490865	rs61561984	T	A	7223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=86;PP=2965;SC=CTTTGAAGAGTACTGGTTAGT;SOR=1.510;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=159;TCR=88;TR=245;WE=15490873;WS=15490855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	15497727	rs6429722	T	C	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=61;PP=2884;SC=GCCTGGAAGATCGCTGTTTGA;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=94;TCR=61;TR=154;WE=15497735;WS=15497717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	15497844	rs10429935	T	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=65;PP=1770;SC=TAGGAATTAGTTCTTATGCAT;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=32;TCR=65;TR=97;WE=15497852;WS=15497834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	15541537	rs3753314	C	T	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=31;PP=1639;SC=GCCTTGTATACATTTATTTTC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=92;WE=15541545;WS=15541527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	15546077	rs3753313	G	A	8498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=0.269;SC=GACTGAAACCGCTGAAAGTTC;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=489;TCF=227;TCR=262;TR=347;WE=15546085;WS=15546067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,363:0.71:510
chr1	15573699	rs142342714	A	AC	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-0.697;SC=ATTAGGCTGGACCCCGCGGCG;SOR=1.492;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=2;WE=15573707;WS=15573689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	15599025	rs75432354	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=2.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=-0.289;SC=ATCCACCTCCGGTGAGTCCGG;SOR=1.839;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=23;WE=15599033;WS=15599015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr1	15671483	rs486089	G	A	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=9;PP=1268;SC=AGGGGAGTGCGGTGAGGAGTG;SOR=3.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=15671491;WS=15671473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	15687059	rs4661330	A	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=3.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,65:0.27:242
chr1	15702297	rs2496342	T	G	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=85;PP=2599;SC=GACACTAGCTTCGTTCCCTGG;SOR=2.113;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=30;TCR=85;TR=115;WE=15702305;WS=15702287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	15707137	rs3737690	C	T	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=58;PP=2965;SC=CTTTAGCTTCCAGTCATAGAA;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=158;WE=15707145;WS=15707127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	15707984	rs2473333	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=716;SC=AGAAAGGCCCGGGCCTCCCTT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=15707992;WS=15707974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	15708540	rs1010294	A	G	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;NR=101;PP=2965;SC=CAAAGTGTCCATTGAGATGTA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=116;TCR=101;TR=216;WE=15708548;WS=15708530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	15709555	rs3820067	A	G	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=34;PP=1597;SC=AGCATGGTACAGGAGTCAGCC;SOR=1.212;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=15709563;WS=15709545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	15710411	rs2496338	G	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=52;PP=1757;SC=TTCTCCTGCTGTCTGCAGGGT;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=15710419;WS=15710401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	15710493	rs3831918	CAT	C	587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=625;SC=TGTACATTCTCATGTGTGTGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=15710502;WS=15710483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	15714716	rs72643654	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=357;SC=GCCTGCACGCGCTGCCCAAGG;SOR=2.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=15714724;WS=15714706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	15714774	rs3737694	T	A	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.28;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	15714792	rs71510967	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr1	15714831	rs113932963	C	CCATT	4865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=15;PP=2017;SC=CTCCCTCCCTCCCCTCCCCAG;SOR=1.496;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=66;WE=15714850;WS=15714821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	15714842	rs3002000	G	C	6439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.642;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.438;NF=103;NR=36;PP=2965;ReadPosRankSum=0.626;SC=CCCTCCCCAGGCCCTGCCCCA;SOR=1.380;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=106;TCR=38;TR=139;WE=15714850;WS=15714821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr1	15717838	rs2473338	A	G	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=38;PP=1049;SC=TTGAGACGGAATCTCACTCTG;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=15717846;WS=15717828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	15724003	rs2253371	A	G	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=90;PP=2691;SC=TGCTTTTGTAAGTCTTTAAAG;SOR=1.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=45;TCR=90;TR=135;WE=15724011;WS=15723993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	15724033	rs2253372	A	G	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=59;PP=1627;SC=CTAGTGTTTCATTTCCTAGAC;SOR=2.513;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=76;WE=15724041;WS=15724023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	15754484	rs2473356	T	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,69:0.66:104
chr1	15755248	rs3765372	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	15769876	rs35149641	G	GC	2865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=19;PP=2017;SC=TGGGGCCAGGGCCTCCTGCCC;SOR=1.468;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=48;WE=15769884;WS=15769866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	15772057	rs10927786	G	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.744;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=5;PP=894;ReadPosRankSum=1.000;SC=TCTGGGGGGGGGCCTGGTGGC;SOR=2.345;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=48;WE=15772065;WS=15772039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr1	15772933	rs555015	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=404;ReadPosRankSum=1.855;SC=AGACCCCTTGAACAGGGACAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=18;WE=15772941;WS=15772923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	15783081	rs2303194	T	C	3972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.892;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.699;NF=108;NR=48;PP=2707;ReadPosRankSum=0.749;SC=TAGGGTGACATTTGGGAGGAA;SOR=1.026;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=247;TCF=166;TCR=81;TR=156;WE=15783105;WS=15783071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,168:0.67:252
chr1	15783096	rs5772641	GA	G	8729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;MQRankSum=-0.111;QD=24.94;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,347:0.99:350
chr1	15783117	rs5772642	C	CA	18423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=172;PP=2967;SC=TATTTGGACACAGCTCTTTTT;SOR=0.957;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=280;TCF=100;TCR=180;TR=271;WE=15783130;WS=15783107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr1	15788269	rs3737696	A	C	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=754;ReadPosRankSum=0.848;SC=TAACCACTATACTGGCTGAGA;SOR=0.855;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=57;WE=15788277;WS=15788259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,59:0.29:206
chr1	15788491	rs3737697	C	T	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=956;ReadPosRankSum=1.078;SC=GCTTCAATACCATCACCTGCA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=57;WE=15788499;WS=15788481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,60:0.69:87
chr1	15788630	rs7512589	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=-0.199;SC=ACAAGGTTCTGCAACGTTGTT;SOR=1.426;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=24;WE=15788638;WS=15788620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr1	15788693	rs7536007	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5418;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=1.424;SC=TGGAACTCACCGGAGTTTCTG;SOR=2.147;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=15788701;WS=15788683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	15789176	rs3815786	C	T	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=23;PP=1701;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CCAGCATTATCCAAAGCCAGG;SOR=0.789;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=111;TCR=33;TR=98;WE=15789184;WS=15789166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,101:0.68:149
chr1	15789297	rs3815787	A	C	10285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.72;MQRankSum=-2.044;NF=247;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.305;SC=GCTCGCTGGCAGTCAGTGTCT;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=665;TCF=345;TCR=320;TR=461;WE=15789305;WS=15789287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,474:0.69:683
chr1	15808198	rs7520335	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTCTTTGTCCGTGACCTCTG;SOR=0.569;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=15808206;WS=15808188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	15808702	rs4661635	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,30:0.26:115
chr1	15808767	rs3820071	G	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=2.934;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,104:0.28:376
chr1	15808872	rs3766160	G	A	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.636;NF=90;NR=100;PP=2104;ReadPosRankSum=2.327;SC=CTGGAACTCCGACCAGGTCTC;SOR=0.556;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=581;TCF=261;TCR=320;TR=190;WE=15808880;WS=15808862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:404,199:0.33:603
chr1	15809876	rs10927792	G	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.797;NF=33;NR=43;PP=1050;ReadPosRankSum=1.733;SC=GCTACGTCACGGGCTGGGGAA;SOR=0.709;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=228;TCF=116;TCR=112;TR=76;WE=15809884;WS=15809866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,78:0.33:233
chr1	15812432	rs6429745	A	G	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=49;PP=2237;SC=AAGCAGGGCCAGTTGCTGGTT;SOR=1.213;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=81;TCR=49;TR=130;WE=15812440;WS=15812422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	15813751	rs2011159	C	T	7036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=170;NR=65;PP=2965;SC=CCTCCCACTTCAACTCCCTAT;SOR=1.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=170;TCR=65;TR=235;WE=15813759;WS=15813741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	15813969	rs3737704	A	C	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=42;PP=822;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CAAGGCACTGACCTGCTCACC;SOR=0.219;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=134;TCF=9;TCR=125;TR=46;WE=15813977;WS=15813959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,47:0.34:138
chr1	15820576	rs2020900	T	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=1.027;SC=CCATGCACGCTGGCTCGGGCG;SOR=0.994;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=16;WE=15820584;WS=15820566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr1	15820607	rs2020895	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=345;ReadPosRankSum=0.680;SC=CTTGACTCATACATACATCCA;SOR=0.042;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=15820626;WS=15820597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	15820618	rs2020898	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=345;ReadPosRankSum=1.343;SC=CATACATCCAACAGGAGCAGC;SOR=0.036;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=10;WE=15820626;WS=15820597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	15822073	rs4646090	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TGGGACCCCAAACTCATTAAG;SOR=0.061;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=12;WE=15822081;WS=15822063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	15832383	rs1800614	G	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=241;ReadPosRankSum=1.750;SC=TTTCCACAAAGCCAAGGGTGT;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=14;WE=15832391;WS=15832373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr1	15832543	rs1052576	T	C	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,122:0.29:416
chr1	15834297	rs2020903	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=1.981;SC=CACCTGCAGGGAAGGACCTGA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=11;WE=15834305;WS=15834287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr1	15834491	rs4646032	G	A	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-1.466;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,47:0.26:179
chr1	15844615	rs1132312	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=0.530;SC=CGACATCACCAAATCCTCCAG;SOR=0.488;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=27;WE=15844623;WS=15844605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr1	15844718	rs2308941	G	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-2.286;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,58:0.26:220
chr1	15844926	rs1820205	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=354;ReadPosRankSum=0.067;SC=TAATTATCCACGTACTTTTAT;SOR=0.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=27;WE=15844934;WS=15844916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr1	15845022	rs112189619	C	CTGAG	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=405;ReadPosRankSum=0.599;SC=TGCAGGTGCACTGTGTGCCAT;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=15845030;WS=15845012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	15850553	rs4645984	C	CGGGGGCG	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.135;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr1	15850613	rs1052571	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.690;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,50:0.36:138
chr1	15873386	rs7515244	A	G	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,94:0.43:219
chr1	15874961	rs2295626	T	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=531;ReadPosRankSum=0.691;SC=TTTCTTCACATTTTATCCCAA;SOR=0.768;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=172;TCF=61;TCR=111;TR=49;WE=15874969;WS=15874951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,48:0.27:180
chr1	15909547	rs6429756	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=-2.128;SC=TAAAATAAATGAATTACAATG;SOR=0.061;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=15909555;WS=15909537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	15909624	rs111921608	TGAGTACAG	T	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.254;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=1712;ReadPosRankSum=0.820;SC=CTCAAGCCCCTGAGTACAGGA;SOR=1.710;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=12;WE=15909639;WS=15909614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr1	15909850	rs6429757	C	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,25:0.28:88
chr1	15909895	rs6429758	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	15911031	rs10927808	T	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.494;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=301;ReadPosRankSum=-0.328;SC=AGGGTCCAGGTAAATCAACCA;SOR=0.027;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=18;WE=15911039;WS=15911022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr1	15911349	rs3737705	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=249;ReadPosRankSum=-1.104;SC=TCCGGGGCGCGTCGGAAGCCT;SOR=0.348;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=20;WE=15911357;WS=15911339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr1	15911493	rs6687474	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	15959886	rs3795762	C	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=248;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TACTGATAAACGTTGAAAATA;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=17;WE=15959894;WS=15959876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr1	16011005	.	G	GGGC	844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=3.518;QD=10.56;ReadPosRankSum=1.350;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr1	16065268	.	ACCC	A	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.795;QD=24.95;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr1	16065276	rs71002925	AAC	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=-0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.786;SOR=0.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr1	16065303	rs147907985	ACACACT	A	355.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=1446;SC=ACACACTCTCACACACTCACA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=16065316;WS=16065293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	16095316	rs2271545	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=477;SC=TACCTAAATTCTATTTAAAAT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=16095324;WS=16095306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	16096934	rs10927851	C	T	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=11;PP=1137;SC=AAGACCGTGTCCCCCCGAGAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=61;WE=16096942;WS=16096924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	16097237	rs10803398	G	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=557;SC=GAAGGCGATTGGTTTCCTAGG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=16097245;WS=16097227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr1	16133987	rs7417535	T	C	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=2.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-8.234;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.972;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,77:0.26:298
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chr1	16174562	rs144566113	C	T	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=62;PP=1623;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CGCCGCCCAGCATGGTCCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=437;TCF=246;TCR=191;TR=141;WE=16174570;WS=16174552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,148:0.33:446
chr1	16237577	rs10927871	G	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=391;ReadPosRankSum=0.314;SC=TAATAACTTGGTTTTTTTTGG;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=20;WE=16237585;WS=16237567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	16254571	rs74054882	G	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=886;ReadPosRankSum=1.517;SC=TAATATCTTTGTTATTTTTTG;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=53;WE=16254579;WS=16254561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,55:0.73:75
chr1	16255744	.	G	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=512;ReadPosRankSum=0.678;SC=CAGAGGTCAAGAAAAGCAGTC;SOR=0.818;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=45;WE=16255752;WS=16255734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,49:0.29:167
chr1	16256007	rs848209	T	C	7794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=118;PP=2965;SC=CTGGGAGAACTAGCAGGTGAA;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=152;TCR=120;TR=269;WE=16256015;WS=16255997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	16259813	rs848210	A	G	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=84;PP=2965;SC=CCCTGAATCCAACCAAGCTCA;SOR=0.944;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=113;TCR=84;TR=197;WE=16259821;WS=16259803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	16261133	rs140025266	G	A	4631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TCCGGCAGACGCGGGCTCAGG;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=128;TCR=151;TR=187;WE=16261141;WS=16261123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,197:0.67:292
chr1	16265422	rs848214	A	G	5044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=116;PP=2965;SC=GGTGGGGCTGATCAGGGTAGG;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=67;TCR=117;TR=183;WE=16265430;WS=16265412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	16265904	rs41269155	T	A	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=67;PP=1520;ReadPosRankSum=0.420;SC=ACCTCATGATTGTCATTGCCT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=183;TCR=228;TR=123;WE=16265912;WS=16265894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,127:0.29:431
chr1	16268784	rs72885816	C	T	6046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TGGGAAGGACCCCGGGCTCTG;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=369;TCF=179;TCR=190;TR=248;WE=16268792;WS=16268774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,255:0.68:377
chr1	16269477	rs57569573	T	TG	1289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=4;PP=1190;SC=GGCTGGGGTCTGGGGGGTCCC;SOR=4.125;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=35;WE=16269485;WS=16269467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	16269737	rs4661672	C	T	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CCAACCTGGGCCTCCTGCCTC;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=287;TCF=124;TCR=163;TR=101;WE=16269745;WS=16269727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,110:0.36:305
chr1	16342237	rs1739840	A	G	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=46;PP=1579;SC=TGTTCATGACAGTGCCGTCAG;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=16342245;WS=16342227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	16344360	rs732286	A	G	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	16344402	rs945416	G	A	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.24;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	16344494	rs1572381	G	A	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=35;PP=1562;SC=AGGCGGGCGAGGGCTGGACAG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=16344502;WS=16344484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	16344625	rs945417	C	G	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=40;PP=1265;SC=ATTTAGGCCTCTCCATGGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=16344633;WS=16344615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	16344664	rs872222	G	A	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr1	16344730	rs945418	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=329;SC=CATTCCAGGCTGATCACAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=16344738;WS=16344720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	16345619	rs945422	T	C	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=13;PP=1613;SC=TCAGCAAAGCTGGGACTGACC;SOR=2.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=74;WE=16345627;WS=16345609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	16346009	rs3841842	G	GC	1455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.016;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.824;NF=2;NR=39;PP=1331;ReadPosRankSum=-1.321;SC=TTTTGTCTGAGCCCCCTACAA;SOR=0.301;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=3;TCR=75;TR=41;WE=16346017;WS=16345999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,56:0.61:92
chr1	16350262	rs1537803	A	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CCCTTGCCCCAACATAAGCTG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=43;WE=16350270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,45:0.37:121
chr1	16351275	rs10927887	A	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=10;PP=1210;SC=GTGGCTGTACAGGGAGATTGG;SOR=2.985;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=59;WE=16351283;WS=16351265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	16352937	rs1010069	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.300;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=33;PP=1223;ReadPosRankSum=0.312;SC=TGGGGGTTGGGGAGATGGAGG;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=87;WE=16352945;WS=16352927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,93:0.66:140
chr1	16353400	rs9442216	T	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=436;SC=TCAGCCCCGCTTTGGGTATAG;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=19;WE=16353408;WS=16353390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	16354590	rs12126269	A	T	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,88:0.27:327
chr1	16355750	.	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=2.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=1.665;QD=5.49;ReadPosRankSum=-3.309;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,78:0.33:239
chr1	16355877	rs34398185	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=342;ReadPosRankSum=1.252;SC=TGCACCTGGTGGCATGGAGCC;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=19;TCR=68;TR=25;WE=16355885;WS=16355867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr1	16356187	rs1972359	C	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1056;ReadPosRankSum=0.675;SC=CCTTGCCCAGCGGCCTCTAAC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=167;TCR=115;TR=87;WE=16356195;WS=16356177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,84:0.29:288
chr1	16356497	rs7411607	C	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.787;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,42:0.34:123
chr1	16356501	rs1805152	G	A	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.54;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	16356522	rs34471231	A	G	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,45:0.38:119
chr1	16356531	rs35747151	G	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr1	16356533	rs35154011	T	C	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.785;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,43:0.36:120
chr1	16356583	rs3737218	C	T	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.688;NF=23;NR=25;PP=571;ReadPosRankSum=2.530;SC=GAGTGGGTCACGGCCCTGCTG;SOR=0.438;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=48;WE=16356591;WS=16356573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr1	16356869	rs12729970	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=7.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	16356915	rs12729991	C	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=-2.375;SC=CTGGCCCCTGCCTCCTGGCCT;SOR=0.172;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=16;WE=16356923;WS=16356905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr1	16357147	rs12140223	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.322;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-4.144;NF=47;NR=39;PP=928;ReadPosRankSum=1.063;SC=ATACCTGCCACGGATTCTGGG;SOR=0.681;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=234;TCF=120;TCR=114;TR=86;WE=16357155;WS=16357137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,90:0.37:243
chr1	16358085	rs883867	C	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=325;ReadPosRankSum=-1.870;SC=CCTCTCCAGCCCTGCTCACAC;SOR=1.652;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=83;TCF=69;TCR=14;TR=23;WE=16358093;WS=16358075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
chr1	16358134	rs2015515	T	C	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=846;ReadPosRankSum=0.164;SC=AAAGCTCCCCTCAGATCCCCT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=157;TCR=55;TR=62;WE=16358156;WS=16358124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,64:0.29:218
chr1	16358148	rs2015509	T	C	9265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=195;NR=92;PP=2962;SC=ATCCCCTTGCTGGCCTGGGTC;SOR=1.585;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=195;TCR=92;TR=287;WE=16358156;WS=16358124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	16358520	rs12131197	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-5.049;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr1	16358685	rs6669935	C	G	4498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=93;PP=2551;ReadPosRankSum=1.715;SC=CCCTCTCCCTCTCTACTTGCC;SOR=0.709;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=294;TCF=151;TCR=143;TR=189;WE=16358693;WS=16358675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,207:0.65:319
chr1	16358932	rs10803407	T	C	12807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.98;NF=273;NR=185;PP=2965;SC=TCTTCCCCACTCCCAGCAGTG;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=459;TCF=273;TCR=186;TR=458;WE=16358940;WS=16358922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr1	16359051	rs10927892	CA	AG	8624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=177;PP=2947;ReadPosRankSum=0.409;SC=GTGACACACGCAGCCCCCGGG;SOR=1.322;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=294;TCF=112;TCR=182;TR=289;WE=16359060;WS=16359041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr1	16359106	rs10803408	C	T	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=68;PP=1549;ReadPosRankSum=0.277;SC=GCCTCCCGTCCCAACCCCGCC;SOR=1.011;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=18;TCR=96;TR=80;WE=16359114;WS=16359096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,78:0.69:113
chr1	16359123	rs9442217	A	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=67;PP=1754;SC=CGCCCCGCCCATCTTATCCTG;SOR=4.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=71;WE=16359131;WS=16359113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	16359951	rs12746443	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr1	16360053	rs113049949	CT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.727;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.953;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr1	16360137	rs12746751	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=7.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQRankSum=-1.966;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,38:0.27:139
chr1	16360190	rs28418375	A	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQRankSum=-4.479;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,27:0.28:95
chr1	16360279	rs68127248	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.789;NF=2;NR=6;PP=145;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CTTTGGCATAACAGGCAACTC;SOR=0.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=8;WE=16360287;WS=16360269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr1	16361875	rs11807054	A	G	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.22;QD=25.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	16361916	rs11811753	G	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=6;PP=324;SC=GTGAGGGGCCGCTGGGAAGGC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=16361924;WS=16361906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	16362543	rs61772376	C	G	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.14;MQRankSum=0.436;QD=17.07;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr1	16362561	rs55731534	C	G	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.72;QD=32.54;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	16362621	rs2009044	G	A	11107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=240;NR=160;PP=2965;SC=GAAGAAACTCGGGCTGAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=240;TCR=161;TR=400;WE=16362629;WS=16362611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr1	16362661	rs3978493	A	C	7980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.267;NF=191;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.971;SC=GTCACACTGCATTTGGTGATG;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=580;TCF=306;TCR=274;TR=356;WE=16362669;WS=16362651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,368:0.62:595
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chr1	16371932	rs6604909	A	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=469;SC=ACCCCAGAGTATACCACCAAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=16371940;WS=16371922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	16372003	rs6604910	G	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=1104;ReadPosRankSum=-1.087;SC=GGATGGGACTGTCTGTGCCTC;SOR=0.540;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=61;WE=16372011;WS=16371993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr1	16372282	rs67016480	GT	G	294.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr1	16372283	rs6604911	T	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=9;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=304;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TTGGGGGGGGTGCTCTGGGTG;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=27;WE=16372291;WS=16372271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	16373124	rs5257	A	G	5434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.947;NF=143;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.414;SC=CTTTCTCTTCAGGCTTCTCTC;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=359;TCF=212;TCR=147;TR=240;WE=16373132;WS=16373114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,253:0.67:377
chr1	16373199	rs35820664	CCTT	C	10343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.654;NF=21;NR=137;PP=2945;ReadPosRankSum=0.393;SC=CTGGCCAAAACCTTCTCAGAT;SOR=0.888;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=241;TCF=30;TCR=211;TR=158;WE=16373209;WS=16373189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,261:0.65:402
chr1	16373282	rs2095540	A	G	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.723;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.693;NF=15;NR=63;PP=1663;ReadPosRankSum=1.293;SC=TGGCTTGCCCAAAGGGACACA;SOR=1.306;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=110;TCF=23;TCR=87;TR=78;WE=16373290;WS=16373272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,75:0.69:109
chr1	16374533	rs2014562	G	C	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=66;PP=2541;SC=TCTTCCTCGGGAAAGTGGTAT;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=130;WE=16374541;WS=16374523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	16374590	rs2282263	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,25:0.24:104
chr1	16374622	rs2863440	C	G	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=824;ReadPosRankSum=-0.219;SC=ACGAAAGCTGCGTCAGAGGGG;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=50;WE=16374630;WS=16374612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,53:0.76:70
chr1	16374656	rs2902490	A	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=903;ReadPosRankSum=-1.581;SC=CCTGCCTTCCAGGAACTCAGT;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=49;WE=16374664;WS=16374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr1	16374972	rs6696349	T	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=8.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.67;MQRankSum=-0.410;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr1	16374994	rs1889788	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=9.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQRankSum=-1.931;QD=15.68;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr1	16375063	rs1889789	CA	GC	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=31;PP=2138;SC=ACAGTCTTTGCAGCTCCCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=66;WE=16375072;WS=16375053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	16375132	rs12118326	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=0.488;SC=CCCCTCACACCCTGGGCTCCT;SOR=0.951;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=10;WE=16375140;WS=16375122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr1	16375210	rs9633514	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=1.383;SC=CCCCGCCTTGGGCACAGCCAC;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=16375218;WS=16375200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	16376191	rs7367494	C	T	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.89;QD=30.46;SOR=4.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	16376230	rs59006537	A	AT	5947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=31;PP=2966;SC=TGAGAGTCCAAAAGGCATTCC;SOR=2.087;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=83;WE=16376246;WS=16376220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	16376232	rs59924562	A	T	6242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.32;QD=46.94;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	16376238	rs34589727	TC	T	6315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=37;PP=2736;SC=CAAAAGGCATTCCCCCCAAGG;SOR=1.885;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=84;WE=16376246;WS=16376220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	16376278	rs7365182	G	A	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=97;PP=2965;SC=TACTGGGGTCGGGCTCTGGGC;SOR=1.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=155;TCR=97;TR=250;WE=16376286;WS=16376268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	16376319	rs7368151	T	C	9807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=190;NR=160;PP=2965;SC=GGGGTCTCTGTGGCATCCTGG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=190;TCR=161;TR=350;WE=16376327;WS=16376309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr1	16376458	rs7368166	T	C	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=89;PP=2724;SC=AGCTCCCCCCTCACCGTACTC;SOR=2.543;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=23;TCR=89;TR=112;WE=16376466;WS=16376441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	16376953	rs10927895	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=267;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CCCTGCTTCCCTCTCCTTGGG;SOR=1.989;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=58;TCR=4;TR=17;WE=16376961;WS=16376943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,17:0.27:64
chr1	16377598	rs149762502	T	TG	601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=4.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.663;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,36:0.23:154
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chr1	16378093	rs41269167	A	G	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-5.953;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,58:0.26:221
chr1	16378099	rs182734810	GC	CA	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=3.908;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-6.250;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,49:0.25:200
chr1	16378215	rs5252	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=432;ReadPosRankSum=0.990;SC=GAGCTGCTATCGGGCGCCTCT;SOR=0.788;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=39;WE=16378223;WS=16378205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,42:0.34:122
chr1	16378331	rs41269169	G	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-3.736;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
chr1	16378339	rs41269171	C	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-3.667;QD=13.02;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr1	16378725	rs12140311	A	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=487;ReadPosRankSum=0.175;SC=TGTGACCCACACCATCTCCAC;SOR=0.763;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=40;WE=16378733;WS=16378715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,42:0.31:134
chr1	16378931	rs56334930	A	G	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQRankSum=-3.105;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,56:0.28:203
chr1	16378936	rs112905730	AG	A	1826.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQRankSum=-3.404;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,56:0.29:195
chr1	16378938	.	G	A	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQRankSum=-3.207;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,53:0.28:189
chr1	16378945	rs56331467	C	T	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQRankSum=-3.631;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,54:0.30:180
chr1	16378951	rs56152056	T	C	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=4.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-4.759;QD=10.54;ReadPosRankSum=-1.968;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,50:0.31:162
chr1	16378954	rs56112410	G	A	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=7.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-4.596;QD=10.71;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,47:0.30:158
chr1	16378980	rs56327038	G	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.528;HP=5;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=1849;ReadPosRankSum=1.938;SC=AGGGCACCTCGAAAAAGAAAC;SOR=1.888;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=99;TCF=27;TCR=72;TR=26;WE=16379016;WS=16378970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,23:0.24:95
chr1	16378991	rs56361591	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=1.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr1	16378998	rs55874146	T	C	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr1	16379008	rs2050522	C	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=2410;ReadPosRankSum=-1.088;SC=TAGCTGACCTCGGACATGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=32;WE=16379016;WS=16378970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr1	16380196	rs5253	T	C	9611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=228;PP=2965;SC=GCCAAGGACATGCCACTGGAG;SOR=1.344;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=366;TCF=138;TCR=228;TR=366;WE=16380204;WS=16380186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr1	16380243	rs2275166	A	G	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.77;QD=42.09;SOR=2.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	16380252	rs2275167	C	T	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.24;QD=45.23;SOR=3.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	16381718	rs1414498	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.18;ReadPosRankSum=0.557;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr1	16381722	rs12691552	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.13;ReadPosRankSum=1.182;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr1	16381792	rs12047858	T	A	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=1101;ReadPosRankSum=0.262;SC=AAGTTTCCTGTCCTTTATAAT;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=68;WE=16381800;WS=16381782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,74:0.70:106
chr1	16381816	rs12029508	C	T	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=36;PP=1660;ReadPosRankSum=-0.423;SC=TGACAATAGTCACAATAGCCC;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=156;TCF=100;TCR=56;TR=104;WE=16381824;WS=16381806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,114:0.68:168
chr1	16381899	rs148937901	G	A	4193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=86;PP=2551;ReadPosRankSum=1.373;SC=CTCCTAATGTGCCTCCCTCTG;SOR=0.529;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=125;TCR=123;TR=176;WE=16381907;WS=16381889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,190:0.71:268
chr1	16382086	rs2297727	C	T	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=35;PP=1886;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GAGAGGGGCCCGCTGATATCC;SOR=0.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=97;TCR=49;TR=106;WE=16382094;WS=16382076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,110:0.75:147
chr1	16382730	rs12030469	C	T	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=0;PP=998;ReadPosRankSum=2.100;SC=CCTGCGGCCCCGCCCAGACCC;SOR=1.226;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=72;TCF=72;TCR=0;TR=44;WE=16382738;WS=16382726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr1	16382791	rs12023153	G	C	3549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-6.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=19;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TTGCAGGCCTGGGTCTCTTGT;SOR=0.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=194;TCR=30;TR=141;WE=16382799;WS=16382781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,135:0.62:217
chr1	16382827	rs77508204	CTCT	C	11108.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.790;NF=69;NR=81;PP=2968;ReadPosRankSum=0.529;SC=GGCCCCGCCCCTCTTCCTGGC;SOR=0.569;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=284;TCF=137;TCR=147;TR=150;WE=16382842;WS=16382817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,269:0.61:439
chr1	16382831	rs61769890	T	A	11335.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.788;QD=25.42;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,274:0.61:446
chr1	16382834	rs61769891	T	A	11507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-0.775;QD=24.02;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,298:0.62:479
chr1	16382877	rs7517792	A	G	11971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-0.683;NF=281;NR=268;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TGGGCTGGGCACCTTCTACCC;SOR=0.742;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=790;TCF=405;TCR=385;TR=549;WE=16382885;WS=16382867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,551:0.68:810
chr1	16383329	rs138507185	T	TC	773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.505;HP=6;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-4.258;NF=5;NR=25;PP=1910;ReadPosRankSum=3.341;SC=CTCCTCTACATCCCCCCGCAC;SOR=3.686;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=30;WE=16383344;WS=16383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr1	16383336	rs12746138	G	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.269;HP=7;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.702;NF=14;NR=35;PP=1900;ReadPosRankSum=0.938;SC=ACATCCCCCCGCACCTCCACC;SOR=1.896;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=49;WE=16383344;WS=16383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
chr1	16383448	rs10803415	A	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=72;NR=78;PP=2528;SC=ACCCCAGCTGACCTGGTACTG;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=150;WE=16383456;WS=16383438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	16383574	rs1057841	A	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=8.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.69;MQRankSum=-3.246;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=2.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr1	16383581	rs1057844	G	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.16;MQRankSum=-0.088;QD=23.93;ReadPosRankSum=0.589;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr1	16383605	rs1057845	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.02;MQRankSum=1.429;QD=20.16;ReadPosRankSum=1.740;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	16383668	rs6660218	T	G	7076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=86;PP=2962;SC=TATCTGCCAGTTGCTCAGTGA;SOR=1.496;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=147;TCR=86;TR=233;WE=16383690;WS=16383658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	16383682	rs1057854	G	C	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.404;NF=60;NR=35;PP=1346;ReadPosRankSum=1.396;SC=TCAGTGACTGGCCATCACATT;SOR=1.129;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=282;TCF=169;TCR=113;TR=95;WE=16383690;WS=16383658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,80:0.31:261
chr1	16383742	rs1057857	C	G	5138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.327;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.527;NF=105;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.261;SC=GGCACAGATGCCTTCTGGGGT;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=350;TCF=169;TCR=181;TR=222;WE=16383750;WS=16383732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,234:0.66:354
chr1	16383854	.	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.452;NF=0;NR=13;PP=229;ReadPosRankSum=-2.779;SC=CTGGGACTGGAGCTCCTTACC;SOR=0.983;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=13;WE=16383862;WS=16383844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr1	16384868	.	G	A	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=17;MQ=49.66;NF=4;NR=1;PP=30;QD=12.9542425094;SC=GTCCAGATATGCCTGGGCTGC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=16384876;WS=16384858;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,5:0.50:10
chr1	16384986	rs28496958	G	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.124;NF=10;NR=4;PP=635;ReadPosRankSum=2.667;SC=CCATGGAGGGGAGGGAGCCCG;SOR=1.048;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=14;WE=16385007;WS=16384976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	16384998	rs1807285	GG	CA	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.075;NF=9;NR=5;PP=619;ReadPosRankSum=3.573;SC=GGGAGCCCGGGGGGTGGGTCC;SOR=0.730;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=14;WE=16385007;WS=16384976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	16385042	rs77667563	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.457;NF=8;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=0.482;SC=GGCAGCCGCCGCCGATGCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=14;WE=16385050;WS=16385032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	16385175	rs17853748	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.31;MQRankSum=-5.821;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr1	16385184	rs75273615	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.33;MQRankSum=-4.629;QD=4.69;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr1	16385248	rs74054903	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.90;MQRankSum=-5.277;QD=12.90;ReadPosRankSum=2.204;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr1	16385248	.	CCA	TCG	502	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=45.72;NF=11;NR=8;PP=502;QD=29.2351513085;SC=GAATGGCGTCCCAGATCCAGC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=19;WE=16385258;WS=16385238;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr1	16385250	rs74054904	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQRankSum=-5.337;QD=14.26;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	16385323	rs77017249	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr1	16385330	rs3978476	G	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr1	16385797	rs3978478	C	G	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.423;NF=61;NR=23;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TGTGCTCACTCTCTCCTTCCT;SOR=0.711;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=101;TCR=36;TR=84;WE=16385808;WS=16385787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,84:0.62:136
chr1	16385874	rs3978464	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-17.550;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,59:0.14:415
chr1	16385980	rs3884058	G	A	3446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.927;NF=58;NR=108;PP=2884;ReadPosRankSum=1.937;SC=TGGACCCTCTGGGCTGTACCT;SOR=0.975;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=240;TCF=90;TCR=150;TR=166;WE=16385988;WS=16385970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,162:0.70:231
chr1	16386008	rs2863452	T	C	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.150;NF=29;NR=84;PP=2339;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GGACGATGCCTTGGGGGCTGT;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=163;TCF=44;TCR=119;TR=113;WE=16386016;WS=16385998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,112:0.70:160
chr1	16386247	rs2095543	T	C	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.16;QD=22.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	16386305	rs372070031	G	GC	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=5;HapScore=2;MGOF=120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.217;NF=4;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=-1.140;SC=AGTGATCTGGGCCCCCAAGGA;SOR=1.863;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=16386313;WS=16386295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	16386416	rs9442230	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.151;NF=16;NR=13;PP=420;ReadPosRankSum=0.384;SC=AGTAATGCTCGTCCTCAGCTG;SOR=0.407;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=29;WE=16386424;WS=16386406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr1	16386447	rs11576236	G	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=18;PP=565;SC=CCAGCCTGCCGGCTGGGCACT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=16386455;WS=16386437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	16386495	rs71510977	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.80;MQRankSum=1.544;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	16388556	rs2863455	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-0.026;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	16388565	rs7524413	C	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.121;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	16388580	rs3978467	C	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.895;NF=10;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=1.471;SC=AGGAGAGTTGCGGCCAGAACC;SOR=1.144;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=13;WE=16388588;WS=16388570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr1	16388646	rs2863456	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-3.645;NF=21;NR=16;PP=520;ReadPosRankSum=1.472;SC=CGGGGCGGGATCTGGAGTCGG;SOR=0.902;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=37;WE=16388654;WS=16388636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr1	16388709	rs28570004	G	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.755;NF=16;NR=12;PP=464;ReadPosRankSum=-0.944;SC=GGCAGGAGGAGTGAGCAGGGT;SOR=0.428;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=28;WE=16388717;WS=16388699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr1	16388756	rs113174531	CACCCAT	C	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.139;NF=0;NR=7;PP=379;ReadPosRankSum=1.975;SC=CCAGCACCACCACCCATCCCC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=7;WE=16388774;WS=16388746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	16388766	rs3978469	C	T	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.746;HP=3;HapScore=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.472;NF=12;NR=12;PP=532;ReadPosRankSum=1.240;SC=CACCCATCCCCGTCTCCCAGC;SOR=0.219;Source=Platypus;TCF=14;TR=24;WE=16388774;WS=16388746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr1	16388875	.	GCCCC	G	68.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	16464673	rs2230597	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,69:0.25:277
chr1	16474839	rs35127370	AC	A	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.061;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.722;NF=26;NR=9;PP=931;ReadPosRankSum=-1.854;SC=GGAATGCAGAACCCCCTTCCC;SOR=1.244;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=35;WE=16474847;WS=16474829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,45:0.29:154
chr1	16475123	rs6678616	C	T	3994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=3.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,117:0.33:359
chr1	16475126	rs6678618	C	T	3936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=3.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,114:0.32:353
chr1	16525056	rs451260	G	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=292;ReadPosRankSum=1.790;SC=AGGCATGGAGGTGGGGTCCTA;SOR=2.284;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=22;WE=16525064;WS=16525046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr1	16525549	rs221032	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=-0.858;SC=GGCAGATCAACACTTGCAGAA;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=16;WE=16525557;WS=16525539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr1	16528218	rs6676143	G	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=852;ReadPosRankSum=-0.598;SC=AGGATGGGAGGGGAGGAGAGC;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=46;WE=16528226;WS=16528208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr1	16528233	rs221037	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=373;ReadPosRankSum=-1.889;SC=GAGAGCGGGCGAGGGTCCAGC;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=29;WE=16528241;WS=16528223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr1	16528469	rs58225172	GCCTACCCTAGGGAC	GTACCCTAGGGAC,G	2514.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=2935;SC=TAGGACCCAGGCCTACCCTAG;SOR=1.903;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=27;WE=16528492;WS=16528459;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:59
chr1	16528472	rs200243292	TACCCTAGGGACC	T	2510.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=1.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	16528484	.	C	T	798	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=11;NR=25;PP=798;QD=23.1325336819;SC=CCCTAGGGACCCATGTCTGCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=36;WE=16528492;WS=16528459;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr1	16528823	rs71574165	GCCATGGGGACGGGGTGCCCA	G	259.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.79;MQRankSum=1.737;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	16528843	rs1693540	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=62.79;MQRankSum=-1.737;NF=8;NR=1;PP=550;ReadPosRankSum=-1.235;SC=CGGGGTGCCCATCATGGGGAC;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=16528851;WS=16528813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	16529117	rs221039	T	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=378;ReadPosRankSum=-1.332;SC=GCCCTGGCTCTAGGCACCCAC;SOR=0.732;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=29;WE=16529125;WS=16529107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr1	16532803	rs221050	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,55:0.23:238
chr1	16532848	rs221051	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,78:0.25:316
chr1	16533022	rs221052	C	T	10548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=1.693;SC=CAAGCCTTTCCTGTCCTCGAT;SOR=0.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=387;TCF=151;TCR=236;TR=385;WE=16533030;WS=16533012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr1	16533085	rs34933259	A	AC	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr1	16533096	rs221053	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr1	16533105	rs221054	G	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,3:0.13:23
chr1	16533817	rs170234	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=336;ReadPosRankSum=0.952;SC=GGTTCGGATATCTGGACACAG;SOR=0.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=18;WE=16533825;WS=16533807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	16534002	rs221056	C	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=781;ReadPosRankSum=0.643;SC=TCCCAGGGACCCCCCTCCCAC;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=190;TCF=124;TCR=66;TR=74;WE=16534010;WS=16533992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,75:0.38:196
chr1	16534255	rs221057	C	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=2.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,50:0.26:193
chr1	16534646	rs221058	C	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,56:0.28:199
chr1	16534730	rs221059	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,20:0.25:81
chr1	16543175	rs221024	A	C	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=87;PP=2213;SC=GCTTACCCTGAGCCAAACCCT;SOR=1.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=48;TCR=88;TR=135;WE=16543183;WS=16543165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	16558838	rs6700888	C	A	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=58;PP=1466;ReadPosRankSum=0.205;SC=TGCACAGCCCCCCATCAGACC;SOR=0.888;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=111;WE=16558846;WS=16558828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,121:0.72:169
chr1	16562968	rs6603850	C	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=241;ReadPosRankSum=1.600;SC=GGTCCCAGAGCTAGGGCTTTC;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=13;WE=16562976;WS=16562958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	16621183	rs1007150	C	T	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=865;ReadPosRankSum=1.347;SC=CCCAGTAACCCATCCTTGAGA;SOR=0.228;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=52;WE=16621191;WS=16621173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,58:0.85:68
chr1	16641899	rs2273311	C	T	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1695;ReadPosRankSum=-1.389;SC=CTTCACTGTCCGAGGAGCTGG;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=64;TCR=84;TR=103;WE=16641907;WS=16641889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,109:0.69:158
chr1	16730582	rs17419150	C	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=848;ReadPosRankSum=-0.931;SC=CGGAGCAGGTCCATGCCTTGC;SOR=0.835;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=47;WE=16730590;WS=16730572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr1	16731510	rs525409	C	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=479;ReadPosRankSum=0.267;SC=GCCAGCGTCACAGAGAAGCCC;SOR=1.182;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=40;WE=16731518;WS=16731500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,43:0.33:129
chr1	16731646	rs3106498	T	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.19;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	16731646	.	TGTCATTCATCCCATT	CCTCATTTATCCCATC,CGTCATTCATCCCATT	2200	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=11,20;NR=25,51;PP=2200,1275;QD=63.1518854128;SC=TTCTTGTTTCTGTCATTCATC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=36,71;WE=16731669;WS=16731636;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.51:71
chr1	16731647	rs526481	G	C	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.44;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,52:0.66:79
chr1	16731653	rs526489	C	T	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=8.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.14;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr1	16731661	rs526513	T	C	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.20;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr1	16736546	rs10907226	C	T	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.285;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=49;PP=1021;ReadPosRankSum=0.689;SC=CTCCTGGGGACAGGGGAGGGG;SOR=1.395;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=16;TCR=76;TR=58;WE=16736554;WS=16736536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr1	16778265	rs279782	G	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=180;ReadPosRankSum=-0.099;SC=GGCCCTCCTTGTGGGGTTTTC;SOR=0.586;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=19;WE=16778273;WS=16778255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr1	16802890	rs696095	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.274;NF=5;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=-1.947;SC=GGTGCACAGCGTACCTGGGTG;SOR=0.344;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=9;WE=16802898;WS=16802880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	16803267	rs156846	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.726;NF=4;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AGGTCTGTGGTCTGTGACAAA;SOR=0.061;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=16803275;WS=16803257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	16862273	rs76517011	C	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.82;MQRankSum=-1.622;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,33:0.26:127
chr1	16862282	rs11260784	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.67;MQRankSum=0.289;QD=1.12;ReadPosRankSum=2.881;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,20:0.15:136
chr1	16862454	rs71248115	T	G	28293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2126;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQRankSum=-16.748;QD=13.31;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1295,831:0.39:2126
chr1	16862461	rs145386412	T	A	44964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2120;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.34;MQRankSum=-25.615;QD=21.22;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:943,1176:0.55:2119
chr1	16862472	rs200621127	G	C	8773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.32;MQRankSum=-12.179;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1808,366:0.17:2174
chr1	16862502	rs141629643	A	G	27175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=7.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-24.703;NF=647;NR=733;PP=2962;ReadPosRankSum=0.186;SC=ATCAATTCGTAATTTCCCATC;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=2587;TCF=1200;TCR=1387;TR=1380;WE=16862510;WS=16862492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1004,1204:0.55:2208
chr1	16862566	rs77197089	G	A	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1693;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;MQRankSum=-9.072;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1440,250:0.15:1690
chr1	16862708	rs1762987	T	G	3193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQRankSum=-7.058;QD=28.02;ReadPosRankSum=-3.672;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,78:0.68:114
chr1	16862712	rs61769538	G	T	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQRankSum=-6.902;QD=28.05;ReadPosRankSum=-4.419;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,78:0.70:112
chr1	16862714	rs61769539	T	G	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQRankSum=-6.794;QD=29.67;ReadPosRankSum=-4.010;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr1	16862727	.	A	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.306;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.09;MQRankSum=-3.767;QD=3.64;ReadPosRankSum=-4.112;SOR=1.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr1	16862732	.	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQRankSum=-5.453;QD=8.62;ReadPosRankSum=-4.111;SOR=2.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr1	16863304	rs61769542	T	C	8119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FS=9.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=-11.260;QD=11.09;ReadPosRankSum=-5.979;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:506,226:0.31:732
chr1	16863308	rs112689425	G	T	7913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FS=10.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQRankSum=-11.149;QD=10.51;ReadPosRankSum=-4.430;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:515,238:0.32:753
chr1	16863314	rs74927161	A	G	8211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FS=11.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQRankSum=-12.195;QD=10.18;ReadPosRankSum=-2.615;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:534,273:0.34:807
chr1	16863328	rs61769543	T	G	8516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=971;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-12.049;NF=353;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.493;SC=AAGAAAGGCGTCGAGTCCTGT;SOR=1.091;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=1138;TCF=634;TCR=504;TR=573;WE=16863336;WS=16863294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:561,410:0.42:971
chr1	16863352	rs61769544	C	T	10073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1050;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.051;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-12.092;NF=381;NR=300;PP=2962;ReadPosRankSum=3.982;SC=GTTGGGTAGGCGGAAGAGAGA;SOR=0.739;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=1226;TCF=638;TCR=588;TR=681;WE=16863360;WS=16863342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:541,501:0.48:1042
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chr1	16972067	rs1360574	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.71;MQRankSum=-2.539;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.592;SOR=1.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,17:0.17:98
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chr1	16972189	rs9728527	C	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.457;NF=20;NR=22;PP=432;ReadPosRankSum=0.161;SC=TGCCCCCAACCTTGATCCCCA;SOR=0.680;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=145;TCF=61;TCR=84;TR=42;WE=16972197;WS=16972179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,46:0.32:143
chr1	16972940	rs1970921	G	A	4281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.545;NF=99;NR=81;PP=2850;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GGTGGTGCCCGGGCCTTGGCA;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=258;TCF=144;TCR=114;TR=180;WE=16972948;WS=16972930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,189:0.69:273
chr1	16973114	rs367931952	AGCCATGGTT	A	1502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=3.606;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,50:0.21:233
chr1	16973152	rs1970920	A	G	3571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.892;NF=78;NR=77;PP=2437;ReadPosRankSum=0.555;SC=CTCAACACTCACCCCACACGA;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=131;TCR=127;TR=155;WE=16973160;WS=16973142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,157:0.61:256
chr1	16973184	rs55828106	G	A	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.201;NF=64;NR=70;PP=2001;ReadPosRankSum=-1.233;SC=TCTGGGCGCTGTGACCTCTTC;SOR=0.869;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=245;TCF=124;TCR=121;TR=134;WE=16973206;WS=16973174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,130:0.57:229
chr1	16973400	rs2761542	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQRankSum=-8.329;QD=0.89;ReadPosRankSum=-2.496;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,20:0.13:159
chr1	16973519	rs2501762	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=5.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQRankSum=-6.524;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.958;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,80:0.19:413
chr1	16973919	rs141898836	A	G	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQRankSum=-4.889;QD=6.74;ReadPosRankSum=2.748;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,96:0.40:242
chr1	16973996	rs200256873	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.81;MQRankSum=0.034;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,28:0.27:105
chr1	16974010	rs201140718	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.20;MQRankSum=-0.326;QD=3.53;ReadPosRankSum=-2.619;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr1	16974021	rs142740321	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.60;MQRankSum=-1.266;QD=11.88;ReadPosRankSum=3.548;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr1	16974256	.	G	C	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.533;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=13.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.09;MQRankSum=-5.431;QD=22.17;ReadPosRankSum=-1.703;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr1	16974454	rs3981965	T	TGGGC	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=6.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-11.338;QD=1.37;ReadPosRankSum=-3.727;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,41:0.11:364
chr1	16974511	rs58679574	G	A	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=2.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQRankSum=1.875;QD=3.26;ReadPosRankSum=1.956;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,109:0.23:476
chr1	16974613	.	G	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=2.729;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,93:0.23:413
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chr1	16974662	rs28460410	C	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=17.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQRankSum=-2.422;QD=0.40;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=2.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,33:0.12:268
chr1	16974666	rs28503658	C	T	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.208;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=5.761;NF=66;NR=79;PP=1855;ReadPosRankSum=0.539;SC=CCAGATCCGGCGTTGTACAGA;SOR=0.350;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=275;TCF=109;TCR=166;TR=145;WE=16974674;WS=16974652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,130:0.50:258
chr1	16974758	rs28484638	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=17.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQRankSum=-4.813;QD=0.48;ReadPosRankSum=1.075;SOR=4.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,8:0.11:72
chr1	16974786	rs28622547	G	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQRankSum=-3.397;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=1.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr1	16974869	rs4570422	G	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-0.740;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr1	16974901	.	A	G	360	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=44.99;NF=13;NR=1;PP=360;QD=28.1979437534;SC=GCCGCAGTGAATCCCTGGTGC;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=14;WE=16974923;WS=16974891;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr1	16974915	rs59636978	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQRankSum=-5.553;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.978;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr1	16974972	rs58464479	C	T	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-12.530;NF=120;NR=41;PP=2697;ReadPosRankSum=0.332;SC=GGACCAGAGCCTGGAAATGGT;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=249;TCF=183;TCR=66;TR=161;WE=16974980;WS=16974962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,138:0.65:212
chr1	16975002	rs2093773	C	T	5053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-16.365;NF=198;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.987;SC=CCTGCCACGACTTCGCTCCCG;SOR=0.971;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=406;TCF=271;TCR=135;TR=281;WE=16975010;WS=16974992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,231:0.65:353
chr1	16975045	rs55763726	G	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=13.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQRankSum=-6.676;QD=2.03;ReadPosRankSum=-3.548;SOR=1.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:491,109:0.18:600
chr1	16975084	rs28506999	G	A	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=5.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQRankSum=-2.284;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:470,128:0.21:598
chr1	16975202	rs28602904	T	C	11859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.027;NF=385;NR=347;PP=2962;ReadPosRankSum=2.135;SC=GCCTCAGCCCTCACCACCAAA;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1525;TCF=785;TCR=740;TR=732;WE=16975238;WS=16975191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:658,598:0.48:1256
chr1	16975230	rs2761535	G	C	30863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=1102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=726;NR=727;PP=2965;SC=TCCCTTAACCGCAGTGAACTT;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1459;TCF=728;TCR=731;TR=1453;WE=16975238;WS=16975191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1101:1.00:1101
chr1	16975724	rs149232270	GC	G	1978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQRankSum=-3.515;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,88:0.45:196
chr1	16975868	rs200822664	T	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=7.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQRankSum=-6.271;QD=10.73;ReadPosRankSum=2.096;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,83:0.49:169
chr1	16975912	rs148656339	CCCTGTT	C	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=42.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.66;MQRankSum=-2.586;QD=3.65;ReadPosRankSum=-3.457;SOR=4.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr1	16975994	rs2261801	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=5.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=24.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.506;NF=37;NR=17;PP=965;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CCTCAGGCTCTCAGCTTGTCC;SOR=2.847;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=54;WE=16976002;WS=16975984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,27:0.21:128
chr1	16976032	rs2483047	A	C	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=6.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.25;MQRankSum=5.004;QD=4.55;ReadPosRankSum=3.165;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,72:0.28:260
chr1	16976193	rs61772256	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=57.508;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.654;NF=13;NR=54;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.142;SC=GATTGCAGGCCGGGGTGAGAC;SOR=3.345;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=203;TCF=89;TCR=114;TR=67;WE=16976201;WS=16976183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,48:0.24:197
chr1	16976539	.	A	G	858	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=42.85;NF=63;NR=1;PP=858;QD=13.949550196;SC=GCTGTGGCCCAGGGCCCTCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=212;TCF=162;TCR=50;TR=64;WE=16976547;WS=16976518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:148,64:0.30:212
chr1	16976569	rs78288272	G	A	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.626;NF=101;NR=54;PP=2297;ReadPosRankSum=-2.100;SC=TACCTGCCAGGGTGACTACGG;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=399;TCF=258;TCR=141;TR=155;WE=16976577;WS=16976559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,111:0.38:295
chr1	16976620	rs55885953	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.33;MQRankSum=-6.531;QD=0.22;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:622,88:0.12:710
chr1	16976641	rs1057417	C	T	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=866;ExcessHet=3.0103;FS=1.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.10;MQRankSum=-10.169;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.159;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:682,184:0.21:866
chr1	16976679	rs1065528	G	A	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FS=0.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQRankSum=-7.565;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:541,158:0.23:699
chr1	17017675	rs2743471	C	A	9170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.714;NF=217;NR=252;PP=2962;ReadPosRankSum=0.015;SC=CAGTCAAGACCCGCTGCCAGG;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1179;TCF=536;TCR=643;TR=469;WE=17017683;WS=17017665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:710,483:0.40:1193
chr1	17022909	rs557582	C	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.862;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,51:0.18:278
chr1	17022952	rs557690	C	A	11837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.94;MQRankSum=-0.069;NF=252;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=1.033;SC=TCCTCCTCCTCCATCTTCAGC;SOR=0.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=464;TCF=255;TCR=209;TR=460;WE=17022960;WS=17022927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,467:1.00:469
chr1	17023143	rs559507	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-2.355;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,75:0.26:290
chr1	17023182	rs614461	C	G	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.364;NF=64;NR=54;PP=1531;ReadPosRankSum=-1.402;SC=CGGCAGCGGCCAATCGGGCTG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=141;TCR=119;TR=118;WE=17023190;WS=17023172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,123:0.45:272
chr1	17023209	rs112071224	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-1.943;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,41:0.15:280
chr1	17023376	rs613579	C	T	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FS=0.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=1.499;QD=3.61;ReadPosRankSum=2.345;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:698,224:0.24:922
chr1	17023483	rs563062	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.96;MQRankSum=-2.209;NF=18;NR=53;PP=882;ReadPosRankSum=0.076;SC=ACCCCTCACCCGCCCCTCTGC;SOR=0.311;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=244;TCF=46;TCR=198;TR=71;WE=17023491;WS=17023473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,70:0.29:241
chr1	17023509	rs563142	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,36:0.27:134
chr1	17023509	.	TCC	CCA	575	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=28;MQ=59.98;NF=5;NR=31;PP=575;QD=17.4574409684;SC=CCTTCCCAACTCCAGATTGGA;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=131;TCF=13;TCR=118;TR=36;WE=17023519;WS=17023499;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:95,36:0.27:131
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chr1	17026043	.	G	GGCA	1563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.14;MQRankSum=9.288;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,60:0.25:238
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chr1	17026551	rs665763	G	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.556;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.881;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,28:0.22:125
chr1	17029257	rs12125112	T	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-0.053;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,77:0.17:447
chr1	17030325	rs601893	A	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.385;NF=27;NR=10;PP=622;ReadPosRankSum=0.378;SC=AGCAAGTGATAAGAGTAGTCT;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=37;WE=17030344;WS=17030315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr1	17033758	rs1736691	A	G	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.339;NF=55;NR=27;PP=944;ReadPosRankSum=0.452;SC=GAGAGAATGCAACAGGAGCAG;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=236;TCF=155;TCR=81;TR=82;WE=17033766;WS=17033748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,84:0.34:248
chr1	17033854	rs2476568	C	T	3626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.286;NF=90;NR=87;PP=2386;ReadPosRankSum=0.013;SC=TCAGCGGCCGCGTACCCGTCG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=408;TCF=204;TCR=204;TR=177;WE=17033862;WS=17033844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,179:0.43:418
chr1	17034041	rs2743505	T	C	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.117;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.860;NF=30;NR=35;PP=1243;ReadPosRankSum=0.260;SC=CGCGCTGACCTCTAGCTCCCC;SOR=0.209;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=65;WE=17034049;WS=17034031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,71:0.72:98
chr1	17034140	rs2988286	C	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-8.739;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,10:0.13:78
chr1	17034167	rs2988287	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-7.503;QD=0.40;ReadPosRankSum=-2.244;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,9:0.12:76
chr1	17034250	rs61773400	C	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-1.050;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	17034285	rs77805593	C	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.467;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr1	17034297	rs9728482	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=6;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=309;ReadPosRankSum=0.954;SC=ACGGTCCTCCGCCCCACTCCT;SOR=0.320;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=15;WE=17034305;WS=17034275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	17044511	rs2773185	T	C	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TCCCAGCTGCTCTTCCTGCAT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=68;WE=17044519;WS=17044501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,66:0.71:93
chr1	17044589	rs944147	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.416;NF=32;NR=22;PP=749;ReadPosRankSum=0.204;SC=TGTGGGGAACGGAGCCCAAGC;SOR=0.994;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=54;WE=17044597;WS=17044579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,51:0.33:155
chr1	17044695	rs2773186	A	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.232;NF=17;NR=26;PP=593;ReadPosRankSum=0.207;SC=CCAGCGCCCAATCACACACAG;SOR=0.428;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=43;WE=17044703;WS=17044685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr1	17046361	rs3856291	A	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.682;NF=19;NR=5;PP=317;ReadPosRankSum=0.272;SC=TGGAGGGATCATTGCCCTGGA;SOR=0.394;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=24;WE=17046369;WS=17046351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr1	17046439	rs9728204	C	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-2.286;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,64:0.20:317
chr1	17046456	rs3856292	T	C	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=6.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,111:0.28:392
chr1	17046549	rs1755332	G	A	7316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.017;NF=173;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GTCTGTGGCCGCGGTGGGATC;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=544;TCF=291;TCR=253;TR=317;WE=17046557;WS=17046539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,326:0.59:553
chr1	17046595	rs3856293	T	C	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FS=3.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-6.304;QD=5.07;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,185:0.31:602
chr1	17046613	rs3856294	C	T	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=-1.481;NF=73;NR=104;PP=1869;ReadPosRankSum=0.980;SC=CCAAAGCGGGCAGTCAGATGC;SOR=0.897;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=588;TCF=260;TCR=328;TR=177;WE=17046621;WS=17046603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:419,179:0.30:598
chr1	17046698	rs3982089	C	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.970;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.635;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,64:0.27:234
chr1	17083652	rs113710576	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.886;NF=17;NR=0;PP=253;ReadPosRankSum=1.026;SC=AAATCTCAACCTTGAGTACAA;SOR=0.346;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=63;TCR=2;TR=17;WE=17083660;WS=17083643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr1	17083671	rs1057420	C	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=0.701;QD=3.74;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr1	17083685	rs3197973	C	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQRankSum=0.530;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	17083807	rs9286084	T	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.19;QD=29.86;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	17083816	rs11260920	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.22;MQRankSum=0.110;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr1	17083888	rs75141545	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.04;MQRankSum=1.083;QD=20.81;ReadPosRankSum=2.114;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr1	17084006	rs2446544	C	T	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.01;MQRankSum=-4.046;QD=15.55;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,74:0.58:128
chr1	17084510	rs61769731	G	A	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=4.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.82;MQRankSum=-1.381;QD=5.58;ReadPosRankSum=-3.487;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,103:0.31:337
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chr1	17084948	rs199741699	A	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQRankSum=0.164;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,83:0.24:340
chr1	17084968	rs2761533	G	C	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.260;NF=99;NR=66;PP=2242;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CACCGATTCCGCAAGCTGACT;SOR=0.940;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=524;TCF=303;TCR=221;TR=165;WE=17084976;WS=17084958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,138:0.30:460
chr1	17085006	rs201784242	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FS=0.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.01;MQRankSum=-3.008;QD=0.57;ReadPosRankSum=-1.697;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:545,86:0.14:631
chr1	17085165	rs2490828	G	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.77;MQRankSum=1.469;QD=29.13;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
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chr1	17085412	rs872964	C	T	4340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.138;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-14.394;NF=166;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=2.740;SC=GTTGTGCATGCGGTTCGGAGG;SOR=1.147;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=677;TCF=357;TCR=320;TR=291;WE=17085420;WS=17085402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,232:0.40:576
chr1	17085427	rs2002186	T	C	9989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-18.752;NF=179;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=4.635;SC=CGGAGGTAAATGTGAACCGAG;SOR=0.925;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=706;TCF=350;TCR=356;TR=353;WE=17085435;WS=17085417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,293:0.47:626
chr1	17085502	rs2329006	T	C	3262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.466;NF=46;NR=113;PP=2841;ReadPosRankSum=-1.478;SC=GTCCCAGACATCAAAGCATGC;SOR=1.172;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=361;TCF=128;TCR=233;TR=159;WE=17085510;WS=17085492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,143:0.44:326
chr1	17085542	rs2261754	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQRankSum=-2.408;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,40:0.20:196
chr1	17085564	rs3851921	A	G	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.137;NF=33;NR=51;PP=1567;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GACTCACTGCAGCTTGTGCGG;SOR=0.648;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=76;TCR=113;TR=84;WE=17085572;WS=17085554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,56:0.33:168
chr1	17085614	rs3891100	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=5.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.51;MQRankSum=2.084;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,29:0.19:152
chr1	17085671	rs3863806	C	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.82;MQRankSum=-7.387;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,21:0.14:154
chr1	17085677	rs3863805	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQRankSum=-7.503;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,21:0.13:159
chr1	17085712	rs3863803	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=7.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.34;MQRankSum=-7.394;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.458;SOR=1.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,24:0.14:176
chr1	17085834	rs2005622	G	T	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.586;NF=60;NR=44;PP=1705;ReadPosRankSum=0.091;SC=CGGGCCGCAGGGTGAAGCACC;SOR=1.192;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=104;WE=17085842;WS=17085824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,86:0.53:162
chr1	17085999	rs370644748	CCCCG	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.76;MQRankSum=-2.797;QD=3.26;ReadPosRankSum=-2.772;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,9:0.17:52
chr1	17086052	rs1057286	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.63;QD=24.14;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	17086941	rs28462251	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=16.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.22;MQRankSum=-3.227;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=3.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,31:0.23:133
chr1	17087262	rs2926375	C	T	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.047;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.132;NF=112;NR=73;PP=2916;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TCGCCTTTCTCCTGGAAGAGG;SOR=1.033;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=427;TCF=242;TCR=185;TR=185;WE=17087270;WS=17087252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,175:0.43:411
chr1	17087292	rs2179161	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=32.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-19.003;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.989;SOR=4.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:492,49:0.09:541
chr1	17087299	rs2179162	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FS=29.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-20.221;QD=1.67;ReadPosRankSum=-1.926;SOR=3.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,56:0.10:559
chr1	17087305	rs12046578	G	C	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FS=29.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-20.611;QD=1.94;ReadPosRankSum=-2.600;SOR=3.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:499,67:0.12:566
chr1	17087365	rs2446556	C	G	16182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=297;NR=275;PP=2965;SC=TGTAGTGGAACGCCCTGGAGA;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=576;TCF=300;TCR=276;TR=572;WE=17087373;WS=17087355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr1	17087465	rs11260924	G	A	3349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.843;NF=80;NR=104;PP=2606;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GTCCATTAAGGGCCCACAGCG;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=544;TCF=251;TCR=293;TR=184;WE=17087473;WS=17087455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,175:0.33:529
chr1	17087521	rs11589598	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.33;MQRankSum=-6.978;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:368,86:0.19:454
chr1	17087541	rs113982165	GGTGCT	G	4389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.465;NF=23;NR=86;PP=2943;ReadPosRankSum=-1.614;SC=GCATGTAGCAGGTGCTGTAGC;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=75;TCR=282;TR=109;WE=17087553;WS=17087531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,130:0.28:461
chr1	17087582	rs10907280	G	A	3905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-19.028;NF=105;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=3.171;SC=GAAGTCATTCGATGGCGAGCG;SOR=0.928;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=466;TCF=207;TCR=259;TR=246;WE=17087590;WS=17087572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,187:0.45:414
chr1	17090902	.	A	AT	947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.319;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQRankSum=-6.268;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,50:0.20:252
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chr1	17197571	rs76372883	G	A	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=42.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQRankSum=-7.648;QD=6.67;ReadPosRankSum=-6.487;SOR=2.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,146:0.30:494
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chr1	17198215	rs61768117	A	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQRankSum=-2.440;QD=18.09;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	17198621	.	C	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQRankSum=-1.981;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.241;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr1	17248532	rs6586566	A	G	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=75;PP=2965;SC=GGGGCTGGCGAGGGCACAGGA;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=188;WE=17248540;WS=17248522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	17249395	rs6586567	A	G	4527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.849;SC=ACTGTAACTCACTGTGGGGCA;SOR=1.059;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=296;TCF=90;TCR=206;TR=180;WE=17249403;WS=17249385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,184:0.61:300
chr1	17250762	rs58609892	G	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=1.026;SC=CTCCCTGTTGGGGGGAGGATG;SOR=0.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=16;WE=17250770;WS=17250752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr1	17250836	rs57174186	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
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chr1	17256313	rs9435710	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	17256695	rs140045815	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=287;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GAGCAGCAGCGGCTGAGGGTG;SOR=0.684;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=18;WE=17256703;WS=17256685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr1	17257187	rs144414935	G	GTCCGAGGGAGCACTC	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.645;NF=0;NR=5;PP=881;ReadPosRankSum=1.597;SC=AGGGAGCACTGTCCAAGGGAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=17257195;WS=17257177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	17262942	rs7529769	G	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr1	17262944	rs7521985	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	17262953	rs7521989	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	17264863	rs4275496	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=-0.460;SC=ACAGAACCCCAACCACCCTTT;SOR=1.329;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=17264871;WS=17264853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr1	17264939	rs4558023	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-2.498;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.871;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	17265327	rs4269813	A	G	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=34;PP=1157;ReadPosRankSum=-1.250;SC=CCCCAGCCTCACCTGGGCGTC;SOR=1.267;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=291;TCF=171;TCR=120;TR=100;WE=17265335;WS=17265317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,105:0.34:306
chr1	17265366	rs4269812	C	G	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=70;PP=1944;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CGGTTCCTAACTCAGCAGCCT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=414;TCF=227;TCR=187;TR=157;WE=17265374;WS=17265356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,165:0.38:436
chr1	17265560	rs9435793	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.793;NF=3;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=1.104;SC=CCGCCGAGGCCCCTCCCCGGC;SOR=1.123;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=11;WE=17265568;WS=17265550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr1	17266536	rs9435714	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=1.188;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.851;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr1	17267302	rs6586577	A	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=647;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GCTCACTGTAACCTGGAACTC;SOR=0.890;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=43;WE=17267310;WS=17267292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr1	17267496	rs6586578	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.218;NF=21;NR=34;PP=728;ReadPosRankSum=0.315;SC=ATCTCAGCCTCGAGGATAGTA;SOR=1.157;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=55;WE=17267504;WS=17267486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr1	17270751	rs12025984	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,25:0.21:118
chr1	17270845	.	C	CG	617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=619;ReadPosRankSum=1.216;SC=CAGTGCCCCCCTGGGGTTAGG;SOR=0.693;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=15;WE=17270853;WS=17270835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	17273396	rs7537468	A	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.138;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=1058;ReadPosRankSum=0.522;SC=AGGGCTCCCTACGAGTGGCGG;SOR=1.218;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=167;TCF=64;TCR=103;TR=65;WE=17273404;WS=17273386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,65:0.37:174
chr1	17273444	rs7545185	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=474;ReadPosRankSum=0.217;SC=AGCTCCCCACGCTGCGCCATG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=36;WE=17273452;WS=17273434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr1	17273493	rs7537563	A	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-1.261;SC=GCAGGTGGGCAAAGCTGTGTG;SOR=1.190;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=18;WE=17273501;WS=17273483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr1	17275054	rs6698564	G	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-0.039;SC=CCGCCCTGGGGGGTCCTCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=8;WE=17275062;WS=17275044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	17281003	rs2076606	T	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=543;SC=AGCCCCCATCTGAGGGAGGTG;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=17281011;WS=17280993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	17287414	rs2273113	T	C	120.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=1.465;SC=GGGCCGAGGCTGCAGAGCTGG;SOR=1.108;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=17287422;WS=17287404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr1	17295679	rs4920574	T	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1761;ReadPosRankSum=0.430;SC=GGGCCCTGGCTAAGGTGGAGG;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=96;WE=17295687;WS=17295669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr1	17297289	rs9435656	C	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=10;PP=258;SC=TCCGGGACCCCAACTTCATCC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=17297297;WS=17297279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	17299013	rs201543544	CA	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.565;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	17299014	rs6661019	A	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=17;PP=219;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CAGCCCCCCCACCCAGAGCCC;SOR=1.371;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=18;WE=17299022;WS=17298996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	17301448	rs2235933	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	17301672	rs761423	T	C	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1324;ReadPosRankSum=0.313;SC=GTGGATAATATGTGTTGAATA;SOR=0.757;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=101;WE=17301680;WS=17301662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,101:0.69:146
chr1	17301780	rs761422	A	G	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=56;PP=1442;ReadPosRankSum=-0.372;SC=GGAGCTCCTCATGGGCACACA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=108;WE=17301788;WS=17301770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,114:0.69:166
chr1	17301900	rs3830850	AGACAGAACCTGGCACGGGAGCCCG	A	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.321;NF=1;NR=7;PP=825;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GGGATAGCCCAGACAGAACCT;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=8;WE=17301931;WS=17301890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	17303589	rs2235932	C	T	10628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=188;PP=2965;SC=CTCGGTGACCCGGCAAGGCCC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=370;TCF=182;TCR=188;TR=370;WE=17303597;WS=17303579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr1	17303792	rs4920588	C	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=21;PP=528;SC=AGGTCAGGCCCATAAGAGCCT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=17303800;WS=17303782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	17312743	rs3170740	C	T	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.160;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=913;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CGGGCAGCGGCGGCCAGGGCT;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=54;WE=17312751;WS=17312733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,57:0.75:76
chr1	17313157	rs2076605	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=556;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TCAGGCAGGAGCCACGCCCCC;SOR=0.120;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=33;WE=17313165;WS=17313147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr1	17313343	rs9435659	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=968;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CCTTGGACACGGCTGCAGCCA;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=67;WE=17313351;WS=17313333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,73:0.79:92
chr1	17313454	rs7531163	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-2.231;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,34:0.26:129
chr1	17313654	rs761421	C	T	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=52;PP=1663;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CCGGTGGCCGCACCCGTCCCA;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=114;WE=17313662;WS=17313644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,118:0.63:187
chr1	17314942	rs9435662	G	A	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=66;PP=1589;ReadPosRankSum=-1.360;SC=AGTCATTGGCGCCGTCTCCGC;SOR=0.503;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=53;TCR=110;TR=99;WE=17314950;WS=17314932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,106:0.62:170
chr1	17319011	rs2076603	G	A	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=111;PP=2965;SC=CCCAAAGTGGGGGTCTCATCA;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=144;TCR=111;TR=252;WE=17319019;WS=17319001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	17323449	rs9435736	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=3;PP=174;SC=CCACCCTGCCTCACTCCACCT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=17323457;WS=17323448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	17332059	rs200587951	C	T	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,161:0.30:541
chr1	17359676	rs1022580	C	A	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=51;PP=1621;SC=ATTTATGTAACGTTCAACCTC;SOR=2.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=17359684;WS=17359666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	17371152	rs12073028	T	C	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=3;PP=918;SC=AACAGAGCCATCGGATGATCT;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=17371160;WS=17371142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	17371494	rs9435745	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=462;SC=ACATTACTGACACATAATCTT;SOR=4.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=17371502;WS=17371484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	17380497	rs2746462	G	T	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=77;PP=2289;SC=TCAAGGAGAGGGCGACCACCG;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=123;WE=17380505;WS=17380487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	17395480	rs2076599	G	A	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=6;PP=1851;SC=GGCTCTGGGCGTGTGAGGGAG;SOR=4.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=72;TCR=6;TR=78;WE=17395488;WS=17395470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	17395521	rs2076598	G	A	5674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=44;PP=2965;SC=GGAGGCAAACGCCAGGGCCCC;SOR=2.326;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=147;TCR=44;TR=190;WE=17395529;WS=17395511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	17396498	rs2076596	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=0;PP=740;SC=GGCCTCCCCATTGGACAGCTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=17396506;WS=17396488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	17396592	rs11581590	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.603;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,61:0.29:210
chr1	17396703	rs2076595	T	C	9399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=142;NR=176;PP=2965;SC=GGTTCCAGTCTAGGCAGCGCT;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=142;TCR=176;TR=318;WE=17396711;WS=17396693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	17398066	rs875219	G	C	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.36;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	17398069	rs875218	T	C	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.98;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	17401283	rs3818041	C	T	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=9;PP=1295;SC=TTATCTGCCCCACCCTCCCGA;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=60;WE=17401291;WS=17401273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	17402116	rs3818035	G	T	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=56;PP=2965;SC=TGGCAGGGGCGGGTAATATAT;SOR=1.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=117;TCR=56;TR=172;WE=17402124;WS=17402106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	17402135	rs3818034	T	C	6282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.138;SC=ATTGGTTTGCTGCTACCCCAT;SOR=0.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=149;TCR=76;TR=224;WE=17402143;WS=17402125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr1	17402159	rs3818033	G	A	8243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=120;PP=2965;SC=CTCCAGCCTCGGGAGGCTAGC;SOR=1.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=176;TCR=120;TR=295;WE=17402167;WS=17402149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	17402255	rs3818032	C	T	10535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=191;PP=2965;SC=GCTCCACGGGCGCCTGCACCT;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=185;TCR=192;TR=376;WE=17402263;WS=17402245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr1	17402347	rs2647205	C	T	7923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=152;PP=2965;SC=GGAGTTTCAGCAAATTACCCA;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=129;TCR=152;TR=281;WE=17402355;WS=17402337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	17402418	rs3818031	A	G	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=88;PP=2566;ReadPosRankSum=0.105;SC=ACCCAGAGTGACATCAGCAGA;SOR=1.478;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=24;TCR=89;TR=112;WE=17402426;WS=17402408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr1	17405809	rs2057096	G	A	5972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=94;PP=2965;SC=ATGTCTTGCCGTTCACGGTCA;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=118;TCR=94;TR=212;WE=17405817;WS=17405799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	17405916	rs2057095	C	T	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=81;PP=2178;SC=GGGCCCTAGGCAGAGGGCACA;SOR=1.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=126;WE=17405924;WS=17405906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	17405949	rs2057094	C	T	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=54;PP=1548;SC=TCTTCTGCAGCCAGGGTCCTC;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=80;WE=17405957;WS=17405939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	17406015	rs2057093	C	T	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=680;SC=TGTGGGCACCCAGTTTCCAGG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=17406023;WS=17406005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	17406045	rs2057092	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=317;SC=CACGGTCTTCCTATGATTAAC;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=17406053;WS=17406035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	17410364	rs1883913	G	A	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=48;PP=1420;SC=GAGAGGCCAGGAGAAAGGGTG;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=75;WE=17410372;WS=17410354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	17418883	rs2647184	A	G	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=18;PP=1200;SC=TCTAGGCTGGACTGGGCTGGG;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=17418902;WS=17418873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	17418894	rs2273111	A	G	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=27;PP=1549;SC=CTGGGCTGGGATCACTCACTC;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=17418902;WS=17418873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	17419066	rs11203298	T	C	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=83;PP=2965;SC=GATCTATCTGTTGCTGGAGCC;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=63;TCR=83;TR=146;WE=17419074;WS=17419056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	17422226	rs2076609	C	T	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=5;PP=1206;SC=GCTCTGTTGCCGTCTCTAGGA;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=17422234;WS=17422216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	17422302	rs2076608	T	C	5559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=65;PP=2965;SC=TGTCTTGGGCTTTAGTCTCCT;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=119;TCR=65;TR=184;WE=17422310;WS=17422292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	17431618	rs11203300	A	G	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1553;ReadPosRankSum=-1.088;SC=GAGGGGCTTCAAGAGGAGACT;SOR=1.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=78;WE=17431626;WS=17431608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr1	17431681	rs2647172	C	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.961;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=351;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TGAGCCCAGGCGTTTGAGACC;SOR=2.200;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=18;WE=17431689;WS=17431671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr1	17532003	.	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=176;ReadPosRankSum=-0.044;SC=CAGCTCCTGGGCACTGGGCTC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=17532011;WS=17531993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	17550225	rs3003481	T	C	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=72;PP=2283;SC=TCTATCCCTTTGCCCCTCCAG;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=83;TCR=72;TR=155;WE=17550233;WS=17550215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	17550303	rs2293913	T	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1270;ReadPosRankSum=1.884;SC=CCTCCATCACTGAGGGGCTTG;SOR=0.440;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=86;WE=17550311;WS=17550293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr1	17550405	rs116218384	A	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=200;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TTCACTGCCCAGTGAACAACG;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=17550413;WS=17550395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	17551034	rs2293915	A	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=627;SC=CAGGGTCTGTAGTATCCAACC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=17551042;WS=17551024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	17557039	rs10888010	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,16:0.22:74
chr1	17557133	rs3003406	A	C	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,109:0.32:343
chr1	17557178	rs2977235	C	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.461;SC=GATCCTGGTACGTAGCGACAG;SOR=0.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=174;TCR=172;TR=114;WE=17557186;WS=17557160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,118:0.32:366
chr1	17557310	rs3003407	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=200;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GAGGTGGGATGTCAGCAAACT;SOR=0.614;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=15;WE=17557318;WS=17557300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr1	17559196	rs4268393	T	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=14.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.004;SOR=2.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,25:0.24:104
chr1	17563967	rs2977306	T	C	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=993;ReadPosRankSum=1.348;SC=CGTCCCCTCCTTCCCTGCCTG;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=276;TCF=117;TCR=159;TR=82;WE=17563975;WS=17563957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,85:0.30:288
chr1	17564990	rs2977310	T	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=474;SC=GGCTGGGGTGTAGACCGAGTG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=17564998;WS=17564980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	17570466	rs2293921	T	C	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=1359;ReadPosRankSum=0.267;SC=ACAGCACTTATAGCCAGACAG;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=199;TCR=135;TR=105;WE=17570474;WS=17570456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,107:0.31:350
chr1	17570767	rs41300110	C	G	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1029;ReadPosRankSum=0.001;SC=TCCTCTCTGCCCTCTTGCTAG;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=285;TCF=134;TCR=151;TR=83;WE=17570775;WS=17570757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,89:0.30:299
chr1	17592121	rs72646775	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=459;ReadPosRankSum=1.675;SC=CCTGGGAACCTTGTAGTGACT;SOR=0.628;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=30;WE=17592129;WS=17592111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr1	17593144	rs2272628	C	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,20:0.23:86
chr1	17594263	rs4262593	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=266;ReadPosRankSum=0.303;SC=GGGAGGGAGCTGGGCAGCAGA;SOR=0.406;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=87;TCF=74;TCR=13;TR=23;WE=17594271;WS=17594253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr1	17594592	rs4339902	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=-1.260;SC=GTGGCGGGTCGCAGTAAGAAC;SOR=0.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=11;WE=17594600;WS=17594582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	17597314	rs3215408	T	TC	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr1	17597721	rs4595409	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=195;ReadPosRankSum=0.310;SC=CATCCTGGAGAGAGAGGCCTT;SOR=0.207;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=15;WE=17597729;WS=17597711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr1	17601083	rs2293917	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.614;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,64:0.25:256
chr1	17601165	rs11585357	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.562;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,61:0.21:287
chr1	17609448	rs2293920	G	T	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=65;PP=2157;ReadPosRankSum=0.668;SC=TGCTGGAGCCGCTGGGCCTCC;SOR=0.581;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=221;TCF=125;TCR=96;TR=143;WE=17609456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,146:0.63:231
chr1	17657534	rs11203366	G	A	9190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=160;NR=159;PP=2965;SC=TATTGCCCACGGCCCTCCAGC;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=160;TCR=159;TR=319;WE=17657542;WS=17657524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr1	17657616	rs11203367	T	C	6047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=131;PP=2965;SC=ACGATGAAAGTGGCCAGTGGT;SOR=1.097;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=94;TCR=131;TR=225;WE=17657624;WS=17657606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	17660499	rs874881	G	C	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=75;PP=2446;SC=TACCTCACCGGGGTGGGTAAG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=155;WE=17660507;WS=17660489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	17660660	rs874882	G	A	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=767;SC=CTGGGAGTTCGAAATATTCCA;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=17660668;WS=17660650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	17660697	rs1548323	T	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=292;SC=CACAAAGAAATACAATGTGGC;SOR=2.303;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=14;WE=17660705;WS=17660687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	17661128	rs1555658	A	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=21;PP=658;SC=TCAAATATCTATAACAAAAAG;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=17661136;WS=17661118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	17661659	rs71575828	C	CAT	202.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.674;NF=4;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=0.674;SC=TATACACACACATATATATAT;SOR=2.526;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=17661667;WS=17661649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	17661805	rs1635594	A	G	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=32;PP=1179;SC=AATCCTTACAACAATCCAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=17661813;WS=17661795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	17662541	rs1748034	A	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=724;SC=AGAGGGGCTCACACTATGGGT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=17662549;WS=17662531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	17662639	rs2240340	T	C	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=55;PP=2965;SC=CTCCTCTTACTTGATGGGATT;SOR=1.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=105;TCR=55;TR=160;WE=17662647;WS=17662629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	17662662	rs1748033	T	C	6784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=134;NR=92;PP=2965;SC=AGAAATCTCCTTGTGCGCAGA;SOR=0.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=134;TCR=93;TR=226;WE=17662670;WS=17662652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	17662751	rs1621005	C	G	6712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=131;PP=2965;SC=TCCTTTCCTACTTCTACTGGA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=106;TCR=131;TR=237;WE=17662759;WS=17662741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	17662804	rs1748032	C	T	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=91;PP=2587;SC=CAAATGCTGGCCTGTCCCACG;SOR=2.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=34;TCR=91;TR=125;WE=17662812;WS=17662794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	17662907	rs1748031	A	T	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=303;SC=CAAAATCAGAATTTCACCAAT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=17662915;WS=17662897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	17664329	rs1748025	C	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=58;SC=AGAATCACTTCAACCTGGGGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=17664337;WS=17664328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	17664770	rs1635586	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=29;PP=859;SC=CTTGTTGGCAAATCTGTTTTA;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=17664778;WS=17664760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	17668270	rs1748021	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=440;SC=TCCCAGCTAGAACTTCAGTCC;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=17668278;WS=17668264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	17668563	rs35903413	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.260;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,38:0.29:129
chr1	17672642	rs41266003	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.141;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=183;ReadPosRankSum=0.806;SC=CAGGTATGTGCCCTGCGGGGC;SOR=0.272;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=19;WE=17672650;WS=17672632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr1	17674402	rs2240336	C	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=27;PP=1494;ReadPosRankSum=2.385;SC=CCAGGCAGCACGCGCAACAGC;SOR=0.570;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=141;TCF=103;TCR=38;TR=95;WE=17674410;WS=17674392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,95:0.67:141
chr1	17674537	rs2240335	C	A	6094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,278:0.65:426
chr1	17681277	rs6683201	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=471;SC=CTGCTTCCGATTCTAGACAGC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=17681285;WS=17681267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	17683041	rs1635567	T	C	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=160;PP=2965;SC=ATCCAGGCAATAGGGTAGCAT;SOR=1.050;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=121;TCR=160;TR=281;WE=17683049;WS=17683031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	17683157	rs1635566	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=26;PP=795;SC=GGGGGAAGTGAGTCAAAAGAA;SOR=3.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=17683165;WS=17683147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	17685174	rs2428735	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=10;PP=974;SC=GTATTAAAGATATTTGACTTG;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=17685182;WS=17685164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	17685466	rs34481461	C	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=310;ReadPosRankSum=0.608;SC=CAGCCACTTTCCCAGTGATTA;SOR=1.747;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=20;WE=17685474;WS=17685456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr1	17685697	.	C	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr1	17707739	rs1204898	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.976;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=529;ReadPosRankSum=0.078;SC=TCCAGACTAATTTTCTCCACC;SOR=1.044;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=34;WE=17707747;WS=17707729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,34:0.33:102
chr1	17707757	rs6664321	CG	TC	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=754;ReadPosRankSum=0.784;SC=ACCCCACCCCCGACACCCTCT;SOR=0.860;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=20;WE=17707766;WS=17707747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr1	17707798	rs10788668	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GCTGATCAAACCTTTTGTCCT;SOR=1.524;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=8;WE=17707806;WS=17707788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr1	17714864	rs6696295	T	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=479;ReadPosRankSum=-2.235;SC=CCATCCCTTCTTTCTCTCCTA;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=30;WE=17714872;WS=17714854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr1	17715081	rs2526842	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=9.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr1	17715135	rs2526841	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.042;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GGGCAGAGCTTGAGGTTTGCT;SOR=1.245;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=14;WE=17715143;WS=17715125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr1	17715239	rs191892956	G	A	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=796;ReadPosRankSum=-1.033;SC=AAATGTGGAAGCAGGTTGCTA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=59;WE=17715247;WS=17715229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,61:0.59:104
chr1	17715475	rs2800688	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=39;ReadPosRankSum=-0.096;SC=CTAGGACCTCTCACCAGGAGA;SOR=0.553;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=7;WE=17715483;WS=17715465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr1	17718671	rs10709483	AG	A	6634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=80;PP=2951;SC=AGCAACAGCCAGGGTGGCATC;SOR=0.793;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=104;TCF=20;TCR=84;TR=100;WE=17718679;WS=17718661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	17718750	rs12737852	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=300;ReadPosRankSum=-0.440;SC=ACCCACCTGTCGGGGAGGGGT;SOR=0.534;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=26;WE=17718758;WS=17718740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr1	17720439	rs6695849	T	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,38:0.23:164
chr1	17720545	rs12073549	C	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.605;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=839;ReadPosRankSum=-0.437;SC=CTCAGGCCGCCGATCTCGATG;SOR=0.927;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=271;TCF=147;TCR=124;TR=79;WE=17720553;WS=17720535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,83:0.29:288
chr1	17720615	rs10458537	A	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=896;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AGCTCAGTCCAATCTCTCAGG;SOR=0.526;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=194;TCF=89;TCR=105;TR=64;WE=17720623;WS=17720605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,66:0.32:205
chr1	17720686	rs34075690	AG	A	1132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.431;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.903;NF=17;NR=18;PP=772;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GTGGCCTCTGAGGGGGGAGGG;SOR=1.168;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=35;WE=17720694;WS=17720676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,51:0.37:139
chr1	17721388	rs6691485	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CACCAAGTGGCGGGTGACCAG;SOR=0.238;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=17721396;WS=17721382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	17721695	.	GTTTTT	G,GTTTT	83.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.404;HP=17;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=154;ReadPosRankSum=-1.260;SC=GCTTTTTCTTGTTTTTTTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=4;WE=17721715;WS=17721685;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:12
chr1	17722230	rs114428194	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.351;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=228;ReadPosRankSum=2.919;SC=CTACATAGCCATTCTGTCACG;SOR=1.436;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=19;WE=17722238;WS=17722220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,21:0.26:81
chr1	17725358	rs2244936	C	G	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=7.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,64:0.33:195
chr1	17727860	rs78393373	G	A	3749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=94;PP=2485;ReadPosRankSum=0.374;SC=CCTGACAGAGGTCGGAGACAT;SOR=1.120;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=213;TCF=90;TCR=123;TR=155;WE=17727868;WS=17727850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,163:0.71:230
chr1	17738570	rs71014950	AC	A	2693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.886;NF=16;NR=42;PP=1743;ReadPosRankSum=0.204;SC=GCCATGAGCCACCCTGACTGG;SOR=0.642;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=190;TCF=62;TCR=128;TR=58;WE=17738578;WS=17738560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,104:0.33:318
chr1	17739820	rs1075535	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=9.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr1	17740357	rs2003871	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	17914122	rs35497285	G	A	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=868;ReadPosRankSum=0.241;SC=GATCCACTTGGACTCCATCCC;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=129;TCR=164;TR=86;WE=17914130;WS=17914112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,93:0.30:313
chr1	17914846	rs1193343	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=543;ReadPosRankSum=-2.508;SC=CTGTCTGCGGCGCCCCTGGGG;SOR=1.946;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=30;WE=17914854;WS=17914836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr1	17929980	rs1193338	C	G	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=109;NR=69;PP=2965;SC=CGGTGGTGCTCTCTCTCCCCA;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=109;TCR=70;TR=178;WE=17929988;WS=17929970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	17944984	.	CCCT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=2.789;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,11:0.09:121
chr1	17949562	rs55693639	C	T	4218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=81;PP=2790;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TGGTGTTCTTCCGCGTGAAGG;SOR=0.575;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=301;TCF=176;TCR=125;TR=188;WE=17949570;WS=17949552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,190:0.62:305
chr1	17961345	rs34725104	C	T	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=20;PP=1969;SC=AGCTGGAGATCAGCAGCCTGG;SOR=2.461;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=72;TCR=20;TR=91;WE=17961353;WS=17961335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	17991052	rs6695710	T	C	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=74;PP=2597;SC=CTGTGGGCCCTGGGTCACTGT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=90;TCR=74;TR=164;WE=17991060;WS=17991042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	18017522	rs871087	T	C	9542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=221;NR=114;PP=2965;SC=AACAATTTATTGCACTTCCTT;SOR=1.482;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=223;TCR=115;TR=335;WE=18017530;WS=18017512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	18017558	rs871088	A	G	13576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=0.003;SC=TTCCACTCGCATACTCGACTG;SOR=0.339;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=512;TCF=290;TCR=222;TR=507;WE=18017566;WS=18017548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,527:1.00:528
chr1	18017704	rs871089	C	T	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=134;PP=2965;SC=TGAACACTGCCGCATTAAGTC;SOR=2.005;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=54;TCR=135;TR=188;WE=18017712;WS=18017694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	18021406	rs905389	T	C	6069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=123;NR=92;PP=2965;SC=AATGCATCCGTATGGCAGCCC;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=124;TCR=92;TR=215;WE=18021414;WS=18021396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	18021444	rs41267491	G	T	6556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=101;PP=2965;SC=AACTGAGGCTGGTTAGGGGAG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=129;TCR=101;TR=230;WE=18021452;WS=18021434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	18023290	rs2270979	C	T	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=40;PP=2602;SC=CAGGTGCTTCCCTTAATGCGC;SOR=1.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=129;WE=18023298;WS=18023280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	18023365	rs2270978	C	T	6851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=105;PP=2965;SC=TCTCACTCAACGGGCACTGTG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=129;TCR=105;TR=234;WE=18023373;WS=18023355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	18023509	rs2270977	T	C	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=56;PP=2315;SC=CCATGCCCGATAGCCACGTGG;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=18023517;WS=18023499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	18023690	rs2270976	A	G	6502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=125;NR=117;PP=2965;SC=CGACCCCGACATCTGGGTGCG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=125;TCR=117;TR=242;WE=18023698;WS=18023680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	18023997	rs3835471	G	GC	691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=805;SC=AACTACTTGGGCAGAGCAAAG;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=18024005;WS=18023987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	18702988	rs10796450	T	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=785;SC=ACTCTTCCTTTGATCCCCAGC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=18702996;WS=18702978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	18704862	rs1043459	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,37:0.23:164
chr1	18807897	rs2992755	C	G	8775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=135;PP=2965;SC=CCTTGCTGCCCCAGCCAGGAA;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=180;TCR=135;TR=315;WE=18807905;WS=18807887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	18807938	rs2992754	C	A	6274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.798;SC=TAACCCTGACCCTCCCCATTT;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=403;TCF=224;TCR=179;TR=271;WE=18807946;WS=18807928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,278:0.67:415
chr1	18807953	rs11261022	C	A	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=65;PP=1715;ReadPosRankSum=1.742;SC=CCATTTCCCCCGCTTGGGCAG;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=380;TCF=202;TCR=178;TR=135;WE=18807961;WS=18807943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,142:0.36:394
chr1	18808292	rs2992753	C	A	12667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=230;NR=205;PP=2965;SC=AATGGAGGAGCATTTCATACA;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=437;TCF=232;TCR=205;TR=435;WE=18808300;WS=18808282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr1	18808465	rs3007718	T	A	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=88;PP=2965;SC=GAACAGGGGCTGCCTCGGGAG;SOR=1.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=60;TCR=88;TR=148;WE=18808473;WS=18808455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	18808526	rs2992752	A	C	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=57;PP=2448;SC=CTCCCCGCAGACAGGGCCGTG;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=135;WE=18808534;WS=18808516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	18808711	rs2992751	G	C	3101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=52;PP=2054;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CGGTGGCCGGGACCAATTTCT;SOR=0.535;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=167;TCF=96;TCR=71;TR=119;WE=18808719;WS=18808701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,129:0.72:179
chr1	18809896	rs2992745	A	T	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=46;PP=1274;SC=TTCTAGGCAAACAGGCAACCC;SOR=4.534;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=50;WE=18809904;WS=18809886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	18810344	rs2992740	G	T	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=14;PP=1407;SC=GGCCAGGAAGGAGCCGAGGGA;SOR=2.537;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=70;WE=18810352;WS=18810334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	18810484	rs1889861	G	A	5507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.10;ReadPosRankSum=-2.539;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,139:0.66:211
chr1	18810484	.	GAA	AAC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=58;NR=61;PP=2944;QD=20;SC=CTTATTGGAAGAAAGAGAAGC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=189;TCF=97;TCR=92;TR=119;WE=18810494;WS=18810474;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:70,119:0.63:189
chr1	18810486	rs1889862	A	C	5507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=-2.075;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,137:0.65:212
chr1	18960722	rs4920523	G	C	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=857;ReadPosRankSum=0.518;SC=ACTGGAGTCAGGGAGTGTACT;SOR=0.399;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=70;WE=18960730;WS=18960712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr1	19027239	rs2743201	A	G	4106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=79;PP=2532;ReadPosRankSum=-1.067;SC=GAGGCTTCCCACCCACCGGCA;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=294;TCF=169;TCR=125;TR=182;WE=19027247;WS=19027229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,194:0.63:307
chr1	19029546	rs1416464	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=287;ReadPosRankSum=0.274;SC=AGCGTCCAGGATGAGGCCACT;SOR=1.508;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=16;WE=19029554;WS=19029536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	19071153	rs142874250	C	CGGAT	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.515;NF=11;NR=0;PP=484;ReadPosRankSum=1.242;SC=GTAGACAGGACGGATGGATGG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=11;WE=19071161;WS=19071143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	19071191	.	G	GATGGATAA	417	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=12;NR=4;PP=417;QD=26.3125;SC=TAAATGGATGGATGGATGGAT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=16;WE=19071199;WS=19071172;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr1	19186260	rs9700646	C	T	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=46;PP=1343;SC=GTCCTGCCACCGACTGTGGGG;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=19186268;WS=19186250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	19186320	rs9701803	G	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=645;SC=GGAAAGGAGGGTGGAATTATG;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=19186328;WS=19186310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	19199487	rs35255325	A	G	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=59;PP=1663;ReadPosRankSum=0.540;SC=CTCTGAAAAGATGCAACAGCC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=114;WE=19199495;WS=19199477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,118:0.61:195
chr1	19200895	rs35657817	C	T	3420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=55;PP=2033;ReadPosRankSum=0.220;SC=CCCCTCGAGACGTAACATCTA;SOR=0.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=144;TCR=87;TR=145;WE=19200903;WS=19200885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,158:0.63:252
chr1	19201184	rs6665917	G	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=420;ReadPosRankSum=0.991;SC=AGGTTCAACAGGAGGCCGAGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=23;WE=19201192;WS=19201174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr1	19201956	rs2230708	A	G	4682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.340;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=96;PP=2802;ReadPosRankSum=0.106;SC=TGTACTTGTCATCCGGGTAGA;SOR=0.762;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=357;TCF=188;TCR=169;TR=210;WE=19201964;WS=19201946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,221:0.59:372
chr1	19202770	rs7550822	T	C	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=61;PP=2896;SC=TCCGGTGGGATTGTCCTCCTC;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=89;TCR=61;TR=150;WE=19202778;WS=19202760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	19202896	rs2230707	G	A	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.406;SC=ACTTGCCCCCGGCCAGGATGG;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=73;WE=19202904;WS=19202886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,79:0.61:129
chr1	19202917	rs7550938	T	C	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.21;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,63:0.60:105
chr1	19202926	rs2230706	T	C	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.36;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,58:0.59:99
chr1	19203997	rs2230705	C	G	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=71;PP=1977;ReadPosRankSum=0.397;SC=GACGCGAGCACGCGGAACACT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=104;TCR=112;TR=138;WE=19204005;WS=19203987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,150:0.64:234
chr1	19204154	rs6426813	G	A	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=401;SC=TGGCTCCCCCGGTTGCCCAGG;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=19204162;WS=19204144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	19204173	rs6426814	A	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=321;SC=GGGGCCCAAAACACCACCTAC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=19204181;WS=19204163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	19208145	rs112548638	G	GGGTTGCCT	5268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=22;PP=2978;SC=CAGGTGAGCAGGTGAACGTCC;SOR=1.524;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=56;WE=19208153;WS=19208135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	19208944	rs28566028	A	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=9;PP=681;SC=GCTGGGCTGCACCTCCCCCAC;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=19208952;WS=19208934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	19209543	rs6426611	A	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=17;PP=1501;SC=CAAGGGGCTCAGGGTGGCCTC;SOR=2.391;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=77;WE=19209551;WS=19209533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	19215834	rs941495	T	C	11954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=248;NR=179;PP=2965;SC=GGGGCTGAGCTCTGCCCACCC;SOR=1.023;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=427;TCF=248;TCR=179;TR=427;WE=19215842;WS=19215824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr1	19216428	rs4592275	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=781;ReadPosRankSum=0.199;SC=GCAGGCACGGGGCGCTATCTC;SOR=0.867;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=46;WE=19216436;WS=19216418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr1	19237107	rs2024724	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=650;ReadPosRankSum=0.074;SC=CCCTGCCTCCGGACATCAACC;SOR=0.420;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=28;WE=19237115;WS=19237097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr1	19243589	rs3748586	A	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=608;ReadPosRankSum=0.249;SC=CTAGGATGGAAGGTAGGGGTG;SOR=1.412;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=139;TCF=43;TCR=96;TR=43;WE=19243597;WS=19243579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,50:0.32:155
chr1	19282944	rs4912132	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=340;ReadPosRankSum=-1.074;SC=CGGCCGGCCGGGCGGTTCCAG;SOR=0.458;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=19;WE=19282952;WS=19282934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr1	19282981	rs1886768	A	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=228;SC=GCCTCCGCAGAGACGGCAGGA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=19282989;WS=19282971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	19401405	rs2281748	G	A	7241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=2.306;SC=AAAGCACAACGGGCAGAGGTG;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=465;TCF=235;TCR=230;TR=309;WE=19401413;WS=19401395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,323:0.66:487
chr1	19408294	rs67232976	G	GC	13073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=174;PP=2966;SC=TTCTTCCCTGGCCCCATGTCT;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=37;TCR=184;TR=209;WE=19408302;WS=19408284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr1	19408380	rs12164540	T	C	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=94;PP=2886;SC=ACGTTCACAATCTCCCCAACA;SOR=2.213;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=28;TCR=94;TR=122;WE=19408388;WS=19408370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	19411129	rs1043905	A	G	7410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=147;PP=2965;SC=GTTTGATGTCATGGATGTTGA;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=126;TCR=147;TR=273;WE=19411137;WS=19411119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	19412464	rs2274009	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=519;SC=TTGAGTAAGCCTCCATCCCCC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=19412472;WS=19412461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	19413261	rs12584	T	A	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=92;NR=82;PP=2804;SC=TTATTCTCCATCTCCTCCAAG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=174;WE=19413269;WS=19413251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	19413420	rs2274008	T	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=623;SC=ATGCCTTGGGTTTCAGGTTGC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=19413428;WS=19413410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	19415304	rs1043899	C	T	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=16;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TGGCCATGCGCTTCTTCTCTG;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=72;WE=19415312;WS=19415294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr1	19420392	rs1106839	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=11;PP=819;SC=GACCTAGTTCGGCGTTTTAGT;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=19420400;WS=19420382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	19426199	rs2236377	G	A	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=80;PP=2278;SC=TGAAGCTGTTGTTCCAAATAA;SOR=2.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=24;TCR=80;TR=104;WE=19426207;WS=19426189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	19433449	rs6426677	A	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=418;SC=TGAGGGCCTCAACGGGGACAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=19433457;WS=19433439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	19437185	rs10916957	G	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=0.421;SC=GAAACACAAGGCATGTGAGGG;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=12;WE=19437193;WS=19437175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	19440107	rs9661719	A	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=561;SC=CTGGACTGCTAGATGAGAGAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=19440115;WS=19440098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	19447843	rs1044010	C	G	4511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=69;PP=2921;SC=TGCTGCCGCACAGAGCACAGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=143;WE=19447851;WS=19447833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	19448326	rs6681662	C	T	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=45;PP=2380;SC=ATCTTGTTCACAGCTATATCT;SOR=1.414;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=133;WE=19448334;WS=19448316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	19448608	rs7535738	C	G	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=190;SC=TTGGACTACACCTGAACATGA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=19448616;WS=19448598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	19474975	rs2296108	T	G	3622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=57;PP=2097;ReadPosRankSum=-1.462;SC=TTCTTTAGCTTCGAGGCCTCA;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=125;TCR=82;TR=142;WE=19474983;WS=19474965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,158:0.70:227
chr1	19476307	rs376797517	GA	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=17.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.585;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,19:0.20:95
chr1	19481906	rs114158465	T	C	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=41;PP=1886;ReadPosRankSum=0.932;SC=AAATCCGGAATAGAAGGAAAT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=110;TCR=64;TR=113;WE=19481914;WS=19481896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,118:0.65:182
chr1	19483209	rs10799710	A	G	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=711;ReadPosRankSum=0.669;SC=GGGGAGAGAAAATGACTAGAA;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=35;WE=19483217;WS=19483199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr1	19486839	rs946419	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=33;PP=767;SC=GGATAATACTTGTAAAAATCA;SOR=5.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=19486847;WS=19486829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	19487656	rs3748759	T	C	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=884;ReadPosRankSum=1.435;SC=GGACAGAAAATGTCAGAGTCC;SOR=0.641;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=48;TCR=86;TR=73;WE=19487664;WS=19487646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,82:0.55:149
chr1	19487765	.	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=-0.418;SC=ATGTTATCCAAAAGCCTAAAT;SOR=0.136;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=9;WE=19487773;WS=19487755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr1	19491857	rs3748757	T	C	7291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;NR=154;PP=2965;SC=GGAGGCAAGATGGGAGAAAAA;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=115;TCR=154;TR=269;WE=19491865;WS=19491847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	19499560	rs16862578	T	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,54:0.24:229
chr1	19499585	.	G	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=1.222;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,46:0.22:208
chr1	19499835	rs951908	G	C	8842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=153;PP=2965;SC=TTTAGGAGATGACTATAGGCA;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=139;TCR=153;TR=291;WE=19499843;WS=19499825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr1	19500729	rs6694521	G	A	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=29;PP=2200;SC=CAATAAACTGGTTACATTTCA;SOR=1.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=82;TCR=29;TR=111;WE=19500737;WS=19500719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	19501420	rs199878470	T	G	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=1.882;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,81:0.68:120
chr1	19510394	rs3762396	A	G	10201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=212;NR=129;PP=2965;SC=GATGAACCTTAAAGACAAGTA;SOR=1.272;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=343;TCF=214;TCR=129;TR=341;WE=19510402;WS=19510384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr1	19513570	rs59833909	TTA	T	577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;QD=32.10;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	19518659	rs11588032	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=582;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CAAAATATAAGTTATAATCAA;SOR=1.757;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=33;WE=19518667;WS=19518649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr1	19519782	rs10799734	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=2;PP=691;ReadPosRankSum=0.663;SC=AAGCTGGATGCCTACCTCTTA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=34;WE=19519790;WS=19519772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr1	19519887	rs72651403	G	C	6300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.512;SC=TCCCTCATTTGAACAATCAAG;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=421;TCF=250;TCR=171;TR=260;WE=19519895;WS=19519867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,277:0.62:445
chr1	19528209	rs61759879	T	C	5535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.052;SC=GTGGAATACTTACTGAGACTG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=329;TCF=197;TCR=132;TR=225;WE=19528217;WS=19528199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,235:0.68:347
chr1	19549343	rs2073106	G	C	3734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=85;PP=1801;ReadPosRankSum=1.654;SC=AGGGATAGGAGGTGGCAGCTC;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=109;TCR=118;TR=163;WE=19549351;WS=19549333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,178:0.71:249
chr1	19549864	rs2073105	T	C	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=35;PP=2023;ReadPosRankSum=1.746;SC=TGGAGCTACCTTGGGTCCCTG;SOR=0.559;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=138;TCF=95;TCR=43;TR=105;WE=19549872;WS=19549854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,113:0.76:149
chr1	19554099	rs7515397	T	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=444;SC=AGTGGCTCATTCTTGTAATCC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=19554107;WS=19554089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	19557713	rs2275403	G	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=496;SC=GCCCCAAACCGGACTCCGCTA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=19557721;WS=19557703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	19564650	rs2073104	C	G	3315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=68;PP=2128;ReadPosRankSum=1.882;SC=GTACAGACAGCACGTGTCAAC;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=115;TCR=106;TR=141;WE=19564658;WS=19564640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,150:0.64:235
chr1	19565344	rs709683	C	G	4024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=74;PP=2347;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AGAACTGCTACTTTTCTGCTA;SOR=0.623;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=228;TCF=131;TCR=97;TR=165;WE=19565352;WS=19565334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,178:0.70:254
chr1	19566296	rs2273046	T	C	4025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=85;PP=2313;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TAGCAAACCATGTTGCCTGCA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=143;TCR=135;TR=175;WE=19566304;WS=19566286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,187:0.65:288
chr1	19566881	rs12084825	C	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,60:0.20:306
chr1	19568722	rs710866	G	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=280;ReadPosRankSum=-1.279;SC=ACACTCCATGGAACACCAACA;SOR=0.317;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=12;WE=19568730;WS=19568712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	19568972	rs710865	A	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.259;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=881;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TGGAAACTGAACACAAGTACA;SOR=1.129;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=52;WE=19568980;WS=19568962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr1	19578053	rs6680255	C	G	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,48:0.28:172
chr1	19578192	rs2294942	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=607;ReadPosRankSum=-1.175;SC=GCGGCGGCTTGGCAGGGAGAG;SOR=0.270;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=35;WE=19578200;WS=19578182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr1	19578404	rs41264060	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,58:0.26:226
chr1	19581226	rs735026	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=608;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TAAGTCTCCAGTGCATTTAGA;SOR=1.301;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=45;WE=19581234;WS=19581216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,48:0.30:161
chr1	19581442	.	G	GA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr1	19582338	rs6694099	C	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=308;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TTCCAGTTTCCATAGTTGTCA;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=24;WE=19582346;WS=19582328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr1	19582563	rs1557133	G	A	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=63;PP=2074;SC=GGCAGGGGGAGGAAGGCCCTT;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=109;WE=19582571;WS=19582553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	19583400	rs1774075	A	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=4;PP=452;SC=AAGGGACCCCAACGTGGGGAC;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=19583408;WS=19583390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	19583684	rs1774074	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=-0.102;SC=CAAAGCCGCCCTCTCTCCCAC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=16;WE=19583692;WS=19583674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr1	19583725	rs1738017	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=367;ReadPosRankSum=0.042;SC=CCCCAGCCATTGGCAGGCCGG;SOR=1.115;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=10;WE=19583742;WS=19583715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr1	19583734	rs4912057	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=1237;ReadPosRankSum=0.353;SC=TTGGCAGGCCGGAGGCTCAGG;SOR=0.516;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=32;WE=19583742;WS=19583715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr1	19584004	rs1042380	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=617;ReadPosRankSum=1.236;SC=GCACAAAGGAGGAGGTGAATG;SOR=2.003;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=109;TCF=33;TCR=76;TR=37;WE=19584012;WS=19583994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,38:0.32:119
chr1	19595137	rs2235795	C	T	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.470;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.463;NF=106;NR=32;PP=2482;ReadPosRankSum=1.887;SC=GCGCCATACGCGGCCTGCAGG;SOR=1.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=187;TCF=140;TCR=47;TR=138;WE=19595145;WS=19595127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,153:0.75:204
chr1	19595194	rs75616155	A	G	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.972;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,122:0.28:436
chr1	19595892	rs6665423	G	A	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=54;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.300;SC=ATCAGCCCCCGGGCCCAGAGT;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=23;TCR=76;TR=70;WE=19595900;WS=19595882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,74:0.70:106
chr1	19596124	rs2235794	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=533;ReadPosRankSum=1.860;SC=GTGCCTGAGGCAGGGGAAGAG;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=29;WE=19596132;WS=19596114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr1	19596156	rs6665756	G	T	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=914;ReadPosRankSum=-1.669;SC=CCTGCCGGGTGGTGGCGCTGT;SOR=0.509;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=58;WE=19596164;WS=19596146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,59:0.71:83
chr1	19600386	rs112053480	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.060;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.668;NF=12;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=-1.848;SC=TTCGGAGCCCCAGGCCGCCAA;SOR=0.814;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=24;WE=19600394;WS=19600376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr1	19600538	rs144376466	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=13.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.51;MQRankSum=-1.196;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	19609254	rs1738025	T	C	10624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=183;PP=2965;SC=CATTCGTGAGTAACCAAATGC;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=367;TCF=184;TCR=183;TR=367;WE=19609262;WS=19609244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr1	19609522	rs140599506	G	A	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=64;PP=1759;SC=AGGTGCCTTGGATAGCTGTAC;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=96;WE=19609530;WS=19609512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	19611241	rs1738023	T	C	11180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=252;PP=2965;SC=TGTTTCCCATTCTTGTCCTCA;SOR=1.543;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=384;TCF=132;TCR=252;TR=384;WE=19611249;WS=19611231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr1	19612477	rs2231198	C	T	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.913;NF=79;NR=57;PP=1943;ReadPosRankSum=0.282;SC=CCAAGCTCCACGAACTTGCCC;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=190;TCF=109;TCR=81;TR=136;WE=19612485;WS=19612467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,143:0.71:201
chr1	19635011	rs1043657	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=5.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=1.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,25:0.23:107
chr1	19638309	rs2227295	A	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=333;SC=GAGGATCTGCAGCTACTGTTA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=19638317;WS=19638299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	19652132	rs214315	T	G	654.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=21;PP=663;SC=GGGGCAGTTGTGGGGGGGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=19652141;WS=19652122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	19652133	.	G	GGT	654.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=19;PP=546;SC=GGGCAGTTGTGGGGGGGGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=19652141;WS=19652122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	19669235	rs12124843	A	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=20;PP=1384;SC=CGCGGCTCTCAGGCAGGGTAC;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=73;WE=19669243;WS=19669225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	19683301	rs169957	G	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=46;PP=1211;SC=AGTGGCCCCTGGAATTCAGGG;SOR=1.897;Source=Platypus;TCF=20;TR=66;WE=19683309;WS=19683291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	19775246	rs10442634	C	T	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=60;PP=2763;SC=TCTCCCTTCACCCTGGCAGTT;SOR=1.065;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=102;TCR=60;TR=162;WE=19775254;WS=19775236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	19775492	rs10442635	A	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=14;PP=403;SC=TGACGTGACTAGGGACGCTGC;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=19775500;WS=19775482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	19923313	rs4912130	T	A	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=143;SC=CGCAAACCCATAGGCGCAGCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=19923321;WS=19923308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	19935118	rs138778783	T	TA	1778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=42;PP=1352;SC=AAAAAATAAATAAAAAAAGTG;SOR=1.888;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=47;WE=19935126;WS=19935108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	19981451	rs3828101	A	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=499;SC=TAACACCACTACCCGGCCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=19981459;WS=19981441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	19981791	rs2294630	A	G	7861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=166;NR=128;PP=2965;SC=ACAGTGACACAGGCATGGTGA;SOR=0.966;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=167;TCR=128;TR=294;WE=19981799;WS=19981781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	20020993	rs4370779	AC	GT	11583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=112;PP=2947;SC=GGCCGGCGACACGGAGCTGCA;SOR=0.732;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=235;TCF=118;TCR=117;TR=220;WE=20021002;WS=20020983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	20141528	rs1541185	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=2.052;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,67:0.29:235
chr1	20304857	rs2307246	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=628;ReadPosRankSum=0.368;SC=GGGTAGGGAGGGATAGGTGGC;SOR=1.107;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=40;WE=20304865;WS=20304847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr1	20304926	rs4744	G	A	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.070;SC=AGTGGCAGCCGTAGAAGCCAT;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=77;WE=20304934;WS=20304916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,84:0.65:129
chr1	20305065	rs10732279	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=175;ReadPosRankSum=1.134;SC=TGGGGTTCTGCGCCCTCCCTC;SOR=0.226;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=17;WE=20305073;WS=20305055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr1	20395401	rs11573185	C	A	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=14;PP=1306;ReadPosRankSum=2.908;SC=CACACTCCCCCCTACGTCCTT;SOR=0.532;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=88;TCR=21;TR=69;WE=20395409;WS=20395391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,72:0.63:115
chr1	20395497	rs10916703	G	A	3371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=82;PP=2220;ReadPosRankSum=-1.364;SC=CAGACCATTCGTTGAAGAAGA;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=490;TCF=267;TCR=223;TR=178;WE=20395505;WS=20395487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,183:0.36:502
chr1	20411234	rs2020886	T	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=406;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TGGGGCCTGGTGGAGAGCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=23;WE=20411242;WS=20411224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr1	20411332	rs2020887	C	T	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1329;ReadPosRankSum=1.642;SC=AGATGAAAGGCCTCCTCCCAC;SOR=0.496;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=94;WE=20411340;WS=20411322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,107:0.71:150
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chr1	20442054	rs584367	T	C	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=78;PP=2316;SC=TTGTAGATGCTGCACCCCTGG;SOR=1.045;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=145;WE=20442062;WS=20442044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr1	20490518	rs6426616	T	C	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,82:0.28:289
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chr1	20637043	rs12726937	C	T	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=22;PP=2074;ReadPosRankSum=-0.028;SC=CCTCTTCCCACTTCCTGCCCT;SOR=1.448;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=139;TCF=106;TCR=33;TR=106;WE=20637051;WS=20637033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,110:0.77:142
chr1	20637374	rs10916761	T	C	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=77;PP=2019;ReadPosRankSum=0.312;SC=AATGGTGAGATTCTTTCTGCT;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=19;TCR=102;TR=91;WE=20637382;WS=20637364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,93:0.76:123
chr1	20643944	rs4654851	G	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=3;PP=667;ReadPosRankSum=1.030;SC=GGAACTCATCGTCCTCTCCTT;SOR=0.409;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=34;WE=20643952;WS=20643934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr1	20649814	rs4655194	T	C	4297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=60;PP=2591;ReadPosRankSum=-1.504;SC=CTCTTGACCCTGATTGCCCAA;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=153;TCR=82;TR=173;WE=20649822;WS=20649804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,183:0.75:245
chr1	20656824	rs2072752	A	G	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=78;PP=2122;ReadPosRankSum=-0.779;SC=GGCGCTGTCAACAACACAGGG;SOR=0.934;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=55;TCR=113;TR=113;WE=20656832;WS=20656814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,119:0.65:182
chr1	20657352	rs2072753	T	C	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=64;PP=2150;ReadPosRankSum=0.605;SC=CTCTTCTCCCTTTCCGCCAGG;SOR=0.577;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=236;TCF=132;TCR=104;TR=141;WE=20657360;WS=20657342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,151:0.59:255
chr1	20662938	rs10916769	A	G	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=53;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.063;SC=GGGCAGGCCAAAAATGCCCGG;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=104;WE=20662946;WS=20662928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,107:0.67:159
chr1	20671833	rs10799629	C	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=574;ReadPosRankSum=-2.648;SC=TTAAAGGCTTCTTTAATCCCA;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=33;WE=20671841;WS=20671823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr1	20671961	rs11582960	G	A	3138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=60;PP=1906;ReadPosRankSum=-1.307;SC=TCCAACCGCCGCTACCAAGTG;SOR=0.658;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=105;TCR=93;TR=129;WE=20671969;WS=20671951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,141:0.65:216
chr1	20672101	rs4655200	C	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=758;ReadPosRankSum=0.902;SC=GGCAGGCGAGCGGCCGGGGGC;SOR=0.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=54;WE=20672109;WS=20672091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,55:0.59:94
chr1	20676932	rs179471	T	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=-1.622;SC=CACAGAGTACTCTGGTGACAG;SOR=0.269;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=15;WE=20676940;WS=20676922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr1	20680718	rs2072751	G	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=46;PP=1324;ReadPosRankSum=2.053;SC=TGAGAATCTCGAGTTCAATAT;SOR=0.572;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=94;WE=20680726;WS=20680708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,96:0.61:158
chr1	20680760	rs230180	A	G	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1006;ReadPosRankSum=-1.753;SC=TGTGTAGTTGAGTGACGGGGA;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=73;WE=20680768;WS=20680750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,75:0.60:125
chr1	20829560	rs2641114	G	A	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=468;SC=TAATCTTAGCGATCACAAAGC;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=20829568;WS=20829550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	20915589	rs3215400	TC	T	1507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.777;NF=30;NR=11;PP=1391;ReadPosRankSum=0.079;SC=AGCTCCTGTTTCCCGCTGCTC;SOR=0.955;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=41;WE=20915597;WS=20915579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr1	20940258	rs488991	T	A	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=33;PP=2004;SC=ACAGACCGAGTCTCAGGGCCT;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=103;WE=20940266;WS=20940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	20940463	rs3738130	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=491;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CCACGCCAAGTTGCAGGCATG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=25;WE=20940471;WS=20940453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr1	20944889	rs77158575	G	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=34;PP=1416;ReadPosRankSum=1.741;SC=GACCCAGTCCGTCTCAGCCCC;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=88;TCR=50;TR=92;WE=20944897;WS=20944879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,96:0.66:145
chr1	20944909	rs61781969	G	A	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=0.837;SC=CCTCAGCCACGCTGTGTCTCT;SOR=0.510;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=172;TCF=111;TCR=61;TR=113;WE=20944936;WS=20944899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,119:0.66:180
chr1	20944922	rs61781970	C	T	3429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GTGTCTCTCACGCCAGCTTTG;SOR=0.647;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=221;TCF=135;TCR=86;TR=145;WE=20944936;WS=20944899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,151:0.66:229
chr1	20945055	rs1048977	C	T	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=73;PP=2134;ReadPosRankSum=1.240;SC=TGCAGAAGACCCAGTGACAGC;SOR=0.963;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=210;TCF=102;TCR=108;TR=135;WE=20945063;WS=20945045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,140:0.63:223
chr1	20960230	rs45530340	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=117;ReadPosRankSum=0.412;SC=GGCTCGGGCTCCCTAACCGTC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=12;WE=20960238;WS=20960220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	20964328	rs2298298	A	G	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=11;PP=809;SC=TTCTTTTCTCATCACAGGCAA;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=20964336;WS=20964318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	20972048	rs3131713	G	A	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=22;PP=1436;SC=TCCCCTCTCCGCCAGCTATCC;SOR=1.194;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=70;WE=20972056;WS=20972038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	20974802	rs2298299	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=1.559;SC=TGCAGCCTGTACTTACTGGAG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=20974810;WS=20974800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	20974836	rs148894314	GC	G	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.822;NF=9;NR=3;PP=379;ReadPosRankSum=0.161;SC=CGCACAGCAGGCCCTTCTGAT;SOR=0.123;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=12;WE=20974844;WS=20974826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	20977000	rs1043424	A	C	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=980;ReadPosRankSum=1.862;SC=GCCCTGAAGAATCTGAAGTTA;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=63;WE=20977008;WS=20976990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr1	20977221	rs686658	A	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=682;SC=CTAAAAGAACATGGCATCCTC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=20977229;WS=20977211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	20978832	rs6893	T	C	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=15;PP=1438;SC=ACCCCCCTCCTTGCCCCGTCT;SOR=2.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=65;WE=20978840;WS=20978822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	20979307	rs11428148	G	GT	2384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.229;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.259;NF=27;NR=40;PP=2275;ReadPosRankSum=0.314;SC=GCCTGGGGCCGTTTCTGGCAG;SOR=0.721;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=188;TCF=68;TCR=120;TR=67;WE=20979315;WS=20979297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,94:0.39:241
chr1	20979573	rs36110575	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.07;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr1	20979580	rs12410193	T	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr1	20980085	rs35610874	AC	A	4126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.738;NF=29;NR=55;PP=2948;ReadPosRankSum=1.365;SC=AGCTTGGCAAACCCTTTGGGC;SOR=0.706;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=132;TCF=49;TCR=83;TR=84;WE=20980093;WS=20980075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,143:0.67:213
chr1	20981806	rs592851	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=536;SC=ACTCGGCCTTGATATAACAAA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=20981814;WS=20981796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	20982151	rs3738140	G	A	3781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2470;ReadPosRankSum=1.394;SC=AAACCTGGAAGGTGACAGGCC;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=104;TCR=107;TR=148;WE=20982159;WS=20982141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,160:0.70:227
chr1	20982631	rs4704	G	A	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=60;PP=2223;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CACTGCCTCCGCCGTCAATAA;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=126;TCR=86;TR=148;WE=20982639;WS=20982621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,163:0.70:234
chr1	20987873	rs537816	G	C	6425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=108;PP=2965;SC=GACCCAGCACGTGCACACCGG;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=97;TCR=108;TR=205;WE=20987881;WS=20987863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	20991273	rs56070322	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	20992819	rs631357	G	C	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=145;PP=2965;SC=TGTAGCGGTCGTCCTCCTGCC;SOR=1.459;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=89;TCR=145;TR=233;WE=20992827;WS=20992809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	20992887	rs61778493	C	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=671;ReadPosRankSum=0.281;SC=CAGGGCTCCACAGCCTCTGGT;SOR=0.404;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=32;WE=20992895;WS=20992877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr1	21011355	rs61750850	T	C	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1143;ReadPosRankSum=0.222;SC=CAGTCAGCACTGCCACCTCCA;SOR=1.052;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=136;TCF=86;TCR=50;TR=82;WE=21011363;WS=21011345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,89:0.59:150
chr1	21011552	rs2296224	C	T	5900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.197;SC=GTGGGAAGGCCGCCCCAACCC;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=196;TCR=156;TR=238;WE=21011560;WS=21011542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,255:0.68:377
chr1	21012575	rs479323	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.71;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,48:0.81:59
chr1	21024901	rs522496	C	T	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=47;PP=2066;ReadPosRankSum=-0.600;SC=TCGGCCTCCACGTCATGCTGG;SOR=0.630;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=118;WE=21024909;WS=21024891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr1	21030902	rs900039	G	T	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=16;PP=1836;SC=TTCTCCTGGGGACCTGGCCCT;SOR=2.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=70;TCR=16;TR=86;WE=21030910;WS=21030892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	21040079	rs10799661	C	A	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=92;PP=2836;SC=GAACCTAGACCTCAGAGCTCG;SOR=1.152;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=158;WE=21040087;WS=21040069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	21042300	rs554111	C	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=474;SC=GGAGTTGACTCTCTGGTGGGG;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=21042308;WS=21042290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	21043913	rs604659	T	C	5843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=66;PP=2965;SC=CCCTGGGGACTCTCGGGGCGG;SOR=1.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=133;TCR=67;TR=199;WE=21043938;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	21043926	rs604645	T	C	6609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=79;PP=2965;SC=CGGGGCGGCCTCATGCCCTGC;SOR=1.365;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=148;TCR=79;TR=226;WE=21043938;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	21044161	rs601329	A	G	7895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=159;PP=2965;SC=GGTTCATGGGACGGCAGCGCA;SOR=1.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=117;TCR=159;TR=276;WE=21044169;WS=21044151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	21044219	rs601392	A	C	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=67;PP=2041;SC=CCCAGGACCAACGGGACCAGA;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=102;WE=21044227;WS=21044209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	21050958	rs592060	C	T	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=121;PP=2965;SC=TCTGAGAGAGCTGATCACGGC;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=75;TCR=121;TR=196;WE=21050966;WS=21050948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	21099846	rs589755	A	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=626;SC=AGGAAGCAGAACAAGATTTAT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=21099854;WS=21099836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	21143774	rs12126757	A	T	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	21167404	rs2230573	A	G	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=41;PP=2532;SC=TGATAGAGTAATTGGCCCATG;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=93;TCR=41;TR=134;WE=21167412;WS=21167394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	21175855	rs7525082	C	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=371;SC=CCAAGTTATTCTATACTATCA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=21175863;WS=21175845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	21179969	rs7542882	G	A	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=16;PP=1034;SC=CATAAGGATTGCTATCAAAAC;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=21179977;WS=21179959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	21180181	rs2305463	C	T	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=514;ReadPosRankSum=0.167;SC=CTACACATGTCGAGGATTTAG;SOR=0.504;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=33;WE=21180189;WS=21180171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr1	21180250	rs7543140	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=1.180;SC=ATCCCTAGGTGAGGCCTGAGA;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=21180258;WS=21180240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	21187019	.	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=505;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CACTATAAAAGCAGAAAATAA;SOR=0.746;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=31;WE=21187027;WS=21187009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr1	21188703	rs10916885	A	T	5035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,242:0.54:452
chr1	21188871	rs17409373	C	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=5.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=523;ReadPosRankSum=0.343;SC=GAAACTTAAACGTAATTTTAC;SOR=0.851;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=107;TCF=20;TCR=87;TR=32;WE=21188879;WS=21188861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,36:0.31:116
chr1	21219050	rs6685306	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr1	21295864	rs2271115	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.312;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=2.289;SC=TGCGAGACAACTGATGGAAAT;SOR=0.184;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=10;WE=21295872;WS=21295854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	21325360	rs885363	C	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=342;ReadPosRankSum=-0.067;SC=ATTTAAGGAGCAAAAATATAT;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=26;WE=21325368;WS=21325350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr1	21327637	rs1395508	C	T	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=63;PP=2965;SC=GTCAAAAATACTAAGTGCCAG;SOR=1.475;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=129;TCR=63;TR=191;WE=21327645;WS=21327627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	21377314	rs6426663	C	T	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=10;PP=953;SC=AAAATGATGCCTTTACAGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=21377322;WS=21377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	21494634	rs61779121	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=35;ReadPosRankSum=-1.616;SC=TGGTGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=0.752;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=6;WE=21494642;WS=21494624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr1	21502724	rs34197724	TGCC	T	1054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr1	21554319	rs6426676	A	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=625;SC=CTGCAACCTGAAGCACTGGGG;SOR=4.332;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=24;WE=21554327;WS=21554309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	21560253	rs28368029	G	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=1.430;SC=AGATTAATCTGCAGGCTGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=13;WE=21560261;WS=21560243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	21573855	rs1076669	G	A	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=70;PP=1775;ReadPosRankSum=0.820;SC=GGGTGCCAAGGTCTGCAAGGG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=70;TCR=103;TR=116;WE=21573863;WS=21573845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,125:0.66:190
chr1	21616932	rs142246501	G	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr1	21625145	rs10916958	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=213;ReadPosRankSum=0.771;SC=CGGTGGCACATGTCAGCTCCT;SOR=0.217;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=24;WE=21625153;WS=21625135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr1	21671943	rs2072654	T	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=378;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CCGGGTTCCCTGCTCCCAGCC;SOR=0.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=37;WE=21671951;WS=21671933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,38:0.32:120
chr1	21671973	rs114921587	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=696;ReadPosRankSum=0.583;SC=GGACGGCTCGGCTGCCTGGCC;SOR=0.966;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=52;WE=21671981;WS=21671963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr1	21751142	rs150916531	A	G	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.78;MQRankSum=-8.046;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.932;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr1	21751214	rs72476501	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.70;MQRankSum=-3.827;QD=0.40;ReadPosRankSum=-1.557;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,78:0.13:585
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chr1	21755288	.	A	ACCGCCGCGACT	1706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQRankSum=-2.470;QD=26.67;ReadPosRankSum=0.047;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr1	21755347	rs41310392	C	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.443;NF=22;NR=24;PP=536;ReadPosRankSum=2.236;SC=CACCCTGCTACGAGACCCCGT;SOR=0.742;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=139;TCF=68;TCR=71;TR=46;WE=21755355;WS=21755337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,47:0.32:147
chr1	21755453	rs3856177	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.12;QD=29.32;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	21755539	rs3855556	C	A	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	21755756	rs56343055	G	C	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=113;PP=2965;SC=CAGTACAACAGCACGCGGGCG;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=133;TCR=113;TR=246;WE=21755764;WS=21755746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	21755867	rs7522332	A	G	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.14;QD=27.58;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	21755906	rs3738922	G	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.48;QD=28.78;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	21756008	rs3894725	G	T	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=25;PP=704;SC=GACTACATGAGCCACATCATT;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=21756016;WS=21755998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	21756069	rs7532750	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=9;PP=233;SC=TGGGGTGTGTGGGGGATAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=21756077;WS=21756059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	21795288	rs61740199	C	T	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=1792;ReadPosRankSum=-0.988;SC=CAAGAAATCGCGCCCCCAGCT;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=121;TCR=80;TR=127;WE=21795296;WS=21795278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,138:0.64:217
chr1	21795388	rs1827293	A	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=5.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.444;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,55:0.27:206
chr1	21797204	rs72872292	G	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=999;ReadPosRankSum=0.638;SC=TTGCAGAGGAGCTCGGGCAAG;SOR=1.033;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=63;WE=21797212;WS=21797194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,66:0.77:86
chr1	21798144	rs142355608	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.095;NF=25;NR=9;PP=402;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGATGCCTCCCGCTCATTGAA;SOR=0.805;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=34;WE=21798152;WS=21798134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr1	21798249	rs72872297	C	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.740;NF=13;NR=18;PP=551;ReadPosRankSum=-0.207;SC=TAGGCTGGCACAGCACCTCGT;SOR=1.095;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=31;WE=21798257;WS=21798239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr1	21799414	rs78430674	G	A	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=1153;ReadPosRankSum=0.890;SC=CCCAGGTAACGCTGAATAATC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=81;WE=21799422;WS=21799404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,91:0.67:135
chr1	21799489	rs1971327	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=31;PP=864;SC=CTGGCATCTATGATGGGCCGA;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=21799497;WS=21799479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	21799823	rs1971328	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=202;ReadPosRankSum=-0.268;SC=CTGGTGTCCAATCCCTCTGTG;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=46;TCR=1;TR=13;WE=21799831;WS=21799813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr1	21800185	rs7520015	T	G	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=41;PP=1199;SC=TCTATTATGGTATTCTTAACA;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=21800193;WS=21800175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	21801346	rs7531217	G	A	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=1;PP=1127;SC=GTCATATGTGGAGTGTGAATT;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=43;WE=21801354;WS=21801336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	21804815	rs7535654	T	G	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=38;PP=1023;SC=GTACTCCATTTTGAAGGTGAT;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=21804823;WS=21804805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	21805730	rs2316504	A	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=8;PP=761;SC=AAAGTCTCCTATTCTCACACT;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=21805738;WS=21805720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	21806571	rs41265989	A	G	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=3.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.973;NF=52;NR=27;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TGGATGAGAAAGAGCCTGAAG;SOR=0.231;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=79;WE=21806579;WS=21806561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,84:0.93:90
chr1	21807367	rs201117263	TA	T	98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.91;QD=24.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	21807521	rs200206527	A	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQRankSum=-3.081;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	21808159	rs71512991	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.16;MQRankSum=-2.735;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,30:0.19:159
chr1	21808207	rs146564096	A	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.82;MQRankSum=-0.742;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr1	21808223	rs145079058	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.72;MQRankSum=-0.669;QD=10.04;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	21809667	rs139757131	C	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.98;MQRankSum=-0.069;QD=19.56;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr1	21809750	rs202069483	T	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.54;QD=34.38;SOR=7.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	21880818	rs142935969	C	CATAT	266.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5305;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.140;NF=0;NR=6;PP=282;ReadPosRankSum=0.967;SC=ACTCTTTTCCCATATATATAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=21880826;WS=21880808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr1	21887290	rs1767430	C	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=34;PP=993;SC=TAGCTAGGAGCCCCGGGAGCC;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=21887298;WS=21887280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	21889635	rs1780316	T	C	6539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=113;PP=2965;SC=TCCCTGACAGTGCCGGCACCG;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=120;TCR=113;TR=233;WE=21889643;WS=21889625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	21890464	rs1767428	A	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.56;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	21896767	rs1256328	C	T	7774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=117;PP=2965;SC=CCCTAGCCCCCGGCATGTGCT;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=145;TCR=117;TR=262;WE=21896775;WS=21896757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	21904131	rs34605986	T	C	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=100;PP=2653;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CCCCTGAGCGTCCTGTTCTGA;SOR=0.515;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=164;TCF=21;TCR=143;TR=116;WE=21904139;WS=21904121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,122:0.71:172
chr1	21925108	rs2794278	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	21929260	rs829368	A	G	5653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.754;SC=AGGGATGGGGATGCAGGGGAA;SOR=0.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=125;TCR=84;TR=206;WE=21929268;WS=21929249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr1	21929456	rs3215988	GC	G	738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=459;ReadPosRankSum=-1.185;SC=GAGCCCCAGTGCCCCCCCCAC;SOR=1.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=25;WE=21929464;WS=21929446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr1	21932530	rs1767443	C	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=330;ReadPosRankSum=-1.059;SC=AGGGAGGGGCCGGGGCCTGGG;SOR=0.785;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=27;WE=21932545;WS=21932520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr1	21934693	rs72660316	T	C	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,119:0.64:187
chr1	21935467	rs12130950	G	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=702;ReadPosRankSum=0.174;SC=AGGAAGGGAAGTTGAGATGAC;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=50;WE=21935475;WS=21935457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr1	21939741	rs1256282	G	C	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=103;PP=2965;SC=GGAGATAAGGGAGGGGTGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=55;TCR=104;TR=158;WE=21939749;WS=21939731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	21943820	rs2275360	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=2.449;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr1	21944549	rs190651314	A	G	3409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=91;PP=2364;ReadPosRankSum=1.060;SC=GGCCAGCCTCAGGGCTGAGAG;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=70;TCR=133;TR=139;WE=21944557;WS=21944539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,145:0.68:212
chr1	21945389	rs12143471	C	T	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1327;ReadPosRankSum=1.051;SC=CCCCTACCCCCGCACCTGGCA;SOR=0.440;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=113;TCF=73;TCR=40;TR=90;WE=21945397;WS=21945379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,95:0.79:120
chr1	21945614	rs115394639	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=79;ReadPosRankSum=-1.459;SC=TGCCGCCAGGCGCTGCCTCCC;SOR=0.846;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=11;WE=21945622;WS=21945604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr1	21946396	rs12134357	T	C	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=4;PP=1173;SC=CATCTTCTACTGGCGTGGCCT;SOR=3.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=46;WE=21946404;WS=21946386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	21946415	rs1681255	G	A	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=11;PP=1599;SC=CTGTCCTCAGGGAGGTGAAGG;SOR=2.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=67;WE=21946423;WS=21946405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	21948936	rs829415	G	C	138.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	21953436	rs829412	A	G	13631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=269;PP=2965;ReadPosRankSum=0.314;SC=CCCACTTTACAGACAGGACCC;SOR=0.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=507;TCF=238;TCR=269;TR=507;WE=21953446;WS=21953426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,509:1.00:511
chr1	21961339	rs10799706	A	T	6931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=131;PP=2965;SC=CACCCCACCGAGGACTTCAGT;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=112;TCR=131;TR=243;WE=21961347;WS=21961329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	21978465	rs181939530	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-0.374;SC=AGCTGCCGGGGGCCGCCGGCG;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=21978473;WS=21978455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	22013561	rs829420	C	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=804;SC=TCTACTGTAACAATATGTGGA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=22013569;WS=22013551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	22016678	.	T	TA	95	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5001;HP=14;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=16;MQ=59.13;NF=0;NR=9;PP=95;QD=11.0;SC=CATGGATTCTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=9;WE=22016686;WS=22016668;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,9:0.41:22
chr1	22030120	rs370210128	GA	G	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=14.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.394;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr1	22030189	rs829372	T	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=31;PP=690;SC=TAAAAACATATGTCAAAGTTA;SOR=5.211;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=32;WE=22030197;WS=22030179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	22032472	rs11426922	A	AT	851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=967;SC=TATTCATTTAATTAATAGAAA;SOR=2.215;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=23;WE=22032480;WS=22032462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	22032570	rs333173	T	G	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=46;PP=2965;SC=AATACCAGAGTCAACCAAATC;SOR=1.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=110;TCR=46;TR=155;WE=22032578;WS=22032560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	22033228	rs56167338	G	A	4234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=82;PP=2700;ReadPosRankSum=0.794;SC=TGTCAGTAGCGTTCAGTACCT;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=123;TCR=123;TR=166;WE=22033236;WS=22033218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,183:0.68:270
chr1	22050649	rs2275668	C	A	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=57;PP=1302;ReadPosRankSum=1.684;SC=CTAAGTGATACATTCATTTTT;SOR=1.234;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=120;TCF=32;TCR=88;TR=74;WE=22050657;WS=22050639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,80:0.62:128
chr1	22063149	rs10753517	G	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=592;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TAAAAGAAACGTTGGATAACA;SOR=0.878;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=36;WE=22063157;WS=22063139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr1	22082923	.	G	A	84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=18;MQ=59.3;NF=5;NR=1;PP=84;QD=19.7952020912;SC=GCAGTGAACCGAGATGGCGCC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=22082931;WS=22082913;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,6:0.32:19
chr1	22082967	.	CAA	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=13.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.534;SOR=4.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	22084145	rs17458515	T	C	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=897;ReadPosRankSum=0.193;SC=GCTTAAAAAATGATGGTTTAC;SOR=0.540;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=199;TCF=130;TCR=69;TR=72;WE=22084153;WS=22084135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,73:0.35:209
chr1	22139141	rs34297508	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=326;ReadPosRankSum=-0.662;SC=ACCTTTTGAGCTGGGGGAGGC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=26;WE=22139149;WS=22139131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr1	22141206	rs10917051	A	C	8246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=0.686;SC=TGCGGCCTGAACATCCCGGTG;SOR=0.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=111;TCR=164;TR=274;WE=22141214;WS=22141196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr1	22147764	rs6684152	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=144;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GAGCCAGACCATGTGAGTTCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=22147772;WS=22147760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	22148164	rs6695528	G	A	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=839;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TAGGTGATGGGGACGGGGCAG;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=43;WE=22148172;WS=22148154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr1	22149935	rs897467	T	C	6521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=107;PP=2965;SC=CTGTGATGCCTGAGGAGAATC;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=129;TCR=107;TR=236;WE=22149943;WS=22149925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	22150118	rs1138469	C	T	4198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=82;PP=2613;ReadPosRankSum=1.631;SC=CCGATGTAGACGCTGCCCTTG;SOR=0.641;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=233;TCF=122;TCR=111;TR=178;WE=22150126;WS=22150108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,186:0.77:243
chr1	22150257	rs3736357	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=229;ReadPosRankSum=-0.370;SC=ACTTCCTGGTCCTCCCCGGCC;SOR=0.548;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=24;WE=22150265;WS=22150247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr1	22154845	rs2228347	A	G	5700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.208;SC=ATGGGGAGCTATCATAGCATT;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=380;TCF=166;TCR=214;TR=241;WE=22154853;WS=22154835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,255:0.64:398
chr1	22154987	rs10917052	G	A	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=1030;ReadPosRankSum=2.700;SC=TACCAGCAGGGAGAAGAATGC;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=68;WE=22154995;WS=22154977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,71:0.66:108
chr1	22157689	rs3736355	G	A	9181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=195;PP=2965;SC=GCCAGGTGGTGTGTGGGGTGT;SOR=1.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=329;TCF=134;TCR=195;TR=329;WE=22157697;WS=22157679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	22158363	rs4654771	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=7.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.116;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	22160020	rs17459097	C	T	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GCGGTGCAGACGTAGGTACCT;SOR=0.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=166;TCR=130;TR=92;WE=22160028;WS=22160010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,96:0.31:313
chr1	22160148	rs7547731	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=5.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=-0.468;SC=CCTTGGCCCACGGCTCCAGGG;SOR=0.132;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=21;WE=22160156;WS=22160138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr1	22163402	rs41310390	G	A	2930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=58;PP=1792;ReadPosRankSum=0.126;SC=GGAACTCAACGCTGGCCCCAA;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=110;TCR=91;TR=129;WE=22163410;WS=22163392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,134:0.64:209
chr1	22168216	rs7556412	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=484;ReadPosRankSum=1.496;SC=TGGTCCTTCTCGTGTCTTGGT;SOR=0.834;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=33;WE=22168224;WS=22168206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr1	22170879	rs75613822	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=255;ReadPosRankSum=0.163;SC=TAGGACCAGAGGCCATTTGGG;SOR=0.100;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=16;WE=22170887;WS=22170869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	22174380	rs113578258	T	C	5717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=1.309;SC=GAGATAACAGTGATGGCACCG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=384;TCF=209;TCR=175;TR=259;WE=22174404;WS=22174370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,258:0.67:385
chr1	22174426	rs2290501	T	G	6804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.980;SC=CACTTGTCTGTACCCCCTGCC;SOR=0.635;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=488;TCF=250;TCR=238;TR=313;WE=22174434;WS=22174410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,316:0.64:492
chr1	22174600	rs3767138	A	G	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=74;PP=2345;SC=CAGGAAGCAGATGGCAGGAGG;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=127;WE=22174608;WS=22174590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	22177119	rs61777200	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.210;NF=2;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=2.046;SC=TGTCCTTCACATGGGGAAGGG;SOR=0.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=13;WE=22177127;WS=22177109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	22179673	rs12049614	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=7.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.627;SOR=2.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr1	22180548	rs12117402	T	C	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=68;PP=2965;SC=TCAACCTCCTTCTCTCTCTGA;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=150;WE=22180556;WS=22180538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	22183471	rs12024579	A	C	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=59;PP=2965;SC=TGGGGGAGAGACAGGAGGGGA;SOR=1.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=135;TCR=60;TR=193;WE=22183479;WS=22183461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	22183739	rs2305562	A	G	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=3.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.464;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,147:0.29:500
chr1	22186234	rs10917056	A	G	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=51;PP=2016;SC=AGCCCCATGCACAAGGACAGC;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=22186242;WS=22186224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	22190826	rs3217649	G	GC	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=220;ReadPosRankSum=-0.050;SC=ACAGGCCGGCGCCCCTCCTTC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=22190834;WS=22190816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	22191454	rs897471	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,32:0.24:134
chr1	22198955	rs2290497	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=455;ReadPosRankSum=3.051;SC=GTTAAGGTGCGGAATGGGGTC;SOR=0.078;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=27;WE=22198963;WS=22198945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr1	22199081	rs2501266	A	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=6;PP=532;SC=AGGTGGCAACACCGCCTGGGG;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=22199089;WS=22199071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	22199245	rs2229482	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=328;ReadPosRankSum=-1.290;SC=TGAGGCCTTCCACCTGGGCCT;SOR=0.930;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=35;WE=22199253;WS=22199235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,37:0.26:143
chr1	22199821	rs2454290	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=664;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CTCCGCCCTAGGGACTCTGGG;SOR=0.484;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=144;TCF=97;TCR=47;TR=50;WE=22199829;WS=22199811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,47:0.32:147
chr1	22200067	rs2247741	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=138;ReadPosRankSum=-2.008;SC=AACTGGGCAGAGAAGAGCAGG;SOR=0.970;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=12;WE=22200075;WS=22200057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr1	22200082	rs2445136	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=682;SC=AGCAGGGACGTGCCCTGGACC;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=22200090;WS=22200072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	22200835	rs2445135	C	G	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=2;PP=133;SC=CTGGATGAAGCGGGTGTGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=22200843;WS=22200829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	22201438	rs41307806	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,62:0.26:243
chr1	22202109	rs2501265	C	T	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=13;PP=1473;SC=CCTCCTGCCCCGGCTCCAGAC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=68;WE=22202117;WS=22202099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	22203259	rs2454295	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.799;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=382;ReadPosRankSum=0.040;SC=AGCCACTGAAAGAGCACATGT;SOR=0.233;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=25;WE=22203267;WS=22203249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr1	22205408	rs2454294	T	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=381;SC=CCAAGTCTCCTGCCTCCCTGC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=22205416;WS=22205404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	22205466	rs2454293	T	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=4;PP=1060;SC=AAACCCCCCCTGACCCGGAGC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=22205474;WS=22205456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	22205755	rs55728940	C	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=0.464;SC=TCAACTGCAACCACTTATAGA;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=22205763;WS=22205745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	22206649	rs989994	T	C	4461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=49;PP=2965;SC=GCCATTGCAATTGCAACCAGA;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=98;TCR=49;TR=147;WE=22206657;WS=22206639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	22206942	rs1874793	G	A	7204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=129;PP=2965;SC=GTCCCACGCTGGCCATCTTGG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=127;TCR=129;TR=256;WE=22206950;WS=22206932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	22207235	rs1874792	T	C	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=46;PP=1333;SC=CCGGCACCCATGAGGACCACG;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=76;WE=22207243;WS=22207225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	22207804	rs139046040	ACCCAGGGTGGCAG	A	8936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=74;PP=2970;SC=TTCTTTCCCCACCCAGGGTGG;SOR=0.946;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=119;TCF=32;TCR=87;TR=104;WE=22207824;WS=22207794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	22208030	rs921847	C	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=28;PP=821;SC=AGGGCTGCAGCCTGGGCCTGC;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=22208038;WS=22208020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	22211222	rs4654994	T	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=2.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,77:0.29:264
chr1	22214046	rs41307868	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=511;ReadPosRankSum=1.702;SC=AACCGGGAAGCAGGGGCTGAG;SOR=0.473;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=163;TCF=68;TCR=95;TR=47;WE=22214054;WS=22214036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,47:0.29:161
chr1	22214127	rs2229478	A	G	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=57;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.267;SC=TCGTCTCCACAAGGAGAGAGA;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=166;TCF=73;TCR=93;TR=104;WE=22214135;WS=22214117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,122:0.66:184
chr1	22215088	rs2445140	T	C	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1602;ReadPosRankSum=0.225;SC=CGTGAGCCCCTGCACCCGGCC;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=89;WE=22215096;WS=22215077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr1	22216279	rs3767141	C	T	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1126;ReadPosRankSum=0.657;SC=TCGGGTCTAACGGGTATGTGC;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=70;WE=22216287;WS=22216269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,71:0.69:103
chr1	22216574	rs2254358	C	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,85:0.25:335
chr1	22216604	rs2254357	C	G	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,78:0.25:313
chr1	22217108	rs2501260	G	A	12532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=213;NR=230;PP=2965;SC=ACACCTCTCGGAACTCTCTGG;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=443;TCF=213;TCR=230;TR=443;WE=22217116;WS=22217098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr1	22303702	rs4415533	C	A	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=68;PP=1556;ReadPosRankSum=0.957;SC=TCAGCTTGTACCCGGGGGCAT;SOR=0.999;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=29;TCR=92;TR=87;WE=22303710;WS=22303692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,89:0.71:126
chr1	22307340	rs7528228	C	T	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.72;QD=29.45;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	22307358	rs7528300	C	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=9;PP=958;SC=TCTACCACACCTGTGGCGGTA;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=22307366;WS=22307348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	22307538	rs7528405	C	T	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=59;PP=1721;SC=CAGGAGCTCCCGGACCTACCA;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=22307546;WS=22307528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	22310080	rs10799723	G	A	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=0;PP=764;SC=TTTGGAGGGTGAAGGAGCTGG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=22310088;WS=22310070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	22310139	rs10733031	T	G	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.03;QD=43.94;SOR=1.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	22310145	rs10733032	C	T	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.55;QD=43.45;SOR=1.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	22310262	rs10733033	G	C	6196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=115;PP=2965;SC=CACTCCCTCCGGCTGGTGACA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=142;TCR=115;TR=257;WE=22310270;WS=22310252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	22310411	rs28468423	A	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.92;QD=43.29;SOR=2.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	22310411	.	AGA	GGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=43.29;NF=12;NR=48;PP=2947;QD=20;SC=CACCAAGACCAGACCTTGTAC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=60;WE=22310421;WS=22310401;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,60:0.91:66
chr1	22310413	rs7549398	A	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.34;QD=44.96;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	22310662	rs6426735	G	T	19331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=336;NR=345;PP=2965;SC=CCCCTGACTCGGTGCTTTTTA;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=681;TCF=336;TCR=345;TR=681;WE=22310684;WS=22310652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,705:1.00:705
chr1	22310674	rs7538207	C	T	17763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=292;NR=339;PP=2965;SC=TGCTTTTTATCGCTGCAGCCA;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=632;TCF=292;TCR=340;TR=631;WE=22310684;WS=22310652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,652:1.00:652
chr1	22310725	rs3820287	G	C	9352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=227;PP=2965;SC=CCCTGCTGCCGGTGGTGGACT;SOR=1.539;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=349;TCF=120;TCR=229;TR=347;WE=22310733;WS=22310715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr1	22310824	rs1803531	T	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=41;PP=938;SC=CCGGCTGCAATGTGAGTCAGC;SOR=6.273;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=42;WE=22310832;WS=22310814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	22313017	rs61777963	G	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=366;ReadPosRankSum=1.893;SC=CTCTCTGACGGTTCCAGGGTG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=23;WE=22313025;WS=22313007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr1	22313161	rs1803530	T	C	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=126;PP=2965;SC=CCGCCTTCATTGACTGGATTG;SOR=1.164;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=89;TCR=126;TR=215;WE=22313169;WS=22313151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	22313197	rs34963341	C	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.070;NF=9;NR=24;PP=442;ReadPosRankSum=0.803;SC=CAGGGCGGCCCGGAGGGCTTT;SOR=0.835;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=36;TCR=85;TR=33;WE=22313205;WS=22313187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,34:0.27:127
chr1	22313469	rs3806296	G	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.92;MQRankSum=-0.549;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.076;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	22313521	rs71638814	G	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQRankSum=-1.390;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	22315662	rs12082371	C	T	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQRankSum=-2.275;QD=14.51;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,54:0.39:137
chr1	22315666	rs55665598	G	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQRankSum=-2.390;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,54:0.40:134
chr1	22315710	rs12071902	G	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=4.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQRankSum=-3.900;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.660;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,50:0.39:128
chr1	22315738	rs4655006	C	T	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.95;QD=30.06;SOR=3.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	22324705	rs7534936	T	C	5160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.877;NF=108;NR=117;PP=2674;ReadPosRankSum=1.474;SC=TGATTCACCGTGAACACTGGC;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=317;TCF=149;TCR=168;TR=225;WE=22324713;WS=22324695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,241:0.72:335
chr1	22328279	rs12751986	C	T	5132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.268;SC=ATCTACCACTCGCTCTGAGTC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=324;TCF=141;TCR=183;TR=222;WE=22328287;WS=22328269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,231:0.69:337
chr1	22329041	rs71016961	GC	G	2112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.460;NF=60;NR=15;PP=2341;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TTGCTATGTTGCCCAGGCTGG;SOR=0.913;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=223;TCF=171;TCR=52;TR=75;WE=22329049;WS=22329031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,81:0.36:225
chr1	22329062	rs143337942	CC	GT	6991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.932;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.712;NF=136;NR=42;PP=2944;ReadPosRankSum=0.138;SC=TCTCAAACTCCCGGGCTCAAG;SOR=0.912;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=379;TCF=272;TCR=107;TR=178;WE=22329071;WS=22329052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,180:0.52:349
chr1	22329220	rs55638883	G	A	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.814;NF=49;NR=96;PP=1950;ReadPosRankSum=1.111;SC=AGGGCTCATCGAGGGCCAGGC;SOR=0.419;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=421;TCF=126;TCR=295;TR=145;WE=22329228;WS=22329210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,148:0.35:417
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chr1	22329414	rs10917107	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=5.504;NF=16;NR=6;PP=772;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CCAGTTGAAGGCATGGCTTGG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=22;WE=22329422;WS=22329397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr1	22329645	rs4543768	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.226;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.669;NF=1;NR=14;PP=210;ReadPosRankSum=0.151;SC=TCTAATGGCGTGGCATCCAGC;SOR=2.235;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=15;WE=22329653;WS=22329635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	22333595	rs3820290	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.711;NF=2;NR=21;PP=373;ReadPosRankSum=-1.120;SC=CACCAAGACCGGACCTTGTAC;SOR=1.262;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=76;TCF=12;TCR=64;TR=23;WE=22333603;WS=22333585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr1	22333688	rs3820289	T	C	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.621;NF=42;NR=8;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TGTTTTGGTATCTTCTGTGTG;SOR=1.207;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=50;WE=22333696;WS=22333686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr1	22336277	rs3820285	C	G	6872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=143;NR=99;PP=2965;SC=TTTGTTTCTGCCTTTGGCTGC;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=143;TCR=99;TR=242;WE=22336285;WS=22336267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	22336305	rs9187	C	T	6426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=2.186;QD=24.16;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,161:0.61:266
chr1	22336308	rs12908	G	A	6432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=1.735;QD=24.18;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,163:0.61:266
chr1	22336371	rs3806297	C	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.573;NF=13;NR=34;PP=633;ReadPosRankSum=0.026;SC=CAGGGCGGCCCGGAGGGCTTT;SOR=0.731;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=144;TCF=44;TCR=100;TR=47;WE=22336379;WS=22336361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,51:0.38:135
chr1	22405398	.	G	A	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=18;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=26;MQ=57.32;NF=0;NR=8;PP=100;QD=16.8464015684;SC=TTTTTTTTTTGATATTTTGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=8;WE=22405406;WS=22405388;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,8:0.32:25
chr1	22408106	rs2501282	G	A	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=58;PP=2915;SC=GGATGGACTAGGGGACGATTA;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=158;WE=22408114;WS=22408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	22447148	rs12756110	G	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=299;SC=CCTCCTCTTAGGAATTACGCG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=22447156;WS=22447138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	22447645	rs41420150	C	CTG	1430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=1183;ReadPosRankSum=0.605;SC=GTGGGAGAGTCTGGGGCCCTG;SOR=0.084;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=29;WE=22447653;WS=22447635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr1	22453842	rs6678992	T	C	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=728;ReadPosRankSum=1.766;SC=CATGGGGTCCTGAGTACCCAC;SOR=0.554;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=197;TCF=124;TCR=73;TR=69;WE=22453850;WS=22453832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,75:0.35:212
chr1	22453975	rs2235527	C	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=817;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GCTTTGCCACCTGCCAAGAAA;SOR=0.860;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=245;TCF=109;TCR=136;TR=74;WE=22453983;WS=22453965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,80:0.31:262
chr1	22454001	rs2235526	T	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,59:0.30:194
chr1	22592949	rs76727629	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=0.089;SC=TGATGACCCAAGCCTGGAGTG;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=22592957;WS=22592939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	22827931	rs4655071	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=647;ReadPosRankSum=-1.366;SC=ATGCAAGGAGCGGATGGTTCT;SOR=1.015;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=41;WE=22827939;WS=22827921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr1	22832743	rs209732	A	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=34;PP=948;SC=AGGTATTAGTAAATTGTTGAC;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=22832751;WS=22832733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	22835677	rs209729	A	G	7022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=156;PP=2965;SC=AAGATTGAGTACAAGCTCTTT;SOR=1.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=84;TCR=156;TR=240;WE=22835685;WS=22835667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	22837849	rs209727	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=0.236;SC=TGGTAAGGAACGGGCCAGGTG;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=9;WE=22837857;WS=22837839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	22846452	rs7551801	C	G	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=875;ReadPosRankSum=0.108;SC=AGAGTCTTCACATTTGTTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=40;WE=22846460;WS=22846442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr1	22846709	rs209720	G	A	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.218;SC=GGAGCGGCACGTGGTGACCCA;SOR=1.623;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=57;TCR=113;TR=168;WE=22846717;WS=22846699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr1	22848972	rs61769198	A	C	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=859;ReadPosRankSum=-1.457;SC=TACCCCTGTCAGCATACTTCT;SOR=0.802;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=65;WE=22848980;WS=22848962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,64:0.62:104
chr1	22849003	rs998978	A	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CGGGGCCTGAATCTCCCCTCC;SOR=0.112;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=21;WE=22849011;WS=22848993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr1	22852715	rs881646	G	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,87:0.33:263
chr1	22912910	rs12034618	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=341;ReadPosRankSum=-1.498;SC=ACAGTGTGAGCGGTCCCCAAG;SOR=1.981;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=17;WE=22912918;WS=22912900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
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chr1	22915891	rs79330282	A	T	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=932;ReadPosRankSum=0.974;SC=AACACATTCTATAAGTAAGAG;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=63;WE=22915899;WS=22915881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,72:0.63:115
chr1	22915978	rs521570	A	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TCTGTGCCTCAGTTTCCTCCC;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=22915986;WS=22915968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	22922546	rs209692	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TTGGGGTCAGGTCCCGGGCTA;SOR=0.787;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=25;WE=22922568;WS=22922536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr1	22922560	rs209691	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=1023;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CGGGCTAGGGGTGGCCTGGCC;SOR=0.964;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=33;WE=22922568;WS=22922536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr1	22922722	rs71638849	T	C	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=923;ReadPosRankSum=-1.897;SC=GGGGACCCAGTGCTGGACTGG;SOR=0.830;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=64;WE=22922730;WS=22922712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr1	22923873	rs999765	G	C	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=5.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-2.225;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,152:0.63:243
chr1	22924464	rs12404556	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CCCTGTCCTCTTGGTTCAGGT;SOR=1.084;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=36;WE=22924472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr1	22925292	rs664340	C	G	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=1.147;SC=CAGGCGCCTCCCCGGGCTTTC;SOR=0.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=133;TCR=70;TR=202;WE=22925300;WS=22925282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr1	22927314	rs209702	A	G	6031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GTGAGTGCCAAGCCCTGGCAG;SOR=0.600;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=343;TCF=173;TCR=170;TR=245;WE=22927334;WS=22927304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,256:0.71:360
chr1	22927326	rs209701	T	G	5398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.256;SC=CCCTGGCAGGTCCGCGGGCGG;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=299;TCF=148;TCR=151;TR=209;WE=22927334;WS=22927304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,223:0.70:318
chr1	22987958	rs10580	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=259;ReadPosRankSum=-0.178;SC=CCCTTGCCCAACCAATGCACA;SOR=0.498;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=19;WE=22987966;WS=22987948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr1	23045943	rs2869513	A	G	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.312;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.343;SC=ATCTGGTTTCACAGGGCCCAC;SOR=0.436;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=74;WE=23045951;WS=23045933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,77:0.60:129
chr1	23101688	rs1561624	T	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1030;ReadPosRankSum=2.634;SC=GTTGTGAAAATAGATGGATGT;SOR=0.529;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=70;WE=23101696;WS=23101678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,75:0.67:112
chr1	23107832	rs3738296	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr1	23108089	rs2817904	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=-2.011;SC=TTCAGGACCCAGAGCCAGGCC;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=18;WE=23108097;WS=23108079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr1	23216712	rs309474	T	C	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=756;ReadPosRankSum=0.155;SC=GAGCCTCAGCTGGAAGTTGAG;SOR=0.524;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=57;WE=23216720;WS=23216702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,62:0.71:87
chr1	23219187	rs116119	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=375;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CTCTGCCTACCTTTGTGGGCA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=18;WE=23219195;WS=23219177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr1	23219493	rs309472	T	C	11162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=181;PP=2965;SC=CCGTGGCAGGTTACGGGCGCT;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=196;TCR=181;TR=377;WE=23219501;WS=23219483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr1	23223116	rs309466	C	T	3922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=115;PP=2613;ReadPosRankSum=-0.474;SC=AGCTCACTCTCACCTCTAGGC;SOR=0.562;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=231;TCF=71;TCR=160;TR=169;WE=23223124;WS=23223106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,175:0.74:237
chr1	23232400	rs309502	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=581;SC=TTTCCCTCCACGGAGGGACTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=23232408;WS=23232390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	23236826	rs309497	C	T	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=33;PP=2611;SC=AGAGGGTAGACGCCCTCAGCC;SOR=1.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=99;TCR=34;TR=132;WE=23236834;WS=23236816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	23289568	rs10799777	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=374;ReadPosRankSum=0.410;SC=GCCCAGCCCATATGCCCAGTT;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=25;WE=23289576;WS=23289558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr1	23291582	rs4655138	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=1.355;SC=TTTTATACACGAGGACATCGA;SOR=0.665;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=7;WE=23291590;WS=23291572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr1	23342230	.	C	CA	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=1.186;QD=13.03;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr1	23342362	rs681648	A	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=38;PP=1274;SC=TGTTTAATGTATACAGAATTT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=23342370;WS=23342352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	23356864	rs10799788	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=249;SC=CCCTTAAAATGTGAGGTTAAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=23356872;WS=23356856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	23380198	rs579785	A	G	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=8;PP=1305;SC=TTTTAAAGATAGTCAAATAAC;SOR=3.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=23380206;WS=23380188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	23385826	rs79588010	CTT	C	5091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=65;PP=2965;SC=TTTCTTAACTCTTGAGCTATG;SOR=1.490;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=12;TCR=65;TR=76;WE=23385835;WS=23385816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	23392697	.	T	TG	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=0.366;SC=GTTGTAGAGTTGCGCCTATAT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=23392705;WS=23392687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	23399932	rs967605	C	T	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=82;PP=2505;ReadPosRankSum=0.987;SC=ATTGCACATGCCTTTGAGAGG;SOR=1.222;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=53;TCR=82;TR=134;WE=23399940;WS=23399922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr1	23405794	rs2072945	A	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=471;SC=TTGTGACATCAGGGCTGAGGC;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22;WE=23405802;WS=23405784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	23418153	rs10799790	C	T	6834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=129;PP=2965;SC=TCTGGCCTGTCCTTCAGGGGC;SOR=0.986;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=103;TCR=129;TR=232;WE=23418161;WS=23418143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	23419261	rs477717	G	A	7570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=150;PP=2965;SC=CCTTCAGTCCGCTCTCGGTGC;SOR=1.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=113;TCR=151;TR=263;WE=23419269;WS=23419251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	23419374	rs3765407	G	T	13320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr1	23419383	rs477830	C	T	13967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	23419855	rs1983965	T	C	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=0.727;SC=GTTTGATTTGTGTCTTAAGTT;SOR=0.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=95;TCR=71;TR=165;WE=23419863;WS=23419845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr1	23519477	rs623988	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=2;PP=1121;SC=ACTCAAGATACCATGAATTAA;SOR=3.258;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=56;WE=23519485;WS=23519467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	23519506	rs202223945	A	AT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr1	23519508	rs113803399	T	TA	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr1	23664511	rs11586100	T	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr1	23688933	rs2849028	A	G	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=47;PP=1276;ReadPosRankSum=0.707;SC=TCTGACTGAAATTCTTCCCAC;SOR=0.594;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=253;TCF=140;TCR=113;TR=100;WE=23688941;WS=23688923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,103:0.39:262
chr1	23689786	rs35676026	AT	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=2.160;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr1	23693385	rs618237	T	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=575;ReadPosRankSum=1.444;SC=GATGTTCCCATATTCAAAGAT;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=26;WE=23693393;WS=23693381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr1	23693422	rs2849025	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GTCAAGCCAATATCCAATTAA;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=17;WE=23693430;WS=23693412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr1	23694639	rs683204	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.953;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=0.716;SC=TGGCCCCAAGGCGGGCAGGGA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=23694647;WS=23694629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	23696152	rs665977	G	A	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=47;PP=1419;SC=GAGGCTGGCCGAGAAACCACC;SOR=1.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=67;WE=23696160;WS=23696142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	23697617	rs638722	T	C	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1557;ReadPosRankSum=0.846;SC=TCTTGCTGTTTCTTTTATTCC;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=100;WE=23697625;WS=23697607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,93:0.74:125
chr1	23710805	rs605468	A	G	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=58;PP=2965;SC=GTATGTGGATAACAGGGAAGG;SOR=1.207;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=156;WE=23710813;WS=23710795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	23713952	rs676363	T	G	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=63;PP=2210;SC=CTGAGGAGTTTCAGGGGCCCT;SOR=1.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=112;WE=23713960;WS=23713942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	23720260	rs2486078	T	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=2;PP=830;SC=GAGGCTGGTTTGAAAAGCTCC;SOR=3.477;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=23720268;WS=23720250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	23724183	rs2275355	C	T	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=59;PP=2043;SC=TGTTCCTGTACCATCCCTTGG;SOR=1.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=101;WE=23724191;WS=23724173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	23735241	rs1198423	G	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=42;PP=1301;SC=AAATTGGCAAGGAGACTGCTT;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=23735249;WS=23735231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	23743581	rs2156087	C	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=507;SC=AGTCTAACATCTGGTTGAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=23743589;WS=23743571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	23751140	rs71514235	G	T	12928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr1	23755513	rs1198430	T	C	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=62;PP=1838;SC=CCATCAACCCTGACTATTCCT;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=116;WE=23755521;WS=23755503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	23758134	rs1198434	A	G	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=24;SC=AAATCAATGGATGCTCAGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=23758142;WS=23758130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	23758499	rs72661455	T	A	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=19;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=71;SC=CCTCTAGGATTTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=23758507;WS=23758489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	23763449	rs115515935	G	A	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=29;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GTGACTGCATGCGCGAAAAGC;SOR=0.989;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=83;WE=23763457;WS=23763439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,87:0.73:120
chr1	23765472	rs1767148	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=26;PP=873;SC=CAAGGATGTGAAGTGTAGACT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=23765480;WS=23765462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	23810658	rs71514236	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	23836364	rs2075993	A	G	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=47;PP=1914;ReadPosRankSum=-1.339;SC=GGGGGCAGGCAGGGCCACTCA;SOR=0.855;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=195;TCF=125;TCR=70;TR=136;WE=23836372;WS=23836354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,138:0.69:200
chr1	23847464	rs2075995	C	A	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1222;ReadPosRankSum=1.886;SC=TCTGGATGAGCTGGTCCAAGG;SOR=0.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=81;WE=23847472;WS=23847454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,94:0.62:152
chr1	23885498	rs11574	T	C	7461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=110;PP=2965;SC=AGTTCCGGAGTGAGCTCGGCT;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=154;TCR=110;TR=264;WE=23885506;WS=23885488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	23885599	rs2067053	T	C	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1118;ReadPosRankSum=-1.324;SC=TTCAGCCCTGTCCCGACTTCG;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=257;TCF=142;TCR=115;TR=85;WE=23885607;WS=23885589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,89:0.34:265
chr1	23954126	rs34020220	T	TAC	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=585;ReadPosRankSum=0.131;SC=CTTCCAATTGTACACACACAC;SOR=0.387;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=14;WE=23954134;WS=23954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	23955186	rs139494227	T	TTTATTATTATTATTA	901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=2992;SC=CATTTATTCATTTATTATTAT;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=10;WE=23955194;WS=23955176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	23965517	rs61777309	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=0.593;SC=GTGGGCAGGTGCCAGGAATTT;SOR=0.746;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=9;WE=23965525;WS=23965507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr1	23965704	rs10917403	A	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,68:0.28:245
chr1	23965829	rs10917404	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=161;ReadPosRankSum=-1.149;SC=AAGGAAAGAACGAATCGATGA;SOR=0.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=14;WE=23965837;WS=23965819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr1	23966837	rs1317329	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.237;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr1	23966894	rs3072132	T	TAAG	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr1	24018224	rs3753270	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,61:0.28:215
chr1	24018277	rs10917413	C	G	6881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=116;PP=2965;SC=ATAAGGCCCTCGGCCGGAAGC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=119;TCR=116;TR=235;WE=24018285;WS=24018267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	24077206	rs141965202	ATCT	A	1342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TAACCTACTTATCTTCTTCTT;SOR=1.420;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=26;WE=24077216;WS=24077196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr1	24082269	rs371132818	CA	C	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=16.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.186;SOR=2.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr1	24083649	rs2076346	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=568;ReadPosRankSum=0.841;SC=CAAATATTATTTCAGCACTAG;SOR=0.705;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=46;WE=24083657;WS=24083639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,47:0.34:140
chr1	24106510	rs3831910	A	AT	1926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=51;PP=2098;SC=GAATAGTATCATTTTCTTCTT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=52;WE=24106518;WS=24106500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	24122986	rs760941	C	T	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=12;PP=994;SC=GTGGGTGGGGCGGGGGGGCCT;SOR=2.457;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=62;WE=24122994;WS=24122976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	24133612	rs1018396	G	A	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=86;PP=2965;SC=TGTCCTGAGCGTGATCAGGAT;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=89;TCR=86;TR=175;WE=24133620;WS=24133602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	24134721	rs719400	T	C	6049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=101;PP=2965;SC=TGACAGCAGATAGCATGTCTT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=108;TCR=102;TR=209;WE=24134729;WS=24134711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	24143932	rs2076344	A	G	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=26;PP=1379;SC=TTTCATCCCTAGAGAAAGGCC;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=24143940;WS=24143922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	24180806	rs55699941	TA	T	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=1.428;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr1	24192200	rs34902309	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=527;ReadPosRankSum=1.237;SC=CTTTTTAAATAGCTGAAAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=27;WE=24192208;WS=24192190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr1	24194748	rs2070956	G	C	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=51;PP=997;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GGGACCCGCCGGCCGCGACCT;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=7;TCR=72;TR=56;WE=24194756;WS=24194738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr1	24194773	rs2070955	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=668;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CCCGGAGCCCGCATCGCTACC;SOR=1.091;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=33;WE=24194781;WS=24194763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr1	24194788	rs2070954	A	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=612;ReadPosRankSum=-1.529;SC=GCTACCCCTCAGCGACGCGGC;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=29;WE=24194796;WS=24194778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr1	24200903	rs2229586	G	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=84;ReadPosRankSum=1.568;SC=TCAGCAAAAAGGGGTCCGTGT;SOR=0.357;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=11;WE=24200911;WS=24200893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr1	24200921	rs2229585	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=0.781;SC=TGTCTAGGTGTCTGGGACTGG;SOR=0.776;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=15;WE=24200929;WS=24200911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr1	24200969	rs2229584	T	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
chr1	24200983	rs2229583	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=823;ReadPosRankSum=-1.419;SC=AGGGAGTGAACTGATTTCTGA;SOR=0.460;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=36;WE=24200991;WS=24200959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr1	24201094	rs2229581	G	C	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=722;ReadPosRankSum=-3.198;SC=CCTCTGTCTCGGTGACTGAGG;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=123;TCR=62;TR=57;WE=24201102;WS=24201084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,62:0.32:196
chr1	24201109	rs2229580	C	T	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=755;ReadPosRankSum=-2.226;SC=CTGAGGATCTCGGGGCTTCTT;SOR=0.847;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=192;TCF=124;TCR=68;TR=57;WE=24201117;WS=24201099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,63:0.31:203
chr1	24201162	rs2229579	G	A	4625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=0.199;SC=TTCTTCCAGTGAGCCAGGCAG;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=281;TCF=165;TCR=116;TR=188;WE=24201170;WS=24201152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,198:0.66:302
chr1	24201262	rs2502993	A	G	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=88;PP=2191;ReadPosRankSum=-1.297;SC=TGGAGCAGAAAGCAAAGGCCT;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=503;TCF=244;TCR=259;TR=168;WE=24201270;WS=24201252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,178:0.34:524
chr1	24201357	rs4649124	A	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=2.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,84:0.29:291
chr1	24201448	rs3003336	C	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-2.138;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,83:0.26:323
chr1	24201643	rs2501431	G	A	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=786;ReadPosRankSum=-2.454;SC=CCCACATGATGCCCAGGGTCA;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=91;TCR=86;TR=64;WE=24201651;WS=24201633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,67:0.36:187
chr1	24201919	rs2502992	TT	CC	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.933;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=2476;ReadPosRankSum=1.026;SC=TCCGGCGGAGTTGGTGGGAGG;SOR=1.125;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=259;TCF=127;TCR=132;TR=84;WE=24201928;WS=24201909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,92:0.33:278
chr1	24255844	rs71575785	C	CTATTATTAT	344.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;MQRankSum=0.632;QD=31.30;ReadPosRankSum=0.486;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr1	24383819	rs7540491	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=605;SC=CTGGTCCATGTAGACTAGACT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=24383827;WS=24383809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	24388371	rs4649168	T	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=15;PP=887;SC=ACTGACCCAGTGTGCCCAGAC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=24388379;WS=24388361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	24389509	rs67138023	GAA	G	760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=506;SC=TGGGGGACCAGAAACTCTGCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=24389518;WS=24389501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	24390717	rs41268127	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=897;ReadPosRankSum=-0.019;SC=TACCAAATCCGGAGGCCTGGG;SOR=0.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=30;WE=24390739;WS=24390707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr1	24390731	rs7555384	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=1178;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GCCTGGGCTCCAGGCCTGCCC;SOR=0.967;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=36;WE=24390739;WS=24390707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr1	24393656	rs12026723	G	A	3549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=95;PP=2482;ReadPosRankSum=1.790;SC=AGGCAGTGCTGGGGGGAGGGA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=234;TCF=93;TCR=141;TR=154;WE=24393664;WS=24393646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,159:0.65:243
chr1	24393729	rs11249090	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.479;NF=5;NR=36;PP=861;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GGGTGAGGCAGGGGCGGTGCT;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=41;WE=24393737;WS=24393719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr1	24393773	rs10623321	C	CCTTT	347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.71;MQRankSum=1.180;QD=28.98;ReadPosRankSum=1.228;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr1	24395003	rs6660675	T	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=0.221;SC=AACCCTCTGCTGCTCCCCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=24395011;WS=24394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	24400584	rs6660949	G	C	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=47;PP=2632;SC=TTGCTGACCTGTGTGGGCATT;SOR=1.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=133;WE=24400592;WS=24400574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	24400633	rs10903083	C	G	5645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=100;PP=2965;SC=TGGCAGGGAGCGGGGTAGGTG;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=114;TCR=100;TR=213;WE=24400641;WS=24400623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	24406647	rs4649175	G	A	5637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CCAGGGATGTGGCCCGCACCT;SOR=0.907;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=354;TCF=162;TCR=192;TR=229;WE=24406655;WS=24406637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,250:0.66:376
chr1	24408015	rs10903090	C	G	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.631;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=1031;ReadPosRankSum=0.762;SC=AGCAGTGGTGCGGGAGGGACT;SOR=0.301;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=65;WE=24408023;WS=24408005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr1	24408765	rs4333801	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=1.900;SC=ACGAGCCTCCTCTAGTTGGTG;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=19;WE=24408773;WS=24408755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
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chr1	24413159	rs6424152	T	C	3865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.391;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=61;PP=2602;ReadPosRankSum=-0.181;SC=AGGCGATGGGTTCGCTGGGCT;SOR=0.449;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=208;TCF=131;TCR=77;TR=157;WE=24413167;WS=24413149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,166:0.72:229
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chr1	24416059	rs4393101	T	C	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=36;PP=2748;SC=TGGTGCTCTGTCCCGGGGGCT;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=113;WE=24416078;WS=24416049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	24416070	rs7533060	G	C	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=31;PP=1353;ReadPosRankSum=0.358;SC=CCCGGGGGCTGGGCTCCTCCC;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=91;WE=24416078;WS=24416049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,94:0.70:135
chr1	24417415	rs6700245	T	C	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=87;PP=1392;ReadPosRankSum=0.009;SC=GACGAGGCCTTGGATTGGGCA;SOR=0.852;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=450;TCF=187;TCR=263;TR=141;WE=24417423;WS=24417405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,147:0.32:465
chr1	24418768	rs7556176	T	C	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GGACGTTCAGTGGGGAGCCTG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=85;WE=24418776;WS=24418758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,93:0.65:142
chr1	24419496	rs4233050	A	G	3387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=63;PP=2113;ReadPosRankSum=2.427;SC=CACCCGGACCATGTAGAGCCC;SOR=0.864;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=237;TCF=140;TCR=97;TR=159;WE=24419504;WS=24419486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,160:0.66:243
chr1	24421334	rs6678411	G	T	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=954;ReadPosRankSum=-0.261;SC=CAGGACTGGGGGTCCTTACCA;SOR=0.480;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=75;TCR=25;TR=67;WE=24421342;WS=24421324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,74:0.69:108
chr1	24421474	rs6678540	G	A	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1374;ReadPosRankSum=0.721;SC=GGGGCCAAACGTCGATCCTGG;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=96;WE=24421482;WS=24421464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,102:0.65:156
chr1	24421950	rs4319261	C	G	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=53;PP=2023;ReadPosRankSum=1.591;SC=ATCTCTGAATCGAAGCCAGCA;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=205;TCF=125;TCR=80;TR=134;WE=24421958;WS=24421940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,146:0.67:219
chr1	24434595	rs11249170	T	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=10.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,72:0.26:275
chr1	24434717	rs11447181	T	TC	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=507;ReadPosRankSum=0.499;SC=CAAGGCTGCATCCCCCCGACC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=18;WE=24434725;WS=24434707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr1	24447214	rs3795300	G	A	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=28;PP=1896;SC=AGTGTGTGGCGTGGGCAGGCA;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=98;WE=24447222;WS=24447204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	24454902	rs79895649	C	T	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=492;SC=TGTTTCCATTCCCCTCCCTTC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=24454910;WS=24454892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	24460797	rs17852649	T	G	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=2151;ReadPosRankSum=-1.021;SC=CTGCACGGATTGGCGTGGGGG;SOR=0.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=109;WE=24460805;WS=24460787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr1	24484441	rs946671	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=38;PP=1113;SC=CATAATTATCATCATCTGAAT;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=24484449;WS=24484431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	24485518	rs10751769	T	C	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=5;PP=1844;SC=CCCCACCTGCTGCACACCCCC;SOR=4.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=67;TCR=5;TR=71;WE=24485526;WS=24485508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	24485813	rs4649194	T	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=42;PP=1351;SC=AACCAAGGTTTGGGGCATTAT;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=60;WE=24485821;WS=24485803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	24485941	rs4649195	T	C	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=43;PP=2423;ReadPosRankSum=1.401;SC=AAAGTTTCTCTTTCTGCACCA;SOR=0.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=116;WE=24485949;WS=24485931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr1	24486216	rs34545094	GT	G	219.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=-0.874;SC=ATGGTAGGGTGTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=14;WE=24486224;WS=24486206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	24513608	rs12094257	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=266;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CCAGGAGCTCCGGGTCCGAGG;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=15;WE=24513616;WS=24513598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	24513768	rs4090311	G	A	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=41;PP=1300;SC=CCCCGCCCGGGCCCAGGTCCC;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=24513783;WS=24513758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	24513924	.	AGGG	A	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.59;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	24657860	rs2486669	A	G	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=984;ReadPosRankSum=0.620;SC=GCGGCTGCCCATTCACGGACC;SOR=0.837;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=72;WE=24657868;WS=24657850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,73:0.68:108
chr1	24658063	rs2486668	C	G	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.102;SC=GAGATGATGACAGTGTTGCGG;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=69;WE=24658071;WS=24658053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr1	24668667	rs11576645	C	G	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=56;PP=2024;ReadPosRankSum=0.538;SC=TGAAGGGTGTCCCCCTGAACC;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=201;TCF=115;TCR=86;TR=127;WE=24668675;WS=24668657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,145:0.65:224
chr1	24671287	rs4648859	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,76:0.34:223
chr1	24671464	.	ACCCTCCACACCTGTGCC	A	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.572;NF=0;NR=3;PP=228;ReadPosRankSum=0.396;SC=ACACCTGTGCACCCTCCACAC;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=3;WE=24671488;WS=24671454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	24673247	rs6702097	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.299;SC=ACCCCTTGGAGCTAGGTTTAG;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=24673255;WS=24673237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	24673866	rs6691722	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,39:0.25:155
chr1	24684116	rs7527465	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=420;ReadPosRankSum=0.241;SC=GGTATCTGGCGGGGTTAATGT;SOR=0.825;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=27;WE=24684124;WS=24684106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr1	24684199	.	C	A	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1121;ReadPosRankSum=0.868;SC=TCCCCACCCACCGCGAATCTG;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=218;TCF=129;TCR=89;TR=84;WE=24684207;WS=24684189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,88:0.39:228
chr1	24684728	rs11249092	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=760;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GCAGGGAGTCGTGCCGGAAGG;SOR=0.937;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=85;TCR=50;TR=54;WE=24684736;WS=24684718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,57:0.38:149
chr1	24687653	rs532147	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	24695749	rs35671964	C	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.913;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=740;ReadPosRankSum=1.784;SC=TTTTATGTTACAAAAATAGAA;SOR=0.987;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=94;TCR=60;TR=55;WE=24695757;WS=24695739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,58:0.35:168
chr1	24706113	rs3765428	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.252;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr1	24706269	rs1064842	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=2.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,82:0.28:291
chr1	24706292	rs1142057	T	C	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=4.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,92:0.32:289
chr1	24706410	rs3765431	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=295;ReadPosRankSum=0.082;SC=AAGGTCTAAATGCATTTTATA;SOR=0.542;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=28;WE=24706418;WS=24706400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr1	24706438	rs3835230	A	AG	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=474;ReadPosRankSum=1.887;SC=AAACTCTGGCAGTAACAATGA;SOR=0.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=14;WE=24706446;WS=24706428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr1	24710405	rs11538189	A	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=668;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TGAGGGAAACATGCAAGTTCC;SOR=0.554;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=114;TCR=75;TR=66;WE=24710413;WS=24710395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,78:0.36:214
chr1	24768469	rs11582625	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=7.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.186;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,18:0.21:84
chr1	24779873	rs1883462	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,13:0.15:86
chr1	24780521	rs67528293	CT	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.626;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	24784214	rs41268761	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=725;ReadPosRankSum=1.744;SC=CTCTTCTGTCGCCTACTCAGC;SOR=0.952;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=157;TCF=102;TCR=55;TR=52;WE=24784222;WS=24784204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,54:0.32:169
chr1	24792617	rs195725	T	A	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=59;PP=1278;ReadPosRankSum=-1.011;SC=AAAAATGAGATCGAGAAACAG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=151;TCR=188;TR=107;WE=24792625;WS=24792607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,113:0.31:367
chr1	24840768	rs196403	G	A	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=3;PP=570;SC=TTTGGTCTTCGGAGTTTTACC;SOR=3.180;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=24840776;WS=24840758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	24859617	rs196429	G	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=16;PP=1414;SC=ATCTCCTGCCGCCCCAGCCTG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=67;WE=24859625;WS=24859607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	24859665	rs196430	G	A	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=86;NR=58;PP=2461;SC=CCTCTCCCCCGGTGGGGTGGA;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=144;WE=24859673;WS=24859655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	24861704	rs196432	G	A	4611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=70;PP=2577;SC=TTGCCCAGACGAGGCGCCCCG;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=88;TCR=70;TR=158;WE=24861712;WS=24861694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	24927561	rs4553122	T	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=750;ReadPosRankSum=1.582;SC=GTCCCTTCAGTGACATCAGAA;SOR=0.925;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=55;WE=24927569;WS=24927551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr1	24981632	rs184486069	A	C	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.989;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=58;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.046;SC=TAAAAATCAAACACATATGAA;SOR=0.400;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=274;TCF=74;TCR=200;TR=85;WE=24981640;WS=24981622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,92:0.32:284
chr1	24989762	rs4649011	G	T	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=65;PP=2113;SC=GTCAAAAATTGTAGTGACTTA;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=118;WE=24989770;WS=24989752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	25098245	rs9332415	T	C	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=8;PP=1105;SC=ATTGGGGTTTTGTAACTAGCT;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=25098253;WS=25098235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	25098341	rs7548438	C	T	6868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=102;PP=2965;SC=GGTTCAAGTCCTATGTGTATC;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=133;TCR=102;TR=235;WE=25098349;WS=25098331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	25153692	rs4649022	G	A	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=81;PP=2801;SC=TTATAAATGAGTACTTTAGAG;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=75;TCR=81;TR=156;WE=25153700;WS=25153682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	25254317	rs7517302	C	T	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=37;PP=834;ReadPosRankSum=2.370;SC=GCAGCTCCCCCAGGTCCCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=44;WE=25254325;WS=25254307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr1	25256444	rs71514255	G	A	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=39;PP=1060;SC=CTCGGCCGCCGCTGCCGCGAG;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=25256452;WS=25256434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	25291010	rs6672420	A	T	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=36;PP=1645;ReadPosRankSum=0.539;SC=CTCACCGCGGATGAAGGTCGG;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=117;TCR=57;TR=113;WE=25291018;WS=25291000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,113:0.64:176
chr1	25570550	rs5773124	A	AT	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=186;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TAGATACAGCATTTTTTTTTT;SOR=0.776;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=16;WE=25570558;WS=25570540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	25678002	rs66744254	TAA	TA,T	397.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5044,0.4956;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.820;NF=21,21;NR=1,1;PP=231,13;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CCTGTATCTTTAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=22,22;WE=25678024;WS=25677992;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.91:23
chr1	25678238	rs3093616	T	A	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=70;PP=2012;SC=TTAAGATGAGTATTTCACATG;SOR=1.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=98;WE=25678246;WS=25678228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	25747230	rs586178	G	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.89;QD=34.06;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	25893221	rs4523506	G	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=3;PP=1068;SC=CCCCTGCACCGGGGGCTTCCT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=44;WE=25893229;WS=25893211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	25893242	rs4418583	TG	CA	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=8;PP=2103;SC=TCTTGGGCCATGTGCCCTGCT;SOR=2.546;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=49;WE=25893251;WS=25893232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	26085048	rs11321223	AG	A	4224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=21;PP=2974;SC=GCCTGGCCAAAGGGGGGATGA;SOR=3.340;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=132;TCF=104;TCR=28;TR=113;WE=26085056;WS=26085038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	26090072	rs807270	A	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=23;PP=1082;SC=GTTGGGTGGGATAGGAGTCGG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=26090080;WS=26090062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	26098107	rs2072747	G	A	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=30;PP=2684;SC=GAGAGCCGGCGGCAGATGGAG;SOR=2.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=100;TCR=30;TR=130;WE=26098115;WS=26098097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	26098333	rs807264	G	A	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=76;PP=2275;SC=GCCGAGCGAGGGTGCTGCGGG;SOR=3.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=16;TCR=76;TR=92;WE=26098341;WS=26098323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	26107688	rs807273	C	A	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=82;PP=2965;SC=TGGCTTGGGCCTGGAGTGGAA;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=101;TCR=82;TR=183;WE=26107696;WS=26107678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	26109237	rs12567324	A	G	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=115;PP=2965;SC=TGGGAGGTTGAGGGTAGGGGT;SOR=3.152;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=24;TCR=115;TR=139;WE=26109257;WS=26109227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	26110065	rs3820514	A	G	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=36;PP=2959;SC=GCCTATCACAAAGGCCCTGAG;SOR=1.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=104;TCR=36;TR=139;WE=26110073;WS=26110055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	26110143	rs3767877	G	A	11303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=234;NR=166;PP=2965;SC=CCTGCCCTGCGTGGGGCACAG;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=400;TCF=234;TCR=166;TR=400;WE=26110151;WS=26110133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr1	26127020	rs13373825	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.108;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	26127425	rs6659086	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=0.914;SC=CACTGGGAGAGCTCAGGAAGA;SOR=0.094;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=11;WE=26127433;WS=26127415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr1	26131654	rs7349185	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=203;ReadPosRankSum=-1.314;SC=GCGGCCAGCTGCGAGGAGGAG;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=23;WE=26131662;WS=26131644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr1	26138136	rs760598	C	A	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=58;PP=1557;ReadPosRankSum=0.539;SC=CCTGAGGATTCTTGCCCATCT;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=406;TCF=227;TCR=179;TR=136;WE=26138144;WS=26138126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,140:0.34:416
chr1	26138262	rs760597	T	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=888;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GCCACCTGCCTTCAGGGGAGC;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=180;TCF=60;TCR=120;TR=60;WE=26138270;WS=26138252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,64:0.33:195
chr1	26139137	rs10902685	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	26139392	rs3738451	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.454;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr1	26139444	rs10751726	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr1	26140573	rs2294228	C	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=3.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,70:0.26:273
chr1	26146884	rs984412	C	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=446;ReadPosRankSum=1.773;SC=AGGCGGCGAGCACTTGGCCGA;SOR=1.167;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=28;WE=26146892;WS=26146874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr1	26150023	rs11247758	C	T	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.320;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=571;ReadPosRankSum=0.752;SC=TAGAGAGTGCCCTGTCCCTAG;SOR=0.302;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=40;WE=26150031;WS=26150013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr1	26152666	rs6598923	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=-0.445;SC=AGGAACCTTCTTCTGCCCCCT;SOR=1.066;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=15;WE=26152674;WS=26152656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr1	26152758	rs6598924	A	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.458;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,70:0.26:266
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chr1	26314564	rs2245979	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=567;SC=AAAGGCCTTCTGGGGAAGGTG;SOR=3.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=26314572;WS=26314554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	26317177	rs145457479	G	A	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=26;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GGTGCCGGCAGAAGCAGTGCA;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=82;TCR=36;TR=82;WE=26317185;WS=26317167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,88:0.70:125
chr1	26349967	rs1938405	C	T	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=54;PP=1532;SC=CTGGAATAGACGCAAGCCCAA;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=26349975;WS=26349957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	26357178	rs35238823	A	AC	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.969;HP=10;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=178;ReadPosRankSum=2.396;SC=TGTTTGGGGAACCCCCCCCCC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=16;WE=26357186;WS=26357168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	26357656	rs2736831	C	A	15401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=294;NR=293;PP=2965;SC=AACATCAGCTCACCCCTCACT;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=589;TCF=295;TCR=294;TR=587;WE=26357664;WS=26357646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,592:1.00:592
chr1	26357855	rs2802321	A	G	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=79;PP=2965;SC=TCCAAGCCCTAACATTTTTCC;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=108;TCR=80;TR=187;WE=26357863;WS=26357845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	26358752	rs5773143	T	TA	4769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=26;PP=2936;SC=TGGATCCAACTAACCCTTCTC;SOR=2.750;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=78;TCR=29;TR=101;WE=26358760;WS=26358742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	26365374	rs4659404	T	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=3;PP=718;SC=TGGTAGAACATTTGCTGAGGA;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=26365382;WS=26365364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	26365549	rs2997452	C	T	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=68;PP=2518;SC=ACCTGGTTTACAACACAGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=144;WE=26365557;WS=26365539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	26372144	rs6686190	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=3;PP=1017;SC=CAGGGGTCAGAATCTGGGCTG;SOR=3.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=40;WE=26372152;WS=26372134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	26383645	rs144384652	CCAGGGGT	C	1945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.009;NF=25;NR=23;PP=2491;ReadPosRankSum=-0.334;SC=ATGCTGGTTTCCAGGGGTCAG;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=48;WE=26383659;WS=26383635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,83:0.75:110
chr1	26496370	rs2232646	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	26496651	rs7087	T	C	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=77;PP=2036;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CAGGGGGCGGTCTGCACCGCT;SOR=0.568;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=176;TCF=65;TCR=111;TR=125;WE=26496659;WS=26496641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,135:0.71:191
chr1	26496870	rs2232654	A	G	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=15;PP=1147;ReadPosRankSum=0.019;SC=TTGGGAGACTATCACCTCCTC;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=62;WE=26496878;WS=26496860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,68:0.71:96
chr1	26504196	rs2783707	C	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ACTGGGTGCGCTGGTTCACAC;SOR=0.301;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=17;WE=26504204;WS=26504186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr1	26508293	rs3819033	G	A	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=31;PP=1711;ReadPosRankSum=-1.525;SC=TGAGTAATTGGCTCTGAGTGG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=105;TCR=47;TR=100;WE=26508301;WS=26508283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,105:0.67:156
chr1	26508480	rs2275945	T	C	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=49;PP=987;ReadPosRankSum=0.209;SC=GAGACCAAGCTGGGCTAGAGC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=18;TCR=73;TR=61;WE=26508488;WS=26508470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,61:0.67:91
chr1	26510336	rs115982258	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=523;ReadPosRankSum=0.031;SC=CTTCCCCTGCCGCCCCCCGAC;SOR=0.616;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=120;TCF=31;TCR=89;TR=43;WE=26510344;WS=26510326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,50:0.38:132
chr1	26510932	rs148237566	G	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.877;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=897;ReadPosRankSum=-1.102;SC=CCATCCCCCCGGAACCCCCAG;SOR=0.448;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=213;TCF=99;TCR=114;TR=76;WE=26510940;WS=26510922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,79:0.35:223
chr1	26511139	rs2297711	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.264;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=304;ReadPosRankSum=0.969;SC=GGGTTCCCCTGTTTGAGGAGC;SOR=0.293;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=25;WE=26511147;WS=26511129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr1	26511700	rs2783680	A	G	7403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=138;PP=2965;SC=ACACAAAAACAGGTAGGCAAG;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=130;TCR=138;TR=268;WE=26511708;WS=26511690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	26515956	rs1045105	C	A	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,124:0.28:445
chr1	26517267	rs41284333	A	G	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr1	26517667	rs11247864	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=311;ReadPosRankSum=0.778;SC=TCTCAGATGATTTCCCCCCTC;SOR=0.432;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=73;TCF=58;TCR=15;TR=23;WE=26517675;WS=26517657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr1	26517811	rs142583631	A	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,73:0.26:282
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chr1	26528922	rs10902720	C	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-2.008;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,18:0.23:78
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chr1	26597435	rs4659419	G	A	5545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=74;PP=2965;SC=TGTGCAATAAGTAGCAGAACC;SOR=1.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=113;TCR=74;TR=187;WE=26597443;WS=26597425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	26597673	rs11247894	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GGAGGGATACGTGAATTCTTG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=26597681;WS=26597663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr1	26601385	rs3795685	G	A	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=34;PP=1877;SC=GTCCAAGCCAGCGGTGATATT;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=102;WE=26601393;WS=26601375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	26606213	rs181600947	T	C	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.396;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=31;PP=1103;ReadPosRankSum=0.792;SC=CACCTCCTCCTGGAGAGAGCG;SOR=1.034;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=89;WE=26606221;WS=26606203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,105:0.71:148
chr1	26608649	rs12750420	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=238;ReadPosRankSum=1.886;SC=AGCCAGGCCCGCCAGCCGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=15;WE=26608657;WS=26608639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	26608782	rs34209692	C	T	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.401;NF=39;NR=21;PP=896;ReadPosRankSum=1.314;SC=GTTGAGGGGGCGGGTGCTTTA;SOR=0.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=60;WE=26608796;WS=26608772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,75:0.84:89
chr1	26608811	.	TCCAGGACAGGGACTGGGGCCGGGACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGGACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGGACCGGGA	T	433.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.396;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,23:0.13:183
chr1	26608814	rs6672357	A	G	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-0.578;QD=30.01;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,63:0.73:86
chr1	26608825	.	TGGGGCCG	T	2918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-0.537;QD=30.40;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,73:0.76:96
chr1	26608835	.	ACCGGGACCGGGACTGGG	A	2896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-0.523;QD=28.97;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,77:0.77:100
chr1	26609259	rs7522905	C	T	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.674;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=68;PP=1500;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GGGGTGCCGGCGTGTTGGGTG;SOR=0.742;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=385;TCF=195;TCR=190;TR=129;WE=26609267;WS=26609249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,134:0.34:398
chr1	26609307	rs6598952	G	T	7754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=137;PP=2965;SC=CCATCAGCACGCGGTGACCCA;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=129;TCR=138;TR=266;WE=26609315;WS=26609297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	26610891	rs4332350	A	C	6874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.095;SC=CTTGTGCATCAGCTGCCTGCC;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=127;TCR=119;TR=244;WE=26610899;WS=26610881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr1	26612042	rs11247898	A	G	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=28;PP=1058;SC=GCTGCAAGGGAAGAGGAAAAG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=26612050;WS=26612032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	26620846	rs3832184	C	CA	1325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.660;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.096;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,49:0.27:182
chr1	26627478	rs2276712	T	C	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-2.249;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:578,242:0.30:820
chr1	26629465	rs11803933	G	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=28;ReadPosRankSum=0.747;SC=CCAAGCCCAGGGGGTAGCCTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=5;WE=26629473;WS=26629455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr1	26646611	rs111668601	TA	T	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.373;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.432;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr1	26646726	rs1071849	A	G	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-1.165;QD=10.58;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,110:0.31:353
chr1	26646730	rs17645	A	G	3699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=2.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-1.168;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,105:0.31:336
chr1	26648328	rs12568163	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.902;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=0.535;SC=ACCCCACCCCGAAATATCAAG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=8;WE=26648336;WS=26648318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	26648551	rs11247913	G	C	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=75;PP=1652;ReadPosRankSum=0.293;SC=CGGCCTCCTGGGGGTGGGATG;SOR=0.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=439;TCF=233;TCR=206;TR=157;WE=26648566;WS=26648541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,170:0.37:463
chr1	26650550	rs11247915	C	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=540;ReadPosRankSum=-0.843;SC=CTGTGTGCATCCCTCTGTGTT;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=121;TCF=97;TCR=24;TR=42;WE=26650558;WS=26650540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr1	26654937	rs11589684	G	C	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=48;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TTCTCCCATGGAGGGATTCCT;SOR=0.940;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=196;TCF=73;TCR=123;TR=71;WE=26654945;WS=26654927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,71:0.34:206
chr1	26655208	rs11247916	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.409;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,26:0.25:105
chr1	26655462	rs12057290	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=420;ReadPosRankSum=-0.234;SC=ATCTGTATGTCAGGCCTTCTT;SOR=2.229;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=25;WE=26655470;WS=26655452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
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chr1	26662774	rs7517559	C	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=1.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.161;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,78:0.26:295
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chr1	26664968	rs11247919	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=541;ReadPosRankSum=-0.077;SC=ACAGTAGCCACCTAGGGGAAA;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=51;WE=26664976;WS=26664958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,57:0.32:177
chr1	26694245	rs10794531	T	C	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=724;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GGATGGGCCATGAGCATCCAC;SOR=0.737;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=60;WE=26694253;WS=26694235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr1	26694260	rs10794532	T	C	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=813;ReadPosRankSum=-0.064;SC=ATCCACCATGTCTGGAAGTGG;SOR=0.588;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=50;WE=26694268;WS=26694250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,56:0.61:92
chr1	26698884	rs11247936	T	C	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=885;ReadPosRankSum=0.925;SC=ACATGAGTCTTGAGGGAGGCA;SOR=0.400;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=50;WE=26698892;WS=26698874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr1	26698938	rs6703878	A	G	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=43;PP=2103;ReadPosRankSum=-0.010;SC=CAAATACTTAATTCCAACCTC;SOR=1.100;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=179;TCF=114;TCR=65;TR=125;WE=26698946;WS=26698928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,128:0.67:190
chr1	26699103	rs11584185	T	C	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=68;PP=1776;ReadPosRankSum=1.364;SC=CTTGCACAACTTCTCTGTTAG;SOR=1.205;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=135;TCF=42;TCR=93;TR=96;WE=26699111;WS=26699093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,100:0.70:143
chr1	26699157	rs11247937	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=600;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CTTCCCAACCTACTCTGGTGA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=29;WE=26699165;WS=26699147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr1	26700795	rs7520030	T	C	5915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=95;NR=107;PP=2965;SC=CCAGCTGTGCTCCCTCCTGGC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=95;TCR=109;TR=202;WE=26700803;WS=26700785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	26752992	rs4659441	T	C	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=63;PP=1690;SC=CAGGAAGTTTTGAGGAGCAGG;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=25;TCR=63;TR=88;WE=26753000;WS=26752982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	26769061	rs147861842	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=1.594;SC=TTGATGCATTAATTCTGACAT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=12;WE=26769069;WS=26769051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	26856265	.	CGCG	C	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.873;NF=0;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=-1.187;SC=GTGCTAGTGCCGCGGCGGCGG;SOR=0.223;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=2;WE=26856275;WS=26856260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr1	26856462	rs11800553	T	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=289;SC=AGCTAGTGCCTCTGGACCCGG;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=26856470;WS=26856452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	26869610	rs921893	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,76:0.25:308
chr1	26879792	rs4970489	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=-2.669;SC=CCAGGGTGGCTCTTCAGGACC;SOR=0.052;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=5;WE=26879800;WS=26879791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	26879920	rs4970490	T	C	6216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=83;PP=2965;SC=TTTACCTGGCTGAGCTGGCTC;SOR=1.272;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=138;TCR=83;TR=220;WE=26879928;WS=26879910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	26881565	rs67600391	AG	A	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=398;ReadPosRankSum=-2.085;SC=ACTGGGGCAGAGGGGTCTGAC;SOR=0.521;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=14;WE=26881573;WS=26881555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr1	26883511	rs2229712	A	C	8009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.455;SC=CGTGAGATCAAGCCACCCTTC;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=611;TCF=313;TCR=298;TR=384;WE=26883519;WS=26883493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,386:0.62:627
chr1	26900735	rs282179	C	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,37:0.25:146
chr1	26901090	rs11113	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=329;ReadPosRankSum=0.918;SC=GGGACCCCCACGATTGGCCAC;SOR=0.482;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=20;WE=26901098;WS=26901080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr1	27210721	rs3170660	TG	CA	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.281;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=2047;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TCTTGGGCTCTGAAACAGTAT;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=65;WE=27210730;WS=27210711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,78:0.60:130
chr1	27320356	rs6689941	T	C	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=61;PP=2085;SC=GCCGCCGCCCTGGGATCCCAT;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=140;WE=27320364;WS=27320346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	27332311	rs181524524	C	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=0.594;SC=CAATCAAAGGCCCAACCCTGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=27332319;WS=27332304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	27426796	rs4266911	T	C	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=37;PP=2022;SC=CTGGCCCTGGTGTTACTGCCC;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=86;TCR=37;TR=123;WE=27426804;WS=27426786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	27427041	rs4418629	T	C	15273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=257;NR=280;PP=2965;SC=CCTTCAGCTCTTCATTCACCA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=538;TCF=258;TCR=280;TR=537;WE=27427049;WS=27427031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr1	27428321	rs6598870	T	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
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chr1	27480757	rs34306208	A	G	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,128:0.27:483
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chr1	27620341	.	G	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=1.364;SC=GCACTGTAATGTATATGTCTG;SOR=0.257;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=14;WE=27620349;WS=27620331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	27627974	rs115643786	G	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=826;ReadPosRankSum=0.069;SC=CTGAGGAGGGGGTGCTGTTAC;SOR=0.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=68;TCR=91;TR=58;WE=27627982;WS=27627964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,60:0.36:167
chr1	27657655	.	G	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.201;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=827;ReadPosRankSum=-1.117;SC=GGGGACACGGGAGGCTGATTC;SOR=0.285;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=151;TCF=55;TCR=96;TR=57;WE=27657663;WS=27657632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,58:0.38:153
chr1	27658368	rs149506843	CCTT	C	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=584;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TGCCACACTGCCTTCTTCCTG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=15;WE=27658378;WS=27658358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr1	27660340	rs12758154	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=1.291;SC=TTACTGTACATCTCAGCACCC;SOR=0.122;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=10;WE=27660348;WS=27660333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr1	27660568	rs35771571	G	A	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=43;PP=1527;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GGGCGGCACCGGCACTCCCCA;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=189;TCR=122;TR=109;WE=27660576;WS=27660558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,115:0.35:328
chr1	27661037	rs12565684	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,10:0.15:68
chr1	27661755	rs71294466	T	TGTA	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.34;MQRankSum=1.551;NF=7;NR=1;PP=220;ReadPosRankSum=0.727;SC=AGGGGGTGGTTGGGTTTTCCT;SOR=0.307;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=8;WE=27661763;WS=27661745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr1	27675700	rs41291090	C	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=336;ReadPosRankSum=-0.881;SC=AGAGGCAGCTCTAAGGGGCCC;SOR=0.380;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=6;TCR=68;TR=23;WE=27675708;WS=27675690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr1	27677930	rs12561870	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=468;ReadPosRankSum=0.718;SC=GCGGGCCTGAGCCGAGCCTCT;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=38;WE=27677938;WS=27677920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,38:0.33:116
chr1	27679692	rs11247639	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
chr1	27679797	rs3813795	A	G	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,104:0.29:357
chr1	27682440	rs36035221	T	TG	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=4.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.147;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,28:0.24:115
chr1	27682481	rs12569127	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=541;ReadPosRankSum=0.316;SC=GCTTTGGCTGGTGAGGTCAGG;SOR=0.861;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=99;TCR=54;TR=44;WE=27682489;WS=27682471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,51:0.30:168
chr1	27684396	rs4970520	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=339;ReadPosRankSum=1.027;SC=TGCTGATTGAGGACGGGCAGC;SOR=1.688;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=17;WE=27684404;WS=27684386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr1	27686063	rs7521552	G	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=36;PP=1329;SC=GCCAGCAGAAGTAGACCCTCT;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=27686071;WS=27686053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	27687695	rs143793155	C	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=948;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CGTCCTGAGCCGGGGGGAGTG;SOR=0.491;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=64;WE=27687703;WS=27687685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,67:0.64:105
chr1	27689763	rs4525067	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=0.053;SC=TCCCCCACCCCGACCCAGGCA;SOR=1.236;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=10;WE=27689771;WS=27689753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr1	27690359	rs4307592	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=357;ReadPosRankSum=2.549;SC=CTTGGGTTTGTCTGACCTCAA;SOR=1.197;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=22;WE=27690367;WS=27690349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr1	27690644	rs12727507	A	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=634;ReadPosRankSum=0.853;SC=CCAGCCCACCATACCCTCACC;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=58;WE=27690652;WS=27690634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,62:0.35:179
chr1	27692651	rs189532370	C	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=150;ReadPosRankSum=0.051;SC=AGACCCGGTACCCCTCTCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=12;WE=27692659;WS=27692641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	27696011	rs10218730	C	T	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=57;PP=1531;SC=CCCAGCACCACGCCTGGCACC;SOR=3.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=67;WE=27696019;WS=27696001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	27875824	rs4908364	C	T	4930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=80;PP=2904;SC=CAGTCTGAAGCGGCTGGAGTT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=179;WE=27875832;WS=27875814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	27876482	rs2076457	C	A	8503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.606;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CAGTAAGGCCCGGGCCCCCGA;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=138;TCR=162;TR=299;WE=27876505;WS=27876472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,311:1.00:312
chr1	27944000	rs1292089	T	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=-2.319;SC=GTAGGTGCCCTGCAAAGGTTA;SOR=1.508;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=16;WE=27944008;WS=27943990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	27949773	rs2231868	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=286;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TTAGTGCTCTGGTTCCCAAAG;SOR=0.804;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=27949781;WS=27949763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr1	27995077	rs56015130	G	T	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=68;PP=2128;SC=CGTAGTGGGGGTGTTGGGGTG;SOR=2.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=27;TCR=68;TR=95;WE=27995085;WS=27995067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	28086955	rs10902671	C	A	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	28206588	rs12568383	T	C	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.301;SC=GGCAGATGGATGCGCGCTGCT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=67;TCR=112;TR=177;WE=28206596;WS=28206578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr1	28209305	rs3766398	A	G	5339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=81;PP=2965;SC=TGGTGAGCCTAGACTCTGAGC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=176;WE=28209313;WS=28209295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	28209362	rs3766399	T	C	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.29;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	28209366	rs3766400	A	G	7451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	28211650	rs1467464	T	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=589;SC=TTCACATGCATGTAGCAAAAA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=28211658;WS=28211640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	28212272	rs11247705	G	A	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=41;PP=2924;SC=AAGACCGTAGGGCATCCAGGC;SOR=1.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=104;TCR=42;TR=144;WE=28212280;WS=28212262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	28220484	rs17257252	C	A	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=58;PP=2185;SC=GAAATAGGTACAATGCCAGAG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=122;WE=28220492;WS=28220474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	28224312	rs2295367	C	T	177.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=109;SC=GAGAAAGTTACGAAGTAGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=28224320;WS=28224302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	28241083	rs17185052	G	A	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=53;PP=2965;SC=GCCTTCCCGCGAATGGCGGAG;SOR=1.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=112;TCR=53;TR=165;WE=28241091;WS=28241073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	28282292	rs3813803	T	C	5139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=0.838;SC=CTGAAGGTGGTCCGGAAGCAT;SOR=0.253;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=166;WE=28282300;WS=28282282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr1	28282819	rs4908381	T	C	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=70;PP=2214;SC=CTGTCACAGCTTCATACCTGG;SOR=3.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=11;TCR=70;TR=81;WE=28282827;WS=28282809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	28290231	rs4373781	C	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=709;SC=GGCTGGCCCCCCTGTCGTGGC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=28290239;WS=28290221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	28323718	rs3831309	TG	T	2685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=7;PP=2460;SC=TCTAACAGGTTGTGAGCTCTT;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=56;WE=28323726;WS=28323708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	28369278	.	CGTG	C	1044.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=1132;ReadPosRankSum=0.558;SC=AGTAAATCTTCGTGATATCCT;SOR=0.143;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=82;TCF=0;TCR=82;TR=25;WE=28369288;WS=28369268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr1	28369279	rs2476547	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=56;PP=2726;ReadPosRankSum=-0.594;SC=GTAAATCTTCGTGATATCCTT;SOR=2.013;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=7;TCR=82;TR=60;WE=28369288;WS=28369268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr1	28422847	rs2989472	C	T	6995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=64;PP=2965;SC=TACGGCCACTCCCTGTCCCGC;SOR=2.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=166;TCR=64;TR=229;WE=28422855;WS=28422837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	28527011	rs1049504	A	G	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=64;PP=2470;SC=TTTGGGGTTCAGCCAAGCCAG;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=147;WE=28527019;WS=28527001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	28555426	rs567086	G	A	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=188;SC=AACATCAATCGGCTCACCTCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=28555434;WS=28555416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	28555579	rs3753863	C	A	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=24;PP=813;SC=AATTCAATAACAAACTGAATT;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=28555587;WS=28555569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	28559574	rs510803	C	G	6502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=130;PP=2965;SC=TCTTACAGGTCCGCTCCTCTA;SOR=1.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=99;TCR=130;TR=229;WE=28559582;WS=28559564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	28559694	rs474597	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=30;PP=808;SC=CATATAATTAACCACTTTAAA;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=28559702;WS=28559684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	28562676	rs12154	A	G	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=32;PP=2287;SC=GAGACGCCAGAGGTGCAGCTC;SOR=1.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=84;TCR=32;TR=115;WE=28562684;WS=28562666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	28563084	rs2078348	C	T	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1273;ReadPosRankSum=-0.813;SC=CCCAACAGAACTCCCGGGCCC;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=64;WE=28563092;WS=28563074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr1	28564252	rs8559	A	G	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=39;PP=2965;SC=ATGGAATTGGAACTCCTATTC;SOR=1.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=96;TCR=39;TR=135;WE=28564260;WS=28564242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	28564279	rs9508	A	G	5568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=72;PP=2965;SC=TAGACATTACAGGTTATGCTT;SOR=1.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=132;TCR=72;TR=203;WE=28564287;WS=28564269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	28586376	rs34315986	C	G	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=56;PP=2065;SC=TGGCGGACTCCGAGTGCCGCG;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=124;WE=28586384;WS=28586366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	29018316	.	T	TTTTA	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.19;MQRankSum=0.230;NF=0;NR=10;PP=489;ReadPosRankSum=0.447;SC=ACTATATCAGTTTTATTTATT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=10;WE=29018324;WS=29018306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	29019731	.	AT	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	29063559	rs6697540	A	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=24;PP=1131;SC=GCTCCCGCAGACGGGGCTCAT;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=29063581;WS=29063549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	29064036	rs61787567	C	T	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=51;PP=2792;SC=CAGCCTCTTCCTCACTACCAT;SOR=1.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=95;TCR=51;TR=146;WE=29064044;WS=29064026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	29189597	rs2234918	C	T	17912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=352;NR=285;PP=2965;SC=TCGCGCTGGGCTACGCCAATA;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=639;TCF=354;TCR=285;TR=637;WE=29189605;WS=29189587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,658:1.00:658
chr1	29345009	rs5773229	C	CTT	1028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=903;SC=AGTTTAAACACAACATGGTAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=18;WE=29345017;WS=29344999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	29345027	rs2985334	T	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=316;SC=TATTGGTTCATTGTTTGCCTA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=29345035;WS=29345017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	29379992	rs2788888	G	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=936;SC=AAATATTTTCGTAGAGTTATG;SOR=7.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=35;WE=29380000;WS=29379982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	29385486	rs2153165	G	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=29;PP=885;SC=GTTGTTAATAGTTTCAAATAA;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=29385494;WS=29385476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	29391645	rs35738494	A	G	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1648;ReadPosRankSum=0.685;SC=CTTAACATCAATGGGCAAATC;SOR=0.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=83;TCR=91;TR=102;WE=29391653;WS=29391635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,115:0.60:191
chr1	29438907	rs148459745	C	T	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.146;SC=TTCAGAGACACGTATTGAAAA;SOR=0.882;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=82;WE=29438915;WS=29438897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,88:0.68:129
chr1	29542435	rs2640469	C	G	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=31;PP=1865;SC=CAGGTACACTCGGCCAATCAG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=100;WE=29542443;WS=29542425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	29610382	.	T	C	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,68:0.30:226
chr1	29616318	rs2076620	C	A	6542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=145;PP=2965;SC=TCTCGCTGCACCCAGCCTGGC;SOR=1.570;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=78;TCR=145;TR=223;WE=29616326;WS=29616308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	29631236	rs3831903	C	CTA	27095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=205;PP=2930;SC=GGAAGGGGCCCTCAGTGAGGG;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=78;TCR=218;TR=277;WE=29631244;WS=29631226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,603:1.00:603
chr1	29631909	rs2235937	A	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=3.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,71:0.24:297
chr1	29696060	rs56203706	T	C	2825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=41;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CCCGGGGCCATGGAGCCCTGT;SOR=0.418;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=183;TCF=123;TCR=60;TR=118;WE=29696068;WS=29696050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,126:0.66:192
chr1	29842261	rs10915168	A	T	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=9;PP=525;SC=ATCCTCCTCCACTTCCTCCCC;SOR=1.148;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=29842269;WS=29842251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	31196255	rs45601237	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=474;SC=CAGTGCTGAGGGTCAGGGCCC;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=31196263;WS=31196245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	31215364	rs1050663	T	C	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=82;PP=1855;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CCACCTCTACTGAGTGCTCGA;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=560;TCF=309;TCR=251;TR=184;WE=31215372;WS=31215354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,190:0.32:590
chr1	31230668	rs2273979	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=706;ReadPosRankSum=1.652;SC=GAAGGGGAAGCTGCTGGCTGC;SOR=0.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=40;WE=31230676;WS=31230658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr1	31347399	rs4949184	C	T	8302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=146;NR=150;PP=2965;SC=TCTGGCTCATCCCGGATTGTG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=146;TCR=150;TR=296;WE=31347414;WS=31347389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr1	31349647	rs2491132	C	T	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=35;PP=1606;SC=AGCCTCCGTACGCCAGTGGTC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=90;WE=31349655;WS=31349637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	31351513	rs1891419	G	A	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GTTCATCATCGGGAAAGGAGT;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=304;TCF=154;TCR=150;TR=104;WE=31351521;WS=31351503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,113:0.35:324
chr1	31409726	rs56387244	CCT	C	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=410;ReadPosRankSum=0.107;SC=AAGAGAGGCCCCTGTTAGTGA;SOR=0.830;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=11;WE=31409735;WS=31409716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	31415040	rs4949187	A	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=3.758;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr1	31418119	rs12142833	C	T	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=684;ReadPosRankSum=-1.985;SC=GAGAACATGCCACAAATCCTA;SOR=0.343;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=96;TCR=21;TR=46;WE=31418127;WS=31418109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,46:0.39:118
chr1	31426815	rs2275741	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=281;ReadPosRankSum=-0.689;SC=TTCCACTGCCATTCGTGAGTC;SOR=0.571;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=27;WE=31426823;WS=31426805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr1	31440921	rs4317854	G	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=455;SC=ATCTATCCCTGATTCTGAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=31440929;WS=31440911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr1	31501755	rs4949331	T	C	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=51;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.130;SC=AGTCAGCATCTTGAATTTTAC;SOR=0.955;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=161;TCF=30;TCR=131;TR=60;WE=31501763;WS=31501745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,64:0.37:171
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chr1	31733926	rs12121460	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=459;SC=AGTGGCTCACACCTGTAATCC;SOR=1.942;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=25;WE=31733934;WS=31733916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	31734353	rs41303429	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.033;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=317;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GTTTCCCTTTCCCCCTCGTTG;SOR=1.106;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=27;WE=31734361;WS=31734343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr1	31740668	rs3753374	C	T	7264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=76;PP=2965;SC=CACGAGCCACCGCATCCGGCC;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=158;TCR=76;TR=234;WE=31740676;WS=31740658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	31744168	rs3737755	G	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=155;SC=GATGGAATCTGTGAGCAATCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=31744176;WS=31744158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	31744505	rs113021667	A	AT	712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.444;QD=19.80;ReadPosRankSum=1.729;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr1	31754511	rs4949374	G	C	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=44;PP=1266;SC=TAAGCAGTGTGCTCAATTTTG;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=47;WE=31754519;WS=31754501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	31761989	rs1532859	G	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=12;PP=1252;SC=TGTTATGGGAGATGACTGCTA;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=31761997;WS=31761979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	31762374	rs1532858	C	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=470;SC=CACTGACCTGCTGTGCTACGC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=31762382;WS=31762364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	31764693	rs12135540	G	A	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=916;SC=CCTGAGAAAGGATGAAAGGTG;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=31764701;WS=31764683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	31764713	rs142762586	C	CAAG	2406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=8;PP=2011;SC=GAAAGGACGCCAAGAATTAGT;SOR=3.215;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=42;WE=31764721;WS=31764703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	31764930	rs10733007	T	C	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=43;PP=1305;SC=AGTTCTCAGGTCAGGCACGGT;SOR=2.604;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=53;WE=31764938;WS=31764920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	31792141	rs4949384	A	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=839;SC=TTTTTAATGTATAGATATGAA;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=31792149;WS=31792131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	31838909	.	ATGTGTGTGTG	A	1134	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=1134;QD=284.25;SC=ATATGTATGTATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=31838926;WS=31838899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr1	31840426	rs2271072	C	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=32;PP=891;SC=GGCCACAGAGCACACAGCCTT;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=31840434;WS=31840416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	31897493	rs1320585	A	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=2;PP=1188;SC=GTTCTGTGAGAGGTGGGGCTT;SOR=4.565;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=45;WE=31897501;WS=31897483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	31898132	rs4949400	T	C	7172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=150;NR=105;PP=2965;SC=CCAGTTTCCCTGCCTGCACTC;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=151;TCR=105;TR=255;WE=31898140;WS=31898122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	31898162	rs4949401	C	T	10172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=197;NR=159;PP=2965;SC=GTCCATTCCCCGACCCCTTCT;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=357;TCF=197;TCR=160;TR=356;WE=31898170;WS=31898152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr1	31898234	rs4949402	T	C	8842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=143;NR=162;PP=2965;SC=CCTTCTACATTCCTGACGGCT;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=144;TCR=162;TR=305;WE=31898242;WS=31898224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr1	31898279	rs4949403	A	C	4897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=102;PP=2965;SC=GGCAGGAGGCATGGGGGGCTG;SOR=1.388;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=64;TCR=102;TR=166;WE=31898287;WS=31898269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	31898536	rs2275435	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=259;SC=TCAGTGTCCCCGGTGCAGGGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=31898544;WS=31898526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	31898639	rs35976845	C	T	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=768;ReadPosRankSum=0.321;SC=TCTACTTCGGCGTCGTGGGCT;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=51;WE=31898647;WS=31898629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr1	31899684	rs10454445	A	T	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=68;PP=1880;SC=AGCCTGCCTGACCCCCCCTGG;SOR=3.428;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=80;WE=31899692;WS=31899674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	31899704	rs10454446	C	T	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=57;PP=1510;SC=GCCTGAAGCCCGGCCCCTTAG;SOR=3.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=65;WE=31899712;WS=31899694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	31905889	rs3050461	A	ACAG	11302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.720;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.472;NF=57;NR=62;PP=2983;ReadPosRankSum=0.003;SC=TAGACGCCACACAGCAGCAGC;SOR=1.375;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=119;WE=31905897;WS=31905879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,259:0.98:265
chr1	31906882	rs11587589	A	G	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=55;PP=2805;SC=ACTGGGCACCAGGCTCATGGG;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=96;TCR=55;TR=151;WE=31906890;WS=31906872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	31907102	rs7417775	A	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1174;SC=CTCTCGGCTCAGTGACAGCCA;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=31907110;WS=31907092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	31971684	rs1316427	C	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=696;SC=TGTTTCCGCTCTTTGTTTCTG;SOR=4.047;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=31971692;WS=31971674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	31973122	rs112889748	GTGGAGTCTGTC	G	3341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=2965;SC=CTGCTTCTATGTGGAGTCTGT;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=42;WE=31973146;WS=31973112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	31973138	rs56235358	T	C	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=30;PP=1029;SC=TCTGTCTGCATGGCCGCTGTC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=58;WE=31973146;WS=31973112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	31973215	rs1320577	G	A	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=23;PP=1317;SC=GGGTGGGGATGCCACTGTCCA;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=31973223;WS=31973205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	31973266	rs10753250	G	A	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=37;PP=1742;SC=GCAGAGGGTTGGGCTCTGTCC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=89;WE=31973274;WS=31973256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	31973348	rs1574106	A	C	4587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=88;NR=72;PP=2369;SC=ATTATCTCAAAGATGGCCACT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=160;WE=31973356;WS=31973338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	31973409	rs1574105	G	A	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=94;NR=87;PP=2965;SC=GGTTCCCATCGTGGTGAAGGT;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=94;TCR=87;TR=181;WE=31973417;WS=31973399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	31973440	rs1574104	G	A	4520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=81;PP=2636;SC=CTCCAGCCCCGAGTCTAGTCC;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=162;WE=31973448;WS=31973430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	31973481	rs1573837	C	T	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=65;PP=1942;SC=GCCTCCCCTACTGGGAACAGT;SOR=1.285;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=31973489;WS=31973471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	32044589	rs12736080	T	C	40.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.72;QD=20.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	32044595	rs12750558	C	G	40.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.72;QD=20.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	32044641	rs12753402	G	A	805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=5;PP=463;SC=TTCAGTTATAGTTTAATTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=32044649;WS=32044631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	32084904	rs1056526	C	T	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=59;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATCTGTGGCGCGATTATCTGT;SOR=0.729;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=336;TCF=176;TCR=160;TR=110;WE=32084912;WS=32084894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,110:0.31:350
chr1	32086912	rs2280386	A	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=-0.244;SC=AGGAGGGACAACCCAAGTTGG;SOR=0.090;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=7;WE=32086920;WS=32086910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	32092525	rs2271933	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,50:0.25:198
chr1	32092918	rs141988488	T	TTCC	3540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.500;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,102:0.31:325
chr1	32100551	rs3835520	GA	G	1718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.766;NF=4;NR=49;PP=1526;ReadPosRankSum=0.674;SC=ATCCCTGAATGAAAAAGACAC;SOR=0.667;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=11;TCR=130;TR=53;WE=32100559;WS=32100541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,78:0.39:198
chr1	32119347	rs67961612	AACAC	A	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.113;NF=9;NR=11;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GATTACTTGAAACACACACAC;SOR=1.379;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=20;WE=32119360;WS=32119337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr1	32119431	rs3817398	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=686;ReadPosRankSum=0.647;SC=CCCCAAAGAATTACATGTGTC;SOR=0.613;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=143;TCF=88;TCR=55;TR=51;WE=32119439;WS=32119421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,53:0.36:149
chr1	32122164	rs7545321	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=1.607;SC=TGTCCAGCCCAGCTCTGTGTG;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=32122172;WS=32122154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	32127911	rs2271927	C	T	4750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=92;PP=2814;ReadPosRankSum=-0.135;SC=AAGGGGTGCCCGCCCTCCCAG;SOR=0.617;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=147;TCR=132;TR=197;WE=32127919;WS=32127901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,211:0.71:297
chr1	32127953	rs2271928	G	A	4136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=90;PP=2563;ReadPosRankSum=0.248;SC=CAGGCTTGCCGTCCTTCCCAT;SOR=0.625;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=239;TCF=114;TCR=125;TR=170;WE=32127961;WS=32127943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,184:0.74:248
chr1	32128283	rs1568396	C	G	549.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=12.357;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.64;ReadPosRankSum=1.504;SOR=2.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,24:0.86:28
chr1	32131163	rs1356803	C	G	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=81;PP=1851;ReadPosRankSum=-0.748;SC=ACAGAGCTGGCTTTGTGTCTT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=478;TCF=244;TCR=234;TR=163;WE=32131171;WS=32131153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,169:0.34:497
chr1	32133737	rs2292988	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=947;ReadPosRankSum=-0.745;SC=ACCTGGCACCCACTCCCCAGC;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=51;WE=32133745;WS=32133727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr1	32136168	rs2292990	G	T	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=52;PP=1779;ReadPosRankSum=-1.467;SC=TGGCTGACGGGGGGGAGGGGA;SOR=0.528;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=114;TCR=76;TR=129;WE=32136176;WS=32136158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,133:0.71:187
chr1	32145009	rs4949461	C	T	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=23;PP=1723;SC=TGACAGCTGACGCAACAGTGC;SOR=1.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=89;WE=32145017;WS=32144999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	32148571	rs10737358	A	G	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=55;PP=2473;SC=GAGGTCCCACAGGTCCGGTGG;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=85;TCR=55;TR=140;WE=32148579;WS=32148561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	32155284	rs2297682	T	C	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.835;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=823;ReadPosRankSum=-0.005;SC=TATGATCATGTCCCCAGGTTT;SOR=0.564;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=230;TCF=126;TCR=104;TR=68;WE=32155292;WS=32155274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,72:0.30:243
chr1	32155911	rs6425780	G	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=305;ReadPosRankSum=0.658;SC=TCACTGTCATGTGCAGAAAGG;SOR=0.160;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=16;WE=32155919;WS=32155901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr1	32155929	rs2297681	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=345;ReadPosRankSum=0.325;SC=AGGGGGTCCCGTTCCCACCCC;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=21;WE=32155937;WS=32155919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr1	32156722	rs10914467	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,39:0.25:157
chr1	32156869	rs10798884	A	T	14813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=257;NR=252;PP=2965;SC=TCCAGGGACCACTCGCTACAG;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=511;TCF=257;TCR=254;TR=509;WE=32156877;WS=32156859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr1	32157531	rs2297676	T	C	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1128;ReadPosRankSum=1.038;SC=GGGGGCTGGATTCCCGAAGGT;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=254;TCF=154;TCR=100;TR=88;WE=32157539;WS=32157521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,85:0.33:258
chr1	32158374	rs3818788	T	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=63;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.805;SC=TTACCTGAAGTGGGGCATCCG;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=116;TCR=165;TR=108;WE=32158382;WS=32158364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,111:0.38:294
chr1	32159588	rs2275097	A	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=225;ReadPosRankSum=-1.259;SC=ACACACACAAACCCCTGCTTT;SOR=0.768;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=24;WE=32159596;WS=32159575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr1	32160918	rs6656079	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=706;ReadPosRankSum=-2.392;SC=CATCACACATATCTTGAGTGG;SOR=0.868;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=193;TCF=87;TCR=106;TR=63;WE=32160926;WS=32160908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,70:0.33:215
chr1	32163950	rs2297674	G	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.363;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=353;ReadPosRankSum=-0.934;SC=GGTACTGGTGGGCTGGGGACA;SOR=1.883;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=26;WE=32163958;WS=32163940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr1	32164206	rs2228550	T	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=419;ReadPosRankSum=-1.124;SC=GGGAATACTCTTCTGGAGATG;SOR=1.230;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=31;WE=32164214;WS=32164196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr1	32165495	rs2228552	G	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,59:0.22:274
chr1	32167526	rs1815465	G	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=2;PP=1139;SC=CGAAGACACAGGCACACACAC;SOR=4.935;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=45;WE=32167534;WS=32167516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	32193647	rs1127100	T	C	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=771;ReadPosRankSum=0.653;SC=TCCGCTCGGCTGCCCCACCCG;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=125;TCR=72;TR=76;WE=32193655;WS=32193637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,79:0.38:206
chr1	32266026	rs552124	A	G	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=72;PP=2784;SC=ATTAAATGACATCACTTGTTC;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=104;TCR=72;TR=175;WE=32266034;WS=32266016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	32279629	rs6669563	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr1	32280610	rs6664445	T	C	8285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=156;PP=2965;SC=CTCCCCTGAGTAGGCACCGAG;SOR=0.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=126;TCR=157;TR=282;WE=32280618;WS=32280600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	32658062	rs79952364	G	GGT	1467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=1325;ReadPosRankSum=-2.341;SC=TTGGGGTGGGGGTGGGAGGAG;SOR=0.340;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=31;WE=32658070;WS=32658052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr1	32673673	rs41306593	C	T	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=675;ReadPosRankSum=0.817;SC=AAAACAGAACCACCTGGCTAG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=41;WE=32673681;WS=32673663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr1	32860161	rs547329	T	C	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=119;PP=2965;SC=CATCATTAGGTCCCGCCTCCC;SOR=3.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=21;TCR=119;TR=140;WE=32860169;WS=32860151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	33065947	rs704886	G	C	13387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=218;NR=237;PP=2965;SC=GATGGGTCTGGTGATCTGGTC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=457;TCF=218;TCR=239;TR=455;WE=33065955;WS=33065937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr1	33117071	rs583114	T	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=47;PP=1419;SC=CCGCGGGGCGTGCTAACGGCT;SOR=1.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=33117079;WS=33117061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	33127730	rs1085416	T	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=147;SC=TGCGATCTGCTAGCCTTGGCC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=33127738;WS=33127720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	33133968	rs2762904	T	C	6661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.208;NF=117;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.694;SC=ATGTTCTTGTTTTTGACTATA;SOR=0.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=117;TCR=108;TR=225;WE=33133976;WS=33133958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr1	33134774	rs359955	A	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=51;PP=1363;SC=ATCTTGTCTAAGTTTTATGTT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=88;WE=33134782;WS=33134764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	33134989	rs359956	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=6;PP=266;SC=TAGAAAACATAATTTCTCTAG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=33134997;WS=33134979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	33160878	rs360042	C	T	9177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=179;NR=143;PP=2965;SC=CAGCACTTCCCGGAAATCGGC;SOR=0.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=179;TCR=143;TR=322;WE=33160886;WS=33160868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	33161212	rs360041	T	C	17408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=344;NR=283;PP=2965;ReadPosRankSum=0.061;SC=TTCTCCTCCATGCTGGGGCTC;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=632;TCF=347;TCR=285;TR=627;WE=33161220;WS=33161202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,654:1.00:656
chr1	33233323	rs360523	A	G	5127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=40;PP=2965;SC=CCTTGCCGTGAGACCTGTGCC;SOR=2.400;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=131;TCR=40;TR=170;WE=33233331;WS=33233313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	33234136	rs360522	T	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=638;SC=GCGGAGGTTGTGGTGAGCCAA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=33234144;WS=33234126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	33234153	rs3737993	G	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=9;PP=704;SC=CCAAGATTTCGCTACTGCACT;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=33234161;WS=33234143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	33235626	rs3737995	G	A	6295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=106;PP=2965;SC=AGGCGGAGGCGGAGGCTGGCG;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=120;TCR=106;TR=226;WE=33235634;WS=33235616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	33276424	rs4951787	G	A	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=71;PP=2965;SC=CCTCCAACCTGTCTCCTCCAG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=159;WE=33276432;WS=33276414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	33293748	rs10753266	T	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=796;SC=TCTTCCCCTCTCCAGTTTCCT;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=33293756;WS=33293738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	33299816	rs4951773	A	T	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=135;SC=TTGTTTATTGATAATTTATAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=33299824;WS=33299806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	33318561	rs702836	T	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=9;PP=1133;SC=TTGTGATAATTGTAAGTATAT;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=33318569;WS=33318551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	33318634	rs785274	G	A	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=76;PP=2965;SC=GTTGGCTGACGTAGTTCACTC;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=108;TCR=76;TR=184;WE=33318642;WS=33318624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	33330432	rs1284368	A	G	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=42;PP=1300;SC=CAGAGGCCAGAGCCTGGGTTC;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=33330440;WS=33330422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	33430102	rs113840389	T	G	500.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=315;SC=GGGCGGCGGCTGCGCAGCCGG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=16;WE=33430118;WS=33430092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	33485789	.	AACAC	A,AACACAC	736.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.923;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,15,19:0.36,0.45:42
chr1	33497070	rs1012884	G	A	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=665;SC=GGTCTGTCACGTAACTGAGCA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=33497078;WS=33497060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	33560338	rs804428	A	G	5806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=124;PP=2965;SC=TGGGAGTGTCATGCTGGGCTC;SOR=1.418;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=75;TCR=124;TR=199;WE=33560346;WS=33560328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	33562175	rs72656216	C	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=274;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TCAGCTGGGGCCTTAGCAGCT;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=19;WE=33562183;WS=33562165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr1	33641932	rs604941	A	G	5844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=82;PP=2965;SC=CCAGAGCCGAAATTTGAACCT;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=108;TCR=82;TR=190;WE=33641940;WS=33641922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	33642152	rs643402	C	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=41;PP=1084;SC=GAACCTGAGACGGCCAGAGAG;SOR=2.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=33642160;WS=33642142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	33646950	rs622407	A	G	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=102;NR=93;PP=2965;SC=GGCAGAAGTAATGCTCGCAGC;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=103;TCR=93;TR=195;WE=33646958;WS=33646940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	33741615	rs7514338	T	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=414;ReadPosRankSum=0.547;SC=ACACTGGCCCTGACTTGAGTG;SOR=0.547;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=28;WE=33741623;WS=33741605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr1	33742228	rs4475712	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=332;SC=GCGGGGCCGGTGAGGACTGGG;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=33742236;WS=33742218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	33746163	rs10914676	T	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=341;SC=CCCTTAGGGCTGAGGGGCAGG;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=33746171;WS=33746153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	33760743	rs4641276	T	C	11040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GCTGTGCCCCTACAGTCTCAC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=451;TCF=248;TCR=203;TR=447;WE=33760751;WS=33760732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,426:0.99:430
chr1	33777524	rs6679416	T	C	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=15;PP=1904;SC=GCAAGAAGTGTTGTCTTTGCT;SOR=2.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=68;TCR=15;TR=83;WE=33777532;WS=33777514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	33778226	rs12563102	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=-1.590;SC=GCAGGCAGCCGTGAGAAGCAT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=8;WE=33778234;WS=33778216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	33778591	rs6664593	T	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=11;PP=216;SC=TCCAGCCAGCTGGTTCTTCTG;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=33778599;WS=33778581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr1	33796891	rs41265891	C	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=451;ReadPosRankSum=0.739;SC=CTATTAATGGCAGGAGGTGGG;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=27;WE=33796899;WS=33796881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr1	33820033	rs16835408	C	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=762;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGTTAGGGCTCGTGGGTACAG;SOR=1.258;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=43;WE=33820041;WS=33820023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr1	33832865	rs6425816	A	G	6593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=127;PP=2965;SC=TGGCACCTGCAGGGGAAGCCT;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=229;TCF=102;TCR=127;TR=228;WE=33832873;WS=33832855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	33834416	rs12144672	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=2.279;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr1	33836796	rs7545416	C	G	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=37;PP=1118;SC=GTGTTAAGGACAACAGCCTCT;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=33836804;WS=33836786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	33840858	rs34710284	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=586;ReadPosRankSum=0.799;SC=CCATATGCCCGTTCTAGAGTC;SOR=0.900;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=41;WE=33840866;WS=33840848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr1	33945192	rs16835507	T	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=553;ReadPosRankSum=1.435;SC=AGTTCCTGACTATCTTGCCTA;SOR=0.547;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=48;WE=33945200;WS=33945182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,50:0.29:174
chr1	33957152	rs4403594	T	G	6947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=117;PP=2965;SC=CAGGCTCGGGTATAGTGACGC;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=117;TCR=117;TR=234;WE=33957160;WS=33957142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	33960062	rs9943259	A	G	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,98:0.25:386
chr1	33961147	rs3795420	T	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.963;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=447;ReadPosRankSum=-0.267;SC=ATGCTAGAGATAAACTTTCCA;SOR=0.171;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=28;WE=33961155;WS=33961137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr1	34033512	rs6703172	G	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=0.149;SC=CTCTCCCTGAGAGTAGCAATC;SOR=1.312;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=16;WE=34033520;WS=34033502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	34038214	rs2641962	T	C	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=48;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CAGCTGTACATGGCCTTGGTT;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=94;TCR=67;TR=115;WE=34038222;WS=34038204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,119:0.72:166
chr1	34038413	rs2794602	A	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=346;ReadPosRankSum=-0.129;SC=AGGGTAAAGTATCATAATAAA;SOR=1.270;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=17;WE=34038421;WS=34038403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	34043169	rs11291100	TC	T	1950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=39;PP=1267;SC=CCCTTTCGTCTCCCCCCCATC;SOR=1.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=44;WE=34043177;WS=34043159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	34052305	rs12727575	C	T	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=1021;ReadPosRankSum=0.692;SC=TAATCAGAGGCGGGTCATGTT;SOR=0.308;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=62;WE=34052313;WS=34052295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr1	34052605	rs7526990	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=268;SC=GATAAGGTCCACTGGCCCGAC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=34052613;WS=34052595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	34070826	rs12733436	G	A	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=644;SC=GATTGCTCTGGACCAGTCTCC;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=34070834;WS=34070823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	34071434	rs1874044	C	T	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=27;PP=1568;SC=ACCAGCCTAACTCCTTTCATG;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=34071442;WS=34071424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	34071525	rs1874045	C	T	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=60;PP=2240;SC=TGAGTTGGTTCTTTCCAACTC;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=123;WE=34071533;WS=34071515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	34189957	rs11346874	AG	A	2158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=41;PP=1749;SC=AGAGGGCCTCAGGGGAGCACC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=46;WE=34189965;WS=34189947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	34238283	rs474474	T	C	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=949;ReadPosRankSum=0.756;SC=GTCACCGTGGTGAAACCGGGA;SOR=0.718;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=73;WE=34238291;WS=34238273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,79:0.66:119
chr1	34270498	rs10737374	G	A	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,75:0.27:279
chr1	34285342	rs17342512	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=432;ReadPosRankSum=-1.109;SC=GGTCGCTCCAGGCCGCAAACA;SOR=0.807;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=38;WE=34285350;WS=34285332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,38:0.31:124
chr1	34285381	rs11578857	C	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=758;ReadPosRankSum=-0.846;SC=AGGTGATCCGCTTGGACCCTT;SOR=0.871;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=230;TCF=139;TCR=91;TR=67;WE=34285389;WS=34285371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,64:0.28:228
chr1	34285995	rs3795414	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CCTGCAGGAAGGCCAGCCCCT;SOR=0.392;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=34286003;WS=34285985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	34329897	rs911218	T	C	6063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=83;PP=2965;SC=CAAATACCTATGTTGGCTTTA;SOR=1.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=134;TCR=83;TR=217;WE=34329905;WS=34329887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	34330067	rs10379	A	C	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,99:0.28:356
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chr1	34663180	rs3795412	G	A	5068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.369;SC=CAGAGGACAGGGGCCGCATCC;SOR=0.539;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=283;TCF=147;TCR=136;TR=199;WE=34663188;WS=34663170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,209:0.71:295
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chr1	34663411	rs1414474	C	G	3847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=83;PP=2470;ReadPosRankSum=0.181;SC=CACGTCCTGACAAGCTCCCTG;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=112;TCR=129;TR=156;WE=34663419;WS=34663401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,169:0.66:258
chr1	34667863	rs12746310	C	A	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=87;PP=2128;ReadPosRankSum=0.853;SC=AGTATCAGGTCAGTGAGCTGG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=60;TCR=134;TR=125;WE=34667871;WS=34667853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,137:0.64:214
chr1	34684463	rs705207	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=532;ReadPosRankSum=0.879;SC=GGAAAAGCAAGGTTCTGACCA;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=28;WE=34684471;WS=34684453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr1	35135315	rs2147385	C	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=243;SC=GTAGTATATTCGACTATTACA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=35135323;WS=35135305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	35183838	rs683589	A	C	1962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=13;PP=1359;SC=CAGGAAAAAAAAAACAAACAA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=35183846;WS=35183828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	35184033	rs693582	C	T	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=87;PP=2650;SC=AAAGGGAGCACGGAGGGACAA;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=144;WE=35184041;WS=35184023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	35184084	rs693852	C	T	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=46;PP=1267;SC=CCACTACTCACAACTTAACAC;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=35184092;WS=35184074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	35223345	rs3738345	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.624;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1197;ReadPosRankSum=1.861;SC=TAGTGTTCAAGGCGAGCGTGG;SOR=0.984;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=236;TCF=141;TCR=95;TR=81;WE=35223353;WS=35223335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,85:0.35:246
chr1	35223881	rs1061349	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=0.334;SC=GGATTCAGACGCTCTGGGAGC;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=5;WE=35223889;WS=35223871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	35251161	rs35983826	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.394;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=415;ReadPosRankSum=1.074;SC=CAGCACCCAACCTGACCCCCA;SOR=0.420;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=41;WE=35251169;WS=35251151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,44:0.31:140
chr1	35251229	rs476220	G	A	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=689;SC=CATGCAGGGCGGTGTGGCAGG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=35251237;WS=35251219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	35259946	rs1764389	G	A	5896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GCGAGTCAGTGTGGGGTGACG;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=414;TCF=233;TCR=181;TR=264;WE=35259954;WS=35259936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,273:0.64:428
chr1	35259961	rs1764390	A	G	13092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=251;NR=205;PP=2965;SC=GTGACGAGCAATCAGATTTCG;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=457;TCF=252;TCR=205;TR=456;WE=35259969;WS=35259951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr1	35260769	rs1764391	C	T	11205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=217;PP=2965;SC=TGGCCAAAAACCCCCAAGTCG;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=387;TCF=170;TCR=217;TR=387;WE=35260777;WS=35260759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr1	35260929	rs3543	G	A	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=45;PP=1322;SC=GGGGAAGCAGGTGCTTGCTGG;SOR=2.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=35260937;WS=35260919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	35332926	rs1001616	G	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=36;PP=1165;SC=TGGGAGACAGGGGGACAAGAG;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=35332934;WS=35332916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	35350573	rs34565935	CT	C	7607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=95;PP=2951;SC=CCCACCGTGACTTTACCTCTT;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=24;TCR=104;TR=116;WE=35350591;WS=35350563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	35442461	rs78431129	C	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=345;ReadPosRankSum=0.856;SC=CCGCGAGCACCAGCAGGAAGG;SOR=0.600;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=22;WE=35442469;WS=35442451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr1	35561510	rs2101973	G	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=669;ReadPosRankSum=-0.142;SC=AATTATTTAAGTTAGTTATGT;SOR=0.783;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=48;WE=35561518;WS=35561500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr1	35562965	rs2971408	G	A	4825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=0.820;SC=ATCATCTGGCGTGAATAAAAT;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=183;TCR=137;TR=203;WE=35562973;WS=35562955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,211:0.63:334
chr1	35563206	rs6658571	C	G	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=45;PP=1076;ReadPosRankSum=1.674;SC=TATTTCCCTACCTTGTTCTTG;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=19;TCR=69;TR=58;WE=35563214;WS=35563196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr1	35576145	rs2935955	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CAAATTAAACCGACTTTTAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=35576153;WS=35576135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	35847103	rs7515563	G	C	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=27;PP=1564;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AGCTTTTGATGCTCTCTGCTC;SOR=0.862;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=79;WE=35847111;WS=35847093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,80:0.67:119
chr1	35852521	rs615315	G	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=535;ReadPosRankSum=-1.706;SC=TGCCTAGAACGGTGCTTGGCA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=23;WE=35852529;WS=35852511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr1	35859139	rs137920415	AT	A	1760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=1548;ReadPosRankSum=0.206;SC=AATATTTCTTATAATTACAAT;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=39;WE=35859147;WS=35859129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,50:0.81:62
chr1	35925861	rs2819002	C	A	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.590;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=43;PP=2593;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CCACGAGAGGCAAAAAAATGG;SOR=0.207;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=94;TCR=43;TR=134;WE=35925869;WS=35925850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,138:0.98:141
chr1	35926075	rs72659616	C	T	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=64;PP=1574;ReadPosRankSum=-1.293;SC=AACATGAGAACGCTTGGTCTT;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=63;TCR=102;TR=104;WE=35926083;WS=35926065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,115:0.64:179
chr1	35926150	rs1768560	T	C	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=38;PP=832;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GAAAACTTCATGAAATTACAG;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=42;WE=35926158;WS=35926140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr1	35944609	rs34372241	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=201;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GCCTGGGGGGTAGGGGTAGCA;SOR=0.624;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=16;WE=35944617;WS=35944599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr1	36023659	rs112310803	CT	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr1	36202585	rs35490896	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=582;ReadPosRankSum=0.059;SC=AAAGTTTCTTGAATTTCGAGG;SOR=1.051;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=48;WE=36202593;WS=36202575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,50:0.34:148
chr1	36203659	rs200760879	TTTC	T	2170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=1324;ReadPosRankSum=0.572;SC=TCCTCCCCAATTTCTTCTTCT;SOR=1.052;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=126;TCF=5;TCR=121;TR=37;WE=36203669;WS=36203649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,62:0.32:194
chr1	36205166	rs577483	A	G	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=812;ReadPosRankSum=-0.161;SC=AAATGCAACAATGAATATACT;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=50;WE=36205174;WS=36205156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr1	36213712	rs516992	G	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=36;PP=1125;SC=ACAAATGTCAGTCATTGTCAT;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=36213720;WS=36213702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	36216835	rs535638	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr1	36225948	rs7537203	T	C	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=984;ReadPosRankSum=1.687;SC=ATTACCTCTGTTGGTTTCAGG;SOR=0.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=159;TCR=91;TR=76;WE=36225956;WS=36225938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,83:0.31:264
chr1	36291750	rs72659690	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=383;ReadPosRankSum=0.371;SC=CCTGGGCTTCGGTCTCAGGCT;SOR=0.673;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=7;TCR=68;TR=23;WE=36291758;WS=36291740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr1	36292258	rs72659692	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=369;ReadPosRankSum=-1.671;SC=ATCCTGTACAATGTCATGACA;SOR=0.606;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=68;TCR=4;TR=21;WE=36292266;WS=36292248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr1	36316418	rs11403763	C	CA	1343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.88;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr1	36316571	rs4652895	A	C	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1341;ReadPosRankSum=-1.468;SC=GCACTCGCTCAGTCTCTATTC;SOR=1.136;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=94;WE=36316579;WS=36316561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,106:0.64:166
chr1	36367780	rs595961	A	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=819;ReadPosRankSum=-0.374;SC=AGGCTCACCTAGGCGCCCCCT;SOR=0.873;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=217;TCF=114;TCR=103;TR=65;WE=36367788;WS=36367770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,69:0.29:235
chr1	36448130	rs72661641	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=0.859;SC=AAAACAAATCAATGAAATAGG;SOR=1.252;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=15;WE=36448138;WS=36448120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr1	36553673	rs399393	A	G	4374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=82;PP=2807;ReadPosRankSum=-1.713;SC=GCATGGACACACGGCGCAAGC;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=156;TCR=121;TR=187;WE=36553681;WS=36553663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,199:0.68:291
chr1	36554757	.	G	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=653;ReadPosRankSum=0.668;SC=GTGCGGGAGGGAGGCCGAAGG;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=40;WE=36554765;WS=36554747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr1	36563158	rs3738360	C	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.42;ReadPosRankSum=-1.937;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr1	36565584	rs274753	C	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=595;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TCTGATGGCTCTCAGGGAGGC;SOR=0.956;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=33;WE=36565592;WS=36565574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr1	36565617	rs274754	G	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=806;ReadPosRankSum=-0.979;SC=GGCTGGGAGCGATTTGAGGCA;SOR=0.520;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=60;WE=36565625;WS=36565607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr1	36602943	rs2231318	C	T	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=731;ReadPosRankSum=1.751;SC=AGTGGGAAAACGAAGGGGTAG;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=47;WE=36602951;WS=36602933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,53:0.75:71
chr1	36641729	rs2296263	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GGTGCCTGGTCTGCTCCCTTG;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=36641737;WS=36641719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	36642420	rs475591	T	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=44;PP=885;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CCCGCCTCTCTGCCAGCACCG;SOR=0.829;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=61;WE=36642428;WS=36642410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,70:0.71:98
chr1	36645811	rs41267273	T	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=165;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GCTTGAGTGCTGTTTGCCCTG;SOR=0.872;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=16;WE=36645819;WS=36645801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr1	36752433	rs6425977	C	T	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.740;NF=54;NR=81;PP=2253;ReadPosRankSum=-0.945;SC=GGAGATGAGGCCAAGGAGCAG;SOR=0.635;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=200;TCF=82;TCR=118;TR=135;WE=36752441;WS=36752423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,138:0.67:206
chr1	36762396	rs1566589	C	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=745;SC=GTTACCCCTTCCAGACTCTTA;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=36762404;WS=36762386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	36767400	rs882799	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=652;ReadPosRankSum=-0.919;SC=ATTAAATGTACGTGCAGGATT;SOR=0.382;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=37;WE=36767408;WS=36767390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr1	36769570	rs41267279	G	A	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=51;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.928;SC=ACGAGAGTGGGACAGAGAACC;SOR=1.524;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=78;TCF=7;TCR=71;TR=55;WE=36769578;WS=36769560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,58:0.73:79
chr1	36773074	rs138016197	CTT	C	972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.642;NF=21;NR=6;PP=835;ReadPosRankSum=-1.288;SC=CCTAGGGACTCTTGGGGCAGA;SOR=0.330;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=91;TCF=74;TCR=17;TR=27;WE=36773083;WS=36773064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,31:0.31:101
chr1	36773405	rs35343437	T	G	5518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=1.185;SC=CAGTCAGCCCTGGTCCCCAGC;SOR=0.603;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=387;TCF=172;TCR=215;TR=242;WE=36773413;WS=36773395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,254:0.63:405
chr1	36773819	rs11263871	C	G	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=86;NR=95;PP=2965;SC=AGGTGTGAGACGAACAGGGTG;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=86;TCR=96;TR=181;WE=36773827;WS=36773809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	36788356	rs7536394	A	G	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=21;PP=736;SC=GGTCACGGAGAGGCCCGGACG;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=36788364;WS=36788346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	36814473	rs55703317	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=515;ReadPosRankSum=-0.242;SC=AGGCACAAGACACGCAGGCAG;SOR=0.599;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=82;TCR=100;TR=54;WE=36814481;WS=36814463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,55:0.29:192
chr1	36820927	rs11263875	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,65:0.23:281
chr1	36824321	rs3795496	C	T	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=29;PP=1611;ReadPosRankSum=0.403;SC=GCACCCTCACCCCCATGTCTC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=88;TCR=40;TR=93;WE=36824329;WS=36824311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,101:0.74:137
chr1	36883748	rs371467203	C	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=46;PP=1071;ReadPosRankSum=0.831;SC=AGCTATAACTCATCCATCATG;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=361;TCF=211;TCR=150;TR=108;WE=36883756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,107:0.29:372
chr1	36883946	rs16822888	T	C	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TTTTGTCCCATGACTGATATG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=78;WE=36883954;WS=36883936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,82:0.67:122
chr1	36884473	rs57413616	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	36886117	rs2275477	C	T	3344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=50;PP=1992;ReadPosRankSum=0.130;SC=AACCGGAATCCGGGCTCAGGG;SOR=0.404;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=109;TCR=65;TR=131;WE=36886125;WS=36886107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,140:0.76:185
chr1	36886364	rs2275478	C	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-4.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=332;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TAGAAAGCAGCCTTAACCAAA;SOR=0.356;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=17;WE=36886372;WS=36886354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	36887702	rs2236565	C	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=946;ReadPosRankSum=0.377;SC=TGTAGACTTCCGTATCTAGAG;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=56;WE=36887710;WS=36887692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,59:0.66:90
chr1	36888302	.	CT	C	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr1	36889197	rs11263892	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=-1.702;SC=AGGGAGAGGCTGGGCGCAGTG;SOR=2.049;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=13;WE=36889205;WS=36889187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	36898067	rs34409118	T	C	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=15;PP=1283;ReadPosRankSum=1.095;SC=TGCAGGATGGTTGGGGAGTCT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=66;WE=36898075;WS=36898057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,70:0.73:96
chr1	36898332	rs61772386	C	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=40;PP=948;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TCACTTATCACCCAAACCAAG;SOR=1.054;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=43;WE=36898340;WS=36898322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr1	36913514	rs181406940	G	A	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=62;PP=1557;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GTGTGCGAATGTAAATTACTA;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=105;WE=36913522;WS=36913504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,114:0.72:158
chr1	36921371	rs1538634	G	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.081;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,51:0.29:177
chr1	36926355	.	T	C	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=59;PP=1784;ReadPosRankSum=2.400;SC=AAACTGTTCTTGCTTGATTTT;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=118;TCR=90;TR=137;WE=36926363;WS=36926345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,150:0.67:223
chr1	36926445	rs3738839	C	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=672;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CCTCCTCCCCCCAAGGGCCCT;SOR=0.538;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=55;WE=36926453;WS=36926435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,56:0.36:154
chr1	36927733	rs7065	G	A	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=22;PP=1342;SC=GCAGCGTAGAGGGAGGTGGGT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=36927741;WS=36927723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr1	36932517	rs370189850	G	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.081;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=680;ReadPosRankSum=1.849;SC=CAGCTGTGGGGACATTCAACT;SOR=0.375;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=207;TCF=96;TCR=111;TR=71;WE=36932525;WS=36932507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,74:0.33:221
chr1	36937059	rs3917981	A	G	4146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.735;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=91;PP=2705;ReadPosRankSum=-0.816;SC=AGACCACCGGAGTGGGACGAG;SOR=0.654;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=279;TCF=144;TCR=135;TR=183;WE=36937067;WS=36937049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,186:0.65:284
chr1	36945307	rs3832027	AG	A	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=456;ReadPosRankSum=-0.874;SC=ATGCAAGTCAAGGGCTTTTCA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=14;WE=36945315;WS=36945297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	37282884	rs3012032	C	T	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=55;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.710;SC=AGACCCTGGGCGAAGAGAGGA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=37;TCR=80;TR=80;WE=37282892;WS=37282874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,86:0.69:124
chr1	37285555	rs61769768	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GCCGCCTCAGCGTCAATATCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=37285563;WS=37285545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr1	37307281	rs553882	T	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=701;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TGCAGACAGTTCTAGGCCAAG;SOR=1.036;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=35;WE=37307289;WS=37307271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr1	37335300	rs371042557	C	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,66:0.31:210
chr1	37335458	rs577094	A	G	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=43;PP=1234;SC=AGCCCTCCCCACATCCCCACC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=62;WE=37335466;WS=37335448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	37335485	rs509284	A	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.63;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	37335494	rs577813	G	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.69;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	37948912	rs41267299	C	T	5771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.433;SC=GTGTCCCTGCCGACTACCCAC;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=408;TCF=219;TCR=189;TR=243;WE=37948920;WS=37948902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,250:0.59:422
chr1	37959450	rs215210	T	C	8560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.964;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.211;SC=AGCAACTTGCTGGGATTACAA;SOR=0.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=147;TCR=173;TR=318;WE=37959458;WS=37959440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,340:0.99:342
chr1	37959470	rs215211	C	G	7570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=152;PP=2965;SC=ACATTGTCTTCATCTTCCTGC;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=101;TCR=152;TR=253;WE=37959478;WS=37959460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	37959499	rs215212	G	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,40:0.26:152
chr1	37961317	rs215213	A	C	175.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	37961613	rs2294873	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=427;ReadPosRankSum=1.071;SC=TATAACAAAGACTATTTGGTT;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=27;WE=37961621;WS=37961603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr1	37967707	.	ATTGACAGAGAAGATACATG	A	1099	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=1099;QD=390.17329082;SC=CTATCCTCTAATTGACAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=37967733;WS=37967697;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,3:0.30:10
chr1	37975279	rs215214	C	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=658;SC=ATGCTGAACACAGAAAGCAAC;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=37975287;WS=37975269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	37975312	rs2036637	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=360;SC=ATGGTACATGTCCCACTGTGA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=37975320;WS=37975302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	37978897	rs61779866	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=217;ReadPosRankSum=1.238;SC=CAGAGTCCAAGAGTTCAAGTC;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=18;WE=37978905;WS=37978887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr1	38006359	rs2174769	A	G	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=64;PP=1920;SC=TCACGCTCCTAAAATTCAAAC;SOR=1.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=100;WE=38006367;WS=38006349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	38019747	rs2273013	C	T	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=35;PP=1891;ReadPosRankSum=0.794;SC=CCTGCTTCACCACCACCCCCG;SOR=0.503;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=162;TCF=115;TCR=47;TR=115;WE=38019755;WS=38019737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,115:0.71:163
chr1	38022452	rs2273014	C	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=518;ReadPosRankSum=0.223;SC=ATGAAACTTGCCGGCTGTTGG;SOR=0.934;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=28;WE=38022460;WS=38022442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr1	38023316	rs11749	C	T	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=74;PP=1557;ReadPosRankSum=-0.826;SC=ACAAAGCAGGCAGAAGAAATC;SOR=0.703;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=417;TCF=197;TCR=220;TR=137;WE=38023324;WS=38023306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,140:0.33:429
chr1	38030696	rs6619	T	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=690;ReadPosRankSum=-1.191;SC=AACAAGACACTTGGGAGTTAT;SOR=0.537;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=36;WE=38030704;WS=38030686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr1	38034069	rs115941022	T	C	5383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.367;SC=CCTATCCAAGTAGTTATCACC;SOR=0.999;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=311;TCF=130;TCR=181;TR=221;WE=38034077;WS=38034059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,230:0.71:325
chr1	38046920	rs2360010	G	T	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=43;PP=2637;SC=TAACTAAATAGACAAATTCAA;SOR=1.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=98;TCR=43;TR=141;WE=38046928;WS=38046910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	38049268	rs190312049	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=273;ReadPosRankSum=1.115;SC=GTTACTCTTATACAAGTACTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=14;WE=38049276;WS=38049258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr1	38049373	rs3753372	C	T	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.957;SC=CTGTACTCTGCGCAACAGAGC;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=70;WE=38049381;WS=38049363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,74:0.51:144
chr1	38049552	rs6426024	C	G	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=106;PP=2965;SC=AGAAAGCACCCCAAATGAGCA;SOR=1.258;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=71;TCR=107;TR=177;WE=38049560;WS=38049542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	38061572	rs6697632	G	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=515;SC=CGTCCCTCTCGGCCTCAGAGC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=38061580;WS=38061562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	38078300	rs4652964	A	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=943;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TCTTGTGTCTATGTATGCATG;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=52;WE=38078308;WS=38078290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr1	38078630	rs55852308	A	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=1.905;SC=TCAACAAAGGATGTGCAGGGA;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=38078638;WS=38078620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	38082122	rs12039431	GC	AT	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=5;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=412;ReadPosRankSum=1.220;SC=AGCTTCTAATGCCCCCTGCCC;SOR=1.721;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=11;WE=38082131;WS=38082112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	38148765	rs684260	A	G	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=32;PP=2422;SC=CAACTGTGGTACCCGTGGTCT;SOR=1.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=84;TCR=32;TR=116;WE=38148773;WS=38148755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	38149193	rs686083	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=320;ReadPosRankSum=0.489;SC=CAGAGGGAGCCATAAAAGTGA;SOR=0.735;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=23;WE=38149201;WS=38149183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr1	38155265	rs586252	G	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,59:0.32:186
chr1	38161694	rs615530	A	G	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=97;PP=2767;SC=CAACTAATAGATGCTTACTGT;SOR=1.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=46;TCR=97;TR=143;WE=38161702;WS=38161684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	38164438	rs3842536	GC	G	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=950;ReadPosRankSum=0.034;SC=ATGGGAGTTTGCTATATTGTA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=24;WE=38164446;WS=38164432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr1	38164724	rs557290	C	G	5624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=135;PP=2965;SC=GCTCAGGCAGCGCCTTGTTGG;SOR=1.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=60;TCR=136;TR=195;WE=38164732;WS=38164714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	38166022	rs513826	T	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=23;PP=1523;SC=CTTAAGATTGTGTACATTTTA;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=38166030;WS=38166012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	38166327	rs661460	A	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=272;SC=ATGACAAAAGAGATAATTGAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=38166335;WS=38166317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	38169046	rs12139097	T	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=345;ReadPosRankSum=0.587;SC=ACACTTGGATTTGATGGGACT;SOR=0.691;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=34;WE=38169054;WS=38169036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr1	38173983	rs145033890	TTTC	T	12640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.304;NF=56;NR=140;PP=2968;ReadPosRankSum=1.155;SC=CCTCTCTCCTTTTCTTTTTAG;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=303;TCF=85;TCR=218;TR=196;WE=38173993;WS=38173973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,319:0.66:485
chr1	38174185	rs557897	G	T	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=50;PP=1529;SC=AGACGTGCTAGTCCCACACCA;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=67;WE=38174193;WS=38174175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	38184316	rs609437	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=370;ReadPosRankSum=0.550;SC=GCCTTGACCTTGGTGCCTTGG;SOR=1.290;SbPval=0.89;Source=Platypus;TCF=49;TR=37;WE=38184324;WS=38184306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,36:0.27:132
chr1	38184470	rs610213	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=0.337;SC=AGGCACGGTCCGCTAGTGGGG;SOR=0.663;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=12;WE=38184478;WS=38184460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr1	38185337	rs518583	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-2.026;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr1	38186189	rs6671088	C	T	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,99:0.27:368
chr1	38186294	rs1008879	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=282;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GACACCAGGGCGGTCACCTAG;SOR=0.385;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=23;WE=38186302;WS=38186284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,24:0.29:82
chr1	38187447	rs579908	A	G	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=637;ReadPosRankSum=1.522;SC=CCCTCAGCATATGCACGGCTA;SOR=0.439;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=216;TCF=125;TCR=91;TR=65;WE=38187455;WS=38187437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,67:0.29:228
chr1	38187989	rs12123842	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=643;ReadPosRankSum=-0.364;SC=GGACAGGGCATATGCCAGCAC;SOR=1.556;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=120;TCF=34;TCR=86;TR=37;WE=38187997;WS=38187979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,38:0.30:125
chr1	38188841	rs12121777	G	A	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=57;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GACTTTGACTGGGAGAGAAAG;SOR=0.647;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=402;TCF=216;TCR=186;TR=120;WE=38188855;WS=38188831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,128:0.30:420
chr1	38192604	rs6699887	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=2.041;SC=CACATGAACAGTGAGCTGGGG;SOR=0.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=12;WE=38192612;WS=38192594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	38272660	rs2291297	G	A	3468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.809;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=58;PP=2283;ReadPosRankSum=-1.479;SC=TGTAAGGCAAGGGGAAAGGGA;SOR=0.945;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=223;TCF=127;TCR=96;TR=142;WE=38272668;WS=38272650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,153:0.65:237
chr1	38280953	rs116355159	T	C	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2446;ReadPosRankSum=0.703;SC=TGTCTGAGGGTCTGAAGGAGT;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=127;TCR=120;TR=148;WE=38280961;WS=38280943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,153:0.60:254
chr1	38289383	rs12751325	T	C	4328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=95;PP=2453;ReadPosRankSum=0.057;SC=GTGACAAACCTGTCTGTTGAG;SOR=0.535;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=312;TCF=155;TCR=157;TR=192;WE=38289391;WS=38289373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,201:0.61:331
chr1	38293992	rs9329568	C	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=30;PP=866;SC=TTCTTTTGTTCTGAGACAGAG;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=38294000;WS=38293982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	38301250	rs3912368	A	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=525;ReadPosRankSum=1.093;SC=TATATACAGGATCTATATCTC;SOR=1.547;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=23;WE=38301258;WS=38301240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr1	38301476	rs3762359	G	A	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.604;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=760;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TATCCTGAACGTCTTTTTTTT;SOR=1.508;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=52;WE=38301486;WS=38301466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr1	38301478	.	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr1	38327982	rs3843	G	T	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=36;PP=1735;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GGAGGAGAGAGAGGCTCAGAG;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=101;TCR=48;TR=112;WE=38327990;WS=38327972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,117:0.74:158
chr1	38332057	.	T	TTC	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.630;NF=23;NR=9;PP=1107;ReadPosRankSum=0.366;SC=CTCACTCATATTCTCTCTCTC;SOR=1.013;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=32;WE=38332089;WS=38332047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr1	38332074	rs149926262	TCTCTCACA	T	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=755;ReadPosRankSum=1.262;SC=TCTCTCTCTCTCTCTCACACA;SOR=1.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=30;WE=38332089;WS=38332047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr1	38338795	rs11488569	A	G	5681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.285;SC=TGTAGCTGTCATCTTATTTAC;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=179;TCR=195;TR=243;WE=38338803;WS=38338785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,257:0.66:392
chr1	38345896	rs2306427	A	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.772;NF=15;NR=23;PP=581;ReadPosRankSum=1.496;SC=AAAAAAAAATATCAGAATAAA;SOR=0.678;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=38;WE=38345904;WS=38345886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr1	38352849	rs2279261	G	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=981;ReadPosRankSum=0.224;SC=CCTACGAGTGGCGAGACCCTG;SOR=0.234;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=44;WE=38352857;WS=38352839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr1	38353941	rs28580141	G	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=1.029;SC=CTGGGGCCTGGATACCATTGC;SOR=0.775;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=23;WE=38353949;WS=38353931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr1	38397341	rs34655914	G	A	4371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GCCGCCCGCCGAACCTGCAGT;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=156;TCR=117;TR=176;WE=38397349;WS=38397331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,185:0.65:285
chr1	38397369	rs35267671	C	T	5276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=1.200;SC=TCCCGAGAGCCGGCGGCGGCA;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=338;TCF=205;TCR=133;TR=210;WE=38397377;WS=38397359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,222:0.63:355
chr1	38397630	rs143820864	T	TA	12900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.455;NF=60;NR=153;PP=2933;ReadPosRankSum=1.518;SC=AGGGCCGAGTTACAACCGCGC;SOR=0.598;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=358;TCF=83;TCR=275;TR=213;WE=38397638;WS=38397620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,398:0.66:603
chr1	38411350	rs11485595	C	T	3402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=43;PP=2099;ReadPosRankSum=-1.676;SC=CCTGGAGGGACAGTTGAAGTT;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=212;TCF=142;TCR=70;TR=140;WE=38411358;WS=38411340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,150:0.66:226
chr1	38411445	rs871524	G	A	6146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=3.409;SC=CCTGGCCGCCGTGCTCCAGGC;SOR=0.521;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=362;TCF=196;TCR=166;TR=252;WE=38411462;WS=38411435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,265:0.70:381
chr1	38423853	rs9293	G	C	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=4;PP=1519;SC=CTACATCCCTGAACACTAGAG;SOR=4.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=52;TCR=4;TR=56;WE=38423861;WS=38423843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	38425724	rs17531342	T	C	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=39;PP=2292;SC=TTTCACCTCCTTTCTACATGG;SOR=1.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=115;WE=38425732;WS=38425714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	38425895	rs28675056	T	C	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=71;PP=1923;SC=GAACATCTGTTGGGTATCCAG;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=115;WE=38425903;WS=38425885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	38442547	rs10890216	G	A	8658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=151;PP=2965;SC=TCAGCAGTCAGTCACTTACCC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=147;TCR=152;TR=298;WE=38442555;WS=38442537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	38444749	rs7555461	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.962;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
chr1	38447615	rs7533079	G	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=352;SC=GCTAATTTTGGTTTTTTTTGC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=38447623;WS=38447605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	38449910	rs11210870	T	C	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.153;SC=CATATCCCTCTTCATCTGTGA;SOR=0.470;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=188;TCF=131;TCR=57;TR=77;WE=38449918;WS=38449900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,82:0.40:203
chr1	38450367	rs6680796	A	G	9863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=178;PP=2965;SC=TGAAATTTTCACCCCTACTTA;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=353;TCF=175;TCR=178;TR=353;WE=38450375;WS=38450357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr1	38453576	rs10890285	A	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,59:0.27:221
chr1	38455389	rs3935867	C	T	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=53;PP=1567;SC=CTCTGGGGCTCCGGACCCCGG;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=38455397;WS=38455379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	38462898	rs4274021	T	A	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr1	38464639	rs4570384	C	G	12755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=237;NR=201;PP=2965;SC=AGCCCCTGAACACATACCAGG;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=440;TCF=238;TCR=202;TR=438;WE=38464647;WS=38464629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
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chr1	39325063	rs1925678	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.298;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr1	39339449	rs12127091	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,36:0.28:129
chr1	39340282	rs880303	C	T	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1212;ReadPosRankSum=1.207;SC=AGGGACACTACGTGATTTGGA;SOR=0.646;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=354;TCF=182;TCR=172;TR=110;WE=39340290;WS=39340272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,118:0.32:367
chr1	39340862	rs874243	A	G	5579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GGAATACAGAAGATGAATTTA;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=168;TCR=129;TR=216;WE=39340870;WS=39340852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,225:0.73:307
chr1	39352271	rs2147914	G	T	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=48;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GGATCTTTCAGCAGTGCTTTA;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=382;TCF=217;TCR=165;TR=118;WE=39352279;WS=39352261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,128:0.32:405
chr1	39352492	rs3790441	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=0.155;SC=CTAGGGGTAAGGCAAAAGAGA;SOR=0.264;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=10;WE=39352500;WS=39352482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	39361569	rs12085567	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=624;ReadPosRankSum=0.826;SC=ATGAAGGTTCGTTGAAACAAA;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=40;WE=39361577;WS=39361559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr1	39361615	rs9438984	G	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=497;ReadPosRankSum=0.608;SC=TAAGAGACTCGTGGACTCCAT;SOR=0.411;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=40;WE=39361623;WS=39361605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,39:0.30:131
chr1	39385086	rs7522863	A	C	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=33;PP=959;SC=AAAGTTTTCTATGTAATTGTT;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=39385094;WS=39385076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	39457006	rs12043492	C	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=4;PP=155;SC=GCCTCTTGGGCCGCACTTACC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=39457014;WS=39456996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	39550210	rs260972	C	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=647;SC=CTCACCAGGGCCTCTGACAAA;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=39550218;WS=39550200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	39568249	rs6667815	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=491;SC=ATAACACATTAGAGGCGCTGA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=39568257;WS=39568239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	39568765	rs2282232	T	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=46;PP=1362;SC=TTAGAGAAGCTCTCTAGCCAC;SOR=4.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=49;WE=39568773;WS=39568755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	39571211	rs13374459	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.242;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=-0.402;SC=GCACAAAGGGTCGAGGCTGGG;SOR=0.057;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=8;WE=39571219;WS=39571201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr1	39717566	rs2490948	T	C	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=33;PP=1054;SC=GCCCTCCTGGTGCCATACAAA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=71;WE=39717574;WS=39717556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	39748921	rs2275188	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=427;ReadPosRankSum=-0.694;SC=ATCTGGAACAGGCTTTTGAAG;SOR=0.939;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=38;WE=39748929;WS=39748911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,42:0.37:115
chr1	39749884	rs2039597	G	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=397;ReadPosRankSum=-1.026;SC=AAATTTTTTTGGTAAAATCTT;SOR=0.836;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=35;WE=39749892;WS=39749874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,37:0.28:130
chr1	39758993	rs6688708	C	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=0.325;SC=TTGTACAAAACTTGAATCCAT;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=5;WE=39759001;WS=39758986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	39759367	rs113962165	AGCTTGGGTG	A	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=2005;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GTCTGCTGAAAGCTTGGGTGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=39759383;WS=39759357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr1	39763242	rs2275187	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=6.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,60:0.23:258
chr1	39766055	rs2275186	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=223;ReadPosRankSum=-1.857;SC=AGAAAGGGTACCTCTGGGCCA;SOR=0.778;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=72;TCF=11;TCR=61;TR=18;WE=39766063;WS=39766045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr1	39788761	rs79668525	C	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=679;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CCTGTAGTCTCTGGTACCCAG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=35;WE=39788769;WS=39788751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr1	39799912	rs75770915	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.827;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=1068;ReadPosRankSum=1.007;SC=AATCCTGAAACGAAGGAAAAT;SOR=0.345;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=68;WE=39799920;WS=39799902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,71:0.59:121
chr1	39806610	rs3116396	C	T	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=108;PP=2965;SC=TGAACCTCTGCCTCCAACAGT;SOR=1.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=62;TCR=108;TR=170;WE=39806618;WS=39806600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	39812620	rs2490944	G	T	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=21;PP=2073;SC=GGTTTTTTGTGTTTTGTTTCC;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=89;WE=39812628;WS=39812610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	39812822	rs2761764	C	A	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=64;PP=2108;SC=AACAGACTGCCGCTCAGGTGG;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=116;WE=39812830;WS=39812812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	39824718	rs2256614	C	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=267;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GTTAAACTTACAATTATTCTG;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=13;WE=39824726;WS=39824708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	39826391	rs10632223	A	ATTAT	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.49;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr1	39838174	rs80197726	T	C	3629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.097;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=51;PP=2487;ReadPosRankSum=-3.227;SC=ACTGGGCAAGTAAGGGAACTC;SOR=0.985;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=217;TCF=138;TCR=79;TR=147;WE=39838182;WS=39838164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,154:0.68:228
chr1	39843958	rs663449	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=258;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CTTGAGTGACGTTTTGTTGCC;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=14;WE=39843966;WS=39843948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	39844028	rs78976515	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=11;PP=839;ReadPosRankSum=-0.790;SC=GTGTTAACTTCCTGATACCTA;SOR=1.721;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=49;WE=39844036;WS=39844018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,52:0.67:78
chr1	39851009	rs112451431	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.85;MQRankSum=-0.635;NF=23;NR=2;PP=476;ReadPosRankSum=0.663;SC=CAAAGTGCTGCGATTACAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=25;WE=39851017;WS=39850999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr1	39878815	rs1746842	A	G	6021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TGCTTTAGCTATTACAGTACC;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=348;TCF=164;TCR=184;TR=253;WE=39878823;WS=39878805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,260:0.71:367
chr1	39879366	rs604316	T	C	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.935;NF=63;NR=53;PP=1643;ReadPosRankSum=-0.798;SC=CAGAGGAGCCTGCCTTCCCAG;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=116;WE=39879374;WS=39879356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,101:0.69:146
chr1	39880274	rs783823	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=436;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCGGGCTTATAGTTTGTAGTC;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=21;WE=39880282;WS=39880264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr1	39889677	rs663892	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=832;ReadPosRankSum=1.077;SC=CTGTGTTACAGCTTTTCATTC;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=63;WE=39889685;WS=39889667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr1	39893093	rs625384	C	T	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=18;PP=1362;ReadPosRankSum=-0.759;SC=TGTGACTTTTCTTCCTGAGCA;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=72;WE=39893101;WS=39893083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr1	39894811	rs2995513	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=1.193;SC=TAAATTAAACTAGTATTCATC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=10;WE=39894819;WS=39894810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	39894839	rs645061	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=285;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TTTAAATTTGATCTCTTAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=15;WE=39894847;WS=39894829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	39895460	rs683135	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=468;ReadPosRankSum=0.433;SC=TCATTCCTAGGTCTCTTAAAT;SOR=0.843;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=27;WE=39895468;WS=39895450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr1	39908506	rs587404	G	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=651;ReadPosRankSum=0.672;SC=CCGTTTGGAAGCCATGAACCA;SOR=0.534;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=47;WE=39908514;WS=39908496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr1	39908726	rs588326	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TAACTTATCTAGAAAGAGCAG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=39908734;WS=39908716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	39913643	rs783837	C	G	5230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TGGGATGATTCTCAAACGTGC;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=312;TCF=147;TCR=165;TR=208;WE=39913651;WS=39913633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,222:0.67:329
chr1	39914363	rs668556	G	C	4839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.993;SC=CCCGAAGATAGTCAGAAACTT;SOR=0.632;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=143;TCR=125;TR=193;WE=39914371;WS=39914353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,205:0.72:283
chr1	39917888	rs1746838	C	A	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1161;ReadPosRankSum=1.737;SC=GCGGTCAGGCCGAGAGCTGAT;SOR=0.578;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=68;TCR=59;TR=82;WE=39917896;WS=39917878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,94:0.67:141
chr1	39927507	rs783820	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=432;ReadPosRankSum=1.620;SC=ACCGCCAACCGAACAAGTACC;SOR=0.782;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=31;WE=39927515;WS=39927497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
chr1	39929240	rs7554206	T	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,69:0.27:258
chr1	39934499	rs56272884	G	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.407;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=442;ReadPosRankSum=0.038;SC=GGGTCTGTCTGTTTTTTATTT;SOR=1.516;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=30;WE=39934513;WS=39934489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr1	39957669	rs148153508	C	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr1	39957913	rs4660269	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-0.449;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.989;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
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chr1	39988967	rs41270827	C	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=555;ReadPosRankSum=0.633;SC=GGTCCTCATACAGCCACACTA;SOR=1.619;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=27;WE=39988975;WS=39988957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr1	40036944	rs61743745	G	A	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1380;ReadPosRankSum=0.648;SC=TCATCTTCTCGATGGCCTTGT;SOR=0.910;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=94;WE=40036952;WS=40036934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,99:0.63:156
chr1	40092089	rs2695320	T	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=6;PP=745;SC=AGCCAGTCCATGAAGCAAAGC;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=40092097;WS=40092079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	40097136	rs11206504	T	C	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=9;PP=1161;SC=CCACACAGTATTTCCTCTAGC;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=53;WE=40097144;WS=40097126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	40098328	rs784625	T	C	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=49;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CACCCCTCTGTGTTTCTTCCT;SOR=0.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=114;WE=40098336;WS=40098318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr1	40207169	rs497333	T	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,40:0.28:143
chr1	40226103	rs41267037	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-2.328;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,64:0.25:257
chr1	40229297	rs71060328	A	AC	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.584;NF=8;NR=6;PP=384;ReadPosRankSum=-1.259;SC=AATTGAAGTCACCATGATTCT;SOR=0.608;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=14;WE=40229305;WS=40229287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr1	40229616	rs202005319	T	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.502;NF=0;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=1.149;SC=TCCCTGGAACTCTGCTTGTAC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=8;WE=40229624;WS=40229606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr1	40253688	rs11581134	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.603;NF=4;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=0.278;SC=TAACCACGGCGGTCCCACTCC;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=40253707;WS=40253678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	40253699	rs11585053	C	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.809;NF=5;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=0.366;SC=GTCCCACTCCCCTGTGGTTCG;SOR=0.818;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=6;WE=40253707;WS=40253678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr1	40253768	rs60164088	C	CA	672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-3.168;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr1	40253770	rs4068800	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-3.210;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr1	40253786	rs230329	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-4.059;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,22:0.24:93
chr1	40253834	rs140337041	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-7.625;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,24:0.20:119
chr1	40253868	rs191429577	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=-9.279;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,18:0.19:96
chr1	40310221	rs16826617	G	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=6.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,75:0.27:281
chr1	40319496	rs78738576	G	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-4.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=318;ReadPosRankSum=-0.538;SC=ACACATGGAGGTGGCATTTGC;SOR=0.263;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=22;WE=40319504;WS=40319486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr1	40319587	rs2294814	A	C	6765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=97;PP=2965;SC=CTGAAATTAGACAGCAAGAAA;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=140;TCR=98;TR=237;WE=40319595;WS=40319577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	40349131	rs3845570	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=470;ReadPosRankSum=1.390;SC=CACTGCCCACGGGAACTGCTC;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=40;WE=40349139;WS=40349121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,44:0.30:149
chr1	40363054	rs3134614	G	C	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=38;PP=2038;SC=TTAGTAGCCAGTGAGGTATGC;SOR=1.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=111;WE=40363062;WS=40363044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	40367590	.	ACAAGCGCGCCCCCCCCG	A	1079.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr1	40367592	rs804719	A	G	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,68:0.64:106
chr1	40367610	.	C	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,36:0.35:102
chr1	40421617	rs140696582	TG	T	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=416;ReadPosRankSum=0.297;SC=TCCCCAGCCCTGGGGACTTAT;SOR=1.688;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=13;WE=40421625;WS=40421607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr1	40526003	rs3122419	T	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=762;SC=GAGTTCAGTCTAGCCACAGAA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=40526011;WS=40525993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	40528445	rs111329903	T	TTGTGTG	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=136;SC=TCAAAAAACATTGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=40528453;WS=40528435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	40533266	rs11207440	T	G	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=43;PP=1670;SC=TGCCGGATCATGTCCTCCTCC;SOR=1.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=40533274;WS=40533256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	40533287	rs6665926	T	G	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=43;PP=1543;SC=CCCTCCACCATGCCCCCCTCC;SOR=1.014;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=88;WE=40533295;WS=40533277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	40533315	rs6665933	T	G	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=43.37;SOR=1.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	40533320	rs6665936	T	G	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=45.10;SOR=2.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	40533326	rs6665937	T	G	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=45.10;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	40533347	rs6665944	T	G	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=37;PP=1208;SC=TTCCCGCTCATCACTGTTCGC;SOR=2.387;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=53;WE=40533355;WS=40533337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	40536074	rs58190778	C	CT	8353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=84;PP=2965;SC=TAAAGTTACACGTTGACACAC;SOR=0.868;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=31;TCR=91;TR=111;WE=40536082;WS=40536064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	40545964	rs3122428	T	G	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=30;PP=2324;SC=TCTTTCCTAGTGTCTGCCCAG;SOR=1.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=83;TCR=30;TR=113;WE=40545972;WS=40545954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	40555321	rs3131651	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=596;SC=GAAAATAAAGCGCAGAGAACT;SOR=6.439;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=40555329;WS=40555311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	40556922	rs3122439	T	C	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=47;PP=2965;SC=TGTGCAAATATAGTTCCTAGA;SOR=1.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=112;TCR=50;TR=159;WE=40556940;WS=40556912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	40557656	rs6672053	G	A	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=21;PP=1550;SC=GGATTTATCTGAATAAAAGAA;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=80;WE=40557664;WS=40557646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	40558256	rs4481840	C	G	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=42;PP=1185;SC=AGGCCTCAAACAGCATTATCA;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=44;WE=40558264;WS=40558246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	40702231	rs17508704	A	G	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1504;ReadPosRankSum=-1.333;SC=AAAAGAAATTACTGTTAAAAG;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=180;TCR=104;TR=102;WE=40702239;WS=40702209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,104:0.35:299
chr1	40737516	rs6677717	T	G	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=7;PP=745;SC=ATAAAGAATGTTTTTTCTTTA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=40737524;WS=40737506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	40771973	rs2076696	C	G	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=114;PP=2965;SC=AGCTGAACAACAGAAGGTCCA;SOR=1.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=69;TCR=115;TR=183;WE=40771981;WS=40771963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	40773149	rs2228564	T	C	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=68;PP=2965;SC=ACTTCCGGGCTGTCCCGCCTG;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=115;TCR=68;TR=182;WE=40773157;WS=40773139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	40776752	rs3737815	C	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=9;PP=706;SC=CAGCCCTCAGCCCTTGCACTC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=40776760;WS=40776742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	40777800	rs1979785	T	G	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=36;PP=1284;SC=GAGCAGAGAGTTGATGGTCAG;SOR=0.746;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=71;WE=40777808;WS=40777790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	40777842	rs209918	A	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	40778377	rs1983658	C	T	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=71;PP=2130;SC=AGATTGCCCACGCTGAGGCCC;SOR=1.335;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=117;WE=40778385;WS=40778367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	40781151	rs139561954	G	C	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=50;PP=1598;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TTGGCGACGAGGGGCACTACA;SOR=0.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=159;TCF=95;TCR=64;TR=115;WE=40781159;WS=40781141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,108:0.73:148
chr1	40781175	rs111700365	CG	C	8405.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=82;PP=2966;SC=CCGGGCACCCCGAAGTCCCCA;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=41;TCR=83;TR=123;WE=40781193;WS=40781165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	40781177	rs115504008	A	C	6769.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=0.282;SC=GGGCACCCCGAAGTCCCCACC;SOR=0.794;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=196;TCF=110;TCR=86;TR=178;WE=40781193;WS=40781165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr1	40840270	rs10645094	T	TGC	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=726;ReadPosRankSum=3.455;SC=CGTGCGTGCGTGTGTGTGTGT;SOR=0.473;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=22;WE=40840280;WS=40840258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	40840353	rs1003710	A	G	4929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=108;NR=72;PP=2965;SC=GATGGCGGAAAGGAAAACTGC;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=108;TCR=72;TR=180;WE=40840361;WS=40840343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	40879808	rs209605	G	T	8664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=187;NR=112;PP=2965;SC=CTTATTTCTTGCTATAACATA;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=189;TCR=112;TR=299;WE=40879816;WS=40879798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	40881041	rs209606	C	G	5205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=89;PP=2965;SC=CTTCTTCTTCCGGTTCCAGAA;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=94;TCR=89;TR=182;WE=40881049;WS=40881031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	40923019	rs2272994	G	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=2.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,117:0.26:444
chr1	40955156	rs10789144	A	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=664;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TGGTTCTTAGACATCAGCATA;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=39;WE=40955164;WS=40955146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr1	40955375	rs10157181	G	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-2.208;SC=AAGAAAAGAAGTTTAATTGGC;SOR=0.264;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=12;WE=40955383;WS=40955365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	40980559	rs1134586	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=855;ReadPosRankSum=0.099;SC=AGCTGTGTTGGACACTGGTGC;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=95;TCR=119;TR=71;WE=40980567;WS=40980549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,78:0.34:228
chr1	40980731	rs11208299	G	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=2.273;SC=TTTGGGGAAGGGGAGGGTGTA;SOR=0.487;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=30;WE=40980739;WS=40980721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,35:0.28:124
chr1	40998811	rs6659361	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,27:0.30:89
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chr1	41215075	rs3818758	T	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=0.483;SC=TTTCTCCCTGTTACCTGCTTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=41215083;WS=41215065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	41224008	rs16827552	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
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chr1	41229122	rs35262530	G	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=275;ReadPosRankSum=-0.197;SC=AGGTTCAAGCGATTCTCCTGC;SOR=0.824;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=23;WE=41229130;WS=41229112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr1	41229180	rs4660455	G	A	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=462;SC=CACTATGCCCGGCTGATTTTT;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=41229188;WS=41229170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	41232194	rs34212676	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TCAACATCTCTGGTCATGGAA;SOR=0.914;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=11;WE=41232202;WS=41232192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	41235177	rs10889608	G	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=585;ReadPosRankSum=0.039;SC=TAGGGCAACTGTCCTGTCCTC;SOR=0.069;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=32;WE=41235185;WS=41235167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr1	41235946	rs3754176	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=-1.515;SC=CAGATATTCTGAGAAAAGAAG;SOR=3.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=13;WE=41235954;WS=41235936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	41284366	rs2361660	G	C	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=73;PP=2142;ReadPosRankSum=-0.984;SC=AGGCCTGCAAGCCGCGCGCGG;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=119;WE=41284374;WS=41284356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr1	41284406	rs2361659	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=28;PP=847;SC=GGGCACGACCAGAGCGGGCAG;SOR=1.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=41284414;WS=41284396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	41285087	rs4660468	T	C	15541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=287;NR=276;PP=2965;SC=TCTACCTGGCTGAGAAGGACG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=563;TCF=287;TCR=276;TR=563;WE=41285095;WS=41285077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,592:1.00:592
chr1	41289993	rs3767940	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,37:0.25:151
chr1	41298652	rs913378	T	C	7031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GTGGCCCCTTTGGTGGGCCAC;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=418;TCF=264;TCR=154;TR=298;WE=41298660;WS=41298642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,304:0.71:429
chr1	41453286	rs5773721	GT	G	3973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=77;PP=2973;SC=TAAGGGCACAGTTAACAGTCA;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=4;TCR=80;TR=81;WE=41453294;WS=41453276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	41466681	rs140062309	CCT	C	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.047;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.732;NF=9;NR=6;PP=478;ReadPosRankSum=0.120;SC=GCTTTTCTCCCCTGTCTGAAT;SOR=1.054;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=15;WE=41466690;WS=41466671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr1	41466803	rs12718433	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.168;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.291;NF=16;NR=13;PP=437;ReadPosRankSum=-0.626;SC=AGTAGAGTTCGCTGCCTTGGG;SOR=0.493;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=29;WE=41466811;WS=41466793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr1	41473283	rs41308258	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.535;SC=TCTTAGGGTGATGCTGTGGCT;SOR=1.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=7;WE=41473291;WS=41473273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	41475085	rs12144160	A	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=404;ReadPosRankSum=-0.737;SC=AACCTTCACAATGAAGCTGTT;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=37;WE=41475093;WS=41475075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,40:0.28:142
chr1	41483951	rs11209361	G	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CGGACATCCTGATGCCCCTCA;SOR=0.752;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=9;WE=41483959;WS=41483941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr1	41485902	rs3738368	C	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,24:0.26:91
chr1	41494222	rs11578697	G	T	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1215;ReadPosRankSum=0.053;SC=TCTCCACACAGGTTCCTACTG;SOR=0.832;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=341;TCF=196;TCR=145;TR=110;WE=41494230;WS=41494212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,112:0.32:355
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chr1	41540861	rs2011982	T	C	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.58;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	41541166	rs41269465	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-0.952;SC=CTCCCCCCTGCATTCTCATCC;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=13;WE=41541174;WS=41541156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr1	41582760	rs11209565	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=8.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.289;SOR=2.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,11:0.15:73
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chr1	41627206	rs11209604	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=0.682;SC=AAGTAATCCACTTCCGAGATT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=41627214;WS=41627196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	41651697	rs12139225	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=551;ReadPosRankSum=0.330;SC=AAAGGATAACGAGTAGTCTAA;SOR=0.231;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=35;WE=41651705;WS=41651687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr1	41847881	rs373524987	CCA	C	292.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=10.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=3.030;SOR=3.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	41847884	.	G	GGGAC	290.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=10.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=2.868;SOR=3.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	41847887	.	C	CCGCCTACTTCGGCGGCTGCAAGGG	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=9.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=1.232;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	41848060	rs12092825	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;ReadPosRankSum=1.428;SC=CCTGGCACCGCCGGGCCACGC;SOR=0.845;Source=Platypus;TCF=90;TR=47;WE=41848068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,51:0.38:135
chr1	41848296	rs4359027	G	A	2843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=83;PP=1653;ReadPosRankSum=0.698;SC=CCCTGCCTCCGCCGCCGCCGG;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=462;TCF=194;TCR=268;TR=148;WE=41848304;WS=41848286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,159:0.33:483
chr1	41949595	rs2759256	G	A	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=11;PP=1481;SC=ATATTAGCCAGTGCCTCCATC;SOR=2.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=64;WE=41949603;WS=41949585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	41949628	rs2759257	A	C	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=28;PP=1946;SC=GAGAGATGGAATGTGTCAACG;SOR=1.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=100;WE=41949636;WS=41949618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	41950312	rs2984691	T	C	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=69;PP=1683;ReadPosRankSum=0.867;SC=GAGCAGGGAGTGCCTGTTGCC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=115;WE=41950320;WS=41950302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr1	41976328	rs9439043	T	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=11;PP=730;SC=TCGGGGTTGGTCGGTGCACGC;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=41976336;WS=41976318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	41978566	rs2991344	T	G	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=22;PP=1149;SC=AACCCGTGGGTCCAGCCCCAA;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=41978574;WS=41978556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	41978825	rs2483689	C	G	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=62;PP=2965;SC=CAAGGGAGAGCGCCCATGCCC;SOR=1.231;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=106;TCR=62;TR=166;WE=41978833;WS=41978815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	41979156	rs615177	A	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=808;ReadPosRankSum=-1.262;SC=TGCCTCGTGTAGCCTCCGTGC;SOR=0.612;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=48;WE=41979164;WS=41979146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr1	41983912	rs2810547	C	A	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=19;PP=1634;SC=TTGTCTGATACTTGGGAGAAC;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=85;WE=41983920;WS=41983902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	41990461	rs35122733	G	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1195;ReadPosRankSum=1.030;SC=GGACGTCAGTGTGGGTGCGGA;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=82;WE=41990469;WS=41990451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,89:0.77:116
chr1	42045747	rs35730380	T	C	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=67;PP=1587;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AGGACGTTTCTGACAGAGGCA;SOR=0.997;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=176;TCF=75;TCR=101;TR=112;WE=42045755;WS=42045737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,118:0.63:186
chr1	42046812	rs2810565	C	T	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1788;ReadPosRankSum=-0.874;SC=AGGAAGGGGGCTGCCTGAAGG;SOR=0.403;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=98;WE=42046820;WS=42046802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr1	42047208	rs17363472	C	G	5203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=1.125;SC=CAGAGGAAATCTGGGACAATG;SOR=0.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=293;TCF=159;TCR=134;TR=212;WE=42047216;WS=42047198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,223:0.73:306
chr1	42048745	rs2810566	T	C	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=115;PP=2965;SC=GTGACTGCTGTGGCTCAGGGC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=103;TCR=115;TR=218;WE=42048753;WS=42048735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	42049032	rs2984694	G	A	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=67;PP=2516;SC=TGTCGATCTCGCTGGTGTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=121;WE=42049040;WS=42049022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	42049140	rs2475842	C	G	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=66;PP=2965;SC=CTTCGGTGGACAGGGGCAGGA;SOR=1.381;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=126;TCR=66;TR=192;WE=42049148;WS=42049130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	42050366	rs2146315	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=941;ReadPosRankSum=0.152;SC=GGGTATGGGACGCTGGAAGAA;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=123;TCR=125;TR=81;WE=42050374;WS=42050356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,88:0.33:266
chr1	42619220	.	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,50:0.24:207
chr1	42629040	rs2232224	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=10;PP=964;SC=GTATTCCCGAACCCCACCAAT;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=42629048;WS=42629030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	42630364	rs2071499	G	A	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	42657444	rs115971942	A	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=619;ReadPosRankSum=0.240;SC=TTTTATGACAAACATTTGTAA;SOR=0.473;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=110;TCF=28;TCR=82;TR=42;WE=42657452;WS=42657434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,43:0.37:116
chr1	42693597	rs343376	A	G	7095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=140;PP=2965;SC=AGTAGGCAGCACATCTTCCTT;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=114;TCR=140;TR=254;WE=42693605;WS=42693587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	42896441	rs41301052	C	A	4704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=83;PP=2908;ReadPosRankSum=0.351;SC=TGAAATGAGACTTAATAACTC;SOR=0.801;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=300;TCF=167;TCR=133;TR=193;WE=42896449;WS=42896431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,208:0.65:322
chr1	42898843	rs1034268	A	G	6977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=84;PP=2965;SC=AGGTAGTAAAACATGACCAGG;SOR=1.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=152;TCR=84;TR=236;WE=42898851;WS=42898833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	42915527	rs12142723	C	A	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=481;SC=ACAGTTCGAGCCTTGTCTTGG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=42915535;WS=42915517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	43055243	rs10789417	C	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=32;PP=900;SC=TTTACTAAACCTAATCCTTTA;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=43055251;WS=43055233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	43076555	rs34595968	CT	C	194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	43110276	rs7523056	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=235;ReadPosRankSum=0.443;SC=TCTAAGATCCGGGGCCAGTGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=43110284;WS=43110266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	43124701	rs6600419	A	G	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1252;ReadPosRankSum=-1.295;SC=TGATTCCTCCATGCATTGCTC;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=73;WE=43124709;WS=43124691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,71:0.68:105
chr1	43124859	rs3738494	C	T	4322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=77;PP=2697;ReadPosRankSum=1.125;SC=ACGACTGTGACATCATAGTGA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=149;TCR=111;TR=181;WE=43124867;WS=43124849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,191:0.70:272
chr1	43126733	rs3768025	G	A	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.609;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=68;PP=1831;ReadPosRankSum=-0.145;SC=GGAAGTTCTTGAAAGTGGCTG;SOR=1.078;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=168;TCF=65;TCR=103;TR=105;WE=43126741;WS=43126723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,117:0.63:186
chr1	43126766	rs3768026	C	A	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=48;PP=1260;ReadPosRankSum=1.627;SC=TGTAGATAACCGACTTTAGCA;SOR=1.112;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=63;WE=43126774;WS=43126756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,68:0.67:101
chr1	43132393	rs35844708	G	GA	977.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.068;NF=1;NR=26;PP=1041;ReadPosRankSum=0.654;SC=AAAGGGAAGAGAACCACCTAA;SOR=0.428;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=27;WE=43132401;WS=43132383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr1	43148991	rs188040472	G	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=666;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GCCGGCGTGCGAGGGACCGGA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=99;TCR=88;TR=56;WE=43148999;WS=43148981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,57:0.29:197
chr1	43200855	rs74885359	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.321;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr1	43212431	rs4660662	A	G	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=44;PP=2659;SC=GTTCGGGGGGACCCTGCTGGG;SOR=1.335;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=130;WE=43212439;WS=43212421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	43213499	rs3738499	C	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=853;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CTCATCATGGCCCTTCCCTGC;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=57;WE=43213507;WS=43213489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr1	43228189	rs2816593	T	A	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=59;PP=1759;SC=TCACATCCAATCTCTGAACGT;SOR=1.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=89;WE=43228197;WS=43228179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	43239395	rs2760075	G	A	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=65;PP=1427;ReadPosRankSum=-1.485;SC=GTTTATAATCGTTGTGACTTT;SOR=1.587;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=106;TCF=14;TCR=92;TR=73;WE=43239403;WS=43239385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,78:0.70:111
chr1	43296173	rs33950227	C	T	3188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=59;PP=1932;ReadPosRankSum=0.428;SC=TCATCCCTCTCGTCTTCCTCC;SOR=0.660;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=249;TCF=143;TCR=106;TR=141;WE=43296181;WS=43296160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,151:0.57:267
chr1	43296195	rs33953680	C	T	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=68;PP=2047;ReadPosRankSum=-1.278;SC=GCTGTCTGTGCATGTGTCAGG;SOR=0.866;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=274;TCF=148;TCR=126;TR=155;WE=43296203;WS=43296185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,161:0.56:289
chr1	43296354	rs12727498	G	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=-1.542;SC=GGCTCTGTCCGTCCCCGGGAT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=16;WE=43296362;WS=43296344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr1	43300663	rs4660672	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=602;SC=TGCCAGAAGCTCTTAGACATC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=43300671;WS=43300653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	43300921	rs4660673	C	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=35;PP=1059;SC=CCTGACACTTCTCCATAGGTT;SOR=1.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=43300929;WS=43300911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	43393245	rs11282849	G	GGGTGAGAAAT	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=2967;ReadPosRankSum=-1.529;SC=TCATGCGTGCGGGTGAGTATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=13;WE=43393253;WS=43393235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr1	43418026	rs2297972	C	T	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.501;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=78;PP=2491;ReadPosRankSum=0.779;SC=CACTCAGGCCCACACTCAGCC;SOR=0.600;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=147;WE=43418034;WS=43418016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr1	43610910	rs626842	T	G	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=873;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TGCAGGGCCATTGACAGAGAA;SOR=0.415;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=69;WE=43610918;WS=43610900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,81:0.72:113
chr1	43616337	rs475093	G	C	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=1237;ReadPosRankSum=0.493;SC=TACTCAGTGAGTGCCAAATGG;SOR=1.028;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=80;WE=43616345;WS=43616327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,86:0.65:133
chr1	43618726	rs2453416	A	G	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.032;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=887;ReadPosRankSum=-1.672;SC=TACCAGCTGGATAAGTTACTA;SOR=0.232;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=54;WE=43618734;WS=43618716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,59:0.71:83
chr1	43621733	rs112797269	G	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.652;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=791;ReadPosRankSum=0.822;SC=CAACCTTTTTGATGTACATGT;SOR=2.059;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=37;WE=43621741;WS=43621723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr1	43649334	rs6663799	G	T	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TCTCCGTTTTGCTGAGGGAAC;SOR=0.693;Source=Platypus;TCF=103;WE=43649342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,128:0.61:210
chr1	43649508	rs663824	A	G	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=690;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GGAACCTACCAATGGCTCAAA;SOR=0.346;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=48;WE=43649516;WS=43649498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr1	43650741	rs598336	T	C	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=4;PP=877;ReadPosRankSum=1.564;SC=CCAGTGACAGTCTTCTTTCTC;SOR=0.727;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=42;WE=43650749;WS=43650731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr1	43652369	rs6413971	T	C	6963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.011;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TGTTTTGCATTTTGGGCAGAT;SOR=0.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=138;TCR=101;TR=238;WE=43652377;WS=43652359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr1	43663376	rs513009	A	G	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=63;PP=1871;SC=AAGGAATGAAAGGCTTGCCTA;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=101;WE=43663384;WS=43663366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	43664119	rs603560	A	G	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=17;PP=1619;ReadPosRankSum=0.303;SC=TAGTGAGCTAAGCTTACAATT;SOR=0.323;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=112;TCF=91;TCR=21;TR=80;WE=43664127;WS=43664109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,78:0.70:111
chr1	43664218	rs603123	C	T	5950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.053;NF=126;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CATCTGGACACTTCATTGTAG;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=379;TCF=195;TCR=184;TR=249;WE=43664226;WS=43664202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,266:0.65:412
chr1	43664319	rs10711519	TA	T	2022.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=60;PP=923;ReadPosRankSum=1.100;SC=TGCGGAGAGGTAAAAAAAAAA;SOR=0.717;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=6;TCR=101;TR=64;WE=43664327;WS=43664309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,93:0.77:120
chr1	43672636	rs11210812	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=121;ReadPosRankSum=0.349;SC=TCTGGGCTGGTGCACGGATCT;SOR=0.412;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=10;WE=43672644;WS=43672626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr1	43675467	rs2453412	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=10.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.116;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,98:0.26:373
chr1	43680855	rs4233492	G	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=4;PP=605;SC=GAAGCCTTGCGCAACAGCTGG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=43680863;WS=43680845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	43681184	rs612626	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-1.236;SC=CCTGGCTACACCCTATGCCCA;SOR=0.245;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=10;WE=43681192;WS=43681174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr1	43697968	rs3120045	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=441;ReadPosRankSum=-1.175;SC=GTGGAAACACGTGATGCTGGT;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=23;WE=43697976;WS=43697958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr1	43699813	rs3820588	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=388;ReadPosRankSum=-0.428;SC=TATGCCCAGTATGGCCCCTGG;SOR=1.708;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=18;WE=43699821;WS=43699803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr1	43699935	rs2477561	C	T	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=82;PP=2965;SC=CAGAAGGAAACGTCTCTGATT;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=139;TCR=82;TR=221;WE=43699943;WS=43699925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	43700140	rs2483688	A	G	8587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=165;PP=2965;SC=CCTCTCCCTCACTGAGAATCT;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=140;TCR=165;TR=305;WE=43700148;WS=43700130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	43738340	rs10890247	A	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=17;PP=863;SC=CTGTGATCTGAACCCTCTGAC;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=43738348;WS=43738330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	43766942	.	T	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.826;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=45;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GGGAGTTTTGTTTAAAAGGTA;SOR=0.296;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=70;TCF=2;TCR=68;TR=47;WE=43766950;WS=43766932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr1	43771016	rs3831248	TA	T	11902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=182;PP=2951;SC=AGAGCAACGGTAAAGAGGGGC;SOR=1.089;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=22;TCR=191;TR=202;WE=43771024;WS=43771006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr1	43771090	rs3120044	G	A	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=79;PP=2270;SC=TGACCCATGGGACCCTCAGCT;SOR=2.348;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=25;TCR=79;TR=103;WE=43771098;WS=43771080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	43773033	rs2275180	A	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;SC=CTTGGAGGGTAAGGGCGACAG;SOR=1.744;Source=Platypus;TCF=28;WE=43773041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	43774437	rs1467809	G	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=507;SC=GCAGGTATTAGACGGTATCGG;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=43774445;WS=43774427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	43774495	rs2282225	G	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=5;PP=944;SC=GATGGGATGTGGGGCTGGGAC;SOR=2.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=43774503;WS=43774485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	43777852	rs1999595	C	T	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=65;PP=2965;SC=GTTACTTTCCCGTCGACCCCA;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=117;WE=43777860;WS=43777842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr1	43779724	rs138876276	TTG	T	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,19:0.12:156
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chr1	43851797	rs11541153	G	A	5297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GACCACTGCTGCCTGAAGGTC;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=338;TCF=142;TCR=196;TR=226;WE=43851805;WS=43851787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,236:0.67:352
chr1	43855578	rs839753	G	C	7801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=173;PP=2965;SC=CCGAGGTAGCGAGGTCAGGGG;SOR=1.510;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=95;TCR=173;TR=268;WE=43855586;WS=43855568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	43855626	rs146927083	G	C	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=59;PP=1260;ReadPosRankSum=-2.497;SC=GGGCCGGCGCGGGAGGGCTGT;SOR=0.567;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=118;TCF=28;TCR=90;TR=79;WE=43855634;WS=43855616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,84:0.67:125
chr1	43907092	rs12407785	G	A	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=107;NR=92;PP=2965;SC=GGGTATGGGTGTGAAGTCACA;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=107;TCR=92;TR=199;WE=43907100;WS=43907082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	43916642	rs6954	T	C	9494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=186;PP=2965;SC=GAAGCACTTGTGGCCACCGTC;SOR=0.923;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=342;TCF=155;TCR=187;TR=341;WE=43916650;WS=43916632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr1	43919413	rs6692611	A	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	43998397	rs11350891	GT	G	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=27;PP=819;SC=GAAAATCCCTGTTTTTTTACT;SOR=1.559;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=30;WE=43998405;WS=43998387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	44035352	rs1065771	C	T	6865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=109;PP=2965;SC=TGCTATGTGCCGCAGGCGGAA;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=131;TCR=109;TR=240;WE=44035360;WS=44035342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	44044468	rs11210874	C	T	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=28;PP=1789;SC=CCTCTCGCTTCGTGTACCCAC;SOR=1.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=91;WE=44044476;WS=44044458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	44054674	.	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,25:0.28:88
chr1	44057257	rs2304353	A	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=68;PP=2199;SC=GGCAGCCAACAGCAGAGAAGG;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=103;WE=44057265;WS=44057247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	44057668	rs7540068	G	T	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=81;PP=2570;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GTCCCTGAGGGTCTGTGATGG;SOR=0.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=138;WE=44057676;WS=44057658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr1	44057696	rs7553297	A	G	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=57;PP=1658;SC=CCAGGAGGGTATTTTCTGGAT;SOR=1.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=81;WE=44057704;WS=44057686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	44058034	rs2117316	G	A	5286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=23;PP=2965;ReadPosRankSum=1.685;SC=GCCGTGGTGGGTCCAGAGGTG;SOR=3.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=149;TCR=23;TR=172;WE=44058042;WS=44058024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr1	44058265	rs3828151	C	A	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=148;PP=2965;SC=CCCGCACAGCCCAGTCCAGTA;SOR=2.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=38;TCR=149;TR=186;WE=44058273;WS=44058255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	44064319	rs17849103	A	G	6125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=146;NR=88;PP=2965;SC=CAGGACCCTCAAGTTTGCTGT;SOR=1.256;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=146;TCR=88;TR=234;WE=44064327;WS=44064309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	44067859	rs12023161	A	G	9770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=189;PP=2965;SC=GCTAGCCTGCACTGCCAAGAT;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=352;TCF=163;TCR=189;TR=352;WE=44067867;WS=44067849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr1	44071221	rs631248	G	A	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=101;PP=2965;SC=TTGTTGTGGTGCCCATTGACC;SOR=1.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=67;TCR=101;TR=168;WE=44071229;WS=44071211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	44072018	rs1065772	C	T	10038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TCCCGGAGACCTTTACCTTGG;SOR=0.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=215;TCR=147;TR=358;WE=44072026;WS=44072008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr1	44072066	rs10890266	C	T	12294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=211;PP=2965;ReadPosRankSum=0.693;SC=ACAACCGGCCCCTGTCTCCGG;SOR=0.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=440;TCF=228;TCR=212;TR=438;WE=44072074;WS=44072056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,458:1.00:459
chr1	44072420	rs539096	A	G	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=28;PP=1454;SC=CTCCAGGATTAATAGGCAGAG;SOR=0.990;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=79;WE=44072428;WS=44072410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	44075227	rs517622	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=51;PP=1234;SC=CCTGTGGGTCTGTTCTGCAGG;SOR=3.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=58;WE=44075235;WS=44075217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	44078359	rs3791149	T	A	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=21;PP=2003;SC=GTGATGGTGCTGTAAGCAGAA;SOR=2.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=72;TCR=21;TR=93;WE=44078367;WS=44078349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	44078384	rs499257	T	C	6425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=45;PP=2965;SC=TTAACGGGCTTTCTTTTCTTG;SOR=2.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=120;TCR=45;TR=165;WE=44078392;WS=44078374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	44079411	rs603542	T	C	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=98;PP=2390;SC=CCCCCTACCATGTGCCTGGCC;SOR=2.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=36;TCR=98;TR=134;WE=44079419;WS=44079401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	44083110	rs571862	C	T	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=24;PP=2171;SC=TCTCCATTCTCTGCAGTCCAT;SOR=2.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=78;TCR=24;TR=102;WE=44083118;WS=44083100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	44083507	rs641365	T	C	6654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=140;PP=2965;SC=AGACCATGGGTGATTTCTGGA;SOR=1.099;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=102;TCR=140;TR=242;WE=44083527;WS=44083497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	44083519	rs641351	G	A	5912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.248;SC=ATTTCTGGAGGATGGTGTGGG;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=86;TCR=123;TR=208;WE=44083527;WS=44083497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,218:1.00:219
chr1	44084739	rs1143701	C	T	8341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=161;NR=127;PP=2965;SC=GTGAGAAGCGCGAGCTGCGTC;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=161;TCR=127;TR=288;WE=44084747;WS=44084729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	44086080	rs568639	T	C	8735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.678;SC=ACCCCTCCCCTATTCCTTCTC;SOR=0.386;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=189;TCR=122;TR=309;WE=44086088;WS=44086070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr1	44086831	rs1143702	C	T	9588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=176;PP=2965;SC=GCATGCGCTACGAGGGCGTGG;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=164;TCR=176;TR=340;WE=44086841;WS=44086821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	44087496	rs673485	C	T	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=27;PP=2462;SC=GGGTCCAGCACCTGCTCTTGG;SOR=2.161;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=95;TCR=28;TR=122;WE=44087504;WS=44087479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	44119038	rs3215842	A	AT	1030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.47;MQRankSum=0.349;NF=0;NR=31;PP=886;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GAGCAGTAAGATTTTTTTCCT;SOR=3.664;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=31;WE=44119046;WS=44119028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr1	44125962	rs3215843	CA	C	3545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=30;PP=2969;SC=TTTTTACTTTCAAAAAGGTAC;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=85;WE=44125970;WS=44125952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	44137257	rs586339	C	A	7762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=123;PP=2965;SC=GAAGAACAAGCAGCAGCTGCC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=141;TCR=123;TR=264;WE=44137265;WS=44137247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	44280381	rs37468	A	T	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=2;PP=1333;SC=AACTTGGTCCATCACAAAACA;SOR=4.935;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=48;WE=44280389;WS=44280371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	44280425	rs3791064	T	G	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=30;PP=2348;SC=TTTATGTATTTAGTTACGTTC;SOR=1.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=82;TCR=30;TR=112;WE=44280433;WS=44280415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	44323736	rs2906465	T	C	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=41;PP=1884;SC=AACAGGTTTTTGAAGTGAATA;SOR=1.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=108;WE=44323744;WS=44323726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	44386305	rs3120802	C	T	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=951;SC=GTGGGTGGGGCAGTGCTTCTG;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=44386313;WS=44386295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	44386445	rs80055718	G	A	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.790;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=1080;ReadPosRankSum=1.929;SC=CCCTGCCCCCGTCTTCTAGAA;SOR=0.393;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=72;WE=44386453;WS=44386435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,77:0.66:117
chr1	44386615	rs3120803	A	G	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=82;PP=2322;SC=GGGGCTGGGTATGGGGGCAAT;SOR=1.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=52;TCR=82;TR=134;WE=44386623;WS=44386605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	44395786	rs2108202	C	T	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=59;PP=2147;ReadPosRankSum=-0.960;SC=CAACTGATCACTTCATCTCTC;SOR=0.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=110;WE=44395794;WS=44395776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr1	44401384	rs2242637	A	G	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=104;PP=2965;SC=TGGCCTAGGCAGCAGGTGAGT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=108;TCR=104;TR=212;WE=44401392;WS=44401374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	44415415	rs2240447	C	T	13993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=256;NR=249;PP=2965;SC=TGATGCCTGACGCTTGGCCAT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=505;TCF=256;TCR=249;TR=505;WE=44415423;WS=44415405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr1	44426025	rs2301993	G	A	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=57;PP=1759;SC=CTTGCCCTCCGCTCCCATAGT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=108;WE=44426033;WS=44426015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	44426948	rs2906596	G	A	12137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=259;PP=2965;SC=GGTCCTGACCGGGGTCTCTGC;SOR=1.398;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=416;TCF=157;TCR=259;TR=413;WE=44426956;WS=44426938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr1	44432500	rs4660759	C	G	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=87;PP=2965;SC=CCAGTGCCCTCCCCTGCCCAG;SOR=1.470;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=53;TCR=87;TR=140;WE=44432508;WS=44432490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	44442521	rs12410334	A	C	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=39;PP=1285;SC=GTATGAATGCAAAATGCTGGG;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=44442529;WS=44442511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	44455871	rs2231284	T	C	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.707;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=370;ReadPosRankSum=0.200;SC=GGGGTCCCCTTGGCCAAAAGG;SOR=1.312;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=26;WE=44455879;WS=44455861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr1	44457215	rs12403025	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=0.318;SC=ACCAAACACGGGAGGGGGCGG;SOR=0.105;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=44457223;WS=44457205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	44457305	rs12403036	G	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.743;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr1	44457739	rs11376967	T	TC	1111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=12;PP=1027;SC=ATTTCCCACCTCTGCGGGTCC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=23;WE=44457747;WS=44457729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	44595047	rs11210969	T	A	8771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=119;PP=2965;SC=TCAGCGCCCATCTTGAACATG;SOR=0.936;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=173;TCR=119;TR=291;WE=44595055;WS=44595037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	44595113	rs2429051	G	C	10438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=182;NR=166;PP=2965;SC=GGCCTACCAAGCATTCAGCAC;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=348;TCF=182;TCR=166;TR=348;WE=44595121;WS=44595103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr1	44679556	rs803369	A	G	10713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=195;NR=183;PP=2965;SC=GAAAGCGTTGACTAGGGGAGG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=378;TCF=195;TCR=183;TR=378;WE=44679564;WS=44679546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr1	44681113	rs1291169	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=230;SC=GGATCGTCCTTGACTTAGTCT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=44681121;WS=44681103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	44684995	rs2799480	T	C	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=73;PP=2832;SC=GTTCTGAGAGTACCCAGTGCT;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=130;WE=44685003;WS=44684985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	44750795	rs61771075	C	A	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=329;SC=GTGTGAGAGCCCAAAAATTCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=44750803;WS=44750785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	44788398	rs161721	A	T	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=28;PP=1100;SC=ACTTCTTACCATCCCATATTG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=44788406;WS=44788388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	45011263	rs80199969	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=581;ReadPosRankSum=-0.839;SC=CTGGCAGAGGGTGCAAGGGCA;SOR=1.068;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=38;WE=45011271;WS=45011253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr1	45205598	rs3820586	T	C	4951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.347;SC=CCTTGCTGACTCTCCGAATGG;SOR=0.614;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=304;TCF=155;TCR=149;TR=210;WE=45205606;WS=45205588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,224:0.69:324
chr1	45206495	rs3795712	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=0.615;SC=GTTCCTTCAGGTTAACTCCAC;SOR=0.223;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=10;WE=45206503;WS=45206485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	45212979	.	CA	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	45216038	rs12566610	C	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.037;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=0.811;SC=TCACCTTGTACAGAAACTTGG;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=45216046;WS=45216029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	45218895	rs3795713	A	T	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=1055;ReadPosRankSum=1.575;SC=ATTCCATCCGAGGCAGCTCTT;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=84;WE=45218903;WS=45218885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,89:0.63:141
chr1	45223901	rs111920953	TATTAGCTG	T	1810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=2977;SC=GCCAAAAACCTATTAGCTGAT;SOR=3.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=30;WE=45223916;WS=45223891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	45224998	rs4342887	A	C	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CATCAAGATGATCGACATGGG;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=105;WE=45225006;WS=45224988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,110:0.66:167
chr1	45225921	rs115864893	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=391;ReadPosRankSum=0.939;SC=GGCTGGTGACCACAGAATCTC;SOR=0.639;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=24;WE=45225929;WS=45225911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr1	45226084	rs1140279	G	A	6211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AGCGAGGCGCGGACACTTCCA;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=376;TCF=200;TCR=176;TR=259;WE=45226092;WS=45226062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,271:0.69:390
chr1	45241113	rs11211031	T	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=4;PP=1020;SC=GAGACCCTCCTAGGCTCGTGG;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=45241121;WS=45241103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	45241285	rs12120833	C	G	4754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=101;PP=2793;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GAGTGTCGCTCTGCATTGAGG;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=133;TCR=136;TR=202;WE=45241299;WS=45241275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,213:0.75:283
chr1	45241374	rs3806398	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=334;ReadPosRankSum=0.474;SC=CCCGACCCCCGGCCAGGGACA;SOR=1.127;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=25;WE=45241382;WS=45241364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,26:0.27:95
chr1	45244051	rs3838955	T	TG	1052.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=1017;ReadPosRankSum=-1.467;SC=CTGCCCAGGCTGAGGGGGCTG;SOR=0.808;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=26;WE=45244059;WS=45244041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr1	45250007	rs59895800	C	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-1.575;SC=GTGCCTCGCACGCGGCCGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=12;WE=45250015;WS=45249997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	45252015	rs41269079	T	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.580;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr1	45266832	rs17881698	A	G	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=939;ReadPosRankSum=-0.497;SC=AAGGTGAAAGATGGTGATTCC;SOR=0.728;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=67;WE=45266840;WS=45266822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,73:0.67:109
chr1	45270024	rs11211036	G	C	7140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.331;SC=AACAGAACCCGGCCCCCCTGG;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=452;TCF=245;TCR=207;TR=307;WE=45270032;WS=45270014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,320:0.68:473
chr1	45271097	rs17883049	G	A	5052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GAGGCCCAGGGTGCTGGGGAG;SOR=0.867;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=286;TCF=172;TCR=114;TR=208;WE=45271109;WS=45271087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,212:0.72:293
chr1	45271912	rs17886118	G	A	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=74;PP=2005;ReadPosRankSum=-2.273;SC=GCGCGGCCTCGTCGCTGGAGT;SOR=0.445;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=158;TCF=53;TCR=105;TR=115;WE=45271920;WS=45271902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,115:0.73:157
chr1	45291908	rs11211040	G	A	5812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.249;SC=CCTCCCCGGGGTGCCCGTGCT;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=235;TCR=117;TR=237;WE=45291916;WS=45291898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,252:0.69:367
chr1	45293518	rs7525308	A	G	3794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.696;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=54;PP=2668;ReadPosRankSum=1.035;SC=GTCTTACCTTAGCATGTGACT;SOR=1.065;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=219;TCF=133;TCR=86;TR=146;WE=45293526;WS=45293508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,154:0.65:236
chr1	45293752	rs2295997	T	C	4616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GGCTGCTGGCTTCACAGTGGG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=297;TCF=142;TCR=155;TR=184;WE=45293760;WS=45293742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,193:0.61:315
chr1	45294156	rs2273940	T	C	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1596;ReadPosRankSum=1.623;SC=CACCCTGAGCTGCCCCGTGTG;SOR=0.553;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=119;WE=45294164;WS=45294133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,125:0.71:177
chr1	45296752	rs2295998	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GGGTCAGGGACGAAAACCCAG;SOR=2.636;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=45296760;WS=45296742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	45297753	rs2295999	A	G	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.520;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=75;PP=2589;ReadPosRankSum=0.454;SC=CAGCAGAAGAAGGGGATTCCC;SOR=0.383;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=207;TCF=94;TCR=113;TR=145;WE=45297761;WS=45297743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,152:0.72:212
chr1	45307506	rs3795720	G	A	3698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=79;PP=2467;ReadPosRankSum=0.231;SC=TATGGCCAGTGTCCACAACTT;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=131;TCR=121;TR=163;WE=45307514;WS=45307496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,172:0.64:269
chr1	45308409	rs6696675	G	A	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=43;PP=1709;ReadPosRankSum=1.459;SC=TTGCGGTGCTGGCTCTCACTT;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=113;TCR=66;TR=116;WE=45308417;WS=45308399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,127:0.67:190
chr1	45340282	rs9988451	C	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=9;PP=1077;ReadPosRankSum=0.598;SC=TAAAATTAACCTTCCTTCAGA;SOR=0.782;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=60;TCR=12;TR=52;WE=45340290;WS=45340272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr1	45362992	rs263978	T	C	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=50;PP=2675;SC=GCTTGTTAAGTACTGTAGGTT;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=127;WE=45363000;WS=45362982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	45443894	rs2487367	T	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=463;ReadPosRankSum=1.343;SC=CAGAGCGAGGTTCTGTCTCAA;SOR=2.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=22;WE=45443902;WS=45443884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	45444038	rs11556200	G	A	5344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=2.760;SC=CCATGTCAGCGTCATCAGGAA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=189;TCR=176;TR=236;WE=45444046;WS=45444026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,240:0.63:380
chr1	45469176	rs12749251	A	T	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=40;PP=2015;ReadPosRankSum=-1.243;SC=ACTCCTCCCAAGGGCTCATGT;SOR=0.939;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=175;TCF=117;TCR=58;TR=127;WE=45469184;WS=45469166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,133:0.73:182
chr1	45470130	rs7528534	T	C	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=31;PP=958;SC=TGTGGCCTTTTAGCAGCAGAA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=45470138;WS=45470120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	45472798	rs147908761	TTGTGTGTG	T,TTGTG	1260.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;NF=12,12;NR=15,15;PP=1054,381;SC=CCTCGAGCAGTTGTGTGTGTG;SOR=0.756;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=27,27;WE=45472813;WS=45472788;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.34,0.62:32
chr1	45474008	rs7541207	T	C	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=38;PP=1499;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CATGGGTAGATAGACTGCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=93;WE=45474016;WS=45473998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,104:0.70:149
chr1	45474157	rs2298006	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.003;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,13:0.17:77
chr1	45474750	rs2275599	A	T	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.62;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
chr1	45474755	rs2275598	C	G	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.19;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,71:0.68:105
chr1	45475566	rs6429552	A	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=5;PP=986;SC=ACCCTGTTTTAGTCCTGGCCT;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=45475574;WS=45475556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	45476399	rs55841688	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;ReadPosRankSum=0.740;SC=GCGTAGGATGGGGACAGCCGT;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=25;WE=45476407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr1	45476489	rs3806405	A	G	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.867;SC=TACAGGGGAGAAAAGGCAAAC;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=65;WE=45476497;WS=45476479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,69:0.70:99
chr1	45476663	rs2298005	G	A	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.37;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,105:0.70:151
chr1	45479772	rs11211066	G	T	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=82;PP=2415;ReadPosRankSum=-1.426;SC=GAAATAGGCTGGGATTTGGTC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=113;TCR=119;TR=160;WE=45479780;WS=45479762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,171:0.67:254
chr1	45479874	rs6698485	G	T	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.15;NF=19;NR=48;PP=1471;SC=GTGATCTAGCGGAGCAGCCAA;SOR=2.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=67;WE=45479882;WS=45479864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	45480232	rs36033115	T	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=700;ReadPosRankSum=1.351;SC=GAGGCAGGCCTGGCACCAGTG;SOR=0.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=58;TCR=99;TR=55;WE=45480240;WS=45480222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,59:0.36:166
chr1	45504720	rs7551698	G	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,36:0.21:170
chr1	45524213	rs3738246	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=589;SC=ATGGCAAGGGCTCATAAACAC;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=45524221;WS=45524203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr1	45796269	rs3219493	G	C	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=70;PP=2458;SC=GGCACTTTTTGCAAAAGAGAT;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=125;WE=45796277;WS=45796259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	45798555	rs3219487	T	C	13048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=235;NR=227;PP=2965;SC=GTCCCTCTATTGTTCCTATTT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=464;TCF=237;TCR=227;TR=462;WE=45798563;WS=45798545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr1	45805566	rs3219468	G	C	11577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=196;NR=220;PP=2965;SC=CCCACTACCCGCTACCCGCGG;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=418;TCF=197;TCR=221;TR=416;WE=45805574;WS=45805556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr1	45813509	.	G	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.108;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr1	45813511	.	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr1	45961955	rs937290	A	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=9;PP=765;SC=TCATGGGCTCAGGTGGAACCA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=45961963;WS=45961945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	45965307	rs12568144	G	A	8525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=193;PP=2965;SC=AGCGGCAGGGGTCTGGCTCCC;SOR=1.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=97;TCR=193;TR=290;WE=45965315;WS=45965297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	45965340	rs7546268	T	C	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=119;PP=2965;SC=CTTGCTCTCCTAGCGGGGGAT;SOR=2.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=30;TCR=119;TR=149;WE=45965348;WS=45965330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	45973928	rs2275276	G	A	15021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=300;NR=246;PP=2965;SC=ACTACGAGGTGCACCCCAACC;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=547;TCF=301;TCR=246;TR=546;WE=45973936;WS=45973918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,569:1.00:569
chr1	45981512	rs2356559	T	C	5434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=109;PP=2965;SC=GGTTAGCATTTGACACAGACT;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=195;WE=45981520;WS=45981502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	46027355	rs512083	T	C	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.334;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=32;PP=1805;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACT;SOR=1.049;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=157;TCF=107;TCR=50;TR=108;WE=46027363;WS=46027345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,114:0.70:162
chr1	46034879	rs61757676	G	T	3990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=96;PP=2489;ReadPosRankSum=-1.105;SC=AAAAATTGGAGATATATTGTG;SOR=0.436;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=231;TCF=91;TCR=140;TR=167;WE=46034887;WS=46034869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,177:0.73:244
chr1	46050004	rs57257530	TTCGG	T	1734.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.962;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.072;NF=2;NR=33;PP=1674;ReadPosRankSum=0.581;SC=GCTGTCGCTGTTCGGGAAGGC;SOR=0.036;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=35;WE=46050015;WS=46049994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr1	46065998	rs3014211	T	C	6307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=87;PP=2965;SC=AGATAATGAGTATTTTCATCA;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=130;TCR=87;TR=217;WE=46066006;WS=46065988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	46073489	rs2230657	G	A	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.998;NF=33;NR=34;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CTTTAGACCCGACAGTCAAGC;SOR=0.544;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=67;WE=46073497;WS=46073479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,75:0.66:113
chr1	46078630	rs2050376	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TGAAGGTCTGACCCATAGACT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=46078638;WS=46078620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr1	46078854	rs2230658	A	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=713;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CTGAAGGCTCAGAAGAGGATG;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=50;WE=46078862;WS=46078844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr1	46078884	rs2230659	C	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=859;ReadPosRankSum=0.360;SC=ATGATAAGACCGAAGAAATGC;SOR=0.682;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=52;WE=46078892;WS=46078874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,54:0.59:91
chr1	46080530	rs2991985	T	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=481;ReadPosRankSum=-2.079;SC=TTAAAAGTCATTTTGACTTTC;SOR=0.481;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=24;WE=46080538;WS=46080520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr1	46080947	rs1972410	A	C	4834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=94;PP=2950;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TTCTTTTTTGAGCCATTACTA;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=318;TCF=178;TCR=140;TR=211;WE=46080955;WS=46080937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,217:0.66:327
chr1	46081940	rs2356581	T	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=12;PP=1206;SC=GGTGATGGGTTCCTGTTACAA;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=59;WE=46081948;WS=46081930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	46081960	rs2253862	C	T	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.986;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1103;ReadPosRankSum=0.280;SC=AGGCTGTGGGCGGCCTGGGTT;SOR=0.478;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=71;WE=46081968;WS=46081950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,76:0.72:105
chr1	46082431	rs2991988	C	A	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=91;PP=2296;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CATTTTTAATCCCTTTCCTAT;SOR=0.952;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=218;TCF=83;TCR=135;TR=143;WE=46082439;WS=46082421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,145:0.66:220
chr1	46083363	.	C	G	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=845;ReadPosRankSum=-1.246;SC=CTTGAGCCTGCTAACGATTGT;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=52;WE=46083371;WS=46083353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,56:0.65:86
chr1	46085852	rs2275085	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=349;ReadPosRankSum=0.687;SC=TGCTTCTAGACCCAATGTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=19;WE=46085860;WS=46085844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr1	46085879	rs2275086	C	G	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=728;ReadPosRankSum=-1.573;SC=GAGTAGTAAACCTGTAGGTCT;SOR=0.952;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=35;WE=46085887;WS=46085869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr1	46086077	rs3014246	C	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1486;ReadPosRankSum=-1.758;SC=GGTGAGGAAGCTGGCTTCCAG;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=49;TCR=80;TR=83;WE=46086085;WS=46086067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,85:0.64:133
chr1	46086913	rs3014245	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=392;ReadPosRankSum=-1.173;SC=TAAGCCTCAACTGTGGCAGAG;SOR=0.673;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=18;WE=46086921;WS=46086903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr1	46087577	rs3014242	G	A	8127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=1.779;SC=TGGTGGCAGCGGTGGTGCCAC;SOR=0.512;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=475;TCF=217;TCR=258;TR=342;WE=46087585;WS=46087567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,355:0.72:495
chr1	46087879	rs3014241	A	G	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=57;PP=2783;ReadPosRankSum=-0.781;SC=GGGAGAGATAAGTGGGATGGG;SOR=0.504;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=231;TCF=149;TCR=82;TR=153;WE=46087887;WS=46087869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,157:0.66:237
chr1	46089225	rs3014240	C	G	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=68;PP=2894;ReadPosRankSum=-2.133;SC=GTAGGTAGCTCTACCTCCTCT;SOR=0.584;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=231;TCF=139;TCR=92;TR=162;WE=46089233;WS=46089215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,172:0.71:242
chr1	46094027	rs1250	A	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=692;ReadPosRankSum=0.927;SC=GGGAGAACAGACTGGAACTGC;SOR=0.516;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=181;TCF=75;TCR=106;TR=55;WE=46094035;WS=46094017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,60:0.31:192
chr1	46095272	rs1135812	T	C	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=36;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TGTGGAACTCTTTGAGCTCAT;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=301;TCF=185;TCR=116;TR=96;WE=46095280;WS=46095262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,104:0.32:321
chr1	46096402	rs10708598	AT	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	46124663	rs6671802	A	G	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=780;ReadPosRankSum=-1.468;SC=AAACCCTCTCATATTTGAGAA;SOR=0.962;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=213;TCF=145;TCR=68;TR=71;WE=46124671;WS=46124653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,81:0.34:237
chr1	46160260	rs6658700	C	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=701;ReadPosRankSum=-0.743;SC=AAACTTATTTCACATGGTATA;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=208;TCF=85;TCR=123;TR=66;WE=46160268;WS=46160250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,69:0.31:220
chr1	46165875	rs5773892	G	GA	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=210;ReadPosRankSum=0.439;SC=GGTTAAGAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.606;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=16;WE=46165883;WS=46165865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	46166861	rs4564187	G	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=2.428;SC=TACTATCTGGGCTTTTACACA;SOR=0.548;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=32;WE=46166869;WS=46166851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr1	46182585	.	C	T	3877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=52;PP=2181;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TCACAGCACCCAAAGTAGTAG;SOR=0.927;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=237;TCF=153;TCR=84;TR=159;WE=46182593;WS=46182575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,171:0.67:257
chr1	46195211	rs139068713	TAAC	T	1357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=6.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=3.549;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,43:0.29:148
chr1	46195375	rs28375469	T	C	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,118:0.26:450
chr1	46206540	rs28507722	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=-1.791;SC=TGGATAATTAATCAACTAATT;SOR=0.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=15;WE=46206548;WS=46206530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	46347875	rs56242896	A	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.88;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	46347878	rs201525530	AT	A	949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.49;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	46347889	rs115467181	T	G	1544.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=744;ReadPosRankSum=2.178;SC=TAAATAAAATTTAAGAGGCAA;SOR=2.899;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=33;WE=46347897;WS=46347865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr1	46347910	rs6665193	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=7;PP=766;ReadPosRankSum=3.723;SC=AGAAAAAGTTGTTATTTAGAA;SOR=1.342;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=45;WE=46347918;WS=46347900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr1	46379518	rs4256763	A	G	3309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=85;PP=2309;ReadPosRankSum=0.217;SC=AAACGGAGGCAAGAGAGACTG;SOR=0.896;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=195;TCF=74;TCR=121;TR=133;WE=46379526;WS=46379508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,140:0.68:205
chr1	46424964	rs4460582	G	A	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=32;PP=2443;SC=GCGGCCCGTGGAATGGTGTCC;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=86;TCR=32;TR=118;WE=46424972;WS=46424954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	46466721	rs11589562	T	C	6106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,288:0.64:449
chr1	46468652	rs41313270	C	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=871;ReadPosRankSum=1.766;SC=ACTTTTTCTCCAAAGTCAAAC;SOR=1.140;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=38;WE=46468660;WS=46468642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr1	46476587	rs11211247	T	G	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.283;SC=AACTTCAAGATAATTTGGAGA;SOR=0.472;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=82;WE=46476595;WS=46476577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,90:0.72:125
chr1	46485548	rs946529	G	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.541;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=258;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CAAATGTATGGTCCTGAGGGG;SOR=0.056;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=16;WE=46485570;WS=46485538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr1	46485562	rs946528	C	T	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=513;SC=TGAGGGGATGCGGCAGGGAGA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=46485570;WS=46485538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	46487552	rs2275426	G	A	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=1.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,158:0.62:253
chr1	46487560	rs946524	A	G	10620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.13;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	46491635	rs785478	C	T	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=38;PP=1062;SC=AGTTCTCTAGCCCCCCGACCA;SOR=3.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=44;WE=46491643;WS=46491625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	46493460	rs1707336	T	G	3625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=81;PP=2306;ReadPosRankSum=0.595;SC=TGTCCAAAATTGGCCTCATGA;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=265;TCF=139;TCR=126;TR=166;WE=46493468;WS=46493450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,170:0.63:271
chr1	46495024	rs3795318	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=436;ReadPosRankSum=0.202;SC=GCTTTCAGGGGCTCCAGGCTG;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=88;TCR=38;TR=37;WE=46495032;WS=46495014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,39:0.30:130
chr1	46495434	rs2236560	G	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=479;SC=CTGGCTTCTTGCTAGATTTGC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=46495442;WS=46495424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	46496709	rs925524	A	G	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=86;NR=56;PP=2204;SC=TGTCTGAGTCATCCCACACAG;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=142;WE=46496717;WS=46496699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	46498375	rs1622208	A	G	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=75;PP=2732;SC=CGGAGGTGGTAGAGCTGATCC;SOR=1.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=129;WE=46498383;WS=46498365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	46500613	rs17855317	T	C	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=63;PP=1757;ReadPosRankSum=0.761;SC=AGCTAGCCACTTCTCGCAAGC;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=428;TCF=231;TCR=197;TR=135;WE=46500621;WS=46500603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,143:0.32:447
chr1	46511487	rs2297883	G	C	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=2;PP=1296;SC=ATGGGTCCTCGTTACTGTACA;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=48;WE=46511495;WS=46511477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	46521517	rs785468	G	A	5466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=82;PP=2965;SC=CAGGTTTGATGCTATTCATTT;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=106;TCR=82;TR=188;WE=46521525;WS=46521507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	46521559	rs785467	A	T	5928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=99;PP=2965;SC=CCAAAGCTTGATTCTTCAAAT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=101;TCR=99;TR=200;WE=46521567;WS=46521549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	46546208	rs1768803	T	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=2;PP=841;ReadPosRankSum=0.185;SC=GCTGGGATTATAGGCATGAGC;SOR=0.257;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=59;TCR=2;TR=39;WE=46546216;WS=46546198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr1	46598269	rs1707304	C	A	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=4.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,133:0.77:173
chr1	46598273	rs1707303	A	C	7195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.11;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	46641741	rs11211261	A	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.389;NF=19;NR=3;PP=445;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TAGAGATGGGATTTCACCGTG;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=22;WE=46641749;WS=46641738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr1	46641827	rs12030928	A	G	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-0.126;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.093;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,44:0.35:127
chr1	46641837	rs12752892	G	A	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-0.714;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,51:0.35:145
chr1	46655100	rs113174528	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,38:0.31:123
chr1	46655158	rs6659553	T	C	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=89;NR=70;PP=2870;SC=ACCCCCACCATCAGGAAGTGG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=159;WE=46655166;WS=46655148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	46655495	rs78405727	G	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=177;ReadPosRankSum=0.729;SC=AGGGGGAGGGGTTCTCCAGGG;SOR=0.330;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=17;WE=46655503;WS=46655485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr1	46658328	rs2292484	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr1	46658343	rs2292485	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
chr1	46659104	rs7527668	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,26:0.21:121
chr1	46659363	rs7527935	T	C	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TCAACTCAGGTTCCCCTGTGT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=105;TCR=90;TR=70;WE=46659371;WS=46659353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,77:0.36:211
chr1	46659636	rs115804669	C	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=396;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CCTTATTCCCCCTTCAAACTG;SOR=0.612;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=35;WE=46659644;WS=46659626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,37:0.27:135
chr1	46660295	rs2292487	T	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=71;PP=1548;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GGGCAGGTGATTTAGAATGTT;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=407;TCF=179;TCR=228;TR=129;WE=46660303;WS=46660285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,135:0.31:435
chr1	46661776	rs76693406	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=305;ReadPosRankSum=2.114;SC=ACAAAGTCCAGCTTTTCACTC;SOR=0.425;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=21;WE=46661784;WS=46661766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr1	46662609	rs41309197	A	C	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.887;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,159:0.32:504
chr1	46715874	rs5773906	C	CA	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=1.001;SC=TACACTCCCTCAGTGCTTTCT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=46715882;WS=46715864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	46740500	rs75959881	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=-1.566;SC=GCAGTAGCCAAGCTATGGGCC;SOR=0.976;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=10;WE=46740508;WS=46740490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	46782192	rs17102133	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=-0.629;SC=AAAGCTGCCAATTGATTACCT;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=22;WE=46782200;WS=46782182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,26:0.29:90
chr1	46810530	rs3737744	A	G	6539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.213;SC=TTTTGACATGACTTACAGTGT;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=119;TCR=107;TR=224;WE=46810538;WS=46810520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr1	46827214	rs324414	A	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=540;SC=GCTCACTAGTAACTGCTTCTG;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=46827222;WS=46827204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	46871986	rs324419	T	C	9185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=143;PP=2965;SC=CCCTGCTGTGTGAGGACATGT;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=191;TCR=143;TR=334;WE=46871994;WS=46871976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr1	46972605	rs12127101	T	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=674;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GGACTGGGGGTGGGTCTCCCT;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=93;TCR=28;TR=47;WE=46972613;WS=46972595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr1	46976530	rs12045200	C	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=7.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=2.361;SOR=0.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,21:0.22:95
chr1	46976717	rs12045245	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,67:0.22:311
chr1	46976837	rs1886116	C	T	5907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.117;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.177;SC=AGTCAGCCCCCGAGGATCAGC;SOR=0.905;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=368;TCF=178;TCR=190;TR=253;WE=46976845;WS=46976827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,263:0.69:383
chr1	46977812	rs61751016	T	C	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=68;PP=1700;ReadPosRankSum=-1.272;SC=GCCTCTTCCGTCTGCAGGAGC;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=188;TCR=214;TR=129;WE=46977820;WS=46977802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,135:0.32:423
chr1	47013180	rs10890404	A	G	4286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.363;SC=GCGTCCGGCGACACCTTGCTC;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=150;TCR=132;TR=183;WE=47013188;WS=47013170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,192:0.64:299
chr1	47013364	rs1258041	T	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=35;PP=1009;SC=GCAGGCAGGATGGGAGGGCAG;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=47013372;WS=47013354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	47014821	.	A	AAAAAG,AAAAAAG	2447.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=63.18;QD=53.21;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,32,14:0.70,0.30:46
chr1	47015638	rs61734408	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,34:0.27:128
chr1	47037894	.	G	GT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,19:0.17:115
chr1	47059934	rs1258021	T	C	7436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=152;PP=2965;SC=AGTTCTCCATTGGCCTCTGAC;SOR=0.937;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=127;TCR=154;TR=279;WE=47059942;WS=47059924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr1	47099346	rs723333	C	A	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=15;PP=1343;SC=ACACATTTATCCATGGACACA;SOR=2.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=70;WE=47099354;WS=47099336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	47108828	rs736188	T	C	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=18;PP=1409;SC=TTCAGTGCCATGAGGTAAATC;SOR=1.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=70;WE=47108836;WS=47108818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	47109089	rs1745377	A	G	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TTGGGTGGCTAGTGAGTTGGA;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=64;WE=47109097;WS=47109079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,67:0.71:94
chr1	47110668	rs1258054	G	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=61.53;MQRankSum=-1.068;NF=4;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=1.981;SC=ATTGAGGAGGGCCTAGAAAAC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=47110676;WS=47110658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	47110712	rs1258053	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.67;MQRankSum=-1.348;NF=7;NR=4;PP=195;ReadPosRankSum=-1.305;SC=AATTCATCTGCGCCACAATAA;SOR=0.069;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=47110720;WS=47110702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	47110766	rs3215990	G	GC	1411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=8;PP=1285;SC=TTGAGCCTCAGCAAGGGTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=47110774;WS=47110756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	47118067	rs620913	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=5.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=315;ReadPosRankSum=1.027;SC=TACAATCAACGTGTGAGCATC;SOR=0.272;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=48;TCR=0;TR=18;WE=47118075;WS=47118057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr1	47118096	rs2289446	C	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=400;ReadPosRankSum=0.023;SC=GTAAACAGAGCACTATAACTT;SOR=0.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=73;TCR=9;TR=27;WE=47118104;WS=47118086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr1	47118168	rs2289447	C	T	3333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=38;PP=984;ReadPosRankSum=-0.798;SC=ACATGTGAGACAGTATGGAAT;SOR=0.519;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=326;TCF=202;TCR=124;TR=95;WE=47118176;WS=47118158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,102:0.29:352
chr1	47118189	rs620431	G	T	3571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=1.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,117:0.28:422
chr1	47124204	rs34308534	C	CA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=0.249;SC=GTCAAGGACACAAAGTTCATA;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=6;WE=47124212;WS=47124194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr1	47124479	rs611468	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=352;ReadPosRankSum=0.192;SC=AGCTAGGTGAAGTACCCAATC;SOR=0.669;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=24;WE=47124487;WS=47124469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr1	47130873	rs594118	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=-1.415;NF=7;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GGGTGAGGGTAAGGAGGGTGA;SOR=0.307;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=13;WE=47130881;WS=47130863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	47133811	rs11211337	T	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	47138444	rs616249	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=401;SC=GTGGATGGAGCGATTGATGCA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=47138452;WS=47138434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	47138790	.	G	A	11701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.067;ClippingRankSum=0.000;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=266;PP=2962;ReadPosRankSum=0.198;SC=GACTGAGACTGAGGTCCAGAA;SOR=0.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=715;TCF=348;TCR=367;TR=501;WE=47138798;WS=47138780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,510:0.70:725
chr1	47138819	rs614486	T	G	3934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=100;PP=2755;ReadPosRankSum=-1.469;SC=TTCTGTGGGATTTGGACATCC;SOR=0.559;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=641;TCF=308;TCR=333;TR=204;WE=47138827;WS=47138809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:442,208:0.32:650
chr1	47139103	rs1025806	C	T	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,85:0.25:335
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chr1	47182206	rs3737731	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=311;ReadPosRankSum=-1.399;SC=ATGCAATTATCTCCTTTAAAT;SOR=0.275;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=17;WE=47182214;WS=47182196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr1	47351034	rs5003006	T	A	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.70;QD=26.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	47351052	rs5003005	A	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.28;QD=30.31;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	47395973	rs1126743	G	A	5818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=130;PP=2965;SC=ATTGTTTCCCGATGCAGTTCC;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=73;TCR=130;TR=203;WE=47395981;WS=47395963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	47398743	rs3890011	G	C	6776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=115;PP=2965;SC=TGGAAACAGAGAGAAGACCAA;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=111;TCR=116;TR=226;WE=47398757;WS=47398733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	47400059	rs71500102	A	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.09;QD=32.36;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	47401424	rs2269231	A	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=563;SC=TTCCTGTAGCATGCAGATATC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=47401432;WS=47401414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	47402487	.	TTGTGTG	T,TTG	6768.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.250;NF=15,15;NR=90,90;PP=831,2997;ReadPosRankSum=1.044;SC=GAATGTGTGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.135;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=141;TCF=17;TCR=124;TR=105,105;WE=47402500;WS=47402477;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.20,0.79:167
chr1	47571943	rs10534549	CT	C	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=12.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=1.685;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,43:0.38:112
chr1	47611598	rs2405599	T	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=-13.231;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,71:0.28:255
chr1	47652870	rs10549554	CCTTGAG	CAG,C	1956.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=2921;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GTTTCCCTTCCCTTGAGCCTC;SOR=1.406;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=26;WE=47652887;WS=47652860;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.75:64
chr1	47652875	rs10549555	AGC	A	2029.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.23;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr1	47652877	.	CCT	ACA	2893	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=27;NR=3;PP=2893;QD=20;SC=TTCCCTTGAGCCTCAGGGGGA;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=30;WE=47652887;WS=47652860;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,30:0.55:55
chr1	47652879	rs60327556	T	A	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.47;ReadPosRankSum=-2.069;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,52:0.78:67
chr1	47655816	rs2248907	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=0.399;SC=GAGCTGCCAGACCTGGCCTCC;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=18;WE=47655824;WS=47655806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr1	47685455	rs927462	T	C	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=80;PP=2640;SC=GGGCCGTGTGTTTGGGCGCGG;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=140;WE=47685463;WS=47685445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	47689842	rs34087210	C	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=234;ReadPosRankSum=-1.570;SC=CTTAGGGATCCTCCCCACATG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=17;WE=47689850;WS=47689832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	47691568	rs145295250	GCAGA	G	5889.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.540;NF=8;NR=65;PP=2977;ReadPosRankSum=1.195;SC=CATCCTGTGGGCAGACAGACA;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=14;TCR=114;TR=73;WE=47691579;WS=47691558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,149:0.68:218
chr1	47717189	rs2758735	A	G	10742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=195;PP=2965;SC=CAAGCTGTTCAGGTATGGACC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=385;TCF=190;TCR=195;TR=385;WE=47717197;WS=47717179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr1	47735280	rs2742104	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=682;SC=GAAAGTAGGATGAAAGACTAA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=47735288;WS=47735270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	47753405	rs12125261	G	A	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=26;PP=692;SC=TAGATGAAAAGTAGCTCTGAA;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=47753413;WS=47753395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	47770786	rs6692734	T	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=608;SC=TTTGTAATTTTCAAAGAGTTT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=47770794;WS=47770776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	47841038	rs3214951	G	GA	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=579;SC=GGGTAAGCAGGAAAAAAAGAA;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=20;WE=47841046;WS=47841028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	47841109	rs2253511	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=TGGCTCATGCTTGTAATCCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=47841117;WS=47841099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	47842431	rs3125648	G	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=25;PP=1004;SC=TAAACCTGAAGGCATCCTTGA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=47842439;WS=47842421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	47883019	rs6666370	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.78;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	47883024	rs2820969	A	G	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	47904668	rs3046924	T	TCCGCAC	4042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.736;NF=17;NR=56;PP=2397;ReadPosRankSum=2.174;SC=CGGCCCCGCATCCGCACCCGC;SOR=0.886;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=27;TCR=81;TR=73;WE=47904687;WS=47904658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,145:0.97:149
chr1	47904909	rs2405913	G	C	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=27;PP=1641;SC=AGCCTTCTACGCGGCGTCCCT;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=47904917;WS=47904899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr1	48697733	rs212991	T	G	7522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=140;PP=2965;SC=CTTTCCACATTCTTCGGGACC;SOR=1.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=112;TCR=140;TR=252;WE=48697741;WS=48697723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	48697928	rs1004833	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr1	48707838	rs705430	A	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=51;PP=1414;ReadPosRankSum=0.812;SC=GTCCAGCCTCATTTGCCTCAG;SOR=3.021;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=56;WE=48707846;WS=48707828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr1	48825355	rs1338314	G	A	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=607;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GCTGAATGCCGGGGCTTACTA;SOR=0.527;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=49;WE=48825363;WS=48825345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,56:0.34:164
chr1	48869409	rs41296157	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=-0.454;SC=ATAACGCTTGCCAAAAGGCCA;SOR=1.457;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=9;WE=48869417;WS=48869399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	48902977	rs2261674	G	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=50;PP=1468;SC=GTACAAATACGAGAATTATAC;SOR=3.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=58;WE=48902985;WS=48902967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	49113247	rs17373849	G	A	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=987;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TTACTTATACGTGGCTCTATG;SOR=0.464;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=67;WE=49113255;WS=49113237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,72:0.71:102
chr1	49113319	rs319953	T	C	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1263;ReadPosRankSum=-1.340;SC=TTCATATTGTTGTACGGAGAT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=79;TCR=75;TR=102;WE=49113327;WS=49113309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,109:0.67:162
chr1	49193394	rs1385152	G	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=186;ReadPosRankSum=-1.013;SC=GCCATCTGTCGTCTTTGGAGT;SOR=0.204;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=49193402;WS=49193384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	49224584	rs1128934	G	T	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=51;PP=2394;SC=CTGCCAAGCCGCAGGAGCAGC;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=126;WE=49224592;WS=49224574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	49332724	rs6703833	A	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,58:0.32:183
chr1	49332969	rs61785986	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=-0.251;SC=TTAGCAGGTCAGGGCGGACAA;SOR=0.671;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=9;WE=49332977;WS=49332959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr1	49711281	rs7528510	C	T	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=192;SC=TAAGTCTGATCCCCAGCTGTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=49711289;WS=49711271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	50331725	rs10788920	T	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=41;PP=1271;SC=GGAGACAAGATTAGAGAAAGA;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=50331733;WS=50331715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	50575675	rs148666401	CTG	C	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=2.253;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr1	50661411	rs2480683	C	T	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=129;NR=133;PP=2965;SC=ACCAGTCCCCCAACCGGCGCT;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=129;TCR=134;TR=262;WE=50661419;WS=50661401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr1	50666515	rs2494876	C	T	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.685;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=52;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TTCTGCTTGTCCCCCCAGGTT;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=118;TCR=53;TR=169;WE=50666523;WS=50666504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr1	50884773	rs4027495	CCGGCGG	C	451.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=2.269;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr1	50884778	rs2746610	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.978;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr1	50884784	rs368034286	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr1	50941101	rs61781012	T	C	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=20;PP=1230;ReadPosRankSum=-0.352;SC=ATCTCCCACCTGGATATACTT;SOR=0.448;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=89;TCR=32;TR=78;WE=50941109;WS=50941091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,95:0.68:139
chr1	50956131	rs12098011	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr1	50956192	.	T	A	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.917;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.021;NF=78;NR=14;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GGAAGGAAGGTAGGTTAACAG;SOR=0.549;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=135;TCF=116;TCR=19;TR=92;WE=50956200;WS=50956182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,106:0.74:143
chr1	50956212	rs149582773	C	CAAATACAGTGG	10929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=27;PP=2900;SC=GCTTCAGTATCAAATACAACC;SOR=2.410;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=87;WE=50956220;WS=50956202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	50957509	rs1149790	A	T	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=79;PP=2075;SC=TTTGACATATAACTTTTTTTT;SOR=2.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=23;TCR=79;TR=102;WE=50957517;WS=50957499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	51323764	rs140713080	A	AT	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=123;ReadPosRankSum=-0.882;SC=TGTAATTTAAATTCAAATAGG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=51323772;WS=51323754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	51425564	.	ACCG	A	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=713;ReadPosRankSum=0.717;SC=CGTCGCCGCCACCGCCGCCGC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=17;WE=51425574;WS=51425554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr1	51439777	rs1043141	C	T	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CCAAAGAAGGCCACCTCCGGG;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=133;TCR=131;TR=85;WE=51439785;WS=51439767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,85:0.30:282
chr1	51753812	rs635590	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=153;ReadPosRankSum=1.697;SC=CTTCCAGCCCGGAACTGCTGC;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=15;WE=51753820;WS=51753802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
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chr1	51808623	rs35273278	C	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=464;ReadPosRankSum=0.808;SC=CCTGGACCACCACGCCAGCCT;SOR=1.102;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=33;WE=51808631;WS=51808613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr1	51810587	rs79266992	C	T	6555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=2.709;SC=GCTGTTTCCCCGACGTCGGCT;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=441;TCF=221;TCR=220;TR=290;WE=51810595;WS=51810577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,302:0.65:463
chr1	51826921	rs17567	T	C	5481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.987;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.958;SC=GATCACAAAATATTTCAGGAT;SOR=0.929;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=309;TCF=143;TCR=166;TR=222;WE=51826929;WS=51826911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,236:0.71:334
chr1	51831744	.	AT	A	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.078;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,19:0.17:111
chr1	51869248	rs12756284	C	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=837;ReadPosRankSum=0.804;SC=TACTTTTTGACATGGCAGAGA;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=46;WE=51869256;WS=51869238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr1	51871438	rs10529789	G	GACTC	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=641;ReadPosRankSum=1.859;SC=TTTGGATTAGGACTCTCTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=13;WE=51871446;WS=51871428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr1	51873951	rs1065754	G	A	6960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=159;PP=2965;SC=ATTCTTCTTCGTAAGTGGAGA;SOR=1.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=79;TCR=159;TR=238;WE=51873959;WS=51873941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	51873967	rs41292521	G	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=794;ReadPosRankSum=1.098;SC=GGAGATCTGCGATTCCTGACT;SOR=0.594;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=169;TCF=48;TCR=121;TR=59;WE=51873975;WS=51873957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,63:0.35:179
chr1	51905949	.	CTGTGTG	C	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-1.278;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	51924226	rs6672300	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	51929504	rs5774101	TA	T	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.126;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=877;ReadPosRankSum=-1.103;SC=AGTTAAATAATAAGAGAAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=23;WE=51929512;WS=51929494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr1	51956019	rs59040444	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GGGCAAATCACGAGGTCAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=22;WE=51956027;WS=51956009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr1	52179818	rs56708609	GT	G	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=0.567;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr1	52205789	.	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=339;ReadPosRankSum=-0.867;SC=ACTTTCTATTCTCTCTTTTCC;SOR=1.025;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=27;WE=52205797;WS=52205779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr1	52211190	rs59914789	C	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=614;ReadPosRankSum=-0.042;SC=AGATTTATTGCAAATTCTCTT;SOR=0.488;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=45;WE=52211198;WS=52211180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr1	52215444	rs112311838	C	CAG	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.071;NF=0;NR=13;PP=533;ReadPosRankSum=0.276;SC=GAGGCTGAGACGGGGATCGCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=13;WE=52215452;WS=52215434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr1	52218109	rs57978189	C	T	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.998;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1286;ReadPosRankSum=0.089;SC=TTCGTGGCCTCGTATCACTAG;SOR=0.381;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=96;WE=52218117;WS=52218099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,108:0.66:164
chr1	52218226	rs59146623	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=-0.048;SC=ATTAGTCTGCATGGGCTGCCA;SOR=3.160;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=19;WE=52218234;WS=52218216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	52238187	rs72900021	C	T	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=19;PP=1294;ReadPosRankSum=2.073;SC=GACTCCATCTCAAACAAACAA;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=83;TCR=27;TR=77;WE=52238195;WS=52238177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,81:0.70:116
chr1	52248017	rs6678977	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	52249762	rs58267586	A	G	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=94;PP=2566;ReadPosRankSum=1.148;SC=TGGCTAGACTAGATGTCATTG;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=72;TCR=134;TR=143;WE=52249770;WS=52249752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,152:0.70:216
chr1	52264064	rs1770791	A	G	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.872;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=73;PP=1899;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GCATATTCCAAGATTAAAAGC;SOR=0.953;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=217;TCF=97;TCR=120;TR=130;WE=52264072;WS=52264054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,143:0.63:228
chr1	52266350	rs2273198	C	T	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.386;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TGAGCTGAAACAGTAGCTAAA;SOR=1.493;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=61;WE=52266358;WS=52266340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,62:0.66:94
chr1	52279650	rs2982846	T	G	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1305;ReadPosRankSum=-1.852;SC=GAACAATGTCTACACCAGCTT;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=91;WE=52279658;WS=52279640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,105:0.62:168
chr1	52289220	rs67976949	TGTATTAAGGTCAA	T	883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.206;NF=6;NR=4;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TCCTTTACTTTGTATTAAGGT;SOR=0.737;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=10;WE=52289240;WS=52289210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	52293570	rs2077725	G	A	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=105;PP=2468;ReadPosRankSum=0.227;SC=TGGCATTTCCGTTTTTGTTCA;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=61;TCR=144;TR=150;WE=52293578;WS=52293560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,153:0.72:212
chr1	52293638	rs706495	G	A	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=43;PP=1152;SC=TGGAGATTTAGTTCACAATCC;SOR=6.479;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=44;WE=52293646;WS=52293628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	52303005	rs12944	G	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=1.131;SC=GTCAGAAAATGAGTGTGTTTT;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=9;WE=52303013;WS=52302995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	52306063	rs35723519	ATCT	A	2712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.931;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.717;NF=17;NR=26;PP=1680;ReadPosRankSum=1.152;SC=CTTCATCATCATCTTCTTCTT;SOR=0.400;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=43;WE=52306073;WS=52306053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,74:0.72:103
chr1	52399021	rs2230325	A	G	3868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=64;PP=2447;ReadPosRankSum=0.518;SC=GGCCCTTCTCAGTGGGAACAA;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=247;TCF=148;TCR=99;TR=162;WE=52399029;WS=52399011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,176:0.66:266
chr1	52402856	rs10888741	T	G	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=4;PP=748;SC=CTGAGGCCAGTAACCATGTCT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=52402864;WS=52402846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	52402956	rs10888742	G	A	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=69;PP=2965;SC=AATGAATATGGGTCTCATACC;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=130;TCR=69;TR=199;WE=52402964;WS=52402946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	52403174	.	AT	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.722;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr1	52489322	rs2783178	G	A	7698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=160;PP=2965;SC=CTGGTACATCGGGCCCTCTGG;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=95;TCR=160;TR=254;WE=52489330;WS=52489312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	52490418	rs4926906	C	T	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=33;PP=930;SC=TGTCCTACCCCTTGTTAAGTC;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=33;WE=52490426;WS=52490408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	52517412	rs7529324	A	G	7786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=103;PP=2965;SC=TTCTTAATGAAAACAGTAGAG;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=157;TCR=103;TR=260;WE=52517420;WS=52517402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	52729425	rs58847260	TC	T	5131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=63;PP=2997;ReadPosRankSum=2.600;SC=TGTGTGTTCTTCCCCCCCCCC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=35;TCR=99;TR=85;WE=52729448;WS=52729415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,135:0.95:142
chr1	52729435	rs377487057	C	G	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=67;PP=2462;ReadPosRankSum=3.774;SC=TCCCCCCCCCCCCCCCACAGG;SOR=0.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=95;TCR=100;TR=131;WE=52729448;WS=52729415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,148:0.94:157
chr1	52820226	rs2820334	G	A	9619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=0.893;SC=CATTCAGTGCGTATTGGCTCT;SOR=0.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=183;TCR=148;TR=330;WE=52820234;WS=52820216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,343:1.00:344
chr1	52820460	rs41312652	C	T	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1249;ReadPosRankSum=1.892;SC=CAGTGACAAACGCTCTTCCCT;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=357;TCF=173;TCR=184;TR=105;WE=52820468;WS=52820450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,111:0.30:369
chr1	52851729	rs78572338	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=23;SC=GAGAGGTGGTGAATTCCTCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=52851737;WS=52851719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	52878300	rs4319263	T	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=528;ReadPosRankSum=1.086;SC=TGAGAAGGTCTGGCACCTGAG;SOR=0.562;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=42;WE=52878308;WS=52878290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr1	52882406	rs6677047	A	G	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=660;ReadPosRankSum=0.348;SC=CTGTGGATATAAGGATATCTG;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=114;TCR=103;TR=62;WE=52882414;WS=52882396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,64:0.29:218
chr1	53072454	rs1970951	T	C	4940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CCCACCACTTTAACGTGCTCG;SOR=0.858;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=300;TCF=163;TCR=137;TR=198;WE=53072462;WS=53072431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,208:0.67:312
chr1	53153432	rs443751	T	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=26;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CTGCTGTTCTTTGTGTAGCTG;SOR=0.770;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=209;TCF=134;TCR=75;TR=79;WE=53153440;WS=53153422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,86:0.39:219
chr1	53153876	rs74997019	G	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.710;NF=7;NR=21;PP=494;ReadPosRankSum=2.230;SC=ATAAACCCAAGCCAGGGCACA;SOR=0.818;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=28;WE=53153884;WS=53153866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr1	53192187	rs269298	C	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	53237526	rs1571979	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=411;ReadPosRankSum=0.456;SC=ATGAATGTCTGTAATATATGG;SOR=0.540;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=22;WE=53237534;WS=53237516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr1	53245472	rs9661082	A	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=866;ReadPosRankSum=-1.157;SC=ACACATGATAATTAGATAGAG;SOR=0.865;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=173;TCF=115;TCR=58;TR=61;WE=53245480;WS=53245462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,61:0.34:178
chr1	53250650	rs6588443	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,40:0.26:154
chr1	53271225	rs487453	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=-0.387;SC=ATTTGTGGGTTGGGTGCAGTG;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=19;WE=53271233;WS=53271215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
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chr1	53320274	rs480299	G	T	3765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=88;PP=2430;ReadPosRankSum=-1.460;SC=AAGTAGCCGAGCGATTTCTCA;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=241;TCF=111;TCR=130;TR=160;WE=53320282;WS=53320264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,166:0.65:257
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chr1	53364976	rs576891	A	G	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=62;PP=1636;ReadPosRankSum=1.848;SC=GCTTTGTTTTAAAGGAGGGAG;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=36;TCR=87;TR=88;WE=53364984;WS=53364966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,90:0.72:125
chr1	53387379	rs7552139	G	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=434;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GTGCTTCTCCGGCCCTGCACC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=27;WE=53387387;WS=53387369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr1	53527962	.	C	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr1	53535478	rs1288386	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=481;ReadPosRankSum=0.227;SC=CACAGGTTCCGTCAGCCCTGG;SOR=0.629;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=42;WE=53535486;WS=53535468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr1	53537266	rs1769316	G	A	3429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=112;PP=2204;ReadPosRankSum=-1.265;SC=GGCTGGAGACGCTGAACCTGC;SOR=0.815;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=659;TCF=293;TCR=366;TR=197;WE=53537274;WS=53537256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:470,203:0.30:673
chr1	53537396	rs34107528	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=38;PP=951;ReadPosRankSum=0.088;SC=TTGGCCCTGCGGATCTTGGGG;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=40;WE=53537404;WS=53537386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr1	53543112	rs946590	C	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=49;PP=1503;SC=GCCCACATGGCCACAGGTGCT;SOR=3.187;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=59;WE=53543120;WS=53543102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	53543312	rs12745973	C	T	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=36;PP=2255;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TGACCTTGCCCTCGGCCCTCC;SOR=0.541;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=186;TCF=133;TCR=53;TR=123;WE=53543320;WS=53543302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,133:0.69:194
chr1	53544439	rs1288388	G	A	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=125;PP=2400;ReadPosRankSum=-1.827;SC=TCACCAGCCCGCAGGTGCACC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=684;TCF=284;TCR=400;TR=211;WE=53544447;WS=53544429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:493,214:0.30:707
chr1	53544578	rs11206088	T	C	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1414;ReadPosRankSum=-2.358;SC=GCTGGCTGCCTTGGCACGAGG;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=90;WE=53544586;WS=53544568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,101:0.67:150
chr1	53544597	rs1288389	T	C	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=61;PP=1671;SC=GGGGCGCTGGTGGGCATGGCT;SOR=1.297;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=106;WE=53544605;WS=53544587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	53553702	rs1288400	A	G	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=20;PP=1003;SC=TCTCCAGCTCACTGATCTGGA;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=53553710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	53553754	rs1288401	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr1	53554533	rs35707549	A	AT	3597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=2336;ReadPosRankSum=0.151;SC=CAGCCTCTGGATCTCACTGCT;SOR=0.815;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=56;WE=53554541;WS=53554523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,112:0.63:179
chr1	53555783	rs1288403	A	C	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=62;PP=1918;SC=CACAGTCCTGAAGCCCCATGG;SOR=1.212;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=101;WE=53555791;WS=53555773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	53558270	rs1288406	A	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,68:0.24:278
chr1	53559310	rs11206091	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=-1.553;SC=ATGGCTGGCTTCCCAGCAGCC;SOR=0.285;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=18;WE=53559318;WS=53559300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr1	53568980	rs2242274	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=339;ReadPosRankSum=0.443;SC=CTGGGGGCCCGGCTCCACGGC;SOR=0.542;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=23;WE=53568988;WS=53568970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	53571288	rs1288422	C	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=593;SC=CCACCTCCAGCAGACAGCGTG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=53571296;WS=53571278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	53574123	rs1769289	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=467;SC=CCTTCCTTAACAGAAGTCCTA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=53574131;WS=53574113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	53608133	rs3737990	C	A	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=98;PP=2805;SC=GTGAGCCTGGCCTGCTGGCAA;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=66;TCR=98;TR=164;WE=53608141;WS=53608123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	53662823	rs72673121	C	A	3655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=88;PP=2273;ReadPosRankSum=2.658;SC=TCGGCCCCAACCTGACTGCAG;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=124;TCR=141;TR=168;WE=53662831;WS=53662813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,169:0.63:268
chr1	53676448	rs1799821	G	A	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=45;PP=2670;SC=CTCTACTGCCGTCCACTTTGA;SOR=1.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=133;WE=53676456;WS=53676438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	53679229	rs1799822	A	G	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=647;ReadPosRankSum=1.255;SC=CTTAGAAGACATGTTTGATGC;SOR=1.392;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=37;WE=53679237;WS=53679219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr1	53681699	rs1134688	T	G	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=80;PP=2150;ReadPosRankSum=-0.401;SC=AGGCTGTCCCTGACTCCACAC;SOR=0.630;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=72;TCR=113;TR=130;WE=53681707;WS=53681689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,139:0.69:202
chr1	53683921	rs12140585	C	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=0.602;SC=TCCATACCCTCGCCCCAGCCA;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=38;WE=53683929;WS=53683911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,43:0.33:131
chr1	53684324	rs3736118	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=188;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGAGGAAAATAAAAAAAGGGC;SOR=1.278;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=13;WE=53684332;WS=53684314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr1	53684525	rs436887	C	G	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=67;NR=35;PP=1902;SC=GGGGGTTGGGCGGGGAACAGT;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=102;WE=53684533;WS=53684511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	53686383	rs1679913	C	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=476;SC=TTCTGCGCGCCGCTGCTCGCC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=53686391;WS=53686373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	53694388	rs2275087	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr1	53699037	.	TTTTCC	T	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=154;ReadPosRankSum=0.498;SC=ATTTGTATGATTTTCCTTTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=53699049;WS=53699027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	53699129	rs17192655	G	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=128;ReadPosRankSum=1.369;SC=AGTGAGATAGGCAACAAAAGC;SOR=0.362;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=13;WE=53699137;WS=53699119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr1	53712727	rs5174	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.966;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=589;ReadPosRankSum=0.435;SC=TAATGCCACTCGCTGGGGAGA;SOR=0.418;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=157;TCF=52;TCR=105;TR=51;WE=53712735;WS=53712717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,61:0.36:171
chr1	53716416	rs3737983	G	A	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=59;PP=1191;ReadPosRankSum=0.127;SC=GCTCATCTTCGTCTTCTTCTT;SOR=0.670;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=405;TCF=195;TCR=210;TR=120;WE=53716424;WS=53716406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,131:0.31:424
chr1	53723190	rs869987	G	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=368;ReadPosRankSum=0.179;SC=GTTGCCTAAGGTATTGCCTCT;SOR=0.506;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=26;WE=53723198;WS=53723180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr1	53732315	rs2297660	G	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=271;ReadPosRankSum=1.182;SC=ATGGGCTCTTGCCAGCTGTCA;SOR=0.446;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=16;WE=53732323;WS=53732305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr1	53736613	rs7542607	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr1	53738183	rs7546246	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr1	53738400	rs138032564	T	C	3667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=102;PP=2719;ReadPosRankSum=0.797;SC=CCTCAGACCCTTGGAGGTGGG;SOR=0.840;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=217;TCF=65;TCR=152;TR=143;WE=53738408;WS=53738390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,147:0.66:222
chr1	53742506	rs56300220	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=14.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.261;SOR=2.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr1	53755151	rs12035577	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=577;ReadPosRankSum=-1.403;SC=TTCAACTGGTTACCTCTCCTG;SOR=0.579;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=50;WE=53755159;WS=53755141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,55:0.37:150
chr1	53792651	rs3820198	A	C	3862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=97;PP=2589;ReadPosRankSum=0.804;SC=CCTTTTCGCAATCCTTGGCCG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=78;TCR=135;TR=152;WE=53792659;WS=53792641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,161:0.72:223
chr1	53793510	.	CTG	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,7:0.11:61
chr1	53793511	rs4926972	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=508;ReadPosRankSum=1.729;SC=ATGCTGGAGCTGCAGCAGCAG;SOR=0.421;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=40;WE=53793519;WS=53793498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr1	53793513	.	CA	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,7:0.11:61
chr1	53930360	rs61738842	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;ReadPosRankSum=1.890;SC=TGCCGCCGCCGCCGCCGCCAC;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=25;WE=53930368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr1	53974987	rs10749691	G	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CAGGGGCCGCGTTCACAAAGG;SOR=0.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=87;WE=53974995;WS=53974977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr1	53990321	rs541224	C	T	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=3;PP=927;SC=AACGGACGAACGGATGGACGA;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=39;WE=53990329;WS=53990311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	54331763	rs1883453	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-5.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=329;ReadPosRankSum=0.711;SC=GTGAGCCAACATGCCCAGCCC;SOR=0.646;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=55;TCR=5;TR=25;WE=54331771;WS=54331753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr1	54344282	rs2272928	C	A	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=43;PP=2052;SC=TCTCCTTTACCCGTAAAAGGA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=113;WE=54344290;WS=54344272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	54354658	rs2294508	T	G	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=56;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ATTTGCAGGGTTCTAAAAGAA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=84;WE=54354666;WS=54354648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,88:0.73:120
chr1	54356002	rs6702862	G	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=519;ReadPosRankSum=1.404;SC=TCCCCAAGATGATCATGATCA;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=23;WE=54356010;WS=54355992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr1	54356106	rs6656722	G	A	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=41;PP=2004;ReadPosRankSum=0.290;SC=GAGGCTTAGAGCATGTGCAGG;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=105;TCR=61;TR=110;WE=54356114;WS=54356090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,113:0.67:168
chr1	54356341	rs6682112	C	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.82;ReadPosRankSum=-1.801;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
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chr1	54356361	rs11206237	C	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=1264;ReadPosRankSum=-1.572;SC=GGCCATGGGACCTTGCTGGAG;SOR=0.515;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=17;WE=54356369;WS=54356331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	54370306	rs2294512	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=5.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.142;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,30:0.23:131
chr1	54375570	rs2235544	C	A	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=56;PP=1520;ReadPosRankSum=0.300;SC=GAAATCCTTACAAGTTGGGAA;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=347;TCF=177;TCR=170;TR=115;WE=54375578;WS=54375560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,118:0.33:362
chr1	54389774	rs61674130	TAG	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=-0.850;SC=AATTTAAAAATAGAGGTATAT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=54389783;WS=54389764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	54483694	rs34764952	C	T	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.065;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=22;PP=1262;ReadPosRankSum=0.320;SC=GGACAGCTCTCACCTGGGGAC;SOR=1.186;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=77;WE=54483702;WS=54483684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,82:0.71:116
chr1	54514223	rs41294772	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=-0.936;SC=CTGTAAAATATTAACTGCTTA;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=8;WE=54514231;WS=54514213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	54561916	rs7555099	C	T	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=30;PP=1464;ReadPosRankSum=0.794;SC=TTAATCCTTACGCAATGTAAG;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=107;TCR=46;TR=99;WE=54561924;WS=54561906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,103:0.63:164
chr1	54605318	rs3841798	T	TG	2096.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.754;NF=31;NR=59;PP=1773;ReadPosRankSum=1.285;SC=AGACCATTCATGGGGGGGGCA;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=90;WE=54605327;WS=54605308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,102:0.66:154
chr1	54605319	rs36013100	G	GC	919.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.948;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,51:0.31:163
chr1	54606804	rs3766465	C	T	7794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=105;PP=2965;SC=CCACGGCCTCCGATGTTGAAG;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=155;TCR=105;TR=260;WE=54606812;WS=54606794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	54607051	rs671103	A	G	10868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=222;PP=2965;SC=AGTTGTTGGGATACTCAGGAC;SOR=1.173;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=376;TCF=154;TCR=222;TR=375;WE=54607059;WS=54607041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr1	54607157	rs671539	G	A	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=64;PP=1788;SC=GTGGCTCCCAGTTTCCTCCCT;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=87;WE=54607165;WS=54607147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	54618435	rs7528345	A	T	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=1500;ReadPosRankSum=0.004;SC=CTGGCTTCCCATGTAGAAACT;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=404;TCF=231;TCR=173;TR=121;WE=54618443;WS=54618424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,125:0.29:429
chr1	54636977	rs10493175	T	C	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.796;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=55;PP=1817;ReadPosRankSum=0.584;SC=GGCGGTGGCATACAAAAAGTC;SOR=0.394;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=168;TCF=78;TCR=90;TR=110;WE=54636985;WS=54636967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,114:0.66:173
chr1	54637167	rs625643	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr1	54661150	rs946448	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=550;ReadPosRankSum=0.326;SC=TGCCTCCCACCTTGCCAGATC;SOR=0.960;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=168;TCF=93;TCR=75;TR=50;WE=54661158;WS=54661140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,53:0.28:187
chr1	54681920	rs13571	G	C	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=82;NR=83;PP=2965;SC=GACCTGGACTGTAACGAGGGT;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=165;WE=54681928;WS=54681910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	54686374	rs612711	T	C	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1011;ReadPosRankSum=0.502;SC=GCAGCGGAACTTGAGGGCCTC;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=251;TCF=140;TCR=111;TR=80;WE=54686382;WS=54686364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,89:0.34:260
chr1	54690954	rs3088379	T	C	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=57;PP=1649;ReadPosRankSum=0.516;SC=GAACACAGAATTTGCAGGCCC;SOR=0.660;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=350;TCF=180;TCR=170;TR=121;WE=54690962;WS=54690944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,126:0.35:364
chr1	54694214	rs2297026	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=303;ReadPosRankSum=0.193;SC=GTCTCCCCTCGTCCTGGGCTC;SOR=1.872;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=17;WE=54694222;WS=54694204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr1	55014099	rs299874	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.095;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr1	55066759	.	T	C	114	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=114;QD=29.7542425094;SC=AGTGTGTGTGTGCATACATGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=55066767;WS=55066753;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	55066789	.	CAT	C	507	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=11;NR=2;PP=507;QD=40.6153846154;SC=TGTGTGCATACATGTGTGTGT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=55066798;WS=55066779;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	55066813	.	C	CAT	1086	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=25;MQ=60.35;NF=16;NR=7;PP=1086;QD=47.7826086957;SC=TGTGTGCATACGTGTGTGTGT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=55066821;WS=55066803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	55069986	rs746503	T	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=20;PP=1268;SC=AGGAAGGGGGTGGGGTAGTGG;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=70;WE=55069994;WS=55069976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	55072726	rs1616691	T	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=6;PP=886;SC=GGCACTGCAGTGTGGCAGGGC;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=41;WE=55072734;WS=55072716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	55074840	rs1617287	T	A	6846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=174;PP=2965;SC=CCCCAAGGACTCACATACAGT;SOR=2.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=62;TCR=175;TR=235;WE=55074848;WS=55074830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	55075452	rs1368883	G	A	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=61;PP=2539;SC=TGCGGGCTCCGCTATTTGCAA;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=77;TCR=62;TR=137;WE=55075460;WS=55075442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	55078046	rs1655528	T	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=2;PP=841;SC=GCATGAGCACTGGCAGGGGTT;SOR=4.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=55078054;WS=55078036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	55080612	rs112970628	G	GGTGTGT,GGT	1046.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.859;NF=1,1;NR=27,27;PP=48,915;ReadPosRankSum=1.560;SC=AAGCAGAGCGGGTGTGTGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=28,28;WE=55080643;WS=55080602;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.69:52
chr1	55080627	.	GCA	G	121.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-2.135;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,9:0.17:52
chr1	55080629	rs1702015	A	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=2.212;QD=26.09;ReadPosRankSum=0.012;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr1	55080635	rs1655525	G	A,GTGTGCA	2027.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.64;QD=48.28;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,34,8:0.81,0.19:42
chr1	55085499	rs11206396	T	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.583;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=536;ReadPosRankSum=1.305;SC=TCTCTATCCCTTGCCCTGGCC;SOR=2.546;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=26;WE=55085507;WS=55085489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	55085684	rs200147461	GA	G	1077.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,36:0.22:163
chr1	55085687	rs61770426	G	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.048;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,37:0.23:163
chr1	55100328	rs6588520	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.738;NF=12;NR=1;PP=236;ReadPosRankSum=0.862;SC=AAAATAATAATTTGGGGTAGA;SOR=1.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=13;WE=55100336;WS=55100318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	55118566	rs1655520	C	G	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=78;PP=2965;SC=TGGAGAGAAGCGGGCACTGGC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=109;TCR=79;TR=187;WE=55118574;WS=55118546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	55119289	rs9332417	G	C	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,144:0.25:569
chr1	55119534	rs17399810	C	T	3982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=91;PP=2632;ReadPosRankSum=-1.162;SC=AGCCTGCACTCCAGCACCCAT;SOR=0.921;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=642;TCF=332;TCR=310;TR=210;WE=55119554;WS=55119524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,221:0.33:677
chr1	55119546	rs1655518	A	G	18529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=327;NR=316;PP=2965;SC=AGCACCCATGAGCCCAACTCC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=645;TCF=329;TCR=316;TR=643;WE=55119554;WS=55119524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,679:1.00:679
chr1	55130972	rs471724	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.425;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=374;ReadPosRankSum=-1.958;SC=CCTGCCAACCCCCTACCCCCC;SOR=2.115;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=21;WE=55130980;WS=55130962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	55134379	rs627095	C	T	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=7;PP=895;ReadPosRankSum=-1.764;SC=CCACCCCAAGCTCCCCTTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=47;WE=55134387;WS=55134369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr1	55134585	rs2304314	A	G	3829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=95;PP=2511;ReadPosRankSum=1.059;SC=GAAGGAGAAAAGAAGACCATG;SOR=0.522;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=252;TCF=101;TCR=151;TR=163;WE=55134593;WS=55134575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,171:0.65:262
chr1	55136067	rs2251719	T	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=339;ReadPosRankSum=1.236;SC=CACTTGAGGGTATGCTGGCTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=16;WE=55136075;WS=55136059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr1	55136356	rs627226	C	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=957;ReadPosRankSum=0.781;SC=CCCCACCCCTCGCCCGGTGCC;SOR=0.750;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=48;WE=55136364;WS=55136346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr1	55139741	rs570218	A	G	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1136;ReadPosRankSum=1.395;SC=CTCATCCTTCACATTGGGGAT;SOR=0.895;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=74;WE=55139749;WS=55139731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,81:0.69:118
chr1	55139912	rs12122650	T	G	131.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=1.465;SC=AGCCTTGGCATTAAGGCACTG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=55139920;WS=55139902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr1	55166842	rs1065173	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=602;ReadPosRankSum=-0.858;SC=CCCTCCTGCCCTCCATGGTGA;SOR=1.193;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=38;WE=55166850;WS=55166832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr1	55167773	rs646356	T	A	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=75;PP=2622;SC=GCACGAGAGGTCGTGCGCTCC;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=81;TCR=75;TR=156;WE=55167781;WS=55167763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	55224773	rs116816976	A	C	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=88;PP=2216;ReadPosRankSum=-0.042;SC=ATACCCAGAGAGCTGGCGGCT;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=124;TCR=143;TR=165;WE=55224781;WS=55224763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,174:0.62:279
chr1	55251689	rs586462	T	C	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=23;PP=1732;SC=GCCAGTTGAGTTCTGGATCTC;SOR=1.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=78;WE=55251697;WS=55251679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	55253575	rs665118	T	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=35;PP=1136;SC=TGCCCAGGCCTGTGGTGGTGG;SOR=0.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=55253583;WS=55253565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	55266845	rs1147984	C	T	5643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=114;PP=2965;SC=ATGACTGCTCCCTCTGCTCCC;SOR=1.207;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=82;TCR=115;TR=196;WE=55266853;WS=55266835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	55271774	rs757581	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=25;PP=1302;SC=GGAGGCGGGCAGCGCGCAGGC;SOR=1.292;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=73;WE=55271782;WS=55271764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	55273580	rs9782980	G	T	4562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=60;PP=2660;SC=GCTGGGCCCCGGCTCCTACAA;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=95;TCR=60;TR=155;WE=55273588;WS=55273570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	55277430	rs10788986	T	A	180.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=592;SC=CAAGGAGTGGTTCTGACAGCC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=55277438;WS=55277420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	55277452	.	A	C	192	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=15;MQ=58.19;NF=17;NR=0;PP=192;QD=13.339483091;SC=CCATGCCCCCACCCCCGCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=17;WE=55277460;WS=55277442;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	55277599	rs600499	T	C	8234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=125;PP=2965;SC=CCCCCGGCCTTATCAGGTACC;SOR=1.019;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=170;TCR=125;TR=294;WE=55277615;WS=55277589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr1	55279345	rs149536795	CCCGGCCT	C	1044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=7;PP=820;SC=TTGAGGCTGGCCCGGCCTCCG;SOR=1.519;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=15;WE=55279359;WS=55279335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	55282556	rs733168	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=1;PP=901;SC=ACACAATTCAACTCATAACAG;SOR=4.921;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=33;WE=55282564;WS=55282546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	55319902	rs718265	A	G	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=119;PP=2965;SC=CAAAGGGGATAATGTCCTGGA;SOR=1.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=92;TCR=120;TR=210;WE=55319910;WS=55319892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	55330966	rs611057	T	C	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=10;PP=985;SC=TACAGAAACCTAAGCCTCACC;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=55330974;WS=55330956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	55336950	rs608458	C	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=831;SC=GGTCAGGATACGGGAACCGGC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=55336958;WS=55336940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	55446664	rs2253467	G	C	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.92;SOR=3.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	55446671	rs2253466	C	T	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.65;SOR=3.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	55446697	rs2253465	G	A	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=37;PP=2965;SC=ACCTGCGCCCGGCTCCCTGCG;SOR=2.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=113;TCR=37;TR=150;WE=55446705;WS=55446687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	55457710	rs2500326	G	A	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=109;PP=2965;SC=CCGTTTCTGCGGAGACGACAC;SOR=1.242;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=78;TCR=110;TR=187;WE=55457718;WS=55457700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	55457815	rs2495513	C	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=48;PP=1411;SC=ACAAAAATGCCGTGCCTTCTC;SOR=1.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=67;WE=55457823;WS=55457805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	55464743	rs2500340	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=147;ReadPosRankSum=1.344;SC=CTTGAAGCCTTGAGTTGCAGC;SOR=0.264;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=13;WE=55464751;WS=55464733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr1	55464790	rs2500341	C	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=426;ReadPosRankSum=-0.514;SC=AAGCCTGTCTCGGTGTTTAGG;SOR=0.448;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=33;WE=55464798;WS=55464780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr1	55465047	rs78904893	G	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=808;ReadPosRankSum=0.901;SC=GTAGGTGGTAGTGGGGCTGGG;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=43;WE=55465055;WS=55465037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,44:0.81:54
chr1	55470822	rs41297879	T	G	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=72;PP=1899;ReadPosRankSum=-0.753;SC=AGGGGAGGAGTAAGCCCCATA;SOR=0.497;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=148;TCF=43;TCR=105;TR=103;WE=55470830;WS=55470812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,106:0.71:150
chr1	55473043	rs6687801	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=0.800;SC=GGACACTGGGGGTAAGGAGAG;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=12;WE=55473051;WS=55473033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr1	55474262	rs33938617	G	A	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=972;ReadPosRankSum=0.631;SC=ACCTCCTCCCGGACAAGGAGC;SOR=0.667;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=225;TCF=119;TCR=106;TR=78;WE=55474270;WS=55474252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,81:0.34:237
chr1	55474325	rs6682884	A	C	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=951;ReadPosRankSum=-3.225;SC=CGTAGCTTCTAGTCTGGAACT;SOR=0.744;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=287;TCF=148;TCR=139;TR=95;WE=55474333;WS=55474315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,99:0.33:302
chr1	55474476	rs4339899	C	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=0.724;SC=TTAGTGGACTCTTGTTTTTCC;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=13;WE=55474484;WS=55474466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	55505732	rs2495482	A	G	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=58;PP=1812;SC=GGGTGTAGGGATGGGAGGCCG;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=99;WE=55505740;WS=55505722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	55516781	rs599037	G	T	5683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=0.653;SC=GGGAATTTGTGACCGAAGCCA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=116;TCR=80;TR=195;WE=55516789;WS=55516771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr1	55518190	rs45597632	AC	A	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=315;ReadPosRankSum=1.679;SC=CCTGGGTTGCACCCCCCCCAG;SOR=0.916;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=19;WE=55518198;WS=55518180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr1	55518316	rs2483205	C	T	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=35;PP=1616;SC=TTGTGTTCGTCGAGCAGGCCA;SOR=1.000;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=94;WE=55518324;WS=55518306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	55518467	rs2495477	A	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=33;PP=1274;SC=CCTCATAGGTAAGTGATGGCC;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=55518475;WS=55518457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	55521906	rs67578331	A	G	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	55523033	rs509504	A	G	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=87;NR=78;PP=2858;SC=CCAATGCCCAAGACCAGCCGG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=165;WE=55523041;WS=55523023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	55524116	rs585131	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=4;PP=225;SC=CTAAAGATTTCTGTGGAGGTC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=55524124;WS=55524106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	55524197	rs540796	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	55524237	rs562556	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	55524387	rs563641	T	C	170.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	55525400	rs483462	G	A	62.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=3;PP=41;SC=CCCACTGCCCGCGAGGCTTGG;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=55525408;WS=55525390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	55527323	rs630431	G	A	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=54;PP=1447;SC=ATACCGCCATGCATCAGGGTG;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=61;WE=55527331;WS=55527313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	55529187	rs505151	G	A	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=102;PP=2965;SC=ACCAGCGAAGGGGCCGTGACA;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=86;TCR=102;TR=188;WE=55529195;WS=55529177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	55538385	rs654674	T	C	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=9;PP=1700;SC=TATTCAGTTCTAGAGATTTTT;SOR=3.228;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=72;WE=55538393;WS=55538375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	55538552	rs10493176	T	G	7097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=146;PP=2965;SC=CCGAGGAGATTTTTATTAGCC;SOR=1.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=98;TCR=146;TR=244;WE=55538560;WS=55538542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	55541174	rs487230	A	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=50;PP=1506;SC=GACTCGCTCTACTTGTATAGG;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=77;WE=55541182;WS=55541164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	55546895	rs683880	T	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=0;PP=1277;SC=TAGCAAGTAGTCGAATGAGAA;SOR=7.701;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=45;TCR=0;TR=45;WE=55546903;WS=55546886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	55555285	rs548852	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=809;SC=TTAATTAAAAGACTCCAACAC;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=55555293;WS=55555275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	55557859	rs34673217	A	ATT	1174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=1013;SC=ATTATTACACAGTTACGAACT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=55557872;WS=55557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	55557864	rs3736992	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=469;SC=TACACAGTTACGAACTAAATT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=55557872;WS=55557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	55558661	rs585203	A	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=216;SC=ATTTCTAATGATATGTAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=55558669;WS=55558651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	55560796	rs503495	T	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=486;ReadPosRankSum=-0.874;SC=GGATTTATTTTCTTTTTGGAA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=19;WE=55560804;WS=55560788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr1	55562125	rs580485	G	T	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=346;SC=TATAGAAAACGATAAATAAAA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=55562133;WS=55562115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	55566411	rs67540253	TTAGTC	T	1705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=1423;SC=TGGCAAGAGATTAGTCTAAAG;SOR=5.943;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=24;WE=55566423;WS=55566401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	55567143	rs1165282	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=612;SC=ACTAAAGAATTGCAAGTTATG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=55567151;WS=55567133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	55567410	rs615652	A	G	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=76;PP=2559;SC=AGCAGAGGAGAAGAATGAGCA;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=129;WE=55567418;WS=55567400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	55572867	rs594226	G	A	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=41;PP=2314;SC=GGCAATAACCGAGCACTGAAG;SOR=1.384;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=123;WE=55572875;WS=55572857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	55575670	rs534741	A	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=144;SC=ATGACTGGTTATGTAACAGAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=55575678;WS=55575661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	55604404	rs138779133	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=564;ReadPosRankSum=3.110;SC=TAAAAAACGAATAAGTCAAGT;SOR=0.503;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=52;WE=55604412;WS=55604394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,54:0.34:158
chr1	55614036	rs34030121	CAT	C	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=453;SC=CATCAATAAACATAAAGATAG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=55614045;WS=55614026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	55619422	rs1165230	G	A	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=25;SC=TAGACATCAAGTTTAATATGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=55619430;WS=55619416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	55638075	rs1165222	G	A	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=55;PP=2964;SC=CAGGAGACCAGTGGGAATTGG;SOR=1.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=100;TCR=55;TR=155;WE=55638083;WS=55638065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	55643837	rs11350615	TA	T	1978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=53;PP=2120;SC=AAAAAGCAAATAAAACTAATT;SOR=3.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=55;WE=55643845;WS=55643827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	55680540	.	G	GGCC	557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,19:0.22:86
chr1	56977819	rs3738570	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=303;ReadPosRankSum=0.133;SC=GGGCCTGCAGGTATAGCTGGA;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=24;WE=56977827;WS=56977809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr1	57002861	.	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=356;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TGCCAAAGAGGAACTTCAAGA;SOR=1.911;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=18;WE=57002869;WS=57002851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr1	57185340	rs41285924	T	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TGATCTTGATTTTTCTAAGGT;SOR=0.549;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=25;WE=57185348;WS=57185330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,30:0.29:103
chr1	57185818	rs857141	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,18:0.21:87
chr1	57202872	rs6656021	A	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=420;ReadPosRankSum=2.188;SC=GGTTTATATAAGCACTGACTT;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=20;WE=57202880;WS=57202862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr1	57216631	rs12046225	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=216;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TCAATAAATATTGGTAAAATA;SOR=0.484;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=14;WE=57216639;WS=57216621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	57216949	rs6688703	T	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=666;ReadPosRankSum=-0.554;SC=ACTTGTACAGTTTTTCATTCA;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=29;WE=57216957;WS=57216939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr1	57219377	rs12402907	C	G	3190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=39;PP=2282;ReadPosRankSum=-2.450;SC=ACATTTATTTCCTTGATACAA;SOR=0.549;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=165;TCF=115;TCR=50;TR=124;WE=57219385;WS=57219367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,128:0.74:172
chr1	57219631	rs11404547	G	GA	651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=609;SC=GAGATACCAGGAAAAAAATGA;SOR=4.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=21;WE=57219639;WS=57219621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	57221553	rs1774808	GA	TG	6169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=41;PP=2947;SC=CTTTTCTTTTGAAAGATAAAA;SOR=1.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=117;WE=57221562;WS=57221543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	57224460	rs857103	G	C	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=44;PP=1838;SC=CAAGGCAGCTGATCCACCCAT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=57224468;WS=57224450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	57252615	rs2275733	A	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=211;SC=GTGTAATAAAAAAAGGACCTC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=57252623;WS=57252614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	57258485	rs1935553	A	G	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=1198;ReadPosRankSum=2.065;SC=TCCTAAGGCAAAGAATAATCA;SOR=0.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=71;WE=57258493;WS=57258475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,78:0.73:107
chr1	57340475	rs3738563	A	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTGTTTATGCATATTCATCCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=57340483;WS=57340471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	57340860	rs2269118	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=-0.038;SC=ATACTCCTGAGCCCTTCCTCT;SOR=1.739;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=13;WE=57340868;WS=57340850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	57349407	rs6694643	A	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=581;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TACACTGAACACGTATTACCT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=34;WE=57349415;WS=57349397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr1	57349464	rs6697228	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=129;ReadPosRankSum=-1.344;SC=AATTTGCTTGTGTAATTGGAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=57349472;WS=57349454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	57372591	rs619545	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=37;PP=988;SC=ACTGCATAGACGCTAAATACC;SOR=2.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=57372599;WS=57372581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	57373500	rs10562652	GAGA	G	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=406;SC=TAACCAAGAAGAGAAGAAGAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=57373510;WS=57373490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	57383358	rs17300936	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,36:0.30:121
chr1	57395251	rs605648	T	C	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=70;PP=2910;SC=AGAAGGTCAATAAGCATCAAT;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=156;WE=57395259;WS=57395241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	57406392	rs6669836	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=2;PP=636;SC=TATTTTCTACTATCGTATATG;SOR=3.477;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=57406400;WS=57406382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	57409329	rs72670361	A	G	4186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=49;PP=2816;ReadPosRankSum=-2.418;SC=TAGGAGGATAAACATTATAAG;SOR=1.080;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=234;TCF=154;TCR=80;TR=154;WE=57409337;WS=57409319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,170:0.67:255
chr1	57422484	rs1013579	C	T	10869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=180;NR=195;PP=2965;SC=ACTTGACTTCCGCATGGTCTG;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=375;TCF=180;TCR=195;TR=375;WE=57422492;WS=57422467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr1	57425888	rs139781264	AG	A	7176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=125;PP=2951;SC=ACGTATCAGAAGGGAATTAAG;SOR=1.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=14;TCR=128;TR=138;WE=57425896;WS=57425878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	57528772	rs1261611	A	G	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=843;ReadPosRankSum=-0.983;SC=GAAAGTATCAAGCCAGGCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=39;WE=57528780;WS=57528762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr1	57535198	rs3738556	C	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=718;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CGAGCATTAACGAAGCAGGCA;SOR=0.357;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=39;WE=57535206;WS=57535188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr1	58939634	rs12407003	G	A	5145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.421;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=2.371;SC=TTCTCTTCCCGGACAAGCTGT;SOR=0.545;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=348;TCF=193;TCR=155;TR=217;WE=58939642;WS=58939624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,233:0.62:373
chr1	59004979	rs902925	C	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=52;PP=1543;SC=TTTCACTTGACTACCTGAAAC;SOR=1.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=77;WE=59004997;WS=59004969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	59126676	rs232779	A	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=519;SC=GGCAACAAAAAACGTTACTAA;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=59126684;WS=59126666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	59127086	rs7523134	G	A	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=42;PP=1644;SC=ACCTATGGGAGAGCCTGTATT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=59127094;WS=59127076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	59127193	rs7525365	C	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=30;PP=788;SC=CCTAGAAAAGCATAAAGAAGC;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=59127201;WS=59127183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	59131311	rs232790	G	T	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=56;PP=1440;SC=ACTCTACAATGACAAGAAAAA;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=59131319;WS=59131301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	59134607	rs57822474	C	CAG	7328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=64;PP=2974;SC=TCCTGTTTGACGGGGAAGCGG;SOR=0.961;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=82;WE=59134615;WS=59134597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	59150941	rs2206764	G	A	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	59160735	rs2473746	A	G	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	59160885	rs2064374	A	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=36;PP=1189;SC=CACTTCTGTAATAATTAAGAA;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=59160893;WS=59160875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	59160982	rs5774423	ATACT	A	1942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=1243;SC=AACTAAGCAAATACTTAGTTC;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=24;WE=59160993;WS=59160972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	59248813	rs2760499	G	C	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=82;PP=2412;SC=CAACAGGGCTGTGGCAAGCGG;SOR=3.176;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=19;TCR=82;TR=101;WE=59248821;WS=59248803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	59364615	rs11207326	G	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.367;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=1.127;SC=TAGTCCATCAGAGGAGATAGG;SOR=0.277;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=17;WE=59364623;WS=59364605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr1	59364918	rs6658104	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=441;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TACAGCCCACGCAGAGGAAGG;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=37;WE=59364926;WS=59364908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr1	59787205	rs17480358	T	C	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1395;ReadPosRankSum=0.851;SC=TTGCTTACTATAGGTGGAGGA;SOR=0.553;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=84;WE=59787213;WS=59787195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,88:0.70:126
chr1	60223460	rs590704	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CTTATTACCAAAGAAAAGTAA;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=5;WE=60223468;WS=60223450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	60228310	rs10626387	T	TTC	1791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.125;NF=6;NR=25;PP=1197;ReadPosRankSum=1.149;SC=CATTAAAGACTTGTCATTTGA;SOR=0.616;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=102;TCF=14;TCR=88;TR=31;WE=60228318;WS=60228300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,53:0.31:171
chr1	60280749	rs113730234	GT	G	5930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=61;PP=2970;SC=GTAGGAGGGAGTGTGAAGGTG;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=78;WE=60280757;WS=60280739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	60299820	rs618716	C	G	6257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=101;PP=2965;SC=GGCTTTAATCCGTTTCGGTGG;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=108;TCR=101;TR=209;WE=60299828;WS=60299810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	60331495	rs115906489	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=348;ReadPosRankSum=-1.091;SC=ATTTTAATAGGTAGTAAATAT;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=17;WE=60331503;WS=60331485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr1	60466814	rs626251	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.412;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr1	60466911	rs67112814	ACAG	A	609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.230;NF=0;NR=17;PP=650;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GGCAACAACAACAGCAACAAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=17;WE=60466921;WS=60466901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr1	60475930	rs616949	C	G	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=41;PP=2965;SC=TTTTCCTTCACTGGGGAGCTA;SOR=1.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=101;TCR=41;TR=142;WE=60475938;WS=60475920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	60503762	rs17560663	T	C	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.933;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=1047;ReadPosRankSum=-1.139;SC=AAAACCAGAGTAGCTTTTCAT;SOR=0.202;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=50;WE=60503770;WS=60503752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr1	60505578	rs680390	A	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=6;PP=851;SC=CCAATAGTACAATTGCCATAC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=60505586;WS=60505568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	61548344	rs113913435	TTC	T	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,33:0.23:143
chr1	61818422	rs7528918	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.588;NF=1;NR=16;PP=376;ReadPosRankSum=-2.144;SC=ATGTGGCAAGATTAAATACAC;SOR=1.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=61818443;WS=61818412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr1	61818428	rs145456582	TACACACAC	T	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.829;NF=2;NR=4;PP=597;ReadPosRankSum=-2.078;SC=CAAGATTAAATACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=61818443;WS=61818412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr1	61869783	rs2236059	G	A	3562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=47;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CAGCAAGTCCGCATGCAACAC;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=118;TCR=58;TR=140;WE=61869791;WS=61869773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,156:0.79:198
chr1	61870000	rs143540716	A	C	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TGTTAGCCGAATATAAAAATA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=72;WE=61870008;WS=61869990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,77:0.66:116
chr1	61872228	rs28641100	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.39;MQRankSum=2.501;QD=14.16;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	61872541	rs10889221	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=496;ReadPosRankSum=0.709;SC=TTGCCAGACCGAGAATCAAAG;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=30;WE=61872549;WS=61872531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr1	61892301	rs5774558	T	TG	9333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=107;PP=2966;SC=ACTTGTCTTTTGCACAAAAGG;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=57;TCR=111;TR=161;WE=61892309;WS=61892291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	61921185	rs11423561	A	AT	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=2.670;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.428;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr1	62160542	rs1151765	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=376;SC=TATATATCACACTCTTTATAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=62160550;WS=62160532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	62189541	rs17312971	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	62231924	rs141761262	T	TTGA	1732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=1;PP=1663;SC=TAGATTTCTGTTGATTCTTTT;SOR=7.276;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=36;WE=62231932;WS=62231914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	62232031	rs1286835	C	T	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=71;PP=2965;SC=ATGGTTCCATCACTAATGGAA;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=111;TCR=71;TR=181;WE=62232039;WS=62232021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	62261168	rs7516332	A	G	10820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=187;PP=2965;SC=TGTGAAAAGTATAATACCTGG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=202;TCR=187;TR=389;WE=62261176;WS=62261158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr1	62329885	rs35853578	AT	A	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=428;ReadPosRankSum=-0.904;SC=GTAACTTCACATTTTTTTGCA;SOR=0.811;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=20;WE=62329893;WS=62329875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr1	62330080	rs2799627	T	G	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=122;PP=2965;SC=AAAGAGAAATTCTTGTTGATG;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=116;TCR=122;TR=238;WE=62330088;WS=62330070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	62340855	rs12753462	G	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=559;SC=TTGATCAACTGTACAGTAATA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=62340863;WS=62340845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	62341157	rs4598521	T	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=99;SC=TTTGAATTTATGTCTGCTTAA;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=62341165;WS=62341147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	62365217	rs1412622	C	T	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=38;PP=2650;SC=TGAGTATGCCCTAAAATTGTG;SOR=1.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=93;TCR=38;TR=130;WE=62365239;WS=62365207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	62365428	rs5774578	G	GA	1199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.824;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.39;MQRankSum=0.815;NF=0;NR=33;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TAATGATTGAGAATTGCGATA;SOR=3.362;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=33;WE=62365436;WS=62365418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr1	62374267	rs2151122	T	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=302;SC=CCAAACTATATTTAAAGTATG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=62374275;WS=62374257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	62380270	rs1134766	C	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=1.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,99:0.28:352
chr1	62380298	rs1056513	G	A	9525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=160;NR=166;PP=2965;SC=CAAAATCACCGGTAACCAGAA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=160;TCR=166;TR=326;WE=62380306;WS=62380288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr1	62393394	rs2251182	A	G	12521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=257;NR=199;PP=2965;SC=CAAATTTTGCATCTTCAGAGG;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=457;TCF=257;TCR=200;TR=456;WE=62393402;WS=62393384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr1	62417925	.	T	TGAGAGAGA	974	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=28;MQ=60.22;NF=10;NR=1;PP=974;QD=88.9090909091;SC=GAACAAAATCTGAGAGAGAGA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=62417933;WS=62417915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,11:0.58:19
chr1	62417951	.	A	AG	497.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=33.18;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	62417952	.	A	G	847	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=28;MQ=60.55;NF=34;NR=2;PP=847;QD=24.493644793;SC=GAGAGAGAGAAAAATAGGCCC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=62417960;WS=62417942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	62417952	.	A	AGAGAGAG	497.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=33.18;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	62456014	rs1134767	G	A	5992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=115;PP=2965;SC=GGACGAATGCGTATTGGAGAT;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=93;TCR=115;TR=208;WE=62456022;WS=62456004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	62456048	rs12730210	G	A	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=83;PP=2642;SC=TGAGAAGCATGTGTTTTTAAC;SOR=1.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=44;TCR=83;TR=127;WE=62456056;WS=62456038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	62483599	rs34726576	G	A	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,126:0.68:184
chr1	62483623	rs41313250	A	G	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.531;SC=TCATCAGGTAAGATTGCTAGA;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=74;TCR=83;TR=106;WE=62483631;WS=62483613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,118:0.69:172
chr1	62483657	rs7528797	C	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=502;ReadPosRankSum=-0.024;SC=AATCAAAGACCTCTTCTGAAG;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=38;WE=62483665;WS=62483647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr1	62516683	rs2498982	G	C	11274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=212;PP=2965;SC=AGATGGCAGCGTCGAAGTTGG;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=403;TCF=191;TCR=212;TR=403;WE=62516691;WS=62516673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr1	62545085	rs17379217	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.962;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=8;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.176;SC=TACCTTTCTCCTTTTTGATAT;SOR=1.613;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=87;TCF=72;TCR=15;TR=58;WE=62545093;WS=62545075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,57:0.66:86
chr1	62579672	rs1475564	A	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=3;PP=725;SC=GCAGACAGAGAAGGCAGAGAC;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=62579680;WS=62579662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	62579823	rs1475563	G	A	8076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=119;PP=2965;SC=ATAGAGATGAGGCACACTACC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=158;TCR=119;TR=276;WE=62579831;WS=62579813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	62587014	rs4019806	T	TA	1855.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.061;NF=6;NR=74;PP=1017;ReadPosRankSum=0.560;SC=TTACCCAAATTAAAAAAAAAA;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=9;TCR=110;TR=80;WE=62587022;WS=62587004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,85:0.83:103
chr1	62593893	rs2481664	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=557;SC=GAGGGCAAGATGCATTAGATA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=62593901;WS=62593883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	62594593	rs2476194	C	T	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=95;PP=2965;SC=TGCTGAAGAACGCCTACGGGC;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=188;WE=62594601;WS=62594583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	62594677	rs2481665	T	C	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=645;ReadPosRankSum=-2.802;SC=GCAAAAAAGATTGAGCGTCAC;SOR=0.965;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=46;WE=62594685;WS=62594667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr1	62614164	rs61777734	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.083;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=117;ReadPosRankSum=0.400;SC=TGGCCAAAGCGCCCGTGACTT;SOR=1.739;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=12;WE=62614172;WS=62614154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr1	62644118	rs2481703	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=33;PP=877;SC=TGCCCAATGGATTCACCTTGC;SOR=3.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=38;WE=62644126;WS=62644108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	62644172	rs61775686	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr1	62672546	rs2457829	G	A	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=72;PP=2753;SC=CAGTTTTAGGGGGAAAAGCTA;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=76;TCR=72;TR=148;WE=62672554;WS=62672536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	62713224	rs2941679	C	G	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=55;PP=2407;SC=TGACAGGCCACCATGAGGGCC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=128;WE=62713232;WS=62713214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	62713246	rs10889315	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=628;ReadPosRankSum=1.463;SC=AGGATCCATCGTGGTCCTGCA;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=56;WE=62713254;WS=62713236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,62:0.37:167
chr1	62728784	rs2666472	A	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=679;ReadPosRankSum=-0.428;SC=CAGCAGCTTCACGATGGAGAA;SOR=0.642;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=46;WE=62728792;WS=62728774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr1	62728838	rs2258470	T	C	3821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=26;PP=1350;ReadPosRankSum=0.654;SC=GTTCCCGTTGTGATCGGCCAA;SOR=0.589;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=103;TCR=39;TR=90;WE=62728846;WS=62728828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,98:0.64:153
chr1	62728861	rs2260581	T	C	4370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=37;PP=1992;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TGACAAGCAGTTTCAGGAAGT;SOR=0.992;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=120;TCR=61;TR=115;WE=62728869;WS=62728851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,123:0.64:191
chr1	62728918	rs2262110	G	A	4227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=79;PP=2864;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CCACCACGGCGGGGCTAGACG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=158;TCR=124;TR=178;WE=62728926;WS=62728908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,184:0.63:291
chr1	62729015	rs2262106	G	A	3586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=86;PP=2176;ReadPosRankSum=1.052;SC=ATTCCAAGAGGTTCCCCGGCC;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=102;TCR=136;TR=153;WE=62729023;WS=62729005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,163:0.65:249
chr1	62732421	rs11207949	T	C	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=619;ReadPosRankSum=-1.098;SC=TGGTCTGTGGTGGTCCCAGTT;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=53;WE=62732429;WS=62732410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,65:0.68:96
chr1	62737372	rs4609464	A	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=94;ReadPosRankSum=0.366;SC=TGGAGAGGTAAGGAGGGACAG;SOR=1.410;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=10;WE=62737380;WS=62737362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr1	62738904	rs7516290	T	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=681;SC=AGGAGGCCGGTGGCTCCTTGG;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=62738912;WS=62738894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	62738961	rs61623093	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=209;ReadPosRankSum=2.466;SC=GGTTGAGGGAGCTCAGCAGCT;SOR=0.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=21;WE=62738969;WS=62738951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr1	62740065	rs12127930	A	G	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=69;PP=1549;ReadPosRankSum=0.010;SC=CCTTCACCACACCCTCTGGAG;SOR=0.714;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=399;TCF=208;TCR=191;TR=128;WE=62740073;WS=62740055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,131:0.32:411
chr1	62740446	rs2666506	T	C	6643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	62740449	rs2666507	T	C	6630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	62740780	.	TA	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr1	62939634	rs1168007	C	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=14;PP=691;SC=AAGATCTTTACGCAGAAAGCC;SOR=1.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=43;WE=62939642;WS=62939624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	62943264	rs1168008	C	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=779;SC=GAGTAGTTTACTTGGCAAGAT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=62943272;WS=62943254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	62945418	rs1183260	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=250;ReadPosRankSum=0.981;SC=ACAGTGGTGCAACCACAGCTC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=22;WE=62945426;WS=62945408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr1	62953183	rs1168025	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=18;PP=465;SC=TCTCCACAAACAGAAGACAGC;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=62953191;WS=62953173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	62954372	rs57650980	G	GA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	62960101	rs10889335	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=402;ReadPosRankSum=-1.312;SC=AACCAGGTCAATCGCAGATCT;SOR=0.364;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=31;WE=62960109;WS=62960091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
chr1	62960250	rs1168041	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=157;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GTGCACAACCTACTTAGTTTT;SOR=0.132;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=62960258;WS=62960240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	62961928	rs1168038	T	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=262;SC=CCAGCAAAAATCAACTTTTGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=62961936;WS=62961918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	62970184	rs1168027	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=-1.006;SC=AGATAGCCTATGATTAGACTA;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=62970192;WS=62970179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	62973795	rs1184865	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-0.349;SC=AAAAGACTTAAGGATGCATAG;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=62973803;WS=62973785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr1	63090858	rs6587980	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=342;ReadPosRankSum=-0.739;SC=ATAGTACAATCACTACCTTTC;SOR=0.317;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=53;TCR=4;TR=21;WE=63090866;WS=63090848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr1	63099023	rs10889352	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=0.638;SC=CAGAAAAAAATATAGTACTAG;SOR=0.117;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=6;WE=63099031;WS=63099015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr1	63113511	rs746735	C	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=860;ReadPosRankSum=-1.709;SC=TTATCTTTTTCAGAACTTACT;SOR=1.089;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=48;WE=63113519;WS=63113501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr1	63113689	rs1168088	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=642;SC=TGCTTTATCCTCTACATTTTG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=63113697;WS=63113682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	63113719	rs1168089	T	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.514;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=583;ReadPosRankSum=-2.062;SC=ATATCAATCATAATCCCAAAA;SOR=0.193;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=31;WE=63113727;WS=63113709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr1	63153866	rs183409343	C	G	3801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=73;PP=2427;ReadPosRankSum=2.437;SC=TCTCGGGCGGCGGCGGCGGCG;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=145;TCR=115;TR=166;WE=63153874;WS=63153856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,174:0.65:268
chr1	63153953	rs4344355	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,32:0.29:110
chr1	63788951	rs2274187	C	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=556;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CTCAGCCGCCCCACCAGCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=37;WE=63788959;WS=63788941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr1	63920515	rs17319708	C	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=187;ReadPosRankSum=-0.973;SC=ACACTTCTTTCATTTTATCCT;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=20;WE=63920523;WS=63920505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr1	63975830	rs6588047	T	C	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	63991140	rs9436686	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=327;SC=TTTTCTTCTATGTATAAAATC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=63991148;WS=63991130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	64017377	rs370255098	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr1	64114301	rs11208257	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=308;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TTGGCAAAAGTATGGCCGGAA;SOR=0.784;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=25;WE=64114309;WS=64114291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr1	64117537	rs2269238	G	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=52;PP=962;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GAAACAGACCGGTGTGTAAGT;SOR=0.553;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=269;TCF=105;TCR=164;TR=89;WE=64117545;WS=64117527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,88:0.32:278
chr1	64125234	rs11208265	G	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=431;ReadPosRankSum=1.028;SC=TGATGGAAAAGCTTCTCTCTA;SOR=0.441;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=34;WE=64125242;WS=64125224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr1	64125368	rs8294	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=453;ReadPosRankSum=0.850;SC=TGATGTGGTACGTCCCTCCAC;SOR=0.780;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=43;WE=64125376;WS=64125358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,45:0.33:135
chr1	64125439	rs4643	A	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=254;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GTATTCACCAAGCATTTTAGG;SOR=1.309;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=26;WE=64125447;WS=64125429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,25:0.24:105
chr1	64125544	rs10909	C	T	276.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5167;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=-1.013;SC=AGAGGACCTGCGGGCTTAGAT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=64125552;WS=64125534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	64515379	rs1772626	C	T	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=28;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.311;SC=ACCTGACCCTCGATGAACCAA;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=133;TCF=89;TCR=44;TR=93;WE=64515387;WS=64515369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,108:0.72:150
chr1	64608329	rs2762833	G	T	7848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=136;PP=2965;SC=ACATCCCAGCGTGCGGTAAAT;SOR=0.918;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=124;TCR=136;TR=260;WE=64608337;WS=64608319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	64624612	rs4362024	G	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=3;PP=884;SC=GTAATATTATGCATGTTACTT;SOR=4.351;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=35;WE=64624620;WS=64624602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	64624842	rs6668545	A	G	6075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.936;SC=GTCAAAATGTAGAGATGTCAA;SOR=0.615;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=346;TCF=165;TCR=181;TR=241;WE=64624850;WS=64624832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,260:0.69:375
chr1	64643277	rs7527017	C	T	4153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=81;PP=2431;ReadPosRankSum=-1.399;SC=CAGCAATGGACGGAATTTCAA;SOR=0.667;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=285;TCF=145;TCR=140;TR=168;WE=64643285;WS=64643267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,189:0.60:314
chr1	64669567	rs2806529	A	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=277;ReadPosRankSum=0.884;SC=TCATTGTTATATCCCAACTTT;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=64669575;WS=64669557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	64680682	rs825174	C	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TTGGGAGGCTCAGGTGGGTGG;SOR=0.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=9;WE=64680690;WS=64680672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	64698411	rs2029868	T	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=806;SC=CAAAGACTAATTGACACACAT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=64698419;WS=64698401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	64707243	rs825189	G	C	108.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=88;SC=CACATATCAAGTTAATGAGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=64707251;WS=64707233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	64709891	rs10789152	A	G	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=102;PP=2965;SC=GAAATTCTTAACCACTCTGAA;SOR=1.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=53;TCR=102;TR=155;WE=64709899;WS=64709881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	64726149	rs59424600	C	CTCAG	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=143;SC=TTAGTCAAGACTCAGAATGGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=64726157;WS=64726139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	64726414	rs705542	A	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=40;PP=1269;SC=GCTTTTATAAATAACATATTA;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=64726422;WS=64726404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	65016349	rs2164571	A	T	7500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=122;PP=2965;SC=GGTAAGAGGCAATGAGTACTT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=132;TCR=122;TR=253;WE=65016357;WS=65016339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	65045387	.	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=182;ReadPosRankSum=0.387;SC=TATTAGAACAGAAGATAAGGT;SOR=0.527;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=65045395;WS=65045377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	65045602	rs5774708	TA	T	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr1	65068638	rs6665437	T	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=38;PP=944;SC=TGTATTCTACTGCATTCAAGT;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=65068646;WS=65068628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	65099701	.	G	GT	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5003;HP=14;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=15;MQ=56.4;NF=6;NR=1;PP=70;QD=10.5714285714;SC=AAGTTTGGTGGTTTTTTTTTT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=65099709;WS=65099691;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	65099978	rs2118102	G	A	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=33;PP=917;SC=TAGAGGCATAGTAGATAAAGA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=65099986;WS=65099968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	65107372	rs6664905	C	T	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=26;PP=2192;SC=CAGCATCAAACAGGAGGGACT;SOR=2.324;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=86;TCR=27;TR=112;WE=65107380;WS=65107362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	65113351	rs7534210	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=587;SC=GTCCAGAGTCTATGTGGTCTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=65113359;WS=65113341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	65113568	rs6588100	T	C	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=78;PP=2514;SC=CCAGACCGGATGGCCTTGCCT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=154;WE=65113576;WS=65113558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	65119397	rs7518616	A	G	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=1051;ReadPosRankSum=0.892;SC=AGAACTTCCTACAACATGTTT;SOR=0.504;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=63;WE=65119405;WS=65119387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,71:0.71:100
chr1	65124699	rs11208491	G	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=1.212;SC=ATATGAAAACGATTTGAAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=10;WE=65124707;WS=65124689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	65129233	.	GAA	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=-0.385;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr1	65131892	rs10713356	CA	C	545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=620;ReadPosRankSum=1.631;SC=TTAAATATATCAAGGATATTT;SOR=3.327;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=17;WE=65131900;WS=65131882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	65141676	rs67286337	TTAATAATAATAATAATAATAA	T	896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.608;NF=0;NR=7;PP=2010;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GGTAAAATAATTAATAATAAT;SOR=1.697;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=7;WE=65141704;WS=65141666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr1	65301669	rs2254002	C	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGACATTTTCCATTATAATA;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=6;WE=65301677;WS=65301659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	65310489	rs2230588	T	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=582;ReadPosRankSum=0.367;SC=GCTTGATGAATGGGCCACACT;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=201;TCF=123;TCR=78;TR=59;WE=65310497;WS=65310479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,63:0.29:215
chr1	65311116	rs2780821	GC	CT	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr1	65316675	rs310216	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=684;ReadPosRankSum=0.394;SC=AGCCGGGGCCGTGGGACCGGT;SOR=0.590;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=32;TCR=90;TR=50;WE=65316683;WS=65316665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr1	65321388	rs310229	G	A	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=785;ReadPosRankSum=0.792;SC=CCTGCTATTCGGGAAATGACC;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=91;TCR=106;TR=68;WE=65321396;WS=65321378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,76:0.36:214
chr1	65325970	rs310224	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=394;ReadPosRankSum=-1.434;SC=GAAATTCCCACGGTTACATCA;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=39;WE=65325978;WS=65325960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr1	65830608	rs1570868	T	C	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=830;SC=AGAAATGTCATTGAAGACATA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=65830616;WS=65830598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	65844963	rs3818449	A	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=9;PP=1184;SC=TGTTCCCACTATTCCTATCTA;SOR=2.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=65844971;WS=65844953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	65858088	rs6588144	T	C	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=10;PP=935;SC=GCAACTAATCTCTTATGGTAT;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=65858096;WS=65858078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	65858145	rs4325172	G	A	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=35;PP=1646;SC=TCTGTGAGGAGGACCACGCTG;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=84;WE=65858153;WS=65858135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	65860687	rs4582839	A	C	8766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=147;NR=153;PP=2965;SC=TTCTCCAGCCAACAAGAAGTC;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=147;TCR=153;TR=300;WE=65860695;WS=65860677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	65864396	rs113420389	A	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=545;ReadPosRankSum=-2.287;SC=TGCTGGGGCCATGCAGGCTTC;SOR=0.240;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=39;WE=65864404;WS=65864386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr1	65867391	rs4592284	C	G	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=33;PP=2141;SC=CTGAATTTCACAATTCAGCCT;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=108;WE=65867399;WS=65867381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	65874626	rs66951816	A	AT	239.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=9;PP=177;SC=AAACAACAGGATTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=65874634;WS=65874616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	65886398	rs3790435	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=7.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,41:0.24:171
chr1	65886448	rs3790434	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,69:0.22:317
chr1	65887013	rs12145690	A	C	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1140;ReadPosRankSum=-1.064;SC=ATGGACAGAGAAGAAACCAGT;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=233;TCF=151;TCR=82;TR=80;WE=65887030;WS=65887003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,83:0.34:241
chr1	66036441	rs1137100	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=162;ReadPosRankSum=-0.588;SC=ATTGAAGGAAAGACATTTGTT;SOR=0.301;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=19;WE=66036449;WS=66036431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr1	66036501	rs2186248	G	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=553;SC=CATTAGCTATGTTTTAAATGT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=66036509;WS=66036491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	66058513	rs1137101	A	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=879;ReadPosRankSum=1.445;SC=GTAATTTTCCAGTCACCTCTA;SOR=0.438;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=237;TCF=103;TCR=134;TR=78;WE=66058521;WS=66058503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,82:0.33:249
chr1	66062325	rs3828034	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-1.555;SC=GTAAATAAAGACCCTCTTAAG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=66062333;WS=66062315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	66075952	rs1805094	G	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.291;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=-1.171;SC=CTATGAAAAAGGAGAAAAATG;SOR=1.255;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=33;WE=66075960;WS=66075942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr1	66083537	rs4655564	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr1	66085525	rs3790438	T	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=0.361;SC=TATATGATAGTCACTTTAATT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=66085533;WS=66085515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	66085574	rs3790439	T	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=6;PP=282;SC=ACTATTAATTTTGTATAAATG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=66085597;WS=66085564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	66087301	rs4655743	G	C	292.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=212;SC=GGCCTGTTGTGAGGAAATGGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=66087309;WS=66087291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	66088701	rs12067936	C	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=29;PP=860;SC=AGAATATATACGATTGCAATC;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=66088709;WS=66088691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	66091656	rs145580828	ACACT	A	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=286;ReadPosRankSum=0.252;SC=AGAGGCTGAAACACTCTCTCT;SOR=0.875;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=8;WE=66091667;WS=66091646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr1	66099013	rs17415296	C	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=248;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TGATTTAGAACTTAAAATAGA;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=13;WE=66099021;WS=66099003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr1	66102257	rs1805096	G	A	5773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=103;PP=2965;SC=AAAATTCTCCGTTGAAGGATT;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=100;TCR=103;TR=203;WE=66102265;WS=66102247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	66102755	rs70940806	A	ATTACT	570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=491;ReadPosRankSum=-0.918;SC=AGTGTAATAGATTATAGTTGT;SOR=0.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=9;WE=66102763;WS=66102745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	66731886	rs6588193	G	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=257;SC=GCTCTCAAAAGTATGTCTCTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=66731894;WS=66731876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	66732386	rs6588194	G	A	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.286;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=66;PP=1993;ReadPosRankSum=0.478;SC=GGTGTGTTGAGAGCTGCAGAG;SOR=0.610;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=227;TCF=116;TCR=111;TR=140;WE=66732394;WS=66732376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,155:0.64:241
chr1	66732529	rs6701329	A	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=445;ReadPosRankSum=0.973;SC=TTCCCTACTAATGTAGCAGTA;SOR=1.209;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=23;WE=66732537;WS=66732519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
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chr1	66831256	rs144339850	C	CA	851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.094;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.380;NF=15;NR=5;PP=688;ReadPosRankSum=-0.092;SC=ATCCCTCTCCCAACAAGAATA;SOR=1.059;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=20;WE=66831264;WS=66831246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr1	66831370	rs783036	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.385;NF=57;NR=36;PP=1277;ReadPosRankSum=0.530;SC=CAGATTTGGAGATCCTGGCTG;SOR=0.953;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=269;TCF=157;TCR=112;TR=93;WE=66831378;WS=66831360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,99:0.34:287
chr1	67099558	.	A	G	40.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	67099665	rs186061657	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=5;PP=439;SC=AGCTTTGGGGCGCCTTTTGCC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=67099673;WS=67099655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	67101802	rs7546825	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=-1.427;SC=CATTTACTCCATTTAAGAAAA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=15;WE=67101810;WS=67101792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr1	67126114	rs12094526	A	G	9150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=181;NR=119;PP=2965;SC=GTTATCCTGAACCTTGACCTG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=181;TCR=119;TR=300;WE=67126122;WS=67126104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr1	67133111	rs11208941	T	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=393;ReadPosRankSum=0.246;SC=GGAGTGTATGTTTGGTTAGCT;SOR=1.048;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=31;WE=67133119;WS=67133101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr1	67136560	rs45467391	G	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.568;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=315;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CTGAGAAAAAGTTCATTTCCC;SOR=2.048;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=19;WE=67136568;WS=67136550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr1	67138877	rs35377023	AG	A	1281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.349;NF=25;NR=12;PP=1185;ReadPosRankSum=0.229;SC=TGTTTCACTAAGAAAAATATG;SOR=1.126;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=37;WE=67138885;WS=67138867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,44:0.36:122
chr1	67142675	rs11208943	T	C	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.772;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=26;PP=1498;ReadPosRankSum=-1.215;SC=AAATCTTCTTTTTTGTTTCCA;SOR=1.253;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=91;WE=67142683;WS=67142665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,96:0.65:147
chr1	67145322	rs10889644	C	A	12623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=269;NR=176;PP=2965;SC=ACTTAGGAAGCACATGACCAA;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=445;TCF=269;TCR=176;TR=445;WE=67145330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr1	67149706	rs10749764	G	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=236;SC=AGCCCTAAATGCTTTTTGGCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=67149714;WS=67149696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	67154730	rs139348429	CAA	C,CA	1198.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=9.225;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.633;QD=17.89;ReadPosRankSum=1.828;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,45,14:0.67,0.21:67
chr1	67155862	rs71660869	TCTC	T	5976.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.493;NF=28;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=1.768;SC=TCTCTTTTCTTCTCCTTACAG;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=152;TCF=46;TCR=106;TR=96;WE=67155872;WS=67155852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,154:0.63:246
chr1	67160336	rs2146904	A	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=41;PP=1175;SC=ACTGTTCATCATGGAACTCGT;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=67160344;WS=67160326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	67160884	rs16844	A	G	175.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=14;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CCACCAACACATTCCCATTCC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=14;WE=67160892;WS=67160874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr1	67160981	rs1325268	C	T	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.751;NF=83;NR=66;PP=2712;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TTCCCTTTTTCCTGCACGCTA;SOR=0.461;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=222;TCF=128;TCR=94;TR=149;WE=67160989;WS=67160971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,133:0.65:206
chr1	67194911	rs3078564	TTC	T	4473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.281;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.930;NF=34;NR=45;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.458;SC=GACATGGATTTTCTCTCTCTT;SOR=0.363;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=79;WE=67194920;WS=67194901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,128:0.70:182
chr1	67242200	rs7541120	G	A	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.023;NF=9;NR=48;PP=1076;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GTTAAAATGCGTATTTATAAT;SOR=2.147;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=57;WE=67242208;WS=67242190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,58:0.67:87
chr1	67242243	rs148639880	G	GGT	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQRankSum=1.228;QD=15.61;ReadPosRankSum=1.203;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	67243024	rs2133173	C	A	4502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=96;PP=2897;ReadPosRankSum=-1.704;SC=GCAGAGCATACTTATTGGAAG;SOR=0.588;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=266;TCF=130;TCR=136;TR=187;WE=67243032;WS=67243014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,198:0.71:280
chr1	67266756	rs549148	T	A	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=48;PP=1885;SC=GATCCCCTCCTGATGCCTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=103;WE=67266764;WS=67266746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	67288045	rs482082	C	T	4427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=1.087;SC=GAGTCTTACCCGGCCAGTTTC;SOR=0.568;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=252;TCF=159;TCR=93;TR=185;WE=67288053;WS=67288035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,188:0.74:255
chr1	67292473	rs34718535	A	AT	1588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.710;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.660;NF=15;NR=13;PP=1726;ReadPosRankSum=-0.127;SC=TGCTTCTACTAAAATTTATGC;SOR=0.455;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=28;WE=67292486;WS=67292463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr1	67292478	rs36067642	T	A	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=1724;ReadPosRankSum=0.756;SC=CTACTAAAATTTATGCAAGAA;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=37;WE=67292486;WS=67292463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,43:0.41:105
chr1	67301541	.	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.055;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.177;SC=GAGATTTAGTTTGGTGGCAGT;SOR=1.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=7;WE=67301549;WS=67301531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
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chr1	67306054	rs11208966	C	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=0.547;SC=ATTTAAATTCCTTGTGCCATA;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=6;WE=67306062;WS=67306044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	67313793	rs79498460	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=541;ReadPosRankSum=2.162;SC=GTAGATTAGAGGCCTAACAGA;SOR=1.751;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=24;WE=67313801;WS=67313783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr1	67359195	rs3008881	T	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=0.522;SC=GAAAAAAGATTAGTATAATGC;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=67359203;WS=67359185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	67371062	.	TA	T	2359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.868;NF=3;NR=47;PP=1857;ReadPosRankSum=0.427;SC=ATTGTTCCTATATAAGAAAAA;SOR=1.142;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=87;TCF=4;TCR=83;TR=50;WE=67371070;WS=67371052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,71:0.54:131
chr1	67390416	rs3008858	G	C	10632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=176;NR=200;PP=2965;SC=GGGGAGTGGTGCACCACCCCT;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=177;TCR=202;TR=376;WE=67390424;WS=67390406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr1	67390468	rs1886686	C	G	7332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=165;PP=2965;SC=CCAAGCTCCTCCGTTAGCGGC;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=88;TCR=165;TR=253;WE=67390476;WS=67390458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	67396222	rs3008861	T	G	622.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=526;ReadPosRankSum=0.884;SC=AACAGGCCATTCTCTGGGCGG;SOR=2.636;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=20;WE=67396230;WS=67396212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr1	67425311	rs2985794	T	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=8;PP=311;SC=ATATGTAGATTTAGACAGGAT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=67425319;WS=67425301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	67425494	.	A	AT	68	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=68;QD=19.25;SC=TCGTGTAATTATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=67425502;WS=67425484;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr1	67474977	rs2755271	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=ACAATGAAAACGCACCAACCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=67474985;WS=67474967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	67487119	rs2065002	C	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=7;PP=915;SC=TAGGCTGACACACTCAGGAGA;SOR=2.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=42;WE=67487127;WS=67487109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	67487374	.	TCCAACACAGACA	T	2605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.83;QD=44.16;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	67487401	rs11576753	G	C	133.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.64;QD=33.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	67487407	rs11208992	G	C	261.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.83;QD=37.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	67508080	rs10546548	CCACT	C	1768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=1258;ReadPosRankSum=-1.237;SC=GTACAAAATACCACTCAAACT;SOR=1.164;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=0;TCR=50;TR=27;WE=67508091;WS=67508070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr1	67512903	rs1024229	G	T	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=16;PP=739;SC=GAATTGACATGCCAACATCAG;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=67512911;WS=67512893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	67512920	rs1024230	A	C	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=20;PP=931;SC=TCAGTACACAACTGTTAAAGC;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=67512928;WS=67512910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	67516316	rs2815383	T	A	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=44;SC=TAATTTATGGTTAAACCCCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=67516324;WS=67516306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	67519700	.	T	C	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.942;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=61;PP=1224;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CCGCCATGGCTGCCGCAGCAG;SOR=0.643;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=146;TCF=55;TCR=91;TR=101;WE=67519708;WS=67519690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,110:0.71:156
chr1	67558739	rs6588237	C	T	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=5;PP=1121;SC=TATCCAGTGGCGTTACATTAT;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=67558747;WS=67558729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	67560897	rs10889653	A	G	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=21;PP=1241;SC=TTTACTTAACAATAGATGATA;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=67560905;WS=67560887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	67560956	rs11208997	C	T	3624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=59;PP=2185;SC=CTAACGTTGACTATCTTGGCA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=123;WE=67560964;WS=67560946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	67562106	rs6670381	G	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=350;SC=CATATGGAAAGTACCTAGTAT;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=67562114;WS=67562096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	67577367	rs6588240	A	T	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=43;PP=1375;SC=CTATTAAGTTACTTCTAATTA;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=67577375;WS=67577357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	67579245	rs2144655	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=161;SC=ACAGGGTTTCGCCATGTTGGT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=67579253;WS=67579235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	67579386	rs2144656	A	G	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=21;PP=1266;SC=ACTAAGTACAATGAGAATCCG;SOR=1.165;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=71;WE=67579394;WS=67579376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	67591347	rs6691094	A	G	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=239;SC=GCACCACTGCACTCTACCCTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=67591355;WS=67591337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	67591660	rs4655520	G	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.57;NF=1;NR=12;PP=323;SC=AAAATCTTAGGTGGAAAGAAA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=67591668;WS=67591650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	67634991	rs11465778	AC	A	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=197;ReadPosRankSum=0.099;SC=TTAATGTTTTACGTGTAATTT;SOR=0.293;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=67634999;WS=67634981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	67648460	rs6687620	T	C	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=23;PP=2103;SC=CATCTTGGCTTGGGACCAGAG;SOR=2.325;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=99;WE=67648468;WS=67648450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr1	67685443	rs7518660	G	A	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=81;PP=2407;SC=TTATTCTGTTGGGCTTTTCTT;SOR=2.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=19;TCR=81;TR=100;WE=67685451;WS=67685433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	67705726	rs10889671	A	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=205;SC=TGTGGCCTAAAGTAAAGGTTA;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=67705734;WS=67705716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr1	67796641	rs147756804	ATTAAC	A	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=7;PP=266;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TAATTTTTATATTAACTTAAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=67796653;WS=67796631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	67852141	rs12138812	A	G	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=9;PP=1147;ReadPosRankSum=0.654;SC=AATTTACCTTATTCTTGAGCA;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=66;TCR=13;TR=56;WE=67852149;WS=67852131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr1	67852335	rs2228420	G	A	3562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=72;PP=2340;ReadPosRankSum=-1.878;SC=TTTTCTCAACGCATTACTTCC;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=257;TCF=133;TCR=124;TR=154;WE=67852343;WS=67852325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,160:0.60:266
chr1	67861520	rs2229546	C	A	5269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.637;SC=ACCCAAAGCCCGAAAACCCAG;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=357;TCF=202;TCR=155;TR=224;WE=67861533;WS=67861510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,227:0.63:362
chr1	67890526	rs6702742	A	G	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=115;SC=GTATGGATTAACCTCTAGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=67890534;WS=67890516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	68151980	rs2759219	T	G	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=15;PP=2478;SC=ACCCGGGCAGTGGTTGAGGGC;SOR=3.166;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=77;TCR=16;TR=92;WE=68151988;WS=68151970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	68152363	rs3783468	G	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=23;PP=660;SC=GTGGTAGGTGGGGGTCAGGAG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=68152371;WS=68152353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	68152388	rs681673	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=401;SC=GCTGCCTTTGTCCGACTAGAG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=68152396;WS=68152378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	68173264	rs2295942	C	T	5788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=97;PP=2965;SC=GTTATCCAGTCGGGGCTTCTT;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=103;TCR=97;TR=200;WE=68173272;WS=68173254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	68603731	rs1831297	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=431;ReadPosRankSum=1.071;SC=TGTGGGAAACATGAAGGGCCA;SOR=0.280;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=28;WE=68603739;WS=68603721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr1	68613933	rs2303949	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,82:0.27:306
chr1	68614013	rs2566789	A	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=76;PP=2271;SC=ACATTACAGAAATCCTAAAGA;SOR=2.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=102;WE=68614021;WS=68614003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	68620998	rs2820488	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TAGACTGGCTCTGAATTCTGT;SOR=0.195;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=15;WE=68621006;WS=68620988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr1	68624878	rs3748705	C	T	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1554;ReadPosRankSum=1.983;SC=ACTCAGCAAACGCGTCATCAC;SOR=0.896;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=190;TCF=97;TCR=93;TR=110;WE=68624886;WS=68624868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,118:0.58:203
chr1	68652184	rs113664516	TA	T	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=1.697;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr1	68943436	rs1924542	G	A	7141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	68943442	rs3790476	A	G	7192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	68943665	rs12119046	T	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=18;PP=856;SC=TCTGTAGTGATCAAAATGATA;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=68943673;WS=68943655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	68947318	rs3833522	C	CA	12447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=177;PP=2979;SC=AATACCCCCCCAAAAATCATC;SOR=0.764;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=235;TCF=39;TCR=196;TR=213;WE=68947326;WS=68947308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr1	68960476	rs4926345	T	G	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=26;SC=TTAATTCACATCTGATTATAT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=68960484;WS=68960466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	70034263	rs72671185	C	G	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=5.165;QD=4.39;ReadPosRankSum=1.686;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:476,182:0.28:658
chr1	70034370	rs11280966	C	CCAGCCGCGTG	1521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.63;MQRankSum=8.912;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,48:0.29:167
chr1	70225832	rs17397812	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=414;ReadPosRankSum=0.227;SC=CAAGGGCACTGGATAAGCTGT;SOR=1.002;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=22;WE=70225840;WS=70225823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr1	70502413	rs59671095	AT	A	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=365;ReadPosRankSum=0.631;SC=CACAAGTGGCATAGAAGACAG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=70502421;WS=70502403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
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chr1	70831841	rs7539544	C	T	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1166;ReadPosRankSum=-1.430;SC=TGACTCTTTTCGCCGACACCT;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=78;WE=70831849;WS=70831831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,83:0.68:122
chr1	70904523	rs112004441	T	TTGTG,TTGTGTG	1305.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=29,29;PP=314,701;ReadPosRankSum=-0.681;SC=AGTCTTATTATTGTGTGTGTG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=1;TCR=76;TR=29,29;WE=70904531;WS=70904513;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.70:33
chr1	70904800	rs1021737	G	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.339;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,65:0.23:286
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chr1	71331498	rs1409986	A	G	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=61;PP=2238;SC=ATCACAGTAGAGGTGGGAAGA;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=111;WE=71331506;WS=71331488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	71334870	rs1536537	C	T	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.971;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1149;ReadPosRankSum=1.409;SC=GTATGTGTGTCGGGGCAGGGG;SOR=0.234;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=75;WE=71334878;WS=71334860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,77:0.75:102
chr1	71349770	.	AAAAC	A	1112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=657;ReadPosRankSum=0.480;SC=ACTCCATCTCAAAACAAACAA;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=15;WE=71349781;WS=71349760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr1	71419499	rs571705	C	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=797;SC=ACAGTATAAGCTTGCTATAAT;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=71419507;WS=71419489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	71440217	rs2072947	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=1.559;SC=CTCATTTCTACTTCCATGCTT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=71440225;WS=71440207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	71513289	rs5668	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-1.530;SC=AGGGGATGGCGTCCAGAGAGC;SOR=0.602;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=14;WE=71513297;WS=71513279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr1	71533287	rs66461782	A	T	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=0;PP=142;SC=TTTTTTCTTCACTTGTATATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=71533295;WS=71533277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	71537943	rs11209745	A	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	71544079	rs10574763	CAAG	C	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.034;NF=17;NR=3;PP=720;ReadPosRankSum=0.198;SC=GTAATATAAACAAGTAGTGGC;SOR=0.895;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=20;WE=71544089;WS=71544069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr1	72058367	rs1334004	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=328;SC=GTAAGGATTGCGTGATGTATA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=72058375;WS=72058357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	72058405	rs1334005	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=10;PP=600;SC=GGTTGAGTTTTAAAATGAACG;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=72058413;WS=72058395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	72058552	rs1413368	G	A	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=41;PP=1700;SC=CAGCCACACAGGTATAATTGC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=93;WE=72058560;WS=72058542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	72242039	rs6424448	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=409;SC=GTTGAAGTACGTATGATTAAT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=72242047;WS=72242029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	72400656	rs11209871	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-1.606;SC=TTCAATGACAACAAATATTTC;SOR=0.395;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=6;WE=72400664;WS=72400647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr1	72747844	rs3101341	C	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=1;PP=857;SC=CGGGCCGGGGCTCCGGGAAGA;SOR=6.994;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=33;WE=72747852;WS=72747834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	74507711	rs7538410	T	G	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=132;SC=ATAAGAACCTTTTATTTACTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=74507719;WS=74507701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	74575182	rs1340472	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=14;PP=443;SC=ATCCATTTTGCTTCATATCCT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=74575190;WS=74575172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	74646514	rs6701961	C	T	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=55;PP=1572;SC=AATAAATATTCTTCAAAAAGG;SOR=3.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=66;WE=74646522;WS=74646504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	74664149	rs4422957	T	C	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=690;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TTCTCATCTGTAGGCCTATGA;SOR=0.938;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=49;WE=74664157;WS=74664139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,51:0.30:169
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chr1	74666833	rs17591703	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GTTGTTTGCTATGAGATGTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=74666841;WS=74666823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr1	74671519	rs571848	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=0.984;SC=TGATGTAGAGATATTTTAAAT;SOR=0.129;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=74671527;WS=74671509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	74701295	rs505508	T	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=104;SC=GCAGCATGTTTTGTGAAAGTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=74701303;WS=74701285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	74701950	rs532221	T	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.457;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=2.208;SC=ATTCACCTTATTTTTTAAAGT;SOR=1.802;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=15;WE=74701958;WS=74701940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr1	74819077	rs6424586	T	G	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=79;PP=2694;SC=ACTAGTTCTATATGCTTATCA;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=149;WE=74819085;WS=74819067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	74819241	rs142245054	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr1	74841173	rs2880795	A	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=617;SC=CTGAAAGATTAGAAACCTCCC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=74841181;WS=74841163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	74936374	rs596204	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=4.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=2.025;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,26:0.25:102
chr1	74936454	rs491922	G	C	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,65:0.27:237
chr1	74937749	rs3765674	A	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=999;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GTCTTTGCCTATGAGGGTGTA;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=234;TCF=129;TCR=105;TR=78;WE=74937757;WS=74937739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,81:0.33:247
chr1	74941210	rs648614	C	T	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=50;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CTAAATGATCCGTCAAGGGTT;SOR=0.788;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=359;TCF=198;TCR=161;TR=120;WE=74941218;WS=74941200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,129:0.34:385
chr1	74941293	rs649058	G	A	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=69;PP=1775;ReadPosRankSum=0.231;SC=GGACCCCACAGTGGACATGAC;SOR=0.655;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=427;TCF=213;TCR=214;TR=148;WE=74941301;WS=74941283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,149:0.34:443
chr1	75006027	rs3895907	A	G	3201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.370;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=76;PP=2000;ReadPosRankSum=-2.038;SC=AGGTTTGTTAAGAAAACTACC;SOR=0.490;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=213;TCF=99;TCR=114;TR=147;WE=75006035;WS=75006017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,154:0.70:219
chr1	75006076	rs3845348	G	A	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=74;PP=2119;SC=AAGGGAGAAAGCATTGCATAT;SOR=1.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=106;WE=75006084;WS=75006066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	75036783	rs9326115	T	C	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=31;PP=1944;SC=TTAAACTCACTGTCTGCCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=72;TCR=32;TR=102;WE=75036791;WS=75036773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	75036812	rs9326116	C	T	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=54;PP=2941;SC=TAGACCTGCACGTTGTTGGGG;SOR=1.369;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=97;TCR=54;TR=151;WE=75036820;WS=75036802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	75037857	rs10539747	CCCT	C	2504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.706;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.130;NF=8;NR=43;PP=1860;ReadPosRankSum=0.427;SC=TCAGTCTTTCCCCTCCTCCTT;SOR=1.192;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=176;TCF=40;TCR=136;TR=51;WE=75037867;WS=75037847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,77:0.30:260
chr1	75055419	rs2305549	T	C	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,150:0.30:508
chr1	75072264	rs41289216	G	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=12;PP=982;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TACAACAAAAGAAACTTGTGT;SOR=0.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=58;WE=75072272;WS=75072254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr1	75086412	rs41289218	G	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.006;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,31:0.23:133
chr1	75097426	rs11210490	G	C	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=1188;ReadPosRankSum=-0.368;SC=AAGCCATTTGGAGCAGTGGTT;SOR=0.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=74;WE=75097434;WS=75097416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,85:0.63:135
chr1	75108863	rs623171	A	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=33;PP=971;SC=ATTCCAACAGATAACTATATT;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=75108871;WS=75108853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	75112362	.	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	75132462	rs377190294	TA	T	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=300;ReadPosRankSum=1.685;SC=ACTACCTGGTTAAAAAAAAAT;SOR=0.874;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=28;WE=75132470;WS=75132452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
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chr1	75603055	rs1526503	A	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=31;PP=953;SC=GTTCTGGGTGAAGGTTGTAGG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=75603063;WS=75603045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	75614380	rs35220110	CT	C	1404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=12.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.201;QD=14.63;ReadPosRankSum=1.470;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,78:0.81:96
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chr1	75626420	rs2462955	A	T	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=8;PP=2131;SC=GATGAAAACAATGCCTTGGAT;SOR=4.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=76;TCR=8;TR=84;WE=75626428;WS=75626410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	75672376	rs1948874	A	G	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=1252;ReadPosRankSum=0.253;SC=GTTTTTCTGTAGATCCATCAT;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=360;TCF=157;TCR=203;TR=106;WE=75672384;WS=75672366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,117:0.30:384
chr1	75680433	rs687715	G	A	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1215;ReadPosRankSum=0.218;SC=ACAATCCAATGACAGGAAGGT;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=79;WE=75680441;WS=75680423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,80:0.66:121
chr1	75680545	rs688513	T	G	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=205;SC=CAACTCTCAGTGTCATTGACA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=75680553;WS=75680535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	75681351	rs594470	A	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=176;SC=AACTGCATGAAGTAAAAGTAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=75681359;WS=75681341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	75681511	rs595009	T	C	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=48;PP=1864;SC=TCAGGCAGCATTGTAGGAATT;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=112;WE=75681519;WS=75681501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	75685403	rs600734	T	C	4675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.195;SC=TTCCCAGGGATAGAAAACACT;SOR=0.427;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=279;TCF=187;TCR=92;TR=192;WE=75685411;WS=75685393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,205:0.70:293
chr1	75685643	rs12042874	T	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=270;ReadPosRankSum=-1.710;SC=ACTGAATTGATTCTAAGAAAA;SOR=0.057;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=16;WE=75685651;WS=75685633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	75716925	rs588098	C	T	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=74;PP=2545;SC=GGTTTAGCAACACGGAGGGAC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=157;WE=75716933;WS=75716915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	75740845	rs1144298	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=23;ReadPosRankSum=-0.179;SC=GTCACAGAAGATTATTGATTT;SOR=0.330;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=75740853;WS=75740835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	75823084	rs1249833	C	T	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=231;SC=TCTCTGAGCACTGAGTAGAAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=75823092;WS=75823074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	76007232	rs211744	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-1.943;SC=AAGATAGTTACCTAAAGCAAA;SOR=0.105;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=5;WE=76007240;WS=76007222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	76143443	rs7513363	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.144;NF=24;NR=27;PP=527;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CAAGGGAGGAACCAAGATGGC;SOR=0.564;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=172;TCF=77;TCR=95;TR=51;WE=76143451;WS=76143433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,53:0.28:189
chr1	76143458	rs7516122	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.557;NF=15;NR=25;PP=476;ReadPosRankSum=0.028;SC=GATGGCCGAATAGGAACAGCT;SOR=0.786;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=40;WE=76143466;WS=76143448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,41:0.26:156
chr1	76143505	rs1746748	T	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=33;PP=804;SC=ACGCAGAAGATGGGTGATTTC;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=76143513;WS=76143495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	76190569	rs1251075	C	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=211;ReadPosRankSum=-1.998;SC=GCAGGGGGCCCTGGGCCAAAA;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=18;WE=76190577;WS=76190559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr1	76194054	rs7524467	C	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr1	76194162	.	G	A	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CCAGGATTAGGATTTAGTTTT;SOR=0.738;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=37;WE=76194170;WS=76194152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,42:0.30:141
chr1	76194229	rs11316888	GT	G	1581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=1351;SC=AGCTTTATATGTTTTGTTTGG;SOR=1.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=34;WE=76194237;WS=76194219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr1	76198436	rs2275378	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=0.378;SC=AGTAGGTATATACATTTTAAA;SOR=0.494;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=26;WE=76198444;WS=76198426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
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chr1	76234886	rs1146593	A	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=12;PP=532;SC=TCACCTTCCAACATCATTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=76234894;WS=76234876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr1	76252011	rs1146634	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CAGACAGGGTGGAGTAGGGTT;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=32;WE=76252019;WS=76252001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,39:0.32:123
chr1	76252196	rs138012474	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.389;SC=TGTTAAGAGTTGAGCAGCCCG;SOR=2.093;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=76252204;WS=76252186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	76252687	rs1146636	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=0.940;SC=TGATATTCTATGGTGTTTATT;SOR=0.914;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=15;WE=76252695;WS=76252677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	76255228	rs11161620	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=0.266;SC=ATTACACTGAGACCTTGGAGG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=76255236;WS=76255218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	76257892	rs12703	A	T	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=43;PP=2314;SC=GATTTCTGGCAATTACAAGTC;SOR=1.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=119;WE=76257900;WS=76257882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	76260837	rs11161626	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=0.431;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	76269372	rs5745323	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=1.502;SC=CATCATTGCATAATTCAAATC;SOR=0.512;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=10;WE=76269380;WS=76269362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	76272837	rs3737574	A	G	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=994;ReadPosRankSum=-1.376;SC=GTAAGTATTAATAATTCTAGA;SOR=0.422;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=71;WE=76272845;WS=76272827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,75:0.63:119
chr1	76280543	rs1144339	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=275;SC=ACTTAGCAAGAATAATCATTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=76280551;WS=76280533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	76333163	rs5745433	T	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,10:0.16:62
chr1	76344011	rs1493367	C	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=536;ReadPosRankSum=1.136;SC=CAGGTAATTTCTTTATTTGAT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=30;WE=76344019;WS=76344001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr1	76344705	rs5745448	T	C	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.70;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr1	76344711	rs5745449	A	T	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.24;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,77:0.65:118
chr1	76344920	rs5745453	G	A	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=179;SC=TGAATGTTCTGTATCTTCTCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=76344928;WS=76344910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	76345640	rs2307077	G	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=248;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AGAGTAAAATGATTAACCTAA;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=17;WE=76345648;WS=76345630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr1	76345884	rs2307078	T	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=1.134;SC=ATTGGTTTAATTTGAGAAACT;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=76345892;WS=76345874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	76346920	rs5745466	C	CAT	2282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=9;PP=1584;SC=TCTTACCAAACGTGTTTTCAG;SOR=2.215;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=76346928;WS=76346910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	76365191	rs5745544	C	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TTCAGAAGTGCCTCTAGAAGG;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=76365199;WS=76365181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	76378360	.	T	TA	291.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr1	76378361	rs5020911	T	A	432.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=1.865;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr1	76378362	rs2881857	T	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.671;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr1	76378363	rs28693610	T	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=3.159;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr1	76387748	rs12567390	T	A	1650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.699;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1094;ReadPosRankSum=0.459;SC=CCATTTTTTTTAAAGTAGTTT;SOR=0.187;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=67;WE=76387756;WS=76387738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,72:0.81:89
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chr1	76608777	rs184095	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=353;SC=AAATTGAACTCACCCTGTTTA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=76608785;WS=76608767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	76771475	rs10782610	G	T	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=20;PP=1521;SC=ATCAGTTAGAGAATTATTTAT;SOR=1.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=78;WE=76771483;WS=76771465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	76878156	rs17098942	C	T	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.029;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=53;PP=1357;ReadPosRankSum=0.376;SC=TATGCTAAATCTTCGCCAATT;SOR=0.297;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=101;TCF=22;TCR=79;TR=70;WE=76878164;WS=76878146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,71:0.68:104
chr1	76878920	.	A	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	76878921	.	A	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr1	77042405	rs315029	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-7.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.495;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=272;ReadPosRankSum=0.039;SC=GAAAAGCTCTGGGGAGCCTGA;SOR=0.013;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=83;TCF=81;TCR=2;TR=23;WE=77042413;WS=77042395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
chr1	77042631	rs28439552	G	C	1213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.509;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=66;PP=1676;ReadPosRankSum=-0.820;SC=AAGAAAGAAAGAAACAAACAA;SOR=0.284;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=266;TCF=83;TCR=183;TR=101;WE=77042639;WS=77042605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,63:0.28:228
chr1	77093010	rs680442	CT	TG	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=613;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AGTTTCTCAACTCTTTTTCCT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=15;WE=77093019;WS=77093000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr1	77093180	rs1184626	C	A	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1558;ReadPosRankSum=1.040;SC=GTTTACCTTCCTTCTGGCCAT;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=95;TCR=94;TR=108;WE=77093188;WS=77093170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,119:0.59:201
chr1	77510008	rs35763299	C	A	3224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=83;PP=2072;ReadPosRankSum=1.218;SC=ATGACGCCCCCACACGCGGCT;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=571;TCF=300;TCR=271;TR=178;WE=77510016;WS=77509993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,187:0.31:598
chr1	77558057	rs1048575	G	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=5;PP=703;SC=TCATCATCAAGTCTAAAAAAT;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=77558065;WS=77558047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	77627096	rs839825	G	A	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=31;PP=1373;SC=TGATGCTATGGAAAGGGGGAA;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=77627104;WS=77627086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	77634948	rs1779199	G	A	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=47;PP=2744;SC=AATTTACCTCGTAACTTCTAT;SOR=1.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=92;TCR=48;TR=139;WE=77634956;WS=77634938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	77635148	rs1779198	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=481;ReadPosRankSum=-0.552;SC=AAATTTATTTATATCATGTAG;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=24;WE=77635156;WS=77635138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr1	77672215	.	A	AT	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5004;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=31;QD=10.0;SC=TTCAAATCAGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=77672223;WS=77672205;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	77685042	rs12723684	T	C	7412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=2.698;SC=AGCAACACAGTTGCCAAGACA;SOR=0.511;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=415;TCF=195;TCR=220;TR=302;WE=77685050;WS=77685032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,317:0.73:434
chr1	77763542	rs1167206	G	A	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=40;PP=1305;SC=CAGAGATAAAGCAAAAATTGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=77763550;WS=77763532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	77876896	rs6703133	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=604;ReadPosRankSum=0.246;SC=GGTATAAAAATAAAAGTATAA;SOR=2.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=27;WE=77876904;WS=77876886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr1	77948771	rs115283168	C	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GTACTTGGGACAGATGACCCA;SOR=0.148;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=77948779;WS=77948769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	77949123	rs7515509	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.90;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr1	77949129	rs7528932	A	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.22;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	78001881	.	T	C	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=55;QD=29.9237375157;SC=CACAGTGGCTTATGCCTGTAA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=78001889;WS=78001871;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	78024284	rs6675743	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=5;PP=606;SC=CTTTTAAATATAGATAAATGC;SOR=1.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=78024292;WS=78024274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	78024345	rs79671213	C	CTAT	2846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=17;PP=1606;SC=GCTATTGACTCTATTTTCTGA;SOR=1.292;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=32;WE=78024353;WS=78024335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	78031994	rs7552291	A	G	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=467;SC=GGACAGTAATATAACACACAA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=78032002;WS=78031984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	78033981	rs145860524	AAAATG	A	1904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=12;PP=1166;SC=ATAAATAAATAAAATGAAATG;SOR=1.230;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=23;WE=78033993;WS=78033971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr1	78179032	rs71075758	AT	A	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=0.678;SC=CATTAAACTCATTTTTTTTTT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=5;WE=78179040;WS=78179022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr1	78471060	rs11384806	T	TC	341.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.17;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr1	78481640	rs1039863	G	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=669;SC=GGTAAAATTTGTGCTTAGATT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=78481648;WS=78481630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	78560583	rs565164	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TGAGATTGGTGCATTCATTAC;SOR=0.972;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=10;WE=78560591;WS=78560573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	78578177	rs6666954	T	C	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=704;ReadPosRankSum=0.505;SC=ATGTTGAAATTATGGTCTCTG;SOR=1.087;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=46;WE=78578185;WS=78578167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,45:0.31:144
chr1	78585086	rs540742	T	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=1.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,68:0.25:269
chr1	78591740	rs139844601	TAAC	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=0.842;SC=CTTTTGAAGATAACAATATTT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=78591750;WS=78591730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr1	78601465	rs3838409	C	CT	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,24:0.27:90
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chr1	79128320	rs11577395	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=359;ReadPosRankSum=1.088;SC=TATTGCTTTCATAATTTATAC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=20;WE=79128328;WS=79128310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr1	79128570	.	G	GT	5072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.395;NF=15;NR=72;PP=2933;ReadPosRankSum=0.237;SC=ATAGGTAGATGGTTTGGTGGT;SOR=0.783;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=22;TCR=112;TR=87;WE=79128578;WS=79128560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,145:0.68:214
chr1	79355596	rs1061728	A	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=19;PP=680;SC=TGAGATCAAAATCACTGCTTA;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=79355604;WS=79355586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	79357360	rs2275902	G	C	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=92;PP=2630;ReadPosRankSum=1.149;SC=AAGAGCGAGGGCTCCTCTTGC;SOR=0.583;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=217;TCF=96;TCR=121;TR=167;WE=79357368;WS=79357350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,174:0.76:229
chr1	79383300	rs5775467	CA	C	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=0.099;SC=ATTGTAATAACAATTTTATAT;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=79383308;WS=79383290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	79383458	rs12569007	A	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=387;ReadPosRankSum=-0.514;SC=TTATCAAAGAAATGCAAAGCA;SOR=0.984;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=95;TCF=70;TCR=25;TR=26;WE=79383466;WS=79383448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr1	79383748	rs200740355	GA	G	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	79383766	rs72675852	G	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=549;ReadPosRankSum=0.425;SC=AAAAAACATTGTCAGTGTTTG;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=28;WE=79383774;WS=79383756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr1	79385807	rs41312730	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr1	79387242	rs3811440	C	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=9;PP=1021;ReadPosRankSum=1.714;SC=TCGAATGATGCGGAAAAAAAA;SOR=0.975;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=82;TCR=16;TR=60;WE=79387252;WS=79387232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr1	79392756	rs12754818	C	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TTATAATATACAAATGCAACT;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=79392764;WS=79392746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr1	79403751	rs985277	T	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
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chr1	82402364	rs142993868	TAATC	T	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.451;NF=4;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TAAGTGAAAATAATCAAATAA;SOR=0.399;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=7;WE=82402375;WS=82402354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr1	82415814	rs9438715	T	C	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=12;PP=1913;SC=CATGTGTGCATGACTGTATGT;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=75;TCR=12;TR=87;WE=82415822;WS=82415804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	82416220	rs2148630	G	A	237.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.674;SC=AGTAGGTTCTGTATTACAGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=82416228;WS=82416210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr1	82417552	rs7413275	T	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=460;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TCGCAAATTTTTTTCACCACA;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=20;WE=82417560;WS=82417542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr1	82421596	rs11163397	C	T	7363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=98;PP=2965;SC=TTCTGAGACCCGAAGCTTTGG;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=146;TCR=98;TR=244;WE=82421604;WS=82421586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	82450194	rs1154816	C	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=508;ReadPosRankSum=-1.634;SC=GTTGTCTTCACTGTTCATTTA;SOR=1.542;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=24;WE=82450202;WS=82450184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr1	82450844	rs1409765	C	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=363;ReadPosRankSum=1.516;SC=ACCAGATAATCCTACATAGGT;SOR=0.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=28;WE=82450852;WS=82450834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr1	84355734	rs71826512	AAGAACTTCAAGGAT	A	5527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.251;NF=7;NR=99;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.478;SC=GCGACTGCAGAAGAACTTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=7;TCR=100;TR=106;WE=84355755;WS=84355724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr1	84383079	rs17534614	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=0;PP=697;SC=ACTGTCATCAGGAAAATAACC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=84383087;WS=84383069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	84385599	.	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.719;SC=TAGACAATCCTTGACCATCTA;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=84385607;WS=84385589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	84640691	rs582201	T	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	84680043	rs376793055	T	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=601;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TTAAAGTTGGTGTTTAAATTA;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=41;WE=84680051;WS=84680033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr1	84765340	.	G	GTATATA	467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.98;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	84791239	rs315555	T	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=143;SC=GAAAGGCCTGTCCCAGAAGAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=84791247;WS=84791229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	84810396	rs315528	A	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=426;SC=GTGTGCCTCAAAATGCTTCCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=84810404;WS=84810386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	84810815	rs315527	A	G	13310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=235;NR=246;PP=2965;SC=TGTAAGCAGCAGACTGAGAAA;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=481;TCF=235;TCR=246;TR=481;WE=84810823;WS=84810805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr1	84853957	rs665074	A	T	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=17;PP=1585;SC=AAATTTTGCAATAAAGGATAA;SOR=2.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=75;WE=84853965;WS=84853947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	84944940	rs11163977	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=518;ReadPosRankSum=-0.966;SC=TTCCGTTTCCGTACGGAAGCA;SOR=0.671;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=31;WE=84944948;WS=84944930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr1	84944989	rs2292191	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=328;ReadPosRankSum=2.299;SC=GGATAAGAGCAGCAGCAGCGG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=28;WE=84944997;WS=84944979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr1	84946469	rs11163978	G	T	122.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CAGCTCATTTGGCTTACAGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=84946477;WS=84946459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	84946745	rs7413066	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=428;SC=TAGGGAATCCCTCCTGATATT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=84946753;WS=84946735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	84955233	rs11163983	C	T	3167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=51;PP=1773;ReadPosRankSum=0.306;SC=CAGTGTCCAACAGTCCTGCTG;SOR=0.912;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=218;TCF=129;TCR=89;TR=134;WE=84955241;WS=84955218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,147:0.64:231
chr1	84956161	rs11440073	C	CT	1639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,86:0.57:152
chr1	84962971	rs12077012	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=472;ReadPosRankSum=-0.984;SC=CTGACTATTCGGGGTCTCGCA;SOR=0.462;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=26;WE=84962979;WS=84962961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
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chr1	84998445	rs6690204	C	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CTGAAATCTACGATAAGATTA;SOR=0.129;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=84998453;WS=84998435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	84999571	rs10874451	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CTAATATCAATATAATCAATA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=84999579;WS=84999561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr1	85009894	rs12143652	A	G	5889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.480;SC=GACAGCTGAAAAAGAGTACAT;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=393;TCF=209;TCR=184;TR=252;WE=85009902;WS=85009884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,264:0.65:404
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chr1	85029077	rs15911	C	T	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=805;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CGGAAAGGGACTTTTGCAATG;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=60;WE=85029085;WS=85029067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr1	85029376	rs41284597	A	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=120;ReadPosRankSum=1.589;SC=TCTAAAAAATATAATAGATAA;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=11;WE=85029384;WS=85029366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	85031630	rs2994953	G	A	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1444;ReadPosRankSum=-1.797;SC=AAGCATCTGCGATTCCAGTAT;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=106;WE=85031638;WS=85031620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,114:0.67:170
chr1	85036239	rs2303306	C	G	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=59;PP=2143;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CCAATTGCTGCACACATAGAT;SOR=0.846;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=236;TCF=137;TCR=99;TR=147;WE=85036247;WS=85036229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,157:0.64:247
chr1	85113203	rs2994949	T	C	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=89;PP=2965;SC=CAGGTCTTGATGCCACACTCC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=114;TCR=89;TR=203;WE=85113211;WS=85113193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	85113229	rs1057746	A	G	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=96;PP=2965;SC=TGATTTGTACATTCTCCTCCA;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=103;TCR=96;TR=199;WE=85113237;WS=85113219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	85121255	rs4537578	A	G	6420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=117;PP=2965;SC=TAAAACACTTAGCAGGAGAAA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=99;TCR=118;TR=216;WE=85121263;WS=85121245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	85128262	rs2911563	A	G	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=100;PP=2919;SC=ATGCTTAAGCATCTAAAACTC;SOR=1.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=45;TCR=101;TR=145;WE=85128270;WS=85128252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	85128280	rs2994437	T	C	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=82;PP=2629;SC=CTCTAATGCATTCTATACACG;SOR=2.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=22;TCR=83;TR=104;WE=85128288;WS=85128270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	85128305	rs11164033	G	C	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=59;PP=1836;SC=TGGTGAAAGTGAACCTGGTAT;SOR=3.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=68;WE=85128313;WS=85128295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	85131641	rs2911566	G	C	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=272;SC=GGGTTCCTGAGCTTCCAGTTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=85131649;WS=85131631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	85131982	rs3096445	T	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=35;PP=1016;SC=ATCCTTAAAATATCAGTAACA;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=85131990;WS=85131972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	85331808	rs146269415	G	GAGA	2011.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.316;NF=1;NR=33;PP=1455;ReadPosRankSum=-1.669;SC=ATTCATTGTGGAGAAGTGAAC;SOR=0.577;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=3;TCR=117;TR=34;WE=85331816;WS=85331798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,56:0.37:151
chr1	85397286	rs34793286	G	C	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=92;PP=2459;ReadPosRankSum=1.352;SC=TTCTGAAATAGAGTATTCTAA;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=52;TCR=122;TR=132;WE=85397294;WS=85397276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,134:0.74:181
chr1	85418307	rs677476	C	G	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=60;PP=1792;SC=AGGTTACTTACGGAGTTTCAA;SOR=3.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=73;WE=85418315;WS=85418297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	85422061	rs632545	C	T	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=93;PP=2965;SC=GAGGGCATTTCTGCTCTTACC;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=136;TCR=93;TR=229;WE=85422069;WS=85422051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	85424182	rs673998	A	G	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=15;PP=959;SC=ACATTGTTAAAGTATAGGTCA;SOR=1.453;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=52;WE=85424190;WS=85424172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	85424479	rs674182	A	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=210;SC=ACCTATAAACATCAGAAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=85424487;WS=85424469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	85462582	rs11161503	C	G	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=38;PP=1185;SC=CTTTCCAGGGCTCTCGGGATT;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=85462590;WS=85462572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	85462652	rs11161504	G	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=448;SC=CGCGTCCGCCGAAGTTGGAGC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=85462673;WS=85462642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	85462665	rs11161505	T	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=381;SC=GTTGGAGCCCTGCAAAGCGGG;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=85462673;WS=85462642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	85488030	rs2028304	G	A	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=118;PP=2965;SC=CAAGCCACACGAGCATGGTAG;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=93;TCR=118;TR=211;WE=85488038;WS=85488008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	85488154	rs2039814	G	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=617;SC=ATTGAGGTAAGTATGAGTAAG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=85488162;WS=85488144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	85537502	rs4907131	T	A	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=413;SC=CCAGGGTAAATCTTAGAAAAC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=85537510;WS=85537492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	85537522	rs4907132	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=517;SC=CATATTCTTATGTTTATTAAA;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=85537530;WS=85537512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	85538655	rs28417745	A	G	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	85538879	rs11161517	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=573;SC=CAATCAAAATGTACATGGGCT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=85538887;WS=85538869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	85551468	rs111823967	A	ATCAGTTTTTCT	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=2689;ReadPosRankSum=0.197;SC=TTGCCTACACATCAGGGACTT;SOR=0.793;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=85551476;WS=85551458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	85559118	rs11304107	CT	C	1084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,57:0.37:153
chr1	85559452	rs709762	A	G	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=5.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,104:0.25:408
chr1	85560313	rs709765	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=59;ReadPosRankSum=1.621;SC=CAGTTTTTATTGCAAAGTACT;SOR=0.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=9;WE=85560321;WS=85560303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr1	85561546	rs709766	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,27:0.25:107
chr1	85564138	rs817489	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.363;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr1	85573705	rs11427716	A	AC	1080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,40:0.29:140
chr1	85574021	rs709759	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TCCTTGATTGGGAGGATTTTT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=85574029;WS=85574011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	85589939	rs11356964	GT	G	15666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.18;NF=29;NR=234;PP=2951;SC=GTTATGGTAAGTTGCCTGCAA;SOR=1.181;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=270;TCF=29;TCR=241;TR=263;WE=85589947;WS=85589929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr1	85592126	rs817474	G	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=506;SC=TTAATGAACAGCATGGTGAAT;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=85592134;WS=85592116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	85595645	rs1020770	C	T	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=84;PP=2965;SC=CTGCCTGTCACCCTCTCATGG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=114;TCR=84;TR=198;WE=85595653;WS=85595635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	85598527	rs36118758	TC	T	3310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.241;NF=64;NR=18;PP=1923;ReadPosRankSum=-0.294;SC=TTGTTTTTCTTCCCCCCCCAG;SOR=1.758;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=82;WE=85598535;WS=85598517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr1	85624549	rs709786	C	T	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=49;PP=2290;SC=GTAGACTCAACTGTCTGCATT;SOR=1.117;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=122;WE=85624557;WS=85624539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	85624864	rs817412	G	A	7327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=153;PP=2965;SC=TTCTGCCTCAGATAATTCAGA;SOR=1.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=96;TCR=153;TR=249;WE=85624872;WS=85624854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	85647713	rs817444	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=618;SC=ACCTTGAATTTCTTCCCCCAA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=85647721;WS=85647703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	85648620	rs817443	C	T	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=68;PP=2621;SC=GTATGATGAACTTCTCGGCAG;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=130;WE=85648628;WS=85648610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	85648905	rs11161539	T	C	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=812;ReadPosRankSum=0.344;SC=GAAAGAAAAATACGTTATAAA;SOR=0.780;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=45;WE=85648913;WS=85648895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr1	85725353	rs112918702	GCCGGAAA	G	1927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=27;PP=1509;SC=TCCGCCGGAAGCCGGAAACCG;SOR=2.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=27;WE=85725367;WS=85725343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	85741921	rs2735594	G	C	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=120;NR=82;PP=2965;SC=TTCCGCTTTCGTCTCCCGCTG;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=120;TCR=82;TR=202;WE=85741929;WS=85741911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	85742012	rs11576939	G	C	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=62;PP=1921;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CCTCCTCGGTGAGGGACGGTG;SOR=0.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=118;WE=85742020;WS=85742002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,121:0.68:179
chr1	85787114	rs233116	A	T	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.46;SOR=2.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	85787114	.	AACCG	TACCC,TACCG	569	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7,33;NR=0,5;PP=38,569;QD=13.066839266;SC=TCTTGCCGGCAACCGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=7,38;WE=85787126;WS=85787104;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.18:38
chr1	85787118	rs3087894	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr1	85787323	rs1498375	T	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr1	85790633	rs1498373	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=249;ReadPosRankSum=0.866;SC=AAGGAAGGCAGTGTGGTAGGA;SOR=0.569;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=8;TCR=62;TR=19;WE=85790641;WS=85790623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr1	85930272	rs4001153	GAC	G	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=625;ReadPosRankSum=0.595;SC=CTGACTCTCTGACACACACAC;SOR=1.460;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=19;WE=85930285;WS=85930262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr1	86047311	rs9658584	G	C	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=34;PP=1201;SC=AGTCCCCATAGTCCAGAAGTT;SOR=1.306;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=58;WE=86047319;WS=86047301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	86146672	rs3767162	G	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=282;SC=TTCACTTTAAGATAATTCCAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=86146680;WS=86146662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	86167760	rs185530889	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=447;SC=TGGGGTAGCAATGCTCTATAG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=86167768;WS=86167750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	86167957	rs1764298	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	86202016	rs1481200	C	T	6177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=83;PP=2965;SC=GTCATGGAAACAACTAGAGTC;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=132;TCR=83;TR=215;WE=86202024;WS=86202006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	86210241	rs11387251	G	GT	435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=442;SC=TTCTGCCAGGGTTTTATCAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12;WE=86210249;WS=86210231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	86210546	rs7547023	G	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=28;PP=787;SC=AATTATATAAGCAAAAAAATC;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=86210554;WS=86210536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	86211325	rs10747324	G	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=355;SC=TAACTCTTACGGTTAGACAGA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=86211333;WS=86211315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	86246849	rs313722	A	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=13;PP=868;SC=ATATTCTAGAAATAGAATTAA;SOR=1.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=48;WE=86246857;WS=86246839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	86249063	rs313724	C	T	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=11;PP=1437;SC=TGAGTTTCTACCTTAAAAGTC;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=63;WE=86249071;WS=86249053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	86249911	rs313725	A	G	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=58;PP=2227;SC=TGTAGAATAAATGCTTGGTGA;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=110;WE=86249919;WS=86249901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	86252025	rs12746325	A	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=19;PP=713;SC=TTGGAACAAAATATTAAAGTA;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=86252033;WS=86252015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	86308225	rs1010058	C	A	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=132;SC=AAAAATAACCCCCCAACTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=86308233;WS=86308215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	86313536	rs1962482	G	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=0.369;SC=TTCCTGAATAGCTCCTGAGGA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=14;WE=86313544;WS=86313526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr1	86340193	rs11161696	G	T	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=187;SC=GCTTTTGAAAGTATGAAATGA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=86340201;WS=86340183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	86340262	rs12136023	C	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=11;PP=654;SC=TTGAGTGTTTCGAATAATAAG;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=86340270;WS=86340252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	86340523	rs1564518	TG	CA	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=103;SC=GGAAATGGGCTGCAAAACAGC;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=86340532;WS=86340513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	86340794	rs1564516	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=3;PP=1084;SC=CCAAATAGGTTGGGGACTGCT;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=41;WE=86340802;WS=86340784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	86340880	rs1564515	A	G	6429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=132;NR=89;PP=2965;SC=GTTAGCAAATATAGGGGATTC;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=133;TCR=89;TR=221;WE=86340888;WS=86340870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	86341153	rs12122234	G	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=529;SC=TAGCATAAGAGCAGATTCTTT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=86341161;WS=86341143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	86355414	.	CTT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=11.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.881;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr1	86361802	rs7541806	C	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=0.511;SC=TATGGTCTTACTATGCTAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=11;WE=86361810;WS=86361792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	86375654	rs1502657	C	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,80:0.25:326
chr1	86453237	rs11799965	T	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-2.735;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr1	86453409	rs589698	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=-1.851;SC=ATAAAATTCCCTTTGCTATTC;SOR=2.712;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=12;WE=86453417;WS=86453399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	86487914	rs11161721	C	A	7055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=123;PP=2965;SC=AGCAAAAGTTCAAACCTACTG;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=123;TCR=123;TR=246;WE=86487922;WS=86487891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	86487981	rs516213	G	A	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=90;PP=2796;SC=AGCACCCTAAGAGAAGAGAAT;SOR=1.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=40;TCR=90;TR=130;WE=86488000;WS=86487971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	86487992	rs5775882	A	AACAG	4482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=61;PP=2918;SC=AGAAGAGAATAACAGAAGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=8;TCR=76;TR=67;WE=86488000;WS=86487971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	86497417	rs145877277	TG	T	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CATATCTGGTTGAAAAAAATA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=3;WE=86497425;WS=86497407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr1	86557967	rs11161732	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=16;PP=855;SC=CCAGGAACAGGTTGACCTGGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=86557975;WS=86557957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	86590915	rs2174767	G	A	7906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=119;PP=2965;SC=TTAGGAGAGAGCTAAATTTCT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=141;TCR=119;TR=260;WE=86590923;WS=86590905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	86591837	rs11161747	G	A	6133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=127;PP=2965;SC=TACAGCAGTCGCTGGTGATGA;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=80;TCR=127;TR=206;WE=86591845;WS=86591827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	86621992	rs1999747	C	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=4;PP=1153;SC=GTTGGTCTAACCCCTACCCTA;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=86622000;WS=86621982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	86890931	rs1158505	T	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=290;SC=AAATATTTCATTGTCTTTTAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=86890939;WS=86890921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	86891005	rs1158506	C	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=14;PP=773;SC=GTAAGTTTTTCTTTTGTCTGG;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=86891013;WS=86890995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	86891073	rs11580625	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=328;ReadPosRankSum=1.002;SC=CAAGAGAAGAGTATTTTTCAG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=28;WE=86891081;WS=86891063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr1	86896354	rs4292929	G	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=487;SC=CTTTTTTATGGTGGTAGGTGG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=86896362;WS=86896348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	86896706	rs3737673	C	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=32;PP=873;SC=TCTAAAATTGCTTATAACTTA;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=86896714;WS=86896696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	86897970	rs12407985	T	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	86897973	rs1334150	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	86900332	rs17449526	T	C	8903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=177;PP=2965;SC=TTCCCATGAATGGGACTGAGC;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=143;TCR=177;TR=320;WE=86900340;WS=86900322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr1	86900372	rs17409304	C	G	7804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=148;PP=2965;SC=CTCGCTTGTACAGGCTGGTGA;SOR=1.344;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=97;TCR=148;TR=245;WE=86900380;WS=86900362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	86900491	rs56408800	C	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=37;PP=1159;SC=TCTTTATTATCTCAATTTATT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=86900499;WS=86900481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr1	86904850	rs10493791	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=513;ReadPosRankSum=1.061;SC=TTTTAGTATACGAGGTTTCCT;SOR=0.524;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=45;TCR=102;TR=44;WE=86904858;WS=86904840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,45:0.29:153
chr1	86905759	rs11161835	G	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-5.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=250;ReadPosRankSum=-0.801;SC=ATTTGGATGAGAGTGAATTCT;SOR=1.139;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=17;WE=86905767;WS=86905749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr1	86906114	rs1981082	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=325;SC=AATACAGAAATTGTTTTTAAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=86906122;WS=86906104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr1	86909582	rs1413426	G	A	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=774;ReadPosRankSum=1.067;SC=CAGGCCAGTGGTCCTCCTGAG;SOR=0.911;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=226;TCF=103;TCR=123;TR=74;WE=86909590;WS=86909572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,80:0.33:242
chr1	86909703	rs3820039	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.9770;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=459;ReadPosRankSum=-0.634;SC=AGGTAGGTGTTGTGAGTTTGT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=25;WE=86909711;WS=86909693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr1	86913074	rs12752909	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=383;ReadPosRankSum=1.189;SC=GTAGTATTTTAAAAAGTGCAA;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=18;WE=86913082;WS=86913064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	86920904	rs2390057	A	G	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=62;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TCTCACCCCAAATTTCCACGA;SOR=0.575;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=440;TCF=254;TCR=186;TR=138;WE=86920912;WS=86920894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,137:0.30:453
chr1	86939130	rs2145412	C	T	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=44;PP=1735;SC=TCTGTATCTGCTTGAAGCTAC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=94;WE=86939138;WS=86939120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr1	86947975	rs1321694	A	T	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;PP=1095;ReadPosRankSum=-1.365;SC=TCAATAAAGTAACAGGACTCT;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=328;TCF=196;TCR=132;TR=98;WE=86947983;WS=86947965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,99:0.28:349
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chr1	86952324	rs2734705	A	G	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=41;PP=1769;SC=CATGTACAAAATGAACTCATA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=93;WE=86952332;WS=86952314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	86954591	rs2075632	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=524;ReadPosRankSum=0.504;SC=CCTCTAGAATTTCTTTTCTCC;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=34;WE=86954599;WS=86954581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,36:0.30:119
chr1	86956772	rs2753341	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
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chr1	86959173	rs2791494	T	C	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=46;PP=1922;SC=ACCTGGACAATGCAGCCTCCC;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=120;WE=86959181;WS=86959163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	86959796	rs1321689	C	T	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=15;PP=1911;SC=AGGGTTTTCCCGTACGTGACA;SOR=2.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=82;WE=86959804;WS=86959786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	86965419	rs1882753	T	C	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=923;ReadPosRankSum=1.252;SC=TGAATACTACTGCTCTCATCC;SOR=0.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=71;TCR=22;TR=59;WE=86965427;WS=86965409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr1	87036746	rs772599	C	A	9071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=184;NR=133;PP=2965;SC=CTGTGCTCTGCATTATGTTTG;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=184;TCR=133;TR=317;WE=87036754;WS=87036736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr1	87045896	rs4001061	TCCTACA	T	12411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.640;NF=63;NR=182;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.906;SC=ATGACATTGATCCTACACCTA;SOR=0.909;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=263;TCF=71;TCR=192;TR=245;WE=87045909;WS=87045886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,457:1.00:459
chr1	87200729	rs263483	C	G	5201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.875;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GTTGACTATACAGCTAAGAAC;SOR=0.857;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=350;TCF=201;TCR=149;TR=217;WE=87200737;WS=87200719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,230:0.62:368
chr1	87458695	rs10873810	G	A	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=17;PP=1442;SC=CTCCCAGTGTGGGGAGGGTAC;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=72;WE=87458703;WS=87458685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	87538182	rs34124612	TTG	T	3195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=19;PP=1563;SC=CATGCAATCTTTGTGTGTTTG;SOR=1.148;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=34;WE=87538191;WS=87538172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	87538200	rs10782592	G	A	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=25;PP=1231;SC=TTGAGAATTAGTTCAGGCTGT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=87538208;WS=87538190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	87549858	rs2798675	A	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=11;PP=652;SC=TATATAATGAATGTGTTCTCC;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=87549866;WS=87549848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	87558066	rs66709085	CCACATA	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=279;SC=TTCCCAATCGCCACATACACA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=87558079;WS=87558056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	87563668	rs1199677	G	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=30;PP=840;SC=TATTATCTCTGTAATCTGTGT;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=87563676;WS=87563658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	87570398	rs1621247	G	A	5894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=121;PP=2965;SC=TGTGACTATTGGATTCTTGAA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=72;TCR=121;TR=193;WE=87570406;WS=87570388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	87598117	rs6686259	T	G	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.954;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=29;PP=1967;ReadPosRankSum=-0.795;SC=CGCGGCGGCCTCGGGAGGCCC;SOR=1.594;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=95;WE=87598125;WS=87598107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr1	87599697	rs6576865	G	A	5870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=124;PP=2965;SC=CTCTGGCCACGCTTGCACCCT;SOR=1.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=75;TCR=124;TR=199;WE=87599705;WS=87599687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	87633761	rs10782593	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=7;PP=767;SC=CAGTCCCAAACGCCAGCAGCT;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=87633769;WS=87633751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	89225976	rs430600	T	C	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=44;PP=1552;SC=ATTGAAGGCCTTACAAAAACA;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=82;WE=89225984;WS=89225966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	89236029	rs7541301	T	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=672;ReadPosRankSum=0.029;SC=CTTATTTTTTTAATAGGATCG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=112;TCR=61;TR=53;WE=89236037;WS=89236019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,55:0.30:184
chr1	89271574	rs786906	T	C	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=931;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CTTCTATAAGTGATTCTACAG;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=159;TCR=93;TR=84;WE=89271582;WS=89271564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,88:0.33:269
chr1	89280965	rs786918	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr1	89294101	.	AT	A	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.18;MQRankSum=0.690;NF=16;NR=8;PP=324;ReadPosRankSum=-1.108;SC=GATAGCTTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=24;WE=89294109;WS=89294091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr1	89298290	rs76636987	ATTG	A	721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.627;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=491;ReadPosRankSum=0.649;SC=GCATGGGTTTATTGTTGTTGT;SOR=2.697;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=11;WE=89298300;WS=89298280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	89322982	rs2794318	G	A	6888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=102;PP=2965;SC=ACCAAGTCCAGTTCCACAGCT;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=129;TCR=102;TR=230;WE=89322990;WS=89322972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
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chr1	89486037	rs7555039	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
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chr1	89522512	rs4376712	C	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=5.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.256;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,76:0.27:281
chr1	89522646	rs1048425	G	C	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.674;NF=26;NR=33;PP=916;ReadPosRankSum=0.354;SC=CTCCTGGAGGGTTTCTGTGGG;SOR=0.602;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=191;TCF=79;TCR=112;TR=59;WE=89522654;WS=89522636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,62:0.31:203
chr1	89523756	rs148526074	G	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.282;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=482;ReadPosRankSum=1.035;SC=TCTGCTACTTGTTGCACAAAT;SOR=1.751;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=28;WE=89523764;WS=89523746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr1	89574026	rs1329119	G	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=48;PP=1376;SC=ATTTCCACCAGATTAGTTCCC;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=89574034;WS=89574016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	89575677	rs2026043	T	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=408;SC=AATTTTGCCTTGGGTAACCAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=89575685;WS=89575667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	89579941	rs2230338	T	C	9378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=190;NR=147;PP=2965;SC=TCCCCACTGCTGATGGCATTG;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=191;TCR=148;TR=337;WE=89579949;WS=89579931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	89582690	rs1803632	G	C	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=53;PP=2702;SC=CCATTGACTGGAATGCCACCT;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=139;WE=89582698;WS=89582680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	89583544	rs2209956	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=397;SC=ATTTGGTTTCTTTTTATTAGC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=89583552;WS=89583534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	89597755	rs942442	T	C	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=197;SC=ATTTTAAACTTTTCTTAAATG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=89597763;WS=89597745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	89607479	rs6666846	G	T	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=2.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	89607486	rs6658235	T	C	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	89615979	rs586609	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=685;SC=TACAGTAGGCCTCAGTAAACA;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=89615987;WS=89615969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	89618472	rs10710842	GA	G	156.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.42;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	89637578	rs676913	G	A	10532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=165;NR=198;PP=2965;SC=AGTGTTCTCAGTGAGGCACAC;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=363;TCF=165;TCR=198;TR=363;WE=89637586;WS=89637568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr1	89650850	rs623134	A	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GCTATAACACATATACTTACA;SOR=0.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=8;WE=89650858;WS=89650840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	89652071	rs561042	TC	CT	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-7.982;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,29:0.14:206
chr1	89652078	rs608339	A	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-8.483;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,29:0.14:210
chr1	89652087	rs1142890	CC	TG	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=4.235;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-9.683;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.536;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,23:0.11:210
chr1	89652090	rs1142888	T	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=5.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-9.781;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.348;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,23:0.11:214
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chr1	89730723	rs9628688	C	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=867;ReadPosRankSum=0.358;SC=TTTCTGAGAACGTACATTTAA;SOR=0.301;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=55;WE=89730731;WS=89730713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr1	89731959	rs12729209	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=549;ReadPosRankSum=1.630;SC=ACAATGCAAGGATAATCTTAT;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=24;WE=89731967;WS=89731949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr1	89732237	rs61729628	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=327;ReadPosRankSum=0.421;SC=TACACAGACGGGGCAAATTGA;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=29;WE=89732245;WS=89732227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr1	89733273	rs6690597	T	C	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.781;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=68;PP=1815;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TATTTAAAAATAGGCTCTTGT;SOR=1.748;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=125;TCF=37;TCR=88;TR=90;WE=89733281;WS=89733263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,93:0.72:130
chr1	89835401	rs77072440	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=0.731;SC=GGTATATTAGGTAAAACATTC;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=89835409;WS=89835391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	89845926	rs11361992	GT	G	5094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.327;NF=66;NR=60;PP=2538;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TATATTCTCTGTTTTTTTTTA;SOR=1.526;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=126;WE=89845934;WS=89845916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr1	89847372	rs4658359	G	T	6042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=97;PP=2965;SC=GCAGAGGGCAGCTGACTACTA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=104;TCR=97;TR=201;WE=89847380;WS=89847353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	89847411	rs4658360	C	T	5680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=103;PP=2965;SC=GCGAGTGAAGCTCCCCACAGA;SOR=0.712;Source=Platypus;TCF=104;WE=89847419;WS=89847401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	89847444	rs4658146	A	G	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=81;PP=2965;SC=GCTGCTGGACATGCATGCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=87;TCR=82;TR=168;WE=89847452;WS=89847434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	89849201	rs928652	C	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=17;PP=973;SC=GCTTTTTCTTCCTTCCATAGG;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=89849209;WS=89849191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	89849350	rs928653	G	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=28;PP=905;SC=GGAGGGGTACGTTTATACAAT;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=89849358;WS=89849340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	89849441	rs928654	T	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=15;PP=442;SC=TGCTAAATCTTAAAATAACAA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=89849449;WS=89849431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	89849574	rs928655	G	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=344;SC=TTCAGATTTGGTTTAGTCTCA;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=89849582;WS=89849564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	89849742	rs959460	A	T	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=49;PP=1994;SC=GAGGCTCAAGATAAGAGTCGC;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=89849750;WS=89849732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	89885854	rs6673154	G	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=48;PP=1418;SC=GCTGGACACCGAGGGTCTGGG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=89885862;WS=89885844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	89888530	rs4261099	C	T	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=33;PP=2518;SC=ATCATCAGATCGTTGCTCAGC;SOR=2.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=89;TCR=33;TR=122;WE=89888538;WS=89888520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	89888552	rs4282800	T	A	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=51;PP=2965;SC=TTACTTCAGGTCATTTTCAGT;SOR=1.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=101;TCR=51;TR=152;WE=89888560;WS=89888542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	89888585	rs4415545	C	G	12551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.97;QD=44.35;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	89888588	rs4506445	G	T	12607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.17;QD=43.63;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	90048132	rs2279085	T	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=1;PP=902;SC=TAGAGTAAAATGCTTATTTGA;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=90048140;WS=90048122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	90049040	rs36084789	A	G	8506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=129;PP=2965;SC=CTTATGTTCCATATTTTTTAA;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=179;TCR=129;TR=308;WE=90049048;WS=90049030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	90171835	rs6657969	C	T	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=22;PP=1828;SC=AAGCTGCCTTCGTTTATATGT;SOR=2.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=88;WE=90171843;WS=90171825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	90178743	rs474536	A	G	6021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=103;PP=2965;SC=GGTCCAGAAGACAGCCTGGTC;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=93;TCR=103;TR=196;WE=90178751;WS=90178733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	90179532	rs12032393	A	G	7906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=0.108;SC=CAGCTAGACAATCTTCAAGAG;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=460;TCF=219;TCR=241;TR=332;WE=90179540;WS=90179522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,350:0.72:488
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chr1	91447985	rs358691	C	T	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=27;PP=838;SC=CATGAATAACCATAGCTACAA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=91447993;WS=91447975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	91728053	rs585898	G	A	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=49;PP=1746;SC=CTGCATTTCCGGCTTGTTGAG;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=91728061;WS=91728043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	91728202	rs555432	T	C	182.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=118;SC=AAAAACCATTTTAATTTGGAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=91728210;WS=91728192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	91731756	rs75935068	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=0.824;SC=CCAACAGATATGATCTGATTA;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=27;WE=91731764;WS=91731746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr1	91739208	rs281964	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=394;SC=TAACACTACTCGTCAATTCAA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=91739216;WS=91739198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	91739414	rs281963	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=372;SC=AGAAAATATGGAAATTAATCT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=91739422;WS=91739404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	91739457	rs79093507	A	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=0.903;SC=TATAAACAAAAATAATGATTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=91739465;WS=91739447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	91742055	rs281959	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TTATGAATAATGGTAATATTC;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=91742063;WS=91742045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	91742419	rs141161527	AATT	A	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=190;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACAGAGAGAAAATTATTTGCA;SOR=2.303;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=91742429;WS=91742409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	91781304	rs281991	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=262;SC=TATTTTTTTTTCAGTAGAATT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=91781312;WS=91781294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	91781413	rs281992	T	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr1	91781576	rs12568483	C	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=548;ReadPosRankSum=0.979;SC=AACCTTACTTCTCATACTCAG;SOR=0.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=35;WE=91781584;WS=91781566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr1	91782011	rs74843031	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.053;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=759;ReadPosRankSum=-1.661;SC=CAGCATTTACGATTGCATTTG;SOR=1.130;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=51;WE=91782019;WS=91782001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr1	91784887	rs10493845	G	A	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=46;PP=1507;ReadPosRankSum=-1.722;SC=AAATCTTTGCGGTATCTTGTG;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=106;WE=91784895;WS=91784877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,120:0.64:187
chr1	91793877	rs281972	T	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=703;SC=CAACCCTGAATCAAGCTTTAG;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=91793885;WS=91793867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	91804353	rs78167983	C	G	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=19;PP=1607;ReadPosRankSum=-0.240;SC=CCCTGCTGTGCCACCACCACT;SOR=0.359;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=113;TCF=90;TCR=23;TR=84;WE=91804361;WS=91804343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,88:0.76:116
chr1	91813184	rs281936	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=723;SC=TAAATATCCACAGAAACAATG;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=91813192;WS=91813174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	91841301	rs282036	T	C	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=57;PP=1713;SC=AACACAAAAATATGTGCATTA;SOR=2.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=72;WE=91841309;WS=91841291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	91844815	rs4658219	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.722;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=1.646;SC=AGTTCAATTTTAAAATTCTTT;SOR=0.127;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=13;WE=91844823;WS=91844805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	91846374	rs282033	C	A	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=3;PP=193;SC=TGTGGCAGTGCAGACATAAAG;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=91846382;WS=91846364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	91846595	rs5776097	T	TA	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.78;NF=0;NR=6;PP=235;SC=TAGTTACTTTTATTTTAAAAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=91846603;WS=91846585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	91846654	.	A	T	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=27;MQ=65.19;NF=0;NR=2;PP=23;QD=28.8856062736;SC=TGAGGTTTTAACATTTGCTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=91846662;WS=91846644;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	91850826	rs147504208	C	CA	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.092;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	91850970	rs17131419	C	G	62.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AATATTTTAACACACAGCACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=91850978;WS=91850966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	91851253	rs282026	T	C	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=19;PP=841;SC=ACTGAAATTTTTGCTTACTAT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=91851261;WS=91851243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	91859795	rs282009	T	C	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=68;PP=2322;SC=TTGCCAGCAATATGTGATAAG;SOR=1.045;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=134;WE=91859803;WS=91859785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr1	91989572	rs488126	T	G	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=12;PP=2512;SC=TTTTTCTGTTTTTGTTTTTTC;SOR=3.464;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=86;TCR=12;TR=97;WE=91989580;WS=91989562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	92108899	rs2493202	C	T	13745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;NF=222;NR=249;PP=2965;SC=TCTCCTCCATCTGTTGAACGA;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=471;TCF=222;TCR=249;TR=471;WE=92108907;WS=92108889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr1	92174260	rs284878	A	G	6220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CAAGGGGCTTAGTGAACGTCT;SOR=0.322;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=97;TCR=108;TR=204;WE=92174268;WS=92174250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr1	92177938	rs1805113	A	G	8209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=136;PP=2965;SC=GCGGGATAGGAAAGTGCACTC;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=150;TCR=136;TR=286;WE=92177946;WS=92177928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	92200593	rs11165376	A	G	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=93;PP=2773;SC=GTACTTCTCAAATCGAAGTGC;SOR=2.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=32;TCR=93;TR=125;WE=92200601;WS=92200583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	92200627	rs10874913	T	C	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=3.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	92200634	rs11165377	C	T	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	92224067	rs3738441	C	T	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=24;PP=1704;SC=TGGACTCTGGCATTATTTCAG;SOR=1.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=85;WE=92224075;WS=92224057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	92224347	rs11165441	G	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=531;ReadPosRankSum=1.003;SC=CTTAGCCCTGGCTTTCCATGA;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=32;WE=92224355;WS=92224337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr1	92262874	rs2810904	T	C	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=40;PP=2073;SC=GCCCCTGGCCTGCAGTGCGGA;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=122;WE=92262882;WS=92262864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	92428495	rs10783071	C	A	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=55;PP=1681;SC=TGTGAAACTACAGTTGCCTGT;SOR=1.279;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=95;WE=92428503;WS=92428485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	92446398	rs2303967	T	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=556;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TATGATAGCTTATTAAGACAA;SOR=0.489;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=37;WE=92446406;WS=92446388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr1	92447004	rs10875104	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=416;ReadPosRankSum=0.405;SC=GTCTTGTGATATTGCCCAGGC;SOR=2.215;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=24;WE=92447012;WS=92446994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr1	92457843	rs10747493	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr1	92467741	rs72954738	A	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=8.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,43:0.30:143
chr1	92554283	rs34856868	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=702;ReadPosRankSum=0.026;SC=CCATACAGATGTTACCTTCTC;SOR=0.812;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=52;WE=92554291;WS=92554273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr1	92568263	rs527412	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=357;SC=TTATAGCCGTAAAAATAATTA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=92568271;WS=92568253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	92646021	rs1483022	G	A	5467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=113;PP=2965;SC=ATCAGTCAAAGAAAGGTGAAA;SOR=1.346;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=69;TCR=114;TR=182;WE=92646029;WS=92646011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	92647223	rs560389	A	G	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=38;PP=2469;SC=AAGCAAAGTAATAATGATCTT;SOR=1.424;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=83;TCR=38;TR=121;WE=92647231;WS=92647213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	92647532	rs565156	C	A	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=65;PP=2942;SC=TTTTCTGCAACTAAAAAGTTT;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=140;WE=92647540;WS=92647522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	92712266	rs974924	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=17;PP=573;SC=AAGCAAAACACAGAAAAGATT;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=92712274;WS=92712256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	92764828	rs10875348	T	A	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=41;PP=1230;SC=CCAGGTAGAGTAGGCCGAAAG;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=92764836;WS=92764818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	92944314	.	CAGAG	C	97	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=9;PP=97;QD=11.1111111111;SC=TCCGTTCCTGCAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=9;WE=92944325;WS=92944304;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr1	93071048	rs2050597	G	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=556;ReadPosRankSum=-2.530;SC=TAAACCATACGTTAAGTATTA;SOR=0.254;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=92;TCF=19;TCR=73;TR=37;WE=93071056;WS=93071038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
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chr1	93159821	.	CA	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
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chr1	93160902	rs2391199	T	C	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=965;ReadPosRankSum=-0.884;SC=CTTGTTGCAATTGGTAGTGGA;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=197;TCF=90;TCR=107;TR=72;WE=93160910;WS=93160892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,76:0.36:213
chr1	93163633	rs1017008	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=-0.365;SC=CAGCCAACCACAAACATTGTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=93163641;WS=93163623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	93167854	rs10218670	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=300;ReadPosRankSum=-0.815;SC=GGCAAGACAGACAGATTAAAA;SOR=0.471;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=22;WE=93167862;WS=93167844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr1	93312142	rs12746956	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=115;ReadPosRankSum=0.194;SC=TTTAGCTATCATAAATAATGT;SOR=0.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=9;WE=93312150;WS=93312132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	93312592	rs12062315	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TGAGCCACCACGCCCGGCCTC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=93312600;WS=93312582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	93426866	rs945629	T	C	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	93426866	.	TGCGCGGCG	CGCCCGGCG,CGCCCGGCT	648	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=48,18;NR=14,6;PP=648,396;QD=11.3139979816;SC=GGGCGAGTCCTGCGCGGCGCG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=62,24;WE=93426882;WS=93426856;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.94:66
chr1	93426869	rs1415069	G	C	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.31;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	93426874	rs116489989	G	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr1	93545157	rs2815419	G	A	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	93580581	rs2815427	G	C	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=57;PP=2533;SC=CATATTGATTGCAGTGTGATT;SOR=0.789;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=77;TCR=57;TR=133;WE=93580589;WS=93580571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	93580992	rs566843	C	T	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=23;PP=1982;SC=AAATTTTAGCCTTCACTCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=93;WE=93581000;WS=93580982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	93581024	rs2295423	T	C	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=52;PP=2965;SC=CCCTCTAATGTAGAGGGGTGG;SOR=1.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=113;TCR=52;TR=163;WE=93581032;WS=93581014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	93602194	rs2281524	C	T	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=54;PP=2965;SC=TAAAAAAGCTCAGTAGACAAT;SOR=1.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=107;TCR=54;TR=161;WE=93602202;WS=93602184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	93620393	rs1060622	G	A	9472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=180;PP=2965;SC=TCTAAGCAGAGTTTGTATGTG;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=341;TCF=161;TCR=180;TR=340;WE=93620401;WS=93620383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	93621483	rs1057257	A	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=5;PP=561;SC=ACCACAAAATAGTTGTGAAAT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=93621491;WS=93621473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	93646207	rs2297707	T	C	8129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=129;PP=2965;SC=CCCCGCGCCTTCGGCGGCGCC;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=143;TCR=129;TR=272;WE=93646215;WS=93646197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr1	93646418	rs10874763	C	T	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=87;PP=2153;ReadPosRankSum=0.465;SC=GGGTGGGTCTCTCCCCAGCGA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=442;TCF=209;TCR=233;TR=163;WE=93646426;WS=93646408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,173:0.38:461
chr1	93649732	rs6682670	A	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=50;PP=1360;SC=ATCTAGTTAAAAGAAGTTTTG;SOR=3.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=58;WE=93649740;WS=93649722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	93659350	rs2815411	A	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=16;PP=385;SC=AATAAAAGGAAATATTACCTA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=93659358;WS=93659340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	93672723	rs2815413	A	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=28;PP=1430;SC=GCAGTGAAAAATTCAGAAGTC;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=93672731;WS=93672713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	93676314	rs555161	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=572;SC=AAGCAAATGCATCTCATTTAC;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=93676322;WS=93676304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	93676578	rs797676	A	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=445;SC=TCATGCCTGTAATCCCAACAC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=93676586;WS=93676568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	93711782	rs3754186	T	A	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1020;ReadPosRankSum=0.524;SC=CTTGATTATATTTTAATGGAG;SOR=0.547;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=214;TCF=94;TCR=120;TR=82;WE=93711790;WS=93711772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,89:0.39:229
chr1	93998640	rs34814765	AT	A	2191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=41;PP=1731;SC=GTGCTAAATAATTATCTTTGA;SOR=2.381;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=42;WE=93998648;WS=93998630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	94012287	rs237425	G	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=555;SC=TTAAAAAGATGTGACTCTACT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=94012295;WS=94012277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	94032991	rs145893320	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1224;ReadPosRankSum=1.882;SC=CTCCATTAACGTCACAAGCGG;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=296;TCF=152;TCR=144;TR=104;WE=94032999;WS=94032981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,108:0.35:309
chr1	94041787	rs25569	G	GAC	3146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=48;PP=2485;SC=CGATGGCGTGGACACTTTATG;SOR=1.949;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=49;WE=94041795;WS=94041777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	94312482	rs5776191	T	TC	29316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=154;PP=2969;SC=ACCCCGTTTTTCGAACCCCGC;SOR=0.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=96;TCR=158;TR=247;WE=94312490;WS=94312472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,794:1.00:794
chr1	94312528	rs147446599	G	GC	20987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=43.01;SOR=1.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr1	94312533	rs202198870	G	GC	20188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=57;PP=2903;SC=ACGTCGCGCGGCGGCGCTCGC;SOR=2.228;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=65;WE=94312580;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr1	94312542	.	G	GC	18592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=46.95;SOR=2.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr1	94312543	.	C	CCG	2428	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=58.24;NF=6;NR=49;PP=2428;QD=44.6727272727;SC=GCGGCGCTCGCGCGCAGGTCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=55;WE=94312580;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	94312544	.	G	C	1520	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=58.81;NF=11;NR=48;PP=1520;QD=26.35205445;SC=CGGCGCTCGCGCGCAGGTCCA;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=122;TCF=12;TCR=110;TR=59;WE=94312580;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:63,59:0.48:122
chr1	94312544	.	G	GC	17962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=46.66;SOR=2.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr1	94312554	.	A	AG	16117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=43;PP=1657;SC=GCGCAGGTCCAGCCGCGGCTG;SOR=2.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=48;WE=94312580;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr1	94312558	.	G	GC	14812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=1524;SC=AGGTCCAGCCGCGGCTGGGTC;SOR=2.633;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=94312580;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	94312566	rs2391318	G	T	12841.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=46.87;SOR=2.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	94312566	.	GT	TC	1903	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=58.51;NF=5;NR=32;PP=1903;QD=52.8775101314;SC=CCGCGGCTGGGTCGGGCGCGG;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=115;TCF=6;TCR=109;TR=37;WE=94312580;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:78,37:0.32:115
chr1	94312567	rs2391319	T	C	12616.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=46.56;SOR=2.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	94312571	.	G	GC	11797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=46.63;SOR=3.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	94312572	.	CG	C	1494	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=56.96;NF=1;NR=32;PP=1494;QD=46.1515151515;SC=CTGGGTCGGGCGCGGCGGCCG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=94312580;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	94312573	.	G	GC	11482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=47.06;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	94312576	.	G	GC	10807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=47.82;SOR=3.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	94312579	.	G	GC	9764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=48.10;SOR=3.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	94312584	.	G	C	1072	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=111;MMLQ=24;MQ=58.57;NF=5;NR=33;PP=1072;QD=29.1255582249;SC=CGGCGGCCGGGCGCGAGGGAA;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=121;TCF=6;TCR=115;TR=38;WE=94312592;WS=94312571;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:83,38:0.31:121
chr1	94312584	rs200230769	G	GC	8624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=46.62;SOR=3.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	94343233	rs3789457	T	C	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1127;ReadPosRankSum=0.656;SC=CCTCAGAGGTTTCTCCATCCG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=125;TCR=136;TR=81;WE=94343241;WS=94343223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,86:0.30:283
chr1	94344580	rs6675820	C	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-7.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=12;PP=817;ReadPosRankSum=0.999;SC=GCCCCGCCTGCCTGAGCGCGG;SOR=0.214;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=183;TCF=156;TCR=27;TR=59;WE=94344588;WS=94344570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,62:0.32:193
chr1	94344840	rs6681078	A	C	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-7.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.464;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=54;PP=804;ReadPosRankSum=0.218;SC=AGTTCAGGCCAGGGCGGTCAG;SOR=0.221;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=181;TCF=24;TCR=157;TR=67;WE=94344848;WS=94344830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,67:0.37:181
chr1	94360107	rs769211	C	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-1.225;SC=TATGTATCAACAAATACCTTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=94360115;WS=94360097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	94363506	rs41292675	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=872;ReadPosRankSum=0.113;SC=ACACATTTCACTATATGCTAG;SOR=0.891;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=52;WE=94363514;WS=94363496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,53:0.76:70
chr1	94367097	rs7515191	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr1	94374576	rs2273406	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=367;ReadPosRankSum=0.170;SC=GCCCCGCGGCGAGTGTCGCCA;SOR=0.470;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=28;WE=94374584;WS=94374566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr1	94374742	rs743119	C	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=0.768;SC=CCAGGGGCCGCGCAGCGAAGG;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=13;WE=94374750;WS=94374732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr1	94471075	rs1762114	A	G	9995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=202;PP=2965;SC=GCAGCTCATCAATTGCATCAA;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=350;TCF=147;TCR=203;TR=349;WE=94471083;WS=94471065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
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chr1	94473029	rs67601772	TGTTGG	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.264;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
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chr1	94476991	rs4147899	CT	C	841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,54:0.21:252
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chr1	94495930	rs547806	T	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=16;PP=1736;SC=AACCCACCGTTGGGTCCTCCC;SOR=2.570;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=82;WE=94495938;WS=94495920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr1	94544805	rs139796930	T	TCA	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.891;NF=9;NR=5;PP=479;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CACATCTCTCTCACACACACA;SOR=0.086;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=14;WE=94544814;WS=94544795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	94549029	rs526016	A	G	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=2.137;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,75:0.61:123
chr1	94549083	rs574741	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=477;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CTCCTATATGTTTGAAAACTC;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=22;WE=94549091;WS=94549073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr1	94568491	rs4847278	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=185;ReadPosRankSum=-0.066;SC=AAGAAGAAAAAAGCCAATATA;SOR=0.298;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=12;WE=94568499;WS=94568481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr1	94574053	rs11165073	C	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=288;ReadPosRankSum=1.272;SC=TTTTCACCAACTCTCCCTGTT;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=19;WE=94574061;WS=94574043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr1	94576968	rs2297634	T	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=557;ReadPosRankSum=-0.097;SC=CTTCCTCCCCTGCATGGTAGG;SOR=0.894;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=35;WE=94576976;WS=94576958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr1	94578548	rs4847281	T	C	6528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=132;NR=90;PP=2965;SC=GGCTGTAGAGTGGGTTGGCAT;SOR=1.046;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=132;TCR=92;TR=222;WE=94578556;WS=94578538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	94639337	rs1330858	A	G	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=13;PP=2035;SC=TATACAAAAGAGGCCCTGTCA;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=73;TCR=13;TR=85;WE=94639345;WS=94639327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	94639447	rs1999272	C	T	11755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=227;NR=186;PP=2965;SC=TGGAATTTCACCTTCGAGGTC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=413;TCF=227;TCR=186;TR=413;WE=94639455;WS=94639437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr1	94643531	rs1048854	T	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,92:0.28:327
chr1	94667430	rs5776210	G	GA	358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=14;PP=294;SC=AAATATCACAGAAAAAAAAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=94667438;WS=94667420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	94667970	rs1541098	T	C	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=825;ReadPosRankSum=0.986;SC=TGAGAAACTCTGGGGGATGGG;SOR=0.420;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=51;WE=94667978;WS=94667960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr1	94668046	rs1541099	C	T	7165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=144;NR=93;PP=2965;SC=ACACCAAACTCCTGGCAGATT;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=144;TCR=93;TR=237;WE=94668054;WS=94668036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	94670770	rs372956735	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr1	94670784	rs10443184	T	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GGTAAGTATATGTTAAATGTG;SOR=0.634;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=42;WE=94670792;WS=94670760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr1	94674723	rs6684237	G	A	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=21;PP=1194;SC=TTAATACTTCGTTTCCCATGT;SOR=1.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=94674731;WS=94674713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	94924046	rs2147794	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=470;SC=TCTCACTATGATGTGAAAAAG;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=94924054;WS=94924036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	94930345	rs16946	G	A	6051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=90;PP=2965;SC=AGGGGAAAAAGGAGCGAGCTG;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=203;WE=94930368;WS=94930335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	94941376	rs681187	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=301;SC=AATTGATTTTGTGGACATAAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=94941384;WS=94941366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	94964139	rs201875475	AT	A	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=9.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.484;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr1	94980671	rs3118109	C	G	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=59;PP=2502;SC=CTCTGTTACTCATTAAACCTA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=134;WE=94980679;WS=94980661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	95001600	rs698946	A	C	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=55;PP=1840;SC=CATTCCCTGCAGGGTAGGAGA;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=110;WE=95001608;WS=95001590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	95211285	rs6541364	C	T	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=10;PP=1082;SC=TTAGGGGACTCTGGCATAGTA;SOR=2.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=95211293;WS=95211275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	95211525	rs1333953	G	A	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=52;PP=1644;SC=CTGGAAGCCAGCAGGTTTTAC;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=95211533;WS=95211515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	95285887	rs187254725	C	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=170;ReadPosRankSum=0.648;SC=CGGCCCGGCCCCGGCTCCAGC;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=11;WE=95285895;WS=95285877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	95286094	rs10782992	G	T	4937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=95;NR=84;PP=2735;SC=CGAGTCCCCCGCCTTCACGCA;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=179;WE=95286102;WS=95286084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	95286658	rs6676991	C	A	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=121;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=48;PP=1439;SC=TGTGTGTGCACGTCTGGAAAT;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=86;WE=95286666;WS=95286648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	95286675	rs11274910	GTCCCAAATGTAAA	G	3040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=32;PP=2957;SC=AAATAACTCTGTCCCAAATGT;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=34;WE=95286695;WS=95286665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	95290003	rs6687749	C	T	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=19;PP=989;SC=GGGCACTGTGCGCTCAGCCCT;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=95290011;WS=95289993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	95290305	rs6541372	T	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=239;SC=CAGCCTATTTTATAAAAAGGA;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=95290313;WS=95290295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	95291366	rs10874894	A	G	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=23;PP=2157;SC=CTAATTACGGAGCATTTTCTC;SOR=2.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=92;WE=95291374;WS=95291356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	95291479	rs12057188	A	C	3567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=80;PP=2204;ReadPosRankSum=2.806;SC=AGTGTCAACAAACAGTCATTC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=97;TCR=121;TR=146;WE=95291487;WS=95291469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,163:0.67:243
chr1	95293005	rs17407097	A	G	3869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=49;PP=2714;ReadPosRankSum=-0.683;SC=AAGGCCCACAATTAAGACCAG;SOR=0.558;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=215;TCF=147;TCR=68;TR=149;WE=95293013;WS=95292995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,156:0.69:225
chr1	95294089	rs2640065	T	C	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1369;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CCTTCAACTATACCCACAGTC;SOR=0.789;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=79;WE=95294097;WS=95294079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,89:0.65:137
chr1	95305440	rs859120	A	G	7156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.741;SC=TCATCGCAGTACTACCATCAT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=427;TCF=232;TCR=195;TR=297;WE=95305448;WS=95305430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,314:0.69:452
chr1	95330372	rs859098	G	A	7822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=121;PP=2965;SC=TCAAGGAACCGTTGTGAAAGG;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=160;TCR=121;TR=280;WE=95330380;WS=95330362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	95333068	rs859096	G	T	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=65;PP=1861;SC=TCTCTAAGGGGCTAAATTGTG;SOR=1.227;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=95333076;WS=95333058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	95358096	rs859063	A	G	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=55;PP=1797;SC=TTCATTTCCAATTGCAATCTC;SOR=1.538;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=87;WE=95358104;WS=95358086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	95367108	rs10605235	ACC	A	434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=252;SC=TATAAACTACACCCCCCCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=95367117;WS=95367105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	95367136	rs859059	G	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.67;NF=13;NR=3;PP=344;SC=TAGTACTTCTGTCTATTCTTA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=95367144;WS=95367126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr1	95367894	rs859057	A	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=513;SC=GTCTTCATAAACAGTTATAAG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=95367902;WS=95367884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	95369211	rs859054	T	G	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=57;PP=1699;SC=ACTCAATAGATCTCAATGGCA;SOR=3.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=70;WE=95369219;WS=95369201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	95427041	rs3831103	AT	A	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=8.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.722;SOR=2.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
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chr1	95614215	rs76921353	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.169;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
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chr1	95705615	rs640527	G	A	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=61;PP=1827;SC=CCTCCTTATAGGGACCCTTGT;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=78;WE=95705623;WS=95705605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	95709821	rs259358	T	C	7132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=119;PP=2965;SC=TTTATGGATGTGGATATACCT;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=141;TCR=119;TR=260;WE=95709829;WS=95709811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	95709939	rs2296308	T	G	6953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=101;PP=2965;SC=TGAAAGAGAATTTACTTGAGC;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=126;TCR=101;TR=227;WE=95709947;WS=95709929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	97189091	rs3762411	G	A	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=32;PP=1530;SC=AATAACAGGAGGTTGAAACTA;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=84;WE=97189099;WS=97189081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	97189288	rs3762410	T	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=272;SC=ATTTGTAAAGTTGGACCATAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=97189296;WS=97189278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	97236130	rs3762409	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=46;SC=TTCTAATTCTGCTTATCAGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=97236138;WS=97236129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	97278804	rs273886	G	A	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=14;PP=1117;SC=TGTATGAAGTGTCTAATTTTA;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=97278812;WS=97278794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	97547831	rs290854	G	A	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=21;PP=1966;SC=GCTTTCTGCCGTAAAAACAAG;SOR=2.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=75;TCR=21;TR=96;WE=97547839;WS=97547821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	97700589	rs12137711	C	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=934;ReadPosRankSum=1.181;SC=AGCACACTGACCACTTGAGTA;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=50;WE=97700597;WS=97700579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr1	97771947	rs7556439	C	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.009;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=560;ReadPosRankSum=0.477;SC=ACGTGCAAGACAAATCCAACT;SOR=3.328;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=27;WE=97771955;WS=97771937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr1	97839016	rs1890138	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CTAGCCAGTCATCTGATCCAT;SOR=2.303;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=10;WE=97839024;WS=97839006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr1	97981242	rs2811178	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=0;PP=602;SC=TTAAAATATATGATAGACATT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=97981250;WS=97981232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	98039419	rs56038477	C	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,81:0.25:326
chr1	98058994	rs115349832	A	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CCATTTCTGCATGACAGCTCA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=98059002;WS=98058984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	98187048	rs56276561	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=500;ReadPosRankSum=0.567;SC=GGGGATGTCACGTGTATATCA;SOR=1.050;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=88;TCR=37;TR=39;WE=98187056;WS=98187038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,42:0.30:139
chr1	98348885	rs1801265	G	A	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=94;PP=2522;ReadPosRankSum=0.527;SC=GAAGTGGAACGCAGAGTTGCA;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=247;TCF=118;TCR=129;TR=174;WE=98348893;WS=98348875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,178:0.68:263
chr1	98349390	.	C	CA	246	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5008;HP=12;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=6;NR=11;PP=246;QD=15.0;SC=TTAGGAATCACAAAAAAAAAA;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=17;WE=98349398;WS=98349380;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,17:0.59:29
chr1	99127205	rs12723363	A	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=1;PP=121;SC=GGGGAGGTGCAGGAGACGTGG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=99127213;WS=99127195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	99127392	rs9728148	T	C	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	99150635	rs9433747	G	A	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=35;PP=1109;SC=TAAACATTTGGTGAATATTTT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=63;WE=99150643;WS=99150625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	99225627	rs2019213	G	A	6646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=101;PP=2965;SC=CTACGTGGGAGTCATTCCTTA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=119;TCR=102;TR=220;WE=99225635;WS=99225617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	99387628	rs34854879	T	TA	3024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.08;MQRankSum=0.195;NF=1;NR=78;PP=1946;ReadPosRankSum=1.667;SC=AAACATTCAATAAAAAAAATG;SOR=1.384;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=96;TCF=2;TCR=94;TR=79;WE=99387636;WS=99387618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr1	99418647	rs309087	G	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=380;ReadPosRankSum=1.256;SC=TAGCTGCATAGACACTGAGAG;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=34;WE=99418655;WS=99418637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,39:0.35:110
chr1	99418911	rs146451020	TTGTGTGTGTGTG	T	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=12;PP=1422;SC=AACTTCTTGCTTGTGTGTGTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=12;WE=99418934;WS=99418901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	99753631	rs35121076	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,80:0.28:287
chr1	99762456	rs5776465	CT	C	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=126;ReadPosRankSum=0.206;SC=AAAAGAAATGCTTTTTTTTTT;SOR=0.582;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=12;WE=99762464;WS=99762446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr1	100133438	rs143626158	CT	C	74.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr1	100152443	rs1338576	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=362;ReadPosRankSum=0.669;SC=TAGATTCTATTTTTTAAACTG;SOR=0.898;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=23;WE=100152451;WS=100152433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr1	100154899	rs41285728	T	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=779;ReadPosRankSum=0.551;SC=AGGACAAAGATGCACCCTCTC;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=99;TCR=124;TR=78;WE=100154907;WS=100154889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,86:0.36:240
chr1	100316589	rs2307130	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.583;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr1	100316765	rs663848	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=0.917;SC=TTTTAAAGCTCTAAGATAAAT;SOR=2.655;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=9;WE=100316773;WS=100316755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr1	100329889	rs535461	G	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,55:0.27:205
chr1	100335883	rs903126	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=0.701;SC=ATTTTATTTCACCTCTAAACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=9;WE=100335891;WS=100335873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	100336361	rs2230306	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=316;ReadPosRankSum=1.106;SC=AGCTTAAACTCTGGGAATTTT;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=31;WE=100336369;WS=100336351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr1	100340225	rs634880	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=442;ReadPosRankSum=0.224;SC=TTAAGGTATCGTCTTTTCTTT;SOR=0.834;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=151;TCF=98;TCR=53;TR=46;WE=100340233;WS=100340215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,48:0.31:156
chr1	100342227	rs3736295	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=794;ReadPosRankSum=0.191;SC=ATCTGCTTTACTGATTTTCTT;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=30;TCR=110;TR=52;WE=100342235;WS=100342217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,58:0.37:155
chr1	100343153	rs2291638	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-3.090;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
chr1	100345409	rs2392077	C	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.136;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=279;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TTGTCTCTTTCCTTCCTCCTA;SOR=0.111;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=22;WE=100345417;WS=100345399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr1	100346741	rs3736296	T	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=712;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CAGGTTTGTTTATATGTTGTT;SOR=0.827;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=52;WE=100346749;WS=100346731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,55:0.27:202
chr1	100350383	rs2234707	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=39;ReadPosRankSum=1.617;SC=AGGACCAGCAGTGTCAGCATC;SOR=0.434;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=6;WE=100350391;WS=100350373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr1	100353675	rs555929	G	A	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.917;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,83:0.30:277
chr1	100357141	rs2035961	T	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=236;ReadPosRankSum=-0.339;SC=AAATTAACTTTCAAATTTATT;SOR=0.210;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=20;WE=100357149;WS=100357131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr1	100358200	rs594249	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,29:0.26:113
chr1	100366446	rs35956186	GTT	G	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	100376448	rs2274570	G	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=2.572;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr1	100376456	rs1541041	T	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=2.554;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr1	100483413	.	A	T	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	100515616	rs114029430	T	C	3225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=73;PP=2144;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CTTCTTCAGTTTTGGAGGAAA;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=66;TCR=97;TR=124;WE=100515624;WS=100515606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,133:0.76:175
chr1	100533960	rs6687189	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=0.129;SC=GAATCTCTGCGTATTCTTAAG;SOR=0.271;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=19;WE=100533968;WS=100533950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr1	100575933	rs13375867	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=370;ReadPosRankSum=0.237;SC=TTTATTAGCCGCTTCTAACTC;SOR=0.571;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=37;WE=100575941;WS=100575923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,42:0.31:135
chr1	100587199	rs144667418	A	G	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=0;NR=7;PP=175;SC=AAGCTCAGGAAAGGGAGCACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=100587207;WS=100587189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	100598866	rs472498	GC	AT	9149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=125;PP=2947;SC=CGCTGGAGCCGCGGAGGTGTG;SOR=1.790;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=184;TCF=56;TCR=128;TR=181;WE=100598875;WS=100598856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	100617887	rs2784177	C	T	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=13;PP=1280;SC=GTTAGTGATACACACATTACT;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=65;WE=100617895;WS=100617877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	100671866	rs34229137	T	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr1	100672060	rs12021720	T	C	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=92;PP=2965;SC=CTGAGCTGACTCACAGAGCCC;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=125;TCR=93;TR=216;WE=100672068;WS=100672050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	100715454	rs3806235	G	A	3417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.150;SC=TGGGAAACGCGCCTCCCCCTG;SOR=0.597;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=237;TCF=65;TCR=172;TR=149;WE=100715473;WS=100715444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,148:0.63:234
chr1	100715465	rs41287254	G	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=2584;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CCTCCCCCTGGGCGACCAATA;SOR=0.621;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=186;TCF=48;TCR=138;TR=62;WE=100715473;WS=100715444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,64:0.35:183
chr1	100733552	rs4298755	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=1;PP=1054;SC=TCTAGGTGCATAAAAACCCAA;SOR=5.330;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=42;WE=100733560;WS=100733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	100736221	rs77300480	C	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=62;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CACCACAGATCGATTATACAG;SOR=0.596;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=323;TCF=127;TCR=196;TR=106;WE=100736229;WS=100736211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,114:0.33:343
chr1	100742992	rs188937436	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=203;ReadPosRankSum=-1.262;SC=TAATTGATTCTCTTTTAGAGT;SOR=0.315;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=16;WE=100743000;WS=100742982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr1	100750733	rs58046505	AGTTTT	A	4596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=21;PP=2734;SC=CTTAGTAATTAGTTTTGTTTT;SOR=2.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=51;WE=100750745;WS=100750723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	100817529	rs35169146	AGT	A	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.502;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	100818464	rs594529	T	C	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=27;PP=1467;SC=GGCGAGTGACTTCAGCTGGCC;SOR=1.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=78;WE=100818472;WS=100818454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	100819273	rs2297170	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-1.030;SC=CTTCCACTTCTCTACTTCTCA;SOR=0.093;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=100819281;WS=100819263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	100905400	rs148493364	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.662;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=0.032;SC=GCCAAACAAGCACATCTCCAG;SOR=0.074;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=100905408;WS=100905390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	100961779	rs149672640	ATT	A	724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.500;NF=1;NR=29;PP=340;ReadPosRankSum=-1.568;SC=CATGAAAAGGATTTTTTTTTT;SOR=3.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=30;WE=100961789;WS=100961769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr1	100970346	rs10875295	T	C	9591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=217;NR=121;PP=2965;SC=ACCTTGCTTATTCTCTTGTTT;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=217;TCR=121;TR=338;WE=100970354;WS=100970336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr1	101005090	rs2809819	G	A	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=62;PP=2965;SC=GCCACCGCGAGTCCACTACCC;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=86;TCR=62;TR=148;WE=101005098;WS=101005080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	101190173	rs2392221	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=798;ReadPosRankSum=-0.279;SC=ATTTTTTGCCCTTTCAGTATC;SOR=0.980;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=55;WE=101190181;WS=101190163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,57:0.37:155
chr1	101203827	rs3176879	G	A	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=50;PP=1664;SC=AAGCACAGAAGTCAAAAGTGT;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=101203835;WS=101203817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	101342497	rs2295280	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr1	101354479	rs12747459	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=1.477;SC=AATGCCATTGTCCATAAGCCT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=12;WE=101354487;WS=101354469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr1	101372607	rs4908106	C	A	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=498;SC=GACTTGTTACCAATTGAACAC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=101372615;WS=101372597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	101377845	rs10493940	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=326;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GGTTTCTGTCATAATTATTTA;SOR=1.092;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=21;WE=101377853;WS=101377835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr1	101473779	rs17123604	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=277;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CTAAATGAACTACTCTTAAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=13;WE=101473787;WS=101473769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	101475901	rs7521424	T	C	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=154;SC=TAAGATAGTGTGTATCAACTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=101475909;WS=101475891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	101476786	rs34915449	G	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=8;PP=540;SC=TGCTTTTTATGTTAAAAAACT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=101476822;WS=101476776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	101476800	rs35409691	CA	C	1037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=10;PP=668;SC=AAAAACTGTACAAAAATGAAT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=19;WE=101476822;WS=101476776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	101476814	rs17123612	C	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=15;PP=582;SC=AATGAATCAACAATTACCTCT;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=101476822;WS=101476776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	101491108	rs7521668	C	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=309;ReadPosRankSum=-0.716;SC=ACCAAAGTAGCACAAGAGAAG;SOR=0.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=27;WE=101491116;WS=101491098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr1	101704532	rs3737577	G	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.302;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=366;ReadPosRankSum=-1.145;SC=GGGACACAGGGTTGGCACCAT;SOR=1.135;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=28;WE=101704540;WS=101704522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr1	102271774	rs4907955	G	A	7429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=136;PP=2965;SC=TTAGGTGAACGCAGCCAATGA;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=120;TCR=136;TR=256;WE=102271782;WS=102271764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	102462446	rs67744758	GTCAGT	G	4851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=59;PP=2957;SC=CCTTTCCCTCGTCAGTTGCAC;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=64;WE=102462458;WS=102462436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	103343470	rs1031820	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=-1.393;SC=TATATGCAGCGTTGTTTTCTA;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=11;WE=103343478;WS=103343460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	103352451	rs2229783	A	G	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=2056;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TCATATGCTCAATGTCTTGTT;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=103;TCR=93;TR=136;WE=103352459;WS=103352441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,143:0.68:211
chr1	103353991	rs2783570	T	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr1	103354138	rs1676486	A	G	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=49;PP=1895;SC=CTTACTGGAGACCCAGGAGGC;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=107;WE=103354146;WS=103354128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	103354428	rs1763347	A	G	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=47;PP=1627;SC=TTACTGGTAAACCTGGAGGAC;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=87;WE=103354436;WS=103354418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	103354939	.	C	CTG,CTGTGTGTGTG	1132	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=15;MQ=58.63;NF=4,4;NR=2,2;PP=111,1132;QD=19.0;SC=ACTTAAAGGACTGTGTGTGTG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6,6;WE=103354947;WS=103354929;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:9
chr1	103356072	rs35232764	CA	C	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.165;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.391;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr1	103356168	rs1085	A	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=636;SC=TACGGAGTTGAAAATAGTAAT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=103356176;WS=103356158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	103364396	rs1763344	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr1	103364409	rs1676497	A	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr1	103364618	rs1676498	A	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GCACTTGTTTACAAACACTAA;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=13;WE=103364626;WS=103364608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr1	103379918	rs3753841	G	A	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TGCAGGGCCAGGTTCCCCAGG;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=93;WE=103379926;WS=103379908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,102:0.69:147
chr1	103380379	.	T	TA	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5041;HP=13;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=16;MQ=61.26;NF=0;NR=4;PP=55;QD=15.0;SC=TAAACAATGTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=103380387;WS=103380369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr1	103380382	.	A	AGGATTCCTTTTTCCCTTTAAGTC	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.272;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	103385791	rs142849188	C	G	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=12;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.996;SC=ATACTAGAAGCACTTAAACTA;SOR=0.962;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=102;TCF=81;TCR=21;TR=66;WE=103385799;WS=103385781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,72:0.65:110
chr1	103388799	rs72309176	TAC	T	1240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.166;NF=11;NR=17;PP=912;ReadPosRankSum=1.225;SC=CAATAATATATACATAGTAAT;SOR=0.615;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=28;WE=103388808;WS=103388789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,39:0.29:134
chr1	103400491	rs11164641	GA	AT	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=1698;SC=ATTTAAATTTGATTTAATGTC;SOR=3.109;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=38;WE=103400500;WS=103400481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	103405793	rs2126642	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=0.555;SC=TTCACCTGGCGCCTAATCATA;SOR=3.662;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=12;WE=103405801;WS=103405783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr1	103427381	rs1012282	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=2.388;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr1	103428389	rs1841834	G	A	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=32;PP=855;SC=CTCAAAAACAGTATTATTACA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=103428397;WS=103428379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	103435626	rs2061710	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=0;PP=34;SC=ATATATATATGTATATTTCAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=103435634;WS=103435616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	103444497	rs1903787	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=0.442;SC=AGATGAACCCAAACTAATGCC;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=21;WE=103444505;WS=103444487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr1	103444679	rs11164649	T	G	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.744;NF=67;NR=68;PP=2024;ReadPosRankSum=-0.397;SC=GACAGTTCAATTTCAATATGC;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=135;WE=103444687;WS=103444669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,139:0.65:214
chr1	103445223	rs2622846	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.718;SC=AACCTTCTGAGTAAATGAATT;SOR=1.426;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=6;WE=103445231;WS=103445213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	103449598	rs2615978	G	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=440;SC=AAGTACTCATGATAATATAGA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=103449606;WS=103449588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	103455217	rs1463034	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=0.858;SC=GTGCTGATAACGAGGGAAAAT;SOR=0.162;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=9;WE=103455225;WS=103455207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	103461508	rs2622867	T	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=7;PP=328;SC=AACATTTCACTTTGAAAGTAA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=103461516;WS=103461498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	103462473	rs2786125	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=213;ReadPosRankSum=-0.244;SC=ACATAGTCTAATTTCTAAAAT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=10;WE=103462481;WS=103462463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	103463976	rs2622870	G	T	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=115;SC=AAGCTTTAACGTGTACATATA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=103463984;WS=103463966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	103467615	rs2929162	C	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=41;PP=1056;SC=CTATAGTACACAGTGAGTTAT;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=42;WE=103467623;WS=103467605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	103468609	rs2251895	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.77;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	103469989	rs71664954	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AATAAAAAGTAAGTTGCTTAC;SOR=0.412;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=6;WE=103469997;WS=103469979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr1	103470225	.	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	103471456	rs71752747	CCAT	C	4494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.26;MQRankSum=0.324;NF=17;NR=49;PP=2995;ReadPosRankSum=-1.829;SC=CCCTGTAAAACCATCATCATC;SOR=0.467;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=66;WE=103471469;WS=103471446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,108:0.97:111
chr1	103471734	rs71592255	A	AAAAT,AAAATAAATAAAT	1762.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=3,3;NR=9,9;PP=991,293;SC=GCAAGGAAGTAAAATAAATAA;SOR=1.270;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=12,12;WE=103471742;WS=103471724;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.46:37
chr1	103477819	rs2786122	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=-0.547;SC=AACTGAATTGAGAAGGATTTT;SOR=0.260;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=5;WE=103477833;WS=103477809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	103477825	rs35117641	A	AT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=-1.871;SC=ATTGAGAAGGATTTTTTTAAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=4;WE=103477833;WS=103477809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	103483329	rs3767272	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr1	103483514	rs945748	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CTAGTCCTATCGAAGAGTTCG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=103483522;WS=103483504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	103487244	rs34587338	T	C	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=52;PP=1441;ReadPosRankSum=-3.147;SC=CTTTAAAGTGTATTCACACTA;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=354;TCF=194;TCR=160;TR=111;WE=103487252;WS=103487234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,118:0.31:382
chr1	103487394	rs35291481	CT	C	1000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;MQRankSum=0.327;QD=22.74;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr1	103491461	rs12731843	T	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TTTCCTTTGATTTAGTAGCCA;SOR=1.164;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=19;WE=103491469;WS=103491451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr1	103491569	rs12750407	G	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr1	103491572	rs12750147	C	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr1	103496620	rs7523441	G	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	103496805	.	GAAA	G	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	103496875	rs71664967	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=0.405;SC=ATACCAAAGCGAGATGTGGTT;SOR=0.078;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=103496883;WS=103496865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	103548319	rs11164662	C	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=300;ReadPosRankSum=-1.145;SC=AGTGTAATAACTTTTAGTAAT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=13;WE=103548327;WS=103548309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	103573547	rs6691654	G	A	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=9;PP=549;SC=AGAGCGGGGAGGAAGGGTAAA;SOR=1.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=31;WE=103573555;WS=103573537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	104076462	rs6697444	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.72;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	104076495	rs6702220	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=6;PP=195;SC=TAGATCAGTAAATCATACATT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=104076503;WS=104076485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	104076537	rs6702324	A	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=210;SC=GTGTTTTTTTAAATCAGTTAT;SOR=3.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=104076545;WS=104076527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	104080169	rs10736038	G	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=18;PP=602;SC=AGAGACTCTTGCTCTCCCTAG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=104080177;WS=104080159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	104084226	rs10881232	A	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=318;SC=CTTCCTAGTTACCAAATTTAC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=104084234;WS=104084216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	104086145	rs10785725	A	G	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=29;PP=820;SC=ATAATGTTTCATATTTTAGTA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=104086153;WS=104086135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	104094237	.	T	TAAATTAAAAAACCATACTCCCA	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=1750;ReadPosRankSum=0.827;SC=GCACTCAAGGTAAATTAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=2;WE=104094245;WS=104094227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	104116312	rs12132040	A	G	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=65;PP=2965;SC=ATCAATCATAACATTTTTACC;SOR=1.246;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=115;TCR=65;TR=180;WE=104116320;WS=104116302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	104117852	rs147215616	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=551;ReadPosRankSum=-1.568;SC=TAGGAACTGGGGAGAAGGTTG;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=26;WE=104117860;WS=104117842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr1	107599258	rs2232015	A	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=0.114;SC=AGCGCGCACTACAAGTCCCAG;SOR=0.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=107599266;WS=107599248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	107946324	.	CAA	C	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=12.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr1	107979396	rs480392	A	C	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=78;PP=2601;SC=GTCTGCCGGGAAATTCCTGGC;SOR=1.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=38;TCR=78;TR=116;WE=107979404;WS=107979386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	108139003	rs3748702	C	T	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=45;PP=1361;SC=GATAAGGATACTTTTGTTCTC;SOR=3.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=52;WE=108139011;WS=108138993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	108152332	rs1328208	T	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=2;PP=953;SC=ATTATCAGTCTAGGGCACTGG;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=108152340;WS=108152322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	108160260	rs5776894	GA	G	2896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=68;PP=1090;ReadPosRankSum=-1.544;SC=CTGCCCTAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=23;TCR=91;TR=86;WE=108160280;WS=108160248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,142:0.90:157
chr1	108299807	.	G	GTA	306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.56;ReadPosRankSum=0.489;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	108299809	rs12138353	G	A	1117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.40;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	108307642	rs7514025	C	T	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=876;SC=TAAAGAGGAACACATTGCTTT;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=108307650;WS=108307632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	108307727	rs7528153	T	A	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=60;PP=2965;SC=TCTTCTTTTGTCTTAGAAATG;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=101;TCR=60;TR=161;WE=108307735;WS=108307717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	108313258	rs6583048	C	T	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	108315256	rs7416884	G	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=2;PP=954;SC=AGCAAGCAAAGGTTAAAAAAA;SOR=5.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=108315264;WS=108315246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	108315305	rs4611048	C	T	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=19;PP=2271;SC=TGTTAATTAGCCTTTCCTAAT;SOR=2.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=86;TCR=19;TR=105;WE=108315313;WS=108315295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	108327888	rs17229585	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-4.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=0.151;SC=AGGCACAGCCACAGTAACCAG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=10;WE=108327896;WS=108327878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	108507541	rs71796067	GGCC	G	543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=573;SC=GCAAGGATGCGGCCGCCGCCG;SOR=3.912;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=13;WE=108507551;WS=108507531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	108703834	rs11185293	C	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=637;ReadPosRankSum=2.135;SC=GGATAATTTCCTCAATGTCTG;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=40;WE=108703842;WS=108703824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr1	108724518	rs490680	A	G	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=760;ReadPosRankSum=1.278;SC=TCTAATGCAGAATATTAAAGT;SOR=0.966;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=57;WE=108724526;WS=108724508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,64:0.37:174
chr1	108724693	rs491785	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=248;ReadPosRankSum=0.348;SC=CTCAGAACTGGTAAGAACCAC;SOR=1.436;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=17;WE=108724701;WS=108724683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr1	108724719	rs187649162	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=92;ReadPosRankSum=0.270;SC=TTATGAATTTCAAATCTCTCA;SOR=0.418;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=9;WE=108724727;WS=108724709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr1	108766424	rs3879436	A	G	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.419;NF=44;NR=82;PP=1979;ReadPosRankSum=-1.155;SC=GGTCCACCTGATGGCTGAGTC;SOR=0.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=67;TCR=127;TR=126;WE=108766432;WS=108766414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,124:0.67:185
chr1	108771524	rs200205508	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.93;MQRankSum=0.623;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	108771721	rs79996376	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-12.571;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.443;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,39:0.17:233
chr1	109170746	rs2133198	C	T	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=13;PP=1327;SC=TGACCATTAACTTTTTGGCAA;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=109170754;WS=109170736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	109255513	rs3006864	G	T	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=46;PP=2469;SC=AAGAGGACCCGGATTGCTTTG;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=127;WE=109255521;WS=109255503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	109260357	rs4970804	G	A	6295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=80;PP=2965;SC=AGTCATCCTCGTAGGTATCTT;SOR=1.349;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=146;TCR=80;TR=225;WE=109260365;WS=109260347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	109265029	rs4423040	G	T	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=58;PP=2863;SC=TCCTGGGCACGGGCAGAAGGA;SOR=1.088;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=159;WE=109265037;WS=109265019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	109268441	rs11582005	G	A	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=78;PP=2551;ReadPosRankSum=0.626;SC=GCTTGGTCCAGTGTAGATCTG;SOR=0.756;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=216;TCF=108;TCR=108;TR=152;WE=109268449;WS=109268431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,159:0.72:222
chr1	109268573	rs4494160	T	C	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=0.804;SC=AGTGTTTTTGTCTATAACAAG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=75;TCR=103;TR=176;WE=109268581;WS=109268563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr1	109270402	rs10494096	G	A	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=13;PP=1641;SC=TGATGGGACCGCCATTTTCCC;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=77;WE=109270410;WS=109270392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	109273456	rs4970809	A	G	10484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=184;PP=2965;SC=GCCTCCTAGGATGCATCACAT;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=353;TCF=169;TCR=184;TR=353;WE=109273464;WS=109273446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr1	109273610	rs4970810	G	A	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=58;PP=1676;SC=ATCCAGGCATGAGCCTTTCCT;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=73;WE=109273618;WS=109273600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	109289236	rs1124426	C	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=400;SC=CCGGAGGGCGCGGTCTGCTAG;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=109289244;WS=109289226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	109289353	rs1124427	C	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=26;PP=1014;SC=TCCGCAGTGTCGGGAAGATGG;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=109289361;WS=109289343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	109289487	rs6604120	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	109299453	rs1277044	C	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=535;SC=GGTTTACTAACAGAAAATTCA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=109299461;WS=109299443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	109301019	rs3841723	GC	G	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=161;SC=TAAACTTTTAGCCAGTAAAGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=109301027;WS=109301009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	109301250	rs1277042	G	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=35;PP=1151;SC=TGTTCAAAATGCCATTGGTTT;SOR=1.211;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=109301258;WS=109301240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	109315211	rs1623641	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=291;SC=TACATTATATATAACATAAAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=109315219;WS=109315201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	109321824	rs1759481	G	T	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=11;PP=1729;SC=TTAGGAAAAGGGTGCTTTGTA;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=71;WE=109321832;WS=109321814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	109338861	rs1127635	G	C	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=37;PP=1348;SC=TTAAGGACCTGGCACTTGGAA;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=92;WE=109338869;WS=109338851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	109358755	rs11453763	A	AT	5554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=57;PP=2798;SC=TTTTCTTTGCATTTTTTTCTT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=94;WE=109358763;WS=109358745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	109366286	rs7522157	C	T	7753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.895;SC=AGAATCAGAACAGAAGCTGTG;SOR=0.389;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=266;TCF=133;TCR=133;TR=265;WE=109366294;WS=109366276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr1	109366370	rs7522260	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=637;ReadPosRankSum=0.348;SC=TCATAAAATACGGTGTGGAGA;SOR=0.713;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=26;TCR=77;TR=42;WE=109366378;WS=109366360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr1	109369797	rs11102506	T	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=15;PP=983;SC=CACTGAAAAATGAGCACCCAG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=109369805;WS=109369787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	109369915	rs7551421	G	T	3769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=65;PP=2227;SC=TTTTCTCCACGTTTTGCTTCC;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=130;WE=109369935;WS=109369905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	109372968	rs1277221	T	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TTGTAAAATCTCCCATGGTGA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=109372976;WS=109372967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	109377157	rs5776950	TA	T	2049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.930;HP=13;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.688;NF=26;NR=44;PP=771;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GTAACTAATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=70;WE=109377166;WS=109377147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,99:0.95:104
chr1	109391486	rs1149142	G	A	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=18;PP=1268;SC=TTTCTCATGTGTGAATTTGGT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=109391494;WS=109391476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	109391662	rs11580913	G	C	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=1140;ReadPosRankSum=0.539;SC=AACTTAGAGAGACTTGCCTCA;SOR=0.197;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=75;WE=109391670;WS=109391652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,87:0.64:136
chr1	109394978	rs17563390	G	A	4332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=72;PP=2851;ReadPosRankSum=0.397;SC=ACTTAGAAGCGTCTCCTTCAT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=157;TCR=108;TR=178;WE=109395002;WS=109394968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,187:0.67:278
chr1	109395105	rs1277207	C	T	9920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=163;NR=171;PP=2965;SC=ACAAGTCTCACTATGCATAGC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=334;TCF=163;TCR=171;TR=334;WE=109395113;WS=109395095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr1	109428249	rs10857987	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=570;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TTATTTTAAAGTGTTTTTAAC;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=39;WE=109428257;WS=109428239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr1	109444370	rs2270536	A	T	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=34;PP=1741;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TAAAGCCCAAACTGAGAATGA;SOR=0.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=157;TCF=103;TCR=54;TR=106;WE=109444378;WS=109444360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,110:0.67:164
chr1	109445706	rs9662782	T	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.207;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=500;ReadPosRankSum=-0.087;SC=ACATAGGACCTCTTTTCAAAT;SOR=0.193;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=38;WE=109445714;WS=109445696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr1	109456850	rs1664419	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.132;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=-1.563;SC=AGGTTTTCTCGTTTCATATGG;SOR=2.448;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=14;WE=109456858;WS=109456840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	109465165	rs35029887	ACTT	A	13365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.012;NF=35;NR=155;PP=2971;ReadPosRankSum=1.805;SC=TTCAACAACAACTTCTTCCAC;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=53;TCR=227;TR=190;WE=109465175;WS=109465155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,333:0.69:480
chr1	109466858	rs705268	G	A	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=73;PP=1848;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TATTTTTTTCGTTCTGCATAC;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=49;TCR=103;TR=106;WE=109466866;WS=109466848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,110:0.70:158
chr1	109474221	rs1769740	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=369;ReadPosRankSum=-1.555;SC=AGAGTCATAACCTGGAATTAA;SOR=0.582;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=23;WE=109474229;WS=109474211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
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chr1	109479959	rs56223817	G	A	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=2.396;SC=TCCCGTGGCCGAAGTGCCTGG;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=152;TCR=115;TR=187;WE=109479967;WS=109479949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,192:0.68:282
chr1	109479978	rs168107	G	T	5230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=1.548;SC=GGGGAGGTTCGCTCTCAGGAC;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=317;TCF=175;TCR=142;TR=224;WE=109479986;WS=109479968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,227:0.69:330
chr1	109482220	rs338480	C	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.258;NF=38;NR=13;PP=897;ReadPosRankSum=-0.510;SC=CGTGAGCCACCGCGCCTGGCC;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=51;WE=109482228;WS=109482210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr1	109482826	rs338479	C	T	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1319;ReadPosRankSum=1.046;SC=CATTCCCAAACAAGACATTAC;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=63;TCR=77;TR=90;WE=109482834;WS=109482816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,96:0.64:149
chr1	109486196	rs338466	A	G	5961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TCCACAGCTCAGTAGCCACTA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=400;TCF=205;TCR=195;TR=259;WE=109486204;WS=109486186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,275:0.66:415
chr1	109490457	rs839543	T	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=822;ReadPosRankSum=0.239;SC=TTTGATCAAGTTTGCATTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=44;WE=109490465;WS=109490447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,47:0.77:61
chr1	109529322	rs61696019	T	TAA	1949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=34;PP=1676;SC=GAATGAATATTAGTTATCCTA;SOR=4.271;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=35;WE=109529330;WS=109529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	109533754	rs143803063	C	A	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=584;ReadPosRankSum=1.311;SC=TCTGCCTCGGCCTCCTGGGTA;SOR=0.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=26;WE=109533762;WS=109533744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr1	109545046	rs184606	C	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=668;SC=TAGAAAAAAACATATATATTT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=109545054;WS=109545036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	109608870	rs3217403	CACTT	C	1584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=910;ReadPosRankSum=-0.165;SC=AAAGAACAATCACTTACTTTT;SOR=0.900;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=20;WE=109608881;WS=109608860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr1	109633377	rs528661	C	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=819;ReadPosRankSum=1.124;SC=CTCCTGCGTACTACGGCTTCT;SOR=0.574;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=218;TCF=120;TCR=98;TR=74;WE=109633385;WS=109633367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,76:0.33:232
chr1	109635398	rs512671	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=361;ReadPosRankSum=1.018;SC=CTGCCTGTTGAGGTTATTATT;SOR=1.172;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=22;WE=109635406;WS=109635388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr1	109642771	rs4970820	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=-0.295;SC=AGGCGCGGGAGGGGGCGGAGA;SOR=0.782;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=8;WE=109642779;WS=109642761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr1	109656142	.	ACTCGGATCAAC	A	2935	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.19;NF=15;NR=12;PP=2935;QD=20;SC=CCTCGCTTAAACTCGGATCAA;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=27;WE=109656160;WS=109656132;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:67,27:0.29:94
chr1	109656420	rs536176	T	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=366;SC=ATGCTTCCACTGTGTTCTTCA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=109656428;WS=109656410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	109656946	rs667524	T	C	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=131;PP=2965;SC=CGGAGCTTCATGCCTGCAAAG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=135;TCR=131;TR=266;WE=109656954;WS=109656936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	109656981	rs586530	T	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=876;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CCCTACCCGATCCCGCTTTGG;SOR=0.631;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=239;TCF=112;TCR=127;TR=77;WE=109656989;WS=109656957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,84:0.34:249
chr1	109704390	rs643197	C	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=9;PP=1105;SC=GCTCCCTGCCCGGGGTCCCAG;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=54;WE=109704398;WS=109704380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	109704525	rs74920406	C	T	5463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.570;SC=GTCTGAGTACCACTATGAGTA;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=374;TCF=204;TCR=170;TR=231;WE=109704533;WS=109704515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,252:0.63:402
chr1	109704618	rs678238	A	G	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=133;PP=2965;SC=GCCTGACCCCATCAAGGGCAC;SOR=1.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=64;TCR=133;TR=197;WE=109704626;WS=109704608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	109714750	rs2297758	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.097;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=164;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TGTTGTTTTCTCTCTGGAGAG;SOR=0.288;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=16;WE=109714758;WS=109714740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr1	109714919	rs2297757	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=1.348;SC=TTTGGTGTCAACGCTCATTTT;SOR=0.193;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=7;WE=109714927;WS=109714909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	109727475	rs649531	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=279;SC=AAAGGGAAGCTTGAGCAGGGT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=109727483;WS=109727465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr1	109734225	rs643785	G	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=28;ReadPosRankSum=0.819;SC=AGACTGACCAGCAGGGACTTC;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=5;WE=109734233;WS=109734222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
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chr1	109737320	rs2359241	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.949;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	109740310	.	A	AGAGAGAGTGT	136	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=61.97;NF=0;NR=13;PP=136;QD=10.7692307692;SC=CTTGTTTGAGAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=13;WE=109740319;WS=109740300;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,13:0.52:25
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chr1	109742485	rs913179	G	A	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=697;SC=GAACGTGCTCGGATGGGACCT;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=109742493;WS=109742475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	109743622	rs3736956	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=0.737;SC=GGATGGGCACCCTGCTCCCCA;SOR=1.214;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=19;WE=109743630;WS=109743612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr1	109745618	rs1052878	T	C	4994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=100;PP=2965;SC=TCAGGAGGCCTAGACATGGAC;SOR=1.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=63;TCR=101;TR=163;WE=109745626;WS=109745608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	109771063	rs683182	T	C	3773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=86;PP=2450;ReadPosRankSum=0.972;SC=CTGTAAGTTATAGTTCTTTTC;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=81;TCR=114;TR=148;WE=109771071;WS=109771053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,159:0.75:213
chr1	109771881	rs657511	G	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=245;SC=GTGTGTGAAGGAAATCTCAGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=109771889;WS=109771871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	109773463	.	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.751;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=338;ReadPosRankSum=1.506;SC=ATAAAATCATATGTCTTGTAT;SOR=1.128;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=86;TCF=67;TCR=19;TR=24;WE=109773471;WS=109773453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,25:0.28:88
chr1	109778577	rs658092	T	C	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1390;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CTGTCACCGTTTCCTTGGGTC;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=90;WE=109778585;WS=109778567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,95:0.69:138
chr1	109779556	rs631927	T	A	4186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=86;PP=2612;SC=CCAAGTCAGGTGCTTGAAAGG;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=52;TCR=86;TR=137;WE=109779564;WS=109779546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	109779621	rs11439617	T	TC	830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=873;ReadPosRankSum=-1.198;SC=AGGGCCCAACTCTCAGAATAC;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=22;WE=109779629;WS=109779611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr1	109792735	rs144034706	A	ACGC	2419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.593;NF=8;NR=15;PP=1039;ReadPosRankSum=0.557;SC=CCCCCTCCCAACGCCGCCGCC;SOR=0.510;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=23;WE=109792743;WS=109792725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr1	109794252	rs454107	T	C	17370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=291;NR=351;PP=2965;SC=TCCTGGAGAGTGTCCCCTTAG;SOR=0.926;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=645;TCF=294;TCR=351;TR=642;WE=109794260;WS=109794242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,664:1.00:664
chr1	109795026	rs413380	T	C	9956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=179;NR=182;PP=2965;SC=AGCTGGACTATGAAGACCAAG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=361;TCF=179;TCR=182;TR=361;WE=109795034;WS=109795016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr1	109795608	rs437444	T	C	10846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=192;NR=171;PP=2965;SC=CTGAGGTCTTTCAGCTGGACA;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=192;TCR=172;TR=363;WE=109795616;WS=109795598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr1	109796053	rs2359414	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr1	109804646	rs4970833	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=729;SC=GGAAGGGAGCGGCTGGGAAGG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=109804654;WS=109804636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	109806442	rs1337248	C	A	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=62;PP=1715;SC=GGCCATAGGGCCCTGGTAGCC;SOR=3.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=72;WE=109806450;WS=109806432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	109806834	rs6698843	C	T	7785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=124;PP=2965;SC=GCGGGGGGCCCGGCCATGCCA;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=153;TCR=125;TR=277;WE=109806842;WS=109806824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	109807099	rs6689614	G	A	8857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=187;NR=128;PP=2965;SC=GCGATACGCCGGAGGGGGTTA;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=191;TCR=128;TR=315;WE=109807107;WS=109807089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	109813020	rs3895559	G	A	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=12;PP=1197;SC=GGCCCCGGTCGCTGACCTGCC;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=109813028;WS=109813010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	109813236	rs111491315	TTCCCAGTCTTGGGG	T	9069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=87;PP=2974;SC=CTCCCACCCATTCCCAGTCTT;SOR=0.944;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=22;TCR=97;TR=106;WE=109813257;WS=109813226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	109816176	rs441853	A	C	8413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=170;PP=2965;SC=GCAGCCGGGGAGGCCCCCCTC;SOR=1.041;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=132;TCR=171;TR=300;WE=109816184;WS=109816166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	109825360	rs643457	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=318;SC=AGATCTGAGCCGGAGAGAAAC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=109825368;WS=109825350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	109836835	rs3738777	A	G	4815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.871;SC=TACCTTTGTCAGAGTACCATG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=135;TCR=132;TR=198;WE=109836850;WS=109836825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,214:0.74:288
chr1	109836842	rs646335	C	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=2.395;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,71:0.24:290
chr1	109837819	.	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=872;ReadPosRankSum=0.020;SC=AAAGGGACCCGGCTTGCGGAT;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=51;WE=109837827;WS=109837809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr1	109838833	rs616899	T	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=402;SC=CTCAGCACAGTGCCCCCCAGA;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=109838841;WS=109838823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	109838918	rs629001	C	T	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=33;PP=1696;SC=GTAGTGCAGTCGGCCAGAGGC;SOR=1.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=100;WE=109838926;WS=109838908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	109839392	rs604349	A	G	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.181;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=56;PP=2725;ReadPosRankSum=0.759;SC=CATGATCCCCATGCCTCCCTT;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=101;TCR=57;TR=157;WE=109839400;WS=109839382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr1	109839433	rs1278285	A	G	7340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=150;NR=110;PP=2965;SC=CGAGGTCCGTAGTGATGGGGG;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=150;TCR=110;TR=260;WE=109839441;WS=109839423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	109839954	rs603624	G	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GAGCCTTGCCGCAGCTTCCCC;SOR=0.363;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=16;WE=109839962;WS=109839944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr1	109840918	rs115030251	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,47:0.40:117
chr1	109856842	rs372331171	TG	T	933.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=11.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=0.903;QD=16.38;ReadPosRankSum=3.319;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr1	109883576	rs3217347	C	CAT	3584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.084;NF=3;NR=54;PP=2660;ReadPosRankSum=0.415;SC=TAACCACACACGATTACCTGC;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=5;TCR=83;TR=57;WE=109883584;WS=109883566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,90:0.73:124
chr1	109884775	rs2228604	T	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=657;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TCCTTCTTGTTGTATCCTAGA;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=39;WE=109884783;WS=109884765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr1	109897103	rs11142	A	G	3931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=77;PP=2594;ReadPosRankSum=0.562;SC=CTGATGATCTAAAGATTCTTC;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=131;TCR=116;TR=162;WE=109897111;WS=109897093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,171:0.66:258
chr1	109910013	rs11581665	C	T	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,104:0.27:385
chr1	109958035	rs1465607	T	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=649;ReadPosRankSum=0.288;SC=ATAACTGTCTTACATACTCAC;SOR=0.094;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=38;WE=109958043;WS=109958025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr1	110009434	rs2787015	A	C	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=1191;ReadPosRankSum=0.905;SC=GAGCCAAGCCACCACGCCGCG;SOR=0.361;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=95;TCF=78;TCR=17;TR=63;WE=110009442;WS=110009424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr1	110009654	rs138525393	AC	A	2989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.165;NF=11;NR=60;PP=1972;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CACCGCCCTGACCCCCCGGCC;SOR=0.490;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=117;TCF=14;TCR=103;TR=71;WE=110009662;WS=110009644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,109:0.69:157
chr1	110018148	rs530565	C	T	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=9;PP=1745;SC=GGTTAGTTCTCGACTTTGGCC;SOR=3.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=65;TCR=9;TR=74;WE=110018156;WS=110018138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	110030895	rs72074532	GTC	G	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=426;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GAGGGCTGGAGTCTCTTCTGC;SOR=1.214;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=11;WE=110030904;WS=110030885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	110030945	rs1144593	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=401;ReadPosRankSum=1.024;SC=GAAGCGGCCAAATCCTCCTGT;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=28;WE=110030953;WS=110030935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr1	110035159	rs11590351	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-2.840;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,31:0.29:107
chr1	110036998	rs17575205	G	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=310;ReadPosRankSum=-0.894;SC=TTGGAGGAGGGACCCCAGCAG;SOR=0.604;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=21;WE=110037006;WS=110036988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr1	110037709	rs45448998	C	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=1103;ReadPosRankSum=1.356;SC=TTCCACCTAGCTACAGGGGCA;SOR=0.426;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=63;WE=110037717;WS=110037699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,66:0.65:101
chr1	110037838	rs749056	T	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=526;ReadPosRankSum=0.936;SC=GTTTGGGTATTCCTCACCTCA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=47;WE=110037846;WS=110037828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,50:0.31:163
chr1	110129567	.	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr1	110148974	rs1799875	C	T	5495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.263;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.703;SC=CAATGATGCCCGTGGTTTTGA;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=359;TCF=216;TCR=143;TR=224;WE=110148982;WS=110148964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,240:0.62:386
chr1	110153169	.	TCTC	T	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.953;NF=1;NR=13;ReadPosRankSum=-1.423;SC=TTCCACCAGTTCTCCTCAGCC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=14;WE=110153179;WS=110153159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr1	110163076	rs6669802	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=238;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GGAAAAATCCAAAGAGGCTAG;SOR=1.371;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=110163084;WS=110163066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	110200360	rs560018	T	C	11500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;PP=2965;SC=TGGGGTGCTATGCTCAGAGTG;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;WE=110200368;WS=110200350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr1	110201580	rs650985	C	T	8808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=144;PP=2965;SC=ATACATCCTACGTTACAGAGA;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=168;TCR=144;TR=312;WE=110201588;WS=110201570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	110201699	rs506008	T	C	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=52;PP=2965;SC=TGGACGCCTTTCCAAATCTGA;SOR=1.385;Source=Platypus;TCF=52;WE=110201707;WS=110201689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	110201809	rs562996	G	T	11123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.16;QD=44.67;SOR=1.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	110201812	rs563003	A	G	11285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.38;QD=44.26;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	110207482	rs670439	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=0.106;SC=TGAATCTACCCGTCCTTGAAT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=9;WE=110207490;WS=110207472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	110210671	rs625456	G	T	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=655;ReadPosRankSum=0.079;SC=ACCCTCTCTGGGCCTCTCACA;SOR=0.440;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=172;TCF=107;TCR=65;TR=59;WE=110210679;WS=110210661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,61:0.33:185
chr1	110210780	rs530021	C	G	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=26.78;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	110210818	rs2073483	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=718;ReadPosRankSum=0.896;SC=TGCGTGGGGGCGGGGAAGTGT;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=52;WE=110210826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr1	110211956	rs592792	C	T	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FS=2.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-8.326;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,148:0.26:573
chr1	110212293	rs3819350	C	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=822;ReadPosRankSum=-1.389;SC=CTGGTGAGTTCTTGGTCTTGC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=40;WE=110212301;WS=110212283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr1	110252010	rs1292098	T	C	6731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=127;PP=2965;SC=CTCTGTTCTGTTTTTTGCCCC;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=128;TCR=127;TR=255;WE=110252018;WS=110252000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	110252091	rs35677255	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=9.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-2.017;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,49:0.33:149
chr1	110255174	rs929166	T	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.855;NF=24;NR=8;PP=508;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GCTGGCCTGGTGCAGAGAAAG;SOR=0.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=32;WE=110255182;WS=110255164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr1	110279701	rs7483	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.835;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,27:0.21:130
chr1	110279821	rs1537234	C	A	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:413,142:0.26:555
chr1	110279914	rs1571858	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=617;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GACAGTGCCTCCAAGGTATAG;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=188;TCF=65;TCR=123;TR=54;WE=110279922;WS=110279904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,57:0.29:198
chr1	110279993	rs55646044	G	A	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.904;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1692;ReadPosRankSum=0.137;SC=GGCAAAAGCCGGGGAAGAATC;SOR=0.523;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=75;WE=110280001;WS=110279983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,81:0.78:104
chr1	110280091	.	C	G	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.271;SC=CAAAACGGCACATGAAAGCCT;SOR=1.120;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=258;TCF=155;TCR=103;TR=81;WE=110280099;WS=110280081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,88:0.31:282
chr1	110281941	rs10735234	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=-2.353;SC=TATTCTATCCGGGTTAAGATC;SOR=0.693;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=10;WE=110281949;WS=110281931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr1	110282972	rs1332018	G	T	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=97;PP=1704;ReadPosRankSum=-1.764;SC=CTTTATACCCGACATAAGGGG;SOR=0.542;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=513;TCF=190;TCR=323;TR=163;WE=110282986;WS=110282962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,175:0.33:526
chr1	110295553	rs58548898	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=245;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GCCTATGTCCCAGCCCTGAGA;SOR=0.283;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=12;WE=110295561;WS=110295543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr1	110295772	rs1887547	T	C	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=922;ReadPosRankSum=0.695;SC=GCCAGTCATCTGAGAATGTGG;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=248;TCF=136;TCR=112;TR=94;WE=110295780;WS=110295762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,106:0.39:272
chr1	110295890	rs1887548	C	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=327;ReadPosRankSum=1.434;SC=GGGACGCGGACAGGGAGGGGA;SOR=2.124;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=82;TCF=21;TCR=61;TR=21;WE=110295898;WS=110295880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr1	110300441	rs3818562	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=5.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,47:0.33:143
chr1	110300504	rs10776700	A	G	5838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=91;PP=2965;SC=AGGGGCCAAGACGGTGGGCCA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=197;WE=110300512;WS=110300494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	110301766	.	AGTGTGT	A	1027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.26;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,25:0.83:30
chr1	110304537	rs6676659	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=1.560;SC=GGCCCTTTCCGGAGCCATCTG;SOR=0.730;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=15;WE=110304545;WS=110304527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	110466466	rs1058885	T	C	12247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=184;NR=247;PP=2965;SC=ATCTCATCACTGCGCCCCCAG;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=431;TCF=184;TCR=247;TR=431;WE=110466474;WS=110466456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr1	110466709	rs333971	T	C	11037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=170;NR=212;PP=2965;SC=GAGGGATCCTTCAGCCCGCAG;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=382;TCF=170;TCR=212;TR=382;WE=110466717;WS=110466699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr1	110467745	rs333972	A	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=11;PP=1057;SC=GATGTCTAATACCAGCCCTGT;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=110467753;WS=110467735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	110468009	rs3138072	C	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=296;SC=CCTCAGCTATCCCCCTGCCCC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=110468017;WS=110467999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	110555138	.	A	AT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.078;SOR=2.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr1	110558276	rs11384766	A	AC	2313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=1645;SC=ATTAGATAAAATTTTGAGTTT;SOR=1.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=110558284;WS=110558266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	110560915	rs186724	C	T	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=17;PP=2520;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AGCCTCTGGTCTCCTATGTTC;SOR=1.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=89;TCR=17;TR=105;WE=110560923;WS=110560905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr1	110603286	rs144523285	A	AGGTGCTTCCTCCGTGGTGTCCAGGCAGG	4100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=2965;SC=TTGGAGGCAGAGGTGGGCTGG;SOR=3.912;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=23;WE=110603294;WS=110603276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	110612925	rs2274568	G	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=196;SC=AGAGAGGGTCGGGCTGCGCGC;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=110612933;WS=110612915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	110709719	rs7527375	TG	CA	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.219;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,43:0.27:160
chr1	110716511	rs12747833	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=356;ReadPosRankSum=2.317;SC=ATGGCGCTGCCGACGTGCTGG;SOR=0.743;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=22;WE=110716519;WS=110716501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr1	110735037	rs2603583	T	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=420;ReadPosRankSum=0.463;SC=ACCCATGAGGTTCCCACCTGG;SOR=1.307;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=21;WE=110735045;WS=110735032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr1	110738296	rs2784140	G	A	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=55;PP=1353;ReadPosRankSum=1.552;SC=ATGACTACTCGGCCACCCTGC;SOR=0.591;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=358;TCF=192;TCR=166;TR=113;WE=110738304;WS=110738286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,116:0.32:368
chr1	110740273	rs2603581	G	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=112;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CTCAGGCCTTGAATGCAACCA;SOR=0.871;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=11;WE=110740281;WS=110740263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr1	110740688	rs2761445	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=24.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,53:0.28:191
chr1	110765535	rs611587	C	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-5.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=329;ReadPosRankSum=-1.781;SC=CCAGCTGGGCCCATCCATCCC;SOR=0.542;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=68;TCR=6;TR=27;WE=110765543;WS=110765525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr1	110882444	rs814771	A	G	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=53;PP=2710;SC=GCGGGGGCGAATCGCGCAGCA;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=131;WE=110882452;WS=110882434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	110888948	rs61787373	G	A	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.011;NF=38;NR=28;PP=804;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GTTGAACAGCGGATGAAGATA;SOR=0.789;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=209;TCF=117;TCR=92;TR=66;WE=110888956;WS=110888938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,73:0.33:218
chr1	110949566	rs12408631	G	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr1	110949720	rs6671673	C	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=33;PP=1071;SC=GTACCCTTTACACTTTTCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=71;WE=110949728;WS=110949710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	110949857	rs6684395	A	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=5;PP=170;SC=AGGGCTCGACACTGCACAACT;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=110949865;WS=110949847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	110950439	rs6674775	C	T	6150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=1.762;SC=CTGACGAAGGCTTGGGCTCCC;SOR=0.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=165;TCR=197;TR=261;WE=110950447;WS=110950429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,273:0.72:378
chr1	110950462	rs11102099	G	A	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=1.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,81:0.26:307
chr1	110993739	rs3806451	C	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=280;ReadPosRankSum=0.164;SC=GCGGGGGATGCAGGAGAGCCT;SOR=0.265;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=20;WE=110993747;WS=110993729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr1	110999017	rs148766737	A	G	3684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=83;PP=2383;ReadPosRankSum=0.337;SC=TTTCCTGAGCACAGCCTGGAT;SOR=0.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=245;TCF=114;TCR=131;TR=154;WE=110999025;WS=110999007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,168:0.64:262
chr1	111059812	rs3841846	C	CGA	1403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.407;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.008;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr1	111059825	rs3768457	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=-1.723;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,44:0.37:120
chr1	111060669	rs1281175	T	C	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=105;PP=2965;SC=TGACCACCTTTAGCTCCCTAT;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=95;TCR=106;TR=200;WE=111060677;WS=111060659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	111061011	rs3748731	C	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=746;ReadPosRankSum=2.171;SC=TGGGCCGGTTCCGATCAAAGA;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=134;TCR=110;TR=77;WE=111061019;WS=111061001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,83:0.32:260
chr1	111061062	rs1281174	T	C	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=90;PP=2965;SC=GCATCCTTTTTTCCCGGTCTC;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=179;WE=111061070;WS=111061052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	111136611	rs17026168	G	A	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,82:0.28:293
chr1	111144526	rs4839071	T	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=331;SC=AAATTGCCCTTTGTCAAAAAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=111144534;WS=111144516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	111146220	rs78349687	C	G	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=75;PP=2026;ReadPosRankSum=0.878;SC=CACCTGCAATCGCACATAGGG;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=504;TCF=257;TCR=247;TR=154;WE=111146228;WS=111146210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,161:0.30:534
chr1	111436857	rs1578956	TC	GT	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=58;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CACCCTGTACTCGTGCAAATG;SOR=1.295;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=112;TCR=62;TR=158;WE=111436866;WS=111436847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr1	111437129	rs1343817	A	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=838;SC=TAGAGATAGAAATGAAGTGGA;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=111437137;WS=111437119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	111437176	rs5777031	G	GA	236.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=215;SC=TAATTGGGGGGAAAATTTGTA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=111437184;WS=111437166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	111441829	rs1803259	C	T	7675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=129;PP=2965;SC=CTGCAGTAGTCCTGTGGTGAA;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=130;TCR=129;TR=259;WE=111441837;WS=111441819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	111492807	rs2232044	G	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=800;SC=ACTTTATTAAGCAACTAAGTG;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=111492815;WS=111492797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	111661413	rs325916	T	C	3111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=58;PP=2024;ReadPosRankSum=-1.241;SC=AAATCTAATATTGTGCCTTCT;SOR=0.396;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=198;TCF=114;TCR=84;TR=129;WE=111661421;WS=111661403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,139:0.66:212
chr1	111663040	rs647665	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.91;ReadPosRankSum=2.756;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr1	111726026	rs2243393	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=749;ReadPosRankSum=-0.809;SC=ATGATTTACTGTGTAGTTCAC;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=48;WE=111726034;WS=111726016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr1	111726213	rs694180	A	G	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=937;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TGCCCTGGTAAGTATTGTACT;SOR=0.434;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=55;WE=111726221;WS=111726203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,58:0.71:82
chr1	111730901	rs608881	C	T	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=1126;ReadPosRankSum=0.302;SC=GCCCATTTGCCTCCCGCTTGA;SOR=0.496;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=66;WE=111730909;WS=111730891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,68:0.76:90
chr1	111737183	rs660173	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=375;ReadPosRankSum=0.814;SC=GGTGAGCCGTCCAGGGGCTGG;SOR=1.306;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=26;WE=111737191;WS=111737173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr1	111742838	rs639306	G	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=504;SC=ACTAGCCCCAGAGAGGGCATG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=111742846;WS=111742828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	111770423	rs755467	T	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=853;ReadPosRankSum=-1.858;SC=CAGCAGGAAATTTGGTGAGGA;SOR=0.660;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=62;WE=111770431;WS=111770413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
chr1	111773568	rs2255089	G	C	3704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=89;PP=2452;ReadPosRankSum=-0.885;SC=AAAACCAAGTGAGTAAGATGG;SOR=0.938;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=224;TCF=84;TCR=140;TR=140;WE=111773576;WS=111773558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,153:0.64:239
chr1	111773600	rs2274232	A	G	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=54;PP=1379;ReadPosRankSum=-1.134;SC=TCCTGCATGGATTTTAGAGGA;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=34;TCR=93;TR=74;WE=111773608;WS=111773590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,82:0.60:137
chr1	111773830	rs2147789	A	T	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1709;ReadPosRankSum=-0.184;SC=CAGCCAGAAAATAAATAATCA;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=95;TCR=69;TR=112;WE=111773838;WS=111773820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,119:0.68:175
chr1	111778187	rs2251715	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GAAACCTCATAGATTCCAGGC;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=111778195;WS=111778177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	111778241	rs2764544	C	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=3;PP=1165;SC=TATTGCACCTCGTTTCTTTGT;SOR=4.133;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=111778249;WS=111778231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	111778468	rs961364	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,49:0.26:191
chr1	111778824	rs2251608	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=2.403;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=360;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GGGGTGGGGCTGGGGAGAGTC;SOR=1.911;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=22;WE=111778832;WS=111778814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr1	111783942	rs56403938	C	T	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=982;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TCCCTTTCCCCTGCCAGATCT;SOR=0.470;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=69;WE=111783950;WS=111783932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,80:0.71:113
chr1	111783996	rs2494007	A	G	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=79;PP=2965;SC=TCCAGGATCAACAGGTTCCCT;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=112;TCR=79;TR=190;WE=111784004;WS=111783986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	111784148	rs2764551	T	G	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=47;PP=1408;SC=TGTTCAAAGATAGAAGCTTCT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=111784156;WS=111784138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	111784209	rs187740728	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=490;ReadPosRankSum=1.266;SC=GCTCAAGTCTAGTAGTGACTC;SOR=2.753;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=22;WE=111784217;WS=111784199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr1	111785929	rs8535	C	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=924;ReadPosRankSum=0.981;SC=CCTTGCCAGGCTGGCCTTTGG;SOR=1.148;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=24;WE=111785938;WS=111785919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr1	111785930	rs1056825	T	C	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=1300;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CTTGCCAGGCTGGCCTTTGGA;SOR=0.463;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=32;WE=111785938;WS=111785919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr1	111825883	rs4406629	T	C	3770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.072;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=67;PP=2436;ReadPosRankSum=-0.658;SC=ATCAGAATGATTTTAAATCCT;SOR=0.435;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=221;TCF=130;TCR=91;TR=155;WE=111825891;WS=111825873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,169:0.71:237
chr1	111826055	rs12140873	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.09;MQRankSum=-0.522;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=1.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr1	111833441	rs11102235	G	A	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.09;MQRankSum=1.155;NF=50;NR=29;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CAAACAACTCGTTACAAAAAC;SOR=0.848;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=79;WE=111833453;WS=111833431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,137:0.60:227
chr1	111833488	rs34698010	C	CCT	5418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.981;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.091;NF=10;NR=40;PP=2057;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CTTCATGAAACCTCCTCGTCT;SOR=0.462;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=109;TCF=14;TCR=95;TR=50;WE=111833496;WS=111833478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,140:0.63:222
chr1	111833517	rs12026825	G	A	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.805;SC=ACAGGTGGCCGACTCTGGAGC;SOR=0.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=46;TCR=84;TR=66;WE=111833525;WS=111833507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,97:0.60:162
chr1	111853174	rs56387509	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,42:0.24:177
chr1	111854207	rs4839122	T	C	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=22;PP=2256;SC=CTCACTGAGGTTGTAACAATT;SOR=2.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=74;TCR=22;TR=96;WE=111854215;WS=111854197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	111854223	rs6537695	C	T	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=37;PP=2549;SC=CAATTTATGGCAAATTGGAAG;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=92;TCR=37;TR=129;WE=111854231;WS=111854213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	111854755	rs4423003	A	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=834;SC=CAAAACTCACAGCACACTTCA;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=111854763;WS=111854750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	111857154	rs2786152	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.682;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,44:0.26:168
chr1	111857276	rs41391244	T	C	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,84:0.26:317
chr1	111857951	rs61756687	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=0.045;SC=TCAGTCATCAAATTCCTGCGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=4;WE=111857959;WS=111857941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr1	111858200	rs41282500	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr1	111858444	rs2786156	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=2.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.571;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,88:0.25:352
chr1	111860846	.	T	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=0.535;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr1	111861714	rs2786161	T	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=578;ReadPosRankSum=-0.941;SC=TAACATTTAATAGATTTGAAT;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=49;WE=111861722;WS=111861704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,53:0.36:146
chr1	111861841	rs2275253	A	G	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=734;ReadPosRankSum=0.498;SC=CTATGACAACATCAAGAGCTT;SOR=0.855;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=250;TCF=135;TCR=115;TR=72;WE=111861849;WS=111861831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,78:0.30:264
chr1	111861974	rs2275254	T	C	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=843;ReadPosRankSum=-1.953;SC=CACAACAAATTTGGAGGCGCC;SOR=0.906;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=62;WE=111861982;WS=111861964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,68:0.35:194
chr1	111862952	rs2256721	T	G	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.795;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,68:0.27:254
chr1	112020222	rs3831358	GC	G	721.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.167;HP=6;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=778;ReadPosRankSum=-1.319;SC=CTTCCGCCCTGCCCCCCACCC;SOR=3.352;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=15;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	112020224	rs115634476	C	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.167;HP=5;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=768;ReadPosRankSum=-0.807;SC=TCCGCCCTGCCCCCCACCCAC;SOR=3.352;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=16;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	112020238	rs2211494	A	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=10;PP=1177;SC=CACCCACCTGACAACACCTCC;SOR=1.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=55;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	112020453	rs17027773	C	G	3863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=95;PP=2583;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TTGGAATTCCCCTCCATACTC;SOR=0.509;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=223;TCF=80;TCR=143;TR=153;WE=112020461;WS=112020443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,163:0.69:237
chr1	112026449	rs17027794	G	A	4341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=94;PP=2667;ReadPosRankSum=1.431;SC=TGTTTCTGCAGCAAAAGTTCC;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=131;TCR=146;TR=179;WE=112026457;WS=112026439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,190:0.66:289
chr1	112028577	rs2275796	A	T	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=73;PP=1995;SC=ACCCAGTTACAGTAGCTTCTG;SOR=4.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=9;TCR=73;TR=82;WE=112028585;WS=112028567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	112029193	rs2252739	A	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=643;SC=TTCATCCGCCAAGACTATGAC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=112029201;WS=112029183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	112029325	rs2800906	A	G	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=36;PP=1418;SC=GCCAGGTCCTACCTCTGCCTC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=112029333;WS=112029315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	112032347	rs2789539	G	A	7024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=146;PP=2965;SC=GAAAGAAAGTGATGTTTGGAG;SOR=1.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=109;TCR=146;TR=255;WE=112032355;WS=112032337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	112033456	rs3831359	G	GA	4501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=67;PP=2936;SC=AGTGAAAAGGGAAACAACCAG;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=9;TCR=70;TR=76;WE=112033464;WS=112033446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	112033515	rs2252198	T	C	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=42.65;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	112033519	rs2252197	A	G	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=46.55;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	112042632	rs2229155	A	G	10874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.848;SC=AGACCACACAAGCTTTGAGGA;SOR=0.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=362;TCF=189;TCR=173;TR=360;WE=112042640;WS=112042622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,382:1.00:383
chr1	112046081	rs41282520	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GAGGTCCATGTGCAGTGACAG;SOR=1.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=7;WE=112046089;WS=112046071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	112106342	rs1591711	C	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=16;PP=1148;ReadPosRankSum=0.273;SC=CTATTTTACACGCTAGGACAA;SOR=1.061;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=70;WE=112106350;WS=112106332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,73:0.74:98
chr1	112106444	rs1591712	G	A	8434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=165;NR=129;PP=2965;SC=CCTCCCAGCAGCTATATTTTC;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=165;TCR=129;TR=294;WE=112106452;WS=112106434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr1	112251983	rs3738300	C	G	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=3.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,81:0.28:293
chr1	112269872	rs197434	G	A	10681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=222;NR=142;PP=2965;SC=CTGTCAGGGCGAACCTGCGGC;SOR=1.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=222;TCR=142;TR=364;WE=112269880;WS=112269862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr1	112298582	rs197392	A	G	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,107:0.66:162
chr1	112298829	rs197393	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=0.691;SC=GGCCATCCCGTTGGGGCGCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=112298837;WS=112298819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	112302219	rs538779	G	A	3851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=79;PP=2314;ReadPosRankSum=0.594;SC=TTGGTAACCAGGGCTTTTAAG;SOR=0.552;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=219;TCF=99;TCR=120;TR=151;WE=112302227;WS=112302209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,165:0.71:233
chr1	112308953	rs197412	T	C	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=59;PP=2245;ReadPosRankSum=-1.141;SC=AATAAAGTTATTGAACAGAGA;SOR=0.695;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=117;WE=112308961;WS=112308943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,124:0.67:186
chr1	112308972	rs197413	G	A	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=51;PP=2159;ReadPosRankSum=0.854;SC=GAGTCCCTGTGTTGGCAAGTA;SOR=0.832;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=120;WE=112308980;WS=112308962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,124:0.66:187
chr1	112321032	rs640029	T	A	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=54;PP=2061;ReadPosRankSum=-1.787;SC=GAGAAAAACATCAATTGAATT;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=125;TCR=81;TR=135;WE=112321040;WS=112321022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,140:0.65:216
chr1	112524569	.	G	C	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=1707;ReadPosRankSum=1.818;SC=CGTCGATGATGCTCATGACGC;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=441;TCF=221;TCR=220;TR=133;WE=112524577;WS=112524559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,138:0.30:459
chr1	112539061	rs2366125	A	G	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,87:0.28:307
chr1	112991698	rs2256883	T	C	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=79;PP=2759;ReadPosRankSum=-1.622;SC=TCTGCACAAATCCACTCTCTA;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=242;TCF=127;TCR=115;TR=164;WE=112991706;WS=112991688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,169:0.66:256
chr1	112999227	rs1175641	G	A	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=46;PP=2095;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TAGAAAACCAGGTGCCTCCAC;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=188;TCF=111;TCR=77;TR=117;WE=112999235;WS=112999217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,122:0.62:198
chr1	113052155	rs3790605	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=1.826;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr1	113052186	rs3790606	G	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-1.192;SC=GACGATTCGGGCAGGACTGTC;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=4;WE=113052194;WS=113052176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	113063125	rs910697	A	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=831;ReadPosRankSum=0.330;SC=GGCTGGACCAAACCTGAACAC;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=228;TCF=106;TCR=122;TR=69;WE=113063133;WS=113063104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,73:0.31:232
chr1	113083439	rs10745330	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=188;ReadPosRankSum=1.209;SC=TCAGTGTTTTCATTTTTGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=20;WE=113083447;WS=113083429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr1	113098534	rs6658555	C	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=869;ReadPosRankSum=-0.412;SC=ACCTTCTATTCGTTTCCAGTG;SOR=0.686;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=285;TCF=145;TCR=140;TR=86;WE=113098542;WS=113098524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,90:0.30:304
chr1	113113167	rs71584748	GTATATATATATATA	G,GTATATATATATATATATATATATA	748.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.04;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=9.777;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8,8;NR=1,1;PP=2995,322;SC=AATAAAAGATGTATATATATA;SOR=4.398;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9,9;WE=113113188;WS=113113157;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.95:19
chr1	113113938	rs74862275	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=450;ReadPosRankSum=-1.529;SC=CAACTGCTTTGATATTTAGTT;SOR=0.745;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=34;WE=113113946;WS=113113928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr1	113196197	rs2932528	A	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=1.538;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	113197203	rs3790599	A	G	3827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.099;NF=81;NR=69;PP=2518;ReadPosRankSum=0.833;SC=AGCCAGAAGAAGCAGATGGAG;SOR=0.564;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=205;TCF=113;TCR=92;TR=150;WE=113197211;WS=113197193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,161:0.74:219
chr1	113202417	rs2932536	G	A	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=1055;ReadPosRankSum=0.806;SC=ATTCCAACATGTTTATAGACT;SOR=0.572;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=82;WE=113202425;WS=113202407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,92:0.74:125
chr1	113234456	rs2932532	G	A	4111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=101;PP=2518;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GCACTCTCCCGTCTTTTACCT;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=123;TCR=155;TR=181;WE=113234464;WS=113234446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,191:0.66:290
chr1	113238201	rs17030647	T	C	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=54;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.057;SC=ATCAAGGTACTAGGGAAGTGC;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=45;TCR=79;TR=83;WE=113238209;WS=113238191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,87:0.65:133
chr1	113239478	rs2999158	T	C	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=76;PP=1910;SC=GGTATTCCCATGCCCTTGCCT;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=120;WE=113239486;WS=113239468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	113242488	rs3013431	C	T	10141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=185;NR=165;PP=2965;SC=CTCTTCCCTCCCATGACCACA;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=185;TCR=165;TR=350;WE=113242496;WS=113242478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr1	113244433	rs2279500	T	C	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=78;PP=2427;SC=AATGCCTCCTTCTCCAGCCCT;SOR=2.079;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=108;WE=113244441;WS=113244423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	113246229	rs937053	T	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr1	113248365	rs954679	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=33;PP=935;SC=CCTGTTTTGTAAAGATGGGCT;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=33;WE=113248373;WS=113248355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	113252614	rs41310100	C	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=405;SC=AATACAGACACACACCTTTAT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=113252622;WS=113252612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	113254484	rs4839258	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=329;SC=TTCCCAGTAAAGTGCTTTCTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=113254492;WS=113254474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	113255083	rs11811875	C	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-2.462;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,88:0.27:326
chr1	113255389	rs10857971	C	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=298;SC=GCATTCTCAACGGCCCCCACT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=113255397;WS=113255379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	113255686	rs147819439	T	TTG	69.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr1	113266769	rs12144170	G	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=26;PP=742;SC=GGTACCCTGGGTGGGCACCTC;SOR=1.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=35;WE=113266777;WS=113266759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	113460676	.	CAATAAATAAATAAATA	C	240.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=1026;SC=CCTGTGAAGACAATAAATAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=113460699;WS=113460666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	113616382	rs56062000	G	GA	587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=728;SC=CCTAAGCTCTGAAGGAAACTG;SOR=3.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=18;WE=113616390;WS=113616372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	113636257	.	A	G	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=15;MQ=45.4;NF=0;NR=7;PP=44;QD=11.2530303639;SC=GGGTGGGGGGAGGGGGCAGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=7;WE=113636265;WS=113636247;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr1	113636924	rs1216802	T	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=1;PP=984;SC=TTTATTTTACTAAATTTTTTC;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=113636932;WS=113636914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	113657092	rs1216793	A	C	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=95;NR=57;PP=2965;SC=AGACAGTAACACGAGGTGAAA;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=152;WE=113657100;WS=113657082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	113666349	.	TTGTGTGTG	T	85.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.45;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	113933675	rs189539763	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,28:0.22:125
chr1	114137013	rs3834733	C	CAT	842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=872;SC=GTTCAAACATCATGTCTTTTA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=114137021;WS=114137003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	114161116	rs1217200	C	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=4;PP=161;SC=ACTCATATCACCTCTTTATTT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=114161124;WS=114161106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	114189067	rs3761934	G	T	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=24;PP=1668;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TCAACCATCTGCTTTTTAAAA;SOR=0.346;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=117;TCF=89;TCR=28;TR=92;WE=114189075;WS=114189057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,95:0.78:122
chr1	114196364	rs2359174	T	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=-1.018;SC=AAACTGAATTTTTCTGTGAGA;SOR=0.446;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=10;WE=114196372;WS=114196354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr1	114196495	rs2359173	A	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=463;ReadPosRankSum=0.618;SC=TCATTTCAACACAGAATGGAT;SOR=0.787;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=41;WE=114196503;WS=114196485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,45:0.31:147
chr1	114240319	rs3835263	T	TA	8173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=77;PP=2936;SC=TCCAGGCATTTACTCAGCTTA;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=29;TCR=81;TR=105;WE=114240327;WS=114240309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	114242122	rs3752954	T	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=271;ReadPosRankSum=0.530;SC=CCACTCTTTGTCCTTAATCTT;SOR=0.776;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=15;WE=114242130;WS=114242112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	114242250	rs3752953	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=364;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GTATCATCTGCCATTTAATGT;SOR=0.862;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=29;WE=114242258;WS=114242240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr1	114249382	rs6698586	C	T	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=91;PP=2701;SC=TATCCATGCCCTCTTGCCTCC;SOR=2.303;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=124;TCF=30;TCR=94;TR=121;WE=114249390;WS=114249372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	114255828	rs17031795	T	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=3;PP=689;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CTATTTTATATCTCTAACAGA;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=35;WE=114255836;WS=114255818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr1	114267347	rs1230640	C	T	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=64;PP=2965;SC=GTAAACACTACGTGAATACAA;SOR=1.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=126;TCR=64;TR=190;WE=114267355;WS=114267337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	114280717	rs2273758	A	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=582;ReadPosRankSum=-1.453;SC=TGCTTATTCCAATTTCTCCAA;SOR=0.852;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=117;TCF=96;TCR=21;TR=38;WE=114280725;WS=114280707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,40:0.33:122
chr1	114339956	rs34169583	C	CTAAA	2266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=8;PP=1443;SC=ATCGTATTTACTAATTTTTAA;SOR=3.258;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=31;WE=114339964;WS=114339946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	114354654	rs3195954	T	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1149;ReadPosRankSum=0.679;SC=CTGCATTCGTTGGCGGCAGCG;SOR=1.023;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=105;TCF=73;TCR=32;TR=64;WE=114354662;WS=114354644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
chr1	114354942	rs3789604	T	G	7382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CGTCCGCGCATCGCGCAAGCG;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=427;TCF=170;TCR=257;TR=297;WE=114354950;WS=114354932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,308:0.70:442
chr1	114372528	rs3761935	T	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.758;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=764;ReadPosRankSum=1.878;SC=CTTTTAACATTTTCATTTTTA;SOR=0.211;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=40;WE=114372536;WS=114372518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr1	114377093	rs1599971	A	G	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=61;PP=1754;SC=TCGGTTCTTAAGAATAGTATT;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=84;WE=114377101;WS=114377083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	114377568	rs2476601	A	G	7609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=139;PP=2965;SC=TCAGGTGTCCATACAGGAAGT;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=143;TCR=139;TR=282;WE=114377576;WS=114377558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr1	114380681	.	G	T	6627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.236;ClippingRankSum=0.000;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.366;SC=GAGTTGATTTGGTCCGTGTTA;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=385;TCF=197;TCR=188;TR=268;WE=114380689;WS=114380671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,284:0.70:406
chr1	114394463	rs3765598	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=384;ReadPosRankSum=0.022;SC=GGAATTTGACCCAGGACAAGG;SOR=2.904;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=17;WE=114394471;WS=114394458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	114400195	rs11386228	G	GA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	114401231	rs1217418	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	114424601	rs1217381	C	T	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=58;PP=1891;SC=TCCACAGTGTCCTGGAGTATA;SOR=1.149;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=103;WE=114424609;WS=114424591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	114429461	rs2358994	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=-0.074;SC=AACCTCTTTCGCTTTAGGTGT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=4;WE=114429469;WS=114429451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	114442355	rs3838300	C	CA	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=2.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr1	114443035	rs3789613	C	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=1037;SC=ATCCAAAAAACAAAACAAAAG;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=114443043;WS=114443025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	114443899	rs17464525	G	A	5244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.698;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TGATGACAACGCCTCCTTCCT;SOR=0.662;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=330;TCF=172;TCR=158;TR=214;WE=114443907;WS=114443889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,231:0.65:357
chr1	114447034	rs6661817	G	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=205;SC=TGATATGGAGGAAACTACCCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=114447042;WS=114447030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	114448389	rs11552449	C	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=829;ReadPosRankSum=-0.407;SC=CTTGCATCGTCACCTACAGGT;SOR=0.619;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=129;TCR=155;TR=86;WE=114448397;WS=114448379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,88:0.30:296
chr1	114449662	rs3761936	T	C	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,96:0.27:362
chr1	114449829	rs11102701	T	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.600;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	114472218	rs1217441	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GGGTTGAGGGACGGCCGCTCG;SOR=0.521;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=22;WE=114472226;WS=114472208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr1	114504860	rs41302825	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-1.249;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,14:0.17:81
chr1	114505000	rs17852555	G	A	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1069;ReadPosRankSum=0.095;SC=ATGCTGTACCGATTGTACCCC;SOR=0.665;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=297;TCF=152;TCR=145;TR=89;WE=114505008;WS=114504990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,91:0.29:313
chr1	114512939	rs3811018	A	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=495;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TCTTAAAGAGACCTTAATTCA;SOR=0.465;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=28;WE=114512947;WS=114512929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr1	114634485	rs1053135	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=266;ReadPosRankSum=1.558;SC=GTGTCTCAGCTTTGACCTACA;SOR=1.501;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=14;WE=114634493;WS=114634475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr1	114641685	rs2774285	A	G	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=20;PP=1818;SC=AGTGAGGGGTAGAATTACGTC;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=84;WE=114641693;WS=114641675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	114940632	rs5777192	CA	C	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.408;NF=1;NR=30;PP=411;ReadPosRankSum=-1.636;SC=ATACCAGAGTCAAAAAAAAAA;SOR=1.675;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=31;WE=114940641;WS=114940622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr1	114948281	rs6537825	A	G	9224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=149;PP=2965;SC=TGCAGGTTCAATTTTCACATG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=167;TCR=149;TR=315;WE=114948289;WS=114948271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	115128087	rs222493	A	G	185.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=150;SC=ATCCTCCTCTAACAGCCTGAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=115128095;WS=115128077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	115130508	rs61753528	A	G	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=52;PP=1647;ReadPosRankSum=-2.328;SC=TTCAAAGAATAATGTCCTACC;SOR=0.508;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=107;WE=115130516;WS=115130498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,108:0.59:184
chr1	115144035	rs61811019	G	A	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=15;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.537;SC=TACTAATAGGGAACCTTTCTG;SOR=0.548;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=77;TCR=22;TR=67;WE=115144043;WS=115144025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,75:0.71:105
chr1	115144703	rs28398	A	G	12630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.02;NF=250;NR=181;PP=2965;SC=TGACTCAATTATTCCTTGACC;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=431;TCF=250;TCR=181;TR=431;WE=115144711;WS=115144693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr1	115165472	rs222502	T	A	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=124;SC=AAACAAAAATTAAAAAAACTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=115165480;WS=115165462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	115166350	rs148413143	ATTGT	A	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=503;SC=TATTTGTTTGATTGTTTGTTT;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=115166361;WS=115166340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	115168097	rs12136548	T	C	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1540;ReadPosRankSum=1.311;SC=TTCTGAAGAGTCACAATGTTC;SOR=0.864;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=72;WE=115168105;WS=115168087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,75:0.70:107
chr1	115218413	rs2070986	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=275;ReadPosRankSum=0.394;SC=CAAACATAAAGAGATAAGCAC;SOR=0.650;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=19;WE=115218421;WS=115218403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr1	115220420	.	CTCCT	C	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=8.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;MQRankSum=0.856;QD=28.72;ReadPosRankSum=1.281;SOR=2.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr1	115222434	rs761755	G	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=524;SC=GGAAATAATTGTTGGAACAAA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=115222442;WS=115222424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	115256669	rs969273	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=382;SC=CACAGGGAATGCAATGCTATT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=115256677;WS=115256659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	115398044	rs60659641	GC	G	2418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=19;PP=1379;SC=TTCCCCTCCCGCCCCCCCGGG;SOR=2.026;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=51;WE=115398052;WS=115398034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	115401136	rs360615	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=369;SC=TAGAATTTTGGACAATTAATT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=115401144;WS=115401126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	115452848	rs12117860	G	A	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=128;SC=TGAATTGTCTGTCATCATGTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=115452856;WS=115452838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	115576023	rs10776792	A	G	8714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TTTTGGCCTTACATGTGGGCA;SOR=1.074;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=180;TCR=119;TR=297;WE=115576031;WS=115576013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,318:0.99:320
chr1	115576175	rs12732821	G	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=655;ReadPosRankSum=-0.829;SC=TCTTTTGGCTGTAAATTATAT;SOR=0.397;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=140;TCF=40;TCR=100;TR=55;WE=115576183;WS=115576165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,63:0.41:153
chr1	115601615	rs7523818	A	G	5260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=114;PP=2965;SC=GAAGAAATACAAGGAAAAATG;SOR=1.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=60;TCR=114;TR=174;WE=115601623;WS=115601605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	115631924	rs4240540	C	T	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=51;PP=2965;SC=TCGGGGACCCCGGCCCCGCGC;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=154;WE=115631932;WS=115631914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	115829313	rs6330	G	A	4663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.881;SC=AGTCCAGTGGGCTTGGGGGAT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=169;TCR=151;TR=198;WE=115829321;WS=115829303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,200:0.62:324
chr1	116224925	rs10923176	G	A	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=18;PP=2790;SC=AGGATTTTTCGTTTAGGACCT;SOR=3.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=101;TCR=18;TR=119;WE=116224933;WS=116224915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	116224940	rs10754330	C	A	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=36;PP=2965;SC=GGACCTGCTTCTTCAGTGAAA;SOR=2.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=141;TCR=36;TR=176;WE=116224948;WS=116224930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	116225180	rs10923177	A	C	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.873;SC=ACTATTTAAGATTCATGGTAC;SOR=2.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=18;TCR=133;TR=150;WE=116225188;WS=116225170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr1	116228220	rs12145661	C	T	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=59;PP=1632;SC=TGAATTATAGCGTGTTACTAG;SOR=3.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=69;WE=116228228;WS=116228210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	116245809	rs6667224	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=22;PP=601;SC=AAAGATGACACAGCATAAATT;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=116245817;WS=116245799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	116247790	rs3811003	G	A	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=668;SC=ACTGAGGGTGGGGCGCTGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=116247798;WS=116247780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	116260532	rs2997741	A	T	6128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=118;PP=2965;SC=GAGAAAAGTAACAAAAGTTAC;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=93;TCR=118;TR=211;WE=116260540;WS=116260522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	116260604	rs2997742	G	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=75;PP=2199;SC=GCTGGAATGGGAATAGGAGAG;SOR=2.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=18;TCR=75;TR=93;WE=116260612;WS=116260594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	116283343	rs9428083	A	G	5292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=54;PP=2965;SC=GTGTATAAATACTTACATCCA;SOR=1.411;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=114;TCR=54;TR=168;WE=116283351;WS=116283333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	116283526	rs7538337	G	A	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=56;PP=1639;SC=AGGTCTGGCTGAGGGTTTCTG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=116283534;WS=116283516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	116287634	rs10801969	A	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=628;ReadPosRankSum=1.448;SC=GGTTTCCTCTATACTTGCTGT;SOR=1.631;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=34;WE=116287642;WS=116287624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr1	116287651	rs10801970	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=316;ReadPosRankSum=0.574;SC=CTGTTACTATGTGACCAAGTT;SOR=1.565;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=22;WE=116287659;WS=116287641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr1	116287682	rs9428211	T	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=338;ReadPosRankSum=1.103;SC=AAAGGAAATGTATTCTTGTCC;SOR=0.174;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=17;WE=116287690;WS=116287672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	116310818	rs4484922	G	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=368;ReadPosRankSum=-1.864;SC=ATAAAGCAGAGTTCAGTATAT;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=18;WE=116310826;WS=116310808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr1	116310967	rs4074536	T	C	6269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TGTTTTTGCGTGACCTTATCT;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=376;TCF=217;TCR=159;TR=269;WE=116310975;WS=116310957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,271:0.70:388
chr1	116311198	rs4074537	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=37;PP=874;SC=CCAAATATGCTGTGTGCAGAA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=116311206;WS=116311188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	116534852	rs4046190	C	T	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=74;PP=2173;SC=GCTTCACCTCCATCGCCTCGG;SOR=0.963;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=134;WE=116534860;WS=116534842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	116569530	rs2488429	G	C	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=8;PP=723;SC=TTGGCGGCCTGTTCTTTGCAG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=116569538;WS=116569520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	116577981	rs1935828	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=829;SC=GAAGTGCACCGTAGAGAATGC;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=116577989;WS=116577971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	116607254	rs1281748	G	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=607;SC=GTGAACCTTGGCCCTTTTAGA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=116607262;WS=116607244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	116609126	rs3833541	TC	T	8432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=105;PP=2966;SC=TTCATTCCACTCCCCGCCTCT;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=34;TCR=110;TR=138;WE=116609134;WS=116609116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	117121865	rs12066192	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GAACTAATATGTCCAATCCCA;SOR=0.877;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=14;WE=117121873;WS=117121855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr1	117122130	rs6703791	T	C	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=78;PP=2462;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GCCTGTATCTTGGGGGCTTGC;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=123;TCR=120;TR=155;WE=117122138;WS=117122120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,162:0.63:257
chr1	117122285	.	G	GTCC	1043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.78;MQRankSum=2.808;QD=2.88;ReadPosRankSum=5.332;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,75:0.21:363
chr1	117122288	rs647711	G	C	4070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.223;NF=69;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=5.311;SC=CGTCGTCGTCGTCCTCCTCCT;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=389;TCF=218;TCR=171;TR=121;WE=117122298;WS=117122259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,127:0.32:400
chr1	117142531	rs631461	G	A	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=14;PP=1275;SC=CAGGCAGCATGGGCACATAGC;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=62;WE=117142539;WS=117142521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	117487270	rs56209138	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.241;SC=CGGTGTGGACGGGCTACTGAC;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=117487278;WS=117487260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	117487710	rs10159095	AT	GA	8451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=104;PP=2947;SC=TGATCCAGCCATCAGGTGAGC;SOR=1.341;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=64;TCR=108;TR=164;WE=117487719;WS=117487700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	117509981	rs12410651	G	A	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=4.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.32;ReadPosRankSum=1.221;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,63:0.57:111
chr1	117509987	rs12403233	C	T	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=5.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.78;ReadPosRankSum=0.032;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr1	117510061	rs12403245	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=-0.260;SC=AATTCATATGCCATACAATGT;SOR=0.141;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=15;WE=117510069;WS=117510051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	117527645	rs36119404	GTCT	G	4600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=63;PP=2974;SC=GTTTGGGAATGTCTTCTTCTT;SOR=1.796;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=7;TCR=75;TR=68;WE=117527655;WS=117527635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	117529458	rs10801922	G	A	5735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.314;SC=GCTGATCGGCGTCGGTCTGTC;SOR=0.497;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=326;TCF=195;TCR=131;TR=250;WE=117529466;WS=117529448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,251:0.76:332
chr1	117554421	rs3754112	A	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=506;ReadPosRankSum=0.209;SC=GTACAGCTCAACAAACTGGGA;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=82;TCR=56;TR=44;WE=117554429;WS=117554411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,46:0.31:147
chr1	117555898	rs2764849	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=432;SC=TTTACCTACCGCTATAGAATT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=117555906;WS=117555894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	117559726	rs2249265	A	G	6235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=99;PP=2965;SC=AAGTGTGGTCATGTCTACCAA;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=130;TCR=101;TR=227;WE=117559734;WS=117559716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	117602960	rs2244501	C	A	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=51;PP=2870;SC=ACTTGGGGGACCCAGCGAAAT;SOR=1.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=94;TCR=51;TR=145;WE=117602968;WS=117602950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	117603188	rs2244406	G	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=47;PP=1308;SC=GAGTAGGTCTGGAGCTGGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=117603196;WS=117603178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	117605130	rs35553508	CT	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.144;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	117617705	rs998532	A	G	10546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=171;PP=2965;SC=CGATCAAAAGAAAGAACAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=177;TCR=171;TR=348;WE=117617713;WS=117617695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr1	117618067	rs1289673	C	T	7209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=123;PP=2965;SC=AGTACACGAACTGGGAGGCTA;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=122;TCR=124;TR=245;WE=117618075;WS=117618057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	117618722	rs1289672	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=569;SC=AGAGTTTGGGTGTTTCAGGCT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=117618730;WS=117618712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	117622286	rs2801939	A	G	7790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.602;SC=GTGTGGTATTATAAGAGTCAG;SOR=0.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=113;TCR=166;TR=278;WE=117622294;WS=117622276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr1	117631391	rs1555792	T	C	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=74;PP=2965;SC=TTTTCCCATATTGTGGCTGGA;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=128;TCR=74;TR=202;WE=117631399;WS=117631381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	117644058	rs41276572	A	G	3715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.931;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=69;PP=2440;ReadPosRankSum=2.571;SC=GAAAAAAAGAAAGATTTGGCC;SOR=0.444;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=252;TCF=147;TCR=105;TR=153;WE=117644066;WS=117644048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,167:0.63:267
chr1	117658075	rs79788159	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=557;ReadPosRankSum=1.273;SC=GTTTCTAAAGTGAAGAAGAAG;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=35;WE=117658083;WS=117658065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr1	117660608	rs1289655	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=745;SC=TCACACACCACCTCCCTGTCC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=117660616;WS=117660598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	117663913	rs3795655	C	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=482;SC=AAGAGAAAGTCTCCAGAACTT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=117663921;WS=117663903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	117690272	rs10754339	G	A	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=21;PP=1030;SC=TTTTGTGGCCGAGGCACATTA;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=51;WE=117690280;WS=117690262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	117715987	.	AAC	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.107;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr1	117957288	rs1289948	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=3;PP=955;SC=GAGAACAGGAACCTAAAGGGA;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=38;WE=117957296;WS=117957278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	117984776	rs2306444	A	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=368;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TGTGCTATGTATACTATGAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=17;WE=117984784;WS=117984766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr1	118053126	rs41506254	T	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=712;ReadPosRankSum=0.195;SC=AGAACACAGATGAAAAGTCAA;SOR=0.779;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=55;WE=118053134;WS=118053116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,61:0.64:95
chr1	118057263	rs45526845	G	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.312;SC=TCTGTTAGTGGCTTTGTCCAT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=118057271;WS=118057260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	118057646	rs12117874	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr1	118065284	rs34350477	C	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=0.230;SC=AACCTCTTGTCTTTGTGTTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=118065292;WS=118065274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	118065919	rs12120771	T	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=819;ReadPosRankSum=2.221;SC=GTCAAGAATATAGAGCACCTT;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=190;TCF=90;TCR=100;TR=63;WE=118065927;WS=118065909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,64:0.32:198
chr1	118165691	rs1630312	C	T	6288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=127;PP=2965;SC=TCAAAGTGCACGACGTCCGGC;SOR=1.210;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=84;TCR=127;TR=211;WE=118165699;WS=118165681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	118320644	rs1780028	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.85;QD=23.97;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	118320859	rs1775749	T	A	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.48;QD=30.51;SOR=2.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	118321119	rs114485606	T	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=61;PP=1938;SC=TACCTCTCTCTACCACCCATC;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=118321127;WS=118321109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	118424269	rs10923444	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=355;SC=CCCACAAAGGCGCTGGAGTCA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=118424277;WS=118424259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	118429438	rs3054231	G	GACA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=885;SC=CTACTCTGCAGACAACACCTA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=17;WE=118429446;WS=118429428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	118484265	rs10733098	G	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	118526592	rs4347199	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=133;SC=TTCAACTGTCGCAAATATGTT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=118526600;WS=118526582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	118527270	.	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.490;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=1.531;SC=ATTTATAAAAACTTTTATTAG;SOR=2.115;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=9;WE=118527278;WS=118527260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	118548044	rs75886122	G	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,26:0.22:117
chr1	118554908	.	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-4.022;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,25:0.14:173
chr1	118565953	rs10923472	G	A	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=30;PP=1773;SC=AATCTCAGATGGTATCGTTTC;SOR=1.440;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=99;WE=118565961;WS=118565943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	118583408	rs10923477	G	A	4830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=75;PP=2631;SC=AAGGATACAGGTAGTAATTTG;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=159;WE=118583416;WS=118583398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	118617274	rs1935993	C	T	10375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=158;NR=201;PP=2965;SC=TTGTTCTTGCCCTGCTGGTTA;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=158;TCR=201;TR=359;WE=118617282;WS=118617264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	118623681	.	TACACACAC	T,TAC	1527.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.08;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.316;NF=16,16;NR=9,9;PP=947,120;SC=AATAGTGTCTTACACACACAC;SOR=2.103;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=25,25;WE=118623696;WS=118623671;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.80:41
chr1	118628801	rs115735582	A	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=1.016;SC=TTATTTGGGAACAGGGGAAAT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=118628809;WS=118628791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	118644430	rs10754367	A	G	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=34;PP=1602;SC=TCACTGGTGCATTTGCCTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=92;WE=118644438;WS=118644420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	119466275	rs4659129	A	G	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=907;SC=AGGAACCTACATTTTGTTCTC;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=119466283;WS=119466265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	120057158	rs6203	C	T	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.61;MQRankSum=-1.581;NF=38;NR=77;PP=1564;ReadPosRankSum=-1.205;SC=TCAGCGAGATCTGGCGTATAA;SOR=0.732;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=317;TCF=111;TCR=206;TR=115;WE=120057166;WS=120057148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,121:0.36:339
chr1	120057246	rs1047303	C	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.111;NF=0;NR=22;PP=335;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CACAAGGAGACCCTGAAGTCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=22;WE=120057254;WS=120057236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr1	120165826	rs12076924	C	T	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,158:0.28:558
chr1	120166681	rs12067843	G	A	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,128:0.29:439
chr1	120263657	rs894079	A	G	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=14;PP=1426;ReadPosRankSum=1.603;SC=AAAGATATCTATGAACTGGCA;SOR=1.545;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=70;WE=120263665;WS=120263647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,73:0.68:108
chr1	120267505	rs483180	C	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-1.220;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,112:0.27:414
chr1	120267544	rs1886736	C	T	4440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.250;NF=71;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GGAAGGAATGCGTTCGTTTCA;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=101;TCR=158;TR=185;WE=120267552;WS=120267534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,193:0.72:267
chr1	120267597	rs3838425	GC	G	3151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=62;PP=2838;SC=GAGTGTGGGTGCCTATATGTA;SOR=2.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=67;WE=120267605;WS=120267587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	120269567	rs2236398	G	C	3712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=58;PP=2357;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TGGGCTCAGGGCCCGGGGTCC;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=205;TCF=121;TCR=84;TR=145;WE=120269575;WS=120269557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,159:0.71:223
chr1	120285546	rs543703	G	A	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=656;ReadPosRankSum=0.138;SC=AAGGCACTACGCCTGTACTGC;SOR=0.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=166;TCF=106;TCR=60;TR=58;WE=120285554;WS=120285536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,64:0.36:176
chr1	120286457	rs2236399	G	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=0.876;SC=CCAATCCCTCGCTCCTTTTTC;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=7;WE=120286465;WS=120286447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	120293367	rs667246	T	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=872;ReadPosRankSum=-0.165;SC=GTGTTGTTACTCAGAGGAAGA;SOR=0.567;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=231;TCF=141;TCR=90;TR=79;WE=120293375;WS=120293357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,85:0.33:254
chr1	120336785	rs1052972	C	T	7623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=136;PP=2965;SC=TAAACCTTCCCATGGCCAAAG;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=132;TCR=136;TR=268;WE=120336793;WS=120336775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	120378678	rs3009182	C	T	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=63;PP=2949;SC=TGGCTACATCCTGAGCAGAGC;SOR=1.106;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=99;TCR=63;TR=162;WE=120378686;WS=120378668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	120380008	rs3009184	T	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=37;PP=1131;SC=GAAGAGCAGGTCATATTATGC;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=120380016;WS=120379998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	120381686	rs5777416	G	GT,GTGTGAGTCA	1562.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=2900;SC=GTGATTATATGGAGCACCTAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=16;WE=120381695;WS=120381682;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:28
chr1	120381687	.	G	C	446	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=17;NR=0;PP=446;QD=28.2806595616;SC=TGATTATATGGAGCACCTAGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=17;WE=120381695;WS=120381682;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,17:0.52:33
chr1	120381687	rs34302627	G	GTGAGTCAC	1562.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.41;SOR=5.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	120384205	rs2994820	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=16;PP=425;SC=CCTGAGAGTGAACCAGGACTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=120384213;WS=120384195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	120387120	rs12405228	G	A	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=32;PP=934;SC=TGGCAGAAGAGGTGGAGCCAG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=120387128;WS=120387110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr1	120437884	rs2641348	A	G	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=2.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,155:0.30:517
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chr1	120459433	rs41277624	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=122;ReadPosRankSum=0.358;SC=TTATCTCCCCGATGAAATATT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=9;WE=120459441;WS=120459423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	120461253	rs2793829	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=-0.317;SC=GAAACAAGGGCATCAGAGCTG;SOR=1.131;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=17;WE=120461261;WS=120461243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr1	120464165	rs835573	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=-0.919;SC=AGGTCATTTACGTCCTAAGGA;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=12;WE=120464173;WS=120464155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr1	120469077	rs17258579	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=376;ReadPosRankSum=0.527;SC=ACAGATTGTATGGAAGAGACA;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=19;WE=120469085;WS=120469067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr1	120471857	rs2493392	C	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=3.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,62:0.24:256
chr1	120477998	rs2453056	C	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr1	120478285	rs5025718	T	C	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=879;ReadPosRankSum=0.840;SC=AAACAGACCATGAGAGCTAGT;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=62;WE=120478293;WS=120478275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,68:0.66:103
chr1	120480394	rs2453057	T	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=580;SC=TCCCTCTTATTCCACAAAAAA;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=120480402;WS=120480391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	120480709	rs2453058	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=208;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TATTGTGTTACAAGAAATCAA;SOR=0.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=18;WE=120480717;WS=120480699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr1	120484421	rs2493420	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=506;ReadPosRankSum=1.649;SC=AGTAGCATCAGTTTAATCTTA;SOR=0.863;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=43;WE=120484429;WS=120484411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr1	120496119	rs7534585	A	T	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,61:0.30:205
chr1	120496127	rs7534586	A	C	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=-2.264;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,72:0.31:230
chr1	120506108	rs2934381	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=-2.329;SC=TTAGGTATCTGAGCATATGCC;SOR=0.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=18;WE=120506116;WS=120506098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr1	120512104	rs2493409	T	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=11;PP=1372;SC=GCCCCTTCCCTGTTTCTAGAT;SOR=2.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=61;WE=120512112;WS=120512094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	120529750	rs2453040	A	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=202;ReadPosRankSum=-2.277;SC=CTCATACAGAAGAAACGACCT;SOR=0.282;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=23;WE=120529758;WS=120529740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,24:0.31:78
chr1	120611554	rs75248693	T	C	5790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=4.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.58;MQRankSum=-11.782;QD=16.27;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,192:0.54:356
chr1	120611555	rs77254078	T	G	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=1.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.62;MQRankSum=-7.139;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,98:0.27:362
chr1	120611715	rs2794167	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.294;NF=7;NR=40;PP=820;ReadPosRankSum=-1.358;SC=GGAGGCGTGTAAGGGGTCCCG;SOR=1.109;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=149;TCF=45;TCR=104;TR=47;WE=120611723;WS=120611705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,25:0.20:127
chr1	120612002	rs372504208	CGG	C	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.592;HP=5;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.344;NF=6;NR=16;PP=2386;ReadPosRankSum=-1.332;SC=CACAGCAGAGCGGGGCGCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=22;WE=120612011;WS=120611992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,13:0.16:81
chr1	120612034	rs201668322	T	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQRankSum=-4.964;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,14:0.15:93
chr1	120612037	.	TCCTCCGCCG	T	220.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.918;NF=4;NR=19;PP=2974;ReadPosRankSum=0.331;SC=GGTCGCCTCCTCCTCCGCCGC;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=23;WE=120612053;WS=120612024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,12:0.13:94
chr1	120612040	.	T	TCCGCCGCCG	183.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQRankSum=-5.126;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,11:0.14:80
chr1	120612154	rs56375229	C	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQRankSum=-2.365;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.446;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr1	120612163	rs55899574	C	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.37;MQRankSum=-3.087;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr1	120612194	rs79247096	C	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.31;MQRankSum=-0.481;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr1	120612223	rs372622310	AGCC	A	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQRankSum=-0.689;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.310;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr1	120612234	.	G	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.386;NF=8;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=2.044;SC=GCCGCCGCCCGAAGTTTGGCT;SOR=0.861;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=15;WE=120612242;WS=120612213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	120612265	rs375584849	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.24;MQRankSum=-0.106;QD=1.91;ReadPosRankSum=-3.027;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr1	121115761	rs150166046	T	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=5.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.015;NF=21;NR=3;PP=382;ReadPosRankSum=1.217;SC=GCTGAGTCTGTTAGTCTGTAA;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=71;TCR=9;TR=24;WE=121115769;WS=121115751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr1	121115786	rs199825051	C	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.08;MQRankSum=-4.416;QD=5.66;ReadPosRankSum=2.043;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,35:0.31:112
chr1	121116647	rs2772072	T	A	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQRankSum=-6.128;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,23:0.21:111
chr1	121116733	rs61806691	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=8.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQRankSum=-10.382;QD=1.25;ReadPosRankSum=2.990;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,68:0.17:395
chr1	144013853	rs6600697	T	C	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=1.303;SC=TGCATGGTGGTTTATTTAGGG;SOR=0.815;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=451;TCF=307;TCR=144;TR=146;WE=144013873;WS=144013843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,149:0.33:456
chr1	144013865	rs6600696	T	G	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TATTTAGGGCTGTCTTTCTGA;SOR=0.796;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=539;TCF=355;TCR=184;TR=186;WE=144013873;WS=144013843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,190:0.35:548
chr1	144014051	rs1884147	G	A	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=3.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.765;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,137:0.25:539
chr1	144014068	rs1884146	T	C	5288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GGCCAAGACATGCAGCACCAA;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=394;TCF=128;TCR=266;TR=241;WE=144014076;WS=144014058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,247:0.61:402
chr1	144854412	rs77812232	A	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.339;NF=17;NR=1;PP=269;ReadPosRankSum=0.247;SC=AATCAGTCTCAACTCCCAACA;SOR=1.609;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=18;WE=144854420;WS=144854407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr1	144854491	rs2798856	T	G	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=1.474;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,73:0.37:198
chr1	144854497	rs2653676	A	G	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=1.499;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,76:0.36:213
chr1	144854501	rs142453097	CCT	C	2927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.037;NF=19;NR=32;PP=2970;ReadPosRankSum=0.207;SC=TCCCCCATTCCCTCTCAGGGA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=59;TCR=98;TR=51;WE=144854510;WS=144854481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,84:0.35:238
chr1	144854528	rs78461771	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=11.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-14.399;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=1.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,28:0.09:318
chr1	144854537	rs3851872	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=10.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-14.914;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,32:0.09:339
chr1	144854581	rs78371650	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=7.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-12.086;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.861;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,42:0.12:345
chr1	144854594	rs79028512	G	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=4.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-11.419;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.932;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,44:0.14:313
chr1	144854597	rs3851873	T	C	5663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-3.430;QD=18.94;ReadPosRankSum=1.988;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,149:0.50:299
chr1	144854597	.	TC	CT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=58.43;NF=38;NR=55;PP=2944;QD=20;SC=TCTGAAGGAGTCGCTCCTGTT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=276;TCF=118;TCR=158;TR=93;WE=144854606;WS=144854571;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:183,93:0.34:276
chr1	144854598	rs3863691	C	T	3679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=4.462;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,103:0.35:295
chr1	144854675	rs79179886	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.633;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.237;NF=1;NR=21;PP=369;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GAGGAACAGACTCTTACTGAC;SOR=1.473;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=81;TCF=9;TCR=72;TR=22;WE=144854683;WS=144854665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr1	144859720	rs678786	G	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=7;PP=819;SC=GTGATCTCCCGACTGGCCAAG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=144859728;WS=144859710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	144859816	.	TGGA	T	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=4.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-2.422;QD=3.31;ReadPosRankSum=-2.304;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,26:0.15:177
chr1	144860026	rs1699819	G	C	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.179;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.129;NF=28;NR=35;PP=882;ReadPosRankSum=0.377;SC=TGGTAACATTGACCCAAGTAT;SOR=0.524;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=63;WE=144860034;WS=144860016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,68:0.49:139
chr1	144865850	rs1613780	G	T	3587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-1.134;NF=76;NR=101;PP=2543;ReadPosRankSum=-1.736;SC=GTCTTCGATTGTCTTCCCTGA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=398;TCF=173;TCR=225;TR=177;WE=144865858;WS=144865840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,178:0.44:409
chr1	144866509	rs924667	G	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.049;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=20;PP=1001;ReadPosRankSum=-1.369;SC=CATAAGGAGCGAGTGAAGTAA;SOR=0.403;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=201;TCF=151;TCR=50;TR=70;WE=144866517;WS=144866499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,71:0.35:202
chr1	144866643	rs1620560	G	A	5126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=2.319;SC=TCCCGTAGGCGGTCATTGATG;SOR=0.844;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=738;TCF=359;TCR=379;TR=271;WE=144866651;WS=144866633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:472,274:0.37:746
chr1	144866662	rs1064044	T	C	5010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=0.074;SC=TGCAGATGGATTCCTCCAGGC;SOR=0.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=679;TCF=312;TCR=367;TR=257;WE=144866670;WS=144866652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:427,260:0.38:687
chr1	144868170	rs1628310	C	T	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=64;PP=1178;ReadPosRankSum=1.901;SC=ACAGTGCTGGCACCTGGGCAG;SOR=0.843;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=217;TCF=48;TCR=169;TR=81;WE=144868178;WS=144868160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,82:0.38:214
chr1	144868204	rs1747951	A	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=6.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=41;PP=925;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TAAGAAGCAAATGGGGTGTCA;SOR=1.577;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=100;TCF=8;TCR=92;TR=43;WE=144868212;WS=144868194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
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chr1	144871755	rs1778159	A	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.297;NF=13;NR=4;PP=275;ReadPosRankSum=-1.934;SC=CAAGGAGACCACTGGTGTCTC;SOR=1.005;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=17;WE=144871763;WS=144871745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr1	144871782	rs1778158	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.423;NF=16;NR=9;PP=385;ReadPosRankSum=1.645;SC=GCCAAGGAGGAGAGGGCCAGT;SOR=0.563;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=25;WE=144871790;WS=144871772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr1	144871889	rs1698606	A	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=488;ReadPosRankSum=0.289;SC=AGCCTAGGAAAAGAAAGTTAA;SOR=0.826;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=46;WE=144871897;WS=144871879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,51:0.36:142
chr1	144873818	rs1610566	A	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=5.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.291;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=0;PP=723;ReadPosRankSum=0.966;SC=TTGAAGAAAAATCAAACAGGC;SOR=3.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=76;TCF=70;TCR=6;TR=33;WE=144873826;WS=144873808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr1	144873840	rs1627335	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.811;NF=41;NR=5;PP=863;ReadPosRankSum=-0.322;SC=GCAGAGAAAGAGGAGATGAAG;SOR=0.700;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=116;TCF=102;TCR=14;TR=46;WE=144873848;WS=144873830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr1	144873887	rs1699787	C	T	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.497;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=39;PP=1808;ReadPosRankSum=0.185;SC=CTGAATGGGCCTGGTTGGCCT;SOR=0.501;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=291;TCF=201;TCR=90;TR=118;WE=144873895;WS=144873877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,120:0.41:295
chr1	144874038	rs1419160	T	C	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=89;PP=2093;ReadPosRankSum=0.678;SC=ATCTATAAAATCCATGAATGA;SOR=0.555;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=288;TCF=92;TCR=196;TR=134;WE=144874046;WS=144874028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,136:0.46:296
chr1	144874070	rs1610565	C	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-7.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=51;PP=979;ReadPosRankSum=0.722;SC=TGATGTTCTACAGAGAACTGG;SOR=0.141;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=130;TCF=20;TCR=110;TR=64;WE=144874078;WS=144874060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,61:0.47:129
chr1	144874088	rs1419158	G	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=957;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TGGAATCCTGGCCTTATGTTT;SOR=0.130;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=88;TCF=5;TCR=83;TR=45;WE=144874096;WS=144874078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr1	144874641	rs1610771	G	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=1.458;SC=TCTCCACTCAGCCTAGACAAA;SOR=0.456;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=53;TCR=5;TR=14;WE=144874649;WS=144874631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr1	144874760	rs1610774	T	C	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.953;NF=84;NR=65;PP=1838;ReadPosRankSum=0.004;SC=AGGCTTCCAGTTCATCAGACA;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=395;TCF=213;TCR=182;TR=149;WE=144874768;WS=144874750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,155:0.38:410
chr1	144874815	rs1778155	T	C	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=0.165;NF=52;NR=55;PP=1122;ReadPosRankSum=-1.948;SC=AGACAAGGCATGGCTGCTGGA;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=281;TCF=130;TCR=151;TR=107;WE=144874823;WS=144874805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,110:0.38:289
chr1	144874950	rs1747957	G	A	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=754;ReadPosRankSum=0.262;SC=GGTCACCGAAGCCAACCTGTC;SOR=0.251;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=56;WE=144874958;WS=144874940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,60:0.57:106
chr1	144875916	rs71664004	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-2.303;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,23:0.16:147
chr1	144877176	rs2762875	C	T	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.680;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-12.212;NF=65;NR=16;PP=1247;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TTTTGCATGCCGGGTGATAAG;SOR=0.365;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=212;TCF=178;TCR=34;TR=81;WE=144877184;WS=144877166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,81:0.38:216
chr1	144877366	rs1807092	A	G	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.089;NF=32;NR=97;PP=2027;ReadPosRankSum=0.296;SC=CTATGAGAACATCTCTAAGGA;SOR=0.875;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=292;TCF=78;TCR=214;TR=129;WE=144877374;WS=144877356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,127:0.43:298
chr1	144877390	rs1807093	G	A	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.208;NF=15;NR=70;PP=1568;ReadPosRankSum=0.761;SC=CCCCCAAGCTGAATTCTGGCA;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=34;TCR=159;TR=85;WE=144877398;WS=144877380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,84:0.43:197
chr1	144879264	rs2798901	A	G	9252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.98;NF=178;NR=165;PP=2965;SC=CTCAGCTTCCAGGGTCTTTCC;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=343;TCF=178;TCR=165;TR=343;WE=144879272;WS=144879254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	144879375	rs1747958	T	C	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=42;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TTCAGATCTTTGATGTCCTTT;SOR=0.626;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=93;WE=144879383;WS=144879365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,95:0.44:215
chr1	144880832	rs12568796	T	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=808;ReadPosRankSum=0.964;SC=TGGATCTGCTTGCTGTCCTGC;SOR=0.797;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=73;WE=144880840;WS=144880822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,75:0.39:190
chr1	144882581	rs1699836	A	G	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.219;NF=43;NR=38;PP=1475;ReadPosRankSum=1.835;SC=TTATTCTTTCAATGGTGCTGG;SOR=0.505;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=81;WE=144882589;WS=144882571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,82:0.46:179
chr1	144882823	rs1698647	C	T	7252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=876;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TCAGACATTGCTTCTCCCATC;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=849;TCF=345;TCR=504;TR=354;WE=144882831;WS=144882813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:511,361:0.41:872
chr1	144886063	rs1625285	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=517;ReadPosRankSum=0.620;SC=CCTCATGACCTGCAAGCTCCC;SOR=0.445;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=111;TCF=86;TCR=25;TR=42;WE=144886071;WS=144886053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,45:0.38:120
chr1	144886092	rs1343472	C	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=820;ReadPosRankSum=0.444;SC=GGAAGAATGTCCTACCTGATG;SOR=0.450;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=175;TCF=123;TCR=52;TR=66;WE=144886100;WS=144886082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,71:0.38:188
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chr1	144886409	rs1620507	A	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=1.672;SC=AGGCAGTTTTAAATGAGAACA;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=21;WE=144886417;WS=144886399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr1	144890833	rs11447	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.097;NF=37;NR=5;PP=810;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CTTGTTAACTTATAATTACAC;SOR=1.117;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=75;TCR=13;TR=42;WE=144890841;WS=144890823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr1	144892089	rs1614098	G	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.388;NF=21;NR=7;PP=477;ReadPosRankSum=-1.708;SC=TCCCAAGCAGGTCCTCCGCCC;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=28;WE=144892097;WS=144892079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr1	144892149	rs1698709	G	A	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.144;NF=54;NR=29;PP=1236;ReadPosRankSum=0.314;SC=TCTGTGGTGCGTTTCAGTTAC;SOR=0.903;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=185;TCF=117;TCR=68;TR=83;WE=144892157;WS=144892139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,84:0.45:188
chr1	144892368	rs1698708	A	T	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1530;ReadPosRankSum=1.444;SC=GGAGAACAGGAAGATGACTGA;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=214;TCF=133;TCR=81;TR=90;WE=144892376;WS=144892358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,91:0.43:213
chr1	144895460	rs1698703	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-5.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=397;ReadPosRankSum=0.355;SC=ACACTGTCTTCAGAACTAACT;SOR=0.316;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=73;TCF=6;TCR=67;TR=27;WE=144895468;WS=144895450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr1	144910082	rs638780	A	G	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=65;PP=2014;SC=CATACACACAAGTTGTTCTTT;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=144910090;WS=144910072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	144912153	rs1628172	A	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=16;PP=947;SC=TTTCCAAGACAGCCAGTGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=40;WE=144912161;WS=144912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	144912233	rs1629011	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-2.140;NF=35;NR=25;PP=676;ReadPosRankSum=0.080;SC=TAAATATTGGCGCAGGGCCTG;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=60;WE=144912241;WS=144912223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr1	144915412	rs1698684	T	C	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=23;PP=1170;ReadPosRankSum=1.430;SC=ATGCACTACATGACACTTGTC;SOR=0.700;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=190;TCF=134;TCR=56;TR=83;WE=144915420;WS=144915402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,88:0.44:198
chr1	144915561	rs1778111	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.369;NF=25;NR=59;PP=1252;ReadPosRankSum=-1.164;SC=CTTTCCTTTCGCTGTAGACGC;SOR=1.335;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=207;TCF=74;TCR=133;TR=84;WE=144915569;WS=144915551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,85:0.40:214
chr1	144915624	rs1778112	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.363;NF=4;NR=22;PP=359;ReadPosRankSum=-0.477;SC=TTGCAGAGCAGTGTTGCACTA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=26;WE=144915632;WS=144915614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr1	144916748	rs1747930	C	G	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=88;PP=1934;ReadPosRankSum=-0.217;SC=ACTCTCCATACTCTACAGCCA;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=346;TCF=136;TCR=210;TR=143;WE=144916756;WS=144916738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,153:0.42:365
chr1	144917546	rs1698682	A	G	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=1111;ReadPosRankSum=1.013;SC=AGTCTCTCTAAGTCATGATCT;SOR=0.674;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=73;WE=144917554;WS=144917536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr1	144917841	rs1698681	T	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.677;NF=25;NR=13;PP=590;ReadPosRankSum=-2.334;SC=AGCTTTATCATGTATTCGCTG;SOR=0.929;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=38;WE=144917849;WS=144917831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr1	144918957	rs1061308	T	A	4242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.088;NF=102;NR=101;PP=2609;ReadPosRankSum=0.905;SC=ATTCTGCAATTCTTCTTGTAG;SOR=0.676;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=482;TCF=247;TCR=235;TR=203;WE=144918965;WS=144918947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,217:0.43:508
chr1	144919094	rs1698680	C	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-7.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=494;ReadPosRankSum=0.313;SC=GAAAGAGGAGCAGAGGGTGCC;SOR=0.105;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=72;TCF=1;TCR=71;TR=28;WE=144919102;WS=144919084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr1	144922109	rs1343469	A	G	7636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=0.206;SC=CACAAAGACTAAAAATAAAAT;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=900;TCF=470;TCR=430;TR=358;WE=144922117;WS=144922098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:557,367:0.40:924
chr1	144922171	rs1343470	C	T	8739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=215;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TCCTGTCCTACGTGACCCTCA;SOR=0.712;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=1100;TCF=549;TCR=551;TR=438;WE=144922179;WS=144922161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:680,447:0.40:1127
chr1	144922583	rs1359300	G	A	5228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.943;SC=CTTTTGAGACGACTCCTGAGC;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=695;TCF=331;TCR=364;TR=264;WE=144922591;WS=144922573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:447,277:0.38:724
chr1	144923823	rs11268079	TAGGAAGAAACGGCA	T	9004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.319;NF=10;NR=157;PP=2957;ReadPosRankSum=1.135;SC=AGTCATGGGCTAGGAAGAAAC;SOR=1.016;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=13;TCR=193;TR=167;WE=144923844;WS=144923813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,324:0.99:327
chr1	144930571	rs2762866	C	A	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=859;ReadPosRankSum=-1.356;SC=CACTATGTAGCCGTTTTGTAT;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=98;TCR=51;TR=67;WE=144930579;WS=144930561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,71:0.44:163
chr1	144930596	rs2762867	C	A	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1203;ReadPosRankSum=0.296;SC=GGACCCGGAGCGGCAAATAAT;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=210;TCF=129;TCR=81;TR=86;WE=144930604;WS=144930586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,90:0.40:224
chr1	144930940	rs2147326	T	C	3816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=102;PP=2816;ReadPosRankSum=0.249;SC=TCCTCATCTTTCTGTTGTGGA;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=487;TCF=216;TCR=271;TR=180;WE=144930948;WS=144930930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,185:0.37:497
chr1	144931087	rs41315684	T	C	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=51;PP=1585;ReadPosRankSum=-1.220;SC=GGTTCTTCAGTGCAAATGCTG;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=250;TCF=138;TCR=112;TR=111;WE=144931095;WS=144931077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,116:0.44:262
chr1	144931330	rs2762745	C	T	7281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=948;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=2.040;SC=TGGAGCAGTGCAGAGTATCTC;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=934;TCF=441;TCR=493;TR=366;WE=144931338;WS=144931320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:570,375:0.40:945
chr1	144931392	rs2798893	G	A	5381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CTTGATCTCCGCGCCAGAGTC;SOR=0.940;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=661;TCF=298;TCR=363;TR=270;WE=144931400;WS=144931382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,272:0.41:664
chr1	144931461	rs41315685	A	T	4887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.302;SC=CTTCTCCAGTAGCAGCTTTTG;SOR=0.679;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=563;TCF=282;TCR=281;TR=231;WE=144931469;WS=144931451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,233:0.40:579
chr1	144946510	rs2488977	C	T	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=16;PP=2764;SC=TTTAAACTGCCAAGTTTGTAG;SOR=3.403;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=95;TCR=16;TR=111;WE=144946518;WS=144946500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	144946768	rs2762733	G	A	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1097;ReadPosRankSum=0.770;SC=AGTAAGGACAGTAATTATGAT;SOR=0.837;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=179;TCF=57;TCR=122;TR=72;WE=144946776;WS=144946758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,71:0.39:184
chr1	144946876	rs2798887	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	144951959	rs142985095	T	C	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.82;MQRankSum=2.133;QD=2.17;ReadPosRankSum=-2.752;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,83:0.18:452
chr1	144951973	rs77471170	T	C	8448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.299;NF=260;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.478;SC=TAAGTGAATCTATGTCTCTTG;SOR=0.897;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=624;TCF=401;TCR=223;TR=397;WE=144951981;WS=144951949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,365:0.63:582
chr1	144952078	rs71220421	C	A	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQRankSum=0.367;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:597,201:0.25:798
chr1	144952220	rs139438772	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=3.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.33;MQRankSum=-8.430;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,58:0.26:221
chr1	144994658	rs1664022	C	A	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:470,189:0.29:659
chr1	144994861	rs2442640	C	T	8935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.159;SC=GCTGGGGCTACGGCGACATGG;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=553;TCF=278;TCR=275;TR=366;WE=144994869;WS=144994851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,368:0.66:556
chr1	145014053	rs548602	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=288;ReadPosRankSum=-1.368;SC=ACACCCCTCATTTCTATATTT;SOR=0.259;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=23;WE=145014061;WS=145014043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr1	145014103	rs1778711	G	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr1	145014186	.	GAA	G,GA	3454.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.810;NF=54;NR=54;PP=2163;ReadPosRankSum=1.162;SC=TCCAAAAGGTGAAAAAAAAAA;SOR=0.669;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=334;TCF=176;TCR=158;TR=108;WE=145014207;WS=145014174;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.34:276
chr1	145014198	rs12119750	AC	CA	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=4.408;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.865;QD=0.76;ReadPosRankSum=3.451;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,61:0.17:357
chr1	145014210	rs1778710	G	A	4792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=2.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.232;QD=9.20;ReadPosRankSum=2.909;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,145:0.28:521
chr1	145014218	rs1778709	G	A	5036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.299;QD=8.19;ReadPosRankSum=2.220;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,166:0.27:615
chr1	145014263	rs1778708	C	T	3934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=944;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=3.304;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:685,252:0.27:937
chr1	145014394	rs1107089	C	T	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,83:0.28:301
chr1	145014411	rs1778707	T	C	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,48:0.23:205
chr1	145015877	rs77741369	G	T	4451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=978;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:702,270:0.28:972
chr1	145016020	rs657162	T	G	21202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=220;NR=435;PP=2965;SC=AGCTGTCAATTAAACAGAACA;SOR=1.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=659;TCF=220;TCR=439;TR=655;WE=145016043;WS=145016010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,657:1.00:657
chr1	145016035	rs80291027	A	C	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=107;PP=2186;ReadPosRankSum=1.112;SC=AGAACAACAAAAAAAAAGGTT;SOR=0.637;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=479;TCF=147;TCR=332;TR=157;WE=145016043;WS=145016010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,159:0.33:479
chr1	145017784	rs11300211	CT	C	92.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.17;QD=18.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	145017851	rs2596284	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=6.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,13:0.18:72
chr1	145018023	rs2799192	G	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=8.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,39:0.23:172
chr1	145021024	rs1778692	G	C	4901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.18;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,140:0.63:221
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chr1	145021265	rs673110	A	G	3989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=128;PP=2809;ReadPosRankSum=0.371;SC=TGTCATTTCTATTTATCTCTC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=415;TCF=136;TCR=279;TR=188;WE=145021273;WS=145021255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,188:0.45:418
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chr1	145109468	rs2442652	A	G	13719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.804;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=291;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.294;SC=GCTTTAAACTATTGTCAGTGC;SOR=0.637;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=489;TCF=352;TCR=137;TR=407;WE=145109476;WS=145109446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,409:0.83:492
chr1	145109493	rs2442651	C	T	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:593,144:0.20:737
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chr1	145109583	rs2794053	C	A	15257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=6.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=396;NR=317;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.474;SC=TTCCCTAAGACGTTGGCTTTT;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1598;TCF=883;TCR=715;TR=713;WE=145109591;WS=145109573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:894,713:0.44:1607
chr1	145109661	rs2655551	G	A	5340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1740;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=2.461;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1355,381:0.22:1736
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chr1	145112287	rs2794042	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=9.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,39:0.18:218
chr1	145112288	.	G	GCA	1807.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=2.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,55:0.25:224
chr1	145112313	rs2596302	T	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,64:0.17:372
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chr1	145112420	rs2794041	C	T	6002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1944;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=2.007;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1499,438:0.23:1937
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chr1	145112485	rs2794039	C	T	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1774;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=3.390;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1459,305:0.17:1764
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chr1	145209819	rs860659	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=124.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.95;MQRankSum=-13.945;QD=2.10;ReadPosRankSum=-2.375;SOR=5.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,63:0.16:400
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chr1	145209870	rs76440671	A	G	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=12.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.49;MQRankSum=-12.393;QD=8.54;ReadPosRankSum=-2.646;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,81:0.31:264
chr1	145273366	rs140871032	C	T	10212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1806;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.188;NF=288;NR=280;PP=2962;ReadPosRankSum=2.208;SC=CTTTGTGTCTCGACCTTGCCT;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1812;TCF=914;TCR=898;TR=568;WE=145273374;WS=145273356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1240,565:0.31:1805
chr1	145273520	rs2793994	G	A	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=8.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.99;MQRankSum=-11.947;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.074;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,91:0.26:355
chr1	145281247	rs74721027	T	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.31;MQRankSum=-3.731;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.585;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr1	145281818	rs2691746	T	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=4.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQRankSum=1.101;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,36:0.17:208
chr1	145281824	rs4089950	T	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQRankSum=-1.868;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,43:0.20:214
chr1	145282093	rs199946317	G	A	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=12.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQRankSum=-17.053;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=1.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,88:0.26:337
chr1	145456732	rs375314716	GA	G	927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=3.090;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,79:0.38:210
chr1	145507826	rs872786	A	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=888;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GGTCGTAAGGATGGGAATCGA;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=58;WE=145507834;WS=145507816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,60:0.52:116
chr1	145510376	rs147038428	A	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	145517561	rs4471211	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=6.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=554;ReadPosRankSum=1.041;SC=AGTAATTAGGCGGACTGGAGA;SOR=1.075;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=27;WE=145517569;WS=145517551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr1	145531980	rs4384171	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=0;PP=571;SC=GGCAAGATGCTTGACCTCAGG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=21;WE=145531988;WS=145531970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	145532549	rs1328584	T	C	9125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=141;PP=2965;SC=AGCGATTCTTTTTCAATGTCA;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=161;TCR=141;TR=302;WE=145532557;WS=145532539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr1	145532994	rs34834904	GT	G	1787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=1602;ReadPosRankSum=-0.271;SC=CTCCTGGAACGTTTTTTTTCT;SOR=0.697;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=33;WE=145533009;WS=145532984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,47:0.34:139
chr1	145533001	rs35103913	T	C	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.427;SC=AACGTTTTTTTTCTCTTTATT;SOR=0.966;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=94;TCR=60;TR=55;WE=145533009;WS=145532984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,56:0.35:159
chr1	145533175	rs11590105	T	C	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1474;ReadPosRankSum=1.040;SC=CCCCCCTGCATTGCAGAACCA;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=87;TCR=121;TR=95;WE=145533183;WS=145533165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,101:0.46:218
chr1	145533314	rs2274619	T	C	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=42;PP=1755;ReadPosRankSum=0.964;SC=TGACCTCTGGTTACTTCCCTT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=178;TCR=104;TR=115;WE=145533322;WS=145533304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,119:0.40:296
chr1	145535921	rs2274617	T	C	5799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.577;SC=TAAAATGCATTACAGGCAACT;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=626;TCF=356;TCR=270;TR=264;WE=145535929;WS=145535911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,281:0.43:654
chr1	145538664	rs1109216	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=745;ReadPosRankSum=2.651;SC=TGCTGATCATATGCCCCTGTG;SOR=1.006;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=133;TCF=87;TCR=46;TR=57;WE=145538672;WS=145538654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr1	145555653	rs6424379	C	T	5887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CACACTACCCCCATGCCCTAT;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=651;TCF=347;TCR=304;TR=281;WE=145555661;WS=145555643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,295:0.44:675
chr1	145555699	rs141350599	G	A	7638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.307;SC=CAGGTGGAGAGATGGAACCGC;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=611;TCF=309;TCR=302;TR=345;WE=145555707;WS=145555689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,353:0.56:629
chr1	145556986	rs56110740	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=693;ReadPosRankSum=0.627;SC=GCCTTCCCTCCCTGTGAGTCA;SOR=0.471;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=72;TCR=15;TR=43;WE=145556994;WS=145556976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr1	145558565	rs11801520	C	G	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=68;PP=1965;SC=GGCTGCTGCTCTCTCTCAGCT;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=19;TCR=68;TR=87;WE=145558573;WS=145558555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	145558824	rs17352281	A	C	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=42;PP=1963;ReadPosRankSum=0.198;SC=CTCTTCCTACAATCTGTGCAG;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=275;TCF=176;TCR=99;TR=122;WE=145558832;WS=145558814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,125:0.43:290
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chr1	145561594	rs6670984	C	T	10933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.01;MQRankSum=-1.273;NF=259;NR=223;PP=2962;ReadPosRankSum=0.665;SC=ACAGGGGCCACCCCAGAGCCC;SOR=0.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=779;TCF=423;TCR=356;TR=482;WE=145561602;WS=145561584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,495:0.62:799
chr1	145562293	rs11579366	G	C	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=77;PP=2319;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GCCCAAGCCAGAGGCGCAGGT;SOR=0.623;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=375;TCF=190;TCR=185;TR=162;WE=145562301;WS=145562283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,165:0.43:385
chr1	145562881	rs10910824	T	C	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.043;NF=51;NR=42;PP=1410;ReadPosRankSum=1.094;SC=AAAGGCTCTGTTGGAAAAGTA;SOR=0.726;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=93;WE=145562889;WS=145562871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,101:0.53:192
chr1	145563011	rs148620847	G	A	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1361;ReadPosRankSum=1.689;SC=GAGATGCGGGGGCGCTCCGAG;SOR=0.793;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=90;WE=145563019;WS=145563001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,94:0.48:194
chr1	145566535	rs1819347	C	T	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=14;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TAGTGAACACCACACAGAAGA;SOR=0.806;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=111;TCR=27;TR=74;WE=145566543;WS=145566525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chr1	145585317	rs4128488	A	G	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=92;PP=2965;SC=TGGGGAAGTCAGGATTGAGAT;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=142;TCR=93;TR=234;WE=145585325;WS=145585307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	145586780	rs10910829	T	C	5131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.645;SC=ACTGTGGAGCTCTCCAGTCCT;SOR=0.916;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=434;TCF=208;TCR=226;TR=225;WE=145586788;WS=145586770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,234:0.52:450
chr1	145588536	rs9286836	C	T	7044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.845;SC=TTTGCTTGCCCCTCCCTCAGC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=502;TCF=279;TCR=223;TR=291;WE=145588544;WS=145588523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,309:0.59:521
chr1	145589433	rs371455010	G	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=234;ReadPosRankSum=0.052;SC=GCCATAACGCGACTCTGGAGT;SOR=0.906;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=20;WE=145589441;WS=145589423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr1	145597116	rs9728311	C	T	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=90;PP=2305;SC=TTCCCAGTCACAGATGGGGTG;SOR=3.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=20;TCR=90;TR=110;WE=145597124;WS=145597106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	145597417	rs9728345	C	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=267;ReadPosRankSum=0.587;SC=GAAAAGTATGCCAAGGTGTGG;SOR=1.667;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=20;WE=145597425;WS=145597407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr1	145598459	rs9729715	T	C	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=56;PP=2965;SC=AGGAGGATGATACTAGGTATC;SOR=1.277;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=137;WE=145598467;WS=145598449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	145601861	rs9286837	G	A	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GGCTGAGGAAGAGATTTAGAG;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=67;TCR=118;TR=184;WE=145601869;WS=145601851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr1	145696694	rs2231375	G	A	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=64;PP=1395;ReadPosRankSum=1.623;SC=AGATGCGTGCGTGATAGGCCC;SOR=0.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=118;TCR=165;TR=112;WE=145696702;WS=145696684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,121:0.40:302
chr1	145826770	rs34955113	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=3;PP=1203;SC=CAGAGTGACTGGCGCAGGACG;SOR=4.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=48;WE=145826778;WS=145826760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	146514576	rs34026136	T	C	4921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.475;NF=98;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.795;SC=TAAGGCCTCATTGAGCCGACT;SOR=0.862;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=403;TCF=190;TCR=213;TR=215;WE=146514584;WS=146514566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,222:0.53:418
chr1	146633933	rs1036852	G	A	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=34;PP=2175;SC=CACCTCTGTAGTAATCCTAAC;SOR=1.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=108;WE=146633941;WS=146633923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	146643555	rs1348316	A	G	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=96;NR=94;PP=2965;SC=AACTGCGGGCATGGGACGCTT;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=190;WE=146643563;WS=146643545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	146650058	rs1816802	T	C	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=838;ReadPosRankSum=0.588;SC=GGACTGCTGATGGAATTGTCA;SOR=1.292;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=52;WE=146650066;WS=146650048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr1	146656292	rs4950385	A	G	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=34;PP=973;SC=CATACTATCAATGTGACTTAT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=146656300;WS=146656282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	146672906	rs894469	C	T	11172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=213;NR=177;PP=2965;SC=CTTCCAGAAACGGAAAGTCAA;SOR=0.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=390;TCF=213;TCR=177;TR=390;WE=146672914;WS=146672896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr1	146673178	rs6683215	A	G	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=31;PP=883;SC=AGGTAAACAGAATGCCAATAA;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=146673186;WS=146673168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	146680262	rs2354433	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=8;PP=1257;SC=CCGCCTCCCAAAGTGCTGGGA;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=146680270;WS=146680252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	146684131	rs2297753	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=596;ReadPosRankSum=0.131;SC=ATAATTATTGGGTAATGGTTT;SOR=2.242;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=27;WE=146684139;WS=146684121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr1	146685121	rs1530336	G	A	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=628;SC=GATATCACAGGCACTATCACA;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=146685129;WS=146685111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr1	146714255	rs1890040	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.389;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr1	146714588	rs1890043	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=1.189;SC=GTTTACCCGCCCGCGCCAGGG;SOR=2.152;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=15;WE=146714596;WS=146714578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	146723941	rs1890038	C	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TGTTAAGTTGCATCAGTAATG;SOR=0.660;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=87;WE=146723949;WS=146723931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,91:0.57:161
chr1	146724093	rs1890037	A	G	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=19;PP=1195;SC=GAATAAGTCTACTCAAAAAGT;SOR=0.929;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=45;WE=146724101;WS=146724083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	146727388	rs17160051	G	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=224;ReadPosRankSum=-0.576;SC=ATCCTCCCATGAAATGTAATT;SOR=2.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=12;WE=146727396;WS=146727378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	146727593	rs3737846	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1014;ReadPosRankSum=-0.995;SC=GTATTCATTCGTTTCTCTATA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=71;WE=146727601;WS=146727583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,75:0.56:133
chr1	146728162	rs61409326	T	TA	4313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=32;PP=2965;SC=CCAGCCTTTATACGTGTCTTC;SOR=1.397;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=79;WE=146728170;WS=146728152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	146736092	rs4950315	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=678;ReadPosRankSum=0.020;SC=TCTCAGTAGTCTTCAGTCTCC;SOR=0.866;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=88;TCR=39;TR=49;WE=146736100;WS=146736082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,51:0.37:138
chr1	146739277	rs4143738	T	C	3399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=93;PP=2401;ReadPosRankSum=0.270;SC=CTTACTTTGTTTACTTTGTTT;SOR=0.430;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=206;TCF=48;TCR=158;TR=124;WE=146739285;WS=146739267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,134:0.60:223
chr1	146740502	rs17356233	C	G	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=50;PP=1892;ReadPosRankSum=0.360;SC=GGAAGCTTCACCTGCTGGATA;SOR=0.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=270;TCF=160;TCR=110;TR=121;WE=146740510;WS=146740492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,127:0.45:280
chr1	146740576	rs11576360	G	A	10436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=188;PP=2965;SC=TGAGCTAATGGCTGTTAAAAC;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=366;TCF=178;TCR=188;TR=366;WE=146740584;WS=146740566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr1	146747153	rs6680778	T	C	5099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=113;PP=2965;SC=TTTTCTGCTTTCTTGGCTTGC;SOR=1.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=58;TCR=114;TR=171;WE=146747161;WS=146747143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	146747232	rs6672850	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=1.009;SC=CACTGGGAGCCGAGAGACCAC;SOR=0.180;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=16;WE=146747240;WS=146747222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr1	146748008	rs3831929	CAGCCA	C	980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.656;NF=0;NR=19;PP=872;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CAGCACTCACCAGCCACTCTC;SOR=0.427;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=19;WE=146748020;WS=146747998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr1	146748072	rs7534963	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=295;SC=AGTGCTGGCTATGTGCAGGGT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=146748080;WS=146748062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	146751782	rs7547279	A	C	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=44;PP=2082;SC=TGGAGTCCATACTGGGAGAAA;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=102;WE=146751790;WS=146751772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	146756222	rs146052781	AAAAC	A	1653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.865;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.623;NF=3;NR=36;PP=1683;ReadPosRankSum=1.873;SC=CTCTCATTCTAAAACAAACAA;SOR=1.546;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=76;TCF=4;TCR=72;TR=39;WE=146756233;WS=146756212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr1	146759306	rs6703892	T	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=668;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TTCTCTTTCTTCAAACAGATG;SOR=0.624;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=41;WE=146759314;WS=146759296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr1	146759528	rs12755465	A	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.477;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=481;ReadPosRankSum=-0.234;SC=ACCAGTTGGGAACTGAATTCT;SOR=1.379;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=25;WE=146759536;WS=146759518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr1	146763089	rs10900333	G	A	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=40;PP=1848;ReadPosRankSum=-0.248;SC=AATTTGAAGAGGGCGAGATAC;SOR=1.006;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=174;TCF=107;TCR=67;TR=106;WE=146763097;WS=146763079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,106:0.61:175
chr1	146763415	rs3737854	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-5.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=442;ReadPosRankSum=0.912;SC=TTCTGGAGGCTGAAAGTCCAA;SOR=2.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=27;WE=146763423;WS=146763405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr1	146766069	rs71083827	C	CAT	8673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=43;PP=2965;SC=TGAGTGAAGACGTGTTCTTCT;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=127;WE=146766077;WS=146766059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	146767149	rs4950394	G	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=26;PP=1244;SC=TGTCCTTCATGCACAGTCTTC;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=146767157;WS=146767139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	146767320	rs6537	A	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=352;ReadPosRankSum=1.170;SC=CTGAGTTTCAATTTGGTTCTC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=23;WE=146767328;WS=146767310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr1	147085066	rs35669952	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=927;ReadPosRankSum=1.716;SC=TCTGACATTCGACAGAGGCCA;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=53;WE=147085074;WS=147085056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr1	147086504	rs7512513	A	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.421;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=722;ReadPosRankSum=-1.653;SC=TTTTATTATCACCTAAAGTTA;SOR=1.755;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=31;WE=147086512;WS=147086494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr1	147087721	rs3737843	T	A	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=98;PP=2707;ReadPosRankSum=0.359;SC=TTTCAGAAACTGAGTAATGGT;SOR=0.565;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=235;TCF=88;TCR=147;TR=159;WE=147087729;WS=147087711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,164:0.68:241
chr1	147091972	rs3820129	C	T	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=64;PP=1544;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CCACATGGAGCCTGGGAATAA;SOR=1.423;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=163;TCF=60;TCR=103;TR=94;WE=147091980;WS=147091962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,100:0.59:169
chr1	147096794	rs867270	A	G	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=61;PP=1915;SC=TCCTTGTCAAAATGAGATTCC;SOR=1.563;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=147096802;WS=147096784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	147096828	rs946902	C	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=39;PP=1156;SC=TGCTTTGAGGCAGTTCCAGGA;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=46;WE=147096836;WS=147096818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	147119273	rs1344	G	A	9283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=148;PP=2965;SC=AGCAGAGTGCGTGGTATTTTT;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=179;TCR=148;TR=327;WE=147119281;WS=147119263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr1	147121977	rs6593795	C	T	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=37;PP=1762;SC=GCAGAGTCCACGGCTTTCAGC;SOR=1.158;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=102;WE=147121985;WS=147121967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	147124310	rs2153463	T	G	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TCGATCATCCTTGCAAATCTC;SOR=0.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=81;WE=147124318;WS=147124300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr1	147131465	rs6674938	T	C	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=23;PP=1861;SC=TATCCTCATGTTCAAGACCTT;SOR=1.994;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=89;WE=147131473;WS=147131455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	147131501	rs34675044	A	T	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=28;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.250;SC=TCCCCTTTCAAGTGACTCACA;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=107;TCR=47;TR=91;WE=147131509;WS=147131491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,96:0.58:166
chr1	147131945	rs2275552	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=501;SC=TTGAAATGTATAGCATTAACA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=147131953;WS=147131935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	147142296	rs2883202	T	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=20;PP=665;SC=CATCCAGCCCTTCAGCAAGCA;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=147142304;WS=147142286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	147230217	rs1692141	T	C	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=38;PP=2965;SC=CACGTCTTTCTTCTCTGAGCC;SOR=2.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=110;TCR=39;TR=148;WE=147230225;WS=147230207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	147381444	rs1532399	A	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=75;PP=2232;SC=ATGAAAGGAAAAGGTGCCAAC;SOR=6.184;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=4;TCR=75;TR=79;WE=147381452;WS=147381434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	147806559	rs10752439	C	T	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=33;PP=1421;ReadPosRankSum=0.402;SC=ACTTAGCTTGCGTTAAGCAAG;SOR=0.497;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=230;TCF=164;TCR=66;TR=104;WE=147806567;WS=147806549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,110:0.44:248
chr1	147806874	rs2999607	G	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=6.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-1.118;SOR=2.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr1	147806880	rs537191	T	C	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=43;PP=698;SC=CTCTGCGATGTCAGGTAATTA;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=147806888;WS=147806864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	149290991	rs200773965	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.27;MQRankSum=-1.439;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.391;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr1	149379605	.	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.48;MQRankSum=-0.895;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	149676401	rs146138154	A	G	3380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.520;NF=69;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.007;SC=GCAGACAACCAGAGGGAGAGC;SOR=1.458;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=330;TCF=128;TCR=202;TR=204;WE=149676409;WS=149676391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,144:0.55:260
chr1	149676508	rs142083788	A	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.87;MQRankSum=3.601;QD=15.38;ReadPosRankSum=-3.001;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr1	149676532	rs138339323	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	149676574	rs149550720	G	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	149764685	rs188275404	G	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.583;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.914;NF=10;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=-1.473;SC=AGGTGCGCCCGGCCGAGCCTC;SOR=0.683;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=22;WE=149764693;WS=149764675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr1	149783886	rs139776319	C	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.202;NF=24;NR=54;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.953;SC=CATTTTTGCGCGAAAAAAGAG;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=188;TCF=63;TCR=125;TR=78;WE=149783894;WS=149783876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,82:0.41:201
chr1	149871905	rs1044808	G	C	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1614;ReadPosRankSum=1.879;SC=GAGGAGCTGGGAGGTCCGGTC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=122;TCR=90;TR=97;WE=149871913;WS=149871895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,101:0.47:217
chr1	149880863	rs68002561	A	G	3303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=91;PP=2405;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TCAGACCTTGACTATACTAAG;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=454;TCF=217;TCR=237;TR=168;WE=149880871;WS=149880853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,172:0.37:469
chr1	149881173	rs55909843	A	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=1.673;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,49:0.36:136
chr1	149881183	rs56351279	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
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chr1	149903122	rs72692819	G	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=601;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TTAGTAATATGCCCCCGATGC;SOR=0.751;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=43;WE=149903130;WS=149903112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,44:0.36:123
chr1	149906167	rs41302101	T	G	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1210;ReadPosRankSum=0.247;SC=TCTCCCAGTCTTCCGCTGTCT;SOR=0.456;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=263;TCF=149;TCR=114;TR=112;WE=149906175;WS=149906157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,118:0.44:270
chr1	149907172	rs149725131	CA	C	2215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.579;QD=16.91;ReadPosRankSum=3.499;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr1	149907183	rs55966070	C	A	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.127;QD=16.34;ReadPosRankSum=3.141;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,63:0.45:141
chr1	149907258	rs78420505	C	T	4180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.310;NF=68;NR=52;PP=1591;ReadPosRankSum=0.653;SC=GTGTCCTAGACGAAACACGTG;SOR=0.584;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=326;TCF=193;TCR=133;TR=120;WE=149907266;WS=149907248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,120:0.37:324
chr1	149907276	rs78964926	A	G	4282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.329;NF=67;NR=55;PP=1900;ReadPosRankSum=1.474;SC=GTGACTGGGTAGACATCTGAA;SOR=0.534;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=338;TCF=196;TCR=142;TR=122;WE=149907284;WS=149907266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,124:0.36:341
chr1	149908108	rs1868992	A	G	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=90;PP=2800;SC=CCGGCATCCTATTTTCCTGGA;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=49;TCR=90;TR=139;WE=149908116;WS=149908098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	149908174	rs61807549	A	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=655;ReadPosRankSum=0.081;SC=AGGCTCCCCAACTCCCCAGAG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=34;WE=149908182;WS=149908164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr1	149943157	rs77015846	G	A	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=66;PP=1820;ReadPosRankSum=1.175;SC=CACTGAGGGCGGCATTCACAT;SOR=0.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=407;TCF=229;TCR=178;TR=149;WE=149943165;WS=149943147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,158:0.38:421
chr1	150049934	rs72692897	A	G	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=776;ReadPosRankSum=-1.559;SC=GGAAGTAAAAACATGGTCCAT;SOR=0.418;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=112;TCF=28;TCR=84;TR=48;WE=150049942;WS=150049924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr1	150049982	rs72692898	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=431;ReadPosRankSum=1.126;SC=CTTGGTTTTGCTTTGTATTTC;SOR=0.904;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=21;WE=150049990;WS=150049972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr1	150055021	rs3736082	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=0.179;SC=GCCAGGCAGAGCAAGAGATAA;SOR=0.034;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=10;WE=150055029;WS=150055011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr1	150122369	rs189274971	A	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=635;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CCCGCGGGGAAGGAGCCCCCG;SOR=0.883;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=45;WE=150122377;WS=150122359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,47:0.38:125
chr1	150122493	rs4553237	T	C	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=88;PP=2565;SC=TGCGCTTGCCTGCCCTGCGGC;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=173;WE=150122501;WS=150122483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	150128425	rs1545762	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=254;ReadPosRankSum=0.227;SC=CCACCTTGGCCGCTGGAACAT;SOR=0.154;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=19;WE=150128433;WS=150128415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr1	150129267	rs10749675	G	A	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=40;PP=1127;SC=AACAGCTGTGGCCCACTGAAG;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=150129275;WS=150129257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	150130982	rs143570918	G	GC	5500.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.150;NF=57;NR=33;PP=2933;ReadPosRankSum=2.307;SC=CCTGATGACAGGTTCCCCACT;SOR=0.600;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=146;TCR=84;TR=90;WE=150130991;WS=150130972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,143:0.43:330
chr1	150130983	rs34773647	G	T	5509.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.03;MQRankSum=1.140;NF=96;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=2.233;SC=CTGATGACAGGTTCCCCACTC;SOR=0.615;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=330;TCF=237;TCR=93;TR=130;WE=150130991;WS=150130972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,147:0.44:336
chr1	150193165	rs58395667	G	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=812;ReadPosRankSum=0.565;SC=GGCCTAGCACGGTGGCTCACA;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=16;TCR=77;TR=43;WE=150193173;WS=150193155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr1	150199039	rs68136184	CTCCTCT	C	3682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.934;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=5.388;NF=21;NR=36;PP=2834;ReadPosRankSum=-0.992;SC=CATCCTCATCCTCCTCTTCCT;SOR=1.019;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=134;TCF=44;TCR=90;TR=57;WE=150199052;WS=150199029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,99:0.50:200
chr1	150199123	rs7522034	G	T	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=108;PP=2965;SC=CATCTTCATCGCCATCTTTAA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=83;TCR=110;TR=190;WE=150199131;WS=150199113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	150201305	rs148013046	A	AT	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.272;NF=21;NR=8;PP=325;ReadPosRankSum=0.144;SC=CTTGTTGTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.581;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=29;WE=150201313;WS=150201295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr1	150203984	rs113913866	AT	A	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.950;NF=18;NR=1;PP=697;ReadPosRankSum=1.291;SC=AAAATCCTATATAACTTTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=19;WE=150203992;WS=150203974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr1	150230422	.	GCT	G	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=40;QD=15.6666666667;SC=GAGCTCGCTCGCTCTCTCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=3;WE=150230431;WS=150230412;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,3:0.15:20
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chr1	150255587	rs2147324	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=628;SC=CCTTAAACTCTGGTTTCAAAC;SOR=4.255;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=26;WE=150255595;WS=150255577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	150258838	rs1122967	C	G	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=82;PP=2965;SC=TCTCCCCTCTCTAGCATTTTC;SOR=1.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=175;TCR=83;TR=257;WE=150258846;WS=150258828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	150259400	rs9126	A	C	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=61;PP=1457;ReadPosRankSum=0.155;SC=GTGACTTCTAATTTGTGTAAA;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=35;TCR=124;TR=78;WE=150259408;WS=150259390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,79:0.50:159
chr1	150276429	rs471738	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.893;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=606;ReadPosRankSum=1.283;SC=ATGTAATACTGTTTGATCAGT;SOR=0.314;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=40;WE=150276437;WS=150276419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr1	150276461	rs471657	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=411;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GACATCAGCCGGGCGTGGTGG;SOR=0.161;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=28;WE=150276469;WS=150276451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr1	150277387	rs11205359	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=195;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GAGAATCGCTTGAACCCAGAA;SOR=0.200;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=12;WE=150277395;WS=150277377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	150280801	rs8006	G	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.651;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=0.127;SC=TCCAAATATAGAAACAATCCC;SOR=2.546;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=150280809;WS=150280791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	150281202	rs580060	A	C	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=11;PP=2367;SC=ACTGGGGAGGAAGAGGTTGCA;SOR=4.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=83;TCR=11;TR=94;WE=150281210;WS=150281192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	150281343	rs71622690	C	T	3988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=60.01;MQRankSum=-0.859;NF=94;NR=101;PP=2614;ReadPosRankSum=1.250;SC=CTTAATGCCACTGAACTATAC;SOR=0.689;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=455;TCF=222;TCR=233;TR=195;WE=150281351;WS=150281333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,204:0.43:478
chr1	150284311	rs11580234	C	T	3710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=86;PP=2598;ReadPosRankSum=-1.333;SC=ATCTTCAGTCCTATTGCCCAT;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=398;TCF=196;TCR=202;TR=173;WE=150284319;WS=150284301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,180:0.43:415
chr1	150298192	rs11205362	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=349;ReadPosRankSum=-1.563;SC=CCCTACCACCGCCTTTCTTCC;SOR=0.255;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=27;WE=150298200;WS=150298182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr1	150300727	rs834225	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=269;ReadPosRankSum=0.962;SC=TAATTCTTCCTTTCTCCCCAC;SOR=0.467;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=22;WE=150300735;WS=150300717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr1	150307270	rs1260408	T	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=261;ReadPosRankSum=1.662;SC=TAACTCCTGGTCTCAAGTGAT;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=13;WE=150307278;WS=150307260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	150319081	rs16836143	T	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=-1.764;SC=TAGATAGTGTTCAGGAATTTT;SOR=1.387;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=15;WE=150319089;WS=150319071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	150325231	rs41300865	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=201;ReadPosRankSum=0.212;SC=CACAAATGTTACTAGGTCTTC;SOR=0.610;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=12;WE=150325239;WS=150325221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr1	150337289	rs72696841	G	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1016;ReadPosRankSum=-1.446;SC=AATTCCAGTCGGTAACCAACA;SOR=0.814;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=78;WE=150337297;WS=150337279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,79:0.46:173
chr1	150389964	.	GA	G	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.315;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr1	150415631	rs3862206	T	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=1.104;SC=TATCTTTAACTATAGAGCTAA;SOR=1.880;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=17;WE=150415639;WS=150415621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr1	150416913	rs16836940	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=395;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TCATTTTTCCAGTAATCATAC;SOR=0.317;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=25;WE=150416921;WS=150416903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr1	150429944	rs41273537	A	G	3503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=90;PP=2258;ReadPosRankSum=0.933;SC=GTCACCAACCATGGAGAGTGA;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=439;TCF=208;TCR=231;TR=170;WE=150429952;WS=150429934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,180:0.39:464
chr1	150432870	.	G	GGTT	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	150437215	rs66513313	A	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=793;ReadPosRankSum=0.456;SC=TAACTGACATATGCCAGAGGG;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=65;TCR=102;TR=66;WE=150437223;WS=150437205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,70:0.40:177
chr1	150464268	.	A	AT	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.027;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr1	150468842	rs1343965	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=-0.272;SC=TACTGGTGGGATTGTTGTCAA;SOR=0.260;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=16;WE=150468850;WS=150468832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr1	150470296	rs11588874	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=0.473;SC=GGCCGGGCACGGTGGCTCACG;SOR=0.479;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=22;WE=150470304;WS=150470286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr1	150482255	rs41264469	A	G	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=104;PP=2379;ReadPosRankSum=-1.922;SC=TCACCATCCCATGCCCTCCTC;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=486;TCF=217;TCR=269;TR=184;WE=150482263;WS=150482245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,193:0.38:505
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chr1	150483840	rs4970979	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=242;ReadPosRankSum=0.464;SC=CAACCACTGTCTCTTCTTTAT;SOR=0.537;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=15;WE=150483848;WS=150483830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr1	150484395	rs149815479	ACC	A	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-2.167;SC=CCATCCATGTACCCCCCCTGC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=10;WE=150484404;WS=150484385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr1	150485566	rs12031973	T	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.672;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	150485571	rs12031974	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	150528090	rs146160043	G	GACAC	1773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.293;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=1391;ReadPosRankSum=0.041;SC=TATGCACACAGACACATGCCC;SOR=1.157;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=28;WE=150528098;WS=150528080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,50:0.34:146
chr1	150528118	rs149100901	T	TACAC	1124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=954;ReadPosRankSum=0.161;SC=CATACACATGTACACACATAT;SOR=1.654;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=24;WE=150528126;WS=150528108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr1	150528175	rs35233292	GCA	G	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=400;ReadPosRankSum=-0.387;SC=ACGCATATGCGCACAGACACA;SOR=2.437;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=14;WE=150528184;WS=150528165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr1	150529322	rs34379037	T	TAA	995.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.29;MQRankSum=1.839;NF=10;NR=13;PP=934;ReadPosRankSum=1.315;SC=CTGTTCCCTCTGGGCAGAGCT;SOR=0.445;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=23;WE=150529330;WS=150529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr1	150531008	rs10888382	T	C	11501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=248;NR=177;PP=2965;SC=TTGGGAACAATGGTGATGAAG;SOR=0.985;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=426;TCF=249;TCR=177;TR=425;WE=150531016;WS=150530998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr1	150531050	rs10749657	G	A	3707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=83;PP=2478;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CAGGCCCCCCGCAGCCCCCCA;SOR=0.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=472;TCF=271;TCR=201;TR=189;WE=150531058;WS=150531033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,189:0.39:484
chr1	150531170	rs10749658	C	T	12368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=197;NR=236;PP=2965;SC=TGGGTAACCACGCCCAGGACA;SOR=0.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=434;TCF=197;TCR=237;TR=433;WE=150531178;WS=150531160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr1	150550019	rs11428742	T	TA	4730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=92;PP=2967;SC=TCTGCTCTCTTACAACACTAC;SOR=2.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=5;TCR=96;TR=97;WE=150550027;WS=150550009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	150551295	rs35661734	T	C	4599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=0.876;SC=GAGTGAGGCCTTGGCGATTAA;SOR=0.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=327;TCF=210;TCR=117;TR=192;WE=150551303;WS=150551285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,209:0.60:350
chr1	150666797	rs7412396	G	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=213;SC=GAAGACTTCAGTGTGTGGGCC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=150666805;WS=150666787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	150671243	rs139837908	AC	A	2949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=1577;SC=AAGAATAGATACTTTCCTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=150671251;WS=150671233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	150678910	rs1336899	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=0;PP=869;SC=CCTTTCAACCTTGAGTTTATG;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=150678918;WS=150678900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	150679033	rs1336900	G	A	6248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.96;NF=131;NR=92;PP=2965;SC=ACTTACACTTGTATAATGCTC;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=131;TCR=92;TR=223;WE=150679041;WS=150679023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	150679358	rs11586422	C	T	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=62;PP=1805;SC=TAAAAACACACGCAGATTGCA;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=90;WE=150679366;WS=150679348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	150680988	rs3768005	A	T	93.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=67;SC=TATAGCATTAAGCTGTTAACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=150680996;WS=150680978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	150705755	rs1415148	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=778;SC=ATGAAATAAGGTAATAATTTC;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=150705763;WS=150705745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	150727539	rs2230061	G	A	4703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=101;PP=2838;ReadPosRankSum=0.545;SC=GGCAATATCCGATTAGGGTTT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=339;TCF=173;TCR=166;TR=206;WE=150727547;WS=150727529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,219:0.61:359
chr1	150730184	rs11204722	C	A	156.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=1.534;SC=TTTCTGTACACGTTCTTACGT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=150730192;WS=150730174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	150730279	rs2275235	A	G	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=858;ReadPosRankSum=-1.466;SC=GGGGAGACAGAAAGGAAATGA;SOR=0.589;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=53;WE=150730287;WS=150730269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
chr1	150730529	.	A	AT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=-0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=-0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	150771703	rs10788796	T	C	12610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=253;NR=208;PP=2965;SC=CTGCCAAAACTGCATGGTTCA;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=462;TCF=254;TCR=208;TR=461;WE=150771711;WS=150771693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr1	150772129	rs41271965	T	C	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1194;ReadPosRankSum=0.766;SC=CGGGGATCTCTCTGTACCCTC;SOR=0.900;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=198;TCF=107;TCR=91;TR=89;WE=150772137;WS=150772119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,92:0.44:208
chr1	150779755	rs6587522	C	T	10362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=190;NR=165;PP=2965;SC=TAAGTTTTGCCTCCTGATCAT;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=356;TCF=191;TCR=165;TR=355;WE=150779763;WS=150779745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr1	150789961	rs3894771	A	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=313;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATTTTTTTTAAAAAAGAATC;SOR=0.336;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=27;WE=150789969;WS=150789951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr1	150801466	rs3738483	T	C	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=19;PP=1841;SC=CTCTTTTTCTTAACTGAGGTT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=81;WE=150801474;WS=150801456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	150804429	rs10305704	A	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.954;NF=7;NR=48;PP=1241;ReadPosRankSum=0.299;SC=CTACCCGTAAAACTCAAAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=109;TCF=27;TCR=82;TR=55;WE=150804437;WS=150804419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr1	150808889	rs2228099	C	G	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=74;PP=1863;ReadPosRankSum=1.530;SC=CGGAGTCAGACACATACACCA;SOR=0.898;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=190;TCF=71;TCR=119;TR=113;WE=150808897;WS=150808879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,116:0.60:194
chr1	150811794	rs2256355	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=-0.729;SC=TAGCCAAGGATTGAAATTCGT;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=150811802;WS=150811784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	150815054	rs149242771	GA	G	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=15.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=-1.204;SOR=3.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr1	150825511	rs10305673	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=770;ReadPosRankSum=-0.837;SC=AATCCCAGCACTTTGGAAGGC;SOR=0.555;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=37;WE=150825519;WS=150825501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr1	150849071	rs66776757	ACC	A	368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=30.73;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	150914922	.	CA	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=2.256;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr1	150923099	rs17661357	T	C	4889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GCTATACCTGTCTGTCTCGAG;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=327;TCF=170;TCR=157;TR=208;WE=150923107;WS=150923089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,218:0.63:347
chr1	150923774	rs2124952	T	A	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CTTGGGTACATGTGTATTGTG;SOR=0.953;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=67;WE=150923782;WS=150923764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,72:0.52:139
chr1	150935872	rs2280627	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=230;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GCTACTTAGGATCTTTGAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=13;WE=150935880;WS=150935862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	150938571	rs8444	G	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=722;ReadPosRankSum=1.631;SC=CGCAGGGAGCGGGGTAGTTCC;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=44;WE=150938579;WS=150938561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr1	150938616	rs267739	G	A	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=56;PP=2760;ReadPosRankSum=-0.779;SC=GGCAGCTGGAGTAATGGTTCA;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=145;WE=150938624;WS=150938606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr1	150939744	rs11204750	C	A	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1437;ReadPosRankSum=2.205;SC=CCTTCTTACCCCTTGCCTTTG;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=84;WE=150939752;WS=150939734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,88:0.51:173
chr1	150940357	rs6656535	GC	TT	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.860;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=1371;ReadPosRankSum=0.378;SC=TCTCCAGCTGGCAGAGGAAGC;SOR=0.167;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=31;WE=150940366;WS=150940347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr1	150941381	rs752376	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=360;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TGAGGGTAGGCTGGCATGCTT;SOR=0.153;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=24;WE=150941389;WS=150941371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr1	150944541	rs267737	A	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=15;PP=415;SC=TGCCTGCAAAACAGGGGGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=150944549;WS=150944531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	150958977	rs2305814	T	C	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1114;ReadPosRankSum=-1.729;SC=TGTCCTGTAATGGACAAGAGA;SOR=0.769;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=75;WE=150958985;WS=150958967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,74:0.60:124
chr1	150960350	rs7532008	A	C	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1364;ReadPosRankSum=1.393;SC=CCTCCTAGGCACTGCAGCGGG;SOR=0.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=138;TCF=89;TCR=49;TR=78;WE=150960358;WS=150960340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,81:0.56:144
chr1	150969992	rs2925740	T	C	12643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=210;NR=227;PP=2965;SC=GGGGAAGGACTCTGAGAGAAG;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=439;TCF=211;TCR=228;TR=437;WE=150970000;WS=150969982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr1	150970577	rs2925741	G	T	4297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=30;PP=2952;SC=CTGCAGCTGCGTTTCTGGGGA;SOR=2.472;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=106;TCR=30;TR=135;WE=150970585;WS=150970567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	150970836	rs1673160	T	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.571;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GCATGTGGACTTTTTTTTTCT;SOR=0.269;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=26;WE=150970844;WS=150970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr1	150972538	rs708909	G	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=740;SC=CTACAACCCTGTGATGAATGG;SOR=3.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=34;WE=150972546;WS=150972528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	150974162	rs771204	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TAGCTCTGGAGCCCCTTGGGT;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=111;TCR=72;TR=77;WE=150974170;WS=150974152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,84:0.43:194
chr1	150975108	rs771205	T	C	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=110;PP=2965;SC=AAAAGGGACTTGGCTGAGGGG;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=84;TCR=110;TR=194;WE=150975116;WS=150975098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	150990466	rs71090118	C	CAT	2770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=38;PP=1558;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CACTTACCAGCATTTAGCATT;SOR=1.139;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=85;TCF=7;TCR=78;TR=39;WE=150990474;WS=150990456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,71:0.56:126
chr1	150990825	rs3738480	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=563;SC=CTGGGTACTTATGGCTTTGAG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=20;WE=150990833;WS=150990815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	150991221	rs11204758	A	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQ=59.99;MQRankSum=0.835;NF=15;NR=38;PP=881;ReadPosRankSum=-1.285;SC=AAAGAGAGGAAGAAAGAGTTT;SOR=0.503;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=133;TCF=34;TCR=99;TR=53;WE=150991229;WS=150991211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,58:0.40:144
chr1	150991285	rs6664220	A	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=31;PP=969;SC=TTGGGAGGCCAAGGCGGGCGG;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=150991293;WS=150991275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	150997940	rs3738478	T	C	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=7;PP=1121;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TTCTGGTGGTTGTGTGTGAAG;SOR=0.139;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=92;TCF=84;TCR=8;TR=55;WE=150997948;WS=150997930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr1	150998221	rs55774303	AT	A	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.170;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr1	150999737	rs11204762	A	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=701;ReadPosRankSum=-1.337;SC=TGCTGAGAAAAGACCAGAAGA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=52;WE=150999750;WS=150999727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,55:0.38:145
chr1	151001583	rs6691701	G	A	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=24;PP=581;SC=TCCCCTTTCTGCTTTTTCCCA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=24;WE=151001591;WS=151001573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	151006539	rs3738476	C	A	9973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.534;SC=TGATTTCTGGCCTGAGTCAAG;SOR=0.227;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=348;TCF=182;TCR=166;TR=348;WE=151006553;WS=151006529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr1	151011075	rs150334158	C	T	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=1515;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GCCTCAAGTTCTTGATTCTAG;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=99;WE=151011083;WS=151011065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,102:0.55:186
chr1	151011246	rs149464309	G	T	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=15;PP=1047;ReadPosRankSum=0.667;SC=CACCCATCTTGGTTCTCTTTT;SOR=0.791;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=57;WE=151011254;WS=151011236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr1	151011325	rs61751619	C	T	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=31;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CATGCGCAAGCGTCTTTCTGC;SOR=0.884;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=254;TCF=167;TCR=87;TR=94;WE=151011333;WS=151011315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,94:0.36:258
chr1	151019180	rs6587553	A	G	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=145;PP=2965;SC=ACTGGATAAAAGGCCTTAGAA;SOR=1.365;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=87;TCR=145;TR=232;WE=151019188;WS=151019170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	151026815	rs2902810	C	T	12808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=204;NR=257;PP=2965;SC=AAAACAGATGCGAGACACCTT;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=461;TCF=204;TCR=257;TR=461;WE=151026823;WS=151026805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr1	151028234	rs11204767	G	T	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=131;PP=2965;SC=GCTTCACTCCGCTGTCTGAGG;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=76;TCR=131;TR=207;WE=151028242;WS=151028224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	151039609	rs3738481	A	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	151070252	rs35034487	CA	C	1019.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.469;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,60:0.86:70
chr1	151083724	.	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.375;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	151104598	rs4971005	A	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=3;PP=236;SC=CCAGACCCAGAAGGCCCGAGG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=151104606;WS=151104590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	151104950	rs10788800	G	A	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.873;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=60;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GAGGCCGTGGGCCGCTCCCTT;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=94;TCR=61;TR=154;WE=151104958;WS=151104940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr1	151105824	rs4971006	C	G	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=26;PP=909;SC=GCGGGAGCCCCGGAGTCTCGA;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=151105832;WS=151105814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	151108137	rs4971007	T	G	15067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=302;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CCACCTGGGGTCAGCACCTTC;SOR=0.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=532;TCF=305;TCR=227;TR=528;WE=151108145;WS=151108127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,550:1.00:551
chr1	151114882	rs11464219	C	CT	4042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=27;PP=2681;SC=TGTTAGCTTCCTGAGGCTGGG;SOR=1.588;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=59;WE=151114890;WS=151114872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	151144057	rs28730723	C	T	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1609;ReadPosRankSum=-1.798;SC=AAGGGACTCTCGGATGTCAGT;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=258;TCF=143;TCR=115;TR=108;WE=151144065;WS=151144047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,120:0.43:282
chr1	151146186	rs7552226	C	G	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=54;PP=1623;SC=TAGAATGCTGCGTCACGAAGG;SOR=2.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=68;WE=151146194;WS=151146176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	151146276	rs7521416	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=182;SC=AGTGCGGGGCTGGGCGCTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=151146284;WS=151146266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	151149601	rs6656261	A	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=638;SC=AGTGGCTCACACCTGTAATTC;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=151149609;WS=151149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	151150490	.	C	T	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=36;PP=1275;ReadPosRankSum=-2.140;SC=TCTATGTCAACGTTCTCTTCC;SOR=1.034;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=185;TCF=105;TCR=80;TR=95;WE=151150498;WS=151150480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,103:0.50:204
chr1	151205303	rs7544947	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=-1.260;SC=CAGGCCAGGCACGGTGGCTCA;SOR=0.045;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=18;WE=151205311;WS=151205293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr1	151209063	rs12407426	C	T	4651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.503;NF=135;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TAATGGATTACAGCCTCTTGA;SOR=0.881;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=550;TCF=303;TCR=247;TR=237;WE=151209071;WS=151209053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,238:0.43:558
chr1	151210789	rs7532935	C	T	3816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=96;PP=2565;ReadPosRankSum=-0.320;SC=ATACAGATAACCAGTCACGTT;SOR=0.619;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=628;TCF=308;TCR=320;TR=201;WE=151210797;WS=151210779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:443,207:0.32:650
chr1	151212399	rs141190258	C	CCTT	4989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=21;PP=2083;SC=TGCCGGGCCTCCTAACTCTAT;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=76;WE=151212407;WS=151212389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	151227371	rs3811405	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=562;SC=GGTGGGGGCCAGGGGCTCATG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=151227379;WS=151227361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	151237589	rs3216063	TC	T	1242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.671;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=540;ReadPosRankSum=0.628;SC=GCGGGTCCTTTCCCCCCCTCG;SOR=0.374;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=29;WE=151237597;WS=151237579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,53:0.46:115
chr1	151238222	rs2275900	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=192;ReadPosRankSum=-0.453;SC=TCCTTTTGCCGCCTCTTCCCT;SOR=0.484;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=15;WE=151238230;WS=151238212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr1	151239051	rs7489	T	C	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=748;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TGGACACATCTGAGCCAGCCA;SOR=1.205;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=181;TCF=63;TCR=118;TR=65;WE=151239059;WS=151239041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,65:0.35:185
chr1	151239570	rs10888408	C	T	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=823;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CCTCTGGCAGCGGCATGCTCC;SOR=0.971;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=55;WE=151239578;WS=151239560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr1	151254023	rs59912932	A	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=739;ReadPosRankSum=1.130;SC=CCCAACCTTTAGGTCCCGATT;SOR=0.354;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=117;TCF=84;TCR=33;TR=59;WE=151254031;WS=151254013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,65:0.53:123
chr1	151254041	rs3811406	T	C	4310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=52;PP=2568;SC=ATTCCTTCCATGCTCCAAATC;SOR=1.398;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=100;TCR=52;TR=152;WE=151254049;WS=151254031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	151259043	rs2298265	C	T	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=48;PP=1832;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CTGTGTGTCCCGAGCAGTCTG;SOR=0.879;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=213;TCF=119;TCR=94;TR=117;WE=151259051;WS=151259033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,128:0.56:227
chr1	151259543	rs3748545	G	A	6673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=3.160;SC=CCAGTTGCTGGGGTGCCCTTC;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=491;TCF=259;TCR=232;TR=286;WE=151259551;WS=151259533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,299:0.59:509
chr1	151260673	rs12745008	G	A	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1652;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CTTGGGCAAGGGTGAGGGGGC;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=93;WE=151260681;WS=151260663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,99:0.63:156
chr1	151263782	rs10788803	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=61;ReadPosRankSum=-2.677;SC=ATTAACATTAATATTTTGTTA;SOR=0.157;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=6;WE=151263790;WS=151263772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	151280400	rs1536617	C	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=605;SC=TCCAGGAAAGCAGCTGCTTTT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=151280408;WS=151280390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	151282841	rs1752388	A	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=411;ReadPosRankSum=2.176;SC=TTCTCTAGTGAAGTTCTACCT;SOR=1.759;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=24;WE=151282849;WS=151282831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr1	151288172	rs1056847	G	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1043;ReadPosRankSum=0.824;SC=ACAGCCCTGTGTCAGGGGCCG;SOR=0.481;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=149;TCF=96;TCR=53;TR=68;WE=151288180;WS=151288162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,73:0.46:158
chr1	151288391	rs1752379	A	G	6943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=129;PP=2965;SC=CATCACCCACATCCTCATCCA;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=124;TCR=129;TR=253;WE=151288399;WS=151288381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	151314379	rs1752387	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=427;SC=CTAACCTATATATTCATCATA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=151314387;WS=151314375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	151315287	rs2233854	G	C	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.434;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.404;SC=TGTGCCCCGGGGCTGAGTGAG;SOR=0.689;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=324;TCF=164;TCR=160;TR=123;WE=151315295;WS=151315277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,128:0.39:327
chr1	151316161	rs1752386	G	A	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=66;PP=2735;SC=ACACACCAGCGAGCCCCATGG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=94;TCR=66;TR=160;WE=151316169;WS=151316151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	151316324	rs2233851	C	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.314;SC=CAGTTCATCTCGAGGTGCTGG;SOR=0.426;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=71;WE=151316332;WS=151316314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,74:0.59:125
chr1	151337788	rs10788804	A	G	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=85;PP=2676;SC=TATAAGGAGGACCATAGTGGG;SOR=1.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=133;WE=151337796;WS=151337778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	151341703	rs55906289	G	A	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=31;PP=936;SC=CCCAGGCCACGCCTCTGTCCA;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=151341711;WS=151341693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	151341728	rs35093538	G	GC	864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=903;SC=TGGAAGAGGCGCCCTGTGGAC;SOR=1.781;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=22;WE=151341736;WS=151341718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	151372138	rs7172	G	A	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=100;PP=2965;SC=ACCGCATTCCGTCCACTCCCG;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=93;TCR=100;TR=193;WE=151372146;WS=151372128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	151372770	rs2495390	A	G	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=61;PP=1758;ReadPosRankSum=0.102;SC=GGGGGACTGGAAGAGTTGTTG;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=72;WE=151372778;WS=151372760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr1	151373200	rs2495391	T	C	6106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=101;PP=2965;SC=CTAAGATGAATCTAAGGTGAA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=108;TCR=102;TR=209;WE=151373208;WS=151373190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	151377248	rs6667714	T	C	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=26;PP=1963;SC=GTTCCCACCCTCACTCCACAC;SOR=1.073;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=85;WE=151377256;WS=151377238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	151379009	.	G	GATA	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=209;ReadPosRankSum=-0.339;SC=ACAATAATATGATAATAATAA;SOR=0.320;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=5;WE=151379017;WS=151378999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	151379250	rs2274535	G	A	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=2;PP=1019;SC=ACTTCAGGTCGGAAGGTTTCT;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=151379258;WS=151379240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	151380505	.	AAAG	A	92.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	151381320	rs3831142	GA	G	4857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=28.08;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	151384305	.	T	TA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.917;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr1	151384711	rs1887545	A	G	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=58;PP=2965;SC=TTCATTAGTAAATTCTTTGTA;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=105;TCR=58;TR=163;WE=151384719;WS=151384701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	151384733	rs3748550	G	A	6026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=82;PP=2965;SC=TCTTCCTGAGGGCAAAACTGC;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=125;TCR=82;TR=207;WE=151384742;WS=151384723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	151395782	rs2274533	T	C	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=1;PP=1154;SC=GTTACCCACATGTAAATAAAT;SOR=5.507;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=46;WE=151395790;WS=151395772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	151396037	rs2274534	A	C	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.753;SC=TCTGTAATAAAGCACAAAGAG;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=79;TCR=135;TR=213;WE=151396045;WS=151396027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr1	151400942	rs11204811	A	C	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=58;PP=1775;ReadPosRankSum=-1.336;SC=CACCTATAACACATTCTCCCT;SOR=0.492;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=82;WE=151400950;WS=151400932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr1	151402045	rs6587577	A	G	5068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=54;PP=2965;SC=TCTGGATGCCAGTTTATTCCA;SOR=1.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=136;TCR=54;TR=190;WE=151402053;WS=151402035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	151499635	rs2298168	C	T	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=27;PP=766;SC=GAACACCTGCCTTACCTCTCC;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=151499643;WS=151499625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	151501698	rs2096232	A	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=488;SC=AGAAACTGCCAAACTACTTTC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=151501706;WS=151501688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	151501737	rs6678068	T	C	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=11;PP=1079;SC=TTTTATTCCCTTGGCAGTGTA;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=151501745;WS=151501727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	151508061	rs11204842	A	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=0.743;SC=TGGTCCTCTCACCCATCCCCA;SOR=0.084;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=15;WE=151508069;WS=151508051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	151512802	rs16833376	G	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.130;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=897;ReadPosRankSum=0.799;SC=GCCAGACAGCGGGGTGGACAA;SOR=0.256;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=128;TCF=97;TCR=31;TR=64;WE=151512810;WS=151512792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,72:0.52:138
chr1	151518479	rs34362343	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.58;MQRankSum=-1.861;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr1	151518484	rs71580387	T	TTC	903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=7.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.00;MQRankSum=2.590;QD=20.54;ReadPosRankSum=0.836;SOR=3.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr1	151535020	.	A	ATC	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=78;QD=27.3333333333;SC=TGTCTGAGCCATCTCTCTCTC;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=151535029;WS=151535010;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	151538507	rs11405272	T	TC	295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	151538786	rs45591937	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=390;ReadPosRankSum=0.703;SC=TTATTGCTTTCTCTCTCTCTC;SOR=0.948;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=29;WE=151538794;WS=151538774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr1	151542099	rs3748610	G	T	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=27;PP=1299;ReadPosRankSum=-1.710;SC=AGAAACTTGAGGGCTTCCCCT;SOR=0.820;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=83;WE=151542107;WS=151542089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,88:0.59:150
chr1	151546931	rs6660238	A	G	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=66;PP=1892;SC=AGGGGCCTGCAGGTGGATCGA;SOR=4.499;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=6;TCR=67;TR=72;WE=151546939;WS=151546921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	151551320	rs3748608	G	A	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=45;PP=1611;SC=GGGCTGGTTTGTAACCTGCCC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=151551328;WS=151551310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	151552301	rs3833527	TG	T	609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=604;SC=GTCTTTGTCATGTCTTGCTGT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=151552309;WS=151552291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	151553918	rs10494267	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=243;SC=ACCCTTGCTACAAGACACATG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=151553926;WS=151553911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr1	151634512	rs3831367	A	AT	1585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=8;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.257;SC=AAATGTATTGATTTTTTTCCC;SOR=0.602;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=120;TCF=98;TCR=22;TR=52;WE=151634520;WS=151634502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,67:0.50:133
chr1	151634803	rs11808761	G	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=676;ReadPosRankSum=-1.141;SC=AAGGAAGATAGATTAAATAAG;SOR=0.154;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=91;TCF=8;TCR=83;TR=37;WE=151634811;WS=151634793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr1	151675618	rs1308150	T	C	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=67;PP=2965;SC=AAACGCTGGGTACAGAAGGCC;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=98;TCR=67;TR=165;WE=151675626;WS=151675608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	151679441	rs1308152	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GTCGCTTCACTGCTCTACACC;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=9;WE=151679449;WS=151679437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	151679900	rs10888428	C	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=28;PP=1135;ReadPosRankSum=0.229;SC=TCCCAGACCCCGAGGCTTCCC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=87;TCR=49;TR=77;WE=151679908;WS=151679890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,80:0.56:144
chr1	151679963	rs2280473	C	T	3859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=78;PP=2399;ReadPosRankSum=0.136;SC=CTCCCTTGCCCGGCCTTGCCC;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=156;TCR=139;TR=167;WE=151679971;WS=151679953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,174:0.57:305
chr1	151681635	rs2280475	T	C	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=61;PP=2146;ReadPosRankSum=0.431;SC=GCCTAGGGAGTCTTGGGGGTG;SOR=0.428;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=264;TCF=155;TCR=109;TR=137;WE=151681643;WS=151681625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,152:0.53:286
chr1	151686983	rs939592	T	A	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.002;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=46;PP=1771;ReadPosRankSum=-0.874;SC=GAGGTGGAAATTATGCTCAGT;SOR=0.439;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=204;TCF=129;TCR=75;TR=117;WE=151686991;WS=151686973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,121:0.57:211
chr1	151687998	rs141638568	GCA	G	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.539;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,18:0.14:132
chr1	151700189	rs72506285	C	CCTG	3487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.308;NF=0;NR=63;PP=2902;ReadPosRankSum=1.348;SC=CAGGATTCTCCCAGAGTCTGG;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=0;TCR=68;TR=63;WE=151700197;WS=151700179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr1	151700214	rs2275920	T	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.776;NF=3;NR=29;PP=1185;ReadPosRankSum=1.326;SC=CTCCTTCACCTGATGTCCCCA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=32;WE=151700235;WS=151700204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr1	151700227	rs2275921	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.890;HP=3;HapScore=4;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.751;NF=0;NR=24;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TGTCCCCAAAGGGAGCTTTTT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=24;WE=151700235;WS=151700204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr1	151701345	rs2298294	A	G	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=88;PP=2504;ReadPosRankSum=0.825;SC=CTGTTGGGAGAGACCAGACGG;SOR=0.933;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=251;TCF=114;TCR=137;TR=152;WE=151701366;WS=151701335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,158:0.59:267
chr1	151732700	rs10888433	A	G	5579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.835;SC=CAGTCAGGTAAGTAAGATTTA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=159;TCR=230;TR=231;WE=151732714;WS=151732690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,247:0.60:409
chr1	151733335	rs8480	T	G	4313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=104;PP=2684;ReadPosRankSum=0.458;SC=GATAGGCTCTTCTGGTAACTT;SOR=0.902;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=378;TCF=165;TCR=213;TR=191;WE=151733343;WS=151733325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,193:0.56:345
chr1	151740479	rs1196457	C	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=1;PP=534;SC=GACACACCCCCATCTGCCTGA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=151740487;WS=151740476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	151740666	rs2495397	T	C	8759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=160;PP=2965;SC=TCGACTCTTCTTGGATATCCC;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=150;TCR=160;TR=310;WE=151740675;WS=151740656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr1	151742550	.	GGAGAGA	G	2458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.483;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=10.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.004;QD=18.91;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,60:0.46:130
chr1	151742565	rs140076465	GGGAGACCATGGGGAGACGGAGAC	G	2771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=2.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.376;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.340;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,89:0.36:247
chr1	151742588	.	C	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.53;NF=52;NR=28;PP=2962;QD=20;SC=GAGACGGAGACGGAGAGGGAG;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=228;TCF=160;TCR=68;TR=80;WE=151742596;WS=151742543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:148,80:0.35:228
chr1	151742798	rs3748612	T	C	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=6.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=46;PP=1154;ReadPosRankSum=2.825;SC=TTTTCCTTTATAGGAGACCCT;SOR=1.845;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=95;TCF=11;TCR=84;TR=49;WE=151742806;WS=151742788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr1	151747043	rs1123855	C	T	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.317;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1182;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GCAATGCCAGCGAGGCTCAAA;SOR=0.963;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=242;TCF=119;TCR=123;TR=92;WE=151747051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,101:0.40:254
chr1	151747733	rs1781421	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-5.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=350;ReadPosRankSum=1.048;SC=ACTTTAAAGACATTCCTTTGG;SOR=0.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=21;WE=151747741;WS=151747723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr1	151747799	rs1781419	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=0.309;SC=GGTTTCTGAGGAAGAAAAAGT;SOR=0.259;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=16;WE=151747807;WS=151747789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr1	151747970	rs11204885	A	G	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=64;PP=1575;ReadPosRankSum=0.207;SC=AGTCAGCACAATGAGTGAGTC;SOR=1.223;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=187;TCF=81;TCR=106;TR=102;WE=151747978;WS=151747960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,108:0.53:204
chr1	151748425	rs3923394	C	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.314;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=710;ReadPosRankSum=0.251;SC=TTGCTGCTTTCAGAAAGAACC;SOR=1.175;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=112;TCF=28;TCR=84;TR=43;WE=151748433;WS=151748415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr1	151751081	rs1996729	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=393;ReadPosRankSum=-0.162;SC=AGACTGAGAAGGCATTCCTTC;SOR=0.240;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=31;WE=151751089;WS=151751071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr1	151754112	rs35077383	T	C	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=55;PP=1421;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CACCCAAAGCTAGTATAACTA;SOR=0.562;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=245;TCF=98;TCR=147;TR=99;WE=151754120;WS=151754102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,111:0.42:267
chr1	151780177	rs3828057	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=709;ReadPosRankSum=-2.459;SC=GAAGTCCGCTCATTCTTCCTG;SOR=0.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=56;WE=151780185;WS=151780167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,61:0.43:141
chr1	151789588	rs151171878	C	CTGTGTGTG	916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=50.93;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	151789609	rs56273334	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.86;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	151789609	.	CGC	TGT	739	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=59.67;NF=30;NR=1;PP=739;QD=25.5634798343;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGCGCGC;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=31;WE=151789619;WS=151789597;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,31:0.66:47
chr1	151789611	rs55841824	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.86;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	151789647	rs12144914	T	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=11;PP=989;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CACACATGCATGCATACACAT;SOR=1.418;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=127;TCF=97;TCR=30;TR=55;WE=151789655;WS=151789637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr1	151798295	rs12030974	G	A	7532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=2.399;SC=TGACCAGGACGCACCCTGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=588;TCF=316;TCR=272;TR=343;WE=151798303;WS=151798285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,352:0.59:601
chr1	151798372	rs111882199	G	C	4064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=106;PP=2738;ReadPosRankSum=1.653;SC=CAGGGTCCAGGCTCCCCCGCC;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=484;TCF=218;TCR=266;TR=195;WE=151798380;WS=151798362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,205:0.41:503
chr1	151803449	rs80223568	G	T	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1259;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GGAGCTTGGTGGCTCTGGCCC;SOR=0.710;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=151;TCF=99;TCR=52;TR=86;WE=151803457;WS=151803439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,91:0.57:160
chr1	151811226	rs6673556	G	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=741;SC=GAGGCAGCGAGCAGGTCGCGG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=151811234;WS=151811216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	151820298	rs6587624	G	C	7843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=167;NR=108;PP=2965;SC=ATCTTGTCCAGTTCTACGTCC;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=167;TCR=108;TR=275;WE=151820306;WS=151820288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	151820324	rs6587625	T	C	7818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=143;NR=135;PP=2965;SC=AACCAGAGAGTCCACGGGGAT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=145;TCR=135;TR=278;WE=151820332;WS=151820314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	151825991	rs7556386	G	T	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=58;PP=1907;SC=CCTCAAGAAGGCCTCTGTGGT;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=105;WE=151825999;WS=151825981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	151862661	rs1060870	G	A	5644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=127;NR=73;PP=2965;SC=GATTATAGGCGTGAGCCACAG;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=127;TCR=73;TR=200;WE=151862669;WS=151862651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	151867560	rs3762427	G	A	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=34;PP=1997;SC=TCCAGGAGCCGTCTTCACATT;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=96;WE=151867568;WS=151867550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	151881885	rs3748805	A	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=56;PP=1379;SC=TACTGGCGGCAGGCACAGAGC;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=88;WE=151881893;WS=151881875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	152009530	rs3811422	T	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=13;PP=678;SC=CTCAGACAGCTTCCGCGCCTG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=152009538;WS=152009520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	152057794	rs61750909	G	C	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=87;PP=2660;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CCACAGAACAGGGCTCTTGGT;SOR=0.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=187;TCR=162;TR=189;WE=152057802;WS=152057784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,196:0.55:358
chr1	152059480	.	T	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,88:0.20:447
chr1	152079823	rs1131473	C	G	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=63;PP=2463;ReadPosRankSum=0.677;SC=TTCCCGTGCTCGAAGCTTTGG;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=164;TCR=113;TR=154;WE=152079831;WS=152079813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,155:0.55:281
chr1	152079989	rs1131471	T	G	5815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.612;SC=TCTTGGGATTTTATCTCCCCG;SOR=0.957;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=426;TCF=252;TCR=174;TR=235;WE=152079997;WS=152079979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,242:0.55:437
chr1	152081921	rs2496253	G	C	6561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.069;SC=CTGTCGCGCAGCTGGGAATCT;SOR=0.750;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=461;TCF=241;TCR=220;TR=275;WE=152081929;WS=152081911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,284:0.60:473
chr1	152084175	.	T	TTGCTGCTCGCGCCTCTCC	2272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-1.422;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.785;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,87:0.33:267
chr1	152085505	rs2515663	A	C	6472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=114;NR=127;PP=2965;SC=ATTACTGTCAAGATCCAGAAG;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=114;TCR=128;TR=241;WE=152085513;WS=152085495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	152129065	.	GTGGTGGGAATCTCTGTCTTGTTTCTCAGACTGACCA	G	12587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.857;ClippingRankSum=0.000;DP=809;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-4.703;QD=17.88;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,339:0.48:704
chr1	152185500	rs12726613	C	G	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=4;PP=1315;ReadPosRankSum=-1.500;SC=TCATAGATGACTTTCCTATTT;SOR=0.817;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=94;TCF=87;TCR=7;TR=60;WE=152185508;WS=152185490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,63:0.63:100
chr1	152185750	rs12729662	G	A	6864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=7.197;SC=CATGTTGGCCGTAGCTGGAAG;SOR=0.811;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=358;TCF=125;TCR=233;TR=262;WE=152185758;WS=152185740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,284:0.87:325
chr1	152191709	rs6662450	C	G	4462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=110;PP=2954;ReadPosRankSum=0.398;SC=GGAAGAACAACTTGTGCCAGA;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=438;TCF=193;TCR=245;TR=200;WE=152191717;WS=152191699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,211:0.46:454
chr1	152191879	rs10788828	G	A	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=78;PP=2417;ReadPosRankSum=-0.561;SC=AGCTAGATCCGTGTTGTTCAC;SOR=0.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=443;TCF=249;TCR=194;TR=175;WE=152191887;WS=152191869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,179:0.39:462
chr1	152192114	rs7520249	C	T	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.564;NF=56;NR=74;PP=1705;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GGACCCATGTCGGCCGCGACT;SOR=0.538;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=302;TCF=121;TCR=181;TR=130;WE=152192122;WS=152192104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,140:0.45:314
chr1	152192293	rs7520375	C	T	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.922;NF=44;NR=26;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AGGAATGACCCGAGCTAGATC;SOR=0.877;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=70;WE=152192301;WS=152192283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,77:0.47:163
chr1	152192555	rs41266134	T	C	7531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.026;SC=ATGCTGACCATAGCTGGAAGA;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=567;TCF=315;TCR=252;TR=338;WE=152192563;WS=152192545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,339:0.59:577
chr1	152192631	rs6587647	C	T	6255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.868;NF=160;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=2.471;SC=CCGTGTTGTCCGTGGCCGGAG;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=698;TCF=363;TCR=335;TR=299;WE=152192639;WS=152192621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:410,307:0.43:717
chr1	152192687	rs6587648	T	C	20169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=335;NR=370;PP=2965;SC=AGAGGAATGCTCTGAGCTAGA;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=706;TCF=336;TCR=370;TR=705;WE=152192695;WS=152192677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,724:1.00:724
chr1	152192825	rs6666097	C	T	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=49;PP=1677;ReadPosRankSum=0.672;SC=CCCACGCTGGCCGTGGCCTGG;SOR=0.655;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=282;TCF=155;TCR=127;TR=114;WE=152192833;WS=152192815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,118:0.42:284
chr1	152192978	rs6587649	T	C	18587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=351;NR=320;PP=2965;SC=AGATCCATGTTGTCCCTGGCT;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=673;TCF=351;TCR=322;TR=671;WE=152192986;WS=152192968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,689:1.00:689
chr1	152193052	rs6587650	A	G	15149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=254;NR=296;PP=2965;SC=AGCCAGACTCATGTTGCCCAA;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=551;TCF=254;TCR=297;TR=550;WE=152193060;WS=152193042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr1	152193121	rs6587651	G	T	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=78;PP=1946;ReadPosRankSum=-2.015;SC=AGTAACTTGAGCCAGACCCGT;SOR=0.964;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=289;TCF=108;TCR=181;TR=117;WE=152193129;WS=152193111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,120:0.41:294
chr1	152193286	rs7545406	G	T	6768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=1.318;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,188:0.37:515
chr1	152193291	rs6587652	G	T	6871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=1.518;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,196:0.36:539
chr1	152193544	rs7535536	A	G	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=2.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,138:0.35:389
chr1	152193547	rs6587653	G	A	13364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=206;PP=2962;SC=AAGACTGATGGGAGTCGGAGT;SOR=1.043;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=365;TCF=158;TCR=207;TR=363;WE=152193555;WS=152193534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr1	152193851	rs11204937	C	T	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=81;PP=2023;ReadPosRankSum=-1.358;SC=GATTTTATTACGAGCCTGAAC;SOR=0.851;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=365;TCF=176;TCR=189;TR=148;WE=152193859;WS=152193841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,155:0.41:381
chr1	152193990	rs11204938	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=404;ReadPosRankSum=1.491;SC=AGGTACAAAGAGTAGCTCTGT;SOR=0.267;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=25;WE=152193998;WS=152193980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr1	152195579	rs74127901	G	A	3698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=49;PP=2506;ReadPosRankSum=0.447;SC=CCATCCTGGCGTGGAGTTCTT;SOR=0.724;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=258;TCF=179;TCR=79;TR=156;WE=152195595;WS=152195569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,160:0.59:270
chr1	152195728	rs34061715	AT	A	4590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.650;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.496;NF=7;NR=134;PP=2274;ReadPosRankSum=-0.063;SC=GAGTTTAGGCATTTTTTTTTT;SOR=1.341;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=158;TCF=7;TCR=151;TR=141;WE=152195737;WS=152195718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,200:0.97:207
chr1	152276149	rs77422831	C	T	6752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.502;NF=165;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.487;SC=CTGCTCGTGGCGGGATCCTTG;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=538;TCF=294;TCR=244;TR=301;WE=152276157;WS=152276139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,309:0.56:549
chr1	152276671	rs7518080	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=65.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.80;MQRankSum=-7.905;QD=6.27;ReadPosRankSum=-2.056;SOR=6.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,39:0.24:165
chr1	152276772	rs72697000	C	A	7386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.214;NF=183;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.523;SC=TCCTGCTTGTCCTGGGCCCCG;SOR=0.712;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=586;TCF=330;TCR=256;TR=308;WE=152276780;WS=152276762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,348:0.55:632
chr1	152276871	rs3126066	A	G	7232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.088;NF=155;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GCCTGGAGCCATCTCCTGATT;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=563;TCF=265;TCR=298;TR=324;WE=152276879;WS=152276861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,341:0.58:587
chr1	152276889	rs3126067	A	G	6361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.455;NF=133;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ATTGTTCGTCATTACGAGTTT;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=495;TCF=227;TCR=268;TR=288;WE=152276897;WS=152276879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,302:0.59:515
chr1	152277168	rs3091276	A	G	5361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.077;NF=159;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GCCCATGGGCAGACTCAGACT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=505;TCF=275;TCR=230;TR=294;WE=152277176;WS=152277158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,254:0.56:451
chr1	152277345	rs2065956	C	T	10313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=865;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.010;NF=212;NR=239;PP=2962;ReadPosRankSum=2.128;SC=TATCACTGGCCTGACTACCAC;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=844;TCF=406;TCR=438;TR=451;WE=152277353;WS=152277335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,465:0.54:865
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chr1	152279841	rs3126074	G	C	5444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.451;NF=80;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.730;SC=TGGATCCTGAGTGCCCATGGG;SOR=0.925;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=388;TCF=151;TCR=237;TR=215;WE=152279849;WS=152279823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,226:0.55:408
chr1	152280736	rs78974621	T	C	5567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1258;ExcessHet=3.0103;FS=5.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-15.217;QD=4.46;ReadPosRankSum=-2.566;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1034,213:0.17:1247
chr1	152280759	rs2338554	A	G	5796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1151;ExcessHet=3.0103;FS=4.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-13.568;QD=5.08;ReadPosRankSum=5.759;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:909,231:0.20:1140
chr1	152280782	rs2184953	A	G	20403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1007;ExcessHet=3.0103;FS=1.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-5.808;QD=20.44;ReadPosRankSum=3.646;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,695:0.70:998
chr1	152280782	.	ATGTTTT	GTGTTTG,GTGTTTT	2827	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=19;MQ=58.28;NF=107,306;NR=100,357;PP=1438,2827;QD=7.20515881576;SC=TCCTTGTCATATGTTTTTCTG;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=963;TCF=436;TCR=527;TR=207,663;WE=152280796;WS=152280772;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.21:963
chr1	152280788	rs66954353	T	G	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=940;ExcessHet=3.0103;FS=3.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-10.002;QD=3.95;ReadPosRankSum=4.836;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:692,239:0.26:931
chr1	152280864	rs2184954	A	G	6482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.850;NF=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.577;SC=GGCTGTGATGAGACCCTGAGT;SOR=0.431;Source=Platypus;TCF=123;WE=152280872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,230:0.70:330
chr1	152280900	rs74129452	T	G	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-6.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.356;NF=72;NR=58;PP=1576;ReadPosRankSum=2.697;SC=CCGATTGCTCTTGGTGGGACC;SOR=0.835;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=391;TCF=204;TCR=187;TR=130;WE=152280908;WS=152280890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,128:0.32:395
chr1	152281007	rs7512553	AA	GG	10704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=890;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.281;NF=150;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.014;SC=GCCTGATCATAATGGGATCCT;SOR=0.750;Source=Platypus;TCF=453;WE=152281016;WS=152280997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:587,299:0.34:886
chr1	152281039	rs7522925	G	A	4606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=830;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.459;NF=140;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.277;SC=AGTGCTGGGCGCAGACTGTCC;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=821;TCF=435;TCR=386;TR=259;WE=152281047;WS=152281029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:560,262:0.32:822
chr1	152281228	rs7546186	C	G	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-9.910;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:622,180:0.22:802
chr1	152281523	rs80059102	A	C	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=36.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-13.119;QD=7.78;ReadPosRankSum=2.549;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,96:0.25:379
chr1	152281534	rs113544881	A	T	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=40.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-13.285;QD=7.66;ReadPosRankSum=1.477;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,85:0.24:360
chr1	152281690	rs12407748	C	T	12061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1016;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.849;NF=264;NR=271;PP=2962;ReadPosRankSum=1.080;SC=GCTGTCGGCCCGAGAGGAAGC;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=985;TCF=488;TCR=497;TR=535;WE=152281698;WS=152281680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:457,551:0.55:1008
chr1	152281948	rs12405241	G	A	4968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.774;NF=117;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.947;SC=CTCTTGGGACGCTGAGTGCCT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=391;TCF=208;TCR=183;TR=219;WE=152281956;WS=152281938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,229:0.56:410
chr1	152282267	rs12405278	G	A	3591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=91;PP=2406;ReadPosRankSum=1.851;SC=TCTTGTCTGCGCCCAGTGCCT;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=121;TCR=159;TR=159;WE=152282275;WS=152282257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,164:0.56:291
chr1	152282311	rs12407807	C	T	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=55;ReadPosRankSum=-1.716;SC=CTGCTGGTGGCGGGATCCATG;SOR=0.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=170;TCF=66;TCR=104;TR=87;WE=152282319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,90:0.52:173
chr1	152282917	rs11204978	G	T	5684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.639;NF=143;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.920;SC=ACCGTCTTGGGATGCTGAGTG;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=477;TCF=263;TCR=214;TR=257;WE=152282925;WS=152282907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,267:0.54:491
chr1	152283236	rs11581433	T	C	3977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.955;NF=90;NR=95;PP=2577;ReadPosRankSum=-3.091;SC=GAAGCTTGTCTGTGCCCAATG;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=324;TCF=159;TCR=165;TR=185;WE=152283244;WS=152283226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,186:0.56:335
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chr1	152283975	rs66831674	A	G	5190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.315;NF=130;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.085;SC=GCCCATGGGCAGACTCAGACT;SOR=0.533;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=405;TCF=219;TCR=186;TR=251;WE=152283983;WS=152283965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,234:0.61:381
chr1	152284854	rs3120653	A	G	5113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.982;NF=142;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.997;SC=TGTCCTGACCATCTTGGGATG;SOR=0.599;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=489;TCF=288;TCR=201;TR=247;WE=152284862;WS=152284844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,255:0.51:501
chr1	152285099	rs74129461	C	T	6149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.529;NF=128;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.019;SC=TCTGAGTCTTCTGAATGTCCC;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=457;TCF=225;TCR=232;TR=267;WE=152285107;WS=152285089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,276:0.59:471
chr1	152285930	rs11584340	G	A	5158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.142;NF=113;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.621;SC=GCAGAGTCAGGCTGTTCATGA;SOR=0.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=363;TCF=188;TCR=175;TR=221;WE=152285938;WS=152285907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,229:0.60:379
chr1	152286002	rs2011331	T	C	5766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=1.448;SC=CGGCCACGTGTGGACTCTTGG;SOR=0.548;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=412;TCF=237;TCR=175;TR=247;WE=152286010;WS=152285992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,256:0.60:430
chr1	152286032	rs11588170	C	T	6925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.522;SC=TGTCTCAGCCCAGCCTTTCCG;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=495;TCF=272;TCR=223;TR=297;WE=152286040;WS=152286022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,306:0.60:508
chr1	152286367	rs41267154	C	A	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1634;ReadPosRankSum=-0.953;SC=GTGTCTGGAGCCATCTCTTGA;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=89;WE=152286375;WS=152286357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,96:0.57:168
chr1	152287341	rs34224823	CT	C	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.873;NF=0;NR=12;PP=124;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GGGACAAAATCTTTTTTTTTT;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=12;WE=152287349;WS=152287331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	152323132	rs12568784	G	T	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=65;PP=2179;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TGTTGACCATGAAAGGTGAGA;SOR=0.526;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=278;TCF=170;TCR=108;TR=159;WE=152323140;WS=152323122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,167:0.57:294
chr1	152325732	rs12022217	G	A	13389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=943;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.774;NF=277;NR=284;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.095;SC=AGCCCCCTGAGTGCACTTCAC;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=907;TCF=447;TCR=460;TR=561;WE=152325740;WS=152325702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,583:0.62:934
chr1	152327469	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=58.35;NF=149;NR=214;PP=2962;QD=20;SC=AGCCAGATGACTGACTTGAGC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=882;TCF=402;TCR=480;TR=363;WE=152327477;WS=152327458;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:519,363:0.41:882
chr1	152328411	rs6679449	A	G	7318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=15.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-17.058;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.976;SC=GTTGGCCATAACTAGACTGAC;SOR=1.269;Source=Platypus;TCR=343;WE=152328419;WS=152328401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:485,295:0.38:780
chr1	152329435	rs2282303	C	T	9583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.806;SC=TGCATGACTTCGCCTCCCACT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=738;TCF=401;TCR=337;TR=409;WE=152329443;WS=152329425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,420:0.55:760
chr1	152331240	rs3818831	G	A	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=50;PP=2035;ReadPosRankSum=-0.791;SC=ACTGGATGAAGCTCTTTCTCC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=154;TCR=90;TR=137;WE=152331248;WS=152331230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,141:0.56:252
chr1	152382062	rs10888486	C	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=8;PP=791;ReadPosRankSum=-0.072;SC=ACATTGGAGTCGGGGAAGTCA;SOR=0.749;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=71;TCR=13;TR=48;WE=152382070;WS=152382052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr1	152382120	rs3829868	C	T	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=44;PP=2538;ReadPosRankSum=0.124;SC=GCTGTGATGCCTCGCTTCTCT;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=170;TCR=72;TR=147;WE=152382128;WS=152382110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,152:0.60:252
chr1	152384498	rs3215709	G	GT	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.63;MQRankSum=0.693;NF=13;NR=0;PP=475;ReadPosRankSum=-0.936;SC=AATTCCCCAGGCAAGGCCTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=13;WE=152384506;WS=152384497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr1	152384759	rs7521839	A	G	3720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=97;PP=2314;ReadPosRankSum=0.260;SC=AGGCTCCATAATCAACCTCAG;SOR=0.567;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=322;TCF=133;TCR=189;TR=169;WE=152384767;WS=152384749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,177:0.51:346
chr1	152384833	rs1923492	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=629;ReadPosRankSum=0.980;SC=TGTTTTTAGTTTTCCTTTGTC;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=33;WE=152384841;WS=152384823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr1	152483959	rs56406499	G	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.255;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=9;PP=1243;ReadPosRankSum=0.218;SC=TAAGGGCAAGGAAGTGACCTT;SOR=0.402;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=161;TCF=143;TCR=18;TR=71;WE=152483967;WS=152483949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,74:0.45:166
chr1	152484129	rs2105117	G	A	8625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=0.927;SC=CCTCCCCAGTGTTCAGCCCCA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=723;TCF=333;TCR=390;TR=399;WE=152484142;WS=152484119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,406:0.55:739
chr1	152487979	rs2282296	C	T	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1138;ReadPosRankSum=-1.453;SC=CCTCCTGCTGCGGCTCCGGCA;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=75;WE=152487987;WS=152487969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,78:0.60:131
chr1	152488063	rs1053588	C	T	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1081;ReadPosRankSum=1.242;SC=GGAGACGCCGCCGACAGCGGA;SOR=0.869;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=77;WE=152488071;WS=152488053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,84:0.60:139
chr1	152538358	rs17659359	G	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=756;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GGCCTCTTGGGATTCTTGTTT;SOR=0.890;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=47;WE=152538366;WS=152538348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr1	152552285	rs512208	C	A	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.340;NF=73;NR=48;PP=1820;ReadPosRankSum=1.357;SC=AGGGCCACAGCCCCCAGAGCT;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=202;TCF=120;TCR=82;TR=121;WE=152552293;WS=152552275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,115:0.61:190
chr1	152552461	rs4845313	C	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=505;ReadPosRankSum=1.047;SC=ATTTGTTAGTCCAAAATCTAC;SOR=0.377;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=37;WE=152552469;WS=152552451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr1	152636843	rs9793541	A	T	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.869;NF=43;NR=47;PP=1631;ReadPosRankSum=2.750;SC=CCGGCACCAGAGCCCCGATTG;SOR=0.455;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=90;WE=152636851;WS=152636833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,93:0.58:160
chr1	152681543	rs1332496	T	C	15196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-0.064;NF=336;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TTATCGAAATTCCACCAAGAT;SOR=1.370;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=530;TCF=337;TCR=193;TR=528;WE=152681551;WS=152681533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,546:1.00:548
chr1	152681680	rs6143428	C	CAGCTCTGGGGGCTGCTGT	9295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.165;NF=12;NR=102;PP=2900;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GCTGTGGCTCCAGCTCTGGGG;SOR=2.210;Source=Platypus;TCF=19;TR=114;WE=152681688;WS=152681669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,302:0.99:304
chr1	152691943	rs1332499	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=568;ReadPosRankSum=0.397;SC=AAACCTTCCTGGTTTTACAGT;SOR=0.547;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=43;WE=152691951;WS=152691933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr1	152692074	rs1332500	G	C	5128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.724;SC=GGGCAGGGTAGCAATGGTGCC;SOR=0.437;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=382;TCF=245;TCR=137;TR=221;WE=152692082;WS=152692064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,235:0.58:406
chr1	152692472	rs873775	A	C	6598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GTACTGTGTCACTGACCCATG;SOR=0.577;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=573;TCF=284;TCR=289;TR=295;WE=152692494;WS=152692462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,305:0.52:590
chr1	152692588	rs944682	A	G	5355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.227;SC=ACACAGGATCATCTGGCTGCT;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=494;TCF=237;TCR=257;TR=249;WE=152692596;WS=152692578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,256:0.51:505
chr1	152692781	rs3814350	G	T	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=59;PP=1469;ReadPosRankSum=0.832;SC=AGAATGCACTGCCCCGCTACC;SOR=0.550;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=161;TCF=61;TCR=100;TR=97;WE=152692789;WS=152692771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,97:0.59:164
chr1	152692862	rs3814351	G	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.040;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=480;ReadPosRankSum=-0.166;SC=TCATCACTTTGCCTCTGTGCT;SOR=0.233;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=23;WE=152692870;WS=152692852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	152732106	rs17612167	A	T	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=46;PP=1917;ReadPosRankSum=0.927;SC=TGCCGCTCCAACAGTGCTGCG;SOR=0.913;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=338;TCF=217;TCR=121;TR=136;WE=152732114;WS=152732096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,136:0.39:346
chr1	152732436	rs4845480	G	C	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=67;PP=2168;ReadPosRankSum=0.150;SC=AGTGCGAAGCGTCACAACCTG;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=129;WE=152732444;WS=152732426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,144:0.54:267
chr1	152733301	rs4329520	T	A	10284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.463;SC=CCCAGAACCATGCATAAGTCT;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=852;TCF=442;TCR=410;TR=459;WE=152733309;WS=152733291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:408,470:0.54:878
chr1	152759950	rs11205106	A	G	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.536;NF=55;NR=61;PP=1631;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CTCTGGGGGCAGCTGTGGCTC;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=220;TCF=102;TCR=118;TR=116;WE=152759958;WS=152759948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,117:0.52:225
chr1	152777868	rs36107483	A	G	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.769;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-5.990;NF=83;NR=67;PP=2016;ReadPosRankSum=-0.610;SC=ACTTTGGGGGACACTTTGGGG;SOR=0.899;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=308;TCF=155;TCR=153;TR=150;WE=152777876;WS=152777857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,147:0.50:296
chr1	152777964	rs17624493	G	A	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=51;PP=1253;ReadPosRankSum=1.364;SC=TCTTGGTGGCGGATTCAGGAG;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=65;TCR=89;TR=90;WE=152777972;WS=152777954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,94:0.59:160
chr1	152944594	rs3170863	C	T	10262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=215;PP=2965;SC=CCTCCAAGAGCAAACAGAAGT;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=371;TCF=156;TCR=215;TR=371;WE=152944602;WS=152944584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	152957573	rs1611760	T	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=1;PP=1013;SC=AATGGGGGAGTTAAGGGAGAT;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=152957581;WS=152957563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	152957832	rs1611762	C	A	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;PP=2965;SC=AGCCCTGCCACCCCAAGGTGC;SOR=0.745;Source=Platypus;TCF=94;WE=152957840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	152957887	rs1611764	G	A	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.228;SC=CCAGCCCAAGGTTCCAGAGCC;SOR=1.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=136;TCR=79;TR=213;WE=152957895;WS=152957877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,215:0.99:217
chr1	152975495	rs2075739	G	A	8492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.486;SC=ATCCTTTGAAGCATGAGTTCT;SOR=0.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=191;TCR=108;TR=298;WE=152975512;WS=152975485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,309:1.00:310
chr1	152975715	.	C	T	982	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=27;MQ=56.27;NF=11;NR=36;SC=CTGAGCCAGGCTGTACCAAGG;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=47;WE=152975723;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chr1	152975739	.	T	A	465	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=55.88;NF=5;NR=20;PP=465;QD=19.9908485019;SC=CTGAGCCAGGTTGTACCAAGG;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=25;WE=152975747;WS=152975729;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:46,25:0.35:71
chr1	152975763	rs1977734	C	A	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.473;NF=50;NR=25;PP=1406;ReadPosRankSum=-1.963;SC=CTGAGCCAGGCTGTACCAAGG;SOR=0.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=75;WE=152975771;WS=152975753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr1	152975829	rs1970328	A	G	6223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.93;NF=110;NR=68;PP=2965;SC=AGGTCCCTGAACCAGGCAGCA;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=178;WE=152975837;WS=152975819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	152975941	rs1055935	C	G	8948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=151;PP=2965;SC=CTACACAAAGCTACCAGAGCC;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=158;TCR=152;TR=308;WE=152975949;WS=152975931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr1	153004721	rs1334848	A	T	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=10;PP=1644;SC=GAAAGAACATAGCTTTTTAAG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=67;WE=153004729;WS=153004711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	153004778	rs3820141	C	T	4810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=49;PP=2965;SC=TTATTCTCTGCTTAAATCATC;SOR=1.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=126;TCR=49;TR=175;WE=153004786;WS=153004768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	153004809	rs3181787	T	C	7333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CCAGGACCAGTCACTGTTGCA;SOR=1.350;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=176;TCR=95;TR=269;WE=153004817;WS=153004799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,267:0.99:269
chr1	153004848	rs3795381	T	C	14761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=44.73;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	153004853	rs3795382	C	T	14707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=44.57;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	153004983	rs12195	C	T	7277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=77;PP=2965;SC=CCAAAGTGCCCGAGCCCTGCC;SOR=1.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=153;TCR=77;TR=230;WE=153004991;WS=153004973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	153005156	rs2711	C	T	12419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=260;PP=2965;ReadPosRankSum=0.477;SC=TCCCATTCTGCGTATGAGTCC;SOR=0.414;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=445;TCF=184;TCR=261;TR=444;WE=153005164;WS=153005146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,460:1.00:461
chr1	153122310	rs510277	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=406;ReadPosRankSum=1.327;SC=AGTCCTGGGAGTAAGAAGAGC;SOR=0.659;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=26;WE=153122318;WS=153122300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr1	153233510	rs6661601	A	G	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=1079;ReadPosRankSum=-1.715;SC=TGGCGGCGGCAGCGGCGGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=58;WE=153233518;WS=153233500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr1	153233578	rs1143389	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	153233701	rs1143390	A	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr1	153233991	rs11275959	A	ACTCTGGCGGCGG	878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=61.78;NF=4;NR=7;PP=2884;SC=GTCTGCGGCTACTCTGGCGGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=153233999;WS=153233981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	153270362	rs2771110	C	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TGCTGAGCCACCTTGGCTGGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=10;WE=153270370;WS=153270356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	153271524	rs821431	C	T	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=20;PP=1902;SC=TCCCGCCATGCTTCCCAGACA;SOR=2.511;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=93;WE=153271532;WS=153271514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	153277423	rs843971	C	T	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=1036;ReadPosRankSum=-1.628;SC=TGACCCTTACCTATCTTATTG;SOR=0.785;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=95;TCR=52;TR=60;WE=153277431;WS=153277413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,59:0.38:155
chr1	153277660	rs2771112	A	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=520;ReadPosRankSum=-1.146;SC=TCCAATAACAAAACAATAGGA;SOR=0.886;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=20;TCR=67;TR=35;WE=153277668;WS=153277650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr1	153279462	rs66966700	TAAG	T	2695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.844;NF=35;NR=18;PP=2102;ReadPosRankSum=1.546;SC=GCGCAGAAAATAAGAGCCACA;SOR=0.510;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=53;WE=153279472;WS=153279452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
chr1	153279696	rs55991125	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=710;ReadPosRankSum=0.554;SC=GCCCTGCAGGCGAGCGGTCTT;SOR=0.585;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=41;WE=153279704;WS=153279686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr1	153282892	rs821424	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=3;PP=608;ReadPosRankSum=0.753;SC=AATTGAATAACTTGTTGAAGA;SOR=0.673;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=77;TCR=8;TR=34;WE=153282900;WS=153282882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr1	153283004	rs821423	C	T	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=74;PP=2060;ReadPosRankSum=0.689;SC=TGAAAGCACTCGGATGGGTTT;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=414;TCF=216;TCR=198;TR=157;WE=153283012;WS=153282994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,162:0.37:435
chr1	153313044	rs12063091	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=654;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CGTGGGACAACGCCGGGGCAA;SOR=1.157;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=35;WE=153313052;WS=153313034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr1	153314153	rs3006448	C	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=400;ReadPosRankSum=0.589;SC=CTCGCCTTTCCCAAGAAGTGG;SOR=0.678;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=25;WE=153314161;WS=153314143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr1	153314347	rs3006449	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.782;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	153315467	rs5777858	T	TAAG	1977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=6;PP=1429;SC=ATGAGAAGGATAAGACAGCAG;SOR=3.365;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=33;WE=153315475;WS=153315457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	153315579	rs3014863	A	G	5303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=71;PP=2965;SC=TCTTAGTGCCAAAGAAGGCAA;SOR=1.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=123;TCR=71;TR=192;WE=153315587;WS=153315569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	153315784	rs1865234	T	C	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=63;PP=1967;SC=GGACTGAAGCTATGTTCACTA;SOR=2.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=83;WE=153315792;WS=153315774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	153318451	rs12070717	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=338;ReadPosRankSum=0.868;SC=TGGTACTGCTCTCTGCACTTC;SOR=1.528;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=19;WE=153318459;WS=153318441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr1	153320334	rs3006457	T	C	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=35;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CTCGGTTGCTTTTTGGCCCAG;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=125;TCR=77;TR=90;WE=153320342;WS=153320324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,93:0.44:209
chr1	153320372	rs3006458	T	G	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=1660;ReadPosRankSum=1.398;SC=CAGGCCTGGATACCCAGAGCA;SOR=0.613;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=261;TCF=146;TCR=115;TR=116;WE=153320380;WS=153320362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,117:0.43:270
chr1	153320401	rs12096209	G	A	3329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=72;PP=2078;ReadPosRankSum=-0.745;SC=AAGAAGCCACGGCAGCATCCC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=141;TCR=129;TR=147;WE=153320409;WS=153320391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,158:0.56:281
chr1	153320581	rs3006459	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=449;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CAGCACCTGCTTCAGTCTTCT;SOR=0.204;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=21;WE=153320589;WS=153320571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr1	153410822	rs10888561	C	A	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=67;PP=1924;SC=TTTCAAAAAGCCTTCAGGAAA;SOR=2.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=25;TCR=67;TR=92;WE=153410830;WS=153410812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	153412392	rs3006428	T	G	9014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=115;NR=197;PP=2965;SC=AAAAGGCAAATAGGCAGGTGA;SOR=1.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=116;TCR=197;TR=312;WE=153412400;WS=153412382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	153430249	rs35971850	TG	T	3233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.979;NF=31;NR=55;PP=2651;ReadPosRankSum=0.265;SC=TTATTGTTCCTGGGGTCTCTG;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=91;TCR=156;TR=86;WE=153430257;WS=153430239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,129:0.34:380
chr1	153431406	rs3014837	C	G	5721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=81;PP=2965;SC=GGCTTGGCTTCTCAATCTTGT;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=187;WE=153431414;WS=153431396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	153431561	rs12132927	T	C	4202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=95;PP=2735;ReadPosRankSum=0.097;SC=AGGGTCTCTATTTGGGAGTGC;SOR=0.604;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=324;TCF=153;TCR=171;TR=185;WE=153431569;WS=153431551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,195:0.57:340
chr1	153587256	rs11548102	A	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=340;ReadPosRankSum=0.622;SC=TGCAGAGATGAGGACAGGTGC;SOR=1.262;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=19;WE=153587264;WS=153587246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr1	153587308	rs11548104	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=13;PP=1036;ReadPosRankSum=0.373;SC=CAAGTTTTATCTCCAGGCCCA;SOR=1.432;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=125;TCF=91;TCR=34;TR=60;WE=153587316;WS=153587298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr1	153588208	rs9792963	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=388;ReadPosRankSum=-1.156;SC=TGCAGGGCAAGGCCAAGGTGA;SOR=0.408;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=24;WE=153588216;WS=153588198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr1	153588279	rs9792967	G	A	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.445;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=29;PP=1318;ReadPosRankSum=0.682;SC=TGTGGGAGCAGAAAGGCCAGG;SOR=1.048;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=236;TCF=151;TCR=85;TR=92;WE=153588287;WS=153588269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,98:0.40:245
chr1	153588340	rs11548103	C	T	5111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.358;SC=CCCATGGTGCCCACTGTGTCT;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=370;TCF=197;TCR=173;TR=228;WE=153588348;WS=153588330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,235:0.61:386
chr1	153600778	rs3806233	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=0.848;SC=TTCCAGCCCAGGAGACAGAGG;SOR=0.394;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=18;WE=153600786;WS=153600768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr1	153604029	rs1046379	C	T	10322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=172;PP=2965;SC=CCCTCAAGACCTTTGAGGAGG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=183;TCR=172;TR=355;WE=153604037;WS=153604019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr1	153604112	rs1046381	G	A	9996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=174;PP=2965;SC=CCACCCCCTTGCCTCTGACTC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=359;TCF=183;TCR=176;TR=356;WE=153604120;WS=153604102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr1	153609039	rs4845557	T	C	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=2.003;SC=TACGTATTGTTCTTTGTAGAT;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=121;TCR=78;TR=195;WE=153609047;WS=153609029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
chr1	153631943	rs8532	G	A	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=47;PP=2056;ReadPosRankSum=0.571;SC=GCATAAATGAGGATCAGAAGG;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=155;TCR=90;TR=127;WE=153631951;WS=153631933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,132:0.53:249
chr1	153632139	rs6692298	G	C	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=71;PP=1298;ReadPosRankSum=-0.741;SC=TTGGGGAAAGGGAAATTCACT;SOR=0.918;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=166;TCF=44;TCR=122;TR=95;WE=153632147;WS=153632129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,96:0.58:165
chr1	153635425	rs3795396	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=15;PP=780;SC=ACCATATTCCGCTTTGCCTGC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=153635433;WS=153635418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	153636432	rs10598064	TTAC	T	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.938;NF=17;NR=0;PP=828;ReadPosRankSum=-0.176;SC=AATTTCAGAGTTACTACTACT;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=17;WE=153636445;WS=153636424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	153636468	rs369602600	CTA	C	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.354;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.580;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr1	153636472	.	T	C	527	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=18;MQ=60.15;NF=24;NR=5;PP=527;QD=19.3714211223;SC=CTACTACTACTAGTAAATAAG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=29;WE=153636480;WS=153636462;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:38,29:0.43:67
chr1	153636860	rs4351684	A	G	8608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=127;PP=2965;SC=AAATGGTTAGAGAGGGACTCA;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=162;TCR=128;TR=289;WE=153636868;WS=153636850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr1	153637617	rs3862047	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=355;ReadPosRankSum=-0.498;SC=ATAGCAACAAGCTAAGTAAAC;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=25;WE=153637625;WS=153637607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr1	153640827	rs7536700	C	T	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=39;PP=2193;ReadPosRankSum=0.436;SC=TTGTGGATTTCAGGCTCTGTT;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=155;TCR=59;TR=142;WE=153640835;WS=153640817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,149:0.67:222
chr1	153641058	rs114292408	T	C	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=76;PP=1789;ReadPosRankSum=0.361;SC=AACAACTACATTCTATTTGCC;SOR=0.787;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=226;TCF=80;TCR=146;TR=115;WE=153641066;WS=153641048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,118:0.51:232
chr1	153642835	rs6663046	G	C	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=79;PP=2421;SC=ACTTACACTTGTCCCCATTCC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=27;TCR=79;TR=106;WE=153642843;WS=153642825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	153656352	rs9662664	T	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=358;ReadPosRankSum=1.508;SC=GGAGAACCAATAGCAGAGGAG;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=24;WE=153656360;WS=153656342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr1	153658139	rs5777877	C	CA	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.254;NF=11;NR=5;PP=173;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TACTACATCTCAAAAAAAAAC;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=16;WE=153658147;WS=153658129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr1	153658187	rs3891075	A	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=1084;ReadPosRankSum=-1.684;SC=AAGATAAGGCAGGATAAGGCA;SOR=0.578;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=143;TCF=98;TCR=45;TR=71;WE=153658195;WS=153658171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,73:0.48:152
chr1	153658767	rs60349054	A	AG	1620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.974;NF=4;NR=44;PP=1710;ReadPosRankSum=1.722;SC=GAGGGACCTCAGGGTACCCCA;SOR=0.918;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=7;TCR=89;TR=48;WE=153658775;WS=153658757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr1	153659860	rs28730729	C	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.721;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=734;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AACCTAACACCTGCCCCCAGC;SOR=1.749;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=37;WE=153659868;WS=153659850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr1	153660514	rs11295572	AC	A	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.849;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=0.932;SC=CAGCTCCTCTACCCCCCCAAT;SOR=0.146;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=11;WE=153660522;WS=153660504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	153661374	rs34402066	CG	C	3075.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.086;NF=30;NR=34;PP=2118;ReadPosRankSum=2.168;SC=CGGGCGCTCACGGTAGGCTGT;SOR=0.666;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=64;WE=153661382;WS=153661364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,104:0.41:253
chr1	153661845	rs28730731	C	T	5873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.068;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TCCCACCAGACCTGCCTTCTG;SOR=0.767;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=458;TCF=238;TCR=220;TR=256;WE=153661853;WS=153661835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,261:0.54:479
chr1	153662340	rs35240348	G	A	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=29;PP=1142;ReadPosRankSum=0.800;SC=CGGAACGGGCGGCTACACGCC;SOR=1.070;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=79;WE=153662348;WS=153662330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,83:0.59:141
chr1	153665919	rs5777879	T	TC	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=833;SC=CCTCCACACCTCCCTACCCTG;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=19;WE=153665927;WS=153665909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	153701344	.	T	G	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=16;MQ=57.61;NF=0;NR=6;PP=48;QD=13.7952020912;SC=GGACGGGGGGTGGGGGCGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=6;WE=153701352;WS=153701334;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,6:0.26:23
chr1	153701376	rs12074957	G	C	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=6;PP=227;SC=CAAGTTTTTTGTGAAGTAACA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=153701384;WS=153701366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	153742142	.	A	AT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	153743234	rs6675978	T	C	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=2132;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TGGGGCTCTTTAGCCCTCAAT;SOR=0.692;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=202;TCF=106;TCR=96;TR=126;WE=153743242;WS=153743224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,130:0.61:213
chr1	153743289	rs12068256	C	G	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=60;PP=1803;ReadPosRankSum=-0.726;SC=CTTCTGTCCTCCTCCTTATTG;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=111;WE=153743297;WS=153743279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,113:0.60:188
chr1	153743317	rs4345834	G	A	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=637;ReadPosRankSum=-0.059;SC=TTTTCCTGTCGTTAACATCTG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=54;WE=153743334;WS=153743294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr1	153745380	rs41313882	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=1082;ReadPosRankSum=1.573;SC=CACTCAAAGAGCTACCGCTCC;SOR=0.397;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=65;WE=153745388;WS=153745370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr1	153784666	rs11264420	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	153792297	rs75524443	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=-0.956;SC=AAGGGGGGCCGGGTGCGGTGG;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=23;WE=153792305;WS=153792287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr1	153906397	rs11264621	A	G	5843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=117;PP=2965;SC=CTCTGCACCAACTTCCCCTTT;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=95;TCR=118;TR=212;WE=153906405;WS=153906387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	153907306	.	T	C	1338	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=59.71;NF=53;NR=27;PP=1338;QD=17.1596401568;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=212;TCF=147;TCR=65;TR=80;WE=153907316;WS=153907296;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:132,80:0.38:212
chr1	153907306	rs375088543	T	TGC	780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=2.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=4.907;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,35:0.20:175
chr1	153913684	rs2297895	C	A	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=16;PP=965;ReadPosRankSum=0.841;SC=TAAAGCTCCCCTCCCCACAAT;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=60;WE=153913692;WS=153913674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr1	153913770	rs2252508	A	G	7244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=106;PP=2965;SC=AGACATCTGGAAGGGAAGAAG;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=140;TCR=107;TR=245;WE=153913778;WS=153913760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	153954674	rs10908578	T	C	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	153954778	.	AACACAC	A,AAC	804.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=33.53;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,17:0.29,0.71:24
chr1	153955601	.	C	CA	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=4.391;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,33:0.15:215
chr1	153964396	rs34521811	C	CAA	15223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=87;PP=2930;SC=AGGAAGTAACCAGTGATACAA;SOR=1.186;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=191;TCF=95;TCR=96;TR=176;WE=153964404;WS=153964386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	154026642	rs34752019	A	G	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=10;PP=1492;ReadPosRankSum=1.053;SC=CTGCCTCCCTATCTCCCACAG;SOR=0.886;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=92;TCR=17;TR=71;WE=154026650;WS=154026632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,75:0.66:114
chr1	154031217	rs4845591	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=462;ReadPosRankSum=0.644;SC=ACATGCTCCAAGCATAATCAA;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=27;WE=154031225;WS=154031207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr1	154061855	rs2066135	T	G	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=56;PP=2478;SC=AAGCACGGAATATAAAAGTGC;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=135;WE=154061863;WS=154061845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	154076366	rs7521047	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.900;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	154108387	rs3001361	G	A	8245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=169;PP=2965;SC=AATGAGACCCGTTAAGTGCAA;SOR=1.202;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=116;TCR=170;TR=285;WE=154108395;WS=154108377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	154112167	rs2500223	A	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=2.638;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	154141908	rs4845364	A	G	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=50;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.207;SC=CAGAGTGAAGAGTTTCAGAAG;SOR=0.640;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=186;TCF=64;TCR=122;TR=77;WE=154141916;WS=154141898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,79:0.40:197
chr1	154144060	rs5777891	T	TAG	1937.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.771;NF=2;NR=37;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.939;SC=AACCTATATGTAGAGAGAGTT;SOR=1.218;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=88;TCF=3;TCR=85;TR=39;WE=154144068;WS=154144050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr1	154178185	rs370938534	CT	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=7.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,17:0.18:92
chr1	154192143	rs9803862	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=578;ReadPosRankSum=0.687;SC=GCACTGAGCAGGTAAGCCAAG;SOR=0.808;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=50;TCR=1;TR=26;WE=154192151;WS=154192133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr1	154192463	rs34176728	G	GT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;MQRankSum=3.409;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr1	154208877	rs3762339	A	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=310;ReadPosRankSum=0.385;SC=GTTTTGCTCTATTGCCTAGGC;SOR=1.863;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=17;WE=154208885;WS=154208867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	154218639	rs4040743	TTCAG	T	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=508;ReadPosRankSum=0.977;SC=TGTTAGCGTGTTCAGTCATTC;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=12;WE=154218650;WS=154218629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr1	154227239	rs1194604	C	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=398;ReadPosRankSum=2.402;SC=AATAAAGCTGCATCAGTGCTA;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=18;WE=154227247;WS=154227229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	154227292	.	GT	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr1	154228287	rs1194603	T	C	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=68;PP=1106;ReadPosRankSum=1.048;SC=ACTGTCCAACTGTAAGATTGT;SOR=0.881;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=289;TCF=94;TCR=195;TR=96;WE=154228303;WS=154228277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,99:0.33:300
chr1	154235657	rs11265398	G	A	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.440;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=1236;ReadPosRankSum=0.722;SC=GCTGTGTTTTGTGTGTGTGTA;SOR=1.100;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=233;TCF=97;TCR=136;TR=92;WE=154235665;WS=154235647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,98:0.40:243
chr1	154243097	rs2282227	G	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=42;PP=978;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GATGAGGCGGGGAGGTGGGAC;SOR=1.312;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=80;TCF=5;TCR=75;TR=44;WE=154243105;WS=154243087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr1	154243115	rs1044013	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=484;ReadPosRankSum=0.359;SC=GACCCCCAAACATATATCAGC;SOR=1.550;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=55;TCF=4;TCR=51;TR=26;WE=154243123;WS=154243105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr1	154245142	rs11265425	T	G	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1201;ReadPosRankSum=1.496;SC=TGCGCAGGTTTCCCCCGTCTG;SOR=0.637;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=89;TCR=46;TR=76;WE=154245150;WS=154245132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,77:0.55:141
chr1	154285052	rs11265530	G	A	3728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.82;QD=25.54;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	154285078	rs11581043	T	G	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=-0.829;NF=55;NR=69;PP=2230;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AAGAAGGGGGTTGGGCAAAAG;SOR=0.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=124;WE=154285086;WS=154285068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr1	154293675	rs6668968	G	A	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.417;NF=49;NR=55;PP=1623;ReadPosRankSum=0.316;SC=GGCCACCTCCGGATACGCAGC;SOR=0.655;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=104;WE=154293683;WS=154293665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,115:0.58:198
chr1	154294656	rs1194607	T	C	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=69;NR=86;PP=2692;SC=TTGAACAGTGTCCCAGACTGA;SOR=1.053;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=69;TCR=86;TR=155;WE=154294664;WS=154294646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	154295592	rs6685323	C	T	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=64;PP=1987;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TGTTCTCTACCATGGTGACAG;SOR=0.553;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=263;TCF=148;TCR=115;TR=141;WE=154295600;WS=154295582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,150:0.53:281
chr1	154296076	rs1194610	T	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=624;ReadPosRankSum=-0.923;SC=TTCTGGGCACTGGGATGCTGA;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=138;TCF=94;TCR=44;TR=50;WE=154296084;WS=154296066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,52:0.36:144
chr1	154296812	rs41304552	C	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.438;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=769;ReadPosRankSum=0.701;SC=TGGGGGCCACCGTTGGCACAG;SOR=1.121;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=156;TCF=111;TCR=45;TR=53;WE=154296820;WS=154296802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,54:0.34:160
chr1	154302826	rs6691345	C	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=1053;ReadPosRankSum=0.719;SC=AGTGTTGGTCCAGACCTCAGT;SOR=0.778;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=208;TCF=113;TCR=95;TR=82;WE=154302834;WS=154302816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,87:0.40:215
chr1	154303705	rs12727865	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=529;ReadPosRankSum=0.622;SC=CCACCTTCATCCAGCACAATT;SOR=0.902;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=27;WE=154303713;WS=154303695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr1	154303976	rs6702754	T	C	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=751;ReadPosRankSum=0.052;SC=TGCTGATCAATGGAATGTGAG;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=57;WE=154303984;WS=154303966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,58:0.46:126
chr1	154305010	rs1209264	A	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=5;PP=857;SC=CTCCAGCCTGAGCAGCAGAGC;SOR=2.899;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=34;WE=154305018;WS=154305000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	154305190	rs12077870	G	C	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=64;PP=2044;ReadPosRankSum=-1.102;SC=AATTTTGGAGGAGCAGCCTGA;SOR=0.824;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=202;TCF=99;TCR=103;TR=121;WE=154305198;WS=154305180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,130:0.62:211
chr1	154310223	rs11448687	G	GA	2004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.448;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.263;NF=5;NR=54;PP=857;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CTGTATTAGAGAAAAAAAAAT;SOR=0.390;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=59;WE=154310231;WS=154310213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,77:0.96:80
chr1	154317281	rs9660850	G	A	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=885;ReadPosRankSum=0.151;SC=GCTATCCTTAGCTTGGGCAGT;SOR=0.955;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=54;WE=154317289;WS=154317271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
chr1	154318172	rs1979575	A	G	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=32;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AAGGAGCCTCAGAAAATTTCT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=89;WE=154318180;WS=154318162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,97:0.59:165
chr1	154321072	rs1194591	A	G	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=56;PP=1683;SC=GAAAGGCCTCATGTGAACACT;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=154321080;WS=154321062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	154401972	rs6694817	T	C	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=88;PP=2322;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AAATGAGGCTTTGTGCATTCC;SOR=1.025;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=228;TCF=81;TCR=147;TR=131;WE=154401980;WS=154401962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,134:0.57:235
chr1	154407419	rs7518199	A	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=359;ReadPosRankSum=0.779;SC=GGGCTTCTCTACACTATATTT;SOR=0.765;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=19;WE=154407427;WS=154407409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr1	154407713	rs7521458	T	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=667;ReadPosRankSum=1.420;SC=AGGCCAGGCATGGTGGCTCAC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=49;WE=154407721;WS=154407703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr1	154408340	rs4845371	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=185;ReadPosRankSum=0.378;SC=TAGAGGCCTCTGCCAGCTGAA;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=9;WE=154408348;WS=154408337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	154409893	rs71586015	A	AT	591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.044;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr1	154420402	rs7512646	G	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GTTGGTCAGGGTGGTCTCGAA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=154420410;WS=154420396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	154426970	rs2228145	A	C	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.572;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,78:0.51:154
chr1	154437896	rs2229238	T	C	7221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=183;PP=2965;SC=CTGTGGATGATAAAACACAAA;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=46;TCR=183;TR=229;WE=154437904;WS=154437886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	154442960	rs11265621	G	A	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=104;PP=2965;SC=TACAGGGCAGGGGCAGGAAAC;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=51;TCR=104;TR=155;WE=154442968;WS=154442950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	154456772	rs61812630	G	T	3725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=84;PP=2270;ReadPosRankSum=1.343;SC=TGTTGTCTTTGGTCTGAGCCA;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=299;TCF=146;TCR=153;TR=163;WE=154456780;WS=154456762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,172:0.54:317
chr1	154459197	rs4845633	C	G	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=62;PP=2094;SC=CAGGCCACTGCGGTGACCCAT;SOR=1.189;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=154459205;WS=154459187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	154474131	rs4845635	C	G	7157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=143;PP=2965;SC=CCTCCGTGGCCCGGGAGTTTT;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=112;TCR=143;TR=255;WE=154474139;WS=154474121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	154474557	rs6703672	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=478;SC=GGCTGCTCCGTGCGCCCCCGG;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=154474565;WS=154474547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	154479657	rs10654618	C	CAT	3337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=20;PP=2472;SC=ATGCCTGACACGTTTCCTTTT;SOR=1.488;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=49;WE=154479678;WS=154479647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	154479670	rs6664608	C	T	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=24;PP=1742;SC=TTCCTTTTGTCGGAGTCTGAG;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=77;WE=154479678;WS=154479647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	154492702	rs10908842	G	A	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=15;PP=1806;SC=CAGACTAGCTGGCTGGGGATC;SOR=2.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=82;WE=154492710;WS=154492692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	154493721	rs6684225	T	C	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=12;PP=1368;SC=CCTTCCAGCTTGGGCTTGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=66;WE=154493729;WS=154493711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	154514331	rs4845647	C	A	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=5;PP=691;SC=CTCAGGATGCCGTGAGGATGG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=154514339;WS=154514321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	154516477	rs12750774	G	A	8019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.360;SC=GAATGCTTCCGAGACCTGAGC;SOR=0.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=698;TCF=333;TCR=365;TR=364;WE=154516485;WS=154516467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,377:0.53:718
chr1	154516571	rs6678164	T	C	13119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=188;NR=276;PP=2965;SC=TTTTCTGGGCTATGCACGTCA;SOR=1.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=466;TCF=188;TCR=278;TR=464;WE=154516579;WS=154516561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr1	154523215	rs4520411	C	T	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=580;SC=ATCGGTGATACGATCATTTTG;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=154523223;WS=154523205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	154523588	rs10908849	T	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=35;PP=1028;SC=CTCCCAGCACTGTGGTCTAGT;SOR=4.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=154523596;WS=154523578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	154524973	rs12144146	A	G	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1346;ReadPosRankSum=0.917;SC=TGTTAGTAGAATGGTCCAGGT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=99;TCR=93;TR=99;WE=154524981;WS=154524963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,104:0.52:200
chr1	154528086	rs4078519	T	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=51;PP=1507;SC=GCTCTTAGTTTGGGCCCCACA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=154528094;WS=154528076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	154557685	rs9427094	C	T	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1542;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GCTCTCCTGTCTCCTTACCCA;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=176;TCF=104;TCR=72;TR=92;WE=154557693;WS=154557675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,98:0.52:187
chr1	154561261	rs9427095	G	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=26;PP=803;SC=TGTTGCAGACGTTTCACAGTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=154561269;WS=154561251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	154562624	rs201932953	CG	C	137.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr1	154562625	rs7532276	G	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5144;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=554;ReadPosRankSum=0.592;SC=GGACCCCCCCGCCCCAAAAAA;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=58;WE=154562633;WS=154562607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr1	154571174	rs143817514	T	TGGA	983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.45;NF=1;NR=15;PP=803;SC=TTTTCACTTGTGGAGATGAAG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=16;WE=154571182;WS=154571164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	154573967	rs2229857	T	C	15521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=246;NR=277;PP=2965;SC=TGCGTTTCTTTTGGTCTCAGG;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=524;TCF=247;TCR=277;TR=523;WE=154573975;WS=154573957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr1	154574820	rs1466731	T	C	9853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=0.882;SC=CCCTGACTTCTGAGATGCACG;SOR=0.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=362;TCF=184;TCR=178;TR=360;WE=154574828;WS=154574810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,376:1.00:377
chr1	154575040	rs1802645	C	T	4267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=86;PP=2950;SC=GCTGCTGGTACCTGAGCTGTC;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=69;TCR=86;TR=155;WE=154575048;WS=154575030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	154580348	.	GAC	G	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DP=930;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:799,89:0.10:888
chr1	154580458	rs58655370	C	A	7290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=938;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.01;MQRankSum=-0.822;NF=152;NR=211;PP=2962;ReadPosRankSum=1.524;SC=CCAAGGCCGGCCCGGCTTACC;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=907;TCF=374;TCR=533;TR=363;WE=154580466;WS=154580448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:554,376:0.40:930
chr1	154600372	rs6426859	A	G	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=75;PP=2965;SC=ACACCCGGAGACTGCCAGTGC;SOR=1.438;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=137;TCR=75;TR=209;WE=154600380;WS=154600362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	154709682	rs35539682	TG	T	828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.38;MQRankSum=0.435;QD=23.02;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr1	154744807	rs1051614	C	G	3469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.226;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=88;PP=2206;ReadPosRankSum=1.425;SC=GGCTGATGTACAGGATGCGCT;SOR=0.511;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=331;TCF=131;TCR=200;TR=153;WE=154744815;WS=154744797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,161:0.47:346
chr1	154744852	rs1131820	A	G	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.938;SC=CATCCGCGCCATTGTCGATCA;SOR=0.999;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=171;TCF=60;TCR=111;TR=75;WE=154744860;WS=154744842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,82:0.46:180
chr1	154744937	rs11589471	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=1.250;SC=CCAGGCAGGACAGGTGGGGCA;SOR=0.871;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=18;WE=154744945;WS=154744927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr1	154832304	rs4845397	T	C	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=98;PP=2965;SC=GAGTGTCCTTTAAGCTGACTT;SOR=2.465;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=30;TCR=100;TR=128;WE=154832312;WS=154832294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	154832322	rs1218586	A	C	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=78;PP=2273;SC=CTTTCCTGTTAATTTGACACT;SOR=3.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=12;TCR=78;TR=90;WE=154832330;WS=154832312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	154841415	rs57846577	TCTCTCTCTCTCACA	T	3021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=5.800;NF=54;NR=10;PP=2982;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TCTCTCTCAATCTCTCTCTCT;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=101;TCF=82;TCR=19;TR=64;WE=154841439;WS=154841399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,77:0.67:115
chr1	154842199	.	G	GGCTGCTGCT	854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-0.880;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.209;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr1	154904840	rs1891805	T	C	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=808;ReadPosRankSum=0.043;SC=GAGCATACTGTTCCTTGAGTG;SOR=0.926;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=50;WE=154904848;WS=154904830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr1	154917701	rs906594	A	G	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=105;PP=2965;SC=AGCAGGCACCACCAAGCATAT;SOR=1.338;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=65;TCR=105;TR=170;WE=154917709;WS=154917691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	154917751	rs111434745	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=0.783;SC=GGCTCCAGTCGGGGAGACAGG;SOR=1.302;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=20;WE=154917759;WS=154917741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr1	154919080	rs2061690	C	T	5103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.207;SC=TGGGCCTCTACCCCCACTGAG;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=348;TCF=141;TCR=207;TR=214;WE=154919088;WS=154919070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,218:0.61:357
chr1	154938235	rs1131397	G	C	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=54;PP=2091;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GTGGAGGCACGCGAAGAGCAT;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=227;TCF=131;TCR=96;TR=131;WE=154938243;WS=154938225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,142:0.60:238
chr1	154938662	rs8191979	T	C	4008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.672;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=101;PP=2868;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GGAGGTGGCATCTGTTTGCGG;SOR=0.970;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=321;TCF=140;TCR=181;TR=168;WE=154938670;WS=154938652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,173:0.51:336
chr1	154948327	rs12087657	G	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=522;ReadPosRankSum=-1.612;SC=TAAACTACGCGTGTTTTCATT;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=37;WE=154948335;WS=154948317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr1	154948434	.	G	GA	74.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	154950727	rs369038429	A	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=35;PP=684;ReadPosRankSum=1.714;SC=GGATTTTTTTAAAAAAAAACT;SOR=1.201;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=14;TCR=67;TR=41;WE=154950735;WS=154950717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr1	154961448	rs2089247	T	G	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.58;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr1	154961458	rs2878517	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.51;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr1	154964929	rs10683289	T	TAGAC	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=275;ReadPosRankSum=1.882;SC=AAAAAAAAAATAGACGGTTTC;SOR=0.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=6;WE=154964937;WS=154964919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	154965113	rs7535144	G	T	2935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.95;MQRankSum=-1.242;NF=80;NR=46;PP=1944;ReadPosRankSum=0.675;SC=CCATGGATGGGCCCCTTCCCA;SOR=0.878;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=207;TCF=128;TCR=79;TR=126;WE=154965121;WS=154965103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,130:0.61:213
chr1	155003954	rs11582128	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=0.886;SC=CCCTCTAATCGTCCTCCTGAG;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=9;WE=155003962;WS=155003944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	155026114	rs6660884	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=563;ReadPosRankSum=-0.502;SC=ATTGTCCTCACTTTATACATG;SOR=0.759;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=28;WE=155026122;WS=155026104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr1	155026942	rs6427128	A	C	6108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=101;NR=120;PP=2965;SC=CACACTCAGAAGCCACCAGAG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=101;TCR=120;TR=221;WE=155026950;WS=155026932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	155028522	rs11264302	G	A	7912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CCTGACCATGGCAACCCCTCT;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=602;TCF=340;TCR=262;TR=332;WE=155028530;WS=155028512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,354:0.57:625
chr1	155030557	rs11264303	A	C	10216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GCCTCCAGACAGCTAATACTC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=859;TCF=456;TCR=403;TR=470;WE=155030565;WS=155030547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,482:0.54:885
chr1	155033308	rs11589479	G	A	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=67;PP=1696;ReadPosRankSum=1.480;SC=GAGGCACTAAGGTGAGTCCTG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=62;TCR=112;TR=103;WE=155033316;WS=155033298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,108:0.59:183
chr1	155033334	rs12743272	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=649;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CAGAGGAAGGGGACTCCACCT;SOR=0.469;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=114;TCF=34;TCR=80;TR=43;WE=155033342;WS=155033324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
chr1	155106054	rs4390169	A	G	8056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=143;PP=2965;SC=AGTGAGTGTCAGAGCCCTGTG;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=142;TCR=143;TR=285;WE=155106062;WS=155106044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	155106227	rs4745	A	T	10712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=1.530;SC=CAGGCCCATGACAATCCACAG;SOR=0.354;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=171;TCR=206;TR=377;WE=155106235;WS=155106217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr1	155164840	.	C	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=7.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	155205669	rs28559737	G	T	10719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=176;NR=216;PP=2965;SC=AGACAAAGGCGCAACACTGGG;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=394;TCF=177;TCR=217;TR=392;WE=155205677;WS=155205659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	155206037	rs75548401	G	A	4607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.503;NF=95;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.931;SC=GTGGCTTACCGTGATGATGCT;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=375;TCF=181;TCR=194;TR=204;WE=155206045;WS=155206027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,212:0.54:390
chr1	155260382	rs61755431	C	T	4243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=80;PP=2645;ReadPosRankSum=2.661;SC=GCTTAGCACCCGCATGATGTT;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=391;TCF=224;TCR=167;TR=193;WE=155260390;WS=155260372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,200:0.50:398
chr1	155294274	rs914616	A	G	5794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.095;SC=GCGCTGGGCTACACCTCCCTC;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=71;TCR=126;TR=195;WE=155294282;WS=155294264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr1	155294772	rs4971075	A	G	4815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=73;PP=2965;SC=GCTTCCGAATAAACTGCCCTT;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=145;WE=155294780;WS=155294762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	155313047	rs4971051	T	C	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=11;PP=1518;SC=GCTGGGATTATCAGCGTGAGC;SOR=3.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=67;WE=155313055;WS=155313037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	155330237	.	ATT	A	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.531;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.472;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,7:0.15:47
chr1	155348199	rs139363488	A	G	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=2018;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GAAAGCAAAGAATAGTTTGTG;SOR=0.825;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=192;TCF=92;TCR=100;TR=122;WE=155348207;WS=155348189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,123:0.62:197
chr1	155408635	rs4971053	T	C	8772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=179;PP=2965;SC=GAGTCACTTGTGACTGCAGGC;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=138;TCR=179;TR=317;WE=155408643;WS=155408625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr1	155450332	rs150671158	G	A	6802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.201;SC=GGCAATCGGCGTTTAAGGAAG;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=504;TCF=242;TCR=262;TR=287;WE=155450340;WS=155450322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,303:0.58:524
chr1	155532316	rs12403379	T	C	13854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.43;QD=45.13;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	155532325	rs12403380	T	C	14450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.45;QD=45.30;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	155532332	rs34869594	T	C	15071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=45.67;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	155532341	rs61812107	T	C	15314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.50;QD=43.88;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	155618415	rs5777949	CT	C	10622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=169;PP=2966;SC=ACTCATGCGCCTTTTCAGATG;SOR=0.781;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=232;TCF=53;TCR=179;TR=220;WE=155618423;WS=155618405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	155691191	rs71862030	GTA	G	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=185;ReadPosRankSum=0.913;SC=ATGTATGTATGTATATATATA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=155691200;WS=155691181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	155701055	.	CA	C	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.651;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,29:0.22:134
chr1	155737425	.	AACACAC	A,AAC	405	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=29;MMLQ=17;MQ=44.59;NF=0,0;NR=11,11;PP=60,405;QD=5.72727272727;SC=GATCAAGAGAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11,11;WE=155737438;WS=155737415;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.92:12
chr1	155746340	rs60525991	CT	C	155.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=9;PP=155;SC=CCAGAGAGATCTTTTTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=10;WE=155746348;WS=155746330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	155755097	rs822021	G	A	8139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=170;PP=2965;SC=TTAAAATCCCGTGTTCTCACT;SOR=1.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=106;TCR=170;TR=276;WE=155755105;WS=155755087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	155785578	rs148569012	CAACT	C	8953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=66;PP=2947;SC=CAAATATTACCAACTAACATT;SOR=1.325;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=59;TCR=74;TR=119;WE=155785589;WS=155785568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	155822971	rs822490	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=1;PP=1057;SC=AAATCAATATCCCCTTTCAGA;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=155822979;WS=155822961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	155823002	rs822491	T	C	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=10;PP=1757;SC=TGTAAAGGTATCCAGAAATAG;SOR=3.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=65;TCR=10;TR=75;WE=155823010;WS=155822992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	155829360	rs1749412	C	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=5;PP=585;SC=CTTAGCTCAGCGCATCCCCGG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=155829368;WS=155829353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	155837865	rs822522	G	C	12678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=0.254;SC=AGAAGAAGCAGAAGAACCCAC;SOR=0.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=438;TCF=248;TCR=190;TR=437;WE=155837873;WS=155837855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,466:1.00:467
chr1	155838267	rs822521	T	C	9854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=134;PP=2965;SC=AGGAGGCCCATGGGCTGCCAG;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=211;TCR=134;TR=345;WE=155838275;WS=155838257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	155850558	rs822508	T	C	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=75;PP=1779;SC=CTCTTCCTGATGAGTATCTAC;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=15;TCR=75;TR=90;WE=155850566;WS=155850548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	155850811	rs822509	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=328;SC=CATCCAGGCAGGCAGACTCAC;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=155850819;WS=155850807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	155870416	rs1749409	G	A	9714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=186;PP=2965;SC=TGACCTTTAAGGGCAAAATGT;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=142;TCR=186;TR=327;WE=155870424;WS=155870406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	155880573	rs493446	C	G	9588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=201;PP=2965;SC=GGGCCTTCCTCGGTTGCCCCG;SOR=1.452;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=120;TCR=202;TR=321;WE=155880581;WS=155880563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	155880760	rs5777961	C	CA	1274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=1057;SC=AGAAACCCCCCCATCTTCACC;SOR=2.235;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=155880768;WS=155880750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	155891045	rs625658	A	C	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=139;NR=44;PP=2965;SC=AGGAACACAGAAGACAGCAGG;SOR=2.290;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=139;TCR=44;TR=183;WE=155891053;WS=155891035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	155891857	.	ATT	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
chr1	155891877	rs4020747	C	CAG	1478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=56;PP=2620;SC=TTTTTTGAGACAGTCTTGCTC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=0;TCR=57;TR=56;WE=155891885;WS=155891867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	155899020	rs539602	A	T	9866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=221;NR=116;PP=2965;SC=ACCTAAGGATAAAAAACATGA;SOR=1.537;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=222;TCR=117;TR=337;WE=155899028;WS=155899010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	155903310	rs4661150	T	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=1;PP=826;SC=CTCCTGACCTTGTGATCCACC;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=155903318;WS=155903300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	155903408	rs4661151	C	T	6849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=96;PP=2965;SC=AGTGGAGACCCTTCAACTTCA;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=142;TCR=96;TR=238;WE=155903416;WS=155903398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	155904177	rs2275079	T	C	34824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=1282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=663;NR=590;PP=2965;SC=CGACCGCTTCTACTCAACCAC;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1256;TCF=665;TCR=591;TR=1253;WE=155904197;WS=155904167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1278:1.00:1278
chr1	155904392	rs2275081	G	A	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=65;PP=1732;SC=GATGGCTGCTGTGCCTACTAT;SOR=5.196;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=4;TCR=65;TR=69;WE=155904400;WS=155904382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	155912486	rs2152051	T	C	9293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=215;PP=2965;SC=GATCTGCGGTTGAGGCTGTGG;SOR=1.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=134;TCR=215;TR=348;WE=155912494;WS=155912476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr1	155917880	rs1010033	T	A	9946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=212;PP=2965;SC=GACTAATGCCTCCCCATCTGC;SOR=1.185;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=359;TCF=146;TCR=213;TR=358;WE=155917888;WS=155917870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr1	155928232	rs2364404	T	C	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.56;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	155928242	rs2886069	C	T	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=1.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	155931368	rs4661175	G	A	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.948;NF=51;NR=20;PP=1095;ReadPosRankSum=-0.721;SC=ACCCGGCCAAGAGAGGTTGAT;SOR=0.468;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=132;TCF=99;TCR=33;TR=71;WE=155931376;WS=155931358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,69:0.52:133
chr1	155935244	rs2297649	C	A	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=1120;ReadPosRankSum=2.094;SC=CCCAGTCGGGCAAAAGATCCC;SOR=0.730;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=190;TCF=95;TCR=95;TR=73;WE=155935252;WS=155935234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,80:0.38:208
chr1	155955076	rs4661216	A	G	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=61;PP=2965;SC=GCAACAAGATATATAGGGGAA;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=95;TCR=61;TR=156;WE=155955084;WS=155955066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	155981489	rs1475766	C	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=208;SC=CCAAAAAACACACAGGGCAAG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=155981497;WS=155981486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	156011444	rs2297792	T	C	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=112;NR=88;PP=2965;SC=GGGTCCGGGATATCCCAAAGG;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=112;TCR=88;TR=200;WE=156011452;WS=156011434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	156107534	rs4641	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr1	156131050	.	A	T	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=82;QD=19.4618687579;SC=CTGGGGGGACACGCCGAGCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=156131058;WS=156131040;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	156131095	rs201004039	C	CGGGGCGG	1964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=1;PP=1199;SC=GCTGGGGGGTCGGGGCGCCCG;SOR=3.675;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=23;WE=156131103;WS=156131085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	156132909	rs143862668	GCA	G	3351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=1866;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CCCACACTGAGCACAGTCTAC;SOR=0.679;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=86;TCF=17;TCR=69;TR=44;WE=156132918;WS=156132899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,87:0.53:164
chr1	156133038	rs7555253	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=0.105;SC=TAGCTGCCTATATTCCACATG;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=5;WE=156133046;WS=156133028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	156146218	rs12401573	C	T	8322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=184;NR=110;PP=2965;SC=TGGCTGTCCCCAACTCCATCC;SOR=1.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=184;TCR=110;TR=294;WE=156146226;WS=156146208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr1	156169610	rs2072499	A	G	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=5.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=15;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.508;SC=ATCCCTCCATACTGCTCAAAT;SOR=0.955;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=75;TCR=22;TR=65;WE=156169618;WS=156169600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr1	156169795	.	C	T	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=89;PP=2513;ReadPosRankSum=-0.835;SC=GGGGAAGAGCCTCTACCATGG;SOR=0.738;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=466;TCF=235;TCR=231;TR=173;WE=156169803;WS=156169785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,179:0.37:489
chr1	156182710	rs2241107	T	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=529;ReadPosRankSum=1.485;SC=GACGTTCTACTGCTTCCAATC;SOR=1.655;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=27;WE=156182718;WS=156182700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr1	156202173	rs1052053	A	G	3916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=79;PP=2501;ReadPosRankSum=-0.478;SC=ATGACACAGCAAATCTATGAC;SOR=0.817;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=331;TCF=179;TCR=152;TR=179;WE=156202181;WS=156202163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,188:0.54:351
chr1	156206121	rs1052067	G	A	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=80;ReadPosRankSum=-0.310;SC=ACAGTGTTATGGCACCCTACT;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=166;TCR=129;TR=180;WE=156206129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,193:0.60:320
chr1	156213921	rs7513351	C	T	10391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GATGGGGCCTCACTGTTGTTT;SOR=0.125;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=367;TCF=178;TCR=189;TR=365;WE=156213929;WS=156213911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,379:0.99:381
chr1	156215899	rs2075165	G	A	7835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=120;PP=2965;SC=GGCCTGGGGCGGAGCCTCCCC;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=158;TCR=120;TR=277;WE=156215907;WS=156215889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	156220056	rs1043165	T	C	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=25;PP=2915;SC=CAAGAACCCATTCCAGTGAAA;SOR=2.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=109;TCR=25;TR=134;WE=156220064;WS=156220046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	156230141	rs2287025	T	A	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=9;PP=1038;SC=CCTGTCTGAGTGGAAGAGGGC;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=156230149;WS=156230131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	156230206	rs2287024	C	A	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=53;PP=2405;SC=TTGTGACTGACAAACAGAGCT;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=85;TCR=53;TR=138;WE=156230214;WS=156230196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	156231266	rs759328	G	C	6785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=148;PP=2965;SC=AGTGAGCAAGGAAAGCACCAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=77;TCR=148;TR=225;WE=156231274;WS=156231256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	156233479	rs4661036	T	C	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=114;PP=2965;SC=TCCAAGGAATTTGGATATGAA;SOR=2.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=31;TCR=114;TR=145;WE=156233487;WS=156233469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	156244342	rs41265033	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=294;ReadPosRankSum=-0.097;SC=AGCCTGGGCTCGTCCTGTAAC;SOR=0.292;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=18;WE=156244350;WS=156244332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	156255833	rs2842883	G	C	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=60;PP=1881;SC=GCAGGGCCTGGCTGGTGTGGG;SOR=3.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=11;TCR=60;TR=71;WE=156255841;WS=156255823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	156261491	rs3795728	G	C	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=85;PP=2742;SC=GCCTAGGACCGCGGTGGGTGG;SOR=1.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=51;TCR=85;TR=136;WE=156261499;WS=156261467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	156279210	rs3001784	T	C	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.183;NF=24;NR=91;PP=2753;ReadPosRankSum=1.661;SC=CTGAAATCTATCTTTTCAGTC;SOR=2.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=25;TCR=91;TR=115;WE=156279218;WS=156279200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr1	156287403	rs2296374	T	C	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.659;SC=AAGGGTCATATTATACTCCTT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=66;WE=156287411;WS=156287393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr1	156304782	rs3762281	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=25;PP=753;SC=AGTAATAGGGAAAAGGGGCAT;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=156304790;WS=156304772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	156347131	rs2245623	G	A	14131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=277;NR=246;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GTGGGCTTTGGCTTCCTCATG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=525;TCF=279;TCR=246;TR=523;WE=156347139;WS=156347121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,536:1.00:538
chr1	156348012	.	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=5.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr1	156351066	rs942679	C	A	6179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GATTTGCCTGCAGTTATACAA;SOR=0.794;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=215;TCF=151;TCR=64;TR=213;WE=156351087;WS=156351056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,219:1.00:220
chr1	156376680	rs6662064	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=320;SC=GGGGCACAGAAGGGGAATTTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=156376688;WS=156376675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	156446242	rs2274316	C	A	5517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=62;PP=2965;SC=CAGAGCAATACCCAGAATTCA;SOR=1.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=127;TCR=62;TR=188;WE=156446250;WS=156446232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	156446450	rs12131289	C	T	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=63;PP=1794;SC=AGCTCTCCACCGTCCTGACTC;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=77;WE=156446458;WS=156446440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	156446903	rs2274317	T	C	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=70;PP=2965;SC=TAGGTGGGGGTGGAGACTTGG;SOR=1.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=117;TCR=70;TR=187;WE=156446911;WS=156446893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	156450740	rs1925950	G	A	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=88;PP=2965;SC=TGTCGCAGCCGTTGAAGCCCT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=92;TCR=88;TR=180;WE=156450748;WS=156450730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	156452870	rs2282286	G	A	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=23;PP=2925;SC=CAAGAGCTGCGAAGAGGTTGG;SOR=2.815;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=104;TCR=23;TR=127;WE=156452878;WS=156452860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	156496188	rs6427315	A	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=16;PP=1057;SC=CCTGAGCTCTAGGTGTCTGCA;SOR=1.536;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=156496196;WS=156496178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	156503541	rs6699212	T	C	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=9;PP=1052;SC=CTAGCTGGCCTCAGCTGCTAA;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=156503549;WS=156503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	156503560	rs41267377	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=642;ReadPosRankSum=-0.452;SC=AAGGAGGGCACGTACCAATAA;SOR=1.721;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=33;WE=156503568;WS=156503550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr1	156509552	rs1171570	C	G	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=13;PP=1718;SC=TGGTGCCAAACGCACAGACAA;SOR=2.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=69;WE=156509560;WS=156509542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	156518556	rs137902823	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=440;ReadPosRankSum=0.928;SC=AGGGGCATCAGGAGAGAGCAG;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=26;WE=156518564;WS=156518546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr1	156520173	rs1778819	T	A	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=2137;ReadPosRankSum=-1.348;SC=AAAAAAGATGTGACCCCAAGC;SOR=0.335;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=128;WE=156520181;WS=156520150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr1	156526234	rs2489139	C	T	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=31;PP=2070;SC=CATCTCATATCGCACTCACAA;SOR=1.781;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=108;WE=156526242;WS=156526224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	156526387	rs11264498	C	G	8341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=155;PP=2965;SC=ACAGGGTACACTGGAGGCAGC;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=138;TCR=155;TR=293;WE=156526395;WS=156526377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	156526444	rs2488269	T	C	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=112;PP=2965;SC=GCCGCCACTCTCCTCCGGATG;SOR=1.354;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=69;TCR=113;TR=181;WE=156526452;WS=156526434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	156531871	rs1171545	A	G	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=1.794;SC=CTAGGAATCTACCCTCTTCTT;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=71;TCR=130;TR=200;WE=156531879;WS=156531861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr1	156532344	rs7548309	T	G	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=10;PP=2244;SC=TACCCTGAGGTCACCCCCAAA;SOR=3.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=77;TCR=10;TR=87;WE=156532352;WS=156532334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	156532908	rs16837492	C	A	6729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=1.707;SC=GTCCCTGCAACCCAAGACTAC;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=146;TCR=97;TR=241;WE=156532916;WS=156532898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr1	156532977	rs1171547	T	C	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=108;PP=2965;SC=CCAGCATCTCTTGGTAGACGG;SOR=0.830;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=99;TCR=109;TR=207;WE=156532985;WS=156532967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	156534525	rs4661184	A	C	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=1042;SC=GGGAACCTTTAAGCACCACCA;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=156534547;WS=156534515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	156534539	rs4661185	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=29;PP=788;SC=ACCACCAAATGCGGAGAGGGG;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=156534547;WS=156534515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	156536123	rs2066378	T	C	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.57;SOR=3.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	156536133	rs4382715	A	G	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.70;SOR=2.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	156536221	rs2066377	G	C	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=85;PP=2965;SC=TCTTCTTCAAGGGAACCACGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=133;TCR=86;TR=218;WE=156536229;WS=156536211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	156536251	rs947662	T	C	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=114;PP=2965;SC=AACAGTGGCCTAGCTTGGCCA;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=154;TCR=115;TR=268;WE=156536264;WS=156536241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	156536353	rs947663	A	G	9173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=175;PP=2965;SC=GAACATGAGAACACCTTCTCA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=147;TCR=175;TR=322;WE=156536361;WS=156536343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr1	156536480	rs947664	T	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=44;PP=1366;SC=TCCAACTCCCTTCTCTGCCCA;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=156536488;WS=156536470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	156539154	rs6427319	T	C	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=51;PP=2722;SC=TCCATCTTCCTGGACTCCGCT;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=141;WE=156539162;WS=156539144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	156551848	rs6682716	A	G	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=54;PP=2399;SC=AGGAGCACTGAGAGGCGACTG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=104;WE=156551856;WS=156551838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	156553762	rs11264502	A	C	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=45;PP=1392;SC=GTAAGCAGAGACGCTGTTCCC;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=156553770;WS=156553752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	156556321	rs10796961	G	A	8737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=188;NR=126;PP=2965;SC=CCATGGAGTCGGGCATCTGCA;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=188;TCR=126;TR=314;WE=156556329;WS=156556311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	156561414	rs6698493	T	C	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=131;SC=GAATCCCAAGTGGAAGGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=156561422;WS=156561404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	156561557	rs149629319	G	GGGGCCGGGCC	2570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=2982;SC=CACATGCGCCGGGGCCGGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=22;WE=156561565;WS=156561547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	156561651	rs7516274	G	C	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=78;PP=2965;SC=GGGCTCGCGCGTGCCGCGGAT;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=115;TCR=79;TR=193;WE=156561659;WS=156561641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	156562008	rs1925949	G	A	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=45;PP=1472;SC=CAAGGTCAGTGGCACAACTCT;SOR=2.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=156562016;WS=156561998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	156562143	rs942959	G	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=9;PP=553;SC=AACCACCCTTGACTCTGCCTT;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=156562151;WS=156562133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	156563375	rs6427321	G	A	7540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.538;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=0.877;SC=GTGGGGTGGGGGAGATTGGGG;SOR=0.618;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=252;TCF=118;TCR=134;TR=251;WE=156563383;WS=156563365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,270:1.00:271
chr1	156563726	rs6427322	A	C	5336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.494;SC=ACTTGCTCATATCCCTCACAG;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=109;TCR=80;TR=189;WE=156563734;WS=156563716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr1	156563813	rs6668178	G	A	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=87;PP=2780;SC=CTGCTCTGGAGAAGAAGTACC;SOR=1.088;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=72;TCR=87;TR=158;WE=156563821;WS=156563803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	156563852	rs942963	C	T	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=58;PP=1749;SC=ACCCTGACACCGAGTGTGTCT;SOR=1.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=89;WE=156563860;WS=156563842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	156563898	rs1270	T	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=790;SC=TGGGTATTCTTCCCAATAAAG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=156563906;WS=156563888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	156564640	rs3795732	G	A	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=2;PP=1565;SC=AGCAGCTGACGTCCCAGAGAT;SOR=5.960;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=56;TCR=2;TR=58;WE=156564648;WS=156564630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	156564922	rs3795733	C	T	12567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=227;NR=209;PP=2965;SC=CTAGCCCCGCCATCCTTCTCA;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=436;TCF=227;TCR=209;TR=436;WE=156564930;WS=156564912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr1	156565049	rs72559129	A	AAC	25413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=233;PP=2966;SC=CACCACCTAAAAGTTTCCTCA;SOR=0.839;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=333;TCF=86;TCR=247;TR=315;WE=156565057;WS=156565039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr1	156567496	rs879461	C	T	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=5;PP=1174;SC=TCCAGATAATCTCTCAGGTCT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=156567504;WS=156567486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	156594656	rs12567958	C	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=26;PP=758;SC=AGCTTGAGATCAGGGCAGGGT;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=156594664;WS=156594646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	156618736	rs146242062	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=51;PP=1083;ReadPosRankSum=0.316;SC=AGTCTGATCAGTTTAGCTCAG;SOR=0.687;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=12;TCR=92;TR=57;WE=156618744;WS=156618726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr1	156626920	rs7524611	T	C	16117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=256;NR=342;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.223;SC=GAGGGGCCCCTGCCATATGCT;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=602;TCF=258;TCR=344;TR=598;WE=156626928;WS=156626901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,623:1.00:625
chr1	156628717	rs951964	C	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.434;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=838;ReadPosRankSum=0.150;SC=ACATGCAGCCCCATTCTGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=54;WE=156628725;WS=156628707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,54:0.47:115
chr1	156629037	rs11360	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.832;SC=GAGGGGTGGTACTGGAGTCCA;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=7;WE=156629045;WS=156629027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	156639753	rs11582300	G	A	8829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=794;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=211;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.334;SC=CAAACCCATCGGACTCCCCAT;SOR=0.774;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=786;TCF=397;TCR=389;TR=410;WE=156639761;WS=156639743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,416:0.53:788
chr1	156640156	rs3748570	G	A	9317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.646;SC=TTCCTCCTGGGGGCCCTCGGG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=680;TCF=387;TCR=293;TR=408;WE=156640164;WS=156640146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,423:0.61:694
chr1	156640505	rs146715283	C	T	6357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.503;SC=CTGCTCTTCCCAGGCAGCTCG;SOR=0.624;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=476;TCF=247;TCR=229;TR=274;WE=156640513;WS=156640495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,291:0.58:506
chr1	156640678	rs2886443	G	A	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.091;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=73;PP=1920;ReadPosRankSum=1.018;SC=CCCCTGCCCCGGGCCTGGCTC;SOR=1.204;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=223;TCF=92;TCR=131;TR=106;WE=156640686;WS=156640656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,107:0.50:215
chr1	156641537	rs951781	C	T	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=76;PP=2080;ReadPosRankSum=0.481;SC=ACTGCCTCTACGCTCTCTTCT;SOR=0.774;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=374;TCF=185;TCR=189;TR=144;WE=156641545;WS=156641527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,149:0.38:390
chr1	156646668	rs4278369	A	G	8258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=132;PP=2965;SC=CAGCTCTGCCACCTGGCTACT;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=162;TCR=132;TR=293;WE=156646676;WS=156646658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr1	156670545	rs4661213	C	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=13;PP=462;SC=CCCCCACCACCACCTAGGGAT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=20;WE=156670553;WS=156670535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	156696603	rs35890195	G	A	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=6.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=14;PP=1233;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CTCCACAAACGTTGGTGTCTT;SOR=0.449;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=182;TCF=151;TCR=31;TR=73;WE=156696611;WS=156696593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,73:0.39:189
chr1	156705593	rs4311877	G	C	12405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=226;NR=207;PP=2965;SC=TCAGGCCCACGTGGCCCAGGA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=434;TCF=227;TCR=207;TR=433;WE=156705601;WS=156705583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr1	156706559	rs8658	A	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=30;PP=870;SC=AGCCTGAGGAAACATCTCAGA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=156706567;WS=156706549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	156707775	rs6670122	T	G	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=27;PP=2686;SC=ACAGCACTTTTTGGACCCAGA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=87;TCR=28;TR=114;WE=156707783;WS=156707765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	156708244	rs28697076	C	G	5195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.370;SC=TGGGAAGATACGAAGGTTAGG;SOR=0.669;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=690;TCF=351;TCR=339;TR=257;WE=156708252;WS=156708234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:441,259:0.37:700
chr1	156713512	rs4437869	C	T	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	156752048	rs2274503	C	G	5863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=102;PP=2965;SC=AACAGTGAGGCCTTACTTCAT;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=101;TCR=102;TR=202;WE=156752056;WS=156752038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	156752231	rs367770256	AT	A	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=740;SC=AAACACAGATATTTGAGGACT;SOR=3.014;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=156752239;WS=156752221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	156760887	rs11264554	C	A	8951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=109;PP=2965;SC=GGCCACTCGCCTCTAAGGGGA;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=201;TCR=109;TR=310;WE=156760895;WS=156760877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	156784186	rs34887185	C	A	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=72;PP=1775;ReadPosRankSum=1.861;SC=CCCAAGCAAGCATGCTGGAGC;SOR=0.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=373;TCF=174;TCR=199;TR=137;WE=156784194;WS=156784163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,140:0.36:394
chr1	156784982	rs926103	T	C	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=46;PP=2100;SC=ATTCCCTGTGTTGGAGGCAGC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=156784990;WS=156784972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	156785617	rs1800601	G	A	9801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=146;PP=2965;SC=TGGGCAACTCGGCGCATGAAG;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=200;TCR=146;TR=346;WE=156785625;WS=156785607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	156785762	rs11325907	AG	A	13725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=159;PP=2974;SC=GAGATGAGGGAGCTGCACCAC;SOR=1.036;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=201;TCF=38;TCR=163;TR=197;WE=156785787;WS=156785752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr1	156785771	rs7546838	A	G	13523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.12;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	156785779	rs1800600	G	A	12230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.98;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	156785810	rs145574758	C	G	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=76;PP=2450;ReadPosRankSum=0.812;SC=CAGTGTAGCCCAGGTTCTGGC;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=247;TCF=118;TCR=129;TR=144;WE=156785818;WS=156785800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,141:0.56:253
chr1	156814027	rs56252149	G	A	4126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.555;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=100;PP=2709;ReadPosRankSum=0.116;SC=GAGCCCCACAGGGGTGGCAGT;SOR=0.559;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=297;TCF=126;TCR=171;TR=178;WE=156814035;WS=156814017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,184:0.60:306
chr1	156814478	rs41267423	G	A	4095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=86;PP=2704;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GGGCTGGGACGGGGGTCCCAC;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=166;TCR=155;TR=178;WE=156814486;WS=156814468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,186:0.56:330
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chr1	156877457	rs1952294	T	C	12188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=233;PP=2965;SC=CAGCACCCATTCTTGCCAAAA;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=408;TCF=174;TCR=234;TR=407;WE=156877469;WS=156877447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr1	156882996	rs822441	G	C	8504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1080;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=1.629;SC=ATGTCCCTCCGAGCTACAGTC;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1036;TCF=541;TCR=495;TR=419;WE=156883004;WS=156882986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:641,432:0.40:1073
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chr1	157062364	rs1176536	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=380;ReadPosRankSum=-0.046;SC=AGGGGAAGGGGCTAACCCAGA;SOR=1.432;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=24;WE=157062372;WS=157062354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
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chr1	157062739	rs12136960	C	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=834;ReadPosRankSum=0.184;SC=CTTAAAAGCCCCTGGGAGCTG;SOR=0.642;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=59;TCR=85;TR=61;WE=157062747;WS=157062729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,61:0.42:144
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chr1	157485275	rs3811036	T	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=457;ReadPosRankSum=-0.748;SC=AGTCAGGGCTTTAACTGGGAA;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=27;WE=157485283;WS=157485265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr1	157485429	rs60516051	C	G	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.755;SC=CTTTGGGGTGCAGAGGCTGAA;SOR=0.909;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=71;WE=157485437;WS=157485419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,71:0.48:147
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chr1	157488237	rs199816973	C	T	4042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.185;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=76;PP=2618;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TTCTTTTTCTCTTGGATGATC;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=300;TCF=163;TCR=137;TR=177;WE=157488245;WS=157488227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,187:0.59:315
chr1	157497263	rs3761961	T	C	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=14;PP=1248;ReadPosRankSum=1.256;SC=ATACAAAACTTAGAGATGGAG;SOR=0.108;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=115;TCF=97;TCR=18;TR=64;WE=157497271;WS=157497253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
chr1	157508882	rs6427384	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=560;ReadPosRankSum=-1.599;SC=TTACCAGTGACGGAGAGGCTC;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=31;WE=157508890;WS=157508872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr1	157509025	rs2012199	C	T	4479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=92;PP=2938;ReadPosRankSum=1.194;SC=CAGGGCAGCACCCTCATGATG;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=407;TCF=225;TCR=182;TR=204;WE=157509033;WS=157509015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,213:0.49:433
chr1	157514091	rs12036228	C	T	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.75;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,82:0.49:169
chr1	157514097	rs6679793	A	G	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.85;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,87:0.49:179
chr1	157516124	.	C	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=0.182;SC=TGTAGTCCTACTTACTAGGGA;SOR=0.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=21;WE=157516132;WS=157516114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr1	157517127	rs7531685	C	T	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.702;SC=TAGCTCAAAGCTCCCTGTCAG;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=91;WE=157517135;WS=157517117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,99:0.54:185
chr1	157522016	rs7552348	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=424;ReadPosRankSum=-0.959;SC=TAATGTAGGAGAGAGTCTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=20;WE=157522024;WS=157522006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr1	157548669	rs1885561	T	A	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=750;SC=CACATAATAATCCCTGGAACA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=157548677;WS=157548659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	157557957	rs11799853	T	C	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=115;PP=2965;SC=ATTCCTGCTATCTCCTTCTTC;SOR=1.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=52;TCR=115;TR=167;WE=157557965;WS=157557947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	157566019	rs10489674	G	A	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=538;SC=CTCAGGAAAAGGATGAAATGG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=157566027;WS=157566009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	157566211	rs12744410	A	G	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=107;PP=2965;SC=GAGCCCATACACTCATATGCT;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=198;WE=157566219;WS=157566201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	157567751	rs1361889	A	G	6229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=109;PP=2965;SC=CTGCTCCAGGATTGGAGAAGG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=112;TCR=109;TR=221;WE=157567759;WS=157567741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	157648543	rs2282284	T	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=581;ReadPosRankSum=0.878;SC=ATTCTCATAGTTTTCTTCATC;SOR=0.622;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=33;WE=157648551;WS=157648533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr1	157650960	rs12563943	T	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=687;ReadPosRankSum=-2.325;SC=GAAATCAATATTCTGGAAGTC;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=38;WE=157650968;WS=157650950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr1	157651017	rs1806798	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.866;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=0.025;SC=CTGCTTCTGCTTGGGTCTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=16;WE=157651031;WS=157651007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	157652929	rs141977401	TA	T	2751.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.999;NF=42;NR=42;PP=1237;ReadPosRankSum=0.870;SC=CATTGAAATTTAAAAAAAAAC;SOR=0.721;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=84;WE=157652937;WS=157652919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,127:0.64:197
chr1	157668390	rs7522061	T	C	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=127;PP=2965;SC=CATGGAGGATTGAGGAGAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=78;TCR=127;TR=205;WE=157668398;WS=157668380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	157669580	rs58517866	T	A	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=38;PP=906;ReadPosRankSum=-0.962;SC=ACTTCTTTTGTTTTTCCTTAT;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=73;WE=157669588;WS=157669570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,82:0.63:130
chr1	157670290	rs945635	C	G	7102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.612;SC=GGGCACCGGCCGGGCAGAGGG;SOR=0.260;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=147;TCR=121;TR=267;WE=157670298;WS=157670280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr1	157718231	rs143605468	CAAAT	C,CAAATAAAT	1512.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.340;NF=13,13;NR=8,8;PP=918,449;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GATAGATAGACAAATAAATAA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=21,21;WE=157718242;WS=157718221;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.68,0.29:41
chr1	157718283	rs6696643	A	T	6821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=49;PP=2965;SC=CTCTATTGCAAACAATGCATC;SOR=1.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=131;TCR=49;TR=179;WE=157718291;WS=157718273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	157718325	rs3818813	T	G	3616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=1.356;NF=103;NR=65;PP=2293;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TGACAAGAACTACTTTGCAGT;SOR=0.594;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=323;TCF=201;TCR=122;TR=168;WE=157718333;WS=157718315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,179:0.52:342
chr1	157718430	rs2275232	T	G	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=67;PP=1756;ReadPosRankSum=-0.658;SC=AGACAAGAGTTCACAGATGTT;SOR=0.885;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=208;TCF=82;TCR=126;TR=106;WE=157718438;WS=157718420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,109:0.51:214
chr1	157718645	rs2275233	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=403;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CTCAGAGCCCTTCCCAGTGGA;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=28;WE=157718653;WS=157718635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr1	157718780	rs3818814	A	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=568;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TTGTATGATAATCCCCAGGGC;SOR=0.468;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=42;WE=157718788;WS=157718770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr1	157718835	rs6662117	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=284;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAGAGCAGGTGGAAGCCCTGC;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=20;WE=157718843;WS=157718825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr1	157736931	rs9427313	C	T	5139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.156;SC=CTGAGATCACCTTCCCCCTCT;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=665;TCF=426;TCR=239;TR=247;WE=157736939;WS=157736921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:435,256:0.37:691
chr1	157737504	rs2873413	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=271;SC=GGTGCTGCCTGCAGACACGGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=157737512;WS=157737494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	157740186	rs10540465	GTC	G	10858.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=99;PP=2957;SC=TCCCACAGAAGTCAGGGTTTT;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=36;TCR=102;TR=134;WE=157740209;WS=157740176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	157740189	rs57139984	A	G	10867.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=101;PP=2965;SC=CACAGAAGTCAGGGTTTTACC;SOR=0.850;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=224;TCF=121;TCR=103;TR=210;WE=157740209;WS=157740176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	157768185	rs9426992	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=1.004;SC=CAGTGTGGTATGAGTCACGGC;SOR=1.078;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=15;WE=157768193;WS=157768175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr1	157802979	rs2261295	C	T	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=38;PP=2168;SC=CTGTAGGACTCACCTGAGCAG;SOR=1.389;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=80;TCR=38;TR=118;WE=157802987;WS=157802969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	157804260	rs141546266	G	A	4527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.465;SC=GGCCCAGAAGGGCAATCCTGA;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=582;TCF=309;TCR=273;TR=217;WE=157804268;WS=157804250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,222:0.37:596
chr1	157806006	rs2765503	G	A	8822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=181;PP=2965;SC=CCTTAGGCATGTACTCAGTCA;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=315;TCF=134;TCR=181;TR=314;WE=157806014;WS=157805996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr1	157811392	rs2260040	G	A	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=43;PP=2532;SC=CCAGGTTGGCGGGGAGAAAGT;SOR=1.470;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=128;WE=157811400;WS=157811382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	158047986	rs76742208	A	C	4210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.370;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=133;PP=2406;ReadPosRankSum=0.492;SC=GTATCCTGGCAGTCTCTCCCA;SOR=0.417;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=547;TCF=194;TCR=353;TR=222;WE=158047994;WS=158047976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,229:0.40:566
chr1	158054379	rs927662	A	G	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=49;PP=1055;ReadPosRankSum=0.922;SC=GGTGAGCTCCAGCCAGCTCCC;SOR=0.542;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=32;TCR=108;TR=64;WE=158054387;WS=158054369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr1	158056299	rs7367384	C	G	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=5;PP=806;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCCCTCCAGCCCAAGCCCATC;SOR=1.804;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=89;TCF=77;TCR=12;TR=48;WE=158056307;WS=158056289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr1	158056549	rs41273463	G	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=362;ReadPosRankSum=2.181;SC=GAGTGGGCTGGGGGGAGCAGT;SOR=0.878;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=35;TCR=99;TR=39;WE=158056557;WS=158056539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,43:0.35:124
chr1	158057420	rs7514301	A	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=608;ReadPosRankSum=1.424;SC=ACTGGAGCCGATACACTGCAA;SOR=0.566;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=41;WE=158057428;WS=158057410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr1	158057691	rs3820676	A	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NF=21;ReadPosRankSum=1.259;SC=GGGAGTGATAAGGAAGAGTTC;SOR=0.864;Source=Platypus;TCF=50;WE=158057699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr1	158058109	rs6427419	C	A	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=54;PP=1954;ReadPosRankSum=-1.455;SC=CTTCTTTCTCCCTCACAGTTG;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=230;TCF=137;TCR=93;TR=129;WE=158058117;WS=158058099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,136:0.56:244
chr1	158061043	rs2274165	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=201;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GGGCACACATGGCACATAGGG;SOR=1.375;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=12;WE=158061051;WS=158061033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	158064439	rs41273465	C	A	3606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=84;PP=2440;ReadPosRankSum=-0.028;SC=CCCAGGACCCCACCAATGGCT;SOR=0.799;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=521;TCF=276;TCR=245;TR=186;WE=158064447;WS=158064416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,194:0.36:541
chr1	158066669	rs41273471	G	A	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=1089;ReadPosRankSum=1.647;SC=CCCTTTCTCCGTGGTCACCAT;SOR=0.460;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=166;TCF=67;TCR=99;TR=73;WE=158066677;WS=158066659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,75:0.43:173
chr1	158066834	rs6427420	A	G	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1438;ReadPosRankSum=0.668;SC=TTTTAACTTCACAGGAAGTCT;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=87;TCR=94;TR=96;WE=158066842;WS=158066824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,104:0.54:194
chr1	158067047	rs874844	A	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=189;ReadPosRankSum=-0.705;SC=ATTTTCACAAAAACCAGAAAC;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=158067068;WS=158067037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	158067060	.	TG	T	152	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=152;QD=91.5;SC=CCAGAAACCATGGGGGAATCC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=158067068;WS=158067037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr1	158153996	rs426336	T	C	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=82;PP=2545;SC=CTCAGGTTCCTAAGACTTCAG;SOR=2.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=22;TCR=83;TR=104;WE=158154004;WS=158153986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	158224575	rs71084271	CTGTGTGTGTGTGTGTGTG	C,CTGTGTGTGTGTGTG	1254.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.917;NF=1,1;NR=48,48;PP=2997,1211;ReadPosRankSum=1.217;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.307;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=175;TCF=9;TCR=166;TR=49,49;WE=158224603;WS=158224549;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.35:196
chr1	158224595	.	G	C	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=3.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=1.015;QD=12.81;ReadPosRankSum=5.939;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,68:0.50:136
chr1	158224825	rs411089	C	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=774;ReadPosRankSum=0.703;SC=CTCTCTCCATCCTCTTTCTCA;SOR=0.360;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=100;TCF=78;TCR=22;TR=46;WE=158224833;WS=158224815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr1	158226667	rs1042388	C	T	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.644;NF=43;NR=42;PP=1283;ReadPosRankSum=0.749;SC=ACCCAAAGCCCGTGTGGGTGA;SOR=0.478;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=97;TCR=101;TR=85;WE=158226675;WS=158226657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,90:0.42:212
chr1	158260878	.	CTT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,10:0.16:64
chr1	158324425	rs1065457	A	G	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1490;ReadPosRankSum=-0.873;SC=AGTTTTATCCAGATAGTGCAA;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=235;TCF=123;TCR=112;TR=105;WE=158324433;WS=158324415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,106:0.43:245
chr1	158326447	rs35184522	C	CT	640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,41:0.37:112
chr1	158368392	rs61818748	C	T	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=37;PP=1391;ReadPosRankSum=0.284;SC=AGACTGTAGACAAGAGGATTA;SOR=0.630;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=172;TCF=107;TCR=65;TR=94;WE=158368400;WS=158368382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,99:0.56:177
chr1	158368541	rs34465440	A	G	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=6.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=1209;ReadPosRankSum=0.244;SC=GGCACAGGTGACAAAGGCCTT;SOR=0.590;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=229;TCF=116;TCR=113;TR=73;WE=158368549;WS=158368522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,78:0.32:241
chr1	158368846	rs6662382	T	C	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=82;PP=2261;ReadPosRankSum=2.404;SC=GCCTTTTGTTTATGATGAGTG;SOR=0.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=171;TCR=193;TR=157;WE=158368854;WS=158368836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,164:0.44:375
chr1	158369319	rs6696357	C	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr1	158389209	.	A	AG	1028.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.833;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.877;NF=0;NR=28;PP=451;ReadPosRankSum=1.370;SC=TAATCAATTGAAAAAAAACCT;SOR=0.722;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=0;TCR=77;TR=28;WE=158389217;WS=158389199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr1	158389630	.	G	C	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=36;QD=17.6928031368;SC=TTGAAGTCCTGACCTCAGGTG;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=158389638;WS=158389620;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chr1	158389659	rs58605957	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GTCTCAGCCTTCCAAAATGCT;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=158389667;WS=158389649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr1	158390252	rs12239443	T	G	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.734;NF=48;NR=49;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.434;SC=CATGTCCCATTAGCACTGAGT;SOR=0.510;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=282;TCF=129;TCR=153;TR=97;WE=158390260;WS=158390242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,103:0.35:294
chr1	158390501	rs34616883	G	A	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.775;NF=98;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.182;SC=GAAGGGCCCTGTCCAGGACAA;SOR=0.795;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=520;TCF=248;TCR=272;TR=214;WE=158390509;WS=158390491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,222:0.41:539
chr1	158435250	rs1002599	C	T	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=36;PP=2939;SC=AAATGCCTGCCACCTGCAAAC;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=104;TCR=36;TR=140;WE=158435258;WS=158435240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	158435278	rs1573519	G	A	6802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=82;PP=2965;SC=GAAATTTCCCGTACATTTCCA;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=149;TCR=82;TR=231;WE=158435286;WS=158435268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	158436299	rs4657080	T	C	7944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=182;PP=2965;SC=GTTAAAGAGCTATTTTTTAAA;SOR=1.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=83;TCR=182;TR=265;WE=158436307;WS=158436289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	158436354	rs67123344	AT	A	1833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=63;PP=1421;SC=TGTTTTATACATTTTTTTTCA;SOR=4.143;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=81;TCF=0;TCR=81;TR=63;WE=158436362;WS=158436344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	158450314	rs6679056	A	G	6986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.054;SC=GATGTTAACGAATTTGTGATA;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=514;TCF=246;TCR=268;TR=293;WE=158450322;WS=158450304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,314:0.58:543
chr1	158450382	rs1418843	C	T	5276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.315;SC=TGTTTCTTATCTCTGCATTCT;SOR=0.879;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=400;TCF=169;TCR=231;TR=216;WE=158450390;WS=158450372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,233:0.55:425
chr1	158507157	rs2051665	A	T	4135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.19;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,102:0.60:171
chr1	158507160	rs2051666	T	G	4181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.85;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,109:0.60:183
chr1	158507184	rs2051068	A	G	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.018;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=49;PP=2309;ReadPosRankSum=0.627;SC=ACAGGTATAGATTATATGTCA;SOR=0.506;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=238;TCF=158;TCR=80;TR=138;WE=158507192;WS=158507174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,149:0.59:253
chr1	158507222	rs5778082	GA	G	4844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.190;NF=36;NR=92;PP=2265;ReadPosRankSum=0.247;SC=CCAGGGTTATGAAAAAAAATC;SOR=0.561;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=236;TCF=72;TCR=164;TR=128;WE=158507230;WS=158507212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,220:0.60:368
chr1	158507398	rs2051067	G	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=43;PP=924;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GTCAGGCTCTGAATGTAGGCA;SOR=0.432;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=12;TCR=74;TR=51;WE=158507406;WS=158507388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr1	158517142	rs41273491	C	T	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1754;ReadPosRankSum=-0.182;SC=AGAATTACGACGGTCAGGTGG;SOR=0.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=96;TCR=101;TR=105;WE=158517150;WS=158517132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,111:0.53:208
chr1	158517353	rs16840314	G	A	4525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=86;PP=2892;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CACAAAAGTAGTGATTGATCT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=177;TCR=148;TR=189;WE=158517361;WS=158517343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,203:0.59:344
chr1	158532405	rs7526514	T	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=1.171;SC=CTATTAAGATTCTGCTATTTT;SOR=0.197;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=14;WE=158532413;WS=158532395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	158532614	rs41273499	G	A	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=755;ReadPosRankSum=-1.332;SC=GCCCGGGGCCGTGCATAGGTG;SOR=0.943;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=58;WE=158532622;WS=158532604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,67:0.36:187
chr1	158533140	rs12080815	A	G	4155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=79;PP=2785;ReadPosRankSum=-3.094;SC=CCTGGGTAAGAAAGGCTGCCA;SOR=0.532;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=304;TCF=172;TCR=132;TR=175;WE=158533148;WS=158533130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,183:0.57:321
chr1	158533224	rs12081915	A	G	5175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.683;SC=AGTACATGGGACGATGAAGGC;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=391;TCF=185;TCR=206;TR=223;WE=158533232;WS=158533214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,238:0.57:417
chr1	158549264	rs863360	G	A	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=52;PP=1986;ReadPosRankSum=1.541;SC=GAGGGTTACAGATGGCCAGGA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=111;TCR=84;TR=121;WE=158549272;WS=158549254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,128:0.63:204
chr1	158549420	rs863361	C	T	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.976;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=59;PP=1952;ReadPosRankSum=-0.005;SC=CGATGGTCAGCGTATAGCAGG;SOR=0.437;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=206;TCF=112;TCR=94;TR=116;WE=158549428;WS=158549410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,119:0.56:212
chr1	158549492	rs863362	C	T	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=2065;ReadPosRankSum=-0.052;SC=ACCTGTCCACCCAAGTTAGAC;SOR=0.590;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=120;WE=158549500;WS=158549482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,121:0.49:245
chr1	158549511	rs863363	A	G	3127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=65;PP=2172;ReadPosRankSum=-0.499;SC=ACCCATGATGATCAGATTACC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=138;TCR=128;TR=135;WE=158549519;WS=158549501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,141:0.51:274
chr1	158577109	rs857685	A	C	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1582;ReadPosRankSum=1.738;SC=AGTCTAAGGAATAGGGCTATA;SOR=1.066;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=197;TCF=92;TCR=105;TR=95;WE=158577117;WS=158577099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,105:0.50:211
chr1	158580921	rs66981873	GCA	G	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-0.713;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr1	158582426	rs2518489	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=0.873;SC=ACCACAGTACGTTTTTGAGTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=11;WE=158582434;WS=158582421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	158582543	rs2251963	G	A	4549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,115:0.56:205
chr1	158582552	rs2251964	G	A	4899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.76;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,134:0.57:236
chr1	158582646	rs2251969	T	C	3967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=84;PP=2203;ReadPosRankSum=0.417;SC=ACTTGCCCTCTGCCAGGGCTT;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=297;TCF=148;TCR=149;TR=172;WE=158582654;WS=158582636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,184:0.59:311
chr1	158582838	rs2157691	G	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=0.510;SC=CTCAGAAACAGAGGAAAGCCA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=158582846;WS=158582828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	158584091	rs952094	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-2.078;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr1	158585230	rs2518491	C	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=794;ReadPosRankSum=-0.634;SC=AATTAGTTGCCCAGGTTACCA;SOR=0.777;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=49;WE=158585238;WS=158585220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr1	158585355	rs2852634	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=0.908;SC=TCTATAGTCCTCATTTATAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=158585363;WS=158585345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	158587390	rs857716	C	T	3895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=74;PP=2585;ReadPosRankSum=1.066;SC=TAGTTAAGAACCGAAGGAAAT;SOR=0.561;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=300;TCF=174;TCR=126;TR=170;WE=158587398;WS=158587380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,176:0.58:306
chr1	158587784	rs857717	T	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=28;PP=1498;SC=AATTCTTCCATAATAATATAA;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=84;WE=158587792;WS=158587774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	158607788	rs2518492	T	G	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=21;PP=1686;SC=TACTCGCTTGTATTATCCACA;SOR=1.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=77;WE=158607796;WS=158607778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	158607935	rs857725	T	G	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=75;PP=2248;ReadPosRankSum=-0.808;SC=AGGAAACGCTTGTTGACATTA;SOR=0.642;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=270;TCF=143;TCR=127;TR=155;WE=158607943;WS=158607925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,165:0.57:289
chr1	158612236	rs863931	A	G	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=67;PP=1846;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CAAGCGCTACACTCAATCAGG;SOR=0.628;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=266;TCF=144;TCR=122;TR=140;WE=158612244;WS=158612226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,151:0.53:287
chr1	158612548	rs857721	T	A	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=15;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.260;SC=GTGATGACTATCCAACCAACA;SOR=0.828;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=116;TCF=87;TCR=29;TR=67;WE=158612556;WS=158612538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,69:0.55:125
chr1	158618223	rs857677	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=564;ReadPosRankSum=-0.383;SC=AAAAAGAGAACCAAAGAAGAG;SOR=0.954;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=37;WE=158618231;WS=158618213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr1	158618455	rs2246434	G	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.940;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=698;ReadPosRankSum=-0.929;SC=TGGTATACAAGAGAGTAGAGA;SOR=1.050;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=47;WE=158618463;WS=158618445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr1	158619728	rs2482965	A	C	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=97;PP=2965;SC=CCCCAGCGGGAATTCAATTCC;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=130;TCR=97;TR=227;WE=158619736;WS=158619718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	158637865	rs140998442	GAAA	G	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.04;ReadPosRankSum=1.752;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr1	158639601	rs2298801	A	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=808;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ATAAAAATGAATGCTTTTCCT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=46;TCR=82;TR=56;WE=158639609;WS=158639591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,55:0.42:131
chr1	158644105	rs703116	T	A	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=52;PP=2157;ReadPosRankSum=-1.085;SC=ACAAACTCTGTTAAACTAGAT;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=208;TCR=114;TR=147;WE=158644113;WS=158644095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,150:0.45:333
chr1	158647495	rs325996	A	T	9743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=172;PP=2965;SC=CACTCATGACAGCAAGATTTC;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=173;TCR=172;TR=345;WE=158647503;WS=158647485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	158647522	rs703121	A	G	3753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=93;PP=2532;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GTCCCTTGTGACTGTGAAACA;SOR=0.875;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=279;TCF=124;TCR=155;TR=162;WE=158647530;WS=158647512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,171:0.58:293
chr1	158647631	rs325995	T	A	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=45;PP=1322;SC=ATCCCTGCAGTCATTAACAAG;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=61;WE=158647639;WS=158647621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr1	158654786	rs385096	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=5;PP=776;SC=TGTTTCTAAACGGAATCTAAT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=158654794;WS=158654776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	158654852	rs857937	A	G	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.110;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=17;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TTCCTTCTCTAGAGATCTTAG;SOR=0.211;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=120;TCF=96;TCR=24;TR=73;WE=158654860;WS=158654842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
chr1	158655036	rs435080	G	A	11846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=200;PP=2965;SC=CCCTCTCAGCGACCCGCTCCT;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=201;TCR=201;TR=401;WE=158655044;WS=158655026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr1	158655162	rs2564859	C	A	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=110;PP=2965;SC=GATTCTGTTACTTGCTAGTTC;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=41;TCR=110;TR=151;WE=158655170;WS=158655152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	158656281	rs2564858	T	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=9;PP=808;SC=AATATGTACTTACGGTTTCCT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=158656289;WS=158656271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	158656347	rs111674514	C	CAGAG,CAG	2393.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;NF=11,11;NR=24,24;PP=228,1080;SC=TAAAATGTGTCAGAGAGAGAG;SOR=0.853;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=35,35;WE=158656355;WS=158656337;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:52
chr1	158687163	rs28568406	G	A	5586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.462;SC=AAAGAATATCGGGAAGACCAT;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=443;TCF=240;TCR=203;TR=242;WE=158687171;WS=158687153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,252:0.55:461
chr1	158687224	rs857703	G	A	5814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.918;SC=TCAGAAGAGGGAATCCTCAAT;SOR=0.669;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=508;TCF=264;TCR=244;TR=261;WE=158687232;WS=158687214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,266:0.51:523
chr1	158724537	rs34126693	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=0.461;SC=GAGGTAAAGCTTAAGAGATAT;SOR=0.031;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=13;WE=158724545;WS=158724527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr1	158725080	rs16841001	C	T	4253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=79;PP=2757;ReadPosRankSum=-2.113;SC=CAATCCACTCCGTTACCCAAC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=172;TCR=140;TR=177;WE=158725088;WS=158725070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,186:0.56:330
chr1	158735595	rs857824	C	T	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=865;ReadPosRankSum=0.776;SC=CTCCTTGTTGCGCAAGCTGTA;SOR=0.628;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=210;TCF=127;TCR=83;TR=71;WE=158735603;WS=158735585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,82:0.36:228
chr1	158735691	rs857825	T	C	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=55;PP=1314;ReadPosRankSum=-1.758;SC=CTTCTTCAGCTGCACATACAT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=276;TCF=142;TCR=134;TR=111;WE=158735699;WS=158735681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,124:0.41:299
chr1	158735740	rs857826	A	G	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.532;SC=ACCACAGTGAAGTGGGAGGCA;SOR=0.511;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=249;TCF=113;TCR=136;TR=92;WE=158735748;WS=158735730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,103:0.38:269
chr1	158735892	rs857827	A	G	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1262;ReadPosRankSum=2.389;SC=TAGGACATTTATAGACGTATC;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=265;TCF=128;TCR=137;TR=93;WE=158735900;WS=158735882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,107:0.37:287
chr1	158736215	rs6666753	G	A	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=94;PP=2965;SC=TTTTCTCACTGAGCAAGTTTG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=194;WE=158736223;WS=158736205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	158813819	rs857870	A	G	3981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=82;PP=2610;ReadPosRankSum=2.395;SC=GTAAGCCCCCAGGTCCCTCAG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=340;TCF=191;TCR=149;TR=188;WE=158813827;WS=158813809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,196:0.55:354
chr1	158906555	rs1633280	A	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=0.998;SC=AAACTGGAAGAATTCCCTTTG;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=158906563;WS=158906545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	158908886	rs147827524	C	T	4643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.363;SC=AAAAAACCATCTGAAGAAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=392;TCF=234;TCR=158;TR=208;WE=158908894;WS=158908876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,217:0.53:410
chr1	158909164	rs2325704	C	A	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-7.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=1243;ReadPosRankSum=-2.675;SC=ACTGAGAATTCACTGCATTTT;SOR=1.256;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=61;WE=158909172;WS=158909154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr1	158913525	rs856082	A	G	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.17;SOR=3.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	158913525	.	ATATGCAC	GTATGCAC,GTATGCAT	651	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=57,28;NR=11,4;PP=651,640;QD=10.0848707728;SC=AGACTTTCCTATATGCACGGT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=68,32;WE=158913540;WS=158913515;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:69
chr1	158913532	rs4656498	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=2.122;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr1	158943295	rs144676333	T	TCA	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.472;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=457;ReadPosRankSum=0.204;SC=AAAGGGATTTTCACACACACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=9;WE=158943303;WS=158943285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr1	158943328	rs12145823	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=527;ReadPosRankSum=0.066;SC=CACACACACATATACACACAT;SOR=1.209;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=28;WE=158943336;WS=158943318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	158943382	rs12071136	C	A	2592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.116;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=28;PP=1783;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GCAGAAAAAACCAGTTCTTTC;SOR=0.542;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=171;TCF=128;TCR=43;TR=105;WE=158943390;WS=158943372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,110:0.60:183
chr1	158946629	.	A	AATATATGTAT	1282	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=16;MQ=59.97;NF=1;NR=4;PP=1282;QD=261.4;SC=CACAGAAAATAATATATGTAT;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=158946637;WS=158946619;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,5:0.33:15
chr1	158986477	rs866484	G	C	8008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.237;NF=167;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.244;SC=CCACCCAACAGTTCTTCAACT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=499;TCF=251;TCR=248;TR=334;WE=158986485;WS=158986467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,345:0.66:521
chr1	158990247	rs1057024	A	G	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=100;PP=2965;SC=ATAAGCTCCAACTTTTCTGCT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=58;TCR=100;TR=158;WE=158990255;WS=158990237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	159021364	rs75801539	G	A	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=2;PP=1244;SC=ACCCAGTTAAGGTGATACTTG;SOR=5.590;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=46;WE=159021372;WS=159021354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	159021445	rs3737522	A	G	8138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;NF=185;NR=93;PP=2965;SC=AATTGTGCCTATGTTTTGGTC;SOR=1.520;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=185;TCR=93;TR=278;WE=159021453;WS=159021435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	159024424	rs7532207	A	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=409;SC=TCCAAATTAAACAGAGAGGCA;SOR=3.500;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=159024432;WS=159024414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	159024668	rs6940	A	T	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=36;PP=1302;SC=AAGTATGGAAACTTCACCAGA;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=74;WE=159024676;WS=159024658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	159174824	rs863001	G	C	18016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=323;NR=316;PP=2965;SC=CTCATTTCCCGTGCTGTTTGC;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=640;TCF=324;TCR=316;TR=639;WE=159174832;WS=159174814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,659:1.00:659
chr1	159174885	rs7550207	T	C	5906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,285:0.58:488
chr1	159174920	rs863002	C	T	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,116:0.43:268
chr1	159175004	rs17838198	CT	C	1609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=42;PP=1682;SC=CTCTTGGTGCCTTTTCCTTCT;SOR=3.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=44;WE=159175012;WS=159174994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	159175354	rs12075	G	A	14620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=311;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=1.526;SC=GGAGACTATGGTGCCAACCTG;SOR=0.896;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=513;TCF=312;TCR=201;TR=511;WE=159175362;WS=159175344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,527:1.00:528
chr1	159402584	rs11419544	G	GT	4313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=79;PP=2967;SC=CTATCAAGGAGTTATTACTTT;SOR=1.870;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=103;TCF=12;TCR=91;TR=91;WE=159402592;WS=159402574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	159402630	rs146980188	T	C	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=737;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CTGCCCATGGTATTGATCTTC;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=36;WE=159402638;WS=159402620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr1	159409196	rs6691297	T	C	6722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.295;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=1.698;SC=TGAGAACCTCTGAGTGTAATA;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=148;TCR=84;TR=232;WE=159409204;WS=159409186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr1	159409533	rs10908721	G	A	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=33;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TGCTTTACTGGGACTATGTGA;SOR=1.292;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=126;TCR=33;TR=158;WE=159409541;WS=159409523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr1	159409734	rs10908722	G	T	21796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=406;NR=351;PP=2965;SC=TCATCCGAATGGATCTTCATC;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=757;TCF=406;TCR=351;TR=757;WE=159409742;WS=159409724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,782:1.00:782
chr1	159409857	rs12048482	A	G	3718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=110;PP=2595;ReadPosRankSum=1.893;SC=GCCAGCCCATATCATTGGCAG;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=432;TCF=164;TCR=268;TR=174;WE=159409865;WS=159409847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,178:0.40:445
chr1	159505101	rs35393723	G	A	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=72;PP=2345;ReadPosRankSum=0.355;SC=GTCTTCTTCCGGCCCTCAGCT;SOR=0.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=277;TCF=139;TCR=138;TR=147;WE=159505109;WS=159505091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,156:0.54:290
chr1	159505297	rs4656837	C	T	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=78;PP=2607;ReadPosRankSum=1.989;SC=TGCCACAGAACGGCAAATTGA;SOR=0.964;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=446;TCF=243;TCR=203;TR=182;WE=159505305;WS=159505287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,186:0.41:459
chr1	159558258	rs2808661	A	G	7339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=125;PP=2965;SC=GTTACTTTGTAGAAGCTCAGC;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=124;TCR=125;TR=249;WE=159558266;WS=159558248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	159684047	.	CCACACACACA	C,CCA	792.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.28;QD=39.64;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,12:0.40,0.60:20
chr1	159684186	rs1417938	T	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=2.204;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr1	159750802	rs3806189	G	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.619;NF=20;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TGAGTTACTTGGCTCGGAGCG;SOR=0.172;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=28;WE=159750810;WS=159750792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr1	159752066	rs1129923	G	A	7084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=980;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.704;SC=ACTACGACCCGGCTCCATCGA;SOR=0.755;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=950;TCF=495;TCR=455;TR=368;WE=159752074;WS=159752052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:599,375:0.39:974
chr1	159778699	rs12042065	G	A	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=35;PP=1833;ReadPosRankSum=1.618;SC=AGCCTCCTGGGGCTTCATCAT;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=149;TCR=67;TR=115;WE=159778707;WS=159778689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,120:0.54:221
chr1	159785284	rs4411129	C	G	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=49;PP=2085;ReadPosRankSum=1.198;SC=CTCACCCTCTCTCTTACATTT;SOR=0.946;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=263;TCF=165;TCR=98;TR=134;WE=159785292;WS=159785274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,140:0.51:276
chr1	159799599	rs11422063	C	CA	4975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=41;PP=2972;SC=CAGATGCATGCAAAGAAGGAT;SOR=1.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=100;WE=159799607;WS=159799589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	159807969	rs2494491	A	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=452;ReadPosRankSum=1.410;SC=CCTCATTTTTAAAAAAACTGC;SOR=0.503;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=35;WE=159807977;WS=159807959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr1	159824967	rs2501340	G	C	7077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=150;NR=98;PP=2965;SC=TCGACCTACTGTCCTTTGTGA;SOR=1.183;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=150;TCR=98;TR=248;WE=159824975;WS=159824957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	159825061	rs2501339	G	C	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=81;PP=2168;ReadPosRankSum=-3.497;SC=CGTATCTGGAGAGCCCTGCAG;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=145;TCR=172;TR=150;WE=159825069;WS=159825051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,152:0.47:321
chr1	159825916	rs11587021	C	T	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=847;ReadPosRankSum=-1.631;SC=CACAGCCTGGCAGGTGCCTGA;SOR=0.483;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=202;TCF=86;TCR=116;TR=84;WE=159825924;WS=159825906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,89:0.42:210
chr1	159826523	rs145833568	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.904;NF=2;NR=45;PP=965;ReadPosRankSum=-1.536;SC=ACCCACTCTAGAAGAAGGGAA;SOR=2.422;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=98;TCF=9;TCR=89;TR=47;WE=159826531;WS=159826513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr1	159826561	rs111861505	C	CCA	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.193;QD=10.36;ReadPosRankSum=2.296;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	159827416	rs4477268	C	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=1.556;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.581;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	159827456	rs2494503	A	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=681;SC=GGCACTGATAACCCAAGGAAA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=159827464;WS=159827446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	159827475	rs11584200	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=569;ReadPosRankSum=-0.269;SC=AACCCCAACAGGTCCCAGAGT;SOR=0.269;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=30;WE=159827483;WS=159827465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr1	159828128	rs2494504	A	G	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=65;PP=1964;SC=CAGAGCCAAGAAGGGCCATGT;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=96;WE=159828136;WS=159828118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	159828746	rs2501337	G	A	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=40;PP=1123;SC=AGCAGAAGCAGGGCTTCAGGA;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=159828754;WS=159828736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	159832425	rs2494507	G	A	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=72;PP=2203;SC=CACTGCCTGGGGTGGCAGGAA;SOR=3.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=12;TCR=72;TR=84;WE=159832433;WS=159832415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	159842088	rs2494518	T	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=547;SC=GTTCCCCCCATCCTATTTTAC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=159842096;WS=159842078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	159842103	rs11265289	C	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=660;SC=TTTTACTCCACCTTCAGTACC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=159842111;WS=159842093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	159842691	rs4460634	C	G	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=59;PP=2965;SC=CATCTCTTTGCGGGAGGGAAG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=118;TCR=60;TR=177;WE=159842699;WS=159842681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	159854392	rs2501325	C	A	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=47;PP=1368;SC=TTAGAAACCCCGGGTCCACAT;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=159854400;WS=159854382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	159860259	rs2501320	G	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=728;ReadPosRankSum=1.483;SC=GGCAGGGGACGGTGTACTCAC;SOR=0.534;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=52;WE=159860267;WS=159860249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr1	159889686	rs2252815	G	A	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=52;PP=1208;ReadPosRankSum=0.180;SC=AGCTCAGCGTGCACCACCCTC;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=74;TCR=104;TR=86;WE=159889694;WS=159889676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,92:0.49:189
chr1	159890459	rs11265297	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=377;ReadPosRankSum=1.345;SC=ACCAGAACTGTTACCAAATGC;SOR=1.042;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=24;WE=159890467;WS=159890449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr1	159897126	rs13052	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=0.806;SC=AGCCTCACATCAGGGATGTTC;SOR=0.941;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=10;WE=159897134;WS=159897116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	159897327	rs2153208	C	T	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=61;PP=1456;ReadPosRankSum=-1.308;SC=CTGCAAGAGGCGGGCAGGACA;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=139;TCR=136;TR=124;WE=159897335;WS=159897317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,132:0.46:289
chr1	159897681	rs142211405	TAA	T,TA	1230.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.22;ReadPosRankSum=0.572;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,29,25:0.50,0.43:58
chr1	159898913	rs7543462	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=618;ReadPosRankSum=0.539;SC=CAGAGCTAGGAAGAACAAGCG;SOR=0.556;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=35;WE=159898921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr1	159902526	rs3827531	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=419;ReadPosRankSum=-1.974;SC=GGGGGCAGGATGAGAAACCCA;SOR=1.008;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=37;WE=159902534;WS=159902516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,39:0.34:116
chr1	159904202	rs41264839	G	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=1005;ReadPosRankSum=1.867;SC=GGAGAAGCTGGGGTCAGGCTT;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=84;TCR=74;TR=62;WE=159904210;WS=159904192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,63:0.39:162
chr1	159922369	rs2840583	C	T	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=85;PP=2557;SC=AATCAGGGATCGGGTCTGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=28;TCR=85;TR=113;WE=159922377;WS=159922359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	159923111	rs2789417	T	G	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=58;PP=2965;SC=TAGACACATATATTGTACTGC;SOR=1.351;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=113;TCR=58;TR=170;WE=159923119;WS=159923101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	160012406	rs12729701	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=426;ReadPosRankSum=-1.883;SC=GGGAGGAATTAACATTCATTT;SOR=0.418;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=30;WE=160012414;WS=160012396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr1	160085868	rs2854244	A	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
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chr1	160090681	rs67915591	CCCTT	C	6961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=54;PP=2974;SC=CTCTGGCTCTCCCTTCCTCCC;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=86;WE=160090692;WS=160090664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	160093222	rs2820581	C	T	10035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=205;PP=2965;SC=CCCACACGCCCGACCCGGGAA;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=144;TCR=205;TR=349;WE=160093230;WS=160093212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr1	160093911	rs2820582	T	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=42;PP=1391;SC=AGCTCATCTTTTGTCAGCTCC;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=160093919;WS=160093901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	160093927	rs2854248	T	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=1.414;SC=GCTCCCAGGCTCTAAGATAGA;SOR=0.430;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=20;WE=160093935;WS=160093917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr1	160094343	rs1023420	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-0.799;SC=ACCATGCCTATGCCCCTGCTA;SOR=0.204;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=12;WE=160094360;WS=160094333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr1	160095127	rs7548116	T	A	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=43;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.352;SC=AGTACTTACCTGGCAAAAGCT;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=49;WE=160095135;WS=160095117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,52:0.67:78
chr1	160097666	rs6695366	G	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1044;ReadPosRankSum=-1.493;SC=TCTTTCCTCAGAGTGATAGAG;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=61;TCR=92;TR=79;WE=160097674;WS=160097656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,88:0.53:165
chr1	160098927	rs5778151	A	AG	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=548;ReadPosRankSum=1.452;SC=GTGTCTCCAAAGCCTCTTGCT;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=15;WE=160098935;WS=160098917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr1	160121746	rs746362	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=354;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CCCCCTTGCCCGCGCGCCCTC;SOR=0.292;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=21;WE=160121754;WS=160121736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	160122826	rs11265335	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=713;ReadPosRankSum=0.142;SC=CTCAAAAAAAGAATTGCAGGG;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=37;WE=160122834;WS=160122815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr1	160124875	rs6427504	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=740;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CTGACTCGAGGTGGACCCAAT;SOR=1.064;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=54;WE=160124883;WS=160124865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,58:0.44:132
chr1	160128671	rs4656888	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=254;ReadPosRankSum=0.409;SC=GAATGATGTGGTGGGTGACAG;SOR=1.232;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=20;WE=160128679;WS=160128661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr1	160128994	rs10908764	C	T	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=468;SC=ACACCTGGGCCGTTAGAGAAA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=160129002;WS=160128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	160134205	rs11265338	C	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.047;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=531;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GGCTGTTGGCCACAGTCACTG;SOR=0.212;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=86;TCF=9;TCR=77;TR=35;WE=160134213;WS=160134195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr1	160136350	rs7529215	G	A	7264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.974;NF=187;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AGCGCATGGCGCGGAAGAACT;SOR=1.049;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=188;TCR=73;TR=260;WE=160136358;WS=160136340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr1	160140998	rs1209804	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=380;ReadPosRankSum=0.732;SC=CTGATCCTTGGTCTCTCCTCC;SOR=1.516;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=24;WE=160141006;WS=160140988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	160141196	rs625549	C	T	11763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=234;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.932;SC=AAAATGCCTACTTAGAACTGG;SOR=0.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=421;TCF=236;TCR=185;TR=419;WE=160141204;WS=160141186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,431:1.00:432
chr1	160141636	rs1891265	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=478;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TGCTTAATACCCTTAGTTTAA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=28;WE=160141644;WS=160141626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr1	160164668	rs1186693	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=421;SC=GCACATGCAATCCCCCACACA;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=160164676;WS=160164658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	160165095	rs2275703	A	C	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=22;PP=2151;SC=CCAGACAAGCACCTCCAGTAT;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=75;TCR=22;TR=96;WE=160165103;WS=160165085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	160165451	rs10908769	C	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=39;PP=1280;SC=TGCCCCCCCCCCCGGCTCCTC;SOR=2.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=53;WE=160165459;WS=160165441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	160169473	rs959166	T	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=926;SC=TCCTCTTTTGTTGTTTAGTTC;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=160169481;WS=160169463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	160178356	rs667306	A	G	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=71;NR=43;PP=2056;SC=TTTCTCCACGAGCCCTAAGGA;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=114;WE=160178364;WS=160178346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	160232929	rs61480108	AT	A	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.572;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr1	160233345	rs6688586	C	A	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=75;SC=AGGAGAATTGCTTGAACCCGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=160233353;WS=160233335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	160247185	rs10594	G	C	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=101;PP=2569;SC=TACCTGTCATGGGCAATAGGA;SOR=1.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=72;TCR=102;TR=173;WE=160247193;WS=160247175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	160251792	rs2795067	A	G	7937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=109;PP=2965;SC=ATGTGATGGAAAATGAAGAGA;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=167;TCR=110;TR=276;WE=160251800;WS=160251782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	160260233	rs2298104	T	C	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.21;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	160263124	rs1317944	C	T	10907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=213;PP=2965;SC=TGTTATATACCAATCAAGTAT;SOR=1.005;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=169;TCR=213;TR=382;WE=160263132;WS=160263114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr1	160265515	rs3789042	T	C	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=9;PP=1976;SC=ATGGGAGAAATAGGTACTTAC;SOR=3.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=72;TCR=9;TR=81;WE=160265523;WS=160265505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	160275434	rs2066320	A	G	7802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=148;PP=2965;SC=ATCGGGGTGGAAGGGAATGGT;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=112;TCR=148;TR=260;WE=160275442;WS=160275424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	160302444	rs4656897	G	A	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=189;SC=TGCTTATCCAGTTTTACTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=160302452;WS=160302434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	160303416	rs1802778	G	A	13352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=261;NR=215;PP=2965;SC=TAGATTGCCAGTTCCACACTC;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=477;TCF=261;TCR=216;TR=476;WE=160303424;WS=160303406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr1	160309664	rs1886419	T	G	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CACATCCTCTTTCCTTTATTC;SOR=0.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=121;TCR=70;TR=190;WE=160309672;WS=160309654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr1	160313733	rs1886417	C	A	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=58;PP=1606;SC=TGTCCCCCTGCCTTGCCTCAG;SOR=2.362;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=96;TCF=21;TCR=75;TR=78;WE=160313753;WS=160313723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	160318940	rs6669689	A	G	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.976;SC=CTGCTGGGAAAACATCCATAG;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=85;TCR=126;TR=81;WE=160318948;WS=160318930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,83:0.38:218
chr1	160318984	rs16831846	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=583;ReadPosRankSum=0.905;SC=CTCACACTTATTAGTGAAAAC;SOR=0.624;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=41;WE=160318992;WS=160318974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr1	160393905	rs12086448	A	G	6776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.483;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=1.355;SC=AGGAGCAGAAAAACCCCAGGG;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=149;TCR=76;TR=225;WE=160393913;WS=160393895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr1	160394173	rs12087593	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=43;PP=913;ReadPosRankSum=0.384;SC=CTCACTGTCCACCTCATTTCT;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=139;TCF=37;TCR=102;TR=56;WE=160394181;WS=160394163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,56:0.39:144
chr1	160394937	rs17380127	A	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1071;ReadPosRankSum=1.000;SC=TGGCGGCTGGACCTACCATCC;SOR=1.035;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=209;TCF=120;TCR=89;TR=81;WE=160394945;WS=160394927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,87:0.38:226
chr1	160395003	rs17380141	G	A	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=2.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.455;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,116:0.45:255
chr1	160458782	rs3795327	A	G	9428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.243;SC=TCCTCCCCTCAGTGGTCATTT;SOR=1.344;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=352;TCF=227;TCR=125;TR=350;WE=160458790;WS=160458772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,363:0.99:365
chr1	160580015	rs1061217	A	G	5244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=74;PP=2965;SC=TTCACCCTTCAGCCTCTATTC;SOR=1.322;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=127;TCR=75;TR=200;WE=160580023;WS=160580005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	160580549	rs3796504	G	T	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=52;PP=1629;ReadPosRankSum=0.862;SC=CAGCTCTCTGGAAGTGTCACA;SOR=0.878;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=353;TCF=203;TCR=150;TR=134;WE=160580557;WS=160580539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,146:0.39:377
chr1	160582213	rs2025515	C	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=11.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.600;SOR=2.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr1	160582248	rs11265449	C	G	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TATTCCCTCTCTACGGAGAGT;SOR=1.102;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=72;WE=160582256;WS=160582238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,74:0.56:132
chr1	160585554	rs149160	C	G	11347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=230;NR=174;PP=2965;SC=CTGATGATGACTGTCCTTATA;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=230;TCR=174;TR=404;WE=160585562;WS=160585544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr1	160585706	rs151607	C	T	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=86;PP=2433;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GGATTTTCTCCTAAAGCCTCC;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=20;TCR=87;TR=106;WE=160585714;WS=160585696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr1	160616703	rs2295612	G	T	13232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=223;NR=263;PP=2965;SC=GAAACAGCACGAAGGTCAAGG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=487;TCF=223;TCR=264;TR=486;WE=160616711;WS=160616693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr1	160650913	rs4656926	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=6;PP=740;SC=AGGAGGCTGAATAGGACCCCC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=160650921;WS=160650903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	160717872	rs527733	T	G	355.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=323;ReadPosRankSum=1.984;SC=TCCAGGAGGTTGTTGTGTTGG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=160717880;WS=160717862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr1	160722064	rs527342	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=835;SC=GCTTAACTTCATCTTAATGGT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=160722072;WS=160722054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	160766179	rs3831924	C	CT	188.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=183;SC=CTGGGAGATTCTTTTTTTTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=160766187;WS=160766169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	160789196	rs537540	A	C	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=80;PP=2819;SC=GCTATGGGGTATCTGGTCCAA;SOR=1.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=44;TCR=81;TR=124;WE=160789204;WS=160789186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	160803802	rs11265493	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=832;ReadPosRankSum=0.830;SC=ACACATCTACATCAACAACAC;SOR=0.776;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=51;WE=160803823;WS=160803792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr1	160809003	rs6682654	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=1.450;SC=TTGCTCATTTGGTTAACCTCC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=15;WE=160809011;WS=160808993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	160849030	rs3766358	T	A	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=3;PP=1097;SC=CTCAACACACTCACACATACC;SOR=3.516;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=160849038;WS=160849013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	160849060	rs3766359	G	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=11;PP=1610;SC=GGACAAACTCGACCTTACTCA;SOR=2.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=72;WE=160849068;WS=160849050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	160849082	rs3820094	A	G	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=22;PP=2456;SC=AGGTCCCTGCAGTCCCCACAG;SOR=2.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=99;TCR=22;TR=120;WE=160849090;WS=160849072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	160849367	rs2274905	G	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=37;PP=1032;SC=CTACATCCTGGCCTCAAACTT;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=160849375;WS=160849357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	160850280	rs4656957	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=13;PP=1285;SC=AACATTACAGGAGAGAACCAA;SOR=2.507;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=58;WE=160850288;WS=160850270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	160850936	rs2236515	T	C	24389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=896;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=456;NR=409;PP=2965;SC=GCCAGCAGCCTTCTGTACCTG;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=869;TCF=457;TCR=412;TR=865;WE=160850953;WS=160850926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,895:1.00:895
chr1	160851594	rs56380748	GAAAAAAA	G	381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;QD=38.17;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	160851619	rs10908808	A	G	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=4;PP=744;SC=AAAAAAAGATATAAGTATTTC;SOR=4.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=30;WE=160851627;WS=160851609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	160851826	rs2274907	A	T	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=96;PP=2965;SC=CTCTGGGTAGACTGCTTTGCT;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=93;TCR=97;TR=189;WE=160851834;WS=160851806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	160851894	rs2274908	G	A	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=61;PP=2960;SC=TGTCATTCTCGTGCACGCTGG;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=86;TCR=62;TR=147;WE=160851902;WS=160851884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	160852022	rs2274909	C	T	8328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=155;PP=2965;SC=CCAGAGCCTCCCTGTCTGAGA;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=146;TCR=155;TR=300;WE=160852030;WS=160852012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	160852046	rs2274910	T	C	6596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=130;PP=2965;SC=GAGGGTTCATTTCAGCCCCAT;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=102;TCR=130;TR=232;WE=160852054;WS=160852036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	160854526	rs2297559	G	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=3;PP=802;SC=TGCATCTCAAGGACATGCTCT;SOR=3.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=160854534;WS=160854516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	160920809	rs3829790	A	G	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-3.114;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,133:0.42:314
chr1	160920813	rs790059	A	G	10963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=34.70;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr1	160920966	rs6680969	C	T	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1070;ReadPosRankSum=0.141;SC=GCACTTCCCACGCATGTCATT;SOR=0.632;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=152;TCF=80;TCR=72;TR=68;WE=160920974;WS=160920956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,66:0.44:150
chr1	160921230	rs4656971	T	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=305;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CATCTTGTGTTCTGCTCACCT;SOR=0.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=18;WE=160921238;WS=160921220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr1	160968609	rs41269993	G	A	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=28;PP=1274;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GCCAGAGTCCGGTAGCACCTG;SOR=0.596;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=207;TCF=136;TCR=71;TR=78;WE=160968617;WS=160968599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,82:0.38:216
chr1	160969008	rs3831190	T	TG	3040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=65;PP=2970;SC=CAGGTATGGGTGGGGTAACAG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=84;WE=160969016;WS=160968998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	160969110	rs2297222	T	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.761;NF=34;NR=18;PP=852;ReadPosRankSum=1.616;SC=CCCATTCCCCTAGGCCCACTT;SOR=1.026;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=137;TCF=83;TCR=54;TR=52;WE=160969118;WS=160969100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,53:0.38:141
chr1	160969585	rs790056	C	T	14508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=290;NR=220;PP=2965;SC=TCACTCACGGCACCTACAGTA;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=511;TCF=290;TCR=221;TR=510;WE=160969593;WS=160969575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr1	160969930	rs869985	A	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=542;ReadPosRankSum=1.643;SC=ACCACCCCATACATACCAGCT;SOR=0.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=40;WE=160969938;WS=160969920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr1	160970968	rs2297221	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GCAAATACACGAGATGGGGAA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=18;WE=160970976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr1	160971015	rs2297220	G	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=245;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GTGCTCTCTAGATCCCCAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=16;WE=160971023;WS=160971005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr1	160971146	rs790055	A	G	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.76;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	160971146	.	AAGGAGAAAG	GAGGAGAAAC,GAGGAGAAAG	913	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=31,67;NR=25,56;PP=813,913;QD=15.4726406225;SC=CAGGGAGCCTAAGGAGAAAGA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=56,123;WE=160971163;WS=160971136;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:124
chr1	160971155	rs2297219	G	C	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,65:0.45:146
chr1	160990875	rs28365980	TC	CA	15634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.27;ReadPosRankSum=2.314;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,396:0.59:672
chr1	160990878	rs28365978	C	T	15387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.49;ReadPosRankSum=2.324;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,387:0.59:655
chr1	160990906	rs2481085	G	A	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=113;PP=2642;ReadPosRankSum=1.305;SC=AGGACTCCTGGGAACAGACAC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=450;TCF=159;TCR=291;TR=173;WE=160990914;WS=160990896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,179:0.38:469
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chr1	161010762	rs2073658	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=381;ReadPosRankSum=0.138;SC=ATTAGGACCACTTATGGTAGC;SOR=0.392;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=13;WE=161010782;WS=161010752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	161010774	rs2516841	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=381;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TATGGTAGCTAGGTGTGGTGT;SOR=0.512;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=9;WE=161010782;WS=161010752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr1	161010791	rs2073657	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GTGTCTCACACCTGTAATCCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=5;WE=161010799;WS=161010781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	161011716	rs2774276	G	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=623;ReadPosRankSum=0.148;SC=GCTTCTATCCGTTGGGGTGGT;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=33;WE=161011724;WS=161011706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr1	161011736	rs144100508	GGA	G	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr1	161012590	rs2073655	G	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=904;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GCCATGATGGGTTCTTAGTCT;SOR=0.924;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=159;TCF=96;TCR=63;TR=59;WE=161012598;WS=161012580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,61:0.38:161
chr1	161013121	rs2516839	C	T	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.904;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=47;PP=1041;ReadPosRankSum=1.390;SC=GTCTTTGTATCTCCTGATTCA;SOR=0.940;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=158;TCF=55;TCR=103;TR=70;WE=161013129;WS=161013111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,74:0.45:165
chr1	161018896	rs36089872	C	T	4926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.235;SC=CTTCCACATCCTGCTGCCTCT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=511;TCF=226;TCR=285;TR=218;WE=161018904;WS=161018886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,225:0.43:524
chr1	161019040	rs3813609	G	C	4784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=120;PP=2907;ReadPosRankSum=1.189;SC=GCGGAGTCCAGGGAACAGCAG;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=590;TCF=306;TCR=284;TR=243;WE=161019048;WS=161019020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,246:0.41:597
chr1	161022380	rs4396136	G	A	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=62;PP=1532;ReadPosRankSum=1.473;SC=CATGAAGGTCGGTGCAGGGGA;SOR=0.505;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=292;TCF=107;TCR=185;TR=104;WE=161022388;WS=161022370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,110:0.37:297
chr1	161022639	rs3813610	C	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.233;SC=AGAGAGGGACCTCAGGCACCC;SOR=1.230;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=5;WE=161022647;WS=161022629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr1	161030059	rs66818503	CA	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	161043735	rs4656285	A	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.878;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=270;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GGTGGCAGTGAGGCTGAAGAG;SOR=0.018;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=19;WE=161043743;WS=161043725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr1	161043764	rs4656978	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=1.339;SC=TGCTGTGTGCGTGTGCATACT;SOR=0.758;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=10;WE=161043772;WS=161043754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	161047125	rs60601836	CTATA	C	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=417;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CTGTCACATACTATATATAGC;SOR=0.144;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=10;WE=161047136;WS=161047118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	161047220	rs11265548	T	C	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=33;PP=1566;ReadPosRankSum=0.988;SC=TGGGCCTCCCTACCCAAGCAT;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=106;TCR=56;TR=95;WE=161047228;WS=161047210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,98:0.57:171
chr1	161049358	rs3820097	G	A	7030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=139;NR=112;PP=2965;SC=GGCTCAGACCGTACCCAGAGA;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=140;TCR=113;TR=251;WE=161049366;WS=161049348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	161058927	rs41270009	T	C	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=40;PP=1222;ReadPosRankSum=0.741;SC=TGCGTGCGTGTGTGTCTATGT;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=181;TCF=108;TCR=73;TR=103;WE=161058935;WS=161058917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,105:0.58:182
chr1	161130649	rs370790417	C	T	8899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=0.541;SC=GGGGACGGACCTCAGGCCCTC;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=683;TCF=355;TCR=328;TR=382;WE=161130657;WS=161130639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,386:0.55:698
chr1	161140119	.	A	C	462	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=14;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=50.67;NF=19;NR=0;PP=462;QD=26.145853292;SC=TGTCCCCCCCACCCCCCCAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=19;WE=161140127;WS=161140109;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr1	161192845	.	C	CCA	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.171;QD=5.85;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr1	161208254	.	AAG	A	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.600;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,17:0.16:108
chr1	161253657	rs4255401	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.226;NF=4;NR=14;PP=307;ReadPosRankSum=-1.436;SC=TTTGGAACTACAGTACTATAT;SOR=0.764;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=18;WE=161253665;WS=161253647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr1	161253684	rs66526557	AT	A	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.454;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.086;NF=2;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GCTTCCTTCTATTTTTCCTAG;SOR=0.096;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=161253692;WS=161253674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	161276434	rs6674383	A	G	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=38;PP=1904;SC=CCCCCAACCTATCAGTCCTCC;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=161276442;WS=161276424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	161279518	rs11579939	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=-0.037;SC=GTCACCTTCCTGCTCCTGCTT;SOR=0.169;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=5;WE=161279526;WS=161279508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr1	161326722	.	CT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.749;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr1	161479745	rs1801274	A	G	15303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=310;NR=259;PP=2965;SC=AAATTCTCCCATTTGGATCCC;SOR=0.885;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=570;TCF=311;TCR=259;TR=569;WE=161479753;WS=161479735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr1	161494357	rs41297690	A	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQRankSum=0.373;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.416;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	161495477	rs72633678	A	T	11251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.525;NF=213;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GGGGCTCCACACGCATCCCCA;SOR=0.233;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=409;TCF=214;TCR=195;TR=408;WE=161495485;WS=161495462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,407:1.00:408
chr1	161495885	rs404508	T	C	11405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=202;NR=178;PP=2965;SC=TAGAGGTGACTTTTGACATTG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=380;TCF=202;TCR=178;TR=380;WE=161495902;WS=161495875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr1	161518172	rs147342954	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.99;MQRankSum=-0.456;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr1	161518214	rs148181339	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=6.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.56;MQRankSum=-0.731;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,43:0.22:200
chr1	161518314	rs114535887	C	T	5973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=6.707;NF=156;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=4.711;SC=TGAAGTAGCTCGAGGCCTGGC;SOR=0.541;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=697;TCF=390;TCR=307;TR=285;WE=161518322;WS=161518304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,280:0.46:611
chr1	161518336	rs77144485	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FS=13.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQRankSum=-16.506;QD=0.70;ReadPosRankSum=-3.339;SOR=2.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:589,85:0.13:674
chr1	161559256	rs114945036	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.157;NF=29;NR=4;PP=620;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TTGGTGCCCCCAGTAGGCCTA;SOR=1.379;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=33;WE=161559264;WS=161559246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr1	161559327	rs3933769	A	G	6445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=160;NR=82;PP=2965;SC=TCTTCCTCACACTACCTCCTC;SOR=1.335;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=162;TCR=83;TR=242;WE=161559335;WS=161559317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	161559571	rs138747765	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.99;MQRankSum=-0.289;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr1	161561236	rs143998157	C	T	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.241;NF=41;NR=67;PP=1477;ReadPosRankSum=-0.709;SC=AGGGGATGGACAAGGGCTGAG;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=222;TCF=82;TCR=140;TR=108;WE=161561244;WS=161561226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,98:0.49:198
chr1	161561287	rs151302833	A	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.09;QD=31.81;SOR=4.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	161565324	rs61801822	C	T	9255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=261;NR=104;PP=2965;SC=CTGGCTAATCCTTTTCTTTTT;SOR=2.456;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=365;TCF=261;TCR=104;TR=365;WE=161565332;WS=161565314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	161565479	rs111504845	G	A	6959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.350;NF=100;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=0.988;SC=AATGGAGACTGGGCCTGAAAA;SOR=0.949;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=478;TCF=172;TCR=306;TR=296;WE=161565487;WS=161565469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,300:0.61:489
chr1	161577204	rs200837054	G	T	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.72;MQRankSum=-0.299;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,93:0.40:232
chr1	161577669	rs61802307	G	A	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.536;NF=46;NR=66;PP=1841;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GGCTGAGGATGAGGCCCAGAG;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=220;TCF=94;TCR=126;TR=112;WE=161577677;WS=161577659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,113:0.50:225
chr1	161594226	rs61803008	C	T	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-1.108;NF=90;NR=29;PP=2671;ReadPosRankSum=1.014;SC=CTCTTATTACCCCCATGGGAT;SOR=1.149;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=91;TCR=30;TR=119;WE=161594234;WS=161594216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr1	161594246	rs61803009	G	T	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.571;NF=112;NR=41;PP=2965;ReadPosRankSum=0.430;SC=TGGGGGTCATGTGTCTTGAGG;SOR=0.550;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=114;TCR=41;TR=153;WE=161594254;WS=161594236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr1	161594525	rs61803010	GT	CG	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=56;PP=1397;SC=TCTTTGACAAGTGCCAACAGG;SOR=5.590;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=58;WE=161594534;WS=161594515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	161596283	rs418215	G	A	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=56;PP=1594;SC=AGATCCTGAGGCATAAGGGAA;SOR=4.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=7;TCR=56;TR=63;WE=161596291;WS=161596273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	161599693	rs76714703	T	C	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=11.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.83;MQRankSum=-4.675;QD=16.82;ReadPosRankSum=-3.701;SOR=1.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,69:0.69:100
chr1	161600287	rs143868437	AT	A	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.623;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.380;NF=0;NR=15;PP=454;ReadPosRankSum=0.687;SC=CAGGAGCCCAATTTTCCCAAG;SOR=0.070;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=15;WE=161600295;WS=161600277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	161600995	rs34085961	C	T	3979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=89;PP=2550;ReadPosRankSum=0.317;SC=CCACCCATCTCTGTCACCTGC;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=323;TCF=163;TCR=160;TR=181;WE=161601003;WS=161600985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,189:0.56:335
chr1	161601118	rs61803026	G	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=512;ReadPosRankSum=1.052;SC=GTGGGTGGGTGTGCCCCCTTT;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=24;WE=161601126;WS=161601108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr1	161601133	rs61803027	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=30;PP=888;SC=CCCTTTACTCTCCCAAAGGTC;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=161601141;WS=161601123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	161641384	rs6665610	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=8.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.67;MQRankSum=0.377;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.881;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr1	161643663	rs112422693	C	T	101.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.93;MQRankSum=-0.210;QD=17.00;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	161644976	rs1674758	C	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.414;NF=6;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=0.697;SC=CCAACCCTGGCCCTGGTCCTT;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=8;WE=161644984;WS=161644966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	161645259	rs1674759	T	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=262;SC=GGTCAGCTCTTAGTCTAACTC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=161645267;WS=161645249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	161676904	rs1340977	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	161676970	rs1340978	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=239;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GAGACAGTTAAATTTACTTCC;SOR=1.148;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=17;WE=161676978;WS=161676960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr1	161680258	rs6427618	G	A	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1328;ReadPosRankSum=-2.986;SC=CTGGTTTCCCGTACCAGCAGC;SOR=0.604;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=258;TCF=141;TCR=117;TR=98;WE=161680266;WS=161680248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,103:0.37:279
chr1	161681661	rs1105238	C	G	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.782;SC=GTCTCTTCACCTGCATGTGTC;SOR=0.678;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=81;WE=161681669;WS=161681651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,94:0.68:138
chr1	161681780	rs2275603	A	G	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=61;PP=1778;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CCAAGCAGGAAGCCCCATGAC;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=112;TCR=102;TR=124;WE=161681788;WS=161681770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,129:0.58:222
chr1	161683136	rs11746	G	A	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.929;SC=TCTGGCCACCGGAAGCCTGGG;SOR=0.687;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=306;TCF=157;TCR=149;TR=110;WE=161683144;WS=161683126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,116:0.37:316
chr1	161695639	rs7520519	G	T	7136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=106;PP=2965;SC=TGCCCTATGCGCCAGTGTTCG;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=137;TCR=106;TR=243;WE=161695647;WS=161695629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	161696088	rs1417582	T	C	13864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=237;NR=252;PP=2965;SC=CCGACGCACATCCTGGCTTCT;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=490;TCF=237;TCR=253;TR=489;WE=161696096;WS=161696078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr1	161696782	rs11585450	G	C	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=69;PP=1716;SC=TCCCGGGGCCGGGTGAGTGCC;SOR=1.304;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=115;WE=161696790;WS=161696765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	161696998	rs1875763	C	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=663;SC=CGAGAAGAACCATGCAAGCCG;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=161697006;WS=161696988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	161721351	rs7540096	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=223;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TTGAGAAGCAAAAATGAAGTG;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=13;WE=161721359;WS=161721341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	161721707	rs1063178	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-1.516;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,13:0.20:66
chr1	161722272	rs10917852	C	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.487;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=501;ReadPosRankSum=1.521;SC=ATTTTATATCCTTTGGATATT;SOR=1.276;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=35;WE=161722280;WS=161722262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr1	161722779	rs35439833	C	CAAA	1271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=0.387;QD=32.61;ReadPosRankSum=1.084;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,33:0.85:39
chr1	161736035	rs2298019	A	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=15;PP=1118;SC=TCGTGCGGCAAAAGTAGTTTG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=161736043;WS=161736025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	161822959	rs2340717	C	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=472;SC=GGTGAAACATCCATTTCTATG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=161822967;WS=161822949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	161823011	rs2257107	T	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=627;ReadPosRankSum=-1.244;SC=CTATATTTTATAGGTTAAATC;SOR=1.686;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=34;WE=161823019;WS=161823001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr1	161823197	rs3215134	G	GT	6611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.923;NF=14;NR=89;PP=2933;ReadPosRankSum=1.108;SC=TCCCTAGAAGGTTGGTAAACT;SOR=0.676;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=209;TCF=27;TCR=182;TR=103;WE=161823205;WS=161823187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,226:0.58:391
chr1	161833233	rs3767632	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TATGTGAGTGGAACAGTCTAA;SOR=0.202;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=29;WE=161833241;WS=161833223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr1	161928327	rs9482	A	G	6811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=113;NR=129;PP=2965;SC=AAAGTTCGTCAGTTCCTCCTT;SOR=0.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=113;TCR=131;TR=242;WE=161928335;WS=161928317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	161954448	rs12726227	C	T	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=377;SC=GAAGGGGGACCGCTCTCCAAG;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=161954456;WS=161954438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	161967681	rs2499836	A	G	8855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=169;NR=165;PP=2965;SC=GTTGTTCCCCACCCAGCAGGA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=169;TCR=166;TR=334;WE=161967689;WS=161967671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	161976234	rs12022536	A	G	5834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.04;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	161976272	rs34863451	G	GA	4700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.358;HP=10;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.147;NF=31;NR=100;PP=2123;ReadPosRankSum=0.400;SC=TCCTGAGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.865;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=168;TCF=39;TCR=129;TR=131;WE=161976280;WS=161976262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,201:0.85:236
chr1	162302635	rs347306	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=347;ReadPosRankSum=-0.032;SC=TTGTGGAATCTGTTGAAAGTG;SOR=0.020;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=25;WE=162302643;WS=162302625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr1	162302689	rs347307	C	T	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.703;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=36;PP=1371;ReadPosRankSum=-1.172;SC=AGAAGACTTTCTGTAATAACT;SOR=0.423;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=230;TCF=151;TCR=79;TR=96;WE=162302697;WS=162302679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,98:0.42:234
chr1	162313518	rs3751285	A	G	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=31;PP=2139;ReadPosRankSum=1.461;SC=GCATATCTGAACAACTTTAGA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=144;TCR=55;TR=113;WE=162313526;WS=162313508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,116:0.55:211
chr1	162313597	rs347278	T	C	12286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=245;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TCCTCACCCATCCTGTTCTTC;SOR=0.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=444;TCF=246;TCR=198;TR=442;WE=162313605;WS=162313587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,456:1.00:457
chr1	162313735	rs3751284	C	T	3923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=107;PP=2549;ReadPosRankSum=-0.328;SC=ATGGAGAGAGCGAGAGGAACA;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=150;TCR=197;TR=188;WE=162313743;WS=162313725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,192:0.54:355
chr1	162335052	rs905721	C	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=918;ReadPosRankSum=-1.978;SC=CCCAGATGCCCATGCTGCCCG;SOR=0.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=73;TCR=19;TR=52;WE=162335060;WS=162335042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr1	162335424	rs1964052	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=606;SC=GTCACTTTCCTTAAGTTTTTG;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=162335432;WS=162335414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	162344390	rs164159	A	G	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=116;PP=2965;SC=CGTGCTGGGTATCCCCCAAGC;SOR=2.088;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=162;TCF=45;TCR=117;TR=161;WE=162344398;WS=162344380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	162345091	rs164181	G	A	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=20;PP=1558;SC=TGGTGAGAGCGCTGTGTTCTG;SOR=1.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=75;WE=162345099;WS=162345081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	162345199	rs164182	T	G	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.244;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1246;ReadPosRankSum=0.360;SC=AATGTCTGGGTTATAGAAGAA;SOR=0.757;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=218;TCF=117;TCR=101;TR=94;WE=162345207;WS=162345189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,103:0.44:236
chr1	162348662	rs164188	C	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=433;SC=CACCACTCCTCGTAGCAGGTC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=162348670;WS=162348652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	162351586	rs901662	G	A	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=16;PP=1690;ReadPosRankSum=3.746;SC=GGAAGTTACAGGTTTTGGGTG;SOR=0.424;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=152;TCF=128;TCR=24;TR=87;WE=162351594;WS=162351576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,92:0.59:157
chr1	162352941	rs11806859	G	A	4263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=57;PP=2752;ReadPosRankSum=1.769;SC=TGTCCTTAAGGCATGTGTGTT;SOR=0.639;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=303;TCF=209;TCR=94;TR=177;WE=162352949;WS=162352931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,187:0.59:318
chr1	162367235	rs164124	G	A	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=131;PP=2965;SC=CCTGAAAGTTGTATCTTTAAA;SOR=3.218;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=27;TCR=131;TR=158;WE=162367243;WS=162367225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	162381833	rs12745630	C	G	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1439;ReadPosRankSum=1.061;SC=TCCCAGGAAGCCCTGTTGGCC;SOR=0.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=219;TCF=112;TCR=107;TR=109;WE=162381841;WS=162381823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,119:0.51:234
chr1	162546863	rs12129762	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=180;ReadPosRankSum=0.450;SC=CACAGACATATTTCTTGTTAC;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=162546871;WS=162546853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	162557578	rs41271987	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=121;ReadPosRankSum=-0.381;SC=TCCTGAGGATCACTTATCAAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=9;WE=162557586;WS=162557568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	162558705	rs12022205	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=171;ReadPosRankSum=-2.519;SC=AAACTGTTTTCAGGAAACATT;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=19;WE=162558713;WS=162558695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr1	162560360	.	TTC	T	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.766;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,28:0.18:158
chr1	162722846	rs1632311	C	G	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=24;PP=1360;SC=AAAAATAAAACCATGTCCTCT;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=162722854;WS=162722836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	162725655	rs1115570	A	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=313;SC=TCAACCAATCAGTATTTATTT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=162725663;WS=162725645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	162740327	rs1780003	T	C	12158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=258;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.019;SC=GTGGGCAGGGTGTCAAGGGAG;SOR=0.427;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=441;TCF=182;TCR=259;TR=440;WE=162740335;WS=162740317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,453:1.00:454
chr1	162741795	rs143729297	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=309;ReadPosRankSum=0.824;SC=ATGAGGGCTCGTTGCCCTTGT;SOR=1.106;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=20;WE=162741803;WS=162741785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	162742180	rs1704762	T	C	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=39;PP=1195;SC=CCTCTGGATTTCAGTATTGGG;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=162742188;WS=162742170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	162743418	rs1355287	G	T	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=105;PP=2965;SC=TTTTCCTTTAGGTATTTCATC;SOR=1.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=48;TCR=105;TR=153;WE=162743426;WS=162743408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	162748588	rs907074	C	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=37;PP=1001;SC=GCAAGTCCTGCCTTAGCAGGA;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=162748596;WS=162748578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	162754049	rs11338	G	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=16;PP=1592;SC=TTCCAAGGAAGTATGCTGAAA;SOR=2.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=72;WE=162754057;WS=162754039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	162754244	rs61812969	T	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.35;QD=32.02;SOR=2.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	162760551	rs1704754	C	T	8179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.16;QD=45.95;SOR=2.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	162760554	rs71519246	T	C	8293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.31;QD=43.42;SOR=1.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	162765475	rs2684884	G	C	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.02;QD=27.57;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	162766476	rs1780019	C	T	12852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.247;NF=179;NR=270;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.029;SC=AGGTAATTTTCGTTTTATGGA;SOR=1.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=450;TCF=180;TCR=270;TR=449;WE=162766484;WS=162766466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,473:1.00:475
chr1	162774236	rs77482353	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.757;NF=2;NR=21;PP=453;ReadPosRankSum=0.396;SC=TGAATAATTGAGGTCCCGTTT;SOR=0.397;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=23;WE=162774244;WS=162774226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr1	162775267	rs12563263	C	T	3635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.441;NF=67;NR=92;PP=2379;ReadPosRankSum=0.659;SC=GAAGAAATTACATTATGACCC;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=113;TCR=149;TR=159;WE=162775275;WS=162775257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,163:0.61:268
chr1	162787243	rs2803865	T	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.929;NF=34;NR=9;PP=651;ReadPosRankSum=-3.480;SC=ATGTTAGAATTTTGCCTTTTG;SOR=0.668;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=80;TCR=18;TR=43;WE=162787251;WS=162787233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr1	162822771	rs2684878	A	C	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=21;PP=1531;SC=ATGCCTATTCATGTTGGCCCA;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=75;WE=162822779;WS=162822761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	163038613	rs7515900	C	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=320;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CCAGCTATTTCTCTCCACCTT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=20;WE=163038621;WS=163038603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr1	163038853	rs10917671	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=399;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TTTTTTACAGGCATATGAATA;SOR=0.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=32;WE=163038861;WS=163038843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr1	163117351	rs3768560	G	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=407;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TTGATGAGGGGTGAAGAGGGA;SOR=1.341;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=27;WE=163117359;WS=163117341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr1	163122528	rs1354939	G	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=2.073;SC=AAAACAGTCAGCTGGAGAAAT;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=20;WE=163122536;WS=163122518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr1	163137886	.	G	GA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr1	163142537	rs10917691	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	163187232	rs56177331	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=439;SC=ATTGGCATCCTTCCACAAAAT;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=163187240;WS=163187222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	163187263	rs2814368	G	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=7;PP=1127;SC=AGTCTTTCCTGTAAATTATAA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=49;WE=163187271;WS=163187253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	163297896	rs41272017	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=-1.395;SC=ATTTATACTAGGATATGTATT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=7;WE=163297904;WS=163297886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	163307944	rs2175015	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=0.278;SC=GAATTGTAAGTAGTATTTTAC;SOR=0.293;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=15;WE=163307952;WS=163307934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	163309219	rs1509022	A	T	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=71;PP=1749;ReadPosRankSum=-1.278;SC=TTTCAGATGGAATTCAGGAGC;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=394;TCF=207;TCR=187;TR=148;WE=163309227;WS=163309209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,152:0.37:408
chr1	163309302	rs2999852	C	T	5159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=125;PP=2965;SC=CTTTAAAAAACAAAATTTGTT;SOR=2.033;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=51;TCR=125;TR=176;WE=163309310;WS=163309292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	163310020	rs78023909	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GGAGCATCATGAACAGAGAAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=163310028;WS=163310010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	163315350	rs10753611	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=146;ReadPosRankSum=0.989;SC=TAATTGTTCCGTGCTCTTAAG;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=9;WE=163315358;WS=163315340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	164559536	rs1780335	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=0.540;SC=AAAGGGGAACACTTTCTTGAT;SOR=2.161;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=22;WE=164559544;WS=164559526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr1	164789444	rs1538488	A	G	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=63;PP=1905;SC=CCAATATGTCACCAGGTGAAT;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=83;WE=164789452;WS=164789434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	165173216	rs1354509	A	G	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=66;PP=2128;ReadPosRankSum=1.956;SC=CTAGGAAACAATCACCCAGGT;SOR=0.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=123;WE=165173224;WS=165173206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr1	165175374	rs4656435	G	A	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=600;SC=GGGATGAGGTGACATCAGTGG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=165175382;WS=165175364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	165180089	rs1532815	T	A	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=42;PP=1257;SC=TATATAATACTTGAGGAGGCC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=165180097;WS=165180079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	165180139	rs115716247	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=192;ReadPosRankSum=-1.103;SC=TAGTTTTTAATGTTGAGCATA;SOR=1.284;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=14;WE=165180147;WS=165180129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr1	165218679	rs9970062	C	T	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.713;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=51;PP=1581;ReadPosRankSum=0.505;SC=CCAGGCTGAGCAGCTCCCGCT;SOR=0.447;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=353;TCF=227;TCR=126;TR=132;WE=165218687;WS=165218669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,135:0.38:360
chr1	165375870	rs140794306	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.675;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	165375895	rs283697	A	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=457;SC=CCGCTAGCCCAATGGAATTAA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=165375903;WS=165375885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	165376043	rs283696	T	C	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=36;PP=1723;SC=GCCAGCACTGTCTCACCTGCC;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=81;WE=165376051;WS=165376033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr1	165376233	rs10800096	G	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
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chr1	165378729	rs202161632	TACACAC	T,TAC	3832.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=25,25;NR=33,33;PP=2403,181;SC=CACATGTGTATACACACACAC;SOR=1.289;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=58,58;WE=165378742;WS=165378719;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.84:95
chr1	165386567	rs2281986	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=-0.057;SC=ATCACTTGGGCATTGGGACAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=7;WE=165386575;WS=165386557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	165389129	rs1128977	G	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=10;PP=994;ReadPosRankSum=0.195;SC=CTCCACAGATGGCACAGATGT;SOR=1.578;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=103;TCF=80;TCR=23;TR=58;WE=165389137;WS=165389119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,60:0.56:108
chr1	165389285	rs157870	C	G	3570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=85;PP=2252;ReadPosRankSum=-0.453;SC=AAGCACAGAGCCAGAGTAAAT;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=334;TCF=159;TCR=175;TR=159;WE=165389293;WS=165389275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,172:0.49:354
chr1	165398115	rs113471	T	C	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=62;PP=1728;ReadPosRankSum=0.917;SC=CTGGGGTATCTGTGTAGCTGG;SOR=0.631;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=225;TCF=113;TCR=112;TR=132;WE=165398123;WS=165398105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,139:0.58:239
chr1	165513439	rs285446	A	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=267;SC=TTCTTTCCAGAGCCCCTCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=165513447;WS=165513429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	165513456	rs285445	A	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.30;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	165513463	rs285444	C	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.08;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	165532746	rs17407838	T	A	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=32;PP=1583;ReadPosRankSum=-3.541;SC=TCTTAGATGATCTAAATGCCA;SOR=1.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=205;TCF=137;TCR=68;TR=104;WE=165532754;WS=165532736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,110:0.51:215
chr1	165533075	rs6676948	C	T	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=74;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CCAGAGACCACTATCTTATGT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=107;TCR=135;TR=131;WE=165533083;WS=165533065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,139:0.55:251
chr1	165601365	rs4147596	T	C	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=538;ReadPosRankSum=-1.612;SC=AGCTACATAATAGCGTCGGGG;SOR=0.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=42;WE=165601373;WS=165601355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,49:0.43:114
chr1	165601466	rs9333378	G	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=802;ReadPosRankSum=0.616;SC=TTCCTTCCCTGGGGACAGGAG;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=53;WE=165601474;WS=165601456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,56:0.44:126
chr1	165623664	.	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,34:0.27:124
chr1	165624799	rs8133	G	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=0.376;SC=TTTATTTCCAGTTACATTTTT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=21;WE=165624807;WS=165624789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr1	165630475	rs7544840	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=309;ReadPosRankSum=1.062;SC=TGAAAAGATACATAATTTTAT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=17;WE=165630483;WS=165630465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	165630495	rs7511691	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=391;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TATATAGGCATAAAATATCAC;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=25;WE=165630503;WS=165630485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	165630698	rs6667681	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=723;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CCTGGGCCACACTGGAAGAAG;SOR=0.726;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=42;WE=165630706;WS=165630688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr1	165634425	rs3820362	C	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.075;NF=17;NR=34;PP=811;ReadPosRankSum=0.388;SC=ACTACTTTAACAGGAAAAGTT;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=51;WE=165634433;WS=165634415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr1	165636749	rs2176151	A	G	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.402;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=790;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CACCACCCCCAGCTAATTTTT;SOR=1.625;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=33;WE=165636757;WS=165636739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr1	165648559	rs4646897	T	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=691;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GAATTCTTTGTACTATTTGTG;SOR=0.831;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=40;WE=165648567;WS=165648549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr1	165648886	rs4646896	G	A	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.36;ReadPosRankSum=0.297;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr1	165648894	rs4646895	C	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.77;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr1	165651153	rs2882006	T	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=0.084;SC=TGTACAACCTTAACTATAAGC;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=165651161;WS=165651152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	165651502	rs1913844	G	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=287;ReadPosRankSum=-1.564;SC=AGGAGTAAAGGAGGATGCAGG;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=12;WE=165651510;WS=165651492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr1	165652273	rs1143659	A	G	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=51;PP=1542;ReadPosRankSum=-1.178;SC=AGGAAATGTCAATGTCCAAGC;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=276;TCF=161;TCR=115;TR=121;WE=165652281;WS=165652263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,133:0.45:293
chr1	165652445	rs4233407	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=424;ReadPosRankSum=1.564;SC=TTTAAAACTAAAAATAGCTTT;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=24;WE=165652453;WS=165652435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr1	165721223	rs7512095	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=503;SC=CTTGCAACTTTTCTTTAAGTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=165721231;WS=165721213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	165727274	rs71678704	CTCT	C	5340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.225;NF=22;NR=65;PP=2968;ReadPosRankSum=2.342;SC=TGTCTGCATTCTCTTCTTCAT;SOR=0.686;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=239;TCF=59;TCR=180;TR=87;WE=165727284;WS=165727264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,144:0.40:358
chr1	165737704	rs2790053	C	G	14484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=291;NR=241;PP=2965;SC=CCACAAATACCCAAGTGAAAT;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=533;TCF=291;TCR=242;TR=532;WE=165737712;WS=165737694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr1	165859630	rs477033	C	G	8529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=137;NR=154;PP=2965;SC=GGGTATGTATCTGTATTGGTG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=137;TCR=156;TR=291;WE=165859638;WS=165859620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	165865478	rs11553301	G	A	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1300;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TCTTTGAAGGGATCCTGGCCT;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=112;TCR=85;TR=100;WE=165865486;WS=165865468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,110:0.50:218
chr1	166029970	rs4353067	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.028;NF=27;NR=39;PP=929;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TGTCATTCCCTAAAAGCAGAT;SOR=0.656;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=73;TCR=101;TR=66;WE=166029978;WS=166029960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,71:0.38:186
chr1	166124134	rs896402	A	G	11645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=188;NR=216;PP=2965;SC=TGTAAGTTAAAAATGATTCTG;SOR=0.940;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=405;TCF=188;TCR=217;TR=404;WE=166124142;WS=166124124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr1	166591043	rs530513	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=11;PP=1785;SC=TACTCAGACTTATGGGGTTTT;SOR=3.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=62;TCR=11;TR=73;WE=166591051;WS=166591033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	166591271	rs17472444	T	C	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=1183;ReadPosRankSum=1.199;SC=CCTTCCCAGGTATGTCGCTAA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=73;TCR=121;TR=78;WE=166591279;WS=166591261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,85:0.41:207
chr1	166838513	.	TA	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.606;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	166838866	rs71253526	A	AATTTT	764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.976;NF=14;NR=3;PP=809;ReadPosRankSum=-0.884;SC=CTTTATACTTAAAGTATCCAC;SOR=1.962;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=17;WE=166838874;WS=166838856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr1	166905927	rs33958744	C	T	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=75;PP=2117;ReadPosRankSum=1.452;SC=CCCACCAGGACGAAGAAGAGG;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=395;TCF=205;TCR=190;TR=158;WE=166905935;WS=166905917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,161:0.39:411
chr1	167042762	rs2274531	C	T	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=71;PP=1607;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GAGATGGCATCGACGGTCACC;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=198;TCF=77;TCR=121;TR=118;WE=167042770;WS=167042752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,126:0.59:213
chr1	167051418	rs138801199	CAG	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr1	167082869	rs12122365	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=30;PP=1502;ReadPosRankSum=-1.622;SC=TAAAATCAAAGCCAGGTTTCT;SOR=0.455;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=264;TCF=196;TCR=68;TR=103;WE=167082877;WS=167082849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,110:0.40:277
chr1	167088473	rs1410244	C	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=6;PP=873;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CAGGTCCCTGCCTCTTCCCGC;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=86;TCR=14;TR=47;WE=167088481;WS=167088463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,47:0.47:101
chr1	167095163	rs267745	G	C	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1215;ReadPosRankSum=-2.297;SC=ACCCCAATGAGGGCTTCCTGA;SOR=0.748;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=225;TCF=107;TCR=118;TR=98;WE=167095171;WS=167095153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,101:0.42:239
chr1	167095765	rs6668826	G	A	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=50;PP=1496;ReadPosRankSum=2.016;SC=GGCAGGAGGCGCCGCGCAGAC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=124;TCR=108;TR=106;WE=167095773;WS=167095755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,112:0.45:249
chr1	167095881	rs3795605	G	A	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=53;PP=1456;ReadPosRankSum=2.070;SC=AGAGGAGGCGGCAGACAGGAG;SOR=0.528;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=248;TCF=135;TCR=113;TR=104;WE=167095889;WS=167095871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,111:0.42:266
chr1	167097739	rs2281959	C	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=603;ReadPosRankSum=0.928;SC=CGGAGAAGCACTGACAGGGAG;SOR=0.741;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=45;WE=167097747;WS=167097729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,47:0.32:146
chr1	167307356	rs116145924	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=629;ReadPosRankSum=0.701;SC=GTGTGCCTGCCTCTCCTGCCT;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=43;WE=167307364;WS=167307346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr1	167353258	rs35617253	AT	A	2127.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;MQRankSum=0.274;QD=24.46;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr1	167367193	rs7524019	C	T	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=44;PP=2897;SC=TCACTGTGCTCAGCTAATTTT;SOR=1.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=107;TCR=44;TR=151;WE=167367201;WS=167367183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	167382374	rs10753757	A	C	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=73;PP=2406;SC=CTTTTTCTTAATTTGGTGGCA;SOR=1.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=126;WE=167382382;WS=167382364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	167382399	rs67647055	AGTGTGT	AGT,A	1875.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;NF=1,1;NR=35,35;PP=29,1416;SC=CGTGTGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=2.531;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=36,36;WE=167382414;WS=167382389;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:46
chr1	167403504	rs952962	A	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=35;PP=940;SC=CACCCCCCTCATCCTCAGCCC;SOR=3.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=167403512;WS=167403494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	167404078	rs3108156	G	A	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	167404179	rs61806155	G	A	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=25.60;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	167487586	rs35864197	C	G	4674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CACACCCACTCCCCTACACAT;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=208;TCR=125;TR=198;WE=167487594;WS=167487576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,203:0.60:338
chr1	167487880	rs3820390	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=1.143;SC=TCGCACTCCCCCTTTCGGTTC;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=12;WE=167487888;WS=167487870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	167515272	rs7513428	T	C	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=21;PP=978;ReadPosRankSum=1.042;SC=AAACCCCCCTTGCCTTAGAAG;SOR=0.536;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=127;TCF=92;TCR=35;TR=71;WE=167515280;WS=167515262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,75:0.57:132
chr1	167652995	rs72697727	C	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=820;ReadPosRankSum=2.048;SC=TTTTTAAGTCCTTGAATGCAG;SOR=0.402;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=83;TCF=70;TCR=13;TR=44;WE=167653003;WS=167652985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr1	167654670	rs35632798	A	G	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=70;PP=2065;ReadPosRankSum=1.497;SC=ACCAGCCAGTAAACCAACCCG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=191;TCR=157;TR=157;WE=167654678;WS=167654660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,167:0.47:358
chr1	167659507	rs192342201	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=0.875;SC=TTGCAGTAAACGATAAGGATC;SOR=0.061;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=167659515;WS=167659497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	167666172	rs12093287	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=411;ReadPosRankSum=-1.360;SC=ATGGCTCTAATCTATAATAAA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=21;WE=167666180;WS=167666162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr1	167666218	rs12066500	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=16;PP=1127;ReadPosRankSum=0.841;SC=GAAAATTAAACGGTCCTTGCG;SOR=0.792;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=69;WE=167666226;WS=167666208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,70:0.61:114
chr1	167666316	rs72697738	T	C	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=53;PP=2194;ReadPosRankSum=1.185;SC=TGGATAACTTTCCTTAACACT;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=238;TCF=140;TCR=98;TR=133;WE=167666324;WS=167666306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,146:0.58:251
chr1	167673738	rs34762939	T	TA	850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=3;PP=689;SC=AGTCAATGCATAAAAAAAACT;SOR=5.549;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=27;WE=167673746;WS=167673728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	167778843	rs3213588	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=314;ReadPosRankSum=0.963;SC=GAGTGGGCCAGCCACGGAGAA;SOR=0.965;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=17;WE=167778851;WS=167778833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	167793670	rs1476074	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CTCAATAATACGGCCTCCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=11;WE=167793678;WS=167793660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	167805439	rs7550383	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=444;ReadPosRankSum=-2.791;SC=GGGTGCTGTCGGGAATATACA;SOR=0.553;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=33;WE=167805447;WS=167805429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr1	167806642	rs35986349	C	G	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,140:0.45:313
chr1	167806647	rs1034463	T	A	10375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=161;PP=2674;SC=TGTTCCCTTTTCGGAGTTGTT;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=122;TCR=161;TR=283;WE=167806655;WS=167806632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	167806696	rs1034464	T	C	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=92;PP=2812;SC=GTCCCCATTGTATCTTAGGTG;SOR=2.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=33;TCR=92;TR=125;WE=167806704;WS=167806686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	167806714	rs1034465	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=775;ReadPosRankSum=0.126;SC=GTGAAGCCACGTGATGAGTTC;SOR=1.282;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=88;TCF=16;TCR=72;TR=43;WE=167806722;WS=167806704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr1	167815167	rs2269678	T	C	4359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.306;SC=ATAGGTCAATTCTTTGATCTA;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=260;TCF=152;TCR=108;TR=178;WE=167815175;WS=167815157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,184:0.69:268
chr1	167815610	rs2269679	C	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=328;ReadPosRankSum=0.799;SC=GTTCTTGTTGCAAGAAACTCA;SOR=1.038;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=18;WE=167815618;WS=167815600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	167817639	rs203795	A	G	4548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=95;PP=2961;ReadPosRankSum=0.543;SC=TCAGTCTGACACCACTTGTGA;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=191;TCR=154;TR=213;WE=167817647;WS=167817629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,219:0.61:359
chr1	167823512	rs3738236	T	C	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=10;PP=1180;ReadPosRankSum=1.663;SC=GTGGAATAGCTCATTTTTGCT;SOR=0.651;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=114;TCF=97;TCR=17;TR=61;WE=167823520;WS=167823502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr1	167825485	rs2071921	T	C	4933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=121;PP=2658;ReadPosRankSum=-0.898;SC=ACTGCACCAATGACAATGTAG;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=449;TCF=212;TCR=237;TR=230;WE=167825493;WS=167825475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,243:0.52:469
chr1	167825606	rs2071922	A	G	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=68;PP=1946;ReadPosRankSum=-2.681;SC=GCTTCTCCATAAATCTCCAGG;SOR=0.624;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=93;TCR=119;TR=121;WE=167825614;WS=167825596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,129:0.56:230
chr1	167830006	rs7518237	G	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=740;ReadPosRankSum=-0.209;SC=TCTGGATACTGCAGATATACA;SOR=0.827;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=39;WE=167830014;WS=167829996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr1	167839578	rs67878347	G	A	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=68;PP=2171;SC=CATACATTAAGACTTGGCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=121;WE=167839586;WS=167839568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	167844553	rs203826	C	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=58;PP=1691;SC=CCCTGACTCACGGGTCGCAAA;SOR=4.615;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=63;WE=167844561;WS=167844543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	167844582	rs203827	C	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=35;PP=985;SC=GAAGGAGAAACGAGAAGGTCT;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=167844590;WS=167844572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	167849318	rs203847	A	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=14;PP=944;SC=CTGTGTTTGCAGAAAGAAAGC;SOR=2.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=51;WE=167849326;WS=167849308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	167849414	rs203849	A	G	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=94;NR=65;PP=2649;SC=CACTGGCAACACCGATGGATA;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=94;TCR=65;TR=159;WE=167849422;WS=167849404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	167889094	rs17556487	T	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=16;NR=0;PP=244;ReadPosRankSum=0.564;SC=ATGAATCTTTTAAAAAAATTA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=16;WE=167889102;WS=167889084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	167893759	rs9618	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=376;ReadPosRankSum=-2.185;SC=GAGCCCAGAAGAAAACTGTTC;SOR=0.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=33;WE=167893767;WS=167893749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr1	167906239	rs203788	A	C	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.321;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.65;ReadPosRankSum=1.851;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr1	167936034	.	C	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=490;ReadPosRankSum=-1.095;SC=AAACTGTGAACAGTCATAGAA;SOR=0.460;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=36;WE=167936042;WS=167936024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr1	167971979	rs436256	GC	TG	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=294;SC=GTGGAATGGCGCAGTCACTGG;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=167971988;WS=167971969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	167973976	rs1060041	C	T	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.411;NF=92;NR=92;PP=2003;ReadPosRankSum=0.765;SC=CTTCTCCAGACAGTGAACAAA;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=559;TCF=284;TCR=275;TR=184;WE=167973984;WS=167973966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,191:0.33:573
chr1	167985326	rs3831959	TG	T	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.091;NF=0;NR=8;PP=219;ReadPosRankSum=-1.795;SC=TCCTTGCATATGGGTGGTATT;SOR=0.191;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=8;WE=167985334;WS=167985316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	167988653	rs202255	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=352;ReadPosRankSum=-1.204;SC=AAAGGCCCCCATAAGGTTGAT;SOR=0.562;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=71;TCR=20;TR=29;WE=167988661;WS=167988643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr1	167992344	rs201541	T	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=702;ReadPosRankSum=0.275;SC=GCAATGCATATACTAAGCTCT;SOR=0.433;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=127;TCF=28;TCR=99;TR=47;WE=167992352;WS=167992334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,52:0.39:133
chr1	168035104	rs380095	G	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=580;SC=TGACTAGGCAGCAGTAGAGTC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=168035112;WS=168035094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	168056724	rs275143	A	G	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=24;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TGGAGCCCTGATATATTCCGG;SOR=0.614;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=142;TCR=54;TR=88;WE=168056732;WS=168056714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,95:0.46:206
chr1	168059866	rs275149	A	G	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1351;ReadPosRankSum=-1.397;SC=GGGGCTGTCCACCTGCCATGA;SOR=0.604;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=103;TCR=139;TR=98;WE=168059874;WS=168059856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,98:0.40:247
chr1	168073601	rs2294817	C	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=379;ReadPosRankSum=1.628;SC=TGGTCATCCTCCCCCAGCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=22;WE=168073609;WS=168073591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr1	168074145	rs6427119	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=655;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GGAAAGATAAGGCAGGACCAG;SOR=0.518;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=114;TCF=34;TCR=80;TR=45;WE=168074153;WS=168074135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr1	168106716	rs6664903	T	C	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=139;PP=2965;SC=AGTGAATTCGTCCCGAAGCCA;SOR=1.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=70;TCR=139;TR=209;WE=168106724;WS=168106706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	168106783	rs41271651	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=509;ReadPosRankSum=1.027;SC=CCCTGCACTCCCTCGGAACCA;SOR=1.439;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=27;WE=168106791;WS=168106773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr1	168153090	rs2038035	A	T	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=105;NR=16;PP=2831;SC=AGAAACAAAAATGCCAACAGC;SOR=3.664;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=105;TCR=17;TR=121;WE=168153098;WS=168153080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	168153370	rs2038034	A	G	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=104;PP=2965;SC=AGGTTAAACAAAAGAGAAAAG;SOR=2.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=41;TCR=104;TR=145;WE=168153378;WS=168153360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	168165767	rs35234155	CT	C	460.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.481;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.560;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr1	168200733	rs11588504	T	C	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.388;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=54;PP=2361;ReadPosRankSum=1.063;SC=TATATGTATTTTTTTTTTTTC;SOR=0.436;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=200;TCF=145;TCR=55;TR=192;WE=168200741;WS=168200720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,191:0.95:201
chr1	168206118	rs55947108	GTTTAA	G	4253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=62;PP=2971;SC=CACAGAAGCTGTTTAATTTAA;SOR=2.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=1;TCR=71;TR=63;WE=168206130;WS=168206108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	168208308	rs12142742	T	C	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=59;PP=2376;SC=AAGCCCATTCTGCTGGATAAT;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=145;WE=168208316;WS=168208298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	168262289	rs7543224	A	G	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.87;ReadPosRankSum=1.686;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,74:0.62:120
chr1	168262299	rs7520743	C	T	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.70;ReadPosRankSum=1.728;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,94:0.60:156
chr1	168274201	rs4656579	G	A	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=25;PP=2135;SC=TTTGGTGTGGGAGTTCACAGA;SOR=1.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=77;TCR=25;TR=102;WE=168274209;WS=168274191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	168278264	rs1883148	G	A	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=36;PP=980;SC=TGGCAACAGGGTGGAGTTCTT;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=168278272;WS=168278254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	168282261	rs3885717	T	A	5677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=112;PP=2965;SC=AGGAGCCTCTTTGCACAGCGA;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=74;TCR=112;TR=186;WE=168282269;WS=168282251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	168510122	rs470733	T	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.744;NF=35;NR=3;PP=728;ReadPosRankSum=-2.545;SC=GTGAGTATAATCTCAGTCCAT;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=75;TCR=6;TR=38;WE=168510130;WS=168510112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr1	168511155	rs76400946	T	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.371;NF=18;NR=7;PP=291;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TTCCTGAGGATGGCAGCATTT;SOR=0.434;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=25;WE=168511163;WS=168511145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr1	168511284	rs4282797	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=8.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-4.774;QD=1.26;ReadPosRankSum=-2.779;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,19:0.17:114
chr1	168513129	rs3820405	C	T	4474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.297;NF=112;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TCACAGACAGCTTCTCCACTT;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=344;TCF=193;TCR=151;TR=202;WE=168513137;WS=168513119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,208:0.57:364
chr1	168513243	rs1933114	G	A	3033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.308;NF=43;NR=79;PP=2026;ReadPosRankSum=-1.995;SC=AGTGAGGATCGGGCTCTTTGA;SOR=0.913;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=190;TCF=70;TCR=120;TR=122;WE=168513251;WS=168513233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,128:0.63:204
chr1	168513346	rs3820411	A	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=-0.558;SC=TCTTTGCAATACTGATGCTTT;SOR=1.371;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=17;WE=168513354;WS=168513336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	168545949	rs34933908	G	A	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.609;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.124;NF=78;NR=72;PP=1929;ReadPosRankSum=-0.821;SC=AAGTGGAGAAGCTGTCTGTGA;SOR=0.534;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=366;TCF=178;TCR=188;TR=150;WE=168545957;WS=168545939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,153:0.40:379
chr1	168549234	rs376339731	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=11.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-9.382;QD=3.40;ReadPosRankSum=-2.255;SOR=2.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,19:0.21:90
chr1	168549254	rs5024578	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.201;NF=31;NR=12;PP=579;ReadPosRankSum=-1.747;SC=TGTGATCTGGATAATTGCTTT;SOR=0.562;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=144;TCF=107;TCR=37;TR=43;WE=168549262;WS=168549244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,45:0.31:147
chr1	168549422	rs6427130	C	T	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.457;NF=28;NR=44;PP=834;ReadPosRankSum=1.146;SC=TAATGTGAGTCTGCCTCCTCA;SOR=0.764;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=93;TCR=151;TR=72;WE=168549430;WS=168549412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,81:0.32:257
chr1	168550535	rs79981832	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.994;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.270;NF=0;NR=27;PP=590;ReadPosRankSum=0.667;SC=GTTTATACTCACCTTTTATGA;SOR=1.923;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=27;WE=168550543;WS=168550525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr1	168665747	rs78760104	C	CT	13787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.218;NF=55;NR=119;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CTCCTGTCCCCGGCCCCTTTC;SOR=0.268;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=60;TCR=124;TR=174;WE=168665755;WS=168665737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,350:1.00:351
chr1	168665974	rs524705	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=772;SC=GGACACTTAATCTCACTTTGC;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=168665982;WS=168665964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	168670140	rs113747482	TGTGTGG	T	713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.56;ReadPosRankSum=0.457;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr1	168698173	rs1052591	C	T	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=43;PP=1640;ReadPosRankSum=1.566;SC=GGCTCTGTGGCGTGGGCATGC;SOR=0.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=180;TCR=95;TR=124;WE=168698181;WS=168698163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,134:0.46:293
chr1	169076212	rs1200128	G	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=330;ReadPosRankSum=0.068;SC=GATCTTTCCCGGGCGGCGCAT;SOR=0.536;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=30;WE=169076220;WS=169076202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr1	169080837	rs1200138	C	T	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=75;PP=2322;SC=ATAATGTAGTCTTAAAGCAAC;SOR=1.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=35;TCR=75;TR=110;WE=169080845;WS=169080827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	169094100	rs968304	T	A	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=70;PP=2965;SC=CCTACTAATGTTTTTCTCTCT;SOR=1.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=123;TCR=70;TR=193;WE=169094108;WS=169094090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	169099061	rs1200157	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=232;SC=TTTCATTTCAGCAAAATCACA;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=169099069;WS=169099051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	169102223	rs61803315	G	C	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=81;PP=2498;SC=GCTCCAGTTTGAAGTTCCATT;SOR=4.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=11;TCR=81;TR=92;WE=169102231;WS=169102213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	169138027	rs10919082	A	G	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=28;PP=1103;SC=GTATCTATATATATGTTATGC;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=169138035;WS=169138017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	169138307	rs4656656	C	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=15;PP=1097;SC=TGTATGCCAACCAGAAAAAAA;SOR=1.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=169138326;WS=169138297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	169138318	rs4656657	T	A	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=20;PP=1211;SC=CAGAAAAAAATATCTAAATTC;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=169138326;WS=169138297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	169138868	rs3737681	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=36;PP=978;SC=CTATATGAAACGCTAACTTAT;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=169138876;WS=169138858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	169159866	rs7526721	G	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=16;PP=909;SC=AAAAATGTTTGATTTTAATAC;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=169159874;WS=169159856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	169200111	rs10800420	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=21;PP=624;SC=TTAACTCTCCCCTTTTAATTG;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=169200119;WS=169200101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	169216412	rs2040445	C	G	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=52;PP=1557;SC=AAATAAAGTACGGTACTGAGT;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=62;WE=169216420;WS=169216402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	169256501	rs4589164	C	T	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=62;PP=2965;SC=CATTGCTCTCCTATTAACAAA;SOR=1.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=143;TCR=62;TR=205;WE=169256509;WS=169256491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	169272299	rs10919130	A	T	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=24;PP=1271;SC=ATTATTCTCAAGTAATAAATT;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=169272307;WS=169272289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	169272451	rs10800427	A	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.96;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	169272451	.	AGG	TGA	1168	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=6;NR=19;PP=1168;QD=48.8587149945;SC=ATAATCAAAAAGGCAATAGTT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=25;WE=169272461;WS=169272441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr1	169272453	rs10800428	G	A	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.18;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	169279196	rs34054662	T	TA	1121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=9;PP=625;SC=CTGAAAATGATAAAAAAATTA;SOR=2.554;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=22;WE=169279204;WS=169279186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	169293721	rs1140523	G	A	6070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=134;PP=2965;SC=CAATGAAAACGAATCTTTCAC;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=67;TCR=134;TR=201;WE=169293729;WS=169293711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	169345704	rs12563090	G	A	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=24;PP=1658;ReadPosRankSum=-1.041;SC=TTGAATATAGGGTATAGCATG;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=70;TCR=25;TR=90;WE=169345712;WS=169345694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr1	169349608	rs3830533	C	CTA	704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=678;SC=AGTAACTATACTGTTAAATCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=169349616;WS=169349600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	169351596	rs3905328	A	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=34;PP=931;SC=CATGGAAAGCATTTGGCATTA;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=169351604;WS=169351586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	169390957	rs35107735	A	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=25;PP=1251;SC=GGAGGCAAAAACCCCTGACTG;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=169390965;WS=169390947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	169391154	rs3820059	A	G	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=48;PP=2152;SC=ATAATTTTTAAAAGTAGTAGT;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=103;WE=169391162;WS=169391144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	169394226	rs10919168	A	G	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=40;PP=1326;SC=TGTTATGCCCACTCTAGAGGA;SOR=1.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=69;WE=169394234;WS=169394216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	169435027	rs2678166	C	T	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=24;PP=2915;SC=AAAAATCAAACACATCCAGGC;SOR=2.885;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=106;TCR=24;TR=129;WE=169435035;WS=169435017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	169435067	rs370695604	A	C	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=28;PP=1312;ReadPosRankSum=0.172;SC=TGCTATAAGAAGAAGCCCTTC;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=252;TCF=176;TCR=76;TR=98;WE=169435075;WS=169435057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,103:0.38:268
chr1	169493953	rs12131397	A	C	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=20;PP=2345;SC=ACTACATTGTAGTAGAGAAAA;SOR=2.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=88;TCR=20;TR=108;WE=169493961;WS=169493943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	169498834	rs6009	T	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=17;PP=1549;SC=GATCAAAGTCTGAGGAAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=71;WE=169498842;WS=169498824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	169510233	rs9332607	G	A	11615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.034;NF=206;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.198;SC=CTAGAGAAAGGGTTGTATGGC;SOR=0.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=411;TCF=209;TCR=202;TR=408;WE=169510241;WS=169510223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,425:1.00:426
chr1	169519049	rs6025	T	C	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=45;PP=2387;ReadPosRankSum=2.787;SC=CTGTATTCCTTGCCTGTCCAG;SOR=1.406;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=91;TCR=45;TR=135;WE=169519057;WS=169519039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,144:0.99:146
chr1	169525766	rs2239853	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=572;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTTAGGAACTGAGGAAAGTT;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=25;WE=169525774;WS=169525756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr1	169525808	rs2239854	G	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=9.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr1	169555367	rs372224504	TA	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	169564167	rs742127	G	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=772;ReadPosRankSum=0.066;SC=GGAGGTGAAAGAGATTATAGT;SOR=1.390;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=33;WE=169564175;WS=169564157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr1	169576103	rs146823185	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=152;ReadPosRankSum=1.256;SC=GGTGGATCTTACATAGTTGTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=169576111;WS=169576094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr1	169890933	rs518928	A	G	7329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=134;PP=2965;SC=CTAAAAAAGAAAAAAAAGAAT;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=104;TCR=134;TR=238;WE=169890941;WS=169890923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	169891056	rs3838393	CT	C	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.343;NF=0;NR=35;PP=627;ReadPosRankSum=-0.596;SC=ATATCATTAACTTTTTTTTTT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=35;WE=169891064;WS=169891046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr1	169923041	rs35674215	G	GT	1612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=5;PP=1500;SC=AAGATTGAGGGTTTTTTCCCC;SOR=4.294;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=46;WE=169923049;WS=169923031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	169941761	rs511443	A	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=13;PP=312;SC=TGGTTAAAGAAACAAACTACA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=169941769;WS=169941751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	169947146	rs11396984	C	CA	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9880;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.645;NF=12;NR=6;PP=244;ReadPosRankSum=0.653;SC=TCAACATTTGCAAAAAAAAAA;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=18;WE=169947154;WS=169947136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr1	169951748	rs638486	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=281;SC=TTTTCCTAACATAATAATAGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=169951756;WS=169951738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	169951997	rs33943686	C	T	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=66;PP=1937;SC=CTGCAAGGTCCCCAACATAAT;SOR=1.490;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=102;WE=169952005;WS=169951987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	169952385	rs2057249	G	T	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=8;PP=1423;SC=CAGTCTATTTGAATAGAAAGC;SOR=3.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=61;WE=169952393;WS=169952375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	169985796	rs16862933	A	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=647;SC=AATACAGTGAAGTTCTGTTGC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=169985804;WS=169985786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	170115156	rs550297	G	A	6174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=62;PP=2965;SC=TAAAATGACAGTCTCAAGTTC;SOR=1.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=144;TCR=62;TR=206;WE=170115164;WS=170115146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	170501385	rs7531125	A	C	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=39;PP=1986;SC=GTTGGGCAGGATTCTCTGAGG;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=109;WE=170501393;WS=170501375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	170501456	rs11578119	C	T	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1062;ReadPosRankSum=0.347;SC=TGGTTTAATTCTTGGGTCTTA;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=67;WE=170501464;WS=170501446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr1	170502517	rs1412892	A	G	186.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=152;SC=AGGCTAAGCTATGTAGTTAAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=170502525;WS=170502507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	170521376	rs913257	G	A	2989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=76;PP=2056;ReadPosRankSum=1.255;SC=ATTGCTACACGAACAAGAAGT;SOR=0.840;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=359;TCF=172;TCR=187;TR=139;WE=170521384;WS=170521366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,146:0.39:374
chr1	170633186	.	A	AT	40	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.9999;HP=12;HapScore=2;MGOF=121;MMLQ=15;MQ=45.44;NF=2;NR=1;PP=40;QD=15.3333333333;SC=CTCTTTTCCAATTTTTTTTTT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=170633194;WS=170633177;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	170699377	rs76156084	C	T	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=37;PP=1565;ReadPosRankSum=-1.600;SC=ATCTGCTGAACGCATTTGGCT;SOR=0.540;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=146;TCF=96;TCR=50;TR=101;WE=170699385;WS=170699367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,103:0.69:149
chr1	170916646	rs4656817	G	T	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=45;PP=1120;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CCTTTTTAACGAATCTCCTTC;SOR=0.834;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=300;TCF=157;TCR=143;TR=100;WE=170916654;WS=170916636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,108:0.34:322
chr1	170928671	rs2294740	T	C	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1270;ReadPosRankSum=1.889;SC=GGAATGCTAGTTGTCATGCCA;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=116;TCR=107;TR=90;WE=170928679;WS=170928661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,93:0.39:239
chr1	170984006	.	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=463;ReadPosRankSum=-0.935;SC=GCCCCACCCCCGTCCTATGGA;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=34;WE=170984014;WS=170983996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
chr1	170993444	rs3077629	G	GGT	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.656;QD=20.51;ReadPosRankSum=1.633;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr1	171130590	.	AAC	A	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.887;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr1	171482686	rs2294292	A	T	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=49;PP=2447;ReadPosRankSum=0.509;SC=TATCTCCAGCATTGAAACTGC;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=127;TCF=24;TCR=103;TR=61;WE=171482707;WS=171482676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr1	171482699	rs2294293	G	C	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=39;PP=2447;ReadPosRankSum=1.631;SC=GAAACTGCCTGATGTTTCATA;SOR=0.571;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=16;TCR=86;TR=47;WE=171482707;WS=171482676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr1	171483717	rs1055417	A	C	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=913;ReadPosRankSum=0.013;SC=CTGGGGTTGCAGCTCCCCCAG;SOR=0.926;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=205;TCF=115;TCR=90;TR=78;WE=171483725;WS=171483707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,82:0.37:220
chr1	171491264	rs3736679	T	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	171496895	rs10753126	A	G	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=684;SC=ACTGTCTCCAAAATAATAAGA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=171496903;WS=171496885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	171505524	rs12139715	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=123;ReadPosRankSum=0.856;SC=TTAAACCTCCGATTTTTAATC;SOR=0.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=9;WE=171505532;WS=171505514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	171509327	rs760644	G	A	9894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=156;PP=2965;SC=GACCTTATCCGCTCCTCAAGA;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=192;TCR=159;TR=347;WE=171509335;WS=171509317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	171509983	.	A	G	4749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.594;ClippingRankSum=0.000;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.477;SC=CTGTAAACCAACAGACTATGG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=180;TCR=146;TR=193;WE=171509991;WS=171509973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,198:0.58:339
chr1	171511039	rs1687064	C	G	12442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=266;NR=182;PP=2965;SC=GGGATATTTCCGGGAATAAGA;SOR=1.128;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=448;TCF=266;TCR=182;TR=448;WE=171511047;WS=171511029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr1	171511442	rs2272810	A	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=662;ReadPosRankSum=0.280;SC=TGGTTGAATTATGCAAAGAGC;SOR=0.263;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=33;WE=171511450;WS=171511432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr1	171514731	rs235468	C	G	8695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=162;NR=157;PP=2965;SC=TCCAAAGATTCTACTGGGAAA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=163;TCR=158;TR=319;WE=171514739;WS=171514721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	171514848	.	T	TTTTATTTA	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.794;NF=0;NR=19;PP=330;ReadPosRankSum=1.390;SC=GTTTCTTTCATTTTATTTATT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=19;WE=171514856;WS=171514838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	171514875	rs144856960	T	TATTC	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.92;MQRankSum=2.435;QD=20.74;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr1	171519487	rs235470	A	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=576;SC=TCATTATTCAAGTGTTAAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=171519495;WS=171519477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	171526570	rs1687057	G	A	28053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=1045;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=479;NR=521;PP=2965;SC=CTCCACTTCCGGCAACCTTAA;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1006;TCF=480;TCR=526;TR=1000;WE=171526578;WS=171526560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1038:1.00:1038
chr1	171527322	rs235482	A	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=37;PP=1074;SC=GGAATGGCATAGGAATACTGA;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=171527330;WS=171527312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	171546833	rs6685179	C	A	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=84;PP=1940;ReadPosRankSum=0.950;SC=TACTAAAATGCTTATTTTTGT;SOR=1.171;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=175;TCF=32;TCR=143;TR=99;WE=171546841;WS=171546816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,104:0.58:179
chr1	171548617	rs3817772	G	A	4027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.413;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=103;PP=2663;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TAATATCAAAGACTTCTTCCA;SOR=0.543;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=346;TCF=140;TCR=206;TR=180;WE=171548625;WS=171548607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,187:0.51:367
chr1	171548868	rs235489	T	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=4;PP=1695;SC=TAGTATTAATTTTACTCTTTT;SOR=3.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=56;TCR=4;TR=60;WE=171548876;WS=171548858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	171556165	rs235501	G	C	9520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=1.389;SC=TACCAGCATCGCAGCTTTCCT;SOR=0.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=185;TCR=151;TR=335;WE=171556173;WS=171556155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
chr1	171558516	rs235503	C	T	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=63;PP=2965;SC=AGATTCTCTCCCAGCCTAACC;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=106;TCR=63;TR=169;WE=171558524;WS=171558506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	171607702	rs2032555	C	T	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=81;PP=2612;SC=ATAAAGACCACGTGGGCACAA;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=170;WE=171607710;WS=171607692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	171673749	rs3835498	AT	A	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=0.213;SC=ATATTCCTAAATGTAGTTGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=171673757;WS=171673739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	171679958	rs10913530	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=519;ReadPosRankSum=0.722;SC=CTGAACACTAGTTTAAAAAAG;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=39;WE=171679966;WS=171679948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr1	172038079	rs12760234	T	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=49;PP=1631;SC=GGCAGGGAGATTGTGGGAGGT;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=172038087;WS=172038069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	172222629	rs139551857	TCTCTCCTCTCCTCTCCTCTC	T,TCTCTC	1589.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.466;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10,10;NR=2,2;PP=450,662;ReadPosRankSum=-1.296;SC=CAATTTTCTGTCTCTCCTCTC;SOR=3.467;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=12,12;WE=172222656;WS=172222628;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.65,0.30:46
chr1	172277845	rs200321314	AT	A	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	172356437	rs6688654	A	G	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=100;PP=2965;SC=ACATCAGCACAGCCACCGTGT;SOR=1.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=48;TCR=100;TR=148;WE=172356445;WS=172356427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	172410967	rs1063412	G	A	8249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.712;SC=AGGTAGAATGGACACAGACAT;SOR=0.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=173;TCR=112;TR=284;WE=172410975;WS=172410957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,299:1.00:300
chr1	172411496	rs2230471	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=29;PP=1150;SC=AAGAAGCCAGACCAGTCCCTA;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=172411504;WS=172411486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	172417781	rs2157451	A	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=283;SC=TACACCATCAATGTTCAATAA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=172417789;WS=172417771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	172422437	rs193107759	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=422;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AGACCATTATCGGTAGGGGAA;SOR=0.532;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=31;WE=172422445;WS=172422427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr1	172425529	rs2285170	C	G	13648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=261;NR=253;PP=2965;SC=ATTTCCTCACCTCTCTCTGTC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=516;TCF=261;TCR=255;TR=514;WE=172425537;WS=172425519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr1	172431210	rs4916261	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=512;SC=AAGGATGTATGAAGGACTTTG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=172431218;WS=172431200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	172434309	rs9425328	G	A	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=245;SC=GGCAACAAGCGCAAAAACTCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=172434317;WS=172434299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	172434375	rs2901655	G	A	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=31;PP=2965;SC=ATGTATAAAGGCACATTTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=112;TCR=31;TR=143;WE=172434383;WS=172434365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr1	172437592	rs1129942	G	A	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=58;PP=2965;SC=CATCCAGAAAGCATTCACTAC;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=98;TCR=58;TR=156;WE=172437600;WS=172437582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chr1	172502727	rs55696309	TA	T	1673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.775;NF=2;NR=37;PP=1319;ReadPosRankSum=1.308;SC=TTTTGGCTTTTAGGGTCCGGG;SOR=0.617;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=100;TCF=6;TCR=94;TR=39;WE=172502735;WS=172502717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,55:0.39:140
chr1	172522602	rs1159378	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TGTGTGTATTGTTAGTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=172522610;WS=172522592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	172544877	rs76108041	A	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-1.426;SC=ACTACACTATACCACTTAATA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=172544885;WS=172544867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	172547465	rs2285664	A	G	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=52;PP=1166;ReadPosRankSum=1.717;SC=TGGTGGAAGAATATGAAGAAA;SOR=0.528;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=326;TCF=180;TCR=146;TR=106;WE=172547473;WS=172547455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,116:0.33:347
chr1	172548301	rs41264544	C	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=370;ReadPosRankSum=-0.628;SC=ACCATTGGAGCTAGATCTCAG;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=26;WE=172548309;WS=172548291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr1	172554867	rs10752995	T	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=0.119;SC=CTTTGATTTTTTAAGAAAAAG;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=172554875;WS=172554860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	172558524	rs41264546	A	G	5510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.530;SC=GACATATACCATCACCAGTGA;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=464;TCF=203;TCR=261;TR=253;WE=172558532;WS=172558514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,262:0.54:482
chr1	172634734	rs2639653	T	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=20;PP=2218;SC=CTATTCCTTGTTGAAAGCTCC;SOR=2.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=76;TCR=20;TR=96;WE=172634742;WS=172634724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	173174389	rs12730413	G	A	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=33;PP=1246;ReadPosRankSum=1.195;SC=TACCACCTATGTCTTGCTTCC;SOR=0.563;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=167;TCF=111;TCR=56;TR=94;WE=173174397;WS=173174379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,100:0.56:178
chr1	173556699	rs301698	G	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=273;SC=AAAGCACAGAGTCTTATTCTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=173556707;WS=173556689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	173638537	rs58611776	CA	C	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.293;QD=4.39;ReadPosRankSum=-2.335;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	173814258	rs77124001	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=218;ReadPosRankSum=1.732;SC=TATTAAATCTTACTATTGTAA;SOR=0.871;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=173814266;WS=173814248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr1	173834605	rs2235095	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=530;ReadPosRankSum=0.743;SC=AATAAAACATGTACCTTTAAA;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=29;WE=173834613;WS=173834595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr1	173834632	rs6790	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=652;ReadPosRankSum=2.269;SC=GACAGGAACTGTCTTCATGTC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=34;WE=173834640;WS=173834622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr1	173842467	rs9286895	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-4.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=222;ReadPosRankSum=0.163;SC=TTAACTCCACAAAACTATTCC;SOR=0.197;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=15;WE=173842475;WS=173842457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	173855208	rs16846520	A	G	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=78;PP=1753;ReadPosRankSum=0.364;SC=AGGAAGAGACAGTTGCTCCTG;SOR=1.033;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=330;TCF=153;TCR=177;TR=134;WE=173855216;WS=173855198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,140:0.40:354
chr1	173855298	rs1322775	A	T	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=56;PP=1395;ReadPosRankSum=0.156;SC=CTCTTCCCCTATGAGCCATAA;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=29;TCR=79;TR=76;WE=173855306;WS=173855280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,79:0.71:112
chr1	173876705	rs2759328	C	T	5018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.063;SC=TTGGCTTCAACCCACAGATGG;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=367;TCF=169;TCR=198;TR=218;WE=173876713;WS=173876686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,229:0.60:380
chr1	173878832	rs5878	T	C	7118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.144;SC=CCAGCCACTCTTGCAGCACCT;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=524;TCF=273;TCR=251;TR=306;WE=173878840;WS=173878822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,319:0.58:546
chr1	173878862	rs5877	T	C	6626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.817;SC=GTTCCTTCTCTACCTTGGCCA;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=470;TCF=232;TCR=238;TR=284;WE=173878870;WS=173878852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,293:0.61:481
chr1	173886216	rs2227589	C	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=548;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CTTGAAATGACGTCTTCCAAA;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=32;WE=173886224;WS=173886206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
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chr1	173952539	rs6686083	T	A	3033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=53;PP=1956;ReadPosRankSum=-0.781;SC=AATAAATACCTAAAGTTAATT;SOR=0.692;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=255;TCF=153;TCR=102;TR=131;WE=173952547;WS=173952529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,143:0.52:274
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chr1	173962216	.	C	CT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.141;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,12:0.16:74
chr1	174188285	rs2103640	G	A	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,103:0.43:238
chr1	174221887	rs11351373	GT	G	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=512;SC=GATGTAACTGGTTTCATTGAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=174221895;WS=174221877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	174274062	rs2142864	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TTATTTAAATACTATCTTTCA;SOR=0.320;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=16;WE=174274070;WS=174274052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	174274349	rs2860909	T	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=63;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GTGTTGTGGGTAGAAGTGGTG;SOR=1.961;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=6;WE=174274357;WS=174274339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr1	174417231	rs7516240	G	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=42;PP=2447;SC=GTCTGCAGGTGTCTTTAAATT;SOR=1.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=100;TCR=42;TR=142;WE=174417239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	174418179	rs143410373	T	C	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=86;PP=2701;ReadPosRankSum=0.162;SC=TAAGTAATAGTTTTTGTAACT;SOR=0.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=430;TCF=223;TCR=207;TR=175;WE=174418191;WS=174418169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,185:0.40:457
chr1	174516999	rs41266050	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=0.385;SC=TAGTCTTACACCGAGACAGAC;SOR=0.461;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=18;WE=174517007;WS=174516989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr1	174606602	rs61747504	A	G	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1263;ReadPosRankSum=1.364;SC=GAGATGGTCAAGAATCGCTCT;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=83;WE=174606610;WS=174606592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,93:0.59:157
chr1	174927388	rs10798329	G	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=22;PP=405;SC=TGATATTTGAGTTAAAGTATG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=174927399;WS=174927378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	174959108	rs41266060	G	A	4317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=94;PP=2855;ReadPosRankSum=2.196;SC=AGCCAGCACCGGTCACCCAGC;SOR=0.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=407;TCF=212;TCR=195;TR=195;WE=174959116;WS=174959098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,201:0.48:422
chr1	174969271	rs1046439	C	T	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=50;PP=2296;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TCCTGTTCCTCCTTCTGCGCG;SOR=0.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=284;TCF=185;TCR=99;TR=153;WE=174969279;WS=174969261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,161:0.55:292
chr1	174976036	.	G	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-2.014;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr1	174984074	rs7540740	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	175046488	rs2072033	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=8;PP=770;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GCACATCTCCGTGGCTTTCTT;SOR=0.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=75;TCR=18;TR=45;WE=175046496;WS=175046478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr1	175046789	rs2072032	A	G	5152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GGGGGAGGCCAGGGAGGAACA;SOR=0.913;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=417;TCF=199;TCR=218;TR=227;WE=175046797;WS=175046779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,241:0.55:442
chr1	175046852	rs182920259	G	A	3466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=79;PP=2265;ReadPosRankSum=1.550;SC=GAAGGACTGCGAGTTGGCAGG;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=160;TCR=165;TR=156;WE=175046860;WS=175046842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,165:0.48:347
chr1	175052828	rs2072031	G	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=703;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GCCTGTCACAGAACCTTGGAA;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=56;TCR=6;TR=35;WE=175052836;WS=175052818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr1	175053101	rs2072030	A	T	3794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=109;PP=2672;ReadPosRankSum=-0.947;SC=TGTGAGATGTATGCTGTGGAT;SOR=0.618;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=271;TCF=76;TCR=195;TR=154;WE=175053109;WS=175053091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,160:0.57:282
chr1	175053167	rs77638981	G	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=646;ReadPosRankSum=-0.683;SC=GCTCAAGTGTGCACAGACAGC;SOR=0.113;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=89;TCF=14;TCR=75;TR=42;WE=175053175;WS=175053157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr1	175054548	rs1573758	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=726;ReadPosRankSum=-0.820;SC=CAGGTCTGCACCCGGGGACTG;SOR=0.700;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=51;WE=175054556;WS=175054538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr1	175086461	rs6690229	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=390;ReadPosRankSum=0.926;SC=GTGGGATGGCATCCCTTCATA;SOR=0.139;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=21;WE=175086469;WS=175086451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	175087677	rs6656284	G	A	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.309;NF=92;NR=64;PP=1927;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GTGCATATTGGTCAGCATTTT;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=419;TCF=250;TCR=169;TR=156;WE=175087691;WS=175087665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,153:0.37:413
chr1	175087729	rs6696455	T	C	3185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=93;PP=1958;ReadPosRankSum=0.508;SC=GGTCACTGACTGGGTGACAGA;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=510;TCF=258;TCR=252;TR=187;WE=175087737;WS=175087719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,181:0.36:500
chr1	175097547	rs41266090	C	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.994;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=300;ReadPosRankSum=0.206;SC=TGAACTTGACCTTTTCCTGGT;SOR=0.037;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=16;WE=175097555;WS=175097543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	175105880	rs2072037	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.497;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=656;ReadPosRankSum=-0.397;SC=GGTTCTGAAAGCCTCAGACAC;SOR=1.207;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=36;WE=175105902;WS=175105870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr1	175105942	rs4650703	G	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=24;PP=1160;ReadPosRankSum=0.164;SC=TTGGAATTCCGTTTTTTATTT;SOR=0.847;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=165;TCF=113;TCR=52;TR=80;WE=175105950;WS=175105932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,80:0.47:172
chr1	175113578	rs10912897	T	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=800;ReadPosRankSum=-1.084;SC=ACAGAGACAATGATATCGCAC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=67;WE=175113586;WS=175113568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,69:0.50:139
chr1	175116252	rs4651335	C	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=501;ReadPosRankSum=0.633;SC=CCAGCTGTGGCAGCTTGGGGC;SOR=0.459;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=30;WE=175116260;WS=175116242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr1	175129945	rs60195884	TC	T	683.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr1	175129947	.	TTCTTCTTG	T	668.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr1	175129955	.	G	T	243	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=12;NR=10;PP=243;QD=12.6259642067;SC=TCTTCTTCTTGTTCTTCTCTG;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=22;WE=175129963;WS=175129945;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr1	175130204	rs1057239	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-1.551;SC=GCAGGTCCTGGGCTCAAAAGG;SOR=0.242;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=12;WE=175130212;WS=175130194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	175292652	.	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=832;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TCATCCCCCACCATGGAACGC;SOR=0.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=48;WE=175292660;WS=175292642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr1	175292672	rs34842046	A	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=562;ReadPosRankSum=1.215;SC=CCCCACTTCAAAAAAGGGGTA;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=31;WE=175292680;WS=175292662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr1	175293424	rs2213635	T	C	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=300;SC=GCTTTTAAAATATAAAGCTAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=175293432;WS=175293421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	175299301	rs2027867	T	C	7021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=92;PP=2965;SC=AGGCGGCCTCTTGGCCATCCC;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=147;TCR=93;TR=239;WE=175299309;WS=175299291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	175324518	rs55715761	GCA	G	3156.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=7;PP=2263;SC=AAGCTGATGAGCAATCCTTGT;SOR=2.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=48;WE=175324529;WS=175324508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	175324521	rs55973835	A	T	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=7;PP=1349;SC=CTGATGAGCAATCCTTGTGGA;SOR=2.964;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=58;WE=175324529;WS=175324508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	175324651	rs2228359	A	G	8265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.161;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=1.069;SC=TGCGGCTTCCATCGGTGGATT;SOR=0.343;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=165;TCR=145;TR=309;WE=175324659;WS=175324641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,322:1.00:323
chr1	175335234	rs1385541	C	T	2743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=71;PP=1783;ReadPosRankSum=1.068;SC=TGGAGGTCTCCGAGGAGGCTG;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=119;TCR=158;TR=125;WE=175335242;WS=175335224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,131:0.45:292
chr1	175335412	rs1385540	A	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=508;SC=ACACTTATCTAATATTTTGCT;SOR=4.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=175335420;WS=175335402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	175336292	rs1872440	C	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=919;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TCCATGACTCCTTAGGCTTAT;SOR=1.445;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=16;WE=175336313;WS=175336282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr1	175336305	rs1872439	G	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=919;ReadPosRankSum=-1.583;SC=AGGCTTATAGGCTAACCTGGT;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=27;WE=175336313;WS=175336282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr1	175336530	rs6697701	T	C	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=73;PP=2231;SC=CCTATTCATATCTTGTGTTTA;SOR=2.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=95;WE=175336538;WS=175336520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	175336619	rs6697801	T	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=241;SC=GTCAATAGGATGAACCAGCCC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=175336627;WS=175336609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	175348723	rs859427	C	T	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=971;ReadPosRankSum=0.953;SC=ACCAATGCCCCTGGGGACCAG;SOR=0.459;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=63;WE=175348731;WS=175348713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr1	175355128	rs859436	C	G	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=10.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=-1.428;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,91:0.45:203
chr1	175355391	rs859437	A	G	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1594;ReadPosRankSum=0.907;SC=CAAAAGCCACAGTGTCCGAGA;SOR=0.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=76;TCR=110;TR=101;WE=175355413;WS=175355381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,109:0.55:199
chr1	175360690	rs859444	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=729;ReadPosRankSum=0.125;SC=AAAATGGGGGCGATGTCTCTT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=46;WE=175360698;WS=175360680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr1	175362736	rs3752517	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=352;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TCAGCAGGTCGTTACCACATA;SOR=0.246;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=19;WE=175362744;WS=175362734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr1	175365663	rs859446	G	A	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.554;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=59;PP=2288;ReadPosRankSum=2.379;SC=GAAGCAGGACGGGGAAATGGT;SOR=0.507;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=248;TCF=151;TCR=97;TR=149;WE=175365671;WS=175365653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,159:0.61:261
chr1	175375635	rs2239818	G	A	6429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CCAAGGGCACGTTAATGTTGT;SOR=0.578;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=486;TCF=238;TCR=248;TR=274;WE=175375643;WS=175375625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,288:0.57:508
chr1	175375683	rs859399	T	C	5403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=1.005;SC=CTTTGCTGGATGTGTTGTAGT;SOR=0.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=452;TCF=234;TCR=218;TR=243;WE=175375691;WS=175375673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,256:0.53:482
chr1	175375802	rs859398	T	C	7542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=0.467;SC=ATCAGGTTGATGCCAATGAGC;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=604;TCF=309;TCR=295;TR=345;WE=175375810;WS=175375792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,359:0.58:620
chr1	175916267	rs6674353	T	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=14;PP=1787;SC=GGTGTATTTCTATAATCCTGT;SOR=2.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=73;WE=175916275;WS=175916257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	175937540	rs4534339	C	T	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=57;PP=2965;SC=AAAGGCTGTACGGAGGGGAAC;SOR=1.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=127;TCR=57;TR=183;WE=175937548;WS=175937530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	175951347	rs10798430	T	A	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=1;PP=1908;SC=TAAAATTAGGTTACAGAAAAA;SOR=7.140;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=68;TCR=1;TR=69;WE=175951355;WS=175951337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	176012807	rs4233165	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=383;SC=CAAACCAAATGTATGATTCAT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=176012815;WS=176012797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	176102974	rs2481662	T	C	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=36;PP=1132;SC=CTTCCCTGTATGTACTTACAT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=176102982;WS=176102964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	176103954	rs2502845	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=819;SC=GTATTCTACTCGCTAACTCTT;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=176103962;WS=176103944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	176129276	rs520661	G	A	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=52;PP=1907;SC=TCTTCAATTCGAAGCCAAAAA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=112;WE=176129284;WS=176129266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	176153658	rs791744	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=9;PP=391;SC=AAAAAAAATATGACTGTAACA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=176153666;WS=176153648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	176671912	rs371785478	TGA	T	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=282;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=14;WE=176671923;WS=176671902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	176769358	rs10913256	T	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=762;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TAGGACCTGGTCCCTCTCCTA;SOR=0.885;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=29;TCR=78;TR=44;WE=176769366;WS=176769348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr1	176809368	rs12118034	C	T	4105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=104;PP=2455;ReadPosRankSum=2.791;SC=GCCACTATGACGGGGGAGACT;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=449;TCF=204;TCR=245;TR=188;WE=176809376;WS=176809358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,205:0.43:473
chr1	176845528	rs2076341	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=8;PP=736;SC=GGAAAGGCAACGCTCCTGTAC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=176845536;WS=176845518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	176857347	rs2072935	A	G	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=34;PP=1154;SC=AGAGCTGCATAAGAGAACAGG;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=176857355;WS=176857337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	176863836	rs2281180	G	C	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=73;PP=2965;SC=GTCCCTTGCTGTGGCACTCCA;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=161;WE=176863844;WS=176863826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	176863867	rs2228956	T	C	5987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=90;PP=2965;SC=AGCCGCCATGTGCTTGGTGCC;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=119;TCR=91;TR=209;WE=176863875;WS=176863857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	176913215	.	ATT	A	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-0.431;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	176992553	rs172917	A	G	8172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=157;NR=142;PP=2965;SC=TTTCGGGGTCACATTGGTGTT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=158;TCR=143;TR=299;WE=176992561;WS=176992543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	176992676	rs10798496	C	T	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=63;PP=1845;SC=TGGCATCCAGCTGGCTCCCCT;SOR=2.330;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=83;WE=176992684;WS=176992666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	176998368	rs10753142	T	A	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=225;SC=CTTGCCTAGCTCAAACCCAAG;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=176998376;WS=176998358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	177199323	rs3176442	C	T	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TCCCTAAGAACCCAACCTGCA;SOR=0.771;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=57;TCR=90;TR=77;WE=177199331;WS=177199313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,82:0.53:155
chr1	177898799	rs623479	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CATTGTGAAGCTAATCTTAAG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=12;WE=177898807;WS=177898789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	177901619	rs7531399	G	A	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=31;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.482;SC=CAGGGGGGCCGCTTACCTCTG;SOR=0.497;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=192;TCF=129;TCR=63;TR=86;WE=177901627;WS=177901609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,85:0.44:193
chr1	177901655	rs3748792	G	A	4117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=2.102;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,113:0.39:290
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chr1	177901713	rs522367	T	C	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=83;PP=2358;ReadPosRankSum=-1.712;SC=ACCTGGAAAGTAATGAGGCAG;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=438;TCF=230;TCR=208;TR=173;WE=177901721;WS=177901703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,177:0.40:443
chr1	177901741	rs684227	A	G	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=78;PP=1884;ReadPosRankSum=0.789;SC=TCCTCTGCTCAGGACTGGGGG;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=365;TCF=176;TCR=189;TR=148;WE=177901749;WS=177901731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,149:0.40:372
chr1	177902387	rs61745560	C	A	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.739;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=65;PP=2656;ReadPosRankSum=0.481;SC=TCGTCTCCAGCGGGGGATGCG;SOR=0.844;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=375;TCF=232;TCR=143;TR=179;WE=177902395;WS=177902377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,182:0.47:388
chr1	177902482	rs3813648	G	A	4322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=107;PP=2788;ReadPosRankSum=-1.187;SC=TGACCTGCAGGTTGGCTTCTT;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=447;TCF=206;TCR=241;TR=201;WE=177902490;WS=177902472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,210:0.45:466
chr1	177902725	rs3813649	C	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=38;PP=1232;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CTTGGCTGAACTGGCGGAACT;SOR=0.924;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=283;TCF=161;TCR=122;TR=96;WE=177902733;WS=177902715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,103:0.34:305
chr1	177902753	rs591120	G	C	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1342;ReadPosRankSum=2.732;SC=ATACTTCGTGGTCTAGCAGCC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=169;TCR=151;TR=102;WE=177902761;WS=177902743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,112:0.32:346
chr1	177905469	rs7522194	C	A	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=37;PP=1102;ReadPosRankSum=-1.644;SC=CATCAGGAGGCTGGGAAGTTT;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=257;TCF=151;TCR=106;TR=87;WE=177905477;WS=177905445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,90:0.35:260
chr1	177906292	rs61816275	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=384;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CCCTTTCCTGCTTCCTCCCCA;SOR=0.171;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=27;WE=177906300;WS=177906282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr1	177906657	rs6676302	G	A	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=692;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TTCTAAGGACGTGGAACAAAG;SOR=0.547;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=53;WE=177906665;WS=177906647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,60:0.60:100
chr1	177913980	rs532842	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=25;PP=761;SC=AGTGTTTCACTTCCTCTCCCT;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=31;WE=177913988;WS=177913970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	177915474	rs842192	A	C	6249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=112;NR=107;PP=2965;SC=AAAATGAAAAATGGATCCATA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=112;TCR=107;TR=219;WE=177915482;WS=177915464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	177915698	rs75650660	G	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.061;SC=ACCCAATCACGGAGCACACCC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=177915706;WS=177915688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	177916889	.	AA	GG	285	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=57;MMLQ=21;MQ=58.66;NF=9;NR=0;PP=285;QD=37.6075416514;SC=GGAGGTGAGGAAAGGGACAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=177916898;WS=177916879;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	177916890	.	A	AAGGGACAGGGAGGGGAGGTGAGGGG	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=100.35;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	177917479	rs6695715	G	A	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=23;PP=1133;ReadPosRankSum=-0.223;SC=AGAGGCCACAGCCTGTCACAG;SOR=0.403;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=171;TCF=124;TCR=47;TR=76;WE=177917487;WS=177917469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,78:0.45:175
chr1	177929554	rs10913472	C	T	3749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.893;NF=74;NR=97;PP=2291;ReadPosRankSum=-0.304;SC=ATAAAACAATCAGATTTTGTG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=307;TCF=136;TCR=171;TR=171;WE=177929562;WS=177929544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,178:0.55:322
chr1	177929987	rs12040910	T	C	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=62;PP=1805;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GGGACCTACATGCACCAGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=243;TCF=138;TCR=105;TR=139;WE=177929995;WS=177929977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,142:0.56:253
chr1	177930096	rs867275	T	C	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=77;PP=1579;ReadPosRankSum=0.666;SC=CAGACACAGATGGACATTGTT;SOR=0.500;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=230;TCF=92;TCR=138;TR=135;WE=177930104;WS=177930086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,154:0.61:254
chr1	177930894	rs945641	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=645;ReadPosRankSum=0.516;SC=CAAAAACACACAGGAAGAAGT;SOR=0.510;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=42;WE=177930902;WS=177930884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr1	177935275	rs1415085	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=354;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TGAAAGCCACAGTTAATTCTA;SOR=0.102;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=19;WE=177935283;WS=177935265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr1	178421629	rs147872325	C	T	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1042;ReadPosRankSum=0.288;SC=AAGACATCAGCGAGAGGCTCA;SOR=0.915;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=230;TCF=140;TCR=90;TR=81;WE=178421637;WS=178421619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,85:0.34:249
chr1	178483231	rs10913563	G	A	6231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.291;SC=CCCTTTTGAGGCCATGCAGGC;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=470;TCF=238;TCR=232;TR=280;WE=178483239;WS=178483213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,287:0.59:485
chr1	178484834	rs10798611	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=424;ReadPosRankSum=0.507;SC=GAGCCAGTGCACCTGGTCTAT;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=53;TCR=6;TR=28;WE=178484842;WS=178484824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr1	178489978	rs3813636	T	G	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=853;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CAGGGCTCACTGGATCCCCTT;SOR=0.947;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=62;WE=178489986;WS=178489968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,64:0.50:129
chr1	178492447	rs7527160	T	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=-2.275;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr1	178494428	rs6664493	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=348;ReadPosRankSum=-2.240;SC=GAGGAGTGTACGAAAGGGCCT;SOR=0.229;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=22;WE=178494436;WS=178494418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
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chr1	178514560	rs34632529	A	AT	5564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.946;NF=25;NR=101;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.829;SC=TTGAAGGTTGATTTTGACTAC;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=69;TCR=280;TR=126;WE=178514568;WS=178514550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,224:0.44:505
chr1	178515135	rs4650992	A	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=446;ReadPosRankSum=0.305;SC=GAAAACTAAGACCTTCCCACT;SOR=0.344;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=3;TCR=48;TR=25;WE=178515143;WS=178515125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr1	178646752	rs2773075	A	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=174;SC=AGGAAAAACTACATGCATATA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=178646760;WS=178646742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	178646884	rs56088671	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr1	178745947	rs6665037	T	G	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=71;PP=1838;ReadPosRankSum=-1.663;SC=TTGCAGCTACTGCTTCTGAGG;SOR=1.080;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=201;TCF=92;TCR=109;TR=125;WE=178745955;WS=178745937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,136:0.63:216
chr1	178776985	rs6690324	G	A	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=155;SC=TTTCATAGTCGTTGTGCTCTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=178776993;WS=178776981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	178780650	rs12131426	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=181;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GAAAAATAAGACTCATTGATA;SOR=0.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=11;WE=178780658;WS=178780640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	178820159	rs1544124	C	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=496;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TAAAAACTTTCTGTGTAGAAA;SOR=0.324;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=31;WE=178820167;WS=178820149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr1	178848223	rs3766637	A	G	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=746;ReadPosRankSum=-0.733;SC=ACATGGTATCATACAAAGGAC;SOR=0.865;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=50;WE=178848231;WS=178848213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr1	178854162	rs6425503	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=384;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TTTCAAGGGACTGAAAAATAA;SOR=0.902;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=28;WE=178854170;WS=178854152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr1	178858711	rs10798635	C	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=531;ReadPosRankSum=0.729;SC=TTTATTTTTACATTGTGAAAT;SOR=0.964;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=35;WE=178858719;WS=178858701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr1	178858759	rs3753534	G	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1067;ReadPosRankSum=0.589;SC=TAAAAAATAGGATAACTTTTC;SOR=0.634;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=73;WE=178858767;WS=178858749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,73:0.55:133
chr1	178863266	rs10913637	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TTATAGTAGACTTGAAATAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=178863274;WS=178863256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	178871217	rs2275100	G	A	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=32;PP=1605;ReadPosRankSum=0.873;SC=TTCTGTTTCCGCTAATTATCT;SOR=0.735;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=170;TCF=121;TCR=49;TR=104;WE=178871225;WS=178871207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,109:0.60:182
chr1	179023879	rs12735672	T	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=521;SC=AAGAACTCAGTGGAATACAAA;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=179023887;WS=179023869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	179040930	rs10913689	T	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=15;PP=1762;SC=AAAGCAAAAATTATTTAGTTA;SOR=2.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=81;WE=179040938;WS=179040920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	179041011	rs3820163	A	G	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=99;PP=2965;SC=GATAATGAGAAGTTTTATGTA;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=136;TCR=100;TR=234;WE=179041019;WS=179041001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	179051202	.	C	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-0.354;SC=GCCTGACCGCCCCGGGCTTAA;SOR=1.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=179051210;WS=179051192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	179051300	rs2296377	T	C	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=18;PP=1548;SC=TTGGCTCTTTTTCCTGCTGCT;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=74;WE=179051308;WS=179051290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	179052006	rs2274227	G	T	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=1091;ReadPosRankSum=2.390;SC=AAGTTGTGTGGCAAGGTTGCC;SOR=0.514;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=184;TCF=86;TCR=98;TR=68;WE=179052014;WS=179051996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,73:0.36:201
chr1	179054692	rs912758	T	G	11946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=239;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CTTGGTTTCTTGGCTGTTGGC;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=240;TCR=171;TR=408;WE=179054700;WS=179054682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,432:1.00:433
chr1	179055020	rs2296376	C	T	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=52;PP=1207;ReadPosRankSum=-1.108;SC=ATATGTGGACCTGTACAAGGT;SOR=1.194;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=154;TCF=58;TCR=96;TR=76;WE=179055028;WS=179055010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,75:0.48:156
chr1	179067071	rs10913690	C	A	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=61;PP=1770;SC=ATTCCCCATGCTTTTACTCAC;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=179067079;WS=179067061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	179087934	rs2171959	T	C	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=103;PP=2599;SC=TTTTTATTAGTGTACATTCAA;SOR=1.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=45;TCR=103;TR=148;WE=179087942;WS=179087924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	179089213	rs1858551	C	T	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=11;PP=1291;SC=GACAACAGAGCGAGACCCTGT;SOR=2.910;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=67;WE=179089221;WS=179089203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	179089475	rs9726961	C	G	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=77;PP=2179;SC=AAAATCATTTCATTCATCTCA;SOR=1.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=116;WE=179089483;WS=179089465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	179089491	rs9728480	A	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=56;PP=1659;SC=TCTCACAATCATAAAGCTTCA;SOR=2.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=71;WE=179089499;WS=179089481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	179089518	rs9727252	C	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=35;PP=923;SC=AAAGTAAAAACTATCTTTTGA;SOR=3.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=39;WE=179089526;WS=179089508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	179095895	.	TA	T	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.614;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr1	179102268	rs28914510	A	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=376;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CTGGGATTACAAACGTGAGCC;SOR=2.617;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=17;WE=179102276;WS=179102258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr1	179112145	rs1318056	C	G	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=60;PP=1343;ReadPosRankSum=0.176;SC=TCTGCCATAACTATTAGGTGG;SOR=0.866;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=287;TCF=131;TCR=156;TR=103;WE=179112153;WS=179112128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,105:0.35:303
chr1	179307047	rs10913726	T	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=22;PP=725;SC=TATTTTTAGTTGTTTTTAAAT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=179307055;WS=179307037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	179312235	rs10913728	G	A	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=50;PP=1435;SC=TGGTGAGTAGGGAAGTCTAAT;SOR=5.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=53;WE=179312243;WS=179312225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	179312525	rs12691483	G	A	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=101;SC=ACGCCCGGTTGGTTTTTTTGT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=179312533;WS=179312517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	179339334	rs6666358	G	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=297;SC=AAAATTTACAGTATCTTTGAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=179339342;WS=179339324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	179348646	rs141815555	T	TG	2062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=1492;SC=AAAAAATACCTGCCCCAGCTC;SOR=1.532;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=179348654;WS=179348636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	179351606	rs4625243	G	C	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=202;SC=GCCATGTCCCGATGATTATTT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=179351614;WS=179351602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	179354304	rs7541905	A	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=721;SC=CATTCAAGGTATTAACCTCCT;SOR=2.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=179354312;WS=179354294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	179380472	rs5779024	GT	G	1536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=35;PP=944;SC=TTTAAAATTTGTTTTTTTTGT;SOR=1.382;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=42;WE=179380480;WS=179380462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	179398563	rs4652382	C	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=301;SC=TTAATGATTCCATGAAAAATC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=179398571;WS=179398553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	179398875	rs4652383	T	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=668;SC=TAGTGCTTATTGTACAGAATG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=179398883;WS=179398865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	179401379	rs11314780	CT	C	1239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=4;PP=793;SC=AGATGTTTCTCTTTTTTTTTT;SOR=3.486;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=49;WE=179401398;WS=179401369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	179401526	rs7550638	C	G	9335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=26.15;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	179401559	rs7550656	C	T	9360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=38.21;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	179401564	rs10706073	CT	C	5804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.784;NF=14;NR=107;PP=1522;ReadPosRankSum=1.720;SC=ACATCCCATCCTTTTTTTTTT;SOR=0.551;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=167;TCF=17;TCR=150;TR=121;WE=179401574;WS=179401549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,196:0.96:204
chr1	179401599	rs7550736	C	T	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=96;PP=2808;SC=CACTCACTGTCGCCCAGGCTG;SOR=1.654;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=40;TCR=97;TR=134;WE=179401607;WS=179401589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	179414105	rs11577579	A	C	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=58;PP=2965;SC=CACTCTTTAGATCCTGAATGA;SOR=1.585;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=129;TCR=58;TR=186;WE=179414113;WS=179414095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	179418132	rs10913770	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=330;SC=AGCAATCCTCCCACCTCAACC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=179418140;WS=179418130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	179418181	rs10913771	T	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=655;SC=CCACCACTGTTGACTAATTTT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=179418189;WS=179418171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	179437827	rs7514278	G	A	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=188;SC=CTAAAGGTTTGTTGCAATACA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=179437835;WS=179437817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	179462149	rs7549194	A	G	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=47;PP=1325;SC=AGATTTTTGAAGTTCAATTGA;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=53;WE=179462157;WS=179462139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	179494612	rs35486954	CTACA	C	1234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=1043;SC=GTTTTTCCTCCTACATACATA;SOR=2.019;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=20;WE=179494623;WS=179494602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	179494665	rs4620484	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=301;SC=AGGGTCCTGCCCTGTCACCCA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=179494673;WS=179494655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	179497359	rs6698201	T	C	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=11;PP=1342;SC=AAATGGAAAATGTAAGCTTCC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=62;WE=179497367;WS=179497349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	179520254	rs1410591	C	G	5834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=59;PP=2965;SC=CTCCCTCAGGCATGTGACTTT;SOR=1.424;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=192;TCF=133;TCR=59;TR=190;WE=179520262;WS=179520244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	179520506	rs1410592	G	A	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=90;PP=2836;SC=GAAGCTGAACGGCAGCAGGGG;SOR=1.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=46;TCR=90;TR=136;WE=179520514;WS=179520496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	179528917	rs12401708	G	A	5712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=0.008;SC=GGAGGAGGAAGTGACAGATAA;SOR=0.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=97;TCR=101;TR=196;WE=179528925;WS=179528907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr1	179528942	rs12401711	G	A	5190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=89;PP=2965;SC=CTAGCATGAAGGCTGTTTGGG;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=87;TCR=89;TR=175;WE=179528950;WS=179528932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	179544898	rs1079292	T	C	6300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=115;PP=2965;SC=GCCCGCGGCCTCCGCCGCTCC;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=99;TCR=115;TR=213;WE=179544906;WS=179544888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	179545050	rs12406197	C	A	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=38;PP=1153;SC=GCTAGGGGCACGGGAGCGCAG;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=179545058;WS=179545040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	179562735	.	G	A	7717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.848;ClippingRankSum=0.000;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=0.360;SC=ACCTTACCGAGGAAGGGTTGC;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=522;TCF=266;TCR=256;TR=326;WE=179562743;WS=179562725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,341:0.62:546
chr1	179590352	rs61826406	C	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=576;SC=TTTTGTTTTGCATTTTAGTAT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=179590360;WS=179590342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	179631242	rs35448215	G	A	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=39;PP=1647;SC=ATTTTAGGATGAGATCCCCAC;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=179631250;WS=179631232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	179852074	rs1281378	T	C	10526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=248;PP=2965;SC=TCTCCTGTTATGACCAGGAGA;SOR=1.437;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=387;TCF=138;TCR=249;TR=386;WE=179852082;WS=179852064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr1	179852552	rs605807	T	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=1;PP=1094;SC=GATCTAACCTTTCAGTCTTTT;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=39;WE=179852560;WS=179852542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	179858333	rs1300068	C	T	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=379;SC=ACTTCTCTAGCGTAAATAAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=179858341;WS=179858323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	179858444	rs2245425	G	A	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=56;PP=2401;SC=TCCTATATTAGCAGTGAGTGA;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=87;TCR=56;TR=143;WE=179858452;WS=179858434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	179876988	rs609521	C	G	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	179887125	rs627897	G	A	13793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=253;NR=228;PP=2965;SC=ATGAAAACGCGGCCTTCAAAG;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=481;TCF=253;TCR=228;TR=481;WE=179887133;WS=179887115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr1	179983665	rs2501607	G	A	6011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=148;PP=2965;SC=ATATACAAAGGAGAGTCATTC;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=52;TCR=148;TR=200;WE=179983673;WS=179983655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	179989742	rs2477120	G	C	9054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=148;PP=2965;SC=TCCCAAACCAGAAGGGCTACT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=161;TCR=149;TR=309;WE=179989750;WS=179989732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	179992076	rs2477117	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=33;PP=940;SC=AGTTTTGCTCATTTAAAAATA;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=179992084;WS=179992066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	179993793	rs4622030	T	C	221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=119;SC=ATGATTTGATTGCATAAGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=179993801;WS=179993783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	180010702	rs4652461	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=0;PP=793;SC=TTTTTTACTATGAATAAGACA;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=180010710;WS=180010692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	180022343	rs9425854	T	G	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=98;PP=2965;SC=GTTGTGGATATGTTCTCTCAA;SOR=1.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=47;TCR=98;TR=145;WE=180022351;WS=180022333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	180059736	rs67852047	GACATACCT	G	1598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=1;PP=2206;SC=GACATAGATTGACATACCTAC;SOR=7.276;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=32;WE=180059751;WS=180059726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	180059811	rs10798729	A	C	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=57;PP=2965;SC=TTATTATAGTAATATGTTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=119;TCR=58;TR=174;WE=180059819;WS=180059801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	180080115	rs3767202	T	G	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=19;PP=1793;SC=CTAACCTTATTGTCTTCTAAA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=81;WE=180080123;WS=180080105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	180124379	rs35481032	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.589;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	180144291	rs71118443	C	CA	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.127;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	180144485	rs10913939	G	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=961;ReadPosRankSum=-0.676;SC=AGAACGGCTCGGGAGCAGTAT;SOR=0.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=65;WE=180144493;WS=180144475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,67:0.50:135
chr1	180145088	rs2298206	A	G	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.403;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.509;SC=ACGTGCAGACACTGCGGGAGA;SOR=0.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=95;TCR=95;TR=189;WE=180145096;WS=180145078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr1	180148012	rs17855475	G	C	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=62;PP=1722;ReadPosRankSum=0.077;SC=TCCTACCTGGGTAGAGAGGTG;SOR=0.572;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=83;TCR=100;TR=116;WE=180148020;WS=180148002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,124:0.64:195
chr1	180155376	rs2298207	C	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.033;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.614;NF=4;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=-0.795;SC=AGTGTGCGTTCCTGTAAGGCT;SOR=0.162;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=10;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr1	180155382	rs3216058	AG	A	1148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=985;SC=CGTTCCTGTAAGGCTGGGCAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=24;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	180158668	rs3894210	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=0.868;SC=CTCCAGCTTCCGCTTGTTCCT;SOR=0.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=19;WE=180158676;WS=180158658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr1	180158927	rs3889149	C	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=759;ReadPosRankSum=1.681;SC=CAGTGATCTTCGTTGGGTCCT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=36;WE=180158935;WS=180158917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr1	180159654	rs7521513	C	T	7679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.46;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,197:0.58:342
chr1	180159657	rs1050154	C	T	7797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=1.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.28;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,199:0.59:335
chr1	180159797	rs3215795	TC	T	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=-1.631;SC=GCAGGGAAGCTCCCTTGAATT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=7;WE=180159805;WS=180159787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr1	180163390	rs12371	A	G	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=27;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GGCTACGTGCACTACTTCTTC;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=84;WE=180163398;WS=180163380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,90:0.56:162
chr1	180240752	rs3845397	C	T	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=628;ReadPosRankSum=0.370;SC=CATCAGCTCACGGGTGGTTGG;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=35;WE=180240760;WS=180240742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr1	180243524	rs7536561	A	G	5513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.360;SC=CCTTTGCTCAATGGGCTGGAT;SOR=0.692;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=358;TCF=186;TCR=172;TR=220;WE=180243532;WS=180243514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,235:0.63:375
chr1	180257692	rs2254465	A	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=37;PP=917;SC=AAGTTTACCAAGAGACAGAGA;SOR=2.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=180257700;WS=180257682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	180283659	rs2764433	T	C	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=49;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCCTC;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=180283667;WS=180283649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	180471054	rs12723183	C	A	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.79;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr1	180757056	rs3761904	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=38;PP=1204;SC=ATCATTGTTTAAACTTCTGAT;SOR=1.942;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=59;WE=180757064;WS=180757046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	180757117	rs34984251	G	GT	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=615;SC=CACTTAAGAGGATTTTCTTGA;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=180757125;WS=180757107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	180803922	rs2271669	T	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=0;PP=975;SC=TCAACTAAAGTAATCATGCTG;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=34;WE=180803930;WS=180803912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	180885430	rs10732273	T	C	12374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=233;NR=212;PP=2965;SC=ACATCCAGCCTGATGGCCCCC;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=445;TCF=233;TCR=212;TR=445;WE=180885438;WS=180885420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr1	180886810	rs3761905	C	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=166;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CAGCATATGGCTGTGCCCACA;SOR=0.264;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=180886818;WS=180886800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	180897521	rs7544551	C	T	13398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=276;NR=202;PP=2965;SC=CGTTATTTTCCTCTAATCCCT;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=478;TCF=276;TCR=202;TR=478;WE=180897529;WS=180897511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr1	180897569	rs3747958	C	T	3956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=103;PP=2599;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GCTGCAGGACCGTTGGTCCCA;SOR=0.723;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=476;TCF=242;TCR=234;TR=203;WE=180897577;WS=180897559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,205:0.42:487
chr1	180897792	rs35197779	ATGC	A	1004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.810;NF=2;NR=19;PP=938;ReadPosRankSum=0.234;SC=ATCTAGCCAAATGCTGCTGCT;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=21;WE=180897802;WS=180897782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr1	180905352	rs3795505	C	T	8870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=0.679;SC=TTACAGAAAGCCACGAGTCCC;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=728;TCF=394;TCR=334;TR=404;WE=180905360;WS=180905342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,414:0.55:747
chr1	180905448	rs3795504	G	T	11131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=243;PP=2962;ReadPosRankSum=0.257;SC=CAGCTTCCTTGTGTCCTGAAG;SOR=0.547;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=780;TCF=373;TCR=407;TR=480;WE=180905456;WS=180905438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,489:0.62:791
chr1	180905694	rs3795503	C	T	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=90;PP=1651;ReadPosRankSum=-1.820;SC=ACTGCAACAACAGCGCACCTC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=458;TCF=191;TCR=267;TR=153;WE=180905702;WS=180905684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,163:0.34:474
chr1	180913597	rs2331995	A	G	15454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=271;NR=285;PP=2965;SC=CAGCAAGGGGAACCGGTCCAG;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=557;TCF=271;TCR=286;TR=556;WE=180913605;WS=180913587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr1	180933498	rs4652543	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=3;PP=959;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GTCCAGGCCCCGGTTCCTGGG;SOR=1.390;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=61;TCR=5;TR=43;WE=180933506;WS=180933488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr1	180945701	rs200483427	C	T	4239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=67;PP=2635;ReadPosRankSum=0.472;SC=CCAGAGGCCCCGCCGTCACAG;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=304;TCF=186;TCR=118;TR=176;WE=180945709;WS=180945691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,192:0.59:327
chr1	180953853	rs3747957	A	G	6987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=126;PP=2965;SC=TCTTCATCACATTGTCCAGCC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=130;TCR=126;TR=256;WE=180953861;WS=180953843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
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chr1	181058014	rs41268462	C	G	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=50;ReadPosRankSum=1.893;SC=ACCCCGGCGCCGACGGCCCTG;SOR=0.798;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=257;TCF=152;TCR=105;TR=130;WE=181058022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,134:0.51:265
chr1	181058313	rs3747955	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=462;ReadPosRankSum=-0.240;SC=CCCGCCGCTCGTGCCTCTTGG;SOR=0.889;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=28;WE=181058321;WS=181058303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr1	181058618	rs1416829	C	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=5;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=399;ReadPosRankSum=1.122;SC=CGCGACCCCCCGCGCTGCCTG;SOR=0.526;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=28;WE=181058626;WS=181058608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr1	181058643	rs1361365	A	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=888;SC=TGCGCGCCGCAACCAGCGGAG;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=181058651;WS=181058633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	181548341	rs17443123	A	G	4490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=117;PP=2700;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TACATCGAGCATGCTTCATGA;SOR=0.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=656;TCF=330;TCR=326;TR=239;WE=181548349;WS=181548331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,250:0.37:682
chr1	181684605	rs12407563	A	G	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.390;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=1037;ReadPosRankSum=0.474;SC=ATTCAAAAGGAGAGAAAGAAA;SOR=0.337;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=64;WE=181684613;WS=181684595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
chr1	181688868	rs4651113	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=746;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TCTCACTGTGGCTGGCATTGC;SOR=1.101;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=45;WE=181688876;WS=181688858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr1	181701799	rs35737760	T	A	3408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=81;PP=2639;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TCAAGGGGGATGGAGGGGACC;SOR=0.618;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=237;TCF=101;TCR=136;TR=139;WE=181701807;WS=181701789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,138:0.59:232
chr1	181706685	rs34488539	C	T	3420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=54;PP=2290;ReadPosRankSum=0.636;SC=GCCACTACATCGTGAACCTGC;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=292;TCF=190;TCR=102;TR=152;WE=181706693;WS=181706675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,156:0.51:307
chr1	181708168	rs73045109	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=284;ReadPosRankSum=0.655;SC=AGGTCCTAGCATAGGGTTGGT;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=17;WE=181708176;WS=181708158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr1	181714466	rs375841404	AT	A	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.327;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr1	181725110	rs4652678	T	C	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,114:0.56:204
chr1	181727030	rs12564606	A	T	3261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=50;PP=2265;ReadPosRankSum=1.426;SC=AGAGCCTGCCATGGTAGATCT;SOR=1.122;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=255;TCF=153;TCR=102;TR=139;WE=181727038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,142:0.54:263
chr1	181731667	rs149636359	T	TC	1712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=5.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.42;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=2.339;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,67:0.48:140
chr1	181732695	rs72735265	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=867;ReadPosRankSum=-1.694;SC=ATCCTCTCTGAGGGTTGTCAT;SOR=0.753;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=58;WE=181732703;WS=181732685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,59:0.53:111
chr1	181741301	rs199930	C	T	5886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.172;SC=AGAACGAGAACGAACGCTGCG;SOR=0.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=481;TCF=283;TCR=198;TR=261;WE=181741317;WS=181741291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,273:0.54:502
chr1	181745580	rs199932	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=447;ReadPosRankSum=1.079;SC=CTGTGACAGGGTTTTCCCTTT;SOR=1.079;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=29;WE=181745588;WS=181745570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr1	181752923	rs36163765	AAGCTT	A	2111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.009;NF=4;NR=28;PP=1497;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TGCCAAAGGTAAGCTTAGCTT;SOR=0.511;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=77;TCF=8;TCR=69;TR=32;WE=181752935;WS=181752913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,55:0.50:109
chr1	181754314	rs579105	G	C	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-5.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=2;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.676;SC=GGCACCATGGGGGCCCTCAAT;SOR=0.396;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=74;TCF=72;TCR=2;TR=47;WE=181754322;WS=181754304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr1	181754803	rs473200	C	T	7634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.429;SC=CAGCAAACTCCGTAGTCATTG;SOR=0.579;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=603;TCF=339;TCR=264;TR=331;WE=181754811;WS=181754793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,348:0.55:634
chr1	181759443	rs74127864	T	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.19;MQRankSum=1.645;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	181759443	.	T	TA	152	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5003;HP=16;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=17;MQ=62.62;NF=5;NR=0;PP=152;QD=31.0;SC=TTTTTTTTTTTAATTTCAGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=181759451;WS=181759433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,5:0.62:8
chr1	181759473	rs593942	T	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.408;NF=13;NR=1;PP=288;ReadPosRankSum=0.040;SC=TGTAAGTTACTAGGTTTACAA;SOR=1.402;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=14;WE=181759481;WS=181759463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr1	182355046	rs2296519	A	G	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=145;PP=2965;SC=AGGACAAAACACTAAGAGTCA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=142;TCR=145;TR=287;WE=182355054;WS=182355036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	182356399	rs1058111	A	G	10838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=0.510;SC=GTAAAGTACTAGAGCCATCGA;SOR=0.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=396;TCF=220;TCR=176;TR=394;WE=182356407;WS=182356389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,411:1.00:412
chr1	182369078	rs6698722	G	A	7139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=131;NR=102;PP=2965;SC=AGCCAGAGACGGGTCTGTATA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=131;TCR=102;TR=233;WE=182369086;WS=182369068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	182369233	rs6674281	A	G	14393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=250;NR=246;PP=2965;SC=AGCAGAGAATAAACGTGCAGC;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=498;TCF=252;TCR=246;TR=496;WE=182369241;WS=182369223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr1	182429295	rs10572829	CTG	C	1314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=32.07;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	182429728	rs266508	T	C	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=27;PP=1720;SC=AATTTGTCTCTTTGCTTTTGC;SOR=1.458;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=91;WE=182429736;WS=182429718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	182491107	rs607269	A	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=6;PP=1023;SC=CTTATAATATAGTGTTCTCCA;SOR=4.615;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=45;WE=182491115;WS=182491097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	182496829	rs7535533	A	G	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=84;PP=2154;ReadPosRankSum=-1.456;SC=GAAGATCAGTATAGAGACCAA;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=114;TCR=176;TR=140;WE=182496837;WS=182496819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,143:0.47:306
chr1	182501933	rs266534	C	A	13037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=221;NR=238;PP=2965;SC=GAAAGTAAGTCATTTCTGTAT;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=461;TCF=222;TCR=239;TR=459;WE=182501954;WS=182501923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr1	182502033	rs266535	G	T	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=129;PP=2965;SC=GCAGCCTGGAGTCTAGCAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=69;TCR=129;TR=198;WE=182502041;WS=182502023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	182509269	rs266531	G	A	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=13;PP=1532;SC=GACTATTTCAGTAGGCCAAAA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=182509277;WS=182509259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	182509292	rs3856115	A	G	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=26;PP=2261;SC=ATGGATCCACAGTCTCCTTTC;SOR=2.488;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=90;TCR=26;TR=115;WE=182509300;WS=182509282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	182509617	rs3911280	C	A	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=38;PP=1083;SC=TAGGACTGCCCAGCAGAAACT;SOR=4.271;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=182509625;WS=182509607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	182517357	rs6657620	G	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=507;SC=CTGGCCTTGCGTTTTTTGGGC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=182517365;WS=182517356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	182549019	rs533259	A	G	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1335;ReadPosRankSum=-1.235;SC=TCACAGCTTCATGTAGTGGTG;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=99;TCR=67;TR=91;WE=182549027;WS=182549009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,95:0.55:172
chr1	182551337	rs627928	A	C	3636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=71;PP=2467;ReadPosRankSum=-2.045;SC=GAGCTTTCAGATCCTCAAATG;SOR=0.567;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=260;TCF=140;TCR=120;TR=150;WE=182551345;WS=182551327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,159:0.58:273
chr1	182554330	rs78685194	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-4.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=315;ReadPosRankSum=0.480;SC=TTATGAATTTGTTGTAATAAT;SOR=0.468;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=17;WE=182554338;WS=182554320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr1	182569626	rs1144566	T	C	9304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=181;PP=2965;SC=CGTCAGCTCGTGGGTCTCATG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=339;TCF=156;TCR=183;TR=337;WE=182569634;WS=182569616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	182571003	rs610367	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=491;SC=GGCCCTTCTACCTCTACACCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=182571011;WS=182570993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	182573135	rs114889394	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=423;ReadPosRankSum=1.503;SC=GTTTGTCAGAGGATGGGGATG;SOR=0.918;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=23;WE=182573143;WS=182573125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr1	182573227	rs509476	T	C	8284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	182778367	rs971040	G	A	9217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=177;PP=2965;SC=CAAAGTAGACGGAGTAGCTTT;SOR=1.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=141;TCR=177;TR=318;WE=182778375;WS=182778357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	182784022	rs2275171	T	C	6333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=141;PP=2965;SC=ATGCATGGCATCTCACATGGT;SOR=1.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=72;TCR=141;TR=213;WE=182784030;WS=182784012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	182822398	rs4652750	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=324;ReadPosRankSum=-1.810;SC=TAGGATTTTTCTACAGTTATG;SOR=0.307;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=19;WE=182822406;WS=182822388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr1	182825772	rs72727044	T	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=314;ReadPosRankSum=1.699;SC=AATCTTCACATTTTAAGTCTT;SOR=1.214;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=19;WE=182825780;WS=182825762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr1	182835944	.	T	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=42.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=2.212;SOR=5.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	182850727	rs6677840	T	C	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=43;PP=1540;SC=TAAGAATGACTTGGGAAGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=182850735;WS=182850717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	182993025	rs10911194	C	T	9874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=0.597;SC=TCAACGCCGCCTTCAACGTGA;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=780;TCF=420;TCR=360;TR=439;WE=182993033;WS=182993015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,451:0.56:807
chr1	183072590	rs2296288	T	C	9337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=175;PP=2965;SC=GTGGTTCCTGTGAGAACACCT;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=337;TCF=161;TCR=176;TR=334;WE=183072598;WS=183072580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr1	183077296	rs3835273	A	AG	819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.22;MQRankSum=1.001;NF=23;NR=1;PP=850;ReadPosRankSum=-0.134;SC=ATTTAGTGCTAAAGAGGGCGT;SOR=0.240;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=24;WE=183077304;WS=183077286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr1	183077615	rs3765521	C	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.89;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr1	183077618	rs3765522	C	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.18;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr1	183079509	rs2296291	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.516;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=683;ReadPosRankSum=-1.262;SC=GCTCAGTTCCCCAGTTTACAC;SOR=0.086;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=37;WE=183079517;WS=183079499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr1	183079853	rs6672093	T	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=488;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GAAGAAGGAATGGGTGACTTT;SOR=0.375;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=32;WE=183079861;WS=183079843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr1	183084607	rs3736888	AC	GA	4969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=34;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GATTTTACTTACGTATCTGGC;SOR=0.800;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=196;TCF=135;TCR=61;TR=104;WE=183084616;WS=183084597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,127:0.59:214
chr1	183085611	rs10689020	C	CA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	183085696	rs6424888	A	G	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=36;PP=1856;ReadPosRankSum=0.707;SC=TGTTTTATCCATTTTTCATTG;SOR=0.566;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=143;TCR=58;TR=123;WE=183085704;WS=183085686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,124:0.61:203
chr1	183085755	rs20563	A	G	5988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=1.121;SC=TGAATGTAATATTGAAACAGG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=418;TCF=232;TCR=186;TR=258;WE=183085763;WS=183085745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,273:0.61:445
chr1	183086757	rs2296292	A	C	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1542;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GCCTCTCTGCAGAAGACCTTG;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=177;TCF=80;TCR=97;TR=108;WE=183086765;WS=183086747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,115:0.60:191
chr1	183093875	rs20557	T	C	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=1610;ReadPosRankSum=1.554;SC=TCGATCCCAATGCAGTTGGAA;SOR=0.824;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=195;TCF=98;TCR=97;TR=122;WE=183093883;WS=183093865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,127:0.61:209
chr1	183094547	rs20558	T	C	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=58;PP=2075;ReadPosRankSum=-0.155;SC=AATTGCAATCTGTATGGGACC;SOR=0.636;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=246;TCF=150;TCR=96;TR=145;WE=183094555;WS=183094537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,146:0.59:247
chr1	183094802	rs10797850	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=0.669;SC=GCCTAATGTAGGCAAGGCATC;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=13;WE=183094810;WS=183094792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr1	183095185	rs55856623	TAA	T	1524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=6.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.840;QD=17.13;ReadPosRankSum=1.568;SOR=1.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr1	183095234	rs1886501	A	G	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.796;NF=87;NR=60;PP=2234;ReadPosRankSum=1.075;SC=TGCCTGAGAAATGTCCTGTGT;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=242;TCF=140;TCR=102;TR=147;WE=183095242;WS=183095224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,131:0.62:212
chr1	183095477	rs2296293	G	A	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=55;PP=1201;ReadPosRankSum=-1.501;SC=GACTTTGACAGCCTCAGTCTA;SOR=0.519;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=136;TCF=39;TCR=97;TR=79;WE=183095485;WS=183095467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,83:0.59:141
chr1	183096253	rs3066017	T	TATA	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=278;ReadPosRankSum=-1.971;SC=TCAAAAAAATTATGACAGTAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=183096261;WS=183096243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	183096634	rs1413390	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=1.237;SC=GGTGAACAAGGTAGATGTGGT;SOR=1.755;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=9;WE=183096642;WS=183096624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	183096668	.	C	T	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=31;QD=16.4428031368;SC=GACTTATGTTCCAGTTGGGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=183096676;WS=183096658;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr1	183097956	rs34133998	G	GTTA	2272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.277;NF=2;NR=34;PP=1541;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CTAAAGCAAGGTTAGTATAGT;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=36;WE=183097964;WS=183097946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr1	183098001	rs10797851	A	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=440;ReadPosRankSum=0.201;SC=TAAACTACTCATAGATTATAA;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=26;WE=183098009;WS=183097991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr1	183099560	rs20559	G	A	4383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.203;SC=CAGAATATCCGGAATACCATT;SOR=0.775;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=348;TCF=176;TCR=172;TR=191;WE=183099568;WS=183099550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,202:0.55:368
chr1	183099701	rs2296300	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=674;ReadPosRankSum=0.960;SC=GATTGCAAACGTCTGAGGTGG;SOR=1.171;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=35;WE=183099709;WS=183099691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr1	183100555	rs2333620	T	C	2989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=17.18;ReadPosRankSum=-2.327;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,90:0.52:174
chr1	183100563	rs4997370	G	T	2481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=6.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=20.85;ReadPosRankSum=-6.063;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,63:0.53:119
chr1	183101427	rs148796825	AAAT	A	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=249;ReadPosRankSum=0.498;SC=ACTCCATTTCAAATAATAATA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=6;WE=183101437;WS=183101423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	183101444	rs12071514	A	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.86;ReadPosRankSum=0.517;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	183101451	rs12066735	T	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.91;ReadPosRankSum=0.393;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr1	183101471	rs12061219	G	A	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=5;PP=798;ReadPosRankSum=-0.132;SC=AGCATTACCTGAATTTTACTT;SOR=0.926;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=63;TCR=10;TR=43;WE=183101479;WS=183101461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr1	183101686	rs12095664	G	A	4356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.890;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=114;PP=2896;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AGTATAATTTGAAAGTGGTTT;SOR=1.010;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=323;TCF=124;TCR=199;TR=177;WE=183101694;WS=183101676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,189:0.56:340
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chr1	183104340	rs35182436	AT	A	2805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.146;NF=13;NR=71;PP=958;ReadPosRankSum=-0.576;SC=CACTAGAGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.821;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=155;TCF=22;TCR=133;TR=84;WE=183104349;WS=183104330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,140:0.65:216
chr1	183105399	rs2296296	C	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=438;ReadPosRankSum=0.800;SC=AGCCCATGCTCTCTTCCATTT;SOR=0.479;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=22;WE=183105407;WS=183105389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	183105534	rs20560	T	C	5862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.338;SC=TTGATAGGCGTGTGAACGATA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=423;TCF=250;TCR=173;TR=263;WE=183105542;WS=183105524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,267:0.62:429
chr1	183105705	rs20561	G	A	3166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=91;PP=2240;ReadPosRankSum=1.301;SC=AGAGGATCGCGAGCGCTGTCC;SOR=0.470;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=181;TCF=38;TCR=143;TR=117;WE=183105713;WS=183105695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,122:0.65:188
chr1	183106739	rs10797854	G	A	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=603;ReadPosRankSum=0.586;SC=TATAAAAGGAGCGGGAGCATA;SOR=0.371;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=38;WE=183106747;WS=183106729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr1	183155399	rs2276542	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=0.860;SC=AAAGGAAGGCACAGCGGAGCG;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=183155407;WS=183155389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	183155715	rs60707856	CT	C	3238.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=50;PP=2966;ReadPosRankSum=0.198;SC=TCTGGGGCTCCTCCAGAGACG;SOR=0.517;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=110;TCF=8;TCR=102;TR=56;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,86:0.57:150
chr1	183155717	rs61418038	C	A	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=0.519;SC=TGGGGCTCCTCCAGAGACGGA;SOR=0.517;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=46;TCR=98;TR=75;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,86:0.57:150
chr1	183155778	rs6703054	A	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=689;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AAATAGTAAGACAATAAGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=30;WE=183155786;WS=183155768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr1	183184524	rs2274981	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=575;ReadPosRankSum=0.688;SC=TAGTTGCTTCCAATGCCGCAT;SOR=0.553;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=35;WE=183184532;WS=183184514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr1	183184616	rs2274980	C	T	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=38;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GTGACAACTCCGGACGGTGCA;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=95;WE=183184624;WS=183184606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,94:0.52:180
chr1	183184690	rs11586699	C	T	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.013;SC=CACATGCTCACGGATGCGGGG;SOR=0.662;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=206;TCF=99;TCR=107;TR=89;WE=183184698;WS=183184680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,94:0.43:220
chr1	183184848	rs875794	T	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=425;ReadPosRankSum=0.521;SC=AGTACATCATTTGGGCTATCT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=21;WE=183184856;WS=183184838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr1	183187494	rs10911285	T	C	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=42;PP=1725;ReadPosRankSum=-1.753;SC=TTTGGAAGCATGTCCCTAATT;SOR=0.982;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=228;TCF=148;TCR=80;TR=128;WE=183187502;WS=183187484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,131:0.54:243
chr1	183187603	rs1129723	C	T	5391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.859;SC=AGCCAGCTGTCACTGGAGAAC;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=378;TCF=196;TCR=182;TR=236;WE=183187611;WS=183187593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,249:0.62:401
chr1	183191144	rs2296307	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=663;ReadPosRankSum=1.047;SC=TAGGACTTGTCGGCAAGCAAA;SOR=0.708;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=36;WE=183191152;WS=183191134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr1	183192304	rs1047980	T	G	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=25;PP=1332;ReadPosRankSum=-1.933;SC=TGAGCTATGGTCAAAGCCTGT;SOR=0.844;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=78;WE=183192312;WS=183192294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,88:0.56:156
chr1	183192496	rs3738824	A	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=741;ReadPosRankSum=0.400;SC=AATTAGAGCAAACTATGATTG;SOR=0.580;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=42;WE=183192504;WS=183192486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr1	183194619	rs2021956	A	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=423;ReadPosRankSum=-1.139;SC=TCTCAGTCCTATGCCCCCTTC;SOR=1.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=18;WE=183194627;WS=183194615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	183201970	rs2296303	G	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=1029;ReadPosRankSum=0.088;SC=CTGGCAGAAAGTGAAGCTTCC;SOR=1.044;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=59;WE=183201978;WS=183201960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,61:0.54:112
chr1	183206573	rs1047981	G	A	5429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=1.571;SC=AGCGTACACAGAAGAATCTGG;SOR=0.596;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=480;TCF=235;TCR=245;TR=251;WE=183206581;WS=183206563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,260:0.52:500
chr1	183207603	rs1925043	T	C	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=57;PP=1449;ReadPosRankSum=0.693;SC=AAGTGTATAGTCATGACCAAT;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=135;TCF=42;TCR=93;TR=84;WE=183207611;WS=183207593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,91:0.63:145
chr1	183209086	rs2477436	C	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=261;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GCCCGGCTGCCGCTGTATTTT;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=15;WE=183209094;WS=183209076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	183212171	rs3768594	C	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=-1.947;SC=ATACTATTTGCTCTAGGCAAG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=183212179;WS=183212161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	183212548	rs3768593	T	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=817;ReadPosRankSum=0.400;SC=CTGCCATAAATATTTCTCAAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=53;WE=183212556;WS=183212538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr1	183253213	rs607332	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=448;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TTAGGGAACAGGCTTCCTGGT;SOR=0.617;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=24;WE=183253221;WS=183253203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr1	183253959	rs603850	T	G	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1204;ReadPosRankSum=1.596;SC=AGGGACAGAGTGGGAGAGAAC;SOR=0.766;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=76;WE=183253967;WS=183253949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,80:0.52:154
chr1	183441977	rs3905118	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=362;ReadPosRankSum=-0.198;SC=CCCTACCGCCCGGGCTGAGCT;SOR=0.631;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=12;WE=183441999;WS=183441967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr1	183441991	rs6671819	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=558;ReadPosRankSum=0.807;SC=CTGAGCTCTGGCGAAGCCGGC;SOR=0.075;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=183441999;WS=183441967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr1	183471295	rs789193	G	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=330;SC=CCTTTCACATGAAGTCATTTC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=183471303;WS=183471285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	183486859	rs789169	G	A	11139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.654;SC=TCACAACACTGCAAGGCCAGG;SOR=0.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=199;TCR=203;TR=401;WE=183486867;WS=183486849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,418:1.00:419
chr1	183496658	rs2877978	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr1	183498191	.	G	GT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=8.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.560;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,27:0.13:202
chr1	183502233	rs34309744	AT	A	1878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.054;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.364;NF=37;NR=11;PP=1617;ReadPosRankSum=-1.619;SC=TACCAGTTTAATTTCTTGTGT;SOR=0.154;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=85;TCF=69;TCR=16;TR=48;WE=183502241;WS=183502223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr1	183515428	rs2298083	G	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=841;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GTCACCAGGAGTCTTCCGTCC;SOR=0.980;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=49;WE=183515436;WS=183515418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr1	183516100	rs699246	G	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=261;ReadPosRankSum=-0.117;SC=ATTTCAGAGCGTTTTTTCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=14;WE=183516108;WS=183516090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	183525452	rs699244	T	G	7781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=168;PP=2965;SC=ATTTGTTATCTGTCACCCTTC;SOR=1.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=102;TCR=168;TR=270;WE=183525460;WS=183525442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr1	183534935	rs2296164	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=708;ReadPosRankSum=0.968;SC=CAGGGAGCGACGGTCAGAACC;SOR=0.560;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=61;WE=183534943;WS=183534925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,66:0.55:120
chr1	183542387	rs2274064	T	C	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=41;PP=2040;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TCGAAACAGCTTGCCCACAGG;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=132;TCR=71;TR=117;WE=183542395;WS=183542377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,120:0.56:213
chr1	183592416	rs2761573	G	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=785;ReadPosRankSum=0.301;SC=TATTTATGTTGATTACTCTTA;SOR=0.311;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=125;TCF=90;TCR=35;TR=59;WE=183592424;WS=183592406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr1	183592570	rs17488675	C	T	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GTGGGCTTCCCGGGCCTCCTC;SOR=0.572;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=253;TCF=113;TCR=140;TR=90;WE=183592578;WS=183592560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,93:0.35:265
chr1	183604905	rs2767305	A	G	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=61;PP=1273;ReadPosRankSum=0.056;SC=TTCCGCTCTGAGGCGTCGCCG;SOR=0.401;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=172;TCF=19;TCR=153;TR=69;WE=183604913;WS=183604895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,68:0.40:171
chr1	183616926	rs1174657	T	C	3394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=80;PP=1875;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CCAAGGTCCTTGGTTTCCTGG;SOR=0.526;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=384;TCF=184;TCR=200;TR=165;WE=183616942;WS=183616916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,175:0.43:404
chr1	183617105	rs1174658	A	G	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=48;PP=1934;ReadPosRankSum=-2.117;SC=CATTTGAAAAAACTGTCCAGG;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=277;TCF=161;TCR=116;TR=119;WE=183617113;WS=183617095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,119:0.42:281
chr1	183617266	rs17436878	C	G	5598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.288;SC=CCAGTGCTCTCCCAGTTAAAA;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=419;TCF=204;TCR=215;TR=228;WE=183617274;WS=183617256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,241:0.55:438
chr1	183711483	rs3820689	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=-0.535;SC=TACCTGAGACCATAATTCTTC;SOR=0.539;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=27;WE=183711491;WS=183711473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr1	183775704	rs368701909	CT	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.694;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr1	183861021	rs75352181	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TGGCCAAGTCCACCTTAAAAG;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=7;WE=183861029;WS=183861011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr1	183881102	rs192102488	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	183895435	rs4382680	A	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=714;ReadPosRankSum=0.335;SC=GAAGGGAGGGACCAGTGGCCC;SOR=0.535;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=21;TCR=87;TR=44;WE=183895443;WS=183895425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
chr1	183908222	rs3010040	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=394;ReadPosRankSum=1.053;SC=AGGAGACTTACGGAACAGGGA;SOR=1.183;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=23;WE=183908230;WS=183908212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
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chr1	183942950	rs2296714	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=-1.328;SC=GAGAATAACCCAGCCCTTCTG;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=18;WE=183942958;WS=183942940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
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chr1	183944444	rs2378795	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=1.215;SC=TTCTATCAATCCCAGGAAGTA;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=183944452;WS=183944434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	183947757	rs3833521	G	GA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=1.745;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
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chr1	184006549	rs114661926	C	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=516;ReadPosRankSum=0.440;SC=GCTGGGCTGCCTGAGGGCGGC;SOR=2.012;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=29;WE=184006557;WS=184006539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr1	184020945	rs2274432	G	A	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=45;PP=2269;SC=CTGGGTCCGGGCGGTGTTCGC;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=120;WE=184020953;WS=184020935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	184023529	rs1046934	A	C	7949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=173;NR=115;PP=2965;SC=ATGCCACCCAAGTTTATGTAG;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=173;TCR=116;TR=288;WE=184023537;WS=184023519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	184476621	rs9633308	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=268;ReadPosRankSum=-0.765;SC=AGGCCACAGGTGAAAGGGTCT;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=14;WE=184476629;WS=184476611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	184662181	rs1061508	C	T	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=60;PP=2965;SC=AACCACAGTTCTATCATGGCT;SOR=1.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=125;TCR=60;TR=185;WE=184662189;WS=184662171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	184663537	rs9425343	A	C	5467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.05;NF=84;NR=109;PP=2965;SC=ACTTGATGAAATCTGTTCACC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=84;TCR=109;TR=193;WE=184663545;WS=184663527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	184663581	rs9425634	T	C	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=67;PP=2249;SC=CAGAGGATGGTTGTTCTTCAT;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=98;WE=184663589;WS=184663571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	184663643	rs34236444	TA	T	562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=567;SC=GCTACTTCTCTAAAAAAATGT;SOR=3.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=21;WE=184663651;WS=184663633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	184675814	rs1062994	G	A	10467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=186;PP=2965;SC=CATTCTGGATGTTGCGTGCCT;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=175;TCR=186;TR=361;WE=184675822;WS=184675804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr1	184677464	rs3736757	G	A	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.939;SC=CTTCAGCGTCGATTGAACTAG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=77;TCR=99;TR=173;WE=184677472;WS=184677454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr1	184681081	rs7525074	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=44;PP=1175;SC=TTTTTTTTGAAATGGAGTCTC;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=50;WE=184681089;WS=184681071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	184681802	rs4651230	T	C	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=87;SC=ATGAAAGCCATAGAGTCAAGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=184681810;WS=184681792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	184695571	rs10752941	C	T	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=68;PP=2078;SC=AGACAATGACCTTCTGATAAG;SOR=3.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=12;TCR=68;TR=80;WE=184695579;WS=184695561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	184706212	rs10711907	GT	G	4265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=45;PP=2285;SC=AGAAACAAGCGTTAACAAGAT;SOR=0.746;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=55;WE=184706220;WS=184706202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	184760001	rs570441	T	C	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=10;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CATTAAGTGGTTTCCCTGCAG;SOR=0.983;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=87;TCR=18;TR=62;WE=184760009;WS=184759991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr1	184763999	rs79046430	A	G	4538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.054;SC=TTATTATTCAAATTAAGAAAA;SOR=0.903;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=368;TCF=231;TCR=137;TR=187;WE=184764013;WS=184763989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,197:0.52:379
chr1	184764681	rs35545276	G	A	5011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CTTGGGGAACGTGGCTCTCCC;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=389;TCF=205;TCR=184;TR=220;WE=184764689;WS=184764671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,226:0.55:408
chr1	184764824	rs35704242	C	T	4512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GGTTCTTCATCCTCAAGGGTC;SOR=0.798;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=306;TCF=150;TCR=156;TR=185;WE=184764832;WS=184764814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,189:0.60:314
chr1	184765072	rs28927681	A	G	5280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.927;SC=CTCACTACCCAGAACTCCTGG;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=412;TCF=221;TCR=191;TR=237;WE=184765080;WS=184765062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,251:0.58:430
chr1	184777467	rs338566	A	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=404;ReadPosRankSum=1.448;SC=ATCAAATGCAAGTTGTTAAAG;SOR=0.651;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=26;WE=184777475;WS=184777457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr1	184801065	rs487675	T	C	5556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.421;SC=CTAAAAAGGCTTGGGCTTCAA;SOR=0.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=442;TCF=180;TCR=262;TR=247;WE=184801073;WS=184801055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,251:0.55:456
chr1	185069314	rs60678736	C	CT	729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=617;ReadPosRankSum=-1.147;SC=ATAATTTTTTCTTTCTTTTTT;SOR=0.713;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=18;WE=185069322;WS=185069304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr1	185069561	rs1046592	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=1.225;SC=GAGCCAGACTAGTTTACGCTA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=185069569;WS=185069551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	185097959	rs41264588	G	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.521;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr1	185113216	rs150245199	AAG	A	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=335;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TTCTAAACAAAAGATTTCCAA;SOR=0.098;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=185113225;WS=185113206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	185119794	rs1544051	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=552;SC=GTAATTGTTGCAGCACATGAT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=185119802;WS=185119784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	185137454	rs58809696	T	TAAATGATAGAC	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr1	185137461	rs56166198	A	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=10.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=1.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr1	185137464	.	T	TAA	570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=1452;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TTTTTTTATTTATTTCAGAAA;SOR=1.851;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=10;WE=185137472;WS=185137444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr1	185143721	rs10489579	A	G	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=62;PP=1729;ReadPosRankSum=-2.058;SC=TGACCATGGAATTAAAAGCCT;SOR=0.570;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=307;TCF=174;TCR=133;TR=135;WE=185143729;WS=185143711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,139:0.44:319
chr1	185153545	rs76544683	G	GT	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.586;NF=2;NR=9;PP=335;ReadPosRankSum=-1.361;SC=TAACAATGATGGGCTTTTTTT;SOR=0.593;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=11;WE=185153553;WS=185153535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr1	185171869	rs6698109	A	G	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1013;ReadPosRankSum=0.303;SC=GAGTTATTACACTTATCTCTG;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=202;TCF=95;TCR=107;TR=83;WE=185171877;WS=185171859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,90:0.41:219
chr1	185175837	rs2295950	A	C	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=651;ReadPosRankSum=-0.209;SC=TATTTGGATTAGTTATGGAAA;SOR=0.591;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=63;WE=185175845;WS=185175827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr1	185240474	rs12041704	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=832;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CCCAAACAGTAATTATCAAGA;SOR=0.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=176;TCF=83;TCR=93;TR=62;WE=185240482;WS=185240464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,67:0.36:187
chr1	185259731	rs2378909	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=429;ReadPosRankSum=0.621;SC=ATTAAAATGTAAAATAAAATG;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=23;WE=185259739;WS=185259721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr1	185267114	rs10174	A	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.592;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=1;PP=614;ReadPosRankSum=0.857;SC=GTGTACCTCTACTAACCATAA;SOR=0.177;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=58;TCR=2;TR=30;WE=185267122;WS=185267104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr1	185833565	rs7556537	A	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=502;ReadPosRankSum=0.551;SC=ATTGTTTTTGATGATGACGTA;SOR=1.569;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=28;WE=185833573;WS=185833555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr1	185984517	rs6665753	T	C	8532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.771;SC=ATACGTGTCATGTAGCCAATG;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=127;TCR=181;TR=305;WE=185984525;WS=185984507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,329:0.99:332
chr1	186022964	rs144191448	A	G	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1176;ReadPosRankSum=1.088;SC=TAGGCTCTCCAGTGCTGACTG;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=133;TCR=95;TR=94;WE=186022972;WS=186022954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,99:0.41:244
chr1	186031713	rs148467349	G	A	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=80;PP=1816;ReadPosRankSum=-0.953;SC=AGAGTGTTACGCTGACTTGTG;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=466;TCF=231;TCR=235;TR=161;WE=186031721;WS=186031703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,168:0.34:488
chr1	186031809	rs187576199	A	T	870.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr1	186134077	rs190333171	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=0.275;SC=GTACTTCTTGGTTTAGAAACA;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=5;WE=186134085;WS=186134067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr1	186141181	rs75161007	C	G	2917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=53;PP=2039;ReadPosRankSum=0.979;SC=CAGATCAGCACTGTAAGAACA;SOR=0.935;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=333;TCF=197;TCR=136;TR=141;WE=186141189;WS=186141171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,142:0.41:346
chr1	186157184	rs1008840	T	G	4761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.670;SC=TTGAAAATCCTTCCTCCCACT;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=552;TCF=250;TCR=302;TR=236;WE=186157192;WS=186157174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,245:0.43:572
chr1	186265948	rs1293987	T	A	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=36;PP=1724;ReadPosRankSum=-1.553;SC=ATGAAAGAGCTGTTTTCTGAT;SOR=0.393;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=202;TCF=139;TCR=63;TR=108;WE=186265956;WS=186265938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,111:0.54:207
chr1	186275564	rs12128607	C	T	5897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.601;SC=ACTCCTGACACGTCTACCACC;SOR=0.819;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=782;TCF=408;TCR=374;TR=288;WE=186275572;WS=186275554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:512,308:0.38:820
chr1	186277088	rs68069719	G	C	19595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=338;NR=377;PP=2965;SC=TCCACCACCTGTGACAAGCCC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=722;TCF=338;TCR=384;TR=715;WE=186277096;WS=186277078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,705:1.00:705
chr1	186281400	rs12134934	C	T	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=66;PP=1738;ReadPosRankSum=0.082;SC=TATGGAGAAACGACACAGGTT;SOR=0.598;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=139;TCR=137;TR=134;WE=186281408;WS=186281390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,141:0.48:292
chr1	186291512	rs10911846	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=599;ReadPosRankSum=0.401;SC=TACTTGGAACTGTTCTGTCTT;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=43;WE=186291520;WS=186291502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr1	186301447	rs7526540	T	C	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,75:0.39:192
chr1	186313249	rs2950829	A	G	6552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=155;PP=2965;SC=TATCAGAATAACAGATTTTCC;SOR=1.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=65;TCR=155;TR=220;WE=186313257;WS=186313239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	186321249	rs67791640	A	AT	940.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.469;NF=1;NR=24;PP=893;ReadPosRankSum=0.565;SC=TTACCTAAACATAAGTAGAAA;SOR=0.656;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=25;WE=186321257;WS=186321239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr1	186330695	.	TA	T	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,27:0.29:93
chr1	186357523	rs1290390	T	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=642;SC=TCAACACTCATCTTTTTTTTT;SOR=2.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=186357532;WS=186357513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	186359750	rs3115752	G	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=707;SC=GTTTGTATGCGTTATTTAGGT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=186359758;WS=186359740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	186413314	rs145374370	G	A	4445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=114;PP=2955;ReadPosRankSum=-0.962;SC=AAGGAAAAGCGGTCCCCAGCA;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=576;TCF=268;TCR=308;TR=216;WE=186413322;WS=186413304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,228:0.38:601
chr1	186649221	rs2745557	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=192;ReadPosRankSum=1.153;SC=AGTTCTTTCGAACTCTAGCGG;SOR=0.441;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=17;WE=186649229;WS=186649211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr1	186839861	rs7547993	G	A	10209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=189;PP=2965;SC=GACAAAGGGGGCCTTTGGTGA;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=361;TCF=172;TCR=189;TR=361;WE=186839869;WS=186839851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	186862419	rs7519192	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=-0.389;SC=AGCTTGGTAGACTAGAATCTA;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=14;WE=186862427;WS=186862409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	186863385	rs2307193	TAA	T	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=0.891;SC=TTATGTTAGATAAAGTCTATT;SOR=0.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=6;WE=186863394;WS=186863375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr1	186919732	rs4650709	A	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.310;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr1	186919993	rs969357	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=655;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GTAGCTTTCTGTTGAGAGAGA;SOR=1.127;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=116;TCF=18;TCR=98;TR=42;WE=186920001;WS=186919983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,43:0.36:118
chr1	186925168	rs5007825	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.281;NF=10;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CACCGTGCCCAGCCCAAAGAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=10;WE=186925176;WS=186925166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	186925194	rs5007824	T	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=433;ReadPosRankSum=-0.088;SC=TTTAAACATGTATTTTGGAGT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=20;WE=186925202;WS=186925184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr1	186925552	rs2307199	T	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=666;ReadPosRankSum=-0.559;SC=GCATTTTAATTATTATTAACA;SOR=0.542;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=124;TCF=30;TCR=94;TR=44;WE=186925560;WS=186925542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,49:0.39:127
chr1	186946912	rs2307198	G	A	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=53;PP=1175;ReadPosRankSum=0.705;SC=AGAAAGTACAGGGCTCCAGGT;SOR=0.853;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=189;TCF=57;TCR=132;TR=74;WE=186946920;WS=186946902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,75:0.38:196
chr1	187610538	rs10157977	C	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=244;SC=GGACAAAGAACCCCGTCTTTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=187610546;WS=187610528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	187610698	rs10157987	C	A	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.008;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=32;PP=1262;ReadPosRankSum=0.962;SC=GAAACCATGCCCCCACCCCTA;SOR=0.974;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=201;TCF=126;TCR=75;TR=92;WE=187610706;WS=187610688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,95:0.45:209
chr1	187610777	rs61822202	C	G	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=65;PP=2186;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CTGCCACTGTCCCCTCCCTGC;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=182;TCR=148;TR=144;WE=187610785;WS=187610767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,144:0.42:341
chr1	187610848	.	G	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.131;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,89:0.23:379
chr1	187610852	rs10159182	A	C,T	10982.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=74,98;NR=77,103;PP=2246,1230;SC=CCATGTGCCCATGGAATCTCC;SOR=0.785;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=353;TCF=172;TCR=181;TR=151,201;WE=187610860;WS=187610838;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.43,0.57:383
chr1	187611003	rs12076164	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=373;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CAATATCAGCATTTAAGTTTA;SOR=0.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=19;WE=187611011;WS=187610993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr1	192335271	rs59139714	C	CTAAT	2423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=2008;SC=TAAAAGTTAACTAATCACTAT;SOR=2.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=37;WE=192335279;WS=192335261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	192544795	rs2984920	A	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=666;SC=CACCAAGAAAAGGGGAACTTC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=192544803;WS=192544785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	192545099	rs7535818	G	A	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=85;PP=2397;SC=ATTTTAACAAGTTATCTTTAA;SOR=3.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=17;TCR=85;TR=102;WE=192545107;WS=192545089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	192548543	rs1323291	T	G	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=618;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TTGGCCTTTTTTGGGTGTCTT;SOR=0.444;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=40;WE=192548551;WS=192548533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr1	192548559	rs2816308	G	C	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=527;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GTCTTGACAGGCCAAGAAGAA;SOR=0.520;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=31;WE=192548567;WS=192548549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr1	192989594	rs72738589	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=506;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TATCTGGGGAGGGGCCAGGTA;SOR=0.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=38;WE=192989602;WS=192989584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,39:0.30:132
chr1	193021022	rs12123970	T	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=1.319;SC=AAATATTAACTAAAGGAAATG;SOR=0.943;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=20;WE=193021030;WS=193021012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr1	193039658	.	CTTTT	C	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	193051685	rs2275444	G	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=14;PP=678;ReadPosRankSum=0.113;SC=CTTTTGTTCCGAATTAGATCC;SOR=0.717;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=139;TCF=101;TCR=38;TR=56;WE=193051693;WS=193051675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,62:0.41:150
chr1	193074371	rs10801175	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=0.930;SC=ACGCCGCGGCACTCCTGCCCG;SOR=1.751;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=193074379;WS=193074361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	193074651	rs10921310	T	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=957;ReadPosRankSum=0.798;SC=GGTCACCTCCTCGCAGCTGAG;SOR=0.640;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=177;TCF=100;TCR=77;TR=71;WE=193074659;WS=193074641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,72:0.40:180
chr1	193150219	rs28930674	A	G	4177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=110;PP=2850;ReadPosRankSum=0.527;SC=CAGGCTCTGCAGCTATTAGTA;SOR=0.613;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=535;TCF=240;TCR=295;TR=207;WE=193150227;WS=193150209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,219:0.39:562
chr1	193181412	rs41308389	T	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=0.383;SC=TAAAATATTTTTTAGATCAAA;SOR=0.160;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=12;WE=193181420;WS=193181402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	196227526	rs977157	A	G	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=89;PP=2965;SC=GGTCCGACTGATCACTGGATG;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=168;WE=196227534;WS=196227516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	196242764	rs558895	T	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=34;PP=952;SC=ATTTCTCGTATGGCTTTTGAA;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=196242772;WS=196242754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	196251522	rs2477357	T	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.74;SOR=2.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	196254970	rs2477360	C	T	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=94;PP=2620;SC=TGTTGACATACGTAAAAAGTT;SOR=3.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=18;TCR=94;TR=112;WE=196254978;WS=196254960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	196303287	rs200438575	AAT	A	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.315;NF=0;NR=7;PP=243;ReadPosRankSum=-1.421;SC=AAACACAATAAATATATATAT;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=196303296;WS=196303277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	196311513	rs6658788	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-1.881;SC=GTCTGAAGATGACATTATATG;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=7;WE=196311521;WS=196311503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	196398619	rs1538684	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=342;ReadPosRankSum=1.347;SC=GTTAGATAAATAAGCCACTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=18;WE=196398627;WS=196398609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	196398974	rs12121250	T	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=245;ReadPosRankSum=0.188;SC=CCAAAGCACATTTCATAAAGC;SOR=0.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=14;WE=196398982;WS=196398964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	196461513	rs4607811	C	T	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=192;SC=ATGCAAGCAACCATATCTTTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=196461521;WS=196461503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	196577545	rs41313916	C	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr1	196642072	rs551397	C	T	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=13;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TTTAAATAGACACTTTATGCA;SOR=0.788;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=58;WE=196642080;WS=196642062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,60:0.69:87
chr1	196642233	rs800292	G	A	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=61;PP=1598;ReadPosRankSum=-1.842;SC=TCTTGGAAATGTAATAATGGT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=77;TCR=101;TR=107;WE=196642241;WS=196642223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,114:0.60:191
chr1	196642969	rs35507625	C	CTT	1692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=17.27;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,55:0.56:98
chr1	196654324	rs1061147	A	C	16119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=297;NR=274;PP=2965;SC=GAAATACAGCAAAATGCACAA;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=572;TCF=297;TCR=275;TR=571;WE=196654332;WS=196654314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr1	196658497	rs482934	G	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=13;PP=1145;SC=TCTAATATGAGTGTTTATTAC;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=196658505;WS=196658487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	196658905	rs12029785	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=476;SC=TATTATGAGGGTTTCTTCTTG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=196658913;WS=196658895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	196659237	rs1061170	C	T	5507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=78;PP=2965;SC=TAATCAAAATCATGGAAGAAA;SOR=1.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=124;TCR=78;TR=201;WE=196659245;WS=196659227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	196682947	rs2274700	G	A	10576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=217;NR=166;PP=2965;SC=AAGAAAAAGCGAAATATCAAT;SOR=0.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=383;TCF=217;TCR=166;TR=383;WE=196682961;WS=196682937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr1	196684625	rs203674	G	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=742;SC=TTTATTAGTAGATCTAATCAA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=196684633;WS=196684615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	196705926	rs375046	C	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	196710916	rs16840522	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=0.791;SC=ATTGATTCTATATATCGCTAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=14;WE=196710924;WS=196710912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	196712577	rs513699	T	C	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=26.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-20.075;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=3.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,58:0.13:455
chr1	196712586	rs61822181	C	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=26.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-18.814;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=3.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:423,72:0.15:495
chr1	196712596	rs35274867	A	T	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=5.345;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,166:0.31:528
chr1	196757392	rs400344	C	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.62;QD=29.16;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	196794519	rs442759	C	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=23;NR=0;PP=602;SC=GAAAGAAAAACACTATAAGTG;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=196794527;WS=196794509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	196794909	rs409549	G	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=51;PP=1544;SC=GACCAAAGAAGCTGGAAAGAT;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=62;WE=196794917;WS=196794899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	196796184	rs399507	G	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=72;PP=2204;SC=TATAAAGTTTGAGAGAAATAA;SOR=1.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=114;WE=196796192;WS=196796174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	196796240	rs438781	T	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=28;PP=742;SC=TACTTTTATCTTTATTCATTT;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=196796248;WS=196796230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	196797123	rs677961	C	T	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=18;PP=1407;SC=CGTCTTGAAACATATTTGTAA;SOR=2.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=73;WE=196797131;WS=196797113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	196797238	rs425757	C	T	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.96;QD=40.03;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	196797244	rs113811987	C	G	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.29;QD=46.44;SOR=3.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	196797292	rs388862	G	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.83;QD=32.38;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	196797357	rs3201739	A	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.12;QD=27.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	196800889	rs181963459	C	T	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.78;QD=30.49;SOR=4.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	196801042	rs4230	G	T	8238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=146;PP=2965;SC=TGTGTAAACGGGGATATCGTC;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=135;TCR=146;TR=281;WE=196801050;WS=196801032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr1	196801078	rs414628	A	T	7371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=132;PP=2965;SC=ACACATTGCGAACAACATGTT;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=115;TCR=132;TR=247;WE=196801086;WS=196801068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	196801190	rs390679	C	A	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=53;PP=1510;SC=TTCTTAATTTCATTTTTAAGT;SOR=2.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=67;WE=196801198;WS=196801180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	196874356	rs10801578	G	T	7551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=103;PP=2965;SC=CAACAGCAGAGGGAAATTCTT;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=152;TCR=103;TR=255;WE=196874364;WS=196874346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	196882038	rs181498339	A	T	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.295;NF=78;NR=79;PP=2275;ReadPosRankSum=2.086;SC=TGGTCAGCACAACCAATTTGC;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=308;TCF=157;TCR=151;TR=157;WE=196882046;WS=196882028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,142:0.51:279
chr1	196920148	rs4085749	C	T	3315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.224;NF=71;NR=77;PP=1808;ReadPosRankSum=1.161;SC=CTCCCAAATGCAGGTCCACTA;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=136;TCR=151;TR=148;WE=196920156;WS=196920138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,163:0.52:314
chr1	196920178	rs3828032	C	T	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1393;ReadPosRankSum=0.644;SC=ATGTTGTTCTCTCAGATGCTG;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=202;TCF=85;TCR=117;TR=96;WE=196920186;WS=196920168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,108:0.48:223
chr1	196920299	rs3790414	T	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-0.628;SC=TCAGTTCCAATTGTGTCTAAG;SOR=0.180;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=196920307;WS=196920289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	196926956	rs3748556	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=684;ReadPosRankSum=0.290;SC=GCCTTGTTTGCATTTGCCTTA;SOR=0.380;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=81;TCF=67;TCR=14;TR=42;WE=196926964;WS=196926946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr1	196926973	rs3748555	C	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=820;ReadPosRankSum=0.155;SC=CTTATTTGAACTTGTATTTTT;SOR=0.396;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=109;TCF=84;TCR=25;TR=55;WE=196926981;WS=196926963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr1	196946869	rs3748557	T	A	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=127;PP=2965;SC=TGAAAACAGATCCGAATATTT;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=83;TCR=127;TR=210;WE=196946877;WS=196946859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	196952268	rs45489701	C	T	10585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=212;PP=2965;SC=AAGGATGTGCCGGACAAGATC;SOR=1.089;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=369;TCF=157;TCR=212;TR=369;WE=196952276;WS=196952258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr1	197026672	rs1759009	A	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=266;SC=AATATTCATCATGTCAAGCAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=197026680;WS=197026662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	197030201	rs5997	T	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=80;PP=1874;SC=GAGCCAAACATGTTTCTAAAA;SOR=3.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=10;TCR=80;TR=90;WE=197030209;WS=197030191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	197031021	rs6003	C	T	8319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=152;PP=2965;SC=GCAACCATAACGCATGTTCTC;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=136;TCR=152;TR=288;WE=197031029;WS=197031011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	197053373	rs12677	G	A	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=6;PP=666;SC=AGTTGTACACGGAGAGCAAAA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=197053381;WS=197053363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	197055925	rs10754213	T	C	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=18;PP=744;SC=CTATATTTAATTGCTTACCTT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=197055933;WS=197055915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	197059878	rs4915315	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=486;SC=CGGCTAATGCGTTAGCTTTTT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=197059900;WS=197059868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	197059892	rs10754214	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=725;SC=GCTTTTTAAAATGGTAACTAT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=197059900;WS=197059868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	197059928	rs4915316	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=10;PP=1483;SC=GATATCATGTAGATGAATTGC;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=62;WE=197059936;WS=197059918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	197063352	rs41304071	C	T	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=39;PP=1186;SC=ATTACTTTAACTTATTCAATG;SOR=1.340;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=197063360;WS=197063342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	197070442	rs3762271	G	T	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=32;PP=1546;SC=GTTGCTCTAAGGTGGAGATAA;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=197070450;WS=197070432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	197070697	rs41310927	T	C	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.75;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	197070707	rs41308365	G	A	6231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	197070815	rs1412640	T	C	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=0.908;SC=TTTCTCTTTGTAATTTTGCAG;SOR=0.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=172;WE=197070823;WS=197070805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr1	197070901	rs964201	A	G	7311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=138;NR=98;PP=2965;SC=TATGTTCTGTACATCCTGAAA;SOR=0.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=139;TCR=98;TR=236;WE=197070909;WS=197070891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	197072420	rs41310925	T	C	6352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=97;PP=2965;SC=TCCACTTCTTTTGTTGCACAT;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=122;TCR=97;TR=219;WE=197072428;WS=197072410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	197073932	rs2878749	T	C	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=49;PP=1999;SC=TATAAATATATTTCCGTAATT;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=85;WE=197073940;WS=197073922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	197091537	rs4915337	A	T	6370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=72;PP=2965;SC=ATGCTTTAAGAGACATATCCA;SOR=1.333;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=138;TCR=72;TR=209;WE=197091545;WS=197091527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	197091808	rs61819088	T	C	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=91;PP=2761;SC=CTGTGAATAATAAAGGCAGAG;SOR=4.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=11;TCR=92;TR=102;WE=197091816;WS=197091798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	197097891	rs150344996	AAAAT	A	1043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.86;QD=41.75;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	197101303	rs3737110	C	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=271;SC=TCAAGCTAACCTAATGACTTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=197101311;WS=197101293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	197102468	rs77191836	C	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.588;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=498;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AAGATTTCTGCAGTCTTCTTA;SOR=1.145;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=41;WE=197102476;WS=197102458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,47:0.38:125
chr1	197104149	rs35659894	TA	T	319.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=279;SC=TATGTATAATTAAAGAATGAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=197104157;WS=197104139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	197109042	rs1332663	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=517;SC=CATTAAAATACAAATTCCCTA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=197109050;WS=197109032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	197112533	rs6677082	G	A	8080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=118;PP=2965;SC=TAACATTTACGGAATTAAAGG;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=158;TCR=118;TR=276;WE=197112541;WS=197112523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	197113073	rs1571964	G	A	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=11;PP=712;SC=ATCACAGAATGGTTAAAACAT;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=197113081;WS=197113063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	197128358	rs114550651	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=-0.601;SC=ATAGTTTTCTTGATTTGAAAC;SOR=1.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=197128366;WS=197128348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	197141243	rs6428389	A	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=709;ReadPosRankSum=0.198;SC=CACTATATATATCTCTCTCTA;SOR=1.802;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=36;WE=197141261;WS=197141225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,37:0.90:41
chr1	197147471	rs61819118	A	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=309;SC=AATTCAACAAAGTAATAAGAA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=197147479;WS=197147461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	197316435	rs1337167	T	C	4909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=46;PP=2965;SC=TCAATATGACTAAGAGTTGAC;SOR=1.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=116;TCR=46;TR=162;WE=197316443;WS=197316425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	197325908	rs2786098	T	G	5288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=61;PP=2965;SC=AGGCAAATGCTCTATAATTCA;SOR=1.484;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=124;TCR=61;TR=185;WE=197325916;WS=197325898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	197390368	rs3902057	A	G	8280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=156;PP=2965;SC=TCAGCTGCCTATGTCCATCTG;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=133;TCR=156;TR=289;WE=197390376;WS=197390358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	197398086	rs7534863	A	G	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=38;PP=2200;ReadPosRankSum=0.335;SC=AAATAATAATACTATGTCTCT;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=114;WE=197398094;WS=197398076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr1	197407942	rs980371	A	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=453;SC=TTCAGACAGAATGAAACAATA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=197407950;WS=197407932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	197446702	rs1135810	G	T	5573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=119;NR=69;PP=2965;SC=AGCTTGCTCTGGTTGGTCTTC;SOR=1.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=119;TCR=69;TR=188;WE=197446710;WS=197446692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	197480927	rs12142127	C	T	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=51;PP=2162;SC=CCAGCTTCCCCTGATCTGAGC;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=123;WE=197480935;WS=197480917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	197482167	rs2013617	C	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=1007;SC=AATGTGATTTCATAAGAAACA;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=197482175;WS=197482157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	197510025	rs3902061	G	T	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=797;SC=TTCTAATTTGGAAGTATAAAC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=197510033;WS=197510015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	197510299	rs3850628	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=344;SC=TCAGGGATACGCATATCACTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=197510307;WS=197510289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	197515253	rs11276673	ATGTTCAG	A	188.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=280;SC=AAATTATTTCATGTTCAGTGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=197515267;WS=197515243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	197515715	rs4303099	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=AACTATAAACGTAAAATAAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=197515723;WS=197515705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	197515777	rs4316386	A	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=5;PP=723;SC=TCAAATAAACAGCATAAGTAT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=197515785;WS=197515767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	197515981	rs10922249	T	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=38;PP=1109;SC=CAAGAACTAGTATTTGCACAA;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=197515989;WS=197515971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	197576307	rs11411505	A	AT	1019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=1100;SC=TTCACTCTCTATAAAAAAAAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=26;WE=197576315;WS=197576297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	197704717	rs17641524	C	T	10551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=169;PP=2965;SC=GGGTATTACTCGAAAATACAG;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=209;TCR=170;TR=378;WE=197704740;WS=197704707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr1	197741951	rs2477067	C	A	2429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=26;PP=1528;ReadPosRankSum=1.131;SC=GATCTTGTCCCAAAAAAAAGA;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=85;WE=197741959;WS=197741941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr1	197742171	rs2488396	C	T	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=17;PP=465;SC=ATACATTTCACGTGACTGTAT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=197742179;WS=197742161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	197872019	rs4539165	G	T	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=62;PP=1469;ReadPosRankSum=-0.149;SC=GACAGATCGCGGAGCTGCACG;SOR=0.509;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=176;TCF=70;TCR=106;TR=108;WE=197872027;WS=197872009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,117:0.63:187
chr1	197874949	rs2270763	T	C	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=54;PP=1854;ReadPosRankSum=-1.734;SC=ACTATGTGGATCCAGCTACTG;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=242;TCF=138;TCR=104;TR=129;WE=197874957;WS=197874939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,135:0.53:257
chr1	197876533	rs1546244	C	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=318;SC=GCACATTGATCGTTATTTTCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=197876541;WS=197876523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	197887266	rs72744984	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=530;ReadPosRankSum=-1.190;SC=AGTTTTCTCCCGTCCACCTAT;SOR=0.507;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=34;WE=197887274;WS=197887256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr1	197890422	rs12122995	C	G	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=22;PP=2965;SC=TGACTCAACTCTTTCCTTCCA;SOR=2.817;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=106;TCR=22;TR=127;WE=197890430;WS=197890412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	197890802	rs13376365	T	C	5883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.549;SC=GTGCCTCCTATCCTCACCCCC;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=471;TCF=234;TCR=237;TR=265;WE=197890810;WS=197890792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,273:0.57:477
chr1	197896728	rs12046958	T	C	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=749;ReadPosRankSum=0.358;SC=CAGGTTGTAATGAGAATGAGG;SOR=0.298;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=129;TCF=111;TCR=18;TR=49;WE=197896736;WS=197896718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,52:0.39:134
chr1	197898023	rs10664707	C	CA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.168;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	197898395	rs111260868	G	GT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=5.044;QD=0.71;ReadPosRankSum=-2.077;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,21:0.16:135
chr1	198288709	rs6679100	A	G	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=70;PP=1468;ReadPosRankSum=0.181;SC=TGTGCAAGTCATACCTCCCCA;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=51;TCR=153;TR=92;WE=198288717;WS=198288699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,94:0.45:208
chr1	198492454	rs1055160	T	C	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr1	198492454	.	TAC	CAT	1251	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=29;NR=12;PP=1251;QD=31.8162896308;SC=AACATAAAAATACGAAGCCAT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=105;TCF=78;TCR=27;TR=41;WE=198492464;WS=198492444;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:64,41:0.39:105
chr1	198492456	rs192406637	C	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr1	198498325	rs374339328	AATATAT	A	1122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.817;QD=20.05;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr1	198668761	rs41269905	G	C	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=63;PP=2057;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TGCTGGAACTGACACGCAGAC;SOR=0.570;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=242;TCF=129;TCR=113;TR=129;WE=198668769;WS=198668751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,136:0.53:256
chr1	198672313	rs41313930	A	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=516;ReadPosRankSum=1.309;SC=AAATCAAACGAGGACTCCTAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=24;WE=198672321;WS=198672303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr1	198687114	rs34800651	AC	A	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=716;ReadPosRankSum=0.849;SC=CTTATTTATAACCCCCAAGCT;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=10;WE=198687133;WS=198687104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	198687125	rs12407767	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=712;ReadPosRankSum=-1.130;SC=CCCCCAAGCTAACACTTAAAA;SOR=1.371;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=17;WE=198687133;WS=198687104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	198701289	rs1932433	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=0;PP=464;SC=ATCTTAATTTTGATTACTCTA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=198701297;WS=198701287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	198703306	rs6683595	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=0.330;SC=TGACATATCTCTGCATGTGTT;SOR=0.155;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=8;WE=198703314;WS=198703296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	198704294	rs7540378	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=766;ReadPosRankSum=0.591;SC=TGGAAGAGGGCACTCGGGCTT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=58;WE=198704302;WS=198704284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,61:0.64:96
chr1	198721192	rs12403075	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-1.335;SC=CACATATTTATTAAATGGGTC;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=198721200;WS=198721182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	199996821	rs59429274	AT	A	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=8.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.782;QD=6.18;ReadPosRankSum=2.229;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr1	200080512	.	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.636;NF=0;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=1.216;SC=CAGAATGGCCGGAATTTAACT;SOR=0.242;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=10;WE=200080520;WS=200080502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	200089872	rs10494808	C	T	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=14;PP=1146;ReadPosRankSum=1.700;SC=ATAGTTCTTACGACTCAGGTG;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=93;TCR=25;TR=65;WE=200089880;WS=200089862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,67:0.55:122
chr1	200090120	rs3762398	G	A	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=53;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CTCAACCAACGATTGCTAAAT;SOR=0.493;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=127;TCF=30;TCR=97;TR=71;WE=200090128;WS=200090110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,73:0.55:132
chr1	200143281	rs1060060	C	T	3351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=81;PP=2042;ReadPosRankSum=-1.041;SC=AGCACCTGAACGGGGATGTGC;SOR=0.696;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=145;TR=159;WE=200143289;WS=200143271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,164:0.54:305
chr1	200143442	rs1060061	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=-1.197;SC=CTGCTCCAAGTAACGCTAATT;SOR=0.287;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=16;WE=200143450;WS=200143432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	200182654	rs6427805	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.20;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	200182654	.	TCGGAACGACC	CCGGAACGACC,CCGGAACGACT	698	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=40,15;NR=18,7;PP=698,278;QD=12.6339864232;SC=TCTCCTTCCGTCGGAACGACC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58,22;WE=200182672;WS=200182644;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:58
chr1	200182664	rs6427806	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr1	200182721	rs61826220	G	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=2.250;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr1	200182725	rs76632737	G	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=2.019;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr1	200182732	rs116503230	AC	GT	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.941;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr1	200182834	rs12028402	A	G	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.712;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.576;NF=76;NR=35;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CTAGGGATGCAGTCCATTCCC;SOR=0.460;Source=Platypus;TCF=164;TR=111;WE=200182842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,116:0.48:242
chr1	200183398	rs10919847	C	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.752;NF=36;NR=33;PP=838;ReadPosRankSum=0.354;SC=ATCATTGATACTATTGTGTCT;SOR=0.511;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=69;WE=200183406;WS=200183388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,76:0.39:193
chr1	200183460	rs10919848	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.79;MQRankSum=-1.669;NF=9;NR=23;PP=443;ReadPosRankSum=1.886;SC=AGGCCCTGGCCCAGGCCTGCC;SOR=0.711;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=32;WE=200183468;WS=200183450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr1	200311868	rs2790109	C	G	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1212;ReadPosRankSum=0.265;SC=CTTCTCTTCTCCTGTCTCAAA;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=93;TCR=70;TR=95;WE=200311876;WS=200311858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,105:0.56:186
chr1	200311910	rs2225986	T	A	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1017;ReadPosRankSum=0.729;SC=TGTCATTGGATTTAGGGCCCA;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=80;WE=200311918;WS=200311900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,88:0.62:143
chr1	200522566	rs12120084	G	C	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1174;ReadPosRankSum=0.926;SC=CTCACTGCTGGGGATGAGCCA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=87;WE=200522574;WS=200522556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,93:0.57:163
chr1	200523514	rs7548174	A	G	159.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=2;PP=303;SC=GCGAGACTCCATCTCAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=200523526;WS=200523504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	200534248	rs7543730	C	T	10730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=237;NR=144;PP=2965;SC=CTTGTCTCAACTCATCCTCAA;SOR=1.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=381;TCF=237;TCR=144;TR=381;WE=200534256;WS=200534238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr1	200538885	rs10800711	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=577;SC=ATTTTTGAAGCGGAAGGGGTC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=200538893;WS=200538875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	200549590	rs10753877	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=314;SC=TGGGGTAGAATAATTTCCCTA;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=200549598;WS=200549580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	200550243	.	G	GA	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.9997;HP=19;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=15;MQ=52.87;NF=2;NR=0;PP=26;QD=14.5;SC=CTCTGTCTCAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=2;WE=200550251;WS=200550233;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,2:0.29:7
chr1	200555482	rs6691410	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=-0.709;SC=ATTTATATACCCCATAACATT;SOR=0.481;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=200555490;WS=200555472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	200558286	rs75692846	GA	G	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.387;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.723;NF=9;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=-0.307;SC=CCACTTCTTTGAAAAAAAAAA;SOR=0.256;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=14;WE=200558294;WS=200558276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr1	200558363	rs6665951	T	C	4200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=57;PP=2727;SC=TAGCCAATGTTTCCATTTCTA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=146;WE=200558371;WS=200558353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	200569392	rs2809357	C	A	8251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=187;NR=101;PP=2965;SC=TAAGGAAGGTCGGAAAAATAC;SOR=1.470;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=188;TCR=101;TR=288;WE=200569400;WS=200569382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	200578093	rs2794409	G	A	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=41;PP=1390;SC=AATTTATTTTGATGTTTTGCA;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=200578101;WS=200578083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	200594240	rs2809350	G	A	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=88;PP=2453;SC=GAGGTATTAGGTGATCTCAAT;SOR=3.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=19;TCR=88;TR=107;WE=200594248;WS=200594230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	200618238	rs6665604	T	C	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=47;PP=1912;SC=GCGACTTCTCTGAATGTATAG;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=123;WE=200618246;WS=200618228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	200619530	rs2809365	T	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=16;PP=1672;SC=CCATAAAACATAGTTAACTGC;SOR=2.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=74;WE=200619538;WS=200619520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	200816521	rs2172666	G	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.70;ReadPosRankSum=0.760;SOR=2.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr1	200816658	rs2131834	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=590;SC=TATGTACCTATTTAATTTGTA;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=200816666;WS=200816648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	200824978	rs61825260	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	200824980	rs2029752	CC	TT	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	200843305	rs3738250	G	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=49;PP=1311;SC=GGAGGCCAGAGGTCCCGGAGG;SOR=4.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=53;WE=200843313;WS=200843295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	200867492	rs2271018	C	G	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,71:0.47:151
chr1	200868493	rs72225687	GTGTGTGTGCA	G	1019.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.360;NF=13;NR=11;PP=2989;ReadPosRankSum=0.864;SC=AGATGTGTGTGTGTGTGTGCA;SOR=1.062;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=24;WE=200868510;WS=200868475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr1	200877786	rs2279837	T	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=752;ReadPosRankSum=0.661;SC=GCATGGGCTGTGGTTTGTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=81;TCR=24;TR=51;WE=200877794;WS=200877776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr1	200877850	rs41299637	T	G	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=58;PP=1972;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TTTCTTTTACTCCTGCAGAGG;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=176;TCR=109;TR=151;WE=200877858;WS=200877840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,157:0.54:289
chr1	200880978	rs296520	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.495;NF=5;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=-1.078;SC=GTGGGAGCTGCGCCGCGCAGC;SOR=0.250;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=9;WE=200880986;WS=200880968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr1	200881172	rs296521	C	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQRankSum=-1.662;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.849;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr1	200881392	rs10800746	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=0.239;SC=GGGTAATCCCCGTCTAGGAAG;SOR=0.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=200881400;WS=200881382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	200943793	rs71991687	CAGGA	C	8043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=44;PP=2970;SC=CTGCCCACACCAGGAAGGAGA;SOR=1.994;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=118;WE=200943804;WS=200943783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	200944840	rs296563	T	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AGTGGGAGGATGGAAGGCAGG;SOR=1.326;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=19;WE=200944848;WS=200944830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr1	200952321	.	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=342;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CAGAGGGCAGGTTATTCTCTT;SOR=1.214;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=21;WE=200952329;WS=200952311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr1	200957697	rs12142704	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=867;ReadPosRankSum=0.556;SC=GAGGGAGGGAAAGGGGTTGAG;SOR=1.786;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=50;WE=200957705;WS=200957687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr1	200958043	.	T	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,21:0.21:102
chr1	200960307	rs2297909	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=2.131;SC=AGAGGGAGCCGGTGAGCAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=19;WE=200960315;WS=200960297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	200965601	rs10920088	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=552;ReadPosRankSum=0.570;SC=AAGGGGGAACGCAGGAACCCT;SOR=1.003;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=29;WE=200965609;WS=200965591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr1	200967490	rs10920089	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=750;ReadPosRankSum=0.894;SC=GATGGGGTGGAGGGGCATGGC;SOR=1.201;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=38;WE=200967498;WS=200967480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr1	201009556	rs1546416	A	G	4355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=90;PP=2701;ReadPosRankSum=-0.648;SC=GAGCCCACCAATGAGCAAAAT;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=296;TCF=151;TCR=145;TR=185;WE=201009564;WS=201009546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,194:0.62:315
chr1	201009897	rs6427875	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=34;PP=896;SC=CCAGGAGCCCTGAGTCAACAG;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=201009905;WS=201009887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	201010862	rs6675915	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=364;ReadPosRankSum=-1.024;SC=GGCTGACGTTTCCACCACTGT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=20;WE=201010870;WS=201010852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr1	201012597	rs41267497	G	A	3782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.751;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=100;PP=2636;ReadPosRankSum=-1.246;SC=TGGCCATGACGGGGGGCAGGG;SOR=0.969;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=288;TCF=113;TCR=175;TR=160;WE=201012605;WS=201012586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,164:0.56:295
chr1	201013387	rs116309539	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=7;PP=1024;ReadPosRankSum=-1.817;SC=GGCTCCCAGCCCTCCTCTCTG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=127;TCR=18;TR=59;WE=201013395;WS=201013377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,57:0.41:139
chr1	201016296	rs3850625	G	A	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=65;PP=1596;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TCCTCTTGGCGTTTCATGAAC;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=173;TCR=167;TR=130;WE=201016304;WS=201016286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,139:0.39:355
chr1	201020105	rs6702590	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=387;ReadPosRankSum=-2.805;SC=GGCCCTCAGCATCTCACCAGG;SOR=1.007;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=33;WE=201020113;WS=201020095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr1	201020360	rs12138260	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=682;ReadPosRankSum=0.158;SC=GGTGTGGACAGATGAGCAAAC;SOR=1.232;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=40;WE=201020368;WS=201020350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr1	201030668	rs2297904	G	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=640;ReadPosRankSum=0.111;SC=GGGAAGGATGGGCTTTATCCC;SOR=0.441;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=12;TCR=65;TR=36;WE=201030676;WS=201030658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr1	201030988	rs61614423	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=491;ReadPosRankSum=1.635;SC=GCAGTAGCACCGTGGGGGCTG;SOR=3.056;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=24;WE=201030996;WS=201030978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr1	201038687	rs7415038	A	G	3991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=81;PP=2596;ReadPosRankSum=1.219;SC=TGAAGTTGGTAAACCAGGTGG;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=152;TCR=142;TR=169;WE=201038695;WS=201038677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,180:0.57:314
chr1	201042618	rs9333652	G	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=536;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GGTATGAAGGGAACCATGGAT;SOR=1.264;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=68;TCR=9;TR=30;WE=201042626;WS=201042608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr1	201044748	rs1998721	A	G	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=112;PP=2965;SC=CAGTACCTGTATGGAGGGAGG;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=84;TCR=112;TR=196;WE=201044756;WS=201044738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	201047075	rs4915477	A	G	3572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=61;PP=2447;ReadPosRankSum=0.031;SC=GTGTCATGGCACCCGACTCCA;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=185;TCR=109;TR=162;WE=201047083;WS=201047065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,174:0.55:319
chr1	201047111	rs9427714	A	G	5646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.444;SC=GGATACCGCTACACACCACGA;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=429;TCF=246;TCR=183;TR=241;WE=201047119;WS=201047101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,254:0.56:453
chr1	201052310	rs12742169	A	T	3807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.76;ReadPosRankSum=1.409;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,96:0.55:175
chr1	201052310	.	AGA	TGC	2882	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=59;NR=28;PP=2882;QD=20;SC=GGTCAGCCAGAGAGGCTGGTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=109;TCR=54;TR=87;WE=201052320;WS=201052300;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:76,87:0.53:163
chr1	201052312	rs12742170	A	C	3807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.27;ReadPosRankSum=1.101;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,99:0.55:179
chr1	201052474	rs12724643	T	C	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1236;ReadPosRankSum=-2.480;SC=CAGAGGATGGTCTACAGTGCT;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=74;WE=201052482;WS=201052464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
chr1	201052562	rs12743065	G	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=0.274;SC=CCCCACTTCCGCCAGCCACAT;SOR=0.420;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=15;WE=201052570;WS=201052552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	201079235	rs1325310	C	T	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=882;ReadPosRankSum=-1.415;SC=CCAAGGGGGCCTCCCCAAGCC;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=97;TCR=32;TR=53;WE=201079243;WS=201079225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,53:0.40:132
chr1	201079458	rs1325309	T	A	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=70;PP=1699;ReadPosRankSum=1.638;SC=GTTAAGGGGATGAGGGCGCTG;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=285;TCF=107;TCR=178;TR=113;WE=201079466;WS=201079448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,119:0.40:295
chr1	201112981	rs8158	A	G	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=91;PP=2965;SC=GTTGCTCAGTATATGCATCCG;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=118;TCR=91;TR=209;WE=201112989;WS=201112971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	201113118	rs3738266	A	G	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=73;PP=2345;SC=CCATTATCTGAGGCCAGGGCT;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=116;WE=201113126;WS=201113108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	201116018	rs3752979	C	G	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=50;PP=1501;SC=AGGGCCACCACGTCTTAGAGC;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=80;WE=201116026;WS=201116008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	201120730	rs2068152	C	A	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=218;SC=AGACAGTTGACAACTATGAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=201120738;WS=201120721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	201122784	rs6684980	C	T	4388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=45;PP=2937;SC=CTCTGTGCCCCACCCTTCCTC;SOR=1.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=105;TCR=45;TR=149;WE=201122792;WS=201122774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr1	201166281	rs7533096	C	T	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=54;PP=2117;ReadPosRankSum=-1.820;SC=AACACATAGCCGTGTCTAGTA;SOR=0.835;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=270;TCF=159;TCR=111;TR=137;WE=201166289;WS=201166271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,146:0.51:288
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chr1	201166435	rs11589317	T	C	8350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=173;PP=2965;SC=TGAGACTCACTGTCATCGAAG;SOR=1.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=132;TCR=173;TR=305;WE=201166443;WS=201166425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	201168499	rs1534057	G	A	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=65;PP=1434;ReadPosRankSum=1.533;SC=ACAGGGAACCGCAGGAAGGTA;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=301;TCF=130;TCR=171;TR=110;WE=201168507;WS=201168489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,114:0.37:312
chr1	201168589	rs1534056	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=0.236;SC=CTGGTTGAGCTACCATGAACA;SOR=0.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=21;WE=201168597;WS=201168579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr1	201169554	rs2365299	T	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.059;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=1052;ReadPosRankSum=0.371;SC=CTCACCCCATTCCCACCCCTC;SOR=1.239;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=125;TCF=36;TCR=89;TR=57;WE=201169562;WS=201169544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr1	201170772	rs10157730	A	G	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=11;PP=1570;SC=ATGGTACCAGAGCCTATGAGG;SOR=2.537;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=67;WE=201170780;WS=201170762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	201170824	rs10158976	C	G	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=63;PP=2965;SC=AGCTCTCCTGCTGGGTGTTTG;SOR=1.373;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=124;TCR=63;TR=185;WE=201170832;WS=201170814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	201171007	rs10800762	T	G	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=53;PP=1522;SC=CAGGGATGCTTCAGGTCTAGT;SOR=2.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=65;WE=201171015;WS=201170997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	201173104	rs832160	C	T	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=89;PP=2496;SC=GTTGGTGCAACGTGTGTGTTG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=36;TCR=89;TR=125;WE=201173121;WS=201173094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	201174204	rs12725611	C	T	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCTATTTCCCCGGCAGCCATC;SOR=0.917;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=213;TCF=126;TCR=87;TR=85;WE=201174212;WS=201174194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,87:0.40:216
chr1	201175227	rs832156	C	A	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=903;ReadPosRankSum=0.405;SC=AGGATAAAGACCTTCAGTCCA;SOR=0.851;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=165;TCF=102;TCR=63;TR=73;WE=201175235;WS=201175217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,79:0.45:174
chr1	201175274	rs9651057	A	G	5306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CAAGGAGCCCAGGCATCAGGA;SOR=0.354;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=114;TCR=73;TR=186;WE=201175282;WS=201175264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr1	201175715	rs1341631	G	T	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=64;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.495;SC=GGGTCCAGTCGGCTTCAGGCT;SOR=1.027;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=237;TCF=110;TCR=127;TR=111;WE=201175723;WS=201175705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,116:0.47:245
chr1	201176018	rs10753895	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=0.732;SC=GAAGCTGGAGACAGCAATGGG;SOR=0.839;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=17;WE=201176026;WS=201176008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr1	201178788	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=16;MQ=53.88;NF=168;NR=111;PP=2962;QD=20;SC=ATGGTTTAGGAGGTTCTGGAG;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=695;TCF=362;TCR=333;TR=279;WE=201178796;WS=201178778;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:416,279:0.40:695
chr1	201178904	.	A	G	1912	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=27;MQ=47.57;NF=58;NR=28;PP=1912;QD=22.6368745645;SC=GGGGGTTCTGAAGAAATGGGG;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=268;TCF=124;TCR=144;TR=86;WE=201178912;WS=201178894;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:182,86:0.32:268
chr1	201178924	.	AAG	GAA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=43.84;NF=79;NR=57;PP=2944;QD=20;SC=GTCAGTGAATAAGGCAGGTTA;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=284;TCF=133;TCR=151;TR=136;WE=201178934;WS=201178914;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:148,136:0.48:284
chr1	201181223	rs12070919	A	G	16856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=271;NR=311;PP=2965;SC=GGTGACACGAACTCCAAGGAT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=583;TCF=272;TCR=311;TR=582;WE=201181231;WS=201181213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr1	201183274	rs117610791	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=308;ReadPosRankSum=0.789;SC=TGGGGCGCTCGGCCCTGGGGA;SOR=0.264;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=58;TCF=53;TCR=5;TR=22;WE=201183282;WS=201183264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr1	201184097	rs4915496	G	A	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=48;PP=1565;ReadPosRankSum=-1.624;SC=AAGGAACTGGGATGGGAGTGG;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=208;TCF=125;TCR=83;TR=116;WE=201184105;WS=201184087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,122:0.56:219
chr1	201187764	rs10920144	T	C	7291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=139;NR=125;PP=2965;SC=CATCGGATGCTGTCTTTGCTC;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=139;TCR=125;TR=264;WE=201187772;WS=201187754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
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chr1	201187954	rs6667020	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=418;SC=TGAGCCACATCTTAGGGGCCC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=201187962;WS=201187944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr1	201193668	rs6687494	G	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=4;PP=906;SC=TTTTCTTGTCGACGTTGTGTT;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=201193676;WS=201193665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr1	201197358	rs3753972	G	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=485;ReadPosRankSum=0.300;SC=CTTTGCCCAAGCTTAGAGAGC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=26;WE=201197366;WS=201197348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr1	201197471	rs3753973	T	C	6360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.844;SC=CAGGGTGGGGTGGCTGCCCCT;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=467;TCF=261;TCR=206;TR=290;WE=201197479;WS=201197461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,298:0.61:485
chr1	201263330	rs1779301	C	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=0.530;SC=GTTGACTTGGCCATTGTTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=201263338;WS=201263320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	201282167	rs1772860	C	G	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=6.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=2;PP=1389;ReadPosRankSum=0.397;SC=GTTCCTTCCACGCCAAACATT;SOR=1.869;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=101;TCF=96;TCR=5;TR=60;WE=201282175;WS=201282157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr1	201285759	rs1779297	A	G	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=68;PP=2267;SC=AGGATGAGAAATACCAGGCCA;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=133;WE=201285767;WS=201285749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	201285909	rs1534051	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=134;ReadPosRankSum=0.026;SC=GAGATGGGTGAGGGCATCTGC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=201285917;WS=201285899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	201286614	rs11336457	GA	G	4719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=30;PP=1123;SC=TTTTTGGTCTGAAAAAAAAAA;SOR=1.825;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=60;WE=201286636;WS=201286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	201286628	rs1772823	C	G	5616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=46;PP=2493;SC=AAAAAAATCACCTTTGAGTAG;SOR=1.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=86;TCR=46;TR=131;WE=201286636;WS=201286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	201286678	rs1794867	C	T	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.348;NF=51;NR=35;PP=953;ReadPosRankSum=-0.452;SC=GACCAGGCAGCGTGGCAACTC;SOR=0.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=228;TCF=131;TCR=97;TR=86;WE=201286686;WS=201286668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,92:0.38:244
chr1	201286771	rs1722779	C	T	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1256;ReadPosRankSum=1.046;SC=TCCAGCAGGCCGCGGCAGGGG;SOR=0.818;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=230;TCF=115;TCR=115;TR=93;WE=201286779;WS=201286761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,95:0.40:240
chr1	201288007	rs1794868	G	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=145;SC=ACATTCAGCCGGTGCATAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=201288015;WS=201287997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	201288898	rs1722759	A	C	5704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CCACCCCCAGATCCACTTCTG;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=117;TCR=82;TR=198;WE=201288906;WS=201288888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,209:0.99:211
chr1	201288955	rs1626370	G	A	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=61;PP=1608;ReadPosRankSum=1.479;SC=AAGAGACTGGGCATGCGGGAG;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=150;TCR=143;TR=123;WE=201288963;WS=201288945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,125:0.40:311
chr1	201289175	rs1628151	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-1.595;SC=CTTTCCTTCCGTTTTCATCTT;SOR=0.914;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=21;WE=201289183;WS=201289165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr1	201290968	rs1779292	T	G	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=12;PP=1818;ReadPosRankSum=1.612;SC=CCCAGGCTGATAGTGTGGTGG;SOR=1.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=63;TCR=12;TR=74;WE=201290976;WS=201290958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr1	201291066	rs2071960	C	T	6327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.214;SC=CCTGTCGGGCCGGGCAGAGGC;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=410;TCF=256;TCR=154;TR=261;WE=201291074;WS=201291056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,268:0.64:422
chr1	201291283	rs1772832	C	T	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=74;PP=1562;ReadPosRankSum=-0.763;SC=ATCAGCAGGGCGGGGCCTGCC;SOR=0.924;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=253;TCF=77;TCR=176;TR=103;WE=201291291;WS=201291273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,105:0.41:254
chr1	201292036	rs1779289	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=0.558;SC=GCTTGCCCTATCTGGAACCAC;SOR=0.733;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=10;WE=201292044;WS=201292028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	201292110	rs1779288	T	C	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=57;PP=2965;SC=AGGCTCCCCATTGACCCCCCT;SOR=1.543;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=113;TCR=57;TR=170;WE=201292118;WS=201292100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	201293512	rs36076398	TG	T	894.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=816;ReadPosRankSum=-0.932;SC=CCATGGTGCCTGGGAAGCCAC;SOR=0.396;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=25;WE=201293520;WS=201293502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
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chr1	201293985	rs854505	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=349;ReadPosRankSum=0.813;SC=GAAGGCTATCGAAGAGTGTGG;SOR=0.379;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=21;WE=201293993;WS=201293975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
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chr1	201336984	rs3729843	C	T	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=68;PP=1785;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GAGCTCAAGTCCCCCCCTCCG;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=80;TCR=120;TR=113;WE=201336992;WS=201336973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,124:0.58:215
chr1	201337170	rs3729842	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=0.465;SC=AATCTTAGTCAATAGGAGAGT;SOR=0.317;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=12;WE=201337178;WS=201337169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	201338553	rs10800776	T	C	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.024;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=51;PP=936;ReadPosRankSum=0.216;SC=CCCTGCTTGGTGCTGTCCAGC;SOR=0.300;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=113;TCF=22;TCR=91;TR=66;WE=201338561;WS=201338543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr1	201338586	rs10920183	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=641;ReadPosRankSum=1.447;SC=CCCAGCATGGAACACTGGGGT;SOR=0.496;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=32;WE=201338594;WS=201338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr1	201338896	rs10920184	T	C	3046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=59;PP=1732;ReadPosRankSum=-0.465;SC=AGGCTGCACTTGGGACAGCAG;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=247;TCF=147;TCR=100;TR=141;WE=201338904;WS=201338886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,145:0.57:254
chr1	201339043	rs12049476	C	T	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=54;PP=1289;ReadPosRankSum=1.026;SC=AGAGAGCCCGCGGCAGGAGCA;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=38;TCR=94;TR=76;WE=201339051;WS=201339033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,80:0.59:136
chr1	201341175	rs45533739	CAGAAG	C	4912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.035;NF=31;NR=43;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.246;SC=TGCTTCTGCTCAGAAGAGAAG;SOR=0.984;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=157;TCF=67;TCR=90;TR=74;WE=201341187;WS=201341165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,127:0.55:230
chr1	201341341	rs868407	C	T	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=76;PP=1806;ReadPosRankSum=0.881;SC=CAAACACACACGCCTGCACAC;SOR=0.839;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=183;TCF=67;TCR=116;TR=117;WE=201341349;WS=201341331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,122:0.63:194
chr1	201353827	rs10920189	G	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=737;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GTGCCCTACCGCACAGCCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=41;WE=201353835;WS=201353817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr1	201354102	rs34070820	C	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=0.398;SC=TCAACCCCACCAAAGAAATAT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=13;WE=201354110;WS=201354092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr1	201355522	rs4128458	T	C	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=982;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GCCCCCTGCTTTGCCAAAGAG;SOR=0.523;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=59;WE=201355530;WS=201355512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,64:0.41:155
chr1	201355943	rs2799677	C	T	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GCATGGAGGACTTCTCCAAGA;SOR=0.741;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=233;TCF=121;TCR=112;TR=93;WE=201355951;WS=201355933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,95:0.40:236
chr1	201356428	rs4915230	C	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=0.608;SC=AGGCCCTGGCCTCCCCGGCTC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=201356436;WS=201356418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	201360281	rs2719184	A	G	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=66;PP=1630;ReadPosRankSum=1.720;SC=TTTCAGATGGAAAGAGCTTCG;SOR=0.473;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=267;TCF=108;TCR=159;TR=118;WE=201360289;WS=201360271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,119:0.43:274
chr1	201368463	rs28364652	G	GT	3461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.076;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.785;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,112:0.41:271
chr1	201383616	rs2026593	A	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=4;PP=623;SC=CTCCAGCCCCACCCTGCCCCG;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=201383624;WS=201383606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	201383643	rs2026594	A	C	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=6;PP=1365;SC=CTGCCAGGCTAACCTGCAGGG;SOR=3.334;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=55;WE=201383651;WS=201383633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	201434740	rs1053592	G	A	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GGGAAGATGCGTAGAGGTGGG;SOR=0.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=133;TCR=101;TR=231;WE=201434748;WS=201434730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr1	201453289	rs576697	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=402;SC=CCTAGGACCCTGCCTGCATGC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=201453297;WS=201453279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	201763184	rs564440	T	C	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=47;PP=2965;SC=TCCCAATTCCTTGCCCTTCTC;SOR=1.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=109;TCR=47;TR=156;WE=201763192;WS=201763174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	201763499	rs567185	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=12;PP=742;SC=GAACTCCTGACCTCAGGTGAT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=201763507;WS=201763489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	201772863	rs34105833	T	TG	6638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=143;PP=2936;SC=GTTTGGGGGGTGGGAAGTAGG;SOR=2.350;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=8;TCR=155;TR=150;WE=201772871;WS=201772853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	201821196	.	AT	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=3.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,26:0.15:170
chr1	201832709	.	A	C	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=63;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CATCAGTTCGAATTTCTGCAG;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=368;TCF=199;TCR=169;TR=134;WE=201832717;WS=201832699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,144:0.37:387
chr1	201837934	rs34353605	CGT	C	6357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=1.047;QD=28.64;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,210:0.95:222
chr1	201837956	.	TGA	T	1709	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=60.49;NF=18;NR=115;PP=1709;QD=12.8872180451;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGATC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=178;TCF=33;TCR=145;TR=133;WE=201837965;WS=201837946;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:45,133:0.75:178
chr1	201840059	rs150361248	GTTATT	G	2596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=36;PP=1970;SC=TTGGTCCTGAGTTATTTTATT;SOR=2.872;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=40;WE=201840071;WS=201840049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	201840464	rs2644124	T	C	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=79;PP=2553;SC=AGGTAGAACCTCATCTTTCTT;SOR=1.467;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=129;TCF=39;TCR=90;TR=118;WE=201840472;WS=201840454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	201840537	.	G	A	182	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=16;MQ=49.14;NF=1;NR=9;PP=182;QD=21.6771212547;SC=TTTTTTTTGAGACAGTCTCGC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=201840545;WS=201840527;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	201844128	rs2678203	G	A	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=72;PP=2551;SC=GATCCCAACAGTGGGGTACCC;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=141;WE=201844136;WS=201844118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	201858887	rs7539696	C	T	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=50;PP=1355;SC=TCAAGCCTGGCGGCAGAGCTA;SOR=4.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=54;WE=201858895;WS=201858877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	201860626	rs2250377	A	G	9550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=183;PP=2965;SC=CTGGCTTCATATACCCACCTA;SOR=0.926;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=336;TCF=153;TCR=183;TR=336;WE=201860634;WS=201860616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr1	201865763	rs8028	A	G	8572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=0.455;SC=GTGCAGTGGGACTGACAGTGA;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=127;TCR=181;TR=306;WE=201865771;WS=201865753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,320:0.99:322
chr1	201868333	rs3738290	C	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=5;PP=750;SC=TACCCAGCCCCGCCCTGTTGG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=201868341;WS=201868323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	201868422	rs370820339	G	A	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1111;ReadPosRankSum=0.303;SC=GGTCACGGGAGTTCTTCTCCT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=103;TCR=55;TR=81;WE=201868430;WS=201868412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,84:0.51:165
chr1	201924749	rs3820438	G	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=47;PP=755;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CCCTTGTCCAGGCTCCCAAGG;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=44;TCR=106;TR=66;WE=201924757;WS=201924739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,65:0.42:153
chr1	201952294	rs73074403	C	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.075;SC=TTCCGGCCCCCAGCCGCCCTG;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=10;WE=201952302;WS=201952284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	201952310	rs112370844	T	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=115;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CCCTGCACCCTCACCTACCCC;SOR=0.357;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=9;WE=201952318;WS=201952300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr1	201952574	rs4950806	T	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1087;ReadPosRankSum=1.472;SC=TTTCTAACATTTTCCGTGGCT;SOR=0.562;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=169;TCF=104;TCR=65;TR=72;WE=201952582;WS=201952564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,74:0.42:177
chr1	201952755	rs4950807	T	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=872;ReadPosRankSum=0.816;SC=GTTAAAGCTCTTATCTTTGTT;SOR=1.111;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=57;WE=201952763;WS=201952745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,62:0.36:172
chr1	201965317	rs74710742	G	T	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=53;PP=1565;ReadPosRankSum=1.845;SC=ATGCTGCCAAGGAGGAGTACA;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=158;TCR=113;TR=125;WE=201965325;WS=201965295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,128:0.46:280
chr1	201966774	rs10920300	T	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=605;ReadPosRankSum=-1.519;SC=AGAATACAAGTGGGTGTGAAG;SOR=0.988;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=43;WE=201966782;WS=201966764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr1	201969082	rs1130790	G	A	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TGCTGCGTCAGCACATGGACA;SOR=0.727;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=221;TCF=133;TCR=88;TR=82;WE=201969090;WS=201969072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,88:0.37:237
chr1	201970562	rs4332408	T	C	15626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=260;NR=295;PP=2965;SC=TCTGCTTTGTTTCATACCTGG;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=556;TCF=260;TCR=296;TR=555;WE=201970570;WS=201970552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr1	201970748	rs4131469	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=856;ReadPosRankSum=0.030;SC=CACTCCCCACGGGGCCAGAGA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=98;TCR=50;TR=52;WE=201970756;WS=201970738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,53:0.36:149
chr1	201980119	rs2819361	C	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=457;ReadPosRankSum=-1.656;SC=CTTGAAGAGACGGTGTCCGCA;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=24;WE=201980127;WS=201980109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr1	201983242	rs2819365	C	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=33;PP=670;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TGCCACTTGGCTTCTTGCAAC;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=9;TCR=87;TR=36;WE=201983250;WS=201983232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr1	202092046	rs3795593	C	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=2;PP=612;SC=GGGCCCCCTGCACTCACCTGC;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=202092054;WS=202092036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	202092360	rs3795595	G	A	6988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=147;NR=97;PP=2965;SC=CCTAACCCCGGCAAGGATGGG;SOR=1.152;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=148;TCR=97;TR=244;WE=202092368;WS=202092350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	202092415	rs3795596	A	G	11587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=228;NR=177;PP=2965;SC=ATCTGACAGGAGCACCAGGGC;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=405;TCF=228;TCR=177;TR=405;WE=202092423;WS=202092405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr1	202092580	rs7516762	T	C	10610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=198;PP=2965;SC=ACCTGAAGAGTGCCTGGAACT;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=374;TCF=175;TCR=199;TR=373;WE=202092588;WS=202092570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr1	202096815	rs3820380	G	A	7852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=96;PP=2965;SC=GTCCTTCCTTGTCCCCATAGA;SOR=1.475;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=191;TCR=96;TR=287;WE=202096823;WS=202096805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	202104282	rs150397242	G	A	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=78;PP=1662;ReadPosRankSum=1.661;SC=ACGCACCAATGTTGTCCTTTT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=404;TCF=196;TCR=208;TR=149;WE=202104290;WS=202104272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,160:0.37:432
chr1	202107422	.	AAC	A	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=321;ReadPosRankSum=0.330;SC=TGCCCTCCCCAACACACACAC;SOR=0.460;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=11;WE=202107435;WS=202107412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	202128768	rs59879043	C	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=865;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AAGGCAGTCTCGGGGTAGAGT;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=50;WE=202128776;WS=202128758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,54:0.55:99
chr1	202129826	rs4309039	T	C	7948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=1.588;SC=TCTGCCCTCCTGTGCCTGCTG;SOR=0.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=148;TCR=144;TR=291;WE=202129834;WS=202129816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,298:1.00:299
chr1	202129895	rs3935295	G	A	7854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.240;SC=CCAAGGCCCCGTTCCCTGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=148;TCR=139;TR=283;WE=202129903;WS=202129885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr1	202130754	rs3934648	T	C	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=91;PP=2345;SC=GCCCCCAACATGCACAATCCA;SOR=1.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=51;TCR=92;TR=142;WE=202130762;WS=202130744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	202155543	rs2993432	A	C	6785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=128;PP=2965;SC=ATCCTGGTGCACTGCAGGAGG;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=96;TCR=129;TR=224;WE=202155551;WS=202155533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	202156135	.	C	CCCTCGCTCCTCGCTCCTCGCT,CCCTCGCTCCTCGCTCCTCGCTCCTCGCT	2162.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.46;QD=98.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,8:0.64,0.36:22
chr1	202156482	rs3010088	G	A	5065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=59;PP=2965;SC=GAAGGAGTACGAGGTACACTT;SOR=1.496;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=120;TCR=59;TR=178;WE=202156490;WS=202156472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	202156628	rs3010089	A	C	8374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=175;PP=2965;SC=GCTGGCTCTTACGCACCCCTG;SOR=1.229;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=118;TCR=175;TR=293;WE=202156636;WS=202156618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	202163063	rs2361431	T	C	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=22;PP=821;SC=GCTGCGGCCATCGCGCCGTGC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=202163071;WS=202163053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	202163364	rs2077598	C	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=15;PP=447;SC=CCTGGTCCTGCGGGCTGCTGG;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=26;WE=202163372;WS=202163354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	202163516	rs1812761	C	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=17;PP=1809;SC=AAATACCAGGCGAGCAGGGAG;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=68;TCR=17;TR=85;WE=202163524;WS=202163506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	202194441	rs3010067	G	C	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=5;PP=2014;SC=GGCCTGGTGGGGGGTACTGTG;SOR=4.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=72;TCR=5;TR=75;WE=202194449;WS=202194431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	202194508	rs149459287	AG	A	5658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.134;NF=27;NR=69;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.942;SC=AGATGGCCCAAGTGGGGAGTT;SOR=0.631;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=232;TCF=79;TCR=153;TR=96;WE=202194516;WS=202194498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,172:0.45:379
chr1	202196931	rs1452070	G	A	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=35;PP=2398;ReadPosRankSum=0.010;SC=AGTATTAAACGCATCGTAGAT;SOR=1.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=88;TCR=36;TR=121;WE=202196939;WS=202196921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr1	202266547	rs788827	C	T	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=40;PP=2502;SC=TCTCCCTGGCCAAGCCCAGAG;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=95;TCR=40;TR=135;WE=202266555;WS=202266537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	202266607	rs788826	C	T	6841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=98;PP=2965;SC=AAGCCTTTGCCCTAATGACTG;SOR=0.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=225;WE=202266615;WS=202266597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	202274936	rs705762	T	C	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=55;PP=2039;SC=GCAAGTCCTGTAGGGAGGTGT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=116;WE=202274944;WS=202274926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	202276494	rs896551	C	T	8291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.477;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.932;SC=CCATCCACCCCGAGGCCTTCT;SOR=0.573;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=138;TCR=158;TR=295;WE=202276502;WS=202276484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,313:1.00:314
chr1	202287206	rs788795	T	C	9133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GGCGGGCCTGTCCCCCTGCCC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=175;TCR=153;TR=325;WE=202287221;WS=202287196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,338:0.99:340
chr1	202287537	rs788794	G	A	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=65;PP=2965;SC=TGGCCGCCGCGCTGCCCCTGG;SOR=1.534;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=141;TCR=66;TR=206;WE=202287545;WS=202287527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	202287813	rs788793	T	C	10586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=206;NR=180;PP=2965;SC=TCCTCAGCTTTGCCTCCATGC;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=387;TCF=206;TCR=181;TR=386;WE=202287821;WS=202287803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr1	202288259	.	C	G	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,46:0.21:216
chr1	202304868	rs14451	T	C	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=448;ReadPosRankSum=2.072;SC=TCTTCAGACGTGAAGCTCTCT;SOR=1.074;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=48;WE=202304876;WS=202304858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,52:0.38:136
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chr1	202386075	rs2843413	T	C	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=98;PP=2965;SC=TGTGGCTTTGTAGTATTTGTA;SOR=1.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=53;TCR=99;TR=151;WE=202386087;WS=202386065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	202457784	rs3820374	T	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.619;NF=14;NR=43;PP=1133;ReadPosRankSum=0.857;SC=TGTCATTTTGTGTATCTACCC;SOR=1.068;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=101;TCF=28;TCR=73;TR=57;WE=202457792;WS=202457774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,60:0.56:107
chr1	202531741	rs2249811	C	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=936;ReadPosRankSum=0.823;SC=GCCCTGAGGTCTGGGAACGCT;SOR=1.866;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=49;WE=202531749;WS=202531731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr1	202536848	rs2292489	C	T	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=23;PP=1249;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CTAGACTGGGCGTTCTACTGG;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=146;TCF=103;TCR=43;TR=81;WE=202536856;WS=202536838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,85:0.57:150
chr1	202565948	rs504261	G	A	2761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=1748;ReadPosRankSum=-2.478;SC=GCCACTGGGCGATGGGCCTCC;SOR=0.590;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=287;TCF=135;TCR=152;TR=126;WE=202565956;WS=202565938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,136:0.44:308
chr1	202572105	rs55968420	GCC	G	8868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=28.886;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.874;NF=48;NR=117;PP=2971;ReadPosRankSum=2.459;SC=CCCCCACTCTGCCCCCCCACA;SOR=0.370;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=333;TCF=91;TCR=242;TR=165;WE=202572123;WS=202572094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,247:0.62:399
chr1	202574784	rs1968583	G	A	4378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.263;NF=91;NR=99;PP=2677;ReadPosRankSum=-1.582;SC=TGTCCTCCTGGCTCTCCCCAG;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=309;TCF=151;TCR=158;TR=190;WE=202574792;WS=202574774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,199:0.61:325
chr1	202703053	rs4310498	G	A	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=90;PP=2835;SC=TGTCCGAGATGGCTTGGCCTT;SOR=2.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=38;TCR=90;TR=128;WE=202703061;WS=202703043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	202705455	rs1141109	G	C	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=49;PP=1540;SC=TCAGATGTACGGGGATAGATC;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=114;WE=202705463;WS=202705445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	202715244	rs3216061	G	GA	5923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.557;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.338;NF=95;NR=59;PP=2620;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TTTTCCATAGGAAAAAAAATC;SOR=0.271;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=199;TCF=115;TCR=84;TR=154;WE=202715252;WS=202715234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,210:0.99:213
chr1	202715284	rs1141108	G	A	12986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=293;NR=179;PP=2965;SC=ATTTATATTTGTAAGGAGGAC;SOR=1.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=473;TCF=294;TCR=179;TR=472;WE=202715292;WS=202715274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr1	202718028	rs1892163	A	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=1;PP=730;ReadPosRankSum=0.088;SC=ATTTTACTAAATAATACCCAA;SOR=0.865;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=57;TCR=1;TR=32;WE=202718036;WS=202718019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr1	202718202	rs1892164	G	A	6170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.447;SC=TCATCTCATCGTGGGAAAACA;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=633;TCF=296;TCR=337;TR=292;WE=202718210;WS=202718192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,308:0.46:666
chr1	202718310	rs10920472	T	C	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=68;PP=1710;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TTCATCTTTCTTCTATTTCCA;SOR=0.872;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=46;TCR=133;TR=90;WE=202718318;WS=202718300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,93:0.50:186
chr1	202722277	rs4950742	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=0.390;SC=TTTCAGACTCGGCTTTGTAAG;SOR=2.215;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=16;WE=202722285;WS=202722267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr1	202731986	rs140328663	C	CCTCAA	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.212;NF=0;NR=13;PP=628;ReadPosRankSum=2.588;SC=TTCTCCACTTCCTCATCATCT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=13;WE=202731994;WS=202731976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	202733238	rs3196669	C	T	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=57;PP=2030;SC=TTCTGGCTTCCGTTGTCTCCT;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=108;WE=202733246;WS=202733228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	202735634	.	TA	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.787;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr1	202735751	rs12140729	T	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=443;ReadPosRankSum=-1.919;SC=CAACGCCAATTTTGTGAGGGT;SOR=0.943;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=32;WE=202735759;WS=202735741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr1	202735879	rs7528426	C	A	402.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.625;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=202;ReadPosRankSum=0.335;SC=TTCCTTACCCCTTTGATGGTA;SOR=1.414;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=15;WE=202735887;WS=202735878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr1	202743892	rs17497253	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=752;ReadPosRankSum=-1.124;SC=AGTTTTCATCTCATTTAGCTT;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=24;TCR=76;TR=44;WE=202743900;WS=202743882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr1	202777215	rs12028388	G	A	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=49;PP=1594;ReadPosRankSum=1.260;SC=GATCCGGGGTGCTGGCGTGAC;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=116;TCR=78;TR=122;WE=202777223;WS=202777205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,127:0.64:199
chr1	202777961	rs10920486	C	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.566;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=43;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.213;SC=ACAGCTTGAACATACACATAG;SOR=0.239;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=107;TCF=26;TCR=81;TR=61;WE=202777969;WS=202777951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr1	202795068	rs10800870	C	T	6314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.717;SC=GTGCATTTCCCCTGGGAGGCC;SOR=0.654;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=426;TCF=216;TCR=210;TR=263;WE=202795076;WS=202795052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,275:0.61:452
chr1	202888947	rs3182429	T	C	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.84;MQRankSum=-0.259;NF=54;NR=52;PP=1308;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TCACATGTACTGTTTCTGTGT;SOR=0.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=92;TCR=88;TR=106;WE=202888955;WS=202888937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,110:0.59:187
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chr1	202917724	rs114413447	G	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-6.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=52;PP=1070;ReadPosRankSum=-1.566;SC=ACACTAGTTAGAAATTTATTA;SOR=0.630;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=12;TCR=121;TR=57;WE=202917732;WS=202917714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,56:0.41:136
chr1	202931839	rs2232854	G	A	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=52;PP=1341;ReadPosRankSum=0.743;SC=TGAAGTATGGGGAGAAGAAAG;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=148;TCF=58;TCR=90;TR=83;WE=202931847;WS=202931829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,89:0.55:162
chr1	202931998	rs2232852	C	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=346;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TTAGCAGCACCGCCATCCCTG;SOR=0.330;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=16;WE=202932006;WS=202931989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	202933657	rs2232847	T	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=207;ReadPosRankSum=-1.932;SC=TGGCTATGGTTACCAGTCTTC;SOR=0.349;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=16;WE=202933665;WS=202933647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	202933992	rs1418445	G	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=519;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CAATAATATAGTTGAGGGACA;SOR=1.209;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=25;WE=202934000;WS=202933982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr1	202956236	rs870094	G	A	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=71;ReadPosRankSum=0.171;SC=TCAGAGAGAAGCAAGTGAGTA;SOR=0.687;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=253;TCF=119;TCR=134;TR=131;WE=202956244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,138:0.51:272
chr1	202956340	rs705754	T	G	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=41;PP=1125;ReadPosRankSum=0.343;SC=GTGGGAGAACTCCAGGATCAC;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=70;TCR=87;TR=75;WE=202956348;WS=202956330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,80:0.48:165
chr1	202977809	rs6678040	G	A	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.615;NF=56;NR=24;PP=1245;ReadPosRankSum=0.278;SC=TCAGGTTCCTGCAGAGGAAGC;SOR=0.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=105;TCR=43;TR=80;WE=202977817;WS=202977799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,82:0.54:153
chr1	202978032	rs1418444	C	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=36;PP=1040;SC=AGATATAAGACGTGATACCAG;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=39;WE=202978040;WS=202978022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	202987770	rs782788	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=501;ReadPosRankSum=-1.973;SC=TCTGTTTGTGTTGCTATAACA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=41;WE=202987778;WS=202987760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,47:0.35:136
chr1	202987796	rs782787	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.997;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=-0.705;SC=ACAGATTCTGGGTAACTTAAA;SOR=1.056;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=28;WE=202987804;WS=202987786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,29:0.28:103
chr1	202991830	rs72085275	CA	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.674;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	203003641	rs10920550	C	T	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1260;ReadPosRankSum=-1.613;SC=ACGAGGGCTCCGAAGAGTGTC;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=74;WE=203003649;WS=203003631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
chr1	203003870	rs782800	G	A	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=82;PP=2901;SC=AGGGAAGGCCGAGGGGAGCTG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=147;WE=203003878;WS=203003860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	203004627	rs5780134	A	AC	2559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.78;QD=31.22;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	203004930	rs139600380	T	TAGC	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=388;ReadPosRankSum=-2.209;SC=TGTTTCTGTGTAGCAGAGAGG;SOR=0.430;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=14;WE=203004943;WS=203004920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	203006098	rs782803	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=-1.391;SC=ATGTGGCCACATGTGTATCTG;SOR=0.132;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=14;WE=203006106;WS=203006093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	203006179	rs782804	G	A	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=20;PP=1123;ReadPosRankSum=0.670;SC=GCACTACTGCGCCCCTCTGGG;SOR=0.647;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=186;TCF=140;TCR=46;TR=77;WE=203006197;WS=203006169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,83:0.43:192
chr1	203006243	rs782805	A	G	14337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=297;NR=231;PP=2965;SC=AACTTTCCTCAGATCTAGACC;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=528;TCF=297;TCR=231;TR=528;WE=203006251;WS=203006233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,553:1.00:553
chr1	203008174	rs61821060	G	C	11566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=202;NR=209;PP=2965;SC=GAGGGGGACCGCCTGGGTCCC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=411;TCF=202;TCR=209;TR=411;WE=203008182;WS=203008164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr1	203008286	rs10920553	C	G	4098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=100;PP=2580;ReadPosRankSum=-1.081;SC=GTCAGGAGACCTTGGCGGCCA;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=144;TCR=165;TR=191;WE=203008294;WS=203008276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,196:0.61:322
chr1	203012705	rs7547566	C	G	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=58;PP=1447;ReadPosRankSum=-1.800;SC=ACACCTTGACCAAGAGAGCAG;SOR=1.298;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=125;TCF=36;TCR=89;TR=78;WE=203012713;WS=203012695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
chr1	203012906	rs4950908	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=7;PP=928;ReadPosRankSum=0.793;SC=CAGTTGGGGCGGGAGCTCTGT;SOR=1.042;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=75;TCR=14;TR=49;WE=203012914;WS=203012896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr1	203023122	rs2291691	A	C	3205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=75;PP=2091;ReadPosRankSum=1.297;SC=TGGGAAGTGCATTGAAGGGCA;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=97;TCR=124;TR=133;WE=203023130;WS=203023112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,141:0.61:233
chr1	203023240	rs10635298	G	GGC	1862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=1138;ReadPosRankSum=1.620;SC=CAGGCCCGCTGCCAGTGCCGG;SOR=0.390;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=26;WE=203023248;WS=203023230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr1	203025209	rs11590950	G	C	4666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.322;SC=AGGGCACCCAGAGGGTGAGTC;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=335;TCF=193;TCR=142;TR=206;WE=203025217;WS=203025199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,213:0.62:344
chr1	203028711	rs4590732	C	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=173;ReadPosRankSum=-0.289;SC=TTGGGGTGGTCAGGTGTTCCT;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=12;WE=203028719;WS=203028701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	203030685	rs2270543	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=165;ReadPosRankSum=1.777;SC=GATACTGGGATGTCTTTTTCC;SOR=0.260;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=203030693;WS=203030675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr1	203032922	rs1416262	C	T	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=40;PP=1585;ReadPosRankSum=-1.004;SC=TACCTTCCTCCCCCATAATAG;SOR=0.903;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=196;TCF=121;TCR=75;TR=112;WE=203032930;WS=203032912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,119:0.57:209
chr1	203036757	rs2275354	T	C	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.151;SC=TGATGCTGGATGTGAGACAGG;SOR=0.513;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=175;TCF=115;TCR=60;TR=90;WE=203036765;WS=203036747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,88:0.50:176
chr1	203040673	rs9803710	A	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=6;PP=741;SC=AGCAGCTTCAAAAAGGTGTGT;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=203040681;WS=203040663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	203040740	rs11583155	T	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.096;SC=CTTGGACCCTTGGAAAATGGT;SOR=1.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=83;TCR=31;TR=63;WE=203040748;WS=203040730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr1	203040816	rs2270540	G	C	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=52;PP=1696;ReadPosRankSum=0.962;SC=TCTATGGACTGCAGGCACGCC;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=240;TCF=135;TCR=105;TR=122;WE=203040824;WS=203040806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,129:0.51:255
chr1	203053768	rs903356	T	C	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=1490;ReadPosRankSum=-0.148;SC=AGTCAGGCCTTACTTACCCCC;SOR=0.578;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=199;TCF=104;TCR=95;TR=104;WE=203053776;WS=203053758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,112:0.52:215
chr1	203053889	rs12143972	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=580;ReadPosRankSum=0.047;SC=AAGGTCGGGGCACAGCCATTC;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=39;WE=203053897;WS=203053879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr1	203054651	rs61745017	G	A	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=30;PP=1761;ReadPosRankSum=0.707;SC=CCCCGGTAGCGGAGGTCACGC;SOR=0.435;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=168;TCF=124;TCR=44;TR=107;WE=203054659;WS=203054641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,109:0.64:170
chr1	203137784	rs35823777	A	ACT	6556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.886;NF=38;NR=42;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TCCTCCCGTGACTTCAGTGTG;SOR=0.676;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=169;TCF=70;TCR=99;TR=80;WE=203137792;WS=203137774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,163:0.56:289
chr1	203140671	rs3737875	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=743;ReadPosRankSum=0.606;SC=GGGCATGGCCGTTGTGGGTCC;SOR=0.895;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=53;WE=203140679;WS=203140661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,57:0.44:131
chr1	203143379	rs3737873	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CAGAGGCCCCTTACTGCTGAG;SOR=0.250;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=8;WE=203143387;WS=203143378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	203144833	rs12145010	G	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.072;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=932;ReadPosRankSum=1.665;SC=ATTCAGATGCGGTCTCCTCTG;SOR=1.250;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=181;TCF=72;TCR=109;TR=62;WE=203144841;WS=203144823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,63:0.33:192
chr1	203148633	rs4950927	A	G	5401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=102;NR=97;PP=2965;SC=GATCCTGGCCACAGAAGGAGC;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=103;TCR=97;TR=199;WE=203148641;WS=203148623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	203155882	rs4950928	G	C	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=65;PP=1956;SC=TCCACTCCCCGACGCGGCAAA;SOR=5.311;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=4;TCR=65;TR=69;WE=203155890;WS=203155872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	203174864	rs4950932	T	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=605;SC=CAGGGTTGGGTGAAGTAGCTC;SOR=2.165;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=203174872;WS=203174854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	203174921	rs2486951	A	G	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=61;NR=34;PP=1473;SC=GTGGGCACAGATAAGCCACAT;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=203174929;WS=203174911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	203175107	rs2494296	A	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=28;PP=853;SC=GTTTGGGTGGACTGGCTCCCC;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=203175115;WS=203175097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	203186950	rs150192398	C	CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT	3388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=45.18;SOR=2.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	203187341	rs142759151	T	TGGTCAA	5194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.444;NF=2;NR=67;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TATTGTATGCTGGTCAAGGTC;SOR=1.808;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=105;TCF=4;TCR=101;TR=69;WE=203187349;WS=203187331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,123:0.98:126
chr1	203188692	rs2486958	A	C	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=39;PP=2460;SC=ATTCTCTGCAATTGGCATCCT;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=120;WE=203188700;WS=203188682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	203191262	rs2244385	C	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=515;SC=CCTCGGGGCTCAAAAGAAGCC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=203191270;WS=203191252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	203192448	rs3216011	GC	G	2455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=58;PP=2371;SC=GCCCCTGTGAGCCCCAGGTAG;SOR=3.767;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=62;WE=203192456;WS=203192438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr1	203317162	rs7543148	C	T	5636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=96;PP=2965;SC=GGCAGTCGCACTCCTGGGGGC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=99;TCR=96;TR=195;WE=203317170;WS=203317152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	203465396	rs2242199	T	C	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=55;PP=1075;ReadPosRankSum=2.357;SC=CTACATTCCCTGCATGACACT;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=93;WE=203465404;WS=203465386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,100:0.48:207
chr1	203465470	rs75011045	T	C	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=478;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CCTCCACCTCTTTCTCTGTGA;SOR=1.141;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=27;WE=203465478;WS=203465460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr1	203652444	rs1419114	A	G	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=103;PP=2965;SC=AGCTGCGTTCAAGGGATGCAC;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=223;TCF=119;TCR=104;TR=222;WE=203652452;WS=203652434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	203667409	rs2228445	T	C	7161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=116;PP=2965;SC=ATGTCACGCTTATCATCCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=127;TCR=116;TR=243;WE=203667417;WS=203667399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	203667536	rs6676272	A	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=835;ReadPosRankSum=1.371;SC=TTCCACCACCACCACCAAGCG;SOR=0.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=43;TCR=78;TR=53;WE=203667544;WS=203667526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,56:0.43:129
chr1	203667577	rs139986068	TA	T	635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.511;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=734;ReadPosRankSum=1.675;SC=GGTTATAGCTTAAAACATTTC;SOR=1.542;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=23;WE=203667585;WS=203667567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr1	203670128	rs3820197	A	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=-0.928;SC=GCAGATCTGGATAGAAAGCAT;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=19;WE=203670136;WS=203670118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr1	203670179	rs3766752	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=1.155;SC=CAGATATCCAAACTCCTTGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=203670187;WS=203670169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	203673055	rs115760012	G	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=136;ReadPosRankSum=-0.244;SC=GAAACTTCAGGGTGGCTAGTT;SOR=2.070;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=9;WE=203673063;WS=203673045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	203677250	rs3753036	G	A	4278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=108;PP=2800;ReadPosRankSum=2.358;SC=TTTCCTTTGCGTAGACACTTA;SOR=0.757;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=332;TCF=148;TCR=184;TR=190;WE=203677258;WS=203677240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,198:0.56:351
chr1	203679934	rs2032018	A	G	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=53;PP=2965;SC=TTGCCAAAATACCTGTCAATG;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=99;TCR=53;TR=151;WE=203679942;WS=203679924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	203689936	rs4951112	C	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=485;ReadPosRankSum=0.111;SC=GGAGTGAAGACTACGGTGTGT;SOR=0.409;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=28;WE=203689944;WS=203689926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr1	203698627	rs2365862	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	203742915	rs6697274	G	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	203743122	rs3820194	G	A	9898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=154;PP=2965;SC=TCACTCCCTCGGCACACTGCA;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=341;TCF=186;TCR=155;TR=340;WE=203743130;WS=203743112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	203743653	rs3766748	C	T	7047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.800;SC=ATTATGCAGACTTTCAGCCAT;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=125;TCR=110;TR=233;WE=203743661;WS=203743643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr1	203787700	rs4951260	T	C	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=36;PP=2266;SC=GTTTACAGGGTGACAGCTGCC;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=110;WE=203787708;WS=203787690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	203803016	rs6694647	A	G	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=49;PP=1592;SC=TTTCTTTTCTACTTGTTTGTG;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=77;WE=203803025;WS=203803006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	203818973	rs41299639	C	A	9896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=173;PP=2965;SC=GAGATGTAGCCTCTTGCAATA;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=328;TCF=154;TCR=174;TR=327;WE=203818981;WS=203818963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	203819177	rs11808915	T	C	7513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=152;PP=2965;SC=ATACTGTGTATTGCTTTAGGT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=100;TCR=152;TR=252;WE=203819185;WS=203819167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	203821200	rs7512877	G	A	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=23;PP=1935;SC=CTTTGTGTCCGTGAGACTAGG;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=91;WE=203821208;WS=203821190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	203821314	rs41264265	G	A	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=112;PP=2965;SC=CCTCACCCCCGGAGGTGTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=122;TCR=112;TR=233;WE=203821322;WS=203821304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	204006538	rs4951291	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=0.238;SC=ATCACCTTCCTCTCATGCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=204006546;WS=204006528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	204006597	rs4951039	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=264;ReadPosRankSum=0.286;SC=ACAAGCCCGCGCGATGGGAGT;SOR=0.586;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=18;WE=204006605;WS=204006587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr1	204010389	rs10437107	G	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=63;PP=1320;ReadPosRankSum=1.827;SC=GGAATCGGGCGGAGTGATTAG;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=44;TCR=149;TR=81;WE=204010397;WS=204010379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,80:0.41:195
chr1	204081655	rs374243810	A	ACACACT,ACACT	2006.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34,34;NR=6,6;PP=480,121;SC=ACACACACACACTTTCTCTCT;SOR=3.033;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=40,40;WE=204081663;WS=204081645;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:47
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chr1	204091245	rs2692018	G	A	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=26;PP=1337;ReadPosRankSum=2.087;SC=CTCCTTCTGCGTCCACTTTTC;SOR=0.522;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=199;TCF=138;TCR=61;TR=83;WE=204091253;WS=204091235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,82:0.40:205
chr1	204094963	rs12566764	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=11;PP=1091;ReadPosRankSum=1.152;SC=CATCCATCACCGTTCCCCTTC;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=111;TCR=25;TR=61;WE=204094971;WS=204094953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,65:0.45:143
chr1	204103618	rs2293335	G	A	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=15;PP=925;ReadPosRankSum=0.399;SC=TTTTCTCCACGTCCCACCATC;SOR=1.030;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=124;TCF=89;TCR=35;TR=62;WE=204103626;WS=204103608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,67:0.52:130
chr1	204108961	rs11799485	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=4.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=222;ReadPosRankSum=0.895;SC=GCATGTTACTATACTGAATAC;SOR=0.277;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=12;WE=204108969;WS=204108959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr1	204110334	rs10793755	A	G	11377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=255;NR=171;PP=2965;SC=GACCTAAATCAAGGTCTAACT;SOR=1.063;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=429;TCF=258;TCR=171;TR=426;WE=204110342;WS=204110324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr1	204115934	rs2293337	C	T	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=49;PP=1085;ReadPosRankSum=0.608;SC=AGTGCTGGGACATTGCCTTCC;SOR=0.714;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=223;TCF=109;TCR=114;TR=93;WE=204115942;WS=204115924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,96:0.42:231
chr1	204130376	rs2272237	G	C	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=56;PP=2943;SC=ATGCACAGTAGGGCAGGGGGA;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=114;TCR=56;TR=170;WE=204130384;WS=204130366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	204198209	rs3795571	A	G	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=67;PP=1990;SC=TGTCTACCTCATGGATGCTGC;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=86;WE=204198217;WS=204198199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	204199614	rs10900562	C	T	6998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=67;PP=2965;SC=CCGCTTCTCCCTCATGGAGCC;SOR=1.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=177;TCR=68;TR=244;WE=204199622;WS=204199604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	204210750	rs4412655	C	A	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;PP=2965;SC=TGTGAATGAGCACCCAGGGCT;SOR=1.451;Source=Platypus;TCF=51;WE=204210758;WS=204210740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	204210791	rs4951325	G	A	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=77;PP=2732;SC=TTACTTCTAGGGGAAGATGGG;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=120;WE=204210799;WS=204210781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	204214975	rs66602475	TACACACAC	TAC,T	1761.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.4990;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4,4;NR=33,33;PP=2313,23;SC=GCACCCTGTGTACACACACAC;SOR=2.613;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=37,37;WE=204214992;WS=204214965;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:43
chr1	204216410	rs4951329	C	T	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=53;PP=2819;SC=TATCAATGGCCGGAACCTTTG;SOR=1.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=99;TCR=53;TR=152;WE=204216418;WS=204216400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	204216468	rs4512713	C	T	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=91;PP=2965;SC=TCCCAATCCCCGCCAGCTCAG;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=120;TCR=91;TR=211;WE=204216476;WS=204216451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	204216601	rs4288652	G	A	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=94;PP=2965;SC=ACGGGGGAAAGAGGCGTTCAC;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=166;WE=204216609;WS=204216591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	204219850	rs4951331	G	A	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=101;PP=2815;SC=ACCATGGTCCGTCACCTCTGG;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=44;TCR=101;TR=145;WE=204219858;WS=204219840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	204230581	rs3795569	G	A	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=76;PP=2441;SC=CTCAGCCTGTGGGGAGAGGCA;SOR=1.870;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=110;WE=204230589;WS=204230571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	204234196	.	G	GGT	4882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=91;PP=2989;ReadPosRankSum=0.501;SC=GCACAAGAAGGGTGTGTGTGT;SOR=0.985;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=140;TCF=5;TCR=135;TR=95;WE=204234205;WS=204234186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,156:0.94:166
chr1	204234222	rs4076020	T	C	6806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=43.36;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	204234225	rs4073136	G	A	6742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=45.25;SOR=1.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	204237416	rs10900571	C	T	7476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=135;PP=2965;SC=CCAAAGGCGACGGCTTTGCGG;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=121;TCR=135;TR=256;WE=204237424;WS=204237406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	204375119	rs375282063	TA	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,17:0.20:84
chr1	204379617	rs3014626	T	C	8032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=121;PP=2965;SC=TTGCCCCTTGTTAGCCTGTTG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=150;TCR=121;TR=271;WE=204379625;WS=204379607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	204409281	rs3014631	C	G	5746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=39;PP=2965;SC=ATAAGCAAAGCGGTCCCCTCC;SOR=2.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=154;TCR=39;TR=191;WE=204409289;WS=204409271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	204413297	rs2292459	C	T	8498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	204413297	.	CGG	TGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=95;NR=74;PP=2947;QD=20;SC=GGGCCTGTTTCGGAGAAAGGG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=180;TCF=99;TCR=81;TR=169;WE=204413307;WS=204413287;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,169:0.94:180
chr1	204413299	rs2292460	G	A	8498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	204418889	rs2999492	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=286;SC=TCTCCCAAGGCGCACTGGCCA;SOR=2.124;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=204418897;WS=204418879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	204418939	rs3014637	C	T	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=18;PP=1125;SC=CCCTCCTCCCCTTCCAAGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=204418947;WS=204418929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	204426052	.	A	C	85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=57.2;NF=4;NR=0;PP=85;QD=29.9428031368;SC=ACACACACACACCAGCCGAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=204426060;WS=204426042;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	204426400	rs61762601	C	CATCG	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=209;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GGATAGCAATCATCGGGTCCA;SOR=0.050;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=5;WE=204426408;WS=204426390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	204429212	rs5013460	AT	TG	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	204429215	rs5013458	TA	AG	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	204429285	rs2999485	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=9;PP=450;SC=AGAGGGAAGAAATGAAACATG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=204429293;WS=204429275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	204429838	rs2271414	C	G	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=62;PP=2121;SC=GACTCAGTGGCAAGGGAGATA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=124;WE=204429846;WS=204429828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	204433093	rs2271415	A	C	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=13;PP=1543;SC=CCCCCTCACAATCTTACTACC;SOR=2.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=71;WE=204433101;WS=204433083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	204433511	rs11455991	T	TC	2020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=7;PP=2166;SC=GGAAATCGAGTCAAAACACAG;SOR=3.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=47;WE=204433519;WS=204433501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	204434277	rs2942149	T	C	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=18;PP=1624;SC=AAAGAAAGTTTGGAAATGGAT;SOR=2.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=81;WE=204434285;WS=204434267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	204438334	rs1124777	C	T	7177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=138;PP=2965;SC=GCAGTTTGCCCGGCAATTGTT;SOR=1.192;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=97;TCR=138;TR=235;WE=204438342;WS=204438324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	204438643	rs1553921	G	T	7035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=154;NR=94;PP=2965;SC=CCTGTGGGGAGAGTGAGTTGT;SOR=1.097;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=155;TCR=94;TR=248;WE=204438651;WS=204438633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	204494756	rs139769069	GT	G	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.912;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,12:0.17:71
chr1	204505976	rs35493922	GA	G	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=2.907;SC=ATAAGACAATGAAAAAAATTA;SOR=0.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=11;WE=204505984;WS=204505966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	204506107	rs4245738	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=464;ReadPosRankSum=2.388;SC=ATCCAGATTTCAAGATCCCAT;SOR=0.733;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=46;WE=204506115;WS=204506097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,49:0.39:125
chr1	204512100	rs4252717	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=413;ReadPosRankSum=-1.658;SC=AGGGAAGTGGTTTTTTTTCTT;SOR=0.537;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=30;WE=204512108;WS=204512090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr1	204515863	rs2290855	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=533;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TTTTTGCTTTCAGTTAATTAG;SOR=0.383;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=67;TCR=3;TR=28;WE=204515871;WS=204515853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr1	204516025	rs2290854	A	G	5717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TTTAGCAAGAACTATTTTGCA;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=643;TCF=343;TCR=300;TR=266;WE=204516033;WS=204516015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,277:0.41:674
chr1	204518842	rs4245739	C	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=53;PP=1318;ReadPosRankSum=1.267;SC=GCATTTATTCCGTTCACTTAC;SOR=0.561;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=31;TCR=98;TR=71;WE=204518850;WS=204518832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,75:0.56:133
chr1	204587240	rs3747632	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.364;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=807;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GCCCAGGACGGTCCCCTAAGG;SOR=0.973;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=192;TCF=110;TCR=82;TR=64;WE=204587248;WS=204587230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,67:0.31:214
chr1	204913271	rs12061847	C	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=15;PP=1395;SC=GGGGGCTCTTCGGTCCTCCAA;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=204913279;WS=204913261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	204915393	rs2595960	A	G	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=48;PP=2311;SC=ATGCACCAGGAAGTGAGCTAA;SOR=1.102;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=125;WE=204915401;WS=204915383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	204917680	rs2068667	C	T	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=44;PP=2950;SC=CTGGCTCGCTCACCTCTCTGG;SOR=1.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=108;TCR=44;TR=152;WE=204917688;WS=204917670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	204926980	rs7519658	C	T	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.972;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=69;PP=1703;ReadPosRankSum=0.612;SC=TGTCCCGGGGCTGGGGGCCAA;SOR=1.051;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=162;TCF=52;TCR=110;TR=96;WE=204926988;WS=204926970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,97:0.58:167
chr1	204931077	rs12740109	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=293;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TTCACTGAGCGTATTGCCTTT;SOR=0.356;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=44;TCR=0;TR=18;WE=204931085;WS=204931067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr1	204943285	rs2595945	A	T	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=60;PP=2965;SC=GGCACTCGAGATTGCTTCTCT;SOR=1.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=128;TCR=60;TR=186;WE=204943293;WS=204943275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	204943992	rs2794861	A	G	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=68;PP=2051;SC=GGAGAGGGACAAGGAGGCCAT;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=34;TCR=68;TR=102;WE=204944000;WS=204943982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	204945338	rs34566896	CTA	C	2509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=34;PP=1762;ReadPosRankSum=0.911;SC=CCTCCCCTCTCTATAGGAGAC;SOR=0.489;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=80;TCF=10;TCR=70;TR=42;WE=204945347;WS=204945328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,64:0.59:109
chr1	204945618	rs12124296	G	A	3214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=65;PP=2141;ReadPosRankSum=-2.444;SC=CAAGTATGATGAGTGCTCCAG;SOR=0.592;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=337;TCF=205;TCR=132;TR=155;WE=204945626;WS=204945608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,160:0.45:353
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chr1	204953459	rs10641235	A	ATG	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.74;QD=25.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr1	204955319	rs11240324	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=11.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.861;SOR=2.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr1	204955329	rs11240325	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr1	204966170	rs16854920	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=423;ReadPosRankSum=0.369;SC=TCCGTTATGCTTGGGGAGGCT;SOR=0.313;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=21;WE=204966178;WS=204966160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr1	204966690	rs2794858	G	A	5771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.621;SC=ACCCGTGACTGGATGCTCAGT;SOR=0.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=78;TCR=126;TR=202;WE=204966698;WS=204966680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr1	204966749	rs2595944	A	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=785;ReadPosRankSum=-1.517;SC=TGACACACACACACTCCTTGG;SOR=1.639;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=45;WE=204966763;WS=204966739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr1	204970148	rs10716288	TC	T	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=210;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TTTCTGACTCTCCCCTTTCCT;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=8;WE=204970156;WS=204970138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	204970243	rs4950976	A	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.232;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=791;ReadPosRankSum=0.255;SC=GTGTCTCCATATCTCTGGTGC;SOR=0.385;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=155;TCF=108;TCR=47;TR=60;WE=204970251;WS=204970233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,62:0.40:155
chr1	204970302	rs4951151	T	C	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=995;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CACCAGCCCCTGATGAGCAGT;SOR=0.585;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=245;TCF=133;TCR=112;TR=93;WE=204970310;WS=204970292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,94:0.38:246
chr1	204970495	rs4951152	C	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=376;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CATTAAAGAGCTCCTGTGAAC;SOR=0.705;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=23;WE=204970503;WS=204970485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr1	204978533	rs1530745	A	G	15496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=270;NR=278;PP=2965;SC=GTCCTTTAGCAGGGTAGTTTG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=550;TCF=272;TCR=278;TR=548;WE=204978541;WS=204978523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr1	204978643	rs1530744	C	A	20815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=369;NR=361;PP=2965;SC=CCATCTCCCCCATGAAATCAT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=730;TCF=369;TCR=361;TR=730;WE=204978651;WS=204978633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,751:1.00:751
chr1	204978704	rs55678495	G	A	7954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.223;SC=ACAACCAAGCGGACATCGCCA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=694;TCF=310;TCR=384;TR=344;WE=204978712;WS=204978691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,366:0.51:722
chr1	205027390	rs9787172	C	T	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.372;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=98;PP=2400;ReadPosRankSum=0.720;SC=TCATCATGAACCCCACCAAGG;SOR=1.011;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=335;TCF=145;TCR=190;TR=163;WE=205027398;WS=205027380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,170:0.49:345
chr1	205027561	rs9787409	G	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=299;ReadPosRankSum=0.197;SC=AAAGGATAAGGGACACCCTCA;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=19;WE=205027569;WS=205027556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr1	205027737	rs2275697	G	A	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.829;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=1047;ReadPosRankSum=0.681;SC=CCCAGTGAAAGCTCATGAAGG;SOR=1.478;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=65;WE=205027757;WS=205027727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
chr1	205027790	rs114050151	A	C	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=909;ReadPosRankSum=0.112;SC=CCCACTACCCAGGTGAGTCCA;SOR=0.872;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=86;WE=205027798;WS=205027780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,92:0.54:169
chr1	205028439	rs872379	G	T	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=66;PP=1685;ReadPosRankSum=1.033;SC=TTGGCCAGGCGTGGCTGGAGG;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=37;TCR=117;TR=87;WE=205028447;WS=205028429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,88:0.56:158
chr1	205028581	rs2305278	C	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=438;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GAGGCCCTTGCCCCAGGCCTC;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=27;WE=205028589;WS=205028571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr1	205030587	rs41310859	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=43;PP=952;ReadPosRankSum=2.002;SC=CCTCCCGACCCCCCTTCCCGC;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=61;WE=205030595;WS=205030577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr1	205030862	rs41264869	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=217;ReadPosRankSum=0.943;SC=TCTTTGTCCTCTCCATCTCAG;SOR=1.230;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=13;WE=205030870;WS=205030852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr1	205031116	rs2229866	C	T	10695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=164;PP=2965;SC=AACGGGGAGCCTCTGGCCTCC;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=216;TCR=164;TR=380;WE=205031124;WS=205031106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
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chr1	205031769	rs2242000	G	A	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1310;ReadPosRankSum=0.342;SC=CTGAGTTTAGGTGTTTCCAAA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=114;TCR=146;TR=106;WE=205031777;WS=205031759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,112:0.41:274
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chr1	205038731	rs2305275	C	T	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=72;PP=2017;SC=CCTCCCTGACCCCTCTCCCGC;SOR=2.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=18;TCR=72;TR=90;WE=205038739;WS=205038721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr1	205039295	rs56283998	A	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.928;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=633;ReadPosRankSum=2.686;SC=CCATAGGAGGAGGTTGAGAGG;SOR=1.485;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=138;TCF=42;TCR=96;TR=52;WE=205039303;WS=205039285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
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chr1	205041158	rs2229868	C	T	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=63;PP=1620;ReadPosRankSum=0.417;SC=CCCGAGTCAGCGGCCTGCATC;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=232;TCF=114;TCR=118;TR=123;WE=205041166;WS=205041148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,130:0.53:247
chr1	205041542	rs3903399	T	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.469;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=229;ReadPosRankSum=0.584;SC=GAAGGGCTGGTTAAAGGTGAG;SOR=1.375;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=14;WE=205041550;WS=205041532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	205042115	rs56338794	C	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=607;ReadPosRankSum=0.363;SC=ATCGGGTCTCCTCCCAGTACC;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=35;WE=205042123;WS=205042105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr1	205042840	rs17416074	G	A	4259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=105;PP=2795;ReadPosRankSum=1.755;SC=CCCTGGCACCGTCATTTCCCA;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=338;TCF=156;TCR=182;TR=187;WE=205042848;WS=205042830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,195:0.55:356
chr1	205042939	rs17416088	C	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=57;PP=1592;SC=CCACCTCCGACGGACACAGCC;SOR=2.568;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=72;WE=205042947;WS=205042929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	205052723	rs10494858	C	T	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=32;PP=1207;ReadPosRankSum=0.194;SC=GGACAATCCTCACCAACACGC;SOR=0.906;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=162;TCF=98;TCR=64;TR=89;WE=205052731;WS=205052713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,96:0.55:173
chr1	205052939	rs4950979	G	A	8087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=134;PP=2965;SC=GCCTCTTGACGAGTCTCAAGT;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=274;TCF=140;TCR=134;TR=274;WE=205052947;WS=205052929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	205053150	rs16855059	A	G	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=2119;ReadPosRankSum=-0.071;SC=GCTAAGCTCAAATTCCTTGCC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=123;WE=205053158;WS=205053140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,130:0.60:216
chr1	205053219	rs4951168	C	T	7094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=103;PP=2965;SC=TTCTAAGCGCCGAGTCTGACA;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=138;TCR=103;TR=241;WE=205053227;WS=205053209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	205063949	rs3738154	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=277;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TCAAGGGCTACACAAAGCAAG;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=17;WE=205063957;WS=205063939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr1	205074120	rs73081248	A	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=467;ReadPosRankSum=-1.700;SC=ATATAGAATTAGACCCCACCC;SOR=0.436;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=28;WE=205074128;WS=205074110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr1	205084120	rs7515178	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=849;ReadPosRankSum=0.196;SC=AAGAATAGAGGCAACAATAGC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=52;WE=205084128;WS=205084110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr1	205085358	rs12025836	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=0.471;SC=ACTAAATACTTTGTTTTTGAA;SOR=0.551;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=5;WE=205085366;WS=205085348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	205085685	rs112587548	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=115;ReadPosRankSum=0.829;SC=GGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=10;WE=205085693;WS=205085675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	205129319	rs1062715	G	A	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=70;PP=2380;SC=GGGCACAAGGGAAGTGTCCTC;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=123;WE=205129327;WS=205129309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	205130413	rs3851294	A	G	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=38;PP=1582;SC=TGTAAAGAACAGCTTTCCAGA;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=93;WE=205130421;WS=205130403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	205133169	rs61822658	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=269;ReadPosRankSum=0.144;SC=ATCAGAACCATGGAACTACCG;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=26;WE=205133177;WS=205133159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr1	205240913	rs9659978	A	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=7;PP=687;SC=TCCTGAGCGCACACATGCCAG;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=205240921;WS=205240903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	205272926	rs1106201	C	T	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=50;PP=1517;ReadPosRankSum=-1.817;SC=CCGCGAGCTCCAAGGCTGTCT;SOR=0.531;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=284;TCF=161;TCR=123;TR=111;WE=205272934;WS=205272916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,113:0.40:286
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chr1	205274174	rs10793728	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CAGAGGTCTCAACATTGGACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=8;WE=205274182;WS=205274166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	205275206	rs4951195	AG	TT	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=36;PP=2947;SC=GAGGCTTGAGAGTTGTGCTCT;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=100;WE=205275215;WS=205275196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	205275421	rs4951197	A	G	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=60;PP=2133;SC=GGTTGGAGAGACCGAAGTCAG;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=115;WE=205275429;WS=205275411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	205306590	rs3210952	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=557;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CACCTCCCACGGCGAGGAGGC;SOR=0.583;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=43;WE=205306598;WS=205306580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr1	205312280	rs7549293	C	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=446;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CAGCAAATGCCTGTTGGTTTC;SOR=0.757;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=74;TCR=4;TR=31;WE=205312288;WS=205312270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr1	205312767	rs7526603	G	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=780;ReadPosRankSum=0.699;SC=GCCGGGAGAGGTGCGAGCGCG;SOR=0.343;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=43;WE=205312775;WS=205312757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr1	205325609	rs2298250	C	A	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=58;PP=1547;ReadPosRankSum=1.224;SC=ACCAGCAGGCCCTCAGAATGC;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=301;TCF=170;TCR=131;TR=128;WE=205325617;WS=205325599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,132:0.43:310
chr1	205385498	rs6688045	C	T	13656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=212;NR=257;PP=2965;SC=ACATCAATCACCAGGGTGAAT;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=469;TCF=212;TCR=257;TR=469;WE=205385506;WS=205385488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr1	205492486	rs74141238	C	T	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=102;PP=2286;ReadPosRankSum=0.414;SC=CAGTCACCTTCCCCTCCCCGC;SOR=0.930;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=409;TCF=177;TCR=232;TR=170;WE=205492494;WS=205492473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,175:0.42:421
chr1	205492756	rs7529442	A	G	6704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=113;PP=2965;SC=CCATGGAGGTAAGGGCCTCTG;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=96;TCR=113;TR=209;WE=205492764;WS=205492746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	205493246	rs74141240	T	C	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=11;PP=1175;ReadPosRankSum=1.330;SC=GTGATTGGGCTCTGAATGGTT;SOR=1.192;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=169;TCF=133;TCR=36;TR=65;WE=205493254;WS=205493236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,66:0.38:174
chr1	205495392	rs2297837	A	G	8292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=140;PP=2965;SC=AGCTGGGGGTAGAGGATCATT;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=138;TCR=140;TR=278;WE=205495400;WS=205495382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	205495976	rs1544154	A	G	12057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=207;NR=229;PP=2965;SC=GTGAGGCCTCAGGGGCAGGGT;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=436;TCF=207;TCR=229;TR=436;WE=205495984;WS=205495966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr1	205497066	rs2297836	G	A	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=1055;ReadPosRankSum=1.175;SC=GGCTAGGGTGGGGGTCTGACG;SOR=0.484;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=67;WE=205497074;WS=205497056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,70:0.45:155
chr1	205498021	rs7531230	T	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=502;SC=AGAGCCACGATCCCTGCAGCC;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=205498029;WS=205498011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	205499355	rs12042887	C	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GCCCCCCAGCCGGGCCCAATA;SOR=0.872;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=144;TCF=100;TCR=44;TR=65;WE=205499363;WS=205499345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr1	205499577	rs6668356	C	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=68;SC=GAGGCCCCAGCCCCAGCAGAG;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=112;WE=205499585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	205499611	rs41264893	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.112;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=759;ReadPosRankSum=0.669;SC=CTTGCCTCCCCTGCTGGGGTT;SOR=0.750;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=41;WE=205499619;WS=205499601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr1	205499660	rs41264895	C	T	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1164;ReadPosRankSum=0.351;SC=GGAAATGAGACGCTGCCTCGA;SOR=0.982;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=72;WE=205499668;WS=205499650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,74:0.61:121
chr1	205499701	rs12748821	T	C	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1258;ReadPosRankSum=-1.503;SC=GGCCAGTCCTTACTGGAGGCC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=141;TCR=99;TR=90;WE=205499709;WS=205499691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,90:0.38:237
chr1	205500543	rs11240507	T	C	8264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=0.060;SC=GGACAAGAGATCACATGGAGC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=654;TCF=334;TCR=320;TR=384;WE=205500551;WS=205500533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,390:0.58:670
chr1	205554085	rs7526132	G	C	18801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr1	205554095	rs7515820	A	C	17655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr1	205555145	rs7531623	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=484;SC=GCTCAACAGCGCCCGGTCTCT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=205555153;WS=205555135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	205561372	rs7529077	C	T	8663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=163;PP=2965;SC=GCAGCACCTTCCCCAGCATGC;SOR=1.100;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=128;TCR=163;TR=290;WE=205561380;WS=205561362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	205600653	rs6593957	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=254;SC=CCGGCCCCCGCCCCCACTTCC;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=205600661;WS=205600643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	205615791	rs6673283	A	G	10383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=229;NR=155;PP=2965;SC=CAATGATAGCATTTTAGACAT;SOR=1.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=385;TCF=229;TCR=156;TR=384;WE=205615799;WS=205615781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr1	205615947	rs4951250	C	A	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.615;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.33;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=1.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,72:0.94:77
chr1	205686523	rs34305872	G	GT	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	205687348	rs71709139	CTTTTTTCTTT	C	1373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=41.63;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	205689807	rs823094	T	G	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=89;PP=2596;SC=TACCATGATATAATGATTAAA;SOR=3.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=19;TCR=89;TR=108;WE=205689815;WS=205689797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	205696671	rs1772147	G	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=0;PP=1084;SC=TTGTATACTCGAGCACAGCCT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=40;TCR=0;TR=40;WE=205696679;WS=205696661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	205739396	rs823139	T	G	6199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=134;NR=79;PP=2965;SC=TTAATAAAATTGTCAGGTGGG;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=135;TCR=80;TR=213;WE=205739404;WS=205739386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	205744138	rs708725	G	T	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=117;PP=2965;SC=GGGATCGGGGGTCGCTCGTTT;SOR=1.511;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=63;TCR=118;TR=180;WE=205744146;WS=205744128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	205764640	rs823156	G	A	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=84;PP=2813;SC=GACACAGACAGAGGTCAGAGG;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=61;TCR=84;TR=145;WE=205764648;WS=205764630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	205765980	rs115519405	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=0.723;SC=GAAACCAACCCCTTAAGTCCT;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=10;WE=205765988;WS=205765970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	205766159	rs5780304	CA	C	10752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=147;PP=2951;SC=CAAAATGACGCAAAGACCACT;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=29;TCR=153;TR=174;WE=205766167;WS=205766149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	205767885	rs708727	G	A	12988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=210;NR=240;PP=2965;SC=GTGTGGCCACGTTGTCTGGGT;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=450;TCF=210;TCR=240;TR=450;WE=205767893;WS=205767875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr1	205801872	rs1361754	A	G	9272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=0.041;SC=ATCAGCCACAATGTTCTTCGT;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=155;TCR=180;TR=333;WE=205801880;WS=205801862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,350:0.99:352
chr1	205809642	rs10900525	G	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=662;SC=GAGCTGAAGGGGTGTCTCTGC;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=205809650;WS=205809632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	205814497	rs1891460	T	C	14245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=269;NR=258;PP=2965;SC=CCATAGATGATGCCATCACGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=527;TCF=269;TCR=258;TR=527;WE=205814505;WS=205814487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr1	205890679	rs12759719	T	C	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=50;PP=1866;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TGCTTGCTGTTCCCGAGGGCC;SOR=0.518;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=206;TCF=127;TCR=79;TR=128;WE=205890687;WS=205890669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,137:0.63:217
chr1	205896475	rs7366204	C	T	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1626;ReadPosRankSum=-1.263;SC=TCTTGATTTACTTCCAATCCA;SOR=0.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=90;WE=205896483;WS=205896465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,93:0.62:149
chr1	205896948	rs3811424	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=585;ReadPosRankSum=1.900;SC=CCTCAGCCCAATGATCTCCCC;SOR=1.552;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=28;WE=205896956;WS=205896938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr1	206516159	rs199928990	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.66;MQRankSum=-1.359;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	206516261	rs201036189	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.25;MQRankSum=-1.073;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.500;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr1	206566860	rs11361942	TA	T	1221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.09;MQRankSum=-7.736;QD=10.18;ReadPosRankSum=-2.953;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chr1	206566904	rs2919105	T	C	7057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-18.615;NF=212;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=1.432;SC=CTTTTCAGCGTCAAGCCAAGT;SOR=0.747;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=513;TCF=362;TCR=151;TR=304;WE=206566912;WS=206566894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,294:0.59:495
chr1	206567100	rs2480377	C	T	4095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.373;NF=58;NR=143;PP=2822;ReadPosRankSum=1.094;SC=AGACATTCCCCGATACTATTG;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=557;TCF=161;TCR=396;TR=201;WE=206567108;WS=206567090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,207:0.36:571
chr1	206567165	rs2480376	T	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-7.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.544;NF=1;NR=48;PP=878;ReadPosRankSum=0.096;SC=CCATGATCCATCAGGGTGCTT;SOR=0.277;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=2;TCR=134;TR=49;WE=206567173;WS=206567155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,52:0.36:144
chr1	206579936	rs201644221	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.76;MQRankSum=-0.371;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.886;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr1	206623685	rs12725078	G	T	7698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.213;SC=GACAAGAATTGTATGAGCACA;SOR=0.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=143;TCR=122;TR=264;WE=206623693;WS=206623675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,283:1.00:284
chr1	206623866	rs11809494	C	T	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=46;PP=1224;SC=CAGAAGGAAGCGATTATATAT;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=59;WE=206623874;WS=206623856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	206626607	rs11120575	G	A	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.862;SC=CCCGAGAGCTGTCCTTTAAGA;SOR=0.558;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=125;TCR=93;TR=216;WE=206626615;WS=206626597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr1	206626779	rs2483059	A	G	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=77;PP=2244;SC=CTCTATGGGAATGAGACTTCA;SOR=1.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=30;TCR=77;TR=107;WE=206626787;WS=206626769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	206626828	rs2483058	C	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=43;PP=1247;SC=GCCAACCCCTCGGGGGTCCAG;SOR=4.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=47;WE=206626836;WS=206626818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	206628485	rs72752969	C	G	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.330;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=77;PP=1860;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CCAGCTCCCCCAGCCTAACAG;SOR=0.380;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=174;TCF=49;TCR=125;TR=111;WE=206628493;WS=206628475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,114:0.65:176
chr1	206631518	rs10864212	G	T	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=3;PP=1117;SC=GTTACAGTCTGTTTGGAAAAA;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=206631540;WS=206631509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	206631532	rs12565311	T	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=287;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GGAAAAAGAGTCATGCTAAAA;SOR=2.128;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=16;WE=206631540;WS=206631509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr1	206634429	rs17018890	A	G	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=54;PP=2106;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TACGGGAACTAGAACGGCAGA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=264;TCF=161;TCR=103;TR=142;WE=206634437;WS=206634419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,147:0.53:276
chr1	206646427	rs1930437	C	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=435;ReadPosRankSum=0.434;SC=TGTGGAATGGCCACATGGAGC;SOR=1.230;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=23;WE=206646435;WS=206646417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr1	206647742	rs1539242	A	G	10260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=194;NR=155;PP=2965;SC=GCGAGGTGCAAGTGAGGGAGT;SOR=0.837;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=349;TCF=194;TCR=155;TR=349;WE=206647750;WS=206647732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr1	206647787	rs1539243	T	C	4414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=98;PP=2382;ReadPosRankSum=-0.818;SC=ACCAGAACATTGTCAAGCTCT;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=349;TCF=177;TCR=172;TR=199;WE=206647795;WS=206647777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,209:0.57:367
chr1	206648037	rs2297546	C	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=197;ReadPosRankSum=1.472;SC=CCTGGAATAACTGACTTTGGA;SOR=0.993;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=16;WE=206648045;WS=206648034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	206648147	rs1953090	T	G	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=830;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GAGCCACTTCTTCCTGGTGGG;SOR=0.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=67;WE=206648155;WS=206648137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
chr1	206648378	rs1059704	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=0.383;SC=TCAGACCAGCGGCAGGCCTGG;SOR=1.230;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=14;WE=206648386;WS=206648368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	206649952	rs11117909	G	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=822;ReadPosRankSum=1.381;SC=CGGTGAAAGGGGGTCTGACAG;SOR=0.740;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=82;TCR=18;TR=48;WE=206649960;WS=206649942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr1	206650065	rs41296034	A	G	6156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.365;SC=AGCCCCAGCAAAAAGCGTTCG;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=461;TCF=255;TCR=206;TR=255;WE=206650073;WS=206650055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,277:0.56:492
chr1	206651351	rs11117948	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=378;ReadPosRankSum=0.200;SC=TTGCTGGAACGAGTTCTTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=19;WE=206651359;WS=206651341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	206651467	rs11587552	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=261;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GGTCTGGGCCCCCACCCCTGA;SOR=0.865;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=16;WE=206651475;WS=206651457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr1	206652524	rs28584674	T	C	4813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.276;SC=CACATTTTCCTCTGAGACAGG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=543;TCF=223;TCR=320;TR=221;WE=206652544;WS=206652514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,233:0.41:573
chr1	206653349	.	C	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=46;PP=837;ReadPosRankSum=1.253;SC=TGGCCCTGTGCATCTCTGTGT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=57;TCR=110;TR=68;WE=206653357;WS=206653339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,69:0.40:173
chr1	206665896	rs2336940	C	G	6439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=115;PP=2965;SC=CGAGGGCTGACCTCCAACCCC;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=98;TCR=115;TR=212;WE=206665904;WS=206665886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	206667441	rs2184030	G	A	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=63;PP=1447;ReadPosRankSum=0.315;SC=GTCCATTTTCGAAGAAGCCCT;SOR=0.617;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=63;TCR=126;TR=96;WE=206667449;WS=206667431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,102:0.53:194
chr1	206670827	rs12754274	G	T	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=34;PP=1502;ReadPosRankSum=1.130;SC=TGTGTGCTTCGAAGCGTGAAG;SOR=0.478;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=187;TCF=126;TCR=61;TR=98;WE=206670835;WS=206670817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,102:0.52:197
chr1	206680983	rs2095124	A	C	8915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=185;NR=135;PP=2965;SC=ACCCGCTACTATTGGACCCCG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=185;TCR=135;TR=320;WE=206680991;WS=206680973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	206758077	rs4418597	T	A	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=66;PP=1415;ReadPosRankSum=1.912;SC=AAGCCCACCCTCTAAAACTCC;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=186;TCF=65;TCR=121;TR=103;WE=206758085;WS=206758067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,107:0.55:194
chr1	206766825	rs144194477	CGA	C	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.88;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	206766843	.	AGAGTGTGTGTGTGC	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr1	206766857	.	CGT	C	146.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	206770283	rs11284613	AC	A	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=354;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TGTTCCAAAGACCCCCCCAAA;SOR=0.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=17;WE=206770291;WS=206770273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr1	206772194	rs373767533	ACT	A	1592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.827;NF=23;NR=6;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CCAGACAATAACTCTGAGTGT;SOR=0.145;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=29;WE=206772203;WS=206772184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr1	206772753	rs4845116	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CACTACTCAGATTGAGAGGAA;SOR=0.986;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=8;WE=206772761;WS=206772743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
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chr1	206776203	rs6675741	T	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.19;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	206810946	rs17013271	C	T	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=8;PP=2165;SC=ACATAGGATTCTATATTCTTC;SOR=4.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=77;TCR=8;TR=85;WE=206810954;WS=206810936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	206902471	rs45514798	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=569;ReadPosRankSum=-2.191;SC=GTGGGAGCACGTGCAGGCAGG;SOR=0.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=39;WE=206902479;WS=206902461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,41:0.45:92
chr1	206904464	rs10863805	C	T	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=35;PP=1143;ReadPosRankSum=1.487;SC=CTCCCACTTCCTTCCTCCTGT;SOR=0.800;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=85;WE=206904472;WS=206904454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,91:0.53:171
chr1	206904644	rs368231892	CGT	C	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.569;QD=1.09;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,12:0.14:83
chr1	206943351	rs3024494	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=421;SC=CCAAATGCCTTGCCTCACAGC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=206943359;WS=206943341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	206944112	rs3024492	T	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=1.159;SC=GAGATCTGACTCCAGGAGTCT;SOR=0.664;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=11;WE=206944120;WS=206944102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	206944233	rs1554286	A	G	7605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=97;PP=2965;SC=GCAAGGGAAAAAACTGATCTG;SOR=1.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=160;TCR=97;TR=257;WE=206944241;WS=206944223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr1	206944645	rs1518111	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=804;SC=GGAAGCAGAGTCTCCCTTCCC;SOR=2.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=206944653;WS=206944635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	206944861	rs1518110	A	C	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=36;PP=1139;SC=TTTTTTAAATAAAATTGGCTC;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=206944869;WS=206944851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	207009910	rs2243170	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=-0.165;SC=TCCTCCCGGCTTGCCTTCGAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=8;WE=207009918;WS=207009905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	207014472	rs2243188	A	C	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=800;ReadPosRankSum=-2.105;SC=GAGGTAGATCAGGAGGGTGCC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=62;WE=207014480;WS=207014462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr1	207015957	rs2243191	T	C	2608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1811;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GAAGTAATGTTCTCAGCTTGA;SOR=0.583;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=197;TCF=107;TCR=90;TR=109;WE=207015965;WS=207015947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,115:0.53:218
chr1	207040659	rs2232360	G	A	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=7;PP=913;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TAGAGTTTCTGCCTGCTTCAT;SOR=0.397;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=68;TCR=10;TR=48;WE=207040667;WS=207040649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr1	207072959	rs1150255	C	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=614;SC=GAGTCCTTCACAGCTTGCTAA;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=207072967;WS=207072949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	207074905	rs1150258	T	C	8904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=127;PP=2965;SC=TTTCAAAAACTACCACAATAG;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=189;TCR=127;TR=316;WE=207074913;WS=207074895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	207075171	rs291107	T	C	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=19;PP=2035;SC=TTAAAGGAGGTAGCCCCTTTC;SOR=2.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=78;WE=207075179;WS=207075161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	207086969	rs291083	A	G	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=2;PP=1297;SC=TTTCATATGGATCTCAATCAT;SOR=5.464;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=44;WE=207086977;WS=207086959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	207087435	rs167082	C	T	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.089;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.480;SC=TCAGGGCCCCCGATACTGCAG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=45;TCR=113;TR=157;WE=207087443;WS=207087425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr1	207108191	rs72570603	CAT	C	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=35;PP=1749;SC=ATGTCATATACATATATATAT;SOR=3.033;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=37;WE=207108200;WS=207108181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	207109116	rs2275531	C	T	8652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GCCACAGAGCCTCCTGCCACC;SOR=0.419;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=309;TCF=126;TCR=183;TR=308;WE=207109124;WS=207109106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr1	207109167	rs6695632	G	A	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=104;PP=2965;SC=GTGGACTCTGGAAGCACAGAC;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=36;TCR=104;TR=140;WE=207109175;WS=207109157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	207110363	rs748140	A	G	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=17;PP=1749;SC=ATTGATGAATACACTCAGAGG;SOR=2.391;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=64;TCR=17;TR=80;WE=207110371;WS=207110353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	207110936	rs291096	T	C	7032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=111;PP=2965;SC=AGTTGGGATTTACATAACCAC;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=133;TCR=111;TR=244;WE=207110944;WS=207110926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	207111257	rs291095	G	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=356;SC=GCTTGACAGCGGTCTTCTCCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=207111265;WS=207111247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	207113755	rs2007272	G	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=4;PP=558;SC=TCTGATTTTAGTGTCCCCAGG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=207113763;WS=207113745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	207132345	rs7556372	A	G	6045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=112;PP=2965;SC=GGGCTTTGCCAAAGGGGGAAA;SOR=1.028;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=94;TCR=112;TR=206;WE=207132353;WS=207132335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
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chr1	207139362	rs12569037	C	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=493;ReadPosRankSum=1.001;SC=TGCAGCTTCTCCCTCCCACTG;SOR=0.217;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=29;WE=207139370;WS=207139352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
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chr1	207142507	rs17018488	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CTCCCCCGGGTGAATTTTTCT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=207142515;WS=207142503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr1	207143296	rs1890864	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-1.242;SC=ACTCTAGAACCCTTACCTGGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=207143304;WS=207143295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	207143422	rs1856746	A	G	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=51;PP=2577;SC=AGGAGAAAGCATCATTTCACC;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=94;TCR=51;TR=145;WE=207143430;WS=207143412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	207143550	rs1340232	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=743;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TAGTTGCTCTCCTTTAAACCT;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=93;TCR=103;TR=64;WE=207143558;WS=207143540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,69:0.33:207
chr1	207195779	rs2842726	A	G	9192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=154;PP=2965;SC=TTAGGGATAGAAATTGGCATA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=159;TCR=154;TR=313;WE=207195797;WS=207195769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr1	207235954	rs2075863	G	A	4833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.559;SC=GGATTTGGGTGTCTTCTACAG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=399;TCF=221;TCR=178;TR=221;WE=207235962;WS=207235944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,235:0.56:416
chr1	207237233	.	G	GGT	1439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.303;QD=59.99;ReadPosRankSum=0.883;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	207238419	rs72741390	C	T	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=963;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CTGAAAGGAACAGAGAGAACG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=82;WE=207238427;WS=207238409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,96:0.51:190
chr1	207241440	rs113179854	A	AGTGTGTGTGT	1214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.97;MQRankSum=2.913;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr1	207243851	rs923109	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=1.084;SC=CCCTGTCTCCACTCAAATTAG;SOR=0.479;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=14;WE=207243859;WS=207243841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr1	207245045	rs11120137	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.324;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.464;NF=8;NR=28;PP=391;ReadPosRankSum=0.361;SC=TACGTCCAAATGTAGTTTGCT;SOR=1.230;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=36;WE=207245053;WS=207245035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,35:0.32:108
chr1	207245080	rs35425352	A	AT	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.318;NF=0;NR=19;PP=227;ReadPosRankSum=0.043;SC=TGTTGGAATTATTTTTTTTTT;SOR=0.469;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=19;WE=207245088;WS=207245070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr1	207262980	rs12711513	T	G	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=45;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.470;SC=TTTGGTGTCCTTTTGCGGTGT;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=88;WE=207262988;WS=207262970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,92:0.46:202
chr1	207263829	rs6690037	A	G	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GTGCCGCTGTAAGTTAGATCT;SOR=0.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=118;TCR=132;TR=115;WE=207263837;WS=207263819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,117:0.45:259
chr1	207268779	rs7542292	A	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=36;PP=741;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AGGTTCAAGCAGTTCTCATGC;SOR=0.886;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=96;TCF=1;TCR=95;TR=36;WE=207268787;WS=207268769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr1	207288897	rs12031629	T	C	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=1.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	207297484	rs2842707	G	C	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=51;PP=2142;SC=TGATGCCTTCGCTGAGTATTT;SOR=1.338;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=85;WE=207297492;WS=207297474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	207297680	rs1126618	T	C	8729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=150;NR=171;PP=2965;SC=AAACAATAGGTGTTTGGAGAC;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=321;TCF=150;TCR=171;TR=321;WE=207297694;WS=207297670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	207500293	rs4844591	C	T	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=65;PP=1853;SC=GCAAACCCACCTTTCAATATA;SOR=4.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=6;TCR=66;TR=71;WE=207500301;WS=207500283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	207504669	rs2184476	G	A	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=96;PP=2780;SC=TTATATTTTTGCTTTATTCTT;SOR=2.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=23;TCR=96;TR=119;WE=207504677;WS=207504659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	207510289	rs2490257	T	C	13394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=307;PP=2965;SC=ACCAACACCTTAGAAACCCAC;SOR=1.957;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=432;TCF=125;TCR=307;TR=432;WE=207510297;WS=207510279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr1	207510548	rs10746462	A	G	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=13;PP=2685;SC=ACAGCCCAAAAATTCACCACA;SOR=3.432;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=88;TCR=14;TR=101;WE=207510556;WS=207510538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	207510596	rs10746463	G	A	10009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=240;NR=96;PP=2965;SC=TCAGCAGCACGTAAGTCCACT;SOR=1.988;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=336;TCF=240;TCR=96;TR=336;WE=207510604;WS=207510586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	207512577	rs10641442	T	TTAA	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=546;SC=CTTGATTAAGTTAATGTGTAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=12;WE=207512585;WS=207512567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	207520610	rs368894631	AT	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr1	207523494	rs12145542	T	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=54;PP=1178;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TCTGTTTATGTGATGAATCAC;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=177;TCF=54;TCR=123;TR=79;WE=207523502;WS=207523484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,80:0.44:180
chr1	207627693	rs3813946	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=436;SC=TGCTCCAGCCTTGCCCTCCCA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=207627701;WS=207627683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	207641840	rs2063143	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=0;PP=1334;SC=CATCATCTGACGGCTTTTTTT;SOR=7.824;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=49;TCR=0;TR=48;WE=207641848;WS=207641830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	207642295	rs1507764	G	A	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=110;PP=2965;SC=TTGTGTGTGCGTGGTGTGGAC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=50;TCR=110;TR=159;WE=207642303;WS=207642285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	207646322	rs1048971	G	A	8981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=143;PP=2965;SC=CTGCTCCCCTGTGTAAACTTT;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=170;TCR=143;TR=313;WE=207646330;WS=207646312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	207646462	rs17615	G	A	8279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=131;NR=161;PP=2965;SC=TTGAAGGGCAGTAGTCAGATT;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=132;TCR=163;TR=292;WE=207646470;WS=207646452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr1	207646898	rs4308977	T	C	5113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=38;PP=2965;SC=AGGCTGCCAGTCACCTCCTGG;SOR=2.344;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=124;TCR=38;TR=162;WE=207646906;WS=207646888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	207646923	rs17616	G	A	6954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=75;PP=2965;SC=CACCATGGTCGTCATACAGGT;SOR=1.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=161;TCR=75;TR=235;WE=207646931;WS=207646913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	207653178	rs12032512	C	G	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=23;PP=2965;SC=TATGATTATTCAGGAATTCAG;SOR=2.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=100;TCR=23;TR=122;WE=207653186;WS=207653168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	207653395	rs17617	C	A	13077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=218;NR=240;PP=2965;SC=AAACACAGAGCACGGTAAGTT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=459;TCF=219;TCR=240;TR=458;WE=207653403;WS=207653385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr1	207653444	rs17258996	T	A	10571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=221;PP=2965;SC=GCACAAGTGGTTTCGGCTTCT;SOR=1.261;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=368;TCF=147;TCR=221;TR=368;WE=207653452;WS=207653434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr1	207679307	rs4844600	A	G	17025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=321;NR=268;PP=2965;SC=TAACTGATGAATTTGAGTTTC;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=589;TCF=321;TCR=268;TR=589;WE=207679315;WS=207679297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr1	207782916	rs4844609	A	T	7052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=141;PP=2965;SC=GAGTTTCTTTACCCTCACTGA;SOR=1.211;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=95;TCR=143;TR=236;WE=207782924;WS=207782906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	207784968	rs3818361	A	G	19667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=354;NR=341;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.079;SC=ATAAGATATAACAAAGGAAAT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=698;TCF=356;TCR=342;TR=695;WE=207784976;WS=207784958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,717:1.00:719
chr1	207795320	rs2296160	A	G	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=52;PP=2719;SC=CCTTTTAGGTACACATGATGC;SOR=1.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=141;WE=207795328;WS=207795310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	207796228	rs56135031	TA	T	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.795;NF=10;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=0.361;SC=GTTACATCTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=10;WE=207796236;WS=207796218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr1	207818719	rs11118237	G	A	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,95:0.35:271
chr1	207850879	rs34509370	C	T	5251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=6;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.381;NF=138;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.749;SC=GCCTAAAAAACTCAGTCTGGA;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=691;TCF=354;TCR=337;TR=261;WE=207850887;WS=207850869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:449,274:0.38:723
chr1	207851611	rs2296158	A	G	4376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.367;NF=102;NR=114;PP=2900;ReadPosRankSum=-1.932;SC=CATCCAGTTCAGATCCCAAAT;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=517;TCF=243;TCR=274;TR=216;WE=207851619;WS=207851601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,225:0.42:539
chr1	207857158	rs12411037	T	C	3056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.796;NF=98;NR=33;PP=2212;ReadPosRankSum=1.284;SC=AAGTAGTAATTTAATTGGGTA;SOR=0.831;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=321;TCF=233;TCR=88;TR=131;WE=207857166;WS=207857148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,135:0.41:327
chr1	207872595	rs12729569	A	G	3697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=-1.428;NF=116;NR=80;PP=2694;ReadPosRankSum=-0.523;SC=AAGCCTTTGGAATAGCAGTGT;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=603;TCF=351;TCR=252;TR=196;WE=207872603;WS=207872573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:414,202:0.33:616
chr1	207872657	rs12748243	C	T	5103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.417;NF=126;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.034;SC=CAATCTCTCCCCTTCATCTGT;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=785;TCF=360;TCR=425;TR=274;WE=207872666;WS=207872647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:522,281:0.35:803
chr1	207888739	rs7553211	G	T	5061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=113;PP=2965;SC=TCCAGTGTGTGAACGTGAGTA;SOR=1.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=72;TCR=113;TR=185;WE=207888747;WS=207888729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	207941191	rs2724374	G	T	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=75;PP=2177;SC=CCTGCTTATAGTTTTTCAAAA;SOR=1.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=105;WE=207941199;WS=207941181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	207959122	.	CTTTT	C,CT	783.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.32;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,10:0.52,0.48:21
chr1	207959136	rs373519619	T	TAA	919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.99;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	207975905	rs78876157	C	T	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=917;ReadPosRankSum=0.968;SC=GAGATTCAATCGGAAGACCCA;SOR=1.127;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=67;WE=207975913;WS=207975895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,72:0.46:156
chr1	208062260	rs2745952	T	C	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=876;ReadPosRankSum=1.267;SC=GCTCCAGCCCTCTGTGTGTGA;SOR=0.585;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=49;WE=208062268;WS=208062250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr1	208062471	rs2073070	A	C	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=1352;ReadPosRankSum=0.606;SC=CTGCCCCGGCATTCCCTCTCA;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=150;TCR=87;TR=88;WE=208062479;WS=208062461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,86:0.36:239
chr1	208063100	rs5780411	G	GA	588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=1.833;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr1	208207839	rs3736963	G	A	4534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=60;PP=2965;SC=GGTTCTCACCGTATCTGCTGA;SOR=1.207;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=99;TCR=60;TR=159;WE=208207847;WS=208207829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	208208034	rs12128144	G	C	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=70;PP=1751;SC=AGATAGCTGTGGGGTAGAGAG;SOR=1.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=99;WE=208208042;WS=208208024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	208208124	rs6540448	C	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=400;SC=ATAACCCAATCAAATAGCTAC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=208208132;WS=208208114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	208211887	rs905100	T	C	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=39;PP=1175;SC=TGTCTCCCGATTGCACCTTCT;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=208211895;WS=208211877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	208213125	rs1751580	A	G	7894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=132;PP=2965;SC=GTGGGCACAGACAGGGCAGGA;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=149;TCR=132;TR=281;WE=208213133;WS=208213115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	208216611	rs146405899	GAGA	G	790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=605;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GAGAAAGAGGGAGAAGAAGTT;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=16;WE=208216621;WS=208216601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr1	208219164	rs1536471	A	C	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=8;PP=1961;SC=GCCAGGAGCGAGGGGCGCCCT;SOR=3.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=72;TCR=8;TR=79;WE=208219172;WS=208219154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	208252489	rs2274445	T	C	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=592;SC=CCCCCCACATTAAACTCACTG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=208252497;WS=208252481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	208255877	rs6540453	T	C	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=91;PP=2245;SC=GGCAGAGGCATGGGGCTCATG;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=42;TCR=91;TR=133;WE=208255885;WS=208255867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	208276399	rs10654695	C	CCTCT	9876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=43;PP=2973;SC=GAGGACAATTCCTCTCTCTGC;SOR=1.699;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=153;TCF=104;TCR=49;TR=123;WE=208276407;WS=208276389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	208390086	rs1664227	G	C	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=63;PP=1546;ReadPosRankSum=-3.135;SC=TTACCGCCTTGGTGCACTGGA;SOR=0.489;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=359;TCF=216;TCR=143;TR=147;WE=208390094;WS=208390076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,151:0.40:373
chr1	208391085	rs12120681	G	A	5605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.273;SC=CCACATAGACGGCCCCCGTCC;SOR=0.660;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=578;TCF=296;TCR=282;TR=261;WE=208391093;WS=208391075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,272:0.46:594
chr1	208391254	rs2782948	C	T	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=70;PP=1629;ReadPosRankSum=0.125;SC=GGGCCAGGGCCGCCTCTGTTC;SOR=0.559;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=262;TCF=92;TCR=170;TR=112;WE=208391262;WS=208391244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,112:0.43:262
chr1	209605636	rs3842530	TAGCAGCAGCAGC	T	2805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=35;PP=2997;SC=GCCACCACCGTAGCAGCAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=38;WE=209605655;WS=209605626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	209781417	.	TAC	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr1	209789755	rs116607943	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=264;ReadPosRankSum=0.251;SC=GAAGCCTTGGGTTGGGTGGGA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=13;WE=209789763;WS=209789748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	209792015	rs5780528	A	AC	2693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=42;PP=1633;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CTGGAAGACAACACGCATTTG;SOR=0.804;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=147;TCF=18;TCR=129;TR=45;WE=209792023;WS=209792005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,94:0.37:251
chr1	209799253	rs2179402	A	G	6272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=111;PP=2965;SC=GGTAGCGATTACAGTAGCCTC;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=109;TCR=111;TR=219;WE=209799261;WS=209799243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	209804095	rs4844863	G	A	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=45;PP=1303;SC=GAGGGGGACCGTCAGCCATCA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=209804103;WS=209804085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	209811886	rs2076356	T	G	5624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=86;PP=2965;SC=CACCATTCTGTGACTGCCACC;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=105;TCR=86;TR=191;WE=209811894;WS=209811876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	209812063	rs2076357	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=16;PP=453;SC=CGTCCTGAGATCCCAGCATAT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=209812071;WS=209812053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	209849002	rs3817870	T	C	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=34;PP=1315;ReadPosRankSum=3.126;SC=CTGCAGGTCATTCCCGCCTCC;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=138;TCR=77;TR=96;WE=209849010;WS=209848992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,102:0.46:223
chr1	209849399	rs3830766	AG	A	2022.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=34;PP=1275;ReadPosRankSum=2.582;SC=ACAGACCGAGAGAGGAATGGA;SOR=0.528;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=4;TCR=87;TR=36;WE=209849414;WS=209849389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,62:0.42:149
chr1	209849406	rs1473683	T	G	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=82;PP=2962;SC=GAGAGAGGAATGGAGAGACAG;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=50;TCR=82;TR=132;WE=209849414;WS=209849389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	209948711	rs17015183	A	C	3984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=61;PP=2635;ReadPosRankSum=-0.828;SC=CCCCTTGGGGAATGAAAAAAG;SOR=0.579;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=267;TCF=170;TCR=97;TR=164;WE=209948719;WS=209948701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,173:0.62:281
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chr1	209950760	rs669694	C	G	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=40;PP=1455;SC=TGAGCACCAGCAACTGCAGGC;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=209950768;WS=209950750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr1	209952865	rs623360	C	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=323;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TTTTTAAGGACTGATCATTGG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=24;WE=209952873;WS=209952855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr1	209956542	rs7550857	C	A	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=47;PP=1793;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GCAGCCCCTGCAAATGTGTGA;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=128;TCR=90;TR=115;WE=209956550;WS=209956532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,122:0.53:232
chr1	209963803	rs2235373	G	A	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=30;PP=1577;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CTTCCAGAGAGTGATTCCCAC;SOR=0.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=175;TCF=119;TCR=56;TR=100;WE=209963811;WS=209963793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,114:0.60:191
chr1	209965587	rs2235375	G	C	3923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=57;PP=2785;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GCAGAAGACCGAGCAAGAAAG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=284;TCF=187;TCR=97;TR=172;WE=209965595;WS=209965577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,176:0.60:291
chr1	209968684	rs2013162	C	A	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=78;PP=1994;ReadPosRankSum=0.315;SC=CATGGTGCTGCGACTGATCCA;SOR=0.771;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=223;TCF=93;TCR=130;TR=130;WE=209968692;WS=209968674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,136:0.59:230
chr1	209969902	rs7552506	G	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=1.675;SC=CCAGGCCTGAGAACAAGAAAC;SOR=0.138;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=11;WE=209969910;WS=209969892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	210001586	rs616227	A	G	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=55;PP=1764;SC=CTGGTCTCCCAGATAGTGCTG;SOR=2.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=210001594;WS=210001576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	210003388	rs599663	A	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=378;ReadPosRankSum=-0.422;SC=TTAACATCTCATTTGACCTTT;SOR=1.342;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=22;WE=210003410;WS=210003378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr1	210003402	rs599649	T	C	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=18;PP=1307;SC=GACCTTTTCCTAATTTCTACA;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=210003410;WS=210003378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	210004199	rs585627	C	G	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=72;PP=2965;SC=GAGTGAACCACAACAAGTTTC;SOR=1.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=101;TCR=72;TR=173;WE=210004207;WS=210004189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	210004332	rs61747285	G	A	5379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.728;SC=GAAGATGGTGGTAGCGATGTC;SOR=0.548;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=388;TCF=202;TCR=186;TR=235;WE=210004340;WS=210004322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,247:0.60:411
chr1	210006437	rs655712	GC	AT	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=1327;SC=ATCAATGAACGCTATTGTTGG;SOR=3.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=27;WE=210006446;WS=210006427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	210006603	rs656566	C	T	8014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=104;PP=2965;SC=AAACATCCCCCGAAGAGTTCA;SOR=1.045;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=161;TCR=104;TR=263;WE=210006611;WS=210006593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr1	210008367	rs685248	C	G	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=7;PP=2494;SC=GGGAAGACCACAAAACCCCTC;SOR=4.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=84;TCR=7;TR=90;WE=210008375;WS=210008357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	210008673	rs686582	T	G	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=66;PP=1869;SC=TGGGGCACAGTTGTAGCTAGA;SOR=4.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=73;WE=210008681;WS=210008663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	210012102	rs1962735	A	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=6;PP=1264;SC=TGTTGAGCCAAGCCCTGCGCA;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=210012110;WS=210012092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	210015568	rs10570454	GCT	G	5014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=32;PP=2967;SC=ACATGTAAATGCTCTCAGTCA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=69;WE=210015577;WS=210015558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	210016709	rs1415543	A	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=2;PP=1061;ReadPosRankSum=1.344;SC=TTAACACGAGATTGTAATTTG;SOR=1.584;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=114;TCF=107;TCR=7;TR=64;WE=210016717;WS=210016699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr1	210017083	rs1073150	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=592;ReadPosRankSum=-0.986;SC=CTGAAGGGGAGGTGCAGGACA;SOR=0.361;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=36;WE=210017091;WS=210017073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr1	210111733	rs12025114	G	A	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=62;PP=1710;SC=CTGTGGTCTGGAGCCGGCTGA;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=72;WE=210111741;WS=210111723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	210406940	rs624270	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=694;ReadPosRankSum=1.489;SC=GCAGCAGAGCTGCGCTGCGGG;SOR=0.256;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=50;TCR=5;TR=37;WE=210406948;WS=210406930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr1	210407031	rs624706	G	T	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=48;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TCCGCCTCTCGCTTCCCTTCC;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=221;TCF=129;TCR=92;TR=124;WE=210407039;WS=210407021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,127:0.55:232
chr1	210407337	.	T	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	210407338	rs200920236	T	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	210407339	rs34824193	T	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	210414871	.	G	GT	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=50.43;NF=5;NR=0;PP=100;QD=24.6;SC=TTTTCTGTTTGTTTTTTTCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=210414879;WS=210414861;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	210536078	rs2294848	C	G	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.089;NF=70;NR=30;PP=1789;ReadPosRankSum=0.297;SC=CGTGCCTGCACCTTAGTCCAC;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=185;TCF=125;TCR=60;TR=100;WE=210536086;WS=210536068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,102:0.53:191
chr1	210577873	rs2066721	G	C	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=890;ReadPosRankSum=2.493;SC=TTCGCTGCCTGTACTACACCA;SOR=0.919;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=48;WE=210577881;WS=210577863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr1	210591742	rs3215542	TG	T	1166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=37;PP=967;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GGAGCTGGAGTGGGGGGTGAG;SOR=0.627;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=90;TCF=4;TCR=86;TR=38;WE=210591750;WS=210591732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr1	210686570	rs4545340	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.828;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr1	210761462	rs4297293	G	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=58;PP=1631;SC=GATCCTTGCTGCTGTGTTAGG;SOR=4.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=66;WE=210761470;WS=210761452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	210847514	rs1934615	A	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=381;ReadPosRankSum=0.692;SC=CAGACTTTCCAGGAGGCCTTT;SOR=0.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=18;WE=210847522;WS=210847504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr1	210856585	rs3135473	G	T	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=21;PP=1525;SC=GGCAGGGTTGGAGGTATCTGT;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=90;WE=210856593;WS=210856575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	210856604	rs34689382	T	G	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=1061;ReadPosRankSum=-1.527;SC=GTCTCTGACTTTTTTTTTAAA;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=89;TCR=34;TR=71;WE=210856612;WS=210856592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,78:0.59:133
chr1	210857457	rs1135317	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=63;PP=1864;SC=CACGTTTCACATCGCTGATCT;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=102;WE=210857465;WS=210857447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	210970823	rs142798110	T	TG	2163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.576;NF=34;NR=16;PP=1743;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CAGATACCTTTGCCCATCCAG;SOR=1.125;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=50;WE=210970831;WS=210970813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,75:0.38:197
chr1	211280724	rs199641326	TAA	T,TA	888.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.788;QD=15.32;ReadPosRankSum=2.381;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,16,35:0.28,0.60:58
chr1	211380770	rs7525401	T	C	4425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=107;PP=2694;ReadPosRankSum=0.059;SC=CAGGACGCCCTGCTGGGCCGA;SOR=0.533;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=539;TCF=298;TCR=241;TR=226;WE=211380778;WS=211380760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,229:0.42:546
chr1	211444382	rs36104032	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-0.398;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	211447435	rs5780634	CT	C	286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=161;SC=GTGCCTTTGGCTTTTTTTTTT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=10;WE=211447443;WS=211447433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	211447625	rs11580084	G	A	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1505;ReadPosRankSum=1.419;SC=AAACACTTCAGTAGTAAGGCT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=110;TCR=99;TR=104;WE=211447633;WS=211447615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,110:0.51:217
chr1	211451393	rs72088513	TATC	T	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.053;NF=15;NR=0;PP=558;ReadPosRankSum=-2.147;SC=ATAGTAAAGATATCATCAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=15;WE=211451403;WS=211451383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	211451467	rs11577985	T	C	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.040;NF=69;NR=15;PP=1305;ReadPosRankSum=-1.765;SC=AGCTTCCAGATAAGACAATTG;SOR=0.875;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=177;TCF=139;TCR=38;TR=84;WE=211451475;WS=211451457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,87:0.49:179
chr1	211452678	rs3767377	G	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=838;ReadPosRankSum=-2.841;SC=ATCACTAGAAGTACTTGTGAT;SOR=1.047;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=69;WE=211452686;WS=211452668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,75:0.57:132
chr1	211452728	rs3767378	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=316;ReadPosRankSum=0.987;SC=ACAGTACTTCGTATTAAGAAA;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=23;WE=211452736;WS=211452718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	211527609	rs7530570	C	A	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=2;PP=834;SC=TACAGGAGGCCCCTTCTGGGT;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=211527617;WS=211527599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	211545459	rs201958376	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=16.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=2.670;SOR=3.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr1	211545462	.	A	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=13.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.271;SOR=3.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr1	211652755	rs11119749	T	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=-1.414;SC=GGGCTGCCCGTGCATCCTCAT;SOR=1.349;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=19;WE=211652763;WS=211652745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr1	211654502	.	C	A	4036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=80;PP=2731;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TGGATCTTAACGCAGACATCT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=189;TCR=151;TR=181;WE=211654510;WS=211654492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,188:0.53:352
chr1	211836789	rs12031285	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=655;ReadPosRankSum=-1.631;SC=CCAGGATCTGTCTGCTTTTCA;SOR=0.791;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=53;WE=211836797;WS=211836779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,59:0.34:175
chr1	211846876	rs701929	A	G	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=76;PP=1898;ReadPosRankSum=1.433;SC=AACTCGTGTCATGGTTTAATA;SOR=0.613;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=352;TCF=193;TCR=159;TR=162;WE=211846884;WS=211846866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,171:0.45:376
chr1	211923435	rs11585946	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.941;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=838;ReadPosRankSum=-2.517;SC=TACTGTAATGGTAGGTCTCCT;SOR=0.238;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=53;WE=211923443;WS=211923425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,56:0.68:82
chr1	212236157	rs4951436	G	T	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=21;PP=2222;SC=TCTACAAAATGTAAACTGAAA;SOR=2.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=97;WE=212236165;WS=212236147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	212240063	rs3738449	G	A	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=8;PP=1977;SC=AGTCAGTCTGGGGAGAAAAGT;SOR=3.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=72;TCR=8;TR=79;WE=212240071;WS=212240053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	212251103	rs6658972	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=22;PP=640;SC=ATCTGAAGATATATATGCTGT;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=212251111;WS=212251093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	212251367	rs5780675	GT	G	1097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=748;ReadPosRankSum=1.022;SC=GAAATCTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=44;WE=212251385;WS=212251357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,46:0.94:49
chr1	212251402	rs17718437	G	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.782;NF=42;NR=14;PP=802;ReadPosRankSum=0.231;SC=GGCAGGTCTAGTGGCCTTTGG;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=104;TCR=35;TR=56;WE=212251410;WS=212251392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,54:0.39:139
chr1	212273639	rs3135474	C	T	8971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=158;PP=2965;SC=GCCCCCAGGGCAAAGTGCAAT;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=156;TCR=158;TR=314;WE=212273647;WS=212273619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	212274413	rs6540718	A	C	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=57;PP=1786;SC=AGCGGAAAGAAATTGCCAAGC;SOR=1.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=80;WE=212274421;WS=212274403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	212521639	rs701908	T	G	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=47;PP=1906;ReadPosRankSum=0.398;SC=GATTGAAGCATAGCACTGTTC;SOR=0.638;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=250;TCF=157;TCR=93;TR=119;WE=212521647;WS=212521629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,125:0.47:265
chr1	212526288	rs792442	C	T	4468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=91;PP=2837;ReadPosRankSum=2.175;SC=TGGGAAAATACCATTCCATTG;SOR=0.462;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=321;TCF=156;TCR=165;TR=190;WE=212526300;WS=212526278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,199:0.60:333
chr1	212530192	rs792439	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.184;SC=ATTTTTTTGCTTATTGTATAC;SOR=0.982;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=48;WE=212530200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr1	212560327	rs792449	A	G	4810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GGTAGACCAGAAAGACGGCCA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=373;TCF=173;TCR=200;TR=220;WE=212560335;WS=212560317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,219:0.57:383
chr1	212615875	rs521469	T	C	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1308;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GGCTCTTCCCTTCCTCTTCAC;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=81;WE=212615883;WS=212615865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,88:0.64:137
chr1	212619339	rs4804	T	C	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1027;ReadPosRankSum=-2.225;SC=ACATCAAGGATGAGTTCTGAT;SOR=0.595;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=61;TCR=86;TR=83;WE=212619347;WS=212619329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,85:0.55:155
chr1	212788206	rs11119988	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=196;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TTAAGATGAGGATGGCATGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=11;WE=212788214;WS=212788203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	212791288	rs3839030	CGT	C	339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.88;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	212798977	rs3122712	A	G	8003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.420;SC=AAACCCACTAATGTGCTCAAT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=147;TCR=136;TR=279;WE=212798985;WS=212798967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr1	212799870	rs3122713	A	G	10620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=196;NR=163;PP=2965;SC=CAGAGATGTGAACGTCATGGC;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=196;TCR=163;TR=359;WE=212799878;WS=212799860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr1	212900434	rs3835160	C	CG	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=252;ReadPosRankSum=-1.655;SC=CTTCATCTTGCCAGTTCACCA;SOR=0.646;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=9;WE=212900442;WS=212900424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	212900487	rs2244935	A	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=16;PP=1602;SC=TTCTCTCCTAAACTGCCCCTA;SOR=2.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=212900495;WS=212900477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	212911836	rs15702	T	C	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=42;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TTCAGTACCATGTCAGAGGTT;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=144;TCR=95;TR=107;WE=212911844;WS=212911826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,108:0.42:257
chr1	212912108	rs67229635	ATT	A,ATTT	267.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.090;HP=14;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=1,1;NR=19,19;PP=77,214;ReadPosRankSum=-1.083;SC=CAGTACTCTAATTTTTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=20,20;WE=212912117;WS=212912098;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.44:18
chr1	212939491	rs10863991	C	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-1.200;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	212955454	rs11120026	G	A	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1038;ReadPosRankSum=0.480;SC=TTAGAGATGGGTATGTGTTAT;SOR=0.555;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=261;TCF=140;TCR=121;TR=94;WE=212955462;WS=212955444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,100:0.37:273
chr1	212960866	rs3738800	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=863;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CAAAAATAACCCAGAAATTAA;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=62;WE=212960874;WS=212960856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr1	212970375	rs1284800	A	G	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=16;PP=1883;SC=ACCATGCCCGACCTCTACTTA;SOR=2.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=79;WE=212970383;WS=212970365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	212985466	rs12130945	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=1.054;SC=TGAGCCACCGCGCCCAGCCTA;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=5;WE=212985474;WS=212985456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr1	213003428	rs12038225	T	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=0.903;SC=TAGAATGGAATGAATAAAGAT;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=213003436;WS=213003418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr1	213032568	rs12023052	T	A	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1291;ReadPosRankSum=0.076;SC=GTCAGATCCTTAAAAGACCGG;SOR=0.567;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=91;WE=213032576;WS=213032558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,93:0.49:191
chr1	213046236	rs1890932	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=468;ReadPosRankSum=-0.853;SC=ATTTAACCTAGTGGTTTGAAC;SOR=0.303;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=24;WE=213046244;WS=213046226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr1	213056819	rs2644547	A	G	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=80;PP=2733;SC=GCCTGGCCAAAAATTTTTCTT;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=72;TCR=81;TR=152;WE=213056827;WS=213056809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	213056892	rs12125982	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=358;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TTGCTATCAAATATTTACATT;SOR=1.276;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=24;WE=213056900;WS=213056882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr1	213058852	rs7536716	T	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=103;ReadPosRankSum=0.231;SC=AAGATACGGATTCTAAACACT;SOR=0.289;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=9;WE=213058860;WS=213058842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	213061362	rs2291772	T	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=986;ReadPosRankSum=0.126;SC=CAGATGTGTTTAGGAGGAATG;SOR=0.461;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=76;WE=213061370;WS=213061352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,83:0.58:142
chr1	213061460	rs2291771	T	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=381;ReadPosRankSum=1.113;SC=TTTTAAACTTTAAAGGATTCA;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=20;WE=213061468;WS=213061450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr1	213062017	rs112024320	T	TTTG	1501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=1341;SC=CATGGTTTTATTTGTTGTTGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=29;WE=213062025;WS=213062007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	213068192	rs2792558	T	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=4;PP=714;SC=TATTATTTTTTAGGCTGTTGG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=213068200;WS=213068182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	213068233	rs12408694	C	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=27;PP=1500;SC=CACTACAGTGCATTAAATTTG;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=83;WE=213068241;WS=213068223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	213068404	rs17019870	T	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=996;ReadPosRankSum=0.734;SC=CTGTAAGTAATATTTTTATGA;SOR=0.993;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=56;WE=213068412;WS=213068394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,59:0.66:89
chr1	213068436	rs17019873	A	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.876;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=776;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AGAAGTATGTATAGAATAAAT;SOR=1.095;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=38;WE=213068444;WS=213068426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr1	213068542	rs146462077	C	CTGAT	4196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=2781;ReadPosRankSum=1.376;SC=TTTTAATCTTCTGATTGTTTT;SOR=0.720;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=54;WE=213068550;WS=213068532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,95:0.54:176
chr1	213068595	rs3207090	C	T	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=59;PP=1982;ReadPosRankSum=2.019;SC=GAACCAAAAACGGTTATGTTG;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=324;TCF=187;TCR=137;TR=143;WE=213068603;WS=213068585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,152:0.43:356
chr1	213134407	rs71634696	G	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=414;ReadPosRankSum=0.939;SC=GCTCTCAGGAGCACCTCTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=22;WE=213134415;WS=213134397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	213139748	rs3738805	T	G	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=51;PP=1283;ReadPosRankSum=0.733;SC=CAATGGGGCTTGTTGTGCCTT;SOR=0.888;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=34;TCR=97;TR=68;WE=213139756;WS=213139738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,71:0.53:133
chr1	213140362	rs10779597	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=484;ReadPosRankSum=0.078;SC=GTTGAGATTAGAGGCAGGAGC;SOR=1.209;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=28;WE=213140370;WS=213140352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr1	213140398	rs10779598	A	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=839;ReadPosRankSum=-0.443;SC=GCCAGGGAAAATTCTAAGAGT;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=61;WE=213140406;WS=213140388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,67:0.57:117
chr1	213146944	rs7511930	A	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=464;ReadPosRankSum=0.177;SC=CTGGTTTCTGAGGCAATAGAG;SOR=0.412;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=26;WE=213146952;WS=213146934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr1	213173457	rs3738806	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GAAACTGAACCTCAGAGATGT;SOR=0.064;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=213173465;WS=213173447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	213178340	rs11120076	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-5.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=562;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GAGCAACTATGTCCACTCCCT;SOR=0.846;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=28;WE=213178348;WS=213178330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr1	213224719	rs4951476	T	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr1	213405414	rs11271079	GGCAACTGAGGAT	G	1613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.302;NF=13;NR=12;PP=2934;ReadPosRankSum=0.266;SC=AGGCTCCAAAGGCAACTGAGG;SOR=0.641;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=25;WE=213405433;WS=213405404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr1	214478459	rs6540819	G	A	7601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GGCTTTTGTTGTTGCATGATA;SOR=0.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=162;TCR=111;TR=272;WE=214478467;WS=214478449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,288:1.00:289
chr1	214492286	rs1134647	G	A	9655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=192;PP=2965;SC=AAGCATCTCGGATTCCCTGAC;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=162;TCR=193;TR=354;WE=214492294;WS=214492276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	214503489	rs2291830	T	G	12164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=250;NR=201;PP=2965;SC=AGACTGAAGCTTTATCTTTTT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=451;TCF=250;TCR=201;TR=451;WE=214503497;WS=214503479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr1	214504604	rs2270704	T	C	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=61;PP=1909;SC=GTTGTATGATTTTATTTCCCC;SOR=1.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=90;WE=214504612;WS=214504594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	214505596	rs1874804	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=470;ReadPosRankSum=1.572;SC=AGAATGTATACGATAGTGTCA;SOR=1.139;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=33;WE=214505604;WS=214505586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr1	214505640	rs35345210	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=359;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TGCCTAGCGCAGCTGCCTCTT;SOR=0.064;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=21;WE=214505648;WS=214505630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr1	214509970	rs12406647	C	T	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=15;PP=898;ReadPosRankSum=-1.048;SC=CAGAGAGATCCAACTTAAAGT;SOR=0.954;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=171;TCF=125;TCR=46;TR=61;WE=214509978;WS=214509960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,63:0.36:174
chr1	214531239	rs2291831	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=292;ReadPosRankSum=0.964;SC=AGCTGGGTCCCTCCTCCAGGA;SOR=0.955;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=22;WE=214531247;WS=214531229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr1	214542668	rs3002311	T	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=0;PP=966;SC=AAGGAATATATATTTCAATAT;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=36;WE=214542676;WS=214542658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	214542819	rs1135352	T	C	13189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=244;NR=213;PP=2965;SC=CTTGGACATCTTCTGGACAGC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=458;TCF=244;TCR=214;TR=457;WE=214542827;WS=214542809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr1	214549501	rs1125452	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=-1.918;SC=TTCTTCTCCCCGCATTTTTCC;SOR=0.709;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=14;WE=214549509;WS=214549491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	214551276	rs3013451	G	A	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=19;PP=2191;SC=CAGAGAATGAGTCACATTGAC;SOR=2.549;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=76;TCR=19;TR=95;WE=214551284;WS=214551266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	214558228	rs3013446	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=245;SC=ATTTAAACAAATCATAAAAAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=214558236;WS=214558218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	214564177	rs12748350	C	T	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=0.741;SC=GGGGACAAAACGGGTGTCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=250;TCF=178;TCR=72;TR=139;WE=214564199;WS=214564167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,147:0.57:256
chr1	214564191	rs12729692	A	C	4447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=0.689;SC=TGTCCATCGCATCTGCTTGAC;SOR=0.520;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=345;TCF=225;TCR=120;TR=188;WE=214564199;WS=214564167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,199:0.57:352
chr1	214564340	rs7550799	T	C	8501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=106;NR=183;PP=2965;SC=CCAGAGAGGATCGGCTCCAGG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=107;TCR=184;TR=289;WE=214564348;WS=214564330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	214564442	rs11120307	C	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=514;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TATAAAAAGACCAGATAGACA;SOR=1.765;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=24;WE=214564450;WS=214564432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr1	214566845	rs7355212	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=328;SC=TTCTCTCTCTAGGCATATGCA;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=214566853;WS=214566835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	214566952	rs4655342	A	G	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=50;PP=2772;SC=AAGAGTGAATAGGAAAAGAGA;SOR=1.339;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=151;WE=214566960;WS=214566942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	214567013	rs11322819	CG	C	5270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=77;PP=2740;SC=GCCATCAAGTCGGGGGGGATT;SOR=0.740;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=122;TCF=30;TCR=92;TR=99;WE=214567021;WS=214567003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	214571251	rs11580603	A	C	5908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.146;SC=AACAAATAAGACTACCTGTAT;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=437;TCF=285;TCR=152;TR=252;WE=214571259;WS=214571241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,257:0.57:453
chr1	214576454	rs72757974	C	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=357;ReadPosRankSum=-1.693;SC=ATTTTTAGAACTGAGTTATGA;SOR=0.188;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=26;WE=214576462;WS=214576444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr1	214576482	rs4636427	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=-1.730;SC=TGTTATAACACGGCTCTCCAT;SOR=0.538;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=9;WE=214576490;WS=214576472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr1	214638172	rs10864100	C	T	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.476;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=87;PP=1907;ReadPosRankSum=-0.257;SC=GGACGCCGCCCGCCTATCCTG;SOR=0.415;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=268;TCF=75;TCR=193;TR=127;WE=214638180;WS=214638162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,133:0.49:274
chr1	214778910	rs117198057	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	214779031	rs76561183	C	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=0.658;SC=GGCGAGCTGGCTGGCAGCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=15;WE=214779039;WS=214779021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	214787430	rs111512847	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=1.025;SC=CCCCACCCCCACCCCAGGCCC;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=214787438;WS=214787420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr1	214804041	rs2292379	C	A	2686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=67;PP=1474;ReadPosRankSum=0.603;SC=CCTTAATCATCCCCTCTTGTT;SOR=0.872;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=210;TCF=85;TCR=125;TR=110;WE=214804049;WS=214804031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,120:0.53:226
chr1	214806072	rs146826898	GAAGT	G	1491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.906;NF=2;NR=27;PP=1375;ReadPosRankSum=0.497;SC=CTATTCACCAGAAGTAAGTAT;SOR=0.393;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=66;TCF=2;TCR=64;TR=29;WE=214806083;WS=214806062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr1	214811174	rs2280049	G	A	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.187;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=31;PP=1920;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TTGAGCATTCGTTTTGGCTAT;SOR=0.996;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=206;TCF=145;TCR=61;TR=116;WE=214811182;WS=214811164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,120:0.55:217
chr1	214811244	rs2070065	C	G	4855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.099;SC=TTAAGAGTCACTCTGAGCAAA;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=338;TCF=176;TCR=162;TR=204;WE=214811252;WS=214811234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,213:0.61:352
chr1	214813487	rs2070066	A	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=645;ReadPosRankSum=-1.325;SC=TGAGTGCTTTAGAGTTAAAAA;SOR=0.829;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=36;WE=214813495;WS=214813477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr1	214813782	rs3795524	A	G	5250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.518;SC=ACTAGCTTATATGGAGCTACA;SOR=0.562;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=314;TCF=157;TCR=157;TR=199;WE=214813790;WS=214813772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,208:0.64:326
chr1	214813941	rs3795523	C	G	6180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CCGGTGTTACCAAGACTTGCA;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=536;TCF=255;TCR=281;TR=281;WE=214813949;WS=214813931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,291:0.53:554
chr1	214814125	rs3795522	G	A	4052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=73;PP=2687;ReadPosRankSum=-1.313;SC=AGTGAATGTCGTTTAGAAGCA;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=177;TCR=126;TR=175;WE=214814133;WS=214814115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,182:0.59:310
chr1	214814582	rs3795520	G	A	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=1084;ReadPosRankSum=0.098;SC=TAAATAAAAGGGAAATTGAAG;SOR=0.896;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=64;WE=214814590;WS=214814572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,68:0.59:116
chr1	214814733	rs3795519	T	G	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=974;ReadPosRankSum=-0.227;SC=ATCTGATCAGTACAAGCAAGA;SOR=0.600;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=65;WE=214814741;WS=214814723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr1	214814778	rs3795518	G	A	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=1111;ReadPosRankSum=0.158;SC=TGAAGAAACCGGAAATGCATA;SOR=0.526;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=71;TCR=52;TR=67;WE=214814786;WS=214814768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
chr1	214814995	rs12067133	C	T	3979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=80;PP=2422;ReadPosRankSum=-1.606;SC=GAGTTGGAGACAGTGCAGCAA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=308;TCF=162;TCR=146;TR=173;WE=214815003;WS=214814985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,183:0.57:323
chr1	214815916	rs3795517	T	C	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=62;PP=2154;ReadPosRankSum=1.719;SC=GAGAAATTCTTATCTTTACAA;SOR=0.893;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=198;TCF=90;TCR=108;TR=109;WE=214815924;WS=214815906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,115:0.55:210
chr1	214816142	rs3795516	T	G	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=52;PP=2034;ReadPosRankSum=0.017;SC=GCTCTAGTCTTAGCAGTTTGG;SOR=0.585;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=119;TCR=82;TR=129;WE=214816150;WS=214816132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,137:0.64:215
chr1	214816224	rs2666839	G	A	4870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.864;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.635;SC=TTTAGAAGGGGCTGTTTCAGC;SOR=0.645;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=326;TCF=175;TCR=151;TR=201;WE=214816232;WS=214816214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,216:0.61:352
chr1	214816297	rs3795514	A	G	4381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CTGACCAGGAAAGAAACCCCT;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=319;TCF=158;TCR=161;TR=183;WE=214816305;WS=214816287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,192:0.57:337
chr1	214816715	rs17023338	G	A	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=976;ReadPosRankSum=0.911;SC=CATGACTAGTGGACACTCAGT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=64;WE=214816723;WS=214816705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,74:0.57:129
chr1	214818215	rs3748692	G	A	5077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.98;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,132:0.55:242
chr1	214818223	rs3748693	T	A	4796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.33;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,128:0.54:236
chr1	214818846	rs3790646	A	G	7729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=0.943;SC=ACGGCACTGGATCAGTTGTCT;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=560;TCF=278;TCR=282;TR=329;WE=214818865;WS=214818836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,348:0.60:581
chr1	214818945	rs3790647	A	C	5271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.495;SC=GAGGTGAAGGAAAAGACGGAA;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=372;TCF=185;TCR=187;TR=212;WE=214818953;WS=214818935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,222:0.58:384
chr1	214819328	rs3748695	G	A	4154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=72;PP=2852;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GCTGCACATCGCAGAGAAACT;SOR=0.672;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=313;TCF=177;TCR=136;TR=170;WE=214819336;WS=214819318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,177:0.54:326
chr1	214819587	rs12058704	A	G	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=40;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.899;SC=AAACAAGGTCAGTTGTCAGAA;SOR=0.308;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=82;WE=214819595;WS=214819577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,90:0.55:164
chr1	214819980	rs3748696	C	T	4034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=88;PP=2741;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GAGCATGCAGCTCTTGAGGCA;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=118;TCR=141;TR=164;WE=214819988;WS=214819970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,172:0.65:266
chr1	214820299	rs3748698	A	G	4378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.471;SC=ATGACCAAGAAGCCTGTAAGG;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=361;TCF=168;TCR=193;TR=196;WE=214820307;WS=214820289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,202:0.53:380
chr1	214820494	rs3790648	G	A	5357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.238;SC=TCAGTAGACTGAAAAATCAAA;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=397;TCF=218;TCR=179;TR=231;WE=214820502;WS=214820484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,246:0.59:417
chr1	214820524	rs3790649	T	C	6338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=1.199;SC=AAGAGCAGCTTGTCTCTAAAC;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=436;TCF=231;TCR=205;TR=266;WE=214820532;WS=214820514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,284:0.62:461
chr1	214821415	rs17023384	A	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TGATTTTGTCACACTTAATTC;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=214821423;WS=214821405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	214821456	rs11805402	C	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.560;SC=AATAAAAGGACTATCCACAAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=214821464;WS=214821446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	214821699	rs3830483	TA	T	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=0.792;SC=TACTGCCTGATAATGATAATC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=214821707;WS=214821689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	214821959	rs11120372	G	A	3597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=46;PP=2494;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TATCAGAGTGGTCGATCTGAT;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=148;TCR=71;TR=141;WE=214821967;WS=214821949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,148:0.65:228
chr1	214825289	rs71679696	CT	C	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.839;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr1	214826196	rs335524	G	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=648;ReadPosRankSum=0.482;SC=CAGACATACCGAGAGAAATTG;SOR=1.157;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=47;WE=214826204;WS=214826186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr1	214826364	rs335523	G	A	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=33;PP=970;SC=TCATGATTTCGAATGGTTTAT;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=214826372;WS=214826354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	214826810	.	CTT	C,CT	2744.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=6.031;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.410;QD=16.24;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,42,106:0.25,0.63:169
chr1	214828812	rs435043	A	G	6029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=130;PP=2965;SC=AACATATGGTATGCGTGCATA;SOR=1.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=65;TCR=130;TR=195;WE=214828820;WS=214828802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	214830526	rs140887866	A	C	4579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=0.590;SC=GACCATCTCCAATCCCTTCTG;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=353;TCF=196;TCR=157;TR=193;WE=214830534;WS=214830516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,200:0.54:368
chr1	214830617	rs438034	A	G	13037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=229;NR=218;PP=2965;SC=GGAGAATGGTAGAGGACCAAC;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=447;TCF=229;TCR=218;TR=447;WE=214830625;WS=214830607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr1	214837110	rs7289	C	G	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=21;NR=92;PP=2916;SC=TGGAGTCCAACGGCAGTGAGA;SOR=3.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=21;TCR=92;TR=113;WE=214837118;WS=214837100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	215256547	.	G	C	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=14;HapScore=4;MGOF=26;MMLQ=15;MQ=57.9;NF=11;NR=0;PP=78;QD=10.2519284134;SC=TCCCCCCCCCGCCCCCTCCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=11;WE=215256555;WS=215256527;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,11:0.35:31
chr1	215260152	rs11586565	A	T	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=45;PP=1379;SC=TTGCCTTAACATATAGCTCTT;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=215260160;WS=215260142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	215345263	rs3834061	GTCTCTC	G	1415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.57;QD=41.64;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	215793834	rs14137	G	A	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=87;PP=2965;SC=CCTATCTGGCGTCATCACCAA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=182;WE=215793842;WS=215793824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	215799288	.	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=167;ReadPosRankSum=-0.922;SC=AGTTATATCAATTAAGTGTAA;SOR=0.560;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=14;WE=215799296;WS=215799278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr1	215848587	rs2797234	T	C	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=105;PP=2541;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TATACATAAATGTATTCCTTT;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=441;TCF=205;TCR=236;TR=204;WE=215848595;WS=215848577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,208:0.46:456
chr1	215848641	rs2797235	T	C	13985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=264;NR=234;PP=2965;SC=CGGCCTGGATTGTCTGATTTC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=498;TCF=264;TCR=234;TR=498;WE=215848649;WS=215848631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr1	215853748	rs5780842	GT	G	1516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.650;QD=16.67;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,77:0.85:91
chr1	215901492	rs2820718	C	T	6958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=126;PP=2965;SC=TCCAATTCAACAGAACTGAAT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=109;TCR=126;TR=235;WE=215901500;WS=215901482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	215916713	.	C	CATAT,CATATAT	622.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.66;QD=38.92;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,12:0.25,0.75:16
chr1	215916750	.	G	GTATATATA	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.09;QD=39.68;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	215916758	.	G	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.31;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	215931928	rs12095085	T	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=8;PP=846;SC=ACTTCTTTTTTTTTTTTACCT;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=215931936;WS=215931918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	215956304	rs7518466	A	G	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=59;PP=1733;SC=TAGACAGGGAAGTTTCTCTTA;SOR=1.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=215956312;WS=215956294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	215960167	rs10864198	T	G	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=118;PP=2965;SC=GCCACAATGTTCTGTGGCTTC;SOR=1.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=49;TCR=118;TR=167;WE=215960175;WS=215960157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chr1	215990479	rs11120645	C	T	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=77;PP=1548;ReadPosRankSum=0.620;SC=CATAGGAGATCATATCCAAGA;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=118;TCR=192;TR=124;WE=215990487;WS=215990469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,134:0.40:331
chr1	216011361	rs56032526	T	C	3602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=72;PP=2484;ReadPosRankSum=0.991;SC=ATTGTGGGTGTTGGTATATCA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=121;TCR=107;TR=152;WE=216011369;WS=216011351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,157:0.66:238
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chr1	216019426	rs77889398	GAA	G,GA	3974.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=3,3;NR=81,81;PP=951,466;SC=GCTTTCAGGGGAAAAAAAAAA;SOR=1.394;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=3;TCR=97;TR=84,84;WE=216019435;WS=216019412;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.42,0.58:146
chr1	216051125	rs41277200	G	A	3631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=56;PP=2287;ReadPosRankSum=-1.091;SC=TCTTCATAAAGCCACTGAGTT;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=167;TCR=100;TR=152;WE=216051133;WS=216051115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,162:0.57:282
chr1	216051157	rs12118814	C	T	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=67;PP=2044;ReadPosRankSum=2.014;SC=ATTGTGCCACCGATTTAAATC;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=210;TCR=164;TR=152;WE=216051179;WS=216051147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,157:0.40:392
chr1	216051287	rs7518358	A	G	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=86;PP=2146;ReadPosRankSum=0.249;SC=ACCAAAACTCAGGCTGTTCTG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=256;TCF=106;TCR=150;TR=141;WE=216051295;WS=216051277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,147:0.55:268
chr1	216051381	rs79952600	G	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=9;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=368;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TCAGATGAACGTTTTTTTTTC;SOR=1.519;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=20;WE=216051389;WS=216051371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr1	216052549	rs6669557	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=407;ReadPosRankSum=0.480;SC=CATTTTCTAAATGGCTACATT;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=21;WE=216052557;WS=216052539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr1	216172380	rs10864219	A	G	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=54;PP=1614;SC=AATCCCACTTATTTTTCTTGG;SOR=1.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=80;WE=216172388;WS=216172370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	216219781	rs6657250	A	G	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=48;PP=1751;ReadPosRankSum=0.765;SC=ACCTGTGACTATGTAGTTCTC;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=126;TCR=84;TR=121;WE=216219789;WS=216219771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,131:0.58:225
chr1	216258194	rs56110889	G	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=679;ReadPosRankSum=0.538;SC=CCTTGAGACAGCCCACAAAAC;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=32;TCR=68;TR=48;WE=216258202;WS=216258184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr1	216348764	rs1805049	C	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TGGAAACCACCTAAGATGGAT;SOR=0.469;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=110;TCF=39;TCR=71;TR=65;WE=216348772;WS=216348754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr1	216370108	rs447102	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=539;ReadPosRankSum=0.790;SC=CAATGAATGTCGTCCCTATAT;SOR=0.813;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=32;WE=216370116;WS=216370098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr1	216370130	rs386851	T	G	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=44;PP=1297;SC=TTTTTAAATTTAATTCACACA;SOR=4.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=47;WE=216370138;WS=216370120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	216371934	rs646094	A	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=569;ReadPosRankSum=0.198;SC=TTCCTAGAGAAATTAAATAGT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=31;WE=216371942;WS=216371924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr1	216390694	rs1324330	C	T	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.266;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=32;PP=1776;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TATGATGCTGCTTCACACACC;SOR=0.376;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=167;TCF=121;TCR=46;TR=107;WE=216390702;WS=216390684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,110:0.64:172
chr1	216495191	rs7515253	T	G	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=8;PP=942;ReadPosRankSum=-0.952;SC=CTACTATTTTTTTTTTAGATT;SOR=0.631;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=113;TCF=93;TCR=20;TR=55;WE=216495199;WS=216495176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr1	216495400	rs2089947	A	G	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.146;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=57;PP=1275;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TATATGCATTATGTGAATTTA;SOR=0.455;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=206;TCF=71;TCR=135;TR=93;WE=216495408;WS=216495390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,98:0.45:216
chr1	216496947	rs1805050	G	A	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=84;PP=2213;ReadPosRankSum=1.327;SC=GAAGAGATGGGGTATTATAGA;SOR=0.822;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=407;TCF=190;TCR=217;TR=149;WE=216496955;WS=216496937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,153:0.36:424
chr1	216500830	rs1339963	G	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=549;ReadPosRankSum=1.693;SC=TTGCCAAATGGTATAAAGATA;SOR=0.522;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=25;WE=216500838;WS=216500820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr1	216592003	rs4253963	T	C	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=82;PP=2356;ReadPosRankSum=-1.698;SC=GCCCATCTACTGTCTTTTCTA;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=341;TCF=188;TCR=153;TR=184;WE=216592011;WS=216591993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,194:0.54:361
chr1	216595306	rs10779261	C	T	11273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=209;NR=196;PP=2965;SC=ATAAAACTTGCAGAATTGCTA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=209;TCR=196;TR=405;WE=216595314;WS=216595296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr1	216679858	rs144848582	A	AT	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=1.138;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr1	216692669	rs945453	C	T	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=96;PP=2965;SC=CATCCTCAAACGAAAGAGACC;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=110;TCR=96;TR=206;WE=216692677;WS=216692659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	216880662	rs11572672	G	A	4858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TGGCAACTTTGGTGATCAAGT;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=418;TCF=270;TCR=148;TR=218;WE=216880670;WS=216880652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,231:0.54:427
chr1	217604777	rs7520483	G	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=725;ReadPosRankSum=0.025;SC=CTATGAAAACGATGTTCTCCT;SOR=0.709;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=43;WE=217604785;WS=217604767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr1	217671771	rs724803	C	G	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=59;PP=1971;ReadPosRankSum=-0.449;SC=TTAGAGGGAACCTAACTAAAA;SOR=0.691;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=241;TCF=127;TCR=114;TR=132;WE=217671779;WS=217671761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,139:0.53:263
chr1	217783810	rs12749938	C	T	432.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=-1.067;SC=AGAAGAGGATCCTATCAATAG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=17;WE=217783818;WS=217783800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr1	217804325	rs944730	G	A	11437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=818;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=248;PP=2962;ReadPosRankSum=1.740;SC=AACGACACCCGGGAGCCTGGC;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=788;TCF=402;TCR=386;TR=494;WE=217804333;WS=217804315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,513:0.63:814
chr1	217804635	rs34121469	T	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=558;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAACAAAAAGTCGAACCCCGG;SOR=1.150;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=28;WE=217804643;WS=217804625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr1	217804955	rs10495062	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=355;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TCTGTTACCATACAACGAAAT;SOR=0.201;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=18;WE=217804963;WS=217804945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr1	217824575	rs147538345	TACTC	T	1297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=982;ReadPosRankSum=-1.701;SC=TGCTGTAACTTACTCACTTTA;SOR=0.897;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=21;WE=217824586;WS=217824565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr1	217842180	rs10495068	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TTGACTACCATAGATTTTTAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=217842188;WS=217842170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	217947738	rs6604561	G	A	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=63;PP=1914;ReadPosRankSum=-0.678;SC=TGCAATTACAGAAGGCAAAGC;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=337;TCF=180;TCR=157;TR=138;WE=217947746;WS=217947726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,149:0.41:362
chr1	218475533	rs2251169	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=535;ReadPosRankSum=-0.095;SC=ACCCCCCTTGCAAAAATGGGG;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=33;WE=218475541;WS=218475523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr1	218578685	rs10482769	T	TTTGTTG	2025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=-1.830;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,58:0.39:149
chr1	218578726	rs142802402	ACT	A	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.07;MQRankSum=-0.480;NF=2;NR=46;PP=488;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TTTTAGACAGACTCTCTCTCT;SOR=1.675;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=124;TCF=19;TCR=105;TR=48;WE=218578735;WS=218578716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,19:0.19:101
chr1	218614743	rs11466412	G	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=839;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TGACAATGATGATGATAATGA;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=124;TCF=29;TCR=95;TR=53;WE=218614751;WS=218614733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr1	218683417	.	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.695;SOR=1.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	219366400	rs35359058	T	TG	1027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.74;MQRankSum=0.519;QD=25.07;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr1	219383848	rs5781096	A	ACTTTTT	2107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=9;PP=1402;SC=TATGTATTCTACTTTTAAGTA;SOR=1.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=23;WE=219383856;WS=219383838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	219383867	rs940571	T	C	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=1124;ReadPosRankSum=0.446;SC=TATGTTTTTGTTTTTAGGAGG;SOR=0.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=57;WE=219383875;WS=219383857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr1	219383905	rs940570	A	G	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=36;PP=1390;SC=GCATGGCAATACATTTAGCAT;SOR=0.829;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=81;WE=219383913;WS=219383895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	219706327	rs2785986	A	G	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=41;PP=2965;SC=AATATATGACATTATAATTAA;SOR=2.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=131;TCR=41;TR=172;WE=219706335;WS=219706317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	219783279	rs79789352	T	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.740;NF=55;NR=93;PP=1925;ReadPosRankSum=-3.367;SC=GTCCTCAGAGTCAAGCAGGAC;SOR=1.546;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=486;TCF=234;TCR=252;TR=148;WE=219783287;WS=219783269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,96:0.24:405
chr1	220145371	rs2795315	T	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=6;PP=649;SC=ACAATTTACTTAAATATTCTT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=220145379;WS=220145361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	220145637	rs1982985	A	G	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=29;PP=808;SC=CATAGTGACCATCAGTATATC;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=220145645;WS=220145627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	220153332	rs34917248	T	TAA	6145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=22;PP=2975;SC=ACTTATTTTTTAAGAGTCTAC;SOR=2.902;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=83;TCR=26;TR=100;WE=220153340;WS=220153322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	220154246	rs35193743	AT	A	833.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.509;NF=1;NR=35;PP=448;ReadPosRankSum=-1.001;SC=GAGCTTTTCAATTTTTTTTTT;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=36;WE=220154255;WS=220154236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,40:0.91:44
chr1	220154659	rs10595099	TAAA	T	1544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=0.396;QD=33.58;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr1	220154768	rs1061160	C	T	13895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=269;NR=233;PP=2965;SC=CTCTGTGTGACTGTACCCATT;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=504;TCF=269;TCR=235;TR=502;WE=220154776;WS=220154758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr1	220156090	rs2647462	T	C	8988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=137;PP=2965;SC=GAGCATTCTCTTGCACTCCAA;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=173;TCR=138;TR=309;WE=220156098;WS=220156080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	220160360	rs2647435	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=0;PP=872;SC=ATCTGCTGACATTGTAGCTTT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=39;WE=220160368;WS=220160350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	220160433	rs2647434	A	G	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=65;PP=2965;SC=ACTATTAAGAATTGAATTAAT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=132;TCR=65;TR=197;WE=220160441;WS=220160423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	220162195	rs2254494	T	C	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=79;PP=2459;SC=GAGATATTTATAAAACTTTGG;SOR=3.126;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=20;TCR=79;TR=99;WE=220162203;WS=220162185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	220178717	rs5781162	T	TA	2618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=36;PP=1885;SC=AAAGATGATATAAACCAAAGT;SOR=1.058;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=46;WE=220178725;WS=220178707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	220184150	rs34170326	CA	C	775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;NF=20;NR=0;PP=351;SC=GACTACGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=20;WE=220184172;WS=220184140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr1	220184164	rs28570471	A	G	1169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=36.55;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	220191932	.	GA	AA	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,1.0000;HP=15;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=12;MQ=58.76;NF=0,0;NR=5,4;PP=21,75;QD=11.1542425094;SC=AGCATGTTTAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5,4;WE=220191940;WS=220191922;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	220191932	.	GA	GAA	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,1.0000;HP=15;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=12;MQ=58.76;NF=0,0;NR=5,4;PP=21,75;QD=11.1542425094;SC=AGCATGTTTAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5,4;WE=220191940;WS=220191922;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	220192192	rs34320023	TA	T	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=1.047;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.596;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	220192495	rs2245457	C	G	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=82;PP=2458;SC=GATACTTAATCAATAATAAAT;SOR=3.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=12;TCR=82;TR=94;WE=220192503;WS=220192485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	220197545	rs2577159	C	T	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=7;PP=1502;SC=AAAGAAATCACGTTCTACTAA;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=63;WE=220197553;WS=220197535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	220197625	rs2230301	G	T	7692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=111;PP=2965;SC=TATGTTTAGAGTCTATCCTCT;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=166;TCR=113;TR=277;WE=220197633;WS=220197615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	220205704	rs3738339	T	A	1104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=2.520;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,64:0.62:104
chr1	220205943	rs2789816	G	A	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=42;PP=1194;SC=GTGACTAATTGAAGTAATTGA;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=220205951;WS=220205933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	220205980	rs2577138	A	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=829;SC=GCTTCTAAAGAAAATGAAATG;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=220205988;WS=220205970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	220207017	rs2647456	C	T	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=37;PP=979;SC=ACATAAAAGACAGAAAAGAAA;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=220207025;WS=220207007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	220208154	rs2789817	C	A	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=6;PP=1394;SC=CTGTTAATATCCTTAAGTAGA;SOR=3.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=53;TCR=6;TR=59;WE=220208162;WS=220208144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	220239448	rs1146773	T	C	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=115;PP=2965;SC=TTAACTGCTGTTTTTCATTGT;SOR=1.635;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=59;TCR=115;TR=174;WE=220239456;WS=220239438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	220240862	rs17563262	A	G	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=35;PP=1115;SC=TCCGTGATCAATCCTATTTAT;SOR=1.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=220240870;WS=220240852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	220321023	rs11095	A	G	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=141;PP=2965;SC=AGTACTGGCTAGAAGTTTGGA;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=82;TCR=142;TR=223;WE=220321031;WS=220321013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	220331319	rs3767654	T	G	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=111;PP=2965;SC=TTCAGCTGACTTTCCACACTG;SOR=1.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=55;TCR=111;TR=166;WE=220331327;WS=220331309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	220332552	rs2789792	C	T	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=526;SC=TAAATTAAAACTGGCCATAGT;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=220332560;WS=220332542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	220332876	rs2808026	G	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=301;SC=GGCGCTATAAGTAAATGTGAC;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=220332884;WS=220332866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	220335430	rs2164790	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=306;SC=GTAAAATCTAATTATCAAATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=220335438;WS=220335420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	220345458	.	T	C	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=831;ReadPosRankSum=1.721;SC=TAACCATTTATGTTAAACATA;SOR=0.775;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=60;WE=220345466;WS=220345448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr1	220355433	rs11343960	CT	C	1040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=0;PP=1303;SC=AATAATATTACTTCTATTAAA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=32;WE=220355441;WS=220355423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	220364709	.	T	G	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=15;MQ=57.79;NF=0;NR=6;PP=67;QD=16.9618687579;SC=ATAGTGGGGGTGGGGGTGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=6;WE=220364717;WS=220364699;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,6:0.22:27
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chr1	220379362	rs374690916	A	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	220406291	rs10863538	A	G	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=39;PP=1183;SC=TCATAGAACCAACCCCTGTAT;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=220406299;WS=220406281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	220603310	rs10553491	TGTGA	T	1099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=13;PP=2009;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA;SOR=1.840;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=65;WE=220603323;WS=220603298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
chr1	220607685	rs1361256	G	A	8877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=157;NR=148;PP=2965;SC=GGTACTACCCGAAGAAGAAAA;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=307;TCF=157;TCR=150;TR=305;WE=220607693;WS=220607675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	220607891	rs1338767	A	G	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=37;PP=2771;SC=TTAGCCCTTTAAGAAAAAAGT;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=116;WE=220607899;WS=220607881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	220789236	rs2786599	C	T	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=28;PP=1074;SC=GGGAAAATTGCGTTTTTTTAA;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=220789245;WS=220789226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	220789362	rs12137627	T	A	467.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr1	220808921	rs10746403	T	C	7152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=142;PP=2965;SC=TCTTCCCAAATTTGTGTTTTT;SOR=1.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=101;TCR=142;TR=243;WE=220808934;WS=220808911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	220824115	rs12123306	G	C	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=132;PP=2965;SC=CTGTGTTAGTGCCCTTGCTGA;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=95;TCR=132;TR=227;WE=220824123;WS=220824105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	220825523	rs3737296	A	G	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=51;PP=1550;SC=CATTTTGTTCATTAAGAGTTT;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=220825531;WS=220825513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	220970028	rs2642438	A	G	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=44;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TGGCGAGGCCACCGCCCAGTG;SOR=0.672;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=314;TCF=197;TCR=117;TR=121;WE=220970036;WS=220970018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,128:0.39:325
chr1	220986516	rs12144830	C	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=5;PP=973;SC=TGAGCTTTGACGGGATGGTGC;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=220986524;WS=220986506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	220986546	rs17650107	G	A	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=10;PP=1353;SC=CTGTGCGTGCGGAGGCCCTGT;SOR=3.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=60;WE=220986554;WS=220986536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	221053545	rs12141189	T	C	7061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.983;SC=GTCTCCGCTCTCAGCCGCCTA;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=503;TCF=270;TCR=233;TR=308;WE=221053553;WS=221053534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,321:0.61:522
chr1	221054761	rs17597773	C	G	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=50;PP=1227;ReadPosRankSum=1.743;SC=AGCCGACTAACAGTCAGAAAT;SOR=0.458;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=22;TCR=84;TR=64;WE=221054769;WS=221054751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr1	221507141	rs7555947	C	T	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=27;PP=1990;SC=TGTGAACATACTTTCATAGGC;SOR=1.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=95;WE=221507149;WS=221507131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	221876126	rs2280340	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=0.065;SC=TATAGAAATAATGAATTAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=14;WE=221876134;WS=221876116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	222721288	rs4846382	C	T	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CCACCTGGCCCAACAAGAATA;SOR=0.630;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=187;TCF=95;TCR=92;TR=93;WE=222721296;WS=222721278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,94:0.48:194
chr1	222734662	rs149239943	TC	T	1601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.07;MQRankSum=1.394;NF=27;NR=8;PP=1220;ReadPosRankSum=0.156;SC=AATTTCAAAATCAGCCAAAGC;SOR=1.030;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=35;WE=222734670;WS=222734652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,52:0.34:151
chr1	222734803	rs1134898	G	C	5234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TGAAATGAAAGCCTGGCCACC;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=399;TCF=187;TCR=212;TR=222;WE=222734811;WS=222734793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,235:0.55:425
chr1	222737265	rs35877231	G	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=487;SC=AGACAATACAGAAACAGATGG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=222737273;WS=222737255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	222737568	rs3008640	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=191;SC=TAATATGCTCCCTTTAAATTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=222737576;WS=222737558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	222742676	rs4846766	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=473;ReadPosRankSum=0.221;SC=CAGGGGATAGTGTGGATGATA;SOR=0.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=31;WE=222742684;WS=222742666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr1	222751034	rs2936033	T	C	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=72;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TAGATAACCATTAGTCAAAAA;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=166;TCF=38;TCR=128;TR=92;WE=222751042;WS=222751024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,93:0.56:167
chr1	222798106	rs3008617	G	A	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=79;PP=2758;SC=ATTCTTTTGTGTAGGTTGGAC;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=83;TCR=79;TR=162;WE=222798114;WS=222798096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	222802006	rs2936053	A	G	9301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=136;PP=2965;SC=GGTACAAGATAAGACAGAATT;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=176;TCR=136;TR=312;WE=222802014;WS=222801996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr1	222802803	rs3748626	T	G	8830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=146;PP=2965;SC=AAAAAAACCCTGGGAATCAGG;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=165;TCR=146;TR=310;WE=222802811;WS=222802793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	222802926	rs3008620	C	T	14533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=264;NR=259;PP=2965;SC=TTTTGGATAGCGAAAAAACAA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=525;TCF=264;TCR=261;TR=523;WE=222802934;WS=222802916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr1	222821211	rs61824282	C	T	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=31;PP=959;SC=ATTCCTATAACAATGGTATTA;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=222821219;WS=222821201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	222823529	rs17465637	A	C	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=964;ReadPosRankSum=1.296;SC=CTGAGAAGTTATTTTTTGTCA;SOR=0.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=50;WE=222823537;WS=222823519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr1	222823743	rs67180937	T	G	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	222825403	rs3002150	G	A	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=27;PP=946;SC=AAAGCTGACTGTAATTCCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=222825411;WS=222825393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	222825717	rs10495198	T	C	10141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=199;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.249;SC=AATAGAGAACTCAGTATCATA;SOR=0.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=347;TCF=147;TCR=200;TR=346;WE=222825725;WS=222825707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,372:1.00:373
chr1	222825761	rs2936019	G	A	5434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=123;PP=2965;SC=TCTATTTTTAGGGTAATATAT;SOR=2.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=42;TCR=123;TR=165;WE=222825769;WS=222825751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	222826481	rs2291832	G	A	4251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=65;PP=2882;SC=ATGTAAGTGCGTTCATGAATA;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=136;WE=222826489;WS=222826471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	222832010	rs35822937	A	G	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=23;PP=1897;ReadPosRankSum=1.215;SC=GTATTCAGACAGAATGCCAGG;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=79;TCR=23;TR=101;WE=222832018;WS=222832000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr1	222832295	rs2291834	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=982;SC=AAAAACTAAATTTTAAGTTAA;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=222832303;WS=222832285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	222833601	rs3002153	T	C	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=111;PP=2965;SC=TGGAGCCACCTGTGAGACCTC;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=63;TCR=111;TR=174;WE=222833609;WS=222833591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	222837594	rs2270707	G	A	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=61;PP=1640;SC=CAATGCAGCAGTGAAGCTGAT;SOR=5.486;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=3;TCR=61;TR=64;WE=222837602;WS=222837584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	222838216	rs2936026	C	T	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=57;PP=1728;SC=ATCTATCTCTCTTTTTCAGAT;SOR=1.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=80;WE=222838224;WS=222838206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	222846882	rs12138316	G	A	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=38;PP=1018;SC=ACTTTGGGAGGCCGAGGCGGG;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=222846890;WS=222846872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	222860734	rs3008638	C	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=77;SC=GATAGCGCCACTGCATGCCAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=222860742;WS=222860724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	222886119	rs3811465	A	G	14270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=267;PP=2965;ReadPosRankSum=1.611;SC=CTCGGTAGCTATCATGGCCGC;SOR=0.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=498;TCF=230;TCR=268;TR=496;WE=222886127;WS=222886109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,515:1.00:516
chr1	222919895	rs2378607	T	G	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=15;PP=1874;SC=ATTATGGAGATTGACGGTTTC;SOR=2.613;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=78;WE=222919903;WS=222919885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	222923001	rs2068814	A	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=78;PP=2222;SC=CCACCTGGTCATATGTACTAT;SOR=1.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=29;TCR=78;TR=107;WE=222923009;WS=222922991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	222923351	rs6683071	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=48;PP=1554;SC=GCTGGGGTCCAAGAGTATGGA;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=222923359;WS=222923341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	223152868	rs1815607	G	A	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=8;PP=1661;SC=GGTGAATTATGTGGTATATGA;SOR=3.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=64;TCR=8;TR=72;WE=223152876;WS=223152858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	223156382	rs2926159	C	T	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.19;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	223156406	.	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr1	223168213	rs2609359	T	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=287;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TCCTTTTTTTTTTCATATCAC;SOR=0.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=21;WE=223168221;WS=223168203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	223177574	rs2609355	A	G	3309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=77;PP=2422;ReadPosRankSum=-0.791;SC=AGTTTTATAAAGAGGTGGACT;SOR=0.958;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=223;TCF=96;TCR=127;TR=128;WE=223177582;WS=223177564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,135:0.56:241
chr1	223177974	rs76611705	G	A	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=73;PP=2184;ReadPosRankSum=0.005;SC=TCTGAGTCGCGTGGGCTCTGC;SOR=0.707;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=295;TCF=151;TCR=144;TR=151;WE=223177982;WS=223177964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,157:0.51:307
chr1	223178477	rs72744122	C	T	4374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.380;SC=CTGAAAGTGACGCTGGCTCTG;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=496;TCF=263;TCR=233;TR=206;WE=223178485;WS=223178467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,210:0.41:513
chr1	223283910	rs7512943	A	G	13956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.02;NF=266;NR=213;PP=2965;SC=ACATCCTGGAAATCCTCAGGC;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=479;TCF=266;TCR=213;TR=479;WE=223283923;WS=223283900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr1	223397037	rs851149	T	C	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=52;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.483;SC=AGGCCACCCATACTCCCTCCT;SOR=1.029;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=174;TCF=58;TCR=116;TR=74;WE=223397045;WS=223397027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,76:0.43:177
chr1	223532326	rs17539887	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=503;ReadPosRankSum=1.958;SC=CATCTGTTTCCACCTGCTGGC;SOR=2.753;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=23;WE=223532334;WS=223532316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr1	223715248	rs36108579	GT	G	2189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=1321;ReadPosRankSum=-1.057;SC=ACAAGATTGAGTTCTTGGCTT;SOR=0.551;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=37;WE=223715256;WS=223715238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr1	223716349	rs4072246	G	A	2735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=37;PP=1883;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GCCACAGAACGTGCATGGTAT;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=146;TCR=66;TR=119;WE=223716357;WS=223716339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,120:0.55:217
chr1	223717379	rs61823524	A	C	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=33;PP=1962;SC=CCCTGCCCCAACTTGCACCTT;SOR=1.466;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=105;WE=223717387;WS=223717369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	223717484	rs34158997	G	A	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=1747;ReadPosRankSum=-1.917;SC=AGTTGATGCCGAGCTTGCTGC;SOR=0.506;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=127;TCR=102;TR=124;WE=223717492;WS=223717474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,135:0.56:240
chr1	223718462	rs61823525	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=487;ReadPosRankSum=0.777;SC=TTGTTCCTTCGTGACCAATGT;SOR=0.850;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=29;WE=223718470;WS=223718452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr1	223718518	rs61823552	C	A	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1134;ReadPosRankSum=1.136;SC=TGTGGTCAGACTACAATGGAC;SOR=0.375;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=81;WE=223718526;WS=223718508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,92:0.65:141
chr1	223718651	rs61823553	G	A	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=58;PP=1665;ReadPosRankSum=0.072;SC=CAAAGTGCCCGTTCCATTGCT;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=235;TCF=121;TCR=114;TR=117;WE=223718659;WS=223718641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,127:0.50:255
chr1	223718670	rs61823554	G	A	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=61;PP=1736;ReadPosRankSum=-4.230;SC=CTCTAGGCACGTTAAAGACCA;SOR=0.521;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=115;TCR=117;TR=123;WE=223718678;WS=223718660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,134:0.53:251
chr1	223718764	rs35808016	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=557;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CTTAGTGAACCTTCCATGTCT;SOR=0.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=36;WE=223718772;WS=223718754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr1	223722646	rs34630115	T	TA	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.207;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.475;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr1	223722780	rs34606532	G	A	3931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=79;PP=2651;ReadPosRankSum=-1.938;SC=AGTGGGAATCGGATCATTTGA;SOR=0.576;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=313;TCF=170;TCR=143;TR=167;WE=223722788;WS=223722770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,178:0.53:336
chr1	223728083	rs202073012	A	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.01;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	223799822	rs184628315	G	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=775;ReadPosRankSum=0.707;SC=ATTCATGACTGGATCATGTGA;SOR=0.826;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=59;WE=223799830;WS=223799812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,63:0.33:193
chr1	223799857	rs34786756	C	T	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=2318;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CCAGCTTCTACCACAGGAAAC;SOR=0.860;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=191;TCF=108;TCR=83;TR=73;WE=223799879;WS=223799847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,78:0.38:207
chr1	223799871	rs35116708	C	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=2318;ReadPosRankSum=1.646;SC=AGGAAACAGACGCTGCTGGCT;SOR=0.884;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=191;TCF=104;TCR=87;TR=71;WE=223799879;WS=223799847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,76:0.37:203
chr1	223803681	rs369989023	G	A	4691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.377;SC=CCTGGTAGACGGCATAGCCGA;SOR=0.944;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=344;TCF=148;TCR=196;TR=194;WE=223803689;WS=223803671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,205:0.56:363
chr1	223805804	rs34893034	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=654;ReadPosRankSum=0.014;SC=CTGCCCCATGCGCTTACAGTC;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=43;WE=223805812;WS=223805794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr1	223807239	rs34693465	C	G	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=719;ReadPosRankSum=0.756;SC=GGAAGGAGCCCTGTGGCACAG;SOR=0.277;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=50;WE=223807247;WS=223807229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
chr1	223807262	rs34900680	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=571;ReadPosRankSum=0.706;SC=CCTAGAGGCCGTGGGCTAGCT;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=33;WE=223807270;WS=223807252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr1	223813586	rs35539373	G	T	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=57;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GGCTGCACTGGAGACCTGCGT;SOR=0.924;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=45;TCR=100;TR=81;WE=223813594;WS=223813576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,91:0.58:157
chr1	223814671	rs61825208	A	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=2122;ReadPosRankSum=-1.321;SC=GTGGGGCAGTAGAGAAGCCAT;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=53;WE=223814690;WS=223814661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr1	223814682	rs67990281	A	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=1331;ReadPosRankSum=1.135;SC=GAGAAGCCATATGCCTCACAT;SOR=0.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=41;WE=223814690;WS=223814661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr1	223815575	rs34187970	G	A	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=2;PP=1086;SC=CTCTCTCTCCGGCTCATGGGG;SOR=4.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=45;WE=223815583;WS=223815565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	223816322	rs66602040	A	G	6156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=78;PP=2965;SC=AGCCCTAAGAATACGGAAAAC;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=130;TCR=78;TR=206;WE=223816330;WS=223816312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	223816347	rs61825210	A	G	8229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=131;PP=2965;SC=ACAAAGGGCCAGAGCAGAGCA;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=170;TCR=131;TR=300;WE=223816355;WS=223816337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	223830566	rs11584107	G	A	4323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=116;PP=2712;ReadPosRankSum=-1.120;SC=AGACTCAATGGCATGAAACAG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=504;TCF=229;TCR=275;TR=211;WE=223830574;WS=223830556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,222:0.42:530
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chr1	223853099	rs66700641	C	A	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=95;PP=2575;ReadPosRankSum=-0.337;SC=CAACAGCAAGCCCGCTTCCTT;SOR=0.795;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=603;TCF=306;TCR=297;TR=203;WE=223853115;WS=223853089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:414,212:0.34:626
chr1	223900408	rs25655	C	G	16295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=321;NR=271;PP=2965;SC=GCTCCCACGACAGGGCCATCA;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=594;TCF=322;TCR=272;TR=592;WE=223900416;WS=223900398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr1	223905532	rs17596	G	A	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=73;PP=1685;ReadPosRankSum=-0.043;SC=AAGGAGCCCTGGGTAAGTGAT;SOR=0.908;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=344;TCF=158;TCR=186;TR=129;WE=223905540;WS=223905522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,136:0.37:366
chr1	223931648	rs1222137	T	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=737;SC=CCAAACCCTCTGACCCAACCC;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=223931656;WS=223931638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	223934720	rs17600	G	A	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=1.198;SC=GCTATGAAGCGCTATCAGGGG;SOR=0.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=117;TCR=87;TR=203;WE=223934728;WS=223934710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,229:1.00:230
chr1	223951841	rs751128	T	C	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=49;PP=2005;ReadPosRankSum=1.910;SC=GCTCTGGTTATGTGTCCACAG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=149;TCR=82;TR=140;WE=223951849;WS=223951831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,147:0.60:244
chr1	223954080	rs17599	A	C	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=46;PP=1842;ReadPosRankSum=-2.010;SC=CCAAGATATCAAGTCAGATGG;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=178;TCR=101;TR=127;WE=223954088;WS=223954070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,133:0.47:285
chr1	223990623	rs77933928	G	A	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.049;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=88;PP=1974;ReadPosRankSum=-1.043;SC=GGGAAAAAAGGTAGCCAAGGA;SOR=1.341;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=184;TCF=41;TCR=143;TR=108;WE=223990631;WS=223990613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,108:0.58:187
chr1	224196980	rs189220578	T	G	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.792;NF=46;NR=59;PP=1693;ReadPosRankSum=-1.077;SC=TTCATTTTGTTGATTATTTCA;SOR=0.751;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=233;TCF=97;TCR=136;TR=105;WE=224196988;WS=224196970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,80:0.46:173
chr1	224301749	rs6690695	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	224302154	rs3066024	T	TGAG	5720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=92;PP=2965;SC=GTCTGGGAGATGAGAAGGGAG;SOR=2.430;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=1;TCR=106;TR=93;WE=224302162;WS=224302144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	224318151	rs3065998	T	TTTG	5896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=32;PP=2974;SC=GTTATTGATTTTTGTTCTTTT;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=78;WE=224318159;WS=224318141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	224321984	rs1472167	C	T	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=40;PP=1154;SC=TTATGAATTTCTGATTTTAGA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=224321992;WS=224321974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	224340987	rs151022723	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1201;ReadPosRankSum=0.820;SC=CAATTTTAAAGAGGAAATTAC;SOR=0.783;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=95;WE=224340995;WS=224340977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,101:0.41:246
chr1	224345012	rs7543762	G	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=6;PP=1027;SC=CTGGTAGAGAGACATTTTAAG;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=224345020;WS=224345002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	224415342	rs41271483	A	G	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=38;PP=1575;ReadPosRankSum=-1.205;SC=CGGCTGAGGGACTCCTGCAAA;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=120;TCR=72;TR=103;WE=224415350;WS=224415332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,110:0.53:207
chr1	224444628	rs10799556	C	T	11249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=243;NR=149;PP=2965;SC=ATTCAGATTCCTTCTACATCC;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=245;TCR=149;TR=392;WE=224444636;WS=224444618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr1	224444901	rs2897055	G	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=28;PP=851;SC=AAGAGAAAGTGCATTCACTCA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=224444909;WS=224444891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	224468986	rs34156240	C	CGTGT	425.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.46;ReadPosRankSum=0.146;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	224482216	rs2404783	T	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=661;SC=TTACAGATTTTGACAGCAACA;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=224482224;WS=224482206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	224492381	rs7522125	C	T	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=5;PP=1105;SC=TAGGCTTTTTCCTCATAACTG;SOR=3.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=224492389;WS=224492371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	224492746	rs3754090	C	T	21263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=366;NR=399;PP=2965;SC=CTTTCTTTTGCAGGACAGCTT;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=765;TCF=366;TCR=399;TR=765;WE=224492754;WS=224492736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,804:1.00:804
chr1	224495852	rs7534447	C	T	12127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=220;NR=212;PP=2965;SC=TGGAACTTATCCGTGGTGTTG;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=433;TCF=221;TCR=212;TR=432;WE=224495860;WS=224495842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr1	224500881	rs6684300	A	G	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=21;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=260;SC=AAAAAAAAAAAACAAGCAAAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=224500889;WS=224500871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	224505570	rs3066969	T	TAA	3832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=41;PP=2418;SC=GCTCTAACAATAAGACTCACC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=51;WE=224505578;WS=224505560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	224505719	rs4436353	T	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=266;SC=AAATAAATTTTCATGAATATT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=224505727;WS=224505709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	224514275	rs4653578	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=381;SC=TAAACTCTTCGTTAATAAAGT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=224514283;WS=224514265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	224517842	rs2896990	C	T	8157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=138;NR=153;PP=2965;SC=CGTCGGTCTTCCAAGCCACAG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=139;TCR=153;TR=291;WE=224517850;WS=224517832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr1	224517907	rs4146965	A	T	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=83;PP=2641;SC=GCCCGCCGCGATCGCCGGGCC;SOR=1.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=48;TCR=83;TR=130;WE=224517915;WS=224517897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	224585958	rs7522956	A	C	4300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=81;PP=2802;SC=CAGATATTTAATCTGCCTCAA;SOR=1.279;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=139;WE=224585966;WS=224585948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	224588825	rs7518109	T	A	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=30;PP=778;SC=TCTAAAGGAATTATGTGAGAA;SOR=2.432;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=38;WE=224588841;WS=224588815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	224600910	rs10916612	C	A	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.39;ReadPosRankSum=2.970;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,60:0.94:64
chr1	224600920	rs10916613	C	A	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.03;ReadPosRankSum=2.452;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,64:0.94:68
chr1	224606249	rs10495219	C	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=184;SC=AGAAGTTCTGCGTTATGCGAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=224606257;WS=224606239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	224621368	rs2405033	G	C	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=38;PP=2069;SC=TCACCAGCTGGCGGTAAGGGA;SOR=1.131;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=108;WE=224621376;WS=224621358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	224868596	rs7525096	A	C	5017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=94;PP=2877;ReadPosRankSum=1.143;SC=AATCCACAGAAGCTTTGGACA;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=342;TCF=197;TCR=145;TR=216;WE=224868604;WS=224868586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,230:0.64:360
chr1	224872443	rs3738364	A	G	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.008;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1464;ReadPosRankSum=0.998;SC=TTCTCATGCTATTTTAGCAGA;SOR=0.467;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=200;TCF=119;TCR=81;TR=115;WE=224872451;WS=224872433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,121:0.58:209
chr1	224872473	rs3738363	A	G	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=2.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=2.005;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,145:0.55:262
chr1	224927217	rs3738362	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CACGCAGCAGCTGGGAGCCGA;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=15;WE=224927225;WS=224927207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	225230608	rs2501107	C	T	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=59;PP=2655;SC=TAAATCTATGCTTGAGAATTC;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=148;WE=225230616;WS=225230598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	225237850	rs2501086	A	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=300;SC=GTCATGGATAATTTTGAAGTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=225237858;WS=225237840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	225266966	rs3105559	C	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=10;PP=659;SC=AGAAGAATTTCTGGAGCATTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=225266974;WS=225266956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	225268343	rs3128651	A	G	13066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.44;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	225268346	rs3128652	G	A	7826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.71;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,291:0.99:293
chr1	225270409	rs3128655	A	T	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=65;PP=2089;SC=GCTTGATAAAAACTGTAAAGT;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=115;WE=225270417;WS=225270399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	225273248	rs3128658	G	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=18;PP=1455;SC=CATTTTAGATGTTTCAGTATG;SOR=1.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=225273256;WS=225273238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	225273633	rs3105565	T	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=160;SC=TATTTACTAGTTTGAATACCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=225273641;WS=225273623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	225548350	rs111692785	C	T	4441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=0.337;SC=AATGAGCTTACAGTTTTATAT;SOR=0.464;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=293;TCF=197;TCR=96;TR=188;WE=225548358;WS=225548340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,193:0.63:304
chr1	225555512	rs11578981	C	T	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1511;ReadPosRankSum=0.846;SC=TCAAGATTGCCGTGGAATCTC;SOR=0.668;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=188;TCF=111;TCR=77;TR=101;WE=225555520;WS=225555502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,107:0.53:202
chr1	225555602	rs12737248	T	G	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=52;PP=1389;ReadPosRankSum=-0.030;SC=TATTTGAAAATCCTGACTGTG;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=149;TCF=58;TCR=91;TR=83;WE=225555610;WS=225555592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,93:0.57:164
chr1	225562385	rs10915816	C	T	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=68;PP=2965;SC=ATGGGTTTTCCAAAGGTTGCC;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=136;TCR=68;TR=204;WE=225562393;WS=225562375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	225565015	rs3856154	T	C	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.972;SC=GATGATGACCTTCCCGAGGTC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=92;TCR=84;TR=174;WE=225565023;WS=225565005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr1	225565073	rs3856155	C	T	4849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=1.548;SC=AGACCCAGGGCGAAAAGTTTA;SOR=0.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=78;TCR=95;TR=172;WE=225565081;WS=225565063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr1	225569241	rs950210	T	G	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=48;PP=1750;SC=GAGGAAATATTTAACTCTTTT;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=225569249;WS=225569227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	225576058	rs6679430	T	C	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=55;PP=2836;SC=AAAAATGATGTGACTGTCTTT;SOR=1.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=103;TCR=55;TR=158;WE=225576066;WS=225576048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	225576226	rs368318501	C	T	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=78;PP=2056;ReadPosRankSum=-1.105;SC=ATTTCTTCCTCATTTTTGCTT;SOR=0.795;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=246;TCF=118;TCR=128;TR=146;WE=225576234;WS=225576216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,151:0.58:260
chr1	225576311	rs10753405	A	G	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=68;PP=2146;SC=TGAATTAAGCAAGGGAGGGAT;SOR=1.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=107;WE=225576319;WS=225576301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	225577648	rs12134158	C	T	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=73;PP=2065;SC=TGTCACTCACCCTTTCCTCCT;SOR=3.069;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=15;TCR=73;TR=88;WE=225577656;WS=225577638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	225586737	.	AT	A	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,23:0.19:120
chr1	225601647	rs3766928	C	T	9876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.95;NF=217;NR=127;PP=2965;SC=TAACACAAGACTACTTAGAAA;SOR=1.344;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=218;TCR=127;TR=344;WE=225601655;WS=225601637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	225603103	rs6702433	C	T	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=96;SC=TACACACACACATATATATAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=225603111;WS=225603093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	225607144	rs2230419	C	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=26;PP=821;SC=TTGTGACAAACTGAATTTTTC;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=225607152;WS=225607134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	225609884	rs1056608	A	G	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=74;PP=2497;SC=GTGGTCGACCAGGGGATCGGG;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=127;WE=225609892;WS=225609874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	225611661	rs1056607	C	T	7792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=98;PP=2965;SC=CTTTATACTTCACAGTGTAAA;SOR=1.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=179;TCR=98;TR=277;WE=225611669;WS=225611641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	225611845	rs1340867	C	T	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=69;PP=1973;SC=TTTATGTATTCGTCTTTTTCC;SOR=4.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=76;WE=225611853;WS=225611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	225685621	rs145776060	TAAG	T	1133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=689;SC=CTCACAGTAATAAGAAGATTA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=225685631;WS=225685611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	225840539	rs116481763	C	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=813;ReadPosRankSum=0.068;SC=GGGGGCTACACCATCTCCTCG;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=48;WE=225840547;WS=225840529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr1	225965832	rs1461957	G	T	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=70;PP=1513;ReadPosRankSum=-1.934;SC=AACACAAATGGACCCTGCCAA;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=154;TCF=40;TCR=114;TR=95;WE=225965840;WS=225965822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,98:0.60:163
chr1	226016381	rs41266229	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=601;ReadPosRankSum=1.012;SC=TGTCAGGGCCGGGCTGGGCGG;SOR=1.265;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=33;WE=226016389;WS=226016371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr1	226016397	rs41266231	G	A	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=849;ReadPosRankSum=-0.901;SC=GGCGGGCTCCGTTGTTAATGG;SOR=0.864;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=55;WE=226016405;WS=226016387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,59:0.58:101
chr1	226019774	rs2260863	G	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=697;ReadPosRankSum=0.670;SC=AATTATAGGTGACTGAGATGT;SOR=0.351;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=80;TCF=20;TCR=60;TR=38;WE=226019782;WS=226019764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr1	226026406	rs2234922	A	G	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=55;PP=2038;ReadPosRankSum=-1.482;SC=CCCGCAGGCCATACCCCGAAG;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=401;TCF=254;TCR=147;TR=155;WE=226026414;WS=226026396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,158:0.39:408
chr1	226027548	rs34143170	C	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=647;ReadPosRankSum=0.289;SC=AAGGCCTGCACTTGAACATGG;SOR=0.764;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=47;WE=226027556;WS=226027538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr1	226036309	rs360063	A	G	13827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=271;NR=241;PP=2965;SC=CTCTGTGAACAAACACCCTCC;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=514;TCF=272;TCR=242;TR=512;WE=226036317;WS=226036299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr1	226044489	rs60955535	G	GC	1036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=9;PP=917;SC=TGCTCTATGTGCCCCAGTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=23;WE=226044497;WS=226044479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	226044766	rs9919303	G	A	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=56;PP=1262;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGTGGGCCACGCGGCTCTGAG;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=53;TCR=89;TR=90;WE=226044774;WS=226044756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,103:0.65:158
chr1	226050609	rs10158985	C	A	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=90;PP=2295;ReadPosRankSum=-0.163;SC=ACACCCCAAGCAGGAGACGTG;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=185;TCR=210;TR=172;WE=226050617;WS=226050599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,180:0.44:411
chr1	226053805	rs7515156	G	A	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=56;PP=1324;ReadPosRankSum=1.006;SC=TTCTGTGGCCGGGGGAGCCCC;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=27;TCR=96;TR=71;WE=226053813;WS=226053795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,69:0.56:123
chr1	226054333	rs45492299	G	A	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=84;PP=2225;ReadPosRankSum=0.850;SC=CCCACAGTGAGGAAGAGGTAA;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=132;TCR=152;TR=155;WE=226054341;WS=226054323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,160:0.55:291
chr1	226054681	rs360085	T	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=2;PP=835;SC=GCTCAACAACTCACTAGCTGC;SOR=3.855;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=35;WE=226054689;WS=226054671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	226054714	rs2292563	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=660;ReadPosRankSum=0.768;SC=GATACCAGCCGGCCCCCTTTG;SOR=0.476;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=71;TCF=62;TCR=9;TR=38;WE=226054722;WS=226054704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr1	226055595	rs2292564	G	A	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=21;PP=727;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TACCCAGCAAGTCCCCTGAGA;SOR=0.663;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=63;WE=226055603;WS=226055585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,75:0.50:149
chr1	226075608	rs12753531	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.547;NF=6;NR=9;PP=273;ReadPosRankSum=0.697;SC=CGGCCTTGGGGACCGGCTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=15;WE=226075616;WS=226075598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	226125543	rs60825997	G	GA	847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=744;SC=GGTCATCTGGGAGGCTGAAGT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=226125551;WS=226125533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	226180816	rs67548369	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.19;MQRankSum=4.175;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.583;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	226252232	rs2036870	C	T	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=44;PP=1286;SC=TATGTATCCACATAATTTAAC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=226252240;WS=226252222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr1	226334578	rs1219666	G	A	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=128;PP=2965;SC=ACTTGCATCAGGCAATTAAAA;SOR=2.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=46;TCR=128;TR=174;WE=226334586;WS=226334568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	226352498	rs2306120	T	G	5065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.355;SC=ACCTTTTTTTTTCTTGCTCTT;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=539;TCF=296;TCR=243;TR=241;WE=226352506;WS=226352480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,251:0.45:556
chr1	226353521	rs2306121	T	A	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=61;PP=2156;ReadPosRankSum=1.268;SC=TTGCCAACATTATCCTCATTA;SOR=0.579;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=418;TCF=268;TCR=150;TR=161;WE=226353529;WS=226353511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,171:0.39:438
chr1	226411317	rs10915962	C	T	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=36;PP=1431;SC=GCCTTCCCAGCCCCTGGCCCG;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=89;WE=226411325;WS=226411307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	226420722	rs2306119	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.626;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr1	226438449	rs6678137	T	C	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=476;SC=AAGGTTTCCTTCCATAGATAT;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=226438457;WS=226438439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	226438484	rs200360309	TCTCA	T	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=433;ReadPosRankSum=-0.042;SC=ATATAGATGGTCTCACTATTT;SOR=1.589;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=11;WE=226438495;WS=226438474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	226474132	rs10799347	G	A	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=40;PP=1085;SC=GACATACACAGAAGTCATTAT;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=226474140;WS=226474122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	226485327	rs11390947	A	AT	2257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=13;PP=1513;SC=AAACTTGTAAATTTTTTACTG;SOR=2.334;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=48;WE=226485335;WS=226485317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	226485605	rs114797983	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-1.633;SC=AGCCATATATCTAAAATATTT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=226485613;WS=226485595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	226488826	rs11577454	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=303;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TTAATTTAACAAATTAGACTT;SOR=1.220;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=24;WE=226488834;WS=226488816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr1	226550741	rs747659	C	T	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1041;ReadPosRankSum=1.319;SC=AGCAAGCCCCCGGCTTCTGTG;SOR=0.580;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=108;TCR=60;TR=81;WE=226550749;WS=226550731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,83:0.47:175
chr1	226555302	rs1136410	A	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=57;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AAGCATTTCCACCTTGGCCTG;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=311;TCF=153;TCR=158;TR=116;WE=226555310;WS=226555292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,120:0.37:326
chr1	226556094	rs1805400	T	C	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=61;PP=2125;SC=GCTTTCTCTTTTAGCAGGTGG;SOR=1.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=94;WE=226556102;WS=226556084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	226566726	rs907190	A	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=0.646;SC=CTCTGTGATTAGATTTCATTC;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=226566734;WS=226566716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	226567008	rs732284	C	G	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.006;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=72;PP=1992;ReadPosRankSum=-1.888;SC=ACAGTTTTCTCTCCCCTTGAG;SOR=0.433;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=240;TCF=112;TCR=128;TR=143;WE=226567016;WS=226566998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,151:0.59:256
chr1	226567563	rs2271343	C	G	470.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=428;ReadPosRankSum=0.873;SC=CCGTGGACAACAACCTGGCCA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=226567571;WS=226567553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr1	226570840	rs1805415	T	C	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.147;NF=13;NR=11;PP=389;ReadPosRankSum=0.195;SC=TACGGTCCTGTTTTTTAACCT;SOR=0.732;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=24;WE=226570848;WS=226570830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr1	226573364	rs1805414	A	G	11048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=204;NR=211;PP=2965;SC=CCATGCCATCAGCTACTCGGT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=415;TCF=204;TCR=211;TR=415;WE=226573372;WS=226573354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr1	226573402	rs1805408	T	C	3993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=109;PP=2300;ReadPosRankSum=0.109;SC=TGGAGAAACATGTCAGAGGGC;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=344;TCF=153;TCR=191;TR=194;WE=226573410;WS=226573392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,194:0.56:344
chr1	226576270	rs2255403	A	G	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=33;PP=1419;ReadPosRankSum=-0.277;SC=AATAAGTGGGACACAACTCCT;SOR=0.604;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=223;TCF=150;TCR=73;TR=96;WE=226576278;WS=226576260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,108:0.44:244
chr1	226576296	rs2293464	G	A	4246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=68;PP=2770;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TGTCTTCCCAGAATGAGAAAG;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=307;TCF=188;TCR=119;TR=177;WE=226576304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,188:0.57:330
chr1	226580021	rs1805405	G	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1008;ReadPosRankSum=-0.154;SC=TTTGCCTGGAGAATCAAACAG;SOR=0.642;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=66;TCR=80;TR=70;WE=226580029;WS=226580011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,75:0.50:150
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chr1	226589709	rs2666428	C	T	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=31;PP=1678;SC=ATTCCAAGCACCTGGAAAAAC;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=92;WE=226589717;WS=226589699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	226589833	rs1805407	T	C	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1724;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TGGGGGAGGTTTGCTTTGCTC;SOR=0.683;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=105;WE=226589841;WS=226589823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,106:0.63:167
chr1	226589958	rs1805404	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=638;ReadPosRankSum=-0.132;SC=CTTTCTGCTGGTCATCCCACC;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=70;TCR=36;TR=42;WE=226589966;WS=226589948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
chr1	226595647	rs907187	C	G	6750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=981;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=1.716;SC=CTAGCTGCCGCCAAAGCTCCG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=953;TCF=460;TCR=493;TR=352;WE=226595655;WS=226595637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:616,362:0.37:978
chr1	226836590	rs2298169	A	G	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=76;PP=1809;ReadPosRankSum=-0.753;SC=AGGGCCCTTGACGGGCTCTGA;SOR=0.517;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=230;TCF=65;TCR=165;TR=108;WE=226836598;WS=226836580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,115:0.48:240
chr1	226923146	rs11337528	GT	G	1316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=999;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TGTGTAGAAAGTTAAGAAAAA;SOR=0.555;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=28;WE=226923154;WS=226923136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr1	226923264	rs708775	G	A	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1267;ReadPosRankSum=0.727;SC=TATGCAGGAAGGCTGAGTTGG;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=78;WE=226923272;WS=226923254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,77:0.49:156
chr1	226923505	rs708776	G	T	11920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=205;NR=205;PP=2965;SC=AGGCTTGTCCGGATCTTGGGG;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=410;TCF=205;TCR=205;TR=410;WE=226923513;WS=226923495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr1	226923938	rs6667260	A	C	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.176;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=66;PP=2027;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CAGCTCAGGGAATCAGAGGAC;SOR=0.684;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=345;TCF=182;TCR=163;TR=128;WE=226923946;WS=226923928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,132:0.36:362
chr1	226924875	rs147889095	ACTGCCGCTG	A	2088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=2976;ReadPosRankSum=0.771;SC=TGCTCACGCTACTGCCGCTGC;SOR=0.551;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=23;TCR=94;TR=32;WE=226924891;WS=226924865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,57:0.43:132
chr1	227069677	rs11405	T	C	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=100;PP=2101;ReadPosRankSum=0.838;SC=TAATGTCGGCTGAGAGCCCCA;SOR=0.619;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=428;TCF=198;TCR=230;TR=190;WE=227069685;WS=227069667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,195:0.43:452
chr1	227069737	rs6759	C	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=57;PP=1097;ReadPosRankSum=0.641;SC=ATGGAGAGAACACTGCCCAGT;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=196;TCF=62;TCR=134;TR=82;WE=227069745;WS=227069727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,82:0.42:196
chr1	227071364	rs1295643	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=678;ReadPosRankSum=0.499;SC=ATAGGCTGCCGTGGGGGACAT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=13;WE=227071385;WS=227071354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	227071377	rs1295644	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=678;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GGGGACATTCTGCGGCCCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=19;WE=227071385;WS=227071354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr1	227071525	rs1046240	C	T	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=59;PP=1385;ReadPosRankSum=-0.535;SC=GAGCGAAGCACGTGATCATGC;SOR=0.846;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=288;TCF=147;TCR=141;TR=108;WE=227071533;WS=227071515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,107:0.36:300
chr1	227073410	rs2236910	G	C	4093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,122:0.37:329
chr1	227073420	rs144791481	G	A	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,103:0.37:281
chr1	227078955	rs2802267	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=305;ReadPosRankSum=0.549;SC=CCGCCTGAGATGTGAACCTTT;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=28;WE=227078963;WS=227078945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr1	227079222	rs2236915	C	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=358;ReadPosRankSum=1.935;SC=CTTGAAGATTCAGCAAGTGTT;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=26;WE=227079230;WS=227079212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr1	227081622	rs10753428	A	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=452;ReadPosRankSum=-1.278;SC=GGGCAAGAGCAGCTGGGCCTT;SOR=0.866;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=35;WE=227081630;WS=227081612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr1	227085155	rs11802358	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=351;ReadPosRankSum=-1.466;SC=TTAGGGTGAAGTGTTAAGACT;SOR=0.085;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=25;WE=227085163;WS=227085145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr1	227149203	rs11549708	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=849;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TGATCATGGCGGCCAGGGCCC;SOR=0.868;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=185;TCF=88;TCR=97;TR=67;WE=227149211;WS=227149193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,74:0.37:200
chr1	227152814	rs111529228	C	T	3470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=70;PP=2406;ReadPosRankSum=0.161;SC=CTTCAGCCTCCGCTCCCGACC;SOR=0.879;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=380;TCF=204;TCR=176;TR=160;WE=227152822;WS=227152804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,163:0.42:387
chr1	227165097	rs3806263	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=874;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GTGGGCGAGCGGGTGGCCCCA;SOR=0.970;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=59;WE=227165105;WS=227165087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,69:0.62:111
chr1	227170298	rs2297412	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
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chr1	227171584	rs3215919	GT	G	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=294;ReadPosRankSum=0.637;SC=CCCCTTGCGTGTTTGCACCAG;SOR=0.283;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=10;WE=227171592;WS=227171574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr1	227171738	rs377335668	G	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=6.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.303;SOR=1.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,32:0.27:117
chr1	227171739	rs1574185	G	C	1662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=3.560;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,79:0.64:123
chr1	227171958	rs7530213	G	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=479;ReadPosRankSum=0.113;SC=CCAGCAGACAGGTGGGGCCAG;SOR=0.685;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=12;TCR=66;TR=33;WE=227171966;WS=227171948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr1	227172290	rs12593	C	T	5062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.284;SC=GGGAGCTGTTCGAGTTCCACT;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=619;TCF=309;TCR=310;TR=248;WE=227172298;WS=227172280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,260:0.40:648
chr1	227172518	rs1317490	C	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.927;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=949;ReadPosRankSum=1.210;SC=CTTCCCGGCCCCACACACCCG;SOR=1.901;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=108;TCF=79;TCR=29;TR=48;WE=227172526;WS=227172508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr1	227172903	rs2297415	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=532;ReadPosRankSum=0.577;SC=CTGGGATGTCGGGAGCTGAGC;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=34;WE=227172911;WS=227172893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr1	227172935	rs2297416	C	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=713;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CCCACGGTCCCCTCCTGTGCC;SOR=0.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=93;TCR=38;TR=56;WE=227172943;WS=227172925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,60:0.42:143
chr1	227174122	rs41303131	C	G	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.135;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=15;PP=1446;ReadPosRankSum=1.424;SC=TCTGGTGTCTCGCCGCCATTT;SOR=0.330;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=172;TCF=146;TCR=26;TR=78;WE=227174130;WS=227174112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,78:0.45:173
chr1	227174145	rs7552783	T	C	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=30;PP=2155;ReadPosRankSum=0.748;SC=CCTTCCTCTCTTGCCCCAGGT;SOR=0.352;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=272;TCF=218;TCR=54;TR=124;WE=227174153;WS=227174135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,125:0.45:279
chr1	227174210	rs3738725	T	C	7113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.425;SC=CCTTCGCCTCTGATGAGCCTT;SOR=0.527;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=847;TCF=472;TCR=375;TR=359;WE=227174232;WS=227174200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:501,371:0.43:872
chr1	227181923	rs3795451	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TGAGAGGAGGCGAGTGGCAGG;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=11;WE=227181931;WS=227181913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	227182033	rs2802269	G	A	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=45;PP=2056;SC=TCGGGGTGAAGCTGGGCTTGG;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=120;WE=227182041;WS=227182023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	227182179	rs61833999	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.022;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=1.509;SC=ACCACCGCCCCCTCCAGCCAC;SOR=0.189;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=18;WE=227182187;WS=227182169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr1	227182575	rs1045247	A	G	6334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=91;PP=2965;SC=CCATGCCTCCAGAGGACAAAG;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=144;TCR=91;TR=235;WE=227182583;WS=227182565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	227192579	rs2297418	A	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=298;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CACTGCAGCCACTTGAGAATG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=16;WE=227192587;WS=227192569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	227198775	rs12403978	C	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=625;ReadPosRankSum=-0.009;SC=CTATCAAAAACAAAAGAAAGA;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=22;TCR=98;TR=41;WE=227198783;WS=227198765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,41:0.34:120
chr1	227210820	rs11580229	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=317;ReadPosRankSum=-1.787;SC=GAATGTGATAGTGGCCAACAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=25;WE=227210828;WS=227210810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr1	227210888	rs11578479	A	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=482;ReadPosRankSum=-1.386;SC=ACTTATTATTAATGTGACCTT;SOR=0.848;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=40;WE=227210896;WS=227210878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr1	227213968	rs7535826	G	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=688;ReadPosRankSum=-0.615;SC=AAATCCTATGGGGCTATCATA;SOR=0.461;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=45;WE=227213976;WS=227213958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr1	227216662	rs1929861	T	C	11243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=179;NR=195;PP=2965;SC=CTTGAATTTCTTTAAATTTTC;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=374;TCF=179;TCR=195;TR=374;WE=227216670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr1	227216775	rs1929860	C	T	5158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.166;SC=CCAGAAGTTACGGTTTGACAC;SOR=0.620;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=381;TCF=190;TCR=191;TR=218;WE=227216783;WS=227216761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,227:0.58:392
chr1	227218069	rs5781458	C	CAT	1666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=13;PP=1460;SC=TTTTTTAACACGATTTAAAAT;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=227218077;WS=227218059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	227218085	rs34370338	CA	C	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=1.060;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr1	227219314	rs1319103	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=400;SC=CCAATAAAATAAGCATTCATT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=227219322;WS=227219304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	227222515	rs113874316	G	GACAA	11573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=127;PP=2972;SC=GTTTTAGACAGACAAACAGCC;SOR=1.192;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=17;TCR=155;TR=140;WE=227222523;WS=227222505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	227228037	rs10495270	A	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-5.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=200;ReadPosRankSum=0.476;SC=TTTTCTAAATAGGAATAGAAT;SOR=0.638;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=16;WE=227228045;WS=227228027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr1	227235510	rs114098136	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=619;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AATTTATTTTATAAGTTTTTC;SOR=1.154;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=43;TCR=0;TR=26;WE=227235518;WS=227235500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr1	227239702	rs56176301	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=718;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AAAATAAGTCGGGAAAAATAA;SOR=1.799;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=32;WE=227239710;WS=227239692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr1	227239739	rs55865118	T	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	227239746	rs10799381	G	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=302;SC=CAATGTGCAGGCTTAGCAAAT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=227239754;WS=227239729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	227247016	rs10495266	G	C	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1239;ReadPosRankSum=-0.617;SC=ACAGGCAAAAGGATGAGAGAG;SOR=0.703;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=254;TCF=148;TCR=106;TR=107;WE=227247024;WS=227247006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,113:0.41:278
chr1	227259884	rs10495263	G	A	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1471;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TAAGTCCTGAGTGAGGCAAAC;SOR=0.803;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=120;TCR=105;TR=110;WE=227259892;WS=227259874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,115:0.47:244
chr1	227268488	rs1929853	T	G	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.901;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=0.442;SC=ATTTATCACATCTGACAAATG;SOR=1.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=120;TCR=50;TR=168;WE=227268496;WS=227268478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr1	227288655	rs2104863	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=199;SC=CAGGTACTCAGTAAGTATTTA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=227288663;WS=227288645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	227289078	rs497291	A	G	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=62;SC=TCTATGTTAAATCTACTAACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=227289086;WS=227289068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	227299978	rs2458521	C	T	5581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=65;PP=2965;SC=AGAAGAAAATCAATTAAGCTT;SOR=1.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=128;TCR=66;TR=191;WE=227299986;WS=227299968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	227300277	rs488104	G	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=10;PP=1169;SC=AATAACTTTAGAAATATTTTA;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=227300285;WS=227300267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	227327502	rs41268741	G	A	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=50;PP=1056;ReadPosRankSum=0.053;SC=GAAGAAAAACGTTAACATTTT;SOR=1.030;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=111;TCF=25;TCR=86;TR=62;WE=227327510;WS=227327492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr1	227327527	rs41268743	T	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.505;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=715;ReadPosRankSum=0.292;SC=AAATTGTTTTTAACTGACTCC;SOR=1.439;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=33;WE=227327535;WS=227327517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr1	227333141	rs60079575	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=195;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TATATAACCATAGTAGAAAGA;SOR=0.169;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=12;WE=227333149;WS=227333131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	227348126	rs11800062	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=0.458;SC=GGCGCATAGATAGACAAATGG;SOR=0.257;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=15;WE=227348134;WS=227348116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr1	227387361	rs3768434	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TGTCTGAAACACAAAAAGAAA;SOR=0.534;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=27;WE=227387369;WS=227387351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
chr1	227400792	rs1513612	A	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=248;SC=ATTCCTGAAAAATATTTCTAA;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=227400800;WS=227400782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	227401072	rs67834063	GC	G	113	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=119;SC=AAATAATGTTGCCAGATGAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=227401080;WS=227401062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	227441605	rs79238704	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=200;ReadPosRankSum=0.922;SC=TTTCTGAGCTATTATATCAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=227441613;WS=227441595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	227504794	rs11804613	T	C	6476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.929;SC=TATCCAGTAATGTCTCCACAC;SOR=0.562;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=472;TCF=266;TCR=206;TR=289;WE=227504802;WS=227504784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,302:0.62:486
chr1	227834228	rs79145640	AT	A	3208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=75;PP=2966;ReadPosRankSum=1.442;SC=ATACGTGTGTATTTTTCCCCC;SOR=0.698;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=248;TCF=92;TCR=156;TR=122;WE=227834241;WS=227834218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,165:0.47:348
chr1	227920061	rs1060295	T	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=0.942;SC=GCTGCCTCTCTTCCACCCGTC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=15;WE=227920069;WS=227920051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr1	227920103	rs3087908	G	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=672;ReadPosRankSum=0.133;SC=CTATGGGGCCGCAGCAGCATC;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=40;WE=227920111;WS=227920093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr1	227920447	rs751748	C	T	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.712;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=42;PP=1012;ReadPosRankSum=-1.289;SC=ACCCGACATGCGCCCAGTCCC;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=53;WE=227920455;WS=227920437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,56:0.64:87
chr1	227922918	rs2295994	A	C	6104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=1.788;SC=CGCCGGGGACATCGACCCCCA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=436;TCF=270;TCR=166;TR=253;WE=227922926;WS=227922908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,261:0.59:444
chr1	227923081	rs7419238	G	A	19154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=334;NR=380;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.061;SC=TTTCTGCCCCGCCAGCGCCTG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=717;TCF=336;TCR=381;TR=714;WE=227923089;WS=227923070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,718:1.00:720
chr1	227935280	rs2236361	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=7;PP=922;ReadPosRankSum=-1.307;SC=GAGTCAGCCACGTGCTGCAGC;SOR=0.861;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=63;TCR=12;TR=50;WE=227935288;WS=227935270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr1	227935355	rs2236360	T	C	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=74;PP=2325;ReadPosRankSum=1.108;SC=CTCCAGTCCATGGGTGACGGC;SOR=0.625;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=297;TCF=181;TCR=116;TR=185;WE=227935363;WS=227935345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,193:0.62:310
chr1	227935444	rs2236359	A	G	5046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.378;SC=ACAGATGAGCAGGGATGTCTG;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=415;TCF=214;TCR=201;TR=232;WE=227935452;WS=227935434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,242:0.56:435
chr1	227963491	rs754224	G	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1084;ReadPosRankSum=0.108;SC=GCTCTGCAGGGCTTCCGGCCT;SOR=0.541;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=74;WE=227963499;WS=227963481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,74:0.56:131
chr1	227968107	rs10799448	G	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=837;ReadPosRankSum=0.979;SC=CTGCTGGCTCGCAGATGGCAT;SOR=0.772;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=52;WE=227968115;WS=227968097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr1	228003839	rs79840641	C	T	2719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=47;PP=1697;ReadPosRankSum=-1.083;SC=GGCGTCCCTGCGCCCGAGAGG;SOR=0.895;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=203;TCF=117;TCR=86;TR=114;WE=228003847;WS=228003829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,122:0.57:213
chr1	228033197	rs9426581	A	G	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=49;PP=2965;SC=GCTGCAGGAGATGCAGCTCCC;SOR=1.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=120;TCR=49;TR=169;WE=228033205;WS=228033187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	228033333	rs16848162	T	A	3226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=83;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TCCTGGTCCATGAGACAGAGG;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=278;TCF=127;TCR=151;TR=152;WE=228033341;WS=228033323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,154:0.55:282
chr1	228112121	rs4653889	A	G	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=70;PP=2030;SC=GCAAGGGCCGATCAGTGAGCC;SOR=1.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=110;WE=228112129;WS=228112111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	228113163	rs3795768	A	G	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=79;PP=2513;SC=GCGCCTGGGCAGCCGCCTCTG;SOR=1.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=54;TCR=79;TR=133;WE=228113171;WS=228113153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	228129197	rs631768	T	C	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=75;NR=49;PP=1867;SC=GGAGACTCCATGGGGACCCTC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=124;WE=228129205;WS=228129187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	228238306	rs115144264	C	T	3440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=64;PP=2231;ReadPosRankSum=-1.118;SC=CTGCCCAAGGCGGTCCTTTGA;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=276;TCF=165;TCR=111;TR=152;WE=228238314;WS=228238296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,161:0.55:295
chr1	228294300	rs12564763	T	C	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=42;NR=1;PP=1134;SC=CACTGAGCTCTCTCTGTGCTT;SOR=5.330;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=43;WE=228294308;WS=228294291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	228345912	.	CGAG	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr1	228352160	rs4348717	T	C	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=63;PP=1873;SC=TAGCAGTGTGTGGTTCCTGCC;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=103;WE=228352168;WS=228352150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	228353651	rs55873785	G	C	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=28;PP=1831;ReadPosRankSum=0.875;SC=CCAACGGCCGGAGCGGCCTGG;SOR=0.667;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=150;TCF=110;TCR=40;TR=100;WE=228353659;WS=228353641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,102:0.67:153
chr1	228391591	rs12022917	G	C	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=900;ReadPosRankSum=0.387;SC=ATGGTAGAGTGACTGTAGGTA;SOR=0.382;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=45;WE=228391599;WS=228391581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr1	228391808	rs11800309	G	T	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=780;ReadPosRankSum=0.922;SC=ACAGATTTTGGTATATGCGGG;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=132;TCF=61;TCR=71;TR=58;WE=228391816;WS=228391798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,62:0.42:147
chr1	228399482	rs11804508	C	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=588;SC=CGCCGCCACCCTCATGGATCA;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=228399490;WS=228399472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	228399766	rs55971985	T	C	6609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=115;PP=2965;SC=CCTTCGCTGCTGTGGGCCTGC;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=124;TCR=115;TR=239;WE=228399774;WS=228399756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	228400646	rs3121192	T	C	6942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.33;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	228400653	rs3121191	A	T	6456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.45;SOR=1.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	228402047	rs1620111	A	G	12268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=212;NR=218;PP=2965;SC=GCCACACACTAACCATCTCCC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=431;TCF=212;TCR=219;TR=430;WE=228402055;WS=228402037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr1	228402121	rs1771487	A	G	8673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=171;PP=2965;SC=ACGTCCACCCAGTTCTGCGTG;SOR=0.921;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=321;TCF=149;TCR=172;TR=320;WE=228402129;WS=228402111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	228405118	rs5781507	G	GA	353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=15;PP=324;SC=AGTGTCAACTGAAAAAAAAAA;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=16;WE=228405126;WS=228405108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr1	228437603	rs6426494	T	C	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=28;PP=1206;ReadPosRankSum=0.798;SC=GGCCTTGTCTTCCCAGTGCTG;SOR=0.510;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=189;TCF=127;TCR=62;TR=77;WE=228437611;WS=228437593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,72:0.38:189
chr1	228438045	rs12737540	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=522;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TTCATGTCTCGGGCTTCCCAT;SOR=1.230;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=29;WE=228438053;WS=228438035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr1	228444318	rs7532144	T	G	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GACCTAGATGTTGGTGGTCAC;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=130;TCR=67;TR=75;WE=228444326;WS=228444308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,73:0.36:203
chr1	228444565	rs7532342	T	A	9783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.080;NF=172;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GGCCAGGCGGTCGCCGGGGAG;SOR=0.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=173;TCR=171;TR=343;WE=228444573;WS=228444555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,355:1.00:356
chr1	228444741	rs3795780	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.724;NF=1;NR=14;PP=229;ReadPosRankSum=-1.671;SC=TCCACTTCTCCATGCCCTCAC;SOR=0.648;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=15;WE=228444749;WS=228444731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	228451826	rs453140	C	T	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=70;PP=1833;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GAGCCCAAGGCGGTGTTTGCC;SOR=0.634;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=335;TCF=177;TCR=158;TR=141;WE=228451834;WS=228451816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,146:0.42:349
chr1	228451907	rs368601200	C	T	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.136;NF=37;ReadPosRankSum=1.564;SC=TGCGAGGTGGCCCAGGCCCAG;SOR=0.883;Source=Platypus;TCF=103;WE=228451915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,89:0.39:229
chr1	228456147	rs878388	T	C	3752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=87;PP=2193;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CCTACTTTCTTGTCTAGGCCC;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=451;TCF=237;TCR=214;TR=184;WE=228456155;WS=228456137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,192:0.41:464
chr1	228460040	rs184678505	C	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=699;ReadPosRankSum=-0.233;SC=CTATGTAGGCCTCAGAATCTG;SOR=0.176;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=42;WE=228460048;WS=228460030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr1	228461129	rs1188724	A	G	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=812;ReadPosRankSum=0.848;SC=TCAAAAGTGCACATGGAGGCC;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=67;WE=228461137;WS=228461119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,68:0.32:210
chr1	228461187	rs185495392	T	C	3202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=69;PP=1622;ReadPosRankSum=0.494;SC=GCCAGGCGGATGCTGGGGAGT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=117;TCR=109;TR=144;WE=228461195;WS=228461177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,157:0.65:242
chr1	228461408	rs11398292	A	AG	3891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=44;PP=2936;SC=GTGGCCCTGAAGGGAGCGGGG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=75;WE=228461416;WS=228461398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	228463433	rs510931	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=242;ReadPosRankSum=0.859;SC=CGAGGGCCGCCGTGACCTCCC;SOR=2.080;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=15;WE=228463441;WS=228463423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	228464248	rs1188721	T	G	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1249;ReadPosRankSum=2.137;SC=CGGACGTGGATGGCAGCTGGA;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=135;TCR=87;TR=91;WE=228464256;WS=228464238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,92:0.39:233
chr1	228464276	rs1188722	T	C	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1399;ReadPosRankSum=0.329;SC=CGGTCTGCGGTTCCAGCAGGG;SOR=0.659;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=271;TCF=148;TCR=123;TR=110;WE=228464284;WS=228464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,113:0.39:292
chr1	228464842	rs936885	C	G	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1604;ReadPosRankSum=1.955;SC=GTGCCTGACTCGGCCTCTGCC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=148;TCR=134;TR=110;WE=228464850;WS=228464832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,120:0.40:301
chr1	228465370	rs867599	T	G	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=57;PP=1756;ReadPosRankSum=0.582;SC=CCAGGAAGGTTCGAGGACAGG;SOR=0.601;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=257;TCF=129;TCR=128;TR=121;WE=228465378;WS=228465360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,133:0.48:275
chr1	228467158	rs146022568	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.205;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=573;ReadPosRankSum=0.240;SC=GAGCACTCCCGCCCCGGTGGG;SOR=1.157;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=45;WE=228467166;WS=228467148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr1	228468458	rs1188697	G	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=872;ReadPosRankSum=-1.893;SC=CACCTGCCACGTGGGCTCCGA;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=52;TCR=91;TR=66;WE=228468466;WS=228468448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,66:0.46:142
chr1	228470995	rs1150906	G	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=643;ReadPosRankSum=0.776;SC=GGTAAATGCCGCAGGAGCCCC;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=20;TCR=67;TR=37;WE=228471003;WS=228470985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr1	228475848	rs437129	G	A	5245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.298;SC=GCTGAGCAAGGCAGCCCCTGT;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=600;TCF=299;TCR=301;TR=249;WE=228475856;WS=228475838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,261:0.42:620
chr1	228480282	rs1150908	A	G	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-1.736;NF=96;NR=111;PP=2825;ReadPosRankSum=-1.441;SC=AAGGGGCCACAGCTGTGCTGC;SOR=0.832;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=519;TCF=253;TCR=266;TR=207;WE=228480290;WS=228480272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,214:0.40:537
chr1	228481917	rs55702382	G	A	9066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.394;SC=ACACGGCCACGCTGTGGTGTG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=733;TCF=389;TCR=344;TR=407;WE=228481925;WS=228481907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,423:0.56:751
chr1	228482010	rs449133	C	T	5626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=1.503;SC=TGAGGCAGGACGGGTCCAGGT;SOR=0.660;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=608;TCF=313;TCR=295;TR=258;WE=228482018;WS=228482000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,268:0.43:624
chr1	228482285	rs1150909	T	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=685;ReadPosRankSum=-0.411;SC=CAGGAGGTGTTCTCATGCTCA;SOR=0.553;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=33;WE=228482293;WS=228482275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr1	228492044	rs1150910	G	A	4097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=105;PP=2881;ReadPosRankSum=-0.313;SC=CAAACCAGGAGGCCAGAGAAG;SOR=0.686;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=517;TCF=262;TCR=255;TR=205;WE=228492052;WS=228492034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,213:0.40:537
chr1	228494382	rs1150911	T	G	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=63;PP=1322;ReadPosRankSum=-0.923;SC=AGCGCAGTTCTTGTGCTTTGG;SOR=0.688;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=206;TCF=52;TCR=154;TR=85;WE=228494390;WS=228494372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,88:0.41:214
chr1	228494790	rs435776	G	A	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=53;PP=1655;ReadPosRankSum=-1.265;SC=GCTGGTACGCGGAGTGGAGCA;SOR=0.680;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=251;TCF=127;TCR=124;TR=114;WE=228494798;WS=228494780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,120:0.46:262
chr1	228495696	rs419173	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=295;ReadPosRankSum=-0.263;SC=ACAGATGGGCTATGGCAAAAG;SOR=0.389;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=17;WE=228495704;WS=228495686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr1	228497053	rs379620	A	G	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=59;PP=1818;ReadPosRankSum=-0.695;SC=CTCCATTCAGAAAGGCCTTCC;SOR=0.586;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=300;TCF=162;TCR=138;TR=122;WE=228497075;WS=228497043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,126:0.41:306
chr1	228503677	rs1150912	A	G	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=65;PP=1947;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GAACCCGTGCACACCTCGGAG;SOR=0.794;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=464;TCF=271;TCR=193;TR=167;WE=228503685;WS=228503667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,178:0.36:493
chr1	228504472	rs1188732	T	C	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1116;ReadPosRankSum=0.023;SC=CGCACAGGCATGCTTCACCTG;SOR=0.679;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=283;TCF=147;TCR=136;TR=114;WE=228504480;WS=228504462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,115:0.39:295
chr1	228504670	rs11810627	C	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.000;NF=19;NR=35;PP=722;ReadPosRankSum=0.003;SC=GGCCTCTGCGCGGCTCACCGT;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=54;WE=228504678;WS=228504660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr1	228504701	rs111792077	G	GCTCC	748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.135;NF=0;NR=12;PP=533;ReadPosRankSum=0.949;SC=TGGTGGGCGAGCTTTTCCCTC;SOR=0.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=12;WE=228504709;WS=228504691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr1	228505668	rs1188729	C	G	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=46;PP=1336;ReadPosRankSum=1.941;SC=GAAGATGTCTCTCTGGAGCTT;SOR=0.762;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=289;TCF=161;TCR=128;TR=111;WE=228505676;WS=228505658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,116:0.38:303
chr1	228505699	rs1188728	T	C	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=55;PP=1379;ReadPosRankSum=-2.291;SC=CTGAGGCTGGTGAGGTCATCT;SOR=0.756;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=335;TCF=188;TCR=147;TR=131;WE=228505707;WS=228505689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,136:0.38:355
chr1	228509427	rs373610	A	G	3331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=87;PP=2356;ReadPosRankSum=-1.579;SC=ACTGGCCTGGACCGTGCTGAT;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=477;TCF=243;TCR=234;TR=175;WE=228509435;WS=228509417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,178:0.36:492
chr1	228520763	rs384553	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.592;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=441;ReadPosRankSum=-0.154;SC=CCTTCCTCCAGGCCCTGGCGG;SOR=0.113;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=22;WE=228520771;WS=228520753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr1	228520880	rs416564	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=306;ReadPosRankSum=-0.835;SC=TTATGGCTGACCCCTTTTCTG;SOR=0.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=19;WE=228520888;WS=228520870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr1	228520973	rs369909	C	G	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=903;ReadPosRankSum=0.602;SC=GCTGAGAGACCTCCAGGTGGC;SOR=0.546;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=185;TCF=108;TCR=77;TR=77;WE=228520981;WS=228520963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,88:0.43:207
chr1	228522029	rs57891072	TA	T	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=224;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CCTGAGTGTGTAGAGTTCCAG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=7;WE=228522037;WS=228522023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	228522047	rs520552	A	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CAGGGCTCCAAGGCCCAGGTT;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=8;WE=228522055;WS=228522037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	228523005	.	T	TG	170	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=60.72;NF=0;NR=6;PP=170;QD=32.6666666667;SC=GGGCCGTGAGTGGGGGTGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=228523013;WS=228522995;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,6:0.55:11
chr1	228523442	rs1684868	T	C	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
chr1	228523447	rs10799473	T	C	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=49;PP=2326;SC=TCAGATGTGCTGGGGTTGGGA;SOR=0.949;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=120;WE=228523456;WS=228523432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	228523448	rs1757161	G	A	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,50:0.38:131
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chr1	228524919	rs3795807	G	A	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.360;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1569;ReadPosRankSum=-0.113;SC=AGGCAGGCCAGGGTGTCATGA;SOR=1.023;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=289;TCF=159;TCR=130;TR=104;WE=228524927;WS=228524909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,106:0.35:305
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chr1	228525627	rs1757127	C	A	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=40;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.217;SC=CACTTCAGCACCCCCATCCCT;SOR=0.860;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=266;TCF=162;TCR=104;TR=113;WE=228525635;WS=228525617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,125:0.44:283
chr1	228525898	rs1188717	C	G	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=1226;ReadPosRankSum=0.316;SC=AGGCCCCTAGCAGGGTCGTCC;SOR=0.574;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=170;TCF=107;TCR=63;TR=64;WE=228525906;WS=228525888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,66:0.38:173
chr1	228526486	rs58480216	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=545;ReadPosRankSum=0.045;SC=TGGGGGCCTCGTGGCCCACAG;SOR=0.371;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=38;WE=228526494;WS=228526476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr1	228526665	rs505629	T	C	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=512;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TGCCCATAGCTGTGGCCGGCC;SOR=0.484;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=54;WE=228526673;WS=228526655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
chr1	228526742	.	C	CCACACA	251.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=0.319;SC=GTGGGTGGGGCCACACACACA;SOR=0.269;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=228526750;WS=228526732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	228527685	rs142093978	C	T	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=38;PP=1181;ReadPosRankSum=0.636;SC=CGGACGACGACGTGGCCATGT;SOR=1.048;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=242;TCF=138;TCR=104;TR=98;WE=228527693;WS=228527675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,107:0.40:266
chr1	228528412	rs1150916	G	A	3614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=76;PP=2226;ReadPosRankSum=-2.619;SC=CCTGACCTTCGCCCCGGCCCC;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=350;TCF=196;TCR=154;TR=168;WE=228528420;WS=228528402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,177:0.48:365
chr1	228528563	rs1188710	C	G	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=79;PP=1874;ReadPosRankSum=1.053;SC=AGGCACCCTGCAGGCCCTGGG;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=277;TCF=109;TCR=168;TR=128;WE=228528571;WS=228528553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,132:0.46:285
chr1	228539300	rs3795812	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.320;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=1.503;SC=CACCATACCCGCTGCTACACC;SOR=0.525;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=12;WE=228539308;WS=228539290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	228547901	rs12035900	C	T	4065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=86;PP=2735;ReadPosRankSum=-0.515;SC=AAGACGGAGACGCCTTTGTGA;SOR=0.687;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=329;TCF=166;TCR=163;TR=177;WE=228547909;WS=228547891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,181:0.54:334
chr1	228556788	rs3738685	C	T	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=1126;ReadPosRankSum=0.626;SC=TGCCTCTTACCTGACAGCCAG;SOR=0.612;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=84;TCR=31;TR=60;WE=228556796;WS=228556778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,65:0.53:123
chr1	228558889	rs202236799	G	C	7697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.522;SC=CGCCCCATTTGCCCGGGCTAA;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=559;TCF=275;TCR=284;TR=340;WE=228558897;WS=228558879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,347:0.61:566
chr1	228559994	rs500049	C	T	6551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=-1.147;NF=135;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CAGGAACAGGCGACCATGCGC;SOR=0.659;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=522;TCF=237;TCR=285;TR=291;WE=228560002;WS=228559984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,307:0.57:539
chr1	228560139	rs498382	A	G	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=944;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TGTCCCAGTCAGAGGAGGAGG;SOR=0.467;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=52;WE=228560147;WS=228560129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr1	228560700	rs512253	T	C	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=58;PP=1662;ReadPosRankSum=0.438;SC=TGCCGCTGGATGAGCCTGCAG;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=227;TCF=131;TCR=96;TR=135;WE=228560708;WS=228560690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,140:0.57:244
chr1	228612838	rs2230656	G	T	8747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=149;PP=2965;SC=GCAACTTGCGGATTAGCAGCT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=162;TCR=149;TR=311;WE=228612846;WS=228612828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	228613052	rs1188474	T	C	7910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=164;PP=2965;SC=GGCCCCGCGGTGTCCTCTGCC;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=123;TCR=164;TR=287;WE=228613060;WS=228613042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	228645063	rs10916317	A	G	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.813;SC=TTCTCGAGATAGTAGGTGGCT;SOR=0.381;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=71;WE=228645071;WS=228645053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,71:0.65:109
chr1	228646356	rs144766104	CGT	C	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.09;MQRankSum=2.477;QD=11.46;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	228785805	rs10916348	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=343;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TGACTTTTCTCTAAAGGCATC;SOR=0.749;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=18;WE=228785813;WS=228785795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr1	229477725	.	GA	G	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,23:0.24:97
chr1	229477767	rs12756927	A	G	8868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=156;PP=2965;SC=GGCGCAAGAAATAAGAGATCA;SOR=0.815;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=338;TCF=182;TCR=156;TR=334;WE=229477775;WS=229477757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	229568231	rs527621	T	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;SC=GAGGCTAGGCTCTCAGCGCTA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=9;WE=229568239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	229631435	.	TA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr1	229654053	rs115488729	T	C	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.686;NF=65;NR=11;PP=1649;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CATATTAGCATTCTTAATGGT;SOR=0.400;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=117;TCF=102;TCR=15;TR=76;WE=229654061;WS=229654043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr1	229663064	rs113712941	GAGGAA	G	12414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=112;PP=2981;SC=TCCTTGTTGAGAGGAAAGGAA;SOR=0.960;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=52;TCR=119;TR=159;WE=229663076;WS=229663054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	229676617	rs56373110	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AGAAAAGAAATAGTGATAGTA;SOR=0.061;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=229676625;WS=229676607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	229738236	rs4925500	G	A	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1566;ReadPosRankSum=-1.895;SC=TGGGCATGTCGGGGGGCTCCA;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=136;TCR=150;TR=115;WE=229738244;WS=229738226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,120:0.40:297
chr1	229750036	rs7547607	C	T	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=1224;ReadPosRankSum=0.352;SC=TGGATATTGACGTGAGTTCTC;SOR=1.078;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=252;TCF=150;TCR=102;TR=84;WE=229750052;WS=229750026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,90:0.34:266
chr1	229783236	rs6587349	T	C	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=45;PP=2773;SC=CATTTTTCCTTTATTTTATTT;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=89;TCR=45;TR=134;WE=229783244;WS=229783226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	229790048	rs7521953	A	G	3950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=98;PP=2586;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TGGTTGAAAGAATGTACAGCC;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=290;TCF=126;TCR=164;TR=169;WE=229790056;WS=229790038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,178:0.58:306
chr1	229795070	rs1048306	T	G	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=889;ReadPosRankSum=-1.683;SC=GTGCCGCCAGTGACACTGTCC;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=54;WE=229795078;WS=229795060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr1	230371883	rs3811488	G	A	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TGCATTACCTGTCAGGGGTGT;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=60;WE=230371891;WS=230371873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,62:0.58:106
chr1	230386341	rs2273966	T	A	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1708;ReadPosRankSum=0.370;SC=GACAGAGAAGTGCCTCAGCTC;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=101;TCR=123;TR=114;WE=230386349;WS=230386331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,117:0.49:239
chr1	230410162	rs12091838	C	T	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=47;PP=1716;ReadPosRankSum=-0.495;SC=GTGCATAGCACGCCTCTGACT;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=199;TCF=116;TCR=83;TR=117;WE=230410170;WS=230410152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,119:0.60:199
chr1	230410374	rs17710666	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=636;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CACGGCCTGCGCCCTCTTGCT;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=32;WE=230410382;WS=230410364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr1	230415025	rs6698963	A	G	3596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2458;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CCCACACTCTAAGGCACTCTC;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=309;TCF=172;TCR=137;TR=165;WE=230415033;WS=230415015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,171:0.53:321
chr1	230415810	rs72647711	G	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=764;ReadPosRankSum=0.585;SC=TAAATATAAAGCTATATAGAG;SOR=0.526;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=50;WE=230415818;WS=230415800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr1	230415846	rs72647712	G	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=449;ReadPosRankSum=-0.641;SC=AGTTCCCTATGGTTTCTGTAG;SOR=0.356;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=32;WE=230415854;WS=230415836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr1	230497940	rs828479	G	T	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=34;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GCACGAGAGGGTGGGGGAGGA;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=116;TCR=35;TR=149;WE=230497948;WS=230497930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr1	230498232	rs2820384	C	T	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=40;PP=1106;SC=GGAAGCCCTCCTGGGGCTCCA;SOR=5.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=230498240;WS=230498222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	230503684	rs2632571	C	T	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=15;PP=1146;SC=CTCAAGGTCACGCAAGCTGGC;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=230503692;WS=230503674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	230513128	rs828463	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=315;SC=ACATCAACACGTGATAAATCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=230513136;WS=230513124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	230778491	rs4846864	G	C	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=134;PP=2965;SC=CCTCTGTGGCGGTCTCTTCGG;SOR=2.290;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=47;TCR=136;TR=181;WE=230778499;WS=230778481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	230795177	rs1359866	T	C	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=41;PP=2965;ReadPosRankSum=1.622;SC=ATATCATTGCTATAATTTTTT;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=99;TCR=41;TR=139;WE=230795185;WS=230795167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr1	230820763	rs150768186	C	CACATT	1151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=16;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.225;SC=TCGGAAGTCTCACATTAGACT;SOR=0.908;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=59;WE=230820771;WS=230820753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr1	230820780	rs3215851	TA	T	1868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=1441;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GACTATAGCCTAAAATTGCCT;SOR=0.490;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=62;WE=230820788;WS=230820770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
chr1	230821062	rs16852286	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=392;ReadPosRankSum=-1.439;SC=CCTAAGATTTTTGTAAATACC;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=21;WE=230821070;WS=230821052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	230822607	rs1536591	G	A	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=21;PP=2621;SC=TTATTGACGCGCACATATGTA;SOR=2.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=98;TCR=21;TR=118;WE=230822615;WS=230822597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	230825622	rs115131779	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CAGTGTTACTTTTGGGAGGGA;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=9;WE=230825630;WS=230825612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr1	230825942	rs3000064	A	G	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=683;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TGCTTAGAAGAGTCTGCGGCA;SOR=0.519;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=44;WE=230825950;WS=230825932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr1	230828987	rs2478534	C	A	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=48;PP=1601;ReadPosRankSum=-0.831;SC=TTTCCCCCCCCATATTCAGCT;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=280;TCF=175;TCR=105;TR=120;WE=230828995;WS=230828977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,116:0.41:280
chr1	230841687	rs7080	T	C	9465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=210;NR=128;PP=2965;SC=ACCGGGGAGATAGTTTCTTCA;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=210;TCR=130;TR=338;WE=230841695;WS=230841677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	230883466	rs12143120	C	T	6319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=147;PP=2965;SC=GTGAGTGGGGCGAGCAGGGGA;SOR=1.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=78;TCR=148;TR=225;WE=230883474;WS=230883456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	230883484	rs6690251	T	C	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=118;PP=2965;SC=GGAAGGAGCATAGATGAGGCC;SOR=1.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=51;TCR=118;TR=169;WE=230883492;WS=230883474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	230883499	rs6690254	T	C	3940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=97;PP=2965;SC=GAGGCCGAGGTTCAGCAGCCC;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=35;TCR=97;TR=132;WE=230883507;WS=230883489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	230891248	rs2493145	C	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=504;SC=CCAAGAGGCACGGGGCTGGGG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=230891256;WS=230891238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	230898231	rs2282318	T	A	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.160;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=3;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TGTAACTTGGTGGACAAAGCC;SOR=4.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=41;WE=230898239;WS=230898221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr1	230898494	rs2282319	C	T	13618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=238;NR=259;PP=2965;SC=CCGACCACAACGAGTTCTGGA;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=497;TCF=238;TCR=259;TR=497;WE=230898502;WS=230898484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr1	230898615	rs3215985	G	GA	2182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=61;PP=2037;SC=TAAGGGCTGGGAAAAAATCAG;SOR=4.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=76;TCF=1;TCR=75;TR=61;WE=230898623;WS=230898605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	230903234	rs11122590	A	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=368;SC=AGGGTGCCCCAGTGGCCTCCC;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=230903242;WS=230903224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	230903350	rs3828126	T	C	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=50;PP=2020;SC=AAGACTTCACTGGGGGTGTGG;SOR=0.993;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=122;WE=230903358;WS=230903340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	230904911	rs11122593	C	T	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=44;PP=2507;SC=TGACTCTGCTCTTTCCATGTT;SOR=1.253;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=128;WE=230904919;WS=230904901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	230914612	rs12130847	A	G	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=666;SC=CCTTGCGGACAGGAACAAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=230914620;WS=230914602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	230928351	rs2282321	C	T	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=652;SC=GAATTGTATTCGGACAGGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=230928359;WS=230928341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	230933898	rs2297831	C	T	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=63;PP=2751;SC=TCCCCCTTCTCTCCTATCAGG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=146;WE=230933906;WS=230933888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	231042732	rs3811502	T	A	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=101;NR=118;PP=2965;SC=ACGTTTCTGATACTGATGGAA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=101;TCR=119;TR=219;WE=231042740;WS=231042722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	231047310	rs10580953	TAC	T	1524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=1137;SC=AAAAAAAAGATACAGACTCAT;SOR=2.115;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=231047319;WS=231047300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	231047392	rs2153049	G	A	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=195;SC=ACATCAAGAAGAGGATTGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=231047400;WS=231047382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	231057310	rs2275334	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=250;SC=CTCAAGCCAACATCTAATTTC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=231057318;WS=231057300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	231059784	rs3748774	C	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=316;SC=GCTAGTCCATCATATCTAAAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=231059792;WS=231059774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	231060736	rs3748775	T	C	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=85;PP=2913;SC=GAAAGGAATATCGAGAAGAGT;SOR=1.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=60;TCR=85;TR=145;WE=231060744;WS=231060726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	231064578	rs5781609	T	TCTC	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=881;SC=CCCAGGCAATTCTACCTCACC;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=17;WE=231064586;WS=231064568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	231064611	rs950029	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=10;PP=938;SC=AGGGAGTAGCGTGCCACCATG;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=231064619;WS=231064601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	231067236	rs11122624	C	T	7656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=150;PP=2965;SC=CAAAATGCTGCATTAGTATCA;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=124;TCR=150;TR=274;WE=231067244;WS=231067226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	231067318	rs11122625	G	T	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=64;PP=1791;SC=GGTTAAACCAGACCTGTAAAC;SOR=2.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=82;WE=231067326;WS=231067308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	231069652	rs1890351	A	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=834;SC=ATAATTGTTAAAATTGAGATT;SOR=4.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=231069660;WS=231069642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	231081304	rs6673085	T	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=34;PP=944;SC=CAGCTCTACTTCTTTATGCTA;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=34;WE=231081312;WS=231081294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	231093785	rs59207624	CT	C	1275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=7;PP=784;SC=CCATCCAAACCTTTTTTTTTT;SOR=2.970;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=39;WE=231093794;WS=231093775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	231480507	rs1009227	A	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	231486989	rs2474633	A	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=11;PP=645;SC=TGCTTATGTAAATTGTTTTCT;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=231486997;WS=231486979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	231487017	rs2474634	T	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=15;PP=1234;SC=GTTAACTTGCTTATTGAATAC;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=231487025;WS=231487007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	231488524	rs2437150	C	T	6744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=94;PP=2965;SC=GCTGTAAGACCTAATTCTAAA;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=119;TCR=95;TR=213;WE=231488532;WS=231488514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	231502244	rs371204614	AT	A	316.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.236;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr1	231502245	rs1435167	T	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.719;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr1	231502310	rs1435166	T	C	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=48;PP=1225;SC=CCTAAGAGTATGGACAATATT;SOR=1.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=231502318;WS=231502300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	231506557	rs2256908	G	A	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=756;SC=TCACAAATACGTCTCAATAAA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=231506565;WS=231506547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	231664607	rs41303127	C	T	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=85;PP=2965;SC=GTTATTTATCCGGAGGGGGAG;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=182;WE=231664615;WS=231664597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	231830295	rs3738401	G	A	11168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=181;PP=2965;SC=TGTCTCTCTCGGCCCTTCAGT;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=196;TCR=182;TR=377;WE=231830303;WS=231830285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr1	231936016	rs2759354	A	G	7869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=179;PP=2965;SC=AGCTACCAGCACATCGTGTTT;SOR=1.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=75;TCR=179;TR=254;WE=231936024;WS=231936006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	231954872	rs11588937	C	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=105;SC=TCTCAGAAGACGCTGGTTCAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=231954880;WS=231954862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	231956086	rs11122343	A	T	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	232002392	rs3082	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=952;ReadPosRankSum=0.359;SC=CCAGCGCTCAACTACTATTAA;SOR=0.755;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=66;WE=232002400;WS=232002382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,67:0.50:134
chr1	232172374	rs17773715	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=934;ReadPosRankSum=0.649;SC=CACGCTCTTCGATCCCTCGGA;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=144;TCF=98;TCR=46;TR=66;WE=232172382;WS=232172364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,67:0.46:147
chr1	232534776	rs586719	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=210;ReadPosRankSum=-1.070;SC=GCAAAAACATCTACGATTGGT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=11;WE=232534784;WS=232534772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	232535030	rs629939	C	T	7315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CTGGTCAGAGCAGAAATAAAC;SOR=0.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=128;TCR=144;TR=269;WE=232535038;WS=232535020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr1	232538234	rs17177525	T	G	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=69;PP=1788;ReadPosRankSum=0.690;SC=CAAATAAGGATAGAATTAGAA;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=170;TCF=57;TCR=113;TR=102;WE=232538242;WS=232538224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,105:0.59:178
chr1	232551416	rs12569188	G	A	4249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.035;SC=GTCACAGCACGGGCACCAGCC;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=332;TCF=140;TCR=192;TR=190;WE=232551424;WS=232551406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,191:0.56:343
chr1	232564297	rs3210731	T	A	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1384;ReadPosRankSum=-0.043;SC=ATGACATCCATCTCACTATAC;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=102;WE=232564305;WS=232564287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,109:0.58:189
chr1	232568293	rs1547741	A	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=65;PP=1915;SC=ATTCAGAGCCACAAGGCTTTA;SOR=2.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=82;WE=232568301;WS=232568283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	232574921	rs2275307	T	C	4418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=97;PP=2619;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GCGGAGATGGTGGACGCGTAG;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=352;TCF=185;TCR=167;TR=203;WE=232574929;WS=232574911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,212:0.58:364
chr1	232576998	rs12036020	T	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=949;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AGATCAGTCCTGGCTAGGCCA;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=112;TCR=55;TR=69;WE=232577006;WS=232576988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,74:0.41:179
chr1	232579597	rs4649372	T	A	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=478;SC=ATAAACTAAGTATCGGTGATG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=232579605;WS=232579587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	232581247	rs1409369	C	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=7;PP=390;SC=TACAAGGGCCCCCCTTGAGGA;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=232581255;WS=232581237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	232581436	rs12757779	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=745;ReadPosRankSum=-0.433;SC=GGTGCCACGTGGTGTTCCTCC;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=52;WE=232581444;WS=232581426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr1	232581667	rs12723697	G	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GATGCAGAGCGATCCACCCTT;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=232581675;WS=232581657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	232597987	rs12142629	T	A	5192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.655;SC=TCATTAAGTATCACCCGATGA;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=410;TCF=196;TCR=214;TR=233;WE=232597995;WS=232597977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,240:0.56:425
chr1	232601208	rs7536385	A	G	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.589;NF=27;NR=46;PP=1037;ReadPosRankSum=0.065;SC=CTATGATACCATAATATGTAT;SOR=0.566;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=73;WE=232601216;WS=232601198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,80:0.56:143
chr1	232601241	rs12145798	T	C	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.316;NF=7;NR=20;PP=453;ReadPosRankSum=-2.208;SC=GACATATATATACACACACAC;SOR=0.394;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=27;WE=232601249;WS=232601231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr1	232601261	rs34840482	CAT	C	609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.038;NF=1;NR=26;PP=624;ReadPosRankSum=-0.959;SC=CACACATATACATACACACAC;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=27;WE=232601270;WS=232601251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr1	232601291	rs7531995	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-0.820;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	232601293	rs34645211	CAT	C	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=-0.820;QD=12.77;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	232607050	rs12116796	T	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=4;PP=1400;SC=AACAAAGATATTTTTGGGAAA;SOR=4.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=51;WE=232607058;WS=232607040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	232607094	rs12116822	T	C	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=31;PP=2482;SC=GGGAGAATGATAGATCAGGGA;SOR=2.066;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=84;TCR=31;TR=113;WE=232607102;WS=232607084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	232629170	rs11294872	TA	T	6181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=62;PP=2986;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TCATTAACATTAAAAAAAAAT;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=106;TCR=79;TR=146;WE=232629178;WS=232629160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr1	232629475	rs3737839	C	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=862;SC=GGATATCTCTCAGTTTGTGTA;SOR=5.031;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=232629483;WS=232629465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	232650750	rs3795366	A	G	13257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=212;PP=2965;SC=TCTGCAGGACAGAAGTGATGC;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=463;TCF=250;TCR=213;TR=460;WE=232650758;WS=232650740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr1	232650867	rs4649383	C	T	18186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=330;NR=330;PP=2965;SC=TCACACCCATCTTGGGCACAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=662;TCF=330;TCR=332;TR=660;WE=232650875;WS=232650857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,672:1.00:672
chr1	232941153	rs12409898	C	T	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=77;PP=2965;SC=GCTTCAGCTTCTCGTTTGCGG;SOR=1.027;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=139;WE=232941161;WS=232941143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	233137225	rs140788891	CATAA	C	744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=4;NR=4;PP=366;SC=AACTCCATCTCATAAATAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=233137236;WS=233137215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	233296891	rs2296515	T	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=498;ReadPosRankSum=0.013;SC=TCCCTAAGCCTCTCAGCGGGC;SOR=0.309;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=28;WE=233296899;WS=233296881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr1	233296908	rs2296516	T	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.934;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=673;ReadPosRankSum=-2.171;SC=GGGCATTTTGTTTTCTTTCTC;SOR=0.207;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=42;WE=233296916;WS=233296898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr1	233336044	rs12024129	T	A	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.821;SC=ACGATAAGCATGGGGAACTGT;SOR=0.682;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=245;TCF=93;TCR=152;TR=94;WE=233336052;WS=233336034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,99:0.41:243
chr1	233353951	rs56159240	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.086;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	233395214	rs2139998	T	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=140;ReadPosRankSum=0.667;SC=GATACTTTTTTAATTTTACTT;SOR=0.551;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=11;WE=233395222;WS=233395204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr1	233397267	rs10489808	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=0.242;SC=ACATTCAACCGAGACAACTGT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=19;WE=233397275;WS=233397257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr1	233397752	rs6701073	T	C	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=39;PP=1288;ReadPosRankSum=0.351;SC=AACATCGAAATCACATGAAGA;SOR=0.356;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=89;WE=233397760;WS=233397742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,96:0.59:164
chr1	233398670	rs12132556	C	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=630;ReadPosRankSum=0.400;SC=AAAACATTTACATTTTGAAGT;SOR=0.361;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=30;WE=233398678;WS=233398660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr1	233398713	rs1033325	C	T	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.946;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1230;ReadPosRankSum=1.805;SC=CCTTGGATTTCTGTGATTAGT;SOR=0.329;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=80;WE=233398721;WS=233398703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,81:0.59:138
chr1	233398927	rs1033324	C	G	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=2.484;NF=7;NR=33;PP=2239;ReadPosRankSum=-0.403;SC=AAGGAAAAGACAGAGAAAAAT;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=40;WE=233398939;WS=233398917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr1	233398931	rs5781734	G	GC	1477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=2.471;NF=2;NR=30;PP=2247;ReadPosRankSum=-0.621;SC=AAAAGACAGAGAAAAATCATT;SOR=0.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=32;WE=233398939;WS=233398917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr1	233398993	rs1033323	C	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TTTAGACTATCTATTGAATAT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=233399001;WS=233398983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	233489499	rs7539016	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=84;ReadPosRankSum=-1.011;SC=TAAGTGTGTCATAAGGAAAAG;SOR=0.256;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=11;WE=233489507;WS=233489489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr1	233489529	rs7549137	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=351;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AGCCCATTGAGCATATGAAAT;SOR=1.067;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=19;WE=233489537;WS=233489519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr1	233489707	rs7551511	G	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1383;ReadPosRankSum=0.893;SC=GAAAGGTATTGTGTGTGTGTG;SOR=0.697;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=220;TCF=101;TCR=119;TR=93;WE=233489716;WS=233489695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,79:0.39:204
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chr1	233490764	rs4649219	G	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=955;ReadPosRankSum=2.612;SC=AAAGGTGAGAGAAATTTTTAA;SOR=1.059;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=74;TCF=10;TCR=64;TR=26;WE=233490784;WS=233490754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr1	233490776	rs4649220	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=955;ReadPosRankSum=0.945;SC=AATTTTTAAACAGCATAATGT;SOR=0.663;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=23;WE=233490784;WS=233490754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr1	233511913	rs35806537	TAGAG	T	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=307;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AGTAAATTAATAGAGAGATTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=233511924;WS=233511903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	233515413	rs1402815	G	A	3896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=93;PP=2393;ReadPosRankSum=0.876;SC=AACATAGACCGTCACATCACA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=342;TCF=170;TCR=172;TR=181;WE=233515421;WS=233515403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,191:0.54:355
chr1	233749855	rs2795294	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CGGGGCCAGAAGAGGCGGCGG;SOR=0.551;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=233749863;WS=233749847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	233749896	rs140745317	C	CTTGGCTTTGGCT	1443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=825;SC=CGGCGTTGGCCTTGGCGGCGG;SOR=5.136;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=22;WE=233749904;WS=233749886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	233759918	rs701213	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=390;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GGGGCTTATTTAGACAATGGT;SOR=0.513;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=35;WE=233759926;WS=233759908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,35:0.32:111
chr1	233759939	rs701214	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=303;ReadPosRankSum=1.651;SC=TTCATCATTTCGTCTGAATAG;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=31;WE=233759947;WS=233759929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr1	233767008	rs701224	T	A	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=2198;ReadPosRankSum=0.157;SC=CAGGTGCGGGTTTCTGACAAC;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=132;TCR=139;TR=153;WE=233767016;WS=233766998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,160:0.56:284
chr1	233767023	rs701225	A	G	3417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=74;PP=2188;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GACAACATCAAGATATGAAAG;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=126;TCR=131;TR=147;WE=233767031;WS=233767013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,156:0.57:275
chr1	233767059	rs701226	T	C	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=61;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.141;SC=ACCCCTAATGTGTGTTTAACT;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=94;TCR=111;TR=113;WE=233767067;WS=233767049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,121:0.55:219
chr1	233785716	rs17814096	T	G	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=50;PP=1829;ReadPosRankSum=-0.907;SC=CTGATTTGGTTAGAAGATTGT;SOR=1.082;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=294;TCF=162;TCR=132;TR=119;WE=233785724;WS=233785706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,121:0.40:306
chr1	233802779	rs148162946	T	TTTTA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	234040742	rs12136133	A	C	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=56;PP=2963;ReadPosRankSum=0.390;SC=CAGTCTTCCCAGGCTAGCGGC;SOR=0.642;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=108;TCR=57;TR=163;WE=234040750;WS=234040732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr1	234041422	rs57010808	G	C	23143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=864;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=467;NR=372;PP=2965;SC=CCAGCGGGCCGGTGGGGCTCA;SOR=0.944;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=842;TCF=468;TCR=374;TR=839;WE=234041430;WS=234041412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,861:1.00:861
chr1	234509259	rs10910420	G	C	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=62;PP=2067;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CGCCGCGTGAGTTGCTTTTTG;SOR=0.842;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=376;TCF=204;TCR=172;TR=145;WE=234509267;WS=234509249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,146:0.38:380
chr1	234510262	rs4300255	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=529;ReadPosRankSum=1.876;SC=GCGCAGAGAAAACCTTGCCTG;SOR=0.604;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=38;WE=234510270;WS=234510252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,40:0.37:107
chr1	234519452	rs58896934	C	CT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.368;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr1	234527575	.	C	T	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=48;QD=20.6928031368;SC=TTTGTTTATTCACTTATTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=234527583;WS=234527565;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	234528006	rs3754317	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=274;ReadPosRankSum=0.740;SC=TGCTTGAGCCAATGAGGCAGA;SOR=1.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=47;TCR=1;TR=19;WE=234528014;WS=234528003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr1	234529552	rs2175594	C	T	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=695;ReadPosRankSum=1.720;SC=CGGTCCACTCCGCTTGGTTAT;SOR=1.040;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=186;TCF=88;TCR=98;TR=70;WE=234529560;WS=234529542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,73:0.37:196
chr1	234529570	rs2175593	G	A	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=779;ReadPosRankSum=0.328;SC=TATCTGCTTCGACCAAATTAG;SOR=0.957;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=63;WE=234529578;WS=234529560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,65:0.38:170
chr1	234563556	rs10910434	T	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=574;ReadPosRankSum=-0.154;SC=ATTTAGTTTTTAAAAAATCAG;SOR=1.364;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=26;WE=234563564;WS=234563546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr1	234564864	rs71701823	GAA	G	834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=522;ReadPosRankSum=-0.109;SC=AAAGCAAAAAGAAAAGAAAGT;SOR=1.119;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=16;WE=234564873;WS=234564854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr1	234565078	rs4027042	G	GAA	2036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.966;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=873;ReadPosRankSum=-1.812;SC=AAGCTGGTAGGAAAAAAAAAA;SOR=1.374;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=189;TCF=104;TCR=85;TR=73;WE=234565088;WS=234565068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,89:0.51:174
chr1	234566085	rs2236587	A	G	2979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.905;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=80;PP=1969;ReadPosRankSum=0.112;SC=TTTAATATGCACAAGTCTTAA;SOR=0.330;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=238;TCF=90;TCR=148;TR=140;WE=234566093;WS=234566075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,140:0.58:240
chr1	234569192	rs3754311	T	C	4368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=70;PP=2635;ReadPosRankSum=1.105;SC=GCTGAATGGATGCATTTTTCA;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=332;TCF=204;TCR=128;TR=186;WE=234569200;WS=234569182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,200:0.57:353
chr1	234573171	rs2273873	A	C	5927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.475;SC=CTTTGGTACAAAACACACCAG;SOR=0.786;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=449;TCF=219;TCR=230;TR=259;WE=234573179;WS=234573161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,268:0.56:476
chr1	234582457	rs270527	C	T	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.79;SOR=2.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	234582457	.	CTTTG	TTTTA,TTTTG	713	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=16,41;NR=2,10;PP=297,713;QD=19.4704374923;SC=AAAGTTTTCTCTTTGTTTTAA;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=18,51;WE=234582469;WS=234582447;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.35:52
chr1	234582461	rs2203167	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.527;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr1	234582651	rs4920246	T	C	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=67;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GCATTGGTACTAAACTTCATA;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=127;TCR=160;TR=121;WE=234582659;WS=234582628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,124:0.42:298
chr1	234584231	rs2102596	C	T	4020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=84;PP=2786;ReadPosRankSum=-1.439;SC=ATTACCTATACTGAGTCTTCA;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=513;TCF=294;TCR=219;TR=199;WE=234584239;WS=234584221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,206:0.39:534
chr1	234584445	rs7527374	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-5.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=669;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GAAATACAACCGAGATGAACT;SOR=0.557;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=15;WE=234584454;WS=234584435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	234584446	rs270526	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=1017;ReadPosRankSum=1.008;SC=AAATACAACCGAGATGAACTA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=20;WE=234584454;WS=234584435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr1	234593349	rs374431030	AATTC	A	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=460;ReadPosRankSum=0.191;SC=GCTACTAAGAAATTCATTAAG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=234593360;WS=234593339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	234593403	rs6693478	T	C	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=396;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TAAATTATCTTTAATCTCACC;SOR=1.058;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=29;WE=234593411;WS=234593393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr1	234596202	rs270511	T	A	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=108;PP=2965;SC=AGAAGCTCAATACCATTAGGT;SOR=4.192;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=12;TCR=108;TR=120;WE=234596210;WS=234596192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	234613798	.	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=412;ReadPosRankSum=0.145;SC=CAACGCGGAATAACCAAATTC;SOR=0.932;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=27;WE=234613806;WS=234613788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr1	234744413	rs4636	C	A	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=51;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CGGCCCCGGCCGCGGTGGACA;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=79;WE=234744421;WS=234744403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,80:0.62:130
chr1	234745009	rs7545855	A	G	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.76;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	234953875	rs138215498	C	CA	102	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.47;QD=25.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	235383506	rs3049581	TAAAC	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.366;NF=3;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATGAAGAAAATAAACAAATAA;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=235383517;WS=235383496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	235384838	rs12117563	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=0.892;SC=TGCTTTCTAGGTAAAAATACT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=15;WE=235384846;WS=235384828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr1	235543262	.	CA	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	235564924	rs17543709	G	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=46;PP=1180;ReadPosRankSum=-1.509;SC=TTATGAATCAGCACGGTCATT;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=50;TCR=96;TR=69;WE=235564932;WS=235564914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,70:0.47:150
chr1	235594182	rs2291687	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=-0.102;SC=GGTTTAATAGAGAATTGTTAG;SOR=0.914;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=12;WE=235594190;WS=235594172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr1	235594250	rs2291688	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.210;SC=CTATTAATAGATAACAAGATT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=235594258;WS=235594240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	235598973	rs2055127	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=638;ReadPosRankSum=2.485;SC=AGCCCTCCATCGCACCAAATG;SOR=1.017;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=40;WE=235598981;WS=235598963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,39:0.36:107
chr1	235601958	rs3819974	G	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=398;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GTGAAAACTAGATCTTGTCCC;SOR=0.879;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=99;TCF=77;TCR=22;TR=32;WE=235601966;WS=235601948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr1	235628908	rs1305556	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=673;ReadPosRankSum=0.512;SC=AAGATTAAGTGTAAGACATTC;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=47;WE=235628916;WS=235628898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr1	235647631	rs291387	G	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=589;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TACAGAGCAGGGCATACCTCT;SOR=0.523;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=31;WE=235647639;WS=235647621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr1	235652513	rs291396	T	C	5424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.295;SC=AATAAGGATCTTCCCTGTCTT;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=431;TCF=269;TCR=162;TR=234;WE=235652521;WS=235652503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,240:0.54:444
chr1	235667690	rs291348	A	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=712;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CGACGTCTGGAGGGCTCCTCG;SOR=0.950;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=39;WE=235667698;WS=235667680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr1	235715523	rs14326	A	G	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=64;PP=1625;ReadPosRankSum=0.418;SC=GGAGGTCCGCAGCTGCCTGGG;SOR=0.614;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=188;TCF=69;TCR=119;TR=104;WE=235715531;WS=235715513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,108:0.56:193
chr1	235715556	rs423026	C	G	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GCACAGAGCACAGGTGCTCAG;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=114;TCF=28;TCR=86;TR=58;WE=235715564;WS=235715546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr1	235715601	rs400948	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=484;ReadPosRankSum=0.960;SC=TCCAGGGAAGAGGTGTCCACG;SOR=0.821;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=23;WE=235715609;WS=235715591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr1	235747005	rs2774335	C	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=620;ReadPosRankSum=1.880;SC=AGCTGAGCTTCGGGCGGAGGG;SOR=0.608;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=32;WE=235747013;WS=235746995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr1	235747154	rs2774336	A	G	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=2.475;SC=TGCCCCTAGAAGTAACCAAAG;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=324;TCF=157;TCR=167;TR=199;WE=235747162;WS=235747144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,207:0.60:343
chr1	235826382	rs36014994	TA	T	699.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.894;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=364;ReadPosRankSum=-1.762;SC=TGTAAGGCTGTAAAAAAAAAA;SOR=2.419;Source=Platypus;TR=34;WE=235826391;WS=235826372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr1	235827443	rs3819013	T	C	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=37;PP=837;SC=TTAAAAATCATGTGGAAGGAA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=235827451;WS=235827433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	235827641	rs12092604	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=1;PP=514;SC=AGAACCTACACCCCAAGGTGA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=235827649;WS=235827640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	235856901	rs3754232	G	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=450;SC=ATCATTTGGTGCAAGACCATC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=235856909;WS=235856891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	235860340	rs7541057	C	T	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=17;PP=1453;SC=TCAAATCTCACGAAAGATATA;SOR=2.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=235860348;WS=235860330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	235887276	rs6667717	G	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=610;SC=TATAGTTACAGTGGCCCATGA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=235887284;WS=235887266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	235896726	rs6429275	C	T	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=31;PP=1938;SC=GTCTGAATTCCGGAATACAAA;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=99;WE=235896734;WS=235896716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	235910392	rs6676149	A	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=13;PP=967;SC=TTGGAATTCAATGCTACAAAA;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=235910400;WS=235910382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	235910542	rs3754234	C	T	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=73;PP=2609;SC=TTTAATGGACCGAAGGAGAAG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=153;WE=235910550;WS=235910532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	235918688	rs149138177	CAAAAG	C	3734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=13;PP=1710;SC=GACTCCGTCTCAAAAGAAAAG;SOR=3.180;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=33;WE=235918700;WS=235918676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	235922228	rs3738519	T	C	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=29;PP=2698;SC=CTTTAAAGAATAGTAAAATAA;SOR=2.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=94;TCR=29;TR=123;WE=235922236;WS=235922218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	235940450	rs2273584	C	T	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=41;PP=1891;SC=GTTGGAGATTCTTTAGATGAT;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=235940458;WS=235940440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	235945294	rs6696123	T	C	6695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=122;NR=101;PP=2965;SC=CTTGGGATGATAAACAATGGC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=122;TCR=101;TR=223;WE=235945302;WS=235945284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	235972435	rs3820553	T	C	15099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=257;NR=243;PP=2965;ReadPosRankSum=0.461;SC=AAGCCTGCTGTAGTAAGCGCA;SOR=0.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=501;TCF=258;TCR=243;TR=500;WE=235972443;WS=235972425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,529:1.00:530
chr1	235972867	rs1063128	T	C	16893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=308;NR=285;PP=2965;SC=AAGCTGCACTTTGAAGACAAC;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=593;TCF=308;TCR=285;TR=593;WE=235972875;WS=235972857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr1	236142565	rs1536132	T	C	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=71;PP=2097;SC=CTGGGGTGGGTCAAGCCTGCA;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=11;TCR=71;TR=82;WE=236142573;WS=236142555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	236175153	rs2031486	T	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=157;SC=GACAGGGCAATGGGCCATGTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=236175161;WS=236175143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	236175339	rs2031487	T	C	6518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GGCATTCATCTACATCTGTAA;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=132;TCR=90;TR=221;WE=236175347;WS=236175329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr1	236176990	rs10803217	T	C	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=34;PP=804;SC=CAGCTTCACCTGCACCCCACT;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=236176998;WS=236176980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	236193145	rs2273586	G	C	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=71;PP=2149;ReadPosRankSum=0.240;SC=TGGTGCGAACGCTTCTGCAGG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=86;WE=236193153;WS=236193135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr1	236201609	rs4659620	T	G	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=80;PP=2366;SC=TCTAGCCCGGTGGGCTCTCTC;SOR=2.992;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=19;TCR=81;TR=99;WE=236201617;WS=236201599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	236205090	rs2385052	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TCTACTTTCCCAAGCTCTTAT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=7;WE=236205098;WS=236205080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	236205121	rs4297282	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=276;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CACCATGTAATGCTCACAACT;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=16;WE=236205129;WS=236205111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	236208688	rs10733131	AT	GA	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=916;ReadPosRankSum=-0.280;SC=ATGATCTATAATACACATTAC;SOR=0.651;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=20;WE=236208697;WS=236208678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr1	236208773	rs10733133	C	T	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=54;PP=1810;ReadPosRankSum=0.602;SC=AAATTTTCAACTGATTCCCTG;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=397;TCF=248;TCR=149;TR=141;WE=236208781;WS=236208763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,148:0.36:411
chr1	236209024	rs3768088	C	G	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=51;PP=1108;ReadPosRankSum=1.062;SC=GGAAAAATATCGATAGATTTT;SOR=0.540;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=150;TCF=37;TCR=113;TR=70;WE=236209032;WS=236209014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,73:0.47:156
chr1	236209081	rs3768089	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=-1.192;SC=CAGTGCTATAGAGCGATGGCA;SOR=0.239;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=12;WE=236209089;WS=236209071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr1	236368391	rs3215798	C	CT	1182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,45:0.29:153
chr1	236368708	rs1254206	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=0.731;SC=ATGTGAAACATTCAGGAATGA;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=7;WE=236368716;WS=236368698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	236381825	rs1055851	G	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=407;ReadPosRankSum=0.500;SC=ATTACCTACTGTGTTGTAATA;SOR=0.880;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=30;WE=236381833;WS=236381815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr1	236381897	rs1615601	T	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=1.540;SC=AAGAAAAAGCTTATTAGTAAG;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=11;WE=236381905;WS=236381887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr1	236381917	rs1614938	T	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.119;SC=GGCTAACATGTTGCATACTGT;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=9;WE=236381925;WS=236381907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr1	236384278	rs1405624	G	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=309;ReadPosRankSum=0.887;SC=AAAGAAAATAGCAATAAACTC;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=22;WE=236384286;WS=236384268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr1	236385116	rs2463190	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=-1.267;SC=TCTGCCTATTCCTAAATTCTA;SOR=0.163;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=7;WE=236385124;WS=236385106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	236385165	rs2463189	G	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=252;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AAAAAGCTTGGACTCAGTGGA;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=19;WE=236385173;WS=236385155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr1	236385360	rs2477587	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=558;ReadPosRankSum=1.327;SC=AAAATTGAACCGCATTTGGCT;SOR=0.628;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=34;WE=236385368;WS=236385350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr1	236385379	rs2463188	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=437;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CTAAACGATAAGTAAGTTTTG;SOR=0.141;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=25;WE=236385387;WS=236385369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	236388451	rs202149754	A	G	3815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=106;PP=2504;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TGATAAAATGATAGTATTGGA;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=112;TCR=184;TR=171;WE=236388459;WS=236388441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,174:0.58:302
chr1	236393654	rs2812471	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=604;SC=GCTCATGCCTATAATCCTAGC;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=236393662;WS=236393644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	236413147	rs1726639	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=1.523;SC=TTGATATCAATGAGAATATTT;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=18;WE=236413155;WS=236413137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr1	236413230	rs2477599	T	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=824;ReadPosRankSum=1.076;SC=TTGCTCACAATCTTCTAATTC;SOR=0.883;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=57;WE=236413238;WS=236413220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,61:0.61:100
chr1	236413282	rs2056713	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.007;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=232;ReadPosRankSum=1.285;SC=AAAGAAGTTCGTAAGTTTAGT;SOR=1.382;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=21;WE=236413290;WS=236413272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr1	236413362	rs2477598	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=1.273;SC=CAATGATATACACTAAATATA;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=7;WE=236413370;WS=236413352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	236413384	rs2477597	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.760;SC=ATACATTCCATTATAAAAATC;SOR=0.527;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=236413392;WS=236413374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	236415347	rs1749589	T	C	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=1092;ReadPosRankSum=0.137;SC=AGGAGGGACTTACCTTATTAG;SOR=0.539;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=166;TCF=73;TCR=93;TR=77;WE=236415355;WS=236415337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,80:0.45:178
chr1	236415444	rs1618510	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=8;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=-0.970;SC=TATTTTTTTTGGAATTTCTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=13;WE=236415452;WS=236415434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	236416921	rs2812465	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=539;ReadPosRankSum=1.064;SC=ACTTCCTATCCTCGTGGCACC;SOR=2.049;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=27;WE=236416929;WS=236416911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr1	236433135	rs3834089	AT	A	2946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=24;PP=2127;SC=GTCACATATAATACCTTTGAT;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=236433143;WS=236433125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	236444879	rs11281666	G	GGCCCGGCCCT	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.478;NF=8;NR=1;PP=2194;ReadPosRankSum=0.401;SC=CCTCTTTTCTGGCCCGGCCCT;SOR=1.813;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=9;WE=236444887;WS=236444869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr1	236444973	rs1269025	C	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=892;ReadPosRankSum=-1.241;SC=CGCTATCACTCGGGCTTACCT;SOR=0.753;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=204;TCF=122;TCR=82;TR=76;WE=236444981;WS=236444963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,82:0.37:220
chr1	236557771	rs966365	G	A	6224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=85;PP=2965;SC=CTAAACAGATGGGGAGAGGCA;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=130;TCR=85;TR=215;WE=236557779;WS=236557761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	236557928	rs966364	G	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=824;SC=TTTTCGACCCGACTTTTATCT;SOR=4.294;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=236557936;WS=236557918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	236572389	rs659901	G	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=5;PP=607;SC=AAAAAAAAAGGAGTAAGGTTT;SOR=1.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=26;WE=236572397;WS=236572379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236572475	rs669710	A	G	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=57;PP=2923;SC=TTTAAATTAAAGCAAACCCGC;SOR=1.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=98;TCR=57;TR=154;WE=236572483;WS=236572465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	236577761	rs625444	TC	CT	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	236590497	rs1759388	C	G	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=456;SC=TCTTGATAAGCAGCATTGTTT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=236590505;WS=236590487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	236590563	rs1778861	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=17;PP=968;SC=GTAGTCCAGCCCTTCTGATTT;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=236590571;WS=236590553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	236590629	rs636378	C	T	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=26;PP=1034;SC=TCTTACACCACGGAGTGTGTG;SOR=0.800;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=54;WE=236590637;WS=236590619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	236590659	rs636048	G	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=26;PP=1086;SC=ATCACACTTTGTTTCTTTCTT;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=236590667;WS=236590649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	236590816	rs635487	T	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=21;PP=602;SC=TTTTTTGAGATTTATAGAGTT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=236590824;WS=236590806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	236687580	rs201470728	CG	C	2123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=1842;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CGAGGCGCTCCGGGGCATAAG;SOR=0.661;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=56;WE=236687588;WS=236687570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,75:0.58:129
chr1	236700673	rs62670060	GAGC	G	1433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=1310;SC=GCTGGATTCTGAGCAGATTTA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=236700683;WS=236700667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	236700807	rs1126407	T	A	14434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=112;PP=2965;SC=GTAATCCCGTTTGTTGGCACC;SOR=1.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=205;TCR=113;TR=317;WE=236700815;WS=236700797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	236700823	rs1041934	T	C	15213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=210;NR=128;PP=2965;SC=GCACCATTCCTGATCAGCTGG;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=212;TCR=130;TR=338;WE=236700831;WS=236700813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr1	236700857	rs1041935	C	T	12039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=193;PP=2965;SC=GATTGTGATACGTGGGCATGT;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=428;TCF=234;TCR=194;TR=427;WE=236700865;WS=236700847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr1	236700982	rs2737706	T	C	7773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=167;PP=2965;SC=ATTTGATACTTTGAGGCCCAA;SOR=1.410;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=98;TCR=167;TR=265;WE=236700990;WS=236700972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	236702153	rs2244808	G	A	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=419;SC=AGCACTCATGGGGCCCCTGTG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=236702161;WS=236702143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	236702209	rs1041936	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr1	236702209	.	CA	TG	257	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=15;NR=5;PP=257;QD=15.5233937431;SC=ATGGCAGCAGCATGAAACCTC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=20;WE=236702218;WS=236702199;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr1	236702210	rs1041937	A	G	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	236702374	rs2472126	G	A,C	2537.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=16,35;NR=16,23;PP=317,883;SC=TTATGGTGCTGAAGGACAAAT;SOR=0.712;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=32,58;WE=236702382;WS=236702364;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.63:105
chr1	236702447	rs12744425	T	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	236702450	rs12744427	T	C	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	236702475	rs11807205	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=89;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=495;SC=GCCCAGCCTTATATTTCCTAC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=236702483;WS=236702465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236702497	rs111502141	AGTTT	A	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=128;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=572;SC=CCTGAGATATAGTTTGTTTGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=236702508;WS=236702487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	236702517	rs11807542	T	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=162;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=319;SC=GCTTTGTAGTTTTTCTCCATA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=236702525;WS=236702507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	236703700	rs2244659	A	G	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=224;SC=AAGCACTGCTAGTGTTTTGGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=236703708;WS=236703695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	236703734	rs2243405	T	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=341;SC=CATTTGGTCATGTGTGTGGAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=236703742;WS=236703724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	236703767	rs2758994	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=4;PP=881;SC=AGGTATAAAACTGGACGCAAG;SOR=4.174;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=38;WE=236703775;WS=236703757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	236703832	rs34818366	CG	C	2738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=36;PP=1289;SC=TTTTTGGTGGCGGGGGGGGCT;SOR=1.095;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=58;WE=236703848;WS=236703822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	236704888	.	ATAT	AACAGGTTAT,A	772.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.1;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=489;SC=TTATATGTCAATATAAAATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=236704907;WS=236704878;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:16
chr1	236704891	.	TAAA	T	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	236704894	.	A	AGGTT	574	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=10;NR=0;PP=574;QD=59.5;SC=GTCAATATAAAATATTTAGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=236704907;WS=236704878;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	236704897	.	ATT	A	836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.84;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	236705164	rs79344329	C	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=0.442;SC=TGGTGCCAGGCACGCAGTAAG;SOR=1.112;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=13;WE=236705172;WS=236705154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	236706352	rs2758174	A	C	11009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=239;PP=2965;SC=TTTGAAGAGCACCAAATTTTC;SOR=1.323;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=387;TCF=147;TCR=240;TR=386;WE=236706360;WS=236706342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr1	236706371	rs2758175	A	G	8239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=190;PP=2965;SC=TCTTAACTCTATATAAAAATT;SOR=1.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=92;TCR=190;TR=282;WE=236706387;WS=236706361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	236706425	rs2244267	G	A	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=65;PP=1915;SC=CCACAATAGAGGCCCAAAGCA;SOR=4.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=7;TCR=65;TR=72;WE=236706433;WS=236706415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	236706671	rs2243530	T	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=457;SC=TGTAATCATGTGTGTTTGCTT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=236706679;WS=236706666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236706780	rs2243527	C	T	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=47;PP=2330;SC=TGAAACATTCCGTAGTGTTCT;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=126;WE=236706788;WS=236706770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	236706862	rs2243525	G	C	6944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=130;NR=103;PP=2965;SC=CTTTTCAGAGGCTGCCATTCG;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=130;TCR=104;TR=233;WE=236706870;WS=236706852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	236707007	rs2799410	C	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=721;ReadPosRankSum=1.861;SC=TACCGCCTTCCACCCGTGAAC;SOR=0.462;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=50;WE=236707015;WS=236706997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr1	236707036	rs2794786	A	T	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.21;SOR=2.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	236707045	rs2799409	C	T	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	236708022	rs5781896	GT	G	1324.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=11.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=0.618;QD=26.50;ReadPosRankSum=0.671;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,43:0.86:50
chr1	236708037	rs112790242	T	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=-0.063;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr1	236708224	rs2244063	A	C	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=76;PP=2624;SC=AGGTGAGGTTACAGTTTTTGA;SOR=1.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=120;WE=236708232;WS=236708214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	236708316	rs2758181	A	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=35.88;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	236708316	.	AGT	GGC,GGT	296	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=28;MQ=60.6;NF=2,8;NR=14,26;PP=296,201;QD=21.8417421789;SC=AGTATGTGGAAGTTGTGTATG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=16,34;WE=236708326;WS=236708306;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.46:35
chr1	236708318	rs12092255	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=6.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.054;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	236708357	rs60495052	C	CCCTT	519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.43;NF=0;NR=11;PP=506;SC=TGTAATTTGCCCCTTTTTATA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=236708365;WS=236708347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	236711297	rs2254823	A	T	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=9;PP=1133;SC=AATGGCATGTATCCTTTCCTT;SOR=2.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=236711305;WS=236711287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	236711323	rs15701	T	C	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=15;PP=1743;SC=TGATAATTTATTGTGATGTTA;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=78;WE=236711331;WS=236711313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	236711586	rs1160	G	A	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=52;PP=1469;SC=GCACCATTAGGTCCTGCTGGG;SOR=2.269;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=68;WE=236711594;WS=236711576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	236714064	rs6989	A	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=0;PP=602;SC=GATTTTGTAAAGAAGTGATAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=236714072;WS=236714058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	236714335	rs2254487	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.450;NF=0;NR=18;PP=376;ReadPosRankSum=-1.442;SC=TGAGTCAGTCCGCCTGCCTCG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=18;WE=236714343;WS=236714325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	236716741	rs1475132	G	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=2;PP=815;SC=ACAAAAGACCGGACCTCTAGT;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=236716749;WS=236716731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	236716959	rs2275685	C	T	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=0.510;SC=CCATGGCCACCGAAAACTGTG;SOR=0.553;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=104;TCR=127;TR=229;WE=236716967;WS=236716949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,243:0.99:246
chr1	236717104	rs2275686	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=551;SC=TTGAAAAAATATCCAACATAC;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=236717112;WS=236717094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	236717926	rs2275687	T	C	7321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=139;PP=2965;SC=CATCAAGGCTTCTGCTCTCTC;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=109;TCR=140;TR=248;WE=236717934;WS=236717916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	236718524	rs6668848	G	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=413;ReadPosRankSum=0.838;SC=CAAGCACTAGGTTGTGTCTTA;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=20;WE=236718532;WS=236718514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr1	236718561	rs6668926	G	A	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=13;PP=2110;SC=GGCACACAGGGCAAGGGTGAC;SOR=3.492;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=75;TCR=13;TR=88;WE=236718569;WS=236718551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	236718620	rs1126627	T	C	7052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=97;PP=2965;SC=TTCACCTGGTTCAAGGTGTCA;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=152;TCR=97;TR=249;WE=236718628;WS=236718610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	236719135	rs1885532	T	C	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=60;PP=2965;SC=AGTCCAGGGCTTCCAGGAAAA;SOR=1.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=125;TCR=60;TR=184;WE=236719149;WS=236719125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	236719193	rs1885533	A	G	12389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=259;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=0.450;SC=CTTCTTCATCACCCCAATATG;SOR=0.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=455;TCF=260;TCR=195;TR=453;WE=236719201;WS=236719183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,473:1.00:474
chr1	236719259	rs1885534	G	A	4914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.498;SC=ACACAGGAAAGAGATGTGCCA;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=614;TCF=310;TCR=304;TR=256;WE=236719267;WS=236719249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,260:0.41:629
chr1	236720467	rs56351858	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=522;ReadPosRankSum=0.670;SC=GCCACCCTGCGTAGCATGTCG;SOR=1.634;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=28;WE=236720475;WS=236720457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr1	236720761	rs2799404	T	C	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=37;PP=1168;SC=CGCTATCTGCTTCATAGCCTA;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=236720769;WS=236720751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	236721610	rs2275688	G	A	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=37;PP=2826;SC=GCGCTTCCCAGGACATTCTTC;SOR=1.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=94;TCR=37;TR=131;WE=236721618;WS=236721600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	236721660	rs2275689	T	C	8136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=180;NR=95;PP=2965;SC=CACAGCAGTGTTCAGCACTGG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=180;TCR=95;TR=275;WE=236721681;WS=236721650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	236721731	rs819431	T	C	10886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=209;NR=191;PP=2965;SC=AGGTATACAATGCTGTCTGTC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=400;TCF=209;TCR=191;TR=400;WE=236721739;WS=236721721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr1	236722182	rs819432	A	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=714;SC=TATATTCAGAAAATAATATAC;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=236722190;WS=236722172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	236722489	rs2146122	C	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=702;SC=AAAAAAAAAACCAACTTCAAT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=236722497;WS=236722479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	236723177	rs10754576	GC	AA	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.651;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=1122;ReadPosRankSum=0.127;SC=GCAGCTGAAGGCACTCAGAGA;SOR=1.208;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=39;WE=236723186;WS=236723167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr1	236724504	rs1077439	G	A	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=39;PP=2073;SC=ATAAAAAGTAGAAAAAGAAAA;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=108;WE=236724512;WS=236724494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	236724605	rs1077438	G	T	4814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=88;PP=2965;SC=TAGAACGGTAGGGAAGTCAAT;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=170;WE=236724613;WS=236724595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	236724715	rs1077437	T	G	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=1207;SC=CAGGTTCATATCATCTTCATT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=236724723;WS=236724705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	236724766	rs1077436	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=393;SC=ATTTTAATTACATTCTACTGG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=236724774;WS=236724756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	236729867	rs2758172	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=939;ReadPosRankSum=-1.116;SC=ATCATCAGCCCCATGTTTAAA;SOR=0.973;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=61;WE=236729875;WS=236729857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,59:0.42:140
chr1	236735939	rs2853602	T	C	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1259;ReadPosRankSum=1.615;SC=TATAGCAAATTGATGAGTATC;SOR=0.473;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=214;TCF=129;TCR=85;TR=88;WE=236735947;WS=236735929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,97:0.43:228
chr1	236739416	rs2115740	C	T	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=24;PP=1879;SC=CTCTTCTGAGCGCACACATGC;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=92;WE=236739424;WS=236739406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	236740039	rs6658793	G	C	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=29;PP=2184;SC=CCAGTACACAGAGGCATGAAC;SOR=1.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=106;WE=236740047;WS=236740029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	236744424	rs35257076	A	AT	785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=0;PP=630;SC=GCCCTCTGCTATTTTTTTTTA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=29;WE=236744432;WS=236744414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	236744712	rs4518892	C	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=47;PP=1400;ReadPosRankSum=-1.532;SC=CTTCTAGATGCACCTAATTAA;SOR=3.418;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=59;WE=236744730;WS=236744702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr1	236744720	.	TAAA	T	828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=8.846;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.03;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=3.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr1	236746275	rs2794769	G	C	6675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=140;PP=2965;SC=CAGTTTTGCAGAGTATCACAT;SOR=1.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=75;TCR=141;TR=215;WE=236746283;WS=236746265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	236746443	rs2794768	C	T	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=69;PP=2043;SC=CCCACAGCTCCACTGGGATCC;SOR=1.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=116;WE=236746451;WS=236746433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	236746511	rs16833972	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=1.244;SC=AATGTTAAAGGAAACAAAAAC;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=16;WE=236746519;WS=236746501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	236748433	rs3738535	G	A	9763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=0.440;SC=AACAAGAGACGAGCACAGACA;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=791;TCF=445;TCR=346;TR=441;WE=236748441;WS=236748423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,448:0.55:808
chr1	236748505	rs1006456	T	C	23470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=842;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=377;NR=450;PP=2965;SC=CCACGCTTATTAAATCCTCCA;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=829;TCF=377;TCR=452;TR=827;WE=236748513;WS=236748495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,841:1.00:841
chr1	236748630	rs1006455	C	T	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=36.10;SOR=6.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	236748630	.	CAGAAAG	TAGAAAA,TAGAAAG	918	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=1,2;NR=35,87;PP=655,918;QD=19.6796631906;SC=AGATGACAAACAGAAAGCCTT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=2;TCR=87;TR=36,89;WE=236748644;WS=236748620;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.40:89
chr1	236748636	rs1006454	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr1	236749022	rs10925166	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	236749026	rs10925167	T	A	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	236749348	rs2794764	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=411;SC=GGTTTGCTTTCTATTTTTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=236749356;WS=236749338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	236749451	rs3831993	TA	T	170.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=177;SC=TACTGGCATATAAGCATGACC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=236749459;WS=236749444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	236749626	rs3738541	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1018;ReadPosRankSum=1.979;SC=CAGCAGATTCCGTATCATCAT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=71;WE=236749634;WS=236749616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,77:0.66:116
chr1	236749649	rs2794763	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=495;ReadPosRankSum=-1.496;SC=TTGATAACCATAAATGGCAGC;SOR=0.451;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=127;TCF=81;TCR=46;TR=38;WE=236749657;WS=236749639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,44:0.31:140
chr1	236749817	rs2799420	C	T	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=760;SC=GGCAAAAATTCATCATTACAT;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=236749825;WS=236749807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	236751519	rs34200005	GA	G	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=217;ReadPosRankSum=0.278;SC=AGGGCCTTTTGAGATTAATAA;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=7;WE=236751527;WS=236751509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr1	236755170	rs2794760	G	T	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=51;PP=2965;SC=GCAAACTGTAGAAGGTTATCT;SOR=2.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=149;TCR=51;TR=200;WE=236755178;WS=236755160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	236755427	rs2794759	A	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=44;PP=1356;SC=AGCAATTAAAAAGTGAATTCA;SOR=1.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=236755435;WS=236755417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	236755690	rs2794758	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=159;SC=TCCGATACTCGCCCCTTCTTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=236755698;WS=236755680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	236755814	rs2794757	G	A	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	236755837	rs2564739	C	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=42.18;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	236755937	rs67239913	TA	T	475.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.608;NF=0;NR=19;PP=242;ReadPosRankSum=-0.603;SC=TAGAAGGCTGTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=19;WE=236755945;WS=236755927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr1	236757157	rs16834025	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=209;ReadPosRankSum=0.239;SC=TTTAATGCTGCCAGTTACTGG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=236757165;WS=236757147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	236757200	rs2564738	A	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=1;PP=825;SC=AATGATACAGACAAAACAAGA;SOR=3.026;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=236757208;WS=236757190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	236757229	rs2794754	G	A	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=16;PP=1184;SC=AAAAAGGAATGCTGGGAAATT;SOR=1.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=236757237;WS=236757219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	236757507	rs2794753	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=1.700;SC=CGTTCTCAGAATAAAACACAC;SOR=0.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=236757515;WS=236757497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	236758887	rs2794751	T	C	13143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=244;NR=234;PP=2965;SC=AAGCATGTAATGCAGAAGAGG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=480;TCF=244;TCR=236;TR=478;WE=236758895;WS=236758877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr1	236759060	rs2794750	T	C	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=44;PP=2965;SC=TCACTTATCTTACAAAAAAAA;SOR=1.543;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=92;TCR=44;TR=136;WE=236759070;WS=236759050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	236767176	rs1529541	C	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.93;ReadPosRankSum=0.416;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr1	236767178	rs375752396	AG	A	1158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.19;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr1	236767330	rs10802551	A	G	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=870;ReadPosRankSum=-0.928;SC=CTTCATCTCTAGATAAGAGGC;SOR=0.496;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=52;WE=236767338;WS=236767320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,56:0.39:144
chr1	236849952	rs138279482	C	T	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-1.145;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,115:0.59:195
chr1	236881403	rs2275399	C	T	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=31;PP=845;SC=CCAAAGAAAACCTTTCCAAAG;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=236881411;WS=236881393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	236882110	rs1341865	G	A	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=45;PP=2453;SC=TTAAGGAAAAGATGGATGCTT;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=129;WE=236882118;WS=236882100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	236882303	rs1341864	T	C	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=66;PP=1655;SC=TGGTGTCCATTGGCGCTGAAG;SOR=1.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=96;WE=236882311;WS=236882293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	236883240	rs1768053	T	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=399;SC=TTATGAATACTGTATTTATAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=236883248;WS=236883230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	236883421	rs1341863	C	T	5791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=93;PP=2965;SC=TTGATGGCAACGTGAAAATGA;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=113;TCR=93;TR=206;WE=236883429;WS=236883411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	236883564	rs1341862	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=719;SC=TGAGCAAGATGTTTTAAAGTC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=236883572;WS=236883554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	236890781	rs1768056	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=394;SC=CAAGGAAGTCAAAAGGAGAGG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=236890789;WS=236890775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236897633	rs707203	A	G	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=40;PP=2965;SC=ATGGGGGCGAAGGGGGAGGAT;SOR=2.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=147;TCR=40;TR=187;WE=236897641;WS=236897623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	236899899	rs11355106	TC	T	4467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=82;PP=2969;SC=TGTGGAAGGATCCCCCTCCAG;SOR=1.661;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=12;TCR=89;TR=94;WE=236899907;WS=236899889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	236900018	rs7542508	G	A	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=414;SC=ATTTCCAAAGGCTAATGTTAT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=236900026;WS=236900008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	236902532	.	AT	A	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,16:0.17:96
chr1	236902560	rs7527525	C	T	5690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GGGGAGGGGGCTTGCTGGTGT;SOR=0.913;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=228;TCF=169;TCR=59;TR=225;WE=236902568;WS=236902550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr1	236902594	rs2288601	C	G	10346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=226;NR=157;PP=2965;SC=TTTGTGTTTGCGGAGCAGCTT;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=384;TCF=226;TCR=158;TR=383;WE=236902602;WS=236902584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	236902865	rs2288602	A	C	7584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=0.512;SC=TCCTGGCGCCACGGGAAGCCC;SOR=0.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=140;TCR=131;TR=270;WE=236902873;WS=236902855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr1	236902955	rs7544174	T	C	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=57;PP=1856;SC=GTGAATATCATTTTGGCCCTG;SOR=1.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=88;WE=236902963;WS=236902945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	236914610	rs3738545	G	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=370;SC=CTTGACTTCTGTGTACCTAAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=236914618;WS=236914600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	236924506	rs2282366	A	G	7502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=160;PP=2965;SC=CTGCTTTAGCAGGAGTCCACT;SOR=1.338;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=100;TCR=160;TR=260;WE=236924514;WS=236924496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	236958532	rs28372871	G	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=695;ReadPosRankSum=0.276;SC=GAGGAGCTCGGGCAGACCAAT;SOR=0.950;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=40;WE=236958540;WS=236958522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr1	236972186	rs12759827	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.323;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=517;ReadPosRankSum=0.278;SC=TACGAGTAACACTGCAGAGAC;SOR=1.383;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=106;TCF=21;TCR=85;TR=32;WE=236972194;WS=236972176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,33:0.31:107
chr1	236978992	rs5781924	T	TTCTG	3824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.196;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.154;NF=4;NR=61;PP=2915;ReadPosRankSum=-0.729;SC=GCACAATACATTCTTTTATTA;SOR=0.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=139;TCF=9;TCR=130;TR=65;WE=236979000;WS=236978982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,99:0.57:175
chr1	236988593	rs5781926	A	AT	2457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=1601;ReadPosRankSum=1.843;SC=TACAGTGTATATTTTTAAGGC;SOR=0.757;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=47;WE=236988601;WS=236988583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,96:0.58:166
chr1	237001926	rs3820568	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=478;ReadPosRankSum=1.630;SC=GGCCTAATCCATTGTGTTTCC;SOR=0.180;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=25;WE=237001934;WS=237001916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr1	237013550	rs146375090	AT	A	920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=0.118;SOR=1.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr1	237013553	rs200399202	T	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.13;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr1	237023333	rs10925254	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=0.237;SC=CCACTGATTCTCAACCTGGGG;SOR=2.891;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=237023341;WS=237023323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	237038007	rs11809449	T	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	237038008	rs10925256	T	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	237038161	rs1770449	T	C	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=678;ReadPosRankSum=-1.155;SC=GTTATACTAATGAGCTTTGTC;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=62;TCR=94;TR=67;WE=237038169;WS=237038147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,72:0.43:166
chr1	237048562	rs2275566	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=318;ReadPosRankSum=-1.581;SC=TAATGTGACTGTTTTTTATGA;SOR=1.708;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=17;WE=237048570;WS=237048552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr1	237049879	rs12065382	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=344;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CTGAGATGGACTCATAGCAGC;SOR=0.184;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=19;WE=237049887;WS=237049869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr1	237054569	rs2229276	A	G	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=51;PP=1440;ReadPosRankSum=-0.043;SC=ACCTGTACGCAGAGGCTGCTG;SOR=0.590;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=79;WE=237054577;WS=237054559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,82:0.67:122
chr1	237057608	rs2297965	G	A	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=35;PP=1972;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CTGGCGCCACGTTCTTGCTAA;SOR=0.532;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=197;TCF=143;TCR=54;TR=121;WE=237057616;WS=237057598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,121:0.61:199
chr1	237058744	rs12070777	C	A	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=75;PP=2114;ReadPosRankSum=0.616;SC=CAGACCTGCGCAGGCTGCGGT;SOR=0.651;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=263;TCF=129;TCR=134;TR=146;WE=237058752;WS=237058734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,162:0.58:281
chr1	237058996	rs75739277	C	CTATT	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=328;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TCACTCGTAGCTATTCTGCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=237059004;WS=237058986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr1	237060433	rs3820571	G	T	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=79;PP=1921;ReadPosRankSum=0.444;SC=GCTAGCTGTTGCATTATATGT;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=73;TCR=144;TR=119;WE=237060441;WS=237060423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,122:0.55:222
chr1	237060945	rs67705775	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr1	237061056	rs2853522	A	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=185;ReadPosRankSum=0.505;SC=GCTGACACTTACCTGCTTCTG;SOR=0.064;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=14;WE=237061064;WS=237061046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	237063335	rs1050996	G	C	4224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=77;PP=2775;ReadPosRankSum=-0.258;SC=ATTTGCAGACGTTATGATCTT;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=172;TCR=131;TR=178;WE=237063343;WS=237063325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,193:0.60:321
chr1	237063504	rs9779	A	G	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=1036;ReadPosRankSum=0.334;SC=TTAGATATATATATTCATTCT;SOR=1.064;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=61;WE=237063512;WS=237063494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,65:0.57:114
chr1	237532996	.	G	A	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.952;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1277;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CATCATTTCTGCAATGGTATT;SOR=0.341;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=142;TCF=49;TCR=93;TR=87;WE=237533004;WS=237532986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,96:0.62:155
chr1	237540615	rs10925391	A	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.362;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=812;ReadPosRankSum=-2.092;SC=ATATCCGTATATCTGCAGGGG;SOR=0.452;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=186;TCF=114;TCR=72;TR=68;WE=237540623;WS=237540605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,71:0.37:194
chr1	237551241	rs71561868	G	GTC	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=-0.904;SC=AGCAGGCACTGTCTATCTCTG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=237551249;WS=237551231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	237551376	rs10754602	T	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=1.309;SC=AATGATTTTTTATCCTTACAG;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=27;WE=237551384;WS=237551366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr1	237580606	rs6673182	G	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	237580612	rs6673187	G	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.51;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	237617757	rs3765097	C	T	7063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=106;PP=2965;SC=AGTCCGTAAGCCTAAGTCTGC;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=140;TCR=106;TR=246;WE=237617765;WS=237617747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	237619875	rs5781961	A	AT	722.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.135;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr1	237620049	rs2045955	T	C	6392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.98;NF=83;NR=130;PP=2965;SC=AGAAGCATGATTGGGTTCATA;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=83;TCR=130;TR=213;WE=237620057;WS=237620039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	237632285	rs35662567	A	AT	1682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=0;PP=1665;SC=TAGATGTAACAGAGGATATTT;SOR=6.043;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=37;WE=237632293;WS=237632275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	237632595	rs71561877	T	TGTG	90.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=705;SC=TTGAGTGAGGTGTGGTGGTGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=237632603;WS=237632585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	237670140	rs2618702	A	G	4830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=99;PP=2965;SC=ATTTATTTTCAGATTCTGTGA;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=56;TCR=99;TR=155;WE=237670148;WS=237670130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	237675163	rs67622164	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=341;SC=AAAAAAACAGGTATTGATGCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=237675171;WS=237675153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	237693610	rs34521733	C	CA	786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=0.819;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=1.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr1	237693921	rs2779365	A	G	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=473;SC=TTTAAAATTCAGATTCAAGGC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=237693929;WS=237693911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	237711644	rs2618661	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=845;SC=GGAAGAACAGTAATGAGGTAG;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=237711652;WS=237711634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	237711797	rs2253273	A	G	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=82;PP=2965;SC=TCACCCCATCACAAGAAGCAA;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=95;TCR=82;TR=177;WE=237711805;WS=237711787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	237730124	rs2805390	A	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=55;PP=1523;SC=CTGGAGGCTCATCTCCTCTGC;SOR=4.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=59;WE=237730132;WS=237730114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	237730169	rs2779401	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=496;SC=ACCAGTGTTTCCCACAGCACA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=237730177;WS=237730159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	237794603	rs1759123	A	G	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=6;PP=1437;SC=GTGGCTTATTAAATACTGTGA;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=237794611;WS=237794593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	237801770	rs707189	T	C	7618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=141;PP=2965;SC=TTGACTTTCTTAGATTTGCTG;SOR=1.137;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=109;TCR=141;TR=249;WE=237801778;WS=237801760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	237802559	rs530109	T	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.77;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	237819090	.	AT	A	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.697;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,28:0.21:133
chr1	237824332	rs471647	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=25;PP=657;SC=TTTTTCTAAAGAATAATCTGA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=237824340;WS=237824322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	237831103	rs477245	C	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=429;SC=TATTCCTTTACGGTATCTAAT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=237831111;WS=237831093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	237841390	rs34967813	A	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=880;ReadPosRankSum=-1.936;SC=CCTTATGAACAAGAAATCAAG;SOR=1.042;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=57;WE=237841398;WS=237841380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,61:0.59:103
chr1	237862164	rs1521745	G	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=9;PP=951;SC=AAATATTACTGTTGTGTCATT;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=39;WE=237862172;WS=237862154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	237862436	rs1521744	T	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=58;SC=GGATTTGTAATAAAGTCTTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=237862444;WS=237862426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	237863439	rs12754190	G	A	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=11;PP=1057;SC=TAGAGTAATGGAGAAATAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=237863447;WS=237863429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	237863718	rs2797436	T	G	5544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=98;NR=110;PP=2965;SC=CAATGCTGTCTTCATTATTTG;SOR=0.854;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=214;TCF=98;TCR=116;TR=208;WE=237863726;WS=237863708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	237865203	rs939699	C	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=10;PP=1113;SC=CTGAATAGTACATAGCTTAAG;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=237865211;WS=237865193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	237872714	rs35261418	GT	G	1659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.822;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;MQRankSum=0.295;QD=21.55;ReadPosRankSum=1.941;SOR=1.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,73:0.95:77
chr1	237881770	rs2797441	C	T	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=67;NR=50;PP=1805;SC=AGAAAGATACCGAGGATGAAG;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=117;WE=237881778;WS=237881760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	237890437	rs2685301	C	T	9475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=176;NR=162;PP=2965;SC=AACTACTGTCCAAGCAGAGGA;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=176;TCR=162;TR=338;WE=237890445;WS=237890427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr1	237893674	rs2797445	C	T	7201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=132;PP=2965;SC=TTTAGTGGGGCTCTAAGATGA;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=120;TCR=133;TR=252;WE=237893682;WS=237893664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	237905568	.	T	TC	171	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5032;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=28;MQ=54.85;NF=3;NR=2;PP=171;QD=41.2;SC=TATTCCTGTCTCCTTTTTTTT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=237905576;WS=237905558;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,5:0.71:7
chr1	237919459	.	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.247;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.674;NF=7;NR=0;PP=108;ReadPosRankSum=0.728;SC=GAAGAACATCGTTGGTGTTGA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=237919467;WS=237919456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	237923053	rs2253831	C	T	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1140;ReadPosRankSum=1.694;SC=TCAGTGGCCACGTGGTTTCTA;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=235;TCF=139;TCR=96;TR=92;WE=237923061;WS=237923043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,97:0.40:243
chr1	237923243	rs3817436	A	G	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=881;ReadPosRankSum=-1.387;SC=TTGCACATAGAAGAATAGTTA;SOR=1.141;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=157;TCF=53;TCR=104;TR=56;WE=237923251;WS=237923233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,57:0.36:160
chr1	237924114	rs6143694	C	CAATGAATGGAGACATGT	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=1490;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GGTTGGTACGCAATGAATGGA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=4;WE=237924122;WS=237924110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	237941944	rs114847589	C	T	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1250;ReadPosRankSum=2.445;SC=GAATAATTGCCGTTTGTCTGT;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=105;TCR=63;TR=82;WE=237941952;WS=237941934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,87:0.49:177
chr1	237944814	rs12135982	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=473;ReadPosRankSum=0.528;SC=TATGATGTTCCTGCTGCATAG;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=40;WE=237944822;WS=237944804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr1	237951451	rs2256242	A	G	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=58;PP=1278;ReadPosRankSum=0.726;SC=ATGTTTTAGAATGAATATTGT;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=29;TCR=104;TR=74;WE=237951459;WS=237951441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,77:0.55:141
chr1	237951482	rs16835818	G	A	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=62;PP=1746;SC=GTGCAATACCGTAATAATTTA;SOR=8.318;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=0;TCR=62;TR=62;WE=237951490;WS=237951472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	237955649	rs68129840	CTGTG	C	397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.16;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	237955678	rs144369382	T	C	418.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	237955680	rs146659498	T	C	418.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.00;ReadPosRankSum=0.159;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr1	237957146	rs790902	G	A	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=21;PP=2429;SC=TAATTTTAACGTATTTATTTT;SOR=2.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=93;TCR=21;TR=114;WE=237957154;WS=237957136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	237957161	rs790901	A	G	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=35;PP=2965;SC=TATTTTTCCTATGTAGGTCCC;SOR=2.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=116;TCR=35;TR=151;WE=237957169;WS=237957151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	237957309	rs790900	A	C	6756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=144;PP=2965;SC=TGAGTAAATAATTATATGAGA;SOR=1.435;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=82;TCR=144;TR=226;WE=237957317;WS=237957299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	237958750	rs35572672	A	AT	72.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr1	238051933	rs2236595	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.289;SC=TAGGTGTCTACTCCATATTGT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=238051941;WS=238051923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	238053524	rs538499	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=202;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CAGTCTCCAGTGCCAGAAAGG;SOR=0.273;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=19;WE=238053532;WS=238053514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr1	240070944	rs2067481	G	A	4641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.644;SC=AGGTCATACCGTCTGGCAAGT;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=347;TCF=195;TCR=152;TR=190;WE=240070952;WS=240070934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,198:0.55:359
chr1	240254874	rs7521945	T	C	66.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=2;PP=43;SC=TCAGTTTTTCTCCGTGTAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=240254882;WS=240254864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	240255568	rs140531536	GGGC	G	3445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=43.62;SOR=1.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	240421383	rs10926181	G	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=607;SC=TTTGGGCTGAGGGATATGATG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=240421391;WS=240421373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	240421437	rs10926182	C	T	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=217;SC=CTGTGTAAACCGAGGTTAGTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=240421445;WS=240421427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	240457973	rs7526497	G	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=306;SC=AATTCCTGGTGCAGGCTTTGC;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=240457981;WS=240457963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	240492543	rs6686353	G	A	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;PP=2965;SC=ATGCAAATGCGGTGTCTTCAG;SOR=1.033;Source=Platypus;TCF=67;WE=240492551;WS=240492533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	240492896	rs75147245	C	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=51;PP=1257;SC=CGCAGTCCCACAGAAGGGAAC;SOR=5.097;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=54;WE=240492904;WS=240492886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	240497265	rs10157874	A	C	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=44;PP=2142;SC=ATTTTTACATATAGTCATATT;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=110;WE=240497273;WS=240497255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	240601269	rs2356386	A	G	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=12;PP=1999;SC=ATAATTGTGCATGAATAAAAT;SOR=3.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=84;TCR=12;TR=96;WE=240601277;WS=240601259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	240635491	rs2210861	G	C	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=139;SC=ATAAATTAGCGTCTGTAGCTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=240635499;WS=240635483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	240637571	rs882869	A	G	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=63;PP=1318;ReadPosRankSum=2.858;SC=GACCTCTTGCATAATCTTTTT;SOR=1.316;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=212;TCF=87;TCR=125;TR=94;WE=240637579;WS=240637561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,100:0.45:224
chr1	240643167	rs11578184	A	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=0.382;SC=CAAAGGGGACATTCACCCCCT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=9;WE=240643175;WS=240643157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	240643184	rs9442211	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=326;ReadPosRankSum=0.027;SC=CCCTTCTCTCCCAAAAATCAT;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=15;WE=240643192;WS=240643174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	240643435	rs12748248	A	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=600;ReadPosRankSum=0.397;SC=GTGAAACCATACCCTTGGGAG;SOR=1.007;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=34;WE=240643443;WS=240643425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr1	240655330	rs9287248	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=4;PP=574;SC=TTCTGAGTAAGACACCTTCTG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=240655338;WS=240655320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	240655582	rs184348005	G	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=623;ReadPosRankSum=-0.650;SC=GGAAGAAGAGGCGGTGGGGAC;SOR=0.973;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=42;WE=240655590;WS=240655572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,46:0.38:120
chr1	240656797	rs11806449	G	A	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,114:0.55:207
chr1	240656829	rs9730356	T	C	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=2.808;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr1	240656838	rs9728484	C	T	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.07;ReadPosRankSum=2.194;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr1	240656841	rs45519645	A	T	824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-3.211;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr1	240656852	rs34695275	T	TA	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	240975213	rs2275742	T	C	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=61;PP=2965;SC=AGCAATGTGTTTTACCTTAAA;SOR=1.919;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=221;TCF=160;TCR=61;TR=219;WE=240975221;WS=240975203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	240975435	rs2275744	C	T	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=81;PP=2205;SC=ATGTGTGCCTCGAAGTTCCCA;SOR=3.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=14;TCR=81;TR=95;WE=240975443;WS=240975425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	240977964	rs12744536	G	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=455;SC=TTAAACACATGTAATTGTCAT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=240977972;WS=240977954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	240979803	rs3738068	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=818;SC=CATAAATTCAGTAAGGTCTCT;SOR=6.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=240979811;WS=240979793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	241099872	rs77379720	T	C	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=1042;ReadPosRankSum=0.574;SC=TCTAGTTTACTGTTAAAGAAC;SOR=1.118;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=66;WE=241099880;WS=241099862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr1	241146415	.	G	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=230;ReadPosRankSum=1.880;SC=ATCAACCATTGAACAATGTCT;SOR=0.264;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=17;WE=241146423;WS=241146405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr1	241519098	rs4659599	T	A	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=82;PP=2491;SC=CTTGGTCCACTCTCAAGATAC;SOR=1.106;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=150;WE=241519106;WS=241519088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	241667233	rs4660099	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=1660;ReadPosRankSum=0.093;SC=GTGCGCCTTGCGCATCCAGCT;SOR=1.005;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=36;WE=241667252;WS=241667223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr1	241667244	rs4659607	G	T	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=1660;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GCATCCAGCTGCGGGATAACT;SOR=0.473;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=90;TCF=77;TCR=13;TR=46;WE=241667252;WS=241667223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr1	241675119	rs6673988	G	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=403;ReadPosRankSum=2.359;SC=ATAAAACCAAGATTCCTTCAA;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=44;TCR=0;TR=21;WE=241675127;WS=241675109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr1	241676758	rs10926500	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.776;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=11;PP=1317;ReadPosRankSum=-1.744;SC=ATTAATATCACCACTAAAAAT;SOR=0.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=98;TCF=85;TCR=13;TR=68;WE=241676766;WS=241676748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,68:0.69:98
chr1	241712134	rs11556464	C	T	4485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.489;SC=TCTAGGTTGGCTCATTACAAG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=355;TCF=212;TCR=143;TR=199;WE=241712142;WS=241712124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,208:0.56:374
chr1	241767930	rs632966	G	A	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=38;PP=1146;SC=GGGGGAAACCGGGCATAAGAG;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=241767938;WS=241767920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	241798631	rs3737604	C	T	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=53;PP=1612;ReadPosRankSum=1.143;SC=TATTAAAATACGATAACTGGC;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=159;TCR=122;TR=123;WE=241798639;WS=241798621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,125:0.43:291
chr1	241838057	rs67170285	C	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr1	241838065	rs66585415	T	C	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=6.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=1.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr1	241847018	rs10802979	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=405;ReadPosRankSum=0.286;SC=GAGTATCATACAGTTAATTTA;SOR=1.247;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=24;WE=241847026;WS=241847008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr1	241850657	rs78752834	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=-0.587;SC=ATTCTACATTTGGGTTTAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=11;WE=241850665;WS=241850647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	241875267	.	T	C	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=62;PP=1579;ReadPosRankSum=0.685;SC=GAAGAACACATTAGGGAATTT;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=47;TCR=106;TR=88;WE=241875275;WS=241875257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,89:0.58:154
chr1	241875326	rs12092919	T	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=433;ReadPosRankSum=1.324;SC=TTCTGGCGTCTGGATTTGATA;SOR=2.569;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=27;WE=241875334;WS=241875316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr1	241907817	rs10802990	T	C	4971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=113;PP=2892;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GAGCGTATAATGGTCAGACTA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=414;TCF=209;TCR=205;TR=230;WE=241907825;WS=241907807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,238:0.55:430
chr1	241907948	rs6703922	T	C	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=38;PP=892;ReadPosRankSum=0.005;SC=GCCAGTGAAATTCCTGTGCCT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=9;TCR=74;TR=42;WE=241907956;WS=241907938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr1	241913062	rs11432682	C	CT	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.306;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.471;NF=1;NR=21;PP=673;ReadPosRankSum=0.406;SC=TGCAGGTGCCCTTTTTGGGAA;SOR=0.169;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=22;WE=241913070;WS=241913052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr1	241920562	rs6663895	C	T	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=43;PP=1955;ReadPosRankSum=0.544;SC=ACTTTTCATGCACTCACTGGA;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=135;TCR=67;TR=130;WE=241920570;WS=241920552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,129:0.63:205
chr1	241929542	rs12095445	G	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1051;ReadPosRankSum=0.424;SC=GATTTATTACGAGTGAACTGC;SOR=0.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=76;WE=241929550;WS=241929532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,89:0.59:152
chr1	241933876	rs11809239	A	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=457;ReadPosRankSum=0.838;SC=TGAGTATGGTAGCATATCTTA;SOR=0.682;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=28;WE=241933884;WS=241933866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
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chr1	241946766	rs953597	A	C	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=116;PP=2917;SC=TGAAGTATATAGTTCAAATGC;SOR=1.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=55;TCR=116;TR=171;WE=241946774;WS=241946756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	241951034	rs6429312	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=219;ReadPosRankSum=1.053;SC=GGTCTTGAACCCAAGTAAAAA;SOR=0.191;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=11;WE=241951042;WS=241951024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	241951106	rs6429313	A	G	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=741;ReadPosRankSum=-0.613;SC=AACTTTGACCAAATTTTCCAG;SOR=1.108;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=53;WE=241951114;WS=241951096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr1	241951329	rs12074374	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=-0.546;SC=GATATTTGACCGGGAAAAGTA;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=21;WE=241951337;WS=241951319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr1	241964559	rs4658661	C	T	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=91;PP=2141;ReadPosRankSum=-0.069;SC=AAAATGGCAACGTTTGGATGA;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=451;TCF=218;TCR=233;TR=169;WE=241964567;WS=241964549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,176:0.37:475
chr1	242015820	rs2526704	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=208;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGTGGCTTGCACCTGTTGTCC;SOR=0.412;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=242015828;WS=242015810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	242020495	rs2995544	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=296;ReadPosRankSum=0.482;SC=CTAAAACTTACAGTAGAAAAA;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=19;WE=242020503;WS=242020485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	242030151	rs735943	A	G	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=73;PP=2346;ReadPosRankSum=-0.907;SC=TCAAGAAGTCATAGTTGGGAT;SOR=0.623;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=307;TCF=182;TCR=125;TR=172;WE=242030159;WS=242030141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,178:0.55:326
chr1	242035673	rs4149969	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.001;NF=1;NR=23;PP=482;ReadPosRankSum=0.208;SC=TTTATTTATTATACTTTAAGT;SOR=0.616;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=24;WE=242035681;WS=242035663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr1	242042301	rs1047840	G	A	13625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=225;NR=233;PP=2965;SC=CTACTCTTTTGAGAGCAGCAA;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=458;TCF=225;TCR=233;TR=458;WE=242042309;WS=242042291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr1	242042545	rs1776148	A	G	7292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=133;PP=2965;SC=TTACGAGAAGAGGCATGTTCT;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=120;TCR=133;TR=253;WE=242042553;WS=242042535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	242042690	rs1418760	A	G	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=53;PP=1699;SC=TATATGTAAGAAAAAATAGAT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=82;WE=242042698;WS=242042680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	242045275	rs1635498	C	T	6007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=107;NR=102;PP=2965;SC=CTCCAAGCTACGTTTATCTCA;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=107;TCR=102;TR=209;WE=242045283;WS=242045265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	242048514	rs10666416	G	GTAAATAAA	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=436;SC=ATCTCAAAAAGTAAATAAATA;SOR=1.863;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=242048522;WS=242048504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	242048674	rs9350	C	T	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.031;NF=43;NR=37;PP=1095;ReadPosRankSum=-2.593;SC=AAGATCAAACCTCTAGGACCT;SOR=0.672;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=80;WE=242048682;WS=242048664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,86:0.52:165
chr1	242048945	rs1635488	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=1.383;SC=TTTCTCTCTTCCCTTTAGCTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=242048953;WS=242048935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	242052685	rs4150020	C	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=327;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CTTCATGTCCCTCTATTTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=20;WE=242052693;WS=242052675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	242053030	rs4150021	AT	A	1043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=33;PP=1975;ReadPosRankSum=-0.582;SC=AATAGAATACATTTTGTATAT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=33;WE=242053050;WS=242053020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr1	242053042	rs851797	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TTTGTATATTAACTTTATAAT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=19;WE=242053050;WS=242053020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr1	242159710	rs114367814	G	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=377;ReadPosRankSum=-1.648;SC=GGAGGGTGGTGAGGGTATGGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=30;WE=242159718;WS=242159700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr1	242287684	rs10926623	T	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=507;ReadPosRankSum=0.772;SC=TTTTGCCCAATACAAGATCAC;SOR=0.305;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=29;WE=242287692;WS=242287674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr1	242383170	rs5782230	T	TAC	1163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=854;ReadPosRankSum=-1.576;SC=CTCTTAAAACTACAGTTAAGA;SOR=0.601;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=20;WE=242383178;WS=242383160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr1	242383201	rs1973498	T	G	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.913;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.026;NF=31;NR=18;PP=778;ReadPosRankSum=0.691;SC=CTGTAGGTTTTAGGATCCTTA;SOR=0.366;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=49;WE=242383209;WS=242383191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr1	242383510	rs7547029	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=338;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TGGTTCACCATTTGTCCCAAT;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=20;WE=242383518;WS=242383500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr1	242511556	rs112478548	AACAAAG	A	7609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=96;PP=2974;SC=TGAAAGAGGAAACAAAGACAA;SOR=1.692;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=11;TCR=110;TR=106;WE=242511569;WS=242511546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	242687390	rs2810008	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=508;ReadPosRankSum=0.220;SC=TCGCCCTTACGTGCTCCAGCT;SOR=0.890;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=135;TCF=85;TCR=50;TR=46;WE=242687398;WS=242687380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,50:0.34:146
chr1	243327520	rs1815604	A	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=0.464;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	243332884	rs140816120	AAG	A	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.33;MQRankSum=0.243;QD=19.45;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	243335940	rs74889777	GA	G	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=1.449;SC=TCTCAGACAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=14;WE=243335948;WS=243335930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr1	243362331	rs2789172	C	T	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.93;QD=31.23;SOR=4.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	243388370	rs10926973	A	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.953;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=445;ReadPosRankSum=2.034;SC=AGCTAAAAGGAGAGAAAGTTC;SOR=2.215;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=25;WE=243388378;WS=243388360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr1	243419429	rs3904682	T	A	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=46;PP=1441;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GGGAGAAAGCTGGACATTTCC;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=263;TCF=145;TCR=118;TR=104;WE=243419437;WS=243419419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,104:0.38:272
chr1	243433654	rs2275154	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=222;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TTCTGCTGCTATGATGTTATT;SOR=0.673;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=19;WE=243433662;WS=243433644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr1	243481431	rs2783972	A	G	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=73;PP=1613;ReadPosRankSum=-1.227;SC=GACAGATTGTATAAAGAAAAT;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=104;TCR=178;TR=116;WE=243481440;WS=243481421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,119:0.41:287
chr1	243493484	rs2636324	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=0.641;SC=TGGATACTTACGTATTTCGTG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=243493492;WS=243493474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	243493907	rs2275155	A	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=964;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TTGAAAAAGAACTTGCATCTC;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=94;TCR=75;TR=76;WE=243493915;WS=243493897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,84:0.45:185
chr1	243507508	.	A	G	4825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GTTTTTTACAATCTAACAGGT;SOR=0.563;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=363;TCF=214;TCR=149;TR=206;WE=243507516;WS=243507498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,214:0.56:379
chr1	243507680	rs3215963	C	CA	2844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=65;PP=2957;SC=ATATGAGTAACATTCTTTCTC;SOR=4.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=1;TCR=71;TR=66;WE=243507688;WS=243507670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	244528127	rs9782996	T	C	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=77;PP=1925;ReadPosRankSum=1.397;SC=GGAGTTAGAATTGCACATCCT;SOR=0.486;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=145;TCF=23;TCR=122;TR=93;WE=244528135;WS=244528117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,94:0.64:147
chr1	244579519	rs3123696	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=31;PP=898;SC=GTTAGGATTATATTTTAAAGC;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=244579527;WS=244579509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	244653781	rs143247582	AT	A	1027.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.204;NF=8;NR=27;PP=889;ReadPosRankSum=0.585;SC=CAGGTAAAATATTTTTTAAAT;SOR=0.750;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=35;WE=244653789;WS=244653771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr1	244723920	rs7522899	C	G	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=10;PP=1471;SC=AATTGTTAGGCCCGTCTCTAA;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=62;WE=244723928;WS=244723910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	244724092	rs7544794	G	A	14859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=282;NR=231;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.117;SC=TAAGTCTATCGGTGACTGCTA;SOR=0.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=516;TCF=285;TCR=231;TR=513;WE=244724100;WS=244724082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,540:1.00:541
chr1	244735858	rs10927267	A	G	6510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=97;PP=2965;SC=TAGCTTTCACAACAAAAGACA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=129;TCR=97;TR=226;WE=244735866;WS=244735848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	244747051	rs6429486	G	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=582;SC=TCTAGAAATTGGCGTGGGAGG;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=244747059;WS=244747041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	244747150	rs6429487	G	A	5971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=79;PP=2965;SC=TAACCTGTACGAATTGTTTCT;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=130;TCR=79;TR=209;WE=244747158;WS=244747140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	244747293	rs6429488	CG	TA	7770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=103;PP=2947;SC=AATGTATAGGCGGTCAACCAA;SOR=1.583;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=53;TCR=107;TR=152;WE=244747302;WS=244747283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	244747339	rs6429490	G	A	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=58;PP=1526;SC=ATACCTCCATGCAATACCTCC;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=73;WE=244747347;WS=244747329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	244754961	rs41269387	C	A	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.843;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=963;ReadPosRankSum=-0.860;SC=ATTTCAACTTCATTATGTTTT;SOR=1.539;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=57;WE=244754969;WS=244754951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr1	244773784	rs6698173	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=29;PP=709;SC=ATTTTTAAAATGCTTCATCTT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=244773792;WS=244773774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	245133489	rs7545078	T	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=29;PP=1435;SC=GGGGGCCGGGTGGCAGACGGG;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=245133497;WS=245133479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	245133539	rs7542813	A	G	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=39;PP=2295;SC=GTGGCGCGAAACGGGGACAGG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=102;WE=245133565;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	245133549	rs10536649	GGC	G	3580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=38;PP=2353;SC=ACGGGGACAGGGCGCGCGCTC;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=81;WE=245133565;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	245133623	rs145835471	T	TCCTCC	7519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=59;PP=2438;SC=GAGCGGCCCCTCCTCCAGGCC;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=99;WE=245133634;WS=245133613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	245133662	rs61844237	G	C	7436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=123;PP=2965;SC=TGAGCAGGCCGGGACACCGCG;SOR=0.889;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=112;TCR=123;TR=235;WE=245133670;WS=245133652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr1	245179011	rs201488109	CA	C	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=13.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.606;QD=10.14;ReadPosRankSum=1.796;SOR=2.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr1	245179171	rs1196365	C	T	8529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=170;PP=2965;SC=CCAAAGTGATCAGCAGACCGC;SOR=2.049;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=63;TCR=172;TR=233;WE=245179179;WS=245179161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	245179188	rs1196366	G	T	6043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=114;PP=2965;SC=CCGCATCACTGTGCTGCCTGG;SOR=3.750;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=17;TCR=117;TR=131;WE=245179196;WS=245179178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	245222634	rs694793	C	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=8;PP=1304;SC=TTGGAGAAACCTGGCCTTTTC;SOR=3.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=63;WE=245222642;WS=245222624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	245222839	rs579269	G	T	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=121;PP=2965;SC=AATCCTTACCGGAAACTAAAA;SOR=1.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=69;TCR=121;TR=190;WE=245222853;WS=245222829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	245318688	rs12409851	C	T	6419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.060;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.599;SC=GATGTAGCGTCGGTGGAACCT;SOR=1.098;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=481;TCF=274;TCR=207;TR=285;WE=245318696;WS=245318678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,291:0.59:496
chr1	245703819	rs7551348	T	C	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=12;PP=1848;SC=ACATCATTCTTTGTAAATCGT;SOR=3.202;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=77;WE=245703827;WS=245703809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	245703990	rs9919234	G	T	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=68;PP=2211;ReadPosRankSum=-0.405;SC=ACGAGGGGTTGTTTAAGAGAA;SOR=0.560;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=326;TCF=176;TCR=150;TR=140;WE=245703998;WS=245703980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,143:0.42:339
chr1	245765800	rs7541927	T	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=470;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TGCATGTATATCGCAGAGTAT;SOR=1.675;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=24;WE=245765808;WS=245765790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr1	245775405	.	TGT	AGA	135	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=39;MMLQ=27;MQ=53.83;NF=0;NR=5;PP=135;QD=37.6935749724;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=5;WE=245775415;WS=245775393;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,5:0.28:18
chr1	245849000	rs61744485	C	T	8054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.856;SC=ACAGCCGGCCCGCAGAGGCAG;SOR=0.548;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=604;TCF=264;TCR=340;TR=339;WE=245849016;WS=245848990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,357:0.57:627
chr1	245850095	rs871840	C	T	9542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=245;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.750;SC=AGGCCCAGGACGCAGGGAGCA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=747;TCF=314;TCR=433;TR=418;WE=245850103;WS=245850085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,431:0.56:772
chr1	245851304	rs6701084	A	G	11777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=199;NR=222;PP=2965;SC=GCAGGGCGACAGTCAGCCACT;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=422;TCF=200;TCR=222;TR=421;WE=245851312;WS=245851294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr1	245861571	rs3205034	C	T	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=54;PP=1098;ReadPosRankSum=1.332;SC=AAATCGATGACGTGGAGCGCC;SOR=0.568;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=200;TCF=74;TCR=126;TR=88;WE=245861579;WS=245861561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,89:0.44:203
chr1	246021941	rs2362587	T	C	6601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=114;PP=2965;SC=TGCTTATGATTGCCTGGCACA;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=118;TCR=114;TR=232;WE=246021949;WS=246021931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	246022071	rs2185370	C	T	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=34;PP=893;SC=AGCACAGGAGCGAGGGAAGCA;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=246022079;WS=246022061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	246027024	rs12123124	A	G	6271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.12;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	246027029	rs61830203	A	T	6572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=1.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	246027034	rs2153404	G	C	6839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	246091457	rs6669768	T	C	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=86;PP=2101;SC=GTTGACAGGATGCCAGGGGTT;SOR=2.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=37;TCR=86;TR=123;WE=246091465;WS=246091447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	246091515	rs2275318	C	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=36;PP=966;SC=ACACCTCCCACGAAGTGCAAT;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=39;WE=246091523;WS=246091505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	246091531	rs6669866	T	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=733;SC=GCAATTCTCCTCAAGATGCAG;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=246091539;WS=246091521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	246093465	rs11295264	GA	G	1689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.753;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.921;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,95:0.81:117
chr1	246110573	rs10802300	A	G	8042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=86;PP=2965;SC=AAGAGCAAGTAGCTAAAGGAA;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=181;TCR=87;TR=267;WE=246110581;WS=246110563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr1	246489706	rs57404221	GA	G	3958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.748;HP=13;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.423;NF=9;NR=116;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.347;SC=GGCTAGTGAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.692;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=151;TCF=12;TCR=139;TR=125;WE=246489715;WS=246489691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,174:0.93:188
chr1	246490438	rs3737245	T	C	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.45;SOR=1.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	246490442	rs3737246	A	G	6948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.27;SOR=1.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	246490452	rs3737247	G	A	7332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.66;SOR=1.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	246498866	rs10159376	A	C	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=36;PP=1116;SC=ATAAACATTAAATTTTAATAG;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=246498874;WS=246498856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	246670281	rs6671418	G	C	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=18;PP=1625;SC=GCGGCTGCCGGCCGCCCGACG;SOR=1.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=73;WE=246670289;WS=246670271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	246670333	rs6426303	A	G	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=112;NR=73;PP=2965;SC=CGACTCAGGTAGGCGAGGGCG;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=112;TCR=73;TR=185;WE=246670341;WS=246670323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	246704563	rs764243	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=29;PP=818;SC=TATCAGTTCACGGTGACAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=246704571;WS=246704553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	246707816	rs3124119	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=295;SC=TTATTCTTTTTACTCACCGTA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=246707824;WS=246707806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	246707858	rs3129568	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=577;SC=TGCGCCTCCCAAAACAGTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=246707866;WS=246707848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	246711789	rs3124131	T	A	1039.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=14;PP=664;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CCTAAAAAAATAAAATAAAAA;SOR=0.904;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=68;WE=246711797;WS=246711771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,49:0.89:55
chr1	246712033	rs1890160	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=940;SC=TTGGATTTAAAAGAAACATGT;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=246712041;WS=246712023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	246714728	rs9426201	G	A	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=5;PP=107;SC=ACTAGAATTAGATGCAAAAAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=246714736;WS=246714718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	246720174	rs3120710	A	G	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=345;SC=CCTTGGCATGAAACTTGGCTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=246720182;WS=246720164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	246720798	rs3124071	G	A	5396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=103;PP=2965;SC=AGTCACAGTGGATCACTCGTA;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=186;WE=246720806;WS=246720788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	246727558	rs3120713	G	T	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=14;PP=825;SC=GATATTCTATGTAAAACACTG;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=246727566;WS=246727548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	246755124	rs6702823	T	C	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=38;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GGTGAGAACTTGCAAAACACC;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=185;TCF=102;TCR=83;TR=93;WE=246755132;WS=246755114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,103:0.53:193
chr1	246939513	rs3795467	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=491;ReadPosRankSum=-1.441;SC=TGGCAGTTGCGCAGTCATCCC;SOR=0.511;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=90;TCR=28;TR=41;WE=246939521;WS=246939503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,48:0.38:127
chr1	246939746	rs3795466	C	T	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1158;ReadPosRankSum=0.139;SC=TACGAATTAACTCATTTAAAA;SOR=1.330;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=62;WE=246939754;WS=246939736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,63:0.39:162
chr1	246940790	rs66929931	TAAAGA	T	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=345;ReadPosRankSum=-0.683;SC=GACACATTTGTAAAGAAAAGG;SOR=0.031;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=9;WE=246940802;WS=246940780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	246942159	rs7512440	G	A	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=40;PP=1650;ReadPosRankSum=-0.928;SC=TCCAGTTGACGCCAAGGCACC;SOR=0.780;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=260;TCF=163;TCR=97;TR=112;WE=246942167;WS=246942149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,118:0.44:269
chr1	246943547	rs41267531	A	C	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.194;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=596;ReadPosRankSum=0.870;SC=TCTGGATTTTATGTGTGTGAC;SOR=1.448;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=34;WE=246943555;WS=246943537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr1	247021266	.	C	CTTCT	122	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=15;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=67.29;NF=0;NR=6;PP=122;QD=21.1666666667;SC=ACACTTTCTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=247021274;WS=247021256;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	247021269	rs77746851	T	C	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=70.00;QD=23.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	247109014	rs2642982	G	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=480;ReadPosRankSum=1.517;SC=TCGGGCTGACGCAGCTGGACC;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=247109022;WS=247109004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr1	247109168	rs6426191	G	A	7362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=102;PP=2965;SC=TTAAGGTTCCGAGTAGCTCCT;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=156;TCR=103;TR=258;WE=247109176;WS=247109158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	247109267	rs2642983	A	C	6138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=131;PP=2965;SC=TGCCATTTCAAATTCACGCAG;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=83;TCR=131;TR=214;WE=247109275;WS=247109257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	247129945	rs1779985	A	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=1;PP=612;SC=CTAATCAGCTAGGTATGGGGG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=247129953;WS=247129941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	247130577	rs4971282	C	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=370;SC=TATTAAAAAGCCACTGGATTG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=247130585;WS=247130572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	247150740	rs3749427	T	C	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1248;ReadPosRankSum=-1.300;SC=GGTTAAAGGCTTTTCCACATT;SOR=0.842;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=180;TCF=88;TCR=92;TR=74;WE=247150748;WS=247150730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,82:0.41:200
chr1	247151035	rs2642993	T	G	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1205;ReadPosRankSum=-1.876;SC=TTCAGTATGATTTTTCTCAAC;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=76;WE=247151043;WS=247151025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,82:0.60:137
chr1	247151557	rs2642992	A	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=914;ReadPosRankSum=0.957;SC=AGAAGACAAAACTGGAAAAAA;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=23;TCR=89;TR=48;WE=247151565;WS=247151547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,50:0.42:118
chr1	247162581	rs12119510	G	A	4884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.420;SC=CCAAACCACAGTTTAAAGTCT;SOR=0.548;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=482;TCF=283;TCR=199;TR=242;WE=247162589;WS=247162571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,237:0.48:494
chr1	247162611	rs3749428	C	G	11632.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.38;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,302:0.48:633
chr1	247162611	.	CA	GG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=149;NR=119;PP=2944;QD=20;SC=CTTGATCCTTCAACCCCTACC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=596;TCF=314;TCR=282;TR=268;WE=247162621;WS=247162601;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:328,268:0.45:596
chr1	247162612	rs3749429	A	G	11617.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.32;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,301:0.47:634
chr1	247162613	rs3833603	AC	A	11608.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=120;PP=2963;ReadPosRankSum=0.205;SC=TGATCCTTCAACCCCTACCTG;SOR=0.847;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=373;TCF=100;TCR=273;TR=169;WE=247162621;WS=247162601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,300:0.47:639
chr1	247162628	rs4384270	C	T	6685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TACCTGTGTTCGCTTCATTCA;SOR=0.639;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=639;TCF=318;TCR=321;TR=320;WE=247162636;WS=247162618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,321:0.48:668
chr1	247162658	rs2642973	C	T	6381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.972;SC=ACCTGAGTGTCTGGCTGTCTT;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=576;TCF=257;TCR=319;TR=280;WE=247162666;WS=247162648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,304:0.51:595
chr1	247241850	rs41305955	G	C	10219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=219;NR=148;PP=2965;SC=CCGCTTCCTGGCGGTTCCCTT;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=220;TCR=148;TR=367;WE=247241858;WS=247241840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr1	247242032	rs3806269	C	T	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=116;PP=2965;SC=ACGCACCGAGCTCGCCACATT;SOR=2.317;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=41;TCR=117;TR=156;WE=247242040;WS=247242022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	247267274	rs4925692	C	A	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=33;PP=1766;ReadPosRankSum=1.150;SC=CCCGACAGGGCTCCGGCCGGC;SOR=0.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=107;WE=247267282;WS=247267264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr1	247274899	rs73135916	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=156;ReadPosRankSum=-1.065;SC=CAGGTGGCCGAAGTCGGAGGG;SOR=0.339;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=13;WE=247274907;WS=247274889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	247287256	rs12058911	T	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-0.741;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,76:0.19:392
chr1	247287260	rs3901383	A	G	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-2.857;QD=6.43;ReadPosRankSum=2.263;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,131:0.34:386
chr1	247287269	rs78802037	T	C	6513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=2.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-4.405;QD=17.99;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,196:0.54:362
chr1	247320258	rs41304032	A	G	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=56;PP=1472;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TTTCATGGTAATGAAGGCAAT;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=90;TCR=127;TR=95;WE=247320266;WS=247320248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,102:0.45:229
chr1	247320868	rs11806327	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=404;ReadPosRankSum=0.063;SC=TATGACTTCTGCAAAAAATGA;SOR=0.984;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=22;WE=247320876;WS=247320858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr1	247322130	rs112758144	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GGGTTTTTGCCGTGTTGGTCA;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=7;WE=247322138;WS=247322120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	247322298	rs6675536	G	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=-1.900;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,67:0.36:188
chr1	247323195	rs4925786	T	C	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1224;ReadPosRankSum=-1.855;SC=AAGATGTTCATCTGATTCTGT;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=187;TCF=59;TCR=128;TR=72;WE=247323203;WS=247323185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,74:0.38:195
chr1	247323260	rs9793102	C	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=116;ReadPosRankSum=-1.100;SC=GTCTACACTTCCTTTCTCCCA;SOR=0.191;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=12;WE=247323268;WS=247323250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	247337159	rs10924931	A	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.853;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.748;NF=33;NR=54;PP=1020;ReadPosRankSum=0.577;SC=GATGAGGTTTATATAACTTTC;SOR=0.906;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=272;TCF=115;TCR=157;TR=87;WE=247337167;WS=247337149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,93:0.33:279
chr1	247365430	rs10754539	A	G	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=50;PP=1464;ReadPosRankSum=1.233;SC=AAAGGTGTCAACACAACCCTT;SOR=0.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=127;TCR=138;TR=98;WE=247365438;WS=247365420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,104:0.36:286
chr1	247419509	rs1778540	T	C	9778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=224;NR=111;PP=2965;SC=TATTACCATATAAATCTTCTT;SOR=1.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=224;TCR=111;TR=335;WE=247419517;WS=247419499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	247419664	rs1778541	C	T	13512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=185;NR=279;PP=2965;SC=TGCTCTTCACCCAGGCAATAT;SOR=1.207;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=464;TCF=185;TCR=279;TR=464;WE=247419672;WS=247419654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr1	247473889	rs61838684	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=0.857;SC=CTGTTCCTCACAGTTCTGGAG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=7;WE=247473897;WS=247473879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	247485932	rs10924984	A	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=7;PP=799;SC=TCCTCAGAGCACCCGAGTAAG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=247485940;WS=247485922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	247486213	rs41268345	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.788;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr1	247486421	rs6692645	G	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.570;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=290;ReadPosRankSum=1.842;SC=GAGGCAAACAGGGGATTTTCA;SOR=1.732;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=22;WE=247486429;WS=247486411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
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chr1	247582463	.	TATA	T	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=-0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.117;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr1	247587408	rs7525979	C	T	5118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.704;SC=CTGTGCACACCGTGGTGTTCC;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=569;TCF=263;TCR=306;TR=250;WE=247587416;WS=247587398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,255:0.44:581
chr1	247587531	rs4925543	A	G	14218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=263;NR=203;PP=2965;SC=TCCACTGTCGAGAGGTGAGCC;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=466;TCF=263;TCR=203;TR=466;WE=247587539;WS=247587521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr1	247588960	rs3738447	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=20;PP=517;SC=TCTTCTTGGCGCTTGCCTCCT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=247588968;WS=247588950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	247593142	rs12060377	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=300;SC=GATCTTCAGGACCAGGTTGCT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=247593150;WS=247593132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	247597329	rs12124866	C	T	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=1;PP=1092;SC=TCAGGTGTGTCCTGATGCTTC;SOR=5.330;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=44;WE=247597337;WS=247597326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	247597365	rs10925022	G	A	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=3;PP=2177;SC=CTCTGGTCAGGTGTGTTCTGA;SOR=5.574;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=80;TCR=3;TR=82;WE=247597373;WS=247597355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	247599232	rs10754557	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=574;SC=GTGGAGCGTGGGTGAGAGACA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=247599240;WS=247599222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	247608167	rs45624634	C	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.954;NF=11;NR=19;PP=434;ReadPosRankSum=0.066;SC=ACTCTGAGTTCTCAGGAAACG;SOR=0.487;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=30;WE=247608175;WS=247608157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr1	247614617	rs4925663	C	T	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=86;PP=2837;ReadPosRankSum=-0.801;SC=GGCAATAAAGCCATAGGAGAG;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=369;TCF=206;TCR=163;TR=194;WE=247614625;WS=247614607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,209:0.54:390
chr1	247614693	rs6695302	C	T	12352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=219;PP=2965;SC=GTGTCATTCACAGCGGTGTCA;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=451;TCF=232;TCR=219;TR=451;WE=247614701;WS=247614683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr1	247614896	rs11583410	A	C	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1328;ReadPosRankSum=0.204;SC=GGGCTTGCAGATGGCCACGTA;SOR=0.630;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=276;TCF=132;TCR=144;TR=90;WE=247614904;WS=247614886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,91:0.31:290
chr1	247615252	rs12028142	G	A	4041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.197;NF=83;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.926;SC=CTTTAGGGGAGTCCCCTAAGA;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=368;TCF=162;TCR=206;TR=190;WE=247615269;WS=247615242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,193:0.51:377
chr1	247615261	rs35305980	GA	G	5830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.516;NF=19;NR=105;PP=2964;ReadPosRankSum=-2.960;SC=AGTCCCCTAAGAAGCTATGGT;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=38;TCR=212;TR=124;WE=247615269;WS=247615242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,187:0.53:353
chr1	247654498	rs61070846	G	A	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GGCCTGGACTGGAGAAAATTC;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=110;TCR=58;TR=166;WE=247654506;WS=247654488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr1	247690417	rs12404733	T	G	6987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=138;PP=2965;SC=TCATTTTCTGTTAAGCATTTA;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=110;TCR=138;TR=247;WE=247690425;WS=247690407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	247695612	rs6657127	G	A	8761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=143;NR=145;PP=2965;SC=TCCAGGAAGGGGAGGTTGGCA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=143;TCR=145;TR=288;WE=247695620;WS=247695602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr1	247695756	rs6697472	T	C	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=121;PP=2965;SC=GAGGGTCGTGTGGAGAAGCCC;SOR=1.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=81;TCR=121;TR=202;WE=247695764;WS=247695746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	247719769	rs56043070	G	A	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=1213;ReadPosRankSum=0.462;SC=AAAGAAAACGGTAAGAACAGA;SOR=0.701;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=85;WE=247719777;WS=247719759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,90:0.52:172
chr1	247726822	rs142922665	CTTTT	C	10269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=91;PP=2979;SC=CAACCAAATGCTTTTTTTGAA;SOR=0.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=42;TCR=95;TR=129;WE=247726833;WS=247726812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	247752161	rs10925085	T	C	7683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=135;PP=2965;SC=ACCCTCACCCTGCAGCTGCCC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=143;TCR=135;TR=277;WE=247752169;WS=247752151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr1	247752367	rs869111	A	G	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=60;PP=2441;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GTCAGCTACCAGGAGACAGAA;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=166;TCR=104;TR=154;WE=247752375;WS=247752357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,159:0.58:276
chr1	247769217	rs61750030	T	G	5987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.504;SC=TGGGCTCCACTGAATGTATCC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=455;TCF=212;TCR=243;TR=255;WE=247769225;WS=247769207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,267:0.57:470
chr1	247769752	rs61730407	A	G	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=58;PP=1427;ReadPosRankSum=1.776;SC=AAATCCTATCATCTATACTTT;SOR=0.926;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=58;TCR=93;TR=90;WE=247769760;WS=247769742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,90:0.58:156
chr1	247835352	rs1151641	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=1.343;SC=GTATGAAAAACCAGTAAAATC;SOR=0.209;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=12;WE=247835360;WS=247835342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr1	247835674	rs28446289	G	A	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.653;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=55;PP=1868;ReadPosRankSum=1.215;SC=GTGCGGATACGGAGAATAGCA;SOR=0.935;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=381;TCF=197;TCR=184;TR=129;WE=247835682;WS=247835662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,137:0.34:399
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chr1	247836008	rs28555391	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=1005;ReadPosRankSum=-2.573;SC=CCATGGTGGTGAAGAGAACCA;SOR=0.673;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=76;TCR=69;TR=64;WE=247836016;WS=247835998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,69:0.46:149
chr1	247836207	rs28711149	T	A	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.374;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=64;PP=1893;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GTTATAGATTTTGGCAATGAT;SOR=0.667;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=380;TCF=207;TCR=173;TR=143;WE=247836215;WS=247836197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,149:0.38:395
chr1	247875415	rs2282316	A	G	5163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.266;SC=TAGGAGACAAAGGTGATGAGG;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=413;TCF=201;TCR=212;TR=222;WE=247875423;WS=247875405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,229:0.54:426
chr1	247875583	rs6665599	G	C	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=57;PP=1776;ReadPosRankSum=-1.522;SC=AGGGCTGTGGGCACTGCAATG;SOR=0.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=104;TCR=124;TR=106;WE=247875591;WS=247875573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,112:0.46:242
chr1	247875608	rs6587382	C	G	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=44;PP=1561;ReadPosRankSum=-1.865;SC=CGAAACCACACACCCAGGAGC;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=99;TCR=98;TR=90;WE=247875616;WS=247875598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,100:0.47:215
chr1	247875975	rs61730470	A	G	4452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.925;SC=AAAAAGCATAAAGAGAGAGAG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=321;TCF=139;TCR=182;TR=186;WE=247875983;WS=247875963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,195:0.59:331
chr1	247886493	rs62619787	G	A	4551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TAGGTTACAGGGTTAAATACT;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=367;TCF=173;TCR=194;TR=196;WE=247886501;WS=247886483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,204:0.54:379
chr1	247886615	rs11809582	G	A	3339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=63;PP=1995;ReadPosRankSum=0.772;SC=AGTGAAAACAGTGAGATGGGG;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=264;TCF=139;TCR=125;TR=138;WE=247886623;WS=247886605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,152:0.53:285
chr1	247921100	rs1552812	T	G	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1448;ReadPosRankSum=0.176;SC=CCAATAGACCTCCTACTGCAA;SOR=0.715;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=273;TCF=129;TCR=144;TR=110;WE=247921108;WS=247921090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,124:0.43:288
chr1	247921352	rs1552813	C	T	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=43;PP=1266;ReadPosRankSum=-1.251;SC=ATCTATCATACGCCATCACAC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=143;TCR=114;TR=98;WE=247921360;WS=247921342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,107:0.38:278
chr1	247921717	rs10888359	C	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=495;ReadPosRankSum=2.168;SC=ATATTCCCAACAAATCTAGAA;SOR=0.394;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=36;WE=247921725;WS=247921707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr1	247921789	.	A	AGT	172	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=172;QD=25.0;SC=AGAGAGAGACAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=247921798;WS=247921779;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	247978087	rs10888248	G	A	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=30;PP=1889;SC=ATTGAAAGAAGAAAAGCAACA;SOR=1.396;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=100;WE=247978095;WS=247978077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	247978319	rs6695283	A	G	8746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=155;NR=155;PP=2965;SC=TGGAAGGCAAATAGAGTAGGC;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=156;TCR=155;TR=310;WE=247978327;WS=247978309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	247978541	rs35979231	AAGG	A	15192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=147;PP=2948;SC=ACAGTAGGATAAGGAGAAGGT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=52;TCR=157;TR=195;WE=247978551;WS=247978531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	247978996	rs10888249	A	G	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=75;PP=2533;SC=AAAACCCCATAAGGATAAATT;SOR=1.335;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=123;WE=247979004;WS=247978986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	248004614	rs6667389	G	A	9018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=177;NR=128;PP=2965;SC=TGGTCACCTCGGTGATATAAA;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=177;TCR=128;TR=305;WE=248004622;WS=248004604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	248004687	rs10888255	C	G	11588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=217;NR=185;PP=2965;SC=AATCTGATTGCGCCCACAGAA;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=217;TCR=185;TR=402;WE=248004695;WS=248004677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr1	248004775	rs10888256	C	T	12173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=203;NR=237;PP=2965;SC=ACCAACCTGGCACAGAGCCCA;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=440;TCF=203;TCR=237;TR=440;WE=248004783;WS=248004765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr1	248004848	rs4607924	G	C	6887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=119;PP=2965;SC=CATAGGCCATGAAGGCCAGGA;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=99;TCR=119;TR=218;WE=248004856;WS=248004838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	248004877	rs10888257	C	T	9515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.25;ReadPosRankSum=2.329;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr1	248004884	rs1339845	T	C	9380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.03;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	248005213	rs7522811	G	C	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=76;PP=2369;SC=TGTGGGGGATGAAAAACATTC;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=126;WE=248005221;WS=248005203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	248020448	rs10749636	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=298;SC=GACACCACCCGTCGGCGCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=248020456;WS=248020438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	248020556	rs11204523	G	C	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=32;PP=2601;SC=GTCATGGCCTGGGCGCCGCCC;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=103;TCR=32;TR=134;WE=248020564;WS=248020546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	248028219	rs946696	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=401;SC=GCCAGCGCCCGGCCCTGGGTC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=248028227;WS=248028209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	248039451	rs3811444	C	T	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=63;PP=1999;ReadPosRankSum=-0.456;SC=GGGGAAACCACGCCATCTCCT;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=159;TCR=149;TR=129;WE=248039459;WS=248039441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,130:0.40:321
chr1	248039713	rs3811445	A	G	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=68;PP=1674;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TGCCACCCACAACAATAGCAG;SOR=0.642;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=300;TCF=123;TCR=177;TR=118;WE=248039721;WS=248039703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,128:0.40:317
chr1	248058755	rs1337876	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.62;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	248058755	.	ATAACTG	GTAACTC,GTAACTG	296	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=7,17;NR=0,0;PP=93,296;QD=20.9239821232;SC=GCAACTCCATATAACTGTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=7,17;WE=248058769;WS=248058745;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.41:17
chr1	248058761	rs11204543	G	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	248058797	rs1856248	T	G	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=5;PP=1454;SC=ATAAAAAGCATAGAAGAATGC;SOR=4.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=56;WE=248058805;WS=248058787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	248058845	rs4500353	A	C	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=41;PP=2965;SC=ATCAGCTGTTATTATTATTAT;SOR=2.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=128;TCR=41;TR=169;WE=248058853;WS=248058835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	248058879	rs6587387	A	T	9185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=207;NR=97;PP=2965;SC=TCTGTTCAGCAGCAGTAGAGA;SOR=1.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=207;TCR=97;TR=304;WE=248058887;WS=248058869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	248059476	rs12139390	A	C	8275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=139;PP=2965;SC=TGGCCATCGAAGGCACCGTCT;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=160;TCR=139;TR=299;WE=248059484;WS=248059466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	248059703	rs11204545	T	A	14632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.54;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr1	248059712	rs11204546	T	C	13993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	248059856	rs10888268	T	C	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=32;PP=999;SC=CTGACTTCACTTCCATCCAGG;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=248059864;WS=248059846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	248084434	rs11204563	G	A	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=117;PP=2965;SC=CTCCCTGTTTGGCAATTCCCT;SOR=1.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=62;TCR=117;TR=179;WE=248084442;WS=248084424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	248084464	rs11204564	T	C	2177.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=24.902;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.28;MQRankSum=0.353;QD=21.14;ReadPosRankSum=3.096;SOR=3.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,91:0.88:103
chr1	248085108	rs4625315	C	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.35;QD=31.41;SOR=6.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	248085341	rs4925773	T	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=39;PP=1048;SC=ACACTTTTATTTCTACATCTG;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=248085349;WS=248085331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	248112627	rs4925787	T	C	15478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.759;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.001;NF=288;NR=387;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.453;SC=TCAATGCTTGTGCTCACACTG;SOR=0.952;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=838;TCF=375;TCR=463;TR=675;WE=248112635;WS=248112617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,683:0.83:827
chr1	248112745	rs4925788	G	T	8186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=27.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.62;MQRankSum=-3.270;QD=23.06;ReadPosRankSum=-3.321;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,311:0.88:355
chr1	248112762	rs4925789	TG	CA	15050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=34.842;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.86;MQRankSum=-1.124;QD=39.19;ReadPosRankSum=2.067;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,348:0.91:384
chr1	248112771	rs4925791	C	T	15219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=19.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.94;MQRankSum=-0.133;QD=36.32;ReadPosRankSum=4.280;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,387:0.92:419
chr1	248112809	rs4925583	A	G	15434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=292;NR=259;PP=2965;SC=TCATGTTCCTATGGCCAGGTT;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=553;TCF=292;TCR=261;TR=551;WE=248112817;WS=248112799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr1	248112836	rs4925792	A	G	15805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.248;NF=291;NR=300;PP=2965;ReadPosRankSum=2.236;SC=GCTGTCTACCACATGAAATCT;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=597;TCF=295;TCR=302;TR=591;WE=248112844;WS=248112826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,600:0.99:604
chr1	248129240	rs4478844	G	A	7911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=150;PP=2965;SC=ACTATCATTGGTGTGTCAGGA;SOR=0.932;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=276;TCF=126;TCR=150;TR=274;WE=248129248;WS=248129230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	248154493	rs201911921	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=23.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-10.654;QD=1.99;ReadPosRankSum=-4.578;SOR=2.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,30:0.16:193
chr1	248202344	rs6658141	G	C	6729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=803;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.705;NF=149;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=0.672;SC=TTATACCTATGTACGTCCAAG;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=771;TCF=365;TCR=406;TR=315;WE=248202352;WS=248202334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:474,326:0.41:800
chr1	248202474	rs144950416	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=8.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-17.178;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,95:0.19:512
chr1	248224099	rs6666048	T	C	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.383;NF=86;NR=102;PP=2821;ReadPosRankSum=-0.947;SC=ATGGCTCTAATTGGAAACCTA;SOR=0.648;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=491;TCF=213;TCR=278;TR=188;WE=248224118;WS=248224089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,203:0.39:519
chr1	248224216	rs6658227	C	T	7595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.681;NF=115;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.795;SC=ACCATTGTTCCTAAGATGGCA;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=459;TCF=274;TCR=185;TR=196;WE=248224249;WS=248224206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,199:0.42:474
chr1	248224227	rs146249174	T	C	8034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.919;NF=130;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.731;SC=TAAGATGGCATCTGATTTTCT;SOR=0.466;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=524;TCF=314;TCR=210;TR=229;WE=248224249;WS=248224206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,234:0.43:541
chr1	248224294	rs6658256	C	T	4644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.938;NF=139;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.091;SC=TTCTTCTTCTCGGCATTAGGA;SOR=0.618;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=697;TCF=374;TCR=323;TR=264;WE=248224302;WS=248224284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:452,246:0.35:698
chr1	248224398	rs55937620	A	G	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FS=8.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-25.817;QD=4.17;ReadPosRankSum=3.313;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:540,198:0.27:738
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chr1	248224595	rs76336532	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-16.771;QD=2.40;ReadPosRankSum=-4.622;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:533,150:0.22:683
chr1	248224754	rs55893924	T	C	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.036;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.219;NF=62;NR=79;PP=2074;ReadPosRankSum=-1.919;SC=TTGTCTACACTTATCTACGTC;SOR=0.478;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=382;TCF=156;TCR=226;TR=141;WE=248224762;WS=248224750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,150:0.38:398
chr1	248247140	rs111755774	G	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.700;NF=1;NR=19;PP=365;ReadPosRankSum=1.077;SC=GGTAAAAATGGCAGCTCCATA;SOR=0.743;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=20;WE=248247148;WS=248247130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr1	248263626	rs4146708	T	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.972;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=45;PP=841;ReadPosRankSum=-0.248;SC=ATCATGGCCATCCCCACTCCC;SOR=1.100;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=161;TCF=58;TCR=103;TR=64;WE=248263634;WS=248263616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,64:0.38:167
chr1	248309356	rs73141283	A	G	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=61;PP=2032;ReadPosRankSum=-0.638;SC=AGCACTCAGGAAAGTGTTAGG;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=343;TCF=185;TCR=158;TR=139;WE=248309364;WS=248309346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,148:0.41:364
chr1	248343543	rs9435919	C	T	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.004;NF=55;NR=59;PP=2140;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CTTCAACTACCTGTCTGGCAG;SOR=0.389;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=180;TCF=95;TCR=85;TR=114;WE=248343551;WS=248343533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,113:0.63:180
chr1	248344442	rs4916105	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=1.960;SC=AATAAGGACACTAAAGTATTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=248344450;WS=248344432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	248366702	rs4916112	G	A	10387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.573;SC=TTGGCTCTGAGTGCTTTCTTT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=745;TCF=409;TCR=336;TR=453;WE=248366710;WS=248366692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,470:0.60:779
chr1	248367415	rs4916082	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=665;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATAAATCTGCAATGACATAT;SOR=0.481;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=33;WE=248367423;WS=248367405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr1	248402758	rs6666148	C	T	4785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.151;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.666;SC=AAATTCATCACTTTTTCTGTG;SOR=0.656;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=359;TCF=182;TCR=177;TR=201;WE=248402766;WS=248402748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,219:0.57:382
chr1	248457979	rs6667171	C	A	5861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.750;NF=126;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.943;SC=CCCCAGCCACCGTTTCAGGGC;SOR=0.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=539;TCF=259;TCR=280;TR=273;WE=248457987;WS=248457969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,281:0.50:558
chr1	248458676	rs6678138	T	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.888;NF=34;NR=9;PP=1959;ReadPosRankSum=-2.075;SC=ACCAGCATCATGTCCATGAGG;SOR=0.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=43;WE=248458697;WS=248458666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr1	248458689	rs6674940	A	G	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.289;NF=39;NR=13;PP=1959;ReadPosRankSum=-1.546;SC=CCATGAGGGAAAGTTGGCTCA;SOR=0.622;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=75;TCR=26;TR=52;WE=248458697;WS=248458666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr1	248458717	rs12745228	C	G	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.003;NF=53;NR=27;PP=1270;ReadPosRankSum=1.382;SC=GTACATGGGCCTGTGGAGCCG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=100;TCR=52;TR=80;WE=248458733;WS=248458707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,77:0.50:154
chr1	248486895	rs4244184	G	T	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=37;PP=1674;ReadPosRankSum=-0.305;SC=AAAAGAAGACGTTAGCAGACA;SOR=0.470;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=186;TCF=126;TCR=60;TR=103;WE=248486903;WS=248486885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,108:0.56:194
chr1	248486913	rs4244185	A	G	3006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=59;PP=1878;ReadPosRankSum=-0.987;SC=ACAGCAAAACATGAAATTTAT;SOR=0.374;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=239;TCF=152;TCR=87;TR=141;WE=248486921;WS=248486903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,147:0.59:251
chr1	248487638	rs7555310	A	G	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=80;PP=2177;ReadPosRankSum=0.455;SC=CATCTTGGGTACAGTGGTGCA;SOR=0.698;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=231;TCF=72;TCR=159;TR=117;WE=248487646;WS=248487628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,123:0.51:239
chr1	248487768	rs7555424	A	G	4620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.863;SC=GCCACTGAAAAGATGGCCAGG;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=305;TCF=188;TCR=117;TR=194;WE=248487776;WS=248487758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,199:0.63:317
chr1	248512052	rs41269349	C	G	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.753;SC=TTCTGTTTCCCAGGTCCAAGC;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=235;TCF=164;TCR=71;TR=105;WE=248512072;WS=248512042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,112:0.46:245
chr1	248512064	rs28372410	T	G	3485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=1.434;SC=GGTCCAAGCTTCATCATCCAC;SOR=0.536;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=287;TCF=192;TCR=95;TR=154;WE=248512072;WS=248512042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,159:0.53:301
chr1	248512094	rs28728105	C	T	4519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.627;SC=ATTCAACCACCGTGATGGAAT;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=390;TCF=236;TCR=154;TR=202;WE=248512102;WS=248512084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,208:0.52:401
chr1	248512637	rs2039824	C	T	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=52;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.266;SC=AGCTCTCTTGCTCTGACACCT;SOR=0.855;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=173;TCF=87;TCR=86;TR=99;WE=248512645;WS=248512627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,101:0.56:180
chr1	248512749	rs28377739	G	A	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=1040;ReadPosRankSum=0.354;SC=GACCGTGCTCGGGTTTCCAAG;SOR=0.727;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=64;WE=248512757;WS=248512739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,70:0.48:145
chr1	248512767	rs28545014	G	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=919;ReadPosRankSum=0.267;SC=AAGAGGAGCAGACAGAACAAA;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=61;WE=248512775;WS=248512757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,69:0.50:139
chr1	248513023	rs28607995	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.121;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=578;ReadPosRankSum=-2.783;SC=TAAGAAACCCGAGAGGCTCAC;SOR=0.084;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=33;WE=248513031;WS=248513013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr1	248513088	rs28481429	G	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=199;ReadPosRankSum=0.696;SC=ATAATTGATTGTGGTTATTAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=248513096;WS=248513078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	248525013	.	T	A	3913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=88;PP=2560;ReadPosRankSum=0.156;SC=TGGTCGGATTTCATCCTGTTG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=544;TCF=305;TCR=239;TR=200;WE=248525021;WS=248525003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,208:0.36:576
chr1	248525638	rs34079073	CA	C	10960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.186;NF=58;NR=144;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CCTATTTACTCATCCTCCTCA;SOR=0.645;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=367;TCF=113;TCR=254;TR=202;WE=248525646;WS=248525628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,313:0.58:537
chr1	248550976	rs6587467	T	G	5696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.874;SC=TCACAATAAATGCTCAGGATT;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=490;TCF=260;TCR=230;TR=256;WE=248550984;WS=248550966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,265:0.52:513
chr1	248569282	rs28667896	A	G	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=776;ReadPosRankSum=1.553;SC=AGTAAATGCTAGATATCAGTC;SOR=1.911;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=37;WE=248569290;WS=248569272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr1	248569369	rs28599722	A	G	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=35;PP=1568;ReadPosRankSum=0.319;SC=ATTAATTCACATGTTGTTATT;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=133;TCR=64;TR=108;WE=248569377;WS=248569359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,111:0.53:210
chr1	248570440	rs6695780	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GGTAAATGGGGGACTCTGTGG;SOR=0.534;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=23;WE=248570448;WS=248570430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr1	248604559	rs150497047	T	TTC	702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.41;QD=50.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	248604614	rs201226597	A	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.03;MQRankSum=-2.086;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.478;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr1	248604765	rs144165631	T	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=10.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQRankSum=-1.630;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.294;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,33:0.27:124
chr1	248605436	rs71642447	C	G	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.39;MQRankSum=-10.839;QD=14.89;ReadPosRankSum=-2.541;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,60:0.42:144
chr1	248605442	rs71642448	G	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=4.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.14;MQRankSum=-10.982;QD=15.23;ReadPosRankSum=-2.447;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,55:0.40:136
chr1	248616883	rs143551105	T	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.72;MQRankSum=0.774;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr1	248651927	rs201060805	A	G	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.12;QD=24.97;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	248685253	rs9727474	T	C	7482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=126;PP=2965;SC=CCCAGCTCTATGTGGCCATGG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=138;TCR=126;TR=264;WE=248685261;WS=248685243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	248722722	rs199528787	T	C	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.86;QD=31.06;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	248737259	rs189248971	C	G	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.53;QD=27.76;SOR=8.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	248738133	rs373986839	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.656;NF=5;NR=51;PP=975;ReadPosRankSum=-3.279;SC=TGGCTTTCCTAACCTTTTTCT;SOR=1.275;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=191;TCF=33;TCR=158;TR=56;WE=248738141;WS=248738123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,39:0.22:176
chr1	248789454	rs1892441	G	C	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=76;PP=2965;SC=TCCTTAGGAAGCCTTATCCTC;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=152;TCR=76;TR=228;WE=248789462;WS=248789444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	248789504	rs1892442	T	C	9660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=203;NR=135;PP=2965;SC=TGCTACTTTCTGAGCAGATGA;SOR=1.094;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=338;TCF=203;TCR=135;TR=338;WE=248789512;WS=248789494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	248790075	rs1892443	A	G	12251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=233;PP=2965;SC=GCCACGTAGCAGTCATAGGCC;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=435;TCF=202;TCR=233;TR=435;WE=248790083;WS=248790065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr1	248801480	.	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.30;QD=42.83;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	248801488	.	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.03;QD=55.36;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	248801505	.	T	TCA	1987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=89;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=5;PP=1402;SC=TCCTTCCTGATCAGTCACCAC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=248801574;WS=248801495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	248801511	.	A	G	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.84;QD=47.27;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	248801514	.	AC	A	2392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=89;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=1189;SC=ATCAGTCACCACCCCTGATGC;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=248801574;WS=248801495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	248801528	.	G	A	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.20;QD=47.11;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	248801538	.	G	A	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.65;QD=45.18;SOR=2.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	248801542	rs372631772	A	G	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.76;QD=46.09;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	248801550	rs374446105	C	T	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.31;QD=46.01;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	248801556	rs79649486	C	T	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.64;QD=46.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	248801566	rs74154510	T	G	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.56;QD=45.43;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	248801592	rs78622116	C	T	7126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=109;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=51;PP=2703;SC=TCCCTGCTAGCCCTTCCTGAT;SOR=1.164;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=143;WE=248801619;WS=248801582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	248801602	.	T	TCA	4039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.47;MQRankSum=0.515;QD=27.30;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
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chr1	248801611	rs143981271	C	T	6566.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.86;QD=44.98;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	248801633	rs74901534	A	G	5697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.71;QD=44.17;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	248801778	rs201643849	A	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.37;QD=30.85;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	248801944	rs143010547	TCAGCACG	T	7333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.69;MQRankSum=0.477;QD=26.67;ReadPosRankSum=0.022;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,273:0.99:275
chr1	248813135	rs4916153	G	A	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=0;PP=1355;SC=GGTGGCATGTGGGTCACTTGT;SOR=8.015;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=57;TCR=0;TR=55;WE=248813143;WS=248813125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr1	248814052	rs28533004	T	A	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.75;MQRankSum=-1.176;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,96:0.46:209
chr1	248814080	rs1782242	A	C	8007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.73;QD=26.34;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	248814126	rs28418327	G	A	3992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.199;NF=90;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GGAAACGGGCGTTGCTGAACA;SOR=0.585;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=462;TCF=181;TCR=281;TR=224;WE=248814134;WS=248814116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,192:0.50:383
chr1	248814265	rs3033476	GAAC	G	263.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=72;SC=ATGTAGTCATGAACAAACCAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=248814275;WS=248814255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	248845097	rs2000390	C	T	13851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=256;NR=225;PP=2965;SC=GTGGATCACACTGGATCTGCA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=481;TCF=256;TCR=225;TR=481;WE=248845105;WS=248845087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr1	248845411	rs11485825	G	A	8590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=148;PP=2965;SC=GATCCAAAACGGAGAGGTTCT;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=142;TCR=148;TR=290;WE=248845419;WS=248845401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr1	248845458	rs4509608	C	T	6423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=118;PP=2965;SC=AGATGCTGATCGAGAGTGATG;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=96;TCR=118;TR=214;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	248845471	rs4575113	T	C	5676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=112;PP=2965;SC=GAGTGATGACTGCAATGATGA;SOR=1.083;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=84;TCR=112;TR=196;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	248845499	rs4462184	A	G	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=105;PP=2965;SC=CCCCACCAGCACTGCCAGATA;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=83;TCR=105;TR=188;WE=248845507;WS=248845489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	249110906	rs4926508	G	C	4845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.587;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.647;SC=TTGGGTCCCAGCCCCTCTTGT;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=164;WE=249110914;WS=249110896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr2	41366	rs55798386	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CCTCTGGAAGCAACACTAGTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=41374;WS=41359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	45895	rs4241318	A	G	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=35;PP=1982;SC=GGTCTCGGGGATTGCGGGGTC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=45903;WS=45885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	224919	rs2290911	A	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=502;ReadPosRankSum=-0.695;SC=CATTTCTGTTACCTGCCAAAA;SOR=0.491;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=38;WE=224927;WS=224909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr2	224970	rs2290912	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=510;ReadPosRankSum=1.348;SC=TAGTATATATCATACAAAATA;SOR=0.553;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=41;WE=224978;WS=224960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr2	230912	rs2306060	A	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=4;PP=786;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GAAGTCAGTGAAACTACGAAG;SOR=0.789;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=87;TCF=76;TCR=11;TR=41;WE=230920;WS=230902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr2	242732	rs113405432	T	TAAC	1128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.01;MQRankSum=2.693;QD=17.92;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
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chr2	243567	rs11383620	T	TA	3207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.059;NF=35;NR=70;PP=1266;ReadPosRankSum=0.079;SC=ATGTGTCTATTAAAAAAAAAA;SOR=0.649;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=249;TCF=77;TCR=172;TR=105;WE=243575;WS=243557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,164:0.48:342
chr2	262553	rs7596678	T	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TGGGATCTTCTCAGAGAAAAT;SOR=1.439;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=64;WE=262561;WS=262543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr2	264019	rs7595075	C	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=707;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CGTCCCGAGGCTGCCCAGGAA;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=47;WE=264027;WS=264009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr2	264895	rs4854300	G	C	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=32;PP=2938;SC=GGGCAAGAGGGTGGCAGTGCG;SOR=2.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=98;TCR=32;TR=130;WE=264903;WS=264885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	271797	rs59937473	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=187;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GGTGTGTAAAGAAGGGGAGCT;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=11;WE=271805;WS=271787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	271998	rs112400131	CA	C	694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr2	272203	rs11553746	C	T	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.397;SC=GGGTCATTGACAGCGGTGCTG;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=101;TCR=105;TR=99;WE=272211;WS=272193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,117:0.51:229
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chr2	272926	rs12714402	A	G	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=51;PP=1730;ReadPosRankSum=0.707;SC=TGGAATCTTCATTGGTCAGGT;SOR=0.940;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=232;TCF=137;TCR=95;TR=132;WE=272934;WS=272916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,139:0.57:246
chr2	273070	rs12714403	A	G	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=977;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GGGGCTGTGAAGTCCTTCTTG;SOR=1.416;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=62;WE=273078;WS=273060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,70:0.49:144
chr2	277003	rs79716074	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=141;ReadPosRankSum=0.489;SC=AAAAGTAATCAAGTTAAAACC;SOR=0.269;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=12;WE=277011;WS=276993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	277314	rs77927634	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=1.448;SC=AGGCAGGTTCGTGCCCTGCTG;SOR=1.061;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=277322;WS=277304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	283231	rs368562757	A	AT	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=513;ReadPosRankSum=0.182;SC=AATAAATCGCATTTTTTTGCA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=22;WE=283239;WS=283221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr2	675831	rs2293084	G	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=377;ReadPosRankSum=0.857;SC=CAGGAGGATGGAAACAGGATT;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=22;WE=675839;WS=675821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr2	676177	rs2293083	C	G	8258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=174;PP=2965;SC=CTGCAATACACTGAACTCTCC;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=109;TCR=174;TR=283;WE=676185;WS=676167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr2	676457	rs2293082	G	C	8625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=30;PP=2965;SC=GCTGCAGCCCGGCACAGCCCT;SOR=2.354;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=128;TCR=30;TR=158;WE=676465;WS=676447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr2	676478	rs3215297	T	TGTAA	13679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=56;PP=2967;SC=CCAGAACTCCTGTGTCACTAC;SOR=1.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=98;TCR=63;TR=144;WE=676486;WS=676468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr2	677213	rs3749138	G	A	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=9;PP=790;SC=GCCACAGGCCGGGTGCTCTGT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=677221;WS=677203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	905385	.	GGTCTGGTCTTTCATTTCCTCCCGGCCTCCTCGCCTGCACTGC	G	997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=1.806;QD=13.86;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr2	905427	.	C	G	176	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=28;MQ=49.63;NF=4;NR=7;PP=176;QD=19.1610193225;SC=GCCTGCACTGCGTCTGGTGTT;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=11;WE=905435;WS=905417;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	905442	rs62103942	A	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=3.046;QD=36.88;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,39:0.89:44
chr2	1079130	rs4971429	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=5.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=1.602;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,59:0.42:142
chr2	1079130	.	GCG	ACA	2187	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=47;NR=7;PP=2187;QD=41.4901458308;SC=TGAGCAGGAGGCGTGCGTCAC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=137;TCF=111;TCR=26;TR=54;WE=1079151;WS=1079120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:83,54:0.39:137
chr2	1079132	rs4971430	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=8.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=1.612;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,62:0.41:152
chr2	1079143	rs4971431	A	G	5801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=49;PP=2962;SC=TGCGTCACCTATCCCCACCCC;SOR=2.138;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=140;TCR=49;TR=189;WE=1079151;WS=1079120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	1079320	rs4971432	C	T	6514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=145;PP=2965;SC=TCTGTGTGGGCGGAAGCCACC;SOR=1.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=74;TCR=145;TR=219;WE=1079328;WS=1079310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	1093965	rs11127460	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=892;ReadPosRankSum=1.618;SC=CTCTATTCCTGCTTTTTATTT;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=213;TCF=120;TCR=93;TR=74;WE=1093973;WS=1093955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,80:0.35:226
chr2	1133188	rs5828807	G	GCACA	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=417;ReadPosRankSum=1.336;SC=GTGGACACATGCACACACACA;SOR=0.042;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=9;WE=1133196;WS=1133178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	1133367	rs79642551	G	A	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=838;ReadPosRankSum=1.199;SC=TATTGTACACGTTAATCCTTA;SOR=0.896;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=59;WE=1133375;WS=1133357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
chr2	1168781	rs28505970	C	A	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.894;SC=GCTGCAGGGTCCCCAGGGCCA;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=80;WE=1168789;WS=1168771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,92:0.63:146
chr2	1204796	rs6751090	C	T	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=882;ReadPosRankSum=2.454;SC=CAGGCCCCATCGTCACCTTCC;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=56;WE=1204804;WS=1204786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr2	1205003	rs28495529	G	A	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=1065;ReadPosRankSum=-1.041;SC=ACTCCAGAGCGCTTGACTGTG;SOR=0.573;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=72;WE=1205011;WS=1204993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,78:0.68:115
chr2	1241592	rs146197111	C	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=732;SC=GCATCAGCCTCGAAACTCACG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=1241600;WS=1241582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	1251087	rs58278307	A	AAAGGTT	1253.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=1523;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TGTAATTTTCACCCCTCTGCA;SOR=0.605;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=18;WE=1251096;WS=1251077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr2	1251088	rs55953201	C	T	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr2	1320143	rs4927635	C	T	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=1613;ReadPosRankSum=-1.533;SC=CAGATTGAGACGAAGGTATGC;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=319;TCF=148;TCR=171;TR=130;WE=1320151;WS=1320133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,136:0.41:329
chr2	1320300	rs35466197	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.364;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	1320304	rs74994128	C	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.582;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	1320305	rs79534404	G	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.212;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	1437410	rs4927578	C	T	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=98;PP=2678;SC=CACTGAGGAGCGGCAACTCCC;SOR=3.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=16;TCR=98;TR=114;WE=1437418;WS=1437400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	1442551	rs34191654	AT	A	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.929;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr2	1457364	rs2070881	A	G	8117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.792;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=1.111;SC=CTCCGGAGAGACCCCACTTAT;SOR=1.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=220;TCR=94;TR=313;WE=1457372;WS=1457354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr2	1459806	rs4927610	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=665;ReadPosRankSum=2.109;SC=CTGCTACCACAGGGTCCTCCT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=33;WE=1459814;WS=1459796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr2	1481155	rs2280132	G	T	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=50;PP=1699;SC=ACGCGCGCCTGCGGCCTGTGC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=1481163;WS=1481145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	1481231	rs2175977	G	C	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	1546327	rs1042589	C	G	13614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=263;NR=252;PP=2965;ReadPosRankSum=0.497;SC=CAGGCAAATCCGAAATCAGCA;SOR=0.394;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=517;TCF=263;TCR=254;TR=515;WE=1546335;WS=1546315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,527:0.99:530
chr2	1642537	rs6729142	T	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.58;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	1642537	.	TGCTATACC	CGTTATACG,CGTTATATG	262	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7,14;NR=1,2;PP=165,262;QD=28.5584843578;SC=GGGAATAAAATGCTATACCCA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=8,16;WE=1642553;WS=1642527;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.30:27
chr2	1642539	rs6742040	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	1642544	rs116214231	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr2	1642545	rs6742039	C	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.87;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	1642803	.	CGGGTCTCATTTCAAGGTTTCCTGGGTGTGCACCGCCCCTGATGCTCTGAGCT	C	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=8.06;SOR=2.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	1647171	rs6730800	T	C	6893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=141;NR=86;PP=2965;SC=CCCGGAGGTCTACCCTGGGGA;SOR=1.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=141;TCR=86;TR=227;WE=1647179;WS=1647161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	1651842	rs11685976	C	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=446;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CTGCACGACACGAACAAAACT;SOR=0.846;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=78;TCF=64;TCR=14;TR=30;WE=1651850;WS=1651832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr2	1652660	rs3811613	G	A	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1406;ReadPosRankSum=0.398;SC=TGGGGCTCTCGTTCTCGTCCC;SOR=0.998;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=91;WE=1652668;WS=1652650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,96:0.50:193
chr2	1652822	rs1863135	T	G	9185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=155;PP=2965;SC=TGGATGCGTCTATGTAGGAGG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=167;TCR=155;TR=320;WE=1652830;WS=1652812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr2	1664654	rs17841813	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=310;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GCATCTTACCATTCACACTGA;SOR=0.454;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=28;WE=1664662;WS=1664644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr2	1667310	rs12475392	G	A	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=30;PP=1389;ReadPosRankSum=0.708;SC=TGTCAGCTGCGGAATTCTGTG;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=117;TCR=63;TR=89;WE=1667318;WS=1667300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,91:0.47:195
chr2	1683923	rs72763569	G	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.610;NF=18;NR=1;PP=444;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GTGTGTAGATGGTGTGAGTGT;SOR=0.520;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=19;WE=1683931;WS=1683913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr2	1687326	.	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=-1.022;SC=AGAATCAGATTGTTATCAACA;SOR=0.622;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=9;WE=1687334;WS=1687316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	1747993	rs62116430	G	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=395;ReadPosRankSum=-1.293;SC=CGAAGCCCCGGACCCCGCGCC;SOR=2.200;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=22;WE=1748001;WS=1747983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr2	1805430	rs2288178	G	A	3719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=76;PP=2078;ReadPosRankSum=-1.113;SC=ATAATGGCGCGTGTTAGAGCT;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=293;TCF=155;TCR=138;TR=163;WE=1805438;WS=1805420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,175:0.56:313
chr2	1805489	rs2288179	A	G	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1579;ReadPosRankSum=1.790;SC=GTTTAATCATATCGGCTTCCA;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=83;TCR=107;TR=110;WE=1805497;WS=1805479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,116:0.57:205
chr2	1842968	rs6728368	T	C	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=43;PP=1779;ReadPosRankSum=0.525;SC=AGCCGTCGCATCCTGGCGTGG;SOR=0.796;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=195;TCF=123;TCR=72;TR=114;WE=1842976;WS=1842958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,117:0.59:199
chr2	1843285	rs10196494	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=1.383;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
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chr2	1844652	rs7425544	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=614;ReadPosRankSum=-1.410;SC=CACCCCACACCGTTGATTTCA;SOR=0.541;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=42;WE=1844660;WS=1844642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
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chr2	1946646	rs7355555	A	C	6193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.433;SC=ATTGACCAAGAAGAACAATTT;SOR=0.614;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=472;TCF=287;TCR=185;TR=259;WE=1946654;WS=1946636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,275:0.55:496
chr2	1946914	rs3748988	A	G	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=37;PP=1446;ReadPosRankSum=-1.757;SC=CCCCTGGCTCATCATTGTCCT;SOR=0.871;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=189;TCF=119;TCR=70;TR=106;WE=1946922;WS=1946904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,115:0.58:199
chr2	3193040	rs17682	G	A	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=53;PP=1745;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AAAGAGCTGCGACTGTTTGAG;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=162;TCR=108;TR=134;WE=3193048;WS=3193030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,145:0.51:286
chr2	3200948	rs1037467	C	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=392;SC=CCTTAAATGGCAAAAATGAAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=3200956;WS=3200938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	3212247	rs7584823	G	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TCATCTGTCAGTTGGGAGGGG;SOR=0.326;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=22;WE=3212255;WS=3212237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr2	3212481	rs17327576	C	T	6095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.378;SC=CTCGGCGGGTCCTTCTTCCAT;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=523;TCF=249;TCR=274;TR=267;WE=3212489;WS=3212471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,282:0.51:550
chr2	3212704	rs7595702	C	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=708;ReadPosRankSum=0.232;SC=GTGCACGCTCCTTCAGAATGT;SOR=0.463;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=55;WE=3212712;WS=3212694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr2	3212817	rs12467123	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=0.158;SC=CCATCTTTTCCGGGACGCCTG;SOR=1.061;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=11;WE=3212825;WS=3212807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	3217777	rs11127386	A	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=610;SC=CCGCTCCCCCAACCCCACGAC;SOR=4.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=22;WE=3217785;WS=3217767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	3217794	rs10865535	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=1;PP=704;SC=CGACAGGCCCTGGTGTGTGAT;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=3217802;WS=3217784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	3217908	rs11682452	G	C	6911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=162;NR=84;PP=2965;SC=CTGTGTTGTTGCTTTTACTTA;SOR=1.443;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=163;TCR=84;TR=246;WE=3217916;WS=3217898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	3322555	rs62121538	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=317;ReadPosRankSum=-1.241;SC=GGTGACGTGCTACTCCTCGAT;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=16;WE=3322563;WS=3322545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr2	3322797	rs12618407	C	A	5251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=122;PP=2965;SC=GGGTCCATAACATCTAATTTT;SOR=1.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=54;TCR=122;TR=176;WE=3322805;WS=3322787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	3342009	rs3811617	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=238;SC=AATAGTCACATGCACATTTCG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=3342017;WS=3341999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	3356850	rs12479261	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=328;ReadPosRankSum=-0.265;SC=ATAACTTTCATAACTAATAAT;SOR=0.250;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=16;WE=3356858;WS=3356840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr2	3356953	rs2875394	A	T	6470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=73;PP=2965;SC=AAAAAGCATGATATGTTTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=154;TCR=74;TR=226;WE=3356961;WS=3356943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	3356995	rs62119517	G	A	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.828;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=79;PP=2203;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CCTGGCATCCGCTGGGTGGTC;SOR=0.457;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=343;TCF=190;TCR=153;TR=167;WE=3357003;WS=3356985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,174:0.48:364
chr2	3358295	rs12612251	T	C	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=734;ReadPosRankSum=1.169;SC=GTAATTATCATGTATACATTT;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=123;TCF=89;TCR=34;TR=49;WE=3358303;WS=3358285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,51:0.40:126
chr2	3358458	rs146001084	ATTATGAAGTTAGAT	A	4731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=58;PP=2974;SC=TTTAATAGAGATTATGAAGTT;SOR=2.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=59;WE=3358479;WS=3358448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	3381189	rs13022433	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=338;ReadPosRankSum=0.072;SC=TCATGTTCGGGACAGGATGTG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=17;WE=3381197;WS=3381179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr2	3391826	rs11127423	C	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=564;ReadPosRankSum=0.201;SC=GCAGCGAAGCCGCGCGCCCGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=46;WE=3391834;WS=3391816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr2	3392075	rs10865541	T	C	23505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=859;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=422;NR=412;PP=2965;ReadPosRankSum=1.678;SC=TCGACTCCTTTACTACCTCCG;SOR=0.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=840;TCF=424;TCR=416;TR=834;WE=3392083;WS=3392065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,852:1.00:853
chr2	3392295	rs11686212	A	G	2989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=82;PP=1974;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CCTGAGCATGAGCGAGATGGA;SOR=0.921;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=418;TCF=210;TCR=208;TR=155;WE=3392303;WS=3392285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,163:0.38:431
chr2	3392513	rs12999423	TT	CA	17962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=178;PP=2947;SC=CAGTGCCCCTTTAGGGATGGA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=378;TCF=191;TCR=187;TR=364;WE=3392522;WS=3392503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr2	3393565	rs71396985	C	CAA	9232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=81;PP=2957;SC=GGAGGGCGGACGAGTTTTATT;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=18;TCR=86;TR=98;WE=3393573;WS=3393555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	3425514	rs7558487	G	C	5761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=118;PP=2965;SC=GCACACTGACGTTGTCACCAT;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=70;TCR=118;TR=188;WE=3425522;WS=3425504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	3425948	rs10206964	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=307;SC=CCCGTCAGGATGCCTGTGCGC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=3425956;WS=3425938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	3428508	rs10166880	T	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=471;ReadPosRankSum=0.357;SC=ATACATAATTTCGTAGCCTCA;SOR=1.387;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=26;WE=3428516;WS=3428498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr2	3460870	rs7579428	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.915;SC=GCACATACACTGTGGAATACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=7;WE=3460878;WS=3460869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	3469278	rs4971513	C	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=229;ReadPosRankSum=-1.685;SC=CTCTCTACACCGCGTCTGTAT;SOR=0.284;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=20;WE=3469286;WS=3469268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr2	3469463	rs4971514	G	C	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=732;ReadPosRankSum=0.102;SC=GGATTTCCCTGCAGGTACCTG;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=49;WE=3469471;WS=3469453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,52:0.42:123
chr2	3470115	rs7593516	T	C	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=4.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=-1.711;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,146:0.43:341
chr2	3470124	rs7574517	G	A	5374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=5.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=-2.310;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,148:0.42:349
chr2	3470186	rs11691759	G	C	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1604;ReadPosRankSum=1.346;SC=CCTGCGCTGAGCATTTCACCT;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=115;TCR=131;TR=102;WE=3470194;WS=3470176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,104:0.40:259
chr2	3470254	rs11677515	T	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=930;ReadPosRankSum=0.220;SC=GGTTAAGTGATATCCAGCTAC;SOR=0.402;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=55;WE=3470262;WS=3470244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr2	3481531	rs11548215	T	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=480;ReadPosRankSum=1.066;SC=AGAAATTAGATGGACTACAGG;SOR=0.895;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=43;WE=3481539;WS=3481521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr2	3481637	rs4535074	T	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=528;ReadPosRankSum=1.714;SC=CTTACTGAGTTGGAAAGCTCC;SOR=0.785;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=41;WE=3481645;WS=3481627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr2	3481659	rs4321399	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=583;ReadPosRankSum=0.646;SC=TAGAGAAGGCGCTTCTCCCTG;SOR=0.794;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=40;WE=3481667;WS=3481649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr2	3481716	rs4535075	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=248;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CCAAGGAGTATACAGGTGTTT;SOR=0.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=16;WE=3481724;WS=3481706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr2	3482796	rs11890651	T	G	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1342;ReadPosRankSum=1.479;SC=GGGCCTGCGCTCTCTCTCTCC;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=197;TCF=79;TCR=118;TR=95;WE=3482804;WS=3482786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,88:0.46:193
chr2	3482912	rs13431788	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=345;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CCCCTAACACGGCCCAGCACG;SOR=1.079;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=22;WE=3482920;WS=3482907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr2	3483205	rs6767	C	T	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=77;PP=1736;ReadPosRankSum=-0.679;SC=GGGACAGCTTCAACACACAGT;SOR=0.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=112;TCR=162;TR=132;WE=3483213;WS=3483195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,137:0.48:286
chr2	3483390	rs7569694	T	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-2.176;SC=GCCCAGGACTTCCCCGCAGTT;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=10;WE=3483398;WS=3483380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr2	3488502	rs9752130	A	G	3505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=87;PP=2281;ReadPosRankSum=0.020;SC=AGATGCTGTCAGCCTCGCATC;SOR=0.590;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=409;TCF=213;TCR=196;TR=177;WE=3488510;WS=3488480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,184:0.43:428
chr2	3502709	rs10208494	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=506;ReadPosRankSum=0.760;SC=TTTACGAGGCACGTGTTAGTT;SOR=2.556;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=32;WE=3502717;WS=3502699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr2	3502909	rs10627319	A	ACTT	4547.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.120;NF=4;NR=58;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CCTTCTACTTAGTATTTATTA;SOR=0.721;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=188;TCF=14;TCR=174;TR=62;WE=3502918;WS=3502899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,126:0.40:316
chr2	3502910	rs58219575	G	T	4556.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.543;NF=22;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CTTCTACTTAGTATTTATTAA;SOR=0.706;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=259;TCF=91;TCR=168;TR=76;WE=3502918;WS=3502899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,119:0.39:309
chr2	3502932	rs10194787	G	A	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=897;ReadPosRankSum=-1.304;SC=ATATCAACTTGTTAACATTAA;SOR=0.641;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=191;TCF=54;TCR=137;TR=61;WE=3502940;WS=3502922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,80:0.36:221
chr2	3504290	rs6146601	GTGTACCTGCCGCCGCA	G	1036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.501;NF=11;NR=5;PP=2966;ReadPosRankSum=0.354;SC=GCTCGTGGGTGTGTACCTGCC;SOR=1.460;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=16;WE=3504313;WS=3504280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
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chr2	3579760	rs1071625	T	C	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=17;PP=1315;ReadPosRankSum=1.248;SC=GCTAACACTTTGAGCAGCCAG;SOR=0.414;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=136;TCF=110;TCR=26;TR=80;WE=3579768;WS=3579750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,86:0.60:144
chr2	3597974	rs10186193	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=508;ReadPosRankSum=0.325;SC=AAGGATGGCCTGGCCCCCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=27;WE=3597982;WS=3597964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr2	3599925	.	C	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=665;ReadPosRankSum=-1.320;SC=CACTCGTGAGCTGGAAACAAT;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=62;WE=3599933;WS=3599915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,70:0.39:179
chr2	3605468	rs12711976	A	G	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=65;PP=1678;ReadPosRankSum=-1.096;SC=CACAGGGTTTATTAGGCCACC;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=145;TCR=158;TR=125;WE=3605476;WS=3605458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,131:0.41:319
chr2	3605528	rs62106013	T	G	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.03;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,78:0.47:165
chr2	3605538	rs34613047	A	C	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.77;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,76:0.52:146
chr2	3627648	rs7576238	G	C	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.871;SC=CTCTGGAGTTGCCCAGAGGGC;SOR=0.742;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=188;TCF=108;TCR=80;TR=84;WE=3627656;WS=3627638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,96:0.45:215
chr2	3652053	.	C	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-1.681;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,95:0.26:370
chr2	3652616	rs3769507	G	C	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=57;PP=1916;ReadPosRankSum=0.195;SC=TTCTGCAGGTGAGGCATGGGT;SOR=0.508;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=252;TCF=134;TCR=118;TR=130;WE=3652624;WS=3652606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,128:0.51:253
chr2	3653576	rs7604806	A	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=6.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=599;ReadPosRankSum=0.164;SC=TGATAAATGTACCTGCTTTAG;SOR=1.450;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=61;TCF=57;TCR=4;TR=27;WE=3653584;WS=3653566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr2	3653844	rs3739147	T	C	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=72;PP=1340;ReadPosRankSum=0.313;SC=GTCAGTAGCCTGCACTGGTGG;SOR=0.861;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=187;TCF=68;TCR=119;TR=110;WE=3653852;WS=3653834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,112:0.58:192
chr2	3660752	rs3811531	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=453;ReadPosRankSum=0.697;SC=GCGGCTGGGCTGCAGGCGGGG;SOR=1.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=26;WE=3660760;WS=3660742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr2	3685046	rs3811528	T	C	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=686;ReadPosRankSum=-1.063;SC=GGTCGGGTTATCCGTGCACGT;SOR=0.624;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=40;WE=3685054;WS=3685036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr2	3685074	rs3811527	A	G	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=817;ReadPosRankSum=0.009;SC=GGAGGAGGCCACGGTGTCACC;SOR=0.612;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=81;TCR=27;TR=54;WE=3685082;WS=3685064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr2	3718692	rs13409104	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=795;ReadPosRankSum=-1.446;SC=CCAGGAAGCACGGCTGATGCT;SOR=0.588;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=125;TCF=82;TCR=43;TR=60;WE=3718700;WS=3718682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr2	3721632	rs13390724	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=-0.187;SC=ATTTATGGTTGCTTTATCTTT;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=10;WE=3721640;WS=3721622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr2	3721729	rs12105179	A	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=559;ReadPosRankSum=0.306;SC=TTGTAAATTGACATTCTGCAA;SOR=0.679;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=43;WE=3721737;WS=3721719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,47:0.40:117
chr2	3743555	.	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.562;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=0.538;SC=AAAGGAAAGGCACATCTCAAA;SOR=0.117;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=10;WE=3743563;WS=3743545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr2	3774436	rs357940	C	T	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=10;PP=852;SC=TGGTCTGCCTCTCTCTGCATC;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=3774444;WS=3774426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	3774519	rs357941	T	C	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=64;PP=2789;SC=AGGGCAGTGCTGTGCACACTG;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=112;TCR=65;TR=176;WE=3774527;WS=3774509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	3800095	rs56857953	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=456;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TAACATGGTTCTCAAGAGCCT;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=29;WE=3800103;WS=3800085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr2	3800383	rs357969	C	T	9493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=169;PP=2965;SC=ATCTTTTGGGCGACTCAAAGG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=323;TCF=154;TCR=169;TR=323;WE=3800391;WS=3800373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr2	3800496	rs357968	C	T	5860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.594;SC=CAACAGTGAGCATGCTTCGTA;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=93;TCR=125;TR=217;WE=3800504;WS=3800486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr2	3815250	rs10180257	A	G	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=15;PP=1629;SC=TCTCTGAGGAACTTGTGTCTT;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=75;WE=3815258;WS=3815240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	3815477	rs17017989	T	A	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=5.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,93:0.46:203
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chr2	3826387	rs13021385	T	C	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.292;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=59;PP=1723;ReadPosRankSum=0.712;SC=TGATAAAATGTGGTGTATTTT;SOR=0.469;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=287;TCF=175;TCR=112;TR=142;WE=3826395;WS=3826377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,154:0.50:307
chr2	3826597	rs13035992	G	A	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=52;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.070;SC=ACAAGCCAGCGCGGAATCGGA;SOR=0.433;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=164;TCF=57;TCR=107;TR=85;WE=3826605;WS=3826587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,88:0.51:173
chr2	6990020	rs10495545	C	T	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=22;PP=1162;ReadPosRankSum=0.713;SC=GGCTTAATACCGTCTGCAGGA;SOR=1.032;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=131;TCF=89;TCR=42;TR=73;WE=6990028;WS=6990010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,76:0.54:141
chr2	7001225	.	ACACACACACG	A	273	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=23;MQ=59.44;NF=17;NR=9;PP=273;QD=11.3076923077;SC=ATGTACGTATACACACACACG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=26;WE=7001243;WS=7001214;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr2	7001233	rs3085147	ACG	A	3225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.83;SOR=1.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	7001251	.	ACACACACC	A	963.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.85;ReadPosRankSum=2.769;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr2	7001259	.	C	A	1816	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MMLQ=19;MQ=59.81;NF=75;NR=37;PP=1816;QD=16.5247429692;SC=ACACACACACCCACACACTTA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=112;WE=7001267;WS=7001249;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr2	7003879	rs2712039	G	A	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=215;SC=GGACTGGAGTGTTTTATTTTA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=7003887;WS=7003869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	7005069	rs2595172	C	T	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=58;PP=2965;SC=AGAACCGGCTCTACAGACCAG;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=118;TCR=58;TR=176;WE=7005077;WS=7005059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	7005369	rs11678810	A	G	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=59;PP=2429;SC=GTGCCTCCTGACAGGCGCCCA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=133;WE=7005377;WS=7005359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	7005992	rs4669108	C	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=10;PP=497;SC=GGCAGGAGCCCTGGGGCTGGG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=7006000;WS=7005982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	7017903	rs10182815	A	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=12;PP=1269;SC=TGGCATACAGAGACTGCTCTG;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=7017911;WS=7017893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	7019079	rs6704746	A	G	4730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=79;PP=2965;SC=GATGAATTTCACAAAGCAATC;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=176;WE=7019087;WS=7019069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	7027323	rs9917321	T	A	5208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=112;PP=2965;SC=CTTTTGCTGATTTCCTTCAAG;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=65;TCR=112;TR=177;WE=7027331;WS=7027313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	7050426	rs6725201	G	C	7229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=123;NR=153;PP=2965;SC=AGGCCGTCAAGGTGTGGGGAT;SOR=0.943;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=123;TCR=158;TR=276;WE=7050434;WS=7050416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr2	7050483	.	A	ATGTGTG	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.08;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr2	7076975	rs55971680	A	AGTGT,AGT	529.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.237;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10,10;NR=4,4;PP=155,326;ReadPosRankSum=1.468;SC=CACACACAGTAGTGTGTGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=14,14;WE=7076983;WS=7076965;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.67:18
chr2	7130568	.	G	C	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9950;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=32;QD=22.2570708491;SC=CACACACACAGAGCTATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=7130576;WS=7130558;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr2	7137067	rs364891	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=179;ReadPosRankSum=1.162;SC=GATGACCACAACAAGGTACCG;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=11;WE=7137075;WS=7137057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	7137317	rs378548	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=0.399;SC=TTCTTGTTGAGGCCTTCACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=7137325;WS=7137307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr2	7154632	rs309325	T	C	11302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=199;PP=2965;SC=GATTAGAAACTGCAATTAGCT;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=408;TCF=209;TCR=199;TR=408;WE=7154640;WS=7154622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr2	7154826	rs3215278	AT	A	1948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=49;PP=803;ReadPosRankSum=2.199;SC=TCCTGTTTGCATTTTTTTTTC;SOR=0.463;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=30;TCR=118;TR=62;WE=7154834;WS=7154816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,98:0.50:197
chr2	7164483	rs6709878	C	T	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1095;ReadPosRankSum=0.930;SC=AGAGTCCTCACGGCGTTTCTC;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=110;TCR=69;TR=84;WE=7164491;WS=7164473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,87:0.48:183
chr2	7208324	rs1869298	G	T	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1186;ReadPosRankSum=0.479;SC=ACAAGTATCAGTGAGTAAGGT;SOR=0.852;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=186;TCF=84;TCR=102;TR=76;WE=7208332;WS=7208314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,82:0.42:197
chr2	7208422	rs1869297	T	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GGGTTGTTTATAACACATTTT;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=25;WE=7208430;WS=7208412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr2	7243449	rs10617957	AGTGTGTGT	AGT,A	6400.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.506;NF=64,64;NR=82,82;PP=38,2994;ReadPosRankSum=-0.193;SC=TGCATGAGTGAGTGTGTGTGT;SOR=1.497;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=235;TCF=102;TCR=133;TR=146,146;WE=7243479;WS=7243435;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:249
chr2	7403641	rs111726098	T	TAC	1418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.560;NF=11;NR=13;PP=1037;ReadPosRankSum=1.771;SC=CAGGTATAGATACACACACAC;SOR=1.495;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=24;WE=7403649;WS=7403631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,51:0.80:64
chr2	7409989	rs10548278	TTG	T	2996.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.116;NF=1;NR=62;PP=2282;ReadPosRankSum=-2.192;SC=GAACCCAGGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.632;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=142;TCF=11;TCR=131;TR=63;WE=7410000;WS=7409979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,107:0.60:177
chr2	7421557	rs4668533	C	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=1552;ReadPosRankSum=-0.527;SC=TTGGCTCCAACTAGATGCACG;SOR=1.002;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=23;WE=7421578;WS=7421547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr2	7421569	rs142314951	C	CTG	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr2	7421778	rs4668534	A	T	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=971;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TAGCTGCTGAAGCACGAAGCA;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=38;TCR=78;TR=65;WE=7421786;WS=7421768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chr2	7421860	rs57998976	A	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=333;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TGGTGGCCAGATTTCCTGCCA;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=16;WE=7421868;WS=7421850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr2	7471480	.	T	TCTCA	319.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5037;FS=3.233;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=353;ReadPosRankSum=-1.193;SC=TCTTTGTCTTTCACACACACA;SOR=0.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=15;WE=7471488;WS=7471469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr2	7471732	rs6732990	G	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=299;SC=TCTGGAATGAGCTGTTCACAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=7471740;WS=7471722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	7540646	rs5829105	C	CA	3905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=45;PP=2789;SC=GAAGGTCAAGCAAGCATTCGA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=65;WE=7540654;WS=7540636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	7540695	rs2163257	C	G	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=49;PP=1807;SC=ACAAACACTTCATGGACAGAT;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=7540703;WS=7540685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	7540784	rs4669196	T	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=672;SC=AAAGAATATATAAAGTTTATT;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=7540792;WS=7540774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	7594516	rs1466671	G	A	19499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.52;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr2	7594516	.	GCCGC	ACCGC,ACCGT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=309,137;NR=208,86;PP=2962,2944;QD=20;SC=TCTGGTTTGCGCCGCATCTTG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=524;TCF=312;TCR=212;TR=517,223;WE=7594528;WS=7594506;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:524
chr2	7594520	rs1466672	C	T	5431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,266:0.46:577
chr2	8178735	rs1364054	A	G	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=79;PP=2949;SC=TGTGCTAATTATCTCTGTGAT;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=160;WE=8178743;WS=8178711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	8178798	rs62104935	C	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1024;ReadPosRankSum=0.526;SC=CAGATGATGACTAATGGGCCA;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=72;WE=8178806;WS=8178788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr2	8870814	rs6431959	A	G	5168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=54;PP=2965;SC=TCTGTCATAAAGGTACAGTAA;SOR=1.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=110;TCR=54;TR=164;WE=8870822;WS=8870804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	8887910	rs1978841	A	T	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=0;PP=904;SC=AAAACTATGTATAAAATCAGT;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=33;WE=8887918;WS=8887900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	8890179	rs56242974	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=508;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GAATCCACAAGCAGAAAACTG;SOR=0.990;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=33;WE=8890187;WS=8890169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr2	8910987	rs12476359	A	T	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=69;PP=1945;SC=AAAAGCATTTAAAAATTAATA;SOR=1.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=105;WE=8910995;WS=8910977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	8911010	rs17630893	T	C	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=55;PP=1616;SC=TGTGTGATAGTATGTTAAGTA;SOR=2.425;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=73;WE=8911018;WS=8911000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	8916847	rs4669338	A	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=545;SC=AAGCTTATTAACTATCATAGA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=8916855;WS=8916837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	8943291	rs2356658	G	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=28;PP=746;SC=AAAACAAAACGCAAGCCCAAG;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=8943299;WS=8943281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	8946568	rs56241236	G	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=521;ReadPosRankSum=1.570;SC=CTCTTAACATGAATTTTAATA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=25;WE=8946576;WS=8946558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr2	8998624	rs10929559	A	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=0;PP=380;SC=TGGCCCACGGAGACATGGCAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=8998632;WS=8998619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	8998775	rs35543955	CA	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr2	9008502	rs114860060	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=387;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TCCTAGGACATCACACCATAA;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=22;WE=9008510;WS=9008492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr2	9143763	rs374380125	G	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr2	9419411	rs10193043	G	A	9043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.33;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr2	9419415	rs10170149	C	T	9099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.54;ReadPosRankSum=-1.350;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr2	9463454	rs12475160	C	T	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=89;PP=2651;SC=AGCATCTCACCGGTACCAGCG;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=56;TCR=89;TR=145;WE=9463462;WS=9463444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr2	9491017	rs4669385	C	T	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=80;PP=2145;SC=GCTTTGACCTCATTTCACGTA;SOR=4.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=10;TCR=80;TR=90;WE=9491025;WS=9491007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	9496291	rs2709591	T	C	5411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.539;SC=AACACAGCGTTGCTCTTGTTT;SOR=0.806;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=421;TCF=234;TCR=187;TR=230;WE=9496299;WS=9496281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,241:0.55:440
chr2	9514917	rs33930824	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=601;ReadPosRankSum=-0.168;SC=CAGCCAAGTACATCGAGAGGA;SOR=0.819;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=51;WE=9514925;WS=9514907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr2	9547171	rs10929579	G	A	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=958;ReadPosRankSum=0.812;SC=GCCTGGGTCAGTGGAACCCAT;SOR=1.024;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=117;TCF=38;TCR=79;TR=60;WE=9547179;WS=9547161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr2	9552379	rs10929581	C	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-1.288;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.971;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr2	9552383	rs112462761	A	AT	1597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=5.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.505;QD=14.27;ReadPosRankSum=2.312;SOR=1.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr2	9554255	rs10208358	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=699;ReadPosRankSum=-0.006;SC=GTAAAACCACGTGAACATCAA;SOR=0.118;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=65;TCF=60;TCR=5;TR=36;WE=9554263;WS=9554245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr2	9554280	rs12474647	A	T	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=6;PP=1130;ReadPosRankSum=1.557;SC=AAGCGCAGACAATCAATGATC;SOR=0.997;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=117;TCF=100;TCR=17;TR=56;WE=9554288;WS=9554270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr2	9554461	rs10185646	C	A	4398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=118;PP=2795;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AACCCATTCACATCATTTATT;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=340;TCF=127;TCR=213;TR=187;WE=9554469;WS=9554451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,202:0.56:359
chr2	9558905	.	CT	C	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.281;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.693;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	9569972	rs7589401	A	T	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=32;PP=1651;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GGGTGATGGAACTAGAATTAT;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=141;TCR=59;TR=107;WE=9569980;WS=9569962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,110:0.53:206
chr2	9571054	rs2002044	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=0.598;SC=CTCTATATGGCATGTATGGTT;SOR=1.148;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=11;WE=9571062;WS=9571044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	9572888	rs12478467	A	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=391;ReadPosRankSum=0.100;SC=AAGTACTATTAAAAAAAAAAA;SOR=3.126;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=22;WE=9572896;WS=9572878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr2	9576553	rs6432003	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=438;ReadPosRankSum=-0.532;SC=AAGATAATAATGTGGTCTTGG;SOR=1.276;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=27;WE=9576561;WS=9576543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr2	9580540	rs111411247	G	GT	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=611;ReadPosRankSum=-1.254;SC=ATCATTTCTTGTTCTGTGTGT;SOR=0.598;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=18;WE=9580548;WS=9580530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr2	9583922	rs11681316	A	G	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.275;SC=AGCCTTTCACATGCACTCGGA;SOR=1.091;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=20;TCR=73;TR=53;WE=9583930;WS=9583912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr2	9588537	rs35517487	ACTT	A	1973.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.499;NF=2;NR=32;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GAAAGACTGTACTTCTTAAGA;SOR=0.585;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=92;TCF=7;TCR=85;TR=34;WE=9588547;WS=9588527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr2	9597171	rs35810297	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr2	9613289	rs2001658	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=0.275;SC=ACTGCTAAATTGCTAATTAAT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=9613297;WS=9613279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	9615556	rs6432007	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=154;ReadPosRankSum=-2.098;SC=AGTGAGGCGGTGTGGCCTTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=12;WE=9615564;WS=9615546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	9616035	rs7591166	A	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=321;ReadPosRankSum=0.645;SC=CCGAGAAAACAGAAGTTGCCA;SOR=0.212;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=21;WE=9616043;WS=9616025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr2	9616301	rs3831465	TAGG	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-1.368;SC=AATCAGTATATAGGAGAAGGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=9616311;WS=9616291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	9630231	rs6705408	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=612;ReadPosRankSum=-3.165;SC=TCACAAAATACAAGCTGTGAT;SOR=0.287;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=12;WE=9630252;WS=9630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	9630244	rs3833563	AT	A	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.822;NF=6;NR=6;PP=619;ReadPosRankSum=-2.246;SC=GCTGTGATTGATTTGTAGGTC;SOR=0.486;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=12;WE=9630252;WS=9630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr2	9631340	rs10495562	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=515;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GTGAGTACTATTTCATCACAG;SOR=0.296;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=31;WE=9631348;WS=9631330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
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chr2	9695906	rs12692386	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-1.494;SC=CGACGCCCCCAGAAGTGCAGG;SOR=1.230;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=9695914;WS=9695896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	9728574	rs67724256	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=494;ReadPosRankSum=0.705;SC=TTTTCTCTGTATGGGTCTTTT;SOR=1.675;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=25;WE=9728582;WS=9728564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr2	9981672	rs112717131	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.253;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=405;ReadPosRankSum=0.778;SC=TGCTTGAACCTGGGAAGCGGA;SOR=1.688;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=21;WE=9981680;WS=9981662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr2	9983591	rs35818430	A	AG	8935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=79;PP=2936;SC=TCCGGCCGGAAGCTTCTCCAG;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=19;TCR=80;TR=98;WE=9983599;WS=9983581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	9983716	rs385513	A	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=38;PP=1177;SC=CTGGCGGGCCACGATCGCCGG;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=9983724;WS=9983706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	9985341	rs3214586	TC	T	5909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.698;NF=30;NR=93;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TGTCCTCTTCTCCCATAGGAA;SOR=0.713;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=319;TCF=69;TCR=250;TR=123;WE=9985349;WS=9985331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,210:0.41:511
chr2	9986162	rs287987	C	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=601;ReadPosRankSum=-1.750;SC=AATTATTCTTCGTTATCCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=31;WE=9986170;WS=9986152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr2	9991556	rs287991	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=364;SC=TGGGTTAATTGAAAAAAAAAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=14;WE=9991564;WS=9991546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	9991867	rs287992	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=403;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TAACACTAGGGCTACTGGAAG;SOR=1.282;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=21;WE=9991875;WS=9991857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr2	9994293	rs72782619	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=463;ReadPosRankSum=0.014;SC=ACATACAGACCCCAGAGATTT;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=21;WE=9994301;WS=9994283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr2	10008792	rs150737308	G	A	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=1852;ReadPosRankSum=1.464;SC=GATTTTAAAGGGACATAAAGT;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=247;TCF=126;TCR=121;TR=122;WE=10008800;WS=10008782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,129:0.50:257
chr2	10023016	rs447465	T	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=533;ReadPosRankSum=1.019;SC=GCTTGACTTATTATTTGGTGT;SOR=2.066;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=22;WE=10023024;WS=10023006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
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chr2	10044946	rs450194	G	T	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	10045014	rs400917	C	T	12457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr2	10045024	rs396190	G	A	13262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.24;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	10045147	rs448327	A	G	7182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=1.621;SC=TAAGTGTGTGACATATATTGT;SOR=0.521;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=95;TCR=144;TR=237;WE=10045155;WS=10045137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr2	10050947	rs1054561	T	C	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=64;PP=2174;SC=ATCCTATAGCTAAAATGGCAA;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=111;WE=10050968;WS=10050937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	10050960	rs1054565	A	G	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=57;PP=1845;SC=AATGGCAAAAACTGTTAAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=94;WE=10050968;WS=10050937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	10051053	rs10495576	G	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=586;SC=GTAAGTGTACGTCAATTTTAT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=24;WE=10051061;WS=10051043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	10051792	rs2241664	A	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=294;SC=TATACACATAAACACATGTAT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=10051800;WS=10051782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	10053412	rs12467598	C	T	11194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=204;PP=2965;SC=ATGCACCTGCCTTACTTCTGT;SOR=0.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=381;TCF=176;TCR=205;TR=380;WE=10053420;WS=10053402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr2	10059770	rs1820965	G	T	7409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=100;PP=2965;SC=CACTGGTCGAGTCAACAGCAA;SOR=1.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=157;TCR=101;TR=257;WE=10059778;WS=10059760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr2	10094992	rs2303918	A	G	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=23;PP=2201;ReadPosRankSum=-1.231;SC=AGCTTATGATACCTTGCAGTA;SOR=2.903;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=102;WE=10095000;WS=10094982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr2	10095374	rs13401891	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CTTTGACTTACTGTGATTCGA;SOR=0.846;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=9;WE=10095382;WS=10095364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	10105584	rs111854908	AT	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-0.449;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr2	10126416	rs16867274	A	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=543;ReadPosRankSum=-1.109;SC=ACAAGGTAAGATCGGCAGGGA;SOR=0.483;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=34;WE=10126424;WS=10126406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr2	10132118	.	AT	A	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.566;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,47:0.23:200
chr2	10133728	rs6711126	T	C	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1366;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CAAATATTTTTGAAGATTACA;SOR=0.605;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=151;TCR=119;TR=124;WE=10133736;WS=10133718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,132:0.46:284
chr2	10133820	rs6750565	C	T	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1082;ReadPosRankSum=0.825;SC=GCAGGGATGTCATAGAGGCCA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=69;TCR=111;TR=82;WE=10133828;WS=10133810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,87:0.47:185
chr2	10135855	rs11674576	T	C	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=569;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GATCTTCCTTTAGCCTGATTT;SOR=1.414;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=30;WE=10135863;WS=10135845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr2	10135956	rs41264205	G	A	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=75;PP=2387;ReadPosRankSum=0.110;SC=CCTTAATGTTGATGCAGCTGG;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=423;TCF=248;TCR=175;TR=181;WE=10135964;WS=10135946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,187:0.43:437
chr2	10138988	.	A	ATG	229	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=39;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=1;PP=229;QD=36.0;SC=ACACATATATATACGTATATA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=10139000;WS=10138978;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,7:1.00:7
chr2	10138991	.	CGT	C	229	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=39;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=1;PP=229;QD=36.0;SC=CATATATATACGTATATATAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=10139000;WS=10138978;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,7:1.00:7
chr2	10139015	.	T	TGTAC	540	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.77;NF=9;NR=5;PP=540;QD=39.8571428571;SC=CACATATATATACATATATAT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=10139025;WS=10139005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,14:1.00:14
chr2	10139017	rs33958552	C	CAT	246.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=391;SC=CATATATATACATATATATAT;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=14;WE=10139025;WS=10139005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	10140651	rs2163338	A	G	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.179;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=29;PP=1120;ReadPosRankSum=0.019;SC=GAGAGCTAACAGGTCAATCTA;SOR=1.146;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=183;TCF=115;TCR=68;TR=87;WE=10140659;WS=10140641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,93:0.47:196
chr2	10183748	rs372827624	TGCC	T	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=493;SC=AGCTCCGGGTTGCCGCCGCCG;SOR=2.049;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=11;WE=10183758;WS=10183738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	10183970	rs115226520	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=384;ReadPosRankSum=0.371;SC=GCGCGCCTGTAAATGCGGGAG;SOR=0.452;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=30;WE=10183978;WS=10183960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr2	10186419	rs35927125	A	G	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=42;PP=1375;ReadPosRankSum=1.239;SC=CAAAGATCCCAGAAAGGTGAC;SOR=0.600;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=207;TCF=126;TCR=81;TR=101;WE=10186427;WS=10186409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,105:0.48:221
chr2	10188649	rs11687357	A	T	9247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=185;PP=2965;SC=GGAACTATGTATGCAGCTTCC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=139;TCR=186;TR=324;WE=10188657;WS=10188639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr2	10220006	rs75088824	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=0.142;SC=CCGCCGTCCCCCGAGGCCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=6;WE=10220014;WS=10219996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	10220091	rs180700353	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=0.410;SC=GGCGGGCTCCGGGGGGCCCCA;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=10;WE=10220099;WS=10220081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr2	10220218	rs186266646	C	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	10225241	rs6432058	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=314;ReadPosRankSum=-2.552;SC=CTGAGTAAGACGATGTTTGTG;SOR=0.675;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=26;WE=10225249;WS=10225231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr2	10226306	rs34098251	G	GC	2780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.873;NF=6;NR=38;PP=1743;ReadPosRankSum=1.324;SC=GAATAGACCAGCGAGCTCTGA;SOR=0.427;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=89;TCF=8;TCR=81;TR=44;WE=10226314;WS=10226296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,88:0.58:153
chr2	10262920	rs1130609	T	G	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.266;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=67;PP=1829;ReadPosRankSum=-0.218;SC=TCGCTGCGCCTCCACTATGCT;SOR=0.883;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=265;TCF=123;TCR=142;TR=116;WE=10262928;WS=10262910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,120:0.42:285
chr2	10264057	rs6432065	T	C	4049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=110;PP=2265;ReadPosRankSum=0.250;SC=TCGTCTTGTATGTTTTTCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=386;TCF=157;TCR=229;TR=187;WE=10264065;WS=10264047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,201:0.49:407
chr2	10265144	rs72544298	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GCCTAAATGCACTTTATTATT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=10265152;WS=10265134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	10281903	rs5829249	G	GC	1349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=6;PP=1293;SC=GGTGGCCATGGCCTGGGGCTG;SOR=2.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=10281911;WS=10281898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr2	10332876	rs56228505	AC	A	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.652;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=355;ReadPosRankSum=1.982;SC=CTGCCACTCCACCCCCCCCTG;SOR=0.246;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=21;WE=10332884;WS=10332866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr2	10564765	rs184216935	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=788;ReadPosRankSum=-0.962;SC=GGATGGCATGGTCGTTGCTAA;SOR=0.654;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=55;WE=10564773;WS=10564755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr2	10580967	rs1049500	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.474;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=841;ReadPosRankSum=-1.325;SC=GTGGGAAGTCGGGGTTCTGGA;SOR=1.071;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=52;WE=10580975;WS=10580957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,56:0.46:121
chr2	10584022	rs3752661	T	C	4642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.679;SC=TAGCCACAATTAAAATAAAAA;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=299;TCF=106;TCR=193;TR=183;WE=10584030;WS=10584012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,194:0.61:316
chr2	10584122	rs28362399	A	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.259;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=904;ReadPosRankSum=-0.978;SC=ACTTTCTACTAAAGTATAGAA;SOR=0.247;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=38;WE=10584130;WS=10584112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr2	10585311	rs2302614	A	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=-0.378;SC=ATTGAAAGAAATATTTCCAGC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=10585319;WS=10585301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	10595534	rs6721235	T	C	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1499;ReadPosRankSum=-1.272;SC=CTGGATTCTTTTCCTGTTTTT;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=185;TCF=91;TCR=94;TR=96;WE=10595542;WS=10595524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,101:0.53:189
chr2	10595578	rs6432097	T	C	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.508;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=44;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.657;SC=CCCAGCTCTCTTCATGGTTCC;SOR=0.589;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=184;TCF=92;TCR=92;TR=100;WE=10595586;WS=10595568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,103:0.53:193
chr2	10717714	rs12473957	G	C	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=43;PP=2965;SC=CTATTGAAAGGCTATTTTTCT;SOR=1.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=101;TCR=43;TR=144;WE=10717722;WS=10717704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	10729897	rs759403	C	T	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=901;SC=GGAAAAAGTACGTAAAAATTT;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=10729905;WS=10729887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	10741141	rs10181806	A	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=315;SC=GCTTAAAGGTAAACAGTTGTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=10741149;WS=10741131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	10743153	rs2287061	C	T	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=25;PP=1930;SC=GAAATGGCCACAGACTGCGCA;SOR=1.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=82;WE=10743161;WS=10743143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	10743191	rs2287062	G	A	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=55;PP=2965;SC=AATAACTGTAGTTTTCTGTTT;SOR=1.434;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=112;TCR=56;TR=167;WE=10743199;WS=10743181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	10747246	rs6744854	C	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=683;SC=TTCTCATGTTCAAAACTCAAA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=10747254;WS=10747236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	10747271	rs6759740	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=3;PP=1227;SC=AAGTAGAAATAAAGTAATTAC;SOR=4.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=46;WE=10747279;WS=10747261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	10762302	rs70953325	TA	T	13956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=218;PP=2951;SC=GGTAAACAGTTAACACAGGAA;SOR=1.228;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=243;TCF=16;TCR=227;TR=234;WE=10762312;WS=10762292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr2	10808776	rs55925118	C	CAA	3308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=1816;SC=ATTACTAAAACTACTCACGCA;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=10808784;WS=10808766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	10813782	rs6748766	T	C	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=21;PP=635;SC=AGAAATTATATACATACCAGT;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=10813790;WS=10813772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	10815833	rs9287721	A	G	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=804;SC=ATAAAAAACTAATTACAAACC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=10815841;WS=10815823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	10908662	rs12468989	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=-0.164;SC=ATGGCTTGGCGCCTGGGTGCC;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=13;WE=10908670;WS=10908652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr2	10911891	rs1198850	T	C	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=16;PP=1278;SC=AGTGCCCGGGTGTGGGTGTGT;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=10911899;WS=10911881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	10912153	rs2171773	T	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=33;PP=955;SC=TGGACGAGGATGCTCCCTGCC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=10912161;WS=10912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	10912719	rs72777388	G	A	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=109;PP=2685;ReadPosRankSum=-1.234;SC=CAGACATGGTGGTCCCTCGAT;SOR=0.738;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=407;TCF=167;TCR=240;TR=180;WE=10912727;WS=10912709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,186:0.44:425
chr2	10914867	rs56195743	A	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=234;ReadPosRankSum=0.723;SC=CCACTCCCGCACAAGGCCTAG;SOR=0.994;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=15;WE=10914875;WS=10914857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr2	10922516	rs1686482	A	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=505;ReadPosRankSum=1.625;SC=GTATCCAGAAACAGCAGTATT;SOR=0.348;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=28;WE=10922524;WS=10922506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr2	10924524	rs1198873	T	C	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=-2.243;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
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chr2	10929867	rs11904084	T	C	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.860;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=54;PP=1529;ReadPosRankSum=-1.747;SC=GCAGTTGAAGTGGTTTACCTC;SOR=0.791;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=252;TCF=133;TCR=119;TR=126;WE=10929875;WS=10929857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,137:0.52:265
chr2	10930050	rs1686514	A	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=389;ReadPosRankSum=1.440;SC=AAATCCAATTAACACTTAATG;SOR=0.272;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=25;WE=10930058;WS=10930040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr2	10931001	rs1614107	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=240;ReadPosRankSum=-0.033;SC=TTTGAGACACAGTCTCTCTCT;SOR=0.158;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=16;WE=10931009;WS=10930991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr2	10932082	rs1734421	T	C	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=56;PP=1320;ReadPosRankSum=-1.304;SC=CATCAAACAATTGGGCCAAGA;SOR=1.231;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=129;TCF=15;TCR=114;TR=62;WE=10932090;WS=10932072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,61:0.47:130
chr2	10933249	rs4799	C	T	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=73;PP=1900;ReadPosRankSum=-0.374;SC=ATCCTCCGCTCCGTCCCCCGA;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=316;TCF=153;TCR=163;TR=144;WE=10933257;WS=10933239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,149:0.45:331
chr2	10937037	rs1734343	T	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=283;ReadPosRankSum=0.511;SC=GTGACACATATTTCATCTTCA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=13;WE=10937045;WS=10937027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	10937095	rs56147885	T	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=652;ReadPosRankSum=0.532;SC=TTATAGATAATTCAGGTACAA;SOR=0.214;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=46;WE=10937103;WS=10937085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr2	10937409	rs1686444	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=532;ReadPosRankSum=-0.767;SC=ATCTGCTTCACATAGACTCAG;SOR=3.023;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=25;WE=10937417;WS=10937399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr2	10937980	rs17365181	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=0.838;SC=CAATGGTCTATTGAATGAGAT;SOR=0.641;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=11;WE=10937988;WS=10937970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr2	10938043	rs56346617	T	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GGGCACGGTGTCTCACGCCTG;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=10938051;WS=10938033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	10942567	rs1686434	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.245;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=332;ReadPosRankSum=1.294;SC=TTTATACAGCGTTTTCTCCAA;SOR=0.105;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=20;WE=10942575;WS=10942557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr2	10942687	rs4758	C	T	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=75;PP=2731;ReadPosRankSum=1.074;SC=GGTTGAAATTCGATGGAGTTA;SOR=0.928;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=410;TCF=236;TCR=174;TR=193;WE=10942695;WS=10942677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,203:0.48:427
chr2	10950284	rs1734449	G	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=976;ReadPosRankSum=0.072;SC=CATATATTAAGTCATTTAAGA;SOR=0.971;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=82;TCR=31;TR=55;WE=10950292;WS=10950274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr2	10952790	rs6726687	T	C	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=63;PP=1428;ReadPosRankSum=0.799;SC=CTCCCTCCGCTGGCCCGCACC;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=352;TCF=189;TCR=163;TR=140;WE=10952798;WS=10952780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,140:0.39:360
chr2	10959292	rs56321198	C	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TATGACTAGACCTCATTTTGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=10959300;WS=10959285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	10959384	rs55770944	A	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=364;ReadPosRankSum=0.626;SC=CTACTCTGGGAGTTTCCTCTA;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=28;WE=10959392;WS=10959374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr2	10959407	rs72779451	A	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=575;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TACCGGGTGCATTAGCCATGG;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=41;WE=10959415;WS=10959397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr2	10959461	rs72779452	G	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=1558;ReadPosRankSum=0.564;SC=ATAGGGAGTGGGCAGGAGAAG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=49;WE=10959483;WS=10959451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,53:0.42:125
chr2	10959475	rs72779453	G	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=1558;ReadPosRankSum=0.307;SC=GGAGAAGTTGGTGAGCCTGAA;SOR=0.753;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=52;WE=10959483;WS=10959451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,56:0.44:128
chr2	10960866	rs56121730	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=443;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TGGGGTGGCCCGAAGCCAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=33;WE=10960874;WS=10960856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr2	10960952	rs56025654	G	A	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1102;ReadPosRankSum=0.339;SC=CCAGTGGTCGGCACACCCACA;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=84;WE=10960960;WS=10960942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,91:0.44:206
chr2	10977585	rs76076331	C	T	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=825;ReadPosRankSum=0.885;SC=TAAGATGAAGCCAGGGAGAGG;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=96;TCR=66;TR=63;WE=10977593;WS=10977575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,71:0.40:178
chr2	10994418	rs1198852	T	C	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=1;PP=892;SC=TGAGCCACTGTGTCCGGCCTC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=10994426;WS=10994410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	11053020	rs3732104	A	G	10311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=209;PP=2965;SC=GCGTGGACGCAGCCGAGGGCC;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=371;TCF=162;TCR=209;TR=370;WE=11053028;WS=11053010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr2	11053740	rs3732105	C	T	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=88;PP=2436;ReadPosRankSum=-1.527;SC=GTGGTGTCATCGCCATCGCCC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=341;TCF=158;TCR=183;TR=163;WE=11053748;WS=11053730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,170:0.48:354
chr2	11245952	rs144997432	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr2	11264830	rs7560331	G	A	4340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=87;PP=2692;ReadPosRankSum=-2.683;SC=CGTGGACCTGGCAACCTGCTC;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=420;TCF=238;TCR=182;TR=201;WE=11264838;WS=11264820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,211:0.49:429
chr2	11273407	.	GTC	G	1063.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.853;NF=16;NR=25;PP=806;ReadPosRankSum=-0.762;SC=TCAGGCACAGGTCTCTCTCTC;SOR=0.728;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=132;TCF=47;TCR=85;TR=41;WE=11273418;WS=11273397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,55:0.27:204
chr2	11295226	rs148805827	C	CG	286.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=341;SC=GACTGTCGCCCGGGGCGGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=11295234;WS=11295216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	11295867	rs7598570	G	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=51;PP=1270;SC=AGCTGCTGCCGGCTGGGAGCC;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=84;WE=11295875;WS=11295857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	11300732	rs2271622	C	T	13487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=254;NR=218;PP=2965;SC=CCCCCTCACTCGGAGCCTCTC;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=473;TCF=254;TCR=219;TR=472;WE=11300740;WS=11300722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr2	11300869	rs6432182	T	C	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr2	11300927	.	TAAAAAA	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=0.674;QD=12.62;ReadPosRankSum=1.960;SOR=2.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	11304453	.	T	TTA	308.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.09;MQRankSum=2.167;QD=20.59;ReadPosRankSum=1.636;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr2	11311895	rs190520586	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.521;NF=8;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=0.613;SC=GGTGTTTCACCGTGCTAGCCA;SOR=0.512;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=11311903;WS=11311887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	11312181	rs12987956	G	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=67;PP=2050;SC=AGTAAGAACCGGACTCACATG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=86;WE=11312189;WS=11312171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	11312224	rs3732103	C	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=894;SC=CAAGTGTCTACGTAGTAGGGT;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=11312232;WS=11312214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	11332238	.	CT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.468;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr2	11334037	rs147107375	TATTA	T	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=1.794;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	11348364	rs141148984	C	CTAACT	474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=367;SC=ATGAATAAACCTATTAATTCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=11348372;WS=11348354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	11348609	rs5829297	CAAAT	C	873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=744;SC=CATAAATTTACAAATAAAAGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=11348620;WS=11348599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	11356190	rs726843	G	A	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=9;PP=487;SC=TTCAAGGCACGTATTACTATG;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=11356198;WS=11356180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	11357100	rs57554471	G	A	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=57.27;NF=4;NR=1;PP=78;SC=CACCCACCTCGGCCTCCCAAA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=11357108;WS=11357090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	11359031	rs9808228	G	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=350;SC=AAAACATGGGGATTACTAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=11359039;WS=11359021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	11359120	rs2230774	G	T	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=16;PP=703;SC=TATGGAATCAGTTTCTCTACA;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=11359128;WS=11359110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	11359300	rs17463952	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.023;SC=CAATATTTTTCCCTCAAGACA;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=11359308;WS=11359290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	11680896	rs34137466	CAA	C	1614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=1298;SC=GGAGGACCGTCAAAGAGTTTA;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=11680905;WS=11680886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	11702661	rs10929757	A	C	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1367;ReadPosRankSum=0.730;SC=GGCCCCCCAAACCCTTTCCAG;SOR=0.810;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=90;TCR=124;TR=92;WE=11702669;WS=11702651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,97:0.44:221
chr2	11718591	rs1529868	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=569;ReadPosRankSum=-1.938;SC=AGCTGCTAAACCCACAGAGCT;SOR=0.474;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=30;WE=11718599;WS=11718581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr2	11720986	rs13004648	G	A	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.232;SC=GGCCGTCCTGGGGATCCTGCT;SOR=0.852;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=211;TCF=87;TCR=124;TR=83;WE=11720994;WS=11720974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,83:0.38:217
chr2	11725947	rs35188552	T	C	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=807;ReadPosRankSum=0.698;SC=TTCAGTCACCTTTCCAGTGGT;SOR=0.509;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=59;WE=11725955;WS=11725937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,64:0.45:142
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chr2	11729096	rs35587928	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=620;ReadPosRankSum=0.006;SC=GGCAGGGAGTGGCCACAGCCC;SOR=1.435;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=76;TCF=10;TCR=66;TR=32;WE=11729104;WS=11729086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr2	11731774	rs2358040	T	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	11736305	rs36030386	G	A	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=59;PP=1407;ReadPosRankSum=1.712;SC=TTCCTCACTCGCTGCCTCTTC;SOR=0.837;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=204;TCF=86;TCR=118;TR=97;WE=11736313;WS=11736295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,98:0.46:212
chr2	11738091	rs1435547	T	C	9544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=199;PP=2965;SC=CTCTGCTCCATGTGTGGCATT;SOR=1.034;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=160;TCR=200;TR=359;WE=11738099;WS=11738081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr2	11738765	rs1865575	C	T	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=2;PP=1044;SC=AAACCCAGTGCGCATGTTTGC;SOR=4.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=39;WE=11738773;WS=11738755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	11741157	rs16857679	A	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=618;ReadPosRankSum=0.701;SC=CTTGTGTAGCAATATCACTTG;SOR=1.008;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=100;TCF=25;TCR=75;TR=38;WE=11741165;WS=11741147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,38:0.38:101
chr2	11741193	rs11681838	C	A	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=42;PP=1171;SC=CATTTAGTAACAGCCTTGACC;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=43;WE=11741201;WS=11741183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	11751166	rs55890755	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=660;ReadPosRankSum=0.900;SC=AGGTGCTGTGCGCAGGGAGGG;SOR=0.906;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=51;WE=11751174;WS=11751156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,53:0.46:115
chr2	11752635	rs2304399	T	C	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=25;PP=1005;SC=GGCAGAAAATTGAGGATGTGG;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=11752643;WS=11752625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	11755443	rs2252958	T	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=421;ReadPosRankSum=0.232;SC=CTCAGCCTACTTGTCCCTGTC;SOR=3.198;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=20;WE=11755451;WS=11755433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr2	11757009	rs6735957	A	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=808;SC=GAGAGTAAATATTGTGGTCAA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	11757023	rs892868	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=683;SC=TGGTCAACTTCGGATCGGAGA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	11774324	rs2304402	G	A	13641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=1.379;SC=GGCGGCCCCCGACATCATGCA;SOR=0.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=492;TCF=248;TCR=244;TR=490;WE=11774332;WS=11774314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,509:1.00:510
chr2	11775296	rs111631311	AG	A	751.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=994;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CCACCTTCATAGCCCCCTACG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=18;WE=11775306;WS=11775286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr2	11775298	.	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.219;SC=ACCTTCATAGCCCCCTACGAT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=18;WE=11775306;WS=11775286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr2	11778184	rs33962728	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=1.918;SC=TTGCCATTCAGCTGAGAGAAC;SOR=0.180;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=11778192;WS=11778174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr2	11810095	rs6432225	G	A	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=86;PP=2965;SC=CACCACGTGCGCGGACAGCGC;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=156;WE=11810103;WS=11810085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	11817812	rs4669769	G	C	5251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=119;NR=70;PP=2965;SC=CCAGCTGGGAGACCTCGCAGG;SOR=1.144;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=119;TCR=70;TR=189;WE=11817820;WS=11817802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	11853774	rs12465629	T	C	172.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=0.887;SC=ATGTTCAAAATGTAGAGTTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=11853782;WS=11853764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr2	11853913	rs4614906	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.894;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=649;ReadPosRankSum=-0.788;SC=GGGTGGATTCGAAATGTATGG;SOR=1.447;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=48;WE=11853921;WS=11853903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr2	11853964	rs4640359	G	A	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=889;ReadPosRankSum=0.588;SC=ATAGAATGTCGTTGTTATGCT;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=70;WE=11853972;WS=11853954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,84:0.56:151
chr2	11853988	rs12465630	A	T	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=778;ReadPosRankSum=-1.057;SC=ACATTTTAAGATTAGAGAAAA;SOR=0.854;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=57;WE=11853996;WS=11853978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,65:0.44:149
chr2	11854099	rs4668739	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=152;ReadPosRankSum=1.960;SC=CCGCAGCACTTGCTGGATGCT;SOR=0.970;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=13;WE=11854107;WS=11854089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
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chr2	11924950	rs3795974	T	C	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=51;PP=1508;ReadPosRankSum=-1.611;SC=CACTGGATGGTGATGTAGGAC;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=155;TCR=110;TR=123;WE=11924958;WS=11924940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,132:0.46:284
chr2	11932173	rs7561070	G	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=401;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CTTAGCAAGTGTTGGTTTTGT;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=26;WE=11932181;WS=11932163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr2	11936798	rs2577264	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=277;ReadPosRankSum=0.245;SC=AAGAAAGAATAGGAAGGCACC;SOR=0.169;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=17;WE=11936806;WS=11936788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr2	12877501	rs5829384	G	GA	3928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.939;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.997;NF=42;NR=33;PP=2845;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GTGAGAATGGGTAGAGGAAGC;SOR=0.976;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=179;TCF=86;TCR=93;TR=75;WE=12877509;WS=12877491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,118:0.43:273
chr2	15319070	rs5829492	TA	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.816;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr2	15378822	rs140225141	G	GAATT	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=685;SC=TTAAAAAAAAGAATAGTGAGA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=15378830;WS=15378812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	15468000	.	C	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=907;ReadPosRankSum=-1.760;SC=TCAGACTACACAAAAGAAGCA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=104;TCR=133;TR=71;WE=15468008;WS=15467990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,79:0.31:258
chr2	15471002	rs6759219	C	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	15491994	rs10605991	GCACACACACA	G	3614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.386;NF=28;NR=34;PP=2997;ReadPosRankSum=0.271;SC=TGGTCTGCATGCACACACACA;SOR=0.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=62;WE=15492017;WS=15491984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,114:0.72:158
chr2	15493881	rs2277915	A	G	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=993;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GAAGAAGAATATTCAATCTAA;SOR=0.615;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=68;WE=15493889;WS=15493871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr2	15519992	rs2058866	G	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=450;ReadPosRankSum=0.147;SC=GTTATAGAGAGGGAAGATTCA;SOR=0.911;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=32;WE=15520000;WS=15519982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr2	15523266	rs6756934	A	T	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=438;SC=ATGGTCATCAATCTTGTATCC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=15523274;WS=15523256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	15523307	rs3834149	TA	T	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr2	15523549	rs3755129	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=5.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=540;ReadPosRankSum=1.789;SC=CACCACTCTATATCCACATCA;SOR=0.922;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=25;WE=15523557;WS=15523539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr2	15533689	rs2380650	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=1.186;SC=AACTATTCACTTACCAAATGA;SOR=1.345;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=13;WE=15533697;WS=15533679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr2	15533734	rs139494535	G	GAAATGAAAGCGTATGTCTACAC	1565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.82;ReadPosRankSum=0.434;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr2	15533779	rs9710889	G	A	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=721;ReadPosRankSum=-0.316;SC=ATGAAAAGTCGTAGCAACTTT;SOR=0.733;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=156;TCF=93;TCR=63;TR=66;WE=15533787;WS=15533769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,80:0.43:185
chr2	15533884	rs9710962	C	A	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.552;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=2514;ReadPosRankSum=0.416;SC=AATACCATTCCGCAAACAAAA;SOR=1.297;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=45;WE=15533907;WS=15533874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr2	15533895	rs13417550	A	G	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.94;ReadPosRankSum=0.498;SOR=1.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr2	15533899	rs11689153	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.88;ReadPosRankSum=0.490;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr2	15564718	rs10929367	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=6.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=493;ReadPosRankSum=1.495;SC=ATGTATGTGGTTTGTGTATCT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=22;WE=15564726;WS=15564708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr2	15567649	rs3796002	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TCCTTTGTAGTATTTAATTTT;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=12;WE=15567657;WS=15567639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	15601287	rs11411624	A	AT	1980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.729;NF=31;NR=11;PP=1079;ReadPosRankSum=-1.789;SC=TTATCAATATAAAAAAGAAGG;SOR=0.724;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=42;WE=15601295;WS=15601277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr2	15601441	rs7590340	C	T	3558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=88;PP=2242;ReadPosRankSum=2.158;SC=ACAGAATTTCCAGGGCTTGTA;SOR=0.411;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=310;TCF=132;TCR=178;TR=164;WE=15601449;WS=15601431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,169:0.52:322
chr2	15601574	rs7590458	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TATGAAACACCTTGAAATGAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=19;WE=15601582;WS=15601564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
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chr2	15608013	rs4668910	C	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.967;SC=TGACTGATTTCATTATTGATT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=15608021;WS=15608003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	15614404	rs13014906	T	C	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=60;PP=1556;ReadPosRankSum=1.439;SC=CTTCTCCAGCTCTAGTCTCCA;SOR=0.641;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=186;TCF=72;TCR=114;TR=96;WE=15614412;WS=15614394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,95:0.48:196
chr2	15615910	rs1990754	A	G	4320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=103;PP=2790;ReadPosRankSum=0.134;SC=AAGTTTTCACAGATGAAACAG;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=390;TCF=202;TCR=188;TR=211;WE=15615918;WS=15615900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,220:0.54:406
chr2	15616013	rs1990755	C	G	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1265;ReadPosRankSum=1.122;SC=ATCTAAGAAGCGAAAAACAAA;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=59;TCR=92;TR=86;WE=15616021;WS=15616003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,95:0.59:162
chr2	15616030	rs1990756	C	T	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=833;ReadPosRankSum=0.608;SC=CAAATCAATACAAATGCATCT;SOR=0.390;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=60;WE=15616038;WS=15616020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr2	15618339	rs1125534	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=361;ReadPosRankSum=-2.074;SC=ATCACATTTCGTAGAACTCAC;SOR=0.450;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=27;WE=15618347;WS=15618329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr2	15623608	rs10201564	C	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=1.902;SC=AAAATTAAGGCCGAAAATGAG;SOR=0.551;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=15623616;WS=15623598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	15644107	rs3732002	C	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.64;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr2	15644111	rs3732003	C	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr2	15644401	rs2287265	C	T	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.174;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=43;PP=981;ReadPosRankSum=-0.527;SC=TAAAATGTCCCTTTATAATGA;SOR=0.315;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=92;TCF=12;TCR=80;TR=51;WE=15644409;WS=15644391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr2	15674686	rs13029846	T	C	3417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=70;PP=2383;ReadPosRankSum=1.096;SC=GGGTGGTAAATAGCTGTGTTG;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=285;TCF=159;TCR=126;TR=155;WE=15674694;WS=15674676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,162:0.54:300
chr2	15676686	rs10208972	G	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr2	15678368	rs7595512	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=0.116;SC=CATTTGAGCACACATACAGCT;SOR=0.180;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=10;WE=15678376;WS=15678358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	15678482	rs2380657	T	C	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.871;NF=30;NR=23;PP=805;ReadPosRankSum=0.594;SC=CGTTTTTAGTTTCTCCACTCA;SOR=0.762;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=53;WE=15678490;WS=15678472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr2	15678501	rs66736557	GA	G	1290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.122;NF=9;NR=20;PP=387;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CATTATTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=0.738;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=29;WE=15678509;WS=15678491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr2	15679609	rs2058868	A	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=0.784;SC=TCTCTAATAAAGCTTCCCTCA;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=15679617;WS=15679599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	15691791	rs55977282	G	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.700;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=797;ReadPosRankSum=-1.524;SC=ACATGGTTTTGTGGCTCAATT;SOR=1.127;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=50;WE=15691799;WS=15691781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,53:0.46:114
chr2	15691886	rs7572131	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=0.802;SC=CATATATATGGAATATAGTGA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=15691894;WS=15691876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	15694164	rs34789730	T	TA	4357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=2180;ReadPosRankSum=0.724;SC=CAGAAAAACATTGAATTTCAC;SOR=0.785;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=60;WE=15694172;WS=15694154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,126:0.53:239
chr2	15768981	rs62122280	C	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=32;PP=875;SC=TTGTAGGGCTCTATTATATTC;SOR=2.059;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=43;WE=15768989;WS=15768971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	15840505	rs4668460	C	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=28;PP=1251;ReadPosRankSum=0.545;SC=ATGTTTGGATCTATTGCAGCC;SOR=1.082;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=156;TCF=99;TCR=57;TR=83;WE=15840513;WS=15840495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,88:0.51:171
chr2	15840522	rs4668461	G	T	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=36;PP=1478;ReadPosRankSum=0.831;SC=AGCCATACTGGGAACATCAGG;SOR=1.182;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=185;TCF=113;TCR=72;TR=101;WE=15840530;WS=15840512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,106:0.52:202
chr2	15840645	rs4668962	T	C	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=76;PP=1981;ReadPosRankSum=-0.200;SC=ACTGCCCCACTTCTGGACTTA;SOR=0.839;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=235;TCF=99;TCR=136;TR=127;WE=15840653;WS=15840635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,132:0.53:249
chr2	15841230	rs1421610	T	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CTAAAGTGTTTATTGCTTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=11;WE=15841238;WS=15841220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	15841288	rs1421609	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=665;ReadPosRankSum=0.580;SC=CATTGATGTGGCTATCTGTGT;SOR=0.173;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=37;WE=15841296;WS=15841278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr2	16734295	rs114377299	A	G	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1436;ReadPosRankSum=0.766;SC=GGTAGAGGTTAGCGGCAAACA;SOR=0.514;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=235;TCF=107;TCR=128;TR=104;WE=16734303;WS=16734285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,105:0.43:244
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chr2	17698678	rs665312	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=644;ReadPosRankSum=0.438;SC=TATTTTGGCTACTGAGTGATG;SOR=0.700;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=37;WE=17698686;WS=17698668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,38:0.34:113
chr2	17773524	rs2680827	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=0.879;SC=TTTCAACCTTGTTTTTATTCC;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=10;WE=17773532;WS=17773514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr2	17876264	.	T	TATG	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=285;ReadPosRankSum=-2.446;SC=TTACTATTTATTGAGAATAAT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=7;WE=17876272;WS=17876261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr2	17883218	.	T	A	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=9;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=4;PP=49;QD=13.9618687579;SC=TAAAAAAAAATTTAAACCGAA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=17883226;WS=17883207;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,6:0.40:15
chr2	17884495	rs1065381	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=236;ReadPosRankSum=-1.695;SC=TTTTCAAGGGCAGATAAATGT;SOR=0.823;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=23;WE=17884503;WS=17884485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr2	17888457	rs6734462	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=6;PP=782;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CAGTGGGAATGATACAGTAAA;SOR=1.309;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=87;TCF=73;TCR=14;TR=47;WE=17888465;WS=17888447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr2	17890091	rs10657992	G	GTATA	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.230;NF=0;NR=10;PP=404;ReadPosRankSum=1.961;SC=TGAAAATTGTGTATATATATA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10;WE=17890099;WS=17890081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	17897488	rs35195207	T	C	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1362;ReadPosRankSum=0.750;SC=TTCAGTTGCCTCTGATTGTAG;SOR=0.971;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=82;TCR=91;TR=90;WE=17897496;WS=17897478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,95:0.52:182
chr2	17898326	rs12469221	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=800;ReadPosRankSum=-1.847;SC=AATGGGATAGCCATGAAAATT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=61;WE=17898334;WS=17898316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,68:0.56:122
chr2	17913266	rs2052746	A	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=783;SC=TGCAAATTAGATTTACATCAA;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=17913274;WS=17913256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	17927275	rs12474069	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=-0.355;SC=ATATTAAACTCAACAAAATAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=17927283;WS=17927265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	17941423	rs2555072	T	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=585;ReadPosRankSum=0.321;SC=ACAGTCTTGGTATCTTGATTT;SOR=0.377;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=33;WE=17941431;WS=17941413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr2	17942775	rs1812152	T	A	3817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=88;PP=2233;ReadPosRankSum=1.281;SC=GAGGAATCAGTCTCGGTATGG;SOR=0.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=434;TCF=220;TCR=214;TR=188;WE=17942783;WS=17942765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,198:0.44:452
chr2	17954027	rs300175	G	A	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=100;PP=2965;SC=AGGCAACTCAGTGAAGTAGAG;SOR=1.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=53;TCR=100;TR=153;WE=17954035;WS=17954017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	17954140	rs300176	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=156;ReadPosRankSum=0.573;SC=CTTTCCCCATATCTAGATTAG;SOR=0.126;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=11;WE=17954148;WS=17954130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	17954421	rs300177	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr2	17959405	rs143973077	G	GTA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=218;ReadPosRankSum=0.303;SC=TTGTATATGTGTATATATATA;SOR=1.329;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=17959413;WS=17959395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	17959420	rs10535305	TAC	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=273;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TATATATATATACACACACAC;SOR=0.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=17959429;WS=17959410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	17962450	rs300168	A	G	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1390;ReadPosRankSum=1.267;SC=TTAGTCCTGAAGAGCATCTAC;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=93;TCR=114;TR=95;WE=17962458;WS=17962440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,98:0.46:215
chr2	17962518	rs300169	C	T	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=863;ReadPosRankSum=1.043;SC=CGAATATTTACAAAATTATCA;SOR=0.536;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=158;TCF=71;TCR=87;TR=64;WE=17962526;WS=17962508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,67:0.40:166
chr2	17998025	rs34069439	A	T	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1557;ReadPosRankSum=-1.080;SC=GGGGCAGCGAAGGCTGCAGTG;SOR=0.596;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=96;WE=17998033;WS=17998015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,106:0.56:190
chr2	17998095	rs35858730	C	T	3440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=59;PP=2207;ReadPosRankSum=1.618;SC=CCAGCCCACCCACCTTCAGGG;SOR=0.741;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=252;TCF=148;TCR=104;TR=139;WE=17998103;WS=17998085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,150:0.55:271
chr2	17998331	rs13001625	T	C	9821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=234;PP=2962;ReadPosRankSum=1.211;SC=CAGACCTCCTTAACCGCGGCA;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=738;TCF=318;TCR=420;TR=413;WE=17998339;WS=17998321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,429:0.56:761
chr2	18112473	rs4240213	G	A	11839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=230;PP=2965;SC=CCGATAAGGAGTACTACTTTG;SOR=0.856;Source=Platypus;TCF=230;WE=18112481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
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chr2	18113623	rs4832524	A	G	2806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=71;PP=1973;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GCGGATGCACACCTTCATTAC;SOR=0.576;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=302;TCF=133;TCR=169;TR=133;WE=18113631;WS=18113613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,136:0.44:309
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chr2	18758133	rs140315086	G	A	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=87;PP=2665;ReadPosRankSum=1.099;SC=CTTTTCCCCCGGTCAGACAGA;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=372;TCF=193;TCR=179;TR=185;WE=18758141;WS=18758123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,201:0.51:397
chr2	18767384	rs11096544	G	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.602;SC=ACGGGCAGAAGGGAGTTCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=18767392;WS=18767378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	18768850	rs16985306	A	G	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=69;PP=1583;ReadPosRankSum=-0.548;SC=ACCTCATTCCAGGCTCATTCT;SOR=0.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=244;TCF=85;TCR=159;TR=104;WE=18768858;WS=18768840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,110:0.42:260
chr2	18770540	rs6720633	G	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=1;PP=615;ReadPosRankSum=1.072;SC=TCCCTTTTCTGTACTCTTTCC;SOR=1.402;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=69;TCF=61;TCR=8;TR=32;WE=18770548;WS=18770530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr2	20131184	rs1191779	C	A	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=71;PP=2023;SC=AAACATTTTTCAAAATTGAGG;SOR=1.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=108;WE=20131192;WS=20131174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	20131987	rs4294960	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=725;SC=TGCTCTTTCATATATTAAAAT;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=20131995;WS=20131977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	20135283	rs6741091	T	C	9258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=165;NR=159;PP=2965;SC=TCTCTAACCCTTCATAATCCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=324;TCF=165;TCR=159;TR=324;WE=20135291;WS=20135273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr2	20136257	rs78848859	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=-1.724;SC=CCAAACACTTTAGGAACTTAG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=17;WE=20136265;WS=20136247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	20146404	.	A	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=126;ReadPosRankSum=-0.533;SC=ATTTCTCTATATGTCTATACA;SOR=3.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=16;WE=20146412;WS=20146394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr2	20160250	rs12996974	G	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=10;PP=1087;SC=CCAGTGTTAGGTTTTTAAATT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=20160258;WS=20160240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	20173255	rs10153717	A	C	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=12;PP=1675;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TTCCTTTGTTATTTTTTCCTC;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=64;TCR=12;TR=75;WE=20173263;WS=20173245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr2	20189089	rs3731663	C	T	7187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.916;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=1.333;SC=CACGAAGGAGCTGGGAAGTAA;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=108;TCR=157;TR=263;WE=20189097;WS=20189079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,270:1.00:271
chr2	20192696	rs7569975	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=347;SC=TTCCTTGGAAGAATCATGCTG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=20192704;WS=20192686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	20192931	rs35973216	G	A	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=39;PP=1119;SC=TCATCAAGTGGCAAGTTGTTA;SOR=1.394;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=20192939;WS=20192921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	20194036	rs3820949	G	C	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=40;PP=2366;SC=CAGGCAGAAGGAGAAAACCTT;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=80;TCR=40;TR=120;WE=20194044;WS=20194026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	20202811	rs11681705	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=534;SC=ACCAGCCAAAAGGCAGTTAGG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=20202819;WS=20202801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	20202929	rs28452699	C	T	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=56;PP=2798;SC=CACCTGAACACGTTTTCTTGT;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=102;TCR=56;TR=158;WE=20202937;WS=20202919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	20205423	rs5829721	A	AAAAG	2293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=7;PP=1789;SC=TCCACCAAAAAAGAATAATAC;SOR=3.486;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=44;WE=20205431;WS=20205413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	20205680	rs28401180	C	T	11714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=173;PP=2965;SC=GAGCCGCCACCTCATTCACCT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=396;TCF=223;TCR=173;TR=396;WE=20205688;WS=20205670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr2	20205848	rs28598872	G	A	10887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=0.449;SC=TTCGACCCACGGCCTGCTTCA;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=381;TCF=185;TCR=196;TR=379;WE=20205856;WS=20205827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,391:0.99:393
chr2	20233135	rs1191824	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=599;SC=TAAATAGGGTTATACAAAACC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=20233143;WS=20233125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	20302487	.	AAGG	A	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=1.265;QD=6.01;ReadPosRankSum=4.329;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr2	20302527	rs12612373	C	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.369;NF=35;NR=26;PP=819;ReadPosRankSum=2.892;SC=AAGAAGAAGACGACGACAACG;SOR=0.424;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=169;TCF=105;TCR=64;TR=61;WE=20302535;WS=20302511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,68:0.37:183
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chr2	20403794	rs10205485	A	T	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=68;PP=2538;SC=CGTTGAGGCCAGATGAGTGGT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=135;WE=20403802;WS=20403784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	20405050	rs6531225	A	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=578;SC=ACCACTGCCCACAGGCATGAC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=20405058;WS=20405040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	20423154	rs4666375	A	G	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=86;PP=2771;SC=AGCAGTGGAGAACCCGAGTGC;SOR=1.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=35;TCR=87;TR=120;WE=20423162;WS=20423144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	20424655	rs11544860	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.312;SC=GCGGGAGAGCGGCAGGCTGCG;SOR=1.112;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=5;WE=20424663;WS=20424645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	20699625	rs13010768	G	A	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=8;PP=710;SC=GGCTGAGCAAGGTCCTTCACC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=20699633;WS=20699615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	20700786	rs961496	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=452;ReadPosRankSum=-1.681;SC=CCAGTATTCCCTAGGGATGGA;SOR=1.880;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=21;WE=20700794;WS=20700776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr2	20700900	rs342088	A	G	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=62;PP=2680;SC=CTTCTTTGCTAGCCTTGGGCA;SOR=0.759;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=142;WE=20700908;WS=20700890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	20798006	rs34750020	CT	C	1779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.534;NF=14;NR=14;PP=940;ReadPosRankSum=0.047;SC=GCTTGTTTGCCTGCAACTAGA;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=28;WE=20798014;WS=20797996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr2	20818454	rs3732152	T	A	4928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.03;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,125:0.58:214
chr2	20818458	rs3732151	G	A	5069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,134:0.58:232
chr2	20818764	rs3732149	C	T	3211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=70;PP=1996;ReadPosRankSum=0.737;SC=AGGCTGGGGGCGGCCTGGGCT;SOR=0.832;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=364;TCF=193;TCR=171;TR=157;WE=20818772;WS=20818754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,163:0.43:378
chr2	20822218	rs4666444	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=429;SC=CACCACAGAGTGGGGGGCCCA;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=20822226;WS=20822208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	20823612	rs13030108	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=393;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CTCTGTCCAGAACACTCTCAG;SOR=0.555;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=30;WE=20823620;WS=20823602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr2	20823724	rs6531248	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=38;PP=1146;SC=CACAGGCGGCTGGCAGCAGGA;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=20823732;WS=20823714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	20823816	rs2305460	G	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CAGCAGGGGGGTCAGAGGAAG;SOR=0.407;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=24;WE=20823824;WS=20823806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr2	20823850	rs6733419	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=528;SC=ATGCCATGGCTGCTCTCTCTC;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=20823858;WS=20823840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	20824498	rs2305458	C	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1013;ReadPosRankSum=-1.371;SC=TTACGGTCCACGGATGACACG;SOR=0.567;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=76;WE=20824506;WS=20824488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,78:0.51:153
chr2	20824559	rs2305457	C	T	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1391;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CAAAGAGCCCCTCATCAGGGT;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=104;TCR=87;TR=97;WE=20824567;WS=20824549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,101:0.50:201
chr2	20824658	rs10199441	G	A	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=905;ReadPosRankSum=-1.575;SC=TGGAGCTGGAGAATCACAGAC;SOR=0.680;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=56;WE=20824666;WS=20824648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr2	20824708	rs10191266	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=552;ReadPosRankSum=1.794;SC=GTCCAGGTGGTCCGGTCAGAC;SOR=0.568;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=34;WE=20824716;WS=20824698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr2	20838222	rs3796065	C	T	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=71;PP=2284;ReadPosRankSum=0.932;SC=GGTCCAGCGCCTCCTCCTCCT;SOR=0.716;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=372;TCF=197;TCR=175;TR=146;WE=20838230;WS=20838212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,148:0.38:389
chr2	20838318	rs3796064	G	A	4334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=98;PP=2889;ReadPosRankSum=-1.388;SC=CAAAAAAGTCGAAAGCCTCTT;SOR=0.727;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=394;TCF=200;TCR=194;TR=194;WE=20838326;WS=20838308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,202:0.49:409
chr2	20841059	rs4666449	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=0.229;SC=GGTACGCCCGCCTGCTGCCCC;SOR=0.712;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=10;WE=20841067;WS=20841049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr2	20845273	rs2304423	G	A	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=58;PP=1845;SC=CGCCTGCCAGGGGAAAAGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=89;WE=20845281;WS=20845263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	20867122	.	G	GGGCGGCGGC	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	20870579	rs13013489	G	A	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=34;PP=1283;SC=CACTGCGGCGGCTGGGCTTCG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=73;WE=20870587;WS=20870569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	20871190	rs4666457	A	C	5379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=1.507;SC=AGGTAGCGCGAGGGCCGGGGA;SOR=1.144;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=52;TCR=147;TR=198;WE=20871198;WS=20871180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr2	20884550	rs11693849	C	A	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=33;PP=1297;ReadPosRankSum=-1.316;SC=TCACAAAGACCATCCATGTGG;SOR=0.578;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=205;TCF=134;TCR=71;TR=92;WE=20884558;WS=20884540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,98:0.46:215
chr2	20988892	rs17390286	T	A	3934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=91;PP=2449;ReadPosRankSum=0.833;SC=CCAAATTTTATTCAATTGTGA;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=421;TCF=226;TCR=195;TR=192;WE=20988900;WS=20988882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,201:0.46:435
chr2	21225281	rs1042034	C	T	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=43;PP=2030;SC=GATATAATCACTGAAGATTGT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=85;WE=21225289;WS=21225271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	21232195	rs693	G	A	12801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=218;NR=219;PP=2965;SC=TATCTTCTAGGGTCTCTCGGA;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=439;TCF=220;TCR=219;TR=437;WE=21232203;WS=21232185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr2	21232803	rs584542	TG	CA	7744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=89;PP=2947;SC=TGCTCAAGAATGTCATTTATT;SOR=1.246;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=63;TCR=95;TR=149;WE=21232812;WS=21232793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	21235475	rs568413	T	C	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=69;PP=2344;SC=AGACCCATCATATGATAGTGT;SOR=1.392;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=111;WE=21235483;WS=21235465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	21236482	rs488329	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=663;SC=GACCTTCACAACAATATTGTA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=21236490;WS=21236472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	21255573	rs10701091	C	CCATCT	2242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=36;PP=2284;SC=TCAAATCTAACTTCAAAACCC;SOR=4.534;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=36;WE=21255581;WS=21255563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	21256405	rs72653061	G	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=545;ReadPosRankSum=0.455;SC=AAGATGGAAAGTGTCAAAGGA;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=31;WE=21256413;WS=21256395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr2	21263900	rs1367117	G	A	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=61;PP=1967;SC=CTCTTTCAGGGTGCACTGGCT;SOR=1.089;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=110;WE=21263908;WS=21263890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	21266774	rs17240441	GGCAGCGCCA	G	1225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=661;SC=CAGCAGCGCAGGCAGCGCCAG;SOR=1.382;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=13;WE=21266790;WS=21266757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	23860168	rs2288697	G	A	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1202;ReadPosRankSum=-2.017;SC=CCTTCAGACAGGGCACTCGTT;SOR=0.437;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=156;TCF=78;TCR=78;TR=77;WE=23860176;WS=23860158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,92:0.52:177
chr2	23860216	rs2288698	C	A	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=848;ReadPosRankSum=0.140;SC=AAAAACCATGCTATTGTTCCC;SOR=0.455;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=68;WE=23860224;WS=23860206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,76:0.51:148
chr2	23860259	rs2288699	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=575;ReadPosRankSum=1.368;SC=TAAGTCCCCAACCCCCTCTCC;SOR=0.698;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=33;WE=23860267;WS=23860249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr2	23865085	rs4665623	T	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=495;ReadPosRankSum=0.790;SC=AATCGGTCAGTTCCTGGACGC;SOR=1.329;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=26;WE=23865093;WS=23865075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr2	23865109	rs3806508	C	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.867;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=759;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TGTCTCGTTCCCCTCTGTGAC;SOR=1.071;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=49;WE=23865117;WS=23865099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr2	23865139	rs3806509	C	T	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=23;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.649;SC=AGTGCAGGGCCGGGGATGGTC;SOR=0.921;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=161;TCF=107;TCR=54;TR=77;WE=23865147;WS=23865129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,81:0.49:165
chr2	23865176	rs3806510	G	A	3070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=56;PP=2004;ReadPosRankSum=-0.220;SC=AAATGTAACCGGCAGATGACG;SOR=0.842;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=271;TCF=158;TCR=113;TR=139;WE=23865184;WS=23865166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,146:0.52:283
chr2	23865260	rs642931	T	C	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=75;PP=1941;ReadPosRankSum=0.369;SC=CCACCCTGATTGCACACTCCT;SOR=0.642;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=282;TCF=147;TCR=135;TR=147;WE=23865268;WS=23865250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,153:0.53:287
chr2	23866082	rs3731615	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.179;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.753;NF=5;NR=14;PP=776;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CCACTCCTCTCAGGGCACCGC;SOR=1.781;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=19;WE=23866098;WS=23866072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr2	23866090	rs150707812	C	CGCA	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.62;MQRankSum=2.034;NF=0;NR=10;PP=735;ReadPosRankSum=0.992;SC=CTCAGGGCACCGCAGAACAGT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=10;WE=23866098;WS=23866072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	23918891	rs116699585	C	T	4089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=91;PP=2635;ReadPosRankSum=1.231;SC=CGCTGGTGGCCGTCACCTGCT;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=389;TCF=208;TCR=181;TR=188;WE=23918899;WS=23918881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,194:0.48:402
chr2	23919207	rs61744252	G	A	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.407;SC=CTCCAGGTGGGATGGAATCAG;SOR=0.573;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=168;TCF=103;TCR=65;TR=76;WE=23919215;WS=23919197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,80:0.44:181
chr2	24042550	rs2879639	C	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=659;ReadPosRankSum=0.739;SC=AAAAATATACCATAATTCTAA;SOR=2.517;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=32;WE=24042558;WS=24042540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr2	24055058	rs10432637	G	C	16446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=266;NR=301;PP=2965;SC=ACACCCCACTGTCTTTAGTTT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=569;TCF=266;TCR=303;TR=567;WE=24055066;WS=24055048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr2	24103432	rs374010112	CA	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=1.251;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	24106445	rs150821390	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=609;ReadPosRankSum=1.744;SC=GCAAGAATCGCATTATAAATC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=53;WE=24106453;WS=24106435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
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chr2	24110657	rs75512051	A	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=479;ReadPosRankSum=-0.342;SC=ACTGTCTTAAAAACCAAATAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=21;WE=24110665;WS=24110647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr2	24194314	rs1533440	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=1.213;SC=TTTTCTTTTTCTTTCAGTGTT;SOR=0.404;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=11;WE=24194322;WS=24194304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr2	24239900	rs200355809	CTGAAGTG	C	2993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=48;PP=2626;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CATGGCCACTCTGAAGTGTGC;SOR=1.077;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=152;TCF=7;TCR=145;TR=52;WE=24239914;WS=24239890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,82:0.39:212
chr2	24244603	rs115334231	G	A	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=65;PP=1572;ReadPosRankSum=1.125;SC=GTGAAGGAGCGGCCAGGTATG;SOR=0.624;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=274;TCF=118;TCR=156;TR=118;WE=24244611;WS=24244579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,127:0.45:284
chr2	24245167	rs2102451	G	A	3739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=63;PP=2701;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TGTCCTTTGTGGGGGAAGGGA;SOR=0.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=376;TCF=239;TCR=137;TR=182;WE=24245175;WS=24245157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,183:0.48:382
chr2	24246175	rs12989842	C	T	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=54;PP=1132;ReadPosRankSum=0.900;SC=GTAAACCTGCCGTCCCAGGCC;SOR=1.506;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=125;TCF=25;TCR=100;TR=64;WE=24246183;WS=24246165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr2	24246679	rs925228	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=683;ReadPosRankSum=0.448;SC=TACCAAGCTCAGGGCATCCAT;SOR=1.244;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=95;TCF=18;TCR=77;TR=37;WE=24246687;WS=24246669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr2	24248474	rs77944820	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=534;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GTGTCCTGAAGGGACTGGCCC;SOR=2.623;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=29;WE=24248482;WS=24248464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr2	24255862	rs10179142	C	G	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=60;PP=2150;SC=CAGAAGTAATCGAGTTAACAT;SOR=1.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=24255870;WS=24255852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	24256071	rs17763463	T	C	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=919;ReadPosRankSum=-0.096;SC=TCTCCTAGAATACAACTAATA;SOR=0.881;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=67;WE=24256079;WS=24256061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,71:0.41:174
chr2	24262060	rs3731620	G	A	2805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=53;PP=1831;ReadPosRankSum=1.947;SC=AGTCTGAGACGTCAGCCATTT;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=238;TCF=136;TCR=102;TR=120;WE=24262068;WS=24262050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,127:0.51:250
chr2	24272645	rs116520786	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=6;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=632;ReadPosRankSum=2.137;SC=GGAGCGACGGCGGGGCTGGGG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=21;WE=24272665;WS=24272635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr2	24272657	rs111634163	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=715;ReadPosRankSum=1.426;SC=GGGCTGGGGCCGGAGCCGAGC;SOR=0.726;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=26;WE=24272665;WS=24272635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr2	24276736	rs11125393	T	C	3326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=71;PP=2254;ReadPosRankSum=0.056;SC=TTTTCCAATATCCTACTCCTT;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=281;TCF=152;TCR=129;TR=150;WE=24276744;WS=24276725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,159:0.54:293
chr2	24277104	rs12469126	A	G	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=53;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TGTTGCAGGTATGGTGGAGCC;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=95;TCR=102;TR=103;WE=24277112;WS=24277094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,109:0.52:210
chr2	24283853	rs13016301	A	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=938;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TGGGATCAGCACTCTGCCCTC;SOR=0.194;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=93;TCF=18;TCR=75;TR=54;WE=24283861;WS=24283843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr2	24291445	rs72783611	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=-1.017;SC=AATTGAAATACGTTTTTAGTT;SOR=0.343;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=12;WE=24291453;WS=24291435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr2	24300563	rs10209238	T	C	4142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=93;PP=2666;ReadPosRankSum=1.302;SC=GCAGCAGACGTTGGGGGCCCT;SOR=0.544;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=316;TCF=141;TCR=175;TR=176;WE=24300571;WS=24300553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,184:0.56:329
chr2	24300740	rs10194831	C	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TGAAAAAGCACACAGGGACAC;SOR=0.276;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=12;WE=24300748;WS=24300730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	24302246	rs2303287	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=8;PP=705;ReadPosRankSum=-2.154;SC=CTTCCTTTCTCGGGGTAATGT;SOR=0.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=87;TCR=18;TR=45;WE=24302254;WS=24302236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr2	24306107	rs70944712	C	CT	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.777;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=289;ReadPosRankSum=2.572;SC=AAGATCCCCTCTTTTTTTTTT;SOR=1.685;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=1;TCR=70;TR=24;WE=24306115;WS=24306097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr2	24307250	rs36207095	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.756;NF=16;NR=34;PP=1442;ReadPosRankSum=3.906;SC=GCAGGGCAGGGCAGGACAGGA;SOR=1.035;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=50;WE=24307268;WS=24307240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr2	24307260	.	A	ACAGGGCAGGG,ACAGGG	1358.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.795;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.934;NF=3,3;NR=31,31;PP=1207,1456;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCAGGACAGGACAGGGCAGGG;SOR=0.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=34,34;WE=24307268;WS=24307240;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.64:70
chr2	24338428	rs1056123	T	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.885;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=387;ReadPosRankSum=-0.311;SC=AATAATAAAATTGTCTTTCAT;SOR=1.565;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=24;WE=24338436;WS=24338418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr2	24342505	rs1056122	T	C	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=70;PP=2965;SC=TGTAAGTTGCTACCAGAAGAT;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=110;TCR=70;TR=180;WE=24342513;WS=24342495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	24342532	rs1134516	G	A	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=49;PP=1701;ReadPosRankSum=0.729;SC=GGGTCTTCACGACAACCACAC;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=118;WE=24342540;WS=24342522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,125:0.52:239
chr2	24343867	rs67397664	ACTTT	A	744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.115;NF=12;NR=1;PP=552;ReadPosRankSum=0.188;SC=TCTTGATAGGACTTTCTTTCA;SOR=1.460;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=13;WE=24343878;WS=24343857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr2	24344060	rs33913065	T	G	3614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=88;PP=2236;ReadPosRankSum=0.407;SC=AATATTCATCTGCCCGGACAC;SOR=0.706;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=406;TCF=209;TCR=197;TR=176;WE=24344068;WS=24344050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,188:0.44:432
chr2	24345562	rs7592020	C	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GGTGGTCCATCATTCAGGGCC;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=9;WE=24345570;WS=24345552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	24358001	rs12329297	G	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=282;ReadPosRankSum=2.121;SC=TTTAGCTAAAGAAGATACTGA;SOR=0.507;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=22;WE=24358009;WS=24357991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr2	24369674	rs11693860	C	T	8945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=160;PP=2965;SC=ACAAGGATAACGAAAAAAGAA;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=151;TCR=160;TR=311;WE=24369682;WS=24369664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr2	24384424	rs4665667	T	C	5089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=58;PP=2965;SC=ATTTGAAACCTTTGGCAAGAG;SOR=1.506;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=117;TCR=58;TR=175;WE=24384432;WS=24384414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	24387178	rs113322110	G	GC	2362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=36;PP=1941;SC=TTGAGCCTCAGCAGGAACGGG;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=40;WE=24387186;WS=24387168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	24388096	rs4665668	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=461;SC=AGCTGGCACCGATGTCTCCAG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=24388104;WS=24388086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	24390517	rs2288072	G	A	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=1550;ReadPosRankSum=0.199;SC=CGCGTTTGGGGCTGCTGAAGC;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=139;TCR=150;TR=122;WE=24390525;WS=24390507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,127:0.42:305
chr2	24395269	rs918802	T	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=832;SC=AGCCTTTCCTTCGTTCAAGTA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=24395277;WS=24395259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	24395294	rs918803	T	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=5;PP=1277;SC=TAGAAATTTCTTAAGTTTTCT;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=24395302;WS=24395284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	24395506	rs889830	T	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=57;PP=1360;SC=CGGACTCAAGTGATCCTCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=79;WE=24395514;WS=24395496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	24398281	rs2042467	T	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=9;PP=1011;SC=CCCAAAGGCCTGGCTCTCAAC;SOR=2.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=24398289;WS=24398271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	24398446	rs2042468	A	T	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=596;ReadPosRankSum=0.907;SC=AATGGAGGTGAGATAACGTGG;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=43;WE=24398454;WS=24398436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,46:0.37:123
chr2	24400769	rs55661701	A	C	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.095;NF=69;NR=52;PP=1750;ReadPosRankSum=1.789;SC=TGCATTCTACATATGTTCTAG;SOR=0.930;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=270;TCF=146;TCR=124;TR=121;WE=24400777;WS=24400759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,131:0.46:286
chr2	24402127	rs61193015	C	CAA	2420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=1364;SC=TAAAATGAAACGAGAATGTTG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=24402135;WS=24402117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	24413298	rs2288073	A	G	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=40;PP=1614;ReadPosRankSum=-0.531;SC=AAGCTCATCTATGCAGACAAG;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=125;TCR=76;TR=106;WE=24413306;WS=24413288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,118:0.54:218
chr2	24429234	rs138070209	CCCGGCGGGAAGGAAGGTGGAGATGCAGGGGG	C	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.63;MQRankSum=5.085;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr2	24431184	rs2303291	C	T	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=96;PP=2965;SC=TGCACCCAGGCGGTCCTACGG;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=209;WE=24431192;WS=24431174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr2	24432138	rs2303292	C	T	7195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=138;PP=2965;SC=GGCTAGAACACTCCACCCGCC;SOR=0.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=108;TCR=138;TR=246;WE=24432146;WS=24432128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr2	24432211	rs2303293	C	T	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=71;PP=2017;SC=AGGGGTCTAGCGTCTAAGGTC;SOR=2.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=21;TCR=72;TR=92;WE=24432219;WS=24432201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	24432667	rs2303295	C	G	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=58;PP=2965;SC=TGATGCTACCCCCAGACGCGT;SOR=1.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=117;TCR=59;TR=174;WE=24432675;WS=24432657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	24432839	rs2303296	A	G	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=117;PP=2965;SC=GTCTTGTATAATTTCCCACTG;SOR=1.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=54;TCR=117;TR=171;WE=24432847;WS=24432829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	24432937	rs2303297	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=331;SC=TTTTAAATCCCGGCACAAACC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=24432945;WS=24432927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	24435599	rs41281481	G	A	2663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=1517;ReadPosRankSum=-0.863;SC=CCTTTACACCGCGGGTCAGAT;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=244;TCF=130;TCR=114;TR=123;WE=24435607;WS=24435589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,132:0.51:260
chr2	24440997	rs2551183	A	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=41;PP=1152;SC=AATAATGTCAACATAAACTGA;SOR=2.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=24441005;WS=24440987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	24475205	rs4450560	T	C	7456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=179;NR=86;PP=2965;SC=GATTTTAATATCAAAATACCT;SOR=1.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=179;TCR=86;TR=265;WE=24475213;WS=24475195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr2	24484150	rs4665680	T	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=938;SC=TATAAGTATATTTATTTGTTT;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=24484158;WS=24484140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	24498839	rs4411652	T	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	24509370	rs17733015	T	C	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=25;PP=553;SC=AACATTCAGTTGTTATTTCCA;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=24509378;WS=24509360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	24521493	rs7559133	C	T	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=46;PP=2605;SC=CAGGTAGCTCCATCATCATTC;SOR=1.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=93;TCR=46;TR=139;WE=24521501;WS=24521483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	24521766	rs6707600	C	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=38;PP=980;SC=CAATAAAAGTCAGGCAGAGTT;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=24521774;WS=24521756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	24524725	rs72793213	A	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=634;SC=CTTTTCAAGTATAACTTGTTG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=24524733;WS=24524715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	24524958	rs7603997	C	T	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=94;PP=2709;SC=TCACCATCAACGTCAGCCAGA;SOR=1.185;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=70;TCR=94;TR=164;WE=24524966;WS=24524948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	24550867	.	CAA	C,CA	2984.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.471;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.704;QD=18.42;ReadPosRankSum=3.252;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,39,110:0.24,0.68:162
chr2	24896389	rs4665712	T	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=507;ReadPosRankSum=1.172;SC=GCCAGTTTGGTTTTTTCTTTT;SOR=0.884;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=31;WE=24896397;WS=24896379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr2	24905927	rs11125744	G	C	8479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=155;NR=144;PP=2965;SC=TAATGAATACGAGCGTCTACA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=155;TCR=144;TR=299;WE=24905935;WS=24905917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr2	24933689	rs7593430	A	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=383;SC=TTTCTTCATTATCTCAAAGTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=24933697;WS=24933679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	24952712	rs375818965	CT	C	764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr2	24952740	rs11439247	C	CT	1974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=53;PP=2305;SC=CGAAGTCTCACCTGTCACCAG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=53;WE=24952748;WS=24952730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	24962252	rs3820933	G	A	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=13;PP=1600;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TAAGGCCCGTGTTATGCTTGT;SOR=1.066;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=151;TCF=125;TCR=26;TR=89;WE=24962260;WS=24962242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,92:0.58:158
chr2	24974945	rs11125763	T	G	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=54;PP=2279;SC=AGAGTTCTCTTCTCCAGCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=114;WE=24974953;WS=24974935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	25022442	rs34475213	TA	T	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=1.969;SC=AAAGTTCTGGTAAAAAAAAAA;SOR=0.180;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=11;WE=25022450;WS=25022432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	25037042	rs1003064	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=0.075;SC=GACCTGTACAGTCTCCACTTC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=10;WE=25037050;WS=25037041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	25039804	rs2099505	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=349;SC=TTTATATACTGTACATTACTC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=25039812;WS=25039794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	25040423	rs10178420	G	A	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GAGATTGAATGTCAGTGATCC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=57;WE=25040431;WS=25040413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr2	25046090	rs1127568	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=311;ReadPosRankSum=-2.158;SC=AGTCAAAATCTGAGATGATTT;SOR=0.237;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=28;WE=25046098;WS=25046080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr2	25046355	rs4665273	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GTCAGATTATTCCAGCATTTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=7;WE=25046369;WS=25046345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	25047408	rs7604576	A	G	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=69;PP=1689;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TTTTCTACCTACAGACACAGA;SOR=0.896;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=282;TCF=123;TCR=159;TR=117;WE=25047416;WS=25047398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,125:0.41:303
chr2	25048847	rs2289090	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=10;PP=695;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CTTAGGTCCCAGGGCTGCTTC;SOR=0.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=115;TCR=26;TR=54;WE=25048855;WS=25048837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,53:0.38:141
chr2	25050977	rs7566416	T	C	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=861;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TGCCCTCCGTTTCCATCCCTG;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=54;WE=25050985;WS=25050967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,58:0.42:139
chr2	25057298	rs2278486	C	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=2.240;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	25064193	rs2241759	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=447;ReadPosRankSum=1.891;SC=CCCGGTAGTCGGGCAAGCCGC;SOR=0.835;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=37;WE=25064201;WS=25064183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr2	25194741	rs7593864	G	A	16859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=274;NR=333;PP=2965;SC=GAGACCTGCCGGGCTCCTTCC;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=609;TCF=274;TCR=335;TR=607;WE=25194749;WS=25194731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,626:1.00:626
chr2	25314186	rs2918630	T	C	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTCCCATTCTTATTCCAGGTG;SOR=0.930;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=77;TCR=91;TR=73;WE=25314194;WS=25314176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,81:0.44:185
chr2	25359422	rs3731631	G	A	4236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=89;PP=2625;ReadPosRankSum=0.736;SC=TCCTGAAGCTGAAAGTGGACA;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=164;TCR=149;TR=188;WE=25359430;WS=25359412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,199:0.59:336
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chr2	25383887	rs1042571	G	A	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.259;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=940;ReadPosRankSum=-1.518;SC=CAGGGCAGGGGAGAGCAAGGG;SOR=0.207;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=124;TCF=95;TCR=29;TR=61;WE=25383895;WS=25383877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr2	25458546	rs2304429	C	T	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=29;PP=1216;ReadPosRankSum=-2.660;SC=ACAGCCACACCGCAGCCAGAT;SOR=0.643;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=163;TCF=105;TCR=58;TR=87;WE=25458554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,101:0.57:178
chr2	25463483	rs2289195	G	A	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=26;PP=1307;ReadPosRankSum=-0.946;SC=CAGCTGAGAAGGTGGAGGGGA;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=104;TCR=50;TR=79;WE=25463491;WS=25463473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,79:0.50:157
chr2	25466888	rs2289093	G	T	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=842;ReadPosRankSum=-1.945;SC=TGCAGGCCCAGCGGTGTCCCA;SOR=1.000;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=61;WE=25466896;WS=25466878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr2	25469913	rs2276599	C	T	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=30;PP=1783;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CCAGCAGGGACACTCACCTGC;SOR=1.107;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=210;TCF=146;TCR=64;TR=113;WE=25469921;WS=25469903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,122:0.54:226
chr2	25472784	rs11681447	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=0.404;SC=GCTGCGAATGCAAACCCATCC;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=21;WE=25472792;WS=25472774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr2	25602142	rs2304426	G	A	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=42;PP=1938;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GGGAGGCAGAGGACTCTTTGT;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=307;TCF=203;TCR=104;TR=129;WE=25602150;WS=25602132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,127:0.41:307
chr2	25602310	rs2304427	C	T	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=96;PP=2072;ReadPosRankSum=-2.681;SC=TTGCTTCTCCCGTTACTCGTT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=394;TCF=153;TCR=241;TR=156;WE=25602318;WS=25602300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,163:0.40:408
chr2	25655772	rs7583475	T	C	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=675;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GCCGCAGCTCTGCCAGCAGCG;SOR=0.750;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=51;WE=25655791;WS=25655762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,55:0.42:130
chr2	25656880	rs1395949	C	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr2	25656889	rs11451153	G	GT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr2	25754235	rs539879	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=408;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AGTAAAAACCTGAGAAGTTGA;SOR=0.537;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=33;WE=25754243;WS=25754225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr2	26082057	rs13422450	T	C	139.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=2;PP=55;SC=TTGATTCTCCTAACCTAGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=26082065;WS=26082047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	26161226	rs11388254	C	CA	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr2	26203678	rs1465878	T	C	10785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=169;PP=2965;SC=CTCGTTCACCTGGGGCTTGTT;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=213;TCR=169;TR=382;WE=26203686;WS=26203668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr2	26204640	rs6721440	G	A	4074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,184:0.46:404
chr2	26321526	rs11678157	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=362;ReadPosRankSum=0.684;SC=TTTTCTGCATTGTAGGAATAG;SOR=0.758;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=30;WE=26321534;WS=26321516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr2	26350136	rs2289022	G	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=921;ReadPosRankSum=0.245;SC=ACTCTGCTCTGTCTTTGTAAA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=53;WE=26350144;WS=26350126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr2	26357748	rs2243834	G	T	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=33;PP=1783;ReadPosRankSum=0.987;SC=CTGTTGAATCGTGATTTTATC;SOR=0.483;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=198;TCF=142;TCR=56;TR=105;WE=26357756;WS=26357738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,110:0.53:208
chr2	26399214	rs4665830	G	A	4820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.429;SC=CCTTCCCAGGGGAGTACGCCG;SOR=0.806;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=440;TCF=215;TCR=225;TR=219;WE=26399222;WS=26399204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,223:0.49:452
chr2	26405985	rs10779956	A	G	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=39;PP=1140;SC=CTCCCTCACCAGGTGTGGTGT;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=26405993;WS=26405975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	26408064	rs4665833	T	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	26415429	rs5001914	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=28;PP=741;SC=GCCGAGGCGGAGGATCATTTG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=26415437;WS=26415419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	26416301	rs7582341	A	G	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=11;PP=1858;SC=CCTGACTCATAAAATCATTTT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=74;WE=26416309;WS=26416291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	26417533	rs1865324	C	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=26;PP=699;SC=ACATGAGCTCCCTGGCCCTGC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=26417541;WS=26417523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	26420708	rs13387855	T	G	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=79;PP=2578;SC=AGAGGCCACATCAAAGCTAAT;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=142;WE=26420716;WS=26420698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	26420809	rs2289019	G	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=755;SC=CACCTAGGGGGTTTTGTGTCG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=26420817;WS=26420799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	26454996	rs7593175	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=6;PP=863;SC=TAAAGAGGGCATATAGCTTCA;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=42;WE=26455004;WS=26454986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	26477125	rs147970487	G	GACT	1568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=1369;SC=ATTCCAGAATGACTATCTTGA;SOR=2.899;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=25;WE=26477133;WS=26477115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	26512957	rs1056471	G	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=23;PP=659;SC=CTATTAAATAGTTTGCACTTA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=26512965;WS=26512947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	26532491	rs2007556	G	T	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=61;PP=2109;SC=GCAGTTATTAGTATTGTCAAC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=119;WE=26532499;WS=26532481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	26532735	rs3856397	G	A	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=14;PP=1430;SC=TGACTGCTCTGACCAGGCTGC;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=66;WE=26532743;WS=26532725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	26533023	rs3851967	C	T	8840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=146;PP=2965;SC=CCCCGGCCTGCGGGCTGCAAG;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=167;TCR=147;TR=313;WE=26533031;WS=26533013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr2	26534801	rs7568529	G	A	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=32;PP=1750;SC=GCGAAGGGGTGGTCCTGTGGG;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=87;WE=26534809;WS=26534791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	26536694	rs2052937	C	T	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=77;PP=2965;SC=AGGTCACAAGCGTACGTGGTG;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=190;WE=26536702;WS=26536684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	26537499	rs10187359	A	C	9306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=202;PP=2965;SC=CACCTGCAGAAACGTGTGTGC;SOR=1.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=129;TCR=202;TR=331;WE=26537507;WS=26537489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr2	26606347	rs13030294	T	A	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=703;SC=TTTTAAATCTTTAATGGGGTA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=26606355;WS=26606337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	26607992	rs934280	T	C	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=101;PP=2965;SC=TTGGAACAGCTTTTGCCAACA;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=53;TCR=101;TR=154;WE=26608000;WS=26607982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	26625042	rs13003230	C	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=39;PP=1191;SC=GGGCGGGATCCGCGCCGCAGG;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=26625050;WS=26625032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	26647277	rs7423300	T	G	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=38;PP=1227;SC=TGCACTGTGCTGGACTCTTAG;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=26647285;WS=26647267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	26652671	rs4356622	A	G	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=52;PP=1517;SC=CTGCTCTTGGAGGGCCCCTGG;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=62;WE=26652679;WS=26652661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	26653457	rs4450561	G	A	11203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=235;NR=153;PP=2965;SC=TTGGAGTATCGTCTTCATAAT;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=388;TCF=235;TCR=153;TR=388;WE=26653465;WS=26653447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr2	26663187	rs138497746	T	TTG,TTGTG	1187.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.31;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,23:0.26,0.74:31
chr2	26663215	rs56218945	A	G	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.14;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	26663215	.	ATA	GTA,GTG	568	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=18;MQ=58.34;NF=44,18;NR=20,7;PP=281,568;QD=4.93392519605;SC=GTGTGTGTGTATATATATATA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=64,25;WE=26663225;WS=26663203;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.74:86
chr2	26663217	rs201498921	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=2.140;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr2	26667615	rs939820	T	C	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=52;PP=2206;ReadPosRankSum=-0.976;SC=TGAGAAGTTTTGGGAGATTTG;SOR=0.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=128;WE=26667623;WS=26667605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr2	26671544	rs4072407	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=52;PP=1812;SC=TCTCCTCCCCATGACCCAACT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=110;WE=26671552;WS=26671534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	26676322	rs1402962	A	G	6437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	26677810	rs2280516	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=797;SC=CATGTGGGGCAGTTGGCTCTT;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=26677818;WS=26677800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	26739247	rs7575020	T	A	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=35;PP=2247;SC=TCCCCGTGTCTTGGGAGCAGT;SOR=1.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=83;TCR=35;TR=117;WE=26739255;WS=26739237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	26741961	rs13031859	G	A	11561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=245;PP=2965;SC=AGCACCATGCGGAAGGTCCCG;SOR=1.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=394;TCF=149;TCR=245;TR=394;WE=26741969;WS=26741951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr2	26750557	rs10865425	T	C	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=5;PP=1122;SC=CAGCCCAAGATTTCTTCGGTC;SOR=3.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=26750565;WS=26750547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	26750645	rs1879760	G	A	5540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=76;PP=2965;SC=CCAAGGAGAAGAGCAGGCTCC;SOR=1.173;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=122;TCR=78;TR=198;WE=26750653;WS=26750635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	26781247	rs4665880	G	C	3477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=60;PP=2423;ReadPosRankSum=0.493;SC=CCCAGCCCCTGCTAGAACTTT;SOR=0.376;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=327;TCF=213;TCR=114;TR=152;WE=26781255;WS=26781237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,162:0.48:336
chr2	26795217	rs59491712	GT	G	131.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	26800422	rs1053807	G	A	12846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=220;NR=238;PP=2965;SC=AAGACAAGACGGGCACAGTGC;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=459;TCF=220;TCR=239;TR=458;WE=26800430;WS=26800412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr2	26801586	rs1148956	G	A	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=24;PP=1856;SC=GCCAGGATCTGCCCCCCATCC;SOR=2.004;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=76;TCR=25;TR=99;WE=26801594;WS=26801576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	26804008	rs744538	A	G	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=299;SC=AGCCCTGGAAAGGGCAGTTCT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=26804016;WS=26803998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	26804218	rs935171	G	A	13181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=248;NR=231;PP=2965;SC=CATGTCAGGTGTTTGCCGCTA;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=480;TCF=248;TCR=232;TR=479;WE=26804226;WS=26804208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr2	26818006	rs1148962	T	C	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=75;PP=2965;SC=CTCTATGGCCTTTCCACCCCT;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=107;TCR=76;TR=182;WE=26818014;WS=26817996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	26818021	rs1148963	C	T	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=103;NR=81;PP=2965;SC=ACCCCTCACCCCTCAGTCCCC;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=103;TCR=81;TR=184;WE=26818029;WS=26818011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	26846282	rs1615551	T	C	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=67;PP=2965;SC=CCCCACCTACTTTTAGGATTT;SOR=1.466;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=141;TCR=67;TR=207;WE=26846290;WS=26846272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	26951449	rs1663002	G	A	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=56;PP=1694;SC=GCCCCGAGGGGCCTGGAGCAC;SOR=1.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=99;WE=26951457;WS=26951439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	26997031	rs13007156	G	A	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=41;PP=1961;ReadPosRankSum=-0.863;SC=CCCAGGTCTGGGCCTCTTGAC;SOR=0.773;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=259;TCF=177;TCR=82;TR=128;WE=26997039;WS=26997021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,133:0.50:268
chr2	27014980	rs12992046	T	C	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=63;PP=2022;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TCCACTGAACTTACCTTTCTT;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=261;TCF=137;TCR=124;TR=129;WE=27014988;WS=27014970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,136:0.49:276
chr2	27015118	rs13014800	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=554;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GGTAAGCTCCGGGAGCTTCCC;SOR=0.746;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=35;WE=27015126;WS=27015107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr2	27015141	rs35344721	G	GC	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=418;ReadPosRankSum=-1.052;SC=CAACCCCTATGCCACCCTCCT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=12;WE=27015149;WS=27015131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr2	27015610	rs66485845	CCA	C	7960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.835;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.374;NF=32;NR=92;PP=2971;ReadPosRankSum=2.326;SC=CTCCCCTTCCCCACTCCTTCA;SOR=0.514;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=231;TCF=55;TCR=176;TR=124;WE=27015619;WS=27015600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,205:0.56:367
chr2	27015903	rs2289017	T	C	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=907;ReadPosRankSum=-2.123;SC=ATTCTGTGAATAGTTTCCTAC;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=54;WE=27015911;WS=27015893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,56:0.59:95
chr2	27015969	rs2289018	G	A	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=44;PP=1769;ReadPosRankSum=-0.290;SC=AAAGCAGCCCGTGGCCCTTCA;SOR=0.942;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=234;TCF=150;TCR=84;TR=128;WE=27015977;WS=27015959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,134:0.54:246
chr2	27157396	rs920437	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.44;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	27157400	rs920436	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.44;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	27167784	rs3739088	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=780;SC=TCTTTTGTGTCCTCTCCTCCC;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=31;WE=27167792;WS=27167774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	27246285	rs10865456	C	T	8206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=127;PP=2965;SC=AACTAGAGCACGAATACATCC;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=160;TCR=127;TR=287;WE=27246293;WS=27246275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr2	27260469	rs1124649	G	A	9008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=158;PP=2965;SC=CCGACTGAAAGTGCTGGCATT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=155;TCR=158;TR=313;WE=27260477;WS=27260459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr2	27261329	rs11690454	A	G	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=22;PP=2181;SC=CCACCTGACTAGGGGGTTGTG;SOR=2.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=79;TCR=22;TR=101;WE=27261337;WS=27261319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	27262763	rs146244277	GGGA	G	7449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=125;PP=2971;SC=CTGGGTGTCAGGGAGGAGGCG;SOR=2.262;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=6;TCR=143;TR=130;WE=27262773;WS=27262753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	27279416	rs2384570	A	G	4273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=48;PP=2832;SC=TCACATGGTCACATACTTGCT;SOR=1.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=113;TCR=48;TR=161;WE=27279424;WS=27279406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	27303755	rs2736976	A	G	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=94;PP=2891;SC=CCCCTGGCCCAGCCTGCCCGC;SOR=2.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=30;TCR=94;TR=124;WE=27303763;WS=27303745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	27315252	rs2304681	G	A	11111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CTCCTGCACCGTTCTCTCCCT;SOR=0.452;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=400;TCF=219;TCR=181;TR=399;WE=27315260;WS=27315242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,415:1.00:416
chr2	27319826	rs9677784	A	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=563;SC=TTCAGGTGAGAAAACTAAGGC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=27319834;WS=27319816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	27323385	rs1131375	C	T	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=133;NR=104;PP=2965;SC=GAATTGGGGCCAACTCCAATA;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=133;TCR=105;TR=237;WE=27323393;WS=27323375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr2	27323468	rs4665371	A	C	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=109;PP=2965;SC=GACCTGGATTAAAATCTGCCA;SOR=1.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=83;TCR=109;TR=192;WE=27323476;WS=27323458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	27324340	.	G	A	314	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=20;MQ=53.62;NF=5;NR=14;PP=314;QD=18.3563796077;SC=CTCTGGGCCCGGGGGCATCTC;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=19;WE=27324348;WS=27324330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,19:0.42:45
chr2	27351948	rs6715286	T	G	9838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=168;PP=2965;SC=GTAGCCAGGATACATACGTCT;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=337;TCF=169;TCR=168;TR=337;WE=27351956;WS=27351938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr2	27354173	rs11126874	C	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=0;PP=674;SC=ATCTTGTCAGCGGCAACCTCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=27354181;WS=27354163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	27355454	rs4665948	A	C	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=707;SC=TTCAGCCACCACCCAAAGTCT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=27355462;WS=27355444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	27424496	rs1006898	G	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=28;PP=1810;SC=TCAAAGGAGGGCTTTGAGAAA;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=82;WE=27424504;WS=27424486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	27424636	rs1395	G	A	10283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=209;NR=159;PP=2965;SC=TGGCATGCTGGAGCCCATGCT;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=370;TCF=210;TCR=160;TR=368;WE=27424644;WS=27424626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr2	27426514	rs1275521	G	C	7951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.487;SC=CCCTTGTCATGCACACAGATG;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=176;TCR=96;TR=269;WE=27426522;WS=27426503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr2	27428147	rs1298361	A	G	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=15;PP=2212;SC=TACTATAGCCAAGACCAGCCT;SOR=3.432;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=89;TCR=16;TR=104;WE=27428155;WS=27428137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	27428295	rs1275524	A	G	19033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=358;NR=339;PP=2965;SC=CTGACCCCACAATGATAACTG;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=697;TCF=358;TCR=339;TR=697;WE=27428303;WS=27428285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,715:1.00:715
chr2	27428702	rs1275525	A	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=5;PP=708;SC=CCCTGTTGACATCATTCCCAT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=27428710;WS=27428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	27428815	rs1275526	C	G	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=150;NR=78;PP=2965;SC=CTCAGCTTATCTCTTCTTTTC;SOR=1.310;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=150;TCR=78;TR=228;WE=27428823;WS=27428805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	27428877	rs1275527	C	G	8418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=142;PP=2965;SC=CCCCACACCACGGCTTACTGC;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=150;TCR=142;TR=292;WE=27428885;WS=27428867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr2	27435250	rs1275533	A	G	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=61;PP=2727;ReadPosRankSum=-0.700;SC=GCGCCTCACGACCCGGGTAGT;SOR=0.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=134;WE=27435258;WS=27435240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr2	27435374	rs11608	G	A	4619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=93;PP=2678;SC=AAGCAGGGTCGCTGGCCAGCC;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=76;TCR=93;TR=169;WE=27435382;WS=27435364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	27440642	rs188327098	A	G	3985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=100;PP=2786;ReadPosRankSum=-0.020;SC=CCAGCGCCATAAACCCCTCGC;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=428;TCF=189;TCR=239;TR=180;WE=27440650;WS=27440632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,186:0.43:431
chr2	27440785	rs1275536	C	T	14714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=284;NR=235;PP=2965;SC=AGGCCCTCACCGATCCCTCCT;SOR=0.873;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=521;TCF=284;TCR=237;TR=519;WE=27440799;WS=27440775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr2	27448171	.	C	T	74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=24;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=17;MQ=55.77;NF=0;NR=8;PP=74;QD=13.5964015684;SC=GTGTTATTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=8;WE=27448179;WS=27448152;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr2	27463091	.	GA	G	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=9.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.121;SOR=1.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,32:0.19:171
chr2	27522543	rs141577308	C	CCTAT	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.906;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr2	27535311	rs5830041	T	TG	12129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=110;PP=2936;SC=CTTCTTCCCCTGGCTGTCAGC;SOR=0.805;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=70;TCR=118;TR=177;WE=27535319;WS=27535301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr2	27598097	rs4665972	T	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=42;PP=986;ReadPosRankSum=1.609;SC=GCTCTGCCTCTCAGATTCATG;SOR=2.036;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=81;TCF=7;TCR=74;TR=44;WE=27598105;WS=27598087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr2	27606098	rs2384629	A	G	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=730;SC=TATTTCACAGAAATATAAGAA;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=27606106;WS=27606088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	27703018	.	T	A	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.251;SC=ACCCGAAGCCTGAAATAAAGT;SOR=0.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=89;TCR=100;TR=112;WE=27703026;WS=27703008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,124:0.60:208
chr2	27704142	rs75809198	G	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=343;ReadPosRankSum=1.726;SC=GACAGAAGTAGAGGGTTTCAA;SOR=0.355;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=21;WE=27704150;WS=27704132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr2	27730940	rs1260326	T	C	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=44;PP=1455;ReadPosRankSum=0.503;SC=CAGACCTTGCTGGTGAGAGTC;SOR=0.830;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=114;TCR=80;TR=109;WE=27730948;WS=27730930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,118:0.56:211
chr2	27731212	rs3817588	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=501;ReadPosRankSum=-1.102;SC=GGCAGAAAGTTTGGAGACCTC;SOR=1.292;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=25;WE=27731220;WS=27731202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr2	27789861	rs965813	T	A	5878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.096;SC=ATCCTCTGTGTTCAGGAACCA;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=463;TCF=237;TCR=226;TR=249;WE=27789869;WS=27789843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,260:0.54:479
chr2	27801403	rs1919125	C	G	21350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;NR=251;PP=2965;SC=AGTCCATGTACTCAAGTGAAG;SOR=0.785;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=479;TCF=228;TCR=251;TR=479;WE=27801411;WS=27801393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr2	27801418	rs1919126	C	A	21500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=229;NR=245;PP=2965;SC=GTGAAGTCTGCAGAATTAACC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=474;TCF=229;TCR=245;TR=474;WE=27801426;WS=27801408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr2	27801493	rs1919127	T	C	4051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=86;PP=2389;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTTCAGGCTGTGAAATCTACA;SOR=0.825;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=420;TCF=222;TCR=198;TR=189;WE=27801501;WS=27801483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,198:0.45:440
chr2	27801759	rs1919128	A	G	5099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.692;SC=TGGGACAGATATTTTGCAGCC;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=521;TCF=268;TCR=253;TR=234;WE=27801767;WS=27801744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,243:0.45:536
chr2	27802805	rs3811644	A	G	4037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.822;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=99;PP=2881;ReadPosRankSum=0.881;SC=CTATCTGCCTACAGTGTGGCC;SOR=0.989;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=313;TCF=134;TCR=179;TR=165;WE=27802813;WS=27802795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,169:0.52:325
chr2	27804432	rs28381983	T	C	12871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=218;NR=225;PP=2965;SC=CCATCGCAGTTCCTCTGAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=444;TCF=218;TCR=226;TR=443;WE=27804440;WS=27804422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr2	27822721	rs67556120	TAGGCAG	T	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=271;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TGTCCTGACTTAGGCAGTCAG;SOR=0.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=7;WE=27822734;WS=27822711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr2	27824168	rs56725354	G	C	5387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=1.190;SC=CGGACTTCATGACATTCTGTT;SOR=0.843;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=479;TCF=291;TCR=188;TR=241;WE=27824176;WS=27824158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,244:0.50:485
chr2	27830990	rs6547734	G	T	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=61;PP=1702;SC=TGCACTTGAGGAAGTACGTGA;SOR=1.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=86;WE=27830998;WS=27830980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	27838058	rs11127071	C	A	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=91;PP=2965;SC=GTCCAGGGCTCCCTACCTTCA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=192;WE=27838066;WS=27838048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	27839107	rs6737921	T	C	7429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=131;PP=2965;SC=ATAGTCTTCATACTATTTCTT;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=257;TCF=126;TCR=131;TR=256;WE=27839115;WS=27839097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr2	27851120	rs12615690	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=346;SC=GAACACTGTTTGCAGCTACAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=27851128;WS=27851110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	27851918	rs3749147	G	A	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=17;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GGTGGGGCCAGGAGGAAGATG;SOR=0.951;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=104;TCR=39;TR=65;WE=27851926;WS=27851908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,65:0.46:142
chr2	27852117	rs60089768	A	AGGTCTT	6530.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=59;PP=2972;SC=AAAGGGAGGGAAGAGGATTTG;SOR=1.117;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=84;WE=27852126;WS=27852107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	27852118	rs58737572	A	C	6539.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=57;PP=2042;SC=AAGGGAGGGAAGAGGATTTGG;SOR=1.032;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=95;WE=27852126;WS=27852107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	27852150	rs146892484	C	CG	1509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=5;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=50;PP=1600;ReadPosRankSum=2.209;SC=GCATGGCTTTCGGGGGCTTCC;SOR=0.486;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=81;WE=27852158;WS=27852140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr2	27852637	rs6547738	A	G	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=5;PP=1632;SC=TCTAAGTGCAATATTCTTAAG;SOR=4.443;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=57;WE=27852645;WS=27852628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	27854524	rs34502053	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=432;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GAGTGAGCCAGACCTTGATAA;SOR=0.455;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=23;WE=27854532;WS=27854514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr2	27855397	rs10173720	A	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TGATTGAGGGATTCAGTAGGT;SOR=0.486;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=68;WE=27855405;WS=27855387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,70:0.57:123
chr2	27857992	rs4666009	T	A	10666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=208;NR=153;PP=2965;SC=GGCTTTGATTTTTTTGTGGCT;SOR=0.986;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=208;TCR=153;TR=361;WE=27858000;WS=27857982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr2	27884878	rs1569152	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=554;SC=TGCCTTCTAACTGGTATCCCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=27884886;WS=27884868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	27892023	rs2272406	A	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=486;ReadPosRankSum=0.139;SC=AAGGCCATCTAAAAAAAAAAT;SOR=0.974;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=26;WE=27892031;WS=27892013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr2	27910706	rs13023094	A	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=362;ReadPosRankSum=0.710;SC=ATGATTATGTACTTAGCTTCT;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=29;WE=27910714;WS=27910696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr2	27930837	rs4665385	C	T	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=69;PP=1617;ReadPosRankSum=0.064;SC=ACCTGTCTCCCACCCTGGCTG;SOR=0.778;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=218;TCF=83;TCR=135;TR=107;WE=27930845;WS=27930827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,109:0.49:223
chr2	27994597	rs34796799	G	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=574;ReadPosRankSum=-1.070;SC=GTTGTTGTTGGTTGGGGGCCT;SOR=1.105;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=43;WE=27994605;WS=27994587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr2	27995781	rs3736594	A	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.728;SC=GAAATACTTGAAGGAACCTTT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=27995789;WS=27995771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	28065875	rs34139736	C	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=592;ReadPosRankSum=-0.419;SC=AAAAGGTTAACTTTAATTAAG;SOR=0.962;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=32;WE=28065883;WS=28065865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr2	28066122	rs74446114	T	C	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=806;ReadPosRankSum=-0.949;SC=CCACCTATTATATTAAAACTA;SOR=0.681;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=45;WE=28066130;WS=28066112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,49:0.53:92
chr2	28069713	rs11901133	T	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	28236120	rs11127132	C	T	3836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=60;PP=2475;ReadPosRankSum=1.561;SC=ATTCTGACACCCTGGCACAAA;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=310;TCF=200;TCR=110;TR=165;WE=28236128;WS=28236110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,175:0.53:332
chr2	28268467	rs6738887	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=0.494;SC=TCTTGCCTAACGTTAGGAAAA;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=28268475;WS=28268457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
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chr2	28718897	rs4665423	A	G	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=893;ReadPosRankSum=0.410;SC=ACACAGAGGAACATAAAAGCA;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=92;TCR=55;TR=65;WE=28718905;WS=28718887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,70:0.44:158
chr2	28748346	rs4666083	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CCTGCCTCCTTGTCTAACCCT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=28748354;WS=28748336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	28748838	rs72792970	T	C	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=65;PP=2011;ReadPosRankSum=0.633;SC=CACGGCCAGATTTCAGAGTGC;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=125;TCR=120;TR=130;WE=28748846;WS=28748828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,130:0.53:246
chr2	28748857	rs4666085	T	C	6830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=124;PP=2965;SC=GCCCCTCTCCTTCCCAACACA;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=123;TCR=124;TR=247;WE=28748865;WS=28748847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	28748916	rs10181687	A	C	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=1302;ReadPosRankSum=1.051;SC=CCACTTTATCACTGGAGCCCA;SOR=0.886;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=152;TCF=58;TCR=94;TR=76;WE=28748924;WS=28748906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,80:0.50:159
chr2	28752498	rs6728486	T	C	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=62;PP=2965;SC=GGATAAAGCTTAGAGACTGAC;SOR=1.553;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=134;TCR=63;TR=194;WE=28752506;WS=28752488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	28752555	rs4473343	T	C	10764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=216;NR=172;PP=2965;SC=AACAAAATAATATTTAGCCAA;SOR=0.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=389;TCF=217;TCR=172;TR=388;WE=28752563;WS=28752545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr2	28752727	rs6710800	C	G	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=67;PP=1931;SC=TGATGACCCTCGTACCATTTT;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=77;WE=28752749;WS=28752717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	28752741	rs6725577	A	G	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=48;PP=1295;SC=CCATTTTACCATGAACTCGGC;SOR=4.294;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=52;WE=28752749;WS=28752717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	28755043	rs78168838	G	A	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=73;PP=1831;ReadPosRankSum=-1.803;SC=AGTGTTACCTGTGCCCCTCTG;SOR=0.487;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=339;TCF=155;TCR=184;TR=143;WE=28755051;WS=28755033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,151:0.42:358
chr2	28761257	rs7589169	A	G	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=34;PP=967;SC=AGGTGAGGCCACGGGCCTAGG;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=28761265;WS=28761247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	28761282	rs7589254	A	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=30;PP=850;SC=CCCCAAGGGCAGTGGGGCCCA;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=28761290;WS=28761272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	28763374	rs11127162	G	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=834;ReadPosRankSum=0.909;SC=AGGAGAACAGGAGTGATAGGG;SOR=0.618;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=71;TCR=85;TR=64;WE=28763382;WS=28763364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,67:0.41:165
chr2	28771452	rs56019402	CTA	C	2279.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.627;NF=12;NR=21;PP=1435;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GAAGTCCCTTCTATATATATA;SOR=0.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=33;WE=28771461;WS=28771442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,69:0.92:75
chr2	28771624	rs11680168	T	G	4108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=49;PP=2926;SC=TCTAATGCGTTCCCTGGTACT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=90;TCR=49;TR=139;WE=28771632;WS=28771614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	28771897	rs11680304	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=98;ReadPosRankSum=-3.189;SC=ACCTGAGATGTGAATCCTGTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=28771905;WS=28771887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	28785754	rs7560628	G	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=605;SC=CATTGACAAGGATGGGTTTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=28785776;WS=28785744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	28785768	rs12999555	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=265;ReadPosRankSum=1.783;SC=GGTTTTTCCTATCTTTTATCC;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=13;WE=28785776;WS=28785744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	28788428	rs34237604	AG	A	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=196;ReadPosRankSum=0.275;SC=GCCTTGAGCCAGGAATCCAGG;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=28788436;WS=28788418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	28795893	rs13005799	G	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.46;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	28795893	.	GTTAAGC	ATTAAGC,ATTAAGT	195	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=17,7;NR=1,1;PP=195,86;QD=12.7650673637;SC=CTGCCCTGTCGTTAAGCGCCA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18,8;WE=28795907;WS=28795883;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:18
chr2	28795899	rs13007288	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr2	28795962	rs13005854	G	A	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=14;PP=942;SC=TAGGGGCTGCGGAGTGGGGAC;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=28795970;WS=28795952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	28800894	rs877832	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=10;PP=1139;SC=CTCCACCATACATTTGATTGC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=28800902;WS=28800884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	28816814	.	CT	C	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=13.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr2	28821613	rs35746006	C	T	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=50;PP=1302;ReadPosRankSum=0.625;SC=AAGCTGTTCCCGGAGCAAAGG;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=74;TCR=95;TR=89;WE=28821621;WS=28821603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,92:0.52:176
chr2	28821662	rs7557359	C	T	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=60;PP=1672;SC=GCCTGCAGAGCAGGGAGTGGA;SOR=2.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=83;WE=28821670;WS=28821652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr2	28824303	rs1106882	C	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CTAGGATTATCCACCTACACC;SOR=0.148;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=28824311;WS=28824293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	28824793	rs7601771	C	G	6947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=112;PP=2965;SC=CAACTTTGTTCACCATCTCCG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=121;TCR=113;TR=233;WE=28824801;WS=28824783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	28824940	rs67381370	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GAGACAGCCAGGGGCATGGAC;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=18;WE=28824948;WS=28824930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr2	28825607	rs67964454	G	A	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=35;PP=1453;ReadPosRankSum=-1.059;SC=GATTGCTAAAGGAACCCATTC;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=203;TCF=134;TCR=69;TR=99;WE=28825615;WS=28825597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,104:0.48:217
chr2	28827026	rs7573051	T	C	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=55;PP=1150;ReadPosRankSum=0.096;SC=TCAGGGATTGTGGGGAGACGG;SOR=0.558;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=64;TCR=102;TR=91;WE=28827034;WS=28827016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,99:0.54:185
chr2	28827625	rs34289907	C	T	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1648;ReadPosRankSum=1.267;SC=CCTGTCCTGGCGGTATGTCCC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=110;TCR=123;TR=112;WE=28827633;WS=28827615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,116:0.48:243
chr2	28827644	rs36116681	A	G	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=57;PP=1461;ReadPosRankSum=-2.181;SC=CCCTGCCCTCACCCATGGTAC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=93;TCR=109;TR=106;WE=28827652;WS=28827634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,111:0.53:208
chr2	28836890	rs34183223	T	TTC	3853.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.769;NF=39;NR=99;PP=2983;ReadPosRankSum=-1.972;SC=TGTTTTTTTTTCTCTTAGAAT;SOR=0.779;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=309;TCF=75;TCR=234;TR=138;WE=28836898;WS=28836871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,207:0.43:477
chr2	28840691	rs1534478	C	T	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.975;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=53;PP=1183;ReadPosRankSum=0.634;SC=CAATTAAGGGCCTTGCCGAAT;SOR=1.542;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=148;TCF=47;TCR=101;TR=70;WE=28840699;WS=28840681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,71:0.47:152
chr2	28841021	rs1881256	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=3;PP=329;SC=GATAGCCATGGAACCCATTCC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=28841029;WS=28841011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	28841049	rs1881255	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=1.703;SC=GCCTTGGTTGGTCTGAATGAA;SOR=0.776;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=12;WE=28841057;WS=28841039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr2	28843871	rs35800423	G	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=617;ReadPosRankSum=0.468;SC=ACAGGAGGGCGAGTGGAAGGC;SOR=1.175;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=36;WE=28843879;WS=28843861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr2	28843909	rs35166577	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=377;ReadPosRankSum=2.635;SC=GTGGGAAACCGGAGGAGAGGA;SOR=2.461;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=21;WE=28843917;WS=28843899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr2	28847806	rs11127181	C	G	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=39;PP=1507;ReadPosRankSum=-0.100;SC=AATGGAATGACCTTTGTACTG;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=250;TCF=154;TCR=96;TR=105;WE=28847814;WS=28847796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,114:0.43:267
chr2	28849461	rs149607211	CCCCGAGCTCCTTGCT	C	573.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.115;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.329;NF=1;NR=11;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CCTGGCCCTGCCCCGAGCTCC;SOR=1.508;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=12;WE=28849483;WS=28849451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr2	28849473	rs899149	T	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.214;NF=9;NR=15;PP=1414;ReadPosRankSum=0.266;SC=CCGAGCTCCTTGCTCATGGGA;SOR=0.301;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=24;WE=28849483;WS=28849451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr2	28853352	rs6713038	C	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=2;PP=965;SC=GGCTGCAGGCCCCTGGGGTAG;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=28853360;WS=28853342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	28853377	rs6731155	T	C	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=11;PP=1237;SC=CTGCTCTGTGTGTCAGAGCCA;SOR=2.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=55;WE=28853385;WS=28853367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	28854816	rs2272388	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=148;ReadPosRankSum=-0.271;SC=GTTGACTCCCGTCAACAACCA;SOR=1.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=9;WE=28854824;WS=28854807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	28854958	rs2199619	C	T	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=40;PP=1276;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GAGGACTTTGCGGTTGTGGTG;SOR=0.848;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=230;TCF=132;TCR=98;TR=97;WE=28854966;WS=28854948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,111:0.43:256
chr2	28855918	rs34314459	A	AG	9293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=109;PP=2974;SC=TGAGCAGCCAAGGCCTGGTGG;SOR=0.821;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=35;TCR=112;TR=144;WE=28855926;WS=28855908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
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chr2	28863738	rs56350389	A	G	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=32;PP=1830;ReadPosRankSum=1.444;SC=CCCCTCAGAGAGGAAAGTGTC;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=238;TCF=173;TCR=65;TR=113;WE=28863746;WS=28863728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,121:0.49:249
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chr2	29052256	rs12998251	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=41;ReadPosRankSum=0.794;SC=TGTTTTTTAATGTGCTTCTAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=6;WE=29052264;WS=29052246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
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chr2	29129300	.	ATT	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=10.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.426;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
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chr2	29152456	rs1140697	A	G	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=65;PP=2167;ReadPosRankSum=-1.346;SC=TTAGCATTGAAGAACGTCTGG;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=182;TCR=131;TR=156;WE=29152473;WS=29152446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,168:0.51:328
chr2	29161010	rs4233731	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GTTTTACCCCGGGTGCAATGA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=16;WE=29161018;WS=29161000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr2	29169612	rs3087649	T	C	4116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=94;PP=2845;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GAGATTCTGATTTAGATCCTG;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=338;TCF=159;TCR=179;TR=171;WE=29169620;WS=29169602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,183:0.50:364
chr2	29226498	rs12613325	G	A	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.391;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.465;SC=TTCCCAGCCCGTTACCTCCAG;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=75;TCR=130;TR=123;WE=29226520;WS=29226488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,128:0.61:209
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chr2	29226559	rs12619829	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=595;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GTAAGAGCTCCAAGTCAAACC;SOR=0.252;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=34;WE=29226567;WS=29226549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr2	29240005	rs13409097	T	C	4259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=89;PP=2772;ReadPosRankSum=-0.691;SC=AGAGTTTGCCTTGACCTTGTG;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=185;TCR=166;TR=188;WE=29240013;WS=29239995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,201:0.54:374
chr2	29245933	rs13420380	G	A	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.463;SC=CTGCAACAGGGCCTGGCCTTG;SOR=0.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=115;TCR=93;TR=104;WE=29245941;WS=29245923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,116:0.51:226
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chr2	29247304	rs66715573	C	T	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-5.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.109;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=71;PP=1704;ReadPosRankSum=1.050;SC=GGGGAGAGGCCCTGGGATGTG;SOR=0.385;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=169;TCF=48;TCR=121;TR=104;WE=29247312;WS=29247294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,114:0.64:178
chr2	29258439	.	T	TTCCGG	1494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.362;NF=14;NR=7;PP=966;ReadPosRankSum=0.348;SC=GGCCAAGGACTTCCGGTCCCG;SOR=0.968;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=21;WE=29258447;WS=29258429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr2	29355303	rs4666167	C	T	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=35;PP=951;SC=TTTATACCCTCCTGATACCTC;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=29355311;WS=29355293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	29366830	rs3213947	A	G	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1088;ReadPosRankSum=-2.944;SC=AGTAACTGCAATCTCTGAAGC;SOR=0.917;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=67;WE=29366838;WS=29366820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,86:0.62:139
chr2	29366875	rs3217572	C	CACAG	1648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.702;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=965;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TGTTCAAGGACACAGTATGGT;SOR=1.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=33;WE=29366885;WS=29366865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr2	29383374	rs2305450	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=602;ReadPosRankSum=-0.252;SC=ATTCTTTAGAGTACAAAAGGT;SOR=1.714;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=34;WE=29383382;WS=29383364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr2	29386646	rs10200936	G	C	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=19;PP=1824;SC=AGTAGCATAAGAGTTTTGGAT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=85;WE=29386654;WS=29386636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	29416366	rs1881421	G	C	9708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=169;PP=2965;SC=GGTTACCCCTGTCGTGTGGCT;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=150;TCR=169;TR=319;WE=29416374;WS=29416356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr2	29416572	rs1670283	T	C	8187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=137;NR=135;PP=2965;SC=CGAACAGAGATCTCTGCAGCT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=138;TCR=135;TR=272;WE=29416580;WS=29416562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr2	29416615	rs56132472	G	A	7484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=129;PP=2965;SC=CAGAGGAGGTGGTAGGCAGAG;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=122;TCR=129;TR=250;WE=29416623;WS=29416605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	29416794	rs17007646	G	A	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.001;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.120;SC=GGGTCCTGCCGTAGGGGAAAT;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=82;TCR=113;TR=194;WE=29416802;WS=29416784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr2	29444095	rs1569156	C	T	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=54;PP=1552;SC=CAACTGCTTCCAAGAGAGACT;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=87;WE=29444103;WS=29444085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	29446128	rs12989497	A	G	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=10;PP=2173;SC=TTTTGTGGCTAGAGGAGTCTG;SOR=3.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=73;TCR=10;TR=83;WE=29446136;WS=29446118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	29449819	rs2293563	C	T	4539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=56;PP=2682;SC=CAGCCAGCACCGTCCCGTGGT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=150;WE=29449827;WS=29449809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	29455267	rs2256740	A	G	8060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=124;PP=2965;SC=AGGCCCTGCCACCACCTCCGG;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=176;TCR=124;TR=300;WE=29455275;WS=29455257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr2	29498210	rs4589708	A	G	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=23;PP=1689;SC=GGAGGGGACAATGAGGCCATG;SOR=1.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=73;WE=29498218;WS=29498200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	29519588	.	AGT	A	72	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=72;QD=15.8;SC=TAACCTGCAGAGTGTGTGTGT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=5;WE=29519597;WS=29519578;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,5:0.24:21
chr2	29519622	rs2272409	C	T	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=4;PP=803;SC=TGCGTGCACGCGCACATATCG;SOR=3.202;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=29519630;WS=29519612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	29525341	rs11127213	A	G	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=2;PP=1253;SC=CCGAGATTGCATCATTGCACT;SOR=6.666;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=53;TCR=2;TR=55;WE=29525349;WS=29525331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	29541104	rs2276549	C	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=20;PP=990;ReadPosRankSum=1.639;SC=CTTTCTTAATCTGGGTTCCGG;SOR=0.949;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=118;TCF=79;TCR=39;TR=68;WE=29541112;WS=29541094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr2	29543663	rs2293564	T	C	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=27;PP=1814;SC=TGACCTGCCATTGAGGAGTGT;SOR=1.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=89;WE=29543671;WS=29543653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	29754721	rs11689790	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=553;ReadPosRankSum=1.943;SC=TCTGGAAATGTGTAACCAAAA;SOR=0.877;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=43;WE=29754729;WS=29754711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,45:0.40:113
chr2	29917940	rs2256376	C	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=26;PP=773;SC=CTTTTCAGCCCCCTCCACTCC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=29917948;WS=29917930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	29940529	rs2246745	A	T	9382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=178;NR=159;PP=2965;SC=GAGAAGGAGAAGGCATGTTTG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=179;TCR=159;TR=337;WE=29940537;WS=29940519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr2	30143499	rs4358080	G	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=4;NR=28;PP=849;SC=GCAGCGGCAGGAGCCACAGGA;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=30143507;WS=30143489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	30955528	rs2276567	C	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=17;PP=461;SC=AGGGCCCGGCCACCTCCCACC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=30955536;WS=30955518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	30959262	rs509380	G	T	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=46;PP=2605;SC=AGGGGTGAGAGTTCCTCTTCT;SOR=1.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=96;TCR=47;TR=142;WE=30959270;WS=30959252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	30961400	rs35032002	AG	A	2586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=1586;SC=GCCGTGTAAAAGCACTCAGAT;SOR=1.644;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=30961408;WS=30961390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	30976058	rs2926304	C	T	7187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=0.938;SC=AATCTTGACACGACATCCTGT;SOR=0.268;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=129;TCR=129;TR=257;WE=30976066;WS=30976048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,268:1.00:269
chr2	30977073	rs485100	G	A	8733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=203;NR=114;PP=2965;SC=TTCCACCTTCGTAAATGTTCA;SOR=1.332;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=203;TCR=115;TR=317;WE=30977081;WS=30977063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr2	30980940	rs508405	C	T	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=23;PP=1836;SC=CTCCATTCGGCCTCGCCCCAG;SOR=2.059;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=88;WE=30980948;WS=30980930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	30986989	rs579016	G	T	6489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=81;PP=2965;SC=GGGCTCCCCAGTGACTTACCC;SOR=1.198;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=143;TCR=81;TR=224;WE=30986997;WS=30986979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr2	31000370	rs6548033	G	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=1;PP=775;SC=AGGACTCTGTGGGTAAGCACC;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=31000378;WS=31000360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	31009977	rs1915125	G	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=581;SC=GGGTATGCTCGTGTGGGGCTC;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=31009985;WS=31009967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	31010212	rs13021213	C	T	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=79;PP=2447;SC=AGAAGACTTCCGAGGTCCTTT;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=54;TCR=79;TR=133;WE=31010220;WS=31010202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	31188957	rs889896	C	T	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=3;PP=830;SC=GTGCCTGGCACGTAGTTAGAT;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=31188965;WS=31188947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr2	31401290	rs4952052	A	C	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=48;PP=2965;SC=TAAAGGGCTGAAGGGGACAGA;SOR=1.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=141;WE=31401298;WS=31401280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	31410708	rs1822496	C	T	9014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=170;PP=2965;SC=CAGAAAGACACAATTATTCAC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=139;TCR=170;TR=309;WE=31410716;WS=31410698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr2	31414807	rs1562022	C	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=21;PP=1324;SC=CTACCCTATACAGGTAGAAGC;SOR=1.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=31414815;WS=31414797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	31415967	rs7591444	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=393;ReadPosRankSum=-0.141;SC=AACCTCACCCTGAGAGCCCTG;SOR=1.262;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=21;WE=31415975;WS=31415957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr2	31416213	rs11124248	T	C	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=52;PP=1360;ReadPosRankSum=0.341;SC=AACGCCTAGTTATCAGGACCC;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=80;WE=31416221;WS=31416203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,83:0.62:133
chr2	31416305	rs11124249	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.51;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	31416309	rs11124250	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.70;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr2	31416317	rs12619774	C	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.87;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	31424885	rs11692905	C	T	2631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=36;PP=1694;ReadPosRankSum=-0.293;SC=AGAGTGGCCCCGGGTGAATGA;SOR=0.790;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=197;TCF=122;TCR=75;TR=101;WE=31424893;WS=31424875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,110:0.51:214
chr2	31457817	rs2236170	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=-0.334;SC=ATGGGAAGCCTTCAGTTGAGG;SOR=0.063;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=12;WE=31457825;WS=31457807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr2	31467351	rs2295473	T	A	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=1061;ReadPosRankSum=0.558;SC=TTTCAGGTGCTCTCTTTTCTT;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=71;WE=31467359;WS=31467341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr2	31483890	rs13028669	T	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-5.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=585;ReadPosRankSum=0.118;SC=CAGTGCATCATGTGTGTGACA;SOR=2.229;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=34;WE=31483898;WS=31483880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr2	31484334	rs654650	G	A	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=27;PP=1435;ReadPosRankSum=0.106;SC=GTAGGGGAAGGAATGATGCAA;SOR=0.810;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=111;TCR=46;TR=91;WE=31484342;WS=31484324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,90:0.58:155
chr2	31488965	rs619002	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=489;ReadPosRankSum=0.289;SC=CATTCTGGTGCTCATAGGAGG;SOR=1.162;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=30;WE=31488973;WS=31488955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr2	31489627	rs67643147	TAC	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr2	31567632	rs207454	T	G	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=875;ReadPosRankSum=0.850;SC=ATCAGGCAGGTGAAGTGAGGT;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=62;WE=31567640;WS=31567622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,69:0.44:156
chr2	31567743	rs566224	T	C	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=44;PP=1342;SC=TACCTTACCTTACATTGTCAC;SOR=1.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=31567751;WS=31567733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	31569471	rs7599175	A	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=615;ReadPosRankSum=-2.221;SC=ACCCAGCCAGAATGAGCATTT;SOR=0.453;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=31;WE=31569479;WS=31569461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr2	31570376	rs1366813	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=326;ReadPosRankSum=0.565;SC=CGGGATCCCATGGGCTCCTTA;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=28;WE=31570384;WS=31570366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr2	31570626	rs4952083	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=1.790;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	31570631	rs4952084	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=2.109;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	31571241	rs13415401	G	C	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.147;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=916;ReadPosRankSum=0.406;SC=TAGGGAAAGAGAAGGATGCCA;SOR=0.970;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=60;WE=31571249;WS=31571231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
chr2	31571786	rs1884725	A	G	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1088;ReadPosRankSum=-1.251;SC=AAGGAACTGTAAAGCTTATTC;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=73;TCR=77;TR=75;WE=31571794;WS=31571776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,79:0.49:162
chr2	31572482	rs11408029	T	TG	1932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=1415;ReadPosRankSum=0.892;SC=GCTTCCTATATGGGGTCAGCA;SOR=0.953;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=41;WE=31572490;WS=31572472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,72:0.54:133
chr2	31572732	rs13419410	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=506;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GCCTTGTTGGCGGCAAGAGAC;SOR=0.165;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=29;WE=31572740;WS=31572722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr2	31609448	rs477626	A	C	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=96;PP=2965;SC=TCTTACTACAATGTCTCCCTC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=190;WE=31609456;WS=31609438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	31611029	rs2073316	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=269;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CATGGAGCTCGTGCACTGACT;SOR=0.054;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=16;WE=31611037;WS=31611019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr2	31611367	rs206847	T	C	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=29;PP=649;SC=AAACAACTCATGGATAAACAA;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=31611375;WS=31611357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	31620610	.	A	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=564;ReadPosRankSum=0.541;SC=GGGCCAAGGAAAAAACTGCAA;SOR=0.522;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=43;WE=31620618;WS=31620600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,48:0.37:131
chr2	31621598	rs10175754	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=325;ReadPosRankSum=0.711;SC=ACACCTGGGATGGCAGAACCC;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=32;WE=31621606;WS=31621588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr2	31626045	rs1346644	G	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=51;PP=955;ReadPosRankSum=-2.892;SC=ATGAACTCAGGGAGAGGAGTC;SOR=0.409;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=111;TCF=26;TCR=85;TR=69;WE=31626053;WS=31626035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,71:0.62:114
chr2	31628705	rs1366814	T	G	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=41;PP=1843;ReadPosRankSum=-1.817;SC=TAGGAAACAATGTAAGGCCTA;SOR=1.037;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=199;TCF=122;TCR=77;TR=116;WE=31628713;WS=31628695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,120:0.57:211
chr2	31805619	rs619857	T	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=532;SC=GTGCGCGCTCTACGCTGCGCT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=31805627;WS=31805609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	31805675	rs522638	A	G	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=31;PP=1514;SC=GGCGCCCGCAAGGGAAAAACG;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=88;WE=31805683;WS=31805665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	31805706	rs523349	G	C	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=44;PP=1759;SC=AAGTAATGTAGGCAGAAGAGG;SOR=1.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=115;WE=31805714;WS=31805696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	31805880	rs142200057	A	AG	8396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=74;PP=2936;SC=CCGTAGCCGGAGGCTTCGCGA;SOR=0.710;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=22;TCR=78;TR=96;WE=31805888;WS=31805870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	31806031	rs632148	C	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=16;PP=488;SC=CCCCGCAACCCCTTTATGGAG;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=31806039;WS=31806021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	32117217	.	G	GA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.277;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,11:0.17:66
chr2	32264285	rs141121792	TC	T	1575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=1880;ReadPosRankSum=1.562;SC=TAAAAGCAGATCCCAAGTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=30;WE=32264296;WS=32264275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr2	32264288	rs62142092	C	T	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=1895;ReadPosRankSum=2.130;SC=AAGCAGATCCCAAGTTTTCTC;SOR=1.045;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=37;WE=32264296;WS=32264275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr2	32312495	rs420731	C	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr2	32369901	rs2365556	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=491;ReadPosRankSum=2.627;SC=CACAGTGAGCTGAGATCATGC;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=23;WE=32369909;WS=32369891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr2	32400532	rs28713298	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=1.448;SC=ACTACTGATATCTTACAAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=32400540;WS=32400522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	32418808	rs212751	T	A	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=14;PP=883;SC=ATGGGGCTAGTAACTAAGTTC;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=32418816;WS=32418798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	32422366	rs151324916	G	GT	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=9;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=145;ReadPosRankSum=0.612;SC=TCAGGTAGTGGTTTTTTTTTC;SOR=0.235;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=11;WE=32422374;WS=32422356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	32434701	rs212685	A	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=356;SC=CTGAAAAAAAATATTTCCTTA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=32434709;WS=32434691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	32449871	rs376045897	ATTTT	A,ATTT	596.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.297;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=3.491;NF=0;NR=18;PP=1059;ReadPosRankSum=0.074;SC=TGGAAGAAAAATTTTTTTTAA;SOR=1.322;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=0;TCR=64;TR=18;WE=32449887;WS=32449861;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.26:74
chr2	32449879	rs199998217	T	TAAA	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=3.260;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr2	32460348	rs212714	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=631;SC=TTCATTAGACATATTTATATT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=32460356;WS=32460338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	32461493	rs55638726	T	TC	403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=439;SC=AATTCTGAGTTTTATCTTCTC;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=32461501;WS=32461483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	32466029	rs212721	A	G	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=32;PP=1604;SC=GACACAGCCAATGTCAGAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=82;WE=32466037;WS=32466019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	32475109	rs455060	G	A	11382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=1.612;SC=TGAAGTCCAGGGCACTTGCAC;SOR=0.324;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=396;TCF=195;TCR=201;TR=394;WE=32475123;WS=32475099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,417:1.00:418
chr2	32476390	rs408813	T	G	6921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=110;PP=2965;SC=GCATGGCAATTCGCTGCAGCA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=112;TCR=111;TR=222;WE=32476398;WS=32476380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	32476681	.	A	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=606;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CTATTAGAGAAGAGGTGATGT;SOR=0.671;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=30;WE=32476689;WS=32476671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
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chr2	32693272	rs147735879	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=355;ReadPosRankSum=1.590;SC=CTTTTCATAGGTGTACAGATA;SOR=0.641;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=18;WE=32693280;WS=32693262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr2	32706579	rs9646977	T	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=36;PP=1055;SC=TCATGCCTGTTATCCCAGCAC;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=32706587;WS=32706569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	32712875	rs2366891	A	C	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=103;PP=2965;SC=TCAGGTATGAATTCAGGAGAA;SOR=2.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=31;TCR=103;TR=134;WE=32712883;WS=32712865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	32713706	rs2366894	A	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr2	32724590	rs145668508	GTC	G	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.238;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,22:0.16:138
chr2	32740138	rs34757266	T	C	4634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.463;SC=GCTCAATGTGTCACGTACACC;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=426;TCF=234;TCR=192;TR=213;WE=32740146;WS=32740128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,227:0.50:457
chr2	32749880	rs2710609	C	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	32749890	rs2710610	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	32749893	rs2710611	A	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	32749903	rs2710612	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.05;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	32822729	rs2583713	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=248;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TCTCCAGTTGAGTGGGAGAAG;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=11;WE=32822737;WS=32822725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	32822957	rs2710625	G	A	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=1527;ReadPosRankSum=-1.205;SC=AAGCTGTGACGCTTTCAACCT;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=236;TCF=105;TCR=131;TR=125;WE=32822965;WS=32822947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,137:0.54:252
chr2	32855615	rs2710623	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=688;SC=TACAATTGCTACTGGAAGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=32855623;WS=32855605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	32860415	rs11124286	C	T	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=81;NR=82;PP=2465;SC=ATCCAGAACTCGTGCAGCAAA;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=81;TCR=82;TR=163;WE=32860423;WS=32860405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	32875084	rs34549288	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=200;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGTAATCTTATTGAGGAATAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=12;WE=32875092;WS=32875079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr2	32897502	.	C	T	3042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=77;PP=2046;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TATTGATTCTCTTATGTGTGG;SOR=0.623;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=232;TCF=88;TCR=144;TR=128;WE=32897510;WS=32897492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,136:0.56:243
chr2	32927863	rs2273659	G	A	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=51;PP=1919;ReadPosRankSum=0.631;SC=TTTTCTTCCCGCTTCTATCAG;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=262;TCF=165;TCR=97;TR=136;WE=32927871;WS=32927853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,142:0.53:269
chr2	32958838	rs3830967	CTT	C	2718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.771;NF=34;NR=16;PP=1940;ReadPosRankSum=-0.809;SC=ACAATAAGGACTTATTTATAT;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=50;WE=32958847;WS=32958828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,69:0.64:108
chr2	32959024	rs1551177	T	C	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=70;PP=1673;ReadPosRankSum=1.867;SC=GTATGGAAATTACTTGGCATT;SOR=0.825;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=320;TCF=125;TCR=195;TR=111;WE=32959032;WS=32959014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,116:0.35:335
chr2	32959075	rs3818266	G	A	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=63;PP=1562;ReadPosRankSum=0.376;SC=TTTAATTTATGTTTGAATTTT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=31;TCR=95;TR=83;WE=32959083;WS=32959065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,85:0.66:128
chr2	32961745	rs10200333	T	A	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=56;PP=2965;SC=TAATTATTTTTACTTGATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=112;TCR=56;TR=168;WE=32961753;WS=32961735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	32983299	rs71407470	TA	T	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.497;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr2	33036324	rs3731578	G	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=657;SC=CTTGCCTTTCGTTTGAACATG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=33036332;WS=33036314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr2	33246146	rs35340726	G	A	3903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=76;PP=2900;ReadPosRankSum=-1.809;SC=GGGCCCTCCTGAGCAAGCAGC;SOR=0.876;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=346;TCF=195;TCR=151;TR=181;WE=33246154;WS=33246136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,181:0.51:352
chr2	33335847	rs218226	C	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=962;ReadPosRankSum=0.254;SC=ACCATTTTCCCAAGTTATGGT;SOR=0.595;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=78;TCR=128;TR=82;WE=33335855;WS=33335837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,85:0.40:214
chr2	33392911	rs6728094	G	A	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=75;PP=2280;ReadPosRankSum=-0.655;SC=ATCAAGGAGAGCCCTTCTGCC;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=329;TCF=169;TCR=160;TR=157;WE=33392919;WS=33392901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,168:0.48:352
chr2	33407186	rs6759943	T	C	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=1;PP=747;ReadPosRankSum=0.662;SC=TACTGGACTTTTATTGGTTGA;SOR=0.351;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=59;TCR=1;TR=34;WE=33407194;WS=33407176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr2	33407285	rs2367619	G	A	5696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.842;SC=CACGTATGCTGGTATAGTCCT;SOR=0.565;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=445;TCF=267;TCR=178;TR=252;WE=33407293;WS=33407275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,267:0.56:475
chr2	33412077	rs1065324	G	A	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1364;ReadPosRankSum=0.466;SC=CAGGCAAGGCGTTGGGGACGC;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=94;WE=33412085;WS=33412067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,102:0.62:164
chr2	33413640	rs6712473	G	T	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=725;ReadPosRankSum=0.372;SC=CCAATCTGTTGTAGTGAAATT;SOR=0.375;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=39;WE=33413648;WS=33413630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr2	33413949	rs4542826	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=392;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TGCTTTAGCAGTGTCTTACAG;SOR=1.244;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=26;WE=33413957;WS=33413939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr2	33414009	rs3922572	T	A	403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=439;SC=AATGCTTTTTTAAAAAAAAGG;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=33414017;WS=33413999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	33442549	rs2290449	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=325;ReadPosRankSum=0.465;SC=GGCTGTGAGGGACAGCAGTGC;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=19;WE=33442557;WS=33442539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr2	33447202	rs2290448	C	T	4736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.288;SC=AGCGGGTTAACAACACCTTTT;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=450;TCF=244;TCR=206;TR=229;WE=33447210;WS=33447192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,235:0.50:470
chr2	33477964	rs3731575	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=1.741;SC=CATGAGTACACGGGACAACTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=14;WE=33477972;WS=33477954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	33488419	rs12468099	G	A	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=60;PP=1612;ReadPosRankSum=-1.732;SC=AAGCTTCTACGTCTAGTGCCA;SOR=0.773;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=232;TCF=117;TCR=115;TR=118;WE=33488427;WS=33488409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,127:0.50:253
chr2	33498691	rs367614814	GT	G	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.216;NF=12;NR=4;PP=397;ReadPosRankSum=0.120;SC=ATTTCTGTGGGTTTTTTCACA;SOR=1.192;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=16;WE=33498699;WS=33498681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr2	33500848	rs3816479	A	G	3805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.386;NF=107;NR=71;PP=2400;ReadPosRankSum=-0.708;SC=AAACTCAACAATGCTATCTGC;SOR=0.955;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=363;TCF=211;TCR=152;TR=178;WE=33500856;WS=33500825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,184:0.49:375
chr2	33525407	rs2123769	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=333;ReadPosRankSum=0.265;SC=AGTGCCAGACATAAGAAGTAC;SOR=0.242;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=22;WE=33525415;WS=33525397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr2	33540138	rs2276591	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=-0.588;SC=AGATTTATTTGCCATCTGTTT;SOR=0.117;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=12;WE=33540146;WS=33540128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr2	33540248	rs1058840	G	A	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=38;PP=1262;ReadPosRankSum=1.836;SC=TCTGTGGTCCGCAAGGGGAGT;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=170;TCF=100;TCR=70;TR=95;WE=33540256;WS=33540238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,104:0.55:189
chr2	33585796	rs4422143	T	C	11625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=202;NR=236;PP=2965;SC=ACATCAGGCGTGGGATGGGGA;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=438;TCF=202;TCR=236;TR=438;WE=33585804;WS=33585786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr2	33586610	rs77815980	A	G	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=950;ReadPosRankSum=-0.898;SC=ACAAATTTTCAGCACATTGTG;SOR=0.660;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=67;WE=33586618;WS=33586600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,80:0.54:149
chr2	33614187	rs642472	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=314;ReadPosRankSum=0.202;SC=CTCTGAGCTGCGAGGGGGTGG;SOR=0.643;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=22;WE=33614195;WS=33614177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr2	33623306	rs2034693	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=398;ReadPosRankSum=0.380;SC=TTGTCTGTGACTGAAGCAATG;SOR=0.880;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=19;WE=33623314;WS=33623298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr2	33623387	rs624060	AT	GC	7857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=50;PP=2947;SC=TCCTCACAGAATAATATCCAA;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=110;TCR=52;TR=156;WE=33623396;WS=33623377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	33623734	rs622716	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=245;SC=ACAGCATGGAATTGCAAGTCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=33623742;WS=33623724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	33643740	rs6724875	T	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=8.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.62;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,52:0.93:56
chr2	33744958	rs7597095	C	T	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=13;PP=1196;SC=ATTGAGGGCACAGCTGCAGGG;SOR=2.231;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=59;WE=33744977;WS=33744948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	33745208	rs2305576	T	C	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=73;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.430;SC=CCACCAACTTTGTTAAAATTG;SOR=0.910;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=287;TCF=120;TCR=167;TR=119;WE=33745216;WS=33745198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,125:0.42:297
chr2	33764145	.	T	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.034;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr2	33764286	rs7592762	T	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=600;ReadPosRankSum=1.121;SC=AGGTAAGTGGTTGAGGGAGAA;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=42;WE=33764294;WS=33764276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,48:0.44:108
chr2	33784161	rs2278955	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=264;ReadPosRankSum=0.768;SC=TGAGATGAGCGTTACAGAGGG;SOR=1.136;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=21;WE=33784169;WS=33784151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr2	33784500	rs2278956	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=347;ReadPosRankSum=1.042;SC=TTAGATAAAGGAGAATTGGAA;SOR=3.890;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=17;WE=33784508;WS=33784490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr2	33784696	rs17598067	G	A	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=70;PP=1889;ReadPosRankSum=1.175;SC=ATTGATTCAAGATGGAGTTAG;SOR=0.525;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=228;TCF=96;TCR=132;TR=127;WE=33784704;WS=33784686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,139:0.57:242
chr2	33787976	rs10572554	CCTAA	C	2463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=45;PP=2253;SC=GAGAATTGACCCTAACTAACT;SOR=3.461;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=46;WE=33787987;WS=33787966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	33787994	.	A	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=7.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=2.039;SOR=2.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr2	33952022	rs4670913	C	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=4;PP=718;SC=AGAGGAAAACCCAGGAAATGA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=33952030;WS=33952013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	33952055	rs2290101	C	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=7;PP=1398;SC=GAAAACTCAGCGGGGGCAGGA;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=54;WE=33952063;WS=33952045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	33952413	rs4477896	T	C	8012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=129;PP=2965;SC=CTCAGCAGGATAGTGAGGGCC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=132;TCR=129;TR=261;WE=33952421;WS=33952403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr2	33952456	rs2367810	C	G	7831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=128;PP=2965;SC=ACACCGCCACCCACCACTCCA;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=150;TCR=129;TR=277;WE=33952464;WS=33952446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr2	33952584	rs75990996	C	T	5406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.770;SC=TCAGTGATCTCGCCGGGCCGG;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=426;TCF=235;TCR=191;TR=233;WE=33952592;WS=33952574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,247:0.56:443
chr2	33952621	rs11684598	G	A	4574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.029;SC=CTTCGGTGGCGTAAGCCACAC;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=504;TCF=281;TCR=223;TR=213;WE=33952629;WS=33952611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,219:0.42:525
chr2	35696612	rs4670472	C	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	36605304	rs4670546	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=323;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TAGATGCTCTGTAATTGAATA;SOR=0.997;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=17;WE=36605312;WS=36605294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr2	36605585	rs4670548	A	G	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=76;PP=2239;SC=GTCCAGATGCAACAGTAGGGA;SOR=2.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=107;WE=36605593;WS=36605575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	36605676	rs60204094	A	AT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GCGGTAAGTCATTTTTTTTTT;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=36605684;WS=36605666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	36668395	rs2276673	T	A	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=869;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TTTCTCTCCCTTTTAGAAGAG;SOR=0.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=110;TCR=54;TR=66;WE=36668403;WS=36668385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,71:0.42:171
chr2	36669645	rs17018798	T	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=528;ReadPosRankSum=0.917;SC=TAGGACTGGGTTTGTGGAAGC;SOR=0.907;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=33;WE=36669653;WS=36669635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr2	36669670	rs3821157	C	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=731;ReadPosRankSum=0.330;SC=AGACTTTGGACATTTGTCAAG;SOR=1.023;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=45;WE=36669678;WS=36669660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,47:0.47:101
chr2	36704144	rs848547	C	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=805;ReadPosRankSum=-2.079;SC=TCTGCTTCACCGCCCAGTGTG;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=67;WE=36704152;WS=36704134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,69:0.45:154
chr2	36706511	rs711250	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=246;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GCAACCCTGCGCTTCTGTTGA;SOR=0.818;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=13;WE=36706519;WS=36706501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	36739553	rs848526	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=374;ReadPosRankSum=0.575;SC=TGTGTACACATGGCCCTTCCC;SOR=1.212;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=75;TCF=8;TCR=67;TR=28;WE=36739561;WS=36739543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr2	36756195	.	C	T	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=22;PP=1055;ReadPosRankSum=0.792;SC=TCCAGCCCCACGTTCTTAATT;SOR=1.000;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=163;TCF=105;TCR=58;TR=75;WE=36756203;WS=36756185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,85:0.47:181
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chr2	36775315	rs2270333	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=-0.038;SC=AGAAGTCATCCCTTTGTTTTT;SOR=0.124;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=12;WE=36775323;WS=36775305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	36775410	.	CTTTT	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.004;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr2	36781401	rs1533946	T	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=623;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TTCACAATTATAGTCCTAGGT;SOR=0.476;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=43;WE=36781409;WS=36781391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr2	36782656	rs10178965	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=759;ReadPosRankSum=-0.374;SC=ATAAAACCATGATATATAATG;SOR=0.507;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=91;TCR=22;TR=45;WE=36782664;WS=36782646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr2	36783127	rs10194100	T	C	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1187;ReadPosRankSum=1.596;SC=TACCTGAGAGTTGCTTCCCTG;SOR=0.524;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=190;TCF=123;TCR=67;TR=81;WE=36783135;WS=36783117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,86:0.44:197
chr2	36783215	rs10181664	C	T	2530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=1387;ReadPosRankSum=-0.777;SC=TGTAATAATACCGGAAAGTGG;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=309;TCF=148;TCR=161;TR=119;WE=36783223;WS=36783205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,131:0.41:323
chr2	36805676	rs2075226	A	G	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=899;ReadPosRankSum=0.723;SC=CACCAGCCCCAAAGGCTGGGA;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=94;TCR=32;TR=60;WE=36805684;WS=36805666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr2	36806021	rs2072534	G	A	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.245;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=87;PP=1941;ReadPosRankSum=0.271;SC=GTGACCAAAAGCAAAATACAG;SOR=0.432;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=233;TCF=57;TCR=176;TR=120;WE=36806029;WS=36806011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,124:0.52:240
chr2	36806051	rs2072533	A	G	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=64;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.961;SC=AGACAAAAACATTTCAAGGAA;SOR=0.709;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=122;TCF=11;TCR=111;TR=71;WE=36806059;WS=36806041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,71:0.58:123
chr2	36808350	rs848638	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=8;PP=919;ReadPosRankSum=-0.059;SC=AGGATGAAATCAAAGCTTTCT;SOR=0.888;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=86;TCR=18;TR=49;WE=36808358;WS=36808340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr2	36808732	rs848637	T	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.716;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=748;ReadPosRankSum=0.121;SC=TCAAAATTTTTACTGTAGGAG;SOR=0.390;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=51;WE=36808740;WS=36808722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr2	36810473	rs11691767	G	T	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1544;ReadPosRankSum=-1.637;SC=CTTTCCTTGCGTTGCTGAGGA;SOR=0.927;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=231;TCF=128;TCR=103;TR=109;WE=36810481;WS=36810463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,114:0.47:242
chr2	36810586	rs14291	T	C	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=753;ReadPosRankSum=0.270;SC=CATCATCTGATGTATCAAAGA;SOR=0.510;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=57;WE=36810594;WS=36810576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr2	36824956	rs5830430	G	GC	858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=641;SC=CGGCCGTAGGGCTGCCGGTCG;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=15;WE=36824964;WS=36824946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	36825137	rs1544655	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=8.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,32:0.26:124
chr2	36825170	rs2287104	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-3.551;SOR=1.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,12:0.14:87
chr2	36825330	rs11441122	C	CG	1372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=1042;SC=CGGCCCAGCCCGCCCAGCCCG;SOR=1.552;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=36825338;WS=36825320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	36943338	rs4670597	C	G	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=1036;SC=AGGCCAGCCACTGACATCTCT;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=36943346;WS=36943328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	36943419	rs4670598	T	C	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=111;NR=89;PP=2965;SC=TGATGCAGTCTATCCCCACAC;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=111;TCR=89;TR=200;WE=36943427;WS=36943409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	36994439	rs11124542	A	C	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=47;PP=1127;SC=GTCAGTAGGTAGACCATGTGT;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=36994447;WS=36994429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	37000797	rs3770784	C	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.849;NF=4;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=0.498;SC=TCGCTTGAACCCGGAGGTTGC;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=37000805;WS=37000787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	37000877	rs116154541	A	T	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.630;QD=6.32;ReadPosRankSum=1.868;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr2	37000896	rs371919209	A	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=4.217;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr2	37001386	rs201437662	CTATGCCA	C	1170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=2747;ReadPosRankSum=1.151;SC=CTGAGTAATTCTATGCCACGG;SOR=0.820;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=21;WE=37001412;WS=37001376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,32:0.31:103
chr2	37001399	.	G	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,37:0.33:111
chr2	37001401	rs202045170	C	CT	1357.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=2411;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CCACGGGGGACAGAAACACAT;SOR=0.831;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=18;WE=37001412;WS=37001376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,37:0.33:112
chr2	37001402	.	A	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr2	37001404	.	A	G	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.679;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,40:0.34:117
chr2	37001570	rs974964	C	T	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=69;PP=1966;SC=CAGGGTTTGACGGTTTCCACA;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=117;WE=37001578;WS=37001560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	37010574	rs3821147	G	A	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=71;PP=1996;ReadPosRankSum=-0.625;SC=AGAAACCCACGGTGTCTTTGA;SOR=0.709;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=267;TCF=138;TCR=129;TR=140;WE=37010582;WS=37010564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,146:0.52:280
chr2	37041480	rs17441812	G	A	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=105;PP=2434;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TTTGTACAGAGTTCAACTCAC;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=442;TCF=195;TCR=247;TR=182;WE=37041488;WS=37041470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,198:0.42:471
chr2	37077015	rs723674	C	A	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=52;PP=1417;SC=CTACCATGTCCTGCTGGTTTC;SOR=5.630;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=54;WE=37077023;WS=37077005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	37078095	rs10668550	A	AT	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=12;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=278;ReadPosRankSum=0.406;SC=TGTGGTAGGGATTTTTTTTTT;SOR=0.352;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=25;WE=37078103;WS=37078085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr2	37094945	rs2540923	A	G	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=19;PP=1476;SC=TAAAGAAAAAACATATACTTA;SOR=1.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=75;WE=37094953;WS=37094935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	37096970	rs2160379	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=432;SC=TGTCAATAAACGATCACTTTG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=37096978;WS=37096960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	37111045	rs2691106	T	A	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=19;PP=1442;SC=CCAAGTGCATTTTGTGCTCCA;SOR=1.923;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=76;WE=37111053;WS=37111035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	37129618	rs148671880	A	ATAAT	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.91;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	37234477	.	T	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.464;NF=2;NR=9;PP=201;ReadPosRankSum=-0.001;SC=ATTAAAAACATTACTTTTTTT;SOR=0.180;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=11;WE=37234485;WS=37234465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	37292890	rs11903252	T	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=233;ReadPosRankSum=-1.069;SC=AGTAACTGAATGTCATACCTA;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=24;WE=37292898;WS=37292880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr2	37295867	rs75759149	G	A	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=42;PP=1527;ReadPosRankSum=2.889;SC=AGATTTCTTTGGCAGCTGCAA;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=208;TCF=125;TCR=83;TR=109;WE=37295875;WS=37295857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,116:0.54:215
chr2	37297329	rs4327218	C	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=19;PP=1402;ReadPosRankSum=-0.075;SC=AGGCGTGAGCCACCGTGCCTG;SOR=1.411;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=219;TCF=160;TCR=59;TR=91;WE=37297337;WS=37297319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,95:0.41:230
chr2	37299145	rs12621276	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=287;ReadPosRankSum=-1.431;SC=TCATTTTATGGAAAAGTAGAC;SOR=1.226;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=16;WE=37299153;WS=37299135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr2	37302556	rs34545380	GA	G	2099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.38;QD=25.92;SOR=2.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	37306343	rs6743906	G	A	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	37317869	rs4670654	C	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=31;PP=1017;SC=AAAACAGGTACGTAATTATTT;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=37317877;WS=37317859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	37318041	rs4670655	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.674;SC=TAGTGAGTATAAAATAAAATT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=37318049;WS=37318031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	37373982	rs2307475	A	AT	5969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=42;PP=2975;SC=TTAGGAAAAAAGGCAATCACT;SOR=1.171;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=81;WE=37373990;WS=37373972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	37402270	rs11569755	C	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=159;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CAATAATAATCTCACCTCTTT;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=12;WE=37402278;WS=37402260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	37402373	rs11569758	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr2	37406644	rs10182091	A	G	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=63;PP=1399;ReadPosRankSum=2.049;SC=CCCAAGAGCCATAGCTTGGAA;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=341;TCF=174;TCR=167;TR=130;WE=37406652;WS=37406634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,141:0.39:363
chr2	37406680	rs10205833	C	G	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=57;PP=1448;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TGTGGAAATGCAAAAAAGATA;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=273;TCF=129;TCR=144;TR=107;WE=37406688;WS=37406670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,113:0.39:291
chr2	37406761	rs4459710	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=476;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TTTATTTGGGTCTATGTTTTG;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=28;WE=37406769;WS=37406751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr2	37406807	rs2111630	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=135;ReadPosRankSum=0.271;SC=CAATATCATCATGTCCACTCG;SOR=0.090;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=12;WE=37406815;WS=37406797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr2	37410537	rs6544061	C	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=711;ReadPosRankSum=-0.245;SC=ATAGAAATTTCAAAGAATTAT;SOR=0.807;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=50;WE=37410545;WS=37410527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,57:0.52:110
chr2	37414431	rs6724820	A	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=342;ReadPosRankSum=0.099;SC=AAAACTAAAGAATCTCCAAAC;SOR=0.296;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=22;WE=37414439;WS=37414421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr2	37415496	rs11124566	G	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=421;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CCTGCAATGAGGAACCGCCTT;SOR=0.454;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=31;WE=37415504;WS=37415486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr2	37428743	rs2540973	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.111;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	37447627	rs35462755	C	CA	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.278;NF=3;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CTAGGAATAACAAAAAAAATA;SOR=0.599;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=14;WE=37447635;WS=37447617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr2	37456032	rs2098386	C	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=1165;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TCTTCTTCAACTAAGGAAGCT;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=185;TCF=117;TCR=68;TR=71;WE=37456040;WS=37456022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,71:0.37:190
chr2	37487341	rs199676568	TA	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=3.330;QD=0.25;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,20:0.16:129
chr2	37494591	rs2302650	A	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-2.745;SC=TAGCCACTTCATTACGGAGTT;SOR=1.688;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=17;WE=37494599;WS=37494581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr2	37499406	rs2160394	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr2	37543371	rs6544066	A	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=17;PP=780;ReadPosRankSum=0.353;SC=ATAATAGCACACACAGTACCT;SOR=0.672;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=156;TCF=109;TCR=47;TR=65;WE=37543379;WS=37543361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,69:0.42:163
chr2	37595604	rs3770747	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=405;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CCCTCCCTGACGCTCACCCCA;SOR=0.773;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=25;WE=37595612;WS=37595594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr2	37595696	rs1468816	A	C	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1220;ReadPosRankSum=0.796;SC=CTATAAAAGTACAAATGGTCA;SOR=0.734;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=88;WE=37595704;WS=37595686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,93:0.39:237
chr2	38177525	rs11687301	A	C	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=16;PP=891;ReadPosRankSum=0.269;SC=GGTGAGCTACAGAACAGTTCT;SOR=0.500;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=165;TCF=128;TCR=37;TR=66;WE=38177533;WS=38177515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,68:0.40:170
chr2	38177814	.	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.053;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=106;ReadPosRankSum=0.230;SC=TTAGTGCTCTCCTTTGTTTCC;SOR=0.085;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=11;WE=38177822;WS=38177804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr2	38178362	rs2197561	T	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=13;PP=838;ReadPosRankSum=1.458;SC=ATTTGACCCTTTTCTCACTCT;SOR=0.832;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=104;TCF=76;TCR=28;TR=54;WE=38178370;WS=38178352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr2	38178406	rs4670799	A	G	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1280;ReadPosRankSum=1.015;SC=GCTTCCAACGATGTTCTCCAG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=117;TCR=66;TR=80;WE=38178414;WS=38178396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,84:0.44:190
chr2	38179134	rs4670800	G	A	17715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NR=332;PP=2965;SC=TACAGCACAGGTCATTCTCCA;SOR=0.817;Source=Platypus;TCR=333;WE=38179142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,648:1.00:648
chr2	38179414	rs72332368	CTG	C	4115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=63;PP=2947;ReadPosRankSum=0.559;SC=CTTTCATAGCCTGTAGAATTC;SOR=0.768;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=150;TCF=16;TCR=134;TR=73;WE=38179423;WS=38179404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,107:0.49:220
chr2	38202502	rs2044447	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=0.611;SC=ATTAAGATCTATAGTAAATCA;SOR=0.540;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=10;WE=38202510;WS=38202492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	38208233	rs1446297	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=0.666;SC=AACCACAGATTATTGGGCCCC;SOR=0.412;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=12;WE=38208241;WS=38208223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	38208606	rs61676428	A	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-1.590;SC=TCACTGAAAAATATGTATAAT;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=38208614;WS=38208596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	38218281	rs17021813	T	C	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=621;ReadPosRankSum=0.763;SC=AAAACCACTTTTGAGTTACTA;SOR=0.476;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=45;WE=38218289;WS=38218271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr2	38244417	rs114342890	G	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=366;ReadPosRankSum=1.403;SC=ATCAGATGTGGTCTACCAAAA;SOR=0.741;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=30;WE=38244425;WS=38244407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr2	38244818	rs11901988	A	C	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr2	38244824	rs11891536	G	A	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr2	38298139	rs1800440	T	C	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.272;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CAGGTCCTTGTTGATGAGGCC;SOR=0.890;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=88;TCR=82;TR=81;WE=38298158;WS=38298129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,91:0.48:190
chr2	38298150	rs1056837	A	G	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=81;PP=2962;SC=TGATGAGGCCATCCTTGTCCA;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=166;WE=38298158;WS=38298129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	38298203	rs1056836	C	G	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=65;PP=2716;SC=GGCCACTTCACTGGGTCATGA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=150;WE=38298211;WS=38298193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	38298608	.	C	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	38302177	rs1056827	C	A	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=1588;ReadPosRankSum=0.861;SC=GAGGCGAAGGCCGGCCGGTCG;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=253;TCF=129;TCR=124;TR=109;WE=38302185;WS=38302167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,117:0.44:268
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chr2	38302544	rs2617266	G	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=662;ReadPosRankSum=-1.766;SC=TGGGGACAGAGAGGAGAAGGC;SOR=1.429;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=40;WE=38302552;WS=38302534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr2	38527397	rs369327955	ACT	A	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,23:0.11:206
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chr2	38916906	rs11687518	T	C	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=832;ReadPosRankSum=0.923;SC=AAAACAAATATATGAAATAAG;SOR=0.748;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=122;TCF=91;TCR=31;TR=51;WE=38916914;WS=38916896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,54:0.41:131
chr2	38956947	rs2272445	A	G	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=110;PP=2965;SC=CTATGCTACAAGTGACCCAAT;SOR=2.104;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=38;TCR=110;TR=148;WE=38956955;WS=38956937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	38977371	rs3112183	C	T	8034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.267;SC=ATGCACGTTACGCAAAATCTG;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=92;TCR=193;TR=284;WE=38977379;WS=38977361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr2	38977402	rs3134630	T	C	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=123;PP=2965;SC=CAATTACTTATTTGCCTTAAA;SOR=2.548;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=37;TCR=123;TR=160;WE=38977410;WS=38977392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	39006603	rs3112201	T	G	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=76;PP=2798;SC=AAACTCCTGATCTCCAAGGAT;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=162;WE=39006611;WS=39006593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	39025043	rs34207268	G	GA	154.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	39025555	rs1530853	G	A	10305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=203;PP=2965;SC=GATCAAGTTCGCAACGAAGCT;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=377;TCF=173;TCR=204;TR=376;WE=39025563;WS=39025545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr2	39025632	rs1530852	A	G	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=110;PP=2965;SC=AACAGGCAGGATAGGTTATTG;SOR=2.472;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=32;TCR=110;TR=142;WE=39025640;WS=39025622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	39030074	rs13029406	C	T	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=75;PP=2156;SC=CAAAAAACCTCAGATGATGAC;SOR=1.420;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=122;WE=39030082;WS=39030064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	39042639	rs3112138	G	A	10404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=232;NR=144;PP=2965;SC=AAAGAGAAATGAGAACCAACT;SOR=1.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=234;TCR=145;TR=376;WE=39042647;WS=39042629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr2	39043360	rs368002198	AT	A	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.732;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr2	39045885	rs10176932	C	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=0;PP=1244;SC=CCATTTTACACGGCTGGTAAG;SOR=7.824;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=46;TCR=0;TR=46;WE=39045893;WS=39045884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	39050019	rs3112146	G	T	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=1;PP=836;SC=AAAATTCACAGCTAACATACA;SOR=4.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=34;WE=39050027;WS=39050009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	39050061	rs34582261	AT	A	3130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=14;PP=2924;SC=CATGCCCTTGATTTCCCCCAT;SOR=3.019;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=74;WE=39050069;WS=39050051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	39050141	rs3770681	A	C	10627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.106;NF=227;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TTACAAACGGAGACTTAAAAG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=388;TCF=227;TCR=161;TR=387;WE=39050149;WS=39050131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,400:1.00:401
chr2	39065729	rs17494315	C	A	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=5;PP=1809;SC=CAAAATTCAACGTCAAATACA;SOR=4.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=62;TCR=5;TR=67;WE=39065737;WS=39065719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	39075356	rs11124651	A	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=614;SC=CAAACTTTAAAATAATTATAT;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=39075364;WS=39075346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	39082344	rs7598922	T	C	7573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=152;PP=2965;SC=AGGTGGTCCATTCAGAGAATC;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=102;TCR=152;TR=254;WE=39082352;WS=39082334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr2	39085698	.	A	G	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.903;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.868;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=842;ReadPosRankSum=0.012;SC=AGGGAGAAAAAGAACCAGAAG;SOR=0.213;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=73;TCF=63;TCR=10;TR=41;WE=39085706;WS=39085688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr2	39088323	rs11893062	G	A	5091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GGTTATCAAAGAATATACGAC;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=514;TCF=261;TCR=253;TR=236;WE=39088331;WS=39088313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,237:0.45:526
chr2	39090696	rs3099999	T	C	6552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=155;PP=2965;SC=TACACACATATCTTCAATCAG;SOR=2.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=52;TCR=155;TR=207;WE=39090704;WS=39090686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr2	39117117	rs7565111	G	A	5972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=92;PP=2965;SC=AACCACCGCAGGCAACATGGG;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=109;TCR=93;TR=201;WE=39117125;WS=39117107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	39181774	.	CTT	C	62.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.71;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	39185048	rs422854	C	T	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=23;PP=2331;SC=TGCAAAGGCCCCTGGAGATAG;SOR=2.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=81;TCR=23;TR=103;WE=39185056;WS=39185038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	39187190	rs6755527	T	C	7467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=87;PP=2965;SC=GGACTTCGAGTCCTCTCCGGC;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=147;TCR=89;TR=234;WE=39187198;WS=39187180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr2	39187519	rs958412	A	G	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=54;PP=1986;SC=GCGCCTACAAACTGGAGGCGG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=39187527;WS=39187509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	39198966	rs2305516	A	G	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=23;PP=2339;SC=AGCTGAGTTTATGGACTTTGA;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=84;TCR=23;TR=106;WE=39198974;WS=39198956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	39214821	rs2290445	A	C	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=213;SC=AATTGCTTATAATTAAAAGTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=39214829;WS=39214811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	39224351	rs1454223	G	T	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=7;PP=1194;SC=AAGTAGTTTAGAAACTTAATC;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=39224359;WS=39224341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	39224615	rs5830551	G	GT	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=37;PP=1179;SC=GAAAATGCAAGTTTTTTTCTG;SOR=2.584;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=40;WE=39224623;WS=39224605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	39233500	rs7577088	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=453;SC=TTAATGAAATGAGTGTTTTGT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=39233508;WS=39233490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	39251375	rs10634554	T	TCAC	517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=620;SC=TATTCAACTGTCACAATAAAA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=39251383;WS=39251365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	39262068	rs10153761	C	T	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=88;PP=2327;SC=AGGTACAAGACAAAAATATCT;SOR=1.802;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=135;TCF=36;TCR=99;TR=124;WE=39262076;WS=39262058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	39281730	rs997344	G	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=279;SC=CATTCAATGAGAGGCATATAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=39281738;WS=39281720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	39406572	rs7566123	C	A	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=63;PP=1771;SC=GAAAATCTTCCAGTTTGTGTA;SOR=3.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=77;WE=39406580;WS=39406562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	39411863	.	A	ATG	182	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5001;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=0;NR=5;PP=182;QD=37.2;SC=GTGCGTATGTATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=39411871;WS=39411853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	39440727	rs10196407	G	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=30;PP=724;SC=AACACCATGCGGAAGGGTCCT;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=39440735;WS=39440717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	39452861	rs11124663	C	T	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=14;PP=1015;SC=ATGGGGTAGCCAGATGCATTG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=39452869;WS=39452851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	39479122	rs3770678	G	C	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=218;SC=AAACATGATCGCTAAAAATGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=39479130;WS=39479112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	39494197	rs2302749	C	T	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=18;PP=1354;SC=AGAGATGAAACAGCCAAGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=39494205;WS=39494187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	39494469	rs10865149	C	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=455;SC=GATCAGTGCACAAAGGATGAG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=39494477;WS=39494459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	39507417	rs3755176	T	A	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=35;PP=1492;SC=TACTACCTCTTGTATCTGGGT;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=83;WE=39507425;WS=39507407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	39514136	rs3755172	T	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=942;SC=TGAAAATGATTAATCTTCATG;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=39514144;WS=39514126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	39514204	rs3755171	G	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=211;SC=CTCTGACATAGTGTCATTATT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=39514212;WS=39514194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	39526842	rs2111382	A	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=10;PP=821;SC=GCAACTTAATAATTCTTGAAT;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=39526850;WS=39526832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	39542658	rs5830562	AT	A	364.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.471;NF=0;NR=18;PP=250;ReadPosRankSum=-1.190;SC=CACTTTGCAAATTTTTTTTTT;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=18;WE=39542666;WS=39542648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr2	39553271	rs3815594	A	G	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=63;PP=2965;SC=AGATTCTTCAATGATGATGCA;SOR=1.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=127;TCR=63;TR=190;WE=39553279;WS=39553261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	39558928	rs6760382	G	A	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=103;SC=GTACATGCCTGAATTACTTTG;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=39558936;WS=39558918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	39564620	rs1125839	C	A	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=588;SC=GTAAGTAAAGCCTTAGTTTAA;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=39564628;WS=39564610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	39570427	rs3732053	T	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=5;PP=1052;SC=CAATAAAACATAGCTTGCTTT;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=39570435;WS=39570417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	39583446	rs8545	A	G	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=41;PP=1593;SC=CTTTCATCATAATAATTTCTT;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=39583454;WS=39583436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	39944055	rs2540229	G	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=1;PP=1039;SC=GACTGCCTCAGTGGTTGATCT;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=36;WE=39944063;WS=39944045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	39982898	rs10688564	G	GAGTAT	578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=677;SC=CATCTATTTTGAGTAAATAAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12;WE=39982906;WS=39982888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	39993167	rs4670959	T	C	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=72;PP=2380;SC=ATCTGTCTTATGGGACAAACC;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=99;TCR=72;TR=171;WE=39993175;WS=39993157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	40006430	rs12620957	A	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=23;PP=529;SC=CTCGGGCGCGAGCGGCTCGCT;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=40006450;WS=40006420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr2	40402275	rs6734847	G	A	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=4;PP=807;SC=TGAGGTCAATGGCCCTAAACA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=40402283;WS=40402265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	40402602	rs10199306	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=-0.444;SC=TAAACAATCCCAACTGAAATT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=40402610;WS=40402592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	40403104	rs106706	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=34;PP=1185;SC=ACTTCTGTACATTATTAGATA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=40403112;WS=40403094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	40404839	rs433572	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=351;ReadPosRankSum=-2.406;SC=TAGGGAGACACGGAGAGAGAA;SOR=0.953;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=29;WE=40404847;WS=40404829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr2	40564647	rs11893826	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.27;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr2	40564655	rs11893746	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr2	40655563	rs3838567	CCACA	C,CCA	907.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=29.28;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,21,10:0.68,0.32:31
chr2	42396722	rs7233	A	G	5066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=105;NR=74;PP=2965;SC=CCGCCCCTCTAAGCCCGGAGC;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=107;TCR=74;TR=179;WE=42396730;WS=42396712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	42472894	rs17671409	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=0.901;SC=GTTGAAGCTGGAAATATAAAA;SOR=1.143;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=21;WE=42472902;WS=42472884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr2	42510018	rs6736913	A	G	7761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=153;NR=107;PP=2965;SC=TCCGACCGGGAAAATAGTTTA;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=153;TCR=107;TR=260;WE=42510026;WS=42510008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr2	42515388	rs10202624	A	G	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=37;PP=1618;SC=TCATTTATGTATTATTGATGA;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=92;WE=42515396;WS=42515378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	42552284	rs56315033	G	C	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1579;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GGGGACACCAGTGACGTGAAA;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=110;WE=42552292;WS=42552274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,113:0.52:217
chr2	42560975	rs7572231	A	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=605;ReadPosRankSum=0.713;SC=AGTCTCCAGCAGCCACAGAAA;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=47;WE=42560983;WS=42560965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr2	42579743	rs56851715	T	C	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=70;PP=2429;ReadPosRankSum=1.168;SC=TGGACTACTTTTGAGGAGGGG;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=273;TCF=147;TCR=126;TR=148;WE=42579751;WS=42579733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,154:0.54:286
chr2	42719847	rs113015907	T	TG	6695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=41;PP=2975;SC=TGGCCGCGCCTGGGCCTCGCT;SOR=1.948;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=95;WE=42719868;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	42719860	rs112592817	G	GC	8652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=57;PP=2975;SC=GCCTCGCTGGGCGCGCACCCC;SOR=1.348;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=118;WE=42719868;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	42795954	rs78106475	T	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=22;PP=857;SC=TGGGAGCGGGTTCCGGGAGCG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=50;WE=42795962;WS=42795944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	42836516	rs6720277	A	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=1;PP=1955;SC=AATATTGAATAAAATGTTGAT;SOR=6.214;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=67;TCR=1;TR=68;WE=42836524;WS=42836506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	42924854	.	CA	C	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=290;ReadPosRankSum=-1.202;SC=ATTTTTAAGACAATGAACAGT;SOR=0.641;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=10;WE=42924862;WS=42924844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr2	42925079	rs148782944	TTTC	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=91;ReadPosRankSum=0.414;SC=TTTGTGTATCTTTCTTCTTCT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=42925089;WS=42925069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	42931217	rs2304658	A	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=291;SC=TCTTCTTCACACATTTTAAAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=42931225;WS=42931207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	42935961	rs4953577	C	T	6308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=47;PP=2460;SC=CAAACAGTAACGTGTTTGGGC;SOR=1.210;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=133;WE=42935969;WS=42935951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	42935979	rs4953578	C	T	6655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=50;PP=2722;SC=GGCAAGTTCACTTCCTTGAGT;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=141;WE=42935987;WS=42935969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	42990336	rs1992286	T	G	3533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=62;PP=2467;ReadPosRankSum=-1.091;SC=GGTCCAGGGATCGGCAGGCGG;SOR=0.832;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=257;TCF=141;TCR=116;TR=142;WE=42990344;WS=42990326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,149:0.57:263
chr2	42996709	rs10535570	ATGTGTGTGTG	ATG,A	1306.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;NF=16,16;NR=8,8;PP=54,976;SC=AACCTCTGAAATGTGTGTGTG;SOR=3.180;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=24,24;WE=42996728;WS=42996699;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:31
chr2	42996759	rs34567167	AAGAG	A	2938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=22;PP=2992;SC=GTGTGTGTGAAAGAGAGAGAG;SOR=1.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=45;WE=42996770;WS=42996749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	43015612	rs3816181	G	T	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=59;PP=2965;SC=GCCCCCTCCCGCTAGGGCCAG;SOR=1.431;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=112;TCR=59;TR=171;WE=43015620;WS=43015602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	43015719	rs3816183	T	C	10325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=194;NR=194;PP=2965;SC=GGGCCTCCGATGAACATGACT;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=388;TCF=194;TCR=194;TR=388;WE=43015727;WS=43015709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr2	43015757	rs3816184	G	A	7660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=163;PP=2965;SC=CCTGCAATGCGCAAAGTGGGG;SOR=1.111;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=117;TCR=164;TR=280;WE=43015765;WS=43015747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr2	43015814	rs62143190	G	A	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=80;PP=2291;SC=CACGGGTCCCGTGGGGGCCAG;SOR=2.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=24;TCR=80;TR=104;WE=43015822;WS=43015804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	43015902	rs3816185	G	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=592;SC=TCTCATCCCCGGTTCATGCCT;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=43015910;WS=43015892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	43019730	rs2304656	A	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=51;PP=1570;SC=GGAGGCCCGCAGCTCCGCCCA;SOR=1.778;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=74;WE=43019738;WS=43019720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	43451739	.	C	CCTGCTG	1730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.826;NF=8;NR=12;PP=995;ReadPosRankSum=0.024;SC=GGCGCCAGGCCCTGCTGCTGC;SOR=0.941;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=20;WE=43451749;WS=43451729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr2	43451998	rs372932535	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=464;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GGGCGCCCGAGGGCGTGGAGG;SOR=0.587;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=28;WE=43452006;WS=43451988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr2	43452183	rs7933	A	G	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=41;ReadPosRankSum=-1.767;SC=CTGTGGTGCAACTTGGGCCGC;SOR=0.541;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=125;TR=112;WE=43452191;WS=43452173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,120:0.57:209
chr2	43452334	rs8098	G	A	7812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.411;SC=GGCAGAAGCCGATGGTATGAA;SOR=0.669;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=701;TCF=386;TCR=315;TR=364;WE=43452342;WS=43452324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,372:0.52:720
chr2	43452618	rs11675632	C	T	4384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=107;PP=2778;ReadPosRankSum=-1.918;SC=AGGGCTGTGCCGCCGCCCCCC;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=168;TCR=200;TR=199;WE=43452630;WS=43452608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,204:0.55:369
chr2	43452793	rs77160973	C	G	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=49;PP=2055;ReadPosRankSum=1.766;SC=GGAGGAATCCCGGCGCGAAGC;SOR=0.972;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=254;TCF=159;TCR=95;TR=138;WE=43452801;WS=43452783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,146:0.54:269
chr2	43455063	rs67278917	CCA	C	8113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.124;NF=21;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.430;SC=ATACAGGTTGCCACAAAAAGC;SOR=0.799;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=288;TCF=46;TCR=242;TR=141;WE=43455072;WS=43455053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,219:0.51:428
chr2	43514036	rs11900952	G	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=657;ReadPosRankSum=0.843;SC=CTTCCGTCTCGGCGCACTTAC;SOR=1.107;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=55;WE=43514044;WS=43514026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,61:0.44:139
chr2	43514226	rs41281455	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=484;ReadPosRankSum=-2.008;SC=GTACCTATCAGTAGTTCAGAA;SOR=0.777;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=33;WE=43514234;WS=43514216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr2	43519127	rs74814053	T	G	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=1020;ReadPosRankSum=-1.424;SC=GGCTGAGGTTTAGAATGAAAT;SOR=0.895;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=79;TCR=29;TR=60;WE=43519135;WS=43519117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr2	43754992	rs1491508	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=591;ReadPosRankSum=1.248;SC=CTTTTTAAAACGTACACAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=42;WE=43755000;WS=43754982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr2	43787576	rs4337518	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=241;ReadPosRankSum=0.186;SC=AAAGAAATCAGTCTTCTGAAG;SOR=0.341;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=18;WE=43787584;WS=43787566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr2	43793725	rs1158411	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=606;ReadPosRankSum=0.003;SC=AGGTAAGAATGAAACCTCAAA;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=52;WE=43793733;WS=43793715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,59:0.51:116
chr2	43797619	rs17031056	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=536;ReadPosRankSum=0.582;SC=TTATAAAGTACCTGAGAACTT;SOR=0.679;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=42;WE=43797627;WS=43797609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,47:0.40:117
chr2	43797710	rs11904510	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=329;ReadPosRankSum=0.886;SC=ATGTCAGCCTGAGAGGCAAAT;SOR=0.738;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=23;WE=43797718;WS=43797700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr2	43798792	rs11884742	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=28;PP=1250;ReadPosRankSum=-2.043;SC=TTTTAAAAACGATTTCCCAAA;SOR=0.929;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=192;TCF=123;TCR=69;TR=83;WE=43798800;WS=43798782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,85:0.41:206
chr2	43799070	rs3752355	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-0.705;SC=ACTTGAATTGCTTACTTACAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=43799078;WS=43799060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	43800174	rs11898207	A	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=870;ReadPosRankSum=-1.153;SC=TTATGCAATGACTACTATAAT;SOR=1.378;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=48;WE=43800182;WS=43800164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,51:0.37:138
chr2	43801712	rs11899823	A	G	4241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.493;SC=ATGGTTTCCAAGAGGTCACTT;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=428;TCF=227;TCR=201;TR=190;WE=43801720;WS=43801699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,196:0.44:443
chr2	43802261	rs970175	C	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=552;SC=ATTAAATACACAGAATGACCA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=43802269;WS=43802251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr2	43817950	rs35899859	CT	C	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
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chr2	43902511	rs755862	G	C	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=19;PP=1686;SC=TATTCTCCAGGCCTCAGTCAT;SOR=2.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=78;WE=43902519;WS=43902501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	43903066	rs3828297	A	G	11570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=220;NR=196;PP=2965;SC=TGTAGTTGTCACCATACTTTT;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=417;TCF=220;TCR=197;TR=416;WE=43903074;WS=43903056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr2	43903354	rs4952675	T	C	14433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=268;NR=226;PP=2965;SC=GGTCTTGAGTTTGACCTCTGT;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=494;TCF=268;TCR=226;TR=494;WE=43903362;WS=43903344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr2	43903483	rs4952995	T	C	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=140;PP=2965;SC=TAGGACAGTGTGCCAGGGTCA;SOR=1.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=62;TCR=140;TR=202;WE=43903491;WS=43903473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	43905898	rs142175341	G	GAGGTGGAGGTGC	594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=1147;SC=GGTGGAGGTGGAGGTGGAGGT;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=43905906;WS=43905888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	43947760	rs10206389	T	C	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.613;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=577;ReadPosRankSum=-1.017;SC=TAATTTAAGGTGTCAGAGTTC;SOR=1.097;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=48;WE=43947768;WS=43947750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
chr2	43953664	rs7574334	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=589;ReadPosRankSum=0.843;SC=TAATTATCAAATCAATTTAAT;SOR=0.305;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=30;WE=43953672;WS=43953654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr2	43965705	rs28646121	T	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.513;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=540;ReadPosRankSum=-1.658;SC=AAAGTGTTTTTTTTTCTGATT;SOR=0.080;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=27;WE=43965713;WS=43965690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr2	43985940	rs7570252	C	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=277;ReadPosRankSum=2.250;SC=CACAGTTATGCTTAGGATTGG;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=14;WE=43985948;WS=43985930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr2	43991310	rs10205936	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=337;ReadPosRankSum=0.335;SC=TAATTATTTTCCATCTCTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=43991318;WS=43991300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr2	43991357	rs7565517	A	C	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=8;PP=1065;SC=ACTTTTTCTTATCTTTAAAGA;SOR=2.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=47;WE=43991365;WS=43991347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	44001139	rs17031488	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=489;ReadPosRankSum=-1.205;SC=CCCGTCTCCCCACGCAACCGC;SOR=1.075;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=23;WE=44001147;WS=44001129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr2	44004010	rs2288709	T	C	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=983;ReadPosRankSum=0.383;SC=GCAGAAAAATTTGTTTTCTTC;SOR=0.618;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=66;WE=44004018;WS=44004000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,76:0.48:158
chr2	44004099	rs17031494	T	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=1.178;SC=AAATATCTGTTAATACTTTGA;SOR=1.078;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=14;WE=44004107;WS=44004089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	44010620	rs3815995	G	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=453;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TTACATATGAGTGACATTAAC;SOR=0.809;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=33;WE=44010628;WS=44010610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr2	44021826	rs9309107	T	A	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.873;NF=29;NR=72;PP=1648;ReadPosRankSum=1.255;SC=TTAGTCCCATTTATAGTTAAT;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=53;TCR=128;TR=101;WE=44021834;WS=44021816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,109:0.57:190
chr2	44022970	rs1025447	T	C	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=834;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TAAATAGAAATTGCTAAGCAC;SOR=0.390;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=45;WE=44022978;WS=44022960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr2	44028013	rs11556157	A	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr2	44036913	rs8302	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=296;ReadPosRankSum=1.278;SC=TTGAACCTATTTCAATTATTG;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=17;WE=44036921;WS=44036903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr2	44066174	rs3806471	T	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=335;ReadPosRankSum=-1.007;SC=CAGCCCAGGGTCACAGACCTG;SOR=1.044;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=23;WE=44066182;WS=44066164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr2	44071625	rs4148209	C	A	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=2.004;SC=AGGAGCCCCTCATCTCTCCTG;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=152;TCR=108;TR=104;WE=44071647;WS=44071615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,110:0.41:271
chr2	44071639	rs4148210	C	T	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.879;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=1.230;SC=TCTCCTGTCTCCCACAGGGCC;SOR=0.935;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=288;TCF=162;TCR=126;TR=108;WE=44071647;WS=44071615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,118:0.39:306
chr2	44071743	rs4148211	A	G	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=62;PP=1459;ReadPosRankSum=1.606;SC=GACCTCAACTACCAGGTAGAG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=114;TCR=160;TR=105;WE=44071751;WS=44071733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,116:0.41:286
chr2	44071833	rs4148212	A	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=374;ReadPosRankSum=0.238;SC=GGTGGGCCCAACTTGCAGGCC;SOR=0.265;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=19;WE=44071841;WS=44071823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr2	44079004	rs4148214	T	C	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=43;PP=1019;ReadPosRankSum=1.551;SC=TCCAAGAAGCTACAGTGTCCA;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=28;TCR=109;TR=55;WE=44079012;WS=44078994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,55:0.40:138
chr2	44101214	rs10709506	CA	C	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=611;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GGTTTGATTTCATTGTGATTG;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=17;WE=44101222;WS=44101204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr2	44101394	rs4953027	A	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=545;SC=CATCTAAATTAGGATGGCTTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=44101402;WS=44101384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	44101430	rs4952689	T	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=4;PP=1057;SC=AAAAAAAAATTAGAGACTTGG;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=44101438;WS=44101407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	44101538	rs28517482	C	T	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=58;PP=1921;ReadPosRankSum=-1.158;SC=CTTTCCCTTACTTTTTAGGTT;SOR=0.606;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=271;TCF=156;TCR=115;TR=131;WE=44101546;WS=44101528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,138:0.46:299
chr2	44101649	rs10667526	G	GC,GCCC	3476.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=4,4;NR=72,72;PP=636,1056;SC=GAGAGCAAGTGCCCCCCACCC;SOR=2.189;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=4;TCR=84;TR=76,76;WE=44101663;WS=44101639;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.53,0.47:103
chr2	44101711	rs13405698	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=336;ReadPosRankSum=-0.073;SC=AAGGCTTTTCTGAACCATGGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=21;WE=44101719;WS=44101701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr2	44102235	rs4148220	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=574;ReadPosRankSum=0.481;SC=TTTATAATAATGGCAGTGAAG;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=46;WE=44102243;WS=44102225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr2	44102491	rs4148221	C	T	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1459;ReadPosRankSum=-1.215;SC=TCAGCAATGCCCTCTACAACT;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=109;TCR=133;TR=107;WE=44102499;WS=44102481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,113:0.44:254
chr2	44104925	rs6544718	T	C	9452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=152;PP=2965;SC=ATCCTCAGTGTCATGGAGCTG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=184;TCR=152;TR=335;WE=44104933;WS=44104915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr2	44116836	rs2955280	C	T	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=48;PP=1832;ReadPosRankSum=0.204;SC=CATAAATCTGCAGAGGTATTT;SOR=0.820;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=304;TCF=189;TCR=115;TR=137;WE=44116844;WS=44116826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,142:0.45:316
chr2	44123672	rs3839036	TC	T	1703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.23;MQRankSum=1.350;NF=35;NR=5;PP=1542;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TATAGTATTCTCAAATAAGGT;SOR=1.276;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=80;TCF=67;TCR=13;TR=40;WE=44123680;WS=44123662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr2	44123759	rs3795859	G	A	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.03;MQRankSum=0.959;NF=107;NR=91;PP=2823;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TTGTAAGCAGGTAAAGCACAG;SOR=0.537;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=367;TCF=206;TCR=161;TR=198;WE=44123767;WS=44123749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,200:0.52:382
chr2	44145374	rs7568481	G	T	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=47;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.197;SC=AATCTGTTACGATTATGCCAA;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=121;TCR=87;TR=113;WE=44145382;WS=44145364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,118:0.55:215
chr2	44152180	rs4952694	G	A	3489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=76;PP=2098;ReadPosRankSum=-1.892;SC=ATAAATGAAAGCGTGAAGAAT;SOR=0.615;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=300;TCF=146;TCR=154;TR=152;WE=44152188;WS=44152170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,167:0.52:322
chr2	44172444	rs28394191	A	C	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=49;PP=1966;ReadPosRankSum=0.679;SC=CTTGCATCACATATTTCCTTT;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=241;TCF=149;TCR=92;TR=132;WE=44172452;WS=44172434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,150:0.56:268
chr2	44173422	rs7594526	T	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=1016;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GAAATCAGTGTGAAGGTAAAA;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=27;TCR=74;TR=56;WE=44173430;WS=44173412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,60:0.56:107
chr2	44187829	rs10190161	A	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=305;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TATTTTGATAAGCCAAAGATC;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=25;WE=44187837;WS=44187819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr2	44190687	rs201360053	T	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=721;ReadPosRankSum=1.597;SC=AGGAAAGATATCCTCTTCAAT;SOR=0.848;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=106;TCF=83;TCR=23;TR=49;WE=44190695;WS=44190677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,52:0.45:116
chr2	44201376	rs4953042	T	C	6637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CTAGTAAAATTTGCAACGCTA;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=544;TCF=263;TCR=281;TR=292;WE=44201384;WS=44201366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,299:0.54:558
chr2	44209477	rs6741066	C	T	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.330;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=1703;ReadPosRankSum=0.868;SC=CCCAATCAAACTGATTGGAAA;SOR=0.716;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=207;TCF=108;TCR=99;TR=119;WE=44209485;WS=44209467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,128:0.58:220
chr2	44471326	rs143311578	CAT	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.385;QD=18.87;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	44471409	rs12613956	T	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.918;NF=31;NR=14;PP=492;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TGCTGAGAGCTCTGGTGACAA;SOR=0.898;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=45;WE=44471417;WS=44471399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr2	44502788	rs3738985	A	C	10825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=198;NR=188;PP=2965;SC=CGGATCCAGGAAGCTCAACAG;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=386;TCF=198;TCR=188;TR=386;WE=44502796;WS=44502778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr2	44508835	rs11124986	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=211;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GTTTCCAGTTGTTATTTACTC;SOR=0.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=12;WE=44508843;WS=44508825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
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chr2	44531484	rs3738984	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=891;ReadPosRankSum=0.677;SC=GATGGTAAGTCCTCATGACAG;SOR=1.068;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=14;TCR=73;TR=46;WE=44531492;WS=44531474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
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chr2	44548613	rs2241871	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=605;ReadPosRankSum=-0.202;SC=AAAAATTAAATAGAAGGCCTT;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=32;WE=44548621;WS=44548603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr2	44556298	rs2033951	T	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=545;ReadPosRankSum=0.444;SC=TCTTTTATAATAACTGTTTTA;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=26;WE=44556306;WS=44556288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr2	44565447	rs2289463	A	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=1.257;SC=AAACTGCATAAATATTTTGAT;SOR=1.284;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=8;WE=44565455;WS=44565437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr2	44569474	rs2304769	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.586;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=294;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CAAAATAAACGTTTTAAGTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=14;WE=44569482;WS=44569464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr2	44569700	rs61004197	AAAT	A	843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.722;NF=0;NR=16;PP=614;ReadPosRankSum=-2.333;SC=TTCTGAAAGAAAATAATGAGA;SOR=0.638;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=16;WE=44569714;WS=44569690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr2	44570776	rs17580226	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=1;PP=666;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CATAGGGATACATGAATCAGG;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=47;TCR=1;TR=32;WE=44570784;WS=44570766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr2	44570804	rs12053381	C	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=10;PP=832;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CTTCTCCCTCCCTCACATGCG;SOR=0.231;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=77;TCF=65;TCR=12;TR=51;WE=44570812;WS=44570794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr2	44573624	rs698763	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=0.464;SC=TAGACTTAACGTTGTACAAAA;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=10;WE=44573632;WS=44573614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	44573658	rs698764	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=304;ReadPosRankSum=0.840;SC=AAATAGTAGGTATTTCACAGA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=44573679;WS=44573648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	44573671	rs698765	G	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=304;ReadPosRankSum=0.210;SC=TTCACAGATTGTAAATGTTCT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=44573679;WS=44573648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	44617324	rs1085486	T	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=366;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CTTTTTTGAATACTAAAAATG;SOR=0.409;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=27;WE=44617332;WS=44617314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr2	44858687	rs10191477	T	C	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=798;ReadPosRankSum=0.802;SC=AAGCAATCCTTCTGCCTCAGC;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=47;WE=44858695;WS=44858677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr2	44942384	rs343957	C	G	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1668;ReadPosRankSum=0.643;SC=TTTTTGGTCACTTCACAATCA;SOR=0.507;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=82;WE=44942392;WS=44942374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr2	44981119	rs3738980	T	G	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=32;PP=2965;SC=TAATTAGCCTTGTACTTATCT;SOR=2.272;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=114;TCR=32;TR=146;WE=44981127;WS=44981109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	45170153	rs4953152	G	A	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=38;PP=1060;SC=CAGGGAAGCCGTGACTCCTGG;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=45170161;WS=45170143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	45170194	rs338079	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=-1.511;SC=CTTGTCCGGGACGCGCGGAAG;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=14;WE=45170202;WS=45170184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr2	45171842	rs338074	A	G	5338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.132;SC=CGGAGCGCGCAGACACCGGCA;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=637;TCF=336;TCR=301;TR=280;WE=45171850;WS=45171832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,284:0.44:652
chr2	45647043	rs3213788	C	G	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.961;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=67;PP=1540;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GCTGAAAAGACAAAGATCAAA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=227;TCF=77;TCR=150;TR=99;WE=45647051;WS=45647033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,114:0.45:251
chr2	45715556	.	G	GA	188	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=15;MQ=60.8;NF=2;NR=16;PP=188;QD=10.9444444444;SC=GGCATTACCAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=18;WE=45715564;WS=45715546;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:29,18:0.38:47
chr2	45773816	rs2276657	C	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=520;ReadPosRankSum=-0.233;SC=ATCACAAAAGCAACTTTAAAG;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=29;WE=45773824;WS=45773806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr2	45774050	rs6708810	G	A	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=75;PP=1735;ReadPosRankSum=-3.903;SC=AAAATGTACAGAATGCACAAA;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=202;TCF=68;TCR=134;TR=114;WE=45774058;WS=45774040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,123:0.57:214
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chr2	45780962	rs3816107	C	G	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.646;SC=AATACAGAAGCGGGGAAAACC;SOR=0.541;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=120;TCF=31;TCR=89;TR=58;WE=45780970;WS=45780952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr2	45789936	rs199818948	T	C	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=64;PP=1558;ReadPosRankSum=-0.689;SC=ATCCACAAAATATATGAAACA;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=75;TCR=139;TR=99;WE=45789944;WS=45789926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,102:0.46:221
chr2	45826526	rs35501868	CT	C	3714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.46;MQRankSum=2.443;NF=55;NR=22;PP=2963;ReadPosRankSum=0.193;SC=AGTACAACCCCTATGCTAGTC;SOR=0.426;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=139;TCF=102;TCR=37;TR=77;WE=45826534;WS=45826516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,109:0.58:187
chr2	45829286	rs12998864	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=194;ReadPosRankSum=1.705;SC=GGTAAAAAAGAGATGCAAGAT;SOR=1.022;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=16;WE=45829294;WS=45829276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr2	45879610	rs637909	A	G	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=38;PP=1050;SC=CCTCCCCGTCATTCCGGGAAC;SOR=2.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=45879618;WS=45879600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	46203796	rs2278786	G	A	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=64;PP=1896;SC=TGGGGTAGGGGAGACTATGCA;SOR=1.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=95;WE=46203804;WS=46203786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	46205925	rs2249633	A	G	122.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=0;PP=74;SC=AAGCACTGGGACTGCCCTCTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=46205933;WS=46205915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	46207567	rs2249505	C	T	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1198;ReadPosRankSum=1.863;SC=ACCGCCAGCCCCTCCCTTCAC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=64;TCR=91;TR=82;WE=46207575;WS=46207557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,86:0.52:164
chr2	46228391	rs374169133	CAT	C	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=259;ReadPosRankSum=0.957;SC=TGATGGAAGACATATATATAT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=14;WE=46228400;WS=46228381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	46234568	rs10188306	A	G	10430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=236;NR=147;PP=2965;SC=AGAGGTATGCACTAATGCAAT;SOR=1.243;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=386;TCF=237;TCR=149;TR=383;WE=46234576;WS=46234558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr2	46372174	rs10495929	G	A	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=20;PP=1166;ReadPosRankSum=0.060;SC=CTCCAACTCAGGAAGACTATA;SOR=1.000;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=143;TCF=100;TCR=43;TR=72;WE=46372182;WS=46372164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,74:0.49:152
chr2	46372411	rs12990867	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=853;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CCTGGTGCCAGGACCGAGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=43;WE=46372419;WS=46372401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr2	46583235	rs6743991	C	A	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=428;SC=TGTGCCAGTCCCATCTGTTTT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=46583243;WS=46583225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	46583277	.	C	CCG	1509	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=22;NR=9;PP=1509;QD=49.064516129;SC=GTCCCACCCCCCCCCCTTTCC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=31;WE=46583289;WS=46583267;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr2	46583278	rs61586942	C	CG	2237.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.67;SOR=2.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	46583279	.	CCC	TCT	1804	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=28;NR=9;PP=1804;QD=50.2018344557;SC=CCCACCCCCCCCCCTTTCCAG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=37;WE=46583289;WS=46583267;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,37:0.82:45
chr2	46583279	rs142684263	C	CT	2237.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=2.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	46583281	rs75984373	C	T	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=2.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	46583593	rs2278753	G	A	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=38;PP=1040;SC=CTCAGGCCACGCTCCCACCCC;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=46583601;WS=46583583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	46602722	rs7567582	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=281;ReadPosRankSum=-1.972;SC=CGCCCTGTTCTGTCTGTTCCC;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=16;WE=46602730;WS=46602712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	46603663	rs116510029	T	C	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=1.201;SC=TGAATGGCTCTTTCCCCCCCA;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=124;TCR=83;TR=130;WE=46603679;WS=46603653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,137:0.63:219
chr2	46603671	rs7557402	C	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=2177;ReadPosRankSum=-1.232;SC=TCTTTCCCCCCCATTAGTGAG;SOR=0.635;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=217;TCF=128;TCR=89;TR=82;WE=46603679;WS=46603653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,87:0.38:229
chr2	46605659	rs7571218	A	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=529;SC=GTTAATTAGCAGCCCCTCTAC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=46605667;WS=46605649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	46605954	rs7598371	G	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=523;ReadPosRankSum=0.960;SC=GCTGTCTGGTGGACAGCAAAG;SOR=0.938;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=32;WE=46605962;WS=46605944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr2	46607719	rs35606117	T	C	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=76;PP=2257;ReadPosRankSum=0.831;SC=GCAGATCCAATACCCAGTGGC;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=310;TCF=153;TCR=157;TR=153;WE=46607727;WS=46607709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,162:0.50:322
chr2	46608542	rs13006131	C	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=339;ReadPosRankSum=0.063;SC=CCTTCAGCATCTTATAGCTGA;SOR=0.197;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=15;WE=46608550;WS=46608537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	46771134	rs6714484	G	C	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=750;ReadPosRankSum=0.653;SC=AACAAACAGAGCCGGATAAGC;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=4;TCR=67;TR=34;WE=46771142;WS=46771124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
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chr2	46987300	rs3768720	T	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=469;ReadPosRankSum=0.288;SC=TCCCCAAAGGTTGTTAACTAG;SOR=0.509;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=37;WE=46987308;WS=46987290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr2	47044277	rs2289930	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=0.788;SC=CCACTGCAGCCCTGAGCCCCA;SOR=0.019;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=47044285;WS=47044271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	47045267	rs2289931	G	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=13;PP=1766;SC=GCAGCAACCCGGGCCAGCCCA;SOR=2.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=76;WE=47045275;WS=47045257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	47045309	rs2289933	C	T	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.858;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=22;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.402;SC=TCTTGCCTCTCCTCCTCCAGG;SOR=1.100;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=159;TCF=108;TCR=51;TR=78;WE=47045329;WS=47045299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,82:0.49:168
chr2	47045321	rs17773492	A	G	3500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=30;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.884;SC=TCCTCCAGGGAACTCTTTGAA;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=189;TCF=127;TCR=62;TR=95;WE=47045329;WS=47045299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,101:0.50:200
chr2	47049170	rs76660299	A	G	3067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=47;PP=1986;ReadPosRankSum=0.035;SC=TCATGAGATCATTGGGAAAAG;SOR=1.029;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=270;TCF=173;TCR=97;TR=145;WE=47049178;WS=47049160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,151:0.54:279
chr2	47049409	rs2278715	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=400;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GCCAGTCCCCCACTTCGGTCT;SOR=0.630;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=30;WE=47049417;WS=47049399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr2	47049453	rs1053952	A	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=708;SC=GTCCTCCTAGAGAAATCTAGA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=47049461;WS=47049443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	47081092	rs11687883	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=305;ReadPosRankSum=-0.262;SC=AAGGATGATACGGTTTGGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=20;WE=47081100;WS=47081082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr2	47081196	rs61507430	C	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=481;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TTATGGGGGCCGTTCTTTCCT;SOR=0.871;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=39;WE=47081204;WS=47081186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr2	47083030	rs3835756	ATG	A	1044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.25;QD=41.79;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr2	47083043	rs202115129	TA	T	410.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.06;MQRankSum=-2.596;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr2	47083044	rs1079	A	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.19;MQRankSum=2.994;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr2	47085398	rs2278711	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=436;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TGCGTGAGTCCGTCTGAACGA;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=21;WE=47085406;WS=47085388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr2	47201797	rs6745836	A	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,42:0.48:88
chr2	47201988	rs72888545	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CGCAGACCTCCGCCTCCTCCT;SOR=1.981;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=47201996;WS=47201978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	47220448	rs60188383	C	CT	791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=635;ReadPosRankSum=0.707;SC=TGTTACAACTCTAACTTTTCA;SOR=0.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=17;WE=47220456;WS=47220438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr2	47220622	rs17480869	G	A	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1404;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AGCTCCGGGAGGTGCTGCGGA;SOR=0.603;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=86;TCR=102;TR=94;WE=47220630;WS=47220612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,102:0.50:205
chr2	47221693	rs7576915	A	G	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1073;ReadPosRankSum=-0.770;SC=CCAGTCTCACATCTCACGCAG;SOR=0.819;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=191;TCF=77;TCR=114;TR=80;WE=47221701;WS=47221683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,81:0.41:196
chr2	47233048	rs13407983	G	A	5796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.971;SC=CCCAAACAATGTCCCACCCAC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=589;TCF=317;TCR=272;TR=280;WE=47233056;WS=47233038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,297:0.49:611
chr2	47233749	rs13424540	T	C	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.622;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=53;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.839;SC=GGACCCCTGGTGGGTAAATGC;SOR=0.951;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=281;TCF=167;TCR=114;TR=139;WE=47233757;WS=47233739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,142:0.49:290
chr2	47238631	rs55944397	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GTGGCAGCAGCTGGCTGTGCA;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=24;WE=47238639;WS=47238621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr2	47256618	rs7575628	A	G	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=52;PP=1519;SC=GTCAGCCAACACACATGAAGT;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=65;WE=47256626;WS=47256608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	47273668	rs12712986	G	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=26;PP=769;SC=ATGGGGAGGAGAGTGAGGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=47273676;WS=47273658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	47277043	rs2304287	C	G	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=10;PP=1816;SC=CCCTGTGATGCTAGCCCTCTA;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=63;TCR=10;TR=73;WE=47277051;WS=47277033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	47277207	rs3816066	CA	AG	14688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=169;PP=2947;SC=CTCCTTGGGCCACTGTGTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=311;TCF=135;TCR=176;TR=301;WE=47277216;WS=47277197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr2	47278823	rs17482356	C	T	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=81;SC=AATGACTGCTCCTGGGGCCTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=47278831;WS=47278813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	47314052	rs1474394	T	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=561;SC=CAATCATGTTTTGTGGCCAGA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=20;WE=47314060;WS=47314045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	47348347	rs1880583	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,65:0.41:157
chr2	47357458	rs58184321	A	G	3474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=93;PP=2233;ReadPosRankSum=0.138;SC=TCACTTCGTTATCTGTCATTC;SOR=0.399;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=272;TCF=92;TCR=180;TR=149;WE=47357466;WS=47357448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,157:0.55:284
chr2	47357564	rs59073987	A	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=217;ReadPosRankSum=1.243;SC=GTGGAGCTTCAAAACATTTAA;SOR=0.293;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=13;WE=47357572;WS=47357554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr2	47380203	rs815809	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GGTGATCCCTTGAAATTAAAT;SOR=0.317;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=31;WE=47380211;WS=47380193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr2	47382214	rs815806	C	G	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=1163;ReadPosRankSum=0.388;SC=GGAACGAGAGCGGCACGAAGG;SOR=0.514;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=84;TCR=27;TR=60;WE=47382222;WS=47382204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,67:0.59:114
chr2	47596853	rs144077629	C	CG	1805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=1259;ReadPosRankSum=-1.110;SC=GGAGACCGGACGGTGCGGCCG;SOR=0.659;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=35;WE=47596861;WS=47596843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr2	47600881	.	A	AT	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=10;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.260;NF=8;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TTTAGAGTTAATTTTTTTTTT;SOR=0.368;Source=Platypus;TR=12;WE=47600889;WS=47600871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr2	47601106	rs1126497	T	C	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=52;PP=1456;ReadPosRankSum=1.288;SC=GGCACCTCCATGTGCTGGTGT;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=218;TCF=125;TCR=93;TR=117;WE=47601114;WS=47601096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,125:0.53:236
chr2	47601257	rs4399765	T	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=817;ReadPosRankSum=0.598;SC=TATTTTTGATTATGTAATATG;SOR=0.530;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=47;WE=47601265;WS=47601247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr2	47604866	rs58450758	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	47605114	rs7558107	G	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=57.97;MQRankSum=0.967;NF=0;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GCTCACGCCTGTAATCCCAGC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=47605122;WS=47605104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	47612156	rs4952886	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=0.048;SC=GAAATTTTTAATTTAAGAAGC;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=7;WE=47612164;WS=47612146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	47612183	rs193294150	T	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=312;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TGTTTATGGATAGATGTTAAA;SOR=1.139;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=18;WE=47612191;WS=47612173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr2	47630550	rs2303426	C	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.555;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=419;ReadPosRankSum=-1.175;SC=AGGTGAGGGCCGGGACGGCGC;SOR=0.411;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=36;WE=47630558;WS=47630540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr2	47637147	rs17217765	A	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=240;ReadPosRankSum=1.122;SC=TAAGGTTCATAGAGTTTGGAT;SOR=0.473;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=14;WE=47637155;WS=47637137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr2	47672569	rs1981929	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=0.857;SC=TTGGAGACCTGCTGTACTATT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=4;WE=47672577;WS=47672559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	47703702	.	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.418;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,17:0.15:113
chr2	48018314	rs3136282	T	A	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=4.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAAACA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=15;WE=48018322;WS=48018304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr2	48022900	rs3136316	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-0.478;SC=GTGAGCCACCACACCTGGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=48022908;WS=48022890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	48026308	rs2020908	C	G	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=66;PP=1904;ReadPosRankSum=0.523;SC=TGCATCTACACTCTATGTGCC;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=273;TCF=134;TCR=139;TR=127;WE=48026316;WS=48026298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,131:0.46:285
chr2	48030458	rs2072447	G	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=475;ReadPosRankSum=0.033;SC=TGAAAGTTATGTCTTATAATG;SOR=0.242;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=22;WE=48030466;WS=48030448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr2	48032874	rs2234731	ACTAT	A	1184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.824;NF=4;NR=13;PP=777;ReadPosRankSum=2.331;SC=TCATTTGAAGACTATCTATCT;SOR=0.492;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=17;WE=48032885;WS=48032864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr2	48032937	rs3136359	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=0.050;SC=TGAAGTACATTTAAACAATAT;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=48032945;WS=48032927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr2	48033551	rs3136367	C	G	4066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=83;PP=2617;ReadPosRankSum=-0.856;SC=GGGCACTTCTCTTGCTAGCAC;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=416;TCF=229;TCR=187;TR=186;WE=48033559;WS=48033541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,196:0.45:437
chr2	48033890	.	CTT	C	447.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.574;QD=17.91;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr2	48040904	rs373765859	G	GA	5125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=43;PP=2924;SC=TATTAACACAGAAAAAAGATG;SOR=1.347;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=88;WE=48040912;WS=48040894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	48046012	rs374445177	TA	T	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.232;QD=3.32;ReadPosRankSum=2.549;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr2	48047335	rs4381823	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=643;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AATCATTAAGATACTGGCAGG;SOR=1.739;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=27;WE=48047343;WS=48047325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	48059471	rs142115222	AAAAT	A	1288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.425;NF=11;NR=9;PP=850;ReadPosRankSum=1.414;SC=TTTTCTATTAAAAATAAGTGT;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=20;WE=48059482;WS=48059461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr2	48589683	rs34242257	G	A	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=263;SC=ACTCCAGCCTGGGCGGCCAGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=48589691;WS=48589673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	48678189	.	G	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=5.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,86:0.20:426
chr2	48687215	rs184137344	T	A	4353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.016;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=92;PP=2728;ReadPosRankSum=-1.131;SC=TCTGTGTTTCTTTTTCTTCTG;SOR=0.397;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=385;TCF=224;TCR=161;TR=199;WE=48687223;WS=48687205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,210:0.51:408
chr2	48688258	rs376347710	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=12.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.080;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr2	48722755	rs4443044	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=1312;ReadPosRankSum=0.897;SC=TTTGTGTATGTTGGATGCAGG;SOR=0.520;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=63;WE=48722763;WS=48722745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr2	48725610	rs3811519	C	T	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=10;PP=1200;SC=CTCTAAGATACAACACTCTGT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=57;WE=48725618;WS=48725600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	48734576	rs6716341	G	A	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=89;PP=2723;SC=CCCTGCAGGAGTTAGGACACT;SOR=1.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=48;TCR=90;TR=137;WE=48734584;WS=48734566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	48738687	rs4528813	G	C	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=65;PP=1973;SC=ATTTCAGGAGGAAGAGGACAT;SOR=3.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=10;TCR=65;TR=75;WE=48738695;WS=48738677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	48807796	rs17039250	A	C	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.207;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=37;PP=1584;ReadPosRankSum=0.013;SC=ATCCAGGCAAATGGGTCACCT;SOR=1.059;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=274;TCF=173;TCR=101;TR=119;WE=48807804;WS=48807786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,131:0.44:297
chr2	48807976	rs3828340	T	C	4266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CCATTGTAGATTTTTATTTCA;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=407;TCF=212;TCR=195;TR=195;WE=48807984;WS=48807966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,201:0.48:418
chr2	48808152	rs940389	G	C	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=74;PP=2338;ReadPosRankSum=-1.049;SC=CTGCCTACCAGACCAACATGT;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=400;TCF=204;TCR=196;TR=157;WE=48808160;WS=48808142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,168:0.40:418
chr2	48808594	rs3749142	C	T	12162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=202;NR=203;PP=2965;SC=AGCCAAAATCCGGATGGTCTT;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=406;TCF=203;TCR=203;TR=405;WE=48808602;WS=48808577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr2	48808882	rs3749144	T	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=1155;ReadPosRankSum=0.077;SC=TTCATGAACCTGACATAGAGC;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=64;WE=48808890;WS=48808872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr2	48808898	rs3749145	C	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=1180;ReadPosRankSum=-0.948;SC=AGAGCAGATGCTGAAGTTGGG;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=64;WE=48808906;WS=48808888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,68:0.52:130
chr2	48809593	rs3792234	G	T	6998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=104;PP=2965;SC=GGAGTTTACAGGAACTTGAAT;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=138;TCR=104;TR=241;WE=48809601;WS=48809583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	48809756	rs3792235	T	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=562;ReadPosRankSum=-1.324;SC=TAAATATTCTTACCTTCCTCC;SOR=0.365;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=29;WE=48809764;WS=48809746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr2	48822381	rs2140551	G	A	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=49;PP=2965;SC=AAATAGAAAAGAAGTGGATTA;SOR=1.485;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=108;TCR=49;TR=155;WE=48822389;WS=48822371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	48844968	rs2293269	C	G	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TCCGAGGGCACTGCGTGCCGC;SOR=0.955;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=71;WE=48844976;WS=48844958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,78:0.47:166
chr2	48845247	rs55957451	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=43;PP=1202;SC=GCCCCGCCAAAAGAACAAGTG;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=44;WE=48845255;WS=48845237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	48847918	.	G	GAATAAATA	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	48872113	rs34156631	A	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=549;SC=GAGATCAGGGAAAAAAAGATA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=48872121;WS=48872103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	48873582	rs12988176	C	T	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=19;PP=2494;SC=TTTGCTTTCTCCTTTTTAAGG;SOR=2.742;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=82;TCR=19;TR=100;WE=48873590;WS=48873572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	48898798	rs3920390	T	A	4379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=80;PP=2513;SC=CGGATAATGTTATTGTCTGTC;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=72;TCR=80;TR=152;WE=48898806;WS=48898788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	48906625	rs1965508	T	C	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=34;PP=1239;SC=ATCAGTTGGATTATATTGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=48906633;WS=48906615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr2	48925986	rs70946824	AT	A	597.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=11.085;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;MQRankSum=0.629;QD=18.11;ReadPosRankSum=2.072;SOR=3.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,30:0.91:33
chr2	48952701	rs6545063	C	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=602;SC=GAGGAACATGCAAATAGTGCC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=48952709;WS=48952691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	48956431	rs11892719	T	A	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.969;SC=TCTGCATGATTATGAGCTATG;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=82;WE=48956439;WS=48956421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,89:0.63:142
chr2	48956475	rs11887058	C	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=744;ReadPosRankSum=-0.481;SC=ACCACTGTGTCCCCCTGAAAA;SOR=0.822;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=48;WE=48956483;WS=48956465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr2	48956512	rs11897846	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=557;ReadPosRankSum=2.069;SC=GTTGTCCCCAAATCATACAGT;SOR=2.085;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=26;WE=48956520;WS=48956502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr2	48960032	rs10495960	G	A	3964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=72;PP=2733;ReadPosRankSum=-0.748;SC=ATTCCCGAAGGCATTCCCAAG;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=355;TCF=211;TCR=144;TR=181;WE=48960040;WS=48960022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,186:0.50:374
chr2	48982485	rs4073367	T	C	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=100;SC=AACCACCAAGTTTTGGGTTCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=48982493;WS=48982475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	48982622	rs4073366	C	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr2	49003458	rs62135453	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr2	49189921	rs6166	C	T	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=1456;ReadPosRankSum=-2.246;SC=AGTGGAACCACTGGTGACTCT;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=232;TCF=134;TCR=98;TR=101;WE=49189929;WS=49189911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,110:0.45:244
chr2	49191041	rs6165	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=542;ReadPosRankSum=0.447;SC=TGACCCCTAGCCTGAGTCATA;SOR=0.348;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=39;WE=49191049;WS=49191031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr2	49215977	rs2072488	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=626;SC=AGATGAGAGAGGAACGCAGAA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=49215985;WS=49215967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	49216284	rs2072487	C	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=413;SC=ATGCGGTCTTCAGCTGAGGTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=49216292;WS=49216274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	49217916	rs2072486	T	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.511;SC=ATACGTGAATTAGGCTCATGT;SOR=0.073;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=12;WE=49217924;WS=49217906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	49241849	rs6708637	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=3;PP=793;SC=TTTCCAATCCGCATTTTCAGA;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=49241857;WS=49241839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	49244559	rs2091787	A	G	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=11;PP=1029;ReadPosRankSum=0.635;SC=AGTATCAAGTAGGCCTTTTAG;SOR=1.300;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=119;TCF=87;TCR=32;TR=57;WE=49244567;WS=49244549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,64:0.50:129
chr2	49381585	rs1394205	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CTGATTTCTTCCTGCATTTGC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=49381593;WS=49381575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	49510173	rs7578654	A	C	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=65;PP=1883;ReadPosRankSum=-1.138;SC=CTGCTATATAACTTGATCTCT;SOR=0.523;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=265;TCF=123;TCR=142;TR=127;WE=49510181;WS=49510163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,137:0.49:282
chr2	50201110	rs9636391	A	G	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=38;PP=2089;SC=AGCTACCTGCAAGTTTTCACA;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=75;TCR=38;TR=113;WE=50201118;WS=50201100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	50201383	rs4971883	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=0.443;SC=AATGGCTGACGCACTACGGCA;SOR=2.049;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=11;WE=50201391;WS=50201373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr2	50280283	rs1363050	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=359;SC=TTAAGCTAGTTTCAAAGGAAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=50280291;WS=50280273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	50280338	rs1363049	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=276;ReadPosRankSum=0.772;SC=TAGAAAAGACGCATATGCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=18;WE=50280346;WS=50280328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr2	50434759	rs1715984	C	G	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=33;PP=1351;SC=GACTTTGAATCAAATATTATA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=69;WE=50434767;WS=50434749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	50540027	rs10203511	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TGAGCACTACATAAGCAACTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=50540035;WS=50540017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr2	50692459	rs12713101	T	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=321;ReadPosRankSum=-2.177;SC=ACTGCTTCTATGGGTTATGAC;SOR=0.160;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=17;WE=50692467;WS=50692449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
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chr2	50733860	rs7584062	A	G	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=2.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr2	51146914	rs58905388	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AATTCCTCCAACAGATGGCAC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=51146922;WS=51146904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	51149072	rs7423296	T	C	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.828;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
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chr2	51150432	rs112205397	C	CA	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=339;ReadPosRankSum=-1.057;SC=GAATTTACTACAAAAAAGGGT;SOR=0.951;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=13;WE=51150440;WS=51150422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr2	51150462	rs72823581	A	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=288;ReadPosRankSum=-1.945;SC=ACAATGGGTCAGCTGCAAATA;SOR=0.425;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=22;WE=51150470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr2	52929658	rs6739931	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=0.633;SC=AAAAGGTTTAATGGGTTAATG;SOR=0.512;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=52929666;WS=52929648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	52929780	rs6726935	T	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr2	52929787	rs6740149	A	C	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,55:0.45:122
chr2	53955850	rs17521008	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=850;ReadPosRankSum=-0.004;SC=TAATCTTACCCGATGAAATAA;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=50;WE=53955858;WS=53955840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr2	53992553	.	G	C	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,119:0.28:431
chr2	54023247	rs72502136	GT	G	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.396;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	54024626	rs2692514	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=-0.941;SC=GGCTTTTGTGCATTGAAATAT;SOR=1.508;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=9;WE=54024634;WS=54024616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr2	54035374	rs2692519	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=0.430;SC=AACTTAAGCCATAACTGAAAA;SOR=0.278;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=19;WE=54035382;WS=54035364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr2	54035447	rs1127362	A	G	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=691;ReadPosRankSum=-0.749;SC=AAGATTTGCAATCAACTAAAG;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=51;WE=54035455;WS=54035437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,55:0.38:143
chr2	54041983	rs2542571	G	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=569;ReadPosRankSum=-1.810;SC=ACCTTAAAGTGCTCTCTGTTT;SOR=1.094;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=40;WE=54041991;WS=54041973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr2	54114967	rs805399	G	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=941;ReadPosRankSum=0.352;SC=GAACTCGAGAGGTACACCACA;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=94;TCR=35;TR=56;WE=54114975;WS=54114957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,59:0.44:135
chr2	54115904	rs805400	A	G	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=54;PP=1745;ReadPosRankSum=0.420;SC=GGTGATTCCAACAGCAGTTCA;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=160;TCR=128;TR=123;WE=54115912;WS=54115894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,130:0.43:304
chr2	54116003	rs805401	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=634;ReadPosRankSum=0.432;SC=ATTCTGTAAACAAATCATACT;SOR=0.565;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=107;TCF=26;TCR=81;TR=45;WE=54116011;WS=54115993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr2	54119870	rs77215245	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CAGTATCTAATGTGTTGGGAA;SOR=0.105;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=12;WE=54119878;WS=54119860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr2	54120025	rs805408	A	T	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1213;ReadPosRankSum=0.403;SC=CTTTCATGTGAATCTGCAACC;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=93;WE=54120033;WS=54120015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,99:0.47:212
chr2	54120204	rs805409	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=-0.137;SC=AGCTCCAAGCACACTCCCCTT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=54120212;WS=54120194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	54120820	rs805412	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=401;ReadPosRankSum=2.826;SC=CCTTAAAGAGGCAAAAACGTC;SOR=0.660;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=27;WE=54120828;WS=54120810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr2	54121956	rs79436269	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=391;ReadPosRankSum=0.992;SC=AACATCTATGTCAACTGGCAC;SOR=1.877;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=18;WE=54121964;WS=54121955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr2	54122956	rs698856	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=494;ReadPosRankSum=0.655;SC=CAGTACCAGCATAACTTTGTC;SOR=0.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=28;WE=54122964;WS=54122946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr2	54122984	rs698857	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=328;ReadPosRankSum=0.322;SC=AACAACACTACAAAAATAACA;SOR=0.826;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=17;WE=54122992;WS=54122974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr2	54125258	rs805416	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=318;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TAGTGAAGAATACTGCTCCTA;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=15;WE=54125266;WS=54125248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	54125495	rs805417	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=0.431;SC=ATAGTTCCTTTAAAAAAAAGG;SOR=1.287;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=22;WE=54125503;WS=54125485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr2	54127040	rs142064799	C	T	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=2269;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GCATTCTTTTCCTGTTGGCGT;SOR=0.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=73;WE=54127049;WS=54127030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr2	54127041	rs805423	C	T	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=2267;ReadPosRankSum=-0.392;SC=CATTCTTTTCCTGTTGGCGTT;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=71;WE=54127049;WS=54127030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,77:0.51:152
chr2	54133744	rs805316	T	C	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=757;ReadPosRankSum=0.191;SC=CCTGACTGTATGAACTTGTAG;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=69;WE=54133752;WS=54133734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,71:0.43:167
chr2	54135429	rs805319	G	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=-0.164;SC=AAAACAATTAGTGCAGACTTT;SOR=1.055;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=16;WE=54135437;WS=54135419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr2	54135706	.	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=0.838;SC=ATGTGGTCTATAATGGAAGAA;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=19;WE=54135714;WS=54135696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr2	54144448	rs805325	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=1.534;SC=TAATAGTCTGTATCATATGGT;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=54144456;WS=54144438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	54152927	rs2302879	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.188;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=281;ReadPosRankSum=-0.838;SC=ATTCAAGTGATAGCTACTTAA;SOR=0.643;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=15;WE=54152935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	54155240	rs805349	A	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=895;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GTGTATAATCACCAATATACT;SOR=0.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=100;TCR=43;TR=69;WE=54155248;WS=54155230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,75:0.50:149
chr2	54158957	rs805352	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=688;ReadPosRankSum=1.111;SC=GCTGAGACTCCCACTAACCAC;SOR=0.357;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=76;TCR=12;TR=41;WE=54158965;WS=54158947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr2	54161885	rs805357	G	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=452;ReadPosRankSum=0.154;SC=AAAAAAATAAGTAAGGATATT;SOR=1.244;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=25;WE=54161893;WS=54161864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr2	54343012	rs7573491	C	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=-0.581;SC=ACTTCCGCTCCGCCATGACAC;SOR=0.985;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=24;WE=54343020;WS=54343002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr2	54362437	rs2357954	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=1.834;SC=AAATTTAATATTGTAGGACCA;SOR=0.141;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=54362445;WS=54362427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	54369150	.	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr2	54482964	rs843704	C	T	4933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.623;SC=TTGAGGCTGCCGTCAGTTGTC;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=456;TCF=216;TCR=240;TR=221;WE=54482972;WS=54482954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,226:0.48:470
chr2	54483272	rs61736715	C	A	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=57;PP=1459;ReadPosRankSum=-0.099;SC=GCTGTGAGGACTCTCCGGGAG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=74;TCR=105;TR=97;WE=54483280;WS=54483262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,103:0.55:187
chr2	54494370	rs865816	A	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=9;PP=1179;SC=GGCACAAAGAAGCTCCCAATA;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=54494378;WS=54494360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	54587378	rs2280717	C	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=1511;ReadPosRankSum=0.113;SC=TAAAACCAGGCAGTAGGCCAA;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=92;WE=54587386;WS=54587368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,102:0.54:190
chr2	54608883	rs11677654	C	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=296;ReadPosRankSum=1.755;SC=ACTTTTCCATCATGGGCACAT;SOR=0.090;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=24;WE=54608891;WS=54608873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr2	54826556	rs148488440	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CTGAGCGTGGATGATGTTCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=54826564;WS=54826546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr2	54844911	rs72618664	G	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=48;PP=1396;SC=TTCCATATCCGTTGGCTTAAC;SOR=3.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=57;WE=54844919;WS=54844901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	54855137	rs2971887	T	C	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=30;PP=2940;SC=AGGGAAGGCATAGCTTCATTG;SOR=2.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=106;TCR=30;TR=136;WE=54855145;WS=54855127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	54858511	rs1052788	C	T	6243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=0.487;SC=ACATCAAGAACGAGATCGACA;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=812;TCF=418;TCR=394;TR=317;WE=54858519;WS=54858494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:512,323:0.39:835
chr2	54886347	rs1052820	G	A	7773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=145;PP=2965;SC=AGAGGCGGCCGCCTTCTCCCG;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=124;TCR=145;TR=269;WE=54886355;WS=54886337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr2	54893237	rs3817163	C	T	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=68;PP=1893;SC=TGAGAGTCGCCGTGCTTCATG;SOR=3.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=11;TCR=68;TR=79;WE=54893245;WS=54893227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	55040426	rs2631840	A	G	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=75;PP=1705;ReadPosRankSum=1.037;SC=GGAAGGAGCCATATATATGCA;SOR=0.919;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=298;TCF=144;TCR=154;TR=137;WE=55040434;WS=55040416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,142:0.46:312
chr2	55043798	rs2578711	G	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TTTAAGATGGGTTTTGAGAAA;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=7;WE=55043806;WS=55043788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	55074844	rs150714442	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=465;ReadPosRankSum=2.431;SC=CATGCTAGGACCTTAGGAAAA;SOR=0.499;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=40;WE=55074852;WS=55074834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr2	55077061	rs12713278	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=312;ReadPosRankSum=-1.843;SC=TTCTATTTGTAGAATTGCTGC;SOR=0.776;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=15;WE=55077069;WS=55077051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr2	55080703	rs35619447	A	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGTTTTCTTAAAGTTTCAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=55080711;WS=55080693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	55091029	rs2358155	C	T	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1113;ReadPosRankSum=2.248;SC=ATCGCCAGGTCGGTAAGCAGG;SOR=0.739;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=149;TCF=83;TCR=66;TR=78;WE=55091037;WS=55091019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,88:0.54:162
chr2	55093784	rs17417731	T	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=421;ReadPosRankSum=0.223;SC=TTCTCATGTCTTAAGTTTTCA;SOR=0.189;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=24;WE=55093792;WS=55093774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr2	55093842	rs1961245	G	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=861;ReadPosRankSum=-1.355;SC=ATGTCAAGATGCTGATATTTT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=99;TCR=42;TR=61;WE=55093850;WS=55093832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,64:0.43:148
chr2	55121930	rs998230	C	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=2;PP=1300;SC=AGTTTTCCATCTCATATATTT;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=46;WE=55121938;WS=55121920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	55130047	rs186381386	C	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=472;ReadPosRankSum=-0.512;SC=TTAGTTCTCACAAGTGTAGTG;SOR=0.415;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=23;WE=55130055;WS=55130037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr2	55180965	rs4671998	G	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.82;NF=23;NR=0;PP=637;SC=TGGAGGTTGCGGTGAGCTGAG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=55180973;WS=55180955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	55186229	rs12623902	T	C	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=35;PP=1740;SC=GAAGATGTTGTTTTGTTTACA;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=91;WE=55186237;WS=55186219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	55186394	rs17346629	A	C	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=54;PP=1564;SC=CGGAAAAGAGAGGCCGTAAGC;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=103;WE=55186402;WS=55186384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	55187297	rs58866010	A	AG	4480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=31;PP=2537;SC=AGAGGGCCGGAGGGGTAGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=81;WE=55187309;WS=55187287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	55200800	rs2255112	T	G	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=41;PP=1771;SC=TGCTAAAGAATCTTATTAACC;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=55200808;WS=55200790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	55201038	rs2255026	C	T	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=46;PP=1343;SC=TCAAAAAGAACGGAATGATTT;SOR=1.828;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=66;WE=55201046;WS=55201028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	55214618	rs2580769	A	C	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=11;PP=1260;SC=TGTTTTCCAGACATCTCACCT;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=61;WE=55214626;WS=55214608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	55214912	rs2580770	C	G	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=666;SC=AAAACAAAAACGCTACTACAT;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=55214920;WS=55214902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	55404794	rs14026	G	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=13;PP=807;SC=TTTCATGTCTGCAGAGAACAG;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=55404802;WS=55404784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	55407754	rs6716066	C	T	10508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=185;NR=183;PP=2965;SC=TCACTGTAGACAATCTGAGCT;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=369;TCF=185;TCR=184;TR=368;WE=55407772;WS=55407744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr2	55407935	rs10183953	G	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=36;PP=950;SC=AGCACAGTAGGACTGGATTTT;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=39;WE=55407943;WS=55407925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	55439963	rs2118283	C	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=48;PP=1337;SC=GAAAGGCTTTCTTATGTCTTT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=55439971;WS=55439953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	55470115	rs11357	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=462;SC=TTTGCACTTACATCACCCACT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=55470123;WS=55470105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	55471407	rs2589083	T	C	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=50;PP=1248;SC=AATGTCATAATGTACTTTAAG;SOR=3.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=61;WE=55471415;WS=55471397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	55473371	rs2576724	A	G	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-5.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=11;PP=1242;ReadPosRankSum=0.467;SC=AATATTGTTCATGAACTAACA;SOR=0.916;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=145;TCF=121;TCR=24;TR=78;WE=55473379;WS=55473361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,82:0.54:151
chr2	55473386	rs3833559	CAT	C	8030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=28;PP=2973;SC=CTAACAATAACATGTAACAAA;SOR=3.076;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=113;TCR=32;TR=134;WE=55473395;WS=55473376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	55473681	rs2589081	A	C	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=45;PP=1344;SC=GTCACATAATACTTGCAAGTT;SOR=6.316;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=46;WE=55473689;WS=55473671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	55481322	rs2230370	T	A	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1439;ReadPosRankSum=1.297;SC=TTAATAAAGCTGGATCTGCCT;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=229;TCF=104;TCR=125;TR=103;WE=55481330;WS=55481312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,109:0.44:245
chr2	55489629	rs2589093	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=37;PP=1134;SC=TTTAGATTTATTCTCAAATAT;SOR=5.031;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=38;WE=55489637;WS=55489619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	55490819	rs1056445	G	T	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=45;PP=2723;SC=AGCAGCCCCAGTGAGCACATC;SOR=1.429;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=101;TCR=46;TR=146;WE=55490827;WS=55490809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	55491007	.	G	GA	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.551;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.232;NF=1;NR=20;PP=208;ReadPosRankSum=0.661;SC=TTCTCCTGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.191;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=2;TCR=66;TR=21;WE=55491015;WS=55490997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr2	55518742	rs2249856	T	C	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=19;PP=1339;SC=TGTGCACTTGTTTCACACTTA;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=55518750;WS=55518732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	55522422	rs2589110	A	G	5952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=97;PP=2965;SC=TTATTCTGATAACTGGCCTAG;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=97;TCR=97;TR=194;WE=55522430;WS=55522412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	55527108	rs1545121	G	A	7639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=152;PP=2965;SC=TGATGATGCTGATGAGCTTTT;SOR=1.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=104;TCR=153;TR=256;WE=55527116;WS=55527098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr2	55528257	rs2576699	A	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=22;PP=1207;SC=GCTGGCAATGACGCATTCACC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=55528265;WS=55528247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	55528514	rs2589117	A	G	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=113;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=52;SC=TCAATCATGTATAATACAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=55528522;WS=55528504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	55599655	rs3111411	G	A	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=45;PP=1450;SC=TTCTAAAATAGAAACAATTAT;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=90;WE=55599663;WS=55599645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	55749085	rs12992408	T	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=0.987;SC=TATTTTTAGATATATTCATTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=55749093;WS=55749075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	55760940	rs4671248	G	T	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=26;PP=1987;SC=CTTAAGGAACGAGAACAGTGA;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=79;TCR=26;TR=105;WE=55760948;WS=55760930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	55762957	rs3762513	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr2	55764754	rs11280083	AATATGAATAC	A	1843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.894;NF=2;NR=32;PP=2968;ReadPosRankSum=0.526;SC=TTTCTCTAATAATATGAATAC;SOR=1.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=34;WE=55764771;WS=55764744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr2	55765882	rs35188812	CT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.793;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr2	55771050	rs3816489	C	G	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=17;PP=2965;SC=ATTCTAATTGCTCTTATTGTC;SOR=3.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=106;TCR=17;TR=123;WE=55771058;WS=55771040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	55771161	rs1045910	A	G	14869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=269;NR=236;PP=2965;SC=CCACAAAAAGACCTGAAGATT;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=506;TCF=269;TCR=237;TR=505;WE=55771169;WS=55771151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr2	55804281	rs3791654	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=1.732;SC=ATTCCAACTCGTTTTCTATTT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=55804289;WS=55804271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	55805440	rs2903704	T	C	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	55806924	rs67834644	CAT	C	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.304;NF=3;NR=12;PP=560;ReadPosRankSum=0.009;SC=TTTTCTGAAACATAGAATTTT;SOR=0.483;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=15;WE=55806933;WS=55806914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr2	55808969	rs1975486	C	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=11;PP=264;SC=TTATTTAAACCTCTATTCCTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=55808977;WS=55808959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	55812061	rs4312532	A	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-5.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=1729;ReadPosRankSum=1.495;SC=AAGTCACAACAAGTCAGAAAT;SOR=0.898;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=42;WE=55812081;WS=55812051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr2	55812073	rs7594279	T	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=1716;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GTCAGAAATCTATTATTTTGC;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=81;TCR=26;TR=50;WE=55812081;WS=55812051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr2	55842424	rs70954138	CTTTT	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=0.076;SC=AGTACAAAAACTTTTTTTCAG;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=55842435;WS=55842414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr2	55873301	rs2627776	T	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.489;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TTCCACTTTTTAAAGCAATAT;SOR=3.126;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=14;WE=55873309;WS=55873291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr2	55874657	.	A	AT	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr2	55883317	rs2627765	G	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=308;ReadPosRankSum=-0.934;SC=GGAAAATCTCGGGGAATAACA;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=25;WE=55883325;WS=55883307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr2	55889062	rs782604	G	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=7;PP=455;SC=ATCATAAAACGTAACAAACAT;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=55889070;WS=55889052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	55894090	rs13009649	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=253;ReadPosRankSum=2.095;SC=AACAATCTTAATTTAGCAAAT;SOR=0.507;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=13;WE=55894098;WS=55894080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr2	55894247	rs782637	T	C	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=40;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.073;SC=ATATAGGAAATAAGTACATTA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=82;WE=55894255;WS=55894237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,86:0.59:145
chr2	55898290	rs782632	C	G	108.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CATTCTAGGTCTAGGGAACAG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=55898298;WS=55898280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	55898929	rs2627771	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.09;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	55898929	.	AC	GC,GT	81	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8,4;NR=0,0;PP=81,52;QD=14.4714015684;SC=GCCACTGCACACCAGCCTGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8,4;WE=55898938;WS=55898919;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:8
chr2	55898930	rs2627772	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	55899228	rs782631	A	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=27;PP=747;SC=TCTGGAAACAAGAGGCAGTTT;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=55899236;WS=55899218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	55900283	rs782629	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	55912120	rs782572	T	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=455;ReadPosRankSum=0.247;SC=GAAGTACCAATCTCTCTTCTC;SOR=0.466;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=30;WE=55912128;WS=55912110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr2	55914573	rs11386711	C	CA	70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	55914621	rs809732	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TGGACTCTGGTTGTCTGGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=55914629;WS=55914611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	56149475	rs2277886	C	G	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=62;PP=2144;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GTACTTATTTCAAATTCCATC;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=129;TCR=106;TR=136;WE=56149483;WS=56149465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,144:0.57:251
chr2	56216052	rs10865292	G	A	9263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=184;NR=153;PP=2965;SC=GAAATTTGGTGTTTAATTTTG;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=338;TCF=185;TCR=153;TR=337;WE=56216060;WS=56216042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr2	56411817	rs35587531	C	T	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=703;ReadPosRankSum=0.996;SC=AAGTTGTTCCCCAGCCCCGGC;SOR=0.756;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=53;WE=56411825;WS=56411807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,54:0.51:106
chr2	56569881	.	A	AT	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=29;QD=10.75;SC=TCTGGGAGATATTTTTTTTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=56569889;WS=56569880;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	56570006	rs76743159	A	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=820;ReadPosRankSum=-1.178;SC=CTTTCTTTTTAATTTTAGAAT;SOR=0.611;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=44;WE=56570014;WS=56569996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr2	56603118	rs72803075	C	G	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=63;PP=1789;ReadPosRankSum=2.709;SC=GTTGTGTCGTCGCTTGTTCGC;SOR=0.825;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=191;TCF=81;TCR=110;TR=105;WE=56603126;WS=56603108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,108:0.54:199
chr2	56611543	rs34920355	C	CAAG	2019.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.927;NF=6;NR=50;PP=2255;ReadPosRankSum=-0.801;SC=TGATAGAAGACAAGAAGAAAA;SOR=0.769;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=148;TCF=9;TCR=139;TR=56;WE=56611559;WS=56611533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,96:0.45:213
chr2	58275666	rs986512	G	A	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=789;ReadPosRankSum=0.325;SC=CTTAAGGTGTGTCCTGCACTG;SOR=0.393;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=59;WE=58275674;WS=58275656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr2	58316814	rs1051061	A	G	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=871;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TCATGGTGATATAAAAGCAGC;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=54;WE=58316822;WS=58316804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
chr2	58362161	rs11678320	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-2.308;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr2	58381785	rs848294	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=339;ReadPosRankSum=-0.453;SC=TGGGGTCTCTTTGACCCATTT;SOR=0.458;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=27;WE=58381793;WS=58381775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
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chr2	58392797	rs148383677	TTTA	T	3167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.640;NF=29;NR=20;PP=2967;ReadPosRankSum=0.836;SC=CATTGTTAGATTTATTTTCAT;SOR=1.019;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=49;WE=58392807;WS=58392779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,86:0.43:200
chr2	58453843	.	G	GA	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=0.012;SC=AACAGTGTCAGAAAAAAAAAA;SOR=0.725;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=14;WE=58453851;WS=58453831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr2	60614388	.	A	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=499;ReadPosRankSum=0.172;SC=AGAATCAGGGAGGGATCCATA;SOR=0.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=31;WE=60614396;WS=60614378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr2	60679942	rs17331129	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=-0.070;SC=ATCTTAAGCATGATTTCAAAC;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=18;WE=60679950;WS=60679932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr2	60687959	rs7569946	A	G	5274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AGAAGCGCAAACTCCCGTTCT;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=386;TCF=192;TCR=194;TR=220;WE=60687979;WS=60687945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,229:0.57:403
chr2	60768978	rs2665668	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=1.115;SC=AAAATAAGTAGTCATAATAGC;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=5;WE=60768986;WS=60768968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr2	60780421	.	GGGC	G	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.875;SOR=1.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	60997770	rs10187671	T	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.253;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	61007782	rs10496089	A	G	5525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=46;PP=2965;SC=ATAATTATAAAGTTTCATGTA;SOR=2.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=127;TCR=46;TR=173;WE=61007790;WS=61007772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	61008036	rs3845814	C	T	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=53;PP=1493;SC=ACTATAGTCCCCTTCCTCCTT;SOR=7.978;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=53;WE=61008044;WS=61008026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	61009909	rs10197672	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=1.327;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr2	61014952	rs4672404	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=37;PP=1063;SC=TTTGGGAGGCAGAGGCGGGCA;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=37;WE=61014960;WS=61014942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	61018788	rs11695223	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=0.353;SC=GGTGGGTGGCCGGTGGTGATA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=61018796;WS=61018784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	61021349	rs11125855	A	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=763;ReadPosRankSum=0.357;SC=CTTTAGTGGTAATTCAGTAGT;SOR=2.208;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=34;WE=61021357;WS=61021339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr2	61022377	rs139467743	TTATTATC	T	1531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.448;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.406;NF=10;NR=17;PP=1418;ReadPosRankSum=1.308;SC=TAAGACAACTTTATTATCTAT;SOR=0.348;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=27;WE=61022391;WS=61022367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr2	61022435	rs76955417	A	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.920;NF=41;NR=27;PP=998;ReadPosRankSum=-1.891;SC=AAGCAGTTGGATGCTCAGCAC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=68;WE=61022443;WS=61022425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,78:0.55:142
chr2	61118739	rs10185028	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.399;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTGCTGTTATAAAAAAAACAG;SOR=0.024;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=15;WE=61118747;WS=61118729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr2	61121492	rs842644	G	A	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=728;SC=TTATAATGCAGTCTATTTGGA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=61121500;WS=61121482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	61128268	rs6707682	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=0.851;SC=GTTGATTTCTGTTTCTTTTTT;SOR=0.235;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=10;WE=61128276;WS=61128258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	61128284	rs2115592	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.96;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	61145498	rs149570046	AT	A	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr2	61175312	rs12479056	T	C	4956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.786;SC=TCTGGTCGATTTTTAAGTCCT;SOR=0.744;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=380;TCF=190;TCR=190;TR=216;WE=61175320;WS=61175300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,228:0.58:396
chr2	61191995	rs55776317	G	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=356;ReadPosRankSum=-0.614;SC=ATGTTTGTGTGCTACAACTTC;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=18;WE=61192003;WS=61191991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr2	61304002	rs1729657	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=453;ReadPosRankSum=-1.114;SC=AGTATTCTTGACTCCTTTTCT;SOR=0.313;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=24;WE=61304010;WS=61303992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr2	61304377	rs10172306	A	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=326;ReadPosRankSum=-0.818;SC=AAATGTGGAAAATTGTTTGGA;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=18;WE=61304385;WS=61304367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr2	61308517	rs1177295	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr2	61349446	rs1177284	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.951;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TAAAAGAAATGCATAGTTAGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=61349454;WS=61349436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	61389609	rs17006627	G	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1345;ReadPosRankSum=-1.915;SC=TATTTGGACAGTCTGTGATTG;SOR=0.660;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=103;TCR=73;TR=95;WE=61389617;WS=61389599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,101:0.55:183
chr2	61413092	rs67060712	AATAAC	A	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=1.102;SC=TGTGTACTGGAATAACATGTT;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=9;WE=61413104;WS=61413082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	61413723	rs1809028	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=939;ReadPosRankSum=-2.138;SC=TTCATAATGCAGTAATAAGGT;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=59;WE=61413731;WS=61413713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,65:0.51:127
chr2	61448776	rs2290324	A	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TATTTAGATCAATCTGAACCC;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=45;TCR=93;TR=64;WE=61448784;WS=61448766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,66:0.45:146
chr2	61450454	rs2123111	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=882;SC=ATTAGTGGAAATAAGTTTTTC;SOR=3.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=39;WE=61450462;WS=61450444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	61455771	rs6730200	T	A	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1064;ReadPosRankSum=0.914;SC=ACGATAGAACTGTACTTACAT;SOR=0.591;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=79;WE=61455788;WS=61455761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,87:0.54:162
chr2	61475577	rs34823499	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TGACAACTTTATAATTATGCC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=61475585;WS=61475567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	61483715	rs68101593	A	T	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	61483725	rs72811484	T	A	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	61484556	rs2060824	T	C	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=211;SC=TCAATGAACATATAACAAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=61484564;WS=61484546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	61522047	rs35292974	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=338;SC=AGATAAATTATTTTTATCAAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=61522055;WS=61522037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	61522123	rs13014347	T	C	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=20;PP=1468;SC=CCACTTGATCTTCACTTGAAT;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=72;WE=61522131;WS=61522113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	61528299	rs11428092	T	TA	2964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=48;PP=2185;SC=ATACCATCTATAAAAAACAGG;SOR=1.037;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=65;WE=61528307;WS=61528289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	61538602	rs141750762	G	GAAAAGAGAAAGAAAAAGAAAA	1120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.81;QD=86.21;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	61552379	.	A	AT	59	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=24;MQ=53.03;NF=1;NR=1;PP=59;QD=47.0;SC=ACAAACATACATGTGCCCACT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=61552387;WS=61552369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr2	61552484	rs2593624	T	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=22;PP=842;SC=AACAGATTTTTAAAAAGTACT;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=51;WE=61552492;WS=61552474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	61570886	rs72381726	AAAGT	A	3321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=5;PP=2762;SC=TCCTTTCAACAAAGTAAGATA;SOR=4.643;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=56;WE=61570897;WS=61570876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	61575308	rs6722430	A	G	9684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=183;PP=2965;SC=TCTTTCTGACATGCCTTGGGA;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=164;TCR=183;TR=347;WE=61575316;WS=61575298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr2	61576517	rs811378	G	A	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=66;PP=2126;SC=TCAACAAGATGTAAGTGGAGA;SOR=1.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=113;WE=61576525;WS=61576507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	61605614	rs10208769	T	A	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=21;PP=632;SC=ATTCTTGCATTTGTCAGCAAA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=61605622;WS=61605604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	61632918	rs17483594	T	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=652;ReadPosRankSum=-0.381;SC=TTGCCACACATAGTAAGAGTT;SOR=0.502;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=41;WE=61632926;WS=61632908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
chr2	61647901	rs778155	A	G	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=56;PP=1660;SC=AGGAATTGATATAAGTAAATA;SOR=1.469;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=89;WE=61647909;WS=61647891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	61648932	rs778156	A	G	355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=312;SC=ACACACACACACGCGCGCGCG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=15;WE=61648940;WS=61648922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	61761169	rs1446532	G	A	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=168;SC=TTTAATTACAGAAAACTGAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=61761177;WS=61761159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	62053546	rs72380346	CGCT	C	5697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=41;PP=2973;SC=GACACCCTGACGCTGCAAACA;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=67;WE=62053556;WS=62053536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	62053878	rs11392751	G	GA	68.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=99;SC=TCAAAAAAAAGAAGAAAACGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=62053886;WS=62053868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	62066417	rs36214963	ATATAT	A	1133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=994;SC=ACAAAATATCATATATTATAT;SOR=5.136;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=19;WE=62066429;WS=62066407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	62066927	rs4672457	A	G	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=0.621;SC=TCCTGCATCCACAAGCTGACC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=100;TCR=82;TR=180;WE=62066935;WS=62066917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr2	62074097	rs12476816	G	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=31;PP=1017;SC=TCAGGAATCCGAGACCAATCT;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=62074105;WS=62074087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	62074140	rs113296637	A	AAC	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=809;SC=CTCTACTAAAAACAAAACTTA;SOR=3.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=62074148;WS=62074130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	62081012	rs4270331	A	C	11340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=229;NR=188;PP=2965;SC=CAGCGGGCTGAGCCACTTTCT;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=417;TCF=229;TCR=188;TR=417;WE=62081025;WS=62080988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr2	62081217	rs1881616	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=46;PP=1393;SC=CTGGCCCGGGACGGGAAAGCT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=62081225;WS=62081207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	62095994	rs4672463	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=565;SC=AAACTTGGCCAGGCACGGTGG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=62096002;WS=62095984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	62099156	rs3828276	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=229;SC=AACAGATGACTACAAAGCTTT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=62099164;WS=62099146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	62104660	rs36062307	TA	T	459.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.428;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=1.426;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr2	62107376	rs5831625	T	TC	1533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=8;PP=1019;SC=TAAAGTTTGTTTTTTAAACTT;SOR=2.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=27;WE=62107384;WS=62107366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	62112246	rs57035931	C	CT	1270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.584;NF=3;NR=58;PP=657;ReadPosRankSum=1.409;SC=CAAATTAGAACTTTTTTTTTT;SOR=0.811;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=5;TCR=89;TR=61;WE=62112254;WS=62112236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,62:0.79:78
chr2	62729674	rs4672527	T	C	6306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=121;PP=2965;SC=AGTAGTCAGGTAAGATTGAAT;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=89;TCR=121;TR=210;WE=62729682;WS=62729664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr2	62729747	rs11443505	G	GA	2975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=43;PP=1981;SC=ATTTAAGATAGAAAAAATTAT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=59;WE=62729755;WS=62729737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	62729979	rs111909925	CTA	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.311;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr2	62738883	rs6757222	C	T	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=30;PP=2212;SC=TTTTTTGGTTCGGTGGCATTT;SOR=1.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=111;WE=62738891;WS=62738873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	62738931	rs6757448	G	C	5976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=83;PP=2965;SC=CCTGCTATATGAAGCAGCTGC;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=121;TCR=83;TR=204;WE=62738939;WS=62738921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	62739135	rs4405748	A	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=972;SC=AAAATATTTTATATATTACAC;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=62739143;WS=62739125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	63175645	rs77187983	A	T	2902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=55;PP=1857;ReadPosRankSum=0.916;SC=GAGCTTAGTGATCTGAAGCGG;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=128;WE=63175653;WS=63175635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,136:0.54:254
chr2	63220849	.	A	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.542;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr2	63401973	rs2421862	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=340;ReadPosRankSum=-1.473;SC=GAGTTCTGTTGAAAATGATTA;SOR=0.544;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=24;WE=63401981;WS=63401963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr2	63486429	rs992214	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=583;ReadPosRankSum=0.758;SC=TTAAAAATAGCGTTAATTCTT;SOR=0.614;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=42;WE=63486437;WS=63486419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr2	63540523	rs1517402	A	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=563;ReadPosRankSum=0.142;SC=TTTAACATATATCTGTGATAC;SOR=0.343;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=29;WE=63540531;WS=63540513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr2	63605772	rs2292794	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=217;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CAGGAAAGATAAAATTAAAAT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=63605780;WS=63605762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	63631889	rs4671501	A	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=385;ReadPosRankSum=1.246;SC=TATTAAAGAAAATCAATTACT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=19;WE=63631897;WS=63631879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr2	63631921	rs4671502	C	T	326.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CAGCAACATACAAGTATATAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=63631929;WS=63631911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr2	63719887	rs17617855	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=242;ReadPosRankSum=0.073;SC=AAAGAAAGAATGCAACTCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=14;WE=63719895;WS=63719877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr2	63720210	rs7563623	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=1.150;SC=GAATAAACATACTCTAGTGTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=63720218;WS=63720200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	63798333	rs4671068	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=206;ReadPosRankSum=0.172;SC=GCATAAGCCACCGCGCCTGGT;SOR=0.294;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=18;WE=63798341;WS=63798323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr2	63816672	rs10469944	C	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=0.376;SC=GCGTTTGCAGCAGACGTGTTT;SOR=0.245;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=8;WE=63816680;WS=63816662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr2	63822785	rs2305157	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=357;ReadPosRankSum=1.856;SC=ACTACCACTGTTTATTAACTA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=63822793;WS=63822775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr2	63826528	rs7606045	T	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TTTCTTGTTTTTGTTTAGTAG;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=10;WE=63826536;WS=63826518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	63850098	rs12476592	G	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	64069732	rs6546029	G	A	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=95;PP=2938;SC=GAGAAAAGCCGGGTGGGTTTT;SOR=2.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=21;TCR=95;TR=116;WE=64069740;WS=64069722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr2	64169737	rs80187000	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=0.382;SC=ATTGTCTCTGGGCCAATCAAT;SOR=2.314;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=12;WE=64169745;WS=64169727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr2	64174664	rs41291181	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TTTTAAATATGAAGTAATTTT;SOR=0.180;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=64174672;WS=64174654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	64323751	rs368871090	GA	G	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.059;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,38:0.16:233
chr2	64567680	rs12477412	T	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=0.546;SC=GTCACTTTGATTGTAGGAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=10;WE=64567688;WS=64567672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	64567916	rs12473206	C	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.683;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=0.143;SC=TCCCACCCCCCACTCCTGTTT;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=28;WE=64567924;WS=64567906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr2	64778662	rs35894006	T	C	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CATTAGACAATGGAGCAGAGG;SOR=0.560;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=141;TCR=97;TR=104;WE=64778681;WS=64778652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,107:0.44:245
chr2	64794945	rs7598893	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=28;PP=825;SC=CAGGCCAGGCGCAGTGGATCA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=64794953;WS=64794935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	64796479	rs6546087	C	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=574;SC=TAAATGTTCACTTATATTGAA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=64796487;WS=64796469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	64796847	rs2287532	A	G	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=85;PP=2531;SC=TGTATTTATCATTACTGCATC;SOR=1.379;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=57;TCR=86;TR=142;WE=64796855;WS=64796837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	64796932	rs2287533	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=647;SC=GAATCTGAAGGGTATAAATAG;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=64796940;WS=64796922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	64799937	rs147232569	TAA	T	987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.401;NF=31;NR=2;PP=365;ReadPosRankSum=0.250;SC=CCTTGTCTCTTAAAAAAAAAA;SOR=3.126;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=33;WE=64799947;WS=64799927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr2	65159596	rs1035165	G	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=47;PP=902;ReadPosRankSum=0.720;SC=TCCTCGGGCAGCCCCTCCCCT;SOR=0.790;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=138;TCF=35;TCR=103;TR=61;WE=65159604;WS=65159586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
chr2	65200618	rs4671636	C	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=400;ReadPosRankSum=-0.919;SC=AAAATGAAACCATGAACAGCA;SOR=1.147;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=32;WE=65200626;WS=65200608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr2	65217089	rs7559202	G	C	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.08;MQRankSum=-1.177;NF=51;NR=51;PP=1519;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GCGCCGCCTCGCTCGATGCCA;SOR=0.541;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=249;TCF=132;TCR=117;TR=102;WE=65217097;WS=65217079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,108:0.41:263
chr2	65231063	rs35470885	GT	G	2614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.312;NF=20;NR=47;PP=995;ReadPosRankSum=1.546;SC=CTAACAGTGGGTTTTTTTTTC;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=40;TCR=96;TR=67;WE=65231071;WS=65231053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,126:0.54:233
chr2	65245365	rs759458	G	A	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=71;PP=1797;ReadPosRankSum=1.060;SC=ACTCAACAACGTAGAGCTCAA;SOR=0.589;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=364;TCF=193;TCR=171;TR=143;WE=65245373;WS=65245355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,158:0.40:394
chr2	65296798	rs7572857	G	A	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=1866;ReadPosRankSum=-0.544;SC=TGACCCTGGCGGCCCCTCTAG;SOR=0.593;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=252;TCF=132;TCR=120;TR=126;WE=65296806;WS=65296788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,134:0.50:270
chr2	65298839	rs17849707	A	G	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=61;PP=1666;ReadPosRankSum=-1.179;SC=CTTCCTCCACAGGCAGCAGTC;SOR=0.494;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=275;TCF=118;TCR=157;TR=114;WE=65298847;WS=65298829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,124:0.42:293
chr2	65315880	rs1420184	G	C	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=46;PP=1167;ReadPosRankSum=2.332;SC=CTAATTCTTAGTGCATTTCTA;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=62;WE=65315888;WS=65315870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chr2	65315903	rs1420185	G	A	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=42;PP=926;ReadPosRankSum=-0.981;SC=ATCCATAATGGAGCGTGAGGA;SOR=0.521;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=51;WE=65315911;WS=65315893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr2	65325265	rs76210337	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
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chr2	65473930	rs58944514	AAAATTTTC	A	1307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.346;NF=0;NR=22;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.003;SC=TGTTAAATCAAAAATTTTCTT;SOR=1.013;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=22;WE=65473945;WS=65473920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,37:0.36:102
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chr2	65481008	rs268871	A	C	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=66;PP=1944;SC=GGTAAGTGAAAGGAAAATATC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=119;WE=65481016;WS=65480998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	65488538	rs268862	G	A	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=62;PP=1914;SC=TACATTAGAAGTGGTGATTTC;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=65488546;WS=65488528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr2	65495570	.	AT	CC	2311	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=41;NR=7;PP=2311;QD=49.259747393;SC=GGTACCAAATATTACGTTCTA;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=48;WE=65495581;WS=65495560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,48:0.84:57
chr2	65495571	rs60931828	T	C	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.96;SOR=2.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	65495573	rs72536103	A	AC	2879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=1728;SC=ACCAAATATTACGTTCTACTT;SOR=3.091;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=38;WE=65495581;WS=65495560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	65495887	rs268875	G	A	10782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=202;PP=2965;SC=GCTTGTTCCCGTCATACCCGT;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=373;TCF=170;TCR=203;TR=372;WE=65495895;WS=65495877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr2	65559027	rs2271198	A	G	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=54;PP=1558;ReadPosRankSum=0.221;SC=AACAGCAAACACTGCATTGCA;SOR=0.866;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=256;TCF=136;TCR=120;TR=120;WE=65559035;WS=65559017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,125:0.46:270
chr2	65561392	rs4671658	C	T	8188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=1.971;SC=AGAATCCATTCTCTACTTCTG;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=671;TCF=369;TCR=302;TR=366;WE=65561400;WS=65561382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,377:0.55:687
chr2	65604914	rs268120	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=56;PP=1669;SC=TCAAAGCGGCAGTCCTCAGCA;SOR=3.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=66;WE=65604922;WS=65604904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	66665146	rs2280334	T	C	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=70;PP=1784;ReadPosRankSum=1.068;SC=CGCTTCCCTCTTTCTCTGTGC;SOR=0.809;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=245;TCF=91;TCR=154;TR=106;WE=66665154;WS=66665136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,110:0.42:259
chr2	66670211	rs368068335	GA	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=2.282;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,17:0.16:106
chr2	66794834	rs1000756	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=0.045;SC=TTTGGAGAAGGTGGAAAAAAA;SOR=0.154;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=12;WE=66794842;WS=66794824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	66798282	rs2861108	G	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=336;SC=TTAATCACAGGGTTCTCTGGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=66798290;WS=66798272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	67630980	rs3770657	G	A	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=53;PP=2088;SC=TTACTAGGTAGTGAACCTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=108;WE=67630988;WS=67630970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	67631831	rs61740794	G	A	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=50;PP=2152;SC=TAATAATTCCGAACATGGAGC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=106;WE=67631839;WS=67631821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	67632125	rs3770655	C	T	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=35;PP=1712;SC=ATTGGTTCTTCCAGGAAGTTC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=67632133;WS=67632115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	67637196	rs1569	G	A	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=125;PP=2965;SC=AAGACTTCACGAAGACTGCTG;SOR=1.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=82;TCR=125;TR=207;WE=67637204;WS=67637186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr2	68352515	rs6742154	A	C	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=74;PP=1878;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TGCTCTGAGCACTGGAGAGAA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=71;TCR=153;TR=107;WE=68352523;WS=68352505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,105:0.48:220
chr2	68388972	rs113134222	TA	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr2	68444143	rs66891931	TAC	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.386;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr2	68511506	rs5831925	GA	G	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQRankSum=1.938;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.782;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr2	68511584	rs735815	A	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.613;NF=27;NR=20;PP=525;ReadPosRankSum=0.410;SC=CATATGTAAGAGAGATCTCTT;SOR=0.519;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=47;WE=68511592;WS=68511574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr2	68592584	rs880668	T	C	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=127;PP=2965;SC=AGACTTGGGTTCAGCTCCACC;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=83;TCR=128;TR=210;WE=68592592;WS=68592574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr2	68592700	rs3770651	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=-1.316;SC=GAGTGGGGATACTCATCCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=18;WE=68592708;WS=68592690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr2	68607947	rs3816281	G	T	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=63;PP=1788;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GGGATATCAAGAAGGCCATTA;SOR=0.604;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=265;TCF=143;TCR=122;TR=131;WE=68607955;WS=68607937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,135:0.49:277
chr2	68613710	rs2070171	G	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.777;SC=TTGCTTCATCGCTGCTCAATG;SOR=0.543;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=79;WE=68613718;WS=68613700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
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chr2	68620410	rs17602092	T	A	3665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=85;PP=2310;ReadPosRankSum=-0.587;SC=TCCATTCAAATAAATAAATCC;SOR=0.580;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=266;TCF=116;TCR=150;TR=154;WE=68620418;WS=68620400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,164:0.59:279
chr2	68620463	rs2289688	G	A	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=746;ReadPosRankSum=-0.525;SC=TCTCTACTCTGTTGATATCCC;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=159;TCF=53;TCR=106;TR=57;WE=68620471;WS=68620453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,61:0.36:170
chr2	68621338	rs17530191	G	T	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=63;PP=1665;ReadPosRankSum=-1.311;SC=GAGAGAGGTGGGTCTGCTCAG;SOR=0.530;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=178;TCF=68;TCR=110;TR=106;WE=68621346;WS=68621328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,111:0.61:182
chr2	68621427	rs34196827	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=786;ReadPosRankSum=-0.990;SC=GAATGGGGCAGGCATGGTGGC;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=40;WE=68621435;WS=68621417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr2	68622658	rs1373200	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=0.195;SC=AATGAATTATCCTATAATCAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=10;WE=68622666;WS=68622656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	68622914	rs1063479	G	A	6328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=126;PP=2965;SC=GAGTGGATCAGAGCCATCCAG;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=89;TCR=126;TR=215;WE=68622922;WS=68622904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	68622952	rs1050181	G	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1062;ReadPosRankSum=0.667;SC=GAAGTAAAGAGACTCCTGCAT;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=40;TCR=95;TR=65;WE=68622960;WS=68622942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,65:0.46:140
chr2	68772281	rs11337234	AT	A	769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.574;NF=23;NR=9;PP=335;ReadPosRankSum=-1.568;SC=AGAATATCCTATTTTTTTTTT;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=32;WE=68772290;WS=68772271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr2	68882468	rs6722313	T	C	9690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=0.181;SC=CCACCGTGTTTGTGAAGGAGA;SOR=0.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=778;TCF=369;TCR=409;TR=440;WE=68882476;WS=68882458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,457:0.57:803
chr2	69002281	rs11685672	C	G	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=35;PP=1680;ReadPosRankSum=-1.261;SC=GGGTTCCTCTCTCCTCTCCGC;SOR=0.851;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=125;TCR=67;TR=103;WE=69002289;WS=69002271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,109:0.54:201
chr2	69002760	rs10445945	C	T	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1010;ReadPosRankSum=1.542;SC=AGCACCAGGACGGGCACTGTG;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=99;TCR=67;TR=78;WE=69002768;WS=69002750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,84:0.46:184
chr2	69009304	rs2271834	C	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=914;ReadPosRankSum=-1.188;SC=TGTTGTCCAACCCAATTTTAG;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=51;WE=69009312;WS=69009294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr2	69043264	rs67399232	CT	C	6317.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.843;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=60;PP=2989;ReadPosRankSum=0.905;SC=AGTTATTTCCCTTTTTTTTTT;SOR=1.111;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=197;TCF=76;TCR=121;TR=102;WE=69043286;WS=69043254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,175:0.69:252
chr2	69043266	rs78107572	T	A	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.207;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=49;PP=2962;ReadPosRankSum=0.125;SC=TTATTTCCCTTTTTTTTTTTA;SOR=1.067;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=286;TCF=176;TCR=110;TR=144;WE=69043286;WS=69043254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,146:0.58:252
chr2	69043539	rs2271832	G	C	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=34;PP=1081;SC=AACCCCATCAGAAAGAAGCTC;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=69043547;WS=69043529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	69045158	rs10197806	C	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=439;ReadPosRankSum=1.958;SC=AAGCAGGTACCCAGGAAATAA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=26;WE=69045166;WS=69045148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr2	69046719	rs17036006	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=-0.281;SC=AGCCCACTCTGAAAGAGAGAC;SOR=0.132;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=69046727;WS=69046709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	69049941	rs10177248	T	C	3612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=84;PP=2162;ReadPosRankSum=0.252;SC=TTGCAGAGGATGGTCCAAGAG;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=278;TCF=137;TCR=141;TR=162;WE=69049949;WS=69049931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,173:0.57:304
chr2	69173324	rs78488637	G	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=280;ReadPosRankSum=0.041;SC=AAAGCAAACTGAACTGAGTAC;SOR=0.434;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=16;WE=69173332;WS=69173314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr2	69173570	rs1128272	C	T	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=60;PP=1583;ReadPosRankSum=0.142;SC=GGTGTATTTGCTGGAGAACAT;SOR=0.672;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=210;TCF=88;TCR=122;TR=107;WE=69173578;WS=69173560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,117:0.52:223
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chr2	69201894	rs4417751	C	T	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=71;PP=2126;SC=TTTAGGAGGTCTGCTTCTTAT;SOR=3.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=13;TCR=71;TR=84;WE=69201902;WS=69201884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr2	69330284	rs4241349	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=0.571;SC=TGGGTGTCCAGCTTGGTAAGC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=69330292;WS=69330274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	69372333	rs151213282	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.393;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=177;ReadPosRankSum=-0.029;SC=GGCAGAGTTACGGGGGGCTGA;SOR=0.195;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=16;WE=69372341;WS=69372323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr2	69420574	.	GTC	G	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
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chr2	69565563	rs113734896	TA	T	3063.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.193;NF=56;NR=30;PP=2710;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TTTAAGTCTTTAAAATTAACA;SOR=0.570;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=184;TCF=125;TCR=59;TR=86;WE=69565571;WS=69565553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,122:0.51:237
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chr2	69565844	rs116730412	A	T	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=39.36;SOR=7.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	69573029	rs6722492	T	C	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=27;PP=1538;SC=AATTCATATGTAATTACCAGT;SOR=1.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=69573037;WS=69573019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	69577419	rs199986900	CA	C	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=714;ReadPosRankSum=1.295;SC=CATAGCAACACAAAACAATTT;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=21;WE=69577427;WS=69577409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr2	69581850	rs61401084	T	TA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=0.712;SC=AAGAATTTTTTAAAAAAATCA;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=69581858;WS=69581840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	69583873	.	AT	A	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.7455;HP=15;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=37;QD=20.0;SC=CAAGACCCACATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=69583881;WS=69583863;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr2	69586293	rs6546505	A	C	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=32;PP=1552;SC=CAAGAAATTAATTGATGACAC;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=93;WE=69586301;WS=69586283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	69586370	rs67760762	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=530;ReadPosRankSum=0.808;SC=ATTCTCAAAGACTGGGGTCTT;SOR=0.869;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=39;WE=69586378;WS=69586360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr2	69614161	rs6720415	A	G	6983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=120;PP=2965;SC=CCCCAGCGCCACCCGGCAACA;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=119;TCR=121;TR=239;WE=69614169;WS=69614151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	69633382	rs6546513	A	T	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=250;SC=GATGACAGAAACATTCATTTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=69633390;WS=69633372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	69646504	rs7605572	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=303;ReadPosRankSum=-0.455;SC=AGCATATTTCGCTTGATTCTT;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=16;WE=69646512;WS=69646494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr2	69657349	rs113587680	CT	C	138.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.7370;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=10;PP=117;SC=ATATTTCTTCCTTTTTTTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=69657358;WS=69657339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	69659126	rs4453725	A	T	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=55;PP=1208;ReadPosRankSum=-1.269;SC=ATTCTTCAACATATGACAGAA;SOR=1.112;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=194;TCF=72;TCR=122;TR=80;WE=69659134;WS=69659116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,88:0.43:206
chr2	69693006	rs9309428	C	T	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=75;PP=1636;ReadPosRankSum=0.801;SC=CTCTCACGGCCCGCGGGCAGG;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=367;TCF=172;TCR=195;TR=135;WE=69693014;WS=69692996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,144:0.37:385
chr2	69693747	rs57171084	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=1.739;SC=GAACATTTAATGGTCAACCCG;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=16;WE=69693755;WS=69693737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	69709919	rs6721259	A	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.753;SC=AAGTGTCAGGAGATTTGAGTC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=48;TCR=87;TR=74;WE=69709927;WS=69709909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,79:0.55:143
chr2	69741801	rs6757825	C	T	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=29;PP=1282;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TCTGCATTAGCTGCTGTTGAG;SOR=0.595;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=138;TCF=90;TCR=48;TR=79;WE=69741809;WS=69741791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,88:0.58:151
chr2	69741854	rs6715776	T	G	6293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=91;PP=2965;SC=ATTGCTGGTTTCTGGGTTGCT;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=115;TCR=91;TR=206;WE=69741862;WS=69741844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
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chr2	69747490	.	CTT	TTT	110	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=23;HapScore=4;MGOF=34;MMLQ=17;MQ=58.28;NF=0,0;NR=7,5;PP=110,102;QD=16.1428571429;SC=CAATTCTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=7,5;WE=69747499;WS=69747480;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr2	69747490	.	CTT	C	110	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=23;HapScore=4;MGOF=34;MMLQ=17;MQ=58.28;NF=0,0;NR=7,5;PP=110,102;QD=16.1428571429;SC=CAATTCTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=7,5;WE=69747499;WS=69747480;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr2	69771484	rs3771544	C	T	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=11;PP=885;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GAGTGCAGTGCACATTAAGTG;SOR=0.906;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=102;TCF=80;TCR=22;TR=54;WE=69771492;WS=69771474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr2	69784278	rs3821277	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=298;ReadPosRankSum=0.460;SC=TCTCAGAACTTGGAGATATTA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=19;WE=69784286;WS=69784268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr2	70015181	rs10496171	C	T	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1221;ReadPosRankSum=-1.388;SC=CTCTTGTGTGCTCAGGCAACC;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=118;TCR=113;TR=85;WE=70015189;WS=70015171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,90:0.36:249
chr2	70031797	rs3771541	C	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=475;ReadPosRankSum=2.046;SC=TGGCTGACTTCGCAGCAACAG;SOR=1.315;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=36;WE=70031805;WS=70031787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,40:0.32:126
chr2	70033711	rs3771539	G	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CACCCAATAAGAAAGACATGG;SOR=0.096;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=15;WE=70033719;WS=70033701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr2	70039677	rs2305523	A	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr2	70046262	rs3732268	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr2	70057448	rs3732266	T	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=0.725;SC=CGGGGCGGACTGGGGAGCGCC;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=70057456;WS=70057438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	70068258	rs3836157	CT	C	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.192;NF=0;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=0.306;SC=TAAAGCTTAGCTTTTTTGGAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=70068266;WS=70068248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	70076954	rs4852349	A	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
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chr2	70120909	rs3214822	GA	G	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=1.777;SC=GGGGAAAAATGAAAGCTGTGT;SOR=1.692;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=9;WE=70120917;WS=70120899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr2	70121197	rs2278934	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=434;ReadPosRankSum=2.220;SC=GTTGGAGGCCTGTCCCTTTTG;SOR=0.846;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=30;WE=70121205;WS=70121187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr2	70131320	rs72540719	GT	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
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chr2	70164034	rs3771531	T	C	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=31;PP=1693;ReadPosRankSum=0.265;SC=TTCAGGGGATTGCTGCAAACA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=153;TCR=63;TR=107;WE=70164042;WS=70164024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,109:0.49:222
chr2	70164580	rs3217643	C	CAGGG	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.139;NF=1;NR=15;PP=720;ReadPosRankSum=2.339;SC=AACCCCAGAGCAGGGGTTCAG;SOR=0.250;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=16;WE=70164588;WS=70164570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr2	70187727	rs12464297	A	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=650;ReadPosRankSum=-0.191;SC=AGGATATGCAACCCCCCCCAC;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=40;WE=70187735;WS=70187715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr2	70188676	rs3796097	T	C	6015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.339;SC=CGAAGCAGAGTGGGGATGACT;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=92;TCR=131;TR=221;WE=70188684;WS=70188666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr2	70191360	rs10203732	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=525;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AGCCCAAGCCCACCTTGGCCC;SOR=1.067;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=34;WE=70191368;WS=70191350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr2	70392379	rs11126263	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=570;ReadPosRankSum=0.786;SC=ATTTTCTTTTGTTGTATTTGT;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=32;WE=70392387;WS=70392369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr2	70392820	rs17005383	G	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=513;ReadPosRankSum=-1.758;SC=TGGACTTTCTGATGTACAGGG;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=30;WE=70392828;WS=70392810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr2	70454794	rs2592181	G	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-1.036;SC=ATTCACAACAGAATTATTTTC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=70454802;WS=70454784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	70463334	.	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr2	70479950	rs77060408	A	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=0.140;SC=CTGGTCTCGAATTCCTGACCT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=70479958;WS=70479940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr2	70502811	rs112551993	T	TTCTG	2347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.326;NF=5;NR=27;PP=1592;ReadPosRankSum=-1.305;SC=AAGCTTGAATTTCTTATTGTT;SOR=0.665;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=32;WE=70502819;WS=70502801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr2	70520498	rs2272532	A	G	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.081;SC=ACCAGGGGCCAGACCGCGGGA;SOR=0.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=55;WE=70520506;WS=70520488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,60:0.61:98
chr2	70520846	rs15656	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=1.675;SC=CACGCTCCCGCTGTAGGCCCG;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=18;WE=70520854;WS=70520836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr2	70524577	rs2618235	G	A	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.263;NF=45;NR=38;PP=1165;ReadPosRankSum=-0.485;SC=TGGCTTTGTCGTTGCAATGCA;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=111;TCR=89;TR=83;WE=70524585;WS=70524567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,89:0.40:221
chr2	70528601	rs2279158	T	C	3353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=71;PP=2356;ReadPosRankSum=0.155;SC=AAGAACAGTGTAGAAACCCGC;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=158;TCR=140;TR=150;WE=70528609;WS=70528591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,155:0.50:313
chr2	70528827	rs2279159	G	A	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=52;PP=1749;ReadPosRankSum=1.149;SC=CTCCTGCCCCGGGCTGGAAGG;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=313;TCF=184;TCR=129;TR=131;WE=70528835;WS=70528817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,141:0.42:333
chr2	70676639	rs538118	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.701;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=433;ReadPosRankSum=-1.923;SC=GGCAGGCCCCATGGGTCAGAT;SOR=1.080;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=40;WE=70676647;WS=70676629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,42:0.34:124
chr2	70676769	rs71710818	GA	G	1771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.023;NF=6;NR=46;PP=794;ReadPosRankSum=-1.698;SC=TGGAAATGAGGAAAAAAAAAT;SOR=0.796;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=12;TCR=103;TR=52;WE=70676777;WS=70676759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr2	70677994	rs2166975	G	A	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1256;ReadPosRankSum=1.243;SC=GGGCTCTTCAGACCACTGGCA;SOR=0.891;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=168;TCF=93;TCR=75;TR=87;WE=70678002;WS=70677984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,92:0.51:180
chr2	70678173	rs3732249	C	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.64;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	70678176	rs3732248	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.97;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	70679067	rs3771522	G	A	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=54;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.607;SC=ATCCTCAAGAGCTGTGGCTCC;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=50;TCR=104;TR=80;WE=70679075;WS=70679057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,81:0.50:163
chr2	70680211	rs112692567	CT	C	1657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.301;NF=37;NR=6;PP=1618;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TAAACTAAACCTGACTTGGTA;SOR=0.741;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=81;TCF=71;TCR=10;TR=43;WE=70680219;WS=70680201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr2	70683753	rs2278791	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-1.567;SC=GCTTTTGCAATTGGAGGGAAA;SOR=0.208;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=13;WE=70683761;WS=70683743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr2	70780806	.	C	CG	2723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.359;NF=20;NR=40;PP=1934;ReadPosRankSum=-1.436;SC=CGGCGGGGACCGGGGGAAGCA;SOR=0.697;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=148;TCF=42;TCR=106;TR=60;WE=70780814;WS=70780796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,111:0.48:232
chr2	70902015	.	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=606;ReadPosRankSum=1.762;SC=GGGGTGCAGGCCCCAGCTTCC;SOR=1.091;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=39;WE=70902023;WS=70902005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr2	70905099	rs2902577	T	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=351;ReadPosRankSum=-0.942;SC=GGGCCCAACATCCTGCATGGA;SOR=1.259;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=19;WE=70905107;WS=70905089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr2	70906115	rs2074815	C	A	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1315;ReadPosRankSum=0.344;SC=AAAAATAGAACCACTTATGGG;SOR=0.537;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=302;TCF=149;TCR=153;TR=110;WE=70906123;WS=70906105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,123:0.38:323
chr2	70915134	rs2074820	C	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=618;ReadPosRankSum=1.032;SC=CCTGGGCCCACTTTCCAGGAG;SOR=0.459;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=36;WE=70915142;WS=70915124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr2	70915320	rs7340254	T	A	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.104;QD=17.16;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr2	70915323	rs7340145	C	T	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.077;QD=17.98;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,63:0.47:134
chr2	70915347	rs7340146	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=687;ReadPosRankSum=-1.987;SC=TCAACTTCCACAACCAATCCC;SOR=1.011;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=42;WE=70915355;WS=70915337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr2	70917768	rs12691192	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=295;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TTGGGGTACACAGCAAAATCT;SOR=0.348;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=20;WE=70917776;WS=70917758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr2	70917812	rs10084293	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=2.260;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,39:0.30:129
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chr2	70995217	rs2287098	A	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=-1.199;SC=GGCGGCGGGGATGACTGGCCA;SOR=0.233;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=70995225;WS=70995207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	71012604	rs7566541	G	A	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=859;ReadPosRankSum=0.536;SC=GGCGACAAGCGTGTGCTGGCT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=61;WE=71012612;WS=71012594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr2	71012734	rs7566476	C	G	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=-0.784;NF=24;NR=39;PP=872;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TGATTCAGAACTGTTGTTACT;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=63;WE=71012742;WS=71012724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,70:0.61:115
chr2	71043461	rs722896	C	T	9137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=147;PP=2965;SC=CTGGTCCAGACGGCCATTTGC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=165;TCR=147;TR=312;WE=71043469;WS=71043451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr2	71044211	rs2075221	C	T	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=68;PP=2090;SC=GATAAGCTCTCGCATTTCTGC;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=111;WE=71044219;WS=71044201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	71058835	rs741326	A	G	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=38;PP=2383;SC=GGCTTACCTCACACTTTGGAC;SOR=1.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=97;TCR=38;TR=135;WE=71058843;WS=71058825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	71060111	rs17006436	G	A	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CAGGTCTTTGGAATGAGAGAA;SOR=0.891;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=163;TCF=93;TCR=70;TR=84;WE=71060119;WS=71060096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,95:0.53:179
chr2	71062833	rs11450450	G	GC	10028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=96;PP=2957;SC=GATGTGGCTTGCTCGGGGCCA;SOR=0.793;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=143;TCF=37;TCR=106;TR=131;WE=71062841;WS=71062823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	71160180	rs140956448	C	A	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=82;PP=2032;ReadPosRankSum=1.840;SC=GCGTCCCCCCCACTGCCGCCC;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=135;TCR=145;TR=157;WE=71160188;WS=71160163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,159:0.54:297
chr2	71162930	rs55655347	A	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=629;SC=TTTACTGTCAACCTAGAGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=71162938;WS=71162920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	71162996	rs11685700	A	G	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=25;PP=1831;SC=AAGGCTGAGCAGCTCTCTCCA;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=77;TCR=25;TR=102;WE=71163004;WS=71162986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	71163086	rs11681642	T	C	7162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=150;NR=113;PP=2965;SC=GACTGCTCCATGGCCATGGAG;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=150;TCR=113;TR=263;WE=71163094;WS=71163076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr2	71163225	rs759219	C	T	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=61;PP=1742;SC=TCCACCGTGACGGGTGAGGTC;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=104;WE=71163233;WS=71163215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	71185391	rs967063	A	C	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1208;ReadPosRankSum=-1.512;SC=GAGCACAGAAAGTGCCCAGAA;SOR=0.601;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=118;TCR=89;TR=89;WE=71185399;WS=71185381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,95:0.44:218
chr2	71186382	rs17006573	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=210;ReadPosRankSum=0.368;SC=CAACACTGCCGTCAGCACTCC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=17;WE=71186390;WS=71186372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr2	71190384	rs2072462	C	T	4200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=97;PP=2710;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GGGCGGGCCGCGTGGAGGGTC;SOR=0.586;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=484;TCF=244;TCR=240;TR=205;WE=71190392;WS=71190374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,210:0.42:498
chr2	71190545	rs2072463	G	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=533;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GTGCAGCAGCGCTTTTCCTCC;SOR=1.112;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=29;WE=71190553;WS=71190535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr2	71190655	rs74554978	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=14;PP=1017;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TGAGTGGTTGGAGACCTGGGC;SOR=0.959;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=114;TCF=84;TCR=30;TR=60;WE=71190663;WS=71190645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,60:0.51:117
chr2	71191777	rs2270263	C	T	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=863;ReadPosRankSum=2.372;SC=AATTCCTTTCCGAACGGGGTC;SOR=0.808;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=40;WE=71191785;WS=71191770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr2	71205976	rs1115049	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=0.192;SC=TCCCGGCTGCAGGGAGCGAGA;SOR=0.601;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=19;WE=71205984;WS=71205966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr2	71206058	rs1115050	A	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-1.008;SC=CCGAGAAGCCAGCAGAGACAG;SOR=0.662;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=5;WE=71206066;WS=71206048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	71211989	rs3796099	A	G	5986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.723;SC=AGCGGCCCACAATGTGGAATG;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=699;TCF=336;TCR=363;TR=303;WE=71211997;WS=71211979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,308:0.43:713
chr2	71297057	rs888352	C	T	5671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=129;PP=2965;SC=GCATTTCTAGCAAAGGTGTCT;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=73;TCR=130;TR=202;WE=71297065;WS=71297047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	71298840	rs149052839	C	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=624;ReadPosRankSum=-1.987;SC=CGGTGGGGACCAGGAGGACGC;SOR=0.534;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=49;WE=71298848;WS=71298830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr2	71305359	rs2302794	G	A	6038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=76;PP=2965;SC=AGTACCTCAGGGTCTGGGCGT;SOR=1.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=136;TCR=76;TR=211;WE=71305367;WS=71305349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	71305456	rs6713	C	T	9572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.95;NF=158;NR=178;PP=2965;SC=AGGTTTTCTTCTGGCGCTGAC;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=158;TCR=178;TR=336;WE=71305464;WS=71305446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
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chr2	71351487	rs11541017	G	A	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1466;ReadPosRankSum=-0.968;SC=AAGAGGGACCGCTTCACTTAC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=89;TCR=96;TR=98;WE=71351495;WS=71351477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,107:0.54:200
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chr2	71357634	rs1813348	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=8;PP=923;ReadPosRankSum=0.769;SC=TGCGAAAGCGCTCGCGCTGCC;SOR=0.113;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=77;TCF=68;TCR=9;TR=50;WE=71357642;WS=71357624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr2	71360282	rs13010513	G	A	3641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.698;NF=89;NR=83;PP=2335;ReadPosRankSum=1.286;SC=GAACAGGAACGTGAAGAGGAT;SOR=0.539;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=424;TCF=205;TCR=219;TR=172;WE=71360290;WS=71360272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,180:0.41:440
chr2	71360723	rs1813159	A	G	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=62;PP=1812;SC=TTTTGAGAGAAGAGAGAGCAC;SOR=1.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=90;WE=71360743;WS=71360713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	71360735	rs138856662	T	TTCC	3697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=46;PP=2520;SC=AGAGAGCACTTTCCTCCTCAA;SOR=1.954;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=48;WE=71360743;WS=71360713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	71367198	rs17655204	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CCTGAGAGGAGCAAGAAGCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=71367206;WS=71367188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr2	71405776	rs436793	C	T	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.421;NF=23;NR=25;PP=845;ReadPosRankSum=0.615;SC=TCCAGCTTCACCCTGATGAAG;SOR=0.489;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=48;WE=71405784;WS=71405766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr2	71415479	rs357780	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=821;SC=GTCACAGTATTGTGAGACCAC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=71415487;WS=71415469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	71417065	rs357777	G	T	7842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=156;PP=2965;SC=GGTCTCGTGAGGGAATAAACC;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=119;TCR=156;TR=275;WE=71417073;WS=71417055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr2	71417134	rs357776	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=688;ReadPosRankSum=1.367;SC=AGTCTTGCTCCTGCAGTTCCT;SOR=1.061;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=89;TCF=19;TCR=70;TR=39;WE=71417142;WS=71417124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr2	71607539	rs17693408	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TATCACTCCAGTTGAATTATT;SOR=0.855;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=10;WE=71607547;WS=71607529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	71615534	rs2542528	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=-1.650;SC=TTTGATCATCCGCGTGCAGGA;SOR=0.275;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=8;WE=71615542;WS=71615524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	71615571	rs2542529	C	T	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=2;PP=1122;SC=GGGGCAACAACTACCCACAGA;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=44;WE=71615579;WS=71615561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	71620563	rs12713748	A	G	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=81;PP=2069;ReadPosRankSum=-1.739;SC=AGACCATACCATGGCGTGGCT;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=421;TCF=233;TCR=188;TR=183;WE=71620572;WS=71620553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,190:0.44:434
chr2	71620818	rs6741436	C	T	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=100;PP=2902;SC=GCTCTCGCTTCCCCTGCAACC;SOR=1.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=58;TCR=100;TR=158;WE=71620826;WS=71620808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	71625767	rs13424541	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=199;ReadPosRankSum=0.438;SC=TCTCTGTGAGGTTCTTTGGAG;SOR=1.198;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=18;WE=71625775;WS=71625757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr2	71627539	rs3771371	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=318;ReadPosRankSum=0.407;SC=TACTGTTTAACCTATTGTGGA;SOR=0.861;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=23;WE=71627547;WS=71627529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr2	71631109	rs3732235	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=774;ReadPosRankSum=-1.771;SC=GCTCCTGAAAACATGAATATA;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=53;WE=71631117;WS=71631099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,57:0.43:133
chr2	71633275	rs3732233	T	C	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1123;ReadPosRankSum=0.313;SC=TAGATACAATTTATGATCGAT;SOR=0.618;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=76;WE=71633283;WS=71633265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,81:0.53:154
chr2	71633389	rs6714975	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=0.758;SC=GTAATAGAAACAAGGTAACAA;SOR=0.516;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=29;WE=71633397;WS=71633379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr2	71635462	rs3755334	T	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=0.601;SC=TCAAACTGTTTCTGTGTTTAG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=71635470;WS=71635452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	71635931	rs12466025	G	T	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=38;PP=1398;SC=GACCTTATATGTGGTGTCCTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=71635939;WS=71635921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	71636036	rs12474072	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=0.436;SC=TAAATGTATTATGATAGGTAC;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=71636044;WS=71636026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr2	71645828	rs4852783	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=337;ReadPosRankSum=1.512;SC=GAATTTTATTGCTGTATTTTA;SOR=0.816;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=26;WE=71645836;WS=71645818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
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chr2	71654450	rs60163900	A	G	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=653;ReadPosRankSum=-1.214;SC=TGGACACAAAAAAGACAAAAC;SOR=0.483;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=43;WE=71654458;WS=71654440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,45:0.41:110
chr2	71655586	rs28613330	T	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=217;ReadPosRankSum=1.812;SC=TGCAAAAATGTATAATGTTGA;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=12;WE=71655594;WS=71655576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	71658364	rs13383758	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=267;ReadPosRankSum=1.083;SC=GGAGGTTTTCCCTGAGAAAGA;SOR=0.126;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=12;WE=71658372;WS=71658354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	71658541	rs11542286	C	T	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1202;ReadPosRankSum=-2.496;SC=AAATCAGTGGCGTCTGATGTC;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=216;TCF=96;TCR=120;TR=91;WE=71658549;WS=71658531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,98:0.40:242
chr2	71660495	rs34126477	T	TC	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=0.980;SC=AACGTACATTTCCCCCCGCTT;SOR=2.066;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=71660503;WS=71660485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	71708810	rs34707417	T	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.807;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr2	71708825	rs71402983	T	TATCC	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=3.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.083;NF=7;NR=1;PP=312;ReadPosRankSum=1.475;SC=GGTCTTCATCTATCCATCCAT;SOR=0.077;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=71708833;WS=71708815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	71708852	.	C	T	225	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=18;MQ=61.51;NF=14;NR=5;PP=225;QD=13.6721690814;SC=ATCCATCCATCCATCCATGCT;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=19;WE=71708860;WS=71708842;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr2	71708852	.	C	CCATCCATCCATCCATCCATT	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.83;MQRankSum=0.068;QD=16.20;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr2	71708918	rs35628632	C	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.797;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.982;NF=32;NR=13;PP=585;ReadPosRankSum=-1.890;SC=TGAATGCCTACTCAGTGCCCT;SOR=1.185;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=45;WE=71708926;WS=71708908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr2	71709120	rs12470028	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=0.783;SC=CCAGAGGGGGGTGCTCCATGG;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=13;WE=71709128;WS=71709110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr2	71747235	rs11675897	A	G	2843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=49;PP=1795;ReadPosRankSum=1.589;SC=TAATGGAATCATATAATGCAC;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=250;TCF=162;TCR=88;TR=136;WE=71747243;WS=71747225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,141:0.54:260
chr2	71747432	rs11687223	G	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.149;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=39;PP=909;ReadPosRankSum=0.885;SC=CCTCCTGGGGGTTTTAGAATC;SOR=1.443;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=86;TCF=14;TCR=72;TR=44;WE=71747440;WS=71747422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr2	71747851	rs12713755	T	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=672;ReadPosRankSum=0.678;SC=CCATCCTGGGTTCCCGGATGT;SOR=0.709;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=40;WE=71747859;WS=71747841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr2	71747899	rs12713756	G	A	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1335;ReadPosRankSum=0.328;SC=GGGATCACCAGAGGATGTTGT;SOR=1.042;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=111;TCR=61;TR=85;WE=71747907;WS=71747889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,86:0.47:183
chr2	71753416	rs150724610	G	C	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=88;PP=2455;ReadPosRankSum=1.303;SC=GCCCACAGGCGTAGCCCTGCG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=103;TCR=153;TR=146;WE=71753424;WS=71753406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,150:0.57:265
chr2	71755380	rs4852800	A	G	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.476;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TCAGGGTTTTAGAGGAGAGAC;SOR=1.122;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=61;WE=71755388;WS=71755370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr2	71762232	rs4852801	C	T	5849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.544;SC=GAGCCTCCTGCCCCCAGCAAA;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=449;TCF=194;TCR=255;TR=255;WE=71762240;WS=71762222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,262:0.57:460
chr2	71762310	rs4852802	A	G	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=65;PP=1622;ReadPosRankSum=0.523;SC=GCATCCTGCCAGTATCCCAGA;SOR=1.204;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=157;TCF=45;TCR=112;TR=85;WE=71762318;WS=71762300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,87:0.53:163
chr2	71766487	rs7609409	G	A	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.401;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=45;PP=1013;ReadPosRankSum=2.194;SC=TAAGGCCTCTGTTGCCCATTT;SOR=1.183;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=21;TCR=71;TR=57;WE=71766495;WS=71766477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr2	71776345	rs736096	CA	TG	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=1799;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GGCCTCGGGCCACATCTGTTT;SOR=1.067;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=117;TCF=88;TCR=29;TR=51;WE=71776354;WS=71776335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr2	71780215	rs2303596	T	C	5607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=1.573;SC=ATGTGGATGATGCCATCCAGT;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=464;TCF=208;TCR=256;TR=267;WE=71780223;WS=71780205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,275:0.57:480
chr2	71780821	rs2303597	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=205;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GTGTGGTCCCTTTCCCAGCTC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=71780829;WS=71780814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	71795152	rs2288355	A	T	14087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=262;NR=248;PP=2965;SC=TTGGGCTCTCAGTGGATGAGA;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=510;TCF=262;TCR=248;TR=510;WE=71795160;WS=71795142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr2	71796865	rs10205023	C	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=6;PP=1088;SC=GGCTGACATACGCAGGGGTGC;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=71796873;WS=71796855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	71797176	rs10183967	A	C	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=58;SC=ACCTCCGGAGACTTCATGCTT;SOR=1.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=84;WE=71797184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	71797712	rs3764971	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=723;ReadPosRankSum=1.710;SC=ATGAGTGACCGGTTCCCCCTC;SOR=1.314;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=64;TCR=12;TR=41;WE=71797720;WS=71797702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr2	71817003	rs1473228	A	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=366;SC=GTCCGTGCCTATCTGTGTGGT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=71817011;WS=71816993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	71817571	rs720541	A	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=726;ReadPosRankSum=1.616;SC=CGTCAGGTGCAGCAAACTCTT;SOR=2.362;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=35;WE=71817579;WS=71817561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr2	71825677	rs13421969	C	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=17;PP=1297;ReadPosRankSum=1.972;SC=TCCCCTCCCCCTCTCCGGCCC;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=121;TCR=35;TR=75;WE=71825685;WS=71825667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,77:0.48:162
chr2	71828423	rs2303604	A	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=630;SC=AACCCGAATAAGTAGACTGAA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=71828431;WS=71828413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	71829821	rs1529408	G	T	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=32;PP=1884;SC=CGCCTAGTGCGCCTTGATACT;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=99;WE=71829829;WS=71829811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	71838597	rs2303606	C	A	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=999;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GTGCTTAGATCCTGGCATGGG;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=103;TCR=82;TR=78;WE=71838605;WS=71838587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,88:0.43:203
chr2	71871039	rs84181	A	G	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=35;PP=2119;SC=AACTCTGAAGAATGCTGCTTG;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=105;WE=71871047;WS=71871029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	71871236	rs84182	A	G	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=41;PP=1183;SC=GTGTGTGCGTACTGGGCAGTG;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=71871244;WS=71871226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	71891361	rs2303599	C	T	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=22;PP=1420;SC=TTGGGTGCCCCGTGTTGGCTG;SOR=1.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=74;WE=71891369;WS=71891351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	71901286	rs2559081	C	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=8;PP=1133;SC=TCTCTCTAACCTTGCTTCCTT;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=71901294;WS=71901276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	71906171	rs1863812	T	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=28;PP=1953;SC=GGCCAAAAACTACCTCTCTGT;SOR=1.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=91;WE=71906179;WS=71906161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	71907930	rs7558412	G	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=0;PP=21;SC=AGTGGAAGTAGGGGTGGCAGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=71907938;WS=71907925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	72692272	rs5832083	A	AAG	8855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=40;PP=2930;SC=AGGACAAAGTAAGCAACTGCC;SOR=1.634;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=102;WE=72692280;WS=72692262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	72742083	.	GACAC	G,GAC	2159.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.69;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,15,60:0.19,0.77:78
chr2	73151231	rs1561247	C	T	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=18;PP=1495;SC=CTCTCGAGTGCGGGGAGGTGT;SOR=2.026;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=75;WE=73151239;WS=73151221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	73195837	rs10565763	TTTCC	T	723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=561;ReadPosRankSum=-1.273;SC=TGGTCTCCTTTTTCCTTCCTT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=13;WE=73195848;WS=73195827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr2	73280303	rs13030434	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=9.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-2.622;SOR=0.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr2	73339430	rs4143146	T	G	7234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AGCCCCGCCCTGTTAGGCCTT;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=169;TCR=110;TR=277;WE=73339438;WS=73339420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr2	73339708	rs1864488	G	A	21074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=387;NR=364;PP=2965;SC=GCCACTCGGGGCAGCCGTGCG;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=752;TCF=388;TCR=364;TR=751;WE=73339716;WS=73339698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,779:1.00:779
chr2	73491683	rs4852916	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=-1.782;SC=TGAGCGTGGAGGGTCAAGGCT;SOR=0.917;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=15;WE=73491691;WS=73491673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr2	73492584	rs199960192	G	A	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=68;PP=1845;ReadPosRankSum=0.416;SC=ATGGCCTGGCGCCGCAGGCCT;SOR=0.819;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=299;TCF=145;TCR=154;TR=125;WE=73492592;WS=73492574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,125:0.41:306
chr2	73613031	rs61156725	TGGAGGA	T	808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.463;NF=5;NR=7;PP=681;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CCGGGCGAGCTGGAGGAGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=12;WE=73613047;WS=73613021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr2	73613341	rs11126399	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=426;ReadPosRankSum=0.551;SC=CCGGGGAGGGGTGTGGAGCCG;SOR=0.966;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=30;WE=73613349;WS=73613331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr2	73649928	rs1881245	G	A	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=10;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TATTATATACGTAAGTAAATA;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=87;TCR=18;TR=62;WE=73649936;WS=73649918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
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chr2	73651967	rs3813227	C	T	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=763;ReadPosRankSum=0.969;SC=TGATGCTGCTCGTTCATATGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=56;WE=73651975;WS=73651957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,64:0.55:117
chr2	73675019	rs66492706	CT	C	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.157;NF=4;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-2.009;SC=TCAAAGCTGGCTTTTTTTCCA;SOR=0.287;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=6;WE=73675027;WS=73675009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	73675227	rs34628045	T	TCTC	6343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.06;MQRankSum=1.525;NF=46;NR=59;PP=2964;ReadPosRankSum=1.246;SC=GGCTGTAAGTTCTCTAGAAAC;SOR=0.510;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=246;TCF=112;TCR=134;TR=105;WE=73675235;WS=73675217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,163:0.46:351
chr2	73675669	rs2037814	T	G	5709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=74;PP=2965;SC=CACTCACATGTAGAGGACCTC;SOR=1.018;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=182;WE=73675677;WS=73675659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	73675844	rs7598901	C	T	3929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=83;PP=2752;ReadPosRankSum=1.998;SC=AACAAGAGTTCGCAGACAGTC;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=356;TCF=192;TCR=164;TR=176;WE=73675852;WS=73675834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,178:0.49:362
chr2	73677833	rs6546836	A	G	5406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.407;NF=126;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.871;SC=TTTTCTACCAACAGTCGTTGC;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=468;TCF=254;TCR=214;TR=235;WE=73677841;WS=73677823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,244:0.50:492
chr2	73677898	rs6546837	G	C	6204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CCTGGACCAGGTGACCGGAAG;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=505;TCF=263;TCR=242;TR=261;WE=73677906;WS=73677888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,267:0.51:524
chr2	73679280	rs6546838	A	G	3139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=2194;ReadPosRankSum=2.160;SC=TTTGAAAGCAATAGGGGTTCC;SOR=0.801;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=241;TCF=119;TCR=122;TR=130;WE=73679288;WS=73679270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,135:0.54:249
chr2	73679866	rs10496192	T	C	3650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=87;PP=2843;ReadPosRankSum=-0.283;SC=AGTAAAGGTATTCTAAAGATT;SOR=0.617;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=299;TCF=118;TCR=181;TR=146;WE=73679874;WS=73679856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,151:0.49:307
chr2	73679990	rs6724782	T	A	4181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=80;PP=2763;ReadPosRankSum=-1.289;SC=TGCCAGGTAGTCATGTAACTG;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=323;TCF=184;TCR=139;TR=180;WE=73679998;WS=73679980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,188:0.56:338
chr2	73680508	rs6546839	G	C	5985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.507;SC=CCCCTTGCCCGTTTCAGAGAT;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=433;TCF=228;TCR=205;TR=251;WE=73680516;WS=73680498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,266:0.58:458
chr2	73717567	rs2056486	G	T	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=37;PP=1565;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CCAGTACCAGGGCAAATTGTA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=214;TCF=130;TCR=84;TR=101;WE=73717575;WS=73717557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,109:0.48:225
chr2	73717656	rs10193972	A	G	4867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.625;SC=CTAGGAGTAAACAGATCGAGT;SOR=0.860;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=413;TCF=233;TCR=180;TR=204;WE=73717664;WS=73717646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,218:0.50:433
chr2	73746923	rs11884776	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.374;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=509;ReadPosRankSum=0.301;SC=AGATGAAGACCCCACTTTCTG;SOR=1.125;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=31;WE=73746931;WS=73746913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr2	73761881	rs3738848	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=689;ReadPosRankSum=0.845;SC=AACATAGAAGGCATTCCATAT;SOR=1.828;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=33;WE=73761889;WS=73761871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr2	73762236	rs10178678	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=-0.470;SC=GAGTTATTTGATCAGATATAT;SOR=0.515;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=14;WE=73762244;WS=73762226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	73828310	rs1320374	T	C	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=9;PP=931;ReadPosRankSum=-0.841;SC=TTCTAAAAACTGTTTCCTGTA;SOR=0.700;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=126;TCF=106;TCR=20;TR=53;WE=73828318;WS=73828300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,56:0.43:129
chr2	73828538	rs1052161	G	A	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=74;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GACCTACTGAGGCCATTTGTG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=272;TCF=102;TCR=170;TR=117;WE=73828546;WS=73828528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,122:0.43:286
chr2	73829372	rs1052162	C	T	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=1737;ReadPosRankSum=-2.094;SC=GATAAAGCGCCTGAAGTTAAT;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=225;TCF=141;TCR=84;TR=124;WE=73829380;WS=73829362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,124:0.54:228
chr2	73830581	.	GA	G	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-2.480;SOR=0.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr2	73868328	rs13538	A	G	7286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.273;NF=179;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.543;SC=ACTGTCCACAAAGAGATGAAA;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=583;TCF=339;TCR=244;TR=312;WE=73868336;WS=73868318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,325:0.54:607
chr2	73898118	rs7570683	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.235;NF=36;NR=13;PP=659;ReadPosRankSum=-1.817;SC=GTGACATTGACTGCAGGTAAT;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=89;TCR=30;TR=49;WE=73898126;WS=73898108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr2	73898359	rs4341964	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=598;ReadPosRankSum=0.663;SC=CTCAATCATAGTAAAGGACAT;SOR=1.138;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=30;WE=73898367;WS=73898349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr2	73899613	rs2421585	T	G	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=51;PP=1528;SC=CAAGAAGAATTCCCATGAAGG;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=73899621;WS=73899603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	73899955	rs6725284	G	T	7903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=181;NR=100;PP=2965;SC=GTTTGTTCCTGTGGAAAATGT;SOR=1.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=181;TCR=100;TR=281;WE=73899963;WS=73899945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
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chr2	73928098	rs2001490	C	G	7026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=841;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.98;MQRankSum=-2.341;NF=165;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.356;SC=TTCAGATTCACCCACCCAGAA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=820;TCF=397;TCR=423;TR=345;WE=73928106;WS=73928088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:485,355:0.42:840
chr2	73928366	rs2012574	G	C	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=95;PP=2340;ReadPosRankSum=0.319;SC=GCCATCCCCCGGGAGAGCAAG;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=436;TCF=209;TCR=227;TR=187;WE=73928374;WS=73928356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,191:0.43:447
chr2	73957124	rs7210	A	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=681;ReadPosRankSum=2.228;SC=ATAATGTCCCAATACTTTCTT;SOR=0.465;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=48;WE=73957132;WS=73957114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr2	73957227	rs13003035	T	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=1.159;SC=TATACAAACATGTGTAAGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=16;WE=73957235;WS=73957217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr2	73994074	rs2567599	G	A	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=68;PP=2043;SC=ACAAAAAGCAGATCTTTCCAG;SOR=2.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=92;WE=73994082;WS=73994064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	74000701	rs2116367	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-2.391;SC=AAAGATGAGCCAGTTCAGTTC;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=74000709;WS=74000691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	74007136	rs2272051	T	C	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=100;PP=2828;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CAATGCCAAGTCGGCCAAAAG;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=430;TCF=203;TCR=227;TR=188;WE=74007144;WS=74007126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,191:0.43:443
chr2	74007345	rs3813228	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=516;ReadPosRankSum=1.121;SC=GCCAGAGGCCAGTAGCACAGG;SOR=0.523;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=37;WE=74007353;WS=74007335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr2	74089266	.	G	GA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,15:0.21:73
chr2	74128361	rs1653258	T	G	11380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.83;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr2	74128369	rs1632564	G	A	12991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.59;SOR=1.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr2	74128391	rs1721241	G	C	15414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=227;NR=155;PP=2965;SC=CTCTTCTCCCGCAAATCCCAA;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=227;TCR=155;TR=382;WE=74128399;WS=74128381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr2	74128433	rs1050146	C	T	13836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=264;NR=243;PP=2965;SC=CTCAGCCACACACACCATGTG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=508;TCF=264;TCR=244;TR=507;WE=74128441;WS=74128423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr2	74129664	rs1653256	A	G	17920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=374;NR=292;PP=2965;SC=ATCACCCATCATCATGACCCT;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=668;TCF=375;TCR=293;TR=666;WE=74129672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr2	74129712	rs1721243	C	G	19671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=356;NR=333;PP=2965;SC=AACTCTCCCTCTAAAATGCTT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=692;TCF=358;TCR=334;TR=689;WE=74129720;WS=74129702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,715:1.00:715
chr2	74129895	rs1721244	G	A	6251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=152;PP=2965;SC=CTAAACACAGGTCAGCTCATG;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=55;TCR=152;TR=206;WE=74129903;WS=74129885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	74135380	rs756127	G	A	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=38;PP=2290;SC=ATTGTCAGGAGATAGACCCTG;SOR=1.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=75;TCR=38;TR=113;WE=74135388;WS=74135370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	74135797	rs702461	T	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=14;PP=1231;SC=TTGTCTCCACTAGATCTGGCA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=74135805;WS=74135787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	74135898	rs756128	A	G	5656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=83;PP=2965;SC=CCAACAGGGAAAAGATGACCC;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=109;TCR=83;TR=192;WE=74135906;WS=74135888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	74140581	rs891699	A	T	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=14;PP=2345;SC=AAGAATGAGAATTTTATAAGC;SOR=3.420;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=85;TCR=14;TR=99;WE=74140589;WS=74140571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	74140789	rs891698	T	C	8115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=165;PP=2965;SC=CAGCCCCTTTTCTGATTCTGA;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=109;TCR=165;TR=274;WE=74140797;WS=74140779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr2	74140888	rs891697	A	C	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=47;PP=1442;SC=CTCTCCTGAGATAGACTGAGA;SOR=2.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=58;WE=74140896;WS=74140878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	74142164	rs35892339	GA	G	333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=376;SC=AAAAATTAGGGAAAAATCTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=74142172;WS=74142154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	74146869	rs1721238	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=296;SC=CCATGCAATAGTGCTGTAAGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=74146877;WS=74146859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	74153905	rs831526	C	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=3;PP=1439;SC=GCGCACCCCGCCGCATGTTCA;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=55;TCR=3;TR=58;WE=74153913;WS=74153895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	74166053	rs62641680	G	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=820;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GAAAGTCCACGTTTGTGAAGT;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=101;TCR=74;TR=68;WE=74166061;WS=74166043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,73:0.39:186
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chr2	74362090	rs828879	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=509;SC=AGTCTGGAATATCTGCCTGTG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=74362098;WS=74362080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	74374884	rs1667605	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=377;ReadPosRankSum=1.699;SC=GACAGCCGCCGGCCCCGCGGT;SOR=0.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=32;WE=74374892;WS=74374874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr2	74383911	rs828852	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=-0.038;SC=ACATTTTAAAGTAGGCATTTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=6;WE=74383919;WS=74383901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	74448655	rs7587117	T	C	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.860;SC=AAATGTCAGATGTGGAGCAGG;SOR=0.954;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=203;TCF=88;TCR=115;TR=101;WE=74448663;WS=74448645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,104:0.50:208
chr2	74466594	rs4853018	G	A	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.664;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=59;PP=1345;ReadPosRankSum=1.201;SC=GCAGGCGCCCGCCGTAGCTCA;SOR=0.432;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=212;TCF=85;TCR=127;TR=106;WE=74466602;WS=74466584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,110:0.50:218
chr2	74531832	rs12991424	G	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=520;ReadPosRankSum=-2.474;SC=CAAAAGACAGGGGAGGCAGGG;SOR=0.856;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=47;WE=74531840;WS=74531822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,50:0.37:136
chr2	74595716	rs34598987	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=254;ReadPosRankSum=-0.307;SC=TATATTAATCGGTGACTTTGC;SOR=0.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=15;WE=74595724;WS=74595706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr2	74649921	.	C	A	326	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=16;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=17;MQ=53.63;NF=16;NR=1;PP=326;QD=21.2218360322;SC=CTCCGTCCCCCAAAAAAAAAA;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=17;WE=74649929;WS=74649911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,17:0.63:27
chr2	74720002	rs4853026	C	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=15;PP=1003;SC=GGCATGGGCTCTCCTGCTTAA;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=40;WE=74720010;WS=74719996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	74725144	rs6546908	T	C	5875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=65;PP=2965;SC=CTGGAGCGCCTTCGGGCAGTG;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=126;TCR=66;TR=190;WE=74725152;WS=74725134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	74730062	rs13023123	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=65;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GCAAATCCTGGTGCTGTCGCC;SOR=0.591;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=4;TCR=137;TR=67;WE=74730070;WS=74730052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,71:0.47:150
chr2	74733834	rs41285991	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=280;ReadPosRankSum=-1.615;SC=TCAAGAGGCCCCTCAAAGTCA;SOR=0.327;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=18;WE=74733842;WS=74733824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr2	74734983	.	TG	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.349;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	74756548	rs1183739	G	C	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=79;PP=2402;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TCCCGAGAAAGAGGCGCAGGA;SOR=0.834;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=337;TCF=164;TCR=173;TR=151;WE=74756569;WS=74756538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,160:0.45:352
chr2	74776404	rs375000246	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=178;ReadPosRankSum=-1.109;SC=GGGTCCTCCCGTGCCCCGGAC;SOR=0.475;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=14;WE=74776412;WS=74776394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
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chr2	74901602	rs363608	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=305;ReadPosRankSum=0.169;SC=TAAAGAGAACCTCCCATGTGT;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=24;WE=74901610;WS=74901592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr2	74902872	rs363609	A	G	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=59;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CTCCGTTTTTATAGAGCTGGC;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=227;TCF=105;TCR=122;TR=112;WE=74902880;WS=74902862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,119:0.49:242
chr2	75061873	rs663504	C	G	5323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=127;PP=2965;SC=CTCCCTACTCCGGGCCTGGGA;SOR=2.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=42;TCR=128;TR=169;WE=75061881;WS=75061863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	75099694	rs28363003	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.224;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr2	75105798	rs604112	A	G	11312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.99;NF=193;NR=215;PP=2965;SC=CCCACATGCTATCTTTCTGTT;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=193;TCR=215;TR=408;WE=75105806;WS=75105788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr2	75113572	rs2306806	G	A	6975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=108;PP=2965;SC=CTTGGGTGTGGAGGGGTTGGT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=130;TCR=109;TR=238;WE=75113580;WS=75113562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr2	75113657	rs2229626	C	T	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=66;PP=2965;SC=AGATGCGCAACGTGGAACTGG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=140;WE=75113665;WS=75113647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	75113789	rs2229627	C	G	11451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=224;NR=190;PP=2965;SC=CACTCAACCCCGGCAAGCAGA;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=414;TCF=224;TCR=190;TR=414;WE=75113797;WS=75113779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr2	75115108	rs10194657	A	G	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=62;PP=2965;SC=AGCGTGGACTACTCTTCCGAG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=98;TCR=62;TR=159;WE=75115116;WS=75115098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	75116627	rs4853069	C	T	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=116;PP=2965;SC=ATCCCAGCCCCCCCTGCCTAC;SOR=1.363;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=76;TCR=117;TR=192;WE=75116635;WS=75116617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	75185856	rs12366	G	T	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=25;PP=2965;ReadPosRankSum=1.229;SC=GAGGAGGAGGGACCTGCTGGG;SOR=1.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=133;TCR=25;TR=157;WE=75185864;WS=75185846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr2	75187573	rs3771799	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=16;PP=851;SC=ATCCCTAAATGTCAGGCTTGC;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=75187581;WS=75187563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	75187793	rs3821312	A	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=330;SC=AATTTTAGCTACCTAGCCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=75187801;WS=75187783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	75187869	rs3771800	T	C	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=40;SC=TATGTAGTCATGTGCTGCGTA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=75187877;WS=75187859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	75425623	rs2024512	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=9;PP=791;SC=CAGCAATGCCGTGGTCCTCTA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=75425631;WS=75425613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	75425728	rs6715729	A	G	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=1.451;SC=CGGCGATGGGAAAGAAGTTGT;SOR=0.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=100;TCR=77;TR=175;WE=75425736;WS=75425718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr2	75720664	rs6741778	G	A	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=63;PP=2127;ReadPosRankSum=0.075;SC=CTTATCACCAGAGCAGCCAGG;SOR=0.790;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=279;TCF=152;TCR=127;TR=154;WE=75720672;WS=75720654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,163:0.55:294
chr2	75744918	rs2286995	T	C	6837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=89;PP=2965;SC=ACAGTAGCCCTGGGCCACTTC;SOR=1.332;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=148;TCR=89;TR=237;WE=75744926;WS=75744908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	75745081	rs2286994	T	C	7093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=144;PP=2965;SC=GATTACGTAGTGTGTCTTTAC;SOR=1.111;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=106;TCR=144;TR=250;WE=75745089;WS=75745071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr2	75916380	rs36039114	T	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=1.420;SC=TCTTTATGCATTTTAAGTTGT;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=14;WE=75916388;WS=75916370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr2	75917161	rs41286005	G	C	3958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=89;PP=2609;ReadPosRankSum=0.830;SC=GTTCCTTCCTGATGGTTACAA;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=306;TCF=135;TCR=171;TR=167;WE=75917169;WS=75917151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,178:0.54:331
chr2	75919272	.	AAT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=0.967;SC=TCGATAATGAAATATATATAT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=2;WE=75919281;WS=75919262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	77748604	rs113233659	TA	T	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr2	79254261	rs452267	T	C	9536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=211;PP=2965;SC=GTAACAGCTATTCATACATCT;SOR=1.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=99;TCR=212;TR=310;WE=79254269;WS=79254251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr2	79255325	rs2290079	G	C	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=44;PP=1881;SC=TTTATATTCTGTCTCCCTAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=79255333;WS=79255315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	79255426	rs383969	G	C	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=39;PP=1293;SC=TCAGCAGCCTGAGCTTGGCGT;SOR=1.048;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=73;WE=79255434;WS=79255416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	79312414	rs3739144	G	A	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=85;PP=2965;SC=TGAATCCTATGGTACAATGAG;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=100;TCR=85;TR=185;WE=79312422;WS=79312404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	79313815	rs2073445	G	T	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=21;PP=1430;SC=TGGGAAGTTTGGGACCAGTGG;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=80;WE=79313823;WS=79313805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	79314094	rs6723688	G	T	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=42;PP=1243;SC=AGAAAGAATCGCAGGGCAAGG;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=79314102;WS=79314084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	79348129	.	GAA	G	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=1.003;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	79348791	rs142877017	C	T	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.229;NF=53;NR=64;PP=1897;ReadPosRankSum=-0.950;SC=ACCGTGAGACCTGGGTTGATG;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=97;TCR=119;TR=117;WE=79348799;WS=79348781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,127:0.55:231
chr2	79350186	rs3739142	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=740;ReadPosRankSum=-0.724;SC=TAAGGAAATGGATGTTTGGTT;SOR=0.748;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=43;WE=79350194;WS=79350176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr2	79350347	rs12228	A	G	9960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=157;PP=2965;SC=ACTAGAGGCAACTGGAAAATA;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=188;TCR=157;TR=345;WE=79350355;WS=79350337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr2	79350505	rs12072	C	T	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.931;SC=CTTTGGAACCCTAAATAATAA;SOR=0.398;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=111;TCF=33;TCR=78;TR=65;WE=79350513;WS=79350495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr2	79422965	rs1434199	C	G	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,71:0.47:151
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chr2	79750543	rs10205858	C	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=205;SC=TCCACACTGGCTCAAAAACAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=79750551;WS=79750533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	79878664	rs3739139	A	G	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=39;PP=1411;ReadPosRankSum=-1.115;SC=AACTGATTACATGTGTTCCCA;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=186;TCR=98;TR=112;WE=79878672;WS=79878654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,115:0.39:296
chr2	80772972	rs2276659	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=417;ReadPosRankSum=0.795;SC=GTCTTTGACCGGCTTATTCCT;SOR=0.910;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=33;WE=80772980;WS=80772962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr2	84650707	rs2832	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=545;SC=TGGTGAAAACATCTTAATTCA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=84650715;WS=84650697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	84676163	rs10202632	C	A	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=35;PP=984;SC=TTTACACTTACACAAAATCTA;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=84676171;WS=84676153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	84755996	rs35980296	A	AT	773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.36;ReadPosRankSum=0.867;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr2	84756049	rs4832089	G	A	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=158;NR=87;PP=2965;SC=CTATGTTGAGGTGTTCTCTCC;SOR=1.360;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=251;TCF=164;TCR=87;TR=245;WE=84756057;WS=84756039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	84756341	rs4832090	T	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=334;SC=AAATAAGATTTCACATATTAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=84756349;WS=84756331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	84771480	rs1037863	G	A	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=73;PP=2767;SC=AGGAATATCTGTATCACAGAG;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=168;WE=84771488;WS=84771470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	84771567	rs1542477	C	T	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=73;PP=2259;SC=ATGTCCGCTCCAAGAAAATCA;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=131;WE=84771575;WS=84771557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	84780060	.	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=387;ReadPosRankSum=-0.093;SC=TATGGTGGAAAAGCAAGAAGA;SOR=0.647;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=34;WE=84780068;WS=84780050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
chr2	84800605	rs11891970	C	A	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=34;PP=1853;SC=CCATTCAGGCCGCATTTGAAT;SOR=1.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=96;WE=84800613;WS=84800595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	84806553	rs6547569	G	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=260;SC=TGCTTCCAATGCCTGCTGATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=84806561;WS=84806543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	84822715	rs6761632	C	T	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=11;PP=1660;SC=TATTTCAAACCTGACTTTTAC;SOR=3.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=69;WE=84822723;WS=84822705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	84834063	rs4276039	T	C	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=69;PP=2965;SC=GCACAAATACTGGGTGCTGCA;SOR=1.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=147;TCR=69;TR=215;WE=84834071;WS=84834053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	84834237	rs4441485	T	C	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=101;PP=2407;SC=AGAATAATTTTGATTCATACA;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=43;TCR=101;TR=144;WE=84834245;WS=84834227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	84880695	rs12992282	G	A	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1158;ReadPosRankSum=-1.243;SC=AAAAACTTGGGATAGAAAATT;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=85;WE=84880703;WS=84880685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,89:0.39:230
chr2	84897361	rs12470102	T	A	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=199;SC=TCTCTTTTTATCCTGTTTCTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=84897369;WS=84897351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	84897517	rs1881095	A	G	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=35;PP=1411;SC=CTGTTTATCTAAATTTTTCTG;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=84897525;WS=84897499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	84899360	rs4832106	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=903;SC=CCTGTAGGATGTCATTGAGTC;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=84899368;WS=84899350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	84924894	rs114514726	G	A	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=77;PP=1683;ReadPosRankSum=-1.922;SC=TCACAAAAACGTTTCTTCACC;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=97;TCR=164;TR=122;WE=84924902;WS=84924884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,127:0.46:274
chr2	85108252	rs34667238	G	GC	582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;QD=34.28;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	85360828	.	GGGC	G	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=1.255;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	85510777	rs7574856	A	G	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=762;ReadPosRankSum=0.995;SC=TTCTGCCATCACGCTGAAGCA;SOR=1.229;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=40;WE=85510785;WS=85510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr2	85532205	rs6741339	C	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=1;PP=774;SC=GAAGGAAGAGCCATTAAGCAT;SOR=4.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=30;WE=85532213;WS=85532195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr2	85549868	.	AGGGGAA	GGGGGAA,GGGGGAG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=215,89;NR=239,110;PP=2962,2944;QD=20;SC=GTTAGGACTTAGGGGAAAAAA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=459;TCF=217;TCR=242;TR=454,199;WE=85549882;WS=85549857;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:459
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chr2	85571710	rs4832171	A	G	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=17;PP=1941;SC=ACACACGTGCACCTTACGCCT;SOR=2.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=79;TCR=18;TR=94;WE=85571718;WS=85571700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	85573033	rs908302	G	A	8078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=149;PP=2965;SC=ACACGGAGCAGGTTGGCTCCA;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=125;TCR=150;TR=274;WE=85573041;WS=85573023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr2	85573049	rs908304	G	A	3201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=75;PP=2196;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CTCCAGAAGGGGACACATTGG;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=250;TCF=109;TCR=141;TR=136;WE=85573057;WS=85573039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,142:0.54:261
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chr2	85589223	rs368398168	TA	T	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=2.189;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
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chr2	85781318	rs1254896	T	G	6782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=119;PP=2965;SC=CAAAGAACAGTCCAATGGATC;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=118;TCR=119;TR=237;WE=85781326;WS=85781308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr2	85788140	rs1254898	C	T	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=103;PP=2947;SC=AATATGTGTGCGGGGGTGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=56;TCR=104;TR=159;WE=85788148;WS=85788130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	85788402	rs55829881	AC	A	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	85823168	rs7573200	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GGGCCGGCCTGGGGCAAGGGG;SOR=0.512;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=8;WE=85823176;WS=85823158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	85827959	rs139361315	GAA	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=92;ReadPosRankSum=0.916;SC=CTGGGAGGATGAAAAGAGACA;SOR=0.057;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=4;WE=85827968;WS=85827949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	85843431	rs114838872	C	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=786;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GAGCGGGAGCCTGAGGCGGCG;SOR=0.388;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=50;WE=85843439;WS=85843421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr2	85848747	rs35865728	CT	C	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.101;QD=7.31;ReadPosRankSum=1.709;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr2	85890771	rs893159	T	G	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=920;ReadPosRankSum=-1.961;SC=GGCTAAGGAGTGGGCAGTGGG;SOR=0.511;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=56;TCR=63;TR=51;WE=85890779;WS=85890761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,50:0.42:120
chr2	85893741	rs1130866	G	A	2767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=59;PP=1774;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AGCCCTCACAGTCTGGTTCTG;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=172;TCR=134;TR=134;WE=85893749;WS=85893731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,140:0.44:321
chr2	85894308	rs3024798	G	T	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=861;ReadPosRankSum=-0.587;SC=ATCCTGGGGAGGGAGGGGCCC;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=91;TCR=105;TR=76;WE=85894316;WS=85894298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,87:0.40:216
chr2	85895338	rs2077079	T	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=326;ReadPosRankSum=0.157;SC=CCCTGCTTGGTGCATGGCCCC;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=24;WE=85895346;WS=85895328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr2	85921353	rs1866140	G	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=-1.379;SC=TGGGAGTGGGGTGTGGCATGG;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=12;WE=85921361;WS=85921343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	85921389	rs1866139	G	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=308;ReadPosRankSum=-0.305;SC=ACTGCCCTGAGCTGCTTCTTC;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=18;WE=85921397;WS=85921379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
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chr2	85924729	rs11127	C	T	3284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=62;PP=1869;ReadPosRankSum=0.781;SC=TCTAGAGTTACCCAGGGCCTC;SOR=0.908;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=304;TCF=171;TCR=133;TR=150;WE=85924737;WS=85924719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,163:0.50:328
chr2	85924899	rs1437742	T	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=391;ReadPosRankSum=-0.984;SC=ATCTCCCAGCTTGGGAAAGTG;SOR=0.189;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=23;WE=85924907;WS=85924889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr2	85925529	rs4240200	A	G	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=31;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.597;SC=AGGCCCCACAACCTGCTCAGG;SOR=1.051;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=274;TCF=171;TCR=103;TR=98;WE=85925537;WS=85925519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,103:0.35:291
chr2	85925667	rs4240201	G	A	4437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.084;SC=GCCCACAGCTGGCTGTTCTCT;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=466;TCF=234;TCR=232;TR=216;WE=85925688;WS=85925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,223:0.47:479
chr2	85925680	rs4240202	T	G	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.477;SC=TGTTCTCTCCTCTCCAGGTCC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=433;TCF=216;TCR=217;TR=201;WE=85925688;WS=85925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,208:0.47:444
chr2	85925756	rs7908	C	G	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=81;PP=1940;ReadPosRankSum=-1.329;SC=TCCCGGGAACCTCAGCAACCT;SOR=1.008;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=315;TCF=147;TCR=168;TR=139;WE=85925764;WS=85925746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,141:0.44:322
chr2	85925848	rs12845	C	G	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=920;ReadPosRankSum=1.056;SC=TCCCCTCTCACGAGAATAAAG;SOR=0.838;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=186;TCF=72;TCR=114;TR=67;WE=85925856;WS=85925838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,64:0.34:191
chr2	85981761	rs17851881	T	C	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=1106;ReadPosRankSum=1.283;SC=GAGCCGGGTCTGCGTCCTCGC;SOR=1.376;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=152;TCF=102;TCR=50;TR=63;WE=85981769;WS=85981751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,65:0.41:160
chr2	86075582	rs11694145	C	T	3579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=94;PP=2176;ReadPosRankSum=0.974;SC=GAAGGACTCCCGCCTCCCACC;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=305;TCF=118;TCR=187;TR=156;WE=86075598;WS=86075572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,166:0.53:315
chr2	86088311	rs1138484	T	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=426;ReadPosRankSum=-0.740;SC=AACCTTTACATGGTCAGGGTC;SOR=0.966;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=30;WE=86088319;WS=86088301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr2	86094686	rs62147538	C	T	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=793;ReadPosRankSum=-0.313;SC=AAGAGGCTGACGAATCCAGTT;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=54;WE=86094694;WS=86094676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr2	86107840	rs11127008	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=0.674;SC=CCAGCTACTCGGGAGGCTGAG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=86107848;WS=86107830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	86107951	rs34410645	GA	G	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=2.751;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr2	86107987	rs11127009	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=229;ReadPosRankSum=-0.352;SC=TTTTAAAAAATAGACAAGTAG;SOR=0.627;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=15;WE=86107995;WS=86107977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr2	86116168	rs28364795	GA	TG	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.64;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	86258784	rs2278536	T	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=56;PP=1673;SC=GCACAGGCTGTGTCACTTGGG;SOR=2.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=77;WE=86258792;WS=86258774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	86259443	rs2276626	C	T	14517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=280;NR=230;PP=2965;SC=CATCGGCGTCCCCCTCCTCAG;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=510;TCF=280;TCR=230;TR=510;WE=86259451;WS=86259433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,538:1.00:538
chr2	86272191	rs7572386	G	A	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=5;PP=823;SC=TCAGAACACAGAGCCCTTGGT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=86272199;WS=86272184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	86275985	rs2289239	A	G	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=47;PP=2897;SC=GTGGGGATAAATGCATGCAAT;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=96;TCR=47;TR=143;WE=86275993;WS=86275975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	86279837	rs35618928	G	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=0.534;SC=CAGAAGCCTTGGAAATCTTCA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=6;WE=86279845;WS=86279832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	86292656	rs311563	C	T	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.481;SC=AATCCCTAATCGCCTGCCTGG;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=65;TCR=141;TR=203;WE=86292664;WS=86292645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,204:0.99:207
chr2	86302103	rs3815840	A	G	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=119;SC=CAATCACCAGAATCCGAACAG;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=86302111;WS=86302093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	86304932	.	GCGCACACACACACA	GCA,G	323	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=63.11;NF=12,12;NR=0,0;PP=323,60;QD=28.4166666667;SC=GCACGCGCGCGCGCACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12,12;WE=86304953;WS=86304924;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.86:14
chr2	86305123	rs2288117	T	C	5425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=54;PP=2965;SC=AGAAAAAAGGTCATAAAAAAC;SOR=1.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=122;TCR=54;TR=175;WE=86305131;WS=86305113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	86310110	rs2288118	C	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=11;PP=1229;SC=GCTACAATCACTACAACTTAA;SOR=2.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=86310118;WS=86310100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	86315741	rs2288120	C	T	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=30;PP=1772;SC=TGGCTGGAAACGTGATAGTCA;SOR=1.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=100;WE=86315749;WS=86315731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	86317035	rs187487275	G	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=5.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,74:0.42:176
chr2	86317035	.	GGG	AGC	942	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=44;NR=26;PP=942;QD=14.2209696409;SC=CAGAGGGATCGGGATTTTCTT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=70;WE=86317045;WS=86317025;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:93,70:0.43:163
chr2	86317037	rs4832242	G	C	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.09;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	86332809	rs4832245	G	A	9292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=224;NR=106;PP=2965;SC=CACGCTACCCGACCAACTCCT;SOR=1.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=330;TCF=224;TCR=106;TR=330;WE=86332817;WS=86332799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr2	86334199	rs2367201	G	A	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=73;PP=2965;SC=TATAAGTGGGGTATGTAATTT;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=145;TCR=73;TR=218;WE=86334207;WS=86334189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	86343476	rs4832022	C	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=299;SC=TTGGGTGACACAGCAAGACAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=86343484;WS=86343466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	86343494	rs4832248	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=368;SC=CACCCTCTCTGCAAAAAATTT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=86343502;WS=86343484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	86344367	rs2059353	T	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=676;SC=TTTCAGTAGCTATTTGAATAC;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=86344375;WS=86344357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	86346308	rs6715623	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=28;PP=742;SC=TATATTTTTAGTAGTTTATTT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=28;WE=86346316;WS=86346298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	86352010	rs4832250	G	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=6;PP=610;SC=ATAATGTATAGAAAGTACTTG;SOR=2.376;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=86352018;WS=86352000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	86352785	rs4618054	G	A	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=59;PP=2314;SC=GAGATCCAGAGAGGAGAGTAG;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=106;WE=86352793;WS=86352775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	86352825	rs6740228	C	T	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=58;SC=TGTGATTAGTCAAGGGACACA;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=119;WE=86352833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	86359405	rs1559515	G	T	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=77;PP=2965;SC=GGCTGACAGGGTATCAGAGTG;SOR=1.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=141;TCR=77;TR=218;WE=86359413;WS=86359395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	86362204	rs7606421	C	T	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=39;PP=1095;SC=CATTTGGCCACATAACACGTA;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=86362212;WS=86362194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	86363074	rs3770069	A	G	6475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=101;PP=2965;SC=TTTGTCCTGCATGTGGCAGGC;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=127;TCR=101;TR=227;WE=86363082;WS=86363064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr2	86363855	rs7558040	G	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=414;SC=TATCTGTGTTGACGGATCATC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=86363863;WS=86363845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	86364706	rs56274257	TG	T	1601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=42;PP=1660;SC=GGAGCAGCAATGGGTCTCACC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=42;WE=86364714;WS=86364696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	86371883	rs8244	T	C	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=49;PP=1394;SC=TGGCCTCAACTGCACTACCCA;SOR=0.946;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=96;WE=86371891;WS=86371873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	86385668	rs1057893	T	C	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=3;PP=784;SC=ATTCATTGATTAGTGGTTAAA;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=86385691;WS=86385658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	86385682	rs34945759	TC	T	1540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=4;PP=350;SC=GGTTAAAACATCAAAAAAAAA;SOR=3.202;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=28;WE=86385691;WS=86385658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	86385886	rs6739460	A	G	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=95;PP=2860;SC=TGAACAAAAAATACCATAAAC;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=155;WE=86385894;WS=86385876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	86398074	rs2288115	A	G	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=377;SC=ATATCAATGCAGGGCATTTTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=86398082;WS=86398064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	86398291	rs2288113	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=287;SC=TCTGATGAGTGTATCATGTAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=86398299;WS=86398281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	86406438	rs6547663	A	G	68.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=50;SC=TTGTATCCACAGGAGGTCCTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=86406446;WS=86406428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	86408385	rs6731995	A	G	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=58;PP=2965;SC=AGCAGCACACAGTGAAAAGCC;SOR=1.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=124;TCR=58;TR=182;WE=86408393;WS=86408375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	86420255	rs11897696	G	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=644;SC=GGCTGGGCACGGTGGCTCGTG;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=86420263;WS=86420245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	86422416	rs17551822	T	C	10926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	86422421	rs17551815	T	G	11084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr2	86433240	rs10901	C	T	9398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=141;PP=2965;SC=AATCCTACGGCCCCTGAATAT;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=188;TCR=141;TR=329;WE=86433248;WS=86433230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr2	86434569	rs9309634	T	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=259;SC=CAAGACCAGCTTGGCCAACAT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=86434577;WS=86434559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	86437551	rs7565645	T	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=17;PP=1143;SC=TGAAGATACCTGTTGTTTCAT;SOR=1.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=86437559;WS=86437541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	86479035	rs12988844	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=0.363;SC=AGGGCACACTAGAGGGACTGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=8;WE=86479043;WS=86479025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
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chr2	86481835	rs2276625	C	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=8;PP=878;ReadPosRankSum=0.957;SC=TTGAAGATAGCGTGGGATGTA;SOR=1.467;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=116;TCF=92;TCR=24;TR=55;WE=86481843;WS=86481825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,58:0.47:123
chr2	86491245	rs1863056	C	T	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=96;PP=2335;ReadPosRankSum=1.410;SC=CAGGCCCCGGCGGCAGATACG;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=120;TCR=173;TR=163;WE=86491253;WS=86491235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,175:0.56:315
chr2	86509267	rs1863058	G	A	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CAGCCAACCCGCTCGAAAATA;SOR=0.522;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=88;WE=86509275;WS=86509257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,101:0.53:192
chr2	86509388	rs1863059	T	G	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=815;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GAGACAAAAATAAATACGATT;SOR=0.575;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=55;WE=86509396;WS=86509378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
chr2	86683642	rs2030259	A	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	86691250	rs12714187	G	A	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=84;PP=2965;SC=GCTGTACTGCGGCAACTCCAC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=98;TCR=84;TR=182;WE=86691258;WS=86691240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	86705565	rs2292887	T	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=7;PP=1458;SC=TGGGATAGTTTTGTAGTAGAA;SOR=3.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=54;WE=86705573;WS=86705555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	86707504	rs4832290	T	C	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=55;PP=1599;SC=TTCCTGCTTTTGTGTTTGTTC;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=86707512;WS=86707494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	86737649	rs966477	G	A	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=90;PP=2735;SC=GGATGGAATAGAGAGAGACAG;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=50;TCR=90;TR=140;WE=86737657;WS=86737639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	86756209	rs1036940	C	G	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=0;PP=217;SC=TTTTGCATTTCTACAACACTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=86756217;WS=86756205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	86756280	rs9284788	G	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=7;PP=890;SC=CAAGGAACCCGTGTTGATAAT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=86756288;WS=86756270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	86850022	rs396354	T	C	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=68;PP=2321;SC=TCCCTGGAGTTTCCTCTCTTT;SOR=1.441;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=108;WE=86850030;WS=86850012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	86947783	rs76239019	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=460;SC=AGCGCCGCCGCCTCCGGCATG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=86947791;WS=86947773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	86978895	rs4832311	G	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.328;SC=CTTCCTTTGGGACGCTATAAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=86978903;WS=86978885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	86979093	rs10186663	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=707;ReadPosRankSum=-1.637;SC=TTCTCAATGAGGTGATGGTGG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=44;WE=86979101;WS=86979083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr2	86992337	rs3840984	T	TAA	2851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.836;NF=2;NR=37;PP=1763;ReadPosRankSum=0.071;SC=AGTCAGATGTTATTAATGTTT;SOR=0.348;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=4;TCR=79;TR=39;WE=86992345;WS=86992327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,73:0.60:122
chr2	86998659	.	CTT	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=-0.000;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	87000387	rs67856656	T	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=487;ReadPosRankSum=-0.145;SC=GTATAATTGTTAAAGATACTC;SOR=1.209;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=24;WE=87000395;WS=87000377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr2	87015633	rs71378806	T	TGA	5447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=31;PP=2957;SC=GTGAGCAGGCTGAGTTCAAAA;SOR=1.730;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=82;WE=87015641;WS=87015623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	87016506	rs3020726	A	G	5989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.114;SC=GTCCCGGCCAAGGGCGCCCAG;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=619;TCF=314;TCR=305;TR=282;WE=87016514;WS=87016496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,289:0.45:637
chr2	87016922	rs142496274	G	GCGCCCC	3910.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.935;NF=6;NR=37;PP=2319;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GGTTATGGAGGCGCCCCAGCC;SOR=0.647;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=15;TCR=107;TR=43;WE=87016930;WS=87016912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,103:0.49:211
chr2	87017034	rs2944251	C	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.049;NF=6;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=-0.400;SC=TGCGCGCGGACCCCTGTGCTC;SOR=0.199;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=23;WE=87017042;WS=87017024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr2	87017069	rs2944250	C	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-1.141;SC=CCCAGCGCACCCGGCGCCCAG;SOR=0.439;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=11;WE=87017077;WS=87017059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	87042825	rs35555413	T	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GTTCCTGATATACCTTCCCCT;SOR=0.751;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=83;TCR=85;TR=96;WE=87042833;WS=87042815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,105:0.57:183
chr2	87048677	rs13024609	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=221;ReadPosRankSum=0.311;SC=GCCCTGGGCCAAGTTGGGGCA;SOR=0.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=16;WE=87048685;WS=87048667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
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chr2	87060359	rs62146088	C	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.983;NF=0;NR=8;PP=87;ReadPosRankSum=-0.049;SC=ACTCTGTTGCCCAGGCTGGAG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=87060367;WS=87060349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
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chr2	88328208	.	G	A	58	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=16;MQ=59.35;NF=0;NR=5;PP=58;QD=18.5542425094;SC=TCGCCCTGTCGCCCAGACTAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=88328216;WS=88328198;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr2	88396080	rs2919883	A	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=552;ReadPosRankSum=1.207;SC=GTAGGCCTGGATTCGATTCAC;SOR=0.340;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=35;WE=88396088;WS=88396070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr2	88396120	rs2919882	G	A	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=3.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.41;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
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chr2	88402511	rs1866946	C	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=416;ReadPosRankSum=0.650;SC=AAGATGGCAACTATTCAAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=26;WE=88402519;WS=88402501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	88402560	rs894197	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=534;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CTAGCTCAATGTGTCTCTCTT;SOR=0.534;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=39;WE=88402568;WS=88402550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr2	88406108	rs2919862	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=432;ReadPosRankSum=-2.219;SC=CCTCCTATACCCACAGCAGGC;SOR=1.893;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=23;WE=88406116;WS=88406098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr2	88407959	rs2970918	T	C	4286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=98;PP=2528;ReadPosRankSum=0.172;SC=CCAACTGGCATGCTGGTAACA;SOR=0.617;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=340;TCF=163;TCR=177;TR=193;WE=88407967;WS=88407949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,201:0.58:348
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chr2	88411605	rs2919865	A	T	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=45;PP=2446;ReadPosRankSum=-2.222;SC=TGTTTGAAGAATTTCCTTTCT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=183;TCR=86;TR=143;WE=88411613;WS=88411595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,154:0.53:289
chr2	88411793	rs2970888	C	A	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=130;PP=2965;SC=CTGCTAAGCCCCTGGTCATTT;SOR=3.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=28;TCR=130;TR=158;WE=88411801;WS=88411783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr2	88424066	rs2241883	T	C	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=48;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TTTTTGAAAGTTGTCACCAGT;SOR=0.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=251;TCF=140;TCR=111;TR=116;WE=88424074;WS=88424056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,122:0.46:265
chr2	88472791	rs4129190	G	A	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=31;PP=1556;SC=TTGGACAGAGGGACCCTGTGC;SOR=1.059;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=91;WE=88472799;WS=88472781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	88474370	rs2139100	A	G	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=54;PP=1836;SC=TTTGGGGCACAAACGCAGAAT;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=88474378;WS=88474360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	88485392	rs1878810	G	C	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=10;PP=1264;SC=TGTCCTCCGGGTGCCACCTGC;SOR=2.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=88485400;WS=88485382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	88748390	rs4972212	A	T	6178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=132;PP=2965;SC=GGACCTATTCAATGCCTGTGT;SOR=1.322;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=80;TCR=133;TR=212;WE=88748398;WS=88748380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	88751751	rs11456039	A	AG	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=547;SC=GAGCAGCCGAAGTGCCGGCGG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=88751759;WS=88751741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	88861757	rs1800980	T	G	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=543;ReadPosRankSum=0.751;SC=TTGTAAATGTTAGATTATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=34;WE=88861765;WS=88861747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,36:0.40:91
chr2	88870632	rs4972221	A	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=522;SC=ATTATTTAAAAGACTACAAAG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=88870640;WS=88870622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	88874891	rs1805165	C	A	7457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=123;PP=2965;SC=TCTTTTGTAGCGAAAGGATCC;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=115;TCR=123;TR=238;WE=88874899;WS=88874881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	88882942	rs6750998	T	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=567;ReadPosRankSum=0.804;SC=TTTATAAGACTCTTACCGTGA;SOR=0.382;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=45;WE=88882950;WS=88882932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr2	88895123	rs13045	T	C	7365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=135;NR=130;PP=2965;SC=TTCACGGTCTTGGTCCCACTG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=135;TCR=130;TR=265;WE=88895131;WS=88895113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr2	88895351	rs7571971	T	C	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=71;PP=2175;SC=CATGAAGCAGTGCAGTCCATC;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=147;WE=88895359;WS=88895341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	88926729	rs72416210	CCAG	C	706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=230;ReadPosRankSum=0.214;SC=GCCGCGAGCCCCAGCAGCAGC;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=7;WE=88926739;WS=88926719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr2	88999476	rs1158603	G	A	3322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=65;PP=2158;ReadPosRankSum=-2.855;SC=ATGACAAGAAGAATAAAGTAA;SOR=0.832;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=341;TCF=186;TCR=155;TR=150;WE=88999484;WS=88999466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,161:0.44:364
chr2	89029066	rs56084203	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=6.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=474;ReadPosRankSum=1.150;SC=GTGGTTTAACCGCAAGGGCTC;SOR=0.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=23;WE=89029074;WS=89029056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr2	89161069	rs113458930	G	C	7880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.41;ReadPosRankSum=2.267;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,212:0.39:547
chr2	89161072	rs113539064	T	C	7927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.41;ReadPosRankSum=1.679;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,217:0.39:550
chr2	89161547	rs232222	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=688;ReadPosRankSum=0.176;SC=AGGTGTGGAAACCCTGAGGCT;SOR=1.429;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=33;WE=89161555;WS=89161537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr2	89185260	rs182255570	A	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=-0.859;SC=CTGACTTATAATACTACTAGA;SOR=1.863;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=89185268;WS=89185250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	89459173	rs7606884	C	T	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.245;NF=38;NR=12;PP=822;ReadPosRankSum=-0.272;SC=TCTAGGGTATCACCCAGTTTC;SOR=0.695;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=91;TCF=72;TCR=19;TR=50;WE=89459181;WS=89459163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr2	89512775	rs145409842	T	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.556;NF=18;NR=2;PP=438;ReadPosRankSum=-2.177;SC=AACTTCCCAGTGAGCTTCAAA;SOR=1.578;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=20;WE=89512783;WS=89512769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr2	89513365	rs181706250	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.586;NF=15;NR=41;PP=942;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GGAGCTGAGCAGGGACCCTCA;SOR=0.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=30;TCR=83;TR=56;WE=89513373;WS=89513355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr2	90007670	rs2847917	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.852;NF=30;NR=6;PP=664;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CTCTCAGTCCGGACACAGCAT;SOR=0.713;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=36;WE=90007678;WS=90007660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr2	90007829	.	G	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQRankSum=-5.341;QD=0.57;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,25:0.13:199
chr2	90008208	rs138920656	T	G	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=86;PP=2682;SC=GATGTGTGAGTCTGGGCTGCC;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=33;TCR=86;TR=118;WE=90008216;WS=90008198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	90008243	rs79315122	G	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.911;NF=1;NR=13;PP=202;ReadPosRankSum=-2.025;SC=TGGTGCCGCCGTCTGCTGACA;SOR=0.446;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=14;WE=90008251;WS=90008233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr2	90008287	rs147071425	A	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.72;MQRankSum=1.989;QD=20.98;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	90043509	rs201839533	C	T	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.58;QD=29.42;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr2	90108416	rs859744	G	A	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=13;PP=999;SC=GGACATTCCCGTAATTTGCAT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=90108424;WS=90108406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr2	91809385	rs55812636	C	G	7996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1058;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-26.850;NF=178;NR=267;PP=2962;ReadPosRankSum=2.717;SC=CCTGGCCATGCCTTTTTCTAT;SOR=0.789;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=1254;TCF=548;TCR=706;TR=445;WE=91809394;WS=91809361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:798,260:0.25:1058
chr2	91809404	rs55918232	G	C	6064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=5.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=940;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-25.862;NF=172;NR=231;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.776;SC=ATTTTCTATGGAATGCACGCA;SOR=0.529;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1112;TCF=482;TCR=630;TR=403;WE=91809412;WS=91809394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:701,239:0.25:940
chr2	91809456	rs2191971	T	G	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=7.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQRankSum=-15.685;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:418,96:0.19:514
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chr2	91809472	.	G	GTGACTAACAA	3485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=5.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-16.715;QD=8.16;ReadPosRankSum=4.565;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,105:0.25:427
chr2	91925022	rs28577290	C	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=13.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.46;MQRankSum=-1.916;QD=11.39;ReadPosRankSum=-2.217;SOR=0.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
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chr2	95537245	rs4854234	C	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=175;ReadPosRankSum=1.630;SC=GGAGCTGCCCCGCTGACCGCA;SOR=0.804;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=15;WE=95537253;WS=95537235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr2	95537501	rs11889464	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.842;NF=50;NR=45;PP=1254;ReadPosRankSum=-1.151;SC=TCGCCGACCGCGACCAGTCGG;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=119;TCR=106;TR=95;WE=95537509;WS=95537491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,102:0.42:243
chr2	95537572	rs4854235	C	T	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;PP=1222;ReadPosRankSum=-2.216;SC=GCGCAGCGCACGCAGCAAGAC;SOR=0.707;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=298;TCF=160;TCR=138;TR=103;WE=95537580;WS=95537562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,106:0.38:276
chr2	95537622	rs11164112	A	G	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.230;NF=61;NR=38;PP=1320;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GGACACGCACAGCTGGAAGTC;SOR=1.049;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=265;TCF=152;TCR=113;TR=99;WE=95537630;WS=95537612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,103:0.43:241
chr2	95537871	rs377160464	GC	G	336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	95542433	rs17120062	C	G	4334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.263;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.032;NF=96;NR=108;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CCATGACCAACAGTCTCTTCA;SOR=0.834;SbPval=0.38;Source=Platypus;TCF=258;TR=204;WE=95542441;WS=95542423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,212:0.41:516
chr2	95815306	rs36045840	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=855;ReadPosRankSum=0.973;SC=CAGTATGAGTCCTCTGATGCT;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=62;WE=95815314;WS=95815284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,65:0.43:152
chr2	95830652	rs6719142	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=171;ReadPosRankSum=-1.480;SC=ATATCCCATTTGTCCTGATGA;SOR=0.191;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=10;WE=95830660;WS=95830642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	95830737	rs11395151	C	CA	2483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=24;PP=1886;SC=TGTGTACCCACAAAAACTTAA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=46;WE=95830745;WS=95830727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr2	95847040	rs10578519	TGCG	T	10607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=97;PP=2973;SC=GACAAAGGCTTGCGGCGGCGA;SOR=0.710;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=179;TCF=71;TCR=108;TR=156;WE=95847050;WS=95847030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
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chr2	95945830	rs7586229	G	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=15;PP=387;SC=TCCCGGTGTGGCTGCCAGTGT;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=95945838;WS=95945820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	95947085	rs12992066	A	G	8887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=173;PP=2965;SC=CTGGTGTGCCAGAGCTGGGAG;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=131;TCR=175;TR=303;WE=95947093;WS=95947075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr2	95952177	rs7602232	C	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=26;PP=1357;SC=GGCTGGGTGACGGGTAGATGG;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=75;WE=95952185;WS=95952167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	95952641	rs1006021	A	G	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.473;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=87;PP=2305;ReadPosRankSum=0.018;SC=GGTGGAGCACAGGGGCTGCAG;SOR=0.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=254;TCF=98;TCR=156;TR=137;WE=95952649;WS=95952631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,143:0.53:268
chr2	95963242	rs2248415	C	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=6.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr2	96048862	rs58372613	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=5;PP=899;SC=GGAGGGAGCCCACCCGCCCAT;SOR=3.334;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=96048870;WS=96048852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	96076077	rs13010219	C	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.984;NF=34;NR=10;PP=662;ReadPosRankSum=1.329;SC=CTGTCTGCCACTGCCCAAAAT;SOR=1.109;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=125;TCF=91;TCR=34;TR=44;WE=96076085;WS=96076067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,46:0.36:128
chr2	96076409	rs6577014	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=45;PP=1411;SC=AGTTCTGACCCCACTCACCAA;SOR=1.318;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=72;WE=96076417;WS=96076399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	96601240	rs199988716	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=14.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.75;MQRankSum=-3.213;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.915;SOR=2.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
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chr2	96604516	rs62154560	C	T	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.349;NF=129;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.233;SC=CAAAAAACTACGAGCATTTTC;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=206;TCR=61;TR=167;WE=96604524;WS=96604506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,164:0.62:264
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chr2	96604632	rs62154562	A	T	5766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.773;NF=114;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.388;SC=AAATGTGATCACTGTCTTTCA;SOR=0.849;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=536;TCF=219;TCR=317;TR=291;WE=96604640;WS=96604622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,264:0.51:513
chr2	96604679	rs62154563	C	T	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=41.301;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.071;NF=10;NR=85;PP=1713;ReadPosRankSum=-2.957;SC=TAATGATTAACATATCATGTA;SOR=4.076;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=204;TCF=38;TCR=166;TR=95;WE=96604687;WS=96604669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,73:0.41:179
chr2	96604730	rs113311459	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.94;MQRankSum=-4.152;QD=9.68;ReadPosRankSum=2.775;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
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chr2	96610395	rs147285461	C	CA	1491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-18.288;QD=4.06;ReadPosRankSum=5.771;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,59:0.16:367
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chr2	96610413	rs74491979	C	T	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=1.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-19.026;QD=3.95;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,58:0.16:366
chr2	96610420	rs78473403	G	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=2.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-18.682;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,57:0.16:353
chr2	96610731	.	C	G	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=16;MQ=48.47;NF=7;NR=0;PP=65;QD=14.2530303639;SC=GTTGCAGTGACCCAAGATCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=7;WE=96610739;WS=96610724;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr2	96610787	rs112708872	C	CA	774.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.190;HP=7;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-9.625;NF=65;NR=0;PP=1095;ReadPosRankSum=-3.438;SC=ACTCTGTCTACAAAAAATAAG;SOR=3.740;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=143;TCF=123;TCR=20;TR=65;WE=96610795;WS=96610777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,22:0.22:98
chr2	96610806	rs369118326	AGAAAG	A	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=39.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQRankSum=-10.161;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.669;SOR=5.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,30:0.16:185
chr2	96610836	rs11893977	T	C	4849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.739;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-10.763;NF=155;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.905;SC=GTAGATAATATAATAGTCAGG;SOR=1.296;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=444;TCF=296;TCR=148;TR=221;WE=96610844;WS=96610826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,187:0.46:403
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chr2	96610921	rs62154594	T	G	15231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.299;NF=189;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=1.542;SC=TTCTGAAATATTCTAGAAGAA;SOR=0.535;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=685;TCF=303;TCR=382;TR=419;WE=96610929;WS=96610911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,415:0.61:680
chr2	96610952	rs62154595	T	C	8608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.371;NF=106;NR=207;PP=2962;ReadPosRankSum=0.296;SC=GGTTTAAGAATAACATGCAGC;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=491;TCF=173;TCR=318;TR=313;WE=96610966;WS=96610942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,311:0.63:492
chr2	96610958	rs79852024	G	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-3.658;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,68:0.16:433
chr2	96611018	rs62154596	G	A	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.209;NF=0;NR=70;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CAAAAAGGATGGACTTTGAAG;SOR=3.191;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=111;TCF=2;TCR=109;TR=70;WE=96611026;WS=96611008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr2	96616313	.	A	ATT	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.163;NF=17;NR=1;PP=539;ReadPosRankSum=-2.152;SC=AGAGTTGCCTAATTAGTAAAA;SOR=0.340;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=18;WE=96616321;WS=96616304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr2	96616348	rs62154609	C	G	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.082;HP=4;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.699;NF=29;NR=3;PP=2320;ReadPosRankSum=0.132;SC=CAAATAGTTTCTAAAGTTGTG;SOR=1.788;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=68;TCR=9;TR=32;WE=96616363;WS=96616338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr2	96616353	rs150793442	GT	G	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.661;HP=3;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.589;NF=22;NR=3;PP=2349;ReadPosRankSum=0.577;SC=AGTTTCTAAAGTTGTGTGAAG;SOR=2.317;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=25;WE=96616363;WS=96616338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr2	96616355	rs62154610	T	C	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=6.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.185;HP=1;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.691;NF=28;NR=4;PP=2203;ReadPosRankSum=0.457;SC=TTTCTAAAGTTGTGTGAAGAT;SOR=1.584;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=74;TCR=13;TR=32;WE=96616363;WS=96616338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr2	96616378	rs62154611	C	T	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.336;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.710;NF=52;NR=14;PP=1089;ReadPosRankSum=0.913;SC=CATGACATGACAAATGTTAAG;SOR=1.293;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=134;TCF=100;TCR=34;TR=66;WE=96616386;WS=96616368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,55:0.43:128
chr2	96616442	rs74960926	C	A	4207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQRankSum=-13.040;QD=15.25;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,116:0.42:276
chr2	96616448	rs76503749	G	T	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQRankSum=-11.169;QD=14.64;ReadPosRankSum=2.132;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,109:0.39:278
chr2	96616485	rs78218362	C	G	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.848;NF=37;NR=62;PP=1294;ReadPosRankSum=-2.319;SC=TAAAAAATCTCTGAAATCATA;SOR=1.319;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=273;TCF=122;TCR=151;TR=99;WE=96616493;WS=96616475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,94:0.37:251
chr2	96616501	.	C	CAA	2636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=13.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.59;MQRankSum=-6.790;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,76:0.33:231
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chr2	96616532	rs112676430	T	G	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=44.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.98;MQRankSum=-7.019;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.424;SOR=4.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,39:0.25:157
chr2	96616571	rs146478446	C	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=14.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.45;MQRankSum=-5.285;QD=8.33;ReadPosRankSum=-3.506;SOR=2.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
chr2	96616576	rs143490798	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=10.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.93;MQRankSum=-5.425;QD=8.56;ReadPosRankSum=-3.340;SOR=2.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,20:0.25:80
chr2	96616580	rs201649771	A	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=7.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.12;MQRankSum=-4.866;QD=7.02;ReadPosRankSum=-2.623;SOR=2.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr2	96616597	rs114583836	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.51;MQRankSum=-4.928;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,10:0.16:64
chr2	96616599	rs116630524	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.01;MQRankSum=-4.993;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,8:0.13:60
chr2	96616607	rs141967446	G	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.15;MQRankSum=-4.061;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,5:0.10:50
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chr2	96616667	rs77249402	A	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.67;MQRankSum=-0.256;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	96616690	rs111409549	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.98;MQRankSum=-0.036;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	96616997	.	T	G	181	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=61;MMLQ=28;MQ=50.76;NF=9;NR=0;PP=181;QD=23.9745791719;SC=CTCCAGCCTGTGCTGCAGACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=9;WE=96617005;WS=96616987;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,9:0.36:25
chr2	96617023	rs78346055	C	A	1513.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.00;MQRankSum=-1.022;QD=50.46;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr2	96617023	.	CAC	AAA	1766	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=50;MMLQ=18;MQ=52.54;NF=20;NR=7;PP=1766;QD=67.387699069;SC=GACTGTGTTTCACAAAGAAAA;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=27;WE=96617053;WS=96617013;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:45,27:0.38:72
chr2	96617025	rs72492186	C	A	1513.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQRankSum=-0.845;QD=37.85;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,37:0.93:40
chr2	96617039	rs74263747	A	C	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-3.191;QD=21.70;ReadPosRankSum=5.604;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,55:0.67:82
chr2	96617069	rs72935831	A	G	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-7.051;QD=13.26;ReadPosRankSum=6.637;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,66:0.38:175
chr2	96617090	rs72935833	A	G	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=2.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-3.739;QD=10.81;ReadPosRankSum=2.188;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,68:0.30:225
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chr2	96617111	rs76474100	G	A	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQRankSum=-4.381;QD=9.88;ReadPosRankSum=-4.046;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,72:0.28:255
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chr2	96617277	rs62154612	A	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.361;NF=1;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=0.602;SC=TCATATGTAGATTCAAACCTC;SOR=1.739;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=13;WE=96617285;WS=96617267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	96619688	rs74946480	T	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=20.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQRankSum=-13.350;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=1.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,90:0.24:376
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chr2	96619799	rs145806545	A	C	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-12.367;NF=28;NR=61;PP=1556;ReadPosRankSum=2.060;SC=TTCATTTCTTAAAAGAAAACA;SOR=0.506;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=74;TCR=163;TR=89;WE=96619807;WS=96619789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,84:0.36:235
chr2	96619831	rs76870447	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=-8.921;QD=6.15;ReadPosRankSum=-2.519;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,42:0.33:126
chr2	96619832	rs79037822	A	G	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-7.773;QD=16.95;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr2	96619837	rs77007933	CA	GC	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=-7.011;QD=17.01;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,43:0.41:105
chr2	96619853	rs201388512	T	C	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=5.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.480;NF=3;NR=30;PP=637;ReadPosRankSum=0.097;SC=AAAAAAATGGTAAAACAAAGT;SOR=0.894;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=7;TCR=72;TR=33;WE=96619861;WS=96619843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr2	96619873	rs111807008	C	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-5.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.888;NF=2;NR=19;PP=350;ReadPosRankSum=1.673;SC=TCTGAGGAAACTCAGTTATCT;SOR=0.170;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=52;TCF=3;TCR=49;TR=21;WE=96619881;WS=96619863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr2	96652816	rs200039497	CAA	C	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.09;QD=33.30;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	96698185	rs375306245	G	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=77;PP=2163;SC=GGGGAAAGGTGCAAGGATGGA;SOR=1.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=41;TCR=77;TR=118;WE=96698193;WS=96698175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	96780716	rs2229169	T	G	18604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=365;NR=324;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GGCAGATGGCTCCCAGGCTGT;SOR=0.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=694;TCF=367;TCR=327;TR=689;WE=96780724;WS=96780706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,708:1.00:709
chr2	96780986	rs29000568	C	CTCCTCCTCT	17397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.67;QD=43.06;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr2	96781986	rs3111873	G	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=565;SC=GTCGCCCCTCGGGCGGCGCCG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=96781994;WS=96781976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	96795857	rs749458	T	C	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=89;NR=83;PP=2689;SC=GTTGCTGCTCTGAGACTTGAT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=172;WE=96795865;WS=96795847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	96934504	rs62153033	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=519;ReadPosRankSum=-1.536;SC=TAAGATGTGCTACAAGAGGGC;SOR=1.574;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=23;WE=96934512;WS=96934494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr2	96943473	rs3214063	T	C	4324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=94;PP=2785;ReadPosRankSum=-0.125;SC=AAAAGGAGTATAAAAGTGGGC;SOR=0.559;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=307;TCF=151;TCR=156;TR=191;WE=96943481;WS=96943463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,196:0.62:316
chr2	96944126	.	T	TAAAACCAGGCAA	3389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.655;QD=16.38;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,88:0.43:207
chr2	96950487	.	C	CT	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=17;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=18;MQ=59.71;NF=0;NR=7;PP=67;QD=10.4285714286;SC=GCAGCTTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=7;WE=96950495;WS=96950477;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	96952833	rs3171927	A	G	3730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=84;PP=2388;ReadPosRankSum=2.247;SC=GACAACTCCAACTTGGGAAAC;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=267;TCF=118;TCR=149;TR=153;WE=96952841;WS=96952823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,168:0.58:288
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chr2	96956315	rs772176	T	G	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=59;PP=2165;SC=TTGATGCAGGTATCTACATTA;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=96956323;WS=96956305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
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chr2	97560629	rs13421275	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	97560913	rs4907206	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=593;ReadPosRankSum=0.416;SC=TACATCGTATCGTTTTACCCA;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=37;WE=97560921;WS=97560903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr2	97587049	rs34895357	T	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=49;PP=1667;SC=CGCCTTCCCCTTGCTCTCGCC;SOR=2.194;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=65;WE=97587057;WS=97587039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	97595109	rs6725927	T	C	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=58;PP=1519;SC=GAGGGCAGGGTGCACCACTCC;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=95;WE=97595117;WS=97595099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	97613616	rs1624844	T	C	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	97613748	rs1623881	C	A	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=47;PP=1445;SC=CCATTTAATTCTCATAAGTCT;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=97613756;WS=97613738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	97617140	rs1257019	T	C	6420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=129;NR=98;PP=2965;SC=GGAGCAGGGATACCGGGCAGT;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=129;TCR=98;TR=227;WE=97617148;WS=97617130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	97617227	rs1257018	A	G	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=66;PP=2288;SC=GGGAGCTGGGAGGCAGAGGGC;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=122;WE=97617235;WS=97617217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	97637516	rs6714860	T	C	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=14;PP=1389;SC=ATGGTCAAGGTGAAGTGTCCG;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=66;WE=97637524;WS=97637506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	97637905	rs6715329	T	C	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=81;PP=2965;SC=CAGGTGCCTGTATCTTGGGCT;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=103;TCR=81;TR=184;WE=97637913;WS=97637895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	97638038	rs1730120	A	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=36;PP=1210;SC=GAGGATGGGCACGGTGGCGGC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=97638046;WS=97638028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	97638495	rs77169098	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.605;SC=AGGTCAAGTTGCTGAGATGGA;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=97638503;WS=97638485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	97643576	rs1796048	T	C	11945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=233;PP=2965;SC=TACTCCAGCGTTGACGGTTTT;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=403;TCF=169;TCR=234;TR=402;WE=97643584;WS=97643566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr2	97747978	rs1257094	C	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.22;QD=30.94;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	97751782	rs62155549	TG	CA	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.05;QD=49.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	97751786	rs62155551	G	A	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.81;QD=40.98;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	97751832	rs1964494	C	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-3.065;NF=35;NR=17;PP=628;ReadPosRankSum=1.370;SC=GGAGCTGGGGCCTCTGCTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=52;WE=97751840;WS=97751822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr2	97757509	rs1257084	C	T	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.765;SC=ATCAGCATCCCTGATATTCCT;SOR=0.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=101;TCR=151;TR=251;WE=97757517;WS=97757499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr2	97814956	rs4386368	G	A	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=20;PP=1035;SC=GTGGACATACGTGTATAGACT;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=61;WE=97814964;WS=97814946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	97817564	rs33971912	C	CT	1656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.61;QD=38.53;SOR=6.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	97818101	.	T	G	163	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=21;MMLQ=28;MQ=43.29;NF=4;NR=0;PP=163;QD=49.4428031368;SC=TCAAACTCCTTGGCTTCTCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=4;WE=97818122;WS=97818091;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,4:0.24:17
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chr2	97818146	rs145799985	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.561;NF=11;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=-1.534;SC=GAGTAGCTGGGATTATAGGAA;SOR=0.606;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=11;WE=97818154;WS=97818136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
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chr2	98205924	rs74177639	C	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.87;QD=32.85;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr2	98262479	.	A	G	4200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=82;PP=2720;ReadPosRankSum=0.872;SC=AGGAGAAAGAAGCCCGCCCCC;SOR=0.889;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=384;TCF=217;TCR=167;TR=198;WE=98262487;WS=98262469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,203:0.52:391
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chr2	98273661	rs2290124	A	G	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=31;PP=1036;SC=GAGATCTAGAAGGAGGAAGTG;SOR=1.057;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=98273669;WS=98273651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr2	98276014	rs150112418	CCCTCACCTGCCCTGACCAGAA	C	1426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=2926;SC=TGGAAGCTGACCCTCACCTGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=26;WE=98276042;WS=98276004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	98373865	rs62157630	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=412;ReadPosRankSum=2.160;SC=AAACAGAAAGCGTCCAGCACT;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=25;WE=98373873;WS=98373855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr2	98376989	rs3214760	TA	T	1047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=2;PP=1255;SC=CATTTATGGATAAAAAGGTGC;SOR=4.921;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=35;WE=98376997;WS=98376985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	98392302	rs17489259	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.333;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=585;ReadPosRankSum=0.466;SC=AGATCAGCCCGTACCTCCTTG;SOR=0.275;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=44;WE=98392310;WS=98392292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr2	98418812	rs11340992	CA	C	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=566;SC=GTATGAGCTGCAAATAAGGCT;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=15;WE=98418820;WS=98418802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	98449796	rs6721250	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	98453527	rs62154549	G	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=842;ReadPosRankSum=0.850;SC=GAGAAAACTAGGTTACAACTC;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=64;WE=98453535;WS=98453505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr2	98460441	rs66477711	TAG	T	97.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=111;SC=CTGATTTGAATAGAGATATTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=98460450;WS=98460431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	98460742	rs12712162	G	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=156;SC=AGAAAATAAAGTTAAATTTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=98460750;WS=98460732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	98475979	rs6707750	C	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=353;SC=AATTGTTAGACAAATACATAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=98475987;WS=98475969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	98525107	rs1317178	T	C	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=57;PP=2019;SC=AATTATCTTATTAAATATACT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=116;WE=98525115;WS=98525097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	98544058	rs6707719	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=453;SC=AAAAATGGACTGCTTAATGGT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=98544066;WS=98544048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	98611833	rs2279825	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=7;PP=312;SC=CGCCCAACTTTGCGCCGGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=98611841;WS=98611823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	98611994	rs2279824	G	T	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr2	98795873	rs11419620	T	TG	12018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=152;PP=2965;SC=ATTGGCATTGTGGTTATTCTT;SOR=1.209;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=185;TCF=22;TCR=163;TR=174;WE=98795881;WS=98795863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr2	98797744	rs4851890	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=0.748;SC=AGGCCTCCATCGGGTCAGAAG;SOR=0.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=11;WE=98797752;WS=98797734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr2	98804314	rs1466156	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=4;PP=341;SC=ACTAACAAAGGAATGATTGAC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=98804322;WS=98804304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	98811075	rs7579916	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=429;SC=AAGTGGCTTAACATGTAGACT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=98811083;WS=98811065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	98828389	rs62154945	G	A	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=73;PP=1983;ReadPosRankSum=0.454;SC=TCTTTTTTCCGTAGATTGGAA;SOR=0.638;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=269;TCF=143;TCR=126;TR=145;WE=98828397;WS=98828379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,151:0.54:278
chr2	98833166	rs62156665	A	C	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=931;ReadPosRankSum=0.626;SC=GGCTGACAGCAGCTCCTGGCA;SOR=0.705;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=64;WE=98833174;WS=98833156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr2	98833445	rs139373261	A	ACCCC	133.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.386;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr2	98833446	rs67163987	C	CCA	490.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.26;ReadPosRankSum=-1.680;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	98833449	rs62156666	G	C,A	750.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.51;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,6:0.68,0.32:19
chr2	98834550	rs62156669	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=0.473;SC=ACAGGCTGGCGGTCCCTGGGT;SOR=0.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=21;WE=98834558;WS=98834540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr2	98844575	rs7606220	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=318;ReadPosRankSum=-0.612;SC=AACATAGTGAACCTCTTGTCT;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=16;WE=98844583;WS=98844565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr2	98844674	rs7601049	C	G	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=60;PP=1997;ReadPosRankSum=0.145;SC=GAATGAAGATCTGACTCTTTT;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=155;TCR=109;TR=145;WE=98844682;WS=98844664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,150:0.54:276
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chr2	98862097	.	ATACATTAAG	GTACATTAAA,GTACATTAAG	1447	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.12;NF=23,47;NR=59,111;PP=1447,868;QD=18.2983887178;SC=TTTTTCTTAAATACATTAAGT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=47;TCR=111;TR=82,158;WE=98862114;WS=98862087;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.52:158
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chr2	98862150	rs202044554	A	AGTATTCT	1295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.174;NF=0;NR=21;PP=1341;ReadPosRankSum=0.713;SC=AATGTTGCTTAGTGGTATTGA;SOR=0.300;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=21;WE=98862158;WS=98862138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr2	98872662	rs113487988	C	CT	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=1.456;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
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chr2	98887116	.	GTTTG	CTTTG,CTTTT	2013	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=18;MQ=59.86;NF=61,35;NR=15,11;PP=1349,2013;QD=18.2075159546;SC=TTCTTCCTCTGTTTGTTTGTT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=76,46;WE=98887140;WS=98887106;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:78
chr2	98887120	rs62157894	G	T	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.62;ReadPosRankSum=0.788;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr2	98887132	rs62157895	C	G	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.72;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,66:0.57:115
chr2	98887355	rs62157896	C	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=499;ReadPosRankSum=0.138;SC=AGGTGGGTGCCCTGGAGGTCT;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=31;WE=98887363;WS=98887345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr2	98906955	rs62155282	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=182;ReadPosRankSum=1.545;SC=ATCAATTATTTCTGCTTTGTC;SOR=0.446;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=12;WE=98906963;WS=98906945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr2	98907089	.	GT	G	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.203;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr2	98914559	rs62155296	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=0.566;SC=AATAACAGAACGCCAAGGCCA;SOR=0.116;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=98914567;WS=98914549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	98928429	rs17428626	C	G	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1709;ReadPosRankSum=1.583;SC=CGCCCTCGGACTCGGACGGCT;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=220;TCF=115;TCR=105;TR=107;WE=98928437;WS=98928419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,113:0.50:227
chr2	98928494	rs7587534	G	A	7788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=106;PP=2965;SC=CCCGAGCCCAGGGTTTGGGTG;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=153;TCR=106;TR=257;WE=98928514;WS=98928484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	98928929	rs1466944	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=488;SC=CGCGCCGCCTATGCCTGCCCT;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=98928937;WS=98928919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	98948224	rs13427344	C	A	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=82;PP=2478;SC=TGAAGGTAAACTGGATAGAGG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=50;TCR=82;TR=132;WE=98948232;WS=98948214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	98949621	rs17428990	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=-0.051;SC=AGGCCAGAGCGTGTCTCACTC;SOR=0.144;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=12;WE=98949629;WS=98949611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	98950659	rs10181000	T	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.49;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	98994414	rs937725	T	C	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=17;PP=1892;SC=AAACTATCAGTGAGTAATTTC;SOR=2.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=83;WE=98994422;WS=98994404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	99156296	rs6734569	G	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=1.147;SC=CTAAGCCTCAGTTTGCTCATT;SOR=1.193;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=11;WE=99156304;WS=99156286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	99168953	rs1181562	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=282;SC=TGGGTGATTATGGGATATGAT;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=99168961;WS=99168943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	99172243	rs41486345	C	T	4276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=112;PP=2630;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CCATGCCCTCCACTGCATGCC;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=446;TCF=200;TCR=246;TR=204;WE=99172251;WS=99172233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,218:0.46:470
chr2	99179971	rs61748143	C	G	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=888;ReadPosRankSum=0.114;SC=CCACTCTCACCGACTGCGTGG;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=108;TCR=128;TR=77;WE=99179979;WS=99179961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,83:0.34:246
chr2	99182262	rs62157965	A	C	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=72;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TCTGAGCCAGAGAGCGGTTTT;SOR=0.647;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=236;TCF=100;TCR=136;TR=129;WE=99182270;WS=99182252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,142:0.55:258
chr2	99234805	.	G	C	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.674;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=50;PP=1254;ReadPosRankSum=0.677;SC=TGTGTCAACAGTATTGTGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=116;TCF=27;TCR=89;TR=63;WE=99234813;WS=99234795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
chr2	99272802	rs11679648	G	A	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=30;PP=1346;ReadPosRankSum=0.670;SC=GATTTTAAACGGCACATGCTC;SOR=0.750;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=181;TCF=115;TCR=66;TR=86;WE=99272810;WS=99272792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,92:0.49:186
chr2	99439109	.	C	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=452;ReadPosRankSum=-1.022;SC=TCGGCTCGCTCGGCCTTGGGG;SOR=0.515;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=45;WE=99439117;WS=99439099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,50:0.42:119
chr2	99449174	rs2280256	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=468;ReadPosRankSum=-0.416;SC=CGAGATCCCACTGCAGCTCAT;SOR=1.132;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=25;WE=99449182;WS=99449164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr2	99634760	.	G	C	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=65;PP=1667;ReadPosRankSum=0.421;SC=GAACTCATATGATAAGCATTA;SOR=1.027;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=256;TCF=118;TCR=138;TR=112;WE=99634768;WS=99634750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,119:0.44:268
chr2	99725223	rs6542864	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=210;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CAGTCTCATAAAACTCAAAGA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=10;WE=99725231;WS=99725213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
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chr2	99726043	rs6733624	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=476;SC=AAAAAATTAGACCATTATTTC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=99726051;WS=99726033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr2	99771533	rs2516834	C	T	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1553;ReadPosRankSum=1.089;SC=AGCGGAAACGCTTCAAACCGG;SOR=0.460;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=185;TCF=79;TCR=106;TR=105;WE=99771541;WS=99771523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,111:0.58:193
chr2	99771590	rs2632260	G	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=652;ReadPosRankSum=-1.297;SC=TCTTGGGCGCGCGCGGTGTTT;SOR=0.922;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=35;WE=99771598;WS=99771580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr2	99778985	rs2632277	T	C	4536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TGGGACGTTCTTGTCTTCTTT;SOR=0.707;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=335;TCF=168;TCR=167;TR=189;WE=99778993;WS=99778975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,201:0.56:356
chr2	99779131	rs2516835	T	C	5029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.02;MQRankSum=0.961;NF=115;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.192;SC=AGTATGCTGCTTATCATCAAA;SOR=0.616;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=417;TCF=224;TCR=193;TR=221;WE=99779139;WS=99779121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,233:0.52:446
chr2	99802820	rs6757661	A	G	774.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=637;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TTTTGAGACGAAGTCTCTCTC;SOR=3.841;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=26;WE=99802828;WS=99802810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,26:0.90:29
chr2	99804642	rs10865030	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=313;ReadPosRankSum=2.151;SC=TATTTTAGACTGTGACAAAAG;SOR=0.459;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=25;WE=99804650;WS=99804632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr2	99811894	rs7605843	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=519;ReadPosRankSum=0.222;SC=CAGACATTTACCATTTCTTCA;SOR=0.551;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=27;WE=99811902;WS=99811884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr2	99812070	rs1044575	G	A	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.465;NF=51;NR=67;PP=1708;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AGGACTTCCAGCAGAGGAGAA;SOR=1.042;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=200;TCF=95;TCR=105;TR=118;WE=99812078;WS=99812060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,126:0.58:216
chr2	99870872	rs138844118	AAGATAGTATTCTCACAGGCTC	A	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=2251;ReadPosRankSum=-0.440;SC=TCCCTGTTTCAAGATAGTATT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=6;WE=99870900;WS=99870862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	99918077	rs74177686	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.088;NF=7;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TTTCTTACAGACCCAGACAGG;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=99918085;WS=99918067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	99923088	rs13003899	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.360;NF=7;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=-1.117;SC=AAGTACTTATTGATGTAGACA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=99923096;WS=99923082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	99938301	rs13017871	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.117;NF=12;NR=1;PP=251;ReadPosRankSum=-0.488;SC=AGAAACTTTCCACATCTCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=13;WE=99938309;WS=99938291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	99954636	rs11326784	GT	G	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.467;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	99954735	rs4850901	C	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=791;ReadPosRankSum=-1.570;SC=TAACCACCTGCAATGCTTTGG;SOR=0.908;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=51;WE=99954743;WS=99954725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr2	99992822	rs7558074	A	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=1.485;SC=GAAGGAAACAAAGTTCATATA;SOR=0.892;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=9;WE=99992830;WS=99992812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr2	99993176	rs10179343	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=0.924;SC=ACAACTAAAGGCTTTGAACAG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=99993184;WS=99993166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr2	99998561	rs2290256	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=-1.271;SC=AAGGATTGTTCTGTAAAGAAG;SOR=0.818;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=99998569;WS=99998551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	100006620	rs10187843	G	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=452;ReadPosRankSum=-0.222;SC=TTCTAGTGAGGCACACCTATT;SOR=0.454;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=35;WE=100006628;WS=100006610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
chr2	100006904	rs74906568	T	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.336;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
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chr2	100022617	rs13394927	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=-0.453;SC=ATCGGGCAGGGCCTTTAATCC;SOR=0.420;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=20;WE=100022625;WS=100022607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
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chr2	100055158	rs3087399	T	C	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=957;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TTGTAGGGTATTGACAAACTC;SOR=0.764;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=172;TCF=113;TCR=59;TR=64;WE=100055166;WS=100055148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,71:0.39:183
chr2	100055506	rs3087386	A	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=616;ReadPosRankSum=-0.244;SC=CTCCTGGGAAAAGGCTGGAGA;SOR=0.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=40;WE=100055514;WS=100055496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr2	100081323	rs28369943	C	T	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=876;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CACATTATAACAGAAGAATGA;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=108;TCR=45;TR=63;WE=100081331;WS=100081313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,70:0.43:162
chr2	100081561	rs28369942	A	AAAGTC	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=510;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CCAACTGATGAAAGTATACAA;SOR=0.434;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=11;WE=100081569;WS=100081551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr2	100218080	rs4851214	G	A	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=30;PP=849;SC=GCTGGACCACGGCGCTGCCAG;SOR=1.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=100218088;WS=100218070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	100288931	rs4851222	G	A	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=114;NR=57;PP=2965;SC=GTTAACACCCGGCACAGTCCA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=114;TCR=57;TR=171;WE=100288939;WS=100288921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	100289102	rs55779933	C	T	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=70;PP=1548;ReadPosRankSum=0.009;SC=TTAGTGGATTCAGAATAATTC;SOR=0.886;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=233;TCF=93;TCR=140;TR=114;WE=100289110;WS=100289092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,127:0.50:253
chr2	100343557	rs4851223	C	T	6781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=116;NR=122;PP=2965;SC=CGATGTGCCACTGTCTGGACT;SOR=0.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=116;TCR=122;TR=238;WE=100343565;WS=100343547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr2	100454072	rs5832886	C	CT	8209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=93;PP=2979;SC=TTAGTCCCCCCCAACAAAAAA;SOR=1.206;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=14;TCR=99;TR=107;WE=100454080;WS=100454062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	100910578	rs4850925	C	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=9;PP=936;ReadPosRankSum=1.019;SC=GACTTTGTTACGTAACGGGAG;SOR=1.255;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=115;TCF=89;TCR=26;TR=53;WE=100910586;WS=100910568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,53:0.45:118
chr2	100915629	rs4851286	T	C	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=118;PP=2965;SC=TACACTTTGGTATACATTTCA;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=156;TCR=118;TR=273;WE=100915637;WS=100915619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr2	100915772	rs4851287	A	G	5669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=115;PP=2965;SC=GCTCCTTTGAAGTGAGAGATC;SOR=1.449;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=65;TCR=115;TR=180;WE=100915780;WS=100915762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	100916051	rs2033749	T	C	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=142;SC=CTCTATAATCTTAGAGCTGAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=100916059;WS=100916041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	100916306	rs2033748	A	G	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.95;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	100916306	.	AAAGTGTAGA	GAAGTGTAGA,GAAGTGTAGG	601	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=43,16;NR=45,14;PP=601,427;QD=7.22467286985;SC=TATCCTCTTCAAAGTGTAGAC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88,30;WE=100916323;WS=100916296;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:88
chr2	100916315	rs11123823	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,36:0.40:90
chr2	100917109	rs13006224	C	T	4038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=82;PP=2522;ReadPosRankSum=0.841;SC=GTCATACCTCCGAGCTCCCTG;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=355;TCF=182;TCR=173;TR=176;WE=100917117;WS=100917099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,186:0.49:381
chr2	100925803	rs10195793	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=0.629;SC=TATAAATACAATACAATACAA;SOR=0.293;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=15;WE=100925811;WS=100925793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	100938205	rs184118488	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CGCCGCCCGGGTTCTCCGCGG;SOR=0.527;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=8;WE=100938213;WS=100938195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	100938226	rs74177694	G	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	100938481	rs74177696	C	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CCTCTAAGCGCTGGGCGATCG;SOR=1.093;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=12;WE=100938489;WS=100938471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr2	100986964	rs1437971	A	C	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=53;PP=1615;SC=GCACTGGGCAAACTTCTGAAC;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=100986972;WS=100986954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	101009600	rs1530030	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=433;ReadPosRankSum=0.127;SC=GACCCCGGGCGTCCTCAAAGG;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=46;TCR=1;TR=22;WE=101009608;WS=101009590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr2	101010082	rs3748930	G	C	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=87;PP=1991;ReadPosRankSum=-0.260;SC=GGATCCCCCGGGTCTCTGTCC;SOR=0.894;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=292;TCF=140;TCR=152;TR=161;WE=101010090;WS=101010072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,168:0.55:306
chr2	101011877	rs2241810	T	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=671;ReadPosRankSum=0.665;SC=CTCCGATCAATCTGCCAAGTA;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=49;WE=101011885;WS=101011867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
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chr2	101031561	rs3828193	G	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=730;ReadPosRankSum=-1.199;SC=GAGGTTCTTGGTTCCTCTTGT;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=27;TCR=73;TR=44;WE=101031569;WS=101031551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr2	101086894	rs13385681	G	A	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=17;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.752;SC=GGAAATGCGCGGCTCCTGTCC;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=106;TCR=32;TR=71;WE=101086902;WS=101086884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,73:0.50:145
chr2	101086966	rs13411940	C	T	4976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.661;SC=ACATCTTCGTCCCCAGTTCCC;SOR=0.887;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=423;TCF=246;TCR=177;TR=229;WE=101086974;WS=101086943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,235:0.53:443
chr2	101087104	rs13414632	C	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=58;PP=1437;ReadPosRankSum=0.442;SC=CCCAGGGCAGCTCTGGAGGGA;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=17;TCR=93;TR=69;WE=101087112;WS=101087094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr2	101087191	rs13388529	G	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.998;SC=AGAGGATCAAGAGAGCGAGAT;SOR=0.141;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=11;WE=101087199;WS=101087181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	101093556	rs6726587	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=348;ReadPosRankSum=1.266;SC=ACTCATTAAATTTACGTAATA;SOR=0.509;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=46;TCR=1;TR=20;WE=101093564;WS=101093549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr2	101095733	rs7561811	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=0.461;SC=GAGTAGAAAGAAATGCGCATA;SOR=0.616;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=12;WE=101095741;WS=101095723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	101096802	rs7565675	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=367;ReadPosRankSum=1.991;SC=AGATCACGGCAGTGATCCCAC;SOR=0.487;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=27;WE=101096810;WS=101096792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr2	101096834	rs13428749	C	A	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=660;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CTCTCCACCTCCTCTTTTGCA;SOR=0.831;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=51;WE=101096842;WS=101096824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr2	101096860	rs7568519	T	C	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=803;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTTCTGACTATCTTAGAAGCA;SOR=0.922;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=62;WE=101096868;WS=101096850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,68:0.59:116
chr2	101096903	rs13393776	T	C	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=834;ReadPosRankSum=0.311;SC=GCAAGACAACTGCAAGGTCAT;SOR=0.588;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=74;WE=101096911;WS=101096893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,79:0.60:131
chr2	101096960	rs1519654	C	T	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=47;PP=1745;SC=CCTTGCAGGGCTCGGGGACTG;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=82;WE=101096968;WS=101096950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	101126124	rs1829479	T	A	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=113;PP=2965;SC=TTTCTCCTTATTATGTTACTT;SOR=2.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=42;TCR=113;TR=155;WE=101126132;WS=101126114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	101179341	rs2970988	A	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.27;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	101179341	.	AG	GA,GG	73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5,13;NR=0,1;PP=58,73;QD=22.2935749724;SC=CTTCTGTGCCAGTTCCTTGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5,14;WE=101179350;WS=101179331;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.36:14
chr2	101179342	rs2309848	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	101185534	rs188929757	T	G	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,95:0.44:215
chr2	101186088	rs1052117	C	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.376;NF=40;NR=6;PP=852;ReadPosRankSum=-1.568;SC=AGAATAAATTCGGAGAAGTTT;SOR=1.167;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=68;TCR=13;TR=46;WE=101186096;WS=101186078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr2	101188373	rs138885839	C	CCTGTGTATGAGTGA	1998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.760;NF=1;NR=22;PP=2897;ReadPosRankSum=0.765;SC=TTCACTTCTGCCTGTGTATGA;SOR=2.666;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=84;TCF=6;TCR=78;TR=23;WE=101188381;WS=101188363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr2	101520972	rs5832941	A	AT	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=341;SC=GCCCAATGAAAGAGTGCCTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=101520980;WS=101520962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	101521173	rs57350721	ATT	A	292.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.51;ReadPosRankSum=0.993;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr2	101541798	rs356651	C	T	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=29;PP=915;SC=CACCCTGCCCCGTCCATGTGG;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=101541806;WS=101541788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	101564628	rs10207725	A	G	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=15;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TGAATGTTCAATTTTTGTTTT;SOR=0.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=99;TCR=24;TR=75;WE=101564636;WS=101564618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,82:0.61:134
chr2	101566070	rs3739005	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=0.962;SC=TTTGAATTTTCGAGTTCCCAG;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=101566078;WS=101566060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	101581246	rs7581886	C	T	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=1.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	101581294	.	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,19:0.16:117
chr2	101581976	rs4851392	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=372;ReadPosRankSum=-0.621;SC=AGCCTCTCTGATTTTGACCAT;SOR=1.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=18;WE=101581984;WS=101581972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	101591304	rs2305160	A	G	3407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=72;PP=2078;ReadPosRankSum=-1.177;SC=GCACTTTAACACACTCGACGT;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=305;TCF=167;TCR=138;TR=156;WE=101591312;WS=101591294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,171:0.52:327
chr2	101612051	rs2305158	G	A	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=35;PP=1438;SC=ATAATGCCCCGGCACTGAAGT;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=64;WE=101612059;WS=101612041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	101619283	rs2278724	C	G	11496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=240;NR=178;PP=2965;SC=GAGTATCCCTCTAGCCGCCCT;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=419;TCF=240;TCR=179;TR=418;WE=101619291;WS=101619273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr2	101619321	rs2278723	T	C	13635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=247;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.163;SC=GTCTGGTTGTTACCGAGAGAT;SOR=0.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=498;TCF=249;TCR=249;TR=495;WE=101619329;WS=101619311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,516:1.00:517
chr2	101620856	.	TAA	T,TA	1810.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.06;ReadPosRankSum=1.513;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,19,61:0.22,0.71:86
chr2	101622696	rs34763346	T	TG	4558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=42;PP=2936;SC=GATCCATATCTGGGATGTAAA;SOR=0.905;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=77;WE=101622704;WS=101622686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	101624471	rs746924	T	C	10382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=164;PP=2965;SC=GTCCAGTCCCTTTCTGCCGCC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=181;TCR=164;TR=345;WE=101624479;WS=101624461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr2	101627343	.	CAA	C	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=-0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=2.253;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	101627852	rs1062059	C	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=2;PP=719;SC=AGGGCAACCCCGGTGCCTCCC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=101627860;WS=101627842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	101638888	rs3739014	A	G	5695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=100;PP=2965;SC=ACTGCCGGGCATCTATGCGGT;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=95;TCR=100;TR=195;WE=101638896;WS=101638878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	101646144	rs3739015	G	A	11376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=195;PP=2965;SC=AGAGAGAGACGGACGCCAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=398;TCF=203;TCR=195;TR=398;WE=101646152;WS=101646134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr2	101652732	rs4850957	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=625;ReadPosRankSum=0.302;SC=CCCTGCTCTCCGAGGGGCCAA;SOR=0.465;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=39;WE=101652740;WS=101652722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr2	101656726	rs2289953	T	C	6771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.247;SC=ATCCGCCCCGTGGTGTGACAG;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=124;TCR=125;TR=248;WE=101656734;WS=101656716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr2	101675808	rs7572457	A	G	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=18;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.433;SC=AACTGTTAGTATGCTACAGTG;SOR=1.048;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=132;TCF=96;TCR=36;TR=76;WE=101675816;WS=101675798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,79:0.57:139
chr2	101870073	rs874272	T	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=747;ReadPosRankSum=2.413;SC=TCCGCCTCTCTCTGCGTTCCC;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=33;WE=101870081;WS=101870063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr2	101883027	rs3736586	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=1;PP=592;ReadPosRankSum=0.541;SC=TCAATGCAGATAGTTTTGTAG;SOR=0.407;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=51;TCR=1;TR=31;WE=101883035;WS=101883017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr2	101883046	rs1660694	A	G	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=4;PP=1057;ReadPosRankSum=0.580;SC=AGCTTTTTGTATAAAATGCTT;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=70;TCR=6;TR=46;WE=101883054;WS=101883036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr2	101898412	rs13151	G	C	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=770;ReadPosRankSum=1.789;SC=GTGGACTGCTGTCATCACTTC;SOR=0.741;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=48;WE=101898420;WS=101898402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr2	101925026	rs11123868	T	C	9451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=234;PP=2965;SC=GCCCCGACGCTGGCTTCGCGC;SOR=1.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=348;TCF=113;TCR=235;TR=347;WE=101925034;WS=101925016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr2	101967346	rs6543032	C	T	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=40;PP=2127;ReadPosRankSum=0.777;SC=AAAAGGTTTTCATTTAAGTGC;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=150;TCR=67;TR=133;WE=101967354;WS=101967336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,143:0.62:230
chr2	102000210	rs11694978	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=-2.170;SC=GCTGTGGCTCGACTTGATCTG;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=23;WE=102000218;WS=102000200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr2	102003633	rs11554173	G	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr2	102003962	rs116287156	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=5.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=478;ReadPosRankSum=1.721;SC=CCAGCAGCGCTAGTGCCGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=22;WE=102003970;WS=102003952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr2	102018878	rs11123876	G	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=569;ReadPosRankSum=0.742;SC=CTGTGTGGAAGGGGGTCCTGG;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=37;WE=102018886;WS=102018868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr2	102027050	rs35603034	CT	C	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.965;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,36:0.21:173
chr2	102029273	rs11689348	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=420;ReadPosRankSum=2.195;SC=ATCGGAGTTATAAAGTTCTAC;SOR=0.914;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=22;WE=102029281;WS=102029263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
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chr2	102031489	rs4851435	C	G	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=576;ReadPosRankSum=1.192;SC=TAAACTGCAACTTCCCCCACC;SOR=0.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=39;WE=102031497;WS=102031479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr2	102035192	rs6709913	C	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=410;SC=TCCATACACCCCACTATTCAC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=102035200;WS=102035182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	102038849	rs4851436	T	A	12129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=176;NR=237;PP=2965;SC=TTTCTTTGCCTGTTCTTGCTC;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=413;TCF=176;TCR=237;TR=413;WE=102038857;WS=102038839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr2	102066878	rs4851448	A	T	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=339;SC=AGAGATGGAGATTTGCCATGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=102066886;WS=102066871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	102067083	rs7585228	T	C	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=78;PP=2667;SC=ACCTATCAGGTAGCAATACTG;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=158;WE=102067091;WS=102067073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	102068715	rs11123884	C	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=467;SC=GGAATTAATGCGAATTGTGGA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=102068723;WS=102068705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	102068872	rs4851449	T	A	5568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=85;PP=2965;SC=GTGCCCAGCCTCCGGGTGCCA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=100;TCR=85;TR=185;WE=102068880;WS=102068862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	102069002	rs4851450	T	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=38;PP=1053;SC=ATATTCCTTTTCCTCTTTTCT;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=102069010;WS=102068992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	102083393	rs11680478	T	C	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=82;PP=2823;SC=GAGGAGGAAATTGGCATTTGT;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=67;TCR=82;TR=149;WE=102083401;WS=102083383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	102090771	.	C	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.954;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=347;ReadPosRankSum=-1.723;SC=CCGAGGCAGGCAGCGAGCGGC;SOR=1.101;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=20;WE=102090779;WS=102090761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr2	102314391	.	C	CCCG	714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=649;ReadPosRankSum=-1.300;SC=CGCAGCCGAGCCCGCCGCCGC;SOR=0.638;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=16;WE=102314399;WS=102314381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr2	102314437	rs13430711	T	C	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=856;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CCGGGCCGGCTCGGCTGCCGC;SOR=0.656;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=79;TCR=19;TR=51;WE=102314445;WS=102314427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr2	102450724	.	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=288;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CCTCCGCTCCGTAAGTTCTAC;SOR=0.191;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=13;WE=102450732;WS=102450714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr2	102632582	rs3819369	T	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=41;PP=899;ReadPosRankSum=0.401;SC=AAAGAAAGACTTAAAATATCG;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=3;TCR=63;TR=43;WE=102632590;WS=102632572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr2	102774054	rs2287047	G	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=17;PP=618;SC=AGAAAAACCAGTTCATCAGTG;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=41;WE=102774062;WS=102774044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	102788409	rs2041747	G	A	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=105;PP=2965;SC=TCACATTTTGGTGTTAAATCC;SOR=1.541;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=59;TCR=107;TR=164;WE=102788417;WS=102788399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	102792875	rs3917320	A	C	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=61;PP=2667;SC=CATTTTAGTCAGAGAAACATC;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=158;WE=102792883;WS=102792865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	102793907	rs3917325	T	G	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=84;PP=2486;SC=TCACTGACCCTGGAGCGGCTC;SOR=3.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=10;TCR=84;TR=94;WE=102793915;WS=102793897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	102803444	rs13017584	T	C	6678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CCGCCCACGGTGGCGGGGAAA;SOR=0.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=121;TCR=115;TR=234;WE=102803452;WS=102803434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr2	102849348	rs12987900	G	A	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=1010;ReadPosRankSum=0.073;SC=CATGGTAGCCGCTCAGGCTTC;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=65;WE=102849359;WS=102849338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,69:0.51:135
chr2	102851243	rs6742931	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=355;SC=TGAGACTTCACTTCAAAAAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=102851254;WS=102851233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	102851708	rs2302612	T	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=45;PP=1119;SC=GTCCAGCTGCTGCAGCACACA;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=102851716;WS=102851698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	102855831	rs12993937	G	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=449;ReadPosRankSum=0.692;SC=GAGCTCAGGCGTAGAGAAGAG;SOR=2.070;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=21;WE=102855839;WS=102855821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr2	102955468	rs1041973	C	A	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=1651;ReadPosRankSum=0.478;SC=CTACCAGCTGCAGTTGCTGAT;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=161;TCR=187;TR=130;WE=102955476;WS=102955458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,138:0.38:366
chr2	102957291	rs13029918	A	G	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=53;PP=1331;ReadPosRankSum=0.224;SC=GGTCAAGGGTAAGCTACTGAC;SOR=0.565;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=268;TCF=119;TCR=149;TR=100;WE=102957299;WS=102957281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,106:0.37:289
chr2	102957716	rs1420101	C	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr2	102959646	rs62152661	A	G	4801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=1.832;SC=AGGTATTTTTATATTGAAGAG;SOR=0.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=180;TCR=148;TR=195;WE=102959654;WS=102959630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,208:0.60:344
chr2	102967928	rs4988955	A	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=2;PP=744;ReadPosRankSum=-0.330;SC=AGACTTTTAAATGTTCAGGAT;SOR=1.287;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=52;TCR=4;TR=35;WE=102967936;WS=102967918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr2	102968007	rs4988956	G	A	4381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=68;PP=2697;ReadPosRankSum=2.104;SC=TGTAGTCACTGCAGTGGAAAC;SOR=0.568;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=306;TCF=198;TCR=108;TR=190;WE=102968015;WS=102967997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,199:0.62:322
chr2	102968075	rs4988957	T	C	6678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TCACTCACAATAAGGAGTTTG;SOR=0.548;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=499;TCF=268;TCR=231;TR=290;WE=102968083;WS=102968065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,299:0.58:518
chr2	102968211	rs10192036	CA	AG	5472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=76;PP=2944;ReadPosRankSum=0.570;SC=GGACTCCCTCCAGCATCTTAT;SOR=0.658;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=261;TCF=102;TCR=159;TR=119;WE=102968220;WS=102968201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,146:0.50:290
chr2	102968285	rs4988958	T	C	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1155;ReadPosRankSum=1.405;SC=CCCTGAATTCTAAATTCTGGA;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=66;WE=102968293;WS=102968275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,71:0.53:133
chr2	102968356	rs10192157	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.04;ReadPosRankSum=0.761;SOR=1.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr2	102968362	rs10206753	T	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.18;ReadPosRankSum=1.149;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr2	102979028	rs2287037	C	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=717;ReadPosRankSum=0.604;SC=ATTTTTAAACCTTCATAAGAT;SOR=0.443;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=125;TCF=92;TCR=33;TR=54;WE=102979036;WS=102979018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr2	102979238	.	G	GT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr2	102984279	rs1420098	T	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=821;ReadPosRankSum=0.302;SC=TACTAATCTTTTGAAGAATCT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=45;WE=102984287;WS=102984269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr2	102984624	rs1362348	C	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CAGATAATCACCACATCCTTT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=17;WE=102984632;WS=102984614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr2	102998279	rs3213732	A	G	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=192;SC=AAAACTAAGAAAAGAGTGCCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=102998287;WS=102998269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	103006448	rs6749014	C	T	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=23;PP=2209;SC=TGGACAAGCACGTGATGATGG;SOR=2.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=83;TCR=23;TR=106;WE=103006456;WS=103006438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	103010912	rs1420096	C	T	6370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=72;PP=2965;SC=ATTAAAAGAGCCAATCTTACC;SOR=1.548;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=147;TCR=72;TR=219;WE=103010920;WS=103010902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	103039584	rs3817465	A	T	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=5;PP=1507;SC=CCTGTGTGAGATGCACTTTGT;SOR=4.548;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=59;WE=103039592;WS=103039574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	103039873	rs2272127	C	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-5.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=34;PP=637;ReadPosRankSum=0.089;SC=GATGGATAACCTGATATATCA;SOR=0.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=9;TCR=78;TR=38;WE=103039881;WS=103039863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr2	103040247	rs11377261	T	TG	3775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=6;PP=2974;SC=TGTTTCCATGTGCTTTGTTTA;SOR=4.228;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=64;TCR=6;TR=67;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	103040249	rs2272129	C	T	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=6;PP=1838;SC=TTTCCATGTGCTTTGTTTATT;SOR=4.357;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=77;TCR=8;TR=77;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	103048738	rs62154972	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=361;ReadPosRankSum=0.561;SC=TTGAGTCGCTGGCTGAGCTCT;SOR=0.197;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=23;WE=103048746;WS=103048728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr2	103057668	rs11465700	G	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.421;SC=TGAAGACAGAGCTCCAAGACA;SOR=1.268;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=74;WE=103057676;WS=103057658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,78:0.51:154
chr2	103057717	rs11465701	A	G	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.691;SC=AATCTTCATCAAGCAGGCCTT;SOR=0.492;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=125;TCR=99;TR=94;WE=103057725;WS=103057707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,103:0.43:240
chr2	103059613	rs1558651	A	G	5835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=80;PP=2965;SC=AGGACAAAGTATTCTCACCAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=114;TCR=80;TR=194;WE=103059621;WS=103059597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	103095404	rs11692304	G	A	8911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=171;NR=153;PP=2965;SC=ACCACAAATCGCCTCCGGTCA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=172;TCR=153;TR=324;WE=103095412;WS=103095394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr2	103120232	rs2075188	G	A	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=101;PP=2965;SC=CATCACATGAGCCAGGCATCT;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=73;TCR=101;TR=174;WE=103120240;WS=103120222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	103120311	rs2075187	G	A	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=827;SC=AAACTTTTATGAAACCTGATT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=103120319;WS=103120301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	103125182	rs6724322	C	T	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=160;SC=GCAGCATTTACTCTGTAATAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=103125190;WS=103125172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	103125457	rs6739301	A	G	14452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.89;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr2	103125466	rs6742381	T	C	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.75;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,319:0.99:323
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chr2	103136446	rs1403551	T	G	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=38;PP=1072;SC=TGTCCCCATTTTCTGTCCTTG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=103136454;WS=103136436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr2	103141651	rs1024798	G	C	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=40;PP=1164;SC=TTCCTTCAGTGTGCAAGTGTT;SOR=4.271;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=103141659;WS=103141641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	103149100	rs1014286	G	A	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=57;PP=1854;SC=CCATGGACACGGCAGGGACCA;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=91;WE=103149108;WS=103149090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	103149162	rs2008159	A	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=35;PP=1066;SC=ATTGTCCACAAGATTGTTTTG;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=103149170;WS=103149152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	103149182	rs2008157	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=30;PP=862;SC=GGTGTTTCTCAAGAGTCTGTC;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=103149190;WS=103149172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	103300506	rs6757258	A	G	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=21;PP=1644;SC=CTTTGTCCCCATCGCAGAAGC;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=88;WE=103300514;WS=103300496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	103334969	rs1052431	G	A	8723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=168;PP=2965;SC=CTAACACAGCGCCCAGGCTGG;SOR=0.943;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=141;TCR=170;TR=308;WE=103334985;WS=103334959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr2	103335441	rs33993717	A	G	3685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=81;PP=2313;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CACCAGAAATATGTCCCACAT;SOR=0.822;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=476;TCF=248;TCR=228;TR=180;WE=103335449;WS=103335431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,188:0.38:494
chr2	103343234	rs3796061	G	C	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.81;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	103431404	rs887987	T	C	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=72;PP=1654;SC=GGTTGTTGGATGGCATATTCA;SOR=2.454;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=24;TCR=72;TR=95;WE=103431412;WS=103431394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	105472055	rs186512421	T	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	105709023	rs6543282	T	C	4315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=95;PP=2479;SC=TTAGCAAAAGTGAAGGTAATG;SOR=1.459;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=58;TCR=95;TR=153;WE=105709031;WS=105709013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	105885961	rs2241797	T	C	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=40;PP=1690;SC=GGGGCCAGCATGCAGGTAGAT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=105885969;WS=105885951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	105897261	rs2679833	C	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=48;PP=1362;SC=TGGAGGGGAGCGCACGGTGGC;SOR=1.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=73;WE=105897269;WS=105897251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	105924510	rs2241801	A	G	5697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=83;PP=2965;SC=CTGAGGCCGCACGCAGCTCGT;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=107;TCR=84;TR=190;WE=105924518;WS=105924500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	105953909	rs2033727	G	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.885;NF=27;NR=11;PP=607;ReadPosRankSum=-0.495;SC=ACCCGAACCAGCAGCGAGAGA;SOR=1.163;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=38;WE=105953917;WS=105953899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr2	105953938	rs3217439	G	GC	5467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=40;PP=2967;SC=GGCATGCGGCGACTCAGAGTG;SOR=1.162;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=78;WE=105953946;WS=105953928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	105954140	rs55772482	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=455;ReadPosRankSum=0.188;SC=TCACTCTGGAGCAGGTTGGGC;SOR=2.190;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=28;WE=105954148;WS=105954130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr2	105959592	rs28930676	G	A	4085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=95;PP=2605;ReadPosRankSum=0.029;SC=AGTCCTTCAGGCCCTGTGAAG;SOR=0.482;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=327;TCF=144;TCR=183;TR=180;WE=105959600;WS=105959582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,191:0.55:345
chr2	105961703	rs2679842	G	A	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=11;PP=985;SC=TTGGTTGTTTGAAATGTTCAT;SOR=2.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=52;WE=105961711;WS=105961693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	105977761	rs11124029	G	A	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=992;ReadPosRankSum=0.219;SC=TCCCACAGTCGGGGCACAGGA;SOR=0.648;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=60;WE=105977769;WS=105977751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr2	105977776	rs3087523	G	A	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=556;ReadPosRankSum=-0.698;SC=ACAGGATGTCGTCCCTCTCTG;SOR=0.607;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=46;WE=105977784;WS=105977766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr2	105979730	rs2278502	C	A	6779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=2.772;SC=ATGGGAACCCCGGGACACTCA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=526;TCF=297;TCR=229;TR=288;WE=105979738;WS=105979720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,307:0.55:561
chr2	106013216	rs11891016	T	C	9217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CTCAGTATAATGCAACTTGAG;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=342;TCF=101;TCR=241;TR=341;WE=106013224;WS=106013206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,348:1.00:349
chr2	106013248	rs11884297	C	T	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=139;PP=2965;SC=ATAAATGTGGCTTTGATCAAA;SOR=3.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=19;TCR=140;TR=158;WE=106013256;WS=106013238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	106471393	rs6543345	T	C	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=20;PP=1625;SC=AGGAGAAAACTGGTTGCAGAG;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=76;WE=106471401;WS=106471383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	106682226	rs4271786	T	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.65;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr2	106682235	rs4266035	C	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.04;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr2	106682365	rs4477942	T	G	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=631;ReadPosRankSum=-0.787;SC=GGCGCTTCCATGGTGCCCGGG;SOR=0.623;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=46;WE=106682373;WS=106682355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr2	106690542	rs35317173	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=0.822;SC=CCACAGGGAAGGGTGGCAGGG;SOR=1.508;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=106690550;WS=106690532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	106710668	rs11268588	C	CGCAGGAAGGAAGTGCCACCTT	1407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.28;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	106715342	rs3820891	G	A	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=81;PP=2278;SC=ACCTCCCTGCGCTGCTTCAGC;SOR=2.183;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=29;TCR=81;TR=110;WE=106715350;WS=106715332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	106717274	rs3739136	A	G	190.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=106;SC=TCTTAGACCCAGGCCCTTCAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=106717282;WS=106717264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	106717656	rs10177888	G	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=32;PP=837;SC=CCTCCCAGAAGAAAAATTACC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=106717664;WS=106717646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	106742139	rs4851925	C	T	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=98;NR=67;PP=2763;SC=GCCAGCCCTACAGAAAGCAAT;SOR=0.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=98;TCR=67;TR=165;WE=106742147;WS=106742129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	106742177	rs3739137	T	A	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=84;PP=2944;SC=TGAATTTACATGTGCAGGCAC;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=86;TCR=84;TR=170;WE=106742185;WS=106742167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	106780015	rs3910716	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=349;SC=AATGCGTATACAGACATTTAT;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=106780023;WS=106780005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	106780055	rs10631203	C	CTG	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=5;PP=921;SC=AGCAAACAAACAGAATTAATT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=106780063;WS=106780045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	106780204	.	AAC	A	777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=716;ReadPosRankSum=1.294;SC=TTAAAGCAAAAACACAGTTCT;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=19;WE=106780213;WS=106780194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,28:0.24:118
chr2	106782398	rs4851115	C	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=7;PP=1034;SC=CAAGAACCCACTTTTGTTTTA;SOR=2.636;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=41;WE=106782406;WS=106782388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	106810727	rs7604916	A	G	9087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=182;PP=2965;SC=CCAGGGCCCTACCGCGCGGGG;SOR=1.172;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=125;TCR=182;TR=307;WE=106810741;WS=106810709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr2	106992952	rs4641931	A	G	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.891;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.423;NF=36;NR=19;PP=2882;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CATCTGACCTATGTGGGCAAA;SOR=1.259;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=55;WE=106992971;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,77:0.51:152
chr2	106992963	rs11464214	A	AG	3218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.993;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.107;NF=20;NR=25;PP=2883;ReadPosRankSum=1.103;SC=TGTGGGCAAAATTCCTGTGCT;SOR=1.025;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=45;WE=106992971;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,85:0.52:164
chr2	107007467	rs7575679	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=15.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQRankSum=-12.366;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,41:0.16:251
chr2	107007576	rs60043380	A	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.537;NF=5;NR=42;PP=983;ReadPosRankSum=-1.436;SC=ACCAAAATCCATGCTTCTCAA;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=47;WE=107007584;WS=107007566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr2	107107472	rs139702056	C	G	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.299;NF=62;NR=42;PP=1595;ReadPosRankSum=-0.659;SC=AGGCCCCGAGCAGTGATAGTC;SOR=1.012;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=262;TCF=147;TCR=115;TR=104;WE=107107480;WS=107107462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,107:0.39:271
chr2	107107511	rs11124115	C	T	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.209;NF=66;NR=42;PP=1525;ReadPosRankSum=0.243;SC=TCTGGGATTCCGCAAAAGGGA;SOR=1.035;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=272;TCF=154;TCR=118;TR=108;WE=107107519;WS=107107501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,117:0.41:283
chr2	107107567	rs2228021	G	C	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=118;PP=2965;SC=GCTGTGTTTCGGGATGCAAGC;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=131;TCR=118;TR=249;WE=107107575;WS=107107557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr2	107107694	rs6543414	A	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.08;QD=30.66;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	107107765	rs6543415	C	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=44;PP=1256;SC=GACCACCAGGCTTCAGTGTGC;SOR=3.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=53;WE=107107773;WS=107107751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	107118896	rs4340514	T	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.39;MQRankSum=-1.695;QD=28.36;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr2	107119136	rs4365459	G	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085;FS=3.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=2.242;NF=7;NR=20;PP=533;ReadPosRankSum=2.589;SC=ATTTGCCTCAGAGAACCTGCG;SOR=2.066;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=27;WE=107119144;WS=107119126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr2	107120812	rs62154001	T	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.39;MQRankSum=-1.960;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr2	107121040	rs146000492	T	TA	5587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.651;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-1.780;NF=56;NR=63;PP=1719;ReadPosRankSum=1.147;SC=AGACCCCATCTAAAAAAAAAT;SOR=1.216;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=119;WE=107121055;WS=107121030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,205:0.97:212
chr2	107423395	rs1470590	T	G	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=46;PP=1362;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TGGACATCATTATGAGGATTC;SOR=0.668;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=256;TCF=128;TCR=128;TR=98;WE=107423403;WS=107423385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,103:0.38:271
chr2	107446396	rs877693	T	C	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=0;PP=842;SC=AAATCAGAAATACTTCTGGTT;SOR=5.838;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=36;WE=107446404;WS=107446386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	107446430	rs935565	T	C	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=17;PP=1795;SC=ATAAGGTATTTTCAACCTGTA;SOR=2.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=76;WE=107446438;WS=107446420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr2	107450390	rs7608410	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=7.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.941;SOR=2.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
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chr2	107450589	rs3796111	C	T	6729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=136;PP=2965;SC=ATCTCAAAACCGCATCATGAG;SOR=1.083;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=100;TCR=136;TR=236;WE=107450597;WS=107450579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	107459974	rs3796110	C	T	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1431;ReadPosRankSum=-0.387;SC=CCTGGCTCCCCGGGGGAAGGG;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=126;TCR=114;TR=96;WE=107459982;WS=107459964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,102:0.40:252
chr2	108863650	rs9646947	A	C	7480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=157;NR=102;PP=2965;SC=CCAGATTCCCAATGGCGAAGA;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=157;TCR=102;TR=259;WE=108863658;WS=108863640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	108863767	rs9308806	A	C	7445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=137;PP=2965;SC=GGGAAAAAGTATGTAATTTCC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=110;TCR=137;TR=247;WE=108863775;WS=108863757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	108868736	rs13030422	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=368;SC=GTGCTCTCATGTTGCTGTCTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=108868744;WS=108868726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	108875464	.	AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT	A	12657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=112;PP=2974;SC=ATTCTTGGAGAAAACTTGGTC;SOR=1.215;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=29;TCR=132;TR=135;WE=108875493;WS=108875454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr2	108876948	rs4141931	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=722;SC=GTGGGTAGGCCTAGGAACCAT;SOR=3.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=108876956;WS=108876938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	108877062	rs4141932	T	A	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=84;PP=2965;SC=TACTGTGGCTTTGAATGAGAA;SOR=1.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=142;TCR=84;TR=225;WE=108877070;WS=108877052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	108910870	.	CCT	C	970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.547;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.516;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=461;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TCTGTTTTCCCCTGTCTTTTC;SOR=0.036;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=12;WE=108910879;WS=108910860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr2	108915136	rs7590599	T	C	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=39;PP=1800;SC=CTGCCCCTGGTCTTCTTTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=94;WE=108915144;WS=108915126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	108915263	rs4149422	C	T	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=48;PP=1382;SC=TTTTCCCTCACTTGTTTTGTA;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=108915271;WS=108915253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	108994808	rs1402467	C	G	5066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.483;SC=CCTTACACGACATGGAGGATT;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=390;TCF=219;TCR=171;TR=212;WE=108994816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,227:0.53:426
chr2	108999786	rs4149436	T	C	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.607;SC=TAATGGAACATTCTCACTTCT;SOR=0.766;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=60;WE=108999794;WS=108999776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr2	109003761	rs3731686	A	G	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1056;ReadPosRankSum=0.739;SC=CCTCTCCCACATAACTGTATT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=83;WE=109003769;WS=109003751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,91:0.62:147
chr2	109006665	rs13021399	T	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1029;ReadPosRankSum=0.299;SC=AGAGATGCAATAGGTAACCTA;SOR=0.494;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=175;TCF=62;TCR=113;TR=73;WE=109006673;WS=109006655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,74:0.42:178
chr2	109065858	rs2460947	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=345;ReadPosRankSum=0.886;SC=CCCGCGCTGCTGTCGCCTCCC;SOR=0.854;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=26;WE=109065866;WS=109065848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr2	109065919	rs3820957	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=506;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TAGAGCCCGTTTGTGTACGAA;SOR=1.106;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=28;WE=109065927;WS=109065909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr2	109067337	rs12468089	C	T	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=0.264;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=11;WE=109067345;WS=109067327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	109067359	rs13397470	GT	AA	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=847;ReadPosRankSum=-0.752;SC=GTGGAACAAAGTATGCGGTTG;SOR=1.329;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=19;WE=109067368;WS=109067349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr2	109069008	rs2683797	T	C	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=48;PP=1301;ReadPosRankSum=0.037;SC=GGCTTTCTGTTTCTGTTCTAC;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=108;TCR=112;TR=96;WE=109069016;WS=109068998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,105:0.44:236
chr2	109085373	rs10179602	A	G	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1316;ReadPosRankSum=0.203;SC=TCAGGAGATAATTACGCATGT;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=117;TCR=76;TR=97;WE=109085381;WS=109085363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,101:0.50:203
chr2	109089404	rs2243888	C	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.702;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=-1.053;SC=ACAGATTCTTCTTAGTGTTAG;SOR=3.841;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=11;WE=109089412;WS=109089394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	109092121	rs3213886	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=249;ReadPosRankSum=0.218;SC=GTAAGATTCCGGAATCTCACA;SOR=0.454;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=16;WE=109092129;WS=109092111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr2	109099477	rs2577613	A	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=529;ReadPosRankSum=-0.985;SC=CCTTTTTAATATTGGTTGGGT;SOR=0.678;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=42;WE=109099485;WS=109099467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,46:0.38:121
chr2	109099572	rs2718698	C	G	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=42;PP=1304;SC=ACTTCAAAAGCAAAAGAAACA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=109099580;WS=109099562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	109103108	rs3754925	C	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=5.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=41;PP=873;ReadPosRankSum=-0.067;SC=TGCCAAGGTGCGTTCTTCAGG;SOR=1.521;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=116;TCF=25;TCR=91;TR=48;WE=109103116;WS=109103098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,49:0.41:120
chr2	109106381	rs12104502	A	G	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CTGAACTTCAAACATTGCAGT;SOR=0.930;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=233;TCF=140;TCR=93;TR=85;WE=109106389;WS=109106371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,91:0.37:249
chr2	109124242	rs62148108	T	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.194;NF=0;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=0.671;SC=AAAAGTTTCATCTTGAAGTAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=109124250;WS=109124232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	109277239	rs12472770	C	T	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.063;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.358;NF=39;NR=42;PP=1039;ReadPosRankSum=-1.881;SC=GAAATGCTGACCCCAGGCTAT;SOR=0.439;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=189;TCF=82;TCR=107;TR=81;WE=109277247;WS=109277229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,85:0.43:196
chr2	109292280	rs7584953	T	C	7089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=74;PP=2965;SC=CTAGCCCCATTGGTTGGCCAC;SOR=1.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=166;TCR=75;TR=240;WE=109292288;WS=109292270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	109389463	rs826580	G	A	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=83;PP=2881;SC=GAAATGGGGAGGACTTTCAAT;SOR=1.100;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=63;TCR=83;TR=146;WE=109389471;WS=109389453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	109393522	rs58272304	TG	T	1911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=11;PP=1641;SC=CTCTAGGTCCTGGGGTAAAGC;SOR=2.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=43;WE=109393530;WS=109393512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	109411240	.	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.919;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr2	109411248	rs111234702	GAATAT	G	728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=839;SC=TACGAAATTTGAATATAATAT;SOR=4.294;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=15;WE=109411260;WS=109411230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	109429146	rs975597	T	A	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=26;PP=1343;SC=GAGTTCAAGCTCGTTTAGATA;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=109429154;WS=109429136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	109490104	rs6737810	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=467;SC=TGATCATTTAAACCAGGGGTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=109490112;WS=109490094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	109513321	rs7607563	C	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=7;PP=842;SC=CCCTCGTTGGCTCCTTGGCTT;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=109513329;WS=109513311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	109513654	rs12623957	G	A	9092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=179;PP=2965;SC=TCTTCTCGAGGCAATCAAATG;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=130;TCR=179;TR=309;WE=109513662;WS=109513644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr2	109513786	rs3789738	A	T	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	109522720	rs260639	G	A	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=21;PP=1793;SC=CCTTCATGTCGGTGGGGTGGG;SOR=2.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=109522728;WS=109522710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	109526969	rs260632	G	A	5299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=83;PP=2965;SC=CATCCTTCTCGGAGAACATCA;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=107;TCR=83;TR=190;WE=109526977;WS=109526959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	109527087	rs260631	G	A	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=53;PP=1534;SC=AGAGCTGCCCGGTGTCTGTGT;SOR=2.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=109527095;WS=109527077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	109527373	rs260630	A	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=39;PP=1999;SC=GAGTCCAGGAAGCAGGGCACC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=109527381;WS=109527363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	109539653	rs260643	A	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=428;SC=TGTGGCAAACATCCCTCCCTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=109539661;WS=109539643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	109745782	rs200435574	TGGCCGGTCCCCGCCACGCA	T	2839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=2928;SC=CGGGCTCGGCTGGCCGGTCCC;SOR=1.078;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=25;WE=109745808;WS=109745772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	109746039	rs34609468	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=494;ReadPosRankSum=0.384;SC=CAAGGCGGCCGCCGCTGCTGC;SOR=0.554;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=38;WE=109746047;WS=109746029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr2	109758196	rs13023759	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=0.801;SC=TTCTAGACCCCGGGGAACAAG;SOR=0.301;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=9;WE=109758204;WS=109758186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr2	109929958	rs6748434	A	G	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=28;PP=1764;SC=TTGCTGGGTGAGCGCTGTACC;SOR=1.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=109929966;WS=109929948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	109964431	rs6725756	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=0.643;SC=GGGTGGGCCCCGCCAGCCCAT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=26;WE=109964439;WS=109964421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr2	109988215	rs11680644	C	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=832;SC=ACCTGACCTTCAAGCCCCTTT;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=109988223;WS=109988205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	110107016	rs149031191	G	A	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=21;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.907;SC=CAAGGGCATTGGGAAGCATTC;SOR=0.997;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=149;TCF=101;TCR=48;TR=72;WE=110107024;WS=110107006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,76:0.47:160
chr2	110371493	rs3829700	A	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	110372192	rs6594048	A	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=30;PP=1924;SC=GGGGCGCCCTAGGCGGCGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=95;WE=110372200;WS=110372182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	110373197	rs1560884	G	A	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=87;PP=2730;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GTGGGAAAAAGGCCTCCCAGT;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=315;TCF=153;TCR=162;TR=174;WE=110373205;WS=110373187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,186:0.57:328
chr2	110855123	rs2004273	G	T	15458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=308;NR=234;PP=2965;SC=AGGGGCTGCTGCAGGGGCCGG;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=542;TCF=308;TCR=234;TR=542;WE=110855131;WS=110855113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr2	110919041	rs3817140	A	G	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=0;PP=911;SC=AGTTATAAAAATATCGCTATT;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=110919049;WS=110919031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	110925982	.	GA	G	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=4.236;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,42:0.19:217
chr2	111058854	rs190352639	G	A	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.93;QD=24.39;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	111397237	rs112515450	CT	C	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.568;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr2	111399371	.	G	A	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=61;PP=1293;ReadPosRankSum=0.100;SC=GGGTTGGCAGGCTTTTGGACC;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=96;TCR=149;TR=101;WE=111399379;WS=111399361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,109:0.41:265
chr2	111406724	.	T	TCACA	356.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=-0.142;SC=AATAGGAGAATCACACACACA;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=9;WE=111406732;WS=111406714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	111413505	rs75153987	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=618;ReadPosRankSum=0.704;SC=TATAACAGAAGATGAAATGAA;SOR=0.672;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=56;TCR=78;TR=50;WE=111413513;WS=111413495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,52:0.38:137
chr2	111430524	.	T	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-0.998;SC=TGGGAGCCCCTAGGTAGCTTC;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=111430532;WS=111430514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	111598958	rs1554005	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=518;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CTTGGGTTGACGATAGCCATT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=39;WE=111598966;WS=111598948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr2	111644475	rs10188079	C	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.109;NF=13;NR=31;PP=668;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TACGCTTGCTCGTGAAATCAG;SOR=0.822;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=44;WE=111644483;WS=111644465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr2	111644491	rs66815319	TA	T	872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.169;NF=2;NR=22;PP=788;ReadPosRankSum=0.684;SC=ATCAGCCACTTAACTGTTCTG;SOR=0.999;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=24;WE=111644499;WS=111644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr2	111721142	rs200046640	ATGTGTG	A	1297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=10.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr2	111753449	rs3761707	G	C	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.041;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=55;PP=2320;ReadPosRankSum=-0.541;SC=AATAATGATGGTCACCGTGAT;SOR=0.843;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=270;TCF=167;TCR=103;TR=149;WE=111753457;WS=111753439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,157:0.55:284
chr2	111789092	rs3789090	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=618;ReadPosRankSum=1.800;SC=TCTGCACTGTGTCCATGCTTA;SOR=1.371;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=32;WE=111789100;WS=111789082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr2	111851198	rs67248863	A	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=46;PP=1000;ReadPosRankSum=0.307;SC=TCCCAGCACTATGGGAGGCTG;SOR=0.599;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=114;TCF=15;TCR=99;TR=54;WE=111851206;WS=111851188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,55:0.48:115
chr2	111907691	rs724710	T	C	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=834;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TGCGGCGTATTGGAGACGAGT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=71;WE=111907699;WS=111907681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,74:0.41:180
chr2	111909247	rs3789068	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=196;ReadPosRankSum=-0.529;SC=GTTCTTCAGTATGGAATTTCT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=11;WE=111909255;WS=111909246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr2	111909610	rs79493742	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ATTGACTAGGAAGAACTGGTG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=15;WE=111909618;WS=111909600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr2	112536264	rs76115652	G	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.22;QD=28.77;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	112582523	rs74602614	G	A	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=49;PP=2846;SC=CTAGTTAGGAGGTAACAAAGA;SOR=1.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=140;WE=112582531;WS=112582513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	112590989	rs3761697	A	T	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=43;PP=1259;SC=AAAAACTTACATATGAGAAAG;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=44;WE=112590997;WS=112590979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	112605302	rs4848197	C	T	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.81;QD=33.38;SOR=4.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	112605465	rs4848800	T	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=56;PP=1786;SC=GTAAATACGATACAAATGAAT;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=112605473;WS=112605455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	112616059	rs183990854	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.81;MQRankSum=0.896;QD=9.64;ReadPosRankSum=1.638;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr2	112625575	rs6742515	T	C	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.531;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=63;PP=2316;ReadPosRankSum=0.559;SC=AGAGCTTATCTAAAAGAATAT;SOR=0.626;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=127;WE=112625583;WS=112625565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr2	112630412	rs141064868	A	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=28;PP=813;SC=AAAGTAACATAATCATTAAAT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=112630420;WS=112630402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	112641256	rs2037198	GA	AG	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=68;PP=2916;SC=AGGCCAGTCTGAAAGCTGAGG;SOR=3.516;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=10;TCR=74;TR=78;WE=112641265;WS=112641245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	112641283	rs12233011	A	G	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=54;PP=1720;SC=ATGGGATGCTACGCACAGCTC;SOR=3.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=62;WE=112641291;WS=112641273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr2	112687157	.	A	ATATTTATTTATTTATTTATTTATTTATT	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.52;MQRankSum=3.443;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
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chr2	112704862	rs7601798	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
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chr2	112705185	rs3761700	G	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TTCTCTAATAGCGGACAGGAT;SOR=0.298;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=17;WE=112705193;WS=112705175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr2	112725684	rs113538397	A	ATGTGTG	2948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.82;MQRankSum=3.935;QD=24.99;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,75:0.64:118
chr2	112732806	.	C	G	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=25;PP=1397;ReadPosRankSum=-0.119;SC=ACACAGGCCCCGTGCCTGACA;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=192;TCF=137;TCR=55;TR=94;WE=112732826;WS=112732796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,95:0.49:195
chr2	112740373	rs1996323	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=360;ReadPosRankSum=-0.081;SC=ATACATCTGTGTGTGCTTTGT;SOR=1.255;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=19;WE=112740381;WS=112740363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr2	112751928	rs7604639	G	A	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1300;ReadPosRankSum=0.012;SC=GCCGTCACCAGAGGGGGAGTT;SOR=0.812;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=92;WE=112751936;WS=112751918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,99:0.58:172
chr2	112752142	rs7592909	A	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-0.436;SC=GAGTTTGAGAACAACCTGGGC;SOR=0.387;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=112752150;WS=112752132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	112752880	rs6739294	G	A	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1581;ReadPosRankSum=1.440;SC=AGTGAACCAAGTGCTGTGCTC;SOR=0.664;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=174;TCF=103;TCR=71;TR=91;WE=112752888;WS=112752870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,96:0.52:184
chr2	112753097	rs6726639	A	C	4335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.813;SC=TCCCAGTGACACTGAAACTTG;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=340;TCF=142;TCR=198;TR=192;WE=112753105;WS=112753087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,199:0.56:354
chr2	112753781	rs34346510	TA	T	4958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.848;NF=15;NR=81;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TTACCACAGTTAAATAACACC;SOR=0.613;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=172;TCF=30;TCR=142;TR=96;WE=112753789;WS=112753771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,164:0.59:280
chr2	112753883	rs10173553	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=673;ReadPosRankSum=0.207;SC=GCTCTTCAGGCCACCAACCAT;SOR=0.668;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=35;WE=112753891;WS=112753873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr2	112753950	rs13003919	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=259;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TCTTTCAAAGGCTGTTGTGAT;SOR=1.322;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=13;WE=112753958;WS=112753940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	112754720	rs4848238	A	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=0.217;SC=CTAGTTTCCCATCAGTTATTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=112754728;WS=112754714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	112754880	rs3811633	G	A	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=39;PP=1586;ReadPosRankSum=0.095;SC=CCCATGACTGGTCTATTGGTA;SOR=0.715;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=186;TCF=123;TCR=63;TR=112;WE=112754894;WS=112754870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,111:0.59:187
chr2	112754943	rs3811634	C	T	3494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=68;PP=2375;ReadPosRankSum=-2.394;SC=CGCCTGGCAACGCAGATCCTG;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=256;TCF=144;TCR=112;TR=158;WE=112754951;WS=112754933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,158:0.58:272
chr2	112755001	rs2230515	A	G	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=83;PP=2096;ReadPosRankSum=1.849;SC=GATTGGGTTGATTTTATACAT;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=283;TCF=132;TCR=151;TR=153;WE=112755009;WS=112754991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,161:0.53:305
chr2	112761653	rs4848933	C	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=637;ReadPosRankSum=0.044;SC=AATCTCAGTTCCCAGTGGGCC;SOR=0.999;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=32;WE=112761661;WS=112761643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr2	112765973	rs1131244	A	G	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1239;ReadPosRankSum=-0.748;SC=ACAACTCTTCACAGCGGGAGA;SOR=0.758;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=96;WE=112765981;WS=112765963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,103:0.55:186
chr2	112766262	rs10210692	A	G	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=52;PP=2061;ReadPosRankSum=-1.548;SC=GGACGCTGATAGGCTCAGGAA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=142;TCR=94;TR=131;WE=112766270;WS=112766252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,139:0.56:250
chr2	112770770	rs4374383	A	G	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=985;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CAACATGAGTACTAACCGTAG;SOR=0.458;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=125;TCF=78;TCR=47;TR=62;WE=112770778;WS=112770760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,72:0.51:141
chr2	112770798	rs4500955	T	C	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-2.003;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,95:0.57:168
chr2	112773366	rs6710591	A	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=603;ReadPosRankSum=0.862;SC=TCTAAAGATTATGTTCTTTTA;SOR=0.949;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=38;WE=112773374;WS=112773356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr2	112773528	rs111619827	TCTTGTAC	T	1564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=1308;ReadPosRankSum=0.892;SC=ATTGAGTTGCTCTTGTACCTT;SOR=0.909;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=25;WE=112773542;WS=112773518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr2	112779286	rs10667527	A	ATC	927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.477;NF=0;NR=21;PP=765;ReadPosRankSum=-1.725;SC=GCTTGCTCAGATCTCTTTTAT;SOR=2.110;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=21;WE=112779294;WS=112779276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr2	112779734	rs12989808	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=253;ReadPosRankSum=-0.550;SC=AGCTTTGTGCATGATCATCAG;SOR=0.180;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=20;WE=112779742;WS=112779724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr2	112785775	rs4848958	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GTTGTATAAATATTAGGCCAC;SOR=1.127;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=112785783;WS=112785765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	112813163	rs10176769	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=290;ReadPosRankSum=0.500;SC=CAGCTTCCTGGTCAAGATGGT;SOR=0.846;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=15;WE=112813171;WS=112813153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr2	112813391	rs9308665	C	G	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=97;PP=2965;SC=GGCCGTCGTGCGGCTTCGCTT;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=70;TCR=97;TR=167;WE=112813399;WS=112813381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	112817458	rs58182983	A	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=355;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TGTCAGAGAGAGGAGTGCAAG;SOR=0.584;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=30;WE=112817466;WS=112817448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr2	112832535	rs71385858	CAAT	C	4225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=40;PP=2603;SC=CAGGAAAGATCAATGGTAAGC;SOR=0.714;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=55;WE=112832545;WS=112832525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	112832684	rs6542026	G	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=19;PP=504;SC=ATTTAAAACCGTATGTTTTCA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=112832692;WS=112832674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	112847164	rs11123128	C	T	8328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=158;NR=131;PP=2965;SC=CTCACCCATGCTTTTTCTTCT;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=158;TCR=131;TR=289;WE=112847172;WS=112847154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr2	112856165	rs4849007	C	A	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=51;PP=2937;SC=AATTGTCCTTCTTTTAGGATT;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=98;TCR=51;TR=149;WE=112856173;WS=112856155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	112856334	rs41278938	C	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=0.797;SC=TCTATAGTGTCAAGAACACGT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=25;WE=112856342;WS=112856324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr2	112858122	rs4848272	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=487;SC=ATTTTTTATACAATGGCTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=112858130;WS=112858112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	112865517	rs7562848	G	C	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=39;PP=1366;SC=CCTCGTACTTGCATGTACTTG;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=112865525;WS=112865507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	112917102	rs1320360	G	C	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=6;PP=1232;SC=TGTACTTGGGGCTGTCCAGCG;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=112917110;WS=112917092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	112945188	rs4848281	T	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=617;ReadPosRankSum=1.110;SC=GTTCCCGCCCTCTCACCAGTG;SOR=0.529;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=32;WE=112945196;WS=112945178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr2	112945220	rs11123130	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=249;ReadPosRankSum=0.479;SC=CTAGGGCAGCGTTGCACGGCG;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=15;WE=112945228;WS=112945210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr2	112995810	rs2254860	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=280;ReadPosRankSum=1.125;SC=TAAAGTGCAAAGAAAAATCCT;SOR=0.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=14;WE=112995818;WS=112995800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	113007757	rs17781007	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=416;ReadPosRankSum=-1.832;SC=CAGTGGTCAACTTAATCTTAC;SOR=0.660;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=29;WE=113007765;WS=113007747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr2	113082250	rs59100751	CT	C	1413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.321;NF=0;NR=50;PP=1214;ReadPosRankSum=0.598;SC=GGTAAGTTTACTTTTTTGAAA;SOR=0.744;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=127;TCF=2;TCR=125;TR=50;WE=113082258;WS=113082240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,67:0.43:155
chr2	113089267	rs7601200	T	C	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=61;PP=2330;ReadPosRankSum=0.764;SC=TTCATCAAAATACAGTGTCCA;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=325;TCF=193;TCR=132;TR=149;WE=113089275;WS=113089257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,156:0.46:338
chr2	113090047	rs4578863	T	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=570;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TTGATCCAACTGCTTCACCAT;SOR=0.769;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=59;WE=113090055;WS=113090037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,62:0.45:139
chr2	113239833	rs13424690	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr2	113240183	rs3811038	T	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=312;ReadPosRankSum=1.275;SC=ATACATTTTCTCCTCTGTCGC;SOR=0.950;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=18;WE=113240191;WS=113240173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr2	113300330	rs4849071	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=-1.335;SC=TATGACCCCAGATGCATGTGC;SOR=0.325;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=20;WE=113300338;WS=113300320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr2	113305150	rs11123139	G	C	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=61;PP=1454;ReadPosRankSum=1.002;SC=CAGAGGTAATGACGGGCGTCC;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=207;TCF=64;TCR=143;TR=86;WE=113305158;WS=113305140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,87:0.41:214
chr2	113308516	rs2304555	T	A	11194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=189;NR=202;PP=2965;SC=AAAATGGCACTGTTATGTTGA;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=391;TCF=189;TCR=202;TR=391;WE=113308524;WS=113308506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
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chr2	113309653	rs13015822	C	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=6.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=54;PP=1289;ReadPosRankSum=1.989;SC=GCAGTTTGGGCGGGCGAGTCA;SOR=0.996;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=4;TCR=83;TR=57;WE=113309661;WS=113309643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,56:0.64:88
chr2	113310197	rs11351307	CT	C	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr2	113326281	rs6746874	C	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=1141;SC=AAATGTGTAACCAGTTGCAGT;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=113326289;WS=113326271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	113326502	rs13010814	C	T	6504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=122;PP=2965;SC=GATGATGTTACAGTCACAATC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=102;TCR=122;TR=224;WE=113326510;WS=113326492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr2	113344047	rs752992	T	C	10110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=182;PP=2965;SC=CCCCACCCCATCACCACACAG;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=365;TCF=182;TCR=183;TR=363;WE=113344055;WS=113344037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr2	113344176	rs12988699	T	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=588;ReadPosRankSum=0.317;SC=GCCTTCTCCCTGGTCTCCCTT;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=8;TCR=59;TR=30;WE=113344184;WS=113344166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr2	113346512	rs1047652	A	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=38;PP=1508;SC=GACTGCCCCCACGCCCCTCCC;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=113346520;WS=113346502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	113404708	rs4849091	G	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=59;PP=1272;ReadPosRankSum=-1.950;SC=CTCAAGGGCTGCTGATGGCCG;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=241;TCF=100;TCR=141;TR=99;WE=113404716;WS=113404689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,105:0.41:256
chr2	113404974	rs139798830	A	C	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=69;PP=1835;ReadPosRankSum=0.089;SC=TTGTTGGTGCAACTATTGGTT;SOR=0.868;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=262;TCF=126;TCR=136;TR=126;WE=113404982;WS=113404964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,138:0.49:281
chr2	113479614	rs13386452	G	A	3794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=75;PP=2146;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CTGCTGGAGCGCCTGGTGTGC;SOR=0.790;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=417;TCF=221;TCR=196;TR=170;WE=113479622;WS=113479604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,188:0.43:440
chr2	113479745	rs34781106	AC	A	8032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=131;PP=2976;SC=GTGCCCCCCGACCCCCCGTCT;SOR=0.973;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=33;TCR=154;TR=158;WE=113479753;WS=113479735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr2	113480556	rs34912983	GC	G	1131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.477;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.867;NF=38;NR=8;PP=1497;ReadPosRankSum=1.274;SC=CCCAGTGAAGGCCCCAGTGTG;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=73;TCR=15;TR=46;WE=113480564;WS=113480546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr2	113480938	.	G	GCACACACACACA	685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;QD=57.14;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	113481439	rs13384583	T	A	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;ReadPosRankSum=1.632;SC=GGGGACACAGTGGCACTGCAA;SOR=0.790;Source=Platypus;TCF=116;WE=113481447;WS=113481429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,126:0.41:304
chr2	113481547	rs2063919	A	G	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=59;PP=2606;SC=AGGCCTCAGAAGAATGAGCAA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=119;WE=113481555;WS=113481537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	113482779	rs4849116	A	C	12024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.02;MQRankSum=0.095;NF=218;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=0.163;SC=GTGGGCACCTACACAGGGCCC;SOR=0.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=434;TCF=218;TCR=216;TR=433;WE=113482787;WS=113482769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,447:1.00:448
chr2	113484319	rs2138604	G	A	9301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=186;PP=2965;SC=GATCCAGGTGGGAGCTGGGTG;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=141;TCR=186;TR=327;WE=113484327;WS=113484309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr2	113484353	rs2138605	A	G	5518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=130;PP=2965;SC=CAGGCCCAGCAGGGGCGGAGC;SOR=1.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=57;TCR=130;TR=187;WE=113484361;WS=113484343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	113484441	rs2138606	T	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CTCCTCAGCCTCGCCTGGGCT;SOR=1.061;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=10;WE=113484449;WS=113484431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr2	113498566	rs3811040	A	G	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=879;ReadPosRankSum=0.380;SC=TTCAGCAACTAAAGAGTCAGA;SOR=1.078;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=98;TCF=26;TCR=72;TR=51;WE=113498574;WS=113498556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,54:0.51:106
chr2	113513825	rs6731822	T	C	5828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.496;SC=CTCTGGCTTATGGCTTTTGAC;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=457;TCF=233;TCR=224;TR=251;WE=113513833;WS=113513815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,264:0.55:477
chr2	113514159	rs17042341	T	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=61;PP=1586;ReadPosRankSum=-1.323;SC=GATCTGCTCCTCTAGAGAGTT;SOR=0.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=274;TCF=130;TCR=144;TR=111;WE=113514167;WS=113514149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,112:0.39:290
chr2	113514180	rs17042342	T	C	3549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=58;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GCTGTGATTTTACTGGGAAAG;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=117;TCR=143;TR=104;WE=113514188;WS=113514170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,106:0.39:275
chr2	113514380	.	C	T	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=918;ReadPosRankSum=1.353;SC=GTTAAGATATCGAGCAAGTTC;SOR=0.610;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=60;WE=113514388;WS=113514370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr2	113514763	rs17042344	T	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=739;ReadPosRankSum=-1.175;SC=AACAACATGGTTGGTAACATC;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=48;WE=113514771;WS=113514753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,57:0.38:150
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chr2	113590467	rs1143633	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.292;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=464;ReadPosRankSum=0.164;SC=TGAGGCGAGGCGGCAAAATTT;SOR=1.442;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=29;WE=113590475;WS=113590457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr2	113670475	rs2708958	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.880;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr2	113670481	rs2723169	G	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr2	113670709	rs28947188	G	GT	786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.228;NF=0;NR=16;PP=601;ReadPosRankSum=1.306;SC=GGGCCAAAGTGTAATTCCTAG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=16;WE=113670717;WS=113670699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr2	113671198	rs2466448	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=792;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ATCCAGTTCATCTCTATTCTA;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=91;TCR=19;TR=46;WE=113671206;WS=113671188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr2	113671303	rs3811045	T	C	6868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.703;SC=TTAAATGGTCTTTGATACCCC;SOR=0.535;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=537;TCF=301;TCR=236;TR=307;WE=113671311;WS=113671293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,312:0.56:561
chr2	113671378	rs3811046	G	T	6242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.157;SC=GACCCGGCTGGAAGCCCCCTG;SOR=0.612;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=538;TCF=249;TCR=289;TR=297;WE=113671386;WS=113671368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,307:0.55:562
chr2	113671410	rs3811047	A	G	4568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.294;SC=AAGCCTCCCCACCATGAATTT;SOR=0.499;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=402;TCF=164;TCR=238;TR=214;WE=113671418;WS=113671400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,218:0.52:417
chr2	113671518	rs3811048	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=625;ReadPosRankSum=0.910;SC=TTACAGGGTGGGAGAATTGTA;SOR=0.593;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=30;WE=113671526;WS=113671508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr2	113672665	rs2723178	AC	GT	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.514;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=1204;ReadPosRankSum=-0.668;SC=AAGACCACTCACACCTTCAGA;SOR=1.213;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=35;WE=113672674;WS=113672655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr2	113672890	rs2708940	C	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.981;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=855;ReadPosRankSum=1.352;SC=AGAGCATTTTCCAGTCTCACC;SOR=1.087;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=98;TCF=27;TCR=71;TR=50;WE=113672898;WS=113672880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr2	113674709	rs2708943	C	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=2386;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GATCTAGGTCCAAAGGTGAAG;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=212;TCF=119;TCR=93;TR=79;WE=113674729;WS=113674699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,84:0.38:222
chr2	113674721	rs2723183	A	G	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=2386;ReadPosRankSum=0.209;SC=AAGGTGAAGAACTTAAACCCG;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=220;TCF=119;TCR=101;TR=76;WE=113674729;WS=113674699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,80:0.34:232
chr2	113674887	rs2708944	G	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=253;ReadPosRankSum=0.227;SC=CCTCCTGCTAGGTGGGCTCAA;SOR=1.714;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=17;WE=113674895;WS=113674877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr2	113675269	rs2723187	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=573;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AAAGGAAGTCCGATTCTCCTG;SOR=0.760;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=42;WE=113675277;WS=113675259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr2	113675428	rs2723189	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=1.505;SC=AATGCCTCTCGCTTTCCTGCA;SOR=1.584;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=9;WE=113675436;WS=113675418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr2	113676219	rs2708947	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=350;ReadPosRankSum=-0.790;SC=GGTGGGCTCCTGGAACATGCT;SOR=0.588;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=28;WE=113676227;WS=113676209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr2	113676381	rs2723192	G	A	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=68;PP=1875;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TGAGGTCAGCGATTAGGAAAC;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=356;TCF=180;TCR=176;TR=140;WE=113676392;WS=113676371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,143:0.38:375
chr2	113763575	rs895497	A	G	3380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.045;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=88;PP=2354;ReadPosRankSum=-0.036;SC=ACACCTCAGCAGGGGAGCATT;SOR=0.932;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=265;TCF=115;TCR=150;TR=150;WE=113763583;WS=113763565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,155:0.55:280
chr2	113783570	rs13030063	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=440;ReadPosRankSum=1.530;SC=CTTAGACCTGCCATGGGTGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=21;WE=113783578;WS=113783560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr2	113783909	rs6744874	A	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=382;ReadPosRankSum=0.799;SC=AAAGGCCTGCATACAGCATGT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=22;WE=113783917;WS=113783899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr2	113785020	rs12711747	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=598;ReadPosRankSum=2.162;SC=TTAGGATTAGAAAGACATGCA;SOR=0.148;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=25;WE=113785028;WS=113785010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
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chr2	113785727	rs1562304	A	G	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr2	113789316	rs2305150	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.779;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=570;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GTGAAGAGAACAAGATAGATC;SOR=0.433;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=51;WE=113789324;WS=113789306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,61:0.56:108
chr2	113818632	rs2251872	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=484;ReadPosRankSum=2.816;SC=CCCAGGCATTGGGGCAGCACA;SOR=0.425;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=31;WE=113818640;WS=113818622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr2	113818702	rs2515395	G	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=1.448;SC=TGAAGACACAGGCTCTGGGGC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=113818710;WS=113818692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	113819614	rs2252007	T	C	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=958;ReadPosRankSum=-1.453;SC=CAGGCCGTCTTACAGCAGTCC;SOR=0.307;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=61;WE=113819622;WS=113819604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr2	113830582	rs4849150	A	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=229;SC=GTGTTATTAAACCCATTTTAC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=113830590;WS=113830572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	113831945	rs3811058	T	C	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=48;NR=69;PP=1791;SC=ACACAAGAGATGGCCAGCTGC;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=117;WE=113831953;WS=113831935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	113832333	rs6743376	C	A	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=81;PP=2241;SC=AGAGGCTTGGCCCGCACCAAG;SOR=1.490;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=46;TCR=81;TR=127;WE=113832341;WS=113832323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	113890304	rs315952	T	C	3921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=83;PP=2288;ReadPosRankSum=-0.702;SC=GCTCAGACAGTGGCCCCACCA;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=403;TCF=222;TCR=181;TR=182;WE=113890312;WS=113890294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,192:0.45:424
chr2	113940681	rs3748914	T	C	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1551;ReadPosRankSum=0.844;SC=AAGACAGCAGTGAGCCTGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=97;WE=113940689;WS=113940671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,100:0.60:166
chr2	113940839	rs4849167	G	C	5710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.557;SC=TTTTCCTGGGGGGCTTCAGAC;SOR=0.645;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=429;TCF=240;TCR=189;TR=252;WE=113940847;WS=113940829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,263:0.58:450
chr2	113942903	rs1975535	A	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=716;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CTCTCTGTGTATCCAGGGCTC;SOR=0.637;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=47;WE=113942911;WS=113942893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
chr2	113943470	rs2241976	A	G	3664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=61;PP=2322;ReadPosRankSum=-1.122;SC=GGGAGGGTGGACACCCCCAGG;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=275;TCF=162;TCR=113;TR=153;WE=113943478;WS=113943460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,163:0.56:289
chr2	113953401	rs923693	A	G	8738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=148;PP=2965;SC=CTGTCTTTGGACTGTCCTCCC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=153;TCR=149;TR=301;WE=113953409;WS=113953391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr2	113953657	rs4849169	A	C	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=42;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.532;SC=AGGCTCTGGGAGGCAATGGAT;SOR=0.768;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=271;TCF=164;TCR=107;TR=113;WE=113953665;WS=113953647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,120:0.43:282
chr2	113953952	rs4848318	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=240;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CCTGTGCCGATGCATGCACAG;SOR=0.307;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=24;WE=113953960;WS=113953942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr2	113953973	rs71385890	A	AT	550.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=701;ReadPosRankSum=0.993;SC=GTGTGCAGAGAGACAGCCCGC;SOR=0.287;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=8;WE=113953984;WS=113953963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr2	113953974	rs10579377	GACA	G	550.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=701;ReadPosRankSum=1.124;SC=TGTGCAGAGAGACAGCCCGCG;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=8;WE=113953984;WS=113953963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr2	113955074	rs902695	G	A	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=855;ReadPosRankSum=-0.888;SC=GCACACTTGCGTGTGTCTGAG;SOR=0.830;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=68;WE=113955082;WS=113955064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,76:0.43:178
chr2	113956371	rs2276561	G	C	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=68;PP=2220;ReadPosRankSum=1.037;SC=CTGCGGCCACGCACTCCGCGC;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=344;TCF=185;TCR=159;TR=150;WE=113956379;WS=113956361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,155:0.44:354
chr2	113956821	rs2305133	C	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=757;ReadPosRankSum=0.319;SC=GCCGAGCCCACCTCCCCGCCG;SOR=1.015;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=94;TCF=24;TCR=70;TR=39;WE=113956829;WS=113956811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr2	113977862	rs4849175	T	G	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=289;SC=CAGGAATGGTTGGGGAGACAG;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=113977870;WS=113977852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	113994417	rs1110839	G	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=857;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GGTCCTCATCGCCCCCTTCTT;SOR=1.196;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=54;WE=113994425;WS=113994407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr2	113994461	rs3738913	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=371;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GGCACGTTTCGTTCATGCTCA;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=23;WE=113994469;WS=113994451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr2	113999534	rs4849186	G	C	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=44;PP=2166;SC=ATCAAAGCCTGAGCAAACTGC;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=112;WE=113999542;WS=113999524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	113999736	rs13015478	G	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=34;PP=946;SC=AGAGGGTCAGGGGTGGGAGTG;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=113999744;WS=113999726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	114000458	rs902691	C	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=28;PP=818;SC=TGGGTATCTCCAAGGCACTTG;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=114000466;WS=114000448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	114035923	rs1867763	A	G	25137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=939;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=495;NR=397;PP=2965;ReadPosRankSum=1.264;SC=GGGCTCGGGGATCCTGACCAC;SOR=0.550;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=894;TCF=496;TCR=398;TR=892;WE=114035931;WS=114035913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,934:1.00:935
chr2	114426090	rs80162835	C	T	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.229;NF=83;NR=52;PP=1860;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CAGGATACCCCGCGCACACAT;SOR=0.642;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=310;TCF=196;TCR=114;TR=135;WE=114426098;WS=114426080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,138:0.43:320
chr2	114429542	rs13003858	G	A	2481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.645;NF=68;NR=50;PP=1751;ReadPosRankSum=0.726;SC=GGGAGCCAGGGGAGAGAGAGA;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=239;TCF=137;TCR=102;TR=118;WE=114429550;WS=114429532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,119:0.48:247
chr2	114429576	rs12986781	T	C	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.123;NF=52;NR=54;PP=1739;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GACAGAGCTCTAGAGCCACAG;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=215;TCF=102;TCR=113;TR=106;WE=114429584;WS=114429566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,108:0.49:221
chr2	114476582	rs6741521	C	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=-0.484;SC=AGATCTAAACCAATTATTTTA;SOR=1.201;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=114476590;WS=114476572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	114480812	rs3835109	A	AAAC	906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=715;SC=TTAAAAAATTAAACCAAAGAA;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=14;WE=114480820;WS=114480802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	114486907	rs4849269	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CTATTCCCTCTGAAAAACAAA;SOR=0.132;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=114486915;WS=114486897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	114492135	rs2305254	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=403;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TTAAGCAGAGCAAACTAGCTA;SOR=0.465;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=39;WE=114492143;WS=114492125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr2	114493315	rs10199515	C	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-0.658;SC=AATACATACACTGATTTATAA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=114493323;WS=114493305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	114493509	rs142249018	CT	C	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.076;NF=7;NR=12;PP=461;ReadPosRankSum=-0.151;SC=TCAGAATTCCCTTTTTTGTTC;SOR=0.544;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=19;WE=114493517;WS=114493499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr2	114493524	rs10199704	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.969;NF=13;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=0.322;SC=TTGTTCTCCTCCTAAATACCG;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=28;WE=114493532;WS=114493514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr2	114501112	rs3748906	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TGAAATAATACAAAAATGATT;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=11;WE=114501120;WS=114501102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr2	114503630	rs58673639	T	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=0.543;SC=CTGAACCAGTTTTCCCTTCCC;SOR=0.180;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=4;WE=114503638;WS=114503627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	114513386	rs7578249	C	T	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1249;ReadPosRankSum=0.322;SC=AGTTAACTACCAGAAAATAGC;SOR=0.862;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=151;TCF=95;TCR=56;TR=85;WE=114513394;WS=114513376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,89:0.56:160
chr2	114513787	rs4538208	C	G	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=27;PP=1530;SC=CGCAGGGCTCCGGCGCCCCTG;SOR=1.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=80;WE=114513795;WS=114513777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	114513901	rs4321376	C	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=838;ReadPosRankSum=1.555;SC=GCACTCCGTCCCGGTTTGGGC;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=96;TCR=93;TR=71;WE=114513909;WS=114513891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,76:0.38:198
chr2	114514098	rs7592689	A	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=187;ReadPosRankSum=0.681;SC=GCTCCTGAAGACGCGGTGCCC;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=114514106;WS=114514088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	114647649	rs147326241	A	ACTGC	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=178;ReadPosRankSum=1.854;SC=CAGGGCGGGGACTGCCTGCCT;SOR=0.320;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=5;WE=114647657;WS=114647639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	114670966	rs35359787	CTATT	C	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.962;NF=0;NR=8;PP=335;ReadPosRankSum=1.247;SC=GTATGTCTGACTATTCATTTC;SOR=0.509;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=8;WE=114670977;WS=114670956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	114713169	rs62169932	A	G	4689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.933;SC=TGAATTTACTATGAAGATGAT;SOR=0.545;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=198;TCF=141;TCR=57;TR=110;WE=114713196;WS=114713159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,120:0.57:209
chr2	114713188	rs62169933	G	A	5621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=1.498;SC=ATCATACTATGTCTTTCTTTA;SOR=0.592;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=317;TCF=192;TCR=125;TR=161;WE=114713196;WS=114713159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,173:0.52:332
chr2	115822286	rs1509742	T	G	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=54;PP=2871;SC=AGTAAGATTCTGTGAGGGTGA;SOR=1.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=106;TCR=54;TR=159;WE=115822294;WS=115822276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	115919677	rs7557011	CT	GC	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=10;PP=876;SC=CCGCCTCCCGCTTCCCAGGCT;SOR=0.752;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=25;WE=115919686;WS=115919667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	116066984	rs975453	G	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=37;PP=1046;SC=TGATAATTTCGCATTCAAATG;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=116066992;WS=116066974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	116099725	rs843403	A	T	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=49;PP=1460;SC=CAAACTCATTAAGCACTCTCT;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=116099733;WS=116099715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	116447277	rs35766316	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=293;ReadPosRankSum=0.586;SC=TTCATTATTCGTATACTGCTT;SOR=0.745;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=26;WE=116447285;WS=116447267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr2	116447606	rs62155260	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr2	116497479	rs1550854	A	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=79;PP=2227;SC=GGTAAGTAACATGGAAGTACT;SOR=2.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=109;WE=116497487;WS=116497469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	116497528	rs1550853	A	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=39;PP=1117;SC=GTGACTTGACAGATGGTATTC;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=43;WE=116497536;WS=116497518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	116503671	rs36044503	G	A	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GGCAGGTCAAGTGAACCCAAC;SOR=0.574;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=74;WE=116503679;WS=116503661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,85:0.62:138
chr2	116510817	rs2053724	G	C	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=825;ReadPosRankSum=0.451;SC=GTTAAACCGAGCTCAGAACAT;SOR=0.613;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=60;WE=116510825;WS=116510807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,67:0.39:170
chr2	116525960	rs1446495	G	A	5354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=92;PP=2965;SC=ATTTCACCACGTAGCTATGTT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=91;TCR=92;TR=182;WE=116525968;WS=116525950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	116539846	rs36082071	GA	G	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.686;NF=9;NR=4;PP=271;ReadPosRankSum=-2.293;SC=CATTTGGGGGGAAAAAACTAT;SOR=0.490;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=13;WE=116539854;WS=116539836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr2	116539911	rs75830748	A	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-3.637;NF=53;NR=31;PP=1072;ReadPosRankSum=-1.992;SC=ATTTATACACATATTTTTAAA;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=86;TCR=52;TR=84;WE=116539919;WS=116539901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,90:0.61:147
chr2	116593675	rs10549769	ATG	A	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr2	116593692	rs62157981	T	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.381;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.343;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
chr2	116593695	rs34212292	GAT	G	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=1.230;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.182;NF=16;NR=14;PP=1799;ReadPosRankSum=-1.712;SC=GTGTGTGTGAGATATATATAT;SOR=0.490;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=30;WE=116593710;WS=116593682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr2	116598431	rs62157986	C	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1238;ReadPosRankSum=-1.298;SC=ACGTGTTTTCCTGCTGTGTTT;SOR=0.861;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=76;WE=116598439;WS=116598421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,78:0.67:117
chr2	116598546	rs272011	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-1.331;SC=CTCTGTTCCTGATTACACCGA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=11;WE=116598554;WS=116598536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	116599659	rs272010	A	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=731;ReadPosRankSum=-1.409;SC=AACTTAGAGTAGAATTAGGTT;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=40;WE=116599675;WS=116599649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr2	116599927	rs272009	T	C	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=93;PP=2376;SC=AATAATGGACTGTATTTATAC;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=47;TCR=93;TR=140;WE=116599935;WS=116599917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	118572471	rs3755492	A	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GGCTCAGAAGACCCACGCGCG;SOR=0.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=87;TCR=114;TR=79;WE=118572479;WS=118572461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,85:0.40:215
chr2	118575215	rs1052637	C	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=722;ReadPosRankSum=-1.657;SC=ACTGTATTAACCAATGGAGAA;SOR=0.870;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=42;WE=118575223;WS=118575205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr2	118575468	rs6737733	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=-1.702;SC=TTGGCAGAAGCGGGGAGTCCA;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=13;WE=118575476;WS=118575458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	118583940	rs2303348	C	T	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=48;PP=2001;ReadPosRankSum=0.696;SC=GTTTTCTTCGCTACTTGAAAC;SOR=0.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=187;TCR=99;TR=139;WE=118583948;WS=118583930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,146:0.49:297
chr2	118688754	rs971754	T	C	6645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=140;PP=2965;SC=GAAATGGTGATGAAAAGACAT;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=97;TCR=140;TR=237;WE=118688762;WS=118688744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr2	118692929	rs12151445	G	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=3;PP=726;ReadPosRankSum=0.202;SC=TAAGACGCATGGTGGGAATAC;SOR=1.759;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=39;WE=118692937;WS=118692919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr2	118694393	rs2303333	C	G	4444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.085;SC=TGCAAGCTTGCCTGTCTCCAC;SOR=0.860;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=276;TCF=126;TCR=150;TR=181;WE=118694401;WS=118694383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,192:0.66:293
chr2	118698699	rs2303330	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=743;ReadPosRankSum=0.029;SC=CCCATGCTAAAGTGGAACAGA;SOR=1.148;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=38;WE=118698707;WS=118698689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr2	118704478	rs7580124	T	G	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=110;PP=2965;SC=TGACATGAACTTTTACAAAAT;SOR=1.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=50;TCR=110;TR=160;WE=118704486;WS=118704468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	118704503	rs2303329	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=435;ReadPosRankSum=-0.032;SC=ACAAGGAGTAATTAGACGCAA;SOR=0.471;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=35;WE=118704511;WS=118704493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr2	118705570	rs10186396	A	G	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=32;PP=2121;SC=GCGCCTGGCCAAATCTGCTTT;SOR=1.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=82;TCR=32;TR=114;WE=118705578;WS=118705560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	118706879	rs1035598	A	G	7685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=126;PP=2965;SC=AAAAATAAGCACATGCTGAAA;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=141;TCR=126;TR=267;WE=118706887;WS=118706869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr2	118716166	rs1991102	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=898;ReadPosRankSum=1.518;SC=GCCAGTCACACCAAGCCAGGG;SOR=1.516;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=48;WE=118716174;WS=118716156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr2	118731573	rs748767	G	A	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.853;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=67;PP=1691;ReadPosRankSum=2.642;SC=AGACGGCTCTGCAAGTATATG;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=338;TCF=182;TCR=156;TR=139;WE=118731581;WS=118731563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,145:0.40:359
chr2	118732975	rs6722547	T	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=694;SC=AGCAGCAGCATCCTGAGAGAG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=118732983;WS=118732965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	118735395	rs889899	G	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=346;SC=TTGCTCCCCAGTCTGTAGAGG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=118735403;WS=118735385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	118753148	rs10633675	A	ATC	4143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=51;PP=2854;SC=CCACTCAGATATGTCTTATAA;SOR=1.711;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=56;WE=118753156;WS=118753138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	118764242	rs34609704	C	CA	1111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.861;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=855;ReadPosRankSum=2.227;SC=ACACAGTAGACACTCAAAAGT;SOR=1.424;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=26;WE=118764250;WS=118764232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,39:0.32:122
chr2	118766024	rs10864966	A	G	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=17;PP=2411;ReadPosRankSum=1.298;SC=CAGACATGGAAGAAGTTAAAA;SOR=1.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=83;TCR=17;TR=99;WE=118766032;WS=118766014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr2	118771566	rs11545372	C	A	3685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=74;PP=2076;ReadPosRankSum=1.033;SC=CCCTGGGCAACCCCATGATCC;SOR=0.559;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=267;TCF=137;TCR=130;TR=158;WE=118771574;WS=118771556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,172:0.59:290
chr2	118771663	rs12477588	A	G	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=85;PP=2965;SC=GGGGTGGAGTACAAAGCGGAA;SOR=1.058;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=153;WE=118771671;WS=118771653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	118771682	rs58181584	TGCC	T	2025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=1510;ReadPosRankSum=0.054;SC=AAACTCCCTCTGCCGCCGCCG;SOR=0.824;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=85;TCF=7;TCR=78;TR=33;WE=118771692;WS=118771672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr2	118854094	rs58018715	A	AT	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
chr2	119700096	rs2077344	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=678;ReadPosRankSum=0.595;SC=TTGCACGTAATCATCACTAAT;SOR=2.362;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=30;WE=119700104;WS=119700086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr2	119732042	rs11693199	T	C	3371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=79;PP=2296;ReadPosRankSum=0.905;SC=TTCTGACCCTTAATCATTTTC;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=258;TCF=117;TCR=141;TR=142;WE=119732050;WS=119732032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,148:0.56:266
chr2	119734894	rs66466905	AAG	A	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-1.795;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,11:0.13:85
chr2	119739269	rs56216274	C	T	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1517;ReadPosRankSum=-1.228;SC=ATCCCAGCTACGACTGTCCCT;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=101;WE=119739277;WS=119739259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,102:0.60:171
chr2	119748135	rs3835093	TC	T	3982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=6.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=34.328;HP=12;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=2062;ReadPosRankSum=0.871;SC=TATTATCTCCTCCCCCCCCCC;SOR=1.053;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=227;TCF=71;TCR=156;TR=77;WE=119748160;WS=119748122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,116:0.43:272
chr2	119748143	rs116412702	C	G	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=18.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=2.136;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,102:0.34:297
chr2	119749477	rs2304708	T	G	9986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=184;NR=173;PP=2965;SC=CTGATTCCTTTGTTCTTAGGA;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=184;TCR=173;TR=357;WE=119749485;WS=119749467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr2	119749611	rs4848530	C	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=33;PP=773;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTGCTGGGGCTTGCCCTAGG;SOR=0.505;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=40;WE=119749619;WS=119749601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr2	119749858	rs3765035	A	G	181.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9539;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=1.645;SC=CCCGCAGGACATCCCATCCCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=119749866;WS=119749851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr2	119915132	rs11308896	CG	C	2753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=15;PP=2348;SC=CGAGGGTTTACGGGGGCCGGT;SOR=2.652;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=65;WE=119915140;WS=119915122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	119915249	rs7556873	T	C	10756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.101;NF=209;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=1.563;SC=AGATGCCGCGTACCTGGCAGC;SOR=0.297;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=210;TCR=171;TR=380;WE=119915257;WS=119915239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr2	119988565	rs838100	G	A	11075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=198;NR=200;PP=2965;SC=TGACCTGAGAGCCTCAGACCC;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=398;TCF=198;TCR=200;TR=398;WE=119988573;WS=119988555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr2	120003642	rs838083	C	T	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=43;PP=1220;SC=CCAGCATGCTCTTTTTGATAT;SOR=2.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=120003650;WS=120003632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr2	120014985	rs838072	A	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=0;PP=1387;SC=GGCTCTGGCAATCTATTTTTG;SOR=6.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=48;TCR=0;TR=48;WE=120014993;WS=120014984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr2	120059988	rs1890	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=596;ReadPosRankSum=0.886;SC=ATTTCAAAAATTCAGCAGTGG;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=41;WE=120059996;WS=120059978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr2	120060082	rs1052500	T	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=634;ReadPosRankSum=0.066;SC=TTTGTAGTTCTTATAATCTTC;SOR=0.583;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=44;WE=120060090;WS=120060072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr2	120078778	rs1132267	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.669;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr2	120125029	rs2084202	A	G	4814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=49;PP=2965;SC=TCCGTGGCCGAGAGCTTGGAG;SOR=1.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=107;TCR=49;TR=156;WE=120125037;WS=120125019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	120125053	rs3731608	C	G	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=11.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,80:0.40:198
chr2	120125058	rs3731607	C	T	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=8.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,84:0.40:210
chr2	120125315	rs8192501	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=637;ReadPosRankSum=-1.436;SC=CCTTTCAGCTGTTTCCAGCAT;SOR=0.656;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=33;WE=120125323;WS=120125305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr2	120125363	rs3091405	C	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=254;ReadPosRankSum=-1.510;SC=GGCTTCGCTGCAGCCCCGGCC;SOR=0.498;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=15;WE=120125371;WS=120125353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr2	120125384	rs3091406	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=242;ReadPosRankSum=-2.052;SC=ACTCCCTAGTGCCTGGCCCGG;SOR=0.242;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=17;WE=120125403;WS=120125374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr2	120125689	rs8192503	A	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=1.313;SC=CTGGGCTGTCATCAGGCCACA;SOR=0.126;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=12;WE=120125697;WS=120125679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr2	120125910	rs2276596	C	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=369;ReadPosRankSum=-1.472;SC=GGAAGGGCATCTGCTCATCAA;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=33;WE=120125918;WS=120125900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr2	120125936	rs2244135	T	C	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=45;PP=1555;SC=GCTCAGCAGCTCAGACTGGAA;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=120125944;WS=120125926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	120128482	rs956309	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=335;ReadPosRankSum=0.429;SC=CAATGGGGCACGTGTGGGAAA;SOR=1.005;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=24;WE=120128490;WS=120128472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr2	120187344	rs11123523	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=454;ReadPosRankSum=0.511;SC=CCTCCTTATTATTCTTAAGTC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=19;WE=120187352;WS=120187334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	120189404	rs4340531	A	G	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=146;SC=CCTGCGGAGAAGTCCCGGGCT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=120189412;WS=120189394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	120189433	rs4599130	G	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	120194651	rs3217464	A	AGTGTGC	11774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=83;PP=2957;SC=CACCAACCAGACGATCTGCTT;SOR=0.807;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=142;TCF=45;TCR=97;TR=124;WE=120194659;WS=120194641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr2	120197670	rs1042656	G	A	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=26;PP=1384;SC=GTCTCTGTCCGTGGGTGACCC;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=120197678;WS=120197660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	120199140	rs1126839	A	G	14913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=242;NR=299;PP=2965;SC=TCACCTCCCCATTGAGGAAGC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=541;TCF=242;TCR=299;TR=541;WE=120199148;WS=120199130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,573:1.00:573
chr2	120209689	rs2587692	A	G	6423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=128;PP=2965;SC=GGTTATGAGCAGGAGCTGTGG;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=98;TCR=128;TR=226;WE=120209697;WS=120209668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	120221585	rs2253870	G	A	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=5;PP=938;SC=TTGGTATTAAGTGCAGCCTCA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=120221593;WS=120221575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	120221984	rs2579647	A	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=378;SC=TGAATGAGGAACTGGGTCTCC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=120221992;WS=120221974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	120230998	rs2579641	G	A	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=29;PP=1636;SC=TCCTGTCCCCGGGTTCGTGGG;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=88;WE=120231006;WS=120230988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	120231165	rs2587701	T	C	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=58;PP=1747;SC=AGGTGAGCCATGGGCCCAGGC;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=111;WE=120231173;WS=120231155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	120231303	rs2587702	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=444;SC=AGGGGGAAAGTGATTTGAACC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=120231311;WS=120231293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	120281917	.	G	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=1.675;SC=GCTGCGCCCCGAGGAGCCATG;SOR=0.264;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=10;WE=120281925;WS=120281907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr2	120303820	rs2579624	A	T	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=60;PP=1431;ReadPosRankSum=-0.983;SC=AAAAGAAAAGAAGTACCTAAT;SOR=0.329;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=140;TCF=51;TCR=89;TR=99;WE=120303828;WS=120303796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,102:0.70:145
chr2	120362407	rs1568540	C	T	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1421;ReadPosRankSum=-1.942;SC=GAAAGGGTGACAGAGGGGCAG;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=169;TCR=175;TR=123;WE=120362415;WS=120362397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,132:0.37:359
chr2	120362897	rs1521914	T	A	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=97;PP=2682;SC=GTATCAAGTGTCAGTACAGTT;SOR=3.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=19;TCR=97;TR=116;WE=120362905;WS=120362887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	120366057	rs11398750	G	GT	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.12;ReadPosRankSum=1.305;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr2	120369300	rs10864986	T	C	7622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=140;NR=135;PP=2965;SC=ATAAACGGGTTGTTCGCAATC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=140;TCR=135;TR=275;WE=120369308;WS=120369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr2	120385094	rs71966516	GATATAT	G,GAT	748.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=16,16;NR=1,1;PP=190,526;SC=AGTAAAAGTGGATATATATAT;SOR=4.514;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=17,17;WE=120385107;WS=120385084;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.63:19
chr2	120387637	rs12711931	G	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=586;SC=TGGTAGATTAGACTGTGTGGC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=120387645;WS=120387627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	120388128	rs2272057	A	G	4160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=51;PP=2769;ReadPosRankSum=-0.792;SC=AGGATTTTCAATCTTCTTTCA;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=185;TCR=83;TR=165;WE=120388136;WS=120388118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,174:0.62:280
chr2	120388412	rs2272058	G	A	9578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=194;PP=2965;SC=CAAAACATCAGTCTTGAGCAT;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=137;TCR=194;TR=330;WE=120388420;WS=120388402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr2	120397340	.	G	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.916;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,52:0.24:213
chr2	120404629	rs11349518	AT	A	3126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=3.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.531;QD=17.09;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:18,165:0.90:183
chr2	120409430	rs1521912	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=1;PP=619;SC=ACAAAAGTAGATGGAACTAAA;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=120409438;WS=120409420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	120414083	rs6761357	C	T	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=44;PP=1216;SC=ATTTGCTTTCCGTGGGCCACT;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=120414091;WS=120414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	120438523	rs13011768	A	G	3539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=72;PP=2313;ReadPosRankSum=0.898;SC=TGGAGTTCCAATCTCGTACCA;SOR=0.822;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=496;TCF=278;TCR=218;TR=172;WE=120438531;WS=120438513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,180:0.35:516
chr2	120438696	rs939777	A	G	16809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=300;NR=268;PP=2965;SC=TCACCTTCCAACCTGTGAGTG;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=569;TCF=301;TCR=268;TR=568;WE=120438704;WS=120438686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr2	120439230	rs1983406	C	G	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=94;PP=2145;ReadPosRankSum=-0.878;SC=TGGGCAAAGACGGGGAGAAGC;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=495;TCF=238;TCR=257;TR=181;WE=120439238;WS=120439220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,190:0.37:514
chr2	120443443	rs939778	A	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=695;ReadPosRankSum=-0.307;SC=GTTAGAAGTAACTTTTTCAGG;SOR=1.708;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=37;WE=120443451;WS=120443433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr2	120567392	.	AT	A	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.591;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,28:0.19:146
chr2	120620092	.	AT	A	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.879;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr2	120689905	rs2292361	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=1;PP=972;SC=TTGCTCATCTAGAACATAATC;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=120689913;WS=120689895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	120690217	rs6542551	G	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=44;PP=960;ReadPosRankSum=-0.594;SC=ACAAAGATACGCAAAAATTGA;SOR=0.959;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=16;TCR=69;TR=53;WE=120690225;WS=120690207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr2	120703842	rs2289581	A	G	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=145;SC=CATACAAAAAATATGCTTCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=120703850;WS=120703832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	120704164	rs3214717	A	AT	3563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=1375;SC=AGTTATCTAAATGTTTCAAAT;SOR=0.995;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=36;WE=120704174;WS=120704154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	120704166	rs2289580	G	T	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=34;PP=1154;SC=TTATCTAAATGTTTCAAATAA;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=60;WE=120704174;WS=120704154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	120718322	rs12618050	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=332;SC=TGATTTTCCTATTCCTGATTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=120718330;WS=120718312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	120718672	rs6737776	T	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=270;SC=AATCATCATGTTTAAGTGCAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=120718680;WS=120718662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	120725704	rs10194955	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=466;SC=ACTACTGCCCACTAGTCAAAT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=120725712;WS=120725694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	120776972	rs3216703	TG	T	690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=722;SC=GATCAGGCACTGTAACATTCA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=120776980;WS=120776962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	120830627	rs72841604	T	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=327;ReadPosRankSum=1.308;SC=TTCACTTGGGTTTTTCTCTTG;SOR=0.908;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=30;WE=120830635;WS=120830617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr2	120830815	rs3738970	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=21;PP=632;SC=AGACAAAATTATTTGTGGGGG;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=120830823;WS=120830805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	120885310	rs1034489	G	A	8674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=139;PP=2965;SC=CTTATTGGAAGCAACGATTGG;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=164;TCR=139;TR=303;WE=120885318;WS=120885300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr2	120889173	rs3738968	G	C	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.24;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,132:0.92:143
chr2	120918585	rs12617570	A	C	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.336;SC=ATTTTTGCCAAAGACAGTTTT;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=51;TCR=140;TR=190;WE=120918593;WS=120918575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr2	120980428	rs11550347	G	C	11488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=221;PP=2965;SC=GGCAAAGACGGCCCAGTAGCT;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=401;TCF=180;TCR=221;TR=401;WE=120980436;WS=120980418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr2	120997869	rs6746072	A	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-2.823;SOR=2.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr2	121036385	rs12711939	TT	GA	5537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=62;PP=2947;SC=ACCACCTTCCTTTGGCATTGG;SOR=1.234;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=108;WE=121036394;WS=121036375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	121038290	rs113531689	GA	G	411.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=10.414;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.72;ReadPosRankSum=1.373;SOR=1.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr2	121038350	rs34186672	CAA	C	2074.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.289;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.15;MQRankSum=0.605;NF=18;NR=23;PP=1218;ReadPosRankSum=-1.866;SC=GCTGTCAGAACAAAAGACATT;SOR=0.091;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=41;WE=121038359;WS=121038335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
chr2	121038558	rs113320941	G	GT	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GTTTGTATTAGTTTTTTTTAT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=12;WE=121038566;WS=121038548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr2	121043403	rs4091515	G	A	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=473;SC=GGCAGATTTTGTTCCCCTTAA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=121043411;WS=121043393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	121043429	rs74540542	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=621;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TGTTAATTACCGATAATGTTT;SOR=0.876;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=29;WE=121043437;WS=121043419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr2	121223274	rs17050160	C	T	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=630;ReadPosRankSum=-1.373;SC=ATAAAACTGACAGCCAACTCG;SOR=0.939;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=55;WE=121223282;WS=121223264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,62:0.35:177
chr2	121708663	rs10864866	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=455;ReadPosRankSum=-0.273;SC=TGTAATTCACAGATGACCAGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=25;WE=121708671;WS=121708660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr2	121712729	rs10175446	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQRankSum=0.845;QD=16.99;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	121713022	rs6718382	C	G	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.51;SOR=6.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	121713022	.	CAGGGGCTG	GAGGGGCTA,GAGGGGCTG	2454	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3,3;NR=50,81;PP=2454,883;QD=47.31071462;SC=TGCTGGCCCCCAGGGGCTGAG;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=84;TCF=3;TCR=81;TR=53,84;WE=121713049;WS=121713012;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.63:84
chr2	121713030	rs12614482	G	A	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.35;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr2	121713041	rs12617878	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=42;PP=2378;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGATGGGGCTAGCAGATCTC;SOR=0.793;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=1;TCR=62;TR=43;WE=121713049;WS=121713012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr2	121726151	rs13396540	A	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.966;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=0.264;SC=CCTTCGCCCAAGAGCCCACAG;SOR=0.027;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=74;TCR=0;TR=19;WE=121726159;WS=121726146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr2	121726447	rs2592595	G	A	17303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=236;NR=365;PP=2965;SC=GAAGCAGCTCGGCGGCCAGCG;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=601;TCF=236;TCR=365;TR=601;WE=121726455;WS=121726437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,625:1.00:625
chr2	121729323	rs2677507	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=311;ReadPosRankSum=1.329;SC=TGGCATGCCCAGGTCTGGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=17;WE=121729331;WS=121729316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr2	121729360	rs2592592	T	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=919;SC=CATGTGCCCCTGGCAGGACTG;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=121729368;WS=121729350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	121729490	rs2592591	C	T	8413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=173;NR=139;PP=2965;SC=CCCTGAGTAACAGACTGTCCT;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=173;TCR=139;TR=312;WE=121729498;WS=121729480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr2	121729686	rs2592590	T	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=50;PP=1539;SC=AGGACCAGGCTTGTGGGCTGC;SOR=2.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=68;WE=121729694;WS=121729676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	121730138	rs3106962	C	G	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=6;PP=935;SC=GGGGTCACTTCAGGGCATGTG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=121730146;WS=121730128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	121730391	rs76519094	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=278;ReadPosRankSum=-1.635;SC=AGGCCTACCACGTGGCCCAGA;SOR=0.201;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=25;WE=121730399;WS=121730381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr2	121732710	rs116523674	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=761;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CCCAGCAGCCCGCCAACCGGG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=57;WE=121732718;WS=121732700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr2	121740190	rs1968619	C	T	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	121740194	rs1530580	T	G	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	121740505	rs280196	C	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=1086;ReadPosRankSum=1.163;SC=GCCCCACTGACGCCCCATGGC;SOR=0.197;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=112;TCF=31;TCR=81;TR=72;WE=121740513;WS=121740495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,74:0.65:113
chr2	121744225	rs2276553	A	G	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=67;PP=1998;SC=GATGGGGCAGAAGAGAGTCTG;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=103;WE=121744233;WS=121744215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	121746956	rs3738880	G	T	9604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=162;NR=181;PP=2965;SC=CACCGTAGACGCCCTGGCCAG;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=162;TCR=182;TR=343;WE=121746964;WS=121746946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr2	121747406	rs12711538	G	A	9858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=183;PP=2965;SC=TGGGGTCCCCGATTCAGCCCT;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=156;TCR=183;TR=339;WE=121747414;WS=121747396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr2	121747429	rs10167980	A	G	8008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.311;SC=CTGGAGTGCCACCACCTCACC;SOR=0.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=134;TCR=149;TR=280;WE=121747437;WS=121747419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,293:0.99:295
chr2	121982011	rs4384798	T	A	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=46;PP=1738;SC=AAAGGTGCAGTGCCACAGTAT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=121982019;WS=121982001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	121989489	rs2304667	G	A	9048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=140;PP=2965;SC=ACAGGTTGGCGATCTTCTCAA;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=191;TCR=140;TR=330;WE=121989497;WS=121989479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr2	122004466	rs148066295	C	T	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.760;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=1488;ReadPosRankSum=0.443;SC=TCTGCTTAAACGTGTCAATCT;SOR=0.721;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=372;TCF=195;TCR=177;TR=125;WE=122004474;WS=122004456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,129:0.33:386
chr2	122007378	rs2119021	A	C	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=45;PP=1370;SC=AGCTCAGCTCACTCTCTGGAC;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=56;WE=122007386;WS=122007368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	125175051	.	T	G	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=886;ReadPosRankSum=-0.928;SC=GCTGACAGCGTGGTGCACCAC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=65;WE=125175059;WS=125175041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr2	125175193	.	C	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr2	125192068	rs1425745	T	C	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=74;PP=2682;SC=CAGAATCAGATGTTGCTGACT;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=183;WE=125192076;WS=125192058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	125232609	rs4411700	G	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=36;PP=906;SC=GAGAGAAAGAGAATGGCAGAT;SOR=4.351;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=39;WE=125232617;WS=125232599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	125367390	.	A	C	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=68;PP=2019;ReadPosRankSum=-1.386;SC=ATCTACGAGCAATCCTGCGAG;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=267;TCF=133;TCR=134;TR=132;WE=125367398;WS=125367380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,143:0.50:288
chr2	125405302	rs924802	C	T	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=641;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TTGCTTCTAACGTCTCTTGCT;SOR=0.545;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=51;WE=125405310;WS=125405292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,58:0.51:114
chr2	125669260	rs2602655	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=2.572;SC=TTTCATGAGTAGTCCTGTGTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=125669268;WS=125669250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	127657221	rs3795873	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=443;ReadPosRankSum=1.401;SC=GCACACGGCCCAGCCCTCCAC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=24;WE=127657229;WS=127657211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr2	127808226	rs2071270	A	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=907;ReadPosRankSum=0.226;SC=GCAGCAGGACAGTATGGGGCT;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=49;WE=127808234;WS=127808216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr2	127808532	rs2043798	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=562;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AGGTGGTCCAGGGACAGCCAG;SOR=0.474;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=38;WE=127808540;WS=127808522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr2	127808909	rs6745677	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1143;ReadPosRankSum=1.230;SC=GCACCCAAGCGACAGGGCCGG;SOR=0.861;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=165;TCF=72;TCR=93;TR=82;WE=127808917;WS=127808899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,86:0.49:176
chr2	127811042	rs76414720	G	A	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=50;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CAGTGAGGGCGAGAAGGACAG;SOR=0.586;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=208;TCF=99;TCR=109;TR=99;WE=127811050;WS=127811032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,115:0.49:233
chr2	127811712	rs35339559	G	GCA	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.935;NF=0;NR=9;PP=327;ReadPosRankSum=-2.303;SC=CACCACGCATGCAGAGCAAGC;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=127811720;WS=127811702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	127816846	.	CTGTG	C,CTG	869.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.99;ReadPosRankSum=-1.379;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,6,22:0.21,0.76:29
chr2	127819777	rs61748157	C	T	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=84;PP=1908;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GGTTGAGCTGCAGGAGAGACA;SOR=0.907;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=329;TCF=150;TCR=179;TR=148;WE=127819785;WS=127819767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,155:0.45:343
chr2	127821085	rs2071268	C	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=585;ReadPosRankSum=-2.245;SC=CCTCCCACGACTCTGACTCTG;SOR=0.349;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=42;WE=127821093;WS=127821075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr2	127821453	rs78935905	G	A	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.422;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=18;PP=1311;ReadPosRankSum=0.469;SC=ACTGGGCACCGCAGCACGCAG;SOR=1.036;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=134;TCF=97;TCR=37;TR=77;WE=127821461;WS=127821443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,83:0.59:141
chr2	127821499	rs72481904	T	C	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.664;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,140:0.54:261
chr2	127825968	rs934826	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=325;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GGGCCCTTGAGGCCGAGAGAA;SOR=0.986;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=23;WE=127825976;WS=127825958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr2	127826632	rs67327804	A	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=623;ReadPosRankSum=-0.152;SC=GGAGGGCACTAAGCGGGGCCT;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=43;WE=127826640;WS=127826622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,44:0.46:96
chr2	127839474	rs11682128	G	A	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1221;ReadPosRankSum=0.316;SC=GCCCTGTCTCGCCCCTTCCTC;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=167;TCF=65;TCR=102;TR=91;WE=127839482;WS=127839464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,94:0.56:169
chr2	127839534	rs11690153	T	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=203;ReadPosRankSum=1.045;SC=CACACCCTCGTGCCCCGGCGT;SOR=0.136;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=18;WE=127839542;WS=127839524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr2	127944781	rs11384285	A	AC	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=0.528;SC=GTGATCAGCGAACACAAATAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=5;WE=127944789;WS=127944771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	127950904	rs885276	A	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr2	127951458	rs2089109	GC	AT	4382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.511;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=59;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.764;SC=AAAAGAGCCAGCGGGGACGGG;SOR=0.455;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=228;TCF=92;TCR=136;TR=107;WE=127951467;WS=127951448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,117:0.49:239
chr2	128015367	rs4662718	C	T	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=23;PP=727;SC=TTTTATAATACTTATAATCAC;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=128015375;WS=128015357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	128028792	rs4150499	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=9;PP=907;SC=TTTGGGATTCTCTCCCTCCAG;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=128028800;WS=128028782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	128029065	rs11345447	GA	G	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr2	128044190	.	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.048;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=0.610;SC=CCAGTTGGGTGGGCTACACAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=11;WE=128044198;WS=128044180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	128050134	rs4150402	T	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=387;SC=CACCTATGCCTATTGTTACAT;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=128050142;WS=128050124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	128076022	rs9636237	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.573;SC=AAAATTATGATTATCCAAATT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=128076030;WS=128076012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	128081682	rs12622436	C	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.411;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=628;ReadPosRankSum=0.524;SC=AATCCCCCCTCTCCCTCCCAG;SOR=1.186;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=50;WE=128081690;WS=128081672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,54:0.41:133
chr2	128175862	rs1799808	C	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=1725;ReadPosRankSum=-1.962;SC=CCCTGCTGGACGGCATCCTTG;SOR=0.501;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=45;WE=128175883;WS=128175852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr2	128175875	rs1799809	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.167;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=1725;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CATCCTTGGTGGGCAGAGGTG;SOR=0.375;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=95;TCF=74;TCR=21;TR=51;WE=128175883;WS=128175852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr2	128176040	rs1799810	A	T	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=90;PP=2143;ReadPosRankSum=1.591;SC=CAGGACGGCGAACTTGCAGTA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=136;TCR=167;TR=164;WE=128176052;WS=128176030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,169:0.54:312
chr2	128176195	rs2854700	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=478;SC=AGCTTGGGGTGAAAGGACACA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=128176203;WS=128176185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	128177377	rs1158867	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=274;ReadPosRankSum=1.929;SC=GACCCTCAATCCCAGCTTCCG;SOR=0.436;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=26;WE=128177385;WS=128177367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr2	128180872	rs5936	G	T	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=46;PP=1993;SC=TCAATTGCTCGCTGGACAACG;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=128180880;WS=128180862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	128181028	rs1878844	A	G	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=69;PP=2965;SC=CGCTGGGTGCAGGGTGGGCAG;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=155;WE=128181036;WS=128181018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	128181234	rs2069922	GC	G	1225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=28;PP=995;SC=TCCTCCGGGCGCCCCCTGCGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=28;WE=128181242;WS=128181224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	128184770	rs5937	T	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=641;ReadPosRankSum=-0.077;SC=ACTGCATGGATGAGTCCAAGA;SOR=0.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=52;WE=128184778;WS=128184760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr2	128249441	rs334152	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TCCACTTTACCGACTCGTTTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=128249449;WS=128249435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	128253571	rs334151	C	T	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=927;ReadPosRankSum=0.592;SC=CGACCCAGCTCACCTCAGCAG;SOR=0.904;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=69;WE=128253579;WS=128253561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,72:0.50:143
chr2	128271958	rs10432384	C	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=41;PP=969;ReadPosRankSum=-2.570;SC=CCCTCCCTCCCGCTTACCCAG;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=70;WE=128271966;WS=128271948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,75:0.48:156
chr2	128281469	rs2303947	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=435;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GCAAAAGTTACCACTGAGGAA;SOR=0.954;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=22;WE=128281477;WS=128281459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr2	128284036	.	A	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=1095;ReadPosRankSum=0.402;SC=TCTACTTCCTAGAAGCACCGC;SOR=0.435;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=61;WE=128284044;WS=128284026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,63:0.50:127
chr2	128321770	rs2404991	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=889;ReadPosRankSum=1.070;SC=CCACAAGACCGGCGTGGCCAT;SOR=0.668;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=163;TCF=81;TCR=82;TR=73;WE=128321778;WS=128321760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,76:0.45:168
chr2	128327569	rs115344891	T	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=-1.019;SC=AGGGACAGGATAGGCCACAAA;SOR=0.560;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=13;WE=128327577;WS=128327559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	128338519	rs35136538	T	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=526;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CCAGGGCCTATGCTCAAACCC;SOR=1.802;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=84;TCF=12;TCR=72;TR=29;WE=128338527;WS=128338509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr2	128339456	rs4662740	G	T	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=28;PP=1326;ReadPosRankSum=-1.077;SC=GCCCCCACCTGCCTCCCCAGG;SOR=0.795;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=160;TCF=106;TCR=54;TR=87;WE=128339464;WS=128339446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,88:0.54:162
chr2	128342547	rs4662741	G	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=657;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CAGGGAGACCGTGGAAAGCAG;SOR=0.645;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=42;WE=128342555;WS=128342537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr2	128345960	rs10928773	T	C	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr2	128346228	rs11673952	A	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=0.630;SC=CTCTGGGTCCACAGCATGCAG;SOR=0.582;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=128346236;WS=128346218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	128350578	rs58867441	T	TG	3202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=75;PP=2936;SC=CCCTCGGCCTTGGCACCTCCA;SOR=4.035;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=1;TCR=77;TR=76;WE=128350586;WS=128350568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	128351346	rs7558838	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=135;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CAGCTCAAAGTGTGGTCCCCA;SOR=0.984;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=11;WE=128351354;WS=128351336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	128363530	rs11382004	G	GC	1934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=40;PP=1788;SC=GGGCGGCTGGGCCGCGGGACC;SOR=2.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=42;WE=128363538;WS=128363520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	128366272	rs17261971	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=456;ReadPosRankSum=-2.274;SC=CTTCCTCCACGGGGTATGCAG;SOR=0.490;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=27;WE=128366280;WS=128366262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr2	128367092	rs777432	G	A	4732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.321;SC=ATCTGGAATCGAAGACCCAGA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=399;TCF=214;TCR=185;TR=213;WE=128367100;WS=128367082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,218:0.51:427
chr2	128367359	rs58719465	G	A	3364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.024;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=81;PP=2472;ReadPosRankSum=1.863;SC=TATGGCTCGGGGAAAGAAGGA;SOR=0.868;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=304;TCF=142;TCR=162;TR=143;WE=128367367;WS=128367349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,149:0.47:317
chr2	128369896	rs777435	A	G	6234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=102;PP=2965;SC=CCCGGATCACAGGCCAGGTGA;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=119;TCR=102;TR=221;WE=128369904;WS=128369886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	128377833	rs2248519	C	G	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.97;SOR=1.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	128377833	.	CAAGAGCTGT	GAAGAGCTGC,GAAGAGCTGT	617	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=30,57;NR=9,20;PP=585,617;QD=16.3709711503;SC=CAGAGGTGCACAAGAGCTGTG;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=39,77;WE=128377850;WS=128377823;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.51:77
chr2	128377842	rs77159371	T	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr2	128379563	rs61744148	C	G	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=72;PP=1647;ReadPosRankSum=0.915;SC=CCAGTATCTACTGAACTTCAT;SOR=0.971;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=272;TCF=130;TCR=142;TR=130;WE=128379571;WS=128379553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,141:0.48:295
chr2	128381808	rs13422424	C	T	8338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=162;NR=128;PP=2965;SC=CCCCCTGGCACGACTCCCGGG;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=162;TCR=128;TR=290;WE=128381816;WS=128381798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr2	128382859	rs2245297	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=192;SC=GGGCAAGAGCCCGGCCACGGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=128382867;WS=128382849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	128383174	rs76503952	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.497;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr2	128385224	rs10164978	C	G	8332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=139;PP=2965;SC=GAACTGGTGGCCTGGAGGGTA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=144;TCR=139;TR=283;WE=128385232;WS=128385214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	128385244	rs58961411	T	C	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.088;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=62;PP=1531;ReadPosRankSum=2.629;SC=ACAGGTTGTCTGGGAAGGCGA;SOR=0.827;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=256;TCF=130;TCR=126;TR=118;WE=128385252;WS=128385234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,120:0.45:266
chr2	128389343	rs10208043	C	T	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=82;PP=2335;SC=GCTGGGGCGGCGGCCAGCCCA;SOR=1.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=129;WE=128389351;WS=128389333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	128389422	rs10183797	G	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=564;SC=CACCGCAGCTGGTGGCGGCAG;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=128389430;WS=128389412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	128392131	rs115658461	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=657;ReadPosRankSum=2.368;SC=GGACAGTCCCCGGAAGCCACC;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=54;WE=128392139;WS=128392121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,62:0.45:138
chr2	128392688	rs13391954	C	T	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=39;PP=1884;ReadPosRankSum=0.885;SC=TGCTGGCCCTCGCCCAGGGGC;SOR=1.030;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=249;TCF=163;TCR=86;TR=127;WE=128392696;WS=128392678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,133:0.52:258
chr2	128393261	rs2255178	T	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=13;PP=1037;SC=GGGCCGCAGCTGGAGACCCAG;SOR=2.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=56;WE=128393269;WS=128393251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	128393289	rs2255177	T	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=536;ReadPosRankSum=0.416;SC=AGTGTGTCCATCACCCAGGAG;SOR=0.493;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=40;WE=128393297;WS=128393279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr2	128394244	rs199624518	CCAGGGACCTGTG	C	2515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.551;NF=3;NR=36;PP=2970;ReadPosRankSum=1.372;SC=GCCACCAGGTCCAGGGACCTG;SOR=0.816;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=111;TCF=13;TCR=98;TR=39;WE=128394263;WS=128394234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr2	128394758	rs2255039	T	C	4734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=69;PP=2846;SC=ACGGCCCCAATGGCAGGAGCC;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=162;WE=128394766;WS=128394748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	128394875	rs59579995	C	CA	3130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.05;MQRankSum=14.228;QD=10.20;ReadPosRankSum=3.715;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,157:0.51:307
chr2	128394876	.	C	A	1703	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=65.19;NF=60;NR=55;PP=1703;QD=15.1110540221;SC=TCTGACCCCCCCGTCCCCTGT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=241;TCF=123;TCR=118;TR=115;WE=128394885;WS=128394865;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:126,115:0.48:241
chr2	128394877	rs56272236	C	T,CT	12238.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=52;NR=115;PP=2979;SC=CTGACCCCCCCGTCCCCTGTC;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=53;TCR=117;TR=167;WE=128394885;WS=128394865;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.48:304
chr2	128396807	rs891515	A	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=411;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CATGGACAGCAGGAGGGGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=29;WE=128396815;WS=128396797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr2	128400608	rs4662751	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=569;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TGCCCAGGCCCTTGGCCTTCT;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=44;WE=128400616;WS=128400598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr2	128400992	rs2244513	A	G	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=16;PP=1085;ReadPosRankSum=0.014;SC=TTCCCAATGTATTTAACACAC;SOR=1.043;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=162;TCF=118;TCR=44;TR=67;WE=128401000;WS=128400982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,72:0.41:177
chr2	128401091	rs2244507	A	G	7075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=120;PP=2965;SC=GGGGTTTGCCAGATGAAGAAG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=133;TCR=121;TR=253;WE=128401099;WS=128401081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	128401426	.	C	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.573;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=377;ReadPosRankSum=0.205;SC=CTGCTGCATCCAGGCCTCCCT;SOR=0.770;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=21;WE=128401434;WS=128401416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr2	128401553	rs2288658	A	G	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=51;PP=1418;ReadPosRankSum=-3.203;SC=AAGAGATCCAATCGCAGACCC;SOR=0.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=283;TCF=163;TCR=120;TR=118;WE=128401561;WS=128401543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,132:0.43:309
chr2	128407499	rs2243805	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=638;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CCCTGGTGGTGGATCTACTCT;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=46;WE=128407507;WS=128407489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr2	128411934	rs6707277	A	G	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=8;PP=1312;SC=CACACAGGAGAGGTGGCAGGT;SOR=3.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=52;WE=128411942;WS=128411924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	128411950	rs6707282	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=23;PP=1351;SC=CAGGTGTGCCAGGAAGGGCTG;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=77;WE=128411958;WS=128411940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	128421763	rs34006819	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=153;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CATCCGACGCCGGGGCAGAGC;SOR=0.346;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=13;WE=128421771;WS=128421753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	128431188	rs6430942	A	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=14;PP=1068;SC=CCAGCCCCGCACCCTTCACGG;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=128431196;WS=128431178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	128431397	rs7591197	A	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=587;ReadPosRankSum=0.260;SC=CTAGAACCCTAGGGGGTGACC;SOR=0.852;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=43;WE=128431405;WS=128431387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,51:0.39:132
chr2	128431494	rs7591310	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CAAGGCTTAGAGGTGACTCCA;SOR=0.092;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=8;WE=128431502;WS=128431484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	128432511	rs140650322	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=153;ReadPosRankSum=1.308;SC=CGGGGCTGTACGAGGGCGAGC;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=16;WE=128432519;WS=128432501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr2	128432534	rs79485780	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr2	128432620	.	TGGGTTGCCG	T	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=2738;ReadPosRankSum=1.097;SC=CGCCGAGCCCTGGGTTGCCGG;SOR=0.783;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=10;WE=128432636;WS=128432610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr2	128459039	rs1048211	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=2.124;SC=CGAAGACCGAACCGCTTCAGC;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=8;WE=128459047;WS=128459029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr2	128459214	rs10206957	C	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=83;ReadPosRankSum=0.799;SC=GCCCGGGGACCGGCCGGCGGA;SOR=0.337;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=10;WE=128459222;WS=128459204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	128464116	rs34550770	G	A	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.04;MQRankSum=1.046;NF=53;NR=73;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.896;SC=CAGGTCCTGGGCCCCCTCGGC;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=249;TCF=112;TCR=137;TR=126;WE=128464124;WS=128464106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,129:0.48:268
chr2	128467473	rs72846240	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-2.418;SC=AGAGAACACCTTGCCACTCTA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=8;WE=128467481;WS=128467463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr2	128474887	rs3771293	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
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chr2	128608384	.	G	T	26	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=26;QD=15.1928031368;SC=TAGACGGCCAGGTGTAGTGGC;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=128608392;WS=128608374;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	128610719	rs35614229	T	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=316;ReadPosRankSum=-0.476;SC=AAAATACTCCTTCAAAAGTTT;SOR=1.008;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=18;WE=128610727;WS=128610709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr2	128615577	rs74857120	G	A	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=65;PP=2036;ReadPosRankSum=1.286;SC=GTGGCGCGGGGGAGTCTGGCA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=308;TCF=171;TCR=137;TR=147;WE=128615585;WS=128615567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,157:0.48:330
chr2	128699750	rs2304519	G	C	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=64;PP=1784;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TGAAACAGAAGACATTGCATC;SOR=0.518;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=189;TCF=68;TCR=121;TR=103;WE=128699758;WS=128699740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,105:0.53:197
chr2	128708063	rs2461463	T	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=48;PP=1173;SC=CCAACAAAGATGATTAAGAAG;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=63;WE=128708071;WS=128708053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	128744580	rs2948068	A	G	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=74;PP=2517;SC=AGAGAGGGAAACAAAATGCCA;SOR=1.138;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=51;TCR=74;TR=125;WE=128744588;WS=128744570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	128747490	rs115985093	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=586;ReadPosRankSum=0.072;SC=TCATTTCACACAGTCCACATA;SOR=1.148;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=33;WE=128747498;WS=128747480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr2	128753854	rs1550174	T	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=19;PP=1142;SC=TGGGACACTTTGTTTTATGCT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=128753862;WS=128753844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	128757804	rs10928793	C	T	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=893;ReadPosRankSum=0.347;SC=TCGGTATCACCAGGCCCTCAG;SOR=0.492;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=64;WE=128757812;WS=128757794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,69:0.52:133
chr2	128772310	rs35312230	C	T	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=818;ReadPosRankSum=1.342;SC=TTCTGTGTTACGTATTTTACC;SOR=0.296;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=58;WE=128772318;WS=128772300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr2	128849114	rs4476299	T	C	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=91;PP=2965;SC=TCTGGTGTCCTATCCCTTCCC;SOR=0.938;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=76;TCR=91;TR=167;WE=128849122;WS=128849104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	128860835	rs7355336	A	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=40;PP=1073;SC=CAATTACTACATGCATTTCCT;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=128860843;WS=128860825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	128870808	rs4662775	T	C	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=61;PP=1903;SC=GCAAAATCAATTATGTATTCA;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=90;WE=128870816;WS=128870798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	128872595	rs56397917	C	T	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=15;PP=1776;SC=GGGCATAATCCGAGGTAATGG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=82;WE=128872603;WS=128872585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	128874061	rs10210598	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=592;SC=CCTACGTGGAGAGTCAACCAC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=128874069;WS=128874051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	128877837	rs4662593	G	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=666;SC=AGGGTTGGGAGAGGAAAACCA;SOR=4.332;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=128877845;WS=128877827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	128878014	rs4662594	G	A	9516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=168;NR=161;PP=2965;SC=CACCTTTAAAGGTTTGGCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=329;TCF=168;TCR=161;TR=329;WE=128878022;WS=128878004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr2	128878667	rs6430990	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=269;SC=CATTCGAAGATATTCTTAATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=128878675;WS=128878657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	128879022	rs6430991	G	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=12;PP=293;SC=TCTTGTTGCCGAGGCTAGAGT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=128879030;WS=128879012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	128880899	rs4480941	T	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=22;PP=559;SC=ATCAGCAGCATTTAACAGTGT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=128880907;WS=128880889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	128880993	rs4633871	A	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=21;SC=CAGTATGCACATAACTGAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=128881001;WS=128880983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	128913757	rs3738923	G	A	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=8;PP=970;SC=TTTCTCAGCTGTATGTAAAGT;SOR=2.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=128913765;WS=128913747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	128915057	rs13392666	T	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=0.113;SC=GAGAATTGTATCTCTAGAGAT;SOR=0.412;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=10;WE=128915065;WS=128915047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	128929028	rs17178432	A	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TTCTAAGAACATAGTGTGTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=128929036;WS=128929018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	128934400	rs2290111	T	C	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=83;PP=2812;SC=ACGATGGCACTGATTCTCCCC;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=97;TCR=83;TR=180;WE=128934408;WS=128934390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	128936000	rs2290110	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=24;PP=619;SC=TGTGTCTGTATGAGTGTTTCA;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=128936008;WS=128935990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	128936171	rs3217587	TATG	T	577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=479;SC=TTTCATTATATATGATGAATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=128936181;WS=128936161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	128939606	rs62160075	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	128939695	rs17793615	A	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=938;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GACTTTTTATATTCTCCAGAT;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=54;WE=128939703;WS=128939685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr2	128939799	rs17178720	C	T	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1378;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GAGAAATGGACGGCTACAGGT;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=112;TCR=97;TR=104;WE=128939807;WS=128939789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,111:0.50:222
chr2	128939817	rs1699	G	A	6319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=109;PP=2965;SC=GGTTCTGGAAGTCAGGGTACT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=116;TCR=109;TR=225;WE=128939825;WS=128939807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr2	128941483	.	G	GGT,GGTGTGTGTGT	249.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.97;ReadPosRankSum=1.645;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,5,4:0.50,0.40:10
chr2	128941511	.	T	TGTGTGTGTGA	1017	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=27;MMLQ=28;MQ=59.27;NF=0;NR=8;PP=1017;QD=127.5;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=8;WE=128941521;WS=128941501;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	128941513	.	A	T	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=27;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=55;QD=22.4428031368;SC=TGTGTGTGTGAGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=128941521;WS=128941501;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr2	128944424	rs744265	T	C	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=87;PP=2263;SC=GATGTGTGAGTGAATCACGAT;SOR=1.386;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=144;WE=128944432;WS=128944414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	128947505	rs11542865	G	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=859;SC=TTAAAGCTCTGTTGGATTTGT;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=128947513;WS=128947495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	129026227	rs3958533	G	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.80;MQRankSum=-1.012;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr2	129075877	rs200979099	G	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=10.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.16;MQRankSum=-1.432;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr2	129075961	rs61732881	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.839;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.580;NF=23;NR=10;PP=526;ReadPosRankSum=0.230;SC=GGGGGTCGGGTGTGGGGAACA;SOR=2.030;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=33;WE=129075969;WS=129075951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr2	130737578	rs4233601	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.543;NF=12;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=-2.110;SC=TTGCAGGGGCGCAGAGAGCTC;SOR=0.148;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=14;WE=130737586;WS=130737568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	130738163	rs144773989	G	A	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=1.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.29;MQRankSum=-1.597;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.476;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,140:0.42:330
chr2	130750446	rs199529770	C	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.45;MQRankSum=-2.126;QD=7.02;ReadPosRankSum=2.012;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr2	130897055	rs28751929	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=58.84;MQRankSum=-1.268;NF=9;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=-1.876;SC=TAGCGGAAGTGTCAGGAAATG;SOR=1.371;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=12;WE=130897063;WS=130897045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr2	130897234	rs3177472	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.497;NF=9;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CAGGATGGCACGCTCCGCCAC;SOR=0.711;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=20;WE=130897242;WS=130897224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr2	130897620	rs76485676	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=17.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-5.178;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.671;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr2	130899791	rs141892357	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.35;MQRankSum=0.213;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr2	130899804	rs138331089	T	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.10;QD=26.18;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	130900188	rs28743163	A	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.490;NF=26;NR=29;PP=798;ReadPosRankSum=0.195;SC=TGCCCCAGCTACGATGTTCCC;SOR=0.509;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=55;WE=130900196;WS=130900178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,58:0.45:130
chr2	130900604	rs200072343	C	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.438;NF=31;NR=27;PP=792;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CTGTGCCCACCTCCCCACTGC;SOR=0.699;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=58;WE=130900612;WS=130900594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,53:0.46:116
chr2	130902052	rs7569956	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQRankSum=-2.505;QD=0.40;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,26:0.14:181
chr2	130902067	rs60089935	C	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.290;NF=38;NR=33;PP=1027;ReadPosRankSum=2.362;SC=GAGGAGAGGACTGGCGGAGTC;SOR=0.644;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=71;WE=130902075;WS=130902057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,58:0.33:175
chr2	130902194	rs60152285	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.14;MQRankSum=0.441;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr2	130902549	rs34080706	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	130910847	rs4511676	G	A	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=71;PP=1940;ReadPosRankSum=0.887;SC=AGCTGGGGACGGGTCAGGGCC;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=330;TCF=171;TCR=159;TR=152;WE=130910855;WS=130910837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,157:0.46:343
chr2	130925088	rs10909567	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.148;NF=30;NR=19;PP=656;ReadPosRankSum=0.102;SC=CATTCACAGACGTCTGATGAG;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=49;WE=130925096;WS=130925078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr2	130930819	rs60309319	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.309;NF=32;NR=17;PP=852;ReadPosRankSum=0.754;SC=CCCACTGCCCCGAGCACCACT;SOR=0.988;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=49;WE=130930827;WS=130930809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,44:0.40:111
chr2	130939288	rs1968676	A	G	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=1070;ReadPosRankSum=0.019;SC=GGCGGGGAAGAGAAATGGCGA;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=137;TCF=52;TCR=85;TR=68;WE=130939296;WS=130939269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,72:0.50:143
chr2	130939348	rs1817097	G	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.404;NF=10;NR=23;PP=495;ReadPosRankSum=-1.063;SC=CGCCTGCGTTGTGGCGGCCTC;SOR=1.129;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=33;WE=130939356;WS=130939338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr2	130940090	rs1968675	G	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.929;NF=6;NR=5;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TTCCGGGTACGCCCGGCCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=11;WE=130940098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr2	130941034	rs34409208	T	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=14.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.02;MQRankSum=-2.436;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr2	130941065	rs6737226	T	C	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=23;PP=1528;SC=GTGGAGCCTCTGTCCCTGCTC;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=84;WE=130941073;WS=130941055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	130948303	rs12612244	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.268;SOR=1.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	130948321	rs114232766	T	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr2	130949411	rs10208844	G	T	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=36;PP=2150;SC=CCCTCAGTATGCTTCGCCTTC;SOR=1.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=111;WE=130949419;WS=130949401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	130949491	rs60154251	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.206;NF=39;NR=50;PP=1024;ReadPosRankSum=2.406;SC=CCAGGTCCTCGCGGGCCTCAG;SOR=1.411;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=253;TCF=129;TCR=124;TR=89;WE=130949499;WS=130949481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,60:0.28:215
chr2	130949553	rs1052422	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQRankSum=-9.534;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,22:0.10:214
chr2	130951548	rs1052319	G	A	3770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.602;NF=44;NR=55;PP=1737;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TGGTGATCTCGGCCACAGACA;SOR=0.779;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=169;TCF=87;TCR=82;TR=99;WE=130951556;WS=130951538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,96:0.60:161
chr2	130951566	rs7340193	G	A	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.110;NF=48;NR=58;PP=1592;ReadPosRankSum=0.016;SC=ACAGCTGCTCGTGGTAGGCCT;SOR=0.778;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=106;WE=130951574;WS=130951556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,102:0.56:183
chr2	130951581	rs1052312	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=10.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=-6.649;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,35:0.18:191
chr2	130951584	rs7340507	T	C	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=8.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=-6.567;QD=4.87;ReadPosRankSum=-1.965;SOR=1.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,36:0.19:193
chr2	130952540	rs56151061	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.773;NF=20;NR=0;PP=388;ReadPosRankSum=1.533;SC=TGTGAGCCACCGCGCCCGGCC;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=20;WE=130952548;WS=130952530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr2	130952613	rs199666109	C	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=8.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.32;MQRankSum=-8.043;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,49:0.21:237
chr2	130952625	rs3863906	T	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=4.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQRankSum=-8.190;QD=1.43;ReadPosRankSum=2.427;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,49:0.19:264
chr2	130952718	rs3853852	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQRankSum=-9.965;QD=1.28;ReadPosRankSum=-3.137;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,37:0.14:256
chr2	130952725	rs3863907	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=-10.365;QD=2.81;ReadPosRankSum=-2.072;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,32:0.13:243
chr2	130960023	rs4663031	T	C	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.400;NF=53;NR=69;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GTAGGCAGTTTGGTTCTGGGT;SOR=0.702;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=308;TCF=145;TCR=163;TR=122;WE=130960031;WS=130960013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,107:0.36:299
chr2	130961729	rs201980950	A	AT	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.39;MQRankSum=0.124;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr2	130987792	rs12992461	G	A	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.306;SC=GCACATCAGCGTGCTGGTGCC;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=100;TCR=95;TR=87;WE=130987800;WS=130987782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,90:0.43:207
chr2	131097247	rs55684765	G	A	6218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.13;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,167:0.51:325
chr2	131097253	rs56017827	G	C	6331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=2.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.42;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,166:0.51:326
chr2	131100496	rs11542416	G	A	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=69;PP=1815;ReadPosRankSum=0.411;SC=ACGTGGAAGCGGCACTCAAGA;SOR=0.887;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=247;TCF=108;TCR=139;TR=118;WE=131100504;WS=131100486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,133:0.49:271
chr2	131100734	rs11542411	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=435;ReadPosRankSum=0.172;SC=CTCAGCCCAGGAGAGGAAGGA;SOR=0.656;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=31;WE=131100742;WS=131100724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr2	131114042	rs75367913	G	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TCCTCGTCGCGCTCCCGGAAC;SOR=1.115;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=11;WE=131114050;WS=131114038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	131116404	rs7568956	T	C	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,160:0.52:310
chr2	131117120	rs55841189	G	A	3445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=73;PP=2070;ReadPosRankSum=1.453;SC=GTACCCCCTCGGCAGTTTCCC;SOR=0.642;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=301;TCF=142;TCR=159;TR=145;WE=131117128;WS=131117110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,161:0.50:320
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chr2	131130678	rs10189689	T	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=522;ReadPosRankSum=0.371;SC=GTCTGCCAGCTTCCACACACC;SOR=0.197;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=26;WE=131130686;WS=131130668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr2	131487673	rs272128	A	C	8492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=159;PP=2965;SC=TGCCATGCTCACATACCTGTA;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=129;TCR=160;TR=287;WE=131487681;WS=131487663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr2	131487798	rs138628214	A	G	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.125;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=884;ReadPosRankSum=0.517;SC=TGGCAAGCTGAGGTTAAAAAT;SOR=1.136;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=57;WE=131487806;WS=131487788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,60:0.41:148
chr2	131520178	rs77687733	C	G	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.934;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=71;PP=2106;ReadPosRankSum=-1.273;SC=GCCTCGCTGGCGGCCGAGGGG;SOR=0.589;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=285;TCF=132;TCR=153;TR=134;WE=131520186;WS=131520168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,137:0.47:294
chr2	131520663	rs1905235	T	C	9297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=165;PP=2965;SC=CAGGGACCAATCCCGGCTGGA;SOR=0.856;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=143;TCR=165;TR=308;WE=131520671;WS=131520653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr2	131672950	rs12464119	A	G	3765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=92;PP=2524;ReadPosRankSum=0.105;SC=AAGGCACCCAACTCGCACCAA;SOR=0.823;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=358;TCF=175;TCR=183;TR=173;WE=131672958;WS=131672940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,180:0.48:377
chr2	131673316	rs3739129	C	T	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=76;PP=1958;ReadPosRankSum=0.745;SC=ACTGCGGCCCCGGGGCTGAGG;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=121;TCR=155;TR=137;WE=131673324;WS=131673306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,147:0.49:298
chr2	131673577	rs34513288	T	C	4305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CACCAGCCGGTAATGAGTGTG;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=352;TCF=174;TCR=178;TR=191;WE=131673585;WS=131673567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,201:0.54:375
chr2	131674285	rs3739127	A	G	2805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=55;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.700;SC=TTATTGAGTCAATAGTTCTAG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=228;TCF=127;TCR=101;TR=128;WE=131674293;WS=131674275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,136:0.57:240
chr2	131769237	rs13023338	G	A	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=900;SC=AGAGCCCATCGGAGCTGATGG;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=131769245;WS=131769227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	132111121	rs11895354	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.49;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	132111123	rs370814343	T	C	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.49;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	132111127	rs13410274	G	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.49;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	132111166	.	G	GCC	286.75	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.08;QD=47.79;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	132111167	.	G	GCCGCCGC	274.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.08;QD=54.95;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	132120501	rs146351322	C	CT	4764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=34;PP=2979;SC=AAGACGCTGACTTTTTTTGTG;SOR=2.064;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=86;TCR=41;TR=106;WE=132120509;WS=132120491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	132121350	rs371054387	G	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.88;QD=27.20;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	132201663	rs1317139	T	C	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.004;NF=66;NR=67;PP=1892;ReadPosRankSum=-1.640;SC=CCATCGTCTCTGCCACACAGG;SOR=0.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=132;TCR=137;TR=133;WE=132201671;WS=132201653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,140:0.49:283
chr2	132201778	rs111435137	G	A	3983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.418;NF=97;NR=88;PP=2701;ReadPosRankSum=-0.281;SC=GTCCTTTGCCGCCTTTCCAAA;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=353;TCF=194;TCR=159;TR=185;WE=132201786;WS=132201768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,186:0.51:368
chr2	132227611	.	A	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQRankSum=-2.860;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	132227620	rs187243483	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.24;MQRankSum=-3.178;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.375;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	132229542	rs111449323	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.458;NF=40;NR=9;PP=735;ReadPosRankSum=0.243;SC=GTCCATGAGCAGGAGTCCCAA;SOR=1.214;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=49;WE=132229550;WS=132229532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr2	132229579	rs115112762	A	T	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=4.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQRankSum=-11.205;QD=12.30;ReadPosRankSum=3.559;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,54:0.33:164
chr2	132229583	rs16848770	T	C	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.25;MQRankSum=-11.647;QD=11.74;ReadPosRankSum=2.066;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,59:0.35:171
chr2	132229720	.	T	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.919;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.700;NF=17;NR=50;PP=1086;ReadPosRankSum=-3.987;SC=GAAATCTTGTTGAGGCGCCGC;SOR=1.604;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=157;TCF=54;TCR=103;TR=67;WE=132229728;WS=132229710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,39:0.30:129
chr2	132233606	rs7571932	C	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=0.402;SC=GAACTGGGATCCGGCCCTCAG;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=132233614;WS=132233596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	132233654	rs7571947	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=244;ReadPosRankSum=1.593;SC=GGCGGCCTGGCACCGGCGGGC;SOR=0.807;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=18;WE=132233662;WS=132233644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr2	132233676	rs7561542	G	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=462;ReadPosRankSum=-0.273;SC=AATCCCGTGCGGCGCGCACAG;SOR=0.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=30;WE=132233684;WS=132233666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr2	132233740	rs2622026	C	A	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.417;NF=22;NR=20;PP=550;ReadPosRankSum=-0.453;SC=TGAGGTCTGGCAGTAGCGTTG;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=42;WE=132233748;WS=132233730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
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chr2	132233785	rs7561684	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.898;NF=20;NR=22;PP=599;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GGTAAGGCCCGGGTCACTCCC;SOR=0.827;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=42;WE=132233793;WS=132233775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr2	132235619	rs141836251	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.179;NF=17;NR=2;PP=352;ReadPosRankSum=-2.273;SC=GAAATATCGATTGTGAAAGCG;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=19;WE=132235627;WS=132235609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr2	132237056	rs7423999	A	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=18.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.17;MQRankSum=-7.799;QD=2.78;ReadPosRankSum=-2.983;SOR=2.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,29:0.14:206
chr2	132237059	rs7424438	T	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=24.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.34;MQRankSum=-7.824;QD=2.83;ReadPosRankSum=-1.827;SOR=2.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,25:0.13:197
chr2	132237068	rs142152994	G	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=9.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.73;MQRankSum=-6.996;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=1.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,17:0.11:159
chr2	132237150	rs28462272	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.941;NF=0;NR=9;PP=107;ReadPosRankSum=1.801;SC=CGGTGGCTCACACATGTAATC;SOR=0.142;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=9;WE=132237158;WS=132237140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr2	132238169	rs2463337	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=33.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-9.268;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.578;SOR=4.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,17:0.12:137
chr2	132238286	rs111626841	C	T	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.378;NF=64;NR=60;PP=1635;ReadPosRankSum=0.559;SC=CCAAGCGCACCATCCAGTTTG;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=164;TCR=152;TR=124;WE=132238294;WS=132238276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,135:0.40:336
chr2	132238350	rs111758039	C	CAGCA	4220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-6.406;NF=4;NR=49;PP=2639;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GGAGGCCTTTCAGCAAGCAGC;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=11;TCR=145;TR=53;WE=132238358;WS=132238340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,113:0.48:234
chr2	132240047	rs145801195	T	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.926;NF=22;NR=7;PP=436;ReadPosRankSum=0.745;SC=CAGGGTGTCTTCTGTTTGAGG;SOR=0.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=29;WE=132240055;WS=132240037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr2	132241704	rs11553182	C	T	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.577;NF=43;NR=30;PP=910;ReadPosRankSum=-1.831;SC=GCTGGGCTGGCGTGGCATCCT;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=176;TCF=102;TCR=74;TR=73;WE=132241712;WS=132241694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,79:0.43:182
chr2	132241731	rs75021268	T	C	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.739;NF=44;NR=41;PP=952;ReadPosRankSum=0.232;SC=GGATCCCTCGTGGTTGCTGCG;SOR=0.604;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=213;TCF=116;TCR=97;TR=85;WE=132241739;WS=132241721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,88:0.40:218
chr2	132248330	rs111311763	G	GGC	1598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=7.712;NF=8;NR=23;PP=1797;ReadPosRankSum=-0.179;SC=GAGGGAACCCGGGGGGCCTGG;SOR=0.526;Source=Platypus;TCF=19;TR=31;WE=132248344;WS=132248320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,63:0.56:113
chr2	132248336	rs59539470	C	G	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.380;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=8.609;NF=22;NR=23;PP=1787;ReadPosRankSum=-1.075;SC=ACCCGGGGGGCCTGGAGAGAG;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TCF=47;TR=45;WE=132248344;WS=132248320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,74:0.61:121
chr2	132248365	rs200923342	T	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.072;NF=24;NR=29;PP=713;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GTGTGGCAGCTGGGCTGTGGA;SOR=1.018;Source=Platypus;TCF=50;TR=53;WS=132248355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,46:0.38:122
chr2	132248379	rs12469517	T	G	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=50;SC=CTGTGGAGCATAACCAGAGAG;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=98;WE=132248387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	132248584	rs10182785	T	C	4360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=57;PP=2965;SC=CCCTGGCACTTCCCCCATGAA;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=85;TCR=57;TR=142;WE=132248592;WS=132248574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	132248632	rs10179938	A	C	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.267;NF=56;NR=48;PP=1239;ReadPosRankSum=1.392;SC=GATGCCTGTGAGGGTCTCCTC;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=104;WE=132248640;WS=132248622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,108:0.52:208
chr2	132248876	rs6709245	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.034;NF=0;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TTCCGCGTCTAACTCTCTTCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=132248884;WS=132248866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	132249372	rs6706952	C	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	132249916	rs72262008	AC	A	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=58.79;MQRankSum=-1.192;NF=1;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=0.050;SC=GGCGCCGCCGACCCCGGCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=132249924;WS=132249906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	132258153	.	C	CACCTGCTACCTACCTGCTACCTGCTACCTG	662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQRankSum=-1.389;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.181;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,21:0.26:81
chr2	132265995	rs116381298	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.209;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=618;ReadPosRankSum=0.070;SC=CAGCTTCGCTGTTCTGCACAT;SOR=1.371;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=36;WE=132266003;WS=132265985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr2	132266142	rs12691988	G	C	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.114;NF=52;NR=60;PP=1658;ReadPosRankSum=0.670;SC=ATCACTATTCGTTGGAGATGT;SOR=0.847;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=285;TCF=141;TCR=144;TR=112;WE=132266150;WS=132266132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,115:0.38:304
chr2	132266246	rs7591223	T	C	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.569;NF=9;NR=30;PP=663;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CTGCTTCTTATCCTGCCTCGG;SOR=0.834;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=23;TCR=68;TR=39;WE=132266254;WS=132266236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr2	132272235	rs36013871	GA	G	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.074;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr2	132273778	rs149331019	G	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.693;NF=14;NR=5;PP=352;ReadPosRankSum=2.365;SC=GAGGTGCCCAGTGCTCTCCCA;SOR=0.826;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=19;WE=132273786;WS=132273768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
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chr2	132277962	rs7560296	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-7.269;NF=16;NR=20;PP=503;ReadPosRankSum=2.464;SC=TCTGCCATGATACTGCTGACC;SOR=1.221;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=36;WE=132277984;WS=132277952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr2	132286046	rs3101992	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=7.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.18;MQRankSum=-7.760;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.717;SOR=1.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,26:0.20:131
chr2	132286061	rs60469601	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=6.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.53;MQRankSum=-6.436;QD=2.83;ReadPosRankSum=-1.932;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,29:0.21:136
chr2	132287824	rs10187823	C	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.741;NF=41;NR=48;PP=1382;ReadPosRankSum=1.669;SC=GGATCCTGGGCTGTGGTCTCA;SOR=0.732;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=199;TCF=103;TCR=96;TR=89;WE=132287832;WS=132287814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,85:0.41:205
chr2	132290399	rs57007130	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.050;NF=14;NR=14;PP=431;ReadPosRankSum=0.042;SC=GTCTGGCACCGCCACAGGCCC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=28;WE=132290407;WS=132290389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr2	132290464	rs13660	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.308;NF=23;NR=10;PP=534;ReadPosRankSum=-0.437;SC=CCTCCTGGAAGGGAGCCAGAG;SOR=0.554;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=33;WE=132290472;WS=132290454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr2	132290733	rs140316434	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.081;NF=7;NR=11;PP=285;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GCGCAGAAGCAGAGCTCGCTG;SOR=0.707;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=18;WE=132290741;WS=132290723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr2	132491544	rs7599401	C	G	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=51;PP=1649;SC=TTATTTTTCTCTCTGTGTTTT;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=132491552;WS=132491534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	132494171	rs4850247	G	A	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.578;NF=33;NR=25;PP=1774;ReadPosRankSum=-1.219;SC=AGGGTATTCTGTGGTCAACTT;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=58;WE=132494190;WS=132494161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,63:0.46:137
chr2	132494182	rs11690978	G	C	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.959;NF=38;NR=27;PP=1910;ReadPosRankSum=0.727;SC=TGGTCAACTTGGTGCCGTGTA;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=65;WE=132494190;WS=132494161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,75:0.58:130
chr2	132494272	rs4850248	A	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=737;SC=AGTAATAACTATAATTTTATA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=132494280;WS=132494262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	132586836	rs199980894	A	AG	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.413;NF=0;NR=8;PP=237;ReadPosRankSum=0.514;SC=CTGGGGCAGTAGGCGTCGAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=132586844;WS=132586826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr2	132586854	rs4558626	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.285;HP=3;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.429;NF=2;NR=6;PP=282;ReadPosRankSum=0.813;SC=AAGGTTGGACCGGGACTGGCC;SOR=1.863;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=8;WE=132586874;WS=132586844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	132586866	rs186960073	C	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.842;NF=3;NR=6;PP=282;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GGACTGGCCGCAAAGCTGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=9;WE=132586874;WS=132586844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr2	132587057	rs7369031	A	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.598;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.265;NF=6;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=1.153;SC=CGCCATATGGAGGGGCCCGGG;SOR=0.946;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=9;WE=132587065;WS=132587047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	132591808	rs55998054	T	G	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.776;NF=46;NR=43;PP=1177;ReadPosRankSum=1.232;SC=GATGCCTCGCTCTCAAAGTCG;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=89;WE=132591816;WS=132591798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,96:0.56:172
chr2	132592178	rs9751367	T	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.930;NF=12;NR=13;PP=431;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TGCTGGGGAGTTGGGGCAGGG;SOR=0.395;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=25;WE=132592186;WS=132592168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr2	132593636	rs59199382	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-1.847;QD=13.46;ReadPosRankSum=-2.324;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr2	133014497	.	G	C	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQRankSum=-0.956;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,47:0.34:138
chr2	133014504	rs79813268	G	T	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQRankSum=-0.837;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,57:0.35:164
chr2	133014510	rs9287404	T	C	3244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-3.670;QD=18.23;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,88:0.49:178
chr2	133014511	rs76230250	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=3.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-4.288;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,23:0.12:184
chr2	133014518	rs78879023	C	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=3.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQRankSum=-4.821;QD=2.08;ReadPosRankSum=2.647;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,24:0.12:202
chr2	133014546	.	C	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=11.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-6.509;QD=1.31;ReadPosRankSum=2.665;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,31:0.10:304
chr2	133014557	.	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.777;ClippingRankSum=0.000;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=7.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-6.847;QD=0.69;ReadPosRankSum=3.044;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,31:0.08:366
chr2	133014602	rs75245503	G	C	10914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-11.132;QD=18.82;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,284:0.49:580
chr2	133014612	rs74853538	A	C	10757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FS=2.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-9.202;QD=17.87;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,293:0.49:602
chr2	133014619	rs78327226	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FS=4.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-14.685;QD=1.18;ReadPosRankSum=-2.540;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:572,61:0.10:633
chr2	133014640	rs78867621	C	T	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-13.029;QD=2.46;ReadPosRankSum=-1.587;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:598,84:0.12:682
chr2	133014651	rs111708138	A	AC	12923.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.991;NF=79;NR=124;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GGCCCTCGGCACCACCGAGAC;SOR=0.827;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=415;TCF=136;TCR=279;TR=203;WE=133014665;WS=133014630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,393:0.56:703
chr2	133014657	rs113237573	G	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FS=1.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-12.642;QD=2.13;ReadPosRankSum=2.419;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:635,90:0.12:725
chr2	133014678	rs72869462	A	G	12033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=4;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.016;NF=185;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=0.212;SC=CATGAGCCCCAGGTCCCGCCA;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=650;TCF=331;TCR=319;TR=360;WE=133014686;WS=133014668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,434:0.60:723
chr2	133014703	rs72869464	T	C	11930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.988;NF=173;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GACCCCGAGGTGACCTCAGCC;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=586;TCF=282;TCR=304;TR=356;WE=133014711;WS=133014693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,404:0.64:632
chr2	133014721	rs72869465	T	C	10725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.336;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-3.764;NF=157;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=0.514;SC=GCCACAAACCTAACGCCAGGG;SOR=0.466;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=543;TCF=240;TCR=303;TR=341;WE=133014729;WS=133014711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,384:0.66:582
chr2	133014751	rs75204936	T	C	4536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.364;NF=86;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.362;SC=TCGTTTCTCATCCATCCTCCA;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=436;TCF=172;TCR=264;TR=207;WE=133014759;WS=133014741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,217:0.49:440
chr2	133014776	rs72869466	CA	TG	5845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=99;PP=2944;ReadPosRankSum=0.208;SC=GGTCAAGCTCCAGGAGACCGG;SOR=0.634;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=296;TCF=89;TCR=207;TR=137;WE=133014796;WS=133014761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,154:0.50:305
chr2	133014786	rs72869468	G	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.052;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,40:0.16:252
chr2	133075726	rs2598810	A	G	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.873;NF=34;NR=40;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CACACTGGAGAGAAGCCCTAC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=74;WE=133075734;WS=133075716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,79:0.46:171
chr2	133075904	rs113311843	C	CA	5989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.282;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.604;NF=35;NR=74;PP=2968;ReadPosRankSum=1.841;SC=AGAAACAATACAATGCAATGT;SOR=0.433;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=214;TCF=74;TCR=140;TR=109;WE=133075912;WS=133075894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,201:0.59:343
chr2	133425912	rs2709533	C	T	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=23;PP=1888;SC=TTTAATGGCCCCCTCACTCCC;SOR=1.942;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=89;WE=133425920;WS=133425902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	133426183	rs2709532	G	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=624;SC=ACCATCCCACGCCTCAGAGCC;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=133426191;WS=133426173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	133489601	rs56284623	A	G	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=43;PP=1418;SC=CCACTGTCCAATGTTCTCATC;SOR=1.394;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=70;WE=133489609;WS=133489591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	133539460	rs6717116	A	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=879;SC=CAACTCTTTTAAAGGTGGTGG;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=133539468;WS=133539450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	133539566	rs6730282	G	A	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=72;PP=2965;SC=CAACAGGGCTGTGTCTATTCC;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=178;WE=133539574;WS=133539556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	133540605	rs13016342	G	T	3135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=90;PP=2254;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TTTTAGGTGTGGTTTGCTGGA;SOR=0.961;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=255;TCF=101;TCR=154;TR=141;WE=133540613;WS=133540595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,141:0.53:265
chr2	133541107	rs16841277	T	A	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=995;ReadPosRankSum=0.280;SC=GCGCTATCATTCAATTGTCCT;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=66;WE=133541115;WS=133541097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,73:0.57:128
chr2	133541444	rs12691829	T	C	6386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	133541454	rs12691830	A	G	6235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	133541575	rs12611515	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=617;ReadPosRankSum=0.655;SC=AGCAGGGAGACGGACCTGCCT;SOR=0.620;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=40;WE=133541583;WS=133541565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr2	133542014	rs12616282	T	C	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=88;PP=2965;SC=TGCCCATGGGTGCCGAAGACC;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=107;TCR=89;TR=195;WE=133542022;WS=133542004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	133542545	rs10191147	G	A	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1733;ReadPosRankSum=2.421;SC=GGTTCTCCACGGACTTATCGG;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=96;TCR=114;TR=108;WE=133542553;WS=133542535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,114:0.50:226
chr2	133542574	rs61995744	C	T	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1847;ReadPosRankSum=0.193;SC=GCCAATGACACGTCTGAAGGA;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=227;TCF=117;TCR=110;TR=112;WE=133542582;WS=133542564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,122:0.50:244
chr2	133554288	rs1868076	A	G	6369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=133;PP=2965;SC=GATCCAAGAGACGTGAGTGAA;SOR=1.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=75;TCR=133;TR=208;WE=133554296;WS=133554270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	133636211	rs140434127	ACACACACACACACACACG	A	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=6.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=1.637;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr2	134060719	rs7604084	T	C	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=1848;ReadPosRankSum=0.187;SC=AAACTCACTATGACAGTCCCC;SOR=0.679;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=316;TCF=155;TCR=161;TR=151;WE=134060727;WS=134060709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,165:0.48:344
chr2	135076111	rs4954134	C	G	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=177;SC=GTTCTTTAGGCCACAGCTTGA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=135076119;WS=135076101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	135096097	rs7598410	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=37;PP=1051;SC=AATGATATTCTCTCAGGGTGA;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=135096105;WS=135096087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr2	135677471	rs3841862	A	AGTTT	1369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=870;ReadPosRankSum=1.114;SC=TGTAAGTACTAGTTGTCTGTT;SOR=0.686;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=18;WE=135677479;WS=135677461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr2	135694354	rs1823118	G	C	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=651;ReadPosRankSum=1.438;SC=AAAGAAAATAGAGGGTTTTTT;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=36;WE=135694362;WS=135694344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr2	135694379	rs1374289	C	T	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=1015;ReadPosRankSum=-1.373;SC=TGTATTTGTTCTTAAATGACC;SOR=0.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=60;WE=135694387;WS=135694369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,62:0.60:104
chr2	135700151	rs3816339	A	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=0.177;SC=TAGTGGTAAGAGATTGGAAAA;SOR=0.954;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=22;WE=135700159;WS=135700141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr2	135703338	rs57267734	CT	C	1199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.796;QD=12.50;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr2	135705558	rs1979033	G	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=703;SC=TACACTATCAGATGAACAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=135705566;WS=135705548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	135710322	rs10166142	A	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=588;ReadPosRankSum=0.852;SC=TCAGTCTTTTATGTAACATTT;SOR=0.907;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=43;WE=135710330;WS=135710312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr2	135711516	rs3814355	C	T	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=70;PP=2001;ReadPosRankSum=0.742;SC=ACATGGCAGACAAAAAGGAAA;SOR=0.725;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=289;TCF=153;TCR=136;TR=145;WE=135711524;WS=135711506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,145:0.49:296
chr2	135711657	rs3814354	G	A	4822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.367;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.049;SC=GCAGTGGGAAGAGCAAACATT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=362;TCF=191;TCR=171;TR=198;WE=135711665;WS=135711647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,217:0.56:390
chr2	135740876	rs60969462	A	G	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=80;PP=2034;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TTGAAGGAAGATATTTCTTTC;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=116;TCR=151;TR=140;WE=135740884;WS=135740866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,146:0.53:277
chr2	135741061	rs12623713	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=175;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CCTTTCAGTCGGATAAAGCAG;SOR=0.301;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=135741069;WS=135741051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	135745392	rs11888766	G	A	3763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=76;ReadPosRankSum=-1.138;SC=TACCATGGCAGTCAATATCCT;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=164;TCR=142;TR=165;WE=135745400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,175:0.54:325
chr2	135745545	rs11899779	C	T	4266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=85;PP=2768;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCAGGCATTGCCTGTGATGGT;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=321;TCF=172;TCR=149;TR=183;WE=135745553;WS=135745535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,192:0.59:328
chr2	135745722	rs10928526	A	G	5123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.157;SC=AAGATGTGAGACTTGGAATGT;SOR=0.671;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=405;TCF=207;TCR=198;TR=218;WE=135745730;WS=135745712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,232:0.55:424
chr2	135748872	rs144837592	AAAAAC	A	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.703;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=282;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CTCTGTCTCAAAAAACAAAAC;SOR=0.116;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=6;WE=135748884;WS=135748862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr2	135888078	rs6729072	G	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=0.735;SC=TTCACCTGCTGAGGTTGGTGA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=7;WE=135888086;WS=135888068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	135911422	rs17261772	T	C	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=57;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.832;SC=GGAGACTCTTTGATGATACAC;SOR=1.063;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=193;TCF=80;TCR=113;TR=88;WE=135911430;WS=135911412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,95:0.44:215
chr2	135920091	rs16831377	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=598;ReadPosRankSum=-2.143;SC=TTGACACCTGCGCTGATCATT;SOR=1.113;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=41;WE=135920099;WS=135920081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr2	135920108	rs56786863	C	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=559;ReadPosRankSum=-0.857;SC=CATTTGTGTGCGCTGCACCTC;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=43;WE=135920116;WS=135920098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr2	135927428	rs16831395	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=829;ReadPosRankSum=-0.933;SC=GGTAATCTTATTTTTAGGCCT;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=55;WE=135927436;WS=135927418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,63:0.43:147
chr2	135927544	rs200869351	TA	T	47.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	135974985	.	G	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.194;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=154;ReadPosRankSum=-0.442;SC=CCTGTAGAAAGAACCATGAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=11;WE=135974993;WS=135974975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr2	136467164	rs2304367	C	A	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=70;PP=2042;SC=AGTTCGATTACTTTCCTTAGG;SOR=2.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=19;TCR=70;TR=89;WE=136467172;WS=136467154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	136527443	rs113881162	G	GTGAT	5613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=35;PP=2634;SC=AACTGAGGTTGTGATTGATTA;SOR=0.808;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=45;WE=136527451;WS=136527433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	136545844	rs1042712	C	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=6;PP=901;SC=GGCCGGTAAACATAGATGAAG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=136545852;WS=136545834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	136546110	rs2278544	A	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=580;SC=TGGTGGGTCCAGCATCTAGGA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=136546118;WS=136546100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	136548169	rs892716	A	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=2;PP=118;SC=CACTCCTGCAAATAGCAGATG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=136548177;WS=136548159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	136548192	rs1808756	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=158;SC=TCCAACAGGGGAAGGTGCACG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=136548200;WS=136548182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	136555659	rs2322659	T	C	6431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=101;PP=2965;SC=CATCACCTCATTGTAATCTCC;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=115;TCR=101;TR=216;WE=136555667;WS=136555649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	136558157	rs748841	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=336;SC=TAAGAACAAGCGCCCAGAGGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=136558165;WS=136558147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	136561557	rs2304371	G	A	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=81;PP=2965;SC=GGCTCATTCAGCGTGATCCAA;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=180;WE=136561565;WS=136561547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	136565028	rs10928549	C	G	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=34;PP=1092;SC=CCTCCATGCACCCAACCCACT;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=136565036;WS=136565018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	136569848	rs12988076	C	A	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=0;PP=858;SC=GTACCACCCACCTTCCAATCA;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=136569856;WS=136569838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	136575199	rs6719488	G	T	9908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=175;NR=173;PP=2965;SC=AGTAGGCAACGCCTGGGAGGC;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=176;TCR=173;TR=348;WE=136575207;WS=136575189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr2	136575534	rs4954449	T	C	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=2.000;SC=GCTTCCCAGATTCTCTGATAG;SOR=0.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=226;WE=136575542;WS=136575524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr2	136594158	rs2236783	G	A	6520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=144;NR=72;PP=2965;SC=CATCACTGAGGGTCTGGAGTT;SOR=1.443;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=145;TCR=72;TR=216;WE=136594166;WS=136594148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	136610598	rs4988226	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=683;SC=TACCACTTAAAGAAGTATTAA;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=136610606;WS=136610588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	136614255	rs309180	G	A	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=45;PP=1998;SC=TGTCTCACTCGATTACTCCAA;SOR=1.057;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=118;WE=136614263;WS=136614245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	136617181	.	C	CT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.133;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	136622825	rs309177	A	G	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=99;PP=2747;SC=ACAACATAGCATGGGAAGTCA;SOR=3.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=16;TCR=99;TR=115;WE=136622833;WS=136622815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	136873549	rs2680880	A	T	2242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=59;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GTTAAAAAAAATTTTTAAAGC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=89;WE=136873557;WS=136873539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr2	137639616	rs1465612	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=0;PP=745;SC=TAATGAAAAACTTGCAATACC;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=137639624;WS=137639609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	137640006	rs11298935	CT	C	258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=236;SC=AAAATAGACTCTTTTTTTTAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=137640014;WS=137639996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	137814489	rs61748666	T	G	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1885;ReadPosRankSum=-1.325;SC=CTCTCTTTGGTGGTTTGCAAT;SOR=0.615;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=254;TCF=135;TCR=119;TR=114;WE=137814497;WS=137814479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,120:0.45:265
chr2	137852550	rs61741426	G	A	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=1828;ReadPosRankSum=1.186;SC=AAGACATGCCGTTCAGGGAGT;SOR=0.638;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=249;TCF=126;TCR=123;TR=122;WE=137852558;WS=137852540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,131:0.49:266
chr2	137852698	rs7561482	C	T	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=841;ReadPosRankSum=0.919;SC=CCAGGTATTACGCCTTTATGC;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=57;WE=137852706;WS=137852688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr2	137917922	rs4954474	T	A	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=72;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.262;SC=ACTGTCATGATCCTCAGGGGA;SOR=0.790;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=300;TCF=136;TCR=164;TR=127;WE=137917930;WS=137917912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,131:0.42:312
chr2	137928320	rs61746979	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=217;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GGATTTAGAACGAGGCAGCGC;SOR=0.560;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=21;WE=137928328;WS=137928310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr2	137990811	rs71419534	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	138000226	rs7605259	T	C	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	138163391	rs1551281	T	C	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=45;PP=1339;SC=TAGTGTGCATTTTACTCTTTA;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=138163399;WS=138163381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	138169158	rs1463285	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=17;PP=1542;SC=TTTAATATCTTAATGTCTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=70;WE=138169166;WS=138169148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	138208631	rs1453302	G	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.662;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=747;ReadPosRankSum=0.049;SC=AGCTAAAAAAGCTATCCTCAT;SOR=2.409;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=35;WE=138208639;WS=138208621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr2	138237038	rs1584435	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=471;ReadPosRankSum=2.033;SC=CTTCAGGTCCCTGTCAGAATG;SOR=0.370;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=30;WE=138237046;WS=138237028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr2	138295924	rs1023829	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=1.090;SC=GAAAAATAGCCATTAATTTTG;SOR=0.053;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=8;WE=138295932;WS=138295914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	138321018	rs17742691	G	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=500;ReadPosRankSum=1.389;SC=AGTACACTCTGATTTTCATAA;SOR=0.348;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=33;WE=138321026;WS=138321008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr2	138378351	rs58339575	AG	A	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=389;ReadPosRankSum=0.420;SC=AATATCATTCAGTATGCCATA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=12;WE=138378359;WS=138378341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr2	138378388	rs1448922	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=1.196;SC=AAGGTATGGGACCCAGCTGAA;SOR=1.136;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=138378396;WS=138378378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	138420996	rs10206850	A	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=778;ReadPosRankSum=-1.430;SC=GAGATAATGAAATCAAATGGT;SOR=1.091;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=56;WE=138421004;WS=138420986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,59:0.41:144
chr2	138421227	rs72844590	G	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=1.307;SC=TGGAAAGAATGGAGGGAAGGA;SOR=0.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=138421235;WS=138421217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	138433946	rs35368232	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=674;ReadPosRankSum=-1.795;SC=AAAGCATTCAATATTCACAAA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=56;TCR=3;TR=31;WE=138433954;WS=138433936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr2	138434130	rs61750799	A	G	5495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=2.168;SC=CACCTCCCCAACAGAAGCCTC;SOR=0.786;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=566;TCF=274;TCR=292;TR=256;WE=138434138;WS=138434120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,264:0.44:602
chr2	138434220	rs78789846	T	C	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=69;PP=1727;ReadPosRankSum=0.335;SC=CCTTAACCGCTTTCTCTTTTG;SOR=0.549;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=202;TCF=58;TCR=144;TR=98;WE=138434228;WS=138434210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,106:0.48:221
chr2	138721942	.	ATTTT	A	248.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=10.414;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.56;SOR=4.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr2	138727607	rs3100702	G	A	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=220;SC=ATATAATTGGGACATTTCATG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=138727615;WS=138727597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	138759813	rs4646325	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=193;ReadPosRankSum=-1.299;SC=ACTTTTCAGAATATATATATA;SOR=0.127;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=13;WE=138759821;WS=138759803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr2	138762843	rs62622815	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.804;NF=1;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=0.201;SC=AATAATACACGTATGCATGGA;SOR=1.773;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=21;WE=138762851;WS=138762833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr2	138762873	rs3842548	C	CTT	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.219;NF=0;NR=8;PP=245;ReadPosRankSum=0.953;SC=TTGAAAGAAGCTTATATATTT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=138762881;WS=138762863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	138771219	rs12475006	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=422;ReadPosRankSum=0.577;SC=TGTACTCCTTGAAATATGAGC;SOR=0.046;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=26;WE=138771227;WS=138771209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr2	138771760	rs1050891	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=2.122;SC=TCACTCATTTATTTCCATATT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=138771768;WS=138771750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	139045457	rs200061382	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=-0.605;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.900;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	139045855	rs35998722	C	T	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=1962;ReadPosRankSum=0.059;SC=AAGACCTAAGCGAATAGGATG;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=152;TCR=145;TR=125;WE=139045863;WS=139045845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,130:0.42:308
chr2	139045929	rs13033464	C	T	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.623;NF=64;NR=64;PP=1880;ReadPosRankSum=2.228;SC=TGCTGTTCTTCGCAGCCTCCT;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=301;TCF=157;TCR=144;TR=128;WE=139045937;WS=139045919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,134:0.43:311
chr2	139045972	rs6733578	T	C	5735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.503;NF=83;NR=69;PP=2558;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TTCTGCCAGATACCTGTGGTA;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=177;TCR=142;TR=152;WE=139045980;WS=139045962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,159:0.47:339
chr2	139045987	rs13033503	C	T	5494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.605;NF=82;NR=58;PP=2199;ReadPosRankSum=0.201;SC=GTGGTAGTACCATTTCGTTTT;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=188;TCR=131;TR=140;WE=139045995;WS=139045977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,148:0.44:339
chr2	139046301	rs12691943	A	G	4322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.215;NF=99;NR=113;PP=2570;ReadPosRankSum=2.830;SC=CCACCATTTCATCGTATCACT;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=513;TCF=241;TCR=272;TR=212;WE=139046309;WS=139046291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,229:0.42:544
chr2	139046385	rs13382964	G	A	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=64;PP=1311;ReadPosRankSum=-0.005;SC=CTCCAGCAGGGTCTGCGTGAC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=41;TCR=147;TR=81;WE=139046393;WS=139046375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,84:0.42:199
chr2	139308127	rs35257103	G	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.209;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=654;ReadPosRankSum=1.311;SC=TGGGTGAAGTGTTAAAAAGTT;SOR=0.729;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=46;WE=139308135;WS=139308117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr2	139308397	rs66690846	TTC	T	123.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr2	139429286	rs60855564	C	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=614;ReadPosRankSum=0.815;SC=GCCGTGACTGCGCACTCAAAC;SOR=0.471;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=37;WE=139429294;WS=139429276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr2	140992337	rs13387241	C	A	7570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=147;NR=114;PP=2965;SC=CATGAAATAACGAATATTCTT;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=148;TCR=114;TR=261;WE=140992345;WS=140992327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr2	140997197	rs3748864	T	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=437;SC=ACTTGACCATTGATATAATAA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=140997205;WS=140997187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	141004513	rs11895946	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=0;PP=363;SC=AGTGCTTCCTCTTTCAAAAAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=141004521;WS=141004510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	141004529	rs2129483	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=0;PP=397;SC=AAAACACCTCAATTGCAGTGG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=141004537;WS=141004519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	141027926	rs3748865	A	G	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=94;PP=2874;SC=CTGCAACAACAAAGAAAAAAA;SOR=1.625;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=51;TCR=94;TR=144;WE=141027934;WS=141027916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	141032088	rs1386356	C	T	6540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.847;SC=CTTCATAGCGCGTTGGACAGA;SOR=0.257;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=244;TCF=116;TCR=128;TR=241;WE=141032096;WS=141032078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr2	141032220	rs76176617	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=656;ReadPosRankSum=0.513;SC=GGACATTTTTCTTCAGTCATA;SOR=1.123;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=37;WE=141032228;WS=141032210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr2	141110704	rs56181620	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=1.124;SC=ATTCTTACCACGTTTCAAAAA;SOR=0.297;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=18;WE=141110712;WS=141110694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr2	141116447	rs35546150	G	T	4066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=99;PP=2735;ReadPosRankSum=0.503;SC=TTGCACATTTGCTCCGACTGT;SOR=0.682;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=417;TCF=210;TCR=207;TR=196;WE=141116455;WS=141116436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,206:0.46:448
chr2	141128977	rs634115	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=1.068;SC=TACTATATAACGACATTTAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=141128985;WS=141128967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	141260668	rs4444457	A	G	3398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=-0.973;NF=62;NR=92;PP=2220;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CACACTGTCGATATCCTAGAG;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=129;TCR=188;TR=154;WE=141260676;WS=141260658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,161:0.49:329
chr2	141267573	rs35821928	G	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=669;ReadPosRankSum=1.766;SC=GTCGGGGCACGCAGGCACGAG;SOR=0.717;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=50;WE=141267581;WS=141267563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,55:0.56:98
chr2	141267744	rs1948051	T	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=110;SC=AGGAGGCGATTGTAGTTATTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=141267752;WS=141267734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	141274576	rs4954672	T	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=626;ReadPosRankSum=1.340;SC=TGTGTTTGTTTTGAACTGTGA;SOR=0.113;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=36;WE=141274584;WS=141274566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr2	141283603	rs1352047	T	G	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=42;PP=1287;SC=TACCTCATTTTCAAAGATTAT;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=141283611;WS=141283593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	141284041	rs7562323	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=440;SC=AACTCTGGGAAGCCAAACTTG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=141284049;WS=141284031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	141298467	rs6729619	A	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=556;ReadPosRankSum=0.717;SC=TCATGAATACACTAACACAAT;SOR=2.584;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=28;WE=141298475;WS=141298457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr2	141298674	rs13013854	T	C	4101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.48;ReadPosRankSum=1.147;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,108:0.57:191
chr2	141298682	rs11694934	G	C	3990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.20;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,101:0.59:172
chr2	141298749	rs11694970	G	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=497;ReadPosRankSum=-1.912;SC=TAAACTATTAGACTGCCTCAA;SOR=1.562;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=22;WE=141298757;WS=141298739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr2	141299317	rs9287535	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=873;ReadPosRankSum=0.586;SC=TATACAATGAAAAAACACATT;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=51;WE=141299325;WS=141299307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr2	141359287	rs1441465	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=32;ReadPosRankSum=1.368;SC=GCATTTAAGACATACATGTAT;SOR=0.368;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=141359295;WS=141359277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	141473409	rs10716305	CA	C	42.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=47;SC=TGAATATAAACATTTTTTTCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=141473417;WS=141473399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	141473505	rs4954852	A	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=6;PP=909;SC=GAAAACTCACATAAAACTTGG;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=141473513;WS=141473495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	141474402	rs5834770	G	GA	2385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=67;PP=1691;SC=ATAAGACACAGAAAAAAAATA;SOR=3.003;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=2;TCR=85;TR=69;WE=141474410;WS=141474392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	141474456	rs1372255	C	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=640;SC=GTGTTAGGATCATATTGCAAC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=141474464;WS=141474446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	141527013	rs13002947	A	G	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=28;PP=741;SC=ATCTTAATTTATGTTAACAAA;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=141527021;WS=141527003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	141528592	rs7599219	T	C	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=54;PP=1352;SC=AGAATGAAAATGAAACAAATT;SOR=1.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=141528600;WS=141528582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	141533662	rs996361	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=12;PP=711;SC=ATTAGTGTGATTTACCTTGCT;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=141533670;WS=141533652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	141571329	rs3749010	T	C	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=83;PP=2373;SC=TTCCATTCCCTGAACTGATCC;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=61;TCR=83;TR=144;WE=141571337;WS=141571319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	141571440	rs17575847	C	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=714;SC=CCACCTAGCACCACTGGATTT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=141571448;WS=141571430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	141571456	rs60071104	G	GA	319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=309;SC=GATTTGAGGGGAAAAAAATAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=141571464;WS=141571446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	141571480	rs17575875	A	G	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=160;SC=GAAAGTTCAGATTTTTGTCTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=141571488;WS=141571470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	141598473	rs35745624	A	AT	4792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=28;PP=2988;SC=TTTAAAAAAAAAATCATACTT;SOR=1.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=84;WE=141598481;WS=141598463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	141707694	rs1980343	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=2.189;SC=CATGTATATTCTTGCCTAATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=141707702;WS=141707685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	141709419	rs1429348	T	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=818;ReadPosRankSum=0.858;SC=AGTGAGCATTTGGTACTTGCC;SOR=0.483;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=58;WE=141709427;WS=141709409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,61:0.41:148
chr2	141747249	rs1429365	A	T	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1083;ReadPosRankSum=0.485;SC=GGGAAGCAAGATTAATTATTT;SOR=0.326;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=143;TCF=50;TCR=93;TR=75;WE=141747257;WS=141747239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,83:0.53:158
chr2	141747293	rs1429366	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TTTTGAATGATAGTTACAGAA;SOR=0.180;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=29;WE=141747301;WS=141747283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr2	141751461	rs11678316	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=552;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TAGGTTCAATCTGCATCAAAG;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=27;WE=141751469;WS=141751451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr2	141751592	rs13007735	G	A	4346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.196;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=85;PP=2585;ReadPosRankSum=1.314;SC=CATCGCTTCCGTCTAGGCAGT;SOR=0.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=343;TCF=190;TCR=153;TR=187;WE=141751600;WS=141751582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,204:0.55:372
chr2	141762830	rs13413663	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=389;ReadPosRankSum=-0.971;SC=CATTTTAATTCCTTTAGTTTC;SOR=0.359;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=23;WE=141762838;WS=141762820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr2	141771058	rs3791766	T	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=-0.086;SC=AAGATAAATCTTTTATAACTT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=8;WE=141771066;WS=141771048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	141816621	rs1525579	A	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=412;SC=AAAGATGTCTAACCTATAAAG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=141816629;WS=141816611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	141945949	rs1249434	C	T	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=6;PP=1658;SC=TCTTTTTAAACGCAAACTTTT;SOR=4.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=57;TCR=6;TR=63;WE=141945957;WS=141945939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	142012036	rs9973397	T	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=361;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TGCTTACATTTCTGTTAACTA;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=26;WE=142012044;WS=142012026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr2	142356571	rs144616947	TAAAAAAATTG	T	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	142356622	rs201776388	G	C	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	142356638	rs12052826	C	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=10.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=1.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr2	142567738	rs28529494	G	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr2	142567910	rs12990449	T	C	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=922;ReadPosRankSum=-0.197;SC=CAGCCAGCTCTGGGAGACACA;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=74;TCR=84;TR=83;WE=142567918;WS=142567900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,93:0.55:170
chr2	143713700	rs351674	T	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=376;SC=TATAAAATGATAGTGTGACAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=143713708;WS=143713690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	143718459	rs3069632	T	TAAA,TAAAA	752.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;QD=39.62;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,8:0.58,0.42:19
chr2	143746494	rs10496935	C	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=1.183;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr2	143787161	rs6429999	C	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	143787274	rs6430000	C	T	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	143913004	rs2580857	T	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=7;PP=1245;SC=TCATGGAAAATTGTATGTTTA;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=51;WE=143913012;WS=143912994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	143973860	rs1451805	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=3;PP=273;SC=GAAAACTTCCGTCACTGCAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=143973868;WS=143973850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr2	144193260	rs144541020	G	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=293;ReadPosRankSum=2.003;SC=AAATGCAATTGACAGATTGGT;SOR=0.972;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=22;WE=144193268;WS=144193250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr2	144899559	rs3731958	C	A	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=90;PP=2705;SC=TAAATTTTCCCATGGAAGTGA;SOR=1.530;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=49;TCR=90;TR=139;WE=144899567;WS=144899549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	144934655	rs5834992	A	AG	441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=348;SC=ACAGCACCAAAGGGGAAATCC;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=144934663;WS=144934645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	145255430	.	A	AT	108	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=55.17;NF=0;NR=3;PP=108;QD=39.6666666667;SC=CAACATATATATATATATGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=145255438;WS=145255420;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,3:0.38:8
chr2	145274732	rs147462449	C	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=373;ReadPosRankSum=0.384;SC=CGCCCTAGAGCCCTGGGCGCC;SOR=0.576;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=23;WE=145274740;WS=145274722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr2	147596973	rs4411641	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=393;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CTAAATTTGAATGATAAAATA;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=27;WE=147596981;WS=147596963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr2	148733548	rs2307399	T	TA	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.011;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.248;NF=1;NR=18;PP=417;ReadPosRankSum=-1.516;SC=TCAAATCCTTTAAAAAAATTG;SOR=1.329;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=19;WE=148733556;WS=148733538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr2	149240657	rs5835195	GT	G	4507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.49;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,121:0.95:127
chr2	149240661	.	T	G	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,94:0.73:129
chr2	149243260	rs2121344	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	149259869	rs115609480	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=521;ReadPosRankSum=1.936;SC=TGAGGACAGAAGATTTGACAA;SOR=1.176;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=27;WE=149259877;WS=149259859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr2	149449185	rs6724787	G	A	14478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=268;NR=239;PP=2965;SC=ATTTGTTTCTGCCAGGCATTT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=508;TCF=269;TCR=239;TR=507;WE=149449193;WS=149449175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr2	149520214	rs10193313	C	A	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=4;PP=295;SC=GCAATGTTTTCTTATATTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=149520222;WS=149520204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	149528629	.	A	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,64:0.23:279
chr2	149853960	rs6738277	A	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=610;ReadPosRankSum=0.378;SC=GTATATGGCAAGGGACAGGGG;SOR=1.432;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=32;WE=149853968;WS=149853950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr2	150062776	rs79466863	G	A	57.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	150320627	rs34341723	TA	T	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=13.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.212;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.211;SOR=3.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr2	150427516	rs4500908	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=453;SC=AAGTCTTAATCTATTACCAAA;SOR=3.160;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=150427524;WS=150427506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	150428849	.	C	CAAAAAA	1771	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=12;HapScore=1;MGOF=68;MMLQ=15;MQ=57.39;NF=2;NR=2;PP=1771;QD=444.25;SC=ACTCCGTCTCCAAAAAAAAAA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=4;WE=150428857;WS=150428839;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,4:0.27:15
chr2	150432377	rs12232959	C	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=14;PP=468;SC=AATAAACATTCCAGGTAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=150432385;WS=150432367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	150432469	rs10932467	G	T	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=145;SC=TAAAATTACTGTGGTATTAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=150432477;WS=150432459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	150432976	rs11545261	C	T	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=47;PP=1986;SC=CTGGACATGTCTGTATTGCAC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=105;WE=150432984;WS=150432966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	150433128	rs11680630	C	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=26;PP=713;SC=TGTTATAAACCTGTCTTCCTT;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=150433136;WS=150433118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	150443689	rs4667420	C	G	12083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=214;NR=202;PP=2965;SC=ACAAAACAGACGAGTGATCGA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=418;TCF=215;TCR=203;TR=416;WE=150443697;WS=150443679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr2	150443813	rs4667419	C	T	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=83;PP=2501;SC=CCAGAACTCGCCCCCATGCCA;SOR=2.152;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=32;TCR=83;TR=115;WE=150443821;WS=150443803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	151328284	rs11338446	GA	G	2032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=4.339;HP=15;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.617;NF=7;NR=78;PP=1260;ReadPosRankSum=0.139;SC=CACTATGAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=113;TCF=8;TCR=105;TR=85;WE=151328304;WS=151328273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,97:0.94:103
chr2	151343986	.	A	AT	123.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=30.77;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	151343988	rs2334309	A	T	123.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=30.77;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	151900223	rs7589036	T	C	13999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=284;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.683;SC=GGAACTAGATTGGTTACCACA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=490;TCF=284;TCR=206;TR=489;WE=151900240;WS=151900213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,522:1.00:523
chr2	151900390	rs150701043	TAAAAACAAAAAC	T	914.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.564;QD=16.94;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
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chr2	152109159	rs289885	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=2;PP=942;SC=TTGCATTTTCCTTCCTAGAAG;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=152109167;WS=152109149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	152117957	rs2271813	T	C	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=511;ReadPosRankSum=-0.115;SC=AGCCTAGTCCTGAGCCTCTGG;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=52;WE=152117965;WS=152117947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,60:0.46:131
chr2	152214378	rs111330164	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr2	152226570	rs1046668	A	G	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.438;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=41;PP=1570;ReadPosRankSum=-1.375;SC=GATCCAAAGCAAATTTTTAAA;SOR=0.910;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=259;TCF=155;TCR=104;TR=112;WE=152226578;WS=152226560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,115:0.43:268
chr2	152229907	rs58377527	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTAACTCCTACTCTCTCTTAC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=152229915;WS=152229897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	152267672	rs7585604	G	A	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=153;SC=TTCATTTGCAGGAGTTAGAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=152267680;WS=152267662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	152273503	rs6735771	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=14;PP=345;SC=ATGAGAGACAGACATTAAAAG;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=152273511;WS=152273493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	152298355	rs75978332	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=202;ReadPosRankSum=1.594;SC=ATAGTTAACACTCAGATTTTT;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=15;WE=152298363;WS=152298345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	152298562	.	T	TTTTTATTTTATTTTA	99.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=61.19;NF=0;NR=3;PP=425;SC=ATACTTCCCTTTTTTATTTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=3;WE=152298570;WS=152298552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	152299764	rs111990681	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=411;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ACTTCATTTTCTCCTTCAGGG;SOR=1.140;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=28;WE=152299772;WS=152299754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr2	152303171	rs2432941	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=530;ReadPosRankSum=0.029;SC=TTTGTGAACTGTCACCTATTA;SOR=1.267;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=29;WE=152303179;WS=152303161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr2	152314547	rs35044903	C	CA	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=0.541;SC=TACTTTGATTCAAATAATCTT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=152314555;WS=152314537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	152322095	rs2444257	A	T	4288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=68;PP=2914;ReadPosRankSum=1.104;SC=AATGAAAAATAATGAAGAAAT;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=200;TCR=118;TR=181;WE=152322103;WS=152322085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,189:0.57:332
chr2	152331418	rs1065177	C	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=498;ReadPosRankSum=0.271;SC=CAAAAACCTTCTGGCACAGAT;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=33;WE=152331426;WS=152331408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr2	152346494	rs13031275	A	C	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=70;PP=2078;ReadPosRankSum=-1.042;SC=CTCCAGCAGTAGATGGATGAG;SOR=0.918;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=309;TCF=177;TCR=132;TR=172;WE=152346502;WS=152346484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,179:0.55:323
chr2	152346979	rs1061305	T	C	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CCCCCACTGATGCTTAGTGCA;SOR=0.746;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=83;WE=152346987;WS=152346969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,90:0.62:145
chr2	152369117	rs13023600	T	C	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=7;PP=2059;SC=CGTGAGCCACTGCACCTGGTG;SOR=4.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=73;TCR=7;TR=80;WE=152369125;WS=152369107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	152397970	.	A	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.944;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,48:0.28:172
chr2	152402515	.	TA	T	92.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	152426973	.	G	GA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,14:0.14:97
chr2	152432311	rs33988153	T	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=391;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CTCTGTACTTTGGCTGTGGAA;SOR=1.055;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=28;WE=152432319;WS=152432301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr2	152490458	rs6710212	A	G	4968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=89;PP=2965;SC=AGTTGCTTGCAGTAACCATCT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=87;TCR=89;TR=176;WE=152490466;WS=152490448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	152500449	rs13013209	C	G	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=92;PP=2965;SC=TCTGGCACTTCTTGGCCAACA;SOR=1.102;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=158;WE=152500457;WS=152500439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	152527572	rs7426114	C	T	12571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=221;NR=215;PP=2965;SC=TGAGCCAACACCATGCCCATG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=436;TCF=221;TCR=215;TR=436;WE=152527580;WS=152527562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr2	152531077	rs6711382	A	G	7896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=132;PP=2965;SC=ATTAAGTCATACCAATCCCGT;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=129;TCR=132;TR=260;WE=152531085;WS=152531067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr2	152536498	rs6735208	T	A	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=102;PP=2965;SC=GCAGGTTGTATTTGTGAATAA;SOR=1.210;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=175;TCF=73;TCR=102;TR=174;WE=152536506;WS=152536488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	152552062	rs6433569	A	C	12962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=271;NR=194;PP=2965;SC=TTGTCAGTACATCACATGGTA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=465;TCF=271;TCR=194;TR=465;WE=152552070;WS=152552052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr2	152566433	rs12464543	A	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=30;PP=847;SC=TACCATTACAAAAATGATTAG;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=152566441;WS=152566423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	152573902	rs34733773	A	AGGC	9865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=49;PP=2924;SC=TCTTCAAGGGAGGCAATGTCC;SOR=1.326;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=112;WE=152573910;WS=152573892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr2	152573981	rs4611637	A	G	8270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=148;PP=2965;SC=CTGGAGGATCAGCCAGAGGCG;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=140;TCR=149;TR=288;WE=152573989;WS=152573971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr2	152581866	rs4300824	T	C	9219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CTCATAGTAATTCAACTGCTC;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=196;TCR=119;TR=314;WE=152581874;WS=152581856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,331:1.00:332
chr2	152584153	rs4664499	A	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=621;SC=GAGTTGAGATAAGTAATTTCT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=152584161;WS=152584143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	152684704	rs150910136	A	AC	2374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=4.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,102:0.69:147
chr2	152729138	rs770609	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=460;SC=CTATAAAGAATTTCAAGAATC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=152729146;WS=152729128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	152827973	rs7567588	A	G	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=29;PP=1684;SC=GACTGCAGCTAGCCATCTGAG;SOR=1.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=87;WE=152827981;WS=152827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	152828281	rs7607341	C	G	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=54;PP=1505;SC=GAACATCTCTCTCTTCCCCTG;SOR=2.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=69;WE=152828289;WS=152828271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	152988610	rs5835408	C	CT	2989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.962;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,106:0.37:289
chr2	152992237	rs12612031	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.157;SC=AGCTATAATTGAGTCATTTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=152992245;WS=152992227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	153000337	rs12617139	T	A	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=28;PP=1261;SC=GATTTAAAACTTACCTGTCAT;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=153000345;WS=153000327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	153001359	rs142275525	GAT	G	1441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.183;NF=15;NR=9;PP=920;ReadPosRankSum=1.568;SC=CCCTGGCAAAGATATTTTAAG;SOR=0.931;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=24;WE=153001368;WS=153001349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr2	153004736	rs72864741	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.035;NF=21;NR=16;PP=411;ReadPosRankSum=0.459;SC=GCCTTGTACTCACAGTTAGTG;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=37;WE=153004744;WS=153004726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr2	153006452	rs13003423	G	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=205;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GAAATCATGAGTTGGAGGAAG;SOR=0.132;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=12;WE=153006460;WS=153006442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr2	153378459	rs4664114	T	C	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.507;SC=TTAAACAGAATGCTATGAACC;SOR=0.287;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=205;TCF=116;TCR=89;TR=203;WE=153378467;WS=153378449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr2	153378574	rs4664592	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=818;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TTATGAAAAAAGTAATGAAAG;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=49;WE=153378582;WS=153378564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr2	153378652	rs4664593	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=0.457;SC=TTGCTTCTGCGACAGAGATAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=153378660;WS=153378642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	153405594	rs1155779	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=457;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AAATTTCTTTGAGAACTAACC;SOR=0.711;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=42;WE=153405602;WS=153405584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr2	153415229	.	A	AT	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr2	153471255	rs70974877	T	TCAAAACAAAACAAAACAAAA	609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.97;MQRankSum=-0.903;NF=6;NR=0;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.567;SC=AAACTCCATCTCAAAACAAAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=153471263;WS=153471245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	153473435	rs7596408	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=394;ReadPosRankSum=1.253;SC=CCTGGTAGAAGCAAATATGTA;SOR=0.346;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=20;WE=153473443;WS=153473425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr2	153473521	rs12693415	A	C	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.661;SC=GGTCCCTAATAATCTTGGAGC;SOR=0.533;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=82;TCR=33;TR=65;WE=153473529;WS=153473511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,65:0.55:118
chr2	153473794	rs2304556	T	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=589;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TACCTTCATTTCAGAGGAATG;SOR=1.675;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=25;WE=153473802;WS=153473784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr2	153476066	rs5835439	G	GCCA	1786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=17;PP=590;SC=CGCCGCCGCCGCCCCCTCCTC;SOR=2.038;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=26;WE=153476074;WS=153476056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	153478931	rs7609122	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=1;PP=959;SC=TGTGCCGCCTTGTGAAATGTG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=36;WE=153478939;WS=153478921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	153481943	rs2346532	T	C	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=20;PP=1533;SC=TTCTCTTTGATGTCTTTAGCT;SOR=2.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=78;WE=153481951;WS=153481933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	153482128	rs12478681	G	A	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=71;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CAGCAAAGCCGGCATGGGTGT;SOR=0.663;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=225;TCF=98;TCR=127;TR=124;WE=153482136;WS=153482118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,130:0.55:236
chr2	153483257	rs7604573	T	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.144;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=655;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TTCAGGAAAATTATATTCTAG;SOR=0.150;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=77;TCF=6;TCR=71;TR=34;WE=153483265;WS=153483247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr2	153484685	rs3811570	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=0.349;SC=TCTTAGACTCGTTGATTTGGT;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=153484693;WS=153484675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	153492910	rs1561267	G	T	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=29;PP=1626;SC=TCCCCATTGAGTTTCACTGGG;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=86;WE=153492918;WS=153492900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	153497168	rs1465818	C	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=311;SC=TTCTCTGCAACTGAGCAGAAT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=153497176;WS=153497163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	153502243	rs71394494	G	GTATT	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=0.381;SC=TTGGGCAAGGGTATTTGCTGA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=153502251;WS=153502233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	153504552	rs12693429	G	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=842;ReadPosRankSum=0.993;SC=TAGCAAACACGGAAGAATTTT;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=49;WE=153504560;WS=153504542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr2	153514583	rs6713779	G	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=825;SC=AGATACCATTGTTATATAGGT;SOR=2.073;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=35;WE=153514591;WS=153514573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	153514610	rs12999331	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=0.514;SC=TAAGAACATCTATGTGTAACA;SOR=1.739;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=153514618;WS=153514600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	153519524	rs1036526	A	G	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=9;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.131;SC=GAATTCCATTAGAAAAAAATA;SOR=1.984;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=55;WE=153519532;WS=153519514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr2	153520782	rs3762507	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=628;SC=GAGAAAAATTATATTTGGAAA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=153520790;WS=153520772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	153520819	rs3762506	C	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=350;SC=GAGAAATAAGCGTCTAACATG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=153520827;WS=153520809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	153529361	rs2304559	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=161;SC=TTATTAGACATAAAACAACTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=153529369;WS=153529351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	153535670	rs10166987	C	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.372;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.54;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr2	153549814	rs10172024	G	C	7642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.40;SOR=1.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	153549814	.	GTGTAC	CTGTAC,CTGTAT	1892	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=120,75;NR=61,36;PP=1071,1892;QD=6.10923321849;SC=TGGTCACCAAGTGTACACAAG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=121;TCR=61;TR=181,111;WE=153549837;WS=153549804;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:182
chr2	153549819	rs13003670	C	T	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=4.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=1.092;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,134:0.63:212
chr2	153572438	rs2346548	C	T	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=22;PP=2082;SC=GACCTAGATTCTGAAATCTTG;SOR=2.373;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=75;TCR=22;TR=96;WE=153572446;WS=153572428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	153576548	.	G	GTCAGTCTTAAATGATTGGCTGCCAATGTTTCATTTCTTTATCATTCCCCTCCCCCCTTTTTTACCCTTTTTTGAATGTGCATGGAATGTAAATTA	6271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=63.35;SOR=1.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	153576580	.	A	ATTTC	2530	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=58.4;NF=0;NR=48;PP=2530;QD=20;SC=CCAATGTTTCATTTATCATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=83;TCF=3;TCR=80;TR=48;WE=153576588;WS=153576570;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr2	153577013	rs9646744	G	A	7197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=130;PP=2965;SC=TTATAGTATTGCTTTCCTACC;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=123;TCR=130;TR=253;WE=153577021;WS=153577003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	155099537	rs12477393	T	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=0.659;SC=TTTATAGCTTTTCTTAAAAGC;SOR=0.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=7;WE=155099545;WS=155099527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	155265623	rs1405936	G	A	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.611;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=48;PP=1047;ReadPosRankSum=0.747;SC=TCAGCTTCATGTTTTAGAGGG;SOR=1.169;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=116;TCF=35;TCR=81;TR=63;WE=155265631;WS=155265613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,77:0.56:138
chr2	155306885	rs697648	C	T	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=15;PP=1405;SC=AAGCTAAAGACGAAATAAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=155306893;WS=155306875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	155555195	rs5835535	T	TC	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.000;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr2	155711357	rs17642086	T	C	3445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=62;PP=1885;ReadPosRankSum=0.630;SC=CCCAGTTCCATGCAACATTTG;SOR=0.915;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=352;TCF=206;TCR=146;TR=160;WE=155711365;WS=155711347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,170:0.46:370
chr2	157183211	rs35479735	TC	T	3400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=36;PP=2429;SC=CTGGATTGTCTCCCTCCCTCC;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=58;WE=157183219;WS=157183201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	157189011	rs834836	G	C	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=61;PP=2014;SC=CTCCGCGTCTGTCTTCATTCA;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=109;WE=157189019;WS=157189001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	157406249	rs2116665	G	A	7340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=149;PP=2965;SC=GGGAAAGTGCGTGTGAGCGGC;SOR=1.397;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=95;TCR=149;TR=244;WE=157406257;WS=157406239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	157406296	rs2116664	A	C	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=102;PP=2965;SC=TATGCCAGGTATCTGGGAGGG;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=51;TCR=102;TR=153;WE=157406307;WS=157406286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	157425972	rs17266469	G	A	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=863;ReadPosRankSum=1.672;SC=GAACAGTTGGGCTTTTCCTTC;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=59;WE=157425980;WS=157425962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,65:0.56:116
chr2	157427593	rs1469652	T	C	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=16;PP=627;SC=GCTTTATTTCTCATTTTCTAA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=157427601;WS=157427583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	157427837	rs1469651	C	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=608;SC=ACCACAATTCCTATTGTAAAC;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=157427858;WS=157427827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	157427850	rs1469650	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=581;SC=TTGTAAACGCGGAATGGCTTA;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=157427858;WS=157427827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	158141079	rs2289941	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=167;ReadPosRankSum=0.570;SC=ATCGTACAAATGCTTTGTTTT;SOR=0.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=17;WE=158141087;WS=158141069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr2	158157361	rs3214040	C	T	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=100;PP=2965;SC=TCTATGGCCACGGAGACCACC;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=86;TCR=100;TR=186;WE=158157369;WS=158157351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	158162475	rs3214039	C	T	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=896;SC=AGAGAGTCCACCACTAAACAC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=158162483;WS=158162465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	158162521	rs3816595	T	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=375;SC=GTGTGGGTCCTGCAGTCAACT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=158162529;WS=158162511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	158165004	rs6728956	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=433;SC=TTAACTGTTGCTAACAAAAAT;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=158165012;WS=158164994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	158283710	rs155614	A	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=258;SC=TATTCCTCCAAAGGTAATTGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=158283718;WS=158283707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	158284056	rs155613	C	T	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=99;SC=AAACGAAATACAAATGTTACA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=158284064;WS=158284046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	158291107	rs70987792	T	TAG	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.396;NF=8;NR=3;PP=345;ReadPosRankSum=0.974;SC=TGTGTGTGCGTAGAGAGAGAG;SOR=1.996;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=11;WE=158291116;WS=158291097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	158291188	rs11904180	A	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=22;PP=931;SC=GGGAGAGACAAAAAATAATTC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=158291196;WS=158291178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	158395079	rs7576514	C	G	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=47;PP=1609;ReadPosRankSum=1.714;SC=AAAAACATGGCCTTACTTCAC;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=161;TCR=108;TR=117;WE=158395087;WS=158395069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,120:0.43:276
chr2	158400908	rs6728987	C	T	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=7;PP=891;ReadPosRankSum=-0.420;SC=AACTAAGTACCTCTATCCTCA;SOR=0.776;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=105;TCF=86;TCR=19;TR=49;WE=158400916;WS=158400898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr2	158401137	rs10432556	T	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=38;PP=637;ReadPosRankSum=-0.508;SC=AACAAGAAAATGTAATTTTGT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=8;TCR=74;TR=42;WE=158401145;WS=158401127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr2	158412542	rs13010956	T	C	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=12;PP=2324;SC=TGTTAAAAAGTTTTTATTTAC;SOR=3.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=78;TCR=12;TR=90;WE=158412550;WS=158412532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	158443889	rs4556933	G	A	9961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=140;NR=189;PP=2965;SC=TTTGGCAGGTGAAGTTTGAAG;SOR=1.076;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=329;TCF=140;TCR=189;TR=329;WE=158443897;WS=158443879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	158595043	.	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=4.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,40:0.13:311
chr2	158626980	rs1146031	C	T	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=79;PP=2965;SC=CGGCAACATTCTCCCCTTGCC;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=179;WE=158626988;WS=158626970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	158636910	rs2227861	G	A	7262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=110;PP=2965;SC=AGCACTCCACGGCTTGGCCAG;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=151;TCR=110;TR=260;WE=158636918;WS=158636900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr2	158637137	rs1866885	A	G	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=29.39;ReadPosRankSum=0.905;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr2	158637138	rs35392775	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr2	158655883	rs111834201	C	CA,CAA	820.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.371;QD=27.36;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,21:0.27,0.70:30
chr2	158958755	.	A	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.447;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr2	158978178	rs10804389	C	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=468;ReadPosRankSum=1.133;SC=ATGCCAGCAACTCTTTGTTAT;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=27;WE=158978186;WS=158978168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr2	159028800	rs2222390	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=12;PP=337;SC=AATTTAAATAACAATTCATTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=159028808;WS=159028790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	159035344	rs3836162	A	AT	1748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.105;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.946;NF=20;NR=21;PP=745;ReadPosRankSum=-2.907;SC=ACTTAGAAACATTTTTTTTAA;SOR=0.432;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=41;WE=159035352;WS=159035334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,79:0.54:145
chr2	159077019	rs958671	A	C	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=16;PP=1097;SC=TATAGAAAAAAGTTCCCTCTG;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=159077027;WS=159077009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	159166069	rs7559772	T	C	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=92;PP=2826;SC=AAAGTCTTTCTTATTTTTATT;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=32;TCR=92;TR=124;WE=159166077;WS=159166059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	159312733	rs1111212	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=351;ReadPosRankSum=1.409;SC=ACCTCGTTCCCTTACCAAAAT;SOR=0.361;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=22;WE=159312741;WS=159312723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr2	159312776	rs3796107	GA	TT	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GAGTCTTTCAGAAGAGTTATG;SOR=0.673;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=31;WE=159312785;WS=159312766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr2	159434492	rs2356188	G	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.10;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	159434492	.	GAATAGTTA	AAATAGTTA,AAATAGTTG	344	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=23,8;NR=3,0;PP=344,166;QD=14.5681235595;SC=TACATGTTCCGAATAGTTAAA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26,8;WE=159434508;WS=159434482;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:26
chr2	159434500	rs2356189	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.247;SOR=2.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr2	159434727	rs10933494	T	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.151;NF=19;NR=14;PP=412;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TGAATAGAATTCTGTCTGTTG;SOR=0.527;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=33;WE=159434735;WS=159434717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr2	159434802	rs72184107	ATC	A	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.121;NF=1;NR=9;PP=391;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TGAATTTTTCATCTCTCTTAA;SOR=0.330;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=10;WE=159434811;WS=159434792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	159477439	rs147357610	CTT	C	1597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.934;NF=21;NR=9;PP=834;ReadPosRankSum=0.243;SC=ACATCTGAACCTTTTTTAGCA;SOR=0.561;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=30;WE=159477448;WS=159477429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr2	159519368	rs3764835	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=1.248;SC=TTGCTCTAATGTGCCGAGTTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=159519376;WS=159519361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	159520085	rs3771679	G	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=0.797;SC=CTTAGCTTGTGTGTGAAGGGG;SOR=0.197;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=16;WE=159520093;WS=159520075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	159522879	.	C	G	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=46;QD=20.1928031368;SC=ACATATGAGACTGGAACTCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=159522887;WS=159522869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	159530651	rs2711034	A	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=739;ReadPosRankSum=1.113;SC=TTCTGTAGGAATCACACACCA;SOR=1.150;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=37;WE=159530659;WS=159530641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr2	159534863	rs2356505	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=266;ReadPosRankSum=-0.819;SC=GGAAACACACACAGCCTGTTT;SOR=0.321;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=16;WE=159534882;WS=159534856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr2	159534874	rs2356506	C	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=1;PP=913;SC=CAGCCTGTTTCTGCCATAGTT;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=159534882;WS=159534856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	159534889	rs2711040	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=558;ReadPosRankSum=-0.968;SC=ATAGTTTTGCCATTAGCCCCC;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=26;WE=159534897;WS=159534879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr2	159661077	rs2271663	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=213;SC=CTGGAGGGATCCCTCTGAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=159661085;WS=159661067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	159663599	rs9869	T	C	7253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=136;PP=2965;SC=ATACAGACACTGGATGCCCTG;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=135;TCR=136;TR=271;WE=159663607;WS=159663589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr2	159683006	.	CAT	C	239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	159954175	rs34588551	C	T	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=43;PP=1643;SC=AGAGACTTCTCCAGTCCTGCA;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=97;WE=159954183;WS=159954165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	160019863	rs12466551	A	G	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=72;PP=2965;SC=AAAGATGGAAACCTAAGATTA;SOR=0.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=94;TCR=72;TR=166;WE=160019871;WS=160019853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	160033174	rs759034	A	G	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=230;SC=CCAGAGAGCCAGACTTGGGTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=160033182;WS=160033164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	160034919	rs4665031	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=2;PP=703;SC=ACCTTATCCTATTACACGTTT;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=160034927;WS=160034916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	160035195	rs12988603	C	T	10020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=157;NR=187;PP=2965;SC=TCCTCAGCAACATCTCCCTGA;SOR=0.900;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=346;TCF=157;TCR=189;TR=344;WE=160035215;WS=160035185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr2	160035207	rs6748288	T	C	9784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=1.119;SC=TCTCCCTGAATGGCAAGGCCG;SOR=0.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=157;TCR=190;TR=346;WE=160035215;WS=160035185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,366:1.00:367
chr2	160073895	rs4665042	G	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=6;PP=789;SC=GGTTCAAAGGGGGAGGACATA;SOR=2.670;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=36;WE=160073903;WS=160073885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	160075886	rs146371641	G	GC	9378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=88;PP=2936;SC=GCAGCGTGATGCCCTCAAAGG;SOR=0.821;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=48;TCR=93;TR=135;WE=160075894;WS=160075876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr2	160076026	rs2303334	C	G	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=47;PP=1424;SC=AGCCACATGCCTGGTATTCCT;SOR=2.035;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=66;WE=160076034;WS=160076016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	160076077	rs2303335	T	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=16;PP=946;SC=ATCCGGCCAGTGTCACCCTTC;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=160076085;WS=160076067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	160082354	rs12692544	C	T	7885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.72;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	160082364	rs34344829	A	G	7222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	160082384	rs13419975	T	A	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=72;PP=2087;SC=TACTGCACAGTCTCCATGTAA;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=36;TCR=72;TR=108;WE=160082392;WS=160082374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	160084224	rs2042494	G	A	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=3;PP=1116;SC=ATGTTCTGTCGTGGGTTTGCA;SOR=3.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=50;WE=160084232;WS=160084214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	160084263	rs2042495	A	G	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=30;PP=1766;SC=ACGGTGTTCCAGGTGTGGGAG;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=102;WE=160084271;WS=160084253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	160084534	rs2288111	A	G	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=201;SC=CTTCTCCAGCAGTGAAGGCCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=160084542;WS=160084524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	160087535	rs3821301	T	G	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=110;PP=2965;SC=CCTTAAGAAATCCCCATTTGT;SOR=1.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=50;TCR=110;TR=160;WE=160087543;WS=160087525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	160092703	rs72203422	TA	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr2	160112881	rs7591849	G	T	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=58;PP=1750;SC=TGTTCTGTGCGCCTTGCTTAA;SOR=1.189;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=100;WE=160112889;WS=160112871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	160114437	rs3213715	G	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=46;PP=1410;SC=ATTAATACAAGGTGAGGTTAA;SOR=1.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=68;WE=160114445;WS=160114427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	160116281	rs4665052	A	G	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=30;PP=1192;SC=TCTAATAAACATAACTTTCAT;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=75;WE=160116289;WS=160116271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	160132196	rs35620648	A	AC	1692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=34;PP=1076;SC=AAACACTGAAACCCCCCCAAA;SOR=1.278;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=37;WE=160132204;WS=160132186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	160136337	rs174264	G	A	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=37;PP=1714;SC=TTCACTATGCGGACACCTCAT;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=95;WE=160136345;WS=160136327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	160176943	rs174229	A	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=41;PP=1186;SC=AAAGAAAACAAATAATTAGAG;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=160176951;WS=160176933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	160203934	rs965163	A	T	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=675;SC=ATATTAGGCAAGTAATAAACA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=160203942;WS=160203924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	160231108	rs6742788	A	G	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=8;PP=756;SC=CCAAAAGCCTATTTTTGCTTA;SOR=2.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=160231116;WS=160231098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	160239378	rs2302927	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=0.124;SC=TTAAAAGAGCAAAACATGAGT;SOR=0.307;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=6;WE=160239386;WS=160239368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr2	160241936	rs1469015	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=83;SC=TACCATAAAAACAATAAGATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=160241944;WS=160241926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	160243183	rs918351	TA	AT	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=46;PP=1349;SC=CATGATTTCGTATCTTCTAAA;SOR=4.294;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=50;WE=160243192;WS=160243173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	160261721	rs35567166	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	160261729	rs74694096	AC	A	392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=7.404;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.70;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr2	160285060	rs57144725	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=-0.329;SC=ACTCCTCAAACAACCCAAATA;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=160285068;WS=160285050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	160285575	rs12473781	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=-1.106;SC=CCCTTTGCTCCGGCTCTTCTG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=12;WE=160285583;WS=160285565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr2	160285660	rs10754963	T	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=505;ReadPosRankSum=0.686;SC=TACATCAAACTTGCATAAATA;SOR=1.115;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=37;WE=160285668;WS=160285650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,44:0.49:90
chr2	160295297	rs2302923	C	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=1.190;SC=CGGGTACTTTCAAAGTGTTCT;SOR=0.204;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=15;WE=160295305;WS=160295287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr2	160295766	.	A	C	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=538;ReadPosRankSum=1.511;SC=ATTTTTGGAAAACATTCAAGT;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=32;WE=160295774;WS=160295756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr2	160304741	rs12470533	A	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=457;ReadPosRankSum=1.416;SC=TCACTTATGTAAATGTGGATA;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=32;WE=160304749;WS=160304731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr2	160585740	rs3821299	C	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=245;SC=ATCCCTAGGGCCACTCTTTTG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=160585748;WS=160585730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	160604812	rs1427329	C	T	7082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=120;PP=2965;SC=CTGAAGTTCCCGATAATAGGG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=117;TCR=120;TR=237;WE=160604820;WS=160604802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	160605268	rs1365803	T	C	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=74;PP=2965;SC=TTGCAGTCCCTCCAGCACTTG;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=148;WE=160605276;WS=160605258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	160621354	rs5835760	G	GT	247.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.588;QD=16.53;ReadPosRankSum=1.276;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr2	160634564	rs5835761	ACC	A	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=712;SC=TTAAAAATAAACCCTTTTATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=160634573;WS=160634554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	160634582	rs148276105	TAATATC	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=716;SC=ATTAGTAGCTTAATATCAATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=160634595;WS=160634572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	160637324	rs2303551	A	G	4457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=40;PP=2904;SC=GAGAATTGAAAAGCCATCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=99;TCR=40;TR=139;WE=160637332;WS=160637314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	160639970	rs2114626	T	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=44;PP=1061;SC=TCCAAGTAGATGAAGGACAGT;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=160639978;WS=160639960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	160654524	rs2556106	G	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=220;SC=GGGCGGGATGGCCGGCCGGGT;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=160654532;WS=160654514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	160663678	rs7566887	T	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=48;PP=1184;SC=AATACAACTATGTCTACTGCC;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=61;WE=160663686;WS=160663668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	160676427	rs12692566	C	A	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=64;PP=2076;SC=ACATAAGAGACTTATCTAGAG;SOR=1.392;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=104;WE=160676435;WS=160676417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	160676445	rs36120198	A	AT	1778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=42;PP=1556;SC=GAGAAGAAACATTTTTTCCTA;SOR=1.981;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=47;WE=160676453;WS=160676435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	160688351	rs6755783	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=364;ReadPosRankSum=0.029;SC=TAGTACACTTCTATTTGATAA;SOR=0.544;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=17;WE=160688359;WS=160688341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr2	160698700	rs41265133	A	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=14;PP=1873;ReadPosRankSum=-1.543;SC=CTCTCTCTCTATATATATATA;SOR=1.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=79;WE=160698708;WS=160698690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr2	160708645	rs2162500	C	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=382;ReadPosRankSum=0.393;SC=GGTTGCCATTCTGCCATAGGC;SOR=0.806;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=27;WE=160708653;WS=160708635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr2	160708923	rs36091128	GT	G	99.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	160710922	rs2729705	T	C	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=17;PP=822;ReadPosRankSum=-0.281;SC=ATGTTATAGTTGCAAGAAAGC;SOR=0.631;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=64;WE=160710930;WS=160710912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,78:0.62:126
chr2	160711045	rs3951216	G	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=626;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TTCCAGCACGGTCTAAAGAAG;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=44;WE=160711053;WS=160711035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,46:0.41:112
chr2	160711556	rs975490	T	G	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TATTGTTGAGTCTTGTCCATT;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=53;TCR=114;TR=166;WE=160711564;WS=160711546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr2	160729134	rs1397705	A	C	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=94;PP=2917;SC=AATTTGTTTTATGGTATTATC;SOR=2.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=29;TCR=94;TR=123;WE=160729142;WS=160729124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	160729186	rs10168271	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-5.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=233;ReadPosRankSum=-1.066;SC=CTGTCACATGTGTGGGCCCCT;SOR=0.076;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=18;WE=160729194;WS=160729176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr2	160734668	rs17828159	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.306;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	160734722	rs2292387	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=290;ReadPosRankSum=1.537;SC=GACTCCAATCCTGAAGATCAT;SOR=0.730;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=15;WE=160734730;WS=160734712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	160735008	rs2292388	C	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=812;ReadPosRankSum=0.480;SC=CTCAAATCTACAAAAGGAGAA;SOR=0.652;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=65;WE=160735016;WS=160734998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,68:0.41:167
chr2	160737495	rs2729712	A	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=27;NR=1;PP=760;SC=CTTACCTTTTATTTTCCAGCT;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=160737503;WS=160737485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	160737560	rs2729711	G	T	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=29;PP=1909;SC=GGTAAAACAGGAAGAATATAA;SOR=1.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=103;WE=160737568;WS=160737550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	160737621	rs11675155	C	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CACAGTTGGGCGTCTTATTGT;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=231;TCF=131;TCR=100;TR=86;WE=160737629;WS=160737611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,89:0.36:245
chr2	160738677	rs16822581	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1087;ReadPosRankSum=-1.209;SC=ACATCTGCTAGAGAATGAATG;SOR=0.523;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=208;TCF=121;TCR=87;TR=77;WE=160738685;WS=160738667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,80:0.37:217
chr2	160742862	rs2271383	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=908;ReadPosRankSum=0.840;SC=CTAAGCTATTGGTGAGTGAGA;SOR=1.099;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=57;WE=160742870;WS=160742852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr2	160760972	rs1397707	C	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GCTCCAGAGCCCCCCCGCCCC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=14;WE=160760980;WS=160760962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr2	160761082	rs6760195	T	G	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=40;PP=1261;ReadPosRankSum=-1.364;SC=ACTGCGGGGCTGGCGTGCCCG;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=148;TCR=97;TR=99;WE=160761090;WS=160761066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,105:0.41:259
chr2	160805993	rs6726923	C	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=2;PP=752;SC=CATCACCAACCAGACCAGAGG;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=160806001;WS=160805983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	160807742	rs952184	A	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=4;PP=684;SC=ATATTTATTAATATTTTTGGG;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=160807750;WS=160807732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	160808075	rs3828323	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=345;ReadPosRankSum=0.522;SC=GTATTTACACCGTGTCCAGAA;SOR=1.075;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=21;WE=160808083;WS=160808065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
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chr2	160833188	rs2715918	A	G	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=44;PP=1996;SC=TGCCAGAGTCATTCTTACCGT;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=125;WE=160833196;WS=160833178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	160840370	rs5835784	AC	A	272.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=317;SC=TGGGATACTCACCCCTCAGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=160840378;WS=160840360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr2	160872989	rs10563068	GGT	G	739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.445;HP=7;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.754;NF=27;NR=1;PP=880;ReadPosRankSum=-1.195;SC=AGAAGGGGGGGGTGCGAGGAG;SOR=1.739;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=28;WE=160873005;WS=160872972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr2	160873021	rs2715939	G	A	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.196;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.944;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,73:0.52:141
chr2	160873270	rs2667040	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.986;NF=6;NR=32;PP=697;ReadPosRankSum=-0.234;SC=CTGTGCTGATACCGATGGGCA;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=38;WE=160873278;WS=160873260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr2	160873294	rs3833577	T	TA	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.097;NF=0;NR=16;PP=273;ReadPosRankSum=1.563;SC=GCAATTCTTATAAAAAAAATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=16;WE=160873302;WS=160873284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr2	160876827	rs1511213	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TGCAAAGGAGATAACACCCTG;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=160876835;WS=160876817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	160885418	rs35771982	G	C	3343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=3.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.217;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,161:0.52:312
chr2	160885442	rs3749117	T	C	3489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=84;PP=2260;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TTGAGGCCCATCCACACCTCC;SOR=0.490;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=325;TCF=175;TCR=150;TR=171;WE=160885450;WS=160885432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,180:0.54:336
chr2	160889673	rs2203053	G	A	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=109;PP=2965;SC=AAAACAACCAGGTCTTATTTT;SOR=1.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=47;TCR=109;TR=156;WE=160889681;WS=160889663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	160898783	rs3792194	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-2.664;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr2	160901517	rs4665143	A	G	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=85;PP=2965;SC=CCAGGCAACCACTGCCTCCTA;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=73;TCR=86;TR=157;WE=160901525;WS=160901507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	160919020	rs3749119	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GAAGCGGATCCGTAGCCTCCT;SOR=1.445;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=13;WE=160919028;WS=160919010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr2	160919040	rs11285500	AC	A	536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=561;SC=TCCGCGCCCCACCCCCTCCGG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=160919048;WS=160919030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	160958145	rs7586751	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CCTATTATTATCTTAAACCAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=160958153;WS=160958135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	160958349	rs34330288	GA	G	695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=275;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TGGTTCCCTGGAAAAAAAAAA;SOR=1.302;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=25;WE=160958358;WS=160958339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr2	160964057	rs13009231	G	T	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.22;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr2	160964057	.	GGA	TGG	1200	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=24;NR=2;PP=1200;QD=48.2103028793;SC=CAAAGCTGTTGGAGTCATGGC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=26;WE=160964067;WS=160964047;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr2	160964059	rs13008664	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.40;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr2	160968743	rs66470452	CA	C	689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=782;ReadPosRankSum=0.623;SC=TTAGGTTAAACAAGATTCCAA;SOR=0.242;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=23;WE=160968751;WS=160968733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr2	161028992	rs1037694	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=229;ReadPosRankSum=1.386;SC=TTTCACCAAGTGTATGTTATT;SOR=2.007;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=11;WE=161029000;WS=161028982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr2	161029218	rs2305818	G	A	3402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=85;PP=2097;ReadPosRankSum=1.243;SC=GGTGGAGGGAGTCATTCCGCC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=144;TCR=164;TR=161;WE=161029226;WS=161029208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,164:0.53:311
chr2	161169828	rs10929977	C	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=468;ReadPosRankSum=-0.582;SC=AAAAGAACAGCTCTACTTTGT;SOR=1.093;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=36;WE=161169836;WS=161169818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr2	161174693	rs1430	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-1.497;SC=TGCATTTGTTCGTTGTCTTAT;SOR=0.136;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=161174701;WS=161174683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	162059969	rs11884495	A	T	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=32;PP=1535;ReadPosRankSum=1.687;SC=ATCAGTGAATATCAGGCTAAC;SOR=0.680;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=189;TCF=126;TCR=63;TR=102;WE=162059977;WS=162059959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,109:0.56:196
chr2	162091836	rs3754970	T	C	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.844;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=9;PP=964;ReadPosRankSum=0.436;SC=ACAGATATTTTTGTTTGTTTC;SOR=1.267;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=51;WE=162091844;WS=162091826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
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chr2	162224193	rs58162668	G	GT	1460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.176;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=1417;ReadPosRankSum=0.108;SC=TATAAAAGGAGTTTTTATTTT;SOR=1.154;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=43;WE=162224201;WS=162224183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,62:0.44:141
chr2	162247772	rs1921674	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=-0.313;SC=GATTTAAATTCGAATTTTTGA;SOR=1.714;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=17;WE=162247780;WS=162247762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr2	162274607	.	A	ATG	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.4999;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=15;MQ=58.47;NF=1;NR=0;PP=34;QD=37.0;SC=AGGTGTGTGTATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=1;WE=162274615;WS=162274597;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,1:0.09:11
chr2	162280748	rs890076	G	A	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,86:0.57:151
chr2	162627391	rs41267437	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=1.746;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr2	162730312	rs35292746	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGAATCCCTCTGACAATGCCT;SOR=0.074;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=162730320;WS=162730302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	162757307	rs77357117	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=288;ReadPosRankSum=0.581;SC=ACAGAGCCTGGGTTCTCAGCT;SOR=1.911;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=15;WE=162757315;WS=162757297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr2	162757676	rs6754546	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=-1.841;SC=CTCTGAAGTTACTAATGATTG;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=162757684;WS=162757666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	162813807	rs10221808	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=0.501;SC=CATCATTTAAAATTTTCATTT;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=10;WE=162813815;WS=162813797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	162821515	rs4233647	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=389;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TACACCTCTCGTTTTAATTTT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=25;WE=162821523;WS=162821505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr2	162833179	rs115377349	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=327;ReadPosRankSum=1.115;SC=CTTCATAGATATATGATTGCC;SOR=0.796;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=17;WE=162833187;WS=162833169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr2	162865133	rs41268649	C	T	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=68;PP=1677;ReadPosRankSum=1.140;SC=CGCCACTTCCCGATCCCAGGA;SOR=0.925;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=193;TCF=73;TCR=120;TR=105;WE=162865141;WS=162865123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,112:0.54:207
chr2	162873188	rs2970931	T	C	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=202;SC=TTATATATAATATGAAATACA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=162873196;WS=162873178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	162875843	rs2111849	C	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=188;ReadPosRankSum=-1.179;SC=AAGTCAGAGGCGATCCACCGC;SOR=0.675;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=15;WE=162875851;WS=162875833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr2	162879452	rs2302873	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=774;ReadPosRankSum=0.580;SC=TATGTTAGTATTTTTCAAGTC;SOR=0.415;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=33;WE=162879460;WS=162879442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr2	162890175	rs1558957	T	C	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=18;PP=499;SC=TAGGAAAAAATAATCACAGAA;SOR=1.460;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=27;WE=162890183;WS=162890165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	162890217	.	G	A	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=61.07;NF=0;NR=5;PP=55;QD=17.9542425094;SC=AAGTAACATCGTTGCACACAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=162890225;WS=162890207;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,5:0.50:10
chr2	162891848	rs6432708	C	T	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=78;PP=2122;SC=AAAAAAGACACAAATTGTTCT;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=44;TCR=79;TR=122;WE=162891856;WS=162891838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	162894766	rs10930040	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.454;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=0.703;SC=TAACTATTTTAAAAGCTTATA;SOR=0.096;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=162894774;WS=162894756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	162903794	rs115905739	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=2.066;SC=AAAAAAAAAACTCTCTATAGA;SOR=0.787;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=11;WE=162903802;WS=162903784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr2	162929709	rs1861978	T	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=-1.298;SC=CGCAAGAGTTTCAGCCTAAAC;SOR=1.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=5;WE=162929717;WS=162929707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	162929732	rs35128070	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.726;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TGAAGACCCCGCGAAGTGAAT;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=7;WE=162929740;WS=162929722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	162929979	rs17574	A	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=466;ReadPosRankSum=1.935;SC=GCAGTCCCAGAAGAACCTTCC;SOR=1.058;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=36;WE=162929987;WS=162929969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr2	162930286	rs3216773	CGCCAGGGTCCTAGCAGAA	C	1769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr2	163029178	rs186300433	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=0.391;SC=GATCCAAGATTCATTTGCTAA;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=16;WE=163029186;WS=163029168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	163030336	rs3764917	T	C	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=703;ReadPosRankSum=1.403;SC=TTGCATGTGATGAATGTCATT;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=59;WE=163030344;WS=163030326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr2	163051415	rs1468916	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=596;SC=AACATCACTTCTAAGTCACAT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=163051423;WS=163051405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr2	163128824	rs3747517	T	C	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=918;ReadPosRankSum=-0.906;SC=AACTGTCTCATGTTCGATAAC;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=76;WE=163128832;WS=163128814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,82:0.55:150
chr2	163374577	rs113748016	G	A	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=70;PP=2018;ReadPosRankSum=-1.246;SC=TAGATGAATCGATGACCACCA;SOR=0.973;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=229;TCF=108;TCR=121;TR=123;WE=163374585;WS=163374567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,122:0.53:231
chr2	163694878	rs4667768	C	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	163694886	rs4667769	G	A	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.97;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	164466039	rs3833554	AT	A	764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=10.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.024;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr2	164466638	rs188936612	A	G	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1156;ReadPosRankSum=0.999;SC=GAAAAGAGGCATGGATAATTT;SOR=0.687;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=205;TCF=116;TCR=89;TR=94;WE=164466646;WS=164466614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,106:0.48:223
chr2	165349459	rs1051160	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=566;ReadPosRankSum=0.249;SC=TTTTCACATGGTAATGTTTTC;SOR=2.242;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=27;WE=165349467;WS=165349449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr2	165353712	rs8192673	C	T	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=83;PP=2233;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TGACTATGAACAGACATACCC;SOR=0.780;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=361;TCF=184;TCR=177;TR=162;WE=165353720;WS=165353702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,175:0.45:389
chr2	165358672	rs4667463	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=0.249;SC=AGAAAATAACATAAATTATTA;SOR=1.230;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=165358680;WS=165358662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	165424837	rs17437781	A	G	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=35;PP=1423;ReadPosRankSum=-0.561;SC=TTTTCTGTAGAATTATTGGCG;SOR=0.820;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=113;TCR=67;TR=96;WE=165424845;WS=165424827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,106:0.54:195
chr2	165544450	rs6738627	G	A	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=545;SC=ATGTCTCCACGTAAAATATGC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=165544458;WS=165544440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	165548569	rs10490694	G	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=-1.135;SC=TTTCAAGTACGTGTAAGACTC;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=8;WE=165548577;WS=165548560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	165551201	rs7607980	T	C	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=796;ReadPosRankSum=0.610;SC=GCCTCTTTATTTGTCAGTTCT;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=49;WE=165551209;WS=165551191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr2	165552353	rs34305002	GA	G	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-0.193;SC=ACTACTGAGAGAAAAAAATCA;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=8;WE=165552361;WS=165552343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	165557318	rs6712203	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=395;SC=TCATTCATCACATGCAATTCT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=165557326;WS=165557308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	165559856	rs35492512	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TTAAATAAGAAGAGGTAAAAG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=165559864;WS=165559846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	165578581	rs6414069	A	G	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1131;ReadPosRankSum=-1.608;SC=ACAAAACTACACACCTTATCT;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=106;TCR=62;TR=82;WE=165578589;WS=165578571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,89:0.49:183
chr2	165579065	rs10167778	T	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=0.809;SC=TACTTTTGTATGTGAGGTTGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=8;WE=165579073;WS=165579055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	165584407	rs12692743	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	165586466	rs13392281	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=-0.338;SC=CCAACATTTTTGGCTTTAAAA;SOR=0.324;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=18;WE=165586474;WS=165586456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr2	165586652	rs13432439	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=1.039;SC=TTTCATTACCCGTTATTGTTT;SOR=0.487;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=24;WE=165586660;WS=165586642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr2	165586693	rs61553904	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=414;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TTGTCTTCAATAGATAAACAA;SOR=1.148;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=10;WE=165586713;WS=165586683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	165586705	rs13395130	T	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=414;ReadPosRankSum=1.203;SC=GATAAACAAGTCTACAAGATA;SOR=1.460;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=9;WE=165586713;WS=165586683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	165630100	rs355862	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=1.434;SC=GAGTCCTCAGACATATTAAAA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=165630108;WS=165630097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	165630414	rs355864	A	T	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=39;PP=963;ReadPosRankSum=-1.309;SC=GGGAATAATCATGTTAACATT;SOR=0.293;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=44;WE=165630422;WS=165630404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr2	165630460	rs355865	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=258;ReadPosRankSum=3.404;SC=ATGTGCTTTATGCAATAAAAA;SOR=1.101;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=17;WE=165630468;WS=165630450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr2	165636332	rs355897	T	C	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=425;ReadPosRankSum=-1.576;SC=GATAGCACTCTGCAAATTTAG;SOR=0.927;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=37;WE=165636340;WS=165636322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr2	165657185	rs355915	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=377;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TGGGTGAATGGATAAAGAAAC;SOR=1.255;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=21;WE=165657193;WS=165657175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr2	165698715	rs71028447	A	AG	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=596;SC=TCCCACCGCTAGGCTGCGCTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=165698723;WS=165698705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	165793968	rs17353624	G	A	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=91;PP=2904;SC=GGATATTGCCGGTTTAGGACA;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=47;TCR=91;TR=138;WE=165793976;WS=165793958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	165809138	rs71393655	A	ATG	585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=773;ReadPosRankSum=-1.434;SC=CAGTTGCAGCATGTGTGTGTG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=17;WE=165809146;WS=165809128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr2	165987772	rs62174900	T	G	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.899;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=35;PP=1078;ReadPosRankSum=0.673;SC=ATGATCGCAGTACAGACAATC;SOR=0.438;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=199;TCF=126;TCR=73;TR=83;WE=165987780;WS=165987762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,88:0.41:214
chr2	165988022	rs78280506	C	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.132;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	165996107	rs1946892	T	A	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=50;PP=1336;ReadPosRankSum=0.830;SC=CTTCCGTTTCTGTGGTGGTGC;SOR=1.075;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=203;TCF=99;TCR=104;TR=84;WE=165996115;WS=165996097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,90:0.41:217
chr2	166003479	rs16850131	G	A	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=92;PP=2052;ReadPosRankSum=1.796;SC=CTTTCCAACAGCTCTCCTAAC;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=377;TCF=165;TCR=212;TR=160;WE=166003487;WS=166003469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,176:0.44:403
chr2	166003573	rs58539679	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=486;ReadPosRankSum=1.304;SC=CTATTTAGAACACAGAGCTTT;SOR=0.542;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=26;TCR=69;TR=34;WE=166003581;WS=166003563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr2	166012203	rs3731760	C	T	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=10;PP=1237;SC=GCCACCACACCCAGCCTATGC;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=166012211;WS=166012193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	166018703	rs6756990	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	166018764	rs60156545	C	CT	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.925;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	166018901	rs11887309	C	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=-1.628;SC=CAAAAAAAAACCCATTTTATT;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=14;WE=166018922;WS=166018890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr2	166018990	rs11887343	C	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=276;ReadPosRankSum=2.399;SC=GGTGGCTGTACACCCACAGTC;SOR=2.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=14;WE=166018998;WS=166018980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr2	166019384	rs9333576	T	C	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.390;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=68;PP=1908;ReadPosRankSum=2.342;SC=GTGCCAGAAATCATGATTTCT;SOR=0.987;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=216;TCF=94;TCR=122;TR=113;WE=166019392;WS=166019374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,126:0.52:243
chr2	166020295	rs2304710	C	T	4629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=115;PP=2854;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TACTACCTTACACCAGTTTCT;SOR=0.465;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=355;TCF=145;TCR=210;TR=203;WE=166020303;WS=166020285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,214:0.58:368
chr2	166020893	rs7579000	G	A	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=48;PP=1862;ReadPosRankSum=0.074;SC=AATTTTCAAAGTTACTCACGC;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=226;TCF=136;TCR=90;TR=125;WE=166020901;WS=166020883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,139:0.56:248
chr2	166025174	rs4667795	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=301;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CATAAGTCAGGCTATACCCAC;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=16;WE=166025182;WS=166025164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr2	166025417	rs4667796	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=307;ReadPosRankSum=0.998;SC=AAAGTTTATCGATGCAAAAAC;SOR=0.444;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=20;WE=166025425;WS=166025407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr2	166026859	rs3754962	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-0.623;SC=AAATTTTACAGATACTTGAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=166026867;WS=166026849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	166032775	rs72471101	CATT	C	4372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.608;NF=25;NR=45;PP=2788;ReadPosRankSum=0.373;SC=TTCTCATCATCATTATCTTGT;SOR=0.663;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=128;TCF=40;TCR=88;TR=70;WE=166032785;WS=166032765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,119:0.53:223
chr2	166152389	rs17183814	G	A	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=964;ReadPosRankSum=0.125;SC=TTCTTTACCAGGGAATCCCTT;SOR=0.857;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=72;WE=166152397;WS=166152379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,73:0.39:186
chr2	166153499	rs7593568	A	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	166164215	rs3214603	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=1.531;SC=ATAGAAATGGCAAAAAAAAGG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=5;WE=166164223;WS=166164205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	166167166	rs7560348	T	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.890;SC=ATATTATATATAATGGAAATT;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=166167174;WS=166167156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	166170073	rs13025009	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=-1.296;SC=AAACAGGAAAACCAATTAGCA;SOR=0.177;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=12;WE=166170081;WS=166170063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr2	166170127	rs2121371	T	C	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=23;PP=2145;SC=AACCTAATTATAGCCAGTGTC;SOR=2.108;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=99;WE=166170135;WS=166170117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	166172317	rs1838846	A	G	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=74;PP=2303;SC=TTTTTTAAAAAAATATGCCAG;SOR=2.459;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=24;TCR=74;TR=98;WE=166172325;WS=166172307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	166179650	rs1867864	C	T	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.729;SC=TTTGTTTCTTCTCTTGTTATT;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=173;TCF=116;TCR=57;TR=78;WE=166179658;WS=166179640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,85:0.46:186
chr2	166183273	rs74598858	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=238;ReadPosRankSum=1.367;SC=CATGGTGTATATTTAGTTAAA;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=13;WE=166183281;WS=166183263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	166221569	rs3835933	TG	T	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.45;MQRankSum=0.417;NF=12;NR=3;PP=251;ReadPosRankSum=1.376;SC=ATACAGAAGATGGGGGGGGGG;SOR=2.066;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=15;WE=166221577;WS=166221559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr2	166221883	rs67174953	GTATC	G	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.25;MQRankSum=0.898;NF=0;NR=19;PP=751;ReadPosRankSum=0.417;SC=CTATCTATCTGTATCTATCTA;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=19;WE=166221894;WS=166221873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	166224047	rs2304010	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=0.548;SC=AGCAATTTTTGTCACTCTGTC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=15;WE=166224055;WS=166224037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr2	166229922	rs6432821	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=13;PP=267;SC=CTTTGTACCATGGAAATGTCA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=166229930;WS=166229912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	166234076	rs1864885	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TAATTTTGGGAAAAAAGAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=166234084;WS=166234066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	166514594	rs10803800	A	G	125.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TGAGTTAACCATTTTCATATT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=166514602;WS=166514584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	166535918	rs777346	C	T	3686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=65;PP=2488;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TGCCTTACACCATGACCCCGG;SOR=0.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=257;TCF=138;TCR=119;TR=151;WE=166535926;WS=166535908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,157:0.57:274
chr2	166610972	rs67722214	CA	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=1.023;SC=GAGTAAAAACCAAAAAAAAAT;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=8;WE=166610980;WS=166610962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	166611006	rs62174818	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.168;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=323;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AATTGCCAAACTCAGTCTGAA;SOR=0.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=20;WE=166611014;WS=166610996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr2	166611086	rs41268661	C	T	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=31;PP=1155;ReadPosRankSum=1.086;SC=CAACATCTCACTTGTGCTTGT;SOR=0.775;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=159;TCF=98;TCR=61;TR=87;WE=166611094;WS=166611076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,95:0.56:169
chr2	166618262	rs1968294	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=243;ReadPosRankSum=-0.118;SC=AGAGCTGTTACCTGCTTGGGC;SOR=0.507;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=19;WE=166618270;WS=166618252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	166621354	rs2113840	T	C	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=7;PP=953;SC=TACCACAATATGGATTTGGGA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=166621362;WS=166621344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	166770120	rs10176588	A	G	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=789;ReadPosRankSum=-1.923;SC=CAAGGAGAAGAAAAGACCGAG;SOR=0.593;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=54;WE=166770128;WS=166770110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr2	166771663	rs7590559	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=243;ReadPosRankSum=0.736;SC=GGAATTAATACTAGTGGCTAA;SOR=0.293;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=13;WE=166771671;WS=166771653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	166773971	rs6750044	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TTATCAAATGGTATAAAGGAT;SOR=1.051;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=16;WE=166773979;WS=166773961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	166781242	rs58208220	T	TA	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=529;ReadPosRankSum=-1.298;SC=AATATTTACCTAAAATAAACA;SOR=1.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=16;WE=166781250;WS=166781232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr2	166788336	rs7592429	T	C	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=95;PP=2965;SC=GCATCCAATGTATTTCCCAAG;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=70;TCR=96;TR=165;WE=166788344;WS=166788326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	166797646	rs1432273	C	T	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=63;PP=1443;ReadPosRankSum=-1.769;SC=ATCTGGTTCACAGTCTCCAGG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=158;TCR=147;TR=131;WE=166797654;WS=166797635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,133:0.42:313
chr2	166799596	rs13000534	T	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=589;SC=AATGCCAGTCTACCTTACAGC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=166799604;WS=166799587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	166799893	rs10930190	G	A	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=47;PP=1380;SC=TTAGAAATGAGAGAAATAAAT;SOR=3.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=56;WE=166799901;WS=166799883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	166802306	rs5836067	ACTGT	A	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=0.601;SC=CTATAGTGGTACTGTCTAATA;SOR=0.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=166802317;WS=166802296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr2	166810161	.	G	GCCCGCTCA	3240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=10;PP=1496;SC=CCGCCCGCCCGCCCGCTCACC;SOR=1.651;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=22;WE=166810169;WS=166810151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr2	166810433	rs5836068	GT	G	1077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=1031;SC=GGACCCGGAGGTGAGGGCTGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=166810441;WS=166810423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr2	166892444	rs34673057	TAAA	T	337.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=1.221;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
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chr2	166892788	rs2298771	C	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=903;ReadPosRankSum=0.913;SC=CCAATTTCTGCTGTATGATTG;SOR=1.234;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=58;WE=166892796;WS=166892778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr2	166893081	rs7601520	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.283;SC=TTACACCAATGTAGGGAAGAG;SOR=0.765;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=166893089;WS=166893071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	166894165	rs67819222	C	CT	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=182;ReadPosRankSum=-0.856;SC=AAATTATACTCTTTTTTTTTA;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=13;WE=166894173;WS=166894155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	166894230	rs2020318	T	C	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.013;NF=52;NR=27;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GTTACATATGTATACATGTGC;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=100;TCR=52;TR=79;WE=166894238;WS=166894220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,76:0.49:156
chr2	166895819	rs10168027	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=35;SC=CAAATGTTACAGAAAAACTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=166895827;WS=166895809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	166896143	rs2126152	T	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=1.409;SC=TTCCACCAGATAATAACATAC;SOR=1.220;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=20;WE=166896151;WS=166896133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr2	166896178	rs490317	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=0.079;SC=GCTCTTAGAACATAATGCTTA;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=166896186;WS=166896168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	166897864	rs6432860	A	G	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr2	166898017	rs10198801	G	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.650;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=2.106;SC=CCACCAAAAGGTATACTTTAT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=166898025;WS=166898007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	166900606	rs6753355	A	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=1.458;SC=TAATATGGACATTTGAATGTG;SOR=1.414;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=14;WE=166900614;WS=166900596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr2	166903188	rs538921	A	C	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=51;PP=2965;SC=TTCCTCATACAACCACCTGCT;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=130;TCR=51;TR=181;WE=166903196;WS=166903178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	166903228	rs6432861	C	T	3419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=65;PP=2194;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TTCAATATTACGTAACAATCA;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=151;TCR=108;TR=152;WE=166903236;WS=166903218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,158:0.57:279
chr2	166903445	rs7580482	T	C	3471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.772;NF=73;NR=73;PP=2161;ReadPosRankSum=-1.556;SC=AAATGACCAATACAAAAAATA;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=128;TCR=134;TR=146;WE=166903453;WS=166903435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,159:0.56:283
chr2	166904346	rs1461193	G	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=55;PP=1312;ReadPosRankSum=1.941;SC=ACTATGCTATGATATTGCCTA;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=41;TCR=100;TR=78;WE=166904354;WS=166904336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,78:0.55:143
chr2	166905375	rs1542484	A	G	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr2	166905480	rs994399	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=419;ReadPosRankSum=1.671;SC=AAAGAAAGTCGTATGATGAAC;SOR=0.341;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=33;WE=166905488;WS=166905470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr2	166905572	rs1542483	T	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=0.869;SC=TTAAATATATTATTCATTCAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=166905580;WS=166905562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	166909544	rs3812718	C	T	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=76;PP=1827;ReadPosRankSum=0.589;SC=CTAATCACTTCTTACCTGGAA;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=214;TCF=65;TCR=149;TR=111;WE=166909552;WS=166909534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,121:0.53:228
chr2	166909559	rs3812719	C	A	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=54;PP=1298;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CTGGAATTACCGAAATAGTTT;SOR=0.436;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=145;TCF=34;TCR=111;TR=74;WE=166909567;WS=166909549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,84:0.54:156
chr2	166915335	rs10930201	C	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=1.282;SC=TCTAAAGTGCCCCATGAAAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=166915343;WS=166915325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	166930214	rs566839	T	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=27;PP=765;SC=TTTTAAAGAGTGGACTAAGAG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=166930222;WS=166930204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	167056428	rs4303728	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr2	167060449	rs10180721	A	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=307;ReadPosRankSum=-0.432;SC=AAAATCTGAAAAATAAATATT;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=19;WE=167060457;WS=167060439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
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chr2	167090042	rs722204	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=0.291;SC=AGTCAATTCTGAAACTCACTA;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=6;WE=167090050;WS=167090032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr2	167129497	rs13395140	A	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=1.515;SC=ACCAGCAACGAAGATTTCTGC;SOR=1.473;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=11;WE=167129505;WS=167129487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	167137119	rs6432893	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=794;ReadPosRankSum=0.748;SC=GGAGAAAAAAGCAGAGAACAT;SOR=0.572;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=55;WE=167137127;WS=167137109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,59:0.52:114
chr2	167144974	rs6747673	A	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=464;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CTTTTTTAAGACGGTCTAACA;SOR=0.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=25;WE=167144982;WS=167144964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr2	167144995	rs13402180	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=607;ReadPosRankSum=0.339;SC=TCTGTTGAAATTCTAATTCTT;SOR=0.619;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=34;WE=167145003;WS=167144985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr2	167145142	rs13414203	A	G	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=49;PP=1276;ReadPosRankSum=0.471;SC=TTTTGCCAGCAGCACGCAGCG;SOR=0.607;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=91;WE=167145150;WS=167145132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,96:0.54:178
chr2	167149693	rs7588632	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=594;ReadPosRankSum=0.682;SC=CATACACCAGGTACATATGCC;SOR=1.095;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=38;WE=167149701;WS=167149683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr2	167162277	rs4429487	G	A	3437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=72;PP=2154;ReadPosRankSum=0.577;SC=TAAATTTGCCGTTTCAAAAAG;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=362;TCF=189;TCR=173;TR=157;WE=167162285;WS=167162267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,169:0.44:382
chr2	167163043	rs9646771	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,48:0.36:134
chr2	167163199	rs9646772	A	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=57;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AACTTTTCCTAAGAAAAAAAT;SOR=1.532;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=7;WE=167163207;WS=167163189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr2	167163372	rs4583483	TC	CA	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=0.180;SC=CCAGAGTCTTTCAAGGTGCAA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=167163381;WS=167163362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	167163663	rs4447616	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GTTTACCTTTCTACATGGCAG;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=167163671;WS=167163653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	167168093	rs6432901	C	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=590;ReadPosRankSum=1.199;SC=TGAAGGGCAGCTGTTTGCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=39;WE=167168101;WS=167168083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr2	167168140	.	C	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=513;ReadPosRankSum=-2.150;SC=GCTTCTTCATCATCATCTTTC;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=105;TCR=61;TR=49;WE=167168148;WS=167168130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,52:0.29:179
chr2	167279922	rs6738031	C	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTCTCTGATCCATATATATAT;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=12;WE=167279930;WS=167279912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	167284520	rs3748895	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=411;ReadPosRankSum=-1.094;SC=ACTGAAACTTTCTACTATGTG;SOR=1.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=18;WE=167284528;WS=167284510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr2	167322522	rs7593452	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=462;ReadPosRankSum=-1.022;SC=ATTTGTTTTCGAAATAATGTA;SOR=0.193;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=33;WE=167322530;WS=167322512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr2	167327064	rs12992062	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=2.100;SC=GGGAAGTTCAAGTGAATACAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=167327072;WS=167327054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	167328750	rs2293567	C	T	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=6;PP=923;ReadPosRankSum=-1.017;SC=AAAATCTTTGCAGACGTCAAT;SOR=1.236;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=83;TCF=70;TCR=13;TR=48;WE=167328758;WS=167328740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr2	167334085	rs7565062	G	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=601;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CAAATCAGGAGTTGGCTTTAA;SOR=0.547;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=41;WE=167334093;WS=167334075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr2	167759948	rs7599152	C	T	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=29;PP=1554;SC=GAGTGTATCACTGATAAAAGG;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=167759956;WS=167759938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	167760451	rs5836125	AG	A	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=511;ReadPosRankSum=0.875;SC=TTCCTTGCCTAGCCTACCATT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=14;WE=167760459;WS=167760441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr2	168812218	rs74969437	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=358;ReadPosRankSum=-0.212;SC=AGAAGAGAGACGCCAGCCACT;SOR=1.258;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=24;WE=168812226;WS=168812208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
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chr2	168931610	rs3739115	G	A	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=49;PP=1717;ReadPosRankSum=0.609;SC=CGTCAACGATGTCATTTACCT;SOR=0.564;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=262;TCF=155;TCR=107;TR=114;WE=168931618;WS=168931600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,120:0.43:277
chr2	168986154	rs925846	A	G	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=853;ReadPosRankSum=-1.079;SC=AACATCAAATATGATACACAT;SOR=0.523;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=68;TCR=89;TR=72;WE=168986162;WS=168986144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,79:0.46:173
chr2	168997220	.	T	C	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=74;PP=1956;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TCTTACTTTATTTCGGGTAAC;SOR=0.683;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=301;TCF=146;TCR=155;TR=147;WE=168997228;WS=168997210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,156:0.50:315
chr2	169018142	rs78341454	G	C	61.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.45;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	169103796	.	C	CGCCGGG	545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=2;PP=120;SC=CAGCCTGTGCCGCCGGGGCCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=169103804;WS=169103786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	169403993	.	AATCCTACCAACACTTTATTGGGATAATTGAGTAATGTGTAACTGGTGGCATTAAGAATCAC	A	760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=5.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.865;SOR=1.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr2	169487610	rs11347055	GT	G	93.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5725;FS=5.441;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CTATATCCTGGTTTTTTTTTT;SOR=2.225;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=169487618;WS=169487600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	169487668	rs4667585	A	C	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=89;SC=CAGGCTTCCTAAGAATTATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=169487676;WS=169487658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	169674655	rs830026	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	169674663	rs830025	A	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	169674764	rs830024	C	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=17;PP=656;SC=CCTGTGCTCGCGAACTCCTCT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=169674772;WS=169674754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	169681278	rs11374385	T	TTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTG	2499.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.71;QD=46.29;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,31,23:0.57,0.43:54
chr2	169690729	rs522893	T	C	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=1070;ReadPosRankSum=0.293;SC=GTATGTTTTTTACTCTAGGCC;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=89;TCR=45;TR=73;WE=169690737;WS=169690719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,82:0.56:146
chr2	169707428	rs540652	C	T	4110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=90;PP=2657;ReadPosRankSum=0.852;SC=TACCAAGACACATTCCTTCCT;SOR=0.650;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=316;TCF=164;TCR=152;TR=179;WE=169707436;WS=169707418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,190:0.56:337
chr2	169707552	rs488621	A	G	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2083;ReadPosRankSum=-1.590;SC=TCCATTTTGCATAACAACTGG;SOR=0.565;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=284;TCF=133;TCR=151;TR=148;WE=169707563;WS=169707542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,161:0.53:303
chr2	169712594	rs60615208	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=2.132;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr2	169712594	.	GTT	ATC	448	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=10;PP=448;QD=33.4311916575;SC=AGAAGCCAACGTTGGGTAACT;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=15;WE=169712604;WS=169712584;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,15:0.52:29
chr2	169712596	rs58191289	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.86;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr2	169713084	rs11385898	T	TA	2930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=0.983;QD=19.41;ReadPosRankSum=1.132;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,136:0.90:151
chr2	169716114	rs34073293	T	C	4110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=90;PP=2557;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CCAGCCATCCTTGTAGTAATT;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=193;TCR=218;TR=172;WE=169716122;WS=169716104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,196:0.44:448
chr2	169717541	rs2632372	T	C	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=55;PP=1458;SC=ATATTTCCATTGGGACCGATT;SOR=1.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=79;WE=169717549;WS=169717531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	169718301	.	G	A	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=32;QD=16.6928031368;SC=TGCATCATAAGTGGTTATTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=4;WE=169718309;WS=169718291;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,4:0.27:15
chr2	169721377	rs479661	G	A	5485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=60;PP=2965;SC=AAAAAAGAAGGAGGATGGTGG;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=128;TCR=61;TR=186;WE=169721385;WS=169721367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	169727863	rs62176781	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	169727879	rs61598834	G	GA	989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=389;SC=ATAAAAACAAGAAAAAAAGAG;SOR=2.694;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=25;WE=169727887;WS=169727869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	169728069	.	GAAA	G	2488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=0.276;QD=35.55;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr2	169763148	rs560887	T	C	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=55;PP=1212;ReadPosRankSum=0.540;SC=TTGCTTTTTATGCTTGTATCT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=266;TCF=132;TCR=134;TR=105;WE=169763156;WS=169763138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,115:0.41:283
chr2	169780366	rs579275	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-5.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=218;ReadPosRankSum=-1.145;SC=GATGCAAAGATGCATGATTGC;SOR=0.380;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=17;WE=169780374;WS=169780356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr2	169789016	rs497692	T	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=765;ReadPosRankSum=0.567;SC=CAAGAGCTGTTGCACTCAGTA;SOR=0.545;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=177;TCF=69;TCR=108;TR=74;WE=169789024;WS=169788994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,78:0.41:192
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chr2	170010985	rs2075252	T	C	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=58;PP=2897;ReadPosRankSum=2.009;SC=CCTATGTCCTTGGGATCCCAA;SOR=0.525;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=110;TCR=58;TR=167;WE=170010993;WS=170010975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
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chr2	170032989	rs2229265	C	T	4226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.457;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=84;PP=2646;ReadPosRankSum=2.237;SC=TGCCACTCAGCTGAAGGGTGC;SOR=0.538;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=365;TCF=221;TCR=144;TR=202;WE=170032997;WS=170032979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,203:0.56:364
chr2	170050472	rs2075248	T	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=511;ReadPosRankSum=0.489;SC=GACAAGCTGGTTGTAGCATGG;SOR=0.170;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=31;WE=170050480;WS=170050462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr2	170053505	rs2228171	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=789;ReadPosRankSum=0.796;SC=CGCCCAGATGCGCATTGGAAC;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=45;TCR=84;TR=58;WE=170053513;WS=170053495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,60:0.45:132
chr2	170053580	rs2302696	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.047;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=223;ReadPosRankSum=0.407;SC=GAGCAAAACACAAGCATGTTC;SOR=1.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=14;WE=170053588;WS=170053570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr2	170055255	rs16823023	T	C	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=1032;ReadPosRankSum=0.255;SC=ACAACATGCATCTCTGGAACG;SOR=0.929;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=172;TCF=110;TCR=62;TR=73;WE=170055263;WS=170055245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,78:0.42:186
chr2	170058497	rs16856600	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=0.941;SC=GGCAAAAAACGCTGCAAAATG;SOR=1.078;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=14;WE=170058505;WS=170058487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	170059190	rs2239599	T	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1207;ReadPosRankSum=-1.849;SC=CATTCACACATAGCAGGATTC;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=93;TCR=36;TR=69;WE=170059198;WS=170059180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,69:0.53:131
chr2	170077165	rs3815572	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=295;ReadPosRankSum=1.714;SC=AAACAAATTCCAAAGCACGAT;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=16;WE=170077173;WS=170077155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr2	170082013	rs2075246	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=462;ReadPosRankSum=0.077;SC=CATGGCTCCTACAAAAGAACC;SOR=0.342;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=34;WE=170082021;WS=170082003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr2	170088477	rs2302693	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=0.384;SC=CGTTGTTACCTCTGTTGTTTT;SOR=2.030;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=170088485;WS=170088467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	170088506	rs2302692	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	170089824	rs2239596	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=559;ReadPosRankSum=-0.006;SC=AAATGTATTGTCCAAACAAAT;SOR=0.433;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=33;WE=170089832;WS=170089814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr2	170096018	rs830973	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=851;ReadPosRankSum=0.674;SC=AAACTGGCTCGGGTTAGTTCA;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=51;WE=170096026;WS=170096008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr2	170099446	rs831041	T	G	4420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=0.624;SC=TCTGAAACATTCTGGGTATGT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=206;TCR=141;TR=190;WE=170099454;WS=170099436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,196:0.54:361
chr2	170099473	rs831042	T	C	4931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=1.532;SC=TACGACAGCCTGCTTCATCCG;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=431;TCF=233;TCR=198;TR=230;WE=170099481;WS=170099463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,238:0.53:451
chr2	170099895	rs2075255	A	C	5866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.31;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,144:0.55:263
chr2	170099899	rs2075254	G	A	5867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.66;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,155:0.55:284
chr2	170103336	rs831043	T	C	4356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=105;PP=2539;ReadPosRankSum=-1.507;SC=CACACTGCTCTGTGGGTGGTT;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=356;TCF=170;TCR=186;TR=196;WE=170103344;WS=170103326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,208:0.56:370
chr2	170103351	rs2075249	G	T	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=91;PP=2569;ReadPosRankSum=-1.819;SC=GTGGTTCATTGGTTGGGTCCC;SOR=0.816;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=319;TCF=153;TCR=166;TR=172;WE=170103359;WS=170103341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,182:0.55:330
chr2	170115588	rs2241190	T	C	5181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=122;PP=2856;ReadPosRankSum=-0.186;SC=ACTGAACTACTGTGCGTCTCG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=461;TCF=228;TCR=233;TR=241;WE=170115596;WS=170115578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,252:0.52:488
chr2	170129528	rs830994	G	A	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1118;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TGTGGCTGAGGACACAGACCT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=126;TCR=107;TR=86;WE=170129536;WS=170129518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,90:0.36:252
chr2	170129636	rs830995	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=424;ReadPosRankSum=-1.802;SC=TATCCAAGACATGAAGCCACT;SOR=0.473;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=41;WE=170129644;WS=170129626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr2	170134191	rs831003	G	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=614;ReadPosRankSum=-0.738;SC=ATATTTCTCTGCAGCCATTTT;SOR=0.399;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=29;WE=170134199;WS=170134181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr2	170139346	rs831010	C	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.412;SC=AGAATCTGTTCACTGTTCAGA;SOR=0.503;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=176;TCF=109;TCR=67;TR=80;WE=170139354;WS=170139336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr2	170139639	rs831011	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=95;ReadPosRankSum=-0.440;SC=ACCCTCTGGAATTAGGCACAG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=170139647;WS=170139629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	170163768	rs2247506	T	C	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=60;PP=1505;ReadPosRankSum=0.778;SC=CCAAATACAGTGCAAGGACTA;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=164;TCR=124;TR=140;WE=170163776;WS=170163758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,154:0.48:321
chr2	170218816	rs1559013	T	C	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=18;PP=1052;SC=CGAGAGGCTCTGGCTGGGCTC;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=170218824;WS=170218806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	170218847	rs1559014	C	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=21;PP=1758;SC=CACTGGCCGGCGCTAGGCAGG;SOR=1.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=87;WE=170218855;WS=170218837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	170336024	rs1879466	G	C	8064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=104;PP=2965;SC=AGCTAGGCCTGCACGGCTGTG;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=173;TCR=104;TR=277;WE=170336032;WS=170336014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr2	170360765	rs72885849	G	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=588;ReadPosRankSum=1.156;SC=TGATCTATTCGAATATTATAT;SOR=1.768;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=33;WE=170360773;WS=170360755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr2	170367099	rs28763868	G	A	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.077;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CAAAAATGCCGCGAAGACTGG;SOR=0.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=107;WE=170367107;WS=170367089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,112:0.53:213
chr2	170394469	rs2290004	T	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=359;ReadPosRankSum=-1.050;SC=ATGTACTACCTAATAATTTAC;SOR=1.200;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=28;WE=170394477;WS=170394459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr2	170402629	rs13013167	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ATTTTTAAACCTCAAATTCCA;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=170402637;WS=170402619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	170402707	rs2290009	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=219;ReadPosRankSum=0.266;SC=ATAAAATTAATGTCTACCATT;SOR=0.473;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=20;WE=170402715;WS=170402697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr2	170411693	rs2683455	T	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=442;ReadPosRankSum=0.918;SC=GCAGAAAAGTTAATTCTTGAG;SOR=0.461;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=32;WE=170411701;WS=170411683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr2	170413815	.	CA	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr2	170413897	rs56157235	G	GA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=104;ReadPosRankSum=0.596;SC=TAACAAATAGGAAAAAAAATA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=8;WE=170413905;WS=170413887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	170425523	rs2683446	A	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr2	170488454	rs3754921	A	G	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=55;PP=1270;ReadPosRankSum=1.235;SC=GTATGTGAATATGTATATTTT;SOR=0.887;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=88;WE=170488462;WS=170488444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,92:0.52:177
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chr2	170531614	rs11688600	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=0.823;SC=ACAGTTTAACATAATAATATG;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=170531622;WS=170531604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	170550727	rs11690884	G	T	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1209;ReadPosRankSum=-1.149;SC=CATGCCGGGGGTCCAGAAACA;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=82;WE=170550735;WS=170550717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,89:0.54:164
chr2	170550839	rs3820952	A	G	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1137;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GGTGTCCATGATGCTCCTAGA;SOR=0.528;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=88;WE=170550847;WS=170550829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,92:0.55:167
chr2	170550956	rs1446901	A	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=1.023;SC=CGCCAGCCGTAGCCGAGGAAC;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=14;WE=170550964;WS=170550946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr2	170558231	rs11685651	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GAAAAGTGTATCACTTAAGAT;SOR=1.302;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=9;WE=170558239;WS=170558221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	170558293	.	AAAAAG	A	181	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5103;HP=11;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=181;QD=46.75;SC=CTTAAAAAAAAAAAAGAGAGA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=170558305;WS=170558283;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	170592709	rs2288331	A	G	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=961;ReadPosRankSum=0.414;SC=TAAAAGAGAAATGGATTCCTA;SOR=1.112;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=132;TCF=46;TCR=86;TR=62;WE=170592717;WS=170592699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr2	170605981	rs4667607	C	T	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=40;PP=1804;SC=ATCTAGTCGGCGGACAAACTA;SOR=1.209;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=106;WE=170605989;WS=170605971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	170606423	rs72113382	TTATA	T	99.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=253;SC=AAGAAAAATCTTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=170606434;WS=170606413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	170606450	.	C	T	140	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=84;MMLQ=26;MQ=56.66;NF=1;NR=6;PP=140;QD=24.9673160782;SC=TACACACACACATATATGTGT;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=170606458;WS=170606440;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr2	170606476	.	CAT	C	313	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=133;MMLQ=25;MQ=53.56;NF=2;NR=5;PP=313;QD=48.5714285714;SC=TATATGTATACATATATATGT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=170606485;WS=170606466;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	170606609	.	TATAC	T	303	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=50;MMLQ=24;MQ=49.18;NF=5;NR=3;PP=303;QD=42.25;SC=CATATATGTGTATACATATAT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=170606629;WS=170606599;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr2	170606621	.	T	C	128	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=50;MMLQ=24;MQ=57.56;NF=6;NR=2;PP=128;QD=20.3464015684;SC=TACATATATATGTGTGTATAT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=170606629;WS=170606599;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr2	170606658	rs1469355	G	A	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=309;SC=GTATATATGTGTATATATATA;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=170606666;WS=170606644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	170606724	rs10164599	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=7;PP=323;SC=AAGGTAATATAGAATATTTGA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=170606732;WS=170606714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	170632807	rs10930375	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	170632896	rs10930376	T	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=415;ReadPosRankSum=1.169;SC=TTCTACACCATGTGGTGATAA;SOR=0.516;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=33;WE=170632904;WS=170632886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr2	170632960	rs150673586	C	CA	884.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=804;ReadPosRankSum=-1.241;SC=GGCCTGCCCACAAAAAAAACC;SOR=0.652;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=38;WE=170632977;WS=170632950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr2	170632969	rs55969365	C	A	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=8;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=1319;ReadPosRankSum=-0.706;SC=ACAAAAAAAACCACAAGAAGA;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=47;WE=170632977;WS=170632950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,61:0.44:138
chr2	170633023	rs11422611	T	TA	2935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.418;NF=22;NR=59;PP=2273;ReadPosRankSum=0.173;SC=CCACAGAAAATAGGAACCTGC;SOR=0.757;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=112;TCF=28;TCR=84;TR=81;WE=170633031;WS=170633013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,95:0.50:189
chr2	170633067	rs6745191	G	T	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.427;NF=40;NR=43;PP=1233;ReadPosRankSum=0.473;SC=TTCAAGGCCTGGAACCTGGAT;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=165;TCF=81;TCR=84;TR=83;WE=170633075;WS=170633057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,88:0.51:174
chr2	170633103	rs11325477	GA	G	4571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=68;PP=2970;SC=GTCTAAGAATGAATCACCTTA;SOR=1.125;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=80;WE=170633111;WS=170633093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	170668106	rs2246149	G	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=539;SC=ATCATTATTAGTAATTGTGCT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=170668114;WS=170668096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	170668813	rs3731674	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=2;PP=1487;SC=TTCAGTGGGGCAATCTCAGCT;SOR=5.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=56;TCR=2;TR=58;WE=170668821;WS=170668803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	170676227	rs1541776	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=334;SC=GATTTAGAAATATTTTCTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=170676235;WS=170676217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	170677855	rs34089373	G	GT	513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.452;NF=0;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=-1.157;SC=AAAATTAGCTGTTTTTTTTTT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=15;WE=170677863;WS=170677845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr2	170680879	rs3769767	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=2.040;SC=TAACGCGACAGGTGATCTTAG;SOR=1.755;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=7;WE=170680887;WS=170680869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	170684224	rs2303555	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=228;ReadPosRankSum=1.406;SC=CCGCGGCTGCCGGCGGCGAGG;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=14;WE=170684232;WS=170684214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr2	170684456	.	G	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.17;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,53:0.12:439
chr2	170762487	rs10171268	C	T	4908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=36;PP=2965;SC=TGATATTTAACATGAATGTGT;SOR=2.522;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=128;TCR=36;TR=164;WE=170762495;WS=170762477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	170782037	rs1461958	C	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=510;SC=ATACTATGATCACATCATTAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=170782045;WS=170782027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	170782338	rs13016918	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=1.327;SC=GAGGTGACTGCGTGATGACAT;SOR=0.846;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=15;WE=170782346;WS=170782328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr2	170783769	rs72891954	G	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=230;ReadPosRankSum=-0.834;SC=AGTGTGGTAAGTTTTTTTCTT;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=15;WE=170783777;WS=170783759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr2	170784049	rs898851	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.6878;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=193;ReadPosRankSum=-0.998;SC=AAGAACACCAGTTGTGTGCTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=170784057;WS=170784039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	170850738	rs1461959	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=2;PP=745;SC=TGAAATAATTTGAGTTGCTTG;SOR=4.479;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=28;WE=170850746;WS=170850728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	170870595	rs10497357	T	C	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=684;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGCTGGAACGTTATCGGTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=36;WE=170870603;WS=170870585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr2	170873361	rs10497356	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=0.485;SC=TTCATTATTTTTCCCTTTACT;SOR=0.627;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=10;WE=170873369;WS=170873351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	170917544	rs72876447	T	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=0.854;SC=GTAAATTTTTTATAATTTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=170917552;WS=170917534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	170917983	rs79097626	CTT	C,CT	3156.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.834;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.336;QD=23.91;ReadPosRankSum=1.290;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,64,62:0.48,0.47:132
chr2	171034900	rs72882094	G	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.909;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=46;PP=924;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GGGCAGTGGAGGGGGATGACA;SOR=1.214;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=132;TCF=39;TCR=93;TR=60;WE=171034908;WS=171034890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,61:0.45:136
chr2	171055942	rs35521414	T	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=40;PP=863;ReadPosRankSum=0.111;SC=TTTGGTGTTTTATGCACACTG;SOR=1.817;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=83;TCF=9;TCR=74;TR=42;WE=171055950;WS=171055932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr2	171056569	rs6756347	T	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=288;ReadPosRankSum=-0.165;SC=ATAGTACATATGTTTTACTAA;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=13;WE=171056577;WS=171056563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr2	171070785	rs72885631	T	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=420;ReadPosRankSum=-0.940;SC=ATCTGCAAATTTACTACATTG;SOR=0.522;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=25;WE=171070793;WS=171070775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr2	171070810	rs67994603	G	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=619;ReadPosRankSum=-0.900;SC=AGTATCAGTCGGCTTTTCTTA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=43;WE=171070818;WS=171070800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr2	171070850	rs13423313	G	T	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=37;PP=1188;ReadPosRankSum=-1.445;SC=TTCACATGTGGTCTCCTGCTC;SOR=0.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=103;TCR=67;TR=93;WE=171070858;WS=171070840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,97:0.55:175
chr2	171070912	rs13385825	T	C	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1093;ReadPosRankSum=1.316;SC=GCTCAGTCACTGAGCTTGTCA;SOR=0.905;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=94;WE=171070920;WS=171070902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,100:0.53:190
chr2	171071369	rs4667626	C	T	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=88;PP=2670;SC=GTTTTCTTGACGTGTGCAGTT;SOR=1.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=37;TCR=88;TR=125;WE=171071377;WS=171071359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	171073887	rs2161916	G	A	7978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.231;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TTGGCACCCCGTTCTGGATGG;SOR=0.395;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=141;TCR=147;TR=286;WE=171073895;WS=171073877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr2	171092445	rs1035625	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=267;ReadPosRankSum=2.593;SC=GGGCCTTTTTAGGACATCTGA;SOR=0.172;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=14;WE=171092453;WS=171092435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
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chr2	171225841	rs4668246	A	G	4378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=99;PP=2809;ReadPosRankSum=-1.383;SC=ACAGCTGGCCAAGGTTCTCCA;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=196;TCR=186;TR=203;WE=171225849;WS=171225831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,215:0.54:401
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chr2	171248778	rs62170829	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=470;ReadPosRankSum=-0.777;SC=ACTTCAGGCTGGGCAACAGAG;SOR=0.996;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=57;TCR=5;TR=30;WE=171248786;WS=171248768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr2	171256597	rs7561268	A	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=-0.345;SC=AAGAGGGAGAATGGACTTTGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=11;WE=171256605;WS=171256591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr2	171260708	rs10930425	C	A	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=18;PP=1364;SC=TCCTGGTGGTCCCAAGGCTAG;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=171260716;WS=171260698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	171260787	rs6736609	G	A	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=63;PP=2555;SC=CATTGATGCTGTACCCGTGGA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=144;WE=171260795;WS=171260777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	171260820	rs6751520	T	C	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=72;PP=2965;SC=CCGCCCGCTCTTGGACATGTT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=78;TCR=72;TR=150;WE=171260828;WS=171260810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	171261021	rs6751781	T	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=26;PP=806;SC=TATATGGTGGTTTGTAAGAAT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=171261029;WS=171261011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	171264091	rs138990294	T	TGCTCTGGATATGAAA	1939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=2973;SC=CTTTATCTGGTGCTCTGGATA;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=12;WE=171264099;WS=171264081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	171300575	rs17426211	C	A	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.695;SC=CAGATTTGCACCAAATATAGT;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=76;WE=171300583;WS=171300565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,85:0.47:180
chr2	171300648	rs4667639	T	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=625;ReadPosRankSum=1.190;SC=AGTTCCCTTCTAGCAGCCCTC;SOR=0.293;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=43;WE=171300656;WS=171300638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr2	171323328	rs4359605	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=760;SC=AAACATGTAATTGGCTAGTTG;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=171323336;WS=171323318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	171355198	rs6761297	A	G	7374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=125;PP=2965;SC=ATCACTGGGTACTGGGAAAAA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=129;TCR=126;TR=254;WE=171355206;WS=171355188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	171355329	rs6733198	G	C	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=67;PP=2146;SC=AGACTCCAACGTAACAATGGT;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=104;WE=171355337;WS=171355319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	171356274	rs10185178	G	A	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=41;PP=1603;SC=AGATACAAAAGGGTCAGAGAG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=171356282;WS=171356264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	171358211	rs7593940	G	A	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=39;PP=1742;SC=CGGGCAATAGGCTGGAGGGGA;SOR=0.995;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=103;WE=171358219;WS=171358201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	171358474	rs7608168	T	A	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=382;SC=TCAGGAGCACTGGAATGAGTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=171358482;WS=171358464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	171508490	rs10718459	CA	C	1122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=11;PP=816;SC=GCCCTTTGATCAAAAAAAATT;SOR=2.093;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=32;WE=171508499;WS=171508480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	171573185	rs1134626	G	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1095;ReadPosRankSum=-1.360;SC=CCGCGCTGCCGCCAGGCTACT;SOR=0.899;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=185;TCF=70;TCR=115;TR=78;WE=171573193;WS=171573175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,78:0.41:189
chr2	171627557	.	C	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=312;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GGCTGCTGCCCGAGCTTCCTC;SOR=0.546;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=24;WE=171627565;WS=171627547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr2	171627676	rs1861462	T	G	7721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=155;NR=137;PP=2965;SC=TCGGATGGTCTGCTGAAGAGG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=155;TCR=138;TR=292;WE=171627684;WS=171627666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr2	171632225	rs17694506	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=0.160;SC=AGACTTTAGTCCTCTGTGAGC;SOR=0.069;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=171632233;WS=171632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	171632385	rs10626619	C	CTT	1610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=1026;SC=AAAATAAAAACAATACGAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=22;WE=171632393;WS=171632375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	171633554	rs17694562	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=0.237;SC=AACAAAATACATACTTAATAC;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=171633562;WS=171633544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	171634104	rs55923006	C	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=690;ReadPosRankSum=-0.164;SC=AAGTGTATGTCAGGGACATCA;SOR=0.623;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=37;WE=171634112;WS=171634094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr2	171634347	rs11334749	TA	T	3029.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=55;PP=2248;ReadPosRankSum=0.470;SC=CAATTGTTACTATAGATAGAA;SOR=0.441;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=124;TCF=7;TCR=117;TR=58;WE=171634355;WS=171634337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,89:0.50:177
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chr2	171678379	rs2241165	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=0;PP=872;SC=GACACCGTTCCATATTTGAAG;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=171678387;WS=171678369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr2	171786169	rs2676158	A	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=293;SC=CGACTCGGCCAGGGGGCGGCC;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=171786177;WS=171786159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	171793139	rs79698371	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTAAGCATCAATGAGAGAAGG;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=171793147;WS=171793129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	171818289	rs2557804	G	A	11064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=249;PP=2965;SC=AGATGTGGCTGATAATAACAG;SOR=1.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=391;TCF=142;TCR=249;TR=391;WE=171818297;WS=171818279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr2	171822466	rs4668356	C	T	6977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ACGCACCCTCCGACCCTGCCA;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=604;TCF=277;TCR=327;TR=309;WE=171822474;WS=171822456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,320:0.52:621
chr2	171853359	rs2883940	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=0.303;SC=TCCCAAAACCGAAAATCCAAA;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=171853367;WS=171853349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	171862954	rs148912074	TAAAA	T	985.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=317;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TACTCAAGTTTAAAAAAAATT;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=15;WE=171862965;WS=171862944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr2	171910256	rs73027271	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=2.185;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,31:0.31:101
chr2	171916664	rs2676130	A	T	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=42;PP=1160;SC=AATCAGACAAATCTGTAGATG;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=171916672;WS=171916654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	171938279	rs11458941	G	GT	1458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.008;NF=3;NR=31;PP=1254;ReadPosRankSum=0.884;SC=TAGTGTCAGGGTGCCTGCACA;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=6;TCR=66;TR=34;WE=171938287;WS=171938269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr2	172180771	rs10205459	A	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=42;PP=1924;SC=ATCCACACTCAGTGCATTTTC;SOR=1.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=113;WE=172180779;WS=172180761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	172180903	.	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=256;ReadPosRankSum=1.785;SC=TAAAAGATATGACATGTGACT;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=21;WE=172180911;WS=172180893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr2	172187261	.	AT	A	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=3.721;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,28:0.20:142
chr2	172291616	rs6751956	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=525;ReadPosRankSum=-0.556;SC=TTAAGAATGTCTGGACAACTC;SOR=1.345;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=32;WE=172291624;WS=172291606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr2	172305092	rs17220419	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.489;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GTTTATTTATTTGGCATTTGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=172305100;WS=172305082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	172309506	rs3731985	T	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=401;ReadPosRankSum=-2.194;SC=AGATAGATGGTTGTTTTCATA;SOR=2.303;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=21;WE=172309514;WS=172309496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr2	172314644	rs58636477	AT	A,ATT	396.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQ=60.33;MQRankSum=0.436;NF=1,1;NR=17,17;PP=174,91;ReadPosRankSum=0.868;SC=CTAAAGTATGATTTTTTTTTT;SOR=2.494;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=18,18;WE=172314652;WS=172314634;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.32:22
chr2	172329458	rs36112363	G	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=499;ReadPosRankSum=1.340;SC=AGTGCTTCTGGATATAAGGTA;SOR=0.915;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=40;WE=172329466;WS=172329448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr2	172330393	rs3731983	A	G	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=744;ReadPosRankSum=0.559;SC=ATGGGATCCAAGAAATGGATT;SOR=0.320;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=51;WE=172330401;WS=172330383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr2	172333295	rs4668387	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=-1.313;SC=TTGAGTTTTACTTCAGTACTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=172333303;WS=172333285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	172336541	rs3731981	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-0.963;SC=ATCTATCTATCCCAAAGACTT;SOR=1.547;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=9;WE=172336549;WS=172336531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	172379649	rs115283512	C	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=577;ReadPosRankSum=-1.021;SC=GCAGCCCACGCGCCCCGGAAA;SOR=0.385;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=39;WE=172379657;WS=172379639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
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chr2	172564021	rs312924	A	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=0.745;SC=TGGCATAGAAATTCTCTGTTG;SOR=0.269;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=11;WE=172564029;WS=172564011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	172569134	rs5836347	AT	A	161.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.381;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	172582281	rs139032813	A	ATTAC	1106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=740;SC=GATTCCTTTTATTATGTATTA;SOR=1.358;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=14;WE=172582289;WS=172582271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	172586483	rs145508264	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=289;ReadPosRankSum=0.049;SC=AGATGAAGCCTGCTAGGAAGT;SOR=1.888;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=22;WE=172586491;WS=172586473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr2	172644229	rs2292813	T	C	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=94;PP=2965;SC=GTGGTAAAGATAGCCACTGAG;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=86;TCR=94;TR=180;WE=172644237;WS=172644219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	172650382	rs6745143	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=339;ReadPosRankSum=0.935;SC=ATCTTGAAAAGAAGGAGGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=17;WE=172650390;WS=172650372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr2	172709215	rs3770444	G	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=21;PP=777;SC=AAATAAACTCGAAGTTAATTA;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=172709223;WS=172709205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	172712480	rs2056202	T	C	5791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=144;PP=2965;SC=ATATAAAACGTCATTGGCTGG;SOR=2.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=37;TCR=146;TR=181;WE=172712488;WS=172712470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	172725301	rs1878583	A	G	8980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.040;SC=CTGGGGTCATATAACGCTCTC;SOR=0.265;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=319;TCF=120;TCR=199;TR=317;WE=172725309;WS=172725291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,335:0.99:337
chr2	172943886	rs3814049	T	C	4074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.982;NF=112;NR=77;PP=2819;ReadPosRankSum=0.530;SC=GTAATCTGTTTTTTTTTTCTG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=416;TCF=244;TCR=172;TR=189;WE=172943901;WS=172943873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,191:0.49:387
chr2	172966250	rs2228184	T	C	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AGGCCAAGTATTGAGTCTTTT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=71;WE=172966258;WS=172966240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr2	173292709	rs6744873	A	G	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,96:0.43:221
chr2	173292713	rs6716540	C	T	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=2.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,92:0.44:210
chr2	173292728	rs6731763	T	C	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=49;PP=852;ReadPosRankSum=0.939;SC=CCACCCCCACTGGGGCGCCGG;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=147;TCF=37;TCR=110;TR=64;WE=173292736;WS=173292718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,68:0.45:150
chr2	173368989	.	TA	T	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-2.509;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,21:0.24:88
chr2	173429033	rs4972842	T	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=0.804;SC=AAGTTTTATTTTGGAGGTCTG;SOR=2.030;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=12;WE=173429041;WS=173429023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr2	173429496	rs10531054	TTAGG	T	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=333;ReadPosRankSum=-1.673;SC=AAAGTTCCATTTAGGTAGGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=173429507;WS=173429486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr2	173600783	rs34574292	C	CG	7392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=70;PP=2957;SC=AAAGGTAGCTCGCCGGGGGCC;SOR=0.754;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=95;WE=173600791;WS=173600773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	173659913	rs7585729	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=305;SC=ATGCAACTCTTGTAGTATATT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=173659921;WS=173659903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	173782917	rs62174627	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TTAAAGAAGGGATGCACGAAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=7;WE=173782925;WS=173782907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	173793096	rs3835838	GA	G	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=311;ReadPosRankSum=-2.441;SC=GCATTTTTAGGAATGACGTGT;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=173793104;WS=173793086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	173831934	rs16861098	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=1.838;SC=TTCTAGTAAACGGAGCTGTGA;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=7;WE=173831942;WS=173831924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	173848287	rs17301507	C	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=964;ReadPosRankSum=0.317;SC=ATATTAAAGCCTTATCCCATC;SOR=1.007;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=66;WE=173848295;WS=173848277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr2	173861456	rs5010643	G	C	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=44;PP=1387;SC=TCTGACTGTCGTCTTCCCTCC;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=173861464;WS=173861446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	174055731	rs2289399	A	G	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=39;PP=1504;ReadPosRankSum=-1.430;SC=TAATTAGCCAATAAGTAGAAA;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=136;TCR=79;TR=105;WE=174055739;WS=174055721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,105:0.48:220
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chr2	174074353	rs2289398	T	G	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=282;SC=TTTATTTTGTTATGGTGGGTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=174074361;WS=174074351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr2	174074407	rs2289396	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=8;PP=930;SC=TCTCTTAAATATCTCCTTTCT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=174074415;WS=174074397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	174094345	rs10193498	A	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=963;ReadPosRankSum=-0.249;SC=AAAGAGTGAGACAAGAGGATG;SOR=0.640;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=185;TCF=102;TCR=83;TR=72;WE=174094353;WS=174094335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,73:0.39:188
chr2	174094500	rs16861404	G	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=805;ReadPosRankSum=0.367;SC=GACTTGAGCAGGTATTTCATA;SOR=0.843;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=56;TCR=86;TR=58;WE=174094508;WS=174094490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,59:0.39:151
chr2	174123399	rs820008	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CACTTTCTCAAATTCTGTAAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=174123407;WS=174123389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	174128513	rs3769148	C	T	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=38;PP=1679;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CATGTCCATTCGATTCAGTGG;SOR=0.878;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=221;TCF=146;TCR=75;TR=118;WE=174128521;WS=174128503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,124:0.53:233
chr2	174223675	rs11675433	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=2.170;SC=TCTATACAGCCGTTATGAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=16;WE=174223683;WS=174223665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr2	174228418	rs4972555	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=349;ReadPosRankSum=-0.702;SC=ATCAGAAACTCTGAATGTGTC;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=18;WE=174228426;WS=174228408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr2	174228744	rs1529887	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=0.849;SC=GAAGGGGACCTAGAGGAAACC;SOR=1.251;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=13;WE=174228752;WS=174228734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr2	174230153	rs2288993	C	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=509;ReadPosRankSum=-0.280;SC=TTTTGAAGTTCTGTGTTTTGT;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=35;WE=174230161;WS=174230143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr2	174230974	rs72899215	G	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.038;NF=18;NR=2;PP=708;ReadPosRankSum=-0.102;SC=AAAAACAGTGGTTTTTTTTGT;SOR=1.017;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=20;WE=174230991;WS=174230964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr2	174230983	rs35959156	G	GT	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.250;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr2	174820750	rs1047640	T	C	5453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.884;SC=CTGGACACTGTACCATTTGAT;SOR=0.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=568;TCF=251;TCR=317;TR=243;WE=174820758;WS=174820740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,256:0.43:601
chr2	174940280	rs72920507	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=538;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TATAGAGGAAATGGGTTATTA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=43;WE=174940288;WS=174940270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,46:0.40:116
chr2	175199869	rs56000618	G	T	10909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=202;NR=176;PP=2965;SC=CAACGCATTTGCTTGTTTTAA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=379;TCF=202;TCR=177;TR=378;WE=175199877;WS=175199859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr2	175200014	rs34372833	G	A	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=66;PP=1980;SC=TTGGAACCCAGAAAGATGCCT;SOR=3.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=80;WE=175200022;WS=175200004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	175200903	rs35548534	G	C	16087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=287;NR=301;PP=2965;ReadPosRankSum=0.295;SC=TCGGCAACACGAGCCCGCTGA;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=593;TCF=289;TCR=304;TR=588;WE=175200911;WS=175200893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,597:1.00:599
chr2	175223296	rs4972650	T	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=6;PP=202;SC=ATGACTTATATGTAATTACTT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=175223304;WS=175223286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	175244756	rs2358666	T	C	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=194;SC=CAGCCTGATTTCTGTCTTTTA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=175244764;WS=175244746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	175246461	.	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr2	175263063	rs10497410	G	A	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=28;PP=1292;SC=AGCAACAGTCGATAACAGGAT;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=175263071;WS=175263053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	175318396	.	G	A	379	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=22;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=28;MQ=47.71;NF=5;NR=3;PP=379;QD=51.7214015684;SC=TCAAAAAAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=175318404;WS=175318386;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr2	175326258	rs72910819	G	T	8992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=158;PP=2965;SC=AAAAAGAAAGGATGAATAGTA;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=152;TCR=158;TR=310;WE=175326266;WS=175326248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr2	175335076	rs2358637	G	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=6;PP=979;SC=AATTTTTTTCGACTAAACACA;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=175335084;WS=175335066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	175335365	rs56101059	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=545;ReadPosRankSum=0.120;SC=TGAATTTGGCATCAGGTTCTC;SOR=0.320;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=31;WE=175335373;WS=175335355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
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chr2	175436940	rs4972450	G	A	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=73;PP=2965;SC=CCGGTTGTGCGGACTTGATTG;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=165;WE=175436948;WS=175436930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
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chr2	175439681	.	TA	T	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,27:0.28:95
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chr2	175613600	rs2646159	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GAGGCAAGCATAAAACTCTGT;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=175613608;WS=175613590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	175622788	rs2646164	G	A	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=64;PP=1842;SC=TAGTGTGAACGTTTTTCTCAA;SOR=1.417;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=104;WE=175622796;WS=175622778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	175622907	rs2600687	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GAGGCTGAGGTGGGTGGATCA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=175622915;WS=175622897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	175624107	rs34695580	GA	G	1016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=419;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CTTCATCCTGGAAAAAAAAAT;SOR=0.894;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=36;WE=175624116;WS=175624097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,56:0.42:134
chr2	175629021	rs7560774	C	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=634;ReadPosRankSum=-1.125;SC=GATTTGGGGGCCTCCAGCACT;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=59;WE=175629029;WS=175629011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,67:0.52:128
chr2	175666656	rs2646153	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-1.547;SC=ATGCTTTCTCGTAATTCCTTG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=175666664;WS=175666646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	175677022	rs12613075	C	T	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=17;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.585;SC=GCAACCCGCACTGCAAATGGC;SOR=0.382;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=112;TCF=86;TCR=26;TR=62;WE=175677030;WS=175677012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,68:0.56:122
chr2	175689342	rs149952097	C	CTATA	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=473;ReadPosRankSum=1.696;SC=GCCACATATTCTATATATATA;SOR=0.693;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=19;WE=175689351;WS=175689332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr2	175711942	rs14228	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=460;ReadPosRankSum=-0.766;SC=AGCATTCTGCCAGGCAGCACA;SOR=0.921;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=32;WE=175711950;WS=175711932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr2	176867131	rs747051	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=355;SC=CGGCCGGGAGGTTAGGATCTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=176867139;WS=176867121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	176964904	rs847151	G	A	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=70;PP=1932;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AGTCTAGCCTGGCTCCTGCAG;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=306;TCF=138;TCR=168;TR=124;WE=176964912;WS=176964894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,126:0.39:321
chr2	176973807	rs138394594	G	A	3883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=86;PP=2621;ReadPosRankSum=0.946;SC=AGAATCGCAGGATGAAAGAAA;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=455;TCF=243;TCR=212;TR=186;WE=176973815;WS=176973797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,195:0.41:477
chr2	176996023	rs4972804	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=1.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr2	177016728	rs34727427	T	C	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=71;PP=2280;ReadPosRankSum=-0.338;SC=GCAGCCGCCCTCCGGGACGGC;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=293;TCF=164;TCR=129;TR=158;WE=177016736;WS=177016718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,165:0.54:305
chr2	177033779	rs72927183	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=568;ReadPosRankSum=-0.024;SC=GCCTGGGGGCCGGCCCAGCTC;SOR=0.399;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=33;WE=177033787;WS=177033769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr2	177034121	rs34729309	G	T	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1314;ReadPosRankSum=0.395;SC=GCATGCGGCCGGGCACTGGGA;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=77;WE=177034129;WS=177034111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,87:0.54:162
chr2	177036754	rs1051929	T	C	5739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.444;SC=CAGCGCCAACTTGCAGGGCAG;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=415;TCF=224;TCR=191;TR=235;WE=177036762;WS=177036744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,249:0.57:434
chr2	177054411	rs13390932	T	C	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=48;PP=1933;ReadPosRankSum=-2.747;SC=CTTCTCCTGGTACAAATTCTG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=130;TCR=93;TR=114;WE=177054419;WS=177054401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,117:0.49:238
chr2	177054769	rs6710142	G	A	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=1626;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TCTGGCCACGGCCATTCCTGT;SOR=0.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=242;TCF=119;TCR=123;TR=115;WE=177054777;WS=177054759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,118:0.47:251
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chr2	178085137	rs9068	G	A	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr2	178299222	rs148111927	T	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr2	178358072	rs1348849	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=24;PP=666;SC=TAGACAATTACATAAATGAGT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=178358080;WS=178358062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	178362572	rs12468046	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=12;PP=329;SC=TGCACCTATTGTAAGGGTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=178362580;WS=178362562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	178378452	rs2364854	T	A	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=186;SC=TAAGAAAATGTCAGACTTGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=178378460;WS=178378442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	178417142	rs11694988	C	T	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.478;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.851;SC=AGCTTGCAGGCGGAGGACCCG;SOR=2.510;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=34;TCR=120;TR=153;WE=178417150;WS=178417132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr2	178417225	rs11695035	C	T	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=22;PP=2409;SC=AGGCCTTGTACAGGGCCTGGG;SOR=2.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=74;TCR=22;TR=96;WE=178417233;WS=178417223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	178481818	rs10497497	G	T	9461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=231;NR=179;PP=2965;SC=TACATTTTCCGATTTGGGTCA;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=232;TCR=179;TR=410;WE=178481826;WS=178481808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr2	178482094	rs28630685	C	T	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.94;QD=31.08;SOR=4.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	178482594	rs61742858	G	T	10937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=200;NR=185;PP=2965;SC=CTCTGCCCTGGGTGGCATGTC;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=385;TCF=200;TCR=185;TR=385;WE=178482602;WS=178482584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr2	178494173	rs3830637	G	GGGA	4094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=20;PP=2894;SC=ACACTGGCAGGGGAGGATGAG;SOR=1.770;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=56;WE=178494181;WS=178494163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	178528703	rs13025391	C	T	5717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=104;PP=2965;SC=GGAAGAACCTCGCTTTATTAC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=84;TCR=104;TR=188;WE=178528711;WS=178528693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	178528789	rs13025904	G	A	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=52;PP=1485;SC=TGAACCCTTCGCAAATCACAA;SOR=1.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=74;WE=178528797;WS=178528779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	178534110	rs2222711	G	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=466;SC=TTTCAGGAGTGCTTCCTTAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=178534118;WS=178534100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	178534324	rs6433687	A	G	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=83;PP=2493;SC=TTAATCTGTGATTATGTGTAG;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=51;TCR=83;TR=134;WE=178534332;WS=178534314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	178540293	rs3770016	A	G	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=48;PP=1419;ReadPosRankSum=0.335;SC=CTTTTGTTGCATTCCTAAACA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=120;TCR=90;TR=112;WE=178540301;WS=178540283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,121:0.54:225
chr2	178545713	rs4538242	C	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=672;SC=ATAAACACATCTATGGGAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=178545721;WS=178545703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	178561947	rs2886424	G	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=10;PP=1340;SC=AAGTTTAGCTGGTTTACACAT;SOR=2.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=57;WE=178561955;WS=178561937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	178565775	rs62182973	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=236;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GTGGCACCACAAAGGAAGAGA;SOR=0.761;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=26;WE=178565783;WS=178565765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr2	178565815	rs10201180	T	C	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=623;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TTTTGGTTTCTGTTAAGGGGA;SOR=0.931;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=52;WE=178565823;WS=178565798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr2	178565913	rs17400325	T	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=654;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AGAGGTTCCATAGAGTTGGGC;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=47;WE=178565921;WS=178565903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr2	178576681	rs13428806	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=358;ReadPosRankSum=2.082;SC=CTGAGCAACAGTCAACTCTGT;SOR=1.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=18;WE=178576689;WS=178576671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr2	178681447	rs6433697	C	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=21;PP=1851;SC=TGATTAAGGCCCAATGAATAA;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=92;WE=178681455;WS=178681437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	178681534	rs6433698	C	T	7801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=115;PP=2965;SC=GCATACAAACCTGACATAAAC;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=152;TCR=116;TR=266;WE=178681542;WS=178681524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr2	178682471	rs3821009	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=-1.512;SC=TAATTTTGCCCTCCATTTAAG;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=8;WE=178682479;WS=178682461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	178682558	rs3841879	A	ATATAAAC	3795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=12;PP=2743;SC=TGATGACTCCACTTGGTTTAT;SOR=1.550;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=40;WE=178682566;WS=178682548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	178682603	rs6720891	T	C	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=55;PP=2159;SC=GTCGTTGATCTGCATCATCAA;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=139;WE=178682611;WS=178682593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	178682655	rs3821010	A	G	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=71;PP=2429;SC=AGCCACTCCTATGGGGAAAGA;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=178682663;WS=178682645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	178684799	rs7581861	T	C	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=132;SC=TAGGAGCCTGTGCTTATGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=178684807;WS=178684789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	178684820	rs41440047	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=275;SC=TTATACGAGAGTGTGAGACAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=178684828;WS=178684810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	178684878	rs144786387	A	AAG	262.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=0.811;SC=TAAAAAAGATATGGGAATATT;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=4;WE=178684887;WS=178684868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	178684879	rs58796031	T	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	178684897	rs58355920	A	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=252;ReadPosRankSum=1.214;SC=TTTTAAAGCAAACTTCTGTTT;SOR=1.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=20;WE=178684905;WS=178684887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr2	178684921	rs13386827	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr2	178685129	rs13386870	C	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	178704882	rs3770054	A	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=695;ReadPosRankSum=0.670;SC=GAAGGATGCAAAAGAATTGCT;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=44;WE=178704890;WS=178704872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr2	178740398	rs111953090	C	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=408;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TGAGCCACCGCGCCTGGCCGT;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=19;WE=178740406;WS=178740395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr2	178769992	rs2695096	T	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=51;PP=1542;SC=TGCACACTTCTTCTATATGCC;SOR=2.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=178770000;WS=178769982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	178936373	rs1435573	T	G	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=90;PP=2965;SC=GCAGCAGAGGTGTTCCTGCAT;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=90;TCR=90;TR=180;WE=178936381;WS=178936363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	178936614	rs6433711	C	T	10411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=197;NR=168;PP=2965;SC=AGGGGGATACCGAGGCAGATT;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=197;TCR=168;TR=365;WE=178936622;WS=178936604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr2	178986132	rs11895951	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=0.754;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	178990941	rs56809827	CAT	C	2714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.708;NF=1;NR=42;PP=1804;ReadPosRankSum=-0.037;SC=AATTTTAAAACATATTGAGTA;SOR=0.377;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=87;TCF=3;TCR=84;TR=43;WE=178990950;WS=178990931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,71:0.59:121
chr2	179185051	rs12478760	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=607;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AAAGAGCTACAGTGAAATATG;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=50;WE=179185059;WS=179185041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr2	179185282	rs78476484	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-2.024;SC=TACATAATGTGTGTAACACCT;SOR=0.096;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=179185290;WS=179185272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	179189012	rs1434083	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=424;ReadPosRankSum=0.676;SC=TGATGAAATGCGGTGCTTTCT;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=29;WE=179189020;WS=179189002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr2	179196233	rs12471790	G	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.997;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=18;PP=890;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AATGTTTTATGTAATTCAAAA;SOR=0.456;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=162;TCF=120;TCR=42;TR=67;WE=179196241;WS=179196223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,76:0.44:172
chr2	179197878	rs12473890	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.416;NF=0;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=0.083;SC=GGGAGGCCAAGGCGGGTGGAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=8;WE=179197886;WS=179197868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr2	179200947	rs6760059	C	T	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=551;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TTTGTTAATACGGTTTTGAGG;SOR=0.914;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=66;TCR=18;TR=38;WE=179200955;WS=179200937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr2	179203797	rs1434087	G	A	9172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=189;PP=2965;SC=GAACTCAGTCGGCACCTAACT;SOR=1.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=121;TCR=189;TR=310;WE=179203805;WS=179203787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr2	179204568	rs9646740	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=-0.846;SC=AGTTTATGGGCGTTAGATTGA;SOR=0.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=9;WE=179204576;WS=179204558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	179208974	rs12464380	G	A	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=61;PP=1544;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TTCCTCCCCCGTCCTGTGTTT;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=150;TCR=131;TR=128;WE=179208982;WS=179208964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,130:0.45:288
chr2	179213872	rs964165	C	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.982;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=7;PP=804;ReadPosRankSum=-0.482;SC=TTTTGAAGAACGGGAGAGGTC;SOR=1.392;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=119;TCF=94;TCR=25;TR=45;WE=179213880;WS=179213862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,47:0.39:120
chr2	179226290	rs1560871	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=275;ReadPosRankSum=-0.844;SC=TTAATTAGACTATTACATAGC;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=13;WE=179226298;WS=179226283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
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chr2	179258923	rs919177	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=160;ReadPosRankSum=2.636;SC=AGACTCCGTCCGTTACTGTGC;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=179258931;WS=179258920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	179260382	rs2304340	A	G	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=40;PP=1239;SC=TTTCTGGGTCAACTGAAAACC;SOR=3.080;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=48;WE=179260390;WS=179260372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	179260653	rs34253857	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACAACAACATAGAAACCACAC;SOR=0.421;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=16;WE=179260661;WS=179260643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr2	179312440	rs150523431	G	GTAC	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.959;NF=0;NR=7;PP=368;ReadPosRankSum=-0.750;SC=ATAAAAATATGTACGTTATAT;SOR=1.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=179312448;WS=179312430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	179324025	rs7600176	C	T	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=830;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TAGACCTGTTCTTGTTCATTT;SOR=0.971;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=60;WE=179324033;WS=179324015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,70:0.60:117
chr2	179330468	rs11336824	TA	T	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=2.148;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr2	179341953	rs6704545	G	A	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=59;PP=1466;ReadPosRankSum=-0.925;SC=ATAACAAAAAGCAATACTTAA;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=70;TCR=109;TR=98;WE=179341961;WS=179341943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,109:0.56:195
chr2	179358665	rs2303536	A	G	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.975;NF=58;NR=60;PP=1764;ReadPosRankSum=0.123;SC=AAGTTCATACAATACAGGAAT;SOR=0.537;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=210;TCF=111;TCR=99;TR=118;WE=179358673;WS=179358655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,126:0.56:225
chr2	179363807	rs3214536	A	AT	303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=325;SC=GAAAGATTAAATTTTTTTTTG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=13;WE=179363815;WS=179363787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	179363909	rs371719002	AT	A	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr2	179366093	rs2303537	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=-0.125;SC=AGGTTTGTTACTAACTAAGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=179366101;WS=179366083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	179367086	rs967507	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,56:0.61:92
chr2	179393111	rs16866378	A	G	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=61;PP=1811;ReadPosRankSum=0.502;SC=AAGGGAGTATACATTTCTGGA;SOR=0.530;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=231;TCF=109;TCR=122;TR=120;WE=179393119;WS=179393101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,127:0.52:244
chr2	179395560	rs16866380	G	A	3805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=80;PP=2543;ReadPosRankSum=-0.724;SC=TACGGCTTTCGGGTGAGAAGG;SOR=0.600;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=332;TCF=166;TCR=166;TR=164;WE=179395568;WS=179395550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,175:0.49:355
chr2	179395760	rs3829749	G	A	4548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.257;SC=TGCCCTCATCGGAAGCCTGGA;SOR=0.703;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=401;TCF=201;TCR=200;TR=201;WE=179395775;WS=179395750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,205:0.50:413
chr2	179395958	rs3813250	T	C	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=64;PP=1847;ReadPosRankSum=-0.745;SC=GAATTCTTGCTGCCAAAGTCG;SOR=0.672;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=257;TCF=137;TCR=120;TR=131;WE=179395966;WS=179395948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,135:0.50:272
chr2	179398509	rs3731752	C	A	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=73;PP=2037;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TATAGTTACTCCAAACCGGAC;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=130;TCR=128;TR=146;WE=179398517;WS=179398499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,156:0.57:274
chr2	179400895	rs2278196	C	T	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=73;PP=2410;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TACCATTTGACGATAGGTTTT;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=334;TCF=172;TCR=162;TR=159;WE=179400903;WS=179400885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,175:0.49:355
chr2	179404628	rs72648270	T	A	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=62;PP=1784;ReadPosRankSum=0.126;SC=GTAAGTCTGATGACGCCACCT;SOR=0.900;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=217;TCF=96;TCR=121;TR=104;WE=179404636;WS=179404618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,105:0.48:221
chr2	179406003	rs3731750	C	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=23;PP=951;ReadPosRankSum=0.667;SC=TACAAAATGTCCTTACCAATT;SOR=1.200;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=141;TCF=87;TCR=54;TR=74;WE=179406011;WS=179405993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,79:0.54:147
chr2	179411665	rs2288327	A	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=973;ReadPosRankSum=-0.794;SC=GTTAAAATATACCACTCTGAG;SOR=0.991;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=61;WE=179411673;WS=179411655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr2	179414633	rs890578	C	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=839;ReadPosRankSum=2.329;SC=TTTCTTTTTCCTTGTCCATTA;SOR=1.027;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=50;WE=179414641;WS=179414623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr2	179421694	rs9808377	A	G	4366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=92;PP=2818;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GCCAGAGATGATGAATTGAGT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=154;TCR=165;TR=178;WE=179421702;WS=179421684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,192:0.57:339
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chr2	179434516	rs3813243	C	T	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=55;PP=2008;ReadPosRankSum=-0.586;SC=TTCACCAACACTCACATCACA;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=239;TCF=133;TCR=106;TR=129;WE=179434524;WS=179434506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,134:0.54:247
chr2	179440029	rs12464787	G	A	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=51;PP=1462;ReadPosRankSum=-1.892;SC=TTCTCCCCGCGCTGTTCACTG;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=161;TCR=121;TR=117;WE=179440037;WS=179440019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,127:0.41:310
chr2	179443217	rs3769864	T	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=0.111;SC=TGTACTGAAATAAAAACACAT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=179443225;WS=179443208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	179444137	rs2288571	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=761;ReadPosRankSum=0.382;SC=AATAGCAGAGATAAATTACTG;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=40;WE=179444145;WS=179444127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr2	179444768	rs4145333	C	G	11769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=231;PP=2965;SC=TCCAAATTAGCTACTCTGAAG;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=412;TCF=181;TCR=231;TR=412;WE=179444776;WS=179444758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr2	179444939	rs2303838	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=851;ReadPosRankSum=0.263;SC=GTCACATTGACAGGTGGCCCA;SOR=1.523;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=56;WE=179444947;WS=179444929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr2	179447848	rs4894029	T	C	4239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=98;PP=2269;ReadPosRankSum=1.329;SC=TCCAAGAAACTGTTGGCATCG;SOR=0.521;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=337;TCF=176;TCR=161;TR=192;WE=179447856;WS=179447838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,203:0.58:349
chr2	179448911	rs16866400	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=11;NR=0;PP=204;ReadPosRankSum=-1.440;SC=ACTACTCTCTGTGTCTTGGAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=11;WE=179448919;WS=179448901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	179451420	rs2042996	G	A	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=71;PP=1736;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TCTGTAACTAGTGATGTAGCC;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=81;TCR=119;TR=118;WE=179451428;WS=179451410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,123:0.58:212
chr2	179454394	rs1560221	A	G	3551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=74;PP=2360;ReadPosRankSum=0.920;SC=GCCACTTTAGATAGACAAATG;SOR=0.547;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=297;TCF=149;TCR=148;TR=153;WE=179454402;WS=179454384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,162:0.52:312
chr2	179455207	rs2163009	T	C	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=83;PP=2372;ReadPosRankSum=-0.046;SC=TCCATTGTGCTGTGCCAGGTT;SOR=0.810;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=301;TCF=148;TCR=153;TR=160;WE=179455215;WS=179455197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,169:0.54:312
chr2	179457446	rs72646841	A	G	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1647;ReadPosRankSum=0.049;SC=ACAATTAAACACATACAATCA;SOR=0.676;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=216;TCF=115;TCR=101;TR=108;WE=179457454;WS=179457436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,117:0.50:233
chr2	179462494	rs35833641	A	G	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=63;PP=1761;ReadPosRankSum=-2.173;SC=CCCCTCCAGCATGGACAACAA;SOR=0.828;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=322;TCF=172;TCR=150;TR=141;WE=179462502;WS=179462471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,147:0.44:335
chr2	179464527	rs1001238	T	C	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=72;PP=1603;ReadPosRankSum=0.698;SC=ATGTTAACATTGGTTCCTTCT;SOR=0.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=76;TCR=122;TR=117;WE=179464535;WS=179464517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,124:0.58:212
chr2	179472825	rs72646807	T	C	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=58;PP=1939;ReadPosRankSum=-1.528;SC=TGAATGAAGATAGACAAATCA;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=85;TCR=94;TR=111;WE=179472833;WS=179472815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,115:0.62:185
chr2	179477332	rs34928195	AT	A	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr2	179514433	rs2562845	T	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.359;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=777;ReadPosRankSum=1.211;SC=TATTCAACACTGTAACATATA;SOR=0.444;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=42;WE=179514441;WS=179514423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr2	179539903	rs2472751	C	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=1.819;SC=ATAAAGACCACGTTTCCAGTT;SOR=0.471;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=30;WE=179539911;WS=179539893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
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chr2	179545859	rs36051007	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=384;ReadPosRankSum=0.042;SC=AATTGAAATACGTATTTTTTC;SOR=0.239;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=30;WE=179545867;WS=179545849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
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chr2	179566146	rs2251987	T	G	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=37;PP=1893;SC=ACATGGAAGGTTTTGTTCTGA;SOR=1.081;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=99;WE=179566154;WS=179566136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	179576596	rs2742331	A	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=446;ReadPosRankSum=0.640;SC=TTCCTAAAAAATAGGCCTCCC;SOR=0.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=24;WE=179576604;WS=179576586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr2	179578108	rs71393436	T	TACAAA	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.77;MQRankSum=0.180;NF=0;NR=5;PP=179;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GTCTGAATGATACAAAACAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=179578116;WS=179578098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	179578730	rs2562839	G	A	3982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=92;PP=2758;ReadPosRankSum=-0.486;SC=TCTTAAGGCCGGATACTTTGT;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=154;TCR=179;TR=171;WE=179578738;WS=179578720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,177:0.50:351
chr2	179579093	rs12693164	T	C	3266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=60;PP=2397;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TTTTCCAGCATTGGCTGGTTC;SOR=0.548;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=236;TCF=134;TCR=102;TR=133;WE=179579101;WS=179579083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,138:0.56:247
chr2	179579212	rs2562838	T	C	4381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.428;SC=CTGAAATGGGTTCAGCGCCTT;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=160;TCR=170;TR=185;WE=179579220;WS=179579202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,194:0.55:353
chr2	179579822	rs2562836	T	A	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=76;PP=2288;ReadPosRankSum=-0.844;SC=GGATACTGGTTAGGAAGTTCT;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=144;TCR=155;TR=148;WE=179579830;WS=179579812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,151:0.48:312
chr2	179580583	rs2562834	T	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-5.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=185;ReadPosRankSum=0.116;SC=AAATAATCTTTGCTAGAGAGG;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=14;WE=179580591;WS=179580573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr2	179582162	rs62178977	C	T	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1394;ReadPosRankSum=1.225;SC=CTCTCACATACAGAGCAGAAA;SOR=0.467;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=101;WE=179582170;WS=179582152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,105:0.59:179
chr2	179582327	rs13390491	C	T	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=38;PP=1673;ReadPosRankSum=1.629;SC=CCCTATGTGGCTCTGGTCAGT;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=113;TCR=63;TR=107;WE=179582335;WS=179582317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,115:0.61:190
chr2	179582537	rs2627043	G	T	4283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.146;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=78;PP=2791;ReadPosRankSum=-0.588;SC=AAGTTTGCGCGCTGTAAAGAA;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=318;TCF=165;TCR=153;TR=166;WE=179582545;WS=179582527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,181:0.53:339
chr2	179582605	rs6750145	A	G	5769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.959;SC=TTCAATTCATAAAAGTTTTAA;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=390;TCF=226;TCR=164;TR=222;WE=179582613;WS=179582595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,240:0.58:414
chr2	179583398	rs62178978	T	C	3621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=65;PP=2562;ReadPosRankSum=-2.804;SC=TTAAAAGATGTATATATTGGG;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=316;TCF=182;TCR=134;TR=158;WE=179583406;WS=179583388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,163:0.49:332
chr2	179583496	rs16866465	T	G	4163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=93;PP=2750;ReadPosRankSum=0.660;SC=GTCTCCACTTTCTAATGGCTG;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=325;TCF=160;TCR=165;TR=183;WE=179583504;WS=179583486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,192:0.56:341
chr2	179585266	rs2562831	C	T	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=90;PP=2965;SC=TGTTTCTAACCTGCTTTCGAT;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=49;TCR=90;TR=139;WE=179585274;WS=179585256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	179585393	rs2562830	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=540;ReadPosRankSum=-2.125;SC=AGGAGGTGCTACCAGAAAAAA;SOR=0.806;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=39;WE=179585401;WS=179585383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr2	179587130	rs12693166	C	G	2936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=60;PP=1907;ReadPosRankSum=0.490;SC=AGATTTTCATCGTCTCTTAAA;SOR=0.496;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=253;TCF=121;TCR=132;TR=122;WE=179587138;WS=179587120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,129:0.49:263
chr2	179587687	rs2742327	T	C	4347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.866;SC=GGCTCACAGTTAGCAACTGGA;SOR=0.491;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=314;TCF=170;TCR=144;TR=175;WE=179587695;WS=179587677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,183:0.56:329
chr2	179595117	rs17076	C	G	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.433;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1669;ReadPosRankSum=0.211;SC=AAAGAAAAAACAAGCAAAAGA;SOR=0.873;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=92;WE=179595125;WS=179595107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,92:0.54:171
chr2	179598228	rs12993099	A	G	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=61;PP=1853;ReadPosRankSum=-0.739;SC=CTGCTCGCTCAATGATTTTGG;SOR=0.461;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=181;TCF=86;TCR=95;TR=120;WE=179598236;WS=179598218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,129:0.65:197
chr2	179600563	rs2742348	G	A	8696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=155;PP=2965;SC=CAAACTTGTTGGAAGCCTTAC;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=141;TCR=155;TR=296;WE=179600571;WS=179600553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr2	179605180	rs746578	C	T	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=1462;ReadPosRankSum=-2.150;SC=TCAAGATGAGCGCACTTTGTG;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=91;WE=179605188;WS=179605170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,92:0.60:154
chr2	179614952	rs10803917	A	G	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=125;PP=2965;SC=ACCAATGCTAACTCTTCTTCC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=121;TCR=125;TR=246;WE=179614960;WS=179614942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	179615887	rs922984	T	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=29;PP=1723;SC=GATTTTCATGTCCTCTCTAGA;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=179615895;WS=179615877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	179615931	rs922985	C	G	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=32;PP=1870;SC=CTTCACTTCTCAAAGTTCTTG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=83;WE=179615939;WS=179615921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	179615994	rs922986	T	C	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=65;PP=2659;SC=TCTCCATTAATGTTTTTCTAG;SOR=0.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=92;TCR=65;TR=156;WE=179616002;WS=179615984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	179616770	rs58651353	GA	G	184.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.667;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.434;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	179618019	rs3754953	T	A	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=162;SC=AACAGAAAACTACATTCCCCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=179618027;WS=179618009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	179620951	rs7585334	C	T	5715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=72;PP=2965;SC=CAATTAACCACCTTCTACACT;SOR=1.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=123;TCR=72;TR=195;WE=179620959;WS=179620941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	179621477	rs6433728	C	T	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=88;PP=2807;SC=TGGGACTTGGCGGACTCTCTT;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=152;WE=179621485;WS=179621467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	179623758	rs2291310	C	T	8981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=101;PP=2965;SC=TACAGCATTACTAGCAACAAA;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=186;TCR=101;TR=287;WE=179623766;WS=179623748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	179623939	rs6705594	T	C	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.857;SC=ACCACAAAAATGAGTGGATTT;SOR=0.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=63;TCR=133;TR=195;WE=179623947;WS=179623929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr2	179629363	rs4894043	T	C	6179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.617;SC=AAAGCGTGTATTCTTGCCCAT;SOR=0.249;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=114;TCR=97;TR=210;WE=179629371;WS=179629353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr2	179629461	rs2291311	C	T	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=72;PP=2138;SC=CCGGATATCACGGCACAGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=113;WE=179629469;WS=179629451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	179632710	rs2291313	T	C	3309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=63;PP=2241;ReadPosRankSum=1.252;SC=AACTGGGAATTACTGGAATGT;SOR=0.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=342;TCF=183;TCR=159;TR=149;WE=179632718;WS=179632700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,157:0.44:356
chr2	179633298	rs4471922	G	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.393;SC=CCCATCGTATGGCTATCCCAC;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=5;WE=179633306;WS=179633288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	179634376	rs72125115	GTA	G	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.865;NF=18;NR=5;PP=874;ReadPosRankSum=0.209;SC=ATATATATGTGTATATATATA;SOR=0.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=23;WE=179634400;WS=179634366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr2	179634389	rs66507452	TA	T	608.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=-0.784;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.263;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr2	179634391	rs66897330	TA	T	608.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=-0.784;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.186;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr2	179635882	rs4894047	C	T	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=802;SC=TCTTTTAAAACGATAACGATC;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=179635890;WS=179635872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	179639297	rs3816781	C	T	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=367;SC=TTATCTCCCCCATACTATCAG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=179639305;WS=179639287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	179642425	rs719201	G	A	6149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=77;PP=2965;SC=AACTTATCACGCTTACCATCA;SOR=1.295;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=136;TCR=77;TR=212;WE=179642433;WS=179642415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	179643886	rs2291302	A	G	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=53;PP=2368;SC=AATTTACATCAAATAGTTATA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=179643894;WS=179643876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	179643934	rs2291301	A	G	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=58;PP=2327;SC=GCAAGGAGCTATGATAAATGT;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=179643942;WS=179643924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	179644035	rs1552280	G	A	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=56;PP=1966;SC=CTTGATTCTTGAATCAAATCC;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=104;WE=179644043;WS=179644025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	179644855	rs10497520	T	C	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=55;PP=2187;SC=TCTCCAACTTTAGGTTCTTGA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=116;WE=179644863;WS=179644845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	179650701	rs6715406	C	T	5629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=93;PP=2965;SC=GTTGGGGAGGCTCAGCTACCT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=101;TCR=93;TR=194;WE=179650709;WS=179650691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	179650954	rs6715901	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=406;SC=GGCAGATGGCGTCCACATTAT;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=179650962;WS=179650944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr2	179732980	rs10165177	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=-1.153;SC=TATGAAGACAAATTTTTTTTT;SOR=0.853;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=16;WE=179732988;WS=179732969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr2	179733939	rs141939661	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TGAATAAGGTCCTTCAGTTGT;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=82;TCR=127;TR=94;WE=179733947;WS=179733929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,105:0.45:233
chr2	179737144	rs12693170	C	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CAACCAAAGCCGAAGATGGTT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=179737152;WS=179737134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	179753245	rs7573293	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=425;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TTTTAGTTTACGAAACTACCT;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=30;WE=179753253;WS=179753235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr2	179753549	rs1873164	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=-0.846;SC=GGCATAGCAGGAAGCAAAAAT;SOR=0.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=12;WE=179753557;WS=179753539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	179783696	rs12467323	C	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=249;ReadPosRankSum=-0.598;SC=ATGCTTGTGTCCCCCCGAAAT;SOR=0.638;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=19;WE=179783704;WS=179783686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr2	179809500	rs9677932	C	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=261;SC=TTATATAAACCATCTCATGTA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=179809508;WS=179809490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	179825838	rs11303440	TG	T	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.034;NF=10;NR=1;PP=332;ReadPosRankSum=0.289;SC=GAAAGCTTTTTGGACCAAAGA;SOR=0.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=11;WE=179825846;WS=179825828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	179826241	rs6725028	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=174;ReadPosRankSum=-0.166;SC=AAAAAGAATAATGATATTAGC;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=179826249;WS=179826231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	179914640	rs61397643	G	A	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=86;PP=2751;SC=CGTAGAAAGCGCAACACTAGG;SOR=1.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=55;TCR=86;TR=141;WE=179914648;WS=179914630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	179977723	rs17454087	C	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.481;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=790;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AAGGCATTTTCTTGTTCTTAG;SOR=1.715;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=41;WE=179977731;WS=179977713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr2	179979930	rs2289993	T	C	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1501;ReadPosRankSum=0.128;SC=AGCGCAAAGATTGGCATAACA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=117;TCR=125;TR=110;WE=179979938;WS=179979920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,124:0.47:266
chr2	179980070	rs2044479	G	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=548;SC=TGTCGTTACAGTTAAGTGACA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=179980078;WS=179980060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	179982125	rs3217565	AAGAT	A	579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=432;SC=ATTCTTCAACAAGATAGATAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=179982136;WS=179982115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	179988395	rs5836671	T	TA	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.694;QD=12.84;ReadPosRankSum=-3.471;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	179989039	rs2289992	G	A	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=10;PP=1502;SC=TTACGTGTAGGTAAGTGTTCA;SOR=3.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=67;WE=179989047;WS=179989029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	179997177	rs3214766	AT	A	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=18;PP=542;SC=TTGAGATAACATTTTTTAAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=179997185;WS=179997167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	180039001	rs183924752	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=214;ReadPosRankSum=1.101;SC=TATGTAGAAACTGTTTGACTA;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=12;WE=180039009;WS=180038991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	180039068	rs13013868	C	T	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=22;PP=2558;SC=AATCCAAAAGCTGTTAAAATA;SOR=2.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=93;TCR=22;TR=115;WE=180039076;WS=180039058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	180047746	rs1446673	G	C	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=30;PP=2372;SC=ACAATAGAAAGAATCATTAGT;SOR=1.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=84;TCR=30;TR=114;WE=180047754;WS=180047736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	180047908	rs6757681	T	C	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=109;PP=2965;SC=TCCGTCTGTCTTTTCCTCCTA;SOR=1.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=61;TCR=109;TR=170;WE=180047916;WS=180047898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	180308028	rs2367796	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	180308335	rs10171283	C	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=85;SC=GTCAAGAAATCATTATTTTCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=180308343;WS=180308325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	180383498	rs4567894	C	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=205;SC=AAAGAGTCTCCTTCAACAGTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=180383506;WS=180383488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	180725481	rs259816	T	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=27;PP=1321;SC=CGGCTAAACATAGCGGGGCAC;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=180725489;WS=180725471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	180810180	rs6433817	C	T	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=51;PP=2899;SC=CTCTGTCATTCGCAACTCTAC;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=90;TCR=52;TR=141;WE=180810188;WS=180810170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	180810264	rs6433818	A	T	9422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=173;NR=150;PP=2965;SC=AATTTGAACCACTTGAATTTT;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=175;TCR=150;TR=323;WE=180810275;WS=180810254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr2	180815528	rs2304858	A	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=26;PP=1169;SC=TAATCTGAACATAAATTCTGA;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=180815536;WS=180815518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	180823590	rs10497553	C	T	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=1;PP=85;SC=CTGAAACACCCTAAGCTTTGT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=180823598;WS=180823580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	180835589	rs4894140	A	G	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=50;PP=2429;SC=TATAGCTAAAAGTTAACAGAA;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=101;WE=180835597;WS=180835579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	180835792	rs3768837	T	A	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=96;PP=2740;SC=CTAAGCATAATACTTCGTGTG;SOR=1.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=39;TCR=96;TR=135;WE=180835800;WS=180835782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	180837722	rs6433820	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	180837806	rs6433821	T	A	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=26;PP=1433;SC=CATCCAACATTTTTATCCCAA;SOR=1.305;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=85;WE=180837814;WS=180837796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	180843126	rs2367990	C	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=173;SC=CTACATAGTGCTCCTTAATTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=180843134;WS=180843116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	180846743	rs3738943	G	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=32;PP=872;SC=TAAATTTTTTGAAGAGCAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=180846751;WS=180846733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	182340714	rs139050637	A	ACT	2961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=55;PP=2942;SC=AACCACCCTCACTCAAAAAAA;SOR=4.143;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=56;WE=182340722;WS=182340704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	182344846	rs11412304	G	GT	687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	182346544	rs2305590	T	C	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=7;PP=129;SC=TTACATTTAGTGGAATTGGTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=182346552;WS=182346534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	182347072	rs2305588	T	C	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=1;PP=1569;SC=TTTCTAATTCTTTCCCTAATT;SOR=6.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=54;TCR=1;TR=55;WE=182347080;WS=182347062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	182350489	rs17290693	T	C	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=11;PP=1165;SC=AAGCTCAGTCTGTAGTTTGTC;SOR=2.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=53;WE=182350497;WS=182350479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	182350743	rs155103	A	G	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=86;PP=2560;SC=TCAAATTGGTACTTGATTTCT;SOR=2.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=31;TCR=86;TR=117;WE=182350751;WS=182350733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	182359613	rs165419	G	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=214;SC=AGTGAAGTACGTAAAACTGGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=182359621;WS=182359603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	182374328	rs3816521	T	A	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=26;PP=2249;SC=GGAGTTTTATTTTTTTTTAAT;SOR=2.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=85;TCR=26;TR=111;WE=182374336;WS=182374318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	182374553	rs2305584	A	T	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=33;PP=985;SC=ATTTTCCTTTATTCAAATTAT;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=182374575;WS=182374543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	182374567	rs2305583	A	G	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=771;SC=AAATTATTGTATGGCATTTAA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=182374575;WS=182374543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	182376546	rs1466109	T	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=49;PP=1856;SC=ATCGAGAGGGTGTAATGAGTG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=90;WE=182376554;WS=182376536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	182392143	rs56095368	G	C	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=57;PP=2653;SC=GTTAATATTTGTAACAACCTA;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=135;WE=182392151;WS=182392133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	182399638	rs2124443	A	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=31;PP=792;SC=TTGTACTTCTATTGATCTCAT;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=182399646;WS=182399628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	182399685	rs41265949	C	T	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=342;SC=CAATTACCAACATTAGTCTAC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=182399693;WS=182399675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	182403792	rs57234957	A	AT	7463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=41;PP=2936;SC=ACTGGTTGACAATAAGCGGTG;SOR=1.742;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=111;WE=182403800;WS=182403782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	182403851	rs10180793	G	A	10982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=199;NR=165;PP=2965;SC=CTTCCATTAAGTCACCATCTA;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=365;TCF=200;TCR=165;TR=364;WE=182403859;WS=182403841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr2	182412633	rs139036113	G	GACACACACACACAC	1110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=4.024;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,41:0.20:204
chr2	182412710	rs56263562	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.001;NF=1;NR=13;PP=659;ReadPosRankSum=1.426;SC=TTCAATTAGATAGTAAGTAAA;SOR=0.412;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=14;WE=182412731;WS=182412700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr2	182412723	rs34890422	C	CGT	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.593;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.697;NF=0;NR=9;PP=650;ReadPosRankSum=1.231;SC=TAAGTAAAAACGTACAATTTT;SOR=0.033;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=9;WE=182412731;WS=182412700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr2	182413238	rs72883670	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TTTAAAGATACAGGTTATCTG;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=13;WE=182413246;WS=182413228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr2	182413736	rs55741565	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.538;SC=TTCCCTTTACCTATAACTACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=182413744;WS=182413726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	182414358	rs12623687	T	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=694;ReadPosRankSum=-1.577;SC=GAAGAATTCTTACCCATTATA;SOR=0.923;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=50;WE=182414366;WS=182414348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr2	182414522	rs12623737	T	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=387;ReadPosRankSum=-1.635;SC=ATGTCATTCTTCAATGTTCAG;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=23;WE=182414530;WS=182414512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr2	182468803	rs61750041	T	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=381;ReadPosRankSum=1.353;SC=ATACTTAGAATCACCTGAAAA;SOR=0.850;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=23;WE=182468817;WS=182468793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr2	182521578	rs1473295	G	A	5853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TCCCGATCTCGAAGATGCCCC;SOR=0.703;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=503;TCF=255;TCR=248;TR=258;WE=182521586;WS=182521554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,275:0.52:526
chr2	182543455	rs1801262	T	C	4539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=85;PP=2881;SC=GCGTTCATGGTTTCGAGGTCG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=158;WE=182543463;WS=182543445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr2	182794534	rs1051085	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=442;SC=TTGTATGTCAGTATTTTTCAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=182794542;WS=182794524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	182928555	rs1196161	G	C	8181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=153;PP=2965;SC=GTCATGAGTGGTGAATCATGG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=120;TCR=154;TR=272;WE=182928563;WS=182928545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr2	182981846	rs1882211	G	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=623;SC=TGAAAACTTTGCACTCTTTTC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=182981854;WS=182981836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	183070619	rs1344773	A	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=849;SC=CGCATAATTTATTCCTTTCCT;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=183070627;WS=183070609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	183070911	rs55747252	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=669;SC=TGAACAGTGAGAATTATGGAA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=183070919;WS=183070901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	183584755	rs6729801	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGCACATGGCGATTTTTTAAA;SOR=1.270;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=17;WE=183584763;WS=183584745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr2	183593451	rs3832045	AT	A	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.22;MQRankSum=0.914;NF=6;NR=16;PP=278;ReadPosRankSum=-0.827;SC=ATATGTTAGAATTTTTTTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=22;WE=183593459;WS=183593441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr2	183593697	rs288280	C	T	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=65;PP=1574;ReadPosRankSum=-0.149;SC=GCTATCCCAGCCTCTTCATTT;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=106;TCR=132;TR=117;WE=183593705;WS=183593687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,124:0.49:254
chr2	183597063	rs288282	T	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr2	183597318	rs825660	A	G	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.312;SC=AAAGAAACACATTTAGAAATT;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=69;WE=183597326;WS=183597308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr2	183616592	rs3098359	C	T	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=76;PP=2595;SC=CTAGATAACTCTGAATCATTA;SOR=2.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=33;TCR=76;TR=109;WE=183616600;WS=183616582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	183616748	rs3115425	G	C	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.483;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=37;PP=1251;ReadPosRankSum=1.511;SC=ATGATGGGGGGGTTTTTTGTG;SOR=1.049;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=213;TCF=125;TCR=88;TR=99;WE=183616756;WS=183616738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,104:0.46:227
chr2	183622319	rs141152570	AATAAT	A	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=316;ReadPosRankSum=0.957;SC=GTCACTGATAAATAATATAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=6;WE=183622331;WS=183622309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	183622547	rs288334	T	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=454;ReadPosRankSum=0.452;SC=AAGCTTATCATTATCAGTAAG;SOR=0.968;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=28;WE=183622555;WS=183622537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr2	183627504	rs192618	A	G	2727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=57;PP=1671;ReadPosRankSum=0.080;SC=CAACTGTTAAATTTTATTTCT;SOR=0.536;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=102;TCR=107;TR=115;WE=183627512;WS=183627494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,125:0.54:230
chr2	183627619	rs190830	C	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=472;ReadPosRankSum=1.791;SC=TCTGTTTTCTCATCCTTGTCA;SOR=2.858;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=22;WE=183627627;WS=183627609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr2	183793383	rs9333279	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=702;SC=AACTGCAGTTTAGGAAAAGGG;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=183793391;WS=183793373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	183793398	rs9333280	A	G	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=2;PP=828;SC=AAAGGGAAACAGACTACCCCA;SOR=5.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=183793406;WS=183793388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	183799558	rs9288088	G	C	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=26;PP=942;SC=GGTAGGATAAGACCTAGGCAG;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=183799566;WS=183799548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	183827018	rs2271671	G	A	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=58;PP=1885;SC=TGTGAAGGCAGAATAATAATA;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=91;WE=183827026;WS=183827008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr2	184024190	rs3748884	A	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=485;ReadPosRankSum=0.816;SC=TTTATAAACAAAGGAGTTATT;SOR=1.469;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=68;TCF=63;TCR=5;TR=25;WE=184024198;WS=184024180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr2	184024511	rs34967913	T	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=2.103;SC=ATGAAACCTTTACGCTTTAAA;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=16;WE=184024519;WS=184024501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr2	184025750	rs140119771	TA	T	958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=631;ReadPosRankSum=1.682;SC=AACAATAACCTAACCGTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=17;WE=184025758;WS=184025740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr2	185463815	rs147358574	C	CCT	3457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,114:0.47:243
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chr2	185800905	rs12476147	A	T	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=52;PP=1237;ReadPosRankSum=0.066;SC=CATCTTCAACAATCTTCACCA;SOR=0.691;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=117;TCR=118;TR=102;WE=185800913;WS=185800895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,111:0.44:252
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chr2	185801559	rs35676856	A	G	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=32;PP=1613;ReadPosRankSum=0.103;SC=AATAAGCCAGACTTAAAAGAT;SOR=1.168;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=202;TCF=123;TCR=79;TR=93;WE=185801567;WS=185801549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,102:0.47:217
chr2	185801597	rs61739290	A	G	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=59;PP=1781;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GCAGGAAGACATTTGCATGGG;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=145;TCR=113;TR=133;WE=185801605;WS=185801587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,146:0.52:283
chr2	185801747	rs4667001	G	A	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr2	185801755	rs4667002	A	G	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	185801755	.	AG	GA	1840	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=14;NR=28;PP=1840;QD=45.0825684491;SC=ATGAGAACACAGGTCAGAGGT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=42;WE=185801764;WS=185801737;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr2	185801756	rs61739288	G	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.96;ReadPosRankSum=1.028;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr2	185802211	rs5836928	C	CACA	954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=711;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GTAAAAAGAACACAATACTTT;SOR=0.991;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=16;WE=185802219;WS=185802201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr2	185802243	rs1366842	C	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=424;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TCAAATGCAACAATGATACAT;SOR=0.795;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=26;WE=185802251;WS=185802233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr2	185802363	rs12477430	A	G	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=41;PP=1802;SC=GATATGAAACACATGAGTCAG;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=94;WE=185802371;WS=185802353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	186603605	rs35617283	A	AG	2181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=32;PP=1529;SC=GAAGGGGCTGAGGGGGCTGTG;SOR=1.011;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=38;WE=186603613;WS=186603595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	186611566	rs6758484	C	A	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=108;PP=2965;SC=AAAATATTAACAGAAAAATTG;SOR=2.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=29;TCR=108;TR=137;WE=186611574;WS=186611556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	186625645	.	TTTGA	T	227	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=79;MMLQ=25;MQ=55.6;NF=3;NR=1;PP=227;QD=61.5;SC=TTTATTGTACTTTGATTGTAC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=186625656;WS=186625635;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr2	186629191	rs12998112	T	G	2594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=23;PP=1728;SC=AAATTTTTTTTTGTGGATCTA;SOR=1.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=84;WE=186629199;WS=186629181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	186655726	rs10931199	G	A	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=33;PP=1508;SC=TCTTCATTACGATCTCAACTT;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=186655734;WS=186655716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr2	186668935	rs13003744	A	G	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=32;PP=1374;SC=TTCACATAACATGTTGGTTAC;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=82;WE=186668943;WS=186668925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr2	186697969	.	T	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=916;ReadPosRankSum=-1.959;SC=TTGTACCTGATATAAGTATGC;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=35;TCR=88;TR=55;WE=186697977;WS=186697959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,58:0.45:129
chr2	187364811	rs4144786	G	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=290;SC=GGTAAGGACTGTAAATATGCA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=187364819;WS=187364801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	187364878	rs4144785	A	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=1.442;SC=TAAACAATCAAATTTACATTT;SOR=0.317;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=17;WE=187364886;WS=187364868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr2	187365322	rs78584352	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-1.130;SC=AAAGCCATAGTTGAATAAACT;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=23;WE=187365330;WS=187365312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr2	187365374	rs62200583	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=-0.859;SC=ATGTATGTTCATTTCTTTTTT;SOR=0.392;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=17;WE=187365382;WS=187365364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr2	187368733	rs10164423	G	A	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CTGAGCCACCGCTTGTGAATA;SOR=0.856;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=188;TCF=108;TCR=80;TR=92;WE=187368741;WS=187368723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,96:0.49:197
chr2	187455278	rs9333287	C	T	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=716;SC=GAACTGGAGCCGGCCCCCTCC;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=187455286;WS=187455268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	187466921	rs200501166	A	AT	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=147;ReadPosRankSum=-0.397;SC=ATTTCATTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.997;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=12;WE=187466929;WS=187466911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr2	187487160	rs9333288	G	A	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=69;PP=2198;SC=AAATTTTGGTGAGTCTTCTGG;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=138;WE=187487168;WS=187487150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	187490371	rs2197787	T	G	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=51;PP=1376;SC=CCTAGTTTGTTAAAAATATGT;SOR=4.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=56;WE=187490379;WS=187490361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	187490389	rs28633327	G	T	1529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=43.71;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	187497988	rs56088351	A	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.718;NF=26;NR=7;PP=495;ReadPosRankSum=-0.022;SC=TATGTTTTTCATTGATTTCTA;SOR=0.889;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=33;WE=187497996;WS=187497978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr2	187498107	rs9333289	T	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=804;ReadPosRankSum=1.361;SC=GCAAGGTAGGTTAATATTTTT;SOR=0.442;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=66;WE=187498115;WS=187498097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,76:0.49:156
chr2	187501648	rs13430921	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=641;ReadPosRankSum=0.870;SC=TGTCATATATATATGAATCTG;SOR=0.290;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=50;TCR=1;TR=28;WE=187501656;WS=187501638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr2	187519338	rs9333290	G	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TGTCTAAACTGAATTATAGAA;SOR=0.773;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=11;WE=187519346;WS=187519328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	187528635	rs3816386	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.905;SC=TCAAAGGACTAACATATTTTA;SOR=0.976;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=9;WE=187528643;WS=187528625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	187532373	rs2595391	T	G	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1270;ReadPosRankSum=0.913;SC=ATATTCATGGTAGGTTTTCTT;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=81;WE=187532381;WS=187532363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,87:0.53:165
chr2	187532417	rs2230616	G	A	7211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=140;NR=122;PP=2965;SC=TCCTGATCATGTCTTTCTTCC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=140;TCR=122;TR=262;WE=187532425;WS=187532407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr2	187533368	rs11685758	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=302;ReadPosRankSum=-0.838;SC=TAGAGGTTAACTGTGGAAATT;SOR=0.392;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=21;WE=187533376;WS=187533358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr2	187540732	rs3213964	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=1.253;SC=GTTTTTTAAAGAACGACAGCT;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=187540740;WS=187540722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	187541377	rs35251833	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=154;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTTCATGTGTGTATGTGCATG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=9;WE=187541385;WS=187541375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	187543374	rs1839123	C	T	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=763;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TTATATGGCTCTGTAGAGTGG;SOR=0.416;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=56;WE=187543382;WS=187543364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr2	187559029	.	A	ACAG	1760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.338;NF=37;NR=93;PP=2985;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GCCTCATCCAACAGCAGCAGC;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=59;TCR=148;TR=130;WE=187559037;WS=187559019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,103:0.35:298
chr2	187559047	rs144403657	G	GCAA	3986.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.905;NF=40;NR=100;PP=2985;ReadPosRankSum=5.444;SC=AGCAGCAGCAGCAACAACAAC;SOR=0.803;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=239;TCF=74;TCR=165;TR=140;WE=187559055;WS=187559037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,189:0.50:380
chr2	187559222	rs6705757	T	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=472;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CCCTTCCCTATCCATTCCTAT;SOR=1.554;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=25;WE=187559230;WS=187559212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr2	187608102	rs200281950	T	TC	1764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=870;ReadPosRankSum=1.893;SC=AAGCATTTGTTCCCCCCCACA;SOR=0.666;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=36;WE=187608110;WS=187608092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,73:0.53:138
chr2	187611748	rs2247924	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=14;PP=1040;SC=TTTAAAGTAAGACATCCTGAC;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=187611756;WS=187611738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	187626338	rs13026081	C	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=1062;ReadPosRankSum=0.353;SC=AAGCTGAGGACAAGTCGCAGT;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=73;WE=187626346;WS=187626328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,79:0.50:157
chr2	187627567	rs2595381	G	A	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=58;PP=1353;ReadPosRankSum=1.690;SC=TGGGGATTGTGTGTCTGCTGT;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=68;TCR=99;TR=97;WE=187627575;WS=187627557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,108:0.60:180
chr2	187692908	rs17852916	T	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=28;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.084;SC=AAAGTTGATCTCTTGTTGTCC;SOR=0.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=137;TCF=90;TCR=47;TR=77;WE=187692916;WS=187692898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,83:0.56:149
chr2	187692983	rs17856918	T	C	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=62;PP=2088;ReadPosRankSum=1.887;SC=CCTTTGGTCATCCGGCTTAGA;SOR=0.567;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=239;TCF=133;TCR=106;TR=132;WE=187692991;WS=187692973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,137:0.55:251
chr2	187693003	rs10195632	A	T	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=65;PP=1832;ReadPosRankSum=1.265;SC=ACTAGTGTGAAATTTTCCACT;SOR=0.687;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=241;TCF=127;TCR=114;TR=133;WE=187693011;WS=187692993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,138:0.55:252
chr2	187693044	rs17852915	C	T	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=63;PP=1587;ReadPosRankSum=-1.665;SC=CAGTGGGACACACAATATTCT;SOR=0.962;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=213;TCF=102;TCR=111;TR=114;WE=187693052;WS=187693034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,121:0.54:225
chr2	187693104	rs10172225	C	T	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;ReadPosRankSum=-0.027;SC=TCCCAAATGACACAGTGGGTA;SOR=0.742;Source=Platypus;TCF=49;WE=187693112;WS=187693094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,74:0.58:128
chr2	187693155	rs10195758	A	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=673;ReadPosRankSum=1.522;SC=TAATTTTATAATCATAGGTTA;SOR=0.955;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=39;WE=187693163;WS=187693145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr2	187693521	rs59504667	TA	T	654.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.119;NF=4;NR=18;PP=384;ReadPosRankSum=-1.536;SC=TGTGAAACTTTAAAAAAAAGG;SOR=0.635;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=22;WE=187693529;WS=187693511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr2	187694410	rs6745572	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.350;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=4;PP=768;ReadPosRankSum=0.711;SC=TTTGTGAAAACTGACCCTACA;SOR=1.654;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=73;TCF=61;TCR=12;TR=40;WE=187694418;WS=187694400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr2	187697883	rs10164815	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=0.936;SC=CTTTTCTTCAATCTCATTTTT;SOR=0.513;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=24;WE=187697891;WS=187697873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr2	187697996	rs10188850	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=1.506;SC=TTTGCAAAGTCGTGGATATTT;SOR=0.275;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=14;WE=187698004;WS=187697986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr2	187698019	rs10189037	G	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.282;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=1.069;SC=ATTTTGTGGAGAAAAATTAGT;SOR=0.452;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=8;WE=187698027;WS=187698009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	187698037	rs7609183	G	A	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=12;PP=284;SC=AGTTGGTTGCGTATCAATAAT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=187698045;WS=187698027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	187698053	rs10188869	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=9.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.380;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	187698122	rs10165106	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TATTAGTCTCATATTGTATTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=187698130;WS=187698112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	187698707	rs6434197	C	T	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=77;PP=1845;ReadPosRankSum=-1.874;SC=AAGATGGCAGCAGCTATCAAA;SOR=0.621;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=266;TCF=118;TCR=148;TR=143;WE=187698715;WS=187698697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,149:0.53:281
chr2	187709415	rs72096458	AC	A	795.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr2	187709553	rs11892669	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.736;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-1.521;SC=ACATTTAAAAATATTTAGAAT;SOR=1.519;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=17;WE=187709561;WS=187709543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr2	187712648	rs11885224	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=-2.000;SC=GAATAGATTCTACTGGAGAAT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=187712656;WS=187712638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	187713866	rs6725956	C	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=-1.027;SC=ATGCTGGGTGCGGGCGGAGGC;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=14;WE=187713874;WS=187713856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr2	187713922	rs6726153	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.911;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	188216783	rs858744	C	T	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=27;PP=1838;SC=TAAACCAAAGCTATATGTATA;SOR=1.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=188216791;WS=188216773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	188216807	rs858745	T	C	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=33;PP=2418;SC=AATTCCAAACTTCTCAAGCTG;SOR=1.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=113;WE=188216815;WS=188216797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	188227921	rs698582	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=0;PP=866;SC=CTATATTCCAATGTAGAAAGG;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=188227929;WS=188227915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	188245640	rs1511877	G	A	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=219;SC=GACATTATATGAAAATCTATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=188245648;WS=188245630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	188250301	rs698577	T	A	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=21;PP=741;SC=ACCAGAAAATTCAGGGTACAC;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=188250309;WS=188250291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	188331890	rs111681715	C	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.732;SC=GATTTAAAAGCCTTTAATTTG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=188331898;WS=188331880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	188332692	rs8176592	A	G	6155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=135;PP=2965;SC=GGTAAGCCATATGTGATAGTG;SOR=1.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=70;TCR=135;TR=205;WE=188332700;WS=188332682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	188343497	rs7586970	T	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=26;PP=930;SC=ATGAGCCGCATTCTTCCAACC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=188343505;WS=188343487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	189448896	rs2048138	A	T	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=3;PP=1080;SC=TGCAACTGAAATTGTTGTTTA;SOR=4.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=42;WE=189448904;WS=189448886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	189599515	rs148753509	T	A	3980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=90;PP=2386;ReadPosRankSum=1.036;SC=TTTTGAGCATTCTGGACCTCT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=325;TCF=155;TCR=170;TR=170;WE=189599523;WS=189599505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,185:0.53:346
chr2	189849773	rs3106796	A	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=484;ReadPosRankSum=0.866;SC=CTAAAAGGGAATGAAAGTCAT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=22;WE=189849781;WS=189849763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr2	189852671	.	TAGTTATCAAAA	T	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=1021;ReadPosRankSum=-0.780;SC=ATCTCATGAATAGTTATCAAA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=4;WE=189852689;WS=189852661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	189855166	rs13306275	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=425;ReadPosRankSum=0.025;SC=CTGGACAATTATGTGCCAAAA;SOR=0.954;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=28;WE=189855174;WS=189855156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr2	189855674	rs2203601	T	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.204;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=-3.041;SC=ACTTTATCAATCATTCTAGAT;SOR=2.409;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=11;WE=189855682;WS=189855664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	189859434	rs371354802	CT	C	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.484;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr2	189861031	rs141685938	T	TAC	131.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=3;PP=334;SC=TCTATATATATACACACACAC;SOR=1.981;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=189861039;WS=189861021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	189862203	rs3134654	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=363;SC=TCTCTGACACCATGTTGTTAC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=189862211;WS=189862193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	189862505	rs375829334	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=387;ReadPosRankSum=0.553;SC=TTAAATGTCACGGCATATCTG;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=28;WE=189862513;WS=189862495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr2	189864582	rs1801184	T	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=50;PP=1390;ReadPosRankSum=0.102;SC=AACCAGGCGGTCCAGGTGCTG;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=174;TCF=74;TCR=100;TR=85;WE=189864590;WS=189864572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,91:0.49:187
chr2	189866199	rs2271682	T	A	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=932;ReadPosRankSum=-0.507;SC=ACTACCTGGATATAAAAAGAA;SOR=0.843;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=140;TCF=77;TCR=63;TR=58;WE=189866207;WS=189866189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,62:0.43:144
chr2	189867205	rs3106801	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=1.564;SC=TAGGATTATTGTACCCCTATT;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=12;WE=189867213;WS=189867195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr2	189875421	rs1516446	T	G	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=93;PP=2965;SC=TTGATGTGCATCTGGCATTCC;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=134;TCR=93;TR=227;WE=189875429;WS=189875411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	189899541	rs4666770	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=244;SC=TATGCTCATATACAAGGTAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=189899549;WS=189899539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	189899572	rs7420715	T	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=2;PP=717;SC=GTTCTAGTGCTGTAATAGTAT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=189899580;WS=189899562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	189901295	rs12693526	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=7;PP=638;SC=TATGTAATAAGTAGTAAAAAG;SOR=2.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=189901303;WS=189901285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	189907937	rs6434312	A	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=36;PP=1146;SC=GACCTCTGTCACCTCGGTCTC;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=189907945;WS=189907927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	189918337	rs6750027	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=349;SC=TTAAGGAAGGTCCTTAAGGAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=189918345;WS=189918327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	189918787	rs6738371	C	T	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=29;PP=1260;SC=AATGATCTTGCTCAGATACCA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=189918795;WS=189918777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	189923104	rs7556733	A	G	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=39;PP=2737;SC=TGCGTTTATTAAGCAGTAATT;SOR=1.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=93;TCR=39;TR=132;WE=189923112;WS=189923094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	189923434	rs12989558	A	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=827;SC=TCATAGCACAAAATATTTCTC;SOR=2.985;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=32;WE=189923442;WS=189923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	189923630	rs5837121	AT	A	5046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.023;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=1.095;NF=22;NR=127;PP=1830;ReadPosRankSum=1.312;SC=CTATAAACACATTTTTTTTTT;SOR=0.343;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=190;TCF=27;TCR=163;TR=149;WE=189923640;WS=189923620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:28,251:0.90:279
chr2	189925313	rs6414121	G	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=281;SC=TGGAGATAATGATAGTACCTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=189925321;WS=189925303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	189925548	rs6414122	T	A	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=43;PP=1323;SC=TGAATCTGTGTAAGTTTAACA;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=189925556;WS=189925538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	189927506	rs7424947	C	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=299;SC=TGAAACTTACCCATAAGTCTT;SOR=2.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=189927514;WS=189927496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	189928855	.	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=1.744;SC=TGTCAACTGAATAGAATGACA;SOR=0.593;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=189928863;WS=189928845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	189932831	rs2229495	T	C	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=57;PP=1927;SC=CAGAGGTACCTGGAGAGCCCT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=117;WE=189932839;WS=189932821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	189936687	rs6434317	T	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=9;PP=1089;SC=ACTTTTCAATTAATTAAATGT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=189936695;WS=189936677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	189953660	rs147576264	TTTGA	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.187;NF=0;NR=8;PP=257;ReadPosRankSum=-1.432;SC=CTTAAGTTGCTTTGATTGTTT;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=189953671;WS=189953650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	189974958	rs4128539	G	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=7;PP=972;SC=TACCAAAATTGGTATTGCCAC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=189974966;WS=189974948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	190313396	rs6738193	A	G	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=1022;SC=TGCCTATAGCATATTCTGTGA;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=190313404;WS=190313386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	190319966	rs5837143	C	CA	673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=355;ReadPosRankSum=-1.196;SC=GACTTTGCCTCAAAAAAAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=27;WE=190319974;WS=190319956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr2	190319990	rs1224958	A	G	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=5;PP=1523;SC=TAAATTCCTTACACATGTTTG;SOR=4.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=59;TCR=5;TR=63;WE=190319998;WS=190319980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	190322196	rs10497700	T	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=292;SC=TCCAAAGCTATTCCTAGTTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=190322204;WS=190322186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	190323530	rs1157910	A	G	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.943;SC=ACAATTTTACATGTGTAGCAT;SOR=0.404;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=315;TCF=187;TCR=128;TR=310;WE=190323538;WS=190323520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,321:1.00:322
chr2	190327076	rs2304703	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=375;SC=TTAAAAGATACGAAGACACTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=190327084;WS=190327066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	190327126	rs2304702	C	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=8;PP=794;SC=AGTACGGTAGCAAAAACAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=190327134;WS=190327116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	190333378	rs17198899	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=0.041;SC=GACTTAGGGATCATATCATCA;SOR=0.178;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=13;WE=190333386;WS=190333368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr2	190430177	rs2304704	A	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=987;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TCCAGAGCAGAACGTACTCCA;SOR=0.809;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=195;TCF=109;TCR=86;TR=72;WE=190430185;WS=190430167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,81:0.38:215
chr2	190443304	rs1439815	C	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=41;PP=917;ReadPosRankSum=-0.848;SC=AGATACTATTCCCATCACATG;SOR=0.554;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=16;TCR=77;TR=50;WE=190443312;WS=190443294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,51:0.53:97
chr2	190444630	rs1439816	C	G	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=110;PP=2965;SC=GGCGGGGTGACAAAAAGCGAT;SOR=1.087;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=83;TCR=110;TR=193;WE=190444638;WS=190444620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	190445076	rs4287798	T	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CCAGAACTCGTGTAGAGTTGC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=190445084;WS=190445066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	190445194	rs11568351	G	C	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=24;PP=1291;ReadPosRankSum=-0.364;SC=CATGACACTAGGCGACCCCGC;SOR=0.954;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=147;TCF=103;TCR=44;TR=85;WE=190445202;WS=190445184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,89:0.57:157
chr2	190445284	rs13008848	C	G	3973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=89;PP=2531;ReadPosRankSum=0.870;SC=CTGGAGATAGCACCTCTAAAA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=160;TCR=146;TR=186;WE=190445292;WS=190445274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,194:0.60:321
chr2	190448047	rs987028	T	C	6645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=147;NR=85;PP=2965;SC=TTTTAAGTTGTCTTTTCACTT;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=147;TCR=85;TR=232;WE=190448055;WS=190448037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	190448542	.	CACACACATAT	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.932;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	190448550	.	TAT	CAC	432	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=66;MMLQ=26;MQ=59.06;NF=0;NR=5;PP=432;QD=97.0935749724;SC=CACACACACATATACACAGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=190448560;WS=190448532;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,5:0.29:17
chr2	190531426	rs1437880	G	A	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=72;PP=2965;SC=TGTCATTTCCGGATGCATTAT;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=87;TCR=72;TR=159;WE=190531434;WS=190531416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	190541860	rs113424445	TG	T	127.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	190554759	rs62185872	T	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=175;SC=AATGCAATTTTGTTTCTAGTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=190554767;WS=190554749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	190556898	rs16831873	C	T	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=189;SC=ACTTTGTTTACATGAATGAGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=190556906;WS=190556894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	190570001	rs11319823	TA	T	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=18;PP=330;SC=TAGGCAATAATAAAAAAAAAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=18;WE=190570009;WS=190569991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	190593168	rs3067424	ATTTTT	A	1376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=20;PP=1112;SC=TCCTTATTTTATTTTTATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=190593180;WS=190593158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	190593311	rs1225087	C	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=10;PP=778;SC=TTACAAGTGTCAGCCACCGTG;SOR=1.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=190593319;WS=190593301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	190595258	rs1225090	G	T	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=92;PP=2965;SC=GTCAACAATTGGTTGTAGATG;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=196;WE=190595266;WS=190595248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	190602513	rs1225099	T	C	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	190611414	rs2254166	T	C	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=93;PP=2863;SC=TTATTTTTAATAATGGTAATA;SOR=2.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=26;TCR=93;TR=119;WE=190611422;WS=190611404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	190611459	rs2254167	A	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=39;PP=1114;SC=TTTTTGAATGAAAGTTCTTGA;SOR=5.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=41;WE=190611467;WS=190611449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	190617643	rs2243876	A	G	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=85;PP=2912;SC=ACTGTGTTGCATTTGTTAAAA;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=93;TCR=86;TR=176;WE=190617651;WS=190617633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	190620396	.	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=-0.235;SC=AGCTGAGTAAGTCAAGTATTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=10;WE=190620404;WS=190620386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	190647108	rs10168387	T	C	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=13;PP=1912;ReadPosRankSum=-0.713;SC=ACCACTAAACTTAAAACTTTT;SOR=1.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=72;TCR=13;TR=84;WE=190647116;WS=190647098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr2	190670539	rs3214425	T	TA	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.684;HP=11;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=430;ReadPosRankSum=0.827;SC=ATTGTTGGTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=29;WE=190670547;WS=190670529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,38:0.93:41
chr2	190682632	rs3791773	G	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=370;SC=TCTAGAATTGGAGGAGGAGAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=190682640;WS=190682622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	190925077	rs1805086	T	C	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.541;SC=TAGTTGGGCCTTTACTACTTT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=73;WE=190925085;WS=190925067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,82:0.57:143
chr2	190925245	rs2293284	T	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-0.812;SC=AGCATTTTTTTAAATTAAGAT;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=190925253;WS=190925235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	190926859	rs11333758	GT	G	1191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=1194;SC=CCAACAGCTTGTTTAAAAGAG;SOR=5.728;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=31;WE=190926867;WS=190926849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	191064753	rs6753459	C	T	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=56;PP=2351;SC=GGGACCAATACTGTGATCTTG;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=128;WE=191064761;WS=191064743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	191109448	rs7582209	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=494;SC=ATTTAGGTCAGGGTTAGTGGA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=191109456;WS=191109438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	191109533	rs11883568	C	T	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1542;ReadPosRankSum=1.528;SC=ACCAATGGAGCACTAATACCC;SOR=0.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=85;WE=191109541;WS=191109523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr2	191114229	rs2244076	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	191114235	rs2244075	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.62;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	191117206	rs291402	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=52;SC=GACTTGCTATGAACTGTGCTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=191117214;WS=191117196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	191125797	rs291416	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=253;SC=AGAGTCCATCAATTCCTTCAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=191125805;WS=191125787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	191125867	rs291417	A	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=17;PP=731;SC=TATAAAAAAAATTCTGGTTGT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=191125875;WS=191125857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	191224981	rs4656	G	T	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=44;PP=1865;SC=ACTTCAAGACGCTGGCTGATG;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=105;WE=191224989;WS=191224971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	191227197	rs2067420	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=116;SC=AGTTGACTTCGTTTTTTTATA;SOR=3.912;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=191227205;WS=191227187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	191227235	rs2067421	T	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=233;SC=AATTGGAAATTTTGGAATTTC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=191227243;WS=191227225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	191227492	rs972689	A	G	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=115;SC=ACCATGAACTAAATGTTTGGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=191227500;WS=191227482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	191231458	rs11544940	G	A	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=32;PP=1398;SC=CAACAGAGGAGGAAACAGCAG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=191231466;WS=191231448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	191231503	rs10931450	G	A	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=33;PP=1397;SC=GTAACAAGGTGGCATCTGAAG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=71;WE=191231511;WS=191231493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	191235901	rs1882891	A	C	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=39;PP=1241;SC=TGCCATACTGAGGGCCATGGG;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=78;WE=191235909;WS=191235891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	191334424	rs10193212	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.76;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	191354658	rs59123011	C	CCT	2347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=1110;SC=ACAAATGCCCCGAGAAGCCTA;SOR=1.287;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=191354666;WS=191354648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	191373775	rs6707244	C	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=184;SC=GGGTTGGTTTCCCTTTCCAGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=191373783;WS=191373765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	191374043	rs13429315	C	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	191375375	rs6712426	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=347;SC=TGGGAGGCCTGGGGAGGCGGA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=191375383;WS=191375365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	191383924	rs13395233	C	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=9;PP=234;SC=AAAACAAGAACAAGCAAATCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=191383932;WS=191383914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	191389853	rs74975456	T	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=385;SC=TGTGTGATCCTCAAGTCAGCT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=191389861;WS=191389843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	191390126	rs10931458	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=465;SC=AAAAGGGAATGCATTTTCTAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=191390134;WS=191390116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	191399378	rs13412879	C	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=14;PP=576;SC=TGGCGCGGCCCCATTTCGTTA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=191399386;WS=191399368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	191399433	rs12693579	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	191545606	rs13382951	C	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=77;SC=TCCTATGGGCCAGGCACTGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=191545614;WS=191545596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	191848312	rs12477076	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=431;SC=GATGCAGCAGTGAGAGCGTGG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=191848320;WS=191848302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	191859685	rs10190333	A	T	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=70.00;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	191895607	rs3024903	C	T	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=6;PP=858;SC=TTCTCCCTACCCAGGCAGTAT;SOR=3.086;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=35;WE=191895615;WS=191895597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	191922841	rs3024866	G	A	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=40;PP=1247;SC=TCGGTTGCTGGAGAGGAAATC;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=191922849;WS=191922831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	191996518	rs1551443	T	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=16;PP=776;SC=TAGTATCATCTGAATGTCCCA;SOR=1.251;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=45;WE=191996526;WS=191996508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	192160839	rs4853574	A	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=11;PP=562;SC=TTTTGCAGACATACATTGGAA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=192160847;WS=192160829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	192160875	rs4853575	C	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=21;PP=838;SC=TTAACCCATACCGGTCTTTAC;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=192160883;WS=192160865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	192161058	rs11397643	G	GT	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=307;SC=GTTTTTGTCAGTTTTTTTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=192161066;WS=192161048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	192161103	rs10622945	A	ATTCT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	192247808	rs34460997	A	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=58;SC=GTTTGCTTCAATCAGATTATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=192247816;WS=192247804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	192247836	rs4641883	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=186;SC=TAGGCAGCTGCATTGAGAAAG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=192247844;WS=192247826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	192250543	rs13000398	A	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=15;PP=1297;SC=TGATGGTGTAATTAGGAATAA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=192250551;WS=192250533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	192250568	rs13026888	T	C	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=31;PP=1751;SC=TAAAACAATATAGTGAGGAAG;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=90;WE=192250576;WS=192250558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	192250726	rs13018796	G	A	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=75;PP=2379;SC=AGCATTTTGAGAGCAGGATGA;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=133;WE=192250734;WS=192250716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	192279327	rs2271767	T	C	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=61;PP=2729;SC=AGAGGTTCCATTGGTGGATGT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=148;WE=192279335;WS=192279317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	192711162	rs4471838	A	C	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=53;PP=2253;SC=GCATAGGGGGAACTGACCTGG;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=122;WE=192711170;WS=192711152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	192711385	rs35883486	G	A	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=1546;ReadPosRankSum=1.413;SC=TGCCCTTCACGGAGCCCTCCA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=75;WE=192711393;WS=192711375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr2	192820898	rs7606017	T	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=285;SC=GAAGAATGTCTACCAATTTTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=192820906;WS=192820888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	196582816	rs842736	T	C	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=70;SC=CTTATTATACTCCACTATATG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=196582824;WS=196582806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	196602582	rs75708451	A	AAAT	1036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=825;SC=TTAAGTAGTAAAATATGCTTT;SOR=3.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=18;WE=196602590;WS=196602572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	196636662	rs1145939	C	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=40;PP=1321;SC=AAAGGTCTAACAATAGCTGAA;SOR=1.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=196636670;WS=196636652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	196663997	rs7567285	T	C	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=19;PP=887;SC=TAATATCCGATAACTTCATCT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=196664005;WS=196663987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	196673533	rs13411834	A	G	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=43;PP=1903;SC=CCATGTACAAAGGTTGGCATA;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=99;WE=196673541;WS=196673523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	196681284	rs2280452	A	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=174;SC=ACAACAATAGAGGTCACAAAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=196681292;WS=196681274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	196682630	rs975417	C	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=269;SC=TCAAGTTCTGCCCTTAAAATA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=196682638;WS=196682620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	196791276	rs1489802	T	G	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=33;PP=1113;SC=AGGCAAAAGTTGCATCTCCAG;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=196791284;WS=196791266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	196851911	rs10931715	G	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=28;PP=828;SC=ATTCCTAAACGAATAGTCTGC;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=196851919;WS=196851901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	196866420	rs6434811	C	T	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=45;PP=1980;SC=CAATTAAGTCCGTGAAATCTT;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=110;WE=196866428;WS=196866410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	196891449	rs1072600	T	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=453;SC=GAGACACATATTTGAATTAAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=196891457;WS=196891439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	196912067	rs4850381	A	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=7;PP=361;SC=GTTAGCCTATACAACTTACAT;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=196912075;WS=196912057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	196915991	rs10174065	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=11;PP=330;SC=AAAAATATGAAGGGGAAAAAA;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=196915999;WS=196915981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	196933188	rs13028754	T	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=260;SC=GGCGCGCCGCTAGGCGGCTAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=196933196;WS=196933178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	196935811	rs12693777	T	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=23;PP=834;SC=TAACCAAATGTATATAGAAAG;SOR=0.952;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=196935819;WS=196935801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	197004439	rs1054537	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=11;PP=396;SC=TAACTTGAGAAATATTGAGGT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=197004447;WS=197004429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	197008529	rs1568368	C	T	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	197010823	rs2271888	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=350;SC=ATTCATTCACCTAAACACTTT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=197010831;WS=197010813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	197021141	rs6712829	G	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=224;SC=ACTAAAATAGGTACTATTTAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=197021149;WS=197021131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	197021276	rs10931726	T	C	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=45;PP=1595;SC=AAATTTCTGCTCGACAATCCT;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=95;WE=197021284;WS=197021266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	197021372	rs12478353	T	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=23;PP=663;SC=CAGCAAATTTTCCTCTGGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=197021380;WS=197021362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	197065889	rs3795921	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=249;SC=ACAACAGCACATAGCTTTATC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=197065897;WS=197065885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	197065964	rs3820908	C	A	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=12;PP=1102;SC=AGCTTCTGAACCTGCCTGTCC;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=197065972;WS=197065954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	197066175	rs4566380	T	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.27;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	197106759	rs2045277	T	C	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=32;PP=1176;SC=AACTGTGCCCTCTCCTTTCAC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=197106767;WS=197106749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	197118729	rs4850690	C	T	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=43;PP=1710;SC=GAGGCACATACGACATTATCT;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=107;WE=197118737;WS=197118719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	197122493	rs6731238	T	G	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=40;PP=2310;SC=CAATGTTCCATGATATCTGAT;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=117;WE=197122501;WS=197122483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	197135806	rs4850693	T	C	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=132;SC=CAAGATGTTTTGCAAAGGATG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=197135814;WS=197135796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	197171104	rs6729640	G	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=AACACACTAAGTGCTCTGGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=197171112;WS=197171094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	197171175	rs4241189	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	197171183	rs12468199	C	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.66;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	197172816	rs2305567	G	A	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=546;SC=CAGTCTAAATGGCAGTGAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=197172824;WS=197172806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	197184321	rs1531111	C	T	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=32;PP=1289;SC=TCGCTGTCCCCGGCCTGGAGT;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=71;WE=197184329;WS=197184311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	197504545	rs1879128	C	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=32;PP=1212;SC=TGGTCGGAGGCTCGCGAGGCT;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=71;WE=197504553;WS=197504535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	197531518	rs376590781	CA	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,14:0.19:72
chr2	197534692	rs7590083	C	T	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=33;PP=1113;SC=GTGCTTCTTACTCTCATCAAA;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=197534700;WS=197534682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	197584504	rs2680970	C	T	173.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=217;SC=AAAAAAATTGCAAAATGATAT;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=197584512;WS=197584494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	197593787	rs2460436	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=325;SC=CTTAATCAGACATTATTATTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=197593795;WS=197593777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	197594203	rs2577580	G	C	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=36;PP=1089;SC=TAGAACCCTAGCAGCCCCATG;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=197594211;WS=197594193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	197595762	rs2680967	G	A	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=45;PP=1311;SC=CTTCATTAACGTAGTTGTCAG;SOR=1.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=197595770;WS=197595752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	197645180	rs721491	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=428;SC=TTGGTTATTAAGAAATGTGAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=197645188;WS=197645170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	197654578	rs367760289	GA	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=1.777;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	197735782	rs78400369	C	A	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=110;SC=AGCACTTATGCATATCTCTAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=197735790;WS=197735772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	197777589	rs12693800	C	T	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=9;PP=826;SC=GGTTAATGTTCATGTAACAGT;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=197777597;WS=197777579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	197854233	rs144034091	T	TAC	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=302;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GCTGATGAACTACACACACAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=197854241;WS=197854223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	197863214	rs1966703	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=530;SC=GAAGTTACTACAAACACAATA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=197863222;WS=197863204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	197863851	rs4850742	C	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=232;SC=AAGAAACATGCACAAGGTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=197863859;WS=197863841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	197864996	rs6434897	A	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=294;SC=AGGGAAATTTATTTTAATTAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=197865004;WS=197864986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	197865047	rs2305251	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=566;SC=ATCCATTATTCTTTCAATTAA;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=197865055;WS=197865037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	197866470	rs12478175	T	A	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=28;PP=980;SC=TCAGCGTTTCTACTTACATTG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=62;WE=197866478;WS=197866460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	197872727	rs57048274	T	TTCTC	1761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=26;PP=1481;SC=GACATTCTCTTTCTCCCATTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=26;WE=197872735;WS=197872717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	197890001	rs62185248	C	T	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=49;PP=1393;SC=GCTGTGGAGACAAAAAGCAAA;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=197890009;WS=197889991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	197953372	rs146161383	TAAGTC	T	1497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=7;PP=1163;SC=ACAGACAACTTAAGTCAAGTC;SOR=2.649;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=22;WE=197953384;WS=197953362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	197954780	rs4300850	A	G	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=64;PP=2059;SC=AAACAGAGCAACTCACGGCAA;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=105;WE=197954788;WS=197954770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	197964689	rs56077856	G	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=43;PP=1220;SC=ATAACGCAAGGATTCAGGTTG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=197964697;WS=197964679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	197986048	rs2697270	T	C	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=22;PP=1001;SC=AGACTAAGAGTGTCATACCTG;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=197986056;WS=197986038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	197989945	rs2579395	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=220;SC=CCGACTGGAGTGCACTATGCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=197989953;WS=197989935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	197990909	rs2918628	G	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=13;PP=322;SC=GTAATATTTGGTAAAGATCAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=197990917;WS=197990899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	198001319	rs3731569	A	G	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=80;NR=62;PP=2231;SC=CACTCACTTCACTTCTGGAAG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=142;WE=198001327;WS=198001309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	198001443	rs2579387	C	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=645;SC=GCCCTGCCGACGTTAAATCAA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=198001451;WS=198001433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	198011904	rs2249470	G	A	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=57;PP=1661;SC=ATAGTAAGACGTGTCACTCAC;SOR=1.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=99;WE=198011912;WS=198011894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	198175297	rs10931780	G	C	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=43;PP=2142;SC=GCCGCCGCCCGCTACCTGGTC;SOR=1.159;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=113;WE=198175305;WS=198175287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	198266943	rs788019	C	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=424;SC=ATCAACTATTCAGCCAAACTG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=198266951;WS=198266933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	198563642	rs6743671	T	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	198646629	.	TA	T	1546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=31;PP=1309;SC=GCACTGGGTATAATGCAGTCT;SOR=2.147;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=198646637;WS=198646619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	200173684	rs10153730	T	G	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=66;PP=2318;SC=GCCAGCCCTGTAGAGAGAGGA;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=60;TCR=66;TR=126;WE=200173692;WS=200173674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	200245245	rs1348813	C	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=10;PP=327;SC=AATACACAAACCTCAACCAGG;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=17;WE=200245253;WS=200245235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	200298313	rs7596597	A	G	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=49;PP=1405;SC=GAAGGGAAGCAACAGTTATAA;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=200298321;WS=200298303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	200625581	rs2346586	T	C	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=41;PP=1452;SC=GAAGGAGAGATTAGTATTTGG;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=200625589;WS=200625571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	200677625	rs2030653	C	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=141;SC=GGCCTGATGTCTTCCTGACAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=200677633;WS=200677615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	200710706	rs769960	T	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=238;SC=GGAGTATTCATATTTACAGAG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=200710714;WS=200710696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	200800493	.	A	G	119	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.9999;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=24;MQ=56.92;NF=6;NR=1;PP=119;QD=21.9673160782;SC=ACACACATACACACACACGCA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=200800501;WS=200800491;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr2	200820505	rs281766	T	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=773;SC=CAGGCACCGGTGTGAAGGGTC;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=200820513;WS=200820495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	200873144	rs113489455	AATACAAAAAAAACTTG	A	2383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=2932;SC=AGAATGATGCAATACAAAAAA;SOR=1.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=200873167;WS=200873134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	201253956	rs842823	A	G	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=34;PP=1478;SC=GGCCTATTCCACTAGAAGCAA;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=87;WE=201253964;WS=201253946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	201254049	rs3820881	G	C	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=52;PP=1843;SC=CTCCAAACTAGGTAATGCAGT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=201254057;WS=201254039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	201254171	rs4674015	A	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=27;PP=713;SC=CATAAGTAACATTTACTGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=201254179;WS=201254161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	201277181	rs6706953	T	C	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=24;PP=914;SC=GATGTTAGACTTAAATATTCC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=201277189;WS=201277171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	201354935	rs3795969	C	G	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=28;PP=1238;SC=GGAGGGCAGGCAAGGCGCGGT;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=72;WE=201354943;WS=201354925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	201371768	rs3739116	G	T	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=40;PP=1135;SC=AATTTTTGCCGCCCAACACTT;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=66;WE=201371776;WS=201371758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	201437334	rs12052989	T	C	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=55;PP=2243;SC=AAATCATCCCTGGAAACCTAG;SOR=0.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=135;WE=201437342;WS=201437324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	201440939	rs66861543	CT	C	265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=178;SC=ACCAAGGGGCCTTTTTTTTTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=201440947;WS=201440929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	201445152	rs4674194	C	T	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	201451006	rs4470327	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=24;PP=715;SC=GGCTTTCTCCCGTAACAGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=201451014;WS=201450996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	201460104	rs7597590	A	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=21;PP=734;SC=ACCGTGCAGCAAAGTCCAGAT;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=201460112;WS=201460094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	201464295	rs10179964	T	C	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=15;PP=733;SC=TCATTAGGCCTGGGATGGGGC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=201464303;WS=201464285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	201466954	rs2248130	C	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=19;PP=953;SC=TCTTGGTAGACTGTGCCTCTA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=201466962;WS=201466944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	201468732	rs2293525	C	G	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=50;PP=2453;SC=GATATGTTCTCTTTTTAGACA;SOR=1.042;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=129;WE=201468740;WS=201468722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	201470233	rs35086177	ATTTT	A	385.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.57;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	201473674	rs2470902	G	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=6;PP=301;SC=AGCAGTGATCGCACTGTGTTA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=201473682;WS=201473664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	201474179	rs17593811	C	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=31;PP=989;SC=AGCTGTTTCTCTACCCCTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=201474187;WS=201474169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	201515939	rs868810	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=539;SC=GTTCTCCAAATGCACATGAGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=201515947;WS=201515929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	201523736	rs10931910	A	G	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=205;SC=TTTTAGAAACAAGAAACTTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=201523744;WS=201523726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	201541827	rs16834027	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=378;SC=TTGCCAAGACGATCCTAGGTT;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=201541835;WS=201541817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	201677454	rs2270281	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=414;SC=CAGGCATGACCTAGGGTAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=201677462;WS=201677444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	201677791	rs2270280	T	C	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=944;SC=TTTGTGCCTGTATCGGGTATA;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=201677799;WS=201677781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	201683695	rs2881880	T	C	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=29;PP=908;SC=TGTGACTATATTTTTCTAAGA;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=201683703;WS=201683685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	201686122	rs3815501	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=28;PP=830;SC=TCTGATGCCATTTTGTACCTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=201686130;WS=201686112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	201686666	rs6705053	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=306;SC=GTGGTGGGCGCCTGTAGTTCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=201686674;WS=201686656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	201736112	rs11892119	T	C	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=73;PP=2908;SC=TCCAGGTCTATCATAGCTACT;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=84;TCR=73;TR=157;WE=201736120;WS=201736102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	201736166	rs7562391	A	C	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=76;PP=2635;SC=TAATGTGTACATCATTAAGAG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=134;WE=201736174;WS=201736156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	201758040	.	G	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,45:0.22:206
chr2	201768238	rs7917	C	T	5178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=73;PP=2965;SC=CATCATGATACTTTGGATGCT;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=99;TCR=73;TR=172;WE=201768246;WS=201768228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	201785657	rs2307358	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=416;SC=TTTATATTAATAGAATTTGTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=201785665;WS=201785647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	201785837	rs2307362	G	A	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=32;PP=923;SC=AATTGTGGATGAGAAGGAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=201785845;WS=201785827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	201881677	rs13405753	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=660;SC=ACCTTAAAAAATACTTAAAAT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=201881685;WS=201881667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	201950456	rs150160270	A	AAT	988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.62;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	201994540	rs10931931	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=6;PP=637;SC=TTGACTGGCCCGGAGCTGTAC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=201994548;WS=201994530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	202006096	rs10190751	G	A	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=20;PP=840;SC=CTCTTCTACAGATGATAACAC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=202006104;WS=202006086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	202025131	rs2518142	G	A	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1682;ReadPosRankSum=-1.545;SC=GTTGTTTTCCGTGTTTGTTTT;SOR=1.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=88;WE=202025139;WS=202025121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr2	202025621	rs1594	A	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=44;PP=1298;SC=ACAGCTCACCATCCCTGTACC;SOR=1.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=202025629;WS=202025611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	202050677	rs3900115	A	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=985;ReadPosRankSum=0.982;SC=GCTCAGCCTCAGATGTTTTTG;SOR=0.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=202050685;WS=202050667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr2	202070735	rs6712872	A	T	294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=329;SC=TAATAAAAAAATTTTTTTTCC;SOR=2.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=202070743;WS=202070725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	202082459	rs13006529	T	A	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=56;PP=1846;SC=TGCACTTTCATTATAGCAGAG;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=202082467;WS=202082449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	202122995	rs3769823	A	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=24;PP=1065;SC=ATTGAAAGTAAAAGAAACTTC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=202123003;WS=202122985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	202150009	.	C	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=19;PP=510;SC=CATCCAGTCACTTTGCCAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=202150017;WS=202149999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	202151163	rs3769818	A	G	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=48;PP=2549;SC=CAGTCACAATATTATGTGATG;SOR=1.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=132;WE=202151171;WS=202151153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	202153225	rs700635	C	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=298;SC=AATTCAGATGCGAATTCAAAC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=202153233;WS=202153215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	202154397	rs6715284	C	G	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=51;PP=2073;SC=CAACCCCCATCCCCACTCCAG;SOR=1.076;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=92;WE=202154405;WS=202154387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	202173812	rs16837131	C	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=0;PP=572;SC=AAGTCAAGACCAAACTTCATG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=202173820;WS=202173802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	202195311	rs2272390	G	A	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=87;PP=2965;SC=AAATTCAAATGTGAGTTCTTC;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=101;TCR=87;TR=188;WE=202195319;WS=202195301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	202211443	rs1406122	C	T	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=56;PP=1818;SC=ACTTGGAGTGCTGAGATTTTT;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=96;WE=202211451;WS=202211433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	202213147	rs112503110	A	AT	650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=641;SC=TTCTTAGGGGATCCCTAGGAT;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=202213155;WS=202213137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	202215409	rs71022364	C	CAAAACAAAACAAAACAA	497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=1274;SC=ATCTCAAAAACAAAACAAAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=2;WE=202215417;WS=202215399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	202215492	rs13014235	C	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=11;PP=407;SC=GGAGCTGGTACAAGAGGAGTT;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=202215500;WS=202215482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	202245244	rs3795966	A	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=538;SC=ACTTGTATAAAAGGTCAGTTA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=202245252;WS=202245234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	202245944	rs3832088	TAA	T	1220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=14;PP=402;SC=ACCCAGAGCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=15;WE=202245963;WS=202245934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	202245955	rs72937131	A	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.41;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	202246034	rs3731709	G	C	58.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=37;SC=AGTTATCCTTGGTAAATATAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=202246042;WS=202246024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	202248788	rs7579617	T	C	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=11;PP=987;SC=CATGAAAATATAGCTGAGGAA;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=202248796;WS=202248778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	202248979	rs7579853	T	A	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=26;PP=742;SC=AGATTGAAAGTCTAGATTAAT;SOR=1.298;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=202248987;WS=202248969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	202257930	rs3815515	C	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=213;SC=AAGCAAGAAGCGTATATATAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=202257938;WS=202257920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	202260049	rs2256584	G	A	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=36;PP=1589;SC=CTTTAAGTTTGTGCTGAAGGT;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=98;WE=202260057;WS=202260039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	202264156	rs13022344	C	T	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=52;PP=1955;SC=TCAGATAAGACATGGTTCCGC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=116;WE=202264164;WS=202264146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	202264316	rs6732993	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=396;SC=AAAGCAACGTCCTAGAAAGCA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=202264324;WS=202264306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	202272032	rs11691865	T	A	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=82;SC=CACTGAACAATGGCTACTAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=202272040;WS=202272022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	202284236	rs113582398	C	CTTAAT	3014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=15;PP=1853;SC=AACAAGCAAACTTAAAGTGGC;SOR=1.341;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=31;WE=202284244;WS=202284226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	202285100	rs4507084	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=790;SC=ATTTTCTCCTATAAGCGATAG;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=202285108;WS=202285090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	202337730	rs1019299	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.09;QD=24.74;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	202342402	rs12990557	G	T	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.33;QD=27.61;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	202344179	rs34469362	GT	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=3.424;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.671;NF=6;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TAATATAAAGGTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=8;WE=202344187;WS=202344169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	202357949	rs2714482	A	C	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=13;PP=949;SC=TTGTCTTTACAAAGCCTCTGA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=202357957;WS=202357939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	202412322	rs138185225	A	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=9;PP=447;SC=TTCTTTTTTCATCTTTTCCAG;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=202412330;WS=202412312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	202469361	rs12474206	C	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=38;PP=1158;SC=CCAAATTTGGCGTCTCCTGTG;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=77;WE=202469369;WS=202469351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	202469472	rs7572583	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=269;SC=ACATAACTAGATGAAACATCA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=202469480;WS=202469462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	202499683	rs56162425	C	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=473;SC=AATAGGAGAGCACTAATCTCC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=202499691;WS=202499673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	202501448	rs1208081	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=14;PP=768;SC=CTATCACAACTTAACCTTGGT;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=202501456;WS=202501438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	202505740	rs2540424	T	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	202534303	rs145833090	TATAGGAAGAGCTTAA	T	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	202538300	rs11375204	G	GA	494.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.492;NF=7;NR=5;PP=212;ReadPosRankSum=-1.297;SC=AATTAAAAAAGAAAAAAAAAG;SOR=0.627;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=12;WE=202538308;WS=202538290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr2	202546113	rs1208073	T	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=8;PP=878;SC=CAGTCTTGAATCCAGGTCCAA;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=202546121;WS=202546103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	202557702	rs6725443	C	T	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=41;PP=1346;SC=ACATCTCTGCCGTAGAACAGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=202557710;WS=202557692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	202566741	rs7603563	T	C	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=205;SC=ACAGATTTAATTGATTTCACT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=202566749;WS=202566731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	202566764	rs3731707	C	T	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=83;SC=TCCCTGTTCCCTTCTAGTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=202566772;WS=202566754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	202569992	rs3219171	A	T	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=49;PP=1639;SC=AATGATACTGATGTCAGAGTG;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=202570000;WS=202569982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	202570232	rs3219170	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=222;SC=ACTTATGGTAAACAAAATCCC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=202570240;WS=202570222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	202571562	rs3219169	C	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=23;PP=1335;SC=GTAACTACTACACTTACCTCT;SOR=1.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=72;WE=202571570;WS=202571552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	202572806	rs2058662	C	G	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=147;SC=TGAGAGCAAGCTTTATTATCA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=202572814;WS=202572796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	202574825	rs1210940	C	T	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=197;SC=AATCCATCAACAAGAAACAAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=202574833;WS=202574815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	202575821	rs3219168	G	A	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=24;PP=838;SC=GAACGACTCAGTATTTCTGGA;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=202575829;WS=202575811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	202575942	rs10200479	C	T	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=110;SC=GAGCATCCAACGTAGTACTAA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=202575950;WS=202575932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	202580370	rs3219167	G	A	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=6;PP=934;SC=ATGCTCTGCTGTATGTTGAGC;SOR=3.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=41;WE=202580378;WS=202580360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	202587653	.	C	T	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=21;QD=27.8856062736;SC=ATCACTGAAACGTGCACTTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=202587661;WS=202587643;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	202589257	rs3219163	T	C	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=960;ReadPosRankSum=-0.899;SC=GTTTAGAAAATCCAAAACCAT;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=41;WE=202589265;WS=202589247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr2	202593186	rs141560438	TA	T	1088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=9;PP=753;SC=TTAATAAGGATAGGGGTCCAC;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=202593194;WS=202593176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	202622509	rs28729117	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.03;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	202625615	rs3219156	C	T	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=46;PP=1989;SC=TGAGATGGCACTGGCTTTTCA;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=117;WE=202625623;WS=202625605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	202626625	rs2075194	A	C	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=169;SC=TTAGTCCCCTATAGATTTAAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=202626633;WS=202626615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	202633582	rs3219153	A	G	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=22;PP=772;SC=GGAAGAAATGATTTTACCTTC;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=202633590;WS=202633572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	202671381	rs2192672	C	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=209;SC=CTTGAACCTACAAGATTATGG;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=202671389;WS=202671371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	202672143	rs3214362	G	GA	381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=281;SC=GGCAAATAAAGAAAAAATGGT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=9;WE=202672151;WS=202672133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	202688293	rs4675229	A	G	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=838;SC=TGTACTTCGTAATACCTTCTG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=202688301;WS=202688283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	202712095	rs917958	A	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=14;PP=732;SC=CTCTTATTTCATTTGCTAGGG;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=202712103;WS=202712085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	202741064	rs2072504	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=331;SC=TTGTTTTCCCGGGACTCTTTC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=202741072;WS=202741054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	202741256	rs4675235	A	T	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=39;PP=1315;SC=GGAGGAAGAGACTTCACTTGC;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=202741277;WS=202741246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	202741269	rs4675236	G	A	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=37;PP=1149;SC=TCACTTGCCCGCTTTGCCCTG;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=202741277;WS=202741246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	202939836	rs16838742	G	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=17;PP=515;SC=GAGGAAGCTGGATCTTGAACT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=202939844;WS=202939826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	202974360	rs12615065	T	G	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=37;PP=1686;ReadPosRankSum=1.430;SC=CCTCACGATGTGGCCCCACCA;SOR=0.335;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=93;WE=202974368;WS=202974350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr2	203000717	rs7578906	A	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-1.467;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	203000729	rs56806886	AA	TT	473.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.53;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr2	203003066	rs3043926	G	GGTGT	1973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5287;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=3;PP=1126;SC=ATATGAACTAGGTGTGTGTGT;SOR=4.565;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=29;WE=203003074;WS=203003056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	203003085	rs16838883	T	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=15;PP=1601;SC=GTGTGTATGGTATATATAAAA;SOR=2.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=71;WE=203003093;WS=203003075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	203029951	rs7582695	T	A	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=3;PP=441;SC=AGAAGTGTTTTAAGTGTTTGC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=203029959;WS=203029941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	203051886	rs6722588	C	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=312;SC=GGATACCATGCACAGTTGTAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=203051894;WS=203051876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	203053044	rs115401595	G	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=553;SC=TTAGGGGTCGGGAGGTGGTAT;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=203053052;WS=203053034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	203079307	rs3769817	T	C	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	203139738	rs11397579	A	AC	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=247;SC=AATAGCTTCTACACCTTCATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=203139746;WS=203139728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	203420712	rs2228545	G	A	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=53;PP=1846;SC=AAATTTGGCAGCAAGCACAAA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=203420720;WS=203420702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	203589535	.	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=459;SC=ATTTTTAATGTCTAATTTTTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=203589543;WS=203589525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	203621800	rs16839308	A	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=113;SC=AACGTGCAACATGAAATCCTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=203621808;WS=203621794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	203650558	rs145836386	TA	T	44.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=57;SC=GTGAAAACAATATAAAGTGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=203650566;WS=203650548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	203651278	rs55689177	CA	C	733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=405;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=2.621;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=20;WE=203651286;WS=203651268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	203661779	rs6704822	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=132;SC=CAAGTGTTCAATTGACCAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=203661787;WS=203661769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	203690387	rs1344959	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=3;PP=176;SC=TTTAAATGGGGATTATCAGAT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=203690395;WS=203690377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	203693559	rs4675296	C	G	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=57;PP=2547;SC=TACATAGAATCCTCAAATTTA;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=135;WE=203693567;WS=203693549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	203747310	rs149553508	C	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=365;SC=CTTGGCCTCCCAAAGTGCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=203747318;WS=203747300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	203748544	rs34788166	A	AT	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.67;MQRankSum=0.560;NF=0;NR=24;PP=465;ReadPosRankSum=1.082;SC=ATTTGTAGAAATTTTTTTTTT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=24;WE=203748552;WS=203748534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr2	203748594	rs10196719	A	G	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=340;SC=GGAGTGCAGTAGTGCAATCTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=203748602;WS=203748584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	203749392	rs3050865	C	CTTT	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=6;PP=264;SC=CTTATTTCTTCCTTTACAATG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=203749400;WS=203749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	203820275	rs3731695	T	C	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=117;SC=TCTGTAGTTATTGTTAAAATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=203820283;WS=203820265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	203880992	rs2351524	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=229;SC=TTTTGCTTTCTTTACTGCTAT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=203881000;WS=203880982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	203921270	rs4673241	A	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=24;PP=707;SC=TTTACTGAGAACAACTAGGTT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=203921278;WS=203921260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	203996870	rs6748898	A	G	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=39;PP=1149;SC=GAATAAGGCTAATAAAGCTAA;SOR=2.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=203996878;WS=203996860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	204002809	rs10180815	A	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=269;SC=CTCTCAAGCTATTTTGTTTTG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=204002817;WS=204002799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	204054834	.	G	A	95	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=59.8;NF=5;NR=0;PP=95;QD=25.9542425094;SC=ACTCCAGCCTGGGCAACAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=204054842;WS=204054824;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	204062061	rs4675323	A	G	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=76;PP=2537;SC=AAAGGCCACCATCCCCAAAAA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=155;WE=204062069;WS=204062051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	204090887	rs2351773	C	G	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=31;PP=1015;SC=TGAACCTTTACCTACTAGCAC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=204090895;WS=204090877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	204110748	rs56317341	G	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=52;SC=AAGATCGCTTGAGGCCAGGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=204110756;WS=204110738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	204111394	rs13015873	T	C	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=161;SC=CATTTATTGATACAGTTAATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	204111398	rs10586509	GTTAA	G	425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=267;SC=TATTGATACAGTTAATTCAGA;SOR=3.442;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	204111443	rs6435176	A	G	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=11;PP=650;SC=TCCAAATTAAATTGATTATTT;SOR=1.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=204111451;WS=204111433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	204111705	rs6751894	T	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=14;PP=335;SC=ATGTTTAGGCTGGGCACGGTG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=204111713;WS=204111695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	204116660	rs3731694	A	T	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=9;PP=1033;SC=GATTATTTTGATACAGAAATA;SOR=2.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=204116668;WS=204116650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	204116690	rs2043449	C	T	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=30;PP=1648;SC=TCTGTTTCAGCGGACCCTTTT;SOR=1.322;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=93;WE=204116708;WS=204116680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	204116887	rs2351771	T	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=27;PP=902;SC=ATAGTATTTATTTTTTGAGTA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=204116895;WS=204116877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	204154552	rs1048013	C	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	204154686	rs10170454	A	G	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=132;SC=TATTTTAGACAGAGGTTTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=204154694;WS=204154676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	204206977	rs4675333	C	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=20;PP=592;SC=GGACCAAGTCCAGTTCTGTTA;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=204206985;WS=204206967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	204261723	rs3731652	G	C	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=58;PP=1832;SC=GCAGGCAGATGCAGTCATCTG;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=102;WE=204261731;WS=204261713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	204304775	rs201752703	C	T	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=1077;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CTTTTGCTGACACACACCCTT;SOR=0.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=56;WE=204304783;WS=204304765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr2	204305093	rs3814365	T	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	204322298	rs2469953	T	C	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=47;PP=1796;SC=CAGCTGTTTCTTTTTTCCCCA;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=101;WE=204322306;WS=204322288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	204355822	rs2469962	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=273;SC=GAACTTGGTCGAGTTATGCAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=204355830;WS=204355812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	204732850	rs231776	A	G	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=35;PP=1125;SC=CAGCAGTCAAAGGCAGTGATT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=204732858;WS=204732840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	204824178	rs146016344	AGT	A	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr2	205829991	rs236843	C	T	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=30;PP=1296;SC=CCCAACTGGCCGCATTTAAGC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=205829999;WS=205829981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	205969220	rs2289025	G	A	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=45;PP=1431;SC=ACTTCGCCAAGAACTAAGGAC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=85;WE=205969228;WS=205969210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	205978113	rs368750104	CA	C	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.39;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	205978118	rs5837952	GT	G	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.39;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	205978347	rs5837953	T	TGATTTGA	1490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=1125;SC=ATGAAAACCCTGATTTGAGCT;SOR=1.244;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=16;WE=205978355;WS=205978337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	205986767	rs1434161	C	T	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=53;SC=TTAATTCTCCCTTCATTTAAT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=205986775;WS=205986757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	205990353	rs2276676	C	T	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=20;PP=1072;SC=GAGATGTCACCGGACGAACCC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=58;WE=205990361;WS=205990343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	206036918	rs736320	C	T	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=25;PP=1456;SC=ATATTGTTTTCCTTTCTTCTG;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=206036926;WS=206036908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	206364487	rs11687914	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=55;SC=ATTTCACCATTTTCCTGGCAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=206364495;WS=206364477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	206364791	rs11683289	C	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=15;PP=382;SC=TTGAATTCATCTTTTCTAAGA;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=206364799;WS=206364781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	206418032	rs6730102	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=26;PP=945;SC=ATCTCTAATTGCTTTTCTCTC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=206418040;WS=206418022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	206562250	rs849558	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=14;PP=810;SC=TTCTTTGGGTCGTTGATTTCT;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=206562258;WS=206562240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	206565500	rs3771051	C	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=44;PP=1336;SC=TCCAAGGCCACCATCTCTGGT;SOR=2.683;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=56;WE=206565508;WS=206565490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	206581033	rs849541	G	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=34;PP=1083;SC=CTCTACATCAGGTTCACCTCC;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=206581041;WS=206581023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	206608039	rs849568	T	C	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=36;PP=1265;SC=CCCGCCTGGTTAGCAGCCGCT;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=206608047;WS=206608029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	206614646	rs10932123	T	G	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=9;PP=232;SC=AGGGACCTAGTGGTCCCCCAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=206614654;WS=206614636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	206630073	rs35659576	A	AAC	762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.6539;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=559;ReadPosRankSum=0.625;SC=CAGGTGCAATAACACACACAC;SOR=1.044;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=14;WE=206630081;WS=206630063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr2	206874339	rs817991	G	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=8;PP=645;SC=AGACGCTGGCGGGCATGCTGA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=206874347;WS=206874329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	206911191	rs34828561	C	CA	311.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.548;NF=6;NR=5;PP=171;ReadPosRankSum=0.224;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=11;WE=206911199;WS=206911181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr2	206911228	rs2909111	G	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=729;SC=GAAGACTTACGCATGTCTTTG;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=206911236;WS=206911218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	206921451	rs818009	G	A	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=40;PP=1750;SC=CTTCCAATTCGGTTTCCAGGT;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=206921459;WS=206921441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	207024886	rs113729178	G	GC	137.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	207169731	rs10932150	G	A	3769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=54;PP=2551;SC=GCCAGTGTGAGAAAATGTAAC;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=129;WE=207169739;WS=207169721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	207172627	rs7582864	A	G	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=24;PP=1043;SC=TTTCTGTCCAATCTGTGGCTG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=207172635;WS=207172617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	207174316	rs3732084	T	C	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=66;PP=2491;SC=AAGAAGCCAGTCTTCGGAAGG;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=136;WE=207174324;WS=207174306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	207422325	rs72937523	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=32;PP=931;SC=TTAAAAACACAATCCTGAAGC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=207422333;WS=207422315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	207451965	rs76058025	C	A	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=229;SC=TATATATCCACCATGCTTGCA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=207451973;WS=207451955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	207452151	rs3832131	GT	G	289.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=2.312;SC=TCATTGGAAAGTTTTTTTTTC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=207452159;WS=207452141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr2	207472606	rs5838036	G	GT	144.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=1.593;SC=TCCATGGACAGTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=207472614;WS=207472596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr2	207472683	rs78458117	C	CTA	1721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=12;PP=915;SC=TAATCCTAGCCTGTTTTCTGA;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=207472691;WS=207472673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	207527840	rs2115591	G	T	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=51;PP=2126;SC=ATGACTTTCTGTGGCATCTTT;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=207527848;WS=207527830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	207583169	rs16838693	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=27;PP=578;SC=GTGTTCAAGGTGACTGAAATA;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=207583177;WS=207583159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	207603221	rs2287632	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=333;SC=GATTCCACGGTTTTGCCTTCA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=207603242;WS=207603211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	207603234	rs2287631	T	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=6;PP=354;SC=TGCCTTCAAATTCTGTAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=207603242;WS=207603211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	207604130	rs6722033	T	C	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=264;SC=AGAGCAGACCTTGTCTTAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=207604144;WS=207604120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	207604427	rs6707178	G	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=14;PP=411;SC=TATGTAAAGCGCAATAATTTT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=207604435;WS=207604417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	207605610	rs10173497	A	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=130;SC=TTTAAAAAAAAGTTGACATTT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=207605618;WS=207605600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	207605733	rs10197325	C	T	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.960;SC=ATATGAGTCACGACTATTAGC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=64;WE=207605741;WS=207605723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr2	207605882	rs10173707	A	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=20;PP=803;SC=CCAACAACCTAACTAGGTCAT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=207605890;WS=207605872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	207605976	rs10209871	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=12;PP=374;SC=GTCCAATGTGTACATTTGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=207605984;WS=207605966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	207606094	rs4673362	A	G	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=48;SC=CAAAGTATTGATCCTGGGTGT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=207606102;WS=207606084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	207610047	rs4675635	C	T	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	207611230	rs2302922	T	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=32;PP=1005;SC=TTGTAGAAAATGACAGACATA;SOR=1.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=207611238;WS=207611220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	207613690	rs56943283	G	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=624;SC=TTAGGAGCACGAGTTATAGAT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=207613698;WS=207613680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	207613980	rs13427620	G	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=238;SC=CCCTGGCTCAGTGGAACTAAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=207613988;WS=207613970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	207615522	rs2359724	G	C	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=81;SC=TTCTTCAGTAGACAGCATGAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=207615530;WS=207615519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	207615857	rs61258471	G	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=242;SC=ATAAAAAATTGCCTGAAGCCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=207615865;WS=207615847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	207619779	rs59358632	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=12;PP=822;SC=CTTTCGCTTCACCTTCCACCC;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=207619787;WS=207619769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	207620330	rs16838820	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=317;SC=AATAGGGTGGTTTAATATTTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=207620338;WS=207620320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	207621680	.	C	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,30:0.22:138
chr2	207621759	rs1990849	A	G	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=27;PP=951;SC=TGACATCATAATAAAGCTAAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=207621767;WS=207621749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	207629904	rs3828294	G	A	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=42;PP=2214;SC=CTGCCAAGCCGAGCGGCCATG;SOR=1.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=119;WE=207629912;WS=207629894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	207630093	rs16838839	C	A	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=24;PP=644;SC=AGTCTGGCGCCCAGCAGAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=207630101;WS=207630083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	207631461	rs3762568	G	A	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=32;PP=1365;SC=TCAGTGGAGAGCAAAATGAAT;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=76;WE=207631469;WS=207631451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	207638894	rs73985719	A	C	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=145;SC=CTAAAAAATTACTATTAGCAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=207638902;WS=207638884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	207653770	rs57475447	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=273;SC=TCATCCATCAATGTACTCCTT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=207653778;WS=207653760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	207946141	rs2287507	A	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=60;PP=1775;SC=AGTTTAAGGGACAAAATGTTT;SOR=1.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=87;WE=207946149;WS=207946131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	207946164	rs2287506	T	C	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=47;PP=1411;SC=GTTTAAATCCTATCTCTTCCA;SOR=2.621;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=60;WE=207946172;WS=207946154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	207974818	rs2244923	C	T	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1446;ReadPosRankSum=0.184;SC=TTTCTATGCACGTGAATGTAG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=88;WE=207974826;WS=207974808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr2	207974875	rs2244918	A	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=771;SC=AAATGCAGACATAAAGTATGT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=207974883;WS=207974865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	207988613	rs2700166	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=14;PP=544;SC=CTTCAGCCCCCAGCCCTCCTT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=207988621;WS=207988603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	208031992	rs1269424	T	A	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=49;PP=1525;SC=CCTGCACAATTCACGTTAGGG;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=208032000;WS=208031982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	208447634	.	CAA	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr2	208447642	rs12478868	A	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr2	208477852	rs2551949	G	A	6365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=93;PP=2965;SC=CTTTCTCACAGTAAATTGCCT;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=122;TCR=93;TR=215;WE=208477860;WS=208477842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	208477956	rs2709416	C	T	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=80;PP=2751;SC=GTTCCAGTGTCTGAAGAAGAT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=132;WE=208477964;WS=208477946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	208489101	rs4234080	C	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=15;PP=411;SC=GAGGGCCATTCCGCCTGCACC;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=208489109;WS=208489091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	208633413	rs4675711	T	C	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CCAGCTGCGCTAGGAGCAGCA;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=75;WE=208633421;WS=208633403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr2	208693261	rs720632	C	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=45;PP=1430;SC=AAGACTGAAGCCAGCAAGACA;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=208693269;WS=208693251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	208693307	rs720631	T	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=28;PP=661;SC=GTGCAGCTGGTGGCACAATCT;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=208693315;WS=208693297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	208717440	rs10932211	A	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=31;PP=1119;SC=AGGCAGGGAAAGGCTGAAAAA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=68;WE=208717448;WS=208717430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	208811097	rs10932215	C	T	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=26;PP=1384;SC=CTACCTTATACTTTGAAGTAT;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=81;WE=208811105;WS=208811087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	208811284	rs10932216	C	T	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=35;PP=1210;SC=GTACTTTTAACACTACAGAAC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=66;WE=208811292;WS=208811274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	208841964	rs4441448	A	G	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=47;PP=1850;SC=TTGTCAGCTCATTCTGCCGCC;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=99;WE=208841972;WS=208841954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	208986385	rs2305429	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=9;PP=825;SC=AAACAACAAAAGAGGACATAT;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=208986393;WS=208986375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	208986637	rs2305430	T	C	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=62;PP=2047;SC=TGTAGTCCTCTCTCTCATAGA;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=123;WE=208986645;WS=208986627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	209007559	rs796287	T	G	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=29;PP=870;SC=TGAACAGAGATACAGTCGTCT;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=209007567;WS=209007549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	209030330	rs34111482	G	GT	78.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=0.210;SC=TAAGGTCACAGTTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=209030338;WS=209030320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	209030572	rs6721025	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=10;PP=234;SC=GGTATCAAGCACATCAATTTA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=209030580;WS=209030562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	209033138	rs7589065	C	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=10;PP=283;SC=TGGCTCAAGCCTGTAATCCCA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=209033146;WS=209033128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	209033173	rs7562540	A	G	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=162;SC=CAAGGCGGGCAGATCGCGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=209033181;WS=209033163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	209035485	rs6435420	T	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=500;SC=ATTTTGCAGATGAGGAAACTA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=209035493;WS=209035475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	209035658	rs6748431	C	T	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=47;PP=2064;SC=AATTTACAATCTCACACCTAC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=122;WE=209035666;WS=209035648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	209035849	rs4292037	A	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=12;PP=383;SC=TGTCCATCCAAAGTTTCATTT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=209035857;WS=209035839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	209036605	rs10932244	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CAACCAGACATAGAAATCTAA;SOR=1.355;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=57;WE=209036613;WS=209036595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr2	209036712	rs10804166	T	C	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=70;PP=2390;SC=CCAGGCTTACTCTGTTTGCGG;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=137;WE=209036726;WS=209036702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	209036778	rs6435421	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=35;PP=1087;SC=AAGGAGAGGCAGAGAGATGAA;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=209036786;WS=209036768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	209046162	rs6435425	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	209046162	.	GTA	ATG	449	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=449;QD=62.8084843578;SC=AATAAAATTGGTATGATTGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=209046172;WS=209046152;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr2	209046164	rs6435426	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	209049840	rs10804167	C	T	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=49;PP=1448;SC=TCCCATCCCTCCCTCCCCCAC;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=209049848;WS=209049830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	209101905	rs57383668	GA	G	768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=311;SC=TAACGGGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=209101913;WS=209101895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	209138946	rs6705163	C	T	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=200;SC=GCTGAATAAGCTGAGCTCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=209138954;WS=209138936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	209163556	rs7569723	C	T	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=51;PP=1473;SC=AGAGAATGTTCATGTGACTGA;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=209163564;WS=209163546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	209168853	rs893256	C	T	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=19;PP=1011;SC=ACATTGTTGCCATTGAAGGCC;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=209168861;WS=209168843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	209176807	rs12624141	T	G	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=117;SC=GAGGCATTTTTACCCAAAGCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=209176815;WS=209176797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	209184844	rs934712	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=25;SC=CTAAATGAGAATATATTAATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=209184852;WS=209184834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	209184980	rs10932258	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=11;PP=361;SC=TTGTAGATGAGTTCTTGTATT;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=209184988;WS=209184970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	209184999	rs10932259	C	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=10;PP=379;SC=TTAAAAACCCCAAAATTCTTC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=209185007;WS=209184989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	209189912	rs893255	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=505;SC=TTTTACAGATATTAAGAGAGT;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=209189920;WS=209189902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	209190330	rs2363468	T	C	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=33;PP=1465;SC=TTGCTGGAATTGAGGATTGTG;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=209190338;WS=209190320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	209190519	rs893254	A	T	6185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	209190528	rs893253	C	G	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	209191082	rs1529979	C	A	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=42;PP=1473;SC=TTCAAGTGGCCAATCAGGAAG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=209191090;WS=209191072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	209191099	rs1529978	T	C	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=41;PP=1154;SC=GAAGCAAAAATGAGGGTGATG;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=75;WE=209191107;WS=209191089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	209192990	.	C	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=718;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CTCCTAGTGCCTGTGTCAGTC;SOR=0.359;Source=Platypus;TCF=24;TR=45;WE=209192998;WS=209192980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr2	209194696	rs1437414	G	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=372;SC=AAAATTTCAAGCTAAAACGTA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=209194704;WS=209194686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	209195099	rs1866045	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=282;SC=AACTATCACCGTGCTGTAGCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=209195107;WS=209195089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	209195133	rs12694109	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=491;SC=AGCTGCAGGCTCAGAGCAGCA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=209195141;WS=209195123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	209199945	rs2363469	A	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=667;SC=TGCCTCATAGAATATAGTTGA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=209199953;WS=209199935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	209201054	rs6744236	T	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=297;SC=TTTTGTTTCCTGTCACTCTCC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=209201062;WS=209201044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	209201739	rs7596571	T	C	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=85;SC=TAGTTTAATATGTACTTTAGT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=209201747;WS=209201729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	209204714	rs2289171	G	A	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=8;PP=877;SC=TAATATATAAGTAGACTATTT;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=209204722;WS=209204704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	209209827	rs2304544	G	A	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=50;PP=1951;SC=ACCTATTTCTGCCCTAAGTTG;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=122;WE=209209835;WS=209209817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	209209997	rs2043718	C	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=425;SC=AGTTTTATTACAGCATTTATC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=209210005;WS=209209987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	209212707	rs2304545	G	A	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=1189;ReadPosRankSum=0.477;SC=TTGGGCAGACGGGCAAGGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=67;WE=209212715;WS=209212697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr2	209214770	rs2118297	A	G	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=38;PP=1453;SC=GAGGAGATACACAAAAGAAGC;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=209214778;WS=209214760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	209215448	rs994696	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=296;SC=GAGGAAAGATATTTTCTGAGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=209215456;WS=209215438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	209215586	rs994697	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=22;PP=669;SC=ACAGCAGTGAAGAAGATTTCA;SOR=1.151;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=38;WE=209215594;WS=209215576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	209219190	rs6435453	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=5;PP=440;SC=AGCACTCAATAAAAGTTAACT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=209219198;WS=209219180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	209220157	rs10208191	G	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=341;SC=CAGTTCTGTGGCTGTTTAGAC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=209220165;WS=209220147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	209224874	rs11357589	CA	C	1609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=14;PP=917;SC=AGCAGTTTGTCAACCAGCATA;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=209224882;WS=209224864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	209293168	rs962595	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=503;SC=TGCAGCAGAACAACAACACTC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=209293176;WS=209293158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	209315573	rs1370371	G	A	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=23;PP=879;SC=AACCTCAGATGTTCTCAAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=209315581;WS=209315563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	209346020	.	T	TGCAACCTC	203	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=16;MQ=47.46;NF=0;NR=3;PP=203;QD=82.0;SC=CTCGGCTCACTCGCCTCCCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=209346028;WS=209346010;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr2	209353607	rs6726003	A	G	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=89;SC=CCCTGTCTCAAGAAAAGATAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=209353615;WS=209353603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	209353656	rs11335842	GT	G	328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=3;PP=184;SC=GCTCTGCTAAGTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=209353674;WS=209353646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	209358027	rs3820900	C	T	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=62;PP=2197;SC=GTCGGTGGAACCTCTCCGTGG;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=122;WE=209358035;WS=209358017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	210517785	rs2254169	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=479;SC=CGGTTTGCTACAAATTTTTCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=210517793;WS=210517775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	210594540	rs4673486	A	G	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=50;PP=2032;SC=CGAATGCAAGATATAGTTAAA;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=119;WE=210594548;WS=210594530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	210594717	rs11389149	C	CT	949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=789;SC=CCAATCTTGTCTTTTTAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=21;WE=210594725;WS=210594707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	210594768	rs7594601	T	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=352;SC=AGGTCCCAGATTGTAGACCTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=210594776;WS=210594758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	210659434	rs7603924	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=298;SC=CTCGATAGTGAGTAAATCTCA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=210659442;WS=210659424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	210678691	rs2159745	T	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=851;SC=TTACACTGTTTCTATTATCTT;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=210678699;WS=210678681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	210745681	rs2370838	C	A	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=38;PP=1516;SC=CTTTCATTTCCTAGGTACTGT;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=87;WE=210745689;WS=210745671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	210786137	rs9288415	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=216;SC=AAACTACTACGTTTGTGTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=210786145;WS=210786127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	210874246	rs3738934	T	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=618;SC=TTTAGTATTATTTAATACTGA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=210874254;WS=210874236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	210880893	rs7570090	C	T	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=40;PP=1299;SC=GGAAGATTTGCGGGAAACAGG;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=76;WE=210880901;WS=210880883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	210882456	rs2243769	G	T	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	210889759	rs6435550	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=389;SC=GTCTCACCCAAAATTCATGCA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=210889767;WS=210889749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	211060050	rs2286963	T	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=30;PP=932;SC=TCTGCTAATTTATGTTGCACT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=211060058;WS=211060040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	211069438	rs263677	G	A	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=30;PP=904;SC=GTAGAGAATGGTCTCATTTAA;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=211069446;WS=211069428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	211074909	rs3764913	T	C	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=13;PP=605;SC=TAGAAGTCCTTTTTTACACAC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=211074917;WS=211074899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	211163063	rs150329321	TAC	T	214.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	211341204	rs56033100	G	GC	83.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=120;SC=GAGGGCGGCGGCGGCGCCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=211341212;WS=211341194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	211421452	rs3835047	A	ATCT	2528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=12;PP=1220;SC=GCCACAAATCATCAAAATGAC;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=27;WE=211421460;WS=211421442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	211456637	rs1047883	A	G	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	211456637	.	ACC	GCT	1130	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=33;NR=35;PP=1130;QD=17.4039393362;SC=CTTGGACAACACCCTCCCTGC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=68;WE=211456647;WS=211456627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr2	211456639	rs2229589	C	T	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	211481257	rs2287599	C	G	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=58;PP=2113;SC=CACTGAAAGGCCTCAACAGGT;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=124;WE=211481265;WS=211481247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	211513118	rs4673540	C	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=460;SC=GGCTACCACTCGAGCTAATGA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=211513126;WS=211513108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	211527716	rs3214427	A	AT	205.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=247;SC=GACCCAAGAGATTTTTTACAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=211527724;WS=211527706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	211533070	rs10932347	A	G	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=38;PP=1051;SC=GAGGGGCAGGATAGAATGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=211533078;WS=211533046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	212295590	rs141267844	G	GT	522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=538;SC=AGGCTTATTGGTTTCTTGTAT;SOR=2.712;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=14;WE=212295598;WS=212295580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	212295875	rs6710946	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=540;SC=CCCAGGTTTTCCCATTTTTCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=212295883;WS=212295865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	212488828	rs146953835	GTC	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr2	212488870	rs3215298	G	GC	750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=768;SC=TTCTTACAAAGAAAAACACAC;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=212488878;WS=212488860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	212543924	rs4673628	A	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=27;PP=824;SC=GAAACACCAAAATCAAGGGGA;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=212543932;WS=212543914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	212544024	rs10169970	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=139;SC=TATGGCAAATGACTTTGGTGG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=212544032;WS=212544014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	212569983	rs6723705	G	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=6;PP=427;SC=AGTCAATCTTGTGTAATTTTT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=212569991;WS=212569973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	212578379	rs67894136	TA	T	121.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	212587321	rs13002712	G	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=677;SC=TTAATGAAACGCTGCCAAAAC;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=212587329;WS=212587311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	212589986	rs35778743	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=24;PP=640;SC=AGCTGAGTTCTGGAGTGACAA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=212589994;WS=212589976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	212615516	rs6757068	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=181;SC=GAAATACTCCTGCTCCTTTAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=212615524;WS=212615506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	213291226	rs34480397	C	CTCTT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=2;PP=90;SC=AAACCTCAATCTCTTTATCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=213291234;WS=213291216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	213914343	rs2165444	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=172;SC=TGGTCATTACCGACTACATAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=213914351;WS=213914333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	214012405	rs6738070	A	C	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=3.937;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.45;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,131:0.96:137
chr2	214228792	rs12469417	C	T	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	214228959	rs4146048	G	A	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=173;SC=GATATTTAAAGGTGAGTAAGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=214228967;WS=214228949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	214233812	rs6752347	C	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=16;PP=447;SC=AGTGTGGAAACAATTTTAATT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=214233820;WS=214233802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	215013777	rs5838412	GTA	G	42.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	215013787	.	A	G	213	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9949;HP=2;HapScore=4;MGOF=40;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=213;QD=61.9428031368;SC=GTATATATATATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=215013809;WS=215013777;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	215013801	.	G	A	213	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9949;HP=2;HapScore=4;MGOF=40;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=213;QD=49.5542425094;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=215013809;WS=215013777;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	215013801	.	G	GTATATA	38.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	215102929	rs1912207	T	A	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=24;PP=863;SC=TGTTACCTCATATTGAAGTTG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=215102937;WS=215102919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	215595765	rs6435849	C	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=34;PP=1001;SC=AACAGCGCTTCCTAAAATAAA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=215595773;WS=215595755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	215595861	rs34664471	G	GA	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.7352;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=4;PP=36;SC=GGCTTTGCAGGAAAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=215595880;WS=215595851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	215595872	rs28685662	G	A	156.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=108;SC=AAAAAAAAAAGCATTCTTTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=215595880;WS=215595851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	215632256	rs2070093	A	G	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=30;PP=1198;SC=CTATATCCACATGCCCATTCT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=76;WE=215632264;WS=215632246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	215645545	rs2070096	C	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=34;PP=1232;SC=CTGAGGGCACCGTTTGCTTAA;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=215645553;WS=215645535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	215797332	rs17426207	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=11;PP=566;SC=ATTGGTCACACGCTGAGATTG;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=215797340;WS=215797322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	215797527	rs10532785	AATTC	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=225;SC=AAATAAAGTTAATTCATTCTC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=215797538;WS=215797517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	215802112	rs3738884	G	A	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=152;SC=TTGTAGAGACGGGGTTTCACC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=215802120;WS=215802102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	215812297	rs2274412	G	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=34;PP=1145;SC=GCAATAAAAGGGGAGTTAGGT;SOR=0.855;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=72;WE=215812305;WS=215812287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	215820013	rs10498027	G	A	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=62;PP=2239;SC=TGACACAGACGTAAGTGATGA;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=132;WE=215820021;WS=215820003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	215821580	rs17492577	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=258;SC=CCCATCTAGTTTAAAACTGCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=215821588;WS=215821570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	215833415	rs4673925	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=384;SC=TCATTTGTATAACATTCCAGA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=215833423;WS=215833405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	215840414	rs17493319	C	A	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=102;SC=CTTCTAAGTACTTTATTCTCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=215840422;WS=215840404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	215840829	rs7594021	A	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=142;SC=AACTTCAGAAACTATATATAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=215840837;WS=215840819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	215851246	rs7559069	A	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=2;PP=636;SC=ATGGCAATAAATGTCAAAAAG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=215851254;WS=215851236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	215855780	rs4533467	G	A	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=38;PP=1138;SC=AATGTGAGGCGCTTGTTATGC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=61;WE=215855788;WS=215855770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	215862383	rs1980844	G	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=467;SC=TCTATGAACAGGACTTATTCA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=215862391;WS=215862373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	215862633	rs1326748	C	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=272;SC=TTACATTGAACTTATGATCGT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=215862641;WS=215862623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	215872334	rs940279	G	A	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=6;PP=795;SC=CTGGAAGAGAGGCAATTTAAT;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=215872342;WS=215872324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	215874965	rs6733264	G	T	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=199;SC=AAGATAGAAAGAAATCAGTCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=215874973;WS=215874955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	215875251	rs1409607	A	T	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=23;PP=615;SC=ATCCATTTCCACATGGCAAAT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=215875259;WS=215875241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	215876166	rs7560008	A	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=412;SC=TACTCACTGGAATTTATGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=215876174;WS=215876156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	215878240	rs7594353	G	A	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.03;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	215878246	rs10192100	C	T	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.64;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	215880108	rs6753310	C	T	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=85;SC=TTCCAAAAGCCGAATAAATGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=215880116;WS=215880098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	215940242	rs6711179	T	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=36;PP=1775;SC=TATTGTGCAATCATAACCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=89;WE=215940250;WS=215940225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	215976231	rs2948978	A	T	84.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=74;SC=ACAAAAAAAAATTTTTGAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=215976239;WS=215976221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	216182769	rs4672766	AC	TT	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=569;SC=CAGAATTTTCACGTTGAATTC;SOR=3.258;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=216182778;WS=216182759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	216184482	rs16853782	A	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=27;PP=914;SC=AACTTTTAACACATTACGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=216184490;WS=216184472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	216189825	rs3772077	A	G	187.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=116;SC=GAATTCTAAAATGTCAGGCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=216189833;WS=216189818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	216189845	rs3772078	A	G	255.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=267;SC=CACAGTTTATATATTAGTTCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=216189853;WS=216189835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	216190691	rs2177737	A	C	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=23;PP=961;SC=AAAATCAATAAGTCTTTTGTT;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=216190699;WS=216190681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	216191533	rs78562722	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=397;SC=ACAAAACTTACGCTTTTTGTA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=216191541;WS=216191523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	216199525	rs12466139	T	C	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=101;SC=TAAAATCTTATGTAAACAGTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=216199533;WS=216199515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	216199551	rs10932608	T	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=283;SC=AGCTTTAGAGTAATGAATTTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=216199559;WS=216199541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	216200907	rs13002576	C	G	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=35;PP=1072;SC=CTCTTTCTCCCTTGTTTACTC;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=216200915;WS=216200897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	216211712	rs10932609	A	T	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=31;PP=831;SC=ATTCAGTTCAACCCTTTATGT;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=216211720;WS=216211702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	216226642	rs13394662	A	C	92.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=64;SC=TACCTGTAGAAAGAGACTGTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=216226650;WS=216226632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	216230216	rs10498037	G	C	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=43;PP=2298;SC=AAAATGATCTGTGATGACATA;SOR=1.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=114;WE=216230224;WS=216230206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	216235089	rs1250209	C	T	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=52;PP=1874;SC=TCCACTATGACGTTGTAGGTG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=216235097;WS=216235079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	216243832	rs1250204	T	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=38;PP=1461;SC=TTTATTCCAATGAACAACGGT;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=96;WE=216243840;WS=216243822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	216248305	rs1250203	G	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=355;SC=TCGAATGATCGCTTACATGAG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=216248313;WS=216248295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	216249587	rs13652	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=14;PP=570;SC=CTGTACCTGTCTCTCCGTAAG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=216249595;WS=216249577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	216249819	rs1250201	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	216253039	rs1250215	G	C	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=31;PP=931;SC=AGGGGCAAATGGGGCTTATTT;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=216253047;WS=216253029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	216269095	rs13306359	C	T	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.12;MQRankSum=0.414;QD=25.21;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr2	216269209	rs1053238	T	G	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=865;ReadPosRankSum=1.411;SC=GATTCCTCAGTGGGTACTTGG;SOR=0.223;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=216269217;WS=216269199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr2	216269254	rs7589580	T	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=24;PP=770;SC=GCCTGGGCTGTCCTCTTCGGG;SOR=1.067;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=216269262;WS=216269244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	216271812	rs7592898	A	T	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=241;SC=AACAATCCTGATAAGATAACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=216271820;WS=216271802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	216272900	rs2577301	T	G	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.85;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	216274853	rs5838510	A	AAC	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.641;NF=0;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=0.271;SC=AATTTAAATTAACACACACAC;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=216274861;WS=216274843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr2	216808354	rs150285041	G	A	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=143;SC=GACGAGGTCAGGAGATCGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=216808362;WS=216808344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	216810468	rs62183184	A	C	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=33;PP=1148;SC=CTAAGGTAGAAAAATGGACCA;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=216810476;WS=216810458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	216811707	rs1344695	G	T	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=10;PP=925;SC=TGATCACAACGAGTTATTTTT;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=216811715;WS=216811697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	216878008	rs1864253	C	G	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=43;PP=1440;SC=CACTCGCACCCGCAGCAGCAG;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=216878016;WS=216877998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	216908679	rs2303842	C	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=21;PP=801;SC=CCACATCCACCGACTGTCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=216908687;WS=216908669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	217012901	rs207906	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=28;PP=883;SC=AGGTGACAACAAAAAGTCAGA;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=217012909;WS=217012891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	217055171	rs12470053	A	G	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=747;SC=CATTCTCAATATGAATAGCAG;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=217055179;WS=217055161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	217069151	rs1438162	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=33;PP=1018;SC=CTGGTGTTCTATGATTGAAGT;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=217069159;WS=217069141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	217123958	rs169616	T	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=188;SC=CTGTTGGCTCTGGGGGTGCCA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=217123966;WS=217123948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	217148417	rs876771	C	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=22;PP=669;SC=TGCACTTGACCGAGCCATCAC;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=217148425;WS=217148407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	217280261	.	GT	G	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.7455;HP=16;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=19;MQ=60.42;NF=0;NR=4;PP=37;QD=10.0;SC=TTTTTCAGCTGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=217280269;WS=217280251;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr2	217281150	rs3214962	AC	A	344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=259;SC=CTTTCAGGGCACCCCCCCCAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=217281158;WS=217281140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	217311635	rs79491615	C	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=627;SC=GACACGCACGCGGTCTTTTTC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=217311643;WS=217311628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	217364539	rs284572	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=12;PP=592;SC=ACAGCAATCCCTGTTTTGTTT;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=217364547;WS=217364529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	217498296	.	T	TGCTGCCGCC	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=498;SC=CCGCCGCCGCTGCTGCCGCTG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=217498304;WS=217498286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	217541582	rs2160549	T	C	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	218577575	rs1835333	T	A	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=102;SC=AGTTTGCATCTGTCACCCACC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=218577583;WS=218577565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	218604247	rs4672848	A	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.16;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	218604356	rs4294980	G	A	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=40;PP=1361;SC=GCCAGGGAGAGGCAACTTGCA;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=218604364;WS=218604346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	218672657	rs2241451	C	T	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=1;PP=130;SC=AAGCTTCACTCGGAAGCTGAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=218672665;WS=218672647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	218674697	rs918949	C	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=16;PP=466;SC=ACAGAGTTGACGAAGAGCACA;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=218674705;WS=218674687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	218675144	rs918950	G	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=23;PP=600;SC=CAGAAGGAACGCTGCTTTTCA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=218675152;WS=218675134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	218675199	rs1035672	G	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=105;SC=CAGTCTGAACGTTTGATGATT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=218675207;WS=218675189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	218679599	rs2059408	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=4;PP=351;SC=CTCAGCCAGCTATGGCCTCTG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=218679607;WS=218679589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	218683154	rs2571445	A	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=17;PP=793;SC=ATGGCCCGCCAGCCGAAGCCA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=218683162;WS=218683144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	218712886	rs375721540	GGCT	G	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.077;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,10:0.13:76
chr2	218745685	rs10199795	G	A	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1563;ReadPosRankSum=1.649;SC=TGAGGGGGTCGGAGGTGTTAT;SOR=0.492;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=86;WE=218745693;WS=218745675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr2	218758123	.	GCA	G	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.788;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr2	218801767	rs4674232	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	218937860	rs10211510	G	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=3;PP=470;SC=ATGACGGTGTGTAGTGGAGGC;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=218937868;WS=218937850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	218940259	rs7423696	C	T	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=30;PP=1154;SC=TGCTGATGCCCAGCCCCAGAG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=218940267;WS=218940249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	219000310	rs2230054	C	T	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=47;PP=2570;SC=TCTTCCTGCTCTGCTGGCTGC;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=111;WE=219000318;WS=219000300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	219029108	rs2234671	C	G	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NR=53;PP=2368;SC=GCGCTCACAGCTCTCCTGGAT;SOR=0.724;Source=Platypus;TCR=53;WE=219029116;WS=219029098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	219093278	rs60528331	A	G	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=109;SC=GCAAAGAAACAAGTGCTCAGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=219093286;WS=219093274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	219099260	rs1018288	G	C	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=213;SC=TTTCAACTCCGTCCATAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=219099268;WS=219099250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	219128506	rs2292549	C	T	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=32;PP=935;SC=CTGTCTCTACCGGGCCCCACT;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=219128514;WS=219128496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	219139573	rs6734242	G	A	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=4;PP=83;SC=TGCTCGTTCTGTTATCTGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=219139581;WS=219139563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	219140288	rs2292550	G	C	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=22;PP=585;SC=TGTAGTCCTCGGGGCTGATGG;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=219140296;WS=219140278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	219142023	rs2168703	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=371;SC=TCCCTAGTGTGCCGGGGTCCG;SOR=3.500;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=219142031;WS=219142013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	219142491	rs2271543	C	T	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=17;PP=856;SC=AGCTGGGGAACGCCACCAAGT;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=219142499;WS=219142481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	219142594	rs3817266	C	T	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	219143229	rs2292551	G	A	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=54;PP=2175;SC=TTAAGTCTCTGGGACTCACCT;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=126;WE=219143237;WS=219143219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	219143327	rs2292552	T	C	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=55;PP=1926;SC=CAGGCCCAAATCTGCCCCGCT;SOR=1.003;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=104;WE=219143335;WS=219143317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	219144089	rs12987180	G	A	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=30;PP=1030;SC=GGACACAGACGGCCGGGCATG;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=219144097;WS=219144079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	219144149	rs12987219	G	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=450;SC=CCAGCCCCCAGTACTTTCCTC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=219144157;WS=219144139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	219144815	rs2045435	T	C	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=73;NR=78;PP=2270;SC=TATCACTCACTGCTCTCTCCT;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=151;WE=219144823;WS=219144805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	219146607	rs7585702	T	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=4;PP=163;SC=GGTGGCCTCATCTGCTCCAAG;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=219146615;WS=219146597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	219146868	rs2292554	T	C	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=52;SC=TGGACATGGCTGCTCACGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=219146876;WS=219146858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	219146882	rs2292555	G	C	50.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	219153982	rs34353396	T	C	376.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=121;SC=GGTGGGGACCTGAAGTTCTTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=219153991;WS=219153972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	219153983	rs10707182	GA	G	367.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=209;SC=GTGGGGACCTGAAGTTCTTGT;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=219153991;WS=219153972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	219204728	rs73088163	C	T	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=39;PP=1599;SC=TGTTACCCCGCCCACAGCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=91;WE=219204736;WS=219204718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	219206738	rs34745867	C	A	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=25;PP=1119;SC=CAGCGTGGGACGGCTTCAGAT;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=219206746;WS=219206728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	219209393	rs1350336	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=326;SC=CCTCCCCAAAACTCTGACCTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=219209401;WS=219209383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	219225450	rs116779205	G	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=16;PP=495;SC=GACAGGTCCAGATCAATTTAG;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=219225458;WS=219225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	219231807	rs3845833	C	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=26;PP=751;SC=CCAAGATGCCCATCTTGAGGG;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=219231815;WS=219231797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	219249013	rs2276631	C	T	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=23;PP=1381;SC=GGCCTGGCTTCCTCATGAGCA;SOR=1.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=219249021;WS=219249003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	219249771	rs6734861	C	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=200;SC=CTCTCCCACCCCCTCCCCGAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=219249779;WS=219249769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	219250003	rs3731865	G	C	5234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=77;PP=2965;SC=AGCTTGGGGGGCCTGGACAGG;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=178;WE=219250011;WS=219249993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	219252377	rs2290708	C	T	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=29;PP=859;SC=GTGCTGCAACCCCACTGTGGA;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=219252385;WS=219252367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	219254622	rs2695342	A	G	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=53;PP=2060;SC=CCCGCCGAGCAGACATCAGAG;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=121;WE=219254630;WS=219254612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	219254842	rs3816560	T	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=169;SC=AGCTGAGCCCTTCTGAGTCTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=219254850;WS=219254832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	219257688	rs2045433	T	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=7;PP=509;SC=CACCAAGGAGTTCACCCCCAC;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=219257696;WS=219257678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	219259270	rs2279015	G	A	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=6;PP=694;SC=CCCACCCCCAGTGTGGGCGCT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=219259278;WS=219259260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	219263277	rs2695344	A	G	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=83;SC=CTTCTGGCAGACGCCGCTCCC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=219263285;WS=219263267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	219265094	rs2579958	T	C	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=25;PP=938;SC=GCGCTCCTGTTCGCTCGAGGT;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=219265102;WS=219265084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	219265136	rs11463820	T	TC	2959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=27;PP=1281;SC=GAGAGGGAACTCTTCGGGGGT;SOR=1.058;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=28;WE=219265144;WS=219265126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	219266810	rs695873	C	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=13;PP=844;SC=AGAGGCACCCCAGCCAGCCCC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=219266818;WS=219266800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	219267537	rs116469369	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=372;SC=TTAGGGACCTCGTGAGGTAGG;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=219267545;WS=219267527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	219288382	rs4672893	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=342;SC=TGCTCCCCCAAGCCCCTGAGC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=219288390;WS=219288372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	219292595	rs34906275	C	T	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=352;SC=CTGGCCCTCACGTGACCCCAG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=219292603;WS=219292585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	219319657	rs6436058	A	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=16;PP=656;SC=TGTTCCTCACAAGGCCTGACG;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=219319665;WS=219319647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	219321692	rs5838699	CA	C	361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.17;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	219321707	rs202077882	AAAG	A	1019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=40.79;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	219339283	rs549026	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=411;SC=ATTTGGAGGTTATTTGTCACT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=219339291;WS=219339273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	219353195	rs10932782	C	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=739;SC=ACACAAGAAACACAAATATAC;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=219353203;WS=219353185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	219394645	rs375176017	TAA	T	2761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=18;PP=1594;SC=AAAGAACTCCTAAGTTTTTCA;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=38;WE=219394654;WS=219394635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	219433597	rs526897	G	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=551;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GCGGCTCATTGTTTTCCGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=219433605;WS=219433587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr2	219447912	rs2952825	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.44;QD=32.59;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	219447956	.	GTCTCTCTCTCTC	G	324	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=66;MMLQ=26;MQ=52.64;NF=1;NR=11;PP=324;QD=27.25;SC=GTGTGTGTGTGTCTCTCTCTC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=219447977;WS=219447934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,12:0.71:17
chr2	219487342	rs13011342	T	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=6;PP=613;SC=AAAAGTTTCATTCACTCTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=219487350;WS=219487332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	219497048	rs3731869	T	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=10;PP=291;SC=AAGCCAGGAGTGGTCTTTCTG;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=219497056;WS=219497038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	219498079	rs12989964	G	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=11;PP=779;SC=AGTACATGCAGACCGCCTTTA;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=219498087;WS=219498069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	219498759	rs7574429	T	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=25;PP=1227;SC=AGAGTAGGCATGGTCCTTGGG;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=63;WE=219498767;WS=219498749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	219503113	rs1803383	C	T	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=4;PP=348;SC=GGCTGGGATCCTCCAGCTGCA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=219503121;WS=219503103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	219507302	rs3821033	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=16;PP=579;SC=GCAGGCTGTGCAGGCTCGGGG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=219507310;WS=219507292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	219508263	rs3770212	G	T	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=799;ReadPosRankSum=-1.180;SC=GGGCCTCCGTGGGTGAGGAGT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=41;WE=219508271;WS=219508253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr2	219508988	rs3770214	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=20;PP=693;SC=TCTTCAGCACTCAAGTCAGAA;SOR=1.051;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=40;WE=219508996;WS=219508978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	219520895	rs3731872	T	C	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=17;PP=727;SC=CAGGAGCACCTGGGGTCAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=219520903;WS=219520885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	219525582	rs6722185	A	G	219.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=180;SC=CCACACAGTAATGCTGACCTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=219525590;WS=219525572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	219526739	rs36085075	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=855;SC=ACAGGTTGGTCTCCAGCCAGA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=219526747;WS=219526729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	219527005	rs2303561	C	T	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=38;PP=1185;SC=AAATTTCTCTCAACTTGGCAA;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=219527013;WS=219526995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	219527712	rs33946522	C	T	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=64;PP=2520;SC=TGACCACCAACCACGTTGACA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=139;WE=219527720;WS=219527702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	219527866	rs35843327	T	C	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=43;PP=1795;SC=GGCTGGACCCTGCCCTGATAC;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=219527874;WS=219527856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	219528995	rs13022721	T	C	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=29;PP=1228;SC=CCCCTCCCTTTGGGTGCCTCC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=219529003;WS=219528985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	219529247	rs2303562	A	C	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=24;PP=713;SC=CAGGTTCCGCAGGGGCAGGAG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=219529255;WS=219529237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	219529348	rs2243911	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=13;PP=828;SC=GGGCTGACCACGATCAGCCTA;SOR=1.493;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=38;WE=219529356;WS=219529338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	219529838	rs2303563	A	G	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=26;PP=1410;SC=TTTAGAAAATACCATTACTCC;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=219529846;WS=219529828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	219529881	rs2303564	G	A	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=28;PP=1179;SC=TCCTTACCATGGGCTGTTGGG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=70;WE=219529889;WS=219529871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	219530090	rs34683377	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=256;SC=ACCGGTTCAGCAGTGAGTTGG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=219530098;WS=219530080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	219532903	rs2556384	C	T	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	219532903	.	CGG	TGA	2054	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=28;NR=30;PP=2054;QD=36.3356530149;SC=ACTGCTGAAGCGGTCCACCCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=58;WE=219532913;WS=219532893;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr2	219532905	rs2556385	G	A	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.86;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	219533229	rs60520272	C	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=371;SC=GAAATATTATCTCTGAATCAA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=219533237;WS=219533219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	219533378	rs16859170	T	C	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=24;PP=822;SC=TGGACTCCAATACTTCAACTT;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=219533386;WS=219533368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	219541056	rs2556388	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=9;PP=226;SC=TCTCCCTCTATCTCTGTTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=219541064;WS=219541046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	219544388	rs1863703	A	G	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.083;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=55;PP=2202;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TTGGCCCCCAAGGGTAATCAG;SOR=0.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=115;WE=219544396;WS=219544378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr2	219545309	rs2303565	T	C	7253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=113;PP=2965;SC=GTTCTACCCCTTGGCTTCCTC;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=131;TCR=113;TR=244;WE=219545317;WS=219545299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	219553468	rs16859180	C	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=17;PP=590;SC=GCCTGCATTCCGGGTCCTGAG;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=219553476;WS=219553458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	219555262	rs1344642	G	A	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=19;PP=912;SC=CAGACTTTGCGGAGGGACAGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=219555270;WS=219555252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	219563602	rs12993599	G	A	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=66;PP=2549;SC=GAATCCTATCGGCCCCTGCGC;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=120;WE=219563610;WS=219563592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	219602499	rs3731877	G	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=22;PP=1170;SC=CACGCCACCTGAGAAACCCTC;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=219602507;WS=219602489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	219602819	rs3731876	G	A	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=76;PP=2634;SC=GTTCGAGCCCGTCAGAAAAAA;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=140;WE=219602827;WS=219602809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	219605118	rs7562426	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=211;SC=GCAAAGCAGCGGGGTGGTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=219605126;WS=219605108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	219609762	rs2272192	G	A	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=7;PP=1275;SC=TAAATCGTACGTCGTAGTAAC;SOR=2.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=61;WE=219609784;WS=219609752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	219609776	rs2272191	G	A	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=13;PP=1622;SC=TAGTAACGACGCTTCAGGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=67;TCR=13;TR=80;WE=219609784;WS=219609752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	219609995	rs2272190	G	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=44;PP=995;SC=AAGAGCCCCCGGGGAGAAGGT;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=57;WE=219610003;WS=219609985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	219610322	rs2272189	G	A	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=165;SC=GCCCAGGGAAGAATGGGCAGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=219610330;WS=219610312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	219610433	rs586194	A	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=15;PP=660;SC=TTCCCTGGGAACAGAGGAAGT;SOR=1.040;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=37;WE=219610441;WS=219610423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	219612282	rs2272188	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=404;SC=GAGCCCCATCATCTGGCTGTA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=219612290;WS=219612272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	219613772	rs61500159	A	G	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=104;SC=TTTTAAGGACAGAGAATAGGA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=219613780;WS=219613762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	219616610	.	C	CTT	79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.9992;HP=15;HapScore=4;MGOF=21;MMLQ=23;MQ=55.84;NF=1;NR=6;PP=79;QD=12.5714285714;SC=AACAGCTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=219616629;WS=219616600;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,7:0.54:13
chr2	219616619	.	TTTC	T	114.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	219616681	rs6708650	A	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=4;PP=104;SC=CCCAGGCTGGAGTGCAATGGT;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=219616689;WS=219616671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	219618237	rs6436073	A	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=348;SC=GCTGGAGGGTACCAAGACCCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=219618245;WS=219618227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	219618497	rs6757772	T	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=204;SC=ATTCTCCAGCTGGGGGTTGGT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=219618505;WS=219618487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	219691566	rs1467320	A	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=300;SC=GGATGGCATGAGAAACCCTGC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=219691574;WS=219691556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	219691801	rs33985460	G	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=14;PP=454;SC=AAGGAGGGCCGGGGCAGCAGG;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=219691809;WS=219691791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	219692527	rs11385903	G	GC	1169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=11;PP=796;SC=ATCACCAACAGCCCTTTCCGG;SOR=1.209;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=21;WE=219692535;WS=219692517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	219692790	rs5838710	A	AG	1337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=909;SC=GCATCCCTGCAGGGAGGGGCG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=21;WE=219692798;WS=219692780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	219696014	rs650898	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	219874853	.	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-1.221;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr2	219874863	.	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-0.967;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr2	219874866	.	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-0.967;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr2	220022176	rs6436120	C	T	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=72;SC=CCCAACCCCACATTCGAATTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=220022184;WS=220022166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	220034497	rs142326026	C	CCA	4468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.32;MQRankSum=0.394;NF=13;NR=43;PP=2546;ReadPosRankSum=-0.036;SC=ACCTACTTCCCCACACACACC;SOR=0.779;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=56;WE=220034505;WS=220034487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,119:0.97:123
chr2	220037393	rs4674361	A	G	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=35;PP=1226;SC=AAGTGAAAGGAGCACCGGGCT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=71;WE=220037401;WS=220037383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	220041455	rs6436125	C	T	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=10;PP=835;SC=GCCGGGAGGCCGGGGAGGGGG;SOR=1.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=40;WE=220041463;WS=220041445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	220045035	rs7577690	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=10;PP=270;SC=GGGGATGGGAGTGGAGTGATA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=220045043;WS=220045025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	220071803	rs6714820	C	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=19;PP=542;SC=GCCCAGCGGACAGGGACTTTG;SOR=2.124;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=25;WE=220071811;WS=220071793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	220071879	rs66491679	TG	T	379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	220072766	rs4674366	G	T	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=502;SC=GCAGGGTAATGGCAGCCAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=220072774;WS=220072756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	220072852	rs4674367	C	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=749;SC=AGCTTCAACCCTACCCTGTCG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=220072860;WS=220072842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	220078496	rs2139823	T	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=18;PP=1155;SC=GACACAGGCCTCAGGCCCCCT;SOR=1.487;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=56;WE=220078504;WS=220078486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	220083279	rs1109866	C	T	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=37;PP=1113;SC=CCAGAGTCCCCAGAGCCATCC;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=220083287;WS=220083269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	220083453	rs1109867	G	T	93.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	220085845	rs2276633	A	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=64;PP=2290;SC=CATGCAGGGCAGTGGTCTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=129;WE=220085853;WS=220085835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	220088248	rs908196	A	G	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=166;SC=CGGTTTTCCCAAAGACACTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=220088256;WS=220088238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	220089590	rs3216709	T	TG	1538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=922;SC=CGGGGTGGGGTGGGGAAGAGA;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=220089598;WS=220089580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	220089685	rs2276637	G	C	283.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=234;SC=TTAAGAGACAGTTCCTGATTT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=220089693;WS=220089675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	220113242	rs7601549	T	G	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=80;PP=2652;SC=TGGAGGCGCTTCAGCCCCCAG;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=56;TCR=80;TR=136;WE=220113250;WS=220113232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	220113384	rs8447	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=292;SC=CTTACACTTGGGGGTAGCGGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=220113392;WS=220113374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	220118076	rs60456844	CG	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr2	220118531	rs939574	G	C	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=29;PP=973;SC=CCCCAAAGGAGAGGGGCAATT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=220118539;WS=220118521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	220135208	rs2891733	C	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=403;SC=GCACTCTGATCGGGGGGCCAA;SOR=4.294;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=220135216;WS=220135198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	220136155	rs7594971	T	C	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.656;NF=139;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=2.220;SC=CATCTGCCACTGCAACCTAGA;SOR=0.248;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=272;TCF=139;TCR=133;TR=271;WE=220136163;WS=220136145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr2	220136351	rs3731892	G	A	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=68;PP=2663;SC=CTGCAGAAAAGGTATACCACG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=69;TCR=68;TR=137;WE=220136359;WS=220136341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	220136371	rs3731894	T	C	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.319;NF=63;NR=63;PP=2256;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GAGCAGCTGTTGGTGGCAGAG;SOR=0.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=126;WE=220136379;WS=220136361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr2	220239534	rs3731904	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=342;SC=GCACTAGAGGGGAAGCAGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=220239542;WS=220239524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	220239561	rs3731905	C	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=7;PP=513;SC=CAGAGAGGGTCTGGGGTGGGT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=220239569;WS=220239551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	220246218	rs6436148	T	C	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=48;PP=1980;SC=GAGTCGGCGCTCGGAACAGCC;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=104;WE=220246226;WS=220246208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	220246859	rs377719830	C	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=24;PP=560;SC=TCTCAGACCCCACCTGGCGAC;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=220246867;WS=220246849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	220249299	rs5838737	C	CT	640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=533;SC=TTTGTTTTTTCTTTTTTTTGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=22;WE=220249307;WS=220249289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	220249329	rs2002892	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=468;SC=TCGCTCTTGTCGCCCAGTCTG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=220249337;WS=220249319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	220250147	rs907679	A	G	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=15;PP=839;SC=AGTCCTCACCACAGGCTGGGT;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=220250155;WS=220250137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	220250322	rs878437	C	A	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=41;PP=1399;SC=GGGACTCTGCCGCCCTCCCCA;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=220250330;WS=220250312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	220250826	rs2271456	G	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=29;PP=824;SC=GGGCACTGCAGCCAGCCAGGC;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=220250834;WS=220250816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	220250897	rs11352428	AG	A	593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=648;SC=CAGACTAAGCAGGGTGGTCCT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=220250905;WS=220250887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	220251178	rs2271457	T	C	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=44;PP=1282;SC=CATGACGATATGTGGAGATGA;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=220251186;WS=220251168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	220252287	rs138394024	CTCG	C	1885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=10;PP=1275;SC=TGACTCCTCTCTCGCACCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=26;WE=220252297;WS=220252277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	220264543	rs58721028	C	CAT	3182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;PP=1681;SC=TGCCTAGGAACGTGTCTGCAC;SOR=1.002;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=33;WE=220264551;WS=220264533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	220283259	rs1318299	A	G	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	220283277	rs2017800	T	C	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=55;NR=41;PP=1562;SC=CCCCGCTGAGTTCGCCCGTGT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=220283285;WS=220283267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	220283826	rs907677	T	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=14;PP=561;SC=AGGCCTGGGGTCTGGGGTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=220283834;WS=220283816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	220285309	rs1058261	C	T	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=47;PP=1714;SC=CCCTCAGGGACATCCGGGCTC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=220285317;WS=220285299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	220285666	rs12920	G	C	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=75;PP=2488;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TTGACGCCCTGAAGGGCACTG;SOR=0.493;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=124;WE=220285674;WS=220285656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr2	220286142	rs1058284	G	A	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=30;PP=1334;SC=ACAACATTGCGCGCCTGGAGG;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=220286150;WS=220286132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	220306413	rs4674398	G	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=13;PP=334;SC=CATGTGCCTAGGGCTCCGGAG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=220306421;WS=220306403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	220308581	rs10932805	A	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=339;SC=GGGGGTCCCCAGTGCTGGGCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=220308589;WS=220308571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	220316579	rs4674399	C	T	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=15;PP=367;SC=CCGTGACTCTCCCCTGGCCCA;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=220316587;WS=220316569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	220330642	.	TGTGCGCGC	T	1032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.08;QD=43.03;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	220330644	.	TGCGCGCGTGTGC	T	2220	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=16;MQ=64.19;NF=18;NR=1;PP=2220;QD=117.789473684;SC=CGTGTGTGTGTGCGCGCGTGT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=19;WE=220330669;WS=220330634;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr2	220330657	rs68012340	GTGCA	G	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=41.43;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	220330661	.	A	G	509	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=18;MQ=63.79;NF=22;NR=2;PP=509;QD=22.6571338561;SC=GTGTGCGTGCACGTGTGCGTG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=220330669;WS=220330634;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	220333950	rs10167209	T	C	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=39;PP=1682;SC=TGTCCATTCCTGACTTCCTGC;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=94;WE=220333958;WS=220333940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	220341935	rs201853159	A	AG	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=40.81;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	220341937	.	G	GGCGGGGCCTGGTACAGCGGC	2523	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.98;NF=5;NR=1;PP=2523;QD=20;SC=AGGAGATGAGGCCCTGGCCCC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=220341946;WS=220341927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	220341938	.	C	T	84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=84;QD=29.6928031368;SC=GGAGATGAGGCCCTGGCCCCA;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=220341946;WS=220341927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,4:0.29:14
chr2	220341938	.	C	CGGGGCCTGGTACAGCGGCT	708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=64.43;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	220346596	rs3731906	C	T	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=145;SC=GAAACAGGCTCTAATCAGTGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=220346604;WS=220346586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	220353104	rs875097	A	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=14;PP=737;SC=GGGAGGGGCTAGGCCGGAGTG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=31;WE=220353112;WS=220353094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	220356806	rs907146	C	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=60;NR=36;PP=1550;SC=GGTCTGCATACGTCAATCAAG;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=96;WE=220356814;WS=220356796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	220361265	rs2385541	A	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=128;SC=ACTCTTGAGTAGGGTTTGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=220361273;WS=220361255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	220362899	rs2029251	C	G	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=79;PP=2557;SC=TCGCTCGCGTCGACGTGGCCT;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=144;WE=220362907;WS=220362889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	220366953	rs2385539	G	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=2;PP=213;SC=AAGTAGGGAGGGGGAGGGCAG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=220366961;WS=220366943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	220371181	rs10932808	T	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=28;PP=789;SC=GGGGAACCCCTCAGCTGATGG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=220371189;WS=220371171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	220379560	rs3731909	C	G	5324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=86;PP=2965;SC=CTGGAGCAGCCCCCCGAGACC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=92;TCR=86;TR=178;WE=220379568;WS=220379550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	220380125	rs1872858	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=442;SC=TCCTCAACAGGGCTTCCCTTC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=220380133;WS=220380115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	220397811	rs6731344	T	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=426;SC=TCAGTGGGGTTGGGGAGAGGT;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=220397819;WS=220397801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	220400049	rs144993868	ATG	A	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=0.214;SC=TACATACGGTATGTGTGTGTG;SOR=0.515;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=4;WE=220400058;WS=220400039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr2	220402624	rs11689270	G	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=305;SC=GAGCTCTCCCGGTCCCACTCT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=220402632;WS=220402614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	220402671	rs11689281	G	T	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	220402680	rs11695248	T	C	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	220404381	rs1976616	A	G	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GGGCTGCCACATAGTCGGAGT;SOR=0.439;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=69;WE=220404389;WS=220404371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr2	220405321	rs6436155	T	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=54;NR=46;PP=1519;SC=AGCAGCTGCCTGGTCCCCATC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=100;WE=220405329;WS=220405311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	220406239	rs13004994	T	G	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	220406722	rs3731912	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=47;PP=1943;SC=GCTCCTCGCCTAGCGTCACCA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=104;WE=220406730;WS=220406712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	220406944	rs7581251	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=7;PP=282;SC=CTTATCAAAAGGACAACGGGG;SOR=1.765;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=17;WE=220406952;WS=220406934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	220406962	.	T	G	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=16;MQ=59.24;NF=0;NR=4;PP=21;QD=13.9428031368;SC=GGGCGGGGGGTGGGGGGGAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=4;WE=220406970;WS=220406952;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,4:0.22:18
chr2	220412256	rs8179770	T	C	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=29;PP=1306;SC=CAGTGCTCTTTCTCACTGGGT;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=220412264;WS=220412246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	220413658	rs56198734	CA	C	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=503;SC=GGAAGCCTAGCAACCTTCCAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=220413669;WS=220413648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	220413661	rs12996466	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=335;SC=AGCCTAGCAACCTTCCATAAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=13;WE=220413669;WS=220413648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	220414016	rs6436156	C	T	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=43;PP=1221;SC=GGCCACCAGACCCTGCTTATC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=220414024;WS=220414006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	220415717	rs3731918	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=312;SC=CTTGGCGGCAGGAAGGTGGGG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=220415725;WS=220415707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	220415752	rs6745782	C	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=259;SC=GGGCACAGCGCGGCACCTGAA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=220415760;WS=220415742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	220416164	rs6761575	T	C	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=2;PP=115;SC=CACCCCAAGTTCTGGAAAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=220416172;WS=220416163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	220416570	rs4672931	C	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=262;SC=GCATGGCCCCCAGGAGGAGAG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=220416578;WS=220416560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	220416591	rs4672932	C	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=10;PP=266;SC=ATGCATCTTCCCTCCCTGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=220416599;WS=220416581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	220416803	rs4672933	A	T	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=34;PP=1475;ReadPosRankSum=1.558;SC=CAGGATGTACACTCTCTGTCG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=92;WE=220416811;WS=220416793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr2	220416967	rs4672934	C	T	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=28;PP=827;SC=CTAGCGAGGCCGGAGCCACCT;SOR=1.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=220416975;WS=220416957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	220419236	rs10932813	T	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=21;PP=818;SC=GGGAATCCGCTGTGAAGGAGA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=220419244;WS=220419226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	220419339	rs10932814	T	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=25.31;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	220420956	rs10932816	A	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=755;SC=CGAGACACACATCCTGGCCTT;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=220420964;WS=220420946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	220421417	rs1983210	C	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=57;PP=1807;SC=GTGGTGTCAGCTCCGAGACCA;SOR=1.390;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=93;WE=220421425;WS=220421407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	220427996	rs11904583	T	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=455;SC=AACAGTGGCCTGGGAGTGAAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=220428004;WS=220427992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	220428381	rs2303543	A	T	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=55;PP=1875;SC=CATTGCACAGACACCCCCGCA;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=114;WE=220428389;WS=220428371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	220430203	rs1039898	C	T	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=66;PP=2382;SC=CAACGACACCCTGTCCTGGGG;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=113;WE=220430211;WS=220430193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	220431919	rs4674412	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=7;PP=386;SC=GCGGATGGCAAGCCTGTGAGA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=220431927;WS=220431909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	220432709	rs2292360	A	T	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=75;PP=2689;SC=GCGGACAGGAATCCATCAACC;SOR=0.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=146;WE=220432717;WS=220432699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	220435034	rs10180675	A	G	7939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=116;PP=2965;SC=CCTGGCAGTAAAGCACCTTGA;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=143;TCR=116;TR=259;WE=220435042;WS=220435024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr2	220435375	rs1061399	G	A	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=20;PP=1371;SC=AGGATGCGCAGTGCCAGGCTC;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=220435383;WS=220435365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	220462640	rs681747	G	T	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=49;PP=2054;SC=CAGACGGGGAGGTTCGGTATG;SOR=0.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=118;WE=220462648;WS=220462630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	220466199	rs620698	G	T	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=19;PP=720;SC=TGTGCAAGGAGCCCAAGAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=220466207;WS=220466189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	220471116	rs633200	C	G	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=46;PP=1558;SC=GGACCTGGACCCTGCTTACTG;SOR=0.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=220471124;WS=220471106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	220476443	rs627530	C	T	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=41;PP=2001;SC=CCTTCTCCGTCTGCCAGCCCT;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=220476451;WS=220476433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	220476645	rs581547	T	C	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=41;PP=1335;SC=GGGGCTGCCATGGGCAGGCTG;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=220476653;WS=220476635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	220479312	rs624773	T	C	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=39;PP=1509;SC=CTCTGTACCCTACCTTGTCAC;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=88;WE=220479320;WS=220479302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	220480639	rs640807	T	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=17;PP=481;SC=GGGAGTGACATGGGCCTGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=220480647;WS=220480629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	220480693	rs665845	G	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=12;PP=472;SC=TGAGGCCTTCGCAGAGACCTC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=21;WE=220480701;WS=220480683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	220494118	rs597306	A	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=19;PP=752;SC=GAGCCCCCCCACTCAGGGACC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=220494126;WS=220494108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	220495167	rs612078	A	C	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=155;SC=GTCCCCTGCTAAGGGCTGAGT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=220495175;WS=220495157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	220500423	rs589767	A	G	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	220500426	rs639214	A	G	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.03;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	220502137	rs621515	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=303;SC=TGTGTGTGTTCTGTGTGTTCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=220502145;WS=220502127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	220502367	rs635311	A	C	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=70;PP=2870;SC=GGGTCCCTGGATGCTGGTCTG;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=140;WE=220502375;WS=220502357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	220505265	rs684428	T	C	5384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=94;NR=76;PP=2868;SC=GTCCCAGCGTTTGTTGCTCAT;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=95;TCR=76;TR=170;WE=220505273;WS=220505255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	220586231	rs9288551	C	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=84;SC=AGGCTATGCGCTTTATCTGCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=220586239;WS=220586221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	220771223	rs4674470	C	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=34;PP=1046;SC=AAGATGCCCCCAGGTGACATC;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=220771231;WS=220771213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	220771290	rs4674471	G	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=502;SC=TGTGCATTTTGCCAGGGAAAC;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=220771298;WS=220771280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	220771310	rs4674472	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=283;SC=CCAGAGTTGCACGATTTCTAT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=220771318;WS=220771300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	220771378	rs4674473	A	G	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=4;PP=75;SC=GCATATGTGTATGGCATGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=220771386;WS=220771368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	222435035	rs200647532	TCC	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=2;PP=27;SC=CAAGTTTTTCTCCCCCCCCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=222435056;WS=222435025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	222435048	rs2710504	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=2;PP=56;SC=CCCCCCCCCAAAAAAAGAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=222435056;WS=222435025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	222437136	.	A	AG	33	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=65.19;NF=0;NR=2;PP=33;QD=38.0;SC=AGGGCGGCCGAGCCCCGCCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=222437144;WS=222437126;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	223161889	rs12623857	A	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=18;PP=669;SC=TGATAAAAACACCGCCGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=223161897;WS=223161879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	223162024	rs6754024	T	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=325;SC=CAGTCTTCTGTCCTATCCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=223162032;WS=223162014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	223423362	rs4674664	A	G	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=56;PP=2128;SC=ACATCCCACCACTCACCACCT;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=120;WE=223423370;WS=223423352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	223436607	rs7185	C	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=12;PP=369;SC=AAGGGTCCAACATTGATTTCT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=223436615;WS=223436597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	223436860	rs3768976	A	G	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=105;SC=ATCACTGGCTATGAAAAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=223436868;WS=223436850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	223493435	rs2019357	G	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	223493440	rs34167083	G	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.18;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	223498167	rs7340227	T	C	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.6257;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=53;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCCGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=3;WE=223498175;WS=223498157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	223499077	rs13410038	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=493;SC=ATGATTTTTGCAAAGCTGCTG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=223499085;WS=223499067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	223520905	rs2166652	G	C	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=25;PP=926;SC=CATTCTGCTGGCAACAGTTCC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=223520913;WS=223520895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	223520978	rs2044537	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=320;SC=ATGTATCTTTATGAGACTAAT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=223520986;WS=223520968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	223781018	rs35780866	T	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	223785504	rs6739824	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=320;SC=GCCACTTGACTATTGTTTCTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=223785512;WS=223785494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	223785846	rs6728234	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=601;SC=GACTTGATCTGTTTTGTTGAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=223785854;WS=223785836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	223787559	rs11891410	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=12;PP=284;SC=GGTAAGTTCAGTGTCTGTGAC;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=223787567;WS=223787549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	223787691	rs10932978	G	A	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=128;SC=TTCTTAGACTGTAAGTACATT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=223787699;WS=223787681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	223793480	rs1550420	C	T	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	223798141	rs6726737	A	C	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=150;SC=TTCTCATTGCAGCCATTAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=223798149;WS=223798131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	223799207	rs935030	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=425;SC=CAACACAGTTCACCATTTTGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=223799215;WS=223799197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	223806194	rs1550426	C	T	55.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.99;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	223917812	rs10201907	T	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=23;PP=754;SC=AGCCGCTGCCTGTGGTGTCGG;SOR=1.038;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=223917820;WS=223917802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	223918080	rs10189762	C	G	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=59;PP=1936;SC=GGACCCCTGCCGGTGGCTCCA;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=124;WE=223918088;WS=223918070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	224629876	rs10644138	C	CCATCAT	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=1151;SC=ATTATTAACACCATCATCATC;SOR=3.407;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=18;WE=224629884;WS=224629866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	224634775	rs189803495	A	T	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=107;SC=TCCTATTTTTAAAAACCGTAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=224634783;WS=224634765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	224743591	rs602675	C	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=36;PP=1032;SC=CATAACACCTCCTTAAGATTT;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=224743599;WS=224743581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	224743652	rs547234	A	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=399;SC=TGTAATCCCAACACTTTGGGA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=224743660;WS=224743642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	224744701	rs516849	A	G	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=546;SC=GAGGCAAGCAATTTGTTACTC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=224744709;WS=224744691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	224749579	rs7355685	T	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	224749582	rs75008462	T	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	224758906	rs625150	C	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=9;PP=752;SC=AGCCAGGTTCCTGGGGGTCTC;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=224758914;WS=224758896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	224760494	rs597349	G	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=260;SC=GGTGTACAACGGGTCATTCAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=224760502;WS=224760484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	224763816	rs530065	C	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=43;PP=1198;SC=GGATGTAGAACAGAAATCACC;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=224763824;WS=224763806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	224765894	rs604990	G	A	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=9;PP=749;SC=TGGCTCTGAAGGATACTGCAG;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=224765902;WS=224765884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	224770780	rs622896	C	T	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=112;SC=ACAACAGAAACTTGACTTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=224770788;WS=224770770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	224777094	rs541712	T	C	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=31;PP=803;SC=CACTTTAAGTTGTTCTTCAAA;SOR=1.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=50;WE=224777113;WS=224777084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	224777105	rs113054269	G	GTGAT	2192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=1491;SC=GTTCTTCAAAGTGATTAAGAA;SOR=1.314;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=27;WE=224777113;WS=224777084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	224822043	rs3738960	C	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=217;SC=GTCTCCGCCCCTGCCCTCTCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=224822051;WS=224822033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	224842150	rs7597833	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=264;SC=TCTGCAACTATTGACATTAGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=224842158;WS=224842140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	224844919	rs729631	C	G	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=0;PP=45;SC=CCCACACACACTGCCTGGCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=224844927;WS=224844909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	225376032	rs6743816	G	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=435;SC=CGATAAGGCAGAGTAAGGATT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=225376040;WS=225376022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	225378382	rs3830376	ATAAT	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=212;SC=TTATCACTTGATAATTAAATT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=225378393;WS=225378372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	225664782	rs77823647	TAAA	T	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=389;SC=CATAAATAATTAAAAAAAACC;SOR=3.611;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=225664792;WS=225664772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	225665074	rs1560859	G	A	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=73;SC=TTCAAAGTTTGCTGGCATTTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=225665082;WS=225665064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	225668717	rs141021252	ATG	A	604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.548;QD=26.29;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr2	225670901	rs4674941	G	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=12;PP=626;SC=TTGCATGTTTGATAGCTGTCT;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=225670909;WS=225670891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	225672460	rs12328236	G	A	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=30;PP=1344;SC=GGAGCATGCCGTACAGGGGCA;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=225672468;WS=225672450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	225684166	rs7572725	A	G	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	225688041	rs13405571	A	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=58;SC=CTTCAAATTGAAAAAAAAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=225688049;WS=225688033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	225688100	rs13431331	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=294;ReadPosRankSum=1.326;SC=GTTTTCATCTGACAGTGCTAG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=225688108;WS=225688090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr2	225695334	rs66902027	TG	T	730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=5;PP=349;SC=GGAATGCTGTTGGGAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=10;WE=225695342;WS=225695324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	225699079	rs10177782	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=345;SC=AATTATCTGCTCATGCCAGAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=225699087;WS=225699069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	225702565	rs6724332	G	A	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=64;PP=2141;SC=AAGCAAAGCTGTTCAGTGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=118;WE=225702573;WS=225702555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	225706425	.	A	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1461;ReadPosRankSum=0.595;SC=TTGAGTAATAATCATCTCCCA;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=225706433;WS=225706415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr2	225709636	rs11682884	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=35;PP=993;SC=TTATGTTAATGTGCTGTTCTG;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=225709644;WS=225709626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	225709926	rs7577271	A	G	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=17;PP=1124;SC=ATACCTTTCCACTTGCAGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=225709934;WS=225709916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	225781669	rs12987341	GT	AC	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=722;SC=GAGAGAAGATGTGGACATTTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=225781678;WS=225781659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	225796458	rs35061287	ATC	A	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=255;SC=GTTGGATTTCATCTCTTAGTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=225796467;WS=225796448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	225811581	rs13021295	T	A	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=27;PP=1654;SC=AATCTGTGGATTTCTTCTTGG;SOR=1.561;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=85;WE=225811589;WS=225811571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	225848579	rs375205	T	C	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	225875158	rs590233	A	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=247;SC=ACCTAGAGGAAAATATAAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=225875166;WS=225875148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	225907150	rs397052	C	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.129;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.37;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr2	226273490	rs2048935	T	C	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=308;SC=TGGCCATAATTATTGGAGTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=226273498;WS=226273480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	226273689	rs2048936	T	C	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=46;PP=1462;SC=TGAAGGCCTATGATGGCTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=98;WE=226273697;WS=226273679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	226447844	rs6436570	G	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=199;SC=CACAGAGTACGGGGTCTTGAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=226447852;WS=226447834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	226491770	rs3748993	A	C	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=46;PP=1714;SC=AACACCAGGGACACCTGTGGT;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=226491778;WS=226491760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	227872995	rs2228555	T	C	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=49;PP=1270;ReadPosRankSum=1.351;SC=GCGTGCTAAATACGGGAAGGC;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=218;TCF=102;TCR=116;TR=91;WE=227873003;WS=227872985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,96:0.42:227
chr2	227912331	rs2272200	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=141;ReadPosRankSum=-0.397;SC=ACAGGTGACAGTAACGTTTAT;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=16;WE=227912339;WS=227912321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr2	227914655	rs2272203	C	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.490;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr2	227914975	rs2251223	T	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.572;SC=AACGAAAGTTTAAATGCATGC;SOR=0.297;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=5;WE=227914983;WS=227914965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr2	227915832	rs1800517	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=822;ReadPosRankSum=2.355;SC=GTATCTTCCCGGCTCTCCTCT;SOR=0.697;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=190;TCF=85;TCR=105;TR=67;WE=227915840;WS=227915822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,72:0.36:201
chr2	227915924	rs2272205	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TTGAGCTAGGTAATAGTTAAG;SOR=0.392;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=26;WE=227915932;WS=227915914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,29:0.30:96
chr2	227916039	rs2894626	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr2	227917240	rs3769644	C	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=-1.085;SC=CTACGAAGCTCTATTTATGTA;SOR=0.641;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=9;WE=227917248;WS=227917230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	227917270	rs3769643	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr2	227922104	rs7567789	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.67;ReadPosRankSum=1.844;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr2	227922109	rs7567796	T	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=2.403;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	227922321	rs3769641	A	G	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=55;PP=1437;ReadPosRankSum=1.304;SC=CTGGCCCTGAAATGATACAAT;SOR=0.616;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=326;TCF=157;TCR=169;TR=113;WE=227922329;WS=227922311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,119:0.34:348
chr2	227922454	rs2141829	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=311;ReadPosRankSum=-0.240;SC=AAGTCTTTGAGTGGATTTTCT;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=21;WE=227922462;WS=227922444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr2	227925097	rs6436650	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=1.000;SC=TTGCCTATCCCGATTTACAAA;SOR=0.105;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=227925105;WS=227925087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	227927189	rs35717623	GT	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	227954599	rs2229814	G	A	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=664;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TCTCCTTTTGGGCCTCTTCCT;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=60;TCR=66;TR=53;WE=227954607;WS=227954589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr2	227966148	rs16823202	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=253;ReadPosRankSum=0.667;SC=GGCAATACTTCTAAAAATAAA;SOR=1.508;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=15;WE=227966156;WS=227966138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr2	227966298	rs59443812	T	TA	1275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,71:0.45:158
chr2	227967601	rs11274738	ACAATATTTCAGCAATAGGGAAAG	A	3313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=60.29;MQRankSum=2.492;NF=2;NR=41;PP=2971;ReadPosRankSum=0.637;SC=GGTTCAAGCAACAATATTTCA;SOR=0.596;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=142;TCF=4;TCR=138;TR=43;WE=227967631;WS=227967591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,87:0.54:161
chr2	227967830	rs10707643	GA	G	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.886;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr2	227968553	rs7602059	A	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=705;SC=CAACAGTAGTACCAACTTATT;SOR=3.477;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=227968561;WS=227968543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	227973095	rs7600536	A	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=353;SC=TTAACCCGAAAGTAGTGTTAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=227973103;WS=227973085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	227973410	rs55741079	C	A	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=31;PP=1999;SC=ATTAAGACTTCTGGCTACACA;SOR=1.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=92;WE=227973418;WS=227973400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	227973623	rs12475686	A	G	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=69;PP=2209;SC=CAATCATCAGACATAGAAATC;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=110;WE=227973631;WS=227973613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	227974113	rs6436654	A	G	8463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.856;SC=AATCACAGCCACCAGCACATC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=160;TCR=141;TR=299;WE=227974121;WS=227974103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr2	227974191	rs6436655	A	G	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=79;PP=2520;SC=CAGTCCGGGCACGGTGGTTCA;SOR=1.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=119;WE=227974199;WS=227974181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	228102723	rs13424243	G	C	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=56;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CTTCTGTGACGGGGCCAAAGG;SOR=0.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=72;TCR=92;TR=102;WE=228102731;WS=228102713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,108:0.62:175
chr2	228102752	rs1882435	C	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=548;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TAAAAACAAACCCTAATACTG;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=43;WE=228102760;WS=228102742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,47:0.37:128
chr2	228104760	rs7579991	C	T	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=29;PP=1717;SC=CAAAGAGTCACCATGAAGTCA;SOR=1.431;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=93;WE=228104768;WS=228104750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	228109626	rs113428834	T	TG	2741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.205;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;MQRankSum=0.265;QD=34.71;ReadPosRankSum=1.711;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr2	228109784	rs6750210	C	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=580;SC=TTAAAACAGTCGTGCAAGAAA;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=228109792;WS=228109774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	228111435	rs10178458	T	C	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=0.253;SC=CCAGGGACACTGGGCTACCCA;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=124;TCR=73;TR=192;WE=228111443;WS=228111425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,208:0.99:211
chr2	228111600	rs10168566	G	T	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=2.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	228111604	rs10168567	G	T	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=3.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	228111651	rs10192026	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=672;SC=GCTTTGTTTTACTTTTGAGAC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=228111659;WS=228111641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	228112186	rs4321358	A	G	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=46;PP=2771;SC=GGGAGAGGATACACAATAGCA;SOR=1.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=91;TCR=46;TR=137;WE=228112194;WS=228112176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	228113175	rs6436669	A	G	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=70;NR=52;PP=2112;SC=CCTGCTAAAGAAGAAGATATA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=122;WE=228113183;WS=228113165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	228118403	rs12621551	T	G	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=81;PP=2508;SC=GTGTCTAGGATGAAGTCCTTG;SOR=3.023;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=18;TCR=81;TR=99;WE=228118411;WS=228118393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	228124702	rs4332918	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=522;ReadPosRankSum=-1.331;SC=GAAAGGGAACAGAGATCTCTT;SOR=0.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=35;WE=228124710;WS=228124692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,35:0.40:88
chr2	228128540	rs10205042	C	T	5501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=118;NR=77;PP=2965;SC=ATGGCCAGGCCTGAAAGGAAG;SOR=0.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=118;TCR=77;TR=195;WE=228128548;WS=228128530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	228131912	rs10933174	C	A	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=65;PP=1730;SC=TTTAGATGAACTTGGAGGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=20;TCR=65;TR=85;WE=228131920;WS=228131902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	228135631	rs28381984	C	T	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=66;PP=2103;SC=CCTGGAACTCCGGGAGTGAAA;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=114;WE=228135639;WS=228135621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	228144706	rs6729152	G	T	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=34;PP=976;SC=ATGTAGAAATGATCAATATAT;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=228144714;WS=228144696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	228145543	rs6436671	C	T	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=40;PP=2337;SC=AGAAGAATGACTGGTACAGCA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=115;WE=228145551;WS=228145533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	228149107	rs6436672	A	G	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=36;PP=1075;SC=GCTGATTCTCAGGCTAATAAA;SOR=1.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=228149115;WS=228149097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	228154095	rs7593281	C	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=366;SC=CAGAAATTTGCTACTAAATTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=228154103;WS=228154085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	228158418	rs7569636	T	C	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=30;PP=1469;SC=GGCTGAGAAGTGATTAGGTGG;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=228158426;WS=228158408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	228158648	rs7608999	G	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=226;SC=TTAATTACCTGTTTACCAGCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=228158656;WS=228158638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	228159063	rs6436675	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=595;SC=CTGGACAAAATCATGGGGTGA;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=228159071;WS=228159053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	228194480	rs3211097	AG	TT	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=1466;ReadPosRankSum=-1.650;SC=AGGAACAAGCAGTGACACATC;SOR=0.690;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=45;WE=228194489;WS=228194470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,50:0.40:125
chr2	228194570	rs6706656	G	A	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=63;PP=1755;SC=GCTTACTGCCGTAGGCTAACC;SOR=1.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=103;WE=228194578;WS=228194560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	228194639	.	T	TA	106	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=0.9999;HP=11;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=9;PP=106;QD=12.7777777778;SC=TCTACTGCATTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=228194647;WS=228194629;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,9:0.60:15
chr2	228197368	rs4500938	A	G	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=54;PP=1586;SC=AGAGAAGAGCAAAGAGGCTTT;SOR=2.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=69;WE=228197376;WS=228197358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	228204929	rs4420693	C	T	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=36;PP=1715;SC=AGCCTTGTATCGAGGTTCTTT;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=92;WE=228204937;WS=228204919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	228204982	rs4442987	C	T	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=59;PP=2427;ReadPosRankSum=2.564;SC=ATTTCTATTTCCTTCCCTCTC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=136;WE=228204990;WS=228204972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr2	228207625	rs6738078	G	A	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=68;PP=1840;SC=GGTAATTGACGTATGCTATCC;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=17;TCR=68;TR=85;WE=228207633;WS=228207615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	228220528	rs12478005	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.631;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=376;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TCATACAATATTTTAAAGTGA;SOR=1.708;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=20;WE=228220536;WS=228220518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr2	228356364	rs11289047	GT	G	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	228399480	rs7588620	T	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=10;PP=943;SC=TAAGTTTACCTGTGTTTCATG;SOR=2.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=228399488;WS=228399470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	228416498	rs7598597	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=663;SC=CTACAAGTTACGTTAAACTGT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=228416506;WS=228416496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	228416712	rs13426457	A	G	15258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=319;NR=223;PP=2965;SC=GCATGCCCACAGGATTCGGCA;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=544;TCF=319;TCR=225;TR=542;WE=228416720;WS=228416696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr2	228476253	rs2138402	C	G	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=60;PP=2383;SC=GCTGAAGCCTCTGCAGTTGGA;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=114;WE=228476261;WS=228476243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	228477814	rs7586824	G	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=933;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CTGAGAGTAAGTAAGGGCCTT;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=26;WE=228477827;WS=228477804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,26:0.32:81
chr2	228477819	rs11683530	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=1695;ReadPosRankSum=0.849;SC=AGTAAGTAAGGGCCTTTGGGT;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=45;WE=228477827;WS=228477804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr2	228551019	rs111724178	G	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=816;ReadPosRankSum=-0.461;SC=ATTTTAGACAGACACCACACA;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=61;TCR=78;TR=65;WE=228551027;WS=228551009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,71:0.47:150
chr2	228560800	rs11334205	GA	G	6835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=129;PP=2983;SC=CACAGCCCCTGAAAAAAAACA;SOR=0.958;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=161;TCF=17;TCR=144;TR=146;WE=228560808;WS=228560789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	228565656	rs11694828	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=305;ReadPosRankSum=1.474;SC=TGAGGTTGCTGGAGAAAGCAG;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=24;WE=228565664;WS=228565646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr2	228567111	rs71039629	AT	A	122.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.8785;FS=0.000;HP=16;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=12;PP=152;ReadPosRankSum=0.385;SC=TGAAAACCTGATTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=13;WE=228567120;WS=228567101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr2	228750239	rs4973445	G	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=669;ReadPosRankSum=-0.200;SC=AATACATTATGTTTTAAAAAT;SOR=0.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=48;WE=228750247;WS=228750229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,49:0.41:119
chr2	228756144	rs58627365	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=0.032;SC=ATTTCAGTACTCCCTTGGATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=228756152;WS=228756134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	228758387	rs144569800	T	TAAAC	936.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=562;ReadPosRankSum=-1.426;SC=GACTCCCTCTTAAACAAACAA;SOR=0.885;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=12;WE=228758395;WS=228758377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr2	228758580	rs16824157	G	C	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=885;ReadPosRankSum=-0.627;SC=AGCTGAACACGCTGGAGGGCC;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=165;TCF=62;TCR=103;TR=66;WE=228758588;WS=228758570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,71:0.40:177
chr2	228767618	rs2949014	T	C	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=0;PP=1560;SC=AAGAATTAGATGGAATCTGGT;SOR=8.015;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=52;TCR=0;TR=52;WE=228767639;WS=228767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr2	228776996	rs3748862	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=546;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TCGCCCAGGCTGGAGTGCAGT;SOR=1.190;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=75;TCF=68;TCR=7;TR=32;WE=228777004;WS=228776986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr2	228783410	rs16824212	G	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=491;ReadPosRankSum=0.082;SC=GTGTCAGGGGGATATATATTT;SOR=0.490;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=84;TCR=18;TR=37;WE=228783418;WS=228783400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,41:0.38:108
chr2	228783447	rs16824214	G	C	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=25;PP=1013;ReadPosRankSum=0.210;SC=TTTATCCAAAGTTCTGTATTT;SOR=0.704;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=205;TCF=136;TCR=69;TR=77;WE=228783455;WS=228783437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,88:0.39:223
chr2	228788722	rs16824231	T	C	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,119:0.37:321
chr2	228855958	rs16824284	T	C	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1273;ReadPosRankSum=0.588;SC=GCCCAGGCAATTGTGTGTCAA;SOR=1.017;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=268;TCF=134;TCR=134;TR=93;WE=228855966;WS=228855948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,98:0.35:279
chr2	228860446	.	GCA	G	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=63;QD=23.6666666667;SC=AAGAGAGGCAGCACACACACA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=3;WE=228860455;WS=228860436;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr2	228881402	.	T	G	3961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.801;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=78;PP=2544;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AGAGAAGCAGTTTTGCTCAAA;SOR=0.382;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=253;TCF=146;TCR=107;TR=167;WE=228881410;WS=228881392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,178:0.64:276
chr2	228882970	rs3828161	T	C	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=996;ReadPosRankSum=-1.548;SC=ACTTCTGGACTGGCTGACCGT;SOR=0.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=211;TCF=110;TCR=101;TR=91;WE=228882978;WS=228882960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,94:0.43:221
chr2	228883029	rs3811515	A	C	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=52;PP=1811;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TCTCACTGTGATGAGGGCTTT;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=172;TCF=85;TCR=87;TR=100;WE=228883037;WS=228883019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,105:0.59:178
chr2	228883721	rs3811514	T	C	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=84;PP=2965;SC=AGCAATCCCTTGGCAATGGCT;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=86;TCR=84;TR=170;WE=228883729;WS=228883711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	228886413	rs11292511	TG	T	1278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=1088;ReadPosRankSum=0.237;SC=AGGCACTAATTGGAAAGTTCT;SOR=1.972;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=31;WE=228886421;WS=228886403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr2	228973383	rs67714256	A	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=230;ReadPosRankSum=-0.850;SC=ATTAGCTCTGAATGCTATTTT;SOR=0.420;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=12;WE=228973391;WS=228973373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr2	228973660	rs7561798	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=969;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AAGAACCTGGAGGAACCCAGA;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=45;TCR=88;TR=66;WE=228973668;WS=228973650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,66:0.48:138
chr2	228973723	rs11374866	C	CT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	228992850	rs6734166	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr2	228996637	rs4479423	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=899;ReadPosRankSum=0.447;SC=TTAAAATTTCGAATTAAATGA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=23;WE=228996658;WS=228996627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr2	228996650	rs4353646	A	G	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=899;ReadPosRankSum=0.657;SC=TTAAATGAATATTCAAGTTCA;SOR=0.704;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=31;WE=228996658;WS=228996627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr2	228996672	rs4585022	G	A	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=545;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CTGACAAGAAGAAAGTGGCGT;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=42;WE=228996680;WS=228996662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr2	229034865	rs75675564	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=0.414;SC=TGACTTAATTGCTGCAATCTC;SOR=0.976;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=25;WE=229034873;WS=229034855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr2	229035351	rs12618108	T	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr2	229035356	rs13408688	T	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.361;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr2	229035427	rs11685283	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=0.171;SC=TGCTATAAAGTACACATAACT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=9;WE=229035435;WS=229035417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	229035462	rs13420693	A	C	87.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AAAACCAAAAAAATTTTGTGC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=229035470;WS=229035452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	230092723	rs1362242	G	A	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=924;ReadPosRankSum=1.009;SC=GTCCTGAATCGATTCCCCAGG;SOR=0.522;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=70;WE=230092731;WS=230092713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,75:0.58:130
chr2	230092986	rs5839314	C	CA	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=229;ReadPosRankSum=1.001;SC=TAGGAGCAGTCATTTTCTGTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=230092994;WS=230092976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	230096837	rs6743582	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=0.694;SC=ATGACTTAACCACCTCTTAAA;SOR=0.704;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=16;WE=230096845;WS=230096827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr2	230096893	rs55691132	A	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=107;ReadPosRankSum=-0.915;SC=TAATCCCAGCACTCTGGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=8;WE=230096901;WS=230096883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	230135527	rs1227013	C	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=160;SC=AACGCCTGAACCCGTGCGTTT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=230135535;WS=230135517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	230135711	rs67686611	G	GC	4002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=57;PP=2973;SC=CTGGCCCCCGGCTCCCGGGTG;SOR=1.098;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=11;TCR=58;TR=67;WE=230135719;WS=230135701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	230271780	rs7562609	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=320;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AGGCTCACACAATGGGTTGTT;SOR=1.893;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=18;WE=230271788;WS=230271770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	230282624	rs6760224	G	A	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=167;SC=GACAGGAAAGGGGGTTGTTTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=230282632;WS=230282623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	230453214	rs11458391	G	GA	2252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.430;NF=15;NR=53;PP=765;ReadPosRankSum=1.976;SC=CCTGGGAAGGGAAAAAAAAAA;SOR=1.124;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=68;WE=230453222;WS=230453204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr2	230655733	rs722268	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=444;ReadPosRankSum=0.911;SC=TATTTCTCAACTATATTCAAA;SOR=0.293;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=24;WE=230655741;WS=230655723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr2	230656987	rs374041177	TA	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	230723777	rs544480	G	C	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=57;PP=2965;SC=CAGAAGACGAGGAGGAAGTAG;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=150;WE=230723785;WS=230723767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	230744570	rs479492	C	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=143;SC=TTTTAAGTACCTGGCTCACAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=230744578;WS=230744560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	230841074	rs499449	C	T	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=36;PP=1300;SC=AGGTAAGGAACGGAACATATT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=82;WE=230841082;WS=230841064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	230914766	rs6748654	T	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=510;SC=ATGCCAAACATTTTTAGCATG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=230914774;WS=230914756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	230923648	rs9750739	C	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=0.063;SC=CGTGCCTGGCCTAAAATGGTA;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=230923656;WS=230923638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	231037833	rs10498244	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=71;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TGGGGGAAATTGCAAGACAAA;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=9;WE=231037841;WS=231037823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr2	231042276	rs1135791	A	G	3685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=76;PP=2209;ReadPosRankSum=0.882;SC=TCCTAGGGTCATTCCTTCACA;SOR=0.916;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=465;TCF=261;TCR=204;TR=189;WE=231042284;WS=231042266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,197:0.41:479
chr2	231050569	rs2114591	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=371;ReadPosRankSum=0.337;SC=CAACAGATCCGTGCTCTGTCT;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=21;WE=231050577;WS=231050559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr2	231050715	rs3948464	A	G	10080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=158;PP=2965;SC=CTTACCTTTCAATCTGGACTT;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=371;TCF=212;TCR=159;TR=370;WE=231050723;WS=231050705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr2	231072709	rs1365776	C	T	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=65;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.353;SC=ATCTTACCTCCTGGGAGGCTT;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=175;TCF=81;TCR=94;TR=119;WE=231072717;WS=231072699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,132:0.69:192
chr2	231076032	rs3769837	G	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=137;SC=TCTCCTGCCTGTTCAAGCTCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=231076040;WS=231076028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	231076289	rs3820974	T	G	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=60;PP=1712;ReadPosRankSum=0.468;SC=GAAGAAAAAGTTTTAGATCTC;SOR=0.577;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=125;WE=231076297;WS=231076279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,131:0.57:230
chr2	231077003	.	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.386;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=1.384;SC=GTTGGCAGACGCATGTTCTCC;SOR=3.745;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=231077011;WS=231076993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	231077725	rs1129411	A	G	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=29;PP=938;SC=CTGCTCTGCCATTCATAGGAA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=231077733;WS=231077715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	231077868	rs7601176	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=9;PP=225;SC=CCCCAGGTGCAGAGAACTGAT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=231077876;WS=231077858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	231077911	rs7601190	A	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=25;SC=GTGGCCCCTTAATATTTTATT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=231077919;WS=231077901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	231081405	rs7580912	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=280;SC=TTCCAAACTCTGGAAGCCCTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=231081413;WS=231081395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	231103185	rs2278197	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=32;PP=863;SC=TTTGACAAATATTTGACTGAG;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=231103193;WS=231103175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	231106244	rs2288328	G	C	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=56;PP=1651;SC=TTAAAGTTTTGCTTCCTTGCC;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=231106252;WS=231106234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	231118186	rs3769840	G	A	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=103;PP=2965;SC=TTTCCAGTTGGCATGGGAAAA;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=100;TCR=103;TR=203;WE=231118194;WS=231118176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
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chr2	231157271	rs7602027	T	C	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=36;PP=2198;SC=CATCACAAATTGGGTGGCTCT;SOR=1.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=81;TCR=36;TR=117;WE=231157279;WS=231157261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	231175763	rs78116662	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.997;NF=26;NR=9;PP=409;ReadPosRankSum=-0.074;SC=AGCCACACATGTTAGAGAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=35;WE=231175771;WS=231175753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr2	231177200	rs3086614	CTT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=0.484;SC=ACTTACAGTACTTTTTTTTTT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=231177209;WS=231177190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	231328696	rs2306274	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.290;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=411;ReadPosRankSum=-3.091;SC=CAAGGTTTTCCAGGTTTTCTT;SOR=0.205;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=33;WE=231328704;WS=231328686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr2	231334495	rs372197214	TA	T	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr2	231337960	rs1615190	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=553;ReadPosRankSum=0.085;SC=GGGGAGTGGGCAGTCACTAAT;SOR=0.998;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=109;TCF=88;TCR=21;TR=40;WE=231337968;WS=231337950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,38:0.35:109
chr2	231359098	rs836230	T	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=400;ReadPosRankSum=0.465;SC=TTTATAGTTCTAAAGGATTAT;SOR=0.430;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=36;WE=231359106;WS=231359088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr2	231405572	rs4973329	T	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CATTGCTCACTTTATGCCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=17;WE=231405580;WS=231405562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr2	231406194	rs866270	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=143;ReadPosRankSum=-1.024;SC=TGAGTTTTTAGTTCAGGCTAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=10;WE=231406202;WS=231406184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr2	231406680	rs836237	T	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=788;ReadPosRankSum=-0.711;SC=AATGAGCAGATGTACACCCGA;SOR=0.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=105;TCR=80;TR=71;WE=231406688;WS=231406670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,74:0.37:198
chr2	231407519	rs6717269	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=0.491;SC=CATTGCATAACTGCTATATTG;SOR=1.014;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=30;WE=231407527;WS=231407509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr2	231683487	rs16836174	CTT	C	946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.546;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.826;NF=0;NR=22;PP=886;ReadPosRankSum=1.719;SC=ATCAGGCACTCTTATTGATTC;SOR=0.121;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=22;WE=231683496;WS=231683477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr2	231740276	rs2289231	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=238;ReadPosRankSum=0.764;SC=AGGGGGCCTTACGGAGTGCGT;SOR=0.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=14;WE=231740284;WS=231740266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr2	231742711	rs60237566	T	G	3447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=78;PP=2086;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GGGTTTTTCTTTTTCCTCCCA;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=152;WE=231742719;WS=231742701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,160:0.63:254
chr2	231860838	rs2271369	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=10.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.341;SOR=3.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr2	231860848	rs6722863	A	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.54;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	231864289	rs2136474	A	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=2.014;SC=TGTCAAGAAGACGCAGGGCTA;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=10;WE=231864297;WS=231864279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	231864529	rs6436986	A	G	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;PP=1359;ReadPosRankSum=0.257;SC=TCCTGAGGTGAGCAGTCACCT;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=92;WE=231864537;WS=231864519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,99:0.57:173
chr2	231864600	rs7573039	T	C	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=878;ReadPosRankSum=0.846;SC=CCAACTTCTGTAATCTACTCC;SOR=0.655;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=56;WE=231864608;WS=231864590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,65:0.50:129
chr2	231865018	rs13406394	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=335;ReadPosRankSum=1.011;SC=TGTGTTCCAGACTCCCCCGCC;SOR=0.880;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=21;WE=231865026;WS=231865008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr2	231865047	rs3817173	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=628;ReadPosRankSum=-1.331;SC=CCAGGGCAGGTGCCTCCCTCA;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=40;WE=231865055;WS=231865037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr2	231865090	rs2271376	T	C	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1086;ReadPosRankSum=1.472;SC=GGGCCTCTGATTCGCGCCGGC;SOR=0.727;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=72;WE=231865098;WS=231865080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,83:0.62:134
chr2	231865269	rs2271375	G	T	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=68;PP=1856;ReadPosRankSum=-1.419;SC=AGCGCGAGGGGCTGGAGCCTC;SOR=0.874;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=190;TCF=85;TCR=105;TR=119;WE=231865277;WS=231865259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,122:0.62:196
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chr2	231940295	rs375110868	CT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=1.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
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chr2	232073106	rs12465438	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=528;ReadPosRankSum=-0.709;SC=GTTTATAGATGAACTAATAAT;SOR=1.038;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=31;WE=232073114;WS=232073096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr2	232087474	rs1626450	AT	GA	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=12;PP=1400;SC=GTTGAAGTTGATAAAGTTTCT;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=38;WE=232087483;WS=232087464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	232225535	rs35889244	C	CG	5386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=59;PP=2974;SC=CCAGCCCCCACGGGACCCCCC;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=76;WE=232225543;WS=232225525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	232317402	rs11295750	CA	C	7975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=89;PP=2951;SC=ATGATTAGAACAAGCACTGAG;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=36;TCR=89;TR=125;WE=232317410;WS=232317392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr2	232320856	rs150234462	G	GA	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.673;NF=1;NR=26;PP=473;ReadPosRankSum=1.183;SC=CTCTGGGAAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.230;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=27;WE=232320864;WS=232320846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr2	232321956	rs7598759	C	T	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=65;PP=2965;SC=ATACTCATGACGTAAGCTAAA;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=134;WE=232321964;WS=232321946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	232322829	rs6712148	T	C	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=186;SC=ATTATCCCCATGGTACAGATG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=232322837;WS=232322819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	232325414	rs139777351	TTCA	T	2814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.339;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.556;NF=10;NR=44;PP=2262;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CCTCATCATCTTCATCATCAT;SOR=0.964;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=153;TCF=31;TCR=122;TR=54;WE=232325424;WS=232325404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,78:0.38:203
chr2	232325692	rs12996154	A	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=175;ReadPosRankSum=-0.892;SC=AGTCATGGCAAGAATAGATCA;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=14;WE=232325700;WS=232325682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr2	232326417	rs1131171	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=405;ReadPosRankSum=-1.762;SC=TGTCATCATCCTCCTCTTCAT;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=28;WE=232326425;WS=232326407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr2	232326801	rs2595514	A	T	8971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=200;PP=2965;SC=TCCCAATGAGATGTTAGACTC;SOR=1.267;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=326;TCF=125;TCR=201;TR=325;WE=232326809;WS=232326791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr2	232326873	rs147456242	TTC	T	1621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.554;NF=0;NR=37;PP=1496;ReadPosRankSum=0.552;SC=AACTCCAGGCTTCTGTTATGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=4;TCR=69;TR=37;WE=232326882;WS=232326863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr2	232327880	rs59474219	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=308;ReadPosRankSum=0.029;SC=GTAGTTTTAACATAATTCTGC;SOR=0.180;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=18;WE=232327888;WS=232327870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr2	232378231	rs6750795	T	C	7545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=118;PP=2965;SC=TCTGTACATATAATTACCTCA;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=148;TCR=118;TR=266;WE=232378239;WS=232378221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	232389744	rs3752762	A	G	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=952;ReadPosRankSum=0.898;SC=AAGCCACTTTAAGGCTCCACT;SOR=0.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=64;WE=232389752;WS=232389734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,70:0.68:103
chr2	232390151	rs3752763	A	G	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=43;PP=1143;ReadPosRankSum=1.458;SC=AGGGACAGAGAAGGGAGGCCG;SOR=1.236;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=56;WE=232390159;WS=232390141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr2	232458443	rs10933378	T	C	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.605;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=66;PP=2417;ReadPosRankSum=1.283;SC=GCCCCTGGACTCCAGCCTGTA;SOR=0.578;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=223;TCF=106;TCR=117;TR=128;WE=232458451;WS=232458433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,140:0.59:237
chr2	232572381	rs6737601	A	G	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=33;PP=1710;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CCTAACTAGAAACCTAGAATG;SOR=0.921;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=190;TCF=125;TCR=65;TR=108;WE=232572389;WS=232572371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,114:0.58:196
chr2	232573561	rs142680297	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=510;ReadPosRankSum=2.247;SC=GCTGTTGCTCCCTCTCGCGGG;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=39;WE=232573569;WS=232573551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr2	232573588	rs147358606	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr2	232574836	rs114389792	C	T	393.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AGTCTCGGACCTACGCAGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=15;WE=232574844;WS=232574826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr2	232574901	.	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.33;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr2	232574908	rs139567956	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.97;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr2	232575280	rs144713495	G	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1778;ReadPosRankSum=-1.401;SC=CCGCAGGCCCGGACGCCGGAC;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=122;WE=232575288;WS=232575270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,131:0.62:213
chr2	232577519	rs115998635	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=264;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CTTAGGATGACGATGTCGATA;SOR=0.449;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=23;WE=232577527;WS=232577509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr2	232597603	rs199614325	AAC	A	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=585;ReadPosRankSum=1.411;SC=GAAAAAAGTAAACAGTTTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=232597612;WS=232597593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr2	232602682	rs74905712	C	T	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=81;PP=2436;ReadPosRankSum=0.409;SC=TTGTCCTGGTCGCCCTAAGCC;SOR=0.585;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=336;TCF=166;TCR=170;TR=170;WE=232602690;WS=232602672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,179:0.51:353
chr2	232653481	rs3830626	A	ACT	2390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.980;NF=5;NR=32;PP=1666;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TTATTCTAAGACTCTGTAATT;SOR=0.548;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=37;WE=232653489;WS=232653471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,63:0.77:82
chr2	232658839	rs77908672	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-1.559;SC=GGAATATTTGTCAAATGAATA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=232658847;WS=232658829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	232673112	rs11695913	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=395;ReadPosRankSum=1.733;SC=GACTACTCAGCCTTGTTTTCG;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=23;WE=232673120;WS=232673102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr2	232790053	rs5268	C	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=5;PP=911;SC=CTCCGAAGGCCGGCTGGGCGG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=232790061;WS=232790043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	232888856	rs896990	T	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=105;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTAATGAATATTTCTTATACA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=232888864;WS=232888846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	233028070	rs3116181	A	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=583;ReadPosRankSum=-0.990;SC=AGGGCAGGAGATTTTAAACTT;SOR=0.396;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=33;WE=233028078;WS=233028060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr2	233103369	.	T	G	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=1255;ReadPosRankSum=1.664;SC=AAAATCCATCTCTAGTTTCTT;SOR=0.643;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=93;WE=233103377;WS=233103359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,100:0.57:176
chr2	233194575	.	CACCGCGCCTTCCCCGAGCAGGCCCT	C	1251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.678;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.808;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,42:0.22:194
chr2	233243660	rs2014448	T	C	5178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=86;PP=2965;SC=CTGACCTGATTTTTGCTCTCC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=89;TCR=86;TR=175;WE=233243668;WS=233243650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	233243981	rs13026692	A	T	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=75;PP=2276;ReadPosRankSum=1.308;SC=GGGGCCTGAGATACCCCTGGC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=160;TCR=142;TR=160;WE=233243989;WS=233243971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,169:0.53:320
chr2	233244586	rs2853374	C	G	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.073;NF=38;NR=51;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TGCCTGCCTCCGCCCGCCAGG;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=89;WE=233244594;WS=233244576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr2	233244930	rs1048988	G	C	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.526;NF=52;NR=43;PP=1416;ReadPosRankSum=-2.497;SC=TACATGTTTCGCATGGGAACC;SOR=0.653;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=271;TCF=144;TCR=127;TR=95;WE=233244938;WS=233244920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,93:0.33:283
chr2	233245090	rs2260307	A	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.680;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.661;NF=34;NR=37;PP=1362;ReadPosRankSum=2.303;SC=TGTGGGGCTCAGGGCTGTGGG;SOR=0.837;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=71;WE=233245098;WS=233245080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr2	233245141	rs2260309	T	C	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.558;NF=71;NR=41;PP=1651;ReadPosRankSum=0.128;SC=GTGCCCGGTATGTGTGGAACC;SOR=0.334;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=110;TCR=62;TR=112;WE=233245149;WS=233245131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,75:0.56:134
chr2	233245210	rs13034594	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.23;MQRankSum=-6.511;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,57:0.22:256
chr2	233271697	rs369374441	TAC	T	1916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.044;NF=17;NR=21;PP=1362;ReadPosRankSum=-1.489;SC=CAGCTGCCCCTACACACACAC;SOR=0.681;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=38;WE=233271708;WS=233271686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,69:0.49:140
chr2	233272162	rs2678517	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.678;NF=17;NR=23;PP=627;ReadPosRankSum=0.220;SC=GGGAATCCTGGCTATGGAGTG;SOR=0.710;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=40;WE=233272170;WS=233272152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,45:0.31:145
chr2	233272925	rs2678518	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.410;NF=30;NR=17;PP=647;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TGAGGAGGGGACACGGGGCCA;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=106;TCR=57;TR=47;WE=233272933;WS=233272915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,42:0.26:160
chr2	233273504	rs183793479	T	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.67;QD=27.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	233274145	rs2090543	G	C	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.42;QD=33.09;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	233274169	rs2091555	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQRankSum=-3.707;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,29:0.25:116
chr2	233310297	rs796887	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.348;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-3.028;NF=8;NR=13;PP=210;ReadPosRankSum=0.383;SC=TGCAGGAGAGTGGCCCCCTGG;SOR=1.586;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=21;WE=233310305;WS=233310287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr2	233310369	.	T	C	114	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=48.1;NF=5;NR=7;PP=114;QD=12.3976010456;SC=TGCTGCGCTATGGCGTGCAGA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=12;WE=233310377;WS=233310359;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:30,12:0.29:42
chr2	233310423	rs814220	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQRankSum=-3.413;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr2	233323177	rs2003780	T	C	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=33;PP=1262;SC=AAGTTTGAGCTTCAGTTTCCT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=233323185;WS=233323167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	233344991	rs2741279	T	G	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1289;ReadPosRankSum=-1.970;SC=CACACAGTGTTGGGCCCTGCA;SOR=0.815;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=66;TCR=78;TR=83;WE=233344999;WS=233344981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,90:0.58:156
chr2	233345249	rs1190432	C	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=333;ReadPosRankSum=0.025;SC=GCCCCCTTGCCCCCCACCCAG;SOR=1.127;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=18;WE=233345257;WS=233345239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	233346027	rs746379	C	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=354;ReadPosRankSum=-0.198;SC=CTCCCAACCCCCTTGTCCTCC;SOR=0.298;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=16;WE=233346035;WS=233346017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr2	233346662	rs909432	A	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=34;PP=1012;SC=AGGAGGTGGCACAGGGAGGCC;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=233346670;WS=233346652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	233347919	rs6750085	C	G	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1454;ReadPosRankSum=-0.941;SC=GAAGGTGGCACCAGGCCTCGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=94;TCR=136;TR=91;WE=233347927;WS=233347909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,92:0.40:231
chr2	233349588	rs1529874	G	A	8006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=124;PP=2965;SC=AGGTCGTCATGCTCTGACACA;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=165;TCR=124;TR=288;WE=233349596;WS=233349578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr2	233350000	rs2573246	C	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=27;PP=835;SC=ACAGGGGCCACAGGTCAGAGG;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=233350008;WS=233349990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	233385396	rs1550094	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=604;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GCCCCCCAGCGCCCTGCAAGG;SOR=0.767;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=44;WE=233385404;WS=233385386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr2	233385968	rs62193795	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=294;ReadPosRankSum=0.853;SC=GGGCTGGGGCCAGGAGGATGA;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=20;WE=233385976;WS=233385958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr2	233386229	rs2853444	T	C	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=57;PP=1928;SC=GTCTTCACTCTCCTCTTGGGG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=95;WE=233386237;WS=233386219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	233386432	rs11902035	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=287;ReadPosRankSum=-2.246;SC=GGCTGAGCGCGAAAGGAGAGA;SOR=0.608;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=25;WE=233386440;WS=233386422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr2	233386583	rs2853445	T	C	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1579;ReadPosRankSum=1.027;SC=CCAGGTGAGGTTGAAAAGGCT;SOR=0.689;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=178;TCF=94;TCR=84;TR=106;WE=233386591;WS=233386573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,121:0.61:197
chr2	233387635	rs733603	A	G	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=36;PP=1970;SC=AATAGAGTGTAGGGAGGCCGG;SOR=1.125;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=104;WE=233387643;WS=233387625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	233388813	rs2741299	T	G	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=33;PP=1389;SC=TGCTCGGGCCTCGTCCGGGAC;SOR=0.876;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=77;WE=233388821;WS=233388803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	233389918	rs2853447	A	G	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1022;ReadPosRankSum=0.218;SC=CCACTCCTCCATCTGTAGGTC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=79;WE=233389926;WS=233389908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,88:0.58:153
chr2	233392020	.	AAG	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=3.203;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr2	233393685	rs367936158	C	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=59;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TTCACAGGTGCTGGGAACAGC;SOR=0.562;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=238;TCF=81;TCR=157;TR=91;WE=233393693;WS=233393675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,95:0.38:248
chr2	233396025	rs41265125	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=364;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CTCTAGGACCGGTGCCCCAAG;SOR=0.351;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=25;WE=233396033;WS=233396015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr2	233400171	rs114315112	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-1.519;SC=TCAATGCTCAATGGCTCCCCT;SOR=4.103;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=8;WE=233400179;WS=233400161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	233407120	rs2853462	C	T	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=52;PP=2098;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CCTCTTTCCTCGGTGACTCCC;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=242;TCF=156;TCR=86;TR=144;WE=233407128;WS=233407110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,148:0.59:249
chr2	233408220	rs10714586	AG	A	5697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=37;PP=2855;SC=AGGAGGCCTGAGGGGGGGCAG;SOR=2.075;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=103;WE=233408228;WS=233408210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	233408239	rs2573206	C	G	6986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=58;PP=2965;SC=AGCCACTAAGCGTGGGGGTGG;SOR=1.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCR=58;TR=190;WE=233408247;WS=233408229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	233409013	rs2250451	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.155;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=332;ReadPosRankSum=-0.341;SC=AGCCCTTCACGCCAACCTCTG;SOR=1.931;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=20;WE=233409021;WS=233409003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr2	233415978	rs11899983	T	C	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=45;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TTAGGAATTATCTTCCTGAGA;SOR=0.550;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=276;TCF=161;TCR=115;TR=103;WE=233415986;WS=233415968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,109:0.38:285
chr2	233416112	rs62191567	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=574;ReadPosRankSum=0.630;SC=CAAACAGTTTGGAGGTACAGA;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=35;WE=233416120;WS=233416102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr2	233421284	rs3830645	CT	C	5936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=100;PP=2966;SC=GAACTTGAGACTTTTATTATC;SOR=1.300;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=121;TCF=13;TCR=108;TR=113;WE=233421292;WS=233421274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	233428927	rs1656397	G	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=2.091;SC=AAAGACACATGTTTTTTACTC;SOR=0.126;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=12;WE=233428935;WS=233428917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
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chr2	233429196	rs1729255	C	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=358;ReadPosRankSum=-0.160;SC=GAGTGTCGCTCTGTCACCCAG;SOR=0.602;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=14;WE=233429204;WS=233429175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr2	233470843	rs7571133	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=688;ReadPosRankSum=1.760;SC=GCCAAGATCTGTAACGCTGAC;SOR=0.577;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=214;TCF=135;TCR=79;TR=67;WE=233470851;WS=233470833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,68:0.31:222
chr2	233470900	rs55750809	TC	T	1998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.488;NF=9;NR=41;PP=1415;ReadPosRankSum=0.664;SC=GCTCTTTAAATCCCCTTTCAC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=29;TCR=132;TR=50;WE=233470912;WS=233470890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,84:0.31:268
chr2	233470931	rs10171498	C	G	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.458;NF=28;NR=38;PP=807;ReadPosRankSum=0.435;SC=CTACGATTTTCGACGTTTTCC;SOR=0.866;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=207;TCF=95;TCR=112;TR=66;WE=233470939;WS=233470921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,72:0.32:223
chr2	233641010	rs41266951	A	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=206;ReadPosRankSum=0.529;SC=AAAAGAATATAGAAACCTTAC;SOR=0.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=13;WE=233641018;WS=233641000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr2	233641083	rs737027	G	C	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TAGCTCTGTTGCTATTTGCCA;SOR=0.589;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=62;WE=233641091;WS=233641073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,74:0.56:131
chr2	233652137	rs3217559	T	TG	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=800;ReadPosRankSum=0.949;SC=GCTTAAAAAATGTGGGGGTGG;SOR=1.351;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=20;WE=233652145;WS=233652127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr2	233660704	rs2305139	T	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=1;PP=588;ReadPosRankSum=-1.735;SC=GGGCAGGCACTGTTATTATGT;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=34;WE=233660712;WS=233660694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr2	233681512	rs1078323	T	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=-1.516;SC=CGAATACTACTGGTCAGTGCT;SOR=1.751;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=11;WE=233681520;WS=233681502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	233684833	rs11689661	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-1.718;SC=CTAACTGGCTCTTATTACTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=233684841;WS=233684823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	233708806	rs3816334	A	G	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=37;PP=2923;ReadPosRankSum=-0.411;SC=AGCAGCAGCAACAGCAACAGC;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=112;WE=233708814;WS=233708793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,97:0.95:102
chr2	233710713	rs4973054	G	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=375;SC=GAGGTCAACTGCTGCACCTGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=233710721;WS=233710703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	233711987	rs12328140	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-0.152;SC=ATTAAAAATGGAAACTGATTT;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=233711995;WS=233711977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	233712049	rs2305137	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=11;PP=795;SC=CTCCCCTCCCGTTTTGCAGTT;SOR=1.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=41;WE=233712057;WS=233712039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	233712226	rs10555297	CACA	C	1901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=1313;SC=CAGCAGCTGCCACAGCAGCAG;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=30;WE=233712236;WS=233712216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	233712248	rs12328151	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.199;NF=6;NR=14;PP=305;ReadPosRankSum=0.517;SC=AGCAGCAGCCGCCACAGCAGC;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=20;WE=233712256;WS=233712238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr2	233721455	rs1947105	G	A	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=67;PP=2725;SC=AATTTGAGCCGCTTGGTTGCC;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=90;TCR=67;TR=157;WE=233721463;WS=233721445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	233721525	rs34424361	G	A	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1827;ReadPosRankSum=-0.828;SC=ATGCATCATCGGAGCGACTCA;SOR=0.737;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=110;WE=233721533;WS=233721515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,123:0.64:193
chr2	233723182	rs1284	G	A	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=45;PP=1984;SC=ACCATTAAAAGTTGGGGCTCC;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=106;WE=233723190;WS=233723172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	233740055	rs35523521	AAGAG	A	4159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.811;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.310;NF=24;NR=43;PP=2987;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CTGTTTCAAAAAGAGAGAGAG;SOR=1.084;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=67;WE=233740066;WS=233740045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,111:0.51:217
chr2	233740227	rs778338	A	G	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=918;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CCAGGGTTGGAGTGGTGGTCA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=55;WE=233740235;WS=233740217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr2	233744130	rs67252740	GCCC	G	699.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.99;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
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chr2	233750118	rs2292726	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=52;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CACCAAAGCCGGCTGTCCCGG;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=39;TCR=89;TR=75;WE=233750126;WS=233750108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,82:0.59:138
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chr2	233835088	rs78336991	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=982;ReadPosRankSum=0.687;SC=ATCAACCCTTTTCAGGCAATT;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=110;TCR=91;TR=75;WE=233835096;WS=233835078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,78:0.36:219
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chr2	233839710	rs75758173	A	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=0.246;SC=TCAGTTAGTCATCAGGCTAAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=233839718;WS=233839700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr2	233880271	rs60652209	A	G	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=20;PP=1935;SC=CCACCCAGCCATCCACCCATT;SOR=2.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=80;TCR=20;TR=100;WE=233880279;WS=233880261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	233899126	rs2233391	C	A	5814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.216;SC=TTTGCAGCTTCACGACAGGGC;SOR=0.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=428;TCF=215;TCR=213;TR=261;WE=233899134;WS=233899115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,265:0.60:442
chr2	233925166	rs1141328	G	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=20;PP=1563;SC=CTGCCGGCCCGGCCGAGGAGG;SOR=1.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=76;WE=233925174;WS=233925156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	233925406	rs34218488	T	G	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=50;PP=1567;SC=GTTGTTCTTATGTCACAGGAC;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=233925414;WS=233925396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	233925491	rs4246649	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=266;SC=AGCTGGTCTCATGGCAGGTTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=233925499;WS=233925481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	233990412	rs55913569	C	T	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=31;PP=2487;SC=CCGGGTTGTGCGCACAGTGTC;SOR=2.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=93;TCR=31;TR=124;WE=233990420;WS=233990402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	234054873	rs1135173	G	A	15556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=274;NR=279;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.290;SC=GCCTGTTGTCGTCCATTGAAG;SOR=0.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=555;TCF=276;TCR=279;TR=553;WE=234054881;WS=234054863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,574:1.00:575
chr2	234070171	rs28605534	G	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=292;SC=CTTTGTTAAAGTCGCACCTTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=234070179;WS=234070161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	234070190	rs28609111	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=468;SC=TTGCAGGGGAGTGTCTAGGCC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=234070198;WS=234070180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	234070233	rs28576692	T	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=5;PP=984;SC=TGGACACATGTTTCCAGGTTG;SOR=2.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=234070241;WS=234070223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	234072626	rs141642539	T	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=400;SC=GAGGCAAGGGTGGGCTCAGCC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=234072634;WS=234072616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	234078056	rs11386687	AC	A	6246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=64;PP=2951;SC=AGGTAATGGAACTCCTTCCCC;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=80;WE=234078064;WS=234078046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	234078582	rs10754947	G	A	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=15;PP=939;SC=TATGCTCCTCGCCCCACACCT;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=234078590;WS=234078572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	234091158	rs4571051	T	C	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=66;PP=1496;ReadPosRankSum=0.054;SC=AAGCAAAGGATGGTGTCTGTT;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=124;TCR=123;TR=131;WE=234091166;WS=234091148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,138:0.52:267
chr2	234112649	rs7609436	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=459;ReadPosRankSum=-1.805;SC=CAATGTTACATGTCTCTATCT;SOR=1.488;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=23;WE=234112657;WS=234112639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr2	234115337	rs3792117	G	A	7480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=0.384;SC=CAGCCCTTCTGTTCTTGTCCC;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=522;TCF=258;TCR=264;TR=320;WE=234115345;WS=234115327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,342:0.61:558
chr2	234160345	rs2289477	T	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=13;PP=697;SC=CCTCGGGGACTGCCAGTGTGT;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=234160353;WS=234160335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	234160669	rs10199278	C	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=18;PP=524;SC=AACCTGAGGCCGAGTCCCTGG;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=234160677;WS=234160659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	234173503	rs12994997	G	A	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=522;SC=GGGCTCTGGCGAGGTACTATT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=234173511;WS=234173493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	234181593	rs2289475	G	C	8526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=147;PP=2965;SC=ATCAAAGAATGTCTTGCCTTT;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=133;TCR=148;TR=280;WE=234181601;WS=234181575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr2	234182240	rs2289472	C	T	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=22;PP=2514;SC=TTGGGTTTCTCTTGGCTGGGG;SOR=2.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=87;TCR=22;TR=108;WE=234182248;WS=234182230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	234183368	rs2241880	A	G	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=67;PP=2159;SC=CAATGTGGATACTCATCCTGG;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=120;WE=234183376;WS=234183358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	234183468	rs2241879	G	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=339;SC=TTGATATGGTGACAGAGCCTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=234183476;WS=234183458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	234184417	rs3792109	G	A	8887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=137;PP=2965;SC=TGAATGTCACGGTCCCTTTGT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=165;TCR=138;TR=301;WE=234184425;WS=234184407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr2	234197717	rs4663136	C	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=450;SC=AGCAGCATGGCGCAACATCGA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=234197725;WS=234197707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	234227523	rs2304777	A	G	6656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=137;PP=2965;SC=GGGCATTTACATGGAAGGAGA;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=104;TCR=137;TR=241;WE=234227531;WS=234227513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	234227693	rs2304776	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=217;ReadPosRankSum=1.606;SC=AGATGGTAGACGGAGCCCAGG;SOR=0.813;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=14;WE=234227701;WS=234227683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr2	234235749	rs2304774	G	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=458;ReadPosRankSum=0.881;SC=CTGCCTGTCTGCTCTCTCTCC;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=32;WE=234235757;WS=234235739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr2	234235820	rs2304773	C	T	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=1356;ReadPosRankSum=1.185;SC=GCACCGATGCCGAAGAGGACA;SOR=0.621;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=195;TCF=109;TCR=86;TR=109;WE=234235828;WS=234235810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,121:0.55:220
chr2	234238254	rs745498	T	G	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=42;PP=1618;SC=GTAGAGGGCATAGTCTTCTAG;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=79;WE=234238262;WS=234238244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	234240472	.	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=160;ReadPosRankSum=0.482;SC=GCCAGCCTTCCACTTCCTTCC;SOR=0.866;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=15;WE=234240480;WS=234240462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr2	234247508	rs13427703	C	G	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=781;ReadPosRankSum=-1.199;SC=AGGCCCATAGCTTCTACCAAG;SOR=0.823;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=48;WE=234247516;WS=234247498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr2	234247627	rs2241874	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=358;SC=AATGTGTGCATTCTTAGCGCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=234247635;WS=234247617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	234255547	rs1046974	G	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=854;ReadPosRankSum=-1.936;SC=CAAGAATGACGTTGATGAGTG;SOR=0.570;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=207;TCF=117;TCR=90;TR=78;WE=234255555;WS=234255537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,81:0.37:220
chr2	234294561	rs3075537	T	TTC	8476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.982;NF=35;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.630;SC=AGCACTCTTGTTATAAATAAA;SOR=0.702;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=181;TCF=51;TCR=130;TR=112;WE=234294569;WS=234294551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,215:0.68:318
chr2	234294634	rs202178942	CGTGTGCGTGT	C	5415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=82;PP=2981;ReadPosRankSum=1.701;SC=AAAGATTGTGCGTGTGCGTGT;SOR=0.780;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=140;TCF=16;TCR=124;TR=90;WE=234294651;WS=234294624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,136:0.70:194
chr2	234294791	rs838716	G	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.28;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	234347044	rs59458664	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=497;ReadPosRankSum=1.535;SC=CTTGTAAAATATATCTTTCTT;SOR=0.357;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=38;WE=234347052;WS=234347034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr2	234347091	rs3214826	TA	T	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.769;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr2	234354245	rs2305542	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=537;ReadPosRankSum=0.590;SC=GTTTGCCTGCGCATCGTCCCC;SOR=1.772;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=29;WE=234354253;WS=234354235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr2	234354320	rs2305541	C	T	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=46;PP=1705;ReadPosRankSum=-0.229;SC=GGCCCGAGTACTGGGCTGGGG;SOR=0.902;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=204;TCF=118;TCR=86;TR=116;WE=234354328;WS=234354310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,124:0.58:215
chr2	234356807	rs10208953	G	A	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=53;PP=2250;ReadPosRankSum=-1.071;SC=ACCAGCACTCGGTGGTCATCT;SOR=0.448;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=193;TCF=116;TCR=77;TR=127;WE=234356815;WS=234356797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,136:0.68:201
chr2	234359774	rs73117559	C	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=0.445;SC=GAGATGGGCTCGCTGCCCTCG;SOR=0.668;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=15;WE=234359782;WS=234359764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	234367112	rs28588417	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=0.784;SC=CTGGGGCAGTGCATGGAGCCT;SOR=0.052;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=18;WE=234367120;WS=234367102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr2	234368821	rs2290464	T	C	3486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=66;PP=2086;ReadPosRankSum=0.415;SC=CAGGTGTAATTGGGCTTTCGG;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=278;TCF=161;TCR=117;TR=160;WE=234368829;WS=234368811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,164:0.57:287
chr2	234369017	rs73117574	G	C	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=1069;ReadPosRankSum=0.186;SC=TCTGCGTTGCGCATGAGCCTC;SOR=1.099;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=59;WE=234369025;WS=234369007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
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chr2	234372985	rs2242098	A	C	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=42;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CTCTCGCCTGAAGTGCCTGTG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=22;TCR=70;TR=55;WE=234372993;WS=234372975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr2	234375944	rs2305540	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=283;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GGCCTTGCAGCTCCTCCCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=16;WE=234375952;WS=234375934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
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chr2	234386134	rs2971863	A	G	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=869;ReadPosRankSum=0.875;SC=TGCTCTGCTCATGGAGGGCTT;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=73;WE=234386142;WS=234386124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr2	234394329	rs1470864	C	A	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=63;PP=2659;ReadPosRankSum=0.178;SC=TTCTCACTAACTTCTCTATCA;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=268;TCF=164;TCR=104;TR=160;WE=234394337;WS=234394319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,173:0.61:285
chr2	234394487	rs1048603	G	A	4752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.061;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.941;SC=ACGGGAAGACGATAGAAATCG;SOR=1.052;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=338;TCF=140;TCR=198;TR=196;WE=234394495;WS=234394468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,206:0.58:355
chr2	234394569	rs2603547	A	G	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=738;ReadPosRankSum=-1.239;SC=GGGCAGGGGCATAGGTCCTCT;SOR=0.556;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=25;TCR=74;TR=47;WE=234394577;WS=234394559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr2	234396542	rs2167885	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.827;NF=32;NR=22;PP=850;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GGGGCAGAGCGACGGGAGCAA;SOR=0.781;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=54;WE=234396550;WS=234396532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr2	234397006	rs145883223	AT	A	734.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.301;NF=0;NR=29;PP=491;ReadPosRankSum=0.357;SC=ATTTTCTTGAATTTTTTTTCC;SOR=1.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=29;WE=234397014;WS=234396996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr2	234398195	rs112451786	G	GA	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TACTGTTTTAGAAAAAAAAAA;SOR=0.560;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=234398203;WS=234398185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr2	234405374	rs2602386	A	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=-2.812;SC=TTATTACTTAAGAGTTGTCTA;SOR=1.402;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=15;WE=234405382;WS=234405364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr2	234407160	rs2603546	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=371;ReadPosRankSum=-0.729;SC=TAAATGTAATCATACGAAAGT;SOR=0.426;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=25;WE=234407168;WS=234407150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr2	234421283	rs143258246	A	AATATTATTTTTCTTAGT	693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=2962;ReadPosRankSum=0.127;SC=ATATAAAAGGAATATTATTTT;SOR=1.201;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=6;WE=234421291;WS=234421273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr2	234429739	rs141501074	T	TTTC	2326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=1158;ReadPosRankSum=2.665;SC=TAGTGACCCATTTCTCTTCCT;SOR=0.573;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=25;WE=234429747;WS=234429729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,58:0.73:79
chr2	234432017	rs838543	A	G	4077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.023;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=78;PP=2673;ReadPosRankSum=3.489;SC=AGCTGGAAAGACATGTGGAGA;SOR=0.493;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=285;TCF=160;TCR=125;TR=163;WE=234432025;WS=234432007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,181:0.56:323
chr2	234433124	rs838549	G	A	6246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.071;SC=TATTTCTTCAGTAATTTTTTT;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=463;TCF=276;TCR=187;TR=274;WE=234433135;WS=234433114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,282:0.59:479
chr2	234438246	rs56828432	C	CT	600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.472;NF=1;NR=21;PP=716;ReadPosRankSum=0.318;SC=AAGGACTGTCCTAGGAGCTAG;SOR=0.894;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=78;TCF=9;TCR=69;TR=22;WE=234438255;WS=234438236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,36:0.32:112
chr2	234438354	rs12692193	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=-1.124;SC=GAAAAGTAAACATTTCTTTAA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=234438362;WS=234438344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	234442437	rs11332355	CA	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=158;ReadPosRankSum=0.857;SC=TACACAGAAACAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=234442445;WS=234442427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr2	234449316	rs2167884	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=703;ReadPosRankSum=1.662;SC=ACCTTCCGCAGTGGTCCATGC;SOR=0.836;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=58;WE=234449324;WS=234449306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,63:0.30:207
chr2	234449462	rs1545525	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=0.970;SC=TGAGAAATAATTGCATACTTA;SOR=2.070;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=8;WE=234449470;WS=234449452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr2	234469664	rs6753062	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=0.580;SC=CCATAGGGTATAGGCCAAGTC;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=8;WE=234469672;WS=234469654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	234471371	.	A	AATC	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-0.793;QD=15.41;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	234526871	rs1042597	C	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.415;NF=87;NR=19;PP=2181;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AGGGGAATAGCTTGCCACTAT;SOR=0.640;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=182;TCF=147;TCR=35;TR=106;WE=234526879;WS=234526861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,102:0.57:179
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chr2	234580453	rs3832043	AT	A	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TCAGTGACTGATTTTTTTTTT;SOR=0.324;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=13;WE=234580461;WS=234580443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr2	234590970	rs17868323	T	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-3.904;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr2	234590974	rs17863778	CG	AA	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-3.904;QD=11.41;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr2	234591339	rs17864686	G	A	3710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=80;PP=2544;ReadPosRankSum=0.590;SC=CAATTTGGTTGTTGCGAACTG;SOR=0.567;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=380;TCF=203;TCR=177;TR=163;WE=234591347;WS=234591329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,170:0.43:396
chr2	234599234	rs144486213	GA	G	1324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,77:0.44:174
chr2	234627937	rs2011404	T	C	10784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=229;NR=174;PP=2965;SC=TTAACCTCTGTGGGGCGGTGC;SOR=1.020;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=229;TCR=175;TR=403;WE=234627945;WS=234627927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr2	234688036	rs6431631	C	A	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=745;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GCAGCAGTAGCCTCAAGTGAG;SOR=1.023;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=49;WE=234688044;WS=234688026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr2	234702212	rs6738710	G	C	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=6;PP=1796;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CAGCCTGCTCGCTACGGCAAG;SOR=2.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=66;TCR=6;TR=71;WE=234702220;WS=234702202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr2	234702459	rs1500481	T	C	6240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=1.349;SC=GCTGAGGCACTACAACCCCGA;SOR=0.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=67;TCR=143;TR=208;WE=234702467;WS=234702449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr2	234702905	rs10169532	C	T	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=2;PP=872;SC=GCTTCTGAGGCGCCTTCTGTC;SOR=4.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=234702913;WS=234702895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	234703136	rs6431634	T	C	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=54;PP=1488;SC=AGTCTGGAGGTGCTCTTCGTC;SOR=1.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=91;WE=234703144;WS=234703126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	234704150	rs2885297	T	C	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=2;PP=1825;SC=TCAGCAGGACTGGGGTAGGGC;SOR=5.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=67;TCR=2;TR=69;WE=234704158;WS=234704140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	234704318	rs2361503	A	G	20930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=378;NR=356;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.112;SC=CAGATCCTGGAACTGTCAGTC;SOR=0.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=735;TCF=379;TCR=356;TR=734;WE=234704326;WS=234704303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,771:1.00:772
chr2	234704495	rs11563248	T	G	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=80;PP=2965;SC=CGTGCTTCCTTTATCCTGATG;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=80;TCR=80;TR=160;WE=234704503;WS=234704485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	234704690	rs759173	T	C	6890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=122;PP=2965;SC=TCGTAGCCCTTGGTGAGGCTC;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=114;TCR=122;TR=236;WE=234704698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr2	234704746	rs759172	G	C	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=82;PP=2965;SC=CAGGAGGCCTGTAGGAGTCCC;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=101;TCR=82;TR=183;WE=234704754;WS=234704736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	234707341	rs1500479	T	C	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=34;PP=1504;SC=AGACAGAACGTGAGGCCCTGA;SOR=1.212;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=94;WE=234707349;WS=234707331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	234707460	rs11563247	G	C	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,81:0.56:145
chr2	234708428	rs13013882	G	A	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=21;PP=1344;SC=CCCCTCAGGTGAGGATGGCTA;SOR=1.468;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=73;WE=234708436;WS=234708418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	234708570	rs11563069	G	A	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=60;PP=2157;SC=TACGCAGACCGCAGAGCAGCT;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=113;WE=234708578;WS=234708560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	234708629	rs13018934	G	A	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=41;PP=1434;SC=GCCACTCAGCGTACCTGTGTT;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=234708637;WS=234708619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	234708720	rs2041652	T	G	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=23;PP=1474;SC=CCTAGATATATGCACAGCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=234708728;WS=234708710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	234713812	rs2041651	G	T	4114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=85;PP=2623;SC=CCAGGGGTGAGGGAGTGGAGA;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=62;TCR=85;TR=147;WE=234713820;WS=234713802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	234716027	rs112570954	T	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=289;ReadPosRankSum=1.185;SC=GAAGGCTGGCTGTAGGGAGGC;SOR=1.319;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=21;WE=234716035;WS=234716017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr2	234717669	rs10803663	A	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=1;PP=976;SC=AAGCACCGCCAGCTGACTCAA;SOR=6.138;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=43;WE=234717677;WS=234717659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	234720734	rs988344	A	C	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=35;PP=858;SC=TCTCACTTGGAGGCTCCCCAG;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=234720742;WS=234720724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	234725502	rs726016	T	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=43;PP=1499;SC=CTATCTCATGTGGATTTATGT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=234725510;WS=234725492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr2	234732317	rs11676792	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=212;ReadPosRankSum=0.591;SC=CTGCGTGGAAATGAGGCACCG;SOR=0.917;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=24;WE=234732325;WS=234732307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,26:0.27:95
chr2	234738175	rs502059	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.455;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CTCTGCAGGGACCAAGGCATT;SOR=0.052;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=14;WE=234738183;WS=234738165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr2	234738472	rs582432	G	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=737;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GCTGTTCCCCGAGGAAACAGG;SOR=0.430;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=45;WE=234738480;WS=234738462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,46:0.77:60
chr2	234740758	rs213547	A	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=517;ReadPosRankSum=0.560;SC=AACACGCTTGATGAATGACAG;SOR=1.014;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=31;WE=234740766;WS=234740748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr2	234740797	rs76276350	C	CAAAA	2873.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.473;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=2460;ReadPosRankSum=0.053;SC=TCCTCCAAAGCTGTGTGTATC;SOR=1.240;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=31;WE=234740806;WS=234740787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr2	234740798	rs3064782	T	A	2881.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.429;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=2454;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CCTCCAAAGCTGTGTGTATCA;SOR=1.295;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=46;WE=234740806;WS=234740787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,76:0.49:155
chr2	234740985	rs474242	G	A	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=10.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.095;QD=24.35;ReadPosRankSum=0.658;SOR=0.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr2	234740985	.	GGC	AGG	1859	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=60.25;NF=20;NR=26;PP=1859;QD=41.575388584;SC=AGTCCACCCCGGCACTCGGGG;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=46;WE=234740995;WS=234740975;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,46:0.59:78
chr2	234740987	rs658482	C	G	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=14.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.088;QD=24.94;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr2	234741022	rs122856	T	C	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.073;HP=1;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.058;NF=12;NR=21;PP=1818;ReadPosRankSum=0.091;SC=GTGGGAGGCATGTGGCAAGCT;SOR=0.284;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=33;WE=234741036;WS=234741012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr2	234741028	rs5839496	A	AG	1480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.175;HP=1;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.050;NF=10;NR=19;PP=1789;ReadPosRankSum=0.234;SC=GGCATGTGGCAAGCTGAGACC;SOR=0.286;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=29;WE=234741036;WS=234741012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr2	234741443	rs213548	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=-0.210;SC=ATGCACCTGGGGAGGCCTTTC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=234741451;WS=234741433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	234749151	rs213555	C	T	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=1;PP=1517;SC=AAGAATTCGGCTGAGATTCAC;SOR=5.960;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=58;TCR=1;TR=59;WE=234749159;WS=234749141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	234839404	rs4663987	C	T	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1592;ReadPosRankSum=0.138;SC=ACTATTTTCCCTCCAGTTTTG;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=101;WE=234839412;WS=234839394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,109:0.55:200
chr2	234846198	rs1019103	G	A	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=38;PP=1054;SC=ATAGGCCAAAGTGACCTGGGC;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=234846206;WS=234846188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	234847573	rs9646720	A	G	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=42;PP=1890;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GGAAGTTGGGAGGGAATGCTA;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=202;TCF=131;TCR=71;TR=114;WE=234847581;WS=234847563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,111:0.56:200
chr2	234847823	rs2302153	A	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.024;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=36;PP=670;ReadPosRankSum=1.296;SC=TCCAAAGGTGAGGGTGGGAGC;SOR=0.326;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=49;WE=234847831;WS=234847813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,52:0.67:78
chr2	234854550	rs11562975	G	C	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1183;ReadPosRankSum=-1.152;SC=GAGATCCACTGTATATCCTGG;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=79;WE=234854558;WS=234854540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,91:0.56:162
chr2	234856421	rs10170647	T	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=35;PP=771;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TGTTTGATAATCCACTTGAAT;SOR=0.760;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=39;WE=234856429;WS=234856411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr2	234869358	rs11563212	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=417;ReadPosRankSum=1.279;SC=GAAAAATGCCTAGTGCTTTCC;SOR=1.508;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=21;WE=234869366;WS=234869348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr2	234873123	rs28953468	G	A	42.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTGAACCCGGGAGGTGGAGGT;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=234873131;WS=234873113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	234888643	rs6745987	T	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=2;PP=966;SC=GCCAGTGTGCTACCTACTTTC;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=234888651;WS=234888633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	234888721	rs6736916	C	T	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=5.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.407;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,59:0.39:153
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chr2	234892127	rs4663995	T	C	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=129;SC=CAATTAACAATGTGGCAATTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=234892135;WS=234892117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr2	234916831	rs6734618	A	G	203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	234916831	.	ATAA	GTAA,GTAG	139	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=29;MMLQ=14;MQ=60.0;NF=7,1;NR=17,10;PP=139,133;QD=7.24046718947;SC=AGTAGTTGTGATAATAAAAGA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=24,11;WE=234916842;WS=234916821;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.92:26
chr2	234923124	rs3732214	A	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=0.773;SC=TCTGTTTCTTAGAAAAGGCAC;SOR=0.551;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=234923132;WS=234923114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	234926008	rs28902237	C	T	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=50;PP=1657;ReadPosRankSum=-2.093;SC=TTTCAGACCCCTGGGTACATG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=105;WE=234926016;WS=234925998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,114:0.55:208
chr2	234967539	rs593668	T	A	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=883;ReadPosRankSum=0.409;SC=TCCGGGAGACTACATGCAGGA;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=101;TCR=86;TR=77;WE=234967547;WS=234967529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,86:0.39:218
chr2	235950187	rs1469375	T	C	7051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.570;SC=CCAAGTCCGATGCTCCCACAT;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=547;TCF=263;TCR=284;TR=322;WE=235950195;WS=235950177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,338:0.59:575
chr2	235951819	rs3795962	A	G	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CGTCCGTCCTAGAAAAGCTGA;SOR=0.476;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=72;WE=235951827;WS=235951809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,78:0.64:121
chr2	235961111	rs6754815	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	235961972	rs7606553	A	G	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1144;ReadPosRankSum=1.299;SC=TGCCATAAAGATTGTAAGGAA;SOR=0.726;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=244;TCF=131;TCR=113;TR=88;WE=235961980;WS=235961962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,97:0.37:260
chr2	236403607	rs3738998	C	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=201;ReadPosRankSum=-1.148;SC=CACGCGGCTGCTCCGCCGAGG;SOR=0.324;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=14;WE=236403615;WS=236403597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr2	236433161	rs62191529	G	A	2805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=63;PP=1912;ReadPosRankSum=-0.679;SC=GACAGGCCACGGGGCTGCACC;SOR=0.630;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=229;TCF=123;TCR=106;TR=129;WE=236433169;WS=236433151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,132:0.53:248
chr2	236433331	rs11689907	T	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=44;PP=1096;SC=GAAGGGACCCTGTGTCCAAGA;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=236433339;WS=236433321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	236433390	rs10207027	G	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=312;SC=TAGGGACCTCGTCCCTTTCTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=236433398;WS=236433380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	236578649	rs10201486	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=335;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GGGGCGTGGGCCACACTCCCG;SOR=0.563;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=22;WE=236578657;WS=236578640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr2	236716006	rs8178996	T	A	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=646;ReadPosRankSum=1.206;SC=TCCCTCCCTGTCGCCGGAGAT;SOR=0.347;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=49;WE=236716014;WS=236715996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr2	236761396	rs13006916	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=571;ReadPosRankSum=-0.209;SC=AGCCCGTGCCCGTCAGTCCTC;SOR=0.548;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=52;WE=236761404;WS=236761386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,59:0.53:112
chr2	236957822	rs2034648	G	A	2976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=91;PP=1969;ReadPosRankSum=-0.244;SC=TGACTGGCCAGTCGAGCTCAT;SOR=0.887;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=442;TCF=197;TCR=245;TR=157;WE=236957830;WS=236957812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,164:0.35:462
chr2	237029104	rs2278884	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	237032607	rs11895915	T	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=553;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GGAACACAGCTCTGGCCTACG;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=74;TCR=14;TR=40;WE=237032615;WS=237032597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr2	237032703	rs8178994	T	C	4295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=92;PP=2802;ReadPosRankSum=0.902;SC=TGGCCACCCCTAACCTGTCCA;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=373;TCF=192;TCR=181;TR=193;WE=237032711;WS=237032683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,203:0.53:386
chr2	237032837	rs11899677	G	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=660;ReadPosRankSum=-2.480;SC=CTCAGAAGTCGCAGCACGTGA;SOR=0.636;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=38;WE=237032845;WS=237032827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr2	237076096	rs112186240	C	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1102;ReadPosRankSum=-1.776;SC=ACTCACCGAGCGAAGCCTGCA;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=73;WE=237076104;WS=237076086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,72:0.56:128
chr2	237103548	rs10177825	G	A	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1095;ReadPosRankSum=0.198;SC=CCAAAAGTAGGTAATTCTGCA;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=82;WE=237103556;WS=237103538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,88:0.55:161
chr2	237103623	rs10166966	A	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=985;ReadPosRankSum=1.704;SC=GTCTGCGAAGAGCACAGCGGC;SOR=0.499;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=67;WE=237103631;WS=237103613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,67:0.50:133
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chr2	237150166	rs2015983	A	C	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=71;PP=1982;ReadPosRankSum=1.106;SC=CTCTCCATTGAGATGCCGTCG;SOR=0.482;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=47;TCR=72;TR=118;WE=237150174;WS=237150156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr2	237150311	rs6431443	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=121;ReadPosRankSum=0.480;SC=TCCGATGTGATAATGGTTACT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=237150319;WS=237150301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	237247036	rs111440161	G	GA	1909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.159;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=44;PP=844;ReadPosRankSum=1.953;SC=CTGGGAGAGAGAAAAAAAAAT;SOR=0.379;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=105;TCF=13;TCR=92;TR=53;WE=237247044;WS=237247024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,85:0.59:144
chr2	237252454	rs72978647	C	A	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1423;ReadPosRankSum=1.472;SC=TGAAGACTTTCTGAAATGACA;SOR=0.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=92;WE=237252462;WS=237252444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,103:0.65:158
chr2	237255303	rs62192371	A	G	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=575;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GGGCAGGAGAAGGCTCCTTCC;SOR=0.888;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=43;WE=237255311;WS=237255293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr2	237374309	rs35432941	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=830;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CCTTTTCAGCCTGGATTACTG;SOR=0.757;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=64;WE=237374317;WS=237374299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,70:0.56:125
chr2	237395443	rs1986381	C	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TTTAAGAAAACCAGATGCTAT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=15;WE=237395451;WS=237395433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr2	237396935	rs6751722	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=31;PP=747;ReadPosRankSum=0.137;SC=TCCTGCTAAGGGTCCCCACGG;SOR=3.553;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=31;WE=237396943;WS=237396925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr2	237412168	rs75481888	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=459;ReadPosRankSum=0.277;SC=TTCTTCCCCAACTGCAGTCTG;SOR=0.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=32;WE=237412176;WS=237412158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr2	237412399	rs4427967	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=360;ReadPosRankSum=1.973;SC=ACCCCCTCCCACACTGGACCG;SOR=0.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=26;WE=237412407;WS=237412389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr2	237489297	rs35767135	C	T	3792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=59;PP=2241;ReadPosRankSum=1.702;SC=TTGCCAACTCCGTGGTGGTCT;SOR=0.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=168;TCR=103;TR=153;WE=237489305;WS=237489287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,167:0.59:285
chr2	237489904	rs1045879	C	T	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=63;PP=2050;ReadPosRankSum=0.971;SC=TGTCTGCTGGCTGCCCTACCA;SOR=0.688;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=236;TCF=123;TCR=113;TR=134;WE=237489912;WS=237489894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,151:0.59:258
chr2	238166147	rs4377288	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=0.361;SC=AGCTATACCCGGTCTGGCTGC;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=34;WE=238166155;WS=238166137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr2	238233483	rs13032404	G	A	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=2.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,100:0.44:225
chr2	238243292	rs1131296	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TCCGTGGTAGGTGGCTCTGAC;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=17;WE=238243300;WS=238243282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr2	238243464	rs2270669	C	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=501;ReadPosRankSum=0.138;SC=GGGGGCTCAGCCCTCTCCCAG;SOR=0.964;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=39;WE=238243472;WS=238243454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,47:0.41:116
chr2	238244963	rs6728818	A	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=21;PP=701;ReadPosRankSum=0.757;SC=AACAGTGGCCATCTTTGTGGC;SOR=0.658;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=168;TCF=113;TCR=55;TR=62;WE=238244971;WS=238244953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,67:0.37:179
chr2	238249630	rs4433949	C	T	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=1794;ReadPosRankSum=1.364;SC=TGACCAGGTACGCTATGTACT;SOR=0.768;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=393;TCF=194;TCR=199;TR=138;WE=238249638;WS=238249620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,143:0.35:408
chr2	238258814	rs3790993	C	G	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=49;PP=1564;ReadPosRankSum=0.018;SC=GGCCCCGGTTCCCGATTCCTC;SOR=0.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=310;TCF=164;TCR=146;TR=109;WE=238258822;WS=238258804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,120:0.36:337
chr2	238259636	rs150628086	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=387;ReadPosRankSum=0.281;SC=GGCCAAGCCGCGATCAACAGG;SOR=0.914;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=25;WE=238259644;WS=238259626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr2	238259675	rs3790995	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=469;ReadPosRankSum=-0.956;SC=CAGTAGTACTGAAGAGGAGGG;SOR=1.323;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=34;WE=238259683;WS=238259665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr2	238261112	rs4663726	GC	AA	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=40;PP=2947;SC=AGCCTGCTTGGCAATGTGCCC;SOR=1.162;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=115;WE=238261121;WS=238261102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr2	238266248	rs7577192	G	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=134;SC=AAATATCTAAGAGGCACAGAT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=238266256;WS=238266238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	238266633	rs4663730	G	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=638;SC=GCAAGGCTTCGAGGGACAAGC;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=238266641;WS=238266623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	238267058	rs4663731	G	A	5053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=54;PP=2965;SC=TTTTATCAACGTGTTTTAAAG;SOR=1.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=121;TCR=54;TR=174;WE=238267066;WS=238267048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	238271786	rs11287247	GC	G	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.139;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.623;NF=8;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-0.564;SC=ATCTACCAAGGCCCCCCCCCC;SOR=3.967;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=238271794;WS=238271776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	238305211	rs1553032	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TCTGAAAAGGCCTATAAATCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=238305219;WS=238305210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	238419543	rs145305319	C	CGTGT	812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=1546;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TGCACACACTCGTGTGTGTGT;SOR=1.157;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=33;WE=238419551;WS=238419533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr2	238419567	.	T	TGTGA	908	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=59.59;NF=25;NR=8;PP=908;QD=27.6363636364;SC=TGTGTGTGTGTGAGATTTATG;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=33;WE=238419575;WS=238419557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr2	238419611	rs2292879	A	G	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.827;NF=84;NR=55;PP=2215;ReadPosRankSum=0.073;SC=CAGTGCCATGAGCCTGTGCTT;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=137;TCR=87;TR=139;WE=238419619;WS=238419601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,133:0.60:222
chr2	238427142	rs3751110	T	C	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=60;PP=1608;ReadPosRankSum=0.417;SC=GTTCCCAGACTGTTTGTCCTT;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=126;WE=238427150;WS=238427132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,138:0.64:215
chr2	238427194	rs3751109	T	C	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=64;PP=1409;ReadPosRankSum=1.772;SC=GGGCCTGAACTGATATCTGAA;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=86;TCR=93;TR=121;WE=238427202;WS=238427184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,135:0.67:201
chr2	238427251	rs3751107	G	A	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1025;ReadPosRankSum=-2.669;SC=GGAGAACCTGGCTCAGAGGCC;SOR=0.852;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=68;WE=238427259;WS=238427241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,77:0.69:111
chr2	238428418	rs3751106	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.787;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=6;PP=822;ReadPosRankSum=1.089;SC=CTAGTGGAGGGGGTGGATGTG;SOR=0.207;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=80;TCR=9;TR=48;WE=238428426;WS=238428408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr2	238428454	rs75559690	T	C	4439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.00;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,113:0.61:185
chr2	238428459	rs3751105	G	A	4647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=0.983;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,125:0.59:212
chr2	238434434	rs11883500	C	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=731;ReadPosRankSum=0.339;SC=GCCCTGGGGACTGCTGCTGCA;SOR=0.573;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=40;WE=238434442;WS=238434424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr2	238443226	rs2292884	A	G	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=883;ReadPosRankSum=0.913;SC=CTGAATAAGCATATTTCAGCT;SOR=0.875;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=63;WE=238443234;WS=238443216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr2	238443407	rs2292885	G	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=627;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TGTTTGTAAGGTTAAGTTCTG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=40;WE=238443415;WS=238443397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr2	238449007	rs3817362	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=192;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GGTGCTGGAGTGCGCACGGAG;SOR=0.372;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=19;WE=238449015;WS=238448997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr2	238449023	rs3817363	T	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=213;ReadPosRankSum=0.097;SC=CGGAGGCCGATGTAGAGGAGG;SOR=0.353;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=23;WE=238449031;WS=238449013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr2	238449107	rs2271809	A	G	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=44;PP=1563;SC=AGGAGGAGGAAGCCAAGGACG;SOR=0.888;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=90;WE=238449115;WS=238449097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	238457684	rs10173589	A	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=7;PP=832;SC=CAGGCATTTCATGCTTAATTT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=238457692;WS=238457674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	238461773	rs60687800	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=392;ReadPosRankSum=-1.024;SC=GTGATCAGTCGCAGGAGGCAA;SOR=0.977;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=28;WE=238461781;WS=238461763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr2	238461855	rs67525826	C	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=1.493;SC=TGGTTGGTTGCGGGAGGGGAC;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=7;WE=238461863;WS=238461845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	238462069	rs112744921	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.137;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TGTGCACAAACGTGTAATCTA;SOR=2.720;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=8;WE=238462077;WS=238462059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr2	238462324	rs8260	A	G	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=599;ReadPosRankSum=-1.951;SC=GCTTTCCACTATACACAGTCA;SOR=0.969;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=46;WE=238462332;WS=238462314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr2	238483164	rs6766	T	C	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.051;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=69;PP=1697;ReadPosRankSum=2.329;SC=CACCAAGATGTGGAAATCCTG;SOR=0.628;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=348;TCF=175;TCR=173;TR=150;WE=238483172;WS=238483154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,158:0.43:368
chr2	238483283	rs147504247	GCCC	G	1126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.232;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=922;ReadPosRankSum=0.987;SC=CCAGGCCAGTGCCCCCATCAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=2;TCR=68;TR=27;WE=238483293;WS=238483273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr2	238483475	rs2280288	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GGGAGCCATGTGACGCCAGAT;SOR=0.126;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=11;WE=238483483;WS=238483465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr2	238483654	rs72990107	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=734;ReadPosRankSum=-1.482;SC=CCCCAGGAGTGGCTGCACCTA;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=188;TCF=92;TCR=96;TR=59;WE=238483662;WS=238483644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,62:0.31:202
chr2	238483671	rs59945834	G	A	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=592;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CCTAGTGGGCGCAGCATTTGG;SOR=0.525;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=170;TCF=84;TCR=86;TR=52;WE=238483679;WS=238483661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,54:0.30:182
chr2	238483729	rs2280289	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=543;ReadPosRankSum=-1.079;SC=ATCCCCCCGTAGAGCCTGGCC;SOR=0.419;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=49;WE=238483737;WS=238483719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,51:0.33:156
chr2	238484222	rs10202062	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-1.859;SC=AGCTGCAGCCGTGGAGCCCGC;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=21;WE=238484230;WS=238484212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr2	238485251	rs72990117	G	A	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1131;ReadPosRankSum=-2.028;SC=GCCCTGAGTTGGGTCTTCCCC;SOR=0.389;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=138;TCF=87;TCR=51;TR=79;WE=238485259;WS=238485241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,85:0.57:149
chr2	238486153	rs76789185	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=1.492;SC=GGCCATGGGCGCACCTGCAGG;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=8;WE=238486161;WS=238486143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	238494161	rs13414922	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=1.597;SC=TTCCCACCCCCAATCCAGGCC;SOR=0.379;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=28;WE=238494169;WS=238494151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr2	238494742	rs3751112	A	G	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=65;PP=1506;ReadPosRankSum=0.627;SC=CAGCTTGAACACACGGGGCTG;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=272;TCF=106;TCR=166;TR=104;WE=238494750;WS=238494732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,107:0.38:280
chr2	238499782	rs79820740	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	238499863	rs146534321	A	AAATTCTTCAGGAGACTCT	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=1059;ReadPosRankSum=-1.138;SC=TGGTCTTCCCAAGCCATGAAA;SOR=1.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=4;WE=238499874;WS=238499853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr2	238499866	rs114742872	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=12.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr2	238499997	rs6745883	TA	CG	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.054;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=431;ReadPosRankSum=-1.695;SC=CCGTGAACATTACTCCACACA;SOR=1.588;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=15;WE=238500006;WS=238499987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr2	238500046	rs6742960	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr2	238500642	rs10084167	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=0.388;SC=GAATCCCAGCACTTTGGAAGG;SOR=0.871;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=238500650;WS=238500632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr2	238632377	rs3769085	A	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=458;ReadPosRankSum=-0.302;SC=CTTACCCTGCAGAGTGAGCAG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=31;WE=238632385;WS=238632367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr2	238647805	rs3820808	C	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=420;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GGCCTCTATTCTCCTTGCTCC;SOR=1.167;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=25;WE=238647813;WS=238647795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr2	238667491	rs199735607	T	TA	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.458;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr2	238688244	rs1151798	A	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=17;PP=425;SC=TCTCTGTCCTATCTGGGAGCG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=238688252;WS=238688234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	238820048	rs7582777	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CCTCGGCGTCGGGGCTTCTCC;SOR=1.445;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=238820056;WS=238820041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	238896494	.	C	CAT	71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.9997;HP=16;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=56.25;NF=2;NR=0;PP=71;QD=37.0;SC=TCAGTTCATCCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=2;WE=238896503;WS=238896484;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,2:0.29:7
chr2	238903310	rs10203101	C	T	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=40;PP=1855;SC=TAACTTTACACGTGTTCAAAG;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=105;WE=238903318;WS=238903300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	238912120	rs10929262	A	C	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=50;PP=1587;ReadPosRankSum=-1.607;SC=CCCCTGCCTTAAATGTAACTC;SOR=0.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=103;TCR=89;TR=107;WE=238912128;WS=238912099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,113:0.54:208
chr2	238939370	rs11679080	C	T	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=66;PP=1953;SC=CACCAGTGGCCGGACACACCC;SOR=1.466;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=105;WE=238939378;WS=238939360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	238972827	rs821480	T	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=685;SC=ATAAGTAGTGTAGATCTGTAG;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=238972835;WS=238972823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	238990388	rs3210400	G	A	7841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=138;PP=2965;SC=GAGCGGGCAGGCAGAGGTGGA;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=271;TCF=133;TCR=138;TR=270;WE=238990396;WS=238990378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr2	238991796	rs2278742	C	T	7993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=107;PP=2965;SC=CATTGCAGAGCATTTCTCCTG;SOR=1.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=167;TCR=107;TR=274;WE=238991804;WS=238991786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr2	239002480	rs72316729	CTTG	C	6944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=64;PP=2969;SC=TGTGCATCCACTTGTTGTGTG;SOR=0.732;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=86;WE=239002490;WS=239002470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	239007755	rs68159827	CATT	C	2154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=10;PP=1994;SC=CCCTTTTGATCATTATTAACT;SOR=2.448;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=42;WE=239007765;WS=239007745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	239007806	rs1054640	A	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=35;PP=2052;SC=GTGCAGCTCCAGGTCATTCCT;SOR=1.505;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=76;TCR=35;TR=109;WE=239007814;WS=239007796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	239007850	rs1054641	T	A	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.06;NF=101;NR=70;PP=2965;SC=GACTCAGCTTTTACCTTAATT;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=101;TCR=71;TR=171;WE=239007858;WS=239007840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	239007991	rs15787	T	A	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=56;PP=1649;SC=AAGGAACTACTTGATGATTTT;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=76;WE=239007999;WS=239007981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	239009336	rs61744770	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=16;PP=458;SC=TGGTCCGCGAGGGGGGCTGCG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=239009344;WS=239009326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	239009384	rs62196013	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=7;PP=175;SC=CCTGGCTCCACGAAGCTGGCT;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=239009392;WS=239009374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	239010455	rs5839683	GGAA	G	928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=765;SC=GAGGGAAGGAGGAAGGAGCTG;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=239010465;WS=239010454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	239010577	rs1562333	G	C	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=43;PP=1731;SC=CCCGGGGCTTGGTAGGACCAA;SOR=0.881;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=104;WE=239010585;WS=239010567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	239010719	rs36066915	T	C	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=42;PP=1144;SC=TGCACCACGCTGCCGTCAGTG;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=239010727;WS=239010709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	239016539	rs935415	C	G	10708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=195;NR=179;PP=2965;SC=GACTCCTGCTCATGGGTACCC;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=374;TCF=195;TCR=179;TR=374;WE=239016547;WS=239016529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr2	239025523	rs11903074	T	C	5390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	239036416	rs12692214	T	C	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.540;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.90;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,192:0.98:195
chr2	239036423	rs62197371	C	A	8163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=4.566;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.89;ReadPosRankSum=0.307;SOR=1.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr2	239037273	rs72989009	C	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=465;SC=CAACCCCCCACGTCCTCTCGG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=239037281;WS=239037263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	239051550	rs935411	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr2	239051639	rs748218	T	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr2	239053436	rs12623661	G	C	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=4;PP=1256;SC=CAGTGAGGGGGGCATTTCTGC;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=48;WE=239053444;WS=239053426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	239053685	rs13013945	A	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=485;ReadPosRankSum=-0.228;SC=CACTGGGCTCAGTGCAACTCC;SOR=0.321;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=145;TCF=40;TCR=105;TR=48;WE=239053693;WS=239053675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,51:0.33:153
chr2	239054504	rs11674140	G	T	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1092;ReadPosRankSum=2.937;SC=CTTCCCTGGGGCCTGGTTCTA;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=126;TCR=145;TR=92;WE=239054512;WS=239054494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,99:0.34:289
chr2	239056746	rs11674655	T	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-1.047;SC=TGGTGAGGATTGGGGCTCCTG;SOR=1.819;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=9;WE=239056754;WS=239056736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr2	239059484	rs7605194	T	C	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=564;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TGCATGAGAATGGCGCGCTGG;SOR=0.517;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=58;WE=239059492;WS=239059474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,60:0.37:161
chr2	239071244	rs35047785	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=266;ReadPosRankSum=0.497;SC=TCACTGAGGTAGATCCTTGGC;SOR=1.242;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=16;WE=239071252;WS=239071234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr2	239073046	rs6760421	C	T	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=51;PP=1868;SC=TTCGCTCGGCCTCCACAAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=110;WE=239073054;WS=239073036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	239075812	rs3795905	C	T	5735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=93;PP=2965;SC=GGAACTCTGCCCACACTGGCC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=104;TCR=94;TR=197;WE=239075820;WS=239075802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	239075935	rs3820817	A	G	6926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=115;PP=2965;SC=CTTATCCAGGAAAGAAAGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=125;TCR=115;TR=239;WE=239075943;WS=239075925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr2	239082166	rs3832064	G	GC	6109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=47;PP=2936;SC=CTCTTATAGGGCCTTTTACCT;SOR=1.134;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=87;WE=239082174;WS=239082156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	239092474	rs2305173	C	T	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.819;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1727;ReadPosRankSum=1.994;SC=TCTTATATTTCAAAATGAACC;SOR=0.235;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=105;WE=239092482;WS=239092464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,115:0.98:117
chr2	239093788	rs6431588	T	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=708;SC=CAATAACCAATTTGAGTATCA;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=239093796;WS=239093778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	239102856	rs3795903	A	G	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=22;PP=2082;SC=TAAATTTCACATAAGAGTAAA;SOR=2.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=85;TCR=22;TR=107;WE=239102864;WS=239102846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	239103574	rs35393292	G	A	8287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=163;PP=2965;SC=TTTTCAAAGAGGAAGATCATG;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=127;TCR=163;TR=290;WE=239103582;WS=239103564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr2	239103603	rs7558210	C	G	6231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=128;PP=2965;SC=CCTGCTTTGACACAAGTTTGC;SOR=1.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=85;TCR=128;TR=213;WE=239103611;WS=239103593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr2	239112344	rs113428548	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=126;SC=AGTCCCGGACGCCACCAATCG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=239112352;WS=239112334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	239148535	rs1047589	G	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-1.998;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr2	239148970	rs56294817	C	A	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=14;PP=1500;SC=GACCACTGATCTGCCGCGCGT;SOR=2.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=70;WE=239148978;WS=239148960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	239155053	rs934945	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=630;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CAAGGGGGATCCATTTTCGTC;SOR=0.437;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=46;WE=239155061;WS=239155043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr2	239160475	.	T	G	168	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=15;MQ=57.74;NF=1;NR=14;PP=168;QD=13.5180808365;SC=GGGGTGGGGGTGGGGGGCATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=15;WE=239160483;WS=239160465;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:29,15:0.34:44
chr2	239229204	rs368022925	GC	G	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=177;ReadPosRankSum=-1.351;SC=GCAGGACCGGGCGGCGGCGGC;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=239229212;WS=239229200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr2	239229372	rs13398676	C	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=725;ReadPosRankSum=-2.089;SC=CGCCGCTGACCGAGAAGCTGC;SOR=0.703;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=152;TCF=87;TCR=65;TR=60;WE=239229380;WS=239229362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,62:0.38:164
chr2	239237953	rs12464423	G	T	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=86;PP=2665;SC=ACAGGGAGAAGAACAGAGAGC;SOR=0.988;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=161;WE=239237961;WS=239237943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	239307245	rs571820	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=414;SC=TTTTGGTTGTAGCAGGGGTTG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=239307253;WS=239307235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	240003870	rs1063639	G	A	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1104;ReadPosRankSum=0.385;SC=ACAGGACGCTGGGGTCGCTGT;SOR=0.950;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=178;TCF=84;TCR=94;TR=76;WE=240003878;WS=240003860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,85:0.43:197
chr2	240003985	rs148127418	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=576;ReadPosRankSum=-1.143;SC=CCTGAGGGCCGTCCCCAACCC;SOR=1.337;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=35;WE=240003993;WS=240003975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr2	240016488	rs62189551	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=1.092;SC=AGCCCCAGCCACCTGCGCCAG;SOR=0.098;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=8;WE=240016496;WS=240016485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	240024654	rs6543510	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=1.035;SC=CAGCTCCACAGACAGAAACTC;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=240024662;WS=240024644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	240029736	rs7585225	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=541;SC=CCTGCCCCGGTCGGCGTTACC;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=240029744;WS=240029726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	240036959	rs79199572	C	T	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.809;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=55;PP=1566;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CCGTCTCCTCCGGGTGGCTCT;SOR=1.119;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=90;WE=240036967;WS=240036949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,88:0.55:159
chr2	240048505	rs3828206	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CAGCCCAGGCGTTCTGCCCTG;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=11;WE=240048513;WS=240048495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr2	240048544	rs3791448	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.576;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.664;SC=GCTAACTGGGCCCCTTCCAGC;SOR=0.180;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=240048552;WS=240048534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	240055901	rs2278778	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=596;SC=AGCGTGGGCAGCCTCAGAGCC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=240055909;WS=240055891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	240066417	rs2290087	A	G	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.357;SC=GAAGCTGCACAAAAAGGAGAT;SOR=0.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=177;WE=240066425;WS=240066407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr2	240066526	rs2290088	T	C	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=53;PP=1326;SC=TCAACACTGCTGTGTTGCTGC;SOR=1.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=240066534;WS=240066516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	240078510	rs375431164	G	A	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.264;NF=47;NR=72;PP=1574;ReadPosRankSum=-1.239;SC=TTTACCCAGCGCACTGCCCCA;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=291;TCF=118;TCR=173;TR=119;WE=240078518;WS=240078500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,123:0.41:300
chr2	240078587	rs5839723	GAC	G	2850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=57;PP=2664;SC=CACCTCAACAGACACACCTTT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=0;TCR=60;TR=57;WE=240078596;WS=240078577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	240083528	rs3791515	G	A	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=104;PP=2965;SC=CTCCTCCCTGGAAGCCCCCCA;SOR=1.114;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=181;WE=240083536;WS=240083518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	240083731	rs3828216	C	T	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=10;PP=1054;SC=GACTCCTGGGCGAGGGGGCGC;SOR=2.208;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=48;WE=240083739;WS=240083721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	240085403	rs11124182	C	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=301;SC=TCCCTGCCTCCGGTGAAGAGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=240085411;WS=240085393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	240085674	rs13010577	C	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=21;PP=586;SC=CCTACAGCAGCAATGCAGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=240085682;WS=240085664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	240111477	rs531993	A	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=8;PP=530;SC=AGTCACCGGGAGTTGAGGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=240111485;WS=240111467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	240323661	rs1709851	C	A	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=56;PP=2965;SC=TGTTGAGTTACAGGTCGGCCC;SOR=1.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=98;TCR=56;TR=154;WE=240323669;WS=240323651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	240323905	rs3215239	T	TG	8281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=98;PP=2967;SC=CTGGCGGAGATGCGCGTTCGC;SOR=0.817;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=146;TCF=41;TCR=105;TR=138;WE=240323913;WS=240323895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr2	240500170	rs35846411	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=689;ReadPosRankSum=-0.149;SC=ACACCCTGTCGTCTGCAAGCT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=83;TCR=38;TR=51;WE=240500178;WS=240500160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,50:0.40:126
chr2	240500294	rs11683242	A	C	2631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=70;PP=1501;ReadPosRankSum=-1.744;SC=TCAGTGTTCCAGCTCCAGCAG;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=372;TCF=185;TCR=187;TR=139;WE=240500302;WS=240500284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,143:0.36:394
chr2	240500413	rs6543554	A	G	8789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=157;NR=156;PP=2965;SC=TGAATCCACCATCGTACCTGC;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=157;TCR=156;TR=313;WE=240500421;WS=240500403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr2	240504878	rs6719279	C	T	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=111;PP=2965;SC=GGTAGCCATTCTAGTCATAGT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=76;TCR=111;TR=186;WE=240504886;WS=240504868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	240504931	rs13021357	A	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.768;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=615;ReadPosRankSum=0.442;SC=CAAGTAGACCAGCATGACTAT;SOR=0.419;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=108;TCF=33;TCR=75;TR=45;WE=240504939;WS=240504921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,47:0.43:110
chr2	240701886	rs10189627	T	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=183;ReadPosRankSum=2.180;SC=GAGACGCCAGTGCCTGCAAAG;SOR=0.616;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=16;WE=240701894;WS=240701876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr2	240721384	rs2898872	C	A	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=28;PP=1676;SC=TGAATTGACTCCTGCTTGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=91;WE=240721392;WS=240721374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	240721598	rs12613844	T	G	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1621;ReadPosRankSum=-3.727;SC=GACACAGTGATGATTCATACA;SOR=0.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=95;WE=240721606;WS=240721588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,102:0.57:179
chr2	240882476	rs78832554	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=821;ReadPosRankSum=1.914;SC=ATCACAGGGAGAGTGGTGCAT;SOR=0.516;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=179;TCF=107;TCR=72;TR=67;WE=240882484;WS=240882466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,72:0.37:194
chr2	240882699	rs74833011	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=426;ReadPosRankSum=1.037;SC=ACACGAATCTGCCTTCTGCTC;SOR=0.724;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=23;WE=240882707;WS=240882689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr2	240900795	rs4077388	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=-0.420;SC=ACAACCCAGCCCTGCCTGCCA;SOR=0.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=20;WE=240900803;WS=240900785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr2	240912983	rs73105362	G	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=578;ReadPosRankSum=-1.918;SC=CAGCTTCAAGGAGGGAACGAT;SOR=1.067;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=37;WE=240912991;WS=240912973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr2	240922822	rs958960	C	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.390;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=1.194;SC=CTATGAATTTCCAGAAATGGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=9;WE=240922830;WS=240922812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	240958129	rs4149540	C	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=659;SC=TCACTGCATTCCAGAGAAAAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=240958137;WS=240958119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	240961728	rs2083411	T	C	10705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=193;NR=165;PP=2965;SC=CATAGCGCAGTTTGCACTGCA;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=193;TCR=166;TR=358;WE=240961736;WS=240961718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr2	240961852	rs7596788	A	G	4594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=112;PP=2965;SC=GAAACCTCTTAGTGATAAAAA;SOR=2.185;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=41;TCR=112;TR=152;WE=240961860;WS=240961842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	240981179	rs6731916	T	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=10;PP=1058;SC=TTGTCTCTGGTTCAAAAATGT;SOR=2.252;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=43;WE=240981187;WS=240981169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	240981375	rs6732185	T	A	12693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=232;PP=2965;ReadPosRankSum=0.686;SC=ATGAAGAGACTTGGATGAAGA;SOR=0.317;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=468;TCF=236;TCR=232;TR=465;WE=240981383;WS=240981365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,482:1.00:483
chr2	240982116	.	C	A	1127	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=19;MQ=54.33;NF=28;NR=32;PP=1127;QD=19.3628535425;SC=GACGAAGGGCCGTGGGTGAAG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=60;WE=240982124;WS=240982106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr2	240982228	rs10439373	C	T	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=21;PP=1145;SC=GATGAAGGGCCGTGGGTGAAG;SOR=1.234;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=60;WE=240982236;WS=240982218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	240984833	rs13389099	C	G	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=91;NR=61;PP=2965;SC=GGGTGATGTGCGCATATGACA;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=91;TCR=61;TR=152;WE=240984841;WS=240984823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	240984994	rs201316037	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.44;MQRankSum=-0.484;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.968;SOR=2.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr2	240985099	rs150098707	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	240985347	rs13030992	G	A	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.55;QD=29.40;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	240985511	rs10933560	A	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=20;PP=532;SC=TGGGAGCTGCAGGCCTACAAA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=240985519;WS=240985501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	241066280	rs4292120	C	T	6187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=129;PP=2965;SC=ACATTAGCGCCTCCGCCCCCT;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=77;TCR=129;TR=206;WE=241066288;WS=241066270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	241066395	rs76780618	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.808;SC=ACTAGAACGAGGTCTGGTAGG;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=241066403;WS=241066385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	241070620	rs80220313	A	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=518;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CAATGATCCAATGAAATAAAA;SOR=0.487;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=35;WE=241070628;WS=241070610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr2	241073170	rs747741	C	T	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=551;SC=AATAAGGCTGCCTGCCAGTGG;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=241073178;WS=241073160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	241073450	rs3749078	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=405;ReadPosRankSum=-0.900;SC=AAGGTTATGTCAGGTGCGTTT;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=31;WE=241073458;WS=241073440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr2	241075549	rs115523889	C	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=273;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CCCGGCCTCCCCTCCCCGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=15;WE=241075557;WS=241075539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr2	241075809	rs13406410	C	T	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=32;PP=899;SC=GGTGCCCGCCCGCTGGGGTGC;SOR=2.891;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=39;WE=241075817;WS=241075799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	241078784	rs2279690	A	T	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1267;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GAAAGACACAAGACACCTGCC;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=70;TCR=99;TR=92;WE=241078792;WS=241078774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,98:0.56:176
chr2	241079591	rs10190781	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GGGCTCTAAGGTTTCCTAGCA;SOR=1.469;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=19;WE=241079599;WS=241079581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr2	241079807	rs114600258	G	A	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1363;ReadPosRankSum=0.893;SC=CAGGAAGGGCGAGACCACCCA;SOR=0.665;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=96;WE=241079815;WS=241079797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,105:0.60:174
chr2	241079956	rs2291768	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.353;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=1.974;SC=GGAGGTGAAATCCCTGCCTCA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=241079964;WS=241079946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr2	241390516	rs3828336	C	T	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.421;SC=GGTGAGCGGCCGAGTTCCTTT;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=226;TCF=132;TCR=94;TR=92;WE=241390524;WS=241390506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,91:0.40:226
chr2	241403955	rs3830536	GTGACGCCTGCGTGTGCGTGTCAACGCCTGTGTGCGCGCGT	G	2372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=13.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.85;MQRankSum=7.519;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,76:0.29:265
chr2	241404317	rs2229458	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=568;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CCCAGGGCCCCGGGCCTGAGG;SOR=0.847;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=45;WE=241404325;WS=241404307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,45:0.31:146
chr2	241404499	rs2228327	C	T	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=899;ReadPosRankSum=1.902;SC=CACAGGTCTCCGAAGCCAAGG;SOR=0.579;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=74;WE=241404507;WS=241404489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,76:0.40:189
chr2	241405400	rs10700206	C	CGTG	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	241405454	rs6760745	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.091;NF=9;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=0.289;SC=CCTGCCTGCCGGAGCCTCCTC;SOR=0.250;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=12;WE=241405462;WS=241405444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	241405528	rs2228331	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=360;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TGACCTCTGCAGCCGGAAGGT;SOR=0.746;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=31;WE=241405536;WS=241405518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr2	241439326	rs12994525	G	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.03;ReadPosRankSum=2.005;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr2	241439329	rs12994526	G	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.39;ReadPosRankSum=1.820;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr2	241439337	rs12994534	G	A	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=13;PP=1123;SC=CCGGAACGCCGCCCTGTGGAG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=73;WE=241439345;WS=241439316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	241440020	rs12986801	T	C	9431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=149;NR=195;PP=2965;SC=CGCAAGGACATCCCGGCTACT;SOR=1.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=149;TCR=195;TR=344;WE=241440028;WS=241440010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr2	241446952	rs74388234	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CCTCACCAGGGCCACCCCAGC;SOR=0.255;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=11;WE=241446960;WS=241446942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr2	241448660	rs59967171	G	GGATA	993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=1016;SC=ATGGATGGATGGATAAATGGC;SOR=3.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=20;WE=241448668;WS=241448650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	241452198	rs12695025	T	C	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=59;PP=2863;SC=CATACCCCTATCCAGGTCGCG;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=94;TCR=59;TR=153;WE=241452220;WS=241452188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	241452212	rs12695026	T	C	5790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=74;PP=2965;SC=GGTCGCGAGGTACACACCTTG;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=122;TCR=75;TR=196;WE=241452220;WS=241452188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	241459497	rs68104327	G	A	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=25;PP=1240;ReadPosRankSum=0.656;SC=GGGGCCTTCAGGATGCGCTTC;SOR=1.108;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=81;WE=241459505;WS=241459487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,86:0.57:150
chr2	241463453	rs3821348	C	A	5225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CACACACACACGTTGGACTCA;SOR=0.834;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=687;TCF=380;TCR=307;TR=258;WE=241463461;WS=241463443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:443,263:0.37:706
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chr2	241512049	rs2975769	C	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=52;PP=1133;ReadPosRankSum=-1.371;SC=GCCGCCTCCCCCTTGCTCCTA;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=13;TCR=76;TR=61;WE=241512057;WS=241512039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,61:0.67:91
chr2	241512470	rs2001823	G	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=15;PP=1524;SC=CTCCCCGGCCGGGGCTATGGG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=76;WE=241512478;WS=241512460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	241526259	rs55650580	T	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.266;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr2	241526556	rs60704894	G	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=127;ReadPosRankSum=2.426;SC=TGGGCGGCCAGGGTAGCTCCG;SOR=0.303;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=12;WE=241526564;WS=241526546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr2	241528927	rs55893551	G	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=0.610;SC=TCCTGGAGCCGGTTTCTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=18;WE=241528935;WS=241528917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr2	241528968	rs55976923	G	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GTACCAGGAGGCCTTGCGAAA;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=7;WE=241528976;WS=241528958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr2	241531479	rs3792269	A	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=803;ReadPosRankSum=-1.644;SC=AGGACAGGCCAGGCCGCTGGG;SOR=0.945;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=63;WE=241531487;WS=241531469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,68:0.41:167
chr2	241531584	rs2975761	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CACGTGGCCAGCATGGGAGGG;SOR=0.245;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=10;WE=241531592;WS=241531574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr2	241531737	rs2975762	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=508;ReadPosRankSum=2.483;SC=ACCTTCCCCTACTGTCCTCTT;SOR=0.557;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=22;WE=241531745;WS=241531727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr2	241533512	rs17846970	T	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GGGGGCCCAGTGCCAGTCTGG;SOR=0.446;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=7;WE=241533520;WS=241533502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	241533559	rs17846971	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=0.414;SC=CAGGACTGTACTTGGCTGTCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=241533567;WS=241533549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	241533845	rs2975763	T	C	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=10;PP=885;SC=GGCACGGGGTTGCTGGCAGGA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=241533853;WS=241533835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	241534163	rs17846975	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=218;ReadPosRankSum=-1.778;SC=CACGTGCTCTGCCTGCCGAAG;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=17;WE=241534171;WS=241534153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr2	241536053	rs2953171	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=334;ReadPosRankSum=0.572;SC=CTGAGGCCACCGGGAACCTGC;SOR=0.585;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=19;WE=241536061;WS=241536043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr2	241536126	rs7607759	A	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=466;ReadPosRankSum=-0.188;SC=CAAGAACACCACCCCCGGGGC;SOR=0.736;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=39;WE=241536134;WS=241536116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr2	241537421	rs3749166	G	A	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=49;PP=1640;ReadPosRankSum=0.846;SC=TCCTGCCTGCGGGCACCTACA;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=184;TCF=111;TCR=73;TR=120;WE=241537429;WS=241537411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,133:0.67:198
chr2	241537569	rs17846981	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.022;NF=13;NR=16;ReadPosRankSum=-1.645;SC=AGTGCTCGCCTGTCCCCCCAC;SOR=0.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=29;WE=241537577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,32:0.35:92
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chr2	241538061	rs55878652	T	C	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=833;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CCCATCTGTCTTTGCAGGTCT;SOR=0.629;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=84;TCR=74;TR=66;WE=241538082;WS=241538051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,73:0.42:172
chr2	241538074	rs2975766	A	G	4182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=76;PP=2959;SC=GCAGGTCTCCATCATGGCAGT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=74;TCR=76;TR=150;WE=241538082;WS=241538051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	241538229	rs2975767	A	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=382;SC=CCCTGCCAGGAGGCTGCGGCC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=241538237;WS=241538219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	241555784	rs12052926	G	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=801;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TTCCTCCTCCGTCTCTCTATT;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=41;WE=241555792;WS=241555774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr2	241558397	rs6437353	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=597;ReadPosRankSum=0.519;SC=ACTCCACACCGTGGCAGTGAA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=48;WE=241558405;WS=241558387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr2	241558547	rs7582275	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=578;ReadPosRankSum=0.936;SC=GGGGGTTTGTGCCACCTTAGA;SOR=0.523;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=45;WE=241558555;WS=241558537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr2	241569329	rs2975785	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=935;ReadPosRankSum=0.305;SC=CCCCCTGCTCACTCTCTGCTG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=67;WE=241569337;WS=241569319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr2	241569585	rs35155396	C	T	4105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=83;PP=2688;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TGCTGTGCACCTTGCCCTTCG;SOR=0.593;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=280;TCF=147;TCR=133;TR=168;WE=241569593;WS=241569575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,182:0.61:300
chr2	241569742	rs34778053	C	A	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.738;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=954;ReadPosRankSum=0.207;SC=GCTGCGTGCCCGCGGGCTGCG;SOR=0.704;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=54;WE=241569750;WS=241569732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,53:0.45:118
chr2	241569849	rs12468377	C	T	3513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=63;PP=2196;ReadPosRankSum=2.325;SC=AGGAGGGCGGCTTCTGCTTCA;SOR=0.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=146;WE=241569857;WS=241569839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,161:0.61:264
chr2	241570092	rs12468453	C	T	4777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.549;SC=CAGTGCGCCTCGCAGTGGGCT;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=368;TCF=201;TCR=167;TR=213;WE=241570106;WS=241570082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,216:0.58:374
chr2	241570127	rs12468485	C	T	6204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.591;SC=CTCCTGGAGACGATCCGTCGC;SOR=0.596;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=486;TCF=262;TCR=224;TR=278;WE=241570135;WS=241570117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,288:0.57:503
chr2	241570249	rs3749172	A	C	7390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=159;PP=2965;SC=CGTGGCTCCCAGTGCTAAGGC;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=107;TCR=160;TR=266;WE=241570257;WS=241570239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr2	241570391	rs2975786	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=928;SC=AAGGAGCCCGAGATCAGCCCT;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=241570399;WS=241570381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	241619674	rs202221536	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.50;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	241621747	rs201329918	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	241621811	rs376333472	G	A	95.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.15;MQRankSum=1.383;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	241621869	rs74882485	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-3.186;NF=5;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-0.250;SC=GCAGAGGCGCGTCAGGGTGCA;SOR=2.245;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=6;WE=241621877;WS=241621859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr2	241622002	rs182755222	C	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQRankSum=-0.026;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr2	241622009	rs192736899	C	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.06;MQRankSum=-0.574;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.823;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr2	241622103	rs116505219	A	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.526;NF=14;NR=12;PP=329;ReadPosRankSum=-1.070;SC=CATCTCCAGGAAGCAGGCCCC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=26;WE=241622111;WS=241622093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr2	241622126	rs192451353	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.19;MQRankSum=-5.693;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr2	241622209	rs4081908	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.85;QD=26.08;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	241627172	rs78189951	C	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=376;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CCTGGCTTTTCGCCTGCAGGA;SOR=0.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=29;WE=241627180;WS=241627162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr2	241627213	rs115170552	G	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=553;ReadPosRankSum=0.200;SC=TGGCCCTGCCGTGGGCAGCAT;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=41;WE=241627221;WS=241627203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr2	241627928	rs1560619	A	G	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=84;PP=2965;SC=TGCACAGGACAGGTAGGCAGA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=92;TCR=84;TR=176;WE=241627936;WS=241627918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	241628022	rs145746752	G	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=877;ReadPosRankSum=2.382;SC=ATTTCAGCTCGTCTCCCCCGA;SOR=1.127;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=58;WE=241628030;WS=241628012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,65:0.55:119
chr2	241631267	rs71428453	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQRankSum=-5.310;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.535;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
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chr2	241631413	rs71428454	T	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=2.264;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,28:0.26:108
chr2	241631476	rs4328629	C	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=31;PP=1329;SC=GCAGCTCGGGCCCTGCTGCCT;SOR=0.966;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=61;WE=241631484;WS=241631466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	241631839	rs202017172	G	A	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr2	241659395	.	C	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	241663019	rs2043252	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr2	241674222	rs3755533	T	C	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=35;PP=875;SC=GGGAGCGGGGTGGGGGACAGG;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=241674230;WS=241674212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	241680644	rs1013225	G	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=16;PP=748;SC=CGCACCCCCCGACACACACTC;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=41;WE=241680652;WS=241680634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	241684660	rs1529665	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=447;SC=CAGCTGTAAATCCATCAAGGG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=241684668;WS=241684650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	241684692	rs7576602	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=195;ReadPosRankSum=0.214;SC=CCAGAAATCGCTCCTACACCC;SOR=0.384;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=18;WE=241684700;WS=241684682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr2	241696840	rs10594016	ATCC	A	4283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=40.80;SOR=2.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	241702561	rs11688298	T	A	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=19;PP=1167;SC=CAGCAGGCAGTTGGGGGTGGC;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=241702569;WS=241702551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	241706227	rs11681427	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=-1.092;SC=GTATGACTCGCGACCCACTTA;SOR=0.646;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=19;WE=241706235;WS=241706217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr2	241706874	rs3821346	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=401;ReadPosRankSum=1.380;SC=GGTCCCTGCCCCCGCACTTGG;SOR=0.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=26;WE=241706882;WS=241706864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr2	241708675	rs2288753	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=640;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GCTTCCAGCACTGGCCTCAGC;SOR=0.900;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=35;WE=241708683;WS=241708665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr2	241711784	rs3772060	G	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=1.106;SC=AGCCAGGAGTGTGGGCTCAGA;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=4;WE=241711792;WS=241711774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	241713429	rs2288751	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=393;ReadPosRankSum=0.347;SC=GAACAGGGCCTATGCAGGCCC;SOR=0.324;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=19;WE=241713437;WS=241713419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr2	241713646	rs1063353	A	G	5171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.922;SC=GCAGGACTCAAGGCTGCCACC;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=339;TCF=160;TCR=179;TR=220;WE=241713654;WS=241713636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,228:0.64:355
chr2	241722613	rs2288749	A	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=614;SC=GGACCTGTGCAGTGTGGAGTG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=241722621;WS=241722603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	241725637	rs74002922	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=327;SC=CCACACCTCCGCGGGGGCACA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=241725645;WS=241725627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	241726646	rs2288746	A	G	4639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CCCAGCGGCCAACGGCAGGCG;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=367;TCF=191;TCR=176;TR=209;WE=241726654;WS=241726636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,217:0.58:377
chr2	241728592	rs76852368	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.192;SC=GAGGGACCCCGAGGGCCACAT;SOR=0.260;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=13;WE=241728600;WS=241728582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr2	241728843	rs2288745	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=506;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCAGACAAGCCAGGCCCCCAA;SOR=0.419;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=32;WE=241728851;WS=241728833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr2	241737017	rs10167412	C	A	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.274;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=26;PP=1353;ReadPosRankSum=2.384;SC=GACCATGGCCCCCAGCAACCC;SOR=1.076;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=98;TCR=44;TR=87;WE=241737025;WS=241737007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,87:0.60:146
chr2	241808825	rs140694338	AGGCCTCCCT	A	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=2265;ReadPosRankSum=-1.375;SC=CCATCCTTCAAGGCCTCCCTG;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=10;WE=241808841;WS=241808815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	241810957	rs10196315	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=1.382;SC=TCCTTCTGCCCCTGGTCCCCA;SOR=1.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=17;WE=241810965;WS=241810947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr2	241812566	rs12997245	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=510;ReadPosRankSum=-0.839;SC=CCGATGCTGCGGATTCGGCCC;SOR=1.807;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=23;WE=241812574;WS=241812556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr2	241815307	rs12478859	CA	TG	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=36;PP=2944;ReadPosRankSum=0.811;SC=CATCTGCCCCCAACCCTGCCC;SOR=0.924;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=114;TCR=69;TR=100;WE=241815316;WS=241815297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,107:0.57:189
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chr2	241816545	rs6732985	C	T	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.177;SC=AGCAGTGCTGCGGAGGATGCC;SOR=0.637;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=92;TCR=42;TR=77;WE=241816553;WS=241816535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,83:0.59:141
chr2	241818279	rs4273214	C	A	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=96;PP=2612;ReadPosRankSum=1.667;SC=ACACACCTGTCCCATGCCCAC;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=264;TCF=123;TCR=141;TR=178;WE=241818287;WS=241818269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,183:0.67:275
chr2	241827696	rs4675869	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	241828012	rs6708304	T	C	2798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=60;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CGCCCTGCAGTTCTGCCCAGT;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=113;WE=241828020;WS=241828002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,126:0.68:185
chr2	241828034	rs6707568	A	G	6338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=87;PP=2578;SC=CTCGGGCGCCAGGAAGAGCAC;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=62;TCR=87;TR=149;WE=241828042;WS=241828024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	241830944	rs10171053	G	T	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=1113;ReadPosRankSum=0.637;SC=TGACCAGGAGGGTGCGCCTAC;SOR=0.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=69;WE=241830952;WS=241830934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,72:0.57:126
chr2	241830969	rs10171067	G	A	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=39;PP=1571;ReadPosRankSum=-0.768;SC=AGAGCTGGGCGCTGGCCGGCA;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=99;TCR=65;TR=99;WE=241830977;WS=241830959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,107:0.61:175
chr2	241831005	rs10195453	C	T	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=63;PP=2249;ReadPosRankSum=0.224;SC=GGCTGAGGATCCTTCTCAAGC;SOR=0.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=246;TCF=142;TCR=104;TR=147;WE=241831013;WS=241830995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,152:0.61:249
chr2	241831264	rs6737320	G	A	3393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=87;PP=2244;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CTGCCAACTTGGCCCCTGCCC;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=257;TCF=112;TCR=145;TR=158;WE=241831272;WS=241831254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,165:0.62:268
chr2	241831296	rs6709469	C	G	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=78;PP=2079;ReadPosRankSum=0.897;SC=TCACCTGCAGCCCTCTCTGCT;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=85;TCR=131;TR=129;WE=241831304;WS=241831286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,134:0.60:225
chr2	241831471	rs6709742	CA	TG	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=678;ReadPosRankSum=-2.369;SC=CAGCGTCCTACATGAGGTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=15;WE=241831480;WS=241831461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr2	241834770	.	A	G	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=52;QD=21.6928031368;SC=CACACACAGAAGACAGTCGCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=241834778;WS=241834760;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	241834944	rs4468809	T	C	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=54;PP=2168;ReadPosRankSum=0.458;SC=CGATGGCTGCTACCAGCAGGT;SOR=0.933;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=223;TCF=131;TCR=92;TR=136;WE=241834952;WS=241834934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,143:0.60:238
chr2	241835379	rs12105122	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=-1.697;SC=GCACCTGCACGGCCATGGCTG;SOR=1.911;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=13;WE=241835387;WS=241835369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	241835421	rs13426919	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=238;ReadPosRankSum=0.431;SC=GCATCCCTTCAACAGTGGCAG;SOR=0.760;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=10;WE=241835440;WS=241835411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	241835432	rs10933514	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.46;ReadPosRankSum=0.796;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	241859255	rs4675790	T	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=0.896;SC=CGGGCTCAGATCTGGGACCCC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=241859263;WS=241859245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	241861904	rs4514870	G	C	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=489;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CCCAGCCCCTGCCTGGCGGGT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=27;WE=241861912;WS=241861894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr2	241865156	rs4675847	T	C	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1364;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CCGGCCTCTGTCAGGTGAACG;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=96;WE=241865164;WS=241865146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,106:0.56:190
chr2	241868956	rs4407242	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=153;ReadPosRankSum=1.176;SC=ACTCCGCTCCGTTACAGCCTA;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=8;WE=241868964;WS=241868946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	241869378	rs6756731	A	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=-0.918;SC=ACGTCCCCAGATCATCTCCTG;SOR=0.076;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=241869386;WS=241869373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	241871956	rs12472087	G	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=391;ReadPosRankSum=-1.066;SC=GGTCCCTGCAGTGCACTTTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=19;WE=241871964;WS=241871946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr2	241872597	rs4441463	A	G	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=813;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GCCAGTCTCCAGGAGCAGCTG;SOR=0.607;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=65;WE=241872605;WS=241872587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,73:0.57:129
chr2	241874559	rs12618707	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=323;ReadPosRankSum=-2.155;SC=CTAGGCCTTCTTTCCATCCTC;SOR=0.879;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=27;WE=241874567;WS=241874549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr2	241889171	rs12479396	G	A	231.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=4.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=-1.097;SC=ACCAGGTCCCGGGGAATGGCA;SOR=3.056;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=241889179;WS=241889161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
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chr2	241904001	rs11688859	G	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
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chr2	241905779	rs12466789	A	G	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=1082;ReadPosRankSum=0.980;SC=CGTGCAGGACATCCTGCGGGA;SOR=0.751;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=76;WE=241905787;WS=241905769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,81:0.49:166
chr2	241907582	.	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.885;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=500;ReadPosRankSum=-0.977;SC=AGCAGCGCCCGGGCAGCACGT;SOR=1.542;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=27;WE=241907590;WS=241907572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr2	241925219	rs4675836	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=0.939;SC=ACCCACTCCACACACACCCAG;SOR=0.892;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=241925227;WS=241925210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	241925343	rs4675835	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=634;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AGTGGGCACATGGCCCCAGCC;SOR=0.825;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=180;TCF=123;TCR=57;TR=55;WE=241925351;WS=241925333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,60:0.31:195
chr2	241929228	rs10200024	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=406;ReadPosRankSum=0.020;SC=CACCAGCAGCAGGTAAAGGTG;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=42;WE=241929236;WS=241929218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,46:0.34:135
chr2	241979550	rs7571117	T	C	3591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=75;PP=1786;ReadPosRankSum=1.374;SC=AGGTGGAGAATGGCTCTGCGG;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=256;TCF=126;TCR=130;TR=152;WE=241979568;WS=241979540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,166:0.61:271
chr2	241980123	rs2108487	A	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=557;ReadPosRankSum=-1.076;SC=CATCTGTGAAATGCCAGGAGG;SOR=0.685;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=33;WE=241980131;WS=241980113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr2	241991029	rs10206324	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=515;ReadPosRankSum=0.479;SC=CCCCTGCTGCAGCCAGGCCCC;SOR=0.286;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=40;WE=241991037;WS=241991019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr2	241991875	rs57214830	G	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=750;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TGGGACGCCGGTGCCAGGCAG;SOR=0.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=50;WE=241991883;WS=241991865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr2	242002828	rs7581709	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=925;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GGAGGTGGCACGCCTCCCGAG;SOR=0.455;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=55;WE=242002836;WS=242002818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr2	242003487	rs17852471	C	T	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-2.125;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,142:0.57:247
chr2	242003558	rs34771867	T	C	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=965;ReadPosRankSum=0.042;SC=GCGGCAGGCCTGCCTGCTCCC;SOR=0.955;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=86;WE=242003566;WS=242003548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,85:0.62:136
chr2	242004199	rs2286319	G	C	3639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.700;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.278;NF=88;NR=36;PP=2096;ReadPosRankSum=0.798;SC=GAGCAAGGGCGGGGCTGGAGC;SOR=0.877;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=207;TCF=144;TCR=63;TR=124;WE=242004207;WS=242004189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,164:0.57:288
chr2	242004219	rs11464431	T	TG	15011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=101;PP=2957;SC=CAGGGACCCCTGCCACGCCCC;SOR=1.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=87;TCR=104;TR=184;WE=242004227;WS=242004209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr2	242004866	rs2286321	A	G	4013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=91;PP=2734;ReadPosRankSum=0.848;SC=ACCGCCGCACAGACTTTGTGG;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=302;TCF=138;TCR=164;TR=174;WE=242004874;WS=242004856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,182:0.58:313
chr2	242011084	rs17440466	T	C	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,80:0.71:113
chr2	242011151	rs6760731	A	G	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=62;PP=2581;SC=TGCCCCACCCATCGGCCCCAT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=126;WE=242011159;WS=242011141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	242011753	rs6717355	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=0.556;SC=GATGGGCCCAGGTGCCTTGGG;SOR=0.622;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=14;WE=242011761;WS=242011743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr2	242021000	.	A	ATCAGG	2970	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.21;NF=24;NR=19;PP=2970;QD=20;SC=GCCACCCTGCATCAGGTCATC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=116;TCF=70;TCR=46;TR=43;WE=242021019;WS=242020990;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:73,43:0.37:116
chr2	242021008	rs3085964	A	AGG	1469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.776;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,72:0.49:146
chr2	242021011	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.16;NF=62;NR=29;PP=2962;QD=20;SC=TCAGGTCATCAAGGAAGGGAC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=167;TCF=115;TCR=52;TR=91;WE=242021019;WS=242020990;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:76,91:0.54:167
chr2	242021011	rs75860962	A	ATCG	2008.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.823;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,95:0.55:173
chr2	242021742	rs2108485	G	T	3330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=63;PP=1992;ReadPosRankSum=-0.560;SC=CGAGACAAAGGCCTTTCCAGT;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=133;TCR=109;TR=141;WE=242021750;WS=242021732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,153:0.60:253
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chr2	242026649	rs13411556	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=531;ReadPosRankSum=0.196;SC=TATGTTAGACATTTTAATACA;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=39;WE=242026657;WS=242026639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,51:0.68:75
chr2	242026957	rs56985225	G	GC	652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.138;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.135;NF=2;NR=16;PP=598;ReadPosRankSum=-0.673;SC=GGCAAGGGCGGGGTGCTATGG;SOR=1.609;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=18;WE=242026965;WS=242026947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr2	242028980	rs11315986	CG	C	1199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=31;PP=1090;ReadPosRankSum=0.145;SC=TCTGCCTCTTCGGATGTGGAA;SOR=0.866;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=31;WE=242028988;WS=242028970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr2	242029359	rs10199156	A	G	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=890;ReadPosRankSum=-1.257;SC=GAAAACCTACAGTAAAAATAG;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=67;WE=242029367;WS=242029349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,72:0.60:120
chr2	242029426	rs62187374	G	A	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=949;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GCTGGAATGCGCAGGACTGGC;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=76;WE=242029434;WS=242029416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,85:0.57:148
chr2	242036797	rs2286323	A	G	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=64;PP=1997;ReadPosRankSum=2.118;SC=CTGCTGGCGCATGGTGAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=210;TCF=107;TCR=103;TR=131;WE=242036805;WS=242036787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,144:0.65:222
chr2	242041728	rs2286324	G	A	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=88;PP=2457;ReadPosRankSum=0.161;SC=GCCGGAAGCAGCGGTCCTCCC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=315;TCF=164;TCR=151;TR=186;WE=242041736;WS=242041718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,197:0.59:332
chr2	242046737	rs2240540	T	C	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=28;PP=937;ReadPosRankSum=0.145;SC=AGTGAAGTCATGTGGGGTGGA;SOR=0.710;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=77;WE=242046745;WS=242046727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,81:0.52:156
chr2	242046785	rs1131293	A	C	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=1631;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GTTTACTCGAAACACCTCTTC;SOR=0.429;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=224;TCF=124;TCR=100;TR=116;WE=242046793;WS=242046775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,125:0.52:240
chr2	242047750	rs6708265	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=868;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ACGCCACGGCACTCAGCGCAG;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=51;WE=242047758;WS=242047740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr2	242051559	rs16843288	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-1.345;SC=ATCACAAAGAGGCACAAAGGA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=242051567;WS=242051549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	242051777	rs2074824	G	A	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=1073;ReadPosRankSum=0.647;SC=TGAAGTCCTCGGCGATCACGA;SOR=0.557;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=73;WE=242051785;WS=242051767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,76:0.62:123
chr2	242054387	.	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr2	242054403	rs3815305	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=474;ReadPosRankSum=-1.933;SC=TGCAGCCACCGGACCCAGGCA;SOR=0.303;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=35;WE=242054411;WS=242054393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr2	242062162	rs2302050	C	T	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=72;PP=2812;ReadPosRankSum=0.418;SC=TGTTTTTTTCCTTGTCCACAG;SOR=0.936;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=267;TCF=150;TCR=117;TR=175;WE=242062170;WS=242062152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,184:0.66:280
chr2	242063350	rs13385610	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=0.285;SC=CAGGCATTGATTGCAAATACC;SOR=0.665;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=8;WE=242063358;WS=242063340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	242072280	rs11684830	G	A	5652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=65;PP=2965;SC=CTCCCACCAAGGGACTTACCC;SOR=1.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=118;TCR=65;TR=183;WE=242072288;WS=242072270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	242077496	rs1470414	C	T	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	242079007	rs2074828	A	G	6724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.976;SC=ACTGCAAAACATTAGTGAAGC;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=112;TCR=131;TR=241;WE=242079015;WS=242078997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,256:0.99:258
chr2	242082222	rs2074834	C	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=332;SC=TTTCCACGCGCTAAGGCCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=242082230;WS=242082212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	242082262	rs6709462	T	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=730;SC=CAGAGAGCGCTGTCCTGCTCT;SOR=1.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=242082270;WS=242082252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	242082480	rs758068	A	C	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=33;PP=1178;SC=CAAGCTTCCAACTCTAACAAC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=70;WE=242082488;WS=242082470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	242082559	rs2066941	T	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=21;PP=650;SC=CCAACTAATTTATAATGCTGA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=242082567;WS=242082549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	242088921	rs3806599	A	C	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=790;SC=CACAGCGACTAGCACCGATTG;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=242088929;WS=242088911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	242099961	rs2017989	C	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=786;SC=AGCTAGCGGGCTGTGTGTGGA;SOR=2.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=242099969;WS=242099951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr2	242122602	rs1974555	T	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=80;SC=GGCATTCACGTGCTGTCCGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=242122610;WS=242122601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr2	242141719	rs2074840	C	T	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=79;PP=2224;SC=CCCTGCATGACGTGAGCTCGG;SOR=1.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=37;TCR=79;TR=116;WE=242141727;WS=242141709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	242142737	rs1179530	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=3;PP=811;SC=CCACAGGCCGTTCGCCCCCAG;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=242142745;WS=242142727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	242149073	rs10192730	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	242163461	rs77050519	C	G	3683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=78;PP=2633;ReadPosRankSum=0.329;SC=GTGGCCATGGCCTGCTCCTGG;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=112;TCR=123;TR=150;WE=242163469;WS=242163451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,153:0.65:237
chr2	242168976	rs15129	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=212;ReadPosRankSum=0.360;SC=TGGTTGGGTTTGGGTCAGCAG;SOR=0.373;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=17;WE=242168984;WS=242168966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr2	242176019	rs2305073	T	C	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=707;ReadPosRankSum=1.249;SC=GGGGGGCACATGGACACATAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=46;WE=242176027;WS=242176009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr2	242176188	rs2305071	G	C	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=67;PP=1965;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CTGTGAACTAGAGAGAAAGGG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=93;TCR=117;TR=121;WE=242176196;WS=242176178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,127:0.58:218
chr2	242178957	.	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=220;ReadPosRankSum=-0.430;SC=CACTCATACACGGCTTCGGTG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=13;WE=242178965;WS=242178947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr2	242186391	rs2305076	C	T	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=44;PP=2193;ReadPosRankSum=0.879;SC=GGAAGAGTCCCTCCTAGTCTA;SOR=0.830;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=122;TCR=69;TR=120;WE=242186399;WS=242186381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,125:0.62:202
chr2	242188628	rs77791862	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr2	242189424	rs78739204	G	T	5739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.040;SC=AACACATTTAGGACACAGACC;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=451;TCF=212;TCR=239;TR=252;WE=242189432;WS=242189414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,266:0.56:478
chr2	242194583	rs2305075	T	C	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=49;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CCTAAGAAAATGGGAGAACAG;SOR=0.642;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=126;TCF=34;TCR=92;TR=69;WE=242194591;WS=242194573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,74:0.56:133
chr2	242203916	rs11891776	A	C	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=19;PP=795;SC=CAGGCTCCAGAGGGTTCCTGG;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=242203924;WS=242203906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	242206956	rs35334418	C	T	7258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=97;PP=2965;SC=CTCCTAACAGCGACCTTGGTT;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=151;TCR=97;TR=248;WE=242206964;WS=242206946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	242259614	rs6745662	G	A	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=32;PP=2010;SC=CCTTTTCTCTGTAGAGGCTTG;SOR=1.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=108;WE=242259622;WS=242259604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	242265313	rs12477089	C	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TTTGTGAAAACTGATAACCTA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=8;WE=242265321;WS=242265305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	242283071	rs6750169	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=1;PP=599;SC=TTGTAGTCAACAGCAATGTGT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=242283079;WS=242283061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	242283094	rs6707518	A	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=3;PP=994;SC=AGTCTGTGCTAATGTTCTCGT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=40;WE=242283102;WS=242283084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	242285545	rs11683764	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=407;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TGTCATGTGCATGATGCCACC;SOR=0.252;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=40;WE=242285553;WS=242285535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr2	242287487	rs12619647	T	G	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.827;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=283;ReadPosRankSum=1.578;SC=TAGAATTTTTTGGGGGGGTAG;SOR=1.501;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=18;WE=242287495;WS=242287477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr2	242289663	rs3217007	C	CATT	1606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=1415;SC=CAGTTACTAACATTGTGTCAG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=25;WE=242289671;WS=242289653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	242350466	rs2240479	A	G	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1153;ReadPosRankSum=0.811;SC=TTGCCTTGCAACTTAAGAGAG;SOR=0.980;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=68;WE=242350474;WS=242350456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,75:0.56:135
chr2	242371245	rs148538153	A	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=0.833;SC=TTATTTATTTATTTTTTTGAG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=12;WE=242371253;WS=242371235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr2	242374358	rs16843671	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=197;ReadPosRankSum=-1.861;SC=TTATTAAAAATCTGAATCTTT;SOR=1.030;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=18;WE=242374366;WS=242374348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr2	242402087	rs41266961	G	C	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1268;ReadPosRankSum=0.463;SC=TCTGAACACAGAGAAATATCT;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=124;TCF=33;TCR=91;TR=67;WE=242402095;WS=242402077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,74:0.55:134
chr2	242405021	rs2240482	C	T	3800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=77;PP=2499;ReadPosRankSum=-0.834;SC=CAGTGCAGGTCGTGCATTGAC;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=414;TCF=233;TCR=181;TR=178;WE=242405029;WS=242405011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,189:0.43:439
chr2	242415523	rs73006397	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=0.587;SC=CACAGTGGCTCATACCTGTAA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=242415531;WS=242415513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	242433348	rs2018761	A	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=24;PP=1194;SC=TGCTTGTCCCATATCCTGGGT;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=242433356;WS=242433338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	242440286	.	G	A	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GTCACAGGCCGGAGTCAGCCA;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=140;TCF=58;TCR=82;TR=81;WE=242440294;WS=242440276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,89:0.59:151
chr2	242443377	rs35172632	G	A	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1030;ReadPosRankSum=-1.912;SC=CGACACTTCCGTGTGAAACTG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=84;WE=242443385;WS=242443367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,91:0.47:193
chr2	242576217	.	A	AGCGCCC	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=152;ReadPosRankSum=-0.385;SC=AAGGTCACACAGCGCCCACGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=242576225;WS=242576209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	242590237	rs4464318	T	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=26;NR=2;PP=772;SC=AGGGCCTCCTTCTCTTTCCTA;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=242590245;WS=242590236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	242594622	rs6712888	C	T	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=23;PP=1383;SC=CCTGGCACCACGTGCCACCAG;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=242594630;WS=242594612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	242605962	rs4675930	C	T	7094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=155;NR=83;PP=2965;SC=GGCTTTGTACCGCCCTTTTTC;SOR=1.326;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=155;TCR=83;TR=238;WE=242605970;WS=242605952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	242607451	rs62190299	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=602;SC=TCCCCTCTTGTGTCACCCAGT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=242607459;WS=242607447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	242607807	rs35275267	G	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=34;PP=1838;SC=CCCTTTCCCTGATGGTCTGGT;SOR=0.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=74;WE=242607815;WS=242607797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	242607924	rs62190301	A	G	6353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.96;NF=144;NR=91;PP=2965;SC=CGGCTCGGCCACCCACCTGCC;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=144;TCR=91;TR=235;WE=242607932;WS=242607914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	242609436	rs78151009	C	T	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=15;PP=1393;SC=TGTCCTCACCCGTGAGGAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=68;WE=242609444;WS=242609426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	242609504	rs111275706	T	C	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=78;PP=2965;SC=GGCGGCAGAATGGTGTCTTCA;SOR=1.333;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=142;TCR=79;TR=217;WE=242609512;WS=242609494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	242609554	rs77157539	C	T	9773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=197;NR=150;PP=2965;SC=CCCCCCATTTCGTTTCTTTTT;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=348;TCF=197;TCR=151;TR=347;WE=242609562;WS=242609544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr2	242609647	rs76692745	G	C	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=134;PP=2965;SC=TGTGATTGCCGGTGACCCTTG;SOR=1.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=66;TCR=135;TR=200;WE=242609668;WS=242609633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr2	242609660	rs62190307	C	G	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=108;PP=2965;SC=GACCCTTGGCCGGTCCCCTGT;SOR=2.365;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=38;TCR=108;TR=146;WE=242609668;WS=242609633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	242609987	rs34509415	G	A	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	242609992	rs35803955	T	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.75;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	242610253	rs35454903	T	C	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=1293;ReadPosRankSum=0.787;SC=AGACAGGCAGTGGGGCGTGCA;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=69;WE=242610261;WS=242610243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr2	242610738	rs11538896	T	C	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=67;PP=2965;SC=TGTCTCTGCTTGGAGGTGCCC;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=119;TCR=67;TR=186;WE=242610758;WS=242610728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	242610773	rs7601000	T	A	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.183;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=0.754;SC=CTGGTGGAGCTGCAGCCTTCA;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=156;TCR=94;TR=249;WE=242610781;WS=242610763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,261:1.00:262
chr2	242611547	rs34859751	G	A	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=25;PP=1437;SC=AAGGGCCCTTGACTCACACCC;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=89;WE=242611555;WS=242611537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	242612909	rs1130906	A	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=324;SC=TCGGGGAGCCAGAGATCCCCG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=242612917;WS=242612904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	242613089	rs7943	A	G	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=27;PP=963;SC=CTTGGGCTCCACGTCCGAGTT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=242613097;WS=242613079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	242613133	rs7740	T	G	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=26;PP=803;SC=GCTGCAGTGGTAATGTGTGGG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=242613141;WS=242613123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	242615462	rs5860	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	242615472	rs3209844	G	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.67;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	242615528	rs34706919	TG	T	2421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=19;PP=1537;SC=GCGTCTCCAGTGGGCAGCCTT;SOR=1.385;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=39;WE=242615536;WS=242615518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	242617792	rs4076640	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=0;PP=387;SC=TTGCTGACACAACTGTGCCAG;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=242617800;WS=242617784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	242617851	rs4076639	A	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=16;PP=1203;SC=CTAGTGTGCAATTCTGGGATT;SOR=1.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=64;WE=242617859;WS=242617841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	242618171	rs4675905	T	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=32;PP=823;SC=GGTACCAAGATGTGAGACTGT;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=242618179;WS=242618161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	242618195	rs10663952	C	CTT	984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=1025;SC=TATTGTGGCTCGTTTAATTTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=242618203;WS=242618185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	242618218	rs4675904	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.69;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	242622370	rs35815994	A	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=14;PP=423;SC=AAAACTTAGCATGGTGGCATG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=242622378;WS=242622360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	242625413	rs62191287	A	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=439;ReadPosRankSum=-0.743;SC=ACTTTACTAAATCTCTAGACA;SOR=0.078;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=25;WE=242625421;WS=242625403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr2	242641566	rs111766881	C	T	5215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.476;SC=CGGAGTCCTCCGTGCCGCAGC;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=147;TCR=210;TR=227;WE=242641574;WS=242641556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,231:0.63:366
chr2	242643998	rs35512800	G	A	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=46;PP=2699;SC=AAAAAAGACAGAAAACCTTTG;SOR=1.288;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=138;WE=242644006;WS=242643988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	242644173	rs4675889	A	G	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=43;PP=1288;SC=ACCAGAACTGAGTTCTGACAG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=242644181;WS=242644163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	242651331	rs75067052	A	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=4;PP=453;SC=AAAACAAAACACAAAACTTGC;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=242651339;WS=242651321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	242659067	rs77890618	G	A	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=69;PP=2059;SC=GGGGGTCCTCGTGGGGGTGAA;SOR=1.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=105;WE=242659075;WS=242659057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	242662761	rs7572153	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=36;PP=884;SC=CAGGAGAAGGTGCTCCATGGC;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=242662769;WS=242662751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	242680366	rs4073890	A	G	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.633;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=670;ReadPosRankSum=1.549;SC=AAAAAAAAAAACTCGCTCTCT;SOR=0.928;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=47;WE=242680374;WS=242680345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,47:0.36:129
chr2	242680430	rs4073889	A	G	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=54;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GTCTCATAGGATCTTCTTCCT;SOR=0.520;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=268;TCF=140;TCR=128;TR=115;WE=242680438;WS=242680420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,115:0.41:279
chr2	242682029	rs78147778	T	C	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=783;ReadPosRankSum=1.666;SC=GAGTCCCTCCTGGTGCTGGTG;SOR=1.019;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=186;TCF=77;TCR=109;TR=71;WE=242682037;WS=242682019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,73:0.39:187
chr2	242684115	rs4234097	T	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=559;ReadPosRankSum=0.298;SC=TGCTTCTCTTTGCCCCAAGGT;SOR=0.753;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=43;WE=242684123;WS=242684105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,44:0.39:114
chr2	242684394	rs4675884	G	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=1.880;SC=GGGACCCCCCGCCAAGGACAG;SOR=1.091;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=19;WE=242684402;WS=242684384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr2	242688203	rs34519321	C	T	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=38;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.458;SC=ACTCTCTGGGCGGCAGTGCCA;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=240;TCF=145;TCR=95;TR=98;WE=242688211;WS=242688193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,104:0.41:252
chr2	242688292	rs34767042	C	T	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.985;SC=ACCTGTGTGCCGCCCGCCTGT;SOR=0.702;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=335;TCF=154;TCR=181;TR=116;WE=242688300;WS=242688282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,127:0.36:357
chr2	242688366	rs35386923	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=535;ReadPosRankSum=0.344;SC=AGGTCTCAGACAGGAGTCACT;SOR=0.480;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=42;WE=242688374;WS=242688356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr2	242688434	rs34077392	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=275;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GTGAGGATGGTCCTGGTGTCC;SOR=0.238;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=7;WE=242688450;WS=242688424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr2	242688442	rs35249772	T	TC	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=275;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GGTCCTGGTGTCCCTCGTGCT;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=242688450;WS=242688424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	242688672	rs78280775	C	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=614;ReadPosRankSum=-1.287;SC=ACATGGTGCTCGGGTCACAGG;SOR=1.056;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=123;TCF=87;TCR=36;TR=45;WE=242688680;WS=242688662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,46:0.35:130
chr2	242688870	rs113047262	T	C	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.273;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=715;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CCTGCAGACATCTCCACTCAG;SOR=0.343;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=117;TCF=28;TCR=89;TR=45;WE=242688878;WS=242688860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr2	242690675	rs1106639	G	A	3400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=79;PP=2068;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TCCGTTTTACGTCCTCATCGA;SOR=0.641;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=312;TCF=163;TCR=149;TR=157;WE=242690683;WS=242690665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,169:0.50:335
chr2	242695497	rs62192024	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.419;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=380;ReadPosRankSum=1.437;SC=ACCGTCACCCTGCCAGGCTTC;SOR=2.083;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=26;WE=242695505;WS=242695487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
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chr2	242716380	rs12469459	A	T	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=45;PP=1516;ReadPosRankSum=1.197;SC=GATGATGTCCATGCTGGGCGG;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=159;TCR=107;TR=113;WE=242716388;WS=242716370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,114:0.41:275
chr2	242743651	rs744986	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.791;SC=GGGGAGGCCGGGGATCCTTGC;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=13;WE=242743659;WS=242743641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
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chr2	242750460	rs34748986	T	C	6801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=142;PP=2965;SC=ACAGCCTGTCTGGGCTGTGCA;SOR=1.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=104;TCR=142;TR=246;WE=242750468;WS=242750450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	242755465	rs34241734	C	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=397;SC=ATTTGGGGTGCAGTGGGTGCG;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=242755473;WS=242755455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	242755599	rs66482163	G	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=642;ReadPosRankSum=-2.142;SC=TCCTGAGCGCGTTCCCCAGTC;SOR=0.374;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=45;WE=242755607;WS=242755589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr2	242756720	.	A	G	641	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=18;MQ=56.73;NF=23;NR=14;PP=641;QD=18.2640868256;SC=CCCGTCCCAGACAAATCCCTC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=37;WE=242756728;WS=242756710;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr2	242757411	rs36111671	C	T	3025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=43;PP=1916;ReadPosRankSum=-1.137;SC=CCGGCCACGGCGTGCAGCTGC;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=119;TCR=63;TR=125;WE=242757419;WS=242757401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,132:0.69:190
chr2	242758179	rs2293764	C	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=742;ReadPosRankSum=-0.017;SC=GCGGCTACTCCGACCTGGCGT;SOR=0.738;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=207;TCF=106;TCR=101;TR=64;WE=242758187;WS=242758169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,68:0.31:219
chr2	242758203	rs2293763	T	C	7016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=123;PP=2965;SC=TCGGGCCGGCTCCTGAGGGGG;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=128;TCR=123;TR=251;WE=242758211;WS=242758193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	242758326	rs2293761	G	A	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=70;PP=1978;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CCAGCCCCAAGCCGCCCAACC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=62;TCR=71;TR=131;WE=242758334;WS=242758316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr2	242758475	rs2293759	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=23;PP=702;SC=TCTTAGTGCAAGATCCTGTGG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=242758483;WS=242758465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	242793273	rs2227981	A	G	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=50;PP=2537;SC=GAGGGCCGTCAGCTGAGCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=96;TCR=50;TR=146;WE=242793281;WS=242793259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	242793559	rs6705653	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=36;PP=909;SC=CCCCCCACTATGAGCTGCTTA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=242793567;WS=242793549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	242793912	rs11568821	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=404;ReadPosRankSum=0.285;SC=CCCCGGAGACCGCAGGTGGGC;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=20;WE=242793920;WS=242793902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr2	242813124	rs13016102	T	C	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=88;PP=2965;SC=AACTGAATCATAGCCTCTCAC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=196;WE=242813132;WS=242813114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr2	242813241	rs28392509	C	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=44;PP=1137;SC=TCTCCCCAAACCTCTCCTCGC;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=242813249;WS=242813231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	242813276	rs62193136	C	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=721;SC=CAGGGCTGCCCGGGCCATGAC;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=242813284;WS=242813266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	242814009	rs7420371	G	A	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=81;PP=2965;SC=CCCGCACCCGGGGACTGCCAG;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=164;WE=242814017;WS=242813999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	242839363	rs4973668	G	C	6539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=74;PP=2965;SC=TGCGAACCCTGATGTCCTCGT;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=147;TCR=74;TR=221;WE=242839371;WS=242839353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr2	242839614	rs13025557	T	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=43;PP=1316;SC=CCTTCCTGGTTCGTGGGGGAT;SOR=2.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=242839622;WS=242839604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	242842568	rs3934497	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=448;ReadPosRankSum=0.382;SC=GGTCCTCAGCCTGTCCTCTCC;SOR=0.557;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=31;WE=242842576;WS=242842558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr3	239347	rs111462933	C	CG	1277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=612;SC=CAGCCTGGAGCGGGGAATCCA;SOR=0.968;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=16;WE=239355;WS=239337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	386520	rs1499046	C	T	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=430;SC=TAAATTCTGCCGGGCACTGCA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=386528;WS=386510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	391100	rs13060847	A	G	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.79;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=1.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr3	403288	rs9824311	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.67;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	403297	rs9839027	C	A	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.05;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	403308	rs9824442	G	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=4;PP=1058;SC=GTATGACTAGGACATAGAAAA;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=403316;WS=403278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	403345	rs9846775	A	G	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=13;PP=1603;SC=TTTCTTCCACAAAAGTTTAAA;SOR=2.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=67;TCR=13;TR=80;WE=403353;WS=403335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	404771	rs4684390	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=437;SC=ATGAAACCCACTGGAACATTT;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=404779;WS=404761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	417994	rs930237	A	G	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=14;PP=852;SC=TGATTTTGACATGTGACAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=418002;WS=417984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	439963	rs6442827	A	G	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=62;PP=2690;SC=GACTCACCCAATAGAGGTATT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=137;WE=439971;WS=439953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	440028	rs6771714	T	C	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=79;PP=2185;SC=GGGGCGATAATGATAGCATTT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=65;TCR=80;TR=144;WE=440036;WS=440018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	440088	rs6771803	T	A	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=53;PP=1480;SC=GAGATTATATTTGGGGAAGTC;SOR=2.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=74;WE=440096;WS=440078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	447069	rs11705894	C	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=265;SC=TCAATGCTAACACAAATGTCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=447077;WS=447059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	1320271	rs3732517	G	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=35;PP=1062;SC=CTTAGGCTCAGTGATCACCTT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=1320279;WS=1320261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	1337203	rs565499	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=710;SC=TGGGGAAGTAAGACAAAGAAT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=1337211;WS=1337196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	1424850	rs2291100	T	G	5977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=96;PP=2965;SC=TTGTCTACTCTGGGGAAGATG;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=109;TCR=96;TR=205;WE=1424858;WS=1424840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	1442968	rs34787015	GAATT	G	946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=916;SC=ACTGTGATTAGAATTAATATA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=1442979;WS=1442965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	1444243	rs13326014	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=25;PP=697;SC=GCTCCATGAAACCTTCCAGTT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=1444251;WS=1444233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	2777622	rs1554198	A	G	5066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=78;NR=91;PP=2965;SC=AATACATAGAAGAGAGAAAGG;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=78;TCR=91;TR=169;WE=2777630;WS=2777612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	2925030	rs17646346	A	G	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=40;PP=1251;SC=GAGGTGACGGAAAAGCAAGTG;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=2925038;WS=2925020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	3080527	rs163543	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=358;SC=AGAGTACTCACTGAAAGTGAG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=3080535;WS=3080517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	3081750	rs6802588	A	T	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=93;PP=2965;SC=AGAATGGTCGAGGCTTTGGTT;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=91;TCR=93;TR=184;WE=3081758;WS=3081740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	3081825	rs339285	T	C	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=62;PP=2131;SC=CCTCAGCTGATGCCTCTAGAT;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=116;WE=3081833;WS=3081815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	3095404	rs163573	G	A	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=12;PP=1086;SC=CATTTTGCTCGTGCCCAGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=3095412;WS=3095394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	3115478	rs163897	T	C	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=55;PP=1324;SC=AATTGTCAGCTGAATCTAAGA;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=94;WE=3115486;WS=3115468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	3115514	rs340807	C	A	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=42;PP=1210;SC=AGAGGACCTACAATAACCAAA;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=3115522;WS=3115504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	3137155	rs11389765	A	AT	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=146;ReadPosRankSum=-0.601;SC=AAGATCAGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=14;WE=3137163;WS=3137145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr3	3139383	rs334802	C	A	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=170;SC=TCCAGCAAAACTCACTGGTGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=3139391;WS=3139375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	3139957	rs2290610	T	C	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.232;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=56;PP=1833;ReadPosRankSum=1.328;SC=AAATTCACAATTGAGGTTCCA;SOR=1.117;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=94;WE=3139965;WS=3139947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr3	3143267	rs6771148	G	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=482;SC=GAGTACTTGAGAAGAACGGGT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=3143275;WS=3143257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	3170792	rs334773	C	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=909;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CTGTGCCTTCCGAAGCAGTAT;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=56;WE=3170800;WS=3170782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr3	3170910	rs334772	A	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=243;SC=TTGGAAACCTATATAAATGGA;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=3170918;WS=3170900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	3171460	rs334769	C	T	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=9;PP=963;SC=TGACCTGTTACGTGAAAAAGG;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=47;WE=3171468;WS=3171450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	3171713	rs113671187	G	GCCTGACT	3054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=2564;SC=TTAGCTAAGTGCCAGTAGCTT;SOR=2.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=34;WE=3171721;WS=3171703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	3179262	rs334767	A	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=410;SC=TATGCCCGTCATAAACCCTGC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=3179270;WS=3179252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	3188016	rs3762760	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=391;SC=GTTTTCATTAAGCAGATGTAT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=3188024;WS=3188006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	3189059	rs1621648	T	C	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=77;SC=GATACTAAAATGGTGGCAAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=3189067;WS=3189057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	3189279	rs1705805	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=18;PP=761;SC=TGAAGATCGCAAAAGAGGAGA;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=37;WE=3189287;WS=3189269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	3193957	rs1705800	A	C	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=143;SC=GTGCCTCAGCATCCCGAGCAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=3193965;WS=3193955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	3194107	rs11414437	G	GA	2840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=6.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.87;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,121:0.85:143
chr3	3196273	rs11300080	AT	A	127.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=121;SC=TAAAATACTCATTTTTTTTCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=3196281;WS=3196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	3197871	rs1705789	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=6;PP=389;SC=TGGCCTACCATATATAAAGTA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=3197879;WS=3197861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	3215954	rs1669321	A	G	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=78;PP=2278;SC=TACTATATAAAAACATATATA;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=31;TCR=78;TR=109;WE=3215962;WS=3215944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	3216976	rs200503560	GA	G	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr3	3221430	rs1672753	C	T	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=72;PP=2153;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CGAGGGAGGGCCCGTGTCGCG;SOR=0.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=120;WE=3221438;WS=3221420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr3	3886580	rs4685689	A	G	5656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=80;PP=2965;SC=ATAACATCGCAAAGACTGTGG;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=106;TCR=82;TR=186;WE=3886588;WS=3886570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	3887093	rs9844909	A	G	7866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=123;PP=2965;SC=AAGTCCCTCAACTTGCCCTGC;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=136;TCR=123;TR=259;WE=3887101;WS=3887083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	4110440	rs34308595	T	TAAG	3136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=47;PP=2350;SC=CTAAAACAAATAAGAAGAAGA;SOR=2.173;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=0;TCR=64;TR=47;WE=4110448;WS=4110430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	4358210	rs7647539	A	G	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=20;PP=1303;SC=CGGTCGTTCGACATTTGAAGC;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=4358218;WS=4358200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	4403767	rs2819561	A	G	93.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	4403817	rs2633851	TT	AC	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.39;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	4403837	rs2633852	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=2;PP=394;SC=GTCAGTCCATAGTGGGCAGGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=4403845;WS=4403827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	4404087	rs2819560	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=506;SC=TAAAAAGGGCAGCACATTCAA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=4404095;WS=4404077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	4452737	rs813811	G	A	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=57;PP=1592;SC=CAGAAATGCAGCAAGAGCTTT;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=11;TCR=57;TR=68;WE=4452745;WS=4452727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	4461569	rs711667	G	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=129;SC=TGAGCAAGGTGCAGTGTTTGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=4461577;WS=4461559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	4461698	rs711666	C	T	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=28;PP=1230;SC=GCAAAGGGTACCTATTTTGCA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=4461706;WS=4461688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	4508742	rs2819590	C	T	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=20;PP=1029;SC=GGCTGCCGAACTGCCATGGGC;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=4508750;WS=4508732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	4562910	rs304015	G	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=34;PP=1027;SC=AGTATGATTTGAGTTCTAAGC;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=4562918;WS=4562900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	4687470	rs5846330	G	GCT	1466.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.6871;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.431;NF=2;NR=31;PP=1380;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CTGTATATAGGCTCTCTCTCT;SOR=1.565;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=33;WE=4687478;WS=4687460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr3	4687498	rs41289624	T	A	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=29;PP=820;SC=CTACAAATATTCATACATACA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=4687506;WS=4687488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	4693656	rs6442894	C	T	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=14;PP=1541;SC=GGATGCTACACGTGACACTGG;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=72;WE=4693664;WS=4693646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	4693943	rs28724276	G	A	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.62;SOR=1.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	4693953	rs28592010	G	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.77;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	4693959	rs28461825	C	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.60;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	4693977	rs28562557	G	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=601;SC=GCCTGTAGCCGTCGTGTTGTA;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=4693985;WS=4693967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	4694011	rs56896093	G	A	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=87;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=457;SC=AATACACTCAGTCACCTTGCT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=4694019;WS=4694001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	4695680	rs13316843	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=208;SC=GGGGAAGGAGGAACCTTAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=4695688;WS=4695670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	4716708	rs41311607	C	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=417;SC=GAAGGGGATGCAGTTTATGTA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=4716716;WS=4716698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	4738999	.	G	GGTGTGT	296.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.20;ReadPosRankSum=-1.331;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr3	4817057	rs6442905	T	C	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=103;PP=2965;SC=ATGAAAAGAATGTAGCGCTTA;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=94;TCR=103;TR=197;WE=4817065;WS=4817047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr3	4842231	rs2291862	C	T	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=110;NR=82;PP=2965;SC=AATTCTACGACTGATATTTTC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=110;TCR=82;TR=192;WE=4842239;WS=4842221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	4856993	rs6442911	C	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=481;SC=GGCGGGGTGCCTGCCCAGTTA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=4857001;WS=4856983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	4859725	rs9844268	G	A	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=19;PP=1592;SC=CTTTACCAAGGCTGCTCAGCT;SOR=2.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=80;WE=4859733;WS=4859715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	4872790	.	GTCTC	G	258	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=58.33;NF=0;NR=4;PP=258;QD=65.5;SC=GTCTGTCTTTGTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=4;WE=4872801;WS=4872780;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,4:0.19:21
chr3	4927281	rs4685841	T	C	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=7;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.620;SC=ACCATCACAATTTAAAAGGCC;SOR=1.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=47;WE=4927289;WS=4927271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr3	4927308	rs6794077	A	G	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=22;PP=1377;SC=GGTTGCTCACAGAACAAAACA;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=76;WE=4927316;WS=4927298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	4942300	rs3762783	T	C	5519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=88;PP=2965;SC=GTGAACTTTTTTTGCAAAGGA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=196;WE=4942308;WS=4942290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	4942430	rs3762784	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=36;PP=936;SC=ATCAGCTGGGGCCTGGATTTC;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=4942438;WS=4942420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	5021403	rs2271566	C	T	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=9;PP=1580;SC=CTCGCCGCGCCATGGAGCGGA;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=68;WE=5021411;WS=5021393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	5022961	rs13076468	A	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=610;SC=TAAAACAGCCAACCAGGAAAC;SOR=4.003;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=24;WE=5022969;WS=5022951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	5022981	rs34085319	CT	C	1258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=3;PP=536;SC=CACTATTCCACTTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=30;WE=5022999;WS=5022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	5024415	rs11398309	A	AT	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=0;PP=258;SC=CAGTAAATGCATTTTTTTTTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=5024423;WS=5024406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	5024771	rs908078	T	C	11460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=208;NR=177;PP=2965;SC=CGGCCAAAGGTTCGGAAGGTC;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=385;TCF=208;TCR=177;TR=385;WE=5024779;WS=5024761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr3	5241223	rs377120	C	T	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=44;PP=2566;SC=TGTGATGATACAGCCTCAGTT;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=87;TCR=44;TR=131;WE=5241231;WS=5241213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	5241309	rs410509	C	A	6306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=106;PP=2965;SC=TCCAGAAAGCCGTCAAGTTAG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=110;TCR=107;TR=216;WE=5241331;WS=5241299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	6828364	rs1533434	A	G	5249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=87;PP=2965;SC=ACAGAACCCCAGTCTATAAGG;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=97;TCR=87;TR=184;WE=6828372;WS=6828354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	6903601	rs342034	A	G	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=59;PP=1561;SC=CCAGGTAGGGATGCGCTCCCT;SOR=2.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=76;WE=6903609;WS=6903591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	6904812	rs143886923	G	GT	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.94;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,50:0.91:55
chr3	7456675	rs712774	C	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=569;SC=AGCAGTGCCCCGCAAGCAATG;SOR=4.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=7456683;WS=7456665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	7494245	rs111752136	TTG	T	228.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=3;PP=336;SC=CAATGCCAATTTGTGTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=7494254;WS=7494235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	7494417	rs2229902	A	T	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=24;PP=905;SC=TGTGCTGACTACCGGGGTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=7494425;WS=7494407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	7649591	rs2139187	C	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=15;PP=836;SC=CCCAAGTAGGCCCCAGTGTCT;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=7649599;WS=7649581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	7649747	rs146667493	A	AT	3114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=44;PP=2195;SC=AAAAGACATGACTCATGCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=46;WE=7649755;WS=7649737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	7649815	rs114582026	G	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.22;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	7649819	rs115155482	C	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.56;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	7678010	rs7611935	G	A	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=71;PP=2189;SC=TATCCTCCCCGACCGGACTAA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=127;WE=7678018;WS=7678000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	7678090	rs7612048	G	A	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=40;PP=1145;SC=CACTGTCATTGTTTGAAAAAT;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=7678098;WS=7678080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	7732726	rs5846531	AT	A	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.051;HP=11;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=0.568;SC=AACTTTGCAGATTTTTTTTTT;SOR=3.180;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=13;WE=7732735;WS=7732716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr3	8299404	rs145434533	AGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG	A	767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	8496486	rs7651102	GC	AA	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=303;SC=AATATAAATAGCAGTAGAAGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=8496495;WS=8496482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	8543713	rs5846598	G	GT	4768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=64;PP=2973;SC=ACTTTTTCTTGTTCCCCTTCC;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=9;TCR=65;TR=73;WE=8543721;WS=8543703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	8543757	rs2324625	A	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=40;PP=942;SC=AAAGGTAATGAGAAGGGAACT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=8543765;WS=8543747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	8556617	rs12715649	A	G	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=56;PP=2217;SC=CTAGATGGTGATCACATGGGA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=127;WE=8556625;WS=8556607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	8556784	rs12715650	A	C	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=28;PP=621;SC=GTGAGGCCAAAGCATGGAAAG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=8556792;WS=8556774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	8609071	rs3774212	G	A	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=1124;ReadPosRankSum=-2.308;SC=TAGATATACCGTCTCTACCTA;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=61;WE=8609079;WS=8609058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr3	8667896	rs355058	T	C	12705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=222;NR=223;PP=2965;SC=TGCCACAGCATTGAGACACTG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=446;TCF=222;TCR=224;TR=445;WE=8667904;WS=8667886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr3	8669361	rs1533001	C	A	7798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=88;PP=2965;SC=CACTTCACCGCGGTGCTGGGG;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=170;WE=8669375;WS=8669351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	8669367	rs5846608	TG	T	7807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=84;PP=2966;SC=ACCGCGGTGCTGGGGAGATGC;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=19;TCR=93;TR=101;WE=8669375;WS=8669351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	8671319	rs142926392	C	CTGACTCACCAGTGGTTCACAGA	2956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=67.20;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	8675778	rs11131140	T	C	290.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=179;SC=TAGAGAGGAATTGTACCATTT;SOR=3.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=8675786;WS=8675768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	8676204	rs3774210	A	G	5609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=100;PP=2965;SC=GCACACTTGTATCTCCAGCAT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=94;TCR=100;TR=194;WE=8676212;WS=8676194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	8676945	rs3816911	T	C	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=54;PP=2598;SC=AATAGTGACATAGGAAATGCA;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=90;TCR=54;TR=144;WE=8676953;WS=8676935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	8686368	rs241051	T	C	7102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.350;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.752;SC=AAATGCAGGCTAAAATATCTC;SOR=0.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=142;TCR=113;TR=253;WE=8686376;WS=8686358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,265:1.00:266
chr3	8701374	rs80210627	T	C	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=48;PP=2464;SC=TGGGATCCAGTATTCATCCAT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=134;WE=8701382;WS=8701364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	8701430	rs371133	T	C	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=69;PP=2965;SC=TATGTATTCATTCATTCAATG;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=95;TCR=69;TR=163;WE=8701438;WS=8701420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	8784046	rs34044666	C	CA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.816;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr3	8809703	rs2228485	G	A	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=66;PP=2174;SC=GCACACACGCGTTCCCGCTCA;SOR=1.152;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=117;WE=8809711;WS=8809693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	8931984	rs656626	A	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=540;SC=CCAGAAAGCAAAAATATAATT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=8931992;WS=8931974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	8940765	rs2035220	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=30;PP=896;SC=TACCTTAAAATCTACAACTTC;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=8940773;WS=8940755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	8955240	rs430781	T	C	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=14;PP=840;SC=AGTAAATGAATAAATTTAATA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=8955248;WS=8955230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	9005078	rs615967	C	T	5912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;NR=94;PP=2965;SC=ATGGTCGCTCCCGAGGATGCT;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=115;TCR=95;TR=209;WE=9005086;WS=9005068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr3	9034558	rs511815	C	T	5630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=75;PP=2965;SC=GGATTGACACCAGCAGGGAAA;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=188;WE=9034566;WS=9034548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr3	9036010	rs637172	T	G	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=70;PP=2790;SC=CTTCACAGAATTCTCGACTCC;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=161;WE=9036018;WS=9036000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	9066853	rs421041	T	C	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=140;NR=91;PP=2965;SC=CACTGCAGGCTGGCTTCTGCA;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=140;TCR=91;TR=231;WE=9066861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	9069747	rs416685	A	G	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=56;PP=2430;SC=AGTTTCCATCACGGTGAATGG;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=144;WE=9069755;WS=9069737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	9074617	rs9839715	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=224;SC=TTTTAGGGGACCTTAATTTAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=9074625;WS=9074607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	9089254	rs2244864	C	G	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=44;PP=1233;SC=GGAAGCCGAACAGAGATCACG;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=9089262;WS=9089244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	9099989	rs61747289	A	G	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=63;PP=2501;SC=AGAAGACTTGATTGCACATGT;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=152;WE=9099997;WS=9099979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	9102137	rs6775479	G	C	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.38;QD=26.26;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	9122948	rs2664089	A	G	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=78;NR=63;PP=2492;SC=ACCATTGCCTAGATCCTGACA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=141;WE=9122956;WS=9122938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	9166281	rs735253	G	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=294;SC=AACCTGCAGAGCCAGGGCCCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=9166289;WS=9166277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	9406661	rs2728949	G	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=539;SC=TGAAATATGAGATGATAATAT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=9406669;WS=9406651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	9406836	rs1054975	T	C	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=0.737;SC=TGACAGAAAGTGACCTCGGAA;SOR=0.260;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=96;TCR=79;TR=174;WE=9406844;WS=9406826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr3	9407022	rs2648536	T	C	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=80;PP=2480;SC=TGGAGCAATATTTAAAATAGT;SOR=1.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=120;WE=9407030;WS=9407012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	9408443	rs2648535	A	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=0;PP=49;SC=AGAGATGAGAAACTAGGGAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=9408451;WS=9408433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	9419354	rs77221195	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=374;SC=TCACCGTGCGCGGCCACAAAT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=9419362;WS=9419344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	9422210	rs2596916	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=17;PP=896;SC=GGTCTGACTGTTTCCATATTG;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=9422218;WS=9422200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	9425911	rs1129170	G	A	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=13;PP=1161;SC=GATCCAAGAAGAGAAACTGGA;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=9425919;WS=9425901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	9489767	rs2258735	T	C	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=49;PP=1517;SC=CTATAATCCCTAGAAGAAACT;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=9489775;WS=9489757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	9495385	rs2648580	A	G	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=29;PP=2521;SC=ATAGTTTTAGATAATTATTGA;SOR=2.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=111;WE=9495393;WS=9495375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	9517577	rs17747739	C	T	9691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=183;PP=2965;SC=TTCCTCAGAACTCTAGGTCGT;SOR=0.943;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=152;TCR=183;TR=335;WE=9517585;WS=9517567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr3	9547950	rs2625890	G	C	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.38;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	9547959	rs2625889	C	T	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	9727002	rs787836	G	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=29;PP=918;SC=GCCTGTCTGAGTTCCACGTGT;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=47;WE=9727010;WS=9726992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	9743398	rs144534173	TGGAG	T	4282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=25;PP=2802;SC=ACAGGTGGTATGGAGGGAGGG;SOR=1.896;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=55;WE=9743409;WS=9743388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	9768336	rs3868893	C	G	5727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=100;PP=2965;SC=AGTTCACCCTCTTTCCCCTAC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=93;TCR=100;TR=193;WE=9768344;WS=9768326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	9769008	rs3891072	A	T	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=76;PP=2965;SC=TCATTCATTGAATACATCCTT;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=100;TCR=76;TR=176;WE=9769016;WS=9768998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	9782917	rs17050540	C	T	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=15;PP=1311;SC=ACCTGAGTTTCCTGGGCTCTC;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=9782925;WS=9782907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	9787527	rs17050543	C	T	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=77;NR=58;PP=2216;SC=GGGGAGCTGGCTGGCTGTCAG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=135;WE=9787535;WS=9787517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	9803126	rs17252807	A	G	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=445;SC=ACAGCCTACCATGGCCAAGCC;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=9803134;WS=9803116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	9822275	rs3868897	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=288;SC=CAGCCCACCTCCAGAGAACAA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=9822283;WS=9822265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	9829171	rs2290309	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=7;PP=495;SC=AAAGTACAACGAAGATAAAAC;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=9829179;WS=9829161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	9829226	rs293786	A	C	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=954;SC=AAAAAGAACTAAGACACACAC;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=9829234;WS=9829216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	9841989	rs6443266	A	G	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=39;PP=1251;SC=AGGTAAGTTCACCATGGAGGA;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=9841997;WS=9841979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	9852059	rs34761997	C	CGAT	1320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.34;NF=3;NR=10;PP=698;SC=CCCCGGTCCTCGACCCCTCTC;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=9852067;WS=9852049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	9852148	rs9827444	G	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=6;PP=305;SC=TGGGGTGGAGGGACTGGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=9852156;WS=9852138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	9859456	rs3806672	C	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=45;PP=1592;SC=AAGGAGACCCCCAGCCCTATG;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=85;WE=9859464;WS=9859446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	9867625	rs3732527	C	T	9436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=1.213;SC=CCAAGTCCCGCGGACGAGGTG;SOR=0.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=144;TCR=191;TR=334;WE=9867633;WS=9867615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,350:1.00:351
chr3	9868577	rs12490900	A	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=319;SC=AGCCTTACCCACTCAGCCCTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=9868585;WS=9868576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	9870857	rs2290303	G	A	6713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=121;PP=2965;SC=ACACCGTGCAGTGTCGGAAGG;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=114;TCR=121;TR=235;WE=9870865;WS=9870847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	9871030	rs2290305	T	G	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=45;PP=1490;SC=ATTGACCGGATGCTGGACCGC;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=9871038;WS=9871020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	9874670	rs7622954	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=662;SC=GCTCAGAAACGCCTCTTTGAC;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=9874678;WS=9874660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	9876301	rs13088594	G	T	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.071;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=28;PP=1996;ReadPosRankSum=-0.825;SC=ACACGTACCTGTTAGGGCAGC;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=9876309;WS=9876291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr3	9885022	rs3846165	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=543;SC=TTAGGTGGCTTGTCCCAGCTC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=9885030;WS=9885016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	9896351	rs279563	A	G	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=93;PP=2917;SC=ACAGAAAACAAAAGGTGCGAG;SOR=1.594;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=51;TCR=93;TR=143;WE=9896359;WS=9896341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	9920041	rs56111543	A	T	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=31;PP=1241;SC=TGACCTGTATACCCATTAAAG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=9920049;WS=9920031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	9920138	rs17851444	G	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=44;PP=1544;SC=ACTTGGGGTAGAGAAGGCTAA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=92;WE=9920146;WS=9920128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	9920247	rs62247501	C	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=18;PP=613;SC=GGGTTCCCATCTCTCTCATTG;SOR=0.927;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=34;WE=9920255;WS=9920237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	9932337	rs279558	G	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=8;PP=1000;SC=AATAGGGTCAGTGGGCCGCTT;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=9932345;WS=9932327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	9934605	rs279553	T	C	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=72;PP=2965;SC=ACAGTGTGACTCTCAAGTATG;SOR=1.090;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=112;TCR=72;TR=184;WE=9934613;WS=9934595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	9962816	rs376511	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=377;SC=CATTAATTGCAGTATCTGTGC;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=9962824;WS=9962806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	9969932	rs57179462	TGG	T	6853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.543;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.171;NF=36;NR=60;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.433;SC=GGGCTGGGGTTGGGGTGTTGC;SOR=0.629;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=96;WE=9969941;WS=9969922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr3	9970031	rs279549	A	G	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.768;SC=GCCCGACTGCAACTGCTGACC;SOR=0.505;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=136;TCR=108;TR=242;WE=9970039;WS=9970021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr3	9972493	rs279545	G	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=21;PP=1306;SC=TTGATGCTGGGAATTTGGAGA;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=9972501;WS=9972483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	9975247	rs183956	C	G	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=51;PP=1644;SC=TGGGACCAGGCGCGGGACCTG;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=81;WE=9975255;WS=9975237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	9976159	rs279552	A	G	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=75;NR=47;PP=2007;SC=AGTCCCAGCTATGCTCTGGGG;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=122;WE=9976167;WS=9976149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	9991388	rs279601	G	C	7077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=119;PP=2965;SC=GCTTCTTGCTGCAGAAGCTCT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=122;TCR=119;TR=241;WE=9991396;WS=9991378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr3	10018978	.	C	A	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=72;PP=2965;SC=AAGTTGCCAACCTTTAGCTTT;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=178;WE=10018986;WS=10018968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	10085035	rs803335	G	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=285;SC=CCAGACAGACGACAGTGCAAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=10085043;WS=10085025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	10088239	rs201770712	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-4.910;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr3	10088242	rs199726231	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-5.079;QD=5.00;ReadPosRankSum=-2.158;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr3	10088266	rs72492997	G	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-5.677;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr3	10088299	rs112887807	C	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQRankSum=-5.123;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,49:0.34:146
chr3	10088308	rs72492998	T	C	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQRankSum=-5.559;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,59:0.37:161
chr3	10088343	rs73126218	A	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.309;NF=39;NR=29;PP=888;ReadPosRankSum=0.563;SC=GTGCTAAGAAATAAGATTCGA;SOR=0.806;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=174;TCF=95;TCR=79;TR=68;WE=10088351;WS=10088333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,66:0.37:178
chr3	10088404	.	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.907;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.352;NF=10;NR=22;PP=2053;ReadPosRankSum=0.076;SC=CTGTTCATTACTTAGTAAGTG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=32;WE=10088430;WS=10088394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,23:0.28:83
chr3	10088406	.	TAGTA	T	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=27;MQ=41.29;NF=2;NR=21;PP=2944;QD=20;SC=GTTCATTACTTAGTAAGTGTC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=6;TCR=66;TR=23;WE=10088430;WS=10088394;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr3	10088407	.	AG	A	679.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=10.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.13;MQRankSum=-4.082;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr3	10088409	rs375350046	TAAG	T	659.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=8.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQRankSum=-4.025;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.045;SOR=1.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr3	10088422	rs144167368	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.62;MQRankSum=-3.337;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=2.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr3	10088443	rs145517746	C	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQRankSum=-1.664;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr3	10088444	rs142624538	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQRankSum=-1.792;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr3	10088461	rs150415982	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.71;MQRankSum=-1.714;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr3	10089723	rs12330369	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.957;NF=23;NR=22;PP=533;ReadPosRankSum=0.388;SC=TTTTTGACACGTACTGCCAGC;SOR=0.559;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=45;WE=10089731;WS=10089713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,51:0.34:148
chr3	10089738	rs62245508	A	G	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.228;NF=22;NR=23;PP=1479;ReadPosRankSum=0.829;SC=GCCAGCAGGTATGTTGAAACA;SOR=0.676;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=45;WE=10089757;WS=10089728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,51:0.34:150
chr3	10089749	rs12330599	T	C	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.049;NF=21;NR=26;PP=1479;ReadPosRankSum=1.840;SC=TGTTGAAACATTTATTTTGGC;SOR=0.917;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=47;WE=10089757;WS=10089728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,54:0.34:159
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chr3	10089841	rs74509181	C	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=8.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-5.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=1.448;SOR=2.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
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chr3	10089886	rs73811818	G	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.886;NF=0;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CTTGATGAAAGGAAGAGACTT;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=10089894;WS=10089876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr3	10105661	rs369470214	CT	C	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=21.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-9.331;QD=0.70;ReadPosRankSum=-2.809;SOR=2.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,27:0.11:243
chr3	10106408	.	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=-7.596;QD=1.79;ReadPosRankSum=-2.634;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,13:0.16:83
chr3	10106608	.	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.204;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.466;NF=2;NR=12;PP=138;ReadPosRankSum=-0.851;SC=TGAATGTTCATGGGGAATTCC;SOR=2.223;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=14;WE=10106616;WS=10106598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr3	10106623	.	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.515;NF=0;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=-0.341;SC=AATTCCACAGCTCTTGGTGGG;SOR=2.513;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=9;WE=10106631;WS=10106613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr3	10183772	rs104893829	C	T	9639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=160;PP=2965;SC=CAATCGCAGTCCGCGCGTCGT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=181;TCR=160;TR=341;WE=10183780;WS=10183762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr3	10186447	rs1678593	A	T	94.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.03;QD=23.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	10188428	rs1678607	T	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=30;PP=744;SC=GTCAGGCACGTTATCCAATCT;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=10188436;WS=10188418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	10189929	rs1681660	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=405;SC=CCTTATAGAATACCCTCGAGT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=10189937;WS=10189919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	10219508	rs2306696	T	C	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	10219729	rs1681663	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=279;SC=GCCCTCCTTGAGTGGGGCCCA;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=10219737;WS=10219719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	10241987	rs263410	A	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=249;SC=GACTTCCAGAACCAGTCTCTC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=10241995;WS=10241977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	10242243	rs263411	G	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=235;SC=TTTTATTTAAGGAAATGAAGA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=10242251;WS=10242233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	10251196	rs459864	A	G	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=754;SC=AGACTGGCATAGTCTGAGGAC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=10251204;WS=10251186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	10258493	rs2302862	T	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=587;SC=GGGGTCAGAGTATGTGGTACC;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=10258501;WS=10258483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	10258514	rs2302861	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=4;PP=722;SC=TGGGAGGTTATTGGTGGCGTT;SOR=2.726;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=35;WE=10258522;WS=10258504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	10258762	rs2302860	G	C	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=44;PP=1093;SC=TCAGAGAATGGGACCAGGCTG;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=10258770;WS=10258752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	10261237	rs3895949	A	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=310;SC=CTCCTGAACTAGTGATCTGCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=10261256;WS=10261227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	10261248	rs3895948	T	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=509;SC=GTGATCTGCCTGCCTGGGCCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=10261256;WS=10261227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	10261294	rs3895947	A	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=17;PP=974;SC=GAGCCACCGCACCTGGCTGCC;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=10261302;WS=10261284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	10261594	rs11465911	C	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.95;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	10264480	rs3844283	C	G	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=85;PP=2404;SC=GGTGGGGCAGCTGACAAAGCG;SOR=2.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=29;TCR=85;TR=114;WE=10264488;WS=10264470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	10276163	rs708035	T	A	6083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=94;PP=2965;SC=TCCTCAGTGATATTCCAAGCA;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=120;TCR=94;TR=214;WE=10276171;WS=10276153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	10280753	rs11465932	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=32;PP=875;SC=GCATTTGGATGCTCATGTGTG;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=10280761;WS=10280743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	10283716	rs796552	A	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=0;PP=507;SC=CCTGATTCAGAAACCTGATTT;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=22;WE=10283724;WS=10283706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	10302479	rs402330	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=447;SC=GGCCTCCAGGGAACAAACTGA;SOR=3.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=10302487;WS=10302469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	10320118	.	C	T	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=837;ReadPosRankSum=-1.297;SC=ATCGTGGAAACGGATGCTCCC;SOR=0.630;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=57;WE=10320126;WS=10320108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,60:0.50:120
chr3	10320865	rs2075355	A	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=28;PP=747;SC=TTTGAGTGACATGGTTTGGAA;SOR=6.932;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=10320873;WS=10320855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	10342987	rs139150328	G	A	10178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=165;NR=180;PP=2965;SC=ATGCTGATACGGAGCCCTGGC;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=165;TCR=180;TR=345;WE=10342995;WS=10342977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr3	10346996	rs200033116	T	TA	335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=257;SC=ACCCCAGCTGTAAAAAAAACC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=10347004;WS=10346986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	10353550	rs35670	T	C	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=39;PP=1700;SC=CGGCCCACTGTCCAGCGGGGA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=95;WE=10353558;WS=10353540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	10353626	rs35671	C	T	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=53;PP=2082;SC=TCTCACTGCACGAAAGGCAGG;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=117;WE=10353634;WS=10353616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	10379923	rs35678	C	T	6065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=91;PP=2965;SC=GCTCCCGCTCCGCGTGGTCGA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=104;TCR=91;TR=195;WE=10379931;WS=10379913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	10382111	rs171337	T	C	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=39;PP=2087;ReadPosRankSum=0.481;SC=GCTCTCAGGGTCCTGCCCAGG;SOR=0.411;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=96;WE=10382119;WS=10382101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr3	10382148	rs154242	G	A	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=54;PP=2869;SC=TGCCCACCCCGGGCCTGGTTA;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=86;TCR=54;TR=139;WE=10382156;WS=10382138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	10396754	rs703907	A	G	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=101;NR=63;PP=2820;SC=GGCAGGAATGACCTACCTAAA;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=101;TCR=64;TR=164;WE=10396762;WS=10396744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	10400253	rs775019	C	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=578;SC=GGAAGGAAATCCCCATGGGCA;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=10400274;WS=10400243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	10400264	rs1618260	T	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=3.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	10400264	.	TTA	CTG	1413	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=25;NR=2;PP=1413;QD=54.3136249949;SC=CCCATGGGCATTATGTGGAAA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=27;WE=10400274;WS=10400243;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr3	10400266	rs1076080	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	10400643	rs28113	G	A	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=36;PP=1045;SC=GGGGAGCCCAGGGAATGCTCC;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=10400651;WS=10400633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	10420875	rs4684686	G	A	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=6;PP=2065;SC=TGTCAGAGCCGGTGGGGAGGG;SOR=4.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=80;TCR=6;TR=85;WE=10420883;WS=10420865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	10427190	rs725027	C	T	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=344;SC=ATAGAGATGCCGCAGAGGTTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=10427198;WS=10427180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	10452231	rs34907	G	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=515;SC=TGTGTGAGCCGTGAGTGCCCC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=10452239;WS=10452221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	10885920	rs2304725	T	C	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=35;PP=1794;SC=TGGCCATCTCTGACGGGATCG;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=104;WE=10885928;WS=10885910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	10975745	rs2272399	C	T	5911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=88;PP=2965;SC=TGATTTATTCCGGACAGGAAG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=196;WE=10975753;WS=10975735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	11060430	rs3817585	G	C	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=53;PP=1724;SC=GCCACACCCAGAGCCCACCCT;SOR=1.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=77;WE=11060438;WS=11060420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	11070542	rs11290120	GC	G	812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=443;SC=AGGTGAGGGCGCCCCCCCCGC;SOR=1.863;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=20;WE=11070550;WS=11070532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	11075503	rs2246543	T	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=6;PP=178;SC=AGGGAGAAACTTCTAGAGGCA;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=11075511;WS=11075493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	11078373	rs2697134	G	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=8;PP=1012;SC=CCCATGTGGGGCAGTGGCAGG;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=11078381;WS=11078363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	11300707	rs901865	T	C	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=18;PP=1372;SC=CCATAACTGGTGGCTGCTCTT;SOR=1.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=73;WE=11300715;WS=11300697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	11518755	rs4684782	T	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=53;PP=1272;SC=AGATGAACAATGATGATAAAA;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=11518763;WS=11518745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	11643465	rs2276749	T	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=508;SC=GCAGGGTCTGTATTCTGGGTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=11643473;WS=11643455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	11667714	rs3856802	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=657;SC=TAACCAAATACGGAAGCTGAA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=11667722;WS=11667704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	11685143	.	T	TA	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5424;HP=13;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=15;MQ=57.5;NF=0;NR=6;PP=57;QD=10.3333333333;SC=ATGCAAAAGTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=11685151;WS=11685133;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,6:0.40:15
chr3	11734748	rs73813008	T	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	11744544	rs11411195	G	GA	2449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=46;PP=1709;SC=AATAAAAGGGGAAAAAATAAT;SOR=1.525;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=50;WE=11744552;WS=11744534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr3	11848874	rs3796330	G	C	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=26;PP=1422;SC=TAGAGAAGGAGCAACGAAAAC;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=80;WE=11848882;WS=11848864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	11880760	rs7641243	T	C	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=63;PP=1914;SC=AATCAGAACGTTAGTGCTAAT;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=96;WE=11880768;WS=11880750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	11912797	rs62246062	C	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.76;QD=29.25;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr3	11925136	rs423051	T	G	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr3	11925545	rs28682978	T	C	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	11925610	rs421090	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=8;PP=220;SC=TGTTAGTGTTCTGAATGTTCA;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=11925618;WS=11925600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	12045891	rs79624759	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr3	12045923	rs73135622	A	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=2;PP=901;SC=GGCTAAGCCGACGCCTCAGCC;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=12045931;WS=12045913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	12045986	rs67270413	G	A	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=34;PP=1962;SC=CCGCGCCACCGGACCCCGTAG;SOR=1.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=103;WE=12045994;WS=12045976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	12046013	rs72624441	A	C	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=65;PP=2873;SC=GCGCCCCCAGACCTTTAAGCC;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=91;TCR=66;TR=156;WE=12046021;WS=12046003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	12046076	rs2618395	T	C	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr3	12046124	rs76272937	AG	GC	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	12046131	rs74213196	A	C	6249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.45;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	12046148	rs2623874	C	T	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.51;SOR=1.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	12046168	rs2623875	A	C	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=38;PP=852;SC=GCCTCGGCCTAGGCGGCGCCC;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=12046176;WS=12046158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	12046196	rs2600233	A	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=351;SC=CCTCGCCGGGACCGGAGCGGA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=12046204;WS=12046186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	12046207	rs2600234	C	G	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=64.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	12046215	rs2623876	G	C	361.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	12046362	rs2923856	G	C	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.93;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	12046364	rs2923857	G	C	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.93;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	12046372	rs2623877	G	C	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	12046445	rs2600235	TT	GC	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=427;SC=GCCGGGCGCCTTCGCCCTCGG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=12046454;WS=12046435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	12202866	rs308950	C	G	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=0;PP=841;SC=CTAATATGCTCTGTGACCCTG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=12202874;WS=12202856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	12208652	rs795008	A	G	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=14;PP=1027;SC=GCAACAGTGAACTAAAATTCT;SOR=1.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=12208660;WS=12208642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	12208671	rs795009	G	T	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=22;PP=1388;SC=CTGGAAAGTTGCATGCCCTCC;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=12208679;WS=12208661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	12229015	rs794999	A	G	6748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=124;NR=122;PP=2965;SC=CGGCCCCACCACCCACGGAGA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=124;TCR=122;TR=246;WE=12229023;WS=12229005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr3	12232074	rs310764	A	G	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	12232208	rs310765	T	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=556;SC=GCTTGGTGGTTATGTCCCATG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=12232216;WS=12232198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	12613866	rs2648307	T	C	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=71;PP=1904;SC=GGAAGGCTCATGAAAAGGTAA;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=131;WE=12613874;WS=12613856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	12626516	rs3729931	G	A	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=55;PP=2421;SC=AATGGGGGGTGAATGAACAAC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=117;WE=12626524;WS=12626506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	12647547	rs3214791	T	TG	518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=565;SC=TTCTACCTTTTCTGTACCACC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=12647555;WS=12647542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	12650482	rs2454440	T	A	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=70;PP=2017;SC=AAAAGACAACTTCATTTCTTG;SOR=1.462;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=105;WE=12650490;WS=12650472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	12660291	rs3729926	C	T	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=38;PP=1109;SC=CAAAAGTATTCAACCCAAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=12660299;WS=12660270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	12779409	rs2271209	A	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=31;PP=1029;SC=AGATGGGGGTACTGTCCTTGG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=12779417;WS=12779399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	12810629	rs112818257	CCGGGACTGG	C	1022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=2941;SC=CCCTCACTGCCCGGGACTGGC;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=12810645;WS=12810619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	12810755	rs7641959	G	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=462;SC=CATACCTCCCGGAAGGCTGAG;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=12810763;WS=12810745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	12810783	rs61606491	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=425;SC=GCTCCGGCCTCGGCCATCCCA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=12810791;WS=12810773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	12838293	rs12631514	G	C	5831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=115;PP=2965;SC=TTCAGGTGCAGCCCGCCGCCG;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=93;TCR=115;TR=208;WE=12838301;WS=12838283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	12845158	rs9835677	G	A	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=34;PP=1001;SC=TGGAGCAGGAGAGGGGGCCCT;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=12845166;WS=12845148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	12848822	rs11718898	T	C	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=45;PP=2294;SC=CCTCTGGTGGTCAAAGTGAAG;SOR=1.217;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=116;WE=12848830;WS=12848812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	12849011	rs34529773	TA	T	909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.79;QD=26.76;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	12849031	rs59302336	C	CA	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr3	12856856	rs2305398	A	G	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=74;PP=2385;SC=CGGCAAACACAGCCCCCGAAG;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=137;WE=12856864;WS=12856846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	12857493	rs2305397	C	T	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=68;PP=2599;SC=GAGCATATGCCTGTGCTGGTA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=142;WE=12857501;WS=12857483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	12857823	rs731646	C	T	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=28;PP=1583;SC=CAGGGAGGGCCGTGTTGCATC;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=12857831;WS=12857813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	12858028	rs3732675	T	C	3574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=54;PP=2633;SC=TGTGGCTGACTCTTTCTACAA;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=121;WE=12858036;WS=12858018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	12859004	rs3732678	A	C	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=40;PP=1751;SC=GGGCCAGGCCACCAGCGGGAG;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=102;WE=12859012;WS=12858994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	12941094	rs3773308	G	A	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=74;PP=2017;SC=GGCAGCGGGGGCTCCGCCGGG;SOR=2.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=102;WE=12941102;WS=12941084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	12942850	rs56387830	GC	G	2090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=14;PP=1806;SC=TGGGGGGGTGGCCAGGGCTGG;SOR=1.733;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=44;WE=12942858;WS=12942840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	12983423	rs72624443	C	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=151;SC=AACACGACACCGGGCCGTGGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=12983431;WS=12983413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	13008814	rs72624444	G	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=15;PP=676;SC=CTCCCGCACAGGCATCCCCAC;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=13008822;WS=13008804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	13368892	rs2271509	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=22;PP=684;SC=TGCGGACAACGCAGGTGTTGT;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=13368900;WS=13368882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	13379400	rs3773302	C	T	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=94;NR=58;PP=2664;SC=GCAGCAGCACCTCCACCTGCA;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=95;TCR=58;TR=152;WE=13379408;WS=13379390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	13383540	rs2271504	A	G	7487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=114;PP=2965;SC=TCAGGTCCATAAAGGGGAAGT;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=136;TCR=114;TR=248;WE=13383548;WS=13383530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	13393166	rs11292029	CT	C	237.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.898;HP=16;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=0.985;SC=TTTGATTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=13393174;WS=13393157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr3	13395579	rs2280084	C	A	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=72;PP=2429;SC=CAGGTCCAGCCGGGGGTTGCG;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=141;WE=13395587;WS=13395569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	13399786	rs6795271	G	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=848;SC=GTAGACAGGCGCGAGGGTGAG;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=38;WE=13399794;WS=13399776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	13399948	rs6807718	T	C	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=82;PP=2851;ReadPosRankSum=1.723;SC=CTCACTCCTCTCTGAGCTATG;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=144;WE=13399956;WS=13399938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr3	13407556	rs3732671	T	C	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=88;PP=2200;SC=TTTACCCGGATGCCGCTGCAG;SOR=1.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=146;WE=13407564;WS=13407546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	13415146	rs6810356	G	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=7;PP=1103;SC=TGAAGTCGAGGCTTGCTCAGA;SOR=3.139;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=52;WE=13415154;WS=13415136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	13418086	rs6442377	C	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=413;SC=GACGGGTGGGCTGGGCCCTGG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=13418094;WS=13418076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	13419123	rs35998066	T	TG	1069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=925;SC=TGGAGGAGGATGGGACCACCA;SOR=1.751;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=13419131;WS=13419113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	13420624	rs6442378	G	A	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=68;PP=2009;SC=CTTAGGCCACGTAGAGCAAAG;SOR=2.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=22;TCR=68;TR=90;WE=13420632;WS=13420614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	13421150	rs7628051	C	T	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=82;PP=2965;SC=ACCGGCCGGGCTGGGTCTCCT;SOR=1.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=124;TCR=82;TR=206;WE=13421158;WS=13421140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	13421320	rs7625586	T	C	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=53;PP=1617;SC=ATCTCTGCACTCTGCTCTCAG;SOR=2.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=67;WE=13421328;WS=13421310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	13438830	rs13066607	A	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=7;PP=908;SC=GGGCTGCAGAAGACAAACAGG;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=13438838;WS=13438820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	13522973	rs2675232	C	T	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	13523010	rs2655218	T	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=30;PP=823;SC=AGCCCTCGGATGGCCTTCCAC;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=13523018;WS=13523000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	13538079	rs2290195	C	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=0;PP=721;SC=GGTTGTGGCTCTGGCTCTCAT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=13538087;WS=13538069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	13574068	rs35913726	AC	A	1172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=590;SC=CTTCCCCATAACCCCCCCATC;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=13574076;WS=13574058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	13612936	rs3732666	A	G	5574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=79;PP=2965;SC=GCATGCACCGAGCCTGGGCAA;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=113;TCR=79;TR=191;WE=13612944;WS=13612926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	13649762	rs2276747	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=0;NR=11;PP=294;SC=CAGGCAGCCCGGAGAGAGTGC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=13649770;WS=13649752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	13655682	rs3773270	C	T	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=46;PP=1289;SC=CTGCTCTTCCCTGGCTGCGGC;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=13655690;WS=13655672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	13659897	rs4596126	A	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=305;SC=TTACCCCACAAGTTGGAACCC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=13659905;WS=13659887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	13669537	rs1966825	T	G	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=29;PP=889;SC=TGGGGGCTTTTAGGGCTTTAG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=13669545;WS=13669527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	13670776	rs4684968	T	C	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=47;PP=1068;SC=GGGATGCCTTTGGCCGGGGCT;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=13670784;WS=13670766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	13678173	rs2290188	G	T	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=51;PP=1505;SC=CCTCCCTCTCGTCCCAGCCCC;SOR=3.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=59;WE=13678181;WS=13678163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	14105882	rs4684179	C	A	328.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.88;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	14105885	.	GCAGCAGCAGCCC	G	319.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=8;PP=1503;SC=AGCAGCCCCAGCAGCAGCAGC;SOR=1.085;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=14105904;WS=14105872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	14106310	.	T	TCCAGCACCAGCAGTC	1291.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=7;PP=386;SC=CAGCAGCAGCTCCAGCACCAG;SOR=1.802;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=13;WE=14106318;WS=14106300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	14106499	rs2607779	G	A	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=34;PP=1019;SC=GAGAGGCCCCGTGGGTATTCT;SOR=0.933;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=61;WE=14106507;WS=14106489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	14154231	rs2731316	T	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=441;SC=TATGTCAAGATGTCAAGACCT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=14154239;WS=14154221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	14157890	rs2607747	C	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=11;PP=880;SC=CCCCAGTGCCCTGGTGTGGGT;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=14157898;WS=14157880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	14157913	rs2731314	A	G	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=24;PP=1448;SC=CTGGGAGGCCACATGTCACTC;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=79;WE=14157921;WS=14157903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	14158220	rs2731313	G	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=26;PP=703;SC=GGCAGGAAAAGAAGCACTGAA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=14158228;WS=14158210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	14166835	rs2733579	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=393;SC=TCTCCCTCTGCTCGCCGTGTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=14166843;WS=14166825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	14175149	rs2733585	G	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=2;PP=1002;SC=GAACCCCCGGGTGGGGACCCT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=14175157;WS=14175139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	14180633	rs2731320	C	T	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=10;PP=948;SC=CGACTGGGTACGCCACTGGCC;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=14180641;WS=14180623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	14187449	rs2228001	G	T	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=10;PP=743;SC=GCTCACAGCTGCTCAAATGGG;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=14187457;WS=14187439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	14187699	rs2733532	T	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=358;SC=AGGCGAGGGTTAGTAATCAGA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=14187707;WS=14187689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	14188700	rs2733533	C	A	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=32;PP=2873;ReadPosRankSum=-0.985;SC=TGACTTGAGGCTGGGGCAGAA;SOR=1.191;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=140;TCF=108;TCR=32;TR=138;WE=14188708;WS=14188690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr3	14188762	rs2733534	G	C	9714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=1.133;SC=CCCTGAGCTTGTCTTCTCTGC;SOR=1.069;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=333;TCF=197;TCR=136;TR=330;WE=14188770;WS=14188752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,353:0.99:355
chr3	14189340	rs2607749	A	G	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=16;PP=1210;SC=GGCCTGGGGAAGGAAGAGGCC;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=14189348;WS=14189330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	14190237	rs2279017	T	G	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=100;PP=2965;SC=GGCACCTGTGTCGGGTGAGCA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=116;TCR=100;TR=216;WE=14190245;WS=14190227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr3	14190268	rs2470353	G	C	5494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=95;PP=2965;SC=TGGCCAGCAGGGGAACAAGGC;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=97;TCR=95;TR=192;WE=14190276;WS=14190258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	14197987	rs2958057	A	T	4817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=73;PP=2814;SC=CCATGTGTTTAGCCTGAAACT;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=161;WE=14197995;WS=14197977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	14199887	rs2228000	G	A	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=85;PP=2965;SC=TGAGGATGCCGCTGGCAAGCT;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=163;WE=14199895;WS=14199877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	14220095	rs2607775	C	G	20464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=364;NR=352;PP=2965;SC=AATTCCACTTCGCGAGTGACG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=720;TCF=364;TCR=356;TR=716;WE=14220103;WS=14220085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,751:1.00:751
chr3	14526667	rs58360048	C	CGTGTGT	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=183;SC=TGTGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=14526675;WS=14526657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	14526688	.	CGT	C	31.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr3	14561627	rs5846840	A	AG	1322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=8;PP=898;SC=CCTGCCTCTGAGGCCTCAGTG;SOR=1.730;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=14561635;WS=14561617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	14702982	rs2276754	C	A	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=41;PP=2418;SC=GCTTCTTGTCCATTCCATGTG;SOR=1.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=124;WE=14702990;WS=14702972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	14703297	rs9840626	C	T	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=77;PP=2280;SC=GGGTTGTTATCGAGCCATTTC;SOR=1.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=130;WE=14703305;WS=14703287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	14706745	rs142447115	T	TATTG	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=205;ReadPosRankSum=0.180;SC=AGTAAGGAGATATTGATTGAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=14706753;WS=14706735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	14708918	rs2280383	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=37;PP=1891;SC=TGGGTAATTCATACTTCTTTC;SOR=1.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=108;WE=14708926;WS=14708908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	14712473	rs1901	G	A	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=53;PP=2411;SC=AGTTTGCCCCGCCGTCAGATT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=124;WE=14712481;WS=14712463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	14724413	rs9821143	G	A	7749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=98;PP=2965;SC=TACCCCGTCCGACATCTTGGG;SOR=1.195;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=163;TCR=98;TR=261;WE=14724421;WS=14724403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr3	14725668	rs12488352	G	A	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=621;SC=CTTCTTTCCTGGGCCATTTAC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=14725676;WS=14725658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	14745857	rs17040196	G	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=35;PP=1603;ReadPosRankSum=-0.626;SC=AGCTGAAAGGGCCACATGGAA;SOR=0.420;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=97;WE=14745865;WS=14745847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr3	14755572	rs6765537	A	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=23;PP=898;SC=AGGGAGAACCATCACCTGCCT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=14755580;WS=14755562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	14755617	rs6790129	C	G	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=28;PP=932;SC=CTTGCTGGCCCTATTCAATAC;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=14755625;WS=14755607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	14756730	rs9869372	A	G	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	14768554	rs17255247	G	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=28;PP=898;SC=AAAGGTGGGCGAAGGCCTATC;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=14768562;WS=14768544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	14801550	rs2729697	G	A	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=19;PP=528;SC=CACCCCAGCCGCAGCCACCTC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=14801558;WS=14801540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	14813825	rs294624	G	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=577;SC=TCCAACCATCGCTGACATCTA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=14813833;WS=14813815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	14939198	rs2117775	G	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=42;PP=1233;SC=CTGGACCCCCGGGTTCCACTT;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=14939206;WS=14939188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	14939364	rs2117774	G	A	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=441;SC=ACCCAGGGATGTGACTCCAGG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=14939372;WS=14939354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	14939479	rs2164356	G	T	5863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=67;PP=2965;SC=ACGTCTTCCTGGCCCGGGAGC;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=133;TCR=67;TR=200;WE=14939487;WS=14939469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr3	14939679	rs2307090	G	A	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=52;PP=1447;SC=ATGCAAATCAGTGGGACATCT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=69;WE=14939687;WS=14939669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	14942024	rs2307088	T	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=37;PP=846;SC=CGCCAAAGCCTGGACCCTGCC;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=14942032;WS=14942014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	14942675	rs293906	G	A	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=43;PP=1147;SC=GCAGGCAACCGTCTCTCTTGT;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=44;WE=14942683;WS=14942665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	14949268	rs9818644	C	T	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=837;SC=GGCGAGGCTCCGATAAGCCCC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=14949276;WS=14949258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	14960170	rs293916	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=298;SC=TAGGTGGACATGGTCCCTCTG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=14960178;WS=14960160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	14965466	rs4685234	C	T	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=9;PP=1268;SC=AAAGACAAGCCGCAGGCACGC;SOR=2.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=14965474;WS=14965456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	14965507	rs4685235	A	G	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=37;PP=2412;SC=GGCTTCTTTCAGTTACAGAGC;SOR=1.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=98;TCR=37;TR=135;WE=14965515;WS=14965497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	15046088	rs77813966	T	C	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=29;PP=1374;SC=CTCTGGCCCATTGAGTGTTTT;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=15046096;WS=15046078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	15282228	rs17480974	T	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=834;ReadPosRankSum=-0.743;SC=AGCATTAAGATTTTTTTAGAT;SOR=0.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=37;WE=15282236;WS=15282218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr3	15301363	rs2291853	G	A	6819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=115;PP=2965;SC=AGTGACCACAGTCAACTCCAC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=121;TCR=115;TR=236;WE=15301371;WS=15301353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr3	15311325	rs1287467	A	G	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=46;PP=1565;SC=CCTTGGCGGCACGGAGCACCT;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=15311333;WS=15311315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	15311464	rs1287468	G	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=392;SC=CAAAAAATAAGCATCCCAAGG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=15311472;WS=15311454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	15345924	rs9828229	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=28;PP=757;SC=CGGCGGAAACGTCCTGTGCTC;SOR=3.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=15345932;WS=15345914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	15371819	rs3773464	C	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=329;SC=ACAACATGTGCAATTGGATCC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=15371827;WS=15371818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	15471528	rs11322247	AT	A	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.361;NF=1;NR=29;PP=499;ReadPosRankSum=-0.315;SC=AGTTTATTTCATTTTTTTTTT;SOR=1.220;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=30;WE=15471536;WS=15471518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr3	15473515	rs2290535	G	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=8;PP=1101;SC=ATTTCATCAGGTGGAGTCATC;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=15473523;WS=15473505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	15476011	rs1563415	C	G	8906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=173;PP=2965;SC=AAGATAACCCCTCACCTGAAC;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=153;TCR=173;TR=326;WE=15476019;WS=15476001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr3	15537992	rs9847828	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=326;SC=GACTGTCTCTATAGAATTGTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=15538000;WS=15537982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	15539976	rs141810796	C	CCACA,CCACACA	6216.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27,27;NR=37,37;PP=2179,127;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GCATGTGCATCCACACACACA;SOR=0.257;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=64,64;WE=15539984;WS=15539966;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.80:148
chr3	15642844	rs41284037	C	T	6642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=89;PP=2965;SC=TCGCGGTCCCCGCCAGCTTCC;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=131;TCR=90;TR=219;WE=15642852;WS=15642834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	15643043	rs2019160	A	G	11935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=229;PP=2965;SC=CAAACGCGAAATCGGCAGCAC;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=417;TCF=188;TCR=229;TR=416;WE=15643051;WS=15643023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr3	15717641	rs78957730	G	A	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=49;PP=1488;SC=TAACAAAGATGGGGGCAGGGA;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=72;WE=15717649;WS=15717631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	15736385	rs2455814	A	T	6066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=117;PP=2965;SC=TCTCCCACCCACCCAGTTCAA;SOR=1.065;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=90;TCR=118;TR=207;WE=15736393;WS=15736375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	15807763	rs185386403	G	A	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	15836723	rs149384714	G	GT	1170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=833;SC=TGAATTAACTGTTTTACCTGA;SOR=1.121;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=20;WE=15836731;WS=15836713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	15901053	rs71064238	CT	C	1746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=1445;SC=CTGAGAAGACCTGCGGGCAGG;SOR=1.414;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=33;WE=15901061;WS=15901043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	15901087	.	C	CCCG	746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.47;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr3	16310857	rs842258	G	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=30;PP=846;SC=GAAAAACTACGTTTAGTGGTC;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=16310865;WS=16310847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	16312497	rs145294222	G	A	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=77;PP=2965;SC=GGGTTGTTGCGGTGCTCTGTT;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=73;TCR=77;TR=150;WE=16312505;WS=16312487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	16358584	rs690241	T	C	4598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=77;PP=2571;SC=GCTGCTGTCCTGAAACACAGT;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=162;WE=16358592;WS=16358574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	16450872	rs1546650	T	C	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=54;PP=2008;ReadPosRankSum=-0.683;SC=ACCCTGACTGTAGCGCTCACC;SOR=0.274;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=111;WE=16450880;WS=16450862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr3	16926445	.	A	AG	73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=73;QD=47.0;SC=GGAGGAGAGGAGAGGGGCCGC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=16926453;WS=16926435;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	16926491	rs6442654	G	A	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=183;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=150;SC=GGACGCGGGGGCGCGAGGACG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=16926499;WS=16926481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	16926521	rs200478663	CT	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=167;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=256;SC=GCAGGCGGGTCTGCTGGGGCG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	16926524	.	CT	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=167;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=238;SC=GGCGGGTCTGCTGGGGCGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	16926539	.	CT	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	16926544	rs368284573	T	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926548	.	GT	G	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	16926551	.	CG	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=53.14;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	16926553	.	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=58.80;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926557	rs372006934	T	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	16926561	.	CT	C	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	16926567	rs373958057	T	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	16926599	rs7626446	T	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	16926607	rs7626448	T	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.04;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	16926642	rs6442655	A	G	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.86;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	16926648	rs6442656	T	G	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.33;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	16926666	rs7626542	T	G	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=30;PP=1360;SC=GGTCGCCTCGTCCACGGGCGG;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=16926674;WS=16926656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	16974610	rs9880307	C	A	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=30;PP=1513;SC=ATTGGACAGCCGGAGTATTTT;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=84;WE=16974618;WS=16974600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	17051081	rs28498854	T	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=496;SC=GATTTTTTTCTAGGAAATTAA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=17051089;WS=17051078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	17053499	rs4602367	A	G	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=65;PP=2633;SC=GAGGAGGAGGAAAGCCTCATA;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=149;WE=17053507;WS=17053489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	17077268	rs17272796	C	T	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=31;PP=1496;SC=TTCTCTAATACGAGTTGAGGT;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=17077276;WS=17077258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	17131421	rs35185988	C	T	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=93;PP=2786;SC=TTACAATAAACCATTATGGAG;SOR=1.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=41;TCR=94;TR=134;WE=17131429;WS=17131411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	17131501	rs11549706	C	T	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=767;SC=GAATAATATTCGGGATTTTAA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=17131509;WS=17131491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	17208267	rs1138454	T	C	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=64;PP=2089;SC=ACCTGTTTAATGGCCCCTGAC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=133;WE=17208275;WS=17208257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	18055231	rs61978649	A	C	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=64;PP=1728;SC=AGACAGTCACAGTAGTCCAGA;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=103;WE=18055239;WS=18055221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	18057982	rs9310538	A	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=233;SC=GAGGGACCTAATGGGAGGGCG;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=18057990;WS=18057972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	18058059	rs9310539	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=11;PP=552;SC=CTGAGATCTGATTGTTTAAAC;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=18058067;WS=18058049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	18058093	rs62240226	C	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	18308436	rs7432753	A	G	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=36;PP=2235;SC=TTGACCAACAAAGGTCTAAAT;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=110;WE=18308444;WS=18308426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	18419553	rs9310557	C	T	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=10;PP=1592;SC=ATCCTAGACACAGAGGCCTCT;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=69;WE=18419561;WS=18419543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	18419859	rs10460976	G	A	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=907;SC=TTCATTGGCTGAATTGTTTTG;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=18419867;WS=18419849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	18427924	rs2229261	G	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=9;PP=806;SC=TGCTGATGAGGGGGGCAGGAC;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=18427932;WS=18427914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	19436587	rs10470642	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=375;SC=GCTCTGTCTCTTACCACAGGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=19436595;WS=19436577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	19556990	rs56353870	AT	A	137.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=160;SC=TGTTATGGGCATTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=19556999;WS=19556980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	19946992	rs2931394	G	A	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=95;SC=TTTTTTTCTAGTCATCTTGTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=19947000;WS=19946982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	19959756	rs2929366	G	A	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=93;NR=106;PP=2965;SC=TGTCGTATTGGTTGTGTCCAT;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=210;TCF=102;TCR=108;TR=199;WE=19959777;WS=19959746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	19961330	rs2931403	C	T	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=12;PP=1016;SC=CTTACCAGTACTGAAATTTTA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=19961338;WS=19961320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	19962044	rs13078867	G	A	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=85;NR=65;PP=2443;SC=TAACCAACTGGAATAACTTTT;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=150;WE=19962052;WS=19962034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	19962223	rs13079262	G	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=242;SC=ATCTTCATACGTAACAAACAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=19962231;WS=19962213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	19974700	rs2929350	T	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=7;PP=589;SC=TTAGTTCCTATGGAAAGTGGA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=19974708;WS=19974690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	19975215	rs17795400	C	A	9241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=185;NR=138;PP=2965;SC=AGGTTTTGTTCCCTGTGAAGC;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=186;TCR=138;TR=323;WE=19975223;WS=19975205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr3	19975582	rs2929349	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=905;SC=CTGGCTACAAAGACGCCTCCA;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=19975590;WS=19975572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	20020022	.	TGA	T	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr3	20025665	rs34961993	G	GA	311.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.72;MQRankSum=0.535;NF=4;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=-1.280;SC=AGTCACCTGTGAAAAAAAAAT;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=7;WE=20025673;WS=20025655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr3	20113830	rs3021408	G	A	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=97;NR=57;PP=2812;SC=TTTAGGCCGAGGAGTCTTGTA;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=97;TCR=57;TR=154;WE=20113838;WS=20113820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	20113989	rs3749180	C	A	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=40;PP=1260;SC=ATAACGAGTTCATTGTAGCGT;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=20113997;WS=20113979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	20114044	rs3828349	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	20114048	rs3828348	G	A	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	20156279	rs141568671	A	G	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=172;SC=TGAAGGTTTGAGACGCTGATG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=20156287;WS=20156269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	20179033	.	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.299;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,18:0.20:92
chr3	20188074	rs2686314	C	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=446;SC=GCAAATGTTACCCTTTTATGT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=20188082;WS=20188064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	20189528	.	AT	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.27;ReadPosRankSum=1.334;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,34:0.14:244
chr3	20212189	rs1052930	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=446;SC=AATATCCAACAAAACCTTCAT;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=20212197;WS=20212179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	20216519	rs61729306	T	A	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=41;PP=1171;SC=CAACTCCCAGTGTGTCTTGAG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=20216527;WS=20216509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	20219694	rs6550401	T	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=142;SC=CACATTTCCTTTCATAAATGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=20219702;WS=20219684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	20219885	rs6550402	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=23;PP=752;SC=GAAGTATTCACAAGAAAGCAT;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=20219893;WS=20219875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	21462787	rs427233	G	A	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=37;PP=1916;SC=GAGGAAGCGCGGAAGTCTGGA;SOR=1.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=102;WE=21462795;WS=21462777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	21467245	rs186892	A	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=22;PP=655;SC=GAGGAAAAAAATCTTAGCTAG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=21467253;WS=21467235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	21553315	rs71976575	AT	A	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.859;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr3	21606027	rs66546661	AT	A	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr3	23986983	rs7644275	C	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=11;PP=528;SC=TGCTTCCAGCCCGGGGCGGCG;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=23986991;WS=23986973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	23996371	rs4858095	T	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=720;SC=TTCATTTAGGTGGCCATTATG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=23996379;WS=23996361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	24006477	rs4858097	T	A	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=16;PP=1346;SC=GGTTTGTCCATTGAGTAAGTC;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=24006485;WS=24006467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	24168981	rs13063628	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=6;PP=684;SC=CGAGTCTAGGCGTACTCACCT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=24168989;WS=24168971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	24234500	rs73037660	A	G	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=50;PP=2213;SC=TCGCAAGAACAGAGGGGCAAC;SOR=0.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=130;WE=24234508;WS=24234490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	24562877	rs11714172	G	T	11442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=212;NR=194;PP=2965;SC=GGCCCCACCCGCCCTGTTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=408;TCF=212;TCR=196;TR=406;WE=24562885;WS=24562867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr3	25611472	.	G	GAC,GACAC	75.87	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.18;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=3;PP=206;SC=CATGTGTGCAGACACACACAC;SOR=1.022;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=25611480;WS=25611462;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
chr3	25639849	rs11548723	A	G	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=46;PP=1879;SC=CAGACTCTGCAAAATATTTTA;SOR=1.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=25639857;WS=25639839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	25775253	rs1488992	T	C	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=380;SC=AATATTCTTGTTTATAAAACA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=25775261;WS=25775249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	25775356	rs6550987	A	C	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=42;PP=2574;SC=AGATAGCCACACCATACCTGC;SOR=1.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=84;TCR=42;TR=125;WE=25775364;WS=25775346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	25805879	rs11129208	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=30;PP=680;SC=CACACAGAAATGTATAATGAA;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=25805887;WS=25805869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	25836023	rs9831075	C	T	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=14;PP=374;SC=TTTTTAAATGCTATATGTGAA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=25836031;WS=25836013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	25902401	rs4681082	G	C	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=211;SC=TGTAGGAATTGAAGATGAGAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=25902409;WS=25902391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	25904394	rs6550999	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=439;SC=TATAGACTACTCTAGACATTA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=25904402;WS=25904384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	26751493	rs35497952	A	T	8439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=150;PP=2965;SC=CCTTCAAAGGAGTAGCTGAAA;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=144;TCR=150;TR=294;WE=26751501;WS=26751483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr3	27387462	rs56104872	G	GGTAA	1604.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=981;SC=ATTAAGAATCGCTATGGTAAA;SOR=4.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=16;WE=27387471;WS=27387452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	27387463	rs2370957	C	A	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=459;SC=TTAAGAATCGCTATGGTAAAT;SOR=4.294;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=19;WE=27387471;WS=27387452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	27424718	rs1472256	A	G	7035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.274;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.569;SC=TATCATCATCATCTTGAAGCA;SOR=0.427;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=249;TCF=128;TCR=121;TR=246;WE=27424726;WS=27424708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr3	27433397	rs2307035	A	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=7;PP=191;SC=AGATTTTTCAATCATGAGGAT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=27433405;WS=27433387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	27444524	rs1967131	G	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	27494620	rs12639265	A	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=362;SC=TTCAACAAAAAGACTAAACAT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=27494628;WS=27494610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	27525597	.	GC	G	1524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=1502;ReadPosRankSum=2.247;SC=TCATCTGCTCGCCGGCCCCAT;SOR=0.620;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=24;WE=27525608;WS=27525587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr3	27525600	.	G	A	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=1517;ReadPosRankSum=1.527;SC=TCTGCTCGCCGGCCCCATCAG;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=39;WE=27525608;WS=27525587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr3	27759338	rs9866625	C	A	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=299;SC=AAAAAAAAAACCCTAATGTTG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=15;WE=27759346;WS=27759328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	27763427	rs368178421	G	GCGGCGC	1595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=16;NR=10;PP=1574;SC=GGCGGCGGCGGCTGCAGCGGC;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=26;WE=27763435;WS=27763417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	28557206	.	C	CTG	61.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAAAGATTTCCTGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=28557214;WS=28557196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr3	29224786	rs11919232	T	C	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=87;SC=TAAAAAGTCTTTTAAGTGTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=29224794;WS=29224776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	29529907	rs2371695	G	A	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=8;PP=677;SC=AATAACATGGGTTTTTTTCTC;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=29529922;WS=29529897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	29529913	rs5847572	TTC	T	1646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=9;PP=1057;SC=ATGGGTTTTTTTCTCTCTCTC;SOR=1.923;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=24;WE=29529922;WS=29529897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	29977739	rs1449287	T	C	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=66;PP=2030;SC=TCAGATGTGATATTCTCCATT;SOR=1.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=96;WE=29977747;WS=29977729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	30029724	rs1868491	C	T	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=47;PP=1388;SC=AGTAAGTCTACCCCTGTCTAA;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=30029732;WS=30029714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	30032470	rs3773125	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=212;SC=TAGCTGAGGGTATCTCTACTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=30032478;WS=30032460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	30045552	rs55920068	CAATT	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	30769948	rs7617829	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=354;SC=AAGACCAGAACATCAAGGCAT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=30769956;WS=30769938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	31621228	rs58289734	T	TAAA	836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=497;SC=AATGTAATGATGAAGAGTACA;SOR=4.407;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=31621236;WS=31621218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	31642037	rs11713598	A	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=554;SC=TATTTGGTCAATATTATGCAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=31642045;WS=31642027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	31663515	rs10662891	A	AGTGTG	984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=851;SC=TTGGTTTTATAGTTTTAAGTA;SOR=3.816;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=15;WE=31663523;WS=31663505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	31677395	rs11129457	T	G	181.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=146;SC=TCATCATAGTTCAGTAAACCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=31677403;WS=31677385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	31789582	rs2290532	T	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=37;PP=1502;SC=TGCACAAGGTTCTTCTGCTGC;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=79;WE=31789590;WS=31789572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	31789724	rs2290533	C	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=491;SC=GTCAACTCAGCGTGTTCGGTG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=31789732;WS=31789714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	32022333	.	GCA	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr3	32181761	rs9835387	C	T	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=24;PP=1521;SC=TCATTTCTGACATCATCCGTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=91;WE=32181769;WS=32181751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	32188006	rs9839702	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=548;SC=ATCCTATCATGAACATGTTAC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=32188014;WS=32187996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	32200233	rs2305362	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=319;SC=CAAGAGCAGAGCCCGGCATTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=32200241;WS=32200223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	32493682	rs342745	A	G	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=64;PP=1911;SC=CCCAACCTGGAGGACTGGGGC;SOR=2.642;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=80;WE=32493690;WS=32493672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	32568145	rs35822941	CCA	C	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=419;ReadPosRankSum=0.126;SC=AAATGGGTAACCACACACACA;SOR=0.495;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=9;WE=32568154;WS=32568135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr3	32746522	rs7429569	A	G	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=53;SC=AATTTATGAAACACAAATAGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=32746530;WS=32746512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	32758763	rs11129531	G	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=23;PP=658;SC=TTTTCAATTTGTGTCTTTCTT;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=32758771;WS=32758753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	32774782	rs9798936	A	G	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	32779112	rs187779953	C	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=151;SC=GTCAGGAGTTCGAGACCAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=32779120;WS=32779102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	32815231	rs2396631	A	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=255;SC=TACCCCTGACATTTGGCCAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=32815239;WS=32815221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	32915214	rs6799979	C	G	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=26;PP=2246;SC=GGAAGCTGGTCGTTCGGTTGT;SOR=2.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=78;TCR=26;TR=104;WE=32915222;WS=32915204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	32927509	rs6774703	G	T	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=67;PP=2069;SC=AAGCCGTGACGGCGAGGCATA;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=110;WE=32927517;WS=32927499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	32933360	.	C	CTT	944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.08;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	32995928	rs2228428	C	T	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=46;PP=1783;SC=TCCAAATTTACTCTGCTGACA;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=97;WE=32995936;WS=32995918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	33055721	rs4302331	A	G	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=52;PP=2044;SC=AGGTGGCTGCACACTGCATCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=33055729;WS=33055711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	33093190	rs12632196	T	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=6;PP=1339;SC=ACACCCCTCCTCAAATTAATC;SOR=3.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=33093198;WS=33093180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	33099880	rs7637435	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=34;PP=742;SC=TAATGACTGCTGGAAAAATTT;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=33099888;WS=33099870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	33118552	.	T	TA	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-2.833;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr3	33138544	rs7614776	A	G	15639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr3	33138549	rs7637099	G	A	15765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr3	33165303	.	C	G	42	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=42;QD=25.5904041824;SC=ATTTTTAGTACAGATGGGGTT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=33165311;WS=33165299;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	33165436	rs6777433	T	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=392;SC=ATTGAGGTACTATTTATATAC;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=27;WE=33165444;WS=33165426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	33171659	rs4392367	A	G	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=39;PP=1143;SC=AGAGTTCATCAAGGTCCACTG;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=33171667;WS=33171649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	33174156	rs1135127	T	G	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=88;PP=2520;SC=ACAGGGACACTTGGGGCCTCT;SOR=2.194;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=34;TCR=88;TR=121;WE=33174176;WS=33174146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	33174168	rs1135128	G	A	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=78;PP=2285;SC=GGGGCCTCTCGGATGAGCACT;SOR=3.023;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=18;TCR=78;TR=96;WE=33174176;WS=33174146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	33175793	rs4234239	C	A	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=51;PP=1652;SC=CTGGTGGCTACGAGAAAATAT;SOR=1.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=33175801;WS=33175783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	33175854	rs58617854	A	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=588;SC=CCCTGAAGTAAGAAACAGAGG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=33175862;WS=33175844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	33194990	rs6810039	C	A	9804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=157;PP=2965;SC=TCCAAGCCCCCTCTGTCACAG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=329;TCF=172;TCR=157;TR=329;WE=33194998;WS=33194980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr3	33444286	rs623244	T	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=25;PP=1032;SC=TCACACAAACTAGATACCTGT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=33444294;WS=33444276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	33618551	rs11391504	G	GA	421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.091;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr3	33725814	rs111738010	GA	G	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.875;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.988;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr3	33840114	rs1141054	T	C	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=3;PP=634;SC=AGCGCAAGTCTGTCAGCCAGT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=33840122;WS=33840104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	33853747	rs9851801	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=327;SC=CTGTCTAATGCGAATATATGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=33853755;WS=33853737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	33863683	rs3762817	A	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=181;SC=GATGTTTTCTAAAACGAATGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=33863691;WS=33863673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	33866868	rs12488699	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=34;PP=1036;SC=CATGTGAAAAAAAGTGATAAG;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=33866876;WS=33866858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	33866929	rs12495243	G	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=315;SC=ATGTCGAGCTGTCCTTCTTGA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=33866937;WS=33866919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	33877626	rs3792594	G	A	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=87;PP=2965;SC=TCGTGCCCTTGCTGCAGCAAA;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=119;TCR=88;TR=206;WE=33877634;WS=33877616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	33879602	rs78289090	CTA	C	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=307;SC=TATTTATAGACTATGTGAATA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=33879611;WS=33879592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	33887008	rs112754416	G	A	7711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=147;PP=2965;SC=TCGTGCTTTTGTGTAAGCCAG;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=135;TCR=147;TR=282;WE=33887016;WS=33886998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	33887102	rs11928792	A	G	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=70;PP=2137;SC=ACTTTGATGTAGGTTGTCATC;SOR=1.550;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=110;WE=33887110;WS=33887092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	33895391	rs3183982	A	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=36;PP=1792;SC=AGGAATTTTCAAAAATGAAAC;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=97;WE=33895399;WS=33895381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	33905566	rs1127732	C	T	6522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=117;PP=2965;SC=TATCAGTCCTCACCAGCAGGA;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=114;TCR=117;TR=231;WE=33905580;WS=33905556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	33905781	rs9848414	A	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=229;SC=ACACAGCATCATTCAAGAATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=33905789;WS=33905771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	33907835	rs5847794	T	TCTCC	1691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=1197;SC=TCTGTTTTCTTCTATCAGGTA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=20;WE=33907843;WS=33907825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	33907945	rs3183987	A	G	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	35725250	rs969818	C	T	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=29;PP=1441;SC=TGACTCGCAGCCTTGCTGTCT;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=82;WE=35725258;WS=35725240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	35731725	rs1513476	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=382;SC=TAGGGATAGACAAAACATTGT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=35731733;WS=35731715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	35778773	rs2278757	A	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=49;PP=1585;SC=AACAGCAGCCACCACAGCAGC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=35778781;WS=35778763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	35779750	rs2012153	A	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=36;PP=1240;SC=TGCAATATCCAGCAGTCTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=35779758;WS=35779740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	35780735	rs35497369	T	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=10;PP=684;SC=ATGTGTCCTGTGTCTGCCTCA;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=35780743;WS=35780725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	35785296	rs6550367	T	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=28;PP=1536;SC=TATCTACATTTTCATTCTCTG;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=80;WE=35785304;WS=35785286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	36524405	rs2290530	C	T	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=23;PP=1678;SC=CCTGGGGAACCTCATTTTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=78;WE=36524413;WS=36524395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	36534622	rs3217654	CTCTT	C	10252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=92;PP=2974;SC=TCATCCCATGCTCTTTCTTCT;SOR=0.728;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=133;TCF=30;TCR=103;TR=122;WE=36534633;WS=36534612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	36896653	rs9818599	G	C	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=19;PP=1546;SC=AAACCCAAGAGCTGGACTTAC;SOR=1.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=72;WE=36896661;WS=36896643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	36900073	rs113115457	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=358;SC=CCAGGTGACATGGGCAGGCCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=36900081;WS=36900063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	36934343	.	CAT	C	68	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=19;MQ=60.49;NF=3;NR=0;PP=68;QD=25.0;SC=CAAAACAAAACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=3;WE=36934352;WS=36934333;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,3:0.18:17
chr3	37067120	rs193922367	T	A	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	37070437	rs41562513	G	A	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=56;PP=1464;SC=CGTAAACGCTGTGGCCTGCCT;SOR=2.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=37070445;WS=37070427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	37096024	rs749072	T	C	6713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.411;SC=TATGAGAACATAGGCCTCTAG;SOR=0.168;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=103;TCR=130;TR=231;WE=37096032;WS=37096014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,247:0.99:249
chr3	37150988	rs6806252	C	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=20;PP=1302;SC=CCCACCAGCACTGCACACACT;SOR=1.451;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=66;WE=37150996;WS=37150978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	37151157	rs36068826	T	C	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=77;PP=2754;SC=GTCACTCTTATATGTTGCCAG;SOR=0.900;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=151;WE=37151165;WS=37151147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	37163039	rs336595	G	A	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=15;PP=735;SC=TGATAAAAATGAAAATAAACA;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=37163047;WS=37163029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	37337533	.	C	T	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=20;PP=2009;SC=GTACTACTCCCATAGTTTTTT;SOR=2.461;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=86;WE=37337545;WS=37337523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	37369771	.	A	ACT	68	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=59.03;NF=2;NR=0;PP=68;QD=37.0;SC=TCACTCTCACACTCTCTCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=2;WE=37369779;WS=37369761;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr3	37512646	rs11713408	TG	CC	9492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=107;PP=2947;SC=ATTACTGCTGTGGTGGAAATG;SOR=1.173;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=79;TCR=113;TR=184;WE=37512655;WS=37512636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	37522828	rs197757	G	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=335;SC=CTGATGCCCAGAAAAGTGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=37522836;WS=37522818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	37535865	rs472893	TG	CA	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=955;SC=CCAGTCTGGATGGCATCCCTG;SOR=4.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=19;WE=37535874;WS=37535855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	37535984	rs2507940	C	G	4265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=56;PP=2644;SC=CTCCTTCCTTCCCCCTAGAGT;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=139;WE=37535992;WS=37535974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	37536225	rs267523	C	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=416;SC=TCTACCTGCCCGGAGGGCACC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=37536233;WS=37536215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	37560597	rs17815094	C	T	201.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	37574951	rs267561	G	A	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=111;PP=2965;SC=CACGTTCCAGGAGAGATTGGT;SOR=1.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=92;TCR=111;TR=203;WE=37574959;WS=37574941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	37575039	rs267560	G	A	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=39;PP=1043;SC=GTTCCCTGTCGCTGTTCCTCC;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=37575047;WS=37575029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	37583851	rs2844349	A	C	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=76;SC=GTGACAAGGAAAAGAGGTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=37583859;WS=37583841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	37627112	rs1155741	T	C	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=60;PP=2393;SC=CCATATTACATTCCAAGAAGG;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=119;WE=37627120;WS=37627102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	37627149	rs1155742	G	A	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=45;PP=1601;SC=TGTGGCTAAAGAAGTCTCAAC;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=85;WE=37627157;WS=37627139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	37627286	rs140414819	G	GCC	343.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=10;PP=248;SC=GGAAGAAGGGGGCCCCCCCAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=37627295;WS=37627276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	37627287	rs2364183	G	C	517.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=276;SC=GAAGAAGGGGGCCCCCCCAAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=37627295;WS=37627276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	37725209	.	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=265;SC=TAACTGATTGCCCAAGGACAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=37725217;WS=37725199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	37818805	rs2276003	G	C	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=11;PP=814;SC=TACCACTCCTGCCTCTACAAT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=37818813;WS=37818795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	38022163	rs35271401	C	T	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=52;PP=2253;SC=GTCCGGGTACCCGGTTAGGTT;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=126;WE=38022171;WS=38022153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	38051589	.	A	AT	8997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=82;PP=2957;SC=CACCCCTAGCATCCCACTCCT;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=51;TCR=86;TR=131;WE=38051597;WS=38051579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr3	38080952	rs7625806	T	G	6440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GAGCCTCAGCTGCTTCGTCTG;SOR=0.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=125;TCR=112;TR=236;WE=38080960;WS=38080942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr3	38081031	rs7616776	A	T	9691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=185;NR=158;PP=2965;SC=ACTTGTACTCAGCCGAGGTCA;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=185;TCR=158;TR=343;WE=38081039;WS=38081021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr3	38104353	rs3752614	G	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=495;SC=AACCTAGATGGTCCTCCGTTT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=38104361;WS=38104343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	38105507	rs200723161	T	TC	1965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=28.507;HP=16;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=52;PP=1157;ReadPosRankSum=2.247;SC=TCTTTTTTTTTTTTTTTTTAG;SOR=4.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=52;WE=38105515;WS=38105497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,60:0.95:63
chr3	38125705	rs7652276	G	A	8073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GAGTCCTCCCGCCTTCCACGC;SOR=0.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=130;TCR=159;TR=289;WE=38125713;WS=38125695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,304:1.00:305
chr3	38125844	rs62240733	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=19;PP=652;SC=TAGTAGTAGTGGTGGTGGTAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=38125852;WS=38125834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	38125880	rs374790897	GGTA	G	378.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=7;PP=413;SC=TGGTAGTAGTGGTAGTAGTAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=38125890;WS=38125870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	38134438	rs11129778	A	G	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=48;PP=1436;SC=GCCACTGACCACAGTAGCATT;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=38134446;WS=38134428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	38151111	.	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=13;PP=321;SC=AGGCAGCCGCGCCCAGGACCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=38151119;WS=38151101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	38151731	rs12630114	T	C	8525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=154;PP=2965;SC=AGTTTGAGTATTTCGGGAGCC;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=125;TCR=154;TR=279;WE=38151739;WS=38151721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr3	38159546	rs71323653	G	A	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=8;PP=172;SC=CCCTTGCCTCGATGGCACACC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=38159554;WS=38159536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	38265478	.	A	AT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr3	38348686	rs753330	T	G	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=27;PP=1692;SC=CTGGGATGAGTCTCAGTCTCT;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=85;WE=38348694;WS=38348676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	38350479	rs818819	T	C	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=52;PP=2386;SC=ACCGGGCCCATGCCATTATCC;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=92;TCR=52;TR=144;WE=38350487;WS=38350469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	38350519	rs818818	G	A	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=79;PP=2965;SC=TGTTGGGGCCGTGTTGCTGAC;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=106;TCR=79;TR=185;WE=38350527;WS=38350509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	38350543	rs818817	A	G	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=90;PP=2965;SC=GATCGCCTACAGTCTTCCCCA;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=194;WE=38350551;WS=38350533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	38350630	rs704929	C	A	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=89;PP=2965;SC=AAGCGAGTACCGGGCATGTAC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=168;WE=38350638;WS=38350620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	38354390	rs695939	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=14;PP=679;SC=GAATCACCTCATGCTGGCACA;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=38354398;WS=38354380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	38355176	rs11268633	T	TGTGTGTGTGTGTGCGCGCGC,TGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGC	1934.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=8,8;NR=2,2;PP=15,89;SC=TCCGTGTGTGTGCGCGCGTGT;SOR=3.258;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10,10;WE=38355184;WS=38355166;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.73:22
chr3	38355509	rs696253	C	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=488;SC=CCGCCTGCCACGGCCGGCCAC;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=38355517;WS=38355499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	38390020	rs2615631	C	A	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TCTACACTTCCTTTTTTAAAA;SOR=0.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=102;TCR=67;TR=167;WE=38390028;WS=38390010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr3	38401677	rs818851	C	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=281;SC=TTGCAGCCCTCGTGCCTGTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=38401685;WS=38401667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	38401839	rs818850	T	C	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=46;PP=1403;SC=GGACTCAGGGTGGTGTTCATG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=98;WE=38401847;WS=38401829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	38401918	rs818849	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=32;PP=932;SC=AGGGATTCCTATTCTCCTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=38401926;WS=38401908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	38402007	rs818848	T	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=301;SC=GCATCTGTTGTCACCAGGTCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=38402015;WS=38401997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	38404472	rs17118	C	A	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=48;PP=1512;SC=CGGGCTTCGACTTCTCTCAAG;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=81;WE=38404480;WS=38404462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	38406648	rs704942	T	C	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=24;PP=1240;SC=GCTGTGACACTGGTGTGTGGT;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=38406663;WS=38406638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	38406773	rs704943	G	T	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=46;PP=1493;SC=ACCAGCAGCTGCAGGTAACTG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=38406781;WS=38406763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	38406793	rs2234608	T	G	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=37;PP=1219;SC=GTGGCTACGTTGTGTGAGTGT;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=38406801;WS=38406783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	38408248	rs704946	G	A	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=25;PP=2080;SC=GGAGGTAATTGTTCATTCTGT;SOR=2.115;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=78;TCR=25;TR=102;WE=38408256;WS=38408238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	38408361	rs843890	G	A	6659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=126;PP=2965;SC=ACTCACATACGGAGGTTGGTT;SOR=1.100;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=93;TCR=126;TR=219;WE=38408369;WS=38408351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	38408459	rs2234617	A	G	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=37;PP=997;SC=GACTGAAAACATTGATAAGCA;SOR=3.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=38408467;WS=38408449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	38409600	rs704947	T	G	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=38;PP=1828;SC=TTTTCATGCTTTGTGTGTGTC;SOR=1.127;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=101;WE=38409608;WS=38409590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	38416079	rs77540883	C	T	7118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=147;PP=2965;SC=GCTGCTGAGACCCAGATCCCA;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=99;TCR=147;TR=246;WE=38416087;WS=38416069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr3	38442490	rs2070488	G	A	4531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=71;PP=2932;SC=AGAGACCATCGGAATTTGTTT;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=158;WE=38442498;WS=38442480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	38519424	rs2070489	A	G	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=49;PP=1985;SC=TCTGCAACGAACGCTTCACTC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=68;TCR=49;TR=117;WE=38519432;WS=38519414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	38521156	rs13097628	T	C	7461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=158;NR=96;PP=2965;SC=AGTTCTGTGCTGTCTTCTCTC;SOR=1.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=158;TCR=96;TR=254;WE=38521164;WS=38521146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr3	38524742	rs1046048	C	T	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=65;PP=2300;SC=GGTCGGTCAACGGCACTACCT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=141;WE=38524750;WS=38524732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	38622467	rs7430407	T	C	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=96;NR=57;PP=2840;SC=TCTCCTCATCTTCTTCTTGGT;SOR=0.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=153;WE=38622475;WS=38622457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	38627164	.	G	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.75;MQRankSum=-0.366;QD=18.59;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr3	38627629	rs7645173	A	G	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=47;PP=1418;SC=TGAAAGCCCAAGGAGCCCTTG;SOR=3.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=54;WE=38627637;WS=38627619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	38627658	rs112524625	T	TCC	582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.6764;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;NF=2;NR=17;PP=251;SC=TGACACCTATTCCCCCCCCGC;SOR=2.985;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=19;WE=38627666;WS=38627648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	38648062	rs6599222	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=676;SC=TCCAAAGCTCCCACCAGTGGG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=38648070;WS=38648052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	38674712	rs6599230	T	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=46;PP=1579;SC=CTTGCTTCTCTGCCATGCGCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=38674720;WS=38674702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	38739574	rs6599241	T	C	7335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=107;PP=2965;SC=ATGTTGACCATGATGAGGAAG;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=153;TCR=107;TR=259;WE=38739582;WS=38739564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	38739845	rs6599242	A	G	6355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TACCGAAGATAGAGTAGATGA;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=117;TCR=101;TR=216;WE=38739853;WS=38739835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr3	38749026	rs6599248	T	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=823;SC=TCTTGCCACATCCAGTGTCGG;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=38749034;WS=38749016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	38812650	rs10212338	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=1;PP=749;SC=TGGAGCAAACGTTCATGGTGT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=38812658;WS=38812640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	38945560	rs4073113	A	G	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=61;PP=1989;SC=GGTTTTCTCCACAAGGGAGAC;SOR=1.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=107;WE=38945568;WS=38945550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	38946872	rs4514993	A	T	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=28;PP=937;SC=TCAAAACTTAACAAACTACTT;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=38946880;WS=38946862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	38949363	rs6599267	A	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=9;PP=794;SC=TAAATGAATTATTTCAATTTG;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=38949371;WS=38949353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	38951753	rs7429404	T	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=16;PP=489;SC=CCAAGCTTCTTTTTCCTTCCA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=38951761;WS=38951743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	38961537	rs6779297	T	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=493;SC=AAAAAAACATTGAAAGGAAAG;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=38961545;WS=38961527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	38967103	rs4676474	C	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=29;PP=849;SC=GGCCTGTGACCTCCAAGGTGA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=38967111;WS=38967093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	39093638	rs147562907	G	A	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=59;PP=1762;SC=GAAGGTGCCCGGCGCCACGAC;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=83;WE=39093646;WS=39093628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	39149092	rs6786764	A	G	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=92;PP=2965;SC=GACCGACCCGACGCCAGTAGC;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=193;WE=39149100;WS=39149082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	39166484	rs784508	C	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=14;PP=637;SC=TTATCCATGCCCCTTGACCTG;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=39166492;WS=39166474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	39166509	rs784507	A	G	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=20;PP=830;SC=GCTGCTGGCTATGCTTCAGTG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=39166517;WS=39166499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	39166743	rs2669852	T	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=3;PP=231;SC=TGCAAGGTGGTCTGGACCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=39166751;WS=39166733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	39167905	rs784506	G	A	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=51;PP=1531;SC=CCTGACAGCCGGGTGGGGCCT;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=79;WE=39167913;WS=39167895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	39169693	rs1298712	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=9;PP=494;SC=AGCAGAACAAAACTGGCTAAA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=39169701;WS=39169683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	39169712	rs1274969	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=12;PP=769;SC=AAATACTCAATTTTGTATATT;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=39169720;WS=39169702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	39175576	rs784492	G	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=9;PP=736;SC=GGACGTTCACGTGGGGAATTC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=39175584;WS=39175566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	39178899	rs784495	C	T	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=46;PP=1903;SC=TGGGGACTGGCGGGCATGGGC;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=93;WE=39178907;WS=39178889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	39179909	rs784497	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;SC=GCACGTGAATGGACGTGGGAG;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=21;WE=39179917;WS=39179899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	39180099	rs784498	TG	CA	8184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=67;PP=2947;SC=TGGAGGCCATTGAAATCTGCA;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=153;WE=39180108;WS=39180089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	39180162	rs811969	A	C	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=88;PP=2965;SC=TGGTGGGGAAACCTGCATGAT;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=73;TCR=89;TR=161;WE=39180170;WS=39180152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	39180263	rs704959	G	A	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=51;PP=1654;SC=AAGGCCCGAAGGTCCCTGAGG;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=39180271;WS=39180253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	39184959	rs1274958	C	T	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=49;PP=2520;SC=TCATCCAGGACGCCTGATGTG;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=90;TCR=49;TR=139;WE=39184967;WS=39184949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	39185077	rs1274957	G	A	6737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.833;SC=GGTTCCCCACGCTCCCTTCCT;SOR=0.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=243;TCF=124;TCR=119;TR=242;WE=39185085;WS=39185067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr3	39185248	rs784519	A	G	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=56;PP=2332;SC=AAGATGCTGTAGAAGAATCAG;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=116;WE=39185256;WS=39185238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	39185968	rs810743	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=494;SC=AGAGGGATGTAAGAAGCACAG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=39185976;WS=39185958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	39186728	rs784517	C	T	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	39229900	rs6805248	T	C	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=72;PP=2708;SC=AAACAGATGCTGCTGCTGCTG;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=83;TCR=72;TR=155;WE=39229908;WS=39229890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	39308291	.	TTA	T	131.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.292;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	39323163	rs11715522	A	C	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=76;PP=2822;SC=CTGCCAACTTAAACGCCTCCA;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=63;TCR=76;TR=139;WE=39323171;WS=39323153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	39431081	rs2270770	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.064;NF=62;NR=49;PP=1956;ReadPosRankSum=1.869;SC=AAACACGCCTGCAAACCCTCC;SOR=0.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=111;WE=39431089;WS=39431071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr3	39433147	rs1995236	G	A	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=101;PP=2965;SC=AGGATAGTTCGGCTTAGCCAC;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=172;WE=39433155;WS=39433137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	39437800	rs9877539	A	G	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=49;PP=2839;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TAAACATGGGATAACAGAGAC;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=98;TCR=49;TR=146;WE=39437808;WS=39437790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr3	39452123	rs2077797	G	A	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.72;SOR=2.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	39452129	rs2077799	G	T	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.11;SOR=2.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	39453610	rs2723	C	T	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=17;PP=1226;SC=CAGTTTTATTCTAACTTTAAT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=39453618;WS=39453600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	40208247	rs10460959	G	T	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=23;PP=1380;SC=TTATCCCAGAGCCCCTGAAGA;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=40208255;WS=40208237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	40208450	rs12494283	C	G	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=51;PP=2115;SC=GCCCCTCCTGCTCCTCTCTGT;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=91;WE=40208458;WS=40208440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	40231883	rs1317317	C	T	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=68;PP=2648;SC=AAGAGCCCGACTGGGCTCAGA;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=139;WE=40231891;WS=40231873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	40286017	rs4618168	T	C	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=70;PP=1937;SC=GCATCCACAGTGGCACTGATG;SOR=1.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=54;TCR=71;TR=124;WE=40286025;WS=40286007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	40351484	rs11709089	C	T	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GTCGCCGCCGCCTCCCTCCCT;SOR=0.598;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=97;TCR=113;TR=209;WE=40351492;WS=40351474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr3	40352884	rs1454492	C	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=916;SC=ACTGAAATGGCTAATTCTGTT;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=40352892;WS=40352874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	40353259	rs1470937	T	G	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=108;SC=GATCATTTCTTTATATACACA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=40353267;WS=40353249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	40353425	rs34544743	CAG	C	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=733;SC=TTATATTTCTCAGAGTTATTT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=40353434;WS=40353415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	40435890	rs72861689	A	G	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=22;PP=1607;SC=TGGGATTATAAGCATGAGCCA;SOR=2.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=40435898;WS=40435880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	40442280	rs9875245	G	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=389;SC=TTCCCTAAGCGAAGCAGTGTG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=40442288;WS=40442270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	40442574	rs112091498	AGAGGTCC	A	1048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=1251;SC=GGAGGCCTGGAGAGGTCCTGA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=40442588;WS=40442564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	40468896	rs1047855	C	T	5959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=111;PP=2965;SC=TTCTTCACAGCGGCAGCCTTG;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=96;TCR=111;TR=207;WE=40468904;WS=40468886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr3	40498720	rs17524303	TACGC	T	702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=525;SC=AGCGCGTGCGTACGCACGCAC;SOR=3.500;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=10;WE=40498731;WS=40498710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	40498904	rs113002548	C	T	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=34;PP=1331;SC=GCCGCTCGACCTCCACCTCCG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=40498912;WS=40498894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	40498933	rs4973904	A	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=27;PP=1009;SC=CTGAGGCGCCAAACGGCTCCC;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=40498941;WS=40498923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	40503520	.	A	ACTGCTG,ACTGCTGCTG	2906.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.26;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=10,10;NR=19,19;PP=109,1315;SC=TACTAAGGGTACTGCTGCTGC;SOR=0.941;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=29,29;WE=40503528;WS=40503510;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.11,0.89:61
chr3	40505886	rs11129881	C	G	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=7;PP=1242;SC=TGGATGATTTCGGATTACCTG;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=40505894;WS=40505876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	40519429	rs4553952	T	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=435;SC=TCTTACTTTTTCAAACCTAGA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=40519437;WS=40519419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	40519532	rs4128740	C	A	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=22;PP=774;SC=ATACTCAGAACAGATATGGAA;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=40519540;WS=40519522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	40557309	rs58487114	GT	G	1211.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.29;ReadPosRankSum=0.954;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr3	40557311	rs56754874	GA	G	1211.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.29;ReadPosRankSum=1.084;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr3	40557312	.	A	G	825	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=28;NR=18;PP=825;QD=18.6906785336;SC=TGTGTGTGTGATATCAGGGAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=40557320;WS=40557302;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	41274764	rs2691680	C	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=444;SC=AAGGCTAGAACAGATATTTAG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=41274772;WS=41274754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	41439790	rs1487571	T	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=708;SC=TTAAATTTCCTTGAAGACGGT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=41439798;WS=41439780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	41497165	rs9841301	G	A	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=27;PP=842;SC=CCACTCCATCGGGCAGACACA;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=41497173;WS=41497155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	41607701	rs1565957	C	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=571;SC=CAAATGATGTCCACTGCTTCA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=41607709;WS=41607691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	41841716	rs4973986	A	C	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=66;PP=2208;SC=AAGCCCTGGGACTGAGCAGAA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=123;WE=41841724;WS=41841706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	41923513	rs59960840	GAGGCC	GGGCC,G	876.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=586;SC=CCAGTAGAATGAGGCCATCAC;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=41923527;WS=41923503;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:20
chr3	41923515	rs61575884	GGCCA	G	877.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.80;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	41923519	.	A	G	337	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=12;NR=1;PP=337;QD=28.5977855806;SC=GAATGAGGCCATCACATCACC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=13;WE=41923527;WS=41923503;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,13:0.65:20
chr3	41925260	rs113374533	CAGAGAAAAAACAAGTGA	C	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=2079;SC=CACAATCCCACAGAGAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=41925284;WS=41925257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	41925301	rs1716685	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=90;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=495;SC=CTGCAGGTTCTAAATTACAGA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=41925309;WS=41925291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	41925398	rs1052501	C	T	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=68;PP=2965;SC=TGGAGCTCAGCTGTGTGCGAA;SOR=1.219;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=116;TCR=68;TR=184;WE=41925406;WS=41925388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	41925423	rs1716687	T	C	6737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=133;NR=102;PP=2965;SC=GTAAACCAATTACGTGAGCAA;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=133;TCR=102;TR=235;WE=41925431;WS=41925413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr3	41937000	rs1717003	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=243;SC=AAAATATAAACGTTACTTACA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=41937008;WS=41936990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	41938500	rs1717005	G	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=29;PP=876;SC=TATCCACTGCGATGGAAAGAA;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=37;WE=41938508;WS=41938490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	41939993	rs1625226	T	A	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=31;PP=1111;SC=ATCTGTGGTTTAAAAAAAAAG;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=65;WE=41940001;WS=41939982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	41942199	rs1717007	T	C	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=82;PP=2965;SC=ACTCAGTTGTTAGAGTGTCTT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=93;TCR=83;TR=175;WE=41942207;WS=41942189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	41952781	rs1716991	C	T	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=45;PP=2765;SC=TTGTCTTGCACTGATCCCTCT;SOR=1.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=94;TCR=45;TR=139;WE=41952789;WS=41952771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	41957466	rs1716698	T	G	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=29;PP=967;SC=CTACTGTCCCTACCTTTTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=41957474;WS=41957456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	41960006	rs1716975	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	41977214	rs3934103	C	T	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=136;SC=AAATTTTATCCAAAAATAACA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=41977222;WS=41977204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	41977488	rs58069203	CCT	C	11025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=132;PP=2966;SC=ACAGAGTGCCCCTGAGAGGTT;SOR=1.098;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=18;TCR=135;TR=150;WE=41977497;WS=41977478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr3	41996136	rs2272007	T	C	10295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=193;NR=157;PP=2965;SC=TTCAGGCCTTTTGCACTTATC;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=193;TCR=157;TR=350;WE=41996144;WS=41996126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr3	41996275	rs7651623	A	G	5579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=130;PP=2965;SC=TCTCACATACAATAGAATAAC;SOR=1.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=68;TCR=132;TR=198;WE=41996283;WS=41996265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	42133149	rs4974011	C	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=53;PP=1608;SC=TCTCTTGCTCCGTGCTGCTTG;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=70;WE=42133157;WS=42133139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	42202061	rs4974003	G	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	42218095	rs1010987	G	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=382;SC=CAGGGGTTACGAGTCCCCCTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=42218103;WS=42218085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	42226151	rs4234445	T	C	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=60;PP=2150;SC=CTTTTGAATCTCTGTTCTCCC;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=122;WE=42226159;WS=42226141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	42230395	rs3816396	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=264;SC=TTGGGAGAGCCGTCTGGTGGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=42230403;WS=42230385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	42230743	rs2290135	G	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=189;SC=TGTACCAGGCGCTCGGCAGAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=42230751;WS=42230733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	42234740	rs2290137	G	A	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=57;PP=1962;ReadPosRankSum=-1.183;SC=CAATGGCCATGCTGAGACGGG;SOR=0.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=127;WE=42234748;WS=42234730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr3	42236415	rs9851455	A	G	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=69;PP=2446;SC=GCTACCACTCACTGGGCCTGT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=145;WE=42236423;WS=42236405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	42242687	rs9846541	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=362;SC=GTGGTGGCTCGCGCCTATAAT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=42242695;WS=42242677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	42244321	rs9311309	G	A	5631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.224;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.042;SC=TGCGGAAGGCGGGGCACCTCT;SOR=0.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=98;TCR=92;TR=189;WE=42244329;WS=42244311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr3	42251577	rs10634555	C	CGGA	4138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=2926;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CCAGCGGCCACGGAGGAGGAG;SOR=0.971;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=132;TCF=49;TCR=83;TR=65;WE=42251587;WS=42251567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,103:0.84:122
chr3	42264393	rs3733053	A	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=37;PP=1766;SC=TCTGGAGCTCATGGGCATTTC;SOR=1.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=106;WE=42264401;WS=42264383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	42264422	rs3733054	T	C	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=43;PP=2267;SC=AACCTGTCATTTCTTCTTTCA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=121;WE=42264430;WS=42264412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	42265270	rs3836498	TCTC	T	4234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=63;PP=2967;SC=AGACCCACGTTCTCCTCTCTT;SOR=2.160;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=6;TCR=69;TR=67;WE=42265280;WS=42265260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	42265634	rs1043610	C	T	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=46;PP=1426;SC=CGAGCTGTCACGCGGCACGGG;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=76;WE=42265642;WS=42265624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	42299870	rs8192472	C	T	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=204;SC=AGTAGTGGAACTGATGGACCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=42299878;WS=42299860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	42304784	rs1868522	A	G	6413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=96;PP=2965;SC=GGACCGCCAGAAATCATGTTG;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=125;TCR=97;TR=220;WE=42304792;WS=42304774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	42305131	rs754635	C	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=27;PP=788;SC=ATGGCTGTAGCGAGCAAAGGA;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=42305139;WS=42305121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	42560762	rs368205872	C	T	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=30;PP=1635;SC=AGCCACCCCTCGGGGCCAGGT;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=89;WE=42560770;WS=42560752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	42560882	rs28684623	T	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=48;PP=1404;SC=GGGACTCACCTCTCAAGGAAG;SOR=1.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=42560890;WS=42560872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	42568929	rs2229722	T	C	6652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=108;NR=130;PP=2965;SC=GCTACACCATTGGCTACGGCC;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=108;TCR=130;TR=238;WE=42568937;WS=42568919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr3	42577053	rs115609872	G	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=18;PP=486;SC=GCATCTCTGGGACCACCCCAG;SOR=1.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=27;WE=42577061;WS=42577043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	42598980	rs2271181	C	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=0;PP=451;SC=ATTATAAAACCTCAGTTTTAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=42598988;WS=42598970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	42599091	rs2271184	G	A	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=46;PP=1972;SC=GTTCTGCAAGGTGAACTCCTC;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=103;WE=42599099;WS=42599081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	42599234	rs2271185	C	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=44;PP=1172;SC=GTAATTTCTACATGAAAGAAA;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=42599242;WS=42599224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	42605402	rs9311324	A	C	7358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=151;PP=2965;SC=ACAGCCTGTGATCACTCTTAT;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=93;TCR=151;TR=244;WE=42605410;WS=42605392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr3	42610374	rs2271186	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=27;PP=1208;SC=TAAAGTCACAACCTTCTGCAG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=68;WE=42610382;WS=42610364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	42610515	rs2271187	G	A	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=29;PP=990;SC=CCCGTACCACGCAGGCAAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=42610523;WS=42610505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	42632470	.	CGCGG	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.75;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	42700456	rs339724	C	T	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=62;PP=2673;SC=CCGGTGGGCCCCCAGCCAGCT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=126;WE=42700464;WS=42700446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	42700630	rs339723	A	G	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=57;PP=1811;SC=GGCCAAGCCCAGCCACCGTGG;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=99;WE=42700638;WS=42700620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	42728144	rs6805421	A	G	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=64;PP=2710;SC=TCCCTCTCCAACCAGGTCCCC;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=135;WE=42728152;WS=42728134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	42733341	rs4533620	T	C	6840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=106;PP=2965;SC=GACCAAGCTCTCCATCCTTGT;SOR=0.852;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=128;TCR=106;TR=234;WE=42733349;WS=42733331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	42733468	rs123509	T	C	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=74;PP=2014;SC=CAATGTGCTGTGCCTGACTAA;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=124;WE=42733476;WS=42733458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	42735054	rs150364023	G	GC	780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=534;ReadPosRankSum=-0.186;SC=AAGCAGCAGTGCCCCCCCGCC;SOR=1.911;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=18;WE=42735062;WS=42735044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr3	42735150	rs11079	T	C	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=93;NR=65;PP=2874;SC=AGTTTTTGCATCCAGAGCTCA;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=94;TCR=66;TR=158;WE=42735158;WS=42735140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	42735274	rs339697	A	G	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=53;PP=1635;SC=CTGGGATCACAGCGGAATGCT;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=72;WE=42735282;WS=42735264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	42799554	.	TAC	T	418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.92;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	42799858	rs339678	T	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=15;PP=503;SC=GCATCAGAAATGAAGCCTCAG;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=42799866;WS=42799848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	42835889	rs6764909	A	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=173;SC=CCATAATCCTAAAGTTAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=42835897;WS=42835879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	42917047	rs9865715	A	G	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=75;PP=2866;ReadPosRankSum=1.908;SC=TTGAGGATGGAGCCAAAGGAG;SOR=0.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=148;WE=42917055;WS=42917037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr3	42947776	rs6789928	T	C	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=2;PP=88;SC=CAGAGCGCTCTTCCGCGACCC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=42947784;WS=42947766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	42954912	rs11129987	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=319;SC=GGACCAGATCCTTAAATCAAC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=42954920;WS=42954902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	42956273	rs1427801	T	C	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=39;PP=1400;SC=CACATTGCATTGCACATCAGA;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=42956281;WS=42956263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	42956984	rs834579	A	G	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=259;SC=AACATTTACCATGTACTCTAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=42956992;WS=42956974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	42983967	.	T	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	43073761	rs658958	G	A	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=74;PP=2965;SC=TCTCTCAGGCGTCTTGGCTCC;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=183;WE=43073769;WS=43073751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	43074430	rs2948619	A	G	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	43074434	rs2936817	C	T	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	43074871	rs588335	A	G	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=86;PP=2898;SC=TCTGGTGGGCACCCGATGTGC;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=91;TCR=86;TR=177;WE=43074879;WS=43074861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	43095101	rs536119	A	G	6219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=94;PP=2965;SC=GAGAAATGCCAGAACCCAGCC;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=124;TCR=94;TR=218;WE=43095109;WS=43095091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	43097710	rs664628	A	G	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=76;PP=2965;SC=CAGGGTGTCTACAGAACATGC;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=106;TCR=76;TR=182;WE=43097718;WS=43097700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	43121559	rs604033	C	T	7236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=115;PP=2965;SC=GAATGAGGGACGGGATGTCCA;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=137;TCR=115;TR=251;WE=43121567;WS=43121549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	43122966	rs2936818	G	A	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=51;PP=1587;SC=CGGCCACTGGGAAGCACCACA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=43122974;WS=43122956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	43414318	rs6441771	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=23;PP=1126;SC=CGTGGAAGAGAGACCAGCTTG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=43414326;WS=43414308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	43756577	rs10662733	C	CTG	910.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.639;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.158;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr3	44399668	rs4682970	T	C	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.884;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=7;PP=1065;ReadPosRankSum=1.169;SC=CTTGAGACCTTTATTATCATG;SOR=3.339;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=54;WE=44399676;WS=44399658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr3	44408864	rs372993721	G	GT	515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=562;SC=GTAATAGAATGTTTAAAAGAT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=16;WE=44408872;WS=44408854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	44437870	rs6441838	A	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=37;PP=1113;SC=TGTTAACATGAGTGTGTGCTC;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=44437893;WS=44437860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	44540791	rs36046723	TTC	T	7317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=80;PP=2969;SC=CATAAGGTTTTTCTCTCCAGT;SOR=0.799;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=130;TCF=39;TCR=91;TR=110;WE=44540800;WS=44540781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	44599103	rs2293600	T	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=294;SC=AGAGGGAAAATAGTTTTGTGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=44599111;WS=44599093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	44612050	rs9873604	C	T	5301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TCCCGACTCACTGACCACCAG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=184;WE=44612058;WS=44612039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr3	44635461	rs13319803	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=13;PP=859;SC=CCTTCCTCTGGTACAGAGAAT;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=44635469;WS=44635451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	44762830	rs56084453	A	G	3807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=68;PP=2687;SC=ACCCAACATCAGAGAACTCAT;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=126;WE=44762838;WS=44762820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	44763037	rs7640654	A	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=33;PP=1449;SC=AAATGCAATGAATGTGGGAAT;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=44763045;WS=44763027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	44775962	rs4682752	A	G	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=58;PP=2590;SC=GAGAGTTAACATGCAGAAGAA;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=101;TCR=58;TR=159;WE=44775970;WS=44775952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	44803108	rs56236286	AAAGACAG	A	15707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=144;PP=2974;SC=AGCTCTGGGTAAAGACAGAAG;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=26;TCR=159;TR=167;WE=44803122;WS=44803098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr3	44816952	rs10574346	CTT	C	621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=127;ReadPosRankSum=-0.910;SC=AGAAACTTAACTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=44816961;WS=44816942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr3	44826315	rs56895721	G	GT	199.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.140;QD=18.16;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	44827793	rs7642843	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=415;SC=ATAGGAAATTTACATCTTGTG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=44827801;WS=44827783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	44840612	rs5848711	A	AT	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=3;PP=1170;SC=GTCTTTGGAGATATAGAACTG;SOR=3.407;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=27;WE=44840620;WS=44840602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	44854563	rs3762636	A	G	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=23;PP=1429;ReadPosRankSum=1.861;SC=CTTTTTTCCCAAAGCTTTTCT;SOR=0.743;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=82;WE=44854571;WS=44854553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr3	44869026	rs4682999	A	T	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=81;PP=2705;SC=AGCAGGTAAAATTCCTGTTAC;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=144;WE=44869034;WS=44869016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	44882784	rs6766221	C	T	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=77;SC=GACCAAGTCTCGCTATGTTGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=44882792;WS=44882774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	44884647	rs3804583	C	A	4898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=73;PP=2965;SC=AAACCTACGCCTGGAAAGTCA;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=170;WE=44884655;WS=44884637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	44906746	rs10429	A	G	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=75;PP=2110;SC=GTGGGACTGTATCCTAGGGCG;SOR=2.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=103;WE=44906754;WS=44906736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	45127515	rs9874077	T	C	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=58;PP=2046;SC=ATTGATGTTGTCATTGTAGAT;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=110;WE=45127523;WS=45127505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	45130725	rs7618923	C	T	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=203;SC=GCTGCCATCTCTCCAAAGGTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=45130733;WS=45130715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	45134822	rs3749191	T	C	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=49;PP=1742;SC=GGCCTCTTGTTGGAAGCTGGG;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=118;WE=45134830;WS=45134812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	45153708	rs35501071	G	A	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=62;PP=2460;SC=AGAAGGTTCCGATCCTGACCA;SOR=0.801;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=141;WE=45153716;WS=45153698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	45187581	.	T	TCTCCGCACC	1838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=1187;SC=CCCCGCCCTCTCTCCGCACCC;SOR=2.432;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=20;WE=45187589;WS=45187571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	45187671	rs1863837	C	T	7242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.141;QD=26.63;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr3	45187785	rs2276862	C	G	8469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=157;PP=2965;SC=GCCATGACTCCGGGACGCCTC;SOR=0.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=141;TCR=157;TR=298;WE=45187793;WS=45187775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr3	45267058	rs33750	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=10;PP=486;SC=GGAGGCGGCCGGTGCGGCGAC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=45267066;WS=45267048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	45267310	rs41118	C	T	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	45267321	rs395917	C	T	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=20;PP=607;SC=GCCGCCGCCGCCTCCTCCGGG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=45267329;WS=45267300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	45461102	rs11383389	G	GT	5564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=31;PP=2973;SC=TCAAAGTGTAGTTGTGTATGG;SOR=1.453;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=72;WE=45461110;WS=45461092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	45500174	rs745551	C	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.00;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	45515648	rs11919039	T	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=546;SC=GTCCCTGCTTTTCCTACCTTA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=45515656;WS=45515638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	45517799	rs3733117	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=3;PP=416;SC=CTTCTCAGCTTCTTCCAGGCA;SOR=2.419;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=45517807;WS=45517789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	45527099	rs7640603	C	G	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=32;PP=1950;SC=CTAGTGCTTACTTTTCTCACT;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=98;WE=45527107;WS=45527089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	45527218	rs7610357	T	C	4388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=78;PP=2875;SC=TGAACATGCTTACCCAGCAGG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=151;WE=45527226;WS=45527208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	45530401	rs3733116	G	A	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=48;PP=1355;SC=TCCTTCACTCGTCCCCATACC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=45530409;WS=45530391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	45533224	rs2128361	G	A	5953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=115;PP=2965;SC=CCAACATCGCGTCTTTCACTG;SOR=1.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=90;TCR=115;TR=205;WE=45533232;WS=45533214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	45542083	rs2306522	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=42;PP=1287;SC=TAAGCACTTATACTGCTTTGC;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=45542091;WS=45542073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	45559519	rs2170549	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=60;PP=1609;SC=AGGAGAAAGCTGAGGCCAGGA;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=107;WE=45559527;WS=45559509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	45565554	rs267220	A	G	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.179;NF=57;NR=56;PP=2156;ReadPosRankSum=0.924;SC=CCCTGATGGTAATGGCTGCTC;SOR=0.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=113;WE=45565562;WS=45565544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr3	45636335	rs267238	A	G	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=1;PP=162;SC=ACACACACACACGGCACCTGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=45636343;WS=45636325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	45637253	rs267237	C	T	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=64;PP=2497;SC=AGCCCAGGACCCCTTCTGTGT;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=130;WE=45637261;WS=45637243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	45637439	rs267236	T	C	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=83;PP=2965;SC=CGCCAGCTGGTCTGGACGGTT;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=161;WE=45637447;WS=45637429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	45677635	rs11379880	C	CT	10834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr3	45677637	.	GCA	TGC	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=101;NR=102;PP=2937;QD=20;SC=CTCTTGTCCTGCAAGGAGCCT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=104;TCR=109;TR=203;WE=45677647;WS=45677627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,203:0.95:213
chr3	45677638	rs5848762	CA	C	10834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr3	45715159	rs35737275	CT	C	316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=434;SC=AATCCCACCCCTTTTAGGAGG;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=45715167;WS=45715149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	45715688	rs2578679	G	A	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=18;PP=1485;SC=TCTTCTTCCAGTAAGTACTCC;SOR=2.073;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=75;WE=45715696;WS=45715678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	45718327	rs7640969	T	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=25;PP=1513;SC=CACAGCACCCTCTGCTGATTT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=45718335;WS=45718317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	45776875	rs111484566	CT	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.338;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr3	45780906	rs3733107	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=270;SC=TCTAAAGTCTAGGGCAGTTGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=45780914;WS=45780896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	45799871	rs2251347	C	T	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	45799933	rs73060335	A	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=17;PP=674;SC=CTTTCTTTATAACTTGTCATC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=45799941;WS=45799923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	45817418	rs758386	A	G	7259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=125;PP=2965;SC=ACGCCTTCTCACACTCCTCAT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=130;TCR=125;TR=254;WE=45817426;WS=45817408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	45939016	rs17764980	G	A	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=24;PP=2571;SC=CCAGGTCCTGGGATTTCTGCA;SOR=2.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=90;TCR=24;TR=114;WE=45939024;WS=45939006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	45977899	rs1873002	T	C	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=17;PP=1431;SC=CTCCTCCCAATGCCACACCTG;SOR=2.272;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=72;WE=45977907;WS=45977889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	45979877	rs9875616	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=379;SC=CTGTGAATCAGTTTAGGAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=45979885;WS=45979867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	45989044	rs2234358	T	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=813;SC=AATTTGCAAGTCATGGCTGTG;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=45989052;WS=45989034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	45996761	rs1463680	G	A	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=16;PP=1033;SC=CATTTGGGTCGAGAGAATCAG;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=45996769;WS=45996751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	46000870	rs13069079	G	A	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=13;PP=955;SC=GCCAACCCACGAGCTCCCTGC;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=46000878;WS=46000860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	46001063	rs1532071	G	A	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=74;PP=2596;SC=GGAAGAAAAGGAGAGAGAATC;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=64;TCR=75;TR=137;WE=46001071;WS=46001053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	46007702	rs1994490	T	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=680;SC=AAGGTGCATCTTCCCATGGAC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=46007710;WS=46007692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	46007823	rs13079478	G	T	7009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	46007825	rs13059238	T	C	7009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	46008087	rs13079869	G	A	7032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=134;NR=117;PP=2965;SC=CGGTCAGTGCGCAAACCTGGA;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=135;TCR=117;TR=251;WE=46008095;WS=46008077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr3	46009487	rs33910087	G	A	7671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=1.508;SC=TTCACCAGGCGCTCCAGGCTG;SOR=0.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=141;TCR=133;TR=272;WE=46009495;WS=46009477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,280:1.00:281
chr3	46009864	rs3733100	C	G	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=53;PP=2373;SC=TAGCTCCAGGCCCTGCAGGCA;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=110;WE=46009872;WS=46009854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	46010007	rs13071283	T	C	5553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=83;PP=2965;SC=CTGTCTGCAGTTGCTCCCCTT;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=180;WE=46010031;WS=46009997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	46010077	rs4683158	C	T	6305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=106;PP=2965;SC=CATGCGCTCCCGTAGCTGCTT;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=106;TCR=109;TR=211;WE=46010085;WS=46010067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr3	46014545	rs41289622	T	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=16;PP=953;SC=ATGTCTCTTTTCCTGTCTTTT;SOR=1.199;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=49;WE=46014553;WS=46014535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	46016599	rs3821884	T	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=518;SC=GACAATGATATATGTGGAAGG;SOR=3.160;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=46016607;WS=46016589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	46021218	rs4682801	G	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=12;PP=1007;SC=ACTTGACAAAGCGGATCCCAT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=46021226;WS=46021208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	46063329	rs2230322	T	C	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=94;PP=2965;SC=CCAGGCAGTATAGGACAGTGG;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=182;WE=46063337;WS=46063319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	46306130	rs3091250	G	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=243;SC=ATAATGAATGGCTCATCATTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=46306138;WS=46306120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	46399208	rs1799864	G	A	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=48;PP=2653;SC=CATGCTGGTCGTCCTCATCTT;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=127;WE=46399216;WS=46399198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	46449978	rs11266744	A	C	3624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=51;PP=2694;SC=TGCACAAGGGAAACTTTTTCT;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=121;WE=46449986;WS=46449968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	46450070	rs3204849	T	A	7094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=101;PP=2965;SC=TTGCCTGAATTCGTGGTTTAT;SOR=1.097;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=147;TCR=101;TR=248;WE=46450078;WS=46450048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr3	46480801	rs9110	A	G	7239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=140;NR=112;PP=2965;SC=TGGTGGAGCAACACCTGTTTC;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=140;TCR=112;TR=252;WE=46480809;WS=46480791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	46482861	rs34000233	G	A	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=86;PP=2965;SC=GTGTTGTGATGCCAAAGACTC;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=120;TCR=86;TR=206;WE=46482869;WS=46482851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	46484898	rs7615975	T	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=479;SC=ATGAGGTAAGTCCCCATCCTG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=46484906;WS=46484888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	46484964	rs1042073	G	A	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=31;PP=1782;SC=AGTATCTCTCGTTGCTGTTGG;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=99;WE=46484972;WS=46484954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	46487003	rs2269435	A	G	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=51;PP=1473;SC=GGAGCTGTCTACAGCCCAGGC;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=46487011;WS=46486993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	46487750	rs6776504	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=520;SC=GTGAAGGTCAATATAAACATT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=46487758;WS=46487740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	46489015	rs743659	A	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=840;SC=GAGATGGACTATTCAAACTGA;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=46489023;WS=46489005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	46490250	rs1475967	A	G	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=21;PP=1077;SC=TGCCTCACCCAGGCCCCCGTG;SOR=1.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=46490258;WS=46490240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	46490366	rs2230895	G	A	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=79;NR=76;PP=2597;SC=GCACCAGGGCGATGCAGTCCT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=155;WE=46490374;WS=46490348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	46490474	rs2230894	G	A	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=42;PP=1292;SC=CACACCACACGACCCGCGCAC;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=46490482;WS=46490464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	46491948	rs6774882	T	A	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=165;SC=CTGCCCCCCATATCCAAGCAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=46491956;WS=46491938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	46495716	rs17135	C	T	4867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=63;PP=2965;SC=ACTTAGGAATCTAATTAGCTC;SOR=1.218;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=104;TCR=63;TR=167;WE=46495724;WS=46495706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	46497406	.	C	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=1036;ReadPosRankSum=1.627;SC=CCTTGCAGTTCGTTCAGCTGA;SOR=0.735;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=67;WE=46497414;WS=46497396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,74:0.48:155
chr3	46497723	rs4683227	C	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=10;PP=675;SC=TTAATCCACACAGCTCAGGGC;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=46497731;WS=46497713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	46501100	rs17078878	C	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=18;PP=763;SC=ATTTCTCTCTCCCTTCCATTC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=46501108;WS=46501090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	46501213	rs1126478	T	C	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=31;PP=1347;SC=GCCACGCACTTTTCTCATATT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=46501221;WS=46501203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	46501268	rs1126477	C	T	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=33;PP=1023;SC=TGGGATACGGCGCACCACTGA;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=46501276;WS=46501258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	46501284	rs10662431	C	CCTT	2915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=1858;SC=ACTGAACACTCCTCCTACGGC;SOR=1.644;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=36;WE=46501292;WS=46501274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	46501842	rs4234463	G	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=208;SC=ATATACCTGAGTCGGTTGGTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=46501850;WS=46501839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	46501931	rs4683235	C	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=17;PP=1512;SC=ATTCACTCTGCACAGAAAGAC;SOR=2.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=74;WE=46501939;WS=46501921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	46539523	rs2037391	G	A	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=8;PP=1049;SC=AGGAGAGCTCGACCCACCCAG;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=46539531;WS=46539513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	46539864	rs11130092	C	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=133;SC=CATTAAAGATCGTTTTTTCAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=46539872;WS=46539854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	46560721	rs35989475	TTAAG	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=74;SC=TTTGTCACCATTAAGTAAGTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=46560732;WS=46560711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	46574256	rs9849400	C	T	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=9;PP=466;SC=AAATGTTTATCTCTTACTTCA;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=46574264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	46574418	rs1402152	A	G	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=20;PP=588;SC=AGAAAAAGTTAACATCCATTG;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=46574426;WS=46574408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	46580591	rs17078944	G	T	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=55;PP=2354;SC=AATTCTCATCGCTTGAAATAA;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=127;WE=46580599;WS=46580581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	46593147	rs1879325	A	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=37;PP=1057;SC=ACAAACAGAAAACAGTTTTAA;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=46593155;WS=46593137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	46620614	rs11130097	T	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=39;PP=1868;SC=ATTTCTAAAGTCTTTGAACTG;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=100;WE=46620622;WS=46620604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	46621653	.	G	C	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=44;PP=1421;SC=TCTTGCTAGAGCCTGGCAGCC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=46621661;WS=46621643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	46654132	rs2139637	G	A	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=24;PP=1666;SC=GGTCAAGTGCGACACATTTGG;SOR=1.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=82;WE=46654140;WS=46654122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	46658737	rs9832679	A	G	7508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=121;PP=2965;SC=GATCTCAAGCATTTCTGGGAA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=139;TCR=121;TR=260;WE=46658745;WS=46658727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	46658872	rs9870935	G	T	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=54;PP=1608;SC=AAAATACATCGTATAATTTAG;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=75;WE=46658880;WS=46658862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	46718517	rs375737711	G	A	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=60;PP=1706;SC=AGCTGCCTGCGATGGGGATGG;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=46718525;WS=46718507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	46852858	rs80252430	A	G	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=49;PP=1587;SC=TGTATTCCAGATGGCTGCAGG;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=46852866;WS=46852848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	46933960	rs1001284	C	G	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=99;PP=2965;SC=TGCGCTGCCACTCGCGCGCGC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=97;TCR=99;TR=196;WE=46933968;WS=46933950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	46943028	rs1531137	T	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=32;PP=870;SC=CTGCGTCCCCTGGAACCAGCC;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=46943036;WS=46943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	46944274	rs1138518	T	C	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=107;PP=2965;SC=GTTTCTGCAATGGCGAGGTAA;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=135;TCR=107;TR=242;WE=46944282;WS=46944264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr3	46963502	rs4587	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=10;PP=985;SC=AAGACCATCCTCTGCAGGACA;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=46963510;WS=46963492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	46965197	rs2290546	C	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=41;PP=1287;SC=CTGTGGAAAACGCGCTGCCAC;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=46965205;WS=46965187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	46967040	rs2290545	G	A	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=42;PP=1259;SC=AAGAATAGAGGGAACAAGCAG;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=46967048;WS=46967030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	46982365	rs6804732	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=22;PP=852;SC=AGGACAGCCATGGGCAGAAAG;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=46982373;WS=46982355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	47018214	rs936181	T	C	7047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=129;NR=117;PP=2965;SC=CAGCCGTAGTTGCCTCCATCT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=130;TCR=118;TR=246;WE=47018222;WS=47018204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	47021509	rs113932344	CGCGCGCGCGG	C	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=639;SC=GCCGCGTAGCCGCGCGCGCGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=47021526;WS=47021499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	47029661	rs12152493	G	A	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=37;PP=1046;SC=AATGGTACACGTGTGTCCTGG;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=47029669;WS=47029651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	47033937	rs13066214	C	T	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=22;PP=1232;SC=TTGCCTCCTCCACCCTGTGCC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=47033945;WS=47033927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	47035625	rs936185	G	A	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=43;PP=1290;SC=GAGCAAAGCAGGCGAGCTGGG;SOR=3.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=50;WE=47035633;WS=47035615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	47038135	rs11396344	C	CA	3232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=29;PP=2260;SC=GCTAGGGGTCCGGGGGGAGAA;SOR=0.897;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=50;WE=47038143;WS=47038125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	47043538	rs2305634	C	T	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=74;PP=2965;SC=ACACCTCTTCCTTGGAGTCAG;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=150;WE=47043546;WS=47043528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	47044122	rs11928558	A	T	6803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=0.672;SC=CTGACCTATTACCCCCACCCC;SOR=0.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=108;TCR=133;TR=240;WE=47044130;WS=47044112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr3	47045739	rs1079276	C	G	12377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=210;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.127;SC=GCCAGACTCCCAGACCCCAGC;SOR=0.299;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=453;TCF=211;TCR=242;TR=450;WE=47045747;WS=47045729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,467:1.00:468
chr3	47046842	rs2305638	G	C	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=63;PP=1459;SC=GGCAGACTAGGGGGCAGATAA;SOR=2.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=77;WE=47046850;WS=47046832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	47047176	rs5848810	A	AG	3468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=53;PP=2897;SC=TGGAGTGGCCAGGGGGCAGTC;SOR=0.844;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=75;WE=47047184;WS=47047166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	47050908	rs3214838	AG	A	2933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.666;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.287;NF=4;NR=86;PP=2824;ReadPosRankSum=1.495;SC=TGGGCAGCCCAGGGGGGTGAG;SOR=3.567;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=5;TCR=97;TR=90;WE=47050916;WS=47050898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr3	47059323	rs2385867	C	T	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=217;SC=GTGAGTAAAGCCAGCCAATCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=47059331;WS=47059313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	47079112	rs6768722	G	A	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=16;PP=916;SC=GGTCTTGGACGGACTCCCAAA;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=49;WE=47079120;WS=47079102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	47103861	rs10589946	GTT	G	395.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.76;ReadPosRankSum=1.939;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,16:0.80:20
chr3	47125385	rs4082155	G	A	7165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=140;NR=105;PP=2965;SC=GCTCTCTTTGGGCTCTATTTC;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=140;TCR=105;TR=245;WE=47125393;WS=47125375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr3	47142907	rs60548476	TCC	T	5177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=24;PP=2966;SC=ACAGCCTATTTCCCCATCAGA;SOR=2.322;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=74;WE=47142916;WS=47142897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	47143087	rs72231601	AGTGT	A,AGT	949.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.14;ReadPosRankSum=0.198;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,10,24:0.29,0.69:35
chr3	47161214	rs11923706	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=656;SC=CAGTCTCGGGTATGTCTTTAT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=47161222;WS=47161204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	47162661	rs6767907	A	G	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=121;PP=2965;SC=CAGGCAGGCGATTATCTATTT;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=88;TCR=121;TR=209;WE=47162669;WS=47162651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	47187075	rs6442059	C	G	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=31;PP=974;SC=CCCCTCACATCAGGTCATGTG;SOR=1.010;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=47187083;WS=47187065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	47198826	rs11708451	G	A	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=150;SC=TTGAGCCCAGGAGTTCAGTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=47198834;WS=47198816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	47205502	.	CGCGGCGGCG	C	1359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=21;PP=2995;SC=CAGGTCCGACCGCGGCGGCGG;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=21;WE=47205518;WS=47205492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	47276968	rs2276854	C	T	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=34;PP=1585;SC=TCACTGAGGCCCCCATCCTCC;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=86;WE=47276976;WS=47276958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	47277458	rs1874264	A	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=4;PP=317;SC=GAGAACAGACATCAAGGGGCA;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=47277466;WS=47277448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	47277885	rs13094438	G	A	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=2;PP=175;SC=GCCTCTCCCTGAGTCTCCTTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=47277893;WS=47277875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	47282303	rs2276853	G	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=6;PP=909;SC=TGCTTCTCCCGTAGTGACTTC;SOR=3.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=39;WE=47282311;WS=47282293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	47286227	rs6772449	G	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=359;SC=ATCCTCCCATGCACCCACCGA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=47286235;WS=47286217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	47287603	rs35871850	A	AT	1425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=8;PP=1001;SC=CAAGAAGAGGAGCTCTTGGAG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=47287611;WS=47287593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	47316725	rs903538	G	A	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=1;PP=835;SC=AAATGATAGTGAGTGAGCTTT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=47316733;WS=47316715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	47318747	rs924009	T	G	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=81;PP=2965;SC=GCCCAGTCAGTTGAAGGCAAA;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=113;TCR=81;TR=194;WE=47318755;WS=47318737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	47322496	rs807936	C	T	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=84;PP=2965;SC=GGTTTCAGTTCCCAAAATTAA;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=98;TCR=84;TR=182;WE=47322504;WS=47322474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	47376095	rs295450	A	G	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=28;PP=1860;SC=TTGGCAGTGGAGAGCCAGGCT;SOR=1.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=47376103;WS=47376085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	47449058	rs900688	T	C	7679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=149;PP=2965;SC=CATTGGACACTCTTCAGCCTG;SOR=1.110;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=111;TCR=150;TR=260;WE=47449066;WS=47449048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr3	47452087	rs900689	G	A	8365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr3	47452786	rs1531875	G	A	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=65;PP=2535;SC=ACCCCTATGAGCATCCTGAGA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=73;TCR=65;TR=138;WE=47452794;WS=47452776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	47454399	rs6789730	G	A	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	47456225	rs6442066	T	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=29;PP=1112;SC=CTGTTCTTCATCAGGACTCTT;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=47456233;WS=47456215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	47459679	rs12487736	C	T	5420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=1.715;SC=CACACGCAGACGTGGCCTGCC;SOR=0.525;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=125;TCR=69;TR=192;WE=47459687;WS=47459669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr3	47462200	rs900690	T	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=21;PP=670;SC=GCGTTGGCTGTCCCACTGGCT;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=47462208;WS=47462190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	47462587	rs900691	A	G	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=74;PP=2334;ReadPosRankSum=-0.815;SC=GAGGAGCAGTACCCGGACTGC;SOR=0.895;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=104;WE=47462595;WS=47462577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr3	47464122	rs1038394	A	G	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=80;PP=2553;SC=GAGGCATGGCAAGGCCCCCCA;SOR=1.470;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=130;WE=47464130;WS=47464112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	47539751	rs2170814	T	C	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=64;PP=2055;SC=GCAAGAAGCCTGTTGCCCAGG;SOR=0.888;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=119;WE=47539759;WS=47539741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	47539969	rs13059519	C	T	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=49;PP=1418;SC=GGAAAGGACACCCAGAGTCAG;SOR=1.497;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=78;WE=47539977;WS=47539959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	47543389	rs3816779	G	A	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=121;PP=2965;SC=CTCTACAGATGTTTATCAAGG;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=72;TCR=121;TR=193;WE=47543405;WS=47543379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	47555142	rs2291298	C	A	8880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=183;PP=2965;SC=ACGACGGAGGCTGGAGAGCAA;SOR=1.175;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=128;TCR=184;TR=311;WE=47555150;WS=47555132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr3	47603926	rs11456803	A	AT	229.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=214;SC=TATTTTAAGTATTTTTTTGCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=47603934;WS=47603916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	47604299	rs4858839	C	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=191;SC=CATACAGCAACCAAATAATAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=47604307;WS=47604289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	47614413	rs2280567	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=24;PP=740;SC=GGCAGCCACGGCCACAGTAAG;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=47614421;WS=47614403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	47618953	rs3732530	C	A	5532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=93;PP=2965;SC=CAGCTCTGGCCCTTGAGGGTC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=94;TCR=93;TR=187;WE=47618961;WS=47618943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	47676902	rs3216712	C	CA	134.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=62.13;NF=0;NR=5;PP=176;SC=TCCTTACCTCCACCACTATAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=47676910;WS=47676892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	47680066	rs12633923	C	T	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=4;PP=1166;SC=ATATTATATCCTGTGAGAACT;SOR=4.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=47;WE=47680074;WS=47680056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	47680119	rs12636863	T	C	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=43;PP=2363;SC=TAGAATTATTTAGAGTCCCCT;SOR=1.335;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=123;WE=47680127;WS=47680109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	47712202	rs1141601	T	C	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=96;PP=2965;SC=CACTAGCACCTTTACTCTAAG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=73;TCR=96;TR=169;WE=47712210;WS=47712192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	47762030	rs12495204	A	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=1;PP=733;SC=AAAAGACTCCATAAGTGAGAA;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=47762038;WS=47762020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	47770380	rs6442081	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=412;SC=CAGCCTGGGCGACAGACTCCA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=47770388;WS=47770370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	47807225	.	A	AT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr3	48019232	rs6770467	A	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=715;SC=CTCCAACAAGAACACTACCAC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=48019240;WS=48019222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	48019258	rs6770477	A	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=13;PP=1186;SC=GAAATAATTCATATGCTTCCA;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=65;WE=48019266;WS=48019248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	48209486	rs3731539	C	T	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=74;PP=2075;SC=ATGGAACTTCCGAAAACATTC;SOR=1.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=122;WE=48209494;WS=48209476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	48219320	rs3731514	AAC	A	8165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.255;NF=37;NR=74;PP=2993;ReadPosRankSum=-0.724;SC=AACAAATAGGAACACACACAC;SOR=1.168;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=131;TCF=41;TCR=90;TR=111;WE=48219331;WS=48219310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,229:0.99:231
chr3	48225509	rs3731503	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=234;SC=AACACTAGACTTCTAGGTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=48225517;WS=48225499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	48414197	rs9852211	A	T	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=19;PP=1124;SC=GGCAAAGCCTATAAATTCAGA;SOR=1.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=58;WE=48414205;WS=48414187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	48415007	rs4858793	C	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=29;NR=11;PP=1050;SC=TGACTGAGAACAGCCTGATGG;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=48415015;WS=48414997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	48416756	rs4858817	A	G	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=229;SC=CCTTCCTAAGAGGGTACAGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=48416764;WS=48416754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	48419897	rs6442117	C	T	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=37;PP=1371;SC=CACTATGGATCGGAAAAAAAC;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=77;WE=48419905;WS=48419887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	48476431	rs13062723	C	G	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=65;PP=2901;SC=CTGGGCTGCACAGAGTCCTGG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=139;WE=48476439;WS=48476421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	48488192	rs72622933	G	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=8;PP=475;SC=CAGTTCTCCGGCCTGGCGGCA;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=48488200;WS=48488182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	48506279	rs76493396	G	A	5959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=0.039;SC=CTGACAGTGCGGAGGGCAGGG;SOR=0.337;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=215;TCF=124;TCR=91;TR=212;WE=48506300;WS=48506269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,220:1.00:221
chr3	48510364	.	AGGACACACACAGCACACATGGGGCGTAAGGAACCGTGCCT	A	9101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=2.292;NF=11;NR=42;PP=2970;ReadPosRankSum=1.972;SC=ATATACAGGCAGGACACACAC;SOR=0.863;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=127;TCF=33;TCR=94;TR=53;WE=48510411;WS=48510354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,338:0.98:345
chr3	48515079	rs4858795	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=602;SC=GCTATGGCTCCTGTAGCTCTT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=48515087;WS=48515069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	48576483	rs7615170	C	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=415;SC=GGTTACGAGGCGGAGGTGGGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=48576491;WS=48576473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	48587408	rs35452137	A	C	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=59;PP=2565;SC=AGGGAAGGAGAGGCTCAGCTT;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=84;TCR=59;TR=143;WE=48587416;WS=48587398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	48593720	rs137977308	T	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=33;PP=957;SC=TCAGTTCCAGTCCAACAACCC;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=39;WE=48593728;WS=48593710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	48601623	rs1803298	C	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=228;SC=GCCACCCCCCCACAGTGAGTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=48601631;WS=48601613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	48602523	rs138595277	G	GGGC	8216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=61;PP=2924;SC=AGACCCCGCTGGCAGCCCCCC;SOR=0.726;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=81;WE=48602531;WS=48602513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	48624611	rs2255532	C	T	8102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=149;NR=138;PP=2965;SC=CTTCCCACTACGCCCACTATA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=149;TCR=140;TR=287;WE=48624619;WS=48624601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr3	48625266	rs1264194	T	C	6606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=126;NR=117;PP=2965;SC=CTTCTCCAGCTGGCCCTAGGA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=126;TCR=117;TR=243;WE=48625274;WS=48625256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr3	48628014	rs2228561	G	A	13763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=241;NR=243;PP=2965;SC=TGGAGTTTCCGGCTCTAGGAG;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=484;TCF=241;TCR=243;TR=484;WE=48628022;WS=48628004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr3	48636509	rs8547	G	A	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=26;PP=1427;SC=TTTGTGGTGGGGGGGGGACCA;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=48636517;WS=48636499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	48672836	rs150438742	G	A	5140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=83;PP=2965;SC=TGGCTCGCAAGTTGTCCGGTG;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=174;WE=48672844;WS=48672826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	48681765	rs147930066	CAG	C	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=1.381;SC=CCGGGCAGGGCAGAGAGAGAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=11;WE=48681776;WS=48681755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr3	48684297	rs148887759	C	T	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=34;PP=2082;SC=CTGGCTCTGGCGGGGCTGGTG;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=84;TCR=34;TR=118;WE=48684305;WS=48684287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	48723302	rs6792510	G	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=470;SC=ACGCCAGGCCGGGAGCGCCGA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=48723310;WS=48723292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	48727112	rs4858798	G	A	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=76;PP=2494;SC=AAGGCACCTCGTAGCGGGAAG;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=143;WE=48727120;WS=48727102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	48845251	rs9311430	C	T	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=80;PP=2321;SC=CATAGTCTTCCACACTCAATC;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=134;WE=48845259;WS=48845241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	48897078	rs6414612	A	G	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=61;PP=1984;SC=TGGCAAGAAAAAGGTGAATTA;SOR=1.149;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=107;WE=48897086;WS=48897068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	48982732	rs9864243	G	A	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=303;SC=GAGAGCTTCAGCCAGCTAGAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=48982740;WS=48982722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	48986399	rs13315711	A	T	7156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.841;SC=GTTGAGGGACATTGGGTTGTT;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=143;TCR=113;TR=255;WE=48986407;WS=48986389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr3	48986546	rs371516194	CATTTATTT	C	1102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=2986;SC=GTATGTTTAACATTTATTTAT;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=16;WE=48986561;WS=48986536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	49004723	rs6446196	A	G	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=51;PP=1953;SC=GTCTGCCACAAAACTTATAAA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=100;WE=49004731;WS=49004713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	49019265	rs142074305	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=259;SC=TCATTGGGAGGGCAAAGTTAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=49019273;WS=49019255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	49044767	rs6781790	C	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=13;PP=818;SC=TAGCTGAGGGCGCTGTTGATG;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=45;WE=49044775;WS=49044757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	49053219	rs7100	A	G	6746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=117;PP=2965;SC=GTCCCACCCCATTTTGCTGTG;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=133;TCR=117;TR=249;WE=49053227;WS=49053209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr3	49054692	rs3087866	T	C	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=49;PP=2264;ReadPosRankSum=-0.782;SC=AACCAACTTCTGCCAAAGCAG;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=83;TCR=50;TR=131;WE=49054700;WS=49054682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr3	49070499	rs4974081	C	T	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=29;PP=1172;SC=TCTTGGATAGCTTCCACACTC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=49070507;WS=49070489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	49094417	.	A	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=753;ReadPosRankSum=-0.523;SC=GTATTCTGGTACGTGCCTGCC;SOR=1.005;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=51;WE=49094425;WS=49094407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,59:0.40:146
chr3	49114544	rs7626445	C	T	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=127;SC=TACCCTTGCACAAGAGTGGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=49114552;WS=49114534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	49133310	rs9840050	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=7;PP=336;SC=TACCACCACCACCAGCATGTC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=49133318;WS=49133300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	49135401	rs141195125	G	A	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=36;PP=2106;SC=CTGCAGATGAGGGCAGGTGAG;SOR=1.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=110;WE=49135409;WS=49135391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	49135961	rs13064784	C	G	8732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=164;NR=150;PP=2965;SC=GAACCACAACCAGGACTGCAG;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=165;TCR=151;TR=314;WE=49135969;WS=49135951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr3	49137904	rs4521268	G	T	7483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=145;NR=112;PP=2965;SC=GGGGCAAAATGAAACAAAGTA;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=145;TCR=112;TR=257;WE=49137912;WS=49137894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	49139966	rs4513485	G	A	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=61;PP=2289;SC=GCCCCTGACTGATCCTACCCA;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=112;WE=49139974;WS=49139956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	49145741	rs3212	T	C	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=13;PP=780;SC=CAGCTTCCCATTGACAGAGCC;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=49145749;WS=49145731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	49148890	rs4292260	T	C	12921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=226;NR=230;PP=2965;SC=CCATCCTCCCTTATCCTCCTC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=457;TCF=227;TCR=230;TR=456;WE=49148898;WS=49148880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr3	49166069	rs9865051	C	T	5053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=80;PP=2965;SC=GAGGTTCAGCCCCAGATTAGA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=87;TCR=80;TR=167;WE=49166077;WS=49166059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	49166341	.	A	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=34;PP=1616;SC=TCTCCTGCCAAAGCTAGATAT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=49166349;WS=49166331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	49200627	rs4955418	A	G	11592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=200;PP=2965;SC=GCCTTGGCCCATGCTGCCATG;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=425;TCF=225;TCR=200;TR=424;WE=49200635;WS=49200617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr3	49200692	rs4955419	T	A	14211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=248;NR=250;PP=2965;SC=AGCCTTGACCTGTGCTGCCTT;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=498;TCF=248;TCR=250;TR=498;WE=49200700;WS=49200675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr3	49210732	rs7617480	A	C	138.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=3;PP=56;SC=TCCAACCTAGATTTGAGCTGC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=49210740;WS=49210722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	49211989	rs10865954	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=328;SC=CTCTGACCCCTGGTGGTCTTG;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=49211997;WS=49211979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	49249381	rs9867285	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=239;SC=AGATCACAAGATCAGGAGATC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=49249389;WS=49249371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	49269758	rs2099526	G	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=36;PP=993;SC=AATCTAGCATGATTGACTTTA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=49269766;WS=49269748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	49273996	rs12631989	C	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=20;PP=1969;SC=AGAAGTCATCCAACTGGAATA;SOR=2.212;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=89;WE=49274004;WS=49273986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	49298139	rs7626076	G	A	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=36;PP=2272;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CGGGACACCTGTGGCAGGGCT;SOR=0.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=113;WE=49298147;WS=49298129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr3	49298205	rs4955417	T	C	6351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GGGCCTCTGGTGGCCTGTAGG;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=130;TCR=96;TR=225;WE=49298213;WS=49298195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr3	49365269	rs6795772	C	T	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=42;PP=1147;SC=GAAAAGAGCACATAAGTCACT;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=49365277;WS=49365259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	49395383	.	A	ACCCACCAGCACACCGCCGGC	972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.400;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr3	49395673	rs17838762	GGCCGCC	G	233.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=413;SC=ACACCGACTGGGCCGCCGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=5;WE=49395686;WS=49395663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	49406080	rs2878298	T	C	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=108;PP=2965;SC=TGGCAGACCATTGAAATGGCA;SOR=1.172;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=176;TCF=63;TCR=113;TR=171;WE=49406088;WS=49406070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	49459114	rs4855873	A	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=441;SC=AGCCCACCCAAAGTGACTAAC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=49459122;WS=49459104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	49459376	rs1464566	T	C	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=28;PP=2465;SC=TGAGCTCATTTCCTTGGGGCC;SOR=2.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=82;TCR=28;TR=110;WE=49459384;WS=49459366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	49463926	rs6762593	A	G	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=59;PP=1636;SC=AAGCTCAAAGATCAAAGGTGC;SOR=1.085;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=108;WE=49463934;WS=49463916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	49548008	rs2131107	C	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=19;PP=1639;SC=CTGCCCCTCTCGGGGAGGACC;SOR=1.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=49548016;WS=49547998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	49548294	rs2329024	T	C	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=67;PP=2381;SC=GAGTTCTCATTTTCCATTTTA;SOR=1.568;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=105;WE=49548302;WS=49548284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	49568095	rs2311801	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=111;SC=TCTCTAGGGGGGAGGAATCAG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=49568103;WS=49568085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	49570882	rs1050088	T	C	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=51;PP=2289;SC=TCATAGAGAATTCTTCGCTTC;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=117;WE=49570890;WS=49570872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	49690199	rs4855885	G	A	5785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=80;PP=2965;SC=TCCGCAGCACGGCCCGCAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=121;TCR=80;TR=201;WE=49690207;WS=49690189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	49701298	rs2005557	G	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=69;PP=2027;SC=GGCCCAGCCAGCACCAGGACC;SOR=1.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=108;WE=49701306;WS=49701288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	49713753	rs6778597	T	C	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=14;PP=1324;SC=GCACTAGCTTTTAGGAAGCAG;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=49713761;WS=49713743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	49720393	rs2960548	C	G	8128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=121;PP=2965;SC=GCAGCCCCCTCCTTGCCCTGT;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=157;TCR=121;TR=276;WE=49720401;WS=49720383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr3	49723274	rs75193211	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQRankSum=-6.594;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,30:0.19:155
chr3	49723379	.	T	C	96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=47.55;NF=2;NR=11;PP=96;QD=10.0593240421;SC=ACTGCTCCCCTGCGCCGTGGT;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=13;WE=49723387;WS=49723369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:37,13:0.26:50
chr3	49723784	rs9713651	C	A	1467.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.381;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=1.427;NF=34;NR=18;PP=820;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GGTGCTGATGCGGGATTTGCG;SOR=0.755;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=52;WE=49723792;WS=49723774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,62:0.90:69
chr3	49724014	.	G	A	192	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=42.22;NF=7;NR=5;PP=192;QD=18.8976010456;SC=ACTCCACGGGGTATGCTCTCA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=12;WE=49724022;WS=49724004;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,12:0.52:23
chr3	49724808	rs3020779	T	C	7140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NR=132;PP=2965;SC=TGTGATCATTTGGGAACTTGT;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCR=132;WE=49724816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	49725432	rs11309936	AG	A	411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=455;SC=CAAAGCTACAAGGCTTCTGGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=49725440;WS=49725422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	49725948	rs141881740	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.481;NF=14;NR=1;PP=264;ReadPosRankSum=0.460;SC=TCTGGCTCCCCGACTTTTTTC;SOR=1.489;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=15;WE=49725956;WS=49725938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr3	49726028	rs62262685	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQRankSum=-6.158;QD=5.56;ReadPosRankSum=2.331;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr3	49726070	rs62262686	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.937;NF=16;NR=28;PP=616;ReadPosRankSum=-1.495;SC=AGCAGGAGTGGGAGCCACCCC;SOR=1.409;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=44;WE=49726078;WS=49726060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr3	49736172	rs11130216	C	A	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=29;PP=1312;SC=TCTGGTGAGGCCTCCTCTCAT;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=49736180;WS=49736162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	49738945	rs6804655	C	T	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=46;PP=1836;SC=TCCGCTCCGTCGTCTTCTTTT;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=119;WE=49738953;WS=49738935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	49739507	rs1491985	G	C	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=57;PP=2238;SC=TTCCTCACCTGACCTCCAGTG;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=122;WE=49739515;WS=49739497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	49740895	rs35726701	A	G	5008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=102;NR=82;PP=2965;SC=CTATAATGGCAAGGTGGACTA;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=184;WE=49740903;WS=49740885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	49751585	rs2291542	C	T	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=66;PP=2092;SC=AACTTGAGGACGCCAATTTGC;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=122;WE=49751593;WS=49751575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	49753788	rs11720705	A	G	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=56;PP=2204;SC=AAGCAGGAGCATGTGGGTGGC;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=137;WE=49753796;WS=49753778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	49758764	rs4768	A	G	9236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=176;NR=127;PP=2965;SC=CCATCCTGGAACCTCCACCTT;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=176;TCR=127;TR=303;WE=49758780;WS=49758754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr3	49760039	rs1466685	T	C	7008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=99;PP=2965;SC=CTGGATGCGCTGCAGCACTGC;SOR=1.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=146;TCR=99;TR=245;WE=49760047;WS=49760029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr3	49760431	rs34345884	G	C	5016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=0.078;SC=TGGCCATGGTGCCGGTGGAAC;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=101;TCR=70;TR=168;WE=49760439;WS=49760420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,187:0.99:189
chr3	49765483	rs2307021	C	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=289;SC=GGTATGAGCACAACCCAAATC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=49765491;WS=49765480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	49828169	rs114424909	C	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=16;PP=1166;SC=TAGAACTTTTCTTTTTGTAAT;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=49828177;WS=49828159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	49829326	rs62260715	G	A	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1611;ReadPosRankSum=0.859;SC=AGTATGCAAAGGAGACTGACC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=91;WE=49829334;WS=49829316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr3	49832261	rs6802890	A	G	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=33;PP=1249;SC=ACTGCAACACAGGTTGGCTCG;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=65;WE=49832269;WS=49832251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	49836707	rs7629936	G	A	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=55;PP=2025;SC=CTTGCCACCTGGCCAAGCTGG;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=108;WE=49836715;WS=49836697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	49842625	rs2234391	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=8;PP=530;SC=TCTATCGTCCATCCTCTCTGC;SOR=1.942;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=49842633;WS=49842615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	49842881	rs11400401	T	TG	3477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=61;PP=2726;SC=CTGGTAGGGGTGGGTTTAGGG;SOR=1.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=2;TCR=65;TR=63;WE=49842889;WS=49842871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	49843723	rs3819325	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	49846041	rs2234385	G	A	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=615;SC=CTTAATTAATGCTACAATCTC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=49846049;WS=49846031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	49847623	rs1799845	A	G	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=95;NR=70;PP=2965;SC=CGCCCTGGCAAGGGAGCAGTG;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=165;WE=49847631;WS=49847613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	49849723	rs1799843	G	A	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=106;PP=2965;SC=CTGTGTCCCAGACCTTGCTGC;SOR=1.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=62;TCR=106;TR=167;WE=49849731;WS=49849713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	49881134	rs2246832	A	T	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=22;PP=1671;SC=AACCAAGGTGATGACTGGAGC;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=91;WE=49881142;WS=49881124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	49884913	rs13316065	C	T	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=21;PP=2340;SC=AAAGTGAACTCGCACAAGGCT;SOR=2.411;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=83;TCR=21;TR=103;WE=49884921;WS=49884903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	49894030	rs2276864	T	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=438;SC=AACACAAAACTTTGGGCGGAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=49894038;WS=49894020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	49897830	rs2681780	C	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=11;PP=602;SC=GCACCCCTTCCAGGCCTCAAA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=29;WE=49897838;WS=49897820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	49898000	rs2777888	A	G	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=87;NR=91;PP=2965;SC=CAAAACCAAGAAGGGGATAGT;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=178;WE=49898008;WS=49897990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	49898273	rs2681781	A	G	5010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=64;PP=2965;SC=AGAAAGGTGGATTGCCTGAAA;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=165;WE=49898281;WS=49898263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	49899795	rs3796386	G	A	7992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=155;PP=2965;SC=TCTTCTTGTCGCCCAGAGTCA;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=128;TCR=155;TR=283;WE=49899803;WS=49899785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr3	49924940	rs1062633	T	C	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=98;PP=2965;SC=ACTAGTACTCTGAAGGTGGGT;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=99;TCR=98;TR=197;WE=49924948;WS=49924930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	49928077	.	G	C	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=57;PP=1835;SC=TGAATGACTCGTCCAGCCTTA;SOR=1.190;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=97;WE=49928085;WS=49928067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	49928691	rs7433231	T	C	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=68;PP=2557;SC=TACTCCATGCTGCGGGCTACC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=156;WE=49928699;WS=49928681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	49936102	rs2230590	T	C	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=51;PP=1479;SC=GCCAGGGCCTTGGATAGGTAC;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=93;WE=49936124;WS=49936092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	49949071	rs868891	A	G	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=97;PP=2965;SC=GGGAGTACACAGGCTTCCCTG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=198;WE=49949079;WS=49949061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	49978069	rs6772095	C	T	6078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=123;PP=2965;SC=TAGCACGTAGCCTCGTCCTCA;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=83;TCR=124;TR=206;WE=49978077;WS=49978059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	50129374	rs5848907	T	TA	1088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=948;SC=ACTATTTGGATTATCTTATAA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=50129382;WS=50129364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	50145628	.	C	G	3295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=78;PP=2107;ReadPosRankSum=-0.509;SC=CAGAGTGTGTCTGAGAATAGC;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=298;TCF=144;TCR=154;TR=147;WE=50145636;WS=50145618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,155:0.49:317
chr3	50150770	rs17729979	A	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=341;SC=ATCGACTGACATAGCAGAAAG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=50150778;WS=50150760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	50155887	rs112672304	TGA	T	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,19:0.20:95
chr3	50219991	rs6446202	C	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=11;PP=1211;SC=TGGGGGTGTTCTTGCACCTGG;SOR=2.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=55;WE=50219999;WS=50219981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	50222926	rs1046956	T	A	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=34;PP=1689;SC=TGACCAGGAGTTGGAGGAGCT;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=97;WE=50222934;WS=50222916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	50224225	rs12632110	A	G	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=74;PP=2663;SC=GAGTCCTTGCACAGTGGTGAA;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=155;WE=50224233;WS=50224215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	50251833	rs5848902	A	AG	5823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=58;PP=2936;SC=CTGTGCCTACAGGTCGAGGAC;SOR=0.807;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=94;WE=50251841;WS=50251823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	50254624	rs78020607	A	G	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=43;PP=2520;SC=GCCCCATCCCAGGCTGAATGG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=93;TCR=43;TR=136;WE=50254632;WS=50254614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	50255305	rs739431	A	G	10208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=171;PP=2965;SC=CGGGGGCCCAATGAGAGTGGC;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=181;TCR=171;TR=352;WE=50255313;WS=50255285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr3	50306752	rs67324803	G	GC	1557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=29;PP=752;SC=GCCGCCCCCAGCCCCCACGCC;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=32;WE=50306760;WS=50306742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	50308718	rs4688739	A	G	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=10;PP=848;SC=AACCTCACTCACTCCCAGAGC;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=50308726;WS=50308708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	50324672	rs12629572	T	G	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=37;PP=1299;SC=TGTGTGTTGGTGGGGGAATAA;SOR=1.329;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=59;WE=50324680;WS=50324662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	50329826	rs1076872	A	G	6822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.437;SC=GCCACACGCCACGCGCGCCAC;SOR=1.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=155;TCR=91;TR=243;WE=50329834;WS=50329816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,263:0.99:265
chr3	50357869	rs709210	A	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=48;PP=1475;SC=ATGGCCCATGACACCGCCAGC;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=50357877;WS=50357859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	50369546	rs2073498	C	A	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=58;PP=1846;SC=TCAATCTCAGCTTGAGAAAGG;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=101;WE=50369554;WS=50369536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	50374568	rs57838764	T	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=24;PP=1836;SC=CAGCGACCGCTTCCCCTCCCG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=87;WE=50374576;WS=50374558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	50375066	rs79536844	C	T	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=84;PP=2462;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GGCCTCTGGCCGGAGGCGAGG;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=46;TCR=85;TR=130;WE=50375074;WS=50375056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr3	50375606	rs3840490	A	AC	211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	50378946	rs1989839	A	G	7970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=103;PP=2965;SC=GAGGATGGCAATGCATGTGGG;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=164;TCR=104;TR=267;WE=50378954;WS=50378936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	50380661	rs2301639	G	A	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=69;PP=2699;SC=CAGTGTTCACGCTGGGCCACC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=138;WE=50380669;WS=50380651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	50402309	rs2239801	C	G	5965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=122;NR=95;PP=2965;SC=CCACCGCCCCCTCTCCTCACT;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=122;TCR=95;TR=217;WE=50402317;WS=50402299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr3	50425177	rs2236954	C	A	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=40;PP=1090;SC=ACCCAGAGCCCCCCTCCTGGA;SOR=2.221;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=50425185;WS=50425167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	50431410	rs734767	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=474;SC=TGTTGGACACCGGCTTCTGGC;SOR=4.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=22;WE=50431418;WS=50431400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	50540895	.	TGGCGGC	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=1;PP=104;SC=GGGGGGGCAGTGGCGGCGGCG;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=50540908;WS=50540885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	50602795	.	C	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=328;ReadPosRankSum=-0.935;SC=AAGACTCTGTCTCAAAAACAA;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=19;WE=50602803;WS=50602785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr3	50609123	rs636168	T	C	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=40;PP=2965;SC=CAGCCACTTATATTCTCTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=119;TCR=41;TR=159;WE=50609131;WS=50609113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	50614688	rs2227280	A	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=378;SC=TGCTTCCCCCACATCCCTCTG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=50614696;WS=50614678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	50617502	rs2232253	C	T	6913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=104;PP=2965;SC=GAAGGGCAGGCGCCAGACCTG;SOR=0.943;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=241;TCF=137;TCR=104;TR=238;WE=50617510;WS=50617492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	50645635	rs621975	T	G	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=77;PP=2723;SC=ACCAATCCAGTGCAAGTCAAG;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=133;WE=50645643;WS=50645625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	50678001	rs608961	C	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=416;SC=CTCCCTGCCACGCTTCTAGGG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=50678009;WS=50677991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	50679244	rs6791880	G	A	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=57;PP=1855;SC=TTCAGGGTGAGAGGTATGGAC;SOR=1.250;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=50679252;WS=50679234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	50683809	rs876105	T	C	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=36;PP=1127;SC=TCCCCCTCTTTCCAGCTATGG;SOR=1.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=58;WE=50683817;WS=50683799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	50684489	rs4468971	A	G	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=34;PP=1800;SC=AGGATGGAGTAGGGGGAACCA;SOR=1.095;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=89;WE=50684497;WS=50684479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	50900974	rs2675825	C	T	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=60;PP=2195;ReadPosRankSum=1.912;SC=CTTTGCTAGACTCTCGATGCT;SOR=0.879;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=117;WE=50900982;WS=50900964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr3	50927540	rs13088434	G	T	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	50939067	rs13097480	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=9;PP=463;SC=GTGTGGATTGCGAGGACCATG;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=50939075;WS=50939057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	51246360	rs4301044	A	G	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=43;PP=1238;SC=CAGCACTTAGATTGGTTGGTG;SOR=2.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=51246368;WS=51246350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	51273711	rs1480362	A	G	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=25;PP=2016;SC=AAATTCATTGATTTATGGAAG;SOR=1.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=98;WE=51273719;WS=51273701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	51273773	rs1480361	T	C	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.387;SC=TATGTTGTTTTAGTTTCTGCA;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=111;TCR=82;TR=192;WE=51273781;WS=51273763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr3	51274902	rs11386090	T	TA	4110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=31;PP=2762;SC=CCTGATGGCTTACTCTCCATA;SOR=1.308;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=60;WE=51274910;WS=51274892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	51393706	rs35251332	C	CAG	2537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=32;PP=2192;SC=TCTAGGAAAACGGGCAGTACA;SOR=1.316;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=43;WE=51393714;WS=51393696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	51395571	rs1542574	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=532;SC=TCCAGACCTACGCCACAAACC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=51395579;WS=51395561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	51418348	rs2241784	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=484;SC=GGAGCTTGCTGCTGAAGAAAC;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=51418356;WS=51418338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	51422766	rs13091931	G	T	432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	51422953	.	CAAGAGG	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	51469107	rs4611808	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	51624505	.	AGAG	A	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,12:0.14:88
chr3	51697493	rs904145	A	G	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=89;PP=2612;SC=CACCAAGCTGAAAGGCAGTGA;SOR=1.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=49;TCR=89;TR=138;WE=51697501;WS=51697483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	51895850	rs986539	C	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=21;PP=948;SC=CATTTATGTACTTCCCATTTA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=51895858;WS=51895840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	51907736	rs7635409	A	G	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=31;PP=1927;SC=GGACACAGATATAGCAGACCT;SOR=1.466;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=73;TCR=32;TR=103;WE=51907744;WS=51907726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	51908226	rs1505403	T	C	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=38;PP=1617;SC=CAGGGTATGCTAGGAAGGGGC;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=51908234;WS=51908216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	51908430	rs6794320	T	C	8957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=148;NR=157;PP=2965;SC=GCTACCTCATTCCATTTTCCA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=148;TCR=158;TR=305;WE=51908438;WS=51908420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr3	51911103	rs201734789	TTTTTC	T	164.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	51929360	rs34574240	GA	G	1190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=40;PP=1126;SC=GGGCTTTCAAGAAAAAAAGAG;SOR=5.283;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=41;WE=51929368;WS=51929350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	51936949	rs7635125	T	C	9831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=143;PP=2965;SC=AGACACTAGCTACTAGCACTA;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=191;TCR=143;TR=334;WE=51936957;WS=51936939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr3	51975577	rs929533	C	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=32;PP=832;SC=GGGCCCCCCCCCCTCGGTTCC;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=51975585;WS=51975567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	51978220	rs28547534	A	G	7347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=121;NR=135;PP=2965;SC=TGCTGGAACCACTGGGGCCGT;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=121;TCR=136;TR=256;WE=51978228;WS=51978210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr3	51978552	rs142065339	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=33;PP=1068;SC=ACACACTTATCGAAGTACAGG;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=51978560;WS=51978542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	51978640	rs4687792	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=449;SC=TGAGGGAGGGGACTCGTTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=51978648;WS=51978630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	51990119	rs28587738	A	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=15;PP=666;SC=CCTGCTCGGCACGCCGCCCGC;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=51990127;WS=51990109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	51990315	rs28651222	A	G	4310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=67;PP=2322;SC=TCCCGACTCCACTCGGACTCT;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=140;WE=51990323;WS=51990305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	52232979	rs3216487	A	ATTTAC	8944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=84;PP=2912;SC=TACTGTCAGTATTCATTTGGT;SOR=1.249;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=14;TCR=102;TR=96;WE=52232987;WS=52232969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	52236762	rs352169	G	A	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=46;PP=1381;SC=TAAGAGATGAGTTGTGAACCA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=69;WE=52236770;WS=52236752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	52237970	rs352168	C	T	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=75;PP=2420;SC=TCCAGGACATCATGCAAAAGC;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=144;WE=52237978;WS=52237960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	52238656	rs352167	T	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=1;PP=1121;SC=TTCACCAAAATGCAGCTGTGT;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=43;WE=52238664;WS=52238647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	52238677	rs352166	C	T	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=3;PP=1458;SC=TTCACAACCACCATTCTGTAC;SOR=5.283;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=57;WE=52238685;WS=52238667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	52256697	rs352140	C	T	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=63;PP=2361;SC=CCTCCAGTCGCGGTAGCTCCG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=129;WE=52256705;WS=52256687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	52258372	rs352139	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=517;SC=CCCCCAGCTCTACCTCCACCC;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=52258380;WS=52258362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	52263967	rs34038856	G	A	5888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=98;PP=2965;SC=CCTCATGGGTGTGCTTGTAGA;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=206;WE=52263975;WS=52263957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr3	52272945	rs11441245	C	CG	550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=217;ReadPosRankSum=1.654;SC=GGCCGAGAGCCGGGGGGGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=19;WE=52272953;WS=52272935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr3	52325759	rs2276834	A	G	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=93;PP=2965;SC=CATTGTCTTGAGAGGTGGGGG;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=131;TCR=93;TR=224;WE=52325767;WS=52325749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	52407041	rs1546737	C	T	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=86;PP=2493;SC=GGATGGACCACGGCGGCTGGT;SOR=2.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=35;TCR=86;TR=121;WE=52407049;WS=52407031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	52415865	rs770284	A	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=26;PP=733;SC=GAGCGCCTCCAGGGCGTGCTG;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=52415873;WS=52415855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	52430698	rs365048	A	G	6746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=103;PP=2965;SC=CTGGAGCGCCATAAGTTTGGG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=129;TCR=103;TR=231;WE=52430706;WS=52430688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr3	52453893	rs498778	C	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=736;SC=CCAACAGAGGCTTCCATGGAT;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=52453901;WS=52453883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	52456973	rs2272088	A	G	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=18;SC=GAAAGGAGGAAGACATCCCAC;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=52456981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	52471942	rs82825	G	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=11;PP=751;SC=GGCCACAGGGGTGAGTTCCAG;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=52471950;WS=52471932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	52477080	rs2016575	T	C	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=85;PP=2623;SC=TTTCGGACCATGGCTCCTGGG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=84;TCR=85;TR=169;WE=52477088;WS=52477070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	52478783	.	CGCACACAAACACTGCACAT	C	1169	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=19;MQ=56.99;NF=9;NR=5;PP=1169;QD=85.5;SC=ACTCGGCACACGCACACAAAC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=14;WE=52478809;WS=52478773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr3	52488202	rs1035002	C	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=690;SC=TGAGTCCCCACGTCCTCTGCC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=52488210;WS=52488192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	52489564	rs968588	A	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	52492085	rs4687614	G	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=519;SC=ATATAACTGCGTTCATTAATA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=52492093;WS=52492075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	52492707	rs1541495	T	C	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=45;PP=1579;SC=TTGATAAAAATCTGCTTCCGC;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=52492715;WS=52492697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	52505758	rs3065763	G	GAT	3414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=21;PP=2211;SC=TGACAGAAAAGGTGGAAATCC;SOR=1.519;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=47;WE=52505766;WS=52505748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	52506282	rs4312651	A	G	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=16;PP=870;SC=TGGGCATGCGACACTGTTCCC;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=52506290;WS=52506272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	52506426	rs6784615	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=36;PP=1218;SC=TAAGGCCCAGCGCTGCACAGC;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=52506434;WS=52506416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	52506491	rs6445486	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=27;PP=818;SC=TGGGTGTCCTAATTTAATCAT;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=52506499;WS=52506481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	52507719	rs13094915	G	C	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=48;PP=1946;SC=CAAGGATTCTGTTTCTGAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=103;WE=52507727;WS=52507709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	52510592	rs9856575	G	A	7090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=0.498;SC=CCACAACAGCGTCTCCGAGAT;SOR=0.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=95;TCR=151;TR=245;WE=52510600;WS=52510582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,261:1.00:262
chr3	52512318	rs2109559	A	G	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=50;PP=2094;SC=AGGACCTCACAGTTTTGGGAT;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=107;WE=52512326;WS=52512308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	52513940	rs4687618	T	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=13;PP=400;SC=GGAGCCAGTTTGGGGGGCTTG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=52513948;WS=52513930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	52518786	rs4687619	T	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=40;PP=974;SC=CTCTGCTTTGTGCCACGGTCT;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=52518794;WS=52518776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	52523405	rs887515	C	T	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=36;PP=1289;SC=CCGGCCCCAGCGGAAGTCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=72;WE=52523413;WS=52523395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	52524974	rs4687621	A	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=261;SC=CCACTTCTTAACCGGGGTGGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=52524982;WS=52524964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	52536308	rs758801	A	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=23;PP=735;SC=CAGATGCAGTACCTACAACCA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=52536316;WS=52536298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	52536514	rs731831	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=11;PP=905;SC=CTGTGGTCCCGCATCACAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=52536522;WS=52536504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	52537969	rs4687545	T	C	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=85;PP=2965;SC=AAGCGTGCCCTCTGCGGGAAG;SOR=1.126;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=71;TCR=86;TR=156;WE=52537977;WS=52537959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	52540400	.	G	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=382;SC=CATGGGGAAGGAAGCAGGCAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=52540408;WS=52540390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	52544470	rs9835659	A	G	5378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.316;SC=TGAGCTGGACATGAGAGGTGG;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=76;TCR=115;TR=190;WE=52544478;WS=52544460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr3	52546487	rs7644763	C	T	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=78;PP=2792;SC=CTGTCTTCCCCGTGCTTGGGA;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=82;TCR=78;TR=160;WE=52546495;WS=52546477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	52546820	rs2015971	C	T	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=59;PP=2102;SC=GCTCCTCCCGCCCCTGCTCCC;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=124;WE=52546828;WS=52546810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	52551265	rs66824127	T	C	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.66;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	52551284	rs67409736	G	T	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=11.135;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.02;ReadPosRankSum=1.134;SOR=1.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr3	52553625	rs112646045	TGTAA	T	5349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=65;PP=2965;SC=CACATGCACGTGTAAGTGTGT;SOR=1.792;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=11;TCR=68;TR=76;WE=52553636;WS=52553615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	52554304	rs7630214	G	C	8563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=172;PP=2965;SC=CCGAACGCGGGCCGTGAGTCT;SOR=0.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=140;TCR=172;TR=312;WE=52554312;WS=52554294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr3	52555316	rs13081028	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=402;SC=CTGGAGGTACGTATATGGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=52555324;WS=52555306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	52555957	rs9853056	T	C	5390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=111;NR=78;PP=2965;SC=GGGATGGCCGTGTGTGTACAG;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=111;TCR=78;TR=189;WE=52555965;WS=52555947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	52556890	rs4434138	A	G	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=108;PP=2965;SC=TCGGGTGGGCATAGTCAGCCT;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=100;TCR=109;TR=207;WE=52556898;WS=52556880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	52557038	rs4234633	C	T	4687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=83;PP=2790;SC=GCTTTTCCTGCAGATGTGGCC;SOR=0.910;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=159;WE=52557046;WS=52557028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	52557445	rs116423614	G	A	6391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.773;SC=GCTCACAGACGCTGAGTGGCC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=98;TCR=121;TR=217;WE=52557453;WS=52557435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr3	52558008	rs13303	T	C	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=47;PP=2679;ReadPosRankSum=1.574;SC=GGCAAGCCCATGGGCTTTGGC;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=129;WE=52558016;WS=52557998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr3	52558133	rs13621	T	C	16462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=319;NR=269;PP=2965;SC=ATGATGCTGATGACGACTTCT;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=590;TCF=320;TCR=270;TR=588;WE=52558141;WS=52558123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,630:1.00:630
chr3	52558904	rs34005367	A	T	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQRankSum=0.000;NF=82;ReadPosRankSum=0.304;SC=AGGTCTGGGGACACAAAGTGT;SOR=0.876;Source=Platypus;TCF=83;WE=52558912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr3	52559167	rs72449664	CGGGG	C	4240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=18;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=38;PP=1211;SC=TTGCTGGGGGCGGGGGGGGGG;SOR=1.354;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=67;WE=52559188;WS=52559153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	52561779	rs11711421	C	T	6690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=110;PP=2965;SC=AGGGCGGCTCCGTGCCTGCCC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=119;TCR=110;TR=228;WE=52561787;WS=52561769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	52567617	rs66782572	A	G	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=36;PP=1102;SC=GGAGCGCGGGACGCCGGGGCA;SOR=1.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=54;WE=52567625;WS=52567607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	52584431	rs34372721	T	TCTC	2072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=12;PP=1281;SC=TTAGAAGGAATCTTACCTGCC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=52584439;WS=52584421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	52584715	rs2878628	A	G	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=58;PP=2164;SC=TCTGAGAAGGATAACTCGAAT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=118;WE=52584723;WS=52584705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	52584787	rs2251219	T	C	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=41;PP=1182;SC=GACTTCCACCTGGTGCTGGAG;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=52584795;WS=52584777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	52610651	rs17264436	T	A	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=74;NR=84;PP=2733;SC=CTGTTTCTTCTGGGTGAATGA;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=158;WE=52610659;WS=52610641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	52621627	rs3733046	C	T	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=5;PP=102;SC=GGTCTCACTACGTTGCCCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=52621635;WS=52621617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	52637486	rs2276824	C	G	150.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=120;SC=TATGAGAACACCTAGAAGACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=52637494;WS=52637476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	52643307	rs3733045	A	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=10;PP=1138;SC=TCCTCAAAATAAAAATGGCTT;SOR=2.437;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=51;WE=52643315;WS=52643297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	52643685	rs3755806	T	C	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=80;PP=2702;SC=GCTCATTGTATGTACAGGCAT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=163;WE=52643693;WS=52643675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	52659124	rs34215106	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=26;PP=575;SC=GCAGAAAGAATGCACCCCCAG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=52659132;WS=52659114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	52692124	rs2336149	G	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=751;SC=TCTTCCTTTTGAACTTACTTT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=52692132;WS=52692114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	52692359	rs2590846	C	G	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=56;PP=1500;SC=AAAGTACTTTCTAAGAGAAAT;SOR=1.338;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=88;WE=52692367;WS=52692349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	52720080	rs1108842	A	C	10324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=194;NR=161;PP=2965;SC=AGGCAGGTTGATGTGTTTGTG;SOR=0.861;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=194;TCR=161;TR=355;WE=52720088;WS=52720070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr3	52721305	rs11177	G	A	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=43;PP=2182;SC=GCTAAAAAGCGGGGTCACAAG;SOR=1.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=119;WE=52721313;WS=52721295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	52722266	rs3836492	AT	A	1215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=746;SC=GACTCAAGTCATTTTTTTTTT;SOR=2.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=36;WE=52722275;WS=52722256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	52722335	rs3774349	A	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=375;SC=CTTGCGTCATAGGGGTTTGCT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=52722343;WS=52722325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	52726695	rs6762813	C	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=10;PP=1780;SC=AATATATAAGCTATAACATGT;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=67;TCR=10;TR=77;WE=52726703;WS=52726685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	52727257	rs2289247	G	A	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=56;PP=2291;SC=ATTTTTTACTGTGCTTGCTCA;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=77;TCR=56;TR=133;WE=52727265;WS=52727247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	52728804	rs6976	C	T	4694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=61;PP=2965;SC=TTACTTCCCACGCATGCTATC;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=103;TCR=61;TR=162;WE=52728812;WS=52728794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	52740182	rs6617	C	G	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=63;PP=2817;SC=CCAGACCTTACCCCTCACGGT;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=155;WE=52740190;WS=52740172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	52741581	rs34636695	AT	A	425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=0;PP=317;SC=AGGAATATGGATTTTTTTTTT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=21;WE=52741589;WS=52741571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	52778347	rs2268026	T	C	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=80;PP=2677;SC=ACAGAGTCACTTCCATTCCTA;SOR=1.418;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=130;TCF=48;TCR=82;TR=128;WE=52778355;WS=52778337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	52797634	rs1029871	G	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=685;SC=CTTGGCATTGGTGGCAGCTAC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=52797642;WS=52797624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	52800284	rs2230535	T	C	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=95;PP=2965;SC=AGTGGTTCTCTAACACTCGGG;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=185;WE=52800302;WS=52800274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	52802402	rs2230534	A	C	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=60;PP=2378;SC=CCTGATTCTCAGGCAGAAGCT;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=148;WE=52802410;WS=52802392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	52804487	rs13071584	T	C	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=17;PP=1481;SC=AACAAAGAAGTAGAAGTAGTT;SOR=2.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=52804495;WS=52804477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	52814256	rs2302417	T	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	52815905	rs2710323	T	C	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=1;PP=1080;SC=TGCAAACATCTTGTTTGTGGT;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=39;WE=52815913;WS=52815895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	52818579	rs2239551	G	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=30;PP=796;SC=GCCTAGAGGAGCAGATAAAGC;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=52818587;WS=52818569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	52819327	rs2268023	T	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=264;SC=ATTCCTGCCATCCCCCAGAGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=52819335;WS=52819317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	52820855	rs36051478	CGAAT	C	309.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=174;SC=ACTTATGTGTCGAATGAATGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=52820866;WS=52820845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	52820981	rs678	A	T	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.960;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.202;NF=67;NR=29;PP=1488;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GACAGGGAGGAGAGGGCCAAC;SOR=0.930;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=96;WE=52820989;WS=52820971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr3	52821177	rs2286798	A	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=1267;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TGGGGCTCTAATTATTTTCTC;SOR=0.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=59;WE=52821185;WS=52821167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr3	52821992	rs68094128	CT	C	5977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=98;PP=2973;ReadPosRankSum=-2.685;SC=GCCACTCCCCCTCCCATCAGC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=30;TCR=109;TR=124;WE=52822000;WS=52821982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,205:0.98:209
chr3	52824610	rs6778329	G	A	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=6;PP=931;SC=AACATGTGGGGAGGGGCGTGG;SOR=3.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=41;WE=52824618;WS=52824600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	52825462	rs1076425	A	G	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=52;PP=2965;SC=CCCCGCAGTGAGCACCTGCTG;SOR=1.497;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=108;TCR=52;TR=159;WE=52825470;WS=52825452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	52825528	rs1075653	T	C	6850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=110;PP=2965;SC=AATGTGCCTTTCTAGGGCAAT;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=137;TCR=110;TR=247;WE=52825536;WS=52825518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	52825585	rs9324	T	C	6558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=0.433;SC=ACCCAGGCTCTGACCCCACAA;SOR=0.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=116;TCR=127;TR=241;WE=52825593;WS=52825575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr3	52831701	rs2240919	C	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=624;SC=GTGGGAGACACCAGGCTTGGC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=52831709;WS=52831691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	52833219	rs2535629	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=458;SC=CTGTTTTCCTGCAGGATGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=52833227;WS=52833209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	52833805	rs3617	C	A	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=37;PP=1619;SC=GGAAGATATGCAAGAGGAAGA;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=52833813;WS=52833795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	52837793	rs4481150	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=651;SC=TCCCCAGCTGTGTCCACTGCT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=52837801;WS=52837783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	52837855	rs2710331	T	C	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=14;PP=1373;SC=TCCTCCTGACTGGCCCCTCCT;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=68;WE=52837863;WS=52837845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	52847601	rs2071044	C	T	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=45;PP=1222;SC=ACATGGAGGGCAGGGAGTCCT;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=52847609;WS=52847591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	52851137	rs2240917	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=46;PP=1116;SC=CCGACCTGCATGGGGAGTCCC;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=52851145;WS=52851127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	52852060	rs2245538	T	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=12;PP=713;SC=TGGGTGTGCCTCTCTCACCTT;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=52852068;WS=52852050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	52852410	rs41292864	G	A	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=49;PP=2728;SC=TCAACATCGAGACATGTGACA;SOR=1.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=88;TCR=50;TR=137;WE=52852418;WS=52852400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	52852538	rs4687657	G	T	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=77;PP=2387;SC=GTGGCTGGTGGTGCTGAAGCA;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=116;WE=52852546;WS=52852528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	52853340	rs7620907	G	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=653;SC=ACCCCACCCCGCTCTATGGGG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=52853348;WS=52853330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	52853747	rs2276815	C	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=682;SC=CATGCCTCCCCCTGGCAGAAA;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=52853755;WS=52853737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	52855229	rs2239547	T	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=533;SC=TCTTCCATGATTGGGGCTGGG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=52855237;WS=52855219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	52860936	rs2276817	C	T	8519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=169;PP=2965;SC=CACTGACCGACACCTGGAACT;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=139;TCR=169;TR=308;WE=52860944;WS=52860926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr3	52861211	rs13072536	A	T	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=48;PP=1600;SC=GCCATCGATGATCCTGGGGGC;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=91;WE=52861219;WS=52861201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	52864584	rs2071042	A	G	8952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=153;PP=2965;SC=CGGCAGTAGTAGTCTGGTGGA;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=147;TCR=153;TR=300;WE=52864592;WS=52864574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr3	52864693	rs2071041	T	G	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=51;PP=1550;SC=GCTTCTGAACTCGACAGCAAG;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=61;WE=52864701;WS=52864683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	52867288	rs4687661	A	T	6591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=128;NR=105;PP=2965;SC=AGTTCCTGGGAAAGGCTCCTG;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=129;TCR=106;TR=233;WE=52867296;WS=52867278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr3	52867715	rs6787916	G	C	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=78;PP=2965;SC=TCAGGTCCTCGTCCTTCACAG;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=86;TCR=78;TR=164;WE=52867732;WS=52867705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	52867811	rs6776876	A	T	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=108;NR=98;PP=2965;SC=GCCTCGGTAGAAAGGCACACC;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=206;WE=52867819;WS=52867801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr3	52868670	rs71087024	G	GCACACACACACA,GCACACACACACACA	3175.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=15,15;NR=6,6;PP=547,91;SC=ACACAGATGCGCACACACACA;SOR=2.790;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=21,21;WE=52868678;WS=52868660;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.71:62
chr3	52870618	rs4687663	T	A	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=44;PP=1964;SC=ACTCCTGCCATGAGGCTTCGT;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=101;WE=52870626;WS=52870608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	52870729	rs11431693	C	CA	3619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.94;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	52874779	rs7638431	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=12;PP=248;SC=GCAATGGCACGATCTCGCCTC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=52874787;WS=52874769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	52877647	rs55829187	C	CA	3278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=17;PP=1611;SC=CTGAGGGCTACAGGTGAGCTT;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=39;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	52877649	rs56008508	G	A	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=19;PP=1138;SC=GAGGGCTACAGGTGAGCTTTC;SOR=1.488;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=60;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	52877720	rs4687668	T	C	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=53;PP=1897;SC=GGGATAAAAATGCAACATGGC;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=120;WE=52877728;WS=52877710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	52878721	rs7650966	G	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=504;SC=CAGACCAAATGCAGGACACAT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=52878729;WS=52878711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	52878746	rs10663469	C	CAG	1544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=1478;SC=AGAGTTAAAACAAGTTTGGTT;SOR=4.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=52878754;WS=52878736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	52878825	rs7629528	C	A	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=63;PP=2473;SC=AGGAGCTGCTCATGCAGGGAC;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=142;WE=52878833;WS=52878815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	52881634	rs5848962	T	TG	2947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=40;PP=2238;SC=AAGAGAGCTGTGGTACCTCTT;SOR=0.954;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=51;WE=52881642;WS=52881624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	52883654	rs3216716	CT	C	1054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=812;SC=GGAGGGTGTGCTCAAACCCAG;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=52883662;WS=52883644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	52886605	rs2276825	T	C	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=69;PP=2965;SC=TGCACTCAAATAGGGAACACT;SOR=1.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=110;TCR=69;TR=179;WE=52886613;WS=52886595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	52886883	.	T	C	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=71;PP=2068;SC=TCAGCCACCTTTCAAAGCCTT;SOR=3.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=12;TCR=71;TR=83;WE=52886891;WS=52886873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	52886914	rs4687675	A	T	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=48;PP=1308;SC=GCCTTTGAAAACCCTAAAAGG;SOR=7.864;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=48;WE=52886922;WS=52886904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	52952675	rs10633605	G	GTA	69.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=120;SC=ATGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=52952683;WS=52952665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	52960013	rs11360013	GC	G	3156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=25;PP=2330;SC=CTGCAGCCCTGCCATAGTGGC;SOR=1.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=57;WE=52960021;WS=52960003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	52968801	rs2710315	T	C	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=54;PP=1872;SC=GGGTTTTCCATGCTGATGTGG;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=119;WE=52968809;WS=52968791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	53125922	rs11242	T	C	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=25;PP=1202;SC=CCTGAAGTCATGTCATTTTGT;SOR=1.310;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=72;WE=53125930;WS=53125912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	53126143	rs2581786	G	A	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=51;PP=1737;SC=CCTTCCTCTGGGACCAGCCAG;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=91;WE=53126151;WS=53126133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	53133526	rs2581829	A	G	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=40;PP=1141;SC=ACTCACTGAGACTCCAGAGCC;SOR=1.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=53133534;WS=53133516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	53139506	rs2564942	CA	TG	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=0;PP=946;SC=AAGAGCAAAGCAAGAAGGCCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=53139515;WS=53139504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	53139644	rs75323042	T	C	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=81;PP=2965;SC=GTCTTGCAATTAAAGGGAGAA;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=185;WE=53139652;WS=53139634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	53212574	rs2306571	C	G	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=37;PP=1127;SC=AGGCTGGACCCTGGAGAGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=53212582;WS=53212564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	53213538	rs2035451	C	G	5135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=50;PP=2965;SC=TGGAGGTCTACGAGGGAGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=115;TCR=50;TR=165;WE=53213546;WS=53213528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	53213815	rs3830263	C	CGTGT	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;QD=43.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	53215875	rs11130350	A	C	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=78;PP=2918;SC=CCCAGTGTAGATACAGCAGCT;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=148;WE=53215883;WS=53215865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	53216051	rs6445568	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=352;SC=CCTCTTTTCCTCGGAGAGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=53216059;WS=53216041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	53220444	rs6793352	T	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=30;PP=1140;SC=GTGTCTCCCCTTCAGGCCACT;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=53220452;WS=53220434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	53222761	rs2306574	C	T	7959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=129;PP=2965;SC=CAATGTGCTGCTGGACCGGGA;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=157;TCR=129;TR=286;WE=53222769;WS=53222751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr3	53223291	rs7630600	T	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=34;PP=954;SC=GCTGGGCTGGTCTGGGCTGGG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=53223299;WS=53223281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	53223927	rs1075865	C	G	5708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=124;NR=82;PP=2965;SC=TGGGAGTGACCGGAAACATCA;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=126;TCR=82;TR=206;WE=53223935;WS=53223917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	53224002	rs900495	T	C	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=98;PP=2965;SC=TGGAGCCACCTTTCAGGCCCA;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=74;TCR=98;TR=172;WE=53224010;WS=53223992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	53267133	rs6445573	G	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=16;PP=1322;SC=GTGTCTGGGCGAGGGGTGAAG;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=53267141;WS=53267123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	53324819	rs201612547	ATGGCAC	A	1988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=15;PP=1628;SC=CCTTACCGGGATGGCACTGGC;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=26;WE=53324832;WS=53324809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	53529013	rs312479	T	A	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=0;PP=64;SC=GTTTTTTTTTTAAATCAATTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=53529021;WS=53529003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	53529140	rs312480	T	C	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=25;PP=1527;SC=CGCCCCCGCCTCAACGCCCAG;SOR=1.409;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=78;WE=53529148;WS=53529130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	53531481	.	G	C	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=82;PP=2759;SC=TAGTATAGTGGAATGGAAGTA;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=60;TCR=82;TR=142;WE=53531489;WS=53531471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	53843843	rs78728578	C	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=720;SC=AAGTCATCACCGCCCATTCAT;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=53843851;WS=53843842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	53855738	rs35064726	G	C	6145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=98;PP=2965;SC=CGATGCCAGAGAGCATGAGCA;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=205;WE=53855746;WS=53855728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr3	53856653	rs2241808	C	T	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=74;PP=2430;SC=AGGCACAGGCCGCGCTCCACC;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=113;WE=53856661;WS=53856643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	53857803	rs12676	A	C	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=47;PP=2486;SC=GCTCCCCGCGAGCACGTCCTT;SOR=1.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=88;TCR=47;TR=135;WE=53857811;WS=53857793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	53880789	rs2232332	A	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=69;PP=2123;SC=CTGCCGGCTCAAGGGGCATGC;SOR=1.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=97;WE=53880797;WS=53880779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	53882663	rs1025690	G	A	7207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=88;PP=2965;SC=CGGCTTCAACGTGACGCTTGG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=105;TCR=88;TR=193;WE=53882681;WS=53882653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	53882673	rs5849009	G	GT	7599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=79;PP=2975;SC=GTGACGCTTGGTTTTTTCTCT;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=43;TCR=96;TR=115;WE=53882681;WS=53882653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr3	53883722	rs1025689	C	G	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=25;PP=1020;SC=ATCTAATCCCCGGAGACTTGA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=53883730;WS=53883712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	53883910	rs4687751	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=349;SC=TCCCCTTCTACGCATAACCAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=53883918;WS=53883900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	53886168	rs2232334	G	A	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=54;PP=1751;SC=GCACTTTTTTGTTTTTTGTTT;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=94;WE=53886176;WS=53886158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	53889439	rs2232338	T	C	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=42;PP=1472;SC=GCTCTCTTCATCTTTGCACAG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=87;WE=53889447;WS=53889429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	53890787	rs3821867	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=503;SC=GAGAACTTGGGTTTGTTTCCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=53890795;WS=53890777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	53891594	rs2232341	G	T	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=17;PP=1413;SC=TTACAGGGGTGAGCCAGTGCA;SOR=2.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=53891602;WS=53891584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	53892553	rs13315972	C	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=256;SC=GTCTTGGGCACGTGGGTCTCG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=53892561;WS=53892552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	53892641	rs9840079	T	G	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=26;PP=1713;SC=ACTAGAGGTATGGGCGAAGCC;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=53892649;WS=53892631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	53899276	rs1043261	C	T	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=35;PP=950;SC=CCATGTCAAGCAGCAGGTGTC;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=53899284;WS=53899266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	53905308	rs1046677	T	C	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=73;PP=2965;SC=CCAGGGCTTTTCCTTCAAACA;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=162;WE=53905316;WS=53905298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	53906513	rs4687757	G	A	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=81;PP=2792;SC=TCTGTCCAACGATTCCAAAAG;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=162;WE=53906521;WS=53906503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	53909952	rs34431816	A	G	8036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.941;SC=GAAACAGGGAATGCCACCTTC;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=159;TCR=119;TR=276;WE=53909960;WS=53909942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr3	53910109	.	T	TG	1382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.873;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=61.61;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=62;PP=1011;ReadPosRankSum=0.124;SC=CCACAATCCCTGGGGGGGGAA;SOR=0.163;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=95;TCF=5;TCR=90;TR=67;WE=53910130;WS=53910099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,65:0.89:73
chr3	53910122	rs62752960	G	A	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=29.12;SOR=2.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	53910633	rs13073855	G	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=12;PP=897;SC=GTTTCACTGGGATATCAGACA;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=53910641;WS=53910623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	53910899	rs5849013	GA	G	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=427;ReadPosRankSum=0.944;SC=GTTTTATAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=34;WE=53910907;WS=53910884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr3	53910919	rs11419180	G	GT	538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=514;ReadPosRankSum=-0.378;SC=ATGCTCAAGTGTTTTTTTTTC;SOR=2.584;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=53910927;WS=53910909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr3	53912341	rs3733081	C	A	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=14;PP=1739;SC=ATTATGATACCAATAGTGGTG;SOR=2.571;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=70;TCR=14;TR=82;WE=53912349;WS=53912331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	53912380	rs34549821	G	A	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=59;PP=2631;SC=AGAGTTAATCGAACCTGTTCA;SOR=1.185;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=97;TCR=60;TR=156;WE=53912388;WS=53912370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	53919720	rs34310576	G	T	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=19;PP=634;SC=TTTTTCAAGGGTTAAGATAAC;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=53919728;WS=53919710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	53921028	rs10440151	T	G	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=33;PP=1025;SC=TATTTCCATGTTTTTTAACCA;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=53921036;WS=53921018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	53922620	rs3816144	A	G	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=106;PP=2965;SC=CTTGCCCATTATTCCAAATGG;SOR=1.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=45;TCR=106;TR=151;WE=53922628;WS=53922610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	53925849	rs2276848	C	T	10880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=197;PP=2965;SC=AGCCACCGGGCGCCTGGCCCC;SOR=0.860;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=378;TCF=180;TCR=198;TR=377;WE=53925857;WS=53925839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr3	54354510	rs9879885	T	C	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=82;PP=2706;SC=TAGAAGAAATTGATGGCCTCC;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=160;WE=54354518;WS=54354500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	54604188	rs2251788	T	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=49;PP=1153;SC=CTTTTGGTAGTGACTGGTTAA;SOR=3.113;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=54604196;WS=54604178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	54676441	rs3832224	CA	C	755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=802;SC=TTCTTGTTTTCAAAAAATGAA;SOR=5.211;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=54676449;WS=54676431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	54913354	rs35536476	CT	C	150.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.75;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	54919272	rs1405330	A	G	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=35;PP=2048;SC=TGGGGGAGTGATACTTATTCA;SOR=1.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=101;WE=54919280;WS=54919262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	54928496	rs1526595	T	C	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=35;PP=2109;SC=TGAATGTCACTGCCTTAAGTG;SOR=1.437;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=112;WE=54928504;WS=54928486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	54953022	rs3832225	CTT	C	389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=10;PP=172;SC=TATGAAGTACCTTTTTTTTTT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=54953031;WS=54953012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	54961949	rs4245920	C	T	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=69;PP=2394;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GACTGAGTCTCCTTGGGCGTC;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=61;TCR=71;TR=129;WE=54961957;WS=54961939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr3	54962013	rs56327704	A	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=44;PP=1394;SC=CACGAAGGGCATGGCAGACTC;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=54962021;WS=54962003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	55003733	rs881820	G	T	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=41;PP=1681;SC=GACTTGGATAGCTTGTCCTTA;SOR=0.973;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=55003741;WS=55003723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	55003992	.	T	TA	116	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=116;QD=17.2857142857;SC=TGGGCCAATCTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=55004000;WS=55003982;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,7:0.70:10
chr3	55018520	rs2360664	T	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.34;NF=7;NR=1;PP=200;SC=AAACAATTGCTTTCCAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=55018528;WS=55018510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	55018619	rs56055307	T	TG	2580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=38.52;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	55021556	rs2280186	G	C	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=13;PP=1492;SC=AATCCCATGAGTTCTCATGAC;SOR=2.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=70;WE=55021564;WS=55021546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	55038898	rs4955827	A	G	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=57;PP=1688;SC=GAAAACAGCCACACATTTCTG;SOR=1.365;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=99;WE=55038906;WS=55038888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	55041723	rs2280187	G	T	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=17;PP=861;SC=AATCTCTCTAGAAGAATAACA;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=55041731;WS=55041713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	55108055	rs358076	G	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=16;PP=843;SC=TCGTTCTTACGTTAGAGAGGG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=55108063;WS=55108045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	55520923	.	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr3	55733390	rs4955865	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=499;SC=TGGAGGTAAGCAGCGATGAAA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=55733398;WS=55733386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	55989276	.	TTGTGTGTGTGTGTG	T,TTG	2107.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.530;QD=37.64;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,12,41:0.21,0.73:56
chr3	56037241	rs35658351	CA	C	2077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=36;PP=1479;SC=ATTAGCTCAACAAAATCCATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=36;WE=56037257;WS=56037231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	56037249	rs34984094	A	AG	2077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=36;PP=1745;SC=AACAAAATCCATGCATTCGCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=36;WE=56037257;WS=56037231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	56591278	rs150150392	T	TGGGGTAAGCA	4319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=32;PP=2979;SC=GCCATGAACTTGGGGTAAGCA;SOR=0.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=43;WE=56591286;WS=56591268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	56593543	rs12486047	C	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=343;SC=TCTTGCATTACCACCTTAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=56593551;WS=56593533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	56593680	rs11130525	T	C	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=24;PP=888;SC=GTTTTATTTATAGTGGTTAGA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=56593688;WS=56593670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	56597954	rs6769055	C	T	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=47;PP=2365;SC=CACCTGCAACCCCTAATATGC;SOR=0.993;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=115;WE=56597962;WS=56597944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	56599258	rs10687224	G	GTATT	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=606;SC=CAAGATATTTGTATTCCCCTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=56599266;WS=56599248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	56627048	rs1388256	A	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=24;PP=777;SC=AAGAACTGCAAAGAAAATGGA;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=56627056;WS=56627038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	56627598	rs1491170	A	G	4791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=68;PP=2736;SC=CTGTTCTCTCAGTCAACACAC;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=160;WE=56627606;WS=56627588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	56647799	rs17216685	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=648;SC=ACATTCTAATTGTAACTTTGG;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=56647807;WS=56647789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	56649256	rs61743979	C	T	8535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=165;PP=2965;SC=CGAGAATTGGCGCAAAAGGGA;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=125;TCR=165;TR=290;WE=56649264;WS=56649246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr3	56650012	rs4681904	G	C	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=23;PP=930;SC=TGATTCTGATGAAATCAGTGG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=56650020;WS=56650002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	56650054	rs112267342	T	TCTC	1897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=1456;SC=TTCTACGACTTCTAAGAAGGA;SOR=1.055;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=26;WE=56650062;WS=56650044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	56650178	rs9833926	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=289;SC=AAAAATTAACAAAACTTGAGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=56650186;WS=56650168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	56652479	rs79095236	TT	CA	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=802;SC=ATCTCTAGACTTAACTAAGTG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=56652488;WS=56652469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	56653609	rs10534869	CGT	C	10351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=133;PP=2966;SC=ATGTAAACCCCGTCAACAACT;SOR=1.296;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=16;TCR=135;TR=149;WE=56653618;WS=56653599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	56657257	rs10510787	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=247;SC=AATGACTAAACTGATGGGACA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=56657265;WS=56657247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	56667682	rs9835332	G	C	7902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=108;PP=2965;SC=TGTGGAAACTGTACTGACATA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=128;TCR=108;TR=236;WE=56667690;WS=56667672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr3	56668058	rs76966032	C	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=22;PP=559;SC=AAACACAAACCCTTAAATTGG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=56668066;WS=56668048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	56672608	rs4681945	G	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=651;SC=AATAAATATGGTACTGTCCAA;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=56672616;WS=56672598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	56674190	rs1489949	A	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=22;PP=651;SC=GAATAGCTTTATTTCCAATTC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=56674198;WS=56674180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	56675504	rs17056999	G	C	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=68;PP=2965;SC=TTCAACTTTTGCACAAGTAGG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=83;TCR=68;TR=150;WE=56675512;WS=56675494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	56695060	rs7619465	T	A	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=52;SC=AAGAAAATTTTAAAAACATGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=56695068;WS=56695050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	56700180	rs34101168	TA	T	747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.887;HP=13;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=313;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CAAGGGAAGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.540;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=26;WE=56700201;WS=56700170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,38:0.93:41
chr3	56716922	rs958755	T	G	8899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=157;PP=2965;SC=GCCATTTTGTTGGGAGGACTC;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=147;TCR=157;TR=304;WE=56716930;WS=56716912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr3	56763316	rs1565376	G	A	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=35;PP=2623;SC=TACTTTCACCGTGCCTGCTGT;SOR=1.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=103;TCR=35;TR=138;WE=56763336;WS=56763306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	56763328	rs1565377	T	C	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=44;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GCCTGCTGTTTCCACAGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=108;TCR=44;TR=151;WE=56763336;WS=56763306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr3	56771251	rs3772219	A	C	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=57;PP=1863;SC=TGACAACACAAGACTCGAGAG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=127;WE=56771259;WS=56771241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	56808956	rs34038168	A	AC	1708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.80;QD=36.36;SOR=2.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	56932708	rs7633179	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=28;PP=837;SC=AAGGAGGGAAGCCAATAAAGA;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=56932716;WS=56932698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	57011234	rs13080107	T	C	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=98;NR=70;PP=2687;SC=TTTTTCTGGCTGCCTAATCCA;SOR=0.947;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=168;WE=57011242;WS=57011224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	57131529	rs6764188	A	C	8408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.231;SC=ATTGCCCAATAAGTTGGCACC;SOR=0.312;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=165;TCR=126;TR=289;WE=57131537;WS=57131511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr3	57132200	rs2291462	A	G	5755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=99;PP=2965;SC=CGGGAGTGCAAGTGGGAACAG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=85;TCR=99;TR=183;WE=57132208;WS=57132190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	57137090	rs2247656	A	G	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=54;PP=2659;ReadPosRankSum=-0.616;SC=AGTAGTCTAGAGCCAAATTTC;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=142;WE=57137098;WS=57137080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr3	57138419	rs6780995	G	A	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=71;PP=2706;SC=GCAGCTGGTCGTCTCTGTAGT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=141;WE=57138427;WS=57138409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	57139833	rs1545982	G	A	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=207;SC=CCAGTGGCCTGGGGGTCGCTT;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=57139841;WS=57139823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	57139972	rs1545981	A	G	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=31;PP=1579;SC=TGTGCGGTGCATGGTCGAAGG;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=87;WE=57139980;WS=57139962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	57140108	rs2035654	G	A	7468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=130;PP=2965;SC=GATACTTTGAGACTTGATAGA;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=132;TCR=130;TR=262;WE=57140116;WS=57140098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	57148968	rs11916303	C	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=319;SC=AAAGATGTGTCCCTCAAAAGC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=57148976;WS=57148958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	57203398	rs4299455	C	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=500;SC=GAGACTGTCACCACCTCCCCC;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=57203406;WS=57203388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	57314594	rs62251997	A	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=270;SC=CCAAAAAGCAATTAGTGAGCA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=57314602;WS=57314584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	57322932	.	CAG	C	1017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=1030;SC=TTAGTAGAGACAGGGGGTTTC;SOR=3.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=23;WE=57322941;WS=57322922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	57327763	rs370335542	GT	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr3	57405188	.	C	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=293;ReadPosRankSum=0.165;SC=TGTTTATCTCCTAAATTAGTA;SOR=0.678;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=16;WE=57405196;WS=57405178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr3	57414097	rs17793014	T	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=386;SC=GAGGCACATATTTAAAATAAT;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=57414105;WS=57414087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	57414330	rs11915740	C	A	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=15;PP=863;SC=AACAAAGAAACTTGAATAGGT;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=57414338;WS=57414320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	57419497	rs6773904	C	T	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=77;PP=2515;SC=GTTAGCGTATCCGCCAGCACA;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=69;TCR=78;TR=146;WE=57419505;WS=57419487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	57422824	rs4234394	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=21;PP=618;SC=CTACAACACAATATTATAAAT;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=57422832;WS=57422814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	57430988	rs6768943	G	A	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=48;PP=2024;ReadPosRankSum=0.842;SC=TTCCATAGTCGTAATGAAATT;SOR=0.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=116;WE=57430996;WS=57430978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr3	57431740	rs139063171	ATAAATAAATAAT	A	4189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.81;QD=37.41;SOR=1.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	57431985	rs2121743	G	A	6343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=135;PP=2965;SC=GAAGAAGCCAGTCCTTTAAAA;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=91;TCR=135;TR=226;WE=57431993;WS=57431975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	57432064	rs2121742	C	T	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=40;PP=1233;SC=AAAACAAATACCTAATATTTT;SOR=2.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=57432072;WS=57432054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	57443817	rs6768661	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=35;PP=1490;SC=AATTGATTATTTATCATACCG;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=57443825;WS=57443807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	57456093	rs35152693	C	CA	237.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=1.159;SC=AACACTTAACCAAAAAAAAAA;SOR=2.147;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=57456101;WS=57456083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr3	57456371	rs9871422	T	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=604;SC=ATACTGAAAGTAAATAAGTTT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=57456379;WS=57456361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	57457123	rs6445886	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=7;PP=688;SC=TTTTTCTATACTTTTAAATTT;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=57457131;WS=57457113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	57469053	rs9826084	A	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=8;PP=717;SC=CCATGAAAATAATATTTCACA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=57469061;WS=57469043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	57469097	rs9863860	C	T	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=25;PP=1372;SC=AATTAAAATTCCTTACCTGGA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=57469105;WS=57469087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	57469272	rs9864150	C	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=585;SC=AGACTTATGGCAATTAATGTT;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=57469280;WS=57469262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	57475351	rs6806444	T	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	57488279	rs10662782	T	TTTC	1348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=790;SC=ATGTAGATCTTTTTTTTTTTC;SOR=3.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=28;WE=57488287;WS=57488269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	57509103	rs6768974	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=55;SC=GAGCAAGACCTTGTTTAAAAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=57509111;WS=57509093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	57563120	rs80155592	GA	G	2641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=43;PP=1914;SC=AGACCCTGGGGAAAAATTGTT;SOR=1.055;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=51;WE=57563128;WS=57563110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	57613814	rs77006676	CTG	C	2019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=6;PP=1678;SC=TCTTTCTACCCTGTAACTAGC;SOR=3.258;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=36;WE=57613823;WS=57613804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	57627500	rs9873675	T	C	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=881;SC=CAAAACAAAATAAAAAAGGTG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=57627508;WS=57627490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	57627580	rs9816093	A	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=334;SC=ACACAGATTGATTTTTCCTTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=57627588;WS=57627570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	57743337	rs13400	C	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=0;PP=689;SC=GGAGGAACTCCTCTTTGTCCC;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=57743345;WS=57743327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	57846577	rs2306056	C	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=15;PP=183;SC=GTATTTCAATCAAAAAAAAAA;SOR=2.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=19;WE=57846585;WS=57846566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	57847523	rs2361351	T	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=48;SC=GAAATTCTTATGTTATTTGAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=57847531;WS=57847521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr3	57994719	rs1658338	T	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=59;PP=1576;SC=CAGGGGTGGGTTATAGGGGGC;SOR=5.486;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=62;WE=57994727;WS=57994709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	58270963	rs6774235	T	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=29;PP=1474;SC=TGAATGTCTCTTTGGGCCCCT;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=59;WE=58270971;WS=58270953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	58296209	rs59232688	CT	C	1298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.136;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=19.38;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,63:0.94:67
chr3	58302404	rs2292674	A	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=40;PP=1169;SC=ATGAGAATAAATTTTTTGTTG;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=58302412;WS=58302394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	58303069	rs3773012	C	T	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=11;PP=1001;SC=GCTCCTGCATCAGCTTTGTTT;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=58303077;WS=58303059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	58303399	.	G	C	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=48;PP=2760;SC=AGGACAGTCTGTCTGAACCTG;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=131;WE=58303407;WS=58303389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	58355273	rs9867320	G	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=37;PP=931;SC=GGCTGGAGTCGGGGCACGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=58355281;WS=58355263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	58376190	rs62258099	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=0;PP=396;SC=TTTTTTTTGGTAATTAAGTTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=58376198;WS=58376180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	58381262	rs62258105	C	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=7;PP=1081;SC=TAAAAACTCACATCTTGCAGC;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=49;WE=58381270;WS=58381252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	58385194	rs4075152	T	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=39;PP=1233;SC=GTAGTAAAGATTCTTGCGGTC;SOR=2.221;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=58385207;WS=58385184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	58395490	rs140856155	G	GT	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=47;PP=573;SC=CTGGGGTGCAGTTTTTTTGGG;SOR=2.970;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=48;WE=58395509;WS=58395480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	58395501	rs34734687	G	GA	1021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=45;PP=749;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TTTTTTTGGGGAAAAAAAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=46;WE=58395509;WS=58395480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr3	58398466	rs12635366	C	T	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=620;SC=AAGCCTGTCACTGGGTCCGGT;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=58398474;WS=58398456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	58398813	rs13071422	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=409;SC=TCTCAAGAGAAATCAGTGGGA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=58398821;WS=58398803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	58409063	rs12631656	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=296;SC=TCAGTTGTTATTGTGTAGAAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=58409071;WS=58409053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	58409082	rs12634132	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=416;SC=ACCAATGAACATGTTGGTCAT;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=58409090;WS=58409072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	58414382	rs62259769	C	T	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=51;PP=1404;SC=GCTATTGCAGCACAAATAGAG;SOR=2.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=58414390;WS=58414372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	58415590	rs2070662	C	A	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=87;PP=2965;SC=ACCACTGTGCCGCCAGCTGTG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=166;WE=58415598;WS=58415580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	58416538	rs4264746	T	C	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=42;PP=2478;SC=CATTGGGCCCTCTGAAGACTA;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=105;WE=58416546;WS=58416528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	58520306	rs7611026	G	C	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=67;PP=2807;SC=CTGGCACCTTGAAATCTTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=145;WE=58520314;WS=58520296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	58520859	rs4681862	A	G	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=49;PP=1449;SC=TCTGGTGACTATGGAGAGACA;SOR=2.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=58520867;WS=58520849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	58575110	rs6445991	A	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=1152;SC=GACTGGTCAGAGTCAAAGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=56;WE=58575118;WS=58575100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	58621935	rs6791782	C	T	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=0;PP=199;SC=TTTAAGGCCCCTGGGAGGTGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=58621943;WS=58621933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	58641352	rs57504511	C	T	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=40;PP=1391;SC=AAAATCCAGTCGGAAACTGGC;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=58641360;WS=58641342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	58722875	.	C	T	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1226;ReadPosRankSum=0.177;SC=GTTCAGGCTTCAGCATACCTT;SOR=0.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=204;TCF=121;TCR=83;TR=91;WE=58722883;WS=58722865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,93:0.44:209
chr3	58792080	rs113733928	G	GT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
chr3	61734539	rs3821880	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=317;ReadPosRankSum=2.228;SC=TTGTGGGTTTTCCTCTCTTCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=61734547;WS=61734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr3	62229553	rs1352882	C	T	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=71;PP=2529;SC=ATGAAAGTATCCCTATTATTC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=146;WE=62229561;WS=62229543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	62355666	rs3215030	G	GT	473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=2;PP=316;SC=CTCTGCTATAGTTTTTTTTTC;SOR=2.833;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=62355674;WS=62355656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	62431415	rs6791296	T	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	62477233	rs35911391	A	AACAC	212.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.39;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr3	62498378	rs1376917	G	A	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=33;PP=1804;SC=AAAACTGAATGTAACTCAACA;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=93;WE=62498386;WS=62498368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	62556622	rs833663	A	G	10910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=1.192;SC=ACCTAAGGGAAAGGAGAAAGA;SOR=0.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=194;TCR=174;TR=366;WE=62556630;WS=62556612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,402:1.00:403
chr3	62631553	rs4588354	G	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=49;PP=1442;SC=GAGGTTATTGGCAAGGCCCCT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=62631561;WS=62631543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	62636826	rs4688302	C	T	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=28;PP=806;SC=GGTCTTTGTCCCATGGCCCAG;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=62636834;WS=62636816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	62647928	rs6770658	A	G	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=653;SC=TCAATAATCAATGTGCTTCCT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=62647936;WS=62647918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	62739092	rs478123	A	G	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=18;PP=1173;SC=CCACAGCTCTAGGCCCAGGCG;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=62739100;WS=62739082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	63437977	rs6793874	C	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=663;SC=TTTAAAAATCCCTCAAAAGTG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=63437985;WS=63437967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	63466382	rs6772726	G	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=527;SC=CTGAACCAAGGGCAATGCTCT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=63466390;WS=63466372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	63649259	rs7612738	G	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	63649492	rs7634688	A	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=22;PP=846;SC=TTTCTTTATAAATCACTCAGT;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=63649500;WS=63649482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	63817430	rs2291533	G	C	6562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=116;PP=2965;SC=AGCTTCAACAGTGTGAGTTTC;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=227;WE=63817438;WS=63817420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	63821914	rs2637982	C	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=8;PP=600;SC=GAAATGCCTACGGTAGTTTTC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=63821922;WS=63821904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	63898360	.	G	GGCAGCAGCA,GGCAGCA	1260.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.38;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=4,4;NR=15,15;PP=695,101;SC=GCGGCCGCCCGGCAGCAGCAG;SOR=1.402;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=19,19;WE=63898368;WS=63898350;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:27
chr3	63967900	rs1053338	A	G	4180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=64;PP=2691;SC=ATTCATCCGAAAATGGATGGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=138;WE=63967908;WS=63967890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	63968469	rs142586136	CGTT	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=303;SC=AGCACTCACACGTTGTATATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=63968479;WS=63968459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	63982082	rs3774729	G	A	4739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=0.201;SC=AGTGCCAGCCGTGAACAATGT;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=157;WE=63982090;WS=63982072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr3	63996262	rs1046025	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=161;SC=TTTTATACAGCTGACCTGGGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=63996270;WS=63996252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	64005226	rs2888013	A	G	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=48;PP=1366;SC=TAGGAGTAGAAGTACAACAAG;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=64005234;WS=64005216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	64008510	rs3846221	T	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=19;PP=577;SC=TATACACACATACTCACATAC;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=64008518;WS=64008500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	64009432	rs3836531	AT	A	1040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=8;PP=897;SC=GGAGCTTAAAATTTTTTGAAA;SOR=1.493;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=27;WE=64009440;WS=64009422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	64133350	rs27673	A	G	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=67;PP=2085;SC=AGTGTTGGCCATCATAGGTCA;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=132;WE=64133358;WS=64133340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	64518994	rs1017537	T	C	7150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=159;PP=2965;SC=TGTGATGTCCTCAAAAAAGCA;SOR=1.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=88;TCR=159;TR=247;WE=64519002;WS=64518984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr3	64525171	rs11130968	G	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.10;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	64525177	rs11130969	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.41;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	64526610	rs11130970	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=73;SC=GACTATCCTCGCTGCACTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=64526618;WS=64526604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	64526651	rs3841969	CCAATGTG	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=227;SC=TCCATACTAGCCAATGTGCAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=64526665;WS=64526641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	64526717	rs3796384	G	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=10;PP=911;SC=CATGCTTGCTGTCTGAATGGA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=64526725;WS=64526707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	64526942	rs3796383	A	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=28;PP=1276;SC=AGGATGGGAAAGCATTTCCAG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=64526950;WS=64526932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	64527321	rs1373163	T	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=32;PP=1034;SC=TCACAAAAAATAGGGTGTGAT;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=64527329;WS=64527311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	64527336	rs1036919	C	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=750;SC=TGTGATGATCCGAGATGTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=64527344;WS=64527326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	64527378	rs1036918	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=9;PP=729;SC=GACATTGTTCGCACTAAAACT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=64527386;WS=64527368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	64527465	rs1036917	C	T	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=35;PP=2212;SC=TGAACAAAGACATCCTGTTCT;SOR=1.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=116;WE=64527473;WS=64527455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	64640206	rs11326156	TA	T	6513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=50;PP=2967;SC=AAACATGTAGTAAAACGGTTT;SOR=1.139;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=89;WE=64640220;WS=64640196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	64640212	rs59517147	G	T	6604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.07;NF=78;NR=55;PP=2684;SC=GTAGTAAAACGGTTTTAGCCA;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=133;WE=64640220;WS=64640196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	64641150	rs6768305	C	G	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=9;PP=1069;SC=AGTGCCTAAGCTGAGAAACCC;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=64641158;WS=64641140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	65353448	rs7634490	G	A	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=36;PP=1161;SC=TTTGGTTTACGTAGGAATCAT;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=65353456;WS=65353438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	65416648	rs4688566	C	A	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=42;PP=1276;SC=TAATTCTTCACGCTTATGCCC;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=65416656;WS=65416638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	65425560	rs142043619	T	TCTG	903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.576;NF=12;NR=5;PP=760;ReadPosRankSum=0.087;SC=CAACCTTCTGTCTGCTGCTGC;SOR=2.124;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=17;WE=65425568;WS=65425550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr3	65464625	rs7636096	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=50;SC=TGGGTTAGAAGAGATATCTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=65464633;WS=65464615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	65479068	rs7641222	A	C	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=109;SC=AGGTGAACTGAAATCTCCTGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=65479076;WS=65479058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	65583600	.	TGG	T	860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=27;PP=475;SC=GAGGCGGGGGTGGGGGGGGGG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=29;WE=65583618;WS=65583588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	66023592	rs28696109	A	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=1;PP=803;SC=GGAGGGAAGCAGGAAATCGAG;SOR=5.031;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=66023600;WS=66023582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	66287056	rs146159281	G	A	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=59;PP=2040;SC=CAAGGATTTAGTAAGGCTGGT;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=66287064;WS=66287046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	66293766	rs66918103	T	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=824;SC=TATAAAATACTTCAGAAATGC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=66293774;WS=66293756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	66293851	rs1678092	T	C	61.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=40;SC=AAGTCATAAATGGCAATAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=66293859;WS=66293841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	66354911	rs813636	G	C	6713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=93;PP=2965;SC=GGGGAGGCTTGTGAGCTTCTG;SOR=0.991;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=136;TCR=94;TR=229;WE=66354919;WS=66354901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	66419793	rs11277069	CCAGGTGTA	C	1849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=2942;SC=CTTCAATCAGCCAGGTGTACA;SOR=3.109;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=28;WE=66419808;WS=66419783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	66419942	rs1129179	A	G	5036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=92;PP=2965;SC=TAGACGTGGCAAAGACAAGAA;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=172;WE=66419964;WS=66419932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	66419956	rs13874	C	T	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=93;PP=2965;SC=ACAAGAATTACGCTGGCAAAG;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=82;TCR=94;TR=175;WE=66419964;WS=66419932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	66421147	rs332378	T	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=37;PP=1094;SC=TTTCTATTTATTGTGCAAAAT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=66421155;WS=66421137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	66428282	rs1046844	C	T	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=53;PP=1466;SC=GCCTGCAGTGCAAACCCTCTT;SOR=1.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=66428290;WS=66428272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	66430811	rs2279290	T	G	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=44;PP=2549;SC=AAGCAAGTACTGGGCTTCCGC;SOR=1.360;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=94;TCR=44;TR=137;WE=66430819;WS=66430801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	66432680	rs332371	A	G	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=62;PP=2965;SC=TCTGCTTCACAGTTACTGAGG;SOR=1.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=109;TCR=62;TR=171;WE=66432688;WS=66432670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	66433312	rs900172	A	G	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=116;SC=AACACAGTGCAATTCTTTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=66433320;WS=66433302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	66433676	rs900171	A	G	6023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=103;PP=2965;SC=TCAGGGGTCAAGTGGTGCCGC;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=92;TCR=104;TR=195;WE=66433684;WS=66433666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	66433937	rs9872772	T	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=248;SC=GCATCTGAGATTCTGTCTCAG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=66433945;WS=66433927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	66434372	rs3830215	T	TCA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TCTCTCTCGCTCACACACACA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=4;WE=66434380;WS=66434362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr3	66444330	rs67550176	T	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=7;PP=961;SC=AAGAAATAAATTGCATCCAGC;SOR=3.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=45;WE=66444338;WS=66444320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	66444615	rs6793110	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=798;SC=GGAAGCTGTCGCTGCTGATAT;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=66444623;WS=66444605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	66451907	rs12494912	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=4;PP=728;SC=ATTAGTCACATTGACCTGTTT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=35;WE=66451915;WS=66451897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	66455797	rs3796148	T	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=47;PP=1106;SC=TGAAGTCCCCTGGGTGCATGC;SOR=2.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=59;WE=66455805;WS=66455787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	66463251	rs4856924	G	A	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.88;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	66463254	rs12493943	C	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	66550756	rs1403625	G	C	6168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	66550762	rs1403626	G	C	6194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	67276059	rs9868022	G	T	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=176;SC=GGGAAATGGAGAGTAACCACT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=67276067;WS=67276049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	67411103	rs902320	C	T	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=37;PP=1356;SC=TGGTGGGCGACGTTCTCTTGG;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=67411111;WS=67411093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	67411166	rs902321	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=752;SC=ATGTGCATATAACTTCCTTTT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=67411180;WS=67411156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	67459492	rs9824745	G	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=126;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=42;PP=1136;SC=AAGATATCTTGTATAGGTTTG;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=67459500;WS=67459482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	67459509	rs138527816	AATGGGTTTTAGTTCTTTAC	A	2089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=2928;SC=TTTGTGGACCAATGGGTTTTA;SOR=2.208;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=67459535;WS=67459499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	67568891	.	G	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=130;SC=AGATCTCTGAGCAGGGCTACC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=67568899;WS=67568881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	68587884	rs3828366	A	C	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=41;PP=2295;SC=TTGCAAACACAGTTGTTTCCT;SOR=1.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=119;WE=68587892;WS=68587874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	68782213	rs6549143	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=33;PP=1896;SC=ATTTTCTGCAAAGGGGCCATG;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=92;WE=68782221;WS=68782203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	68788363	rs1504301	G	T	5976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=126;PP=2965;SC=GGAAAACAAAGGCCAAATAAT;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=62;TCR=126;TR=188;WE=68788371;WS=68788353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	68788465	rs1504300	G	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=806;SC=TTAAATTTACGGTTGGTAAAT;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=68788473;WS=68788455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	68934434	rs4855535	T	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=51;PP=1305;SC=TTTCTGCCGTTCCAAAAAATT;SOR=1.151;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=86;WE=68934444;WS=68934424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	69036707	rs4855542	G	A	4108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=79;PP=2605;SC=GCATATGCCTGGGTAGATGAA;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=131;WE=69036715;WS=69036697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	69037633	rs9310136	G	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=10;PP=428;SC=AAATATGAATGCTAATGGTAG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=69037641;WS=69037623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	69038217	rs4855543	A	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=21;PP=674;SC=AGGATATAACATGACTTTTCA;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=69038225;WS=69038207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	69091640	rs9985501	C	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=11;PP=680;SC=CCCAGAGTTACACACTTTGAA;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=69091648;WS=69091630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	69093598	rs2271118	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=248;SC=AGTATACAGGTTTCCAGAAAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=69093606;WS=69093588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	69096614	rs2292199	G	A	6433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=100;PP=2965;SC=TTATTGGTGTGGAAGAAACCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=114;TCR=100;TR=214;WE=69096622;WS=69096604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	69104695	rs6549179	T	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=22;PP=626;SC=GAAAAAATATTATTAATACAA;SOR=1.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=69104703;WS=69104685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	69104752	rs6549180	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=231;SC=AAACAAACTACAGAGTATTAC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=69104760;WS=69104742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	69137539	rs3853159	T	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=27;PP=642;SC=TGTTCAACAATGGTTCCATCC;SOR=2.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=36;WE=69137547;WS=69137529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	69151152	rs10489	C	A	5307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=107;PP=2965;SC=ATTTCCTTATCTCCATGTTTG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=89;TCR=107;TR=196;WE=69151160;WS=69151142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	69153854	rs7038	G	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=34;PP=1564;SC=CCAGACCTATGTTCTGCTTGC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=71;WE=69153862;WS=69153844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	69154121	rs71843201	GA	G	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr3	69225588	rs11128118	T	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=19;PP=964;SC=ACCCCTGAACTAGATTATCTG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=69225596;WS=69225578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	69225875	rs9872199	T	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=385;SC=TTAAGGTCATTCAGAGGTACA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=69225883;WS=69225865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	69225911	rs9868107	A	G	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=101;SC=TCAGAGGAGAAATTTAAGAGG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=69225919;WS=69225901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	69229976	rs12054011	G	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=5;PP=565;SC=CATGATCCGTGAGGCGGTTTT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=69229984;WS=69229966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	69230026	rs9818314	T	C	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=17;PP=864;SC=ATCCAGGTGTTGCGTGTTTTT;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=69230034;WS=69230016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	69230061	rs9831516	G	A	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=30;PP=1495;SC=TGAAGAGTACGAGGATGCACG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=69230069;WS=69230051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	69230801	rs9836305	G	A	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=36;PP=1106;SC=CGGAGAGCAGGTGGGACTGGG;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=69230809;WS=69230791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	69242770	rs11310698	CA	C	1822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.606;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.349;NF=39;NR=22;PP=962;ReadPosRankSum=0.868;SC=GTAGGGGACTCAAAAAAAAAA;SOR=2.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=61;WE=69242778;WS=69242760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,83:0.91:91
chr3	69244162	rs9853587	G	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=17;PP=1177;SC=GCTCAGAGGCGTTGTTCATAC;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=69244170;WS=69244152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	69245454	rs9310141	T	C	6343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=112;PP=2965;SC=TGACTTTTCGTCTCCAGTGTC;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=102;TCR=112;TR=214;WE=69245462;WS=69245444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	69245949	rs9860235	G	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=427;SC=AAATCTCAGAGAGCAAAAATA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=69245957;WS=69245947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	69246152	rs13059488	A	G	7546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=110;PP=2965;SC=TGCACAAACAAGCCACTTTGC;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=143;TCR=110;TR=253;WE=69246160;WS=69246142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	69246274	rs13059687	A	G	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=92;PP=2963;SC=ATTGTAACAAAGCATGTTCCT;SOR=1.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=49;TCR=92;TR=141;WE=69246282;WS=69246264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	69249770	rs9868056	T	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=686;SC=CCTCCCTAATTCTACTCCTTC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=69249778;WS=69249760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	69265291	rs7643175	T	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=580;SC=GGCGACAAAGTGAGACTCCAT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=69265312;WS=69265281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	69265304	rs77475566	C	CA	650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=593;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAACC;SOR=5.058;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=25;WE=69265312;WS=69265281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	69265371	rs62254460	G	C	4968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=43;PP=2965;SC=TGATTAACATGTTTTGAACAG;SOR=1.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=117;TCR=43;TR=160;WE=69265379;WS=69265361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	69267578	rs4855301	A	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=160;SC=TAGTTAGAGGACCCTTTTGGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=69267586;WS=69267568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	69271206	rs6549189	T	C	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=39;PP=1191;SC=GTAGATAGAGTTTGGCTTTTG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=69271214;WS=69271196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	69273656	rs9848940	G	T	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=31;PP=2965;SC=GATTGGCAATGTGATATTTTT;SOR=2.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=110;TCR=31;TR=141;WE=69273664;WS=69273646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	69362722	rs2314992	C	A	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=66;PP=2139;SC=GCAAGCAAACCTTTGGACTCG;SOR=1.462;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=69362730;WS=69362712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	71007361	rs1053797	G	T	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.95;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	71008557	rs7639736	C	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=36;PP=920;SC=AAAAAATATGCAGAGGTTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=71008565;WS=71008547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	71015021	rs7638391	G	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=3;PP=766;SC=GCAAAGACCTGTTGGGTGGAC;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=71015029;WS=71015011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	71019750	rs9874207	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=343;SC=CCAGGGAGTATGATGCTTTGT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=71019758;WS=71019740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	71025935	rs13068094	C	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=5;PP=897;SC=ACCACAATGGCACTATTTTCC;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=39;WE=71025943;WS=71025925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	71247576	rs9855825	A	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	72495777	rs13066407	C	G	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=97;PP=2965;SC=TTTGGCCTTCCGAGGAGTGGA;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=129;TCR=97;TR=225;WE=72495785;WS=72495767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	72495945	rs13088771	A	G	8271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=163;PP=2965;SC=ACTGGAAGAGAGAGCGAGGAA;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=130;TCR=163;TR=293;WE=72495953;WS=72495935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr3	73436969	rs73838519	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=7;PP=658;SC=CTCATAAAGTGAATTCTGAAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=73436977;WS=73436959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	73437112	rs6549532	A	G	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=48;PP=1808;SC=GTAGGAAGCCAATTTACCTGG;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=102;WE=73437120;WS=73437102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	73437225	rs3830251	T	TA	984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.543;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.707;NF=0;NR=25;PP=517;ReadPosRankSum=0.934;SC=ATTAATCTTTTAAAAAAAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=25;WE=73437233;WS=73437215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr3	73440108	rs35427155	G	GA	1338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.297;NF=13;NR=15;PP=580;ReadPosRankSum=1.145;SC=TGGTGAACATGAAAAAAAAAA;SOR=0.374;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=28;WE=73440116;WS=73440098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr3	74315580	rs615824	C	G	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=53;PP=2965;SC=CTCACTATGGCGGATAGTAAC;SOR=1.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=111;TCR=54;TR=164;WE=74315588;WS=74315570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	74344356	rs10490832	T	G	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=75;PP=2776;SC=ATAGGCTATTTGCAGAGACTT;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=148;WE=74344364;WS=74344346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	74350997	rs475988	T	C	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=59;PP=1869;SC=AGCAGTTCCATAAATGTCATC;SOR=1.931;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=85;WE=74351005;WS=74350987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	74352061	rs672784	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=374;SC=GAAAACTATATTTAGGGAGCA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=74352069;WS=74352051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr3	74474166	rs7619184	T	C	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=3;PP=46;SC=AGACCTTCCTTTCTTTTAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=74474174;WS=74474156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	75386380	rs4677501	T	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=16;PP=736;SC=ATGACTTCAGTGGGTGGATTC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=75386388;WS=75386370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	75679944	rs201399352	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.27;MQRankSum=-5.964;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,52:0.28:189
chr3	75680122	.	C	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.060;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.72;MQRankSum=0.092;QD=5.28;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr3	75680133	rs200731407	G	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.07;MQRankSum=-0.216;QD=20.47;ReadPosRankSum=1.997;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr3	75680143	rs201369225	G	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.12;MQRankSum=-0.057;QD=24.35;ReadPosRankSum=1.004;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr3	75680159	rs200479732	A	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.24;MQRankSum=0.754;QD=29.40;ReadPosRankSum=0.494;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr3	75786440	rs145944373	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.35;QD=25.29;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	75786753	rs3009020	C	T	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=14;PP=831;SC=TACATCCATACGGTTTTTCCC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=75786761;WS=75786743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	75786832	rs11122676	C	T	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=40;PP=1507;SC=TCATTACATACGTAAGGTTTC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=75786840;WS=75786822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	75790972	rs118003039	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.25;QD=27.23;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	75986663	rs12171318	C	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.709;NF=19;NR=1;PP=428;ReadPosRankSum=-0.800;SC=AAGACATGAACGTGTCACTAG;SOR=0.415;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=20;WE=75986671;WS=75986653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr3	75986686	rs62269817	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.880;NF=33;NR=13;PP=650;ReadPosRankSum=-2.686;SC=GGATGTGGACATGGGCTCCGG;SOR=0.245;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=46;WE=75986694;WS=75986676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr3	75986717	rs78834776	G	A	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQRankSum=-5.018;QD=21.27;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,62:0.55:112
chr3	75986717	.	GTG	ATC	2365	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=27;MQ=51.27;NF=46;NR=29;PP=2365;QD=32.2462383315;SC=GATGACTGTGGTGTTTTGGGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=75;WE=75986727;WS=75986707;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:50,75:0.60:125
chr3	75986719	rs62269818	G	C	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQRankSum=-5.693;QD=27.47;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,76:0.68:112
chr3	75986741	.	G	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQRankSum=-0.907;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,21:0.13:166
chr3	75986794	rs80235520	G	A	3532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.835;NF=51;NR=69;PP=1627;ReadPosRankSum=1.298;SC=AGTTGGATGCGAATTTCACTT;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=198;TCF=88;TCR=110;TR=120;WE=75986802;WS=75986784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,101:0.54:186
chr3	75986813	rs77101234	T	A	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.277;NF=38;NR=59;PP=1342;ReadPosRankSum=-3.717;SC=TTTATGATGATATTATGTGAG;SOR=0.769;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=97;WE=75986821;WS=75986803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,78:0.48:162
chr3	75986833	rs73123284	C	T	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.243;NF=21;NR=47;PP=974;ReadPosRankSum=-5.613;SC=GTCTTTGGTTCGACGTTTAAG;SOR=1.240;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=149;TCF=57;TCR=92;TR=68;WE=75986841;WS=75986823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,51:0.38:136
chr3	75986858	rs75670471	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=15.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=-8.566;QD=5.25;ReadPosRankSum=-4.211;SOR=3.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,10:0.13:75
chr3	75986863	rs79216754	C	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=7.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-8.156;QD=1.73;ReadPosRankSum=-2.905;SOR=2.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,5:0.07:68
chr3	75986874	rs7610755	G	C	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=37;PP=1051;SC=CCAGGTTTTTGTTACACGGTA;SOR=1.893;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=52;WE=75986882;WS=75986864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	77542380	.	AT	A	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,29:0.23:126
chr3	78663949	rs4443127	G	A	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.73;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	78663956	rs1027832	G	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.99;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	78663958	.	G	GA	975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.46;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	78664093	rs1027833	C	T	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=147;SC=CAAACTCTTCCAGCAAATAAC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=78664101;WS=78664083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	78666765	rs9839790	T	C	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=12;PP=983;SC=CCCAGCTTGGTGAAAAGTGTT;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=78666773;WS=78666755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	78676422	rs7614084	G	A	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=8;PP=1018;SC=TTCCACTGAGGAGTAGAAATT;SOR=2.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=47;WE=78676430;WS=78676412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	78676467	rs7636043	A	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=30;PP=1386;SC=TAGTGACAACATACCTCCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=78676475;WS=78676457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	78680578	rs6548592	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=337;SC=GAGATAAACATGCTTTTTCAT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=78680586;WS=78680568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	78688958	rs35926083	G	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=28;PP=967;SC=AGCAGCTGATGGAGCAGTCAT;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=78688966;WS=78688948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	78700779	rs3925684	C	A	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=789;SC=TATATTAAAACAAGTTTTAGA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=78700787;WS=78700769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	78706519	rs9818170	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=718;SC=GAGTACTAAACTGTCATGCAC;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=78706527;WS=78706509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	78706553	rs3832208	AT	A	249.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=263;SC=TTCCAAAGTCATTTTTTCCCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=78706561;WS=78706543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	78708810	rs10662787	A	AAT,AATAT	1704.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=8,8;NR=13,13;PP=760,68;SC=TCAGGACATTAATATATATAT;SOR=1.055;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=21,21;WE=78708818;WS=78708800;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.19,0.81:43
chr3	78709044	rs9829907	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=21;PP=596;SC=AATAATAGATGTATTAATACT;SOR=1.542;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=31;WE=78709052;WS=78709034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	78717343	rs2271151	C	T	6398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=106;PP=2965;SC=TTGGTTGCCACGATAATGTGA;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=121;TCR=106;TR=227;WE=78717351;WS=78717333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	78719577	rs9309810	C	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=501;SC=ATTAAAGTAGCAGACATGCAT;SOR=4.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=78719585;WS=78719567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	80491208	rs146446299	A	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.96;QD=27.68;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	81643167	rs2172397	T	C	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=97;PP=2965;SC=AATCTTAAAATTTCCCAGCTA;SOR=1.185;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=65;TCR=97;TR=162;WE=81643175;WS=81643157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	81698130	rs2229519	T	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	81792592	rs3772889	T	C	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=15;PP=1560;SC=TGAACACACATACACCCCCAC;SOR=2.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=69;WE=81792600;WS=81792582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	81810702	rs11391701	A	AG	1633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=27;PP=1212;SC=GAGGCCCGAGAGGTCGAGTGG;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=29;WE=81810710;WS=81810692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	81810725	rs2290081	C	T	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=567;SC=CCTGAGCGGGCGCTGGAGCTC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=81810733;WS=81810715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	86010600	rs9819556	G	A	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=16;PP=1369;SC=CTATCTACATGCATGTTTCAA;SOR=1.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=68;WE=86010608;WS=86010590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	87100309	rs2575753	T	C	8359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=150;PP=2965;SC=ACCACCTTTCTATCTTGAAAC;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=346;TCF=196;TCR=150;TR=346;WE=87100317;WS=87100299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr3	87100434	rs7619398	G	A	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.80;QD=29.29;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	87100893	rs2256481	G	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=35;PP=1188;SC=TTCCCTGCATGAGCAAGAGCA;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=87100901;WS=87100883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	87295049	rs11540913	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=533;SC=CAATGTCTACTACAGCAAAAG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=87295057;WS=87295039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	88188420	rs9813894	G	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=8;PP=1002;SC=ACAGCTCTCAGTACTTCCAAA;SOR=3.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=88188428;WS=88188410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	88189341	rs7653652	T	C	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=87;PP=2965;SC=AGTCACAGGATATTTCAGGCT;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=73;TCR=87;TR=160;WE=88189349;WS=88189331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	88190768	rs7432826	C	A	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=46;PP=1823;SC=ATAAAACTTGCATTAACAGAT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=102;WE=88190776;WS=88190758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	88190809	rs7432838	C	T	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=43;PP=1391;SC=CTGATGAAAACGGTTCAGAAA;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=88190817;WS=88190799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	88199179	rs6551277	T	C	5903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=58;PP=2855;SC=TTGTTGCCGTTGTCTTTCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=105;TCR=63;TR=163;WE=88199200;WS=88199169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr3	88199185	rs11374933	T	TC	5784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.411;NF=49;NR=61;PP=1924;ReadPosRankSum=-0.688;SC=CCGTTGTCTTTCCCCCCCAGT;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=110;WE=88199200;WS=88199169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,235:0.98:241
chr3	88199298	rs6551278	T	C	8307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=166;PP=2965;SC=TATGCGACACTGTCACCAACC;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=138;TCR=166;TR=304;WE=88199306;WS=88199288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr3	89456555	rs3792572	T	A	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=63;PP=1864;SC=ATTCACTTTCTTTGTTGCTTT;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=100;WE=89456563;WS=89456545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	89480265	rs12639506	A	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=33;PP=1984;SC=AGAAATAGGAACGTATCTTAA;SOR=1.336;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=101;WE=89480273;WS=89480255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	89498619	rs1028011	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=468;SC=CTCCTGGTTTATAACACTGAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=89498627;WS=89498609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	89521509	rs73139110	C	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=496;SC=GAAAGGAACACCATATGAAGT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=89521517;WS=89521499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	89521602	rs112297761	T	TC	3250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=23;PP=1720;SC=TTTGGTGTTTTTTTTCTTGCA;SOR=1.075;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=45;WE=89521610;WS=89521592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	89521693	rs35124509	T	C	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=45;PP=1391;SC=TAATGGTGTCTGGACAGCACA;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=89521701;WS=89521683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	89521725	rs1054750	T	C	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=45;PP=1236;SC=TCTTCACGGGTGTGGAGTACA;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=89521733;WS=89521715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	89521820	.	TTG	T	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=346;SC=TTGAACTTTCTTGGCTTGACA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=89521849;WS=89521810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	89521824	rs371736339	CT	C	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	89521825	.	TTGACATGAAA	T	2940	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=2940;QD=20;SC=CTTTCTTGGCTTGACATGAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=89521849;WS=89521810;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	89521828	rs376317195	AC	A	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.29;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	89521831	rs369749467	TGAAAG	T	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	89521838	rs200459033	TTTG	T	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.64;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	89528461	rs12631313	A	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=12;PP=811;SC=CTAGAATATAACATCGTGCAA;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=89528469;WS=89528451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	89528477	rs12636710	G	A	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=13;PP=899;SC=TGCAAATTGTGCTAATTGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=89528485;WS=89528467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	90264768	rs6803112	A	G	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.166;NF=41;NR=30;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TTCACTTTCCACTTTCTGAGG;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=71;WE=90264776;WS=90264758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr3	93605126	rs8178649	A	G	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=680;ReadPosRankSum=-0.293;SC=ATTCAAATCTATTACAGACAA;SOR=0.422;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=50;TCR=5;TR=32;WE=93605134;WS=93605116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr3	93780109	rs61739170	G	C	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=64;PP=2244;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CCTTGTGGAGGTTCCTTGAGT;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=247;TCF=125;TCR=122;TR=131;WE=93780117;WS=93780099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,135:0.53:253
chr3	93813171	rs10934676	C	G	3513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=98;PP=2511;ReadPosRankSum=0.600;SC=AACTGATGGACGCCCAGTAAT;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=391;TCF=172;TCR=219;TR=175;WE=93813179;WS=93813161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,177:0.44:401
chr3	94225786	rs1906643	G	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.431;NF=14;NR=5;PP=262;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TTCTTTATATGCTGAAATAGC;SOR=0.906;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=19;WE=94225794;WS=94225776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr3	97194422	rs7624823	T	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=616;SC=AGGGATCCCATAAGAATCCAC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=97194430;WS=97194412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	97356617	rs62262805	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.232;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=304;ReadPosRankSum=0.479;SC=TGCTTATCTTCATTTGATCCA;SOR=0.110;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=17;WE=97356625;WS=97356607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr3	97466432	rs79617067	T	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=632;ReadPosRankSum=0.546;SC=TGATACTAGGTTTATTACTGT;SOR=0.465;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=18;TCR=68;TR=39;WE=97466440;WS=97466422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr3	97467361	rs138837886	ATCTC	A	2761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.870;NF=31;NR=18;PP=2070;ReadPosRankSum=0.039;SC=CATATTCTGTATCTCTCTCTC;SOR=0.668;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=49;WE=97467374;WS=97467351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,77:0.57:134
chr3	97499654	rs10935082	T	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=0.431;SC=ACATTTCCTATTTTAAAAAAT;SOR=0.045;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=97499662;WS=97499644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr3	97541018	rs974572	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=382;ReadPosRankSum=0.251;SC=CCGTTCCCTTCAGACAGCCCC;SOR=0.165;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=29;WE=97541026;WS=97541008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr3	97605677	rs831902	A	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=347;ReadPosRankSum=0.176;SC=AATAGATGACATACATTTTTC;SOR=0.163;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=22;WE=97605685;WS=97605667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr3	97611916	rs1506441	A	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-2.099;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr3	97619250	rs5851085	C	CAACTA	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=287;ReadPosRankSum=-0.056;SC=TTCAAAAAGACAGATTATGTG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=7;WE=97619258;WS=97619240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr3	97651884	rs4857298	A	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=25;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.419;SC=AATTCCCCAGACACAAGGATA;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=73;WE=97651892;WS=97651874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,75:0.54:140
chr3	97660106	rs4857302	A	C	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=670;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TAGTGGAAAGAATACTCAGAT;SOR=0.812;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=49;WE=97660114;WS=97660096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,55:0.34:160
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chr3	97664725	rs2172257	C	T	3891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=91;PP=2623;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TTTTCTTGAGCTTCATCCTTT;SOR=0.613;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=383;TCF=175;TCR=208;TR=174;WE=97664747;WS=97664715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,185:0.46:399
chr3	97666183	rs2307808	TCTC	T	3808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=2558;ReadPosRankSum=-0.862;SC=AGACAGGAAATCTCCTCCTCT;SOR=0.858;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=59;WE=97666193;WS=97666173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,99:0.52:191
chr3	97673268	rs832079	A	C	5354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=82;PP=2965;SC=TCACGTGAGTAGAGTGGGCCA;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=112;TCR=82;TR=194;WE=97673276;WS=97673258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	97677897	rs55907650	T	G	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=73;PP=2135;ReadPosRankSum=-3.296;SC=TCACATACCTTCAGCATAAAC;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=154;TCR=135;TR=155;WE=97677905;WS=97677887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,169:0.54:311
chr3	97686575	rs699304	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=486;ReadPosRankSum=-0.339;SC=CCATTACACCTTCGTGAGAAC;SOR=1.079;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=24;WE=97686583;WS=97686565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr3	97726747	rs832032	T	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=49;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CATTGTAGGCTTCTAAAACAT;SOR=0.906;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=123;TCF=28;TCR=95;TR=62;WE=97726755;WS=97726737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr3	97727727	rs832030	G	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=612;ReadPosRankSum=-1.051;SC=TTAAGAGCATGCTTATTTACA;SOR=1.466;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=107;TCF=88;TCR=19;TR=35;WE=97727735;WS=97727717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr3	97727753	rs832029	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=17;PP=868;ReadPosRankSum=-1.990;SC=GTATGTGATGGTGTGTTCAAA;SOR=0.938;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=184;TCF=131;TCR=53;TR=66;WE=97727761;WS=97727743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,72:0.37:194
chr3	97731434	rs11426005	C	CA	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=-0.178;SC=AAAAAGAGACCAAAAAAACCA;SOR=1.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=15;WE=97731442;WS=97731424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr3	97753931	rs832070	T	C	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=614;ReadPosRankSum=0.076;SC=AAACAGCATGTCAGGGGAAAT;SOR=0.343;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=7;TCR=60;TR=30;WE=97753939;WS=97753921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr3	97805954	rs13082722	T	C	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.81;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	97805954	.	TACCG	CACCA,CACCG	574	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=20,50;NR=2,7;PP=337,574;QD=17.7485397665;SC=AATAAAATGCTACCGCTTTGT;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=22,57;WE=97805966;WS=97805944;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.39:57
chr3	97805958	rs77803081	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr3	97806175	rs76549762	C	A	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=66;PP=2427;ReadPosRankSum=0.154;SC=TAATTTGGAACGACCCCCATC;SOR=0.645;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=334;TCF=189;TCR=145;TR=146;WE=97806183;WS=97806165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,153:0.44:345
chr3	97806616	rs4518168	G	A	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-5.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=51;PP=1942;ReadPosRankSum=1.041;SC=ACGCACTAATGATATTTATTT;SOR=0.888;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=203;TCF=117;TCR=86;TR=126;WE=97806624;WS=97806606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,128:0.62:206
chr3	97806944	rs80220955	T	C	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=5.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=1074;ReadPosRankSum=-1.043;SC=TATAAGGAAGTAAACAGTTCC;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=140;TCF=38;TCR=102;TR=57;WE=97806952;WS=97806934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,59:0.40:146
chr3	97806999	rs6439602	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=522;ReadPosRankSum=1.084;SC=TTTGCATAAATAAGTCAACAA;SOR=0.420;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=30;WE=97807007;WS=97806989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr3	97851998	rs9845327	A	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.816;NF=7;NR=16;PP=524;ReadPosRankSum=0.537;SC=TGTAGGTGGTATTCTTCATGC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=23;WE=97852006;WS=97851988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr3	97852083	rs9826076	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.59;MQRankSum=-1.497;QD=12.54;ReadPosRankSum=2.092;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr3	97868419	rs4241468	G	A	4750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.600;NF=112;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=1.351;SC=CTTACTCCTTGGGAATTTAGC;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=381;TCF=200;TCR=181;TR=211;WE=97868427;WS=97868409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,216:0.55:390
chr3	97868795	rs4857076	A	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.010;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=923;ReadPosRankSum=0.120;SC=AAGATTTCTTATACTGATTCC;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=56;WE=97868803;WS=97868785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,64:0.70:92
chr3	97868970	rs12639519	T	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=188;ReadPosRankSum=1.566;SC=ATCTCTTATCTGTATCTTTAT;SOR=1.218;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=11;WE=97868978;WS=97868960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr3	97887865	rs4133320	G	A	7036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.640;NF=159;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=0.732;SC=TGCAATTGGCGTAACCACAGA;SOR=0.539;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=620;TCF=295;TCR=325;TR=321;WE=97887873;WS=97887855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,337:0.53:639
chr3	97887985	rs4133321	T	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.613;NF=5;NR=48;ReadPosRankSum=0.877;SC=ATTAATCTTGTCATATATAGC;SOR=1.193;Source=Platypus;TCF=12;TR=53;WE=97887993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr3	97888042	rs4133322	A	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.306;NF=10;NR=15;PP=454;ReadPosRankSum=0.960;SC=ATTCAGACTAACCTTCTGTAA;SOR=0.817;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=25;WE=97888050;WS=97888032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr3	97888197	rs7623031	C	T	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.576;NF=51;NR=43;PP=1235;ReadPosRankSum=1.584;SC=TTATATCTTACACATTTGTTC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=103;TCR=88;TR=94;WE=97888205;WS=97888187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,102:0.49:209
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chr3	97983040	rs4241470	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=477;ReadPosRankSum=0.885;SC=TCAATTATAGCACTGATCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=32;WE=97983048;WS=97983030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
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chr3	97983711	rs9853887	T	C	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=66;PP=1328;ReadPosRankSum=1.107;SC=ACACTTTTACTGTGACATTAT;SOR=1.016;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=48;TCR=120;TR=90;WE=97983719;WS=97983701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,95:0.55:172
chr3	97983942	rs9853906	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=273;ReadPosRankSum=-0.681;SC=TGGCCCCCTCACCTTCAAATA;SOR=1.474;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=19;WE=97983950;WS=97983932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr3	98001777	rs72487753	G	C	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.163;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=18;PP=1702;ReadPosRankSum=-0.535;SC=ATTGCTGACAGAGTTTGTTCT;SOR=1.122;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=184;TCF=142;TCR=42;TR=97;WE=98001785;WS=98001767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,100:0.53:190
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chr3	98002587	rs16839611	A	G	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=99;PP=2917;SC=TTATACAATCATAATTCCTTT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=74;TCR=99;TR=173;WE=98002595;WS=98002577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	98188250	rs56336891	T	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=178;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GGTAATTCCTTTATGGAAATT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=9;WE=98188258;WS=98188240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr3	98225441	rs1132750	A	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=1.850;SC=GGCTGAAGTCATCTGAAGGCT;SOR=0.124;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=11;WE=98225449;WS=98225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr3	98225660	rs3762660	T	G	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.985;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.05;MQRankSum=1.169;NF=48;NR=36;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CACATGATCTTTAGGACCTCA;SOR=0.526;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=84;WE=98225668;WS=98225650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,90:0.43:211
chr3	98240317	rs142862428	T	TA	2822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.371;NF=8;NR=54;PP=2585;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GAAGATAAGTTAGAGTTTACG;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=17;TCR=108;TR=62;WE=98240325;WS=98240307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,91:0.52:175
chr3	98250986	rs2230344	C	T	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=80;PP=2278;ReadPosRankSum=-0.550;SC=TGTCTTCCTTCCAGTCTTTTA;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=252;TCF=118;TCR=134;TR=147;WE=98250994;WS=98250976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,149:0.57:262
chr3	98252027	rs1529047	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=0.431;SC=CAACAAAGAAGGAAGTGTTAA;SOR=1.961;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=13;WE=98252035;WS=98252017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr3	98281349	rs9850648	G	T	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=55;PP=1230;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TCTAATAGCTGGTATCAAAAT;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=73;TCR=118;TR=87;WE=98281357;WS=98281339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,86:0.43:201
chr3	98304467	rs1729995	T	C	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1439;ReadPosRankSum=0.217;SC=TGCCCCGCCGTTCTCCACGAT;SOR=0.777;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=94;WE=98304475;WS=98304457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,99:0.49:204
chr3	98487121	rs3217579	TAGTG	T	1555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.365;NF=32;NR=1;PP=1448;ReadPosRankSum=-1.547;SC=TCTGCACGTTTAGTGAGTATT;SOR=2.701;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=59;TCF=53;TCR=6;TR=33;WE=98487132;WS=98487111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr3	98487206	rs3213958	A	G	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.500;NF=74;NR=33;PP=1791;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CTTATATTTGAGCCATTGTGA;SOR=0.930;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=263;TCF=171;TCR=92;TR=107;WE=98487214;WS=98487196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,116:0.43:271
chr3	98489686	rs1440153	A	G	3257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=57;PP=2203;ReadPosRankSum=-0.860;SC=AGGGTGCCCGATTCTGGTTTC;SOR=0.555;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=285;TCF=181;TCR=104;TR=151;WE=98489703;WS=98489676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,151:0.52:292
chr3	98489915	rs1440152	C	G	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=758;ReadPosRankSum=0.731;SC=AAGTGGACACCCCATATTTAA;SOR=0.557;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=47;WE=98489923;WS=98489905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr3	98490141	rs844160	A	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=378;ReadPosRankSum=0.634;SC=ACCCTTATTAATTTGTGGCTT;SOR=0.425;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=26;WE=98490149;WS=98490131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr3	98491619	rs2334230	G	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=624;ReadPosRankSum=0.624;SC=AAATATAGTAGGTATTTGGCA;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=71;TCR=10;TR=38;WE=98491627;WS=98491609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr3	98501080	rs3772100	C	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=1132;ReadPosRankSum=-1.095;SC=ATGAGGCTTCCGCCTGCTGGA;SOR=0.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=86;WE=98501088;WS=98501070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,95:0.42:227
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chr3	98503683	rs704585	C	T	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=20;PP=1279;ReadPosRankSum=-1.251;SC=TTTCTACTTGCGCAACAAGTG;SOR=0.475;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=141;TCF=106;TCR=35;TR=75;WE=98503691;WS=98503673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,78:0.53:147
chr3	98503776	rs999147	A	G	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=71;PP=1781;ReadPosRankSum=0.178;SC=TCACTTGTCCATCTGTCCAAC;SOR=0.672;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=312;TCF=153;TCR=159;TR=137;WE=98503784;WS=98503766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,142:0.43:332
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chr3	98507134	rs73136057	C	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=860;ReadPosRankSum=1.804;SC=AAACAGACAGCCACACTGTTC;SOR=0.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=56;WE=98507142;WS=98507124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
chr3	98518160	rs62821060	T	TA,TAA	1549.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.748;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,42,18:0.63,0.27:67
chr3	98519481	rs1822017	G	A	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=46;PP=1625;ReadPosRankSum=0.713;SC=GATTAACTTCGCTGCTGCTAT;SOR=0.559;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=221;TCF=134;TCR=87;TR=113;WE=98519489;WS=98519471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,122:0.51:237
chr3	98520602	rs9860216	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=355;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TCCTGTGTCCAAGTGTTCTCA;SOR=0.752;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=17;WE=98520610;WS=98520592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr3	98531342	rs9814819	A	G	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=797;ReadPosRankSum=0.690;SC=AAAAAACAACAAAAAATTGGT;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=28;TCR=75;TR=48;WE=98531350;WS=98531332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr3	98536571	rs1440150	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=847;ReadPosRankSum=0.785;SC=CAACCACCCATTTAAAAAATG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=43;WE=98536579;WS=98536561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr3	98540931	rs9843214	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=-1.059;SC=AGCACACTAATGTGAGTGCTT;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=11;WE=98540939;WS=98540921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr3	98541012	rs866873	G	A	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=34;PP=2756;SC=TCTTAGCCCAGTGCTACCCAG;SOR=1.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=93;TCR=34;TR=127;WE=98541020;WS=98541002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	98542194	rs6440159	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=144;ReadPosRankSum=1.025;SC=AAATTTAAGAGCTAAATGATA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=98542202;WS=98542189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	98542485	rs142035943	G	GAAGAA	1412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=1056;SC=ATTCTGCTATGAAGTCATGCT;SOR=2.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=18;WE=98542493;WS=98542475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	98542536	rs9845558	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=-1.209;SC=AAGTAACACAATAATTCAGTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=6;WE=98542544;WS=98542526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr3	98544304	rs73138004	T	C	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=538;ReadPosRankSum=-0.093;SC=TGTACTACTCTAATTTTCAAA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=41;WE=98544312;WS=98544294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr3	98544353	rs828622	G	A	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=25;PP=741;SC=TAAAAACTTTGCCAACTTTTG;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=98544361;WS=98544343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	98619997	rs17852693	G	C	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=892;ReadPosRankSum=0.502;SC=CGAGCAGCAGGAGCAGGACAA;SOR=0.706;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=64;WE=98620005;WS=98619987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,73:0.49:150
chr3	99643176	rs793440	C	T	8145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.344;SC=GGTTTGCCTACGGGATTTTTC;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=136;TCR=151;TR=285;WE=99643201;WS=99643166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,298:1.00:299
chr3	99860401	rs7629487	G	A	7515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=136;PP=2965;SC=TCAAGAGTTTGTGCAAGCAAA;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=127;TCR=137;TR=261;WE=99860409;WS=99860391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr3	99886662	rs11537816	G	A	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=798;ReadPosRankSum=0.335;SC=CAGCTCGGCCGTCCGAGCCCT;SOR=0.857;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=230;TCF=119;TCR=111;TR=71;WE=99886670;WS=99886652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,76:0.32:241
chr3	100015146	rs3772698	G	T	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1210;ReadPosRankSum=-1.301;SC=GACCAACTATGTTGTATTTCA;SOR=0.543;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=79;WE=100015154;WS=100015136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,90:0.74:121
chr3	100015166	rs3772697	C	T	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=744;ReadPosRankSum=1.343;SC=ATATTTTGTACATTGTTTTAT;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=54;WE=100015174;WS=100015156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr3	100015249	rs5851199	AT	A	153.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=0.778;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	100016726	rs3832199	A	AT	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.089;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr3	100029173	rs4928168	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=344;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AGTCTATAACATGTAGATAAC;SOR=2.419;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=22;WE=100029181;WS=100029163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr3	100030628	rs3217495	A	AT	1852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.840;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=989;ReadPosRankSum=1.513;SC=AAGCTGTTGCATTTTTTTTAT;SOR=1.583;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=53;WE=100030636;WS=100030618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,79:0.63:126
chr3	100034849	rs4928169	A	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=386;ReadPosRankSum=0.594;SC=GTAAGGAATAATTACATTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=19;WE=100034857;WS=100034839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr3	100092229	rs62274148	G	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
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chr3	100277476	rs7645690	G	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=624;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CTCTTTGCCTGTAACTTCTCT;SOR=1.312;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=35;WE=100277484;WS=100277466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr3	100277514	rs7645700	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.463;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=-0.582;SC=GTTTGCTCCCGGAGACTTCCC;SOR=1.755;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=21;WE=100277522;WS=100277504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr3	100295733	rs7427360	A	G	9881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=187;NR=144;PP=2965;SC=CTATTTTAAAAACCGTCTAAC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=187;TCR=144;TR=331;WE=100295741;WS=100295723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr3	100352043	rs610854	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=4;PP=588;SC=TAGTTATTGCCTAAAAATAAT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=100352051;WS=100352033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	100354524	rs1144122	A	G	6106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=69;PP=2965;SC=AAAACAGGTAAAGGATGTCAC;SOR=1.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=140;TCR=69;TR=208;WE=100354532;WS=100354514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	100354698	rs1718281	T	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=3.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	100368692	rs1144118	A	G	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=109;PP=2965;SC=AGAAATTGCTATCTTGATATA;SOR=1.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=59;TCR=109;TR=168;WE=100368700;WS=100368682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	100438797	.	CT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr3	100472848	rs905604	T	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=0.649;SC=TTTGCTTTGTTTTGGAAATTG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=14;WE=100472856;WS=100472838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr3	100548610	.	T	C	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=47;PP=1128;ReadPosRankSum=-1.684;SC=AAATGTTTCTTTTGGGTTTGA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=18;TCR=92;TR=56;WE=100548618;WS=100548600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,55:0.50:111
chr3	100594326	rs3839090	CGGCATA	C	3036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.958;NF=15;NR=34;PP=2390;ReadPosRankSum=0.286;SC=TGCTTAATCTCGGCATAGATT;SOR=0.471;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=49;WE=100594339;WS=100594316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,82:0.44:185
chr3	100605206	rs1987384	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-0.042;SC=AAAATCACAGAGGGATTCAGA;SOR=0.195;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=14;WE=100605214;WS=100605196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr3	100617680	rs2245370	C	T	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=75;PP=2965;SC=ACAGGAAGACCGAGCTCGGTG;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=186;WE=100617688;WS=100617670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	100621426	rs2576365	C	A	6719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=145;NR=93;PP=2965;SC=GTTCAAAGTTCATAAAAGAAA;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=145;TCR=93;TR=238;WE=100621434;WS=100621416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	100945069	.	TTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	T,TTA	201.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.1;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=2063;SC=CTTCTAAACTTTATATATATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=100945114;WS=100945059;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
chr3	100945983	rs486352	A	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=0.105;SC=TGTGCTAAAAATTTTTTTAAT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=100945991;WS=100945973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	100946742	rs521661	T	G	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=998;ReadPosRankSum=1.144;SC=AAGGGGCAGGTGTTCCACTCA;SOR=0.479;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=80;TCR=91;TR=75;WE=100946750;WS=100946732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,83:0.44:190
chr3	100949842	rs348867	G	A	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.280;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1161;ReadPosRankSum=1.157;SC=GGTGTGCTTGGAGAGTCCTGA;SOR=0.942;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=192;TCF=111;TCR=81;TR=86;WE=100949850;WS=100949832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,85:0.43:196
chr3	100963154	rs571391	G	A	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=89;PP=2874;ReadPosRankSum=0.359;SC=TGGAAAGTGTGTGGATCTGTC;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=420;TCF=221;TCR=199;TR=185;WE=100963162;WS=100963144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,188:0.44:429
chr3	100976755	rs7613046	G	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=593;ReadPosRankSum=-1.406;SC=TCTCTGAAAAGCCTGGACAAC;SOR=0.869;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=73;TCF=12;TCR=61;TR=32;WE=100976763;WS=100976745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr3	100992385	rs348866	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=477;ReadPosRankSum=0.821;SC=ACTAACATAGCAGGCATACTG;SOR=0.409;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=61;TCR=10;TR=31;WE=100992393;WS=100992375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr3	100994497	rs533852	C	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CAAAACAGAGCATCACTCACA;SOR=0.720;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=76;WE=100994505;WS=100994487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,78:0.44:178
chr3	101038339	rs546090	G	A	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=8;PP=2000;SC=CTAAATTATCGTAAATTTTGA;SOR=4.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=73;TCR=8;TR=81;WE=101038347;WS=101038329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	101039107	rs573908	A	C	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=13;PP=965;SC=TGGAAAGATAAAAACAAATGT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=101039115;WS=101039097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr3	101051794	rs2068494	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.853;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=1.459;SC=ATTGAAATATCTTAAATTTAG;SOR=0.283;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=101051802;WS=101051784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr3	101060716	rs6441598	T	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=397;ReadPosRankSum=0.643;SC=AATGTGACTTTAAAAATCCCT;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=25;WE=101060724;WS=101060706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr3	101066717	rs2433031	T	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=332;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TATACTCACATTGCTGGCTTA;SOR=0.954;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=24;WE=101066725;WS=101066707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr3	101066964	rs7636229	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=159;ReadPosRankSum=1.509;SC=AAACATTATATGACACTTGTT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=101066972;WS=101066954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr3	101066992	rs2553421	A	T	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=126;SC=TACTTTTTTTAAAAAAAAGAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=101067000;WS=101066982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	101080694	rs7616677	T	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=600;ReadPosRankSum=0.423;SC=ATGGGCATAATTCAGATGACA;SOR=0.900;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=44;WE=101080702;WS=101080684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr3	101080751	.	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=0.229;SC=TTAAGTACTATATAAATGCTG;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=18;WE=101080759;WS=101080741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr3	101085413	rs939443	G	A	4770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AGTTCTCAACGGTTTCAGTGG;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=414;TCF=197;TCR=217;TR=219;WE=101085421;WS=101085403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,223:0.53:424
chr3	101085683	rs58636547	TAAAAA	T	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.157;NF=0;NR=6;PP=166;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TTTAAATTCCTAAAAAAAAGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=101085695;WS=101085673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr3	101136385	rs4482646	C	A	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-6.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=4;PP=958;ReadPosRankSum=0.684;SC=GTACGGGATTCATATTATTTC;SOR=0.326;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=71;TCR=5;TR=47;WE=101136393;WS=101136375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr3	101136402	rs9859077	G	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=2;PP=821;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TTTCAAATGTGGTAAGTTGAA;SOR=2.164;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=115;TCF=102;TCR=13;TR=41;WE=101136410;WS=101136392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,42:0.36:117
chr3	101177644	rs12496159	A	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=7.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=1;PP=945;ReadPosRankSum=-0.289;SC=AAAATCACAGAAAGTTAGAGA;SOR=1.457;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=97;TCF=93;TCR=4;TR=44;WE=101177652;WS=101177634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr3	101212889	rs3846088	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=0.682;SC=AACCACTATACTACCCTGCAT;SOR=1.942;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=11;WE=101212897;WS=101212879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr3	101219818	rs7619540	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.118;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=0.265;SC=GTTTTATACTGTTTTCTTTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=9;WE=101219826;WS=101219808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr3	101219889	rs7621830	G	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.850;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,44:0.46:96
chr3	101231871	rs9681493	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=633;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CAGCTGCCGCCTGCGCCTCCC;SOR=0.876;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=46;WE=101231879;WS=101231861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr3	101231921	rs9682313	T	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,113:0.51:220
chr3	101232057	rs9682739	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-0.783;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr3	101299031	rs144008875	CAAT	C	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=-0.465;SC=AATTTTATCTCAATAAAGCTG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=101299041;WS=101299021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr3	101304414	rs3804776	G	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=0.014;SC=GAAGGTATTAGTGGCAAATTA;SOR=1.230;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=20;WE=101304422;WS=101304404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr3	101308846	rs6441614	G	A	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=142;SC=TTTTTCAGCAGTTTTTTTTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=101308854;WS=101308843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	101308874	rs3762729	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=-2.065;SC=AAATCAGCACCGTAGAAGACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=101308882;WS=101308864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	101371899	rs2303474	G	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=642;SC=CAACTTAAAAGAATTCCCTAA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=101371907;WS=101371889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	101383321	rs13081846	T	C	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=0;PP=1857;SC=AACCATGCAGTAAGTTGGATT;SOR=8.526;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=66;TCR=0;TR=66;WE=101383329;WS=101383311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	101383562	rs11712748	G	A	7905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=190;PP=2965;SC=GAGCCACCTAGTAAGGGATAG;SOR=1.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=81;TCR=190;TR=270;WE=101383570;WS=101383552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	101383800	rs11720934	C	T	14253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=309;NR=171;PP=2965;SC=ACCCTTCTTACATCATACCTG;SOR=1.403;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=480;TCF=309;TCR=171;TR=480;WE=101383808;WS=101383790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr3	101389864	rs9837549	T	C	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=155;NR=37;PP=2965;SC=CTACTGTTGTTAGTGGGCTTC;SOR=2.930;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=156;TCR=37;TR=192;WE=101389872;WS=101389854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	101400167	rs3094296	T	C	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=82;PP=2890;SC=TCTTAGTAATTTAACTGCATT;SOR=1.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=54;TCR=82;TR=136;WE=101400175;WS=101400157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	101443461	rs994573	T	C	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=7;PP=1148;SC=CTCCTTCAGATTACAAGCTCC;SOR=2.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=51;WE=101443469;WS=101443451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	101446207	rs3070526	AAT	A	7976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=36;PP=2965;SC=TAAAAATAACAATATGTTTCC;SOR=2.494;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=140;TCF=97;TCR=43;TR=128;WE=101446216;WS=101446197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	101484335	rs2625282	G	A	9170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=1.596;SC=CAGAAGTTCAGGGGCAGCAGC;SOR=0.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=131;TCR=167;TR=297;WE=101484343;WS=101484325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr3	101504624	rs2625289	A	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=590;SC=TTATCGGAAGATTATCGTAGT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=101504632;WS=101504614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	101520981	.	A	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=308;ReadPosRankSum=0.598;SC=TAAAAAAAAAAACATAGATTT;SOR=0.297;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=18;WE=101520989;WS=101520971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr3	101571550	rs587555	A	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=691;SC=GTCATTTTGTATACACTAAAT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=101571558;WS=101571540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	101572822	rs2925334	C	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=20;PP=534;SC=GTTGGCTAACCAAGATGACTG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=101572830;WS=101572812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	101573345	rs11309019	AT	A	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,24:0.22:108
chr3	101574503	rs677011	G	A	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=11;PP=667;SC=GCCATCCTCAGCATTTGTCAT;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=101574511;WS=101574493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	101575882	rs595788	T	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=7.306;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.59;ReadPosRankSum=2.167;SOR=2.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,75:0.91:82
chr3	101576029	rs3217713	T	TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC	16134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=43;PP=2965;SC=AATGCAAAGGTACACCAGAGT;SOR=1.243;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=83;WE=101576037;WS=101576018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr3	101576175	rs14134	T	C	9462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=1.993;SC=TGCTGCCAGCTTGCAGTATCG;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=314;TCF=115;TCR=199;TR=313;WE=101576183;WS=101576165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,325:1.00:326
chr3	102157283	rs11340850	GT	G	3099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.382;NF=38;NR=34;PP=2527;ReadPosRankSum=-1.385;SC=GAGTGAAGGAGTTAAGTGGGA;SOR=0.532;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=72;WE=102157291;WS=102157273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,100:0.52:194
chr3	102157365	rs6784362	A	T	4289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.111;NF=106;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.327;SC=GCTTCTAACAATTAGAGTGCT;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=457;TCF=240;TCR=217;TR=207;WE=102157373;WS=102157355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,209:0.45:465
chr3	102157417	rs6784389	A	G	4128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.253;SC=TGTGATGCCAACCTCCACAGT;SOR=0.934;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=425;TCF=192;TCR=233;TR=195;WE=102157425;WS=102157407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,196:0.45:434
chr3	102172106	rs11708291	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=349;ReadPosRankSum=1.445;SC=ACAAATCACTTTCCTTTGCCT;SOR=0.641;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=17;WE=102172114;WS=102172096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr3	102174936	rs62272486	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=222;ReadPosRankSum=1.159;SC=AGTTGAACTAGACTCTAGAAT;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=11;WE=102174944;WS=102174934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	102176799	rs75957873	C	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=878;ReadPosRankSum=1.307;SC=CCACATTAACCCTGTTATGCC;SOR=0.340;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=10;TCR=69;TR=44;WE=102176807;WS=102176789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr3	102181131	rs12054046	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=415;ReadPosRankSum=-0.134;SC=TTAGGATTCAACCTACAACCA;SOR=1.302;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=28;WE=102181139;WS=102181121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr3	105238890	rs11291806	CT	C	18610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;MQRankSum=0.172;QD=42.20;ReadPosRankSum=1.211;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,440:1.00:441
chr3	105238901	rs2291376	T	C	19543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.162;NF=257;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=0.737;SC=TTTTTTTTTTTCCCCCAAAGG;SOR=0.372;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=474;TCF=276;TCR=198;TR=451;WE=105238912;WS=105238878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,476:1.00:477
chr3	105252377	rs2171146	G	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=823;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CATTGCCTGAGTTTCTGGAGT;SOR=0.432;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=64;TCR=14;TR=45;WE=105252385;WS=105252367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr3	105252398	rs148287455	A	C	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=814;ReadPosRankSum=0.236;SC=TTCCAAATTGACAGCCCCTGA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=87;TCR=40;TR=48;WE=105252406;WS=105252388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,50:0.38:132
chr3	105260518	rs579565	G	A	4430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=89;PP=2681;ReadPosRankSum=1.129;SC=CTTACACACTGACGGATGTGA;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=367;TCF=198;TCR=169;TR=189;WE=105260526;WS=105260508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,208:0.52:398
chr3	105260596	rs599278	T	C	6631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=114;PP=2965;SC=CTTCAACAGCTATCACAGTTC;SOR=1.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=97;TCR=114;TR=211;WE=105260604;WS=105260586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	105404031	rs16851440	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=247;ReadPosRankSum=0.345;SC=GGAAATGGTATAATAGGAAGA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=14;WE=105404039;WS=105404021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr3	105412286	rs10635036	C	CTT	2032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=1022;SC=CAAAACCACTCTACCATATCT;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=26;WE=105412294;WS=105412276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	105422844	rs2305037	C	T	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=43;PP=2007;SC=TTGGTGAACCCGTTGGGCTGC;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=123;WE=105422852;WS=105422834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	105438806	rs7624400	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=585;ReadPosRankSum=0.631;SC=ACTCAAATACGCTGAGTCATA;SOR=1.123;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=33;WE=105438814;WS=105438796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr3	105452751	rs1992520	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=3;PP=652;SC=TCATTTCAAACAAAGCACTTA;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=105452759;WS=105452741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	105453034	rs6768096	A	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=53;PP=1590;SC=TTTCCAGCACAAATTGTTAGT;SOR=2.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=105453042;WS=105453024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	105455955	rs2289746	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr3	105468330	rs1443098	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=273;SC=TGTCCACATACTAAATAGCAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=105468338;WS=105468329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	105495175	rs3836269	CT	C	1272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.494;NF=33;NR=5;PP=1160;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CCATATCCAACTGGAGGGAGG;SOR=0.444;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=66;TCR=10;TR=38;WE=105495183;WS=105495165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
chr3	105495432	rs9809911	G	T	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=127;PP=2965;SC=TAAACACCTAGATGCATGCAA;SOR=2.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=45;TCR=127;TR=172;WE=105495440;WS=105495422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	105586538	rs2221379	G	A	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=997;SC=TTCCTCCATCGATTAGAGCAA;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=37;WE=105586546;WS=105586528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	105588069	rs11711088	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=501;ReadPosRankSum=-1.280;SC=CTCGCAGCACGTCAGAAAGGA;SOR=0.567;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=38;WE=105588077;WS=105588059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr3	107447857	rs3761963	T	A	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=125;PP=2965;SC=GGGCAATACATTTCGGCAGCA;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=63;TCR=125;TR=188;WE=107447865;WS=107447847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	107451907	rs4855764	C	T	10139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=185;PP=2965;SC=TCTGCTCATACTGTGGGTTGG;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=352;TCF=167;TCR=185;TR=352;WE=107451915;WS=107451897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr3	107463456	rs3838316	TG	T	5953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=42;PP=2957;SC=AAAGAAAATATGATATCTTTC;SOR=1.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=99;WE=107463464;WS=107463446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	107491758	rs34531902	TAGA	T	1697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.032;NF=10;NR=18;PP=1093;ReadPosRankSum=-1.883;SC=AAGGAAGAGTTAGAAGAAGAT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=28;WE=107491768;WS=107491748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr3	107519843	rs1532325	T	C	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=3;PP=1986;SC=TGGTAGAGAATGTTAGCTCTT;SOR=5.549;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=75;TCR=3;TR=78;WE=107519851;WS=107519833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	107524112	rs3840144	G	GT	2167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=4;PP=2324;SC=AGTAACAGCAGTAACTGTTAA;SOR=4.443;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=51;WE=107524120;WS=107524102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	107646728	rs4855779	G	A	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=1;PP=642;SC=AGGACGCAGAGATCCATTACT;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=107646736;WS=107646718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	107646807	rs9837335	G	T	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=28;PP=2116;SC=CGGGCTGCCCGGGACTTCATC;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=102;WE=107646815;WS=107646797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	107646895	rs9861097	T	C	12741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=265;NR=183;PP=2965;SC=CAGCCGCTCTTCCGGGAGCGC;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=455;TCF=266;TCR=189;TR=448;WE=107646903;WS=107646885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr3	107647001	rs35976982	CA	C	10974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=0.307;QD=24.23;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,440:0.97:453
chr3	107789967	.	G	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=291;ReadPosRankSum=0.285;SC=CCCCAGAACAGGAGTATAGCA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=25;WE=107789975;WS=107789957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr3	107809798	rs445541	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=12;PP=367;SC=CGCAGGTGTCCGGAGCAGCAG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=107809806;WS=107809788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	107884211	rs327167	T	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=2;PP=1100;SC=GTTAAACCATTTGTAGGTTCT;SOR=5.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=107884219;WS=107884201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	107910327	.	CT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr3	107925396	rs3213994	G	A	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=16;PP=1213;SC=GGCCAACAACGGTTTCTACTC;SOR=1.379;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=107925404;WS=107925386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	108070556	rs9846218	T	C	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=2;PP=975;ReadPosRankSum=-0.144;SC=AACAATTATTTGTATGAATGT;SOR=2.604;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=91;TCF=83;TCR=8;TR=47;WE=108070564;WS=108070546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr3	108072243	rs6766283	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=645;ReadPosRankSum=-1.820;SC=GGCATTAATTCTCTTTATAAC;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=37;WE=108072251;WS=108072233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr3	108072298	rs6779254	T	C	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1207;ReadPosRankSum=0.159;SC=GCTTTCTTCATTTATGTTCCT;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=70;WE=108072306;WS=108072288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,77:0.62:124
chr3	108072704	rs6779650	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=598;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TTTCCTAATATGCCATGAGCT;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=36;WE=108072712;WS=108072694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr3	108081175	.	CT	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=9.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=3.188;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,27:0.18:153
chr3	108081277	rs6779094	C	A	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.021;NF=61;NR=71;PP=1807;ReadPosRankSum=0.925;SC=TGATTTGGAGCGTAAAATGTT;SOR=0.521;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=267;TCF=117;TCR=150;TR=132;WE=108081285;WS=108081267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,132:0.49:267
chr3	108095365	rs2124736	G	A	2933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=67;PP=1776;ReadPosRankSum=0.821;SC=CTCCTGGTGAGCGCTGTCCCA;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=317;TCF=166;TCR=151;TR=141;WE=108095373;WS=108095355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,149:0.45:329
chr3	108096098	rs1463426	C	G	8134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=175;NR=98;PP=2965;SC=ATTTTTCTTGCTTCTAGCCTC;SOR=1.427;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=176;TCR=98;TR=273;WE=108096106;WS=108096083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	108096227	rs1463425	G	C	6773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=154;PP=2965;SC=GCCTGTCGGAGCAGACAATTC;SOR=1.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=72;TCR=154;TR=226;WE=108096235;WS=108096217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	108107704	rs1463431	C	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=1;PP=1156;SC=TGAAGGAGAACAAAGATGAAG;SOR=5.376;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=45;WE=108107712;WS=108107694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	108107925	rs7616341	C	A	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=85;PP=2315;ReadPosRankSum=-0.098;SC=CACGAACCTGCAACCAAAACG;SOR=0.519;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=329;TCF=152;TCR=177;TR=165;WE=108107933;WS=108107915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,172:0.50:347
chr3	108110570	rs74660263	G	A	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=10;PP=742;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TCTTGAATTGGGGACTGTCAA;SOR=0.573;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=91;TCR=22;TR=48;WE=108110578;WS=108110560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr3	108117694	rs13087507	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=556;ReadPosRankSum=-1.439;SC=GGTCCTGGGAGAGAAAAGATG;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=36;WE=108117702;WS=108117684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr3	108129348	rs1078455	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AATGTGAAAATGCTGAAGACA;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=10;WE=108129356;WS=108129338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr3	108135606	rs56933265	TAA	T	4730.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=15;PP=2235;SC=CACTATTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=2.728;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=66;WE=108135617;WS=108135596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	108135609	rs116262927	A	T	4739.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=43.48;SOR=2.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	108135799	rs11927603	C	G	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.166;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=71;PP=1650;ReadPosRankSum=0.555;SC=TTTCACAAAACTACATAATTA;SOR=0.502;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=168;TCF=55;TCR=113;TR=109;WE=108135807;WS=108135789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,114:0.66:174
chr3	108140148	rs4593038	A	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=35;PP=1045;SC=GAGTGGCTCCAGGGATCCGCA;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=108140156;WS=108140138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	108147295	rs1350235	C	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=4;PP=660;SC=CCCCTCCCTACTTCCATGTTC;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=108147303;WS=108147285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	108147728	rs3900940	T	C	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=986;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TTTATTTGAGTCTGTAGCAAG;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=24;TCR=80;TR=52;WE=108147736;WS=108147718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr3	108156633	rs113832514	A	AAAAG	1893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=37;PP=1991;SC=ACCTTCTGGAAAAAGAAAGAC;SOR=3.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=38;WE=108156641;WS=108156623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	108158574	rs3996040	C	T	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=56;PP=2438;SC=CCAGATACACCGTTACTGACC;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=142;WE=108158582;WS=108158564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	108172817	rs6437783	C	T	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=49;PP=2506;SC=CACACTATTACCCTAGCAGTT;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=77;TCR=49;TR=126;WE=108172825;WS=108172807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	108174537	rs3957557	T	C	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=929;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TACACAGTCTTCCCCCCATTC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=103;TCR=64;TR=61;WE=108174545;WS=108174527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,64:0.37:172
chr3	108188755	rs11917965	A	C	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=503;ReadPosRankSum=0.997;SC=AAACACCATTAAGATAAAATG;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=25;WE=108188763;WS=108188745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr3	108188993	rs9868484	G	A	7686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=157;PP=2965;SC=ACAAACATGTGCCAATTGAAG;SOR=1.266;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=104;TCR=158;TR=261;WE=108189007;WS=108188983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	108189627	rs4299484	C	T	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=71;PP=2020;ReadPosRankSum=1.006;SC=CCTGTTGATCCGTGCCACTAG;SOR=0.510;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=375;TCF=177;TCR=198;TR=147;WE=108189635;WS=108189617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,157:0.40:389
chr3	108189750	rs12495639	C	T	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=91;PP=2616;SC=ATTTTAATCCCGGGCATTCTC;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=48;TCR=91;TR=139;WE=108189758;WS=108189740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	108195406	rs3996003	C	T	4013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=103;PP=2745;ReadPosRankSum=-1.922;SC=GAGGAAAACACTGTTAAGATT;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=349;TCF=154;TCR=195;TR=181;WE=108195414;WS=108195396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,187:0.51:367
chr3	108205394	rs371853128	G	A	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=64;PP=1416;ReadPosRankSum=-0.995;SC=AAAACGATTCGTTAAACAGCT;SOR=1.341;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=190;TCF=65;TCR=125;TR=89;WE=108205402;WS=108205384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,94:0.46:205
chr3	108211869	rs140450152	A	AAAGG	4014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=46.15;SOR=3.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	108214537	rs2603140	T	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=627;SC=TGGTGTTCTATAATTTTTTCA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=108214545;WS=108214528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	108216807	rs17539094	G	A	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=23;PP=1296;ReadPosRankSum=0.958;SC=GGTGCTTGTGGCCTCACTTCC;SOR=0.318;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=165;TCF=126;TCR=39;TR=83;WE=108216815;WS=108216797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,85:0.50:170
chr3	108224685	.	CAAAA	C	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,11:0.16:68
chr3	108229122	rs3843872	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.418;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr3	108229171	rs2249886	T	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=10;PP=1010;SC=AGGCTGATCATACCCTAAGCA;SOR=2.409;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=45;WE=108229179;WS=108229161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	108229437	rs150536264	G	GA	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.175;NF=4;NR=23;PP=301;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GATTCAACCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=27;WE=108229445;WS=108229427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr3	108271012	rs2305514	T	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=637;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CATTCCTTTATCCATATTCAC;SOR=0.895;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=40;WE=108271020;WS=108271002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr3	108271274	rs75655211	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=1.324;SC=ACTGACTACTCTGAAATGGTC;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=108271282;WS=108271264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	108273441	rs2045095	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=476;ReadPosRankSum=-1.799;SC=CCAAATTGCATATGCTGGAAG;SOR=0.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=30;WE=108273449;WS=108273431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr3	108286947	rs11386134	G	GA	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=422;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TGCAATACTAGAAAAAAAAGA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=21;WE=108286955;WS=108286937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr3	108327050	rs10684119	T	TAAC	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.044;QD=17.94;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr3	108344636	.	TA	T	91	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=14;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=15;MQ=61.34;NF=7;NR=0;PP=91;QD=13.5714285714;SC=TTGTTTATTGTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=108344645;WS=108344626;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr3	108347811	rs969256	C	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=227;ReadPosRankSum=1.256;SC=TATCACCACCCTATTTACCAC;SOR=0.430;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=25;WE=108347819;WS=108347801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr3	108355423	rs10711079	AT	A	784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=423;SC=CACATCAGTGATTTTTTTCTA;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=108355431;WS=108355413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	108355575	rs10711080	CT	C	1365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.176;HP=12;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.449;NF=10;NR=40;PP=805;ReadPosRankSum=0.951;SC=TTGTTTTGTCCTTTTTTTTTT;SOR=0.513;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=50;WE=108355595;WS=108355563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr3	108356501	rs143129590	T	TTTAAGGTAGTA	456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=2966;SC=TGCATTAAATTTTAAGGTATG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=108356509;WS=108356491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	108373022	rs2969901	G	A	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=28;PP=925;ReadPosRankSum=-0.400;SC=AAGAGCAGTTGAGGAAAGAAC;SOR=0.871;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=287;TCF=184;TCR=103;TR=83;WE=108373030;WS=108373012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,90:0.28:317
chr3	108403086	rs9856097	T	C	7896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TAGGAAGACCTCTTGTGAAAG;SOR=0.393;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=171;TCR=110;TR=278;WE=108403094;WS=108403076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr3	108407633	rs41270421	A	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=914;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GGGAGAAAACAATGAGCTAAA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=82;TCR=90;TR=71;WE=108407641;WS=108407623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,77:0.42:183
chr3	108474524	rs9878093	A	C	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1125;ReadPosRankSum=0.697;SC=AGAATCAGGAATGGAACAAAT;SOR=0.834;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=146;TCF=101;TCR=45;TR=73;WE=108474532;WS=108474514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,77:0.50:153
chr3	108475808	rs1107337	G	A	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=643;ReadPosRankSum=0.511;SC=GTTGGGCTTGGTTGGGATCTT;SOR=0.232;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=42;WE=108475816;WS=108475798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr3	108475993	rs5851607	G	GGGGGATTA	1231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=687;ReadPosRankSum=-1.326;SC=AGCTGGAGAAGGGGGATTAGG;SOR=1.079;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=12;WE=108476001;WS=108475983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr3	108557820	rs7651205	T	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=677;ReadPosRankSum=0.299;SC=ACCAGGTATGTTGTGATTCAG;SOR=0.451;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=53;WE=108557828;WS=108557810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,62:0.42:146
chr3	108565815	rs2593831	T	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=642;SC=TAACCAAGAATAGGCAATAGT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=108565823;WS=108565805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	108567923	rs2715716	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.816;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=539;ReadPosRankSum=0.636;SC=GTTTATATTTGCAGCCAAATG;SOR=2.728;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=49;TCR=2;TR=27;WE=108567931;WS=108567913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr3	108639270	rs6791441	C	T	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=43;PP=1677;SC=GGATACTTTACTACTTCACTT;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=108639278;WS=108639260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	108639384	rs6804162	T	C	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.99;NF=26;NR=37;PP=1029;SC=TTTTCTTGCATGATTAGATTT;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=108639392;WS=108639374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	108639423	rs2715687	C	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=30;PP=881;SC=AAAAAGTCAACAAATCCATCC;SOR=1.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=108639431;WS=108639413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	108690221	rs2593943	G	A	10358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=203;NR=170;PP=2965;SC=GGTAGCTGATGCTCAGGAAAA;SOR=0.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=375;TCF=203;TCR=172;TR=373;WE=108690229;WS=108690211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr3	108698627	rs2953338	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=708;SC=ACAAGAACATGCGTGTAATGC;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=108698635;WS=108698617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	108703422	rs1868195	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=375;SC=ATTCTTTCACATCTCTGTTGT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=108703430;WS=108703412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	108703518	rs2593958	G	T	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=32;PP=1988;SC=TTTTCAGCAGGATAATTGCAC;SOR=1.572;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=82;TCR=32;TR=114;WE=108703526;WS=108703508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	108703548	rs2593959	C	T	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=47;PP=2477;SC=ATTTGTATAACTGTAGTACAC;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=133;WE=108703556;WS=108703538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	108703702	rs2593960	A	T	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=46;PP=1272;SC=AAATGTTAGCAGTTCATTAAC;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=108703710;WS=108703692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	108705715	rs11433147	A	AT	404.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=196;ReadPosRankSum=0.505;SC=ACATGAGCTGATTTTTTTTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=12;WE=108705723;WS=108705705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr3	108719470	rs3762698	C	G	10509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=173;PP=2965;SC=CTACAAAGTTCAGACTCTGCT;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=184;TCR=175;TR=357;WE=108719478;WS=108719460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr3	108724279	rs2290058	T	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=421;SC=AAAAAGTTTTTAAATCAGAAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=108724287;WS=108724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	108725694	rs2044586	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=418;SC=TTATATTTTACTTTCTAACTT;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=108725702;WS=108725693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	108725759	rs2044587	C	T	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=9;PP=1580;SC=TTAAAATCTACTAGTGCTTCA;SOR=3.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=68;WE=108725767;WS=108725749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	108725848	rs5851630	ATTGC	A	10003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=76;PP=2947;SC=CATGACACAAATTGCTTAATC;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=54;TCR=83;TR=125;WE=108725870;WS=108725838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	108725862	rs2044589	T	C	10721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=92;PP=2965;SC=CTTAATCCTATATTAATTACT;SOR=1.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=138;TCR=93;TR=230;WE=108725870;WS=108725838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr3	108725984	rs2044590	G	C	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=99;PP=2965;SC=GTAAAAATAAGCTTCAACTGG;SOR=1.447;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=58;TCR=99;TR=157;WE=108725992;WS=108725974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	108746836	rs17665933	T	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=903;SC=ACTCTTTATGTCATATATCCA;SOR=4.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=34;WE=108746844;WS=108746826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	108754146	rs9821261	G	A	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=20;PP=1145;SC=ATATTTAAGAGCCCTTAACAT;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=108754154;WS=108754136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	108754238	rs4855576	A	T	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	108754260	rs3762696	A	G	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=42;PP=1218;SC=GTTTCTCCACATCGATGTCAT;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=79;WE=108754268;WS=108754250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	108754320	rs11438791	T	TAA	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	108773772	rs7653625	A	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=514;SC=AATTTGGCTAAAGAAAAAAAT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=108773780;WS=108773762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	108776343	rs1031252	C	T	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=76;PP=2136;SC=TCTAGAGTTACATTTAAAAAG;SOR=2.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=105;WE=108776351;WS=108776333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	108780831	rs7653651	G	A	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=35;PP=1289;SC=TTTACATGTCGTACCTTGGCA;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=84;WE=108780839;WS=108780821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	108812154	rs9821382	A	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=10;PP=1312;SC=CAACTTTACTAGTAACTAGGG;SOR=2.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=56;WE=108812162;WS=108812144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	108829765	rs6437822	C	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=274;SC=AACGTTTCACCGTGCTATTAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=108829773;WS=108829755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	108855774	rs1356071	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=27;PP=825;SC=TATTTATCATATCTCCTACAG;SOR=1.220;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=49;WE=108855782;WS=108855764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	108855801	rs1356072	T	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=20;PP=571;SC=GGTTGATAATTCCTTTTGTCT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=108855809;WS=108855791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	109019435	rs9865540	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=24;PP=644;SC=GTGGGAGGCTGAGGAGGGCAG;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=109019443;WS=109019425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	109027157	rs7611135	C	T	8878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=199;PP=2965;SC=ATGAAATTCACGATGAGTATT;SOR=1.298;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=321;TCF=121;TCR=200;TR=320;WE=109027165;WS=109027147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr3	109027820	rs7611871	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=601;SC=GTAGGGACCGGACGAATCATG;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=109027828;WS=109027810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	109049720	rs112463757	C	CTAAGGGT	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=492;SC=CAAAAATGGCCTAAGGAGCTC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=109049728;WS=109049710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	109050980	rs1163438	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=365;SC=GACAGAATCTTGCTCTGTCGC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=109050988;WS=109050970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	109052732	rs3762648	T	C	6765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=114;PP=2965;SC=CTGCCTTTGATAGACATTTTT;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=125;TCR=114;TR=239;WE=109052740;WS=109052722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr3	109052934	rs7642495	G	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=714;SC=AGGCACCAACGCAGTTACTGG;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=109052942;WS=109052924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	109056183	rs9836011	A	T	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.43;SOR=2.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	109178707	rs769534	C	G	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=51;PP=1862;SC=TTCCCTAATTCCATCCTTTTT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=109;WE=109178715;WS=109178697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	109178758	rs769533	C	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=40;PP=1085;SC=GTTTTCTTCACAATTTCACCA;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=109178766;WS=109178748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	110611137	rs1381838	G	A	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=110;PP=2965;SC=AAGCTCTATCGATTTCAAGTG;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=156;TCR=110;TR=266;WE=110611145;WS=110611127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr3	110791113	rs4682228	A	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=26;PP=966;SC=CGTTCTCTGGAGCAGCGAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=110791121;WS=110791103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	110792906	rs2399372	G	A	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=693;SC=GGTAGACACTGGTTTTGTATT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=110792914;WS=110792896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	110793050	rs2399373	G	A	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=96;PP=2965;SC=GGGCACAGATGTTGTGACTTA;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=106;TCR=96;TR=202;WE=110793058;WS=110793040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr3	110830746	rs10575342	ATGTGTG	A	342.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=38.08;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	110866195	.	CT	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=1.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr3	110866437	rs62273799	G	A	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=59;PP=1584;SC=TATGCATTAAGTGTTGTTTAG;SOR=5.960;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=61;WE=110866445;WS=110866427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	111260975	rs2276873	C	T	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=23;PP=1121;ReadPosRankSum=2.277;SC=ATAAACAGACCCAGGCGTGTG;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=105;TCR=46;TR=73;WE=111260983;WS=111260965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,80:0.50:161
chr3	111261242	rs3832264	G	GCTGCTGAAATTGATCACCA	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr3	111312305	rs7612391	T	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=454;ReadPosRankSum=1.315;SC=ACCAAACTACTTTGCTTTACA;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=25;WE=111312313;WS=111312295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr3	111316886	rs3215207	C	CTTATG	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.342;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=481;ReadPosRankSum=-2.129;SC=TTTTTGCCAACTTATATGAAT;SOR=1.426;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=10;WE=111316894;WS=111316876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr3	111343069	rs73852844	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-5.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.432;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=404;ReadPosRankSum=-0.768;SC=AGCACATTTTCAATTTCAGAT;SOR=0.039;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=23;WE=111343077;WS=111343059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr3	111356083	rs1533270	G	C	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=56;PP=2921;SC=GTTCATCCCCGTCAGGTGCAG;SOR=1.164;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=147;WE=111356091;WS=111356073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	111368813	rs3733176	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=-0.882;SC=TCACCCTCTTCCATCTCCAAA;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=6;WE=111368821;WS=111368803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr3	111451603	rs3821919	G	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=39;PP=1174;SC=AAAATGAGCAGCATATACAGC;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=111451611;WS=111451593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	111564839	rs937557	A	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=618;ReadPosRankSum=0.562;SC=TTACTCCATCATACATATTGG;SOR=0.429;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=40;WE=111564847;WS=111564829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr3	111604541	rs1283007	G	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=545;ReadPosRankSum=1.837;SC=AGAGGAGTTGGGAATTTTATG;SOR=1.514;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=77;TCF=12;TCR=65;TR=36;WE=111604549;WS=111604531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr3	111632132	rs149527015	ACCCACTGACCT	A	1471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=2935;ReadPosRankSum=-0.627;SC=ATTCTCACAAACCCACTGACC;SOR=1.501;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=25;WE=111632150;WS=111632122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr3	111637904	rs2399399	G	A	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=57;PP=1950;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CCATTTCTGTGTTGATTAATC;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=288;TCF=171;TCR=117;TR=144;WE=111637912;WS=111637894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,151:0.51:295
chr3	111638132	rs951660	A	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-0.255;SC=CTTATTCAGGAATAGGCTTTG;SOR=0.846;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=10;WE=111638140;WS=111638122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr3	111638952	rs6779756	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=303;ReadPosRankSum=-1.395;SC=CTCTCTAGCTCGCTTATATGG;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=16;WE=111638960;WS=111638943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr3	111639353	rs937551	G	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TGCATTACTGGGGTTTTGGAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=111639361;WS=111639343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr3	111658290	rs712509	T	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=758;ReadPosRankSum=1.609;SC=GTTATCTCAGTGTGTCTTGTT;SOR=0.698;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=42;WE=111658298;WS=111658280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr3	111658486	rs712510	T	G	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=101;PP=2965;SC=AGGTACTTTTTCCAGGTGTCA;SOR=1.442;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=56;TCR=101;TR=157;WE=111658494;WS=111658476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	111658514	rs2272289	A	G	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=906;ReadPosRankSum=0.365;SC=TGAAAAATCAAAATATATTTC;SOR=0.494;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=51;WE=111658522;WS=111658504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr3	111659377	rs698358	T	C	6879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=1.405;SC=TCTCTTTTCCTCCAGGAAAAA;SOR=0.331;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=142;TCR=106;TR=248;WE=111659385;WS=111659367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr3	111659609	rs3835170	A	AT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=136;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TTTAAGGAAGATTTTTATATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=111659617;WS=111659599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	111685328	rs774859	T	C	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=1;PP=698;SC=TGGATTTTGTTATGCACCTCC;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=111685336;WS=111685322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	111685347	rs67645066	CAT	C	396.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=-1.281;QD=15.26;ReadPosRankSum=2.610;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
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chr3	111685365	.	T	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.290;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=-1.159;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr3	111685366	rs199885387	GTGTCT	G	470.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=-1.130;QD=13.45;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr3	111685371	rs3217516	T	TGG	609.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=1.319;QD=17.93;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr3	111685397	rs1283002	A	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.859;NF=27;NR=8;PP=522;ReadPosRankSum=0.080;SC=GTGTGTGTGTATGTATTAGAG;SOR=0.565;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=35;WE=111685405;WS=111685387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr3	111685572	rs774857	C	T	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1018;ReadPosRankSum=0.971;SC=ATTTTCATGCCGGAGGTCTGT;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=83;TCR=130;TR=79;WE=111685580;WS=111685562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,88:0.39:227
chr3	111685607	rs774856	G	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=755;ReadPosRankSum=-1.718;SC=GGAGCCCTGCGCTTGGCATCA;SOR=0.481;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=120;TCF=31;TCR=89;TR=55;WE=111685615;WS=111685597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,62:0.48:128
chr3	111686738	rs799570	G	A	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=53;PP=1436;SC=GAAGACAGCTGTTCTGTGTCT;SOR=2.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=111686746;WS=111686728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	111688578	rs774854	C	T	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.037;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=946;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GGAAGGAAGACTTTGATTTGC;SOR=0.451;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=154;TCF=106;TCR=48;TR=65;WE=111688586;WS=111688568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,68:0.43:160
chr3	111692829	rs774852	C	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=305;SC=TGGCCGTTCTCTTTGAGGAAA;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=111692837;WS=111692819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	111705275	rs150902974	G	GTTTGT	2786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=46;PP=2394;SC=TATTTAAGCTGTTTGTTTTGT;SOR=5.453;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=115;TCF=3;TCR=112;TR=46;WE=111705283;WS=111705265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	111705727	rs73232038	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=428;ReadPosRankSum=0.820;SC=GTTCTATCTTAAAGACCTAAT;SOR=0.972;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=26;WE=111705735;WS=111705717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr3	111710201	rs71773737	AT	A	3076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=14;PP=2975;SC=AAATACTTTTATTTTTCTTTC;SOR=3.171;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=88;TCF=74;TCR=14;TR=81;WE=111710209;WS=111710191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	111719493	rs774764	A	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=9;PP=855;SC=GTGCCTTCCTAGGGCCCATGA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=111719501;WS=111719483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	111730546	rs3749310	G	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=6;PP=846;SC=GTGTCCAGCCGTATCCTTCCA;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=111730554;WS=111730536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	111730591	rs3749311	G	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=29;PP=1536;SC=TTGGCTTTAAGCTCTTTGTTG;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=84;WE=111730599;WS=111730581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	111730766	rs3828394	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=-0.978;SC=ACCAGAGGGAGGGTCTGAAGC;SOR=1.105;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=33;WE=111730774;WS=111730756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,34:0.35:97
chr3	111732608	rs8070	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=393;ReadPosRankSum=0.326;SC=CTCCGCTTCCGTTTTCCTGAG;SOR=1.255;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=21;WE=111732616;WS=111732598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr3	111760771	rs774774	A	G	11162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=201;NR=173;PP=2965;SC=TTACAGGTAAAACAGAAAGCA;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=202;TCR=175;TR=374;WE=111760779;WS=111760761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr3	111763085	rs4682350	C	T	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=32;PP=2707;SC=TCAGATACCTCAACTATTCTT;SOR=2.176;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=96;TCR=32;TR=128;WE=111763093;WS=111763075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	111763278	rs7650559	G	T	6587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=151;PP=2965;SC=CTTGGAAGTGGTTGGGGATTC;SOR=1.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=70;TCR=151;TR=221;WE=111763286;WS=111763268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	111765834	rs1561911	G	A	12755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=254;NR=197;PP=2965;SC=GGCTTCGGTCGGATTACTCGT;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=451;TCF=254;TCR=197;TR=451;WE=111765842;WS=111765824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr3	111766215	rs1318554	A	G	10453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=223;NR=134;PP=2965;SC=CTAAACCATGATGAAAACCAC;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=224;TCR=135;TR=357;WE=111766226;WS=111766205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr3	111766559	rs1688304	T	G	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=41;PP=2244;SC=AAAAAGAAAATAAAGGAAAAT;SOR=1.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=111;WE=111766567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	111769417	rs7625159	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=717;ReadPosRankSum=-1.140;SC=AAAGCTTGTCGATCAAGGAAG;SOR=0.128;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=71;TCR=5;TR=33;WE=111769425;WS=111769407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr3	111776135	rs55971748	T	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=401;ReadPosRankSum=-1.021;SC=ATGCAGCTCATGAGTGATGGA;SOR=1.044;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=19;WE=111776143;WS=111776125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr3	111785208	rs11715561	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=954;ReadPosRankSum=-0.017;SC=TCTCAGGCTCGTGAACTTTCT;SOR=0.927;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=72;WE=111785216;WS=111785198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,79:0.39:202
chr3	111793316	rs191454	G	T	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1168;ReadPosRankSum=0.844;SC=TTACCTGTTTGTTATATTTTC;SOR=0.718;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=36;TCR=84;TR=67;WE=111793324;WS=111793306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,68:0.54:125
chr3	111794365	rs1907639	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=392;ReadPosRankSum=0.766;SC=CCTTACTTTCAAGTGGCACTC;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=24;WE=111794373;WS=111794355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr3	111799845	rs340151	A	T	12356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=211;NR=220;PP=2965;SC=GGGACATGGAAGTGGACGACC;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=431;TCF=211;TCR=220;TR=431;WE=111799853;WS=111799835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr3	111805438	rs3833596	G	GT	3434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=59;PP=2880;SC=CGGCGGGACAGTAGTAGGACC;SOR=1.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=63;WE=111805446;WS=111805428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	111828384	rs5851818	G	GT	5458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.661;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.566;NF=21;NR=69;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GCTTCTGTTTGTTTAGCTCAC;SOR=0.509;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=209;TCF=42;TCR=167;TR=90;WE=111828392;WS=111828374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,200:0.55:362
chr3	111828423	rs340167	G	A	8461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=155;PP=2965;SC=GCCCTCTCTGGGTCGTTATTT;SOR=1.017;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=120;TCR=156;TR=274;WE=111828431;WS=111828413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr3	111828476	rs2120095	A	G	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=53;PP=1358;ReadPosRankSum=0.082;SC=AGTGTGGAACATTACATTTTG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=72;TCR=107;TR=89;WE=111828484;WS=111828466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,98:0.49:200
chr3	111832120	rs340165	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TCATTTATTCACTCATCCCCT;SOR=0.837;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=22;WE=111832128;WS=111832110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr3	111843883	rs923745	T	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=434;ReadPosRankSum=-1.655;SC=CAATAAATTATACAGCAGAAG;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=26;WE=111843891;WS=111843873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr3	111866148	rs56364691	T	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=2;PP=764;ReadPosRankSum=-1.719;SC=AGATTCATATTGATATGTAAT;SOR=0.668;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=71;TCF=66;TCR=5;TR=38;WE=111866156;WS=111866138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr3	111873996	rs7622733	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.523;NF=11;NR=17;PP=266;ReadPosRankSum=0.380;SC=AAATCACACTCAGGACCTGTG;SOR=0.663;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=28;WE=111874004;WS=111873986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr3	111885896	rs4682084	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=231;SC=TAATTTAAAAATGTAACTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=111885904;WS=111885886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	111918215	rs28516377	CA	TG	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.119;SC=CCTTTTAAGCCAAAAGCCTTA;SOR=0.665;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=50;WE=111918224;WS=111918205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
chr3	111921010	rs9821935	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=0.246;SC=AGTCAAAGACATCTGCATATA;SOR=0.941;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=10;WE=111921018;WS=111921000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr3	111921116	rs9288938	C	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=294;ReadPosRankSum=0.791;SC=CTGTTTAGAACTTGTAATCTG;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=21;WE=111921124;WS=111921106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr3	111921225	rs6781844	G	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=-0.029;SC=TCTATTATTTGCAGCAACTTT;SOR=0.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=20;WE=111921233;WS=111921215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr3	111923047	rs4422273	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.057;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr3	111923123	rs4434123	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=338;ReadPosRankSum=-1.647;SC=TATTACTTCAGTCTCATTAAA;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=20;WE=111923131;WS=111923113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr3	111926950	rs17505536	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr3	111936118	rs11921877	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GAGTTAATGAATGAAGCACAC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=111936126;WS=111936109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	111936200	rs1388857	C	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=1.600;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr3	111936207	rs6779306	T	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-1.707;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr3	111950367	rs55735606	C	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=454;ReadPosRankSum=-0.207;SC=ACAAAAAATACATGAATATTA;SOR=1.296;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=23;WE=111950375;WS=111950357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr3	111962851	rs6768523	T	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,58:0.44:132
chr3	111981696	rs5851826	CA	C	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.95;MQRankSum=4.513;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr3	111981703	.	AC	TC	559	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=63.02;NF=10,11;NR=0,0;PP=559,545;QD=58.0;SC=CTACAAAAAAACATATATTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=10,11;WE=111981711;WS=111981693;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr3	111981703	.	AC	A	559	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=63.02;NF=10,11;NR=0,0;PP=559,545;QD=58.0;SC=CTACAAAAAAACATATATTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=10,11;WE=111981711;WS=111981693;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr3	111981704	rs5003791	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=4.096;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr3	111981849	rs9860819	C	T	4504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TAGGCATCCCCTTCATTTCAC;SOR=0.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=500;TCF=277;TCR=223;TR=223;WE=111981857;WS=111981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,227:0.44:513
chr3	111981878	rs9809384	T	C	5155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.403;SC=ATTATGAATATCCAGCGCCAA;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=576;TCF=285;TCR=291;TR=265;WE=111981886;WS=111981868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,274:0.46:599
chr3	111981924	rs9809404	T	C	4747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.730;SC=AAACAGGGCTTATTAAAAGAA;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=483;TCF=198;TCR=285;TR=224;WE=111981932;WS=111981914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,230:0.46:498
chr3	111983157	rs62276974	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr3	111983197	rs6788397	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=0.181;SC=GAATCTGCATCATTCAGAAAA;SOR=1.276;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=10;WE=111983205;WS=111983187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr3	111984970	rs4682098	T	C	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=158;SC=TTTAGTTGGGTAGTTTTCAAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=111984978;WS=111984969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	111985107	rs9872691	T	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=477;ReadPosRankSum=-1.486;SC=GTTTCTTCAATTGCTGCTTTA;SOR=0.993;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=31;WE=111985115;WS=111985097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr3	111993691	rs11324928	TC	T	79.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=2;PP=86;SC=ACATCAGCTTTCAGAAAATAC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=111993699;WS=111993681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	111996554	rs9828502	T	C	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=23;PP=1434;ReadPosRankSum=0.529;SC=AGGTCTCTTATAGCAGCTGCG;SOR=1.243;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=211;TCF=144;TCR=67;TR=92;WE=111996562;WS=111996544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,96:0.43:221
chr3	111996730	rs9809174	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TTTACAATTAGAAAAATCAGA;SOR=0.842;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=21;WE=111996738;WS=111996720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr3	111999736	rs147052896	A	ACTTGTTTTCT	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.956;NF=0;NR=5;PP=1891;ReadPosRankSum=-1.123;SC=CAGTTTCACTACTTTTCATGA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=111999744;WS=111999726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr3	112005423	rs7621431	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=248;ReadPosRankSum=1.882;SC=ATTGAAAATATTGAGCTAAAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=14;WE=112005431;WS=112005413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr3	112052173	rs9883527	T	C	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=34;PP=1141;SC=CTTCGGCTCTTGCCACAATCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=112052181;WS=112052163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	112059768	rs1131199	C	G	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=54;PP=2758;SC=ATGCCCTTCTCTCATCTGTCT;SOR=1.218;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=87;TCR=54;TR=140;WE=112059776;WS=112059758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	112066360	rs7612748	C	T	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=45;PP=1983;ReadPosRankSum=-1.033;SC=AGGACTCAGACCAGGTGCTTA;SOR=0.517;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=235;TCF=158;TCR=77;TR=126;WE=112066368;WS=112066350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,132:0.53:247
chr3	112184927	rs2171513	A	G	5539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=53;PP=2965;SC=TGATCATTCAATGGTCCCTGT;SOR=1.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=123;TCR=53;TR=176;WE=112184939;WS=112184917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	112185025	rs9288952	G	A	12472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=226;NR=214;PP=2965;SC=TCTTGAGTTCGGTCCAATGAC;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=440;TCF=226;TCR=214;TR=440;WE=112185033;WS=112185015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr3	112190137	rs2931761	G	T	8802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=182;NR=121;PP=2965;SC=GGAAGTAAACGATACAGGAGC;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=303;TCF=182;TCR=121;TR=303;WE=112190145;WS=112190127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr3	112253058	rs35560667	C	CA	4363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.941;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.604;NF=50;NR=48;PP=1354;ReadPosRankSum=0.799;SC=CTAAATTTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.537;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=98;WE=112253066;WS=112253048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:24,185:0.89:209
chr3	112253193	rs11381118	C	CA	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr3	112267523	rs9809247	G	A	6473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=146;PP=2965;SC=TAACTAGCACGTAATCTGCTA;SOR=1.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=66;TCR=146;TR=212;WE=112267531;WS=112267513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	112280218	rs2279532	G	A	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=35;PP=2010;ReadPosRankSum=-1.112;SC=TTGCCCCGCCGGAGAAAGCGG;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=104;WE=112280226;WS=112280208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr3	112289320	rs9869455	G	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=11;PP=1009;SC=GTAATCAAGTGCAGTGTAATT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=112289328;WS=112289310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	112289372	rs9869579	G	A	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=30;PP=1676;SC=CATTTACACCGTGTTTCTTTC;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=112289380;WS=112289362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	112301458	rs5851844	C	CCTTAGTAAT	5260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=11;PP=2900;SC=TAAGGTTTTCCCTTTAAAAAT;SOR=2.992;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=65;WE=112301466;WS=112301448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	112338027	rs13084615	T	C	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=37;PP=1099;SC=GGTGAAGGCTTTGGGCCTAAT;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=112338035;WS=112338017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	112415652	rs10934180	G	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.86;NF=18;NR=2;PP=565;SC=ATCAGGAGCTGAAAGAGGACA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=112415660;WS=112415642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	112415838	rs149655557	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.002;NF=25;NR=34;PP=758;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TGATAAATTGGCTTCTTCAGA;SOR=0.815;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=59;WE=112415846;WS=112415828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,62:0.39:158
chr3	112538571	rs35585943	CT	C	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=286;ReadPosRankSum=0.085;SC=TACAATGATACTTTTTTTTTT;SOR=1.392;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=22;WE=112538579;WS=112538561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr3	112546306	rs4682119	C	A	4687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=1.209;SC=GTCCACCGGACGAATCTGAAG;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=419;TCF=204;TCR=215;TR=207;WE=112546314;WS=112546296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,220:0.49:447
chr3	112546473	rs1997281	G	A	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.352;NF=75;NR=53;PP=1768;ReadPosRankSum=2.278;SC=TTCTTAATGCGATAGGAGGGC;SOR=0.626;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=282;TCF=163;TCR=119;TR=128;WE=112546481;WS=112546463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,136:0.46:296
chr3	112556904	rs6795521	C	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=80;ReadPosRankSum=-0.304;SC=AAGAACTTTTCTTTACTGAAA;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=11;WE=112556912;WS=112556894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr3	112556946	rs6770923	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	112642568	rs9865242	C	G	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,83:0.40:209
chr3	112642572	rs79556290	T	C	2971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,81:0.39:207
chr3	112643193	rs77561169	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=-0.273;SC=ATTAACAAAGTAATCACACAT;SOR=0.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=15;WE=112643201;WS=112643183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr3	112643952	rs72491121	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.705;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=800;ReadPosRankSum=2.785;SC=TGACTTTCAACAACCAAATGA;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=59;WE=112643960;WS=112643942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr3	112647613	rs1466872	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=0.271;SC=TTCTTAACTCTTTTAAAAGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=112647621;WS=112647603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	112647783	rs34985808	T	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=660;ReadPosRankSum=-2.291;SC=GTGCCATTGCTCCAGTATTCT;SOR=0.808;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=46;WE=112647791;WS=112647773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,53:0.39:137
chr3	112647832	rs9826308	A	C	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1124;ReadPosRankSum=-1.220;SC=TCCAGGAGATATGCGCAGCTG;SOR=0.850;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=73;WE=112647840;WS=112647822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,80:0.57:140
chr3	112647988	rs9868053	C	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.843;NF=38;NR=11;PP=975;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CATTTGTTTCCGTCACAAATC;SOR=0.597;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=121;TCF=96;TCR=25;TR=49;WE=112647996;WS=112647978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr3	112648125	rs6438117	G	T	9435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-4.216;QD=16.91;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,249:0.45:558
chr3	112648125	.	GGT	TGG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=59.75;NF=111;NR=118;PP=2944;QD=20;SC=TGATGGCCACGGTACGAATCT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=519;TCF=254;TCR=265;TR=229;WE=112648135;WS=112648115;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:290,229:0.44:519
chr3	112648127	rs4596117	T	G	9435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-4.339;QD=16.97;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,250:0.45:556
chr3	112648222	rs2171509	T	C	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.735;NF=26;NR=66;PP=1796;ReadPosRankSum=-1.701;SC=TGTTTCTTTCTTGTAGGCTTT;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=53;TCR=125;TR=92;WE=112648230;WS=112648212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,94:0.52:181
chr3	112650106	rs140160094	A	ATGAT	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=490;ReadPosRankSum=0.043;SC=CTTATCCAACATGATAGGCAA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=10;WE=112650114;WS=112650096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr3	112693753	rs62263759	A	T	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=805;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TCCTCCACACAGGTACAGAAG;SOR=0.992;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=48;WE=112693761;WS=112693743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr3	112709828	rs2272393	C	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=9;PP=575;SC=TCTCTCTGCCCGTCTTCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=112709836;WS=112709818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	112710242	rs2248029	T	C	11430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=220;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.334;SC=ACCGCTTCCCTGGCCGTCCGG;SOR=0.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=406;TCF=182;TCR=224;TR=398;WE=112710250;WS=112710232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,411:0.99:416
chr3	112727184	rs2306857	A	T	11731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=254;PP=2965;SC=CTTTGCACAAAACTTTTGGCA;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=413;TCF=159;TCR=254;TR=413;WE=112727192;WS=112727174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr3	112732309	rs5851869	GT	G	141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;QD=17.72;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	112738318	rs2293560	C	T	7946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CACCCCCGCCCACATGCGCCG;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=199;TCR=85;TR=281;WE=112738336;WS=112738308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr3	112738625	rs7633507	C	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=47;PP=1319;SC=AGGAGCCCGGCGGGAGGCTGC;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=60;WE=112738633;WS=112738615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	112935114	rs146281507	TAGA	T	6736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.845;NF=18;NR=80;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AGCTCGAAAGTAGAAGAAGTG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=45;TCR=194;TR=98;WE=112935124;WS=112935104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,177:0.47:376
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chr3	112991312	rs3814398	C	T	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=36;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.036;SC=AAACCATCATCGTCACCAAAG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=262;TCF=177;TCR=85;TR=118;WE=112991320;WS=112991302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,117:0.44:263
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chr3	112991959	rs11710894	C	T	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=28;PP=1212;ReadPosRankSum=0.512;SC=TGGTCATCCCCTGGGGCCAGA;SOR=0.619;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=74;WE=112991967;WS=112991949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,78:0.51:152
chr3	112997141	rs3814401	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=536;ReadPosRankSum=1.142;SC=TAGGGTTTCCGTGGGTCTAAG;SOR=0.562;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=5;TCR=70;TR=31;WE=112997149;WS=112997131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr3	112997554	rs775228	A	G	11743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=177;NR=230;PP=2965;SC=TGGCCAGCAAAGAGCAGCAGA;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=407;TCF=177;TCR=230;TR=407;WE=112997562;WS=112997544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr3	112998090	rs3856720	T	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.323;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=645;ReadPosRankSum=-0.873;SC=ATACGGTCTTTCCCAGCCCCA;SOR=1.851;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=38;WE=112998098;WS=112998080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr3	112998265	rs2649878	A	G	6236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=124;PP=2965;SC=CCATCCCCCCATCGCGGCTGT;SOR=1.089;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=99;TCR=124;TR=223;WE=112998273;WS=112998230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	112999611	rs775229	A	G	5800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=151;PP=2965;SC=ATAAACCTGCATCTGGTGTGA;SOR=2.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=48;TCR=151;TR=199;WE=112999619;WS=112999601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	113003273	rs3814405	G	T	3843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=94;PP=2420;ReadPosRankSum=0.649;SC=CAGGCCACCAGGCCAGTGGAC;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=348;TCF=159;TCR=189;TR=179;WE=113003281;WS=113003263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,182:0.50:363
chr3	113003595	rs775222	G	C	3790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=56;PP=2607;ReadPosRankSum=1.055;SC=GGACTCCCCGGCGTGGCCGTC;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=312;TCF=202;TCR=110;TR=161;WE=113003603;WS=113003585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,171:0.53:322
chr3	113004421	rs16860788	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=800;ReadPosRankSum=-2.676;SC=AGGTTGGTTCCAGGAGCAGGG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=65;WE=113004439;WS=113004411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr3	113005743	rs146459508	G	GT	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=7.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.742;SOR=2.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr3	113005753	rs76380714	T	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr3	113005754	rs5022662	A	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr3	113010303	rs17321330	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=0.763;SC=ACTTTCAGGCGAGTTCAGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=10;WE=113010311;WS=113010293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr3	113010466	rs2291905	T	C	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=53;PP=1340;SC=AGGATAAGACTGCCTTTCCTA;SOR=1.261;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=90;WE=113010474;WS=113010456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	113012797	rs810209	G	A	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=49;PP=2757;SC=CTTAGCACCTGCATTTTAAAC;SOR=1.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=97;TCR=49;TR=146;WE=113012805;WS=113012787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	113012974	rs775217	A	G	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=52;PP=1531;SC=TAGAGTTTGGAATATGCTATA;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=66;WE=113012982;WS=113012964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	113013848	rs11398178	A	AT	888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=1126;SC=TTGATTAAAGATAAGAATATA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=113013856;WS=113013838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	113015436	rs808949	G	C	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=3;PP=2170;SC=CAAGGCCTAAGATCCTGGGGC;SOR=5.969;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=79;TCR=3;TR=82;WE=113015444;WS=113015427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	113015553	rs808950	A	C	19029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=366;NR=299;PP=2965;SC=CCAAAGATCAACCCCCTTCTC;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=667;TCF=367;TCR=300;TR=665;WE=113015561;WS=113015542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,705:1.00:705
chr3	113015660	rs2270781	G	A	5661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=1.586;SC=AACAGAAAGCGTTTGAAGGGC;SOR=0.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=502;TCF=230;TCR=272;TR=253;WE=113015668;WS=113015650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,262:0.51:517
chr3	113022870	rs4682484	T	C	10393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=1.412;SC=CTGGAGCTCATGGATTCGTTC;SOR=0.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=367;TCF=189;TCR=178;TR=366;WE=113022878;WS=113022860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,394:1.00:395
chr3	113022996	rs2270782	G	A	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=78;PP=2232;SC=AAAGAAAATAGACAAAAACAC;SOR=3.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=12;TCR=78;TR=90;WE=113023004;WS=113022986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	113027214	rs775231	A	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=433;ReadPosRankSum=0.206;SC=TAGTCACTAGAAAAATAACTC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=17;WE=113027222;WS=113027204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr3	113092197	rs1463640	A	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=572;ReadPosRankSum=-1.653;SC=ATCCATGATGAACAAAAGCAT;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=32;WE=113092205;WS=113092187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr3	113119301	rs7647220	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GGAAAATCCCCAAATGCTCTT;SOR=0.910;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=14;WE=113119309;WS=113119291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr3	113125966	rs73237123	A	G	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=51;PP=1052;ReadPosRankSum=-1.924;SC=AAACATTTACATATTTCATAG;SOR=0.095;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=109;TCF=11;TCR=98;TR=60;WE=113125974;WS=113125956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,67:0.57:118
chr3	113135345	rs12635786	A	C	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TTGAACATGAAATATTTAAAT;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=74;WE=113135353;WS=113135335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,83:0.61:136
chr3	113135543	rs12630518	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=0.247;SC=GATTAATGCAGTATTTAGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=113135551;WS=113135533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	113145006	rs73239107	C	T	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1298;ReadPosRankSum=0.215;SC=TGTTTGAATCCAGAGTCACAA;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=94;WE=113145014;WS=113144996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,100:0.56:179
chr3	113146130	rs59722850	T	C	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=55;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.365;SC=CCTTCCCCTTTGGTAAATGTT;SOR=0.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=55;TCR=104;TR=83;WE=113146138;WS=113146120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,84:0.52:162
chr3	113152596	rs2291413	T	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.364;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=725;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CATATTTCATTAGCACCAAAC;SOR=0.277;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=44;WE=113152604;WS=113152586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr3	113164109	rs2054823	A	G	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=722;ReadPosRankSum=-0.127;SC=AGGGAAAGGGAAGTAATAAAT;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=46;WE=113164117;WS=113164099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr3	113207758	rs7625841	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=533;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GAAAAAACCTGAGAGTTGTAA;SOR=1.058;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=41;WE=113207766;WS=113207748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr3	113211953	rs3732804	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=185;ReadPosRankSum=1.535;SC=ACAACTAGCACTTGTTGATAT;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=10;WE=113211961;WS=113211950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr3	113233563	rs2306069	C	T	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=51;PP=1134;ReadPosRankSum=0.068;SC=CGCTCCCGGTCCCAAAGCACC;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=153;TCF=46;TCR=107;TR=74;WE=113233571;WS=113233553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr3	113285185	rs71633326	TTG	T	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr3	113285423	rs2271495	T	C	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=70;PP=2013;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CTTCACTATGTTTAGTTTTCT;SOR=0.700;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=252;TCF=109;TCR=143;TR=125;WE=113285431;WS=113285413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,134:0.51:265
chr3	113286405	rs2292511	C	T	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=54;PP=1914;ReadPosRankSum=0.746;SC=GGAGCTACAACTATCAAGAAG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=261;TCF=152;TCR=109;TR=130;WE=113286413;WS=113286395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,140:0.50:280
chr3	113300183	rs2271494	A	T	5670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=66;PP=2965;SC=GATGCTTTCCATTTTATTCCT;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=122;TCR=66;TR=187;WE=113300191;WS=113300173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	113300351	rs9863703	T	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.844;SC=ATAGTGTACTTACTGGGCCAG;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=69;WE=113300359;WS=113300341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr3	113300390	rs62265520	T	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=458;ReadPosRankSum=-0.866;SC=ATCCATGATGTGCCTAGGATC;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=36;WE=113300398;WS=113300380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr3	113302118	rs62265521	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=299;ReadPosRankSum=0.856;SC=ATGTGAAAGTCCTTTCCAAGG;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=15;WE=113302126;WS=113302108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr3	113302425	rs2271493	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=-2.142;SC=CTCCTTTCTAGTTCCCACTAA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=16;WE=113302433;WS=113302415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr3	113304171	rs41271363	G	A	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=75;PP=1766;ReadPosRankSum=-1.770;SC=TCTGTGTAACGCTTGCAGCAC;SOR=0.973;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=234;TCF=85;TCR=149;TR=113;WE=113304179;WS=113304161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,121:0.50:242
chr3	113373930	rs930818	A	G	12294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=257;NR=188;PP=2965;SC=ATCAGGAAGCACTGTGGCTAT;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=446;TCF=258;TCR=188;TR=445;WE=113373938;WS=113373920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr3	113374409	rs74980526	G	A	4113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=98;PP=2745;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TATCAGGCATGAAACGAACAA;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=441;TCF=217;TCR=224;TR=197;WE=113374417;WS=113374399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,208:0.44:470
chr3	113376110	rs10606566	TTGC	T,TTGCTGCTGC	4582.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=15,15;NR=46,46;PP=2994,2994;SC=GTTGTTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=1.131;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=123;TCF=23;TCR=100;TR=61,61;WE=113376120;WS=113376100;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.51,0.49:119
chr3	113499458	rs1430944	G	A	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=22;PP=1129;SC=CTTTAGGTCTGTCTCTCAAAG;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=113499466;WS=113499448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	113557787	rs66781755	AGCC	A	17451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=140;PP=2948;SC=CCGTCAGGTAAGCCGCGGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=250;TCF=102;TCR=148;TR=228;WE=113557797;WS=113557777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr3	113588445	rs1469559	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=441;ReadPosRankSum=-1.161;SC=GCAGGTAAAATAGAAATTTTC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=31;WE=113588453;WS=113588435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr3	113594297	rs79592865	G	A	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=38;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.562;SC=TCAGATTTTCGTGAATAAGCT;SOR=0.500;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=226;TCF=153;TCR=73;TR=107;WE=113594305;WS=113594287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,109:0.46:238
chr3	113595156	rs2712350	C	G	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=45;PP=1305;SC=AAGAAAATCTCCCTCATACTC;SOR=1.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=113595164;WS=113595146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	113619872	rs2632244	C	T	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=38;PP=2211;SC=TTTTCTGTCACTTTAGAGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=116;WE=113619880;WS=113619862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	113631865	rs16861409	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=947;ReadPosRankSum=0.528;SC=CATTTGGAAAGATGAAGGGTA;SOR=0.447;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=95;TCF=77;TCR=18;TR=50;WE=113631873;WS=113631855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr3	113649842	rs28736460	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=0.827;SC=GCATATGAATCGTATCAACCC;SOR=0.083;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=20;WE=113649850;WS=113649832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr3	113679725	rs3732785	C	T	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=76;PP=2531;SC=GATGAGTGATCTTGTGTGGGA;SOR=1.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=40;TCR=76;TR=116;WE=113679733;WS=113679715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	113720624	rs6438178	C	T	5653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=142;PP=2965;SC=GATAGTCAAGCGTCTACCAAA;SOR=2.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=39;TCR=142;TR=181;WE=113720632;WS=113720614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	113858350	rs2251177	C	T	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=846;SC=TACTTACTTGCTGGGGGAAGC;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=113858358;WS=113858340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	113890815	rs6280	C	T	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=54;PP=1568;SC=TTCAGGTGGCCACTCAGCTGG;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=113890823;WS=113890805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	113955055	.	G	GA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=5.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=3.065;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.680;SOR=1.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,17:0.18:95
chr3	115529092	.	G	GTCTC	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	115529360	rs2289269	A	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr3	115529370	rs2289268	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr3	116163634	rs138580275	GAC	G	1005.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=1.485;QD=16.49;ReadPosRankSum=0.373;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr3	116728295	rs11381408	G	GA	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=330;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CTTAATTAAAGAAAAAATACC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=13;WE=116728303;WS=116728285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr3	118269825	.	G	GT	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.853;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr3	118381320	rs28380350	C	A	9971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=191;NR=168;PP=2965;SC=TCACACAAGGCAGGAATGAAG;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=361;TCF=191;TCR=170;TR=359;WE=118381328;WS=118381310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr3	118621500	rs34908332	C	T	4443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=91;PP=2895;ReadPosRankSum=0.793;SC=TGAGCCATTGCTCCTGGACAT;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=391;TCF=208;TCR=183;TR=196;WE=118621508;WS=118621490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,208:0.51:409
chr3	118624369	rs62275716	C	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=12;PP=892;SC=TCAGCAGAACCCTTCATTTTC;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=118624377;WS=118624359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	118824039	.	T	TTTA	4660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.358;NF=13;NR=51;PP=2657;ReadPosRankSum=0.168;SC=ACCAGAGACATTTATTCTTCT;SOR=0.580;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=177;TCF=21;TCR=156;TR=64;WE=118824047;WS=118824029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,129:0.42:310
chr3	118865970	rs4077930	G	A	4629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.427;SC=CCAAGTGTACGGCCAAGCCAC;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=407;TCF=234;TCR=173;TR=200;WE=118865979;WS=118865960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,209:0.49:425
chr3	118866376	rs56317615	C	T	5701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.794;SC=CCCTCCATCTCATCCAAATTG;SOR=0.884;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=537;TCF=234;TCR=303;TR=264;WE=118866384;WS=118866366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,275:0.49:559
chr3	118866515	rs9864127	C	T	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=60;PP=1617;SC=AGGGGTACAACGGAAGGGCAC;SOR=6.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=61;WE=118866523;WS=118866505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	118870222	rs73185896	G	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=-0.235;SC=AACAAAGTACGTACAACTCTG;SOR=0.407;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=20;WE=118870230;WS=118870212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr3	118878789	rs13077000	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=433;ReadPosRankSum=0.482;SC=CTACAAAGAACGAGCCTCTCT;SOR=0.743;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=35;WE=118878797;WS=118878779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
chr3	118906905	rs62273513	T	C	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=50;PP=1287;ReadPosRankSum=0.464;SC=ATGCTTTGGCTTTCAGTGGGG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=32;TCR=85;TR=68;WE=118906913;WS=118906895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr3	118909159	rs9840317	A	G	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=43;PP=1611;SC=GCAACACAACAAGACTTTGTG;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=95;WE=118909167;WS=118909149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	118909962	rs3796356	T	C	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=98;PP=2338;SC=GTAAGACCTGTGGTCTTGGGG;SOR=3.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=23;TCR=99;TR=121;WE=118909970;WS=118909952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	118909987	rs3796357	C	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=51;PP=1473;SC=GCCATTTTTACTTACTGGTGG;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=60;WE=118909995;WS=118909977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	118912961	rs62263545	T	C	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=4;PP=1199;SC=ATGTAAGATATGGTACACTTT;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=50;WE=118912969;WS=118912951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	118913337	rs7628485	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=756;SC=GTCTTTCAGTAAGGAATTCTA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=118913345;WS=118913327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	118922654	rs12186112	A	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=672;SC=AACAAACAAAAAAATCTGTTG;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=118922662;WS=118922645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	118930791	rs5868	G	C	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=2;PP=1689;SC=GCTATCAGCAGCTGCAACCAG;SOR=6.059;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=62;TCR=2;TR=64;WE=118930799;WS=118930781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	118931389	rs6784208	C	T	11390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=220;NR=187;PP=2965;SC=CACCAAAAGACCCAGGGTCAT;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=407;TCF=220;TCR=187;TR=407;WE=118931397;WS=118931379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr3	118935284	rs68075325	CACGCACAT	C	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=0.549;QD=19.08;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	118935300	rs73187814	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.75;MQRankSum=0.549;QD=20.09;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	119013928	rs3732412	A	T	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	119013987	rs10707359	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr3	119112559	rs935616	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=250;ReadPosRankSum=-1.756;SC=TAAATTAACTAGGGGAAGAGG;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=12;WE=119112567;WS=119112549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr3	119118104	rs4688001	A	G	9097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=145;PP=2965;SC=CAGTGCCTGTAGAAGGTAAGA;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=177;TCR=145;TR=322;WE=119118112;WS=119118094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr3	119120577	rs10511390	G	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=7;PP=879;ReadPosRankSum=0.152;SC=TGCCTCTCTAGTATTCAAATG;SOR=1.671;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=110;TCF=88;TCR=22;TR=49;WE=119120585;WS=119120567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,48:0.42:113
chr3	119128628	rs1463139	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	119128634	rs1463138	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	119133183	rs3732413	G	A	7541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=143;PP=2965;SC=TTCAAAGGGCGGCCCGGAAAG;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=118;TCR=144;TR=261;WE=119133191;WS=119133173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	119133554	rs61740281	G	A	4732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.792;SC=TGAAAGACGCGCACAAGGCCC;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=196;TCR=212;TR=208;WE=119133562;WS=119133544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,216:0.51:426
chr3	119170218	rs2178318	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=510;ReadPosRankSum=0.144;SC=TTGTGATTATAGTAACTATTC;SOR=1.721;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=29;WE=119170226;WS=119170208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr3	119171280	rs1919586	C	G	11208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=196;PP=2965;SC=AGAATATAGTCAATGAACTGT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=407;TCF=211;TCR=196;TR=407;WE=119171288;WS=119171270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr3	119176842	rs114778245	C	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=419;ReadPosRankSum=-0.032;SC=ACATGAAGAACTTAAAGTCTG;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=21;WE=119176850;WS=119176832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr3	119188895	rs6438531	C	G	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=63;PP=1983;SC=AAAATGCTCTCGCATGGGAAA;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=89;WE=119188903;WS=119188885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	119196334	rs3732419	G	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=38;PP=1083;SC=ATGGAGAGTGGTCCTCTAGGA;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=119196342;WS=119196324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	119197285	rs4688005	A	G	14063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.07;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,400:1.00:401
chr3	119197285	.	ATG	GTG,GTT	2823	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=174,80;NR=186,81;PP=2823,2208;QD=20;SC=ATTGTTTGTCATGAAACTCAC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=177;TCR=191;TR=360,161;WE=119197295;WS=119197275;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:368
chr3	119197287	.	G	T	3928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=3.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,189:0.47:399
chr3	119198873	rs4688007	G	A	13191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=249;NR=213;PP=2965;SC=ACTGATTTAGGACGACCTGTC;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=462;TCF=249;TCR=213;TR=462;WE=119198881;WS=119198863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr3	119199099	.	CTT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr3	119204063	rs58041964	CA	C	61.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.366;QD=8.83;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	119205541	rs2276713	C	T	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=11;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TATACCCCTCCTCCGCTGTCA;SOR=0.173;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=91;TCF=77;TCR=14;TR=56;WE=119205549;WS=119205531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr3	119209658	rs62263444	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.166;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=725;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CATGTAAGACATTTAGTCCTA;SOR=1.092;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=39;WE=119209666;WS=119209648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr3	119211384	rs11556604	T	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=448;ReadPosRankSum=1.382;SC=CTTGAATATCTGCTATCAAGC;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=36;WE=119211392;WS=119211374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,41:0.37:112
chr3	119235977	rs4447803	C	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TTGCTCACACCTTAGCAGAGA;SOR=2.200;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=16;WE=119235985;WS=119235967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr3	119236017	rs4461452	G	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=504;ReadPosRankSum=0.482;SC=CTAATGACTCGTTTTTCCTAA;SOR=0.953;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=34;WE=119236025;WS=119236007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr3	119263680	rs2228017	C	T	4403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=109;PP=2653;ReadPosRankSum=0.329;SC=ACAGCGTTGCCACTTCTTTCA;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=398;TCF=169;TCR=229;TR=193;WE=119263688;WS=119263670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,209:0.50:422
chr3	119276377	rs66604554	A	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=13;PP=871;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GGTTCCTTCCAGCTTATAGGA;SOR=0.624;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=82;TCR=24;TR=59;WE=119276385;WS=119276367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,65:0.57:114
chr3	119305169	rs20569	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=647;ReadPosRankSum=1.459;SC=AGCTGAAGCCGGGCAAGCCCA;SOR=0.569;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=70;TCR=15;TR=37;WE=119305177;WS=119305159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr3	119305379	rs25676	T	A	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=72;PP=2242;ReadPosRankSum=-0.261;SC=CAGCCTATGCTGTGAATAGCA;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=121;TCR=133;TR=137;WE=119305387;WS=119305369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,137:0.53:260
chr3	119319328	rs141446813	G	A	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1373;ReadPosRankSum=1.560;SC=TTGCTGTGGGGCCTGCTTATT;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=173;TCF=78;TCR=95;TR=103;WE=119319336;WS=119319318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,111:0.59:187
chr3	119325907	rs2251566	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=605;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GGCAACAAGGGGAGGAATGAA;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=34;WE=119325915;WS=119325897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr3	119327604	rs5852212	GC	G	1710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.651;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.28;MQRankSum=2.299;NF=36;NR=12;PP=1406;ReadPosRankSum=1.739;SC=TTCTTTTTTGGCCCCCTGTCT;SOR=1.470;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=48;WE=119327612;WS=119327594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,66:0.44:151
chr3	119327653	rs1723969	T	C	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.173;NF=79;NR=56;PP=2040;ReadPosRankSum=-1.337;SC=TTGACACATTTATTAGAACCC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=176;TCR=127;TR=135;WE=119327661;WS=119327643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,150:0.46:325
chr3	119328449	rs3832185	CAGGCTTT	C	1831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.279;NF=3;NR=27;PP=1508;ReadPosRankSum=0.280;SC=GCCCATCCTCCAGGCTTTAGA;SOR=1.093;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=30;WE=119328463;WS=119328439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr3	119331874	rs2272270	C	T	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=734;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GCCTGGACCCCGCTGGACCTG;SOR=0.703;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=59;WE=119331882;WS=119331864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,63:0.41:152
chr3	119331892	rs2272269	C	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=804;ReadPosRankSum=0.480;SC=CTGAGTACACCAGGGCCAGTG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=64;WE=119331900;WS=119331882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,70:0.42:167
chr3	119332042	rs2272268	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TAGCTCTGTGGCCCTGGGCAG;SOR=1.085;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=15;WE=119332050;WS=119332032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr3	119334986	rs2247660	G	A	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=85;PP=2965;SC=TGGCAACCCCGGAGATTGAAA;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=86;TCR=85;TR=171;WE=119334994;WS=119334976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	119336728	rs4688020	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=584;SC=CACTAATATTCTGAAAAAGTG;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=119336736;WS=119336718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	119338287	rs115833860	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=525;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GCACATAGTGCGTGTATGGTG;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=37;WE=119338295;WS=119338277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr3	119338492	rs61733986	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=678;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CCAGTGCTCCGTACTGCAGTG;SOR=0.287;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=51;WE=119338500;WS=119338482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr3	119338956	rs2280669	A	G	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=74;PP=2518;SC=GCTCCTAACCATGGCATTTCC;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=154;WE=119338964;WS=119338946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	119339010	rs1877595	G	A	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=65;PP=2219;SC=TAAATGTGAAGTAAAAATGTG;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=123;WE=119339018;WS=119339000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	119339054	rs1877594	C	T	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=52;PP=1647;SC=CAAGCTAAACCGTCATCCTTC;SOR=1.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=119339062;WS=119339044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	119339138	rs115355284	C	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=-1.636;SC=GTCCTGTTTGCTTTATCATGT;SOR=0.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=9;WE=119339146;WS=119339128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr3	119367390	rs2688643	T	C	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=103;PP=2965;SC=AGAGCTTCTCTGAGATGTCAT;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=133;TCR=103;TR=236;WE=119367398;WS=119367380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	119373301	rs2688630	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=5;PP=445;SC=GGATATTGCTGGGCTACAGTG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=119373323;WS=119373291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	119373315	rs2688629	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=613;SC=TACAGTGGGATGGGGTGAGGC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=119373323;WS=119373291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	119395662	rs523476	C	G	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=33;PP=1948;SC=ATGTCTACATCTTCGGACCTA;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=101;WE=119395670;WS=119395652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	119395918	.	AAGAGGGCAGAGGGCAGAAGGC	A	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.572;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr3	119422204	rs7624672	T	C	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=764;SC=ACGGTTGTCCTTGGTCGGGTG;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=119422212;WS=119422194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	119426307	rs9848716	T	C	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=41;PP=2189;SC=ATCCAAGATATTCTCTATATT;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=116;WE=119426315;WS=119426297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	119434527	rs6438544	G	C	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=109;PP=2965;SC=TCCATACTCTGCAGAATATGT;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=107;TCR=109;TR=216;WE=119434535;WS=119434517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	119501780	rs2472668	G	A	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=104;PP=2965;SC=AGTGCCACCAGGTCCTTCTTC;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=65;TCR=104;TR=169;WE=119501788;WS=119501770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	119501798	rs2461831	T	A	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=85;PP=2394;SC=TTCTCTCCACTTTACAGCCCA;SOR=1.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=39;TCR=85;TR=124;WE=119501806;WS=119501788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	119529113	rs3732356	G	T	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=105;PP=2965;SC=CGTGGGTGTGGGCATGCTTGT;SOR=2.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=26;TCR=106;TR=131;WE=119529121;WS=119529103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	119533733	rs6785049	G	A	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=722;SC=TCTTCCTCTCGCCCCCAACTT;SOR=3.145;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=36;WE=119533741;WS=119533723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	119533773	rs6797879	T	C	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=22;PP=1841;SC=CTGGTGCCGGTCTGTGGGCTG;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=65;TCR=22;TR=87;WE=119533781;WS=119533763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	119533910	rs4058490	T	C	9533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=180;NR=179;PP=2965;SC=CAGTGTTCAATGCGGAGACTG;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=181;TCR=179;TR=359;WE=119533918;WS=119533900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr3	119595503	rs1719895	A	G	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=3;PP=80;SC=CATGATTTGAATATGTCCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=119595511;WS=119595493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	119886548	rs9858566	G	C	12221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=215;NR=199;PP=2965;SC=GGCTAAAGCCGAGCTCCTTGG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=414;TCF=215;TCR=199;TR=414;WE=119886556;WS=119886538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr3	119886776	rs902790	T	A	6579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=135;PP=2965;SC=AGCCGCCTCTTTCTGGTAGGA;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=82;TCR=135;TR=216;WE=119886784;WS=119886766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	119892121	rs13064815	C	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=5.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=625;ReadPosRankSum=-0.449;SC=ATGATTGGATCCTTTACAGGG;SOR=1.302;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=27;WE=119892129;WS=119892111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr3	119900212	rs1488765	G	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=497;ReadPosRankSum=0.675;SC=GCAGACCCTGGGGGGTGAAGA;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=36;WE=119900220;WS=119900202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr3	119900260	rs1488764	T	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=30;PP=645;SC=AAGAGGTCAATGAGCAGTAGG;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=119900268;WS=119900250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	119904125	rs902791	A	G	12698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=263;NR=217;PP=2965;SC=GACAGAGACCATATCAGATGT;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=480;TCF=263;TCR=217;TR=480;WE=119904133;WS=119904115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr3	119904315	rs902792	G	C	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=61;PP=1906;SC=TTGTGAACATGCTGGAGCATG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=85;WE=119904323;WS=119904305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	119905641	rs2319542	G	A	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=80;PP=2790;SC=CTGCAAAAGAGTCAAGGTCAA;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=158;WE=119905649;WS=119905631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	119905791	rs80124767	T	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-0.790;SC=ACATTTACAATGACTTCTATG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=10;WE=119905799;WS=119905781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr3	119911667	rs2319543	G	A	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=10;PP=1310;SC=ATGAGAAACAGGAACTTTGGA;SOR=2.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=119911675;WS=119911657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	119912297	rs902793	C	A	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=62;PP=1390;ReadPosRankSum=0.439;SC=AAGAAAGACACTTACAGCCAT;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=43;TCR=131;TR=84;WE=119912305;WS=119912287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr3	119962322	rs1492272	G	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=321;ReadPosRankSum=0.451;SC=GCACAATACCGACCTAGATCT;SOR=1.371;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=16;WE=119962330;WS=119962312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr3	120123953	rs1147701	T	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=50;PP=1391;SC=TCAGAGGGCCTTGGCAACAAA;SOR=3.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=56;WE=120123961;WS=120123943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	120169641	rs1147708	T	C	18483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=299;NR=385;PP=2965;SC=GGCCCCGCGCTGACCTGGGAA;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=686;TCF=300;TCR=386;TR=684;WE=120169649;WS=120169631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,708:1.00:708
chr3	120369575	rs3817627	T	G	11347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.367;SC=CTGGCCAAAATCCCTTAGAAG;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=399;TCF=216;TCR=183;TR=397;WE=120369583;WS=120369565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,420:1.00:422
chr3	120371414	rs2551607	G	A	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=88;NR=75;PP=2696;SC=GAGCAGTAGGGAGGGTGTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=163;WE=120371422;WS=120371404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	120394719	.	G	A	3372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=84;PP=2186;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TACTGTAGGTGACAAAGACAC;SOR=0.623;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=385;TCF=185;TCR=200;TR=168;WE=120394727;WS=120394709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,173:0.43:402
chr3	120413158	rs7612975	G	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=46;PP=1314;SC=GCATATTTCTGTAGGCATAAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=120413166;WS=120413148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	120428621	rs11720353	T	C	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TTTAAAAATGTTTTACCATTT;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=112;TCR=53;TR=89;WE=120428629;WS=120428611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,92:0.53:172
chr3	120461576	rs7647895	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=1.933;SC=AGGGGCGTGGTTCATTTAAGC;SOR=1.101;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=17;WE=120461584;WS=120461566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
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chr3	120833994	rs17195251	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=351;ReadPosRankSum=0.000;SC=TATTTGATACGTCTATTACTA;SOR=0.463;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=25;WE=120834002;WS=120833984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr3	120976051	rs17249244	C	G	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=19;PP=1130;ReadPosRankSum=2.396;SC=GATATTATTACCCCTGAACCA;SOR=0.929;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=167;TCF=116;TCR=51;TR=70;WE=120976059;WS=120976041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,75:0.43:176
chr3	121100116	rs35624942	GT	G	1923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.198;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.297;NF=39;NR=14;PP=1046;SC=AATTTGTGTGGTTTTTTTTTA;SOR=2.364;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=53;WE=121100124;WS=121100106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr3	121100414	rs17740072	A	G	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=45;PP=1038;ReadPosRankSum=1.151;SC=CTTCACTGTTACTTTTTCAAA;SOR=0.585;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=127;TCF=30;TCR=97;TR=60;WE=121100422;WS=121100404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
chr3	121137976	rs6782025	C	T	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=46;PP=1536;SC=CTTTGAGAAACCATATTCAGG;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=121137984;WS=121137966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	121138015	rs6782033	C	T	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=1247;ReadPosRankSum=-0.680;SC=AGCATCACTACTCAACTGCTA;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=64;WE=121138023;WS=121138005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr3	121154974	rs1381057	T	C	7444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=84;PP=2965;SC=CAAACCTGTTTGGTCACTTTG;SOR=1.335;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=161;TCR=84;TR=245;WE=121154982;WS=121154964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	121155198	rs2030531	C	T	4946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=107;PP=2965;SC=GTCCACAGTTCAGTGCTCACA;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=62;TCR=107;TR=169;WE=121155206;WS=121155188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	121168344	rs3218650	G	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=60;PP=1341;ReadPosRankSum=-2.864;SC=TCATTAGGATGCGAATTTCGG;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=162;TCF=42;TCR=120;TR=82;WE=121168352;WS=121168334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr3	121186543	rs1381058	A	G	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=100;PP=2965;SC=ATATATGAAAAAGGTCTGATT;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=27;TCR=100;TR=127;WE=121186551;WS=121186533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	121195302	.	TACACAC	T,TAC	3437.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.828;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.268;NF=37,37;NR=15,15;PP=202,2077;ReadPosRankSum=0.900;SC=TTCAGGTAAATACACACACAC;SOR=2.468;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=52,52;WE=121195317;WS=121195292;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.74:91
chr3	121208833	rs3218649	G	C	6441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=117;PP=2965;SC=AATGGAACATGTCTGATGTTC;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=106;TCR=117;TR=223;WE=121208841;WS=121208823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr3	121212277	rs11351457	AT	A	3122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.226;NF=46;NR=32;PP=1419;ReadPosRankSum=-1.142;SC=TAAAATTGACATTTTTTTTTT;SOR=0.488;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=78;WE=121212295;WS=121212267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr3	121228833	rs3732406	A	C	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=18;PP=2899;SC=CAGTCATACAACCTCACTAAA;SOR=3.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=105;TCR=18;TR=123;WE=121228855;WS=121228823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	121238749	rs702018	G	A	12614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=251;NR=202;PP=2965;SC=TGCCAGCACGGCCAACCATCT;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=455;TCF=251;TCR=204;TR=453;WE=121238757;WS=121238739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr3	121241058	rs13059229	C	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=57;PP=1555;SC=GTGTATCTGTCTAAATCATAA;SOR=2.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=15;TCR=58;TR=72;WE=121241066;WS=121241048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	121263720	rs702017	C	A	12116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=171;NR=265;PP=2965;SC=TAGCTTGTCTCTTTCGTAGTC;SOR=1.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=436;TCF=171;TCR=265;TR=436;WE=121263728;WS=121263710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr3	121265176	rs3806614	G	A	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=36;PP=2715;SC=AGATTGAGAAGCATTATGCAA;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=90;TCR=36;TR=126;WE=121265184;WS=121265166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	121265522	rs11714774	A	C	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.051;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=0.927;SC=ACCAAGCAAAACTAGTAGGCC;SOR=1.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=51;TCR=107;TR=154;WE=121265530;WS=121265512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr3	121289829	rs9812322	G	T	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=107;PP=2958;SC=AAATCAAATGGGCCTTTGGCC;SOR=4.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=10;TCR=107;TR=117;WE=121289837;WS=121289819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	121304933	rs9813391	G	A	8142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=163;PP=2965;SC=GCAAAGCAACGAAACCAGATC;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=123;TCR=163;TR=286;WE=121304941;WS=121304923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr3	121339354	rs7640859	T	C	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=27;PP=2298;SC=AACCTAACTGTTTTTCTTACT;SOR=1.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=107;WE=121339362;WS=121339344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	121350583	rs1128159	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=477;ReadPosRankSum=0.641;SC=AGAGGGAAGTCTGTCCAGAAC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=121350601;WS=121350574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	121350593	rs1128158	C	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=-1.492;SC=CTGTCCAGAACCTCATCTGGT;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=121350601;WS=121350574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr3	121350616	rs1128154	G	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=97;ReadPosRankSum=-1.468;SC=GACATTTGCAGCAGGAATAGG;SOR=0.148;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=10;WE=121350624;WS=121350606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr3	121350966	rs9869984	C	G	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=52;PP=2121;SC=TAATCATATACAGCCACAGCT;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=98;WE=121350974;WS=121350956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	121351257	rs77852202	C	T	4790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.388;SC=TCCTCCTGCTCATGCCTGTCC;SOR=0.590;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=391;TCF=218;TCR=173;TR=214;WE=121351265;WS=121351247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,226:0.55:408
chr3	121351338	rs2070180	C	T	4996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.132;SC=GGCTCTGCTTCGTACACTGGC;SOR=0.687;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=380;TCF=166;TCR=214;TR=215;WE=121351346;WS=121351328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,225:0.57:395
chr3	121351480	rs9815500	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=0.619;SC=ACTGATAAGATCCCCCGCCCT;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=21;WE=121351488;WS=121351470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr3	121353254	rs2070179	T	C	6986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=122;PP=2965;SC=AGCCCACGGGTACCACTAGAA;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=115;TCR=122;TR=237;WE=121353262;WS=121353244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr3	121353291	rs34667636	G	A	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=56;PP=1376;ReadPosRankSum=-2.291;SC=AGAAAAATTAGGGTTGTCTTG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=77;TCR=112;TR=93;WE=121353299;WS=121353281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,97:0.48:202
chr3	121353328	rs6770842	A	C	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.706;SC=AGGGCATGGCACTTGAAGGAA;SOR=0.629;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=123;TCF=43;TCR=80;TR=66;WE=121353336;WS=121353318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,71:0.56:127
chr3	121354381	rs7620842	A	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=290;SC=CACTTTAGCCACCAAAGTGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=121354389;WS=121354373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	121361646	rs12487377	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1019;ReadPosRankSum=1.642;SC=TGAACAAAAAGTAAATAAAAT;SOR=0.839;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=156;TCF=101;TCR=55;TR=72;WE=121361654;WS=121361636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,74:0.45:165
chr3	121361787	rs2070178	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=980;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TCTGAGATGTGTGCTTCTCCA;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=148;TCF=64;TCR=84;TR=71;WE=121361795;WS=121361777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,74:0.47:156
chr3	121363680	rs34440810	C	T	4811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CTGCCCTGTCCCTCTCAACTC;SOR=0.606;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=400;TCF=233;TCR=167;TR=203;WE=121363688;WS=121363670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,219:0.52:424
chr3	121366123	rs9818402	C	T	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=33;PP=1484;ReadPosRankSum=0.466;SC=CCACCGCACCCGGCTTGTATT;SOR=0.568;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=149;TCR=71;TR=103;WE=121366139;WS=121366113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,105:0.47:223
chr3	121366377	rs7356043	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=549;ReadPosRankSum=2.301;SC=GAAGCCTTGAAGTCTGTCCTG;SOR=0.470;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=39;WE=121366385;WS=121366367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr3	121388362	rs11363204	AT	A	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=306;SC=AAAAAGCATAATTTTTTTTTG;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=16;WE=121388370;WS=121388352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	121412803	.	C	T	6313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.406;SC=CAAGCTGGGTCACAGTACTGT;SOR=0.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=547;TCF=294;TCR=253;TR=281;WE=121412811;WS=121412793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,288:0.51:569
chr3	121415610	rs33988592	G	A	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=49;PP=2446;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TCTGTGCTTGGGAGTTTTCCG;SOR=1.188;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=305;TCF=177;TCR=128;TR=135;WE=121415618;WS=121415600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,146:0.45:325
chr3	121418765	rs11927625	T	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=738;ReadPosRankSum=-0.590;SC=CTTTAGAAGATATATGTGGAG;SOR=0.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=22;TCR=83;TR=43;WE=121418773;WS=121418755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr3	121433926	rs9854052	T	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=242;SC=TAGTTTAGTTTCCTTAGTTAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=121433934;WS=121433916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	121435621	rs9832267	T	C	10106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	121435624	rs9812411	C	T	10106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	121448675	rs28497949	T	A	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=35;PP=2965;SC=CTGTCCTTTATCAAATGCTCC;SOR=2.287;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=109;TCR=35;TR=144;WE=121448683;WS=121448665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	121500479	rs368036963	TAC	T	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=658;ReadPosRankSum=-0.286;SC=GCAATAAATGTACACACACAC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=19;WE=121500490;WS=121500469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr3	121507231	rs1141528	A	T	4771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.220;SC=TTTCTGGATAATCAGTGCTGA;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=429;TCF=236;TCR=193;TR=215;WE=121507239;WS=121507221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,226:0.50:451
chr3	121507371	rs141690316	CTTTTTA	C	1899.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.146;NF=3;NR=33;PP=1528;ReadPosRankSum=-0.067;SC=ATCTTGCATTCTTTTTATTTT;SOR=0.854;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=105;TCF=4;TCR=101;TR=36;WE=121507384;WS=121507361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr3	121507415	rs4073474	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=453;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CCCAATTCTACTATTTTACCA;SOR=0.283;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=24;WE=121507423;WS=121507405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr3	121508830	rs6802815	A	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=581;ReadPosRankSum=-0.933;SC=GTCCAAATTTAAAAAAAAATC;SOR=0.661;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=37;WE=121508838;WS=121508816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr3	121514458	rs141330650	TA	T,TAA	787.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.76;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,33,8:0.79,0.19:42
chr3	121526099	rs4582090	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.43;ReadPosRankSum=0.188;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	121526107	rs4280673	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=7.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.37;ReadPosRankSum=1.068;SOR=3.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr3	121526152	rs5852278	TA	T	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=10;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=174;ReadPosRankSum=-0.636;SC=ATGCTTCTGATAAAAAAAAAG;SOR=0.368;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=11;WE=121526160;WS=121526142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr3	121526204	rs4543051	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=328;ReadPosRankSum=1.641;SC=TTGATCTGTAGTATATTCTGT;SOR=0.811;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=21;WE=121526212;WS=121526194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr3	121547527	rs1920320	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=-1.901;SC=TAATACATCCAGGAGCTATTT;SOR=0.275;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10;WE=121547535;WS=121547517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr3	121563271	rs11717089	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=1102;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTACATTTTACAAAAATTGGT;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=30;WE=121563293;WS=121563261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr3	121563285	rs11721291	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.020;SC=AATTGGTATTTGTATCTATTT;SOR=0.491;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=34;WE=121563293;WS=121563261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr3	121563355	rs9884018	T	C	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,66:0.43:153
chr3	121613205	rs4603998	G	C	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=761;SC=GAGTTAAACTGAGTTGCTGAA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=121613213;WS=121613195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	121630328	rs6438687	A	G	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=11;PP=1221;SC=TCCTCCATTTATCCCCACACT;SOR=2.187;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=54;WE=121630336;WS=121630318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	121633964	rs2049331	C	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=13;PP=1371;SC=ATTGTGGAGGCAATATCTGAA;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=121633972;WS=121633954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	121634160	.	G	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=-0.287;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,63:0.22:293
chr3	121634171	rs3215370	A	AT	7444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=122;PP=2976;SC=AGAGGTTAGGATTTTTTTGAG;SOR=1.264;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=25;TCR=137;TR=145;WE=121634179;WS=121634150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr3	121634410	rs9812515	T	A	9168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=211;NR=92;PP=2965;SC=GAATAAAACATCAAATATTCA;SOR=1.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=211;TCR=92;TR=303;WE=121634418;WS=121634400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr3	121641528	rs7637569	G	A	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=13;PP=2102;SC=TAAGTCACTAGAAGTATGGTG;SOR=3.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=76;TCR=14;TR=88;WE=121641536;WS=121641518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	121641693	rs2293616	G	A	10620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=194;PP=2965;SC=TAGACTGGGCGGCTGAGAAAT;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=362;TCF=168;TCR=194;TR=362;WE=121641701;WS=121641683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr3	121641821	rs2293615	A	G	6875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=93;PP=2965;SC=GGACACTTCTACTTTAAGCAA;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=127;TCR=93;TR=220;WE=121641829;WS=121641811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	121642048	rs3817601	A	T	7318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=132;PP=2965;SC=GATTTCTCATAACAGGATCTG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=123;TCR=133;TR=255;WE=121642056;WS=121642038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr3	121643143	rs3215371	A	AT	2153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=970;ReadPosRankSum=0.123;SC=CTAGGCCAACATTTTTTTTTC;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=64;WE=121643151;WS=121643133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr3	121643170	rs2257109	A	T	4608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=50;PP=2965;SC=TCAGACATCAACTAAATTAAT;SOR=1.652;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=123;TCR=50;TR=172;WE=121643178;WS=121643160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	121643303	rs2257115	T	A	11595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=221;PP=2965;SC=GTATTACGATTAACAACCATA;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=422;TCF=200;TCR=222;TR=421;WE=121643311;WS=121643293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr3	121643337	rs2257119	G	A	8828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=190;PP=2965;SC=CTCCTTGTACGCTGATAAGGG;SOR=1.312;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=310;TCF=119;TCR=191;TR=309;WE=121643345;WS=121643327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr3	121643372	rs2257120	C	T	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=133;PP=2965;SC=GAAAACATTCCCATTAAGCCC;SOR=1.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=54;TCR=133;TR=187;WE=121643380;WS=121643362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	121643427	rs2257123	G	A	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=41.24;SOR=4.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	121643436	rs2257124	G	A	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=46.08;SOR=4.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	121643447	rs34567530	A	AT	888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=31;PP=934;SC=TAAGCATTGGATTTTTTTCCA;SOR=5.549;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=32;WE=121643455;WS=121643417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	121643699	rs2257132	G	A	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=7;PP=1481;SC=GTGTGTAGATGTGAGACAGAG;SOR=3.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=55;TCR=7;TR=62;WE=121643707;WS=121643689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	121643804	rs2257212	C	T	7917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=106;PP=2965;SC=TCTAAATCCCCTTCTGGTTCT;SOR=0.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=157;TCR=106;TR=263;WE=121643812;WS=121643794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr3	121643893	rs2257214	T	C	5860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.05;NF=74;NR=125;PP=2965;SC=AAGTGTTCACTATGTCTGTAT;SOR=1.456;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=74;TCR=126;TR=199;WE=121643901;WS=121643883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	121646495	rs1882002	C	T	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=5;PP=1492;SC=TATTTCTTTACAGCAATGCAA;SOR=4.479;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=56;TCR=5;TR=61;WE=121646503;WS=121646485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	121646641	rs1143670	A	G	10409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=0.407;SC=TGATCCTAGCATGCCTGGCAT;SOR=0.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=187;TCR=189;TR=375;WE=121646649;WS=121646631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,399:1.00:400
chr3	121646759	rs3762819	G	A	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=74;PP=2116;SC=GACTTGTTCAGTCATGATTCC;SOR=2.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=21;TCR=74;TR=95;WE=121646767;WS=121646749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	121647286	rs1143671	C	T	6230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=95;PP=2965;SC=CCCAGCCCAGCCAGGTCCCCA;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=125;TCR=95;TR=220;WE=121647294;WS=121647276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	121647467	rs1316301	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=41;PP=1157;SC=TTTTCCTTAACATTAATTGTA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=121647475;WS=121647457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	121647782	rs1316397	C	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=672;SC=GTCCAATATGCAGTAGAAGGT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=121647790;WS=121647772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	121648168	rs1143672	G	A	10505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=203;NR=157;PP=2965;SC=ACAGAAAGCAGAACAACCAAT;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=203;TCR=157;TR=360;WE=121648176;WS=121648158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr3	121658082	rs874741	A	G	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=3;PP=1649;SC=TTTCCTGAAAATGGCTGAAGA;SOR=5.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=56;TCR=3;TR=58;WE=121658090;WS=121658072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	121659197	rs3817599	G	A	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.88;SOR=1.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	121659197	.	GGTTTG	AGTTTA,AGTTTG	769	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=25,56;NR=14,26;PP=618,769;QD=17.2171249965;SC=CAGTGAAGGGGGTTTGTTTAC;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=39,82;WE=121659210;WS=121659187;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.46:84
chr3	121659202	rs35538837	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.509;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr3	121712051	rs2877561	A	C	10703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.99;NF=206;NR=178;PP=2965;SC=GAGTGATATCAAGTGAGCGGT;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=384;TCF=206;TCR=178;TR=384;WE=121712059;WS=121712041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr3	121712980	rs3915060	C	T	9745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=188;NR=170;PP=2965;SC=CCCATGTTCCCGCCCTTGCCC;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=188;TCR=170;TR=358;WE=121712988;WS=121712970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr3	121740829	rs146384236	C	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=579;ReadPosRankSum=-1.439;SC=TTCCTGTCTCCTTGGGTCCAG;SOR=1.039;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=47;WE=121740837;WS=121740819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,57:0.43:134
chr3	121810427	rs57304749	CT	C	8709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.389;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.184;NF=44;NR=175;PP=2986;ReadPosRankSum=-1.448;SC=CAAGTTTTACCTTTTTTTTTC;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=53;TCR=207;TR=219;WE=121810435;WS=121810417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,331:0.99:334
chr3	121825197	rs2681417	G	A	10128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=230;NR=118;PP=2965;SC=GTATGATGGTGTTATGCAGAA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=230;TCR=118;TR=348;WE=121825205;WS=121825187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr3	121836966	rs10580127	TGA	T	8833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=89;PP=2974;SC=GAGACATTGATGAGAGAGAGG;SOR=0.730;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=24;TCR=102;TR=111;WE=121836975;WS=121836956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	121976253	rs9869985	G	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=34;PP=893;SC=GCCTTCTCAGGCGGGGCACTG;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=121976261;WS=121976243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	122000871	rs4678174	C	T	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=984;ReadPosRankSum=1.296;SC=TGCCCAAACTCCTCCCTCTTA;SOR=0.617;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=100;TCR=70;TR=69;WE=122000879;WS=122000861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,69:0.39:176
chr3	122003045	rs2036400	G	C	17269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=299;NR=294;PP=2965;SC=CCGCGCCCCCGTCAAGCTACC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=594;TCF=300;TCR=294;TR=593;WE=122003053;WS=122003035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,611:1.00:611
chr3	122003832	rs1801726	G	C	16418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=226;PP=2965;SC=GACCCGACACGAGCCATTACT;SOR=1.126;Source=Platypus;TCF=227;WE=122003840;WS=122003822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,577:1.00:577
chr3	122004098	rs4677948	A	T	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=53;PP=1564;SC=GTCCCAGGGAAGAGGAATCGC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=73;WE=122004106;WS=122004088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	122056432	rs17589	C	T	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=32;PP=1907;SC=ATGAGACTTACGGAAAATTGG;SOR=1.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=97;WE=122056440;WS=122056422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	122081659	rs9857709	AA	GC	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=26.011;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.454;QD=3.90;ReadPosRankSum=-3.709;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,25:0.18:137
chr3	122128466	rs4306808	G	C	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=20;PP=2589;SC=TGCTCAGTGTGCAAGCAGCAG;SOR=2.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=85;TCR=21;TR=105;WE=122128474;WS=122128456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	122128519	rs10511410	G	C	7997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=98;PP=2965;SC=GCTGTCATCAGTGCAAGGTAA;SOR=1.316;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=275;TCF=177;TCR=98;TR=274;WE=122128527;WS=122128509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	122133830	rs3749213	T	G	6472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.620;SC=TACCTGACACTATCAAGGACC;SOR=0.906;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=616;TCF=295;TCR=321;TR=301;WE=122133838;WS=122133820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,308:0.49:634
chr3	122145810	rs4677950	T	A	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=5;PP=913;SC=CTGACACAGGTACGTGAAAGC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=122145818;WS=122145800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	122168341	rs3749209	C	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=771;ReadPosRankSum=1.655;SC=ATGTACAATCCATTAATATTT;SOR=1.146;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=100;TCF=84;TCR=16;TR=45;WE=122168349;WS=122168331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
chr3	122186188	rs4678193	C	T	8705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=137;PP=2965;SC=CTCCATGTTACTAATCTGAGC;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=166;TCR=137;TR=303;WE=122186196;WS=122186178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr3	122215166	rs10625209	A	AAC	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5034;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=584;ReadPosRankSum=1.150;SC=AGAAGGGGAAAACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=122215174;WS=122215164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	122247606	rs7628052	A	G	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=945;ReadPosRankSum=-1.050;SC=AAAGGAAAAAATAAAATAAAA;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=59;TCR=85;TR=74;WE=122247614;WS=122247596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,76:0.50:151
chr3	122259606	rs9851180	T	C	4233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=1.958;SC=GTGGGCCTCATACATCTCTTC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=428;TCF=217;TCR=211;TR=193;WE=122259614;WS=122259596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,197:0.45:437
chr3	122259745	rs9831600	G	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.302;HP=16;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.780;NF=12;NR=33;PP=772;ReadPosRankSum=-5.602;SC=GCAGTTTTTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.250;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=146;TCF=42;TCR=104;TR=45;WE=122259753;WS=122259728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,20:0.17:118
chr3	122259782	rs9868934	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.494;NF=1;NR=17;PP=318;ReadPosRankSum=0.153;SC=CTGTCTCACAAGCTGGAGTGC;SOR=0.614;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=18;WE=122259790;WS=122259772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr3	122274757	rs73192127	G	C	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=77;PP=2214;ReadPosRankSum=-1.735;SC=CATCTTTCCAGACTGATAACT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=144;TCR=159;TR=146;WE=122274765;WS=122274747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,156:0.48:323
chr3	122285005	rs12485294	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=-2.218;SC=CCCATGTGCTGGGCACGTACA;SOR=0.374;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=17;WE=122285013;WS=122284995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr3	122287289	rs9839782	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=-0.530;SC=ATGGTAGGCCTGCATGCTGAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=122287297;WS=122287279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr3	122288210	rs2332285	G	A	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=77;PP=2526;ReadPosRankSum=0.875;SC=TCCAAGGACAGGCAGGTAGAT;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=192;TCR=162;TR=166;WE=122288218;WS=122288200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,170:0.47:361
chr3	122290579	rs2036342	C	T	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.620;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1019;ReadPosRankSum=0.053;SC=AGCTGAAAGCCAAAGGAATTG;SOR=1.161;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=214;TCF=97;TCR=117;TR=83;WE=122290587;WS=122290569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,89:0.38:232
chr3	122354037	rs1106346	A	G	5492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GTGCTGGGAAAAATGGTAAGG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=421;TCF=179;TCR=242;TR=236;WE=122354045;WS=122354027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,246:0.56:442
chr3	122354052	rs1106345	A	G	4401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.146;SC=GTAAGGAAGCAAGTAATTTGG;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=364;TCF=148;TCR=216;TR=194;WE=122354060;WS=122354042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,204:0.53:385
chr3	122354792	rs12489170	G	A	7155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.214;SC=CTTCACAAAGGGACGTGCAGG;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=585;TCF=308;TCR=277;TR=311;WE=122354800;WS=122354782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,324:0.53:607
chr3	122406077	rs790131	G	A	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=55;PP=1258;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GATGTGCTCCGCTGGGAGCTG;SOR=0.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=147;TCF=46;TCR=101;TR=78;WE=122406085;WS=122406067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,82:0.53:156
chr3	122423251	rs62263931	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=0.524;SC=TTCTGATTGCCCTTAATCAGT;SOR=0.818;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=122423259;WS=122423250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr3	122437321	rs7645033	T	C	17269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=326;NR=326;PP=2965;SC=GTGTGGAATATGCTATCTCCT;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=653;TCF=326;TCR=327;TR=652;WE=122437329;WS=122437311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,669:1.00:669
chr3	122437834	rs3821688	A	G	3369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=108;PP=2477;ReadPosRankSum=-1.144;SC=CTTGTCATCCACTATTTCACA;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=112;TCR=241;TR=157;WE=122437842;WS=122437824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,159:0.44:360
chr3	122471407	rs72280610	TA	T	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.572;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.418;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr3	122474305	rs6794019	C	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.268;NF=0;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=0.508;SC=AAAAAAGATACAAGTTAGTAC;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=9;WE=122474313;WS=122474295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr3	122477795	rs2137210	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.188;NF=7;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GCTGACCTGGGAGTGGAATCT;SOR=0.535;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=26;WE=122477803;WS=122477785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr3	122478032	.	C	CCA	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr3	122512631	rs3806643	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=0.537;SC=CCACAGGAAGGAGCCCCGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=122512639;WS=122512621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr3	122513964	rs891406	A	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.37;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	122513972	rs117322422	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	122598291	rs2288677	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=637;ReadPosRankSum=-0.468;SC=ACATTTGCTCAGAATTGCACA;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=33;WE=122598299;WS=122598281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr3	122605544	rs9864868	G	A	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=52;PP=1749;ReadPosRankSum=1.214;SC=AAACTGTGCAGATATTTTACA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=236;TCF=136;TCR=100;TR=121;WE=122605552;WS=122605534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,127:0.51:248
chr3	122629589	.	A	G	37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=65;MMLQ=24;MQ=45.96;NF=3;NR=0;PP=37;QD=23.9237375157;SC=CCCGGGAGGCAGAGCTTGCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=122629597;WS=122629579;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	122630323	rs2303982	T	G	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=65;PP=2023;SC=ATGAGGTAGGTCCGGTTTCTT;SOR=1.350;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=106;WE=122630331;WS=122630313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	122630346	rs2303983	T	C	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=53;PP=1669;SC=ACCTGCACAGTCGGTGGCCTC;SOR=1.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=122630354;WS=122630336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	122631896	rs2276782	A	T	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=89;PP=2615;SC=GCGCAGGAGGACCTCCACCAG;SOR=2.259;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=30;TCR=91;TR=119;WE=122631904;WS=122631886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	122632436	rs2276781	A	G	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=75;PP=1998;ReadPosRankSum=0.888;SC=CCGCGACTGCATGCCCCCTCC;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=150;TCR=153;TR=149;WE=122632444;WS=122632426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,160:0.50:323
chr3	122642294	rs7619187	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CCCTCACAGTTGTAGAGGCTA;SOR=0.148;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=8;WE=122642302;WS=122642284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr3	122642401	rs2276780	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=2012;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GAATCAGCTTGTGGCTGGTAA;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=99;TCR=45;TR=64;WE=122642423;WS=122642391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,68:0.45:152
chr3	122642415	rs2276779	G	C	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=2012;ReadPosRankSum=0.203;SC=CTGGTAATCTGGGGGTAAGGC;SOR=0.734;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=167;TCF=107;TCR=60;TR=72;WE=122642423;WS=122642391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,76:0.44:174
chr3	122642590	rs2276778	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=586;ReadPosRankSum=-1.343;SC=CAGAAGCCGCGATGCTGTTTC;SOR=0.654;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=50;WE=122642598;WS=122642580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr3	122645277	rs2276777	C	T	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=43;PP=1743;ReadPosRankSum=0.725;SC=GGTCCTGCTCCGGCAAGTGGA;SOR=1.175;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=277;TCF=166;TCR=111;TR=120;WE=122645285;WS=122645267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,129:0.44:296
chr3	122645304	rs2276776	G	A	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=71;PP=2143;ReadPosRankSum=-0.010;SC=TCTGCAGCTCGTTATAGTAGA;SOR=0.715;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=339;TCF=182;TCR=157;TR=149;WE=122645312;WS=122645294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,160:0.44:363
chr3	122645606	rs79543585	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=-0.952;SC=CAACTACTTCGGTTTTCCCAG;SOR=0.160;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=22;WE=122645614;WS=122645596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr3	122646591	rs73856750	C	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=723;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GGCTGGTGGGCTCAAAACCAG;SOR=0.524;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=42;WE=122646599;WS=122646581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr3	122646734	rs2276775	C	T	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=1620;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AGTCGATGACCGTGGCTGCAT;SOR=0.650;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=207;TCF=109;TCR=98;TR=116;WE=122646742;WS=122646724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,121:0.56:216
chr3	122646828	rs2276774	A	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=957;ReadPosRankSum=-0.342;SC=GATCTTCTCAATAGTCCGGCT;SOR=0.908;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=62;WE=122646836;WS=122646818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr3	122646929	rs79679922	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=411;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GTTTTGTTTCCTCCTGTGCCC;SOR=0.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=21;WE=122646937;WS=122646919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr3	122647610	rs76653630	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=453;ReadPosRankSum=0.453;SC=GTCCGGGTCACGTCTGTGGAC;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=35;WE=122647618;WS=122647600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr3	122658093	rs55699792	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=286;ReadPosRankSum=1.237;SC=CTCCCTCCACGTACATTGCGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=15;WE=122658101;WS=122658083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr3	122680141	rs13094003	A	G	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=48;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.350;SC=ACCAGCTGGAACCACTCACTG;SOR=0.678;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=219;TCF=128;TCR=91;TR=113;WE=122680149;WS=122680131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,118:0.50:237
chr3	122680171	rs4677985	A	G	6576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=98;PP=2965;SC=AATTTTGGGTAAGTCATGGAT;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=122;TCR=98;TR=220;WE=122680179;WS=122680161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	122680240	rs34020905	C	A	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=929;ReadPosRankSum=0.833;SC=CCCCAGGGACCACATGGTTGC;SOR=0.593;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=123;TCF=39;TCR=84;TR=68;WE=122680248;WS=122680230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr3	122680311	.	C	CT	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.834;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	122807995	rs836860	G	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=11;PP=961;SC=ACTCACAGTCGTTGGCTCCTT;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=122808003;WS=122807985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	122811042	rs836863	A	G	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=2;PP=1028;SC=CACAGGCCCTAGCACTGTTGA;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=122811050;WS=122811032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	122811187	.	G	GT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=7.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,26:0.15:174
chr3	122821108	rs2717233	C	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=2;PP=1074;SC=CACCCTCTAGCTCTCACAGCC;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=45;WE=122821116;WS=122821098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	122821385	rs2241961	T	C	6730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=152;PP=2965;SC=AAGTGCCAAATGCTTTCATTG;SOR=1.375;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=95;TCR=152;TR=247;WE=122821393;WS=122821375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr3	122821478	rs2241962	T	A	1044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.22;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr3	122821671	rs2241963	AT	GA	13469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=152;NR=125;PP=2947;SC=GTTCTCAGCAATGGTGGAGTC;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=158;TCR=130;TR=277;WE=122821680;WS=122821661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr3	122834887	rs836839	A	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=7;PP=983;SC=CCACTGATACAGTAAGCTCTT;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=122834895;WS=122834877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	122835210	rs836840	A	G	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=36;PP=1042;SC=GAAGGGTGCCAGGGGTGGGGT;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=122835218;WS=122835200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	122835232	rs2278668	T	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=28;PP=879;SC=GGGACAGGTTTTGAAATGGTG;SOR=3.737;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=33;WE=122835240;WS=122835222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	122843110	rs861375	G	T	14976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=240;NR=264;PP=2965;SC=GTTTCTCCACGTTTCACAGGA;SOR=0.858;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=505;TCF=240;TCR=265;TR=504;WE=122843118;WS=122843100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,533:1.00:533
chr3	122843212	rs2305051	C	T	7383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.872;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=0.504;SC=GTGTGTGTGTCAGTGGGCGTG;SOR=0.094;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=293;TCF=133;TCR=160;TR=291;WE=122843220;WS=122843189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,282:0.99:285
chr3	122864436	rs8739	G	A	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=76;PP=2785;SC=ATGGAGAAGCGGATGTAAGCT;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=164;WE=122864444;WS=122864426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	122864587	rs3215241	TAGAC	T	927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=758;SC=TAGAACATCTTAGACAGATGG;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=16;WE=122864598;WS=122864577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	122865136	rs2673345	T	A	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=70;PP=2246;SC=TAGCACATCCTAACTGCCAGC;SOR=1.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=113;WE=122865144;WS=122865126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	122873923	rs2717225	G	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=801;ReadPosRankSum=1.871;SC=TGATCTGCCTGCAGCTAATTC;SOR=0.698;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=62;WE=122873931;WS=122873913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,65:0.34:192
chr3	122880118	rs3828393	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=0.424;SC=TGGGGTCCAGGCCTCAGCCTG;SOR=1.467;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=13;WE=122880126;WS=122880108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr3	122880191	rs8935	T	C	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=25;PP=1145;ReadPosRankSum=1.752;SC=CTGTTGACTGTGTCAAAGACA;SOR=0.577;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=84;TCR=42;TR=76;WE=122880199;WS=122880181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,81:0.61:133
chr3	123008519	rs4677881	T	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=378;SC=GCGGATGCGGTATGGGGTATG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=123008527;WS=123008516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	123010276	rs9809236	G	A	11754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=249;PP=2965;SC=CCCAGATGTCGGCCCCTCCAC;SOR=1.353;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=399;TCF=150;TCR=249;TR=399;WE=123010284;WS=123010266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr3	123014877	rs9881951	C	T	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=5;PP=1342;SC=CTGTTGTCTCCGCCACCTGCT;SOR=3.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=123014885;WS=123014867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	123015094	rs9882534	G	C	6092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=145;PP=2965;SC=GGCCTGAGACGGCCGTGGCTC;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=86;TCR=145;TR=231;WE=123015102;WS=123015084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	123018963	rs4482616	A	G	6340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=89;PP=2965;SC=GAGGTGCCCCATACATGGCGT;SOR=1.285;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=152;TCR=89;TR=241;WE=123018971;WS=123018953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr3	123021838	rs9877581	A	G	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=713;SC=GAGCAGCTGCAGTGACAGTGG;SOR=3.145;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=123021846;WS=123021828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	123021870	rs9844212	G	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=20;PP=1378;SC=GGACTCTTCAGCACTCCCTTC;SOR=1.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=70;WE=123021878;WS=123021860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	123022740	.	G	GAAGAGAAGAGAAGAA	1299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.12;QD=33.33;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	123037047	rs4327330	A	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=400;SC=ACACCCAGGGAAGCCACTCAT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=123037055;WS=123037037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	123047478	rs9855635	A	G	6624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=85;PP=2965;SC=AGCCACCCACAGCTGTCACTC;SOR=1.572;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=165;TCR=85;TR=249;WE=123047486;WS=123047468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	123047666	rs9855969	A	G	5976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=138;PP=2965;SC=ATGGAGCAGGAGTAAAGCTGG;SOR=1.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=65;TCR=139;TR=203;WE=123047674;WS=123047656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	123049707	rs9829332	G	T	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=13;PP=1151;SC=CCCAGGGAGGGAGACGGTACC;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=123049715;WS=123049697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	123049938	rs6806529	A	C	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=68;PP=2118;SC=GAGAAGCAAAAAGATTCACCC;SOR=2.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=17;TCR=68;TR=85;WE=123049946;WS=123049928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	123066555	rs112525497	A	AAAGG	5489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=18;PP=2918;SC=TGCCCACTTGAAAGGAAGTGG;SOR=2.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=105;TCF=79;TCR=26;TR=79;WE=123066563;WS=123066545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	123166477	.	T	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.20;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:502,66:0.12:568
chr3	123167249	rs4678027	G	A	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=31;PP=886;SC=CGCGGGCAGAGCCCCCGGGGG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=123167257;WS=123167239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	123359363	rs41301337	C	T	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=88;PP=2470;SC=TGCGGGAACACGTGCACGGGG;SOR=4.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=12;TCR=88;TR=100;WE=123359371;WS=123359353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	123378534	rs39639	C	G	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=62;PP=1919;SC=GATGAAAACTCTCAGAAAAGA;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=103;WE=123378542;WS=123378524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	123401060	rs41271437	C	T	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=44;PP=1989;SC=TGAAGCTGGGCGAGTACTCAC;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=115;WE=123401068;WS=123401050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	123411589	rs40305	G	A	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=55;PP=2577;SC=TACCATCCACGGTGACTTGGC;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=85;TCR=55;TR=140;WE=123411597;WS=123411579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	123418913	rs865358	G	A	16118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=273;NR=309;PP=2965;SC=GGGTCTTTCCGTTCAGCGTCC;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=584;TCF=273;TCR=311;TR=582;WE=123418921;WS=123418903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr3	123440967	rs820355	G	A	10497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.265;SC=GTGCCCAGAGGCTCCTACCAT;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=365;TCF=188;TCR=177;TR=364;WE=123440975;WS=123440957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr3	123444785	rs820329	A	T	3132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=52;PP=1971;ReadPosRankSum=1.528;SC=GGCAGGGGGAACTCACCATTC;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=303;TCF=191;TCR=112;TR=147;WE=123444793;WS=123444775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,150:0.49:304
chr3	123451773	rs9833275	G	C	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=32;PP=2118;SC=CTACAGGACAGCTGGCCTTGG;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=103;WE=123451781;WS=123451763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	123452508	rs41302194	C	T	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=1025;ReadPosRankSum=-1.920;SC=TTTTGGCAATCGGTGACCCTA;SOR=0.389;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=164;TCF=116;TCR=48;TR=76;WE=123452516;WS=123452498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,79:0.47:167
chr3	123452838	rs4678047	G	A	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=55;PP=1467;ReadPosRankSum=0.232;SC=GAAGGACCGGGGTCTGCGGGG;SOR=0.903;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=189;TCF=81;TCR=108;TR=93;WE=123452846;WS=123452828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,103:0.50:204
chr3	123456432	rs2168439	C	T	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=118;PP=2965;SC=CAAATCTGCTCACCTTCTGGC;SOR=2.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=35;TCR=118;TR=153;WE=123456440;WS=123456422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	123457711	rs2198766	C	A	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=10;PP=2030;SC=CTAATACAGGCTGGATCAGGG;SOR=3.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=76;TCR=10;TR=86;WE=123457719;WS=123457701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	123457893	rs9840993	G	A	12153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=223;NR=216;PP=2965;SC=TCCACTGCTGGAGCTGAAAAT;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=441;TCF=224;TCR=217;TR=439;WE=123457901;WS=123457883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr3	123512627	rs28497577	G	T	5265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.945;SC=AACTCTTGAGGGATCCACACT;SOR=0.901;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=491;TCF=262;TCR=229;TR=246;WE=123512635;WS=123512617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,253:0.50:507
chr3	123633612	rs11551801	G	A	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=7;PP=1382;SC=CACCTGATGAGTTTTCTTCTG;SOR=3.511;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=58;WE=123633620;WS=123633602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	123634046	rs2700373	G	A	6814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=130;NR=96;PP=2965;SC=CAGCAAGTCCGCTGTTGCTGA;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=131;TCR=96;TR=226;WE=123634054;WS=123634036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr3	123650432	rs2271969	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.608;SC=ACAAACTTGGAAAATACCTGT;SOR=0.078;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=123650440;WS=123650422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	123652476	rs6784695	G	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=16;PP=1622;SC=CAACATTTCCGGAGCCACAAA;SOR=2.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=75;WE=123652484;WS=123652466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	123665902	rs17310144	T	G	4618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.338;SC=TCCAGATGCGTTTCTTTTCCA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=479;TCF=226;TCR=253;TR=217;WE=123665910;WS=123665892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,229:0.45:508
chr3	123666192	rs17375977	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=539;ReadPosRankSum=-0.744;SC=AACAAGTCTTCAGAAGTATGA;SOR=0.094;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=76;TCF=10;TCR=66;TR=38;WE=123666200;WS=123666182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr3	123674879	.	TA	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.874;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,15:0.20:75
chr3	123688760	rs34337446	C	G	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=15;PP=1346;ReadPosRankSum=1.433;SC=TTCAGATCATCCATATTTCAT;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=140;TCR=33;TR=78;WE=123688768;WS=123688750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,78:0.45:174
chr3	123694595	rs138944419	C	G	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.09;QD=22.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	123801295	rs58715131	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-1.313;SC=GCTTTATTTGGGGGGTGAGGT;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=123801303;WS=123801285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	123988039	rs2272486	T	C	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1210;ReadPosRankSum=-1.301;SC=AGATGTGGCATGTGCGCAAGC;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=101;TCR=101;TR=106;WE=123988047;WS=123988029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,112:0.52:214
chr3	124044949	rs2289778	C	T	12247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=238;PP=2965;SC=GGAAGAGCTTCGCTGCTGCCC;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=427;TCF=189;TCR=238;TR=427;WE=124044957;WS=124044939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr3	124113929	rs482285	A	T	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=25;PP=2187;SC=CCCTCACCCCAGCCCTGGCCT;SOR=2.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=78;TCR=25;TR=103;WE=124113937;WS=124113919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	124128938	rs647010	A	G	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=32;PP=2699;SC=GAAACACCAGATACAGAATCC;SOR=2.056;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=90;TCR=32;TR=121;WE=124128946;WS=124128928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	124132263	rs2289846	A	T	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=30;PP=2541;SC=CCTTAACCTAACAATCTCTCG;SOR=2.210;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=93;TCR=30;TR=123;WE=124132271;WS=124132253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	124195987	rs572145	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=1;PP=1076;SC=TAGACACTGGTGTCTGAGGGT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=40;WE=124195995;WS=124195978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	124201699	rs61740058	C	T	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=77;PP=1971;ReadPosRankSum=-0.322;SC=TCTCTTCCTACCTAATTAAGC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=124;TCR=167;TR=135;WE=124201707;WS=124201689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,148:0.48:307
chr3	124210344	rs10755077	C	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.762;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=711;ReadPosRankSum=-1.841;SC=AGTGACACCTCAAAGCTAAGG;SOR=1.154;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=48;WE=124210352;WS=124210334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr3	124281980	rs2256831	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=540;ReadPosRankSum=-1.018;SC=AAGGAGGCCATGAGCGCTGGC;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=35;WE=124281988;WS=124281970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr3	124449252	rs2279199	T	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=804;ReadPosRankSum=2.180;SC=ACTTCGCGGGTGACGTCATCG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=37;WE=124449260;WS=124449246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr3	124449291	rs1139538	A	G	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=18;PP=1308;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GCGCCTGGGAATTTGAAGCAA;SOR=0.564;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=96;TCR=30;TR=73;WE=124449299;WS=124449281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,73:0.57:128
chr3	124450258	rs4678146	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr3	124450284	rs9840078	G	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=279;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TACCTGGAATGTGTGATACAA;SOR=0.789;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=25;WE=124450292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr3	124450437	rs141450300	ATCT	A	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.738;NF=0;NR=9;PP=342;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GGCTTAAGAGATCTTCTTGCC;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=9;WE=124450447;WS=124450427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr3	124451312	rs10934682	T	G	4535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.744;SC=GCAGAATCCATTTCTGTAGCT;SOR=0.553;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=497;TCF=308;TCR=189;TR=208;WE=124451320;WS=124451302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,220:0.41:531
chr3	124453817	.	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=0.917;SC=GCAGTGAGCCGAGATCGCACC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=124453825;WS=124453809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	124456742	rs1801019	G	C	3633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=84;PP=2692;ReadPosRankSum=0.179;SC=AATCATAATGGTTCTCCCCTT;SOR=0.646;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=330;TCF=156;TCR=174;TR=155;WE=124456750;WS=124456732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,160:0.46:348
chr3	124458816	rs694897	C	G	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=651;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TTGGACAAGACGTTAGAGGTT;SOR=0.324;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=40;WE=124458824;WS=124458806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr3	124462808	rs13146	C	T	5471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.448;SC=AAGTTATTGGCAAACGAGGTT;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=580;TCF=291;TCR=289;TR=261;WE=124462816;WS=124462798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,271:0.45:598
chr3	124483190	rs61761681	G	A	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=57;PP=1875;ReadPosRankSum=1.117;SC=ACTCAACCACGCCTCTGAGCT;SOR=0.860;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=182;TCR=129;TR=140;WE=124483198;WS=124483180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,145:0.45:324
chr3	124483230	rs61761680	G	A	3839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=88;PP=2461;ReadPosRankSum=0.376;SC=CATTTCCCACGTGCTTACCAT;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=336;TCF=175;TCR=161;TR=178;WE=124483238;WS=124483220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,181:0.52:345
chr3	124485235	rs2291081	A	G	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=925;ReadPosRankSum=0.185;SC=CTCTCTGAGCAGCCCACAGCC;SOR=0.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=68;WE=124485243;WS=124485225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,73:0.50:146
chr3	124487849	rs2291082	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr3	124515308	rs1803825	A	G	5326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.046;SC=AGATCTTGCCAAACTCGCTCT;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=648;TCF=335;TCR=313;TR=275;WE=124515316;WS=124515298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,278:0.42:669
chr3	124515509	rs2291088	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=786;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TGCACCTGGCGCTGTTGGGTT;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=82;TCR=78;TR=61;WE=124515517;WS=124515499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,68:0.40:169
chr3	124538764	rs12490538	C	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=47;PP=998;ReadPosRankSum=1.857;SC=CAGTCAGCAGCCAGCATTTGC;SOR=1.365;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=104;TCF=20;TCR=84;TR=54;WE=124538772;WS=124538754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr3	124605736	rs6438861	T	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=20;PP=706;SC=CGGCTGAGTGTGCGACAAAGT;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=124605744;WS=124605726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	124642586	rs3841931	CT	C	3304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.275;NF=7;NR=64;PP=2661;ReadPosRankSum=0.209;SC=TGCCTCCCCCCTGGGCCCTTT;SOR=0.636;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=148;TCF=13;TCR=135;TR=71;WE=124642601;WS=124642576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,100:0.50:201
chr3	124646594	rs4679392	A	G	11144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=199;NR=189;PP=2965;SC=AGCAGTAGGTATAGGAATTGT;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=391;TCF=199;TCR=192;TR=388;WE=124646602;WS=124646584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr3	124646705	rs10630030	A	AAAG	12583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=117;PP=2924;SC=AGCTGTTGGGAAAGGTGTATT;SOR=1.068;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=167;TCF=33;TCR=134;TR=150;WE=124646713;WS=124646695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr3	124646837	rs4679394	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=349;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TTGGTTGGTGGCTGGAGGAAC;SOR=0.189;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=22;WE=124646845;WS=124646827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr3	124653710	rs10934701	A	G	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.353;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=70;PP=2054;ReadPosRankSum=1.192;SC=AATACCATAGATCTCTTCCGA;SOR=2.448;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=22;TCR=70;TR=91;WE=124653718;WS=124653700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr3	124728472	rs6438868	C	G	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=10;PP=1831;SC=TTTTGGTTAGCAAGAAAAATA;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=62;TCR=10;TR=72;WE=124728480;WS=124728462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	124728626	rs6438869	A	G	10427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=192;PP=2965;SC=ATTGTTGCACATGGCTGTGGA;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=383;TCF=191;TCR=192;TR=382;WE=124728634;WS=124728616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr3	124729193	rs6784454	T	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=717;SC=AAACAGTGTATTTGTCCACAT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=124729201;WS=124729183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	124731485	rs10804567	C	G	7139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=105;PP=2965;SC=GAAGAGGACACTGTTGTTGGT;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=126;TCR=105;TR=231;WE=124731493;WS=124731475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	124732618	rs6790837	A	G	10010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=155;PP=2965;SC=CTGAGCATGAAAAAAGGAGGA;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=166;TCR=155;TR=321;WE=124732626;WS=124732608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr3	124732842	rs6438871	C	A	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=80;PP=2462;SC=CGACTGTAAACGGAAAAGCCA;SOR=3.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=15;TCR=80;TR=95;WE=124732850;WS=124732832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	124733649	rs6438873	T	G	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=1.466;SC=TGTTTCTTGGTGCATGGCCGC;SOR=0.351;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=108;TCR=69;TR=175;WE=124733657;WS=124733639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr3	124738107	rs59232004	C	T	8182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=106;PP=2965;SC=AAAACTCACTCGAACGTTCTC;SOR=1.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=177;TCR=106;TR=283;WE=124738115;WS=124738097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr3	124739892	rs6438874	G	A	9896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=196;PP=2965;SC=TGAACACGGTGGCAACATGCA;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=136;TCR=196;TR=332;WE=124739900;WS=124739882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr3	124746049	rs2981546	A	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=707;SC=TGGCACTCACATGAGGAAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=124746057;WS=124746039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	124746182	rs2333041	C	A	6097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=123;NR=75;PP=2965;SC=GAAGAAAGGACGGGCTCCAAG;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=123;TCR=75;TR=198;WE=124746190;WS=124746172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	124746347	rs4404487	T	C	6676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=139;PP=2965;SC=GAAGACTTTCTGAGGCTGAAA;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=104;TCR=139;TR=243;WE=124746355;WS=124746337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr3	124748226	rs2860440	G	A	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=67;PP=2693;SC=GAACCATCACGCCCTCTTTGG;SOR=0.803;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=155;WE=124748234;WS=124748216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	124774665	.	G	GCAT	770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.214;NF=4;NR=7;PP=490;ReadPosRankSum=1.247;SC=GCCGCCGGCGGCAGCAGCAGC;SOR=0.704;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=11;WE=124774673;WS=124774655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr3	124774779	rs200147885	A	AGGGCAGC	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=404;SC=GCGCGGGGCGAGGGCAGCGGG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=124774787;WS=124774769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	124802677	rs1574340	A	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=6;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GAAGGTCCTGAGCTTGGGTCC;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=55;WE=124802685;WS=124802667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr3	124802881	rs2981483	A	G	9925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.21;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,316:0.99:318
chr3	124802888	rs2981482	C	T	14771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr3	124803043	rs2981481	G	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=37;PP=1058;SC=TATATGTACAGGTATATATGA;SOR=4.565;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=39;WE=124803051;WS=124803033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	124837684	rs621383	T	C	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=54;PP=1865;SC=AAGACGAAGATGATGTACAGA;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=125;WE=124837692;WS=124837674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	124839470	rs863642	G	A	15643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=289;NR=267;PP=2965;SC=CAGGGAGCCCGGGGGAATGCT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=557;TCF=289;TCR=268;TR=556;WE=124839478;WS=124839460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,578:1.00:578
chr3	124854425	rs702048	T	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=7;PP=863;SC=ATACCAAGAGTACCTGCAGGC;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=124854433;WS=124854415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	124854636	rs2981503	A	T	3676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=83;PP=2348;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TCTGAAATAAAGCAATGGAGA;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=178;TCR=166;TR=170;WE=124854644;WS=124854626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,176:0.49:360
chr3	124870443	rs73191256	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=-0.638;SC=AAGGGGCAGCCCTGCTTCCGG;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=21;WE=124870451;WS=124870433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr3	124896861	rs545103	C	G	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=56;PP=1745;SC=GGACAGAAAGCCATGGGCCCA;SOR=2.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=72;WE=124896869;WS=124896851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	124911555	rs73193442	C	T	3633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=94;PP=2519;ReadPosRankSum=1.883;SC=GAAAATATAACTGGTTTAAAA;SOR=0.835;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=387;TCF=185;TCR=202;TR=172;WE=124911563;WS=124911545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,176:0.44:404
chr3	124912207	rs13322132	C	T	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=59.95;MQRankSum=-0.903;NF=39;NR=31;PP=976;ReadPosRankSum=-0.005;SC=GAGTGAGACCCTGTCTCAAAA;SOR=0.984;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=70;WE=124912215;WS=124912197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,76:0.54:140
chr3	124930044	rs673881	A	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=548;SC=AGTTAATTACATCTAAAGGGT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=124930052;WS=124930034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	124930408	rs686088	A	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=511;SC=TTTGGTACCCAGGTAGATCCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=124930416;WS=124930398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	124951821	rs1053738	C	T	12110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=200;NR=215;PP=2965;SC=CATTCTCTGACGGGGTGACCT;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=415;TCF=200;TCR=215;TR=415;WE=124951829;WS=124951811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr3	125179711	.	TA	T	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr3	125179732	rs112803860	C	CATAA	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=0.190;SC=ACACACATTGCATAGAGTTAC;SOR=0.473;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=125179740;WS=125179722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr3	125195707	rs6785216	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.230;SC=AACTTGGAAATAGAAAAAAGA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=125195715;WS=125195697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	125216130	rs9841499	G	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=538;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TGAGTGCATGGCACCATGCTG;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=44;WE=125216138;WS=125216120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr3	125223456	rs2076724	C	T	3322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.420;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=66;PP=2310;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GGTGTAATTTCTGTTACCCAC;SOR=0.893;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=290;TCF=157;TCR=133;TR=152;WE=125223464;WS=125223446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,158:0.51:308
chr3	125238792	rs56381562	G	A	1437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1239;ReadPosRankSum=1.116;SC=GGCCCGGCCCGGCCCAGCCCA;SOR=0.303;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=174;TCF=117;TCR=57;TR=87;WE=125238800;WS=125238782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,72:0.46:156
chr3	125270985	rs10541213	GTATA	G	869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=679;ReadPosRankSum=0.681;SC=ATGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=0.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=17;WE=125270998;WS=125270973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr3	125279122	rs12487030	A	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=1.189;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr3	125297715	rs2922184	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.319;SC=TTTACGGTATATGAATAGTAT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=3;WE=125297723;WS=125297705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr3	125297747	rs60145406	AT	A	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=0.612;SC=AAGGCAAAAAATAAAAAATAT;SOR=0.627;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=5;WE=125297755;WS=125297737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr3	125301711	rs2979382	C	G	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=43;PP=1678;ReadPosRankSum=0.968;SC=CCTATTCCTGCTCTCTTAGGA;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=220;TCF=133;TCR=87;TR=117;WE=125301719;WS=125301701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,128:0.54:235
chr3	125726048	rs2279819	G	C	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1367;ReadPosRankSum=1.640;SC=TCACTTCTGCGAGGTACAGCA;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=74;TCR=89;TR=87;WE=125726056;WS=125726038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,93:0.53:175
chr3	125734272	rs2279820	G	A	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=11;PP=838;ReadPosRankSum=2.285;SC=CTGCTGTTCCGGTCCAACCCA;SOR=0.435;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=89;TCF=71;TCR=18;TR=48;WE=125734280;WS=125734262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr3	125734465	rs9862310	G	A	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=105;PP=2651;ReadPosRankSum=0.616;SC=TACACTTACAGTGGCCCTGCA;SOR=0.810;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=314;TCF=132;TCR=182;TR=177;WE=125734473;WS=125734455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,182:0.56:324
chr3	125741592	rs3817079	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=561;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CCCCCCTCCACGGAGCCTTTG;SOR=0.443;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=37;WE=125741600;WS=125741582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr3	125741901	rs2270984	A	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=0.794;SC=GAGGCTGCTCATTAACTTGCC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=17;WE=125741909;WS=125741891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr3	125741925	rs2270983	T	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CTCCACAAAGTCCTTGACGTG;SOR=0.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=125741933;WS=125741915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr3	125745433	rs7646705	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=997;ReadPosRankSum=-1.591;SC=GCTACTGCCTCCTTTCCCTTA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=50;WE=125745441;WS=125745423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,52:0.73:71
chr3	125769757	rs4077563	C	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=26;PP=1362;ReadPosRankSum=-1.527;SC=CACGTTGTGGCCGCCTCGAAT;SOR=0.358;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=157;TCF=115;TCR=42;TR=84;WE=125769765;WS=125769747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,85:0.52:163
chr3	125775228	rs7613944	T	C	5038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=62;PP=2647;SC=CCAGGCCGGCTGTCATCATGC;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=108;TCR=62;TR=170;WE=125775236;WS=125775218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	125775428	rs6438964	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=365;ReadPosRankSum=-0.771;SC=CCAGGAGCACGAAGTCAGAGC;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=27;WE=125775436;WS=125775418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr3	125786662	rs36125006	G	GA	637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=11;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.001;NF=17;NR=14;PP=413;ReadPosRankSum=0.265;SC=CCAATATATAGAAAAAAAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=31;WE=125786670;WS=125786652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr3	125786695	rs4308225	G	A	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.425;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.432;NF=42;NR=19;PP=994;ReadPosRankSum=0.200;SC=AGGACTGCCCGACAACCTTTA;SOR=0.979;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=61;WE=125786703;WS=125786685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr3	125786760	rs4308226	G	A	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.030;NF=68;NR=44;PP=1493;ReadPosRankSum=-1.278;SC=GCAGTGCCCCGCTCCCTGTCC;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=137;TCR=86;TR=112;WE=125786768;WS=125786750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,123:0.52:237
chr3	125786879	rs4234270	T	C	9694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=174;PP=2965;SC=ATGGACCAGGTGGTCTCCCTG;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=172;TCR=174;TR=346;WE=125786887;WS=125786869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr3	125824334	rs4646755	T	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=181;ReadPosRankSum=0.294;SC=GCCTCCTGGCTGGAGTGTCTC;SOR=2.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=14;WE=125824342;WS=125824324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr3	125824382	rs10934744	C	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=755;ReadPosRankSum=0.269;SC=CCAGCACGACCCCCCTCTGCA;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=86;TCR=25;TR=50;WE=125824390;WS=125824372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,50:0.44:113
chr3	125831572	rs4646744	GGC	G	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.803;NF=10;NR=4;PP=526;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CCTCCAGCCAGGCGCTGCTGT;SOR=1.015;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=14;WE=125831581;WS=125831562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr3	125843400	rs3217578	A	AG	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=664;ReadPosRankSum=0.378;SC=GCAAGCTGGGAGAGTAGCTGC;SOR=1.410;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=17;WE=125843408;WS=125843390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr3	125844718	rs2278756	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=575;ReadPosRankSum=0.908;SC=GGCAGCTCACGCCTGCTGTTT;SOR=0.952;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=30;WE=125844726;WS=125844708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr3	125848911	rs1868125	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=243;ReadPosRankSum=-1.337;SC=CCTTACAACAATGCCTGGCAT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=11;WE=125848919;WS=125848901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr3	125848945	rs2365002	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=315;ReadPosRankSum=0.645;SC=AAGAAGCACATGGATGGCTGT;SOR=1.101;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=20;WE=125848953;WS=125848935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr3	125849031	rs873696	C	T	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,74:0.56:133
chr3	125849238	rs2002287	G	A	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,66:0.59:111
chr3	125850101	rs4646733	CA	TG	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=1080;ReadPosRankSum=0.208;SC=AAACAGGTGTCATTCCAAGCC;SOR=1.392;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=23;WE=125850110;WS=125850091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr3	125850169	rs3821451	T	C	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=31;PP=1455;ReadPosRankSum=-0.813;SC=CTTGGAGTTCTCCTATATGGC;SOR=0.517;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=178;TCF=119;TCR=59;TR=89;WE=125850177;WS=125850159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,90:0.50:180
chr3	125850193	rs3816366	A	G	4565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=65;PP=1771;ReadPosRankSum=-1.932;SC=GCCAGTCTGCATGTGCTCACA;SOR=0.464;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=274;TCF=157;TCR=117;TR=142;WE=125850201;WS=125850183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,146:0.53:276
chr3	125850381	rs2305228	A	G	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=44;PP=1076;ReadPosRankSum=0.707;SC=TGCCAACCTGACCAGGGTGAG;SOR=1.060;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=27;TCR=80;TR=57;WE=125850389;WS=125850371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr3	125850434	rs2305227	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=-0.160;SC=GCCTCATCTGCCCTCACAAGG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=16;WE=125850442;WS=125850424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr3	125865867	rs41265743	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=325;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GGATGGCCTGGGGCCAGGCTG;SOR=0.382;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=15;WE=125865875;WS=125865857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr3	125874388	rs2276731	C	T	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=48;PP=1423;SC=CAATAGGACCCTGCCTCCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=125874396;WS=125874378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	125879928	.	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=12.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=3.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,9:0.12:72
chr3	126135070	rs143567171	C	CCGCGTCCCCGGCCTCAGGTCCG	1171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr3	126135365	rs6439010	G	T	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=68;PP=1541;ReadPosRankSum=0.939;SC=CGTCCCCTCCGGCGCGGGGGG;SOR=0.439;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=243;TCF=83;TCR=160;TR=110;WE=126135377;WS=126135355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,115:0.46:249
chr3	126137558	rs4679242	C	T	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=935;ReadPosRankSum=-0.461;SC=AGAAGGACGCCGCCTTGTTCG;SOR=0.579;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=78;WE=126137566;WS=126137548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,90:0.58:156
chr3	126138778	rs2271630	T	C	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=39;PP=1604;SC=TGCTGAAGCTTGGCTGCAGCT;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=101;WE=126138786;WS=126138768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	126138889	rs1877967	G	T	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=773;ReadPosRankSum=0.746;SC=CCAGCCTGAGGAGGAGCCTGG;SOR=0.918;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=61;WE=126138897;WS=126138879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,66:0.51:129
chr3	126160884	rs63288960	CATTA	C	2483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=43;PP=2242;SC=ACAGCCTTCCCATTAATTGTC;SOR=3.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=45;WE=126160895;WS=126160874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	126169091	rs777493	T	C	9089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.94;NF=202;NR=122;PP=2965;SC=CAACCTTGGATGCGTAAGGGT;SOR=1.281;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=327;TCF=205;TCR=122;TR=324;WE=126169099;WS=126169081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr3	126169230	rs777494	C	T	12053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=216;NR=207;PP=2965;SC=TAGAGATCCACGCACCCTCCC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=424;TCF=216;TCR=208;TR=423;WE=126169238;WS=126169220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr3	126169472	rs777495	T	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=39;PP=1217;SC=CCTACCCGCATCTCCCTTCCT;SOR=3.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=126169480;WS=126169462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	126184941	rs1799389	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=661;SC=GGCACTGGCACTGTTCCCGTT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=126184949;WS=126184938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	126185238	rs1687463	C	T	5548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.05;NF=71;NR=112;PP=2965;SC=TGACACTTCCCCATCAGATCA;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=71;TCR=113;TR=183;WE=126185246;WS=126185228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	126185265	rs3830336	A	AT	1722.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.098;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.826;NF=1;NR=38;PP=1354;ReadPosRankSum=0.971;SC=CCAGACCTGCATTTTGCACCC;SOR=0.377;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=80;TCF=1;TCR=79;TR=39;WE=126185273;WS=126185255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
chr3	126189919	rs777499	A	G	4928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=108;PP=2965;SC=AACTCACCATAATTCTTTAAA;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=59;TCR=108;TR=167;WE=126189927;WS=126189909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	126194076	rs812367	T	C	12154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=205;NR=251;PP=2965;SC=AGCCCTCCAGTGGGCACTTGA;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=458;TCF=206;TCR=252;TR=456;WE=126194084;WS=126194066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr3	126194357	rs7624748	G	C	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.55;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	126202257	rs1687477	G	A	13562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=248;NR=246;PP=2965;SC=CTCTCCCCTCGGCCTCCGGGG;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=497;TCF=250;TCR=247;TR=494;WE=126202265;WS=126202247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr3	126207222	rs777483	A	G	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=872;SC=CTGCTAGGCCAGAAGGATGGG;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=126207230;WS=126207212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	126208249	rs777479	A	C	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=44;PP=1055;ReadPosRankSum=-1.370;SC=GCTGTCAGCCAACAGTGTCCA;SOR=0.278;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=107;TCF=24;TCR=83;TR=61;WE=126208257;WS=126208239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,67:0.59:113
chr3	126211479	rs2307882	C	CCTCT	3019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=49;PP=2965;SC=AGCCTGAGCGCCTAACAAGGT;SOR=3.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=50;WE=126211487;WS=126211469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	126215130	rs6797423	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=342;ReadPosRankSum=0.517;SC=AGCAGTGCCAGTGGCCCCATG;SOR=0.297;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=22;WE=126215138;WS=126215120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr3	126218167	rs1168595	G	A	7431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=90;PP=2965;SC=TGTGGCAGCCGCCCATCACTC;SOR=1.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=170;TCR=91;TR=259;WE=126218175;WS=126218157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	126219973	rs1177565	T	C	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=22;PP=2637;SC=CTTTGTGTCCTGGCAGCTCCT;SOR=2.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=91;TCR=22;TR=112;WE=126219981;WS=126219963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	126224480	.	A	AAGGG	2480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=5.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.877;QD=14.85;ReadPosRankSum=1.472;SOR=1.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,64:0.38:167
chr3	126226518	rs9784244	C	T	7434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=88;PP=2965;SC=AATATCACCACTTTGCTTTAT;SOR=1.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=167;TCR=88;TR=255;WE=126226526;WS=126226508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	126236348	rs1687480	T	C	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=25;PP=1251;SC=CAGCTCCCACTAAGAGGGCAG;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=126236356;WS=126236338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	126243419	rs7613347	A	C	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=46;PP=1178;SC=GGCGCTGGTGAGGCACAGAAA;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=126243427;WS=126243409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	126260608	rs6766712	G	T	7975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=168;NR=119;PP=2965;SC=AGGTGCACCGGCAGCGGCGCG;SOR=1.019;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=168;TCR=119;TR=287;WE=126260616;WS=126260598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr3	126261202	rs1056524	G	A	15893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr3	126261207	rs1056523	C	T	15905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.19;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr3	126261345	rs1056522	G	A	16622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=308;NR=290;PP=2965;SC=TTCTACCAGCGGCGCCTCTTC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=598;TCF=308;TCR=290;TR=598;WE=126261353;WS=126261335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr3	126268918	rs869463	G	A	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=90;PP=2965;SC=CTGGAGCCCCGAGCCTAGAGA;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=87;TCR=90;TR=177;WE=126268926;WS=126268908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	126270735	rs2291509	G	A	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=6;PP=1169;SC=AAAGTGGCGCGTGCTGGGAGG;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=126270743;WS=126270725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	126270757	rs13071443	G	T	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=10;PP=1964;SC=TAACATGAACGTCTGCATGCA;SOR=3.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=68;TCR=10;TR=78;WE=126270765;WS=126270747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	126328101	rs9856833	A	G	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CAGTAAAAGCATACAATAGAT;SOR=0.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=203;WE=126328109;WS=126328084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr3	126329910	rs777241	A	G	6922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=143;NR=107;PP=2965;SC=TTATCTTTGCATAACAAGTGT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=143;TCR=107;TR=250;WE=126329918;WS=126329900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	126340553	rs3732534	G	A	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=24;PP=2631;SC=ATCTTGATCAGGACATTATCT;SOR=2.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=93;TCR=24;TR=117;WE=126340561;WS=126340543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	126365127	rs11453652	C	CT	3232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=65;PP=2936;SC=GTGAGTTAAACAAAGTGTTAC;SOR=3.258;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=1;TCR=66;TR=66;WE=126365135;WS=126365117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	126373994	rs3108755	A	G	6356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=117;NR=111;PP=2965;SC=CCGCCCCCCAACACCGCCCCG;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=117;TCR=111;TR=228;WE=126374002;WS=126373984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	126633419	rs2303994	C	G	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=45;PP=2965;SC=CTTTGATGCCCGTCAAGAAAT;SOR=1.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=113;TCR=45;TR=158;WE=126633427;WS=126633409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	126644974	rs732462	G	C	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=7;PP=1474;SC=CTGAAAGGCTGTCTAAAATCC;SOR=3.500;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=57;WE=126644982;WS=126644964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	126679121	rs113706892	G	C	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=52;PP=1345;ReadPosRankSum=1.050;SC=CACAGCCACTGTGCCCTGCCG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=54;TCR=97;TR=81;WE=126679129;WS=126679111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,85:0.54:158
chr3	126724881	rs12489348	G	C	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=68;PP=2960;SC=TGGGAGTCCTGGGCAAGCAGT;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=104;TCR=69;TR=172;WE=126724889;WS=126724871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	126737268	rs4679323	C	A	7939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=116;PP=2965;SC=TGGCTGTGCTCATCGCCTACA;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=163;TCR=116;TR=279;WE=126737276;WS=126737258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr3	126739012	rs891762	G	T	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=28;PP=2965;SC=GGCCACCAGGGCATGCTGCCC;SOR=2.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=123;TCR=28;TR=150;WE=126739020;WS=126739002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	126739291	rs6439030	T	C	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=64;PP=1547;SC=GCAGCCTGTGTGGCCTGGGGG;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=91;WE=126739299;WS=126739281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	126751689	rs6439031	G	A	12795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=184;NR=292;PP=2965;SC=GGTGAACACCGTGGGAGCCCA;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=476;TCF=184;TCR=292;TR=476;WE=126751697;WS=126751679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr3	126880488	rs7625800	T	C	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=11;PP=2965;SC=CCTGCCCCTCTCTCTGCCTGG;SOR=4.373;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=109;TCR=12;TR=119;WE=126880496;WS=126880478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	126881192	rs78344584	A	G	4118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.371;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=106;PP=2644;ReadPosRankSum=1.248;SC=ATCTACATCTATACCTACATC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=162;TCR=212;TR=187;WE=126881200;WS=126881182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,194:0.51:383
chr3	127292333	rs62264113	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.006;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=273;ReadPosRankSum=0.637;SC=CTCCTCTCTGGCCTGTCCTCC;SOR=0.232;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=24;WE=127292341;WS=127292323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr3	127323830	rs893293	C	T	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=74;PP=2282;ReadPosRankSum=1.548;SC=AGGAGATGATCGAGAGCATCG;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=388;TCF=221;TCR=167;TR=169;WE=127323838;WS=127323820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,177:0.43:407
chr3	127336934	rs782427	A	G	4327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=115;PP=2911;ReadPosRankSum=-0.072;SC=GGTATAGCTCACATGTGCCCG;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=504;TCF=232;TCR=272;TR=217;WE=127336942;WS=127336924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,227:0.43:525
chr3	127379270	rs920232	C	T	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=62;PP=1706;ReadPosRankSum=-3.061;SC=TTGAAGACACCAGCCAGGCTC;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=317;TCF=169;TCR=148;TR=134;WE=127379278;WS=127379260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,137:0.41:338
chr3	127391018	rs813633	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.488;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=415;ReadPosRankSum=0.913;SC=GTGCCGCGGGAACCCCCTGGG;SOR=0.163;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=21;WE=127391026;WS=127391008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr3	127395817	rs35834653	G	A	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=79;PP=2415;ReadPosRankSum=0.411;SC=CAGGCCGCCTGGACATTGGCG;SOR=0.695;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=340;TCF=187;TCR=153;TR=172;WE=127395825;WS=127395807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,177:0.50:356
chr3	127396220	rs1658037	T	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=767;ReadPosRankSum=-1.874;SC=CCTTGTGTGGTCCTGGACCAG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=42;WE=127396228;WS=127396210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr3	127410958	.	TG	T	160	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=20;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=25;MQ=64.19;NF=7;NR=0;PP=160;QD=23.2857142857;SC=TTTTTTTTTTTGGCAAGCCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=7;WE=127410966;WS=127410948;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,7:0.47:15
chr3	127410959	rs814130	G	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.19;MQRankSum=2.881;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.131;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr3	127434580	rs627498	G	A	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=29;PP=1011;ReadPosRankSum=0.728;SC=GGCAGGTCCCGCACCCAGATG;SOR=0.872;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=203;TCF=123;TCR=80;TR=79;WE=127434588;WS=127434570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,83:0.39:215
chr3	127434856	rs477554	C	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=42;PP=908;ReadPosRankSum=0.540;SC=TGAGACCCCCCGCACCTGCCC;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=20;TCR=77;TR=53;WE=127434864;WS=127434846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,54:0.56:96
chr3	127641968	rs4141499	C	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=661;ReadPosRankSum=1.819;SC=GAATAAAATTCAGAACATGAA;SOR=1.697;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=42;WE=127641976;WS=127641958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr3	127642814	rs61268888	G	C	3900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=97;PP=2758;ReadPosRankSum=1.374;SC=TTATGATCCTGTATCACGGAA;SOR=0.778;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=425;TCF=193;TCR=232;TR=172;WE=127642822;WS=127642793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,183:0.41:443
chr3	127703085	rs13100951	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=658;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TCATCCCCCCGCCTTCAGATT;SOR=0.906;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=125;TCF=34;TCR=91;TR=47;WE=127703093;WS=127703075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,48:0.37:129
chr3	127775788	rs9847934	T	A	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	127983495	rs2811544	T	C	8516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=181;NR=123;PP=2965;SC=CAACGAGAGATCCCTCGGGAC;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=181;TCR=123;TR=304;WE=127983503;WS=127983485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr3	128181777	rs2659690	A	G	5828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.205;SC=CCAGGCCACCAAAAAACTCCC;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=543;TCF=299;TCR=244;TR=272;WE=128181785;WS=128181767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,278:0.50:551
chr3	128182074	rs2981026	G	A	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=54;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CCAGCACTTCGTAGTAGTTAG;SOR=1.013;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=170;TCF=46;TCR=124;TR=71;WE=128182082;WS=128182064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,74:0.42:175
chr3	128292060	.	G	A	907	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=19;MQ=59.68;NF=39;NR=10;PP=907;QD=19.2198206642;SC=TGGTTTTTCCGACTTTTTTTT;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=49;WE=128292085;WS=128292050;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,49:0.82:60
chr3	128292213	rs2734046	A	G	7886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GCTGGAAACCAGAGCTTGATG;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=176;TCR=118;TR=292;WE=128292221;WS=128292197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr3	128348735	rs11453536	G	GA	1371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=12;PP=999;SC=ATAATTGAAAGAAAAAAATTC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=33;WE=128348743;WS=128348725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	128350684	rs4857914	C	T	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=760;SC=GAACATCAGTCAACCCTAAAC;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=128350692;WS=128350680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	128351054	rs9868579	T	C	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=51;PP=1637;SC=AATGCACCATTAGTTTAAATC;SOR=1.923;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=74;WE=128351062;WS=128351044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	128356852	rs1697	C	T	7188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=114;PP=2965;SC=GGGTTGGATACGGATGAAGCA;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=134;TCR=114;TR=248;WE=128356860;WS=128356842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr3	128363332	rs2811497	C	T	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=4;PP=156;SC=ACTAAAAATACATACATATAC;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=128363340;WS=128363322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	128363499	.	GAA	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr3	128363844	.	A	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=568;ReadPosRankSum=0.401;SC=AGAAAAAGATAGTTTATTATT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=41;WE=128363852;WS=128363834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr3	128369288	.	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.187;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=239;ReadPosRankSum=0.529;SC=CCGCATTTCCTGAGGCCTAGA;SOR=0.061;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=18;WE=128369296;WS=128369278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr3	128618366	.	GGT	G	124	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=16;MQ=60.35;NF=0;NR=6;PP=124;QD=21.1666666667;SC=GGCCTTTGACGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=6;WE=128618375;WS=128618356;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,6:0.19:31
chr3	128853622	rs7646403	C	G	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=30;PP=2965;SC=TTTCAAAGGACACAACAGAAA;SOR=2.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=111;TCR=30;TR=141;WE=128853630;WS=128853612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	128859202	rs10664499	C	CTTAG	13004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=70;PP=2974;SC=CTGTCACAAACTTACTTACGT;SOR=2.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=120;TCR=82;TR=178;WE=128859212;WS=128859192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	128864520	rs9842978	C	G	5517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=41;PP=2379;SC=CTGTATCAAGCGACTACTATG;SOR=1.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=121;WE=128864528;WS=128864510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	128864540	rs9880527	A	G	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=91;NR=52;PP=2708;SC=GGCAAGAATGAGCTGGGAACT;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=143;WE=128864548;WS=128864530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	128877521	rs4452346	C	T	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=67;PP=1744;SC=CATTCATATACAAATATTGTA;SOR=5.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=4;TCR=67;TR=71;WE=128877529;WS=128877511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	128890350	rs4303883	G	A	18785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=337;NR=348;PP=2965;SC=GATAACAAATGTCTGGAAGAG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=686;TCF=337;TCR=349;TR=685;WE=128890358;WS=128890340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,703:1.00:703
chr3	129020778	rs6765930	A	G	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=44;PP=2965;SC=CCATTGTCTTAACTTCCCTGG;SOR=1.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=119;TCR=44;TR=163;WE=129020786;WS=129020768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	129100288	rs62266952	A	G	6058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=126;PP=2965;SC=GAAGGTAAGCATCTAGCCAGC;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=92;TCR=126;TR=218;WE=129100296;WS=129100278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr3	129147418	rs3796391	G	A	6926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=149;PP=2965;SC=CGGGGTATCAGATAAACCGTA;SOR=1.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=235;TCF=85;TCR=150;TR=234;WE=129147426;WS=129147408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr3	129152144	rs140695	T	C	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=67;PP=1614;SC=GCTGATTTCATGTTCAAGTAG;SOR=2.329;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=95;TCF=21;TCR=74;TR=88;WE=129152152;WS=129152134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	129185661	rs6805886	C	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=696;SC=GGGCTCCTTGCCAGGATTTTA;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=129185669;WS=129185651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	129279597	rs2713627	C	T	9840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=213;NR=137;PP=2965;SC=TAAATAAACACGGGAGAGGAG;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=213;TCR=142;TR=350;WE=129279605;WS=129279573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr3	129281980	rs2713625	C	T	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=76;PP=2965;SC=CCACTCCTCACTGAGTGTGTA;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=97;TCR=78;TR=173;WE=129281988;WS=129281970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	129290091	.	C	T	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.946;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1381;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TGATGCGTTGCTCAGGGCCCC;SOR=0.848;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=72;TCR=98;TR=86;WE=129290099;WS=129290081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,92:0.51:181
chr3	129293183	rs2625962	T	C	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=21;PP=1649;SC=GCTTACCGCGTGGATCTCGGG;SOR=1.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=129293191;WS=129293173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	129303197	rs2811463	T	C	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=97;PP=2965;SC=TCTGCCCCTCTGGGGCTGTGC;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=55;TCR=98;TR=152;WE=129303205;WS=129303187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	129308096	rs13079843	G	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=441;SC=GGGTCAGGCTGGACCTGTAGC;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=129308104;WS=129308086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	129324193	rs7619850	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=356;SC=GCTTGCGCTCACAGGCCGGTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=129324201;WS=129324183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	129546729	rs784689	T	C	9258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=114;PP=2965;SC=ATAGCAGAGCTGGTAGGTGCA;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=198;TCR=114;TR=312;WE=129546737;WS=129546719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr3	129694934	rs784705	C	A	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=56;PP=1680;SC=GGAAACCTGCCGGCAAAGGGG;SOR=2.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=73;WE=129694942;WS=129694924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	129695440	rs13097335	G	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=238;SC=AGTGGGAGCTGCAGGAAATGT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=129695448;WS=129695430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	129695538	rs784704	C	T	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=23;PP=2528;SC=CTTTCCTTCCCCAGCGTCCCA;SOR=2.443;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=91;TCR=24;TR=114;WE=129695546;WS=129695528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	129695954	rs5662	T	C	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=62;PP=2360;SC=AAGCGGGCCTTCTGCTGGGGC;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=109;WE=129695962;WS=129695944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	129696041	rs5663	A	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=39;PP=1468;SC=CCTGGGTCAGAGAGCCCCTGG;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=129696049;WS=129696031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	129811073	rs13066399	T	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=32;PP=740;SC=CAGGTCTGCATGACCACTGGG;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=129811081;WS=129811063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	130095031	rs9835065	C	T	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.448;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=881;ReadPosRankSum=0.808;SC=GTCTAAAATACAAAGGTTGAA;SOR=0.337;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=103;TCF=80;TCR=23;TR=56;WE=130095039;WS=130095021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr3	130098349	rs16845861	G	A	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=56;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GAAATTTAAGGCATCTTCAGA;SOR=0.745;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=372;TCF=212;TCR=160;TR=135;WE=130098357;WS=130098339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,144:0.38:383
chr3	130103539	rs1453242	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=2.096;SC=TACGCAAAAACGAAGTCTTCA;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=9;WE=130103547;WS=130103530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr3	130103709	rs1453241	G	A	3584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=78;PP=2297;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CAGCATCCAGGAGAAACAGTT;SOR=0.806;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=414;TCF=227;TCR=187;TR=177;WE=130103717;WS=130103699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,183:0.43:430
chr3	130104062	rs10212241	T	C	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=69;PP=1444;ReadPosRankSum=2.205;SC=AGCAAATCACTGTTCATGCAG;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=301;TCF=148;TCR=153;TR=131;WE=130104070;WS=130104052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,142:0.44:326
chr3	130104206	rs10212372	A	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=674;ReadPosRankSum=0.856;SC=GCGCTGAAAAAGGTAAGCAAC;SOR=0.489;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=42;WE=130104214;WS=130104196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr3	130114408	rs5852594	AC	A	3665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=58;PP=2708;SC=TATATTTAGAACCATATATTT;SOR=1.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=7;TCR=60;TR=65;WE=130114416;WS=130114398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	130116696	rs12488457	A	C	3399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=62;PP=2245;ReadPosRankSum=-1.811;SC=CAGTGGGCCAACTCATCTGAA;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=205;TCR=140;TR=155;WE=130116704;WS=130116686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,166:0.46:362
chr3	130122409	rs5852595	TG	T	3550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.951;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.328;NF=6;NR=72;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.097;SC=TTGACTTTATTGGGGGGGGGT;SOR=0.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=11;TCR=131;TR=78;WE=130122418;WS=130122399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,145:0.64:227
chr3	130122552	.	TAC	T	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=18;MQ=62.13;NF=0;NR=3;PP=66;QD=24.0;SC=ACACACACTGTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=130122561;WS=130122542;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr3	130124270	rs1497313	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=458;ReadPosRankSum=1.172;SC=AAAAACAGACATAAATGAGTG;SOR=0.538;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=35;WE=130124278;WS=130124260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr3	130124491	rs10934940	G	A	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=915;ReadPosRankSum=0.770;SC=GTCCAGGGGCGTGGGGTCAGA;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=103;TCF=34;TCR=69;TR=55;WE=130124499;WS=130124481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr3	130124989	rs4688761	C	T	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=69;PP=1804;ReadPosRankSum=-1.319;SC=GTCATGGAGACGATGGGATTG;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=130;TCR=153;TR=128;WE=130124997;WS=130124979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,137:0.46:297
chr3	130125116	rs1497312	G	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=875;ReadPosRankSum=1.471;SC=TTTTAGGGCTGTCATGGATTT;SOR=0.384;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=50;WE=130125124;WS=130125106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr3	130132302	rs11717623	T	A	5575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.88;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,143:0.54:267
chr3	130132302	.	TAG	AAT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=78;NR=53;PP=2944;QD=20;SC=TACTTATGTCTAGCAGAGAAT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=145;TCR=99;TR=131;WE=130132312;WS=130132292;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:113,131:0.54:244
chr3	130132304	rs11713542	G	T	5575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.42;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,145:0.53:273
chr3	130132509	rs2219026	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=373;ReadPosRankSum=-0.979;SC=AATCATATCAATGAGCATTTT;SOR=2.262;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=22;WE=130132517;WS=130132499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr3	130132851	rs10512767	A	G	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=24;PP=1442;ReadPosRankSum=-1.063;SC=ATAGTATGAAAAGAAAATCTA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=158;TCF=110;TCR=48;TR=85;WE=130132859;WS=130132841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,92:0.54:171
chr3	130134492	rs16827497	T	C	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1001;ReadPosRankSum=-0.908;SC=ACTAAAGGGGTCACAGGGAAA;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=93;TCR=61;TR=77;WE=130134500;WS=130134474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,83:0.49:169
chr3	130134563	rs7628563	G	A	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1089;ReadPosRankSum=0.264;SC=TGAGTGACTCGGAGACATTAG;SOR=0.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=79;WE=130134571;WS=130134553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,83:0.50:167
chr3	130135456	rs6439233	T	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=601;ReadPosRankSum=1.520;SC=TGCCATCTGCTTCTCTCCTCC;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=42;WE=130135464;WS=130135446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr3	130135575	rs4688798	A	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=805;ReadPosRankSum=0.179;SC=CGGTGCCAACATTTTAGTCTC;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=60;WE=130135583;WS=130135565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,63:0.44:143
chr3	130137866	rs13062453	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCAATTATGGGGGGCATGAA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=130137874;WS=130137856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr3	130139884	rs12636289	C	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=81;SC=CAATTAGGCCCCTTCTGCATG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=130139892;WS=130139878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	130141452	rs976325	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=0.679;SC=ATTGGCCTTCATTAATGTATG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=6;WE=130141460;WS=130141442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr3	130142584	rs2896545	A	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=222;ReadPosRankSum=0.455;SC=CTATCTTTTTAAAATTTTTTT;SOR=0.730;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=130142595;WS=130142574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr3	130142587	rs35980322	AT	A	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr3	130142843	rs976558	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=0.806;SC=GATTTAAGTCCAGATTCTGCT;SOR=1.302;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=9;WE=130142851;WS=130142833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr3	130144984	rs1874599	G	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=228;SC=TTTTTGTTTTGTCTTGTTTTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=130144992;WS=130144974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	130145175	rs9859372	G	A	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=37;PP=1519;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CACTGTACTTGCATTTCTTTT;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=265;TCF=166;TCR=99;TR=111;WE=130145183;WS=130145165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,120:0.44:274
chr3	130148341	rs6774248	T	G	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.335;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=12;PP=1244;ReadPosRankSum=2.324;SC=TCAGCTTTGTTAAAATGTTGT;SOR=0.273;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=138;TCF=119;TCR=19;TR=65;WE=130148349;WS=130148331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr3	130158343	rs2403340	C	T	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=33;PP=1384;ReadPosRankSum=-3.746;SC=AGCAAACATGCGTTCACTTCT;SOR=0.835;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=213;TCF=138;TCR=75;TR=102;WE=130158351;WS=130158333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,103:0.47:221
chr3	130158989	rs16827852	T	A	3611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=73;PP=2585;ReadPosRankSum=-1.150;SC=ACCAATGATGTGTCTCTCTGT;SOR=0.520;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=366;TCF=217;TCR=149;TR=164;WE=130158997;WS=130158979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,170:0.45:378
chr3	130162395	rs9883988	A	G	7051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=142;PP=2965;SC=GAGAATATTCAAAATGATGGT;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=104;TCR=142;TR=246;WE=130162403;WS=130162385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr3	130174334	rs819085	G	A	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=0.981;SC=TTTTTGGGAGGTAATGGCTTC;SOR=0.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=170;WE=130174342;WS=130174324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr3	130187817	rs322113	T	C	10215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=193;NR=168;PP=2965;SC=ACTTTCACATTGCCCCCACTC;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=364;TCF=194;TCR=170;TR=361;WE=130187825;WS=130187807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr3	130189918	rs10668406	T	TTG	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.637;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr3	130190630	rs322117	G	A	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.04;MQRankSum=1.055;NF=71;NR=56;PP=1788;ReadPosRankSum=-0.315;SC=AATCATAGTAGTGGTTCTGAG;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=148;TCR=115;TR=127;WE=130190638;WS=130190620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,133:0.48:279
chr3	130190716	rs73868680	G	A	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.575;NF=42;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.070;SC=CAAGGAAAAAGCACATTTAGA;SOR=0.860;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=220;TCF=100;TCR=120;TR=97;WE=130190728;WS=130190700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,104:0.45:230
chr3	130190720	rs11355796	AT	A	3513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.585;NF=19;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=1.483;SC=GAAAAAGCACATTTAGAAGAA;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=151;TCF=34;TCR=117;TR=81;WE=130190728;WS=130190700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,119:0.55:217
chr3	130190777	rs322118	G	A	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1709;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GAAGGTAATCGTGAGTACCAT;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=84;TCR=97;TR=112;WE=130190785;WS=130190767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,114:0.61:186
chr3	130195984	rs77746940	G	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=357;ReadPosRankSum=0.439;SC=TTTATAGAACGTAAGTTTACC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=17;WE=130195992;WS=130195974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr3	130282567	rs78652791	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=714;ReadPosRankSum=0.108;SC=AATTAAAATGGGGAGAGGATT;SOR=2.270;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=31;WE=130282575;WS=130282557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr3	130285929	rs59021909	C	T	3478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=71;PP=2391;ReadPosRankSum=1.239;SC=CATCTTGGAGCCTGCAAACAG;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=332;TCF=187;TCR=145;TR=158;WE=130285937;WS=130285919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,163:0.48:342
chr3	130289617	rs10934949	T	C	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=58;PP=2527;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TCCCATGCTGTCCAAAGCTAA;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=330;TCF=215;TCR=115;TR=164;WE=130289625;WS=130289607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,168:0.49:342
chr3	130300650	rs6439249	T	C	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=64;PP=2137;ReadPosRankSum=-1.342;SC=ACTGAATAGCTTGAAGGATAT;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=290;TCF=153;TCR=137;TR=141;WE=130300658;WS=130300640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,147:0.48:304
chr3	130308702	rs4515022	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=224;ReadPosRankSum=0.758;SC=GTTTGTTTACATGTGTTTTAT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=130308710;WS=130308692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr3	130317341	rs4336088	G	A	6162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=131;PP=2965;SC=TTGGTAGAATGTGAAATGCTT;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=80;TCR=131;TR=211;WE=130317349;WS=130317331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr3	130360600	.	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,14:0.17:83
chr3	130569557	rs1316658	T	G	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=36;PP=2709;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GGAGGGAAGTTGTCGAGCTAC;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=91;TCR=36;TR=126;WE=130569565;WS=130569547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr3	130656284	rs142366167	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=1.927;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr3	130674022	rs218494	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=2.000;SC=ATTGAGAGCAATATTTTATTC;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=130674030;WS=130674012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	130733046	.	CT	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,17:0.18:92
chr3	130748733	rs9864242	A	G	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.489;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=2.444;SC=GTAAGTAAAAATGCTTCCTAT;SOR=2.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=44;TCR=115;TR=157;WE=130748741;WS=130748723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,162:0.99:164
chr3	130828790	rs9850655	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=25;PP=728;SC=TACTGGGGGAGCATGATATAT;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=130828798;WS=130828780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	130851101	rs4974466	A	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=183;SC=GTTCTTTATAATTCCATAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=130851109;WS=130851091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	130852185	rs2674613	T	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=46;PP=1184;SC=GGAATAAAAGTGTGCAACTAG;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=81;WE=130852193;WS=130852175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	130873723	rs1400013	T	G	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=27;PP=1672;SC=AAGCTACATGTAATTTTACAT;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=83;WE=130873731;WS=130873713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	130881409	rs1913898	T	C	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=68;PP=2359;SC=TGCTCGGGACTACTTCTCAGG;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=129;WE=130881417;WS=130881399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	130947435	rs3738000	A	T	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=62;PP=2936;SC=TCCTATTGTGAAGAGAGTGAT;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=104;TCR=62;TR=165;WE=130947443;WS=130947425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	131186893	.	CAA	C	62.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=-0.433;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.398;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	131188377	rs3830301	TAC	T	792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.71;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	131216962	.	C	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.300;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.966;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=523;ReadPosRankSum=0.892;SC=AAAACATAAACTCATCCAGAT;SOR=0.295;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=43;WE=131216970;WS=131216952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr3	131261662	rs10716194	TG	T	9321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.872;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.244;NF=37;NR=177;PP=2986;ReadPosRankSum=0.306;SC=CCCATGATGATGGGGGGGGGT;SOR=0.209;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=245;TCF=39;TCR=206;TR=214;WE=131261671;WS=131261652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,319:0.99:321
chr3	131261773	rs72997269	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.942;NF=0;NR=33;PP=658;ReadPosRankSum=0.451;SC=CATTTTTTGAATGTGCTGATA;SOR=3.791;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=33;WE=131261781;WS=131261763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr3	131268824	rs11915192	T	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=513;ReadPosRankSum=-2.387;SC=CCTCTGACGCTGACTTGGCAA;SOR=0.433;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=51;WE=131268832;WS=131268814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,60:0.47:127
chr3	131271164	rs3817076	G	A	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=24;PP=1434;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TGTTGATACAGAAAGCAGAGA;SOR=0.858;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=216;TCF=149;TCR=67;TR=89;WE=131271172;WS=131271151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,92:0.42:220
chr3	131271180	rs994967	TG	CA	4378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=34;PP=2944;ReadPosRankSum=1.466;SC=AGAGATTCTGTGGACAATCGT;SOR=0.809;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=276;TCF=178;TCR=98;TR=106;WE=131271189;WS=131271170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,114:0.40:285
chr3	131271439	rs2251178	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=463;ReadPosRankSum=0.147;SC=ATGCCCATTATATTCATTATG;SOR=1.758;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=21;WE=131271447;WS=131271429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr3	131404572	rs6439314	A	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=9;PP=2111;SC=TTGCAGTGAGACGAGACTGCG;SOR=3.860;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=71;TCR=10;TR=80;WE=131404580;WS=131404562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	131404625	rs113276957	A	AAC	2482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.145;NF=25;NR=21;PP=1611;ReadPosRankSum=1.752;SC=ACTCCACCTCAACACACACAC;SOR=0.629;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=157;TCF=70;TCR=87;TR=46;WE=131404634;WS=131404615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,87:0.44:199
chr3	131404641	rs6439315	C	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.379;NF=87;NR=59;PP=2058;ReadPosRankSum=4.604;SC=CACACACACACAAAAAGGAGT;SOR=0.782;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=290;TCF=178;TCR=112;TR=146;WE=131404649;WS=131404631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,100:0.39:258
chr3	131415340	rs2369134	C	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=13;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.602;SC=AAACTGTGTGCTAGCTTTGTT;SOR=1.157;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=173;TCF=136;TCR=37;TR=76;WE=131415348;WS=131415330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,77:0.43:180
chr3	131418898	.	CTTTTTTT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.645;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr3	131418966	.	T	C	118	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=118;QD=19.0964015684;SC=ATTTCAGGGTTTGTCAATGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=131418974;WS=131418956;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,8:0.42:19
chr3	131704852	rs79775365	T	C	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=670;ReadPosRankSum=0.746;SC=ATTATATCCATCTTTTTATAT;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=44;WE=131704860;WS=131704842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr3	131756241	rs2141570	T	C	4935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=32;PP=2965;SC=AGAATTTACTTCCACCTCTTA;SOR=2.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=130;TCR=32;TR=162;WE=131756249;WS=131756231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	131756349	rs1569282	A	G	5691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.394;SC=CCCGCCAGCCACAGTCCCCTC;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=576;TCF=296;TCR=280;TR=271;WE=131756357;WS=131756339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,288:0.48:602
chr3	131756375	rs1569281	A	G	5599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.677;SC=TTGTAACATCAAAATCCCCTT;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=550;TCF=258;TCR=292;TR=260;WE=131756383;WS=131756365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,277:0.48:579
chr3	131756546	rs2178384	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=305;ReadPosRankSum=-1.358;SC=AGATTCACTCGCCGGGTTTCT;SOR=1.042;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=20;WE=131756554;WS=131756536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr3	132047029	.	G	GA	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.498;QD=0.52;ReadPosRankSum=-2.669;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,41:0.14:301
chr3	132050406	rs373257101	GA	G	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.793;NF=8;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=-1.593;SC=CACACATAATGAAAAAAAAAA;SOR=0.622;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=132050414;WS=132050396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr3	132063914	rs972774	A	T	7222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=143;PP=2965;SC=GTAAGTATTAAAAAATGAGAG;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=106;TCR=143;TR=249;WE=132063922;WS=132063904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	132063977	rs972773	T	C	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.786;SC=TTCCCTCCACTAATCAACTGT;SOR=1.134;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=59;WE=132063985;WS=132063967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,63:0.55:114
chr3	132068831	rs2228402	C	T	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=54;PP=2157;SC=ACAAAAAACTCATCATGTATT;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=125;WE=132068839;WS=132068821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	132068876	rs2290542	G	A	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=54;PP=2237;SC=TTTAACATATGTTTGTTCAAG;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=127;WE=132068884;WS=132068866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	132068925	rs2290541	A	T	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=67;PP=2222;SC=ATCTTTTTTTAATCTTCATTT;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=132;WE=132068933;WS=132068915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	132069028	rs3217658	CAAG	C	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=24;PP=1121;SC=TCTAAACTAACAAGAAGACAA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=24;WE=132069038;WS=132069018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	132071452	rs17242113	G	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=513;ReadPosRankSum=-0.593;SC=AAGTCATTGTGGGCGTATGGG;SOR=1.278;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=28;WE=132071460;WS=132071442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr3	132075554	rs3181784	T	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=6;PP=854;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AGATGTACTATCGGAATGAGA;SOR=1.320;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=72;TCR=13;TR=46;WE=132075562;WS=132075544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr3	132075707	rs2071505	A	G	9962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.903;SC=AAGGTACTGAAGACAGTACAG;SOR=0.367;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=149;TCR=187;TR=335;WE=132075715;WS=132075697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,364:1.00:365
chr3	132075743	rs7625966	G	C	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=5.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=-1.339;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,99:0.44:227
chr3	132075746	rs1042330	G	A	7494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.584;SC=CTCTGTAGAAGGAGTAGCTGC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=63;TCR=129;TR=190;WE=132075767;WS=132075733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr3	132075759	rs73215937	T	C	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=44;PP=2752;ReadPosRankSum=-1.831;SC=GTAGCTGCCCTTTCTCAGGGC;SOR=0.520;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=155;TCF=43;TCR=112;TR=62;WE=132075767;WS=132075733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,71:0.42:168
chr3	132107747	rs10935007	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=402;ReadPosRankSum=0.347;SC=GGATTTTCCTGTTGGAAACAA;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=26;WE=132107755;WS=132107737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr3	132166148	rs377096498	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=3.504;QD=0.18;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,28:0.14:198
chr3	132173004	.	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr3	132221076	rs200192843	CTT	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr3	132360883	rs821572	C	T	7209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;NR=103;PP=2965;SC=ATTCAAGGAACGTAACTGAGC;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=144;TCR=103;TR=246;WE=132360891;WS=132360873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr3	132363752	.	TA	T	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,18:0.20:88
chr3	132435532	rs67092166	C	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=552;SC=TTAATAGTTCCAGCACAAGAT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=132435540;WS=132435522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	132435823	rs11718115	C	T	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=61;PP=1648;SC=TCACATATACCGAACAGGATT;SOR=1.563;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=96;WE=132435831;WS=132435813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	132435871	rs72628561	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=28;PP=800;SC=ACAAATATTCAAATGATTTTG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=132435879;WS=132435861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	132436901	rs35348816	AT	A	1581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=719;SC=CCCGGCCTTCATTTTTTTTCC;SOR=1.034;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=32;WE=132436909;WS=132436891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	132436967	rs66564593	A	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=35;PP=1045;SC=TGATACTACAATGAAAATTAA;SOR=1.032;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=132436975;WS=132436957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	132438719	rs12631786	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=315;SC=ATAGTCTTGCTCCTCAATTTT;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=132438727;WS=132438709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	132438747	rs10590809	CAT	C	115	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	133098806	rs34111099	C	T	7264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=919;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.222;SC=ATGGCAACACCGACACCCCGT;SOR=0.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=893;TCF=428;TCR=465;TR=362;WE=133098814;WS=133098796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:542,369:0.41:911
chr3	133099245	rs1197314	G	A	5382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.632;SC=CTGTGGAACCGGAGCCCTCTA;SOR=0.799;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=576;TCF=274;TCR=302;TR=257;WE=133099253;WS=133099235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,262:0.44:593
chr3	133114893	rs1197300	C	T	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=421;SC=TATACAAATACATATATTATA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=133114901;WS=133114883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	133114918	.	GTAACC	G	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=1.063;SC=TAACCTTTGTGTAACCCTGAC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=133114930;WS=133114908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr3	133166403	rs7644197	A	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=673;SC=CCTCCTTGTAAACATAAAGTA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=133166411;WS=133166393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	133167363	rs2276737	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=615;ReadPosRankSum=3.232;SC=TTCGAAAGGCGGCAGAAGAGG;SOR=0.403;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=41;WE=133167371;WS=133167353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr3	133191093	rs899458	A	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=15;PP=1484;SC=GGAATAGTCCAGGCTACCACC;SOR=2.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=58;TCR=15;TR=73;WE=133191101;WS=133191083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	133191385	rs79087781	C	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=219;ReadPosRankSum=0.224;SC=TCCTACCACGCCCTGCTGGAC;SOR=0.518;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=16;WE=133191393;WS=133191375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr3	133303079	rs114649403	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GTGCATGATTGTGGTAGGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=133303087;WS=133303069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr3	133327457	rs1051772	T	C	3654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=87;PP=2033;ReadPosRankSum=0.481;SC=TATTAACTCCTGAGTCATCTG;SOR=0.681;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=353;TCF=168;TCR=185;TR=170;WE=133327465;WS=133327447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,182:0.48:376
chr3	133329943	rs1444601	G	A	9264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=155;PP=2965;SC=ATTCCAGTCAGAACATCAAGT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=170;TCR=155;TR=325;WE=133329951;WS=133329933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr3	133331230	rs71317417	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=509;ReadPosRankSum=1.192;SC=TCTGAATACACACCTGCACGA;SOR=1.121;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=38;WE=133331238;WS=133331220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr3	133335787	rs3732574	C	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=30;PP=1036;SC=GAAAGTTTTACTTTAGAAAAA;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=133335795;WS=133335777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	133336999	rs60695717	T	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=348;ReadPosRankSum=1.399;SC=ATCTGTTTATTTTTAAGAGGT;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=17;WE=133337007;WS=133336989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr3	133341988	rs10935070	T	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=478;ReadPosRankSum=-0.791;SC=CTCTTTATTATTGGTGGCCAT;SOR=0.927;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=36;WE=133341996;WS=133341978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr3	133368362	rs3192149	T	G	12741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=225;NR=209;PP=2965;SC=CTTTCAGGCTTATGTGAAACT;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=435;TCF=225;TCR=210;TR=434;WE=133368370;WS=133368352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr3	133371471	rs55633281	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=158;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GAAAGAGTACGACCTACATAT;SOR=1.360;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=16;WE=133371479;WS=133371461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr3	133374030	rs7639941	T	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=94;SC=GCCTGGGCAATAGAGCAAGAC;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=133374038;WS=133374020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	133375475	rs9838963	G	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=370;ReadPosRankSum=0.489;SC=ATGATTGAATGCATCATTTTT;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=20;WE=133375483;WS=133375465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr3	133375785	rs2718801	G	A	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=95;PP=2613;SC=AATACATTTTGCTGTTGACAG;SOR=3.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=19;TCR=95;TR=114;WE=133375793;WS=133375775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	133376850	rs9810823	A	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=587;ReadPosRankSum=-1.768;SC=ACAAAATTACATTTTGTAACA;SOR=1.255;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=92;TCF=20;TCR=72;TR=38;WE=133376858;WS=133376840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr3	133380128	rs9827019	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr3	133380128	.	AAT	GAC	241	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=13;PP=241;QD=19.6311916575;SC=ATTTCTAAGAAATCCTGGAAC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=15;WE=133380138;WS=133380118;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr3	133380130	rs2718805	T	C	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.51;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	133465283	rs1130459	A	G	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CGCACCCGGAAGATGAGGCTC;SOR=0.890;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=134;TCF=60;TCR=74;TR=74;WE=133465291;WS=133465273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr3	133472544	rs143440081	G	C	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TGGGTCAAAAGAGGGTAAGTT;SOR=0.550;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=188;TCF=81;TCR=107;TR=90;WE=133472552;WS=133472534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,94:0.47:200
chr3	133474147	rs8177225	T	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=673;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GGTGGGGTGATGCCATTGGCT;SOR=0.078;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=52;TCR=2;TR=33;WE=133474155;WS=133474137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr3	133485133	rs2692696	A	G	8567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=119;PP=2965;SC=GTATTTTGCTATAGCAGTGGT;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=169;TCR=119;TR=288;WE=133485141;WS=133485123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr3	133485371	rs1525891	G	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=447;ReadPosRankSum=-1.210;SC=GGTGCTGTGGGCTCTGGTTCT;SOR=0.296;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=25;WE=133485379;WS=133485361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr3	133493705	rs35736766	GT	G	1022.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,56:0.82:68
chr3	133494354	rs1049296	C	T	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.314;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=1184;ReadPosRankSum=-1.372;SC=TACCAGGAAACCTGTGGAGGA;SOR=0.928;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=182;TCF=76;TCR=106;TR=78;WE=133494362;WS=133494344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,83:0.42:199
chr3	133524717	rs1107413	G	C	11184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=168;PP=2965;SC=CTCGCGCCGGGTGGCAGATGG;SOR=0.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=390;TCF=222;TCR=168;TR=390;WE=133524725;WS=133524707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr3	133546599	.	C	CCG	124	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=14;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=61.65;NF=7;NR=3;PP=124;QD=12.7;SC=CACCCCCCCCCCCCCCCGCCT;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=133546607;WS=133546589;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr3	133553272	rs6793673	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=508;ReadPosRankSum=0.496;SC=CAGCTGCATCCCGCCTAGAGG;SOR=1.055;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=29;WE=133553280;WS=133553262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr3	133553527	rs2280672	C	T	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=44;PP=954;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CAACCCTGGCCCTCCCCTCTG;SOR=1.223;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=109;TCF=27;TCR=82;TR=55;WE=133553535;WS=133553517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr3	133556964	rs139009223	ACCGTGCCGGGCC	A	2686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.395;NF=16;NR=11;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.614;SC=ACAGGGCTACACCGTGCCGGG;SOR=0.994;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=27;WE=133556983;WS=133556954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,72:0.52:138
chr3	133560005	rs201380383	CGCACACACATGCGTGT	C	3415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.095;NF=16;NR=19;PP=2954;ReadPosRankSum=0.321;SC=AGGGAGCAATCGCACACACAT;SOR=0.608;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=35;WE=133560028;WS=133559995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,90:0.46:196
chr3	133583647	rs3811645	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=35;PP=786;ReadPosRankSum=0.084;SC=TAGGGACCCCGTGGTGAGGCC;SOR=1.096;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=38;WE=133583655;WS=133583637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr3	133666209	rs34550074	C	T	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=59;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CGGGGAATGGCTTGTAGAGAG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=81;TCR=101;TR=106;WE=133666217;WS=133666199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,114:0.59:194
chr3	133667646	rs55943046	C	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=742;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TGTCCCTTACCGCACACAACA;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=37;WE=133667654;WS=133667636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr3	133670073	rs6767412	T	C	4322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.244;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.790;SC=TGGGCATTGCTCGAGGGAAGA;SOR=0.956;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=374;TCF=168;TCR=206;TR=203;WE=133670090;WS=133670063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,210:0.55:381
chr3	133670225	rs6767522	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=53;ReadPosRankSum=0.583;SC=GTTTGTTGAATGCATGATCTC;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=7;WE=133670233;WS=133670215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr3	133692497	rs4634113	A	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=6;PP=1302;SC=AGGGGTTGGAAGCCACTCACC;SOR=3.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=51;WE=133692505;WS=133692487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	133692743	rs4241362	C	T	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=102;PP=2891;SC=GACCCGATCACACTTCATCCA;SOR=1.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=51;TCR=102;TR=153;WE=133692751;WS=133692733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	133698280	rs4640563	C	G	7977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=101;PP=2965;SC=TTGTGGTCAGCGTGGTGCACA;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=183;TCR=101;TR=284;WE=133698288;WS=133698270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr3	133901733	rs9829505	A	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=254;ReadPosRankSum=-1.604;SC=AAAAAAATTAAGCTATTCCAC;SOR=0.484;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=18;WE=133901741;WS=133901723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr3	133969437	.	A	AG	964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=689;SC=CGGGGCCCTCAGCCGCGGGCC;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=133969445;WS=133969427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	133969487	.	G	GC	783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=440;SC=CAGCCGCGCCGCCCACGCATG;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=133969495;WS=133969477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	134080661	rs1077718	A	G	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=0.812;SC=TGTAGGGAGAAAGAGGCTTGA;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=152;WE=134080669;WS=134080651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr3	134085070	rs67655717	GAAGT	G	9274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=61;PP=2970;SC=TAGAACAAAAGAAGTAAGTCC;SOR=1.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=128;WE=134085081;WS=134085060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	134214042	rs62269547	T	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=1;PP=852;SC=TTTTTCATTATTATGTATGCT;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=134214050;WS=134214032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	134226159	rs6766818	C	T	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=126;PP=2965;SC=TTCTTTTTGACATTTTTATCT;SOR=2.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=37;TCR=126;TR=163;WE=134226167;WS=134226149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	134256159	rs12634127	A	G	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=77;PP=2326;SC=GGTTTTGATCAAGTTTGAACT;SOR=2.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=19;TCR=77;TR=96;WE=134256167;WS=134256149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	134264859	rs1357762	A	C	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=211;SC=CGTAACTTATAGTCTGACTTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=134264867;WS=134264849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	134266148	rs12632372	G	C	4658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=51;PP=2965;SC=AGATAAAGGCGTTAACAATCA;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=97;TCR=52;TR=148;WE=134266156;WS=134266138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	134278270	rs1127826	C	T	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=95;PP=2812;SC=TTTATATCTTCGGTATGGAAA;SOR=2.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=25;TCR=95;TR=120;WE=134278278;WS=134278260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	134280134	.	C	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=477;ReadPosRankSum=1.442;SC=TTTAATATTGCTAGTTAGAAA;SOR=0.346;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=26;WE=134280142;WS=134280124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr3	134280395	rs6777283	T	A	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=85;PP=2362;SC=AAAAAATCACTATCTTGGAAA;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=31;TCR=85;TR=116;WE=134280403;WS=134280385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	134293619	rs4586863	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.40;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	134322742	rs2293293	A	G	9550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=167;PP=2965;SC=CACAGCATACAAGGTAATTAA;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=156;TCR=168;TR=323;WE=134322750;WS=134322732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr3	134323156	rs4955535	A	G	7079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=131;PP=2965;SC=TGCCCTTGGCAAAGATCTGCA;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=123;TCR=131;TR=254;WE=134323164;WS=134323146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr3	134331874	rs7626611	T	C	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=28;PP=1929;SC=CTGCCTAGAATGTCTGTGCAT;SOR=1.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=77;TCR=28;TR=105;WE=134331882;WS=134331864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	134331980	rs9838119	C	T	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=108;PP=2965;SC=ACTGATTTAGCGGCGCTGTGG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=116;TCR=108;TR=224;WE=134331988;WS=134331970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	134514579	rs9852662	T	C	18083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=264;NR=403;PP=2965;SC=CCGGCCGCCTTGGGACTGCTG;SOR=1.192;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=667;TCF=264;TCR=403;TR=667;WE=134514587;WS=134514562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,682:1.00:682
chr3	134644517	rs36187	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr3	134644636	rs635721	G	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=228;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TTGTTTATTCGTTTTTTCTTT;SOR=0.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=16;WE=134644644;WS=134644626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr3	134670524	rs7644369	C	T	3228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.396;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=62;PP=2337;ReadPosRankSum=-2.320;SC=CAGATGAGAGCTTCTCCCAGG;SOR=0.849;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=317;TCF=176;TCR=141;TR=146;WE=134670532;WS=134670514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,148:0.46:325
chr3	134697009	rs373709784	A	AC	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=438;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CCACTGAGTTACAAGTCCTAT;SOR=1.194;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=12;WE=134697017;WS=134696999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr3	134825512	rs3732567	G	C	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=813;ReadPosRankSum=0.588;SC=GGTGGGTCTGGGGCAAGGAAG;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=170;TCF=57;TCR=113;TR=74;WE=134825520;WS=134825502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,75:0.44:172
chr3	134880745	rs2270882	G	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=509;SC=GATGACAACTGCTAGCAGATA;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=134880753;WS=134880735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	134898742	rs1042787	C	T	6023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=85;PP=2965;SC=CCTTCACTTACGAGGATCCCA;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=127;TCR=85;TR=212;WE=134898750;WS=134898732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	134968440	rs35878491	C	CGTCT	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.167;NF=0;NR=10;PP=425;ReadPosRankSum=-0.278;SC=CCTGGAGCTCCGTCTCTGTAT;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=10;WE=134968448;WS=134968430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr3	134968465	rs4243397	T	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=578;SC=CAGGCCTGGATGGGGAGCACC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=134968473;WS=134968455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	135722125	rs61756430	G	A	5696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TGCGAATCCTGGAAAGCATTG;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=505;TCF=274;TCR=231;TR=251;WE=135722133;WS=135722115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,261:0.50:522
chr3	135797232	rs61756431	A	G	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=774;ReadPosRankSum=-2.425;SC=TATTCTACACAGTCAACAGAT;SOR=0.779;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=62;TCR=66;TR=62;WE=135797240;WS=135797222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,70:0.50:139
chr3	135913665	rs1992952	A	G	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=3;PP=898;SC=AAAGTCCCTCAGCAAGTTTCA;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=41;WE=135913673;WS=135913660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	135980673	rs2290131	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=386;ReadPosRankSum=-0.720;SC=ACCAGTGTTACTGCCTCCTGT;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=18;WE=135980681;WS=135980663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr3	136059537	rs503973	G	C	4108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=97;PP=2965;SC=TTCTAACCAAGTGAAGTATAC;SOR=1.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=39;TCR=97;TR=136;WE=136059545;WS=136059527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	136162367	rs189265840	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=0.624;SC=GATTCTAAAAACCACTTAGAG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=136162375;WS=136162357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr3	136196071	rs1394092	C	T	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=36;PP=2020;SC=TTTTGATTCCCAGCATTTTAG;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=102;WE=136196079;WS=136196061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	136218930	rs900048	C	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=133;SC=TAGTGTGACACTGACAGCCAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=136218938;WS=136218926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	136573289	rs9865545	G	A	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=34;PP=2046;SC=AAATAGAATTGATTATCTGAA;SOR=1.570;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=114;TCF=80;TCR=34;TR=112;WE=136573297;WS=136573279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	136573440	rs9827648	A	G	10620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.244;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=1.891;SC=AAGGCTATGGAAATTTTATGG;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=238;TCR=151;TR=385;WE=136573448;WS=136573430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,379:1.00:380
chr3	136574501	rs1052618	A	G	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=76;PP=2200;SC=AATTTAAGAAAGCAGGACTAC;SOR=2.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=21;TCR=76;TR=97;WE=136574509;WS=136574491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	136574578	rs3076229	T	TTAA	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=347;SC=TGTTCAGTTATTATGTATACT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=136574586;WS=136574568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	136649463	rs7648817	C	T	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=42;PP=1207;SC=ATTAAATCCACTGTTTTCTTG;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=136649471;WS=136649453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	136699133	rs5852860	CT	C	459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.6618;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=21;NR=0;PP=292;SC=ACATGTGAGGCTTTTTTTTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=21;WE=136699142;WS=136699129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	136701295	rs361239	G	T	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=339;SC=GAATAGTCCTGCAAAGCCAGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=136701303;WS=136701285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	136728886	rs361235	G	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=7;PP=819;SC=AGTTAAAAATGTAATAATATT;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=136728894;WS=136728876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	136739387	rs63332362	CT	C	7260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=63;PP=2967;SC=GATGCCAGGGCTCTCAAACTG;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=105;WE=136739395;WS=136739377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	136739406	rs1385306	C	G	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=125;NR=94;PP=2965;SC=TGCAAACAAACGAGAACAGAT;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=125;TCR=94;TR=219;WE=136739414;WS=136739396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	137743508	rs17204075	A	T	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=52;PP=1491;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TAACTTCTGGATGTCCACAGC;SOR=0.468;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=214;TCF=102;TCR=112;TR=107;WE=137743516;WS=137743492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,117:0.52:226
chr3	137748521	rs41265449	T	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=5.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=275;ReadPosRankSum=0.547;SC=AGGGGCATGGTCAGGGATGGA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=14;WE=137748529;WS=137748511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr3	137748586	rs41265451	G	A	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=31;PP=963;ReadPosRankSum=1.028;SC=TGCAGTGGGTGGAGCCTGGAG;SOR=0.560;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=111;TCR=70;TR=82;WE=137748594;WS=137748576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,89:0.46:194
chr3	137748822	rs58607601	C	CA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.726;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr3	137749839	rs16847742	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1015;ReadPosRankSum=0.264;SC=ATCATGCCTCAGGCCACAGTG;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=78;WE=137749847;WS=137749829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,81:0.42:192
chr3	137750056	rs55923693	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=0.721;SC=AGATCCCATCTAGATTTCTTC;SOR=0.275;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=11;WE=137750064;WS=137750046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr3	137781923	rs329388	A	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-0.526;SC=AAATGGGGACAAATGCAGACT;SOR=2.930;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=9;WE=137781931;WS=137781913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr3	137783700	rs179282	T	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=317;ReadPosRankSum=-1.186;SC=CCAGTGTGGATAGAGGGAATG;SOR=0.269;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=21;WE=137783708;WS=137783690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr3	137786442	rs442800	T	C	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.838;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=781;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CAGTCATCCTTGGGCCGGGGC;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=74;WE=137786450;WS=137786432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,74:0.50:149
chr3	137787047	rs374045	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=259;ReadPosRankSum=0.877;SC=CAGTCCGGGGCGTGGAGCGGG;SOR=0.882;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=20;WE=137787055;WS=137787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr3	137787192	rs446644	T	C	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1083;ReadPosRankSum=0.988;SC=GTGACCAGTGTGCTCTGCTGG;SOR=0.581;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=200;TCF=110;TCR=90;TR=94;WE=137787200;WS=137787182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,99:0.47:209
chr3	137787282	rs419075	T	C	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=631;ReadPosRankSum=-1.887;SC=AGGGAGAAAGTGGCTCCAACA;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=63;WE=137787290;WS=137787272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,65:0.42:156
chr3	137787355	rs446847	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=34;PP=1056;SC=TTCATGACTGTTGCCAAATCA;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=137787363;WS=137787345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	137787935	rs382629	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=325;ReadPosRankSum=1.183;SC=CCACTTATACGTGGATTTTCT;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=28;WE=137787943;WS=137787925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr3	137787963	rs445025	T	G	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=611;ReadPosRankSum=-2.197;SC=CTGCCACCCGTGAGACAGCAA;SOR=0.597;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=45;WE=137787971;WS=137787953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,55:0.50:111
chr3	137788123	rs425938	T	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=0.603;SC=TTCTTTTCTCTAGCTTACTTT;SOR=0.260;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=13;WE=137788131;WS=137788113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
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chr3	137799291	rs384828	A	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=576;ReadPosRankSum=-0.548;SC=ATGTCCTTAGATCCCTCCACT;SOR=1.071;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=41;WE=137799299;WS=137799281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr3	137799365	rs111356792	T	A	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=749;ReadPosRankSum=1.315;SC=GGGCAGCAAATCTGTTTCTGC;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=61;WE=137799373;WS=137799355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,69:0.56:123
chr3	137799498	rs405602	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=1.716;SC=GCACCAGTGCTCTGGACCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=13;WE=137799506;WS=137799488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr3	137800656	rs2622711	A	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=783;ReadPosRankSum=1.646;SC=GAACATTGTGAGAACTCTGCT;SOR=0.568;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=51;WE=137800664;WS=137800646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr3	137807259	rs2724693	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.692;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=579;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TGAAGCTCCCGTGCCTGCCGA;SOR=1.097;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=44;WE=137807267;WS=137807249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr3	137816817	rs7629243	A	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=669;ReadPosRankSum=0.495;SC=AATTTAATTTACTGAGCAAGG;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=8;TCR=59;TR=32;WE=137816825;WS=137816807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr3	137843018	rs1564496	G	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=438;ReadPosRankSum=-1.334;SC=TGCCCACCCCGCCAAGAGACA;SOR=0.778;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=35;WE=137843026;WS=137843008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr3	137843106	rs2170309	T	C	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=46;PP=1834;ReadPosRankSum=1.427;SC=AGTGTTAGCTTTATTTGTTAC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=238;TCF=139;TCR=99;TR=114;WE=137843114;WS=137843096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,120:0.49:247
chr3	137843333	rs113881039	G	A	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1413;ReadPosRankSum=0.766;SC=CTCCACTCTCGATAGGAGATG;SOR=0.681;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=92;WE=137843341;WS=137843323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,101:0.50:202
chr3	137843476	rs2246945	G	T	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=84;PP=2369;ReadPosRankSum=-2.492;SC=GCCCCAAATGGCTGAATTATA;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=176;TCR=174;TR=171;WE=137843484;WS=137843466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,185:0.50:371
chr3	137850003	rs2724691	A	G	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=59;PP=1659;ReadPosRankSum=-0.732;SC=AAGAAGGCAAACAGAAGAGGC;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=275;TCF=135;TCR=140;TR=114;WE=137850011;WS=137849993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,123:0.41:298
chr3	137880695	rs9851548	A	G	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=700;ReadPosRankSum=1.329;SC=TCTCAAAAAAACAAAACAAAC;SOR=0.441;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=35;WE=137880703;WS=137880685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr3	137880743	rs2622736	G	A	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=36;PP=1898;ReadPosRankSum=-2.471;SC=AAGCTGCATCGTCATCATCAT;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=238;TCF=173;TCR=65;TR=121;WE=137880751;WS=137880733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,132:0.53:251
chr3	137881265	rs3732839	T	A	4203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=98;PP=2863;ReadPosRankSum=-1.167;SC=AAAATTCAGTTGTCTGAGGAT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=147;TCR=173;TR=180;WE=137881273;WS=137881243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,190:0.56:342
chr3	137882377	rs2622734	G	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=-0.777;SC=ATATATATTTGTAACAGTCTA;SOR=0.212;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=18;WE=137882385;WS=137882367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr3	137882752	rs2622733	A	G	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=767;ReadPosRankSum=-0.468;SC=AACCACAGGTAATTCTTCATA;SOR=0.236;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=52;WE=137882760;WS=137882742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr3	137907220	.	GT	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=7.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr3	137958438	rs6778511	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-0.573;SC=AGTATTGATACTCATATTTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=137958446;WS=137958428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	137981439	.	TA	T	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr3	137982718	rs939453	T	G	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1397;ReadPosRankSum=-0.421;SC=TTAACCTGTTTCCTTTCTGGT;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=87;TCR=111;TR=97;WE=137982740;WS=137982696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,104:0.49:211
chr3	138020275	rs7637162	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=426;ReadPosRankSum=-0.679;SC=TCAAACTCCTAATCTCAGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=20;WE=138020283;WS=138020265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr3	138020677	rs6801411	C	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=42;PP=1122;SC=AGTCCTGATACGTGTTAGGGA;SOR=6.229;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=43;WE=138020685;WS=138020667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	138025136	rs3856636	T	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=875;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CCCCTTAGAATTCATCTTTCT;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=55;WE=138025144;WS=138025126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,61:0.51:120
chr3	138025396	rs9846480	A	G	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=50;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.430;SC=AAACAATGCAACCTCTACACA;SOR=0.517;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=74;WE=138025404;WS=138025386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,79:0.62:127
chr3	138033181	rs9289556	C	T	4362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=103;PP=2896;ReadPosRankSum=1.398;SC=CACCCATGTCCTCATCTTCAC;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=432;TCF=223;TCR=209;TR=210;WE=138033189;WS=138033171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,215:0.48:450
chr3	138091701	rs1199333	G	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=405;SC=ATGTCTTGCTGCCGCAGGTCT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=138091709;WS=138091691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr3	138121198	rs2279241	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=-1.296;SC=CCATTTCTAACCACAACCCTT;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=5;WE=138121206;WS=138121188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr3	138154114	rs940234	G	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.579;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=83;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CCGCTCCCGGGGCGCAGACCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=8;WE=138154122;WS=138154104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr3	138170788	rs13095961	T	G	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=28;PP=2005;ReadPosRankSum=1.125;SC=AGGGTTGAGGTGCAGCGCGTG;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=142;TCR=53;TR=106;WE=138170796;WS=138170778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,111:0.56:200
chr3	138171042	rs4678418	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=6.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=40;PP=889;ReadPosRankSum=1.777;SC=CCTTGCCTGACGCGGGCAGGG;SOR=1.341;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=6;TCR=64;TR=43;WE=138171050;WS=138171032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr3	138173905	rs56236670	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=472;ReadPosRankSum=1.075;SC=AGGCAAGCAGGTGAGTGCTGC;SOR=0.014;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=27;WE=138173913;WS=138173895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr3	138176533	rs66644444	A	T	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CAGGGGACACAGTGGGAACAG;SOR=0.768;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=79;WE=138176541;WS=138176523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,84:0.47:178
chr3	138179308	rs67037472	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=308;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CACCCTGGCAGAGGGTGCTCT;SOR=0.514;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=20;WE=138179316;WS=138179298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr3	138179328	rs6763380	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.261;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=527;ReadPosRankSum=-1.511;SC=TGCCTGCTTTCCTCCGAACCC;SOR=1.901;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=86;TCF=67;TCR=19;TR=29;WE=138179336;WS=138179318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr3	138187016	rs61732466	G	A	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=90;PP=2409;ReadPosRankSum=0.011;SC=ATTGCTTACTGACCAAGAAGT;SOR=0.928;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=306;TCF=135;TCR=171;TR=157;WE=138187024;WS=138187006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,164:0.51:320
chr3	138187568	rs1679167	C	T	5756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.404;SC=CGGTGAGTGGCGACATGTCCA;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=410;TCF=250;TCR=160;TR=244;WE=138187576;WS=138187558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,256:0.60:425
chr3	138188876	rs112637024	A	G	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=40;PP=1334;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TAACCCTTCAATGATCTCTCC;SOR=0.533;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=190;TCF=121;TCR=69;TR=107;WE=138188884;WS=138188866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,122:0.57:213
chr3	138189031	rs2347469	T	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.934;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=509;ReadPosRankSum=-1.031;SC=TAAGAGGTTTTTAAGCCAGGC;SOR=1.588;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=27;WE=138189039;WS=138189021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr3	138189658	rs3813264	A	G	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=11;PP=993;ReadPosRankSum=1.016;SC=GGGCTCAGATACTAGTAGTGG;SOR=0.850;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=93;TCR=27;TR=55;WE=138189666;WS=138189648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,57:0.46:123
chr3	138191232	rs10935282	G	A	3855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=46;PP=2481;ReadPosRankSum=0.576;SC=ACGAGAGCTGGGGAGCCCATA;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=316;TCF=223;TCR=93;TR=161;WE=138191240;WS=138191222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,171:0.51:335
chr3	138193025	rs71878265	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,22:0.17:131
chr3	138195529	rs1679169	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=686;ReadPosRankSum=0.004;SC=TGAACCCTGGCTGGCCAACTT;SOR=0.535;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=43;WE=138195537;WS=138195519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr3	138213849	rs10593783	ATTTGT	A	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.133;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.216;NF=5;NR=9;PP=556;ReadPosRankSum=0.036;SC=AAATGATTTGATTTGTTTTCA;SOR=0.191;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=14;WE=138213861;WS=138213839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr3	138244400	rs9878436	C	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=382;ReadPosRankSum=-1.064;SC=ATTCATGCTGCGTAGGCCTGT;SOR=1.077;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=39;WE=138244408;WS=138244390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr3	138251302	rs7643973	G	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=265;ReadPosRankSum=1.159;SC=AGAAACTTCTGGTGTGAATAC;SOR=1.049;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=16;WE=138251310;WS=138251292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr3	138251447	rs10549552	CGGTAT	C	1042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=618;ReadPosRankSum=-0.251;SC=TTTCAAAATGCGGTATGGTAT;SOR=0.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=15;WE=138251459;WS=138251437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr3	138256252	rs542010	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=1.391;SC=TATCCTAACAGTATTGTACAC;SOR=0.269;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=14;WE=138256260;WS=138256242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr3	138289163	rs1673608	T	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=705;ReadPosRankSum=-1.857;SC=TCAGTACCTGTAAAGTTTTCT;SOR=0.324;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=82;TCF=70;TCR=12;TR=39;WE=138289171;WS=138289153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr3	138289221	rs1673607	C	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=34;PP=1459;ReadPosRankSum=1.737;SC=GCAAGCCCTACTTAGTGATTC;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=130;TCR=75;TR=95;WE=138289229;WS=138289211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,101:0.47:214
chr3	138329862	rs811322	G	A	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=68;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TGGTATCTCCGGACTCTGCCA;SOR=0.984;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=254;TCF=114;TCR=140;TR=116;WE=138329870;WS=138329852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,126:0.47:267
chr3	138400782	rs145780817	GA	G	1177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=5.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.016;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.125;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
chr3	138417989	rs361080	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=0.148;SC=ACACCACAGCGAACTTTCAGT;SOR=0.105;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=9;WE=138417997;WS=138417979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr3	138433568	rs497900	C	T	4461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=113;PP=2773;ReadPosRankSum=0.595;SC=GAACCTGTAACGAAGCAGACA;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=403;TCF=193;TCR=210;TR=211;WE=138433576;WS=138433558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,218:0.52:418
chr3	138453782	.	TA	T	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.4999;HP=12;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=17;MQ=58.21;NF=0;NR=3;PP=25;QD=10.3333333333;SC=ATCAAGAAATTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=3;WE=138453790;WS=138453772;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr3	138456486	.	AAT	A	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=26;MQ=59.2;NF=5;NR=0;PP=122;QD=25.6;SC=TCAGAAATAAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=5;WE=138456495;WS=138456476;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,5:0.26:19
chr3	138668233	.	C	CGT	159	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=16;MQ=60.49;NF=5;NR=1;PP=159;QD=27.1666666667;SC=TATGCATGTGCGTGTGTGTGT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=6;WE=138668241;WS=138668223;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr3	138724757	rs11924188	C	G	16378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=284;NR=303;PP=2965;SC=GCCCAGCAGACGAGTCGTCCT;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=590;TCF=287;TCR=303;TR=587;WE=138724765;WS=138724747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,603:1.00:603
chr3	138725072	rs185399823	C	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQ=57.07;MQRankSum=-3.752;NF=2;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-1.258;SC=CCCACCAGGGCGCAGGGAAGG;SOR=1.329;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=6;WE=138725080;WS=138725062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr3	138739617	rs1720230	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.49;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	138882086	rs13097893	G	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=27;PP=821;SC=CAGTCTTCCCGGTGAATGGCA;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=138882094;WS=138882076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	139065988	rs1610195	C	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=51;PP=1490;SC=TCCATAGGCACTAGTGAAAGG;SOR=5.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=54;WE=139065996;WS=139065978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	139066902	rs10755092	A	T	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=3;PP=904;SC=CTTCTTTTCTATGCAGGTTTT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=139066910;WS=139066892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	139068008	rs11706615	T	A	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=13;PP=700;SC=TGTTTTGTGATGCTTTAATAT;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=139068016;WS=139067998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	139068277	rs10935321	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.430;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr3	139075644	rs9878548	C	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=49;SC=AATCTGAAAGCCCTTTTTAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=139075652;WS=139075634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	139075938	rs7833	C	T	54.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.150;SC=AAAAAATGGCCAGATTAAAAG;SOR=2.788;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=139075946;WS=139075928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr3	139077527	rs150711068	GA	G	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.907;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,24:0.20:122
chr3	139081416	rs57549985	TTA	T	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.100;NF=0;NR=11;PP=353;ReadPosRankSum=-1.516;SC=TATGTATGTTTTATATATATA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=139081425;WS=139081406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr3	139088481	rs11717119	T	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=1.852;SC=TTTCAGTAATTATGCAAAAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=139088489;WS=139088471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr3	139090736	rs7373116	G	A	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=78;PP=1840;ReadPosRankSum=-0.183;SC=AGAAGTTAAGGAACAATAATT;SOR=0.624;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=56;TCR=137;TR=110;WE=139090744;WS=139090726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,113:0.56:200
chr3	139098357	rs9831108	A	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=0.711;SC=GAAAATAACCACAAAATCTAC;SOR=1.096;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=19;WE=139098365;WS=139098347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr3	139102120	rs7373302	C	A	8314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=180;NR=102;PP=2965;SC=ATTTCTAATACAGTCCTGAAA;SOR=1.327;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=180;TCR=102;TR=282;WE=139102128;WS=139102110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr3	139108250	rs3215032	C	CTG	1937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=4;PP=2037;SC=TGGAATCAAACGACCAAGACC;SOR=3.816;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=40;WE=139108258;WS=139108245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	139195177	rs2233815	C	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=558;ReadPosRankSum=0.360;SC=GAGGGCCAGACCACAGTACTC;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=52;WE=139195185;WS=139195167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,55:0.38:144
chr3	139236683	rs2071388	C	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=42;PP=901;ReadPosRankSum=-1.474;SC=CTCTGCAGCACCCTACAGACA;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=7;TCR=83;TR=46;WE=139236691;WS=139236673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,47:0.53:88
chr3	139246382	rs295493	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=1.612;SC=GACCTTCCCCATGAAGGCTGA;SOR=2.712;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=14;WE=139246390;WS=139246372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr3	139257545	rs34662123	GC	G	911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.971;NF=28;NR=3;PP=894;ReadPosRankSum=-0.461;SC=TCAGGCCCTTGCCCCCTCTCG;SOR=1.237;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=66;TCF=58;TCR=8;TR=31;WE=139257553;WS=139257535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr3	139894697	rs4305391	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=646;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TGGATGAGAGTCTATGATTGG;SOR=0.389;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=30;WE=139894705;WS=139894687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr3	140122341	rs4683494	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=251;ReadPosRankSum=-0.870;SC=CTGCTGGCTCGTGGACCACAC;SOR=0.321;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=14;WE=140122349;WS=140122331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr3	140167536	rs2081803	A	G	2719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=72;PP=1782;ReadPosRankSum=-1.538;SC=AATCCCTTCAAAAGTTATGTG;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=92;TCR=143;TR=118;WE=140167544;WS=140167526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,125:0.51:245
chr3	140178279	rs9836487	G	A	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=20;PP=1257;ReadPosRankSum=0.178;SC=AGTACACTGAGTAGTTCACCT;SOR=0.997;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=149;TCF=107;TCR=42;TR=74;WE=140178287;WS=140178269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,79:0.50:159
chr3	140178485	rs7632885	G	A	4072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=80;PP=2637;ReadPosRankSum=1.850;SC=GGGTGCCAAAGTCCCCGATGG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=329;TCF=174;TCR=155;TR=172;WE=140178493;WS=140178475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,181:0.53:341
chr3	140178638	rs10590825	CCCT	C	2668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.934;NF=2;NR=43;PP=1787;ReadPosRankSum=1.268;SC=GCCCTTCCACCCCTCCTACCC;SOR=0.898;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=5;TCR=105;TR=45;WE=140178648;WS=140178628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,72:0.45:160
chr3	140185294	rs533657	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=1.254;SC=TATCATGTGCGTTATAGAACT;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=3;WE=140185302;WS=140185284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr3	140185367	rs9631463	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=514;ReadPosRankSum=0.561;SC=TCTGTGCTGTGCTAAGTGAGT;SOR=1.191;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=36;WE=140185375;WS=140185357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr3	140281723	rs11714465	C	T	8101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=122;PP=2965;SC=GTCCGGCTTCCCTTGAGGCCC;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=158;TCR=123;TR=280;WE=140281731;WS=140281713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr3	140282084	rs4683509	C	G	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=61;PP=1759;SC=GGACACAGGTCGTCATTGTGA;SOR=2.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=74;WE=140282092;WS=140282074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	140282861	rs10804675	C	T	8557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=155;PP=2965;SC=TTGTGTTTGTCGTGGCCATGG;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=153;TCR=155;TR=308;WE=140282869;WS=140282851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr3	140285115	rs4683510	T	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=113;SC=GTCTGCTGCCTGGCCCACATG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=140285123;WS=140285105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	140401693	rs698673	A	G	10686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=176;PP=2965;SC=TGCCGCAACAAGCGCATCGCT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=169;TCR=176;TR=345;WE=140401701;WS=140401683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr3	140406947	rs28594654	G	A	5919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.969;SC=AATAAACTACGTGCCCTTGGA;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=573;TCF=284;TCR=289;TR=274;WE=140406955;WS=140406937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,285:0.48:594
chr3	140407260	rs9876490	C	A	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1520;ReadPosRankSum=0.238;SC=AGTGCTGGAGCAGACAGCCAG;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=122;TCR=115;TR=109;WE=140407268;WS=140407250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,114:0.45:252
chr3	140419715	rs1540506	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CATGACTCTTCGCTTCTGATT;SOR=0.657;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=222;TCF=137;TCR=85;TR=89;WE=140419723;WS=140419705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,90:0.38:234
chr3	140678384	.	TA	T	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr3	140692486	rs2555707	G	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=1;PP=350;SC=TTTATTATTAGAATGACATAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=140692494;WS=140692476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	140785687	.	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=50;PP=1158;ReadPosRankSum=0.547;SC=GGCTGCCAGGCCCTAGGGAAG;SOR=0.820;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=38;TCR=103;TR=67;WE=140785695;WS=140785677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,71:0.47:150
chr3	140979184	rs1511378	T	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=450;SC=TATAAATGAATGATGAGGCTG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=140979192;WS=140979174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	140998214	rs13087169	G	A	6664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TGCTTCTCTCGCGCAGGTCAT;SOR=0.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=152;TCR=76;TR=227;WE=140998222;WS=140998204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr3	141248515	rs79308158	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=1.027;SC=TATACGAAGCATGTTTTCTTA;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=15;WE=141248523;WS=141248505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr3	141535558	rs36009541	A	G	4867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=37;PP=2965;SC=CTTCACAGAGAAAAGTCTGAT;SOR=2.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=122;TCR=37;TR=158;WE=141535566;WS=141535548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	141535608	rs33928105	C	A	8338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=183;NR=115;PP=2965;SC=GATCAACTTTCCTCGCCTGGA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=183;TCR=116;TR=298;WE=141535616;WS=141535598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr3	141595883	rs7616510	G	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=-1.501;SC=CCTAACCCGGGCGGCGGCGGC;SOR=1.143;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=17;WE=141595891;WS=141595873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr3	141625999	rs7622417	G	C	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=25;PP=1351;SC=TCCCTTTTATGTCTTTATAGG;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=141626007;WS=141625989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	141626189	rs3838612	C	CGGTA	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=563;ReadPosRankSum=0.735;SC=GGGCCGGGCACGGTAGCTCAC;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=141626197;WS=141626179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr3	141641015	rs3765155	C	G	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=52;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TTAATTTGTGCGTCATCTATT;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=74;TCR=128;TR=83;WE=141641023;WS=141641005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,85:0.41:208
chr3	141644274	rs1131029	G	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=635;SC=CTGGGCAACAGTCTCAAAAAG;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=141644282;WS=141644264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	141709083	rs6440055	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=350;ReadPosRankSum=0.019;SC=CTTAGCAGTGAGCATGAGGGA;SOR=0.612;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=23;WE=141709091;WS=141709073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr3	141812759	rs9877817	G	A	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=54;PP=2180;SC=ATATAGCACAGGATTTGGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=115;WE=141812767;WS=141812749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	141904474	rs6785098	C	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=290;SC=AACTAAATACCACTCAGAATT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=141904482;WS=141904464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	141904977	rs6440065	G	A	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=61;PP=2965;SC=TTTTCCCCACGAAACAAAATG;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=114;TCR=61;TR=175;WE=141904985;WS=141904967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	141905253	rs9837628	C	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.53;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	141905259	rs9857725	T	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	141905261	rs9857726	T	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	141917810	rs74836705	T	C	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=85;PP=2515;SC=GGAAAATGCATTTAGTAGTGT;SOR=2.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=29;TCR=85;TR=114;WE=141917818;WS=141917800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	141923506	rs9830411	C	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=24.43;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	141932356	rs6440072	G	A	11805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=211;PP=2965;SC=GCTTATCACAGAATGTACTTA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=426;TCF=215;TCR=211;TR=426;WE=141932364;WS=141932346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr3	141932531	rs11926898	T	C	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=33;PP=962;SC=AAATCCAATATAATCTTTAAG;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=141932539;WS=141932521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	142051147	rs4608715	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=0.519;SC=TAAAAGTACATGATTAAAAAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=142051155;WS=142051137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr3	142076059	rs3816805	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=1.203;SC=CATCATCAGCATTAGTAAATA;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=6;WE=142076067;WS=142076049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	142083776	rs3214978	T	TTA	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=1.872;SC=ATAAAAAGATTGTTTGTTCCT;SOR=0.148;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=142083784;WS=142083766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr3	142094816	rs113527448	G	GCA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.819;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr3	142122451	rs2306699	T	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CTGGTAAACATCCCAGCAGCT;SOR=0.712;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=12;WE=142122459;WS=142122441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr3	142151500	rs116335653	T	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=831;ReadPosRankSum=2.303;SC=ATAAATGTTTTACCTAAAACG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=58;WE=142151508;WS=142151490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,65:0.43:150
chr3	142168331	rs1802904	C	T	13134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=264;NR=193;PP=2965;SC=CAGTAGCTTCCTGTATAAGGT;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=460;TCF=264;TCR=196;TR=457;WE=142168339;WS=142168321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr3	142215121	.	TA	AT	159	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MMLQ=24;MQ=57.57;NF=1;NR=1;PP=159;QD=106.233937431;SC=AATTCCCGACTATATATATAT;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=2;WE=142215130;WS=142215111;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,2:0.33:6
chr3	142215178	rs7620648	A	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=452;SC=ATATATATATATGATGACATT;SOR=1.179;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=25;WE=142215186;WS=142215168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	142222074	rs11916455	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=408;SC=AATGTTGGTGCTTATCTCCAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=142222082;WS=142222064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	142222284	rs2227931	A	G	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=56;PP=1695;SC=CTACACCATGATAATGAATGA;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=142222292;WS=142222274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	142241692	.	GA	G	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.765;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,14:0.17:84
chr3	142259706	rs201551475	CA	C	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.667;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr3	142272275	rs142950892	A	AAC	1038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.345;NF=2;NR=40;PP=1243;ReadPosRankSum=0.179;SC=TGAATACACAAACACACACAC;SOR=0.674;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=6;TCR=114;TR=42;WE=142272284;WS=142272265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr3	142272314	rs9869842	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=625;ReadPosRankSum=-0.404;SC=ACACACATATGTATCTCCAAT;SOR=0.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=12;TCR=64;TR=32;WE=142272322;WS=142272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr3	142277365	rs199661872	AAAAT	A	980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.996;NF=18;NR=0;PP=578;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CTCCGTCTCAAAAATAAATAA;SOR=1.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=58;TCR=2;TR=18;WE=142277376;WS=142277355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr3	142277536	rs2227929	A	G	13798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=355;NR=340;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TTAAACAGCCATCATCAGAAT;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1498;TCF=769;TCR=729;TR=695;WE=142277544;WS=142277526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:846,712:0.46:1558
chr3	142277575	rs2227930	A	T	11597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=241;NR=318;PP=2962;ReadPosRankSum=1.411;SC=GTGAGAGCATACCACATAAAT;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1297;TCF=576;TCR=721;TR=559;WE=142277583;WS=142277565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:779,579:0.43:1358
chr3	142280321	rs114801305	T	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=586;ReadPosRankSum=-1.444;SC=TTTATATTATTCATAGGCAGC;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=25;WE=142280329;WS=142280311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr3	142281612	rs2227928	A	G	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=31;PP=1400;ReadPosRankSum=-0.554;SC=AGTAAGAACCATTAATAAAGT;SOR=0.956;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=212;TCF=135;TCR=77;TR=90;WE=142281620;WS=142281602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,93:0.42:224
chr3	142383290	rs13075015	G	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr3	142388513	rs3836386	AATGATG	AATG,A	507.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=0,0;NR=13,13;PP=44,561;SC=ACTGCTTTAAAATGATGATGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=13,13;WE=142388526;WS=142388503;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr3	142408606	rs6793735	G	A	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=31;PP=1150;SC=ACACATACCCGTGCCTGCACA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=62;WE=142408614;WS=142408596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	142413407	rs6789958	C	T	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=86;PP=2965;SC=TTTTATTGTGCTTCAGCTTTA;SOR=1.158;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=63;TCR=86;TR=149;WE=142413415;WS=142413397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	142417070	.	G	A	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=31;QD=32.8856062736;SC=TAATAAATTTGAAGATGAAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=142417078;WS=142417060;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr3	142521224	rs11382953	C	CT	253.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=205;ReadPosRankSum=1.485;SC=ATATATTTGTCTTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=16;WE=142521232;WS=142521208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr3	142567327	rs893883	G	A	6550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=147;PP=2965;SC=GCCAAGAAAAGCGCCAATTAG;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=90;TCR=147;TR=237;WE=142567335;WS=142567317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	142607487	rs1457684	C	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=178;ReadPosRankSum=0.144;SC=CCCGAAGTCCCGGGCTTAGCC;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=12;WE=142607495;WS=142607477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	142607767	rs35783198	C	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=1118;ReadPosRankSum=0.012;SC=GGTTTGCACCCCACGGCGCGC;SOR=0.946;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=63;WE=142607775;WS=142607757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,63:0.62:102
chr3	142669479	rs4683440	A	G	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=61;PP=1722;ReadPosRankSum=0.558;SC=CTATGGGGTAACTCAGAGAAT;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=125;TCR=129;TR=123;WE=142669487;WS=142669469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,130:0.49:266
chr3	142670467	rs2270767	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=586;ReadPosRankSum=0.599;SC=AGAAGAATTACAGGAGTGGAC;SOR=1.071;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=31;WE=142670475;WS=142670457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr3	142670616	rs2270768	A	G	4048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=80;PP=2576;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CTTTGAGAAAATTGATGTCAG;SOR=0.440;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=335;TCF=190;TCR=145;TR=173;WE=142670624;WS=142670606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,185:0.53:352
chr3	142720348	rs766360	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr3	142729433	rs2173599	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=CACTAGTGTTTATTATATTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=142729441;WS=142729423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	142730774	rs2124541	T	G	6083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.970;SC=TGAATCAGACTTGGGGATTTT;SOR=0.786;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=462;TCF=232;TCR=230;TR=252;WE=142730782;WS=142730764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,288:0.57:509
chr3	142752293	rs1449869	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.732;SC=AGAATAAGAAGTACAGTCAGC;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=142752301;WS=142752283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	142756907	rs11929440	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=114;ReadPosRankSum=-0.632;SC=ACTTCGGGTCATCCACTAGTA;SOR=0.418;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=142756915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr3	142773738	rs10935479	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=526;ReadPosRankSum=-1.061;SC=AATGAATACCCGATCCTTTGC;SOR=0.704;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=38;WE=142773746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr3	142985100	rs1046706	G	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=171;ReadPosRankSum=-0.929;SC=TAAATAGCTGGGCATTCCCTT;SOR=0.066;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=12;WE=142985108;WS=142985090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr3	142987912	rs2289492	C	T	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1234;ReadPosRankSum=0.039;SC=GAGACAGCTACGTTTGCCTTT;SOR=0.540;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=205;TCF=84;TCR=121;TR=87;WE=142987920;WS=142987902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,93:0.43:217
chr3	143214114	rs838598	T	C	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=788;ReadPosRankSum=1.614;SC=ACAGAATAATTCGTAAAAGTA;SOR=1.050;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=71;TCR=18;TR=43;WE=143214122;WS=143214104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr3	143412268	rs12488981	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=725;ReadPosRankSum=0.297;SC=ATTGCCACCATCCTGCCAAAT;SOR=0.264;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=118;TCF=34;TCR=84;TR=48;WE=143412276;WS=143412258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,48:0.41:118
chr3	143530497	rs72993346	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr3	143567207	rs11714060	A	G	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=170;PP=2965;SC=ACCTGGATAAAGGCTATTTTA;SOR=1.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=73;TCR=170;TR=243;WE=143567215;WS=143567197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	143692018	rs2279856	C	G	8160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=107;PP=2965;SC=AGGGCGACCCCGCTGATGGAG;SOR=1.413;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=195;TCR=107;TR=302;WE=143692026;WS=143692008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
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chr3	145788803	rs2305274	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=281;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TTTTGAAAAATCTAAAAACAC;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=15;WE=145788811;WS=145788793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr3	145790519	rs3762694	T	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=637;ReadPosRankSum=0.247;SC=AAAATAGTTATTTTAATATGT;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=36;WE=145790527;WS=145790509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr3	145790948	rs7639592	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CAGTAATTGAATCAAATAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=145790956;WS=145790938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	145794776	.	CTTTA	C	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=61.53;NF=0;NR=2;PP=28;QD=27.0;SC=TAATTTCTATCTTTATATTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=145794787;WS=145794766;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr3	145795559	rs9874388	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CTAAATGCAAATAAGGCCCTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=145795567;WS=145795549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	145803138	rs1375583	T	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr3	145803142	rs1375582	T	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=1.269;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr3	145804524	rs3804668	C	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=0.966;SC=TTTTTCTTAACGTTTCCTTAG;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=145804532;WS=145804514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr3	145804771	rs143907086	T	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=1.386;SC=TAGAGAGTGCTTCACATTCAA;SOR=2.429;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=16;WE=145804779;WS=145804761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr3	145809750	rs3792341	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GGTTTCATTCTATAATCATCT;SOR=0.409;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=26;WE=145809758;WS=145809740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr3	145820684	rs3762691	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=507;ReadPosRankSum=0.663;SC=TAAAATACGTGTGTGTGTGTC;SOR=0.850;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=35;WE=145820692;WS=145820674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr3	145824478	rs9289716	A	G	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=48;PP=1190;ReadPosRankSum=1.220;SC=TTCAAAGACCAAAACTGGTGT;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=38;TCR=90;TR=68;WE=145824486;WS=145824468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,71:0.53:135
chr3	145824504	rs7614409	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=751;ReadPosRankSum=0.042;SC=TAATTTCACTGACCAGTTGAA;SOR=0.248;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=43;WE=145824512;WS=145824494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr3	145828256	rs3842573	G	GT	1652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.972;NF=1;NR=35;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.291;SC=AGGAAAAAATGTGTTTTAAAA;SOR=0.382;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=2;TCR=76;TR=36;WE=145828264;WS=145828246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr3	145838895	rs4681297	C	T	5893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GGTGTTTCTCCTACCATTCAG;SOR=0.539;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=458;TCF=306;TCR=152;TR=251;WE=145838903;WS=145838885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,257:0.54:474
chr3	145841294	rs10663012	A	AAAAC	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=0.711;SC=CCTCTAAATGAAAACAAACAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=6;WE=145841302;WS=145841284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr3	145841841	.	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TTCCTTGTGAGGATTACAGAT;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=30;WE=145841862;WS=145841831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr3	145841854	rs6802384	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=774;ReadPosRankSum=0.641;SC=TTACAGATTGTACTGCTGTTA;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=26;WE=145841862;WS=145841831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr3	145913061	rs34467190	G	T	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=84;PP=1740;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TGCCATCAAGGGATTTGACCT;SOR=0.938;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=386;TCF=183;TCR=203;TR=149;WE=145913069;WS=145913051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,155:0.39:399
chr3	145917761	rs1061409	T	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=50;PP=970;ReadPosRankSum=0.101;SC=TCGGTTACAATGTAAACCATC;SOR=0.350;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=135;TCF=50;TCR=85;TR=84;WE=145917771;WS=145917751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,88:0.59:149
chr3	145924591	rs35080966	A	AT	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.056;NF=0;NR=13;PP=411;ReadPosRankSum=0.998;SC=TATTAACACTAAAGTTAGCAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=13;WE=145924599;WS=145924581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr3	145924632	rs3762688	C	T	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=177;SC=ATAGATCACACGACATCCACT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=145924640;WS=145924622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	145938528	rs3762686	C	A	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=898;ReadPosRankSum=1.182;SC=TTAATTTGTTCGCTTAAAAAG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=40;WE=145938536;WS=145938518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr3	145938619	rs3762685	T	C	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1347;ReadPosRankSum=-0.565;SC=AAAATGAGAATTGTATTCAGG;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=199;TCF=118;TCR=81;TR=96;WE=145938627;WS=145938609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,100:0.48:207
chr3	145938782	rs9850144	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=512;ReadPosRankSum=-1.097;SC=TATTCTTTTTCCTTTCTTATG;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=30;WE=145938790;WS=145938772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr3	145939691	rs3804648	C	T	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=3;PP=89;SC=ACATAAATAACAAATATATAC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=145939699;WS=145939681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	145939755	rs3840204	C	CA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.563;HP=12;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=0.409;SC=AAATGTTAAACAAAAAAAAAT;SOR=2.147;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=5;WE=145939763;WS=145939745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr3	145939776	rs3804647	T	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.082;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=-1.893;SC=CGAAATAAAGTCCCCCTTTAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=7;WE=145939784;WS=145939766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr3	145939916	rs116127418	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr3	145940051	rs9821768	A	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=-0.712;SC=ACGAGGCACTAATACAGATGT;SOR=1.981;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=145940059;WS=145940041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr3	146113576	rs11340803	CT	C	2242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=18;PP=1313;SC=AGCATCAATGCTTTAATTTTA;SOR=1.214;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=33;WE=146113584;WS=146113566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	146159764	rs4355250	T	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=161;SC=CAGGTATAAGTTCTCTACCTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=146159772;WS=146159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	146167163	.	CA	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.684;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.632;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	146176075	rs12494007	C	T	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=24;PP=1209;SC=GACAGACATTCGTAAATAGTC;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=146176083;WS=146176065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	146177815	rs6806535	C	T	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=93;PP=2965;SC=GGTGGTCAGCCTGTTTCCCAG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=193;WE=146177823;WS=146177805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	146246288	rs2738909	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=340;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CTGTTAGCAGAAAATACAGTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=19;WE=146246296;WS=146246278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr3	146251430	rs2738905	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr3	146251433	rs2587024	T	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr3	146254478	rs79005445	C	G	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=67;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TTCATCCAGCCCAGCCTTATC;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=257;TCF=107;TCR=150;TR=116;WE=146254486;WS=146254468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,117:0.44:263
chr3	146303750	rs342902	G	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=9;PP=571;SC=ATGAAAAAGAGTTAGATAGCG;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=146303758;WS=146303740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	146307371	rs343288	G	A	6965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=64;PP=2965;SC=AAATGGGATAGGCTATATTGT;SOR=2.053;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=165;TCR=64;TR=229;WE=146307379;WS=146307361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	146307635	rs343289	C	A	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=60;PP=1747;SC=TTAAATTTGACAGTGAAAAAA;SOR=5.518;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=63;WE=146307643;WS=146307625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	147111694	rs16859414	C	T	5031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.255;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.793;SC=CCTTTCGGTGCGGACAGTCGC;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=331;TCF=180;TCR=151;TR=224;WE=147111702;WS=147111684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,225:0.67:336
chr3	147111779	rs62273364	T	C	4681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=112;PP=2767;ReadPosRankSum=-2.713;SC=TTGCCGCTTCTGCTACTCGAG;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=311;TCF=142;TCR=169;TR=205;WE=147111787;WS=147111769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,213:0.66:324
chr3	147111904	rs142235268	CCT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr3	147121751	rs6766244	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.070;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=21;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GTAGACTCACCTTTTCCCAGA;SOR=1.000;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=224;TCF=148;TCR=76;TR=76;WE=147121759;WS=147121741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,82:0.35:234
chr3	148459988	rs5186	A	C	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=87;PP=1894;ReadPosRankSum=0.897;SC=CCAAATGAGCATTAGCTACTT;SOR=0.821;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=412;TCF=140;TCR=272;TR=128;WE=148459996;WS=148459978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,130:0.31:418
chr3	148558447	rs2291671	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=655;ReadPosRankSum=1.663;SC=TATGTTCATAGGAACACCCAC;SOR=0.692;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=142;TCF=120;TCR=22;TR=42;WE=148558455;WS=148558437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,43:0.29:148
chr3	148562310	rs1059502	G	A	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,150:0.28:540
chr3	148562397	rs13318851	G	C	6829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FS=2.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:547,204:0.27:751
chr3	148562399	rs13318853	G	A	6827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:545,205:0.27:750
chr3	148562425	rs9835098	C	G	12898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=284;NR=249;PP=2962;ReadPosRankSum=2.252;SC=ACCAACGCCTCTCTATTATAT;SOR=0.599;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=752;TCF=405;TCR=347;TR=533;WE=148562433;WS=148562415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,541:0.71:765
chr3	148562620	rs9873003	A	G	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.317;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=102;PP=2362;ReadPosRankSum=0.488;SC=ATATGAAAACACAACAGTATC;SOR=0.954;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=205;TCF=46;TCR=159;TR=132;WE=148562628;WS=148562610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,135:0.69:196
chr3	148577730	rs148833513	G	A	3678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=71;PP=2284;ReadPosRankSum=0.535;SC=GGCTACCTGCGAGGAGACCTT;SOR=0.741;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=279;TCF=146;TCR=133;TR=158;WE=148577738;WS=148577720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,169:0.56:301
chr3	148597482	rs1032465	T	G	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=2;PP=1664;SC=ACAGGGGAAATAATTGCTTTG;SOR=5.960;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=58;TCR=2;TR=60;WE=148597490;WS=148597472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	148597612	rs12489516	C	T	14587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=300;NR=212;PP=2965;SC=GCTATTTTTACGGATTGTGGC;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=512;TCF=300;TCR=212;TR=512;WE=148597620;WS=148597602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr3	148599441	rs35793858	T	C	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=60;PP=1579;ReadPosRankSum=3.216;SC=TACTCTCTTGTTTGCATTTAG;SOR=0.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=97;TCF=18;TCR=79;TR=75;WE=148599449;WS=148599431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,78:0.77:101
chr3	148603859	rs41267865	C	A	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,108:0.28:380
chr3	148714841	rs151126996	TTG	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr3	148756825	rs6764352	G	A	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=50;PP=2965;SC=AAAATTTACAGAACTACTTAC;SOR=1.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=118;TCR=50;TR=168;WE=148756833;WS=148756815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	148780649	rs73866943	A	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=535;ReadPosRankSum=1.001;SC=ACAAAATAGAAAAAAAGTAGT;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=24;WE=148780657;WS=148780639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr3	148793854	rs41267871	G	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=651;ReadPosRankSum=0.797;SC=ATGATAAACAGATAATATTAC;SOR=1.070;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=35;WE=148793862;WS=148793844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr3	148858987	rs111598115	C	CTTT	1129.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=28.95;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,36:0.92:39
chr3	148863098	rs74408295	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=0;PP=940;ReadPosRankSum=0.345;SC=CCCCTTTATTTACTGGTTTCA;SOR=3.306;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=64;TCR=0;TR=41;WE=148863106;WS=148863090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr3	148868292	rs150286093	GC	G	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.634;NF=8;NR=1;PP=222;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TGTCACCCCTGCCCATTGCCC;SOR=0.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=9;WE=148868300;WS=148868283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr3	148868361	rs2689232	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.09;MQRankSum=1.605;NF=26;NR=7;PP=425;ReadPosRankSum=0.110;SC=TCACTTTGCTCAGCAGCCTGT;SOR=0.829;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=112;TCF=84;TCR=28;TR=33;WE=148868369;WS=148868351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,33:0.28:116
chr3	148871532	rs78083599	A	G	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=46;PP=984;ReadPosRankSum=-0.774;SC=ATAACTTGGAATGATCAAATG;SOR=0.306;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=108;TCF=26;TCR=82;TR=64;WE=148871540;WS=148871522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr3	148872987	rs6440589	G	A	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=110;PP=2965;SC=CACCAGTGCAGCTGTACAAAG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=214;WE=148872995;WS=148872977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	148879878	rs61615092	A	G	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=5;PP=1224;SC=GTATTTCTAAAATGGACAATC;SOR=3.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=48;WE=148879886;WS=148879868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	148881673	rs3732557	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.995;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,30:0.23:131
chr3	148885077	rs2681092	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=440;ReadPosRankSum=0.621;SC=ATAATCAGATCTGATAACCTC;SOR=0.428;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=81;TCF=15;TCR=66;TR=30;WE=148885085;WS=148885067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr3	148885779	rs11426099	A	AT	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.472;NF=2;NR=12;PP=130;ReadPosRankSum=0.548;SC=AGGTAAAATGATTTTTTTTTT;SOR=0.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=14;WE=148885787;WS=148885769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr3	148885851	rs2681096	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=410;SC=GTATTTTCATGTGATTCTCAA;SOR=4.407;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=148885859;WS=148885841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	148890105	.	T	TCTCACACA	590	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=19;MQ=63.03;NF=0;NR=18;PP=590;QD=32.9444444444;SC=ATTTTATATATCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=18;WE=148890113;WS=148890095;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr3	148890107	rs113951847	A	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.86;MQRankSum=3.229;QD=12.32;ReadPosRankSum=-2.225;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	148895531	rs17787768	G	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=7;PP=801;ReadPosRankSum=-2.046;SC=ACTCTTTGCAGCTTTTTTTCA;SOR=0.625;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=62;TCR=12;TR=46;WE=148895539;WS=148895521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr3	148896430	rs16861582	A	G	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,146:0.29:498
chr3	148897498	.	TAC	T	97	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=15;MQ=59.88;NF=1;NR=9;PP=97;QD=10.0;SC=GTTTATATTGTACACACACAC;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=10;WE=148897507;WS=148897488;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr3	148901407	rs34861155	C	A	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.50;QD=21.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	148901540	rs36103494	C	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=49;SC=AGTAGGAATGCATAATAAGAC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=148901548;WS=148901530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	148904434	rs1053709	T	G	4238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=111;PP=2953;ReadPosRankSum=1.026;SC=CGGCCTCATTTCCGGCGCTGA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=261;TCF=96;TCR=165;TR=170;WE=148904442;WS=148904424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,178:0.66:271
chr3	148916235	rs701753	T	A	9742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;NR=184;PP=2965;SC=CTTTAGTGGGTTCCACAGCAG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=384;TCF=200;TCR=184;TR=383;WE=148916243;WS=148916225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr3	149087404	rs8479	T	C	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=105;SC=AGTCTGTAAATTACCCCCAGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=149087412;WS=149087394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	149087714	rs6776940	T	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=407;SC=GGATAAATAATGATGACATTT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=149087722;WS=149087704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	149093238	rs4771	A	G	7500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=92;PP=2965;SC=ACTGGCCCTCAGTGCTGGCAA;SOR=1.438;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=272;TCF=180;TCR=92;TR=271;WE=149093246;WS=149093228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
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chr3	149192851	rs143312618	G	GC	13752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.849;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.765;NF=22;NR=207;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.814;SC=GAGTAGGGAAGCTTAAAATCC;SOR=0.499;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=365;TCF=31;TCR=334;TR=229;WE=149192859;WS=149192841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,425:0.70:611
chr3	149205582	rs62272021	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.897;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=546;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TCACCACAAGGGGCATGGGCA;SOR=0.099;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=109;TCF=10;TCR=99;TR=35;WE=149205590;WS=149205572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr3	149243694	rs9854499	G	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=692;ReadPosRankSum=1.823;SC=TAAAATAAAAGTTGAAATTAT;SOR=0.738;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=41;WE=149243702;WS=149243684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr3	149258970	rs5853413	CA	C	1142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=33;PP=1166;SC=CTTTTCTCCCCAAAAATGTAG;SOR=3.202;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=34;WE=149258978;WS=149258960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	149293847	rs114665175	G	A	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=60;PP=1424;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TGGAGTACAAGAGGGAGCCTT;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=363;TCF=185;TCR=178;TR=124;WE=149293855;WS=149293837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,135:0.36:378
chr3	149459341	rs7633238	A	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.856;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.05;MQRankSum=-0.680;NF=43;NR=22;PP=897;ReadPosRankSum=0.220;SC=TCCTACAGTGATTTGTCTTCA;SOR=0.448;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=193;TCF=137;TCR=56;TR=65;WE=149459349;WS=149459331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,64:0.32:198
chr3	149498132	rs77152758	C	A	6637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TCAGAGTTACCAGTGTTCTCA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=454;TCF=249;TCR=205;TR=278;WE=149498140;WS=149498122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,288:0.62:466
chr3	149510262	rs4681554	A	G	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=56;PP=1619;SC=AGCCAGAGGCAGCTGTCACTG;SOR=3.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=64;WE=149510270;WS=149510252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	149564075	rs6440641	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=-1.740;SC=CTTGACATTGAGGTACCTTAT;SOR=2.115;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=21;WE=149564083;WS=149564065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr3	149678534	rs6768054	C	T	9272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.92;MQRankSum=0.732;NF=238;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.116;SC=CAGCTTATCACTGCAAGTGTG;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=603;TCF=380;TCR=223;TR=374;WE=149678542;WS=149678524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,399:0.62:639
chr3	149679148	rs61689176	T	TA	1466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=4.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-0.922;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,87:0.48:181
chr3	149686367	rs61268501	AC	A	1046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.373;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,54:0.89:61
chr3	149700519	rs7630407	T	C	13862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.129;NF=282;NR=299;PP=2962;ReadPosRankSum=0.489;SC=AGCTTCTCCATTGACTCTGGT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=874;TCF=425;TCR=449;TR=581;WE=149700527;WS=149700509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,598:0.67:894
chr3	149701113	rs34404328	CG	C	1317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.148;NF=0;NR=34;PP=1193;ReadPosRankSum=-1.761;SC=GCCAGAGAGCCGGCCCCGGTA;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=34;WE=149701121;WS=149701103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr3	150128392	rs879634	G	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=60;PP=1294;ReadPosRankSum=0.066;SC=CGGCCAGAATGCTTCCTCGGT;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=263;TCF=96;TCR=167;TR=93;WE=150128400;WS=150128382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,96:0.35:272
chr3	150129171	rs3840253	A	AT	4430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=109;PP=2969;SC=ACTTTGGGAGATTGTTGTCAA;SOR=4.424;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=1;TCR=120;TR=110;WE=150129179;WS=150129161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	150155875	rs141976953	T	TA	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=61.46;MQRankSum=1.718;NF=12;NR=0;PP=306;ReadPosRankSum=-1.568;SC=TTTCATTTTTTAAAGTACAAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=12;WE=150155883;WS=150155865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr3	150262318	rs1533816	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=716;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TTAAAATAAGCTTTGAATAAA;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=68;TCR=109;TR=59;WE=150262326;WS=150262308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,63:0.34:183
chr3	150263951	.	A	ACC	6560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DP=996;ExcessHet=3.0103;FS=2.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.547;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.166;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:705,225:0.24:930
chr3	150264003	rs1130834	G	C	6807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-6.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.669;NF=70;NR=227;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.685;SC=TGCGAGGCTCGGCTCGTGGTG;SOR=0.518;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=401;TCF=89;TCR=312;TR=297;WE=150264011;WS=150263993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,303:0.74:411
chr3	150270077	rs12330655	C	G	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=881;ReadPosRankSum=0.781;SC=TTTTAAAAAACACATTTGTGT;SOR=0.385;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=43;WE=150270085;WS=150270067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr3	150276391	rs6776252	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=-1.131;SC=CTCTCGTTACACAAAATACCT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=15;WE=150276399;WS=150276381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr3	150280253	rs4343650	A	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=8;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.247;SC=ATTTGAAAAGAGGTATGAATG;SOR=0.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=85;TCR=11;TR=67;WE=150280261;WS=150280243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,63:0.72:88
chr3	150280445	rs1132979	C	G	8693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.667;NF=152;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=0.606;SC=CAGCCTTACACTAGTAAGTAT;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=526;TCF=218;TCR=308;TR=365;WE=150280453;WS=150280435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,378:0.69:544
chr3	150280506	rs5853483	GA	G	4198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.636;NF=5;NR=98;PP=2976;ReadPosRankSum=-1.529;SC=TAGTGGGGGGGAAAAAGTTAT;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=8;TCR=160;TR=103;WE=150280514;WS=150280496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,162:0.73:222
chr3	150332199	rs1568586	T	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.62;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr3	150384807	rs6440691	T	G	9410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=211;PP=2965;SC=TATACCCTGGTCAGGAAGGAA;SOR=1.462;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=331;TCF=118;TCR=213;TR=329;WE=150384815;WS=150384797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
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chr3	150404142	rs143235660	C	T	8303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=215;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GCTTTCTTCCCTGTGAAAACA;SOR=0.584;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=511;TCF=198;TCR=313;TR=357;WE=150404150;WS=150404132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,362:0.70:519
chr3	150420588	rs10663389	G	GTTAAA	10473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=45.15;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
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chr3	150420607	rs201626113	TG	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.421;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,25:0.16:155
chr3	150420608	rs9879627	G	T,GT	1277.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.556;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:31,66,41:0.48,0.30:138
chr3	150420676	rs10663390	A	AGTGT	1645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.39;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr3	150420706	rs370919227	TGA	T	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=2.295;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,7:0.14:50
chr3	150420781	rs71676608	CAG	C,CAGAGAG	1521.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.64;MQRankSum=0.000;QD=30.43;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,38,11:0.76,0.22:50
chr3	150421419	rs17281287	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,95:0.26:370
chr3	150603248	rs57919280	G	GAAAAGC	23139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=934;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=4.267;NF=71;NR=205;PP=2977;ReadPosRankSum=0.618;SC=GAAAAGAAAAGCATGTTGGTC;SOR=0.743;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=496;TCF=112;TCR=384;TR=276;WE=150603256;WS=150603238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,592:0.65:905
chr3	150690439	rs3796242	T	A	8723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CGAGGGCACATGCAAAACTGA;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=572;TCF=213;TCR=359;TR=353;WE=150690448;WS=150690421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,360:0.63:575
chr3	150690566	rs3796240	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=463;ReadPosRankSum=-0.769;SC=AGGGACTGCCTCTTTGACTGC;SOR=0.105;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=31;WE=150690574;WS=150690556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr3	150804908	rs7653870	T	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=392;ReadPosRankSum=-0.561;SC=GGCGCTGCGGTGGAAGAGGTC;SOR=0.914;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=25;WE=150804916;WS=150804898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr3	150834015	rs4680158	G	A	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=7;PP=2221;SC=CCTTTCAAGAGTTCTCCTCTA;SOR=4.615;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=79;TCR=7;TR=86;WE=150834023;WS=150834005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	150845574	rs1897296	C	T	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=489;ReadPosRankSum=0.522;SC=GAACACAGTACGTGATTATTA;SOR=0.846;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=125;TCF=93;TCR=32;TR=37;WE=150845582;WS=150845564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,38:0.30:126
chr3	150845795	rs7427471	C	G	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=55;PP=1055;ReadPosRankSum=1.525;SC=TACAATACACCTTACATTTCA;SOR=0.379;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=251;TCF=73;TCR=178;TR=84;WE=150845803;WS=150845785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,88:0.34:261
chr3	150883600	rs2567322	C	T	5416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=1.055;SC=TATTTTTGGCCTCATTAACCA;SOR=1.108;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=354;TCF=242;TCR=112;TR=220;WE=150883608;WS=150883590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,226:0.61:368
chr3	150910640	rs1231520	G	C	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=68;PP=1599;SC=TCTGTAAATTGGAACACTCCT;SOR=8.526;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=0;TCR=68;TR=68;WE=150910648;WS=150910630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	151011944	rs12492699	A	C	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=33;PP=2261;ReadPosRankSum=-1.312;SC=GATTCCAACAAACAATAAAAG;SOR=1.252;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=194;TCF=135;TCR=59;TR=124;WE=151011952;WS=151011934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,129:0.64:200
chr3	151011969	rs1048408	G	A	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=58;PP=2431;ReadPosRankSum=0.719;SC=ACACATCAGTGTAATCATAAT;SOR=1.099;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=249;TCF=150;TCR=99;TR=157;WE=151011977;WS=151011959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,164:0.63:259
chr3	151012497	rs2242353	T	C	17062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1032;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=377;NR=300;PP=2962;ReadPosRankSum=0.546;SC=GACCATTTGTTAGGATGATGT;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=991;TCF=553;TCR=438;TR=677;WE=151012505;WS=151012487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,698:0.68:1027
chr3	151045661	rs1491980	G	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=0;PP=781;ReadPosRankSum=1.001;SC=TTCTGTACACGAGGATAATAA;SOR=2.356;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=31;WE=151045669;WS=151045658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr3	151046308	rs1466684	G	A	5542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GCTCAAGATCGTATTTGGCAG;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=177;TCR=167;TR=223;WE=151046316;WS=151046298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,236:0.66:360
chr3	151056598	rs6809699	A	C	5066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.381;SC=GACTGGTGTTACCAGGCGCAG;SOR=0.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=114;TCR=197;TR=209;WE=151056606;WS=151056588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,213:0.66:322
chr3	151067730	rs1565574	C	T	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.257;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=1;PP=876;ReadPosRankSum=1.363;SC=GAAGGGAGGGCGGGATGCCAC;SOR=2.157;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=62;TCR=2;TR=43;WE=151067738;WS=151067720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr3	151073033	rs7615865	T	C	5944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=0.933;SC=CTCAGGTAGCTATTTAAAGCT;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=66;TCR=229;TR=217;WE=151073041;WS=151073023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,223:0.74:301
chr3	151073937	rs1994730	T	C	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=84;PP=1670;ReadPosRankSum=0.103;SC=CTTGTAATCCTGGCACTTTGG;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=39;TCR=128;TR=109;WE=151073945;WS=151073927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,112:0.65:171
chr3	151085578	rs3732764	C	A	9409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=204;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CATGAACATCCGTTGCTCTTT;SOR=0.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=626;TCF=305;TCR=321;TR=403;WE=151085589;WS=151085568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,414:0.64:649
chr3	151085688	rs9289835	T	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=54;PP=822;ReadPosRankSum=0.760;SC=AAGGTAGATATGGTAGAATTT;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=60;TCR=165;TR=74;WE=151085696;WS=151085678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,72:0.32:223
chr3	151090424	rs3732765	G	A	10048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.731;NF=232;NR=211;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.033;SC=AGAGGTTTGCGATGTGATGGG;SOR=0.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=675;TCF=359;TCR=316;TR=443;WE=151090432;WS=151090414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,451:0.65:690
chr3	151096112	rs12497065	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=628;ReadPosRankSum=0.713;SC=CAAGGCTGTCTTATTCCTAAA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=28;WE=151096120;WS=151096102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr3	151100677	rs3821663	T	G	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=52;PP=1280;ReadPosRankSum=0.975;SC=CTTCCCTGTTTCTAAAGCCTT;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=7;TCR=78;TR=57;WE=151100685;WS=151100667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr3	151101691	rs10935841	C	T	4800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.313;SC=GTTTTTATCACTTCACATTGA;SOR=0.891;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=296;TCF=108;TCR=188;TR=192;WE=151101699;WS=151101681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,198:0.65:306
chr3	151101746	rs12485508	C	T	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=56;PP=1775;ReadPosRankSum=-1.014;SC=ATACTGATGGCGATTTCTGCC;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=135;TCF=47;TCR=88;TR=87;WE=151101754;WS=151101736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,86:0.64:135
chr3	151108070	rs56194873	GT	G	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.574;NF=0;NR=17;PP=477;ReadPosRankSum=-0.041;SC=ACACAGAAATGTTTTTTGTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=17;WE=151108078;WS=151108060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr3	151131183	rs2276764	G	A	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=37;PP=854;ReadPosRankSum=-2.263;SC=TCAATTGCCAGATTCCAAGGA;SOR=0.437;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=39;WE=151131191;WS=151131173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr3	151143354	rs10653830	T	TTG	864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.001;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr3	151143447	rs6440742	G	T	4333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.830;NF=114;NR=81;PP=2854;ReadPosRankSum=0.039;SC=ATACCTGACAGTAGTAAGCTG;SOR=0.645;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=190;TCR=134;TR=195;WE=151143455;WS=151143437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,199:0.60:334
chr3	151147968	rs6772196	C	T	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=36;PP=1640;ReadPosRankSum=-0.997;SC=TTGTCATAGCCCTTTTTTCGT;SOR=0.800;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=394;TCF=266;TCR=128;TR=116;WE=151147976;WS=151147958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,122:0.30:402
chr3	151150422	rs3732771	C	T	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=3.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,102:0.26:397
chr3	151154666	rs2172250	T	C	6135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=104;PP=2965;SC=GCATCTCCCATGTGATTTCTG;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=117;TCR=104;TR=221;WE=151154674;WS=151154656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr3	151155620	rs6781302	G	A	9324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TAACAGTTCTGTTTGTATACA;SOR=0.655;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=602;TCF=304;TCR=298;TR=391;WE=151155628;WS=151155610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,407:0.65:625
chr3	151155758	rs9864533	A	C	4963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=830;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=145;PP=2914;ReadPosRankSum=-1.252;SC=TGATGGTCAAAGACCCATTGG;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=806;TCF=391;TCR=415;TR=277;WE=151155766;WS=151155748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:540,283:0.34:823
chr3	151156477	rs12635091	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=640;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CCCAGCTTTATTGAAGCATGA;SOR=0.576;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=30;WE=151156485;WS=151156467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr3	151158184	rs937126	A	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=2;PP=747;SC=ATTAGAGAAAATTTTTTTTTC;SOR=5.084;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=38;WE=151158192;WS=151158170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	151158265	rs937125	G	A	4383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.747;NF=132;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CTAAAGGAAGGGAAACTGCCA;SOR=0.915;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=281;TCF=200;TCR=81;TR=182;WE=151158273;WS=151158255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,183:0.65:283
chr3	151158502	rs10663807	T	TAG	1470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=30;PP=1397;ReadPosRankSum=3.302;SC=ATAATAATGATGTCTGAGTCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=30;WE=151158510;WS=151158492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr3	151165678	rs9871952	T	C	7465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=99;PP=2965;SC=ATGTACGGAGTTGTGCACCTG;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=145;TCR=99;TR=244;WE=151165686;WS=151165668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	151166422	rs6798252	C	T	19825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=335;NR=345;PP=2965;SC=AGTACTGGATCTGTAATGTAC;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=680;TCF=335;TCR=345;TR=680;WE=151166430;WS=151166412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,701:1.00:701
chr3	151171439	rs7619322	A	C	17380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=297;NR=322;PP=2965;ReadPosRankSum=1.940;SC=TTGAGCCCATAAAAAACCTCT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=622;TCF=298;TCR=324;TR=619;WE=151171447;WS=151171429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,635:1.00:637
chr3	151171542	rs7621591	A	G	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=157;PP=2965;SC=TTCGGACTTTATTATAGCTCA;SOR=1.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=71;TCR=158;TR=228;WE=151171550;WS=151171532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr3	151283646	rs7631281	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=0.842;SC=ATTCCTGTATTAATTAATGCA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=151283654;WS=151283636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	151542408	rs148745568	AAAAC	A	1895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=1;PP=1906;SC=CAGTCTAATCAAAACAAACAA;SOR=6.184;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=49;TCR=1;TR=40;WE=151542419;WS=151542398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	151542737	rs13098550	G	A	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=46;PP=1271;SC=AGGAGATATTGATTTTTTGAA;SOR=5.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=48;WE=151542760;WS=151542727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	151542749	rs151253803	CTATT	C	2051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=38;PP=2010;SC=TTTTTTGAAACTATTAAAGAG;SOR=5.464;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=39;WE=151542760;WS=151542727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	151545318	rs2410837	A	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=473;SC=GGGATATTTTATTGTTTTAAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=151545331;WS=151545308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	151545321	rs11306821	GT	G	872.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=746;SC=ATATTTTATTGTTTTAAATGA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=17;WE=151545331;WS=151545308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	151545323	rs62272918	T	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=482;SC=ATTTTATTGTTTTAAATGAAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=17;WE=151545331;WS=151545308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	151545601	rs1803155	G	A	18387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=346;NR=318;PP=2965;SC=CTTCAAATTTGTTAATTGGAG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=664;TCF=346;TCR=318;TR=664;WE=151545609;WS=151545591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,683:1.00:683
chr3	151987506	rs148863620	TTTC	T	1029.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=4.374;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr3	152017897	rs368507124	CT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr3	153839866	rs12493885	G	C	17908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=341;NR=300;PP=2965;SC=GCCCCACCAGGTTCTGGGCCG;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=642;TCF=342;TCR=300;TR=641;WE=153839874;WS=153839856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,648:1.00:648
chr3	153839960	rs12497267	T	C	17325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=298;NR=311;PP=2965;ReadPosRankSum=1.156;SC=GGGACGCTCCTCGCAGCGCAG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=612;TCF=300;TCR=312;TR=609;WE=153839968;WS=153839950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,624:1.00:626
chr3	153840162	rs13073165	C	T	27827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1023;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.063;NF=473;NR=540;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.554;SC=CCCCGAAATCCCCAGCAAATG;SOR=0.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1015;TCF=475;TCR=540;TR=1013;WE=153840170;WS=153840152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1019:1.00:1020
chr3	153840389	rs13096373	T	C	21372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=419;NR=344;PP=2965;SC=CGGGGGCTCTTTCCTGGGCCC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=766;TCF=421;TCR=345;TR=763;WE=153840397;WS=153840379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,771:1.00:771
chr3	153970796	rs355752	A	G	16546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.21;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr3	153970802	rs71308481	T	A	16984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.44;SOR=1.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr3	153972500	rs355749	T	C	10318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TGTCCTCTTTTGGCCTCAGCA;SOR=0.277;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=380;TCF=204;TCR=176;TR=378;WE=153972508;WS=153972490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr3	154010515	rs146770800	AACACAC	A,AAC	2623.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=0,0;NR=58,58;PP=2321,535;SC=AAAATGTTAAAACACACACAC;SOR=8.380;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=102;TCF=0;TCR=102;TR=58,58;WE=154010528;WS=154010505;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.67:66
chr3	154034043	rs3817166	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=59;PP=1774;SC=GGCTAAGTAATATATGTTCAA;SOR=3.816;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=67;WE=154034051;WS=154034033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	154834379	.	GTA	G	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,29:0.22:129
chr3	154861169	rs61758200	G	C	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,76:0.28:272
chr3	155205993	rs368444721	C	CT	971.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,65:0.32:201
chr3	155212325	rs3214639	G	GA	6521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=135;PP=2975;SC=TTTTAATCGAGAAAAAAGGAA;SOR=2.153;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=9;TCR=155;TR=143;WE=155212333;WS=155212315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr3	155241593	rs9840061	A	G	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=28;PP=2965;SC=CACAGCCACCATAATTGTGAG;SOR=3.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=161;TCR=28;TR=189;WE=155241601;WS=155241583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	155241740	rs9840234	A	G	28317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=1112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=537;NR=538;PP=2965;SC=TGTCCTCATCAGAAACTTCCC;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1078;TCF=537;TCR=541;TR=1075;WE=155241748;WS=155241730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1103:1.00:1103
chr3	155271825	rs359549	G	A	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=20;PP=1007;ReadPosRankSum=0.333;SC=TGCTCCATGCGGGAGGCTACC;SOR=0.500;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=258;TCF=195;TCR=63;TR=76;WE=155271833;WS=155271815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,78:0.30:264
chr3	155314034	rs359569	A	G	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1200;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TTGCCTTCTCACTCTTCCTAG;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=308;TCF=177;TCR=131;TR=101;WE=155314042;WS=155314024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,105:0.34:313
chr3	155314296	rs359570	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=-0.034;SC=AATTTGGTAGAGGTAATCTGA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=8;WE=155314304;WS=155314286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr3	155485302	rs358733	C	T	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.320;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=12;PP=1724;ReadPosRankSum=1.302;SC=GCTTACCTTACTCACCAGAAG;SOR=1.196;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=142;TCF=119;TCR=23;TR=91;WE=155485310;WS=155485292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,95:0.66:145
chr3	155523375	rs10563990	GCGCA	G	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=402;SC=CGATGGGGTAGCGCACGCAAC;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=155523386;WS=155523365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	155611557	rs6441026	T	G	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=661;SC=TTATTAATTTTCTTGAGCACT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=155611565;WS=155611547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	155654432	rs3772113	T	A	215.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=208;SC=CTTTTTTTTTTAAATTTTCAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=155654440;WS=155654422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	155991348	rs1160221	G	T	8342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=1.738;SC=GCACACAGATGCTCTTTCCAT;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=539;TCF=231;TCR=308;TR=359;WE=155991356;WS=155991338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,372:0.67:555
chr3	156249407	rs2280030	G	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=513;SC=GGGGAACAAAGGCAACAGAAC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=156249415;WS=156249397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	156262396	rs35584247	G	GA	108.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=91;SC=TTCTTCCACTGAAAAAAAATA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=156262404;WS=156262386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	156266563	rs144621829	T	TTAC	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr3	156266642	rs6809188	C	T	6370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.09;NF=119;NR=96;PP=2965;SC=TCAAAAAATTCTCTTCAAAGT;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=119;TCR=96;TR=215;WE=156266650;WS=156266623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr3	156266880	rs3773716	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=440;SC=ACTCATATTTCGTACTGGCAA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=156266888;WS=156266870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	156395329	rs345986	G	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=166;ReadPosRankSum=-1.155;SC=ACTAAATATAGTATAAGAGGA;SOR=1.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=13;WE=156395337;WS=156395319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr3	156399180	rs3851992	G	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=51;PP=1131;ReadPosRankSum=0.600;SC=AGTTTATATGGCTTGGTAAAT;SOR=1.474;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=5;TCR=67;TR=54;WE=156399188;WS=156399170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr3	156411732	rs193197	A	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=411;ReadPosRankSum=0.082;SC=TTAATGTCCAATGATATTTTT;SOR=0.061;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=69;TCF=66;TCR=3;TR=23;WE=156411740;WS=156411722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr3	156413615	.	C	CTTT	514	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=17;HapScore=1;MGOF=97;MMLQ=15;MQ=49.49;NF=3;NR=2;PP=514;QD=103.4;SC=ATTAACTTTCCTTTTTTTTTT;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=5;WE=156413623;WS=156413605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,5:0.19:26
chr3	156421525	rs34277251	G	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=0.817;SC=CAAGACGGCCGGGCGCAGTGG;SOR=1.276;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=17;WE=156421533;WS=156421515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr3	156431750	rs61733487	A	G	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=67;PP=2965;SC=TGTGGACTAAATACCTTCTTG;SOR=1.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=118;TCR=67;TR=185;WE=156431758;WS=156431740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	156544584	rs344071	C	T	15887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=251;NR=303;PP=2965;SC=GATGTGAACTCCCGCCTTCAC;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=554;TCF=251;TCR=303;TR=554;WE=156544592;WS=156544574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr3	156547013	rs344073	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=11;PP=973;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GTTTATAAAGCATCTTAATTT;SOR=0.949;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=205;TCF=163;TCR=42;TR=65;WE=156547021;WS=156547003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,64:0.30:213
chr3	156697097	rs6780427	G	A	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=54;PP=1332;ReadPosRankSum=-2.186;SC=ACTTATAACAGTGCTCTGTAG;SOR=0.980;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=84;WE=156697105;WS=156697087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,89:0.67:132
chr3	156864398	rs370594663	TAAAAAA	T	1160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=18.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.64;ReadPosRankSum=2.490;SOR=1.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr3	156864419	.	TA	T	1408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.915;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,70:0.71:98
chr3	156864551	rs6783595	T	A	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CAGAAATATCTATTTATAATT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=78;WE=156864559;WS=156864541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,84:0.66:128
chr3	156867776	rs377312008	G	GAA	2947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.121;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1467;ReadPosRankSum=-2.277;SC=GCTGTTGGAGGAAAAAAAAGT;SOR=0.492;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=133;TCF=38;TCR=95;TR=67;WE=156867784;WS=156867759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,99:0.62:160
chr3	156870059	rs73154633	C	T	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=85;PP=1949;ReadPosRankSum=1.406;SC=AAACTCAATTCAGTATACTGG;SOR=0.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=69;TCR=123;TR=132;WE=156870067;WS=156870049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,135:0.68:199
chr3	156870816	rs41272613	A	G	10757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=0.226;SC=TCTGTACTCTACAACTCACCT;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=708;TCF=416;TCR=292;TR=459;WE=156870824;WS=156870806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,474:0.65:727
chr3	156876502	rs6441114	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=4;PP=841;ReadPosRankSum=-0.036;SC=ATTATTTTAAGTATCAGTGTT;SOR=0.378;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=64;TCF=59;TCR=5;TR=39;WE=156876510;WS=156876492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr3	156876574	rs6441115	A	G	4648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=0.361;SC=ATTCACTTGAAAGGAAAGATG;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=176;TCR=104;TR=184;WE=156876582;WS=156876564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,201:0.67:298
chr3	156876803	rs6441116	T	G	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=80;PP=2117;ReadPosRankSum=-0.352;SC=ATTGTTAGATTAAACTCACTT;SOR=0.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=169;TCF=46;TCR=123;TR=111;WE=156876811;WS=156876793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,116:0.67:174
chr3	156877276	rs59715654	CAA	C	10509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.187;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.167;NF=18;NR=162;PP=2947;ReadPosRankSum=0.313;SC=CACCTGCAGACAAGAGAGGAG;SOR=0.977;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=297;TCF=34;TCR=263;TR=180;WE=156877285;WS=156877266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,269:0.61:443
chr3	156877357	rs10936061	T	C	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=57;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.658;SC=ATCGCTTCCCTTTCCCCTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=28;TCR=99;TR=74;WE=156877375;WS=156877347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,76:0.60:126
chr3	156877530	rs12635088	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=4;PP=753;ReadPosRankSum=0.359;SC=CGGCGTAGGGGACGGAGGAGA;SOR=1.044;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=41;WE=156877538;WS=156877528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr3	156978919	rs11398653	A	AT	18012.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=835;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.465;NF=134;NR=160;PP=2933;ReadPosRankSum=1.871;SC=TGACTTATAAATCCCTACAGA;SOR=0.808;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=491;TCF=203;TCR=288;TR=294;WE=156978927;WS=156978909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,555:0.67:828
chr3	156983273	rs3749214	A	G	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=23;PP=2110;ReadPosRankSum=0.878;SC=TGGAGATCAAAACCTTAAAAA;SOR=0.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=137;TCR=36;TR=109;WE=156983281;WS=156983263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,110:0.62:176
chr3	156983414	rs7652298	T	C	8328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=1.408;SC=TCTCTTTAAGTTTTCCTTCTA;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=509;TCF=230;TCR=279;TR=351;WE=156983422;WS=156983404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,367:0.69:533
chr3	157004323	rs4680353	A	C	9967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.971;SC=AATGGTTCTTAGCAGCAGGTA;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=353;TCF=192;TCR=161;TR=351;WE=157004331;WS=157004313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,370:0.99:372
chr3	157081324	rs11918974	A	G	7307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.950;SC=ACAGTTTCTGACAAATTCTCT;SOR=0.589;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=398;TCF=201;TCR=197;TR=292;WE=157081332;WS=157081314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,301:0.74:407
chr3	157081604	rs55865575	A	C	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=70;PP=1356;ReadPosRankSum=0.800;SC=TTCACTGACAAGGAAAAGAAA;SOR=1.406;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=130;TCF=34;TCR=96;TR=89;WE=157081612;WS=157081594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,86:0.66:131
chr3	157082082	rs3833585	C	CAA	3541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=14;PP=2862;SC=ACAAACCAAACGAGTTATACC;SOR=2.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=57;WE=157082090;WS=157082072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	157146005	rs9289983	G	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=925;SC=AAAAAAATGGGCATTTGTAAA;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=157146013;WS=157146000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	157146307	rs1456099	A	T	9366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=198;PP=2965;SC=GGGAATGATGACTTTATCAGG;SOR=1.175;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=138;TCR=198;TR=336;WE=157146315;WS=157146297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr3	157154861	rs2305619	A	G	17309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=266;NR=360;PP=2965;SC=CCGTAAGTTCACTTTAACTGT;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=627;TCF=266;TCR=361;TR=626;WE=157154869;WS=157154851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr3	157155314	rs3816527	C	A	12153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=221;NR=208;PP=2965;SC=ACGCCGTGCGCCTGCGGTCAG;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=430;TCF=221;TCR=209;TR=429;WE=157155322;WS=157155304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr3	157188045	rs1456113	A	G	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=15;PP=1239;SC=CAGACATCACAGGTTCACCTA;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=157188053;WS=157188035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	157188378	rs1011060	C	T	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=42;PP=899;ReadPosRankSum=-0.165;SC=CTTCAAAGGACAAAATACTAA;SOR=0.605;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=53;WE=157188386;WS=157188368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
chr3	157296325	.	C	CATATAT	207	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=8;PP=207;QD=26.5;SC=CCAAAAAGTACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=8;WE=157296334;WS=157296315;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,8:0.32:25
chr3	157817517	rs9833383	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=0;PP=907;SC=GGTCCACTATATCATCTCAAA;SOR=5.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=157817525;WS=157817507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	157820423	rs4462902	C	T	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=9;PP=1508;SC=CAACCCCAGGCTCTCTCTGCT;SOR=3.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=67;WE=157820431;WS=157820413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	157822669	rs1915940	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=25;SC=GTTGAACTCCTTTGAATTGGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=157822677;WS=157822659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	157841531	rs6789448	G	A	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=1;PP=1177;SC=ATTTATCTCTGTTTGCTTCCA;SOR=6.316;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=45;WE=157841539;WS=157841521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	157849957	rs1609526	C	T	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=46;PP=1333;SC=GTATTTTTGGCGGAGATGGGG;SOR=1.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=157849965;WS=157849947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	158072776	rs5853823	TA	T	1491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.059;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.628;NF=3;NR=47;PP=554;ReadPosRankSum=2.281;SC=TAGAAATGAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.228;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=6;TCR=81;TR=50;WE=158072785;WS=158072766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,74:0.74:100
chr3	158300732	rs2566341	A	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=21;PP=665;SC=AAATAAACACATTTATTTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=158300740;WS=158300722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	158306627	rs1075551	A	G	4466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.949;SC=TCATTTGAGGATGTTGTTTCT;SOR=0.543;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=623;TCF=376;TCR=247;TR=225;WE=158306635;WS=158306617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:410,235:0.36:645
chr3	158308875	rs2566339	T	C	4219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	158310153	rs6771248	A	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=508;ReadPosRankSum=0.275;SC=ATTATTTGTAATATTTACCTG;SOR=0.432;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=98;TCR=9;TR=31;WE=158310161;WS=158310143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,31:0.30:105
chr3	158310391	rs34234841	CAGTT	C	7516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.219;NF=7;NR=121;PP=2954;ReadPosRankSum=0.916;SC=TTTTTTAAGACAGTTAGTGAG;SOR=0.932;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=232;TCF=11;TCR=221;TR=128;WE=158310402;WS=158310368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,193:0.59:326
chr3	158310483	rs6780477	G	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-6.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.194;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=388;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TCTTGTTCTAGAAATCACTAT;SOR=0.058;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=23;WE=158310491;WS=158310473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr3	158314810	rs45471897	C	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=256;ReadPosRankSum=-1.530;SC=CTTTCAAACACTTTTTTAACC;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=18;WE=158314818;WS=158314800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr3	158314846	rs55999561	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=0.441;SC=GATACCTTACATGATTAACCC;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=12;WE=158314854;WS=158314836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr3	158318015	rs2639656	C	T	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=22;PP=562;SC=AAATAACAGCCGTACTTGATG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=158318023;WS=158318005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	158320597	rs4875	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr3	158320703	rs15967	C	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=1.314;SC=CCATGAGAATCCTGGCTCCCG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=16;WE=158320711;WS=158320693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr3	158362391	rs28372852	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=372;ReadPosRankSum=0.286;SC=CCACCCGGCGCCACGGGACTT;SOR=0.593;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=114;TCF=86;TCR=28;TR=32;WE=158362399;WS=158362381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,35:0.30:117
chr3	158362441	rs1864507	T	C	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=830;ReadPosRankSum=0.040;SC=TCCTGGGAGCTGCAGCCGTCG;SOR=0.727;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=221;TCF=149;TCR=72;TR=65;WE=158362449;WS=158362431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,69:0.31:224
chr3	158362526	rs1864506	A	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=1.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,151:0.28:547
chr3	158362588	rs1864505	C	G	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=2.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.042;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,125:0.26:479
chr3	158366900	rs2303909	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,53:0.25:209
chr3	158367837	rs56167308	C	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=563;ReadPosRankSum=0.244;SC=GAATTGGGATCGCAGGTCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=46;WE=158367845;WS=158367827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,48:0.33:146
chr3	158369789	rs56362855	T	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=1.144;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr3	158369798	rs9810874	A	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr3	158370143	rs55992564	C	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=404;ReadPosRankSum=-1.971;SC=AATGAAATCTCAATACATTTA;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=20;WE=158370151;WS=158370133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr3	158372426	rs142919829	T	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.587;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,55:0.26:209
chr3	158372477	rs62286656	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=397;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TACTTCTAGGCTTTATTCCTA;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=34;WE=158372485;WS=158372467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,35:0.28:124
chr3	158372502	rs9884039	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.987;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,25:0.30:84
chr3	158384068	rs7628497	A	G	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,110:0.42:261
chr3	158384920	rs9875895	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=1.087;SC=GCAAAAATTACATTTAATTTT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=8;WE=158384928;WS=158384910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr3	158386737	rs1492909	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=221;ReadPosRankSum=1.963;SC=ACAATACTTTCGATAAATATT;SOR=0.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=16;WE=158386745;WS=158386727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr3	158387487	rs6441215	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.365;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=384;ReadPosRankSum=-0.743;SC=AAGCATAGGCTCCTAATGGTG;SOR=0.181;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=22;WE=158387495;WS=158387477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr3	158388721	rs56093991	C	CAAAGAAA	790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.792;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=495;ReadPosRankSum=-0.870;SC=GACCCTGTCTCAAAGAAAAAA;SOR=1.485;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=10;WE=158388729;WS=158388711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr3	158388780	rs8455	T	C	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=521;ReadPosRankSum=-0.478;SC=AAATTTAAGGTGATACTTATG;SOR=0.530;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=158;TCF=98;TCR=60;TR=53;WE=158388788;WS=158388770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,54:0.34:161
chr3	158390395	rs9841	A	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=1.018;SC=TCCTTCAGTCAGTCTTCTTCC;SOR=1.760;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=16;WE=158390403;WS=158390385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr3	158399757	rs11436468	A	AT	1058.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.980;NF=29;NR=13;PP=465;ReadPosRankSum=0.210;SC=ATAATGCTCCATTTTTTTTTT;SOR=0.905;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=138;TCF=76;TCR=62;TR=42;WE=158399765;WS=158399747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,58:0.34:170
chr3	158407930	rs34920045	CT	C	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr3	158409093	rs145803239	C	CA	1391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.118;QD=6.27;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,69:0.31:222
chr3	158409262	rs1047355	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.022;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr3	158422506	rs4680457	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=356;ReadPosRankSum=0.616;SC=TTAGAAGTTCGCATGAATTCA;SOR=0.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=33;WE=158422514;WS=158422496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,34:0.29:119
chr3	158428642	rs2307064	G	A	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=888;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:630,253:0.29:883
chr3	158431508	rs2279562	A	G	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=20;PP=1237;ReadPosRankSum=0.590;SC=ATCACTATATATTAAGATTCT;SOR=0.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=167;TCR=56;TR=80;WE=158431516;WS=158431498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,82:0.36:230
chr3	158431702	rs2279561	A	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=49;PP=1002;ReadPosRankSum=-2.553;SC=AAACATCCTCATATCCAGGAA;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=66;TCR=163;TR=69;WE=158431710;WS=158431692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,74:0.31:237
chr3	158449965	rs6441223	T	C	4692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CCAGCACTCGTAGCGCGCTGG;SOR=0.684;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=236;TCF=136;TCR=100;TR=186;WE=158449973;WS=158449955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,198:0.78:255
chr3	158520483	rs2713736	A	G	4412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=111;PP=2950;ReadPosRankSum=1.109;SC=GTTCCTAAACAACTTTTGTTT;SOR=0.690;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=286;TCF=112;TCR=174;TR=184;WE=158520491;WS=158520473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,190:0.65:292
chr3	158522960	rs1381463	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=1.150;SC=TGACCATTTTCCTGGGCCAGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=158522968;WS=158522954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr3	158787632	.	TTG	T	125	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=18;MQ=59.27;NF=0;NR=6;PP=125;QD=21.3333333333;SC=CCCTCCTTTCTTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=6;WE=158787641;WS=158787622;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,6:0.30:20
chr3	158970714	rs1020470	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=0.561;SC=ATGTGCTGCATATTATTTCCT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=10;WE=158970722;WS=158970704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr3	158982846	rs11425712	T	TA	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr3	158991724	rs2621285	A	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=259;ReadPosRankSum=-3.277;SC=TATTTTTACAAATGAAGAGAG;SOR=0.156;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=23;WE=158991732;WS=158991714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr3	159733600	rs589545	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=209;ReadPosRankSum=0.423;SC=TTCTAAATCTGAAAAATTGCT;SOR=0.502;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=14;WE=159733608;WS=159733597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr3	159733692	rs491966	T	C	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=29;PP=1564;ReadPosRankSum=-1.483;SC=CTACACTTGATCCTGAGATCT;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=101;TCR=46;TR=96;WE=159733700;WS=159733682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,102:0.65:156
chr3	159736893	rs2647930	T	C	8782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.001;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.027;SC=TTAAACATCCTAAGTGGTCAA;SOR=0.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=511;TCF=336;TCR=175;TR=361;WE=159736901;WS=159736883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,375:0.70:539
chr3	159737076	rs2647931	G	A	6024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=2.024;SC=TCCTCTCGCCGCAAGCACATG;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=119;TCR=258;TR=248;WE=159737084;WS=159737066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,252:0.66:381
chr3	159744277	rs2936300	C	T	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=3;PP=1064;SC=TCCACCACAGCGAAACCAGTT;SOR=4.271;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=44;WE=159744285;WS=159744267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	159744352	rs2279742	C	T	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=39;PP=2938;SC=CGAGACCTGACGGGAAGCGGG;SOR=1.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=109;TCR=39;TR=147;WE=159744360;WS=159744342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	159744438	rs2914119	C	T	15785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr3	159744438	.	CTC	TTT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=163;NR=153;PP=2947;QD=20;SC=AGGACAGGCACTCGCATGGGT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=172;TCR=160;TR=316;WE=159744448;WS=159744428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,316:0.95:332
chr3	159744440	rs2936301	C	T	15785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.97;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr3	160025410	rs146285406	C	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=332;ReadPosRankSum=0.057;SC=TCAGCACAGACAGACAAAACT;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=15;WE=160025418;WS=160025400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr3	160093678	rs188321058	G	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.435;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=-0.043;SC=ACTATACAGGGAAAAAAAAAT;SOR=2.712;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=14;WE=160093686;WS=160093668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr3	160131236	rs77742046	CTT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.508;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr3	160141137	.	GTTTTTTTTTGTT	G	1109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=2;PP=2983;SC=ATTCCTATGGGTTTTTTTTTG;SOR=2.753;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=14;WE=160141156;WS=160141127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	160141656	.	CT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.334;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr3	160142810	.	ATG	A	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=7.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.387;SOR=2.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr3	160233406	rs112603907	CT	C	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.510;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr3	160243709	rs182490684	T	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.39;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr3	160245732	rs41272963	T	A	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.019;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=918;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TTACAAGTTTTATACAAACCT;SOR=0.386;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=61;WE=160245740;WS=160245722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,67:0.71:95
chr3	160249230	rs77052553	A	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.13;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	160474540	.	CGT	C	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr3	160679422	rs7616249	T	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=475;ReadPosRankSum=-2.019;SC=AGGGTTGGTTTCACAGTGCTT;SOR=0.524;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=88;TCF=83;TCR=5;TR=29;WE=160679430;WS=160679412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr3	160679744	rs7629001	A	T	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=67;PP=1904;SC=TGCAAAAAAAATTCATTATAA;SOR=5.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=3;TCR=67;TR=70;WE=160679752;WS=160679734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	160821929	rs7651087	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=315;ReadPosRankSum=-2.304;SC=TCTTATCTGTTAGTAATAAAC;SOR=0.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=65;TCR=14;TR=21;WE=160821937;WS=160821919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr3	160821969	rs7617204	A	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=1.748;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,50:0.25:204
chr3	160939732	rs148371722	A	AATCCCAAC	1726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.773;NF=22;NR=6;PP=2897;ReadPosRankSum=1.003;SC=AAGTGATTTAAATCCCAACAT;SOR=0.065;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=57;TCF=51;TCR=6;TR=28;WE=160939784;WS=160939722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr3	160939746	.	CTTTTTTTTTTTTTTTTT	C	2136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=12.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=1.890;QD=34.46;ReadPosRankSum=2.425;SOR=0.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr3	160939776	rs28711573	T	A	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=5.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=1.143;QD=16.65;ReadPosRankSum=7.587;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,75:0.56:134
chr3	160955879	rs4350933	G	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr3	160955882	.	CTTT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr3	160964271	rs73026976	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CTGCCAATTAGGATTGCAAAT;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=47;WE=160964279;WS=160964261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,54:0.32:171
chr3	160965262	rs372150378	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	160967354	rs4290817	G	A	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1079;ReadPosRankSum=0.689;SC=GAAAGGTCTCGCTTTTCTTTA;SOR=0.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=114;TCR=136;TR=87;WE=160967362;WS=160967344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,89:0.33:268
chr3	160970437	rs6789388	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=0.092;SC=AGTATTCTTAGTCATATCCCA;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=12;WE=160970445;WS=160970427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr3	161064193	rs339101	A	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=375;ReadPosRankSum=0.292;SC=ACATAGAATCACTTTAAAATT;SOR=0.482;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=18;TCR=79;TR=29;WE=161064201;WS=161064183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,30:0.30:100
chr3	161090616	rs2054710	C	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=46;PP=941;ReadPosRankSum=0.076;SC=GGCCGAGACGCTTTCTGCTCG;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=180;TCF=45;TCR=135;TR=60;WE=161090624;WS=161090606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,58:0.32:183
chr3	161216812	rs1506481	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=224;ReadPosRankSum=0.284;SC=TTGCCCTTAGGACTCTGTGTG;SOR=2.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=161216820;WS=161216805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	161216845	rs1506482	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=311;ReadPosRankSum=0.920;SC=TCAGATTTTACCATTAGGTCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=15;WE=161216853;WS=161216835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr3	161216860	rs1506483	T	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=532;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGTCATTGATACTTATTGAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=24;WE=161216868;WS=161216850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr3	161216912	rs1506484	T	C	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.507;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=16;PP=1379;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TAATGAACTTTAAAAGAGAAA;SOR=0.200;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=91;TCF=73;TCR=18;TR=69;WE=161216920;WS=161216902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,71:0.76:93
chr3	161217218	rs41386047	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=607;ReadPosRankSum=1.174;SC=TAAACAGCCAATTGAGAAATT;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=27;WE=161217226;WS=161217208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr3	161221705	rs3921595	A	C	3215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=89;PP=1875;ReadPosRankSum=0.211;SC=TTGTACCCAGAGGAAACTTCT;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=209;TCF=85;TCR=124;TR=147;WE=161221713;WS=161221695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,150:0.69:216
chr3	164697082	rs73018867	A	G	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=26;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.342;SC=AAGAGGGAAAATTGTAAGTGC;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=79;WE=164697090;WS=164697072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,83:0.67:124
chr3	164699998	rs41273561	C	T	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=21;PP=2216;ReadPosRankSum=0.984;SC=TAAATACGTACGCTTTTGAAA;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=137;TCR=30;TR=117;WE=164700006;WS=164699988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,118:0.68:173
chr3	164700734	rs3762796	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=356;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CCACCCCACCCAGCTGTGAAC;SOR=1.008;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=22;WE=164700742;WS=164700724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr3	164714296	rs78437999	C	T	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=45;PP=2942;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TAAGAAAATACTGAAAGTAAA;SOR=0.745;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=236;TCF=172;TCR=64;TR=162;WE=164714304;WS=164714286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,166:0.68:245
chr3	164714532	rs4855271	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=48;PP=1225;SC=TTACATATGACATTCCAAACA;SOR=4.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=3;TCR=48;TR=51;WE=164714540;WS=164714522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	164724567	rs7618643	A	G	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=573;ReadPosRankSum=-0.382;SC=ACCAAAGAATAAAAGAGTCAG;SOR=0.435;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=36;WE=164724575;WS=164724557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr3	164730804	rs74648160	T	C	3066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=50;PP=1606;ReadPosRankSum=-1.392;SC=TTTTATCTATTGTTATGTTGG;SOR=0.789;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=169;TCF=97;TCR=72;TR=121;WE=164730812;WS=164730794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,138:0.73:188
chr3	164733721	rs2290738	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,49:0.25:196
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chr3	164755664	rs57544581	T	C	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=27;PP=2287;ReadPosRankSum=0.092;SC=ATTTTAGATTTCAACTAATGA;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=140;TCR=41;TR=120;WE=164755672;WS=164755654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,120:0.66:181
chr3	164758630	rs13099130	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.194;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=313;ReadPosRankSum=0.627;SC=AGCAGCAGAAGTTTAATTGAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=16;WE=164758638;WS=164758620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr3	164760771	rs12381230	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;ReadPosRankSum=0.391;SC=ATATACTCTATAGATTTAATT;SOR=0.676;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=24;WE=164760779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr3	164764719	rs9838509	C	A	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FS=2.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=2.683;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:493,174:0.26:667
chr3	164766807	rs200218470	T	TAA	439.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr3	164766808	rs67477789	TC	T	461.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr3	164766816	rs9821196	C	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.618;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr3	164766835	rs9841237	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=284;ReadPosRankSum=1.874;SC=TATTTCCTAATTATGAATACA;SOR=0.859;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=70;TCF=64;TCR=6;TR=19;WE=164766843;WS=164766825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr3	164772957	rs9290256	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=630;ReadPosRankSum=2.777;SC=TTGACCAAAACCATTGGTTTA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=119;TCR=45;TR=51;WE=164772965;WS=164772947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,54:0.30:178
chr3	164773057	rs9290257	G	A	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1120;ReadPosRankSum=1.210;SC=TGCAGTTTGGGTTAGTGAAAT;SOR=0.872;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=282;TCF=134;TCR=148;TR=96;WE=164773065;WS=164773047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,101:0.33:302
chr3	164776913	rs60170840	C	CAT	4120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=4.923;QD=10.03;ReadPosRankSum=-2.172;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,122:0.30:411
chr3	164777677	rs9290259	T	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,55:0.25:217
chr3	164781368	rs11718901	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=1.718;SC=TTTCAAATATGTTTAAAACAC;SOR=0.197;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=7;WE=164781376;WS=164781358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr3	164783165	rs9283633	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=1.674;SC=GGAAGACGGGTTGAGATCTGT;SOR=0.770;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=99;TCF=35;TCR=64;TR=27;WE=164783173;WS=164783155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,28:0.26:106
chr3	164783220	rs145891116	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.007;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=473;ReadPosRankSum=-0.841;SC=TGGTGTCAAACCTGCACCATA;SOR=1.863;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=24;WE=164783228;WS=164783210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr3	164783252	.	AAT	A	96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=96;QD=49.5;SC=GAAATAATCTAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=164783261;WS=164783242;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,2:0.33:6
chr3	164785338	rs9865476	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=48;ReadPosRankSum=-0.851;SC=TAATATTCCAGTTCTGAATTA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=7;WE=164785346;WS=164785328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr3	164786382	rs9758479	C	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-5.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.370;NF=14;NR=1;PP=711;ReadPosRankSum=0.835;SC=AGGATGGTCTCCATCTCCTGA;SOR=0.057;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=15;WE=164786404;WS=164786372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr3	164786396	rs9754967	T	C	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.396;NF=17;NR=2;PP=711;ReadPosRankSum=0.369;SC=CTCCTGACCTTGTGATCCGCC;SOR=0.527;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=19;WE=164786404;WS=164786372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr3	164786413	rs9756068	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.402;NF=23;NR=4;PP=307;ReadPosRankSum=-0.594;SC=CGCCCACGTCAGCTTCCCAAA;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=70;TCR=12;TR=27;WE=164786421;WS=164786403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr3	164786629	rs11313475	TA	T	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=7.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.159;SOR=1.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,34:0.21:160
chr3	164793648	rs73880014	C	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=982;ReadPosRankSum=0.842;SC=CCTAACTTCACGATAATGTAG;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=54;WE=164793656;WS=164793638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr3	164793758	rs9290264	C	A	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.561;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=911;ReadPosRankSum=2.870;SC=ACAAAAAGGACAATCAGAGAG;SOR=1.493;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=49;WE=164793766;WS=164793748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr3	165491280	rs1803274	C	T	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=1677;ReadPosRankSum=-0.680;SC=TCCCATTCTGCTTCATCAATA;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=113;WE=165491288;WS=165491270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,119:0.58:206
chr3	165495400	rs2686409	G	A	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=810;ReadPosRankSum=0.813;SC=TCTGTGTGCAGGGGCAAAGCA;SOR=0.960;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=165;TCF=118;TCR=47;TR=52;WE=165495408;WS=165495390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,52:0.31:167
chr3	165495420	rs2686410	G	C	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=20;PP=975;ReadPosRankSum=-1.326;SC=AAATTTGCAAGTACAAATGTT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=222;TCF=151;TCR=71;TR=70;WE=165495428;WS=165495410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,71:0.31:226
chr3	165496622	rs2686411	A	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=576;SC=TAAGATGTCCAGAAAACATTC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=165496630;WS=165496612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	165555125	rs1126680	C	T	7989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.445;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.781;SC=ACAAAGATGGCAAAGTTTGCA;SOR=0.468;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=530;TCF=288;TCR=242;TR=349;WE=165555133;WS=165555115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,366:0.66:551
chr3	166960278	rs11923256	G	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=492;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TAAATAAACTGCAGGCTTAAC;SOR=1.275;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=123;TCF=90;TCR=33;TR=38;WE=166960286;WS=166960268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr3	167023738	rs13096767	G	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=268;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TGAAGTTTCTGCTGTTAAAAA;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=28;WE=167023746;WS=167023728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr3	167034814	rs13068132	T	C	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=77;PP=2061;ReadPosRankSum=0.881;SC=CGACTATCTTTAGAGATGGTT;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=495;TCF=263;TCR=232;TR=162;WE=167034822;WS=167034804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,167:0.32:516
chr3	167035501	rs4580553	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TGATGAAACCGTAACTGTACC;SOR=0.321;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=167035509;WS=167035491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	167051769	rs11923054	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=232;ReadPosRankSum=-0.535;SC=TATTTGAGATTTTGCCTATTA;SOR=0.793;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=13;WE=167051777;WS=167051759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr3	167068256	rs4619784	T	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.682;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,40:0.23:175
chr3	167077691	rs4257551	T	A	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=73;PP=2877;SC=ACTGTCCACATACTTTCCCAT;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=164;WE=167077699;WS=167077681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	167078544	rs9834845	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr3	167167100	rs6803996	C	T	9699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=3.236;SC=ATCATTCACCCTACCAGTTGA;SOR=0.607;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=736;TCF=419;TCR=317;TR=427;WE=167167110;WS=167167090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,445:0.59:760
chr3	167167186	rs6770577	T	A	7971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=60.02;MQRankSum=0.839;NF=117;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=2.834;SC=ACACTTCAGATGAATCTGGTT;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=573;TCF=213;TCR=360;TR=330;WE=167167204;WS=167167176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,342:0.59:581
chr3	167512569	rs55872908	G	A	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=46;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TGAAGAATGGGCAAACTCTGT;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=45;TCR=80;TR=71;WE=167512577;WS=167512559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,74:0.56:131
chr3	167745703	rs9861339	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=708;SC=AAAAGCCACCAGTGGACTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=167745711;WS=167745693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	167754573	rs6786410	A	G	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=2;PP=1262;SC=CCTCTTGGCAACTTGACAGAG;SOR=5.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=44;WE=167754581;WS=167754563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	167762678	.	C	CA	272	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5050;HP=12;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=16;MQ=59.55;NF=4;NR=19;PP=272;QD=12.0869565217;SC=TGCTGTAAATCAAAAAAAAAA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=23;WE=167762687;WS=167762668;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,23:0.56:41
chr3	167764594	.	C	CAA	102	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=102;QD=21.4;SC=TTTTGGCAGCCAAAAAAAAAA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=167764602;WS=167764584;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
chr3	168269756	rs6771018	A	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,50:0.29:175
chr3	168538993	rs603638	A	G	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=50;PP=2937;SC=TGTCTCGAGGATGCCTACGGA;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=94;TCR=50;TR=144;WE=168539001;WS=168538983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	168542454	rs145528794	T	TCA	924.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=867;ReadPosRankSum=0.194;SC=TGCAGCTCTGTCACACACACA;SOR=1.857;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=22;WE=168542463;WS=168542444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr3	168806987	rs1981745	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.910;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=376;ReadPosRankSum=-0.100;SC=ATGAACCAACGAAAAACACAG;SOR=0.016;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=85;TCF=3;TCR=82;TR=25;WE=168806995;WS=168806977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,24:0.29:83
chr3	168810874	rs17466625	C	T	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,169:0.29:586
chr3	168810980	rs12634348	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.913;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=388;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TTGATCAGTGCTGTTTCTTAA;SOR=0.109;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=81;TCF=5;TCR=76;TR=26;WE=168810988;WS=168810970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr3	168818560	rs9857376	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TATTCAGACACGCATAAAATT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=168818568;WS=168818550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr3	168819788	rs9290358	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAACAGCAAGACCTTTTGAAA;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=168819796;WS=168819787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr3	168839075	rs181736957	A	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=0.274;SC=TGACTCAAGAAGAAATTTTTC;SOR=0.204;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=17;WE=168839083;WS=168839065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr3	168840571	rs3851380	A	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=701;ReadPosRankSum=0.322;SC=AAACGGAACAACATTTTATTG;SOR=0.910;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=132;TCF=24;TCR=108;TR=43;WE=168840579;WS=168840561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,45:0.33:138
chr3	168840607	rs3851381	C	T	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=61;PP=1549;SC=ATTAAAGAAACAAGAAGGAAA;SOR=5.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=65;WE=168840615;WS=168840597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	169098861	rs988398	C	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=0;PP=981;ReadPosRankSum=0.335;SC=TTCTTAAAAACCTGTTGAAAA;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=57;TCR=0;TR=42;WE=169098869;WS=169098851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr3	169643757	rs1290671	G	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=2;PP=723;ReadPosRankSum=0.222;SC=TTCAGCTATAGTACCCAGGAG;SOR=2.007;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=35;WE=169643765;WS=169643747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr3	169643861	rs77312716	G	A	5880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GTCCAATTGAGGACCAAAAAG;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=389;TCF=240;TCR=149;TR=244;WE=169643869;WS=169643851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,255:0.63:407
chr3	169643955	rs1290670	C	T	7923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=0.023;SC=TTGAGACTTGCAATGTCTAAT;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=514;TCF=254;TCR=260;TR=340;WE=169643963;WS=169643945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,353:0.67:527
chr3	169644710	rs10513680	G	C	14811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1028;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=347;NR=330;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CCTATGAAGAGGATCATTATG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1012;TCF=522;TCR=490;TR=677;WE=169644718;WS=169644700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,687:0.67:1020
chr3	169980956	rs10592710	CAA	C	287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;QD=23.98;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,9:0.75:12
chr3	170013846	rs2454763	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=350;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GGTCAGTAGCGGTTTGGGAAA;SOR=0.904;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=20;WE=170013854;WS=170013836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr3	170078232	rs3772173	C	T	4899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=835;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GACATTCATGCAAATGGAAAA;SOR=0.702;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=815;TCF=411;TCR=404;TR=269;WE=170078240;WS=170078222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:548,278:0.34:826
chr3	170099218	rs146524896	ATTAT	A	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.152;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.380;SOR=1.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr3	170105233	rs6786374	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=317;ReadPosRankSum=1.000;SC=TGTGGCTTTTCATGTCTGGTC;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=26;WE=170105241;WS=170105223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,27:0.27:101
chr3	170105378	rs6786542	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=5.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,70:0.26:269
chr3	170218862	rs16855165	T	C	8812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.827;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=2.023;SC=CTTGGTAAGTTTGCATGTTGA;SOR=0.230;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=311;TCF=196;TCR=115;TR=309;WE=170218870;WS=170218852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,324:0.99:326
chr3	170722922	rs55690653	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=435;ReadPosRankSum=-0.762;SC=AAGCAAAATGGAAATTAATGC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=52;TCR=2;TR=22;WE=170722930;WS=170722917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr3	170727701	rs369506780	GGT	G	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr3	170797521	rs114275242	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.117;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr3	170825905	rs6444960	C	G	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=97;PP=2965;SC=GTTTCACCTTCGCAGGCTCAT;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=181;WE=170825913;WS=170825895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	170857167	.	GCACA	G	678.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=662;SC=ACGCACGCGCGCACACACACA;SOR=0.776;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=8;WE=170857178;WS=170857157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr3	170857240	rs6444965	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=451;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GGTCAGCTGGTTCTTGGCTTT;SOR=0.928;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=117;TCF=81;TCR=36;TR=36;WE=170857248;WS=170857230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,34:0.28:121
chr3	170858406	rs2292006	T	G	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1077;ReadPosRankSum=0.391;SC=TTTAATGAGATATGCCTAAAT;SOR=0.549;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=216;TCF=78;TCR=138;TR=73;WE=170858414;WS=170858396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,73:0.32:228
chr3	170885097	rs2292005	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=5.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=38;PP=841;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GATAAAACGGCGATCCAAAGA;SOR=1.848;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=38;WE=170885105;WS=170885087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr3	170893070	rs12637875	G	A	6894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GAGGCGCTGGGTTCCGGGGGA;SOR=0.967;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=431;TCF=186;TCR=245;TR=291;WE=170893078;WS=170893060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,304:0.68:446
chr3	170928797	rs6444972	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=525;ReadPosRankSum=0.643;SC=TGGGGGCTAATGGTTAAAGAA;SOR=0.872;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=25;WE=170928805;WS=170928787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr3	171065031	rs1389047	G	C	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.222;HP=9;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=5.247;NF=11;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=1.603;SC=AAAAAGAAAAGAAAAATGACA;SOR=5.053;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=162;TCF=36;TCR=126;TR=137;WE=171065039;WS=171064996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr3	171087469	rs3796295	G	A	8259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.636;SC=AGATCCCTGCGGGGTCCTGAA;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=513;TCF=186;TCR=327;TR=349;WE=171087477;WS=171087459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,351:0.69:511
chr3	171323305	rs2287578	T	C	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=39;PP=765;ReadPosRankSum=0.081;SC=CAAATATATATATGCAAATTA;SOR=1.390;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=152;TCF=43;TCR=109;TR=49;WE=171323313;WS=171323295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,50:0.32:155
chr3	171338237	rs9881788	T	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=848;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TAAGCTCAGTTACTAGGTTTC;SOR=0.840;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=185;TCF=85;TCR=100;TR=66;WE=171338245;WS=171338227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,66:0.35:190
chr3	171395468	rs2124147	A	G	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.740;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,91:0.27:336
chr3	171404478	rs2290480	C	A	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,146:0.26:552
chr3	171405384	rs2305547	A	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=291;ReadPosRankSum=-1.271;SC=GCTGAGAAAAATTTTTTTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=16;WE=171405392;WS=171405374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
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chr3	171442635	rs7647840	C	T	5016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:849,321:0.27:1170
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chr3	171443607	rs4131284	C	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.380;SC=GTGACAAAGACAGTGGAGCAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=4;WE=171443615;WS=171443603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
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chr3	171510238	rs3934620	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,59:0.26:230
chr3	171844787	rs4894810	A	T	9844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=219;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.292;SC=ATGTGAATGCATTGGGAGGTG;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=657;TCF=328;TCR=329;TR=425;WE=171844795;WS=171844777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,436:0.64:680
chr3	172034271	rs9837821	T	C	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=521;ReadPosRankSum=-1.050;SC=TCTGTTTTAATGTTCCTAAAC;SOR=0.910;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=177;TCF=65;TCR=112;TR=52;WE=172034279;WS=172034261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,53:0.29:180
chr3	172034979	.	CT	C	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=2.094;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,38:0.25:150
chr3	172046861	rs2270568	T	C	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=86;PP=2141;ReadPosRankSum=0.572;SC=ACGACATTGGTACCAGGTATG;SOR=0.843;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=525;TCF=260;TCR=265;TR=164;WE=172046869;WS=172046851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,170:0.31:540
chr3	172046933	rs6799133	A	G	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=1114;ReadPosRankSum=0.222;SC=TCTTTTACATAGCTGGAAGGC;SOR=0.684;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=257;TCF=92;TCR=165;TR=74;WE=172046941;WS=172046923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,77:0.29:268
chr3	172059121	rs570549	G	A	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=65;PP=1877;SC=ATGTATCTTGGTAATGCAACC;SOR=3.471;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=76;WE=172059129;WS=172059111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	172060700	rs606797	C	T	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=24;PP=2625;SC=AACCCCTTTTCGGTAACATTT;SOR=2.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=90;TCR=24;TR=114;WE=172060708;WS=172060690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	172064091	rs583550	G	A	8033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=195;NR=81;PP=2965;SC=ATATACATACGTGTGTGTGCG;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=278;TCF=197;TCR=81;TR=276;WE=172064099;WS=172064081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr3	172162829	rs482204	G	A	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.61;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr3	172162837	rs477251	T	C	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.43;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr3	172166033	rs495225	G	A	14575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=872;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=297;NR=325;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.049;SC=TGCCAGCGATGCCCACCACGA;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=842;TCF=409;TCR=433;TR=622;WE=172166041;WS=172166023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,647:0.74:869
chr3	172224303	rs1131532	A	G	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=45;PP=2852;SC=AAAAGGCCCCAAAAAAACTGG;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=113;TCR=45;TR=158;WE=172224311;WS=172224293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	172224769	rs111284464	GC	G	10410.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=161;PP=2957;SC=AAAGCAAGGAGCTTTTTTGCA;SOR=2.674;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=196;TCF=7;TCR=189;TR=168;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	172224771	rs17848019	T	A	10418.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=162;PP=2965;SC=AGCAAGGAGCTTTTTTGCAGC;SOR=2.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=234;TCF=50;TCR=184;TR=204;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	172227199	rs3815496	C	T	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=83;PP=2374;SC=AATCAGCCATCGTAAGCATAC;SOR=2.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=111;WE=172227207;WS=172227189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	172236440	rs231983	T	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=34;PP=836;ReadPosRankSum=0.207;SC=ACAGGCTATTTGTGAAGGTCC;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=36;WE=172236448;WS=172236430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr3	172240999	rs2270418	T	G	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=13;PP=1570;ReadPosRankSum=0.143;SC=TAACCAGACATTTGCTAAGCG;SOR=1.286;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=89;TCR=22;TR=75;WE=172241007;WS=172240989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,77:0.67:115
chr3	172351917	rs66931377	T	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=177;ReadPosRankSum=-1.034;SC=TATTTCATTTTGCATGCCTTC;SOR=0.208;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=11;WE=172351925;WS=172351907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr3	172365619	rs9865941	G	A	8422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=217;NR=69;PP=2965;SC=ACTCAGTTACGCATCTCCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=218;TCR=70;TR=286;WE=172365632;WS=172365609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr3	172428508	rs7629698	C	T	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=15;PP=2051;SC=TGGACCACCTCAAAAAGCGAC;SOR=3.142;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=77;TCR=15;TR=91;WE=172428516;WS=172428498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	172428782	rs2276805	T	C	14725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=274;NR=280;PP=2965;ReadPosRankSum=2.223;SC=CATCTTGCCCTGGCTCGGCTC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=561;TCF=276;TCR=285;TR=554;WE=172428790;WS=172428772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,559:1.00:561
chr3	172473484	rs1403088	A	G	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=415;SC=AGCTTAATGAATAGAAACTGT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=172473492;WS=172473474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	172480173	rs10654513	A	ATT	817.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=622;SC=ATTTAAGTTAAACTGGTTTTG;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=172480182;WS=172480170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	172480174	rs11313111	AC	A	817.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=587;SC=TTTAAGTTAAACTGGTTTTGG;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=172480182;WS=172480170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	172501443	rs7649589	A	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=372;SC=TTATAAAATAAGTTTGTTCTC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=172501451;WS=172501433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	172520818	rs7644191	G	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=917;SC=ATTTTTGTAAGTTCCCTGAAT;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=172520826;WS=172520808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	172534428	rs10936738	C	T	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=12;PP=2689;SC=TAAATATTCTCATCAGCTGTA;SOR=3.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=99;TCR=12;TR=111;WE=172534436;WS=172534418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	172537850	rs35236458	T	G	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.410;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=28;PP=2540;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TTGTAAAATGTAAAAATAATA;SOR=2.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=110;WE=172537858;WS=172537839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr3	172607550	rs9832493	C	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=851;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CTTATAAAAACGGTGAGGTAT;SOR=0.574;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=56;WE=172607558;WS=172607540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr3	172631461	rs62622782	A	G	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=72;PP=2067;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CTTTTGGATCATATTCCACAC;SOR=0.559;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=215;TCF=113;TCR=102;TR=146;WE=172631469;WS=172631451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,153:0.68:225
chr3	172631512	rs115095786	G	A	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=65;PP=1799;ReadPosRankSum=-0.785;SC=GGTGTCCATAGCATCTGCCAT;SOR=0.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=193;TCF=89;TCR=104;TR=118;WE=172631520;WS=172631502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,125:0.62:201
chr3	172634026	rs11371458	T	TG	707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=23.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.45;ReadPosRankSum=2.481;SOR=4.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr3	172634355	rs147983488	AAC	A	785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=585;ReadPosRankSum=0.032;SC=GGCTTGTGATAACGTATTTAC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=15;WE=172634364;WS=172634345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr3	172643300	rs146509162	G	A	7619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=0.523;SC=ATGACAGAAAGAGAACTAAGA;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=503;TCF=203;TCR=300;TR=326;WE=172643308;WS=172643290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,333:0.66:508
chr3	172835125	rs1515442	T	C	8821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=2.462;SC=CGAACACCCATTTCATCAATG;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=509;TCF=243;TCR=266;TR=345;WE=172835133;WS=172835115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,361:0.69:525
chr3	172835290	rs1515441	C	T	8354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GCTGCTTTCTCTAAATCATTG;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=512;TCF=273;TCR=239;TR=334;WE=172835298;WS=172835280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,344:0.65:528
chr3	173322248	rs3844523	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.783;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=403;ReadPosRankSum=-2.320;SC=ATCTGCTGTCTGAAGATCTTT;SOR=0.110;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=69;TCF=63;TCR=6;TR=26;WE=173322256;WS=173322238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr3	173323278	rs3853390	A	G	4061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=62;PP=2774;ReadPosRankSum=-1.595;SC=CCGGCGGTCTATGATGGAGCG;SOR=0.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=268;TCF=163;TCR=105;TR=164;WE=173323286;WS=173323268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,171:0.61:282
chr3	173413519	rs7638716	A	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=380;ReadPosRankSum=-1.102;SC=CAACCTTATTACGATCACTTC;SOR=0.511;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=28;WE=173413527;WS=173413509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr3	173442381	rs114182627	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=1.086;SC=TGCACTTAAAATAACTAGTTC;SOR=2.817;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=4;WE=173442389;WS=173442371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr3	173507744	rs2046722	T	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=53;PP=1176;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CAGAGCACAGTCCCTACCCTT;SOR=0.519;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=267;TCF=92;TCR=175;TR=85;WE=173507752;WS=173507734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,89:0.32:278
chr3	173518043	.	CT	C	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=2.007;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,19:0.23:83
chr3	174581888	rs6445184	T	C	7638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.895;SC=AAGGTGAGTCTGACCTAAATG;SOR=0.561;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=548;TCF=297;TCR=251;TR=346;WE=174581896;WS=174581878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,352:0.63:559
chr3	174814738	rs9823911	G	A	5514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.189;SC=CCAGCTAGACGGTGCTGAGAA;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=344;TCF=202;TCR=142;TR=223;WE=174814746;WS=174814728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,233:0.65:358
chr3	174814920	rs9836841	A	G	8866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TCTTAAAAATACTTTGCACAG;SOR=0.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=557;TCF=266;TCR=291;TR=359;WE=174814928;WS=174814910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,373:0.65:574
chr3	174951756	rs4371530	T	C	6632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=76;PP=2965;SC=GAAGATGACATGGAAATTTCA;SOR=1.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=155;TCR=76;TR=231;WE=174951764;WS=174951746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	175087275	rs9869507	A	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.17;NF=5;NR=2;PP=112;SC=GTATACATATATAGGTAACAA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=175087283;WS=175087265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	175087408	rs78831152	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=581;ReadPosRankSum=-1.477;SC=TATAGGTAGCCTGTGTGTGTG;SOR=0.603;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=43;WE=175087416;WS=175087398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr3	175165079	rs6802937	C	T	19563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=372;NR=334;PP=2965;SC=CATCTCTGCACCCCTCGTTGC;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=709;TCF=375;TCR=334;TR=706;WE=175165087;WS=175165069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,724:1.00:724
chr3	175165201	rs2161041	T	G	6104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=162;PP=2965;SC=TACAGTTTTTTTAAAGACCAT;SOR=2.845;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=41;TCR=162;TR=203;WE=175165209;WS=175165191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	175189406	rs35213579	CT	C	5636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.328;NF=98;NR=43;PP=2985;ReadPosRankSum=1.755;SC=CAGATAGATCCTTTTTTTTTT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=128;TCR=58;TR=141;WE=175189425;WS=175189396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr3	175189417	rs79264590	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=2.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.761;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,52:0.23:227
chr3	175189447	rs9290555	G	A	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.157;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,121:0.28:435
chr3	175205148	rs7646041	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=565;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CAGGAGGACACTGAGGCATAG;SOR=1.012;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=76;TCF=69;TCR=7;TR=32;WE=175205156;WS=175205138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr3	175293752	rs62285573	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,5:0.13:38
chr3	175298953	rs62284484	G	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-0.949;SC=GAATAGGCCGGACGCGGTGGC;SOR=0.283;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=4;WE=175298961;WS=175298943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr3	175345143	rs9866564	C	G	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=836;ReadPosRankSum=1.761;SC=GAAATGGATCCCTCTTTCAAC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=64;WE=175345151;WS=175345133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr3	175373483	rs376781296	TAAATA	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr3	175473047	rs9826737	T	C	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=38;PP=2687;ReadPosRankSum=1.097;SC=GCCATGGCGTTACGCCTGCGG;SOR=1.510;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=90;TCR=39;TR=128;WE=175473055;WS=175473037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr3	176752202	rs1905503	A	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TATTATATGGACAGTCTAAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=176752210;WS=176752192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr3	176765253	rs1201300	G	A	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=48;PP=2090;SC=AACAAAGTAAGAAGGAAAATG;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=119;WE=176765261;WS=176765243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	176765269	rs3749234	T	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=388;ReadPosRankSum=1.730;SC=AAATGCTTCATTTACCATCTT;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=68;TCR=54;TR=37;WE=176765277;WS=176765259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,42:0.32:131
chr3	176767673	.	A	AGG	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.860;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr3	176769608	rs1881979	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=538;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GAAAATCTTCGTTCCTAAAAA;SOR=1.781;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=82;TCF=10;TCR=72;TR=31;WE=176769616;WS=176769598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,31:0.37:84
chr3	176771833	rs138539758	CGTGT	C	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQRankSum=1.028;QD=26.41;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr3	178785549	rs6772028	G	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=48;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.930;SC=ATTGGGTAGGGAAGCCTGGGG;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=21;TCR=69;TR=62;WE=178785557;WS=178785539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr3	178922274	rs2699896	C	A	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=67;PP=2960;SC=TAGTATATACCTACTTTTTTC;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=109;TCR=68;TR=176;WE=178922282;WS=178922264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	178922430	rs3729679	A	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=414;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GTTTAGCAGTATGATCCATAA;SOR=0.493;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=27;WE=178922438;WS=178922420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr3	178942431	rs2699889	C	G	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=14;PP=2726;SC=AAATAAATTTCAGGGTAAAAT;SOR=3.217;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=94;TCR=14;TR=107;WE=178942439;WS=178942421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	178957861	.	TA	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.001;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr3	178960980	rs200501591	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=6.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.63;MQRankSum=-0.526;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr3	178968634	rs7645550	C	T	4764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.453;SC=TCCTCTCCAGCACTGGATGGC;SOR=0.755;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=324;TCF=163;TCR=161;TR=214;WE=178968642;WS=178968624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,217:0.65:334
chr3	178976591	rs56400023	T	A	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.629;NF=82;NR=8;PP=1930;ReadPosRankSum=-1.290;SC=GAATGTACACTGATAACAAAT;SOR=1.312;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=128;TCF=115;TCR=13;TR=90;WE=178976599;WS=178976581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,91:0.71:129
chr3	178976777	rs11720871	C	T	5847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.119;NF=105;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CTCAGACTTCCTGTGCACCAC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=404;TCF=170;TCR=234;TR=251;WE=178976785;WS=178976767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,250:0.61:407
chr3	178976821	rs11720935	G	A	3680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.948;NF=57;NR=95;PP=2654;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GACATGGTACGGTCTTCTTTG;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=249;TCF=92;TCR=157;TR=152;WE=178976829;WS=178976811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,154:0.60:256
chr3	179096508	rs7637065	C	G	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=85;PP=2965;SC=ATTGTATTTCCTTTTTCCCTG;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=121;TCR=85;TR=206;WE=179096516;WS=179096498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	179291308	rs71907893	CT	C	1896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=11.377;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.38;MQRankSum=0.605;QD=23.71;ReadPosRankSum=1.518;SOR=1.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,74:0.93:80
chr3	179298999	rs1132429	C	T	22359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=357;NR=447;PP=2965;SC=GTGATATTGACATCAGACCAG;SOR=0.949;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=804;TCF=357;TCR=447;TR=804;WE=179299007;WS=179298989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,829:1.00:829
chr3	179301051	rs77765357	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=470;ReadPosRankSum=-0.306;SC=AAGGGAAATTGTAGTAGAGCA;SOR=1.577;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=29;WE=179301059;WS=179301041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr3	179304255	rs9818068	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.82;QD=23.20;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	179305654	rs6443659	A	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=3;PP=874;SC=AAAAAAAAAAATTTTTTAAGC;SOR=4.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=34;WE=179305662;WS=179305644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	179399570	rs13080037	C	T	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=173;NR=73;PP=2965;SC=TGCCAGGCCTCGTCTTCAGCG;SOR=1.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=173;TCR=74;TR=246;WE=179399578;WS=179399560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr3	179437971	rs9877605	T	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=832;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATTTACTTCTTGCATTTAAT;SOR=0.064;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=41;WE=179437979;WS=179437961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr3	179437986	rs60372316	A	G	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=641;ReadPosRankSum=-0.123;SC=TTTAATTAGTAGATGTTTTCT;SOR=0.216;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=31;WE=179437994;WS=179437976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr3	179448066	rs11309768	AT	A	2514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.962;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=69;PP=1146;ReadPosRankSum=-1.395;SC=CCAGATTTGTATTTTTTTTTT;SOR=0.137;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=93;TCF=4;TCR=89;TR=73;WE=179448074;WS=179448056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,107:0.96:112
chr3	179448383	rs3213761	C	T	6308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=147;NR=93;PP=2965;SC=CTTTTTGTTTCTGTTTCTCTG;SOR=1.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=147;TCR=93;TR=240;WE=179448391;WS=179448373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	179463076	rs58527921	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.492;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr3	179463081	rs59131484	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.399;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr3	179469995	rs2239639	A	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-5.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=383;ReadPosRankSum=0.573;SC=TGCCTCAGACAAAGTTGATAT;SOR=0.970;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=100;TCF=95;TCR=5;TR=29;WE=179470003;WS=179469985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr3	179472674	rs2287240	C	T	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,132:0.28:464
chr3	179474767	rs3732992	A	G	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=34;PP=1875;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCCCTGGATCAATGGGTTTTC;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=133;TCR=50;TR=121;WE=179474775;WS=179474757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,125:0.65:193
chr3	179481971	.	CTGTGTG	C,CTGTG	3264.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.01;ReadPosRankSum=0.910;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,64,28:0.67,0.29:96
chr3	179526026	rs190962203	C	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.308;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=905;ReadPosRankSum=-2.519;SC=TTACAGAGAACGCTGTGGTTT;SOR=0.864;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=244;TCF=156;TCR=88;TR=80;WE=179526034;WS=179526016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,84:0.32:263
chr3	179592053	rs1609981	G	A	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=22;PP=2965;SC=TGAAAATAAAGCATTTATGCT;SOR=2.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=111;TCR=22;TR=132;WE=179592061;WS=179592043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	179592240	rs2339914	C	T	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=52;PP=976;ReadPosRankSum=0.033;SC=GGAAATTAAACGTACACTAGA;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=94;TCR=167;TR=81;WE=179592248;WS=179592230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,81:0.30:268
chr3	179593072	rs55664665	T	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=387;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GACTTAACTCTTTGGCTATTT;SOR=0.346;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=86;TCF=74;TCR=12;TR=29;WE=179593080;WS=179593062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr3	179593352	rs2302743	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr3	179605647	rs41265425	C	A	4149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=105;PP=2852;ReadPosRankSum=1.196;SC=TGCAGCCTTGCAACAAAATGA;SOR=0.346;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=232;TCF=83;TCR=149;TR=170;WE=179605655;WS=179605637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,176:0.73:242
chr3	179618476	.	A	T	8522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GGGTCAGGTCACTTTTTTGAA;SOR=0.815;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=511;TCF=305;TCR=206;TR=350;WE=179618484;WS=179618466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,356:0.69:519
chr3	179689173	rs3774255	T	C	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=2;PP=773;ReadPosRankSum=1.200;SC=CCATCATTCTTACATACAAAA;SOR=1.047;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=57;TCR=4;TR=36;WE=179689181;WS=179689163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr3	180320105	.	C	G	5210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=1333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:987,340:0.26:1327
chr3	180332955	rs11712658	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CCATAATTCCATAAGTAAAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=13;WE=180332963;WS=180332945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr3	180334623	rs7612917	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=670;ReadPosRankSum=0.058;SC=CCTGTTTGGTCACTCTTTCTA;SOR=0.878;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=222;TCF=109;TCR=113;TR=64;WE=180334631;WS=180334613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,69:0.30:232
chr3	180334721	rs200913298	A	G	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=52;PP=1281;ReadPosRankSum=-1.172;SC=TTATTTGCCAAATGTTCTATA;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=73;WE=180334729;WS=180334711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,75:0.74:101
chr3	180365956	rs6769457	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CATCTACCTGGCTGTACATAA;SOR=1.092;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=19;WE=180365964;WS=180365946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr3	180426445	.	C	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-5.182;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=5;PP=834;ReadPosRankSum=-1.071;SC=ATTCTGTGTCCTGGACCTTAA;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=101;TCR=11;TR=48;WE=180426453;WS=180426435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr3	180679156	.	G	A	242	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=20;HapScore=2;MGOF=57;MMLQ=26;MQ=59.12;NF=6;NR=3;PP=242;QD=30.7523569497;SC=AAAAAAAAAAGGTGTGTGTGT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=180679164;WS=180679146;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,9:0.82:11
chr3	180680889	.	AT	A	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.457;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr3	180693215	.	GT	G	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=2.123;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr3	181430118	rs56073304	C	T	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,109:0.71:154
chr3	182546017	rs9814205	C	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=38;PP=1588;SC=ATTACTCAATCTTAAGTTTGT;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=182546025;WS=182546007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	182575631	rs661774	G	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=552;SC=TAATACATGAGTTGTATGTTT;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=182575639;WS=182575621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	182576923	rs645597	T	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=2;PP=577;SC=ATTTTTTCTTTTCAAACAATT;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=27;WE=182576931;WS=182576913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	182590354	rs771156	C	T	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=86;PP=2545;SC=AAAAATATTACTTTTCTCTCA;SOR=2.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=28;TCR=86;TR=114;WE=182590362;WS=182590344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	182598863	rs796406	A	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=44;PP=1374;SC=ATTAAAGTACAGTATCAAATT;SOR=2.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=54;WE=182598871;WS=182598853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	182681740	rs4859146	C	T	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=40;PP=2016;SC=TGAACTTCCACGCAATAATCA;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=115;WE=182681748;WS=182681730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	182681853	rs4859147	T	C	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=69;PP=1978;SC=AAAATAACAATGCAATATTAA;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=59;TCR=70;TR=128;WE=182681861;WS=182681843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	182735182	rs6786878	C	A	8846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=233;PP=2965;SC=TAGATATGTTCATCTGCTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=309;TCF=76;TCR=233;TR=309;WE=182735190;WS=182735172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr3	182755209	rs2270968	T	G	7494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=115;NR=149;PP=2965;SC=AATGTTGGTGTGCAGTCCAAC;SOR=1.040;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=115;TCR=150;TR=264;WE=182755217;WS=182755199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr3	182757084	rs2270967	G	A	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=67;PP=2022;SC=GAGGTTCAGAGGGCTTTGAAA;SOR=4.615;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=6;TCR=67;TR=73;WE=182757092;WS=182757074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	182790249	rs7622479	G	A	9432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=183;NR=139;PP=2965;SC=TGTTTTCTGAGAGAAAACCGC;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=183;TCR=139;TR=322;WE=182790257;WS=182790239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr3	182804385	rs6806083	G	A	5992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=163;NR=47;PP=2965;SC=TAAAGATCTTGGGAAAGGCTA;SOR=2.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=164;TCR=47;TR=210;WE=182804393;WS=182804375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr3	182810144	rs3732604	T	G	6676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=71;PP=2965;SC=ACGAAAATACTGACACAGTAA;SOR=1.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=166;TCR=71;TR=236;WE=182810152;WS=182810134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	182817328	rs937652	C	G	23123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=873;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=362;NR=485;PP=2965;SC=TGACCCCCGCCGGCCACCGTC;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=851;TCF=364;TCR=487;TR=847;WE=182817336;WS=182817318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,869:1.00:869
chr3	182853670	rs482912	T	C	10166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=158;NR=202;PP=2965;SC=CCTTGGTAAATTGTCTCTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=158;TCR=202;TR=360;WE=182853678;WS=182853660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr3	182858287	rs522235	C	T	18426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=397;NR=288;PP=2965;SC=ACAGAAACAGCGTCATGGCTG;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=686;TCF=397;TCR=289;TR=685;WE=182858303;WS=182858277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,697:1.00:697
chr3	182858461	rs831256	A	G	4570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=124;PP=2965;SC=ACTTTGTTTAAGATTCCAGCT;SOR=4.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=13;TCR=124;TR=137;WE=182858469;WS=182858451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	182870082	rs682396	G	A	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=20;PP=1103;SC=CTGAAGTGTGGGGTTGCACCA;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=182870090;WS=182870072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	182870367	.	GT	G	1460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.596;NF=1;NR=33;PP=1186;ReadPosRankSum=1.413;SC=GCACAGGCTAGTTTGTGAGCC;SOR=0.416;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=34;WE=182870375;WS=182870357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr3	182870436	rs514636	G	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=408;SC=AACACCTCTCGTTTTCAAACT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=182870444;WS=182870426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	182871962	rs653316	C	T	13974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=294;NR=203;PP=2965;SC=TTTTTGTAGTCGCTGGGGTAG;SOR=1.098;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=499;TCF=296;TCR=203;TR=497;WE=182871970;WS=182871940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr3	182880495	rs11543123	C	A	8337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.807;SC=GGGCAGGCCCCGAATCGGTGC;SOR=0.825;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=502;TCF=272;TCR=230;TR=358;WE=182880503;WS=182880485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,367:0.71:516
chr3	182880629	rs602762	A	C	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=98;PP=2249;SC=CCTACGGAGCAGGGAGGGGCG;SOR=3.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=15;TCR=98;TR=113;WE=182880637;WS=182880619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	182913092	rs577136	T	G	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=57;PP=1677;SC=TAAGCTAATTTGAATTGATTT;SOR=1.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=83;WE=182913100;WS=182913082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	182925404	rs6804951	T	C	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=48;PP=2965;SC=ACCTTCATGGTCTTCTTGAAG;SOR=1.369;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=101;TCR=48;TR=149;WE=182925412;WS=182925394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	182946002	rs6803121	A	G	15704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=344;NR=211;PP=2965;SC=TAGACCATTGATGTTTCCATT;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=555;TCF=344;TCR=211;TR=555;WE=182946010;WS=182945992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr3	182947413	rs1122143	C	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr3	182987515	rs3811732	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TACGAAACACGAAGTTCTATG;SOR=0.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=7;WE=182987523;WS=182987505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr3	183493743	rs146705467	CGGA	C	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=1.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,7:0.11:61
chr3	183543291	rs263006	G	A	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	183558402	rs3732581	C	G	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	183560195	rs13091	A	G	4687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.98;NF=107;NR=63;PP=2965;SC=ATAAGGAGAAATGACTGAATG;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=107;TCR=64;TR=170;WE=183560203;WS=183560185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	183560292	rs7652031	A	T	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=106;PP=2965;SC=AATAAAAATTATCCATTTTAA;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=85;TCR=106;TR=191;WE=183560300;WS=183560282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	183562276	rs3811725	A	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=974;SC=GAATGCTTTTAAAGTATCAGC;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=183562284;WS=183562266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	183604723	rs1829515	A	G	6848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=1.447;SC=TAGCGGTAGCATGTCAAGGAA;SOR=0.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=125;TCR=130;TR=252;WE=183604739;WS=183604713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr3	183604801	rs4420923	G	T	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=60;PP=1626;SC=CTCTTGTGGAGGGCCTGACAT;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=73;WE=183604809;WS=183604791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	183643585	rs56348509	T	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=62;PP=1854;SC=TACTAAAATGTATTTCATTTA;SOR=3.784;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=8;TCR=65;TR=70;WE=183643593;WS=183643575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	183663833	rs2292998	T	C	8688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=229;PP=2965;SC=ACTGAGCACATGCAGCAGCTG;SOR=2.014;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=321;TCF=91;TCR=230;TR=320;WE=183663841;WS=183663823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr3	183665090	.	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.461;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=274;ReadPosRankSum=-2.050;SC=GCAAAGATGACGCTCCTATCC;SOR=0.283;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=27;WE=183665098;WS=183665080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr3	183669396	rs4148586	C	T	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=43;PP=1269;SC=GGCCCAGGGACGGCTCTGTTC;SOR=2.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=55;WE=183669404;WS=183669386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	183679532	rs6443924	A	G	6925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=184;PP=2965;SC=TCTACAGGAGACGAGTTAAGC;SOR=2.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=49;TCR=185;TR=233;WE=183679540;WS=183679522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	183685534	rs939336	A	G	17473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=348;NR=314;PP=2965;ReadPosRankSum=1.584;SC=CCACACTGCCACAGATTCCAA;SOR=0.397;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=666;TCF=350;TCR=316;TR=662;WE=183685542;WS=183685524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,674:1.00:675
chr3	183695545	rs200446876	A	AT	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.878;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,19:0.21:92
chr3	183696402	rs1132776	A	G	10586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=1.551;SC=GGAAGTACCCAGCTTTTTCCA;SOR=0.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=392;TCF=231;TCR=161;TR=391;WE=183696412;WS=183696392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,407:1.00:408
chr3	183699503	.	C	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.721;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=2.271;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,23:0.25:92
chr3	183699516	rs7636910	T	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=27;PP=2615;SC=TAAACTCACTTTGAACACTCT;SOR=2.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=85;TCR=27;TR=112;WE=183699524;WS=183699493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	183699781	rs2872247	A	C	4114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=110;PP=2965;SC=AGGATGGGCCAAATGTTATGT;SOR=3.173;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=22;TCR=110;TR=132;WE=183699789;WS=183699771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	183700211	rs2293001	C	T	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=22;PP=1394;SC=GGAGAAGCTGCCAGGATTCAG;SOR=1.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=183700219;WS=183700201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	183706630	rs6443926	A	C	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=51;PP=1642;SC=GTCTCCCCAGATGATCTAATC;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=183706638;WS=183706620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	183749731	rs939334	T	C	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=77;PP=1854;SC=GTGACACTGATGGCTTTGTAC;SOR=3.383;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=14;TCR=79;TR=91;WE=183749739;WS=183749721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	183752964	rs77099580	A	C	14136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=304;NR=205;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.161;SC=CTGCTATTCCAGGATTCACAC;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=516;TCF=308;TCR=208;TR=509;WE=183752972;WS=183752952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,522:1.00:524
chr3	183753182	rs56168811	G	C	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=55;PP=1338;SC=TGCTGGTTTAGGAGGGCAGAA;SOR=4.548;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=60;WE=183753190;WS=183753172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	183754029	rs6792482	T	C	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=45;PP=1791;SC=AGAATATGATTATAGGTAGAA;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=183754037;WS=183754019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	183754294	rs6443930	G	C	8036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=149;PP=2965;SC=ATGGACAGAGGTGAACGCTCT;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=287;TCF=138;TCR=149;TR=287;WE=183754302;WS=183754284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr3	183755822	rs1000952	G	A	8068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=94;PP=2965;SC=GCCATCAGGCGCAGGTGCAGG;SOR=1.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=278;TCF=184;TCR=94;TR=277;WE=183755830;WS=183755812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	183756426	rs6799766	T	C	7935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=142;NR=155;PP=2965;SC=AGGGAAGTCATACTTCCTCTT;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=142;TCR=155;TR=297;WE=183756434;WS=183756416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr3	183756702	rs6789754	G	A	23031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=869;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=3.602;NF=493;NR=344;PP=2965;ReadPosRankSum=0.098;SC=CTGCTCTTCCGCCTCTACCTG;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=841;TCF=495;TCR=346;TR=837;WE=183756710;WS=183756692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,864:1.00:867
chr3	183756742	rs55674402	C	T	31114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=1173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=575;NR=506;PP=2965;SC=TCATCACCGTCATATGCCTCT;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1083;TCF=577;TCR=506;TR=1081;WE=183756750;WS=183756729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1171:1.00:1171
chr3	183756780	rs6765152	A	C	30264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1032;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.514;NF=417;NR=506;PP=2965;ReadPosRankSum=2.281;SC=GCTCACCTGCAAACTTCAGTC;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=926;TCF=418;TCR=508;TR=923;WE=183756788;WS=183756770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1028:1.00:1030
chr3	183756805	.	C	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=757;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.306;QD=1.88;ReadPosRankSum=3.814;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:620,135:0.18:755
chr3	183756808	rs6789882	G	A	21922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=115;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.240;NF=223;NR=384;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.207;SC=CTTTTTGCCAGAGAACTCCAG;SOR=1.065;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=614;TCF=223;TCR=391;TR=607;WE=183756816;WS=183756795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,718:1.00:719
chr3	183756836	rs11274156	A	AT,ATGTCAGTCCAAAT	17468.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=158;PP=2970;SC=TCAGGCTCTCAGTCAGCCTTG;SOR=2.545;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=255;TCF=14;TCR=241;TR=165;WE=183756845;WS=183756823;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:392
chr3	183756837	.	G	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MMLQ=28;MQ=59.94;NF=17;NR=134;PP=2965;QD=20;SC=CAGGCTCTCAGTCAGCCTTGT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=186;TCF=19;TCR=167;TR=151;WE=183756845;WS=183756823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:35,151:0.81:186
chr3	183756837	rs66883074	G	GTCAGTCCAAATT	8758.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=4.787;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;MQRankSum=0.000;QD=29.59;ReadPosRankSum=0.041;SOR=3.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr3	183756897	rs55953689	A	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=226;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=92;PP=2653;SC=GTAGTTTCAGACCAGACCTGA;SOR=5.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=9;TCR=92;TR=101;WE=183756905;WS=183756887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	183774762	rs6766410	C	A	21123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=413;NR=348;PP=2965;SC=GCATCTGTAACCTGGACATCT;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=761;TCF=413;TCR=348;TR=761;WE=183774770;WS=183774752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,781:1.00:781
chr3	183774872	rs11432832	G	GA	11748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=207;PP=2936;SC=AAGATTCAGGGAAGACATTTG;SOR=1.953;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=235;TCF=12;TCR=223;TR=216;WE=183774880;WS=183774862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr3	183776469	rs7617316	C	T	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.68;NF=28;NR=71;PP=1914;SC=AAAGAAGCTCCAGGCCGGGTG;SOR=2.175;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=28;TCR=71;TR=99;WE=183776477;WS=183776459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	183777919	rs6807271	G	A	13492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.229;NF=275;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CCATGACTGAGCCTCTGTCCT;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=483;TCF=275;TCR=208;TR=481;WE=183777927;WS=183777909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,501:1.00:502
chr3	183778010	rs6807362	G	C	19343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=405;NR=220;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.522;SC=GGGGGCTCAGGATGGACAAAG;SOR=0.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=626;TCF=406;TCR=220;TR=625;WE=183778018;WS=183778000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,646:1.00:647
chr3	183815439	rs6765267	A	G	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=59;PP=1771;SC=TCTCTCTAGTAGAACATCTAG;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=85;WE=183815447;WS=183815429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	183818416	rs7627615	G	A	13706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=226;NR=270;PP=2965;SC=CATCTCCTTCGCGATGTCTGC;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=497;TCF=226;TCR=271;TR=496;WE=183818424;WS=183818406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr3	183823576	rs4912524	T	C	8359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=71;PP=2965;SC=GCAGGCCCAGTCTCTATGTCA;SOR=2.139;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=281;TCF=210;TCR=71;TR=280;WE=183823584;WS=183823566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr3	183904232	rs1709624	T	A	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=85;PP=2965;SC=CTGTCTGGGGTCTGAAACTGC;SOR=1.437;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=46;TCR=85;TR=130;WE=183904240;WS=183904222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	183905309	rs35315125	G	C	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=80;PP=2657;SC=TATCTTTTGGGGGGATTTCTG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=71;TCR=80;TR=149;WE=183905317;WS=183905299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	183951135	rs729377	C	T	14495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=265;NR=237;PP=2965;SC=CCCCGCTGGCCCCGCCAGGCC;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=503;TCF=265;TCR=238;TR=502;WE=183951143;WS=183951125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr3	183951431	rs902417	C	T	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=55;PP=1747;SC=GCTGGCTGCCCCTCGGGACGT;SOR=1.583;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=84;WE=183951439;WS=183951421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	183952130	rs112534894	A	G	11248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=218;PP=2965;SC=TCTGTGTCACACTGGCAGAGG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=418;TCF=200;TCR=218;TR=418;WE=183952138;WS=183952120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr3	183957095	rs843333	A	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=6;PP=399;SC=GGGTTTCAGAAAAGGGGCATG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=183957103;WS=183957085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	183957218	rs113200353	C	T	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=57;PP=2965;SC=GGGCCGTCAGCACAGAGCGGC;SOR=1.506;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=117;TCR=57;TR=173;WE=183957226;WS=183957208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	183962862	rs77177287	G	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=7;PP=1123;SC=TCCTGGACTCGCTTTGTGGAG;SOR=2.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=49;WE=183962870;WS=183962852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	183966818	rs2233462	C	A	14723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=283;NR=254;PP=2965;SC=TGGCGTCCCACCAGGCTAAGC;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=541;TCF=284;TCR=257;TR=537;WE=183966826;WS=183966808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr3	183975365	rs7633387	C	T	14301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=300;PP=2965;SC=GCAGGCTCGCCATGCCCATGT;SOR=1.138;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=512;TCF=212;TCR=300;TR=512;WE=183975373;WS=183975355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr3	183976108	rs902415	T	C	7707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.324;SC=GAGGCCGGTTTATCTCAATGA;SOR=1.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=179;TCR=82;TR=259;WE=183976116;WS=183976098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,272:0.99:274
chr3	183993908	rs199785048	G	A	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=26.09;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	183994536	rs843371	A	G	9110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=172;PP=2965;SC=AACAGACTCAAGGCTCAACTC;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=141;TCR=172;TR=313;WE=183994544;WS=183994526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr3	183996213	rs843372	C	T	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=33;PP=2671;SC=CCCCTACCCCCGCTCGGGAAT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=104;WE=183996221;WS=183996203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	184003194	rs1687230	C	T	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=11;PP=1664;SC=CTTGCATGTTCCTGGGGGCTG;SOR=3.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=69;WE=184003202;WS=184003184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	184005785	rs112975088	A	G	10455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=214;PP=2965;SC=TTGACTGTTCATGTATGTGCA;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=373;TCF=159;TCR=214;TR=373;WE=184005793;WS=184005775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr3	184007518	rs111476402	C	T	4850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TGAGTACCTACGCTCATCAGT;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=56;TCR=108;TR=163;WE=184007526;WS=184007508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr3	184009311	rs55942143	T	G	7597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=169;PP=2965;SC=CTGGGGCACGTGTCAAACGGG;SOR=1.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=85;TCR=169;TR=254;WE=184009319;WS=184009301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	184016991	rs2272475	TT	GC	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	184020100	rs71185698	C	CA	1567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=6;PP=1931;SC=TAAGTGAATTCATGGGGAAAA;SOR=3.109;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=40;WE=184020108;WS=184020094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	184025335	rs111799818	G	C	11951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=243;PP=2965;SC=GCAGAAGAAGGTCATAAACAG;SOR=1.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=407;TCF=164;TCR=243;TR=407;WE=184025356;WS=184025325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr3	184033346	rs111493976	T	A	11958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=215;NR=206;PP=2965;SC=GAGTGAGGGGTCTGTTTCAGT;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=422;TCF=216;TCR=206;TR=421;WE=184033354;WS=184033330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr3	184033664	rs200622796	CAGG	C	5983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=79;PP=2957;SC=GAGGAATTAGCAGGGGTGGGG;SOR=1.964;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=103;TCF=16;TCR=87;TR=92;WE=184033674;WS=184033654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	184037533	rs13319149	A	G	15662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.03;MQRankSum=0.100;NF=338;NR=273;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.136;SC=CGTGGCCCCCACCCCAGTTTT;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=619;TCF=342;TCR=277;TR=611;WE=184037541;WS=184037522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,626:1.00:628
chr3	184039666	rs2178403	A	G	11525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.14;NF=131;PP=2965;SC=GACAGCATCAATGGCGCCCCC;SOR=1.708;Source=Platypus;TCF=131;WE=184039674;WS=184039656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr3	184039766	rs111659103	AAGGAGAAGC	A	10994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.96;QD=43.12;SOR=1.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	184045410	rs2230570	T	C	9722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=200;PP=2965;SC=GTGAGCCCCCTGAAGGCGGCT;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=157;TCR=200;TR=357;WE=184045418;WS=184045400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr3	184045799	rs939317	A	G	10936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=232;PP=2965;SC=GGGTATGACCAGCTTCTCTGG;SOR=1.226;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=390;TCF=155;TCR=235;TR=387;WE=184045807;WS=184045789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr3	184046355	rs1879244	C	T	6654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=73;PP=2965;SC=AGCCATGCCACGTTGCCCCAG;SOR=1.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=160;TCR=73;TR=232;WE=184046363;WS=184046345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr3	184062776	rs9839000	A	G	7636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=0.538;SC=CATGCCTGGCAGTGGCATGCA;SOR=0.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=109;TCR=151;TR=258;WE=184062784;WS=184062766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr3	184070588	rs2228292	C	G	7996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=131;PP=2965;SC=TGCCTGCCGACTCTGCGCTCC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=143;TCR=131;TR=274;WE=184070596;WS=184070578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	184070675	rs3749223	A	G	6952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=132;PP=2965;SC=AGGAAGACACAGGGAGAGGTA;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=124;TCR=132;TR=256;WE=184070683;WS=184070665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr3	184070901	rs111656822	C	T	15460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=312;NR=221;PP=2965;SC=GGTCTCCCCCCGGGCTGCTGG;SOR=1.079;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=535;TCF=314;TCR=221;TR=533;WE=184070909;WS=184070891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr3	184071063	rs9820367	G	C	16341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=236;NR=312;PP=2965;SC=AGCCTCAGGGGTAGGGGGACC;SOR=1.023;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=548;TCF=236;TCR=312;TR=548;WE=184071071;WS=184071053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr3	184071131	.	C	CCGG	15062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=150;PP=2969;SC=TGTGCTGCCGCCGGCGGGCTG;SOR=1.220;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=236;TCF=41;TCR=195;TR=185;WE=184071139;WS=184071121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr3	184075958	rs41266271	C	T	11468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=184;NR=226;PP=2965;SC=CTCCCCTTCTCTTCTAACATA;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=411;TCF=184;TCR=227;TR=410;WE=184075966;WS=184075948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr3	184091149	rs6142	G	T	6137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=79;PP=2965;SC=GGTCTTCTAGGGGGACTGAGT;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=129;TCR=79;TR=207;WE=184091157;WS=184091139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	184093527	rs2280740	C	T	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=47;PP=1746;SC=GAAGAATAATCCTTGTCAGAG;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=184093535;WS=184093517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	184094183	rs956732	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=48;PP=1340;SC=CCAAGGGTGAAGAATCTATCC;SOR=3.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=54;WE=184094191;WS=184094173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	184099342	rs3749228	G	C	21971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=387;NR=447;PP=2965;SC=CGCGGGACCCGGAGCATCGCA;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=838;TCF=387;TCR=451;TR=834;WE=184099350;WS=184099332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,847:1.00:847
chr3	184103903	rs16858780	A	C	8513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=158;PP=2965;SC=GGCCTCCCTGATGATCACCAC;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=137;TCR=158;TR=295;WE=184103911;WS=184103893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr3	184106025	.	GTCCA	G	279	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5341;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=279;QD=56.8;SC=CCATCCATCCGTCCATCCATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=184106036;WS=184106015;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr3	184106493	rs2293606	T	G	15057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=267;NR=284;PP=2965;SC=CAGTGCCCCCTTTTGGAGAGA;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=552;TCF=267;TCR=285;TR=551;WE=184106501;WS=184106483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr3	184290348	rs9862375	G	A	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=58;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CATACCAGGTGTGTAATGTGC;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=468;TCF=291;TCR=177;TR=151;WE=184290356;WS=184290338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,155:0.32:479
chr3	184293564	rs7640497	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=248;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CTGCGGAGGTCTGGTGTCTGC;SOR=0.187;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=21;WE=184293572;WS=184293554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr3	184293769	rs7652597	T	C	17387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=283;NR=326;PP=2965;SC=ACAGTGCCTGTACCAGTGAGT;SOR=0.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=610;TCF=284;TCR=326;TR=609;WE=184293777;WS=184293759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,629:1.00:629
chr3	184295008	rs7644069	C	A	5314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=120;PP=2965;SC=GCCTGGGTCACTTTCTCCTGG;SOR=1.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=61;TCR=122;TR=181;WE=184295016;WS=184294998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	184295316	rs7644377	C	T	11778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=242;PP=2965;SC=AAATTACCCCCGGATCATGAT;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=421;TCF=177;TCR=244;TR=418;WE=184295324;WS=184295306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr3	184295828	rs4072650	C	A	12193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=182;NR=244;PP=2965;SC=CCATGGGCCGCCTCGAACTGC;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=428;TCF=183;TCR=245;TR=426;WE=184295836;WS=184295818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr3	184295921	rs4072651	C	T	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.11;SOR=2.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	184295921	.	CCA	TCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=25;NR=73;PP=2947;QD=20;SC=CCTCCTGGGGCCAGCCGTTGC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=27;TCR=81;TR=98;WE=184295931;WS=184295911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,98:0.91:108
chr3	184295923	rs4072652	A	G	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.03;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	184297792	rs3935434	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=1.487;SC=CCCTCCCACAAGTCAGACAGC;SOR=0.914;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=10;WE=184297800;WS=184297782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr3	184298663	rs11719912	G	A	3954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=123;PP=2745;ReadPosRankSum=0.706;SC=TGAGCAACCAGGATGTGAGTG;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=708;TCF=308;TCR=400;TR=223;WE=184298671;WS=184298653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:490,224:0.31:714
chr3	184299155	rs36034245	G	A	9332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.722;SC=TCGTCAGTGCGGGGTTTGCAT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=537;TCF=255;TCR=282;TR=364;WE=184299175;WS=184299145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,381:0.69:554
chr3	184299167	rs1138510	T	C	15929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=267;PP=2965;ReadPosRankSum=0.185;SC=GGTTTGCATCTTTTGACCTGG;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=536;TCF=266;TCR=270;TR=532;WE=184299175;WS=184299145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,548:1.00:550
chr3	184402122	rs9290796	G	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=13;PP=1585;SC=ACCTGACTCTGGTGGCTCCTG;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=70;WE=184402130;WS=184402112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	184428903	rs9872799	T	G	17574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=282;NR=340;PP=2965;SC=GAATTCATATTCTGGTGGATT;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=626;TCF=284;TCR=342;TR=622;WE=184428911;WS=184428893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,631:1.00:631
chr3	184429133	rs10656187	A	ATCC	7971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.472;NF=67;NR=81;PP=2989;ReadPosRankSum=-1.438;SC=CTCCTCCCAGATCCTCCTCCT;SOR=0.738;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=218;TCF=80;TCR=138;TR=148;WE=184429141;WS=184429123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,282:0.96:294
chr3	184429414	rs10937187	C	A	13713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=262;PP=2965;ReadPosRankSum=0.662;SC=CTTGCCAAGGCTTTGGCCGCC;SOR=0.614;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=468;TCF=206;TCR=262;TR=466;WE=184429422;WS=184429404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,487:1.00:489
chr3	184542693	.	AT	A	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=4.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.586;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr3	184550501	rs9830734	A	G	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=33;PP=1425;ReadPosRankSum=1.066;SC=TGAGTCTTTTATTCTTGAGGA;SOR=0.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=87;TCR=47;TR=94;WE=184550509;WS=184550491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,98:0.70:141
chr3	184554283	rs188061191	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TCTCCTTCCCCTTGAAGAGGA;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=19;WE=184554291;WS=184554273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr3	184557317	rs75232593	T	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=4.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=-1.384;SC=AGAAATAAAATGTCCTGAGTT;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=11;WE=184557325;WS=184557307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr3	184560969	rs16859344	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=329;ReadPosRankSum=-2.157;SC=CTTCGAACTTTTGAACTGATT;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=26;WE=184560977;WS=184560959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr3	184561140	rs11384502	G	GA	2990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=42;PP=1309;SC=AATGCTTATTGAAAAAAACCC;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=46;WE=184561148;WS=184561130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	184567039	rs2305240	C	A	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.770;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=73;PP=1799;ReadPosRankSum=0.021;SC=GATGAATTTACAAAAACTTAC;SOR=0.273;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=153;TCF=37;TCR=116;TR=101;WE=184567047;WS=184567029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,102:0.66:154
chr3	184573555	rs6443999	C	T	10058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=198;PP=2965;SC=TACAAAATTACGTGAATCCCA;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=162;TCR=198;TR=360;WE=184573563;WS=184573545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr3	184577917	rs7340698	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=365;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TCTATGATATATTAAAGCTAC;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=20;WE=184577925;WS=184577907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr3	184580917	rs3733165	A	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=61;PP=1755;SC=GTATTTTGTTATAGTTGTTTT;SOR=5.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=3;TCR=61;TR=64;WE=184580925;WS=184580907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	184588420	rs2305239	A	C	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=6;PP=2507;SC=AATTCTAATTATGTATTATTT;SOR=4.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=90;TCR=6;TR=95;WE=184588428;WS=184588410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	184631103	rs9821657	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=267;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TCTATCTTAGGGTAGCTTATA;SOR=0.269;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=8;WE=184631125;WS=184631093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr3	184631117	rs74747627	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=-1.146;SC=GCTTATATTGCTCTTGTGTCT;SOR=0.260;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=10;WE=184631125;WS=184631093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
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chr3	184654166	rs6444004	A	G	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=120;PP=2965;SC=ATCTAGTGGAAAGACAATTAT;SOR=1.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=60;TCR=121;TR=180;WE=184654174;WS=184654156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	184658058	rs142586532	T	TTATA,TTA	180.84	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001,0.4999;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0,0;NR=4,4;PP=126,27;SC=TAGTCTTTCATTATATATATA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4,4;WE=184658066;WS=184658048;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:6
chr3	184675095	rs3732934	C	T	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-6.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.953;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.681;NF=55;NR=1;PP=1312;ReadPosRankSum=1.786;SC=TTACTGGTAGCTTTTAATTAT;SOR=3.160;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=68;TCF=66;TCR=2;TR=56;WE=184675103;WS=184675085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,57:0.83:69
chr3	184675147	rs3832240	CTTTTA	C	6271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.329;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.769;NF=77;NR=30;PP=2970;ReadPosRankSum=1.227;SC=TTCTCTTTATCTTTTATGTTT;SOR=0.405;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=126;TCR=49;TR=107;WE=184675159;WS=184675137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,157:0.70:225
chr3	184675359	rs4501092	T	C	7442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=185;PP=2965;SC=CTTAACATTCTCCATTTGACA;SOR=2.931;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=231;TCF=43;TCR=188;TR=228;WE=184675367;WS=184675349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	184682214	rs6799328	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=0.624;SC=ACTCCACAAATAAGATTGGTG;SOR=0.770;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=7;WE=184682222;WS=184682204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr3	184684313	rs4470487	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=382;SC=AAACAGAAGAGTTTACTTCTG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=184684321;WS=184684303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	184689649	rs4686918	GG	AA	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-5.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=40;PP=1946;ReadPosRankSum=0.469;SC=GATCACCTGAGGTCAGGAGTT;SOR=0.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=119;TCF=3;TCR=116;TR=40;WE=184689658;WS=184689639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,44:0.36:121
chr3	184700356	rs4572747	A	C	9971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CATTATAGGCACTTTGGTTTC;SOR=0.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=389;TCF=230;TCR=159;TR=384;WE=184700364;WS=184700345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,376:0.99:378
chr3	184700426	rs11555405	C	T	5935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TCCTCATCTACACTCTGAAGG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=450;TCF=206;TCR=244;TR=274;WE=184700434;WS=184700416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,278:0.61:459
chr3	184714014	rs9860814	C	T	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=3;PP=2282;SC=TCAATTTTAGCTGTTGGTAGT;SOR=5.283;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=81;TCR=3;TR=84;WE=184714022;WS=184714004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	184717703	rs2291737	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=44;PP=1353;SC=CCAATGTCATTTGGGCCTGGT;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=47;WE=184717711;WS=184717693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	184766148	rs3821748	A	G	9220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=125;PP=2965;SC=AGCTGGTAGCATGGATTGTTT;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=213;TCR=127;TR=337;WE=184766156;WS=184766138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr3	184766186	rs3821749	A	C	13788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=284;NR=184;PP=2965;SC=GCACCATGTTATGCTTCAGCA;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=469;TCF=285;TCR=184;TR=468;WE=184766194;WS=184766176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr3	184766249	rs6779564	TC	CT	23241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=250;NR=212;PP=2947;SC=GTTAATCGTATCGGTTTTTAT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=485;TCF=262;TCR=223;TR=462;WE=184766258;WS=184766239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr3	184766301	rs3821750	T	C	3647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=104;PP=2583;ReadPosRankSum=-0.428;SC=CCACAGCAAATCCAAGCATTT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=605;TCF=286;TCR=319;TR=195;WE=184766309;WS=184766291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:428,204:0.32:632
chr3	184766392	rs3821751	G	A	7606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=174;PP=2965;SC=CCTATTTATAGTTTACTGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=89;TCR=175;TR=263;WE=184766400;WS=184766382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr3	184769911	rs2271257	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=736;SC=CCACCTCCCACGCTTCTGAGA;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=184769919;WS=184769901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	184801094	rs61740263	G	A	3328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=75;PP=2252;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TGGGAATGTGGTGCCGGCTGC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=457;TCF=243;TCR=214;TR=161;WE=184801102;WS=184801082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,168:0.36:470
chr3	184935807	rs35531967	A	C	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=14;PP=2197;SC=CCCACCTCGGACTCCCAGAGT;SOR=3.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=77;TCR=14;TR=91;WE=184935815;WS=184935797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	185046909	rs34308085	AT	A	4446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.179;NF=55;NR=56;PP=2241;ReadPosRankSum=1.386;SC=CAGTAGTTTTATTTTTTTTTA;SOR=0.530;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=111;WE=185046917;WS=185046899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr3	185046975	rs9863304	T	C	9989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=204;NR=160;PP=2965;SC=ACAGGTCCCGTGTGCACGAAA;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=204;TCR=161;TR=364;WE=185046983;WS=185046965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr3	185146702	rs3732577	C	T	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=73;PP=1899;ReadPosRankSum=1.138;SC=AGAGCACAAGCGGAACTGAAG;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=447;TCF=214;TCR=233;TR=145;WE=185146710;WS=185146692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,151:0.33:461
chr3	185155430	rs113427759	C	CT,CTT	1834.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.380;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.80;MQRankSum=0.762;QD=21.84;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,53,23:0.63,0.27:84
chr3	185155482	rs2304815	A	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.618;NF=0;NR=13;PP=219;ReadPosRankSum=0.537;SC=ATATACACACAAGTTTCTGCT;SOR=1.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=13;WE=185155490;WS=185155472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr3	185212593	rs6798873	T	C	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=5.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,116:0.29:394
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chr3	185229464	rs61730237	T	C	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=89;PP=1888;ReadPosRankSum=0.126;SC=CTTGGTGATATTTCTGAAATG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=208;TCR=284;TR=154;WE=185229472;WS=185229454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,163:0.32:503
chr3	185232169	rs1837882	G	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,69:0.27:257
chr3	185330303	rs73175548	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=531;ReadPosRankSum=0.385;SC=AGAGGAATGTCTTGATGTTGT;SOR=0.633;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=44;WE=185330311;WS=185330293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,48:0.32:150
chr3	185375248	.	A	G	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,130:0.25:512
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chr3	185635685	rs16860328	A	G	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GAAATGAGATAGCAATCTTAA;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=66;WE=185635693;WS=185635675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,68:0.69:99
chr3	185655454	rs1862904	A	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=2;PP=866;ReadPosRankSum=2.328;SC=CTATCCACAAAGGCTTTTTTT;SOR=0.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=57;TCR=3;TR=37;WE=185655462;WS=185655445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr3	185782161	.	GGAGAGGA	G	5525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=2.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.347;QD=14.97;ReadPosRankSum=2.432;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,240:0.65:369
chr3	185879296	rs13073156	T	C	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=40;PP=2965;SC=ACAGTCCCTGTGACTCTGAGA;SOR=1.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=107;TCR=40;TR=147;WE=185879304;WS=185879286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	185882643	rs4686741	C	G	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=54;PP=2965;SC=AATGTGTACGCAGGCGGGGAG;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=124;TCR=54;TR=178;WE=185882651;WS=185882633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	185905876	rs13087397	G	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=5.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=2;PP=738;ReadPosRankSum=0.232;SC=CAGCATATCCGCAGAGCATGG;SOR=0.241;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=57;TCF=55;TCR=2;TR=35;WE=185905884;WS=185905866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr3	185960192	rs6799929	A	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=573;SC=CCAAGTCCCCAGCGGCCCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=185960200;WS=185960182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	185960414	rs12489063	G	A	3639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=97;PP=2444;ReadPosRankSum=-0.067;SC=AGTGCAGTGCGGAGGGAAGGG;SOR=0.658;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=613;TCF=302;TCR=311;TR=200;WE=185960422;WS=185960404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:424,205:0.33:629
chr3	185970970	rs61752078	A	G	12126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=290;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.002;SC=AGTTGGCCTTATCTGCAAGAC;SOR=0.887;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=740;TCF=426;TCR=314;TR=493;WE=185970978;WS=185970960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,518:0.67:773
chr3	185975470	rs372307284	CTT	C	129.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=25.97;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	185982955	rs3815620	G	A	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=12;PP=1669;SC=ATGCTTTTCTGTAGAACCCAA;SOR=3.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=68;TCR=12;TR=79;WE=185982963;WS=185982945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	185982972	rs3815619	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=413;ReadPosRankSum=1.715;SC=CCAAACCCCGTCTTGCCCGCC;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=103;TCF=85;TCR=18;TR=31;WE=185982980;WS=185982962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr3	185990096	rs2193587	C	T	14019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=241;NR=240;PP=2965;SC=AGGAATGTTTCTGGACACACA;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=482;TCF=241;TCR=241;TR=481;WE=185990104;WS=185990086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr3	186006566	rs710443	T	C	20740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=384;NR=381;PP=2965;SC=CCTTCAGGTATACCACTGGGG;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=768;TCF=385;TCR=383;TR=765;WE=186006574;WS=186006556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,773:1.00:773
chr3	186015283	rs3819860	A	G	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=86;PP=2965;SC=CTGAGGAAAAAAAAGAAGATT;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=165;WE=186015291;WS=186015273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	186015303	rs3819859	A	G	4817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=0.449;SC=TTAAAGACCAACCCAGGCCCT;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=156;WE=186015323;WS=186015291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr3	186015315	rs3819858	T	C	4881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=80;PP=2965;SC=CCAGGCCCTCTAGCTTCTTGG;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=153;WE=186015323;WS=186015291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	186015438	rs3819857	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=799;SC=GCTGTGTCTCCCCCATTATAG;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=186015446;WS=186015428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	186276393	rs9854418	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,31:0.24:127
chr3	186287777	rs2889755	T	C	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=25;PP=1743;SC=ATACGCCCGATGATTTACCGA;SOR=1.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=94;WE=186287785;WS=186287767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	186288565	rs3806714	A	G	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=12;PP=2965;SC=CTGCGGACCAAGGAGACCCCC;SOR=4.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=104;TCR=12;TR=115;WE=186288573;WS=186288555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	186293820	rs2280390	T	G	6919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=168;PP=2965;SC=CAGAAACTTTTGATGAACAGT;SOR=2.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=58;TCR=168;TR=226;WE=186293828;WS=186293810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	186295417	rs11386781	A	AT	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.870;SOR=1.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr3	186302391	rs140269415	A	ATTGTGTGTGTGTGT,ATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	3850.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=68.29;QD=202.67;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,13:0.32,0.68:19
chr3	186336176	rs2070635	A	G	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=5;PP=1126;ReadPosRankSum=-1.049;SC=CAACTGCCCTATGTAAGCCAT;SOR=0.287;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=60;TCF=55;TCR=5;TR=48;WE=186336184;WS=186336166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,49:0.80:61
chr3	186337713	rs4917	T	C	6929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.041;SC=GTGACCTGCATGGTGTTCCAA;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=474;TCF=251;TCR=223;TR=309;WE=186337721;WS=186337703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,318:0.65:490
chr3	186337827	rs2518136	T	C	4107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=113;PP=2466;ReadPosRankSum=-0.365;SC=TTTGCTCTCCTGTGCTTCTGA;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=109;TCR=180;TR=182;WE=186337835;WS=186337817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,189:0.64:297
chr3	186338382	rs4918	G	C	3715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=42;PP=2726;ReadPosRankSum=-2.079;SC=CAGCCCGTGAGCTCACAGCCC;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=170;TCR=66;TR=151;WE=186338390;WS=186338372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,155:0.64:244
chr3	186338425	rs1071592	A	C	6991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CAGTCCCCACACCCGTGGTGG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=448;TCF=272;TCR=176;TR=297;WE=186338433;WS=186338415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,299:0.66:454
chr3	186386664	rs5855108	T	TA	1424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.359;NF=51;NR=1;PP=731;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CTTTAATACATAAAAAAAAAC;SOR=3.126;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=73;TCR=2;TR=52;WE=186386672;WS=186386654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,59:0.92:64
chr3	186388028	rs2555515	T	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=238;SC=CTGGTACTGGTACACCTTCTT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=186388036;WS=186388018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	186393073	rs370566711	GGT	G	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.57;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr3	186393097	rs7428891	T	A	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=44;PP=1001;ReadPosRankSum=0.918;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=8;TCR=80;TR=48;WE=186393106;WS=186393083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr3	186395180	rs7629680	T	C	27572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1060;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=497;NR=529;PP=2965;ReadPosRankSum=1.605;SC=AGCATCCCCATGGACACCATC;SOR=0.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1028;TCF=498;TCR=530;TR=1026;WE=186395188;WS=186395164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1049:1.00:1050
chr3	186440243	rs1469859	G	A	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=82;PP=1927;ReadPosRankSum=3.285;SC=GAGAATGCACGGCAACCGTGG;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=434;TCF=205;TCR=229;TR=152;WE=186440251;WS=186440233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,156:0.35:451
chr3	186442833	rs1656921	G	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=349;ReadPosRankSum=0.474;SC=TGCGAATGCTGATTGCGATCA;SOR=0.392;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=20;WE=186442841;WS=186442823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr3	186443018	rs1656922	T	C	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=3.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,129:0.32:404
chr3	186459927	rs710446	T	C	5246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=874;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=1.621;SC=CCAGCTCCCATACAGAGTGAT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=851;TCF=468;TCR=383;TR=266;WE=186459935;WS=186459917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:597,271:0.31:868
chr3	186501502	rs266720	C	A	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=113;PP=2965;SC=GTGGATGGCACGGAGGCAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=84;TCR=113;TR=197;WE=186501516;WS=186501492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	186504148	rs266718	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=576;SC=ATGTGTTTTGTTGTCGTTCCC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=186504156;WS=186504138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	186509517	rs187868	G	A	20207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=360;NR=351;PP=2965;SC=CTCTTACCCCGGCAATGTCTG;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=714;TCF=361;TCR=353;TR=711;WE=186509525;WS=186509507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,728:1.00:728
chr3	186519136	rs1648703	A	C	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=7.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	186519141	rs1656941	A	C	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=7.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	186522293	rs113205972	TA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.872;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr3	186522633	rs710450	A	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=927;SC=CCCGAAAATAAACTTAGCCTT;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=186522641;WS=186522623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	186791795	rs9821439	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=456;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TGGAAGAGAAACCTGTAGTCT;SOR=0.116;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=21;WE=186791803;WS=186791785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr3	186917216	rs151101071	C	A	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-6.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=16;PP=1666;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CCCAGGGCGCCGGCAACACAC;SOR=0.492;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=278;TCF=241;TCR=37;TR=102;WE=186917224;WS=186917206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,100:0.36:276
chr3	186917751	rs6764714	C	G	3725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=94;PP=2554;ReadPosRankSum=0.570;SC=GTCGCAGGACCAGACGGGCTC;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=593;TCF=325;TCR=268;TR=205;WE=186917759;WS=186917741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,211:0.35:610
chr3	186938956	rs3733001	C	T	8518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=0.782;SC=TCCTCATCCCCGGCTGAGAAG;SOR=0.633;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=544;TCF=258;TCR=286;TR=349;WE=186938964;WS=186938946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,380:0.65:581
chr3	186947410	rs850318	C	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=6;PP=771;SC=TCCAGTCTAGCCGAGAACTCT;SOR=2.670;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=36;WE=186947418;WS=186947400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	186954285	rs710452	A	G	23873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=899;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=408;NR=471;PP=2965;ReadPosRankSum=0.430;SC=GGAAGAGGCCAGGCTCAGCAT;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=884;TCF=411;TCR=473;TR=879;WE=186954293;WS=186954275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,889:1.00:891
chr3	186954324	rs3774268	G	A	4367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=140;PP=2847;ReadPosRankSum=-0.418;SC=TCTTGACCAGGCTTGGCAGGG;SOR=0.729;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=767;TCF=333;TCR=434;TR=248;WE=186954332;WS=186954314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:524,250:0.32:774
chr3	186961478	rs710460	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=40;PP=1089;SC=TGATGGATCTATCTCATGCAG;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=43;WE=186961486;WS=186961468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	186965268	rs3774275	A	G	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CAAGCAAAGCAGAAACAGTTT;SOR=0.180;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=67;WE=186965276;WS=186965258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,68:0.72:94
chr3	186967942	rs2302818	G	A	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=978;ReadPosRankSum=0.558;SC=CCCCCTTAGAGTGCTCCTGCC;SOR=1.091;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=56;WE=186967950;WS=186967932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr3	186969371	rs3214401	C	CG	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.854;NF=16;NR=4;PP=703;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GGGCAGGTTTCGAGAGTTTCT;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=20;WE=186969379;WS=186969361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr3	186969390	rs78008995	G	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.928;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.395;NF=23;NR=8;PP=486;ReadPosRankSum=-0.085;SC=CTGTGGCCTGGTCACTCCCCT;SOR=0.482;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=97;TCF=75;TCR=22;TR=31;WE=186969398;WS=186969380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr3	186969634	rs698092	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr3	186980264	rs710468	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=619;ReadPosRankSum=1.494;SC=AAGGAGAGGTCACAAGGCAGT;SOR=0.359;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=92;TCF=82;TCR=10;TR=35;WE=186980272;WS=186980254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr3	187003495	rs698105	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=7;PP=846;SC=AATTCATACCATTGTGATGTT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=187003503;WS=187003485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	187086081	rs5855133	TCAGA	T	2071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=4;PP=2006;ReadPosRankSum=1.955;SC=TTCTGTGTACTCAGACAGTCT;SOR=1.077;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=57;TCR=8;TR=39;WE=187086092;WS=187086071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr3	187088612	rs33927333	C	T	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,100:0.27:366
chr3	187088656	rs1047584	C	T	5743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.485;SC=GAGCACTGGACATCCCAGGGT;SOR=0.736;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=357;TCF=182;TCR=175;TR=243;WE=187088664;WS=187088646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,250:0.68:370
chr3	187088923	rs35224605	G	A	10476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.39;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,257:0.70:369
chr3	187088926	rs1533594	G	A	10573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=2.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.20;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,263:0.70:375
chr3	187416253	rs1523468	C	T	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=14;PP=2437;SC=ACTCTCAAGCCCATGTGCCCT;SOR=3.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=87;TCR=14;TR=101;WE=187416261;WS=187416243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	187416634	rs1973791	C	A	7925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=126;PP=2965;SC=TGTTCTCCTCCAGCATGCTGG;SOR=0.881;Source=Platypus;TCF=126;WE=187416642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	187416719	rs11707167	T	C	9453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=196;NR=143;PP=2965;SC=GCCCGCCCGCTGGGCGCGGTC;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=198;TCR=144;TR=339;WE=187416727;WS=187416706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr3	187419661	rs113681515	G	GCCTGCC	4956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=5;PP=2906;SC=ACCAGAATAAGCCCGCGACTG;SOR=3.868;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=80;TCF=71;TCR=9;TR=66;WE=187419669;WS=187419651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	187420445	rs4389470	C	T	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=110;PP=2965;SC=TAGCACAAACCGCTTGACCTG;SOR=2.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=40;TCR=110;TR=150;WE=187420453;WS=187420435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	187440506	rs1005099	C	A	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=89;PP=2596;SC=TCTTGCCTCTCCAAGGCCAGG;SOR=1.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=38;TCR=89;TR=127;WE=187440514;WS=187440496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	187447032	rs1056932	G	A	15222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=291;NR=248;PP=2965;SC=TGGCATTCTGGTTGAGGCTGT;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=541;TCF=293;TCR=248;TR=539;WE=187447040;WS=187447022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr3	187447926	rs1491997	C	T	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=57;PP=1744;SC=ACATAGGTGACGTGGCTCTGG;SOR=2.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=78;WE=187447934;WS=187447916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	187451609	rs1880101	A	G	6849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=140;PP=2965;SC=GGTCCCTTGTATTTGATCTTT;SOR=1.211;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=97;TCR=141;TR=237;WE=187451617;WS=187451599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr3	187451701	rs1880100	T	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=4.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	187451709	rs1880099	C	T	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.96;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	187898005	rs344953	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=703;ReadPosRankSum=0.271;SC=GGCTTCTTGCCTTCTCACTCA;SOR=0.505;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=104;TCR=19;TR=41;WE=187898013;WS=187897995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,44:0.35:127
chr3	188202550	rs2067078	A	T	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=99;PP=2701;SC=TCATGTTTATAAGCCATCCTA;SOR=2.483;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=30;TCR=101;TR=129;WE=188202558;WS=188202540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	188202582	rs1559814	G	T	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=61;PP=1819;SC=AATTTCATGAGTGTTTCTGTG;SOR=4.438;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=6;TCR=61;TR=67;WE=188202590;WS=188202572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	188242673	.	TTCCTTCCGTCCG	T	55.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=7.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.031;QD=0.74;ReadPosRankSum=4.281;SOR=2.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,8:0.11:75
chr3	188242685	rs35581046	GTCCTTCCT	G	412.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.919;NF=1;NR=19;PP=2995;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CCTTCCGTCCGTCCTTCCTTC;SOR=0.368;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=3;TCR=61;TR=20;WE=188242700;WS=188242663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr3	188242697	rs369579197	T	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.036;QD=2.10;ReadPosRankSum=2.805;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,8:0.14:57
chr3	188242701	rs138209867	T	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.036;QD=2.10;ReadPosRankSum=2.609;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,8:0.14:57
chr3	188327256	rs146472491	C	T	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=73;PP=1426;ReadPosRankSum=-1.119;SC=ATTTATGGCTCAGGGCCCCAG;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=444;TCF=213;TCR=231;TR=137;WE=188327264;WS=188327246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,138:0.30:455
chr3	188327461	rs1059380	C	T	4902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.898;SC=ATGACTCTGACCCTACCTATG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=147;TCR=148;TR=203;WE=188327469;WS=188327451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,212:0.69:306
chr3	188426256	rs9877192	A	G	3664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=100;PP=2529;ReadPosRankSum=0.992;SC=TGGAACTATTATCAGCTCCAC;SOR=0.546;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=225;TCF=75;TCR=150;TR=153;WE=188426264;WS=188426246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,158:0.68:232
chr3	188478197	.	G	GGTGTGTGTGTGTGT	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.164;QD=18.87;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr3	188478227	rs9844848	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.969;QD=22.51;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr3	188478235	rs9844854	T	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.822;QD=25.12;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr3	188590358	rs4687001	C	T	10811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=236;NR=143;PP=2965;SC=GTTTCCACCTCTTCCTTTTAC;SOR=1.264;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=380;TCF=237;TCR=143;TR=379;WE=188590366;WS=188590348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr3	188590446	rs1136644	A	G	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FS=0.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.736;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:454,175:0.28:629
chr3	188956641	rs141343232	G	T	3179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.060;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.445;SC=ATTCCTCTGAGCGCTGTCTAT;SOR=0.386;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=199;TCF=83;TCR=116;TR=124;WE=188956649;WS=188956631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,136:0.63:215
chr3	189028117	.	AT	A	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr3	189547652	rs1515491	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-0.453;SC=CCAGACCAATATAACCTTAAT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=189547660;WS=189547642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr3	189547735	rs75715827	T	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=446;ReadPosRankSum=0.348;SC=TCATCTGATATACAATATTTT;SOR=2.338;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=55;TCR=3;TR=24;WE=189547743;WS=189547725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr3	189584563	rs33979049	C	T	3620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=99;PP=2496;ReadPosRankSum=-0.150;SC=ACAGAGTGTGCTGGTACCTTA;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=708;TCF=371;TCR=337;TR=214;WE=189584571;WS=189584553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:506,216:0.30:722
chr3	189587274	rs6790167	A	G	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=148;PP=2965;SC=TCATCATCTCATTATCTGTGA;SOR=4.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=20;TCR=150;TR=168;WE=189587282;WS=189587264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	189590824	rs9840359	G	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=593;ReadPosRankSum=-1.159;SC=GCATGAGTGAGGGTGACTTTA;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=35;TCR=119;TR=51;WE=189590832;WS=189590814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,56:0.35:161
chr3	189590871	rs111843185	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=32;PP=725;ReadPosRankSum=1.484;SC=GAGCAATGTGGAACATAATGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=32;WE=189590879;WS=189590861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr3	189604149	rs1554131	T	G	14309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=326;NR=213;PP=2965;SC=TCAGTGTCCCTTGCTCACCAT;SOR=1.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=543;TCF=330;TCR=213;TR=539;WE=189604168;WS=189604139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr3	189604160	rs1345186	T	C	17056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=354;NR=244;PP=2965;SC=TGCTCACCATTATTTCCATGT;SOR=1.123;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=602;TCF=357;TCR=245;TR=598;WE=189604168;WS=189604139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr3	189689904	rs710543	A	G	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=60;PP=1903;SC=GCAAATGGGCAGAGGCAGACA;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=96;WE=189689912;WS=189689894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	189690826	rs200458285	A	AC	5128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.685;HP=10;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=98;PP=1441;ReadPosRankSum=1.530;SC=GAAAAAAAAAAACAAAACATG;SOR=2.041;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=117;TCF=8;TCR=109;TR=104;WE=189690834;WS=189690816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr3	189690861	rs710545	T	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=69;PP=1871;SC=TCATTGGAGGTCGTAAGAAAA;SOR=3.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=76;WE=189690869;WS=189690851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	189691499	rs1815171	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=380;SC=ATTTTTAGTAGAGACGGGGTT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=189691507;WS=189691489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	189692565	rs1985690	G	A	8684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=211;PP=2965;SC=TGCAATTCGAGTGAGTCCATT;SOR=1.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=88;TCR=211;TR=299;WE=189692573;WS=189692555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr3	189702200	rs710558	T	C	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=7;PP=1528;SC=GACCTGGATGTAGAGCTCCTA;SOR=3.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=58;WE=189702208;WS=189702190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	189702395	rs11311050	TA	T	3042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.028;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.228;NF=7;NR=74;PP=1475;ReadPosRankSum=0.064;SC=TTGAATCGAGTAAAAAAAAAA;SOR=1.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=103;TCF=7;TCR=96;TR=81;WE=189702404;WS=189702385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,128:0.97:132
chr3	189704723	.	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-5.027;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=336;ReadPosRankSum=-0.081;SC=GTAAGAGATATGATAAATGTT;SOR=0.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=12;TCR=91;TR=32;WE=189704731;WS=189704713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr3	189705542	rs3114672	A	G	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=126;PP=2965;SC=CGTGTCTACAAAGGTCAGCAT;SOR=4.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=14;TCR=126;TR=140;WE=189705550;WS=189705532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	189712089	rs1719599	GG	AA	7019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=105;PP=2947;SC=TGAAACAGACGGGAAAAAACA;SOR=2.049;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=155;TCF=42;TCR=113;TR=141;WE=189712099;WS=189712077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	189713346	rs112063135	T	G	125.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	189837993	rs710596	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,31:0.26:121
chr3	190026383	rs12629166	C	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=25;PP=629;SC=TCTGAACATACACGCCAAAGA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=190026391;WS=190026373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	190030680	rs9869263	A	G	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,126:0.27:475
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chr3	190157898	rs6767754	G	A	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=6;PP=2927;SC=ACTCTCCTCAGTGCAGGCCTT;SOR=4.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=103;TCR=6;TR=108;WE=190157906;WS=190157888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	190282197	rs6764468	G	A	10371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=249;PP=2965;SC=GTAGGGTAATGAGTCCACTCT;SOR=2.004;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=347;TCF=97;TCR=250;TR=346;WE=190282205;WS=190282187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr3	190333162	rs35429399	TG	T	6648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.23;NF=17;NR=90;PP=2974;SC=GTCCTTTTGTTGTTGCTTTTG;SOR=0.920;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=17;TCR=93;TR=107;WE=190333170;WS=190333152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	190338039	rs11368884	C	CT	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.656;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr3	190341241	rs4687160	C	A	9015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=224;PP=2965;SC=CACTTAGATTCTCTTAATTAC;SOR=2.031;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=87;TCR=225;TR=311;WE=190341249;WS=190341231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr3	190341292	rs4687161	C	T	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=98;PP=2713;SC=AGAAAATAGACGACTGTTGTA;SOR=4.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=12;TCR=98;TR=110;WE=190341300;WS=190341282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	190345098	rs34908328	GT	G	2078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;MQRankSum=0.620;QD=22.35;ReadPosRankSum=1.525;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,88:0.95:93
chr3	190347391	rs7611887	C	T	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=114;PP=2965;SC=GCACCTAGCCCGACGGCATCT;SOR=2.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=33;TCR=114;TR=147;WE=190347399;WS=190347381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	190374048	.	G	T	4461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DP=966;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:688,273:0.28:961
chr3	190578566	rs13075089	A	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=537;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TCAACACTAGATTCTGACGTT;SOR=0.476;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=51;WE=190578574;WS=190578556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,56:0.31:180
chr3	190580209	.	AAG	A	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,18:0.11:165
chr3	190594309	rs9880320	G	A	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=59;PP=1926;SC=CCTTCATCGAGCCCCCACCAC;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=115;WE=190594317;WS=190594299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	190594334	rs9842242	A	G	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.746;NF=43;NR=60;PP=2191;ReadPosRankSum=0.793;SC=CAGCCTGGAAACCGCCATCCT;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=103;WE=190594342;WS=190594324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr3	190594452	rs9842514	A	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=43;PP=1562;SC=TACCCACCCCACCTCGTGATC;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=81;WE=190594460;WS=190594442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	190936482	rs9290979	A	C	5480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=0.506;SC=GCATATGTACATACTTGGAGT;SOR=0.960;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=356;TCF=242;TCR=114;TR=219;WE=190936490;WS=190936472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,228:0.62:367
chr3	190967718	rs34754526	TA	T	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.16;MQRankSum=1.342;NF=23;NR=1;PP=860;ReadPosRankSum=0.189;SC=CTATCATGTTTATTCCAACTC;SOR=1.236;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=24;WE=190967726;WS=190967708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr3	190980797	rs7644510	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=276;ReadPosRankSum=-0.569;SC=ATCACATTACAGCATTGTTAC;SOR=0.372;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=19;WE=190980805;WS=190980778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr3	190986388	rs6794154	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr3	190991384	rs9857697	G	A	3634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=101;PP=2251;ReadPosRankSum=2.430;SC=GTGCTGTGCTGCAAGCATTGG;SOR=0.584;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=490;TCF=210;TCR=280;TR=185;WE=190991392;WS=190991374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,195:0.38:510
chr3	190991439	rs9877400	T	C	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=67;PP=1580;ReadPosRankSum=-0.643;SC=AGATTTAGATTACAACTGTTA;SOR=0.314;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=234;TCF=64;TCR=170;TR=101;WE=190991447;WS=190991429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,105:0.44:239
chr3	190995847	rs3214008	T	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=20;PP=1593;SC=AGCTTGACTTTATGTTTAACT;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=82;WE=190995855;WS=190995837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	190999790	rs6444533	A	G	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=10;PP=1872;SC=CATTATTTCAACAATGGCAGA;SOR=3.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=63;TCR=10;TR=73;WE=190999798;WS=190999780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	190999872	rs6444534	G	A	9080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=129;PP=2965;SC=TGATATGCACGTACCTTGGGT;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=197;TCR=130;TR=326;WE=190999880;WS=190999862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr3	190999917	rs6788319	C	A	11558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=215;NR=202;PP=2965;SC=TTGTAAAAAACTCAACACGGA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=418;TCF=216;TCR=202;TR=417;WE=190999925;WS=190999907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr3	190999990	rs6444535	C	T	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=146;PP=2965;SC=TTAAAAAAAACCTTCTGGACT;SOR=1.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=102;TCR=147;TR=248;WE=190999998;WS=190999980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	191047532	rs9847278	A	G	6930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.007;SC=CCGGAGGGAGAGCGCGCGGGA;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=420;TCF=195;TCR=225;TR=299;WE=191047540;WS=191047522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,306:0.71:428
chr3	191074873	rs188384	C	G	5089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.369;SC=TCCATCTACTCTAGTATGCCG;SOR=0.724;Source=Platypus;TCR=146;WE=191074881;WS=191074863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,234:0.69:338
chr3	191075012	rs1520203	G	T	4921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.212;SC=GTTTCTTAGGGCTTAGGTGGG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=153;TCR=156;TR=207;WE=191075020;WS=191075002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,218:0.68:319
chr3	191075656	rs13434281	G	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-6.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=7;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATTATATATTGTTGTTGAGAC;SOR=0.364;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=91;TCR=11;TR=59;WE=191075664;WS=191075646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,61:0.59:104
chr3	191075902	rs11542549	C	T	4538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.561;SC=TCCAGAAGCGCTACAAAGACC;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=72;TCR=172;TR=180;WE=191075910;WS=191075892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,179:0.74:242
chr3	191087546	rs4677632	A	G	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.61;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,62:0.73:85
chr3	191087551	rs697905	G	A	2618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.46;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr3	191093053	rs2028572	T	C	6852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.590;SC=ACAATCCCCATATTAACAATG;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=414;TCF=257;TCR=157;TR=275;WE=191093061;WS=191093043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,285:0.68:422
chr3	191093175	rs2028574	T	A	13209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=856;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=283;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GAGACTAAGATTAACCATCAG;SOR=0.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=822;TCF=394;TCR=428;TR=550;WE=191093183;WS=191093165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,573:0.67:854
chr3	191093310	rs4677728	A	G	4940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.190;SC=GAGCACAGAAAAAGGAGACAC;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=89;TCR=174;TR=189;WE=191093318;WS=191093300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,197:0.71:276
chr3	191093384	rs4677729	A	G	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=48;PP=1246;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CGCAGGTAATAGAGGACAGTC;SOR=1.071;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=119;TCF=42;TCR=77;TR=70;WE=191093392;WS=191093374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,75:0.56:135
chr3	191093434	rs293806	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=452;ReadPosRankSum=-2.003;SC=ACTACAAACCAATGAATTTAA;SOR=1.054;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=29;WE=191093442;WS=191093424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr3	191093475	rs4677730	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=0.567;SC=TCTTTCTCTCTAGTTCATGCT;SOR=1.002;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=13;WE=191093483;WS=191093465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr3	191097908	rs293812	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=422;ReadPosRankSum=0.121;SC=AAAACATCCTCGGTTGTTTTA;SOR=0.330;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=26;WE=191097916;WS=191097898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr3	191097966	rs293813	T	C	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=1255;ReadPosRankSum=-1.961;SC=CCAAGAGTGATGAAAGAAGCT;SOR=0.867;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=167;TCF=101;TCR=66;TR=92;WE=191097974;WS=191097956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,74:0.58:128
chr3	191098121	rs293814	C	T	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=58;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TTTTGTGAATCTAGTCCATCT;SOR=0.399;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=110;TCF=24;TCR=86;TR=77;WE=191098129;WS=191098111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,78:0.69:113
chr3	191098731	rs211043	G	A	3788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=96;PP=2383;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GGTAGAGTGTGTTTTGTTTGT;SOR=0.948;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=255;TCF=99;TCR=156;TR=153;WE=191098739;WS=191098721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,167:0.61:275
chr3	191100448	rs383529	G	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=5.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=2;PP=950;ReadPosRankSum=0.494;SC=ATAAACATACGTTAAACTTAA;SOR=1.349;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=52;TCR=3;TR=40;WE=191100456;WS=191100438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr3	191100561	rs364519	C	A	5740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.019;SC=CAGCAAATTCCAAGTCAAAAG;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=388;TCF=240;TCR=148;TR=251;WE=191100569;WS=191100551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,251:0.64:390
chr3	191107192	rs436393	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=10;PP=661;ReadPosRankSum=0.298;SC=TTCATTTCACAAGAAAATGTT;SOR=0.536;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=138;TCF=114;TCR=24;TR=52;WE=191107200;WS=191107182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,54:0.38:143
chr3	191178925	rs539897	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=0;PP=728;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AGGGCCAGGCGTTGGGAGAGC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=34;WE=191178933;WS=191178915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr3	191179193	rs293833	A	G	6873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=2.679;SC=AAGATGAATCAAACGCATCTG;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=460;TCF=228;TCR=232;TR=302;WE=191179201;WS=191179183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,313:0.66:476
chr3	191179303	rs176823	C	T	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=87;PP=2274;ReadPosRankSum=0.297;SC=CTTGGTTCTGCCTCCATTTTA;SOR=0.382;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=170;TCF=51;TCR=119;TR=129;WE=191179311;WS=191179293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,129:0.75:171
chr3	191888452	rs201475598	GAA	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.893;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr3	192125768	rs2249551	A	G	4089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=66;PP=2869;ReadPosRankSum=-1.803;SC=GGAGGGAGAAAGAGGGCGTCC;SOR=0.794;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=146;TCR=91;TR=171;WE=192125776;WS=192125758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,173:0.72:240
chr3	192635348	rs9819230	C	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=256;ReadPosRankSum=-0.831;SC=CGAGAAGCGGCAATGGGTTTT;SOR=1.467;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=15;WE=192635356;WS=192635338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr3	192993762	rs13084990	C	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=30;PP=850;SC=GCTATTTAAACAAACAGCATC;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=192993770;WS=192993752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	192994543	rs2271791	A	G	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=41;PP=1983;SC=CTTTACCTCTACAAAGAAAGC;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=97;WE=192994551;WS=192994533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	193016895	rs1878716	T	C	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=17;PP=1464;SC=AAAAACAATATAGTTTTCTTT;SOR=2.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=71;WE=193016903;WS=193016885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	193023255	rs10937578	C	T	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=12;PP=2327;SC=TCTGTTGCAGCATTTATCACT;SOR=3.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=88;TCR=12;TR=100;WE=193023263;WS=193023245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	193024928	rs10804952	C	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=335;SC=CAGAAAGCATCGGAAGTGTCT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=193024936;WS=193024918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	193031926	rs2280268	C	T	9313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.481;SC=ACTTGGCTGCCTGGAGGGATC;SOR=0.224;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=198;TCR=125;TR=321;WE=193031934;WS=193031916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,336:0.99:338
chr3	193036794	rs6788770	G	C	5727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=81;PP=2965;SC=CTAAGTGCTCGACTTCTGAAA;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=120;TCR=81;TR=201;WE=193036802;WS=193036784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	193042776	rs11926955	T	C	11749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=212;NR=232;PP=2965;SC=CAGCCTGGCCTGAGGCAAAGC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=445;TCF=212;TCR=233;TR=444;WE=193042784;WS=193042766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr3	193042964	rs11715170	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=644;SC=CCTTAGCCTGGTATTCAAAGT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=193042972;WS=193042954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	193044923	rs1387700	T	C	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=53;PP=1654;SC=AAAACCCAAGTTTCTAAGATA;SOR=4.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=57;WE=193044931;WS=193044913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	193062906	rs6444706	G	A	5325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=145;PP=2965;SC=GATAGTTCATGTTCTGAAAAC;SOR=3.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=27;TCR=145;TR=172;WE=193062914;WS=193062896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	193068800	rs1038719	G	A	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=22;PP=2965;SC=AATACCATGGGCTTTACTTCT;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=106;TCR=22;TR=128;WE=193068808;WS=193068790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	193071888	rs11300573	CA	C	7332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.788;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.255;NF=103;NR=81;PP=2988;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TCTATTTTTTCAAAAAAAAAA;SOR=1.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=238;TCF=132;TCR=106;TR=184;WE=193071897;WS=193071878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr3	193080414	rs6797429	C	G	9460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=218;PP=2965;SC=TTCTGCACTTCCATGCACCGC;SOR=1.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=324;TCF=106;TCR=218;TR=324;WE=193080422;WS=193080404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr3	193081206	rs2367605	G	A	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=85;PP=2387;SC=AAATTCTCAAGTGTTATTCAG;SOR=4.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=10;TCR=85;TR=95;WE=193081214;WS=193081196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	193081830	rs923496	A	G	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=9;PP=1776;SC=CCACAGAGTTATGCCACAGAG;SOR=3.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=67;WE=193081838;WS=193081820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	193081866	rs4386441	T	A	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=38;PP=2965;SC=CGATCATGGCTTTCAAAATAG;SOR=2.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=106;TCR=38;TR=144;WE=193081874;WS=193081856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	193090101	rs57458521	A	AGG,AAAAGG	3040.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=17;PP=1022;SC=AAAAAAAAAAAGGGGGAAGTT;SOR=1.828;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=47;WE=193090109;WS=193090091;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:67
chr3	193090255	rs2171848	C	T	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	193090260	rs6444712	T	C	6482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.65;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	193096529	rs4687419	C	T	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=141;PP=2965;SC=ACTCAACCGGCGAGGATCTCT;SOR=1.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=65;TCR=141;TR=206;WE=193096537;WS=193096519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	193128900	rs61401139	G	A	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=922;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TGAGAAATCAGAGTGAAAAAT;SOR=0.579;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=66;TCR=101;TR=74;WE=193128908;WS=193128890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,81:0.45:182
chr3	193129807	rs6763501	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=5.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=280;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GCAAAGAACCGTGAAAATGAG;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=50;TCR=3;TR=17;WE=193129815;WS=193129802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr3	193153562	rs1996735	T	C	6675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=187;PP=2965;SC=GATAAAGACATGAAAGTAATG;SOR=2.331;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=59;TCR=188;TR=246;WE=193153570;WS=193153552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr3	193175375	rs138391911	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=175;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TCCGTGTCTCTTCCCTCAGAG;SOR=0.854;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=11;WE=193175383;WS=193175365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr3	193272442	rs67119318	CGTGTGTGT	C,CGT	927.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.09;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=6.368;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11,11;NR=5,5;PP=213,499;SC=GTGATGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=2.526;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=16,16;WE=193272457;WS=193272432;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.48,0.48:29
chr3	193332420	rs145894722	C	CTGTG	3083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=1;PP=2761;SC=ACGTATGGGGCTGTGTTTCCT;SOR=6.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=64;TCR=1;TR=51;WE=193332428;WS=193332419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	193334991	rs7624750	G	A	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=2.160;SC=GCCCTTCCTAGTTCAGAAGAC;SOR=0.633;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=192;WE=193334999;WS=193334981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr3	193336639	rs3772393	T	C	11864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=239;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.129;SC=ATGTAAAGGGTTGCATATTTA;SOR=0.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=426;TCF=241;TCR=185;TR=423;WE=193336647;WS=193336629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,438:1.00:440
chr3	193355074	rs166850	T	C	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=85;NR=77;PP=2285;SC=GCCACGGGTATGTGAAAAATT;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=162;WE=193355082;WS=193355064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	193355102	rs10451941	T	C	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=69;PP=2367;SC=AACTTGCCAATTAGCAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=193355110;WS=193355092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	193365939	rs9831772	T	G	6098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.368;SC=ATTTGGATACTCGTGTATTTT;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=126;TCR=240;TR=249;WE=193365947;WS=193365929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,260:0.68:384
chr3	193365974	rs9831900	T	G	5684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=136;PP=2965;SC=TTAATGTTGTTTGCTAACTAA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=56;TCR=137;TR=191;WE=193365982;WS=193365962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	193374964	rs9851685	T	C	12503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=242;NR=226;PP=2965;SC=TTAAAGAGGCTGTTAAGGAAG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=470;TCF=243;TCR=227;TR=468;WE=193374972;WS=193374954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr3	193383973	rs10804957	A	G	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=0;PP=1670;SC=GGTAAATCTGAGTACTTTTTA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=58;TCR=1;TR=58;WE=193383981;WS=193383963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	193384203	rs10937595	T	A	14127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=210;NR=302;PP=2965;SC=GACTGCAGTCTTATTTTGACA;SOR=1.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=512;TCF=210;TCR=302;TR=512;WE=193384211;WS=193384193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr3	193386239	rs12494482	C	T	25914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=921;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=477;NR=412;PP=2965;SC=CATGGAGTCCCTTTTACTGAG;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=889;TCF=477;TCR=412;TR=889;WE=193386247;WS=193386229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,915:1.00:915
chr3	194061826	rs11711157	C	T	4608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=88;PP=2912;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TCGATAGACACGGTGAGCCGC;SOR=0.944;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=282;TCF=155;TCR=127;TR=205;WE=194061834;WS=194061816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,207:0.72:288
chr3	194061906	rs4974538	T	C	9315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.05;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr3	194061906	.	TG	CA,CG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=34,144;NR=33,136;PP=598,2962;QD=9.72340111735;SC=GGAGCCCTGCTGAGGAGAGAG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=147;TCR=138;TR=67,280;WE=194061915;WS=194061896;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.24:285
chr3	194061907	rs4974539	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,80:0.27:301
chr3	194062519	rs3732477	C	T	7496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.169;SC=GTGCCCTCAGCGACAGTCTCC;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=498;TCF=268;TCR=230;TR=321;WE=194062527;WS=194062509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,321:0.65:497
chr3	194062565	rs3732476	C	T	15989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=302;NR=278;PP=2965;SC=CAACCAGGCACGGGGTGTGGG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=581;TCF=303;TCR=278;TR=580;WE=194062584;WS=194062555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr3	194063153	rs3732474	G	A	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.446;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=107;PP=2460;ReadPosRankSum=0.115;SC=GCAGCCCCCCGAAGGCATCCG;SOR=0.760;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=620;TCF=317;TCR=303;TR=203;WE=194063161;WS=194063143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:422,206:0.33:628
chr3	194063300	rs62288099	T	C	13949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=258;NR=247;PP=2965;SC=GGATGTCCAGTGGGACGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=506;TCF=259;TCR=247;TR=505;WE=194063308;WS=194063290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
chr3	194080336	rs4974533	G	A	19018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=305;NR=349;PP=2965;SC=TAGGCACCTCGGGGACATGGA;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=655;TCF=305;TCR=350;TR=654;WE=194080366;WS=194080326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,671:1.00:671
chr3	194080474	rs144761152	C	T	9798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=0.984;SC=AGTTGCGGAGCGGAAGGATGT;SOR=0.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=632;TCF=302;TCR=330;TR=431;WE=194080482;WS=194080464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,437:0.68:640
chr3	194080648	rs9682540	G	A	11512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=179;PP=2965;SC=GTCTGAGGCGGTTGTTCTGCA;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=216;TCR=179;TR=395;WE=194080656;WS=194080638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr3	194080696	rs9682541	G	A	13480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=270;NR=190;PP=2965;SC=TGCGGAAGACGTTCCCGTCCA;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=461;TCF=271;TCR=190;TR=460;WE=194080704;WS=194080686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr3	194080916	rs13070515	G	A	22402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=795;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=391;NR=397;PP=2965;SC=GAAGATCCCCGGAGAGAGCTC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=789;TCF=392;TCR=397;TR=788;WE=194080924;WS=194080906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,789:1.00:789
chr3	194080983	rs13060627	C	T	17110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=270;NR=338;PP=2965;SC=TGCATGAAGACGCTGGGTGGC;SOR=0.970;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=612;TCF=271;TCR=341;TR=608;WE=194080991;WS=194080973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,618:1.00:618
chr3	194081089	rs11713861	C	T	14159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=249;NR=245;PP=2965;SC=GGTTCTGCTGCAGAGCCAGTT;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=494;TCF=249;TCR=245;TR=494;WE=194081097;WS=194081079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr3	194081179	rs11715737	G	A	19522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=375;NR=318;PP=2965;SC=GGACCTGGAGGTTGCCCAGGT;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=698;TCF=378;TCR=320;TR=693;WE=194081187;WS=194081169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,706:1.00:706
chr3	194081392	rs923936	G	A	20415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=738;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=352;NR=368;PP=2965;SC=GGAGAGACTCGAGGCTGTCCA;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=720;TCF=352;TCR=368;TR=720;WE=194081400;WS=194081382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,735:1.00:735
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chr3	194118874	rs1223989	T	C	9934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=1.107;SC=TGGGCAGGCCTAGCGCGGAGA;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=626;TCF=348;TCR=278;TR=416;WE=194118882;WS=194118864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,425:0.67:636
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chr3	194313832	rs1773184	T	C	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=110;PP=2932;SC=ACAGAAAAAGTGTTGGACAGA;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=62;TCR=110;TR=172;WE=194313840;WS=194313822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	194324939	rs6768028	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=0.386;SC=ACAGCTGCACAAGCCCCAAGG;SOR=2.093;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=17;WE=194324947;WS=194324918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr3	194324982	rs745171	C	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=434;ReadPosRankSum=1.328;SC=ACGATGGCACCCACGCACCCG;SOR=1.318;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=133;TCF=87;TCR=46;TR=38;WE=194324990;WS=194324972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,39:0.29:133
chr3	194325006	rs732124	A	G	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=1.779;SC=AGCAGGCAACAGCCGTGTACC;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=186;TCF=109;TCR=77;TR=123;WE=194325018;WS=194324996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,126:0.66:192
chr3	194325010	rs745168	G	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=1808;ReadPosRankSum=-1.711;SC=GGCAACAGCCGTGTACCTCCA;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=200;TCF=118;TCR=82;TR=67;WE=194325018;WS=194324996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,72:0.35:207
chr3	194325325	rs708632	C	T	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=40;PP=1127;SC=GGCCATCCAGCTCTCCCCAGG;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=194325333;WS=194325315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	194331875	rs789993	A	T	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=47;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TTTTAACGGCACGTCTCACTT;SOR=0.465;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=20;TCR=74;TR=61;WE=194331883;WS=194331865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr3	194337708	rs10933663	T	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=194;ReadPosRankSum=1.581;SC=ACCACTCCCTTACTGCTGGGA;SOR=2.876;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=13;WE=194337716;WS=194337698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr3	194337901	rs922282	T	C	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=46;PP=1546;SC=CTCAGGGTGCTGGTCGTGGGC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=101;WE=194337909;WS=194337891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	194338423	rs12695036	C	T	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=984;ReadPosRankSum=0.583;SC=GCTGGGAGAACGTGAGGGAGA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=101;TCR=149;TR=82;WE=194338431;WS=194338413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,86:0.33:260
chr3	194344526	rs709011	G	C	4545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.329;SC=ACATGATGCTGAAGCGGGTTC;SOR=0.881;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=244;TCF=77;TCR=167;TR=171;WE=194344534;WS=194344516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,178:0.70:256
chr3	194346544	rs1773191	T	A	19636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=1.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr3	194346553	rs1773190	T	C	20544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=1.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr3	194346803	rs1773189	A	G	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=115;PP=2965;SC=ACCCTGTATCACATGGGTTAC;SOR=3.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=14;TCR=115;TR=129;WE=194346811;WS=194346793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	194346822	rs1572979	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=531;ReadPosRankSum=0.840;SC=ACACTGATGCGGTGCTTTCTT;SOR=0.431;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=87;TCF=5;TCR=82;TR=27;WE=194346830;WS=194346812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,27:0.30:89
chr3	194349027	rs1318216	A	G	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=7;PP=1523;SC=CAACAAGACAAAAGCCACCAC;SOR=3.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=57;WE=194349035;WS=194349017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	194349178	rs1563970	C	T	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=62;PP=1794;ReadPosRankSum=1.153;SC=GGAGGCAGCACGCAGCACACA;SOR=0.707;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=478;TCF=273;TCR=205;TR=149;WE=194349186;WS=194349168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,159:0.32:497
chr3	194353772	rs11273892	C	CCCGCCCGACAG	1922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=2970;SC=CGCCCGTTTCCCCGCCCGACA;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=14;WE=194353780;WS=194353762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	194353875	rs1675955	G	T	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.986;SC=CAGACGCGGTGGCGGGCGAAG;SOR=0.729;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=77;TCR=56;TR=79;WE=194353883;WS=194353865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,89:0.59:152
chr3	194362721	rs1060827	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=243;SC=GTCTTGGGACGGTTCCACAGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=194362729;WS=194362712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	194371496	rs1773206	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=620;ReadPosRankSum=-0.133;SC=AACTTGTGCAGATCACTAGTA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=27;WE=194371504;WS=194371490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr3	194373832	rs1675953	TG	CA	20787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=795;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=256;PP=2944;ReadPosRankSum=0.924;SC=TGTCCAAACTTGGTTGTGTTG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=745;TCF=342;TCR=403;TR=469;WE=194373841;WS=194373822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,520:0.66:790
chr3	194379567	rs1675948	A	G	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=7;PP=1825;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CAGCACACAGAGGAAAAACTC;SOR=0.411;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=122;TCF=113;TCR=9;TR=83;WE=194379575;WS=194379557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,82:0.67:123
chr3	194379596	rs1705971	C	A	3712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=26;PP=2629;ReadPosRankSum=-1.089;SC=ACAGATTTTCCATAAGAATAA;SOR=0.485;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=206;TCF=167;TCR=39;TR=135;WE=194379604;WS=194379580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,149:0.67:222
chr3	194379646	rs11438897	T	TC	10147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.502;NF=91;NR=96;PP=2933;ReadPosRankSum=0.450;SC=AAATCAAAATTCCCTCTTTGA;SOR=0.769;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=317;TCF=142;TCR=175;TR=187;WE=194379654;WS=194379636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,347:0.66:524
chr3	194379905	rs11357453	TA	T	1305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.714;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.619;NF=0;NR=48;PP=1130;ReadPosRankSum=2.030;SC=TTCAAACAAGTAAAAAAATGA;SOR=1.789;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=0;TCR=74;TR=48;WE=194379913;WS=194379895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,55:0.74:74
chr3	194381530	rs1705969	A	G	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=936;ReadPosRankSum=-0.144;SC=CGTATAAGAAAGTACAGCAAT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=61;WE=194381538;WS=194381520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,60:0.69:87
chr3	194381680	rs1675947	G	A	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=882;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CTCTGTGCTAGATGTTATAAA;SOR=0.513;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=55;WE=194381688;WS=194381670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,61:0.73:84
chr3	194381716	rs1705968	G	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=603;ReadPosRankSum=0.633;SC=CCGCTGGGAGGACATAAGCTA;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=31;WE=194381728;WS=194381706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr3	194381742	rs1705967	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=0.383;SC=GCATGACTACCTCACGGCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=21;WE=194381750;WS=194381732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr3	194386136	rs1705966	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=710;ReadPosRankSum=0.227;SC=ACAAAATATACGGTAGTATCA;SOR=0.064;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=40;WE=194386144;WS=194386126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr3	194386881	rs1675944	A	G	4364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=77;PP=2931;ReadPosRankSum=0.706;SC=CATGCCAAATATCTGAACTCA;SOR=0.823;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=319;TCF=182;TCR=137;TR=186;WE=194386889;WS=194386871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,193:0.58:332
chr3	194387300	rs1675943	C	T	3866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=112;PP=2908;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TATTAAGTTTCTCTGTTCAAA;SOR=1.037;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=218;TCF=59;TCR=159;TR=149;WE=194387308;WS=194387290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,153:0.69:223
chr3	194390617	rs1773230	G	C	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=13;PP=1874;ReadPosRankSum=0.200;SC=CTGATATCACGCCACTGCACT;SOR=0.596;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=122;TCR=23;TR=86;WE=194390625;WS=194390607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,91:0.62:146
chr3	194390713	rs1675926	C	A	10849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=772;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.01;MQRankSum=0.757;NF=273;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.640;SC=ACAGTCTCACCTGCACTCAGC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=746;TCF=423;TCR=323;TR=478;WE=194390721;WS=194390703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,488:0.64:766
chr3	194390869	rs36028600	G	GA	4519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.899;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.369;NF=5;NR=111;PP=2972;ReadPosRankSum=0.018;SC=GTGCAACTATGAAAAAACACA;SOR=0.402;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=177;TCF=6;TCR=171;TR=116;WE=194390877;WS=194390859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,172:0.73:235
chr3	194392683	rs1773231	A	C	5294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=0.283;SC=TCATCCTTCAAAACCCGGCTG;SOR=0.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=206;TCR=74;TR=205;WE=194392691;WS=194392673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,212:0.74:285
chr3	194408704	rs4677673	A	G	8755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=216;PP=2962;ReadPosRankSum=1.012;SC=GCCTGCTGTCAGGCGACAGCA;SOR=0.864;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=587;TCF=266;TCR=321;TR=383;WE=194408712;WS=194408694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,393:0.65:608
chr3	194842785	rs60922537	C	G	7062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CCAAGACCAACGTGCCCACTG;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=521;TCF=290;TCR=231;TR=317;WE=194842793;WS=194842775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,320:0.60:530
chr3	194842877	rs58370605	A	G	6752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=0.590;SC=AAGGGGTGACAGAGCTCTTCA;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=466;TCF=194;TCR=272;TR=298;WE=194842885;WS=194842867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,308:0.64:479
chr3	194842911	rs12634646	A	G	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=94;PP=2210;ReadPosRankSum=0.221;SC=CAGGACACTCATCCCATTCAT;SOR=0.317;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=214;TCF=63;TCR=151;TR=141;WE=194842919;WS=194842901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,143:0.66:216
chr3	194991000	rs74943389	G	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=655;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TTAGCAAAATGGGGGCGCGCG;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=41;WE=194991008;WS=194990990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr3	194991220	rs7640099	AA	GC	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=6;PP=678;SC=CCGGGAGCGCAAACTGACCTC;SOR=3.202;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=36;WE=194991229;WS=194991210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	194999996	rs7610022	T	A	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=25;PP=1240;SC=AAAATTGTGATTTTTTAGCTG;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=195000004;WS=194999986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	195010023	.	TA	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr3	195016162	.	CT	C	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=586;ReadPosRankSum=-0.423;SC=ATACTTAGGGCTTTTGAAATG;SOR=0.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=0;TCR=70;TR=21;WE=195016170;WS=195016152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr3	195028183	rs13059843	G	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=1024;SC=TTAGAAACAGGGGTTATCAAT;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=37;WE=195028191;WS=195028173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	195029738	rs10636354	G	GAAAGT	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=794;SC=GAAAACTACTGAAAGAACAAA;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=14;WE=195029746;WS=195029728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	195057817	rs192785184	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=1.911;SC=AAAGCAAATAAAAACAAAGCT;SOR=1.078;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=14;WE=195057825;WS=195057807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr3	195076877	rs6437374	C	G	24047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=903;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=452;NR=420;PP=2965;SC=CCCATGCGCTCGTAGCAACCA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=874;TCF=453;TCR=421;TR=872;WE=195076885;WS=195076867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,897:1.00:897
chr3	195245805	rs17847362	G	A	4754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.803;NF=126;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.530;SC=ACATTTTCCAGACATCTAACC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=333;TCF=197;TCR=136;TR=211;WE=195245813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,213:0.62:341
chr3	195295661	rs7659	C	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=6;PP=1358;SC=GTTACATGTTCAGGTCAACTT;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=195295669;WS=195295651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	195295702	.	T	TGGC	1610	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.1;NF=68;NR=17;PP=1610;QD=19.0823529412;SC=TTTGTCTTTATGGGGGGGGGG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=85;WE=195295716;WS=195295692;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,85:0.90:94
chr3	195295704	.	G	GC	5432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=48.08;SOR=3.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	195295708	rs142189206	G	GGGT,GT	5893.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=16;PP=1840;SC=TTTATGGGGGGGGGGTAGGGG;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=99;TCR=25;TR=80;WE=195295716;WS=195295692;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:130
chr3	195300676	rs1568566	A	G	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=10;PP=2028;SC=GTCACTCTGCATCAGCACTCC;SOR=4.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=83;TCR=10;TR=93;WE=195300684;WS=195300666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	195306055	rs4677691	A	G	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=8;PP=2965;SC=TGCAGTCTTTATCTCAGCAGA;SOR=4.285;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=116;TCF=107;TCR=9;TR=115;WE=195306063;WS=195306045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	195345828	rs148520845	AG	GA	31653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1151;ExcessHet=3.0103;FS=4.516;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.98;MQRankSum=-17.866;QD=27.53;ReadPosRankSum=2.739;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,781:0.68:1150
chr3	195346312	rs369994739	C	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.51;MQRankSum=0.000;QD=28.21;ReadPosRankSum=0.138;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr3	195346477	rs7631117	C	T	16370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=343;NR=270;PP=2965;SC=CTCATCCCCACGGAAGGGGTG;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=616;TCF=344;TCR=272;TR=613;WE=195346485;WS=195346467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,605:1.00:605
chr3	195395289	rs79370883	A	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQRankSum=-3.243;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,20:0.18:110
chr3	195395314	rs79206144	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQRankSum=-3.673;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,43:0.22:195
chr3	195395328	rs62287989	T	C	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQRankSum=-3.173;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,54:0.24:229
chr3	195395334	rs75539242	A	T	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQRankSum=-3.359;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,57:0.22:259
chr3	195395347	rs78747381	G	A	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQRankSum=-3.657;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.774;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,67:0.21:317
chr3	195395354	rs80181010	A	G	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=1.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-4.304;QD=5.59;ReadPosRankSum=2.306;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,70:0.20:351
chr3	195395379	rs73216381	T	G	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-3.753;QD=3.35;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,100:0.22:459
chr3	195395533	rs9847770	C	T	6682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.989;NF=111;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ACGCCTTGCCCGGAAGGCGTT;SOR=0.625;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=665;TCF=289;TCR=376;TR=252;WE=195395541;WS=195395519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:419,336:0.45:755
chr3	195395549	rs58717446	C	CAT	20507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=6.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.486;NF=45;NR=262;PP=2966;ReadPosRankSum=1.385;SC=GCGTTCGGCTCGTGTGTCTTG;SOR=1.045;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=376;TCF=46;TCR=330;TR=307;WE=195395557;WS=195395539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,531:0.84:631
chr3	195395637	rs112256319	C	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=-0.400;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr3	195398105	rs201604773	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.72;MQRankSum=-0.467;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,8:0.15:52
chr3	195398195	rs199605525	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.12;MQRankSum=-0.444;QD=1.25;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,19:0.16:118
chr3	195398250	rs80193871	C	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQRankSum=-7.096;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.638;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,42:0.36:118
chr3	195398271	rs142433257	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQRankSum=-5.968;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,28:0.29:96
chr3	195399395	rs201046867	C	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.74;MQRankSum=-0.406;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.308;SOR=1.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr3	195399505	rs2280577	C	T	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.34;MQRankSum=-0.054;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,59:0.31:189
chr3	195399678	rs9874761	G	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=583;ReadPosRankSum=0.445;SC=TGTATTGTTTGCTAAATTGCA;SOR=0.869;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=89;TCF=10;TCR=79;TR=33;WE=195399686;WS=195399668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr3	195400889	rs373782024	T	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQRankSum=1.621;QD=0.85;ReadPosRankSum=3.368;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,22:0.13:174
chr3	195412876	rs11185503	T	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=39;PP=793;SC=TTCTGCACTCTGGGGAAGAAG;SOR=5.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=41;WE=195412884;WS=195412866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	195426305	rs9860655	T	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=3.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.501;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,73:0.21:356
chr3	195426490	rs3107775	A	G	11728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=317;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.309;SC=TTTTTTCAATAAGTCAGCCTT;SOR=0.576;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=594;TCF=175;TCR=419;TR=454;WE=195426498;WS=195426469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,469:0.76:616
chr3	195447775	rs7620138	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=0.222;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr3	195447805	.	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.173;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.693;NF=12;NR=2;PP=202;ReadPosRankSum=-2.661;SC=CCCTCCTCCCTGGTTTGAGGA;SOR=2.424;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=14;WE=195447813;WS=195447795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr3	195447834	rs11185522	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=0.732;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,17:0.17:98
chr3	195447886	rs7627924	G	C	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-3.452;NF=49;NR=32;PP=1282;ReadPosRankSum=2.606;SC=AGGATGGGCTGTCTCTGGGGT;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=81;WE=195447894;WS=195447876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,88:0.54:163
chr3	195451880	rs142096782	AG	GA	21897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=872;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.94;MQRankSum=-2.846;QD=25.32;ReadPosRankSum=0.989;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,863:1.00:865
chr3	195452668	rs201581458	C	G	5561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=8.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.13;MQRankSum=-0.098;QD=29.43;ReadPosRankSum=4.053;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,147:0.78:189
chr3	195452689	rs141077164	C	T	6358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=15.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.24;MQRankSum=0.069;QD=36.34;ReadPosRankSum=1.542;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,156:0.89:175
chr3	195452770	rs2550231	G	A	10956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.75;MQRankSum=2.331;QD=43.14;ReadPosRankSum=-2.754;SOR=1.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,248:0.98:254
chr3	195452799	rs2550232	C	T	12250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.50;MQRankSum=3.259;QD=37.58;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,320:0.98:326
chr3	195452951	rs2688542	G	C	37656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=1325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=753;NR=546;PP=2965;SC=AGCTGCACCTGATGCCACGGT;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TR=1299;WS=195452941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1320:1.00:1320
chr3	195452987	rs9866681	G	A	8964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1943;ExcessHet=3.0103;FS=3.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-25.756;QD=4.63;ReadPosRankSum=2.154;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1603,333:0.17:1936
chr3	195452991	rs3828411	C	T	8937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1980;ExcessHet=3.0103;FS=3.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-25.343;QD=4.53;ReadPosRankSum=3.567;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1632,341:0.17:1973
chr3	195453064	rs2550233	T	G	38381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.450;NF=594;PP=2965;ReadPosRankSum=1.662;SC=GGAATCCCCTTGAAGAAACCT;SOR=1.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCF=595;WE=195453072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1369:1.00:1371
chr3	195453205	rs9870815	G	A	3290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1245;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-18.876;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.911;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:985,257:0.21:1242
chr3	195453243	rs3828408	C	T	8272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1543;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-25.085;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1241,297:0.19:1538
chr3	195453257	rs3828406	G	A	8562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1573;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-24.434;QD=5.46;ReadPosRankSum=-3.267;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1255,313:0.20:1568
chr3	195453406	rs3210209	G	C	4338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1108;ExcessHet=3.0103;FS=1.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-17.716;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:922,181:0.16:1103
chr3	195453412	rs1063306	C	T	4215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1017;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-17.281;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.971;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:848,164:0.16:1012
chr3	195456561	rs3762739	C	G	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,77:0.26:300
chr3	195460236	rs712011	G	A	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=52;PP=1498;SC=CCAAGCCCCTGACCCCAGATG;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=69;WE=195460244;WS=195460226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	195475989	rs7621695	G	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.554;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.598;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,123:0.24:517
chr3	195476085	rs2688497	A	G	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=85;PP=2328;SC=TCAGATCAGCATGGTGGATAA;SOR=4.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=7;TCR=86;TR=92;WE=195476093;WS=195476075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	195477713	rs2291654	G	A	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.43;QD=46.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	195477713	.	GCC	ACA	1101	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=49.76;NF=44;NR=5;PP=1101;QD=23.5605688747;SC=CTGTTTGCCCGCCCCCCGCAG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=49;WE=195477723;WS=195477703;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,49:0.92:53
chr3	195477715	rs2291653	C	A	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.91;QD=43.36;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	195477791	rs2291652	G	A	6834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=71;PP=2965;SC=CTTCCCCGGAGATGGGCTGGA;SOR=1.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=158;TCR=71;TR=228;WE=195477799;WS=195477781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr3	195478012	rs2291651	G	C	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	195479256	rs2258447	T	C	8244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=177;NR=110;PP=2965;SC=AGGCGTTGACTTCTGCCATGG;SOR=1.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=177;TCR=110;TR=287;WE=195479264;WS=195479246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr3	195484244	rs2550270	G	A	6812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=153;PP=2965;SC=GAGACTCCTCGGCTCTGTGGT;SOR=1.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=83;TCR=153;TR=236;WE=195484252;WS=195484234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	195487737	rs2246771	A	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=17;PP=1646;SC=AGGCCTCCCCAGGCCTCGGGC;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=86;WE=195487745;WS=195487727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	195489009	rs2246901	C	A	7789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.562;SC=CTGGCGGAGGCGTGGAGGATG;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=167;TCR=114;TR=280;WE=195489017;WS=195488999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,292:1.00:293
chr3	195489067	rs2246980	C	G	10224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=191;PP=2965;SC=CGAAGCTGGCCGAGACCTCAG;SOR=0.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=374;TCF=183;TCR=191;TR=374;WE=195489075;WS=195489057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr3	195489669	rs2550263	C	T	7441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-5.511;NF=197;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=1.888;SC=ACGCGGCTTCCCGCCCACCTC;SOR=1.285;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=255;TCF=198;TCR=57;TR=254;WE=195489677;WS=195489659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,252:1.00:253
chr3	195490284	rs2550261	T	C	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=10;PP=787;SC=GCAGGGAGGTTCCCGGCACCC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=195490292;WS=195490274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	195490838	rs377595393	ATCC	A	2201.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.38;QD=44.03;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	195490839	.	TCCAGATG	ACCAGATG	1445	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=67.81;NF=25,19;NR=5,6;PP=669,1445;QD=23.4590404182;SC=CTACTCCTTATCCAGATGCCA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=30,25;WE=195490853;WS=195490829;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr3	195490839	.	TCCAGATG	T	1445	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=67.81;NF=25,19;NR=5,6;PP=669,1445;QD=23.4590404182;SC=CTACTCCTTATCCAGATGCCA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=30,25;WE=195490853;WS=195490829;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,25:0.96:26
chr3	195490842	rs34858176	AGATG	A	2202.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.38;QD=44.05;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	195492027	rs11926236	T	C	9304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=0.209;SC=AGGCCCAGGCTGGGGCTGCCA;SOR=0.322;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=369;TCF=161;TCR=208;TR=357;WE=195492045;WS=195492017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,364:1.00:365
chr3	195495916	rs2550240	G	C	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=1.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.295;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,130:0.29:447
chr3	195496129	rs2688492	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=230;ReadPosRankSum=2.102;SC=ACGCACAGCACCTGTTCCTGG;SOR=0.481;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=20;WE=195496137;WS=195496119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr3	195497174	rs2259102	C	G	10920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=210;NR=174;PP=2965;SC=CGTTGTTTGTCATCTTTCTAA;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=384;TCF=210;TCR=174;TR=384;WE=195497182;WS=195497164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr3	195497743	rs2260685	T	C	14081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=284;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.375;SC=CTTGTTAGGATAGACCCCCTA;SOR=0.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=520;TCF=234;TCR=286;TR=515;WE=195497751;WS=195497733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,526:1.00:528
chr3	195497809	rs2259153	T	C	5303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=123;PP=2965;SC=CCGTCACCTGTAGGTCTTCTC;SOR=1.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=55;TCR=124;TR=177;WE=195497817;WS=195497799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	195501149	rs2259292	C	T	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=79;PP=2733;SC=GTCCCCGGCGCCTGCCCCATA;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=82;TCR=80;TR=161;WE=195501157;WS=195501139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	195501258	rs2259331	T	C	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=46;PP=1249;SC=GAGCGCTCCCTGCAGGCTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=195501266;WS=195501248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	195505417	rs2259419	G	A	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=58;PP=1980;SC=GCTGGAAGAGGGAGCTGGAAA;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=99;WE=195505425;WS=195505407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	195505664	rs2688513	G	A	7721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=116;PP=2965;SC=CAGCTACCTGGTGTTTCCATC;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=155;TCR=116;TR=270;WE=195505672;WS=195505654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr3	195505788	rs2550253	G	C	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.099;NF=32;NR=83;PP=2301;ReadPosRankSum=0.519;SC=GAGGGGTGGCGTGACCTGTGG;SOR=1.940;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=142;TCF=49;TCR=93;TR=115;WE=195505796;WS=195505778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,115:0.92:125
chr3	195505835	rs58500707	C	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=25.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.96;MQRankSum=-0.417;QD=24.27;ReadPosRankSum=-2.784;SOR=4.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr3	195505838	rs59101491	G	C	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=29.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.15;MQRankSum=-1.583;QD=22.90;ReadPosRankSum=-2.529;SOR=5.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr3	195511993	.	A	G	1636	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=26;MQ=46.75;NF=45;NR=41;PP=1636;QD=19.4275722389;SC=ACCTGTGGATACTGAGGAAGT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=86;WE=195512012;WS=195511983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:76,86:0.53:162
chr3	195512004	.	T	G	2962	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=24;MQ=51.06;NF=103;NR=81;PP=2962;QD=20;SC=CTGAGGAAGTTTCGGTGACAG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=184;WE=195512012;WS=195511983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr3	195512042	.	T	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=26;MQ=55.34;NF=158;NR=131;PP=2965;QD=20;SC=CCTGTGGATGTTGAGGAAGGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=158;TCR=131;TR=289;WE=195512050;WS=195512032;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr3	195512107	.	T	A	2962	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=20;MQ=59.19;NF=168;NR=172;PP=2962;QD=20;SC=AGCATCGGTGTCATGAAGAGC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=168;TCR=172;TR=340;WE=195512115;WS=195512093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr3	195512186	rs202060675	T	C	7687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=120;PP=2965;SC=CCTGTGGATATTGAGGAAGCG;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=102;TCR=120;TR=222;WE=195512194;WS=195512176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	195512212	rs75588776	G	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.367;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.021;NF=26;NR=40;PP=762;ReadPosRankSum=2.615;SC=GACAAGAAGAGGGGTGGCGTG;SOR=1.146;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=192;TCF=89;TCR=103;TR=66;WE=195512220;WS=195512202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,67:0.33:201
chr3	195515414	rs71180964	T	TGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGACCTGTGGATTCTGAGGAAGTGTC	2487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.492;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.22;MQRankSum=-2.579;QD=59.23;ReadPosRankSum=3.680;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,34:0.81:42
chr3	195515594	rs13095016	C	G	9034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=85;PP=2965;SC=GTGTGGGTCTCGGTTTGTGGA;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=199;WE=195515602;WS=195515584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	195515617	rs2641776	G	C	9737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=107;PP=2965;SC=TGTAAGCCCAGTGGATGTGAT;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=126;TCR=108;TR=233;WE=195515625;WS=195515607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr3	195516630	rs3103954	G	T	22019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=389;NR=392;PP=2965;SC=TAATTTGTTGGGATGTGTGTC;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=783;TCF=390;TCR=393;TR=781;WE=195516638;WS=195516620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,801:1.00:801
chr3	195516730	rs74547899	G	A	7613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.777;SC=AGCCTCTCCAGTGGTCCCCGT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=468;TCF=209;TCR=259;TR=315;WE=195516738;WS=195516716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,316:0.67:474
chr3	195516878	rs2177336	T	C	12573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=229;NR=208;PP=2965;SC=GTGCCAGCTGTCCCTGTAGAT;SOR=0.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=437;TCF=229;TCR=208;TR=437;WE=195516886;WS=195516868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr3	195517258	rs1106502	G	A	13933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=239;NR=238;PP=2965;SC=GTCTCTGGAGGTTGGCATTCT;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=477;TCF=239;TCR=238;TR=477;WE=195517266;WS=195517248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr3	195517321	rs1104760	G	A	15947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=293;NR=248;PP=2965;SC=AGGGGATGAGGTGGTTGTTTC;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=541;TCF=293;TCR=248;TR=541;WE=195517329;WS=195517311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,569:1.00:569
chr3	195517553	rs882605	A	C	18451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=276;NR=342;PP=2965;SC=TCTGGATCAAATGTTACTAAG;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=618;TCF=276;TCR=342;TR=618;WE=195517561;WS=195517543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr3	195518112	rs142781032	T	TGTCTCCTGCGTAACA	6478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.020;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.092;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,177:0.31:578
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chr3	195596636	rs13084875	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=761;SC=TGGAGGAGGCCCCAGGCAGAG;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=30;WE=195596644;WS=195596626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	195596907	rs2278034	T	C	5140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=1.480;SC=ACAGCAGCCTTAGGGTGGCCT;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=393;TCF=218;TCR=175;TR=221;WE=195596915;WS=195596897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,233:0.57:409
chr3	195599085	rs2241413	T	C	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=596;ReadPosRankSum=-1.774;SC=ACGCGTGCCGTGCTGAGGGCC;SOR=0.553;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=175;TCF=125;TCR=50;TR=53;WE=195599093;WS=195599075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,56:0.32:176
chr3	195603634	.	G	A	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=59.91;NF=0;NR=4;PP=28;QD=15.6928031368;SC=AGGGCGGGGCGGGGCACACCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=4;WE=195603642;WS=195603624;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,4:0.17:23
chr3	195612034	rs3747672	T	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=37;PP=899;ReadPosRankSum=-1.954;SC=TGCCAAACTGTCAGTGGGGCA;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=44;WE=195612042;WS=195612024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr3	195686891	rs201127123	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.52;MQRankSum=-4.861;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
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chr3	195692347	rs62282794	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-10.448;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,25:0.14:181
chr3	195692419	rs77887672	C	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-19.510;QD=0.11;ReadPosRankSum=1.996;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:439,65:0.13:504
chr3	195701472	.	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=10.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.49;MQRankSum=-4.874;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,19:0.18:106
chr3	195701483	rs377526928	TCCA	T	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=9.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.79;MQRankSum=-3.344;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr3	195702738	rs201183585	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.97;MQRankSum=-0.182;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,23:0.23:100
chr3	195710971	rs4927836	G	T	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=6.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-17.378;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.868;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,89:0.22:403
chr3	195710989	rs2620604	G	A	3146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=3.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-18.917;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,100:0.22:448
chr3	195710993	rs4927692	A	G	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=1.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-18.486;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,104:0.22:465
chr3	195754164	rs6782834	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.812;NF=4;NR=20;PP=339;ReadPosRankSum=0.168;SC=TGAGGCAGGCATCAGAAAACA;SOR=0.214;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=73;TCF=8;TCR=65;TR=24;WE=195754172;WS=195754154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr3	195779155	rs41298097	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.795;NF=3;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=2.613;SC=TTAAGAATGCCGATCAGACTT;SOR=0.352;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=15;WE=195779174;WS=195779145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr3	195779163	.	CTTTT	C	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=20;HapScore=4;MGOF=29;MMLQ=18;MQ=59.28;NF=0;NR=4;PP=55;QD=14.5;SC=GCCGATCAGACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=195779174;WS=195779145;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr3	195780535	rs9809253	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=563;ReadPosRankSum=1.145;SC=AAAAGGAACTCGCAGATAAGC;SOR=0.108;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=104;TCF=7;TCR=97;TR=37;WE=195780543;WS=195780525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,39:0.38:104
chr3	195782176	rs419068	CA	TG	9967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.79;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,250:0.60:419
chr3	195782184	rs419059	C	T	9185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=6.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.67;ReadPosRankSum=-1.790;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,230:0.59:388
chr3	195784997	rs3933	G	A	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=4;PP=953;ReadPosRankSum=1.084;SC=TGTAATCCTCGTCATTTGTCC;SOR=1.334;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=63;TCR=7;TR=45;WE=195785005;WS=195784987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr3	195789376	rs526860	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=441;ReadPosRankSum=-2.824;SC=TGCACTCCAGCCTGGGCGACA;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=25;WE=195789384;WS=195789366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr3	195789414	rs2239641	T	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=495;ReadPosRankSum=-0.450;SC=CAAAAAAGTTTACCTGAATTC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=35;WE=195789436;WS=195789404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr3	195789428	rs507131	C	A	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=42;PP=2629;SC=TGAATTCATACACAGCTAATG;SOR=1.125;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=115;WE=195789436;WS=195789404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	195789708	rs2239640	G	T	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:459,193:0.30:652
chr3	195794788	rs9855973	C	T	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=42;PP=1404;ReadPosRankSum=-1.245;SC=TTACTGCTAACGCCCTCCCAG;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=400;TCF=260;TCR=140;TR=119;WE=195794796;WS=195794778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,121:0.30:408
chr3	195798258	rs480760	T	C	34422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=1245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=698;NR=516;PP=2965;SC=ACTGTTTTGCTTTACTTACAG;SOR=1.035;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1216;TCF=700;TCR=516;TR=1214;WE=195798266;WS=195798248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1242:1.00:1242
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chr3	195925458	rs1106480	A	C	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=80;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.573;SC=AGGATGCAGCAGCCCTGTATG;SOR=0.782;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=493;TCF=241;TCR=252;TR=150;WE=195925466;WS=195925448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,155:0.30:513
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chr3	195935207	rs12497404	C	G	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=8;PP=986;ReadPosRankSum=-0.830;SC=CTCTGCAGCCCCCTCCTTGGC;SOR=1.385;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=52;WE=195935215;WS=195935199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr3	195936446	rs4916502	C	T	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=49;PP=1297;SC=GCGGCGGGGGCAGCTCCACGG;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=58;WE=195936454;WS=195936436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	195937678	rs12718059	G	A	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=51;PP=1385;SC=CCTGTGGCTTGCTCAGGTCAG;SOR=3.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=59;WE=195937686;WS=195937668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	195937977	rs13079891	A	G	4852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.542;NF=128;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=0.160;SC=CCTCCATCCTATCATCTTCTG;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=269;TCF=183;TCR=86;TR=190;WE=195937985;WS=195937967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,197:0.71:279
chr3	195938177	rs1522394	A	G	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=88;PP=2215;ReadPosRankSum=1.094;SC=GCATCCGTTAAGAGTGTCATG;SOR=0.376;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=157;TCF=28;TCR=129;TR=110;WE=195938185;WS=195938167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,117:0.72:163
chr3	195941216	rs7642243	C	G	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=48;PP=2139;ReadPosRankSum=-0.539;SC=TTCCGGCTTCCTGCACACAAA;SOR=0.408;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=224;TCF=157;TCR=67;TR=146;WE=195941224;WS=195941206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,145:0.64:227
chr3	195956726	rs144375332	AAG	A	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.337;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,15:0.15:97
chr3	196051087	rs147354585	GTC	G	1630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FS=1.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=5.858;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:587,101:0.15:688
chr3	196158773	rs6583309	G	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GGCCGGGGAAGAAAGGAAAAA;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=258;TCF=137;TCR=121;TR=87;WE=196158781;WS=196158763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,91:0.34:268
chr3	196199204	rs3796129	G	T	22495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=368;NR=414;PP=2965;SC=AGAAAAGCATGGATCCTTGAC;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=783;TCF=368;TCR=415;TR=782;WE=196199212;WS=196199194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,794:1.00:794
chr3	196210590	rs7643192	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=4;PP=855;SC=AACAGAAAACACTGGCATACA;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=196210598;WS=196210580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	196210808	rs7646174	T	C	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=54;PP=1707;SC=GAGAGAACTTTATGATAAAAT;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=196210816;WS=196210798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	196210894	rs7646273	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=258;SC=TCTGTACATCTCTTGAAGAAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=196210902;WS=196210884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	196215352	rs34023868	C	CA	184.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=166;ReadPosRankSum=0.318;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=13;WE=196215360;WS=196215342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	196215451	rs62798260	CA	C	2260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.669;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.295;NF=30;NR=34;PP=874;ReadPosRankSum=0.584;SC=AGAAATATTCCAAAAAAAAAA;SOR=1.203;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=64;WE=196215470;WS=196215439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,98:0.94:104
chr3	196215660	rs11185543	G	A	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=597;SC=ATTAATAACTGCAGCAATATC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=196215668;WS=196215650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	196236244	rs6803596	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.830;NF=26;NR=4;PP=530;ReadPosRankSum=0.096;SC=CAAATTAATCTTTTTTTAAAA;SOR=0.605;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=69;TCR=9;TR=30;WE=196236252;WS=196236234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr3	196281208	rs9311	T	C	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:587,220:0.27:807
chr3	196294104	rs9842616	C	G	19185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=301;NR=367;PP=2965;SC=CTACAGGCTTCGGGTTTCTGA;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=670;TCF=302;TCR=368;TR=668;WE=196294112;WS=196294094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,695:1.00:695
chr3	196386588	rs368419428	C	G	6133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=1.727;SC=GCCTCTGGGCCTCCTCGCTGC;SOR=0.594;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=404;TCF=284;TCR=120;TR=271;WE=196386596;WS=196386578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,275:0.67:410
chr3	196386964	rs1798631	C	G	8184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=0.870;SC=ACATGGCAGCCCTCATGCTCC;SOR=0.790;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=512;TCF=250;TCR=262;TR=351;WE=196386972;WS=196386954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,356:0.68:520
chr3	196435331	rs55901490	CAG	C	13296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=98;PP=2965;SC=CAGTCCCTGACAGAGTCATGA;SOR=1.392;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=192;TCF=90;TCR=102;TR=182;WE=196435340;WS=196435321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr3	196435534	rs6776064	T	C	10245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=235;PP=2965;SC=ATCATTCCCATGTACATGTCC;SOR=1.343;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=373;TCF=138;TCR=235;TR=373;WE=196435542;WS=196435524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr3	196443803	rs1906044	T	C	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=64;PP=1599;SC=GTAAGTTGCCTGTTGATTTCT;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=123;WE=196443811;WS=196443793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	196443826	rs1906045	A	G	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=55;PP=1553;SC=TTCTATTAAAATAATGTGTCA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=196443834;WS=196443816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	196448103	rs9864896	C	T	6614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=98;PP=2965;SC=GCCATGGAGGCGGTTCCTTTT;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=141;TCR=98;TR=238;WE=196448111;WS=196448093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	196453427	rs1976847	C	A	9370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=229;NR=90;PP=2965;SC=TAATATTGCTCCTGTACTCTA;SOR=1.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=229;TCR=90;TR=319;WE=196453435;WS=196453417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr3	196453467	rs1568603	A	C	15547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=332;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=0.872;SC=TAATATGATGAATGATTTGGA;SOR=1.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=546;TCF=334;TCR=212;TR=542;WE=196453475;WS=196453457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,564:1.00:566
chr3	196453654	rs12637375	C	A	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=145;PP=2965;SC=TTAGTACATACAGTTTCTACT;SOR=2.326;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=48;TCR=145;TR=193;WE=196453662;WS=196453644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	196529902	rs201465227	G	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=8.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-10.887;QD=2.51;ReadPosRankSum=-8.582;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,44:0.21:207
chr3	196529926	rs77470308	C	A	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=17.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQRankSum=-14.079;QD=5.97;ReadPosRankSum=-5.615;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,151:0.37:413
chr3	196529978	rs79726945	C	T	3110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=2.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-15.381;QD=5.36;ReadPosRankSum=3.498;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:384,196:0.34:580
chr3	196530013	rs73205842	A	G	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-17.326;QD=6.27;ReadPosRankSum=-9.722;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,117:0.24:482
chr3	196530022	rs115224945	C	T	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=1.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-18.515;QD=5.04;ReadPosRankSum=-9.470;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,79:0.17:452
chr3	196541580	rs11185455	G	A	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=109;PP=2965;SC=CTCCATCTCCGTGCCATTTCA;SOR=2.484;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=33;TCR=109;TR=142;WE=196541588;WS=196541570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	196547446	rs2084382	G	C	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=-0.963;NF=24;NR=48;PP=1187;ReadPosRankSum=-1.816;SC=AGGGTAAGATGAGTTAAACAC;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=152;TCF=52;TCR=100;TR=72;WE=196547454;WS=196547436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,82:0.51:160
chr3	196547538	rs2166799	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=-1.167;SC=TAAAGTAGAAGGTTGATAAAA;SOR=0.120;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=10;WE=196547546;WS=196547528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr3	196613075	rs34533379	C	T	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=69;PP=1991;ReadPosRankSum=0.257;SC=TTAGTTTAGACGAAGCATTCC;SOR=0.760;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=499;TCF=253;TCR=246;TR=149;WE=196613083;WS=196613065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,156:0.31:506
chr3	196613683	rs150375675	A	AG	1111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=1352;ReadPosRankSum=-1.427;SC=TAAACCAGTTAGTCTGCTTGA;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=32;WE=196613691;WS=196613673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr3	196626689	rs9842002	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=1018;ReadPosRankSum=0.376;SC=AAAATTTTTGGCATATATGAC;SOR=0.999;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=54;WE=196626697;WS=196626679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr3	196627088	rs9825635	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=29;PP=1115;SC=TTTGATTACTATTGGCAGTAA;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=196627096;WS=196627078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	196627335	rs6764463	T	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=49;PP=1344;SC=TGTATTAAAATGAGTAGTTTT;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=79;WE=196627343;WS=196627325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	196627356	rs9810317	C	T	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=42.37;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	196627361	rs6772870	G	A	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=45.37;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	196654536	rs2054200	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=220;ReadPosRankSum=-0.161;SC=AATTGTTCCAGCTTCTTAATG;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=19;WE=196654544;WS=196654526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr3	196656772	rs1602	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-1.426;SC=AAGTGTGGGTGTCATCCATGT;SOR=0.070;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=9;WE=196656780;WS=196656762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr3	196657670	rs63736860	CT	C	1195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.693;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.314;NF=22;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TTTCTGGGACCTTTTTTTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=131;TCF=59;TCR=72;TR=41;WE=196657678;WS=196657660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,66:0.37:178
chr3	196666059	rs553783	A	G	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=53;PP=1818;ReadPosRankSum=1.436;SC=AGGGACGCTTATGAGCTACCA;SOR=0.584;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=396;TCF=254;TCR=142;TR=138;WE=196666067;WS=196666046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,137:0.34:403
chr3	196674749	rs4916589	C	T	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=66;PP=2182;ReadPosRankSum=-0.497;SC=GACTTGCAGCCGTTGCCACGC;SOR=0.461;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=409;TCF=240;TCR=169;TR=145;WE=196674757;WS=196674739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,150:0.36:422
chr3	196674972	rs574365	CT	TC	6944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:493,206:0.29:699
chr3	196742290	rs9855410	T	C	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,101:0.31:329
chr3	196742395	rs41284049	G	A	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1429;ReadPosRankSum=0.522;SC=GCCCTGGGGTGGGGCAAGCAA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=324;TCF=156;TCR=168;TR=115;WE=196742403;WS=196742385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,122:0.36:336
chr3	196743130	rs6779362	T	C	3101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=69;PP=1867;ReadPosRankSum=-0.787;SC=CATAGGTCTGTGTGGCGATGG;SOR=0.547;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=480;TCF=291;TCR=189;TR=164;WE=196743138;WS=196743120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,170:0.34:500
chr3	196746629	rs1056664	T	C	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.720;NF=41;NR=66;PP=1534;ReadPosRankSum=-0.538;SC=ACTCGCCTTCTTCCTCCTCAG;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=321;TCF=127;TCR=194;TR=107;WE=196746649;WS=196746619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,115:0.35:333
chr3	196749798	rs2288766	T	G	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=36;PP=2179;SC=CTCCCTGCCCTCGGCCCCTCC;SOR=1.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=89;TCR=36;TR=125;WE=196749806;WS=196749788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	196750016	rs2288765	A	G	6248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=123;PP=2965;SC=GTCACTCAGCAGAACTTTCTT;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=104;TCR=123;TR=227;WE=196750024;WS=196750006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	196750841	rs2280294	C	A	8031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=152;PP=2965;SC=ACACAGTGACCTGCGCCCGGT;SOR=0.936;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=133;TCR=153;TR=285;WE=196750849;WS=196750831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr3	196751474	rs2280296	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=-0.078;SC=GCTGTACACACGGATGTGTGC;SOR=0.529;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=26;WE=196751482;WS=196751464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr3	196754519	rs2276789	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=279;ReadPosRankSum=-1.970;SC=CCTATCGGCCGGGCCTGGCAG;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=24;WE=196754527;WS=196754509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr3	196754819	rs2276788	C	G	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.835;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=59;PP=1386;ReadPosRankSum=-1.879;SC=CTCCCCCGCCCTGCCCAGCCC;SOR=0.393;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=127;TCF=32;TCR=95;TR=81;WE=196754827;WS=196754809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,88:0.65:136
chr3	196754856	rs12637442	C	A	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=701;ReadPosRankSum=1.796;SC=GTGGCTCCAGCAGTTCTGTGT;SOR=0.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=35;WE=196754864;WS=196754846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr3	196778438	rs7629533	C	T	19615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=352;NR=346;PP=2965;SC=TGTTACAACACGGTTCCAACC;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=698;TCF=352;TCR=346;TR=698;WE=196778446;WS=196778428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,716:1.00:716
chr3	196793466	rs140259336	T	TA	1280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=674;SC=GTATATGTAGTAAAAAAAAAT;SOR=3.080;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=32;WE=196793474;WS=196793456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	196869518	rs9866058	T	C	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=40;NR=1;PP=1207;SC=GAGATCTCCCTTGGATTCTGT;SOR=5.235;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=41;WE=196869526;WS=196869508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	196869688	rs7628652	A	G	6002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=1.204;SC=TGTAAAATCCAAAATGGCAAG;SOR=0.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=87;TCR=119;TR=205;WE=196869696;WS=196869678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr3	196869820	rs9866550	T	A	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=618;SC=CAAATGTGATTAATGAGTTGA;SOR=4.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=24;WE=196869828;WS=196869810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	197020630	rs364644	G	A	5164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=68;PP=2965;SC=ATAACTCACTGCGGCCTAAAC;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=112;TCR=68;TR=180;WE=197020638;WS=197020620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	197020718	rs434681	T	C	8936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=146;PP=2965;SC=AAGACCCCTGTTCTCCTTTAA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=161;TCR=148;TR=305;WE=197020726;WS=197020708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr3	197020780	rs3836429	G	GA	4468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=78;PP=2975;SC=CTTACTGAGAGAAAAAACCTT;SOR=1.314;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=18;TCR=84;TR=95;WE=197020788;WS=197020770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	197020871	rs450891	G	A	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=40;PP=1096;SC=GCTTAGGGCAGTTTACAAGCT;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=197020879;WS=197020861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	197361944	rs11918438	G	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=5.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.838;NF=63;NR=16;PP=1521;ReadPosRankSum=-0.651;SC=ACAAAAAGGCGAAGTCGGAGA;SOR=0.953;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=124;TCR=34;TR=79;WE=197361952;WS=197361939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr3	197362030	rs2451791	C	T	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQRankSum=-18.209;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:430,140:0.25:570
chr3	197362103	rs28434055	G	T	5467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.991;NF=115;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=0.886;SC=GAAGAAGAAGGGATTGAGAGA;SOR=0.866;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=713;TCF=308;TCR=405;TR=284;WE=197362111;WS=197362082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:424,279:0.40:703
chr3	197362179	rs11915811	T	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=23.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.78;MQRankSum=-10.477;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=2.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,73:0.31:233
chr3	197362184	rs9867990	C	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=4.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.43;MQRankSum=-0.257;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,57:0.28:204
chr3	197362187	rs9867993	C	T	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.23;MQRankSum=-0.248;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,52:0.28:185
chr3	197482760	rs13068986	C	G	6021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=110;PP=2965;SC=GGAAAATGGACGCTTCTGCGA;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=101;TCR=111;TR=211;WE=197482768;WS=197482750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	197483279	rs6794391	A	G	7967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=193;NR=66;PP=2965;SC=AAAATAATTGACATTTCCTCT;SOR=2.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=194;TCR=66;TR=259;WE=197483287;WS=197483269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr3	197490285	.	CA	C	754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr3	197495334	rs3205525	G	A	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=165;NR=128;PP=2965;SC=AGTCTGAATCGTAGAGGAAGA;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=165;TCR=129;TR=293;WE=197495342;WS=197495324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr3	197496984	rs1708460	A	G	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=27;PP=2626;SC=GATTAACATAATTTCTTGCCT;SOR=2.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=86;TCR=27;TR=113;WE=197496992;WS=197496974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	197500394	rs3830497	T	TTTTG	15086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.339;NF=50;NR=122;PP=2985;ReadPosRankSum=0.328;SC=TTGGCAGTGTTTTTGTTTGTT;SOR=0.858;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=221;TCF=59;TCR=162;TR=172;WE=197500402;WS=197500384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,338:0.99:342
chr3	197518108	.	G	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.475;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=15;PP=925;ReadPosRankSum=1.216;SC=GTCCGGCCGCGCATGCGCTGA;SOR=0.771;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=224;TCF=169;TCR=55;TR=67;WE=197518116;WS=197518098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,67:0.29:230
chr3	197544200	rs55896070	C	CGTGTGTGTGTGT	2761.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.33;QD=39.45;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	197544201	.	A	G	1803	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=61.75;NF=1;NR=68;PP=1803;QD=26.6343653992;SC=ATTGTCCAACATGTGTGTGTG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=69;WE=197544217;WS=197544191;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	197544201	.	A	ATTTTGTGTGTGTGTGCG	327.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.66;MQRankSum=0.000;QD=25.21;ReadPosRankSum=0.728;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr3	197544209	.	G	GTGTATTT	855	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=62.13;NF=0;NR=14;PP=855;QD=61.7857142857;SC=ACATGTGTGTGTGTGTGTCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=14;WE=197544217;WS=197544191;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:40,14:0.26:54
chr3	197557635	rs501101	C	T	16397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=339;NR=236;PP=2965;SC=AGTCTCTTTTCGGCAGCCATG;SOR=1.100;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=575;TCF=339;TCR=236;TR=575;WE=197557643;WS=197557625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr3	197574936	rs2306439	G	C	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=64;PP=2118;SC=GACTGGCTAAGTGCTTATTTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=98;WE=197574944;WS=197574926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	197581147	rs9863587	A	G	7614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=76;PP=2965;SC=CTCTATGTCAACGTCTTCAAA;SOR=1.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=177;TCR=76;TR=252;WE=197581155;WS=197581137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr3	197702875	.	CT	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,26:0.16:166
chr4	53428	rs2859214	G	A	10567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=270;PP=2965;SC=GGGAGGCCTCGTCGGAACCGG;SOR=2.523;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=353;TCF=83;TCR=270;TR=353;WE=53436;WS=53418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr4	60138	.	G	A	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=51;PP=1248;ReadPosRankSum=-1.058;SC=GGGAAACTGCGCCAATAAAAA;SOR=0.847;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=247;TCF=111;TCR=136;TR=89;WE=60146;WS=60128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,94:0.37:252
chr4	60335	rs2780400	A	T	3386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=69;PP=2073;ReadPosRankSum=0.500;SC=TTGCTTTTAGAGACATAGGAG;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=91;TCR=90;TR=138;WE=60343;WS=60325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,147:0.76:193
chr4	60400	rs3864128	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=611;ReadPosRankSum=-0.689;SC=TATTATTTTCGCATCATGCCT;SOR=1.055;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=36;WE=60408;WS=60390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr4	60448	rs2780399	G	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=152;ReadPosRankSum=0.522;SC=AATGGGATTTGGTTTAGAAAT;SOR=0.397;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=12;WE=60456;WS=60438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr4	85995	rs61336127	C	CA	3936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=1874;SC=AGAAACCCTACAATGTGAAAA;SOR=0.799;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=36;WE=86003;WS=85985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	86016	rs57253237	G	GC	3379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.75;QD=44.47;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	86022	rs74490941	C	A	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.01;QD=50.41;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	86022	.	CAG	ATA	655	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=40;MMLQ=27;MQ=45.68;NF=2;NR=1;PP=655;QD=239.489291621;SC=CAAAGCTTTACAGGGTCCACA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=3;WE=86052;WS=86006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,3:0.25:12
chr4	86023	rs78362263	A	T	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.89;QD=47.81;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	86024	rs77715101	G	A	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.77;QD=49.74;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	86031	rs367720730	CA	C	2437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.77;QD=47.80;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	86032	.	AAT	A	476	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;FR=1.0000;HP=1;HapScore=3;MGOF=40;MMLQ=28;MQ=47.95;NF=2;NR=1;PP=476;QD=167.666666667;SC=CAGGGTCCACAATCCACTGAA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=86052;WS=86006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	86034	rs57594632	TC	T	2257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.77;QD=44.27;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	86040	rs17853557	G	T	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.77;QD=46.21;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	86042	rs17857099	A	G	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.81;QD=47.55;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	86044	rs17857100	G	A	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.51;QD=45.81;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	86101	rs58319295	G	GC	4489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=28;PP=2957;SC=ATGTGGCAAAGCTTTAGACGG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=49;WE=86109;WS=86091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	86738	rs2353625	A	G	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=66;PP=2960;SC=TCCATTCTGGACAAAAACCTT;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=142;WE=86746;WS=86728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	87277	rs2006764	G	C	5656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=67;PP=2965;SC=TGTGGCAAAGGTTTTAATCGG;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=87;TCR=68;TR=154;WE=87285;WS=87267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr4	87313	rs60154095	G	GA	6319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.138;NF=22;NR=89;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.237;SC=GTACACAAGCGATTCATACTG;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=23;TCR=91;TR=111;WE=87322;WS=87303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr4	135694	rs12504142	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=371;SC=GTTATTTTCAGTGCATGTTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=135702;WS=135684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	331658	rs3749520	T	C	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=45.31;SOR=1.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	331666	rs3749521	G	C	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=46.30;SOR=1.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	331675	rs3749522	C	A	5895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=43.03;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	331693	rs5855672	G	GC	5663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=55;PP=2957;SC=TTCGGCCACAGCTCAGCCTCC;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=93;WE=331701;WS=331683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr4	337983	.	A	C	88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=59.52;NF=2;NR=0;PP=88;QD=61.3856062736;SC=AAATATTCTAAAGATTCTGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=2;WE=338004;WS=337973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,2:0.17:12
chr4	337994	.	AGG	GGA	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=59.52;NF=2;NR=0;PP=69;QD=61.2339374311;SC=AGATTCTGTCAGGAAACAATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=2;WE=338004;WS=337973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,2:0.17:12
chr4	338112	.	A	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-4.050;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.170;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,8:0.08:105
chr4	338113	.	A	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-2.400;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,9:0.08:107
chr4	338129	rs75245145	GC	AG	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.505;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-2.098;QD=2.11;ReadPosRankSum=-1.247;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,19:0.13:149
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chr4	338186	rs78725891	G	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-6.764;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,82:0.32:253
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chr4	338201	.	ATC	A	3665.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.449;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-5.979;QD=13.73;ReadPosRankSum=1.503;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,100:0.37:267
chr4	338205	rs80052234	T	C	3686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-6.108;QD=13.76;ReadPosRankSum=2.029;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,101:0.38:268
chr4	338246	rs79348421	G	A	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=3.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=-5.879;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,91:0.40:228
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chr4	338260	rs76915575	A	G	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-4.827;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,71:0.39:181
chr4	338266	rs74323716	G	A	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-4.177;QD=14.96;ReadPosRankSum=-2.311;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,65:0.40:162
chr4	338289	rs77578216	A	C	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-1.435;QD=9.62;ReadPosRankSum=-2.902;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,34:0.32:106
chr4	338296	rs77544910	G	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=10.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-1.588;QD=9.08;ReadPosRankSum=-3.107;SOR=2.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr4	338301	.	G	GA	693.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=9.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-1.841;QD=8.56;ReadPosRankSum=-2.457;SOR=2.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr4	338302	.	G	GA	654.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=12.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-2.149;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.317;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,13:0.17:75
chr4	338305	.	CCGGG	C	279.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=9.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-2.367;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,10:0.15:68
chr4	338310	.	T	TGA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=7.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-2.236;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,10:0.16:62
chr4	338313	.	A	ACC	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-2.186;QD=3.57;ReadPosRankSum=-2.373;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
chr4	338322	rs78396627	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-2.570;QD=2.74;ReadPosRankSum=-3.356;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,5:0.12:40
chr4	343795	rs3037605	C	CTGCT	3419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=20;PP=2360;SC=AGTCACAGGGCTCAGGAGCAC;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=343803;WS=343785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	376888	rs6854214	C	A	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=63;PP=2940;SC=TTTCAGAATTCTTCCATCTCT;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=103;TCR=63;TR=166;WE=376896;WS=376878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	420664	rs1053401	G	T	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=75;PP=2964;SC=ATCTTCTTCAGGCTCTTCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=157;WE=420672;WS=420654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	420688	rs2280250	C	T	7059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=77;PP=2965;SC=GGTATGAGTTCCTCTACTTCG;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=158;WE=420696;WS=420678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	429720	rs894534	T	C	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=85;PP=2526;SC=GATAATGAGATGCTGATGAGT;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=84;TCR=85;TR=169;WE=429728;WS=429710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	435474	rs149055249	G	A	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=23;PP=926;SC=TAAAGGCTTTGCCACATTCTT;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=435482;WS=435464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	437831	rs72501950	C	T	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=82;PP=2869;ReadPosRankSum=1.408;SC=GTCTTTGCCACGTTCTTCACA;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=68;TR=149;WE=437839;WS=437821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,151:0.99:153
chr4	466346	.	C	CAT	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=-12.870;QD=3.62;ReadPosRankSum=-4.139;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,24:0.14:168
chr4	466361	.	C	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQRankSum=-14.147;QD=4.93;ReadPosRankSum=-3.333;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,38:0.19:204
chr4	466365	.	T	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQRankSum=-14.566;QD=4.50;ReadPosRankSum=-2.679;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,39:0.18:216
chr4	466410	.	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.375;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=16.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-15.188;QD=1.19;ReadPosRankSum=3.281;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,45:0.17:268
chr4	466424	.	C	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.015;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=18.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-15.966;QD=4.11;ReadPosRankSum=3.606;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,47:0.17:282
chr4	466427	.	G	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.418;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=14.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQRankSum=-16.292;QD=3.93;ReadPosRankSum=3.986;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,46:0.16:294
chr4	466434	.	G	A	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.142;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=9.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=-16.156;QD=3.51;ReadPosRankSum=3.869;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,44:0.15:298
chr4	500631	rs4690182	A	G	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=36;PP=1347;SC=CAGCTTCATCATCCTGCTGGT;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=86;WE=500639;WS=500621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	515489	rs13115344	G	A	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=35;PP=1994;SC=CAGGCACTGCGCAGAAAGGCT;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=107;WE=515497;WS=515479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	515844	rs13136656	C	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=69;PP=2104;SC=GTGTGTGCCACGTGCTGGCAG;SOR=2.184;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=93;WE=515852;WS=515834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	517198	rs7678962	G	A	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=39;PP=1635;SC=GCAGCAAGATGTGTGTCGTTA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=102;WE=517206;WS=517188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	517376	rs7666226	T	C	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=79;PP=2515;SC=GGTACTTCCTTGTGAACACCC;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=86;TCR=79;TR=165;WE=517384;WS=517366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	517461	rs7666425	T	C	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=78;PP=2361;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GTGTGGCCTCTGTGTGGAACA;SOR=0.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=152;WE=517469;WS=517451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr4	517622	rs13150531	C	T	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=50;PP=1768;SC=TAATACTGGCCTGCTGCCGGC;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=108;WE=517630;WS=517612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	520853	rs13114026	G	A	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CGAGCTCTCTGTCCTGGCTGC;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=80;WE=520861;WS=520843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr4	527534	rs11931692	G	A	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=55;PP=2947;ReadPosRankSum=0.361;SC=CTAACATCGTGGCTCACGCTA;SOR=1.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=102;TCR=56;TR=157;WE=527542;WS=527524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr4	527677	rs34623004	T	C	6475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=118;PP=2965;SC=TACGTGGAAATCCCAGCCGTG;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=98;TCR=118;TR=216;WE=527685;WS=527667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr4	533001	rs1127410	T	C	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=12;PP=992;SC=ATTCCAGTTTTCACGTACATC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=533009;WS=532991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	628693	rs72613106	C	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=672;SC=TTCTGTGCTGCGCATCCACCT;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=628701;WS=628683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	647503	rs28569875	G	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	647506	rs9992641	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	647931	rs75695239	G	A	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=79;PP=2571;SC=GCCCACGCACGCCTGATGGCC;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=161;WE=647939;WS=647921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	648643	rs10902758	G	A	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=70;PP=2251;SC=GATCGACTACGTCCTCCACGG;SOR=1.138;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=124;WE=648651;WS=648633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	648709	rs10027549	G	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=37;PP=930;SC=AAGCGTCCCCGGGGGAGGGAC;SOR=1.467;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=58;WE=648717;WS=648699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	649639	rs28742899	C	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=11;PP=914;SC=GCCCCTCTCACCCCTGCACAC;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=649647;WS=649629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	649876	rs28630797	C	T	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=81;PP=2965;SC=GTCTCTGCCACGTCCCGCCCT;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=166;WE=649884;WS=649866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	651369	rs28742266	T	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=26.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	652826	rs74464382	C	T	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=69;PP=1888;SC=TTGCTCCCGTCCCTCCCATGG;SOR=2.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=97;WE=652834;WS=652816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	655881	rs73058406	C	G	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=18;PP=1565;SC=GCGGGACTTACACGCTTGCCG;SOR=2.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=70;WE=655889;WS=655871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	656604	rs28586910	G	T	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	658089	rs7436737	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=483;SC=TAACCCTGCAGCCCTCCCCAG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=658097;WS=658079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	663908	rs28675771	A	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=57;PP=1915;SC=CACTGGTCCCATGGGGACCCT;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=110;WE=663916;WS=663898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	666212	rs4463020	T	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=24;PP=1474;SC=CGACAGCAAATGAGGAGCCGG;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=666220;WS=666202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	667076	rs80010815	C	G	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=48;PP=1902;SC=TCTATAAGAGCCAGTGTCACT;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=667084;WS=667066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	671887	rs58227539	C	T	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=37;PP=1063;SC=TGTGTACATGCGCACAGACGA;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=671903;WS=671877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	671895	rs58342428	C	CAA	2511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=35;PP=1857;SC=TGCGCACAGACGAGCGTGGGC;SOR=1.961;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=37;WE=671903;WS=671877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	676992	rs10030136	C	T	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=109;NR=69;PP=2837;SC=GGCAGATGGACACTCACCCCA;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=178;WE=677000;WS=676982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	738512	rs6841958	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=417;SC=AGTGTTAGTGTTCGCCGTGGA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=738520;WS=738502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	755025	rs2242233	G	A	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=12;PP=1600;SC=ACCGTCCGGGGGAACCCTCCT;SOR=2.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=69;WE=755033;WS=755015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	759709	rs6810428	A	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=16;PP=1226;SC=GCAGCCCTGCATGTGGACTGT;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=70;WE=759717;WS=759699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	759733	rs6816483	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=27;PP=1682;SC=TCACGGGACGTGATTCCTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=95;WE=759741;WS=759723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	780286	rs10794536	C	G	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=31;PP=1634;SC=GTCCCGCGCGCGGCTACTTCT;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=86;WE=780294;WS=780276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	786401	rs2306251	T	C	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=61;PP=2256;SC=TGGCCCCTGGTACAGAAGTTG;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=121;WE=786409;WS=786391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	786508	rs2306250	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=23;PP=642;SC=CTCCATCCACTCGACCCTCTG;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=786516;WS=786498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	818440	rs2276906	G	A	9489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=162;PP=2965;SC=CCCCTGCCTGGCCTTCCCCAG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=168;TCR=162;TR=328;WE=818448;WS=818430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr4	843622	rs33919242	AC	A	6403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.26;NF=28;NR=63;PP=2757;SC=GCGGGGCAGGACCCCCCCCCC;SOR=1.073;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=114;TCF=31;TCR=83;TR=91;WE=843638;WS=843612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	843630	.	C	T	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=42.32;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	843695	rs8093	A	G	6024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.210;NF=118;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CGGGGTGCACAGCCAGCACCG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=206;WE=843703;WS=843685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr4	845772	rs10031922	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=25;PP=620;SC=CCTGTGGAGATGGAGATCGGA;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=845780;WS=845762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	845841	rs17165087	C	T	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=185;SC=CAGAGCACCACGTATATTGGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=845849;WS=845831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	858866	rs1026739	G	A	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=22;PP=1095;SC=GGCCACAGCAGCTGCACGTCT;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=858882;WS=858856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	858874	rs3214922	T	TC	4146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=1884;SC=CAGCTGCACGTCTGGGAGCCC;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=858882;WS=858856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	858941	rs1026738	T	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=908;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CCACTGCCGATGCTGCAGTCT;SOR=0.331;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=48;WE=858949;WS=858931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr4	860146	rs2306248	A	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=11;PP=754;SC=GGCGAGAGGCACTTACCCAGG;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=860154;WS=860136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	860192	rs1064207	A	G	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=54;NR=28;PP=1361;SC=GGGGCGGAGCACTGTGGGCAG;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=82;WE=860200;WS=860182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	862502	rs2306244	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=531;SC=GTCAGGGCACTGGCACTGGCC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=862510;WS=862492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	871675	rs1564280	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=431;SC=TTTCGAATAGAAGTTTTTCAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=871683;WS=871665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	875610	.	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GCACCGACTGGCCCTCCAGGA;SOR=0.330;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=875618;WS=875600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr4	882625	rs2279182	T	G	5648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=85;PP=2965;SC=CTCTGGAGCCTCACACTCACT;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=116;TCR=85;TR=201;WE=882633;WS=882615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr4	882643	rs2279181	G	A	6564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.224;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=2.202;SC=ACTTAGCGACGGACTGGATGA;SOR=0.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=123;TCR=106;TR=228;WE=882651;WS=882633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr4	887513	rs33951409	AC	A	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=346;ReadPosRankSum=-0.912;SC=CTCTCTGGAAACCCCCCCCCC;SOR=0.756;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=20;WE=887521;WS=887504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr4	892082	rs3830209	TGCA	T	1268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=987;SC=GCCGGGTGCCTGCAGCACCTC;SOR=2.910;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=20;WE=892092;WS=892072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	906131	rs11248057	C	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=314;SC=ACGAGAGGGGCGGCTGAGAAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=906139;WS=906121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	906647	rs2279178	A	G	8610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=155;NR=158;PP=2965;SC=CACCCGATGCATCATCTCAGA;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=155;TCR=158;TR=313;WE=906655;WS=906637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr4	941518	rs2290402	C	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=5;PP=1428;SC=CGCCAGGCAGCGGCCCCGCCA;SOR=4.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=55;WE=941526;WS=941508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	946226	rs11552301	T	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=23;PP=517;SC=TGATCGCCATTGGGGTCGTGC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=946234;WS=946216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	946974	rs2290405	G	A	4898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=110;NR=61;PP=2911;SC=TGCTTTTCCCGCAGGCACTGA;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=111;TCR=61;TR=171;WE=946982;WS=946964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	954277	rs3733347	T	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=20;PP=841;SC=GAAGATGCTGTGGTCAGGGCT;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=954285;WS=954267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	954741	rs56039006	C	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=50;PP=2370;SC=CTGGCCGCAGCCGGCCATGCC;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=121;WE=954749;WS=954731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	960081	rs4690324	G	A	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=106;PP=2965;SC=TCTGCAGCTCGAGGCCTCCCT;SOR=2.271;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=37;TCR=106;TR=143;WE=960089;WS=960071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	980971	rs10794537	T	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=8;PP=515;SC=ACCTGGTGCATGTGGACGCGG;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=980979;WS=980961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	994414	rs3755955	G	A	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=60;PP=2041;SC=TCCACTGGACGGGGCCTGAGC;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=994422;WS=994404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	995305	rs6815946	T	C	7316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=124;PP=2965;SC=AGACGTGGAATGAGCCAGACC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=141;TCR=124;TR=265;WE=995313;WS=995295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr4	995422	rs6829789	G	C	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=76;PP=2965;SC=AGGCTAAGCCGCTCATCCCCA;SOR=0.992;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=140;WE=995430;WS=995412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	995459	rs6848974	C	T	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=66;PP=2538;SC=AGTGCTCCCCCGGCCCAGGCT;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=134;WE=995467;WS=995449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	995919	rs6830825	G	C	6056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=124;PP=2965;SC=CGTGGAGGGCGGACGTGACCT;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=96;TCR=124;TR=220;WE=995927;WS=995909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr4	995997	rs6811373	A	G	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=59;PP=2965;SC=CTTCCTCCCGAGACGGGACAG;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=94;TCR=59;TR=153;WE=996005;WS=995987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr4	996012	rs6831021	G	C	8200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=69;PP=2965;SC=GGACAGGCGAGCGGTGGCCGC;SOR=1.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=128;TCR=69;TR=197;WE=996020;WS=996002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	996165	rs6831280	G	A	15539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=308;PP=2965;ReadPosRankSum=0.493;SC=GCACCCCTTCGCGCAGCGCAC;SOR=0.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=564;TCF=251;TCR=313;TR=558;WE=996173;WS=996155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,589:0.99:592
chr4	996248	rs6836258	G	C	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=115;PP=2674;SC=CGGTGCTCACGGCCATGGGGC;SOR=2.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=43;TCR=115;TR=158;WE=996256;WS=996238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	996501	rs150523349	G	GC	298.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=4.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.567;QD=18.64;ReadPosRankSum=0.319;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr4	996560	rs115790973	C	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=20;PP=777;SC=AGGCCGGGACCGTCCTGGACA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=996568;WS=996550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	996690	rs73066479	G	A	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=25;PP=1197;SC=CAACCGCAGCGTCGCGGTGAC;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=62;WE=996698;WS=996680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	996768	rs115134980	T	C	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=29;PP=1637;SC=CTGGCCCCGCTGGGGCTCTGG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=93;WE=996776;WS=996758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	996888	rs115929690	C	T	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=73;PP=2050;SC=AGTGGCGGCGCCTGGGCCGGC;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=130;WE=996896;WS=996878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	996986	rs188458034	G	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.67;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr4	997095	rs1131853	T	C	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=201;SC=CGTCCCCAGCTCCCCTGGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=997103;WS=997085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	997485	rs2305488	T	G	4315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=98;PP=2965;SC=CCTTCACCCATGCGGTCACTC;SOR=1.826;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=44;TCR=99;TR=142;WE=997493;WS=997475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	1006333	rs4647942	G	A	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=95;PP=2633;SC=GGGCCTTCCCGCCGGCCGCCG;SOR=1.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=63;TCR=95;TR=158;WE=1006341;WS=1006323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	1016279	rs4647934	G	A	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=33;PP=1181;SC=TCGCTGCTGCGGTCAGAGGTC;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=1016287;WS=1016269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	1019054	rs145808953	CCA	C	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.459;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,21:0.14:154
chr4	1050437	rs7680608	C	G	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=134;SC=TCATAATTTTCGAAATTCACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=1050445;WS=1050427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	1050653	rs3816474	G	A	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=8;PP=877;SC=AGCAGGCTGGGGATGCTGATG;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=1050661;WS=1050643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	1050849	rs10003009	GT	AC	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=38;PP=2296;SC=TGGTGACACGGTAGTTACAGC;SOR=1.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=59;WE=1050858;WS=1050839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	1050909	rs9992925	A	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=434;SC=CATCTCTGAGAACCTCGGAGC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=1050917;WS=1050899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	1052009	rs13114658	A	G	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=280;SC=TTTCCTTTAAAACGCTGTGAA;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=1052017;WS=1052002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	1052078	rs2290410	A	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=9;PP=705;SC=GTTAGAACGCAGTGAAGAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=1052086;WS=1052068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	1052125	rs11724371	T	C	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=22;PP=1124;SC=GGCTTTCCCATGCTCCTCTGA;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=1052133;WS=1052115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	1052166	rs2248083	A	C	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=60;NR=43;PP=1583;SC=CTCGGGGCCCAGGGAGGAGAC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=103;WE=1052174;WS=1052156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	1052206	rs2045069	T	C	5113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	1052212	rs2045068	G	A	5142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	1052355	rs2045067	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=201;SC=AGGTTGCGGGCAGCCCTGGTG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=1052363;WS=1052345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	1067267	rs2290408	G	T	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=321;SC=CCCATGCACCGGGTGGAAGGA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=1067275;WS=1067262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	1067638	rs6852155	T	G	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=41;PP=1183;SC=GTGGTAGAGGTGGTGTGGGTG;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=1067646;WS=1067628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	1084723	rs658846	G	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=301;SC=ACTCTCAGGAGAGCTCACAGT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=1084731;WS=1084713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	1087168	rs61648964	A	AAT	3711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=14;PP=1656;SC=TATTGTAACAAATGCCAATAT;SOR=1.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=35;WE=1087179;WS=1087158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	1087171	rs59985183	G	T	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=15;PP=1002;SC=TGTAACAAATGCCAATATTTA;SOR=1.637;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=55;WE=1087179;WS=1087158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	1087265	rs1670534	T	C	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=63;PP=1967;SC=GCGTTTGTGATGCTCACCTCC;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=132;WE=1087273;WS=1087255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr4	1087327	rs138488801	G	GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC	5131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=2965;SC=CAGAGCCTGTGACCTCCACGG;SOR=1.329;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=20;WE=1087346;WS=1087317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	1087329	rs118112880	C	T	5207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=59.18;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	1087338	rs11725984	C	T	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	1087487	rs60035268	G	A	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=58;PP=2055;SC=CTGTGGCTCTGATGTCTGTGA;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=122;WE=1087495;WS=1087477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	1087901	rs13106356	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=305;SC=AAGCCCATGAAGGAGAGTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=1087909;WS=1087891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	1090625	rs4045481	G	A	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=61;PP=2044;SC=TATCTGCGTCGGTCTGAAAGA;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=114;WE=1090633;WS=1090615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	1102050	rs4974644	C	T	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=11;PP=555;SC=TTAGACACCACAAATGACTAA;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=1102058;WS=1102040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	1161306	.	G	A	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=69;PP=2760;SC=TTCGAGCTCGGGGCAGGGGCT;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=154;WE=1161314;WS=1161296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	1164277	rs2279279	C	G	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=32;PP=1451;SC=CGCAGCCGCACCAGTGTCACC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=1164285;WS=1164267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	1164552	rs13115935	A	G	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=80;PP=2965;SC=AGGAAGGGGCAGCCTCCTCGG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=156;WE=1164560;WS=1164542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	1165130	rs11247975	G	T	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=37;PP=2106;SC=CGAAAACACCGCGTGCACGCT;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=109;WE=1165138;WS=1165120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	1165741	rs922697	A	G	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=70;PP=2483;SC=GTATTTGGCCAGGGCTCTGGC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=142;WE=1165749;WS=1165731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	1194594	rs13115903	A	T	6022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=82;PP=2965;SC=GCTGTGAGCAAGTGGAGAAAG;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=121;TCR=82;TR=203;WE=1194602;WS=1194584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	1207517	rs11247979	T	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=59;SC=CCCACGGCCCTGCTCTGCTCG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=1207525;WS=1207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	1217056	rs2004531	G	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=4;PP=812;SC=GGGCAGAGGTGTGAGGAACAG;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=1217064;WS=1217046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	1243573	rs1680032	T	C	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=48;NR=52;PP=1978;SC=GGAGAACCCCTTCCCCGACCC;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=100;WE=1243581;WS=1243563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	1243617	rs3755920	T	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=43;PP=1364;SC=GGTTTGTAGCTAACCAACGTC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=1243625;WS=1243607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	1244267	rs2291199	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=0;PP=448;SC=AAAAAATTCCAGAAAAATGAG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=1244275;WS=1244257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	1244416	rs1732115	A	G	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=43;PP=1894;SC=CTGTCTGCTCAGCATGGACAG;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=104;WE=1244424;WS=1244406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	1244879	rs1564508	A	G	5968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.966;SC=GCCTCCGTCTACACACAGTGT;SOR=0.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=94;TCR=104;TR=196;WE=1244887;WS=1244869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,219:1.00:220
chr4	1291640	rs2293633	T	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=5;PP=1101;SC=TGGCCTGTGCTCTCATCTGGC;SOR=4.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=1291648;WS=1291630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	1291711	rs2293634	T	G	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=46;PP=2154;SC=TGTAGCCCCATCCCCTGCCCT;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=124;WE=1291719;WS=1291701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	1291791	rs2293635	A	G	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=74;PP=2800;SC=TGCACTGGCCACAGAAGCCGC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=154;WE=1291799;WS=1291781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	1303682	rs13112706	G	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=426;SC=CCCGGCAGGGGTTGGAAAGTC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=1303690;WS=1303672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	1317192	rs2141656	C	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=249;SC=ACTTTTCTGTCTTCTAAACTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=1317200;WS=1317188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	1330759	rs1128427	T	C	10259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=191;NR=185;PP=2965;SC=CCCTGCAGGCTGGCCTCTCAG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=376;TCF=191;TCR=185;TR=376;WE=1330767;WS=1330749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr4	1332175	rs13147602	A	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=0;PP=814;SC=GGCTGCCCTGAGTGGCCCCCA;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=1332183;WS=1332165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	1343405	rs2276903	T	C	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=82;PP=2602;SC=CCTTCCAGATTGTGGAGGAAC;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=90;TCR=82;TR=172;WE=1343413;WS=1343395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	1343720	rs11247994	G	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=23;PP=647;SC=GTGAAGATGCGCCTCCTGTTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=1343728;WS=1343710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	1348691	rs33989352	T	TG	1738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=53;PP=1190;ReadPosRankSum=0.713;SC=GTGCCATGCATGGGGGGGGTC;SOR=0.845;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=58;WE=1348699;WS=1348680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,71:0.92:77
chr4	1348806	rs3903127	A	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=12;PP=1151;SC=TGTGCCAGGGACCCCCCGGGC;SOR=1.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=47;WE=1348814;WS=1348796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	1369093	rs11941200	CT	GG	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=5;PP=1308;SC=CCGGTCTTGCCTGATGTGCCT;SOR=2.093;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=35;WE=1369102;WS=1369083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	1369885	rs11724369	G	A	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=35;PP=1498;SC=GGGCCCGGGCGCCTGTGGTGC;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=91;WE=1369893;WS=1369875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	1373699	rs112142388	C	CTTT	1062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=935;SC=TGACCGTGTTCTCCCTGGGTG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=17;WE=1373709;WS=1373693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	1373701	rs56108910	C	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=518;SC=ACCGTGTTCTCCCTGGGTGCT;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=19;WE=1373709;WS=1373693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	1373751	rs35735964	G	T	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=11;PP=1101;SC=GTGGTGTTTGGCCTTCCCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=1373759;WS=1373741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	1374695	rs28614045	C	A	6343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=130;PP=2965;SC=GATTGTTCCACGGGACGACGA;SOR=1.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=82;TCR=131;TR=212;WE=1374703;WS=1374685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	1374774	rs28522910	C	T	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=49;PP=1382;SC=CAGGAGCGCCCGGGTAGGTCT;SOR=1.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=1374782;WS=1374764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	1374789	rs28733902	A	G	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=41;PP=1206;SC=AGGTCTGGGCAAGGCGGTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=1374797;WS=1374779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	1377615	rs9996817	A	G	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=80;PP=2426;SC=ATCTCGGCTCATCCAGGTACA;SOR=1.091;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=141;WE=1377623;WS=1377605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	1388350	.	G	GTGCCCATGTGGAGTGCCCGCCTGCTCACACA	5703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.10;QD=65.56;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	1388413	rs78309237	T	C	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.84;QD=42.89;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	1388429	rs79298048	G	A	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=86;NR=68;PP=2633;SC=CGGAGTGCCCGCCTGCTCACA;SOR=0.917;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=154;WE=1388437;WS=1388419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	1388583	rs9328733	A	G	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=68;PP=2436;SC=GTGGAGTGCCACCTGCTCACA;SOR=0.895;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=133;WE=1388630;WS=1388573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	1388593	.	ACACGTGCCCATGTGGAGTGCCCGCCTGCT	A	3960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=24;PP=962;SC=ACCTGCTCACACACGTGCCCA;SOR=1.081;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=27;WE=1388630;WS=1388573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	1389101	rs71614971	A	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;MQRankSum=1.995;QD=19.50;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr4	1389161	rs71614973	A	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.388;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.93;MQRankSum=-0.314;QD=24.08;ReadPosRankSum=1.090;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr4	1397297	rs11945310	T	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=190;SC=CGGTGGGCCCTGGGCAACGGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=1397305;WS=1397287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	1397611	rs13133264	A	C	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=54;PP=1456;SC=CGTCTGCGGGAGGGAGGGACA;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=1397619;WS=1397601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	1619865	rs11722375	T	C	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=39;PP=1136;SC=GGCAGGTGAGTGCTGCCTCTT;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=1619873;WS=1619855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	1642928	.	G	GCGGCA	388	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=52.98;NF=12;NR=0;PP=388;QD=39.6752293617;SC=GCAGGTGCCGGGCCGTGGCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=1642936;WS=1642920;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	1642963	.	C	G	869	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=26;MQ=58.44;NF=35;NR=17;PP=869;QD=17.3802156259;SC=GAAACCTACTCTGTGCCCCAG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=1642971;WS=1642953;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,52:1.00:52
chr4	1646017	rs4865428	C	G	6629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=136;PP=2965;SC=ATGCTGTAAGCTCACGCCGAG;SOR=1.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=94;TCR=136;TR=230;WE=1646025;WS=1646007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr4	1656801	rs62287700	A	C	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=54;PP=1461;SC=TGAGCACGCAAGGCTGTGAGC;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=99;WE=1656809;WS=1656791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	1657281	rs79735962	G	A	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=90;PP=2965;SC=TGGGGTCCACGGTGCTGGCTG;SOR=1.057;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=159;WE=1657289;WS=1657271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	1659128	rs56214302	T	C	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=34;PP=1895;SC=GCTCCTAAAGTGCTCACCGTT;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=105;WE=1659136;WS=1659118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	1719294	rs2236786	T	C	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=72;PP=2162;SC=GGGAGGCAAATGTCTCCAGGA;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=142;WE=1719302;WS=1719284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	1729887	rs139849008	G	T	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=106;PP=2965;SC=TCGCCTCCTGGTGCAATCCCT;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=139;TCR=109;TR=245;WE=1729895;WS=1729877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr4	1732573	rs146419121	GGGGT	G	2894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=20;PP=2263;SC=CCGGGGTTATGGGGTGGGGGG;SOR=1.644;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=44;WE=1732584;WS=1732563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	1795333	rs17879199	C	T	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=5;PP=142;SC=GAAAGTTTGCCGCCGCCGCCG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=1795341;WS=1795323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	1805296	rs3135883	G	A	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=361;SC=CAAGTTGGCGGTGGCTGAGGA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=1805304;WS=1805288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	1806012	rs377096563	TG	T	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=2.271;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr4	1806834	rs4865476	G	C	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=86;SC=GTTCTGTGGAGATGCTCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=1806842;WS=1806824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	1807894	rs7688609	G	A	8755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=151;NR=162;PP=2965;SC=ACAAGAAGACGACCAACGTGA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=151;TCR=162;TR=313;WE=1807902;WS=1807884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr4	1809127	rs34562534	CGT	C	1072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.55;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr4	1818594	rs9328763	C	T	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=59.96;NF=79;NR=104;PP=2965;SC=CTTCCACGTACTTTTCTTCAC;SOR=1.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=79;TCR=104;TR=183;WE=1818602;WS=1818584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr4	1954945	rs489550	A	G	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=83;PP=2965;SC=CTTTAGCAGCATGGCTGCCTC;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=119;TCR=83;TR=202;WE=1954953;WS=1954935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr4	1961137	rs474235	G	A	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=12;PP=1111;SC=AGTGGTGGGTGTGCAAGGGTA;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=1961145;WS=1961127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	1962905	.	C	A	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=50;PP=1542;SC=CTGTGAGCTTCTGCAGTGTGC;SOR=1.203;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=87;WE=1962913;WS=1962895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	1976530	rs150150439	C	T	6692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=104;PP=2965;SC=GGTGAAAATTCCCTTTAAAAA;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=120;TCR=105;TR=223;WE=1976538;WS=1976520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr4	1985587	rs1139902	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=31;PP=1237;SC=TGAGGGACAGGTTCTTCTTAG;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=73;WE=1985595;WS=1985577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	1988188	rs3034718	C	CCT	3154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=26;PP=1596;SC=TCCCCCACCCCGAGCTCAGAA;SOR=1.195;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=33;WE=1988201;WS=1988178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	1988193	rs1077020	T	C	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=25;PP=889;SC=CACCCCGAGCTCAGAACGTCC;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=1988201;WS=1988178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	1988257	rs572770	A	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=426;SC=CCTGGCGGGCAGCGGGCAGGA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=1988265;WS=1988247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	1994102	rs1116585	G	A	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=41;PP=2406;SC=CGTGGAGGAAGCAGGCGCACC;SOR=1.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=133;WE=1994110;WS=1994092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	2009095	rs382441	C	T	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=53;PP=1389;SC=TTTACAAGAGCACAAAAGCTA;SOR=3.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=60;WE=2009103;WS=2009085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	2010831	rs231189	G	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=21;PP=466;SC=GGGGCTTCCCGGGAGAGCGCT;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=2010839;WS=2010821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	2044128	rs570712	C	T	802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=14;PP=520;SC=CCGCCGCCGCCGCTGCTGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=2044136;WS=2044118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	2044311	rs7654492	C	A	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=77;SC=CGCCTTTGTTCCCGGGAGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=2044319;WS=2044301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	2158102	rs79710881	CTTTT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr4	2158273	rs3216822	GGA	G	3705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.13;NF=6;NR=41;PP=2189;SC=CCTGCACACTGGAGTGCATGG;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=2158282;WS=2158263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	2158408	rs428361	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=11;PP=835;SC=AGTATGAAGTCCCCTCTTGGA;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=2158416;WS=2158398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	2160757	.	A	G	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=26;PP=1633;SC=ACCTGACAAAACTCTATTCCC;SOR=1.481;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=81;WE=2160765;WS=2160747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	2306053	rs661301	A	G	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=43;PP=2293;SC=TCGTGAGCCGAGGGGCTCCCA;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=106;WE=2306061;WS=2306043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	2330923	rs60473075	G	C	5182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=106;PP=2965;SC=AGAATCTGTAGATCACTTTAT;SOR=1.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=70;TCR=106;TR=176;WE=2330931;WS=2330913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	2332799	rs1887364	C	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=13;PP=344;SC=CAGGGGTAGACGCTGGGATGG;SOR=1.609;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=20;WE=2332807;WS=2332789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	2438492	rs1203763	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=251;SC=ACAGGCCCTTTGCAGCCCCGG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=2438500;WS=2438485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	2439670	rs1203762	A	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=5;PP=1471;SC=TCAGGTGGGCACCAATAGGGT;SOR=4.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=65;TCR=5;TR=69;WE=2439678;WS=2439660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	2439738	rs7688771	G	A	7824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=79;PP=2965;SC=CTCCGGTCCCGCCGTGTGCCT;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=133;TCR=79;TR=211;WE=2439746;WS=2439728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr4	2439756	rs5855731	C	CT	15464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=103;PP=2936;SC=CCTGGTGCCCCGTGACGTCCC;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=90;TCR=109;TR=188;WE=2439764;WS=2439746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr4	2439900	rs7660914	C	A	5156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=126;PP=2965;SC=AGGTGAGCCACCCCTACCTGC;SOR=2.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=47;TCR=126;TR=173;WE=2439908;WS=2439890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	2439965	rs17132558	G	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=43;PP=1335;SC=CCCACCTTTCGTCATTCTGGT;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=2439973;WS=2439955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	2451694	rs3108494	T	C	6768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=92;PP=2965;SC=CGAGGAACTGTGCTGCGCCAT;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=139;TCR=92;TR=231;WE=2451702;WS=2451684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr4	2452933	rs3888113	T	C	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=37;PP=1826;SC=AGGATGGGCATTTGCTGCTCC;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=2452941;WS=2452923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	2460571	rs73205493	C	T	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=42;PP=1449;SC=ACGAAGCTCGCGAAGGGCCGA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=90;WE=2460579;WS=2460561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	2460803	rs704346	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=747;SC=GCCACCCACCAGCCACCTCAG;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=41;WE=2460811;WS=2460793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	2461888	rs3135152	A	G	7518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=1.661;SC=CAGGGCAAGCACACCAAGAGC;SOR=0.231;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=270;TCF=141;TCR=129;TR=269;WE=2461896;WS=2461878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,291:1.00:292
chr4	2464179	rs3135150	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=3;PP=145;SC=GGTGGGAGGAAAAGAAGGCCC;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=2464187;WS=2464169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	2502299	rs55745322	A	ATT	446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=432;SC=GTAAGCCTATAACATTAGCAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=2502307;WS=2502289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	2513620	rs3128839	G	A	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	2513624	rs4974709	A	G	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	2513842	rs2269490	A	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=142;SC=GGTCAGACCCACACAGCCAGT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=2513850;WS=2513832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	2698364	rs3733215	C	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=41;PP=1163;SC=GGTCTGAGGGCATTTGAAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=2698372;WS=2698354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	2717690	rs2295499	C	T	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=2;PP=1381;SC=TGATTTCTTCCGTTCTGATAA;SOR=5.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=49;TCR=2;TR=51;WE=2717698;WS=2717680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	2743999	rs232712	A	G	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=104;SC=GGCAGCACTCAGCCACATGCC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=2744007;WS=2743989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	2744087	rs2269495	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=13;PP=1079;SC=GCCTCTCTGGGCCGCGCCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=2744095;WS=2744077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	2746285	rs13145281	A	C	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GAAGCGCCCCACCAGGCTTCT;SOR=0.602;Source=Platypus;TCF=90;WE=2746293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,213:0.99:216
chr4	2746307	rs11728346	A	C	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=101;PP=2965;SC=CCACCCCCACAGTGACCACTG;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=76;TCR=101;TR=177;WE=2746315;WS=2746297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	2822289	rs2239727	C	A	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=28;PP=1873;SC=CCTGGCTCAGCCATCTCCTGC;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=101;WE=2822297;WS=2822279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	2822467	rs231402	G	T	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=51;PP=1505;SC=GTACCCAGCTGCAGCTGCTGA;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=2822475;WS=2822457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	2826218	rs34274570	C	CA	647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=735;SC=AGGGCCCACCCGATCTGCCCT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=2826226;WS=2826208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	2826400	rs3213501	T	C	8513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=145;PP=2965;SC=AGATCATCCATATCAGCAAGA;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=157;TCR=145;TR=302;WE=2826408;WS=2826390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr4	2828771	rs1794395	T	G	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=16;PP=1346;SC=TCTGTCAGCGTATCCGTGTGT;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=2828779;WS=2828761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	2829077	rs2269485	T	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=47;PP=1128;SC=ACTGCCCGTTTGCCTCTCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=2829085;WS=2829067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	2829478	rs13137906	G	C	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=916;SC=GAGCCCCTCCGAGGCTGGGGA;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=2829486;WS=2829468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	2831383	rs231399	T	G	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.11;ReadPosRankSum=-1.141;SOR=0.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr4	2833966	rs231396	G	A	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=58;PP=2892;SC=ACAGCGAGAGGACAGAAAGCC;SOR=1.088;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=100;TCR=58;TR=156;WE=2833974;WS=2833956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	2901349	rs2071695	A	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=27;PP=745;SC=GAGGTGAAGGATTCCTGGTAT;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=2901357;WS=2901339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	2906453	rs2239728	T	G	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=27;PP=1566;SC=TTTTGAGATCTGGAATATTGA;SOR=1.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=92;WE=2906461;WS=2906443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	2906707	rs4961	G	T	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=51;PP=2338;SC=TTCCGAGGAAGGGCAGAATGG;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=121;WE=2906715;WS=2906697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	2916762	rs4963	C	G	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=31;PP=1161;SC=CAGAAGGGCTCTGAAGGTGAG;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=2916770;WS=2916752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	2965874	.	AC	A	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,12:0.19:62
chr4	3076672	.	A	ACCGCCGCCG	777	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=15;MQ=62.97;NF=1;NR=6;PP=777;QD=112.428571429;SC=AACAGCCGCCACCGCCGCCGC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=3076680;WS=3076662;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,7:0.47:15
chr4	3118116	rs2071655	T	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=286;SC=GCGCTGCTCGTTTCCAACCCT;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=3118124;WS=3118106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	3162056	rs363099	C	T	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=49;PP=1897;SC=GAGGGTTTCTCCGCTCAGCCT;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=109;WE=3162064;WS=3162046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	3174496	rs11276773	TGATTCACA	T	1344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=2957;SC=GTATTAATAGTGATTCACAGG;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=22;WE=3174511;WS=3174486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	3180021	rs363096	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=634;SC=GTTTTTGTTTTTAGGGAATCA;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=3180029;WS=3180011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	3213832	rs362336	G	A	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=56;PP=1537;SC=TGCCTGCAGAGCCGGCGGCCT;SOR=2.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=70;WE=3213840;WS=3213822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	3215835	rs362331	T	C	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=52;PP=1891;SC=CTCCCTCATCTACTGTGTGCA;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=104;WE=3215843;WS=3215825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	3216815	rs916171	C	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=19;PP=1214;SC=AAATTCTTCTCTTTGTTCTGT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=3216823;WS=3216805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	3219613	rs2857790	A	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=45;PP=1426;SC=CGCCATTGCTAAGGAACATCA;SOR=1.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=3219621;WS=3219603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	3225371	rs82334	A	C	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=56;PP=1793;SC=AGCAGCTTCAACCAGGCCGTT;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=75;WE=3225379;WS=3225361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	3225389	rs82333	A	G	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=38;PP=1090;SC=GTTTTCCTTCATTGCTAGAAT;SOR=3.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=3225397;WS=3225379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	3227419	rs362273	A	G	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=28;PP=1373;SC=AGCTGCTGCTACAGATCAACC;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=3227427;WS=3227409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	3227592	rs2276882	T	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=36;PP=1093;SC=TCCTTTTTTTTAAAAAAAAAT;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=3227600;WS=3227581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	3234980	rs362272	G	A	6236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=84;PP=2965;SC=CCTGCACGGCGTCCTCTATGT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=138;TCR=84;TR=222;WE=3234988;WS=3234970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr4	3235184	rs3216820	GC	G	3009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=60;PP=2540;SC=CAGATGGCAGGCCAGGTATCA;SOR=3.098;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=61;WE=3235192;WS=3235174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	3235241	rs362314	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=588;SC=GAGACGCAAGAGCACAGGTGC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=3235249;WS=3235231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	3240159	rs2071704	C	T	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=10;PP=1308;SC=CTCTGACCTGCGTCCCTCCTC;SOR=3.021;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=62;WE=3240167;WS=3240149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	3240526	rs2858081	A	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=11;PP=659;SC=ACACTCAGGCACCTGCTTGCT;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=3240534;WS=3240516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	3255258	rs2798227	A	G	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=99;PP=2924;SC=CTCAGCCCCCACCATTTAGAG;SOR=2.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=24;TCR=99;TR=123;WE=3255266;WS=3255248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	3255292	rs2798226	C	T	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=50;PP=1337;SC=GTGGCAAGGCCGGCGGCGGCG;SOR=4.370;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=55;WE=3255300;WS=3255282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	3257373	rs3135173	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=167;SC=CCAGTAGGATTGTCGGGAGGG;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=3257381;WS=3257363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	3257593	rs362287	C	T	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=31;PP=963;SC=AGGTGCGCCGCGTGCTGGACC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=3257601;WS=3257583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	3257699	.	A	AGGCGGCGGC	1503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=2985;SC=CTAGGCCAGCAGGCGGCGGCG;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=12;WE=3257707;WS=3257689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	3262960	.	CA	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=2.447;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,20:0.15:132
chr4	3263138	rs3095073	G	A	3192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=66;PP=2143;SC=CCAGTTGCTCGGGCAGGACGT;SOR=1.397;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=108;WE=3263146;WS=3263128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	3265479	rs3095078	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=956;SC=CTTGTGTACACTAGTGAGTTT;SOR=2.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=3265487;WS=3265469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	3265710	rs3095077	C	T	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=40;PP=1194;SC=GTGGATGTGTCGGGCCCGCTC;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=3265718;WS=3265700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	3417845	rs3213507	G	C	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.147;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=69;PP=2573;ReadPosRankSum=1.432;SC=AGCAGCAGCTGCAGGTAACCG;SOR=0.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=147;WE=3417853;WS=3417835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr4	3443931	rs13108218	A	G	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=21;PP=680;SC=GAGGGTCGCCACAGAGCGTGG;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=39;WE=3443939;WS=3443921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	3445745	rs4690097	C	T	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=43;PP=1409;SC=GCCCCTCACACCCCCTCCCGC;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=86;WE=3445753;WS=3445735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	3446132	rs1987546	C	G	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=59;PP=1811;SC=GCGAGTGCTTCGGGGGCCGGA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=90;WE=3446140;WS=3446122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	3446751	rs3752439	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=800;SC=GGCCGCCGCATGCGGGGCAGG;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=3446759;WS=3446741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	3446883	rs3752442	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=10;PP=645;SC=CTCTCTTCCCACTGCTCCAGG;SOR=1.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=3446891;WS=3446873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	3447156	rs4690098	C	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=23;PP=779;SC=CTAGCCCCTCCGCACACCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=47;WE=3447164;WS=3447146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	3475252	rs4325970	T	C	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=30;PP=1108;SC=CTACGAGGGCTTGGTCCACAC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=3475260;WS=3475242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	3498694	.	T	G	138	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=9;HapScore=4;MGOF=37;MMLQ=15;MQ=53.3;NF=0;NR=6;PP=138;QD=28.7952020912;SC=GGGGGGAGGGTGGGGGGCCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=6;WE=3498702;WS=3498680;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr4	3516689	rs2515967	T	C	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=94;PP=2965;SC=AGTGTTCCCTTCCCGTGCTCG;SOR=1.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=49;TCR=94;TR=143;WE=3516697;WS=3516679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	3589623	rs10937959	G	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.824;NF=55;NR=7;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.364;SC=TGGTGCACCTGCACTTCCACA;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=89;TCR=12;TR=62;WE=3589631;WS=3589613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr4	3589689	rs7657417	C	A	8159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.03;MQRankSum=0.793;NF=134;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.514;SC=TGCACCTGCACTTCCTGGTGC;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=212;TCR=117;TR=206;WE=3589697;WS=3589679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,207:0.62:335
chr4	3589719	rs59190481	CA	C	10297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.927;NF=71;NR=109;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GGTTCATCTGCAACTTCCTGG;SOR=0.775;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=301;TCF=118;TCR=183;TR=180;WE=3589727;WS=3589709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,275:0.62:443
chr4	3589846	rs7672828	T	C	5415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.990;SC=CTGGTGAGAATCCCTTGAGCA;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=396;TCF=163;TCR=233;TR=231;WE=3589854;WS=3589836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,236:0.58:409
chr4	3590537	rs73199384	G	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=848;ReadPosRankSum=0.993;SC=GGAGACCCTCGCTGGGGAGGG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=17;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr4	3590549	rs73793633	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=936;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TGGGGAGGGCGCCAAGCAGTG;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=23;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr4	3590577	rs73793634	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=6.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=2;PP=2085;ReadPosRankSum=0.248;SC=GGGTTGGGGCGTCAGCCAAGC;SOR=1.767;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=65;TCF=60;TCR=5;TR=40;WE=3590596;WS=3590567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr4	3590588	rs73199385	A	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=5.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.292;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=3;PP=2085;ReadPosRankSum=0.410;SC=TCAGCCAAGCATCAGCCCCTA;SOR=2.030;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=82;TCF=72;TCR=10;TR=48;WE=3590596;WS=3590567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr4	3590683	rs62272966	T	G	4789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.085;SC=AAACGTTCCCTGAACATGCCA;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=207;TCR=174;TR=226;WE=3590691;WS=3590673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,233:0.59:393
chr4	3590711	rs62272967	G	T	9046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AGGATGCTGGGTATCAGGCTA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=379;TCF=189;TCR=190;TR=234;WE=3590719;WS=3590701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,243:0.62:392
chr4	3590730	rs62272968	G	A	8709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.910;NF=99;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.333;SC=TACCTTTGCTGGACAGCTCCA;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=347;TCF=162;TCR=185;TR=216;WE=3590738;WS=3590720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,224:0.63:358
chr4	3590817	rs62272969	T	C	3980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.644;NF=56;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=1.064;SC=CACACACACATGCACAGACAC;SOR=0.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=106;WE=3590836;WS=3590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,107:0.66:163
chr4	3590823	rs72180705	GACAC	G	3780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.405;NF=32;NR=52;PP=2992;ReadPosRankSum=0.041;SC=CACATGCACAGACACACACAC;SOR=0.349;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=84;WE=3590836;WS=3590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,107:0.65:165
chr4	3590878	rs62272970	C	T	5188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.712;NF=119;NR=65;PP=2851;ReadPosRankSum=2.641;SC=CACAGACACACACACACAGAG;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=329;TCF=209;TCR=120;TR=184;WE=3590886;WS=3590862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,187:0.56:336
chr4	3590911	rs34447251	A	C	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.047;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,110:0.24:462
chr4	3591015	rs62272971	A	C	13179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=348;NR=273;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CTGTGTATAAATTCTTTCCTT;SOR=0.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1117;TCF=631;TCR=486;TR=621;WE=3591023;WS=3591005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:501,626:0.56:1127
chr4	3591049	rs62272972	C	T	27888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=383;NR=353;PP=2962;ReadPosRankSum=1.135;SC=TAGATGATTTCCCCCAGCTTA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1345;TCF=692;TCR=653;TR=736;WE=3591057;WS=3591020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:617,745:0.55:1362
chr4	3591069	rs62272973	C	T	27787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=350;NR=384;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.430;SC=ACCTTGAGGACTTTCGAGCAA;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1327;TCF=626;TCR=701;TR=734;WE=3591077;WS=3591059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:608,742:0.55:1350
chr4	3769329	rs185354316	G	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=512;SC=AGTCGGGGGCGCTGACCGCCT;SOR=2.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=3769337;WS=3769319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	3769798	rs149519379	T	TTCCCAGAGACCCGGGGAGCTC	1793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=2900;SC=CGGGGGAGCTTTCCCAGAGAC;SOR=3.556;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=14;WE=3769806;WS=3769788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	3770069	rs76337672	G	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	4190507	.	C	CTTG	558.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-9.685;QD=5.82;ReadPosRankSum=-2.386;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,17:0.18:96
chr4	4190508	.	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-9.921;QD=5.56;ReadPosRankSum=-2.247;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,20:0.20:101
chr4	4190511	.	G	GTCACTTGTTA	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-9.972;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.733;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,20:0.20:102
chr4	4190595	rs79218997	G	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=-9.226;QD=0.75;ReadPosRankSum=-4.723;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,32:0.16:204
chr4	4190792	rs2920255	A	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=617;SC=TGGGAGCTGAACCTAATGCAC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=4190800;WS=4190782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	4199634	rs2916414	A	T	4893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=91;PP=2965;SC=CCATGACCCCATCAGACTTGA;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=80;TCR=91;TR=171;WE=4199642;WS=4199624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	4199760	rs17697262	G	A	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.99;NF=25;NR=33;PP=1198;SC=AGAGGTAGTAGATCCCGTGGG;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=4199768;WS=4199750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	4204299	rs2920182	T	C	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=34;PP=1129;SC=AGTGGATCACTCCAAACCTGA;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=4204307;WS=4204289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	4228029	rs36055674	A	AAAG	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	4239516	rs62286913	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.258;NF=39;NR=14;PP=832;ReadPosRankSum=0.435;SC=ATTTTTCAAACGAGTTCATTT;SOR=0.295;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=86;TCR=29;TR=53;WE=4239524;WS=4239506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,16:0.19:84
chr4	4239539	rs62286914	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-5.693;NF=34;NR=14;PP=588;ReadPosRankSum=0.929;SC=AGAAAAACCACTCCAGATATC;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=138;TCF=94;TCR=44;TR=48;WE=4239547;WS=4239529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,10:0.09:109
chr4	4249483	rs2916466	C	T	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=93;PP=2725;SC=CAGATATTTCCAGTAATTCGC;SOR=1.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=46;TCR=93;TR=139;WE=4249491;WS=4249473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	4276132	rs7376390	T	C	6030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.481;SC=TGCGCCCACGTGTGCCTCTTC;SOR=0.314;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=121;TCR=86;TR=206;WE=4276140;WS=4276122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr4	4283676	rs2272738	G	A	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=101;PP=2965;SC=AGTTGGAGGCGCTAATACCAG;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=91;TCR=102;TR=191;WE=4283684;WS=4283666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr4	4285221	rs2980214	A	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=694;SC=AATCAATGGAACATACCAGTT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=4285229;WS=4285211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	4285265	rs4688927	T	A	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=15;PP=1452;SC=AATTTGCCACTATTTTTCCAA;SOR=2.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=71;WE=4285273;WS=4285255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	4285545	rs2916439	A	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=327;SC=AGACAATTATAATTATAAACT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=4285553;WS=4285535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	4304337	rs2916382	C	T	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=105;NR=79;PP=2965;SC=AGCCTTGTGCCGTCAGTCATT;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=105;TCR=80;TR=184;WE=4304345;WS=4304327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr4	4304522	rs2920217	A	C	5496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=92;PP=2965;SC=TCACAGAAATACGCAGAGCAA;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=175;WE=4304530;WS=4304512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	4315010	rs28458962	C	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=445;SC=ATGTGACACACGAGAGAATAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=4315018;WS=4315000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	4322275	rs873923	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=413;SC=GCTGAGGAAGAAGGATTGTTT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=4322283;WS=4322265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	4422558	rs34931639	A	C	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=45;PP=2965;SC=GTGCTGCGCCACGTCGCACCT;SOR=1.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=104;TCR=45;TR=149;WE=4422566;WS=4422548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	4425422	rs10675705	C	CAG	1138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=733;SC=GTGGGAGAGACAGGGGGCACA;SOR=2.066;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=18;WE=4425430;WS=4425412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	5016841	rs6847131	G	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=231;SC=TGACATAACTGTAGTTCTCTT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=5016859;WS=5016831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	5016883	rs11722554	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=432;SC=TTCCCTTAGCGCTGACGATCT;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=5016891;WS=5016873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	5017146	rs67449859	A	AT	441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=40.16;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	5017149	.	T	TTCATTTC	409	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=61.53;NF=0;NR=6;PP=409;QD=73.0;SC=AAATTTCATTTCCATAATTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=5017158;WS=5017139;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,6:0.60:10
chr4	5017150	.	C	A	133	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=133;QD=33.5542425094;SC=AATTTCATTTCCATAATTTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=5017158;WS=5017139;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr4	5017150	rs34659865	C	CATTTCA	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	5018702	rs11724788	G	A	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=60;PP=2168;SC=CTGGGAGTGGGCAATGGGGAG;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=5018710;WS=5018692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	5053674	rs10222952	C	T	6809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=141;PP=2965;SC=ATTCCCGCTTCGCGGGGCATC;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=98;TCR=141;TR=239;WE=5053682;WS=5053664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr4	5128650	rs895679	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=4;PP=884;SC=TATTTTTCAGTTCAATACTGA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=5128658;WS=5128640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	5128726	rs17882862	A	G	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=47;PP=2260;SC=CCTTTTGCACAGATGACAGCA;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=83;TCR=47;TR=130;WE=5128734;WS=5128716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr4	5418383	rs2301858	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=315;SC=ATATGCATAAGTTACCAAATG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=5418391;WS=5418373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	5418539	rs168985	C	T	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=84;PP=2965;SC=CTGCAGCCCACGCTAACTGGA;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=103;TCR=84;TR=187;WE=5418547;WS=5418529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr4	5469810	rs2301855	T	C	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=36;PP=1367;SC=AAGTCCTTCATACTGTCCCCC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=5469818;WS=5469800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	5469916	rs41268643	G	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=341;SC=GGAAGGTATCGCTGAGGTGAG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=5469924;WS=5469906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	5500511	rs13116133	A	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=324;SC=CCATCTGGCTACAGTGCACAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=5500519;WS=5500501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	5577884	rs6840591	T	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=650;SC=CAGGTGGGTATGGGTGGGCTG;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=5577892;WS=5577874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	5620408	.	T	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr4	5642161	rs751841	A	G	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=586;SC=AGGCAAATGGACAGATGAGTG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=5642169;WS=5642155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	5686924	rs957727	G	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=533;SC=ATTACTAAGGGAGCCCAGTTC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=5686932;WS=5686914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	5686967	rs957726	C	T	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=11;PP=1110;SC=AGGGCCTATGCCCTTATCTGC;SOR=2.070;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=56;WE=5686975;WS=5686957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	5687263	rs998092	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=412;SC=CCCCGGCTGCACCCCACCACA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=5687271;WS=5687253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	5721021	rs2291157	A	C	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=81;PP=2195;SC=TCTAATGCGCAGACCCCCTCG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=146;WE=5721029;WS=5721011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	5743509	rs6446393	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.61;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	5743512	rs6414624	T	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.17;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	5746916	rs4689313	C	T	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.66;ReadPosRankSum=-1.946;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr4	5747078	rs2286342	A	G	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=60;PP=1944;SC=TGTGCGTGCCAGACTTTCTTT;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=115;WE=5747086;WS=5747068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	5747131	rs13145958	C	A	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=33;PP=914;SC=AAATTGGCTACATTAGAGAGA;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=5747139;WS=5747121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	5750003	rs33929747	A	G	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=72;PP=2028;SC=CCGAAGGGCTATTGTGCGATT;SOR=1.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=33;TCR=72;TR=105;WE=5750011;WS=5749993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	5754544	rs899691	T	C	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=37;PP=1454;SC=GCTATGGTCCTGTGTGTTTCT;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=92;WE=5754552;WS=5754534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	5755542	rs2302075	C	A	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=32;PP=1089;SC=GACCTGGTCACGGCGTCTCTG;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=5755550;WS=5755532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	5785442	rs1383180	G	A	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=65;PP=2153;SC=AATCGCTTCCGGAGGCAGCAG;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=5785450;WS=5785432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	5795412	rs11737221	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=437;SC=CCATCCGCGGCGTCTTGGGCC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=5795420;WS=5795402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	5803633	rs2306400	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=1;PP=489;SC=GTGGCTCCCACGTGTGACTTC;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=5803641;WS=5803623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	5803669	rs1031919	T	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=8;PP=895;SC=CTTCCTTTCTTCCCTCAGAGG;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=5803677;WS=5803659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	5803829	rs3214940	AC	A	5250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=72;PP=2576;SC=AGGGTACGGGACCCCCCCTCA;SOR=0.728;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=100;TCF=20;TCR=80;TR=92;WE=5803837;WS=5803819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	5803903	rs2306399	AC	GT	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=47;PP=2741;SC=GATGTCAGATACTGTGAATTT;SOR=2.681;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=60;WE=5803912;WS=5803893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	5806366	rs1552057	T	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=4;PP=698;SC=CTGGTGTGTCTCACTCACCCT;SOR=1.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=5806374;WS=5806356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	5812195	rs2279250	A	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=28;PP=815;SC=TGGGCCCCGGACCTGTTGCCT;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=5812203;WS=5812185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	5812778	rs2291151	G	A	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=45;PP=1420;SC=AAGACCAGTCGGTGGGACAAG;SOR=1.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=5812786;WS=5812768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	5830414	rs6818391	T	C	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=74;PP=1970;SC=ACAGCCTCAGTGTTACTTCCC;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=127;WE=5830422;WS=5830404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	5925186	rs4348041	G	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=458;SC=CTTTTGTGGCGGGGGCGGCTG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=5925194;WS=5925176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	5966574	rs4996083	T	C	95.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=80;SC=AATTAGATCATAGAAGGAGAC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=5966582;WS=5966571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	5966618	rs6828891	A	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=455;SC=TCGGGAGTCGATTGTGTTCTA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=5966626;WS=5966608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	5966665	rs7442168	G	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=16;PP=993;SC=GGTGTATATCGCTTGGATAAT;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=5966673;WS=5966655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	5966801	rs6839295	T	C	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=41;PP=1530;SC=GGCTCGGGAATAGGCCAGGAC;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=5966809;WS=5966791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	5966905	rs6857900	C	T	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=27;PP=940;SC=AAGCCTCCACCCAGGAACCTA;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=5966913;WS=5966895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	5966943	rs6839512	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=19;PP=612;SC=TGTCTGAGCCTTGTCATAACC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=5966951;WS=5966933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	5967001	rs11415729	C	CG	316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=362;SC=TTCCATGCCCCGGGGCAGAGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=5967009;WS=5966991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	5969113	rs9997727	G	A	1889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=24;PP=1265;SC=GAGCACACAGGCTTTTCCTGA;SOR=1.163;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=5969121;WS=5969103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	5969235	rs7690750	A	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=35;PP=1157;SC=GGCACTGGAGAGACAGCCTTG;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=58;WE=5969243;WS=5969225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	5969252	rs7690889	A	G	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=33;PP=1092;SC=CTTGCACAGAAGACTGCAATT;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=5969260;WS=5969242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	5969292	rs6446420	C	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=24;PP=681;SC=CCCCTCCCCGCAAAAAACCGC;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=5969311;WS=5969282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	5969303	rs6446421	T	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=533;SC=AAAAAACCGCTTTCTGTGTAG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=5969311;WS=5969282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	5969364	rs6446422	T	C	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=103;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=157;SC=CTCTCCAGGATGCTCAAAGGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=5969372;WS=5969354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	5982158	.	G	GT	285.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.86;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	5990599	rs751240	T	C	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=85;PP=2877;SC=CCGAGATCAGTGTCTGGAGCT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=87;TCR=85;TR=172;WE=5990607;WS=5990589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr4	5990868	rs143859826	CCT	C	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.934;QD=0.64;ReadPosRankSum=-1.926;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,28:0.12:235
chr4	5991384	rs4234711	T	C	6414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=107;PP=2965;SC=GCACACCTGTTGTGTCCTTTG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=221;WE=5991392;WS=5991374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr4	6031632	rs10461053	T	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=321;SC=GGCAGCCTGATGAGCTCTGAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=6031640;WS=6031622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	6062073	.	C	T	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=10;PP=829;SC=TCCCCCTTGGCACAAGGGCGA;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=6062081;WS=6062063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	6087371	rs73196084	G	A	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=45;PP=1405;SC=AAAGGAGAAAGAATAAGCAGT;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=6087379;WS=6087361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	6114420	rs1543965	GCC	TAA	10775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=106;NR=86;PP=2937;SC=TTGCAGCCCAGCCGCTGCTGA;SOR=0.929;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=206;TCF=116;TCR=90;TR=192;WE=6114430;WS=6114410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr4	6279047	rs10937714	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=7;PP=421;SC=TACTGAGTGTCAGCGAGATCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=6279055;WS=6279037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	6291003	rs4689394	C	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=217;SC=TGGTGGCCTTCTCATTTTAGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=6291011;WS=6290993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	6292751	.	G	GTGGCAGGGGCA	2225	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=61.69;NF=8;NR=0;PP=2225;QD=283.5;SC=GAGAGTGGGCGTGGCGCGATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=6292766;WS=6292746;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,8:0.62:13
chr4	6292755	rs55640037	C	CAGGGGCATG	1001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.72;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	6292758	.	G	A	471	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=61.24;NF=20;NR=0;PP=471;QD=25.2885606274;SC=GGCGTGGCGCGATGTCCTCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=6292766;WS=6292746;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	6292758	rs56102017	G	GCA	1032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=43.03;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	6292799	rs5018647	A	C	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=9;PP=963;SC=CTTCCCTGGTAACCAAGTCCT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=6292807;WS=6292789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	6292818	rs5018648	C	G	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=14;PP=1280;SC=CTGACACCTTCTATGAGTCTC;SOR=2.105;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=60;WE=6292826;WS=6292808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	6292909	rs9998519	C	T	9143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	6292915	rs10010131	A	G	9446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.53;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr4	6293446	rs13101355	T	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=1;PP=135;SC=CGCTACGTGGTGCTGAGTCCA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=6293454;WS=6293436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	6293474	rs13147655	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=297;SC=TACTGGAGGTACAGAGGTGTG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=6293482;WS=6293464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	6293696	rs1801213	C	G	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=37;PP=1489;SC=AGCAGAGGCGCATGCTGGAGC;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=84;WE=6293704;WS=6293686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	6302519	rs1801212	G	A	11978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;NR=191;PP=2965;SC=CTTCTTCATCGTCAGCAACCT;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=419;TCF=228;TCR=191;TR=419;WE=6302527;WS=6302509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr4	6302707	rs1801206	C	T	11442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=186;PP=2965;SC=AGGCCGAGGTCAACTTCGGCT;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=397;TCF=210;TCR=187;TR=395;WE=6302715;WS=6302697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr4	6303022	rs1801214	C	T	6868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=113;PP=2965;SC=TCGTCCTCAACGTCAGCGTCC;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=132;TCR=113;TR=245;WE=6303030;WS=6303012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr4	6303354	rs734312	G	A	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=99;PP=2965;SC=CTGCTGTTGCGCTGGTGGACC;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=109;TCR=99;TR=208;WE=6303362;WS=6303344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr4	6303955	rs1046314	G	A	5578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GCGAGTTCAAGAGCGTGCTGC;SOR=1.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=80;TCR=112;TR=189;WE=6303963;WS=6303945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,200:0.99:202
chr4	6304087	rs1046316	A	G	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=61;PP=2348;ReadPosRankSum=-1.069;SC=CCCAGCTCTCACCCACCAGGC;SOR=0.229;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=127;WE=6304095;WS=6304077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr4	6304242	rs1046317	T	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=24;PP=732;SC=CCATGAGGCCTTTCCCCAGTG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=6304250;WS=6304232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	6335186	rs4689405	C	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=744;SC=ACCTACATACCGGGCATATGA;SOR=2.356;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=38;WE=6335194;WS=6335176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	6335203	rs10937722	C	T	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=17;PP=1071;SC=ATGAAAGCCACGCCTGGCTAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=6335211;WS=6335193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	6374189	rs6837903	A	G	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	6374230	rs35520578	C	CA	4680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=34;PP=2971;SC=AGGCACTGGCCAGGCCACAGT;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=76;WE=6374238;WS=6374220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	6377530	rs4688997	C	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	6377534	rs4688998	A	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	6377713	rs4234738	G	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=22;PP=782;SC=CCGGATGGAAGAGAAGATCCA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=6377721;WS=6377703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	6536979	rs13141184	G	A	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=29;PP=1357;SC=CTGCCCGGCTGTGAGAACGGG;SOR=1.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=6536987;WS=6536969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	6578487	rs4689485	A	G	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=72;PP=2407;SC=TTGGCCCAGTATCCTGGCAAA;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=134;WE=6578495;WS=6578477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	6580283	rs3764809	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=566;SC=GGGCTGGGACATGGTATCAGA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=6580291;WS=6580273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	6591015	rs3733605	C	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=28;PP=753;SC=TTGCCCAGGCCGGAGTGCAGT;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=6591023;WS=6591005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	6594827	rs10937747	A	G	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=46;PP=2965;SC=CTGGGAGAACATGGCACTTGG;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=119;TCR=46;TR=165;WE=6594835;WS=6594817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	6594947	rs2301796	A	C	10608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=198;PP=2965;SC=AAGCCTCCCCAAGATGGGGTG;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=371;TCF=173;TCR=198;TR=371;WE=6594955;WS=6594937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr4	6596476	rs2301794	G	A	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=293;SC=GCTTCCAGGGGCTGGGGTGGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=6596484;WS=6596466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	6600012	rs2301790	A	G	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=80;PP=2310;SC=GATGCTGGGCATGCGCAAGCT;SOR=1.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=53;TCR=80;TR=133;WE=6600020;WS=6600002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	6602255	rs2301789	A	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=15;PP=990;SC=CATCTCACCTACCTCAGTTTC;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=6602263;WS=6602245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	6602516	rs12639813	A	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=601;SC=GAGGGGCCTTAGCTGCTTGCT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=6602524;WS=6602506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	6606864	rs2301788	A	G	8464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=144;PP=2965;SC=CGGCACTACAACATCAGACCC;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=142;TCR=144;TR=285;WE=6606872;WS=6606854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr4	6610889	rs61733402	G	A	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=77;PP=2965;SC=CCACGTCAACGGGGATGTGAA;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=174;WE=6610897;WS=6610879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	6619052	rs4689488	A	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=365;SC=TAGACCAGGGACATTGGGGTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=6619060;WS=6619044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	6619165	rs4689489	A	G	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=44;PP=2898;SC=TCTACCACCTATATGAAGTGG;SOR=1.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=96;TCR=44;TR=140;WE=6619173;WS=6619155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	6619204	rs4689490	G	A	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=134;NR=95;PP=2965;SC=CTCAGCCAGTGACAGTGAATC;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=134;TCR=95;TR=229;WE=6619212;WS=6619194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr4	6623032	rs4234768	G	T	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=107;NR=107;PP=2965;SC=AGATGCCCCGGCCCCAGGGCT;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=107;TCR=107;TR=214;WE=6623040;WS=6623022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr4	6698500	rs113431497	C	CTGAGCCTGAA	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=0;PP=2251;SC=GGCCCTGGCCCTGACAGCAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=6698508;WS=6698492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	6698667	rs11734898	T	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=35;PP=1254;SC=AGGACCTGGATGCCAATGGAG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=6698675;WS=6698657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	6698706	rs11733989	A	C	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=49;PP=1596;SC=GTGAGTTCATAGTGTTCGTGG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=100;WE=6698714;WS=6698696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	6925009	rs41516949	A	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=0;PP=690;SC=TTCTCCCTTAAGTGAGATCAG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=26;WE=6925017;WS=6924999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	6956059	rs11732887	T	C	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=0.806;SC=CTCCTGTTCATGGACAGGTTT;SOR=0.361;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=117;TCR=81;TR=196;WE=6956067;WS=6956049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr4	6956134	rs11732898	T	C	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=108;NR=110;PP=2965;SC=GAGTCTTTCCTGCGTGTAGCT;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=108;TCR=110;TR=218;WE=6956142;WS=6956124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr4	6968942	rs9291126	C	T	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=3;PP=894;SC=CAGAGGAAAGCTGACTTGTTT;SOR=4.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=38;WE=6968950;WS=6968932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	7002803	rs2301817	C	T	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=10;PP=625;SC=TGGTTCGGGGCTAGGCACGCA;SOR=1.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=7002811;WS=7002793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	7027041	rs6834102	C	T	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=513;SC=GCAAGTGGCGCGACTCAGGAA;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=7027049;WS=7027031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	7044357	rs871133	A	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=18;PP=817;SC=CCTCAGCCCCAACCTCGGCCG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=7044365;WS=7044347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	7064213	rs60458218	A	AGATT	81.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.39;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	7064217	.	T	A	185.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	7398194	rs9991834	A	G	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=144;SC=CCTGTGAGTCAGTGGCCTCGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=7398202;WS=7398184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	7434988	rs4318651	A	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=21;PP=1407;SC=GGATGGGGAAAGCACCCACCT;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=7434996;WS=7434978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	7435379	rs4689746	A	G	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=86;PP=2965;SC=TTGCTCTCCAAGTTGTGGGAG;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=65;TCR=87;TR=151;WE=7435387;WS=7435369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	7461769	rs12512664	A	G	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=36;PP=1800;SC=CATTTAGGGTAACTGAGCTGC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=95;WE=7461777;WS=7461759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	7461826	rs10655902	C	CCCA	6418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=47;PP=2766;SC=CCCAGCAGTCCCTCCCCCTGC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=66;WE=7461834;WS=7461816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	7461915	rs12498272	T	A	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=53;PP=1947;SC=GCGTGCCAGCTAGTAGAATCC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=7461923;WS=7461905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	7655855	rs2285789	C	T	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=64;PP=2484;SC=TTTTTCTGCCCTAAAGCTCTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=140;WE=7655863;WS=7655845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	7684641	rs4689820	C	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=562;SC=TCACATCACACACCATCCTTG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=7684649;WS=7684631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	7684661	rs4689821	CT	AC	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=335;SC=GGCGTGGATGCTAGATATAAC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=7684670;WS=7684651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	7691193	rs929264	G	C	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=48;PP=2367;SC=TGACAGTTGCGTCCTTTCTCT;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=127;WE=7691201;WS=7691183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr4	7736455	rs6843811	G	A	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=70;PP=2041;SC=TAAGCAGTGTGCCCAAGGTAA;SOR=1.092;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=126;WE=7736463;WS=7736445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	7776718	rs114891425	A	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=29;PP=801;SC=AAAATACAAAATTAGCCAGGC;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=7776726;WS=7776708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	7780582	rs41264705	C	T	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=80;PP=2302;SC=TTAGACGCCACGGGGGGCTTT;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=143;WE=7780590;WS=7780572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	7783163	rs28542374	G	A	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=44;PP=2071;SC=CAGACTGAGCGGAGGCAGGGT;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=109;WE=7783171;WS=7783153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	7802292	rs11728778	G	A	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=78;PP=2854;SC=TCTTCAGGTCGGTCCTGTCCT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=89;TCR=78;TR=167;WE=7802300;WS=7802282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	7817698	rs35907552	GT	G	1200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.68;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,56:0.92:61
chr4	7820727	rs4447865	T	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=259;SC=TTCTCAGAGATTGTTATCAAA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=7820735;WS=7820717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	7820795	rs35726835	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=8;PP=660;SC=CAAGAGCAGCGCCCTTACCTT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=7820803;WS=7820785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	7857230	rs61742221	C	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=19;PP=1352;SC=CGGGGCTCAGCGGCACAGCTT;SOR=1.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=75;WE=7857238;WS=7857220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	7985392	rs4696933	C	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=65;PP=2081;SC=CCTGCAGTCACCTGGGCCATG;SOR=1.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=92;WE=7985400;WS=7985382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	7995559	rs13130459	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=9;PP=937;SC=GCTGTCAGGAGGGGGCAGCCT;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=7995567;WS=7995549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	8006988	rs77249161	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=257;SC=GGGCTGCTCTTGTCTTCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=8006996;WS=8006978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	8010068	rs75370358	C	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=528;SC=GTGAGAGATGCAGCTTTCAAT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=8010076;WS=8010058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	8031471	rs2385904	A	G	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=72;PP=2965;SC=TGGAGGTCCGACACTGCTTGT;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=94;TCR=72;TR=166;WE=8031479;WS=8031461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	8031590	rs11942146	T	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=45;PP=1256;SC=CATTTGGTGTTTGCCCTCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=61;WE=8031598;WS=8031580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	8034497	rs13151663	G	A	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=64;PP=2152;SC=CAACACAGGCGCAAACACCCA;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=125;WE=8034505;WS=8034487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	8062638	rs6853485	A	C	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=24;PP=1196;SC=GTGTGTGGACATCGAAGAGGG;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=8062646;WS=8062628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	8062689	rs6811028	TG	CA	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=43;PP=2947;SC=CATTTTAATTTGTACCTTGAA;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=84;WE=8062698;WS=8062679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	8062871	rs6853901	A	C	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=130;SC=GCATGCCCTGAGCACAGGTAC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=8062879;WS=8062861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	8090028	rs11722016	C	T	5229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=100;PP=2965;SC=CAAGAGAGCTCGTTACCAGCC;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=179;WE=8090036;WS=8090018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	8207083	rs2677605	A	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=10;PP=292;SC=CCAAGGCGCCAGTGAGAGGCG;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=8207091;WS=8207073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	8207154	rs1298878	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=302;SC=ACCCCACCCGCCCCGTCCATC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=8207162;WS=8207144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	8211624	rs1712316	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=469;SC=TCCAAGAGTCCAACCCAGGGC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=8211632;WS=8211614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	8214636	rs1712287	T	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=8;PP=154;SC=TGTCTGAGACTGGGGACACAG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=8214644;WS=8214626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	8217829	rs1712290	C	A	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=6;PP=549;SC=CTGGGCCTGGCCTCCACAGGC;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=8217837;WS=8217819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	8224414	rs113477900	T	TGTC	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	8228627	rs1678299	G	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	8228632	rs1678300	A	C	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.60;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	8228731	rs1281145	T	C	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=53;PP=2226;ReadPosRankSum=2.429;SC=TGCCTGAGCCTGGAGCCACAG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=142;WE=8228739;WS=8228721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr4	8228894	rs1292647	T	C	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=58;PP=2459;SC=AAGCCGAGGATGACTGGGAGG;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=139;WE=8228902;WS=8228884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	8229218	rs1281146	A	G	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=59;PP=2766;SC=ACCTGTTCCTAGTGGTGGCTG;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=142;WE=8229226;WS=8229208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	8229326	rs1281147	T	C	4931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.153;NF=94;NR=82;PP=2621;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TGGGGACGCCTGACCACATCT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=96;TCR=83;TR=176;WE=8229334;WS=8229316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr4	8229713	rs1281148	A	G	7410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=143;NR=112;PP=2965;SC=TCCCTGCCCAAACTTCCCACT;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=144;TCR=113;TR=255;WE=8229721;WS=8229703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr4	8229774	rs1281149	C	T	8323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=147;NR=145;PP=2965;SC=CCAGGCGCTGCGCGGCCCCCT;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=147;TCR=146;TR=292;WE=8229782;WS=8229764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr4	8230070	rs1281150	T	C	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=46;PP=1498;SC=GGCAGGCAGCTGAGAGCTACT;SOR=1.080;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=85;WE=8230078;WS=8230060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	8230235	rs1281151	T	C	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=47;PP=1514;SC=GGCTGCCCCTTGGGGAGTGTG;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=8230243;WS=8230225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	8237096	rs1678260	G	C	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=8;PP=831;SC=GGGGGAGTCCGACCTGGGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=8237104;WS=8237086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	8242466	rs1281103	A	G	6135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=87;PP=2965;SC=TGGCGCTGGCAGCCGCCGTGG;SOR=1.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=137;TCR=88;TR=223;WE=8242474;WS=8242456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr4	8293974	rs4235258	C	T	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=518;SC=TGGTTAGAGGCAGATCTGGAG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=8293982;WS=8293964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	8304038	rs4696797	T	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=2;PP=832;SC=GCAGCTTTGCTGGACCGCAGG;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=8304046;WS=8304031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	8304097	rs4696798	G	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=23;PP=2250;SC=TCCTGGTCCTGCAGGGGAACT;SOR=2.415;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=80;TCR=23;TR=102;WE=8304105;WS=8304087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	8306028	rs4696801	C	T	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=59;PP=1718;SC=CAGAGGAGATCGCTCGAGGCA;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=89;WE=8306036;WS=8306018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	8306091	rs4696802	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=712;SC=TCATGTGACCTTGAGCTTCCC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=8306099;WS=8306081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	8415982	rs2245515	C	T	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=809;SC=GTCTCATATGCTCCAAACTCA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=8415990;WS=8415972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	8451656	.	A	ATTTTCTTTTC	246.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	8454639	rs1880024	A	G	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=71;PP=2434;SC=GGCTGAGAGGAGACTAACTGC;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=72;TCR=71;TR=143;WE=8454647;WS=8454629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	8473050	rs2631768	G	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=609;SC=AGCAAGTTCCGCGGTGCCCCA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=8473058;WS=8473040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	8589023	rs9685931	G	A	7207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.799;SC=AGAACCCCGCGCCCAGCGTCC;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=123;TCR=143;TR=264;WE=8589031;WS=8589013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr4	8589155	rs9683448	C	T	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=35;PP=945;SC=CTGGCCCTGCCACAGAGATGC;SOR=1.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=8589163;WS=8589145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	8589206	rs10938724	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=559;SC=ACTTTGAGCTAAGGCTGAAGT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=8589214;WS=8589196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	8601278	rs41289049	C	T	5135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=79;PP=2965;SC=ACTGTCAGAGCACTTTAGGCA;SOR=0.969;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=183;WE=8601286;WS=8601268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	8601298	rs11723641	G	A	6284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=103;PP=2965;SC=AGCTGAATCCGTGATTTCAGA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=122;TCR=105;TR=225;WE=8601306;WS=8601288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr4	8602793	rs4299567	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	8602798	rs2241069	G	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	8602816	rs4594711	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=394;SC=GGGCCACTGCAGGAGGGACTG;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=8602824;WS=8602806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	8602884	rs4301095	T	C	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=22;PP=1472;SC=GGACCTGCAGTGATGCCGCCT;SOR=1.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=8602892;WS=8602874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	8602935	rs4431213	A	G	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=62;PP=2529;SC=AGCACCGGTCATGGGAGGTGG;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=97;TCR=62;TR=159;WE=8602943;WS=8602925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	8605845	rs115804488	C	T	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=41;PP=1209;SC=CCTACAGCATCGGGCGCAGCT;SOR=1.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=8605853;WS=8605835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	8605933	rs41266531	A	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=501;SC=CCCTTGGGAGAGCCTGGCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=8605941;WS=8605923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	8607587	rs4696703	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=584;SC=ATATACAGAGGTTCTTGAGTC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=8607595;WS=8607577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	8608934	rs2302579	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=621;ReadPosRankSum=1.744;SC=AAGCCCAGGGCATGGCTGCGG;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=8608942;WS=8608924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr4	8608979	rs2302578	G	A	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=19;PP=1875;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GGGCGGCCTCGTCTGTCCTGG;SOR=1.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=71;TCR=19;TR=89;WE=8608987;WS=8608969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr4	8612760	rs201383909	CTT	C	868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=717;SC=TTCCCTCACTCTTTCACTTGC;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=8612769;WS=8612750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	8613917	rs12511563	CG	GT	125.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	8613918	.	G	T	88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=19;MQ=56.71;NF=0;NR=5;PP=88;QD=24.5542425094;SC=GGGACTGGGCGGGGGGTGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=8613926;WS=8613908;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr4	8613961	rs13120023	G	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=49;SC=GGGGCAAGGCGTAACTCCACG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=8613969;WS=8613951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	8616096	rs1131140	T	C	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=29;PP=1746;ReadPosRankSum=1.691;SC=GCATGTCCGATTTCAACTACC;SOR=0.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=90;WE=8616104;WS=8616086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr4	8616179	rs7378066	T	C	5516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=88;PP=2965;SC=GCCCTGTACATACTCTGGCAG;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=196;WE=8616187;WS=8616169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	8620045	rs4444816	A	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=2;PP=807;SC=TCTGTGGGGTAGTTCCCCCTA;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=8620053;WS=8620035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	8620103	rs7670383	C	T	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=21;PP=1973;SC=ACGGCCTCCACGCTCAGCAGG;SOR=2.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=93;WE=8620111;WS=8620093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	8620325	rs4696872	A	G	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=73;PP=2189;SC=GGCAGCCGGCACCCTCAGGCA;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=95;WE=8620333;WS=8620315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	8621194	rs28514374	A	G	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=76;PP=2619;SC=CCCACGACCCACTGGGAGGTG;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=146;WE=8621202;WS=8621184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	8869587	rs13303225	T	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=296;SC=CAGCGGCGGCTGCGGCCGGGG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=8869595;WS=8869577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	9370908	rs11938651	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=297;SC=CTAGTGCCTACCCCCCAAAGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=9370916;WS=9370898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	9784542	rs2227851	A	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-5.853;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.586;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,8:0.12:64
chr4	9784550	rs2227844	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQRankSum=-5.090;QD=1.89;ReadPosRankSum=2.137;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,8:0.12:66
chr4	9889448	rs6818572	G	A	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=516;SC=CACTCCATCTGCTTATTTTAT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=9889456;WS=9889438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	9892102	rs10939602	T	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=569;SC=AGATGAGATGTCCCCGGGGAG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=9892110;WS=9892092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	9909850	rs2280204	T	G	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=38;PP=1792;SC=TAACCCTCAGTTGACTTACAG;SOR=1.099;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=95;WE=9909858;WS=9909840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	9922167	rs16890979	C	T	8501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=149;PP=2965;SC=TCTTGGGAAACGTCTGCTTTA;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=151;TCR=149;TR=300;WE=9922175;WS=9922157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr4	9998440	rs10939650	C	T	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=43;PP=2149;SC=TCACAATTAACGTCCCCACAA;SOR=1.139;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=123;WE=9998448;WS=9998430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	9998493	rs13113918	A	G	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=75;PP=2903;SC=GACCAGAGCAAAGTCAGAGTG;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=154;WE=9998501;WS=9998483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	9998605	rs28592748	T	C	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=40;PP=1227;SC=CCTTCTGTTCTCTCCTGCTGC;SOR=1.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=9998613;WS=9998595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	10020564	rs2240721	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=373;SC=CCGCAGGGCCGCAGCGCCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=10020572;WS=10020554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	10020757	rs2240722	A	G	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=31;PP=1072;SC=GGCCGAGGGAAGACCTGGAAC;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=10020765;WS=10020747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	10022981	rs2276961	C	T	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	10080462	rs2241469	A	C	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CACTGTCCCCAAATCACCCAG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=155;WE=10080470;WS=10080452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr4	10086015	rs2241474	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=23;PP=1448;SC=GAACAGGAAATTCCCCCCTAG;SOR=1.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=10086023;WS=10086005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	10090133	.	A	G	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=51;PP=2400;SC=GCAGACATGCATTTACTGGGC;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=130;WE=10090141;WS=10090123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	10090178	rs4235349	T	C	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=64;PP=2965;SC=GGGAGGGCGATGTCTAAGTTC;SOR=1.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=107;TCR=64;TR=171;WE=10090186;WS=10090168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	10100870	.	C	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr4	10105739	rs3756224	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=409;SC=GTGAAGAAAACCGCAGAAGCA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=10105747;WS=10105729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	10446385	rs9291410	C	T	6966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=109;PP=2965;SC=CTGCTGTGAGCTACTGTGTAA;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=136;TCR=109;TR=244;WE=10446393;WS=10446375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr4	10446906	rs10016022	A	G	6663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=133;PP=2965;SC=CAACCTTCACATCTATCAACT;SOR=1.136;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=95;TCR=133;TR=228;WE=10446914;WS=10446896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr4	10502937	rs2903960	T	G	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=57;PP=2965;SC=CCAGGAAGCGTATTTTTACAT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=154;WE=10502945;WS=10502927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	10509699	rs2868941	T	C	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=70;PP=1718;SC=TTAGGGTCAATGGGAAGTATG;SOR=1.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=103;WE=10509707;WS=10509689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	10525711	rs148908322	A	AGAG	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.07;ReadPosRankSum=2.287;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr4	10527342	rs2108878	C	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=509;SC=TCTTGAGCCTCATTATTGGGC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=10527350;WS=10527332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	10542058	rs1962796	C	G	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	11370592	rs6448674	T	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	13475414	rs34962392	TATC	T	1182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=815;SC=AATACAGCATTATCATAGTAA;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=17;WE=13475424;WS=13475404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	13545792	rs9684692	G	T	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=42;PP=1884;SC=TCCGCAGTCCGCCCCGCAGCT;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=110;WE=13545800;WS=13545782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	13548796	rs2080023	T	G	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=107;PP=2965;SC=GAGGTGGTTGTATGCCCAGAG;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=81;TCR=107;TR=188;WE=13548804;WS=13548786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr4	13578405	rs2052159	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=333;SC=ACCCAGAGCAATTTTCAGATG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=13578413;WS=13578395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	13582874	rs73231565	A	T	282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=8;PP=189;SC=AAGAAAAAAAATTTTATCCTT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=13582882;WS=13582864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	13589495	rs13104252	G	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=456;SC=GGAATAAGTTGATATATAAAT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=13589503;WS=13589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	13606576	rs1971278	A	T	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TCTCTTTCTAATTTGGATTCA;SOR=0.304;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=94;TCR=65;TR=157;WE=13606584;WS=13606566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr4	13615293	rs2109917	C	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=52;PP=1559;SC=AATCTTCAAGCGGAAAATAAA;SOR=2.012;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=73;WE=13615301;WS=13615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	13629721	rs12499127	G	A	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=603;SC=ATAGACATTTGTAATGCGAAC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=13629729;WS=13629711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	15004655	rs7435318	G	A	9471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=167;NR=176;PP=2965;SC=GAAACTCCCCGACCACCACCC;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=167;TCR=177;TR=343;WE=15004663;WS=15004645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr4	15005604	rs112476821	G	A	5154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.945;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=64;PP=2883;ReadPosRankSum=1.954;SC=GGCTCGCTCAGCGCCATGCCG;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=109;TCR=66;TR=173;WE=15005612;WS=15005594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr4	15009232	rs1874207	C	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=34;PP=937;SC=ATGTAAATGACCTTATCTCTA;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=15009240;WS=15009222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	15059987	rs987399	AA	GG	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=475;SC=ATAGTACTGAAATTTGGAGTA;SOR=4.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=21;WE=15059996;WS=15059977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	15443685	rs13108125	T	G	290.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=271;SC=CACTGTTAAATGTTGCCTGAA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=15443693;WS=15443675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	15480225	rs9993580	A	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=383;SC=ACTGTCCCCCAACTCACACTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=15480233;WS=15480215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	15482477	rs10000250	A	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=30;PP=1130;SC=CCATTCAGCTACTGCTTGTTA;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=15482485;WS=15482467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	15517756	rs58218122	AT	A	111.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=88;ReadPosRankSum=-1.593;SC=AAAGTGGTTCATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=15517764;WS=15517746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr4	15538485	rs111411160	T	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=11;PP=1126;SC=TTTGCTGTTATTATTGCTCTC;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=15538493;WS=15538475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	15538744	rs1558572	T	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=699;SC=GGCCAGGAAGTGTCTGGGAGG;SOR=3.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=15538752;WS=15538734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	15539498	rs1861044	A	G	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=74;PP=2965;SC=CCTGTTTGATATCATGTTGCC;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=172;WE=15539506;WS=15539488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	15552295	rs2041672	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=65;SC=CATGGAAACCATATAGTAACA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=15552303;WS=15552292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	15552423	rs2041673	C	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=13;PP=640;SC=TTTTTATTGGCTATTTCTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=15552431;WS=15552413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	15560750	rs35309200	G	T	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=21;PP=1441;SC=AAAAGCACCAGAGAGTGCTTT;SOR=1.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=78;WE=15560758;WS=15560740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	15562342	rs67224550	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	15568992	rs13121363	T	C	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=20;PP=1260;SC=ATACATTTTCTCTCCTAGCAA;SOR=1.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=64;WE=15569000;WS=15568982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	15569146	rs13116304	A	C	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=50;PP=1730;SC=TTGCCCCTTAAGTTTTTAAGA;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=104;WE=15569154;WS=15569136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	15575718	rs4280723	C	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=233;SC=ACTTGCCTCTCAACTTCTGTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=15575726;WS=15575708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	15587897	rs6832789	A	T	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=103;PP=2854;SC=ACAGATTTAGAAACTTGAGCT;SOR=1.506;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=55;TCR=103;TR=158;WE=15587905;WS=15587887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	15602773	rs80080596	C	CTTA	611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=559;SC=ATCCAGAACACTTATCTTAAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=15602781;WS=15602763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	15603069	rs1134634	G	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=466;SC=TGTACTTTCTGTATCATGTAA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=15603077;WS=15603059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	15632228	rs3775956	A	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=491;SC=TAATAATTATAAGTACTTAAT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=15632236;WS=15632218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	15640168	rs3182730	C	T	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=84;NR=48;PP=2334;SC=ATTTAAAAAACTTCTGTCGCT;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=132;WE=15640176;WS=15640158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	15689632	rs11729955	G	A	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=24;PP=1135;SC=ATCTCATGGAGGTATTGAAAA;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=58;WE=15689640;WS=15689622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	15690233	rs6449160	C	A	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=31;PP=1756;SC=TGCTTTTCGACACCCTGAATC;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=94;WE=15690241;WS=15690223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	15706466	rs3756247	T	C	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=12;PP=1275;SC=CTGATTTTTGTTCCTTCTGTG;SOR=2.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=15706474;WS=15706456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	15706502	rs35181008	G	GTC	5764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=26;PP=2970;SC=TGTTTGTGATGTCTTTCTTGT;SOR=1.556;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=66;WE=15706510;WS=15706492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	15739488	rs4283655	A	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=27;PP=786;SC=CTCCCACAGCAAGGAAGCCGA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=15739496;WS=15739478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	15937731	rs2072313	T	C	4411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=58;PP=2965;SC=TCTCTTTGCCTTTGATGTGCT;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=138;WE=15937739;WS=15937721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	15964485	rs758329	G	A	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=49;PP=1819;SC=TTCCAGTAAGGTTTGGGGTCA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=104;WE=15964493;WS=15964475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	15964573	rs758328	A	G	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=42;PP=2020;SC=GGCAGTCGACACGAAGCCAGA;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=103;WE=15964581;WS=15964563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	15972905	rs11735976	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=24;PP=786;SC=AAAAACAGCATAGAAGATAAA;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=15972913;WS=15972895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	15977572	rs11734657	T	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=545;SC=ACCCTTGGAGTTCTACTATAG;SOR=3.180;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=15977580;WS=15977562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	15981885	rs3841512	G	GA	216.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	15982163	rs34269395	A	AG	459	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=1080;ReadPosRankSum=0.820;SC=AACAAATTCTAGGAAAAAAAA;SOR=3.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=30;WE=15982171;WS=15982153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr4	15985984	rs3815344	G	C	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=60;PP=1681;SC=CTGATCTAGGGGGGTGGAAAC;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=15986006;WS=15985974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	15986042	rs7675574	G	A	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=1094;ReadPosRankSum=-1.444;SC=GGAATGAGACGTGCCATTTAC;SOR=1.363;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=60;WE=15986050;WS=15986032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr4	15986113	rs7659341	T	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=16;PP=344;SC=CCCCAACTCCTGGGTCACAGA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=15986121;WS=15986103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	15987509	.	T	TTTAAG	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	15987512	.	T	TGCTTATTTAATCTGTATTAAATATTTAATACAGATAA	832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=92.53;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	15989191	rs2191004	C	T	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.557;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.05;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=3.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chr4	16002050	rs6449212	T	C	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=2;PP=960;SC=CTTAAAGTAATGCACAATATA;SOR=5.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=16002058;WS=16002040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	16024885	rs2013854	A	G	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=32;PP=1700;SC=AAGAGTGAGCAAGCCTGCCAA;SOR=1.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=94;WE=16024893;WS=16024875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	16025837	rs17478336	C	T	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=7;PP=751;SC=CTTTCACGTACGTCATTTCTT;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=16025845;WS=16025827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	16026696	rs17478392	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=488;SC=ACAGATAACACCAGTCTACGC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=16026704;WS=16026687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	16037352	rs2078622	C	T	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=44;PP=2610;SC=CAGACAAGGACTTTACCTTTA;SOR=1.233;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=84;TCR=44;TR=128;WE=16037360;WS=16037342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	16168512	rs11724423	C	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=369;SC=GGTGGGGGGGCATGGGACGGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=16168520;WS=16168502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	16172181	rs1662654	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=385;SC=CTGGCATAGACTGGGAGTAGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=16172189;WS=16172171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	16189991	rs75841626	A	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.59;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	16190073	rs28645901	T	G	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=188;SC=AGATCTGTGTTTTAAATCCTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=16190081;WS=16190063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	16192413	rs7666361	C	T	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=15;PP=730;SC=GATTTTCATACGCTGAATGCT;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=16192421;WS=16192403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	16198378	rs10939652	A	G	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=29;PP=1006;SC=AAGAGAGAAGATTGTAATGTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=64;WE=16198386;WS=16198368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	16198439	rs10939653	T	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=26;PP=625;SC=TAAAACCTGGTGTTACGAAGA;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=16198447;WS=16198429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	16215537	rs12651110	T	G	5888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=101;PP=2965;SC=GAAAAGAAAATGACAGAAAAC;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=93;TCR=101;TR=194;WE=16215545;WS=16215527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr4	16227781	rs3749543	A	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=91;SC=AGGCAACGGCAGCCGCGCGGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=16227789;WS=16227771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	16504906	.	G	GTGGC	2507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=30;PP=1755;SC=GGGCCTGTGAGTGGCTTTGGA;SOR=1.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=31;WE=16504914;WS=16504896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	16513748	rs6824949	T	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=33;PP=982;SC=TTCAAAGACATTGGCATTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=16513756;WS=16513738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	16597280	rs1506462	T	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=261;SC=TCTTTAATGCTCTCAGAGTAG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=16597288;WS=16597270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	16675898	rs4698505	C	A	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=58;PP=2056;SC=TCCGAATCCCCGAGCTGGTTG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=123;WE=16675906;WS=16675888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	16676046	rs7699941	A	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=224;SC=GTGATAATTCAGGAGCACCCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=16676054;WS=16676036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	16753863	rs283027	A	C	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=103;SC=TCAGTGAACAAGATACAGAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=16753871;WS=16753853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	17492145	rs731437	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=315;SC=TGATGTGCAATGCATCCTCAG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=17492153;WS=17492135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	17494054	rs2597772	A	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=41;PP=1236;SC=TCTATTCCCTAAAAACTTTAT;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=52;WE=17494062;WS=17494044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	17503561	rs3733573	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=28;PP=940;SC=AGCCCCACACTCAGGGAGGCC;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=17503569;WS=17503551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	17511127	rs3733574	T	C	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=25;SC=TGTGGGAGGATCTCTTGAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=17511135;WS=17511117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	17513498	rs3217604	GC	G	4225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=44;PP=2784;SC=CCTCTAGACTGCCCCCCGCCG;SOR=1.393;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=89;WE=17513506;WS=17513488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	17517099	rs1551091	A	G	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=53;PP=1800;SC=GAGGGTGTAAAGTGCGGCAGT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=17517107;WS=17517089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	17583200	.	TA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	17634213	rs6825562	A	G	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=50;PP=2206;SC=TTTCTGCTGGACTTCTTTGGC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=115;WE=17634221;WS=17634203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	17689901	rs11306510	AT	A	117.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr4	17689974	rs4698646	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=6;PP=407;SC=CAGCATGTGTTACTGGGGACA;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=17689982;WS=17689964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	17695206	rs3733581	C	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=645;SC=CACGTGTTAACGTCACAACAC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=17695214;WS=17695196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	17706928	rs13139898	T	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=497;SC=GTTTATACACTGTTTTTACAG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=17706936;WS=17706918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	17711076	rs3733583	T	C	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=41;PP=1679;SC=TCAGCCTCTTTTGCAGCTCCA;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=87;WE=17711084;WS=17711066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	17813711	rs1395371	T	C	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=133;SC=GTTTGGATAATTAAGAGTTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=17813719;WS=17813706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	17841465	rs2286537	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=9;PP=222;SC=CTGGAGGTAAAGTAGTTTCTC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=17841473;WS=17841455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	17844029	rs17585261	G	A	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=70;PP=2194;SC=TAGAATATATGGAGGCCTATC;SOR=1.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=118;WE=17844037;WS=17844019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	17875735	rs78581007	TCTC	T	5941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.216;NF=15;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.433;SC=ATCTTAAGTTTCTCCTTTTAG;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=16;TCR=108;TR=117;WE=17875745;WS=17875725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,219:0.99:221
chr4	20256722	rs1323066	G	A	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=45;PP=1393;SC=TCGCGGTTGCGTGTGGGCCGG;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=20256730;WS=20256712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	20259621	rs139749288	A	AT	322.75	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=185;SC=AAAATACTTAAATTTCAAGCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=20259630;WS=20259611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	20259622	rs61790829	A	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=119;SC=AAATACTTAAATTTCAAGCAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=20259630;WS=20259611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	20487711	rs10019416	C	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TCATCTCTACCAGGTAGCTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=20487719;WS=20487703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	20490710	rs543593	T	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=9;PP=207;SC=TCACTAATGTTCAATTGTGCA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=20490718;WS=20490700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	20492417	rs7695303	G	T	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=34;PP=1861;SC=TTTCCTTTCTGTTTTCTAGAT;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=97;WE=20492425;WS=20492407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	20520993	rs519813	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=9;PP=595;SC=TCATTTAAAATATTTTTTTCA;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=20521001;WS=20520983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	20526985	rs146437952	C	CAT	129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=165;SC=TGATGTTAAACATATATTATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=20526993;WS=20526975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	20533700	rs3215198	A	AT	775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=246;SC=CTTGTTAGCTATTTTTTTTAT;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=20533708;WS=20533690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	20535460	rs74466092	T	TTC	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=372;SC=CTCTTTCACATTCTCTGTTAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=20535468;WS=20535450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	20541005	rs35993588	AG	A	3800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.09;QD=46.35;SOR=2.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	20541007	.	GC	AC	2393	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000,1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=68.7;NF=51,32;NR=19,20;PP=1538,2393;QD=22.4681601792;SC=CCTCAGATAGGCAAAATTGAT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=70,52;WE=20541015;WS=20540997;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,70:0.89:79
chr4	20541007	.	GC	G	2393	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000,1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=68.7;NF=51,32;NR=19,20;PP=1538,2393;QD=22.4681601792;SC=CCTCAGATAGGCAAAATTGAT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=70,52;WE=20541015;WS=20540997;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,52:0.84:62
chr4	20541008	rs3842004	C	A	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.42;QD=42.81;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	20547838	rs2292439	C	T	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=115;SC=CAGTTAGATGCTTCCCTCCTT;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=20547846;WS=20547828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	20620683	rs1379659	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=775;SC=CTTCTTGACCGTGTGGGACTA;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=20620691;WS=20620673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	20621846	rs9070	G	C	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=0;PP=73;SC=TTGCCCTTTTGTGGGGGTGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=20621854;WS=20621836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	20706067	.	CT	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.733;QD=2.96;ReadPosRankSum=1.550;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr4	20709238	rs35495469	G	GA	373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=385;SC=ATCGTTAGGGGAAAAAGAGAT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=20709246;WS=20709228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	20714642	rs3764964	T	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=371;SC=TCCCTCCATATTATATGCAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=20714650;WS=20714632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	20714924	rs12331966	A	G	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=0;PP=1385;SC=TTTGTTGACTATCTTCTGATT;SOR=7.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=47;TCR=0;TR=47;WE=20714932;WS=20714914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	20715244	rs62410126	A	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=32;PP=889;SC=ACAATTTCAAATCTTCAACTC;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=20715252;WS=20715234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	20717637	.	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=444;SC=TTTGTTTTTCATTGCGATGTT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=20717645;WS=20717627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	20726537	rs10654905	C	CTT	321.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=161;SC=TTCCTTAAGTCTTTTTTTTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=20726545;WS=20726527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	20733708	rs111474115	C	CA	2190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=1217;SC=AGGAAGAAAACAAAAATTGTA;SOR=0.749;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=33;WE=20733716;WS=20733698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	20734171	rs6812257	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	20734176	rs6811933	C	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.55;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	20736416	rs112956417	A	AAAAC	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=767;SC=AAAAACAAAAAAAACAAATGA;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=20736424;WS=20736406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	20751278	rs2322688	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=679;SC=AATAATCCAGAGCTTACCTCG;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=20751286;WS=20751268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	20760644	rs57740160	A	G	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=51;PP=1482;SC=CCATTATTACAAAGGGAATAA;SOR=2.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=64;WE=20760652;WS=20760634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	20760683	rs17623902	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=26;PP=748;SC=TGTTTGTTCCAGTTCTCACAA;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=28;WE=20760691;WS=20760673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	20884502	rs73802387	T	C	221.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=182;SC=GTTTGTTTTCTTCTTATTTAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=20884510;WS=20884492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	21764761	rs717531	C	T	5314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=110;PP=2965;SC=AATTCCTTCACTGTGGTTGAA;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=72;TCR=110;TR=182;WE=21764769;WS=21764751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	21950259	rs6448102	A	G	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=94;NR=59;PP=2554;SC=ATTCATGTCTAGGGACGCAGG;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=94;TCR=59;TR=153;WE=21950267;WS=21950249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	22390167	rs9002	C	T	14181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=290;NR=206;PP=2965;SC=TGGTGGACCACGAAGAACGCA;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=498;TCF=290;TCR=208;TR=496;WE=22390175;WS=22390157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr4	22444692	rs10018144	C	T	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	22449028	rs201205176	CA	C	214.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=3;PP=128;SC=ACATGAAAATCAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=22449036;WS=22449018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	22456381	rs10003859	T	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=359;SC=ATGGCTTCTATAACCCCTACA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=22456389;WS=22456371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	22456431	rs10003883	T	A	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=18;PP=866;SC=TCATACATATTTAGGTACTGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=22456439;WS=22456421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	22463486	rs17598797	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=389;SC=CAAGTATTCAGGCACAATACA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=22463494;WS=22463476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	22715639	rs1963996	A	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=390;SC=ATTCTGTTATATATTATACTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=22715647;WS=22715629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	23815522	rs3755863	C	T	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=98;NR=91;PP=2965;SC=AATAGGATTGCGTGCCATCCC;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=98;TCR=91;TR=189;WE=23815537;WS=23815512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr4	23815662	rs8192678	C	T	6254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CTCAGTTCACCGGTCTTGTCT;SOR=0.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=105;TCR=106;TR=210;WE=23815670;WS=23815652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,229:1.00:230
chr4	23815924	rs2970847	T	C	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=56;PP=1966;SC=TGAGTATTTCTGTTTTGGAAT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=114;WE=23815932;WS=23815914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	24538573	rs4697063	A	G	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=0;PP=215;SC=GGTTTCTAATATAAGTTGTCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=24538581;WS=24538563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	24542662	rs182507245	T	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=19;PP=663;SC=TCCTGAGCTATTTGTTTTGGC;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=24542670;WS=24542652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	24809884	rs1019229	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=419;SC=ACAGGATCAGTGCGTTTTCTC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=24809892;WS=24809875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	24896473	rs59796303	G	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=445;SC=TCTCAAAGTCGCTGACACCCC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=24896481;WS=24896463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	24896580	rs59614850	C	T	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=36;PP=2083;SC=AAAACATAGGCTTAAAGTCCC;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=108;WE=24896588;WS=24896570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	24896658	rs12511068	C	T	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=0.734;SC=ATGATGATGACGACGACGATG;SOR=0.579;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=83;TCR=86;TR=161;WE=24896666;WS=24896645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,161:0.95:170
chr4	24914611	rs75351733	G	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=733;SC=CCTCCGAGCCGCTGCGCCGCC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=24914619;WS=24914601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	25030312	rs10021870	G	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=16;PP=487;SC=ACTCTCAGGAGTGAGGCATAG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=25030320;WS=25030302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	25157955	rs62411564	A	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=390;SC=GCTCTTGGAAAGCTCAATGCC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=25157963;WS=25157945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	25253995	rs313567	C	T	5740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=93;PP=2965;SC=CAGAATTTGCCGATATTATGC;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=182;WE=25254003;WS=25253985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	25316815	rs12508686	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=0;PP=321;SC=TTTTGTTTTCTCCTGAAATGA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=25316823;WS=25316805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	25347380	.	C	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=363;SC=TATTTTTGTTCTTTCACTGTT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=25347388;WS=25347370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	25363901	rs315675	T	A	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=68;PP=2362;SC=CACTGTGAGCTCTGTAATTCT;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=129;WE=25363909;WS=25363891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	25370962	rs315689	A	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=362;SC=CTCTGGAGACATGGGGAGTTG;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=25370970;WS=25370952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	25382216	rs315676	C	G	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=104;SC=ATAAATATCACTTTGGGAACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=25382224;WS=25382206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	25391584	rs186408	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=60;SC=AAAAAGGAATGAGCCTGATGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=25391592;WS=25391574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	25393889	rs2292407	C	T	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=24;PP=1081;SC=TAGTTTGACCCACACTCTAAA;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=25393897;WS=25393879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	25394078	rs2292408	A	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=387;SC=GTGAATATTTATTATCGGCTT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=25394086;WS=25394068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	25395674	rs17605267	C	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=625;SC=TCAGATTTGCCAAAAGGGCTC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=25395682;WS=25395664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	25404553	rs10023139	C	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=16;PP=608;SC=ATCCCCCACACACTAATCTTA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=25404561;WS=25404543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	25408516	rs3214034	T	A	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	25408724	rs28616687	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	25408838	rs34811474	G	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=16;PP=709;SC=CTTTATAATCGAAAAGGAAAA;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=25408846;WS=25408828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	25417244	rs3816587	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=217;SC=GACTCAGTTACGGTGGTAATA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=25417252;WS=25417234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	25419283	rs9174	T	C	6491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=98;PP=2965;SC=CCATGCATTTTGAGAAGCACT;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=127;TCR=98;TR=225;WE=25419291;WS=25419273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	25674905	.	TCACA	T	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	25674911	.	G	GAGGGA	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	25674913	rs62409436	A	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	25678199	rs6448389	A	G	3771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=59;PP=2346;SC=TTGCTGTGTGACTGCCCCAAG;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=118;WE=25678207;WS=25678189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	25758580	rs4401441	G	A	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=41;PP=1268;SC=CAGTTTCTTAGGCTTTTTAAA;SOR=2.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=25758588;WS=25758570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	25759079	rs28556807	C	A	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=70;SC=TCCAGTAGACCAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=2;WE=25759087;WS=25759069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	25767133	rs6823220	A	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=23;PP=648;SC=TGGCGCATTCACATGAATGCA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=25767141;WS=25767123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	25767183	rs4697616	G	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=214;SC=ACATCTTTATGTTTCCCTGAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=25767191;WS=25767173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	25769135	rs2290577	T	C	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=62;PP=2965;ReadPosRankSum=0.662;SC=TGCACCGTTTTTCTATACATA;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=114;TCR=62;TR=175;WE=25769143;WS=25769125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr4	26122624	.	A	AAGAGGG	1889.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.148;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;MQRankSum=1.106;QD=37.05;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
chr4	26241366	rs200509512	G	GGGAGA	800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.66;QD=38.13;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	26491156	rs6850415	G	A	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=51;PP=1454;SC=GATGACAGCAGAATGCTAAAA;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=26491164;WS=26491146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	26491974	rs6448456	G	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=86;SC=GAAGCGTCTCGCAGATGCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=26491982;WS=26491964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	26585881	rs4692549	C	T	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=68;PP=2454;SC=TCAAGGGCTCCAATTTGTACT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=142;WE=26585889;WS=26585871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	26615982	rs260954	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=248;SC=TGTATGTTTACTTAAAAACTA;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=26615990;WS=26615972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	26673761	rs9997999	T	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.69;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	26673787	rs7691219	A	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=456;SC=TTGAAAATGAACATGTACGTA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=26673795;WS=26673777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	26862754	rs114264770	C	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=15;PP=551;SC=GCTGCGCTTTCACCCGGCTTC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=26862762;WS=26862744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	26862782	rs75058604	C	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=12;PP=399;SC=CGCCTTCATCCCGCCTCGACT;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=26862790;WS=26862772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	27004011	rs10028164	G	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=482;SC=TGGACTTACAGGAGAGGTAAG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=27004019;WS=27004001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	27004490	rs5856961	T	TA	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=297;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CATTATTTTGTAAAAAAAAAT;SOR=1.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=16;WE=27004498;WS=27004480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr4	27022800	rs10031905	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=380;SC=CCTACCGTAAACTTGCCACTC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=27022808;WS=27022790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	27162341	rs17649944	C	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=12;PP=1008;SC=GCTTTCTGGCCTCTACCTACA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=27162349;WS=27162331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	28821172	.	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,14:0.15:91
chr4	30132766	rs370938014	ATGTG	A,ATG	1479.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.663;QD=23.49;ReadPosRankSum=2.276;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,14,44:0.22,0.70:63
chr4	30279664	rs111907846	T	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.13;MQRankSum=-0.352;QD=36.44;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr4	30279692	rs375167758	CAT	C	752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=7;PP=451;SC=TATATACACACATGTGTGTGT;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=30279701;WS=30279682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	30279724	rs200545568	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.23;QD=50.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	30341558	rs76600313	A	T	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=20;PP=1005;SC=TGTGTGTGTGAGAGTGTGAGT;SOR=1.366;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=57;WE=30341566;WS=30341546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	31018405	.	T	TTG	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.27;NF=0;NR=2;PP=47;QD=28.0;SC=ATAAGGGCTATTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=2;WE=31018413;WS=31018395;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chr4	31031755	rs139430988	T	TTGTGTGTGTGCA	2376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.82;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	31107645	rs4993058	A	T	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.81;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	31107765	rs4580617	G	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=15;PP=608;SC=AAAATTCAAAGTATGTTTAAG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=31107773;WS=31107755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	31107868	rs150711551	G	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=328;SC=TTGTGTCTGTGCTAGGAAGAG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=31107876;WS=31107858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	31116375	rs10006845	A	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	31144054	rs77404368	G	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=9;PP=815;SC=AGCCTGTTGAGGAGTGTCAAA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=31144062;WS=31144044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	36069805	rs7657166	G	A	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CCAGGCAGTGGGCCACCATGG;SOR=0.457;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=52;WE=36069813;WS=36069795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr4	36081878	rs4833069	C	T	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=96;NR=71;PP=2778;SC=CGTCTGAGTTCGTGAACTATC;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=96;TCR=71;TR=167;WE=36081886;WS=36081868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	36109409	rs7688562	C	G	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=157;SC=CATTTGAAAACATCTGTAGGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=36109417;WS=36109399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	36123024	rs1397423	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=578;SC=CAGTTTATCAATTTTTAAACA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=36123032;WS=36123014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	36130099	rs6148397	T	TACACAC,TACAC	527.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9,9;NR=0,0;PP=184,72;SC=GTCTATATTATACACACACAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9,9;WE=36130107;WS=36130089;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr4	36130375	rs5857473	TA	T	762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=33;PP=474;ReadPosRankSum=0.969;SC=AACCTTTGTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.662;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=33;WE=36130383;WS=36130362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr4	36149025	rs1567483	G	A	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=54;PP=1617;SC=TTAAAACACTGTAATAAACAC;SOR=1.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=80;WE=36149033;WS=36149015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	36149113	rs1567484	C	T	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=16;PP=1261;SC=AAGGCTATCACTATTGTATGC;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=36149121;WS=36149103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	36160340	rs1546495	G	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=16;PP=1141;SC=CTAAAAAGAAGAGAAAAAATA;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=62;WE=36160348;WS=36160330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	36160603	rs17457286	G	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=161;SC=ATTTACCAAAGAATAATTACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=36160611;WS=36160593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	36162273	rs11431961	C	CA	99.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=19.97;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	36162923	rs2271330	G	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=385;SC=TTCTCAAAGAGTTACTACTAT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=36162931;WS=36162918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	36211914	rs4394022	C	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=599;SC=GTGTGTGTGGCGGTGGAGTGG;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=36211922;WS=36211904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	36258197	rs7686575	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=645;SC=CTCACTTCCTTGCTTGTTCGC;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=36258205;WS=36258187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	36261377	.	T	A	33	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=33;QD=22.5904041824;SC=CTTCATTTTTTAAAAAATATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=36261385;WS=36261367;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	36283313	rs7695130	A	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=751;SC=TAACAATCACAAAGTTTGAAT;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=36283321;WS=36283303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	36285929	rs6824507	A	C	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=34;PP=1993;SC=ATGGACGTGTACTGGGGCAAG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=36285937;WS=36285919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	36292018	rs1995319	T	A	3697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=49;PP=2106;SC=CTGAGTGATGTTACTGGCCCC;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=121;WE=36292026;WS=36292008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	36317970	rs9995922	T	C	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=59;PP=2088;SC=GAAACTATAGTTGCCCTCATT;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=108;WE=36317978;WS=36317960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	36340891	rs56246836	T	C	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=59;PP=1796;SC=AGAAAGTGACTTTCCAATCAA;SOR=2.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=73;WE=36340899;WS=36340881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	37243756	rs144889108	TA	T	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=466;SC=TAATCGGATATAAAAAAAACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=21;WE=37243764;WS=37243746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	37246639	rs892826	C	T	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=4;PP=395;SC=GGCAGGAACCCGAGGAGCAGG;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=37246647;WS=37246629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	37247021	rs892825	C	T	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=279;SC=CCCTCGCTGGCCGGTTTTGCC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=37247029;WS=37247011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	37590570	rs2279994	G	A	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=67;PP=2428;SC=TGTGATGAGCGTGGGGTCACT;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=135;WE=37590578;WS=37590560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	37592128	rs2973275	G	A	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=73;PP=2619;SC=TGTGCTGCTGGCCTCAGAAGG;SOR=0.915;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=140;WE=37592136;WS=37592118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	37592674	rs937941	T	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=31;PP=762;SC=AGCATGCAGATGCATTTGCTC;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=37592682;WS=37592664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	37666995	rs1221653	T	C	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=94;PP=2965;SC=CAGAAGTTTCTAGTTTGCAAA;SOR=1.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=51;TCR=94;TR=145;WE=37667003;WS=37666985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	37828175	rs2059484	T	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=463;SC=TCCCACCCCCTGCAGCGCACC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=37828194;WS=37828172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	37828186	rs2059483	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=587;SC=GCAGCGCACCCGCAAACGGCA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=37828194;WS=37828172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	37831850	rs2911907	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=269;SC=ACATGTCTTACCAGCTTGGCT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=37831858;WS=37831840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	37850312	rs35704131	TG	T	1550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=1349;SC=AATAATATTTTGAAATGTTCT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=32;WE=37850320;WS=37850302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	37857106	rs6531590	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=261;SC=ATTTCCTCCAGAATGTTTTTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=37857114;WS=37857096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	37857166	rs6842360	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=8;PP=828;SC=CTTATGCAAGAGAAGATATTG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=37857174;WS=37857156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	37863013	rs28402184	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=706;SC=CTTTTTTTTCCTATTTAGTCC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=37863021;WS=37863003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	37863045	rs3832307	AT	A	2728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=19;PP=1575;SC=TTATATTTTCATTGTCACTTG;SOR=1.498;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=39;WE=37863053;WS=37863035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	37863066	.	G	A	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=32;PP=1597;SC=GTCAATGGGGGGAGCATTTAA;SOR=1.190;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=87;WE=37863074;WS=37863056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	37903756	rs2279027	T	C	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=40;PP=1875;SC=ACATCTGCTTTCTAACGAGGT;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=37903764;WS=37903746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	37922416	rs60244784	A	T	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.90;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	37922423	rs36075899	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.45;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	37953481	rs3796713	C	G	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=13;PP=1542;SC=CATTCAGATACAATTTTTAGC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=67;WE=37953489;WS=37953471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	37962186	rs6811863	G	C	5587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=68;PP=2965;SC=GTTTTAACACGACGTTTTGGC;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=175;WE=37962194;WS=37962176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	38016395	rs10501	T	G	4663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=90;PP=2965;SC=CAGGAGCCTGTGCGCAGGCCC;SOR=1.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=57;TCR=90;TR=147;WE=38016403;WS=38016385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	38022087	rs10015663	A	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=10;PP=894;SC=CAACAAGAGTAAAATTCCATC;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=38022095;WS=38022077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	38023302	rs34119528	C	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=21;PP=799;SC=AGGGCTGCCCCCTGCAAAGCC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=38023310;WS=38023292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	38047545	rs6845120	A	G	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=114;PP=2965;SC=TTCTCTTTATACGACACCCTG;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=99;TCR=114;TR=213;WE=38047553;WS=38047535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr4	38053788	rs58659939	CTGTGTGTGTG	C	931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=3000;SC=AGCAGAGCCACTGTGTGTGTG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=15;WE=38053805;WS=38053778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	38062233	rs1364953	T	A	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=69;PP=2426;SC=GCCTTCTCTCTTTTTCAGAAC;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=62;TCR=69;TR=131;WE=38062241;WS=38062223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	38091800	rs2303422	A	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=466;SC=AGTTAATCACATCAGACATAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=38091808;WS=38091790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	38628475	rs337624	G	T	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.07;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	38628540	rs168086	A	G	148.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.35;QD=21.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	39046586	rs111344840	CA	C	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=239;SC=GCTGCCCGGACAGGGTCTAGG;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=39046594;WS=39046576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	39046651	rs76308346	C	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=25.29;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	39064126	rs2711942	G	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=9;PP=1269;SC=AGTAATTGTAGATATATATAT;SOR=2.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=55;WE=39064134;WS=39064116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	39064162	rs2711941	A	C	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=29;PP=2022;SC=TCCTTTACATATTTTTGTTGT;SOR=1.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=106;WE=39064170;WS=39064152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	39065091	rs2711940	G	A	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=98;SC=GAAAGGTTTTGCAAAGAGATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=39065099;WS=39065081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	39094738	rs2566149	G	A	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=70;PP=2710;SC=CCATCAACTGGTGAATGGATA;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=85;TCR=70;TR=155;WE=39094746;WS=39094728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	39104837	rs35745478	CTG	C	400.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=321;SC=ATTTTTGTATCTGTAATTTCA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=39104846;WS=39104827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	39109399	rs12508577	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=385;SC=CACCAAATTTATTAAGCTATA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=39109407;WS=39109389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	39114929	rs3796510	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=324;SC=TTTGGAGAACGTGTTGGAGAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=39114937;WS=39114919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	39114945	rs3839126	A	AG	296.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=366;SC=GAGAATTGGAAGGGAAAGTCG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=39114953;WS=39114935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	39116775	rs10026775	A	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=18;PP=1048;SC=AAATTTTCTTACAGATATGAT;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=39116783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	39116911	rs3733276	T	C	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=72;PP=2546;SC=ACCTTAATACTGTGGAGGCTT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=161;WE=39116919;WS=39116901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	39117103	rs3733277	G	A	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=299;SC=AAGAGGCAATGTTTAATTTTA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=39117111;WS=39117093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	39122577	rs3733274	A	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=24;PP=1137;SC=CTGGCATAGTAGTGTTGACAT;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=39122585;WS=39122567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	39122697	rs3733275	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=375;SC=TTTAGTGCCCCGTTTTCTACA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=39122705;WS=39122687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	39128101	rs7694760	A	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=0;PP=401;SC=CCGTATTGACAGATGTGGGTA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=39128109;WS=39128095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	39187522	rs6839511	G	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.49;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr4	39205365	rs1451817	C	T	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=123;PP=2965;SC=ATCAAATCCACGTGCAAATCA;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=83;TCR=123;TR=206;WE=39205373;WS=39205355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr4	39217352	rs3733287	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=285;SC=CTAGTAAGGAAAATATTTGAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=39217360;WS=39217342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	39242111	rs9998591	C	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=159;SC=TAGTTAAATCCTTTTAAAACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=39242119;WS=39242101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	39279907	rs2276888	A	G	5544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=119;PP=2965;SC=CTTCCGAAGCATTCTTCTATT;SOR=1.431;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=70;TCR=119;TR=189;WE=39279915;WS=39279897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr4	39302029	rs2066786	T	C	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=37;PP=857;SC=CAACATCAAATGGGCCCTGAA;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=54;WE=39302037;WS=39302019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	39308187	rs2066789	G	A	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=5;PP=398;SC=TTATCTGTCCGACCACACTGT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=39308195;WS=39308177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	39343940	rs2306596	C	A	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=53;PP=2806;SC=CACACGGCATCTCATATACCA;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=150;WE=39343948;WS=39343930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	39352910	rs11729890	T	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=148;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=135;SC=AAAAAACTTATAAGAACTGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=39352918;WS=39352900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	39353122	rs4975007	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=20;PP=649;SC=AGGAGATTCACGAATAAACAT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=39353130;WS=39353112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	39448542	rs7685429	C	G	5168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=94;NR=90;PP=2965;SC=AGTTCAGGCCCTCACAGCGCG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=184;WE=39448550;WS=39448532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	39450229	rs4975017	C	A	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=68;PP=2150;SC=TTTTCAAAGGCAGAAGAGAAG;SOR=1.568;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=105;WE=39450237;WS=39450219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	39456392	rs1463478	G	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=583;SC=AATTTAAAAAGCTAATCAAAT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=39456400;WS=39456382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	39457870	rs3216720	T	TG	1575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=1212;SC=CACCAACAGTTTAAGTGTAAT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=39457878;WS=39457860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	39458051	rs2125313	A	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=27;PP=1557;SC=CCCTGCGGATATATTTTTCAC;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=39458059;WS=39458041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	39459724	rs2687958	T	C	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=38;PP=1601;SC=CACTGAACCTTAATTCGAAAA;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=39459732;WS=39459714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	39460490	rs2276890	C	G	5236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=104;NR=72;PP=2965;SC=AGTACCCCCACGAGCACAGAA;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=104;TCR=73;TR=176;WE=39460498;WS=39460480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	39472842	rs2125314	T	A	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=80;PP=2690;SC=TAATTTGTGCTTTTCTTCCTA;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=164;WE=39472850;WS=39472832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	39478848	.	T	TA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr4	39510122	rs11735116	G	T	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=11;PP=1335;SC=CTAAAGTGCTGCGATTACAGG;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=39510130;WS=39510112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	39528752	rs4975020	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=752;SC=AAGCCCCAAAGAGACGAAGGT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=39528760;WS=39528742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	39700173	rs1055582	C	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=274;SC=CGCCGCCTTCCCCTCCCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=39700181;WS=39700163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	39747536	rs302931	A	G	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=200;SC=AGCTTTATGAATTGCTTACTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=39747544;WS=39747526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	39757480	rs11389468	A	AT	554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=318;SC=CAGTAACTTTAAAAGTCTCTT;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=39757488;WS=39757470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	39827804	rs374518376	GTT	G	598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.03;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr4	39864448	rs4547806	G	A	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=137;SC=TGGATACATTGACAAAATATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=39864456;WS=39864438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	39871117	rs34039605	G	GA	405.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=248;ReadPosRankSum=2.166;SC=CTATTAGCATGAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=39871125;WS=39871107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr4	39910172	rs35396203	GA	G	1758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=53;PP=1225;SC=TGTAATAAGAGAAAAAAAACT;SOR=3.293;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=54;WE=39910180;WS=39910162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr4	39918636	rs10001599	A	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	39921942	rs28449663	A	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	39929853	rs149442914	TA	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr4	40045687	rs17585937	C	T	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=31;PP=1000;SC=ACATTGCGGGCCACATTAGCG;SOR=1.127;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=56;WE=40045695;WS=40045677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	40045727	rs1704151	T	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=660;SC=CTGGATGGCGTTCGGCGTCTT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=40045735;WS=40045717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	40108750	rs1704154	C	T	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=133;SC=GACAGGGTCTCGCTGTGTTGC;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=40108758;WS=40108740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	40121562	rs794001	G	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=182;SC=CCCAAGAGACGATGAAGATAT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=40121570;WS=40121552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	40245208	rs200579964	A	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=70;PP=2552;SC=CTTCAGAAGCATCCGGCCCCT;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=77;TCR=70;TR=147;WE=40245216;WS=40245198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	40428010	rs278981	T	C	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=37;PP=1300;SC=CCTCCATACATGGCGGCCGCG;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=84;WE=40428018;WS=40428000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	40438576	rs2307046	A	G	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=120;PP=2965;SC=ATATACCACGACCAGCAGAAT;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=88;TCR=120;TR=208;WE=40438584;WS=40438566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr4	40438931	rs12503550	T	C	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	40440215	rs2291580	T	C	10392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=185;PP=2965;SC=CGATCTCAGGTTCGGCCCAGT;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=167;TCR=186;TR=351;WE=40440223;WS=40440205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr4	40440854	rs1052153	G	C	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=97;PP=2379;SC=GCACCTTGGCGGAGGACCCGG;SOR=2.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=37;TCR=97;TR=134;WE=40440862;WS=40440844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	40895552	rs6447505	G	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=356;SC=GCTTCATTATGTTCAATCATC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=40895560;WS=40895542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	40937219	rs5857759	GA	G	201.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=1.743;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr4	41015823	rs2292234	G	A	6345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.270;SC=GCAGCAAATCGCCATTCCCAA;SOR=0.227;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=219;TCF=117;TCR=102;TR=218;WE=41015831;WS=41015813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr4	41015899	rs4861358	C	T	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=74;PP=2605;SC=GTGATTGCCTCGGTTCTGCTC;SOR=0.952;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=139;WE=41015907;WS=41015889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr4	41362806	rs183521603	A	G	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=16;PP=976;SC=TGCGGCGGCGACGGCGGCGGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=41362814;WS=41362796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	41363037	rs114496893	T	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=31;PP=744;SC=GGTCCAGCCTTGCCTCCCCCC;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=41363045;WS=41363027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	41496734	rs78259276	C	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=354;SC=CAGTTTGAATCTGAAACTCAA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=41496742;WS=41496724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	41526250	rs10014221	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=638;SC=CCAACTTGATGTTGGCAAAGC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=41526258;WS=41526240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	41526503	rs4266323	C	T	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=111;PP=2965;SC=CTGGTGAGTACGTGGAATTGA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=75;TCR=111;TR=186;WE=41526511;WS=41526493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	41607754	rs11943304	T	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=510;SC=TTAAAGTGATTTTACATTTAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=41607762;WS=41607747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	41611575	rs1105886	A	G	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=55;PP=2436;SC=AATGTTGAGCAGTAAAAGAGA;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=87;TCR=55;TR=142;WE=41611583;WS=41611565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	41615249	rs66955637	A	AT	540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=564;SC=TTATTTGGGGATTTTTTTAAA;SOR=1.127;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=20;WE=41615257;WS=41615239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	41615690	rs13146318	T	A	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=913;SC=TAGGTTGGAGTCTTAATAAAC;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=41615698;WS=41615680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	41629036	rs5857808	G	GGTGT	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.588;QD=39.11;ReadPosRankSum=0.681;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr4	41640878	rs6836918	C	T	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=39;PP=2197;SC=CCGGCAGTTTCTATTTCCAGC;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=113;WE=41640886;WS=41640868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	41646651	rs2304647	G	C	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=41;PP=1501;SC=GATGTGAGTTGTGGCCAAGGC;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=82;WE=41646659;WS=41646641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	41652293	rs2289338	C	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=329;SC=CCTCTTCCTTCATTGGACTCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=41652301;WS=41652283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	41652442	rs16853408	G	A	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=27;PP=1475;SC=ATGGAGAGACGGTTCATAGAG;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=83;WE=41652450;WS=41652432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	41663621	rs17528897	G	A	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=53;PP=1518;SC=TGAGCCACAGGAAAGTAGTAA;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=70;WE=41663629;WS=41663611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	41663833	rs113749170	G	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	41668465	rs17444537	C	A	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=1;PP=1038;SC=TAAATGTTAACTGTTTGAACT;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=41668473;WS=41668455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	41673604	rs11734372	T	C	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=27;PP=746;SC=TCACCTGTTATGACACCTGTA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=58;WE=41673612;WS=41673594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	41683212	rs6816179	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=397;SC=CACGTCAGCTACTGTGTGGCC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=41683220;WS=41683202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	41687911	rs2304652	A	G	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=31;PP=915;SC=GTTAGAAGGGAGAAGAATGAA;SOR=2.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=41;WE=41687919;WS=41687901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	41689974	rs1371297	A	G	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=28;PP=960;SC=CTGCTTTGTTATGACTAGAGC;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=41689982;WS=41689964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	41691601	rs1061597	T	C	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=112;NR=75;PP=2841;SC=GTAAAGGAGCTGCAATGATCA;SOR=1.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=187;WE=41691609;WS=41691591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	41748511	rs2196822	T	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=304;SC=CGCTTCTTATTGCTGTGCATT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=41748519;WS=41748501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	41749265	rs28647582	T	C	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=144;SC=TAGGTCCTTCTCACTCGAGGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=41749273;WS=41749256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	41749668	rs6811325	C	T	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=106;PP=2965;SC=TACCTACACCCGCGCGAGAGA;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=79;TCR=106;TR=185;WE=41749676;WS=41749658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	41984118	rs2660320	C	T	8530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=140;PP=2965;SC=GCATCATCAGCCTGCGAACTC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=154;TCR=140;TR=294;WE=41984126;WS=41984108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr4	41985101	rs2660332	A	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=654;SC=CGTGTTGTATATAGATCGCAT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=41985109;WS=41985091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	41992677	rs2581434	C	G	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=28;PP=1228;SC=GGATGTTACCCGGCTTGGCCG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=41992685;WS=41992667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	42003671	rs1047626	A	G	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=47;PP=2037;SC=CTTTTCAAACATGGTTCCCTG;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=124;WE=42003679;WS=42003661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	42003835	rs2581453	C	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=688;SC=TTTCTGTATACTGGAATAGTT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=42003843;WS=42003825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	42020142	rs2581423	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=13;PP=457;SC=AGGTATAGGCACAGAACTCAA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=42020150;WS=42020132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	42020347	rs2581422	A	G	108.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=89;SC=ATTCTCTTACATATAAACTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=42020355;WS=42020337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	42022464	rs15857	C	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=19;PP=724;SC=GGGAGTATGGCTCAAAGTACA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=40;WE=42022472;WS=42022454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	42024982	rs13107768	A	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=379;SC=AAAAGTGCAAACCAAATTTTG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=42024990;WS=42024972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	42025049	rs3213766	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=199;SC=CTTTTTAAAAACAATATTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=42025057;WS=42025039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	42025207	rs3213767	A	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=586;SC=ATGTTTCTCCAAAAGCACCTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=42025215;WS=42025197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	42040947	rs12641900	C	T	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=55;NR=25;PP=1172;SC=CCACCAGTTACAGTGCTTCTC;SOR=1.204;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=80;WE=42040955;WS=42040937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	42051257	rs7684837	A	G	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=179;SC=TGTTGGCATTATAGGTGTGAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=42051265;WS=42051247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	42051608	rs4241696	T	G	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=82;SC=GCTTGTGGGATAAAATAAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=42051616;WS=42051598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	42065269	rs3804190	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=300;SC=GTAGGGTTATATATCTATAGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=42065277;WS=42065259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	42069029	rs12643893	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=633;SC=TGGATACTTATTAAAATGTTA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=42069037;WS=42069019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	42069331	rs11409064	C	CA	325.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=343;SC=ATGTTAATTCCTACTAATCAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=42069339;WS=42069321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	42088040	rs76028528	T	A	32.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	42400128	.	G	C	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=58;PP=2554;SC=CTGGGGCCCGGCGGGCGCCCA;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=142;WE=42400136;WS=42400118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	42402992	rs66671329	A	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=11;PP=725;SC=GGAGATCCTCATCTGAGCATC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=42403000;WS=42402982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	42403561	rs55934419	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=353;SC=AAATTTCCCTTGTAACTGATC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=42403569;WS=42403551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	42466641	rs12647640	C	T	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=136;SC=GAAAACGTCTCCATAAAGAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=42466649;WS=42466631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	42557859	rs145505019	C	CTAAA	32.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=45;SC=AACTAACTAACTAAATAAATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=42557867;WS=42557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	42576522	rs2290869	C	T	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=48;PP=2486;ReadPosRankSum=-0.700;SC=GCTTTTCAGACTAAAAAAAAC;SOR=0.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=143;WE=42576530;WS=42576512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr4	42582047	rs6447171	A	C	283.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=290;SC=ATGATTTAGCAATCTATACTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=42582055;WS=42582037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	42602606	rs6819419	A	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=399;SC=ATGAAATAATAATTTTAAACG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=42602614;WS=42602596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	42627805	rs1460358	A	C	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=247;SC=TCTGTTACTAACATATAAAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=42627813;WS=42627795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	42639186	rs898500	A	G	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=41;PP=1642;SC=TTTTCTGATCAACATGGAATG;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=98;WE=42639194;WS=42639176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	42659028	rs12503784	T	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=266;SC=AGGGCAGAGCTGCCGCCGGGC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=42659036;WS=42659018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	42965159	rs10213360	A	C	6196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=137;PP=2965;SC=GGGGTAAGTAAGCTGCCCAGG;SOR=1.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=99;TCR=137;TR=235;WE=42965167;WS=42965149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr4	43022200	rs74380365	G	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=152;SC=AGAGTATGTGGCAGTAAGGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=43022208;WS=43022190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	44652187	rs1113098	C	G	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=113;SC=TATTTACAAACATCAAATGAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=44652195;WS=44652177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	44682465	rs6447368	T	C	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=469;SC=TAGGAAAAACTTGACATGTCT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=44682473;WS=44682455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	44684455	rs13117025	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=511;SC=AACAGTGTTGCTATTTCACTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=44684463;WS=44684445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	44684507	rs9291245	C	T	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=181;SC=TTGTACTATTCATTATATGAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=44684515;WS=44684497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	44685224	rs112232487	T	TA	502.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	44685225	rs58659516	T	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	44690320	rs1491304	A	T	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=75;SC=GTTTATAATTACATATGTGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=44690328;WS=44690310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	44696538	rs12641137	C	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=402;SC=CAAGTAAGTTCAATAGAAACT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=44696546;WS=44696528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	44699484	rs6851576	T	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=21;PP=914;SC=TTGTATTTATTCTACTTTATA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=44699492;WS=44699474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	44699506	rs6821295	C	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=23;PP=834;SC=CTTTTATGGGCTTTAAATCAA;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=44699514;WS=44699496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	44700453	rs1547526	G	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=79;SC=TCTGCCTTATGGATAATAATT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=44700461;WS=44700443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	44709695	rs1491302	C	T	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=202;SC=GAGATTTAACCCCACAGTCAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=44709703;WS=44709688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	44712908	rs3749582	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=10;PP=563;SC=GCATCATAACTCCTCCAAAAT;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=44712916;WS=44712898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	44713235	rs1124828	A	G	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=565;SC=GAACAAAAAAAAAATCACCTT;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=44713243;WS=44713225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	44719048	rs1873522	A	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=259;SC=TACATTACACAATGGGAAGAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=44719056;WS=44719038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	44720248	rs3792705	T	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=346;SC=CAAATATACTTGTATTCTAAA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=44720256;WS=44720238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	47033770	rs72416056	TCG	T	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=3.837;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=729;ReadPosRankSum=3.092;SC=TTGTTGAATCTCGCTCTCTCT;SOR=1.206;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=25;WE=47033779;WS=47033758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chr4	47034075	rs45460902	G	A	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	47034136	.	A	C	203	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=111;MMLQ=26;MQ=54.25;NF=0;NR=8;PP=203;QD=29.7214015684;SC=AGCGTGCACTATACCCTGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=47034144;WS=47034126;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	47034626	rs41309288	C	G	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=52;PP=1968;SC=CACTCCGCACCCGCTCCCCGC;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=118;WE=47034634;WS=47034616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	47322190	rs4482737	T	C	5270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=75;PP=2965;SC=AAGATATCCATTGGATGAGCA;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=105;TCR=75;TR=180;WE=47322198;WS=47322180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr4	47322219	rs6284	C	A	5519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=89;PP=2965;SC=CCCTGGAGATCGAAAGTTGTG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=99;TCR=89;TR=188;WE=47322227;WS=47322209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	47427970	.	C	T	7541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=130;PP=2965;SC=CAAGTGGTCCCGAATGTTTTT;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=130;TCR=130;TR=260;WE=47427978;WS=47427960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr4	47524961	rs12509973	T	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	47525009	rs5858076	T	A	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	47538360	rs13152689	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=0;PP=825;SC=CCAACCAAAATGAATACTCTC;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=47538368;WS=47538351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	47560015	rs34169638	A	G	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=75;PP=2965;SC=TTGGCCTGCAACCTGTGTTAT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=159;WE=47560023;WS=47560005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr4	47560163	rs11729411	C	A	10127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=209;NR=158;PP=2965;SC=TCCTACACATCCTGCCCTTTG;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=210;TCR=158;TR=367;WE=47560171;WS=47560153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr4	47562802	rs34470690	G	GC	956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=1107;SC=AGTTTGGGAAGCTAGTGTCCA;SOR=5.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=25;WE=47562810;WS=47562792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	47667064	rs11934749	T	C	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=49;PP=2375;SC=AGGAGGGATATGCTCGCCTGT;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=141;WE=47667072;WS=47667054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	47839929	rs2289433	C	T	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=30;PP=1802;SC=GGCTCTGCGGCAGCGCTCTTC;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=95;WE=47839937;WS=47839919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	47853843	rs6822668	T	C	6190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=75;PP=2965;SC=AGGCCACTAGTCTTTAAAATG;SOR=1.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=136;TCR=75;TR=210;WE=47853851;WS=47853833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr4	47880494	rs2289435	G	A	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=8;PP=1458;SC=TTGAAAAAACGTTTCAAGAAT;SOR=3.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=63;WE=47880502;WS=47880484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	47881191	rs9997555	C	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=578;SC=AAAATAATACCTAAAGATGCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=47881199;WS=47881181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	47886319	rs12510002	A	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.990;HP=3;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=-0.123;NF=28;NR=7;PP=666;ReadPosRankSum=0.668;SC=AGCTATGTCAAAAGTTTTTTG;SOR=2.857;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=35;WE=47886337;WS=47886309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr4	47887536	rs2053404	T	C	7700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=0.012;SC=GCTTTATTAATGCTTGATCAT;SOR=0.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=172;TCR=112;TR=282;WE=47887544;WS=47887526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,292:1.00:293
chr4	47887991	rs6818556	G	A	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=44;PP=1448;SC=TCACATCTACGGTTTCTGGGC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=80;WE=47887999;WS=47887981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	47898491	rs6447592	C	T	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=26;PP=1609;SC=TCATTTGATACATTATGATAG;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=88;WE=47898499;WS=47898481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	47900186	rs145577149	CAAAT	C	1546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.57;NF=0;NR=32;PP=1522;SC=TTTTCAATCACAAATAAACAA;SOR=7.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=32;WE=47900197;WS=47900176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	47901476	rs12651301	G	A	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=89;PP=2965;SC=CACAAGCCACGGATCTAAAGG;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=92;TCR=89;TR=181;WE=47901484;WS=47901466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr4	47905158	rs2119204	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=10;PP=754;SC=TGACAAGAGCAAAACTCCATC;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=47905166;WS=47905148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	47916346	rs6826122	C	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=291;SC=TGCAGGGCGGCGACCGGGTTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=47916354;WS=47916336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	47945455	rs6819506	C	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=16;PP=486;SC=ATATATCTGTCACATAATCAC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=47945463;WS=47945437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	47951945	rs1972883	G	A	6026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=105;PP=2965;SC=TGAAATCACAGTAGTCACCAT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=101;TCR=105;TR=206;WE=47951953;WS=47951935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr4	47953515	rs3845160	A	T	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=37;PP=1047;SC=CAGAGAGAGAAGAGTTAATGT;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=47953523;WS=47953505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	47973110	rs7693648	G	A	65.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=15.441;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.328;SOR=3.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,4:0.57:7
chr4	47973119	.	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.545;SOR=3.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr4	47973185	.	TTG	T	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=78;QD=40.5;SC=ATATCTATATTTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=47973194;WS=47973175;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr4	47973234	rs7677851	T	G	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=117;SC=AAAGGAGTGGTGAGAATCTCT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=47973242;WS=47973224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	48034884	rs56001502	C	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=15;PP=870;SC=CATGTTACATCATTCTTTTTA;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=48034892;WS=48034874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	48073501	rs906486	G	T	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=62;PP=2965;SC=TGCTGGGACTGCCAACCTTCA;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=163;WE=48073509;WS=48073491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	48078593	rs6850108	C	A	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=61;PP=1800;SC=TCTGTGTGTACCGCCAAGTCA;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=108;WE=48078601;WS=48078583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	48081896	rs11358014	CA	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,11:0.17:64
chr4	48082208	rs2352590	T	C	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=47;PP=1522;SC=TGTTTGAACATAACTGGTAGT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=48082216;WS=48082198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	48088419	rs6833403	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=5;PP=1139;SC=GCCTCCAAAGCTCATGTTGTT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=48088427;WS=48088409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	48088446	rs6858664	A	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=14;PP=1628;SC=ACACCAGGGCATGGTATGATA;SOR=2.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=67;TCR=14;TR=80;WE=48088454;WS=48088436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	48139306	rs3062021	ATTAT	A	2134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.44;NF=35;NR=6;PP=2000;SC=CTAGAAGCAAATTATTTATGT;SOR=3.702;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=41;WE=48139317;WS=48139296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	48139565	rs2661529	C	A	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=67;PP=2126;SC=ATCCATTCCACAAAACCTCTC;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=108;WE=48139573;WS=48139555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	48147612	rs2661547	T	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=41;PP=1181;SC=GGACAGAAAGTGAAAGTGTTC;SOR=2.522;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=53;WE=48147620;WS=48147602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	48158524	rs882715	G	A	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=195;SC=CTAGAAACTGGATTTGTCAGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=48158532;WS=48158514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	48165834	rs13104849	T	C	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=602;SC=TGGGAGGTTATTGAAAGAAAG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=48165843;WS=48165824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	48165835	rs139629025	T	TGAAA	817.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5977;FS=3.349;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.463;NF=1;NR=14;PP=745;ReadPosRankSum=0.710;SC=GGGAGGTTATTGAAAGAAAGA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=48165843;WS=48165824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr4	48165888	rs139950746	CTTA	C	303.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=7;PP=240;SC=TTGCTTAAAGCTTATTATAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=48165898;WS=48165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	48169769	rs7689953	A	G	7786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=108;PP=2965;SC=CCCACTGCATATCACACACAT;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=154;TCR=108;TR=262;WE=48169777;WS=48169759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr4	48170669	rs2243840	A	G	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=35;PP=950;SC=ACAAAAACAGATTAAAATGCT;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=60;WE=48170677;WS=48170659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	48172218	rs2271174	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=13;PP=680;SC=ACCAATAATACGTTCATTCTA;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=48172226;WS=48172208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	48172266	rs2271173	G	A	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=25;PP=937;SC=AATACTTACTGCTCTCAAAAA;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=53;WE=48172274;WS=48172256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	48173547	rs7669393	A	G	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=37;PP=1209;SC=TTGGTACTACAGACACCAATA;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=48173555;WS=48173537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	48177954	rs7696271	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=1026;SC=AAAGACTTAAACAGTTCATGA;SOR=3.467;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=48177962;WS=48177944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	48178003	rs11282767	A	AAATCAGCC	3105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=12;PP=2900;SC=ATGAACCTACAAATCAGCCAG;SOR=2.810;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=52;WE=48178011;WS=48177993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	48178064	rs45598338	C	A	7371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=104;PP=2965;SC=TGACTAAGCCCAGCACTGCAC;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=143;TCR=104;TR=246;WE=48178072;WS=48178054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr4	48372085	rs1466631	T	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=569;SC=ATATTGAGCATTGTGTTTTTA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=48372093;WS=48372075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	48384499	rs6816010	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=898;ReadPosRankSum=-1.024;SC=CTTTGAATTTTTCAGTGATAA;SOR=0.919;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=43;WE=48384507;WS=48384489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr4	48396496	rs4694894	C	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=377;SC=TTCTTTGATACATTTTTAAGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=48396504;WS=48396487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	48424266	.	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.647;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=287;ReadPosRankSum=0.250;SC=AGCACTTTAATGACATTTAAC;SOR=1.220;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=17;WE=48424274;WS=48424256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr4	48492434	rs10008444	G	C	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GCTGGCAGCAGCGCGGCAGGG;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=87;WE=48492442;WS=48492423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr4	48492769	rs74929644	A	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	48493237	rs79858408	G	A	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=49;SC=TCGCCACGGAGCCCGGAGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=48493245;WS=48493227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	48493388	rs7340880	T	C	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	48516970	rs7434721	C	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=323;SC=TAAACTGAAACAGAGGGGCAC;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=48516978;WS=48516960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	48529683	rs11356838	TA	T	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.04;MQRankSum=0.856;QD=15.40;ReadPosRankSum=-1.663;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr4	48529733	rs4695385	G	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=598;SC=TGCGTATGAGGTATCAGTACC;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=48529741;WS=48529723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	48533148	rs6855022	C	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=525;SC=AGTAGAGTAACTTCATCAATT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=48533156;WS=48533138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	48537603	rs3838234	T	TAC	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	48537633	rs3838233	T	C	295.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=585;ReadPosRankSum=1.354;SC=CACACACACATATATATATAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=27;WE=48537641;WS=48537623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr4	48541973	rs17656010	A	G	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=42;PP=1802;SC=ACCTTTCAGCATAACATTTGC;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=108;WE=48541981;WS=48541963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	48558882	rs4694898	C	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=527;SC=GTCTTCATCCCGGCCCTTGCC;SOR=4.615;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=18;WE=48558890;WS=48558874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	48573028	rs1507865	T	C	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=28;PP=1048;SC=TCTGGGCTCATTGAAGTTATT;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=48573036;WS=48573018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	48577121	rs28558226	C	T	6736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=109;PP=2965;SC=AAAAAATGTACGAACATAGTT;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=126;TCR=109;TR=235;WE=48577129;WS=48577100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr4	48582836	rs4695390	A	T	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=30;PP=2214;SC=TGTGTCTGTCATAAGTCTCAA;SOR=1.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=110;WE=48582844;WS=48582826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	48582909	rs4695391	G	A	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=77;PP=2543;SC=GATGTATGAAGCTCTCAAGAA;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=153;WE=48582917;WS=48582899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	48596195	rs78630567	TTATAAG	T	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=544;SC=AAATACATGATTATAAGTATA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=48596208;WS=48596185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	48607938	rs2940319	T	C	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=85;SC=GAACACTCTGTCATTTTACCA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=48607946;WS=48607928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	48611153	rs776603	A	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=280;SC=CCTAATACATATGAAAATTCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=48611161;WS=48611143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	48625213	.	C	A	120	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=11;HapScore=3;MGOF=46;MMLQ=24;MQ=56.8;NF=2;NR=9;PP=120;QD=14.0701102316;SC=TTAAAAAAAACAAACATTAAA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=11;WE=48625221;WS=48625202;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr4	48636595	rs796555	C	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=348;SC=TGTAAGCTGCCTCTAACCCTC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=48636603;WS=48636585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	48655635	rs776580	T	A	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=20;PP=1055;SC=AACAGCTTTTTATCTATTTGG;SOR=1.366;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=60;WE=48655643;WS=48655625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	48834896	rs4694906	C	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=244;SC=TTATTTTGCACTGGGCCCAGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=48834904;WS=48834886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	48851919	.	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.261;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=458;ReadPosRankSum=-0.129;SC=ACTTTTGTCTGAAAGGCACAT;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=27;WE=48851927;WS=48851909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr4	52714354	rs10673605	A	ATTTC	1091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,32:0.27:117
chr4	52714511	rs6851073	C	G	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=80;PP=2555;SC=CCTACCTGCACAAGGTTAAGG;SOR=2.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=33;TCR=80;TR=113;WE=52714519;WS=52714501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	52744120	.	GGT	G	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.77;NF=0;NR=6;PP=62;QD=11.6666666667;SC=TTCAAATTTGGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=52744129;WS=52744110;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,6:0.50:12
chr4	52744145	rs3215145	T	TAGAC	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=251;SC=GTGTCCCTGTTAGAGGGAGAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=52744153;WS=52744135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	52752812	rs2271046	A	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=22;PP=672;SC=AACGTGAGTCAAACTTACTGA;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=52752820;WS=52752802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	52753273	.	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.488;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr4	52765720	rs2271045	T	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TTGATTCTGGTCAAACATTCT;SOR=0.465;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=52765728;WS=52765710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr4	52896050	rs225170	A	G	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=879;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACACAAGTCCACTGTTGGTAG;SOR=1.064;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=43;WE=52896058;WS=52896040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,46:0.71:65
chr4	52927113	rs999634	C	A	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.183;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=60;PP=1717;ReadPosRankSum=-3.032;SC=TGAGATAAAACGAATCAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=150;TCF=60;TCR=90;TR=95;WE=52927121;WS=52927103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,102:0.63:161
chr4	52927229	rs784944	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=0.972;SC=TTGAACAGGTAGAGATCAGAC;SOR=0.382;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=16;WE=52927237;WS=52927219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr4	52938243	rs3860707	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=4.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,43:0.26:168
chr4	52942779	rs55839120	G	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=0.736;SC=CAGAAGTCTGGTACCAGATGC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=52942787;WS=52942772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr4	52945207	rs12641673	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr4	52945799	rs7689145	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=0;PP=842;SC=CTTTAACTTGCTTTGGCTCAC;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=52945807;WS=52945789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	52946161	rs7657148	A	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=45;PP=1291;SC=AAACAATTTAAGGAAAAGAAC;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=46;WE=52946169;WS=52946151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr4	53525153	.	G	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.872;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=274;ReadPosRankSum=1.107;SC=CTCGGGGGCCGGGAACTTCTG;SOR=1.503;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=18;WE=53525161;WS=53525143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
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chr4	53822267	rs79997025	CAAG	C	6226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.584;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.803;NF=46;NR=50;PP=2964;ReadPosRankSum=1.968;SC=AGATGCAACACAAGGAGCCTT;SOR=1.005;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=180;TCF=82;TCR=98;TR=96;WE=53822277;WS=53822257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,161:0.56:290
chr4	54011424	rs4864727	C	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=325;ReadPosRankSum=-1.586;SC=CCTCCTCTTCCCAAAACAGTA;SOR=0.218;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=23;WE=54011432;WS=54011414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr4	54011526	rs7675987	A	G	4963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.598;SC=CAAAGGTGACAATCCAGATTC;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=358;TCF=200;TCR=158;TR=229;WE=54011534;WS=54011516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,239:0.64:373
chr4	54139975	rs150594118	GT	G	1274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.649;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,50:0.27:184
chr4	54245476	rs1471596	A	T	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=124;SC=GGTTGTGTGAAACAATGGTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=54245484;WS=54245466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	54250189	rs10012853	T	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TCATCATGAATATACTTCTTT;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=54250197;WS=54250179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	54257131	rs10517296	A	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr4	54292004	rs35792361	G	A	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1500;ReadPosRankSum=-1.240;SC=CATCTAATTAGGTGAAACTGA;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=89;WE=54292012;WS=54291994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,94:0.77:122
chr4	54310188	rs11722866	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=440;ReadPosRankSum=0.038;SC=TGTACCAGACATAAAAATATA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=37;WE=54310196;WS=54310178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,46:0.61:76
chr4	54310281	rs11723755	T	G	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.916;NF=33;NR=33;PP=789;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GTAAGTAGTATTATTTAGATG;SOR=0.620;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=66;WE=54310289;WS=54310271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,77:0.71:108
chr4	54310340	rs59279367	TA	T	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.096;NF=0;NR=18;PP=529;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TTTAAAGCAATAAAAACGTGT;SOR=0.904;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=18;WE=54310348;WS=54310330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr4	54319247	rs143671659	CAG	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=-1.775;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,11:0.10:112
chr4	54324812	rs191202834	A	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=924;ReadPosRankSum=-1.378;SC=TTTCTATTTCAATTTCAGCGA;SOR=0.454;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=214;TCF=129;TCR=85;TR=67;WE=54324820;WS=54324802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,71:0.32:225
chr4	54327235	rs3811785	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=33;PP=627;ReadPosRankSum=1.450;SC=AAACAAGATATGATTAGTATT;SOR=1.445;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=40;WE=54327243;WS=54327225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr4	54327584	rs3765158	A	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=14;PP=1028;ReadPosRankSum=-2.009;SC=AGTATTTTTGATTAGTCATTA;SOR=0.501;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=58;WE=54327592;WS=54327574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr4	54362150	rs6836800	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=235;ReadPosRankSum=0.933;SC=GCTCATGTCCGGGGTTTCTGA;SOR=0.094;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=13;WE=54362158;WS=54362140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr4	54362676	rs2271559	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CTGCTCTCCCACCTCATCCTG;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=10;WE=54362684;WS=54362666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr4	54373464	rs10021772	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=230;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TCCATCCAGCCTTATGGGGAG;SOR=1.402;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=16;WE=54373472;WS=54373454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr4	54876132	rs4437313	C	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.96;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr4	54930269	rs139920029	CAG	C	1299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=7;PP=1001;SC=CAGACGGACACAGGGGAAACG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=54930278;WS=54930259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	54966667	rs3194383	C	T	12736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=243;PP=2965;SC=GCTGCCCGTCCCGCAAGAGCG;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=437;TCF=194;TCR=243;TR=437;WE=54966675;WS=54966657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr4	54966830	rs13144341	G	A	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=76;PP=2956;SC=TCTGCTTAAGGGCCAGTTCTC;SOR=1.091;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=139;WE=54966838;WS=54966820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	54966919	rs1132998	T	C	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=78;PP=2965;SC=AGCACCACCATCACCATCATC;SOR=1.104;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=122;TCR=80;TR=199;WE=54966927;WS=54966906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	54967214	rs6554148	C	T	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=56;PP=1559;SC=TTAGTGTAACCGTAGAGTCAG;SOR=6.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=57;WE=54967222;WS=54967204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	54967709	rs2278142	C	A	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=27;PP=1378;SC=AGCACCTTGCCCGAGCCTTAC;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=54967717;WS=54967699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	55125058	rs2303430	A	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=5.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
chr4	55141055	rs1873778	A	G	10797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=209;NR=188;PP=2965;SC=CAATCAGCCCAGATGGACATG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=400;TCF=212;TCR=188;TR=397;WE=55141063;WS=55141045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr4	55146406	rs6148442	T	TTGTAGGTCCCCCAG	1717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=2900;SC=ACCTGGCACATAATCATCATC;SOR=5.283;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=19;WE=55146414;WS=55146405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	55147769	rs2291591	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=266;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GGAGTTGGCACGAGATGTCAG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=28;WE=55147787;WS=55147759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr4	55147779	.	G	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,14:0.16:88
chr4	55151711	rs2412559	C	A	7661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=157;PP=2965;SC=GGAGTGTGGACGGAGATGCTA;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=96;TCR=158;TR=253;WE=55151719;WS=55151701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr4	55151958	rs3830355	T	TA	1635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=3;PP=1547;SC=GGTGATGCTATTCAGCTACAG;SOR=4.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=55151966;WS=55151948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	55152284	rs4864872	T	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=546;SC=TTGCCCAGGTTTGAGTGCCAG;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=55152292;WS=55152274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	55153837	rs7695657	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=30;PP=888;SC=TGCTGCAGCCACCTCAAACCA;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=55153845;WS=55153827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	55156380	rs4864506	G	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=777;SC=GTAGTTTGGAGATATGTACAG;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=55156388;WS=55156370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	55156400	rs2276948	A	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=7;PP=1267;SC=GTTAAATAATAGTAAGTTCTG;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=55156408;WS=55156390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	55161180	rs180872904	C	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=541;ReadPosRankSum=0.766;SC=TCTTGCCATACTGTGCAGCCC;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=24;WE=55161188;WS=55161170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr4	55161254	rs3733540	C	T	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=40;PP=2607;SC=TAGTTCTGTGCAGGAGTTGTA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=133;WE=55161262;WS=55161244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	55161391	rs7685117	T	C	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=106;PP=2788;SC=ACATGATGGATGACATCGGCA;SOR=1.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=78;TCR=106;TR=184;WE=55161399;WS=55161381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr4	55599436	rs1008658	T	C	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=69;PP=2139;SC=TTTCCTGTGATTTTCATAATG;SOR=2.254;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=22;TCR=69;TR=91;WE=55599444;WS=55599426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	55602765	rs3733542	G	C	3803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=76;PP=2544;ReadPosRankSum=1.642;SC=TTTGGGAGCTGTTCTCTTTAG;SOR=0.578;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=249;TCF=141;TCR=108;TR=163;WE=55602773;WS=55602755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,169:0.64:264
chr4	55946081	rs4421048	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=841;SC=TGTGATGTCCAGGAGTTGGGG;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=55946089;WS=55946071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	55948108	rs2412617	A	G	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=27;PP=1585;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TCTTTTTAATATGGCTGAGTC;SOR=0.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=86;WE=55948116;WS=55948098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr4	55955232	rs1531289	T	C	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=86;PP=2241;SC=TGTAAAGAGCTGACGAGGTGA;SOR=1.410;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=48;TCR=87;TR=134;WE=55955240;WS=55955222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	55961159	rs2219471	T	C	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=100;PP=2965;SC=ACTCCTTGAATACAAAATGAG;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=78;TCR=100;TR=178;WE=55961167;WS=55961149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	55961221	rs78642104	A	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=783;ReadPosRankSum=-1.172;SC=AGATAATTGAAACTACTAAAA;SOR=0.382;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=37;WE=55961229;WS=55961211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr4	55961890	rs41279529	G	A	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=1745;ReadPosRankSum=-1.600;SC=CTCACTAAGCGTTTAATATAG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=106;WE=55961898;WS=55961880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,113:0.72:156
chr4	55962545	rs3214870	T	TG	9126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=102;PP=2936;SC=ATCATAGGTATGGACATTTCC;SOR=0.841;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=29;TCR=106;TR=131;WE=55962553;WS=55962535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr4	55964101	rs6838752	T	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=38;PP=1194;SC=CCCCCTTCACTCTCCAAATGT;SOR=4.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=55964109;WS=55964091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	55964565	rs3816584	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=429;SC=ATGGAGTTTGAGAGTGGTCCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=55964573;WS=55964555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	55972946	rs34231037	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-2.188;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,41:0.29:141
chr4	55972974	rs1870377	T	A	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=58;PP=1887;SC=CTGAGACAGCTTGGCTATAAG;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=115;WE=55972982;WS=55972964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	55980239	rs7692791	C	T	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=29;PP=1464;ReadPosRankSum=1.272;SC=GCAAACTTCACTGGGGCTTAT;SOR=0.865;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=159;TCF=107;TCR=52;TR=94;WE=55980247;WS=55980229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,99:0.60:164
chr4	56235931	rs819268	C	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=198;ReadPosRankSum=0.876;SC=AAATGATTTGCGAGTGAAGTG;SOR=1.118;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=12;WE=56235939;WS=56235921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr4	56262374	rs1128141	A	G	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=1.676;SC=CCGCGGCTCCAGGGAACGGCC;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=178;TCR=90;TR=268;WE=56262382;WS=56262364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,274:1.00:275
chr4	56290496	rs6828454	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=395;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TGGGTTATTTCAACTTTTAGG;SOR=1.893;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=18;WE=56290504;WS=56290495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr4	56290558	rs11732723	C	T	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=15;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CATTACACCTCTCATAAATTT;SOR=0.474;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=65;WE=56290566;WS=56290548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,68:0.83:82
chr4	56290573	rs6810483	T	C	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=29;PP=1661;ReadPosRankSum=-0.536;SC=AAATTTATTATACACCTGCAT;SOR=0.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=82;TCR=35;TR=95;WE=56290581;WS=56290563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,99:0.81:122
chr4	56291479	rs7677952	C	T	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=41;PP=1663;ReadPosRankSum=0.349;SC=GCTCCCTTTTCATTTTGTACA;SOR=0.888;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=174;TCF=110;TCR=64;TR=115;WE=56291487;WS=56291469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,122:0.66:184
chr4	56291528	rs7660517	T	C	4572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.03;MQRankSum=0.722;NF=100;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.951;SC=TTGACTTTTTTTCTCTCTCTT;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=289;TCF=155;TCR=134;TR=190;WE=56291536;WS=56291518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,205:0.66:309
chr4	56291620	rs35154686	CAA	C	3955.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.719;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=58;PP=2499;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TGGTTTTTAACAAGCTGTTTG;SOR=1.235;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=97;TCF=10;TCR=87;TR=63;WE=56291629;WS=56291610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,99:0.67:147
chr4	56309992	rs3736544	A	G	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=67;PP=1952;SC=GTTGCTGGATATTAGATGAAT;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=99;WE=56310000;WS=56309982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	56314761	rs4864991	A	G	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=34;SC=GCGCGCGCGCACGCGCGCGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=56314769;WS=56314751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	56319088	rs4864996	A	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=0.967;SC=ATAAGTAGTAAAGTATAATCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=56319096;WS=56319078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	56319105	rs2412647	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=293;SC=ATCACATCCCCGTTATAAGTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=56319113;WS=56319095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	56319350	rs11240	C	G	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=889;ReadPosRankSum=-0.107;SC=GTTTAAAATACTGCACAGCTG;SOR=0.463;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=157;TCF=54;TCR=103;TR=65;WE=56319358;WS=56319340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,66:0.42:158
chr4	56322244	rs10529254	TG	T	762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=517;ReadPosRankSum=1.215;SC=AAATAAACTTTGGGGGGGGGG;SOR=1.121;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=27;WE=56322252;WS=56322234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr4	56329773	rs1522112	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=512;ReadPosRankSum=0.142;SC=TAAAGAAGTCTGTATTTTTCA;SOR=0.414;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=28;WE=56329781;WS=56329763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr4	56337041	rs3805151	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AAATAAAAATTTGAGATAAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=56337049;WS=56337031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr4	56342326	rs9312661	G	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.891;SC=GATGACAACCGTAGGCATTAA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=65;WE=56342334;WS=56342316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,67:0.77:87
chr4	56423002	.	G	GT	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5436;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=22;QD=12.0;SC=TTATTTATAGGTTTTTTTTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=56423010;WS=56422992;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr4	56428820	rs2279458	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=562;ReadPosRankSum=1.123;SC=AATAAATGGGCTACTCATCTC;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=30;WE=56428828;WS=56428810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr4	56447146	.	GA	G	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=20;QD=20.5;SC=TCAATGTCTAGAAAAAAACCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=56447154;WS=56447136;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr4	56458103	rs34299771	A	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=440;ReadPosRankSum=1.026;SC=CTCCTAGAGGATTTTTCTCAA;SOR=0.586;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=39;WE=56458111;WS=56458093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr4	56458332	rs111330552	A	T	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=911;ReadPosRankSum=-0.316;SC=GCGAGGCGCCACGGATGGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=65;WE=56458340;WS=56458322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,67:0.71:95
chr4	56458400	rs62310884	A	C	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=25;PP=703;SC=GTTTCGAGTGACCGCCAGAAG;SOR=3.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=56458408;WS=56458390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	56465271	rs73236157	A	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=533;ReadPosRankSum=-0.089;SC=AATGCATACTATTTTATTTAT;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=32;WE=56465279;WS=56465261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr4	56465418	rs1387198	T	C	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=35;PP=1256;SC=AGAAACAGATTGATGATTTAG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=82;WE=56465426;WS=56465408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	56466876	rs11727729	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-1.671;SC=GGGACTTGAATAGAGAATTTT;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=56466884;WS=56466866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr4	56475338	rs3805383	G	A	8847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=151;PP=2965;SC=CCTCCAGTGCGTTGGATGCCT;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=317;TCF=166;TCR=151;TR=317;WE=56475346;WS=56475328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr4	56475431	rs73236160	A	G	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=74;PP=1744;ReadPosRankSum=1.117;SC=TGTTAGGGGCATGAGGAAATG;SOR=0.451;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=178;TCF=66;TCR=112;TR=123;WE=56475439;WS=56475421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,130:0.70:187
chr4	56475447	rs17725163	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,33:0.27:124
chr4	56496727	rs55665531	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.876;SC=TCATTTTTCACTGTACATCAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=56496735;WS=56496717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr4	56502178	rs3792703	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr4	56734701	rs3213948	C	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=748;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TAAGACTTTCCTGAATTCTAT;SOR=0.908;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=198;TCF=69;TCR=129;TR=58;WE=56734709;WS=56734691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,61:0.29:210
chr4	56736794	rs150749988	T	TTTTG	879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=582;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CAAGTATGTTTTTTGTTTGTT;SOR=0.712;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=13;WE=56736802;WS=56736784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr4	56763170	rs10014018	A	G	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=147;SC=ATATCTTATAATCTTTTTTAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=56763178;WS=56763160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	56830605	rs62308567	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=251;ReadPosRankSum=0.858;SC=GAGTGTATATAATGGTGTTTA;SOR=0.107;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=18;WE=56830613;WS=56830595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr4	56835413	rs1811473	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATCAACATGGCGAAACCCCGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=56835421;WS=56835403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr4	56840846	rs2290014	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=2.013;SC=TATTAATATAATTTACTTGAC;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=4;WE=56840854;WS=56840836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr4	56874517	rs3214045	A	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=378;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TCAAATGAAGATAATGATCTC;SOR=0.673;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=27;WE=56874525;WS=56874507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr4	56878193	rs11724411	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=123;ReadPosRankSum=0.915;SC=ATTTAGTGAAACAGAAAACAT;SOR=0.188;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=10;WE=56878201;WS=56878183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr4	57167324	rs74499702	AT	A	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.786;NF=15;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=0.154;SC=AGAAAATGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=17;WE=57167332;WS=57167314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr4	57167507	rs58767323	C	G	3694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.710;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=77;PP=2419;ReadPosRankSum=-0.323;SC=GCTTAGTAAGCAGCCTAAGAG;SOR=0.727;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=253;TCF=133;TCR=120;TR=156;WE=57167515;WS=57167497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,168:0.61:274
chr4	57176710	rs13123803	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=372;SC=CTGGCTCTCTGAGGCCAGCTG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=57176718;WS=57176700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	57176964	rs371414283	CT	C	1065.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=26.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.872;SOR=4.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
chr4	57176965	rs5858374	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=25.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr4	57176966	rs60121364	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=17.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=3.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr4	57180473	rs6823339	C	A	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=49;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.223;SC=AAGGCAGGAGCTCTTGGAGGA;SOR=1.060;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=68;WE=57180481;WS=57180463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,69:0.79:87
chr4	57180563	rs59615456	G	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.417;NF=3;NR=3;PP=253;ReadPosRankSum=0.285;SC=GGAAGCGCCAGGTTGGGAGGA;SOR=0.247;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=6;WE=57180584;WS=57180553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr4	57180576	rs138358443	C	CGGAGCGGAGGGAGCGGAG	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.161;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.717;NF=1;NR=5;PP=2518;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TGGGAGGACGCGGAGCGGAGG;SOR=1.687;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=57180584;WS=57180553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr4	57180616	rs11723379	G	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=-1.849;SC=GCCTGGAGGCGGAGGAGGAGC;SOR=0.925;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=8;WE=57180624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr4	57181629	rs61750793	C	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=3.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,64:0.28:229
chr4	57181632	rs7672073	G	C	7569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=123;NR=100;PP=2742;SC=GCTAAGCCCCGCCAGGAGTCT;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=123;TCR=100;TR=223;WE=57181640;WS=57181619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
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chr4	57193762	rs6826795	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=275;ReadPosRankSum=-1.027;SC=AAAATTTGTAGTGTGGCTGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=13;WE=57193770;WS=57193752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr4	57194329	rs11733474	G	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=362;ReadPosRankSum=-1.210;SC=GCCAACCTTTGGTAATGGTTT;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=17;WE=57194337;WS=57194320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr4	57194460	rs6811153	A	G	3750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=65;PP=2334;ReadPosRankSum=-1.032;SC=AAGAACACCCATTCTCCTGAA;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=274;TCF=162;TCR=112;TR=164;WE=57194468;WS=57194450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,176:0.60:292
chr4	57194525	rs6834736	C	G	5622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.898;SC=CTGTGCCCATCTTAGTTTTCA;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=388;TCF=187;TCR=201;TR=245;WE=57194533;WS=57194515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,256:0.64:400
chr4	57208955	rs9996468	A	T	102.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	57215677	rs3796544	G	A	7450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.627;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=2.223;SC=AGTCCCTATCGCAGGTTTCCC;SOR=0.479;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=419;TCF=221;TCR=198;TR=298;WE=57215685;WS=57215667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,314:0.72:439
chr4	57217340	rs7694439	T	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=190;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=34;SC=TAGTAGAGAATCTAACCTTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=57217348;WS=57217336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	57219523	rs6554347	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=268;ReadPosRankSum=-1.196;SC=TATGAATACAATTAGTATTAT;SOR=0.518;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=19;WE=57219531;WS=57219513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr4	57219571	rs138041223	G	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=370;ReadPosRankSum=0.604;SC=TTACTTTACCGTGGGATGTAA;SOR=1.110;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=30;WE=57219579;WS=57219561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr4	57219592	rs6554348	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=721;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ATGGTAGAGAGTCGATCAATA;SOR=0.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=51;WE=57219600;WS=57219582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,59:0.60:98
chr4	57237683	rs6554354	G	A	6556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=1.518;SC=GCAACTTGACGGAAGTTGGTA;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=396;TCF=214;TCR=182;TR=277;WE=57237691;WS=57237673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,290:0.70:414
chr4	57269363	rs35136233	TA	T	5099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.101;NF=25;NR=71;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TGGAATTAATTAAATAATTGA;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=41;TCR=112;TR=96;WE=57269371;WS=57269353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,164:0.72:229
chr4	57269591	rs34121369	T	TA	3256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.730;NF=3;NR=53;PP=2098;ReadPosRankSum=0.432;SC=AAGAGAAGTTTAATCATCAGA;SOR=0.728;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=98;TCF=8;TCR=90;TR=56;WE=57269599;WS=57269581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,109:0.66:165
chr4	57269646	rs112538106	A	AAAAG	1772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=34;PP=1617;ReadPosRankSum=-0.045;SC=AACCATAATGAAAATAAGGCA;SOR=0.717;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=34;WE=57269654;WS=57269636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr4	57270197	rs7661712	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=416;ReadPosRankSum=-0.565;SC=AGACTGGTACTAGTCCCTAGC;SOR=1.328;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=26;WE=57270205;WS=57270187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr4	57273840	rs11538098	C	G	6369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=1.016;SC=ATGTTGGCACCGAACTCCCAT;SOR=0.683;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=512;TCF=274;TCR=238;TR=291;WE=57273848;WS=57273830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,311:0.57:545
chr4	57276619	rs2139512	G	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=1.180;SC=AACCAGCCATGTGGTTTCCTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=57276627;WS=57276609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr4	57276739	rs2176785	G	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=430;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TTTGCTAAGTGTCTGGGCAGA;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=28;WE=57276747;WS=57276729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr4	57314905	rs11549976	A	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=224;ReadPosRankSum=-0.169;SC=TAACCACCAAAGAAATTGTTC;SOR=0.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=21;WE=57314913;WS=57314895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr4	57425443	.	G	A	45	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=16;MQ=55.68;NF=3;NR=1;PP=45;QD=19.9428031368;SC=CTCCACTCCAGCCTGGGCAAC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=57425451;WS=57425433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	57425520	rs76480778	A	AT	1046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=573;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CTAGCAATCAATTTTTTTTTA;SOR=0.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=28;WE=57425528;WS=57425510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr4	57458942	rs6858341	C	G	221.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=212;SC=AGCAGCAGTGCCGGCGGGGAC;SOR=4.174;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=57458950;WS=57458932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	57516849	rs76451666	C	T	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=59;PP=2965;SC=TCTTACATACCTTTACACTGG;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=97;TCR=60;TR=155;WE=57516857;WS=57516837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	57516896	rs4371677	G	A	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=84;PP=2965;SC=AGCCAAGCACGGCAGACTATC;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=97;TCR=85;TR=181;WE=57516904;WS=57516886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr4	57521972	rs144818228	GGCTCAGCC	G	3306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=16;PP=2942;SC=GCCGCGAGAAGGCTCAGCCCA;SOR=2.463;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=44;WE=57521987;WS=57521962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	57522220	rs4626270	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=40;PP=1186;SC=CGAGGCGTGGAGCGGGCGGGA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=57522228;WS=57522210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	57523869	rs7693834	T	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=40;PP=1963;SC=GAAACACTTCTTCTTCTGTGT;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=101;WE=57523877;WS=57523859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	57797100	rs2227902	G	T	6055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=102;PP=2965;SC=CTCCCATGGAGACTGCTCAGA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=115;TCR=102;TR=217;WE=57797108;WS=57797090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr4	57797217	.	GGAGCTGTCTCCTCCCATGGAGGTGGTCCAGAAGGAGCCTGTTCAGATA	G	2098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;QD=36.82;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	57797253	.	G	A	1417	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=28;MQ=53.36;NF=16;NR=30;SC=TCCAGAAGGAGCCTGTTCAGA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=46;WE=57797273;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,46:0.85:54
chr4	57797265	.	A	G	211	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=28;MQ=50.85;NF=7;NR=7;SC=CTGTTCAGATAGAGCTGTCTC;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=14;WE=57797273;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr4	57797283	.	G	A	198	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=49.44;NF=4;NR=8;PP=198;QD=19.3976010456;SC=CTCCTCCCATGGAGGTGGTCC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=12;WE=57797291;WS=57797273;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,12:0.34:35
chr4	57797308	rs2227903	A	C	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=19;PP=759;SC=GGAACCTGTTAAGATAGAGCT;SOR=1.163;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=57797316;WS=57797298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	57830501	rs9996331	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=8;PP=1046;SC=ACAAAGTGCTGGGATTACAGG;SOR=2.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=57830509;WS=57830491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	57843320	rs4865167	A	G	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=55;PP=2354;SC=GCTCTGCCCCACAGCCCGAGC;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=125;WE=57843328;WS=57843310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	57845091	rs2276896	C	T	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=26;PP=951;SC=GCGCTGCTGGCTTCTGGGCGG;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=57845099;WS=57845081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	57881862	rs28719609	T	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=29;PP=848;SC=TATTAAAAATTGAGATAGAAT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=57881870;WS=57881852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	57883175	rs1718866	G	C	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=578;SC=TAAAATACTTGAGGAAGTAGA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=28;WE=57883183;WS=57883165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	57887150	rs2271806	C	T	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=93;PP=2770;SC=CTGTAGACCGCGGCTTCTTCA;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=65;TCR=93;TR=158;WE=57887158;WS=57887140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	57889332	rs1718862	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=0;PP=237;SC=TTCTGTGTGGGCTGTAGTATT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=57889340;WS=57889331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	57889677	rs1056364	C	T	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=87;PP=2965;SC=TCAGAACTAGCGAGACGGGCA;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=164;WE=57889685;WS=57889667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	57898729	rs2271807	A	G	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=64;PP=2007;SC=CTGTGAAAGAAAAAAGATCTA;SOR=1.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=114;WE=57898737;WS=57898719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	57899602	rs2271808	C	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=265;SC=CCCAGCATTTCACTGAACTAT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=57899610;WS=57899592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	62445190	rs73215849	G	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=21;PP=1355;SC=ATTAAATGTTGAAATGCTATA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=62445198;WS=62445180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	62449316	rs3075153	GTA	G	2571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=10;PP=1911;SC=TTCACTAGCTGTATGTTTGAT;SOR=2.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=42;WE=62449325;WS=62449306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	62542879	rs1391319	G	C	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=204;SC=ATATGAATACGTGTTCTAACA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=62542887;WS=62542869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	62598689	rs10434219	C	T	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=93;PP=2965;SC=AGCTCCCTCACAGGGTGGATG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=99;TCR=94;TR=192;WE=62598697;WS=62598679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	62599289	rs9312082	G	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=50;PP=1439;SC=TCAACCTTTTGTGGTACTCTT;SOR=4.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=55;WE=62599297;WS=62599279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	62775483	rs12648576	G	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.58;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	62800554	rs2305339	G	A	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=29;PP=1633;SC=TCATCCTCTTGTAGGCAATGG;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=62800562;WS=62800544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	62800728	rs734644	T	C	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=35;PP=1086;SC=TCAGGGAGAATACAGACAATA;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=62800736;WS=62800718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	62845388	rs1397547	G	C	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=59;PP=2713;SC=GCTTTTTCCGGGGGCTCCAGA;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=101;TCR=59;TR=160;WE=62845396;WS=62845378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	62845490	rs1397548	A	G	7039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.007;SC=CTGACCAACCAGTAAGCAACC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=119;TCR=123;TR=240;WE=62845498;WS=62845480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr4	65142710	rs1483713	C	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	65142835	rs1483712	G	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=319;SC=CTTTAACTAAGGTATGTCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=65142843;WS=65142825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	65145955	rs1483711	T	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=138;SC=TTCTTTCTTATTTCTATGAAA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=65145974;WS=65145945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	65145966	rs5858871	T	TAA	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=275;SC=TTCTATGAAATGTTATATTAG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=65145974;WS=65145945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	65146700	rs10012755	A	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=8;PP=547;SC=TTTTCTCAGAAACCATTTATC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=65146719;WS=65146690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	65146711	rs1483709	T	C	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	65147404	rs10001161	T	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=193;SC=GTATTTATAGTAACCTATTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=65147412;WS=65147394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	65165661	rs11935568	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=12;PP=944;SC=AAATTAGAGCGTGAATAGCAA;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=65165669;WS=65165651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	65165849	rs13139627	G	A	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=547;SC=CAATAGAACTGTCTAGTATGT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=65165857;WS=65165839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	65165909	rs13121693	T	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=105;SC=TTGACTTTTTTTTCACATGTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=65165917;WS=65165899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	65180310	rs1483728	T	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	66214043	rs2290254	G	A	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=648;SC=GTTTGACAGCGCGCAGTGTCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=66214051;WS=66214033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	66218728	rs3792649	C	T	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=14;PP=1005;SC=ATAAATAACACCTTGAATAAC;SOR=1.997;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=60;WE=66218736;WS=66218718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	66218917	.	G	GTA	173	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5002;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=26;MQ=60.98;NF=0;NR=5;PP=173;QD=36.4;SC=TGTCAAAATTGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=66218925;WS=66218907;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,5:0.45:11
chr4	66280171	rs2305351	C	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=60;PP=1857;SC=CCTTGGGATGCGCATGCATAT;SOR=1.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=98;WE=66280179;WS=66280161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	66286100	rs6551922	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=0;PP=134;SC=TGGATAATTGTAGTTGCTAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=66286108;WS=66286090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	66468046	rs5858973	TA	T	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=19;PP=420;SC=AATAGAAAGATAAAAAAAATT;SOR=2.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=19;WE=66468054;WS=66468036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	66509194	rs4343775	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=32;PP=950;SC=TTATCATGAATATTGTATCTC;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=66509202;WS=66509184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	68214260	.	C	G	75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=56.7;NF=3;NR=1;PP=75;QD=27.4428031368;SC=AAGAAAAACACAGAGAGAGAG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=68214278;WS=68214252;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,4:0.57:7
chr4	68357814	rs1497430	A	G	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	68360955	rs2646282	A	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=18;PP=611;SC=AGATAATATCATAAGAAATGA;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=68360963;WS=68360945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	68374597	rs1056789	C	T	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=50;PP=1638;SC=GCTCACTCAGCGAACATCTGG;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=93;WE=68374605;WS=68374587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	68376708	rs190255	T	C	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=32;PP=1815;SC=TGTTTATGTATTCATCTGCCA;SOR=1.279;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=96;WE=68376716;WS=68376698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	68380215	rs11250	G	A	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=26;PP=1289;SC=CTACCTTGAAGGAGTGCAGTG;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=69;WE=68380223;WS=68380205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	68384008	rs355510	C	T	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=4;PP=137;SC=CTTGTCCTTCCGATGTTTTAT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=68384016;WS=68383998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	68384861	rs355507	G	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=AATATAACAAGATTGAATTAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=68384869;WS=68384851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	68396525	rs355477	G	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=13;PP=836;SC=CATGGAGATGGCACCAACCTG;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=68396533;WS=68396515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	68406626	rs3836713	TATTA	T	3427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=24;PP=2161;SC=CTGCATTTGATATTAATTACC;SOR=1.150;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=40;WE=68406637;WS=68406616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	68416639	.	GTTGTTTTGTTTTGTT	G	576	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=62.13;NF=0;NR=3;PP=576;QD=195.0;SC=AAAAGTAAGAGTTGTTTTGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=68416661;WS=68416629;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr4	68424355	rs371543914	AGT	A	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=219;ReadPosRankSum=0.684;SC=TGGAAAAAAAAGTGTGTGTGT;SOR=0.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=11;WE=68424364;WS=68424345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr4	68436883	rs13111555	T	C	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=22;PP=793;SC=AGTAAGTAAATATGTTGAGCT;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=68436891;WS=68436873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	68447249	rs2242330	A	G	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=57;PP=1729;SC=TTCTAATTATAAAGGAGAGTT;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=81;WE=68447257;WS=68447239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	68458937	rs3816821	G	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=6;PP=482;SC=CTATACTTATGCAGGTGATGC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=68458945;WS=68458927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	68496080	rs354866	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=490;SC=ATCAAAAAGAGTGATTCTTAT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=68496088;WS=68496070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	68700956	rs6824984	A	G	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=4;PP=175;SC=TGGGGTTGGGAGGTGGTCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=68700964;WS=68700946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	68812283	rs11930532	C	T	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=77;PP=2594;SC=TGCCAAATCCCACTGTCCTGA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=70;TCR=77;TR=147;WE=68812291;WS=68812273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	68829207	rs6552134	G	A	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=48;PP=1445;SC=AGAAGTCTACGGCTCAAAGAA;SOR=3.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=53;WE=68829215;WS=68829197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	68904637	rs6552141	A	C	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.85;QD=29.22;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	68904834	rs9999589	T	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=37;PP=1363;SC=TTGACAACCTTTTTATTGACA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=68904842;WS=68904824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	68919617	rs10018943	G	A	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=27;PP=1371;SC=TAACTCATGGGCAATCCACAC;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=68919625;WS=68919607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	68928740	rs1837215	G	A	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=74;PP=2180;SC=TTTCTGACACGCTCATTTGGG;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=127;WE=68928748;WS=68928730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	68934306	rs10004522	G	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=17;NR=0;PP=499;SC=ACTGTGAAAAGAAGGCTCACA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=68934314;WS=68934296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	68956422	rs57121360	T	A	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=28;PP=1007;SC=GTCCCCTACGTCTTGCCCACA;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=68956430;WS=68956412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	68956498	rs13115830	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=383;SC=GAAGACACTTCTCAAATACTC;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=68956506;WS=68956488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	69057073	rs4860284	G	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=18;PP=719;SC=TCAAATTCCAGTACTTATATT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=69057081;WS=69057063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	69078113	rs4463136	T	C	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=119;NR=70;PP=2965;SC=AGACCAATAGTTATTCCAAAG;SOR=1.106;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=119;TCR=70;TR=189;WE=69078121;WS=69078103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	69083563	rs10008636	C	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=5;PP=582;SC=GGGAGTCATACTGGGGAGATA;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=69083571;WS=69083553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	69094507	rs2319797	T	A	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=45;PP=1467;SC=CATAACATTGTATCAGTCACA;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=90;WE=69094515;WS=69094497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	69094575	rs2319796	T	G	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=26;PP=747;SC=CTTCAAAAAGTCTTCTTGAAG;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=69094583;WS=69094565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	69094926	rs63181060	TTAAA	T	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=743;SC=GATTGATTGATTAAATAGTTA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=69094937;WS=69094916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	69095197	rs12331141	T	C	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=25;PP=979;SC=TTTACTACAATTCCAAAGTTG;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=69095205;WS=69095187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	69096810	rs10024748	G	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=52;SC=CTATGTGATTGTAAATTTCAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=69096818;WS=69096800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	69097150	rs5859125	TA	T	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=707;SC=TTACGCATTATAAAAAAATAT;SOR=1.751;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=26;WE=69097158;WS=69097140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	69964180	rs7439326	T	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=1;PP=680;SC=TTTGCCTACATTATTCTAACC;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=69964188;WS=69964170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	69964209	rs7438244	A	G	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.61;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	69964234	rs34182209	C	CT	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.384;QD=19.90;ReadPosRankSum=2.592;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,55:0.85:65
chr4	69964337	rs7438284	AT	TC	8857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=-0.175;NF=86;NR=97;PP=2947;ReadPosRankSum=1.078;SC=TTCAGTTTCCATATCCACTCT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=183;WE=69964346;WS=69964314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr4	69972777	rs5013211	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=423;SC=ATTAGTCTTTGAGTAGTTCTT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=69972785;WS=69972767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	69972949	rs4292394	C	G	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=29;PP=1314;SC=ATACTCGGCTCTACAAGTGGA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=69972957;WS=69972939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	70283908	rs2642841	T	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=21;PP=670;SC=AGCTTATTGATTATTTGTTAT;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=70283916;WS=70283898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	70288954	rs2736507	C	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.53;QD=26.85;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	70288981	rs2736505	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=517;SC=TTTCTTCCTACGACAAAAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=70288989;WS=70288971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	70346711	rs28679647	G	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=40;PP=1139;SC=AATCCCAGCAGTTTCCGAGGT;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=70346719;WS=70346701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	70352164	rs41297427	A	AATTATC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=171;SC=AAATGCCAACAATTTATTCTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=70352172;WS=70352154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	70355211	rs1845555	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=18;PP=443;SC=TTTCTTCTGATGTGTTACTGA;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=70355219;WS=70355201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	70355380	rs28542932	T	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=13;PP=353;SC=AAAATCAAGTTTTATCAGGAA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=70355388;WS=70355370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	70359694	rs7441743	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=161;SC=ACATATATTCGTATATAGGCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=70359702;WS=70359684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	70391344	rs10021990	G	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=5;PP=451;SC=ATCTACTCAGGTATCTATGCA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=70391352;WS=70391334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	70391429	rs11732968	G	A	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.88;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	70391454	rs11732996	G	A	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	70391536	rs66653481	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=424;SC=GAAAGGGCTCCAGGCTGGGCG;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=70391544;WS=70391526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	70391561	rs68096061	G	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=426;SC=GGCTCACACCGTTAATCCCAG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=70391569;WS=70391551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	70455478	rs2288741	G	T	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=347;SC=ATAGTTACGTGGAGAAAATAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=70455486;WS=70455468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	70460328	rs4148304	C	T	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=40;PP=1990;SC=AACATGGGAACTCCCACCATA;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=98;WE=70460336;WS=70460318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	70513139	rs1347046	C	T	6031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=96;PP=2965;SC=AAAGGGCACCCTATATATTTC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=195;WE=70513147;WS=70513129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	70707945	rs1220724	A	G	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=141;SC=CTCAATTTTAAGAATCAAATG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=70707953;WS=70707935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	70802218	rs962689	T	C	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=13;PP=655;SC=TCAATGAAATTTAAATTATGT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=70802226;WS=70802208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	70805829	.	TCA	T	96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=96;QD=49.5;SC=GCACTTACTTTCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=2;WE=70805838;WS=70805819;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,2:0.29:7
chr4	70807747	rs62305467	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=18;PP=494;SC=TAAAACAGAATGTTTTCTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=70807755;WS=70807737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	70807771	rs10030475	C	T	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=17;PP=604;SC=TAGCAAGCTGCCCATGCCCAG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=70807779;WS=70807761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	70808097	rs3775766	T	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=49;SC=CATTAGAAAATAAAAAGTGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=70808105;WS=70808087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	70865621	rs17698678	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=105;SC=TCTCAAATATGTGTAGTAGTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=70865629;WS=70865611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	70934964	rs4694266	A	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=238;SC=CTTTTAGTCTATGATCAATGA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=70934972;WS=70934954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	70936305	rs17644242	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=24;PP=655;SC=ATTGCTTGAACGTATGGGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=70936313;WS=70936295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	70938311	rs72651138	G	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=393;SC=ATATTTGATTGACAATATGTA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=70938319;WS=70938301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	70944452	rs1399812	G	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.76;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr4	70947318	rs2063819	C	T	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=56;PP=1700;SC=GTTTGCCCTTCTAAAAATATA;SOR=1.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=93;WE=70947326;WS=70947308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	70947376	rs2063820	T	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=619;SC=AAATGAAATTTAAAAAAGAAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=70947384;WS=70947366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	70948533	rs7675265	T	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=553;SC=TTAAATACTTTAGATAAATTC;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=27;WE=70948541;WS=70948523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	71008313	rs777398	G	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=22;PP=656;SC=ATAGTTATCTGTTGTGCTAAA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=71008321;WS=71008303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	71008375	rs777399	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=282;SC=CAAGTAGAAGTTGAAACAAAT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=71008383;WS=71008365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	71009033	rs777400	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=245;SC=TCATATTTTCATTTATAAAGT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=71009041;WS=71009023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	71020205	rs1709273	C	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=606;SC=TGTTTATAGGCATTTGTGCTT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=71020213;WS=71020195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	71021888	rs1709274	C	T	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=85;SC=TACAGTGAAACTTAATGACTG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=71021896;WS=71021878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	71024010	rs111347259	T	TACAA	1748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=9;PP=1344;SC=ACAGGACAAATACAATCAACT;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=24;WE=71024018;WS=71024000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	71024674	rs372043073	GA	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-0.539;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr4	71065943	rs34093806	GA	G	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.485;NF=2;NR=16;PP=186;ReadPosRankSum=0.000;SC=GATGTCCTTTGAAAAAAAAAA;SOR=0.387;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=18;WE=71065952;WS=71065933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr4	71067317	rs4694273	C	A	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=20;PP=615;SC=TGACCAGGAGCGCACCTCTAA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=71067325;WS=71067307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	71110639	rs13103289	G	A	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=18;PP=490;SC=AGAAAATTTTGTTTAAGGGCT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=71110647;WS=71110629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	71115152	rs3775738	T	C	5868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=123;PP=2965;SC=CAACCACAGTTGCAGTTACTC;SOR=1.114;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=211;TCF=88;TCR=123;TR=210;WE=71115160;WS=71115142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr4	71201388	rs1351419	C	T	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=1.917;SC=ACTGATTCCACTATTCCTGAG;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=169;WE=71201396;WS=71201378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr4	71227802	rs1842478	A	G	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.76;QD=29.83;SOR=2.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	71227998	rs1842477	A	T	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=42.99;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	71228001	rs1842476	G	A	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=45.03;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	71232430	rs10024123	T	C	9994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr4	71232701	rs6853742	C	T	7922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=1.227;SC=CTCCCTACTCCTGCACCCTAA;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=122;TCR=148;TR=268;WE=71232709;WS=71232691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr4	71250308	rs2233586	T	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.17;QD=28.99;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	71250399	rs7676909	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=629;SC=ATTAATCATCAATGAAACACT;SOR=4.003;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=71250407;WS=71250389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	71255370	rs7674958	A	T	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=13;PP=2585;SC=TTTACTTCTTATTTCCACAGC;SOR=3.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=90;TCR=13;TR=103;WE=71255378;WS=71255360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	71255593	rs2988	G	A	7892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=133;NR=139;PP=2965;SC=TGATGCCCCAGGTTATCCACA;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=133;TCR=140;TR=272;WE=71255601;WS=71255583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr4	71255767	rs3733493	A	G	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=81;PP=2688;SC=TACTGCTTCTACTACCCAAAA;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=146;WE=71255775;WS=71255757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	71275012	rs1352689	T	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=448;SC=AGTAGATATATTAATACATAG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=71275020;WS=71275002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	71384488	rs28674149	C	T	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=18;PP=1553;SC=AGGTAGCAATCTGAAACATGA;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=71384496;WS=71384478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	71384579	rs35692424	G	A	5825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=96;PP=2965;SC=TTATATGCCAGCCAGTTTCAA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=104;TCR=96;TR=200;WE=71384587;WS=71384569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	71388379	rs28754427	A	T	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=17;PP=1467;SC=TAAAAGATAGACATGTTTGCA;SOR=2.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=77;WE=71388387;WS=71388369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	71388394	rs4123809	T	G	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=25;PP=1865;SC=TTTGCATTGGTGGCAACCTGG;SOR=1.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=96;WE=71388402;WS=71388384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	71390795	rs17733287	C	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=34;PP=976;SC=TATTAACTGACGAATGTTCTG;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=71390803;WS=71390785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	71396989	rs17676820	C	T	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=51;PP=1677;ReadPosRankSum=1.355;SC=CACATGCCATCGAGGAAGCCA;SOR=0.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=95;WE=71396997;WS=71396979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr4	71398064	rs3852099	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=268;SC=ACTAAAGAATGATATGGATGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=71398072;WS=71398054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	71459248	rs3924573	A	G	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=64;PP=1922;SC=TATTGAGTCAAAAGCCATAGT;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=87;WE=71459256;WS=71459238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	71467443	rs71599963	A	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=808;SC=TTTGCAGGGCACTTTTAAATA;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=71467451;WS=71467433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	71467593	rs28538959	A	C	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=50;PP=2328;SC=TCTAAAAGATACTGTGCCTAT;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=125;WE=71467601;WS=71467583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	71467710	rs13115627	A	G	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=52;PP=1641;SC=GTATTGGAAAAACTGAAAAAA;SOR=1.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=71467718;WS=71467700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	71468249	rs35870385	A	T	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=175;SC=GGATGTGATCAGTTCACTTTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=71468257;WS=71468239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	71468396	rs35859385	A	G	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=18;PP=686;SC=ACAGATCTCAATGAGACACTT;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=41;WE=71468404;WS=71468386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	71468444	rs145723122	TTTA	T	1521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=13;PP=1031;SC=TGTTCACTTTTTTATTTTTAT;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=23;WE=71468454;WS=71468434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	71468611	rs34230455	C	T	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=18;PP=874;SC=TATTTGTTCACTTTGTCTATC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=71468619;WS=71468601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	71468922	rs35850072	C	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=608;SC=TCAAAAATTACTGTTATGGGG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=71468930;WS=71468912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	71468985	rs35266919	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=27;PP=1059;SC=AGATTTTCCAAATAGCCCGTT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=58;WE=71468993;WS=71468975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	71691743	rs6814981	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=628;SC=AACGCAGAAACACTATATTTT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=71691751;WS=71691733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	71698183	rs4694081	C	A	5791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=134;PP=2965;SC=AAGAAAAAACCCAACAGGGAT;SOR=1.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=68;TCR=135;TR=202;WE=71698191;WS=71698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr4	71704965	rs3775728	C	T	9974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=178;NR=175;PP=2965;SC=CGACCAGAGACTCGAGGCGAG;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=178;TCR=176;TR=353;WE=71704973;WS=71704955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr4	71705262	rs6813092	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=14;PP=580;SC=CGGAGGGCAGAGTAGGACGCG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=71705270;WS=71705252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	71768079	rs1871048	C	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=17;PP=755;SC=CGCCCCCTCCCCCTGCCATTG;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=71768087;WS=71768069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	71768319	rs373267974	CCCGCCCG	C	2108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=36;PP=1928;SC=GACCTGGGCCCCCGCCCGCCG;SOR=1.938;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=39;WE=71768333;WS=71768309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	71864013	.	A	G	40	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=40;QD=24.9237375157;SC=CTTTAGGTATATATCTTCATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=71864021;WS=71864003;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	71892513	rs1486271	A	T	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=11;PP=289;SC=TGTTTTTTCTAAAAAAGTGTA;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=71892521;WS=71892503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	71894321	rs35880082	C	CTTTT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=0;PP=223;SC=AACAATATTTCTTTTTTTTCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=71894329;WS=71894311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	72306223	rs34445073	C	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=536;SC=AAGGAATTTCCTGTGAGTGAT;SOR=4.003;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=72306231;WS=72306213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	72316822	rs10022349	C	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=538;SC=ACTCCATCTCCCCATTAGCCA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=72316830;WS=72316812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	72397710	rs3775162	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=561;SC=GTTCTTCATTCAGTTCAAACA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=72397718;WS=72397700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	72397964	rs10446504	T	C	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=71;PP=1762;SC=TAATTTATTGTGTTTCTCTTT;SOR=2.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=96;WE=72397972;WS=72397954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	72411967	rs4694097	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=278;SC=CAAGCAAAGCAAGTCAGTTTC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=72411975;WS=72411957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	72423624	rs1453474	C	T	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=47;PP=1441;SC=TTTAATTGAACGTACCTGTGA;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=84;WE=72423632;WS=72423614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	72425863	rs1453458	C	T	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=63;NR=62;PP=2144;SC=TCTCCCAGCACGACCTCAGCT;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=125;WE=72425871;WS=72425853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	72429433	rs6812916	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=592;SC=TATAGAAAACGGTTTGATCGA;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=72429441;WS=72429423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	72429452	rs2290397	G	A	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=1001;SC=GATGCTAGGAGATAGGAAGGG;SOR=3.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=72429460;WS=72429442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	72432991	rs965606	A	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=212;SC=CCTAGTTACTATTACAAATAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=72432999;WS=72432981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	72433545	rs1062677	A	C	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	72618296	rs9016	T	C	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=34;PP=1122;SC=AAAGTCTGAGTGCTTGTTAAC;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=72618304;WS=72618286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	72618334	rs7041	A	C	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=29;PP=1214;SC=TGGGTGTGGCATCAGGCAATT;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=72618342;WS=72618324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	72620865	rs71673486	C	CTATTTATT,CTATT	1281.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=0,0;NR=22,22;PP=766,33;SC=TATATATTTCCTATTTATTTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=1;TCR=73;TR=22,22;WE=72620873;WS=72620855;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:30
chr4	72622403	rs222033	A	C	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1386;ReadPosRankSum=1.460;SC=AAAATGGGAAAACGTTTTCAC;SOR=0.453;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=76;WE=72622411;WS=72622393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr4	72934539	.	A	C	145	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=126;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=7;NR=1;PP=145;QD=22.4714015684;SC=TAGAATATGAATGCCTGAGGT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=72934547;WS=72934529;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	72934578	.	C	CT	315	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=7;HapScore=2;MGOF=61;MMLQ=19;MQ=58.75;NF=5;NR=3;PP=315;QD=42.5;SC=TTTATCTTATCTTTTTTCCTG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=8;WE=72934586;WS=72934568;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,8:0.62:13
chr4	72934632	rs9884478	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=8;PP=562;SC=ATTTCCAGGTCTCCTCAGTTG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=72934640;WS=72934622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	73175093	rs10024487	C	T	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=28;PP=1989;SC=AATACTAAATCCATGAGAGAC;SOR=1.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=101;WE=73175101;WS=73175083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	73414286	rs788908	C	T	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=77;PP=2965;SC=AGGCTCTGTTCTCCGGATTCT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=79;TCR=77;TR=156;WE=73414294;WS=73414276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	73433122	rs33925079	GA	G	4855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=60;PP=2975;SC=TACCAGCCTGGAAAGGAGGGG;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=84;WE=73433130;WS=73433112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	73433315	rs6830556	G	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=18;PP=549;SC=TTGGGGAAGGGAGTTGTTTGC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=73433323;WS=73433305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	73434379	rs5859330	GT	G	2698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.503;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.328;NF=23;NR=34;PP=1095;ReadPosRankSum=1.319;SC=TTGGGTTTGAGTTTTTTTTTA;SOR=1.044;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=57;WE=73434387;WS=73434369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,105:0.97:108
chr4	73434534	rs200641990	CCA	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.375;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr4	73434535	rs34234669	CA	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=266;ReadPosRankSum=0.435;SC=AGAGCAAACCCACCCCCCCCG;SOR=2.584;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=28;WE=73434544;WS=73434524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr4	73615956	rs1350836	C	T	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=85;PP=2924;SC=GGGATATTAACCAAGACCCAG;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=82;TCR=85;TR=167;WE=73615964;WS=73615946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	73930552	rs3762883	G	A	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=35;PP=1263;SC=AAGTGGAGTCGGGTGCAGTGA;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=73930560;WS=73930542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	73933671	.	ATGTGTGTG	A,ATG	2475.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.07;QD=35.88;SOR=3.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,16,53:0.23,0.77:69
chr4	73944261	.	G	GA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr4	73956736	rs6855349	G	A	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=114;PP=2965;SC=GATTGACACTGAGGACTGCAA;SOR=1.048;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=92;TCR=114;TR=206;WE=73956744;WS=73956726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	73958108	rs35631423	C	T	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=94;SC=CACAAACACACACACAGTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=73958116;WS=73958098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	73990623	rs35889350	A	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=18;PP=1313;SC=CTAAGGGGAAACATTACCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=73990631;WS=73990613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	73991006	rs6822576	T	C	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=80;PP=2173;SC=CAAGTGTTAGTGCCGTGTCAT;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=56;TCR=80;TR=136;WE=73991014;WS=73990996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	74007870	rs12500051	A	G	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=230;SC=TTAGAACAAAAAAAAACCCTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=74007878;WS=74007860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	74012462	rs13149759	A	T	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=26;PP=1365;SC=ATTAAGATTTAAAAAGTAACA;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=79;WE=74012470;WS=74012452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	74014807	.	TA	T	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=819;SC=TCAGCACCATTAAAAAAATCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=29;WE=74014815;WS=74014797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	74274864	.	GCA	G	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=-0.703;SC=AACCATTTATGCACACACACA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=3;WE=74274873;WS=74274854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	74281012	rs6832260	T	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=283;SC=TGGTTTCAATTCTGGAATCTT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=74281020;WS=74281002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	74282092	rs35807836	A	AT	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=333;SC=TTATTGACTGATTTTTTTTAT;SOR=1.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=14;WE=74282100;WS=74282082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	74285239	rs962004	C	T	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	74302071	rs3796678	T	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=380;SC=ATAGGTGAGATATTTTGTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=74302079;WS=74302061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	74302151	rs3796677	A	T	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=145;SC=TTGATTTATTATTCATATTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=74302159;WS=74302141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	74304118	rs6446932	T	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=309;SC=AATGCATTTATATATTTGAAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=74304126;WS=74304108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	74310844	rs2298839	A	G	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=56;PP=1787;SC=GATGGGGTGAAGAGTCTTGCT;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=94;WE=74310852;WS=74310834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	74313169	rs7667494	T	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=3;PP=260;SC=CTTTATTTTCTCTGTTGCAGG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=74313177;WS=74313159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	74318330	rs4235117	A	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=31;PP=858;SC=CGCTGCAAACAATGAAGCAAG;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=74318338;WS=74318320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	74349867	rs11939341	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=660;SC=TATAGCCATTACAATAGATAA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=24;WE=74349875;WS=74349866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	74357851	rs11733262	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=30;PP=768;SC=AAAGAAACTTATAAGATTTGA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=74357859;WS=74357841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	74361254	rs10212657	T	C	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=58;PP=1772;SC=GAAAATGTGATTGGCTAATCT;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=74361262;WS=74361244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	74442242	.	GA	G	1356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	74447452	rs1247670	C	T	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=45;PP=2272;SC=CAGAATGAGGCAAACTGTTCT;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=121;WE=74447460;WS=74447442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	74447510	rs1247671	A	C	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=81;PP=2895;ReadPosRankSum=-0.587;SC=GAGTCAGGTAAAAAGTGTGAT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=82;TCR=83;TR=161;WE=74447518;WS=74447500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,173:0.98:177
chr4	74453782	rs10009048	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=709;SC=CAAAGTTATAACAATTTTATG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=74453790;WS=74453772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr4	74464443	rs11368217	TA	T	382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=246;SC=TCCCTAAAAATAAAAAAAAAT;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=74464451;WS=74464433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	74486052	rs1247591	C	G	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=15;PP=779;SC=CATCGTTGTTCGGCTGAACTT;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=74486060;WS=74486042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	74486264	rs1247590	G	A	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=37;PP=1784;SC=CAGCGATCCTGGAGCCCCAGG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=99;WE=74486272;WS=74486254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	74607868	rs369603475	TA	T	42.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=62.65;NF=0;NR=3;PP=45;SC=CCTTTTTGGTTAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=74607876;WS=74607858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	74714003	rs6815457	A	G	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=42;PP=2965;SC=GCCACTAATAAATCACATTTT;SOR=1.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=109;TCR=43;TR=149;WE=74714011;WS=74713993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	74714084	rs16850078	T	C	9155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=182;NR=160;PP=2965;SC=AGTCAGCCTCTGGAATTCATC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=182;TCR=161;TR=342;WE=74714092;WS=74714074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr4	74719684	rs180711452	C	T	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=24;PP=1540;SC=CTGCCCATCCCTCCCCCTTCT;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=74719692;WS=74719674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	74719925	rs11723868	G	A	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=47;PP=1319;SC=TTATATTAACGAAATAAATCA;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=58;WE=74719933;WS=74719915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	74735108	rs115711101	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=13;PP=892;SC=TCTCGGAGAGCCACAGAGCCC;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=74735116;WS=74735098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	74735244	rs2071425	A	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.77;NF=60;NR=49;PP=1731;SC=TGCGAGTGGCACTGCTGCTCC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=109;WE=74735252;WS=74735234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	74847292	rs352007	G	C	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	74863997	rs425535	T	C	8146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=123;PP=2965;SC=GATGAACTCCTTGCGTGGTCT;SOR=0.805;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=142;TCR=123;TR=264;WE=74864005;WS=74863987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr4	75023609	rs6840665	T	C	6671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=96;PP=2965;SC=CACTGCACGCTTCCACATCCT;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=124;TCR=96;TR=220;WE=75023617;WS=75023599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr4	75023709	rs2289443	C	T	10565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=181;NR=180;PP=2965;SC=CCGCTCTTTACCCCACTCTGC;SOR=0.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=363;TCF=181;TCR=182;TR=361;WE=75023717;WS=75023689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr4	75040944	rs13116686	T	G	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=65;PP=2965;SC=ACACTATTGATGAAAAACCAT;SOR=1.156;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=114;TCR=65;TR=179;WE=75040952;WS=75040934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr4	75046310	rs4694183	A	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=427;SC=GTTTCCATGCATCTCATTTGA;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=75046318;WS=75046300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	75046372	rs561583	A	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=29;PP=1766;SC=TGGTACTGGGACTGTCACAAG;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=89;WE=75046380;WS=75046362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	75046465	rs561844	C	G	5568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=78;PP=2965;SC=CAGGCTTGCTCTTTGTCCAGT;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=180;WE=75046473;WS=75046455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	75107255	rs4694184	T	C	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=22;PP=883;SC=CACACCACCATGCGTAGCTAA;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=75107263;WS=75107245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	75231244	rs1460006	C	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	75245343	rs7660209	T	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=477;SC=GATAATTTTTTAAAAAAGGGT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=75245351;WS=75245333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	75246617	rs4694187	A	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=645;SC=TCTCCTTGACAGATTGGCATC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=75246625;WS=75246610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	75248434	rs2367707	A	G	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=85;PP=2749;SC=TAAGCAAAGAATATGTGGCTT;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=153;WE=75248442;WS=75248424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	75248544	rs2367708	C	T	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=616;SC=TCTGCTTTTACAAATTACTTT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=75248552;WS=75248534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	75673455	rs7699847	T	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	75681217	rs11734944	A	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=67;PP=2102;SC=CAATAAATCAACTCTCTTTAA;SOR=1.832;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=31;TCR=68;TR=96;WE=75681225;WS=75681207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	75937971	rs3822109	C	T	9848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=148;PP=2965;SC=GAACACAGCTCGGGCACTCCT;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=182;TCR=149;TR=330;WE=75937979;WS=75937961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr4	75938179	rs3775527	G	A	10729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=207;PP=2965;SC=CAGAGTCCCCGACAGAGGAGT;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=162;TCR=207;TR=369;WE=75938187;WS=75938169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr4	75938236	rs1062293	A	G	7108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=151;PP=2965;SC=CTGAGCCAGTACCCCAGGAGA;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=85;TCR=151;TR=235;WE=75938244;WS=75938226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr4	75938373	rs919052	C	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=35;PP=1079;SC=GAGTCTCTATCCAGTCCACTA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=75938381;WS=75938363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	76415985	rs6833496	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=583;SC=AGAAGATGCAGGCTAACTGCC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=76415993;WS=76415975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	76416779	rs2045863	G	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=28;PP=1072;SC=ACACAAAAAAGTCAAACATCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=76416787;WS=76416769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	76446921	rs112121251	G	GATT	3412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=9;PP=2424;SC=CTCACTTGATGATTATTATTA;SOR=2.584;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=48;WE=76446929;WS=76446911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	76465179	rs187331978	T	C	7545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=130;PP=2965;SC=GGTAGGCTATTTGTGCCTTAA;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=120;TCR=130;TR=250;WE=76465187;WS=76465169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr4	76467577	rs11722735	A	G	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=21;PP=907;SC=GCTGATCGCAATTTTCATAAA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=76467585;WS=76467567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	76481497	rs17214357	A	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=35;PP=1019;SC=GTGGTTAAAGAGAAGGAAGTT;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=76481505;WS=76481487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	76481628	rs62318656	A	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=520;SC=AACAATATCCATCGTTATGGG;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=76481636;WS=76481618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	76488533	rs141320514	GCCAAAAT	G	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=57;SC=ACAGCGCCCGGCCAAAATCCG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=76488547;WS=76488523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	76711200	rs67037358	TA	T	162.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.34;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	76711224	rs142155815	AT	A	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=0;PP=493;SC=AAAAAAAAAGATTTTTTTTCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=23;WE=76711240;WS=76711214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	76722041	rs324727	G	A	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=656;SC=AGGTTATATGGTAACTCTAAA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=76722049;WS=76722031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	76722353	rs324726	G	A	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=34;PP=1533;SC=TTCGAGAGCAGGTAAGTACTA;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=85;WE=76722361;WS=76722343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	76725245	rs381067	G	T	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=8;PP=1455;SC=TAATGCTAACGAGTATGACTT;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=60;WE=76725253;WS=76725235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	76730004	rs324687	G	C	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=104;SC=GATTTTAAAAGTAGGAGGTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=76730012;WS=76729994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	76730061	rs324688	T	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=470;SC=CCTTGATGAATTTAATACCAT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=76730069;WS=76730051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	76730195	rs324689	A	G	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	76730258	rs324690	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=644;SC=GTTGATGTATTATTTCTTAGC;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=76730266;WS=76730248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	76730309	rs145662788	CTTTAGATTACTTACTAGCCGG	C	373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=955;SC=AGCACCTTCTCTTTAGATTAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=76730337;WS=76730299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	76785716	rs1394913	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	76785723	rs1394914	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	76785736	rs1394915	T	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=170;SC=TGTTCCAATATATAATTAACA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=76785744;WS=76785706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	76787673	rs7654738	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=750;SC=GAAGCTAGGCTTGCCAGATAA;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=76787681;WS=76787663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	76788692	rs2135234	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=460;SC=GCTCAGTTTTCGAGGGAGAGC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=76788700;WS=76788682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	76793228	rs1394916	A	G	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=47;PP=1794;SC=GATACTGCACAATATGTGGGG;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=101;WE=76793236;WS=76793218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	76794345	rs6858658	T	G	6710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=100;PP=2965;SC=AGGAATTGCATGTTGTATTTT;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=127;TCR=100;TR=227;WE=76794353;WS=76794335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr4	76800729	rs13130621	A	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=388;SC=TTTTTTTGTCAGATTCTTCTG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=76800737;WS=76800719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	76800991	rs68095351	A	AT	45.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	76804067	rs4859564	A	G	4685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=63;PP=2965;SC=GTATTATTTCATTAACCACTA;SOR=1.447;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=122;TCR=63;TR=184;WE=76804075;WS=76804057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr4	76805902	rs1976518	C	T	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	76805962	rs1976517	G	A	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=64;PP=1919;SC=GAAGGAAATAGGAAATCAGGT;SOR=1.304;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=109;WE=76805970;WS=76805952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	76805978	rs1566975	C	T	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=55;PP=1615;SC=CAGGTTAAAACCAATAGGCAT;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=76805986;WS=76805968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	76809319	rs7691712	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=416;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CAGGTAGAGCATTCTTCTTTG;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=76809327;WS=76809309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr4	76809386	rs7691755	A	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=34;PP=1688;SC=TGATCTCCTCACTGTAACAGG;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=100;WE=76809394;WS=76809376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	76809569	rs2280100	C	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=36;PP=1070;SC=TAACAACCCCCATCACCTAAG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=76809577;WS=76809559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	76812673	rs13116688	C	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=331;SC=GCCATTTACTCCTCAGCCCCT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=76812681;WS=76812663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	76836137	rs6823734	A	G	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=47;PP=1595;SC=TAAATTGTGAAGCTGAAAATT;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=76836145;WS=76836127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	76839108	rs6819442	C	T	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.289;SC=GAAATTCCTCCGGAGGATAAA;SOR=1.447;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=66;TCR=125;TR=190;WE=76839123;WS=76839098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,202:1.00:203
chr4	76841748	rs2280101	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=337;SC=CTCCCTTCCCAGCCAAGGCAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=76841756;WS=76841738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	76846755	rs937788	T	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=7;PP=816;SC=AAGATTTATATGCACTTTGCA;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=76846763;WS=76846745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	76861137	rs6847716	G	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=9;PP=881;SC=TACTCCGCGCGGGCTTGGGGC;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=76861145;WS=76861127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	76861859	rs2292533	C	T	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=42;PP=1956;SC=CCCGCAGGGCCGGTGTCCCCG;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=112;WE=76861867;WS=76861849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	76878716	rs2242471	G	C	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=56;PP=2268;SC=CCTCTTCTGGGATTTCCCGGG;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=99;WE=76878724;WS=76878706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	76878956	rs2242473	G	A	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=61;PP=1984;SC=AATAAATTACGTCTTAATAAA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=114;WE=76878964;WS=76878946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	76878982	rs2242474	T	C	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=45;PP=1322;SC=GGTTATAAGATGAAATTTTCA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=76878990;WS=76878972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	76895334	rs369632597	A	G	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=76;PP=2157;SC=ATTCTACTGTATTTCATAGCA;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=123;WE=76895342;WS=76895324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	77065476	rs33962347	TA	T	584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=11.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr4	77134786	rs11547135	C	T	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=629;SC=CGTCGAAGACCCGGGACCCTT;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=77134794;WS=77134776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	77192838	rs3733251	A	C	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=59;PP=1916;SC=TCTGGAGCTAAAGCGTAGTGT;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=106;WE=77192846;WS=77192828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	77201332	rs1036787	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=440;SC=TACTTTATAAGGAACTAAATG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=77201340;WS=77201322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	77201487	rs1036788	C	T	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=31;PP=1393;SC=GGCTACAGGACGCCACGTGTG;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=77201495;WS=77201477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	77204500	rs1542096	C	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=14;PP=831;SC=GTTTTGTTTGCCAATCTAATG;SOR=1.316;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=52;WE=77204508;WS=77204490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	77211104	rs1837871	A	G	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=52;SC=TTGCCTGGGTATCACCAGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=77211112;WS=77211094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	77274242	rs12504985	T	C	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=20;PP=2247;SC=ACTATTTAGTTGATAATTACT;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=83;TCR=20;TR=102;WE=77274250;WS=77274232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	77290561	rs72657825	G	A	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=3;PP=807;SC=CGATGGCACAGCCTGTGCAGG;SOR=3.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=77290569;WS=77290551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	77296600	rs1876535	T	C	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=22;PP=1271;SC=TGGCGGTGCATTGGCAGAACT;SOR=1.643;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=66;WE=77296608;WS=77296590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	77303898	rs6844174	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=578;SC=TGGTGATTGTCATTTGATACA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=77303906;WS=77303888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	77305566	rs80162610	C	T	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;SC=ACTCTCCCTTCGTCTATGAAA;SOR=1.659;Source=Platypus;TCF=30;WE=77305574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	77637502	rs344122	A	C	6786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=1.404;SC=TTATTCCACGACTGAATATGA;SOR=0.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=130;TCR=104;TR=233;WE=77637510;WS=77637492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,252:1.00:253
chr4	77660162	rs344140	G	C	6906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=129;PP=2965;SC=GGCATCTCTGGCCGGGAGCGT;SOR=1.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=103;TCR=129;TR=232;WE=77660170;WS=77660152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr4	77660731	rs344141	C	G	6026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=102;PP=2965;SC=CAGCATCTACCCGGTACCTTC;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=102;TCR=102;TR=204;WE=77660739;WS=77660721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	77662125	rs36036308	C	T	6247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=102;PP=2965;SC=ACGCACAGTCCCGTGTCTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=216;WE=77662133;WS=77662115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr4	77662248	rs344142	G	A	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=39;PP=1439;SC=CCGAGGCGTCGGCCTCCGCCT;SOR=1.341;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=62;WE=77662256;WS=77662238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	77662309	rs344143	C	T	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=31;PP=1837;SC=TGAGGGCGACCTGGCCAGGCC;SOR=1.469;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=93;WE=77662317;WS=77662299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	77662486	rs71607374	G	T	5022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=96;PP=2965;SC=GGAGAGCAGCGTGGCCGACCG;SOR=0.962;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=176;WE=77662494;WS=77662476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	77663262	rs344144	T	C	4858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=106;PP=2965;SC=GGTTTCCTTATAAAGATATAG;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=45;TCR=106;TR=151;WE=77663270;WS=77663252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	77675505	rs3733242	C	T	10489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=178;PP=2965;SC=GAGATGCTGCCGCTCTTCCAC;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=182;TCR=178;TR=360;WE=77675513;WS=77675495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr4	77677558	rs11383066	T	TTCTCTC	62.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=20.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	77691764	rs7660736	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=609;SC=TTTGCGGTCTTATCTGTCATT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=77691772;WS=77691754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	77817362	rs2703131	T	C	5517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=98;PP=2965;SC=GTTTTAGTGATAAACCTGCAT;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=187;WE=77817370;WS=77817352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	77817874	rs2703130	G	T	9380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=170;NR=155;PP=2965;SC=GTCAATGAAGGGTTCCCCGCC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=326;TCF=170;TCR=156;TR=325;WE=77817882;WS=77817864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr4	77818202	rs2645674	T	C	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=37;PP=1446;SC=AAGCCCTGCTTGTCGCAGCCT;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=91;WE=77818210;WS=77818192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	77818548	rs2703129	T	C	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=48;PP=1764;SC=CCTACGGGAGTCGCTGCCCGG;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=87;WE=77818556;WS=77818538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	77871016	rs873090	T	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	77916865	rs6532758	G	A	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=232;SC=AAATCACCCAGTGATTTTACT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=77916873;WS=77916855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	77917194	rs7356354	A	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=240;SC=TTTTTTCACTATGAGTTGACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=77917202;WS=77917184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	77917458	rs7685131	A	G	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=15;PP=1496;SC=GCAGCTGTGGAGGGTCTCCTT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=77917466;WS=77917448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	77969825	.	GA	G	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=7.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr4	77987351	rs4241602	A	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=11;PP=893;SC=GTATGGCAGTAGTATGTTTAT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=77987359;WS=77987341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	78081744	rs28648488	G	C	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=245;SC=TGTGGGTAAAGAGCCAGTACA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=78081752;WS=78081734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	78106123	rs28503908	C	T	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=157;SC=TTGGATGTAACAGTGAGACTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=78106131;WS=78106113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	78641624	rs376684662	C	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=-7.655;NF=34;ReadPosRankSum=1.989;SC=TGACAAGAGGCAGGAGTGGAG;SOR=1.135;Source=Platypus;TCF=98;WE=78641632;WS=78641614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,75:0.45:168
chr4	78663106	rs116037967	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=304;SC=AGCATAAGGAATAATACAATA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=78663114;WS=78663102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	78669454	rs6855336	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=20;PP=569;SC=AAGGAAGAATAAGAAAAACTA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=78669462;WS=78669444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	78697552	.	T	TA	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5918;HP=11;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=18;MQ=58.24;NF=3;NR=1;PP=33;QD=10.5;SC=TTAGTCTGTTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=78697560;WS=78697542;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr4	78740066	rs6811439	T	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=13;PP=366;SC=CCAGCCCCGCTGCCGCGCGTG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=78740074;WS=78740056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	78740132	rs6828302	G	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=14;PP=422;SC=TCTCACCTGCGAGGCTCGGGA;SOR=0.976;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=28;WE=78740140;WS=78740122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	78740160	rs77103397	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	78740203	.	G	GACACACACACAC	320.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.23;QD=53.46;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	78784013	rs28695846	C	G	5396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=108;PP=2965;SC=ATGGCGGCGGCCGTAAGGTGC;SOR=1.190;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=77;TCR=109;TR=185;WE=78784021;WS=78784003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	78830272	rs10551874	AAC	A	219.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.78;NF=6;NR=0;PP=234;SC=AATGAATGTGAACACCAGGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=78830281;WS=78830262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	78870940	rs4859513	T	A	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=20;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.747;SC=ATGTATATTATTTTCTTTCAG;SOR=0.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=78;WE=78870948;WS=78870930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr4	78979257	rs144106232	CGT	C	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=3.085;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.642;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,13:0.17:77
chr4	79176325	rs1017647	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=5;PP=423;SC=ACTGGCTGCACGCCCATGCAG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=79176333;WS=79176315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	79176361	rs1017646	T	C	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=13;PP=777;SC=ACAAATGCCATCCCCCTAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=79176369;WS=79176351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	79186047	rs6856362	G	A	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=33;PP=1687;SC=ACTAAGAAATGTTAAATGAGA;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=94;WE=79186055;WS=79186037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	79186171	rs2867014	G	A	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=76;PP=2555;SC=CCTGTTCTGCGTGTTAAGGAT;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=152;WE=79186179;WS=79186161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	79187832	rs2008587	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=258;SC=TTTTCATAGAGGCTATTCCTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=79187840;WS=79187822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	79188161	rs2198635	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=27;PP=821;SC=TTCTTATTCCGGTGTGTCCTT;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=79188169;WS=79188151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	79188595	rs112081709	C	T	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=99;PP=2790;SC=GGGTAAGAAGCAGGGGCATTT;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=53;TCR=99;TR=152;WE=79188603;WS=79188585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr4	79202486	rs35419939	A	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=395;SC=TCCTAATGAAAAAATAAAATA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=79202494;WS=79202476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	79202779	rs34535077	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=330;SC=TCTTTAGCCAGTTGTTTTATG;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=79202787;WS=79202769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	79204209	rs1378236	C	T	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=15;PP=401;SC=TGCTTCTTTTCATTTTTATTT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=79204217;WS=79204199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	79205699	rs12504081	T	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=57;PP=1508;SC=CAGTCTCTGTTTAGGTATGGC;SOR=2.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=75;WE=79205707;WS=79205689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	79205747	rs6815945	A	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=661;SC=TGTGTGGGAGATAGACTCATC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=79205755;WS=79205737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	79229435	rs41537644	C	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=462;SC=GTATTCAAATCATAGCACATT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=79229443;WS=79229425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	79238448	rs345515	T	C	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=10;PP=768;SC=CCCAGGCCCGTGAAGCCCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=79238456;WS=79238438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	79238649	rs345514	T	C	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=49;PP=1428;SC=ACTCTGACCATGGAGTCTGCA;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=79238657;WS=79238639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	79240063	rs345513	A	G	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=36;PP=1514;SC=CAGCTGTCTGACGTGGGCATC;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=85;WE=79240071;WS=79240053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	79240473	rs345511	C	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=12;PP=1135;SC=ATTTATTATTCCTTCTAATTT;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=79240481;WS=79240463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	79258775	rs10010238	G	A	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=13;PP=838;SC=AATACTTCACGCATATACATG;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=79258783;WS=79258765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	79297117	rs11098162	A	T	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=57;PP=1690;SC=TAATTGACTTATGTGATATAA;SOR=1.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=79297125;WS=79297107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	79308446	rs10016220	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=80;SC=TCAAAAAGTATAGGAATAACA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=79308454;WS=79308436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	79339950	rs12649596	G	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=244;SC=CAATGCAAGAGACCAGATCCT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=79339958;WS=79339940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	79345650	rs1471752	A	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=26;PP=825;SC=TGTTCCCATCATCATTATTTT;SOR=4.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=79345665;WS=79345640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	79350200	rs112867538	C	CTGTG,CTG	1677.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.343;NF=21,21;NR=7,7;PP=48,944;ReadPosRankSum=1.536;SC=GTGCGTGTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.402;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=28,28;WE=79350208;WS=79350190;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.97:35
chr4	79359885	rs2170899	T	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=30;PP=844;SC=ACATAATCACTTTGTATTATT;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=79359893;WS=79359875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	79365479	rs7678731	C	T	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=54;SC=CCTCTCTCAGCTTCTGTTGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=79365487;WS=79365469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	79366655	rs3749489	G	C	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=52;PP=2965;SC=AGGTAAAAATGCTCTCTTGAT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=145;WE=79366663;WS=79366645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	79372856	rs10026662	A	C	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=30;PP=2425;SC=AATTGAATTCACACCTCTTGC;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=116;WE=79372864;WS=79372846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	79372930	rs753752	C	T	6593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=95;PP=2965;SC=TTATAGGCCACGTAGAATATA;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=119;TCR=95;TR=213;WE=79372938;WS=79372920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	79373254	rs753751	T	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=385;SC=ACCTTACTTCTTGGCACCAGG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=79373262;WS=79373244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	79385632	rs13123710	C	T	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=60;PP=2311;SC=TTCACCCTGTCGATGATTCGC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=78;TCR=60;TR=137;WE=79385640;WS=79385622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	79385719	rs6851427	G	A	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=49;PP=1462;SC=AGCTTAAGGCGGTGGATGCTG;SOR=1.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=75;WE=79385727;WS=79385709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	79387464	rs7684722	A	G	10439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.211;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CTTCACCATGAAAGATATCTA;SOR=0.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=364;TCF=179;TCR=185;TR=362;WE=79387472;WS=79387454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,397:1.00:398
chr4	79391020	rs7681619	C	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=620;SC=TTGCCCATCCCTCATCTCTGA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=79391028;WS=79391010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	79391036	rs1496602	T	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=1;PP=877;SC=TCTGAAGTGTTAGCAGACTTC;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=79391044;WS=79391026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	79391256	rs7664505	T	C	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=71;PP=2504;SC=GTAAGGCCTGTCCCTCTGTCA;SOR=1.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=118;WE=79391264;WS=79391246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	79391424	rs6533688	C	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=132;SC=TGTGTAGGATCGGTTACGATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=79391432;WS=79391414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	79400868	rs11098194	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=22;PP=598;SC=TCAGTGAGGACGCAGGTAATG;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=79400876;WS=79400858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	79403146	rs34505482	A	T	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=50;PP=1371;SC=GAGACTCCACAAAGTTGACAG;SOR=3.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=58;WE=79403154;WS=79403136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	79409997	rs1496603	T	C	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=156;SC=CTTCCACTAATGGTGCGTCTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=79410005;WS=79409987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	79443774	rs931604	T	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=8;PP=792;SC=CACAAGTACATTAAATGCATG;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=38;WE=79443782;WS=79443764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	79455858	rs4975140	T	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=639;SC=TCTGCTCATATGCTCTCAGTC;SOR=5.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=79455866;WS=79455848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	79507411	rs71611026	T	C	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=39;PP=2066;SC=TTTTCCTTTTTAGGGCGCGGG;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=104;WE=79507419;WS=79507401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	79697892	rs201253367	AGGCTC	A	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=5;PP=378;SC=GCGCCCGGGGAGGCTCGGACA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=79697904;WS=79697882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	79786974	rs2288254	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=804;SC=TATTGTAAAGTAGATAACATA;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=32;WE=79786982;WS=79786964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	79792082	rs376418550	CCAG	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.377;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
chr4	79793707	rs1061400	C	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=301;SC=TAAATAGATGCAGTGCTGACA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=79793715;WS=79793697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	79832706	rs12507099	C	G	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=65;PP=2468;SC=GGCACGCCAACTAGCACAAAG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=79832714;WS=79832696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	79845007	rs13108247	C	A	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=44;PP=1718;SC=AAAGAGATACCTACCTGGAAA;SOR=1.007;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=100;WE=79845015;WS=79844997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	79854436	rs10857059	T	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=51;PP=1254;SC=TGAATGTAAATGGATCAAATC;SOR=2.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=62;WE=79854444;WS=79854426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	80828668	rs10027070	A	T	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=43;PP=1220;SC=GCCATTATTTAAAAAAGCATG;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=80828676;WS=80828658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	80828740	rs6819294	T	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=310;SC=CCATGTTAACTTGAGACATGA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=80828748;WS=80828730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	80905833	rs28534734	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=400;SC=GGATGAAAAATAACCACTGAT;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=80905841;WS=80905823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	80905851	rs28688624	A	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=3;PP=479;SC=GATTTGTATAAATTAAAAAGT;SOR=3.383;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=80905859;WS=80905841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	80905990	rs12647691	C	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=37;PP=1225;SC=GGTGCAGGGGCGGGTGGTGGT;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=71;WE=80905998;WS=80905979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	80906131	rs4444771	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=373;SC=AAGTCCCTCACTGAAGCTTGC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=80906139;WS=80906121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	80939979	rs4336166	C	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	80975372	rs10745242	A	T	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=23;PP=1611;SC=CTTCTTATAGATTAAAAAAAT;SOR=1.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=80975380;WS=80975362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	80976420	rs11730210	G	T	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	80977078	rs4594664	T	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=13;PP=954;SC=AAATGTAAAATAACTTACTAG;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=80977086;WS=80977068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	81222286	rs13119149	T	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=291;SC=ACCCTACTCATGCAGCGCAGC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=81222294;WS=81222276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	81529380	rs2903671	T	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=17;PP=804;SC=AATAGATAACTGATTCCAACA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=81529388;WS=81529370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	81529518	rs2867782	T	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=44;PP=1652;SC=GCTGCTCATATCTTGAAGAAG;SOR=0.959;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=86;WE=81529526;WS=81529508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	81884610	rs11452353	A	AT	1228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.82;QD=29.97;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	81884722	rs1052325	G	A	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=64;PP=2317;SC=AGAACTCTACGTACAAGCTGT;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=133;WE=81884730;WS=81884712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	81967188	rs6831040	C	T	4511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=74;PP=2965;SC=TATCACTCAACTCTTGAGGAA;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=152;WE=81967196;WS=81967178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	81973224	rs12647814	A	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=29;PP=1271;SC=ATATACCCTTAAAGTTTTAAC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=81973232;WS=81973214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	81973260	rs1390318	C	T	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=31;PP=1168;SC=ATGCTGGGAGCTTTAGGAGTT;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=81973268;WS=81973250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	83278016	rs147699912	T	C	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=30;PP=1032;SC=GTTGCTGATATTGTTCCTTCG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=83278024;WS=83278006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	83350954	rs2516817	C	T	46.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	83352177	rs10646358	C	CTT	3035.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=54;PP=2789;SC=GGCGGTGTGGCTGCCTCTTGT;SOR=4.774;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=54;WE=83352185;WS=83352167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	83375719	rs6853622	T	C	64.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=31;SC=TTGGGCAGTATGTTTATTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=83375727;WS=83375718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	83406549	rs113689314	A	ATGTGTG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=357;SC=GTGGCCATGAATGTGTGTGTG;SOR=2.833;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=83406557;WS=83406539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	83424089	.	TA	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=2.098;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
chr4	83552809	rs3857138	A	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=800;SC=TTGGTTACTGACTCCAAAGGC;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=83552817;WS=83552799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	83582211	rs3733227	C	G	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=37;PP=994;SC=GCTCTTCCTTCTTTCTGGATG;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=83582219;WS=83582201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	83626674	rs6853042	G	A	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=51;PP=1588;SC=GTGTCAGGGGGGAAAGCTGCA;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=85;WE=83626682;WS=83626664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	83742336	rs4634209	C	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=504;SC=TCTCATTGCACTAAACCTTAT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=83742344;WS=83742326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	83745923	rs76228497	T	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=35;PP=805;SC=CCGACAACCTTGTACATAGAC;SOR=3.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=83745931;WS=83745913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	83778378	rs4235054	A	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=786;SC=ATATATATACATGAATGGAGA;SOR=5.421;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=30;WE=83778386;WS=83778368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	83784337	rs7666917	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=2;PP=327;SC=AAGAAAAAGGGAAAAAACGCT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=83784345;WS=83784327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	83787845	rs7356522	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=557;SC=ATACCCACAAGTACATCTCAA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=83787853;WS=83787835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	83788139	rs2290739	C	A	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=709;SC=ATAACATAAGCATCCGACCAT;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=83788147;WS=83788129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	83788344	rs2045478	A	T	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=84;PP=2965;SC=CATCTGTGCTACCTCCCATGA;SOR=1.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=131;TCR=84;TR=215;WE=83788352;WS=83788334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr4	83788562	rs2045479	T	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=933;SC=ACAAGTATAGTTAAATTGAAT;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=83788570;WS=83788552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	83791373	rs10015419	C	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=7;PP=1152;SC=TCCACATACTCTTCACATAGT;SOR=3.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=83791381;WS=83791363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	83791649	rs3762902	G	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=878;SC=TTCTGCCTAGGTTTTGTAGAT;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=83791657;WS=83791629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	83792464	rs35679019	TAC	T	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;QD=47.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	83792498	rs7685043	G	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=9;PP=374;SC=CACAAGTAACGTAGGTACAGT;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=83792506;WS=83792488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	83792555	rs7686508	C	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=14;PP=493;SC=TGCAGTAAGTCGTTACTTAAT;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=83792563;WS=83792545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	83793243	rs4693525	A	C	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=43;PP=1359;SC=AATGCATCTGAAGATAGTTAA;SOR=1.550;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=69;WE=83793251;WS=83793233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	83793354	rs143845447	A	ATTTTG	338.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=364;SC=GCTGTGGCTTATTTTATTTAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	83793368	rs11942312	C	T	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=167;SC=TATTTATGATCTATTTATTGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	83795806	rs10025654	T	C	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=61;PP=2372;SC=GCTCATTTTTTCTAAGATCCC;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=130;WE=83795814;WS=83795796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	83838217	rs1031639	G	A	6912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=92;PP=2965;SC=TAAAAAGTATGCCTCTCAAGC;SOR=1.152;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=146;TCR=93;TR=238;WE=83838225;WS=83838207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr4	83838262	rs897945	G	T	8156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.367;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GTCACAGTTTGCAGGGGTTTA;SOR=0.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=156;TCR=122;TR=277;WE=83838270;WS=83838252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr4	83839799	rs6535411	A	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=33;PP=1371;SC=TGGGCATATTAATCTTTTTGT;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=83839807;WS=83839789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	83852065	rs985899	G	A	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=18;PP=1629;SC=TATTTGGGAAGTACTATAAAA;SOR=2.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=74;WE=83852073;WS=83852055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	83857402	rs6535415	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=28;PP=770;SC=TGGATATTTCTGTCAGTTAAA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=83857410;WS=83857392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	83900043	rs6535422	A	G	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=47;PP=2537;SC=AACCTGCAATAACTGGTGGTG;SOR=1.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=132;WE=83900051;WS=83900033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	83900260	rs7674484	A	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=678;SC=ATGTAAAACCAGCTCACTTAA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=83900268;WS=83900250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	83905258	rs9994716	C	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=4;PP=1139;SC=AACTATGAATCAGTTAAATTT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=83905266;WS=83905248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	83977975	rs6535432	C	T	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=160;SC=GATTCCCTTACGGTACCAGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=83977983;WS=83977969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	83989516	rs2868747	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=354;SC=AACCAGAAGCTTTCTGTTCTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=83989524;WS=83989506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	84189012	.	G	GT	39	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=39;QD=30.0;SC=CAGATTTAGTGTTTTTTTGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=84189020;WS=84189002;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	84191031	rs6535454	A	G	5746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=67;PP=2965;SC=CATAAATAGTATCATATATTA;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=123;TCR=67;TR=189;WE=84191039;WS=84191021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr4	84193366	rs6841889	C	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=40;PP=1185;SC=ATTACCACTACCTCTTAGAAA;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=84193374;WS=84193356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	84205618	rs13113787	A	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=20;PP=1013;SC=GCCGACTCGGAGGCTGCTACT;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=84205626;WS=84205608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	84205872	rs6818847	C	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=18;PP=1297;SC=GCCAGTGCCACAGCCCGCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=84205880;WS=84205862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	84223461	rs4285078	G	C	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=70;PP=2123;SC=AAAAATAGATGTTTACTTATG;SOR=1.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=104;WE=84223469;WS=84223451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	84376743	rs6831595	A	T	9288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=154;NR=175;PP=2965;SC=ATCTCCGGGCACGAGCTCGGC;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=155;TCR=175;TR=329;WE=84376751;WS=84376733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr4	84401623	rs6838354	T	C	189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=120;SC=ATCCATGAAATAGTAGTTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=84401631;WS=84401613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	84458001	rs55833887	A	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=605;SC=AGTGGTCGCGAGTCAGGGGTG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=84458009;WS=84457991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	84458028	rs56139069	C	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=427;SC=CGCGCGTGTGCATGCGTGCGT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=84458036;WS=84458018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	84465613	rs10516690	C	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=251;SC=AATTTCACTTCTGTATAATCA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=84465621;WS=84465603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	84465855	.	A	C	81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=81;QD=28.9428031368;SC=AGTGTGTTCTATAGGGTTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=84465863;WS=84465845;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	84509465	rs11394944	T	TG	6781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=62;PP=2936;SC=GAGTATCTGCTCCAATGTGCC;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=99;WE=84509473;WS=84509455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	84515968	rs3733327	C	T	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=34;PP=2112;SC=GTGCCTTTTACGTTTTTTCCT;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=81;TCR=34;TR=115;WE=84515976;WS=84515958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	84518558	rs3733329	C	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=16;PP=660;SC=AAAATATTCACGCTCCTACCC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=84518566;WS=84518548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	84519775	rs71668661	AT	A	1025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.698;QD=16.82;ReadPosRankSum=1.958;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,55:0.90:61
chr4	84525973	rs35602893	CT	C	5054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.777;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.280;NF=10;NR=119;PP=2979;ReadPosRankSum=-1.975;SC=AATGGAATGGCTTTTTTTGTT;SOR=1.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=11;TCR=130;TR=129;WE=84525981;WS=84525963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr4	85414741	rs13123447	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=931;SC=GAGGCAAGGGCGAGGAATTAA;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=85414749;WS=85414731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	85416797	rs2278671	T	G	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=0;PP=132;SC=GCGGTACCTATCCCTCCAGGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=85416805;WS=85416787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	85465390	.	ATT	A	1284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=33.81;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	85530796	rs17009168	A	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=582;SC=GTCACAGAATATTTAGTTCCT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=85530804;WS=85530786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	85555196	rs13102661	G	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=435;SC=TGTACTGTTTGTTGTTCTTAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=85555204;WS=85555186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	85560271	rs9784491	G	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=52;SC=GAAACCTACTGAAAAGAACCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=85560279;WS=85560261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	85611915	rs3833443	AC	A	1310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.006;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=996;ReadPosRankSum=0.548;SC=CAGGCACCTCACCAGCAAATA;SOR=1.670;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=26;WE=85611923;WS=85611905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr4	85625701	rs1838039	A	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=296;SC=TGATAACTGTAACACTAAATG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=85625709;WS=85625691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	85629919	rs76059611	C	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=27;SC=GTCTCAAAATCCTGGGCTCAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=85629927;WS=85629918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	85634144	rs17009212	C	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=0;PP=702;SC=TGACACAGTGCTTATGCATAC;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=85634152;WS=85634142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	85657280	rs77543638	C	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=5;PP=1190;SC=GTATATTATACAAAATACTAC;SOR=3.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=50;WE=85657288;WS=85657270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	85710824	rs13137042	C	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.87;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr4	85730914	rs6531775	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=451;SC=AGTGATACACTTCAAACAAAT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=85730922;WS=85730904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	85762385	rs2046402	T	C	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=72;PP=2828;SC=GATTAATCTCTAGGAACTGAA;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=154;WE=85762393;WS=85762375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	86863206	rs11367691	CT	C	1555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.256;NF=4;NR=23;PP=501;ReadPosRankSum=0.587;SC=TACTGTGATCCTTTTTTTTTA;SOR=0.264;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=27;WE=86863214;WS=86863196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr4	87019904	rs4133139	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=355;SC=TCAAACCAGCGCTATGCTATT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=87019912;WS=87019894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	87024228	.	C	CTGTG	190.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.17;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	87024409	rs28529458	T	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	87463813	rs4529013	G	A	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=29;PP=988;SC=CCTGTCAACCGTACCCTAGCT;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=87463821;WS=87463803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	87463933	rs72665744	C	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=291;SC=ACAGACACTGCTTGCTTTGCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=87463941;WS=87463923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	87638364	.	C	T	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=28;MQ=54.16;NF=0;NR=3;PP=49;QD=27.9237375157;SC=TTTTTTGAGACGGAGTCTTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=87638372;WS=87638354;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	87679642	rs1420624	A	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=70;PP=2039;SC=AAGCCCATCAACCTACCCGCC;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=10;TCR=70;TR=80;WE=87679650;WS=87679632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	87684031	rs710832	A	G	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=50;PP=2155;SC=CCTTTGGGCCATCTGGGGGCC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=115;WE=87684039;WS=87684021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	87690998	rs2230600	A	G	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=45;PP=2876;SC=ATAATCTTATACCGGAGCAAA;SOR=1.488;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=135;WE=87691006;WS=87690988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	87706506	rs989902	T	G	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=38;PP=1616;SC=TGCAGCAGGATACTCCTGTGG;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=96;WE=87706514;WS=87706496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	87728676	rs17694112	A	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=27;PP=2194;SC=AAAATGCATGATATGGATGGC;SOR=1.969;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=98;WE=87728684;WS=87728666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	87731238	rs11930396	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=7;PP=157;SC=TAACTTATGAGTTTATATGAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=87731246;WS=87731228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	87754419	rs10050311	C	T	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=16;PP=1257;SC=AGTATCATCACCATTACTGTT;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=87754427;WS=87754409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	87754713	rs7678571	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=241;SC=TTTCTCTCCCGTTGTTTAACA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=87754721;WS=87754703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	87809387	rs1550931	G	T	6689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=117;NR=120;PP=2965;SC=TAGGTTTGTGGACCAGGTCTT;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=117;TCR=120;TR=237;WE=87809395;WS=87809377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	87811352	.	GAGGGAGGGAGGAAGGAAGGA	G	642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.67;QD=42.85;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	87812564	rs10011798	G	C	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=28;PP=1634;SC=ACTCCCCACCGCAGTCAATGC;SOR=1.389;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=84;WE=87812572;WS=87812554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	87812586	rs55723875	TA	T	2493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.709;HP=12;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.757;NF=27;NR=38;PP=941;ReadPosRankSum=-0.165;SC=TACCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.030;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=65;WE=87812595;WS=87812576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,116:0.94:124
chr4	87812810	rs35305216	G	GA	914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.28;NF=0;NR=30;PP=875;SC=CCAAATAATAGAAAAAAATTC;SOR=4.680;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=30;WE=87812818;WS=87812800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	87957989	rs340629	T	C	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=2.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	87968798	rs6854749	A	T	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.524;SC=CGGATTTGAGATGAAAATGTC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=93;TCR=86;TR=178;WE=87968806;WS=87968788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr4	87968979	rs58633957	G	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=796;SC=ACCTTTTTATGGAGCCAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=87968987;WS=87968969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	88029482	rs3733377	C	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=651;SC=CGTGTTCCCCCTCGAGATGGC;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=88029490;WS=88029472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	88048315	.	GC	G	1649	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=16;MQ=58.02;NF=4;NR=29;PP=1649;QD=50.5454545455;SC=GTTTTGTTTTGCTTCCCCCCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=33;WE=88048336;WS=88048304;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,33:0.61:54
chr4	88048316	rs11351193	C	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.64;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	88048318	rs28700060	T	C	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.47;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	88052219	rs342467	T	C	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=53;PP=1981;SC=ACAATGACCATGTTCTTCTCC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=114;WE=88052227;WS=88052209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	88053085	rs342466	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=380;SC=CAAAAAGATTCTGAAATTTGT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=88053093;WS=88053075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	88056719	rs56703224	GT	G	2038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=26.83;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	88056925	rs342464	A	G	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=47;PP=1416;SC=CAGTCCAGACATTTGTTTCAT;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=81;WE=88056933;WS=88056915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	88226231	rs11735092	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=205;SC=TTAATCTTGTTCGTTTGACTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=88226239;WS=88226221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	88226480	rs6850131	A	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=395;SC=AAAGAAAAAAAAATTGAAAAA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=88226488;WS=88226470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	88231392	rs72613567	T	TA	1307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=1271;SC=GTGCTGTACTTACTTCTGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=88231400;WS=88231382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	88234874	rs7698974	C	T	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=242;SC=ATTTTTCCTTCTTCATTTTCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=88234882;WS=88234864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	88238448	rs6531975	A	G	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=42;PP=1237;SC=ATATAATCCAAAGATGAGAGT;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=88238456;WS=88238438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	88239609	rs13118664	A	T	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=32;PP=978;SC=GAAGAAACAAATTCCGAAAAA;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=52;WE=88239617;WS=88239599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	88258483	rs9991501	T	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=28;PP=635;SC=ACTGATTTTTTGTTTTAAAAC;SOR=1.455;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=43;WE=88258491;WS=88258473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	88261828	rs7679024	A	C	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=74;PP=2289;SC=GGTGCTAACCAACAGCTTTAG;SOR=1.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=106;WE=88261836;WS=88261818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	88403609	rs72654103	G	A	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=85;PP=2965;SC=GATAACCAGCGTGTTCAGAGT;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=85;TCR=85;TR=170;WE=88403617;WS=88403599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	88532182	rs34454141	AGT	A	121.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=246;SC=TACAAAATGTAGTGTGTGTGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=88532191;WS=88532172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	88727360	rs202026150	G	A	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	88732453	rs4693183	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=338;SC=CATGAAATGACGGCCTTAAAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=88732461;WS=88732443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	88732531	rs4693878	T	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=23;PP=1270;SC=ATATAACAAATAAAGCTACAA;SOR=1.423;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=77;WE=88732539;WS=88732521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	88732692	rs1054627	G	A	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=67;PP=2518;SC=AGCAGCGGAGGAGACAATGGA;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=140;WE=88732700;WS=88732682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	88732746	rs13144371	A	G	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=56;PP=2796;SC=AATGCAGAAGACACCACAGAG;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=127;WE=88732754;WS=88732736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	88732918	rs1054629	A	T	8566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=143;PP=2965;SC=GCGCCAATGAATACGACAATG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=293;TCF=150;TCR=143;TR=293;WE=88732926;WS=88732908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr4	88755828	rs7698623	T	C	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=36;PP=1650;SC=CAATGCTTTGTGGTAAGATAT;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=102;WE=88755836;WS=88755818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	88813269	rs71594826	G	GC	13021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.20;QD=45.21;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr4	88813270	.	C	CCAAT	2973	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=59.09;NF=55;NR=101;PP=2973;QD=20;SC=CAGGCATTGGCATGACCAAAG;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=177;TCF=58;TCR=119;TR=156;WE=88813279;WS=88813260;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,156:0.88:177
chr4	88813271	.	A	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=59.37;NF=88;NR=104;PP=2965;QD=20;SC=AGGCATTGGCATGACCAAAGC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=218;TCF=102;TCR=116;TR=192;WE=88813279;WS=88813260;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:26,192:0.88:218
chr4	88813271	rs35753589	A	AATT	13273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.34;QD=45.93;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr4	88813503	rs6532031	T	C	6340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;PP=2965;SC=TGCATGCTGATCATGGTGAGC;SOR=0.782;Source=Platypus;TCF=110;WE=88813511;WS=88813493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr4	88813875	rs3828554	T	C	9652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=159;PP=2965;SC=GAAACCATGATGACATCACCC;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=186;TCR=160;TR=345;WE=88813883;WS=88813865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr4	88815163	rs3061166	A	ATTAGG	9552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=84;PP=2912;SC=GAAGAAGTCGATTAGGAGTTC;SOR=0.900;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=188;TCF=72;TCR=116;TR=149;WE=88815171;WS=88815153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr4	88928968	rs1805044	G	C	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=28;PP=838;SC=GACCCGGGCCGGCTGATGGCT;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=88928976;WS=88928958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	88957562	rs17786456	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=37;PP=1113;SC=TTCATTTGGCTTCATCATTTC;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=88957570;WS=88957552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	88959381	rs2725221	G	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=27;PP=1607;SC=AACTTTTTCAGAGATGTTTCC;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=88959389;WS=88959371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	89015857	rs2231164	C	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=46;PP=1258;SC=TTTTAAATTTCAAGAAGTTTC;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=89015865;WS=89015847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	89016782	rs2231162	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=45;PP=1323;SC=CAAATACTAAAAGTCAGGCCT;SOR=1.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=89016790;WS=89016772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	89018565	rs2231157	A	G	3771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.708;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=39;PP=2396;ReadPosRankSum=1.174;SC=ATGAAGGAAAAAAACAATTCC;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=88;TCR=40;TR=126;WE=89018573;WS=89018555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr4	89022362	rs2231153	C	T	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=19;PP=1500;SC=GCCCCGTTCCCAGAACAAAGA;SOR=2.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=70;WE=89022370;WS=89022352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	89036384	.	G	GTCTCTCTCTCTCTCTGTC	348	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.9830;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=65.79;NF=0;NR=13;PP=348;QD=27.0769230769;SC=TATATATTCAGTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=13;WE=89036392;WS=89036374;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr4	89318297	rs183536517	T	C	150.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=120;SC=GGAGTTTCGCTCTTGTTGCCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=89318305;WS=89318287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	89352469	rs57584452	CT	C	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.919;QD=1.22;ReadPosRankSum=-2.396;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,31:0.19:161
chr4	89415396	rs6857425	T	C	9341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=185;NR=146;PP=2965;SC=TTGCCAACCTTCCTTTCCCAC;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=186;TCR=146;TR=331;WE=89415415;WS=89415386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr4	89599397	rs78843724	C	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=520;SC=TTCTTTCATTCATTTTGCAAG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=89599405;WS=89599387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	89599421	rs2604227	A	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=310;SC=TTAATCACCTACTTTTGTCAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=89599429;WS=89599411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	89689354	rs3756049	A	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=569;SC=TGTTTAAACTAGTAAAATTAT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=89689362;WS=89689344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	89708850	rs11725153	A	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=29;PP=1854;SC=TTGGGTGTATATTTCTTTTAA;SOR=1.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=95;WE=89708858;WS=89708840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	90743317	rs3216147	T	TC	1522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=4;PP=1008;SC=AGTATCTTGCTCCTGCCTCCA;SOR=3.126;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=25;WE=90743339;WS=90743307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	90743331	rs10005233	C	T	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=973;SC=GCCTCCAGGCCTCACATGAAA;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=90743339;WS=90743307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	90756550	rs7681440	C	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=1;PP=827;SC=ATTCACCTACCTACACATACC;SOR=4.921;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=90756558;WS=90756540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	90816023	rs1442140	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=349;SC=AACTGGCAAAACTCAGTCTTA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=90816031;WS=90816022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	90816790	rs2289515	T	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=20;PP=581;SC=GTCTATCAGGTCTAGAAGATT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=90816798;WS=90816780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	90844359	.	A	T	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=26;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.045;SC=ACCAGGCTGAAAGTCATACAG;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=72;WE=90844367;WS=90844349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr4	90874095	rs3832297	A	AC	978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=565;SC=ATAAGGAAAGAAAAATAAGAT;SOR=2.215;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=90874103;WS=90874085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	91234250	rs1466391	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=324;SC=TCTATATCCGACATGTTCATG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=91234258;WS=91234240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	91246656	rs1870795	C	T	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=15;PP=885;SC=CTTAATTTTCCGTGAGAGGAC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=91246664;WS=91246646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	91246905	rs9284586	C	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=331;SC=TTATTTTATACTTATTTTATG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=91246924;WS=91246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	91246916	rs9284587	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=287;SC=TTATTTTATGGTGTTGAAATT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=91246924;WS=91246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	91549156	rs11303496	CT	C	1277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.930;HP=13;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=0.079;SC=AATTTTTGTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.315;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=37;WE=91549175;WS=91549146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,60:0.92:65
chr4	91584811	rs6842658	A	T	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=81;SC=ATACTTTATTATTCTTCACAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=91584819;WS=91584801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	91584992	rs6842926	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=13;PP=419;SC=ATTGTTACTTATAGGTTCACT;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=91585000;WS=91584982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	91585060	rs6843110	A	T	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=261;SC=TTCTAGTTGTATGAAAGTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=91585068;WS=91585050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	92240031	rs9999729	C	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=526;SC=TGTGCATATTCCCTCATTAGT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=92240039;WS=92240021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	92240080	rs9999885	G	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=17;PP=1151;SC=ATTTCATGGAGAGGAAAAAAA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=66;WE=92240088;WS=92240070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	92240278	rs7653977	A	T	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=695;SC=CTTCTGGATAATTTTTTCTAA;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=92240286;WS=92240268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	92240317	rs7683541	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=288;SC=AGATGATGCATAAGTTTACAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=92240325;WS=92240307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	92240802	rs6532289	C	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=23;PP=1470;SC=CTACCTAATACAAAACCCAGT;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=92240810;WS=92240792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	92240892	rs6816636	C	A	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=58;PP=2336;ReadPosRankSum=-1.173;SC=GAGGCAGAAGCACCATTTGTT;SOR=0.279;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=129;WE=92240900;WS=92240882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr4	92240925	rs6532290	T	G	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=2181;ReadPosRankSum=1.033;SC=GCTGCTTCTCTTATGCTCTAA;SOR=0.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=125;WE=92240933;WS=92240915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr4	92241031	rs6817404	G	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=27;PP=756;SC=CTTACTTGTGGTCACCCACAA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=92241039;WS=92241021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	92241071	rs6816883	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=527;SC=AATTCCAGAAACAAACCAATC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=92241079;WS=92241061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	92246344	rs3762827	G	A	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=39;PP=1581;SC=AGCATAGTAGGTGGCTCTTGC;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=94;WE=92246352;WS=92246334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	92246541	rs1528572	T	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=468;SC=CATCTATAGATGAAAGGGAGC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=92246549;WS=92246531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	93511396	rs34144324	C	T	4411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=84;PP=2736;SC=TTTTCAGTGACGTTTGTTGAT;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=147;WE=93511404;WS=93511386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr4	93511481	rs2870639	G	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=29;PP=773;SC=TTCAATTCAAGTGGCAATGAA;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=93511489;WS=93511471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	94032125	rs2271385	G	C	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=60;PP=1553;SC=ATTGTCTTGGGGTGAGAGTTG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=85;WE=94032133;WS=94032115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	94159770	rs13142615	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=683;SC=GCAGGGGGTGAGGGGAAATTA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=94159778;WS=94159760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	94180159	rs7687990	A	G	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=37;PP=998;SC=AAGTCAGGAAAATGAGTCTTC;SOR=1.371;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=56;WE=94180167;WS=94180149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	94316763	rs1385405	T	G	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=70;PP=2545;SC=TTCAGCTTGGTTGCTGGAATC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=150;WE=94316771;WS=94316753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	94693160	.	CT	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr4	95255637	rs2289186	T	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=5;PP=401;SC=TTTATTATTTTTGCTACTTAC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=95255645;WS=95255627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	95498617	rs35078286	GAT	G	351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=226;ReadPosRankSum=-1.430;SC=CTAAAGTTCTGATATATATAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=95498628;WS=95498607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr4	95500628	rs3828518	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=11;PP=475;SC=GATTAAAAAAAAATGATGTGG;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=95500636;WS=95500618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	95503670	rs3857212	G	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=0;PP=541;SC=TTCATTTTTTGGTCTGTGTTT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=95503678;WS=95503664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	95506214	rs2172448	G	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=605;SC=TATAAGTGCAGTTTTTTACTT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=95506222;WS=95506204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	95506842	rs11097431	G	A	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=26;PP=1009;SC=GAACAACTCAGTCTCGCTCTT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=95506850;WS=95506832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	95508337	rs181104813	T	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.78;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	95529430	rs10033359	C	T	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=104;SC=GATTACAGAACGGACATCATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=95529438;WS=95529420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	95529444	rs9307146	C	A	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	95531417	rs10017461	A	G	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=54;PP=2025;SC=TGAGCAGCGCAGCTGCTACTG;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=108;WE=95531425;WS=95531407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	95531562	rs10007050	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=462;SC=ATAGCTCTATTGTGAGCTCTT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=95531570;WS=95531552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	95539267	rs966845	G	A	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=65;PP=2044;SC=CAGCCTCACAGCTGCAGCTGC;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=118;WE=95539275;WS=95539257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	95578588	rs13107595	G	A	6533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=79;PP=2965;SC=GAAGTCATCAGTGCGTTGAAA;SOR=1.155;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=140;TCR=79;TR=217;WE=95578596;WS=95578578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr4	95583827	rs10031423	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=400;SC=TTGTAAATTTCGAAAGTTGTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=95583835;WS=95583817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	95585038	rs56921499	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=2;PP=462;SC=CCATTGGGGGGAAAAATCACT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=95585046;WS=95585028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	95585225	rs1056772	A	G	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=52;PP=1529;SC=TTGAAAGTCAACAGTTCAGGA;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=89;WE=95585233;WS=95585215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	95587259	rs11550270	A	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=33;PP=962;SC=ACAGAGCCCTAGGTCCTTCCT;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=95587267;WS=95587249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	96035796	rs10622489	G	GAC	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=334;ReadPosRankSum=0.170;SC=TTTTCCCCTAGACACACACAC;SOR=0.264;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=96035804;WS=96035786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr4	96073956	rs1365691	A	T	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=56;PP=1760;SC=TGGCTGTGACAGACTTCTAAA;SOR=1.440;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=89;WE=96073964;WS=96073946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	96075965	rs1434536	C	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=543;SC=GACCTCACCTCTCAGGGAGCG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=96075973;WS=96075955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	96091250	rs2241744	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=325;SC=AATAGTTATCGGTCCTGGAGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=96091258;WS=96091240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	96091524	rs2241743	G	A	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=32;PP=1003;SC=TTATTTCTGAGGACAAAAGCA;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=96091532;WS=96091514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	96106322	rs2289043	A	G	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=44;PP=1405;SC=CTGTCCTCCCATCTGTCTCTC;SOR=1.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=96106330;WS=96106312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	96123981	rs3733212	C	T	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=48;PP=1700;SC=TGAGGCGCTTCGCAGCCGCTT;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=96;WE=96123989;WS=96123971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	96127869	rs2276322	T	G	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=27;PP=996;SC=TGAGGACGACTGGGCGGGTGA;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=63;WE=96127877;WS=96127859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	96137512	rs995062	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=415;SC=CCTTCCTCATTGGCCTCCTTA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=96137520;WS=96137502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	96256673	rs1843018	G	A	4718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=89;PP=2965;SC=ACAGGTTCACGGGCTTATTCT;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=166;WE=96256681;WS=96256663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	98761900	rs11735193	C	T	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=42;PP=2346;SC=TTCCTCATAGCTTTATAAGGA;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=87;TCR=42;TR=129;WE=98761908;WS=98761890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	98864859	rs28417716	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=49;SC=TCTCATATAGCAATTCTGGAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=98864867;WS=98864849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	98893334	rs13147195	G	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=282;SC=ATAACTATTTGACATCCTTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=98893342;WS=98893324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	98902278	rs35146453	A	G	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=194;SC=TTATAAAGCCAAAGAGTAGAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=98902286;WS=98902268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	99027137	rs2865979	T	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=24;PP=758;SC=TTATTTCATATAGTCGTGGGA;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=99027145;WS=99027127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	99027159	rs28403003	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=17;PP=472;SC=AAATGAACAATAATTTTGTTG;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=99027167;WS=99027149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	99027184	rs2903150	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=260;SC=TCTCTCTTGATGTTAACATTT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=99027192;WS=99027174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	99027218	rs2903151	T	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=9;PP=241;SC=TCTTTTTCCTTCAGAAAATTC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=99027226;WS=99027208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	99049593	rs17558193	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=14;PP=772;SC=TGAGGTTTGTAGTATGCTGGA;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=99049601;WS=99049583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	99055406	rs13328042	A	G	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=169;SC=AAGACAATATAAGCAGAAAAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=99055414;WS=99055396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	99055480	rs13328005	T	C	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=11;PP=566;SC=AAGTCAATTATAGTAACTATA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=99055488;WS=99055470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	99055637	rs36227055	CAGATA	C	1088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=732;SC=ATATGACCAGCAGATAAGATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=99055649;WS=99055627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	99055730	rs35399947	C	CTAA	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=71;SC=ATTTTCAGAACTGTCTAGTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=99055738;WS=99055720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	99399748	rs4303985	G	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=0;PP=793;SC=TAAGAAGAGGGTTCAACCAAA;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=33;WE=99399756;WS=99399738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	99408106	rs6838913	T	C	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=29;PP=774;SC=TAAAGATTATTGCATTTGTCC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=99408114;WS=99408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	99802395	rs11729285	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	99808254	rs62323192	G	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=5;PP=938;SC=AGCGATCGAGGTCACTTCGTC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=99808262;WS=99808244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	99824665	rs34445885	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=25;PP=822;SC=GCTAATTCTTTTTTATTTTTA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=99824673;WS=99824655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	99850126	rs11723037	A	G	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=23;PP=1220;SC=TCCAACATGAAGGGGAAGGGG;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=99850134;WS=99850116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	100047812	rs1126672	G	A	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=42;PP=1770;SC=TGGGTCACCAGTGCATCCAGA;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=103;WE=100047820;WS=100047802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	100048327	rs9307234	G	A	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=23;PP=1736;SC=ACTAGGAAAAGAATTTAAAGC;SOR=1.923;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=85;WE=100048335;WS=100048317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	100048506	rs6836440	G	A	4920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	100048509	rs6813415	T	C	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=1.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	100052963	rs35019093	C	CT	1342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=1062;SC=GCCAGTCCCACTTTTTTTCTT;SOR=1.814;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=34;WE=100052971;WS=100052953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	100053025	rs13129488	G	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=420;SC=AAGACAGCCTGCTATTAAACT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=100053033;WS=100053015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	100057858	rs55878268	T	TA	690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=558;SC=ACTAGAAAATTAAAAAAAAGA;SOR=3.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=23;WE=100057866;WS=100057848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	100062675	rs13138294	T	G	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=14;PP=914;SC=CCATTTTTTCTGAATAAAATA;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=100062683;WS=100062665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	100062819	rs2032349	A	G	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=66;PP=2256;SC=TATGGCACAGAGAGGTAGCAA;SOR=0.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=128;WE=100062827;WS=100062809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	100064233	rs2213035	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=573;SC=CTATAACAGAGAGAATAGATT;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=100064241;WS=100064223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	100064305	rs4699715	C	G	4037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=29;PP=1525;SC=TTTGAAATCACCTCTGAATTA;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=83;WE=100064313;WS=100064295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	100064326	rs3919370	A	T	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=40;PP=1695;SC=CCTGAGTCAGATAATTGCTGG;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=100064334;WS=100064316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	100128530	rs7661441	G	A	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=0;PP=583;SC=TTTCTTAAGCGTTTATGGTAC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=100128538;WS=100128520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	100131163	rs6833176	G	C	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=21;PP=1806;SC=TATGATAAGAGATGACAAAGA;SOR=2.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=90;WE=100131171;WS=100131153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	100131746	rs17219837	C	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=25;SC=AGCAAGGCACCCAAGAAGAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=100131754;WS=100131736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	100134713	rs5860571	A	AT	5845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=35;PP=2974;SC=CATTTTCTCGAGTTGGTTCCA;SOR=1.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=81;WE=100134721;WS=100134703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr4	100140306	rs4699735	A	T	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=68;PP=2538;SC=CCTGTAGTACACATGCTGATT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=138;WE=100140314;WS=100140296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	100205819	rs28364312	C	A	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.60;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	100205829	rs28364311	T	G	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.79;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	100212172	.	TA	T	303.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,27:0.27:100
chr4	100212173	rs13134764	A	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,73:0.73:100
chr4	100212197	rs4147531	G	A	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=59;PP=1589;SC=AATAACACCCGATTCCAGTTC;SOR=1.450;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=91;WE=100212205;WS=100212187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	100231602	rs28914783	C	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=9;PP=339;SC=ATAATTATGGCTGTTTAAATA;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=100231610;WS=100231592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	100235053	rs1789882	A	G	10933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=195;NR=223;PP=2965;SC=GCACTTCCTGAATGGGTTTCT;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=418;TCF=195;TCR=223;TR=418;WE=100235061;WS=100235043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr4	100239319	rs1229984	T	C	4999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=84;PP=2945;SC=GTCATCTGTGTGACAGATTCC;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=180;WE=100239327;WS=100239309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	100258054	rs1693453	C	A	10162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=163;NR=188;PP=2965;SC=CAGCCACTCCCTTCCCATCCC;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=351;TCF=163;TCR=188;TR=351;WE=100258062;WS=100258044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr4	100258155	rs1614972	C	T	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=63;PP=1927;SC=TCAAAACCTCCTGAGTATGCC;SOR=7.054;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=64;WE=100258163;WS=100258145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	100265957	rs283411	C	A	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=46;PP=2933;SC=CAAGAAATTGCTTCCCTTTTG;SOR=1.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=107;TCR=46;TR=152;WE=100265965;WS=100265947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	100268190	rs283413	A	C	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=15;PP=1616;SC=ACCCCTTCTCAAACACTTTCC;SOR=2.537;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=70;WE=100268198;WS=100268180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	100350594	rs35006747	A	ATC	1002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=779;SC=CATGGGAAGCATCTCCTTATT;SOR=4.892;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=17;WE=100350602;WS=100350584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	100356466	rs17537595	A	G	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=85;PP=2415;ReadPosRankSum=1.701;SC=TCTGTTGTATATAACAGCAGC;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=146;WE=100356474;WS=100356456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr4	100512350	rs11734413	C	T	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=43;PP=2840;SC=TCAAATGGCCCACAAGGAATC;SOR=1.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=96;TCR=43;TR=139;WE=100512358;WS=100512340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	100528154	.	GA	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr4	100757097	.	G	A	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=290;SC=AAAATTGTTAGAGCTGGAGGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=100757105;WS=100757087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	100784142	.	TTG	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,9:0.10:87
chr4	101109385	rs3749603	A	C	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=763;SC=TAGAAAAAAAACACCAAGATA;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=101109393;WS=101109375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	101338217	rs3733437	T	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=19;PP=1126;SC=AGAGTAACAATAATTTTCACT;SOR=1.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=62;WE=101338225;WS=101338207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	101368501	rs1157181	A	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=343;SC=GAACACTTAGACATGTCCTTA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=101368509;WS=101368491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	101953322	rs2851060	C	T	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=17;PP=1245;SC=GAAGAAGAACCGAAGACCAAG;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=101953330;WS=101953312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	102020924	rs3729663	C	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=332;SC=TTTTCCTTAACACTTATGCAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=102020932;WS=102020914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	102171591	rs2583404	T	G	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=495;SC=ATTTAATAGATTATTGTTATG;SOR=3.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=102171599;WS=102171581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	102171606	rs2850958	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=299;SC=GTTATGTTACATAGAAAGGAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=102171614;WS=102171596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	102267821	rs2850327	AA	CG	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=19;PP=2947;SC=GGAGGGGAGGAAAGGCGAGGC;SOR=2.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=80;TCR=21;TR=91;WE=102267830;WS=102267811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	102642453	rs10856962	T	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=6;PP=1309;SC=TTGAATTTTTTAATTGTCTTA;SOR=3.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=51;WE=102642461;WS=102642443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	102642526	rs12506517	T	C	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=59;PP=2937;SC=TACAGTAGTCTCTGCTTATCC;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=98;TCR=59;TR=157;WE=102642534;WS=102642516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	102751276	rs10516486	C	T	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=59;PP=2253;SC=CTATGAATTACTAAATATCTC;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=127;WE=102751284;WS=102751266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	102751401	rs58497383	GTTT	G	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=7.324;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;MQRankSum=0.471;QD=35.29;ReadPosRankSum=1.157;SOR=3.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr4	102751433	rs35352058	G	GT	371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=407;SC=AGAATTGCAAGTTGTTTTAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=102751441;WS=102751423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	102776406	rs13145804	T	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.968;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.56;ReadPosRankSum=-1.726;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr4	102791905	rs10516483	C	G	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=42;PP=1190;SC=GATTGAATAACAGTGAATTAC;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=44;WE=102791913;WS=102791895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	102816467	rs62321738	C	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=12;PP=791;SC=AACAGAATAGCATTGAAGAAC;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=102816475;WS=102816457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	102839362	rs3733198	A	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.04;ReadPosRankSum=1.406;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr4	102942761	rs2631261	C	T	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=3;PP=46;SC=TAAGTTTTTCCATGTTATATA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=102942769;WS=102942751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	102946347	rs2035604	A	G	4411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=58;PP=2620;SC=TGCAATCTTCATCATAAACAG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=160;WE=102946355;WS=102946337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	102965043	rs3113676	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=16;PP=467;SC=TGACAAGTTCTGTGGTCTTCC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=102965051;WS=102965033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	102992517	rs34184671	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=461;SC=ACAGAGTAAATCAATTTCAAT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=102992525;WS=102992507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	103505784	rs10711129	CA	C	345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=4;PP=109;SC=AGCATTACTGCAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=10;WE=103505792;WS=103505774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	103514658	rs1609993	T	C	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=32;PP=1351;SC=GTAGTGGTGCTGGAGCTGGAG;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=103514666;WS=103514648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	103533821	rs4648110	T	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=649;SC=TGTTAACATCTCTGGCCAGGG;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=103533829;WS=103533811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	103553447	rs5860729	GA	G	1071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.548;HP=16;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.421;NF=5;NR=31;PP=544;ReadPosRankSum=0.082;SC=GCCTGAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.078;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=36;WE=103553455;WS=103553436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,47:0.94:50
chr4	103553543	rs735403	C	T	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=230;SC=AAGGAGTCCACTTCCCACAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=103553551;WS=103553533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	103555992	rs2272697	A	G	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=20;PP=1633;SC=GGTGAGGACAAGAAGTGGTAG;SOR=2.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=73;WE=103556000;WS=103555982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	103556316	rs909349	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=497;SC=TAAGAGACTATGAAACCTGAG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=103556324;WS=103556306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	103556367	rs11436517	G	GT	402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=452;SC=ATGTGACTAAGTAACTTCTCA;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=103556375;WS=103556357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	103557077	rs2866413	G	A	6029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=79;PP=2965;SC=GATATAGAACGTGTTTTCATT;SOR=1.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=128;TCR=79;TR=206;WE=103557085;WS=103557067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	103557192	rs4547797	C	T	4116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=85;PP=2644;SC=TGTCAGGAGACGGCAAGGTCA;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=51;TCR=86;TR=136;WE=103557200;WS=103557182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	103557219	rs2866414	C	T	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=65;PP=1970;SC=CAGAGAGGCACTGTCCAATGG;SOR=1.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=93;WE=103557227;WS=103557209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	103557251	rs10027437	G	A	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=35;PP=1141;SC=GTGGCTCATCGGGGTTCTAAG;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=103557259;WS=103557241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	103557311	rs4496586	G	C	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=552;SC=CCATGTTTGTGAAGCGCTCTG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=103557319;WS=103557301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	103592592	.	A	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=792;ReadPosRankSum=0.624;SC=CATAATTTGGAAAAAAAAAAC;SOR=0.705;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=64;WE=103592600;WS=103592579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,58:0.92:63
chr4	103594918	rs227276	T	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=342;SC=ATATATAATTTTTAAAATCCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=103594926;WS=103594912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	103594938	rs227277	G	A	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=479;SC=TGTCCATTCTGAAGTTTCCAT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=103594946;WS=103594928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	103610872	rs227365	A	G	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=28;PP=821;SC=TCACTCTAATATGTCATATTT;SOR=1.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=103610880;WS=103610862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	103612018	rs227369	G	T	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=153;SC=TTGAAGGTAAGACTAAAGCAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=103612026;WS=103612008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	103647848	rs113584126	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=19;PP=532;SC=ATCCTGTTGATACAAGGTAAA;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=24;WE=103647856;WS=103647838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	103719893	rs223437	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=281;SC=TTGCCATGCAGTACTTTCAAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=103719914;WS=103719883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	103719906	rs223436	A	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=404;SC=CTTTCAAGCAATAACGGCTAC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=103719914;WS=103719883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	103722873	rs57915035	CCT	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=257;SC=ACCACAACCCCCTGCCTCCTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=103722882;WS=103722863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	103732704	.	T	TG	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=51;QD=47.0;SC=CCACGCATAGTGCACACGCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=103732712;WS=103732698;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	103732845	rs223414	A	C	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.77;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	103746753	rs3774997	C	T	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=738;SC=GTGGAGGTTCCGCTCACTCCC;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=103746761;WS=103746743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	103747427	rs199965635	CT	C	2842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=10;PP=1603;SC=CACTGAAGCACTCAGGATAAC;SOR=3.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=55;WE=103747436;WS=103747417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	103747541	rs2023532	G	A	10108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.03;NF=182;NR=168;PP=2965;SC=TGATCCAAGAGGTATTTTCAG;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=182;TCR=168;TR=350;WE=103747549;WS=103747531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr4	103789782	rs2198199	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=353;SC=ATACTCATGGGCGAGTATGCA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=103789790;WS=103789772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	103789810	rs223333	C	A	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=726;SC=GGCCACAGCACCCAAACTGTA;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=103789818;WS=103789800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	103790186	rs223332	G	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=628;SC=GCGCAGGCGCGGCAGCTTGGC;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=103790194;WS=103790176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	103806308	rs35282200	CTA	C	4985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=30;PP=2957;SC=AAGGATGAAACTAGACATGCT;SOR=1.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=63;WE=103806317;WS=103806298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	103866480	rs3974494	G	A	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=98;PP=2965;SC=CTCAAAGCCTGAAACACAAAA;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=189;WE=103866488;WS=103866470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	103911069	rs2715591	C	A	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=14;PP=451;SC=TAGTTTCTTCCTGTGCAGTAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=103911077;WS=103911059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	103911159	rs7672319	A	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.29;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	103911168	rs151243467	C	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	103911222	rs6533051	C	G	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=82;SC=ATCACAGATACAAAAGAAGAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=103911230;WS=103911212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	104032264	rs2720449	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=336;SC=CCATTATAGAGACCCAAACAG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=104032272;WS=104032254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	104041293	rs2720453	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=277;SC=TTTATTTTTATGTTTAAGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=104041301;WS=104041283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	104057248	rs2720463	G	A	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=390;SC=TAAATACATTGATGTTTATAA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=104057256;WS=104057238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	104059542	rs2243682	G	A	7052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=128;PP=2965;SC=CAGGCTTTCCGTAAGGTGCTG;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=102;TCR=128;TR=229;WE=104059550;WS=104059532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	104061845	rs3052340	CTTA	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=499;SC=CAGATAGTGCCTTATTATTGG;SOR=5.417;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=104061855;WS=104061835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr4	104063071	rs2711898	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=576;SC=AGATCCTTTACCATTAGAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=104063079;WS=104063061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	104066461	rs2615542	A	G	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=62;PP=2001;SC=TTTATATTAAATTGTTCCTCT;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=96;WE=104066469;WS=104066451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	104066890	rs2169508	T	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=428;SC=TATAACTATTTTGTTGTAATT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=104066898;WS=104066880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	104068898	rs2711894	G	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=376;SC=TTGCCCAGGTGGGAGTGCAGT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=104068906;WS=104068888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	104079424	rs2251322	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=218;SC=TATATACAAGCATATGAAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=104079432;WS=104079414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	104082349	rs2251634	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=16;PP=544;SC=TTGCCTCCAACTGGCTTTGAT;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=104082357;WS=104082339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	104102563	rs17217250	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=14;PP=535;SC=CATCAGTTGATACCTCATTAA;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=104102571;WS=104102553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	104103897	rs4698879	C	T	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=24;PP=1702;SC=CTATATTAAGCTGAGATAAAA;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=86;WE=104103905;WS=104103887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	104104186	rs3835129	T	TACTA	580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=592;SC=AGATTAAAACTACTAAAAAAT;SOR=0.836;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=13;WE=104104194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	104107043	rs17283278	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=145;SC=AAAATAAATCCTTAGGGCAGA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=104107051;WS=104107033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	104117191	rs2290943	A	G	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=32;PP=1962;SC=AGGCAAATATAGTACCTGCAA;SOR=1.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=97;WE=104117199;WS=104117181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	104118109	.	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TTGAAAGATAGTAACATAAGA;SOR=2.115;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=9;WE=104118117;WS=104118099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr4	104119587	rs2276975	C	T	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=48;PP=1455;SC=AACGCCGCATCTGATTGAGCC;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=104119595;WS=104119577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	105393361	rs4413407	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	106154990	rs71971966	TATAGATAG	T	1461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=1075;SC=TTAGTATTTTTATAGATAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=14;WE=106155005;WS=106154980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	106290829	rs16345	A	ACTTGGGGAAAAAGAGT	9383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=35;PP=2957;SC=TGTCTCTAGCACTTGGAGTCC;SOR=1.092;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=66;WE=106290841;WS=106290819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	106292109	rs72665979	G	A	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=174;SC=GTTTTTTCACGAAATTATAGA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=106292129;WS=106292099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	106292121	rs2726526	G	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=152;SC=AATTATAGAAGAAAGTTTACA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=106292129;WS=106292099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	106320467	rs17035550	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=263;SC=AGCAGCATCATCATTGATATG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=106320475;WS=106320457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	106474096	rs6533206	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=529;ReadPosRankSum=1.272;SC=CTGACAGGACTGAATACAACC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=106474104;WS=106474086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr4	106587316	rs56277608	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=319;SC=AACAATGCCATATTATTTCTA;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=106587324;WS=106587306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	106848314	rs4546247	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=0;PP=486;SC=ACATACATAACACATGTGTGT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=106848322;WS=106848313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	106848703	rs10856978	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=576;SC=TGTGAGCTGCCATTTTGCTGA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=106848711;WS=106848693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	106861557	rs4627867	A	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=667;SC=ATCTGCCAATATTATGTAGAT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=106861565;WS=106861553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	106861730	rs4340795	A	G	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=54;PP=2429;SC=ATGTTATAACATACGTGGGTC;SOR=1.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=84;TCR=54;TR=138;WE=106861738;WS=106861720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	106891531	rs6817700	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=10;PP=868;SC=ATTTTCTGCTATTTTTGCCAG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=106891539;WS=106891521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	106892210	rs4449421	T	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=411;SC=TTTCTTCATGTTAAAGGTATA;SOR=5.670;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=106892218;WS=106892200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	106924931	rs17258724	G	A	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=41;PP=1384;SC=ACAAGGTGTAGTTCTCCATGT;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=106924939;WS=106924911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	107154273	rs13138528	T	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=734;SC=TAATCAGCAATAAACCCTTAA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=107154281;WS=107154263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	107156365	rs7668276	C	G	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=37;PP=1976;SC=GGAAAGCACTCTCCTTCTCCA;SOR=1.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=106;WE=107156373;WS=107156355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	107165685	rs58634260	TA	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=0.870;SC=ACAACCAATTTAAAAAAAAAA;SOR=2.712;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=107165693;WS=107165675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	107168431	rs3775091	G	C	5062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=99;PP=2965;SC=TTCATTAATTGATCTGGGGTT;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=76;TCR=99;TR=174;WE=107168439;WS=107168421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr4	107172377	rs13113845	C	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=38;PP=1124;SC=ATTAACTGTACATATACCACA;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=107172385;WS=107172367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	107288114	.	A	ATATTAT	354.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=44.34;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	107845794	rs17037102	C	T	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=48;PP=1799;SC=ATCTCTGTGCCGAGTACCATC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=112;WE=107845802;WS=107845784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	108048977	rs2158182	A	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=20;PP=971;SC=GCAAGATGTAAGGCTGAAGGC;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=108048985;WS=108048967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	108581002	rs11291153	GC	G	1053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=8;PP=595;SC=CAACATCTTTGCCCCCCCAGC;SOR=1.483;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=19;WE=108581010;WS=108580992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	108608100	rs45502094	CTCTAACACT	C	1168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=2965;SC=CTCCAAGTCACTCTAACACTT;SOR=2.468;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=17;WE=108608116;WS=108608090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	108615226	rs371693146	CT	C	1178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=32;PP=726;SC=TGTAGTAATACTTTTTTTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=35;WE=108615234;WS=108615216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	108622169	rs71590193	A	AT	777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=792;SC=ACAAAAAAAAAAATAACAAGA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=108622177;WS=108622159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	108641169	rs2074372	C	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=9;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CCTCCGCGCTCCTGGAAGGAT;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=57;WE=108641177;WS=108641159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr4	108641300	rs973126	T	C	7823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=134;PP=2965;SC=TATTGCTCAGTTTGACTTTCT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=136;TCR=134;TR=270;WE=108641308;WS=108641290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr4	108641464	rs1319253	AA	GC	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=756;SC=GCGCTGACTTAAGCACGCGCC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=108641473;WS=108641454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	108853384	rs6849089	C	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=681;SC=TCCGGCCGCCCGCGCCCCCAG;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=108853392;WS=108853374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	108866058	rs10002671	G	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=268;SC=AATGCACTCCGTGGTAGGTCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=108866066;WS=108866048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	108868515	rs6856745	T	C	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=23;PP=1272;SC=CTGGTTTATTTTTCCCTTTTT;SOR=1.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=62;WE=108868523;WS=108868505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	108926170	rs3775973	T	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=250;SC=ATGTTTATTTTATACTGTAAC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=108926178;WS=108926160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	108931039	rs4956145	T	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	108935770	rs7677408	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	108935871	rs4956147	G	A	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=169;SC=ATATTGTGTAGTGGTGAAGTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=108935879;WS=108935861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	108944579	rs4956032	C	T	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=37;PP=1671;SC=ACCATTCTACCGAAGTTGCTT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=99;WE=108944587;WS=108944569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	108944821	rs4956033	C	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=35;PP=905;SC=AAAGAAGGAGCATTGTATACT;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=108944829;WS=108944811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	108944846	rs4956034	A	G	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=674;SC=GCTTGTCCACATGCTGTAAAG;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=108944854;WS=108944836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	108969590	rs4245927	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=791;SC=CGCAGATATGAGGGGAGAAAA;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=27;WE=108969598;WS=108969580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	108985388	rs4613638	A	G	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=38;PP=2320;SC=AAAGCATCATAAGTTACAGTC;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=109;WE=108985396;WS=108985378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	108991979	rs2276335	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=15;PP=403;SC=ATAGCAATAGCATATTTTATG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=108991987;WS=108991969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	108999300	rs4956156	G	T	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=22;PP=2148;SC=ACCTGATATGGGATTAAATTG;SOR=2.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=81;TCR=22;TR=103;WE=108999308;WS=108999290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	108999366	rs4956157	G	A	7117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=104;PP=2965;SC=CACATGACTCGGCTACTTACC;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=137;TCR=104;TR=241;WE=108999374;WS=108999356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr4	109000536	rs6819640	T	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=184;SC=CAGAGGTGCATTGAGTTTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=109000544;WS=109000526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	109002986	rs7681524	T	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=300;SC=TCCCCTTCCTTACCCTCCACC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=109002994;WS=109002976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	109010207	rs16996935	A	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=4;PP=288;SC=GGCATCTGGAAGGTCACTCAG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=109010215;WS=109010197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	109576843	rs2851380	G	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=27;PP=852;SC=ATGATTTGGTGGTGGGAAAGA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=109576851;WS=109576833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	109588238	rs2851374	G	C	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=162;SC=GGTGAGGGGGGCAAAATATGA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=109588246;WS=109588228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	109664819	rs6533381	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=717;SC=CAACAATAAGTGAACCTAATA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=109664827;WS=109664809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	109762918	rs11942576	C	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=787;SC=GAATTGATTCCCTGTTTCCCA;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=109762926;WS=109762908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	109766177	rs10015534	G	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=400;SC=TATACTTTGTGTATCACTGTG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=109766185;WS=109766173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	109766290	rs11098004	T	G	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=31;PP=2092;SC=GTAAGTAACATGTCAGTGTGT;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=67;TCR=31;TR=98;WE=109766298;WS=109766280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	109767453	rs5860952	C	CA	5545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=59;PP=2936;SC=AACAGAATTCCGATCAATTTC;SOR=1.299;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=67;WE=109767461;WS=109767443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	109767469	rs115566592	T	C	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=50;PP=1625;SC=ATTTCGTTAATAGGTGGGTTC;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=109767477;WS=109767459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	109769899	rs13135591	C	T	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=39;PP=1797;SC=TAATAGTATACATCTTTGAAA;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=105;WE=109769907;WS=109769889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	109790346	.	C	CAATAAATA	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.92;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	109863599	rs113261936	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.025;QD=1.32;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr4	109895718	rs70949061	GA	G	1013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=29;PP=819;SC=GGAGGGCCCTGAAAAAAAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=30;WE=109895726;WS=109895708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	109971378	rs1863291	T	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=15;PP=460;SC=TTTAATTCTTTTTCCTGGTTC;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=109971386;WS=109971368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	110370867	rs13123618	C	T	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=214;SC=TCATGGTGGTCCTGCCTTCAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=110370875;WS=110370857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	110384047	rs70949082	G	GCTTTT	4597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=19;PP=2957;SC=GTAAATACTTGCTTTTTCAGG;SOR=2.006;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=56;WE=110384055;WS=110384037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	110446454	rs6812906	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=332;SC=TGGACAAGTAAAATATTATTA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=110446462;WS=110446444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	110580084	rs1543812	G	T	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=493;SC=GTATTAAAAAGAATCTTATGG;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=110580092;WS=110580074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	110581324	rs34754720	A	AT	1325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.281;HP=9;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.300;NF=34;NR=12;PP=769;ReadPosRankSum=2.024;SC=AAATTTACTCATTTTTTTTTC;SOR=2.124;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=46;WE=110581332;WS=110581314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,53:0.95:56
chr4	110581363	rs4698744	T	A	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=95;NR=54;PP=2866;SC=ATAACAGTTATTTATAGACAT;SOR=1.228;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=152;TCF=98;TCR=54;TR=149;WE=110581371;WS=110581344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	110661937	rs551	G	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=11;PP=552;SC=AAAATATCCAGTGAGATTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=110661945;WS=110661927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	110670807	rs7441380	G	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=22;PP=630;SC=ACCCATTAGCGTTTTTAACAC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=110670815;WS=110670797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	110678925	rs11098044	T	C	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=148;SC=TTACCTTGAGTCACAGATGCA;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=110678933;WS=110678915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	110678979	rs146158558	T	TTTTAA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	110679002	rs7437142	G	T	138.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=76;SC=GCACACTATAGCAATATACTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=110679010;WS=110678992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	110681618	rs4382037	C	T	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=45;PP=2268;SC=AGTAAAGTTGCTTTTCCTCTT;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=97;WE=110681626;WS=110681608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	110737389	rs2276326	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=304;SC=TCAACCGAGGTGGCAGCAGCA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=110737397;WS=110737379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	110737549	rs6828254	G	A	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=28;PP=1078;SC=GCAGTCTTCAGTATTTAGCTT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=110737557;WS=110737539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	110745425	rs3188897	G	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=400;SC=GAAAAATAAAGGTGTAATATG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=110745433;WS=110745415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	110765361	rs7681770	T	G	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=82;PP=2625;SC=TGAAATAAGATAAAAGGACAC;SOR=1.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=127;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	110765372	rs7657133	A	G	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=71;PP=2099;SC=AAAAGGACACACTATCAAAAC;SOR=1.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=104;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	110773067	rs4698797	G	A	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=79;PP=2965;SC=TTCCTGGAGAGCTGGACTCAT;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=99;TCR=79;TR=178;WE=110773075;WS=110773057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	110786290	rs7679048	C	T	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=32;PP=1944;SC=TAGAACGTTACGGCTGTAAAA;SOR=1.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=100;WE=110786298;WS=110786280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	110786517	rs7679303	A	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=563;SC=ACTAATACGTACAATAATGAC;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=110786525;WS=110786507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	110790911	rs764205	A	T	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=65;PP=2965;SC=TCTGGCTGGGATGTCAGAAGC;SOR=1.034;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=166;WE=110790919;WS=110790901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr4	110914427	rs4698803	A	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=24;PP=849;SC=CAACTGGGGGAGCACAGCTGT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=57;WE=110914435;WS=110914417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	111398208	rs10004516	A	G	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=885;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GAGAACGGACAAGTCAAGTAA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=39;WE=111398216;WS=111398198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr4	111398252	rs11734805	C	A	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=305;SC=CTTAAGCTCACATATCTGCTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=111398260;WS=111398242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	111437040	rs139525131	CAG	C	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.824;QD=3.60;ReadPosRankSum=-2.379;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr4	111437103	rs2348432	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=21;PP=615;SC=ACTGGTTCCACCATAAGAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=35;WE=111437111;WS=111437093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	111454153	rs671841	A	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=483;SC=CTGGTAAAAGACATAATAAGA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=111454161;WS=111454143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	111781650	rs10213399	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=271;SC=TGTGGTCTGTCGTTGACTGGA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=111781658;WS=111781640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	113066831	rs10002700	G	A	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=310;SC=GCAGGGACCGGGTGGGATCCC;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=113066839;WS=113066821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	113175742	rs17044344	A	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=153;SC=TAGGACTGTTAAATATATCAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=113175750;WS=113175732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	113178894	rs147158310	ATTTGT	A	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=231;SC=TAGCTAATGAATTTGTTTTAA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=113178906;WS=113178884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	113179077	rs4834247	C	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	113179080	rs4834248	A	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	113199075	rs701759	A	G	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=23;PP=1682;SC=AGCAGAGCGAATAAGTGCCAT;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=78;WE=113199083;WS=113199065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	113199691	rs6834298	C	T	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=205;SC=GGCAATTTATCTGGACTTTAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=113199699;WS=113199681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	113344685	rs1989924	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=803;SC=GAAAGAATCTCCTCACTCCCC;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=113344693;WS=113344675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	113344826	rs1989925	A	G	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=73;PP=2741;SC=TACTCCTCAAACCCTGCTCTA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=153;WE=113344834;WS=113344816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	113344925	rs1989926	C	T	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=35;PP=1414;SC=AAAACTTCATCTTTCTTTTCA;SOR=0.992;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=113344944;WS=113344915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	113346714	rs916868	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=280;SC=ACGAGATTGTTTCTCAAAATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=113346722;WS=113346704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	113346996	rs10017209	G	A	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=54;PP=1544;SC=CTTTTATCAGGCTAAAATTGT;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=113347004;WS=113346986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	113347496	rs9994944	A	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=8;PP=966;SC=ATCTAAGCCTAAGTTTTCCTA;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=113347504;WS=113347486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	113349020	rs4834277	C	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=497;SC=AGCACTGTAACAGACACTCAG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=113349028;WS=113349010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	113350154	rs35133578	C	A	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=1;PP=1330;SC=GGTCTTTAGACCCACTTACTC;SOR=6.439;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=49;WE=113350162;WS=113350144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	113350415	rs11944513	C	T	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=98;PP=2752;SC=CTGTGGTAAACGAATGCAGCC;SOR=2.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=35;TCR=98;TR=133;WE=113350423;WS=113350405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	113350498	rs17444613	C	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=538;SC=AAGGTTTAACCTTCAAACAGG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=113350506;WS=113350488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	113351521	rs1029447	G	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=351;SC=TCAAATGACTGTCCTCCAGAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=113351529;WS=113351511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	113352397	rs2074388	G	A	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=40;PP=1738;SC=TACAGCAATGGTGAGGGAGCT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=113352405;WS=113352387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	113352628	rs13148353	A	G	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=51;PP=1903;SC=CATTCATTGCATTCACAGCTT;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=113352636;WS=113352618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	113352899	rs2074379	G	A	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=65;PP=2806;ReadPosRankSum=-1.429;SC=CCAAGAATATGGGCACACATC;SOR=0.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=87;TCR=65;TR=151;WE=113352907;WS=113352889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr4	113353285	rs11726117	T	C	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=78;PP=2948;SC=CTCGACAGCATGGATGTTCCC;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=172;WE=113353293;WS=113353275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr4	113353842	rs6841595	A	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=463;SC=AAGGTATAGAACCCTGGTATG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=113353850;WS=113353832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	113356259	rs3815071	C	T	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=711;SC=TGAATTGTAACGTCCTTTTGA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=113356267;WS=113356249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	113359703	rs231247	A	G	7036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=108;PP=2965;SC=ATGTGGAGCGACAGATGACCG;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=130;TCR=108;TR=238;WE=113359711;WS=113359693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr4	113359883	rs231248	A	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=31;PP=788;SC=GGTTCCACATAATCAGGCTAG;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=113359891;WS=113359873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	113570639	rs4513633	C	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	114117472	rs2285710	C	T	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=28;PP=1702;SC=GATCAGGGCACTATTTTCCTC;SOR=1.322;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=81;WE=114117482;WS=114117462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	114117474	rs3214164	A	AT	5161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=28;PP=2345;SC=TCAGGGCACTATTTTCCTCAT;SOR=1.342;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=58;WE=114117482;WS=114117462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	114117723	rs2285709	G	A	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=132;SC=TCTTTCTGTTGCCCAGGAAGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=114117731;WS=114117713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	114209691	rs29357	C	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=48;PP=1460;SC=AAAGGTTCAGCCATCTGGATG;SOR=1.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=78;WE=114209699;WS=114209681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	114209732	rs29356	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=32;PP=968;SC=TACAAGTGTATTTTTTTCTTC;SOR=1.791;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=47;WE=114209740;WS=114209722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	114209763	rs29355	T	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=27;PP=800;SC=CTAAAGTGATTTTGACGAGGT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=114209771;WS=114209753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	114267023	rs9968405	G	A	5602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=73;PP=2965;SC=CAAATCAAATGTGGGTGAAGC;SOR=1.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=126;TCR=73;TR=199;WE=114267031;WS=114267013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	114286357	rs34201791	ATG	A	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.80;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr4	114310106	.	CTGTG	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=0.566;SC=GCATGCATGCCTGTGTGTGTG;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=114310117;WS=114310096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr4	114375408	rs202106323	TG	T	132	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.00;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	114375412	.	T	A	141.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	114421712	rs17446453	C	T	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=21;PP=890;SC=CAATGAATAGCTTGATTTCCT;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=114421720;WS=114421702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	114426077	rs5861139	CA	C	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.029;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr4	114426315	rs4834348	G	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=35;PP=925;SC=AGATGAACGTGAAAGACATGG;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=114426323;WS=114426305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	114429407	rs11098193	C	T	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=37;PP=1123;SC=TCTGAACACTCGAACTGGACT;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=67;WE=114429415;WS=114429397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	114452240	.	AAAAT	A	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=42;QD=29.0;SC=ACACTGTATCAAAATAAATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=2;WE=114452251;WS=114452230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr4	114458402	rs734348	G	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=652;SC=TTAGGATGAAGTTTTCCATTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=114458410;WS=114458392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	115544714	rs6851610	A	G	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=97;PP=2965;SC=ACCTGCTGCCAGAGAAGTCCA;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=95;TCR=97;TR=192;WE=115544722;WS=115544704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	115589159	rs6831964	C	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=295;SC=TACTGTAGTGCCGATTTTTAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=115589167;WS=115589149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	115589302	rs11098261	A	G	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=63;PP=2885;SC=TTGAAACTATATATCATGGTG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=160;WE=115589310;WS=115589292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	115750877	rs368080530	TT	GC	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=1347;SC=AAATTTCTTGTTACTAGTTTT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=115750886;WS=115750867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	119035948	rs5861378	T	TC	7520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=67;PP=2979;SC=GGATAATATTTCCCCCCCTAA;SOR=0.875;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=106;WE=119035956;WS=119035927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr4	119064668	rs3749506	G	A	189.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr4	119161619	rs641962	A	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=6;PP=342;SC=ACAAAGATTGATTTTTAATTA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=119161627;WS=119161609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	119174640	rs5861382	CT	C	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=4;PP=148;SC=TGTGTGTATTCTTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=119174648;WS=119174630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	119176703	rs7684275	A	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=23;PP=1701;SC=TATGAAATGTAATAAACAAAA;SOR=1.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=119176711;WS=119176693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	119216054	rs3828500	T	C	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=23;PP=1238;SC=AACTGATGAATAGAAGCTACA;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=119216062;WS=119216044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	119217114	rs788665	C	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=50;PP=1477;SC=ATGTCAAAATCCCTTTTCTCT;SOR=4.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=56;WE=119217122;WS=119217104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	119237348	rs2292597	T	C	6137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=73;PP=2965;SC=TAAATCCCAATTGTCGACAAA;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=138;TCR=73;TR=211;WE=119237356;WS=119237338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr4	119239788	rs972813	A	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=33;PP=927;SC=TGTCCCTAGTAAAAGCATTAT;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=119239796;WS=119239778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	119256586	rs186395539	C	T	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=16;PP=1381;SC=ACGTTTAAAACATAATGAAAG;SOR=1.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=68;WE=119256594;WS=119256576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	119256617	rs3215324	C	CT	4844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=41;PP=1879;SC=GAACTTTTTTCTTTTTTTTAC;SOR=1.075;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=77;WE=119256625;WS=119256607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	119409225	.	C	T	496	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=42.49;NF=23;NR=0;PP=496;QD=23.0770092412;SC=ATTACCAGACCCCCTCAAGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=23;WE=119409233;WS=119409215;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr4	119409830	rs112805522	A	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.03;QD=32.16;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	119414431	rs17595090	A	T	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=44;PP=1821;SC=CAAATGTGCAACTCTTGAGGA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=100;WE=119414439;WS=119414421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	119414828	rs145087150	G	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.55;QD=29.70;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	119428087	rs77576167	T	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.58;QD=26.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	119435699	rs201406995	T	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.46;QD=26.99;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	119435862	rs202102941	A	G	42.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.19;MQRankSum=-1.150;QD=10.70;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	119436576	rs371723815	CT	C	334.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.383;NF=2;NR=21;PP=262;ReadPosRankSum=0.850;SC=TTGGGGGCTCCTTTTTTTTTT;SOR=1.501;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=23;WE=119436584;WS=119436566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr4	119475430	rs2787272	G	A	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.06;QD=29.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	119609039	rs9968326	G	A	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=34;PP=1533;SC=AGGCTATCCAGTGCATTGCAA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=90;WE=119609047;WS=119609029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	119613045	rs6821350	T	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=637;SC=TTGATTGCATTTTATATCACC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=119613053;WS=119613035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	119615543	rs13111664	T	C	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=228;SC=ATTACTGATATTAACTTCAGT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=119615551;WS=119615533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	119625000	rs3733517	A	G	150.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=120;SC=TGAAACCTCTAGAAAGTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=119625008;WS=119624994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	119625273	rs298995	G	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=632;SC=CCAAATAACTGTATACTGTTT;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=119625281;WS=119625263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	119653822	rs2046779	G	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=566;SC=TATAACATACGGGAAAGCACA;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=119653830;WS=119653812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	119659284	rs7653962	T	A	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=272;SC=GCATTCTTAATCTTCTCAGCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=119659292;WS=119659274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	119674051	rs71595318	G	GA	2231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.330;NF=3;NR=63;PP=890;ReadPosRankSum=1.818;SC=TCCCTGTAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=3;TCR=73;TR=66;WE=119674059;WS=119674041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,92:0.93:99
chr4	119736598	rs6843524	C	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=5;PP=522;SC=GCACCCTGTCCGCCTTACCCT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=119736606;WS=119736588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	119944611	rs1459058	G	T	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=46;PP=2255;SC=AAGCCTCTGGGTCTGGGCTCT;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=124;WE=119944619;WS=119944601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	120071926	rs6853794	T	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=546;SC=TACTTATGATTATGCAATTAG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=20;WE=120071934;WS=120071916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	120107098	rs112369914	G	GT	438.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=5.229;HP=11;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.709;NF=16;NR=2;PP=202;ReadPosRankSum=-0.743;SC=ATTGAGATCTGTTTTTTTTTT;SOR=3.352;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=18;WE=120107106;WS=120107088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr4	120133712	rs6851130	G	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=25;PP=689;SC=AGCCCGCTCCGAGGGGCGGGC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=120133720;WS=120133702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	120170148	rs116287360	A	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=329;SC=AAAAATGTCAAAACTGTCCAG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=120170156;WS=120170138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	120194718	rs35610634	G	GT	2418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.412;NF=12;NR=38;PP=652;ReadPosRankSum=1.786;SC=AACAAATGTTGTTTTTTTTTA;SOR=0.397;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=50;WE=120194726;WS=120194708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,94:0.97:97
chr4	120463856	rs2622497	A	C	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=38;PP=1159;SC=GACTTTAACAAACACACCCAA;SOR=2.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=120463864;WS=120463846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	120528327	rs3733526	G	A	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=56;PP=1974;SC=TGTTCCAGGGGCACTGTTATC;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=120528335;WS=120528317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	120528524	rs10536068	ATCT	A	1227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=831;SC=GCTCCTAAACATCTTCTCATG;SOR=2.226;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=18;WE=120528534;WS=120528514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	120550059	rs11342908	GC	G	1930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=742;SC=CAGCTGCTGCGCCCCCCCCAC;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=120550067;WS=120550049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	120550125	rs10639733	A	AGGC	2108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=1298;SC=GGTTCCCAGGAGGCGGCGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=32;WE=120550133;WS=120550115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	120550144	rs2953291	A	G	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=24;PP=946;SC=CGGCGGCGGCAGCGGCAGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=120550152;WS=120550134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	120983259	rs2908989	T	C	9843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=151;PP=2965;SC=ATCTGCAACATATAAAAAGGA;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=183;TCR=151;TR=334;WE=120983267;WS=120983249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr4	120987995	rs142741206	C	A	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=42;PP=1178;SC=CGACGCAGCACGTCGTCAGGT;SOR=4.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=120988003;WS=120987985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	121631375	.	GAC	G	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr4	121720771	rs1511309	T	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=176;SC=CAATGTAATTTTTTTGTAATG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=121720779;WS=121720761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	121720941	rs4833676	C	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=12;PP=385;SC=ACTGTCAAAGCCTAGTAAATT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=121720949;WS=121720931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	121720960	rs4833677	C	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=12;PP=318;SC=TTACACAGCTCTCAAGCAAAA;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=121720968;WS=121720950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	121738049	rs343192	T	C	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=0.649;SC=AAGACTCCTTTAGACTGCTTT;SOR=0.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=101;TCR=131;TR=231;WE=121738057;WS=121738039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,243:1.00:244
chr4	121738182	rs237212	C	T	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=639;SC=GTTCGTGATCCCTTTTTTCAT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=121738190;WS=121738172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	121957559	rs34766411	G	A	7374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=133;PP=2965;SC=GCTTTCTGCAGGTTTTGACTG;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=123;TCR=133;TR=256;WE=121957567;WS=121957549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr4	121957734	rs1397645	T	C	6785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=115;PP=2965;SC=CCACGGTGGCTGAGGAACAGG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=124;TCR=115;TR=239;WE=121957742;WS=121957724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr4	121958691	rs3733559	T	C	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=95;PP=2965;SC=CCAACTGATATAAACCGGATG;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=88;TCR=95;TR=183;WE=121958699;WS=121958681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	121960955	rs17353430	G	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=371;SC=CCTTATCTCCGTCTCATACCT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=121960963;WS=121960945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	121961031	rs3775914	A	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=15;PP=775;SC=ATGTTTCACAAGCATTAAAAC;SOR=0.952;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=121961039;WS=121961021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	121961279	rs3775915	A	T	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=224;SC=CTTACCAGAAAAATCATTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=121961287;WS=121961269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	121966807	rs2276959	C	T	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=33;PP=1923;SC=GAGAATACCTCTTAGGTGTAT;SOR=1.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=98;WE=121966815;WS=121966797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	122148787	rs2044970	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=145;SC=AAGATTCACAACCTATGTGAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=122148795;WS=122148777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	122250734	rs2302310	A	G	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=64;PP=2119;SC=AACTGCAGACAAAACATTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=35;TCR=64;TR=99;WE=122250742;WS=122250724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	122254119	rs33977434	G	A	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=68;PP=2190;ReadPosRankSum=1.459;SC=GGATGACAAGGATGAAGGTGG;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=135;WE=122254127;WS=122254109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr4	122257942	rs4558890	A	C	6881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	122257945	rs143184159	T	C	7053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.51;SOR=1.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	122257950	rs2302309	A	G	7314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	122258059	rs72668953	G	A	4011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=73;PP=2390;SC=GTATGACTCAGTTGAGTAAAA;SOR=1.082;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=134;WE=122258067;WS=122258049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	122261495	rs2276956	C	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=476;SC=AAATTATATTCCAATGCCTAC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=122261503;WS=122261485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	122261596	rs12651331	A	T	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=47;PP=2297;SC=TGGCACATCCAGTGGCCTCAC;SOR=1.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=127;WE=122261604;WS=122261586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	122261785	rs2276955	C	T	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=65;PP=1829;SC=GGAAATAGGACAAATCATACA;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=107;WE=122261793;WS=122261775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	122593633	rs3214942	A	AT	10422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=65;PP=2957;SC=ACACTGGCTCATGCACTTTCC;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=134;WE=122593641;WS=122593623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr4	122604376	rs41278079	T	C	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=129;SC=TTACTGCTTATTGCCTCCCAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=122604384;WS=122604366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	122617493	rs2306413	T	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=294;SC=TCACCAGCTGTTGCGCGCGAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=122617501;WS=122617490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	122617569	rs79593864	C	A	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=16;PP=1027;SC=GACACAGAAACGGGGGCAGGG;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=122617577;WS=122617559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	122617601	rs2306414	A	G	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=51;NR=25;PP=1401;SC=GAACAAGAAAAGTGGAAGCGA;SOR=1.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=122617609;WS=122617591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	122617631	rs2306415	C	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=39;PP=1614;SC=AGCAGGTTCCCTTTCCTCCTA;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=101;WE=122617639;WS=122617621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	122617688	rs2306416	T	C	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=52;PP=2214;SC=CGTCGCAGCATACAAAGTTGT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=121;WE=122617696;WS=122617678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	122681373	rs4342205	T	C	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=11;PP=915;SC=AGATCCACCATCATCTTCTTC;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=122681381;WS=122681363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	122683007	rs4370153	G	A	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=71;PP=2026;SC=TAGTGCAACAGCCAAGATTGT;SOR=1.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=39;TCR=71;TR=110;WE=122683015;WS=122682997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	122687238	rs13108419	A	G	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=42;PP=1724;SC=GTGTCGGGTTACTCATGAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=90;WE=122687246;WS=122687228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	122687491	rs4833772	G	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=239;SC=CGTGCCATCAGATCTGTAATA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=122687499;WS=122687481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	122722693	rs3811742	C	G	6214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=131;PP=2965;SC=GCGCTCGGGTCTCAAGGTGTG;SOR=1.299;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=85;TCR=131;TR=216;WE=122722701;WS=122722683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	122732899	rs4295291	A	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TTTTAGTATAAGCAAGCTTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=122732907;WS=122732889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	122735225	rs141260260	C	CTTA	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=695;SC=TTATGGCACACTTACTATATA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=122735233;WS=122735215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	122739183	rs3217772	C	G	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=22;PP=2031;SC=GCTTCAATATCCAAGTTAATT;SOR=2.326;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=91;WE=122739191;WS=122739173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	122742217	rs769242	T	C	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=77;PP=2578;SC=TCTTCTAATATAATTGACATG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=139;WE=122742225;WS=122742207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	122749436	rs2706793	G	T	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=31;PP=1699;SC=TATTTAAAATGAAAAACAGAA;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=122749444;WS=122749426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	122760968	rs12510839	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=630;SC=GGTGCTCAGCGCTTTTCAAAC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=122760976;WS=122760958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	122776067	rs4833236	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=258;SC=TATCATTTTAAAAAGTACTAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=122776075;WS=122776057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	122791601	rs2271176	G	C	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=1114;ReadPosRankSum=1.887;SC=CCGCGCCTAGGTCCTGGGCTG;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=43;WE=122791609;WS=122791591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr4	122824052	rs11732666	C	T	4735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=70;PP=2802;SC=CCTTCTGAAGCCTTCTCCTTC;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=90;TCR=70;TR=160;WE=122824060;WS=122824042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	122828794	rs951974	T	G	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=114;SC=GCAAATACCTTAAATAGGATC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=122828802;WS=122828784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	122831281	rs1507993	C	T	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=17;PP=999;SC=TCCCAAAACACAAGGGGACCC;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=122831289;WS=122831261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	122833314	rs906496	C	T	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=44;PP=1064;SC=GAGATTACAACATAGGATTAA;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=122833322;WS=122833304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	122833379	rs906495	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=350;SC=CCAAAAAGCTTTATATTATGA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=122833387;WS=122833369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	122854116	rs13121031	G	C	6026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=112;PP=2965;SC=TGAACATGAAGGCCGGGCCCC;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=102;TCR=112;TR=213;WE=122854124;WS=122854106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr4	123108762	rs7670081	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=382;SC=AAATTAAATAGTTTTGTGGAG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=123108770;WS=123108752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	123113352	rs72687029	A	G	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=14;PP=1359;SC=ATTTTAAATAACTGCCTTTAT;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=123113360;WS=123113342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	123140739	rs6534345	G	C	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=84;PP=2662;SC=GTTTACACATGAAAGTAGTCT;SOR=1.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=132;WE=123140747;WS=123140729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	123171659	rs56363411	T	A	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=45;PP=1481;SC=ATGTCTCTGATGATAATCTTC;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=89;WE=123171667;WS=123171649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	123184827	rs45515895	G	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=629;SC=TTTTTCAGGGGATGGGTTAAA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=123184835;WS=123184817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	123185682	rs7664976	C	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=239;SC=TCTAGTGAGGCTATACCTTAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=123185690;WS=123185672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	123188161	rs76360432	G	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=818;SC=ATTATAATACGTTTGTTTTTT;SOR=2.891;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=34;WE=123188169;WS=123188151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	123258115	rs201672584	G	A	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=33;PP=1198;SC=CACTAGTGTCGTCTTCAACAT;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=123258123;WS=123258105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	123280860	rs1127348	T	C	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=41;PP=1254;SC=ATACATGGCATCTAGAACCTA;SOR=1.451;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=66;WE=123280868;WS=123280850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	123283163	rs33976078	AAT	A	1615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=1307;SC=ACTCCTTAATAATAACTGTAA;SOR=2.613;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=123283172;WS=123283153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	123377482	rs2069763	C	A	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=15;PP=950;SC=GTAAATCCAGCAGTAAATGCT;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=123377490;WS=123377472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	123662997	rs309368	A	T	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=20;PP=1308;SC=ATAACTATGAATTATACTGAA;SOR=1.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=69;WE=123663005;WS=123662987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	123664204	rs309370	G	A	7793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=127;PP=2965;SC=GATAGCATGCGGCTTCAAGAA;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=148;TCR=127;TR=275;WE=123664212;WS=123664194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr4	123664427	rs13135766	G	C	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=77;PP=2965;SC=TTACACAAGTGAATGAAGATT;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=137;WE=123664435;WS=123664417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	123664446	rs13135778	G	A	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=73;PP=2965;SC=TTGTGTGGGCGACGGGGTCTG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=146;WE=123664465;WS=123664436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	123664457	rs13135445	C	T	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=74;PP=2965;SC=ACGGGGTCTGCGTGACCTTCT;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=163;WE=123664465;WS=123664436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	123664919	rs13102440	A	G	4570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=69;PP=2965;SC=ATCATCTGCAAAATGCCACAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=144;WE=123664927;WS=123664909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	123748616	rs2922979	C	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=36;PP=1056;SC=GACCCTAGCGCTCCGTGTGGT;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=123748624;WS=123748606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	123838758	rs12648093	A	G	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=46;PP=1673;SC=TGGTGAAAGCAGAAGCCCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=93;WE=123838766;WS=123838748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	123843716	rs13134412	T	C	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=65;PP=1674;SC=CCCAGCTCAGTGGCTGCCGCA;SOR=2.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=82;WE=123843724;WS=123843706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	123854495	rs1563706	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=346;SC=ATTCTTTTGATTAAGTCTATA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=123854503;WS=123854485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	123868279	rs11098682	G	T	124.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5096;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=0.792;SC=GGACTTAGTAGCCTGGACAGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=123868287;WS=123868272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	123949556	rs1472949	G	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=38;PP=1087;SC=TAAAGGTAGGGTGTTAAATTT;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=123949564;WS=123949546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	124011655	.	A	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=6;PP=947;SC=GTTATAGACTATAGAACCTTT;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=124011663;WS=124011645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	126240510	rs2940779	T	C	8625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=133;PP=2965;SC=TAGTGTCATCTTAACAGTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=141;TCR=133;TR=274;WE=126240518;WS=126240500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr4	126241871	rs2710555	C	T	7861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=149;PP=2965;SC=ACATTCCCATCGGTACATCTG;SOR=0.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=119;TCR=149;TR=268;WE=126241879;WS=126241861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr4	126315034	rs925243	T	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=33;PP=1575;SC=ACCAGAGTTTTACTGCTCAGG;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=83;WE=126315042;WS=126315024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	126315282	rs925242	A	G	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=214;SC=TGCAGAAAACATGGAAGTGCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=126315290;WS=126315272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	126319857	rs11946554	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=273;SC=GTCTTGATTGCGTGGATTCCT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=126319865;WS=126319847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	126329789	rs958415	T	C	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1273;ReadPosRankSum=1.857;SC=GAGCAGAAGATGGTGGGGGAC;SOR=0.350;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=70;WE=126329797;WS=126329779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr4	126335978	rs4605670	G	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=9;PP=1014;SC=AAAAGTTTTGGTATAGCTTGT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=126335986;WS=126335968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	126336703	rs17009618	T	C	7959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.080;SC=GCATTGTTAATGGTAATACCA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=147;TCR=127;TR=272;WE=126336711;WS=126336693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,297:0.99:299
chr4	126336990	rs10010000	G	T	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=49;PP=1441;SC=AGCAAGTATTGTCTTAATTAT;SOR=6.593;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=50;WE=126336998;WS=126336980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	126337555	rs7675556	A	G	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=3;PP=1457;SC=TTATTTCATGAGATGCATTGT;SOR=5.097;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=52;TCR=3;TR=55;WE=126337563;WS=126337545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	126355609	rs7656135	T	G	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=59;PP=1669;SC=GTAAAGTTTGTCTGTTTTCTC;SOR=3.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=8;TCR=59;TR=67;WE=126355617;WS=126355599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	126369872	rs988863	G	C	10737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=192;NR=168;PP=2965;SC=TCCCTAAAGTGAGAGCCAAAG;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=192;TCR=168;TR=360;WE=126369880;WS=126369862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr4	126371814	rs73849225	C	T	8654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=141;PP=2965;SC=AACAGTTATCCACCTAAATGC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=150;TCR=141;TR=291;WE=126371822;WS=126371804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr4	126373789	rs12650153	G	A	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=62;PP=2620;SC=CCTTGCCACAGTGGTGGAACC;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=126;WE=126373797;WS=126373779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	126389627	rs6814158	A	G	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=19;PP=1240;SC=TAAAATTTTCATGAAATTTTA;SOR=1.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=126389635;WS=126389617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	126390010	rs35304021	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=360;SC=TGTATATCCAACTGGATCTTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=126390030;WS=126390000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	126390022	rs34927272	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=295;SC=TGGATCTTCAAATAAAGTATG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=126390030;WS=126390000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	126397321	rs17009761	C	T	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=71;PP=2378;SC=TCTCTTGCTTCGTAGGCAGCC;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=72;TCR=71;TR=143;WE=126397329;WS=126397311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr4	126400825	rs1506361	G	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=11;PP=845;SC=TAATAAAAGTGTATATTGAGT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=126400839;WS=126400815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	126412575	rs1014866	A	G	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=47;PP=2373;SC=ATACTTCCAGAATGCCCAAAT;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=121;WE=126412583;WS=126412565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	126428323	rs183286597	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	128544514	rs12650360	C	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=795;SC=GGGCTGGGACCTGGGTGACCT;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=128544522;WS=128544504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	128544696	rs4834207	A	G	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=58;PP=2119;SC=CTTGCCCCGGAAATGTTGGCG;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=128544704;WS=128544686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	128554404	rs2255457	G	A	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=40;PP=1265;SC=TGGGCTGGGGGAACTGCAAGG;SOR=1.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=128554412;WS=128554394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	128565000	rs3749507	A	G	7132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=93;PP=2965;SC=TCCAACAGCGATACAAAGATG;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=143;TCR=93;TR=234;WE=128565008;WS=128564990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr4	128584580	rs4833380	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=15;PP=662;SC=AAAGGGAGACGTCCCATCCAA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=128584588;WS=128584570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	128621272	rs12331481	A	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=14;PP=398;SC=ATTTTGTATAACAGTCATTAT;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=128621280;WS=128621262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	128627050	rs7683627	C	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=704;SC=AGGGATGCAGCGGTAGGTAGG;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=128627058;WS=128627040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	128632023	rs2305956	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=12;PP=1447;SC=TTTAAAATTTACTAAAATTTC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=128632031;WS=128632013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	128635022	rs34240473	C	T	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=439;SC=ATTCAGATTACTCTGTGAAAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=128635030;WS=128635012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	128665981	rs769293	T	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=20;PP=540;SC=TTTACTTTTTTCTTCCAATAT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=128665989;WS=128665971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	128689936	rs2305958	A	G	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.69;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr4	128723042	rs1380154	T	C	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=29;PP=1013;SC=TATCAGGTCTTGGTTTGTGCT;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=128723050;WS=128723032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	128741710	rs35518193	T	C	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=69;PP=2303;SC=AACAGCTACATTGAAAATGAG;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=116;WE=128741718;WS=128741700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	128803159	rs3811741	G	A	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=104;SC=GAAACTCCTTGTCTACTAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=128803167;WS=128803149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	128807219	rs3811740	T	A	4731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=78;PP=2965;SC=TGAAATGCCATCTTTTTTGTC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=77;TCR=78;TR=155;WE=128807227;WS=128807209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	128814964	rs17012739	G	T	6264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=95;PP=2965;SC=CAACGAGAGAGAGAGCATCTT;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=123;TCR=95;TR=218;WE=128814972;WS=128814954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr4	128923001	rs35200534	GT	G	262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.89;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	128995989	rs6534661	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=2;PP=238;SC=CTGAATATAAATGATTATTTA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=128995997;WS=128995979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	129012181	rs2306054	G	A	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=24;PP=1026;SC=GAGAAAAAAGGGATGATCAAG;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=129012189;WS=129012171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	129012638	rs1064205	A	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=24;PP=717;SC=TGGAAGAAGCATTGCTTAAAG;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=129012646;WS=129012628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	129028679	rs11098950	T	C	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	129029009	rs34678812	G	GA	4053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=39;PP=2388;SC=TCCCTCTTGGGAAAAAATGTG;SOR=1.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=72;WE=129029017;WS=129028999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	129043204	rs12508837	C	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=485;SC=AAAAAACATCCTGGAGGAGAT;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=129043212;WS=129043194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	129043286	rs3733320	C	T	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=32;PP=1441;SC=ATGGCTTATACTATTATGAAC;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=89;WE=129043294;WS=129043276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	129043601	rs3832282	T	TG	4071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.18;QD=47.35;SOR=2.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	129043614	rs3733321	G	T	5047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.84;QD=46.31;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	129043617	rs3733322	T	G	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.76;QD=43.75;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	129043809	rs12509092	G	A	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=57;PP=1527;SC=AGTCTATGGTGCATGATCTAA;SOR=3.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=65;WE=129043817;WS=129043799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	129100643	rs12645577	G	A	5900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=118;PP=2965;SC=TCCAGAGACCGTGGGCCAGGA;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=88;TCR=118;TR=206;WE=129100651;WS=129100633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr4	129776983	rs76983300	C	CT	471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.459;NF=0;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=1.566;SC=GTTGTTTTTACTTTTTTTTAA;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=129776991;WS=129776973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr4	129867280	rs10028124	T	A	3924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=73;PP=2354;SC=CTGTAATCACTCTCATTTCCT;SOR=1.017;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=137;WE=129867288;WS=129867270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	129873433	rs10857134	A	G	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=13;PP=1905;SC=TTATTCTCCTATAAGCAAGGT;SOR=3.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=76;WE=129873441;WS=129873423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	129873636	rs72683673	A	G	5699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=100;PP=2965;SC=TTTCCCAGATAAACTCAGCAT;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=86;TCR=100;TR=186;WE=129873644;WS=129873626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	129924977	rs3113487	C	A	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=98;NR=83;PP=2965;SC=CCTCTGTGCCCAGGGGAAAGG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=181;WE=129924985;WS=129924967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	129961179	rs3113489	A	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=379;SC=GTGCTTCCTAAGCTAAAGGAG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=129961187;WS=129961169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	130023759	rs1757935	A	T	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=40;PP=2189;SC=TCTTTTAGAGACTTCAGATGG;SOR=1.420;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=83;TCR=40;TR=122;WE=130023767;WS=130023749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	130030644	rs2271570	C	T	5110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	130030652	rs337277	A	G	5018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	130032843	rs17351999	A	G	5213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=80;PP=2965;SC=GCTTTTAGCCATTGCCTAGAA;SOR=1.076;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=112;TCR=80;TR=191;WE=130032851;WS=130032833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	133357204	rs17494286	A	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=443;SC=CTGCAACTTAAGTGATCCTCA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=133357212;WS=133357194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	133367588	rs1827132	T	C	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=16;PP=423;SC=AGTCCTGAATTGCAGGTGCCA;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=133367596;WS=133367578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	133368361	rs70948202	T	TC	648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=420;SC=TGGGTAAGGCTTGAGACTTGC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=133368369;WS=133368351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	138449683	rs10018837	A	G	8234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=134;PP=2965;SC=CCTTCACCCAACAGCCTATCT;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=153;TCR=134;TR=284;WE=138449691;WS=138449673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr4	138449812	rs10006580	C	G	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=77;PP=2965;SC=AGATAAATCACAAAAAAAAAT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=135;WE=138449820;WS=138449801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	139100372	rs4479754	C	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=642;SC=AATTCTTACCCGACATTATTC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=139100380;WS=139100362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	139103366	rs10016559	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=247;SC=AGAAAGTAAAATACTATCTAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=139103374;WS=139103356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	139140388	rs10025342	G	A	8151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=161;NR=122;PP=2965;SC=AATGAACTACGCAAACCACCA;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=162;TCR=122;TR=283;WE=139140396;WS=139140378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr4	139140494	rs6838248	G	C	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=126;PP=2965;SC=TTCCTGAAAAGGCGTCTTTAA;SOR=1.407;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=72;TCR=126;TR=198;WE=139140502;WS=139140484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr4	139153317	rs6823642	T	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=517;SC=AAAAAGAACATGATGTGAGAG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=139153325;WS=139153312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	139482958	rs7694744	G	T	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=66;PP=2351;SC=TGACTACATCGCCGGGATGTC;SOR=0.986;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=121;WE=139482966;WS=139482948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	139483177	rs7679047	T	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=555;SC=CCATGTCGTCTCCAGGACCAC;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=139483185;WS=139483167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	140005294	rs4863628	A	G	12173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=213;NR=216;PP=2965;SC=TACCGGCCCGAATGAGCAGAT;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=429;TCF=213;TCR=216;TR=429;WE=140005302;WS=140005284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr4	140039107	.	C	CA	48	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=18;MQ=61.53;NF=2;NR=1;PP=48;QD=17.6666666667;SC=GATTCCACCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=140039115;WS=140039097;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr4	140263849	rs11944434	G	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=523;SC=TGATCCACCCGCCTTAGCCTC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=140263857;WS=140263839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	140270875	rs2044810	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=105;SC=GCAGTGGCTCGTGCCTGTAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=140270883;WS=140270865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	140417471	rs4863655	G	T	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=16;PP=1036;SC=GCCATTATCAGTAGGCAGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=140417479;WS=140417461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	140417671	rs4863656	G	C	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=60;PP=1674;SC=TGATTCTTCTGGCCACTGAAA;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=104;WE=140417679;WS=140417661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	140587261	.	C	CGT	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.75;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	140587263	rs2646047	C	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=216;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGCGT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=140587279;WS=140587253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	140587269	.	T	TGTGCGCGCGCGC	1331	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=1331;QD=270.4;SC=TGCGCGTGTGTGCGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=140587279;WS=140587253;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,5:0.56:9
chr4	140587271	.	C	T	135	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=135;QD=42.4428031368;SC=CGCGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=140587279;WS=140587253;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr4	140587271	.	C	CGCGCGCGCGT	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	140625323	rs925424	A	G	5740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=105;PP=2965;SC=TCCCTTTAATACTTGCAGAAG;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=90;TCR=105;TR=195;WE=140625331;WS=140625306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	140651584	rs5862430	TCTG	T	5722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=45;PP=2993;SC=TCCGCCAAAATCTGCTGCTGC;SOR=1.110;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=64;WE=140651597;WS=140651574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	140809656	rs6839194	C	A	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=38;PP=1683;SC=CAGGGTAGAACAAATGTTATA;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=93;WE=140809664;WS=140809646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	140809710	rs3775241	C	G	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=54;PP=2102;SC=GATGAAGAGACTGAAAAGCTT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=119;WE=140809718;WS=140809700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	140810334	rs3733381	T	C	4451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=50;PP=2831;SC=CCTTTTCCATTTCTTAGGAGA;SOR=1.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=98;TCR=50;TR=148;WE=140810342;WS=140810324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	140810637	rs11100342	C	T	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=22;PP=964;SC=GTGGAGGTGGCGGCTGCTGCT;SOR=0.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=48;WE=140810648;WS=140810627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	140810700	rs11729794	C	T	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=19;PP=1666;SC=GCTGGATATACGGCATCAAGG;SOR=1.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=76;WE=140810708;WS=140810690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	140811063	.	TTGCTGCTGCTGC	T	1246	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=1246;QD=62.45;SC=TTGAGTGCTGTTGCTGCTGCT;Source=Platypus;TCR=59;TR=20;WE=140811104;WS=140811053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:54,20:0.27:74
chr4	140811083	rs373804063	GC	G	3263.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.44;MQRankSum=0.424;QD=40.29;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr4	140811085	rs58287721	TGCTGCTGCTGC	T	3313.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.46;MQRankSum=0.418;QD=39.92;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr4	140811096	.	C	T	1209	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=61.28;NF=31;NR=21;PP=1209;QD=23.9186771644;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=52;WE=140811104;WS=140811053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,52:0.81:64
chr4	140811135	rs3733382	T	C	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.382;NF=47;NR=32;PP=1455;ReadPosRankSum=0.897;SC=GCTGTTGCTGTTTCTGCTGCA;SOR=0.310;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=79;WE=140811143;WS=140811125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr4	141290574	rs2668577	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=23;PP=733;SC=GGAACATGTTCTGCAAATTAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=141290582;WS=141290564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	141311960	rs358329	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=279;SC=ATACAATAAATGGGATTTATT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=141311968;WS=141311950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	141321425	rs2252427	A	G	138.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=125;SC=TGGGGTACACATTTGTTTTCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=141321433;WS=141321415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	141372485	rs6536966	T	C	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=114;SC=GTGTCTTATGTCACCACTTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=141372493;WS=141372475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	141383034	rs10644682	T	TAC	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.303;NF=5;NR=7;PP=394;ReadPosRankSum=-2.048;SC=AATTGGTGTATACACACACAC;SOR=0.437;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=12;WE=141383043;WS=141383024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr4	141448705	.	TA	T	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr4	141458485	rs882930	T	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=686;SC=GCTTTCTAAATAGACATATGA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=141458493;WS=141458476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	141543997	rs1560440	G	A	4882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=78;PP=2844;SC=CTGCCGTGGCGTGGTACAGCT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=159;WE=141544005;WS=141543987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	141549393	rs2291711	C	A	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=77;PP=2965;SC=ACACCTAAAACAGAGACTTCA;SOR=1.054;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=112;TCR=77;TR=188;WE=141549401;WS=141549383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	141554949	rs10002459	G	A	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=124;SC=TAGAGGCAACGATTTATCCAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=141554957;WS=141554940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	141555062	rs6851737	G	T	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=27;PP=1270;SC=CACAACTCCAGCATCCCATCC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=141555070;WS=141555052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	141590135	rs61742550	C	T	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=46;PP=2337;SC=CCAGCTCCCGCGTTTTCTCTG;SOR=1.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=124;WE=141590143;WS=141590125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	141677006	rs70943501	A	AG	1685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=6;PP=1615;SC=CCTGCAGCCCAGGCCGCGGGC;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=141677014;WS=141676996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	141866754	rs71584389	ATACATATATATAC	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=0;PP=168;SC=ATATACATATATACATATATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=1;TCR=0;TR=1;WE=141866774;WS=141866744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	141868736	rs2321687	G	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=511;SC=CCAGCAGGTCGGGGCCAGGGA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=141868744;WS=141868726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	141869062	rs6857782	C	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=736;SC=CTTCCAACCTCTACTTCTTGT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=141869070;WS=141869052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	141870648	rs4956494	G	A	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=492;SC=ATGAATGCTAGCAATGACGAC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=141870656;WS=141870638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	141924720	.	T	TAC	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=-0.854;SC=CCCTAGCACGTACACACACAC;SOR=0.061;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=141924729;WS=141924710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr4	141940074	rs4245936	T	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	141940234	rs4245937	A	G	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=76;SC=ATATATATATATGGAACTTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=141940242;WS=141940224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	142150860	rs7684664	T	G	6641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=130;PP=2965;SC=TGGTGAGTCATTAGACACAAG;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=99;TCR=130;TR=229;WE=142150868;WS=142150850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr4	142150894	rs62327566	T	G	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=97;PP=2965;SC=TATAGGTGAATGTTGACTTTG;SOR=1.482;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=55;TCR=97;TR=152;WE=142150902;WS=142150884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	142151262	rs3756106	T	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=196;SC=ATTATAGATATGAGTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=142151270;WS=142151252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	142151573	rs732624	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	142153856	rs367794846	CT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=1.647;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr4	143003155	rs11446749	G	GA	1271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=9;PP=638;SC=GACCTTAAAAGAAAAAAACTT;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=23;WE=143003163;WS=143003145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	143007197	rs336325	C	T	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=21;PP=1226;SC=TGACACCTGGCAACCCAAAGT;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=70;WE=143007205;WS=143007187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	143007419	rs336324	A	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=26;PP=772;SC=TCTGAAGGGGAAAAAACAAAG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=143007427;WS=143007409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	143007460	rs336323	T	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=443;SC=GTGTTCACATTAAGCTGCCCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=143007468;WS=143007450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	143044666	rs2645786	A	C	485.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=399;ReadPosRankSum=-0.954;SC=AGATTCGATTATCAGGTATGT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=143044674;WS=143044656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr4	143130034	rs1907123	A	T	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=46;PP=2063;SC=GTAAGTAGAGAAATTGCTTCC;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=126;WE=143130042;WS=143130024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	143130219	rs1994217	T	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=26;PP=716;SC=TATTTTTATCTTAAATCCATA;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=143130227;WS=143130209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	143268528	rs882004	T	A	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=20;PP=950;SC=TCCAATTACCTGATTATTATT;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=143268536;WS=143268518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	143324036	rs1982965	T	C	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=3;PP=790;SC=AAAAATCCAATCGTGTGGAAA;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=143324044;WS=143324026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	143324094	rs1982966	G	A	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=28;PP=1960;SC=TACTTACGGTGTCATGAGACT;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=99;WE=143324102;WS=143324084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	143326312	rs138973882	AAGAG	A	948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=7;PP=601;SC=GCGAGCCAGCAAGAGAGAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=12;WE=143326323;WS=143326302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	143344785	rs3775712	T	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=359;SC=ATTGTACCAGTACATATTGTT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=143344793;WS=143344775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	143348523	.	A	G	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=25;QD=29.8856062736;SC=GTTTCTTAGTATATTTTAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=143348531;WS=143348513;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	143348680	rs3775718	C	T	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=13;PP=562;SC=ACTTGGCTTTCTAAACAAACA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=143348688;WS=143348670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	144124492	rs4234886	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=342;SC=TTTGTGTTCTGTTTGTAGGCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=144124500;WS=144124482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	144130979	rs148666231	A	AT	48.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=58;SC=AAATATCTAGATTTTTTTTAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=144130987;WS=144130969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	144135718	rs4285045	G	A	5224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=81;PP=2965;SC=CTTATGCCAGGAATATCACAA;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=87;TCR=81;TR=168;WE=144135726;WS=144135708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	144136193	rs10000911	T	G	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=248;SC=GAGTTTTTATTAAATTCTGAA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=144136201;WS=144136183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	144264722	rs300919	T	C	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=75;PP=2945;SC=AGGCCCACTCTCTGCCCTTAA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=157;WE=144264730;WS=144264712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	144442611	rs11100790	T	C	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=110;NR=68;PP=2965;SC=GATTCGAGTATTTATTAAAGC;SOR=1.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=178;WE=144442624;WS=144442601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	144442735	rs11541117	C	T	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=103;PP=2965;SC=GCAGAACTTACTATCCGTTGG;SOR=1.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=70;TCR=103;TR=173;WE=144442743;WS=144442725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	144445789	rs6857360	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=335;SC=GAGCATATTACAGGATAGTAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=144445797;WS=144445779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	144446519	rs2292362	C	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=6;PP=1456;SC=AAAATAAAGTCAGTAGATATG;SOR=4.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=56;WE=144446527;WS=144446509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	144456124	rs6818251	A	G	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=56;PP=1890;SC=AATGGTATGTATTCTCAGATG;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=102;WE=144456132;WS=144456114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	144467104	rs13139128	T	C	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1133;ReadPosRankSum=-1.196;SC=AGCTGCCTAATGCAGCACAGG;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=75;WE=144467112;WS=144467094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr4	144618610	rs1034494	G	C	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=38;PP=2085;SC=ACTCCCCGACGAAGACCTTGG;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=104;WE=144618618;WS=144618600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	144620105	.	T	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.354;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=645;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GGTTGAGTCCTCAGAGTCAAT;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=49;WE=144620113;WS=144620095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr4	144801662	rs1132785	C	T	8531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=172;PP=2965;SC=GCTCACAATTCCTGTATAAAA;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=129;TCR=173;TR=301;WE=144801670;WS=144801652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr4	144809800	rs143390057	C	A	5532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=117;PP=2965;SC=TTGTCTTGGACAGAATTAACG;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=117;TCR=117;TR=234;WE=144809808;WS=144809790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr4	144811428	rs4095436	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=286;SC=GCATATTCCAATCTGGTCACT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=144811436;WS=144811418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	144811470	rs4095435	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=215;SC=AGAACAAAAGAGGATTTCACA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=144811478;WS=144811460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	144824269	rs1899967	C	T	8617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.68;QD=43.75;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	144824273	rs6818201	C	T	8347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.53;QD=44.88;SOR=1.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	144917514	rs1980037	A	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=35;PP=1147;SC=ATGAGCTAAGACTCCACTTCA;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=144917522;WS=144917504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	144918867	rs1473055	A	G	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=54;PP=1508;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TAACATCAGCATAACATCACC;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=75;WE=144918875;WS=144918857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr4	144918893	rs4835126	A	G	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.89;SOR=2.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	144918900	rs1849110	G	A	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=2.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	145035086	.	A	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=258;SC=TTCTTTTCAAAAAGCACTATG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=145035094;WS=145035076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	145916659	.	G	C	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=58;PP=2145;SC=TGATTGGCTAGAACAGCAATC;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=118;WE=145916667;WS=145916649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	146046138	rs4835203	T	C	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=0;PP=74;SC=TTTTTTTCTCTTAGTCCTCAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=146046146;WS=146046128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	146048583	rs1378314	T	G	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=50;PP=1930;SC=AGGCACTGTTTTAAGCACAGC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=118;WE=146048591;WS=146048573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	146065006	rs9991890	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=887;SC=TATAAAATTTCGAAATTATTT;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=146065014;WS=146064996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	146700781	rs9308196	A	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=22;PP=542;SC=AGTAATTGCAAATGAGTCTCC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=146700789;WS=146700771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	146767313	rs34221205	C	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=910;SC=AGATCCTCCCCATCTTACTGG;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=146767321;WS=146767303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	146770389	rs71973224	GT	G	674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=5;PP=349;SC=TATAATTCAGGTTTTTTTTTT;SOR=2.468;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=21;WE=146770397;WS=146770379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	147104263	rs919483	A	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=38;PP=1077;SC=CAATAGGCCAAAAAAGTACTG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=147104271;WS=147104253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	147110652	rs17757715	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=216;SC=TTGAATGATACGAGAATTCCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=147110660;WS=147110642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	147110891	rs7745	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=338;SC=TTGTGATACAATTTGTCCTCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=147110899;WS=147110881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	147364052	rs1344140	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=425;SC=TCATTCTCCCCTCCCCCACTA;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=147364060;WS=147364042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	147425114	rs7439061	A	T	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=61;PP=1844;SC=AAATAATTTTATAATCATAGA;SOR=3.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=75;WE=147425122;WS=147425104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	147431302	rs6816737	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=257;SC=CTTAATTTTGGGTTTTTTCAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=147431310;WS=147431292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	147560199	rs35733768	G	A	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=3;PP=1393;SC=GCCCTTCCCAGCTCCAGCCCC;SOR=5.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=51;WE=147560207;WS=147560189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	147560411	rs13152799	T	C	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;SC=TCGGCTCCCATCGCGCCCTCG;SOR=1.426;Source=Platypus;TCF=43;WE=147560419;WS=147560401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	147560457	rs67194443	TGGCGGCGGC	T	2101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=1779;SC=ACGCTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.963;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=32;WE=147560476;WS=147560447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	147561654	rs3827594	C	G	10736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=180;PP=2965;SC=TCACACTGTCCCACAATAATA;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=194;TCR=182;TR=371;WE=147561662;WS=147561644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr4	147561971	rs3810843	G	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=27;PP=866;SC=AAGACTCTTGGCCTCTCCAGA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=147561979;WS=147561961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	147788709	rs10013280	C	T	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	147824864	rs17610219	G	A	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=52;PP=1436;SC=AAGTTATTATGTACATCTTCG;SOR=2.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=74;WE=147824872;WS=147824854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	147830297	rs35123039	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=47;PP=1723;SC=AGCCTCCCTCAGGGCATCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=147830305;WS=147830287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	147830499	rs3810844	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=287;SC=ATCATGTTGCCTTTTATCCCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=147830507;WS=147830489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	148560357	rs2654935	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=194;SC=TAGTACTTGACAGAATGCTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=148560365;WS=148560347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	148589677	rs2718454	C	T	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=29;PP=1800;SC=TGAAAATGGACTAATACACTT;SOR=1.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=88;WE=148589685;WS=148589667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	148591769	rs2036502	G	T	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=35;PP=2461;SC=TTAATCAGTTGTAAGTATTTT;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=87;TCR=35;TR=122;WE=148591777;WS=148591759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	148601729	rs7666065	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=391;SC=CACTATTGAACAATCACCTTA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=148601737;WS=148601719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	148778685	.	G	GT	58	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=10;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=58;QD=17.5;SC=TTTAATCATAGTTTTTTTTTT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=148778693;WS=148778675;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	148787669	rs4240341	G	A	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=53;SC=AGGGAAAAAAGCATCATTTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=148787677;WS=148787665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	148796464	rs7663294	C	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=693;SC=TTAGGAGAAACACATTCCAGC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=148796472;WS=148796454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	148800299	rs13147854	A	G	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=28;PP=1599;SC=CGTTTTAGACATTTCCTCTTT;SOR=1.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=95;WE=148800307;WS=148800289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	148827697	rs35780665	T	TA	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.6431;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.516;NF=19;NR=10;PP=441;ReadPosRankSum=2.898;SC=CAGATAAAAGTAAAAAAAAAA;SOR=1.071;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=29;WE=148827705;WS=148827687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr4	148827747	rs12509618	A	C	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=33;PP=1587;SC=CTTGCCTTTTAGTGGCCAAGG;SOR=1.109;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=96;WE=148827755;WS=148827737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	148827973	rs11099672	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=189;SC=GTTCCCTTCTATAACAGGTAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=148827981;WS=148827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	148831070	rs4627844	A	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=42;PP=1213;SC=ATAATCCTCTATTGCATGTGT;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=55;WE=148831078;WS=148831060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	148985720	rs3775327	T	C	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=60;PP=1532;SC=GTCTGCAGCATGGAGTGAGCA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=96;WE=148985728;WS=148985710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	149073555	rs2272089	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=326;SC=TTAGAAATTACTGAAAGAAAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=149073563;WS=149073545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	149116035	rs4835500	A	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=8;PP=204;SC=AATAAAAAATAACTGTTAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=149116043;WS=149116025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	149356516	rs5525	A	G	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=71;PP=2638;SC=AATAGCTCCCATCATCTGGTT;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=89;TCR=71;TR=160;WE=149356524;WS=149356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	149357475	rs5522	C	T	6832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=107;PP=2965;SC=CTTTTAACAACGGCGCGCATG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=128;TCR=107;TR=235;WE=149357483;WS=149357465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr4	149357577	.	C	T	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1422;ReadPosRankSum=-1.024;SC=TGGCCATTTCCTTTGTAAAAT;SOR=0.817;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=219;TCF=114;TCR=105;TR=96;WE=149357585;WS=149357567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,104:0.45:231
chr4	151161490	rs6838238	T	C	4687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=53;PP=2965;SC=AATACTCCAGTACCATGGAAG;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=108;TCR=53;TR=161;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	151161502	rs6813035	G	T	4819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=66;PP=2880;SC=CCATGGAAGGGTCTTGGGAGC;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=107;TCR=66;TR=173;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	151177340	rs13152819	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.25;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	151177340	.	CC	TG	721	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=14;PP=721;QD=51.6311916575;SC=CACCCCCCACCCTCCTCCCGC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=151177349;WS=151177330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	151177341	rs13152820	C	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.25;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	151177428	rs13101461	C	G	246.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	151177432	rs13101258	A	C	218.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	151231371	rs1813134	T	C	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=775;SC=ATAAAGAAAATGAAAATTACC;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=41;WE=151231379;WS=151231361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	151408800	rs7674989	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=537;SC=TACAGATTAATGTTAATAAGA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=151408808;WS=151408790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	151505322	rs13105060	T	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=34;PP=1123;SC=CACACAACTCTGCTATAAACA;SOR=1.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=53;WE=151505330;WS=151505312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	151511715	rs4401437	T	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=0;PP=672;SC=AAGGAGAAACTGTAGAAGGGG;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=151511723;WS=151511713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	151656589	rs1993109	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=37;PP=999;SC=TCACTGCTTACGGTGGAGAGG;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=151656597;WS=151656579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	151719263	rs1129998	A	G	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=32;PP=1171;SC=CCAATTCCACAACTGAACTAC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=76;WE=151719271;WS=151719253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	151765243	rs186080	G	A	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=57;PP=2251;SC=AAGACATATTGTAACTTACTA;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=136;WE=151765251;WS=151765233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	151829659	rs1201207	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=16;PP=673;SC=TCAATGATTTTTTTTCCAAAA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=151829667;WS=151829649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	152024326	rs4696658	T	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=35;PP=984;SC=AAAGGTCTGTTGAAATCCTGT;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=152024334;WS=152024316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	152048936	rs11099782	A	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=375;SC=AACATTTTTTAAAAAAAAACG;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=152048944;WS=152048926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	152053408	rs7664483	G	A	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=16;PP=1007;SC=ATATTCTCTTGAAAATTATGA;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=152053416;WS=152053398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	152069406	.	TAC	T	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=66;QD=23.0;SC=TGTCCTGTCTTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=152069415;WS=152069396;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr4	152070633	rs3792611	T	A	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=46;PP=2001;ReadPosRankSum=1.155;SC=TTTCTCTAACTTTTCCCACAT;SOR=0.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=120;WE=152070641;WS=152070623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr4	152201018	rs148861921	G	GCAGGT	4511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=32;PP=2564;SC=GCTGGCCTTGGCAGGTCAGCC;SOR=1.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=42;WE=152201026;WS=152201008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	152201204	rs1875308	A	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=322;SC=AAAGTGGTAAAATAGGCAGGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=152201212;WS=152201194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	152203664	rs6849871	C	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=682;SC=AAATATTTTTCAACAAAACCA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=152203672;WS=152203654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	152212603	rs2407221	T	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=57;PP=1658;SC=CAGGGGCAGATAACTCACAGG;SOR=2.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=76;WE=152212611;WS=152212593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	152609920	rs11292952	TA	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr4	153267968	rs2714803	A	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=826;SC=TGATTTCAAAATTCATCCACA;SOR=3.086;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=153267976;WS=153267958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	153565641	rs12650966	A	G	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=50;PP=1597;SC=GTTCTTCTGTAACAACTTTTA;SOR=1.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=153565649;WS=153565631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	153573544	rs184060582	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=0;PP=316;SC=AAGGAATATGCATATATTCAC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=153573552;WS=153573536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	153690842	rs4696354	T	C	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=73;PP=2894;SC=TTGGTGCATATGGAATCACCA;SOR=0.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=168;WE=153690850;WS=153690832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	153750918	rs10010297	G	A	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=56;PP=1586;SC=AAGAATCATGGTAAGTCTTTA;SOR=2.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=77;WE=153750926;WS=153750908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	153793489	rs35670437	CT	C	160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=89;SC=TTGTGGGAACCTTTTTTTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=153793497;WS=153793479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	153802060	rs80127385	A	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=251;SC=ATGCTCTAGCATTTATATTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=153802068;WS=153802050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	153870276	.	TAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAG	T	2939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=9;NR=12;PP=637;SC=ATAATAATAATAAGAAGAAGA;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=21;WE=153870307;WS=153870263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	153870355	rs12651510	T	C	3919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=38;PP=1422;SC=GGACCAGGCATGGTGGCTGAA;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=95;WE=153870363;WS=153870345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	153881835	rs3811834	C	T	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=82;PP=2482;SC=TTATTCTTCACGCAGTAAGAT;SOR=1.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=126;WE=153881843;WS=153881825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	153884092	.	G	GGTGT	707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=0.000;QD=44.23;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	153889265	rs6535885	A	G	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=62;PP=2034;SC=TAGGTGACTCAAGTCAGTCCC;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=153889273;WS=153889255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	154091111	rs34284701	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=320;SC=TAACTTCATCCGCATCTAAAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=154091119;WS=154091101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	154178697	rs12643843	A	G	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=81;PP=2965;SC=CTGTGCATGAACTGGCACATC;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=183;WE=154178705;WS=154178687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	154191710	rs1470104	G	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=25;PP=649;SC=AGTTTCGCAGGCTGACCTCCT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=154191718;WS=154191700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	154216710	rs893805	G	A	8101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=162;NR=118;PP=2965;SC=ACCTCGGGACGATCTTAACCA;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=162;TCR=118;TR=280;WE=154216718;WS=154216685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr4	154276771	rs79519239	C	T	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=379;SC=AAAATAAACACGTGCTTTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=154276779;WS=154276761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	154542161	rs3761657	C	A	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=75;SC=AAATGTTTATCTCTTAAGATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=154542169;WS=154542151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	154542814	rs7663417	G	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	154544267	rs2289319	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=498;SC=AGGCACTCTCGGTGGCCCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=154544275;WS=154544257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	154554183	rs3217466	TAAAA	T	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=446;SC=AAACATGAAATAAAAGAAAGA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=154554194;WS=154554173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	154557383	rs142471814	ATG	A	1517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=14;PP=1196;SC=GTATTCGCTGATGTGTATTCA;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=154557392;WS=154557373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	154557405	rs3214684	CT	C	1226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.347;NF=15;NR=21;PP=752;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CTTTCTAAGGCTTTTTTTTTT;SOR=1.287;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=36;WE=154557423;WS=154557394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr4	154624656	rs3804099	T	C	4930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=90;PP=2707;SC=CAATTCAGAATGTAAGTCATC;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=82;TCR=90;TR=172;WE=154624664;WS=154624646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	154631543	rs2405432	A	T	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=87;PP=2965;SC=TAGTGAATAGATAATGCCTTG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=103;TCR=87;TR=190;WE=154631551;WS=154631533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	154631587	rs1337	C	G	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=89;PP=2965;SC=GCCAGGCCACCAAATAACGAA;SOR=0.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=166;WE=154631595;WS=154631577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	154633734	rs2289318	G	C	7935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=142;PP=2965;SC=GAAAGCTGAAGCATCTTGTTA;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=133;TCR=143;TR=275;WE=154633742;WS=154633724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr4	154641489	rs1439166	T	C	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=40;PP=904;SC=GAAATAAGAATGTGGCATATT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=154641497;WS=154641479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	154644454	rs1456384	T	C	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=31;PP=2022;SC=CAGGTGAGTGTGCCAAGCAAG;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=110;WE=154644462;WS=154644444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	154644537	rs10517577	T	C	8383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=120;PP=2965;SC=ATTGTAAACATGATCGCCAAG;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=166;TCR=120;TR=286;WE=154644545;WS=154644527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr4	154709856	rs6535952	A	C	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=59;PP=1595;SC=GCAGGTTGGCAGGGATGGGCT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=105;WE=154709864;WS=154709846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	155156207	rs7655799	G	A	6580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=93;PP=2965;SC=CTTTTCTAACGTCAGCCAGGA;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=124;TCR=93;TR=217;WE=155156215;WS=155156197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr4	155161666	rs6535989	C	T	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=38;PP=2366;SC=GCTTTGGTTTCGGCATCTCTT;SOR=1.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=130;WE=155161674;WS=155161656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	155190927	rs11412936	T	TA	466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=479;SC=TAGGCTAGCTTAAAAAATTCT;SOR=3.258;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=15;WE=155190935;WS=155190917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	155225784	rs70947158	AAAACAAAC	A	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=1408;SC=CTGTCTTAAAAAAACAAACAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=155225799;WS=155225779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	155243573	rs13109747	C	T	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=74;PP=2390;SC=TATAATCATACGAAAGTATTG;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=132;WE=155243581;WS=155243563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	155243604	rs1352714	T	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=64;PP=2040;SC=TATTTCACCATTGTTGGCGTC;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=101;WE=155243612;WS=155243594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	155244401	rs140019361	TTTTG	T	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=470;SC=CAGGTCAGGATTTTGTTTGTT;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=155244412;WS=155244391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	155244475	rs12500437	G	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=105;SC=CAGAGGCATAGGTCTAGCTGC;SOR=3.912;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=155244494;WS=155244465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	155250915	rs993975	G	C	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=6;PP=102;SC=AGGCGCACCAGGGCCAGAACC;SOR=3.912;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=155250923;WS=155250905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	155252934	rs4696548	C	T	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=22;PP=737;SC=CTCGAGCTATCTGAGTTTCAG;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=155252942;WS=155252924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	155256205	rs6858712	G	A	4946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=98;PP=2965;SC=GACCATCAACGAAAGTGTGGT;SOR=1.369;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=63;TCR=98;TR=161;WE=155256213;WS=155256195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	155312411	rs62331900	G	A	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=49;PP=1971;SC=TCTTTTCTCCGTCTTCATTCT;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=119;WE=155312419;WS=155312401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	155407407	rs4346631	A	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=609;SC=AGGTCTCGTCAGGGCATGAGA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=155407415;WS=155407397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	155407569	rs12501998	T	C	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=47;PP=1477;SC=TTTTATCAGATGACATGGTAT;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=98;WE=155407577;WS=155407559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	155407680	rs13151559	A	G	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=21;PP=652;SC=AAGCTGTAAAAGAGGAAAACT;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=155407688;WS=155407670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	155410407	rs9999285	C	G	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=16;PP=1393;SC=ACAACCCTCTCCATCCCTTCC;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=155410415;WS=155410397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	155410822	rs4696593	G	A	5458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.235;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.299;SC=CATCGGAGGCGCTGACCCACA;SOR=0.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=181;WE=155410830;WS=155410812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr4	155411065	rs7656522	T	C	11233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=1.364;SC=GGCCGCCGGGTAGCAACGCGA;SOR=0.298;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=214;TCR=167;TR=380;WE=155411073;WS=155411049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,403:1.00:404
chr4	155411104	rs6536016	A	C	12592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=229;NR=211;PP=2965;SC=CCAAGGACAGAGAGATGCTCC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=440;TCF=229;TCR=211;TR=440;WE=155411112;WS=155411094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr4	155458728	rs7668014	C	T	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=999;SC=GGGAATACTACGGTTATAAAA;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=155458736;WS=155458718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	155459194	rs7668818	A	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=13;PP=417;SC=AAAGATTTTGAATGAAACTTC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=155459202;WS=155459184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	155460097	rs62330409	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=228;SC=AGCAAAATAGTGCATGAGGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=155460105;WS=155460087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	155461113	rs7671792	T	C	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=41;PP=1904;SC=CTGTAATAATTTGTGGTTCTG;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=155461121;WS=155461103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	155461687	rs62330410	A	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=10;PP=916;SC=TGAAACCGAAAGTGCACCCTA;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=155461695;WS=155461677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	155462148	rs7700005	A	T	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=860;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AATTTTAGAAACCTGATTATT;SOR=1.445;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=43;WE=155462156;WS=155462138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr4	155465535	rs62330413	A	G	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=29;PP=1382;SC=TCTATTCTTCAGTGCTTGTCA;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=155465543;WS=155465525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	155466869	rs62330417	C	T	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=12;PP=1000;SC=AGTTTTAGGGCTATGAAATAT;SOR=2.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=50;WE=155466877;WS=155466859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	155466935	rs11935584	T	C	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=48;PP=1995;SC=GAGGGAAATATGGCAACATGT;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=123;WE=155466943;WS=155466925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	155467187	rs11940724	A	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=15;PP=692;SC=GGAAAATGTCATATAATAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=155467195;WS=155467177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	155469959	rs11451354	G	GA	1772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.313;HP=11;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.581;NF=28;NR=26;PP=694;ReadPosRankSum=-1.492;SC=TTTAGCAATTGAAAAAAAAAA;SOR=0.301;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=54;WE=155469967;WS=155469949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,79:0.91:87
chr4	155508627	rs2070018	G	A	7305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=103;PP=2965;SC=CCTCTACTCAGAAACAAGGAC;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=147;TCR=103;TR=250;WE=155508635;WS=155508617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr4	155510224	rs7656433	A	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=115;SC=TTCCTACCCTATCTCTTCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=155510232;WS=155510214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	155511897	rs2070011	T	C	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=31;PP=886;SC=AAAGGATTGCTGCCACTCCTA;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=59;WE=155511905;WS=155511887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	155525276	rs2066865	G	A	272.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=224;SC=GTCAATAAAGGTACCATGTAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=155525284;WS=155525266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	155525970	rs1049636	G	A	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=565;SC=GTCAATAGAAGTTAGCAGTTA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=155525978;WS=155525960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	155665881	rs139819099	G	T	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=104;PP=2965;SC=CCAGAAAAAGGCACTGCTCAA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=109;TCR=105;TR=213;WE=155665889;WS=155665871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr4	156135676	rs1047214	C	T	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=1.610;SC=TTGAGATCATCCCGGACTTTG;SOR=0.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=174;WE=156135684;WS=156135666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,188:0.99:189
chr4	156136027	rs2880415	C	T	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=78;PP=2536;SC=TGTTCCACATCATCGCCATGT;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=82;TCR=78;TR=160;WE=156136035;WS=156136017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr4	156271269	rs17377470	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=6;PP=587;SC=ACTTTCCCCTAAAGCAATTAC;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=156271277;WS=156271259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	156273768	rs2305050	T	C	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=34;PP=1075;SC=TCATATTCATTAATAGCTTGT;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=156273776;WS=156273758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	156274377	rs1058992	T	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=14;PP=634;SC=TTCAGTTTTCTTCTTGTTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=156274385;WS=156274367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	156274584	rs10004913	T	G	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=215;SC=ACATATACATTTATCTTTAGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=156274592;WS=156274574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	156274606	rs33994283	CATT	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=149;SC=CTCTGATATTCATTATACTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=156274616;WS=156274596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	156276096	rs3775249	G	A	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=176;SC=AAGTAAAACCGGAAATCATTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=156276104;WS=156276086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	156276289	rs2341894	C	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=22;PP=683;SC=CATGTAAATACACATTTTTCT;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=156276297;WS=156276279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	156276317	rs2880181	A	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=557;SC=CCACTCCTATAAGAACAAGAA;SOR=3.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=156276325;WS=156276307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	156276433	rs2341893	C	T	62.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=41;SC=CTATTCTACTCTAAAAAAGAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=156276441;WS=156276423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	156276742	rs34426198	ACT	A	48.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=61;SC=TTAAAAGGAAACTCTTTCTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=156276751;WS=156276732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	156276788	rs6857158	G	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=264;SC=TTTCTATCAGGATTACTTTAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=156276796;WS=156276778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	156276841	rs6834126	T	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=1189;ReadPosRankSum=-1.919;SC=TCATTCTTCTTCTCTTAAAAA;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=59;WE=156276849;WS=156276831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr4	156281666	rs111798466	ACT	A	38.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	156283302	rs6829123	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=13;PP=389;SC=TCCTGTTTTCGCAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=156283310;WS=156283292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	156290032	rs3733392	G	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=513;SC=CTCTCTGGGTGCTACCATACT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=156290040;WS=156290022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	156295965	rs11723273	T	C	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=13;PP=1137;SC=CTAAAATTAGTGAATGCTTAG;SOR=2.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=57;WE=156295973;WS=156295955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	156296868	rs986416	T	A	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=16;PP=810;SC=GAATCACCAATTTCAACCCAT;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=156296876;WS=156296858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	156297060	rs17377679	A	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=189;SC=TCAACTTCTGATAGTAGCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=156297068;WS=156297050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	156617994	rs2306557	G	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=29;SC=GGAGGAGATCGCAGCAGGGTA;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=156618002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	156632391	rs11944673	A	G	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=75;PP=2288;SC=ACTCTGTGAAAAAATCTTCAA;SOR=1.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=114;WE=156632399;WS=156632381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	156634844	rs71605258	T	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=12;PP=472;SC=CTCTGTAGGGTCTTGCAAGCC;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=156634852;WS=156634834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	156680340	rs1459845	G	T	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=55;PP=1621;SC=ACCCCTCCTCGGCCGGCCTGG;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=96;WE=156680348;WS=156680330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	156706412	rs17033527	C	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=15;PP=743;SC=TTTATGAAGCCTAGAAGAATG;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=156706420;WS=156706402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	156706482	rs1459853	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=20;PP=732;SC=GTGCTGCAATGTAAGAGTTTA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=156706490;WS=156706472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	156757789	rs113590442	G	GA	377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=272;SC=TTTCAATAAAGAAAAAAAAAT;SOR=5.421;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=156757797;WS=156757779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	156757818	rs1399046	A	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=517;SC=ATTATCAATAATTTAAAAGGC;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=156757826;WS=156757808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	156763605	rs75456610	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=376;SC=TCCTCTCAGAGCTCTTTGATT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=156763613;WS=156763595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	156784970	rs932081	C	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=353;SC=TAATGCTATCCGTAAAAAAAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=156784978;WS=156784960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	156787214	rs1399044	A	G	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=139;SC=TATATTACTTATATTGTGTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=156787222;WS=156787208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	156787340	rs6848883	G	A	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=26;PP=1220;SC=TTTACTCACCGTTCTCAGCAT;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=156787348;WS=156787330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	156826166	rs2137778	C	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=240;SC=TACTAAAGTTCATAAAAACCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=156826174;WS=156826156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	156832841	rs12502494	C	T	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=53;SC=TTCTCTTAACCTTTTCTCTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=156832849;WS=156832831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	156839462	rs2292537	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=233;SC=TATACATTTGCTATCTAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=156839470;WS=156839452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	156847230	rs1543108	A	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=21;PP=784;SC=TACCTAAGGGAAAAAAAAGGA;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=45;WE=156847245;WS=156847220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	156847237	rs10714400	AG	A	1162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=977;SC=GGGAAAAAAAAGGAATTATTA;SOR=1.061;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=24;WE=156847245;WS=156847220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	156874681	rs7670813	A	G	56.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	156874833	rs2292538	G	A	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=3;PP=258;SC=GAGGGAGCAGGGACAGATCCC;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=156874841;WS=156874823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	156874849	rs7671674	G	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.84;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	157563266	rs7658059	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=1;PP=352;SC=TTGCCTGAGAAAGGCTAGACA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=157563274;WS=157563263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	158005876	rs7667450	G	A	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=27;PP=1028;SC=TACTAAGAAGGGTAGGTTACT;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=58;WE=158005884;WS=158005866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	158041591	rs11932115	G	A	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=2;PP=516;SC=AGAAGAAAAAGCCATACTATA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=158041599;WS=158041581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	158041896	rs3775724	G	A	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=144;SC=TATTTTATATGTATATGCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=158041904;WS=158041886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	158043559	rs41280501	C	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=433;SC=GGTAAGATTGCAATTAATTTA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=158043567;WS=158043549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	158065038	rs12507409	T	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=10;PP=420;SC=ACGCCCCAACTCTGCTCATTG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=158065046;WS=158065028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	158238830	rs4302506	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=11;PP=390;SC=TTGGAAAACATGTTAAAGGGT;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=158238838;WS=158238820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	158242540	rs4475186	G	A	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=172;SC=ATGTTAAGTAGCATTTTGTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=158242548;WS=158242530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	158282801	.	T	A	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=48;PP=1723;SC=ACTCTGGAAGTAAGGTCAGTT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=104;WE=158282809;WS=158282791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	159076826	rs6830702	C	T	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=51;PP=2212;SC=CAGTACAACCCGATTCAGGCT;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=128;WE=159076834;WS=159076816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	159158677	rs12504074	G	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=29;PP=1301;SC=GTTTTGTAAGGGGCTGCAGTC;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=72;WE=159158685;WS=159158667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	159514728	.	A	T	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=180;SC=TCAACATTTTAAAAAAAGATT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=159514736;WS=159514718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	159568383	rs13111939	A	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=325;SC=ATGTTCACAAATTTTTATTTC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=159568391;WS=159568373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	159601676	rs11559290	C	T	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=35;PP=1320;SC=CTATGTGCTACAAGATGGTCT;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=82;WE=159601684;WS=159601666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	159640565	rs7666472	G	C	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=180;SC=CCTGTTTGTCGCTCCCCACCC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=159640573;WS=159640555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	159690622	rs55960593	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=441;SC=AGCGTGGACGCGCCTGATCCG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=159690630;WS=159690612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	159690640	rs59971723	C	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=367;SC=CCGAGTGTGGCTCCGGACCCT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=159690648;WS=159690630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	159881328	rs978297	T	C	71.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=1.282;SC=AAAACCTACATGAAATAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=159881336;WS=159881323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	159881479	rs9784569	T	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.32;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr4	159894250	rs619128	C	T	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=37;PP=2231;SC=AAAGCCACTCCCCAGTCTTGA;SOR=1.476;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=113;WE=159894258;WS=159894240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	159894305	rs662473	T	C	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=76;PP=2965;SC=CCAATTTCACTGACGTACTCA;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=106;TCR=76;TR=180;WE=159894313;WS=159894295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	160107918	rs10014197	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=670;SC=TTGAAGCATGTAACAATTTAA;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=160107926;WS=160107908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	160114277	rs6834634	G	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=9;PP=588;SC=GACTGTATGTGTCATTTAAGG;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=160114285;WS=160114267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	160159949	rs77229150	C	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.16;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	160251417	rs10692663	A	ATG	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=7.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.641;QD=22.84;ReadPosRankSum=1.346;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr4	160251718	.	A	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=630;SC=TAATGTGTATATTTGTCACAG;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=160251726;WS=160251708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	162380281	rs116151087	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=559;SC=AAAAATATCATGGTTAAATGA;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=162380289;WS=162380271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	162459299	rs4691769	T	C	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=36;PP=1780;SC=TGTGTGCTGTTGGGTGGTTCT;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=102;WE=162459307;WS=162459289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	162841814	rs5863499	T	TA	1929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=42;PP=658;SC=CCTGAAGAATTAAAAAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=44;WE=162841822;WS=162841804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	164048199	rs4691895	G	C	5251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=104;NR=75;PP=2965;SC=AAACCAAAAAGTTTGTGTGAC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=179;WE=164048207;WS=164048176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr4	164069397	rs11722876	C	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=76;SC=GTGTTAATTACGTATGTCAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=164069405;WS=164069387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	164085425	rs4691896	T	C	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=8;PP=685;SC=TCCTTCTCAATTTGTAAATCA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=164085433;WS=164085415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	164087954	rs936562	A	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=49;PP=1320;SC=CCAGAAATAGAAAAACAACTT;SOR=2.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=164087962;WS=164087944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	164393117	rs11735477	T	A	7055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NR=121;PP=2965;SC=ACACTGCCAGTTGATGAACAA;SOR=0.855;Source=Platypus;TCR=121;WE=164393125;WS=164393107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr4	164533316	rs907431	A	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=494;SC=AAAAAGAACAATGTAAATAAA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=164533324;WS=164533306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	165891044	.	G	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=10.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.29;MQRankSum=-1.428;QD=12.22;ReadPosRankSum=1.726;SOR=0.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr4	166403574	rs2289230	A	G	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=44;PP=1363;SC=AGGTTTTATAAGATGATTTCT;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=166403582;WS=166403564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	166408782	rs3822062	T	G	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=55;PP=1629;SC=TTCAAACCTGTCCTACAATGG;SOR=1.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=84;WE=166408790;WS=166408772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	166910665	rs80130536	A	G	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=57;PP=1869;SC=TGTTTCAGAAAATTTGTCTTT;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=96;WE=166910673;WS=166910655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	166928911	rs12649793	C	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=2;PP=341;SC=TTCAATATTGCTTTTCAATAT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=166928919;WS=166928901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	166929102	rs17590218	G	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=73;PP=2922;SC=TAGGTCAAGAGTACAATTTTC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=152;WE=166929110;WS=166929092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	166929276	rs3775321	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=674;SC=TATGCCTGACATTAGAACTAG;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=166929284;WS=166929266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	166978539	rs59089153	CT	C	1165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=828;SC=GTCTGTCTTCCTCTTTCTTTC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=166978547;WS=166978529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	167012241	rs377180243	GTTT	G,GTT	1254.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=461;SC=TGAGTGATTTGTTTTTTTTTA;SOR=2.753;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=17;WE=167012258;WS=167012231;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:27
chr4	167012250	.	T	TAA	1408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	167012381	rs2654492	G	A	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=87;PP=2965;SC=TTGGACGACTGTGTGGCAACA;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=107;TCR=87;TR=194;WE=167012389;WS=167012371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	167012480	rs2646914	T	C	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=56;PP=1763;SC=GCTTTCAAGCTACACATTCTA;SOR=1.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=84;WE=167012488;WS=167012470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	167012506	rs2254420	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=35;PP=1014;SC=CAGCAAATTCAAGTCATGCTT;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=167012514;WS=167012496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	167012543	rs2654493	T	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=695;SC=ATCCAGGTTTTTCTTCTGGTG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=167012551;WS=167012533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	167932327	rs2558141	T	C	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=30;PP=2232;SC=TAAAATATAATACAAATTGAG;SOR=2.093;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=115;TCF=82;TCR=33;TR=112;WE=167932335;WS=167932317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	169049106	rs10002305	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=2;PP=765;SC=AACTCCTGACTTCAGGTGATC;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=169049114;WS=169049096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	169083694	rs6836994	A	C	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=16;PP=1026;SC=GATTGGGGATATGAGGGAGCA;SOR=1.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=169083702;WS=169083684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	169086441	rs4405979	A	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	169098914	rs477897	A	G	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=54;PP=2181;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AAGGATATACAGACCCTGCGA;SOR=0.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=133;WE=169098922;WS=169098904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr4	169105563	rs576690	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=361;SC=CAGGATCTGAACCACAGCCTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=169105571;WS=169105553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	169183789	rs6552581	A	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=633;SC=GTTTGTCAATATTATCATCCT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=169183797;WS=169183779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	169279170	rs497151	A	G	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=172;SC=AGCAGAGCTGATATCTGAGTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=169279178;WS=169279160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	169282112	rs2684346	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=102;SC=AAAAAAACAGCGTGACAGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=169282120;WS=169282102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	169282232	rs2684347	G	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=556;SC=CTTACACAAAGGAAGAGCTAT;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=169282240;WS=169282222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	169282355	rs2684348	T	C	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=31;PP=1006;SC=AGCTGTCCCATACGCATCCTA;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=169282363;WS=169282345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	169292759	rs6829368	T	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=4;PP=764;SC=ACCCATAAACTTACCCATTTT;SOR=2.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=169292767;WS=169292749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	169299528	rs13110927	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=485;SC=AAACTTAAATTAGCATTTTGG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=169299536;WS=169299518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	169299676	rs10517990	T	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=433;SC=TTGATTCCATTTATTTTCTGC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=169299684;WS=169299666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	169301059	rs1489232	T	C	93.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	169312801	rs6840397	A	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.99;ReadPosRankSum=-1.890;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr4	169315571	rs11337868	TA	T	930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=891;SC=TTCAGCATCATAATATGCACA;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=22;WE=169315579;WS=169315561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	169315760	rs3749499	C	A	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=66;PP=2037;SC=GTAATACCCTCTCCAAAGTCT;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=122;WE=169315768;WS=169315750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	169317081	rs1826028	C	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=7;PP=495;SC=ACAACTGTAACGTATTATATT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=169317089;WS=169317071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	169317279	rs3857035	C	T	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	169336662	rs4692661	T	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=11;PP=350;SC=TCTCTCTCCATAGAGCACTAG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=169336670;WS=169336652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	169340639	rs1021318	C	A	684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=15;PP=441;SC=TATGCTGCTGCTGATAGCAGT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=169340647;WS=169340629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	169341435	rs2130145	A	G	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=63;PP=2787;SC=ACATTGTGACAATAATCTCTT;SOR=1.192;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=104;TCR=63;TR=167;WE=169341443;WS=169341425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	169341608	rs141226900	TACACATACACACACACACAC	T	890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.90;QD=37.11;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	169369820	rs2712113	T	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=492;SC=AGTAGAAGGCTATATTCTTTA;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=169369828;WS=169369810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	169369853	rs2712114	A	T	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=14;PP=690;SC=CATACAAGTCAGAAACATGAT;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=169369861;WS=169369843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	169374487	rs2634953	A	G	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=49;PP=1419;SC=GTGAAATGGCATTGAAATAGG;SOR=1.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=169374495;WS=169374477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	169391990	.	TA	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.906;SOR=1.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr4	169392091	rs7680471	G	A	5389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=97;NR=99;PP=2965;SC=AGGATGGACTGGGCAGGGGCA;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=97;TCR=99;TR=196;WE=169392099;WS=169392081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	169393179	rs12505232	T	G	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=139;SC=AGCTACTGTTTGTTGAGTACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=169393187;WS=169393169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	169393595	rs13149639	A	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=22;PP=986;SC=TTTTTACTTCACAGTACTTAC;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=169393603;WS=169393585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	169393972	rs113626526	G	GA	3551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=73;PP=2555;SC=TGTAATAAAAGAAAAAATAGA;SOR=1.777;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=85;TCF=4;TCR=81;TR=76;WE=169393980;WS=169393962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	169589214	rs2723705	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=597;SC=AACACTGACATTGTTTTTTTT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=23;WE=169589224;WS=169589204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	169612461	.	GT	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr4	169612528	rs4260495	C	T	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=44;PP=1545;SC=TTTCTTTCTACCTTAAAGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=169612536;WS=169612518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	169799626	rs72704207	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=8;PP=251;SC=CATACACGCGCTCCCATCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=169799634;WS=169799616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	169812313	rs6827082	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=693;SC=ACATCATCATTATTATTATTA;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=169812321;WS=169812303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	169835048	rs1532651	C	G	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=13;PP=1161;SC=TTTTAAATAGCAAATCATTTA;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=169835056;WS=169835038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	169836961	rs72704235	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=2;PP=530;SC=TATTACCCCATGTATTTTAAG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=169836969;WS=169836951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	169846255	rs3733656	T	C	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=34;PP=1313;SC=TCTCATTTCATTGCGTTTACT;SOR=1.042;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=64;WE=169846263;WS=169846245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	169846359	rs66895777	GCT	G	3231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=31;PP=2490;SC=AATTCATATTGCTCTCTCTCT;SOR=1.039;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=53;WE=169846368;WS=169846349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	169927825	rs3762914	T	C	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=1;PP=1164;SC=TGTTTCACAATAAATCACAAA;SOR=6.138;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=44;WE=169927833;WS=169927815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	169928842	rs2877380	G	T	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=16;PP=676;SC=TGTTTCTCCAGCTCTTCAAAT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=169928850;WS=169928832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	169931268	rs28371817	G	A	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=56;PP=1722;SC=GGAGGAAAGAGGGTAGGGAGT;SOR=1.496;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=90;WE=169931276;WS=169931258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	169931288	rs2279039	T	C	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=38;PP=1165;SC=TGGGAGCCCCTCTCCAGGTTC;SOR=2.107;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=53;WE=169931296;WS=169931278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	170017860	rs1471172	G	A	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=75;PP=2116;SC=AGAGATTTTGGTTAAGGCGAT;SOR=1.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=109;WE=170017868;WS=170017850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	170315496	rs4692721	C	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=162;SC=AGAATCTTCACTGAAAAATGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=170315504;WS=170315486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	170354836	rs7680152	C	T	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=27;PP=745;SC=ATAAACGTAACGAGAGACATC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=170354844;WS=170354826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	170354873	rs13139925	T	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=19;PP=515;SC=CAAGAGAATATTGAATAAACT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=170354881;WS=170354863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	170428352	.	G	T	539	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=17;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=17;MQ=53.67;NF=2;NR=21;PP=539;QD=24.9465744586;SC=TTTTTTTTTTGGGCCAGGTCT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=23;WE=170428360;WS=170428342;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,23:0.77:30
chr4	170482883	rs56064008	A	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=31;PP=1315;SC=TCATTAAACTAATAATCTGTA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=63;WE=170482891;WS=170482873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	170506703	rs55679731	A	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=38;PP=1142;SC=GCTTCAAACTAAATTCCAGAA;SOR=2.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=170506711;WS=170506693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	170581570	rs4692739	G	A	4570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=94;NR=73;PP=2753;SC=GGAGGAGACAGTATTCCCCTG;SOR=0.777;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=167;WE=170581578;WS=170581560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	170584703	rs34755939	C	G	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=2;PP=259;SC=GTTGTCCAGGCTGGTCTCCAA;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=170584711;WS=170584693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	170616918	rs2062609	G	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=184;SC=TTTCAGTTTTGTAGGTGATGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=170616926;WS=170616908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	170618865	.	G	C	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=50;PP=1541;SC=CATAATGACAGTATTCACTTT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=170618873;WS=170618855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	170628524	rs9996636	A	G	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=132;SC=GGCAAGGGACATTATTTTATG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=170628532;WS=170628514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	170663235	rs1047642	C	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=11;PP=446;SC=CGTTATTTCTCTAAGTTTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=170663243;WS=170663225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	170663321	rs6849004	C	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=8;PP=332;SC=AAAGACCTTTCAAAGTTGAGC;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=170663329;WS=170663311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	170670109	rs369228807	CT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.016;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	170678993	rs11540095	T	C	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=56;PP=2543;SC=GCGGCCCCTCTCCGCCGGGCC;SOR=0.960;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=130;WE=170679001;WS=170678983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	172735897	rs3796654	C	G	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=32;PP=954;SC=AAAGATCACACAAGGATTGGT;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=172735905;WS=172735887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	172973421	rs1505494	G	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=240;SC=AGAGCCTCAAGGCAGAGAGGA;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	172973423	rs10572855	CAG	C	657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=496;SC=AGCCTCAAGGCAGAGAGGATA;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	172973580	rs1505495	C	A	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=40;PP=1342;SC=TTTACCCCAACCCATTCACCA;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=80;WE=172973588;WS=172973570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	173232679	rs2136033	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=748;SC=AATAGGCGATAATACACATTC;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=173232687;WS=173232669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	173232944	rs168011	G	T	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=1.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	173803914	rs6810619	T	C	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=19;PP=1670;SC=TCATAGTCCTTTAAAGATTAT;SOR=2.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=173803922;WS=173803904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	173873170	rs11322401	TG	T	1870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.963;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=2413;ReadPosRankSum=-0.364;SC=ATGACATTTTTGTTTTCCTGC;SOR=1.905;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=55;WE=173873178;WS=173873160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr4	173930479	rs4696042	A	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=31;PP=869;SC=GGCAGTGGGAACCAGTCGGGG;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=173930487;WS=173930469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	174090004	rs3733477	G	A	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=75;PP=2795;SC=TGAAGATTGGGTTCATCTTAC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=97;TCR=75;TR=170;WE=174090012;WS=174089994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	174235079	rs138768800	GAT	G	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.782;NF=3;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TTTTTATAACGATATATATAT;SOR=0.765;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=4;WE=174235088;WS=174235069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr4	174310777	rs4695833	A	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=376;SC=AGGTCTGGGGAGGAGTCCAAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=174310785;WS=174310767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	174450363	.	TGCG	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr4	174458022	rs3775588	T	A	6332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=93;PP=2965;SC=TTCATGGGGATGTATAACCGA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=108;TCR=93;TR=201;WE=174458030;WS=174458012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr4	174458142	rs3775587	C	G	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=70;PP=2023;SC=GATCAGATCCCTCTGGGAAAA;SOR=1.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=102;WE=174458150;WS=174458132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	174537063	rs4413383	G	A	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=459;SC=TGGAGATCCAGACATAAGTGA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=174537071;WS=174537053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	174537221	rs11726970	T	C	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=71;PP=2965;SC=CTCTTCTCATTCAGAGGTGTA;SOR=1.431;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=122;TCR=71;TR=192;WE=174537229;WS=174537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	174537356	rs34402795	T	A	8744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=140;NR=159;PP=2965;SC=TCAAATTTGTTGAGTAGCTGG;SOR=0.860;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=141;TCR=160;TR=299;WE=174537364;WS=174537346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr4	174537471	rs13103221	G	A	4405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=82;PP=2965;SC=AATTTGCATAGTCCTCAAGAA;SOR=0.759;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=82;TCR=82;TR=163;WE=174537479;WS=174537461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	174537500	rs115923665	C	T	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;SC=ACATTCTTCTCGGCAGGAAGA;SOR=0.978;Source=Platypus;TCF=58;WE=174537508;WS=174537490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	174537658	rs62342044	C	T	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=64;PP=2422;SC=CCTTTTCTTTCGAGGAGGCTG;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=134;WE=174537666;WS=174537648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	175220484	.	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=297;SC=CTGCCTTGAAATGATTAAAAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=175220492;WS=175220474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	175565245	rs4235212	T	C	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=62;PP=2058;SC=CAAGGCCCTTTAATAATACAA;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=175565253;WS=175565235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	175580119	rs6553802	T	C	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=111;SC=TCCCAATTGCTTCTCTTTTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=175580127;WS=175580109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	175580191	rs4365704	G	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=662;SC=AACCCAATACGTTTAATCACT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=175580199;WS=175580181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	175598334	rs6812439	T	C	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=40;PP=1004;SC=TGATCCAGAATGAAACCCAGG;SOR=1.516;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=63;WE=175598342;WS=175598324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	175649861	rs1872548	T	G	107.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=11;PP=185;SC=TATGATAAAATAATGAAAGAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=175649869;WS=175649851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	175899001	.	T	TCAGAGTCAACCTCCTGTGATGCCTTCCCAGAGTCATCCTCAGTTGACGCCTTCC	8236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=2.089;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;MQRankSum=-0.259;QD=74.20;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,108:0.97:111
chr4	176573028	rs72702639	T	C	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=35;PP=1236;SC=CCTCCACTAATGTGGTGTTCC;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=176573036;WS=176573018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	176733450	rs62338073	G	T	305.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5951;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=65;SC=GAAAAACTGGGGGTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=176733460;WS=176733440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	176733451	.	GGT	G	144	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.7975;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=44.41;NF=0;NR=4;PP=144;QD=43.75;SC=AAAAACTGGGGGTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=176733460;WS=176733440;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr4	176733452	rs113129787	G	T	305.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.83;QD=38.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	176892056	rs11366469	CT	C	2141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=857;SC=CCGACAGACCCTTTTTTTTCC;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=37;WE=176892064;WS=176892046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	177032619	rs77175592	T	C	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=5;PP=768;SC=ACTAGTAAAATGTTTTTCAGG;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=177032627;WS=177032609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	177073026	rs4690661	G	A	6635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=103;PP=2965;SC=TGGTGTACCTGCTAAAGAGGA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=118;TCR=104;TR=221;WE=177073034;WS=177073016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr4	177083166	rs2877924	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=394;SC=AAAAAGTATTAGTTTGCTTTT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=177083174;WS=177083156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	177083333	rs12646277	A	G	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=27;PP=888;SC=GAGGTACGACATTTAAAACTG;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=177083341;WS=177083323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	177087322	rs4388031	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=290;SC=TTTAAGAACACATTCCTTTAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=177087330;WS=177087312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	177094345	rs79703335	A	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.54;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	177113764	rs6857056	A	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=8;PP=490;SC=CAGCTGTTTCAAAGGAAAACT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=177113772;WS=177113754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	177113779	rs12502935	T	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=14;PP=651;SC=AAAACTTACCTGGATTCAATT;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=177113787;WS=177113769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	177113956	rs2291244	A	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=34;PP=1052;SC=TCTGGTAGCTATAGTCCGTGA;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=60;WE=177113964;WS=177113946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	177137988	rs6827525	C	T	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=15;PP=1521;SC=GAAGCAATATCCTTTCCACCA;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=68;WE=177137996;WS=177137978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	177142776	rs10032098	C	A	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=35;PP=1024;SC=AATATCCAAACATAAGATTCA;SOR=1.195;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=177142784;WS=177142766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	177143664	rs6553937	C	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=801;SC=ATATTTTAGACATCAAAGAAT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=177143672;WS=177143654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	177241136	rs2305506	C	T	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=12;PP=1909;SC=ACGCGCGCACCGCAGACGGCG;SOR=3.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=69;TCR=12;TR=80;WE=177241144;WS=177241126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	177605081	rs5864401	CTCA	C	5837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=41;PP=2969;SC=ACAATCTTAGCTCATCATTTG;SOR=1.277;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=82;WE=177605091;WS=177605071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr4	177608875	rs4529000	A	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=425;SC=TCACTTATTTAGAAGAATGAT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=177608883;WS=177608865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	177650614	rs3836595	T	TA	222.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=194;SC=ACACTGAAATTAAAGAACCAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=177650622;WS=177650607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	178272748	rs1054753	G	A	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=43;PP=1271;SC=TTCTAAGAGGGTTAATTATAC;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=178272756;WS=178272738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	178274565	rs2048074	A	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=27;PP=1345;SC=AGATCAACAGAAAAACTGCAT;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=178274573;WS=178274555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	178274694	rs10007075	T	G	4867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=69;PP=2964;ReadPosRankSum=2.077;SC=CTGCTAGTGTTTGTTTGAATG;SOR=0.304;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=98;TCR=72;TR=166;WE=178274702;WS=178274684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr4	178274750	rs13112358	C	T	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=84;PP=2780;SC=ATAACTCAACCATCCAGCAAA;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=83;TCR=84;TR=167;WE=178274758;WS=178274740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	178274835	rs13112390	A	C	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=50;PP=1603;SC=AAACAGCCCAATACTCATCAC;SOR=1.402;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=81;WE=178274843;WS=178274825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	178281754	rs1876268	G	A	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=75;PP=2724;SC=CCGAGTTGTGGGGAAGGATGG;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=76;TCR=75;TR=151;WE=178281762;WS=178281744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	178355668	rs4690521	C	G	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=83;PP=2892;SC=TAACAATTTACGGCAGGAAAT;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=148;WE=178355676;WS=178355658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	178357566	rs71599314	A	ATAATTG	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=734;SC=ATATAACCAAATAATTGAGCA;SOR=2.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=12;WE=178357574;WS=178357556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	178359960	rs2228119	G	C	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=40;PP=1703;SC=TTGAGAAGCAGTGGTAGATAA;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=94;WE=178359968;WS=178359950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	178361414	rs34241758	A	C	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=61;PP=2875;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TAGGACCTGAACGGTGTTCTT;SOR=0.405;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=98;TCR=63;TR=157;WE=178361422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr4	178361621	rs3792607	T	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	178363378	rs11131799	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=19;PP=1244;SC=CGGCGCAGCCGCCCGCCCAGG;SOR=1.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=178363386;WS=178363355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	178882120	rs9994032	A	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=343;SC=CCTGAAATGAAATATTTGAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=178882128;WS=178882110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	178887811	rs35244240	C	CTTTT	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.34;QD=32.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	178887815	rs28409849	C	T	238.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.34;QD=34.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	178911873	rs17065497	G	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=55;SC=TTGGCATGGCGGATAATAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=178911881;WS=178911863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	183268148	rs11373586	C	CGG	356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=32.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	183268174	rs6552554	C	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	183271186	rs10644033	G	GA	133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=7;PP=112;SC=GTTTTTCCCAGAAAAAAAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=183271194;WS=183271176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	183370056	rs11721730	C	T	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=25;PP=1852;SC=AGGGGTTAAGCGGCGCACCGC;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=90;WE=183370064;WS=183370046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	183370244	rs35591339	AGCG	A	3101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=45;PP=2415;SC=AAGGTGGGTGAGCGGCGGCGG;SOR=2.082;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=50;WE=183370254;WS=183370234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	183601590	rs34738241	A	AG	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.674;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr4	183650026	rs5864796	GA	G	260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=20.06;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	183652175	rs10866256	T	C	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=59;PP=2258;SC=AAGAGAATGATATTCCCAGCT;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=109;WE=183652183;WS=183652165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	183664522	rs7654255	T	C	7736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=118;PP=2965;SC=ATTTCAACTATGTGCGGCGGA;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=145;TCR=119;TR=263;WE=183664530;WS=183664512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr4	183665437	rs6835335	C	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=6;PP=268;SC=CAGTATCACACATCATCGAAG;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=183665445;WS=183665427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	183673247	.	T	A	78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=78;QD=28.1928031368;SC=AAAAAGGGGTTGAAAATCCAT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=183673255;WS=183673237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	183674697	rs17263582	C	T	9939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=143;PP=2965;SC=CTCTTCTGGGCTCTAACGATT;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=200;TCR=143;TR=343;WE=183674705;WS=183674687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr4	184170025	rs907357	G	A	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=39;PP=1095;SC=TAAGTTATCTGTGCTGAAGAG;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=184170033;WS=184170015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	184171187	rs10020261	T	C	6490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=117;PP=2965;SC=CTCAAACATTTTCTTTTCCAG;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=110;TCR=117;TR=227;WE=184171195;WS=184171177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr4	184174896	rs111846382	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr4	184180920	rs11132172	G	A	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=23;PP=825;SC=GCTTTTCTCCGAATAGCATGT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=184180928;WS=184180910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	184181012	rs17074537	G	A	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=217;SC=TACTGTTTGAGTGATCAGATT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=184181020;WS=184181002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	184190233	rs11941467	G	T	9085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=129;PP=2965;SC=GTTCAGAGTCGCCATTTCCCA;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=181;TCR=130;TR=308;WE=184190241;WS=184190223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr4	184190355	rs11407064	A	AC	4870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=79;PP=2957;SC=AATAGCACTTAGATTGGGTGG;SOR=2.210;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=5;TCR=85;TR=84;WE=184190363;WS=184190345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	184190535	rs6858486	G	A	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=52;PP=2662;SC=GTGATTTTCTGTAAAAGTTGC;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=146;WE=184190543;WS=184190514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	184202148	rs11132174	G	T	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=76;PP=2293;SC=ATTCCAGAATGATGGAATGCA;SOR=1.397;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=120;WE=184202156;WS=184202138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	184203706	rs2871353	A	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=592;SC=GGATTTTTTTAAATGAGACAT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=184203714;WS=184203696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	184236951	rs73006745	G	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=52;PP=1584;SC=CTGAAGATTTGTGTTTTTGTT;SOR=2.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=65;WE=184236959;WS=184236941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	184243528	rs7688467	G	A	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=58;PP=2026;SC=CATCCCAGGAGAGATAGTAAA;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=184243536;WS=184243518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	184366629	rs11282266	T	TGCACA	1164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=1277;SC=GCCTGTTTTTTGCACAAGTAG;SOR=4.174;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=21;WE=184366637;WS=184366619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	184367558	rs147291711	TCTG	T	6267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=46;PP=2948;SC=TAAACACGGTTCTGCATCATT;SOR=0.960;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=74;WE=184367568;WS=184367548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	184426387	rs8872	C	T	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=44;PP=1846;SC=ACTCGTCGGCCGCGCTCCTGA;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=108;WE=184426395;WS=184426377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	184426526	rs6552675	A	G	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=42;PP=1270;SC=TCAAGGTAGGAGCCGCGGGGC;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=184426534;WS=184426516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	184427580	rs62358469	A	G	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=89;PP=2781;SC=TTAAGTGTGGAGGCGAAACCA;SOR=1.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=40;TCR=89;TR=129;WE=184427588;WS=184427570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	184570715	rs10015804	T	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.59;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	184572341	rs56817841	GA	G	1872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=1141;SC=AGAGTGAAATGAAAAGCAGTA;SOR=1.123;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=184572349;WS=184572331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	184577270	rs73002733	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=234;SC=CAGCAACACATGACAATATTA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=184577278;WS=184577260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	184605065	.	C	T	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=10;PP=1080;SC=ACACATACAACGTTCATATGA;SOR=2.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=184605073;WS=184605055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	184932609	rs4862282	G	A	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=54;PP=2073;SC=ACACACATGCGCCTAGCGGGG;SOR=0.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=96;WE=184932617;WS=184932599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	185310218	rs1131553	C	T	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=55;PP=1597;SC=AGTGTGGCCGCCCCTTTCAAG;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=185310226;WS=185310208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	185312027	rs66641943	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=53;PP=1488;SC=CTTTGTAAAGCGAAACATTCT;SOR=4.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=59;WE=185312035;WS=185312017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	185339517	rs2288246	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=7;PP=619;SC=TTCACTGCCTCTGGTGAATCG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=185339525;WS=185339507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	185350189	rs201634874	C	T	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=90;PP=2805;SC=CCTCCAGCCACGGGCGCATGC;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=57;TCR=90;TR=147;WE=185350197;WS=185350179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	185550779	.	T	TA	36	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.9999;HP=14;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=15;MQ=63.51;NF=0;NR=3;PP=36;QD=15.0;SC=GTCATACAAATAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=185550787;WS=185550769;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	185553098	rs2705897	T	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=18;PP=566;SC=TTAGAAACTGTAAAGACATTT;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=185553106;WS=185553088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	185553353	rs1405944	A	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=TATTATACATATAATTATTGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=185553361;WS=185553343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	185559487	rs2705901	G	C	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=70;PP=2929;SC=TTGCCCCACTGCTCGAGGTTT;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=154;WE=185559495;WS=185559477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr4	185578229	rs13108061	G	T	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=2;PP=889;SC=TTTGTTGTTTGTTTTAGTAGT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=185578237;WS=185578219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	185583092	rs60624489	C	CTATT	4925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=50;PP=2918;SC=TTATTTCTATCCATCTCTTCA;SOR=1.118;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=55;WE=185583100;WS=185583082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	185587165	rs2463447	A	G	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	185622046	rs11728389	C	T	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=47;PP=1364;SC=CTAAGTAACACAATCATTTGT;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=185622054;WS=185622036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	185652147	rs3806796	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=11;PP=395;SC=AAAAACACAAGAGTTAGGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=185652155;WS=185652137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	185652201	rs7675046	G	A	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=11;PP=249;SC=GACCCTTTCCGCGCATTTTTA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=185652209;WS=185652191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	185652224	rs11362720	AC	A	122	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	185681475	rs6825554	G	C	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=10;PP=1868;SC=ATGGCAATGTGTATGCAGCAA;SOR=3.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=64;TCR=10;TR=74;WE=185681483;WS=185681465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	185683840	rs939040	A	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=497;SC=GGTCTGCGAGAGATCTCCAGT;SOR=4.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=20;WE=185683848;WS=185683830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	185686948	.	AAC	A	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.646;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,20:0.13:158
chr4	185694697	rs7691972	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=6;PP=378;SC=CACTTGAACCGCTTCCTTCTC;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=185694705;WS=185694687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	185701549	rs1803898	G	T	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=82;PP=2753;SC=AGCCCTTCTGGATCAGTGCTG;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=160;WE=185701557;WS=185701539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	185701620	rs7680850	T	C	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=53;PP=1716;ReadPosRankSum=-0.866;SC=AGAAGCAGCATTGGGCCCCAA;SOR=1.557;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=81;WE=185701628;WS=185701610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr4	185772232	rs145931056	TCCTATGCCCTCC	T	6880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=65;PP=2967;SC=ATCAACCCTCTCCTATGCCCT;SOR=1.008;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=20;TCR=71;TR=84;WE=185772251;WS=185772222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr4	185772384	rs1032299	A	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=767;SC=GAGACTAGTCACCAAGAGTCC;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=185772392;WS=185772374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	185859505	rs6821859	T	G	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=45;PP=2415;SC=TTCAGCTTTATGCATTCATCT;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=125;WE=185859513;WS=185859495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	185999348	rs10023344	T	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=15;PP=769;SC=AAAACATGGGTGGGTTTCATG;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=185999356;WS=185999338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	185999543	rs6841061	G	A	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=65;PP=2138;SC=CTCGAGGAATGAAATGGTCAA;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=118;WE=185999551;WS=185999533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	185999587	rs6818170	T	A	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=49;PP=1479;SC=TAAGCCTTGATCTACCCTATA;SOR=1.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=185999595;WS=185999577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	186084196	rs5864930	G	GA	672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=500;SC=TCTCGACTAGGATGCACTTCA;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=186084204;WS=186084186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	186085427	rs34135937	C	CT	79.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr4	186091487	rs6820332	G	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=274;SC=GTGACAGAGCGAGATAGTCTA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=186091495;WS=186091477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	186097045	rs6855305	C	T	8835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=151;PP=2965;SC=TTTTGCTTCCCGGCTTTTCCG;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=151;TCR=151;TR=302;WE=186097053;WS=186097035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr4	186320666	rs11287696	TA	T	1068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=2;PP=746;SC=TTGTAAGATATAAAAAAAAAG;SOR=5.235;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=38;WE=186320674;WS=186320656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	186321067	rs1053218	C	T	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=6;PP=460;SC=ACTGGTTATACTTACCAGAGT;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=186321075;WS=186321057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	186321447	rs3733646	C	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=328;SC=TAATTTAAATCGTCAAACTAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=186321455;WS=186321441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	186323209	rs3733645	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=542;SC=CACTGTTTCTACAAGGCAGGG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=186323217;WS=186323199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	186323593	rs6552880	C	T	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=99;SC=CAAAAGACTTCAGTAAACTGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=186323601;WS=186323583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	186324841	rs13126680	T	A	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=65;PP=1904;SC=TCAATTTAAATAGACAGATTA;SOR=2.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=16;TCR=65;TR=81;WE=186324849;WS=186324831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	186336583	rs10032989	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=133;SC=TATATCCTTAGTATAGTAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=186336591;WS=186336573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	186339584	rs10003160	A	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=11;PP=733;SC=GAAGACAGATAGTTTGCTTAC;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=186339592;WS=186339574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	186347055	rs2289720	G	A	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=104;PP=2965;SC=GGGCGCTGACGCCTGCCCAAA;SOR=1.166;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=74;TCR=105;TR=178;WE=186347063;WS=186347034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	186347073	rs11132303	G	C	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=78;PP=2111;SC=AAAAGTTCCGGGGGCCGGCCC;SOR=1.364;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=49;TCR=80;TR=127;WE=186347081;WS=186347063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	186347092	rs10866275	T	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=68;PP=1671;SC=CCTGAAGTGGTGTCACCGCAC;SOR=2.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=92;WE=186347100;WS=186347082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	186357523	rs7697970	C	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=13;PP=355;SC=GGTAAAAAATCTGTTTTGAAT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=186357531;WS=186357513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	186361876	rs4476640	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=19;PP=606;SC=GTAAAAAGGTAAGTTTACAAT;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=186361884;WS=186361866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	186366315	rs2120414	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=831;SC=GCTTACAAACTAAGAAAAAAT;SOR=4.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=29;WE=186366323;WS=186366305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	186366809	rs6833872	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=CCAGGTTTTGCATACTCTCAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=186366817;WS=186366799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	186370676	rs35349112	T	TA	217.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5528;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=0.404;SC=GACCCGGTCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=13;WE=186370684;WS=186370666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr4	186378541	rs11722096	C	G	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=38;PP=1122;SC=TCTAAGCTCACTCTCTCCTGT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=186378549;WS=186378531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	186378790	rs4279261	T	C	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=145;SC=AAATATATACTTAATTCCAAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=186378798;WS=186378780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	186379104	rs7664578	T	C	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.21;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	186379371	rs7687202	G	A	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=48;PP=1586;SC=TTCTTGAAATGTAAGTTGTTT;SOR=1.029;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=186379379;WS=186379361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	186379899	rs35596415	G	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=29;PP=1094;SC=CTTTTAGCTGGATTATCTCTA;SOR=0.904;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=186379907;WS=186379889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	186380243	rs59319722	A	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=23;PP=871;SC=TCTTTGCTGTATTCTTCTGTT;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=186380251;WS=186380233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	186380295	rs36007437	A	G	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=19;PP=706;SC=CTTCAACCAGATTCTTAAGTT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=186380303;WS=186380285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	186380515	rs11132306	G	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=20;PP=730;SC=CTCATTTTCAGATATTATTGA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=37;WE=186380523;WS=186380505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	186380846	rs7698680	A	T	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=21;PP=1386;SC=TTACCGTCCAAGTTTTCTTCC;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=186380854;WS=186380836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	186381115	rs7699687	G	T	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=34;PP=1358;SC=CATCACATTTGGAGGTGCAGT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=186381123;WS=186381105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	186381165	rs7699724	G	A	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=27;PP=1295;SC=TCTTCAAGATGTCAGAATTTT;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=186381173;WS=186381155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	186382206	rs11132309	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	186382407	rs62345633	A	T	145.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=71;SC=GGTGTGTTTAAATTTCCTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=186382415;WS=186382397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	186393233	.	GT	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,14:0.17:84
chr4	186423637	rs4635850	G	A	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=53;PP=1839;SC=CCACAGCACCGCTGTTGGGGA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=93;WE=186423645;WS=186423627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	186423677	rs10866276	G	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=39;PP=1244;SC=AAAAACCACAGAGCAAAAATA;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=186423685;WS=186423667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	186427841	rs2306705	T	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=42;PP=986;SC=CATCGTCAGGTGCTGGGAGGC;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=186427849;WS=186427831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	186444698	rs4862543	A	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.78;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	186444704	rs4861669	C	T	305.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	186456617	rs4862545	A	G	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=102;PP=2948;SC=ACCGGGCTCTAAGTGTCCCCG;SOR=3.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=18;TCR=102;TR=120;WE=186456625;WS=186456607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	186508723	rs3186	G	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=466;SC=GGTGTTTCAGGCGCGTTGACG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=186508731;WS=186508713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	186572791	rs4862557	C	T	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=17;PP=1536;SC=TTGTTATGCACGCTCTGAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=68;WE=186572799;WS=186572781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	186997643	rs1568358	C	G	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=227;SC=TGGCATAAAACTATGAGTAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=186997651;WS=186997633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	187026167	rs368256839	C	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=13;PP=655;SC=CGGGCCGCCTCGGCCGGATCT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=187026175;WS=187026157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	187026395	rs73025977	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=892;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CGACCCTCCTCCGCGCCCTGG;SOR=1.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=47;WE=187026403;WS=187026385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr4	187072887	rs2276916	A	G	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=548;SC=CATTTCTCAGAAAGGTAACAG;SOR=4.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=187072895;WS=187072877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	187072932	rs2276914	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=11;PP=701;SC=CAAAGCCACCATCTTTTTACC;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=187072940;WS=187072922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	187073000	rs2276913	A	G	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=50;PP=2200;SC=GCGTTGATCCAGAAGCCCGCA;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=121;WE=187073008;WS=187072990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	187073030	rs2276912	T	C	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=66;PP=2197;SC=CTTGCAGTGTTGTAACCAAGT;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=143;WE=187073038;WS=187073020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	187074833	rs4862650	A	G	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=36;PP=1138;SC=GCCCACTGACAAAGGCGTCCA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=187074841;WS=187074823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	187075474	.	G	A	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=21;QD=27.8856062736;SC=TTTTAAGGACGTGAGTTTTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=187075482;WS=187075471;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	187077027	rs55822915	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=409;SC=TAAAAAAGAACGATGCTGTTT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=187077035;WS=187077017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	187077206	rs4862653	A	G	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=72;PP=2965;SC=GAAATGGCGCAAACTCGGACT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=161;WE=187077214;WS=187077196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	187077393	rs7670550	T	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=48;PP=1502;SC=GTCCCTGTTCTTCGGCCCTGG;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=187077401;WS=187077383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	187077437	rs13114283	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=798;SC=GACCTAGAACGTGACCAGTGA;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=187077445;WS=187077427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	187078785	rs2276924	A	G	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=94;PP=2965;SC=CTCGTTCCACACGCTCACGCC;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=105;TCR=94;TR=199;WE=187078793;WS=187078775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr4	187078866	rs2276922	C	T	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=54;PP=1580;SC=CGTCTGAACCCGCCCCAGGTC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=73;WE=187078874;WS=187078856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	187078938	rs2276920	G	A	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=20;PP=916;SC=TCAGTTTGTCGTTCTGTTAAA;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=187078946;WS=187078928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	187079047	rs2276919	A	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=27;PP=1881;SC=TCACAGTGTCACAATGCCTGG;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=95;WE=187079055;WS=187079037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	187093018	rs4241814	G	T	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=7;PP=963;SC=TTCTGAGTGGGTGCCTTTGTA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=187093026;WS=187093008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	187113041	rs1055138	C	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=18;PP=948;SC=GGCGAGTGCCCTTTCCCTGGC;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=187113049;WS=187113031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	187120211	rs13146272	C	A	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=59;PP=1866;SC=AAAGAGCCTTCAGATCCTACA;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=102;WE=187120219;WS=187120201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	187122204	rs11730880	C	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=0;PP=197;SC=TTGAAATAGGCTTAGAAAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=187122212;WS=187122194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	187122319	rs3736455	T	G	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=28;PP=1401;SC=AGGTCATCGCTGAACGGGCCA;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=86;WE=187122327;WS=187122309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	187126550	rs3216724	TC	T	2996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=73;PP=2698;SC=GCAGGAAGGCTCCCCCACGGG;SOR=3.093;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=82;TCF=2;TCR=80;TR=74;WE=187126558;WS=187126540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	187129995	rs2276917	A	G	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=30;PP=1638;SC=CTTTCAGGTCATCTTATCTAC;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=97;WE=187130003;WS=187129985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	187153511	rs4253243	T	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=329;SC=TGCAGAAAGGTGTAGTATAAC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=187153519;WS=187153501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	187179135	rs4253331	T	C	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=17;PP=1116;SC=AATCCCATTGTCGTAACTTTC;SOR=1.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=58;WE=187179143;WS=187179125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	187195299	.	G	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=-2.398;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,28:0.13:223
chr4	187197060	.	G	T	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=864;ReadPosRankSum=0.152;SC=GGTAATTATCGACTTCTTGAT;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=62;TCR=97;TR=60;WE=187197068;WS=187197050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,65:0.38:173
chr4	187455399	rs28383653	C	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=26;PP=1312;SC=CTGGAGAGTCCCTGCACGGAG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=187455407;WS=187455389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	187518980	rs1280096	T	C	5840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=127;PP=2965;SC=ATAAACCTCATGATCCTATTG;SOR=1.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=73;TCR=127;TR=200;WE=187518988;WS=187518970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr4	187519206	rs1280097	C	G	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=98;PP=2965;SC=AGAGGCATGGCTTGGAGGAAC;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=101;TCR=98;TR=198;WE=187519214;WS=187519196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr4	187530313	rs4862722	C	T	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=40;PP=1988;SC=TTGTAAACAACGTAAATCAAC;SOR=1.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=105;WE=187530321;WS=187530303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	187584771	rs172903	C	G	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=87;PP=2904;SC=ATGACACCTACAGAGAAAAAA;SOR=1.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=149;WE=187584779;WS=187584761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	187627659	.	TAA	T	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=2.087;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr4	187627792	rs11939575	T	C	7836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=128;PP=2965;SC=CCATCTCTTCTGGCGTCCTCA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=142;TCR=129;TR=270;WE=187627800;WS=187627782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr4	187628398	rs1877731	C	G	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=58;PP=2965;SC=GTGTCTGTAACAATTGAGTAC;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=139;WE=187628406;WS=187628388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	187629140	rs367863	G	C	7212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=122;PP=2965;SC=TTAAACTAAAGAAATCCAGTT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=130;TCR=122;TR=252;WE=187629148;WS=187629130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr4	187629497	rs458021	G	A	5301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=75;PP=2965;SC=TCACGTACCCGTTCTCACCCT;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=173;WE=187629505;WS=187629487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	187629538	rs3733413	C	T	5680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=84;PP=2965;SC=AGGCTCATGACAGTAGTACCA;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=115;TCR=84;TR=199;WE=187629546;WS=187629528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr4	187629770	rs3733414	A	C	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=80;PP=2965;SC=TTCCAGGTGTACTTTTAAAAA;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=173;WE=187629778;WS=187629760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	189060610	rs11934889	G	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=4;PP=283;SC=AACAACATAGGAACAGGTCAC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=189060618;WS=189060600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	189061106	rs13131525	G	A	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=39;PP=1256;SC=CAGCGAGGCTGAGGAGCATCA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=189061114;WS=189061096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	189061223	rs13131409	C	T	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=183;SC=TCACGAGGGCCCATCTGAGCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=189061231;WS=189061213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	189063361	rs70938702	CGTGTGTGT	CGT,C	993.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5413,0.4585;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11,11;NR=3,3;PP=580,7;SC=AACTTTATCTCGTGTGTGTGT;SOR=2.584;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=14,14;WE=189063378;WS=189063351;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:25
chr4	189064952	rs28463290	C	G	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=86;PP=2965;SC=GTGTTATGATCAAAGCGCACC;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=100;TCR=86;TR=186;WE=189064960;WS=189064942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	189065104	rs9784566	T	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;SC=TCTGCGCTGTTGCTGGGGGAG;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=189065112;WS=189065094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	189065435	rs34012483	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	189065441	rs11940227	G	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	189660460	rs60608362	G	C	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=181;SC=TGGAAGTAAAGGAAGATCAGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=189660468;WS=189660450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	190329166	.	G	GCACACACACA,GCACACACA	519.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.15;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0,0;NR=10,10;PP=160,119;SC=ACATGCACGTGCACACACACA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10,10;WE=190329174;WS=190329156;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:15
chr4	190394938	rs138612273	CAAGAAGAAG	CAAG,C	1503.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5042,0.4958;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=9,9;NR=9,9;PP=935,9;SC=AGGATGGTGACAAGAAGAAGA;SOR=1.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=18,18;WE=190394954;WS=190394928;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:35
chr4	190876242	rs1061653	G	A	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-4.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-12.599;NF=104;NR=95;PP=2392;ReadPosRankSum=-0.663;SC=AATTCAGATGGACTTGTTGTT;SOR=1.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=393;TCF=192;TCR=201;TR=199;WE=190876264;WS=190876232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,107:0.34:319
chr4	190876256	rs140599307	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=14.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQRankSum=-4.464;QD=0.36;ReadPosRankSum=3.802;SOR=1.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,40:0.13:297
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chr4	190878452	rs372664630	TG	CA	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQRankSum=-3.148;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,7:0.11:61
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chr4	190878485	rs62345289	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.954;NF=24;NR=6;PP=348;ReadPosRankSum=3.176;SC=AATTAATTCAGTCTAAACACT;SOR=0.887;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=81;TCR=23;TR=30;WE=190878493;WS=190878475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr4	190878506	rs12643923	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.798;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.961;NF=36;NR=8;PP=647;ReadPosRankSum=1.106;SC=TAATGTTTCTCCCACAAGAAG;SOR=1.827;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=138;TCF=99;TCR=39;TR=44;WE=190878514;WS=190878496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,36:0.27:131
chr4	190878538	rs34697501	A	AT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQRankSum=-6.811;QD=0.25;ReadPosRankSum=-2.808;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,22:0.11:195
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chr4	190878599	.	A	G	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.264;ClippingRankSum=0.000;DP=707;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQRankSum=-2.034;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:630,77:0.11:707
chr4	190878608	.	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DP=817;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQRankSum=-1.649;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:727,90:0.11:817
chr4	190878654	rs78653319	C	G	6661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=875;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.450;NF=226;NR=241;PP=2962;ReadPosRankSum=1.902;SC=AAGAAATGATCAAGGTAATGA;SOR=0.583;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=1079;TCF=491;TCR=588;TR=467;WE=190878669;WS=190878644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:500,370:0.43:870
chr4	190878661	rs62345291	A	T	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=868;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.937;NF=141;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=0.387;SC=GATCAAGGTAATGATGACATT;SOR=0.703;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=1065;TCF=471;TCR=594;TR=336;WE=190878669;WS=190878644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:616,252:0.29:868
chr4	190878729	rs201450141	A	G	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=41.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.02;MQRankSum=-10.275;QD=15.24;ReadPosRankSum=-3.467;SOR=4.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,58:0.43:134
chr4	190878731	rs201154783	GG	CA	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=40.934;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.51;MQRankSum=-10.506;QD=16.58;ReadPosRankSum=-2.719;SOR=4.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr4	190878750	rs113800771	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=6.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.730;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.364;NF=0;NR=29;PP=582;ReadPosRankSum=1.843;SC=CTGTCACTTTAAAGATTTACT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=88;TCF=8;TCR=80;TR=29;WE=190878758;WS=190878740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr4	190947451	rs140385360	C	T	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQRankSum=-12.324;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,142:0.34:417
chr5	163205	rs3810870	G	C	6064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.625;SC=GGGAACCTGCGCAACCACTGT;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=369;TCF=194;TCR=175;TR=261;WE=163213;WS=163195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,266:0.72:372
chr5	163260	rs29674	A	C	9661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=158;PP=2965;SC=GGACGGGGAGACCCTGCGCCC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=181;TCR=158;TR=339;WE=163268;WS=163250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr5	163769	rs29675	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=773;ReadPosRankSum=0.153;SC=AAGTAAATCCGCAGACATCCC;SOR=1.243;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=47;WE=163777;WS=163759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr5	169361	rs13159868	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=0;PP=491;SC=CTCATCCCTCCGGGTTTTCAT;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=169369;WS=169351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	169763	rs1108868	A	G	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=52;PP=1543;ReadPosRankSum=1.651;SC=AGCCGGTGTCAGAGAGGCGGG;SOR=1.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=66;WE=169771;WS=169753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr5	171569	rs4956981	T	C	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=77;PP=2684;SC=CGTAAGTGCCTCAGACGCTGG;SOR=1.065;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=142;WE=171577;WS=171559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	171643	rs13171103	C	G	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=38;PP=1160;SC=CAGCAGCACACTTTTCTTGGT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=171651;WS=171633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	172971	rs6868964	G	A	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=14;PP=1458;SC=CACAGACGCCGGATTTTCTTG;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=66;WE=172979;WS=172961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	173200	rs6885136	C	T	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=69;PP=2047;SC=CCGCCCGGTCCGATTGGGTGC;SOR=1.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=114;WE=173208;WS=173190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	173258	rs6893369	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=748;SC=TGTCTCACCTAAGGCCAGCAG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=173266;WS=173248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	174106	rs4956987	G	A	8793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=163;PP=2965;SC=CGCAGGCGGCGGAAATCTCAG;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=299;TCF=136;TCR=163;TR=299;WE=174114;WS=174096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr5	174240	rs6875054	GC	AA	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=23;PP=1238;SC=CGCAGGGCCTGCCAGGCTCAG;SOR=2.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=32;WE=174249;WS=174230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	174267	rs6862729	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	181660	rs7717970	T	G	6764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=123;NR=115;PP=2965;SC=CATCCATGGGTATAGGCAACC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=124;TCR=116;TR=238;WE=181668;WS=181650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	181730	rs12519352	C	G	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=91;PP=2824;SC=GATAAGCGACCGGGCTCCCAA;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=64;TCR=91;TR=155;WE=181738;WS=181720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	181762	rs11133847	A	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=69;PP=2064;SC=TGAGCGACCGAGTCCCCGACA;SOR=1.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=34;TCR=69;TR=103;WE=181770;WS=181752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	182077	rs4956924	T	A	15996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.02;NF=310;NR=248;PP=2965;SC=GCTGCACTTCTGGAGCGGAAG;SOR=0.871;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=558;TCF=310;TCR=248;TR=558;WE=182085;WS=182067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr5	191572	rs190963906	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=385;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AGGGCAGGCTGCTCACAGCTG;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=24;WE=191580;WS=191562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr5	191992	rs34710524	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.198;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,12:0.16:73
chr5	195507	rs13167067	C	T	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=85;PP=2685;SC=TGCATTTCAGCCTGCAGGTGC;SOR=1.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=51;TCR=85;TR=136;WE=195515;WS=195497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	225768	rs12520059	G	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-2.140;SC=GGCGGATGTGGCAGCCAAAAG;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=16;WE=225776;WS=225758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr5	230980	rs2288461	A	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.691;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,77:0.22:356
chr5	231111	rs1126417	T	C	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.065;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.137;NF=35;NR=37;PP=990;ReadPosRankSum=-3.040;SC=AGTTCCACCCTACAGGTAGGG;SOR=0.474;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=72;WE=231119;WS=231101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,76:0.35:217
chr5	236649	rs76896145	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-16.371;QD=1.80;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:491,60:0.11:551
chr5	236653	rs75091805	C	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-16.653;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:500,61:0.11:561
chr5	236678	rs111387770	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-13.895;QD=0.06;ReadPosRankSum=3.863;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:474,66:0.12:540
chr5	236734	rs200127852	G	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=4.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-4.039;QD=1.09;ReadPosRankSum=-3.050;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,42:0.15:277
chr5	236745	rs201133235	T	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-3.515;QD=0.47;ReadPosRankSum=-2.244;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,28:0.12:231
chr5	236760	.	C	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQRankSum=-3.652;QD=0.55;ReadPosRankSum=-2.981;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,15:0.10:150
chr5	236763	.	TAGAA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-3.468;QD=0.67;ReadPosRankSum=-2.811;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,12:0.09:136
chr5	272043	.	TCCTCCGTCCCCTGTCGGGTCCCCCGCGGCCC	T	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr5	311478	rs2244029	T	C	19589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=298;NR=418;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GGGGGCAGATTGCCTTCGACG;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=717;TCF=299;TCR=418;TR=716;WE=311486;WS=311468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,744:1.00:745
chr5	314011	rs4957018	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,92:0.27:339
chr5	344218	rs6887387	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,21:0.20:104
chr5	354051	rs2013782	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,45:0.21:213
chr5	376618	.	G	GTGAGAACCGTGGGGTGAACGCGGGGAAACACAGGAAAGATGTGAATGAA	10310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=190.94;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	413428	rs3215229	AT	A	566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.488;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr5	413591	rs11744075	G	A	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,74:0.22:330
chr5	413594	rs2261659	G	C	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,74:0.23:327
chr5	413639	rs2672731	G	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,36:0.19:186
chr5	421403	rs11741946	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,37:0.23:160
chr5	421426	rs11745813	A	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,42:0.22:195
chr5	421455	rs11741954	G	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,52:0.21:243
chr5	421647	rs10068732	A	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
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chr5	434981	rs2672725	G	C	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=46;PP=1574;SC=TCAGATCTGTGTGTCTACGCT;SOR=1.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=434989;WS=434971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	434998	rs72717421	C	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CGCTCAGATGCGTCGGTGGCT;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=62;WE=435006;WS=434988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr5	435040	rs190833603	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=1.776;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr5	442571	rs56146525	A	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=12;PP=1326;SC=CTCCTCCAGGAAGCGACTCAG;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=442579;WS=442561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	443059	rs77101200	G	T	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=51;PP=1351;SC=CCGCCCTGGGGAAGGGCGCAC;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=65;WE=443067;WS=443049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	458151	rs72698504	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr5	459415	rs80046645	G	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CAGCAAACCTGCACTCTTAGT;SOR=1.552;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=11;WE=459423;WS=459405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr5	464339	rs72698510	C	A	4310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.92;NF=100;NR=50;PP=2900;SC=TGCCTCCCTCCCACATGCACT;SOR=1.579;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=100;TCR=50;TR=150;WE=464347;WS=464329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	465164	rs76667725	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=1;PP=458;SC=CTGGGTTTCAATGAGGGTGCT;SOR=2.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=465172;WS=465158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	465510	rs1035908	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	466811	rs2434697	T	C	6258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=60;PP=2965;SC=GGCTGCTAAGTGGGCATGGGC;SOR=1.838;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=149;TCR=60;TR=207;WE=466819;WS=466801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	472221	rs72698516	G	C	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=47;PP=1427;SC=CTTGCCGTCTGAGGGATGGAT;SOR=3.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=472229;WS=472211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	474909	.	AG	A	54	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.9998;HP=7;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=17;MQ=45.35;NF=3;NR=5;PP=54;QD=10.25;SC=TTAGGCGGGGAGGGAGAGAGA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=474917;WS=474899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	474940	.	CCT	C	1417	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=56.7;NF=12;NR=18;PP=1417;QD=48.9093429079;SC=GAGGCGGAGACCTGGAGGGAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=474949;WS=474930;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	475104	rs2247114	A	G	3910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=52;PP=2649;SC=ATCAGGCGGCAGAAGGTGCCG;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=90;TCR=52;TR=142;WE=475112;WS=475094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	475621	rs55720119	T	TG	1435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=557;SC=AGCTCCCTCCTGGGGCGGCAG;SOR=2.226;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=23;WE=475634;WS=475611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	475626	rs41282625	C	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=667;SC=CCTCCTGGGGCGGCAGGAGCC;SOR=1.949;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=28;WE=475634;WS=475611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	476353	rs2230437	C	T	10346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=159;PP=2965;SC=ACAGCTTGGCCGCCTTCTTGT;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=342;TCF=183;TCR=159;TR=342;WE=476361;WS=476343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr5	476530	rs2244240	C	G	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=102;PP=2965;SC=GCTGTGCCCACCGCCGGACAT;SOR=1.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=53;TCR=102;TR=155;WE=476538;WS=476520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	476910	rs890977	T	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=26;PP=610;SC=CGCCTTCCCATGGTGGGCACC;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=476918;WS=476900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	477634	rs4334924	G	A	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=36;PP=992;SC=GCCCTGGGGGGAAGCGCCCAG;SOR=4.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=477642;WS=477624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	478571	rs33925304	TG	T	149.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=119;SC=TGCCGTGGGGTGGGGGGGCGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=478579;WS=478563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	478655	rs3734141	G	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=11;PP=839;SC=CCAGGTGTGGGGACCCCCGCT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=478663;WS=478645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	479050	rs3836908	CCA	C	7829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=83;PP=2966;SC=TGGCATGGCCCCAGTCACGGG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=25;TCR=84;TR=105;WE=479059;WS=479040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	479879	rs376525752	G	GC	1414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=0;PP=1352;SC=TCTCCTCACTGCCCCATGGCA;SOR=5.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=36;WE=479887;WS=479870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	479905	rs890986	A	C	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=19;PP=1939;SC=AGCCAGTGCCAGAGCCTGCTG;SOR=2.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=74;TCR=19;TR=92;WE=479913;WS=479895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	481610	rs6872510	T	C	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=118;NR=57;PP=2965;SC=TGGCTTCTGGTTCTTCCGAGT;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=118;TCR=58;TR=175;WE=481618;WS=481594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	482186	rs9885312	C	G	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=31;PP=2001;SC=CACTTACGCGCCCGTGCAGCT;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=83;WE=482194;WS=482176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	482653	rs3777230	T	C	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=39;PP=2515;SC=CTGGCTGGGCTGGGCCTCACC;SOR=1.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=94;TCR=39;TR=133;WE=482661;WS=482643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	483564	rs56098739	A	G	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=124;PP=2965;SC=TGGCCTTCACATACTTCTGAC;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=138;TCR=124;TR=262;WE=483572;WS=483554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr5	485259	rs55989315	G	T	14499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=296;NR=227;PP=2965;SC=CTGACCCACAGCTACACACCT;SOR=0.951;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=530;TCF=298;TCR=232;TR=523;WE=485267;WS=485249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr5	491826	rs11746373	G	C	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=35;PP=2517;SC=ATGAGGCAGCGCCGCCCCTCC;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=89;TCR=35;TR=124;WE=491834;WS=491816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	619022	rs1617985	C	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=521;SC=GTTTCTACTCCATATCCAACA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=619030;WS=619012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	619333	rs1709531	T	C	6737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=0.932;SC=TCTGCTTACATCTGTATACGG;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=79;TCR=142;TR=220;WE=619341;WS=619323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr5	678062	rs450628	A	G	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,87:0.23:379
chr5	741736	rs61128505	G	T	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.67;QD=27.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	745306	rs172870	A	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=58.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.461;NF=59;NR=3;PP=1143;ReadPosRankSum=-5.121;SC=ACCTGGAGAAATCCTTTGTCC;SOR=4.630;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=193;TCF=137;TCR=56;TR=62;WE=745314;WS=745296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,40:0.22:180
chr5	756307	.	T	C	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=43.5;NF=1;NR=8;PP=117;QD=16.8634680608;SC=CAGCCTGGCATGAGGCGTCCC;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=9;WE=756315;WS=756297;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,9:0.39:23
chr5	766910	rs1809933	C	T	7543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.173;NF=175;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.753;SC=AGTCACCACCCGGAAGTAGTG;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=489;TCF=252;TCR=237;TR=338;WE=766918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,340:0.69:496
chr5	766939	rs4957103	G	A	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=1.135;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.101;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,107:0.30:359
chr5	767033	rs1809932	A	C	4223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.055;NF=79;NR=91;PP=2887;ReadPosRankSum=-0.673;SC=GCGGGTGTCCATCTGCAGGAC;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=123;TCR=137;TR=170;WE=767041;WS=767023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,179:0.66:271
chr5	796006	.	TGG	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=27;MQ=58.67;NF=207;NR=415;PP=2962;QD=20;SC=CCCAGTACTGTGGGCTCCCAT;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=833;TCF=226;TCR=607;TR=622;WE=796015;WS=795992;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:211,622:0.75:833
chr5	796047	rs33929417	CTG	C	33907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;MQRankSum=-0.240;QD=34.81;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,973:1.00:974
chr5	796053	.	GCT	G	2966	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=58.45;NF=179;NR=595;PP=2966;QD=20;SC=AGTACTGTGTGCTCCCATTTC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=816;TCF=196;TCR=620;TR=774;WE=796072;WS=796031;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,774:0.95:816
chr5	796064	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=26;MQ=58.67;NF=365;NR=341;PP=2962;QD=20;SC=CTCCCATTTCTCAGTACTGTA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=1318;TCF=670;TCR=648;TR=706;WE=796072;WS=796031;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:612,706:0.54:1318
chr5	796064	rs144616948	T	TCAGTACTGTATGCCCATTTCC	21875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;MQRankSum=-0.491;QD=26.52;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,821:1.00:825
chr5	801362	rs3867415	A	G	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.520;NF=7;NR=96;PP=2847;ReadPosRankSum=-0.701;SC=CAAAATGTGTAAACAAGAGTA;SOR=3.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=7;TCR=97;TR=103;WE=801370;WS=801352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr5	834075	rs1260864	G	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=655;SC=AACCACTTACGTGTGCACGTG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=834083;WS=834065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	840342	rs3822811	A	G	4569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.94;MQRankSum=-2.774;NF=131;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.498;SC=ACCTGGCACCACTCCTGCAGG;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=590;TCF=334;TCR=256;TR=232;WE=840350;WS=840332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,241:0.40:610
chr5	840506	rs7701283	C	T	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.79;MQRankSum=-14.403;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.677;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,109:0.25:432
chr5	871825	.	C	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,35:0.22:161
chr5	876356	.	G	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.982;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=-1.721;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,25:0.14:174
chr5	878525	rs508016	T	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=21.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-18.639;QD=0.14;ReadPosRankSum=3.382;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,48:0.12:396
chr5	914835	.	CGT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-2.209;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr5	981019	rs10065177	T	C	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=7;PP=1071;SC=CAGAAGCTGATTGCTTTTAAA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=45;WE=981027;WS=981009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	1009425	rs10060716	A	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=571;SC=TGGAGCCAGCAGTGGGGGGAC;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=1009433;WS=1009415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	1034246	rs4975576	A	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.347;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CCTAGCTGGCATGAGGGACCC;SOR=0.048;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=5;WE=1034254;WS=1034244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr5	1035399	rs147352169	T	TAATG	7662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.31;NF=57;NR=27;PP=2983;SC=ACCAGTGAGTTAATGAATGAA;SOR=2.038;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=84;WE=1035413;WS=1035389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	1035482	rs12657514	A	G	11477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=196;NR=191;PP=2965;SC=GGGAGTGAGTAATGGCAGGAC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=387;TCF=196;TCR=191;TR=387;WE=1035490;WS=1035472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr5	1036521	rs60180971	G	A	4593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=60.04;MQRankSum=0.523;NF=81;NR=111;PP=2827;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AGGCCACCCTGGGCGTGAGGC;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=244;TCF=104;TCR=140;TR=192;WE=1036529;WS=1036511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,205:0.79:259
chr5	1036900	rs34309815	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr5	1036962	rs34413936	C	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=0.495;SC=CAGACAGTGTCGACAGCAGGC;SOR=0.355;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=13;WE=1036970;WS=1036952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr5	1038526	rs3889678	A	G	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=56;PP=2819;ReadPosRankSum=-1.174;SC=AGCACACCACAGCCCGCGACC;SOR=1.222;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=156;WE=1038534;WS=1038516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr5	1052360	rs3810854	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,24:0.22:111
chr5	1052735	rs4046186	GGAGCA	G	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=3.197;QD=3.04;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr5	1053341	rs2241602	A	G	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1163;ReadPosRankSum=0.765;SC=TAGCTCCCAGAGCCTGGGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=65;WE=1053349;WS=1053331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,64:0.67:95
chr5	1053396	rs2241603	C	G	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=51;PP=2187;ReadPosRankSum=1.590;SC=ACCCACAAACCCAGGTCTTAG;SOR=1.005;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=225;TCF=142;TCR=83;TR=145;WE=1053404;WS=1053386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,149:0.64:234
chr5	1057576	rs370295662	G	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=8.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,65:0.23:286
chr5	1057615	rs2241606	A	G	6996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.005;SC=CTTTGAAACCAGATAGGCTGG;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=389;TCF=213;TCR=176;TR=304;WE=1057623;WS=1057605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,321:0.79:407
chr5	1057782	rs12108965	T	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=53;PP=1228;SC=GCCCGGGACTTGGTGAGACCA;SOR=3.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=59;WE=1057790;WS=1057772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	1060379	rs35661060	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=470;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GTGGGCTGCAGGAGGGTCCCA;SOR=0.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=22;WE=1060387;WS=1060369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr5	1060400	rs4975568	G	A	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=2;PP=1207;SC=GAAAAGACTCGGCGAAGTCGG;SOR=4.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=47;WE=1060408;WS=1060390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	1060634	rs4246750	C	T	8212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=173;PP=2965;SC=AACACCAGCCCGGTACCCAGA;SOR=1.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=104;TCR=174;TR=277;WE=1060642;WS=1060624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr5	1060654	rs4246749	G	A	5766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=139;PP=2965;SC=AGACCGAGCCGCCCTGAGCGG;SOR=1.911;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=58;TCR=141;TR=197;WE=1060662;WS=1060644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	1060685	rs2241608	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,29:0.24:119
chr5	1062900	rs13170649	C	G	2710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.587;NF=69;NR=38;PP=1662;ReadPosRankSum=1.013;SC=TCCTGGGGGACAGCGTGACAG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=93;TCR=51;TR=107;WE=1062908;WS=1062890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,116:0.75:154
chr5	1063187	rs6863419	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=422;SC=GCCCACCAGATCCCCAGGATC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=1063195;WS=1063177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	1063998	rs7722287	G	A	7187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.959;SC=TGCGCAAGTGGTACAAGAACA;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=415;TCF=252;TCR=163;TR=312;WE=1064006;WS=1063988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,316:0.75:421
chr5	1065290	rs4362981	A	G	7922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=2.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	1065290	.	AGGACAGCGAGGGGACACT	GGGACAGCGAGGGGACACT,GGGACAGTGAGAGGACAGC	2914	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=105,68;NR=35,20;PP=2175,2914;QD=15.7840800896;SC=GGACAGTGAGAGGACAGCGAG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=158;TCF=115;TCR=43;TR=140,88;WE=1065327;WS=1065280;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.89:158
chr5	1065297	rs62331176	C	T	5480.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.32;ReadPosRankSum=-1.998;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,135:0.77:175
chr5	1065298	rs55643147	GAGGGGACACTGAGGAGACACAC	G	1151.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=2.268;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,40:0.21:187
chr5	1065301	rs79273934	G	A	5516.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.15;ReadPosRankSum=-2.495;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,144:0.79:183
chr5	1065306	.	ACT	A	5330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.95;ReadPosRankSum=-1.914;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,139:0.78:178
chr5	1065310	.	A	C	5213.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.468;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.46;ReadPosRankSum=-1.604;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,138:0.78:177
chr5	1065311	.	GGAGACACAC	G	5200.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.55;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,137:0.78:176
chr5	1065399	rs737154	C	T	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,109:0.22:505
chr5	1065683	rs56078134	A	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=10.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=3.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr5	1065689	rs13186367	C	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=32;PP=585;SC=CACCACCTCCCCTGTGGACCC;SOR=2.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=1065697;WS=1065673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	1073689	rs10780095	C	T	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=7;PP=1440;SC=TGCCAGGGCACGTTTCCTGTG;SOR=3.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=61;WE=1073697;WS=1073679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	1074560	rs12523242	A	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.454;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=518;ReadPosRankSum=0.041;SC=TTCACACCCCAGACCTTGCCT;SOR=1.376;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=157;TCF=110;TCR=47;TR=44;WE=1074568;WS=1074541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,46:0.28:162
chr5	1076245	rs11951420	G	A	3525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=44;PP=2380;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CGTGCTGAGTGGCCTCACCAG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=184;TCF=125;TCR=59;TR=144;WE=1076253;WS=1076235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,151:0.78:193
chr5	1076459	rs11952124	G	T	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=119;PP=2965;SC=CCTGCGCCTTGTCTCCCCATG;SOR=2.466;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=39;TCR=119;TR=158;WE=1076467;WS=1076449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	1076521	.	A	ATCCTGTGACCACCT	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=2971;ReadPosRankSum=1.320;SC=AGGCCCCCTCAGGTTCCAGCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=8;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr5	1076524	.	T	TCCA	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.523;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr5	1076526	.	C	CCTGTGACCA,CATCCTGTGACCA	271.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCCTCAGGTTCCAGCCATCCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=8;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.28:32
chr5	1078124	rs200032397	T	TGCAG	1402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=3.122;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,45:0.24:189
chr5	1078898	rs4975564	A	G	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=116;PP=2965;SC=AAGGAAAGGCAGGTCCGTGGG;SOR=2.060;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=44;TCR=116;TR=160;WE=1078906;WS=1078888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	1081668	rs13176210	G	A	9480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=194;NR=133;PP=2965;SC=AAAGAGAAGGGGAAGCCTGGA;SOR=1.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=195;TCR=133;TR=327;WE=1081687;WS=1081658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr5	1081702	rs6865765	A	G	9359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.066;SC=CGGTCACGGAAGGGAAGTAGA;SOR=0.613;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=523;TCF=293;TCR=230;TR=388;WE=1081710;WS=1081692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,401:0.74:539
chr5	1081767	rs4526148	C	T	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,133:0.26:513
chr5	1083937	rs61733461	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.848;QD=2.97;ReadPosRankSum=-3.130;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,60:0.23:263
chr5	1088401	rs199929050	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,74:0.23:323
chr5	1088999	.	C	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr5	1093609	rs56276350	G	GGGGCGGGGACT	2158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=5;PP=2977;SC=CGGGACACACGGGGCGGGGAC;SOR=2.891;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=17;WE=1093617;WS=1093599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	1093860	rs6883411	CC	GT	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=385;ReadPosRankSum=-0.399;SC=GGAGCTCAGGCCCTCCCCGGG;SOR=0.483;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=13;WE=1093869;WS=1093850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr5	1094389	rs4975552	T	A	6885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.385;SC=CAATTCAGAGTCAGCTTAGAA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=388;TCF=193;TCR=195;TR=279;WE=1094397;WS=1094379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,301:0.72:418
chr5	1116066	rs6554618	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.152;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=453;ReadPosRankSum=1.643;SC=TTTTTTTAAGCGTGGTGAGCC;SOR=0.198;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=31;WE=1116074;WS=1116056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr5	1160435	rs141202269	GGA	G	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,11:0.13:83
chr5	1208964	rs60992377	T	C	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=56;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.349;SC=GCAGCCTGGGTGTGTGGAGCT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=88;WE=1208972;WS=1208954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,93:0.74:126
chr5	1209063	rs72709422	A	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.697;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr5	1210789	rs4358564	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=648;ReadPosRankSum=0.592;SC=CAGGTCAGGCGTGGCAGAAAC;SOR=0.555;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=33;WE=1210797;WS=1210779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr5	1212082	rs145216884	ATG	A	894.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=858;ReadPosRankSum=1.220;SC=GCCTGTGTGCATGTGTGTGTG;SOR=1.123;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=19;WE=1212091;WS=1212072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr5	1212357	rs7727745	C	A	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.645;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=27;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.677;SC=AGCTCAGGGCCTTCCATTCTC;SOR=0.549;Source=Platypus;TCF=98;TR=98;WE=1212365;WS=1212347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,108:0.73:147
chr5	1212647	rs13180809	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=159;ReadPosRankSum=-0.206;SC=AGGGCGGGTGCGGGCAGCCCT;SOR=0.742;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=12;WE=1212655;WS=1212637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr5	1213510	rs77928413	C	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=5;PP=826;SC=CCCGCCCCCACGTGCCGCCCC;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=1213518;WS=1213500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	1213668	rs7732589	G	A	7751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CAATGGCATCGTCTTCCTCTT;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=469;TCF=233;TCR=236;TR=336;WE=1213676;WS=1213658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,352:0.71:493
chr5	1214005	rs138649942	CCCT	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.082;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr5	1214264	rs6554663	A	G	5603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=129;PP=2965;SC=GGTGGAAAGCACTCTGTGGCT;SOR=1.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=64;TCR=129;TR=193;WE=1214272;WS=1214254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr5	1216775	rs4975629	A	G	16401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=274;NR=303;PP=2965;SC=TCCGCGCCACACAGCGCTACG;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=582;TCF=276;TCR=306;TR=577;WE=1216783;WS=1216765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,603:1.00:603
chr5	1219859	rs11746371	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=584;ReadPosRankSum=0.129;SC=AGGACCCGGGCTGTGTTCAGG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=34;TCR=95;TR=42;WE=1219867;WS=1219849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,44:0.33:133
chr5	1219874	rs6869718	G	A	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=81;PP=2384;SC=TTCAGGGTACGGAGGGAGAGT;SOR=3.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=12;TCR=81;TR=93;WE=1219882;WS=1219864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	1221199	rs12513763	T	C	5322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=61;PP=2965;SC=TAGCAGAACGTACAGAAAGCT;SOR=1.325;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=113;TCR=62;TR=174;WE=1221207;WS=1221189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	1225564	rs7728646	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=616;SC=GCACCACCCTTGCCCTGAAGC;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=1225572;WS=1225554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	1225613	rs7704058	G	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=13;PP=1470;SC=CCCCAGAACCGGACCCGGCCG;SOR=2.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=68;WE=1225634;WS=1225603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	1225626	rs7728667	T	A	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.94;NF=70;NR=22;PP=2023;SC=CCCGGCCGCCTGCGACCTCGG;SOR=2.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=71;TCR=22;TR=92;WE=1225634;WS=1225603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	1225687	rs7705355	CT	TC	9777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=78;PP=2947;SC=CTGAGCTGCACTGGGTTTGCC;SOR=0.949;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=207;TCF=119;TCR=88;TR=194;WE=1225696;WS=1225677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	1225703	rs7724858	A	G	6584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=130;NR=105;PP=2965;SC=TTGCCGTGGGACTGGGGAACA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=130;TCR=105;TR=235;WE=1225711;WS=1225693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	1225801	rs7704363	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,33:0.20:167
chr5	1232491	rs4975623	G	C	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=46;PP=1540;SC=CACCGTCCTCGCTTGCCCTGA;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=1232499;WS=1232481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	1232775	rs6858999	T	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=186;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TGTGTTATTTTATGTTGTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=15;WE=1232783;WS=1232765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr5	1240757	rs7447815	C	G	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,122:0.27:455
chr5	1240848	rs6554684	A	C	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=94;PP=2186;SC=GAGAATCCCAAGGCATGAGGA;SOR=5.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=4;TCR=94;TR=98;WE=1240856;WS=1240838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	1243009	rs7721679	A	G	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=132;PP=2965;SC=GTAGCCAGGCAGGGCCGTCCA;SOR=3.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=22;TCR=132;TR=154;WE=1243017;WS=1242999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	1244286	rs7448994	T	C	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5135;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=3;PP=272;SC=ACACCTCCACTCCCCATCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=1244299;WS=1244276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	1244425	rs4073918	C	T	9608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=203;NR=141;PP=2965;SC=GCCGCTTCCCCGAACCTGCTC;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=204;TCR=141;TR=344;WE=1244433;WS=1244415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr5	1246258	rs140436341	G	GCCCCGC	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=245;ReadPosRankSum=0.358;SC=GGTGGGCGGGGCCCCGCCCAC;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=6;WE=1246266;WS=1246248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr5	1271524	rs11133719	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=520;SC=TGACACAGAATGTCTCCTCTG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=1271532;WS=1271514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	1280128	rs7734992	T	C	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=7;PP=1112;SC=GCCACCTCACTGTGCGCACAA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=1280136;WS=1280118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	1294086	rs2736098	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=3.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,47:0.20:231
chr5	1320722	rs402710	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=504;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CATACGCAGCCGCACTCACCA;SOR=0.836;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=32;WE=1320730;WS=1320712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr5	1321873	rs10073340	C	T	4777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.187;SC=GCACACACCGCCTTACCTTGT;SOR=0.910;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=274;TCF=108;TCR=166;TR=198;WE=1321882;WS=1321863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,209:0.72:290
chr5	1325767	rs466502	A	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=541;ReadPosRankSum=-0.836;SC=AGAGGCCCGCAGTGACTCATC;SOR=1.953;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=34;WE=1325775;WS=1325757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr5	1325803	rs465498	A	G	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=18;PP=1187;ReadPosRankSum=0.585;SC=TACTCTTTGCACAGGGGGCAA;SOR=0.967;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=76;WE=1325811;WS=1325793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,79:0.73:108
chr5	1330253	rs452932	T	C	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=16;PP=1437;ReadPosRankSum=1.374;SC=CCTGCCATCCTACAGCTTCCA;SOR=0.703;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=106;TCF=82;TCR=24;TR=77;WE=1330261;WS=1330243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,82:0.75:109
chr5	1334315	.	C	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=160;ReadPosRankSum=-1.554;SC=ACGGCGCCCACAAACCCCAGG;SOR=0.228;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=15;WE=1334323;WS=1334305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr5	1334507	rs5865369	GA	G	990.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=2.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.859;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,69:0.28:250
chr5	1338078	rs113203740	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=4.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,73:0.22:330
chr5	1342013	.	T	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr5	1344458	rs31490	G	A	10941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=262;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.484;SC=TTTGTCCTACGCCCATACCTT;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=615;TCF=345;TCR=270;TR=461;WE=1344466;WS=1344448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,479:0.75:635
chr5	1364242	rs2292024	C	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=0.466;SC=TACCTGAAATCAAGGTAAGGA;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=15;WE=1364250;WS=1364232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr5	1393753	.	A	G	432	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=16;MQ=52.36;NF=8;NR=19;PP=432;QD=17.2878226869;SC=CCCTGCATGCATCCTGGGGTA;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=27;WE=1393761;WS=1393743;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr5	1394815	rs1042098	A	G	5328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=1.510;SC=CTCCCATTGCAGGATGACTTC;SOR=1.040;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=331;TCF=155;TCR=176;TR=225;WE=1394823;WS=1394805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,238:0.68:348
chr5	1400998	rs28364999	CGA	C	3850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.734;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.284;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,128:0.25:511
chr5	1409127	rs429699	T	C	4012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=49;PP=2965;SC=TTGGCTGCCTTCCCCCGGACT;SOR=1.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=96;TCR=50;TR=144;WE=1409135;WS=1409115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	1416142	rs40358	C	A	10851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=232;NR=139;PP=2965;SC=CCAGGGACACCCTATTTCTGG;SOR=1.159;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=232;TCR=139;TR=371;WE=1416150;WS=1416132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr5	1432825	rs460000	G	T	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=5.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,93:0.29:321
chr5	1432876	rs465130	G	A	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,36:0.30:119
chr5	1432881	rs465989	C	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,33:0.30:109
chr5	1464028	rs6876662	C	T	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=70;PP=2103;SC=TTTCCCACGGCCCTGGTGGGT;SOR=1.532;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=112;WE=1464036;WS=1464018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	1466813	rs2277007	T	C	11059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=255;NR=133;PP=2965;SC=CCACACTCTGTCCAGCCCCCG;SOR=1.486;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=389;TCF=255;TCR=134;TR=388;WE=1466821;WS=1466803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr5	1466919	rs2277006	G	A	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=856;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:628,222:0.26:850
chr5	1467004	rs35452723	A	G	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=108;PP=2610;ReadPosRankSum=-2.390;SC=CGCTCCGTACATCTGCAAGGC;SOR=0.386;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=184;TCF=38;TCR=146;TR=140;WE=1467012;WS=1466994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,143:0.78:184
chr5	1471109	rs27054	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,24:0.27:89
chr5	1479678	rs27059	G	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=2.354;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,36:0.26:137
chr5	1501780	rs139582215	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,27:0.22:125
chr5	1594664	rs4246747	C	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	1708872	rs62338366	C	T	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,89:0.24:364
chr5	1708983	rs12523324	G	A	5890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=117;PP=2965;SC=CCTCGACCCAGAGCCAGACAA;SOR=1.049;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=94;TCR=118;TR=211;WE=1708991;WS=1708973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr5	1801426	rs13176353	G	C	5346.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=27;PP=1925;SC=CGCGCTCCCCGCCCCCAGGGC;SOR=1.417;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=85;WE=1801440;WS=1801412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	1801427	rs34372448	C	CG	5418.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=29;PP=1934;SC=GCGCTCCCCGCCCCCAGGGCG;SOR=1.417;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=68;WE=1801440;WS=1801412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	1801432	rs11745573	A	G	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=36;PP=1905;SC=CCCCGCCCCCAGGGCGAAATA;SOR=1.288;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=103;WE=1801440;WS=1801412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	1801689	rs2242412	A	C	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=50;PP=1651;SC=TACAGGATGCACCTTCCTCCA;SOR=1.122;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=89;WE=1801697;WS=1801679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	1814369	rs3752844	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=412;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GCTGATGGTACATGAATTTGT;SOR=0.384;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=108;TCF=87;TCR=21;TR=31;WE=1814377;WS=1814359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,29:0.28:105
chr5	1814395	rs36074605	TTGTA	T	7150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=43;PP=2970;SC=GTGGGTTAAATTGTATGTAGT;SOR=1.595;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=89;WE=1814406;WS=1814379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	1814783	rs4147773	T	C	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=106;PP=2788;SC=CTTTCAACTGTGAAGTGGTGG;SOR=1.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=53;TCR=106;TR=159;WE=1814791;WS=1814773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	1878021	rs2279588	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr5	1880865	rs4975753	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=1.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,68:0.27:251
chr5	1880891	rs2232376	C	T	6114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.456;SC=TAGGCGGCAGCGGCTGGTGCC;SOR=0.592;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=343;TCF=207;TCR=136;TR=260;WE=1880899;WS=1880881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,268:0.75:356
chr5	1881916	rs2307118	A	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,86:0.19:460
chr5	1882129	rs2232374	T	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,70:0.27:258
chr5	1882280	rs2232373	C	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=4.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CGAGTACCCCCGGGCCTCCCG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=9;WE=1882288;WS=1882270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr5	1882900	rs6876836	C	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=6;PP=162;SC=AGTCCATCCCCGCGCTCCGCA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=1882908;WS=1882890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr5	3610658	rs1373997	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,6:0.16:38
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chr5	4420188	rs140931368	G	GTGTA	5779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.867;NF=10;NR=129;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TGCCTGGCATGTGTATGTGTG;SOR=1.485;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=11;TCR=147;TR=139;WE=4420202;WS=4420178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,164:0.95:172
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chr5	4702461	rs4315900	C	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=7;PP=175;SC=TTTTGTTAATCTTTGGTCTAT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=4702469;WS=4702451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	4830593	rs816473	T	C	5896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=53;PP=2965;SC=TTCTCAAATATGGTATATTAT;SOR=1.947;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=147;TCR=53;TR=200;WE=4830601;WS=4830583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr5	4830690	rs816474	A	G	11685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=217;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.072;SC=AGACAGAAACACACTGATGTG;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=422;TCF=204;TCR=218;TR=420;WE=4830698;WS=4830680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,436:1.00:438
chr5	4886607	rs17752940	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GAGTGTCCCCAAAGTCAGCAA;SOR=0.027;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=4886615;WS=4886597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr5	4930051	rs27416	G	T	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=3;PP=978;SC=GTGATATATAGATGTATCCCT;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=44;WE=4930059;WS=4930041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	4930067	.	A	ATG	754	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=37;NR=19;PP=754;QD=13.5714285714;SC=TCCCTCACATATGTGTGTGTG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=56;WE=4930075;WS=4930057;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr5	4930087	rs147939241	G	GTGAA	3053.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=17.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=1298;ReadPosRankSum=4.015;SC=GTGTGTGTGTGAGAGAGAGAG;SOR=2.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=70;WE=4930095;WS=4930076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,75:0.89:84
chr5	4930144	rs35167763	AAG	A	9848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=102;PP=2974;SC=CAGAGAAAGAAAGAGAGGAAT;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=36;TCR=106;TR=136;WE=4930153;WS=4930134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr5	4930181	rs560366	C	T	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.357;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,49:0.22:225
chr5	5140970	rs270206	C	T	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=54;PP=1503;SC=TGAATGTTCACGACTCTGTGG;SOR=1.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=84;WE=5140978;WS=5140960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	5141009	rs59628659	CT	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.560;NF=0;NR=23;PP=262;ReadPosRankSum=1.593;SC=CTGTTGTGAACTTTTTTTTTT;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=23;WE=5141019;WS=5140999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr5	5146200	rs1863969	A	T	5965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=77;PP=2965;SC=TTCTTCTCGGAATTCCGAAAT;SOR=1.343;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=135;TCR=77;TR=212;WE=5146208;WS=5146190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr5	5146223	rs1871468	G	C	7782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=161;NR=114;PP=2965;SC=CTCAGCCTCTGCTCACTCTTT;SOR=1.048;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=161;TCR=114;TR=275;WE=5146231;WS=5146213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr5	5146335	rs2086310	C	G	9194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=158;PP=2965;SC=AAGAGCAGTGCCCGTGTCCGA;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=315;TCF=157;TCR=158;TR=315;WE=5146343;WS=5146325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr5	5146395	rs1863968	A	G	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=118;PP=2965;SC=CGACTTCCACATGGATCTGAG;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=228;WE=5146403;WS=5146385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	5186416	rs62339905	T	G	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5014;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=17;PP=499;SC=CTTCGTAGGGTGTGTGTGTGT;SOR=2.387;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=23;WE=5186424;WS=5186404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	5187776	rs1863972	G	A	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=73;PP=2965;SC=TTCTAGGCCCGCTAGTAAGTA;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=101;TCR=73;TR=174;WE=5187784;WS=5187766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	5189950	rs6859975	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=2;PP=487;SC=AAATACACGCGTTAGCTTATA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=5189958;WS=5189940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	5200220	rs58639468	A	ATC,ATCTC	4865.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50,50;NR=64,64;PP=1867,2992;ReadPosRankSum=-1.996;SC=TGAAAGAACCATCTCTCTCTC;SOR=0.788;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=114,114;WE=5200232;WS=5200210;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.26,0.69:211
chr5	5200281	rs6555335	C	T	6940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=122;PP=2965;SC=GGAACATGTGCAAAAAGTCCG;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=120;TCR=122;TR=240;WE=5200289;WS=5200271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	5200490	.	T	C	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=31;QD=16.4428031368;SC=CCTGATGTGGTTCCCTTTGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=4;WE=5200498;WS=5200480;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,4:0.24:17
chr5	5223073	rs12652968	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,44:0.23:191
chr5	5232346	rs2913623	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=1594;ReadPosRankSum=-0.214;SC=ATTAGGTGCTGCTTGAGTGTA;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=35;WE=5232365;WS=5232336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr5	5232356	rs150710468	AGG	A	1989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.768;NF=32;NR=8;PP=1926;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GCTTGAGTGTAGGGGGAGGCT;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=40;WE=5232365;WS=5232336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,51:0.85:60
chr5	5232398	rs2913624	G	A	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.854;NF=74;NR=23;PP=1718;ReadPosRankSum=0.707;SC=ATTCCCCACTGCTCAGCCTTA;SOR=0.874;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=91;TCR=27;TR=97;WE=5232406;WS=5232388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,99:0.81:122
chr5	5239921	rs11742341	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-2.173;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,41:0.18:222
chr5	5240002	rs11742370	C	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,58:0.27:216
chr5	5262766	rs34433845	G	A	4951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.100;SC=ATCCTTGCCTGCAGGACAGAT;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=154;TCR=127;TR=212;WE=5262774;WS=5262756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,221:0.74:300
chr5	5303349	rs11959893	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=323;ReadPosRankSum=2.297;SC=GATGGAGCCATCCCTCACCGA;SOR=0.544;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=18;WE=5303357;WS=5303339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr5	5423270	rs141051522	C	T	131.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTCTCTTTTTCCTACATGAGT;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=5423278;WS=5423260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr5	5443430	rs112316712	GT	G	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr5	5460569	rs2578565	C	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=6;PP=1053;SC=TTGGAGAATACACAGATTCCA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=5460577;WS=5460559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	5460619	rs2619844	G	C	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=19;PP=2292;SC=TCTGCTGAGTGTGTTTCAGAA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=82;TCR=20;TR=101;WE=5460627;WS=5460609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	5462148	rs2578500	G	A	15252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=250;NR=283;PP=2965;SC=TATGTCAACTGTAGCAAAATG;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=533;TCF=250;TCR=283;TR=533;WE=5462156;WS=5462138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr5	5476250	rs11416699	T	TG	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=2.001;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr5	6020374	rs464221	A	G	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1507;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TCATCCAACCATAATTGTCTA;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=108;WE=6020382;WS=6020364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,121:0.72:168
chr5	6020418	rs457263	T	G	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1247;ReadPosRankSum=-1.476;SC=ATCCAACCCTTTAAGCCAGCA;SOR=0.572;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=89;WE=6020426;WS=6020408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,98:0.74:132
chr5	6020488	rs412953	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=432;ReadPosRankSum=1.525;SC=CTCCTCAAGTCGGCATTCCTT;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=24;WE=6020496;WS=6020478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr5	6312879	.	CAG	C	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5020;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=24;MQ=62.13;NF=0;NR=2;PP=64;QD=33.5;SC=CACACACACACAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=6312888;WS=6312869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chr5	6337065	rs62330542	T	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=1.981;SC=TACACATACATACACACACAC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=6337074;WS=6337061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr5	6337241	rs4702336	T	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=2.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,91:0.21:425
chr5	6372585	rs9451	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.685;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr5	6378614	rs7723985	G	C	16106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=248;NR=315;PP=2965;SC=GCCCGTCCCCGACCCACACAG;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=563;TCF=248;TCR=315;TR=563;WE=6378622;WS=6378604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr5	6491532	rs3733778	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=24;ReadPosRankSum=0.049;SC=ATCTCCTCAATGCTGTGCATC;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=5;WE=6491540;WS=6491522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr5	6600492	.	G	GT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=0.803;SC=CATTTCATCTGGATCCGAGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=6600500;WS=6600482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr5	6602544	rs2303711	T	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,40:0.22:180
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chr5	6604931	rs6889694	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
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chr5	6656210	rs3736316	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-2.744;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,22:0.21:105
chr5	6737571	rs2279657	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr5	6748518	rs274682	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.753;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GAGAAGATCCAAAACATGTGG;SOR=1.538;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=12;WE=6748526;WS=6748508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr5	6748659	rs274681	T	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=2.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,102:0.24:433
chr5	6748810	rs2279653	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.824;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=370;ReadPosRankSum=1.896;SC=ATGTTCTGCCGTATTTCAGTA;SOR=0.078;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=28;WE=6748818;WS=6748800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr5	6754762	rs274676	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
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chr5	7306615	rs11955700	A	G	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.84;MQRankSum=-1.619;QD=24.94;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr5	7690754	rs2914289	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-1.821;SC=ATTTGGTCATCCCCCGAGGTG;SOR=0.116;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=6;WE=7690762;WS=7690744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr5	7695845	rs11134251	C	A	4170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=65;PP=2521;ReadPosRankSum=1.610;SC=TCTGTCTCCTCACCTCCTTTC;SOR=0.655;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=231;TCF=149;TCR=82;TR=175;WE=7695853;WS=7695835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,184:0.74:248
chr5	7696028	rs11134252	C	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CTCTTGGTTTCGTTTTTCTTC;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=60;WE=7696036;WS=7696018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,64:0.74:87
chr5	7698282	rs60394679	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=-0.540;SC=GCAGAGCTGGCGCTTGATGAT;SOR=0.177;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=10;WE=7698290;WS=7698280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr5	7698551	rs4257743	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.98;MQRankSum=-1.597;NF=6;NR=34;PP=559;ReadPosRankSum=0.081;SC=ATGTGCACAACGTGCAGGTTT;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=19;TCR=119;TR=40;WE=7698559;WS=7698541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,40:0.28:144
chr5	7712810	rs6555488	C	T	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=210;SC=TTGATTCACACTTAGGATTAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=7712818;WS=7712807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr5	7757705	rs4072341	T	C	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.69;SOR=2.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr5	7866967	rs162030	G	C	6249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.671;SC=GTTCCATTAAGGCAGAAATCT;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=179;TCR=151;TR=262;WE=7866975;WS=7866957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,274:0.79:349
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chr5	7885782	rs34487083	A	AT	1114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.182;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
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chr5	8461166	rs341899	T	C	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=56;PP=1736;SC=GTTTCTAAGTTTATTATTAAA;SOR=3.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=66;WE=8461174;WS=8461156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	9043142	rs3834271	T	TA	1009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=376;ReadPosRankSum=-1.214;SC=GAAAATATATTAAAAAAAAAC;SOR=1.225;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=25;WE=9043150;WS=9043132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr5	9050410	rs257098	C	T	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=8;PP=1487;SC=TGACTTTCTCCGGTTTTTCAT;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=9050418;WS=9050400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	9053945	rs257095	C	T	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=102;PP=2965;SC=AGAACTCGTGCTTGAAGCCTT;SOR=1.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=51;TCR=102;TR=153;WE=9053953;WS=9053935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	9066464	rs786847	A	G	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=47;PP=2965;SC=CTTGCTGTTTATGACCTTAGA;SOR=1.937;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=132;TCR=47;TR=178;WE=9066472;WS=9066454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	9066802	rs786846	G	A	7150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=158;PP=2965;SC=GGGGTAAACAGAGCAACCTCA;SOR=1.439;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=89;TCR=158;TR=247;WE=9066810;WS=9066792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	9136487	rs6883525	A	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=683;SC=GAGAGAGCACAGACTGGGTTT;SOR=4.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=27;WE=9136495;WS=9136480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	9197434	rs3216958	A	AGAG	2602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;QD=42.67;SOR=2.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	9202419	rs1805974	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=0.501;SC=TCTTGCCTGCTCAGTATTTCA;SOR=1.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=17;WE=9202427;WS=9202409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr5	9265602	rs7734564	C	T	6994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=143;PP=2965;SC=ACTCTTCTGCCGCGGGACTCC;SOR=1.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=99;TCR=143;TR=242;WE=9265610;WS=9265579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr5	9280957	rs6555597	C	A	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=116;PP=2965;SC=TAAAATGTAACGTTTTAGCAA;SOR=1.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=56;TCR=116;TR=172;WE=9280965;WS=9280947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	10227548	rs2136197	C	A	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=100;PP=2965;SC=CACTCCCAGTCAAGTTTATGC;SOR=1.025;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=240;TCF=140;TCR=100;TR=240;WE=10227556;WS=10227538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr5	10227823	rs3080459	C	CCT	2018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=41;PP=1877;SC=CCCAAAATTTCCTGTTTTTAA;SOR=5.464;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=41;WE=10227831;WS=10227813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	10235535	.	G	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,11:0.12:90
chr5	10236856	rs11133605	A	G	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=39;PP=1707;SC=CTAAGACATCATTTTAAAATG;SOR=0.886;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=69;WE=10236864;WS=10236846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	10236927	rs2292263	C	T	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=42;PP=2906;SC=AACTTAGTTTCCTTGATTGGT;SOR=1.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=98;TCR=42;TR=140;WE=10236935;WS=10236917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	10237155	rs6876650	G	A	4379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=102;PP=2965;SC=AAAATAACCTGTCAATGAAAA;SOR=1.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=58;TCR=102;TR=160;WE=10237163;WS=10237145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	10239278	rs2252505	C	T	13895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=243;NR=246;PP=2965;SC=CAGGTACAAACGGCAAACAGA;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=489;TCF=243;TCR=246;TR=489;WE=10239286;WS=10239268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr5	10250047	rs2607301	C	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=23;PP=1372;SC=AAAAAAAAAACCGGAAATGGG;SOR=0.919;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=50;WE=10250055;WS=10250037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	10250430	rs2548546	G	A	12136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CGGTTGGGGGGAAGTAATTCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=443;TCF=199;TCR=244;TR=439;WE=10250451;WS=10250420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,451:1.00:452
chr5	10250443	rs2578618	T	C	11736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=232;PP=2965;SC=GTAATTCCGGTTGTTGCACCA;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=419;TCF=186;TCR=233;TR=416;WE=10250451;WS=10250420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr5	10254817	rs2578617	A	G	14633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=294;NR=230;PP=2965;SC=ATAAGGATGGAGATGTGACTG;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=524;TCF=294;TCR=230;TR=524;WE=10254825;WS=10254807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr5	10255021	rs2607294	T	C	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=77;PP=1787;SC=ACATGCCTGCTGAGATTGTTG;SOR=3.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=13;TCR=77;TR=90;WE=10255029;WS=10255011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	10255083	rs2578616	A	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=807;SC=AAAACATGCTACAAAACAAAT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=10255091;WS=10255073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	10256161	rs1042392	T	C	8294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=162;PP=2965;SC=AGGCTGCTCGTGTTGCTATTG;SOR=0.878;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=304;TCF=141;TCR=163;TR=303;WE=10256169;WS=10256151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr5	10258125	rs2457156	G	A	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=50;PP=2965;SC=TCAAAACATCGTTTGATTTAT;SOR=1.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=108;TCR=50;TR=158;WE=10258133;WS=10258115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	10261542	rs2607327	C	T	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=154;NR=15;PP=2965;SC=GGAGATGTCTCGGTCAAAGTG;SOR=4.603;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=154;TCR=15;TR=169;WE=10261550;WS=10261532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr5	10261966	rs2244717	G	A	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=38;PP=1154;SC=AAAAATAATCGTGGTTCTCAA;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=10261974;WS=10261956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	10262740	rs2578642	C	A	19729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=373;NR=338;PP=2965;SC=GGTAAGGGATCTGTGCAGACT;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=712;TCF=374;TCR=338;TR=711;WE=10262748;WS=10262716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,745:1.00:745
chr5	10263451	.	TGGAG	T	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.97;NF=4;NR=102;PP=2947;QD=20;SC=CGCCTCTGCGTGGAGGGGGGG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=122;TCF=4;TCR=118;TR=106;WE=10263472;WS=10263441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,106:0.87:122
chr5	10263453	rs147103051	GA	G	7590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.14;QD=43.62;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	10263457	rs58620077	G	A	7596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=46.61;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	10263461	rs370306096	GGGA	G	6964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=47.38;SOR=2.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	10264618	.	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.829;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=258;ReadPosRankSum=-0.164;SC=ATCTGAAAATGAAATATAACT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=13;WE=10264626;WS=10264608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr5	10264962	rs544	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=28;PP=782;SC=CTCGTGATGCATCTACAGTTA;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=10264970;WS=10264952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	10282396	rs10067744	A	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,47:0.23:200
chr5	10397473	.	CT	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr5	10417589	rs2967956	G	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=41;PP=1101;SC=GCCAGGCATGGGGCTTACGCC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=10417597;WS=10417579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	10423731	rs35814421	A	G	310.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5150;FS=6.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=-0.560;SC=AATTGTTGCCAATCCTATAGA;SOR=4.047;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=10423739;WS=10423728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr5	10442496	rs2567577	T	C	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=95;PP=2752;SC=ACCAGGGGCCTTACGCGGCAC;SOR=5.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=4;TCR=95;TR=99;WE=10442504;WS=10442486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	10448247	rs1976360	G	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=584;SC=ACATAAGCCCGGGATGTTGGT;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=10448255;WS=10448237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	10505467	rs62362463	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=5.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=1.176;SC=GGAGGACACAATTCAATCCAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=8;WE=10505475;WS=10505457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr5	10505585	rs17816571	A	G	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.870;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,86:0.22:392
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chr5	10509069	rs1392005	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr5	10564846	rs814576	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=18;PP=566;SC=CGGCGACCCTCCTGCGCGCCG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=10564854;WS=10564836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr5	10624887	rs1531839	T	C	8683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=202;PP=2965;SC=TGGCTCCCAATCTTGCGCCTC;SOR=1.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=85;TCR=202;TR=287;WE=10624895;WS=10624877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr5	10638180	rs11745612	T	C	5884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=90;PP=2965;SC=ACTATTTCCCTGGTCTTGACC;SOR=0.943;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=122;TCR=91;TR=212;WE=10638188;WS=10638170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr5	10638364	rs6889196	A	G	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=75;PP=2336;SC=GAGATTAATCACTCCCATAGA;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=123;WE=10638372;WS=10638354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	10748231	rs267944	C	T	10168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=227;NR=141;PP=2965;SC=AATGTTAATGCTTAACCGAAT;SOR=1.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=227;TCR=141;TR=368;WE=10748260;WS=10748221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr5	10748462	rs267943	C	T	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=103;PP=2965;SC=TGGAAAGGTTCTGGTTGCTCA;SOR=2.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=36;TCR=103;TR=139;WE=10748470;WS=10748452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	10761182	rs267927	A	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	10981720	rs58618024	G	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=0.109;SC=CACACACACAGAGACACACAC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=8;WE=10981728;WS=10981710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	10981784	rs373010050	GTTCT	G	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
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chr5	10986722	rs36031475	A	AG	784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,28:0.18:156
chr5	10986727	rs35210570	A	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,32:0.20:164
chr5	10986772	rs9312749	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,28:0.19:146
chr5	10986947	rs10434650	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr5	10988172	rs879353	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=4.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,18:0.18:101
chr5	11082762	rs2277053	T	C	7244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.784;SC=CTAGAGAAAATATTTTCACTT;SOR=0.510;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=328;TCF=210;TCR=118;TR=274;WE=11082770;WS=11082752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,304:0.85:359
chr5	11084189	rs1024621	T	C	4074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CTACTTTGTATCTCAAGCTCT;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=72;TCR=145;TR=163;WE=11084197;WS=11084179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,169:0.76:222
chr5	11365166	rs2074260	C	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=582;SC=ATCAGCCTGTCGGCATCACCC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=11365174;WS=11365156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	11412302	rs31750	C	T	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=37;PP=1340;SC=TTTCCTTTCACTTCTTACTAT;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=11412310;WS=11412292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	13692279	rs2166337	A	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=1.537;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
chr5	13701327	rs3734112	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-2.227;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,32:0.15:211
chr5	13701525	rs3734111	T	C	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,65:0.22:295
chr5	13701536	rs3734110	T	C	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.503;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,55:0.22:254
chr5	13701617	rs61338089	GA	G	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr5	13701654	rs13162313	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=0.998;SC=TTCACTTTTATAATGAAAAAA;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=4;WE=13701662;WS=13701644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr5	13714740	rs30175	G	A	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=51;PP=1445;ReadPosRankSum=0.329;SC=CTGAACAACAGACACCCCAGA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=69;WE=13714748;WS=13714730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr5	13719022	rs30169	T	G	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=49;PP=2965;ReadPosRankSum=1.168;SC=CTGCCCGGAGTCCTTGTGGAG;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=134;TCR=49;TR=182;WE=13719030;WS=13719012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr5	13719089	rs30168	G	A	12789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=277;NR=164;PP=2965;SC=CTGCTTATGAGCCTCGGTGGT;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=441;TCF=277;TCR=164;TR=441;WE=13719097;WS=13719079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
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chr5	13759172	rs34516765	TA	T	1679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=44;PP=1784;SC=AGAACTCAGCTAACGTCACAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=44;WE=13759180;WS=13759162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr5	13763039	rs6554813	G	A	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=116;PP=2965;SC=AAATAAAGTCGAAACACTTCT;SOR=3.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=21;TCR=116;TR=137;WE=13763047;WS=13763017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	13770757	rs138234449	C	CA	1901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=6;PP=2155;SC=CTATGATACACAAAATGTCTC;SOR=3.841;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=54;WE=13770765;WS=13770747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	13810441	rs35058767	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=5.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=3.882;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.960;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,26:0.21:121
chr5	13810451	rs145443373	CAT	C	610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=9.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=3.789;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.601;SOR=2.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,22:0.22:98
chr5	13817881	rs6889720	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=1.758;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,19:0.14:133
chr5	13823262	rs10035657	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,21:0.20:106
chr5	13829608	rs1348691	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr5	13829799	rs1348689	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,81:0.20:408
chr5	13829933	rs16902790	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=13.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr5	13839695	rs9312849	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=0.647;SC=TAAATATACACGTTATTAGCA;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=13839703;WS=13839685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr5	13842052	.	A	T	196	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=51.26;NF=0;NR=14;PP=196;QD=16.4836580391;SC=AAAAAGCTATAGTCATATAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=14;WE=13842060;WS=13842042;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr5	13845045	rs10041113	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,52:0.16:322
chr5	13845107	rs4429853	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=4.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.164;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,40:0.15:270
chr5	13845151	rs10041099	C	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-1.142;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,30:0.20:147
chr5	13850651	rs795528	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=0.545;SC=CAGCTTTATATATAAATTCAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=7;WE=13850659;WS=13850641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr5	13850739	rs4701988	T	A	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=30;PP=2372;ReadPosRankSum=-1.704;SC=ACCGAGAGCTTTCAAAGAGCC;SOR=1.513;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=97;WE=13850758;WS=13850729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,100:0.85:117
chr5	13850750	rs6554820	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=1.639;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,17:0.14:122
chr5	13851016	rs795526	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.584;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-1.359;SC=GAGGCTAGAGCTTTAACCAGT;SOR=0.148;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=12;WE=13851024;WS=13851006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr5	13859743	rs1502043	G	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=4.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,53:0.19:278
chr5	13859807	rs1867677	G	T	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=63;PP=1732;SC=ATTTTTAACCGCTTTCTTTAC;SOR=6.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=64;WE=13859815;WS=13859797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	13862600	rs7724453	T	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=1.557;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,27:0.20:137
chr5	13862616	rs7704417	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-3.473;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,48:0.26:184
chr5	13864728	rs6554827	C	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,51:0.18:290
chr5	13864885	rs6554828	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr5	13865980	rs7703349	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,16:0.20:82
chr5	13866450	rs11748811	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=3.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,29:0.20:145
chr5	13868103	rs35398031	TA	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr5	13870802	rs114740310	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TCACTCCAGACCCAGTCAATA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=9;WE=13870810;WS=13870792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr5	13871925	rs10513159	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=0.808;SC=TGAAAGGCACAATGATATAAG;SOR=0.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=7;WE=13871933;WS=13871915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr5	13876664	rs1445804	T	C	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=7;PP=1105;SC=GCTGAGCACATACAAGATGCT;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=13876672;WS=13876654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr5	13883262	rs10462710	C	G	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=60;PP=1496;ReadPosRankSum=-1.809;SC=AGATTTGCTTCCTTTGTAACC;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=20;TCR=74;TR=76;WE=13883270;WS=13883252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,80:0.82:98
chr5	13885023	rs147685082	GCA	G	730.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=773;ReadPosRankSum=0.243;SC=GTGCACACGTGCACACACACA;SOR=1.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=19;WE=13885032;WS=13885013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr5	13894894	rs4701997	T	A	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,116:0.23:495
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chr5	13902220	rs1530498	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,20:0.16:122
chr5	13911483	rs201116549	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.013;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,74:0.19:393
chr5	13911652	rs150679902	C	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=44;PP=1107;ReadPosRankSum=0.702;SC=TCTTATATTACCTAACTAAAT;SOR=1.125;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=55;WE=13911660;WS=13911642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,55:0.77:71
chr5	13911700	rs34152978	GAA	G	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-2.253;SC=ATAATTGCCAGAAAAAAAATA;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=5;WE=13911709;WS=13911690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr5	13913885	rs3213936	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=2.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=1.701;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,58:0.16:369
chr5	13914120	rs10513162	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GGTATCAACTTTATTTTCTTA;SOR=0.047;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=7;WE=13914128;WS=13914110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr5	13914556	rs13179761	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-0.268;SC=AATAATTACAAAATGATTTAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=4;WE=13914564;WS=13914546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr5	13914775	rs13180591	G	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=7.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
chr5	13914796	rs13162553	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.734;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr5	13914819	rs13180613	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=1.081;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr5	13928085	rs12659700	T	C	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=77;PP=2965;SC=CACACACGCATCTCCCTCCCG;SOR=1.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=125;TCR=77;TR=202;WE=13928093;WS=13928075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	13931205	rs1530497	G	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=4.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,68:0.19:349
chr5	13931340	rs1530496	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.815;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,49:0.20:243
chr5	13944512	rs339445	A	C	8416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=145;NR=143;PP=2965;SC=GAGTGACGCTATGCTTCCAGA;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=145;TCR=143;TR=288;WE=13944520;WS=13944502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr5	14183866	rs354302	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.54;MQRankSum=0.839;NF=7;NR=5;PP=123;ReadPosRankSum=0.085;SC=AGGGAAGGCATGCGGCCGCAG;SOR=0.101;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=12;WE=14183874;WS=14183856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr5	14183979	rs71597901	CAG	C	2112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.659;NF=18;NR=16;PP=1425;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TAACCTTTGGCAGATAGTGAC;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=34;WE=14183988;WS=14183969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr5	14184022	rs354301	G	A	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=968;ReadPosRankSum=-0.004;SC=CGTGGTAACCGTTTTTTAAAA;SOR=0.927;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=60;WE=14184030;WS=14184012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr5	14184079	rs354300	G	A	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=48;PP=1624;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GTAAGGATGTGTCCCAGACTT;SOR=0.871;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=112;WE=14184087;WS=14184069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,120:0.76:158
chr5	14184116	rs16903264	C	T	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=62;PP=1859;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TATTTTGGCTCTCTGATGTGT;SOR=0.557;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=120;WE=14184124;WS=14184106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,125:0.77:162
chr5	14184211	rs354299	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=930;ReadPosRankSum=-1.127;SC=ACAGAGAATGTTGTGTGTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=47;WE=14184219;WS=14184201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr5	14184254	rs354298	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=421;ReadPosRankSum=0.691;SC=TAAAAATCCAACCGGCTAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=21;WE=14184262;WS=14184244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr5	14330755	rs34654449	AT	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.205;QD=0.97;ReadPosRankSum=-3.483;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr5	14366840	rs30784	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr5	14368975	rs13189406	C	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=2.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.816;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,81:0.21:394
chr5	14369690	rs35860741	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr5	14377962	rs30769	A	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr5	14378068	rs30770	T	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,47:0.24:195
chr5	14381174	rs247137	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=5.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.703;SOR=1.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,20:0.16:129
chr5	14387489	rs30794	G	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,43:0.15:281
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chr5	14398902	rs34806703	AT	A	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=3.578;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
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chr5	14462816	rs27100	C	T	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=52;PP=2965;SC=TGGTCCACGTCTGTGAACTGG;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=121;TCR=52;TR=173;WE=14462824;WS=14462806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr5	14472626	rs26186	T	C	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=7;PP=1962;SC=GGAGTCCATCTTGACCAGGAG;SOR=3.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=71;TCR=7;TR=78;WE=14472634;WS=14472616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	14476968	rs40490	G	T	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=22;PP=1940;SC=AGGCCACACTGGAAATAGTTC;SOR=2.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=98;WE=14476976;WS=14476958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	14479938	rs26173	G	A	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=29;PP=1895;ReadPosRankSum=0.561;SC=TTTACTGCCAGTGTTGTAGTC;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=94;TCR=36;TR=105;WE=14479946;WS=14479928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,111:0.80:138
chr5	14485386	rs26098	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,24:0.18:132
chr5	14488153	.	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.971;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,80:0.24:332
chr5	14498727	rs26107	G	A	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,113:0.22:522
chr5	14507905	rs26086	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-1.664;SC=GATTCCTTCCACCTCACCATA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=5;WE=14507913;WS=14507895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr5	14582058	rs116803888	C	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.36;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr5	14610134	rs3845281	G	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=789;ReadPosRankSum=-2.738;SC=TGTATGGGTGGGTCTGTCAAC;SOR=0.635;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=43;WE=14610142;WS=14610124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr5	14610184	rs25960	C	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=3.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,24:0.16:149
chr5	14664821	rs250435	G	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=10;PP=628;SC=CGCTCTGCGGGCCCTCGGAAA;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=14664829;WS=14664811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	14678992	rs186177253	C	T	727.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.26;ReadPosRankSum=0.256;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr5	14678996	rs31930	G	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	14711275	rs3045	T	C	5221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=102;PP=2830;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CCTGACTGACTGTCCCTGCAG;SOR=0.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=141;TCR=123;TR=213;WE=14711283;WS=14711265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,229:0.81:281
chr5	14715140	rs10491477	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,35:0.21:167
chr5	14741921	rs187483	A	C	12032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=248;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AGGCAGAGAGAGCCTCTGTCC;SOR=0.660;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=657;TCF=332;TCR=325;TR=506;WE=14741929;WS=14741911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,529:0.77:684
chr5	14749551	rs697569	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=3.327;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=682;ReadPosRankSum=0.406;SC=TAAGGAAAAGTGTCTGTAGAC;SOR=2.252;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=37;WE=14749559;WS=14749541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr5	14751399	rs697570	C	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=936;SC=CGGGAACCGACTGACAGAAGC;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=14751407;WS=14751389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	14769103	rs17251667	G	A	6431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=71;PP=2965;SC=TGTGAAAGACGGCAGCGATGG;SOR=1.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=154;TCR=71;TR=225;WE=14769111;WS=14769093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	14871620	rs139106733	AGGGGCGAC	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.917;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,4:0.11:36
chr5	15927905	rs70938037	A	AAGAC	1211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=7.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=2.148;QD=36.72;ReadPosRankSum=0.527;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr5	15927927	rs66504704	A	G	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.671;NF=56;NR=9;PP=1304;ReadPosRankSum=0.690;SC=GAAAGAAACCAGTGCTTTTGC;SOR=1.949;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=90;TCF=73;TCR=17;TR=65;WE=15927935;WS=15927917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,63:0.72:88
chr5	16091242	rs11389357	G	GA	475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=13;PP=272;SC=AATTAAAAAAGAAAAAAAAAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=16091250;WS=16091232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	16177807	rs2582666	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.467;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,24:0.19:125
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chr5	16477751	rs162850	C	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=192;ReadPosRankSum=-0.335;SC=AAATAAATGTCTCCAGAAATA;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=20;WE=16477759;WS=16477741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
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chr5	16673975	rs25901	C	G	5543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.395;SC=TTCCATCTCGCTTCCTGGAAA;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=277;TCF=121;TCR=156;TR=220;WE=16673983;WS=16673965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,233:0.80:293
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chr5	16679966	rs35580	C	T	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.733;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.159;NF=84;NR=34;PP=1942;ReadPosRankSum=0.224;SC=AGAAAAAAAACTGAGCTTCAC;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=109;TCR=45;TR=118;WE=16679974;WS=16679956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,120:0.75:159
chr5	16704585	rs185483934	C	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.956;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=203;ReadPosRankSum=-2.890;SC=ACCTGAGGCTCCCCTCAATTC;SOR=1.852;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=59;TCR=3;TR=16;WE=16704593;WS=16704580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr5	16711365	rs3214558	CA	C	4665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.895;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.135;NF=22;NR=125;PP=2100;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CTAAACCATGCAAAAAAAAAA;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=33;TCR=185;TR=147;WE=16711374;WS=16711354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,219:0.75:292
chr5	16711451	rs27552	G	T	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.571;NF=24;NR=71;PP=1784;ReadPosRankSum=1.058;SC=GGTTTACCCCGCTTCAAAACA;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=31;TCR=92;TR=95;WE=16711459;WS=16711441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,92:0.77:120
chr5	16762646	rs31511	T	C	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=71;PP=2797;SC=TTGCAGGTTTTGACATACCGC;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=104;TCR=71;TR=174;WE=16762654;WS=16762636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
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chr5	16764255	rs375881422	CA	C	1826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.584;HP=11;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.474;NF=66;NR=14;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.163;SC=GACTCCTTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.814;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=146;TCF=110;TCR=36;TR=80;WE=16764275;WS=16764244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,82:0.94:87
chr5	16764334	rs250341	C	T	8852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.535;NF=235;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=1.424;SC=AGAGAATTCACGTGCTGCACT;SOR=0.729;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=480;TCF=296;TCR=184;TR=384;WE=16764342;WS=16764324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,378:0.79:477
chr5	16766093	rs2561232	C	T	5990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=70;PP=2965;SC=ATTACAGTTACAACTGTTATT;SOR=1.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=140;TCR=70;TR=209;WE=16766101;WS=16766083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	16769273	rs11750538	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.214;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,34:0.18:188
chr5	16783711	rs4702172	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=227;ReadPosRankSum=-0.697;SC=AAAATGCCTGTTTCCAAAGAG;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=14;WE=16783719;WS=16783701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr5	16794916	rs396514	G	A	4874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.420;NF=99;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.268;SC=AGGGGTTCACGGAGGCCAGGA;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=233;TCF=119;TCR=114;TR=192;WE=16794924;WS=16794906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,204:0.82:248
chr5	16795027	rs35681033	CA	C	4209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.460;NF=10;NR=68;PP=2948;ReadPosRankSum=0.276;SC=GAGTGTGCGCCAGGGGGAAAG;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=12;TCR=86;TR=78;WE=16795035;WS=16795017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,123:0.85:145
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chr5	16877701	rs7710976	C	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,26:0.21:125
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chr5	19591427	.	T	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.528;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,13:0.14:94
chr5	19721490	rs12187552	T	C	21058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=369;NR=390;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.234;SC=AGGGTTGTCCTTGGAGAATGC;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=759;TCF=369;TCR=390;TR=759;WE=19721498;WS=19721480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,774:1.00:776
chr5	21751718	rs66936623	AGTGT	A	1873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.663;NF=71;NR=2;PP=2994;ReadPosRankSum=0.781;SC=CTTGTCCCAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.190;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=121;TCF=104;TCR=17;TR=73;WE=21751748;WS=21751705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,63:0.82:77
chr5	21760731	rs2303749	T	C	30414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=633;NR=583;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TAAAGGAGAATTGTTGCCCAG;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1332;TCF=694;TCR=638;TR=1216;WE=21760739;WS=21760721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:111,1244:0.92:1355
chr5	21842436	rs17839323	A	G	9729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.891;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=242;PP=2965;ReadPosRankSum=0.550;SC=TTCTAATAACACCTTAAGGGA;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=445;TCF=178;TCR=267;TR=399;WE=21842444;WS=21842426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:51,412:0.89:463
chr5	22078584	rs4371716	C	T	32020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=655;NR=618;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.637;SC=TCGGAGCCCACGTATTCTTCC;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1389;TCF=710;TCR=679;TR=1273;WE=22078592;WS=22078574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:115,1301:0.92:1416
chr5	23510203	rs2973615	A	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	23523348	rs1874165	C	T	17625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=325;NR=299;PP=2965;SC=TAAAATAATTCTTCTGATTTT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=625;TCF=326;TCR=299;TR=624;WE=23523356;WS=23523338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,638:1.00:638
chr5	23527919	rs2099081	A	G	7307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=173;PP=2965;SC=ATAGCCACAAAAAGACAAATG;SOR=2.020;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=67;TCR=173;TR=240;WE=23527927;WS=23527909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr5	24498690	rs3815909	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=4.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,20:0.12:161
chr5	24509643	rs62349562	C	T	10296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.061;NF=232;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.509;SC=CCACCGAGCCCGGCTGTTTTC;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=234;TCR=121;TR=352;WE=24509651;WS=24509633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,364:0.99:367
chr5	24509947	rs3797171	C	A	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=58;PP=1654;SC=AAAAATAAATCATCAAATTAG;SOR=3.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=70;WE=24509955;WS=24509937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	26886200	rs41271091	C	A	2917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=74;PP=1866;ReadPosRankSum=-1.239;SC=CAACTGAAACCAAAATTAATT;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=61;TCR=95;TR=119;WE=26886208;WS=26886190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,127:0.75:169
chr5	26889902	rs13190383	A	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=2;PP=737;ReadPosRankSum=-1.917;SC=TGACTTTGTAAAGAGAAAATA;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=35;WE=26889910;WS=26889892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,37:0.88:42
chr5	26905920	rs5866810	GT	G	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=2.228;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr5	26988328	rs2288466	G	A	5632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TGTCAGACCCGCTATCTTTTT;SOR=0.480;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=115;TCR=152;TR=231;WE=26988336;WS=26988318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,238:0.86:276
chr5	26988424	rs2288467	T	C	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=62;PP=1909;ReadPosRankSum=0.522;SC=TAATGGTATATAATGGTAAGT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=101;WE=26988432;WS=26988414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,108:0.84:129
chr5	31302288	rs2287582	C	T	8195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.818;SC=AAGCCAGCGACGCTGATGTGG;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=423;TCF=204;TCR=219;TR=345;WE=31302296;WS=31302278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,362:0.81:445
chr5	31317494	rs2302904	C	T	11009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=266;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.085;SC=GATTCAGACCCTGCATGCTGT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=629;TCF=359;TCR=270;TR=464;WE=31317502;WS=31317484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,475:0.74:643
chr5	31317529	rs2302903	A	G	12604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=277;NR=255;PP=2962;ReadPosRankSum=0.424;SC=CTTATAGTGGACACCAATTTT;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=705;TCF=359;TCR=346;TR=532;WE=31317537;WS=31317519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,548:0.75:727
chr5	31317952	rs2229575	T	C	9270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=225;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.541;SC=AATCCTGCCATGCGGAGGCGC;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=473;TCF=199;TCR=274;TR=386;WE=31317960;WS=31317942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,399:0.82:487
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chr5	31401447	rs10719	A	G	9706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=263;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.909;SC=AGCACACTTCATTCATTGTCT;SOR=0.522;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=508;TCF=324;TCR=184;TR=417;WE=31401455;WS=31401437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,433:0.82:528
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chr5	31483596	rs10052174	G	A	9373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.598;SC=AGACTGAAAGGAAAATGGCAA;SOR=1.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=227;TCR=135;TR=358;WE=31483604;WS=31483584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,355:0.99:357
chr5	31485230	rs7712436	T	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=351;SC=TAGTTTCAGATGGAAATGAAA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=31485238;WS=31485220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	31486540	rs7735863	A	G	19517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=390;NR=295;PP=2965;SC=TTAAAATAGTAGTATGGAACA;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=686;TCF=391;TCR=295;TR=685;WE=31486548;WS=31486530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,711:1.00:711
chr5	31495525	rs72751600	A	G	4354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=104;PP=2877;ReadPosRankSum=-0.105;SC=AAGCAAGAGTACTTTTACTTA;SOR=0.410;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=208;TCF=76;TCR=132;TR=169;WE=31495533;WS=31495515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,179:0.82:217
chr5	31508933	rs56327412	G	GTT	1527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.26;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr5	31508945	rs4374769	C	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=967;ReadPosRankSum=0.356;SC=TTTTTTTTTTCCCTGAGTTGG;SOR=0.657;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=39;WE=31508953;WS=31508923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,39:0.91:43
chr5	31511106	rs13183642	G	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,62:0.21:298
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chr5	31529306	rs6450850	T	C	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.59;SOR=7.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	31532429	rs2291109	A	T	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=46;PP=2761;SC=GCTGGCCGGGATGAGGCGCCG;SOR=1.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=103;TCR=46;TR=147;WE=31532437;WS=31532419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	31532638	rs6877842	G	C	3233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=84;PP=1865;ReadPosRankSum=-0.877;SC=GACGCTCAGAGGGCCAAGCAG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=74;TCR=108;TR=140;WE=31532646;WS=31532628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,150:0.77:195
chr5	31532742	rs72753518	G	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=842;ReadPosRankSum=0.682;SC=CAGCTAACTAGGAAGAATGAG;SOR=1.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=47;WE=31532750;WS=31532732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,48:0.79:61
chr5	31538235	rs7720494	A	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=230;ReadPosRankSum=1.042;SC=ACAGAAGAACAGGAAGTATAA;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=11;WE=31538243;WS=31538225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr5	31540954	rs13183199	G	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=331;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TATCTAAGATGTTCTTGTATC;SOR=0.380;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=19;WE=31540962;WS=31540944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr5	32000483	rs10054504	T	C	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=62;PP=1935;ReadPosRankSum=1.506;SC=TGTGCACTTGTACGTTTGCCT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=75;WE=32000491;WS=32000473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr5	32037569	rs923834	A	T	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=33;PP=920;SC=AATCATTTTTACCTTGGATGG;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=32037577;WS=32037559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	32053922	rs10940998	G	A	5030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.480;SC=TTCGTGGACAGATGGGGATTT;SOR=0.567;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=274;TCF=115;TCR=159;TR=204;WE=32053930;WS=32053912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,216:0.76:286
chr5	32054092	rs149414	C	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=591;ReadPosRankSum=0.319;SC=TAGTAGACCTCGGCGGAATCT;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=31;WE=32054100;WS=32054082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr5	32057651	rs161545	G	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=582;SC=GTTATTTTATGTGGTAGTAAA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=32057659;WS=32057641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	32057910	.	GT	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.264;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,32:0.16:194
chr5	32058115	rs151861	A	G	13606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=221;NR=286;PP=2965;SC=GGGGAGCCTCAGCGGGAGGTT;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=508;TCF=222;TCR=286;TR=507;WE=32058123;WS=32058088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr5	32060985	rs35665699	T	TATC	4365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=11;PP=2965;SC=CGGGAAAAGATATGAGCTTCT;SOR=3.732;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=75;TCR=14;TR=80;WE=32060993;WS=32060975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	32069910	rs6862076	T	C	484.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9842;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=0.617;SC=CTCTTGGCTGTTAGTTTTGAT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=32069918;WS=32069900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
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chr5	32074392	rs2291114	G	A	13973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=298;NR=259;PP=2962;ReadPosRankSum=1.415;SC=CCAACCTCACGGACTCTGCAG;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=666;TCF=358;TCR=308;TR=557;WE=32074413;WS=32074382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,560:0.83:672
chr5	32087228	rs157494	C	T	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=28;PP=2226;ReadPosRankSum=0.363;SC=GTTTACGTTCCCCACGTAGAA;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=112;TCR=37;TR=114;WE=32087236;WS=32087218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,116:0.77:150
chr5	32087253	rs157495	A	G	3934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=63;PP=2808;ReadPosRankSum=-0.277;SC=ACAGCTCCTCAGACCTCATCT;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=228;TCF=150;TCR=78;TR=177;WE=32087261;WS=32087243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,182:0.79:230
chr5	32087374	rs157496	A	G	11172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=298;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GCCCAGGGTCACCAAGTGCAA;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=653;TCF=403;TCR=250;TR=487;WE=32087382;WS=32087364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,499:0.75:667
chr5	32087802	rs157497	A	G	10913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=249;PP=2962;ReadPosRankSum=1.696;SC=ACTGCTGCCCAGGGGGGAGTA;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=630;TCF=315;TCR=315;TR=502;WE=32087810;WS=32087791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,485:0.78:619
chr5	32101168	rs2279232	A	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,66:0.14:472
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chr5	32209753	rs147321365	A	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.21;MQRankSum=-0.178;QD=40.59;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr5	32242381	rs7729256	G	T	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=89;PP=2350;SC=GAAAAGAAACGAACTTCCATT;SOR=2.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=17;TCR=89;TR=106;WE=32242389;WS=32242371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	32248077	rs11960898	C	T	9262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=0.294;SC=CCCCATATAACACAAAAGTTT;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=501;TCF=257;TCR=244;TR=392;WE=32248085;WS=32248067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,409:0.78:523
chr5	32263099	rs61418287	G	T	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=15;PP=2277;ReadPosRankSum=0.821;SC=CTTTTTGGGAGGATGAAAATG;SOR=0.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=146;TCF=125;TCR=21;TR=111;WE=32263107;WS=32263089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,107:0.76:141
chr5	32270747	rs59928961	C	G	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=4;PP=1391;ReadPosRankSum=-1.531;SC=ATGATACACACGCATGCTTTA;SOR=0.481;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=67;TCR=5;TR=58;WE=32270755;WS=32270737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr5	32272120	rs144654016	G	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=511;ReadPosRankSum=-0.051;SC=ATGGGGGGCCGGGTGCAGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=27;WE=32272128;WS=32272110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr5	32276634	rs57425852	T	C	610.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=499;ReadPosRankSum=-1.108;SC=TGTGTAGTTATTGAACTACAA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=22;WE=32276642;WS=32276624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr5	32379210	rs1862636	G	A	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-2.543;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,105:0.21:505
chr5	32388471	rs889318	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=15.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-2.388;SOR=0.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
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chr5	32415360	rs5867145	TA	T	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.857;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
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chr5	32419849	rs324428	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.661;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,21:0.24:87
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chr5	32444286	rs183443	A	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.047;QD=2.17;ReadPosRankSum=-1.944;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,68:0.19:351
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chr5	32523298	rs687659	T	A	9169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=161;PP=2965;SC=CTCCTATATCTGTCCTGAGGA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=173;TCR=161;TR=333;WE=32523306;WS=32523288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr5	32523343	rs2457151	C	T	9212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=193;NR=149;PP=2965;SC=TAAGAATGCTCGGACTGTCAC;SOR=1.015;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=343;TCF=194;TCR=149;TR=342;WE=32523351;WS=32523333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr5	32711000	.	ATG	A	69.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.64;QD=23.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	32716535	rs11750438	C	T	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.557;QD=18.01;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,142:0.76:188
chr5	32725072	rs1147224	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.023;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=44;PP=1091;ReadPosRankSum=0.600;SC=GAATCATGTCTTTTGCAGCAA;SOR=4.091;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=45;WE=32725080;WS=32725062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,46:0.82:56
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chr5	32738891	rs2292026	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
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chr5	33458833	rs3765146	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
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chr5	33561028	.	G	A	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.549;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=106.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=4.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
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chr5	33596193	rs10461925	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,11:0.14:77
chr5	33596224	rs10461703	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.107;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr5	33615904	rs10057235	G	A	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=9;PP=2965;SC=TAGCACACATGTCAGCAGTTT;SOR=4.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=120;TCR=9;TR=129;WE=33615912;WS=33615894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	33616311	rs4078398	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.287;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,12:0.16:75
chr5	33631142	rs7444287	C	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=0.943;SC=CTTTTCACCTCCTTGAGACAC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=8;WE=33631150;WS=33631132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr5	33637596	rs4076945	G	A	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=11;PP=1941;SC=TAAGCTTTGTGTGGATCACAG;SOR=3.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=75;TCR=11;TR=85;WE=33637604;WS=33637586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	33637891	rs4076946	C	A	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.66;SOR=1.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	33637899	rs4076947	G	A	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.49;SOR=2.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	33643395	rs10066043	A	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=5;PP=1114;SC=TCCCTTAGAGAGAGTTGCCCT;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=33643403;WS=33643386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	33643617	rs4866409	C	T	10886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=184;NR=203;PP=2965;SC=TCAAAACCTGCCACAAAGCAT;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=387;TCF=184;TCR=203;TR=387;WE=33643625;WS=33643607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr5	33648842	rs34079160	GTT	G	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=805;SC=TGGATGTTCAGTTATTTCCAA;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=19;WE=33648851;WS=33648839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	33648906	rs6870538	G	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=9;PP=1247;SC=CCTGCATATAGCCACCAAGAG;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=57;WE=33648914;WS=33648896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	33649220	rs4866353	A	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=38;PP=992;SC=TAGGCCCATCATGGGAGTTAT;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=39;WE=33649228;WS=33649210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	33649637	rs4242082	G	A	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=19;PP=1078;SC=AGGTGAGGGCGTCATGAGACA;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=33649645;WS=33649627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	33649807	rs4504387	C	A	6520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=110;PP=2965;SC=CCGAAGCTGGCAGGGAAGAAC;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=128;TCR=110;TR=237;WE=33649815;WS=33649797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr5	33649905	rs4621563	G	A	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=66;PP=2046;SC=AGACAGCCACGTTTGTACAGA;SOR=1.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=32;TCR=66;TR=98;WE=33649913;WS=33649895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	33951693	rs16891982	C	G	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=118;NR=71;PP=2965;SC=AGTTGATGCACAAGCCCCAAC;SOR=1.218;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=119;TCR=72;TR=189;WE=33951701;WS=33951683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr5	33954511	rs2287949	T	C	7499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=172;PP=2965;SC=ACAGGAAGGCTGTCCATCCAA;SOR=1.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=108;TCR=172;TR=280;WE=33954519;WS=33954501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr5	33963731	rs141348470	AAAC	A	1887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=5;PP=1578;SC=ACAATTAAAAAAACAACAACA;SOR=3.865;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=36;WE=33963741;WS=33963721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	33964210	rs183671	T	G	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=77;PP=2249;SC=GTGGGAAAACTCCCTGAAGAC;SOR=2.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=19;TCR=77;TR=96;WE=33964218;WS=33964200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	33964241	rs6451048	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=48;PP=1374;SC=ACCTGGATATAATTGGAAAAG;SOR=5.630;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=50;WE=33964249;WS=33964231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	33969170	.	C	CTGTGTGTG,CTCTGTGTGTG,CTGTG	297.76	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.16;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=0,0;NR=20,20;PP=206,78;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=20,20;WE=33969178;WS=33969160;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.90:10
chr5	33988535	rs15612	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.471;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr5	33989518	rs2278008	C	T	16274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=269;NR=310;PP=2965;SC=TTCGTCTTCTCTGCAAATACA;SOR=0.896;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=580;TCF=269;TCR=311;TR=579;WE=33989526;WS=33989508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr5	33994116	rs10472909	A	T	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=3.191;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=999;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TTTTCAGATTATTTTTGTCCT;SOR=0.255;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=62;WE=33994124;WS=33994103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,66:0.87:76
chr5	33994316	rs11742345	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=1.971;SC=ACAGAGTCTCGCTCTGTCACC;SOR=1.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=15;WE=33994324;WS=33994306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr5	33998768	rs34677	C	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=4.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.026;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,42:0.15:282
chr5	33998883	rs2287939	A	G	13740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=228;NR=266;PP=2965;SC=CCACAGACTCAATTTCTGAGT;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=494;TCF=228;TCR=266;TR=494;WE=33998891;WS=33998873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr5	34004707	rs10941112	C	T	5796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.341;SC=CTGACCCTTGCCAGTGCGTGT;SOR=0.432;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=289;TCF=155;TCR=134;TR=234;WE=34004715;WS=34004697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,245:0.81:301
chr5	34008100	rs3195676	C	T	14315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.741;NF=256;NR=344;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.017;SC=GACAGCTCCACGACCGAGATG;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=717;TCF=303;TCR=414;TR=600;WE=34008118;WS=34008090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,606:0.83:726
chr5	34008206	rs3217251	CCGGCGCCACGCCCCCAGCCG	C	3462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=3.151;NF=1;NR=50;PP=2963;ReadPosRankSum=0.959;SC=CTCCCAATCCCCGGCGCCACG;SOR=1.414;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=92;TCF=5;TCR=87;TR=51;WE=34008233;WS=34008196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,90:0.83:109
chr5	34043003	.	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.525;ClippingRankSum=0.000;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,40:0.15:268
chr5	34687911	rs2279604	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,28:0.15:189
chr5	34688210	rs142375133	CGACAAA	C	2112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.199;QD=4.60;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,79:0.17:459
chr5	34716120	rs1867714	G	A	5475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=1.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	34716124	rs1867715	A	G	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	34716270	rs1867716	A	C	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=120;PP=2965;SC=TATTATAAAAAATGCACAGAT;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=115;TCR=120;TR=235;WE=34716278;WS=34716260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr5	34795981	rs6897719	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,47:0.17:272
chr5	34803675	rs66603667	AC	A	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=0.951;QD=19.23;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr5	34807928	rs6895634	C	T	10544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=257;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.481;SC=CCGAAAGTGTCGACAGCTCTG;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=519;TCF=311;TCR=208;TR=427;WE=34807936;WS=34807918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,444:0.82:539
chr5	34808652	rs111951383	G	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.554;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,81:0.23:351
chr5	34808797	rs113312119	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,48:0.23:205
chr5	34810971	rs111531050	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,9:0.13:67
chr5	34811131	rs35607113	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,65:0.15:435
chr5	34811137	rs2271522	T	G	8687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=1.042;SC=TACCGCTGCTTCTTGCTGTAC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=413;TCF=196;TCR=217;TR=354;WE=34811154;WS=34811121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,364:0.85:427
chr5	34811794	rs114935797	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
chr5	34814900	rs17522675	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.096;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr5	34818976	rs3884194	GT	G,GTT	3714.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.6112;FS=6.035;HP=12;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.341;NF=24;NR=85;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.509;SC=GGAAGCATCTGTTTTTTTTTT;SOR=0.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=30;TCR=105;TR=109;WE=34818985;WS=34818966;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.86,0.12:180
chr5	34821825	rs10461947	C	T	8920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.371;SC=AAATGGCTTTCTCTTTCCCAA;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=465;TCF=290;TCR=175;TR=365;WE=34821839;WS=34821815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,376:0.79:478
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chr5	34824089	rs115146575	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=882;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:753,125:0.14:878
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chr5	35032769	rs237252	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=4;PP=897;ReadPosRankSum=-1.209;SC=CTCAGGGATGGGTCTGCCTTT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=43;WE=35032777;WS=35032759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,45:0.87:52
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chr5	35037006	rs171081	T	C	6386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=79;PP=2965;SC=ACCTTTTTTTTTCCCCCATAA;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=133;TCR=80;TR=212;WE=35037022;WS=35036996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	35039437	rs2279651	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.574;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,52:0.20:255
chr5	35039486	rs37370	C	T	6787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=114;PP=2965;SC=CAGGTATCTGCTTCCTTCAGC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=125;TCR=114;TR=238;WE=35039494;WS=35039476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr5	35072712	rs72478580	T	G	18626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1003;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=406;NR=375;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TTTAATCGAATTTCATACAGG;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=977;TCF=512;TCR=465;TR=781;WE=35072720;WS=35072702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,801:0.80:996
chr5	35641582	rs6897513	A	C	7435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.307;SC=GCCAACACTTAACCTTCTGGG;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=354;TCF=183;TCR=171;TR=294;WE=35641590;WS=35641572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,310:0.84:370
chr5	35643615	rs10941252	G	A	6868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.143;SC=AGAGACTGGGGCCACTTATCA;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=174;TCR=139;TR=273;WE=35643623;WS=35643605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,286:0.88:326
chr5	35644621	rs7706444	T	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=48;PP=1166;SC=GTTTTGATATTGAAAAGGTTC;SOR=1.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=69;WE=35644629;WS=35644611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	35654711	rs2270558	C	T	9981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=262;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.374;SC=ACTCAGATGACGAGTACATTA;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=509;TCF=318;TCR=191;TR=413;WE=35654719;WS=35654701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,424:0.82:520
chr5	35659355	rs9292598	T	C	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=76;PP=2025;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TACTTTTGTTTCTTTCTACCA;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=30;TCR=88;TR=102;WE=35659363;WS=35659345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,109:0.87:125
chr5	35667089	rs12519864	A	G	463.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.6306;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=380;ReadPosRankSum=-0.998;SC=CATTCTACTGAAAGACTTTTT;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=17;WE=35667097;WS=35667079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr5	35670303	rs34708521	G	A	7250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=0.186;SC=GGACTTGCTAGATACCAATGA;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=372;TCF=166;TCR=206;TR=312;WE=35670311;WS=35670293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,315:0.83:378
chr5	35676002	rs78714600	C	G	10107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=1.179;SC=TGATAGGGGTCTGGGACTTGT;SOR=0.580;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=526;TCF=278;TCR=248;TR=423;WE=35676010;WS=35675992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,433:0.81:537
chr5	35700598	rs6451206	T	C	12038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=262;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TTCAATTTAGTGAGATACCTG;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=412;TCF=265;TCR=147;TR=409;WE=35700606;WS=35700588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,432:1.00:433
chr5	35702209	rs35297265	G	A	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=1;PP=755;SC=TAAGCCAAGGGAGGACAAATC;SOR=4.921;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=30;WE=35702220;WS=35702199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	35702212	rs11357084	GA	G	1702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=2;PP=1261;SC=GCCAAGGGAGGACAAATCTTC;SOR=4.021;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=35702220;WS=35702199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	35702306	rs6874120	A	G	5477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=65;PP=2965;SC=GTTGGGTGCAACATGCAGTTC;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=118;TCR=65;TR=183;WE=35702314;WS=35702296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	35704584	rs7448971	C	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=2;PP=873;SC=GCATCTTTCACCAGTATATTT;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=37;WE=35704592;WS=35704574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	35704892	rs10058349	G	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=512;SC=GGTAAAAGAAGACTAAGTAGT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=35704900;WS=35704882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	35709095	rs13170082	C	T	9670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=197;NR=147;PP=2965;SC=AAAGCAGCAGCTTCCCTGGCT;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=197;TCR=147;TR=344;WE=35709103;WS=35709085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr5	35709184	rs13170390	G	C	9207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=142;NR=174;PP=2965;SC=AAGCCATGTGGCTTCAAAAAC;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=142;TCR=175;TR=316;WE=35709192;WS=35709166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr5	35712780	rs10078803	A	G	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=5;PP=1935;SC=TCAAAGTAAAAACCTGAGCCA;SOR=4.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=67;TCR=5;TR=72;WE=35712788;WS=35712770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	35713007	rs10073537	T	G	7894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=167;PP=2965;SC=GATAAAAATATATATAATTAC;SOR=1.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=92;TCR=167;TR=259;WE=35713015;WS=35712997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr5	35739960	rs10043875	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=265;SC=TTCTTTTGACACTATTATTCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=35739968;WS=35739950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	35753715	rs11957963	T	C	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=5;PP=1280;SC=ATGCCTGTTTTTTCTGTTCAG;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=56;WE=35753723;WS=35753705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	35763877	rs11298650	AG	A	3857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=67;PP=2957;SC=ATATGCTATAAGTGGAAAATT;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=2;TCR=72;TR=69;WE=35763885;WS=35763867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	35763895	rs6876874	T	C	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=56;PP=1301;SC=ATTGACACAATGCTCTCAAGC;SOR=4.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=64;WE=35763903;WS=35763885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	35763916	rs6895801	A	G	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=35;PP=897;SC=ACTGTAGAAAATTGTACCTTC;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=35763924;WS=35763906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	35764587	rs4869466	G	A	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=133;NR=44;PP=2965;SC=CACACCATGGGGAAGATACAC;SOR=2.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=133;TCR=44;TR=177;WE=35764595;WS=35764577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr5	35764603	rs4869467	A	G	7137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=73;PP=2965;SC=TACACACAGAATTTAACTCAG;SOR=1.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=166;TCR=73;TR=239;WE=35764611;WS=35764593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	35764696	rs4242258	C	T	15605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=290;NR=252;PP=2965;SC=AAGCCTTCTTCGAGTTTCCAT;SOR=0.807;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=542;TCF=290;TCR=252;TR=542;WE=35764704;WS=35764686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr5	35789164	rs1494576	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=1.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,76:0.17:442
chr5	35789972	.	A	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,92:0.15:595
chr5	35792356	rs7730148	A	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=636;SC=AGAGAGTTTTAAAATACTCAT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=35792364;WS=35792346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	35795738	rs716971	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=602;SC=TCAGTCTCTGTGGCTTTTAGA;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=35795746;WS=35795728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	35799994	rs3822735	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,26:0.21:123
chr5	35807070	rs36093359	T	C	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=84;PP=2424;ReadPosRankSum=-2.572;SC=TTAAATTATTTTGAAAAAAGT;SOR=0.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=35;TCR=107;TR=112;WE=35807078;WS=35807060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,110:0.78:141
chr5	35807455	rs7736291	T	G	5166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.316;SC=AAAGAAGCTGTACTCTGCCAG;SOR=0.506;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=247;TCF=93;TCR=154;TR=197;WE=35807463;WS=35807445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,207:0.79:261
chr5	35857177	rs1353252	G	C	7694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=1.624;SC=TCATTTCTAAGTTTTCTTATG;SOR=0.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=383;TCF=167;TCR=216;TR=312;WE=35857185;WS=35857167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,314:0.81:388
chr5	35857207	rs1353251	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=3.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.598;QD=1.25;ReadPosRankSum=-2.019;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,47:0.15:305
chr5	35857235	rs1494561	C	G	4893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.612;NF=59;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.611;SC=AGTTCCCTAACAGACCTGAGT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=70;TCR=149;TR=186;WE=35857243;WS=35857225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,188:0.85:222
chr5	35857262	rs1353250	A	G	3285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.635;NF=32;NR=94;PP=2459;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CTGGGTTTGAATGCAGTTTGA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=38;TCR=111;TR=126;WE=35857270;WS=35857252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,125:0.84:149
chr5	35857308	rs5867289	T	TC	1844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.740;NF=1;NR=45;PP=1749;ReadPosRankSum=-2.092;SC=TTTTTAATGTTTAACCACCAT;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=46;WE=35857316;WS=35857298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,52:0.80:65
chr5	35861068	rs1494558	T	C	9641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=213;PP=2962;ReadPosRankSum=1.265;SC=GATGTCAACATCACCAATCTG;SOR=0.603;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=520;TCF=243;TCR=277;TR=403;WE=35861076;WS=35861058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,414:0.78:531
chr5	35871190	rs1494555	G	A	6121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=1.516;SC=CCTGAGTGTCGTCTATCGGGA;SOR=0.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=332;TCF=168;TCR=164;TR=259;WE=35871198;WS=35871180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,267:0.78:341
chr5	35875593	rs987106	A	T	8560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CACTTCATCTATCAATGTTCT;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=435;TCF=266;TCR=169;TR=347;WE=35875601;WS=35875583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,363:0.80:454
chr5	35876274	rs3194051	A	G	4728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.585;SC=GGATGTAGTCATCACTCCAGA;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=251;TCF=131;TCR=120;TR=192;WE=35876282;WS=35876264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,208:0.77:269
chr5	35910419	rs1445899	C	T	13728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=282;NR=215;PP=2965;SC=CAACCCAAACCACGTGAAAGC;SOR=0.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=497;TCF=282;TCR=215;TR=497;WE=35910427;WS=35910409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr5	35910529	rs1445898	C	T	8353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=181;PP=2965;SC=ATCAAACCTCCGGAAAAGTTC;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=111;TCR=181;TR=292;WE=35910537;WS=35910519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr5	35921069	rs6859892	T	C	17653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=322;NR=300;PP=2965;SC=TCCCTGCCACTTGTAGCTGGG;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=623;TCF=322;TCR=301;TR=622;WE=35921077;WS=35921059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,644:1.00:644
chr5	35954588	rs700164	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,39:0.14:288
chr5	35955682	rs768622	C	G	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=15;PP=1909;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AATACATACACAGTATCCCTT;SOR=0.947;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=88;TCR=18;TR=92;WE=35955690;WS=35955672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,96:0.88:109
chr5	35956026	rs768621	T	C	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=63;PP=1677;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GAATACCAGGTAAAGCAGAAA;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=92;WE=35956034;WS=35956016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,99:0.78:127
chr5	35962984	rs1070895	A	G	12729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=253;PP=2965;ReadPosRankSum=0.767;SC=GGTCAAAGCCATCTCAGTGGT;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=461;TCF=208;TCR=253;TR=460;WE=35962992;WS=35962974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,486:1.00:487
chr5	36037778	rs2247611	G	A	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=5;PP=1508;SC=CCCATGTCCTGGAAAATACAG;SOR=4.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=59;TCR=5;TR=64;WE=36037786;WS=36037768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	36051834	rs72303780	ATCCG	A	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.225;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,11:0.17:65
chr5	36111167	rs43189	A	T	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=356;SC=AGATTAAAAAATATTCACAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=36111175;WS=36111157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	36124514	rs13177876	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=384;SC=GTTCTTAAGAACACAAGTAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=36124522;WS=36124504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	36136675	rs267758	C	T	8649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=231;PP=2965;SC=AGATAAAATGCGACTGCATAA;SOR=3.258;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=48;TCR=231;TR=279;WE=36136683;WS=36136665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr5	36137620	rs267759	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=605;SC=CCAGAAATATATGAATCTCAA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=36137628;WS=36137610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	36141386	rs13156321	T	A	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=88;PP=2505;SC=GTGGCCAAGTTAATTTACATT;SOR=4.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=7;TCR=88;TR=95;WE=36141394;WS=36141376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	36142589	rs267764	T	A	6565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=160;NR=101;PP=2965;SC=ATATTTTTTTTAAAAAAGGAA;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=161;TCR=101;TR=261;WE=36142597;WS=36142571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr5	36142648	rs12658867	A	G	12228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=211;PP=2965;ReadPosRankSum=1.400;SC=TAATGTTGCTATTCTCAGGAG;SOR=0.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=449;TCF=238;TCR=211;TR=447;WE=36142656;WS=36142638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,463:1.00:464
chr5	36143392	rs267766	C	T	7948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=170;PP=2965;SC=ATCGATGAAGCAGAAATAATG;SOR=1.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=119;TCR=170;TR=289;WE=36143400;WS=36143382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr5	36168582	rs7736391	T	C	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=126;PP=2965;SC=CAAAGGCAGTTGATTTTATGT;SOR=1.438;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=74;TCR=126;TR=200;WE=36168590;WS=36168572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	36176874	rs40030	G	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=6;PP=819;SC=TTTCTTTTTCGGATGATTCTC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=36176882;WS=36176864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	36195448	rs11952882	A	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,69:0.21:329
chr5	36201336	rs7705396	C	T	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=50;PP=1448;SC=GAATAACCTACTTAAAATATA;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=58;WE=36201344;WS=36201326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	36207424	rs2303163	G	T	8930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=241;PP=2965;SC=GTAAATAAGAGAGTCTTCTTC;SOR=2.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=68;TCR=242;TR=308;WE=36207432;WS=36207414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr5	36217764	rs111441491	G	GTTAATCA	7726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=15;PP=2957;SC=CTAAAAACAAGTAAATTATTA;SOR=2.895;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=79;TCR=18;TR=87;WE=36217772;WS=36217754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	36217997	rs3761973	T	A	6769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=1.859;SC=CTTAGAAAAATGAAGAAAAGG;SOR=0.851;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=330;TCF=121;TCR=209;TR=263;WE=36218009;WS=36217987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,267:0.79:338
chr5	36241922	rs62356073	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,59:0.20:295
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chr5	36241988	rs34888491	G	C	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=71;PP=1647;SC=CGCGCCGCCCGGGCCTCTAAC;SOR=3.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=11;TCR=71;TR=82;WE=36241996;WS=36241978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	36253937	rs4869473	G	A	13848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=291;PP=2965;SC=CAGTTGACACGGAGGAATTTA;SOR=1.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=475;TCF=183;TCR=292;TR=473;WE=36253945;WS=36253926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr5	36260976	rs6881086	T	A	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=40;PP=1293;SC=TCTAAGAAAATGAAATAAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=36260984;WS=36260966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	36262256	rs2362977	G	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CTATGTTTAAGTACTGCCTTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=36262264;WS=36262246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	36268218	rs6869599	A	G	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=44;PP=2965;SC=TGATCGCTAAAAAAGAAAAGT;SOR=2.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=141;TCR=45;TR=185;WE=36268226;WS=36268208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	36269551	rs1035480	G	C	11175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=200;PP=2965;SC=TACACGCTTTGTTGGAAAACC;SOR=0.851;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=382;TCF=182;TCR=200;TR=382;WE=36269559;WS=36269541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr5	36271491	rs5867310	CT	C	473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=205;SC=TATTTGAAGACTTTTTTTTTT;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=36271499;WS=36271481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	36301362	rs10941287	T	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr5	36301369	rs884692	T	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr5	36301420	rs884694	G	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,38:0.16:242
chr5	36613053	rs7728680	A	G	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=71;PP=2190;SC=CTGAAAGCCCACTGGTGAGAC;SOR=3.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=9;TCR=71;TR=80;WE=36613061;WS=36613043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	36680125	rs2303716	A	G	617.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=521;ReadPosRankSum=-1.328;SC=GGGATTCAGGAAATGCCTGGC;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=25;WE=36680133;WS=36680115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr5	36680713	rs3733811	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=2.016;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,53:0.17:308
chr5	36683888	rs11748249	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.783;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,34:0.26:130
chr5	36683903	rs56039629	C	T	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.822;NF=91;NR=24;PP=1993;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TATTTTGCAGCGTATATGCTC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=118;TCR=32;TR=115;WE=36683911;WS=36683893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,122:0.75:162
chr5	36686404	rs2229894	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.609;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,23:0.17:139
chr5	37007629	rs159753	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=451;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TGATTAAGTCTAGTATAACCT;SOR=2.004;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=20;WE=37007637;WS=37007619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr5	37010404	rs35011787	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=468;ReadPosRankSum=-1.021;SC=TTCTTATAAAACTGAAGTTCT;SOR=0.914;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=23;WE=37010412;WS=37010394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr5	37019354	rs300060	G	A	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=956;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TTACAATTAGGTGATTTATTA;SOR=0.284;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=54;WE=37019362;WS=37019344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,52:0.83:63
chr5	37036492	rs61748200	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr5	37061261	rs188541	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=80;ReadPosRankSum=0.566;SC=TCTCTATCTTATTTTAATGAG;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=37061269;WS=37061251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr5	37125560	rs3832339	CAGATA	C	989.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.799;NF=0;NR=20;PP=967;ReadPosRankSum=-2.317;SC=ATTTGTTAAGCAGATAAGATA;SOR=0.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=20;WE=37125572;WS=37125550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr5	37242941	.	TAAA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr5	37247700	rs6876576	G	A	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=84;PP=2965;SC=CTGGTATTGCGTGAATAAAGA;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=117;TCR=84;TR=201;WE=37247708;WS=37247690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	37294473	rs1045908	T	C	3676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=59;PP=2541;ReadPosRankSum=0.069;SC=GTAGTCTAGGTAATGGTACTC;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=112;TCR=72;TR=152;WE=37294481;WS=37294463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,155:0.82:188
chr5	37309371	rs3835198	TAGA	T	4114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.433;NF=6;NR=53;PP=2487;ReadPosRankSum=1.193;SC=CTCATTTGCCTAGAAGAGGAG;SOR=0.284;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=8;TCR=78;TR=59;WE=37309381;WS=37309361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,104:0.83:126
chr5	37318295	rs217797	G	T	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-5.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=35;PP=778;ReadPosRankSum=0.416;SC=AAATAATTCAGAAGGTTGGGC;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=38;WE=37318303;WS=37318285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr5	37331985	rs13170025	G	T	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.534;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=49;PP=1151;ReadPosRankSum=0.259;SC=TAAAATAAATGAAACAAACAA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=69;WE=37331993;WS=37331975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,75:0.77:98
chr5	37341352	rs13172306	T	C	7313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CACCTGAAGATGGGGTAAAAT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=149;TCR=256;TR=324;WE=37341360;WS=37341342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,329:0.80:413
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chr5	37605048	rs1400853	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr5	37688094	rs6451337	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=2.411;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,34:0.12:284
chr5	37724932	rs3214462	CATT	C	1470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5177;FS=2.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.791;NF=18;NR=10;PP=1282;ReadPosRankSum=0.777;SC=TCAAGACTGTCATTATGACTT;SOR=1.591;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=28;WE=37724942;WS=37724922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,38:0.88:43
chr5	37724990	rs7444391	G	A	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=41;PP=2103;SC=TTTTGGATGGGAAGGTTATTG;SOR=1.316;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=118;WE=37724998;WS=37724980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	37752415	rs1549252	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=206;SC=TTTCCTGAACATAATTAAATT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=37752423;WS=37752408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	37752460	rs1549251	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=458;SC=AGTTTAATGATTTATATTTAA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=37752468;WS=37752450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	37752497	rs2973079	A	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=10;PP=998;SC=TATTCCCCACATTTGCTCCCA;SOR=2.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=48;WE=37752505;WS=37752487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	38406251	rs113400125	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-2.096;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,49:0.17:295
chr5	38408093	rs60540056	C	G	4848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GGAGAGGAAGCGGGGCAGCAG;SOR=0.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=94;TCR=167;TR=213;WE=38408101;WS=38408074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,212:0.80:264
chr5	38425008	rs3812046	G	A	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.268;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=20;PP=1877;ReadPosRankSum=1.035;SC=TGGGGTCAGCGCCACTGTGTT;SOR=0.152;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=118;TCF=97;TCR=21;TR=99;WE=38425016;WS=38424998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,104:0.87:120
chr5	38435130	rs2956598	T	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=2;PP=1003;SC=GATGGGTCTCTAGGCTCTGTC;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=45;WE=38435138;WS=38435120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	38438264	rs2561828	A	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=0;PP=939;SC=ACTTAAAAAAATTTTTTTTCA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=35;WE=38438272;WS=38438254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	38486065	rs3110234	C	T	4896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=125;PP=2965;SC=ATATTCTTAACTTTTATGTCA;SOR=2.937;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=156;TCF=30;TCR=126;TR=155;WE=38486073;WS=38486055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	38490271	rs3110971	A	G	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=35;PP=2011;SC=GCTCTTATAAATAAGTACCCA;SOR=1.322;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=101;WE=38490279;WS=38490261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	38528951	rs34759137	GAC	G	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=590;ReadPosRankSum=0.104;SC=CCCTGGAGGAGACACACACAC;SOR=0.326;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=4;TCR=73;TR=21;WE=38528962;WS=38528941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr5	38820752	rs143325273	TAAAGA	T	6560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=79;PP=2946;SC=GACAAATGGTTAAAGAAAAGT;SOR=1.242;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=100;TCF=13;TCR=87;TR=92;WE=38820764;WS=38820742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	38820807	rs62354662	T	C	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=53;PP=1581;SC=TATACATATGTATATATGAAT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=62;WE=38820815;WS=38820797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	38822029	rs111307794	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	38822040	rs413278	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.54;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	38823254	rs369886	C	T	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=34;PP=1907;SC=TAAGTGTGTACATGTATACAT;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=38823262;WS=38823244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	38823306	rs62354666	A	G	7241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=44;PP=2945;SC=TACATGGTACATGTGTATACG;SOR=1.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=109;TCR=44;TR=152;WE=38823314;WS=38823296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	38823344	rs12651771	AC	GT	9646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=63;PP=2947;SC=GTGTGTATACACGTGCATACA;SOR=1.875;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=208;TCF=145;TCR=63;TR=199;WE=38823353;WS=38823334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	38823361	.	G	A	4537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.099;NF=122;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TACATACCTGGGTACGTGTGT;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=164;TCR=88;TR=188;WE=38823369;WS=38823351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,188:0.77:244
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chr5	38881603	rs2278324	G	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.811;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=-0.409;SC=CTGCAATGGGGTCTTAGGTTT;SOR=0.162;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=7;WE=38881611;WS=38881593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
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chr5	38950776	rs2115949	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=1.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,78:0.19:409
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chr5	38953447	rs2115947	T	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=1.263;SC=AATCCAGTCTTAAATATTAAT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=5;WE=38953455;WS=38953437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr5	38953665	rs33912683	G	GA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.493;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
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chr5	38959794	rs2115946	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr5	38962543	rs7729745	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,11:0.16:70
chr5	38966903	.	AT	A	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.543;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.263;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr5	38967377	rs41271107	C	T	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=44;PP=1886;ReadPosRankSum=-1.132;SC=TCATAGATTACACAGTCTAAC;SOR=0.423;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=118;WE=38967385;WS=38967367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,123:0.81:151
chr5	38997045	rs2548796	C	T	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=51;PP=1209;ReadPosRankSum=-0.419;SC=TTTTGTATCACAATACTGATA;SOR=1.038;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=65;WE=38997053;WS=38997035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,67:0.88:76
chr5	39021369	rs13177690	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=655;SC=CCCCAAATCTGTTAATTTAAA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=39021377;WS=39021359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	39074296	rs2303808	G	C	25059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=547;NR=531;PP=2962;ReadPosRankSum=0.915;SC=AATTAGGATTGGCTCGCAGGC;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1294;TCF=652;TCR=642;TR=1078;WE=39074304;WS=39074286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,1101:0.84:1318
chr5	39107353	rs404122	T	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=251;SC=GTCTTCTGAGTTAACAATTAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=39107361;WS=39107343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	39108309	rs377022	A	G	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=38;PP=1500;SC=ACTGTTCTCTAGGGTGGTACT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=39108330;WS=39108299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	39108322	rs430630	A	G	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=42;PP=1338;SC=GTGGTACTACATAAGACTTAC;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=39108330;WS=39108299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	39119723	rs379707	C	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,22:0.15:147
chr5	39124508	rs2303807	C	T	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=62;PP=1552;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TGTTGACCATCATTTCTTTCT;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=105;WE=39124516;WS=39124498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,116:0.84:138
chr5	39124593	rs2303806	A	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=382;ReadPosRankSum=0.219;SC=TGAACCCCAAATGTTTGCCAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=18;WE=39124601;WS=39124583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr5	39134295	rs4957318	C	T	7073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.973;SC=TTCTACAATACGTACTTGCAC;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=354;TCF=201;TCR=153;TR=285;WE=39134303;WS=39134278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,301:0.80:375
chr5	39134417	rs78841904	G	A	4081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=109;PP=2748;ReadPosRankSum=2.725;SC=AAGAATCATAGTCAATCTCTA;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=59;TCR=131;TR=156;WE=39134425;WS=39134407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,166:0.81:206
chr5	39342308	rs476569	C	T	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=58;PP=1530;ReadPosRankSum=-0.306;SC=ACTAAGATAACAGAACATCCC;SOR=0.826;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=94;WE=39342316;WS=39342298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,103:0.83:124
chr5	39375082	rs2686162	C	T	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=74;PP=2790;SC=TCACAAAAACCCCTGAGACAG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=157;WE=39375090;WS=39375072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	39377418	rs2738238	G	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=52;PP=1359;SC=CTTATCAGGAGTCAAGCTTGA;SOR=2.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=66;WE=39377426;WS=39377408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	39390061	rs2855512	C	A	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=49;PP=1680;SC=CACTGTTATCCGTATTTTAAT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=89;WE=39390069;WS=39390051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	39394493	rs1050903	G	C	773.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=550;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CGATGGAGAAGTCTCAAATAA;SOR=0.741;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=25;WE=39394501;WS=39394483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr5	40691893	rs111866313	G	A	12096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=304;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=0.610;SC=GCGAGTATTCGTCAACCAGTT;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=628;TCF=386;TCR=242;TR=492;WE=40691901;WS=40691883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,511:0.79:647
chr5	40716153	rs10737963	C	A	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=2;PP=1169;SC=TACAACCAGGCGTTCTCCTAT;SOR=5.464;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=45;WE=40716161;WS=40716143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	40772071	rs837103	C	G	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=82;PP=2423;SC=AAAATCTTCCCAATGAACTTC;SOR=3.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=13;TCR=82;TR=94;WE=40772079;WS=40772061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	40834864	rs3816959	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,20:0.14:142
chr5	40852451	rs188934	C	G	14467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=297;NR=228;PP=2965;SC=GAGATGTGACCGCTAGGGATT;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=526;TCF=297;TCR=229;TR=525;WE=40852459;WS=40852441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr5	40853048	rs16870407	C	T	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:566,126:0.18:692
chr5	40854682	rs1697938	T	C	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=614;SC=TATACATGACTGAATTGGATA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=40854690;WS=40854672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	40928574	rs2443040	A	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=0;PP=795;SC=ATTGAGAAATAATAACATCAC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=40928582;WS=40928564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	40928792	rs2459467	T	A	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=52;PP=1481;SC=AATGTTTTAGTAATTCTTTAG;SOR=2.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=40928800;WS=40928782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	40931357	rs2271709	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=476;ReadPosRankSum=0.553;SC=TTTGAAAACTATGTTTGTAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=22;WE=40931365;WS=40931347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr5	40936669	rs16870528	C	T	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=55;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.983;SC=GGTAAGTCTACGAACAAGTCT;SOR=0.113;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=68;WE=40936677;WS=40936659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,70:0.86:81
chr5	40950157	rs149156108	C	CT	987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.143;HP=12;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.886;NF=3;NR=33;PP=564;ReadPosRankSum=-0.235;SC=AGCTTAACTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.257;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=36;WE=40950165;WS=40950147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr5	40954879	rs7726498	A	G	131.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr5	40964852	rs13157656	A	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=8.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,52:0.16:327
chr5	40972017	rs11747673	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=1.442;SC=CCTATGAATAATCACTGCTCT;SOR=0.657;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=8;WE=40972025;WS=40972007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr5	40972111	rs10805655	C	T	9934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;NR=121;PP=2965;SC=TAATTTCAGACGGCAAAATAT;SOR=1.456;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=350;TCF=229;TCR=121;TR=349;WE=40972119;WS=40972101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr5	40981375	rs3749519	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.298;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr5	40981380	rs7731615	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.463;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr5	40981689	rs1061429	C	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=2.107;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,40:0.25:161
chr5	40998196	rs704040	T	C	4934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=1.421;SC=TCAGGAGGGTTTGCAAAGCAG;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=104;TCR=117;TR=185;WE=40998204;WS=40998186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,201:0.84:239
chr5	40998235	rs722575	C	T	3735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=83;PP=2225;ReadPosRankSum=-0.678;SC=CACTAATACACGGATCTTGAC;SOR=0.875;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=76;TCR=99;TR=143;WE=40998243;WS=40998225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,160:0.81:197
chr5	40998814	rs2876850	T	A	4365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.018;SC=ACTGATTTCATTATAGAGGAA;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=57;TCR=164;TR=175;WE=40998822;WS=40998804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,180:0.78:230
chr5	40998851	rs2329435	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=7.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,23:0.20:113
chr5	40999900	rs1376175	T	A	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=52;PP=1263;ReadPosRankSum=0.885;SC=GATGTGAATTTCAAAGAGGGC;SOR=0.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=86;WE=40999908;WS=40999890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,91:0.83:109
chr5	41000243	rs1376177	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-4.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=486;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GAAATTCCTTGCTACATTGTT;SOR=0.836;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=25;WE=41000251;WS=41000233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
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chr5	41001023	rs2167229	G	A	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=850;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CACCCTTCCCGCTTCAGCAAA;SOR=0.551;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=43;WE=41001031;WS=41001013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr5	41004396	rs7712140	G	T	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	41004396	.	GTTTCTGTTCA	TTTTCTGTTCA,TTTTCTGTTCT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=59.94;NF=137,103;NR=54,39;PP=400,2944;QD=2.27628907093;SC=ACCTAAACCTGTTTCTGTTCA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=137;TCR=54;TR=191,142;WE=41004414;WS=41004386;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:191
chr5	41004406	rs7711722	A	T	4855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.58;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,191:0.77:248
chr5	41004807	rs2305314	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=469;ReadPosRankSum=-0.758;SC=AACAACTAGGCGTGGGTTATT;SOR=3.477;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=22;WE=41004815;WS=41004797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr5	41005791	rs10941529	T	C	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=90;PP=2121;ReadPosRankSum=-1.628;SC=TACTAAACAATGGAGGAAATC;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=80;TCR=117;TR=150;WE=41005799;WS=41005781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,157:0.76:206
chr5	41008780	rs2271704	A	G	8671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=131;PP=2965;SC=GGGACAAGTGAGCATCTTCTG;SOR=1.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=183;TCR=131;TR=314;WE=41008788;WS=41008770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr5	41009899	rs1878290	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=-1.230;SC=CAATTGTTAAATTGTTATTCA;SOR=0.138;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=7;WE=41009907;WS=41009889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr5	41012615	rs6876879	AA	GC	4482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=23;PP=2944;ReadPosRankSum=0.813;SC=ACAAACAGAGAAAGTGGCTGA;SOR=0.376;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=104;TCR=32;TR=93;WE=41012624;WS=41012605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,108:0.78:138
chr5	41018452	rs10054110	A	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=1.079;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:384,97:0.20:481
chr5	41019229	rs896118	A	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=533;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CTAACGTGTCACATTTTCTGA;SOR=1.262;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=29;WE=41019237;WS=41019219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr5	41032998	rs325831	A	G	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=116;PP=2965;SC=CAACCTCATCAGACCATTGGG;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=84;TCR=116;TR=200;WE=41033006;WS=41032988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	41033112	rs4957367	G	A	10916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=226;NR=135;PP=2965;SC=GAATACTCAGGGCCTTTCTTA;SOR=1.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=227;TCR=135;TR=361;WE=41033120;WS=41033102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr5	41033931	.	C	CTATT,CTATCTATT	6067.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=67.16;QD=110.32;SOR=7.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,13,39:0.24,0.71:55
chr5	41033992	rs67027762	G	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.95;MQRankSum=-0.598;QD=2.15;ReadPosRankSum=-1.840;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:567,138:0.20:705
chr5	41034181	rs325833	A	G	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=110;PP=2965;SC=TCCCCCAGGTAAGTCATGAGT;SOR=5.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=6;TCR=110;TR=116;WE=41034189;WS=41034171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	41039000	rs325849	A	G	7186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=0.342;SC=TCTGAAGACCAGGAAAGGGAG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=258;TCF=135;TCR=123;TR=256;WE=41039008;WS=41038990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr5	41039430	rs7700901	G	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=296;SC=GGACAGTTCTGACCTGGAATA;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=41039438;WS=41039420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	41042284	rs325854	G	T	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=84;PP=2644;SC=ATGCTAAGGTGGTTCCCAAGG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=142;WE=41042292;WS=41042274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	41045730	rs11297360	CT	C	2325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=22;PP=1285;SC=AGAGGGAACTCTTTTTTTTTT;SOR=2.226;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=72;WE=41045749;WS=41045720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	41045768	rs325860	G	A	5816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=152;NR=69;PP=2965;SC=CTTTGATTGTGATACAGACAA;SOR=1.535;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=153;TCR=69;TR=221;WE=41045776;WS=41045758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	41045835	rs6864243	C	G	12883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.02;NF=268;NR=186;PP=2965;SC=TTCCCCTCAGCTGAAAAACCA;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=455;TCF=269;TCR=186;TR=454;WE=41045843;WS=41045825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr5	41048533	rs13173930	C	T	9283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.926;SC=ACCAGCCCCACGTAACTCCCC;SOR=0.596;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=459;TCF=235;TCR=224;TR=391;WE=41048541;WS=41048523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,409:0.85:481
chr5	41049389	rs325863	T	C	10824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	41049397	rs325864	C	T	10655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	41050999	rs325866	C	T	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=32;PP=2493;SC=GGAGAACAAACTCATGTCTTT;SOR=1.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=91;TCR=32;TR=123;WE=41051007;WS=41050989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	41057562	rs618334	T	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=53;PP=1578;SC=AAAACAAGCTTCTCATCTTCC;SOR=3.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=62;WE=41057570;WS=41057552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	41061715	rs1023840	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=1.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,76:0.20:378
chr5	41061716	rs865093	A	G	11452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=241;NR=128;PP=2962;SC=ATTATATACCAGAACAGCATG;SOR=1.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=372;TCF=243;TCR=129;TR=369;WE=41061724;WS=41061705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr5	41061871	rs587412	T	C	6160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=0.199;SC=AATATAAGGATGGGGCAGACG;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=322;TCF=114;TCR=208;TR=262;WE=41061879;WS=41061861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,275:0.81:338
chr5	41069734	rs10512757	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=683;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AAAATATATACGAAATGTTGC;SOR=1.126;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=38;WE=41069742;WS=41069724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr5	41069852	rs13174484	T	C	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.877;NF=67;NR=65;PP=2121;ReadPosRankSum=0.820;SC=TCCCCAAACATCTCTAAAACG;SOR=0.750;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=132;WE=41069860;WS=41069842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,136:0.73:187
chr5	41069952	rs35526955	CCTCT	C	1094.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.131;NF=0;NR=29;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.259;SC=ATTCATTTATCCTCTCTCTCT;SOR=0.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=29;WE=41069963;WS=41069942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr5	41070840	rs1423391	C	T	9415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.02;MQRankSum=0.553;NF=219;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.534;SC=AATGACGCGCCACTCCCAGCC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=500;TCF=283;TCR=217;TR=381;WE=41070848;WS=41070830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,399:0.77:519
chr5	41149235	rs1014587	A	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=220;ReadPosRankSum=0.084;SC=TTTTACAATGAAAAGGAATTA;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=11;WE=41149243;WS=41149225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr5	41149284	rs1014588	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,23:0.18:126
chr5	41154150	rs4957374	A	C	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=92;PP=2953;SC=GAATAAACAAAAAATTTAGGC;SOR=1.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=42;TCR=92;TR=134;WE=41154158;WS=41154140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	41158671	rs10075985	T	C	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=4;PP=2692;SC=TTAAAGTCAATAGGAGATTAT;SOR=5.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=98;TCR=4;TR=101;WE=41158679;WS=41158661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	41158863	rs6866352	G	A	12670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=264;PP=2965;SC=TCATTTCTTCGTCATCATTGA;SOR=1.229;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=445;TCF=181;TCR=264;TR=445;WE=41158871;WS=41158853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr5	41158986	rs41271071	A	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=1220;ReadPosRankSum=0.124;SC=CATTGCATACATATATGTATT;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=58;WE=41158994;WS=41158976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,59:0.79:75
chr5	41199959	rs1801033	G	T	8428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=1.231;SC=TACCAGAGGCGCAGTGCATGG;SOR=0.239;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=153;TCR=139;TR=289;WE=41199967;WS=41199949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,306:1.00:307
chr5	41382647	rs76547469	A	T	7501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=0.311;SC=CTAGGAGAATAACAAGGCATA;SOR=0.467;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=394;TCF=173;TCR=221;TR=311;WE=41382655;WS=41382637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,325:0.79:413
chr5	41382691	rs545358	C	A	6710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=152;PP=2965;SC=GCCCTTCCCACCTTCTTTCCC;SOR=1.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=76;TCR=152;TR=228;WE=41382699;WS=41382681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	41475766	rs318039	C	T	12870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=0.725;SC=CAGGCGCCACCTGTGGCTGTC;SOR=0.403;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=455;TCF=220;TCR=235;TR=455;WE=41475788;WS=41475756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,470:1.00:471
chr5	42700044	rs6179	A	G	13281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=283;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.229;SC=TTCAGAAAGGATGGATGGTTC;SOR=0.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=466;TCF=181;TCR=285;TR=464;WE=42700052;WS=42700034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,484:1.00:485
chr5	42713472	rs33972388	TG	T	3194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=2344;ReadPosRankSum=2.314;SC=GAAAGGGAAATGTAAACTGTG;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=57;WE=42713480;WS=42713462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,88:0.81:109
chr5	42718335	rs76362844	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=531;SC=ATTTTCTTGTGTCTCTTCTCC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=42718343;WS=42718325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	42719239	rs6180	A	C	8927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.699;SC=CAAAAAGTGCATCCCTGTGGC;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=429;TCF=229;TCR=200;TR=349;WE=42719247;WS=42719229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,362:0.82:444
chr5	42769632	rs12055087	C	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=0.488;SC=TTAATAATTTCAACTGAGAGA;SOR=0.202;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=6;WE=42769640;WS=42769622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr5	42769647	rs12055266	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr5	42769844	rs1109882	G	T	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=35;PP=1058;SC=GTTTTTACATGGTTGATAATA;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=42769852;WS=42769834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	42779686	rs11427149	G	GA	2039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.436;NF=14;NR=34;PP=663;ReadPosRankSum=-1.462;SC=TTCAAATTAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=48;WE=42779694;WS=42779676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,82:0.93:88
chr5	42779736	rs1423656	T	G	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=6.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.784;QD=21.36;ReadPosRankSum=0.011;SOR=1.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,49:0.84:58
chr5	42779821	rs33987951	GT	G	90.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=98;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AGTTTTAAGAGTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=42779829;WS=42779811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr5	42799719	rs4041462	T	TTTA	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr5	42800808	rs7579	C	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,63:0.23:276
chr5	42804983	rs4143864	C	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,11:0.14:81
chr5	43039793	rs1054428	T	C	9858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.933;SC=GGGAAGCTGCTGGAGCCTGAG;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=494;TCF=281;TCR=213;TR=406;WE=43039801;WS=43039783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,416:0.83:504
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chr5	43120098	rs511340	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=6.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-2.636;SOR=1.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,32:0.20:162
chr5	43161317	rs55714804	T	C	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=17;PP=1521;ReadPosRankSum=-1.609;SC=GATCTTCTTATAGATTTTTTA;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=87;TCR=23;TR=79;WE=43161325;WS=43161307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,82:0.71:115
chr5	43161337	rs903391	A	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=2.192;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,41:0.26:158
chr5	43175821	.	T	TAA	52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;FR=1.0000;HP=15;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=16;MQ=58.31;NF=0;NR=3;PP=52;QD=18.3333333333;SC=TCTAGAATGTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=43175829;WS=43175811;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,3:0.33:9
chr5	43487874	rs3776423	T	G	578.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=392;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AATTACAATCTTAGGTATTTG;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=23;WE=43487882;WS=43487864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
chr5	43492265	rs6876588	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=539;SC=GCTTATTCTCTGTTAGTTAAA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=43492273;WS=43492255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	43492978	rs10039298	G	A	12230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=187;NR=249;PP=2965;SC=TATTGCTATCGTTTATCCCAG;SOR=1.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=437;TCF=187;TCR=250;TR=436;WE=43492986;WS=43492968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr5	43493592	rs7732089	T	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=6;PP=959;SC=AGTATGGATATAAACAATAAA;SOR=4.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=43493600;WS=43493582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	43493867	rs79463127	G	T	974.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5082;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=700;ReadPosRankSum=-1.616;SC=AAATCCTTAAGCCCCTAGAAG;SOR=0.636;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=35;WE=43493875;WS=43493857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,38:0.90:42
chr5	43503698	rs78152896	G	A	5530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.015;SC=TATAAGGCTCGTCCCATCTTC;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=265;TCF=149;TCR=116;TR=228;WE=43503706;WS=43503688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,241:0.85:282
chr5	43503914	rs77510433	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=557;ReadPosRankSum=-0.844;SC=ATATAATTGTCTTTAGAAGTC;SOR=1.675;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=27;WE=43503922;WS=43503904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
chr5	43509348	rs6872851	T	A	7880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-7.537;NF=159;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.816;SC=AAAAATTCAGTGCCACAGGGA;SOR=0.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=160;TCR=115;TR=274;WE=43509356;WS=43509338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr5	43509462	rs11415989	T	TC	3821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=71;PP=2967;SC=GGATAAGATATCTTCTAAGTC;SOR=2.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=1;TCR=74;TR=72;WE=43509470;WS=43509452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	43527673	rs4318791	C	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=29;PP=785;SC=CCTAGACTGACTTATAATAGA;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=43527681;WS=43527663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	43533992	rs11741521	A	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=28;PP=767;SC=GTCTGCACCTAATAATGCAAG;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=43534000;WS=43533982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	43543259	rs111863290	CATT	C	2886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.581;NF=8;NR=33;PP=1826;ReadPosRankSum=1.464;SC=ATAGGTACATCATTATTAATG;SOR=0.395;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=41;WE=43543269;WS=43543249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,72:0.87:83
chr5	43557014	rs116387322	G	A	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.626;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=48;PP=1173;ReadPosRankSum=1.451;SC=GACGCGGGGGGAAGGCGCCGC;SOR=0.344;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=78;WE=43557022;WS=43557004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,82:0.80:102
chr5	43609343	rs10057103	C	T	10259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=219;PP=2962;ReadPosRankSum=0.066;SC=CTCGTGTCCTCTACTTAGCAA;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=524;TCF=251;TCR=273;TR=420;WE=43609351;WS=43609333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,438:0.81:544
chr5	43644562	rs41271077	T	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=604;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TTAAAGCTCCTGTTGAAATAT;SOR=0.793;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=33;WE=43644570;WS=43644552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr5	43644971	rs41271079	G	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=569;ReadPosRankSum=1.448;SC=TCTGTTTATGGAAGAATTCTA;SOR=3.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=26;WE=43644979;WS=43644961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,30:0.88:34
chr5	43645759	rs7732357	C	A	210.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9984;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-0.690;SC=CTATCTATCTCTCTCTCTCTC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=43645767;WS=43645749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr5	43647964	rs16873435	T	C	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=15;PP=1432;ReadPosRankSum=0.360;SC=ACTTCACATGTCTTAGCTCAT;SOR=0.563;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=81;TCR=20;TR=71;WE=43647972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,86:0.73:118
chr5	43647996	rs35773822	C	CAA	5074.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=16;PP=2964;ReadPosRankSum=0.588;SC=AAGAATTCAGCAGTGGGTATA;SOR=0.695;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=75;TCR=27;TR=69;WE=43648004;WS=43647986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,124:0.78:159
chr5	43650735	rs79308508	T	C	4821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=1.014;SC=AATGGAGACATACAAAGCAAA;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=227;TCF=86;TCR=141;TR=189;WE=43650743;WS=43650725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,201:0.85:237
chr5	43656024	rs56193661	T	C	7975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=2.281;SC=GTTTGGCAGCTGTACTTACTT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=204;TCR=202;TR=333;WE=43656032;WS=43656014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,343:0.82:418
chr5	43656652	rs77528594	A	G	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=8;PP=1439;ReadPosRankSum=1.561;SC=CAGCATCCTCATAATCCTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=98;TCR=11;TR=84;WE=43656660;WS=43656642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,88:0.76:116
chr5	43659571	rs6451720	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=55;SC=GGTAGCTCACACCTGTAATCC;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=43659579;WS=43659561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	44305309	rs2290070	C	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.962;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,22:0.19:117
chr5	44310492	rs6881797	A	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,71:0.17:413
chr5	50040549	.	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.503;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr5	50045967	rs2442107	G	T	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	50052800	rs282551	T	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=202;SC=GCATAACGTCTTCCATGTTCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=50052808;WS=50052795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	50052888	rs282550	C	A	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=15;PP=1025;SC=TGTGTACCTCCGTTTCTTTAT;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=50052896;WS=50052878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	50053015	rs282549	G	A	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=39;PP=1216;SC=TCCTGGTTCCGTTTCCTGTGG;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=50053023;WS=50053005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	50057729	rs282547	G	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=14;PP=663;SC=ATTACGGAGGGCAGGTAAGGA;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=50057737;WS=50057719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	52084365	rs10067659	G	C	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=64;PP=1976;SC=ATCCACTTTCGGGCATTCCAG;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=120;WE=52084373;WS=52084355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	52084441	rs2897351	C	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=41;PP=1253;SC=AATTAGTTTTCGTGTCTCTCC;SOR=3.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=52084449;WS=52084431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	52096889	rs1499280	C	A	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=104;PP=2965;SC=CTGCGACTACCTGTTTCAACA;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=98;TCR=104;TR=202;WE=52096897;WS=52096879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	52097764	rs11886	T	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=29;PP=841;SC=GCTGCAAGAATGGCACTTTTT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=52097772;WS=52097754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	52157374	rs2447867	T	C	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=93;PP=2410;SC=CATTACCTTGTGTAAAGTTGG;SOR=1.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=165;WE=52157382;WS=52157364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	52161500	rs11427012	G	GC	2594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=22;PP=1885;SC=TTCCAAATTTGACAATTGACT;SOR=1.249;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=41;WE=52161508;WS=52161490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	52193287	rs1531545	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=833;ReadPosRankSum=1.235;SC=ATGTTATAGCCACAGCTGACC;SOR=0.821;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=50;WE=52193295;WS=52193277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr5	52193414	rs377107895	C	CA	7121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.15;NF=18;NR=84;PP=2972;SC=CTTCCCTTCCCAAACCAACAT;SOR=0.961;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=108;TCF=18;TCR=90;TR=102;WE=52193422;WS=52193404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	52204943	rs1478441	C	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=36;PP=923;SC=TAATAAATTCCAATTTTTCAC;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=52204951;WS=52204933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	52223350	rs923837	A	G	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1321;ReadPosRankSum=0.086;SC=GAAAATTCTGAAAGAACACGT;SOR=0.682;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=202;TCF=113;TCR=89;TR=91;WE=52223358;WS=52223340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,98:0.45:218
chr5	52223516	rs10038773	C	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=507;ReadPosRankSum=1.478;SC=ATACAAAATACATGTAGAAAT;SOR=0.393;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=33;WE=52223524;WS=52223506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr5	52235802	rs1904165	T	G	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=832;ReadPosRankSum=1.649;SC=TCTATGCACTTATTGAATAAT;SOR=1.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=36;WE=52235810;WS=52235792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr5	52235854	rs2447874	T	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=293;SC=TGCAAGGCACTGTGCTGCTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=52235862;WS=52235844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	52243059	rs3764924	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=0.389;SC=ATGTTTTCTCATTATATAGTA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=11;WE=52243067;WS=52243049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr5	52243361	rs3764923	A	C	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=804;ReadPosRankSum=1.443;SC=AAGCTCTGATATATTCAGACT;SOR=1.154;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=38;WE=52243369;WS=52243351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr5	52248291	rs1054085	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr5	52285117	rs28095	T	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=2;PP=780;SC=AGGGGCGGGCTGGGGCGGGCC;SOR=4.680;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=35;WE=52285125;WS=52285107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	52337908	rs3212441	C	T	3697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=32;PP=2343;SC=CTATACTTAACACTTTGTGTC;SOR=2.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=86;TCR=32;TR=118;WE=52337930;WS=52337898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	52338083	rs1363192	T	G	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=83;PP=2374;SC=AGGCATGTGATTTGTCTTAGA;SOR=2.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=32;TCR=83;TR=115;WE=52338091;WS=52338073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	52341064	rs1421937	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=466;SC=TGGCTATCCAATGTTGAATAT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=52341072;WS=52341054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	52344610	rs1421933	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=38;PP=1058;SC=GGTATGGCTAACAGAAATGCA;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=52344618;WS=52344600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	52347369	rs1126643	C	T	5834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=97;PP=2965;SC=CAAACACATTCGGAGCAATTC;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=197;WE=52347386;WS=52347359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	52351413	rs1062535	G	A	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=56;PP=2889;SC=GAAGTGCTACGAAAGTAATGG;SOR=1.192;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=98;TCR=56;TR=154;WE=52351421;WS=52351403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	52351746	rs3212522	G	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=202;SC=TTCAAAATAGGCTAGAATGTA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=52351754;WS=52351736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	52354103	rs996765	A	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=47;PP=1352;SC=AATTTGAAGGATAATAATGTC;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=56;WE=52354111;WS=52354093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	52355854	rs2303127	T	C	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=58;PP=2036;SC=TAAGGCATGGTAATAATTGGC;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=102;WE=52355862;WS=52355844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	52366138	rs2112290	G	A	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=59;PP=1677;SC=TCCTAAAGACGAGAGAGTGGT;SOR=1.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=90;WE=52366146;WS=52366128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	52367666	rs2287872	A	T	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=7;PP=1040;SC=ACTGTGCTCTAAATTGTAAAC;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=52367674;WS=52367656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	52367706	rs2287871	T	C	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=33;PP=1883;SC=TGTTTTAATGTTGCTATGCTC;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=96;WE=52367714;WS=52367696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	52368922	rs984966	T	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=5;PP=735;SC=TAATGGCTTTTCCCCCCTCCT;SOR=2.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=34;WE=52368930;WS=52368908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	52370174	rs3212591	G	A	4499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=47;PP=2674;SC=CACAAATGTTGTATGCCAATT;SOR=1.381;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=146;WE=52370182;WS=52370164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	52374527	rs3212605	TTAAA	T	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=0.577;SC=TATAAGATACTTAAATAAAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=52374538;WS=52374517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr5	52379277	rs2303122	C	T	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=78;PP=2622;SC=ACGGGACTTTCGCATCAGTAA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=154;WE=52379285;WS=52379267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	52396439	rs3214755	GA	G	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=309;ReadPosRankSum=0.235;SC=CTAGACAGATGAAAAAAAATC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=20;WE=52396447;WS=52396429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr5	52404312	rs153602	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=803;ReadPosRankSum=-1.432;SC=TTGAAAATATCTAAGTGTTAC;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=80;TCR=28;TR=52;WE=52404320;WS=52404302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,56:0.48:117
chr5	52405432	rs62359375	T	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=275;ReadPosRankSum=1.003;SC=GGTTGGGGGCTAGTGGGGAGG;SOR=0.615;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=27;WE=52405440;WS=52405422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr5	52781376	rs33951575	GTT	G	414.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=13.554;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.36;ReadPosRankSum=2.312;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr5	52781597	rs722910	A	T	1581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=49;PP=1481;SC=CTTTAAAAAAATTTTTTTAAC;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=52781605;WS=52781587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	52856504	rs2279516	G	C	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=57;PP=2272;SC=TGGCGGCGGTGTCAATGTCAG;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=73;TCR=57;TR=130;WE=52856512;WS=52856494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	52856716	rs1532163	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=205;SC=TCTCGGGAGAAGTCGGGCGGA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=52856724;WS=52856706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	52942083	rs31304	A	C	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=27;PP=1870;SC=CTTTAACTGGAGTTCCAGAAG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=96;WE=52942091;WS=52942073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	52942197	rs31303	A	G	6962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=121;PP=2965;SC=TTGATACCAGAGAGCGATGGG;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=120;TCR=121;TR=241;WE=52942205;WS=52942187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	52978776	rs3085740	GGATT	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=327;SC=TTCTCACAGAGGATTGATTAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=52978787;WS=52978770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	52979097	rs567	G	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=37;PP=1042;SC=AAAGTCAGCTGTGCAGTATTT;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=52979105;WS=52979087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	53371315	rs70986658	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,14:0.16:90
chr5	53371333	rs156384	A	G	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=57;PP=1910;SC=TTTTGAGATAAGGTCTCACTT;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=103;WE=53371341;WS=53371305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	53371399	rs73112689	C	T	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=829;ReadPosRankSum=0.223;SC=CCTCCACCTCCTCCGCCTCCT;SOR=2.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=35;WE=53371407;WS=53371389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr5	53606295	rs35941	T	C	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=70;NR=91;PP=2839;SC=CCTCAGTTATTCGGAGATCAG;SOR=1.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=161;WE=53606303;WS=53606285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	53751901	rs7699	G	A	7695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=135;PP=2965;SC=AAGGCTGGCTGCTGATAAAAG;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=135;TCR=135;TR=270;WE=53751909;WS=53751891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	53751988	rs7823	T	C	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=108;PP=2965;SC=TACCAGATGGTGTGGAAATCA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=102;TCR=108;TR=210;WE=53751996;WS=53751978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	53813830	rs76854460	A	C	6467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=125;NR=109;PP=2965;SC=CGGAGAACCCAGGAGAGATCT;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=125;TCR=109;TR=234;WE=53813838;WS=53813820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr5	53814052	rs2548615	T	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=39;PP=1463;SC=AGCCCCTGCCTGTCGCGCCCC;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=84;WE=53814060;WS=53814042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	53814394	rs2548614	T	C	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=40;PP=1985;SC=TGTCCCTGGGTTCCCGCGGCG;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=86;WE=53814402;WS=53814384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	53815066	rs2548613	C	A	4531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=69;PP=2965;SC=AGAGCAAGATCGACGGCTTCA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=151;WE=53815074;WS=53815056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	53815495	rs2548612	A	C	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=105;PP=2965;SC=GGGTTTCAGAATCATATTCTA;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=79;TCR=105;TR=184;WE=53815503;WS=53815485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr5	53815722	rs2565014	G	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=213;SC=TGAGACGAGGGTAGAATTAGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=53815730;WS=53815712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	54153803	rs10040872	C	T	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=83;PP=2965;SC=GTACATACTGCGGGAAAGCCT;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=74;TCR=84;TR=157;WE=54153811;WS=54153793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	54154328	rs4242050	C	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.57;NF=11;NR=34;PP=950;SC=TTTAGCCCATCGGTTGCCATC;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=54154336;WS=54154318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	54253615	rs11954366	C	T	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=48;PP=1594;SC=GCTTTTCTTTCTTTGTGATCA;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=90;WE=54253623;WS=54253605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	54253635	rs3815924	T	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=43;PP=1408;SC=ATTTGCAGGATTCCACACCAC;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=54253643;WS=54253625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	54253754	rs6883914	T	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=261;SC=GGAGATGCATTAGGCTTTATC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=54253762;WS=54253744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	54403957	rs3104233	T	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=31;PP=1680;SC=CAACAGCTGATGGAAAAAGCA;SOR=1.305;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=54403965;WS=54403947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	54404015	rs1875506	C	T	4310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=58;PP=2677;SC=AAAAGGGGGACGATGTGAAAC;SOR=1.130;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=95;TCR=58;TR=153;WE=54404023;WS=54404005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	54410099	rs444527	G	A	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=42;PP=1397;SC=GAAAACACCCGGGTCTGGTCT;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=54410107;WS=54410089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	54410120	rs3104230	A	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=36;PP=1129;SC=GGACTCAAAGACAGGTGCAGC;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=54410128;WS=54410110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	54420799	rs382402	A	C	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=2.428;SC=GAAGTGTTCCAACATGATGCT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=97;TCR=90;TR=186;WE=54420807;WS=54420789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr5	54423075	rs72766134	C	T	6117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=72;PP=2965;SC=TCCAACAAGACGCTTCTTACC;SOR=1.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=140;TCR=72;TR=212;WE=54423083;WS=54423065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr5	54424226	.	G	GA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=2.289;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr5	54433604	rs336080	A	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=239;SC=AACAAACACTATGGGAGTGAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=54433612;WS=54433594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	54439466	rs1021580	G	A	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=45;PP=1430;SC=TGTTCTTTGCGGGATCCTACA;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=54439474;WS=54439456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	54439513	rs191396	A	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=686;SC=TTTTTAAAACAAGATAATCAC;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=54439521;WS=54439503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	54516521	rs6879219	G	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1154;ReadPosRankSum=-1.788;SC=CCACTTCCGCGCAATCCTGCC;SOR=0.704;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=199;TCF=106;TCR=93;TR=91;WE=54516529;WS=54516511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,96:0.44:216
chr5	54516752	rs3111181	C	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=1.608;SC=TCTCCTCTCCCGGGCCCCCAC;SOR=0.527;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=8;WE=54516760;WS=54516742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr5	54517102	.	C	CT	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=9;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=36;QD=10.0;SC=AATCAATTTACTTTTTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=54517110;WS=54517092;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr5	54518660	rs7730048	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=232;ReadPosRankSum=0.616;SC=ATGAGTTGCTGGAGAGTCGTT;SOR=1.078;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=14;WE=54518668;WS=54518650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr5	54528393	rs334892	G	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=390;ReadPosRankSum=0.141;SC=AAGGAGGGGGGAGGCGGGCCC;SOR=0.963;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=27;WE=54528401;WS=54528383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr5	54557146	rs231365	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=236;ReadPosRankSum=-1.102;SC=CTCAATGGTACTGGAAGTTGA;SOR=0.627;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=14;WE=54557154;WS=54557136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr5	54557438	rs400437	T	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=488;SC=CATTTTAAGCTCAGAGTATTT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=54557446;WS=54557428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	54563775	rs143912964	TTTA	T	44.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr5	54569062	rs13355909	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=-0.244;SC=AAAAGTTATACGGCCATCATA;SOR=0.250;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=8;WE=54569070;WS=54569052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr5	54603822	rs2290595	T	C	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=967;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GAGGGAGATTTGCTCTCACTG;SOR=0.612;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=160;TCF=107;TCR=53;TR=70;WE=54603830;WS=54603812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,71:0.42:168
chr5	54693374	rs230802	G	A	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=55;PP=1563;SC=AATTTCATAAGTTAAGTATAA;SOR=2.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=54693382;WS=54693364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	54693402	rs230801	G	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=39;PP=1095;SC=GTAAATACAGGTAGTGTTTAT;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=54693410;WS=54693392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	54706325	rs139320115	T	TTTTAAA	5343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=37;PP=2966;SC=TATTCTGACATTTTATTCTTT;SOR=1.138;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=64;WE=54706333;WS=54706315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	54709943	rs230766	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=398;SC=TTGTTAAAACGGGTAGTGTGA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=54709951;WS=54709933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	54718618	rs230753	G	C	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=200;SC=ATTAATTATCGTGTGTTCTCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=54718626;WS=54718608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	54721619	rs3217330	A	AT	503.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=253;ReadPosRankSum=-0.795;SC=GATTTTTTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.643;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=17;WE=54721627;WS=54721609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr5	54721642	rs230750	A	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	54737538	rs2278258	T	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=11;PP=1507;SC=TACTTCTCAGTATGAAACTTA;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=61;WE=54737546;WS=54737528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	54737791	rs2278257	G	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=28;PP=821;SC=CAAAAGTATTGTTGATTTCAT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=54737799;WS=54737781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	54771380	rs6870449	A	G	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=161;SC=TGCATTTGCCATGAAAATAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=54771388;WS=54771370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	54804621	rs7707766	C	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=18;PP=951;SC=GAAGTGAAGACCCAGGTGTAC;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=54804629;WS=54804611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	54830295	rs2292280	T	G	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=834;SC=GCCCCACAGCTGCGCACGCGT;SOR=1.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=54830303;WS=54830285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	54830380	rs11745331	A	G	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=69;PP=2859;SC=CGCCCCTCGGACCCGGCGGCG;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=168;WE=54830388;WS=54830370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	54941810	rs6450329	TG	CA	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=417;SC=AAAAATCAGTTGTCACTGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=54941819;WS=54941800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	54944945	rs35843566	TA	T	221.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=140;SC=ATGCTCAGCATAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=54944953;WS=54944935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	54944976	rs11738633	G	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=219;SC=TTTTAGAATAGCATATGACAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=54944984;WS=54944966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	54948586	rs138550751	C	CA	2602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=32;PP=1062;SC=AAGAAGATGACAAAAAACAAA;SOR=1.197;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=35;WE=54948606;WS=54948576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	54948598	rs11424790	C	CA	2629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=42.42;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	54952688	rs11397177	C	CTT	130.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.81;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	54960609	rs4865614	A	G	5732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=103;NR=91;PP=2965;SC=CCAAGGAGAAAAGGAGACTCG;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=194;WE=54960617;WS=54960599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr5	54960673	rs4865615	C	G	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=74;PP=2435;SC=ATATTCCCAGCTAGTGGTATC;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=131;WE=54960695;WS=54960663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	54960687	rs4865616	C	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=66;PP=2108;SC=TGGTATCCAACGAAACTAGAT;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=104;WE=54960695;WS=54960663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	54964974	rs7737254	A	G	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=16;PP=1617;SC=ACACACATGTAGCATATACAC;SOR=2.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=74;WE=54964982;WS=54964964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	54965513	rs11749883	C	T	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=8;PP=638;SC=TTAATTGAGACAAAAATTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=54965521;WS=54965503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	54965854	rs2408031	G	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=244;SC=GTGCAGTGACGCGATCTCGGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=54965862;WS=54965844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	54986963	rs3846505	A	G	5711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=98;PP=2965;SC=AGAGCACCTGAAATGTTCTCA;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=189;WE=54986971;WS=54986953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	54990005	rs7728664	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.70;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	54993829	rs3761766	A	G	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=54;PP=1588;SC=TCCTACACAAAGAAGATAAAT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=80;WE=54993837;WS=54993819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	54993929	rs3761767	A	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=229;SC=TTTGCTGAAGATATCTTAATG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=54993937;WS=54993919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	55149407	rs10940487	T	C	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=54;PP=1796;SC=TGAGTGCTAATTCATTTAGAA;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=90;WE=55149415;WS=55149397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	55155402	rs1009639	C	T	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=63;PP=2710;SC=GGATGCTCCCCTCACTCTGCA;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=144;WE=55155410;WS=55155392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	55168328	rs71602921	C	CCTT	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=453;SC=ATGTTTACCTCCTTCTCTGTT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=55168336;WS=55168318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	55179052	rs10940491	A	T	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=66;PP=1863;SC=ATAATATTCCAATTAGAGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=117;WE=55179060;WS=55179042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	55196023	rs1148039	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AGGAGCAGTCCCTGTGCTCTC;SOR=0.242;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=11;WE=55196031;WS=55196013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr5	55206444	rs161704	G	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=951;ReadPosRankSum=0.269;SC=GTCATGGCCAGCACCAGTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=66;WE=55206452;WS=55206434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,68:0.54:126
chr5	55212446	rs16884641	T	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=314;ReadPosRankSum=0.507;SC=AAATGACCACTTGGGATGTCC;SOR=0.334;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=22;WE=55212454;WS=55212436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr5	55213023	rs161699	C	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=347;SC=AGACTCGGCACGCAGCGCTTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=55213031;WS=55213013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	55246001	rs4865999	A	G	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=28;PP=1032;SC=CGAGGGAGGGAAAATGTATTT;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=63;WE=55246009;WS=55245991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	55398269	rs318818	G	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=8;PP=655;SC=TTAGTTGTGTGTAGATATGTT;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=55398277;WS=55398259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	55472289	rs160936	T	C	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=108;SC=TTTTTTTTACTGGCTCTTTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=55472297;WS=55472279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	55528572	rs142447793	A	AACAC	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=328;SC=CACGCACATGAACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=55528580;WS=55528562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	55528815	rs149489	T	C	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=34;PP=853;SC=ACTGTCAACATGACAGTCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=55528823;WS=55528805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	55753652	rs16877004	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=281;SC=GGGAGCTCTGCGCAGTTTTGT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=55753660;WS=55753642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	55753822	rs148833159	C	CA	1904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=23;PP=1362;SC=TTCATGTCAACAGGTTCACTG;SOR=0.853;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=31;WE=55753830;WS=55753812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	55759715	rs157851	T	C	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	55759720	rs4081705	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	55807370	rs464605	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=498;SC=GATGTAGCTGCCATTGTGTCT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=55807378;WS=55807360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	55828995	.	T	G	101	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5001;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=16;MQ=59.24;NF=0;NR=8;PP=101;QD=16.9714015684;SC=GCATGGGGGGTGGGGGGGAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=8;WE=55829003;WS=55828985;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,8:0.42:19
chr5	55830865	rs39837	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=7;PP=280;SC=CATGCCTCACCGCATTGTCTC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=55830873;WS=55830855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	56111751	rs28710284	G	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=239;SC=ACGGAGCCGCGAGCCGCGGCG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=56111759;WS=56111741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	56152416	rs832567	C	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=7;PP=315;SC=TTGTTTCTGCCTGCATTTTAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=56152424;WS=56152406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	56161787	rs832575	G	A	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=52;PP=1490;SC=GTACTTCTACGTCTAGTTCAG;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=56161795;WS=56161777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	56177443	rs702689	G	A	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=38;PP=2161;SC=GCAGTCCATTGATAATTCCCA;SOR=1.224;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=115;WE=56177451;WS=56177433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	56177743	rs832582	G	A	4619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=55;PP=2965;SC=TGAGTGCACAGTCCATTTAGA;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=145;WE=56177751;WS=56177733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	56177848	rs5868032	TCAA	T	10715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.206;NF=35;NR=107;PP=2992;ReadPosRankSum=-0.780;SC=ACCTTCTAGTTCAACAACAAC;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=45;TCR=131;TR=142;WE=56177861;WS=56177838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,242:0.99:244
chr5	56178217	rs832583	A	C	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=72;PP=2095;SC=AAAGCCATCTAGACCTACCCC;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=122;WE=56178225;WS=56178207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	56205643	rs252924	A	G	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=56;PP=1725;SC=GGCGGGACGCAAAGCGGAGAG;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=78;WE=56205651;WS=56205633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	56205662	rs252923	T	G	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=43;PP=1250;SC=AGCCTGAGGCTGACTGCCGGC;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=50;WE=56205670;WS=56205652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	56206073	rs33321	G	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=6;PP=475;SC=GAAAAGCCAAGCCAGGGTTTA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=56206081;WS=56206063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	56207123	rs2257505	T	A	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=28;PP=1405;SC=AGAAATCTTGTCTATGCTTCC;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=56207131;WS=56207113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	56210923	rs331499	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=49;SC=AGATTTTTATGTTCACACCTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=56210931;WS=56210913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	56212595	rs832536	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=367;SC=AAAATATGAGCTTATATTTGT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=56212603;WS=56212585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	56221328	rs702679	A	G	60.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	56224485	rs10684065	T	TTGGC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=151;SC=TGAAATGCTATAAGGGAACAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=56224493;WS=56224475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	56224714	rs252893	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=13;PP=366;SC=AAATAAAATTTATGGGCCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=56224722;WS=56224704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	56224781	.	AACTCTCTCTCTCTCTCACACACACAC	A	54.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	56224796	.	T	A	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=68;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=49;QD=27.9237375157;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=56224804;WS=56224786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	56226410	rs252890	T	C	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=33;PP=1882;SC=GATTGCTCTGTCCCTTAGGAT;SOR=1.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=103;WE=56226418;WS=56226400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	56229288	rs832529	C	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=654;SC=TGTACACAAACAATTCTTTGT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=56229296;WS=56229278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	56526565	rs1544737	G	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=187;SC=GCAATATGTTGTTCTTAATCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=56526573;WS=56526555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	57790337	rs7704785	T	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=868;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TAACACCAAATCACTAAACAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=57790345;WS=57790327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr5	57854055	rs35522186	A	T	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=137;SC=TGCGTGGCTCACGCTGGGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=57854063;WS=57854045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	58120753	rs75681594	GT	G	68	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5265;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=30;SC=TGGACATCGTGTTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=58120761;WS=58120743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	58476117	rs9292195	T	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=5;PP=174;SC=GAATGGGAAGTGACTTGAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=12;WE=58476125;WS=58476107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	58489384	rs27175	G	A	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=42;PP=1419;SC=ACCAAATCCCGCATTAGAAAT;SOR=1.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=77;WE=58489392;WS=58489374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	58511501	rs6450512	G	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=0;PP=127;SC=TACATTGGAGGAGAGTGATAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=58511509;WS=58511491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	58513701	rs1867725	A	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=8;PP=330;SC=TAATCATTCAATAGACATACA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=58513709;WS=58513691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	59894838	rs58987696	T	TA	54.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CCTATTAAAATAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=59894846;WS=59894828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	59899413	rs11740327	G	A	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=109;PP=2965;SC=AGAGCGGGGTGGGGGGTAAAC;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=88;TCR=109;TR=197;WE=59899421;WS=59899403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	59940502	rs6877561	A	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=670;SC=AAGGGTCAGAAAGGAGCTGAT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=59940510;WS=59940492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	59983635	rs140950438	G	C	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=3;PP=76;SC=TTACAGGAGTGAGCCACTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=59983643;WS=59983625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	59984897	rs57521726	A	T	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=96;PP=2965;SC=GGGGAAAACAAGAGGTATGGA;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=119;TCR=96;TR=215;WE=59984905;WS=59984887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	59995820	rs9942410	G	C	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=70;PP=2965;SC=CGCGCGCTGAGTGGGGGCTCG;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=164;WE=59995828;WS=59995810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	60063576	rs1460958	G	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=876;SC=CTAAGTTTACGTTCAGTGTTA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=60063584;WS=60063566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	60170337	rs3117	A	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=312;SC=AATATTACCCACATTTAGGGC;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=60170345;WS=60170327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	60186618	rs2306350	C	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=173;SC=GGATTAAAAGCATAACTCCTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=60186626;WS=60186608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	60186975	rs2306351	C	A	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=131;SC=CACAACAAAGCCTAGGAGAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=60186983;WS=60186965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	60200665	rs4647100	A	G	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=30;PP=1037;SC=TATGATGACTATAAACTGTTT;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=60200673;WS=60200655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	60628153	.	G	GGGC	1232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.297;QD=23.26;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr5	60786880	rs7732234	C	T	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=222;SC=AGGGTCTTAGCTGACCAATAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=60786888;WS=60786870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	60789973	rs145935854	GGA	G	115	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=118;SC=ACACACACACGGAGAGAGAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=60789982;WS=60789963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	60790037	rs77230862	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	60999768	rs436696	C	T	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=38;PP=1937;SC=AATAGAGGAACGGAAAGTTTT;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=111;WE=60999776;WS=60999758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	61604204	rs4700006	C	A	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=162;SC=TCTGGGTGCACAGCAACACCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=61604212;WS=61604201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	61604456	rs4441833	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=394;SC=TACCACAACATAGATGGACCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=61604464;WS=61604446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	61733348	rs153857	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=308;SC=AATAGATTCAGATGTTTGGCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=61733356;WS=61733338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	61745737	rs11329383	CT	C	1544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,79:0.91:87
chr5	61762880	rs35119	A	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=1039;SC=TAAAACTAAAATATATTACTT;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=61762888;WS=61762870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	61772535	rs26635	G	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=11;PP=367;SC=CAGATAATGTGTGTAGAGATA;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=61772543;WS=61772525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	61781127	rs26640	C	A	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	61785936	rs26644	T	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=599;ReadPosRankSum=-0.753;SC=TAAATTTTCTTCTCAGTGTAT;SOR=0.358;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=32;WE=61785944;WS=61785926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr5	61826663	rs32179	G	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=20;PP=677;SC=AACCATAATTGGGAGGCATTG;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=61826671;WS=61826653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	61857118	.	C	CGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCG	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.47;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	63890387	rs4700641	C	T	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=150;SC=CATGTATATACCTAATTATTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=63890395;WS=63890377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	63905068	rs889248	A	G	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=88;NR=66;PP=2414;SC=GTGTTGTCTCATCTCAAGCTA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=154;WE=63905076;WS=63905058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	63989742	rs2305963	G	C	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=329;SC=TCGACTTCAAGTGTGTGCTTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=63989750;WS=63989732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	63991473	rs2305962	G	C	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=78;PP=2461;SC=ACACTTAGAGGCTTCTTCCAC;SOR=2.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=17;TCR=78;TR=95;WE=63991481;WS=63991463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	64023924	rs10471638	C	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	64070617	rs140062546	A	AAATTATGAC	2073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=2957;SC=TTTGGAAGGTATGTTGACTTT;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=20;WE=64070625;WS=64070607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	64070812	rs10057598	C	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	64077647	rs55793256	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=215;SC=CGTATTTAACATTCTGGAAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=64077655;WS=64077637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	64077966	rs2011079	A	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=282;SC=AGAGGAAAAAACGTTTCACAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=64077974;WS=64077956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	64099941	rs200513803	T	TA	144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	64273018	rs1309581	G	A	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=79;PP=2965;SC=TTGCTGAAACGCCTGAAAATG;SOR=0.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=182;WE=64273026;WS=64273008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr5	64313879	rs2910769	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=378;SC=AACCCATCTTGGTGTTCTGTA;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=64313887;WS=64313869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	64447777	rs17206779	C	T	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=90;NR=82;PP=2824;SC=TGCACTCTAACGAATGGGGGC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=90;TCR=82;TR=172;WE=64447785;WS=64447767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	64556640	rs10940023	T	C	290.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=210;SC=ATGCTGGTGATTGTTAGCAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=64556648;WS=64556630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	64569405	rs1423424	T	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=309;SC=AGCATCGCAGTTGAGGATTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=64569413;WS=64569395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	64569420	rs1423425	G	T	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=214;SC=GATTTTGGAGGAGGTTTTTAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=64569428;WS=64569410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	64747918	rs3830368	T	TG	2383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=1432;SC=CTCTATAGCCTTCTGTTAACA;SOR=2.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=35;WE=64747926;WS=64747908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	64766519	rs181517355	A	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.75;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	64857424	rs10560318	AACAC	A	2208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.9774;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=45;PP=2009;SC=GTTTAATTAAAACACACACAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=45;WE=64857437;WS=64857414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	64859592	rs261252	T	A	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=56;PP=2965;SC=CATTTTCCTATTCTTATGTGT;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=112;TCR=56;TR=168;WE=64859600;WS=64859582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	64859884	rs35326591	CTG	C	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=493;SC=AACCCGAAGTCTGTGGTTTTG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=64859893;WS=64859874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	64863484	rs35529383	T	TA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	64864657	rs152063	A	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=266;SC=GTCTCAAGTTATCAGTGTGGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=64864665;WS=64864647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	64865346	rs149512	A	T	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=227;SC=GGTTTTTTTTAAAAAAAAACC;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=64865354;WS=64865336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	64865405	rs149208	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=11;PP=630;SC=TGGGAATACTAAGTGATTCAT;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=64865413;WS=64865395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	64881936	rs27141	A	G	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=71;PP=2094;SC=ATGACAGGCCATACACACTCA;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=130;WE=64881944;WS=64881926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	64882077	.	GA	G	290.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=61.07;NF=0;NR=8;PP=289;SC=GAACTCAGTAGAAGAGCTGCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=64882085;WS=64882067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	64887472	.	T	TTA	88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=1;PP=142;SC=CAAGATTCCTTTATATATATA;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=64887480;WS=64887462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	64890479	rs36135	A	C	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.662;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=66;PP=1932;ReadPosRankSum=-0.647;SC=ACAGCTACCCAAAAAAAAATA;SOR=0.116;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=119;WE=64890487;WS=64890468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,111:0.97:114
chr5	64906617	rs37330	T	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=1;PP=930;SC=TGCCCATTAATTACTTAGTAG;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=36;WE=64906625;WS=64906607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	64919991	rs154854	G	A	6493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=82;PP=2965;SC=GAGGCCGATGGTGGAGAATAG;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=143;TCR=82;TR=225;WE=64919999;WS=64919981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr5	64920803	rs37254	C	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=520;SC=TTTGGTTTTGCCAAACGCGAG;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=64920811;WS=64920793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	64925256	rs43207	C	T	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=81;SC=GGCAGGGTATCCCTACCATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=64925264;WS=64925253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	64942799	rs154955	A	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=422;SC=TTATTCCCCTATTCTTTCCAC;SOR=3.716;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=16;WE=64942807;WS=64942789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	64946836	rs154853	G	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=12;PP=317;SC=ATTTTTGAATGTGTCATATGA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=21;WE=64946844;WS=64946826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	64954159	rs28084	A	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=23;PP=1417;SC=TTTAAATGCCACCACACCTTG;SOR=1.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=79;WE=64954167;WS=64954149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	64956428	rs37349	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=0;PP=535;SC=TTGGAGGGTACATCATCCAGT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=64956436;WS=64956425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	64957686	rs37347	A	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=180;SC=CAGGTCTGCCAGGCTATTCCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=64957694;WS=64957676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	64957718	rs37346	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=527;SC=TGCAAAAGAATTTAAAATGAG;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=23;WE=64957726;WS=64957708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	64960311	rs36031543	A	ATCTC	4631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=52;PP=2786;SC=ACTTAGACTCATCTCTCTCTC;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=65;WE=64960319;WS=64960301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr5	64968170	rs5868414	AT	A	526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=216;SC=CTTAGCAAAGATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=64968178;WS=64968160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	65008946	rs3833969	GT	G	843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=501;SC=AAAGAAACAAGTTTTTTTTTT;SOR=2.899;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=26;WE=65008954;WS=65008936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	65016452	rs9291846	A	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=656;SC=TTATGTTACAATAGATCATCA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=65016460;WS=65016442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	65073224	rs34979	C	A	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=42;PP=2598;SC=CTGTTTCAACCGAAATGGTTT;SOR=1.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=93;TCR=42;TR=135;WE=65073232;WS=65073214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	65075858	rs252648	A	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=105;SC=TCACCATGTTAGCCAGGCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=65075866;WS=65075848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	65288791	rs27132	A	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=212;SC=ATCTAGAAATATGATATTCCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=65288799;WS=65288781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	65308055	rs706678	C	G	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=76;SC=TTATATCAATCTTAAGTCTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=65308063;WS=65308045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	65317181	rs706679	C	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=15;PP=514;SC=GCTGGAAAGACTGGATTTGGG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=65317189;WS=65317171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	65321366	rs143695017	A	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=739;SC=TGTATCTGCCAGACTCTATAG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=65321374;WS=65321356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	65322074	rs189377855	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=372;SC=GTTTTTTATATGTTGATCAAC;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=65322082;WS=65322064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	65364692	rs1160930	CCT	C	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=8;PP=1097;SC=AAATCTATCCCCTCTTTATTC;SOR=1.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=24;WE=65364701;WS=65364682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	66166427	rs1160971	CAT	C	1853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.75;NF=28;NR=2;PP=1343;SC=TTGCACATCACATGTGCTTTT;SOR=4.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=30;WE=66166436;WS=66166417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	66282444	rs149234910	A	ATT	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;MQRankSum=-0.000;QD=34.35;ReadPosRankSum=0.489;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr5	66300721	rs66551443	A	AT	2823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.848;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=964;ReadPosRankSum=0.885;SC=GATAATTGGGATTTTTTTTTT;SOR=0.260;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=76;WE=66300729;WS=66300711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,112:0.95:118
chr5	66406143	rs2545394	G	A	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=73;PP=2099;SC=GAGTCAAAGGGAATTACAACT;SOR=2.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=21;TCR=73;TR=94;WE=66406151;WS=66406133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	66416764	rs2254790	C	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=442;SC=ACAGCATGTCCTTCAAATATT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=66416772;WS=66416754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	66429329	rs2371882	G	T	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=46;PP=2344;SC=TTACATGTCCGTCTGCCTCAT;SOR=1.194;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=128;WE=66429337;WS=66429319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	66459878	rs1705399	G	C	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=63;PP=2114;SC=TCGGATGGCCGGGTGCCTGCG;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=111;WE=66459886;WS=66459868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	66480004	rs1697144	T	C	7201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=125;PP=2965;SC=CTTTGGAAGATCGTTGAATCA;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=130;TCR=126;TR=255;WE=66480012;WS=66479994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr5	67522722	rs706713	C	T	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=2305;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CGGGAACTTACGTAGAATATA;SOR=1.074;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=113;WE=67522730;WS=67522712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,115:0.98:117
chr5	67522851	rs706714	A	C	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=32;PP=742;SC=AGTATTGATAAGTGGTTGCTT;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=67522859;WS=67522841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	67569391	rs2302974	A	C	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=60;PP=1891;SC=TTGTGCATTCATTAAGTAAAT;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=67569399;WS=67569381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	67569479	rs2302975	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=287;SC=AAAATGTCTCAGTCTATAATT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=67569487;WS=67569469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	67584512	.	AT	A	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chr5	67587994	rs3730087	C	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=353;SC=GTTACTCTAACTTTTTATTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=67588002;WS=67587984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	67588148	rs3730089	G	A	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=39;PP=1961;SC=ATAACAATATGTCCTTACAAG;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=103;WE=67588156;WS=67588138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	67592281	rs895304	G	A	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=191;SC=TCTTGAATAAGCTTACAGTAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=67592289;WS=67592271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	68463606	rs163442	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=236;SC=TGGGACCCATGTTTTCCCTCG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=68463614;WS=68463602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	68464234	rs163443	A	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=31;PP=810;SC=TCACTGATACATGCAAGAGCA;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=68464242;WS=68464224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	68470559	rs426392	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=0;PP=446;SC=AGAAATAAACTGACTTTTTCA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=68470567;WS=68470549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	68470599	rs3087334	C	CATTA	1810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=0;PP=1441;SC=GATATGGTGTCATTAAGATTT;SOR=5.838;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=30;WE=68470607;WS=68470589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	68485366	rs648489	C	G	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=23;PP=802;SC=GGGCGGGGCCCTCGGGCCTTT;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=56;WE=68485374;WS=68485356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	68491714	rs11283275	T	TAGTCAAG	789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=605;SC=CTGAGTGAATTAGTCAAGCAC;SOR=1.292;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=11;WE=68491722;WS=68491704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	68513572	rs2242351	C	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=5;PP=827;SC=CGTGACGTCCCGGGAAGCACC;SOR=3.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=41;WE=68513580;WS=68513562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	68525027	rs2932777	C	T	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=4;PP=145;SC=TTATTTTTTCCTTTTCAGCGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=68525035;WS=68525017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	68531253	rs2972388	C	T	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=29;PP=1073;SC=GAGATAAGAACACCAACCAAA;SOR=0.774;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=65;WE=68531261;WS=68531243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	68546706	rs2972367	A	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=609;SC=CAGGGGCTCTATAGTGAGCAA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=68546714;WS=68546696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	68550631	rs2054975	T	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.98;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	68550635	rs2054976	A	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.21;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	68551507	rs2291519	T	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=24;PP=847;SC=AAAGGATCTCTAGTTATTTTC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=68551515;WS=68551497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	68558282	rs34449359	G	C	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=131;SC=GATCACTTGAGGTCAGGAGTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=68558290;WS=68558272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	68572668	rs4077460	C	T	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=141;SC=GAGACTGTGCCGTTTTAGGTA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=68572676;WS=68572658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	68596068	rs28704183	C	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=424;SC=CTACCCACAACATCGGGCTCC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=68596076;WS=68596058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	68602746	rs6881767	G	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=17;PP=756;SC=AAAGAAAATAGTACCTTCATG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=68602754;WS=68602736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	68609885	rs11749723	G	T	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=18;PP=572;SC=TTGGGAGGGAGGAGAAAAGAA;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=68609893;WS=68609875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	68610009	rs28462372	A	C	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TTATAATAGAACACCAGGTGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=68610017;WS=68609999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr5	68695940	rs1045051	T	G	213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	68696035	rs142095225	G	GTTTATTTA	456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=520;SC=AAGAAGTAGGGTTTATTTATT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=68696043;WS=68696025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	68706252	rs10940223	G	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=160;SC=CATCTTTTCAGGTGCTTATTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=68706260;WS=68706242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	68706438	rs6871685	G	A	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=26;PP=804;SC=AATATGTTCAGTATGAATCAA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=68706446;WS=68706428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	68715310	rs1185246	C	T	10402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.276;SC=ACCCACCCAACTCTTCATGAC;SOR=0.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=372;TCF=209;TCR=163;TR=371;WE=68715318;WS=68715300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr5	68862361	rs375045774	TG	T	422.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=12.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.79;MQRankSum=-4.578;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr5	68862362	rs200135651	G	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=15.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.79;MQRankSum=3.681;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=2.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr5	68862365	rs201465285	G	T	776.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.83;MQRankSum=-2.127;QD=24.28;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr5	69325573	.	CT	C	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.60;MQRankSum=-5.672;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.642;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr5	70200973	rs189447511	C	A	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.11;QD=19.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	70307464	rs4976210	T	C	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=73;NR=37;PP=2048;SC=GCTCTTTGAGTTCTCAGGGTC;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=110;WE=70307472;WS=70307454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	70308251	rs28409706	C	T	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=50;PP=2313;SC=TCCTGAAGGACGCAAGTCTAG;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=127;WE=70308259;WS=70308241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	70751818	rs3748043	T	G	4898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=72;PP=2965;SC=GGCCGCCGGATCCTGCCACGG;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=164;WE=70751826;WS=70751808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	70763088	rs7442961	A	G	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=223;SC=TATGATTGCCATGCTAAACCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=70763096;WS=70763078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	70786726	rs35267960	G	GAC	1027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=833;SC=TGTAGGAAAAGAGTGTTATAG;SOR=4.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=18;WE=70786734;WS=70786716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	70800538	rs3761967	G	A	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=19;PP=705;SC=TTTTCAAAATGTGCAGCCAGA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=70800546;WS=70800528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	70805272	rs36098798	GC	G	731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=781;SC=TTGATTGTGTGCCCCCTTTTT;SOR=4.091;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=23;WE=70805280;WS=70805262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	70806457	rs715748	G	A	8618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=139;PP=2965;SC=TGGAAGAGAGGGTTCCTCAAG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=136;TCR=139;TR=275;WE=70806465;WS=70806447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr5	70806649	rs1961760	T	A	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=70;PP=2823;SC=GCTAGCAGAGTTCAGTGCTAT;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=137;WE=70806657;WS=70806639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	70806711	rs715747	C	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=49;PP=2547;SC=ACATTCCCATCATGGAGAAAG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=114;WE=70806719;WS=70806701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	70806958	rs6886336	G	A	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=64;PP=2000;SC=CTTCAGTGCTGTGCCTTCACT;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=111;WE=70806966;WS=70806948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	70807991	rs418738	G	A	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=115;SC=TTAGAATTTAGTAGACTTTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=70807999;WS=70807981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	70809169	rs1698063	A	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=18;PP=494;SC=ATCAGAAACCAAGAAAATGGA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=70809177;WS=70809159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	70811821	rs279322	A	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=2;PP=520;SC=CAAATTTTACATTTTTACATT;SOR=3.180;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=70811829;WS=70811811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	70818329	.	CAA	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=-0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.626;SOR=1.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr5	70834703	rs276591	A	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=25;SC=TAAATTGTTTATGTTCTTGCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=70834711;WS=70834693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	70834833	rs276590	G	A	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=13;PP=591;SC=GTTTGGGGAAGTATTTTAAGA;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=70834841;WS=70834823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	70837295	rs6453014	A	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	70840233	rs182190	C	T	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=21;PP=1035;SC=ATAAAAACCTCGGACCAGTTA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=70840241;WS=70840223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	70840433	rs279290	A	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=269;SC=CTGGCCGGGCACGGTGGCTCA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=70840441;WS=70840423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	70849021	rs469039	G	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=9;PP=418;SC=CTAAAAAGCCGCCTGATAATT;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=70849029;WS=70849011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	70852611	rs467620	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=23;SC=AGCTTTTTGGGAGATAACATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=70852619;WS=70852601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	70860493	rs277944	T	C	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=81;SC=CAGATCATATTGGTTTAGACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=70860501;WS=70860483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	70922616	rs12516456	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=23;PP=644;SC=TGGAAATTAAGTATGCAGAAC;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=70922624;WS=70922606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	70927856	rs277980	G	A	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=16;PP=1303;SC=AAAAAGTACAGGTATAGTCAG;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=70927864;WS=70927846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	70928083	rs277981	C	T	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=36;PP=1113;SC=AGAAGTTTTACGTATTTGTTT;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=70928091;WS=70928073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	70931883	rs1553314	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=285;SC=ATATTTTTTTGTTTTACTTTT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=70931891;WS=70931873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	70932002	rs7444180	G	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=24;PP=990;SC=ATGGTAAGTAGTCAGTAACTA;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=70932010;WS=70931992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	70932170	rs7444232	G	T	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=100;SC=ATTTTTAAATGAGGTTTTTAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=70932178;WS=70932160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	70945075	rs10064079	A	G	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=61;PP=1995;SC=GTGGCAGAGCATATAGGTAGG;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=116;WE=70945083;WS=70945065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	70948385	rs6888301	T	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=10;PP=1048;SC=ATGCACATGTTAGATGTAACA;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=70948393;WS=70948375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	70948654	rs2242372	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=411;SC=ACAGAGCTCTGTGTAGTTGAG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=70948662;WS=70948644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	70952506	rs7443786	A	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=8;PP=762;SC=ATTTCTGCACATGGAGAGTGT;SOR=2.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=70952514;WS=70952496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	71403273	rs3112401	T	C	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=223;SC=GCGGAGACAGTACCTTCGGAG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=71403281;WS=71403267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	71403306	rs3112402	T	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=439;SC=CCTGCCGCAGTGGAGAGGAGC;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=71403314;WS=71403296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	71411718	rs1531312	T	C	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=48;PP=1411;SC=AAAGACTCTCTTATTGCTAAA;SOR=6.399;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=49;WE=71411726;WS=71411708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	71412373	rs1466343	A	G	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=77;PP=2588;SC=CTGGCGCTGGAGATGTATTCA;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=139;WE=71412381;WS=71412363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	71489082	rs34485863	G	GT	4408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=60;PP=2630;ReadPosRankSum=-1.479;SC=ACCCACCAAGGTTTTTTCTTT;SOR=0.276;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=79;WE=71489090;WS=71489072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr5	71490962	rs1866374	A	G	6679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=101;PP=2965;SC=AGACAAGCCAATAAAAACAGA;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=133;TCR=101;TR=234;WE=71490970;WS=71490952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr5	71495041	rs3805452	T	C	7040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=133;PP=2965;SC=CTGAAGAGGGTGGGTACTCAT;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=122;TCR=133;TR=255;WE=71495049;WS=71495031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	71522125	rs9293821	A	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=258;SC=ACCTGGCAGCACTAGAAATAG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=71522133;WS=71522115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	71634712	rs10942271	A	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=29;PP=765;SC=ATGGCAACCTATATCTATACC;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=71634720;WS=71634702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	71739546	rs4267851	C	G	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=12;PP=903;SC=GAACTGCCTCCTTCTCATTTT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=71739554;WS=71739536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	71743024	rs10043295	G	C	4278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=53;PP=2755;SC=GCTCCCATTTGTTGTCCACTG;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=91;TCR=53;TR=144;WE=71743032;WS=71743014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	72112421	rs34648	T	C	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.58;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	72112430	rs34647	C	G	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.82;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	72168584	.	CT	C	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=6.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.989;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.582;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,25:0.19:134
chr5	72185591	.	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.654;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr5	72204773	.	CA	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.505;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,14:0.18:77
chr5	72348272	rs185435	A	G	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=40;PP=1461;SC=ACATCACACAATGGCTTCTTT;SOR=0.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=72348280;WS=72348262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	72419410	rs7731777	A	G	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=84;PP=2965;SC=CCGTGGTTGGACTTGGGGCTG;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=179;WE=72419418;WS=72419400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	72419456	rs637450	C	G	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=73;PP=2955;SC=ACTTCAGCTCCGTGCAGGGCT;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=74;TCR=73;TR=147;WE=72419464;WS=72419446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	72419617	rs636926	C	A	8093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=130;PP=2965;SC=GTGGCTCCAACTGGGCGCAGG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=154;TCR=130;TR=284;WE=72419625;WS=72419607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr5	72742882	rs2972191	T	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=35;PP=970;SC=ACGAGGAGACTGAGGAGGCGG;SOR=1.196;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=72742890;WS=72742872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr5	72798502	rs200370518	GTT	G	1189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.91;QD=32.15;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	72800408	rs703882	G	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=36;PP=780;SC=GACTTGACTTGGCTTGTTTCT;SOR=7.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=36;WE=72800416;WS=72800398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	73069581	rs4704097	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=215;SC=CAACTCTGACATTCTTATTAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=73069589;WS=73069571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	73153389	.	T	TACAC	494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=611;ReadPosRankSum=1.717;SC=CATATATGTGTACACACACAC;SOR=3.126;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=13;WE=73153397;WS=73153379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr5	73163861	rs2931422	C	T	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=48;PP=2125;SC=GCTGAGTGTGCTTTTACATAT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=73163869;WS=73163851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	73190119	rs2973530	T	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=514;SC=CTTGGAGGTCTTACTGCTTGC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=73190127;WS=73190110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	73207372	rs1478453	T	A	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=83;PP=2924;SC=TTCCTTTCCATGAAAGCAGCA;SOR=0.995;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=152;WE=73207380;WS=73207362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	73931246	rs442425	T	C	11905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=210;NR=221;PP=2965;SC=AGACATCTTTTGAGACCCCAT;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=431;TCF=210;TCR=221;TR=431;WE=73931254;WS=73931236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr5	73981270	rs820878	T	C	23358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=885;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=453;NR=394;PP=2965;SC=CTGCCGCTCTTGGTGAAGATG;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=851;TCF=453;TCR=398;TR=847;WE=73981278;WS=73981260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,882:1.00:882
chr5	73992406	rs1696979	T	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	73992609	rs1665894	G	A	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=29;PP=1094;SC=TAGACAAATTGCTAATAGAAA;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=73992617;WS=73992599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	74324437	rs3811986	G	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=7;PP=988;SC=GGCATAGTATGGTATTCAATT;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=74324445;WS=74324427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	74324548	rs3811987	G	A	5753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=76;PP=2965;SC=TTTTCTGAGGGCAAAGTGATC;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=116;TCR=76;TR=192;WE=74324556;WS=74324538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	74324902	rs4704166	C	T	7645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=137;PP=2965;SC=AAGTCTTGAACGATGGAGTTG;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=116;TCR=138;TR=252;WE=74324910;WS=74324892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr5	75427518	rs1423099	C	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=714;SC=AGAGCTGAACCACTGAAAGGA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=75427526;WS=75427508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	75427935	rs10070440	G	A	7981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=1.543;SC=ACAAGGACCGGCGGGAGCTGG;SOR=0.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=138;TCR=137;TR=274;WE=75427943;WS=75427925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,286:1.00:287
chr5	75591710	rs2270927	C	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=66;PP=1992;SC=GCAAATTTCACTATTAACTTT;SOR=1.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=94;WE=75591718;WS=75591700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	75594743	rs31244	G	A	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=85;PP=2544;SC=CACTGTTTTTGACAACACAGG;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=46;TCR=85;TR=131;WE=75594751;WS=75594733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	75597494	rs246816	A	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=221;SC=AGTACTTTGGAAGGCCAAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=75597502;WS=75597484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	75648846	rs246792	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=25.43;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	75648940	rs66963762	AT	A	657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	75884734	rs1131232	G	A	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=83;NR=55;PP=2090;SC=CTTTCAGTTTGTATCTGTTCA;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=138;WE=75884742;WS=75884724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	75886168	rs2270907	A	G	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=0;PP=818;SC=CACAGGGTCAATGCAACTGTC;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=75886176;WS=75886159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	75888788	rs3736394	G	A	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=42;PP=1551;SC=TGATATTTCCGTAAGATACAG;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=75888796;WS=75888778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	75904811	rs3822529	C	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=6;PP=1381;SC=AGCAATCTTTCTTCAAATAGG;SOR=3.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=55;WE=75904819;WS=75904801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	75919232	.	G	A	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=160;SC=GGGAAAGGATGTAATCCACTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=75919240;WS=75919222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	75923141	rs2455221	G	A	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=7;PP=1121;SC=GAATTTGTGGGAATTATGATT;SOR=3.180;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=75923149;WS=75923131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	75923285	rs2431351	C	T	11110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr5	75923294	rs2431352	T	G	11263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr5	75923307	rs2909888	A	G	6957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=115;PP=2965;SC=CAACGTGGACAAGGACAGAGC;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=126;TCR=116;TR=241;WE=75923315;WS=75923275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr5	75923393	rs2431353	T	C	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=88;PP=2412;SC=TGAAGTCATGTGATTTTTAAT;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=150;WE=75923401;WS=75923383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	75923459	rs2455222	G	A	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1127;SC=TAATTATACCGAAATTAGTTG;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=75923467;WS=75923449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	75923494	rs2431354	C	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=622;SC=AGTGATTTGACTCTATCTCCA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=75923502;WS=75923484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	75924472	rs2455225	A	G	6849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=105;PP=2965;SC=GTATCAGGTCAGAGAAGGTTC;SOR=1.008;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=147;TCR=105;TR=252;WE=75924480;WS=75924462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	75927595	rs431160	C	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=0;PP=852;SC=GATACTAATGCATTCCTAAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=75927603;WS=75927585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	75927938	rs441157	A	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=940;SC=AAGACAAGTAATGCTTTCAAA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=75927946;WS=75927928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	75932869	rs2910819	C	T	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=65;PP=2965;SC=TGTCTAGTGACGGTTCATGGC;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=128;TCR=65;TR=193;WE=75932877;WS=75932859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	75932965	rs2455230	G	C	9734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.642;SC=AATCATGCTTGTATAAAGAAT;SOR=0.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=160;TCR=172;TR=331;WE=75932973;WS=75932955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,353:1.00:354
chr5	75933097	rs2937415	C	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=47;PP=1373;SC=GAGGAACTAACTGATTTATCT;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=56;WE=75933105;WS=75933087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	75936944	rs457821	G	A	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=85;PP=2549;SC=TGGATCACCTGCCACTGTTTA;SOR=1.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=55;TCR=85;TR=140;WE=75936952;WS=75936934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	75948474	rs2252231	T	C	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=46;PP=2965;SC=CCTGACAGTGTCCCAGCTCCA;SOR=1.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=100;TCR=46;TR=146;WE=75948482;WS=75948464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	75948650	rs2431363	A	G	9203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=167;PP=2965;SC=TACTGATTCTATTGTGAAGGT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=147;TCR=167;TR=314;WE=75948658;WS=75948640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr5	75948685	rs2431362	G	A	7229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=140;PP=2965;SC=ACCATACCAAGTGCTTGGCTT;SOR=1.087;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=105;TCR=140;TR=245;WE=75948693;WS=75948675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	75948799	rs2455215	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=33;PP=984;SC=TGAATCCCAGTTCTGCTGCTC;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=33;WE=75948807;WS=75948789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	75949844	rs457127	C	A	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=48;SC=CTTAAGAAACCTCAGTGAAAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=75949852;WS=75949834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	75949876	rs466393	T	C	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=120;SC=GCTTTAGAGATTGATTATTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=75949884;WS=75949866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	75950193	rs462307	A	G	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=354;SC=TTGAATGGTGAACATGAACAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=75950201;WS=75950183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	75950707	rs465731	G	A	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=8;PP=755;SC=ATTCAAAAATGATGGAGTAGG;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=75950715;WS=75950697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	75950997	rs459846	G	A	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=51;PP=1428;SC=ACACAGAGGAGCACATGGTGA;SOR=3.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=61;WE=75951005;WS=75950987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	75960825	rs253092	G	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=647;SC=AATTAAAAAGGAGTAATCTCA;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=75960833;WS=75960815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	75960865	rs253093	T	C	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=16;PP=1306;SC=TAATTTCACATAGTAAAAAGC;SOR=2.194;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=61;WE=75960873;WS=75960855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	75961154	rs253094	A	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=265;SC=TGCTTTACATACATTATCTCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=75961162;WS=75961144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	75979727	.	G	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=54;PP=1526;SC=ATAGATAGCCGAAGCCTCATG;SOR=3.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=66;WE=75979735;WS=75979717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	76003254	rs463188	A	T	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	76003258	rs464494	C	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	76028124	rs168753	A	T	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	76115172	rs686868	G	A	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=44;PP=1338;SC=GATCCGGGCAGGTGTGCGAAG;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=76115180;WS=76115162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	76128521	rs616235	G	A	4830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=63;PP=2832;SC=ACAGGAACCAGTAGATCCTCT;SOR=1.172;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=165;WE=76128529;WS=76128511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	76129053	rs631465	T	C	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=51;PP=2502;SC=TGGTCACCATTCCTTTGTATG;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=104;WE=76129061;WS=76129043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	76171252	rs1320308	A	C	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=39;PP=1512;SC=TCTGGCAAGGAAAGGAAGAGA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=85;WE=76171260;WS=76171236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	76607627	rs11413850	C	CT	320.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.7015;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TAAATGGATACTTTTTTTTTA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=13;WE=76607635;WS=76607617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr5	76621612	rs4133658	A	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=289;SC=TAAAACGAATATCATTTATAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=76621620;WS=76621602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr5	76703374	rs3101866	A	G	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=48;PP=1532;SC=CATGGAGCTCAGTCTAGTGGA;SOR=1.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=76703382;WS=76703364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	76704849	rs186753	T	C	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=82;PP=2963;SC=ATGAAGATCCTCACACCAGTG;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=71;TCR=82;TR=153;WE=76704857;WS=76704839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	76708215	rs16874241	G	T	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=154;SC=TGAGCAGAGAGACTATGGCCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=76708223;WS=76708205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	76709249	rs335615	A	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=154;SC=CAGCTTTTTTAAAAAAAAATT;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=76709257;WS=76709239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	76709268	rs335616	A	G	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=160;SC=TTTTGTTACCAAATTGACTAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=76709276;WS=76709258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	76714380	rs2242159	C	T	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=501;SC=TCCCACTGTACCAGATGATAA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=76714388;WS=76714370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	76717583	rs13160107	A	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=685;SC=TGCCTGGCGAATTAACCCTTG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=76717591;WS=76717573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	76722442	rs62362531	C	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=37;PP=1010;SC=GTAGCGTAAACGAGAGGCCTT;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=76722450;WS=76722432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	76736884	rs12188735	A	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=362;SC=ATATAACTGAATGGAATGTCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=76736892;WS=76736874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	76926578	rs13357072	T	C	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=62;PP=2363;SC=TGGTCGTCTTTTTGCGCTTCT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=129;WE=76926586;WS=76926568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	77004275	rs352548	A	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=299;SC=ATACCAAAGTAGATATACTAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=77004283;WS=77004265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	77298619	rs11552314	A	T	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=189;SC=AGTGTATTCTACCCCCACTGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=77298627;WS=77298609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	77316456	rs187393876	C	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=677;SC=AGAGACTGTACAGGAATAAGC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=77316464;WS=77316446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	77412011	rs42360	A	G	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=65;PP=2193;SC=AAAACTTCTTAGCAGAATTCT;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=126;WE=77412019;WS=77412001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	77425028	rs6453373	A	T	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=27;PP=1323;SC=TCCACTCTTTACATTCGGAAC;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=75;WE=77425036;WS=77425018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	77461308	rs138987182	AGTT	A	171.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=62.13;NF=5;NR=0;PP=174;SC=TGAATTTCTTAGTTGTCAGTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=77461318;WS=77461298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	77473165	rs4532349	A	G	6053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=69;PP=2965;SC=TGACCTACCTATTGCTACGAA;SOR=1.471;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=137;TCR=70;TR=205;WE=77473173;WS=77473155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	77473419	rs10428660	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=328;SC=TGTCCCCCACTCCCAGTGCCC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=77473427;WS=77473409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	77745853	rs66744502	C	CA	2534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=22;PP=1221;SC=ATAACTGGGGCATTGGTAAGT;SOR=0.844;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=28;WE=77745870;WS=77745843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	77755035	rs6453391	T	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=9;PP=766;SC=TTACATCAACTTTTGCCTAAT;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=77755043;WS=77755025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	77784738	rs2241566	A	G	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=68;PP=2965;SC=GGCAGATCAGATTTTTCCCCT;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=104;TCR=68;TR=172;WE=77784746;WS=77784728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	78135276	rs25415	T	G	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=88;PP=2670;SC=AAGGGAATGTTAATTTCCTCT;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=53;TCR=89;TR=141;WE=78135284;WS=78135266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	78181477	rs1065757	C	T	7357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=119;PP=2965;SC=GCCAGCTTCACGAGTGTTGGC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=149;TCR=119;TR=268;WE=78181485;WS=78181467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr5	78340062	rs248384	T	C	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=41;PP=2891;SC=ACAGCCATCCTCCAGCCATGG;SOR=1.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=94;TCR=41;TR=135;WE=78340070;WS=78340052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	78340257	rs248385	C	G	10349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=196;PP=2965;SC=GGAGCACAGGCAGTTCTCGTT;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=162;TCR=198;TR=358;WE=78340265;WS=78340247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr5	78340286	rs532964	A	G	8137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=172;PP=2965;SC=TTCACTTCAGATATAGTCGAT;SOR=1.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=113;TCR=172;TR=285;WE=78340294;WS=78340276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr5	78340411	rs531982	T	C	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=824;SC=TGTCAGCCCATATATAAACAC;SOR=3.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=31;WE=78340419;WS=78340401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	78351636	rs2253262	A	C	5951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=116;PP=2965;SC=CCTTTACCTGACCAGTTTCTT;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=95;TCR=116;TR=210;WE=78351644;WS=78351626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	78373251	.	GA	G	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=2.022;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr5	78373431	rs682985	C	T	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=36;PP=1115;SC=AACACCCAGACGCAGGTTGGT;SOR=1.195;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=78373439;WS=78373421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	78416973	rs112263466	CA	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr5	78421780	rs694290	G	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=2;PP=853;SC=AATGAAAAAAGAACTTCCTGA;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=31;WE=78421788;WS=78421770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	78421959	rs3733890	G	A	6950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=131;PP=2965;SC=GAGGCTGCCCGACTGAAAGCT;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=118;TCR=131;TR=249;WE=78421967;WS=78421949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr5	78573790	rs13182512	A	T	7040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.717;SC=CTTGTATCAGATGGAGGATGA;SOR=0.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=136;TCR=111;TR=246;WE=78573798;WS=78573780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,258:1.00:259
chr5	78573970	rs16876598	T	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=600;SC=TGAAAGGCCATGCGTTATCCA;SOR=2.494;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=32;WE=78573978;WS=78573960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	78586914	rs10043008	G	T	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=14;PP=1350;SC=GTATTAAGTTGTTATTTGTCT;SOR=2.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=78586922;WS=78586904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	78596044	rs10514159	T	C	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=116;PP=2965;SC=ATTATTATGATCTGCAACTTC;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=110;TCR=116;TR=226;WE=78596052;WS=78596034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	78940783	rs16876991	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=406;SC=CTGGAGCCTCCAACCTTAGAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=78940791;WS=78940777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	78952691	rs67039976	G	A	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=27;PP=1690;SC=AAACCCTTATGGTCTTATACC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=90;WE=78952699;WS=78952681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	78977661	rs3736401	A	C	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=81;SC=ACATAAATCTAATAAAGATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=78977669;WS=78977651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	79084799	.	T	C	5553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=61;PP=2965;SC=TTTAGATCTTTCTCTGGAATC;SOR=1.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=128;TCR=61;TR=189;WE=79084807;WS=79084789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	79084949	rs2302979	G	C	6045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=123;PP=2965;SC=TTTGCACACAGTGAGCTATTT;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=80;TCR=123;TR=203;WE=79084957;WS=79084939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	79086627	rs2287676	C	T	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=712;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CCGGCATCCACGAAGGCCTTA;SOR=3.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=29;WE=79086635;WS=79086617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr5	79086649	rs259096	G	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=9;PP=1201;SC=CATGAGTGAAGTTTTCAGCTG;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=79086657;WS=79086639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	79281658	rs7734858	T	C	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=39;PP=1198;SC=TCGAATGCTCTAAAACTAAAC;SOR=2.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=79281666;WS=79281648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	79282544	rs2291524	C	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=10;PP=290;SC=GAAGAAGAAACGTAAAAATCC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=79282552;WS=79282534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	79286831	rs34727832	C	G	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=107;PP=2965;SC=CAGGTTGGGACTCGTCGGTGG;SOR=1.477;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=61;TCR=107;TR=168;WE=79286839;WS=79286821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	79351544	rs412379	G	A	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=10;PP=1436;SC=CACACCATTTGTTGACCCTCC;SOR=2.948;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=63;WE=79351552;WS=79351534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	79351735	rs423906	C	T	9811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=150;PP=2965;SC=GGGCCGGCTCCCTAGAGCTCT;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=184;TCR=150;TR=334;WE=79351743;WS=79351725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr5	79351852	rs438042	A	T	14253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr5	79351859	rs405482	GG	AA	13822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.54;SOR=1.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr5	79354147	rs368936	C	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=670;SC=GGTGTGGGCTCTTGGGCAGTT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=79354155;WS=79354137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	79354647	rs432267	C	G	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=79;PP=2285;SC=GAAAAGCCCTCGTCTTCTTAG;SOR=2.158;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=28;TCR=79;TR=107;WE=79354655;WS=79354637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	79354702	rs411943	C	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=46;PP=1238;SC=TGCCCAGGCACGGGGGCAGCC;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=79354710;WS=79354692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	79354728	rs434409	C	T	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=867;SC=GCCAGATCTCCGGGGGCCCAC;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=79354736;WS=79354718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	79355192	rs2434302	T	A	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=37;PP=2965;SC=TAGCTCCACATGGATTCTTTC;SOR=1.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=101;TCR=37;TR=137;WE=79355200;WS=79355182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	79355471	rs401302	C	T	4037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=64;PP=2965;SC=TTTGTTTTGCCTTCTGTATAT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=124;WE=79355479;WS=79355461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	79361402	rs10600128	CATAAT	C	2086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=36;PP=1832;SC=AACATGTGGGCATAATATATT;SOR=3.657;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=36;WE=79361414;WS=79361392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	79368016	rs256437	T	C	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=9;PP=1448;SC=CAGGCAGAAGTGACTCACCAT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=60;WE=79368024;WS=79368006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	79368048	rs3217460	TAGA	T	4891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=29;PP=2971;SC=CTCCAGCACCTAGAAGAAGTC;SOR=1.652;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=62;WE=79368058;WS=79368038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	79369213	rs3749685	G	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.59;QD=29.70;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	79373803	rs2288394	C	T	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=30;PP=2627;SC=ATGCAGCCCCCTTCCCTGCCA;SOR=2.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=91;TCR=30;TR=121;WE=79373811;WS=79373793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	79375724	rs2288395	G	C	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=47;PP=2209;SC=GTGTCATCATGCAGGCTGTGA;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=119;WE=79375732;WS=79375714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	79378447	rs59301311	T	TC	1617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=43;PP=794;SC=ATACCGCACTTCCCCCCCAAA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=44;WE=79378455;WS=79378437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	79412237	rs441009	T	C	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=45;PP=1476;SC=TCCAGATCACTATGAACCTTA;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=79412245;WS=79412227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	79473059	rs11429938	C	CT	3079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=16;PP=2660;SC=ATCAGAGGTACTTGGACTGCG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=60;WE=79473067;WS=79473049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	79551867	rs1966470	A	G	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=72;PP=2180;SC=AGCCTCGGCGAAGCGCCTAGG;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=116;WE=79551875;WS=79551857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	79595404	rs33987570	CA	C	128.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=75;SC=ACTCCAGCCACAAAAAAAACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=79595412;WS=79595397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	79595942	rs11741016	G	A	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=71;PP=2582;SC=GCCCACCATGGCCATCTCCTG;SOR=1.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=128;WE=79595950;WS=79595932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	79596021	rs11738780	T	C	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=47;PP=2124;SC=ATGACTGTGGTGGTGAAGCTG;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=114;WE=79596029;WS=79596011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	79596175	rs11738835	T	C	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=69;PP=1880;SC=TCCATCACAATGCCAGCTATG;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=123;WE=79596183;WS=79596165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	79596209	rs11747861	C	T	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=57;PP=1872;SC=AGGGACAGCACGGCCTGGATG;SOR=1.168;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=79596217;WS=79596199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	79596274	rs35486429	C	T	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=35;PP=1083;SC=GTCATCTTCTCGCAGTTGTCC;SOR=1.410;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=59;WE=79596282;WS=79596264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	79616083	rs1862136	G	C	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=81;PP=2965;SC=CTCCAAAACCGTTAACCCTAC;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=111;TCR=81;TR=192;WE=79616091;WS=79616073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr5	79616936	rs35337118	A	C	7731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=120;PP=2965;SC=TCGGCTAAGCATGAGCTGGAG;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=149;TCR=120;TR=269;WE=79616944;WS=79616926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr5	79731608	rs2544599	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=9;PP=424;SC=TGCTCAGGCTGGTCTTGAACT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=79731616;WS=79731598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	79733079	rs2544600	T	C	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=59;PP=2189;SC=CAGAATGATATCAGTTCTGAA;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=115;WE=79733087;WS=79733069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	79734297	rs259028	T	C	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=46;PP=2551;SC=ATTTGTGAAATAGTTGATAAA;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=70;TCR=46;TR=116;WE=79734305;WS=79734287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	79734409	rs259029	G	A	7581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=99;PP=2965;SC=ATCAATTATCGGTCTCTGATA;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=149;TCR=99;TR=248;WE=79734417;WS=79734399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr5	79735858	rs168939	A	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=20;PP=663;SC=AAAGGTGAGTATTAACTTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=79735866;WS=79735848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	79739685	rs259033	G	A	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=98;PP=2810;SC=CAGACTTCCAGCCTGGCATCC;SOR=1.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=56;TCR=98;TR=154;WE=79739693;WS=79739675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	79741018	rs259034	T	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=4;PP=955;SC=TTCACAATCTTTTTGGCATTA;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=79741026;WS=79741008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	79743821	rs2251759	T	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=4;PP=647;SC=TGATTTGTTATTTTTTTTATT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=79743829;WS=79743811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	79745469	rs249038	A	G	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=37;PP=1588;SC=TGAAGGTGAAAGCTTTCATCC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=84;WE=79745477;WS=79745459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	79747291	rs249039	A	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=9;PP=930;SC=TTTACTAATGATTTTATTTGC;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=79747299;WS=79747281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	79751332	rs249040	A	G	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=62;SC=CAGCCTGGGCAACAGAGTGAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=79751340;WS=79751325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	79773028	rs166062	T	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=32;PP=1711;SC=AGAATTTTTTTTTTTTCTAGG;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=95;WE=79773036;WS=79773018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	79815658	rs369998	T	C	10923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=183;NR=190;PP=2965;SC=GACACCGTGATATCCTTCTTT;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=373;TCF=183;TCR=190;TR=373;WE=79815666;WS=79815648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr5	79855372	rs32857	A	G	8820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=156;PP=2965;SC=CCCACAGGGCAACTTTGCTGT;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=152;TCR=156;TR=308;WE=79855380;WS=79855362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr5	79855876	rs187262	T	C	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=82;PP=2013;SC=TTATCAAAGATGGCAAAGACC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=133;WE=79855884;WS=79855866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	79933933	rs1677697	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=26;PP=817;SC=TCATCATAAATATGAATCCTT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=79933941;WS=79933923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	79945711	rs836821	C	A	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=19;PP=994;SC=TGGTTTTGCTCTACATTGTTT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=79945719;WS=79945701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	79950389	rs151182735	GC	G	2581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=34;PP=1267;SC=TGGCCGCCCCGCCCCCCTCGT;SOR=1.460;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=42;WE=79950411;WS=79950372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	79950403	rs10168	C	T	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=32;PP=1097;SC=CCCTCGTCCCCATTTGTGCAG;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=79950411;WS=79950372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	79950497	rs2250063	C	T	7019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=33;PP=2965;SC=CGGCCGCGGGCTCGCGCTCCT;SOR=2.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=115;TCR=33;TR=147;WE=79950505;WS=79950487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	79950512	rs1105524	A	G	8136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=145;NR=44;PP=2965;SC=GCTCCTCGCCAGGCCCTGCCG;SOR=2.082;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=147;TCR=44;TR=189;WE=79950520;WS=79950502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	79950699	rs201874762	TGCAGCGGCTGCAGCGGCC	T	12319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=135;PP=2978;ReadPosRankSum=1.668;SC=ACCCTGGCGCTGCAGCGGCTG;SOR=1.442;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=299;TCF=22;TCR=277;TR=147;WE=79950724;WS=79950689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,454:0.99:458
chr5	79950741	rs144629981	GCCCCCAGCT	G	8281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=6;HapScore=1;MGOF=211;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.267;NF=6;NR=159;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CGCCCCCAGCGCCCCCAGCTC;SOR=2.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=6;TCR=160;TR=165;WE=79950757;WS=79950731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr5	79950781	rs1650697	A	G	4865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.66;QD=29.85;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	79952154	rs1382539	G	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=547;SC=TCAGTTGTAAGGTTTAAATTG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=20;WE=79952173;WS=79952144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	79952165	rs1382540	C	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=653;SC=GTTTAAATTGCTTCACATACG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=79952173;WS=79952144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	79952390	rs1643639	T	C	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=112;PP=2965;SC=CAGTCATGGCTCTGGTATTCT;SOR=1.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=70;TCR=112;TR=182;WE=79952398;WS=79952380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	79952426	rs1650694	G	C	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=84;PP=2663;SC=GCAGAAGAGCGTATTAGAATT;SOR=1.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=44;TCR=84;TR=128;WE=79952434;WS=79952416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	79952541	rs1677667	C	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=235;SC=GGTAGAGCTACAATTCTGCAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=79952549;WS=79952531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	79960955	rs1382543	G	A	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=28;PP=1379;SC=CTTATTTGCTGCCTAAGAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=79960963;WS=79960945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	79961241	rs1824837	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=271;SC=CTGAAGTACTGTCAGGTTCTC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=79961249;WS=79961231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	79968258	rs1650648	T	A	7091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=148;PP=2965;SC=TGTAAGGTGGTAGGTAGGCTT;SOR=1.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=80;TCR=148;TR=228;WE=79968279;WS=79968248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	79968271	rs1677653	A	G	5739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=128;PP=2965;SC=GTAGGCTTCAATTGGTTTAGA;SOR=1.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=60;TCR=128;TR=188;WE=79968279;WS=79968248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	79968330	rs1677654	G	A	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=45;PP=1341;SC=TTAGTATTATGTATTTATGAG;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=56;WE=79968338;WS=79968320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	79968496	rs1677655	C	T	5003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=23;PP=2965;SC=TTAAACATTTCGAAATGAGTT;SOR=3.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=138;TCR=23;TR=161;WE=79968504;WS=79968486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	79974646	rs836807	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=396;SC=TACATACTCCTGAGTGTATCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=79974654;WS=79974636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	79974983	rs836806	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=22;PP=618;SC=CTGATACTTATTAAAGTTGCT;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=30;WE=79974991;WS=79974973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	80021193	rs245016	C	T	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=19;PP=1316;SC=TTTTTTTTTCCTCTTCTGGCC;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=80021201;WS=80021183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	80338581	rs6453538	G	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	80366202	rs11745040	G	A	7702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=174;NR=99;PP=2965;SC=TAAAAAGTGGGTGTTTCCTGA;SOR=1.363;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=174;TCR=99;TR=273;WE=80366210;WS=80366192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr5	80376142	rs27650	T	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=35;PP=1071;SC=AGCTTCTGTATCCCGGGACCC;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=80376150;WS=80376132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	80512974	rs6868762	G	T	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=49;PP=1528;SC=TAGTAAAGCAGGGGCTGTCAT;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=80512982;WS=80512964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	80552871	rs2270823	G	A	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=54;PP=1737;SC=ATGTTTTTGAGATCACCTGCT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=101;WE=80552879;WS=80552861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	80552960	rs10525993	AGTGTGTGTGTGTGTGTGT	A	388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=3000;SC=CTACTTGGAAAGTGTGTGTGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=80552985;WS=80552950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	80562120	rs545	G	A	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=78;PP=2172;SC=CTGCTGGTACGACAGACATAA;SOR=2.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=18;TCR=78;TR=96;WE=80562128;WS=80562110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	80604430	rs1055383	C	T	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=19;PP=1100;SC=ATTGCCCCGCCGCCCTTGAAA;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=80604442;WS=80604420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	80631511	rs6452399	G	A	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=6;PP=1160;SC=GGACGATGGAGATGGACTTCA;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=80631519;WS=80631501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	80631642	rs10371	C	T	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=122;PP=2965;SC=AGACGATAAGCCAAATGTGCT;SOR=0.797;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=269;TCF=143;TCR=126;TR=265;WE=80631650;WS=80631632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	80640919	rs147835552	TGCACACCGCTGCCACCTCCTC	T	679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=2957;SC=AGGCCCTCCTTGCACACCGCT;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=80640947;WS=80640909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	80689953	rs13178695	C	A	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	80736444	rs9596	A	G	8920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=145;NR=167;PP=2965;SC=CTGACCCAGGACCCATTGGAA;SOR=0.926;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=145;TCR=167;TR=312;WE=80736452;WS=80736434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr5	80756855	rs6893826	A	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	81006377	rs13156146	G	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=524;SC=TAATATGAGGGGCTGATAGGT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=81006385;WS=81006367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	81474225	rs9293290	A	T	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=0;PP=820;SC=AAGTCATGATATTCTTCCAGG;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=81474233;WS=81474215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	81538528	rs12654645	C	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=15;PP=962;SC=ATCATTGTAACCTAGAATTTT;SOR=1.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=53;WE=81538536;WS=81538518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	81549216	rs1864183	C	T	7725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=141;PP=2965;SC=GCCAAAGCAACGTCTCAGGAT;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=133;TCR=141;TR=274;WE=81549224;WS=81549206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	81549240	rs1864182	C	A	6991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=139;PP=2965;SC=CGAAATGTCCCTTAACAAGGT;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=108;TCR=140;TR=247;WE=81549248;WS=81549230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr5	81549280	rs1864181	C	T	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=92;PP=2667;SC=AATGTTTTGCCGTTACAAAGA;SOR=1.470;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=50;TCR=92;TR=142;WE=81549288;WS=81549270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	81572184	rs226200	G	C	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=52;PP=2111;SC=GCCACCCCAAGAACAGAAGGT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=112;WE=81572192;WS=81572174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	81572464	rs226199	G	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=14;PP=405;SC=CTGAGCTGAAGTCCTGTGATG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=81572472;WS=81572454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	81573992	rs226198	C	T	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=20;PP=1661;SC=CGCCGGACCACGTGCCTCCTG;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=86;WE=81574000;WS=81573982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	82136064	rs113309601	T	TTCTTC	2090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=29;PP=1389;SC=TTTTTGCTTCTTCTTTGCCTT;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=29;WE=82136072;WS=82136054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	82817894	.	C	T	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=2.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,88:0.24:365
chr5	82833145	rs2548541	G	A	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=142;NR=138;PP=2965;SC=CACCTTCTCAGAATTTCTCGG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=142;TCR=138;TR=280;WE=82833153;WS=82833135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr5	82833369	rs309559	A	G	9911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=118;PP=2965;SC=GGAACAGCCAAAAAAGGGGCA;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=108;TCR=119;TR=226;WE=82833377;WS=82833359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	82833391	rs16900528	A	G	10006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=107;PP=2965;SC=AATCAGTCACAGAGAGAGATA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=113;TCR=109;TR=220;WE=82833399;WS=82833381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	82834630	rs309557	T	C	11031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=1.671;SC=ATTTCAGTGGTGACTTTAGAG;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=395;TCF=194;TCR=201;TR=393;WE=82834638;WS=82834620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,415:1.00:417
chr5	82835545	rs160279	A	G	9520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=170;NR=153;PP=2965;SC=AAGGCATGAGACCAACAATTC;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=170;TCR=153;TR=323;WE=82835553;WS=82835535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr5	82835724	rs160278	T	A	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=106;PP=2965;SC=ATTGAAGACTTTAACAGAATG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=108;TCR=106;TR=214;WE=82835732;WS=82835714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr5	82843711	rs3842065	T	TATC	992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=893;SC=TCTTGTATGTTATCTTGCAAC;SOR=4.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=17;WE=82843719;WS=82843701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	82849120	rs6873404	T	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=16;PP=1355;SC=TAACACTTGGTTGGGGGTGCC;SOR=2.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=67;WE=82849128;WS=82849110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	82875800	rs308365	C	T	5037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=43;PP=2965;SC=TTCCTTTAGTCGCTTGCGGCC;SOR=2.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=126;TCR=43;TR=168;WE=82875808;WS=82875790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	82940273	rs2242128	C	G	6995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=117;PP=2965;SC=CTGTGTTCTGCCCCCCACAGG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=132;TCR=117;TR=248;WE=82940281;WS=82940263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	82940506	rs41271133	G	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.14;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	82940510	rs1457081	T	C	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	83433002	.	TAC	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=9.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.435;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,15:0.18:85
chr5	85582712	rs2964837	T	C	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.29;QD=27.93;SOR=1.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	85586579	rs10066606	T	C	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=3;PP=896;SC=CAGGGATGGGTGTTCCGGGAT;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=85586587;WS=85586569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	86629061	.	CT	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.266;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr5	86667856	rs35014912	G	GA	871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.358;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.550;NF=25;NR=11;PP=376;ReadPosRankSum=0.619;SC=TGTTGAATTTGAAAAAAAAAA;SOR=1.432;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=36;WE=86667864;WS=86667846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr5	86705005	.	TTC	T	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.4999;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=23;QD=10.3333333333;SC=AGGAAGTCAGTTCTCTCTCTC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=3;WE=86705014;WS=86704995;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,3:0.15:20
chr5	87493384	rs143962514	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=11;PP=1053;SC=TTTTAAAAAGAGAAACAATTT;SOR=2.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=87493392;WS=87493374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	87497977	rs358289	C	T	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=24;PP=852;SC=AGTTAAATAACCTGCCTCAAA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=57;WE=87497985;WS=87497967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	87498027	rs3099436	G	A	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=22;PP=654;SC=GTTTGAACCAGTTCTGTCTGA;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=87498035;WS=87498017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	87498069	rs3098676	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=491;SC=TTCTACAAGGCTAACAGATCA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=87498077;WS=87498059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	87498128	rs3099435	T	A	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=158;SC=CCTCACCATCTTCTTCTGCTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=87498136;WS=87498118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	87498849	rs3097146	G	A	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=16;PP=542;SC=ACCCAGAGCAGAACCATAAAT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=87498857;WS=87498839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	87503087	rs34534189	GACT	G	1648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=1186;SC=AATAAAATTTGACTACAACAT;SOR=2.362;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=25;WE=87503097;WS=87503077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	87968912	.	CA	C	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.754;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.403;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr5	88025845	rs34297769	CA	C	319.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.500;NF=18;NR=0;PP=277;ReadPosRankSum=-1.332;SC=AATATTGAAACAAAAAAAAAA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=18;WE=88025853;WS=88025835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr5	88416255	rs376349529	AAC	A	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=0.111;SC=TACATACACAAACACACACAC;SOR=0.467;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=3;WE=88416264;WS=88416245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr5	89705390	rs10041922	T	A	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=115;NR=51;PP=2965;SC=CCAAACGTCCTCCCTTCCACA;SOR=1.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=115;TCR=52;TR=166;WE=89705398;WS=89705380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	89705752	rs11315430	GC	G	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=454;SC=ACCTCCTAACGCCCCCCCGCC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=15;WE=89705760;WS=89705745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	89769647	rs3763072	G	A	17272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=317;NR=291;PP=2965;SC=GCCCGCGGGGGCCCATTACCA;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=609;TCF=318;TCR=291;TR=608;WE=89769655;WS=89769637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,632:1.00:632
chr5	89769728	rs2162986	T	C	14126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=224;NR=251;PP=2965;SC=GGGCTGGGCGTCCGCACCACC;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=476;TCF=225;TCR=251;TR=475;WE=89769736;WS=89769718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr5	89814604	rs1305059	G	GTGACC	2023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=1583;SC=AGATGCACATGTGACCACTAA;SOR=3.716;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=26;WE=89814612;WS=89814594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	89815312	rs34548009	G	GA	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=35;PP=687;ReadPosRankSum=-1.498;SC=CTGTGGGGGGGAAAAAAAAGC;SOR=0.772;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=38;WE=89815320;WS=89815302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr5	89816299	rs171790	C	A	11547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=225;PP=2965;ReadPosRankSum=0.713;SC=TAAAAAGAGGCTAAATGCAGA;SOR=0.377;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=398;TCF=172;TCR=226;TR=397;WE=89816307;WS=89816286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,424:1.00:425
chr5	89820802	rs7722900	C	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=183;SC=TTTCAGTGTGCGTAAACAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=89820810;WS=89820792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	89820984	rs10069050	T	C	8385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=98;PP=2965;SC=TGGATCGAAGTTCATACACTT;SOR=1.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=179;TCR=98;TR=276;WE=89820992;WS=89820974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr5	89924976	rs2366771	C	A	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=494;SC=AGAGTTTGATCATCTCAGATG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=89924984;WS=89924966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	89925410	rs56360530	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=472;SC=AGTGTACTAACCTGTGTGAAA;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=89925418;WS=89925400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	89931159	rs3838659	CA	C	5248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=90;PP=2957;SC=AAGTAATGTACAGACACTATT;SOR=1.875;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=9;TCR=94;TR=99;WE=89931167;WS=89931149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	89938434	rs1344030	G	T	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=12;PP=783;SC=GGTGCCATTTGTCTCTCTGAC;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=89938442;WS=89938424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	89938587	rs2366773	C	T	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=33;PP=2712;SC=AAAGTAAGTACGAAAAAAACT;SOR=2.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=91;TCR=33;TR=124;WE=89938595;WS=89938577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	89940489	rs16868901	C	G	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=34;PP=2921;SC=TTTCGTATGTCTTCATATGTA;SOR=2.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=102;TCR=34;TR=136;WE=89940497;WS=89940479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	89940771	rs16868903	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=468;SC=ATCTGGTAATATATTTTGTGA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=89940779;WS=89940761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	89941743	rs2366776	T	C	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=9;PP=1061;SC=GTAATTTATATGTATAAGTCA;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=89941751;WS=89941733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	89943433	rs950692	A	G	12536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=250;PP=2965;SC=AGGCTACTGCAAGAGAGAGAG;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=476;TCF=224;TCR=252;TR=472;WE=89943441;WS=89943408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,474:0.99:477
chr5	89943571	rs2366777	G	T	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=61;PP=1591;SC=TAATCCTCTTGAATTCAACAG;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=75;WE=89943579;WS=89943561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	89968626	rs1028191	A	T	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=45;PP=1507;SC=GCAGCTTTTGATTGAAGTGTC;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=89968634;WS=89968616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	89979589	rs4916684	G	A	5836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=103;PP=2965;SC=CTCTGTGTCAGTCCTCAGTGT;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=204;WE=89979606;WS=89979579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr5	89979691	rs41303352	A	G	5684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=117;NR=72;PP=2965;SC=TTCTGAGAAAAACAGACCTGT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=117;TCR=72;TR=189;WE=89979699;WS=89979681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	89979750	rs16868972	G	T	8132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TAATAAGGTTGAAAGGCCTCA;SOR=0.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=181;TCR=110;TR=289;WE=89979758;WS=89979740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,304:1.00:305
chr5	89990324	rs1878878	A	G	12712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=209;NR=217;PP=2965;SC=GTGATCTACAATATTAGTCCC;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=428;TCF=210;TCR=218;TR=426;WE=89990332;WS=89990314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr5	89990545	rs10068473	C	A	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=109;PP=2965;SC=AATGAATTTCCGTTGCCCCAG;SOR=1.408;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=64;TCR=109;TR=173;WE=89990553;WS=89990535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	89999735	rs11959270	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=11;PP=300;SC=GACCTACTTCGTATGAATTCT;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=89999743;WS=89999725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	90001368	rs6880570	T	G	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=60;PP=1610;SC=CAATTCAGCTTTTCATCAACA;SOR=2.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=82;WE=90001376;WS=90001358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	90001988	rs1160121	G	T	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=11;PP=1971;SC=AAATTCACAAGGGGATATTAT;SOR=3.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=71;TCR=11;TR=82;WE=90001996;WS=90001978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	90002220	rs60522638	C	CT	828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.177;HP=13;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=52;PP=572;ReadPosRankSum=-1.095;SC=AGGTAAAACTCTTTTTTTTTT;SOR=1.730;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=106;TCF=8;TCR=98;TR=54;WE=90002228;WS=90002210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr5	90007196	rs7732169	C	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=605;SC=AATCATTATTCCTTGAGAATT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=90007204;WS=90007186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	90012614	rs10067181	A	T	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=115;SC=TTTCTCTTAGATGAGCACTCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=90012622;WS=90012604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	90015792	rs6881412	C	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=10;PP=1357;SC=CAGAAATGTTCAGTAGATTTC;SOR=2.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=60;WE=90015800;WS=90015782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	90016129	rs6452906	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=238;SC=GGAAATTGATATCTGATTATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=90016137;WS=90016119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	90016871	rs16869032	G	A	6001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=117;PP=2965;SC=ACAGCCTTTGGCATGAGTATG;SOR=1.210;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=86;TCR=117;TR=203;WE=90016879;WS=90016861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr5	90020868	rs7723259	A	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=9;PP=409;SC=TTAGATGTATAATGAATAACT;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=90020876;WS=90020858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	90021292	rs16869043	A	G	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=26;PP=1155;SC=ATTTTAACTCATGCTATTAGT;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=90021300;WS=90021282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	90021499	rs4916815	G	T	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=555;ReadPosRankSum=1.665;SC=AATGAAGTGGGTTTTTTTTTG;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=25;WE=90021507;WS=90021489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr5	90024735	rs2366928	G	A	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=36;PP=1060;SC=AATATTTGCCGAAAATGTCTT;SOR=1.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=90024743;WS=90024725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	90025687	.	A	AT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.479;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr5	90041091	rs116184119	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=25;PP=659;SC=AGGTAGGTTCAACATTTTTTG;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=25;WE=90041099;WS=90041081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	90059001	rs881289	T	A	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=316;SC=ACATGATAATTACATGTAACA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=90059009;WS=90058991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	90059406	rs2049009	A	G	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=187;SC=ATATTGCATAATGCTGGGGTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=90059414;WS=90059396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	90085734	.	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=234;ReadPosRankSum=-1.039;SC=AGAGGGACAGGGAAACTGCAT;SOR=0.787;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=16;WE=90085742;WS=90085724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr5	90101383	.	A	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=399;SC=GTAGTTTTCGAATACAATGCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=90101391;WS=90101373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	90107108	rs2438374	A	G	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=93;PP=2965;SC=ATTGTGGAGGAGAAGGATGAT;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=173;WE=90107116;WS=90107098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	90119324	rs2438378	G	A	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=77;PP=2577;SC=GGTAAACCTGGTGGAGGAACT;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=136;WE=90119332;WS=90119314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	90151589	rs2247870	G	A	7531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=115;PP=2965;SC=TTGCAAAGTGGTTGAGGAAAC;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=143;TCR=115;TR=257;WE=90151597;WS=90151579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr5	90449031	rs7726023	T	C	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=77;PP=2965;SC=CATCCCAATCTAAAAAGGTGC;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=92;TCR=77;TR=169;WE=90449039;WS=90449021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	90669400	rs6452952	A	T	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=160;SC=TGTTCTGTTAACATGATAATC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=90669408;WS=90669392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	90672711	rs62376564	T	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	93388777	rs148770534	T	TATAG	875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=469;SC=TTGCATATACTATAGATAGAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=9;WE=93388785;WS=93388767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	93410244	rs7732578	C	T	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=7;PP=1007;SC=ACTTTAGGTACTTATATTCTT;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=93410252;WS=93410234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	93722050	rs29913	G	T	7004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=135;PP=2965;SC=TTAAAGGTCGGATGGGTAATG;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=121;TCR=135;TR=256;WE=93722058;WS=93722040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	93731985	rs308207	A	G	14834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=256;NR=255;PP=2965;SC=ATCTGTCAAGAGAGGCACCTG;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=511;TCF=256;TCR=255;TR=511;WE=93731993;WS=93731975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr5	93732334	rs308206	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=498;SC=GATCAAGTGCCTGACATATTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=93732342;WS=93732324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	93753017	rs29910	C	T	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1986;ReadPosRankSum=0.929;SC=TTAAAGATGGCTTCCATCAAG;SOR=0.399;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=105;WE=93753025;WS=93753007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr5	93788906	rs2042001	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=321;SC=GAGACAGAGTCTTGCTCTGTC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=93788914;WS=93788896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	93987532	rs6891545	C	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=30;PP=817;SC=CCTTTGGAAGCCATACATATG;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=93987540;WS=93987522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	93998112	rs10684163	G	GTTA	6264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=79;PP=2974;SC=TTTGTGTTTTGTTATTAGTTA;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=1;TCR=97;TR=80;WE=93998120;WS=93998102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	94006023	rs7709494	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=527;SC=TTCTAAATTTTGGTTGTTTTT;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=94006031;WS=94006013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	94006794	rs61141017	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	94006802	rs56813337	A	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.65;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	94014800	rs1549179	T	A	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=132;SC=ACACATAGATTCACACACACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=94014808;WS=94014790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	94022491	rs113089557	TTTAG	T	1912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.80;QD=40.70;SOR=4.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	94043353	rs7735924	G	T	7105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=165;PP=2965;SC=AATGAGAGACGGTGCTTGGGG;SOR=1.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=71;TCR=166;TR=236;WE=94043361;WS=94043343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	94046387	rs306573	A	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=7;PP=820;SC=ATTTTTAACCAACCTGTCTCT;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=94046395;WS=94046377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	94114594	rs255372	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=687;ReadPosRankSum=0.653;SC=TTGTTTGTTCTTGGCAGAAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=25;WE=94114602;WS=94114584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr5	94114937	rs76995120	C	G	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=126;PP=2965;SC=CATTTTGAACCTTTTGGAAAT;SOR=1.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=57;TCR=127;TR=182;WE=94114945;WS=94114927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	94619545	rs5869672	G	GC	3011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=1460;SC=CTCCGGCCGCGCCACCGGCAC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=32;WE=94619553;WS=94619535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	94741741	rs253714	C	A	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=24;PP=1907;SC=TGACATTTCACGGAGTCAGAA;SOR=1.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=89;WE=94741749;WS=94741731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	94741837	rs253715	A	G	6851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=102;PP=2965;SC=CTCCCAAGCTATCTCTTGTCC;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=135;TCR=102;TR=236;WE=94741845;WS=94741827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr5	94741973	rs253716	T	G	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=79;PP=2593;SC=GGAAGGGAAATGAATGGAACT;SOR=1.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=134;WE=94741981;WS=94741963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	94772540	rs6878669	C	T	14109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=261;PP=2965;ReadPosRankSum=1.078;SC=AACTGCCAGTCCTGAGCAAAC;SOR=0.346;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=509;TCF=248;TCR=261;TR=508;WE=94772548;WS=94772530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,526:1.00:527
chr5	94784082	rs148203459	T	C	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=52;PP=2187;ReadPosRankSum=1.127;SC=GTAAAGCATATGGAAAATAAA;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=79;TCR=54;TR=131;WE=94784090;WS=94784072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr5	94805685	.	CT	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.597;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr5	95011189	rs55796768	A	G	19369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=359;NR=313;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.308;SC=CCTTAGCTCTAAAAGTCTGCA;SOR=0.534;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=676;TCF=361;TCR=315;TR=672;WE=95011197;WS=95011179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,705:1.00:708
chr5	95011426	rs2548125	A	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=38;PP=1056;SC=ACTGACTACTATATAACTACA;SOR=5.283;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=40;WE=95011434;WS=95011416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	95018382	rs34895	G	T	6481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=63;PP=2965;SC=TGTTTCAAAAGAACATGAAAC;SOR=1.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=156;TCR=63;TR=219;WE=95018390;WS=95018372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr5	95124328	rs3822753	T	G	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=14;PP=2332;SC=TGTCACAGTATACTGAAAGCT;SOR=3.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=80;TCR=14;TR=94;WE=95124336;WS=95124318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	95159822	rs3756705	G	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=571;SC=CGTGGTCAGGGCTCCGGACTT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=95159830;WS=95159812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	95414786	rs5869706	T	TTAAAA	4304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=17;PP=2973;SC=ACCCATGCACTTAAAGTTAAA;SOR=2.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=55;WE=95414801;WS=95414776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	95730461	rs11741888	C	T	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=21;PP=2965;SC=TTATCCTCCCCATCCATGTTT;SOR=3.450;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=132;TCR=21;TR=152;WE=95730469;WS=95730451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	95761432	.	TAA	T,TA	784.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.610;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.456;QD=15.39;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,19,25:0.37,0.49:51
chr5	95998024	.	G	GCTCC	1735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.16;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,41:0.85:48
chr5	95998357	.	G	GGCAGGTGGCAGCAGGTGGCT	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=728;SC=GCCGCTGCCAGGCAGGTGGCT;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=95998365;WS=95998347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	96062617	rs17478897	C	T	10106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=197;PP=2965;SC=TTACATCACCCGCTCAGCATG;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=342;TCF=145;TCR=197;TR=342;WE=96062625;WS=96062607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr5	96066366	rs17400685	C	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=484;SC=GCAAACATTCCCTTATGGTGT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=96066374;WS=96066356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	96066576	rs17400741	C	G	9785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=165;PP=2965;SC=TGAGCACACACAAGCAGACGG;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=337;TCF=172;TCR=165;TR=337;WE=96066584;WS=96066566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr5	96066652	rs151904	C	T	8507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=171;PP=2965;SC=AACCTATCATCTGGCAAAACT;SOR=1.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=126;TCR=171;TR=297;WE=96066660;WS=96066642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr5	96078309	rs26503	G	A	6001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=130;NR=70;PP=2965;SC=TGGATTGTTCGGGCTCCAGAG;SOR=1.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=130;TCR=70;TR=200;WE=96078317;WS=96078299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	96078337	rs10515244	C	G	6941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=92;PP=2965;SC=TTTTCATGCACAGGATTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=137;TCR=92;TR=229;WE=96078345;WS=96078327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	96079402	rs26506	C	T	8451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=162;NR=132;PP=2965;SC=AGCTTTGTGACGGTGAACGCA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=162;TCR=132;TR=294;WE=96079410;WS=96079392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr5	96089658	rs27583	G	A	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=15;PP=1591;SC=AAAAGATAGCGTGTGCCTTTT;SOR=2.568;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=72;WE=96089666;WS=96089648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	96101066	rs11399505	T	TA	593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=51;PP=2411;SC=AATTCACTAATAGTGAAATTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=51;WE=96101074;WS=96101056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	96107202	rs27689	G	T	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=24;PP=2132;SC=TCACAATATTGTGGCCAGATG;SOR=2.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=82;TCR=24;TR=106;WE=96107210;WS=96107192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	96116031	rs71978924	AACTC	A	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=971;SC=ATCCATTTCTAACTCACCACA;SOR=4.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=18;WE=96116042;WS=96116024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	96116940	rs27042	G	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=51;PP=1569;SC=GCAATGAATAGGTGATGAAAC;SOR=1.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=96116948;WS=96116930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	96117300	rs27043	G	A	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=17;PP=1982;SC=AGCAGGATAGGCAATTCCTGG;SOR=2.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=84;WE=96117308;WS=96117290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	96118852	rs27044	G	C	9662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=190;PP=2965;SC=AGTAGTAGTTGACTCCGCAGC;SOR=1.185;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=323;TCF=132;TCR=191;TR=322;WE=96118860;WS=96118842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr5	96119579	.	A	ACT	767	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=25;MQ=59.8;NF=20;NR=0;PP=767;QD=39.55;SC=AATGATTAACACTTTTTAACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=20;WE=96119587;WS=96119569;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,20:0.87:23
chr5	96121370	rs11386832	T	TA	2986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=10;PP=2936;SC=TAGAAGAACTTAAAGGAAAAC;SOR=3.792;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=74;TCR=12;TR=78;WE=96121378;WS=96121360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	96121406	rs469876	A	G	5373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=50;PP=2965;SC=GTTATCAATCAATCATTTTTG;SOR=2.268;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=195;TCF=145;TCR=50;TR=194;WE=96121414;WS=96121396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	96121524	rs469783	C	T	18719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=349;NR=293;PP=2965;ReadPosRankSum=1.725;SC=TAATGAGACTCGCCCGATCAT;SOR=0.504;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=645;TCF=350;TCR=295;TR=642;WE=96121532;WS=96121513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,682:1.00:685
chr5	96121715	rs469758	C	T	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=120;PP=2965;SC=ATTTGCTCCCCTGCCTGAAGA;SOR=3.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=17;TCR=120;TR=137;WE=96121723;WS=96121705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	96122260	rs30379	T	G	3624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=59;PP=2120;SC=GTACCTAAAATAAAGGAGAGG;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=116;WE=96122268;WS=96122250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	96122281	rs30380	A	C	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=51;PP=1810;SC=TGGATTGTTCATTTGTTGATT;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=98;WE=96122289;WS=96122271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	96124330	rs30187	T	C	9972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=216;NR=127;PP=2965;SC=GGGAAAACCCTTCTGCAGTGT;SOR=1.312;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=343;TCF=216;TCR=127;TR=343;WE=96124338;WS=96124320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr5	96124447	rs30186	G	C	13410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=210;NR=271;PP=2965;SC=TAAGAAAAGAGAGAACACCAG;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=482;TCF=210;TCR=272;TR=481;WE=96124455;WS=96124437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr5	96125910	rs26510	C	T	6802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=47;PP=2965;SC=TAATCAAGGACCTCAGAAAGT;SOR=2.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=177;TCR=47;TR=224;WE=96125918;WS=96125900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	96126197	rs27710	A	G	13299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=1.644;SC=ATGCAGAGATATTCAAAAACA;SOR=0.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=465;TCF=226;TCR=239;TR=463;WE=96126205;WS=96126187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,486:1.00:487
chr5	96126308	rs27529	A	G	5468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=134;PP=2965;SC=ATGCGTCAGCACTAAGATACT;SOR=1.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=59;TCR=135;TR=193;WE=96126316;WS=96126298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	96127905	rs27640	T	C	8298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=190;PP=2965;SC=CCTATTGAGATAGAAAAAAGA;SOR=1.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=101;TCR=191;TR=291;WE=96127913;WS=96127895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr5	96129512	rs27434	A	G	6004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=65;PP=2965;SC=ATACCTGGTGAGCCAGTTCAT;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=137;TCR=65;TR=202;WE=96129520;WS=96129502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr5	96130836	rs26618	T	C	15358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=276;NR=260;PP=2965;SC=CTGCTTGATTTATCTTGTCTG;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=536;TCF=276;TCR=260;TR=536;WE=96130844;WS=96130826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr5	96139250	rs26653	C	G	8771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=151;NR=144;PP=2965;SC=TTGCTCCTGACGGGGGTGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=298;TCF=152;TCR=146;TR=295;WE=96139258;WS=96139239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr5	96158804	.	T	C	5236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=98;NR=89;PP=2965;SC=CCATGTGGGATCCCCCAGCGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=187;WE=96158812;WS=96158794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	96219738	rs113814029	T	TTATC	265.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=37.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	96253104	rs1363908	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=647;SC=GGATTACAGGTGTGAACCACC;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=96253112;WS=96253094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	96322419	rs38034	C	T	13969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=186;NR=301;PP=2965;SC=TCACAAGAGGCTCAGAGGACC;SOR=1.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=487;TCF=186;TCR=301;TR=487;WE=96322427;WS=96322409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr5	96329857	rs27304	G	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=621;SC=GATGTTTGACGTTACAGGTTA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=96329865;WS=96329847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	96498783	rs8654	G	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=26;PP=1282;SC=CCCAAAAGCTGGCTGCTTCCA;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=96498791;WS=96498773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	96503378	rs12188395	T	C	9615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=137;PP=2965;SC=TAAAGCTTGATTGAATTCAGT;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=328;TCF=191;TCR=137;TR=327;WE=96503386;WS=96503368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr5	96503523	rs160632	C	T	17299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=289;NR=311;PP=2965;SC=TTTTCTGACCCGTAAACCTCT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=601;TCF=289;TCR=312;TR=600;WE=96503543;WS=96503513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,632:1.00:632
chr5	96512865	rs2548319	T	A	6431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=44.67;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	96512871	rs2544772	T	A	6697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=42.39;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	96514626	rs75104853	C	T	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=25;PP=2965;SC=AGGATATGGCCGAAGTGTGTT;SOR=2.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=111;TCR=25;TR=135;WE=96514634;WS=96514616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	96514717	rs62377109	C	G	12248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=226;NR=214;PP=2965;SC=TGGTGGAAACCAATTACCTGA;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=440;TCF=226;TCR=214;TR=440;WE=96514725;WS=96514707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr5	96518927	rs76849192	C	G	19989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=327;NR=398;PP=2965;SC=GATGCCTCTCCGACGACAGCC;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=727;TCF=328;TCR=399;TR=725;WE=96518935;WS=96518917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,746:1.00:746
chr5	96519094	rs3806945	A	G	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=34;PP=2965;SC=GTCTTATGAAACACATAGTAT;SOR=1.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=110;WE=96519102;WS=96519084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	98109838	rs2662263	A	C	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=47;PP=1246;SC=GCAGCGCCGCAGCCCCGGGCT;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=98109846;WS=98109828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	98194781	rs330421	C	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=33;PP=918;SC=CAAAAAAGCACAGATAATTCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=98194789;WS=98194771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	98194888	rs330422	C	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=125;SC=ATTTTTAAAGCATGAACTACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=98194896;WS=98194878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	98199204	rs161941	C	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=692;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GTCTAGTATGCTCTAGTTGTT;SOR=0.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=43;WE=98199212;WS=98199194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr5	98205326	rs112852027	G	GCA	211.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.126;NF=4;NR=2;PP=297;ReadPosRankSum=-1.645;SC=ACGTGCGCGCGCACACACACA;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=98205334;WS=98205316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr5	98210868	rs162140	T	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=509;SC=TTCACTAAAATTATACGTATT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=98210876;WS=98210858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	98221383	.	A	AT	1189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=721;SC=AATACTGCATAAACAGAATCA;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=19;WE=98221391;WS=98221373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	98229349	rs55677526	G	A	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=138;SC=AGAGAAAAACGGAATTCAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=98229357;WS=98229339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	98230177	rs55704716	A	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=8;PP=587;SC=CATTAAAAAAATAAGACCACA;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=98230185;WS=98230167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	98232809	rs326468	T	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=4;PP=734;SC=AGAGTCTTATTCTTTATGTAA;SOR=3.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=31;WE=98232817;WS=98232799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	98236804	rs148373099	G	GA	1725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=24;PP=688;SC=AGTGCAAAGAGAAAAAAAAAC;SOR=1.057;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=50;WE=98236812;WS=98236794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	98239390	rs116036483	C	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.82;NF=55;NR=10;PP=1536;SC=GTATTTCCTACTTATTCTTTC;SOR=3.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=65;WE=98239398;WS=98239380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	98261812	rs115279292	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=85;SC=AAAAACTTTCTATATTTAAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=98261820;WS=98261809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	101592742	rs174414	T	C	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=334;SC=TTTCTCACCATTTAAGAAAAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=101592750;WS=101592732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	101592809	rs261101	T	A	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=14;PP=1928;SC=AAGCACTGAATTGTATTTACC;SOR=3.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=68;TCR=15;TR=82;WE=101592817;WS=101592799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	101593486	rs398228	CT	AG	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	101593522	rs11746537	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=106;SC=CAGGGTTTCACCATGTTGGCC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=101593530;WS=101593512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	101595792	rs113859065	GTA	G	1146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=10;PP=1090;SC=GGTTGTATTTGTATATATATA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=29;WE=101595801;WS=101595782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	101595885	rs148885155	T	TGA	3853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.098;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=36;PP=2223;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TGTATGAGACTGAGAGAGAGA;SOR=0.319;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=50;WE=101595893;WS=101595875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr5	101596032	.	AAAAT	A	605	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=9;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=605;QD=205.666666667;SC=ACCTAAAAAAAAAATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=101596043;WS=101596022;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr5	101606518	rs33922930	G	GA	1197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=33;PP=488;SC=TGTCTTTGTGGAAAAAAAAAT;SOR=2.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=34;WE=101606526;WS=101606508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	101627411	rs2600824	C	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=288;SC=TCTTTTTTTTCTTAAAATGTA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=19;WE=101627419;WS=101627400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	101631592	rs3114659	A	G	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=35;PP=2337;SC=CCCGAGCCTCAAGCGGGCGCT;SOR=1.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=92;TCR=35;TR=127;WE=101631600;WS=101631582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	101631790	rs10479190	T	G	7403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=137;PP=2965;SC=GAGATGGCTCTGGTGACTTCT;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=114;TCR=137;TR=251;WE=101631798;WS=101631780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	101724448	rs10055840	G	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=42;PP=2039;SC=ACAACGTCCTGTGTGTCCACA;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=108;WE=101724456;WS=101724438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	101726648	rs6874612	C	A	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=15;PP=1227;SC=TATCAAAAAACATTTTGATGT;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=101726656;WS=101726638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	101726770	rs10073892	T	C	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=67;PP=2482;SC=ATAGCAATGATATAATCAGCA;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=66;TCR=68;TR=133;WE=101726778;WS=101726760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	101726851	rs1452065	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=1007;SC=TGGTGCATCAATTGTACTAAG;SOR=2.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=101726859;WS=101726841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	101795490	rs11746217	A	G	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.004;SC=TGCTTTAATAAAGAAAAGTGA;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=55;TCR=115;TR=168;WE=101795507;WS=101795480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr5	101795556	rs11749193	G	A	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=42;PP=1270;SC=CAAACAGAGTGGAGAAAGTGA;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=45;WE=101795564;WS=101795546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	101811346	rs4703232	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=491;SC=CTATGGTAGCTATTTAGTAAG;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=101811354;WS=101811336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	101816228	rs10041652	G	A	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=35;PP=992;SC=ATTACATGATGTAAGTTTATT;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=101816236;WS=101816218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	102363858	rs26433	C	T	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=15;PP=1833;SC=GACTGGGACTCATTTTGAAAT;SOR=2.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=67;TCR=15;TR=82;WE=102363866;WS=102363848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	102364542	rs2067133	A	AAT	5705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=30;PP=2957;SC=AAGGTAACAGACATTGCTGCA;SOR=1.536;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=71;WE=102364550;WS=102364532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	102512570	rs11408825	C	CA	4047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=37;PP=2384;SC=GTTTAAAGACCATGATTCTCA;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=55;WE=102512578;WS=102512560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	102890560	rs11373550	G	GA	979.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.627;HP=10;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.472;NF=2;NR=33;PP=665;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TGGATCTGTTGAAAAAAAAAA;SOR=2.076;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=35;WE=102890568;WS=102890550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,43:0.86:50
chr5	102891695	rs10045774	A	G	9648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=155;PP=2965;SC=TTTAAACATAATCTCTTATAG;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=337;TCF=181;TCR=156;TR=336;WE=102891703;WS=102891685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr5	102894447	rs3734087	A	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=790;SC=AACTTTAAGAAGTTTCTGATG;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=31;WE=102894455;WS=102894437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	103978833	rs67667580	A	G	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	103978969	rs33818	T	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=973;SC=AGTGGGGATGTCTTAATCAGA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=103978977;WS=103978959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	104434339	.	G	GGAAA	811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=47.75;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	107006446	rs35553	T	G	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=45;PP=1257;SC=AAAATGAAAGTGGGCGAGAAA;SOR=3.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=107006454;WS=107006436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	107197420	rs61749621	G	A	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=1.304;SC=AGGCAGGAGCGCTAGGAGGAG;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=121;TCR=74;TR=193;WE=107197428;WS=107197410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,209:0.99:211
chr5	107197502	rs34990078	G	A	7734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=0.350;SC=CCTGCAGGACGGTGCTGAAGG;SOR=0.299;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=127;TCR=142;TR=268;WE=107197510;WS=107197492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,286:1.00:287
chr5	107684324	rs1862195	C	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=40;PP=1079;SC=AAAATAACCACGTCAGAGTTA;SOR=4.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=43;WE=107684332;WS=107684314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	108171483	rs55954478	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=19;PP=658;SC=CTGCCAAAGAGAAATATAAAG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=108171491;WS=108171473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	108203451	rs34195313	G	GT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr5	108206968	rs7709144	C	T	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=242;SC=TACATTTCAACATTACATTTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=108206976;WS=108206958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	108219323	rs67264931	AC	A	507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=602;SC=AGAAACAGAAACTTTTATTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=108219331;WS=108219313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	108386985	rs2416195	A	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=779;SC=CACAAGTGAGAGGAATCTTGA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=108386993;WS=108386975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	108387229	rs113844089	AG	A	10673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=130;PP=2957;SC=CACTGTAATTAGCCCAGTTTT;SOR=0.878;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=167;TCF=34;TCR=133;TR=164;WE=108387237;WS=108387219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	108516629	rs6594349	A	G	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=45;PP=1379;SC=TTTTTTTTTTAATGGTAAAAA;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=108516637;WS=108516608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	108679870	rs142828555	T	TTTAA	2743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=48.14;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	108680647	rs441798	C	A	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=132;SC=TGCTTTAGTCCTTTGCTCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=108680655;WS=108680637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	108691738	rs2431253	A	T	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=70;PP=1880;SC=CTGAAAAAAAAAAAAAATAAC;SOR=1.958;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=98;WE=108691746;WS=108691728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	108713970	rs10042721	C	T	7674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=117;PP=2965;SC=TGTTATCCACCTCTTGCCTTC;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=141;TCR=117;TR=258;WE=108713990;WS=108713960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	108713982	rs12523186	T	C	7564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=124;PP=2965;SC=CTTGCCTTCCTGCTGTGGCTC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=146;TCR=125;TR=270;WE=108713990;WS=108713960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr5	108714298	rs1045706	T	C	10752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=204;PP=2965;SC=ATTGGTATTTTGTTCACTACA;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=176;TCR=204;TR=380;WE=108714306;WS=108714288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr5	108717157	rs2288531	T	C	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=164;SC=ATAAGATCAATTCCTATATAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=108717165;WS=108717151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	108719151	rs1045704	GT	AA	9580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=97;PP=2947;SC=CAGCGTCTGTGTGACCAGTTC;SOR=1.022;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=88;TCR=104;TR=183;WE=108719160;WS=108719141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr5	109110537	rs6894260	T	A	6999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=119;PP=2965;SC=AGCTTTTTCGTACCAAAGTTC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=128;TCR=119;TR=247;WE=109110545;WS=109110527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr5	109125072	rs2112212	C	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=200;SC=ATCTGTTCCTCCTAAACTTGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=109125080;WS=109125062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	109152873	rs112578884	ATATATGTATATG	A	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=2989;SC=TCTCAAAAATATATATGTATA;SOR=3.912;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=16;WE=109152892;WS=109152863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	109156184	rs17489649	A	G	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=169;SC=ATTATCTATCACCTTATTGAT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=109156192;WS=109156174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	109181682	rs3186988	A	T	11940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=216;PP=2965;SC=CTGCTCAGTCATTAGGGGTTT;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=412;TCF=196;TCR=216;TR=412;WE=109181690;WS=109181672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr5	110430488	rs17623144	C	G	217.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=178;SC=AAATTAGTGTCAGTAAGTGTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=110430496;WS=110430478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	110448751	.	ATT	A	708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.48;QD=28.35;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	110679657	rs446176	C	G	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=21;PP=1596;SC=CACTTATTTTCAAGCTTTCCC;SOR=1.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=79;WE=110679665;WS=110679647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	110679873	rs387238	G	A	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=38;PP=1228;SC=CTGATTTGAAGAACAAAGGGG;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=110679881;WS=110679863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	110710360	rs306067	G	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=2;PP=546;SC=CTGGCTGTATGTTACGTCAGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=110710368;WS=110710350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	110710699	rs5870446	A	AG	3118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=54;PP=2386;SC=GATAATGAGAAGGGATTCTCC;SOR=1.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=57;WE=110710707;WS=110710689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	110712491	rs306129	A	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=992;SC=TAGCCATAGTATTAGCTATTT;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=110712499;WS=110712481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	110730557	rs523389	C	T	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=44;PP=1144;SC=AAGAAATGCGCATCTGTGATA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=110730565;WS=110730547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	110782634	rs34007984	T	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=634;SC=TTGGAAGTTTTTGCTCTTTCC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=110782642;WS=110782624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	110784822	rs2116824	A	G	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=95;PP=2965;SC=TTCTTGTGTTATTAGCTGATT;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=117;TCR=95;TR=212;WE=110784830;WS=110784812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	110819753	rs25925	G	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=12;PP=787;SC=TGGCCTCTTCGCGCCTGGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=110819761;WS=110819743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	111013858	rs26042	G	A	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=71;PP=1983;SC=ACATACACATGCTACAAAATC;SOR=2.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=27;TCR=71;TR=98;WE=111013866;WS=111013848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	111479750	rs62372418	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=32;PP=904;SC=ATAAACTGCCTTCAGAAACAG;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=111479758;WS=111479740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	111497358	rs3816657	T	G	7415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=137;PP=2965;SC=CTGCTAGCCTTAAGTGTATGG;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=106;TCR=137;TR=243;WE=111497366;WS=111497335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr5	111500816	.	C	CTAAAA	1849	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.31;NF=4;NR=28;PP=1849;QD=59.125;SC=CATTTCTTCTCTAAAATATAT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=32;WE=111500832;WS=111500806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,32:0.70:46
chr5	111500822	.	T	TAAA	2590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=43.91;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	111500824	.	T	C	873	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=8;NR=27;PP=873;QD=25.9363203585;SC=CTCTAAAATATATTTGAAAAA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=111500832;WS=111500806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	111500824	rs33929905	T	TAC	2590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.26;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	111504479	rs7703522	C	T	10156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=177;PP=2965;SC=ATCCGAAGAACGGGTCACCGG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=173;TCR=177;TR=350;WE=111504487;WS=111504469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr5	111505885	rs1560052	T	G	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=172;SC=CCTAGTTTTGTTTAAAATGTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=111505893;WS=111505875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	111506069	rs10040749	G	A	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=61;PP=2448;SC=GTTCTTTTCTGTAAAGGAATA;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=78;TCR=61;TR=139;WE=111506077;WS=111506052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	111519740	rs1560058	T	C	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=82;PP=2965;SC=GGATCGCCTGTTGTTGGGGTC;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=117;TCR=82;TR=199;WE=111519748;WS=111519730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr5	111530284	rs7719346	A	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=46;PP=1608;SC=TTTTTCCGGTATTCTCTATTA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=79;WE=111530292;WS=111530274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	111540950	rs12658467	C	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.33;NF=33;NR=0;PP=912;SC=ATTTCCACTTCAGAAATCCCA;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=33;WE=111540958;WS=111540940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	111540968	rs373807306	T	TC	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=4;PP=1655;SC=CCAGCCCCTCTCCCCTGGGTC;SOR=4.223;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=42;WE=111540976;WS=111540958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	111545670	rs890757	C	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=21;PP=848;SC=CCTACTGATGCTGTTTGATTC;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=111545678;WS=111545660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	111754537	rs142622782	G	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=711;SC=GCGCAGAGTCGCGGCCGCCGC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=111754545;WS=111754527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	111754851	rs3749742	C	G	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=551;SC=GAGGGTGAGACGAGCAGCTCC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=111754859;WS=111754841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	111754870	.	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=423;SC=CCCGGCGGGGTCCGGGGACCG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=111754878;WS=111754860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	111755690	rs13358734	C	T	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=70;PP=2394;SC=GCGGGGGGTGCGCCCTGGGCG;SOR=1.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=109;WE=111755698;WS=111755680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	111755990	rs181869449	C	A	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	111756062	rs56239103	G	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;QD=25.35;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	111756109	.	AGGACTGAGGG	A	822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=2940;SC=GGCCGCGTCCAGGACTGAGGG;SOR=1.127;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=111756126;WS=111756099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	112162854	rs2229992	T	C	7185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=125;PP=2965;SC=GTGAAATGTATGGGCTTACTA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=129;TCR=125;TR=254;WE=112162862;WS=112162844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr5	112164561	rs351771	G	A	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=28;PP=1141;SC=AGGTTATTGCGAGTGTTTTGA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=112164569;WS=112164551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	112175770	rs41115	G	A	9306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.03;NF=164;NR=160;PP=2965;SC=ATTTTGCCACGGAAAGTACTC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=164;TCR=160;TR=324;WE=112175778;WS=112175760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr5	112176325	rs42427	G	A	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=71;PP=2965;SC=TTAGAGGAGGGGCACAGTCAG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=144;WE=112176333;WS=112176315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	112176559	rs866006	T	G	8678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=158;PP=2965;SC=CATCTGCGTCTTCTTCTGCAC;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=150;TCR=159;TR=307;WE=112176567;WS=112176549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr5	112176756	rs459552	T	A	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=58;PP=2432;ReadPosRankSum=1.455;SC=AATTCCAAGGTCTTCAATGAT;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=131;WE=112176764;WS=112176746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr5	112177171	rs465899	G	A	9704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=0.921;SC=AAAATACTCCGGTTTGCTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=140;TCR=178;TR=317;WE=112177179;WS=112177161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,334:1.00:335
chr5	112196949	rs460137	A	C	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=32;PP=1923;SC=GCGGACGCGGAACCATTTCTT;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=100;WE=112196957;WS=112196939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	112197986	rs431287	A	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=105;SC=TCAATCAGAAAGAGGAGTAGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=112197994;WS=112197979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	112198015	rs372492	A	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=361;SC=CAGTCTGATTAGTTGCTCGAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=112198023;WS=112198005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	112198071	rs112093457	AAGG	A	2349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=17;PP=1310;SC=CACGCAGAAAAAGGAGGGGTT;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=28;WE=112198081;WS=112198061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	112200098	rs351767	A	G	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=232;SC=ACCCAACACTATGGCAGTGTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=112200106;WS=112200088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	112257242	rs33570	G	C	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	112312676	rs33555	T	C	13435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=225;NR=244;PP=2965;SC=CCTGGACGATTTCTGCAGGTA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=470;TCF=225;TCR=245;TR=469;WE=112312684;WS=112312666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr5	112328377	rs3733969	A	G	4584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=78;PP=2965;SC=AGGTACTACTAGTTCAGGGGT;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=91;TCR=78;TR=169;WE=112328385;WS=112328367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	112343544	rs2052484	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=374;SC=TAAAAACTTGGTTCAACCAGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=112343552;WS=112343534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	112346416	rs201023531	ATG	A	129.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.64;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	112349070	rs9326869	T	C	7999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.493;SC=TAGAACATGCTGAGGGACAGC;SOR=0.244;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=153;TCR=139;TR=291;WE=112349078;WS=112349060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,306:1.00:307
chr5	112364945	rs1363333	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=353;SC=GCAGATTTAAACCCATTTCTT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=112364953;WS=112364935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	112379083	rs4627978	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=731;SC=TGGCACCAACAGGCCTTCTCC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=112379103;WS=112379073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	112379095	rs4277906	T	C	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=10;PP=970;SC=GCCTTCTCCATTTCTGGCTTC;SOR=2.256;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=48;WE=112379103;WS=112379073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	112379289	rs2227948	G	A	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=151;NR=108;PP=2965;SC=TCCTGAGTTCGGCTAGGGACA;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=151;TCR=108;TR=259;WE=112379297;WS=112379279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	112379434	rs4705755	T	A	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=57;PP=1710;SC=GGCAGCAGTGTGGGCACCGGG;SOR=4.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=61;WE=112379442;WS=112379424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	112384802	rs6594664	G	A	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=78;NR=57;PP=2117;SC=TGCCAGGTTTGTCTTTGCTGC;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=135;WE=112384810;WS=112384792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	112385004	rs7726296	CA	GC	6736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=72;PP=2947;SC=CTCCTACAGACAAAGGAGCAC;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=135;WE=112385013;WS=112384994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	112385035	rs7708603	T	G	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=61;PP=1905;SC=AGGCATGCCCTATCTGAGAGC;SOR=1.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=104;WE=112385043;WS=112385025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	112389747	rs4705536	C	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=64;PP=1758;SC=TCCACATTCCCTCTCCCCAGT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=90;WE=112389755;WS=112389737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	112399791	rs2227947	G	A	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=91;PP=2965;SC=CCTTGGCAGCGTTCTCAGCTG;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=124;TCR=91;TR=214;WE=112399799;WS=112399781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr5	112406718	rs4705771	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=19;PP=1079;SC=CCTATTTCCTACTTTTATTCT;SOR=1.392;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=112406726;WS=112406708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	112439941	rs6594681	T	C	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=28;PP=1132;SC=CTCAATGTGCTTGTCCACCTC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=112439949;WS=112439931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	112479004	rs2227949	T	C	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=102;PP=2952;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CATAGCGAAGTGTCGTTCGCT;SOR=0.304;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=93;TCR=103;TR=195;WE=112479021;WS=112478994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr5	112487137	rs1947026	A	C	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=76;PP=1776;SC=GACAGAAAGGAGGAGATTAGA;SOR=2.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=21;TCR=76;TR=97;WE=112487145;WS=112487127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	112629887	rs485210	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=372;SC=AGAAAATCTACTAATCTTCAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=112629895;WS=112629877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	112676191	rs10900684	A	G	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=25;PP=1481;SC=CGAAATATGTATTCCATGAAC;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=83;WE=112676199;WS=112676181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	112851088	rs11241213	T	A	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.624;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.99;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr5	112851121	rs1035408	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=300;SC=AAGGGAGAAACGTTTCTGAGT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=112851129;WS=112851111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	112884197	rs4444963	C	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=15;PP=1281;SC=GTTTGAAGTACTTTGGAAATT;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=112884205;WS=112884187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	112884728	rs4639215	G	A	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=52;PP=1720;SC=GTAAAACTTTGTACTATTTTA;SOR=1.029;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=94;WE=112884736;WS=112884718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	112898969	rs35926701	A	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=361;SC=CAGAGACTCTACTAGTCTGTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=112898977;WS=112898959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	112899301	rs6886338	G	A	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=125;SC=TTGTCCTCCTGCATGTGTCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=112899309;WS=112899291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	112899573	rs6867579	T	C	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=16;PP=1995;SC=ATGCAATGGATACATGGGAAG;SOR=2.327;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=74;TCR=16;TR=90;WE=112899581;WS=112899563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	112901494	rs3763139	G	C	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=31;PP=2611;ReadPosRankSum=-1.195;SC=GCAAATTCACGTCGAGGAATT;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=95;TCR=31;TR=125;WE=112901502;WS=112901484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr5	112926982	rs2303717	A	G	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=41;PP=1213;SC=TGTTCTGGCTATAGGTTAAAT;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=112926990;WS=112926972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	112927686	rs10077431	C	A	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=14;PP=1252;SC=TCCCATTTTACCTACAGGGAT;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=112927694;WS=112927676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	112929013	rs1132528	T	A	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=29;PP=2137;SC=CTAGAACCTCTGGTTGGTGAA;SOR=1.629;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=79;TCR=30;TR=108;WE=112929021;WS=112929003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	113822197	rs72801872	G	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.34;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	113822205	rs12719181	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	113829121	rs1841251	A	G	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=85;PP=2965;SC=TAAAAATGGAACAGAGGAAAC;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=157;WE=113829129;WS=113829111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	114462355	rs2974617	C	T	6912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=118;PP=2965;SC=TCATAGAAATCTACTTTGCCT;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=228;WE=114462363;WS=114462345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr5	114462589	rs2921623	A	C	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=72;PP=2212;SC=TATCTTCAACAATAGATCTAA;SOR=1.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=36;TCR=72;TR=108;WE=114462597;WS=114462579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	114611356	rs267295	A	C	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=431;SC=ATTAACCCTTAATTTTCCATC;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=114611364;WS=114611346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	114632423	rs3111171	C	T	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	115177668	rs144226661	G	GAGATTACGAGGC	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,8:0.13:60
chr5	115298232	rs9326980	G	C	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=59;PP=2355;SC=GGCAGGGGTCGCAGCACTGAA;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=118;WE=115298240;WS=115298222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	115298378	rs10062297	C	T	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=36;PP=1876;SC=GCTGGCTGGGCTGGTAGCCGC;SOR=1.015;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=96;WE=115298386;WS=115298368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	115298475	rs12520255	T	C	9311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=197;NR=126;PP=2965;SC=CTCAGGGACTTGGAAGCCGAG;SOR=1.142;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=197;TCR=127;TR=323;WE=115298483;WS=115298465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr5	115298518	rs12522632	A	G	12492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=256;NR=203;PP=2965;SC=AGCCGACGCCAACCCCGAAAC;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=461;TCF=257;TCR=204;TR=459;WE=115298526;WS=115298508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr5	115320215	rs78947008	A	T	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=5;PP=1491;SC=TATTTCAAAGACATGTAATTG;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=58;TCR=5;TR=63;WE=115320223;WS=115320205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	115336215	rs2162754	G	A	6971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=114;PP=2965;SC=CAAAATAGTCGTTACCTGGAT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=125;TCR=115;TR=239;WE=115336223;WS=115336194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr5	115336862	rs7712021	T	C	5047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=78;PP=2871;SC=TCACTTTAAATGTGTCTACTG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=177;WE=115336870;WS=115336852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	115338732	rs1560080	G	A	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=5;PP=96;SC=TTCTTGTAGAGCATAGAGTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=115338740;WS=115338722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	115339086	rs6594929	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=333;SC=AGGTAAGGTTACTTTTGATAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=115339094;WS=115339076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	115341611	rs10078748	G	T	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=TTCTGCAGGCGATTCCTGTTA;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=183;WE=115341619;WS=115341601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	115341638	rs10078759	G	C	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=81;PP=2911;SC=GACTGCAGTTGATTGATGATG;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=146;WE=115341646;WS=115341628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	115346632	rs75884633	C	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=576;SC=AATAAATCCTCTCTTCTTCTT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=115346640;WS=115346622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	115351150	rs10214076	T	G	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=19;PP=527;SC=AAAGTTTCTGTTATAGGAATT;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=31;WE=115351158;WS=115351140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	115351241	rs17138668	C	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=426;SC=TACCTTAGAACCATGGGATTT;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=115351249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	115351498	rs17485148	C	T	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=107;PP=2965;SC=TTCATTTAGGCCACTGGTTTG;SOR=1.092;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=80;TCR=108;TR=187;WE=115351506;WS=115351488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	115358190	rs7714138	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=666;SC=TTATGAAATACAATGATAATT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=115358198;WS=115358180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	115387421	rs1541801	A	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=402;SC=CCCACTGCTCACTGCGGGCTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=115387429;WS=115387411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	115389626	rs954763	A	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=1;PP=675;SC=TTTATGGTGAAAGTTACAGAA;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=115389634;WS=115389616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	115389946	rs2662472	A	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.00;QD=33.29;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	115394357	rs6860908	T	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=368;SC=TGATTGTACATTAATTTATTC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=115394365;WS=115394352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	115394396	rs6880121	C	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=766;SC=GCACTGTCATCTTAATGTCAT;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=115394404;WS=115394386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	115394626	rs6880759	G	A	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=76;PP=2726;SC=GCACGCTGCCGTTTAATGTTC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=151;WE=115394634;WS=115394616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	115426746	rs10065554	T	C	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=15;PP=874;SC=GAATATGTGCTAATATAATAG;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=115426754;WS=115426736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	115428334	rs1129494	G	T	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=146;PP=2965;SC=TTGTCAATACGTGGTCTTCTA;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=146;TCR=147;TR=292;WE=115428342;WS=115428324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr5	115428439	rs6894046	T	A	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=81;PP=2482;SC=CAATAACATATGGCATAAATT;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=31;TCR=81;TR=112;WE=115428447;WS=115428429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	115469773	rs1129496	C	T	9293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=173;NR=151;PP=2965;SC=AGCTAGAGACCGTTGGATGGC;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=324;TCF=173;TCR=151;TR=324;WE=115469781;WS=115469763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr5	115628120	rs11337562	CT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr5	115813726	rs34966	A	G	12630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=247;NR=192;PP=2965;SC=CACTTCCCATATCGTTCACAC;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=439;TCF=247;TCR=192;TR=439;WE=115813734;WS=115813716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr5	115814496	rs40102	C	G	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=78;PP=2342;SC=ACAGCTGCGACATAGCCTTCT;SOR=2.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=97;WE=115814504;WS=115814486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	115827356	rs154599	C	T	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=60;PP=2965;SC=TGTGACTCCACGAATCCTCTA;SOR=1.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=99;TCR=60;TR=159;WE=115827364;WS=115827346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	115827407	rs154600	G	A	6076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=95;PP=2965;SC=GCAAAAGCAAGTGCAACGAGG;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=115;TCR=95;TR=210;WE=115827415;WS=115827397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr5	115832180	rs79407874	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=430;SC=CAGATGAAAACGTCCGTTTAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=115832188;WS=115832170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	115837772	rs154466	G	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=864;SC=TGCTTGATAAGTTAAAGGAGG;SOR=3.026;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=35;WE=115837780;WS=115837762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	115838117	rs54100	C	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=323;SC=ACAAAAGAAACCCGTGTTTAA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=115838125;WS=115838107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	117329051	rs5870786	T	TAGACAC	3200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.281;NF=4;NR=39;PP=1002;ReadPosRankSum=1.616;SC=ATATTATATATACACACACAC;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=43;WE=117329060;WS=117329041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr5	117774665	rs375382933	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr5	117896563	rs5870817	T	TATAG	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=323;SC=TAGATACATATATAATCTATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=117896571;WS=117896553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	117896623	rs5870820	GTGTATA	GTA,G	836.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15,16;NR=5,5;PP=12,683;SC=GTATATGTGTGTGTATATATA;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20,21;WE=117896636;WS=117896613;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:20
chr5	117896669	rs5870821	AT	A	1401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=21;PP=648;SC=TAAAGCAGGAATTTTTTTTTT;SOR=0.960;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=36;WE=117896677;WS=117896659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	118176842	rs3813297	T	C	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=74;PP=2398;SC=ATTCTATCTATATTTTTCATT;SOR=3.023;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=15;TCR=74;TR=89;WE=118176850;WS=118176832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	118456977	rs10056088	T	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.72;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	118484804	rs7734532	G	A	10575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=186;PP=2965;SC=GGGTCCTTGAGCAGACAATTC;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=352;TCF=166;TCR=186;TR=352;WE=118484812;WS=118484794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr5	118513246	rs34139050	C	CTG	1727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.063;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.457;NF=0;NR=46;PP=1302;ReadPosRankSum=-1.217;SC=AGTAGAAAGACTTTTAGTTTT;SOR=2.621;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=46;WE=118513255;WS=118513236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr5	118532034	rs6595178	A	C	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=56;PP=2708;SC=CTATAGAAATAGTTAACAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=102;TCR=56;TR=158;WE=118532042;WS=118532024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	118542406	rs3797335	C	T	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=186;SC=AGAATAGTAACTCCATATAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=118542414;WS=118542396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	118556350	rs2271059	C	T	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=59;PP=1723;SC=ATTTACTGAACTAAAACTTTC;SOR=3.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=69;WE=118556358;WS=118556340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	118574562	rs11241496	A	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=0;PP=431;SC=TTCAAAGGAAAAAAACGATAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=118574570;WS=118574552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	118691929	rs6595185	A	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=770;SC=CTTTGTCCGCATGCCCTGCGC;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=118691937;WS=118691919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	118728495	.	CT	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr5	118788196	rs26180	C	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.660;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=748;ReadPosRankSum=2.583;SC=CCCGCCATTCCCCGCCTCCTC;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=45;WE=118788204;WS=118788186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr5	118809533	rs10601221	CCA	C	2507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.308;NF=28;NR=17;PP=2110;ReadPosRankSum=1.634;SC=ATTTCATTTTCCACACACACA;SOR=1.055;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=45;WE=118809546;WS=118809523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr5	118811533	rs25640	G	A	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=29;PP=1109;SC=CTGAGGGATCGTTCCTTTGCT;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=118811541;WS=118811523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	118813240	rs457106	T	C	10186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=0.211;SC=AGATGTTGTGTCTGGGGGTTC;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=161;TCR=190;TR=349;WE=118813251;WS=118813230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,381:0.99:383
chr5	118813316	rs463513	A	G	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=74;PP=2251;SC=AATATGTACAACCTTTTAACA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=18;TCR=74;TR=92;WE=118813324;WS=118813306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	118837658	rs257969	T	C	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=28;PP=1818;SC=AAAATGTCACTTGCGAGTAAC;SOR=1.408;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=91;WE=118837666;WS=118837648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	118837833	rs460945	CA	TG	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=36;PP=1014;SC=CTTTTATTTCCAGATTAACCT;SOR=2.066;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=49;WE=118837842;WS=118837823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	118845089	rs32663	G	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=16;PP=549;SC=ACCAAGACCAGTCCCTCTTCT;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=118845097;WS=118845079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	118845139	rs32664	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=11;PP=378;SC=CCCAATGTGAGGATGATGAGG;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=118845147;WS=118845129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	118861075	rs116072091	G	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=510;SC=CTGGTAGTTTGAGTAGCATTT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=118861083;WS=118861065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	118861713	rs11205	A	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=74;PP=2277;SC=ATTCAAGGCAATTAAGGTAAA;SOR=1.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=115;WE=118861721;WS=118861703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	118862971	rs2636961	C	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=16;PP=444;SC=TTCCATCTTACCATTTTTTTT;SOR=1.460;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=24;WE=118862979;WS=118862961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	118867173	rs17145464	G	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=26;PP=734;SC=AACAATTAAAGACCTTTGAAG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=118867181;WS=118867163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	118877548	rs33926345	T	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=509;SC=AAAAAAGAAATAAACTATAAC;SOR=0.941;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=24;WE=118877556;WS=118877538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	118965609	rs2431372	C	A	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=35;PP=1116;SC=TTTTTTGAGACGGAGTCTCGC;SOR=3.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=118965631;WS=118965599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	118965623	rs2434599	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=796;SC=GTCTCGCTCTATCGCCCAGGC;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=31;WE=118965631;WS=118965599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	118968423	rs328698	T	G	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=83;PP=2965;SC=ATATCTCTGTTCCCTTCATAC;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=127;TCR=84;TR=210;WE=118968431;WS=118968413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	118969594	rs2431369	C	G	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=29;PP=1603;SC=ATTTAACTTACGTTCCCTCAG;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=94;WE=118969602;WS=118969584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	118969960	rs328694	C	T	9451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=145;PP=2965;SC=AGGTACTCCCCCCTCTGATGT;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=334;TCF=188;TCR=146;TR=333;WE=118969968;WS=118969950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr5	118970770	rs2434600	C	T	7886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=145;PP=2965;SC=GTGTGGCCTTCTCTTGCAAGA;SOR=0.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=131;TCR=145;TR=276;WE=118970778;WS=118970760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr5	118971454	rs149919564	A	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=38;PP=1181;SC=GAAGCAGATGAGGGACCAGCA;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=118971462;WS=118971444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	120021817	rs17853861	C	A	11153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr5	120021817	.	CCG	ACA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=125;NR=95;PP=2947;QD=20;SC=CCCAGCACACCCGTCTGCTAT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=130;TCR=99;TR=220;WE=120021827;WS=120021807;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,220:0.96:229
chr5	120021819	rs1158194	G	A	11153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.97;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	121330223	rs6595336	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=5;PP=409;SC=TCTTAAGATACGGAAAGGAAC;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=121330231;WS=121330213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	121726714	rs1946649	G	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=11;PP=1201;SC=TTGTTTAAATGTAGACATTAT;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=121726722;WS=121726704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	122131082	rs2161391	A	G	7229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=163;PP=2965;SC=TTTGCAGGTAATTGTCATGTA;SOR=1.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=92;TCR=163;TR=255;WE=122131090;WS=122131072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	122137708	rs965821	A	G	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=18;PP=781;SC=TCATACATCAATATAGTATTA;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=122137716;WS=122137698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	122152520	.	AG	GG	965	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000,0.5000;HP=13;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=16;MQ=59.66;NF=37,37,3;NR=6,6,12;PP=965,57,118;QD=22.8837209302;SC=TGTGGGGGGGAGGGGGGAGGA;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=43,43,15;WE=122152531;WS=122152510;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:68,15:0.18:83
chr5	122152520	rs148883473	AG	AGG,AGGG	1442.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37,37,3;NR=6,6,12;PP=965,57,118;ReadPosRankSum=-0.817;SC=TGTGGGGGGGAGGGGGGAGGA;SOR=3.461;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=43,43,15;WE=122152531;WS=122152510;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:53
chr5	122161638	rs3213794	A	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=343;SC=ATTAGAATAGAACTTAAATAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=122161646;WS=122161628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	122161961	rs3217227	A	AT	171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=219;SC=ATTTTTCATAATTTTTTGTAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=122161969;WS=122161951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	122165209	rs6885464	T	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=4;PP=876;SC=TTATGTAGATTTTTTTTTAAT;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=122165217;WS=122165199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	122165470	rs3990570	TAC	T	184.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=448;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TGGTTTTATATACACACACAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=122165479;WS=122165460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr5	122189640	rs7713253	C	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=703;SC=TTTAAGAATTCTTAAAAAACT;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=122189648;WS=122189630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	122267456	rs246314	C	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=295;SC=ATAGAACCCCCGTCTGTATTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=122267464;WS=122267446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	122272641	rs30042	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=909;SC=CTTTTATCATAAAGTAAATTT;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=122272649;WS=122272631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	122281709	.	G	GT	572	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.9997;HP=12;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=17;MQ=59.29;NF=12;NR=1;PP=572;QD=44.6923076923;SC=AGACATCTCTGTTTTTTTTTT;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=13;WE=122281729;WS=122281699;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:23,13:0.36:36
chr5	122301079	rs30055	T	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=39;PP=1662;SC=GTTTAAAGAGTCAGGGACTTC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=95;WE=122301087;WS=122301069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	122359502	rs70988555	A	AAC	267.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.61;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr5	122359839	rs144851383	G	GAC	947.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=587;SC=TGACTACTAAGCGTTTTTTAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	122359840	rs374638812	CGTTTTTT	C	947.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=719;SC=GACTACTAAGCGTTTTTTATG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	122372402	rs28373879	G	C	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=47;PP=1440;SC=TGACGGGACTGCCGGCCGGCT;SOR=2.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=59;WE=122372410;WS=122372392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	122682154	rs2303719	T	G	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=4;PP=1832;SC=ACTTTTGAGGTTTTTACAAAG;SOR=5.196;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=62;TCR=4;TR=66;WE=122682162;WS=122682144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	122682348	rs1047438	A	G	15997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.085;NF=286;NR=303;PP=2965;ReadPosRankSum=0.519;SC=TCAAATAATCATCCAAACCTT;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=593;TCF=287;TCR=306;TR=589;WE=122682356;WS=122682338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,618:1.00:620
chr5	122685801	rs485847	G	A	6142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=136;PP=2965;SC=GAAACAAAGAGACAAGTCATA;SOR=1.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=79;TCR=136;TR=215;WE=122685809;WS=122685791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	122685906	rs35423173	CT	C	601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=316;SC=ACTGCCAATTCTTTTTTTTTT;SOR=3.098;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=20;WE=122685914;WS=122685896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	122714134	rs141010737	TAAAAAA	T	2474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=8.016;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.67;ReadPosRankSum=1.095;SOR=3.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr5	122718736	rs6595440	G	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=32;PP=974;SC=TAATCTTCTAGAGTCACTGTG;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=122718744;WS=122718726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	122722370	rs3893854	T	A	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	122725578	rs72789870	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=686;SC=GCAAAATGCAATACCTCAAAG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=122725586;WS=122725568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	122727026	rs6876883	G	A	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=91;PP=2732;SC=CACAGCAGAGGTGAATCTAAT;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=68;TCR=91;TR=159;WE=122727034;WS=122727016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	122728913	rs35574017	C	T	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=745;SC=AGTTTAGGTACTAAACTCTCG;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=122728921;WS=122728903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	122734724	rs11419318	T	TA	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.535;NF=15;NR=0;PP=214;ReadPosRankSum=-1.280;SC=TTTCAAAAGTTAAAAAAAAAA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=15;WE=122734732;WS=122734715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr5	122739421	rs7715577	G	C	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=45;PP=1769;SC=CGTGGCATCTGTTCGATGATA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=93;WE=122739429;WS=122739411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	122754293	rs71574108	GTT	G	367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;MQRankSum=0.555;QD=26.27;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr5	122758167	rs62377766	A	T	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=51;PP=2467;SC=ACACCTTTTAAGGAATGTATA;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=139;WE=122758175;WS=122758157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	122758268	rs6882791	G	C	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=97;PP=2965;SC=ATCGCAGGAAGCCTGTATTCA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=86;TCR=97;TR=183;WE=122758276;WS=122758258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	122909345	rs7712330	G	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=180;SC=AGCGTTTGACGTAATACAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=122909353;WS=122909335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	123984763	rs7708070	C	T	7893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=137;PP=2965;SC=CAGCAGACCTCGCTCTCTTCC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=129;TCR=137;TR=265;WE=123984771;WS=123984753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr5	123985443	rs75922295	T	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=45;PP=1407;SC=ATTACTGTTATTTCCAGTTCA;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=123985451;WS=123985433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	123985464	rs9764110	T	C	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=37;PP=1099;SC=CTTATTATTTTTTTCTCTTTT;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=123985472;WS=123985454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	123985484	rs11422549	C	CA	1355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=30;PP=1328;SC=TTTTTGCCAGCAAGTTCTATT;SOR=2.613;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=32;WE=123985492;WS=123985474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	125696140	rs11241887	G	A	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=77;PP=2392;ReadPosRankSum=-0.678;SC=CAGTGGGTCCGGACCTGGAAC;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=28;TCR=78;TR=105;WE=125696148;WS=125696130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr5	125802122	rs111776730	CT	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.400;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr5	125886071	rs1038381	C	T	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=34;PP=1116;SC=CTGAAGTGTACCAGTATAATT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=125886079;WS=125886061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	125896918	rs4836276	C	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=251;SC=ATAGCCTGTCCAATTATTTTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=125896926;WS=125896908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	125929000	rs375060692	AAC	A	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=259;ReadPosRankSum=-2.172;SC=ATTTGAATTAAACACACACAC;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=125929009;WS=125928990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr5	125944219	rs112502491	G	GTGTTTT	2327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=38;PP=2417;SC=TGTTTATCCTGTGTTTTTGTT;SOR=3.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=39;WE=125944227;WS=125944209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	126140522	rs3749830	T	C	7008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.291;SC=TTCGAGAATATGAAGCAGCAC;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=146;TCR=108;TR=252;WE=126140530;WS=126140512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr5	126145771	rs2271354	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=525;SC=AACAGGAGGAAGTTCGTGTGT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=126145779;WS=126145761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	126168319	rs146905904	AG	A	3626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=40;PP=2497;SC=AGCAAAGAAAAGGTCCCTCTC;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=61;WE=126168327;WS=126168309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	126171974	rs2230151	C	T	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=37;PP=1293;SC=AACTGTCTTCCTCAAAATAAA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=74;WE=126171982;WS=126171964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	126171999	rs1051643	T	C	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=30;PP=993;SC=TATGGTAATCTTTACCTGTAT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=126172007;WS=126171989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	126206298	rs3841140	TCAAA	T	835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=3;PP=628;SC=AAACAATGAATCAAACAACCA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=126206309;WS=126206288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	126213764	rs3812061	G	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=489;SC=GCAATCGAAGGTCTGTTTTCT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=126213772;WS=126213754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	126253538	rs36120055	CT	C	181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr5	126387682	rs78618698	G	A	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=73;PP=2404;SC=TAGACCATGGGGTGATGTAAC;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=134;WE=126387690;WS=126387672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	126387734	rs73339251	A	G	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=42;PP=1124;SC=TTCTAATGCCATTTTCCTTAT;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=126387742;WS=126387724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	126394484	rs17165251	C	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=618;SC=CTGAAGAAAGCTTATTCCATT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=126394492;WS=126394474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	126667126	rs10519949	T	C	8744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=185;PP=2965;SC=GGTAATGGTTTTGAAAGGAGC;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=121;TCR=186;TR=306;WE=126667134;WS=126667116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr5	126667268	rs17684438	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=551;SC=CAAATTAGGTGGTGTTAGTCA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=126667276;WS=126667258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	126674869	rs12654455	G	A	11525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=227;NR=194;PP=2965;SC=TTTACTACACGAGCTGCACTG;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=421;TCF=227;TCR=194;TR=421;WE=126674877;WS=126674859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr5	126705464	rs141639621	AGGAAC	A	1150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=1080;SC=AAGAGGGCTGAGGAACGGACT;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=126705476;WS=126705454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	126732399	rs3812055	G	A	7931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=148;PP=2965;SC=AGAGATGCCAGTGCCAGAATG;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=132;TCR=148;TR=280;WE=126732407;WS=126732389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr5	126734267	rs6595767	A	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=636;SC=CAATTATTGAACACAGAAAGC;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=126734275;WS=126734257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	126734365	rs6595769	C	T	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=57;PP=2153;SC=GTTAATCCCTCAGCTGTGAGG;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=129;WE=126734373;WS=126734355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	126745933	rs77896531	T	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.31;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	126745940	rs76221063	G	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.34;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	126746001	rs80313631	C	G	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=12;PP=1114;SC=TTATGCATAACAAAGCCATTC;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=52;WE=126746009;WS=126745991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	126746277	rs31483	C	T	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=60;PP=1812;SC=TCCCTGCCACCTGGAAAACAC;SOR=1.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=88;WE=126746285;WS=126746267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	126759817	rs75491699	G	A	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=98;SC=TTGTGAAAAGGCTATTCTTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=126759825;WS=126759807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	126769146	rs11950427	T	C	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CATGCTCCCCTGATGATGGCA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=184;WE=126769154;WS=126769136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr5	126770359	rs79904777	G	A	8271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=174;NR=120;PP=2965;SC=GATAACTGCTGATTTCCCTTC;SOR=1.051;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=175;TCR=120;TR=294;WE=126770367;WS=126770349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr5	126774028	rs76148405	C	T	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=11;PP=837;SC=ATGTACACTGCTAACCTCTCA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=126774036;WS=126774018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	126778850	rs7737871	C	T	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=73;PP=2386;SC=TGTAGCACTGCAGTATTGTGT;SOR=1.017;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=137;WE=126778858;WS=126778840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	126781446	rs2270933	T	C	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=67;PP=1987;SC=ATTCGGGTTCTTTAAAACTGG;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=77;WE=126781454;WS=126781436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	126791256	rs56157640	G	A	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=96;PP=2965;SC=CATATGCAGAGATCAATAACT;SOR=1.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=64;TCR=96;TR=160;WE=126791264;WS=126791246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	126859064	.	A	AT	308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=0;PP=226;SC=TCTCTTGATGATTTTTTTTTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12;WE=126859072;WS=126859054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	126860145	rs7733544	G	C	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=625;SC=TTTGCAAGAAGAAAGTAATTA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=126860153;WS=126860135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	126865968	rs17164854	T	C	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=43;PP=2922;SC=TACTTACATATTGATTTGTTT;SOR=1.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=106;TCR=43;TR=149;WE=126865976;WS=126865958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	126889370	rs435795	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=513;SC=ATAAGGAAATCTTACAGATTC;SOR=4.977;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=21;WE=126889378;WS=126889360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	126993249	rs45074	G	C	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=37;PP=2534;SC=CATCCCTAGTGCCCCTTGGGA;SOR=1.557;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=86;TCR=38;TR=123;WE=126993271;WS=126993239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	126993263	rs248709	A	T	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=51;PP=2770;SC=CTTGGGAACGAATCAGCAGAT;SOR=1.423;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=105;TCR=51;TR=156;WE=126993271;WS=126993239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	127485599	rs2617618	C	T	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=14;PP=833;SC=TGGGGTGTTACGTTGTTATCT;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=127485607;WS=127485589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	127613791	rs426987	C	G	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=60;PP=1850;SC=ATGGAGATGACATAACTAACT;SOR=2.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=12;TCR=60;TR=72;WE=127613799;WS=127613781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	127614472	rs190450	A	G	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=88;PP=2965;SC=GATTGCGACTACTGGATGCCA;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=75;TCR=88;TR=163;WE=127614480;WS=127614462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	127622983	rs2042327	C	T	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=49;PP=2381;SC=GAACTACTCCCGAGTCTGAGG;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=132;WE=127622991;WS=127622973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	127640783	rs27713	G	A	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.655;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=65;PP=1633;ReadPosRankSum=-0.500;SC=ATCTAAAACAGAAAAAAATAA;SOR=0.309;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=103;WE=127640791;WS=127640772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr5	127640861	rs27855	A	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=658;SC=CTAATCTGCTATTAATTATTA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=127640869;WS=127640851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	127648188	rs461146	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=575;SC=GTTTCAGAGTGATCACTGAAA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=127648196;WS=127648178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	127670603	rs28763944	C	T	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=41;PP=1259;SC=ATCTTCTACACTGAATAGCAT;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=127670611;WS=127670593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	127671924	rs32221	A	G	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=77;PP=2430;SC=GAGGAAGTAAAATGTTCTCCT;SOR=2.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=106;WE=127671932;WS=127671914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	127685135	rs154001	C	T	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=58;PP=2087;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TTTGGACAAACGCCAGGGAAC;SOR=0.254;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=119;WE=127685143;WS=127685125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr5	128301824	rs2526246	T	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=560;SC=CTGGCCCAGTTGCCCCCATGC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=128301832;WS=128301814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	128301885	rs2526247	T	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=24;PP=1780;SC=CCTGCACTTCTTGCAGAAACT;SOR=2.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=75;TCR=24;TR=99;WE=128301893;WS=128301875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	128301971	rs2577541	T	C	9123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=141;PP=2965;SC=TGAAGAAGTATGAAAAGAGAG;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=341;TCF=200;TCR=141;TR=341;WE=128301979;WS=128301961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr5	128302368	rs147696009	CCT	C	698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=37;PP=1464;ReadPosRankSum=0.280;SC=GCTTTCATACCCTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=37;WE=128302377;WS=128302358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr5	128359247	rs31271	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=85;SC=AAATTGCTTGTACAAGTAACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=128359255;WS=128359237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	129015452	rs30645	T	C	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=26;PP=1780;SC=TGAACCTCTTTATAGCTCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=88;WE=129015460;WS=129015442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	129015668	rs246443	T	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=958;SC=TGGCAAGGAATATTCCCAGTG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=129015676;WS=129015658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	129072943	rs1465686	G	T	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=34;PP=995;SC=CACAGCTCTTGGCAATTACAT;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=129072951;WS=129072933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	129100819	rs35674869	AC	A	1028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=32;PP=719;SC=AACATTTGAAACCCCCCCCAC;SOR=4.235;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=32;WE=129100827;WS=129100809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	129240972	rs33917	G	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=29;PP=1499;SC=ACGGCCGGCCGGGGAGTAGCC;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=84;WE=129240980;WS=129240962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	129244122	rs32234	C	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=34;PP=916;SC=TCTAGGGCAGCGATTCTATTC;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=129244141;WS=129244112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	129244133	rs2431206	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=732;SC=GATTCTATTCATTCTCTCTGT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=129244141;WS=129244112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	129519874	rs10066410	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=934;SC=TTTCTTTTTAGATAAATCTTT;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=38;WE=129519882;WS=129519864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	129521126	rs2015018	A	G	8926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=159;PP=2965;SC=CCCACTGATGATTACTTCATA;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=148;TCR=159;TR=307;WE=129521134;WS=129521116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr5	130726599	rs147277736	TAAAATTCTGGG	T	1292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=2966;SC=GCAGCCCAAATAAAATTCTGG;SOR=2.621;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=16;WE=130726617;WS=130726589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	130766662	rs1291602	T	C	7379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=132;PP=2965;SC=CAATACTCTCTGTTTAACTGT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=130;TCR=132;TR=262;WE=130766670;WS=130766652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr5	130776053	rs1422081	C	A	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=48;PP=1562;SC=GTACCTCAAACTTAGCAATGC;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=86;WE=130776061;WS=130776043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	130788642	rs12656936	A	C	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=3;PP=1365;SC=AGCACTTTGTACAGCACACAT;SOR=5.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=52;WE=130788650;WS=130788632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	130788698	rs10054168	C	T	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=46;PP=2828;SC=TTAATTATTACATCACCCTTG;SOR=1.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=111;TCR=46;TR=157;WE=130788706;WS=130788688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	130805475	rs56228197	C	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=12;PP=591;SC=TAGAATACTACAGTCTTTAAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=130805483;WS=130805465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	130867733	rs1029472	G	A	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=4;PP=1152;SC=CTCATTTACAGTTCAAAATAA;SOR=3.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=130867741;WS=130867723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	131008194	rs26008	T	C	9187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=177;PP=2965;SC=AGAAATCATCTGGCACTCATC;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=141;TCR=177;TR=318;WE=131008202;WS=131008184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr5	131066725	rs7730228	C	A	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=84;PP=2751;SC=GCATCACTGCCGAGTTTCTGA;SOR=1.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=144;WE=131066733;WS=131066715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	131283376	rs683749	C	T	6860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=125;PP=2965;SC=AGAAGTGAATCAGAAATGGTC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=113;TCR=125;TR=238;WE=131283384;WS=131283366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr5	131283541	rs34365565	GA	G	331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=252;SC=GGGCTGTTGTGAAAAAAATTC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=131283549;WS=131283531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	131312237	rs34019873	GA	G	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.765;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr5	131312327	rs370652	G	T	9710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=209;NR=147;PP=2965;SC=CAACAGTAATGCTACTTTATT;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=356;TCF=209;TCR=147;TR=356;WE=131312335;WS=131312317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr5	131320942	rs422291	A	T	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=15;PP=1501;SC=TATGCAGGGCACTGGGAGGTG;SOR=1.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=69;WE=131320950;WS=131320932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	131320959	rs67060241	GT	G	3697.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.11;QD=44.55;SOR=1.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	131320960	.	TC	GC	2095	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=28;MQ=68.48;NF=53,24;NR=22,22;PP=1371,2095;QD=18.7436161673;SC=GTGCAGGAGGTCACCCAGTGT;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=75,46;WE=131320968;WS=131320950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,75:0.86:87
chr5	131320960	.	TC	T	2095	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=28;MQ=68.48;NF=53,24;NR=22,22;PP=1371,2095;QD=18.7436161673;SC=GTGCAGGAGGTCACCCAGTGT;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=75,46;WE=131320968;WS=131320950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,46:0.98:47
chr5	131320961	rs115222986	C	G	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.11;QD=44.66;SOR=1.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	131326522	rs5871439	AC	A	4089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.784;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.169;NF=38;NR=55;PP=1804;ReadPosRankSum=1.585;SC=GCCCCTCCACACCCCCCCCCA;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=93;WE=131326539;WS=131326511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr5	131593336	rs70974026	C	CG	266.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	131593363	.	GGCT	G	957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=41.64;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	131593373	.	GCGGCGGCTC	G	1002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.86;QD=41.78;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	131602166	rs1007602	T	C	7082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=124;NR=123;PP=2965;SC=GGCCTGAGGGTAGGAGCTGGC;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=124;TCR=123;TR=247;WE=131602174;WS=131602156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr5	131607300	rs55722650	C	T	12516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=237;NR=206;PP=2965;SC=TTGCTACAACCTTGCTACGCC;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=444;TCF=237;TCR=207;TR=443;WE=131607308;WS=131607290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr5	131607402	rs10479000	T	C	17227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=337;NR=268;PP=2965;SC=CGATGGCCCGTCTGGCGCCCA;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=608;TCF=337;TCR=271;TR=605;WE=131607410;WS=131607392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,638:1.00:638
chr5	131630852	rs35260072	A	C	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=66;PP=2965;SC=TGTGCACCCCAAGAAAGAATA;SOR=0.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCR=66;TR=153;WE=131630860;WS=131630842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	131649186	rs270607	A	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=612;SC=GATGTGACAGAGAAAAAAGTC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=131649194;WS=131649176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	131658085	rs270600	T	C	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=49;PP=1437;SC=CCCTCTGCTGTGGGTCAGCAC;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=131658093;WS=131658075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	131660119	rs273915	G	C	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=202;SC=CCTGCTCACTGTGCCCTAAGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=131660127;WS=131660109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	131660431	rs273914	A	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=468;SC=TCAGTATGAGACAAGCTCTCC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=131660439;WS=131660421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	131663062	rs272893	T	C	6859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=121;PP=2965;SC=ATGAACAACATAGCTGTACCA;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=127;TCR=121;TR=248;WE=131663070;WS=131663052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	131670546	rs272879	C	G	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=62;PP=1926;SC=TATTGCGAACCCTGCCCAGGC;SOR=1.309;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=131670554;WS=131670536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	131671769	rs272878	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=308;SC=ATTGTGAAAATGTCAAATAGC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=131671777;WS=131671759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	131676320	rs1050152	C	T	8082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=127;PP=2965;SC=GATTGGAATCCTCACCCTTTT;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=143;TCR=127;TR=270;WE=131676334;WS=131676310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	131701082	.	G	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.067;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr5	131701279	rs367805	T	C	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	131719999	rs4551059	A	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=64;PP=2055;SC=CCTGGGTATGACCATCAGGTT;SOR=1.396;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=101;WE=131720007;WS=131719989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	131730052	rs60522531	CA	C	4176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=77;PP=2966;SC=CCTTCAGTGACAAAAGGCCTT;SOR=1.470;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=12;TCR=81;TR=89;WE=131730060;WS=131730042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	131755477	rs4451042	G	T	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=214;SC=CGGATGATTGGGGCCGTTGCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=131755485;WS=131755467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	131792639	rs3214157	A	AT	2420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.010;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=1120;ReadPosRankSum=-1.769;SC=ACCTGTAGGGATTTTTTTTTA;SOR=1.442;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=66;WE=131792647;WS=131792629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,98:0.90:109
chr5	131796498	rs2522048	T	C	10112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.781;SC=AACAAAACCATCAGCCCTGCT;SOR=0.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=359;TCF=186;TCR=173;TR=357;WE=131796506;WS=131796488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr5	131796573	rs2522049	T	C	5983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=139;PP=2965;SC=CCTGTAATGGTGGTTGTGAGG;SOR=1.356;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=81;TCR=139;TR=220;WE=131796581;WS=131796563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	131821520	rs142244361	G	GAC	156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=4;PP=199;SC=CTGTCTCTCTGACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=131821528;WS=131821510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	131892357	rs2706335	C	T	9252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=168;PP=2965;SC=AGTTTTGACACGAACTGACCC;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=166;TCR=168;TR=334;WE=131892365;WS=131892347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr5	131892979	rs4526098	G	A	4604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=48;PP=2965;SC=GCCTTTGTGGGCTCCAGGTCC;SOR=1.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=108;TCR=48;TR=156;WE=131892987;WS=131892969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	131995843	rs1295686	T	C	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=18;PP=1966;SC=GTTCTACTCATGTGCTGACCT;SOR=2.486;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=75;TCR=18;TR=93;WE=131995851;WS=131995833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	131995964	rs20541	A	G	8205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=146;PP=2965;SC=CGCGAGGGACAGTTCAACTGA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=156;TCR=146;TR=300;WE=131995972;WS=131995954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr5	132036252	rs1468216	T	C	9070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=150;PP=2965;SC=TACTGGACCATGTTCCTCCCC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=324;TCF=172;TCR=152;TR=322;WE=132036260;WS=132036242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr5	132036489	rs1468215	A	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=164;SC=TGAGTAATAAAAGTCTCAAAA;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=132036497;WS=132036479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	132038199	rs3213639	C	T	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=27;PP=2179;SC=AAAGAACTCCCTTTTAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=99;WE=132038207;WS=132038189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	132039132	rs2285700	C	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=8;PP=880;SC=ATCATGAATTCATCTCAATTC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=132039140;WS=132039122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	132046789	rs11740584	G	C	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=113;PP=2965;SC=TATCCTGTACGAAGTCATTAG;SOR=2.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=30;TCR=113;TR=143;WE=132046797;WS=132046779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	132056147	rs2074529	C	A	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=12;PP=1889;SC=TTTCATTCATCTATGCTCTCT;SOR=3.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=71;TCR=12;TR=83;WE=132056155;WS=132056137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	132070242	rs7732520	C	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=141;SC=AATTTATAAACTTTAAAAGGC;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=132070250;WS=132070232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	132098242	rs30510	A	G	9421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=189;NR=162;PP=2965;SC=TCTGGACCCCATTGCTGACCA;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=189;TCR=163;TR=351;WE=132098250;WS=132098232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr5	132149322	.	G	GGCCGCCGCC,GGCCGCC	982.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.33;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=10,10;NR=3,3;PP=486,42;SC=CCATGGCGCTGGCCGCCGCCG;SOR=1.739;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=13,13;WE=132149330;WS=132149312;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:17
chr5	132149684	rs40274	G	C	6223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=94;PP=2965;SC=CCCTTGGTCCGGGTGCCGCGG;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=125;TCR=94;TR=219;WE=132149692;WS=132149674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr5	132150024	rs4266393	C	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=530;SC=CGGAGGAGCCCGGCCTGCGCC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=132150032;WS=132150014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	132150132	rs115553646	C	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=16;PP=547;SC=TGGGCCCGGGCCGCTCCCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=132150140;WS=132150122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	132150948	rs40470	T	G	7815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=0.688;SC=TGCCCAGTTTTCCTCCAACAA;SOR=0.370;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=116;TCR=153;TR=268;WE=132150956;WS=132150938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr5	132198100	rs10491279	C	T	10668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=192;PP=2965;SC=AAGACTTTGGCTCCTTTATCA;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=375;TCF=183;TCR=192;TR=375;WE=132198108;WS=132198090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr5	132198287	rs254285	C	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=31;PP=896;SC=GCTTGAAAATCAGTCAACACA;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=132198295;WS=132198277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	132220748	rs45441396	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	132227677	rs6596093	A	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=4;PP=705;SC=CTGACTTACCACCTTCACAGT;SOR=3.026;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=132227685;WS=132227667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	132228133	rs11739417	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=21;PP=572;SC=TTCTCCACACAGTAATACAGG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=132228141;WS=132228123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	132234152	rs34099243	C	CG	371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=427;SC=ACATCCAAATCGACAACCAAC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=132234160;WS=132234142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	132270663	rs10039125	T	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=758;SC=AATAAAATTATAAAATGAGCA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=132270671;WS=132270653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	132273031	rs2288387	T	C	58.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=37;SC=AGCTGGGTTTTGGTAATGGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=132273039;WS=132273021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	132334252	rs3087646	A	G	5009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=75;PP=2965;SC=TCAGTCCATCAGTCCAATATG;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=178;WE=132334260;WS=132334242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	132335951	rs2059783	A	G	7524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=1.065;SC=CCCCCAAATCATTTTACTCTG;SOR=0.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=117;TCR=155;TR=271;WE=132335959;WS=132335941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr5	132362336	rs147467222	A	AG	577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=609;SC=CAGGCTTCTAAGGGGAGGTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=132362344;WS=132362326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	132424046	rs11749966	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=582;SC=GGTAAGATGTTATTGTTCTTT;SOR=3.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=132424054;WS=132424036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	132425415	rs200901091	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=36.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-1.370;QD=0.70;ReadPosRankSum=3.958;SOR=5.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr5	132433049	rs55643445	G	T	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=107;PP=2965;SC=TAGAAGGGAAGTGTGCAGCTA;SOR=1.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=46;TCR=107;TR=153;WE=132433057;WS=132433039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	132546059	rs3828692	G	A	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=905;SC=GTATGCATGGGCATCACTCCT;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=132546067;WS=132546049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	132561277	rs2241583	G	A	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=21;PP=1851;SC=TATACCTCTCGTTTCCATTCC;SOR=2.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=90;WE=132561285;WS=132561267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	132736722	rs72805037	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=374;SC=AAACACTCAGAGGGTCTGGGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=132736730;WS=132736712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	133316707	rs76032174	CTT	C	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=2.003;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr5	133537438	rs2302598	T	A	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=14;PP=1733;SC=TTAAAAAATATCCCCAAAGGG;SOR=2.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=74;WE=133537446;WS=133537428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	133537479	rs2302599	T	G	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=43;PP=2016;SC=CATAAGCACCTGAACACTAAA;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=121;WE=133537487;WS=133537469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	133541548	rs2239543	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=12;PP=737;SC=TAACTGGGGGAAAAAAAACTT;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=133541556;WS=133541538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	133561589	rs3863186	G	C	13370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=199;NR=284;PP=2965;SC=GCTCCGCGCTGCTCCCGCGCC;SOR=1.115;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=485;TCF=199;TCR=286;TR=483;WE=133561597;WS=133561579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr5	133638034	rs17165388	C	A	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=885;SC=ACACTACACACAATACAGATA;SOR=4.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=133638042;WS=133638024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	133657610	rs139337657	G	GA	4390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.878;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.213;NF=9;NR=81;PP=1527;ReadPosRankSum=0.303;SC=ACAGATCAGGGAAAAAAAAAT;SOR=0.294;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=124;TCF=9;TCR=115;TR=90;WE=133657618;WS=133657600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,160:0.97:165
chr5	133873572	rs329126	A	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=17;PP=2166;SC=TTTCTCCCTCATGAACATTCT;SOR=2.549;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=76;TCR=18;TR=93;WE=133873580;WS=133873562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	133887780	rs12163993	G	A	22978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=848;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=374;NR=452;PP=2965;SC=TGAAGATCCCGGACTCATACC;SOR=0.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=826;TCF=374;TCR=452;TR=826;WE=133887788;WS=133887766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,846:1.00:846
chr5	133896744	rs2589404	A	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=38;PP=1100;SC=TGTGGACAGAAGCCCTTAAGA;SOR=5.994;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=39;WE=133896752;WS=133896734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	133897829	rs329304	C	T	6896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.521;SC=ATGCAGCTGACTGCTGACCAG;SOR=0.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=145;TCR=94;TR=238;WE=133897837;WS=133897819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr5	133900111	rs329311	A	C	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=58;PP=2965;SC=CAGCAGACAAACCCCCATTTT;SOR=1.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=104;TCR=59;TR=162;WE=133900119;WS=133900101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	133909475	rs329322	G	A	7308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=0.159;SC=CCCACCTGCCGCCGCCACCTC;SOR=0.415;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=267;TCF=111;TCR=156;TR=265;WE=133909483;WS=133909465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr5	133942492	rs7728741	T	C	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=5;PP=1357;SC=TCAATTCTCATTCAAATTAAG;SOR=4.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=55;WE=133942500;WS=133942482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	133944043	rs199526981	ATT	A,AT	763.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=21.82;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,21:0.40,0.60:35
chr5	134011834	.	C	CT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=8.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.895;SOR=0.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr5	134015276	.	GT	G	2267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.717;HP=12;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.691;NF=23;NR=39;PP=879;ReadPosRankSum=-0.997;SC=ATTTAATTCTGTTTTTTTTTT;SOR=1.298;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=62;WE=134015285;WS=134015265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,98:0.94:104
chr5	134015523	rs10042142	C	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=383;SC=TTATTTACCTCTAGTCAATCC;SOR=5.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=134015531;WS=134015513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	134033777	rs246341	G	A	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=57;PP=1609;SC=GCGTAGGACTGAATAATATTT;SOR=3.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=67;WE=134033785;WS=134033767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	134039742	rs151247213	TTTTA	T	144	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=144;SC=AAATTGCTGTTTTTATTTATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=134039753;WS=134039732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	134076812	rs12657663	G	A	6049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=127;NR=82;PP=2965;SC=CTCCCTCAGCGTTCCTTCCGT;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=127;TCR=82;TR=209;WE=134076820;WS=134076802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr5	134106761	rs35505581	CTCTT	C	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.60;QD=42.13;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	134113558	rs254713	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=233;SC=TACTTTTTCTGAGTACCAGAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=134113566;WS=134113548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	134124359	.	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=530;SC=TGCAAGAAACCAACAAAGGGT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=134124367;WS=134124349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	134164284	rs34675300	GT	G	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.253;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	134223593	rs3733897	A	G	8768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=142;PP=2965;SC=CTGAGGACAAAGTGAGTTCAG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=154;TCR=142;TR=296;WE=134223601;WS=134223583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr5	134305852	.	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.962;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr5	134344929	rs299378	C	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=3;PP=1303;SC=GCTTGAGTGGCGGCTGGCCCT;SOR=3.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=49;WE=134344937;WS=134344919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	134346304	rs877812	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=386;SC=AGTGAAGGGGGTGATGACTGA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=134346312;WS=134346294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	134364406	rs71660434	TCCGCGC	T	1547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=1551;SC=GCGTGCGTCCTCCGCGCCCGC;SOR=5.784;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=29;WE=134364419;WS=134364396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	134364996	rs1131611	G	T	7288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=153;PP=2965;SC=TTGGCTCGCCGGTTCTTGAAC;SOR=1.183;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=107;TCR=153;TR=260;WE=134365004;WS=134364986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr5	134365070	rs10056994	C	T	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=56;PP=1504;SC=GACCCCACCCCCTTCCCCACC;SOR=5.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=60;WE=134365078;WS=134365060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	134365091	rs474853	T	C	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=43;PP=1255;SC=GCCTGGAGCCTTCCGTCGGCC;SOR=6.273;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=44;WE=134365099;WS=134365081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	134368400	rs7700313	T	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=740;SC=CTCTCTAGGTTTTAAAAATAA;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=134368408;WS=134368390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	134368721	rs10716861	CA	C	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.51;NF=2;NR=48;PP=1376;SC=CCAGCTCGGACAAAAAAAGGC;SOR=4.294;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=50;WE=134368729;WS=134368711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	134369258	rs72800397	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=297;SC=CCGTCAGGTCGAGAACGGGAA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=134369266;WS=134369248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	134724838	rs143351134	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=481;SC=AGAGGCACACCGGTCAGGGTG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=134724846;WS=134724828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	134782414	rs12518053	G	T	8795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=141;PP=2965;SC=AGATGTTTCCGGGCTCCCTCC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=158;TCR=141;TR=299;WE=134782422;WS=134782404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr5	134782450	rs12520799	T	A	7300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=2.327;SC=GTCTTCCTTCTGCTGCTATGC;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=247;TCF=118;TCR=129;TR=244;WE=134782458;WS=134782440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,256:0.99:258
chr5	134782510	rs12520809	T	C	8473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=149;PP=2965;SC=CTCGAAAGATTGGAGTTGCAG;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=145;TCR=150;TR=293;WE=134782518;WS=134782500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr5	134782576	rs1031844	T	G	7613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=128;PP=2965;SC=GCTGGCAAGGTTTTGTTCCTC;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=124;TCR=129;TR=252;WE=134782584;WS=134782566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr5	134986006	rs801560	G	A	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=14;PP=942;SC=TCCTTGACTGGTACACTCCAA;SOR=1.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=134986014;WS=134985996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	134986256	rs149152270	A	AAAC	2316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=43.71;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	135215835	.	CT	C	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.863;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.449;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr5	135272512	rs141254114	C	T	7444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=137;PP=2965;SC=TGAAGTTTTTCATATTTCTGA;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=130;TCR=138;TR=266;WE=135272520;WS=135272502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr5	135365006	rs4976361	A	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=296;SC=ACCTTGCAGCATGGAGCGCTC;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=135365014;WS=135364996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	135379612	rs4976464	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=12;PP=1213;SC=CTTAGCAAATAACTCCTAAGA;SOR=2.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=135379620;WS=135379602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	135382989	rs1442	G	C	7138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=105;PP=2965;SC=GTGCCCGGCTGCTGAAAGCCG;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=243;WE=135382997;WS=135382979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr5	135496820	.	CA	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr5	135513085	rs55765823	T	TC	6005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=71;PP=2936;SC=GGATTGAGATTATCTTCATGG;SOR=1.076;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=12;TCR=75;TR=82;WE=135513093;WS=135513075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	136315200	rs3217011	AT	A	4364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.171;NF=17;NR=79;PP=2863;ReadPosRankSum=0.174;SC=AGACATGCAGATGATACTCGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=17;TCR=79;TR=96;WE=136315209;WS=136315190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr5	136320758	rs17521219	A	G	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=71;PP=2965;SC=AACCATTGCCATGCTGATCAT;SOR=1.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=131;TCR=71;TR=200;WE=136320766;WS=136320748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	136328367	rs3777224	C	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=579;SC=GGCAAAGCCACGTTCAAAGCA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=136328375;WS=136328357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	136833955	rs372446202	CCA	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr5	136969637	rs7713180	A	G	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=33;PP=1612;SC=CTGCACATGTACCCTCTAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=136969645;WS=136969627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	136969953	rs2301709	C	T	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=70;SC=GCACCCTTACCTCAGAATTCT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=136969961;WS=136969943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	136975687	rs2074348	G	A	6176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=115;PP=2965;SC=ACAAGTGGACGTTAGCGGGGT;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=98;TCR=115;TR=212;WE=136975695;WS=136975677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	136975819	rs4370266	A	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=742;SC=GCTCCTGGTCACCAACAGGTA;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=136975827;WS=136975809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	136997776	rs70979550	AC	A	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=27;PP=1236;SC=CTTTCAAACAACCCTCAATCT;SOR=1.775;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=29;WE=136997784;WS=136997766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	137013106	rs2967791	C	T	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=17;PP=1423;SC=CATCGCACTCCAGCCTGGCCG;SOR=1.997;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=69;WE=137013114;WS=137013096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	137027953	rs2301710	A	T	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=4;PP=646;SC=GAGGAGGTGCAGCAGTCCGGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=137027961;WS=137027943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	137028029	rs2905608	T	C	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=33;PP=1351;SC=CATCTGCAAATGCACGGATGC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=87;WE=137028037;WS=137028019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	137056027	rs6887727	T	C	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=9;PP=1173;SC=GGAACTCAAGTGACTAAGAAT;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=137056035;WS=137056017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	137206560	rs6890689	A	C	9280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=165;PP=2965;SC=TGCTTCTCCCAAGCAGCATGC;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=147;TCR=166;TR=312;WE=137206568;WS=137206550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr5	137241856	rs700605	T	C	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=23;PP=2010;SC=ATATAAATGCTTGAAATGAAC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=94;WE=137241864;WS=137241846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	137244517	rs1880458	G	A	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=61;PP=1975;SC=GTCCCGTTGTGTTAAAGACAT;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=129;WE=137244525;WS=137244507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	137257288	rs4304074	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=9;PP=741;SC=GTATGTACATAAAGGTATATA;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=137257296;WS=137257278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	137259179	rs12187140	T	C	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=19;PP=944;SC=GGCAGAAGGCTAGATTTTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=137259187;WS=137259169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	137259251	rs13188503	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=22;PP=864;SC=CTAAGACAAACCTCATATAGT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=137259259;WS=137259241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	137259335	rs34615501	C	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=444;SC=CATCCCATCCCCAGGGTTTGT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=137259343;WS=137259325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	137271968	rs7701617	T	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=202;SC=ACATGAAAGTTTATTACTGAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=137271976;WS=137271958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	137281708	rs1125979	A	C	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=73;PP=2638;ReadPosRankSum=0.559;SC=AAAAAAAGAAATTGTCTAGTC;SOR=0.363;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=135;WE=137281716;WS=137281698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr5	137292095	rs3777115	G	A	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=21;PP=2965;SC=GCAGGAGAAGGGCTTAATAAA;SOR=2.599;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=105;TCR=22;TR=126;WE=137292103;WS=137292085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	137292133	rs3836896	C	CA	8203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=72;PP=2979;SC=CCATAAAAGGCAAAAAAACTA;SOR=1.312;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=185;TCF=99;TCR=86;TR=152;WE=137292141;WS=137292123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr5	137295823	rs9327802	T	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=492;SC=TAGGCAAGTTTTTAAAGACTA;SOR=2.147;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=24;WE=137295831;WS=137295813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	137297923	rs4835738	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=355;SC=CAAATCCAAACATTTATGGGT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=137297931;WS=137297921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	137323117	rs7714536	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=656;SC=CAATTTTATAACATTTAATAA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=137323125;WS=137323107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	137347403	rs12187885	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=14;PP=960;SC=CACCGTGCCCGGCCTCACATA;SOR=1.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=137347411;WS=137347393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	137347498	rs10064910	G	A	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=55;PP=1920;SC=AAGAATTTGCGGACCAAATTT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=115;WE=137347506;WS=137347488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	137354851	rs66908638	CA	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=345;ReadPosRankSum=0.818;SC=AAATGAAAGACAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=22;WE=137354859;WS=137354841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr5	137372207	rs6596419	A	T	7983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=129;PP=2965;SC=CTCTGAGCAGATCCATTGAAG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=144;TCR=129;TR=273;WE=137372215;WS=137372197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr5	137420376	rs4835762	T	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=57;PP=1418;SC=GTGAATGGAGTGGGGCTTGCA;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=92;WE=137420384;WS=137420366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	137426768	rs12520886	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=24;PP=676;SC=CCTGATAATACCCCACACAAG;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=137426776;WS=137426758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	137454358	rs6878575	C	G	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=238;SC=ATTTTTAGTACAGACGGGGTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=137454366;WS=137454348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	137464826	rs217275	A	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=4;PP=863;SC=TCTGCCCCCCAAAAAAGTTGA;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=33;WE=137464834;WS=137464816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	137464887	rs11428296	A	AT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.340;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,21:0.15:140
chr5	137475787	rs423258	C	T	6282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=102;PP=2965;SC=TTCCATCATCCACTGGGTTAG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=115;TCR=102;TR=217;WE=137475795;WS=137475777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr5	137476416	rs412051	T	C	7598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=147;NR=112;PP=2965;SC=CAGGACTTCTTGCCGCATCTC;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=147;TCR=112;TR=259;WE=137476424;WS=137476406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr5	137485292	rs217270	C	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=392;SC=AACAGAAGTACGAATCTTAAC;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=137485300;WS=137485282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	137486426	rs217272	T	C	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=50;PP=2419;SC=TTTAAGTTACTTTCTTACCTC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=127;WE=137486434;WS=137486416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	137501396	.	A	C	102	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=48.55;NF=5;NR=0;PP=102;QD=27.3542425094;SC=GCCTGGATGAAAGAGCAAGAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=137501404;WS=137501386;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	137507104	rs11303706	TA	T	271	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=-1.372;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr5	137514286	.	G	A	18457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=336;NR=352;PP=2965;SC=GATACTCACTGCCCGTTCCCG;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=690;TCF=336;TCR=354;TR=688;WE=137514294;WS=137514276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,704:1.00:704
chr5	137661434	rs3734165	T	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=4;PP=893;SC=CTATGTCTCATTATGATACCA;SOR=3.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=137661442;WS=137661424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	137708434	rs4835678	C	T	6750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=120;PP=2965;SC=AGGAAGTTATCGTGCTTCTGC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=121;TCR=120;TR=240;WE=137708442;WS=137708424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr5	137717213	rs10073922	G	A	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=45;PP=2361;SC=AGAGTGGTGAGATCAAGTCGG;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=120;WE=137717221;WS=137717203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	137717265	rs6865472	G	A	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=63;PP=2357;SC=GGATAATTCAGCGCCTCAAAG;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=135;WE=137717273;WS=137717255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	137735754	rs4835680	A	T	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=41;PP=1127;SC=GGTATGTCCAAGATGTTGTGG;SOR=3.486;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=137735762;WS=137735744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	137754695	rs7726234	T	C	5792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.241;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.157;SC=CCTTCTCTGGTGGAGGAGGAC;SOR=0.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=113;TCR=91;TR=202;WE=137754711;WS=137754685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr5	137763615	rs2240334	A	C	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=6;PP=1080;SC=ATTCTTCCAAATATTGGCCCT;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=137763623;WS=137763605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	137763798	rs17599026	C	T	7260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=151;PP=2965;SC=GAATCCACTGCTTTAGGATGG;SOR=1.170;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=256;TCF=102;TCR=154;TR=253;WE=137763806;WS=137763788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr5	137775581	rs982085	C	G	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=88;PP=2670;SC=GAGGACGCTCCGTGGCCTTCA;SOR=1.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=39;TCR=88;TR=127;WE=137775589;WS=137775571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	137776931	rs2269947	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=17;PP=900;SC=TCCCACACAGCGCCTCCAACA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=137776939;WS=137776921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	137777269	rs12516269	A	G	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=105;PP=2889;SC=TGACAATTTCATGGGGTCCTT;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=52;TCR=105;TR=157;WE=137777277;WS=137777259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	137780336	rs4835794	T	C	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=23;PP=2562;SC=CCAAAGTGACTTGGCAGGGCT;SOR=2.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=99;WE=137780344;WS=137780326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	137780368	rs2240331	C	A	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=67;PP=2965;SC=CCGGAGCAGGCAGGGGCCTCT;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=130;TCR=68;TR=196;WE=137780376;WS=137780358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	137844274	rs2242599	A	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=29;PP=861;SC=TAAGCACCTCACCGGAAGCAG;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=137844282;WS=137844264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	137846155	rs4835685	A	G	6452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=132;NR=93;PP=2965;SC=CAATTAGTATAAGGTTTGGTT;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=132;TCR=93;TR=225;WE=137846163;WS=137846145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr5	137847078	.	TACACACACAC	T	174.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.689;NF=7;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=-0.902;SC=ATCACGTACATACACACACAC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=16;WE=137847099;WS=137847068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr5	137847082	rs35404194	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.861;NF=11;NR=8;PP=464;ReadPosRankSum=0.448;SC=CGTACATACACACACACACAT;SOR=0.511;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=19;WE=137847099;WS=137847068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr5	137847084	.	CACACACAT	C	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.861;NF=6;NR=9;PP=486;ReadPosRankSum=0.717;SC=TACATACACACACACACATAC;SOR=0.511;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=15;WE=137847099;WS=137847068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr5	137849526	rs10077407	C	T	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=44;PP=1191;SC=AAACCTTCTACGGAATAATTT;SOR=3.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=52;WE=137849534;WS=137849516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	137892170	rs10117	G	A	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=26;PP=1634;SC=AACAGCTTCAGTGATGCCTGC;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=137892186;WS=137892160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	137897589	rs256007	A	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=736;SC=TGCAAAACCAAAGGGAGGGTG;SOR=5.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=27;WE=137897597;WS=137897579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	137902339	rs1042665	T	C	7616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=90;PP=2965;SC=AGAGTTCACATTTAGCCTTTT;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=164;TCR=90;TR=254;WE=137902347;WS=137902329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr5	137902868	rs71574426	GA	G	716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=254;SC=AATGATTTGTGAAAAAAAAAA;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=137902876;WS=137902858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	137909674	rs41294566	GAGA	G	1315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=1152;SC=AATAATTACAGAGAAGAATAA;SOR=3.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=26;WE=137909684;WS=137909664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	138147943	rs11552054	A	C	6625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=124;NR=101;PP=2965;SC=ATAAAGCCCTAAAACCTGAAG;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=125;TCR=103;TR=225;WE=138147951;WS=138147933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	138148064	rs13154573	T	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=62;PP=1993;SC=ATTCTGTGTGTTTTCTGAAAG;SOR=2.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=83;WE=138148072;WS=138148054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	138216625	rs5871683	G	GA	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.15;MQRankSum=0.582;QD=21.31;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr5	138221989	rs288028	G	C	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=45;PP=1500;SC=CAGGTAATCTGGATGAAAGTG;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=138221997;WS=138221979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	138265143	.	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=796;SC=TCAGAACACCGTTTCTCTCTC;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=138265151;WS=138265133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	138266546	rs1059110	G	A	7652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=124;PP=2965;SC=AAAATACATCGGATGTCATCA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=133;TCR=124;TR=257;WE=138266554;WS=138266536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr5	138356756	rs10077896	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=289;SC=TCATTGAGATGACACTGAAAT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=138356764;WS=138356746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	138356775	rs10077796	C	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=6;PP=442;SC=ATGTCAGTAGCAACAGGCACA;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=138356783;WS=138356765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	138456815	rs3088052	T	C	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=60;PP=1858;SC=CTTTTCTCTCTGTTTCTTTGG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=125;WE=138456823;WS=138456805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	138456994	rs11750382	G	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=225;SC=CTGGACACTCGCAATTCCTTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=138457002;WS=138456984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	138473077	rs11431215	C	CA	4975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=58;PP=2966;SC=AGTTTGGCCCCAAAGCCATGC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=79;WE=138473085;WS=138473067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	138642997	rs112107315	A	AT	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=1;PP=603;SC=TGGCGTTACCATTTTTGAAGC;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=18;WE=138643005;WS=138642987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	138643062	rs12153162	T	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.66;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	138713959	rs6596474	A	C	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=49;PP=1410;SC=GGGAGCGAGGAGAAGAGGGCC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=99;WE=138713967;WS=138713949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	138718476	rs11242461	T	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=418;SC=TCTCCCACTTTGCATTGCTTC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=138718484;WS=138718466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	138720108	rs11242462	C	T	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.943;SC=GCACCGCTCTCCAGCTGGGCA;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=151;TCR=76;TR=226;WE=138720116;WS=138720098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr5	138720336	rs6596476	T	C	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=47;PP=1444;SC=CCCCTGCAGATACGGCTCCAT;SOR=2.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=59;WE=138720344;WS=138720326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	138723112	rs138480317	C	CTCCA	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=953;SC=GAACACTGCACTCCAGCCTGG;SOR=2.712;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=19;WE=138723120;WS=138723102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	138724126	rs33937093	TG	T	1137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=9;PP=869;SC=AGGAGGGAGGTGGGGGGCAGG;SOR=2.012;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=27;WE=138724134;WS=138724116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	138724457	rs9327846	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=463;SC=TGGGATGGGGATGGGGGATGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=138724465;WS=138724447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	138728483	rs10078623	A	G	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=52;PP=2965;SC=CTGGGCCTCTACATCCCTGTT;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=145;WE=138728491;WS=138728473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	138728533	rs10063870	C	T	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=82;PP=2965;SC=GCGAGGTTACCTCGGGCCGGC;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=134;TCR=82;TR=216;WE=138728541;WS=138728523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr5	138730037	rs11748963	T	C	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=74;PP=2203;SC=CGCGGCGGCCTGCAGGGGGCC;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=117;WE=138730045;WS=138730027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	138856982	rs7380824	C	T	4219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=50;PP=2665;SC=CTCAAGTGTCCGGCAGAAGAG;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=94;TCR=50;TR=144;WE=138856990;WS=138856972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	138857919	rs1131769	T	C	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	138857925	rs78233829	C	G	6167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	138861078	rs11554776	C	T	7052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=140;NR=95;PP=2965;SC=GTGGATGTGGCGCAGCTCCTC;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=140;TCR=95;TR=235;WE=138861086;WS=138861068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr5	139061148	rs57638253	CT	C	1260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=30;PP=726;SC=GGGATGCCCCCTCCCAGTCCT;SOR=4.235;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=139061156;WS=139061137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	139213452	rs4912884	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=707;SC=TGTGCCTCGTAAAATCCTGGC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=139213460;WS=139213442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	139216901	rs11440487	A	AG	3165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=49;PP=2567;SC=GGCACCCCGAAGCCCCAGGCA;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=57;WE=139216909;WS=139216891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	139574050	rs11538394	G	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=13;PP=849;SC=ACAGGTCCCCGATGAACCAAG;SOR=1.893;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=139574058;WS=139574040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	139625743	rs3822739	A	G	4505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=85;PP=2786;SC=CCTTTGTGACAGGCAACTTTC;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=74;TCR=85;TR=159;WE=139625751;WS=139625733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	139641896	rs6867870	C	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=486;SC=CATTTCTTTCCGAGTAAAAGT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=139641904;WS=139641886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	139660916	rs3777095	G	A	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=247;SC=CGTAATTATAGAAAATAAAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=139660924;WS=139660906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	139661279	rs6893253	T	C	182.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=147;SC=TTAAACCTTCTTGGCTGAGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=139661287;WS=139661269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	139740454	rs34507975	C	T	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=52;PP=1749;SC=GTGCCCCCCACGTGCCCACCC;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=87;WE=139740462;WS=139740444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	139745154	rs6860077	T	C	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=72;NR=73;PP=2142;SC=GAGACGACATTGTAAGCATGG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=145;WE=139745162;WS=139745144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	139936680	rs143712554	ACCC	A,AC	3220.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.349;QD=33.55;ReadPosRankSum=1.881;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,39,54:0.41,0.56:96
chr5	139936760	rs250426	G	T	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=104;PP=2965;SC=GGGGTGCGGCGACCCTCTTGG;SOR=0.960;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=205;WE=139936768;WS=139936750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	139936980	rs250427	A	G	10502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=0.859;SC=CCGGGGCGACAACCTAGTGCC;SOR=0.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=165;TCR=210;TR=374;WE=139936988;WS=139936970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,399:1.00:400
chr5	139940233	rs250431	G	A	12283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=199;NR=232;PP=2965;SC=CCTGAATGGGGTGTGCAGTCA;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=432;TCF=200;TCR=232;TR=431;WE=139940241;WS=139940223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr5	139941228	rs250430	A	G	7501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=140;PP=2965;SC=ACATCACAGCAAAACACATGG;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=269;TCF=129;TCR=140;TR=267;WE=139941236;WS=139941218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr5	139941318	rs171632	A	G	7865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=122;PP=2965;SC=CTGGGGTAGAAGCTGGTTAGA;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=149;TCR=122;TR=271;WE=139941326;WS=139941308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr5	140021482	rs11554680	C	T	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=63;PP=2671;SC=GGACCCTGGTCGGGCTCCTGA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=138;WE=140021490;WS=140021472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	140021858	rs12153256	A	T	7014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=87;PP=2965;SC=GCAGCCTGGCATGAAACAGGC;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=147;TCR=87;TR=234;WE=140021866;WS=140021848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	140022436	rs3822356	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=46;PP=1755;SC=ACACTCTCCCACCTGCTATCA;SOR=1.852;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=67;WE=140022444;WS=140022426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	140023238	rs17208187	C	G	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=27;PP=1760;SC=GTCCAGAAAACCGAGGATGCA;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=140023246;WS=140023228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	140024042	rs753280	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=385;SC=TGAGAACATGTATGTAGAAGA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=140024050;WS=140024032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	140024432	rs702399	C	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=1143;SC=CCTGGCTAACCTATATAGGTT;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=140024440;WS=140024422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	140024491	rs702398	A	G	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=6;PP=1134;SC=CCTCTGGAGTAGGCTGACCCA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=140024499;WS=140024481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	140027216	rs778593	T	C	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GGCCAAGTGCTCCGGTCTGAC;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=77;TCR=118;TR=193;WE=140027224;WS=140027206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr5	140027304	rs778594	T	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=22;PP=1157;SC=GATATAAAAGTATTGTAGGAC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=140027312;WS=140027294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	140027627	.	GTGTA	G	344	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MMLQ=18;MQ=59.01;NF=2;NR=12;PP=344;QD=24.7857142857;SC=GTGTGTGTGTGTGTATGTATG;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=14;WE=140027643;WS=140027617;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,14:0.40:35
chr5	140027629	.	GTA	G	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.56;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	140027633	.	GTA	G	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.62;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	140027635	.	A	G	461	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MMLQ=25;MQ=58.73;NF=11;NR=15;PP=461;QD=19.0681235595;SC=GTGTGTATGTATGTATGTGTG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=26;WE=140027643;WS=140027617;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,26:0.79:33
chr5	140031537	rs1583005	G	A	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=44;PP=1423;SC=ACAAATATTGGTGTGGATTTC;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=140031545;WS=140031527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	140034259	.	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.141;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,8:0.16:50
chr5	140037272	rs778596	G	A	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=79;PP=2515;ReadPosRankSum=-1.894;SC=AGAGAGAGAAGCCTTACCCAC;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=148;WE=140037280;WS=140037262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
chr5	140048209	rs2251860	T	C	7803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=136;PP=2965;SC=CCCCCATCAATAGTCTTCTGC;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=135;TCR=137;TR=271;WE=140048217;WS=140048199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr5	140048267	rs2530245	T	C	5814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=121;PP=2965;SC=AGGTGGTATCTGTCTCTGGGA;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=83;TCR=122;TR=203;WE=140048275;WS=140048257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	140048544	rs2286394	C	T	6509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=113;PP=2965;SC=GAACCTCAGTCTGGGGACCTG;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=116;TCR=113;TR=229;WE=140048552;WS=140048534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr5	140051983	rs2530243	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=8;PP=302;SC=TATAAAGTGCCGGGCAGAACG;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=140051991;WS=140051973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	140052271	rs2563333	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=369;SC=GCCGCAGCGGATGGTTGTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=140052279;WS=140052261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	140054257	rs58302597	C	T	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=32;PP=2182;SC=CTGCCCACCTCCCTCACCTCT;SOR=1.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=107;WE=140054265;WS=140054247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	140054485	rs2530241	C	T	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=57;PP=2470;SC=AAGCTGGCACCCTGTTCTTAG;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=108;WE=140054493;WS=140054475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	140062547	rs2530239	C	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=0;PP=692;SC=TTCTTGTCCCCCTTCTTATTG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=140062555;WS=140062545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	140073883	rs6883035	G	A	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=61;PP=1806;SC=TTTGAGTACTGGAGCCTGACC;SOR=2.513;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=77;WE=140073891;WS=140073873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	140075011	rs112793807	C	CAGTTGATAT	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=2900;SC=GGATGAGATCCAGGCCCAGTC;SOR=4.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=140075019;WS=140075005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	140077699	rs2530234	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=52;PP=1395;SC=GGGACGAAGTATTTCTGCCTT;SOR=4.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=57;WE=140077707;WS=140077689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	140080167	rs149737350	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=9;PP=246;SC=GATATCTCCTCGAGATCCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=140080175;WS=140080157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	140080298	rs801168	T	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=407;SC=AAAGAGGCTTTGCTTTCAAAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=140080306;WS=140080288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	140081791	rs809635	A	G	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=56;PP=1700;SC=AGGAAGTGTTAAGGAAGGTCC;SOR=1.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=85;WE=140081799;WS=140081781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	140083744	rs17286731	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=732;SC=GAACTCTCCAGTTGTTTCAGC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=140083752;WS=140083734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	140201627	rs148967528	C	T	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=39;PP=1562;SC=ATTCTCGGATCGACCGGGAGG;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=82;WE=140201635;WS=140201617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	140201798	rs79852354	G	T	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=85;PP=2965;SC=AGTCAAGAATGCCAGATTCGC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=184;WE=140201806;WS=140201788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr5	140214361	rs17844307	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=18.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-16.378;QD=0.48;ReadPosRankSum=-3.598;SOR=1.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:482,67:0.12:549
chr5	140228164	rs251353	C	A	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=27;NR=61;PP=1966;SC=TGGTGGGGAGCGGCCAGCTCC;SOR=1.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=88;WE=140228172;WS=140228154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	140228410	rs17844322	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.40;QD=47.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	140228413	rs17844323	C	A	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.09;QD=42.35;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	140229086	rs251354	C	G	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=41;PP=2223;SC=TCATTGTACACTTCTTGTGGA;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=106;WE=140229094;WS=140229076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	140230370	rs369636	AA	CC	11580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=103;PP=2947;SC=TGGCGAGGGTAAGCAGAAGAC;SOR=0.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=225;TCF=115;TCR=110;TR=217;WE=140230379;WS=140230360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr5	140237387	rs251364	T	G	5662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=99;PP=2965;SC=CGGTCGGTGGTTGCGGGTCAC;SOR=0.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=95;TCR=99;TR=194;WE=140237395;WS=140237377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr5	140237548	rs630162	A	G	16162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=294;NR=276;PP=2965;SC=TCTGGATGAGACTGACTCGCC;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=570;TCF=294;TCR=276;TR=570;WE=140237556;WS=140237538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,592:1.00:592
chr5	140238124	rs62384480	T	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=909;SC=TTTGTCTACATTCCATTTATG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=140238132;WS=140238114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	140242451	rs11321479	GC	G	2833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=21;PP=2376;SC=ATGTGACGCTGCCAGGTATTA;SOR=1.936;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=58;WE=140242459;WS=140242441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	140242479	rs251369	T	A	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=28;PP=2251;SC=AACGACAACTTTGTCTGCGCT;SOR=1.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=78;TCR=28;TR=106;WE=140242487;WS=140242469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	140248539	rs192231	C	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=392;SC=GTGAGGCACTCCCATACAAAG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=140248547;WS=140248529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	140255792	rs251377	C	A	10615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=186;NR=182;PP=2965;SC=TTGATAAGCCCAGCTATAAAG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=187;TCR=182;TR=368;WE=140255800;WS=140255782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr5	140263290	rs251380	T	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=51;PP=1709;SC=CGGTGTCTGCTCAGGACGCGG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=102;WE=140263298;WS=140263280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	140432626	rs17208383	C	T	9508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=133;PP=2965;SC=GATTATGAGGCCATTCAAGAT;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=194;TCR=133;TR=327;WE=140432634;WS=140432616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr5	140482483	rs31848	G	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.91;SOR=4.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	140502177	rs3776100	G	A	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=100;PP=2965;SC=ACAAACCACTGGATCGAGAGG;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=80;TCR=100;TR=180;WE=140502185;WS=140502167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	140515483	rs17096901	T	C	12045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=213;NR=207;PP=2965;SC=CCCTTAAAAATAGCCCAGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=421;TCF=214;TCR=207;TR=420;WE=140515491;WS=140515473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr5	140517174	rs400562	T	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=573;SC=CAGGGCGGCCTCGGTCGGTCG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=140517182;WS=140517164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	140529711	rs4151693	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=TCCGGGAAGGCAGTCGTCGCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=140529719;WS=140529701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	140529778	rs4151694	C	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=524;SC=AGAGGGTCGACGGTAGATGTG;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=140529786;WS=140529768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	140530529	rs3776096	G	A	9877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=159;PP=2965;SC=TCAGATCCAGGTTTTGGACAT;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=342;TCF=183;TCR=159;TR=342;WE=140530537;WS=140530519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr5	140553581	rs2910313	G	C	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=91;PP=2965;SC=CCAGGACGATGTCCCCTTCAT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=144;WE=140553589;WS=140553571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	140554606	rs11741863	T	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=15;PP=1526;SC=AGGGCCCCTTTCCACGACATC;SOR=2.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=140554614;WS=140554596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	140554808	rs6892507	T	A	5844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=123;PP=2965;SC=ATAAAGAATGTAAACTAAATC;SOR=1.184;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=84;TCR=123;TR=207;WE=140554816;WS=140554798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	140558308	rs2910316	T	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.30;QD=52.56;SOR=4.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	140558313	.	T	TCC	2167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.13;QD=54.19;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	140558315	.	GTC	G	2588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.23;QD=53.93;SOR=3.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	140558326	rs2910317	T	C	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.567;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.80;MQRankSum=-1.348;QD=35.83;ReadPosRankSum=1.900;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr5	140564048	rs17844664	G	C	191.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.967;NF=9;NR=3;PP=194;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CAGCCAAGCAGAGGCTGGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=140564056;WS=140564038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr5	140564088	rs13176519	C	T	609.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5982;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.575;NF=16;NR=8;PP=329;ReadPosRankSum=0.499;SC=CGAGCCTCCGCGCTCGGCCAC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=24;WE=140564096;WS=140564078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr5	140564263	rs17844666	C	T	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=833;SC=CTGTTCGTGGCGGTGCGGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=140564271;WS=140564253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	140566925	rs114763880	A	G	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=58;PP=2487;SC=TTCCAAGACAAAGGCAAGTCC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=116;WE=140566933;WS=140566915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	140567264	rs2740588	G	T	8704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=118;PP=2965;SC=TGAGAGTCAGGGATATAAATG;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=179;TCR=119;TR=296;WE=140567272;WS=140567254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr5	140567445	rs17844512	A	G	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=113;PP=2965;SC=AATTAGTGGCAGTGATGAAGG;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=55;TCR=113;TR=168;WE=140567453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	140568026	rs2697531	T	C	10946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=104;PP=2965;SC=CCGGAGAAAATGGAAAGACAT;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=86;TCR=104;TR=188;WE=140568042;WS=140568016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr5	140568034	rs33974901	C	CA	11508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=96;PP=2957;SC=AATGGAAAGACATTTGCTATG;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=44;TCR=99;TR=139;WE=140568042;WS=140568016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr5	140569353	rs3733691	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=32;PP=800;SC=AATTGTGTATGCCCACCACAA;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=32;WE=140569361;WS=140569343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	140572668	rs597064	C	T	5919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=123;PP=2965;SC=TCCATATTAACATTAGTGGCG;SOR=1.336;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=79;TCR=123;TR=202;WE=140572676;WS=140572658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr5	140580493	rs3733688	T	A	10866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=207;PP=2965;SC=GAAGAATTGTTTGTTCCATTC;SOR=1.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=372;TCF=165;TCR=207;TR=371;WE=140580501;WS=140580483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr5	140581510	rs638054	G	T	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=10;PP=1388;SC=GGGCGGCCTCGGTGGGAAGCT;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=140581518;WS=140581500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	140594442	rs17844607	A	G	3269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FS=6.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-13.694;QD=5.50;ReadPosRankSum=-3.908;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:415,180:0.30:595
chr5	140594466	rs17844608	GG	AA	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=15.396;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-17.100;QD=3.89;ReadPosRankSum=-4.727;SOR=1.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,69:0.16:439
chr5	140594470	rs17844610	G	A	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=26.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-18.347;QD=3.71;ReadPosRankSum=-4.119;SOR=2.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,53:0.13:408
chr5	140626566	rs618506	A	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.07;QD=43.17;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	140626571	rs652104	C	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.89;QD=40.61;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	140626627	rs618096	G	A	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.34;QD=26.04;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	140683265	rs11952797	G	A	13439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=246;PP=2965;SC=GACCCACTTGGGCGTATGTCT;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=463;TCF=217;TCR=246;TR=461;WE=140683273;WS=140683255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr5	140710705	rs2472647	G	A	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=59;PP=2203;SC=AGGTACCAGAGTCTCATTGCC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=129;WE=140710713;WS=140710695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	140725828	rs7736541	C	T	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=51;PP=2024;SC=TTTGTGGGCGCGGACGGGGTT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=108;WE=140725836;WS=140725818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	140750044	rs6860609	T	C	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=80;PP=2965;SC=TTAGACCAGGTTCTCTCCGAA;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=106;TCR=80;TR=185;WE=140750052;WS=140750034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr5	140751128	rs2240697	C	G	10844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=151;PP=2965;SC=TAAAAGGAAACTTCCCCTTTA;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=209;TCR=151;TR=360;WE=140751136;WS=140751118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr5	140752499	rs3806834	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=600;SC=TTCTGGTGTAGAGTAGGGTGT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=140752507;WS=140752489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	140763029	rs2072315	A	G	7906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=126;PP=2965;SC=GGAGACGATGAAACTAAGTAC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=277;TCF=151;TCR=126;TR=277;WE=140763037;WS=140763019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	140772427	rs726684	T	G	6501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=110;PP=2965;SC=CTGATCCTGCTGTGCGCGCTG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=123;TCR=110;TR=233;WE=140772435;WS=140772417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	140774288	rs4912749	T	C	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=15;PP=2804;SC=TGGACAGAGATGCGCTCAAGC;SOR=3.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=99;TCR=15;TR=114;WE=140774296;WS=140774287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	140779869	rs7701363	T	C	7970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=151;NR=130;PP=2965;SC=GCTTCCAACCTGGTCTCTGTG;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=151;TCR=130;TR=281;WE=140779877;WS=140779859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr5	140783596	rs1363448	C	T	9695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=175;PP=2965;SC=TGAGAGAAGACGCACCTCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=157;TCR=175;TR=332;WE=140783604;WS=140783586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr5	140793007	rs4912751	A	G	5845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CGGCAGCTTGATCACCGCGGG;SOR=0.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=110;TCR=89;TR=198;WE=140793015;WS=140792997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr5	140797630	rs2015825	G	T	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=63;NR=71;SC=AGCTGCGAGTGAGCGCGGAGA;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=134;WE=140797638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	140810773	rs17097300	G	A	8874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=114;PP=2965;SC=CAGCCACTGAGATGCGGTTCC;SOR=1.171;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=297;TCF=183;TCR=114;TR=296;WE=140810781;WS=140810763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr5	140812775	.	CT	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.694;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,23:0.21:110
chr5	140856265	rs2075661	G	C	19087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=315;NR=371;PP=2965;SC=CCAAGTACGCGGAGCTGGTGT;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=688;TCF=316;TCR=372;TR=686;WE=140856273;WS=140856255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,713:1.00:713
chr5	140857798	rs1423148	T	C	8205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=137;PP=2965;SC=CTGTGGGGTTTGTGGTCACAG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=148;TCR=137;TR=284;WE=140857806;WS=140857788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr5	140868658	rs148910315	T	TAAG	976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=2;PP=707;SC=ACTCGGTGACTAAGAACTGCT;SOR=3.716;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=16;WE=140868666;WS=140868652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	140869003	rs1002519	T	C	7247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=98;PP=2965;SC=GCGGCTGCAATTGGGCTCTGA;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=149;TCR=98;TR=247;WE=140869011;WS=140868993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	140870516	rs2074912	A	G	7241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=128;PP=2965;SC=CCACGGCCAGACTGGGAACAC;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=121;TCR=129;TR=249;WE=140870524;WS=140870506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	140870949	rs918558	G	T	12808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=251;PP=2965;ReadPosRankSum=0.491;SC=TTCTGTCAGCGAAGTGCCTTC;SOR=0.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=458;TCF=206;TCR=252;TR=456;WE=140870957;WS=140870939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,476:1.00:477
chr5	140871425	rs17208425	A	G	7929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=147;PP=2965;SC=CGTTTGCGCGAAACCAGAGTG;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=127;TCR=147;TR=274;WE=140871433;WS=140871415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	140871538	rs62379205	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=37;PP=1061;SC=GGCCGGGGCCTCCTTCGAGCT;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=140871546;WS=140871528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	140953563	rs35249023	TGGA	T	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr5	140955777	rs2302103	C	T	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=74;PP=2965;SC=AAACACATGTCTTTGGTCTCT;SOR=1.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=111;TCR=74;TR=185;WE=140955785;WS=140955767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr5	140956515	.	GT	G	529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=497;SC=CCAAGAAAACGTAATTGCTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=140956523;WS=140956505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	141014494	rs2530223	T	C	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=53;PP=1776;SC=ACATGTCATGTTGGGAGGCCT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=141014502;WS=141014484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	141016276	rs32954	T	C	24656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=270;NR=286;PP=2965;SC=GTGTCCCAACTCCTCATGCAT;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=556;TCF=270;TCR=286;TR=556;WE=141016296;WS=141016266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr5	141016288	rs1421896	T	G	24124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=249;NR=281;PP=2965;SC=CTCATGCATATCCCTGTTTCC;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=531;TCF=250;TCR=281;TR=530;WE=141016296;WS=141016266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr5	141025162	rs456998	G	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=246;SC=TAATAAAAATGTACTGAGGAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=141025170;WS=141025155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	141025581	rs2052455	A	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=7;PP=241;SC=TCCTCCCACCATCAGAAAGAG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=141025589;WS=141025579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	141025929	rs7711960	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=382;SC=AAGTCCAGAGAGGTTAAGTCA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=141025937;WS=141025919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	141026094	rs11167754	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=259;SC=ACCCTCAATGGCTCCAAGATC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=141026102;WS=141026084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	141027226	rs58908491	G	A	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=61;PP=1728;SC=AAAGGCCCTCGTGTGCAGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=81;WE=141027234;WS=141027216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	141027399	rs468968	T	C	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=10;PP=969;SC=AGAACCAGAGTGCATGTATGT;SOR=1.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=141027407;WS=141027389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	141027462	rs3763121	G	A	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=31;PP=1803;SC=CACTGTCATGGGGATCAAGAA;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=100;WE=141027470;WS=141027452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	141034123	rs6580194	T	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=34;PP=887;SC=CATGTATGATTCTGGAACAAC;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=141034131;WS=141034113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	141034183	rs28655920	A	G	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=198;SC=GGGTTAAGTAAGTTGCCCAGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=141034191;WS=141034173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	141034792	.	T	TACAC,TCC	221	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000,0.4998;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=10;MQ=57.54;NF=5,9;NR=5,5;PP=221,34;QD=22.4;SC=CCTGATGGCCTACACACACAC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10,14;WE=141034800;WS=141034782;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.83:12
chr5	141036337	rs7703648	A	G	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=87;PP=2965;SC=AGAGCAGGGAAGCTGAGCAGG;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=62;TCR=87;TR=149;WE=141036345;WS=141036327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	141039160	rs2306338	G	T	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=27;PP=868;SC=AAGAACCAAGGGGGTGAGGAT;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=141039168;WS=141039150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	141041435	rs3749759	G	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=20;PP=1017;SC=GGATTTTTAGGCACAAATGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=141041443;WS=141041425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	141049407	rs3763120	G	A	6168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=97;PP=2965;SC=CAGGGAGGAGGATGGGACCAA;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=120;TCR=97;TR=217;WE=141049421;WS=141049397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	141051236	rs12514851	C	T	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=127;NR=73;PP=2965;SC=GGCCAGGGGTCGCATCTGGAT;SOR=1.292;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=128;TCR=73;TR=200;WE=141051244;WS=141051226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	141051925	rs3214933	CT	C	2957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=68;PP=2969;SC=TCCCATCCCCCTGGCTCTTCC;SOR=4.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=3;TCR=74;TR=71;WE=141051933;WS=141051915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	141052870	rs440279	G	C	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=17;PP=1691;SC=TCACTGCCCCGCCCACACACA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=65;WE=141052878;WS=141052860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	141053121	rs12518966	A	G	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=122;PP=2965;SC=TTTCCCGCGCAACCACCTCCC;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=94;TCR=122;TR=216;WE=141053129;WS=141053111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	141059649	rs417503	A	G	5708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=108;PP=2965;SC=GGAGAGGAGGAGGCCTTGGGC;SOR=0.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=99;TCR=108;TR=206;WE=141059657;WS=141059639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr5	141059868	rs11167756	T	C	8229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=139;PP=2965;SC=TGCCTGTCTGTAGCAGGCGTA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=144;TCR=139;TR=283;WE=141059876;WS=141059858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr5	141243646	rs3797054	A	G	5692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=90;PP=2965;SC=AGATCAGCTCAGCATTGACAC;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=119;TCR=90;TR=209;WE=141243654;WS=141243636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	141244356	rs3822357	C	T	9044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=143;PP=2965;SC=TCCGGGAAGGCGACCTCAGTG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=162;TCR=143;TR=305;WE=141244364;WS=141244346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr5	141257977	.	AGGCGGC	A	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=339;SC=CGAGTGTGTGAGGCGGCGGCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=141257990;WS=141257967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	141304314	rs6580206	T	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=12.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=-6.936;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,84:0.85:99
chr5	141324955	rs5871792	C	CCTGCTGCTG,CCTGCTG	8211.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.157;NF=19,19;NR=57,57;PP=182,2984;ReadPosRankSum=0.877;SC=TTCACAGGCACCTGCTGCTGC;SOR=0.249;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=33;TCR=93;TR=76,76;WE=141324963;WS=141324945;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:176
chr5	141325249	rs105633	T	C	7119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=136;PP=2965;SC=GGAAGGTCCTTGGCTCCTCCG;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=119;TCR=136;TR=255;WE=141325257;WS=141325239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	141334921	rs2434322	C	T	13196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=258;NR=193;PP=2965;SC=CCGGTGCTCCCTGGTTGCCTT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=451;TCF=258;TCR=193;TR=451;WE=141334929;WS=141334911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr5	141335241	rs164073	A	G	14860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=268;NR=257;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.382;SC=AAGATGCCCAACAGTACAGCC;SOR=0.253;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=529;TCF=269;TCR=260;TR=525;WE=141335249;WS=141335231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,537:1.00:538
chr5	141335284	rs164074	G	A	13286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;NR=229;PP=2965;SC=ACATGCTCAAGGCCCCAGGCT;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=459;TCF=230;TCR=229;TR=457;WE=141335292;WS=141335274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr5	141336264	rs164075	G	T	5539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=76;PP=2965;SC=AAACCATTGTGTCCTGAATCC;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=116;TCR=76;TR=192;WE=141336272;WS=141336254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	141337126	rs164076	C	T	16477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=269;NR=317;PP=2965;ReadPosRankSum=0.174;SC=ACTGTCGGCACAGCTGCTCTC;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=588;TCF=270;TCR=318;TR=586;WE=141337134;WS=141337116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,612:1.00:614
chr5	141337225	rs164077	A	G	9927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=173;PP=2965;SC=CCTGGAAGGCAGCCCCAGCTT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=176;TCR=173;TR=349;WE=141337233;WS=141337215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr5	141354220	rs187542	G	C	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=139;SC=TGGTGGCTACGAAGTTAAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=141354228;WS=141354210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	141357719	rs66768569	TTGTA	T	1182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=1352;SC=TTGTACTGTTTTGTATGTAGC;SOR=5.283;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=27;WE=141357730;WS=141357709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	141364511	rs252099	A	G	13794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=253;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.087;SC=ATGTATACACAGAATTCCTCA;SOR=0.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=505;TCF=252;TCR=253;TR=503;WE=141364519;WS=141364501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,533:1.00:534
chr5	141364637	rs252100	C	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=65;PP=1849;SC=AAGGAATTTTCATATTATTTT;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=10;TCR=65;TR=75;WE=141364645;WS=141364627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	141367202	rs374840	GA	TT	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=35;PP=2833;SC=GATGTACAAAGATGTTATAAG;SOR=0.888;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=84;WE=141367211;WS=141367192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	141382584	rs252114	T	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=4;PP=1429;SC=GGATGAAAGCTGGATCTACTC;SOR=4.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=52;WE=141382592;WS=141382574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	141391532	rs164080	G	A	6953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=133;PP=2965;SC=ACTGGATGATGCGGTTCCTGA;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=117;TCR=133;TR=250;WE=141391540;WS=141391522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	141488792	rs9324865	T	C	149.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=88;SC=CCTGCCCGTCTGCGACCCCAG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=141488800;WS=141488782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	141533062	rs449454	A	G	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=145;PP=2965;SC=TGACATTTCAATGATCCCTCT;SOR=1.404;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=85;TCR=145;TR=230;WE=141533070;WS=141533052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	142393562	rs3822397	G	A	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=85;PP=2965;SC=ACTAGGGAAAGTGAGGAAGAT;SOR=1.045;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=128;TCR=85;TR=212;WE=142393570;WS=142393539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr5	142416741	rs192194	T	C	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=46;PP=2965;SC=AACTTGACTGTCCTTCTCTTG;SOR=1.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=102;TCR=46;TR=148;WE=142416749;WS=142416731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	142421287	.	GAA	G	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=19.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.474;SOR=2.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr5	142421415	rs2270068	T	G	9227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=165;PP=2965;SC=GAATTGTGGGTGTCAACTCCA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=331;TCF=165;TCR=166;TR=328;WE=142421423;WS=142421405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr5	142513686	rs246607	A	G	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=96;PP=2788;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TCTTTGCTGCATAGGGCCAGC;SOR=1.642;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=45;TCR=96;TR=140;WE=142513694;WS=142513676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr5	142593652	rs258819	C	T	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=30;PP=913;SC=TCTTCGATAACGGTGAGTTTC;SOR=1.094;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=50;WE=142593660;WS=142593642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	142601811	.	TACACAC	TAC,T	216	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=6,6;NR=2,2;PP=216,100;QD=27.375;SC=GCTTCCTTCATACACACACAC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8,8;WE=142601824;WS=142601801;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.80:10
chr5	143587022	rs150713689	G	A	11707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;NR=195;PP=2965;SC=CCACATGGTGGCCTGTAACTC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=395;TCF=199;TCR=196;TR=394;WE=143587030;WS=143587012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr5	145144419	rs338887	G	T	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=63;SC=CAGGGAGGCTGCTGTAGAATA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=87;TCR=63;TR=150;WE=145144427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	145176221	rs338898	C	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=35;PP=972;SC=AAAATAATATCCTTAATAATT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=145176229;WS=145176211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	145197411	rs6870210	C	T	12263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.02;NF=254;NR=176;PP=2965;SC=ACTCATGTGTCCATCCCTGCA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=430;TCF=254;TCR=176;TR=430;WE=145197419;WS=145197401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr5	145198805	rs624380	T	C	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=28;PP=1651;SC=GAATCTCTCTTGGGTTGAAAC;SOR=1.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=92;WE=145198813;WS=145198795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	145199430	rs11293460	AG	A	1664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=1547;SC=CCTTTACATCAGAAAATGCTG;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=145199438;WS=145199420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	145199665	.	TTTTTTTG	T	113.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	145202461	rs6898776	C	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=341;SC=ACCTGCCACACCTTTCTAAGT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=145202469;WS=145202454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	145439647	rs2962525	T	C	9381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=180;NR=162;PP=2965;SC=CAGTGAGGCCTGGATCCACTC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=181;TCR=163;TR=342;WE=145439655;WS=145439637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr5	145442203	rs1056149	G	C	8399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=177;PP=2965;SC=TCAGCTCTTGGCAAGGCCACA;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=106;TCR=178;TR=283;WE=145442211;WS=145442193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr5	145512367	rs11321164	TA	T	193.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.10;ReadPosRankSum=0.581;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr5	145515379	rs2963919	C	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=160;SC=AATTTTAGAGCGGTGAAAACT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=145515387;WS=145515369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	145522912	rs2962504	A	G	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=78;PP=2965;SC=ATTTAAATACATAAATCAAAT;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=144;TCR=78;TR=222;WE=145522920;WS=145522902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	145718765	rs28994879	C	T	8104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=163;PP=2965;SC=GCTCCGAGGCCATGCGCCGAG;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=132;TCR=164;TR=295;WE=145718773;WS=145718755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr5	145838440	rs11743333	G	A	11370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=241;NR=175;PP=2965;SC=TTTTGCTTCCGCTGCAGGTTT;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=417;TCF=242;TCR=175;TR=416;WE=145838448;WS=145838418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr5	145850459	rs11463725	G	GT	109.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=5;PP=145;SC=TCTTAATTCAGTTTTTTCTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=145850467;WS=145850449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	145858010	rs4705359	A	G	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=27;PP=2324;SC=TAGCTGTAAAATATGTTCTGT;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=82;TCR=27;TR=109;WE=145858018;WS=145858000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	145890028	rs4705103	A	G	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=52;PP=2565;SC=TCCAAGAATCAGATCAGCACC;SOR=1.298;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=145;WE=145890036;WS=145890018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	146030055	rs6866598	C	T	5579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=71;PP=2965;SC=AGCCCACTCGCACCTGAATAC;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=121;TCR=71;TR=192;WE=146030063;WS=146030045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	146077526	rs6879694	C	T	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=55;PP=1991;SC=AAATACCAAACAGGAATTCCA;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=124;WE=146077534;WS=146077516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	146619206	rs4705132	G	C	6814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=120;NR=127;PP=2965;SC=CCATGGGAGCGAACACTTCAA;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=120;TCR=128;TR=247;WE=146619214;WS=146619196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr5	146657584	rs6580458	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=413;SC=TCTGAGATCATGTTTTAGACA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=146657592;WS=146657574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	146657838	rs6580459	G	A	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=95;PP=2636;SC=TGCTGGGACCGCAAGGAAAGA;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=40;TCR=95;TR=135;WE=146657846;WS=146657828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	146728149	rs10072514	C	G	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=4;PP=1093;SC=CATGAGCATACATAATCTTGT;SOR=2.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=146728157;WS=146728139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	146971253	rs7449194	C	T	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=92;PP=2615;SC=GGTTACTCTGCAAAACAGAGG;SOR=1.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=48;TCR=92;TR=140;WE=146971261;WS=146971243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	146981164	rs111740872	TCAAAACAAAACAAAA	T	279.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=1262;SC=AGACTCTGTCTCAAAACAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=146981186;WS=146981162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	147261812	rs3843496	T	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=23;PP=624;SC=GTATCCAGATTAGTTTTCCCT;SOR=4.091;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=25;WE=147261820;WS=147261802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	147286054	rs2250145	G	A	7257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=139;PP=2965;SC=GCGAAGTACTGAGACAGCCAT;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=109;TCR=139;TR=248;WE=147286062;WS=147286044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	147443604	rs374853787	C	T	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=22;PP=1680;SC=GCATCGTCTTCAACATGAAGA;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=84;WE=147443612;WS=147443594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	147444785	rs2287772	A	G	147.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=118;SC=GTGTTCAAAAACCATTTGCGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=147444793;WS=147444779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	147444989	rs9325061	G	A	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=49;PP=1504;SC=CCAAAGAAAAGTGGTTTGTGG;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=147444997;WS=147444979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	147445023	rs1609851	C	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=39;PP=1233;SC=GTTAATAATACAAACATATTA;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=147445031;WS=147445013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	147445108	rs3036741	TCACACA	T	309.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=342;SC=AGCCTCTCTCTCACACACACA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=147445132;WS=147445098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	147445124	rs1007979	A	G	318.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.42;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	147449855	rs1423001	A	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=539;SC=ATGTACTTTTAGCTAACACAA;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=147449863;WS=147449845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	147450085	rs3752676	C	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=30;PP=890;SC=TAAATGTATTCTTTTTCTTTC;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=147450093;WS=147450075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	147468234	rs7711953	C	G	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=98;PP=2965;SC=AGTAGGTGCTCTCCTCTTCCT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=57;TCR=98;TR=155;WE=147468242;WS=147468224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	147468614	rs10038561	A	G	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	147468971	rs4529181	G	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=9;PP=1202;SC=CAATGTCAGAGGGACTGAGTT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=147468979;WS=147468961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	147475386	rs6892205	A	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=655;SC=TCCAGCAAGCAGCGTTTTTCA;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=147475394;WS=147475376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	147475488	rs11958432	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=21;PP=669;SC=AGTTTGATCAATCTAGTTACA;SOR=1.118;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=147475496;WS=147475478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	147475513	rs76839946	G	GT	1319.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;MQRankSum=0.370;QD=31.41;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr5	147475590	rs11948406	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=6;PP=132;SC=CACACTACTAGTAGGTTTGCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=147475598;WS=147475580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	147475609	.	A	G	48	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=48;QD=27.5904041824;SC=CTGGAAACTAATTTCTAGTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=147475617;WS=147475599;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	147477351	rs140268040	T	TTTTAA	906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=828;SC=AATTTCTCTTTTTTCTTTGTA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=147477359;WS=147477341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	147477551	rs34482796	C	T	7906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=129;PP=2965;SC=ATGTGTCAAGCCTACTTGTGA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=139;TCR=129;TR=268;WE=147477559;WS=147477541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	147478785	rs1422991	C	T	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=93;PP=2965;SC=CTTCTTTTTCCCTCTTATTCA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=99;TCR=93;TR=192;WE=147478793;WS=147478775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	147478981	rs11168021	C	A	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=520;SC=CCCAGAATATCTTAACTCTTC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=147478989;WS=147478971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	147479991	rs2303061	C	T	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=65;PP=2721;SC=AAATATATGGCCAACTTACTT;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=85;TCR=65;TR=150;WE=147479999;WS=147479981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	147480007	rs2303062	A	G	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=70;PP=2803;SC=TACTTCTTCTATCTCGGCAGG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=159;WE=147480015;WS=147479997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	147480027	rs2303063	G	A	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=69;PP=2672;SC=GAGCTTTGCAGTGAATATCGA;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=151;WE=147480035;WS=147480017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	147480112	rs2303065	T	C	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=54;PP=1480;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GGAAAGTGCATGGCAACACCT;SOR=0.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=88;WE=147480120;WS=147480102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr5	147480868	rs2303066	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=3;PP=515;SC=CACTTCTAATGTGGCGATTCT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=147480876;WS=147480858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	147480955	rs2303067	A	G	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1511;ReadPosRankSum=-0.299;SC=GAAGGAAGGTAAATCAAGAAA;SOR=0.849;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=84;WE=147480963;WS=147480945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr5	147481018	rs2303068	G	A	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=53;PP=2277;SC=ATATCCTCCAGCAACTCAGAG;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=122;WE=147481026;WS=147481008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr5	147481430	rs6896303	A	G	7889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=142;PP=2965;SC=GCCCAGATGGAAAAATGCATG;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=128;TCR=142;TR=269;WE=147481438;WS=147481420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr5	147484465	rs34473560	GA	G	633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=255;SC=TCTCAAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=14;WE=147484474;WS=147484455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	147486677	rs880687	C	A	7439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=111;PP=2965;SC=CTGTCCGTGGCCCAGATGGCA;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=143;TCR=112;TR=253;WE=147486685;WS=147486667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr5	147486818	rs3036740	CGT	C	7250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=96;PP=2950;SC=GAGTATAGACCGTGAGTTATA;SOR=1.682;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=8;TCR=102;TR=104;WE=147486827;WS=147486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	147488367	rs2303071	C	T	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=67;PP=2923;SC=AAGGGAAAGTCGAGGCTGAAA;SOR=1.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=103;TCR=67;TR=170;WE=147488375;WS=147488357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	147493871	rs3815735	G	A	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=520;SC=TAGGAACCCAGTAAACTAATT;SOR=1.942;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=29;WE=147493879;WS=147493861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	147497871	rs6891892	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=349;SC=TGAGCCACCGTACCCGGCAAT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=147497879;WS=147497861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	147497932	rs3777135	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=8;PP=738;SC=CTCAGACTGTTAAAACAATTT;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=147497940;WS=147497922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	147498019	rs3777134	G	A	4012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=50;PP=2337;SC=GCTGAGTATCGGGAACAAATG;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=82;TCR=50;TR=132;WE=147498027;WS=147498009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	147498523	rs3764926	T	C	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=29;PP=1910;SC=GTTAACAAGATGAATATTCAC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=78;TCR=30;TR=107;WE=147498531;WS=147498513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	147498652	rs9325073	C	G	8072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=128;PP=2965;SC=TGGCAAGAATCGTCTTTCTGT;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=136;TCR=128;TR=263;WE=147498660;WS=147498642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr5	147498669	rs9325074	G	A	11873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.64;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr5	147498672	rs12518996	G	A	11873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	147498763	rs9325075	C	A	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=67;PP=1939;SC=ATCAGTGACTCTCACTGATAA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=23;TCR=67;TR=90;WE=147498771;WS=147498753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	147499616	rs17704908	C	T	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=72;PP=2965;SC=ATGGAAAACTCATCTGCACTC;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=107;TCR=72;TR=179;WE=147499624;WS=147499606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	147499670	rs33920397	C	T	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=112;PP=2965;SC=AGACACATGGCAATAAGTGTA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=115;TCR=112;TR=227;WE=147499678;WS=147499648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	147504305	rs3036731	C	CT	283.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9958;FS=7.533;HP=10;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=-1.135;SC=ATTACCCTATCTTTTTTTTTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=9;WE=147504323;WS=147504295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr5	147504315	rs2052537	A	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.04;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	147504557	rs2052536	T	G	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=173;SC=ACAAGATTTTTGGGGGTTTGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=147504565;WS=147504547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	147505116	rs3764930	G	A	5224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=71;PP=2965;SC=AGAATGAAGCGGAGGATGCAA;SOR=1.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=111;TCR=71;TR=182;WE=147505124;WS=147505106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	147505227	rs2112767	G	A	6817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=87;PP=2965;SC=CAAGTTTGAAGAAATCACTAA;SOR=1.083;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=134;TCR=87;TR=221;WE=147505235;WS=147505217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	147510776	rs6895434	T	C	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=23;PP=2338;SC=CCACCCCTCTTCTTGAATGCC;SOR=2.397;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=100;WE=147510784;WS=147510766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	147510866	rs2400478	T	C	9313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=138;PP=2965;SC=CCAGGATAGGTTATCTTTGTC;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=173;TCR=138;TR=311;WE=147510874;WS=147510856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr5	147585797	.	C	CTCATT	799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=852;SC=TTTAAAAGAACCTAACCACAC;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=15;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	147585799	.	TAAC	T	1394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.26;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	147585805	.	C	T	809.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	147585806	.	AC	A	800.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.11;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=560;SC=ACCTAACCACACATTCTCATA;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	147593497	rs12186491	C	A	7900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=131;PP=2965;SC=GTTCCAGGACCCCAAGGTCTA;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=151;TCR=131;TR=282;WE=147593505;WS=147593487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr5	147691840	rs13168328	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=294;SC=AAATCATTGGTCAGATAAGAA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=147691848;WS=147691837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	147788837	.	A	G	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=82;PP=2378;SC=GTTTTTCCCTATTTTACAAAA;SOR=1.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=34;TCR=82;TR=116;WE=147788845;WS=147788827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr5	148207659	rs372621803	AC	A	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.840;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.300;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
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chr5	148384559	rs1432799	G	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=25.14;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	148386525	rs6871030	T	G	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=38;PP=2503;SC=TCTGCAGCCATGGTGGACAGA;SOR=1.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=83;TCR=38;TR=121;WE=148386533;WS=148386515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	148389763	rs1025476	G	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=16;PP=1323;SC=GACTCAGGCCGAAGTCCAGCC;SOR=1.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=148389771;WS=148389753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	148392362	rs11954893	A	G	6898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=123;PP=2965;SC=CACTCAGCACAGGATGAAACA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=120;TCR=124;TR=243;WE=148392370;WS=148392352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	148407708	rs1432794	A	C	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=74;PP=2965;SC=GGAAGCAGAGACGGGCATGGG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=68;TCR=74;TR=142;WE=148407716;WS=148407698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	148407893	rs6875902	C	A	9319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=159;PP=2965;SC=AATATGGGGGCGAAGTTCTCA;SOR=0.740;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=334;TCF=175;TCR=159;TR=331;WE=148407901;WS=148407883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr5	148408101	rs1432793	A	G	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=71;PP=2965;SC=CCTCCTTGAAACCTTCAGGCT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=81;TCR=71;TR=151;WE=148408109;WS=148408091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	148521799	rs11744532	T	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=12;PP=363;SC=CCCCAGGCTCTTTTTTGGTGC;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=148521807;WS=148521789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	148586451	rs5872113	A	AG	870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=4;PP=684;SC=TTCCAGTGTCAGGTGGGAGCA;SOR=1.981;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=148586459;WS=148586441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	148590423	rs2918281	T	C	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=51;PP=1711;SC=GGCAGGGTGATCTGTGCCTCC;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=148590431;WS=148590413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	148596693	rs3839234	TG	T	5902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=77;PP=2951;SC=AGTGTTATCTTGGCTTCAGGT;SOR=1.054;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=18;TCR=79;TR=95;WE=148596701;WS=148596683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	148610276	rs2918265	C	A	5677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=83;PP=2965;SC=TAAAGGTAAGCAAGCTAGTAG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=188;WE=148610284;WS=148610266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr5	148618708	rs58203769	A	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=10;PP=995;SC=ACTGCTGCAAACCCTCTCTGC;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=148618716;WS=148618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	148618749	rs59032271	C	T	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=1.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	148618752	rs59757169	G	A	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=1.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	148618964	rs34180939	G	A	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=35;PP=1016;SC=AAGCAGGGAAGTGCTGGAGAG;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=148618972;WS=148618954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	148619189	rs11326264	AG	A	1322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=1187;SC=CTCAGGGAGGAGGGGGGTCTC;SOR=4.174;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=38;WE=148619197;WS=148619179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	148620224	rs3797315	T	G	12498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=238;NR=183;PP=2965;SC=GGCGACCACTTCCTGCGTGCT;SOR=0.997;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=421;TCF=238;TCR=183;TR=421;WE=148620232;WS=148620214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr5	148625972	rs34340554	TA	T	2049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.89;QD=24.11;SOR=1.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	148627054	rs10035236	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=366;SC=GTGGCTATCTGCCCATTGTTG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=148627062;WS=148627048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	148627252	rs9325136	G	A	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=36;PP=2600;SC=AGGCTGCTATGGAGGATGTGA;SOR=1.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=92;TCR=36;TR=128;WE=148627260;WS=148627242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	148627503	rs2304609	C	T	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=1091;ReadPosRankSum=0.760;SC=GTAAGCATGGCTCTGGAAGCC;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=45;WE=148627511;WS=148627493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr5	148630191	rs1808828	C	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=26;PP=727;SC=GGTTAACTGACACAACTGTAT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=148630199;WS=148630181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	148639062	rs1438688	C	T	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=24;PP=1672;SC=CATACCATACCCCCGCCAGTC;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=84;WE=148639070;WS=148639052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	148679301	rs171286	C	G	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=155;PP=2965;SC=CGCCCCACCCCCACCCCCAGG;SOR=1.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=77;TCR=155;TR=231;WE=148679309;WS=148679291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr5	148682188	rs352341	G	C	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=44;PP=1371;SC=CTGCAAGCCTGTCACCCTCCC;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=148682196;WS=148682178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	148886523	rs3756505	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=4;PP=658;SC=TCAGAATGAATTTGTTAGGTA;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=148886531;WS=148886513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	148889672	rs2077482	A	T	288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=310;SC=TCTAAAAAAAATTTTTCCCAA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=148889680;WS=148889662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	148977613	rs7709875	C	T	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=861;SC=GCAAGCTTGACAGAAAGGAAG;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=148977621;WS=148977603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	148980828	rs79642987	G	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=32;PP=1002;SC=GTCAGCCTTAGATTCTCATGG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=148980836;WS=148980818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	148989122	rs2400891	C	T	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=59;PP=2058;SC=TAACATATTTCTGGAATTCCA;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=110;WE=148989130;WS=148989112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	148989312	rs7443869	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.81;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	148989320	rs7447560	T	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.62;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	148997686	rs6579750	A	G	14564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=315;NR=218;PP=2965;SC=CGTGACATCCACTTTCCTGAG;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=533;TCF=315;TCR=218;TR=533;WE=148997694;WS=148997676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr5	148999881	rs11409449	G	GC	3071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=16;PP=2778;SC=GCCATGACAGGCATGATTGGA;SOR=2.359;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=61;WE=148999889;WS=148999871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	149000039	rs7733761	C	T	7620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=129;PP=2965;SC=TGAGTGGAACCTTTCCTTTCT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=133;TCR=129;TR=261;WE=149000047;WS=149000029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	149001551	rs4629585	A	C	10075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=188;PP=2965;SC=GGGCCAGATCATGTGCACATT;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=338;TCF=150;TCR=188;TR=338;WE=149001559;WS=149001541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr5	149003627	rs55915030	C	T	7123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.408;SC=GTGGAGGACGCACTGGGCCGG;SOR=0.601;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=144;TCR=109;TR=251;WE=149003635;WS=149003617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr5	149006726	rs7732714	A	C	6855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=126;NR=122;PP=2965;SC=AAGCAACATCAGTGGGACTGG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=127;TCR=123;TR=248;WE=149006734;WS=149006708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	149006837	rs7732873	A	G	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=2.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	149006842	rs7732874	A	G	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.59;SOR=2.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	149006879	rs7733002	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=33;PP=953;SC=GGGGAAAACCACCCCACAGAA;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=149006887;WS=149006869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	149008403	rs1056993	A	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1329;ReadPosRankSum=0.558;SC=CTGGGAAACTACAGCTGTACC;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=78;WE=149008411;WS=149008393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr5	149008521	rs1135093	A	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=20;PP=511;SC=TATTCCCACCATGAACCAGGT;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=149008529;WS=149008511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	149210489	rs45550434	G	A	8874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=178;PP=2965;SC=GGTGTCTGTTGGGGCTGCAGC;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=125;TCR=179;TR=303;WE=149210497;WS=149210479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr5	149212614	rs115557257	G	T	8287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=0.837;SC=TCAGATCCCGGCCCTGGTCCC;SOR=0.372;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=148;TCR=144;TR=288;WE=149212622;WS=149212604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,301:0.99:304
chr5	149214701	rs45623445	C	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=1;PP=972;SC=CTCTAACAGCCGGGATGGGGT;SOR=5.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=35;WE=149214709;WS=149214691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	149221788	rs26127	G	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=316;ReadPosRankSum=1.138;SC=AGGCAATGACGGAGTCTCTCT;SOR=1.996;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=149221796;WS=149221778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr5	149222033	rs41287086	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=29;PP=841;SC=CAAGATTTGTGAAATGAATCT;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=149222041;WS=149222023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	149240571	rs10045293	A	T	7288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=132;PP=2965;SC=ACCAGGTGACAAGAGGCTGCA;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=119;TCR=132;TR=251;WE=149240579;WS=149240561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr5	149247738	rs6864267	C	A	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=66;PP=2512;SC=ACACAGGACACCCTCTATCAG;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=139;WE=149247746;WS=149247728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	149276567	rs30818	T	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=42;PP=1167;ReadPosRankSum=-0.577;SC=ATGCTTCTGATCTTCAGTTTC;SOR=4.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=43;WE=149276575;WS=149276557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr5	149278258	rs30819	A	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=511;SC=CACACTGTACATAAAGCACTA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=149278266;WS=149278248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	149283406	rs251346	C	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=58;PP=1748;SC=AGACAGTTTTCAATTATTCAC;SOR=2.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=78;WE=149283414;WS=149283396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	149360877	rs30832	T	C	7430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=132;PP=2965;SC=AACCTTCAGATTAAGCCAGGC;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=110;TCR=134;TR=242;WE=149360885;WS=149360867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	149374879	rs3832324	CT	C	8904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=123;PP=2969;SC=TCCACCTCTTCTTGATCCTCA;SOR=1.025;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=164;TCF=33;TCR=131;TR=155;WE=149374887;WS=149374869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr5	149374932	rs10875553	T	C	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=95;PP=2965;SC=AAGGTGGCTCTGGTACAGTAC;SOR=0.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=79;TCR=95;TR=174;WE=149374940;WS=149374922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	149380158	rs3812008	CG	TC	19878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=204;NR=197;PP=2947;SC=TTACTAGACCCGCTCCAAGCC;SOR=0.725;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=407;TCF=209;TCR=198;TR=401;WE=149380167;WS=149380148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr5	149406271	rs6579767	C	T	6932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=117;PP=2965;SC=CTTTTCAGAGCTGACCTGCTT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=128;TCR=117;TR=244;WE=149406279;WS=149406261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	149406733	rs2304069	G	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=515;SC=CTGCTTCCATGTAATGTATCA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=149406741;WS=149406723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	149424966	rs2276983	G	A	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=15;PP=1657;SC=GACGGGGTAGGCTGTTGTGTT;SOR=2.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=78;WE=149424974;WS=149424956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	149427387	rs2043284	T	G	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=86;PP=2765;SC=ACTTTTTAGGTCAGGGATATG;SOR=1.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=50;TCR=86;TR=136;WE=149427395;WS=149427377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	149428395	rs216125	C	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=296;SC=GTGCTACCCCCTGGGCTAGGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=149428403;WS=149428385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	149428424	rs216126	G	C	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=89;SC=TGGGTCTTCTGTCAGTATTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=149428432;WS=149428414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	149431223	rs216131	G	A	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=9;PP=2238;SC=GAGTGTTCTCGTCACCAGATG;SOR=3.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=86;TCR=9;TR=95;WE=149431231;WS=149431213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	149431259	rs216132	A	G	5286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=47;PP=2965;SC=ATTCCTTCTTATCAAAATGCA;SOR=1.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=128;TCR=47;TR=175;WE=149431267;WS=149431249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	149433596	rs2066934	TG	GA	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=37;PP=2947;SC=TTGAAGTTTGTGGGAGGGGAG;SOR=1.628;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=87;TCR=41;TR=118;WE=149433605;WS=149433586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	149435759	rs216136	G	A	10692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=194;NR=185;PP=2965;SC=CCCCAGCCTGGCCCAAGCCCT;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=379;TCF=194;TCR=185;TR=379;WE=149435767;WS=149435738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr5	149437190	rs216138	C	G	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=69;PP=1966;SC=GCAGAGGTCACTCATCATCAC;SOR=1.515;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=109;WE=149437198;WS=149437180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	149440644	rs170037	CC	TT	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=57;PP=1709;SC=GCAGGGCATACCCCAAGACCC;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=87;WE=149440653;WS=149440634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	149441016	rs11286566	AC	A	1949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=30.95;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	149452793	rs10044553	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=426;SC=ATGAGCCAAGCGTCCTGATGC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=149452801;WS=149452783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	149456811	rs3829987	G	A	12102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GATCCCTACCGACTGTCCACC;SOR=0.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=432;TCF=223;TCR=209;TR=431;WE=149456819;WS=149456801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,449:1.00:450
chr5	149460553	rs216123	A	G	6186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=109;PP=2965;SC=CGACCAGCTCAGGGACACTGG;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=107;TCR=109;TR=216;WE=149460561;WS=149460543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr5	149497105	.	G	GCA	30.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=-0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr5	149497107	rs28368814	G	A	331.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=36.86;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	149511636	rs2228439	C	G	6756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=115;PP=2965;SC=TCACGCGAACCAGTGTCAGCT;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=116;TCR=115;TR=231;WE=149511644;WS=149511626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr5	149513068	.	C	G	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	149513072	rs2240780	A	G	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.53;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	149513626	rs11740355	T	G	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=83;PP=2389;SC=CCACTAGCACTTCAGCTTGGG;SOR=2.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=24;TCR=83;TR=107;WE=149513634;WS=149513616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	149515074	rs740750	G	A	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=19;PP=1031;SC=GCCTCCAGTTGACAAGAGGGG;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=149515082;WS=149515064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	149516480	rs2240781	C	T	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=20;PP=1508;SC=TGGTGCTTCACGCCCTGCCAC;SOR=2.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=81;WE=149516488;WS=149516470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	149576233	rs2270145	G	A	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=19;PP=1582;SC=TGGGCTTTTGGGGGAGCTGCC;SOR=1.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=75;WE=149576241;WS=149576223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	149576273	rs2270146	C	T	5779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=76;PP=2965;SC=ACCCCGCTCCCGGCAGGCGCC;SOR=1.120;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=122;TCR=76;TR=198;WE=149576281;WS=149576263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr5	149578999	rs731376	T	A	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=45;PP=1280;SC=AAGGCAGGGCTTGGACTGAGC;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=149579007;WS=149578989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	149580819	rs3733680	G	A	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=82;PP=2438;SC=CAGAGGGAGGGGCCAGGCCTG;SOR=1.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=32;TCR=82;TR=114;WE=149580827;WS=149580809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	149582103	rs2240788	C	T	8388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=127;PP=2965;SC=GAAAGGAAGGCCCACTCACCC;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=160;TCR=127;TR=286;WE=149582111;WS=149582093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr5	149583300	rs2240793	T	C	12029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=135;NR=162;PP=2965;SC=TCTGGTCCTTTCTCTTCTTCT;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=298;TCF=135;TCR=163;TR=297;WE=149583308;WS=149583290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr5	149583336	rs2240794	T	C	8803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=81;NR=119;PP=2965;SC=TCGGCCTAGATAGCCAGGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=205;TCF=81;TCR=124;TR=200;WE=149583344;WS=149583326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	149583383	.	G	GGTGT	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.41;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr5	149584341	rs6878880	T	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=23;PP=1095;SC=GCTGCTGGCGTTTGTGGGGCC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=149584349;WS=149584331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	149584863	rs2342283	A	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.43;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	149584870	rs4423986	C	A	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr5	149584881	.	GTT	TTC	1478	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=25;NR=0;PP=1478;QD=61.2587149945;SC=CCACTTCAGGGTTCGGTACAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=25;WE=149584891;WS=149584853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr5	149584883	rs5024533	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	149584969	rs11428067	A	AG	7495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=47;PP=2936;SC=TCGGGCCTTAAGCAGTTTAGA;SOR=1.207;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=90;WE=149584989;WS=149584959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	149584981	rs4705425	A	G	8529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=69;PP=2965;SC=CAGTTTAGACAAAAGCCCGCA;SOR=1.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=104;TCR=69;TR=173;WE=149584989;WS=149584959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr5	149585025	rs4705426	A	C	9930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=143;PP=2965;SC=GCAGGCCCTCATGGTGTATAG;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=178;TCR=144;TR=321;WE=149585033;WS=149585015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr5	149602608	rs2241694	A	G	9861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=2.137;SC=GCCATTTGCCATCCCGGCGGT;SOR=0.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=208;TCR=171;TR=377;WE=149602616;WS=149602598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,382:1.00:383
chr5	149602824	rs2241695	C	T	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=59;PP=1628;ReadPosRankSum=0.888;SC=CAACCGGGGGCCTCCTGTCTC;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=75;WE=149602832;WS=149602814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr5	149610967	rs139753530	AAAT	A	991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=25;PP=1095;SC=GGGGACACAGAAATAATAATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=25;WE=149610977;WS=149610957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	149644597	rs891938	T	G	11159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=187;PP=2965;SC=CAGAGGCTCATGTGAGTCCCC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=381;TCF=194;TCR=187;TR=381;WE=149644605;WS=149644587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr5	149677851	rs6579784	A	G	6811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=111;PP=2965;SC=CGCGCTGGGCATAAAGCATAG;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=131;TCR=112;TR=242;WE=149677859;WS=149677841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr5	149737221	rs4565199	T	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=3;PP=562;SC=GCCGGAAGTGTGGCGCGCGAG;SOR=2.303;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=27;WE=149737229;WS=149737211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	149776232	rs15251	C	T	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=51;PP=1969;SC=AAGGGGAAAGCAAAGAGAGAC;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=117;WE=149776240;WS=149776222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	149823785	rs2070844	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=383;SC=AGGAGAGAAGGCTGGAGTTGA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=149823793;WS=149823783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	149824067	rs2073472	T	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=63;PP=1778;SC=GAACATGAAGTGGCCCCATCT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=94;WE=149824075;WS=149824057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	149824223	rs2070842	T	C	5761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=109;NR=102;PP=2965;SC=AAAAACCCTTTTAGACAGGGT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=109;TCR=102;TR=211;WE=149824231;WS=149824210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr5	149824308	rs36146597	G	GC	1884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=40;PP=1952;SC=AAGGCTGGGCGCGGTGGCTCA;SOR=2.215;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=41;WE=149824316;WS=149824298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	149824355	rs13171800	G	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=483;SC=TTGGGAGACTGAGGCTGGTGG;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=149824363;WS=149824345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	149826526	rs4841	C	T	10781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.95;NF=173;NR=193;PP=2965;SC=AGATGGTTTCCCTGGGGACAA;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=173;TCR=193;TR=366;WE=149826534;WS=149826516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr5	149826572	rs13183077	G	A	7790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=162;PP=2965;SC=CCAACAAGGAGTGCTTACGAT;SOR=1.396;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=101;TCR=162;TR=263;WE=149826580;WS=149826562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr5	149901373	rs10075355	G	C	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=52;PP=1566;SC=AGCCCCCTCTGCAGCTCAGTG;SOR=4.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=58;WE=149901381;WS=149901363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	149907533	rs2273235	T	G	8984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=154;PP=2965;SC=ACTGGACGGTTTTCCAGTCAA;SOR=0.725;Source=Platypus;TCF=154;WE=149907541;WS=149907523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr5	149907602	rs2273234	A	G	7698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=108;PP=2965;SC=AGTCCATCCCACACCTGGGCG;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=157;TCR=108;TR=265;WE=149907610;WS=149907592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	149914401	rs2545341	T	C	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=24;PP=1826;SC=GCCCAGTGGGTGGTTCTGAGC;SOR=2.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=95;WE=149914409;WS=149914391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	149919739	rs1290147	G	C	6860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=94;NR=136;PP=2965;SC=ACTCCTGGACGAACCTCCGGC;SOR=1.244;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=94;TCR=137;TR=230;WE=149919753;WS=149919729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr5	149921251	rs2304063	G	C	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=106;PP=2965;SC=GCTCTTGACCGAGCTTCCCCA;SOR=2.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=42;TCR=107;TR=148;WE=149921259;WS=149921241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	149931222	rs6579792	T	G	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=17;NR=0;PP=378;SC=GATTCCCTGGTCTCTGCCATT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=149931230;WS=149931216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	150051958	rs194134	T	C	14064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=278;NR=218;PP=2965;SC=CACCGCCATCTCCAAGGGCTA;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=496;TCF=278;TCR=218;TR=496;WE=150051966;WS=150051948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr5	150102362	rs57924121	AT	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=2.115;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr5	150282674	.	AT	A	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.416;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.944;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr5	150311622	rs12656542	A	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=9;PP=1799;SC=TATTTTTCCAAATATATTATA;SOR=3.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=60;TCR=9;TR=69;WE=150311630;WS=150311612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	150311678	rs11167525	A	G	6846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=91;PP=2965;SC=TGATGACTACAACTTGCCTGA;SOR=1.422;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=165;TCR=91;TR=256;WE=150311686;WS=150311668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	150311773	rs7727919	T	C	11055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=205;PP=2965;SC=GAATGACCCCTTGTAATACTT;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=173;TCR=205;TR=378;WE=150311781;WS=150311763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr5	150311857	rs10719367	CT	C	3587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=68;PP=2957;SC=CTCTCTCTGTCTGAAAAAAAA;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=71;WE=150311865;WS=150311847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	150323530	rs112582282	GTGGGAGAAGGTCGTGA	G	2387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=28;PP=2965;SC=AGGCCATCCTGTGGGAGAAGG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=28;WE=150323553;WS=150323520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	150407456	rs8177447	T	C	7427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=108;PP=2965;SC=ACACTCCTCTTATCCCTGCTC;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=159;TCR=108;TR=267;WE=150407464;WS=150407446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr5	150410135	rs3924	G	A	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=654;SC=AGGGACTGGTGTACAAGCTGG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=150410143;WS=150410125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	150413406	rs2233305	A	C	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=870;SC=ACAGGCTGCAAAGGACACCCA;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=150413414;WS=150413396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	150415338	rs2287720	C	T	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=60;PP=1778;SC=CAGGCCCAGACTCCCATGCCT;SOR=2.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=73;WE=150415346;WS=150415328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	150425467	rs2233299	G	A	9470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=164;PP=2965;SC=TCTCGGCTGCGCCCAAGGCCA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=342;TCF=178;TCR=164;TR=342;WE=150425475;WS=150425457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr5	150429563	rs2233294	A	C	6589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=2.850;SC=TAAGAAACCTACAGGGCTCCT;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=86;TCR=134;TR=218;WE=150429571;WS=150429553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr5	150480520	rs11960458	C	T	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=55;PP=1942;SC=TACTCTAGCGCGGCCTGGATG;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=110;WE=150480528;WS=150480510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	150483095	rs4958892	A	G	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=44;PP=1919;ReadPosRankSum=2.042;SC=TCTGACACTCACCCGCTTCCT;SOR=0.410;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=118;WE=150483103;WS=150483085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr5	150504097	rs373180208	TGA	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=-1.333;SC=GCACGAGAGCTGAGAGAGAGA;SOR=0.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=8;WE=150504106;WS=150504087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr5	150512589	rs146823252	G	GAAAAT	8989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.80;QD=44.50;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	150516887	rs2303034	G	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=26;PP=749;SC=AATGCCCTGGGGGTAGAAAAA;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=150516895;WS=150516877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	150562696	rs60344552	CT	C	14204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=163;PP=2966;SC=CAGACTGCCCCTGGGAAAGCC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=52;TCR=166;TR=214;WE=150562704;WS=150562686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr5	150565770	rs193728	G	A	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=73;PP=2467;SC=GAGGGAGAACGGTTTTGGGTT;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=130;WE=150565778;WS=150565760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	150565799	.	T	C	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=53;PP=1872;SC=TGTCTTTGGCTACTCTACATG;SOR=1.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=90;WE=150565807;WS=150565789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	150567049	rs35221501	CA	C	4708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=50;PP=2549;SC=TCCATAAGCTCAAGACACTTC;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=62;WE=150567057;WS=150567039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	150567074	rs36036156	T	TG	3909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=54;PP=2620;SC=CAAAGCCTTCTGCAGGCCCCT;SOR=1.064;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=59;WE=150567082;WS=150567064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	150567145	rs454130	G	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=22;PP=651;SC=GTCTAGGAACGGTCTTATTCA;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=150567153;WS=150567135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	150592191	rs13183776	C	T	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=792;SC=CACTGGAAGACGTCCCAAAGA;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=150592199;WS=150592181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	150592481	rs12655234	G	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=41;PP=1163;SC=GTGGGGAATCGTGGTGGAAGT;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=150592489;WS=150592471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	150595073	rs979453	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=546;SC=GGCAGGGCAGAGGCAGTTTGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=150595081;WS=150595063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	150632676	rs2277028	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=4;PP=925;SC=CCTGCCAGTGACTGGACTCAG;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=150632684;WS=150632669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	150639409	rs153477	A	G	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;NR=111;PP=2965;SC=TGACCCCATCATCGTTCCTGG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=122;TCR=111;TR=233;WE=150639417;WS=150639399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	150639439	rs153478	A	G	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=124;PP=2965;SC=CCTCAGTGTCATGGGCAGCAC;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=110;TCR=124;TR=234;WE=150639447;WS=150639429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	150646647	rs2075782	T	C	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=8;PP=406;SC=ATCTACGAAATGGGAGACTTG;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=150646655;WS=150646637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	150646736	rs6861766	C	T	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=18;PP=1860;SC=TCATCTTGTGCGGCTGTTTTG;SOR=2.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=75;TCR=18;TR=92;WE=150646744;WS=150646726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	150646780	rs2075783	A	C	5530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=61;PP=2965;SC=TCATGGCTGCAATCCTAGCAG;SOR=1.428;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=129;TCR=61;TR=188;WE=150646788;WS=150646770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	150647012	rs1048723	A	G	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=103;PP=2965;SC=AGGGCATATAACATGGCATCT;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=89;TCR=103;TR=192;WE=150647020;WS=150647002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr5	150660769	rs1368393	A	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=55;PP=1801;SC=ATTGGATGTGAAAGGTGATGT;SOR=1.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=91;WE=150660777;WS=150660759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	150660794	rs1368394	G	A	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=1045;SC=CCCCGGAAGGGCCATTGAGGA;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=150660802;WS=150660784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	150663561	rs10043175	T	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.91;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	150663565	rs1347147	A	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.92;SOR=5.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	150664343	rs10476766	G	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=63;PP=2132;SC=TTGCCTGGTAGAAAGCTGGGT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=122;WE=150664351;WS=150664333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	150666843	rs6579846	A	C	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=88;PP=2965;SC=CCATGCTCCCAAGGGTGGTGA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=103;TCR=88;TR=191;WE=150666851;WS=150666833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	150666962	rs12520516	G	A	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=66;PP=2342;SC=TCCAGGATGGGGGTCAGCGTC;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=113;WE=150666970;WS=150666952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	150667016	rs978012	T	C	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=30;PP=978;SC=ACGTGGGCTTTTTCCACCATC;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=150667024;WS=150667006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	150667771	rs246499	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	150667775	rs6579847	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	150668649	.	T	C	180	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=19;MQ=56.15;NF=2;NR=6;PP=180;QD=26.8464015684;SC=AAGTCAATTGTAGGTATCCTA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=150668657;WS=150668639;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	150677976	rs2431072	T	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=668;SC=TGTGCCCCCTTCAGGGATGCT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=150677984;WS=150677966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	150682975	rs6887412	T	C	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=81;PP=2166;SC=GAGCCTCTGATGGGTCTTTCT;SOR=1.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=130;WE=150682983;WS=150682965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	150683005	rs28481793	T	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=62;PP=1501;SC=CCATGGCTGCTGACCTGAGAT;SOR=2.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=78;WE=150683013;WS=150682995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	150683055	rs6866481	G	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=806;SC=GCTGGCTGAAGCCTGAAGTGC;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=150683063;WS=150683045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	150696447	rs369907	C	T	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=70;PP=2541;SC=CGTCCAGGGCCTGGTAGGTCC;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=153;WE=150696455;WS=150696437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	150696498	rs428064	G	A	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=51;PP=1549;SC=TGATCAGGGCGTCCTTGAAGA;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=81;WE=150696506;WS=150696488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	150696540	rs431240	C	T	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=34;PP=1204;SC=CTGAGTAGAACGTGGTGACCT;SOR=1.392;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=150696548;WS=150696530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	150704758	rs246496	A	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=332;ReadPosRankSum=1.482;SC=TCTAGACCTCAGTTTCCCAGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=16;WE=150704766;WS=150704748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr5	150722675	rs2431079	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=46;PP=1410;SC=CAGAGACCTCGGGCTTTGACA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=150722683;WS=150722665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	150723806	rs192192	G	A	8678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=136;PP=2965;SC=CCTTTCACCAGGTGAATCAAG;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=165;TCR=136;TR=301;WE=150723814;WS=150723796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr5	150838284	rs35256722	C	G	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=4.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	150838293	rs35074529	T	C	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.78;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	150843996	rs415426	T	C	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=47;PP=2162;SC=TAATCCTTTGTGAACTGAGTA;SOR=1.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=83;TCR=47;TR=130;WE=150844004;WS=150843986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	150846873	.	A	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr5	150846874	.	A	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr5	150886616	rs7723079	G	A	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=2;PP=1166;SC=GGTTGGATGCGTGGTAGCTAA;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=46;WE=150886624;WS=150886606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	150886725	rs7723266	G	A	6488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.04;NF=129;NR=97;PP=2965;SC=CCATCTCCTCGCTGGACCAGG;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=129;TCR=98;TR=226;WE=150886733;WS=150886715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	150886882	rs1105168	G	A	6247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=96;PP=2965;SC=GCTGGGTTCCGGTTGGTTGAG;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=109;TCR=96;TR=204;WE=150886890;WS=150886872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	150889805	rs6870300	A	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=43;PP=1231;SC=GCATTGGCAGACTGGTGTGTT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=62;WE=150889813;WS=150889795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	150891663	rs6862750	T	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=620;SC=CCTGACATGCTTTTCCCACCT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=150891671;WS=150891656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	150891733	rs2304028	A	G	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=27;PP=1772;SC=CACCTGCCCCATGGGTCCATG;SOR=1.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=95;WE=150891741;WS=150891723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	150901111	rs3822699	A	G	17195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=318;NR=315;PP=2965;SC=CCAGGAGCACATCCACACCAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=635;TCF=319;TCR=316;TR=633;WE=150901119;WS=150901101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,650:1.00:650
chr5	150901261	rs6650971	C	T	10166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=159;NR=195;PP=2965;SC=AGCCCATCCACATGGCCTGCT;SOR=1.020;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=160;TCR=196;TR=354;WE=150901269;WS=150901251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr5	150901300	rs3734046	G	A	9691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=161;NR=178;PP=2965;SC=CATGCCACACGTACACATGGA;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=162;TCR=179;TR=339;WE=150901308;WS=150901290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr5	150901613	rs2053028	A	G	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=70;PP=2180;SC=GACAGACGTCAAAGACGAGAG;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=108;WE=150901621;WS=150901603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	150907819	rs11743288	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=547;SC=GGATCACAGTTGTCCCTGCCA;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=27;WE=150907827;WS=150907809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	150914184	rs1432643	A	T	6386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=119;PP=2965;SC=GGTCTAGGGCAGTGAGTGTGG;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=99;TCR=119;TR=218;WE=150914192;WS=150914174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr5	150917545	rs3816007	G	A	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=78;PP=2542;SC=AGACTGTGGGGACTGCATTCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=145;WE=150917553;WS=150917535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	150942919	rs6872614	A	G	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=44;PP=2305;SC=AATCCCATGTAGTTCCCACTG;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=116;WE=150942927;WS=150942909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	150946966	rs1465690	G	A	8421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=140;PP=2965;SC=TCCCCAGGTAGGGGTCAATAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=152;TCR=140;TR=292;WE=150946974;WS=150946956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr5	150948537	rs1469680	T	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=525;SC=AAAGACAGGGTGCAAGTTAGG;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=150948545;WS=150948527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	151042984	rs1060151	A	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=640;SC=TAGAATTTTCATTTTTAGCAC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=151042992;WS=151042974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	151043542	rs41290585	C	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=14;PP=1403;SC=GCAGAGAGGACAGACAACAGA;SOR=2.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=151043550;WS=151043532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	151049404	rs7719521	A	C	7445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=138;PP=2965;SC=GCTGATACCAATATCCTTGTC;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=108;TCR=138;TR=246;WE=151049412;WS=151049394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	151052659	rs1978707	G	A	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=52;PP=2965;SC=AGGGCAGCTTGGATGTGCCAA;SOR=1.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=131;TCR=52;TR=183;WE=151052667;WS=151052649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	151180019	rs372020718	TA	T	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	151771817	rs1363422	C	T	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=27;PP=1622;SC=GAGAGGGCTGCTGGGAGGTGA;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=82;WE=151771825;WS=151771807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	152871721	rs3828595	G	T	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=5;PP=1280;SC=GTGTGTTTGAGGGGGGATGTG;SOR=4.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=53;WE=152871729;WS=152871711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	153029852	rs35033669	ACTGT	A	3009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=21;PP=1846;SC=ACAAATCCTGACTGTCTGTCA;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=35;WE=153029863;WS=153029842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	153372525	rs1057772	G	A	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=60;PP=2826;SC=AGGTCAAAACGTCTCCATTCT;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=101;TCR=60;TR=161;WE=153372533;WS=153372515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	153372743	rs6866471	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=616;SC=TAAGGCAACAGGGGAACAGAT;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=153372751;WS=153372733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	153381848	rs11748836	C	T	6288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=88;PP=2965;SC=GCTGTCACTTCCTGCTTCCTG;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=126;TCR=88;TR=214;WE=153381856;WS=153381838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	153382072	rs35082504	GTCT	G	1125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=890;SC=AATAAAGAGTGTCTTCTTCTT;SOR=4.332;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=20;WE=153382082;WS=153382062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	153382602	rs75780714	A	G	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=90;PP=2781;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TACCAGGAACACAATAGCATC;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=39;TCR=91;TR=128;WE=153382610;WS=153382592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
chr5	153406020	.	C	T	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=27;PP=1102;SC=CTTTGAGTTGCTCTAATTCAA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=63;WE=153406028;WS=153406010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	153406644	rs9324765	C	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=0;PP=814;SC=AAAACATACACTTCATCTTCC;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=153406652;WS=153406642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	153406987	rs6889563	G	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=585;SC=AGACAGGTTAGAGTACAGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=153406995;WS=153406977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	153413390	rs2578377	C	T	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=42;PP=1522;SC=TCACTGGGACCAGGGATTCCA;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=153413398;WS=153413380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	153414545	rs34907432	C	CA	1335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=30;PP=791;SC=AATGAAAGCCCAAAAAAAATT;SOR=1.911;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=33;WE=153414553;WS=153414535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	153429459	rs690592	T	C	8107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=135;PP=2965;SC=CGGATGATGATGTCATCATAG;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=151;TCR=135;TR=284;WE=153429467;WS=153429449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr5	153432450	rs11451300	A	AT	3939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.171;NF=58;NR=32;PP=1286;ReadPosRankSum=1.050;SC=TTTTGCTATAATTTTTTTTTC;SOR=0.573;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=90;WE=153432458;WS=153432440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr5	153432733	rs2578386	T	C	8863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=145;PP=2965;SC=CTGAGAAGGCTATCAATGAGT;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=153;TCR=145;TR=297;WE=153432753;WS=153432723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr5	153432970	rs2255493	C	T	5520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=99;PP=2965;SC=TGCGAGTGGACGACCCTGATG;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=80;TCR=99;TR=179;WE=153432978;WS=153432960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	153570349	rs201222592	C	CCGGGCGGA	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=0;PP=57;SC=GCTGCCGCCGCCGGGCGGACG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=1;WE=153570357;WS=153570339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	153677361	.	TGA	T,TTCCCCGA	1119.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.16;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=1123;SC=CTCTTTGTACTGAGCAAAAAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=153677371;WS=153677351;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:22
chr5	153677362	.	GA	CT	434	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=17;NR=0;PP=434;QD=28.6745808742;SC=TCTTTGTACTGAGCAAAAACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=17;WE=153677371;WS=153677351;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,17:0.81:21
chr5	153677363	.	A	ATCCCCCT	1119.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.90;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	153709043	rs1004976	G	A	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=119;NR=29;PP=2965;SC=AGGAAGTGGGGTTTGCAGTTA;SOR=2.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=119;TCR=29;TR=148;WE=153709051;WS=153709033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	153795274	rs11321246	TA	T	1552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=15;PP=834;SC=TTCCATAATTTAAAAAAAATG;SOR=1.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=37;WE=153795282;WS=153795264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	154065382	rs33982250	TA	T	828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.25;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,43:0.84:51
chr5	154065495	rs11958012	GG	AC	11888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=131;PP=2947;SC=CTCGTGATTCGGTTAATCCTC;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=119;TCR=135;TR=250;WE=154065504;WS=154065485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr5	154134818	rs11416035	C	CG	245.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.72;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	154193735	rs863649	A	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=68;PP=2067;SC=AGTCCCAGGAAAGGGGACAAT;SOR=2.405;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=19;TCR=68;TR=87;WE=154193743;WS=154193725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	154247297	rs35471086	TAA	T	2707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=32;PP=1646;SC=TTGCTTGAGCTAAAAGACATA;SOR=0.865;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=40;WE=154247306;WS=154247287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	154268902	rs816739	C	T	6333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=105;PP=2965;SC=CAGGAAATTTCGCCATTCTCT;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=114;TCR=105;TR=219;WE=154268910;WS=154268892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr5	154271391	rs702743	A	C	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=58;PP=1763;ReadPosRankSum=-0.882;SC=TTTCTTATCAACCAAGAAGCA;SOR=0.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=101;WE=154271399;WS=154271381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr5	154271948	rs816736	G	A	8946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=134;PP=2965;SC=GTCACTTACCGTCAGGGAGAA;SOR=1.017;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=315;TCF=181;TCR=134;TR=315;WE=154271956;WS=154271938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr5	154278888	rs816740	C	T	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=110;PP=2965;SC=CAAGAACAGACCCTTTAGCCA;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=77;TCR=111;TR=187;WE=154278896;WS=154278878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	154282551	rs10515726	T	C	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=43;PP=2786;SC=CATTATAATATCACAGGATGA;SOR=1.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=93;TCR=43;TR=136;WE=154282559;WS=154282541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	154284928	rs61749644	T	C	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=24;PP=1136;SC=CCAACCTGGCTTCTCTTTTGG;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=60;WE=154284936;WS=154284918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	154287016	rs76813157	T	TGAAAAAAAA	1378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9816;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=4;PP=62;SC=GAATAAAGCTTAACAAAAAAA;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=154287024;WS=154287006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	154287115	rs6580119	T	C	5482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.05;NF=120;NR=74;PP=2965;SC=GACACGACCATGAAATCCTAG;SOR=1.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=120;TCR=74;TR=194;WE=154287123;WS=154287105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	154291219	rs6580121	A	G	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=15;PP=1227;SC=TTCCTTGCTCAATCCTGATCA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=154291227;WS=154291209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	154291409	rs1974777	C	T	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=106;PP=2965;SC=CAGTCGACCTCGATGTCCTCG;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=83;TCR=106;TR=189;WE=154291417;WS=154291399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	154291496	rs1974776	G	A	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=36;PP=1040;SC=GACATTTTCTGGTTATTCTAT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=154291504;WS=154291486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	154296795	rs348735	A	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=734;SC=TACAAGTTACAATGCAAATAG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=154296803;WS=154296785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	154300940	rs348739	A	C	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=63;PP=1920;SC=CCCAGGCTAAAGTATATACAG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=132;WE=154300948;WS=154300930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	154306972	rs2258437	T	C	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=27;PP=2464;SC=TAGAAAGTAATAGCTGTTTGT;SOR=2.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=83;TCR=27;TR=110;WE=154306980;WS=154306962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	154308282	rs2644743	C	T	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=50;PP=1499;SC=ATGAAGTCACCGGTGGTTCAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=154308290;WS=154308272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	154308307	rs1035368	G	A	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=33;PP=903;SC=CACAGTCTGCGCTGTAAAAGC;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=154308315;WS=154308297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	154311235	rs2644744	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=811;SC=AGCTATCTCTTTCATAGGTCT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=154311243;WS=154311225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	154311576	rs2544866	T	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	154346325	rs7965	G	A	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1531;ReadPosRankSum=1.310;SC=TCATGGAGAAGGTTTATTGCC;SOR=0.484;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=86;WE=154346333;WS=154346315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr5	154395158	rs6580126	G	T	8677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=152;NR=145;PP=2965;SC=GAATTGGTTCGTGAACTTCAG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=298;TCF=152;TCR=146;TR=297;WE=154395166;WS=154395148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr5	155771773	rs4434364	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=39;PP=1010;SC=GAAAAGTGATATTATTACAGT;SOR=2.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=155771781;WS=155771763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	155820716	rs10475703	C	A	7766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=132;PP=2965;SC=GCCATTGGTACATAGTTACTA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=142;TCR=132;TR=274;WE=155820724;WS=155820706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr5	156074654	rs141437738	TAAATTGA	T	1374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=1561;SC=CGTGAATACATAAATTGAAAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=26;WE=156074668;WS=156074644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	156376703	rs6873053	A	G	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=50;PP=1794;SC=AGTAGACTCAACACTACTCCA;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=94;WE=156376711;WS=156376693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	156381370	rs7724832	G	A	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=6;PP=1345;SC=TGATCCCATTGTCCATTAACC;SOR=4.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=58;WE=156381378;WS=156381360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	156390297	rs6882076	T	C	5067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=108;PP=2965;SC=GGTGGGACTCTTTAGTTTCAT;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=54;TCR=108;TR=162;WE=156390305;WS=156390287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	156464212	rs4704837	T	G	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=23;PP=2452;SC=CAGGCAATTTTGCTGTACATC;SOR=2.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=84;TCR=24;TR=107;WE=156464220;WS=156464202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	156479424	rs1553317	A	C	9744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=210;NR=136;PP=2965;SC=AGGTAGAGACAGTTGTTGTCA;SOR=1.113;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=347;TCF=211;TCR=136;TR=346;WE=156479432;WS=156479414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr5	156479443	rs45439103	CTTG	C	16804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=145;PP=2978;SC=CACTGGAACACTTGTTGTTGT;SOR=1.101;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=93;TCR=163;TR=228;WE=156479453;WS=156479433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr5	156479509	rs1553316	A	G	15439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.04;NF=265;NR=225;PP=2965;SC=CATTGTCGTCAGAACAGTCGT;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=490;TCF=265;TCR=225;TR=490;WE=156479517;WS=156479499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr5	156479568	rs139041445	C	CGTT	24562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=200;PP=2967;SC=TTGGAACAGTCGTCATTGGAA;SOR=0.833;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=290;TCF=68;TCR=222;TR=265;WE=156479576;WS=156479558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr5	156482459	rs1809941	G	T	5984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=96;PP=2965;SC=TCCAGCACATGGATGTGACAG;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=105;TCR=96;TR=201;WE=156482467;WS=156482449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	156514189	rs72805186	G	A	5718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=126;NR=69;PP=2965;SC=ATACTCATTGGGCTCCTCCAC;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=126;TCR=69;TR=195;WE=156514197;WS=156514179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	156514396	rs72805187	A	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=719;SC=AGAGACAGCAACTAAATATAG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=156514404;WS=156514386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	156522588	rs13170556	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=285;SC=GCTGAGTCCTTCAAATCACCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=156522596;WS=156522578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	156525920	rs371359315	AAG	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr5	156531561	rs2902306	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=7;PP=742;SC=TTCAGGTGCACGGAGATATCC;SOR=2.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=36;WE=156531569;WS=156531551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	156531736	rs1036199	C	A	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=36;PP=1203;SC=GTCTCTCTGCCGAGTCGGTGC;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=64;WE=156531744;WS=156531726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	156531865	rs1036200	A	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=234;SC=CAATTAAGAAAGAGAAATACA;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=156531873;WS=156531855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	156644775	rs5872504	T	TC	5521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=48;PP=2936;SC=TCTGTTGTTTTCCTGGGCCCT;SOR=1.026;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=80;WE=156644783;WS=156644765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	156670916	rs66943334	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=26;PP=706;SC=AAACTCCCAGCAGTGGCTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=156670924;WS=156670906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	156679576	rs27341	T	C	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=85;PP=2965;SC=CTATGACGCATAAGTACAAGG;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=106;TCR=85;TR=191;WE=156679584;WS=156679566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	156721863	rs5872508	T	TC	8813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=84;PP=2974;SC=CCCGGGCCATTCCCAGGTGAG;SOR=1.002;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=57;TCR=94;TR=138;WE=156721871;WS=156721853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	156734644	.	GGT	G	104	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=7;NR=1;PP=104;QD=13.75;SC=GTCTCTACAGGGTGTGTGTGT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=8;WE=156734653;WS=156734634;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,8:0.28:29
chr5	156734665	.	ATG	A	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr5	156741583	rs895309	A	G	283.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=234;SC=CAATTCACGTACCATACGATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=156741591;WS=156741573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	156742186	rs6897056	G	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=383;SC=CAAGAAAACAGCATCGGTTGC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=156742194;WS=156742176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	156747584	rs7730231	C	T	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=15;PP=2056;SC=TGGGACACCACGGGCCCTAGA;SOR=2.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=76;TCR=15;TR=91;WE=156747592;WS=156747574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	156747614	rs6555939	G	T	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=46;PP=2965;SC=TTGTAGTGACGTTTTCCCATG;SOR=1.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=123;TCR=46;TR=168;WE=156747622;WS=156747604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	156747632	rs2863198	C	G	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=71;PP=2965;SC=ATGGTGAAACCTGGTCTAAGT;SOR=1.397;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=143;TCR=71;TR=214;WE=156747640;WS=156747622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	156747669	rs1823035	A	G	9584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=192;NR=151;PP=2965;SC=CCAGCGTCCTACAGGCAATTC;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=194;TCR=152;TR=343;WE=156747677;WS=156747659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr5	156750834	rs34143712	G	GA	644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.580;QD=15.35;ReadPosRankSum=1.520;SOR=1.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr5	156760214	rs13181919	C	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=372;SC=CCAGGAAACCCCTCCCACCTG;SOR=2.925;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=21;WE=156760222;WS=156760204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	156760799	rs1900158	G	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=1;PP=1346;SC=TCACAGGTGTGCAGTAGTATA;SOR=6.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=52;TCR=1;TR=53;WE=156760807;WS=156760789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	156761070	rs12656549	C	T	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=68;PP=2164;SC=ATTTCAGTGCCTTCAAAAGCG;SOR=2.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=28;TCR=68;TR=96;WE=156761078;WS=156761060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	156762071	rs10077387	A	G	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=22;PP=1756;SC=TGGACAAAGTATAAAAATAAA;SOR=1.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=156762079;WS=156762061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	156762245	rs9313545	A	G	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=75;PP=2315;SC=GGTTACTATAAGGATAAAATG;SOR=2.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=104;WE=156762253;WS=156762235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	156763650	rs10036098	T	C	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=17;PP=1073;SC=CTTTCGTTGATGAGCTCTTTC;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=156763658;WS=156763640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	156763684	rs10043769	C	T	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=38;PP=1726;SC=AAGTTGCCCACTGGGGTGTTT;SOR=1.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=95;WE=156763692;WS=156763674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	156763823	rs10038052	G	A	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=53;PP=1725;SC=GCTTTGGTGCGTTGAGCCCTG;SOR=1.103;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=156763831;WS=156763813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	156763921	rs11134699	C	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=671;SC=GGGTTACATACTGTGCAGGGA;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=156763929;WS=156763911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	156765981	rs3734026	G	A	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=14;PP=837;SC=TGTCACTTGCGTGAACAGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=156765989;WS=156765971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	156766037	rs3734027	A	G	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=31;PP=1668;SC=GCAAGTCCTCAGCAGTTGTGG;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=94;WE=156766045;WS=156766027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	156766273	rs3734028	G	A	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=37;PP=971;SC=CGGTAAGGGAGTCCCTGTGCA;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=156766281;WS=156766263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	156770133	rs10037485	C	T	9429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=154;PP=2965;SC=TGGCAACGGACACACCAGAAC;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=184;TCR=154;TR=338;WE=156770141;WS=156770123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr5	156770653	rs13182147	G	A	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=608;SC=GGGCACTCATGTTGCCCTCAT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=156770661;WS=156770643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	156770688	rs10061992	G	A	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=451;SC=AATGGAGGCCGAGAGGTTCTG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=156770696;WS=156770678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	156898690	rs6860507	A	G	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=15;PP=930;SC=ATATTTCCTGAGGGAGAGTCT;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=46;WE=156898698;WS=156898680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	156898899	rs4704869	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=18;PP=490;SC=AAAAGGTCAGGTTGGGTTCTG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=156898907;WS=156898889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	156899290	rs9313607	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=732;SC=GCCCTAGACATTGCCTGCACC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=156899298;WS=156899280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	156899869	rs4704870	T	C	14040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=227;NR=267;PP=2965;SC=AACCCACTGTTATTAGACTGG;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=497;TCF=229;TCR=268;TR=494;WE=156899877;WS=156899859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr5	156916037	rs10674185	C	CAAAAAGAA	1762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=5;PP=924;SC=GACTCCATCTCAAAAAGAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=12;WE=156916045;WS=156916027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	156917340	rs10067096	A	C	5861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=108;PP=2965;SC=CTCAGCTTGGAAGGGAGAGCT;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=92;TCR=108;TR=199;WE=156917348;WS=156917330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	156918850	rs2287749	C	T	9884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=169;NR=188;PP=2965;SC=CACCCCATGGCCATTGCACTT;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=169;TCR=188;TR=357;WE=156918871;WS=156918840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr5	156946049	rs2042247	A	G	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=79;PP=2226;SC=TGTGGTGGCCATCACTCATAT;SOR=2.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=23;TCR=79;TR=102;WE=156946057;WS=156946039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	156957741	rs3822696	C	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=627;SC=GTCCTTGCCTCAGCCTTGTCT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=156957749;WS=156957731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	156997785	rs11746737	C	T	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=36;PP=2852;SC=ACCCAGAGGACAGAGTGGGCC;SOR=2.192;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=106;TCR=36;TR=141;WE=156997793;WS=156997775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	156999340	rs7719224	C	T	6908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=145;NR=99;PP=2965;SC=GAGATTTGTTCAGGGCGCTGC;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=145;TCR=99;TR=244;WE=156999348;WS=156999330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr5	157002552	rs6556092	A	G	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	157065127	rs112162860	TGAA	T	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=305;SC=TCAGCAGAATTGAAGAAGTCT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=157065137;WS=157065117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	157075943	rs72284585	TAC	T	2265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=38;PP=1902;SC=TAATGTGCCATACACACACAC;SOR=1.888;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=40;WE=157075954;WS=157075933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	157094771	rs36105993	TAC	T	2011.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=6.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.464;QD=20.96;ReadPosRankSum=0.809;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,70:0.73:96
chr5	157102063	rs10051782	G	A	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=51;PP=2887;SC=GGCCCCAACCGTCTGTAACCT;SOR=1.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=100;TCR=51;TR=151;WE=157102071;WS=157102053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	157102185	rs6884959	A	G	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=108;PP=2965;SC=TAACCGCATCACACAACGAAT;SOR=1.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=70;TCR=108;TR=178;WE=157102193;WS=157102175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	157106785	rs6556177	C	T	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=36;PP=1725;SC=TGCCCTGCTGCGAAGTAATCC;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=101;WE=157106793;WS=157106775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	157164889	rs2270813	T	C	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=24;PP=1776;SC=ATTTTTATTTTCTCAGGGAAC;SOR=1.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=82;WE=157164897;WS=157164879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	157164962	rs2270812	T	C	6389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AATAATGAGCTGCCGATGTAT;SOR=0.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=130;TCR=90;TR=220;WE=157164970;WS=157164952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr5	157178592	rs56398160	TA	T	2486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=41;PP=1815;SC=ATATCTTCTATAATATTTAAA;SOR=1.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=43;WE=157178600;WS=157178582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	157180930	rs35074350	CT	C	821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.819;HP=11;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=6;PP=613;ReadPosRankSum=0.050;SC=GTTACTCTGCCTTTTTTTTTT;SOR=3.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=157180939;WS=157180920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr5	157180959	rs141155397	AAAT	A	3615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=21;PP=2811;SC=AAAGCTATACAAATAATAATT;SOR=2.010;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=56;WE=157180969;WS=157180949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	157247160	rs254673	G	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=575;SC=AGATCTATTAGAAGTTATTTT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=157247168;WS=157247150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	158140222	rs3734105	G	A	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=45;PP=1291;SC=CCATTTTTTCGGTGCCAGGTA;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=158140230;WS=158140212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	158204425	rs1368298	A	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=19;PP=1031;SC=TCTTACCTGTATAAATGAATC;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=158204433;WS=158204415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	158511579	rs200028682	CA	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr5	158588633	rs139682876	GAAAAA	G	2534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.279;NF=5;NR=25;PP=696;SC=CCCAGAACCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.276;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=30;WE=158588645;WS=158588623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr5	159640652	rs6556482	G	A	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=455;SC=GCTGCTATGAGGAGCTCTGCC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=159640660;WS=159640642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	159665523	rs10071756	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.21;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	159665527	rs10056227	G	A	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.39;SOR=4.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	159665534	rs10079413	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.57;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	159665599	rs2277954	G	A	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=55;PP=2602;SC=CTCTGTCCCGGCTGCTTCTTT;SOR=1.305;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=97;TCR=55;TR=151;WE=159665607;WS=159665589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	159665726	rs10071871	C	T	9727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.29;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	159665733	rs2277953	C	T	9298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	159680600	rs370421409	G	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NF=44;ReadPosRankSum=0.004;SC=CTCCCTGAACGGTGGGCCTGC;SOR=0.629;Source=Platypus;TCF=69;WE=159680608;WS=159680590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,95:0.62:152
chr5	159738709	rs6556490	A	G	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=23;PP=1568;SC=CCGCCCCCCAATTCCGCTCAG;SOR=1.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=79;WE=159738717;WS=159738699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	159776637	rs10053189	C	T	10456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=2.353;SC=CTGGCTCCCCCTTCTTGCCCT;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=203;TCR=159;TR=358;WE=159776645;WS=159776627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,369:0.99:371
chr5	159835658	rs2961944	A	G	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	159839317	rs1579074	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.93;NF=10;NR=1;PP=259;SC=ATGAACTGTATACAAAGTATC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=159839325;WS=159839307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	159840688	rs2961949	T	C	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=40;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GAAAACTTCATACAACTTTTA;SOR=2.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=44;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr5	159840700	rs12522744	A	C	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=31;PP=767;SC=CAACTTTTACAGAGTGGGCAC;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	159842465	rs2910190	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=11;PP=276;SC=CCCCCTCCTCAAGGTCTCTAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=159842473;WS=159842455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	159851211	rs2910203	G	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=441;SC=GACTTCCACTGTCACTAACCC;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=159851219;WS=159851201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	159901408	rs2961918	C	A	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=57.01;NF=9;NR=0;PP=205;SC=GCTGCTGAATCTTCAGAAAGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=159901416;WS=159901398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	159912418	rs2910164	C	G	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=18;PP=850;SC=TGTCAGACCTCTGAAATTCAG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=159912426;WS=159912408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	160043071	rs4921308	C	A	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=48;PP=1355;SC=CCTGTTTGAACTTCCCTACAT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=63;WE=160043079;WS=160043061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	160043108	rs113179038	A	AT	369.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=7.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.606;NF=0;NR=17;PP=274;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CTTCTCAAAGACTTTTTTTTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=17;WE=160043117;WS=160043098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr5	160043109	rs17052845	C	T	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=709;SC=TTCTCAAAGACTTTTTTTTAA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=160043117;WS=160043098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	160044855	rs1363199	G	A	5958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=78;PP=2965;SC=AGCACGCTTGGAGGAATTGTT;SOR=1.216;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=129;TCR=78;TR=207;WE=160044863;WS=160044845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	160047265	rs6862674	C	G	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=351;SC=CCAGGTGACACTACAACTTGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=160047273;WS=160047261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	160049355	rs2032804	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=492;SC=GCCTTCTACTCCTCTACCTCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=160049363;WS=160049345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	160097429	rs3828604	T	C	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=47;PP=2679;SC=CTTGCATCCTTTCTATGACTT;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=90;TCR=47;TR=137;WE=160097437;WS=160097419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	160097453	rs1990888	A	C	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=66;PP=2965;SC=CATTGAAGATATTAGAAAGAG;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=100;TCR=66;TR=166;WE=160097461;WS=160097443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	160097496	rs958912	A	G	5606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=102;PP=2965;SC=TTCACGACACATCTTTGCTTG;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=103;TCR=102;TR=205;WE=160097504;WS=160097486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	160097632	rs958911	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=748;SC=AGTCTCCCACGCGCACATCCT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=160097640;WS=160097622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	161116903	rs4921402	C	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=36;PP=999;SC=TGCTGTTTTGCAGTGATGAGT;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=161116911;WS=161116893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	161119071	rs12522663	G	T	6950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=101;PP=2965;SC=TCTTCTCTGCGCTTATCGAGT;SOR=0.868;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=127;TCR=101;TR=227;WE=161119079;WS=161119061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	161119125	rs13184586	C	G	7951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=130;PP=2965;SC=CACAGAAGGCCAAAAGGAAGG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=146;TCR=130;TR=276;WE=161119133;WS=161119115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr5	161128761	rs4277944	C	G	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=102;PP=2965;SC=CAATGGAAGTCAGTAGCAGTG;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=83;TCR=102;TR=185;WE=161128769;WS=161128751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	161281245	rs1129647	T	C	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=76;PP=2965;SC=TCCTAGATGGTTATGACAATC;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=99;TCR=76;TR=175;WE=161281253;WS=161281235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	161292685	rs41304896	C	T	8955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=186;NR=125;PP=2965;SC=CTAATAAGGACGGTTGACAGA;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=186;TCR=125;TR=311;WE=161292693;WS=161292669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr5	161302728	rs4260711	G	A	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=44;PP=1213;SC=AGAAAAACGCGTAGATAAGGG;SOR=3.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=50;WE=161302736;WS=161302718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	161309752	rs11135172	T	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=62;PP=1832;ReadPosRankSum=0.482;SC=AGAAGAAGAATAATATTTTGT;SOR=1.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=15;TCR=63;TR=77;WE=161309760;WS=161309742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr5	161494990	.	GA	G	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.806;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,27:0.25:110
chr5	161529571	rs211035	A	G	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.31;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	162866548	rs299322	T	C	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=50;PP=1314;SC=GCTACATTTTTGTAATTTTGC;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=162866556;WS=162866538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	162866616	rs2069343	T	TG	327.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.254;HP=9;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=196;ReadPosRankSum=0.598;SC=AAACTTGACCTTTTTTTTTTC;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=17;WE=162866624;WS=162866605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr5	162890953	rs380101	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=5;PP=103;SC=GATTTAAACAGCAAAAAGGTA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=162890961;WS=162890943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	162896650	rs299284	C	T	5895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=91;PP=2965;SC=TGTCCAGATTCGTGTTCTTCT;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=203;WE=162896658;WS=162896640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	162896856	rs299283	T	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=39;PP=1216;SC=CTCATGATAATATTTACAATT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=162896864;WS=162896846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	162898565	rs169920	G	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=779;SC=TCAACCTTCTGTTAGTACTTA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=162898573;WS=162898555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	162902516	rs299290	T	C	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=29;PP=1987;SC=GAGGAAATGGTTAAAGAGAAG;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=91;WE=162902524;WS=162902506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	162902707	rs299291	G	A	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=41;PP=1155;SC=TCATGTTTATGTATGACTTCA;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=162902715;WS=162902697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	162909716	rs299295	C	T	7154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=143;NR=114;PP=2965;SC=CAGGAAAAAGCGGCCAAGGCT;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=258;TCF=143;TCR=115;TR=257;WE=162909724;WS=162909694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	162909955	rs5872824	AG	A	474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.7350;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=6;PP=160;SC=TGAGGTTTAAAGAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=15;WE=162909963;WS=162909944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	162910199	rs184181	G	C	6803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.174;SC=ATTAGAACCTGAGTGCCTTGT;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=114;TCR=125;TR=236;WE=162910207;WS=162910189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,252:0.99:254
chr5	162910438	rs299308	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=244;SC=CCCTATTATAGTGAGGACAGT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=162910446;WS=162910428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	162917978	rs299320	T	A	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=165;SC=TTGGTTGAAATGATAAATCTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=162917986;WS=162917968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	162932822	rs299299	T	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=553;SC=CCACCGGGGCTCGGGCGGCTT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=162932830;WS=162932812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	162940739	rs964945	G	A	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=45;PP=1700;SC=TAGAAATTAAGGTTTTGTAGA;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=162940747;WS=162940729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	162940999	rs11546512	A	G	5930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=117;PP=2965;SC=AGAACAATCTAGGTAAGACCT;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=87;TCR=117;TR=204;WE=162941007;WS=162940989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	162945387	rs200442777	CT	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.119;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr5	167182055	rs1862875	G	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=17;PP=1370;SC=CCCAGCTTACGCCGATGGTGA;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=167182063;WS=167182045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	167303317	rs1862198	G	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=36;PP=1067;SC=GGGAGCATCAGGGTGAAATGC;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=167303325;WS=167303307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	167420255	rs17069526	T	A	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=653;SC=CATGGACTTGTGAATCTAGAG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=167420263;WS=167420245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	167489049	rs72549552	CT	C	389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=22.93;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	167554106	rs1560650	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=25;PP=730;SC=GGATAGGGAAGGAGAAAAATG;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=167554114;WS=167554096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	167566600	rs1432822	T	A	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=56;PP=1864;SC=CTCCATTTGGTTAATGAGGGC;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=167566608;WS=167566590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	167576513	rs35438448	T	TG	5891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=65;PP=2936;SC=CCGAGGCATGTTAGGAAAACA;SOR=0.982;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=84;TCF=13;TCR=71;TR=78;WE=167576521;WS=167576503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	167625771	rs1874460	G	C	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=20;PP=1424;SC=TCTGCCCATCGCATGGCCATC;SOR=1.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=71;WE=167625779;WS=167625761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	167645888	rs1363560	T	C	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=93;PP=2965;SC=TGGGCACCAATGGAGGCCTCA;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=93;TCR=93;TR=186;WE=167645896;WS=167645878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	167674370	rs3733988	C	T	6472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=114;PP=2965;SC=TCAACCAGATCATCACCACTG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=107;TCR=114;TR=221;WE=167674378;WS=167674360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr5	167675392	rs12189266	C	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GATTCTGCCACCAAAGGTGGG;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=167675400;WS=167675382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr5	167689296	rs17632540	C	T	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=91;PP=2965;SC=TGCTGAACAACGCCTACTACC;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=119;TCR=91;TR=210;WE=167689304;WS=167689286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr5	167858462	rs377710964	TCTGGCTGG	TCTGG,T	1959.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.4989,0.5011;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=1,1;NR=39,39;PP=17,2032;SC=AAGGGCCGTGTCTGGCTGGCT;SOR=3.816;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=98;TCF=4;TCR=94;TR=40,40;WE=167858477;WS=167858452;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:44
chr5	167881029	rs111457550	TGGA	T	2369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.87;QD=43.09;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	167913510	rs244903	G	A	6685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=113;PP=2965;SC=GAGGATGGACGTACTGGTGTC;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=119;TCR=113;TR=232;WE=167913518;WS=167913500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr5	167913603	rs193466	C	T	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=45;PP=1506;SC=CAGGCTCTGACTCCTGCCCAA;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=167913611;WS=167913593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	167919623	rs184957	T	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=2;PP=936;SC=TGATGATGGTTTTACGTACAT;SOR=4.565;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=167919631;WS=167919613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	167921047	rs2432642	C	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=396;SC=TTGTATTGAACATGAGTCCTT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=167921055;WS=167921037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	167922461	rs141824927	G	A	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=78;PP=2361;SC=CTTGCCTTGCGTACTATTCTC;SOR=1.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=41;TCR=78;TR=119;WE=167922469;WS=167922451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	167943827	rs653568	G	A	8833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=152;PP=2965;SC=CATCCGTTGCGTATGGCTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=160;TCR=152;TR=311;WE=167943835;WS=167943817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr5	167956362	rs1870053	C	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=9;PP=322;SC=CGGTAGAGCCCGTCCTGCCCC;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=167956370;WS=167956352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	167956719	rs111777993	C	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=5;PP=297;SC=GCGGCGGCGACGGCAAGGATC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=167956727;WS=167956709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	167957055	rs12654410	G	A	11780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=0.652;SC=GCGCCGCGTCGGGCACCACCG;SOR=1.136;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=420;TCF=252;TCR=168;TR=417;WE=167957076;WS=167957045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,430:1.00:432
chr5	167957554	rs3733977	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=571;SC=CCAAGGCTGCGTTGTGTTTGC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=167957562;WS=167957544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	167984721	rs13185224	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=53;PP=1322;SC=ACAATCTATTTGTTTAATAAT;SOR=1.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=79;WE=167984729;WS=167984711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	167986274	rs158894	G	C	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	167996014	rs6876924	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.20;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	168093522	rs1048307	G	A	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=727;SC=ACGAGGAGCCGTCCGTGCACT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=168093530;WS=168093512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	168097122	rs2303002	T	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=369;SC=CTTTCTCTGTTTCCTAGGCTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=168097130;WS=168097112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	168098463	rs292486	A	G	7063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=142;PP=2965;SC=GGCGCAAGGCAGAGAGGCCGG;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=114;TCR=142;TR=256;WE=168098471;WS=168098453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	168149178	rs183845356	G	A	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=16;PP=1849;SC=TTTGGGCAGAGAGTGGGGAAG;SOR=2.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=83;WE=168149186;WS=168149168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	168188048	rs7725649	A	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=17;PP=462;SC=TCGGTGAAGGACCACAGAGCC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=168188056;WS=168188038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	168189501	rs2288796	C	T	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=40;PP=2064;SC=GGGTGACTGGCGTGTGGGGAG;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=111;WE=168189509;WS=168189491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	168195356	rs11134527	G	A	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=80;PP=2286;SC=CCCACTGAGCGTGATTAGTAT;SOR=2.021;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=33;TCR=80;TR=113;WE=168195364;WS=168195346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	168212687	rs2292141	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=311;SC=GCCCTCGGCTGTATCATTTGG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=168212695;WS=168212686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	168212951	rs891921	A	G	5925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=110;PP=2965;SC=CAGTCCCTTGACAATCTCGGT;SOR=1.104;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=82;TCR=111;TR=192;WE=168212959;WS=168212941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	168233413	rs3797716	G	A	11965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=261;NR=173;PP=2965;SC=TGAATTCTCCGGCGACAGTTG;SOR=1.166;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=434;TCF=261;TCR=173;TR=434;WE=168233421;WS=168233403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr5	168244506	rs35712765	G	GA	3111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=65;PP=2840;SC=CATGGTCACAGGTGAAGTGTG;SOR=4.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=66;WE=168244514;WS=168244496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	168250350	rs924875	C	G	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=83;PP=2473;SC=TGGAGATAGACAAGGGAGATG;SOR=1.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=36;TCR=83;TR=119;WE=168250358;WS=168250340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	168250429	rs1875977	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=19;PP=487;SC=TGGTTGTGACCGCAAGACCAT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=168250437;WS=168250419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	168620435	rs11744813	C	A	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=15;PP=1764;SC=CCACATCACCCAAGCCAGGCA;SOR=2.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=80;WE=168620443;WS=168620425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	168620720	rs79192318	C	T	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=40;PP=1085;SC=TCCCTGTTGGCGGGGCTTAGA;SOR=4.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=168620728;WS=168620710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	168690612	rs62376934	A	G	7170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=55;PP=2720;SC=ACATTGTTACAGCAGCCCTAG;SOR=1.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=104;TCR=55;TR=158;WE=168690620;WS=168690602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	168690635	rs62376935	C	T	8817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=81;PP=2965;SC=TACAGATACGCCCAACGTTCA;SOR=1.128;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=130;TCR=81;TR=211;WE=168690643;WS=168690625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	169021610	rs4493692	C	T	5677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=104;NR=97;PP=2965;SC=AACGTCAGCTCATCAGTATGA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=104;TCR=97;TR=201;WE=169021618;WS=169021600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	169028481	rs3797713	T	C	11713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=215;NR=196;PP=2965;SC=AGTTTCTATATACACACCAGT;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=411;TCF=215;TCR=196;TR=411;WE=169028489;WS=169028471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr5	169031150	rs3777084	T	C	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=45;PP=1603;SC=TGTAAGAAATTACACCCTATT;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=169031158;WS=169031140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	169031218	rs2042248	G	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=22;PP=748;SC=GTAAAGACTTGTCTTTAATAA;SOR=1.501;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=169031226;WS=169031208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	169126349	rs2306562	A	G	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=19;PP=1051;SC=CAAGGAGGACACGATGTGGAC;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=169126357;WS=169126339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	169127097	rs2112703	C	A	5355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=82;PP=2965;SC=TGGACAGGACCACCGTGGTGG;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=184;WE=169127105;WS=169127087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	169127270	rs2161405	G	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.37;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	169127276	rs264845	A	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	169129284	rs2306560	G	A	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=45;PP=2129;SC=ACTAACTCTTGTCTCTCTCTC;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=81;TCR=46;TR=126;WE=169129292;WS=169129274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	169129495	rs3816764	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=775;SC=TTGTAAAGACGTACTTTTCCT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=169129503;WS=169129485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	169174484	rs13155521	A	G	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=59;PP=1675;ReadPosRankSum=0.737;SC=TGAAAAGTCAATACAAAACTA;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=97;WE=169174492;WS=169174474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr5	169267784	rs261623	G	A	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=59;PP=2461;SC=ACCATATCCAGGAGATCATGG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=122;WE=169267792;WS=169267774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	169309783	.	G	T	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=56;PP=2687;SC=TTACTTCCTGGACAATTTGGA;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=78;TCR=56;TR=134;WE=169309791;WS=169309773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	169422920	rs2059110	A	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=315;SC=AACAGCCCCGAGTCTAGAGTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=169422928;WS=169422910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	169496051	rs6868503	T	C	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=96;NR=33;PP=2775;SC=CCTTGCCCCTTTCAAATTGAA;SOR=2.156;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=96;TCR=33;TR=129;WE=169496059;WS=169496041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	169504743	rs1045168	T	C	10592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=203;NR=175;PP=2965;SC=GAGTGGGCCGTCCCAGGTCTA;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=378;TCF=203;TCR=175;TR=378;WE=169504751;WS=169504733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr5	169535522	rs10063424	T	C	11671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=193;PP=2965;SC=TGCTCAGCTATGGAGGATCTG;SOR=0.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=425;TCF=232;TCR=193;TR=425;WE=169535530;WS=169535512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr5	169675693	rs80044664	AT	A	8161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=69;PP=2974;SC=TTGCTCGGCTATAACTTGCTA;SOR=1.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=141;WE=169675701;WS=169675683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	169679354	rs1546451	C	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=20;PP=1236;SC=AATTCCTAGCCTGTAATTGGT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=169679362;WS=169679344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	169679947	rs6880961	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=521;SC=TCTGAAAGAACGCCAAGGGAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=169679955;WS=169679937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	169689604	rs395407	G	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=442;SC=GCCGGCCACTGTGAGTGACAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=169689612;WS=169689594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	169715038	rs315721	A	G	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=69;PP=2029;SC=GAAGACACATATGGCAGGCAG;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=124;WE=169715046;WS=169715028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	169805629	rs2656841	TG	GT	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=7;PP=744;SC=GAAGGCATTGTGCTGCAAGTG;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=36;WE=169805638;WS=169805619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	169805956	rs2301149	C	G	5148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=97;PP=2965;SC=TAATTGTCCACGCTGCCTGGG;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=80;TCR=97;TR=177;WE=169805964;WS=169805946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	169806001	rs314157	T	C	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=69;PP=1659;SC=CAAGAGCAGCTGTGGGCTTGG;SOR=1.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=103;WE=169806009;WS=169805991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	169810966	rs703507	A	C	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=42;PP=1277;SC=CAGGACTGGGATCCTCATCTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=169810974;WS=169810956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	169910084	rs4867968	G	T	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=32;PP=1364;SC=AAGTGGAACTGGGGCCCGCAG;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=79;WE=169910092;WS=169910074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	170145584	rs6555913	G	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=396;SC=GGTGTTTGACGCAGAGGCTGA;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=170145592;WS=170145578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	170149573	rs2277952	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=515;SC=GAGCTCTTCACAGAGCATAGC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=170149581;WS=170149564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	170149674	rs12514966	A	T	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=71;PP=2965;SC=ACACTGTCTGATGGCTTGATG;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=115;TCR=71;TR=186;WE=170149682;WS=170149664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	170159997	rs17650650	C	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=477;SC=TGTGTCCAACCCTGTACTAAG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=170160005;WS=170159987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	170160749	rs4868018	G	A	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=30;PP=1441;SC=GCTCCAGCTCGTTACTCTGAG;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=86;WE=170160757;WS=170160739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	170162666	rs1363712	T	C	4182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=41;PP=2863;SC=GTTTTCTCCATATAGGAAACC;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=98;TCR=41;TR=139;WE=170162674;WS=170162656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	170288922	rs11749349	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=229;SC=GCTGCGAAGGACGAGCGGCGC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=170288930;WS=170288912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	170289221	rs10475962	T	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=14;PP=364;SC=ACCGGGACACTGGTCTGGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=170289229;WS=170289211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	170323258	rs2287893	A	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=41;PP=1093;SC=TTGTGTGTGTATCTGTTTTAT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=170323266;WS=170323248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	170336614	rs1833596	G	C	170.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=5;PP=273;SC=GTAAATTTTGGTTTGCTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=170336622;WS=170336604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	170341326	rs34458065	TTA	T	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=259;SC=AAAATTCTGTTTATATATTCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=170341335;WS=170341316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	170343326	.	G	A	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=52.16;NF=3;NR=0;PP=49;QD=27.9237375157;SC=ATTATAATGCGTTATATTCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=170343334;WS=170343316;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	170343353	.	G	A	105	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=1;PP=105;QD=23.2952020912;SC=ATTATAATGCGTTATATTCTA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=170343361;WS=170343343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	170380523	rs930891	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=12;PP=1108;SC=TCATTGTGCTGATTTTGGAAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=170380531;WS=170380513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	170395512	rs2879366	A	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=9;PP=332;SC=TGAATTGGTGATGAAGTGCAA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=170395520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	170395820	rs11134672	G	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=560;SC=TGTGTCCTTAGGAGACTGCAT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=170395828;WS=170395810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	170395885	rs2446049	T	C	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	170610273	rs6555936	G	A	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=49;PP=2965;SC=AACATTTTACGAATAGTTGAG;SOR=1.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=104;TCR=49;TR=153;WE=170610281;WS=170610263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	170626735	rs35724654	A	G	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=58;PP=1781;SC=TTGAAACAGTATTACAAATAT;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=88;WE=170626743;WS=170626725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	170640827	rs4867648	C	A	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=70;PP=2033;SC=TGGTTTGTGTCTTTCCAAGGT;SOR=2.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=22;TCR=70;TR=92;WE=170640847;WS=170640817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	170720755	rs2914330	T	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=558;SC=CAGAGTCTAGTCCGTTTGTCC;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=170720763;WS=170720745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	170813951	rs28411383	C	CT	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=474;SC=GCTGGGGTGCCTCGGAGTTTG;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11;WE=170813959;WS=170813941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	170815125	rs2071276	G	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=352;SC=CCAGACCGACGGGAGGCCTGA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=170815133;WS=170815115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	170818897	rs3830032	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=40.91;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	170818906	rs3830033	T	A	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=44.96;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	170818964	rs138910433	G	GGT	520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=291;SC=TTTGGGGCGGGGGGGAGAGGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=170818977;WS=170818954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	170818969	rs3830034	A	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=203;SC=GGCGGGGGGGAGAGGAAATCT;SOR=2.670;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=170818977;WS=170818954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	170819887	rs3830035	G	A	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=88;PP=2677;SC=AACAGCTCTTGTTCATGAGTA;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=62;TCR=89;TR=150;WE=170819895;WS=170819877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	170827115	rs6555952	C	A	8380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	170827118	rs6555953	A	G	8253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	170837513	rs34323200	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr5	170847555	rs6555955	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=29;PP=716;SC=TCCTGGGCGCTGAGCCCAGTG;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=170847563;WS=170847545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	171326235	rs149978040	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=336;SC=AGCAGGATTTCTGACAAATTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=171326243;WS=171326225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	171472417	rs4867662	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=600;SC=TTTTTTTTTCAAAATACACAT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=171472425;WS=171472396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	171472575	rs4868136	G	A	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=105;PP=2965;SC=GTGGGACCAAGGCCTTCTGTA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=221;WE=171472583;WS=171472565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	171480055	rs4569891	G	A	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	171481606	rs10155597	A	G	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=30;PP=1797;SC=TGTTGCTCTCACACTGCGCCA;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=103;WE=171481614;WS=171481596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	171533629	rs2306963	A	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=14;PP=1087;SC=CTCACCACTTAGAGGGCGTGA;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=171533637;WS=171533619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	171533656	rs2306962	C	T	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=25;PP=1448;SC=TGGGAGGGTCCGACTTGGCGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=77;WE=171533664;WS=171533646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	171554473	rs2279514	G	A	5720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.904;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.089;SC=CTGCCCAGCCGTCGAGACGGG;SOR=1.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=61;TCR=142;TR=202;WE=171554481;WS=171554463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,204:0.99:206
chr5	171760544	rs35951290	TA	T	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;QD=37.90;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	171760569	rs12033	A	G	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=0;PP=918;SC=GAAAGAAGTCAAATGGTAAAG;SOR=7.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=48;TCR=0;TR=44;WE=171760577;WS=171760559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	171785892	rs2569232	A	G	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=54;PP=1905;SC=CTGGGGAAGCAAGAGTGCAGA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=171785900;WS=171785882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	172196711	rs2431663	G	T	7536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=152;PP=2965;SC=TCAAGGCAGTGATGCCCAAGG;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=124;TCR=152;TR=276;WE=172196719;WS=172196701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	172196997	rs7702178	T	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=354;SC=GAGCCTACAATTGGAGACTCG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=172197005;WS=172196988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	172261583	.	G	GC	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.31;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	172261593	rs63376061	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=343;SC=GCCCCCCCCCTGCCGCACACG;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=172261601;WS=172261573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	172294194	rs793027	G	T	7351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=136;NR=105;PP=2965;SC=GACCTTTATCGTGCTACCTGG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=136;TCR=105;TR=241;WE=172294202;WS=172294184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	172381973	rs80167678	A	AGGT	5522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.148;NF=21;NR=74;PP=2974;ReadPosRankSum=1.916;SC=TTCCCTGGGAAGTTGCGGAAG;SOR=0.827;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=104;TCF=21;TCR=83;TR=95;WE=172381981;WS=172381963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr5	172395664	rs11749686	T	C	6652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=139;PP=2965;SC=TTCAAAGTTATTGGTGTTTTG;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=98;TCR=140;TR=236;WE=172395672;WS=172395654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr5	172396394	rs505788	C	T	8093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=136;PP=2965;SC=GAAATAAAGACCTGTTTTCTC;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=137;TCR=136;TR=273;WE=172396402;WS=172396384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr5	172421760	rs11296906	AT	A	575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=19.85;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	172447762	rs17075508	G	A	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=23;PP=1435;SC=GGACAGAACCGTTCCTGTGAT;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=72;WE=172447770;WS=172447752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	172461243	rs4868237	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=9;PP=837;SC=CCCTGCAAAACCTGGCCAAAC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=172461251;WS=172461233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	172660527	rs55880439	T	A	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.00;QD=25.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	172662024	rs2277923	T	C	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=52;PP=2068;SC=GCTGCTGCTGTTCCAGGTTTA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=109;WE=172662032;WS=172662014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	172750235	rs147265120	A	G	8121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=109;PP=2965;SC=TGCAGCAGCAAGTCCTTGAAA;SOR=1.090;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=279;TCF=170;TCR=109;TR=277;WE=172750243;WS=172750225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr5	173316729	rs359467	G	A	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=75;PP=2965;SC=TGCTCCTAAAGATAATAAATG;SOR=1.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=114;TCR=75;TR=189;WE=173316737;WS=173316719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	173380346	rs969518	C	T	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=39;PP=1084;SC=AATATTAGAACGGGAGCATTT;SOR=3.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=45;WE=173380354;WS=173380336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	173416191	rs72814721	C	T	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=9;PP=716;SC=CCGCATCCCTCGCCTGCACAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=173416199;WS=173416181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	173416365	rs61730190	C	A	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=46;PP=2106;SC=TGCAACTGGGCGGCCGTGGAG;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=109;WE=173416373;WS=173416355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	173632336	rs7731312	A	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=56;PP=1861;SC=TAATCTACCTAATCCTAGCCT;SOR=1.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=173632344;WS=173632326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	174152100	rs2048152	G	A	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=55;PP=1604;SC=GGAGCGGGGGGCGGGTGTTCC;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=90;WE=174152108;WS=174152090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	174156168	rs4242182	T	C	8482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=201;NR=112;PP=2965;SC=CTAGGACATATGAGCCCTACC;SOR=1.322;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=315;TCF=203;TCR=112;TR=313;WE=174156176;WS=174156158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr5	174178697	rs960743	C	G	6681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=123;PP=2965;SC=GCCGCGCGCCCCGCCATCAGC;SOR=0.827;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=118;TCR=124;TR=241;WE=174178705;WS=174178687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr5	174178774	rs7709117	G	A	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=72;PP=2399;SC=GCTCTTGGGCGGCCGCGTTTC;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=129;WE=174178782;WS=174178764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	174868700	rs686	G	A	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=14;PP=1452;SC=TTAATAGCAAGCCCCAGAGCA;SOR=2.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=65;WE=174868708;WS=174868690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	174868840	rs155417	T	C	6333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=107;PP=2965;SC=CCAATATGACTGATAGGGCTG;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=116;TCR=108;TR=222;WE=174868848;WS=174868830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr5	174870150	rs4532	C	T	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=78;PP=2133;SC=CTCAAGTTCCCAAGCAGGGAA;SOR=2.415;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=24;TCR=78;TR=102;WE=174870158;WS=174870140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	174870196	rs5326	C	T	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=46;PP=1180;SC=TCCTCCCCACCAGGCAGCACT;SOR=4.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=174870204;WS=174870186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	174935916	rs2662168	A	G	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=21;PP=1674;SC=GGGATTACAGACGTAAGCCAC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=174935924;WS=174935906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	174937193	rs2662170	C	T	9059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=0.395;SC=GAAGTGGAGACGCACCCCTCA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=326;TCF=182;TCR=144;TR=324;WE=174937201;WS=174937183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,339:0.99:341
chr5	174939214	rs925197	C	T	7797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=153;PP=2965;SC=GACGAATATGCACTCTTAGTA;SOR=1.063;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=118;TCR=153;TR=271;WE=174939222;WS=174939204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	174949652	rs35822721	C	CT	697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=796;SC=TTTGAAAATGCTTTATTCTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=19;WE=174949660;WS=174949642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	174953743	rs198039	G	A	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=34;NR=80;PP=2559;SC=TGTAAAGCAGGGAGGAAACCT;SOR=1.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=34;TCR=80;TR=114;WE=174953751;WS=174953733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	175307256	rs3822674	T	C	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=113;PP=2965;SC=CCCAAGTAGCTTGAAAAAGGG;SOR=0.986;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=93;TCR=114;TR=206;WE=175307264;WS=175307246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	175307373	rs11747985	G	A	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=515;SC=CTGCCAGGAGGACCACTGTCC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=175307381;WS=175307363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	175511992	rs62389230	C	T	8264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=104;PP=2965;SC=GTTGTTGCCTCGAAGGTATGT;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=171;TCR=105;TR=275;WE=175512000;WS=175511982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr5	175528527	rs116633144	A	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.32;QD=30.37;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	175530166	rs146119027	G	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.69;MQRankSum=-1.911;QD=9.94;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr5	175792605	rs2303667	G	C	5709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=76;PP=2965;SC=TGCTGGCGCTGGGCGGCGCCG;SOR=1.250;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=129;TCR=76;TR=205;WE=175792613;WS=175792595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr5	175793717	rs3815898	C	T	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=65;PP=1694;SC=CACCGCTCTCCGGGGCACAGG;SOR=3.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=9;TCR=65;TR=74;WE=175793725;WS=175793707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	175811094	rs56989856	C	CGT	9252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.157;NF=48;NR=132;PP=2974;ReadPosRankSum=0.168;SC=GGAGTGTGCACGTGTGTGTAA;SOR=0.874;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=223;TCF=56;TCR=167;TR=180;WE=175811107;WS=175811071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,334:0.99:336
chr5	175823607	rs376796902	TAG	T	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr5	175843461	rs33956988	CG	C	1661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=47;PP=1727;SC=ACCCGAGCCGCGGGGGAGCCG;SOR=4.575;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=48;WE=175843469;WS=175843451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	175913342	rs146087965	G	A	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=67;PP=2965;SC=TTGCCACTCCGTTTTCCTTCT;SOR=1.237;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=118;TCR=67;TR=185;WE=175913350;WS=175913332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	175915835	rs2963667	C	T	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=23;PP=1335;SC=AGGAACTGTACTTTAGAGGAA;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=75;WE=175915843;WS=175915825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	175916083	rs10054778	T	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=15;PP=499;SC=GGAGCTGAAATTTAGGCCAAA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=175916091;WS=175916073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	175927262	rs377249587	CAG	C	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-2.347;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,21:0.22:94
chr5	175933691	rs113700453	TGTGTGTGC	T	967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=1;PP=1677;SC=ACTTCAGAGTTGTGTGTGCGT;SOR=4.892;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=20;WE=175933706;WS=175933681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	175956177	rs2241584	G	A	9905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=190;NR=160;PP=2965;SC=TTGGTCCGCTGGAGCCAGAAC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=190;TCR=160;TR=350;WE=175956185;WS=175956167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr5	175956271	rs890835	A	C	8377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=158;PP=2965;SC=ACCCAGGAGCAGACCTGGGCA;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=138;TCR=158;TR=296;WE=175956279;WS=175956261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr5	175957241	rs61430626	A	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	175959334	rs73341026	C	T	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=13;PP=1196;SC=GGCCCCCATGCCCCAGCACCA;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=175959342;WS=175959324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	175992258	rs6556275	A	G	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.01;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	175992266	rs11749894	C	G	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.54;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	175994173	rs11392917	C	CT	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=14;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.878;NF=0;NR=25;PP=252;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GTGCACAGGACTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=2;TCR=72;TR=25;WE=175994181;WS=175994163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr5	175995935	rs10056130	C	T	12058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=239;NR=179;PP=2965;SC=GGCTCACCACCGGCCCCTTCT;SOR=1.020;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=420;TCF=240;TCR=180;TR=418;WE=175995943;WS=175995925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr5	176001975	rs1078450	T	C	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=455;SC=CTGGTGCCAGTGGCGTGACTG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=176001983;WS=176001965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	176002144	rs4242200	A	C	9027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=149;PP=2965;SC=ATGGCTCCATAGTCCTCAATG;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=175;TCR=149;TR=324;WE=176002152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr5	176002873	rs3762969	C	T	6467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.97;NF=126;NR=105;PP=2965;SC=CTGTCAGAACCCTGCTCTCTA;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=126;TCR=105;TR=231;WE=176002881;WS=176002863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr5	176002926	rs3762968	C	A	8279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=124;PP=2965;SC=TGGCTCTCTGCCCTCTGCCCT;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=172;TCR=124;TR=296;WE=176002948;WS=176002916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr5	176004312	rs11749537	A	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=2;PP=727;SC=CGGGCGGGGCATCCAGAGATA;SOR=4.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=35;WE=176004320;WS=176004302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	176004476	rs11134982	T	C	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=92;PP=2965;SC=GAGCGGGCAGTGGGCTCAGCC;SOR=0.781;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=111;TCR=92;TR=202;WE=176004484;WS=176004466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	176004846	rs1565149	C	T	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=72;PP=2210;SC=AGCAAGCGGGCGTGCATGTGT;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=102;WE=176004854;WS=176004836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	176004866	rs35146200	A	AGT	2424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.951;NF=3;NR=42;PP=2044;ReadPosRankSum=-1.253;SC=TGAGTGTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.692;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=6;TCR=64;TR=45;WE=176004874;WS=176004856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,73:0.88:83
chr5	176005175	rs1565150	A	C	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	176005184	rs1565151	G	A	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=51;PP=1876;SC=AATAGCTGGGGAAGACCGAAG;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=103;WE=176005192;WS=176005182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	176005391	.	G	A	7741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=119;PP=2965;SC=AGTGGATCCCGTCTCAGGGAC;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=153;TCR=119;TR=272;WE=176005399;WS=176005381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr5	176005477	rs2358747	C	T	8252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=147;PP=2965;SC=AGGCCACAGACGGCGGGAACC;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=144;TCR=147;TR=290;WE=176005485;WS=176005467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr5	176008238	rs4867840	G	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=5;PP=1039;SC=CAGGCCTGATGACTGCCTGCG;SOR=3.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=176008246;WS=176008228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	176011264	rs752139	T	C	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=86;PP=2470;SC=GATCCAGGTATGTGCTCCCTG;SOR=1.074;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=152;WE=176011272;WS=176011254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	176012067	rs11745507	C	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=27;PP=728;SC=TTAGGGGCCGCGGGAAGGAGC;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=176012075;WS=176012057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	176017455	rs2291442	C	T	4499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=86;PP=2790;SC=GACTCGCTGACGCAGCTGCTG;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=68;TCR=86;TR=154;WE=176017463;WS=176017445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	176018545	rs11134984	G	A	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=76;PP=2041;SC=AGTGACGGTGGTGGTGGTGAT;SOR=2.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=22;TCR=76;TR=98;WE=176018553;WS=176018535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	176024880	rs4868663	C	T	6258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=131;NR=66;PP=2965;SC=CCCCTGCTTCCCCTGGTGCTG;SOR=1.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=131;TCR=66;TR=197;WE=176024888;WS=176024870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	176025938	rs6556276	T	C	8516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=167;NR=142;PP=2965;SC=TCCAAGGGCATGGGATCTGCC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=167;TCR=142;TR=309;WE=176025946;WS=176025928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr5	176026119	.	TCTCAAAGACCCAGGATCCTCCTTC	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=62.69;NF=23;NR=43;PP=2965;QD=20;SC=GATCCACCTTTCTCAAAGACC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=66;WE=176026154;WS=176026109;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,66:0.89:74
chr5	176026121	.	TCAAAGACCCAGGA	T	6271.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.00;QD=45.12;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	176026135	.	TCCTCCTTCCTC	T	6267.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.03;QD=44.14;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	176026146	.	C	T	2050	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=62.81;NF=52;NR=45;PP=2050;QD=21.4924867273;SC=CCTCCTTCCTCGGTGACACTG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=97;WE=176026154;WS=176026109;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,97:0.95:102
chr5	176053336	rs5873543	GGT	G	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=368;SC=TTGTGTGCCTGGTGTGTGTGT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=9;WE=176053345;WS=176053326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	176056529	rs4868669	A	G	6887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=139;NR=113;PP=2965;SC=CCCGCCCCTTACCCACCGACG;SOR=0.808;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=258;TCF=145;TCR=113;TR=252;WE=176056544;WS=176056519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	176069831	rs901740	G	A	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=57;PP=1506;SC=TCTACCCCCAGTGCACCATGG;SOR=1.791;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=86;WE=176069839;WS=176069821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	176070004	rs13176195	G	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=649;SC=CCCTCCTGGAGCAGGGGATGG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=176070012;WS=176069994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	176081591	rs13182989	C	T	13496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=261;NR=200;PP=2965;SC=CCAGCGCCTGCCTCTCAGGTA;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=462;TCF=261;TCR=201;TR=461;WE=176081599;WS=176081581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr5	176081856	rs13183320	A	G	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=94;PP=2965;SC=GGCTCCTGGGATGGGCCTGGC;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=123;TCR=94;TR=217;WE=176081864;WS=176081846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr5	176081907	rs11267007	C	T	10167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=191;NR=174;PP=2965;SC=GGTCTTGCTGCGGAGCCCGAG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=365;TCF=191;TCR=174;TR=365;WE=176081915;WS=176081897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr5	176083175	rs6878977	T	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=55;PP=1561;SC=GGGTACTGGGTTGGGTATGAG;SOR=1.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=176083183;WS=176083165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	176304399	rs2304517	A	G	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=38;PP=1966;SC=GGAAAGAGCTATGCCTAAGCC;SOR=0.768;Source=Platypus;TCR=38;TR=79;WE=176304407;WS=176304389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	176305466	rs2304516	T	A	15750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=258;NR=297;PP=2965;SC=CCTCTCTGCATCCCCATCAGG;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=556;TCF=258;TCR=298;TR=555;WE=176305474;WS=176305456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,577:1.00:577
chr5	176305678	rs478253	C	T	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=48;PP=1389;SC=GTGACGTGCTCCCACTACCAA;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=176305686;WS=176305668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	176306676	rs2292257	G	A	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=25;PP=1294;SC=AGGAGGTGTCGGCTGGGGCCA;SOR=1.276;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=69;WE=176306684;WS=176306666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	176323298	rs691141	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=17;PP=443;SC=GAAGCTGGGAGCAGAATTCAG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=176323306;WS=176323288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	176333126	rs2292256	C	T	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=54;PP=1983;SC=CTTTTGCTTCCGTGCTCTAGG;SOR=0.936;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=99;WE=176333134;WS=176333116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	176334195	rs2292255	C	T	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=59;PP=2388;SC=CAGAGAAAAACAGATGAAAAG;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=141;WE=176334203;WS=176334185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	176378574	rs365132	G	T	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=90;PP=2665;SC=AACTTAGCTGGGTCTCTGTAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=45;TCR=90;TR=135;WE=176378582;WS=176378564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	176402401	rs1700490	G	A	6744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=74;PP=2965;SC=ACATACGTGCGATTTTTCTTT;SOR=1.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=155;TCR=74;TR=229;WE=176402409;WS=176402391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	176471286	rs11448853	A	AG	851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=7;PP=621;SC=TTAATGTGTGAGGGGGGCCAT;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=18;WE=176471294;WS=176471276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	176471591	rs149307	C	T	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=840;SC=CAGGGCACTACTGCCAGGGGC;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=176471599;WS=176471581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	176477633	.	A	AT	3701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=16;PP=2936;SC=AGCCCTTTCTATTCAGCATAC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=78;WE=176477641;WS=176477623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	176516953	rs434434	A	G	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=32;PP=1249;SC=TGAGCTCCTTACCTGGGTGTG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=176516961;WS=176516943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	176517136	rs59390048	C	CGTGT,CGT	992.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14,14;NR=8,8;PP=87,615;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TGTGTGTATGCGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=22,22;WE=176517144;WS=176517126;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:23
chr5	176517170	rs387598	G	A	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=20;PP=1606;SC=GGCCACTGTCGTGTGCACTAA;SOR=1.533;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=82;WE=176517178;WS=176517160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	176517292	rs442856	A	G	6269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=112;PP=2965;SC=CATGCGTTGCAAAGTGCTTGT;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=110;TCR=112;TR=222;WE=176517300;WS=176517282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr5	176517326	rs422421	T	C	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=109;PP=2965;SC=GGTGTGTTCTTTGTACACAGG;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=105;TCR=110;TR=214;WE=176517334;WS=176517316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	176517797	rs376618	C	T	23493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=862;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=407;NR=421;PP=2965;SC=CATAGGGACCCCTCGAATAGG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=829;TCF=407;TCR=422;TR=828;WE=176517805;WS=176517787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,861:1.00:861
chr5	176518784	rs452885	C	T	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=79;PP=2756;SC=GCAGCATCCGCTATAACTACC;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=149;WE=176518792;WS=176518774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	176519287	rs393923	G	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=1078;SC=TATGGGTGCCGGTGGTCAGGG;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=176519295;WS=176519277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	176523562	rs31777	C	A	7034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=149;NR=101;PP=2965;SC=CCCCGGTCGTCGGGAGGGCGC;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=149;TCR=101;TR=250;WE=176523570;WS=176523552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	176630984	rs7721671	T	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=528;SC=GTATGATCTATTCTAGGTTGT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=176630992;WS=176630974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	176639217	rs35159794	T	TA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr5	176639304	rs6556305	C	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=703;SC=TATAAACTAGCGGGGAAGAAT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=29;WE=176639312;WS=176639294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	176700885	rs12660023	G	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=45;PP=1243;SC=AGCATAGTTCGTTTTAGGTAG;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=176700893;WS=176700875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	176721198	rs28580074	T	C	6863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=116;PP=2965;SC=TCAGAGGCCATTGCTACCTGA;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=135;TCR=116;TR=251;WE=176721206;WS=176721188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	176729736	.	ACC	A,AC	5396.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=22.297;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.542;QD=24.76;ReadPosRankSum=2.576;SOR=1.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,69,142:0.32,0.65:218
chr5	176731452	rs28362590	G	T	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=592;SC=TGGCGGGAGTGGGAATTTGCC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=176731460;WS=176731442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	176733116	rs4631	A	G	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=114;NR=100;PP=2965;SC=GTCTTGCCCGATTCAAAAGCA;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=114;TCR=100;TR=214;WE=176733124;WS=176733106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr5	176733616	rs9834	T	C	6350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=114;PP=2965;SC=AGGCTTAGCCTCTCTGCCCTC;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=112;TCR=114;TR=226;WE=176733624;WS=176733606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr5	176737720	rs13190036	A	G	5496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=103;PP=2965;SC=AGAGAGGATGAGGTGAAGGGG;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=195;WE=176737728;WS=176737710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	176830627	rs17876032	G	A	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=27;PP=851;SC=GCCTGCGGGGGGGGTAGGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=176830635;WS=176830617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr5	176831826	rs17876030	C	G	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=24;PP=1347;SC=TCGCAGAAGGCTCCGGTGTAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=176831834;WS=176831816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	176831980	rs17876029	T	C	6256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=132;NR=100;PP=2965;SC=CTCTCCTTCCTGGCACACCAC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=132;TCR=100;TR=232;WE=176831988;WS=176831970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr5	176836532	rs1801020	A	G	8525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.952;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.884;SC=CCCTCATGGCATCCGTCCGTT;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=125;TCR=174;TR=298;WE=176836540;WS=176836522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr5	176858839	rs368310971	C	T	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=17;PP=1035;SC=CAGCTGTGCCCACCTGAGGGT;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=176858847;WS=176858829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	176882583	rs189624789	A	C	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;SC=CAGGGCTTCCATCCGCAGCCT;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=42;WE=176882591;WS=176882573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	176885178	rs28538572	A	G	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=60;PP=2635;SC=GCAGCCAGGGACTCCCCTTCC;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=130;WE=176885186;WS=176885168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	176895817	rs446104	GC	AA	13589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=164;NR=107;PP=2947;SC=GGTGGAGAAGGCGGCGAGGGA;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=171;TCR=111;TR=271;WE=176895826;WS=176895807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr5	176915143	rs2306764	C	T	8080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.881;SC=CAGAAGATGGCGCCCTTCTCC;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=144;TCR=137;TR=279;WE=176915151;WS=176915133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr5	176929974	rs2544814	G	A	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=2;PP=130;SC=TGAGCTGGAAGGAGGTGGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=176929982;WS=176929964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	176930135	rs28376231	G	A	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=48;PP=2878;SC=GCTTGCGTGCGTGGCTGGCTC;SOR=1.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=99;TCR=48;TR=147;WE=176930143;WS=176930125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	176931706	rs179810	G	C	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=70;PP=2676;SC=AGGGTCCAGGGTGTCAGCCCC;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=140;WE=176931714;WS=176931696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	176935215	rs55761704	GC	G	852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=767;SC=CAGCCCAATCGCCCCCCTGCT;SOR=2.833;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=25;WE=176935223;WS=176935205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	176936646	rs41275297	C	T	6595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	176936650	rs28565502	T	C	6619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.13;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	176938681	rs28695578	C	T	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=14;PP=1785;SC=CCTGGCCCATCCCAGGCCAGC;SOR=2.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=64;TCR=14;TR=77;WE=176938689;WS=176938671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	176939688	rs28544348	C	T	7981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=147;NR=128;PP=2965;SC=CACCATGGGACAGGGGAGTGG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=276;TCF=147;TCR=129;TR=275;WE=176939696;WS=176939678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr5	176939735	rs335436	A	G	8839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=144;PP=2965;SC=TAGGTAAAGCACTGCTACTGC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=170;TCR=144;TR=314;WE=176939743;WS=176939725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr5	176940871	rs335439	G	C	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=113;PP=2965;SC=GAGAGACCCTGAGGTTGGGGC;SOR=1.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=85;TCR=114;TR=198;WE=176940879;WS=176940850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	176950794	rs28723606	A	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=5;PP=972;SC=GTGGGTTTTCAGCAGGCAGGC;SOR=3.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=47;WE=176950802;WS=176950784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	176950879	rs28688891	T	C	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=66;PP=2965;SC=TTTCTGAGGCTTGAGGCACAA;SOR=1.408;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=129;TCR=66;TR=195;WE=176950887;WS=176950869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	176951276	rs337382	A	G	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=101;PP=2965;SC=GCTGGGCCTGAGGGCTGCACA;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=119;TCR=101;TR=217;WE=176951284;WS=176951266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr5	176959296	rs2246566	T	G	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=38;PP=1610;SC=GCTGTGAGGATCAAGCGAGCA;SOR=0.980;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=68;WE=176959304;WS=176959286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	176963349	rs335460	G	A	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=44;PP=1882;SC=CCTTCATGCAGCACACTTACC;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=109;WE=176963357;WS=176963339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	176981490	.	A	ACGCCG	875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=41.70;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	177019688	rs4607363	G	C	6699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.136;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=1.093;SC=TGAGCCAACCGCCCCCCTCCT;SOR=0.457;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=293;TCF=150;TCR=143;TR=282;WE=177019696;WS=177019675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,270:0.96:282
chr5	177031602	rs28499092	C	G	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=63;PP=1908;SC=GCTTCTCAGGCCCTGTGAGAG;SOR=2.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=81;WE=177031610;WS=177031592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	177031954	rs28742937	A	G	5638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=26;PP=2437;SC=GTCTGGCGTTATCCTAAAATC;SOR=2.019;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=91;TCR=26;TR=115;WE=177031975;WS=177031944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	177031967	rs28698736	T	C	5968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=30;PP=2558;SC=CTAAAATCCCTGCCCTTACCA;SOR=1.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=102;TCR=30;TR=132;WE=177031975;WS=177031944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
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chr5	177036043	rs6600953	A	G	5722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=122;PP=2965;SC=CATTGGGGACAGATAGGTGGT;SOR=1.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=71;TCR=122;TR=193;WE=177036051;WS=177036033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	177053334	rs5013573	T	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=5;PP=1434;SC=CCTCGGCCTCTGAAAATGCTG;SOR=3.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=56;WE=177053342;WS=177053324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	177054672	rs7728458	T	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=39;PP=894;SC=TTTTTTGAGATGGAGTCTCGC;SOR=5.235;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=42;WE=177054680;WS=177054662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	177058525	rs62398479	A	G	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.430;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.19;MQRankSum=-0.144;QD=28.68;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr5	177058655	rs6876792	A	G	8101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=160;PP=2965;SC=GGCATGTCACAGTTCTGTACA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=156;TCR=160;TR=316;WE=177058663;WS=177058645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr5	177099274	.	C	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.12;MQRankSum=-4.238;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.705;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr5	177161891	rs140979906	A	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=15.038;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.51;MQRankSum=-4.526;QD=29.00;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,43:0.91:47
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chr5	177166053	rs4079422	G	A	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=47;PP=2783;SC=AGGCAAGAACGTGTCACCTTT;SOR=1.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=90;TCR=47;TR=137;WE=177166061;WS=177166043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	177180012	rs199881665	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.03;QD=31.64;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	177180236	rs76556918	G	A	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=79;PP=2161;SC=ACTAAGCTGCGTTTACTGCCA;SOR=4.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=7;TCR=79;TR=86;WE=177180244;WS=177180226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	177309472	rs199793923	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.17;MQRankSum=1.048;QD=9.02;ReadPosRankSum=-2.585;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr5	177310717	rs139876295	A	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.55;QD=27.77;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	177344152	rs76284623	G	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.91;QD=29.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	177347955	rs372116601	TA	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=38.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	177347960	.	A	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	177348037	.	C	CTTTG	1424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.40;QD=47.49;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	177348098	rs4958970	G	A	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.20;QD=43.32;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	177348106	rs4958971	A	C	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.64;QD=44.44;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	177348150	rs4958972	C	T	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.27;QD=44.20;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	177348155	rs4958973	A	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.27;QD=44.20;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	177422876	rs7445271	T	C	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=44;PP=2612;SC=AGGCAACAGGTTGCTGCCGAC;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=87;TCR=44;TR=131;WE=177422884;WS=177422866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	177422908	rs1135320	A	G	5362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=68;PP=2965;SC=TTGGCTTCTCAGCCTGGCGCC;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=121;TCR=68;TR=189;WE=177422916;WS=177422898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	177482472	rs3088218	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=365;SC=GGACCAGCACTGGCACCGGCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=177482480;WS=177482464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	177482694	rs11953084	T	C	2164.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=9.911;NF=50;NR=35;PP=1295;ReadPosRankSum=1.504;SC=GTGAGACCAATGAAATCGCCA;SOR=0.533;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=85;WE=177482702;WS=177482684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,93:0.94:99
chr5	177483029	.	T	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-11.681;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,15:0.09:175
chr5	177483035	.	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-11.262;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.217;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,15:0.08:180
chr5	177483118	rs11953798	T	C	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=62;PP=1565;SC=AGCAGGCAAGTGCCCTGAAGA;SOR=1.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=177483126;WS=177483108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	177483154	rs9687038	T	A	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=39;PP=1070;SC=GAAGGAGGAGTTCATCAAGAC;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=177483162;WS=177483144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	177483184	rs11953029	A	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=648;SC=GGAGGAAGAGACCAAGAAATA;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=30;WE=177483192;WS=177483174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	177483267	.	T	TA	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=49;QD=18.3333333333;SC=AAACAAGCCTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=177483275;WS=177483257;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	177547247	rs7719667	T	C	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=118;NR=94;PP=2965;SC=CCATGCAAAGTCTGGCGTCCC;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=119;TCR=95;TR=212;WE=177547255;WS=177547237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr5	177548085	rs7712666	C	A	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=16;PP=1088;SC=GGATGCATCTCTTCCCCTTGA;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=177548093;WS=177548075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	177562183	rs72536798	C	CTG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=308;SC=GGGTCTCACTCTTGCTCAGGC;SOR=2.049;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=177562191;WS=177562173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	177562251	rs10060446	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=9;PP=391;SC=GGCTCAAGCAGTCCTCCGTCC;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=177562259;WS=177562241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	177565520	rs10657977	T	TTGTG	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.62;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr5	177613123	rs10479619	T	C	16366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=262;NR=320;PP=2965;SC=CCTCATGCTATTTCCCTCTAG;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=582;TCF=262;TCR=320;TR=582;WE=177613131;WS=177613113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,596:1.00:596
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chr5	177613836	rs2961664	C	T	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=114;PP=2965;SC=CATCAATGTTCTGGTCAGGAA;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=100;TCR=114;TR=214;WE=177613844;WS=177613826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr5	177614090	rs2913782	G	C	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	177614094	rs2961665	C	G	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.79;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr5	177614183	rs2913783	T	C	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=105;NR=86;PP=2965;SC=AAGCCGTAGCTCGCCGCATCG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=105;TCR=87;TR=191;WE=177614195;WS=177614173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr5	177614387	rs6886332	A	G	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=30;PP=910;SC=TTCCCCGAGCACAGGTGCCTA;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=177614395;WS=177614377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	177631783	rs17080447	G	A	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=4;PP=86;SC=CGGGAGCCGCGCCGGCCTGAC;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=177631791;WS=177631773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	177633116	rs3812089	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=29;PP=859;SC=CATGTGATTTAAGTGCTTTGG;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=177633124;WS=177633106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	177634231	rs199803568	G	A	6452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=1.440;SC=AGCAAGGTAAGGTGTTCCCAG;SOR=0.254;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=115;TCR=117;TR=232;WE=177634239;WS=177634221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr5	177634401	rs7705458	T	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=511;SC=GAAAGACTTCTCAGGCTGGGA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=177634409;WS=177634391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	177636990	rs111881090	CT	C	2158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=6;PP=2154;SC=GCCCAGGGCCCTTATACACCA;SOR=4.103;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=53;WE=177636998;WS=177636980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	177637447	rs2913751	G	A	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=38;PP=1988;SC=GAGGAAGGCAGTCTCTGCTGT;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=100;WE=177637455;WS=177637437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	177642177	rs2913748	C	T	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=52;PP=2199;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CTCTTGAGAGCGGACATAACC;SOR=0.451;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=86;TCR=52;TR=137;WE=177642185;WS=177642167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr5	177649986	rs3749813	G	A	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=104;PP=2965;SC=TGCAGTGACCGGCTTAGCGTG;SOR=1.477;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=61;TCR=104;TR=165;WE=177649994;WS=177649976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	177658883	rs2973729	C	A	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=786;SC=ATGGGATGGGCCAGGGCACCA;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=177658904;WS=177658873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	177658896	rs3749810	A	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=809;SC=GGGCACCAACATTAGGTGCCT;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=177658904;WS=177658873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	177668882	rs2241581	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=3;PP=707;SC=ACCGCGATGATGGCAGTAGCA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=177668890;WS=177668872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	177668965	rs2241580	C	T	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=95;NR=52;PP=2367;SC=AGCTGAGTTCCGAGGACAGGG;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=95;TCR=52;TR=147;WE=177668973;WS=177668955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	177669413	rs2241579	T	G	11039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=210;NR=183;PP=2965;SC=AAGGATTAGATGCTAAACCCG;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=395;TCF=211;TCR=184;TR=393;WE=177669421;WS=177669403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr5	177673153	rs35716676	AGTGCAGGGACCCAGTGAG	A	854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=2930;SC=GGCCCTGCGAAGTGCAGGGAC;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=177673178;WS=177673149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	177674431	rs3812092	G	A	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=71;PP=2965;SC=GGGCCAGGGCGGAGCGTCAGG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=92;TCR=71;TR=163;WE=177674439;WS=177674421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	177674995	rs11746830	C	T	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=57;PP=1799;SC=TATAGTGAGCCGAGGTTGTGC;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=86;WE=177675003;WS=177674985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	177676986	rs5873601	GCA	G	1818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.6358;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=830;ReadPosRankSum=1.015;SC=ACATGCACACGCACACACACA;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=19;WE=177676998;WS=177676976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr5	177676990	rs201105159	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.6358;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=724;ReadPosRankSum=0.782;SC=GCACACGCACACACACACACA;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=32;WE=177676998;WS=177676976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,43:0.91:47
chr5	177715291	rs890801	G	A	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=28.22;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	177715302	rs5873603	CA	C	4447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=60;PP=2661;SC=GTGAAGAGAGCAAAAAAATAA;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=97;WE=177715310;WS=177715281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	177715477	rs2913833	G	T	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TTCCTCTGCAGCGGGAGGACT;SOR=0.498;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=63;WE=177715485;WS=177715467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr5	177715581	rs2913832	T	C	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=19;PP=1073;SC=TCATCGGGGCTCCGGGCACAG;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=177715589;WS=177715571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	178035585	rs501721	G	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=549;SC=CCAAATTCAGGGTTTATAGTT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=178035593;WS=178035575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	178040919	rs560842	G	A	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=45;PP=1202;SC=CTAAAGCATAGTCTTAATTAC;SOR=4.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=49;WE=178040927;WS=178040909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	178047536	rs72529437	GGACAGGGTA	G	4129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=29;PP=2974;SC=CACAGGCTATGGACAGGGTAG;SOR=1.240;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=46;WE=178047552;WS=178047526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	178293873	rs11948690	C	G	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=21;PP=1271;SC=ATACATGCAACATTCCTTCTG;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=178293881;WS=178293863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	178293937	rs11955047	G	A	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	178293943	rs11952790	T	C	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	178294059	rs11952817	TG	CA	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=1149;SC=ACAGTTCTGGTGTCTCCTCTC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=178294068;WS=178294049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	178310446	rs4130052	C	T	9155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=165;NR=166;PP=2965;SC=ACAATCCAGGCAGGAAGGCAT;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=165;TCR=167;TR=331;WE=178310454;WS=178310436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr5	178358857	rs61744382	C	T	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=76;PP=2693;SC=GAACTCACACCGGAGAGAAAC;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=155;WE=178358865;WS=178358847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	178359822	rs12187167	G	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=185;SC=AGTACAATATGTCATATCAGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=178359830;WS=178359812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	178368465	rs111995800	C	CCAAA	15857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=120;PP=2918;SC=AGATTTGATCCCAGAGAGGGA;SOR=0.757;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=172;TCF=36;TCR=136;TR=154;WE=178368473;WS=178368455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr5	178369673	rs10060764	T	C	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=22;PP=1524;SC=TTGACCCAGTTCTCTCCTAAT;SOR=1.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=77;WE=178369681;WS=178369663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	178373722	rs77877032	T	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=5;PP=1141;SC=GAACATGGGATAAGATTGTGT;SOR=3.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=40;WE=178373730;WS=178373712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	178391902	rs12719860	A	C	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=82;PP=2965;SC=CTTCACAGTGATCAAAGTCAG;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=88;TCR=82;TR=169;WE=178391910;WS=178391892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	178395850	rs11741688	G	C	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=61;PP=2084;SC=GGACCAAGGCGTGCAGCCACT;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=178395858;WS=178395840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	178396742	rs4700759	G	C	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=56;PP=1653;SC=ACCTCGGAGCGTTCCGAGACC;SOR=4.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=61;WE=178396750;WS=178396732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	178401552	rs4700991	C	T	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=6;PP=1223;SC=ATCTCCTGACCTCGTGATCCA;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=51;WE=178401560;WS=178401542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	178407292	rs2856351	C	T	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=68;PP=2965;SC=GGACATAAAACTCCATAACTT;SOR=1.289;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=130;TCR=68;TR=197;WE=178407300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	178409927	rs17078874	G	A	3749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=40;PP=2435;SC=AGCTGACTGGGCAGTGCCAAA;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=86;TCR=40;TR=126;WE=178409935;WS=178409917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	178410151	rs2071247	C	T	23413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=844;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=457;NR=362;PP=2965;SC=CGGGGTCCACCGTCCGCTGTT;SOR=0.940;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=820;TCF=458;TCR=362;TR=819;WE=178410159;WS=178410141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,839:1.00:839
chr5	178410738	rs903988	C	T	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=90;PP=2965;SC=CCGAGGAGTACTGGAGTCTGT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=103;TCR=90;TR=193;WE=178410746;WS=178410728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	178411315	rs2645341	C	T	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=52;PP=2268;SC=GAACGGACTCCTGCAAAATAA;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=71;TCR=52;TR=123;WE=178411323;WS=178411305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	178411438	rs79995611	C	A	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=922;SC=TGCCATTTTGCAGCCCGTCAT;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=178411446;WS=178411428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	178412761	rs113413668	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=30;PP=1341;SC=CTCTAAAAACGGCATTTATCT;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=178412769;WS=178412751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	178413163	rs62638623	G	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	178414565	rs2645340	C	T	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=38;PP=1053;SC=GTCACACATGCGCAAATACCG;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=178414573;WS=178414555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	178415982	rs4701014	A	G	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=20;PP=1728;SC=TCCGCCCATCAGTGGGTTCCA;SOR=2.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=66;TCR=20;TR=86;WE=178415990;WS=178415972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	178416288	rs2071246	G	A	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=48;NR=19;PP=1067;SC=GGGTGGAATCGTCTGACTGGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=178416296;WS=178416278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	178419279	rs11283410	G	GGGCAAGGTCT	3504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TGGAAGCTGTGGTGTTTTGCG;SOR=1.222;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=59;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr5	178419288	rs2645335	C	T	5757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=44;PP=1969;SC=TGGTGTTTTGCGAGTGGGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=109;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	178419396	rs11449973	A	AC	7143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=89;PP=2969;SC=CTGAACAAGGACCCCCAGCAG;SOR=0.833;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=126;TCF=30;TCR=96;TR=113;WE=178419404;WS=178419386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr5	178455198	rs10464075	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=23;PP=709;SC=AGGAGGCTGCGCTCAAGGGTC;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=178455206;WS=178455188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	178504199	rs57002947	G	A	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	178504199	.	GGT	AGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=42;NR=47;PP=2947;QD=20;SC=GGGCACAAGGGGTTCTTTATA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=89;WE=178504209;WS=178504189;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr5	178504201	rs60369225	T	G	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	178507048	rs116562180	C	G	6093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=117;PP=2965;SC=CAGCTCCTCACTTACCCAGTA;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=91;TCR=117;TR=208;WE=178507056;WS=178507038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr5	178507069	rs1445846	T	C	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=91;PP=2953;SC=TCAGAGATTTTTTAAAGGAGA;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=56;TCR=92;TR=147;WE=178507077;WS=178507059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	178507090	rs1445845	G	A	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=69;PP=2118;SC=TAAAGCCTATGAGGTTTAGTT;SOR=1.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=101;WE=178507098;WS=178507080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	178559411	rs3822594	C	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=41;PP=1324;SC=GCAGCTCCTCCGGAGGCTCTC;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=68;WE=178559419;WS=178559401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	178564971	rs9286045	C	T	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=43;PP=1801;SC=AAGGCCTTGCCGCTCCGTGCC;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=105;WE=178564979;WS=178564961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	178565052	rs9286046	C	T	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=1043;ReadPosRankSum=1.495;SC=CTCAGGTGTCCGGGGGGCAGC;SOR=1.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=59;WE=178565060;WS=178565042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr5	178579119	rs2303637	C	G	5459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=65;PP=2965;SC=TGCTGCCCTCCAAGAGCCCTT;SOR=1.427;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=136;TCR=66;TR=201;WE=178579127;WS=178579109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr5	178579394	rs11746123	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=566;SC=TGGTGGGTGTTGTGATTCTGG;SOR=4.091;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=178579402;WS=178579384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	178581977	rs4700784	G	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=53;PP=1675;SC=GGGAAGGTGAGGCCTGGCCTA;SOR=2.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=178581985;WS=178581967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	178634619	rs423552	C	T	11858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=202;NR=217;PP=2965;SC=AGTCATCGTCCGCAGCATGCC;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=419;TCF=202;TCR=217;TR=419;WE=178634627;WS=178634609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr5	178768312	rs33897	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	178772259	.	GGCA	G	77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=15;MQ=60.67;NF=0;NR=5;PP=77;QD=17.2;SC=GAGCGGCGGCGGCAGCAGCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=5;WE=178772269;WS=178772249;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr5	178772465	.	GGC	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr5	178949465	rs28646142	G	A	449.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.70;MQRankSum=-1.661;QD=28.12;ReadPosRankSum=0.696;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr5	178949499	rs28689892	C	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=16.532;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.25;MQRankSum=-1.749;QD=30.15;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=7.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr5	178949560	rs28413987	AG	GT	13104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.749;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-1.203;NF=164;NR=110;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AGTGTTATTGAGACAGAGCTG;SOR=0.801;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=286;TCF=169;TCR=117;TR=274;WE=178949569;WS=178949550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr5	178949781	rs28420183	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=8.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=74.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.886;NF=9;NR=40;PP=994;ReadPosRankSum=-4.332;SC=TTCCACATCAACCAGAGGCGC;SOR=5.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=49;WE=178949789;WS=178949771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,39:0.26:148
chr5	178950207	rs142217072	A	G	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.39;QD=25.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	178950263	rs34793499	GA	G	140.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.79;QD=23.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	178951351	rs145029017	A	C	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.96;QD=28.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	178951365	rs138816614	C	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.37;QD=32.07;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	178951598	rs4701188	G	A	14760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.573;NF=314;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.012;SC=GGCCACCTGCGAGCACCCTAT;SOR=0.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=560;TCF=315;TCR=245;TR=558;WE=178951606;WS=178951588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,536:1.00:537
chr5	178986978	rs7704349	C	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=36;PP=2249;SC=AGTCTGACCTCCCCACGCTCA;SOR=1.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=112;WE=178986986;WS=178986968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	178989386	rs28611242	A	G	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=139;SC=TAGCCTGGGCAGTAGAGTAAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=178989394;WS=178989376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	178989473	rs28510162	T	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=14;PP=990;SC=TTGGCTTTTGTGGGGAGAGGC;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=178989481;WS=178989463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	178996435	rs11743261	A	G	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.890;SC=AGGTAAAATGAAATTTTGGCT;SOR=0.305;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=117;TCR=104;TR=220;WE=178996443;WS=178996425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr5	179012968	rs13361148	A	G	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=62;PP=2050;SC=GCTGGTAGGAAGGGGACTTGC;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=103;WE=179012976;WS=179012958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	179020396	.	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=211;ReadPosRankSum=-1.689;SC=TTGTATTTTAAGCATTACCTG;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=13;WE=179020404;WS=179020386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr5	179020622	rs4701135	T	C	7112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.148;SC=AAGCGATTAATTTACAGATGT;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=90;TCR=155;TR=244;WE=179020630;WS=179020612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,254:0.99:256
chr5	179025550	rs4701136	A	G	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=1;PP=931;SC=GTGACCCTGGAGGAGAGGGAA;SOR=5.549;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=34;WE=179025558;WS=179025540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	179025789	rs72824522	G	A	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=82;PP=2673;SC=CTCTACTCAGGATGGAGCTGC;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=54;TCR=82;TR=136;WE=179025797;WS=179025779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	179032755	rs6877888	C	T	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=11;PP=1379;SC=TAACAACTCACGTTCTGGGTC;SOR=2.948;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=61;WE=179032763;WS=179032745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	179034368	rs72824531	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=378;SC=GAGGCCAAGAGGTGGAGCACG;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=179034376;WS=179034360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	179034707	rs72824532	C	T	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=700;SC=AGTCGTTGCCCGCTGGATTCC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=179034715;WS=179034697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	179036608	rs8087	T	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=648;SC=TTCCCAAGAGTATCAAAGGAA;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=179036616;WS=179036598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	179043075	rs4515257	T	C	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=63;PP=2965;SC=AGTACAGTAATGAACAGGCTT;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=140;TCR=63;TR=203;WE=179043083;WS=179043065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	179048205	rs4701144	T	C	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=47;PP=2138;SC=TATTGTTTAATGCTTTATTTA;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=114;WE=179048213;WS=179048195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	179049138	rs4301193	C	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=312;SC=ACTGCAAAAACACTTCCCTGG;SOR=5.283;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=179049146;WS=179049128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	179069309	rs6887611	G	C	6569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=77;PP=2965;SC=TGTGGGGTGCGCAGATGAGGG;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=173;TCR=77;TR=250;WE=179069317;WS=179069299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	179071298	rs372470157	T	C	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=22.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	179071724	rs2411400	C	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=73.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.07;MQRankSum=-7.798;QD=9.41;ReadPosRankSum=-3.220;SOR=7.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr5	179071836	rs4990391	C	T	10876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=243;NR=159;PP=2965;SC=GCACTGAGGACGGCTCCCTGG;SOR=1.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=406;TCF=245;TCR=161;TR=402;WE=179071844;WS=179071826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr5	179071947	rs4645306	A	G	9905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=15.545;NF=169;NR=239;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.417;SC=GCTCTGTACCAATAACACTGT;SOR=1.025;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=492;TCF=216;TCR=276;TR=408;WE=179071966;WS=179071937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,427:0.86:498
chr5	179071958	rs7731123	C	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=7.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-14.811;QD=1.25;ReadPosRankSum=4.416;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,74:0.17:434
chr5	179078391	rs57380196	C	T	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=85;PP=2453;SC=GTCCTCCTTCCTACCAGGACC;SOR=4.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=11;TCR=85;TR=96;WE=179078399;WS=179078381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	179078940	rs6882398	T	C	13912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.463;NF=236;NR=278;PP=2965;ReadPosRankSum=0.699;SC=TCAGCTCCTCTCAGCCACCAG;SOR=0.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=515;TCF=237;TCR=278;TR=514;WE=179078948;WS=179078930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,506:1.00:507
chr5	179105523	rs62406695	C	G	5019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=67;PP=2965;SC=GCCAGTCCCGCGCTGGGGCAG;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=116;TCR=67;TR=182;WE=179105531;WS=179105513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	179125398	rs4701195	C	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=479;ReadPosRankSum=0.208;SC=ACTGCGGCGCCGGCTCACACA;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=24;WE=179125406;WS=179125395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr5	179125935	rs4701196	C	A	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=4;PP=182;SC=GGCACAGGGCCGGGCTTCGTG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=179125943;WS=179125925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	179132612	rs7735702	T	A	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=13;PP=2382;SC=AATGAGAGAGTGGTTAGTGAT;SOR=3.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=82;TCR=13;TR=94;WE=179132620;WS=179132602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	179136137	rs72809766	CA	TG	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=65;PP=2947;SC=GGGCCGGGTGCAGTGGCTCAC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=83;WE=179136146;WS=179136127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	179153797	rs7734102	C	T	6856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TTTTACCAAGCTGAAGGTACA;SOR=0.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=101;TCR=130;TR=230;WE=179153805;WS=179153787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,251:1.00:252
chr5	179193598	rs3797776	C	T	10447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=181;PP=2965;SC=GGCAAGGCAGCCCGGGGTCTG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=366;TCF=185;TCR=181;TR=365;WE=179193606;WS=179193588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr5	179201847	rs6895902	G	A	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=123;PP=2965;SC=GAGTGGATGAGTGATTTGGAC;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=105;TCR=123;TR=228;WE=179201855;WS=179201837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr5	179218842	rs55654737	G	A	10317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.97;NF=184;NR=181;PP=2965;SC=TGGTTCTGCCGGCCTTTCTGC;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=184;TCR=181;TR=365;WE=179218850;WS=179218819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr5	179223238	rs2306795	T	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=188;SC=ACCTCCCCGCTGACCGCCGCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=179223246;WS=179223228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	179227154	rs72807339	G	A	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=97;NR=83;PP=2965;SC=GCGCAGGGCAGGGCAGGGCAA;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=97;TCR=83;TR=180;WE=179227162;WS=179227144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	179229226	rs186115526	G	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=31;PP=893;SC=CTCTGAGAAGGCATCTGAAGT;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=179229234;WS=179229216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	179248629	rs181703158	G	A	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=27;PP=835;SC=AAACAAGCGCGGGGGTGCGGG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=179248637;WS=179248619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	179260009	rs2241349	G	A	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=18;PP=1198;ReadPosRankSum=0.227;SC=TTCACGGCTTGCTCTTTCCTC;SOR=1.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=67;WE=179260017;WS=179259999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr5	179260153	rs4935	C	T	4838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=97;PP=2930;SC=GCTGCTCTGACCCCAGCAAGC;SOR=1.224;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=69;TCR=97;TR=165;WE=179260161;WS=179260143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr5	179260213	rs4797	G	A	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=49;PP=1374;SC=AGCAGATGAGGAAGATCGCCT;SOR=3.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=57;WE=179260221;WS=179260203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	179260494	rs155787	G	A	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=6;PP=1278;SC=GTGTGCATGCGTGCTCCCCGA;SOR=3.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=52;WE=179260502;WS=179260484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	179264731	rs10277	T	C	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=102;PP=2965;SC=CAGGACAAATTGCGCCCATTT;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=94;TCR=102;TR=196;WE=179264739;WS=179264721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	179264915	rs1065154	G	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=557;SC=TGCCCTCCATGTGTAAGAACA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=24;WE=179264923;WS=179264905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	179267783	rs248247	G	A	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.96;NF=112;NR=67;PP=2965;SC=GGTAGGAATCGCACACTTCGT;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=112;TCR=67;TR=179;WE=179267791;WS=179267773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	179267949	rs248248	T	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=63;PP=1692;SC=ACGGTGCTCCTGCTCCACTTC;SOR=1.538;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=95;WE=179267957;WS=179267939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	179278466	rs4700702	A	G	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=36;PP=1103;SC=AAAATAGAGTAAAGATATAGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=179278474;WS=179278456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	179280379	rs1650893	T	C	5818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=111;PP=2965;SC=AGGACTCACCTGCAAAAAGGA;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=97;TCR=111;TR=208;WE=179280387;WS=179280369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	179290845	rs30386	T	G	7554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=130;PP=2965;SC=CTGTGGGGCTTTTCCGAGGTG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=134;TCR=130;TR=263;WE=179290853;WS=179290835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	179321657	rs17079780	C	T	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=52;PP=1699;SC=TGCACAGTCCCGGACAGGTCA;SOR=1.009;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=100;WE=179321665;WS=179321647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	179334857	rs185073	A	G	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=96;PP=2897;SC=GGCCCGCGAGACGGAAGCGCC;SOR=1.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=56;TCR=96;TR=152;WE=179334865;WS=179334847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	179405399	rs27019	C	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=491;SC=GTGTTATAAACTGAAAAATGA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=179405407;WS=179405389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	179407229	rs28011	C	T	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=136;PP=2965;SC=AAAACAGATACTAAGTGTAAG;SOR=2.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=39;TCR=136;TR=175;WE=179407237;WS=179407219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	179528351	rs34705746	TGG	T	179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	179528991	.	TCCCACCTCGGCGCGAAGACTCACCTTAGAGCTTTCCATCCCAAGCAGCCCCCAGGC	T	3218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.52;QD=43.50;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	179542290	.	TA	T	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=3.697;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,25:0.24:106
chr5	179545562	rs62405054	C	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=471;SC=AGCCAGCACCCAGGTTCCCTG;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=179545570;WS=179545552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	179554522	rs7728345	C	T	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=6;PP=549;SC=CTCCAGCGCTCGCCCAGAGAA;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=179554530;WS=179554512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	179555407	rs13354066	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=11;PP=601;SC=TGGGCCGGCTTACCAGTTCCA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=179555415;WS=179555397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	179555654	rs6895192	C	T	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=59;PP=1939;SC=ACACTCATCTCTGCATCTCTA;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=103;WE=179555662;WS=179555644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	179563532	rs2890346	G	C	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=105;PP=2550;SC=GCAAGCGAGGGGCACCGCGCT;SOR=1.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=44;TCR=105;TR=149;WE=179563540;WS=179563522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	179565071	rs4700878	G	C	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=48;PP=1454;SC=GCAATGGCAAGGAGCAGTGAG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=179565079;WS=179565061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	179565136	rs4700715	C	A	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=33;PP=995;SC=GCTGCTGGTCCCGGGGCTCCT;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=179565144;WS=179565126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	179663614	rs6601104	C	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=563;SC=TTTCTCGGCTCTGTCCTTTTG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=179663622;WS=179663604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	179667933	rs6895740	C	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=23;PP=1186;SC=AAATGGAGAACTTGCTACCCA;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=179667941;WS=179667923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	179669472	.	CTT	C	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=3;PP=371;SC=CCTAAAATGACTTTCTCTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=179669481;WS=179669462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	179675052	rs55756747	C	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=629;SC=GTTGTTGATACCACACCTCCT;SOR=3.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=27;WE=179675060;WS=179675042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	179686378	rs33928286	G	A	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=90;PP=2965;SC=CCCTTTGACCGTAAGGGATGT;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=112;TCR=90;TR=202;WE=179686386;WS=179686368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	179691951	.	ACTT	A	63	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=63;QD=48.0;SC=AGAATTCAGTACTTCTTATTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=179691961;WS=179691941;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	179707194	rs7715540	G	A	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	179728707	rs4700931	T	C	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=100;PP=2738;ReadPosRankSum=0.041;SC=AAGAGACAGATGTTCACCATG;SOR=0.983;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=87;TCR=100;TR=186;WE=179728715;WS=179728697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,209:0.99:211
chr5	179729519	rs1035411	A	G	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=71;PP=2777;SC=GGGGCAGCTCAATTGTCTTAT;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=158;WE=179729527;WS=179729509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	179734200	rs73343449	A	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=21;PP=980;SC=GGCAGGTGGCATAGTTGTAGC;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=66;WE=179734208;WS=179734190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	179740827	rs2303007	T	C	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=30;PP=1543;SC=GCCACGCCGATCTCCGGCCCT;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=179740835;WS=179740817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	179751390	rs1559113	A	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=15;PP=449;SC=TCCCCTCTGAATATGTGTGGG;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=179751398;WS=179751380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	179763398	rs6891083	T	G	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=5;PP=1509;SC=AGAATCTCCATTCTCCGGCGC;SOR=4.443;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=57;WE=179763406;WS=179763388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	179765467	rs55946431	C	T	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=300;SC=GGTCCCCAGCCACGAGGCGGG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=179765475;WS=179765457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	179780340	rs5873687	GT	G	1549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=680;SC=TCCAGCTCCCGTCCGCTCGGC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=179780348;WS=179780330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	179780382	.	AGGGCGGGGAAG	A	1016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=2967;SC=GCCCTCCGAGAGGGCGGGGAA;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=179780400;WS=179780372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	179996111	rs6877400	C	T	5725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=70;PP=2965;SC=CTAATGTAGCCGGAAAGCCAC;SOR=1.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=118;TCR=71;TR=188;WE=179996119;WS=179996101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr5	180017399	rs450383	T	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=576;SC=CGCGGGGCCATCTCCGCCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=180017407;WS=180017389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	180041001	rs421662	G	C	9783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.37;SOR=2.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	180041008	rs366388	T	C	10399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.77;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr5	180043388	rs1130378	G	A	10750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=176;PP=2965;SC=GGACGTAGTCGGGGTCTTTGT;SOR=0.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=387;TCF=211;TCR=176;TR=387;WE=180043396;WS=180043378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr5	180043731	rs3765095	C	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=17;PP=1474;SC=AGCCAAGAGACCTTGGGAGGT;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=180043739;WS=180043721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	180046839	rs7707285	G	A	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=32;PP=920;SC=GGCGGCGGGGGAGCCCCGTGC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=180046847;WS=180046829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	180047412	rs382266	T	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=47;PP=1487;SC=TCCTGCGGGGTTCTCAGTCAA;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=180047420;WS=180047402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	180047739	rs141972439	C	CGT,CGTGT	3526.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=10.914;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5,5;NR=62,62;PP=316,2543;ReadPosRankSum=0.255;SC=AAGGGGCCGGCGTGTGTGTGT;SOR=2.266;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=8;TCR=96;TR=67,67;WE=180047750;WS=180047729;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.11,0.79:102
chr5	180047793	rs34419336	G	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=43;PP=1068;SC=CCCTTCTGGTGGCCACGACTT;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=180047801;WS=180047783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	180047863	rs423086	C	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=16;PP=671;SC=AGGGGTGCAGCCTGAGGCCAG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=180047871;WS=180047853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	180048986	rs10635355	G	GCCTC	770.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.36;MQRankSum=0.459;NF=0;NR=10;PP=518;ReadPosRankSum=0.091;SC=GTCTCCTCCTGCCTCCCTCCC;SOR=0.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=10;WE=180048994;WS=180048976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr5	180053307	rs402647	A	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=56;PP=1693;SC=AGATCCCACCACAGCCCCAAC;SOR=1.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=84;WE=180053315;WS=180053297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	180056044	rs13359473	G	A	9385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=157;NR=187;PP=2965;SC=CTGACCCGTCGTGGACTGACC;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=157;TCR=187;TR=344;WE=180056052;WS=180056034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr5	180056620	rs414348	G	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=2;PP=882;SC=CATCCTCCACGCGGAGGCCCA;SOR=4.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=180056628;WS=180056610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	180057504	rs12719871	G	A	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=54;PP=2862;ReadPosRankSum=1.984;SC=GGCGGTGTGGGCCCCAGCTGC;SOR=0.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=93;TCR=54;TR=146;WE=180057512;WS=180057494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr5	180165983	rs2054696	G	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=810;SC=TGTTCCCCCCGCCACCAAAAA;SOR=5.058;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=29;WE=180165991;WS=180165973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	180166461	rs10464105	C	G	6409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=97;PP=2965;SC=ACTCGGGCCACAAACATCTTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=105;TCR=97;TR=202;WE=180166469;WS=180166451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	180276402	rs168726	C	T	6734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=98;PP=2965;SC=ATGGGGTGTCCTGCCAGGGTG;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=124;TCR=98;TR=222;WE=180276410;WS=180276392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	180278393	rs705441	C	G	12522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=184;NR=238;PP=2965;SC=TAGATTCAGGCATAGGATCCT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=422;TCF=184;TCR=238;TR=422;WE=180278401;WS=180278383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr5	180288239	rs2121117	G	A	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=38;PP=1141;SC=GGCGCCGCGGGAACCCGGCCG;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=180288247;WS=180288229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	180326571	rs2619738	T	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=37;PP=1106;SC=CCGTGATCGTTGACGGGGACA;SOR=7.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=37;WE=180326579;WS=180326561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	180329359	rs7735361	T	C	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=45;PP=2861;SC=CTCCTCAAGATCGAATGAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=111;TCR=45;TR=155;WE=180329367;WS=180329349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	180329458	rs7712020	C	G	6389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=117;NR=126;PP=2965;SC=GAATGTTTCCCCCTGATGCAC;SOR=0.813;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=250;TCF=117;TCR=133;TR=243;WE=180329466;WS=180329448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	180329517	rs111618652	GT	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-3.175;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,16:0.18:91
chr5	180329536	rs7712185	C	T	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=60;PP=1803;SC=TTTGTTTTTGCTTTTATACTT;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=84;WE=180329544;WS=180329526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	180338300	rs2276994	G	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=7;PP=560;SC=GCTTTGGGATGTGATCTTTGC;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=180338308;WS=180338290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	180338368	rs2276995	A	G	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=29;PP=1663;SC=CATTTCCATCACGGGATATGT;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=90;WE=180338376;WS=180338358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	180374484	rs3733755	C	A	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=34;PP=2048;SC=TCACCAATAACTAAAATGTCT;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=103;WE=180374492;WS=180374474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	180374534	rs3733756	G	A	6114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=83;PP=2965;SC=AGCCTATATCGTGGCACCTGG;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=124;TCR=83;TR=207;WE=180374542;WS=180374524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	180374898	rs7711990	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=243;SC=ATAATTTTCCATGAACACCAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=180374906;WS=180374888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	180430797	rs72494581	T	C	5515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=78;PP=2965;SC=GGAGCCAGCGTCGTGTTTGTA;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=203;WE=180430805;WS=180430787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	180430996	rs114244788	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.76;QD=31.98;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	180431009	rs200820251	A	G	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=34.60;QD=31.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	180432416	rs7726150	C	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=10;PP=1469;SC=GAAAAGCTCCCCAGGAGGTGC;SOR=3.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=62;WE=180432424;WS=180432406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	180472498	rs28677846	C	T	9037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=174;NR=137;PP=2965;SC=AGATGGTGGACCTCTCAGTCT;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=174;TCR=138;TR=311;WE=180472506;WS=180472488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr5	180472513	rs6894087	A	G	9952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=189;NR=169;PP=2965;SC=CAGTCTCCCCAGACTCCTTGA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=189;TCR=169;TR=358;WE=180472521;WS=180472503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr5	180474814	rs13359580	CA	TG	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=381;SC=TAGAGTATCTCACCTTTCTTG;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=180474823;WS=180474804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	180477449	rs7702426	C	G	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=62;PP=1875;SC=TCTATAAAGACACAATGGTAC;SOR=2.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=79;WE=180477457;WS=180477439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	180482795	rs3885614	A	T	5636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=79;PP=2965;SC=ATTTCTCCTCATTCATCATTT;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=124;TCR=79;TR=203;WE=180482803;WS=180482785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	180482899	rs3885615	C	T	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=91;PP=2896;SC=GTGGGGGGTGCGGGACAGGGT;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=160;WE=180482907;WS=180482889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	180486224	rs7379015	T	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=9;PP=727;SC=ACTAACGCTGTGGCTCTGCGC;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=180486232;WS=180486214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	203722	rs80014302	T	G	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=76;PP=2315;SC=ACTCATTGTCTTCCCACTCAA;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=69;TCR=76;TR=143;WE=203730;WS=203712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	292694	rs3832447	GC	G	1215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=1184;ReadPosRankSum=1.725;SC=GGGAGGGGCGGCGCGCCTGGG;SOR=0.531;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=4;TCR=87;TR=34;WE=292702;WS=292684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,39:0.37:105
chr6	312023	rs1342789	C	T	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.897;NF=24;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.967;SC=GGAGTACCTACGACGTTAATG;SOR=0.592;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=48;TCR=129;TR=82;WE=312040;WS=312013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,84:0.45:186
chr6	312029	rs150517961	TAATG	T	3371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.935;NF=3;NR=56;PP=2944;ReadPosRankSum=3.050;SC=CCTACGACGTTAATGAAGGCA;SOR=0.772;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=5;TCR=112;TR=59;WE=312040;WS=312013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,87:0.54:161
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chr6	335251	.	TGT	CGC	2071	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=34;NR=30;PP=2071;QD=33.1948105447;SC=ACTGTGAAGTTGTCAGAGCTC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=80;TCR=72;TR=64;WE=335261;WS=335241;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:88,64:0.42:152
chr6	335253	rs3757306	T	C	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.24;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,76:0.45:169
chr6	335268	rs4959733	C	T	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=784;ReadPosRankSum=0.435;SC=GCTCACGGGACCCTTGCTGAC;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=60;WE=335276;WS=335258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,67:0.42:159
chr6	346429	rs10642379	G	GACACACAC	757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=2.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.686;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,49:0.24:202
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chr6	348080	rs2797333	A	G	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=16;PP=1788;SC=GCCCTCACACATGTGCTTCTC;SOR=2.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=72;TCR=16;TR=88;WE=348088;WS=348070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	348906	rs11242812	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=814;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GCAGTTTTCCGGCACTGGCTC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=44;WE=348914;WS=348896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr6	350829	rs1129085	G	A	3643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=-0.917;NF=93;NR=78;PP=2392;ReadPosRankSum=1.005;SC=CAGCCGCTCCGGGAATTCTGA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=367;TCF=198;TCR=169;TR=171;WE=350837;WS=350819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,177:0.46:385
chr6	350940	rs11408655	T	TA	2853.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.920;NF=4;NR=59;PP=2576;ReadPosRankSum=0.289;SC=AAAAGCAACATAGAGTTTAAG;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=7;TCR=111;TR=63;WE=350948;WS=350930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,91:0.55:166
chr6	367243	rs7776416	T	C	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1008;ReadPosRankSum=-2.021;SC=CTCAACCCTCTTCTTTGTTTT;SOR=0.488;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=133;TCF=94;TCR=39;TR=66;WE=367251;WS=367233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr6	367352	rs7764099	C	T	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=64;PP=1710;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CATGCACATACACACATGTAC;SOR=0.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=364;TCF=201;TCR=163;TR=144;WE=367360;WS=367342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,153:0.41:376
chr6	367481	rs7738368	T	G	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=64;PP=1719;ReadPosRankSum=2.339;SC=TCTGAATGCTTGCATACACAT;SOR=0.489;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=297;TCF=126;TCR=171;TR=117;WE=367489;WS=367471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,125:0.40:314
chr6	391623	rs6935510	C	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=318;SC=CGGCCGGCCCCGGCTCTCGGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=391631;WS=391613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	556147	rs2476844	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=20;PP=509;SC=AGGAGGCGTGCGAAGAGTGGG;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=556155;WS=556137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	564515	rs2277096	G	T	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=31;PP=1237;SC=ACAGAAGTACGCCTTTCTCTG;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=73;WE=564523;WS=564505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	572480	rs2073009	G	A	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=15;PP=1058;SC=AGAAATGCACGGTGACTCAGC;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=572488;WS=572470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	572714	rs12154040	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=374;SC=AGCATATTGGCGCACCCCCCT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=572722;WS=572704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	597871	rs4960092	G	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=244;SC=GATGTCCTACGCCAGATAACC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=597879;WS=597861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	599042	rs2294664	T	A	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=15;PP=916;SC=ATGTATGACATCTACAACCAT;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=599050;WS=599032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	601244	.	A	G	911	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=56.74;NF=10;NR=30;PP=911;QD=23.6442803137;SC=CACCCCGTGTACGAATCCACA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=601252;WS=601234;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	656143	rs1211554	C	A	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=42;PP=1934;SC=AGAGAGACATCTTCTTGAACC;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=116;WE=656151;WS=656133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	1053665	rs4960488	T	C	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=22;PP=2005;SC=AGAGATCCAATAACTAATTAT;SOR=2.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=98;WE=1053673;WS=1053655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	1101323	rs2076494	T	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=501;SC=GATGGCTTTGTCCCGTTGCAG;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=1101331;WS=1101313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	1313117	rs9502889	A	C	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.10;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	1313121	rs9502890	A	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.47;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	1313952	rs992327	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=721;SC=GGCGCGCGCGAGGCCGAGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=1313960;WS=1313942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	1391085	rs147426137	G	GGGC	2062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.84;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	1611802	.	G	GGGC	1757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5354;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=978;ReadPosRankSum=0.734;SC=CGGGCAGCTCGGGCGGCGGCG;SOR=0.788;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=20;WE=1611810;WS=1611792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr6	1742794	rs3734739	A	G	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=90;PP=2681;SC=CCTCCGGCTCATCATTCTGCA;SOR=1.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=62;TCR=90;TR=152;WE=1742802;WS=1742784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr6	1742908	rs3734740	C	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=315;SC=ATATGGACATCGACAGCTGGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=1742916;WS=1742898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	1960335	rs1323632	C	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=231;SC=GTATCAAAACCCAAAGACGAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=1960343;WS=1960325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	2623820	rs6902511	G	A	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=63;PP=2314;SC=GACAGCAACCGCAGTGGGGAG;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=127;WE=2623828;WS=2623810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	2671394	rs1324496	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=408;SC=GGCCCTCCACGCCAGCCAAAA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=2671402;WS=2671384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	2678750	rs4959699	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=445;SC=CATATTATTGTAATCAAGAAA;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=2678758;WS=2678740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	2683439	rs898772	T	A	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=37;PP=1077;SC=CCGATTTCCTTACCACCATGT;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=2683447;WS=2683429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	2685677	rs966232	T	C	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=100;NR=62;PP=2608;SC=GTGGTCAAGATGGGGCGGGGA;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=100;TCR=62;TR=162;WE=2685689;WS=2685667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	2689217	rs6930915	A	C	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=27;PP=934;SC=ACAGAAGGGCAATCTGTCAAG;SOR=1.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=51;WE=2689225;WS=2689207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	2689340	rs6935749	T	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=245;SC=GGGATATAGATTTCCACTTGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=2689348;WS=2689330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	2834265	rs386915	C	T	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=62;PP=1815;SC=AAAAATGAGGCGAAAGAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=94;WE=2834273;WS=2834255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	2838046	rs316339	A	G	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=11;PP=862;SC=AACTGCAGGTAGGGAAGGCGG;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=2838054;WS=2838036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	2838248	rs316341	G	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=22;PP=677;SC=TAAAAAAAAGGAAAAGGAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=2838256;WS=2838238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	3010390	rs1143684	C	T	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=47;PP=1544;SC=TGCCATGAACCTTGAGCCGAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=95;WE=3010398;WS=3010380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	3010459	rs2475208	C	T	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=34;PP=928;SC=TTATAAAAACCATCTTTATGT;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=3010467;WS=3010449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	3012725	rs11351160	TG	T	2638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=17;PP=1657;SC=ATGGTTGGGATGGGCTGTGGA;SOR=1.673;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=41;WE=3012733;WS=3012715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	3015790	rs1049115	A	G	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=43;PP=2224;SC=TCAGCGTGCCAGCCATCCTGA;SOR=1.335;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=121;WE=3015798;WS=3015780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	3017291	.	TAC	T	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=48;QD=21.0;SC=CACACATGCATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=3017300;WS=3017281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr6	3019654	rs4149370	T	C	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=27;PP=1865;SC=ATCATTTAACTGAATGGTATG;SOR=1.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=92;WE=3019662;WS=3019644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	3077141	rs2272990	T	C	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	3118947	rs2231355	A	G	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=35;PP=1435;SC=GCGCATGCGCACTCCCGGCAG;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=3118955;WS=3118937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	3138194	rs1534998	T	C	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=36;PP=1344;SC=GAAAATATTCTGTTTTTTCCA;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=90;WE=3138202;WS=3138184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	3157798	rs909964	G	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	3157809	rs909965	C	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	3255163	rs11242830	C	T	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=425;SC=TTCAGCCATTCTCTCACTGGG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=3255171;WS=3255153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	3255327	rs9503497	G	A	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=72;PP=2569;SC=TAAGAAGTTGGCTGCATAGGA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=153;WE=3255348;WS=3255317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	3255340	rs9503498	A	C	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=78;NR=70;PP=2623;SC=GCATAGGAGCACAACATCACC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=148;WE=3255348;WS=3255317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	3259463	rs9501962	G	T	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	3263830	rs12193912	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=2;PP=822;SC=CTGCCATCGTCGTGAAGAATC;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=3263838;WS=3263820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	3264101	rs4959785	A	G	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=57;PP=1721;SC=GCTAAGAACCATCACCTCATT;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=92;WE=3264109;WS=3264091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	3264487	rs4959786	T	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=63;NR=49;PP=1705;SC=TGGCGTAGAGTGGGGATTAAG;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=112;WE=3264495;WS=3264477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	3264502	rs4959787	G	C	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=52;PP=1732;SC=ATTAAGCAAAGGTCATGAGGC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=118;WE=3264510;WS=3264492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	3264526	rs4959788	CT	TC	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=46;PP=2947;SC=ATGCTCCACTCTTCCCACACC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=101;WE=3264535;WS=3264516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	3264582	rs11757564	G	A	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=28;PP=1044;SC=TGTGCTCTGCGACCCCCAGCC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=3264590;WS=3264572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	3285286	rs10793841	A	G	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=62;PP=2220;SC=GAGACGAGGAAGCACAGCCCA;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=115;WE=3285294;WS=3285276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	3287118	rs6910086	T	C	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=62;PP=2373;ReadPosRankSum=2.403;SC=GCTGCAGGAGTGAGGCCAGGG;SOR=0.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=145;WE=3287126;WS=3287108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr6	3290250	rs187426227	G	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.07;QD=26.17;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	3438738	rs12197689	G	A	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=67;PP=2965;SC=GGCCTCCAGCGCTTGGTGTCT;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=98;TCR=67;TR=165;WE=3438746;WS=3438728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	3439510	rs9503595	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=15;PP=634;SC=TGCCGAATGTTCTCTGGGAGC;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=38;WE=3439518;WS=3439500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	3439595	rs35613438	G	GA	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=624;SC=AGGCATTTCTGAAAGTTCCCC;SOR=1.148;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=3439603;WS=3439585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	3439637	rs9502003	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=9;PP=289;SC=GAGCCACTGCGGCCCTGGACG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=3439645;WS=3439627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	3723764	rs1045778	G	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=76;SC=CAGAGCTGGGGCAGCAGCTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=3723772;WS=3723760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	3727811	rs226959	C	G	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=59;PP=2965;SC=CCACGCCCAGCTGCTGGTCTC;SOR=1.357;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=107;TCR=59;TR=166;WE=3727819;WS=3727801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	3738897	rs11390464	A	AG	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=3;PP=333;SC=GAAAAAAGTCAGATCTCTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=3738905;WS=3738887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	3850418	.	G	C	12801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=251;NR=191;PP=2965;SC=CTTTGCACTAGACGACCTCGA;SOR=0.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=442;TCF=251;TCR=191;TR=442;WE=3850426;WS=3850408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr6	4020528	rs11751316	A	G	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	4021554	rs11752006	A	G	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=81;NR=66;PP=2532;SC=TCTTCCCTACACGGTCGGCAC;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=147;WE=4021562;WS=4021544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	4033065	rs6924389	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=22;PP=632;SC=CTTGTGGACCATTAAAAATGA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=4033073;WS=4033055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	4059123	.	T	TA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr6	4079250	rs13203009	C	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	4079729	rs201784902	TGGGCCTCCTC	T	765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=2;PP=2940;SC=TCGGCCTTCCTGGGCCTCCTC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=4079746;WS=4079724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	4079875	rs665728	T	C	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	4087839	rs34202002	CTG	C	2231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=11;PP=1213;SC=AGCCGGAAAACTGTGCCCAGC;SOR=1.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=25;WE=4087848;WS=4087829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	4087949	rs13200786	A	T	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=41;PP=1516;SC=AGTGAAGAGGACAAGAAAAAA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=91;WE=4087957;WS=4087939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	4119516	rs2326408	A	G	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=26.50;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	4126097	rs661404	G	A	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=48;PP=2424;SC=CTCTGCCTCAGTGCAAGATAA;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=126;WE=4126105;WS=4126087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	4133766	rs853421	C	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=2;PP=960;SC=AAATAACGTTCGACCGTAGGC;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=4133774;WS=4133756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	4134031	rs853422	A	C	3940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=98;PP=2965;SC=CCTATACATAACAAAATGCCA;SOR=2.394;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=32;TCR=98;TR=130;WE=4134039;WS=4134021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	4936074	rs1539004	T	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=774;SC=CCTGCCTGGCTGAACTGGCTC;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=4936082;WS=4936064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	4952413	rs2793263	T	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=5;PP=612;SC=TTGTGAATGTTTCCCTTCGGT;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=4952421;WS=4952403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	4996208	.	G	T	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=41;PP=1831;SC=ATAGGAGACAGATCTTCTCTG;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=107;WE=4996216;WS=4996198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	4998963	rs1749144	A	G	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=179;SC=TTTTATGCCAAGCCAAAAGAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=4998971;WS=4998953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	4999910	rs1749145	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=250;SC=CTGTGAAGCTCGAGTCAGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=4999918;WS=4999900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	5000027	rs439795	C	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=18;PP=914;SC=ACAGATGGAACACACATGATA;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=5000035;WS=5000017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	5000721	.	T	C	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=55;QD=29.9237375157;SC=CGTGCCCAGCTGACTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=5000729;WS=5000711;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	5000779	rs7744457	G	A	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=2;PP=211;SC=AAAGAAAGATGAAAAAATAAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=5000787;WS=5000769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	5001341	rs1749158	C	T	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=66;PP=2730;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TGGGGATGCGCGGAGAGGGGT;SOR=0.331;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=96;TCR=66;TR=162;WE=5001349;WS=5001331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr6	5001577	rs912711	G	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=564;SC=CCTTGAAATAGATGAAAGGAA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=5001585;WS=5001567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	5003952	rs4960056	T	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=6;PP=1494;SC=GCCACTGGCTTAGAGCAGTTA;SOR=4.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=58;WE=5003960;WS=5003942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	5003981	rs3762008	C	T	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=27;PP=2336;SC=CAACTCCCAGCAAGCCGGGCG;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=87;TCR=27;TR=114;WE=5003989;WS=5003971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	5086070	rs667752	A	G	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=25;PP=983;SC=CGGAGGACGCACAGCTCGGCC;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=5086078;WS=5086060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	5086211	rs584962	G	C	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=76;PP=2965;SC=TCTCGCGCCTGCGAAGCTTCC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=97;TCR=76;TR=173;WE=5086219;WS=5086201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr6	5086558	rs436556	C	A	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=76;PP=2965;SC=CCAGAGGCACCGTCTGGGGCC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=160;WE=5086566;WS=5086548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	5109592	rs9606	T	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=537;SC=GGAGCCCCCATCTCAAACAGA;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=5109600;WS=5109582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	5138809	rs11301112	GT	G	237.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=190;SC=AATAATGACTGTTTTTTTTAT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=5138817;WS=5138799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	5139012	rs463054	C	A	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=24;PP=652;SC=GTTAAGAGTACCAGTTAACAG;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=5139020;WS=5139002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	5217010	rs41302851	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=50;PP=1359;SC=AAGGTGTCAGCGTGTCTGAGG;SOR=2.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=60;WE=5217018;WS=5217000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	5260816	rs4141761	A	G	104.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=159;SC=ATTCCGCGTCAGCCCGCACCC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=5260824;WS=5260806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	5431960	rs10900967	A	G	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=124;PP=2965;SC=AATTCTACGCATATCTATAGG;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=111;TCR=124;TR=235;WE=5431968;WS=5431950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr6	5545654	rs7749599	C	T	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=919;SC=TTGAAAGCCACTGAATTTTAT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=5545662;WS=5545644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	6003513	rs3792947	A	C	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=52;PP=1301;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TGGTCTGGAGAGGAGAAGGCC;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=67;WE=6003521;WS=6003503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr6	6003820	rs3838670	GGGA	G	386.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=4;PP=307;SC=GCTGAGCGGCGGGAGGAGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=6003830;WS=6003810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	6003985	rs3805789	C	T	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=35;PP=1424;SC=CTGAGGCCGACGAACCCGGCT;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=90;WE=6003993;WS=6003975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	6145726	rs1050782	A	G	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=6;PP=1184;SC=TCCACTCTGGAGCCCTCTGCA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=6145734;WS=6145716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	6167621	rs435048	G	A	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=25;PP=1108;SC=ATACAAGCACGCATATGCACA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=60;WE=6167629;WS=6167611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	6169656	rs7769202	T	C	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=40;PP=1752;SC=ACAATGCCTATTGAAGTGTGA;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=103;WE=6169664;WS=6169646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	6174786	rs380058	G	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=646;SC=GCGAGTCTCAGAAAGAACCAC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=6174794;WS=6174776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	6174866	rs5982	G	A	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=45;PP=2208;ReadPosRankSum=0.945;SC=TTCTGCCTTCGGGACCCCGGT;SOR=0.414;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=119;WE=6174874;WS=6174856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr6	6250967	rs3024370	G	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=649;SC=TCGATATATGGGATCCTGTAG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=6250975;WS=6250957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	6320808	rs2815822	T	G	4563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=44;PP=2965;SC=GGGTGCAGGGTCGGTGGCTTA;SOR=2.064;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=115;TCR=44;TR=158;WE=6320816;WS=6320798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	6321128	rs1024231	T	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=41;PP=1266;SC=CCCATCCCCATCCCTAGATCT;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=6321136;WS=6321118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	6588881	rs977785	A	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=6;PP=577;SC=CTGAACATCCAACTGCCTTGG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=6588889;WS=6588871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	6589192	rs112924538	G	GGA	902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=20;PP=866;SC=AGTTGGGGTGGGAGGGGAGAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=20;WE=6589200;WS=6589182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	7187773	rs67936125	CTTTTA	C	1521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=43.48;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	7211751	rs1334577	G	A	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=4;PP=1105;SC=CCTCTCTTCCGAAGCCATCCC;SOR=3.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=7211759;WS=7211741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	7211818	rs1334576	G	A	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=44;PP=2736;SC=GGTAGAAGACGGGCAGTCAGG;SOR=1.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=133;WE=7211826;WS=7211808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
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chr6	7231770	rs34561875	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=54;PP=2038;SC=AGCAGGGCCCAGCGGGCACGT;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=99;WE=7231780;WS=7231760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	7232186	rs9505086	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=42;PP=1404;SC=TACTTCCTGGTAGGGGGAGCC;SOR=2.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=54;WE=7232194;WS=7232176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	7240577	rs2714337	A	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=2;PP=414;SC=GGGGGGAACAACTGCCAATGA;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=7240585;WS=7240567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	7246998	rs2281833	G	A	4814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	7247248	rs2256596	T	C	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=45;PP=2362;SC=GCGGAAAAGCTCGCGGAGGAG;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=113;WE=7247256;WS=7247238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	7329873	rs2764095	T	C	182.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	7330194	rs11381590	T	TG	551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=288;SC=GGTGAGCAAGTTGCCATTATT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=7330202;WS=7330184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	7390369	rs2296358	T	C	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=65;PP=1800;SC=CCCCTTGGGGTGTGGACTCTT;SOR=0.965;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=122;WE=7390377;WS=7390359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	7393452	rs2274212	C	T	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=3.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=52;PP=2846;ReadPosRankSum=-0.084;SC=AGGGTTATGACGATGATGATG;SOR=0.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=123;WE=7393460;WS=7393439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,132:0.96:138
chr6	7395497	rs6899625	G	A	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=478;SC=CTGTAATCCCGGCACTTTGGG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=7395505;WS=7395487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	7396836	rs12212766	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=362;SC=TTTAGAAAGTGTAGAAGAGAA;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=7396844;WS=7396826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	7396887	rs12212772	G	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=12;PP=599;SC=CTCTGTTAATGTCTTTTCGTC;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=7396895;WS=7396877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	7397125	.	G	GGTGTGT	140	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.9999;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=140;QD=47.6666666667;SC=TCATTATTTTGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=7397133;WS=7397115;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr6	7398832	rs2296359	A	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=270;SC=TAGAGAAACTACCTACTTAGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=7398840;WS=7398822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	7401382	rs147185967	AAAAC	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=223;SC=AGAAGAAAGAAAAACAAAGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=7401393;WS=7401372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	7411831	rs12530477	T	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=632;SC=TGTTAACTTGTGTGCACATTG;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=7411839;WS=7411821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	7414382	rs2245533	T	C	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=48;SC=GAGCCTAAAATCTGAATTCTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=7414390;WS=7414372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	7414657	rs4960314	T	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=29;PP=692;SC=TTTTCTTTAGTGTGGGAGCAC;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=7414665;WS=7414647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	7563983	rs2806234	T	G	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=60;PP=2425;SC=AGAAATCTGCTATCTACCAGT;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=137;WE=7563991;WS=7563973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	7564139	rs1358903	C	G	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=38;PP=1239;SC=AATGTTGTTGCTGCTGCTGAG;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=7564147;WS=7564129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	7576527	rs1016835	G	A	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=48;PP=2366;SC=TTCCCCCCAGGTTATGGGACC;SOR=1.210;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=132;WE=7576535;WS=7576517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr6	7578189	rs6942260	G	A	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=38;PP=1103;SC=CCTGTCTCCTGCCTCTTCCCT;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=7578197;WS=7578179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	7578819	rs2806229	T	G	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.27;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	7578823	rs2842691	G	A	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.37;SOR=2.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	7579363	rs2806227	A	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=81;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=311;SC=TTTCTTGAATATTTGCCTAGT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=7579371;WS=7579353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	7579393	rs2744379	CA	TG	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=1081;SC=CATGTATGTCCATGTGTGTAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=7579402;WS=7579383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	7579412	rs2806225	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=5;PP=818;SC=AAAGAGAAATAAGAATGCACA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=7579420;WS=7579402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	7585967	rs2744380	G	C	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=41;PP=2171;SC=CGGCTCCGGGGTCCCGCTCCG;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=98;WE=7585975;WS=7585957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	7595241	.	AT	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr6	7727271	rs111588693	G	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=552;SC=CCGCCGCTGCGGCCGCCCTTG;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=7727279;WS=7727261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	7862631	rs17557	G	C	4241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=70;PP=2636;SC=TGAGTGAGGTGCACGTGCGCA;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=77;TCR=71;TR=147;WE=7862639;WS=7862621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	7879407	rs267172	T	C	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=38;PP=1341;SC=ACACGGGGGATAAAGGTCCTT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=7879415;WS=7879397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	7889088	rs1225944	A	G	7512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=135;NR=139;PP=2965;SC=CCACCTGGCCAAGACACGGGC;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=135;TCR=140;TR=274;WE=7889096;WS=7889078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr6	7891775	rs3734589	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=330;SC=CTTTGCACACGGAATGAATAA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=7891783;WS=7891765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	7892143	rs1225950	C	G	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=74;SC=CTGTTCATGACTTCATAACAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=7892151;WS=7892133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	7986654	rs197128	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=253;SC=AGGCGGCGGGAAGGTGGCCCG;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=7986662;WS=7986647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	7986847	rs197129	G	A	7317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=143;NR=110;PP=2965;SC=CCTGTACCGCGTCCTCAGCAT;SOR=0.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=144;TCR=111;TR=253;WE=7986855;WS=7986837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr6	7988189	rs4959464	T	C	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.96;NF=55;NR=66;PP=2412;SC=TTACCAGCCATTGGTCTCTGA;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=121;WE=7988197;WS=7988179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	8016089	rs2057185	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=29;PP=769;SC=GAAAGTCACACGACATTTTCC;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=8016097;WS=8016079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	8026577	rs9328452	T	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=10;PP=954;SC=ATTATATGCCTCATTATCTAA;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=52;WE=8026585;WS=8026567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	8054413	rs2743993	T	C	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=22;PP=1862;SC=CCCTCCTTTTTGGGATCCAAT;SOR=1.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=71;TCR=22;TR=93;WE=8054421;WS=8054403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	8073858	rs67471655	CAG	C	1546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=1351;SC=AAAGTTTTAACAGATATTTTA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=30;WE=8073867;WS=8073848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	9616231	rs143324041	A	AGAAGAAGAAGAG	4572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.68;QD=40.47;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr6	9750730	rs71546885	G	GTAATAATAA	96.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=704;SC=CCTCCTCTATGTAATAATAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=9750738;WS=9750720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	9795489	rs9367879	A	G	147.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.11;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr6	9795492	rs147307504	G	A	147.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.11;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr6	9795586	.	G	GGAAGAAGAAGAA,GGAAGAAGAAGAAGAA	770.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.15;QD=64.23;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,4:0.67,0.33:12
chr6	9845732	rs11968445	C	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=14;PP=749;SC=GCATTAAATCCAACATTAAGG;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=9845740;WS=9845722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	9922006	rs1925775	A	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=115;SC=ATGTTATTGTAGTGGTCTAGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=9922014;WS=9921996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	10159481	rs34201263	G	A	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=29;PP=2172;SC=TCTGGTTTTGGTTTTTTGCTT;SOR=1.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=75;TCR=29;TR=103;WE=10159489;WS=10159471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	10557726	rs34815041	CT	C	334.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=184;ReadPosRankSum=-0.306;SC=GAAAGATGTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=10557734;WS=10557716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr6	10587038	rs539351	C	G	6145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=103;PP=2965;SC=TTACCAGAGACTTTGTCGACT;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=104;TCR=103;TR=206;WE=10587046;WS=10587028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr6	10634042	.	T	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=62.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.501;SOR=6.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,29:0.26:112
chr6	10764727	rs126405	A	G	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=25;PP=969;SC=CTGTCCTCCCATGCACTGAGG;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=10764735;WS=10764717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	10775446	rs478791	T	C	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=9;PP=829;SC=TGGAAAACCTTTGTGTATCTC;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=10775454;WS=10775436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	10785011	rs113945134	C	CCAGA	5894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=32;PP=2918;SC=ATTTCTGATACCAGTATGTGA;SOR=1.033;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=59;WE=10785019;WS=10785001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	10785263	rs6936890	C	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=782;SC=TACAATTTCCCGTCACCCTAG;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=10785271;WS=10785253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	10792197	rs521802	T	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=779;SC=GTTCCATACATGTAAGGGCAT;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=10792205;WS=10792187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	10802045	rs569418	C	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=3;PP=594;SC=TGAGAATAGACCTGCCTTTGT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=10802053;WS=10802035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	10802101	rs4712966	G	A	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=26;PP=1651;SC=ATTTTTAAAGGTCTAACAGGA;SOR=1.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=90;WE=10802109;WS=10802091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	10814091	rs6909367	A	G	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=89;PP=2630;ReadPosRankSum=-0.011;SC=ATAGATTTATACTCTTAAAGC;SOR=0.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=25;TCR=91;TR=114;WE=10814099;WS=10814081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr6	10875238	rs2076257	T	A	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=859;SC=AACAATAGCCTAGAAGTAAGT;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=10875246;WS=10875228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	10876036	rs2076258	C	T	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=14;PP=995;SC=TTGTAATTAACGTATGACCTT;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=10876044;WS=10876026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	10882100	rs2153156	G	A	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=34;PP=1064;SC=CGCCAGGTGGGTTTTTTTTCT;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=10882108;WS=10882090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	10891781	rs1538441	C	T	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.74;QD=25.60;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	10891838	rs78570106	ATCTC	A	801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.27;QD=38.18;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	10906256	rs4713039	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=19;PP=822;SC=GTTTCAGGAAAGACCTTGCAA;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=10906264;WS=10906246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	10911282	rs4713044	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=606;SC=ACCAGAATGCGTTACCAGTAA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=10911290;WS=10911272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	10924992	rs1225764	A	G	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=228;SC=CTGGTCTTTCAAATGCCATGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=10925000;WS=10924982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	10931587	rs1225729	T	C	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=10;PP=930;SC=TTGCTTTTAGTGTTAGCATAT;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=10931595;WS=10931577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	10955408	rs1225746	C	T	4928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=68;PP=2965;SC=AGAGGTTGCTCCGGGATCCCC;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=101;TCR=68;TR=169;WE=10955416;WS=10955398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	10955594	rs1225747	T	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=42;PP=1006;SC=TTTGTGCTTTTGGAGACAAAT;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=10955602;WS=10955584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	10961454	rs2295599	C	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=582;SC=TCTGAAGTATCCTTGTAATCA;SOR=2.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=10961462;WS=10961444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	10983971	rs4532436	C	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=6;PP=915;SC=TAAAACAAGCCAATCTGTTAG;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=10983979;WS=10983961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	10989873	rs5874298	C	CA	173.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr6	10990751	rs911196	T	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=202;SC=TGAGATTCTCTCTCTGCATGG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=10990759;WS=10990741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	11005842	rs2295602	T	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=34;PP=1019;SC=TGCTCCTGTTTAGTCATCAGT;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=11005850;WS=11005832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	11010800	rs9295752	T	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=329;SC=GGTTAAGCAGTAGGAGAAATG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=11010808;WS=11010790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	11011074	rs9380025	T	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=630;SC=GATTTAAGTGTTTTTTTCTTC;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=11011082;WS=11011064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	11185257	rs10601	A	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=457;SC=CTGAAAGTTGACTGACCCATA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=11185265;WS=11185247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	11185967	rs6456968	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=376;SC=GGAAATTCACTAGGCCTTGGA;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=11185975;WS=11185957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	11190626	rs941982	A	G	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=54;PP=2007;SC=GGGAGTCTTCAACTCGTTGCA;SOR=0.918;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=11190634;WS=11190616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	11192522	rs5874310	C	CT	2350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=16;PP=2171;SC=CTGCACCCCCCGACACACAGA;SOR=1.812;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=49;WE=11192530;WS=11192512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	11192575	rs1465131	C	T	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=88;NR=51;PP=2431;SC=GTCACTCACTCACCCCTTTTG;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=88;TCR=51;TR=139;WE=11192583;WS=11192565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	11192829	rs112090949	C	CTTT	219.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;NF=0;NR=12;PP=275;SC=GATTTATTGCCTTTTTTTTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=12;WE=11192837;WS=11192819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	11200421	rs2078599	C	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=647;SC=CTCACCAAGGCAGGGACCCCA;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=11200429;WS=11200411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	11201437	rs9368610	C	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=33;PP=883;SC=GGCAGAGCAGCGGCAGCAGAG;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=11201445;WS=11201427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	11538534	rs821443	C	T	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=47;PP=2082;SC=GGGGCGACCACTCCATGATCA;SOR=1.027;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=125;WE=11538542;WS=11538524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	11714806	rs3734273	G	A	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=77;PP=2672;SC=GGGTATTTTTGTTGTGGGTAG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=144;WE=11714814;WS=11714796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr6	11723538	rs210905	A	G	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=914;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GGAGAGGCAGACACGGAAGAA;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=44;WE=11723546;WS=11723528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr6	12016009	rs6916066	G	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=257;SC=TGCCTGGTGAGGAGCGCTATT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=12016017;WS=12015999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	12120445	rs2228215	A	G	7174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=127;NR=113;PP=2965;SC=TTCTGCAGCAACCATCTGAAC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=128;TCR=113;TR=240;WE=12120453;WS=12120435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr6	12120588	rs2228209	C	T	10138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=180;NR=168;PP=2965;SC=TGTGGCACTACGTCCCCCTCC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=180;TCR=168;TR=348;WE=12120596;WS=12120578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr6	12122174	rs2228210	A	G	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.823;SC=TCTTGTCACCACGTCAACACC;SOR=0.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=102;TCR=86;TR=188;WE=12122182;WS=12122164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr6	12122645	rs6900196	A	G	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=124;PP=2965;SC=CAAAATTGGCACTTTCTATGA;SOR=0.945;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=104;TCR=126;TR=228;WE=12122653;WS=12122635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr6	12124855	rs2228213	G	A	10829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=186;NR=200;PP=2965;SC=TTGACAGCATGTCTAATTCGC;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=386;TCF=186;TCR=200;TR=386;WE=12124863;WS=12124845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr6	12290728	rs1800997	TA	T	631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=720;SC=TTCTCCCCGTTAAAAGGGCAC;SOR=4.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=20;WE=12290736;WS=12290718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	12292772	rs2070699	G	T	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=52;PP=1563;SC=TGTAACCCTAGTCATTCATTA;SOR=1.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=77;WE=12292780;WS=12292762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	12294258	rs5369	A	G	6125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=91;PP=2965;SC=CAGACCGTGAAAATAGATGCC;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=132;TCR=92;TR=222;WE=12294266;WS=12294248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr6	13182685	rs3778646	G	T	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=417;SC=CAGCAGGCGGGAAGTGCCACT;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=13182693;WS=13182675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	13273318	rs202054	A	G	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=134;SC=ACCTCCCCAAAGAGAAGGCAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=13273326;WS=13273308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	13278648	rs3817735	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=11;PP=308;SC=CAGTGGCCTCACCGCTGCCTG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=13278656;WS=13278638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	13281412	rs3846903	A	G	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=71;PP=2576;SC=GACATTAGTAAAATCCAGGTC;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=136;WE=13281420;WS=13281402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	13288535	rs202040	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=706;SC=GGGAGCGTGACTGTGGGTGTG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=13288543;WS=13288525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	13288578	rs202039	G	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=24;PP=1417;SC=TAGGGTGTGCGATGAGGCCAG;SOR=1.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=70;WE=13288586;WS=13288568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	13288648	rs202038	A	G	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=59;PP=2003;SC=GATTTCCTTCATAACAGAGCT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=122;WE=13288656;WS=13288638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	13288679	rs67298859	GCT	G	3881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=50;PP=2818;SC=CAGTTGCAGAGCTCTCTCACC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=60;WE=13288688;WS=13288669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	13288737	rs202036	T	A	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.22;NF=13;NR=36;PP=1083;SC=GTGGTGGAACTCTCCACCACA;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=13288745;WS=13288727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	13294866	rs6910418	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=549;SC=CTGACGTGTCGTGGCTTTCCC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=13294874;WS=13294856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	13295502	rs4602719	T	C	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=34;PP=1707;SC=TTAAGATGCATCTACCCTGAG;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=84;WE=13295523;WS=13295492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	13295515	rs1550526	A	C	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=34;PP=1296;SC=ACCCTGAGCCAGAATTCCAGA;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=80;WE=13295523;WS=13295492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	13295536	rs454563	C	T	3431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=33;PP=1546;SC=ACTGGTTCCCCTCCTCATCCA;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=13295544;WS=13295526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	13295752	rs35194435	AG	A	440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=359;SC=CCAGTGTGGCAGGGGGGTCCC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=13295760;WS=13295742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	13470113	rs766773	A	T	6236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=86;PP=2965;SC=TATGTCTCACACCAAATCTGG;SOR=0.956;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=121;TCR=86;TR=207;WE=13470121;WS=13470103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr6	13584583	rs2804918	A	G	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=47;PP=1356;SC=CCACTCTGTCATCTTCTCTTT;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=68;WE=13584598;WS=13584573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	13592135	rs3734674	C	T	8296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=148;PP=2965;SC=TGGTGAGAGACCCCCAGCCTC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=131;TCR=148;TR=279;WE=13592143;WS=13592125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr6	13599303	rs3757261	C	T	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=30;PP=1549;SC=TGCGACCTCACGTCGTGTGGT;SOR=1.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=13599311;WS=13599293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	13620877	rs3757260	A	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=46;SC=ATACATCTAAAGTATAATAAG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=13620885;WS=13620867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	13638243	rs2071836	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=285;SC=ATTAATACGGTTGTAAACAAG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=13638251;WS=13638233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	13639700	rs6915775	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=326;SC=GTGAGCCACCGTGCCCAGCTG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=13639708;WS=13639690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	13659079	rs204232	T	G	5455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.98;NF=98;NR=92;PP=2965;SC=TGGCGGAGGTTGGGGGAGAGA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=99;TCR=93;TR=190;WE=13659087;WS=13659069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr6	15374508	rs9383050	A	G	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=36;PP=1103;SC=GGAATATCTCATTGGAATGTA;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=15374516;WS=15374498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	15374544	rs2072820	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=28;PP=808;SC=TGGACTTGTTCCTGAATTGGA;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=15374552;WS=15374534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	15401385	rs140011539	CTA	C	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=210;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TGGCAAGGTGCTATATATATA;SOR=2.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=7;WE=15401394;WS=15401375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr6	15504589	rs760659	T	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=377;SC=CTTCCTTCTCTGCCTGTCATT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=15504597;WS=15504579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	15511429	rs55742636	C	CCCAT	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=1579;SC=CAGAGCCTCTCGTGTGCTCGG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=15511437;WS=15511419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	15513482	rs2235258	G	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=9;PP=1065;SC=ATACAGAGCTGCGGCAGCGCA;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=15513490;WS=15513472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	15523448	rs17470454	G	A	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=31;PP=933;SC=CTGGATTCAGGCCCTGCAAAA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=15523456;WS=15523438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	15533951	rs4236167	C	T	5525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CTTCTCAGGTCGTCCTTCTAC;SOR=0.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=89;TCR=105;TR=193;WE=15533959;WS=15533941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr6	15586009	rs6926401	G	T	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=64;PP=1959;SC=GAGACCTGAAGGAGTGAACAG;SOR=1.198;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=110;WE=15586017;WS=15585999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	15593240	rs7758659	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.05;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	15660871	rs909706	T	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=453;SC=GGGTTCTAACTAGATCCCTTT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=15660879;WS=15660861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	16145325	rs9370867	A	G	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=78;PP=2965;SC=GTTTCAAGAAACAACCAGAGC;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=160;WE=16145333;WS=16145315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	16290761	rs1042391	T	A	6798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=120;PP=2965;SC=TGGAGAAGTGTTTGAGAGGAA;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=114;TCR=121;TR=233;WE=16290769;WS=16290751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	16290862	rs6926552	T	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=59;PP=1410;SC=GGTGAGGAGGTGACCCCGGGG;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=75;WE=16290870;WS=16290852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	16327330	rs2075974	T	C	4933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=63;PP=2965;SC=AAGGGGAGGCTTCACGATGAG;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=98;TCR=63;TR=161;WE=16327338;WS=16327320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	16327615	rs179990	A	G	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=82;PP=2880;SC=GGCTGCTCTCAGCTTTCTTGG;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=160;WE=16327623;WS=16327605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	16327864	.	G	GTGC	368.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=351;ReadPosRankSum=0.674;SC=CCCTGCTGAGGTGCTGCTGCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=7;WE=16327872;WS=16327854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr6	16327906	.	CTGA	C	223	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MMLQ=27;MQ=60.17;NF=7;NR=7;PP=223;QD=16.2142857143;SC=GCTGCTGCTGCTGATGCTGAT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=14;WE=16327923;WS=16327896;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr6	16327915	.	A	ATGCTGCTGCTGCTGC	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.76;QD=45.19;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	17102592	rs1473743	A	G	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.00;ReadPosRankSum=0.102;SOR=1.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr6	17102596	rs1473744	A	G	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.88;ReadPosRankSum=0.638;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr6	17102600	rs2147230	A	G	5910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.82;SOR=1.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	17115384	rs34224564	G	C	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=42;PP=1448;SC=ACCTCCCTCTGCCCCCATTCA;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=17115392;WS=17115374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	17282415	rs1108512	G	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=7;PP=858;SC=TGGGGCTGTTGCCCTTGTGTC;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=17282423;WS=17282405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	17606413	rs1969830	C	T	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=13;PP=271;SC=TTTTACAGTACACATTTTCAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=17606421;WS=17606403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	17616493	rs7765156	C	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=25.72;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	17616513	rs3836949	T	TG	499.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=9.938;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;MQRankSum=0.452;QD=20.79;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr6	17628841	rs11422297	T	TA	121.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=1;PP=87;SC=CGACAACTTGTAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=17628849;WS=17628831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	17629616	rs942467	G	A	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=40;PP=1948;SC=ACCCAGAATCGGATGACACAC;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=101;WE=17629624;WS=17629606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	17633061	rs2274136	C	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=17;PP=367;SC=CTACTTGAAGCAGGTACTGAA;SOR=2.049;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=24;WE=17633069;WS=17633051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	17637958	rs2229509	G	A	8000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=161;PP=2965;SC=GGCTTGTTGCGGTGGGCTGAG;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=108;TCR=161;TR=269;WE=17637966;WS=17637948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr6	17637979	rs61748574	A	C	6951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=141;PP=2965;SC=CAGCAACAGAATCTATCTTCG;SOR=1.427;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=81;TCR=141;TR=222;WE=17637987;WS=17637969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr6	17764530	rs9371018	C	T	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=61;PP=2370;SC=AATCTTTTCCCTCTGACACTC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=127;WE=17764538;WS=17764520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	17779477	.	TATATATATATA	T	99.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	17779731	rs9477524	G	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	17785948	rs4716186	A	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	17794494	rs3734234	G	A	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=55;PP=1955;SC=TAACTGTCCAGCCCTCTTTGG;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=113;WE=17794502;WS=17794484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	17799766	rs6459573	T	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=304;SC=TGAAACAAATTGGTCATCCAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=17799774;WS=17799756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	17800131	rs41267716	G	T	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=46;PP=2633;SC=TTGTAAAATGGTTTTGCATGA;SOR=1.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=98;TCR=46;TR=143;WE=17800139;WS=17800121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	17809199	rs6913612	G	A	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=55;PP=1744;SC=AAAATCTAAAGGAAAACTGCA;SOR=1.089;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=101;WE=17809207;WS=17809189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	17815716	rs6920106	C	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=412;ReadPosRankSum=-0.646;SC=AGGTAATGGGCGCCTTCTCAG;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=17815724;WS=17815706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr6	17817235	rs9383327	C	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=261;SC=TGGGCTGCCCCCGCTGCAGTT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=17817243;WS=17817225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	17855864	rs624105	G	C	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=48;PP=1558;SC=GAACAGCAAGGAAAAAGAAGA;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=81;WE=17855872;WS=17855854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	17873560	rs41267728	A	C	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=62;PP=2080;SC=ACTCAATGGAAGAAGAGGCCA;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=77;TCR=62;TR=139;WE=17873568;WS=17873550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	17882140	rs7757737	A	T	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=216;SC=GGCATGAGAAATGCTTGAACC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=17882148;WS=17882130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	18122506	rs10949483	G	A	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=60;PP=1896;SC=GAGGGCTCCGGGGGCGCTGGG;SOR=1.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=87;WE=18122514;WS=18122496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	18139214	rs2842934	G	A	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=10;PP=680;SC=CACCTGGATTGATGGCAACTA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=18139222;WS=18139204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	18139964	rs375276814	GA	G	118.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=125;SC=ATGAAATAATGAAAAAAAAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=18139972;WS=18139954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	18148019	rs4449636	G	A	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=168;SC=CATCATTAAGGCAAGATAATT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=18148027;WS=18148009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	18148247	rs12529220	T	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=13;PP=374;SC=TAATAAGCAGTTACTATTAAT;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=23;WE=18148255;WS=18148237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	18149526	rs3930696	C	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=312;SC=TTTTTTATTTCTGGTTTTATT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=18149534;WS=18149516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	18166802	rs912528	T	G	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=190;SC=TAGGCTGGGTTTGGTGGCTCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=18166810;WS=18166792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	18171477	rs1011620	G	A	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=11;PP=1488;SC=ATGCAAGGAGGAGAAAAAATA;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=18171485;WS=18171467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	18187916	rs372534	C	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=496;SC=AAAAGCATAGCGGGTTAAGGA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=18187924;WS=18187906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	18201961	rs214612	T	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=713;SC=GCAGTGGCATTGTTCATTTGC;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=18201969;WS=18201951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	18208279	.	A	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=8;PP=884;SC=TGGAGATGTAAATTCATGTAA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=18208287;WS=18208269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	18387815	rs764885	A	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=43;PP=1700;SC=AGCGCGAGGGAGGCTACTGAG;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=103;WE=18387823;WS=18387805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	18406387	rs6925570	G	A	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=33;PP=929;SC=TCAACTTTTCGTATGAGACAT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=18406395;WS=18406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	18428055	rs576268	G	T	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=391;SC=CTTTATTGCAGCTTACCTTTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=18428063;WS=18428045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	19837966	rs1047316	T	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	19837969	rs12662234	A	G	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	20109696	rs2457334	A	C	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=5;PP=943;SC=TAAAGCTTCTATGGACACTTC;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=20109704;WS=20109686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	20144637	rs1202195	G	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=273;SC=CATCCTTCACGTGCAGTTGGT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=20144645;WS=20144627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	20153058	rs144811848	GTTTGT	G	1539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.56;QD=42.77;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	20212200	.	A	AACACAC	179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=2;PP=164;SC=AAGAAGGGAAAACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=4;WE=20212208;WS=20212190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	20481678	rs4134938	G	C	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=80;PP=2599;SC=TCCTCCCCATGCCCCGGCTCT;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=131;WE=20481686;WS=20481668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	20740007	rs9465875	G	C	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=179;SC=TCATTTCTGTGTAACTTTTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=20740015;WS=20739997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	20758760	rs10946406	A	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=27.56;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	20758943	rs2820001	G	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=21;PP=570;SC=CACCACTCAGGTAACTCTTGC;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=20758951;WS=20758933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	22292976	rs1205955	A	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=36;PP=907;SC=GTGTAATTTTAAAAAATTAGA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=22292984;WS=22292966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	22570189	rs6922960	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=560;SC=CGGCGACGAATTGGGGAAGCC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=22570197;WS=22570179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	22570245	rs6900627	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=7;PP=223;SC=CGCTGAAGAGGAGCGCGGGGG;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=22570253;WS=22570235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	24174955	rs9358755	G	C	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=24;PP=1337;SC=TTTTAAAAATGTTCTAAGCCA;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=24174963;WS=24174945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	24291203	rs2274305	T	C	5134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=85;PP=2670;SC=AGTAACTCACTGTAAGGCAGT;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=171;WE=24291211;WS=24291193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	24302087	rs807703	G	A	7448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=133;PP=2965;SC=GGAAAACAGGGGGCAAACCTT;SOR=0.977;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=112;TCR=133;TR=244;WE=24302095;WS=24302077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr6	24403196	rs79747846	T	C	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=20;PP=1501;SC=TAGCGACAGGTCAGAGCTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=74;WE=24403204;WS=24403186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	24403455	rs11695	C	T	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=60;PP=1628;SC=CGACCGGCTCCGCGTGGCAGG;SOR=2.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=77;WE=24403463;WS=24403445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	24405357	rs2273606	A	G	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=24;PP=1774;SC=GTGAAAACCAATCATGTGACC;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=85;WE=24405365;WS=24405347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	24411018	rs78721070	A	G	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=33;PP=1303;SC=TTTCATGGAGAGACAGACAGG;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=24411026;WS=24411008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	24416562	rs74293227	C	A	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=81;SC=TCTAAAAACACTATTATGAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=24416570;WS=24416552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	24416593	rs75878386	A	G	234.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=142;SC=AGTTTATTCTATTGATCATTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=24416601;WS=24416583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	24418581	.	A	T	66	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=10;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=66;QD=25.1928031368;SC=CATTATTATTATTTTTTTTGT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=24418589;WS=24418571;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	24418786	rs79527965	T	C	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=65;PP=2236;SC=TGGAATGAATTTGGAATCTTC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=132;WE=24418794;WS=24418776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	24418835	rs139385121	T	TG	2866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=44;PP=1691;SC=TTCTAAAACTTGGGGGTTTTG;SOR=1.917;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=45;WE=24418843;WS=24418825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	24418854	rs45590133	T	C	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=37;PP=835;SC=TGGCCGGGCATGGTGGCTCAT;SOR=3.398;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=24418862;WS=24418844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	24418878	rs45478094	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=608;SC=AGTAATCCTAGCACTTTAGGA;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=24418886;WS=24418868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	24423424	rs1133526	G	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=36;PP=995;SC=CTATCTGTCAGTTAAGTCGGT;SOR=4.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=39;WE=24423432;WS=24423414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	24423675	rs1054868	G	A	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=139;SC=CTTGAAGATGGCACCACTGGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=24423683;WS=24423665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	24433483	rs9461006	T	C	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	24437445	rs1772256	G	A	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=58;PP=2353;SC=CGCGTCAGATGTGAGTGCGTA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=131;WE=24437453;WS=24437435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	24445718	rs793714	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=166;SC=CCAATACGACATGTACAAGCA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=24445726;WS=24445708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	24448061	rs796985	A	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=521;SC=TGTCGTAGACACACAGAGCAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=24448069;WS=24448051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	24450168	rs5874981	G	GCCT	3875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=45;PP=2561;SC=CTGAGCCACGGCCTCGGAAAG;SOR=1.504;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=50;WE=24450176;WS=24450158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	24463020	rs17300770	G	C	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=55;PP=2102;SC=GCAGGTTGCAGTCACTGAGGA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=118;WE=24463028;WS=24463010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	24463055	rs2793442	A	G	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=53;PP=1714;SC=TTAGCCATTTATCTACTTCTT;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=95;WE=24463063;WS=24463045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	24467366	rs6928435	C	T	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=599;ReadPosRankSum=-0.988;SC=ACAAAATCAGCTGCAAATTGT;SOR=1.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=24467374;WS=24467356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr6	24467633	rs2793445	C	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=35;PP=1031;SC=TTACATGCACCAGTTATTTAA;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=24467641;WS=24467623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	24475263	rs116747696	C	G	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=5;PP=979;SC=CTAACATTTTCCTTTCTTTTA;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=24475271;WS=24475253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	24475278	rs77374467	G	A	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=14;PP=1132;SC=CTTTTAAAACGGTCAGGTTTT;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=24475286;WS=24475268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	24475300	rs6901703	A	T	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=25;PP=1351;SC=ATCTTAGGTGAGACAGTATCA;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=80;WE=24475308;WS=24475290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	24475545	rs79030172	A	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=850;SC=ATATAAATTCATTTATGTTAC;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=24475553;WS=24475535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	24480025	rs5874986	CAT	C	653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=0;PP=773;SC=ATTGTACACACATATATATAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=17;WE=24480034;WS=24480015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	24480295	rs6911965	T	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	24486177	rs60816578	A	G	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=133;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=24486185;WS=24486167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	24505030	rs2744583	A	G	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=45;PP=2241;ReadPosRankSum=-1.270;SC=ACTTCCCAACATGCCTTCCTT;SOR=1.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=136;WE=24505038;WS=24505020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
chr6	24523174	rs67603730	G	A	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=36;PP=1119;SC=TGTATTATTTGTGAAAGTAAA;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=24523182;WS=24523164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	24547606	rs2817245	G	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=521;SC=GAGGAGGAACGCCGTGATTCA;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=24547614;WS=24547596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	24551624	rs2076313	A	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=24;PP=979;SC=GTTAAATCATATAAAGGTGCC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=24551632;WS=24551614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	24554616	rs2817251	T	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=2;PP=1051;SC=CCTCTAATATTCCATTTATTT;SOR=4.664;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=24554624;WS=24554606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	24554762	rs2243831	T	C	10712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=205;NR=153;PP=2965;SC=ATAAGCACTCTAGGTACCTTT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=205;TCR=153;TR=358;WE=24554770;WS=24554752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr6	24556675	rs807538	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=208;SC=GACTACAGGCATGCATCACCA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=24556683;WS=24556665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	24588884	rs4504469	C	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=16;PP=743;SC=GAGGGGGCTGCGCTAGTGGGA;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=24588892;WS=24588874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	24596478	rs4576240	T	G	9391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.330;SC=CCTAGAAAGGTCAAGTCCTTT;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=182;TCR=138;TR=318;WE=24596486;WS=24596466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,342:0.99:344
chr6	24806594	rs9358799	C	T	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=77;PP=2965;SC=AGGCAGTTAACCTGTAATTAA;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=123;TCR=78;TR=199;WE=24806602;WS=24806584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	24806739	rs5875006	C	CTT	3474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=51;PP=2621;SC=CCAATTCAAACAACGTTTTTA;SOR=2.455;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=51;WE=24806760;WS=24806729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	24806752	rs4074420	A	C	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=46;PP=1321;SC=CGTTTTTATTAATTACTCAAA;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=24806760;WS=24806729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	24806777	rs9379689	T	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=28;PP=745;SC=CATAGTGCCATTTGTTTAGGG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=24806785;WS=24806767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	24809771	rs9379692	A	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=559;SC=GGGGTGAGATAGACACTGATC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=24809779;WS=24809761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	24809853	rs9393587	C	T	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=39;PP=2794;SC=CATGAAACTTCTCCTTACTGG;SOR=1.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=100;TCR=39;TR=139;WE=24809861;WS=24809843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	24809881	rs9358801	T	A	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=131;NR=74;PP=2965;SC=AACATCTAAATGGGAACATCC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=131;TCR=75;TR=205;WE=24809889;WS=24809871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr6	24825511	rs9358804	A	G	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=11;PP=1259;SC=TCACAGCCTCACTAACTTCGT;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=60;WE=24825519;WS=24825501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	24828318	rs35374726	C	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=529;SC=GCAGAGATAACGCCAAATTGA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=24828326;WS=24828308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	24828560	rs45437991	A	G	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.271;NF=27;NR=56;PP=1634;ReadPosRankSum=0.837;SC=AGCTTTAGATAGATGACCATT;SOR=0.800;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=83;WE=24828577;WS=24828550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr6	24828566	rs72205632	CCATT	C	3124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.289;NF=1;NR=39;PP=1932;ReadPosRankSum=1.295;SC=AGATAGATGACCATTCATTCA;SOR=0.930;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=40;WE=24828577;WS=24828550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr6	24836161	rs6901565	C	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=220;SC=AGGTCAAGTCCACATGGTTTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=24836169;WS=24836151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	24839746	rs72839911	G	A	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TGAAGAATAGGAAACAAGATT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=70;WE=24839754;WS=24839736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,82:0.98:84
chr6	24852701	.	TA	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.953;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.576;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chr6	24861138	rs35985881	T	C	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=36;PP=2225;SC=GCTCTCAAACTTCAAGGAGCT;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=109;WE=24861146;WS=24861128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	24861193	rs35730227	A	G	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=47;PP=2964;SC=AAACAAGGAAAATAATACCTT;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=90;TCR=47;TR=137;WE=24861201;WS=24861183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr6	24872939	rs10946735	G	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=4;PP=1083;SC=AATGCATTAAGAAGAAAACAT;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=24872947;WS=24872929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	25042286	rs35331447	TA	T	189.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.751;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr6	25084691	rs303007	C	T	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=25;PP=1723;SC=CTCCCAAACCCACAGGATATT;SOR=1.662;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=86;WE=25084699;WS=25084681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	25084718	rs303006	A	G	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=53;PP=2411;SC=TTGCAAAATCACAGGCCCATT;SOR=1.186;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=91;TCR=53;TR=142;WE=25084726;WS=25084708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	25092031	rs9654585	T	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=7;PP=624;SC=TCTAAAATTATAAGTTTATTT;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=25092039;WS=25092021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	25097450	rs392852	T	C	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=54;PP=1692;SC=AAAGCATTCCTATGTAAGAAA;SOR=1.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=83;WE=25097458;WS=25097440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	25106745	rs2295737	A	G	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=71;PP=2229;SC=GATTTAGATTAGAGTCTCCTC;SOR=2.058;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=99;WE=25106753;WS=25106735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	25106783	rs1923195	G	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=48;PP=1303;SC=AAAAACACATGTTCTAGCAGA;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=25106791;WS=25106773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	25108989	rs3215685	AC	A	2838.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=40;PP=1934;SC=AATCTTGAACACCCATAGTTT;SOR=2.566;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=42;WE=25108999;WS=25108979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	25108991	rs79916468	C	T	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=40;PP=1230;SC=TCTTGAACACCCATAGTTTGA;SOR=2.566;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=52;WE=25108999;WS=25108979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	25115296	rs2273671	G	T	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=44;PP=1462;SC=AGTTCTAAAAGCAAAAGTCCG;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=86;WE=25115304;WS=25115286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	25420344	rs913455	C	G	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.79;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	25420350	rs41271807	A	C	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	25426858	rs969645	T	G	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=88;PP=2516;SC=AAAATGTTCCTTGAGACAATG;SOR=1.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=38;TCR=89;TR=126;WE=25426866;WS=25426848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	25435872	rs57541514	G	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=34;PP=940;SC=CAAAGAACCTGTTCTTCCTCA;SOR=5.084;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=25435880;WS=25435862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	25450026	rs9295661	C	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=243;SC=TTGAAGTGACCCTCATCTTTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=25450034;WS=25450016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	25471559	rs144894905	G	GT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr6	25482676	rs7454031	A	G	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	25492296	rs1034051	C	T	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=59;PP=1784;SC=GAAGTGTCTTCTTCTGAGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=25492304;WS=25492286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	25492364	rs1034050	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=443;SC=GAAAGAAGGCAGCCTTAAGCA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=25492372;WS=25492354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	25509976	rs4568443	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=45;PP=1490;SC=GTAAGTCAGATATTGAAAAGA;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=25509984;WS=25509966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	25510051	rs3915740	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	25510058	rs4559085	G	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	25510648	rs7453991	TA	CG	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=665;SC=CATCCAACTATATGTCACCTT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=15;WE=25510657;WS=25510638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	25511008	rs34965228	C	CAT	949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=398;SC=TTATGTTAAACTTTTTACTAA;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=25511016;WS=25510998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	25516126	rs301379	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=469;SC=GAGCAGATTCCGAACAGCAAG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=25516134;WS=25516116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	25516158	rs301378	G	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=14;PP=369;SC=TGCTGGGCCCGAGGGGACCTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=25516166;WS=25516148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	25689378	rs11327870	AT	A	1612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.543;NF=10;NR=46;PP=641;ReadPosRankSum=0.202;SC=CCTTACGTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.811;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=56;WE=25689399;WS=25689368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,81:0.93:87
chr6	25689487	rs2294346	G	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=30;PP=941;SC=TGTCATTGCTGTTTCTCTACG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=25689495;WS=25689477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	25701691	rs6928384	C	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=37;PP=1074;SC=TGGGCAAGAACAGGGACGCTA;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=25701699;WS=25701681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	25701718	rs11794	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=618;SC=TCCTTCCACCGGCGTGATCTA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=25701726;WS=25701708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	25726213	rs9379785	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=384;SC=GCGCTTAAACGGGCATTTGTG;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=25726221;WS=25726203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	25726329	rs112943240	C	CTT	6290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=42;PP=2967;SC=TTTTCTGACACAGAAGTCTTT;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=74;WE=25726351;WS=25726319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	25726343	rs6940348	C	T	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=52;PP=2386;SC=AGTCTTTTTACCAATGACAAC;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=128;WE=25726351;WS=25726319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	25726675	rs9358871	G	A	8219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.039;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=1.547;SC=TCCGGCCTACGGGAAACTGCA;SOR=0.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=152;TCR=143;TR=293;WE=25726683;WS=25726665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,305:1.00:306
chr6	25726774	rs4711095	A	C	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=86;PP=2082;SC=ATCAAATTGCAGCAACACGAG;SOR=2.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=36;TCR=86;TR=122;WE=25726782;WS=25726764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	25727054	rs4711096	A	G	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	25727057	rs4712959	C	T	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.94;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	25727265	rs4712960	C	T	7568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=133;PP=2965;SC=CTATTTACATCTACAAAGTGC;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=124;TCR=134;TR=257;WE=25727273;WS=25727255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr6	25727334	rs4712961	C	T	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=84;PP=2965;SC=TTATGAATTCCTTCGTCACTG;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=152;WE=25727342;WS=25727324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	25727517	rs9358872	G	A	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=35;PP=1021;SC=CCAGCTCCAAGTAAGCCTGCT;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=25727525;WS=25727507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	25769349	rs1892251	T	C	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=52;PP=2205;SC=AGCCCAATGCTTCCACAGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=25769357;WS=25769339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	25770239	rs2328893	A	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=16;PP=1592;SC=AGTCCTCACAATGAAAACTGT;SOR=2.062;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=72;WE=25770247;WS=25770229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	25770707	rs4712970	G	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=55;PP=1552;SC=CAGGTAACTGGTACCCTAAAC;SOR=2.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=73;WE=25770715;WS=25770697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	25798932	rs1165215	G	A	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=23;PP=1553;SC=ATTCCTTCTCGTCTGAGGAGT;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=25798940;WS=25798922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	25800922	rs1165211	T	C	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=90;SC=ACATATCTAATTGACAAATAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=25800930;WS=25800920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	25801057	rs1165210	T	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=20;PP=889;SC=TTTTCATATGTGTAATCTTTC;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=25801065;WS=25801047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	25813150	rs1165196	G	A	4935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=76;PP=2965;SC=AAAACTACCAGTGGAAATAGC;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=90;TCR=76;TR=165;WE=25813158;WS=25813140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	25849620	rs942379	A	G	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=41;PP=2252;SC=GAAGAAATCCACTGACAGTGG;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=131;WE=25849628;WS=25849610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	25914801	rs2071299	G	A	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=90;PP=2965;SC=CAATAAACTGGCCCAACCTGA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=88;TCR=90;TR=178;WE=25914809;WS=25914791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	25914901	rs2071298	G	A	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=51;PP=1476;SC=TTGCATATCTGTGGGAAGATG;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=76;WE=25914909;WS=25914891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	25916979	rs1865760	C	T	5156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=88;PP=2965;SC=TGATGGTGCACAACCAGAAAT;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=100;TCR=88;TR=188;WE=25916987;WS=25916969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr6	25918688	rs3752421	G	A	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=14;PP=1343;SC=AAATGGAGGCGTTAGGATTTA;SOR=2.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=65;WE=25918696;WS=25918678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	25924158	rs1540273	T	C	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=45;PP=1491;SC=CAGATGTATGTAGTGAGCATC;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=25924166;WS=25924148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	25925823	rs7770139	A	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=3;PP=697;SC=TTAATTTCTCACAGATGATTT;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=25925831;WS=25925813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	25967068	rs2009610	C	T	7732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=140;PP=2965;SC=TCTGCGAAGACGAGGGGCAGC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=119;TCR=140;TR=259;WE=25967076;WS=25967058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr6	26021813	rs9467664	A	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=3;PP=1352;SC=TTTCAGTCTCAGTGTCCGCTG;SOR=3.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=50;TCR=3;TR=53;WE=26021821;WS=26021803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	26022392	rs75397441	C	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=561;SC=TCCAAGTTTGCCCTCCACTCA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=26022400;WS=26022382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	26027135	rs3752420	G	A	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=113;NR=87;PP=2965;SC=GGGCGGCCCTGAAAAGGGCCA;SOR=0.856;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=200;WE=26027143;WS=26027125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr6	26027433	rs3752419	G	A	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=142;NR=168;PP=2965;SC=GGTGACGCTTGGCACCTCCCT;SOR=0.860;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=142;TCR=168;TR=310;WE=26027441;WS=26027423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr6	26031868	rs2213284	G	A	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=74;PP=2686;SC=ATGAAAAAGTGACTTTACATT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=157;WE=26031876;WS=26031858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	26033506	rs2230655	G	A	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=71;PP=2608;SC=CACGCCCCAAGAGTTTATTAA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=72;TCR=71;TR=142;WE=26033514;WS=26033496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	26033809	rs3842706	T	TAAG	9665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=102;PP=2924;SC=CTACTTCTGATAAGGGAAAAT;SOR=1.067;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=135;TCF=21;TCR=114;TR=123;WE=26033817;WS=26033799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	26044369	rs2032447	A	G	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=65;PP=2152;SC=TGTACTTACAATACCTGGCCG;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=128;WE=26044377;WS=26044359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	26045929	rs3752416	T	C	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=75;PP=2662;SC=AGGAGGCTTGTGAGGCCTACC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=142;WE=26045937;WS=26045919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	26056072	rs8384	G	C	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=40;PP=2286;SC=TAGCGGCCTTGGGCTTCACAG;SOR=1.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=121;WE=26056080;WS=26056062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	26056549	rs10425	A	G	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=80;PP=2965;SC=CCGGGGGACCAGACGCCTTAC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=138;WE=26056557;WS=26056539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	26056708	rs12204800	C	T	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=42;PP=1253;SC=TGAAGCAGCGCCTGGGCAGGG;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=26056716;WS=26056698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	26087856	rs2858993	T	A	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=41;PP=1337;SC=TGCTCAACCCTATCCGCAAGC;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=26087864;WS=26087846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	26093297	rs2794717	G	A	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=29;PP=1800;SC=TTGTTAGGGGGTGGGCTGAGG;SOR=1.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=93;WE=26093305;WS=26093287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	26104057	rs198854	T	C	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=0;PP=159;SC=TCCACCCACTTGGTGACCAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=26104065;WS=26104047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	26104280	rs2229768	T	C	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=87;PP=2965;SC=AACCGGCTATTCGCCGTTTGG;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=186;WE=26104288;WS=26104270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr6	26108282	rs198844	C	G	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=52;PP=1625;SC=ATAGCGGCTACACCAGCACTG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=69;WE=26108290;WS=26108272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	26123629	rs198821	T	C	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=988;ReadPosRankSum=-0.918;SC=CCAGTTCCTATATTCTAATAC;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=42;WE=26123637;WS=26123619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr6	26124430	rs198819	C	T	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=32;PP=2720;SC=GAGCTTAGGCCGCTGGTTTTG;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=100;TCR=32;TR=132;WE=26124438;WS=26124420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	26184102	rs7766641	G	A	7223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=129;PP=2965;SC=GAAGAAGGACGGCAAGAAGCG;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=107;TCR=129;TR=236;WE=26184110;WS=26184092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr6	26199524	rs438534	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=581;SC=GTAAAAGTGAATTTTGTTAGC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=26199532;WS=26199514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	26200083	rs1059486	A	G	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=83;PP=2965;SC=AGACGGCCGTACGCCTGCTGC;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=180;WE=26200091;WS=26200073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	26271713	rs9393690	A	T	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=36;PP=1055;SC=TTTTCAAAAGACCCGCGCAAC;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=26271721;WS=26271703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	26285560	rs2393592	A	G	10520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=192;NR=188;PP=2965;SC=TCAGAACACCACGAGTCTCCT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=380;TCF=192;TCR=188;TR=380;WE=26285568;WS=26285550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr6	26285683	rs2393593	T	C	9168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=176;PP=2965;SC=GACGCTTAGCTCCTCCCTTAC;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=329;TCF=153;TCR=176;TR=329;WE=26285691;WS=26285673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr6	26285867	rs3999544	C	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=416;SC=GGCCCCACCCCGCATAGCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=26285875;WS=26285857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	26370605	rs9379860	T	C	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=76;PP=2965;SC=GAGGGATCCATCTGGAGTGCA;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=96;TCR=76;TR=172;WE=26370613;WS=26370595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	26370660	rs12205731	G	A	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=91;PP=2965;SC=GTGGAGCAACGCCAAGGGAGA;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=196;WE=26370668;WS=26370650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr6	26374658	rs2073526	G	A	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=42;PP=1354;SC=ACTGTGACCCGTGGATGTTCT;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=89;WE=26374666;WS=26374648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	26385113	rs4490658	A	G	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=3;PP=1405;SC=GAACCCCTGTAGCCTTGGAAT;SOR=4.534;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=50;TCR=3;TR=53;WE=26385121;WS=26385103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	26385170	rs61364019	G	GT	5332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.96;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr6	26390830	rs2076029	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=600;SC=ATAGAAAGGATGGTTCCTACG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=26390838;WS=26390820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	26393021	rs1614887	G	A	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=49;PP=2339;SC=GGGACAGATCGCACATCTACA;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=105;WE=26393029;WS=26393011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	26406255	rs3857550	G	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.74;QD=32.55;SOR=7.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	26409729	rs41266837	G	A	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=295;SC=GAGTGCACCGGCCCCCATGAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=26409737;WS=26409719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	26422260	rs1796522	G	A	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=31;PP=1846;SC=GAGAGGTTGGGCCCGACCAGC;SOR=1.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=97;WE=26422268;WS=26422250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	26423560	rs4320356	C	T	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=43;PP=1272;SC=TTGGGTAAAGCTTCTCTTCTA;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=50;WE=26423568;WS=26423550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	26428842	rs1741740	A	G	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=21;PP=1539;SC=TTCTTCTGTTAAAGACATGAT;SOR=1.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=74;WE=26428850;WS=26428832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	26431285	rs12207181	C	T	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=79;PP=2791;SC=AATACTGGGCCCTGACCTCCC;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=136;WE=26431293;WS=26431275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	26465384	rs12202419	T	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=487;SC=TGTTTCAAACTAAGTGGATAT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=26465392;WS=26465379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	26505135	rs3736780	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=368;SC=ACATTAAGTCCAGATTCTCTC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=26505143;WS=26505125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	26598798	rs3800304	G	A	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=48;PP=1355;SC=CCAACAAAGGGCTCCTGGCCA;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=26598806;WS=26598788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	27216848	rs1234145	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=581;SC=GCATCTCACCTCCCCACCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=27216856;WS=27216838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	27277402	rs6456773	C	T	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=47;PP=1551;SC=GCTGGAATGCCGCCAATGCCT;SOR=1.099;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=27277410;WS=27277392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	27356527	rs13220817	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=174;SC=GCTGATACGTTGCTCAGTCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=27356535;WS=27356519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	27356867	rs4713091	A	G	11139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=206;NR=183;PP=2965;SC=GGGTGCTCTTAGAGGTTCTGG;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=391;TCF=208;TCR=183;TR=389;WE=27356875;WS=27356857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr6	27356902	rs10807020	A	G	10908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.720;SC=GGTTCTTCGAAGGAAACGGGC;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=382;TCF=184;TCR=198;TR=380;WE=27356910;WS=27356892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,398:1.00:400
chr6	27356925	rs10807021	T	G	9121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=0.292;SC=AAGGGTCGCGTGTGGTTTGGC;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=319;TCF=146;TCR=173;TR=317;WE=27356933;WS=27356915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,330:0.99:332
chr6	27357308	rs6904883	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=563;SC=AGTACTTGCTTGGCCGGGCGC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=27357316;WS=27357298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	27424443	rs764461	T	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=337;SC=ATTAGTGACATAACAAAGCAT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=27424451;WS=27424433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	27424960	rs10484398	G	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=273;SC=TAGAAATTTAGAAATGGTTGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=27424968;WS=27424959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	27425185	rs1883216	C	A	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=72;PP=2220;SC=AAAGTCACCGCTTCCTGAAAT;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=144;WE=27425193;WS=27425175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	27435707	rs2272814	G	A	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=31;PP=1001;SC=GATCTAGGGGGAGAAGCAGGA;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=27435715;WS=27435697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	27440004	rs7750795	A	C	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=133;PP=2965;SC=AGTATTTGATACTCCAGTCAT;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=132;TCR=133;TR=265;WE=27440012;WS=27439994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr6	27791865	rs200500	G	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=24.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	27792221	rs200499	C	T	10929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.44;QD=44.25;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr6	27792228	rs200498	T	C	11035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.81;QD=43.97;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr6	27799258	rs41269273	A	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.88;MQRankSum=-4.572;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr6	28198672	rs78526066	G	A	6969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=104;PP=2965;SC=AAGCGAGAGAGTGGGCCTTGC;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=134;TCR=104;TR=238;WE=28198680;WS=28198662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	28228342	rs1679709	A	G	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.013;SC=AAGACAAAAGAGAAAGATGAC;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=68;TCR=124;TR=191;WE=28228350;WS=28228332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr6	28239932	rs61622742	T	TG	4058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=46;PP=2957;SC=CTGTCAACAGTGCTACAGCCC;SOR=0.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=82;WE=28239940;WS=28239922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	32551955	.	G	GCT	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.33;QD=42.93;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	32551958	rs1064592	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.14;QD=45.99;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	32551960	.	TGC	T	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.14;QD=42.81;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	32551970	rs17886918	T	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.29;QD=43.12;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	32551995	rs17853229	AG	CT	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.59;QD=44.78;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	32551998	rs17853228	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.53;QD=39.62;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	32552059	rs17883134	G	T	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.06;QD=43.46;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	32552067	rs17882603	C	T	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.35;QD=41.41;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	32552129	.	C	CAGACGTAGAGTA	545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.61;QD=38.98;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	33408465	rs138475712	TTC	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.88;MQRankSum=0.119;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr6	33553580	rs394199	C	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=9;PP=214;SC=GGGTGCAATACCAGCAGGTAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=33553588;WS=33553570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	33608379	rs4713647	T	C	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=55;PP=1598;SC=GCTGCAGGGTTCTGGACCTGC;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=76;WE=33608387;WS=33608369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr6	33646328	rs2274195	T	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=18;PP=928;SC=GGGGTGAGGGTGCAGGGCTGG;SOR=1.392;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=57;WE=33646336;WS=33646318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	33647594	rs4713653	C	A	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=23;PP=1813;SC=TGGTAAGCAACGGAGAGGAGA;SOR=2.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=87;WE=33647602;WS=33647584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	33647651	rs4713654	A	G	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=104;NR=75;PP=2965;SC=GCCCCCTCCCACCCGCAGCTG;SOR=0.910;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=107;TCR=76;TR=179;WE=33647659;WS=33647640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	33648228	rs2229638	C	T	9593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=174;NR=160;PP=2965;SC=TGGACATGGCCCGGGTCTGTC;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=336;TCF=174;TCR=162;TR=334;WE=33648236;WS=33648218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr6	33651322	rs6915136	T	C	58.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=37;SC=CTCTACACTCTGGGGCTGCTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=33651330;WS=33651312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	33653111	rs942637	T	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=22;PP=1517;SC=GCTGAGGTTGTTCCCTGGCCA;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=33653119;WS=33653101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	33653486	rs12528378	G	A	6828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=141;NR=103;PP=2965;SC=AGCCTGCGCCGGGGGCACGAG;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=141;TCR=103;TR=244;WE=33653494;WS=33653476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	33654378	rs4640882	A	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=42;PP=1305;SC=TGTCAAGTGTACATAGTGGTG;SOR=3.180;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=33654386;WS=33654368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	33660411	rs653536	T	C	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=0;PP=289;SC=GGCTGGGTCCTCAATATCACA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=33660419;WS=33660404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	33662667	rs684119	C	T	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=31;PP=1525;SC=AGGCCGGGCCCACGCCTGCTT;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=84;WE=33662675;WS=33662657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	33703089	rs623813	C	T	6463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=97;PP=2965;SC=TCATGGCCAGCGGCAGGGATT;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=122;TCR=97;TR=219;WE=33703097;WS=33703079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	33703230	rs545787	G	A	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=58;PP=1629;SC=TGTCCCCGGCGTCTGCGCTGT;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=86;WE=33703238;WS=33703220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	33754735	rs138732144	C	T	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=880;SC=GTATCCAAATCCTGGATTAGG;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=33754743;WS=33754725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	34003314	rs34906910	A	T	1608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=13;PP=690;SC=GAATGAGGCAAGAAAGAAGGC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=34003322;WS=34003304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	34003336	rs2451381	T	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=15;PP=819;SC=GAATGAGGCATGAAAGAAGGC;SOR=1.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=41;WE=34003344;WS=34003326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	34003685	rs2228623	T	C	11543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=191;NR=223;PP=2965;SC=GGGGGTCGAGTGTCCGCTGGT;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=415;TCF=191;TCR=224;TR=414;WE=34003693;WS=34003675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr6	34008006	rs2229900	A	G	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=49;PP=2011;SC=ACTCGGCAGAATCGTTGCGCA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=116;WE=34008014;WS=34007996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	34026938	rs2451359	C	T	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=82;PP=2965;SC=AGCCCAGCCGCGTCTGTCCAC;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=184;WE=34026946;WS=34026928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr6	34078463	rs744102	G	A	11604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=248;PP=2965;SC=CTCCAGGAGCGTGTGTCTGCC;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=416;TCF=168;TCR=248;TR=415;WE=34078471;WS=34078453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr6	34211341	rs35381162	GT	G	3034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=33;PP=2032;SC=GCTCTTTTGAGTTGAGGGTGT;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=49;WE=34211349;WS=34211331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	34212743	rs2780219	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=479;SC=CACCGCCCCCACCCCTTCCCC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=34212751;WS=34212733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	34213296	rs1150783	T	C	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=52;PP=2002;SC=CCCCCTTCGGTTACAGGAAGG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=113;WE=34213304;WS=34213286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	34214322	rs1150781	C	G	5450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=98;PP=2965;SC=ACCAGCCGCCCCCATCCCAGA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=95;TCR=98;TR=192;WE=34214330;WS=34214312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr6	34214994	rs3997805	G	GTC	1360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=26;PP=1316;SC=TGGCTGCCTCGTCTCCTCCCT;SOR=2.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=28;WE=34215002;WS=34214984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	34496369	.	C	G	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=10;PP=760;SC=TGAGGGGGGGCCTCTGGGCAG;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=34496377;WS=34496351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	34664207	rs3800456	T	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=17;PP=1545;SC=GCGCTGGCACTGCGGGGCCGG;SOR=2.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=78;WE=34664215;WS=34664197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	34949451	rs3817473	C	T	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=48;PP=2750;SC=ATGTGATCTGCTTGTTAACCC;SOR=1.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=100;TCR=48;TR=148;WE=34949459;WS=34949441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	34949607	rs2293242	C	T	11143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=2.249;SC=CAGCACTGTACGGGCGACTGG;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=388;TCF=198;TCR=190;TR=384;WE=34949615;WS=34949597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,415:1.00:417
chr6	34962019	rs11755713	G	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=476;SC=ATTTGTTCCAGACTGCCTGTC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=34962027;WS=34962009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	34962060	rs3823438	G	A	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=16;PP=1322;SC=AAGATACACTGGATGTTTCTC;SOR=1.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=34962068;WS=34962050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	34977813	rs12661991	A	G	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=50;PP=1713;SC=AAATTTTTAAAAATTAGCTGG;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=99;WE=34977821;WS=34977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	34985800	rs2820236	A	G	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=88;PP=2612;SC=AGAAAAGGCTAGAGAAGTCAC;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=49;TCR=88;TR=137;WE=34985808;WS=34985790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	35027927	rs820085	T	C	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=28;PP=1086;SC=TCATCAGGTTTACGGACGCTG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=35027935;WS=35027917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	35046154	rs820100	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=292;SC=CAGCTCTGCCTAGCTCCCCTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=35046162;WS=35046144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	35047579	rs2762338	G	C	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=27;PP=960;SC=CTGTCACCTCGCTGCTCCTCA;SOR=1.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=41;WE=35047587;WS=35047569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	35047732	rs2689094	T	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=30;PP=1021;SC=CAGAAAGGAATGTATGTTTGT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=35047740;WS=35047722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	35050506	rs2177382	G	A	5550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=61;PP=2965;SC=TGCGGCCCCCGAGCCTGGCAG;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=125;TCR=62;TR=186;WE=35050514;WS=35050496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr6	35053383	rs66645129	CTAGGAAGAG	C	1006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=2941;SC=CAACAGAGACCTAGGAAGAGT;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=35053399;WS=35053382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	35054983	rs71650764	GGCAGCGTAGACGCT	G	2646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=34;PP=2973;SC=TTGGGCGGGCGGCAGCGTAGA;SOR=3.334;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=35055004;WS=35054973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	35056443	rs2005	A	G	6974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=141;PP=2965;SC=ATAGGCTCCCACTGCCACCAC;SOR=1.188;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=101;TCR=142;TR=242;WE=35056451;WS=35056433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	35058117	rs707968	A	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=634;SC=GCCACTGCGCACATGCTGGTG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=35058125;WS=35058107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	35088956	rs2494096	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=651;SC=TTCAGAAGATAACATGTGGCC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=35088964;WS=35088946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	35104018	rs12661389	C	A	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=61;PP=1913;SC=AACAATGAGCCCATGCAAGTC;SOR=1.587;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=97;WE=35104026;WS=35104008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	35107682	rs3777748	T	A	573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=465;SC=CAAATTTTTTTAAAAAGGAAT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=35107690;WS=35107672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	35109032	rs142118879	CGCGGCCTG	C	1252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=8;PP=1755;SC=CGGTGGGCCTCGCGGCCTGGC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=35109047;WS=35109022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	35203203	rs13214290	T	G	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=33;PP=1352;SC=CCTAAACAGCTTTTTTACAAT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=35203211;WS=35203193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	35205541	rs1929849	T	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=785;SC=GAGCCTCCCTTGGCTTAATGC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=35205549;WS=35205531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	35205881	rs734538	G	A	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=59;PP=1893;SC=ATTAGGGGATGACACCTCCTC;SOR=1.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=87;WE=35205889;WS=35205871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	35216296	rs2071920	C	T	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=4;PP=797;SC=CCACCCCCGACGGTGAGGCTG;SOR=3.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=35216304;WS=35216286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	35258539	rs763157	C	A	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=42;PP=1235;SC=GGAGGGTTCTCGTTCTGTTTG;SOR=3.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=35258547;WS=35258529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	35259261	rs1894650	C	G	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=66;PP=2965;SC=GACCTGGAGCCCAGTGCCATC;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCR=66;TR=177;WE=35259269;WS=35259251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	35259646	rs9366883	G	C	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=96;PP=2420;SC=GCTGGTCTGGGGGTAGGGTAT;SOR=2.285;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=33;TCR=96;TR=129;WE=35259654;WS=35259636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	35260503	rs1557567	C	T	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=132;PP=2965;SC=GCAGTGCCCACGGCGAGCTGG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=142;TCR=132;TR=274;WE=35260511;WS=35260493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr6	35260530	rs1557568	C	T	7116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=120;PP=2965;SC=CGGAGGAGAGCGAGCAGGCCC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=130;TCR=120;TR=249;WE=35260538;WS=35260520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr6	35285720	rs2395617	A	C	7378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=139;NR=127;PP=2965;SC=AAGACAGCCAACCGCACGTAT;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=139;TCR=127;TR=266;WE=35285728;WS=35285710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr6	35378778	rs2016520	C	T	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=36;PP=1381;SC=ATGGGAACCACCCTGTAGAGG;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=81;WE=35378786;WS=35378768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	35391787	rs2076167	C	T	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=28;PP=2590;SC=TGACTGCAAACGAGGGGAGCC;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=95;TCR=28;TR=123;WE=35391795;WS=35391777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	35420628	rs9470029	A	C	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=117;SC=TGTCGGGGGAACGACACACAC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=35420636;WS=35420618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	35423489	rs7757405	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=602;SC=CCTTCAGCCAAACACTTAACT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=35423497;WS=35423479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	35423662	rs4713867	A	C	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=65;PP=2183;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CCCCTGACCCAGATGCCTGGC;SOR=0.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=138;WE=35423670;WS=35423652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr6	35424188	rs3800377	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=38;PP=1137;SC=GGCTTTATCCATGGGGAAGGC;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=35424196;WS=35424178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	35424268	rs4713868	A	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=279;SC=GGTAGGGTTGAGGGAATGTAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=35424276;WS=35424258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	35425416	rs13214239	A	G	8073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=161;NR=130;PP=2965;SC=CCTTTCTTCCATCTTCTACCC;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=161;TCR=130;TR=291;WE=35425424;WS=35425406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr6	35443573	rs2076170	T	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=14;PP=681;SC=AGGATCCATCTCTGGCACTCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=35443581;WS=35443563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	35444349	rs34250016	TACA	T	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=331;SC=TGTGTCCTTGTACAGTGTACA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=35444359;WS=35444339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	35448189	rs760782	T	C	7819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=136;PP=2965;SC=GAGGAAAACATAGACAGTGAG;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=133;TCR=136;TR=268;WE=35448197;WS=35448179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr6	35477025	rs2064318	C	G	4739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=58;PP=2965;SC=TTTGATTGCTCTTCTTTATCA;SOR=1.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=160;WE=35477044;WS=35477015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	35477152	rs7752728	C	T	7816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=139;NR=131;PP=2965;SC=GTGCTTCCAACACCCATGTCT;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=139;TCR=131;TR=270;WE=35477160;WS=35477142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr6	35477303	rs9296155	T	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.229;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=1426;ReadPosRankSum=1.869;SC=ACTCTAGACCTGGCAAACTCC;SOR=0.435;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=60;WE=35477311;WS=35477293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr6	35478612	rs2273001	G	A	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=73;NR=45;PP=1982;SC=TTCCCTGTGAGCTCTCTCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=118;WE=35478620;WS=35478602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	35479574	rs7764472	G	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=579;SC=CGGCCTCCCCGTCCGCCCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=35479582;WS=35479564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	35479876	rs2273003	C	G	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=3;PP=136;SC=CAGGGCTCGGCGACACCCGCG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=35479884;WS=35479866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	35480262	rs1540910	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=5;PP=233;SC=AAACCCCAAGTCCCCAAACAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=11;WE=35480270;WS=35480252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	35610681	rs2143404	T	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=702;SC=ATCTTGAATGTCCCTGGGAAC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=35610689;WS=35610671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	35705892	rs2817041	T	C	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=48;NR=42;PP=1260;SC=AGGATGAGTATGCCAAGAGCA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=90;WE=35705900;WS=35705882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	35706063	rs9296162	T	G	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	35715303	rs2252881	G	C	5306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=89;PP=2965;SC=CTTCCTTGCTGAGGCCCAGAC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=90;TCR=90;TR=179;WE=35715311;WS=35715293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr6	35745655	rs2478467	C	T	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=15;PP=645;SC=GGGCAGGGATCGCATCATATT;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=35745663;WS=35745645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	35747108	rs6910332	G	A	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=24;PP=1185;SC=GGTGACTCCCGATTCTCATAC;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=35747116;WS=35747098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	35748931	rs34109614	T	C	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.19;ReadPosRankSum=2.234;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr6	35755658	rs12211728	A	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=40;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TCTTTGGCCAATATAGAGCGT;SOR=0.873;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=258;TCF=157;TCR=101;TR=112;WE=35755666;WS=35755648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,119:0.45:264
chr6	35762937	rs41270082	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=573;ReadPosRankSum=-1.902;SC=TGCTTGGAGCGTCCAGCGTCA;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=40;WE=35762945;WS=35762927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr6	35765151	rs3748049	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=246;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CCTCACGAGATCCACCTGCAT;SOR=1.445;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=12;WE=35765159;WS=35765141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr6	35912174	rs115259117	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=316;SC=TCTGCTGAACGCAGTGGCTCA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=35912182;WS=35912164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	35943339	.	G	GT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=4.203;QD=0.30;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,15:0.14:104
chr6	35992332	rs9368897	T	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=7;PP=323;SC=CACACGGCTCTCGCCTGGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=35992340;WS=35992322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	36027142	rs3730327	A	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=28;PP=1091;SC=AATTTTTTGCATTTGCCTTCC;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=36027161;WS=36027132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	36044225	rs3730366	A	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=6;PP=1207;SC=AGTAATTTGAATATTTCACCC;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=36044233;WS=36044215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	36070227	rs16884857	G	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=607;SC=AAGACAGTTAGAAACACTGAA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=36070235;WS=36070218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	36076280	rs6457878	C	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=35;PP=936;SC=GGCCTTTTCACGGGAACTCTC;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=36076288;WS=36076270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	36098333	rs12191295	T	C	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=37;PP=1950;SC=GCCGCCACGCTGGGGCCGCCG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=117;WE=36098341;WS=36098323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	36098410	rs1059227	A	C	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.34;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	36098497	rs146539855	T	TGGGGGGC	364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.92;QD=45.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	36103921	rs2252430	G	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=30;PP=897;SC=TTGGAGGGAGGGGACACTGCC;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=36103929;WS=36103911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	36104803	rs2815812	T	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=990;SC=AATAACTGTCTTTTTTTTCTT;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=36104811;WS=36104793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	36106350	rs115149227	C	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=18;PP=1184;SC=CCCTGGCAGGCACTCTTGTCT;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=36106358;WS=36106348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	36107172	rs2071863	G	A	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=43;PP=1078;SC=GCATGGCACCGCCGGCCAGAC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=36107180;WS=36107162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	36177857	rs2239798	T	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=12;PP=584;SC=CAGGCCAGGGTGGGCCAGGAC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=36177865;WS=36177847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	36189887	rs2301422	C	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=353;SC=GAAGGGGAGTCGGCGTTTTAG;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=36189895;WS=36189877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	36193258	rs199593691	GA	G	212.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=1.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr6	36193259	rs41270094	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
chr6	36193303	rs59200830	C	T	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=36;PP=1016;SC=TAGCAAGGCTCCCAGCTTGGA;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=36193311;WS=36193293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	36198396	rs3833482	TG	T	4852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=69;PP=2951;SC=AGGGCAGGGCTGGGCCTGCAT;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=13;TCR=73;TR=81;WE=36198404;WS=36198386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	36198421	rs9470234	T	C	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=61;PP=2108;SC=TTGCCCTGCCTCCATCCCGCA;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=109;WE=36198429;WS=36198411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	36259369	.	C	G	89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=16;MQ=59.13;NF=0;NR=12;PP=89;QD=10.3142677123;SC=ACGGAGGGGGCGGGGGAGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=12;WE=36259377;WS=36259359;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr6	36260914	rs2239796	C	T	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	36261885	rs4713949	A	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=8;PP=962;SC=CTGGTGCCATATCCCATGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=36261893;WS=36261875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	36262991	rs4713951	C	T	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=175;SC=TCTTAGCAGACAGTGAGGGAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=36262999;WS=36262988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	36269603	rs10947600	G	A	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=13;PP=1544;SC=CTGCTGCCAGGGCTGAGTAAC;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=67;WE=36269611;WS=36269593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	36270130	rs12199580	C	A	7705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=138;PP=2965;SC=CCCACTTCACCCAGGCCATCC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=128;TCR=138;TR=266;WE=36270138;WS=36270120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr6	36322471	.	TA	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr6	36355372	rs2234071	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=31;PP=738;SC=CTCCCCTGGCTGTGGCTGCTG;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=36355380;WS=36355362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	36452603	rs201092661	TA	T	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr6	36564874	.	C	T	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=21;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=16;MQ=57.2;NF=0;NR=4;PP=25;QD=14.9428031368;SC=CAATTGGGATCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=4;WE=36564882;WS=36564864;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr6	36683509	rs12662733	G	A	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=19;PP=525;SC=CACAGCAGGGGTCAAGGGGGC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=36683517;WS=36683499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	36686272	rs236487	C	T	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=10;PP=575;SC=CTCCACAGAGCGACTCTCGGG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=36686280;WS=36686262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	36686407	rs236486	C	T	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=33;PP=1021;SC=CCGAACAGGTCTTTAATATCT;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=36686415;WS=36686397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	36689030	rs236478	A	C	6266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=110;PP=2965;SC=GGGACCAGCTACTGAGCAACT;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=218;WE=36689038;WS=36689020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	36689630	rs236477	C	T	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=30;PP=1093;SC=CCACAACTGCCCTCACAGGAG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=36689638;WS=36689620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	36689961	rs183541	A	C	8348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=114;PP=2965;SC=ACAAGAGGGCAGAGGTGGGCA;SOR=1.098;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=285;TCF=171;TCR=114;TR=284;WE=36689969;WS=36689951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr6	36695519	rs236472	T	C	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=46;PP=1472;SC=TCAAGAGGGATCTTATATCCT;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=36695527;WS=36695509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	36695661	rs236471	A	C	150.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=120;SC=CATAGTACAGACTTCAAACCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=36695669;WS=36695651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr6	36698285	rs190201	G	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.24;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	36698294	rs236462	G	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.73;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	36698556	rs57522248	AC	A	462.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.782;HP=14;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=450;ReadPosRankSum=1.741;SC=CGCCGCCCCCACCCCCCCCCT;SOR=3.418;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=36698569;WS=36698546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr6	36698561	rs13199451	C	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.690;HP=8;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=246;ReadPosRankSum=1.242;SC=CCCCCACCCCCCCCCTTGCAG;SOR=2.788;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=11;WE=36698569;WS=36698546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr6	36700202	rs374852059	G	GGGT	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=548;SC=AATGTGGGGGGGGGGTGTTAC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=36700210;WS=36700192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	36711406	rs3213534	G	A	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=13;PP=1053;SC=GGGGTGTGAGGTCCGCCTGGC;SOR=1.877;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=51;WE=36711414;WS=36711396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	36712962	rs743870	C	T	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=71;PP=2059;SC=GGTCTGTCTGCGGGACCTCTG;SOR=1.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=31;TCR=71;TR=102;WE=36712970;WS=36712952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	36713263	rs763046	A	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	36714139	rs3213535	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=0;PP=423;SC=CCCCAGCCTGATCAGTCCTCT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=36714147;WS=36714129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	36715833	rs1010790	A	T	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=885;SC=TGGGGATACTACTGCCATCTT;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=36715841;WS=36715823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	36723884	rs236443	C	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=3;PP=334;SC=CACCCCTCCCCACCCCATCTC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=36723892;WS=36723874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	36733132	rs763048	G	A	11830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=228;NR=198;PP=2965;SC=GATCCCAGTCGTACACCTCCA;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=426;TCF=228;TCR=198;TR=426;WE=36733140;WS=36733122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr6	36759741	rs9366916	G	A	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=548;SC=CAGGGGCTCAGGGAGGCCAGC;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=36759749;WS=36759731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	36759768	rs9349011	C	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=4;PP=728;SC=TCCATCACCCCCACCCCAACC;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=36759776;WS=36759758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	36767920	rs11419511	T	TG	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=508;SC=GGGAGAGCACTGGCTCAGAGC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=36767928;WS=36767910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	36790630	rs9394384	T	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=261;SC=GTGTTGAGGCTTCACAAGCGT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=36790638;WS=36790620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	36790666	rs9366917	G	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=8;PP=579;SC=TCAAATCTCCGCAATTATCTT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=36790674;WS=36790656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	36853685	rs11461876	G	GC	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=366;SC=ACAAGGCCTCGCCCAGGAGTG;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=36853693;WS=36853675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	36853786	rs11461877	A	AG	1709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=1473;SC=GAGGAGCCCGAGGGGCGCGAG;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=36853794;WS=36853776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	36853857	rs5875560	T	TCGC	5330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=32;PP=2967;SC=TGTGACAGCCTCGCCGCGCCC;SOR=1.302;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=60;WE=36853865;WS=36853847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	36922385	rs1405070	G	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=230;SC=GACCCAAAGCGCCCAGCCCTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=36922393;WS=36922375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	36922684	rs1405069	A	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=21;PP=525;SC=GGTATCCCCGACGGCCTCAGA;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=36922692;WS=36922674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	36931162	rs2296934	A	G	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=111;PP=2965;SC=GGGCAAGGGAACTCCTACCCC;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=107;TCR=111;TR=218;WE=36931170;WS=36931152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	36931549	rs4585544	A	G	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=14;PP=894;SC=TGGGCGGGACATCAGGCACAG;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=36931557;WS=36931539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	36936771	rs7772210	A	G	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=44;PP=1357;SC=AGGAAAAGTAAGGTGAGTGAA;SOR=2.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=36936779;WS=36936761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	36940343	rs2293383	G	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=680;SC=GCCTGATGCTGAGAATCCCAG;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=36940351;WS=36940333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	36943513	rs2293385	G	C	10011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=169;PP=2965;SC=AGGCAAGACAGAGATACAGGG;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=342;TCF=171;TCR=171;TR=339;WE=36943521;WS=36943503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr6	36943573	rs2293386	A	G	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=114;PP=2965;SC=GGCTGAGCCCACCAGTTCTGC;SOR=1.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=70;TCR=114;TR=184;WE=36943581;WS=36943563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr6	36943605	rs2293387	A	G	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=84;PP=2452;SC=CAGTCCTGGCAGGGATGGGGA;SOR=2.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=29;TCR=84;TR=113;WE=36943613;WS=36943595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	36944495	rs708007	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=332;SC=CCTGGCACCTACCCAGGGCTG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=36944503;WS=36944485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	36945062	rs2293388	G	C	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=30;PP=871;SC=CAGGTGATGTGGTGGGCCACA;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=36945070;WS=36945052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	36945282	rs2293389	C	A	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=265;SC=CAGTAGAATACCCCCAACCCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=36945290;WS=36945273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	36953919	rs35538959	AG	A	873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=443;SC=CCGCGAGCCCAGGGCGCCACT;SOR=1.220;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=36953927;WS=36953909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	36976637	rs831510	G	C	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=63;PP=2853;SC=CCAGAGGCCAGAGGCTAGAGG;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=144;WE=36976645;WS=36976627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr6	36976946	rs4714032	G	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=329;SC=TTCCCCAGGTGGGGGTATGGT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=36976954;WS=36976936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	36978745	rs1724088	G	A	8996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=151;NR=160;PP=2965;SC=CCAATCCTCCGCAGGAGCCAG;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=151;TCR=162;TR=311;WE=36978753;WS=36978735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr6	36978834	rs1753288	A	G	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=76;PP=2389;SC=CAGGCCAGTGACCAGGACACC;SOR=2.115;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=29;TCR=78;TR=105;WE=36978842;WS=36978824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	36978879	rs1724087	T	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=1075;SC=TCTCCTCACCTCACCCCTTCT;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=36978887;WS=36978869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	36982309	rs75479065	C	CT	1839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=34;NR=4;PP=1667;SC=AGGGCTGCTCCTGGGGGCTGT;SOR=3.171;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=36982317;WS=36982299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	36982947	rs831494	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=729;SC=CTGTCTTTTTCTGCTTTGGCA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=36982955;WS=36982937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	36988364	rs831504	C	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=9;PP=545;SC=TCCTGGTGTCCGGGAAGCAGC;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=36988372;WS=36988354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	36988664	.	A	ATGTG	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=188;SC=GTATGTATGCATGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=36988672;WS=36988654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	36989391	rs831502	G	C	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=53;PP=1860;SC=GTAAATGAAGGCTTTTTCATC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=36989399;WS=36989381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	36990736	rs831499	T	C	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=61;PP=2965;SC=TTGCTGAAGGTACCCCTGAAG;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=102;TCR=61;TR=163;WE=36990744;WS=36990726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	37012780	rs41272212	G	A	5577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.830;NF=123;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=0.620;SC=CGCGCTCCCCGGGGTGGCAGT;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=124;TCR=75;TR=197;WE=37012788;WS=37012770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,201:0.99:203
chr6	37138023	rs59116171	GGCA	G	2191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=15;PP=1715;SC=CGGCGGGACCGGCAGCAGCAG;SOR=1.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=34;WE=37138033;WS=37138013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	37140670	rs71773641	AT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr6	37180237	rs1224329	G	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=691;SC=AGGTAGTCATGAGTTCACTGC;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=37180245;WS=37180227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	37180355	rs1150789	G	A	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AAGTGCAGGAGCATGTGTGAG;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=168;WE=37180363;WS=37180345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr6	37180523	rs1150790	A	G	5664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=100;PP=2965;SC=ATACAATAAAAGAGGAAGCAG;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=81;TCR=100;TR=181;WE=37180531;WS=37180513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr6	37250112	rs195753	A	G	4838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=86;PP=2900;SC=AATTCCGTCAACTTCTCTCCA;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=165;WE=37250120;WS=37250102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	37252210	rs3818136	C	T	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=68;PP=2473;SC=ACTCTCGAAACGAGGAACATC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=136;WE=37252218;WS=37252200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr6	37280844	rs149708	A	G	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=28;PP=829;SC=CTAGGTCCAGAGGCTCCCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=37280852;WS=37280834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	37291965	rs77416793	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=15;PP=1170;SC=TAGATACAGTATCTTATTTAA;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=37291973;WS=37291955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	37348920	rs2284923	C	T	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=34;PP=2394;SC=CACATTCCTACTGTAGGCTGT;SOR=1.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=116;WE=37348928;WS=37348910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	37438959	.	C	A	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=80;PP=2247;SC=TTTTAAAACACCTGCTTTTTT;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=37;TCR=80;TR=117;WE=37438967;WS=37438949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	37445511	.	C	G	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=15;MQ=56.97;NF=0;NR=13;PP=122;QD=12.0593240421;SC=GGGTCGGGGGCGGGGGGTGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=13;WE=37445519;WS=37445501;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr6	37522966	rs6942122	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=160;SC=AAGCTCTTCATTGGGCCATAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=37522974;WS=37522964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	38147355	rs6458044	A	G	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=98;PP=2965;SC=CCCACAGCGCAGCTCCTGCCC;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=78;TCR=98;TR=175;WE=38147363;WS=38147345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	38455368	.	CGA	C	81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9999;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=18;MQ=58.51;NF=3;NR=0;PP=81;QD=28.0;SC=AGAGAGTCAGCGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=38455377;WS=38455358;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,3:0.50:6
chr6	38472125	rs9380754	GG	CT	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=787;SC=AACTGATGATGGGCTATTATT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=14;WE=38472134;WS=38472115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	38472176	rs73426901	A	G	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=10;PP=1090;SC=CACTACCCAAACTACAAAATT;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=38472184;WS=38472166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	38520431	.	T	C	68	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=68;QD=25.6928031368;SC=TCATCCTAGCTACTCGGGAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=38520439;WS=38520421;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	38650628	rs4746	T	G	8211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=151;PP=2965;SC=ACTCTGGGTCTCATCATCTTC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=147;TCR=152;TR=297;WE=38650636;WS=38650618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr6	38670837	rs1049346	G	A	6614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=103;PP=2965;SC=CCATGGCTGCGCTGCAGTATC;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=131;TCR=103;TR=233;WE=38670845;WS=38670827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr6	38697839	rs56284095	A	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=202;SC=TCTCTTATACATAGATAATCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=38697847;WS=38697829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	38702212	rs1698996	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=565;SC=TTGATTAGTTGTGTGATTATA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=38702220;WS=38702202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	38718186	rs56323406	C	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=524;SC=CTGAATTTCCCGAGTAAACTT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=38718194;WS=38718176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	38718402	rs56148146	G	A	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=32;PP=882;SC=TAAACTGAGGGCAGTGGCTCG;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=38718410;WS=38718392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	38746090	rs1033526	A	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	38746098	rs1033525	C	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	38750705	rs3800357	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=372;SC=CATTTTACATATAAGTACTTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=38750713;WS=38750695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	38771096	rs12192604	T	C	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=52;PP=1859;SC=AGGTAACTTTTCTCGTTACTG;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=38771104;WS=38771086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	38783177	rs56093987	G	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=421;SC=GGGAATGGAGGTGGTGAAAAT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=38783185;WS=38783167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	38793815	rs12197467	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=493;SC=CACATTTCAAGTGTTCAAAAG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=38793823;WS=38793805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	38830011	rs201484299	G	A	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=15;PP=1154;SC=ATCCTGTAACGTGTCATCCCA;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=38830019;WS=38830001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	38851305	rs62398567	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=526;SC=AAAATGTGTACGCATATAAAA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=38851313;WS=38851295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	38851585	rs72852780	T	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=6;PP=1097;SC=CTGACAAGAATGCTCATTATT;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=38851593;WS=38851575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	38919309	rs10947765	A	G	5115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=96;PP=2965;SC=AAGACTAGCAATCTACAAAAT;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=78;TCR=96;TR=174;WE=38919317;WS=38919299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	38957722	rs2395711	T	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=0;PP=743;SC=GCCCCTCTCCTTTCTTGTAGC;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=38957730;WS=38957713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	38976575	rs12210777	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=721;SC=CTGAACAGCTCACTCTTTTTA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=38976583;WS=38976565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	38979946	rs9296273	T	A	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=193;SC=AAGAGAAATGTCAGATGAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=38979954;WS=38979936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	39033420	rs910163	A	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.58;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	39033427	rs910162	A	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.64;SOR=3.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	39033602	rs6918287	A	G	5734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=101;PP=2965;SC=AGCGAGGGGAAAGAGTGAGTT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=102;TCR=101;TR=203;WE=39033610;WS=39033592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	39033778	rs3765466	T	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=28;PP=850;SC=TGTATTCACCTCTCTGGCCTT;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=39033786;WS=39033768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	39033898	rs9296276	G	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=6;PP=509;SC=CTCTGTCTCTGTGCCATGGGA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=39033906;WS=39033888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	39034072	rs6923761	G	A	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=66;PP=2447;SC=GATCCTCCTCGGCTTCAGGTA;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=138;WE=39034080;WS=39034062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	39034210	rs4711572	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=30;PP=911;SC=CTCTCTACAGAGCCCTGACCG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=39034218;WS=39034200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	39034248	rs9296277	G	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=517;SC=AACACAGGATGTGATACTGTG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=39034256;WS=39034238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr6	39041502	rs1042044	A	C	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=53;PP=2222;SC=TCTCGGTCTTATCTGAGCAAT;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=131;WE=39041510;WS=39041492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	39047035	rs5875654	CAG	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,11:0.13:83
chr6	39048491	rs1126476	A	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	39159167	.	C	T	5967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=88;PP=2965;SC=GTGCTGGGAGCCCACCGCCTT;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=123;TCR=89;TR=211;WE=39159175;WS=39159157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	39162206	rs2815098	A	G	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=13;PP=1164;SC=CTAGAGGAGAAGCTAGCTGGG;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=39162214;WS=39162196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	39162227	rs1541816	G	A	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=11;PP=1173;SC=TACCCAGCCTGACCCGGGAGG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=39162235;WS=39162217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	39272444	rs369970460	G	A	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=59;PP=2188;SC=GAGGTGAGAGGGGGCACTCAG;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=121;WE=39272452;WS=39272434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	39278794	rs72855550	G	C	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=68;PP=1761;ReadPosRankSum=0.618;SC=CTGGGGAAGAGGCTGCAATGA;SOR=0.318;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=126;WE=39278802;WS=39278784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr6	39282036	rs10947804	T	C	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=108;PP=2676;SC=AGCACGGTGCTGGGCACCGCG;SOR=2.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=44;TCR=108;TR=152;WE=39282044;WS=39282026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	39282165	rs185410067	G	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=11;PP=288;SC=AGGGCCAGGCGTCCAGCTCGT;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=39282173;WS=39282155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	39282748	rs11756070	G	A	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=28;PP=1356;SC=TGGAGGAAGCGTCTAGGCTGT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=39282756;WS=39282738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	39282806	rs11756091	G	T	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=36;PP=1660;SC=CTTGGATATGGGGAAGTCCTG;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=39282814;WS=39282796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	39283083	rs11753141	G	A	8736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=146;PP=2965;SC=GAGGCCAGACGTTCATGGAGC;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=162;TCR=146;TR=308;WE=39283091;WS=39283073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr6	39284050	rs1535500	G	T	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=16;PP=648;SC=GTCAGAGGCTGCCCCATCCTT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=39284058;WS=39284040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	39284184	rs3734618	A	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=21;PP=602;SC=CCAGGCTCCGATACACTGAGA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=44;WE=39284192;WS=39284174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	39290200	rs3734619	C	T	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=109;PP=2965;SC=ACTGAGCCTCCGCCTGCCTCT;SOR=1.467;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=66;TCR=109;TR=175;WE=39290208;WS=39290190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr6	39353532	.	GA	G	4424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=50;PP=2162;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GCAAGCTACAGAAAAAAAAAA;SOR=0.371;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=58;WE=39353546;WS=39353522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr6	39353538	.	A	G	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TACAGAAAAAAAAAAAAAAAG;SOR=0.401;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=86;WE=39353546;WS=39353522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr6	39682367	rs303701	G	A	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=28;PP=1911;ReadPosRankSum=-1.135;SC=TGCAGCCTAAGTATATAATTG;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=96;WE=39682375;WS=39682357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr6	39832278	.	G	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
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chr6	39875021	rs115243085	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=-1.121;SC=GAGGAATGAAGAACAAAAAGC;SOR=0.869;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=15;WE=39875029;WS=39875011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
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chr6	41052002	rs6908595	A	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=18;PP=530;SC=ATTACAACCTATTTGATAATT;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=41052010;WS=41051992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	41169021	rs5875743	C	CA	776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=15;PP=641;SC=GGCCCCAAGCCGGGAGGACTC;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=41169029;WS=41169011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	41196034	rs6458202	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	41196040	rs6458203	TC	CT	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	41196095	rs6458205	C	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=8;PP=312;SC=TCAGACCCAGCGTCTGACTCC;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=41196112;WS=41196085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	41196104	rs10700462	C	CCTT	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=9;PP=602;SC=GCGTCTGACTCCTCCTGAGAG;SOR=1.101;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=41196112;WS=41196085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	41196156	rs2803496	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	41196605	rs9369265	T	C	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=42;PP=2309;SC=CTCCAAGCCCTGGACAGCAGT;SOR=1.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=121;WE=41196613;WS=41196595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	41196727	rs2101269	C	T	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=94;PP=2898;SC=GAATCTACAACGCTTCCGAAA;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=166;WE=41196735;WS=41196717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr6	41197785	rs9296357	T	C	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=68;PP=2692;SC=ACTGTCTTCTTTGTGTCCTCT;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=148;WE=41197793;WS=41197775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	41197857	rs7769759	C	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=49;PP=1492;SC=GGCTCTGAGACCAGGTAGGTC;SOR=1.525;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=78;WE=41197865;WS=41197847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	41198909	rs4337930	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=543;SC=TATTACAACATGATAATAATA;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=27;WE=41198917;WS=41198899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	41200293	rs12526284	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=296;SC=ACTGTGCATTTTATTTATTTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=41200301;WS=41200283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	41243740	rs2234246	C	T	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=7;PP=1103;SC=TAGAAATAGCCGGTGATTACA;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=41243748;WS=41243730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	41303592	rs9394782	T	C	7646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.087;SC=TCCCCTCCCATGAGCGCACAG;SOR=0.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=131;TCR=143;TR=272;WE=41303600;WS=41303572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr6	41309552	rs2236369	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=387;SC=CACACAGACCTCCTGGACTCC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=41309560;WS=41309542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	41309698	rs2236370	G	C	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=28;PP=1473;SC=AGCCACACAGGCCTGGGCGGG;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=41309706;WS=41309688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	41318438	rs2273962	A	G	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=14;PP=1022;SC=GTGGAAAACCATGATGGAGCT;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=41318446;WS=41318428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	41470137	rs71305793	T	TG	117.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=173;SC=AGCTGCGGACTGGGGGGTGGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=41470145;WS=41470127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	41486990	rs2496647	G	A	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=9;PP=908;SC=ATGCAAAATTGGGATAATTAT;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=41486998;WS=41486980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	41533579	rs2104506	C	A	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=44;PP=1492;SC=CTGGGCAAGCCGATGGCAGCA;SOR=1.030;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=80;WE=41533587;WS=41533569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	41552429	rs4714489	G	A	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=13;PP=1143;SC=ACTCTGCCACGCTGAGAGTGG;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=41552437;WS=41552419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	41558952	rs9471605	C	T	7387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=104;PP=2965;SC=TTGTTCCTTCCCCGCAGGCCA;SOR=1.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=145;TCR=105;TR=249;WE=41558960;WS=41558942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr6	41562446	rs41273786	C	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=1;PP=765;SC=GGCCCGCCTTCCCTTTGGCTG;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=41562454;WS=41562436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	41562530	rs9367109	A	G	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=51;PP=1965;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TGCGTGGGACATGGGATGGGA;SOR=0.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=80;TCR=51;TR=130;WE=41562538;WS=41562520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr6	41617626	rs2073159	G	C	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=63;PP=1479;SC=CTCCAAAGCCGGGTTCCTCGA;SOR=1.993;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=91;WE=41617634;WS=41617616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	41617658	rs2281326	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=36;PP=1011;SC=TGGGCCCACTGGAGCACCTTC;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=41617666;WS=41617648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	41620975	rs2842657	A	G	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=27;PP=1712;SC=CCGCTGCCGCAGGCCCCCACA;SOR=1.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=94;WE=41620983;WS=41620965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	41652604	rs1062966	T	C	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=41;PP=1115;SC=GGAATGGGGATGGTGGCTGGG;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=41652612;WS=41652594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	41655005	rs2073157	G	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=330;SC=CTTCAGGGCAGCCTGCAGCTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=41655013;WS=41654995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	41657673	rs115794288	G	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=22;PP=707;SC=ACTTATCTGGGGAAAGAGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=41657681;WS=41657663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	41658889	rs1015149	C	T	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=913;ReadPosRankSum=0.866;SC=TGCGCTCCCGCTGCTCCTCCT;SOR=0.428;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=52;WE=41658897;WS=41658879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr6	41659304	rs1015150	C	T	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=620;SC=CTCATATCCACCCTCCTTTGC;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=41659312;WS=41659294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	41708664	rs1316979	C	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=653;SC=GACTGGGATGCGTCCCTTAGA;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=41708672;WS=41708654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	41740483	.	C	CGT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=2.189;SC=GCTTCCTGGGCGTGTGTGTGT;SOR=0.086;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=41740491;WS=41740473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr6	41748263	rs28360509	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=259;SC=GCCCTTGCACCTGCATGGCAG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=41748271;WS=41748253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	41748279	rs10947986	A	G	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=184;SC=GGCAGAGGCCATGGAGCCCGC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=41748287;WS=41748269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	41753084	rs9394831	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=5;PP=1465;SC=GTGTAGGGAGCTGCTGAAGCC;SOR=4.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=56;TCR=5;TR=61;WE=41753092;WS=41753074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	41754576	rs9381093	C	T	13035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=232;NR=241;PP=2965;SC=GAACACTCCTCGCTGCTGCCG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=475;TCF=232;TCR=243;TR=473;WE=41754584;WS=41754566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr6	41755410	rs9471653	C	G	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=39;PP=2224;SC=GGTTCCTCCACCGAGGCCCAT;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=113;WE=41755418;WS=41755400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	41888827	rs2274578	C	G	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=84;PP=2798;SC=CACAGAAACTCCTTCAGTTCC;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=55;TCR=85;TR=138;WE=41888835;WS=41888817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	41898096	rs2479726	A	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=457;SC=TGCCTGCATCACATACTAAAG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=41898104;WS=41898086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	41903782	rs1051130	A	C	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=35;PP=1395;SC=CTGGTCTGAGAGGCTTCCCTG;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=83;WE=41903790;WS=41903772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	41905174	rs2479717	T	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=23;PP=705;SC=GCTGGAGAAGTGAAGAGGAGG;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=41905182;WS=41905164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	42016319	rs11552783	G	A	9020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=201;PP=2965;SC=CTGCCTTTGGGGAGTGGGGGT;SOR=1.783;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=290;TCF=87;TCR=203;TR=288;WE=42016327;WS=42016309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr6	42036395	rs2492926	A	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=34;PP=973;SC=ACTGTCGCACACTGCCCTCAG;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=42036403;WS=42036385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	42094699	rs6940849	G	T	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=20;PP=705;SC=GACTCATTTGGTTTTTTTCTT;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=42094707;WS=42094689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	42110263	rs6911399	T	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=327;SC=TCAGCACGGTTTCCCCAGGGG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=42110271;WS=42110253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	42123317	rs1132156	A	C	5182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=89;PP=2965;SC=CCAGCCTCACATGTGCGGCTG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=179;WE=42123325;WS=42123307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	42541802	rs16895843	G	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=25;PP=720;SC=TGGAACTTTTGAGTTTTTGTT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=42541810;WS=42541792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	42559926	rs62414610	G	A	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	42571346	rs16895863	A	T	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=9;PP=718;SC=TTCATTTATCAGAAGATGTGA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=42571354;WS=42571336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	42600319	rs5014584	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=471;SC=AAGAAAACTTAATGAGCATTA;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=42600327;WS=42600309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	42607841	rs12204274	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=231;SC=GATAGGTTCCCAAAGAGAAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=42607849;WS=42607831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	42611872	rs12198323	A	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=1;PP=405;SC=AAGCCAAACTATCTCTCACTA;SOR=3.912;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=42611880;WS=42611862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	42612312	rs7767888	C	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=226;SC=ATAAATTACACTGACGTTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=42612320;WS=42612302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	42613379	rs3749900	A	G	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=39;PP=1185;SC=TTCCCTGCCTATCAGTCTAGT;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=42613387;WS=42613369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	42638354	rs3835247	TACATA	T	1443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=986;SC=TATTAAAATATACATAACATA;SOR=3.675;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=20;WE=42638366;WS=42638344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	42650766	rs34240626	G	GT	1126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=597;SC=AGTGTTTTGTGTTTTTCCCCC;SOR=1.547;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=42650774;WS=42650756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	42652667	rs434505	G	A	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	42658752	rs373341	T	C	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=41;PP=2158;SC=CTGAGTGACATGTGTCTTCTC;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=121;WE=42658760;WS=42658742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	42666061	rs434102	T	C	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=21;PP=2191;SC=CTGGCCTGCGTCTGCGCCCTC;SOR=2.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=94;WE=42666069;WS=42666051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	42666145	rs425876	C	T	12418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=121;PP=2965;SC=CGGCACGCTCCTCTCCAGCAG;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=150;TCR=121;TR=271;WE=42666153;WS=42666135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr6	42666164	rs390659	G	C	13144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=138;PP=2965;SC=AGCCAGCCCTGGCTCTCGCTC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=163;TCR=138;TR=301;WE=42666172;WS=42666154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr6	42666293	rs41273820	G	A	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=96;PP=2877;SC=GAATCGCTGGGAGCTGGACCA;SOR=1.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=49;TCR=96;TR=145;WE=42666301;WS=42666283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	42666365	rs389999	G	C	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=848;SC=GAGCACTGTGGAGTGTGGGTT;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=42666373;WS=42666355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	42672416	rs3818086	A	T	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=56;PP=1625;SC=CTTCCTCCCAACCCCTGCCTC;SOR=1.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=82;WE=42672424;WS=42672406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	42689755	rs7764439	A	G	9201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=0.416;SC=TGTTGAAGAGAACACAGATAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=162;TCR=156;TR=317;WE=42689763;WS=42689745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,332:0.99:334
chr6	42713618	rs2234026	A	G	8515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=132;PP=2965;SC=TCGCTCCCGAACAAAGGTGGC;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=147;TCR=132;TR=278;WE=42713626;WS=42713608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr6	42823570	rs145425403	A	G	4619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=52;PP=2965;SC=AAAGGGAATAATAAGAGGTTT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=108;TCR=53;TR=160;WE=42823578;WS=42823560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	42853842	rs2179719	A	G	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=19;PP=678;SC=CAGCTTAGGGATCAGCTGGGG;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=42853850;WS=42853832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	42897357	.	TTGC	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.775;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,9:0.11:80
chr6	42905438	.	C	G	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=67;NR=39;PP=1919;SC=CCTGCCATATCTGGTCGCTTC;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=106;WE=42905446;WS=42905428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	42957199	rs147864834	C	G	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=10;PP=663;SC=TGCGTAGATCCCTCCACCCAC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=42957207;WS=42957189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	42980849	rs117965109	C	T	13087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=245;NR=212;PP=2965;SC=CTCCTCCACCCTACCTGGATT;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=457;TCF=245;TCR=212;TR=457;WE=42980857;WS=42980839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr6	42989057	rs9296409	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=423;SC=TTGTGGAATATGGTGGAGAAG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=42989065;WS=42989047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	42989433	rs202053592	CCGGGGCCCGACGTCCCCG	C	729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=42.93;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	43014298	rs9394939	TT	CC	6810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=46;PP=2907;SC=TGTTGATGGGTTGGTGGGTTC;SOR=1.171;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=142;TCF=90;TCR=52;TR=135;WE=43014307;WS=43014288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	43021976	rs34298469	CG	C	221.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=0;PP=146;SC=CAGATTAAAACGGGGGGGGGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=43021985;WS=43021970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	43098182	rs77231564	G	A	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=59;PP=2795;SC=GGGGGCGGAAGGGATGAGGTG;SOR=0.937;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=141;WE=43098190;WS=43098172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	43100537	rs78422682	T	G	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=83;PP=2728;SC=TTCTGGGCCCTGCAGGCTTGG;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=161;WE=43100545;WS=43100527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	43106417	rs76733341	A	T	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=160;SC=AAAAAATTTTAAAAAAGGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=43106425;WS=43106407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	43110055	rs6933124	T	G	7697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=118;PP=2965;SC=CTGGGGAGGGTTATGCTGCAC;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=139;TCR=118;TR=254;WE=43110063;WS=43110045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr6	43110240	rs368318333	GGT	G	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.180;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.295;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr6	43112267	rs34764696	C	T	8349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=158;NR=122;PP=2965;SC=TCCGGCCCCGCGGCCACCAAC;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=158;TCR=122;TR=280;WE=43112275;WS=43112257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr6	43114211	rs60930750	C	CT	242.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=316;SC=TCCCAGTGAACTTCCCCCTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=43114219;WS=43114201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	43114317	rs201704273	G	C	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=24;PP=1229;SC=GCCAATGGCTGTGCACTGACC;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=43114325;WS=43114307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	43128434	rs61021888	A	G	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=42;PP=1676;SC=TTTGGCCAACACTGCACCTGC;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=105;WE=43128442;WS=43128424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	43146387	rs6914964	A	G	210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	43152573	rs9472022	A	G	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=82;PP=2965;SC=TGCACATGTTATGCAATCCTG;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=174;WE=43152581;WS=43152563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	43154091	rs941849	C	G	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=135;PP=2965;SC=AGCAGACACTCCAGCCAGGGA;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=91;TCR=135;TR=226;WE=43154099;WS=43154081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	43168117	rs9462875	A	G	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=7;PP=1338;SC=GTTTCTGGGCATTTCTCTGTG;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=63;WE=43168125;WS=43168107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	43172430	rs16896344	G	A	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=54;PP=2826;SC=CCCAAGACCGGTGTACTCACC;SOR=1.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=99;TCR=54;TR=153;WE=43172438;WS=43172420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr6	43181379	rs56046707	A	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=388;SC=GGACTGTGAGAATGGGGTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=43181387;WS=43181369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	43182657	rs1214714	G	A	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=438;SC=TGAGGGTGCAGTGAGCTGTGA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=43182665;WS=43182647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	43184132	rs2273709	A	C	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=74;PP=2965;SC=CTGTGCGTACACCAGGCTCAG;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=96;TCR=74;TR=170;WE=43184140;WS=43184122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr6	43184275	rs111577855	C	A	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=68;PP=1938;SC=CTGCCCCTGGCTTTCTGCCCT;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=109;WE=43184283;WS=43184265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	43188173	rs75187159	A	G	12343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=217;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GTCTGTGAGCAGCCCCTCCTT;SOR=0.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=470;TCF=252;TCR=218;TR=467;WE=43188193;WS=43188163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,478:0.99:481
chr6	43188716	rs2756178	A	T	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=68;PP=2082;SC=TAATATCCCCACCCCGCCACA;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=121;WE=43188724;WS=43188706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	43188940	rs6917902	C	T	5378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	43189375	rs6918623	A	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=25;PP=1420;SC=TTCCTGGCACACCCCTGCCCA;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=82;WE=43189383;WS=43189365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	43189645	rs45448395	G	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=376;SC=GAGGCTCACTGTGGGGAAGAC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=43189653;WS=43189635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	43190230	rs112422722	G	A	5037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=73;PP=2965;SC=GTGGTGCTGCGCCACCTGTGC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=181;WE=43190238;WS=43190220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr6	43193877	rs7832	G	A	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=48;PP=1570;SC=CTTCTGCCACGACCACTGGGA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=43193885;WS=43193867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	43193947	rs2233823	G	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=28;PP=1124;SC=GAAGACGACGGTGTGGCTGTG;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=43193955;WS=43193937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	43221264	rs12664472	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=765;SC=TCTGGGATGATGGCTGAGGGT;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=43221272;WS=43221254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	43222526	rs11318521	GT	G	1442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=1372;SC=CCAGCTCTGGGTGTCCACACT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=32;WE=43222534;WS=43222516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	43225408	rs7769668	G	A	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=0;PP=823;SC=TCAATGTGCCGTTCTCCTTCC;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=43225416;WS=43225404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	43230970	rs3800294	G	C	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=42;PP=2159;SC=CTGAGCCAGGGCGATGGCCGT;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=113;WE=43230978;WS=43230960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	43231163	rs10948069	T	C	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=856;SC=GGGTGCTCCATGTGTGCTGGC;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=43231171;WS=43231153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	43269029	rs1574430	A	C	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=42;PP=1356;SC=GCATGCATATATGTGTGTGGT;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=79;WE=43269037;WS=43269019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	43269179	rs2841648	CC	AA	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=1623;SC=CATTCGAGACCCACTCGTCTC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=43269188;WS=43269169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	43270097	rs2651184	T	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=20;PP=503;SC=TCACGCAAGCTGGGACACTGC;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=43270105;WS=43270087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	43270326	rs2841646	A	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=91;SC=GAGACTCCGCACCCTATCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=43270334;WS=43270316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	43273604	rs2242416	A	G	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=40;PP=2397;SC=CACATCGCCAATGTTCACACC;SOR=1.353;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=122;WE=43273624;WS=43273594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	43276390	rs2254303	G	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=34;PP=1878;SC=GGTGAAAAGGGTGTCTGGGAC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=101;WE=43276398;WS=43276380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	43306346	rs1459675	A	G	11650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;PP=2965;SC=GCTGGTACTTACTCCCTCATC;SOR=0.737;Source=Platypus;TCF=200;WE=43306354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr6	43336771	rs9381238	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=416;SC=GGGACTCCCCCCGGCTGCTGC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=43336779;WS=43336761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	43399837	rs700008	A	G	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=46;PP=2690;SC=CTGGCTCCTGAGTCAGCCACG;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=88;TCR=46;TR=134;WE=43399845;WS=43399827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	43401105	rs9394952	G	A	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=77;PP=2601;SC=TAAGGTGAGCGGGTACTTGGG;SOR=1.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=128;WE=43401113;WS=43401095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr6	43414216	rs1214746	T	C	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=15;PP=452;SC=CCCTACCTCATCCACAAGTTA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=43414224;WS=43414206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	43414234	rs1214747	G	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=287;SC=TTAGTCCACCGCTCTCCCAGA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=43414242;WS=43414224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	43488144	rs79222964	A	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=42;PP=1219;SC=TGACCTGCTCATGCACTGTGT;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=43488152;WS=43488134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	43490372	.	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AGCTTTGCTTCTTCTCAATCT;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=43490380;WS=43490362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr6	43492578	rs2257082	G	A	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=712;SC=CCAGTGCCTCGTATATCTGGA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=43492586;WS=43492568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	43494319	rs1150800	A	G	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=24;PP=1378;SC=ACTACATGTAAGGTGTCTTCT;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=43494327;WS=43494309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	43501580	rs11404474	C	CA	522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=547;SC=TAAAAAACAACAAAAAAGGGG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=17;WE=43501588;WS=43501570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	43521247	.	AAC	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=12.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.570;QD=0.39;ReadPosRankSum=1.485;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,10:0.10:98
chr6	43521263	.	TACAC	T,TAC	1951.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.369;QD=30.50;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,9,53:0.14,0.83:64
chr6	43536401	rs4714687	C	T	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=23;PP=1273;SC=TATCCCCTCACCTGAAAGGTT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=43536409;WS=43536391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	43538208	rs35642078	T	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=7;PP=883;SC=TATTGGAAAATAGAAATGTTA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=43538216;WS=43538198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	43538501	.	C	CA	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=14.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=2.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr6	43578379	rs370443606	C	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=26;PP=886;SC=TGTGCCCTTACCCGCTATGAT;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=43578387;WS=43578369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	43655532	rs117193323	C	T	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=1336;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AAAACCTACCCTGACCTCTCG;SOR=0.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=78;WE=43655540;WS=43655522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr6	43745107	rs3024997	G	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=214;SC=TGCCTGATTCGGAAGCTCCAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=43745115;WS=43745097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	43745577	rs3024998	C	T	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=37;PP=995;SC=GCTTCATTCCCAGCCCAGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=43745585;WS=43745567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	43746169	rs3025000	C	T	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=22;PP=1413;SC=GGTCACTAACCTCTGTGATCT;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=68;WE=43746177;WS=43746159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	43748643	rs3025052	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=21;PP=664;SC=CCCCTGGTCCTTCCCTGGCTC;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=43748651;WS=43748633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	44145181	rs4711775	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=740;SC=TGGTCTCGCCCGCCACTCACT;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=34;WE=44145189;WS=44145171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	44147821	rs34710081	A	G	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=85;PP=2570;SC=GGAATATATCATTATTCCCTC;SOR=1.264;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=55;TCR=85;TR=140;WE=44147829;WS=44147811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	44151490	rs7761137	G	A	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=96;NR=119;PP=2965;SC=ATTTGCTTGAGCCTGGAACAG;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=96;TCR=119;TR=215;WE=44151498;WS=44151480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr6	44151765	rs13209117	G	A	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=30;PP=964;SC=TCAGCTCTCCGGTCTCTGCTG;SOR=0.970;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=54;WE=44151773;WS=44151755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	44151804	rs41282656	G	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=20;PP=546;SC=GGCAGTGCCCGGGTCCCAGGT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=44151812;WS=44151794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	44185254	rs3734701	T	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=20;PP=973;SC=GCTGCTGTCCTGCCTGCTGCT;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=44185262;WS=44185244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	44185522	rs57595790	TC	GA	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=43;PP=2924;SC=AGTAGGATAATCCTGGCACCA;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=72;WE=44185531;WS=44185512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	44216544	rs112518852	GT	G	5977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.631;NF=26;NR=138;PP=2400;ReadPosRankSum=1.037;SC=ATTTGGCATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.594;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=203;TCF=34;TCR=169;TR=164;WE=44216563;WS=44216534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,262:0.94:278
chr6	44217374	rs34083426	T	G	7114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=108;PP=2965;SC=GTTTTTTGCTTCTTTAAAACT;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=228;WE=44217382;WS=44217364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr6	44218120	rs13296	A	G	6366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=108;PP=2965;SC=ATGAAGAAAAACCCAAGATCG;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=102;TCR=109;TR=209;WE=44218128;WS=44218110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr6	44220076	rs504697	T	C	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=63;PP=2092;SC=CATGTTTCTATACAATTAGTG;SOR=1.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=94;WE=44220084;WS=44220066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	44221293	rs147025760	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=1.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-19.680;QD=0.32;ReadPosRankSum=-2.460;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,27:0.07:389
chr6	44221299	rs143048794	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-19.484;QD=0.79;ReadPosRankSum=-4.501;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,49:0.11:453
chr6	44221384	.	TG	T	1229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.684;ClippingRankSum=0.000;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-14.385;QD=2.38;ReadPosRankSum=-2.512;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:437,79:0.15:516
chr6	44222161	rs35131506	C	CTG	1215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=692;SC=GGAAGAGTAACTGGAACCTAC;SOR=2.147;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=15;WE=44222169;WS=44222151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	44224924	rs575034	C	A	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	44224991	rs520639	C	T	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=3;PP=62;SC=AACCAAGCCGCAGCTCCCATC;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=44224999;WS=44224981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	44228162	rs2233437	G	A	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=36;PP=1827;SC=GCCCTGGGCCGGGCAGTGCTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=88;WE=44228170;WS=44228152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	44240193	rs571770	C	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=4;PP=394;SC=ATCCAAAGGACGTGTTAGGCT;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=44240201;WS=44240183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	44240559	rs524533	C	T	5503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=116;NR=73;PP=2965;SC=TCTCTGCACTCTCCTGTACTG;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=116;TCR=73;TR=189;WE=44240567;WS=44240549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr6	44243559	rs3734710	A	G	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=108;PP=2965;SC=TGGAGAAGCTATTTGGCCTGG;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=97;TCR=109;TR=205;WE=44243567;WS=44243549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr6	44245930	rs325018	C	T	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=96;NR=72;PP=2862;SC=GCGGGGAGTGCGAGGGGCCCA;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=96;TCR=72;TR=168;WE=44245938;WS=44245920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr6	44246049	rs325017	A	G	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=41;PP=1212;SC=AGGCTTGGGCAGGGGAAACAG;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=44246057;WS=44246039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	44247951	rs484757	T	G	8524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=126;PP=2965;SC=CATTGGCAGTTATGGTTGACA;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=167;TCR=126;TR=292;WE=44247959;WS=44247941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr6	44250165	rs516582	A	G	6849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=112;PP=2965;SC=GCTTGGCAGCACCTCGTGCAC;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=250;TCF=136;TCR=114;TR=248;WE=44250173;WS=44250155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr6	44253617	rs324142	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=489;SC=AGGAAGAAGGCAATAATAGAG;SOR=4.003;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=44253625;WS=44253607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	44253749	rs324143	A	G	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=61;PP=2763;SC=AGAGGCAGTCACGGTAGGTGA;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=91;TCR=61;TR=151;WE=44253757;WS=44253739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	44255459	rs324146	G	A	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=124;PP=2965;SC=TGAGAGCTGTGGGCTTGTGCT;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=85;TCR=124;TR=208;WE=44255467;WS=44255449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr6	44268135	rs325009	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=132;SC=CCTTGTGTCACGTAGGCCCTG;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=44268143;WS=44268128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	44268371	rs325008	T	C	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=55;NR=64;PP=1775;SC=CCACCACTCGTGAGCCCCACG;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=119;WE=44268379;WS=44268361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	44269023	rs325007	T	C	10853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=208;NR=180;PP=2965;SC=GAAAGACAGATGGTGAGCCCA;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=388;TCF=208;TCR=180;TR=388;WE=44269031;WS=44269013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr6	44269193	rs498512	C	T	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=83;PP=2786;SC=CCTGAGTTTTCTTTGCAGCCT;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=49;TCR=83;TR=132;WE=44269201;WS=44269178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	44269640	rs325006	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=1;PP=545;SC=TGGGGGAATGGCCTGGGTGAT;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=44269648;WS=44269631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	44269680	rs325005	C	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=5;PP=1226;SC=AAGGAAGCTGCCACCACCCCG;SOR=3.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=48;WE=44269688;WS=44269670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	44270365	rs325004	C	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=20;PP=573;SC=AATCAAGGCACCAGCACCAAA;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=44270373;WS=44270355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	44270768	rs325002	G	T	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=45;PP=1693;SC=AGGATCCGGGGCCCCTGGGCC;SOR=1.263;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=73;WE=44270776;WS=44270758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	44270936	rs325001	C	T	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=1.729;SC=GGGACAGGCCCGTTAACTGCC;SOR=0.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=108;TCR=87;TR=194;WE=44270944;WS=44270926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr6	44273546	rs324137	A	C	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=79;PP=2642;SC=AAGACAAAGAATGTTGAGGAG;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=64;TCR=79;TR=143;WE=44273554;WS=44273536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	44274797	rs7740535	T	C	7322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=115;NR=134;PP=2965;SC=CAGACATGAATCCCCAGCGGC;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=115;TCR=136;TR=249;WE=44274805;WS=44274787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr6	44275011	rs324136	T	C	8511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=155;NR=149;PP=2965;SC=CCAGGGAAGATGCCATCAGAG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=156;TCR=150;TR=304;WE=44275019;WS=44275001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr6	44280812	rs167772	C	T	6888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=129;NR=97;PP=2965;SC=ATGGTTCGGCCCTCACCTGGT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=129;TCR=97;TR=226;WE=44280820;WS=44280802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	44320548	rs4714783	T	A	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=86;PP=2965;SC=CCTCATCTTCTGTGGAAACAG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=181;WE=44320556;WS=44320538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr6	44355423	rs2297333	C	T	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=12;PP=1362;SC=CGCCCCCTCCCACCTTGCGCT;SOR=2.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=44355431;WS=44355413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	44355682	rs34753552	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=675;SC=GAGGTCGGGGGGGCGACGAGG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=44355690;WS=44355672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	44355699	rs2297331	T	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=327;SC=GAGGAGACCCTGTGGGGTCTG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=44355707;WS=44355689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	44357884	rs6908640	T	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=404;SC=TTAACCTAGGTGGTGTGTATG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=44357892;WS=44357874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	44360680	rs6942323	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=55;SC=AGTAAACCCAAAGCTAAAGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=44360688;WS=44360670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	44900253	rs3799986	A	G	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=27;SC=CAAGAGAATTATGCCACTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=44900261;WS=44900248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	44921320	rs10948187	C	T	280.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=203;SC=GTGAATGGACCTAGTCATGAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=44921328;WS=44921310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	44988149	rs1475534	C	T	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=52;SC=TCGTCCAAACCATGAAGACTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=44988157;WS=44988143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	45165508	.	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
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chr6	45922849	rs3734206	C	T	9969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=204;NR=155;PP=2965;SC=AAACATACTCCTCATTTATGC;SOR=0.913;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=204;TCR=155;TR=359;WE=45922857;WS=45922839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
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chr6	46293328	rs2277121	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=583;SC=CCTTGCTCTGGGGACGGCTGG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=46293336;WS=46293318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	46521339	rs956297	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr6	46623698	rs3757241	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.591;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=518;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGCGCACAGCTCTAGGGATCA;SOR=0.536;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=35;WE=46623706;WS=46623688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,37:0.30:122
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chr6	46672452	rs148052037	TAATC	T	784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=424;ReadPosRankSum=1.337;SC=TATAAAGTGTTAATCAACATA;SOR=0.591;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=12;WE=46672463;WS=46672442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr6	46672943	rs1051931	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,25:0.22:112
chr6	46682079	rs1362931	A	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TATTGAGGAAACCCAACTCCT;SOR=0.077;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=12;WE=46682087;WS=46682069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr6	46682162	rs145990109	T	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=711;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CATTTATTCCTGGAAGCCAAA;SOR=0.652;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=208;TCF=139;TCR=69;TR=61;WE=46682170;WS=46682152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,62:0.28:223
chr6	46683978	rs41361844	T	TA	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=-2.284;SC=GCCTGGGCTTTAAAGAAATAC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=46683986;WS=46683968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr6	46726441	rs9395212	G	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=1.732;SC=AGTTCAGAAGGCTCTCTCTTC;SOR=0.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=46726449;WS=46726431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr6	46761495	rs2274656	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=297;ReadPosRankSum=0.469;SC=GAAATTACTTGAAACCCAGTG;SOR=2.101;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=17;WE=46761503;WS=46761485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr6	46793175	rs6920863	G	A	6928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.273;SC=TTATCGGACAGCGCCTGGATT;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=199;TCR=212;TR=287;WE=46793183;WS=46793165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,306:0.70:435
chr6	46794048	rs2297018	C	G	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=37;PP=1863;ReadPosRankSum=2.090;SC=TTTGGAATGACTATCTTTCAT;SOR=0.496;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=158;TCF=108;TCR=50;TR=109;WE=46794056;WS=46794038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,115:0.69:166
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chr6	46801071	rs2274658	G	T	3373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.674;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.97;MQRankSum=-1.056;NF=69;ReadPosRankSum=-1.077;SC=TGGTTTTGGGGTAACTTTATA;SOR=0.481;Source=Platypus;TCF=115;WE=46801079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,146:0.64:228
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chr6	46806809	rs1804211	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.476;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=633;ReadPosRankSum=2.104;SC=ATCGGAGGCACGGCTGGCGTG;SOR=0.363;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=50;WE=46806817;WS=46806799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr6	46826508	rs613870	G	A	14817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=285;NR=248;PP=2965;ReadPosRankSum=1.721;SC=AAGAAGTCCGGTTCTTGGTCA;SOR=0.272;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=538;TCF=288;TCR=250;TR=533;WE=46826516;WS=46826498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,551:1.00:552
chr6	46826715	rs572248	T	A	15060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=291;NR=240;PP=2965;SC=CACCTTCTTCTACATAGCACC;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=531;TCF=291;TCR=240;TR=531;WE=46826723;WS=46826694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr6	46826844	rs571247	T	C	11214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=217;PP=2965;SC=ATGGCATAGTTGTATTGTGGC;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=186;TCR=218;TR=403;WE=46826852;WS=46826834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr6	46826910	rs611779	G	A	9991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=169;NR=167;PP=2965;SC=GGATATCCTGGGCAAGGATGG;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=170;TCR=168;TR=336;WE=46826918;WS=46826900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr6	46827073	rs547499	A	G	9557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.230;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.152;NF=173;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.128;SC=CTTGATTACCATGCTGCTCAT;SOR=0.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=173;TCR=163;TR=334;WE=46827081;WS=46827063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,356:0.99:358
chr6	46827126	rs610856	C	T	10748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=177;NR=193;PP=2965;SC=GGCTATCTCCCGACTGTAATG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=370;TCF=177;TCR=193;TR=370;WE=46827134;WS=46827116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr6	46828670	rs540727	A	G	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=46;PP=1285;SC=AAATTTACCAATCAATTCAGC;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=54;WE=46828678;WS=46828660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	46831060	rs476374	C	T	13127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=188;NR=290;PP=2965;SC=CTTTTCCTAACAGAATTTTAT;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=478;TCF=188;TCR=290;TR=478;WE=46831068;WS=46831050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr6	46832741	rs529201	T	C	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=36;PP=2632;SC=GTCCCTGCCCTGACTATAACA;SOR=1.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=95;TCR=37;TR=131;WE=46832749;WS=46832731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	46832813	rs614826	G	A	10921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=211;NR=172;PP=2965;SC=ATGGGCTCCAGACTGAATTAT;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=386;TCF=212;TCR=174;TR=383;WE=46832821;WS=46832803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr6	46834685	rs586024	G	A	5837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=62;PP=2965;SC=TGAGGAACCCGTATGGAAAGT;SOR=1.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=136;TCR=62;TR=198;WE=46834693;WS=46834675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	46834906	rs5875987	TG	T	2009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=49;PP=1999;SC=TGAGATGGAATGGAAATAATC;SOR=3.952;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=49;WE=46834914;WS=46834896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	46836995	rs515866	T	C	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=86;SC=TTGCTGCTCCTGGGCTTTACT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=46837003;WS=46836985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	46838659	rs10668775	T	TTG	669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=567;SC=ACACAACTCTTTGTTAAAACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=46838667;WS=46838649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	46847501	rs2273265	T	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=0;PP=806;ReadPosRankSum=-0.010;SC=CATATTTGCTTCTTTATAAGC;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=51;TCR=0;TR=33;WE=46847509;WS=46847498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr6	46856100	rs678312	G	A	8247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=120;PP=2965;SC=TCAAAATGTCGGTAATTTGGT;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=166;TCR=120;TR=286;WE=46856108;WS=46856090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr6	46856263	rs677439	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=3.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,46:0.23:200
chr6	46867717	rs220702	C	T	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=55;PP=2965;SC=GCAACACATACCATTTGAGTC;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=114;TCR=55;TR=169;WE=46867725;WS=46867707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	46867898	rs3215601	TA	T	2784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.445;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.561;NF=2;NR=54;PP=1998;ReadPosRankSum=-0.003;SC=TAGATACCCCTAAATGTTGGA;SOR=0.382;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=4;TCR=79;TR=56;WE=46867906;WS=46867888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,89:0.77:115
chr6	47445927	rs9349406	T	A	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=29;PP=1773;SC=GAGCCACCACTGGAGGAGGAG;SOR=1.469;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=91;WE=47445935;WS=47445917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	47563692	rs2039503	C	T	12997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=218;NR=242;PP=2965;SC=CAGTAATTTACTGAGATCTTC;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=460;TCF=218;TCR=242;TR=460;WE=47563700;WS=47563682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr6	47641307	rs1411049	G	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,42:0.34:122
chr6	47645772	rs9369734	G	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.000;SC=TACCTTTGTGGTTTTTTTCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=47645780;WS=47645762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr6	47646842	rs6907125	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=609;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GACACCTGCCAGACTCTTAAT;SOR=0.855;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=174;TCF=73;TCR=101;TR=51;WE=47646850;WS=47646832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,53:0.29:185
chr6	47649222	rs8180544	T	G	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1422;ReadPosRankSum=0.919;SC=TCACTTTTTCTATGAGAATTA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=245;TCF=143;TCR=102;TR=104;WE=47649230;WS=47649212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,108:0.42:256
chr6	47649265	rs17541107	T	A	4178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=73;PP=2700;ReadPosRankSum=1.507;SC=TGGGAGAGTGTTGATCAGCAG;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=160;TCR=121;TR=170;WE=47649273;WS=47649255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,181:0.61:296
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chr6	47653851	rs9296570	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=127;ReadPosRankSum=-0.397;SC=AGATGCACCATGGACGGAGTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=9;WE=47653859;WS=47653841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr6	47654591	rs10948376	G	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-1.200;SC=GGTGTTGTGAGCTAAGGATGA;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=47654599;WS=47654581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr6	47654662	rs10485315	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=358;ReadPosRankSum=-0.879;SC=GGTAATAACTAAGAGTATGTT;SOR=0.535;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=26;WE=47654670;WS=47654652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,25:0.28:88
chr6	47654742	rs9296573	A	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,55:0.25:218
chr6	47654817	rs1556133	C	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,29:0.25:116
chr6	47654831	rs1556132	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.556;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr6	47654864	rs1556131	T	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=139;ReadPosRankSum=-0.266;SC=AAGCTTTCACTTCAGTCATTT;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=12;WE=47654872;WS=47654854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr6	47661387	rs9395311	A	G	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=23;PP=1160;ReadPosRankSum=0.644;SC=AATAAATGCAATTTTACTTTG;SOR=0.878;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=218;TCF=146;TCR=72;TR=77;WE=47661395;WS=47661377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,80:0.35:230
chr6	47675922	rs16876334	C	T	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=1020;ReadPosRankSum=0.872;SC=AGCAGAGTCCCACAGTAAAGA;SOR=0.682;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=69;WE=47675930;WS=47675912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,75:0.61:123
chr6	47676150	rs9369737	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=-0.957;SC=TCTGTGCTTACCAGTATTGAT;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=12;WE=47676158;WS=47676140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr6	47678455	rs11356177	CT	C	2272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=2.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.756;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,112:0.40:283
chr6	47678678	rs944056	C	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=721;SC=AGAAAGTAGACACATTTTTAA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=47678686;WS=47678668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	47681494	rs6916562	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=1;PP=1103;SC=TACAACAATGTGTAAATCCTT;SOR=6.138;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=40;WE=47681502;WS=47681484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	47682604	rs9369738	A	C	5181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=95;NR=86;PP=2965;SC=AGCCAGAGAAAGGCTACATGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=181;WE=47682612;WS=47682594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	47682949	rs16876369	C	T	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=73;PP=1745;ReadPosRankSum=2.239;SC=TGTGTTACTCCGACTAGACCA;SOR=0.831;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=48;TCR=102;TR=108;WE=47682957;WS=47682939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,114:0.72:158
chr6	47684591	rs1360157	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=621;ReadPosRankSum=-0.660;SC=AAGGTAATTTGAATTTGCTTC;SOR=0.778;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=177;TCF=96;TCR=81;TR=57;WE=47684599;WS=47684581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,60:0.32:185
chr6	47686101	rs6914013	T	C	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=23;PP=1904;SC=TCATTACCACTACTGTTATTT;SOR=2.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=92;WE=47686109;WS=47686091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	47686235	rs11754756	C	A	3564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=75;PP=2229;ReadPosRankSum=0.569;SC=GTCAATCCACCAATGCCCCTT;SOR=0.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=124;TCR=120;TR=149;WE=47686243;WS=47686225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,160:0.61:263
chr6	47847179	rs3799276	A	G	10577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=199;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.088;SC=AGAGGATGACAACAAATGGCT;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=371;TCF=171;TCR=200;TR=369;WE=47847187;WS=47847169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,386:0.99:388
chr6	47847401	rs2068006	A	G	9237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=0.025;SC=CTAGTTGGCCAGCAAAGACCA;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=152;TCR=174;TR=324;WE=47847409;WS=47847377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,346:0.99:348
chr6	47847683	rs9367307	A	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=412;SC=CTAATGTTTTAAAAAAAGAAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=47847691;WS=47847673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	49403282	rs8589	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.516;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,39:0.38:103
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chr6	49409737	rs9473557	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=6.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.327;SOR=1.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,24:0.23:105
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chr6	49483578	rs113145900	A	ACTAT	2179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=38;PP=2207;SC=AGCTTACAACACTGTTTCACC;SOR=5.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=38;WE=49483586;WS=49483568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	49485266	rs9367358	C	A	9587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=195;PP=2965;SC=TTTTCAAATACAAGGTGAGGT;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=140;TCR=195;TR=335;WE=49485274;WS=49485256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr6	49485384	rs2501969	C	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=814;SC=CTATACACACCTGTATGTATA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=49485392;WS=49485374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr6	49660418	rs12624	A	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=269;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TACAATTTCCACTGGTATGTC;SOR=0.381;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=23;WE=49660426;WS=49660408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr6	49701439	rs1864312	C	A	6605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CCAACCACTGCGTTGGGAGTC;SOR=0.405;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=142;TCR=89;TR=230;WE=49701447;WS=49701429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
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chr6	49913981	rs7760672	C	T	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=926;ReadPosRankSum=0.589;SC=CATTGAGTCACTATAAGTGTC;SOR=0.841;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=207;TCF=88;TCR=119;TR=74;WE=49913989;WS=49913971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,79:0.35:224
chr6	49917264	rs9369926	A	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CGAATTTAGAAACTGGGGTTT;SOR=0.741;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=9;WE=49917272;WS=49917254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr6	49928116	rs17736782	G	A	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1198;ReadPosRankSum=1.086;SC=TACAACGACCGTAACGTTTGG;SOR=0.780;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=278;TCF=141;TCR=137;TR=102;WE=49928124;WS=49928106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,111:0.36:307
chr6	49931783	rs73737276	A	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=246;ReadPosRankSum=1.490;SC=TGAAGGTCACATAACACAGAA;SOR=0.740;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=21;WE=49931791;WS=49931773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr6	50789792	rs36011604	AT	A	3215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.162;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.336;NF=58;NR=35;PP=1659;ReadPosRankSum=0.631;SC=GGACTCCTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.983;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=93;WE=50789800;WS=50789782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,128:0.98:131
chr6	50791584	rs71687472	CACAA	C	3955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=58;PP=2990;SC=TCCAGGTAACCACAAACAAAC;SOR=1.408;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=6;TCR=75;TR=62;WE=50791599;WS=50791574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	50805942	rs2817404	T	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=55;SC=TCAAGCGGCTTCTTGAGAGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=50805950;WS=50805932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	50811115	rs2857513	A	T	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=54;PP=1354;SC=AAAAATTTTTAAAAAAAGAAG;SOR=2.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=75;WE=50811123;WS=50811105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	51492046	rs9474033	T	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=301;SC=ATATAACATATTCAGAGTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=51492054;WS=51492036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	51512707	rs2580009	T	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=85;SC=AAGGAGTTTCTTCCCAAATTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=51512715;WS=51512697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	51524403	rs34460237	G	A	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=77;PP=2965;SC=CTAAGAAGACGTGGGGGCTCT;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=91;TCR=77;TR=168;WE=51524411;WS=51524393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
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chr6	51613177	rs765525	C	T	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=64;PP=2338;SC=CTTTGATTCCCGCCACCCAAA;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=125;WE=51613185;WS=51613167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	51618170	rs1326605	T	G	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=54;PP=1875;SC=ATAGGAGTTGTGGGAAAAAAA;SOR=1.203;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=94;WE=51618178;WS=51618160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	51619808	rs9370049	G	A	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=8;PP=196;SC=TCCAGAGCAAGAAAAGGAAAT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=51619816;WS=51619798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	51637561	rs150925674	T	C	7091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GGATAAGCACTGTAAAGATGA;SOR=0.310;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=120;TCR=135;TR=253;WE=51637569;WS=51637551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,278:1.00:279
chr6	51640751	rs3920621	C	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=27;PP=738;SC=TCATTCAAATCAATTTGAAAT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=51640759;WS=51640741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	51656236	rs7765455	G	T	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=680;SC=TTATTCTGGGGTTCTCCCAGC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=51656244;WS=51656226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	51712492	rs9370067	A	T	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=203;SC=AGCACTTCACAGCACAAATGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=51712500;WS=51712482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	51732807	rs12210295	C	T	7269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=118;NR=123;PP=2965;SC=CAGACAGAGACCCATCCAAGT;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=118;TCR=123;TR=241;WE=51732815;WS=51732797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr6	51750563	rs4711985	A	T	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=9;PP=1213;SC=GGGCAAGTCAATCCCATTTAA;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=54;WE=51750571;WS=51750553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	51875250	rs2435322	A	C	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=51;PP=1775;SC=TCTCTTTCCAATTTAGGGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=84;WE=51875258;WS=51875240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	51890823	rs9296669	G	A	4251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=64;PP=2530;SC=AACAGTGGGAGCGCCCGCATC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=140;WE=51890831;WS=51890813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	51891011	rs2499480	T	C	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=39;PP=1195;SC=CAAAATATTATAGCTGATATT;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=51891019;WS=51891001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	51913240	rs10948667	G	A	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=24;PP=1687;SC=TTGGGAATGTGAGTGAGAATA;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=93;WE=51913248;WS=51913230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	51914898	rs9395759	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=311;SC=CCTGTGTCCCTCAAGGCCAAC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=51914906;WS=51914888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	51914956	rs9370096	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=15;PP=876;SC=ACTCCTTACCGTGCAGTGATG;SOR=1.524;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=49;WE=51914964;WS=51914946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	51924774	rs1896976	A	G	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=76;PP=2934;ReadPosRankSum=-0.700;SC=AAGCTTGGCTATCTGCCTGAA;SOR=0.310;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=93;TCR=77;TR=168;WE=51924782;WS=51924764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr6	51935747	rs17576809	C	T	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=22;PP=1200;SC=TGCTTTTGTCCGGATACAGAG;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=51935755;WS=51935737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	51936846	rs3936986	T	C	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=30;PP=2137;SC=AGAGAGAATGTGTGTGTGTTG;SOR=1.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=111;WE=51936854;WS=51936836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	51944847	rs1892274	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=486;SC=TCAAAAACCATGAATTCCCAA;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=51944855;WS=51944837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	51949862	rs9370097	A	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=314;SC=TTTTGTTTACATACGATTATT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=51949870;WS=51949852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	52109408	rs3215541	GT	G	239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=196;SC=GAATGCAGGGGTTTTTTTTTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=52109416;WS=52109398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	52131254	rs10807441	C	T	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=230;SC=CCAAAGTTTCCCCTGAAGCTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=52131262;WS=52131244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	52137313	rs12207056	C	T	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=88;PP=2733;SC=GGATTAGTGGCTTTGCCTCTC;SOR=1.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=43;TCR=88;TR=131;WE=52137321;WS=52137303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	52138226	rs2235714	C	G	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=40;PP=1205;SC=TCTTCTATAGCACAAGAAGGG;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=52138234;WS=52138216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	52141670	rs3765446	A	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=105;SC=TAATCCTTTAAATCGAAAACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=52141678;WS=52141668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	52142582	rs13191372	G	A	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=34;PP=969;SC=AATACTTGAAGAGGGCCAGGC;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=52142590;WS=52142572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	52144081	rs2073036	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=478;SC=CTCTGGAATATGGCAAACTGG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=52144089;WS=52144071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	52147692	rs2307322	T	A	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	52303399	rs9349626	A	G	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=111;PP=2965;SC=GGTATAGCATATATTTTTGAA;SOR=2.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=46;TCR=111;TR=157;WE=52303407;WS=52303389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	52319050	rs1570624	G	A	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=68;PP=2272;SC=CTAATGAACCGCCAGCGTGTG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=132;WE=52319058;WS=52319040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	52334371	rs62407897	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=177;SC=CTGTCAGAGTTATGTGTTGAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=52334379;WS=52334361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	52357071	rs17851770	A	C	5656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=96;PP=2965;SC=TCTGCAGTTAATCAGGATGTG;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=92;TCR=96;TR=188;WE=52357079;WS=52357061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr6	52367897	rs41273846	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=4;PP=875;SC=TTGAGACGGAGCATCACAGGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=52367905;WS=52367887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	52367986	rs200800334	A	C	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=53;PP=2297;SC=TGTTCTTAGCACTTTGGCCTT;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=128;WE=52367994;WS=52367976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	52370775	rs45523335	G	A	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=8;PP=879;SC=TCCGGGCCTCGGGGGAACCCC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=52370783;WS=52370765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	52541811	rs13211066	G	A	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=31;PP=2712;SC=CCATATAAGCGTATCATTTTT;SOR=2.266;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=98;TCR=31;TR=129;WE=52541819;WS=52541801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	52546789	rs2281484	C	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=41;PP=1167;SC=GCTAGATATACTAGAACATAT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=52546797;WS=52546779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	52615415	rs6577	T	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=20;PP=648;SC=TAAAGATTTCTCATCCATGGG;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=52615423;WS=52615405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	52622755	rs1803684	C	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=85;PP=2407;SC=TGGTAGCAGTCTCCTGGAGGT;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=31;TCR=85;TR=116;WE=52622763;WS=52622745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	52622814	rs2254050	C	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=34;PP=934;SC=ATAATTGAAACGATAGAATCA;SOR=3.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=39;WE=52622822;WS=52622804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	52657552	rs4715326	C	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=11;PP=755;SC=CACTGAAGGCCTGGAGAAGAC;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=52657560;WS=52657542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	52661253	rs70977384	CTATATATATATATATATATA	C	284.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.68;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	52662263	rs2397106	C	T	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=14;PP=1537;SC=TAACCACTTTCTCCCTCTGCA;SOR=2.472;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=67;WE=52662271;WS=52662253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	52697825	rs4715345	A	C	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.27;QD=41.75;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	52697834	rs4715346	C	A	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.90;QD=43.46;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	52701143	rs2397118	C	T	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=20;PP=1015;SC=ACCATTGGTACTTGCTGGAAC;SOR=1.366;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=60;WE=52701151;WS=52701133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	52702324	rs4715350	T	C	6946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TACTAGAAACTCTCATCAGAG;SOR=0.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=101;TCR=130;TR=230;WE=52702332;WS=52702314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,251:1.00:252
chr6	52878637	rs2297211	T	C	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1553;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GCTTGGCTGGTGGCTGGGCAG;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=77;WE=52878645;WS=52878627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr6	52878654	rs33936662	C	T	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1597;ReadPosRankSum=0.200;SC=GCAGGTGGGACTGGCTTAATA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=73;WE=52878662;WS=52878644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr6	52883105	rs181396663	T	C	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=19;PP=954;SC=TTTGGCCCACTGGCCTTTGTT;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=52883113;WS=52883095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	52993002	rs13200319	G	A	3345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=30;PP=2218;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GAAAGATTTGGGTCATCTCAA;SOR=1.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=80;TCR=31;TR=109;WE=52993017;WS=52992992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr6	52998788	rs2816346	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=373;SC=GCCCTTGGGCGGTGCTGGGAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=52998796;WS=52998778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	52998834	rs2816345	C	T	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=8;PP=1233;SC=CTGAGGGATGCCAGCTTTTTT;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=52998842;WS=52998824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	52998856	rs2518573	T	G	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=15;PP=1781;SC=CTGGTGCCACTAAGCTCTACT;SOR=2.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=73;TCR=15;TR=88;WE=52998864;WS=52998846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	53134104	rs3830806	C	CACAG	5797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=49;PP=2965;SC=ACCAAATGACCACAGTTTTCT;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=12;TCR=52;TR=61;WE=53134112;WS=53134094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	53140928	rs2294864	T	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=428;SC=AATTTATTTTTAAAAACTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=53140936;WS=53140918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	53160344	rs79425751	C	T	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=29;PP=2212;SC=ATAGAAAATGCTAACATTTTC;SOR=1.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=79;TCR=29;TR=108;WE=53160352;WS=53160334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	53160383	rs3736732	G	T	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=81;PP=2965;SC=TATTTACAAGGGACTATAGGC;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=123;TCR=81;TR=204;WE=53160391;WS=53160373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	53365019	rs661346	G	C	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=87;PP=2965;SC=CACAGTGAGGGGTACTGTACA;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=170;WE=53365027;WS=53365009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	53516876	rs6928338	T	G	6422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.810;SC=AGGCGTTGGCTATGTAGCCTC;SOR=0.344;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=114;TCR=110;TR=223;WE=53516884;WS=53516866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
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chr6	53519605	rs3799260	C	T	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=51;PP=2013;SC=CACATCTTTACAAGAGTATGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=107;WE=53519613;WS=53519595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	53519857	rs12210809	G	A	5613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=84;PP=2965;SC=AAGTCACATAGGAAGTTCTCC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=99;TCR=84;TR=183;WE=53519865;WS=53519847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr6	53520088	rs2038939	T	C	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=33;PP=1008;SC=AATACACTGTTACAGGCAAGA;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=53520096;WS=53520078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	53520124	rs2038940	A	G	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=577;SC=AAAAAAAAAAACATGGTTTTG;SOR=4.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=53520132;WS=53520114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	53660358	rs4314499	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=37;PP=1042;SC=CTTTCTCCCCCTGTCTCTTTA;SOR=4.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=53660366;WS=53660348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	53707098	rs4286781	C	T	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=61;PP=1866;SC=AATATAGCTACGAGTGAGAAC;SOR=1.632;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=94;WE=53707106;WS=53707088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	53764829	rs71558840	T	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.85;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	53847528	rs9370250	G	A	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=21;PP=1699;SC=AATAAGAGGAGCTTGATAAAT;SOR=1.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=82;WE=53847536;WS=53847518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	53847672	rs9370251	A	G	4643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=87;PP=2874;SC=ATACAGGCATAGATGGCTCCT;SOR=1.145;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=65;TCR=87;TR=152;WE=53847680;WS=53847662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	53883843	rs17625497	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=11;PP=878;SC=CTTGAAAAGCGTGAAAAAAGA;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=53883851;WS=53883833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	53989526	rs4712056	G	A	5931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=118;PP=2965;SC=CACCGCAGCTGTCCGGCCCAA;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=86;TCR=118;TR=204;WE=53989534;WS=53989516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	54003184	rs2754780	A	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=288;SC=TATTAATTGTACTCCTACAAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=54003192;WS=54003174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	54054686	rs6934690	T	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=16;PP=604;SC=CTCCTCACCATCTTCTACAGT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=54054694;WS=54054676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	54054837	rs9296739	A	G	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=55;SC=TTGTCTAATAACATTTTACTG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=54054845;WS=54054827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	54067088	rs67016420	AT	A	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=35.75;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	54079968	rs11757700	G	A	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	54095423	rs816384	T	C	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=13;PP=989;SC=GGTAAGAGATTCTGACCTATG;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=54095431;WS=54095413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	54186024	rs2297986	T	C	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=12;PP=1298;SC=TAACAATGTATAACTCTTTTT;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=54186032;WS=54186014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	54186147	rs1058768	T	C	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=88;PP=2965;SC=CCTTGTTCGTTCAGAATTAAT;SOR=0.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=172;WE=54186155;WS=54186137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	54191970	rs1848440	T	A	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=86;PP=2875;SC=AGATGGCCGATCAAGAACAGC;SOR=1.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=152;WE=54191978;WS=54191960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	54734941	rs7765721	C	A	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=15;PP=1338;SC=CATTCTGTTACCGAATTTTAA;SOR=2.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=54734949;WS=54734931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	54735122	rs1472679	A	G	8061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=125;PP=2965;SC=ACTACAAGGAATGGTATCGAG;SOR=0.707;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=138;TCR=125;TR=262;WE=54735130;WS=54735112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr6	55105701	rs9357853	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=319;SC=TTTCACGTTCTCTTATTTATA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=55105709;WS=55105691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	55113347	rs62416818	T	C	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.10;SOR=6.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	55113350	rs62416819	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.92;SOR=6.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	55113411	rs3122169	C	A	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=27;PP=1887;SC=TTGTTGAGTGCCTATTCCTTT;SOR=1.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=67;TCR=27;TR=93;WE=55113419;WS=55113401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	55113664	rs9396073	C	T	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=47;PP=1290;SC=AATGTTCAGCCATAGCGATGG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=55113672;WS=55113654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	55142337	rs2653349	A	G	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=31;PP=1107;SC=GATGTTGATGATTGTGCTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=55142345;WS=55142327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	55142458	.	C	CTT	36	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9992;HP=15;HapScore=2;MGOF=64;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=36;QD=13.0;SC=TCTTAATTAACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=55142466;WS=55142448;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,3:0.50:6
chr6	55196575	rs116111965	G	C	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	55198696	rs116685319	T	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=49;PP=1549;SC=ATGACTTCTATTGTACTGTGA;SOR=1.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=79;WE=55198704;WS=55198686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	55214895	rs147652095	G	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=297;SC=TCTAGATAACGTGAAAGAGGA;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=55214903;WS=55214885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	55214932	rs115053739	G	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=8;PP=295;SC=CTAACTACACGTTCCCATCAT;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=55214940;WS=55214922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	55215067	rs142223364	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=208;SC=AGTTCTAATATAATAAAATGC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=55215087;WS=55215057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	55215079	rs1032767	G	A	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=3;PP=138;SC=ATAAAATGCAGCAAAATCATT;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=55215087;WS=55215057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	55216344	rs146300118	A	G	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=110;PP=2965;SC=TACTTGCCTCAGTGTAATTCG;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=87;TCR=110;TR=196;WE=55216352;WS=55216334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr6	55216461	rs139761685	A	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=552;SC=TTGATCTCATAACATTAGCTA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=55216469;WS=55216451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	55264362	rs6936510	T	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=20;PP=580;SC=TTAAGACATATTAAATCAAGT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=55264370;WS=55264352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	55266625	rs9370418	T	C	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=29;PP=1112;SC=AGATCCTTCATCGATCCAAAT;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=55266633;WS=55266615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	55266722	rs12529201	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	55381262	rs6459082	G	A	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=27;PP=1613;SC=TCTTTAAAACGATAAGAGGCC;SOR=1.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=83;WE=55381270;WS=55381252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	55406399	rs9367638	C	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=110;SC=ATATCACAGTCCACAGGTTAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=55406407;WS=55406389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	55428658	rs4398737	A	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=13;PP=746;SC=TATGATGGGGATCAGGGCTTC;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=55428666;WS=55428648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	55623944	rs202201755	A	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=26.99;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	55623946	.	A	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.75;QD=26.99;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	55639028	rs41271330	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=24;PP=848;SC=CAGATTTTACGTTGATACTGC;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=55639036;WS=55639018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	55929347	rs2235735	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.561;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=2.143;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr6	55935629	rs41271340	A	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=18;PP=518;SC=GGAGTTTTTTAAAAACAATTC;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=55935637;WS=55935619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	55966418	rs4379279	A	G	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=30;PP=840;SC=AAGAACATTAAATACAAACAG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=55966426;WS=55966408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	56006843	rs2076473	T	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	56044578	rs2038149	T	C	6749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=118;PP=2965;SC=CATCTTGGGATTTGCCATCCG;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=107;TCR=119;TR=225;WE=56044586;WS=56044568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr6	56045043	rs2038150	C	A	47.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=3;PP=33;SC=TTTAAATTGTCTGTGAAATAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=56045051;WS=56045033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	56365814	rs4283892	A	G	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=32;PP=1837;SC=AAATATATCCAAGAAATCTGA;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=103;WE=56365822;WS=56365804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	56374754	rs9296849	C	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=425;SC=ACATTTTTTACAATTTAATGT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=56374762;WS=56374744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	56381912	rs4715626	G	A	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=39;PP=1867;SC=TGTGGATAACGGAGAAGTGTT;SOR=1.140;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=104;WE=56381920;WS=56381902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	56394173	rs9357922	T	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=7;PP=809;SC=CATAAAATTGTACAGAAATAA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=56394181;WS=56394163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	56395051	rs6939305	C	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=654;SC=TCTAAGGTTACAATTTAAATC;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=56395059;WS=56395041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	56417095	rs180765536	T	A	7811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=122;PP=2965;SC=TTCAATTTGCTGTAAAATTCT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=137;TCR=122;TR=259;WE=56417103;WS=56417085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr6	56417282	rs4715630	C	T	6005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=96;PP=2965;SC=CATTGCTTGCCATGAGGGCTT;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=106;TCR=96;TR=202;WE=56417290;WS=56417272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	56417545	rs4715631	T	C	8747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=151;PP=2965;SC=ACATCAGAGGTTCCCTTTGAG;SOR=0.699;Source=Platypus;TCF=151;WE=56417553;WS=56417535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr6	56425284	rs2067543	A	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=729;SC=CAATAATGATAGAGCATTATT;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=56425292;WS=56425274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	56425971	rs1884286	A	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=291;SC=CACATTAAACAAAACTGTCAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=56425979;WS=56425961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	56426931	rs9367689	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=15;PP=801;SC=AAAATTAATACTCACCTTTAT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=56426939;WS=56426921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	56427095	rs79573569	C	CTGAGTGTTGAAA	1138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=2969;SC=ACAGTAATCACACATAAAACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=56427103;WS=56427085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	56437465	rs1014309	T	C	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=15;PP=1398;SC=TTGCCAATTATAATTCTGGCA;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=56437473;WS=56437455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	56437902	rs2144405	C	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=499;SC=TATTATGATGCTTATAAATAA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=56437910;WS=56437892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	56462840	rs9370541	G	A	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=50;PP=1387;SC=AATTCAGAACGTGGGCCAAGG;SOR=3.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=59;WE=56462848;WS=56462830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	56463410	rs4712138	T	C	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=55;PP=1430;SC=CTTATCTTCCTGTGACAGCTT;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=95;WE=56463418;WS=56463400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	56466999	.	T	G	249	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MMLQ=28;MQ=54.73;NF=1;NR=10;PP=249;QD=25.7973829588;SC=AAAAAAAAAGTATGCCAAAAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=56467007;WS=56466989;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	56467586	rs11751914	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=73;SC=ATAATCCTTTGTAGCCTTAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=56467594;WS=56467576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	56468238	rs9370543	G	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=285;SC=AATATATCCCGGACCTATTTA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=56468246;WS=56468228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	56468537	rs9382656	T	C	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=27;PP=1522;SC=GACATTTTAATTCAATAACCT;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=56468545;WS=56468527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	56470551	rs13194995	T	A	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=52;PP=2128;SC=TTAACCTTTGTGTTTGCTAGA;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=105;WE=56470559;WS=56470536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	56470690	rs13209548	G	A	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=47;PP=1938;SC=CCATCTCATGGTTCAACAGAT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=106;WE=56470698;WS=56470680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	56471402	rs9382658	G	A	4991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=62;PP=2965;SC=GCTACCAACTGGTGCCCCCTG;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=161;WE=56471410;WS=56471392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	56471995	rs16888055	C	T	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=81;PP=2965;SC=TTTGACCTGACAACATGGTTT;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=187;WE=56472003;WS=56471985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr6	56476182	rs111382742	T	TAAGTA	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=680;SC=ATTACTATATTAATTGTGATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=56476190;WS=56476172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	56476262	rs7747060	T	C	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=20;PP=969;SC=CTTTTAAGAATACTTCCCCAC;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=56476270;WS=56476252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	56476456	rs9396226	T	A	235.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=249;SC=GTATTTTTTTTAAAAAAAAGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=56476464;WS=56476446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	56482704	rs9396228	A	C	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=588;SC=TGTTTTAAAAATTTAGTCTAG;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=56482712;WS=56482694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	56482801	rs6459166	C	G	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=51;PP=2965;SC=GGTGTCAAAACCTTCACCAGT;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=104;TCR=51;TR=154;WE=56482809;WS=56482791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	56484758	rs2230862	C	T	6434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=107;PP=2965;SC=CTGCTTTCTGCTTGTCATGTT;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=105;TCR=107;TR=212;WE=56484766;WS=56484748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	56496649	rs10456737	A	C	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=22;PP=1768;SC=TAAGAGAGTTAGTTTTTTTCC;SOR=2.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=89;WE=56496657;WS=56496639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	56507135	rs1024195	T	C	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=16;PP=1543;SC=AAACATTATGTAAAAGTTTTA;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=72;WE=56507143;WS=56507125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	56818706	rs986245	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=494;SC=AGACCAGGGTTGGGAAAGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=56818714;WS=56818696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	56873069	rs6925819	T	C	5430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=91;PP=2843;SC=CGGGTCCTGGTGCTAGGAATC;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=101;TCR=91;TR=192;WE=56873087;WS=56873059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr6	56911574	rs9382680	A	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=190;SC=CGGGGTCGGAAGTGAGTAGTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=56911582;WS=56911564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	56917538	rs6926980	G	A	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=23;PP=1367;SC=TTTTTTAAATGTGAAGAAGGT;SOR=1.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=75;WE=56917546;WS=56917528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	56963719	rs145709234	T	G	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=122;SC=GCTTTTGTTCTGGTTATTTTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=56963727;WS=56963709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	56965696	rs3800023	C	G	6620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=124;PP=2965;SC=TTGGCCTCTTCTGAGGTCAAA;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=113;TCR=124;TR=237;WE=56965704;WS=56965686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr6	56993462	rs138076597	CAA	C	1787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=2;PP=1424;SC=ACTAATGTGTCAAAATCCTTT;SOR=4.565;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=35;WE=56993471;WS=56993452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	57006933	rs2273921	T	C	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=64;PP=1831;SC=TACGGATGAGTGTTTGCCAGT;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=114;WE=57006941;WS=57006923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	57012930	rs3734738	C	T	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=52;PP=2346;SC=AGAAGCATTTCTGAGTCATTA;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=107;WE=57012938;WS=57012920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	57018969	rs12201039	C	T	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=55;PP=1649;SC=TGTTCTCTTACTTCTATCTTA;SOR=1.563;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=86;WE=57018977;WS=57018959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	57191021	rs11381745	A	AG	239.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=275;SC=CTAGAAGAAAAGGACTCCTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=57191029;WS=57191011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr6	57244780	rs5011403	G	A	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=57;PP=1544;ReadPosRankSum=1.000;SC=GTTGGGGTTCGAGTCCATTTA;SOR=0.400;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=113;WE=57244788;WS=57244770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,119:0.71:168
chr6	57244830	rs5011402	T	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.696;SC=TAGGTTTTGTTAAATATGTCG;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=71;WE=57244838;WS=57244820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,70:0.71:99
chr6	57244893	rs5011401	T	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=407;ReadPosRankSum=0.944;SC=CCTCTCATCATCACAGCTACT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=20;WE=57244901;WS=57244883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr6	57246708	rs6913779	G	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-5.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=0;PP=846;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TAATCATTTTGATATTCTTTT;SOR=0.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=49;TCR=0;TR=36;WE=57246716;WS=57246698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr6	57246773	rs113849959	T	TAGG	7736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=39;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TATGAAGACTTAGGATTTCTT;SOR=0.655;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=213;TCF=132;TCR=81;TR=115;WE=57246793;WS=57246763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,181:0.64:281
chr6	57246785	rs62415470	A	C	5668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.873;NF=168;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.963;SC=GGATTTCTTAATGACAGGTGC;SOR=0.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=366;TCF=253;TCR=113;TR=244;WE=57246793;WS=57246763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,254:0.67:379
chr6	57246815	rs6936571	T	C	8444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.928;NF=223;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TTGCCTGTTTTACTCTTAATT;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=550;TCF=344;TCR=206;TR=357;WE=57246823;WS=57246805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,370:0.66:564
chr6	57246847	rs2230042	C	T	5035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.919;NF=153;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.672;SC=TGCTGATGCTCTGGATTTGTT;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=793;TCF=447;TCR=346;TR=275;WE=57246855;WS=57246837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:534,279:0.34:813
chr6	57246884	rs6913546	A	G	13369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=886;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.219;NF=299;NR=289;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.204;SC=TATTTGGAAGATGGCTTTGCT;SOR=0.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=874;TCF=434;TCR=440;TR=588;WE=57246892;WS=57246874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,592:0.67:884
chr6	57246969	rs4256440	G	A	6628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=1.798;SC=CTTTGGCAGTGAGTATTTTAC;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=372;TCF=110;TCR=262;TR=257;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,266:0.70:380
chr6	57246982	rs4585567	G	T	5177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.494;SC=TATTTTACTTGATTTCTGTAT;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=295;TCF=77;TCR=218;TR=207;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,215:0.72:300
chr6	57247022	rs4382263	C	T	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=79;PP=1880;ReadPosRankSum=0.602;SC=AGTTATATACCCCTGGTAGTT;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=14;TCR=107;TR=89;WE=57247030;WS=57247012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,91:0.75:121
chr6	57254789	rs2397264	A	G	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-6.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=23;PP=1817;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CAGCAAATCCATCAATATGCA;SOR=0.577;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=137;TCR=34;TR=112;WE=57254797;WS=57254779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,115:0.66:175
chr6	57254811	rs941685	A	G	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=84;PP=2965;SC=GTAGCATATCACGATATGCAA;SOR=1.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=205;TCR=84;TR=289;WE=57254819;WS=57254801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr6	57254839	rs2397265	T	C	8019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.527;NF=205;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.389;SC=ATGCTTTCACTTCCACCATTA;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=501;TCF=304;TCR=197;TR=342;WE=57254847;WS=57254829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,353:0.68:516
chr6	57254927	rs2397266	A	G	10009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.178;NF=159;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.675;SC=AAGCCATGAGACTATTAGGAT;SOR=0.594;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=593;TCF=256;TCR=337;TR=364;WE=57254963;WS=57254917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,442:0.66:672
chr6	57254939	rs4994089	G	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.015;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:454,113:0.20:567
chr6	57254950	rs5876554	A	AT	11197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.308;NF=14;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.661;SC=TGCAAAAGTAATGTGGTTTTT;SOR=0.766;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=282;TCF=24;TCR=258;TR=151;WE=57254963;WS=57254917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,286:0.63:452
chr6	57254955	rs2894842	G	A	10831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.684;SC=AAGTAATGTGGTTTTTTTCTT;SOR=0.733;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=350;TCF=119;TCR=231;TR=190;WE=57254963;WS=57254917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,262:0.62:421
chr6	57254986	rs2397267	G	A	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=85;PP=1956;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GGCAAAGACTGCAATTACTTT;SOR=0.662;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=200;TCF=42;TCR=158;TR=106;WE=57254994;WS=57254976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,116:0.56:209
chr6	57255001	rs2894843	C	A	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.692;HP=1;HapScore=4;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.008;SC=TACTTTTGCGCCAACCTAATA;SOR=1.276;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=151;TCF=19;TCR=132;TR=82;WE=57255024;WS=57254991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,83:0.56:149
chr6	57255015	rs2894844	G	C	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.672;HP=9;HapScore=4;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=1.093;SC=CCTAATAACAGAAAAAAAATC;SOR=2.379;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=104;TCF=8;TCR=96;TR=53;WE=57255024;WS=57254991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
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chr6	57255032	rs7769711	C	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=5.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=5;HapScore=2;MGOF=85;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=41;PP=928;ReadPosRankSum=1.270;SC=AATCATTTTTCGGGGGAAAAT;SOR=1.664;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=2;TCR=71;TR=41;WE=57255040;WS=57255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
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chr6	57512340	rs4364484	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=-0.614;SC=GCTGATTAAGCGTTAGAATGC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=6;WE=57512360;WS=57512330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr6	57512439	rs4294006	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,53:0.21:257
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chr6	57512510	rs4294007	T	G	14199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=337;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.846;SC=ATCCTAATCATTTCTTTTGTG;SOR=1.019;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=759;TCF=511;TCR=248;TR=483;WE=57512518;WS=57512500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,487:0.64:764
chr6	57512529	rs5001076	C	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1000;ExcessHet=3.0103;FS=3.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.908;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:803,193:0.19:996
chr6	57512565	rs4294008	T	C	12820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=362;NR=272;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.741;SC=AAAGAAGGAATCTATCCAACC;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1436;TCF=806;TCR=630;TR=634;WE=57512573;WS=57512555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:813,641:0.44:1454
chr6	57512678	rs4398719	G	A	8147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=250;PP=2962;ReadPosRankSum=0.290;SC=AAGGACTAGAGGATTACTTTA;SOR=0.830;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=873;TCF=282;TCR=591;TR=362;WE=57512686;WS=57512668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:524,373:0.42:897
chr6	57512711	rs5001484	G	C	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,105:0.21:501
chr6	57512718	rs5001483	T	A	2881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=2.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,94:0.21:451
chr6	57512765	.	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,28:0.17:164
chr6	57512775	rs7773110	T	G	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.696;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,53:0.42:126
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chr6	57512787	.	T	TCACCAAGGC	1518.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.785;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.46;ReadPosRankSum=0.265;SOR=2.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr6	57512788	.	T	TTA	1398.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.273;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=-2.201;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
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chr6	62611356	rs67450220	ACAAAACG	A	85.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=723;SC=AAGAAACAAAACAAAACGCAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=62611370;WS=62611346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	62757987	rs9346001	C	T	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=32;PP=884;SC=TATAGGTTTTCCAAACTTTAC;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=62757995;WS=62757977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	62887031	rs9346218	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=303;ReadPosRankSum=0.161;SC=AATTAAAATACCGTCTTCTTT;SOR=0.197;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=17;WE=62887039;WS=62887021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr6	62887099	rs6921170	C	T	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=988;ReadPosRankSum=-1.001;SC=CCTTTGGATACTGCTTGACAG;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=69;WE=62887107;WS=62887089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,78:0.72:109
chr6	63921360	rs10943599	C	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.522;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr6	64003459	rs9343928	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=1.595;SC=TCTGACTCCCGGGCTAGTATT;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=9;WE=64003467;WS=64003449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr6	64286985	rs2075656	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,13:0.19:70
chr6	64289938	rs56188808	AT	A	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=6.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.135;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr6	64395196	rs34288820	G	A	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=63;PP=2122;ReadPosRankSum=1.573;SC=TAAAGTTAATGTCAAAAGTGT;SOR=0.436;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=169;TCF=93;TCR=76;TR=132;WE=64395204;WS=64395186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,140:0.79:178
chr6	64419318	rs34108196	AT	A	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr6	64498055	rs66462731	T	A	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,110:0.24:454
chr6	65016977	rs35395170	TGA	T	1085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.93;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	65098768	rs587278	A	G	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=129;PP=2965;SC=GTTTTAGTATAAGTCATATAA;SOR=1.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=57;TCR=130;TR=186;WE=65098776;WS=65098758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	65301504	rs624851	A	G	6368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GGTAGCAGATAAAGCAACAGT;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=195;TCR=148;TR=239;WE=65301512;WS=65301481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,257:0.71:361
chr6	65302915	rs11331907	GA	G	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.693;NF=14;NR=0;PP=179;ReadPosRankSum=0.205;SC=ATGTATCTCAGAAAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=14;WE=65302923;WS=65302907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr6	65525121	rs1390272	C	T	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=48;PP=1573;SC=TTGCTGAAAACGTGAACTTGT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=65525129;WS=65525111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	65596759	rs7743515	G	A	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=50;PP=1354;SC=GAGAAATGAGGAATAGCCATG;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=63;WE=65596767;WS=65596749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	65611952	rs59518422	T	TATTA	1294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=607;SC=GTGCTCACTTTCTTGTTGAAT;SOR=1.460;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=65611960;WS=65611942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	65622463	rs9294631	A	G	10966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=210;NR=170;PP=2965;SC=TAGGTCACAAAGGTTATAGCG;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=380;TCF=210;TCR=170;TR=380;WE=65622471;WS=65622453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr6	65622662	rs9445437	G	C	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=59;PP=1742;SC=AAAATTTTTAGAAGTGTGAAC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=74;WE=65622670;WS=65622652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	65655883	rs9453115	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=354;SC=TACTCCTGGCCATTTTGATAT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=65655891;WS=65655873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	65767633	rs142590049	G	GA	1233.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.24;MQRankSum=3.001;QD=32.47;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr6	65767634	rs45628235	G	A	1335.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.24;QD=35.15;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	65767634	.	GA	AA	844	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000,1.0000;HP=9;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=16;MQ=66.57;NF=13,3;NR=26,21;PP=844,289;QD=22.5325951935;SC=TGGAAAATAGGAAAAAAAAAT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=39,24;WE=65767642;WS=65767623;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,39:0.87:45
chr6	65767634	.	GA	GAA	844	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000,1.0000;HP=9;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=16;MQ=66.57;NF=13,3;NR=26,21;PP=844,289;QD=22.5325951935;SC=TGGAAAATAGGAAAAAAAAAT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=39,24;WE=65767642;WS=65767623;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr6	66005740	rs35045551	G	GA	2905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.635;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.471;NF=40;NR=19;PP=767;ReadPosRankSum=-2.329;SC=AATTTATCAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.304;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=59;WE=66005748;WS=66005730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,113:0.94:120
chr6	66005888	rs9342464	C	T	8046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=141;PP=2965;SC=CTTTGCAGACCGCTACAGTTA;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=127;TCR=141;TR=268;WE=66005896;WS=66005878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr6	66005970	rs9345601	G	A	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=98;PP=2965;SC=AGTCAACATTGACAACACACA;SOR=1.198;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=68;TCR=99;TR=166;WE=66005978;WS=66005960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr6	66044927	rs61753610	T	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=28;PP=1636;SC=CTCATTTTCTTGATCATCAGT;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=66044935;WS=66044917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	66045077	rs1502965	C	T	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=924;ReadPosRankSum=-1.007;SC=TATGAATTCCCATCACTTACT;SOR=1.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=49;WE=66045085;WS=66045067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr6	66045118	rs1502964	T	C	558.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=404;ReadPosRankSum=0.498;SC=TGAGAGATCATGATAGATGCC;SOR=3.352;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=22;WE=66045126;WS=66045108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr6	66053835	rs1502963	T	G	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=86;SC=TTTGAATATTTAAGAATCTGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=66053843;WS=66053825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	66112409	rs974110	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=685;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TACATGTAGCATTATTCCTCA;SOR=1.036;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=49;WE=66112417;WS=66112399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr6	66115281	rs34154043	G	GAAA	277.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=12;PP=203;SC=TCACACACAAGAAAAAAAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=16;WE=66115289;WS=66115271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	69666183	rs143618979	T	TTA	304.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;MQRankSum=1.167;QD=25.34;ReadPosRankSum=0.290;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr6	69666684	rs1932618	A	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=42;PP=1344;SC=AGAAGATGCAATGAGCAGCGA;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=69666692;WS=69666674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	69666747	rs3215965	GA	G	644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=21;PP=387;SC=TTCATAACGTGAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=21;WE=69666755;WS=69666737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	69728522	rs2785573	C	T	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=162;SC=ATATTTCTAACACTTGGTATC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=69728530;WS=69728512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	69758072	rs3757049	A	T	5037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=61;PP=2965;SC=TTTCTTTTTTAATAGTGGCTA;SOR=1.522;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=120;TCR=61;TR=181;WE=69758080;WS=69758062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr6	69759148	rs618372	A	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=13;PP=709;SC=ATACTTCAAAATTTATTCTTT;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=69759156;WS=69759138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	69772817	rs2793459	C	G	5000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=53;PP=2965;SC=TATAATTACTCTGTTGCAGAA;SOR=1.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=119;TCR=53;TR=171;WE=69772825;WS=69772807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	69786046	rs35445308	G	GA	681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=200;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TGCATTCAGAGAAAAAAAAAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=17;WE=69786054;WS=69786036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr6	69943418	rs3215840	A	AG	4608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=58;PP=2957;SC=GTTGCAGGGTACAAAATTGGG;SOR=1.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=65;WE=69943426;WS=69943408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	70040500	rs374715480	GA	G	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr6	70042810	.	G	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=680;ReadPosRankSum=0.017;SC=GTTTCTGTTTGACAGGTCAAC;SOR=0.484;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=97;TCR=40;TR=48;WE=70042818;WS=70042800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr6	70071173	rs913543	G	A	14947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=285;NR=225;PP=2965;SC=AAACCTTGCCGCATGAAAGGC;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=511;TCF=285;TCR=226;TR=510;WE=70071181;WS=70071152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr6	70386320	rs3214021	C	T	7322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=95;PP=2965;SC=GGTCAAATCACGCGTGGGATA;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=156;TCR=95;TR=251;WE=70386328;WS=70386310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr6	70407465	rs12648	A	T	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=31;PP=1162;SC=CTTCAGGAGCATCTGCATCAC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=70407473;WS=70407455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	70411157	rs2445969	G	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=55;SC=CAACATGTCAGTGTGTAAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=70411165;WS=70411148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	70423739	rs2305837	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=630;SC=ATCTTAATAAAGTACCCAGCA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=70423747;WS=70423729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	70447993	rs45559535	G	T	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=26;PP=717;SC=AAGCTGAGCTGCTTACACATT;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=70448001;WS=70447983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	70448033	rs12661224	C	T	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=408;SC=TATGTATTACCGTATTCTTGA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=70448041;WS=70448023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	70490511	rs9346353	A	G	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=6;PP=176;SC=TTAAAAGTCAAGTTTTAATAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=70490519;WS=70490501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	70490528	rs9346354	A	G	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=77;SC=ATACGACTGAATATCACTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=70490536;WS=70490518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	70500451	rs2305838	C	A	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=64;PP=1900;SC=TAGCAGGAAACCTTATGTGAA;SOR=3.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=77;WE=70500471;WS=70500441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	70500463	rs2305839	T	G	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=52;PP=1638;SC=TTATGTGAAGTAAAGGTTATT;SOR=3.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=62;WE=70500471;WS=70500441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	70812123	rs7772672	A	G	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=109;PP=2965;SC=CTGTGAGTAAACAATACAATG;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=203;WE=70812131;WS=70812113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr6	70852493	rs9342783	A	G	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=109;SC=CTTGGTAATCACAAAGCACAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=70852501;WS=70852491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	70852607	rs3831024	C	CT	3321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.256;NF=25;NR=43;PP=1114;ReadPosRankSum=1.938;SC=TACAATCTATCTTTTTTTTTC;SOR=0.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=68;WE=70852615;WS=70852597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,125:0.95:131
chr6	70852841	rs2296013	A	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=370;SC=TCTATGCCACAAAAACTGATC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=70852849;WS=70852831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	70854183	rs9364074	A	G	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=47;PP=2096;SC=CTCATTTTATATGTTAAGTAG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=111;WE=70854191;WS=70854173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	70854208	rs58591338	CAG	C	7137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.227;NF=17;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=1.595;SC=GAGGAAGAGACAGAGGATCAT;SOR=0.243;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=17;TCR=73;TR=86;WE=70854217;WS=70854198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr6	70854924	rs3841703	A	AT	931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=857;SC=TTTTGTTAATATTTTTCTTGC;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=21;WE=70854932;WS=70854914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	70856536	rs7762409	C	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=343;SC=TGTATTCATACTTTTTTTCTT;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=70856544;WS=70856526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	70861135	rs3818327	T	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	70866421	rs3736843	T	C	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=2;PP=363;SC=GATGTAAAAGTCACTTGCAAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=70866429;WS=70866411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	70866609	rs2229799	C	T	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=54;PP=1830;SC=GGGAGAAAGGCGATGAGGTAA;SOR=0.921;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=101;WE=70866617;WS=70866599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	70873331	rs2296010	G	A	6442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=121;PP=2965;SC=CTGGGGCTTGGAGTGGGAGCA;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=100;TCR=121;TR=221;WE=70873339;WS=70873321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr6	70875976	rs802174	T	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=884;SC=AAAGATAAAATTCTTCTGAAT;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=70875984;WS=70875966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	70876046	rs802175	T	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=200;SC=TTTGTTCTCCTTTTGGTTCAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=70876054;WS=70876036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	70894909	rs2296005	A	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=28;PP=730;SC=CAAATCACCAAATCTATAAAG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=70894917;WS=70894899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	70897698	rs3749913	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=4;PP=700;SC=AATAAGTGCCAGTATGAATCC;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=70897706;WS=70897688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	70909252	rs5877242	AT	A	306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=295;SC=GTATTTTGAAATTTTTTGACA;SOR=1.981;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=70909260;WS=70909242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	70909763	rs3806064	T	C	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=4;PP=141;SC=TCTAGGAATCTTAGAATTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=70909771;WS=70909753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	70909779	rs3806065	T	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=115;SC=TTTTTTAGGCTTCCCCTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=70909787;WS=70909769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	70916830	rs3215860	AT	A	2067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.280;NF=22;NR=40;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CTGCATTGTAATTTTTTTTTT;SOR=0.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=62;WE=70916838;WS=70916820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr6	70916888	rs1200576	A	C	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=38;PP=2170;SC=CCCCAGGCCCACAGGGCCCCC;SOR=1.158;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=101;WE=70916901;WS=70916878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	70916998	rs1736	G	A	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=55;PP=1857;SC=AAGAAGACTTGGTTCCTGGTA;SOR=1.059;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=103;WE=70917006;WS=70916988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	70926898	rs1200569	G	A	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=109;PP=2965;SC=GCTTTTGGAAGCGATGGATGA;SOR=1.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=52;TCR=109;TR=161;WE=70926906;WS=70926888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	70926933	rs2881343	G	C	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=61;PP=1805;SC=TGGTGATGATGATGATGATGA;SOR=3.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=72;WE=70926941;WS=70926923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	70944123	rs12197487	G	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=670;SC=TACCCTAAATGTCCTATCTTT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=70944131;WS=70944113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	70944465	rs12191701	A	G	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=37;PP=1617;SC=GGAGTCTCCAAAGGGAAACCA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=70944473;WS=70944455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	70949079	rs13216129	A	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=18;PP=851;SC=TGCTACTAAAATACGGAAAAC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=70949087;WS=70949069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	70950281	rs71767894	AAT	A	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=211;SC=AGAAAATAAGAATATATATAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=70950290;WS=70950271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	70951103	rs13202029	A	G	10297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=179;PP=2965;SC=TTTTATACCAATTAAATAATA;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=182;TCR=179;TR=360;WE=70951111;WS=70951093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr6	70961833	rs1135056	T	C	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=19;PP=1247;SC=AGGAAGCCCCTGGGGTCCTCG;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=74;WE=70961841;WS=70961823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	70962044	rs519068	A	G	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=44;PP=1562;SC=AACATCCAAAATAACTCATGC;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=70962052;WS=70962034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	70962164	rs9446215	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=492;SC=GCAGAATCTCTTTCTTGTTAG;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=70962172;WS=70962154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	70963156	rs701690	T	G	8855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=169;NR=157;PP=2965;SC=TACACAATCCTAGTTTAATCA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=169;TCR=157;TR=326;WE=70963164;WS=70963146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr6	70963232	rs701689	A	G	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=80;PP=2226;SC=GGGAATCATGATAACCTCAAA;SOR=2.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=25;TCR=80;TR=105;WE=70963240;WS=70963222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	70963279	rs701688	T	C	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=38;PP=1183;SC=AGTTCCCAAATTCTGCACAGT;SOR=4.271;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=70963287;WS=70963269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	70964745	rs13219431	G	T	12399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=233;NR=208;PP=2965;SC=GAAACATACTGTCTCTTACAC;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=441;TCF=233;TCR=208;TR=441;WE=70964753;WS=70964735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr6	70965125	rs633762	A	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=26;PP=899;SC=TTAATACAAGAAAAAGTTACT;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=70965133;WS=70965115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	70966421	rs34557832	C	CA	888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=10.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.863;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=1.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr6	70970299	rs2024730	C	T	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=20;PP=1450;SC=TATGTTTAAACGGCCAAAATT;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=72;WE=70970307;WS=70970289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	70972814	rs12194091	G	A	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=124;SC=CAGTGCTGGCGTGGTGGAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=70972822;WS=70972804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	70976538	rs883708	A	G	7125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.691;SC=AGGCTCATAAAGTGATCCTGC;SOR=0.433;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=98;TCR=145;TR=242;WE=70976546;WS=70976528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr6	70979125	rs551470	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=357;SC=AAAGATCATAAAAGAACAAAG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=70979133;WS=70979115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	70979193	rs550675	C	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=17;PP=800;SC=AGTCCACTAGCGTTACAGACT;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=70979201;WS=70979183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	70979324	rs6935778	A	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=26;PP=909;SC=TGTTCAAAGGAAAGCATCTTA;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=70979332;WS=70979314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	70980247	rs2296930	A	G	266.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9784;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=3.479;SC=ACAAAATGAGAGTAATAAAGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=70980255;WS=70980237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr6	70983644	rs151025983	TAATA	T	566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.43;QD=40.48;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	70984436	rs592121	A	G	6301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=120;NR=111;PP=2965;SC=TGTCCCTTTGACCCAATGGAG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=121;TCR=111;TR=231;WE=70984444;WS=70984426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr6	70984562	rs603304	TG	CA	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=1894;SC=ATTTATTAATTGTCTACAGGA;SOR=3.109;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=38;WE=70984571;WS=70984552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	70989703	rs3806099	A	G	11700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=1.438;SC=CAGGGACAAAATCAAGGACTG;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=429;TCF=203;TCR=226;TR=426;WE=70989711;WS=70989693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,441:1.00:443
chr6	70990470	rs7764822	C	T	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=6;PP=949;SC=CTCGTACCCACCACACACCCC;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=70990478;WS=70990460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	71010101	rs12210123	A	G	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=108;PP=2965;SC=TGCAAAAGAGATAGCATGTCA;SOR=2.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=41;TCR=109;TR=149;WE=71010109;WS=71010091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	71011831	rs2242589	C	T	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=648;ReadPosRankSum=0.071;SC=AGATGGAAAACACTTCCATAT;SOR=0.834;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=52;WE=71011839;WS=71011821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr6	71012677	rs141436759	T	C	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.749;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=49;PP=1125;ReadPosRankSum=0.438;SC=GAAGAAGGGGTTGGAAGGGAG;SOR=0.922;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=198;TCF=66;TCR=132;TR=71;WE=71012685;WS=71012667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,73:0.35:210
chr6	71195912	.	G	A	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:375,112:0.23:487
chr6	71238105	rs2747701	A	G	7732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=140;PP=2965;SC=GAAGAAGAGGATGGTTCTGAA;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=125;TCR=141;TR=265;WE=71238113;WS=71238095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr6	71266625	rs76233144	T	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=568;ReadPosRankSum=0.686;SC=TTCCAAAATTTTTCTTGTAGT;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=28;WE=71266633;WS=71266615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr6	71378188	rs781984	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=352;SC=GGGTCTGGGCAGAGCTTAGGG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=71378196;WS=71378186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	71482975	rs1413353	G	A	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=33;PP=1351;SC=TAGAGTCCCAGCTTTGTGGAG;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=83;WE=71482983;WS=71482965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	71666146	rs1320315	T	C	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=41;PP=1107;SC=GCACGCTCCCTGGCCTCTCGG;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=71666154;WS=71666136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	72010963	rs9346458	G	A	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=16;PP=2529;SC=ATGGCATTAGGAAGTCATTAC;SOR=3.411;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=90;TCR=16;TR=105;WE=72010971;WS=72010953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	72809825	rs9360527	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=250;SC=ATTTCCAGCTCTCATGAAAAA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=72809833;WS=72809815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr6	72858416	rs151080929	GTT	G,GT	1488.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.322;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.434;QD=23.26;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,50,11:0.78,0.17:64
chr6	72889711	rs17725666	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=696;SC=CGAGGAATATGTGGAAGTAGT;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=72889719;WS=72889701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	72892257	rs2463730	A	G	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=34;PP=1349;SC=ACCCGAACCTAGCTCGGTACC;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=72892265;WS=72892247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	72892383	rs114505309	G	A	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=32;PP=2308;SC=CGGGCGCGGCGCTGCCGGAGG;SOR=1.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=112;WE=72892391;WS=72892373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	72945492	rs2807519	C	T	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=101;PP=2908;SC=CTGCATTCATCGGAGTTTCTG;SOR=1.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=43;TCR=101;TR=144;WE=72945500;WS=72945482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	72945603	rs138366781	A	ATTTTC	454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=424;SC=AAACTAATGTATTCTGACTAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=72945611;WS=72945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	72947774	rs2807525	C	T	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=188;SC=TTTTAATGCACGAATAAAGAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=72947782;WS=72947764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	72962352	rs9351902	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=567;SC=ATTAGTCTTCATAAGTTTTCA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=72962360;WS=72962342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	72968609	rs6923891	C	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=0;PP=1145;SC=ATATTACTCTCAGTTCCTTCA;SOR=7.523;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=41;TCR=0;TR=41;WE=72968617;WS=72968599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	72984277	rs4504440	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=288;SC=AGCCAACTCTGGTAAAGCACC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=72984285;WS=72984267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	73331983	.	AGCG	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr6	73332040	rs3734212	C	G	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=9;PP=654;SC=ATGTGGAGTCCGGCCGGGGCA;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=73332048;WS=73332030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	73516397	rs9446758	A	G	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=168;SC=TTGGCCCAATATTCCTATTAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=73516405;WS=73516387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	73752808	rs117168907	G	T	11311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	73752808	.	GTA	TTT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=133;NR=93;PP=2947;QD=20;SC=GAATTGTTGCGTAATCTTCTC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=236;TCF=140;TCR=96;TR=226;WE=73752818;WS=73752798;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,226:0.96:236
chr6	73752810	rs117594643	A	T	11311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr6	73821239	rs2000205	T	C	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=90;PP=2932;SC=TGTTCCTTTTTATAAAATGAA;SOR=1.500;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=49;TCR=90;TR=139;WE=73821247;WS=73821229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	73830423	rs1891404	A	G	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=78;PP=2482;SC=GTTGCTCCTAAAGAGATTCAA;SOR=1.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=114;WE=73830431;WS=73830413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	73879295	rs75485693	G	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=1;PP=865;SC=AACTGGGGAGGCTGTAGAAAA;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=73879303;WS=73879285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	73935135	rs6927398	G	C	18737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=309;NR=337;PP=2965;ReadPosRankSum=1.508;SC=CGGCCATGCTGTGCTCCCACC;SOR=0.399;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=647;TCF=310;TCR=337;TR=646;WE=73935143;WS=73935125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,685:1.00:686
chr6	73952058	rs12210517	G	A	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=3;PP=994;SC=TGATGAAGGTGGGAGGGGAGA;SOR=4.362;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=41;WE=73952066;WS=73952049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	73952103	rs6453660	A	C	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.95;SOR=3.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	73952109	rs76146370	C	A	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.38;SOR=2.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	73952112	rs79256439	GG	TA	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.56;SOR=2.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	73952118	rs6453661	A	G	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	74019338	rs16883571	G	A	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=52;PP=2394;SC=GCAAGGGTCTGGAGAAAGGGC;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=129;WE=74019346;WS=74019328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	74019376	rs16883573	T	C	4998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=80;PP=2965;SC=CAGGACTCCGTATTCTGAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=171;WE=74019384;WS=74019366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr6	74072681	rs9446890	G	C	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=97;PP=2957;SC=CATACCCACAGCCCACATATT;SOR=2.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=37;TCR=98;TR=134;WE=74072689;WS=74072671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	74079041	rs497243	A	C	6593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=101;PP=2965;SC=TCCCTGAGTCAACTATGTCCA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=125;TCR=102;TR=226;WE=74079049;WS=74079031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr6	74115935	rs57549301	C	CGG	883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=938;SC=TTAGTAGAGACGGTTTCTCTA;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=74115943;WS=74115934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	74119084	rs4708053	T	C	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=42;PP=1513;SC=ACGTATATGCTTAATTACTGT;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=74119092;WS=74119074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	74155346	rs610913	G	T	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=12;PP=758;SC=CTGACTCAGAGGATTTTCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=74155354;WS=74155336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	74155491	rs2985419	T	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=22;PP=759;SC=GTAAAAATAGTACTGAAATAT;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=36;WE=74155499;WS=74155481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	74161503	rs9446904	A	G	6319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=123;PP=2965;SC=GCCCGGGCGGAGGTCTTGGCT;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=85;TCR=123;TR=207;WE=74161511;WS=74161493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr6	74161762	rs35629782	G	T	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=64;PP=2524;SC=GAACTTTCCCGCCTTAGGCAG;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=147;WE=74161770;WS=74161752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	74161801	rs9352000	G	T	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=50;PP=2253;SC=CGGAGACTCGGTGGGATCCAT;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=114;WE=74161809;WS=74161791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	74171467	rs1713862	C	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=9;PP=1369;SC=GACGTCCTACCCCGTGATATT;SOR=3.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=58;TCR=9;TR=67;WE=74171475;WS=74171457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	74189574	rs7766570	G	A	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=57;PP=2155;SC=CTCGGTAAGGGCAAAATGTCA;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=126;WE=74189582;WS=74189564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	74201826	rs200573083	CAA	C	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=0;PP=84;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=74201835;WS=74201816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	74228006	rs1874229	A	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=49;PP=1988;ReadPosRankSum=-0.870;SC=AAAGATTTGCATTCAGTGCAA;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=121;WE=74228014;WS=74227996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr6	74228049	rs1874230	A	G	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=54;PP=1947;SC=AGCCTCTGCAATAAGTTAATG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=74228057;WS=74228039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	74229258	rs2073466	G	T	9447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=166;NR=156;PP=2965;SC=ATTAAGAGTCGTTACTTGGTT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=166;TCR=156;TR=322;WE=74229266;WS=74229248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr6	74229405	rs4708060	C	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=35;PP=1049;SC=TTTTATAAGTCGGATCTTAAC;SOR=7.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=35;WE=74229413;WS=74229395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	74304960	rs147885477	C	T	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=43;PP=1173;SC=ACAAAAAATGCAAGTGAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=74304968;WS=74304950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	74432923	rs56093139	C	T	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=35;PP=1602;SC=TGTATTCTATCATCATATTCA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=74432931;WS=74432913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	75795122	rs112607771	G	GCA,GCACA	2067.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=33,33;PP=1151,237;ReadPosRankSum=2.079;SC=GATTTGGAAGGCACACACACA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=33,33;WE=75795131;WS=75795112;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.20,0.68:66
chr6	75796364	.	GTA	G	158.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	75797302	rs970547	C	T	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=37;PP=1811;SC=CCTGGATAGCCTTGCCCGTTG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=75797310;WS=75797292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	75798722	rs672648	C	A	460.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-0.688;QD=17.07;ReadPosRankSum=-2.061;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr6	75811880	rs556674	G	A	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=92;PP=2604;SC=CAGTGTAAGCGTTCAGAATGA;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=38;TCR=92;TR=130;WE=75811888;WS=75811870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr6	75830974	rs499018	G	C	5603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=122;NR=77;PP=2965;SC=CAAAGGAAAGGCAAGACATCA;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=122;TCR=77;TR=199;WE=75830982;WS=75830964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr6	75833876	rs240722	C	A	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=65;PP=2834;SC=AATTTTATATCGCATTGTTAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=136;WE=75833884;WS=75833866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	75841722	rs594012	A	T	6807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=135;NR=106;PP=2965;SC=CAGGTCCTGGAGCAGGGTCCC;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=135;TCR=106;TR=241;WE=75841730;WS=75841712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr6	75843845	rs1332778	T	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=550;SC=AAGTAGTGAATAAACGACACA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=75843853;WS=75843835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	75844458	rs77425231	C	T	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=33;PP=1361;SC=TGCCTCTTCCCGTCATCCGAC;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=75844466;WS=75844448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	75890933	.	T	TA	123	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=17;MQ=60.83;NF=0;NR=10;PP=123;QD=12.8;SC=GTAAGCTATTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=75890941;WS=75890923;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr6	75893457	rs36085827	TA	T	1071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=16;PP=750;SC=CGTGCTTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.364;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=41;WE=75893465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	75901292	rs743003	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=372;SC=GTGCTCCTTCCAGATAAAGCT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=75901300;WS=75901282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	75904455	rs240433	A	T	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=20;PP=1375;SC=TTCCTAAAGCACAGCTTCTTC;SOR=1.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=68;WE=75904463;WS=75904445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	75951719	rs240419	A	C	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=29;PP=892;SC=GAGTTCGAGAACAGCCTGAAC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=75951727;WS=75951709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	75966269	rs418485	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=561;SC=GTAGTTTCTCAGGTGCTTTTG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=75966277;WS=75966259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	75968720	rs147523	G	A	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=862;SC=GGAGTGGGGAGGGGATAAGGA;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=75968728;WS=75968710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	75977591	rs240395	T	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=551;SC=ACAAAAACTGTTTTTAAGGTC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=75977599;WS=75977581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	76333486	rs655471	G	A	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=261;SC=TGCAAAGACTGTGGTTTGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=76333494;WS=76333476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	76333566	.	T	C	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=24;PP=1140;SC=GAATTTAATATAAGGATTGTG;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=66;WE=76333574;WS=76333556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	76369054	rs507662	A	G	7210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=130;NR=118;PP=2965;SC=AACAGAAACGACACTGTAGTA;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=249;TCF=130;TCR=119;TR=248;WE=76369062;WS=76369044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr6	76385511	rs2842535	A	G	5776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=94;PP=2965;SC=TTTCCTCACAATTTCCCCCAT;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=108;TCR=94;TR=202;WE=76385519;WS=76385501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr6	76538403	rs1280052	G	A	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=32;PP=1200;SC=ATTTTGTCACGCTTGAAATTG;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=76538411;WS=76538393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	76554593	rs7760587	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=13;PP=765;SC=TGTTAATTATGTTTAATTTGT;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=76554601;WS=76554583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	76566734	rs3798439	T	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=9;PP=1341;SC=CTTCTCTGTGTGTATGTTTAG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=59;WE=76566742;WS=76566724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	76576527	rs6453845	G	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=797;SC=TAGTGGTGACGGCGTTGGACA;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=76576535;WS=76576517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	76583113	rs9443195	T	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=944;SC=ATTATCTTGATTATTTTACAG;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=76583121;WS=76583103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	76607983	rs720862	T	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=238;SC=TGAACAGTTGTTAAATAATAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=76607991;WS=76607973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	76656978	rs3215818	AT	A	3870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=26;PP=2951;SC=ACAGAACGAAATTAAAAAAAT;SOR=2.448;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=88;WE=76656986;WS=76656968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	76782049	rs1320537	C	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=9;PP=467;SC=CCCGTGAGATCAATTGGTAGC;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=76782057;WS=76782039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	78171941	rs6297	C	T	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=52;PP=2820;SC=CCACTGCAAACGGCAAGTCAA;SOR=1.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=101;TCR=52;TR=153;WE=78171949;WS=78171931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr6	79424433	rs9352613	A	G	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	79424556	.	AATATATAT	A	201	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5003;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=60.77;NF=0;NR=2;PP=201;QD=102.0;SC=TTCTCAGTAAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2;WE=79424571;WS=79424546;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,2:0.17:12
chr6	79577644	rs9350789	A	C	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=73;PP=1856;SC=AAGAGCCGGAAGACACAAAAG;SOR=1.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=118;WE=79577652;WS=79577634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	79595167	rs146020132	A	ACTTAT	5945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=42;PP=2957;SC=AGAGGTATGTACTTAACAAAT;SOR=0.870;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=52;WE=79595175;WS=79595157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	79612800	rs9352675	G	A	11529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CACATCAAATGAACAAATACT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=396;TCF=174;TCR=222;TR=395;WE=79612811;WS=79612790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,423:1.00:424
chr6	79657391	rs1984195	G	A	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=23;PP=1155;SC=AAATAAGTCTGACATCTTTAC;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=79657399;WS=79657381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	79657668	rs11370597	T	TC	251.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=9;PP=188;SC=TATTTCATACTCCCCCCCCTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=79657676;WS=79657658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	79664440	rs9443632	T	C	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=6;PP=1128;SC=AAATAAACTATAATCATAAAA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=79664448;WS=79664430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	79664748	rs10455356	T	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=732;SC=ACTTTTAATGTAGTCTTAGAT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=79664756;WS=79664738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	79679577	rs7742431	A	G	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.768;SC=TGTATTTTGCATCATCAAATT;SOR=0.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=185;WE=79679585;WS=79679567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr6	79688393	.	C	G	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=91;PP=2965;SC=CTTCTAATGTCAAACCATTTT;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=178;WE=79688401;WS=79688383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	79695029	rs1890229	C	T	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=19;PP=1357;SC=TTTCTAAAGACTTTATATAAC;SOR=1.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=71;WE=79695037;WS=79695019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	79707923	rs11752126	C	T	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=9;PP=1115;SC=GAGATTTAGGCTGTTTCAAAT;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=79707931;WS=79707913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	79708000	rs7747479	A	C	5068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=70;PP=2965;SC=ATTACTGATAACTGCTTCACC;SOR=1.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=114;TCR=70;TR=184;WE=79708008;WS=79707990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	79752792	rs9343863	T	C	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=55;PP=1621;SC=TTTTAAGAATTCACATACTCC;SOR=5.353;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=58;WE=79752800;WS=79752782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	79918309	rs9341761	G	A	6353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=128;PP=2965;SC=AAGGGAATGGGAAAATATACA;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=87;TCR=129;TR=214;WE=79918317;WS=79918287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr6	79944096	rs3076135	C	CAG	1990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=4;PP=1724;SC=GTAGGGGGGACAGAGAGAGGA;SOR=3.398;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=37;WE=79944104;WS=79944086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	79944355	rs9361504	T	G	9240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=172;PP=2965;SC=TGCCTCTGCCTCTGCAGCTGC;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=159;TCR=172;TR=330;WE=79944363;WS=79944345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr6	80228541	rs2655655	A	G	10050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=196;PP=2965;SC=AAAATCAGATAAGTAAGAATA;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=155;TCR=196;TR=351;WE=80228549;WS=80228531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr6	80228673	rs2803195	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=30;PP=678;SC=GAGGAGACTATGACAATACTG;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=30;WE=80228681;WS=80228663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	80341220	.	GGCGGTGAGC	G	1113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr6	80341320	rs6926093	CG	GC	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=1194;SC=TGCGCTCAGCCGGTCCGCCCG;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=80341329;WS=80341310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	80382916	rs1883878	G	T	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=61;PP=1784;SC=GAGAACTAAGGCACTCTGTCA;SOR=3.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=75;WE=80382924;WS=80382906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	80513565	rs149560703	G	GCTCTCTGATATGCCATC	2185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=5;PP=2957;SC=TCCATCCTGAGCTGCAGGGCA;SOR=1.127;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=14;WE=80513573;WS=80513555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	80579937	rs59710738	A	G	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=49;PP=2919;SC=ATTGAAATACACTACAGGCTT;SOR=1.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=115;TCR=49;TR=164;WE=80579945;WS=80579927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	80580038	rs9361569	T	G	8556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=140;PP=2965;SC=CTTATGCTCATCAACGACTGT;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=143;TCR=141;TR=283;WE=80580046;WS=80580028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr6	80631539	rs700483	T	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=882;SC=GCGTGTTATATACACCAAAAT;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=80631547;WS=80631529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	80657086	rs62407622	C	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=47;PP=1396;SC=ACGGGGCGAGCGGCGGCCGGG;SOR=4.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=80657094;WS=80657076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	80745035	.	C	T	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=48;PP=1784;SC=AAATATTGATCTTAATAGTTG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=102;WE=80745043;WS=80745025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	80774236	rs7771228	C	T	7663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=121;PP=2965;SC=TGGCTATTTCCCGTGTGCTTG;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=147;TCR=121;TR=268;WE=80774244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr6	80775330	rs3812152	G	A	8446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.447;NF=150;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=1.957;SC=ACAGCTGAGAGTTGGTGACTT;SOR=0.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=153;TCR=149;TR=299;WE=80775338;WS=80775320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr6	80777467	rs3828761	C	T	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=93;PP=2965;SC=ATAAATGGGACGGAAGCCAAA;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=128;TCR=93;TR=221;WE=80777475;WS=80777457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr6	80777608	rs3967160	G	A	6224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=110;PP=2965;SC=CTGCCAAGATGTAAGACTGAT;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=106;TCR=110;TR=216;WE=80777616;WS=80777598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr6	80778853	rs6923330	G	C	5741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=92;PP=2965;SC=ATTCCAGAAGGTTCCAATGAT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=97;TCR=92;TR=189;WE=80778861;WS=80778843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	80878508	.	A	AAGGGAGGGAGGGAGGG	1977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=58.17;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	80910571	rs9688535	G	A	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=523;SC=CTTTGCTACAGTGAGCTTCTT;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=80910579;WS=80910561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	80910622	rs374325532	CT	C	725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=386;ReadPosRankSum=-1.466;SC=AAAAAATGTCCTTTTTTTTTT;SOR=0.337;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=25;WE=80910632;WS=80910612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr6	80912746	rs3828753	C	T	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=21;PP=2004;SC=CTAATAGTGACATCAGCATTC;SOR=2.397;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=96;WE=80912754;WS=80912736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	81053642	rs926733	G	A	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=71;PP=2034;SC=GGTAAAGTTGGTAAAAGGCAA;SOR=2.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=21;TCR=71;TR=92;WE=81053650;WS=81053632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	82461727	.	ACCGCCGAAGTCGCCG	A	1705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=21;PP=2973;SC=AGCTGCCGCCACCGCCGAAGT;SOR=1.863;Source=Platypus;TCF=12;TR=27;WE=82461749;WS=82461717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	82910247	rs4706938	C	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=0;PP=317;SC=AAGGGACACACTGGAGAAAAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=82910255;WS=82910237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	82912153	rs7771978	T	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=3;PP=175;SC=CAGGTAAACATCATTATTCAC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=82912161;WS=82912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	82924645	rs6912968	A	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=229;SC=TTTTTTAACAATATTTAGAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=82924653;WS=82924635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	83075914	rs700494	G	A	5728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=104;PP=2965;SC=CCAGATTAACGAACCTCAGTT;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=86;TCR=104;TR=190;WE=83075922;WS=83075904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	83666936	rs293531	T	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.41;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	83666943	rs293532	G	T	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.19;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	83752057	rs4612135	C	G	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=49;PP=1424;SC=AATAACAAAGCCTCCAATAAA;SOR=1.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=83752065;WS=83752047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	83754094	rs4455637	T	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=2;PP=1029;SC=ATTGAAGAAGTCAGTATCTAA;SOR=5.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=83754102;WS=83754084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	83775201	rs6915334	C	G	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=23;PP=2038;SC=AGTGGCGGAGCCGACTACAGG;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=95;WE=83775209;WS=83775191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	83835175	rs583679	G	T	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=31;PP=2798;ReadPosRankSum=-0.401;SC=TAACTTTTGGGTTCCACATTG;SOR=0.618;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=109;TCR=31;TR=136;WE=83835183;WS=83835165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr6	83838673	rs4706980	G	A	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=81;PP=2965;SC=CCAAGTAGTCGATCATCAGAG;SOR=1.114;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=131;TCR=81;TR=211;WE=83838681;WS=83838663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	83842055	rs2307912	C	CTCT	7581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=74;PP=2962;SC=AAGGTAAATCCTCTTATCTTG;SOR=0.829;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=15;TCR=81;TR=89;WE=83842063;WS=83842045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	83842099	.	CACACAA	C	221.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,17:0.15:111
chr6	83842101	rs71820880	CACAA	C	2561.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=62;PP=2309;ReadPosRankSum=0.781;SC=CACACACACACACAAATACTG;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=8;TCR=64;TR=70;WE=83842112;WS=83842089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,83:0.78:107
chr6	83843781	rs12197711	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=243;SC=TTTATTGCAATGTGTGTTTGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=83843789;WS=83843771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	83861930	rs67926917	TACAC	T	472.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9229;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=551;SC=ATAAAAATAATACACACACAC;SOR=1.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=12;WE=83861941;WS=83861920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr6	83863583	rs647231	G	A	6157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=84;PP=2965;SC=GTTAGGACACGTAGGTTAAGG;SOR=1.149;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=135;TCR=84;TR=219;WE=83863591;WS=83863573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	83877496	rs495944	T	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=605;SC=TCTTGACCAATTGCCAAAGTT;SOR=3.442;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=83877504;WS=83877486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	83880167	rs473267	C	T	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=83;PP=2965;SC=CTTTCAGCATCGGTAGTGCTA;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=172;WE=83880175;WS=83880157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	83880274	rs474213	C	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=943;SC=ATACATTCTACGAAAAGTGCC;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=83880282;WS=83880264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	83881740	rs542948	T	C	12555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=225;NR=213;PP=2965;SC=CCAAGATTGCTTCAATCACCA;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=439;TCF=226;TCR=213;TR=438;WE=83881749;WS=83881719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr6	83896633	rs477061	T	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=224;SC=TGTTCATCTGTATTTTCAAAC;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=83896641;WS=83896623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	83898300	rs35905342	GT	G	1334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.449;NF=35;NR=12;PP=638;ReadPosRankSum=-1.019;SC=GTTCCCAAAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=47;WE=83898319;WS=83898290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,61:0.92:66
chr6	84233831	rs504593	G	A	5992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NR=120;PP=2965;SC=GAGCATCTGCGGGAGAGAGCG;SOR=1.382;Source=Platypus;TCR=120;WE=84233839;WS=84233821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	84284664	rs6941004	G	C	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=1055;SC=CAAAATGCACGCTACTTTACA;SOR=3.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=40;WE=84284672;WS=84284654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	84284880	rs2022269	T	A	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.635;SC=AAACAAAAAATCACAAATCAG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=63;TCR=104;TR=165;WE=84284888;WS=84284869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr6	84290137	.	TAAAGA	T	262.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr6	84290138	.	AAAG	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=1.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr6	84292139	rs1033653	T	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=22;PP=611;SC=CCATAAAAACTGAATTTAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=84292147;WS=84292129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	84303342	rs1033655	T	C	6033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=100;PP=2965;SC=TTGCGGGAACTGGAGGGGCTG;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=121;TCR=100;TR=221;WE=84303350;WS=84303332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr6	84317533	rs7752421	A	T	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=101;PP=2965;SC=GAAGACTGAAAGTGAAGATGC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=179;WE=84317541;WS=84317523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	84350654	rs217325	C	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=58;SC=AGTTGGATGACACGACTTCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=84350662;WS=84350651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	84366385	rs3037027	C	CAAG	5879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=36;PP=2967;SC=TATTGCCCACCAAGTGAGACA;SOR=1.224;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=61;WE=84366393;WS=84366375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	84368819	.	TAA	T	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=6.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.975;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr6	84375377	rs217302	G	A	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=47;PP=1228;SC=GAACATATAAGCCTGTTTACT;SOR=3.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=53;WE=84375385;WS=84375367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	84563085	rs9344362	T	C	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=50;PP=1895;SC=CTGGAACTGGTCAAGATTGCC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=114;WE=84563093;WS=84563075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	84563147	rs9353143	G	A	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=55;PP=1793;SC=TGGAGAACGCGGGAGGCGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=105;WE=84563155;WS=84563137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	84563281	rs2298291	T	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=14;PP=724;SC=CGTCTCTCCCTCCTGCGCCTC;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=84563289;WS=84563271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	84563410	rs2298290	G	A	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=69;PP=2600;SC=CCCCTATCCCGCAGATACGCA;SOR=0.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=159;WE=84563418;WS=84563400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	84603226	rs9449718	T	C	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=49;PP=2819;SC=ATTATTTCTGTTTGCTTTGGT;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=142;WE=84603234;WS=84603216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	84603422	rs3757003	G	A	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=47;PP=1354;SC=AGAAAGAAAGGAAATAGTTGC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=84603430;WS=84603412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	84627810	rs7773061	A	G	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=22;PP=641;SC=TAAAATTTTTAAAGTTAAATC;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=84627818;WS=84627800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	84632338	rs58965806	C	CTT	73.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=5;PP=84;SC=GATGTTTTCTCTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=84632346;WS=84632328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	84650214	.	G	GT	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=30;QD=19.5;SC=TTATTTCTGAGTTTTTTTTTT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=2;WE=84650222;WS=84650204;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,2:0.33:6
chr6	84650364	rs965208	G	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=19;PP=639;SC=TTTATACCTGGGTAGTAAGTC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=84650372;WS=84650354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	84799059	rs9449776	C	T	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.208;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=0.806;SC=AGGAGCTGAACAGGCTCATGA;SOR=0.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=84;TCR=74;TR=158;WE=84799067;WS=84799049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr6	84799185	rs2875382	C	T	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=84;PP=2713;SC=AGACCTCACACAAAGACCTGG;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=162;WE=84799193;WS=84799175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	84799231	rs9449777	G	T	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=58;PP=1766;SC=TCTTCCTGAAGATGTGGATTC;SOR=1.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=92;WE=84799239;WS=84799221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	84856409	rs9449804	T	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	84884867	rs9449824	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=324;SC=ATTTTGTTATATATAATTTAG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=84884875;WS=84884857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	84903225	rs9444146	G	C	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=35;SC=CACAGGTAGAGTCAAGCTAGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=84903233;WS=84903215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	84903394	rs16874323	C	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=32;PP=967;SC=ATCAGCTCCTCTACTGTGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=84903402;WS=84903384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	84911336	rs2274092	C	T	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=195;SC=CTAGGAACTTCAATGCCTTAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=84911344;WS=84911326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	84922681	rs75948054	G	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	84922888	rs16874339	G	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=3;PP=50;SC=AAAAATTTGGGAACTTTAAGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=84922896;WS=84922878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	84935866	rs9449851	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=100;SC=CCATGAGTTGAGAACTGCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=84935874;WS=84935856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	85453903	rs142451743	T	TA	2213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=12;PP=2006;SC=TTTAGCCATTTACTTTGTAAT;SOR=2.644;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=45;WE=85453911;WS=85453893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	85470100	rs74671789	G	C	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=58;PP=1773;SC=AAGAGAAAGAGGGTTTGGGGT;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=114;WE=85470108;WS=85470090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	85470124	rs78065813	T	A	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=52;PP=1712;SC=TGTTTGTGACTAAGGATGGAG;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=85470132;WS=85470114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	86328431	rs2758843	A	T	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=104;SC=GTCTTCTTTAAAGAGATGTTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=86328439;WS=86328421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	87796233	rs2011192	G	A	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=36;PP=1105;SC=AGTAGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=87796241;WS=87796223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	87879217	rs9351117	C	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=455;SC=TCAGCTATTTCATATAAATAA;SOR=4.407;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=87879225;WS=87879207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	87879376	rs9444480	T	C	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=-2.369;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr6	87879376	.	TTC	CTT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=53;NR=59;PP=2947;QD=20;SC=TTTTGTTTTGTTCTGTTTTGA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=112;WE=87879386;WS=87879352;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,112:0.96:117
chr6	87879378	rs9359738	C	T	5466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	87925824	.	TAGACACACACACACACACACAC	T	1053	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=65.9;NF=7;NR=60;PP=1053;QD=16.3582089552;SC=TAAAAATACATAGACACACAC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=8;TCR=64;TR=67;WE=87925853;WS=87925814;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,67:0.93:72
chr6	87925826	rs2108268	G	C	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=20.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	87965528	rs6908834	T	C	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=108;PP=2965;SC=GCCAGTACTGTAGGCGGCATT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=122;TCR=108;TR=230;WE=87965536;WS=87965518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr6	87968565	rs9362415	A	G	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=91;PP=2965;SC=CACAACTTCAATAAATTCTGA;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=61;TCR=91;TR=152;WE=87968573;WS=87968555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	87969737	rs3734187	C	T	11698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=208;PP=2965;SC=TACAGCAAAACTTGATTCTCC;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=397;TCF=189;TCR=208;TR=397;WE=87969745;WS=87969727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr6	87970301	rs3812132	C	G	13343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=201;NR=283;PP=2965;SC=ATCGGGGGACCAAGCACAGCA;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=488;TCF=202;TCR=286;TR=484;WE=87970309;WS=87970291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr6	87994015	rs6934603	A	G	9129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=129;PP=2965;SC=CACTTAATAAAGCACTTGAGA;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=180;TCR=129;TR=308;WE=87994023;WS=87994005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr6	87994572	rs4707358	G	A	11592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=227;PP=2965;ReadPosRankSum=0.004;SC=AATCCATCCAGTCCCAGTGGA;SOR=0.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=178;TCR=228;TR=405;WE=87994580;WS=87994562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,434:1.00:435
chr6	88058675	rs9450659	A	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=716;SC=GTTCTTTCACATTTTGGATTT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=88058683;WS=88058665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	88108048	rs67076383	AGAT	A	21032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=242;PP=2957;SC=GACAGAGAGAAGATGAGTGTT;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=40;TCR=247;TR=281;WE=88108058;WS=88108038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr6	88109304	rs1051550	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=42;PP=1376;SC=GCTTGGGGGTGGGTTGGGGAT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=88109312;WS=88109294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	88170710	rs73492299	A	T	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=20;PP=1604;SC=ATTTTTTACAAGCACTAACTA;SOR=2.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=88170718;WS=88170700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	88182704	rs9450704	G	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.782;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=767;ReadPosRankSum=1.376;SC=CAGTTCCGCGGGGGGCTGTCG;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=42;WE=88182712;WS=88182694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr6	88226641	rs9450723	A	G	8260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=173;PP=2965;SC=GACTGTACACATTACACTAAG;SOR=1.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=118;TCR=173;TR=291;WE=88226649;WS=88226631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr6	88251869	rs7773906	T	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=43;PP=1152;SC=GACCCCATAATCTGACACAAG;SOR=4.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=46;WE=88251877;WS=88251859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	88255438	rs4707374	T	C	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=1039;SC=ATAAAGTATATAGTTTCTCAT;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=88255446;WS=88255428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	88258169	rs34513746	C	T	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=81;SC=CATCCATTTCCTGAATTGGCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=88258177;WS=88258160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	88273971	rs9450740	G	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=52;PP=1557;SC=ACATCGAAACGAGATAGAACT;SOR=1.395;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=81;WE=88273979;WS=88273961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	88274353	rs9450741	C	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=4;PP=79;SC=TGCCACTGCACTCCAGCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=88274361;WS=88274343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	88300013	rs9450752	A	G	5716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=143;PP=2965;SC=CTGGCTGGAGAGGAGGGAGGG;SOR=1.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=57;TCR=143;TR=200;WE=88300021;WS=88300003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	88303967	rs7750207	A	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=14;PP=901;SC=CTCTCCCCTAACATCTTTTTT;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=88303979;WS=88303957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	88311554	.	C	T	3061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=40;PP=1797;SC=AGCTTCGATTCGAAACTTATC;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=103;WE=88311562;WS=88311544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	88315741	rs2307391	TA	T	2305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=40;PP=1782;SC=ATTGTCCAGGTAAAAATATAA;SOR=1.012;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=49;WE=88315749;WS=88315731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	88317292	rs10706424	CA	C	65	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=64;SC=CACATTCTACCAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=88317300;WS=88317282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	88317675	rs4706294	G	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=519;SC=TTAAAAGTAGGTATTTATTTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=88317683;WS=88317665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	88318940	.	A	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=111.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=7.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,44:0.25:176
chr6	88331299	rs7772561	A	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=49;PP=1612;SC=GTAGGGAAAGAAATAGTAACC;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=78;WE=88331307;WS=88331289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	88331334	rs34542681	TC	T	1345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=36;PP=1414;SC=TTGTGGGATTTCCCTTGTTGG;SOR=4.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=36;WE=88331342;WS=88331324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	88361017	rs7772351	G	A	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=63;PP=1748;SC=TCTGCCAGCAGAACCTCACCC;SOR=2.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=86;WE=88361025;WS=88361007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	88366602	rs1075665	A	G	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1957;ReadPosRankSum=-1.676;SC=ATTGATGTCTACTGGTTTTGT;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=105;WE=88366610;WS=88366592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,111:0.97:114
chr6	88366771	rs2307379	A	G	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=46;PP=1440;SC=CTCTAGATTAACTCTGCCTGG;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=82;WE=88366779;WS=88366761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	88853530	.	TA	T	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr6	89388023	rs11753513	T	C	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=44;PP=1792;SC=TGATGGATTCTAGATAAGAGA;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=100;WE=89388031;WS=89388013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	89858851	rs6926895	G	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=0;PP=952;SC=TTGCGTAAGCGTCATAGAACA;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=36;WE=89858859;WS=89858841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	89864679	rs4053639	A	G	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=102;PP=2965;SC=GTGGGCTAGCACTGTTAGATT;SOR=1.272;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=67;TCR=102;TR=169;WE=89864687;WS=89864669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
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chr6	89868287	rs2297308	G	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=520;SC=TACTACTGACGTTTTTAATAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=89868295;WS=89868277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	89871759	rs2297309	G	A	7028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=100;PP=2965;SC=TGAGATACGGGTAGCTAACCT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=109;TCR=100;TR=209;WE=89871767;WS=89871749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr6	89888443	rs3734201	T	C	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=5;PP=1062;SC=CAGTTATTTCTGTAGTGCATG;SOR=3.417;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=89888451;WS=89888433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr6	89907873	rs422751	G	A	6606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=123;PP=2965;SC=CCAGCCGGCCGTCAAACGTCA;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=102;TCR=123;TR=225;WE=89907881;WS=89907863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr6	89913108	rs4590241	C	G	9184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.92;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr6	89913112	rs4457139	G	A	9352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=1.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr6	89913209	rs4590242	C	T	17622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr6	89913218	rs4445034	T	A	17154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr6	89913286	rs4386788	T	C	6018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=133;PP=2965;SC=CCCTCCAGATTTGCTTCAAAT;SOR=1.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=65;TCR=133;TR=198;WE=89913294;WS=89913276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	89914187	rs2183797	T	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=618;SC=GTTGGATCCCTGTGGACCCTC;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=89914195;WS=89914177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	89914477	rs1556432	G	A	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=52;PP=1552;SC=AATATTATTAGATAACTTTTT;SOR=2.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=89914485;WS=89914467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	89926966	rs12200969	T	C	7244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=105;PP=2965;SC=GGCCAGTGCATTCTGCTTTCA;SOR=1.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=146;TCR=106;TR=251;WE=89926974;WS=89926956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	89927155	rs34012805	CA	C	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.813;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.392;NF=0;NR=48;PP=826;ReadPosRankSum=0.906;SC=TTTACTCATGCAAAAAAAAAA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=48;WE=89927164;WS=89927145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,60:0.95:63
chr6	89967498	rs282129	G	A	7426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=116;PP=2965;SC=ACGAAAACCCGTCTGGCCCTT;SOR=0.840;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=261;TCF=145;TCR=116;TR=259;WE=89967506;WS=89967488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr6	89974063	rs723041	T	C	5950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=0.582;SC=CTCTGCCCCCTGGCCCAGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=124;TCR=103;TR=225;WE=89974071;WS=89974052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr6	89977322	rs58233945	C	CT	6189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=41;PP=2936;SC=ACATATTTTCCTGGGGTTAAG;SOR=1.325;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=85;WE=89977330;WS=89977312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	89977906	rs4707535	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=650;SC=CACAACTGAGTAGCTGCCTCC;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=89977914;WS=89977896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	89981413	rs282117	T	C	12484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=241;NR=200;PP=2965;SC=TCTCCACCTGTACGTCCACGC;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=441;TCF=241;TCR=200;TR=441;WE=89981421;WS=89981403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr6	90315789	rs3748085	A	G	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=86;PP=2572;SC=CAAGCTGCTCATTAAAGCAGG;SOR=1.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=43;TCR=86;TR=129;WE=90315797;WS=90315779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	90321955	rs2073272	G	A	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=10;PP=1031;SC=GAAGCATGTTGCTAATATGTC;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=52;WE=90321963;WS=90321945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	90327873	rs6909915	G	A	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=57;PP=1804;SC=ACCAGGCAGTGGAGGTATAGG;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=84;WE=90327881;WS=90327863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	90333058	rs10944455	T	A	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=41;SC=TTGCAAAGAATATTTGACCAT;SOR=1.299;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=116;WE=90333066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	90333599	rs17292811	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=11;PP=587;SC=AGGTGTCAGCATTTTCTGACC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=90333607;WS=90333589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	90334101	rs4487551	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=837;SC=ACACCCAAAATTTGGCCTATA;SOR=3.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=90334109;WS=90334091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	90340276	rs3210511	G	A	10982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=203;NR=178;PP=2965;SC=AGGAGCTGTCGTCTTCTGACT;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=382;TCF=204;TCR=178;TR=381;WE=90340284;WS=90340266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr6	90340780	.	A	G	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=57;PP=1658;SC=TTGCAACTGCATAATAGCTAT;SOR=4.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=63;WE=90340788;WS=90340770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	90360757	rs9359858	A	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=589;SC=CTTCCAGCTGAGGGTGGTGGC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=90360765;WS=90360747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	90361811	rs761729	G	A	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=8;PP=1206;SC=GGTCCTTTTTGTTAAGGTAAT;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=55;WE=90361819;WS=90361801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	90371202	rs9444701	G	A	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=62;PP=2310;SC=CTTCACTGTCGAGGTTCAAGT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=76;TCR=62;TR=138;WE=90371210;WS=90371192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	90371704	rs9294443	G	A	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=14;PP=1028;SC=GAGAGCAGTCGACGAACAGGG;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=90371712;WS=90371694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	90371986	rs3818132	C	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=42;PP=1073;SC=AAAAAACAATCATCACACTCA;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=47;WE=90371994;WS=90371976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	90381849	rs7764076	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=736;SC=CGTGGAGGGAAGTAAAGCCCA;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=37;WE=90381857;WS=90381839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	90385754	rs9451261	A	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=487;SC=CTGAGAATACAGCCCTGGGAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=90385762;WS=90385744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	90387233	rs6454769	C	T	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=42;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.919;SC=ACAAGGAGTTCTAAATTACTT;SOR=0.813;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=157;TCF=115;TCR=42;TR=154;WE=90387241;WS=90387223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr6	90390443	rs9353689	C	A	5818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=112;PP=2965;SC=GAAGGAGCAGCGCCCTGACAC;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=190;WE=90390451;WS=90390433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr6	90402482	rs9294445	G	A	7864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=147;PP=2965;SC=ATACTGCTGTGGAGTGAGGTG;SOR=0.860;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=130;TCR=147;TR=277;WE=90402490;WS=90402472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr6	90402840	rs9351212	C	G	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=88;PP=2965;SC=TTAAATTATCCAGCCGATCCA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=182;WE=90402848;WS=90402830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	90405306	rs9294446	T	A	8479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=110;PP=2965;SC=CCATGCTCCATACTCTTGCCT;SOR=1.247;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=182;TCR=110;TR=292;WE=90405314;WS=90405296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr6	90405993	rs9362672	C	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=385;SC=CTAGCCACTACAGAAGGAAGT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=90406001;WS=90405989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	90415764	rs7743484	A	G	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=60;PP=2965;SC=ATAAAACAAGATGCAGTTCCT;SOR=1.354;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=117;TCR=60;TR=177;WE=90415772;WS=90415754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	90418262	rs2026634	C	T	4386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=77;PP=2796;SC=CAGGCTGGTCCGTTTGTGGGT;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=66;TCR=77;TR=143;WE=90418270;WS=90418252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	90422627	rs2013736	G	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=576;SC=ACTCTTCAATGAAAAACACAA;SOR=4.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=22;WE=90422635;WS=90422617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	90426270	rs9342205	C	T	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=350;SC=TTAAGAAAAACAGTAGCTTCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=90426278;WS=90426260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	90428022	.	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=635;SC=AAATCTATTACGTGTAAATGG;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=90428030;WS=90428019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	90428968	rs6454774	G	A	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=38;PP=1127;SC=ATAATGCAATGAAAACACAAA;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=90428976;WS=90428958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	90432584	rs2016744	A	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=240;SC=AAAAAAAAAAAAAGGCTTGCA;SOR=1.981;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=16;WE=90432592;WS=90432574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	90432662	rs756363	C	T	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=33;PP=2150;SC=AAATACCAAGCGTGAAACTCA;SOR=1.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=110;WE=90432670;WS=90432646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	90437699	rs7767196	G	A	8157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=162;PP=2965;SC=GAAATGGAAAGAAGCCATTAT;SOR=1.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=124;TCR=162;TR=286;WE=90437707;WS=90437689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr6	90448092	rs4140446	C	T	8574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.822;SC=AAGATTATGACTGATGATCTG;SOR=0.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=143;TCR=158;TR=299;WE=90448100;WS=90448082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,313:1.00:314
chr6	90450101	rs12203928	A	C	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=60;PP=1837;SC=AAGGACACTAAAAGAAAAATT;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=85;WE=90450109;WS=90450091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	90450135	rs2180140	A	G	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=40;PP=1184;SC=AAGGGCTTATACAATCTTTCT;SOR=3.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=48;WE=90450143;WS=90450125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	90453248	rs2273245	T	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=544;SC=CATGCACAGCTAACTGCAGTT;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=90453256;WS=90453238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	90453492	rs11358713	AC	A	9506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=166;PP=2979;SC=ATCCATAAACACCCCCCCTCA;SOR=1.053;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=200;TCF=23;TCR=177;TR=186;WE=90453500;WS=90453482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr6	90455084	rs9359861	A	G	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=99;PP=2965;SC=TCCACACGATATGGCCAAAGT;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=74;TCR=99;TR=173;WE=90455092;WS=90455074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	90455429	rs9444704	T	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=228;SC=TATGAAACAATAGAAACTCTC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=90455437;WS=90455419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	90459454	rs4053618	G	A	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=54;PP=1644;SC=CTTTTCTCATGGCATCAATAA;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=73;WE=90459462;WS=90459444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	90463149	rs34799081	GA	G	416.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.112;HP=12;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=286;ReadPosRankSum=1.488;SC=AAAGTTATGTGAAAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=28;WE=90463169;WS=90463139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr6	90468465	rs6937244	C	A	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=13;PP=1950;SC=ACAACAACAACAAAAAATCTC;SOR=3.019;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=76;TCR=13;TR=86;WE=90468473;WS=90468455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	90497448	rs6923604	T	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=11;PP=1050;SC=TTAGACCTGTTATCACTTCCA;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=90497456;WS=90497438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	90497814	rs4707570	G	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=254;SC=ACTGGGGTCAGTATGCAGGTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=90497822;WS=90497804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	90556397	rs375626099	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=7.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.650;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.050;SOR=2.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr6	90605836	rs7738845	T	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=814;SC=CTTAGAAAAATCTTATTATAT;SOR=4.351;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=90605844;WS=90605826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	90642358	rs3798789	G	A	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=62;PP=2664;SC=AGCAGGGCACGTTTTCCCCCA;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=135;WE=90642366;WS=90642348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	91228423	rs1145727	A	G	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=144;SC=ACCATGCCCTAGAAAATCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=91228431;WS=91228413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	91278420	rs1145735	T	C	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=31;PP=691;SC=AAAATCTTACTGTTGTACAAA;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=91278428;WS=91278410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	91296420	rs282070	C	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=9;PP=980;SC=TCAGAGCCGGCACCAGGCAGA;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=91296428;WS=91296410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	93956769	rs450238	T	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=38;PP=888;SC=CCAAATTTCCTGGTAGGCAAA;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=93956777;WS=93956759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	93964319	rs345736	C	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=5;PP=1017;SC=TAATACTGGCCATTAATGTAT;SOR=3.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=93964327;WS=93964309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	93967851	rs345730	C	T	7639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=117;PP=2965;SC=GGACAACATTCGGGTGGTCAA;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=154;TCR=117;TR=271;WE=93967859;WS=93967841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr6	93968043	.	T	C	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=71;PP=2168;SC=AGTTTCTAAATATTGTAATTT;SOR=2.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=96;WE=93968051;WS=93968033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	93973686	rs901455	A	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=27;PP=744;SC=TATATATTTAATATTCAGTAC;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=93973694;WS=93973676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	93982124	rs345713	A	G	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=70;PP=2629;SC=TCATTACTCCACTCACTTGCG;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=132;WE=93982132;WS=93982114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	94067846	rs11970556	A	C	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.53;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	94067981	rs164544	C	T	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=66;PP=2711;SC=CACTTGTGCACGCAACGTATG;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=104;TCR=66;TR=169;WE=94067989;WS=94067971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	96034881	rs148967607	A	ATATATG,ATATATATG	1349.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=1,1;NR=22,22;PP=382,207;SC=ATATATATATATGTGTGTTTG;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=23,23;WE=96034889;WS=96034871;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.24,0.76:37
chr6	96053922	rs35772543	T	A	7317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=113;PP=2965;SC=CCTAAAATTATTTTGTGATAA;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=144;TCR=113;TR=257;WE=96053930;WS=96053912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr6	96650908	rs4307180	A	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=1;PP=1350;SC=AGGAAAATGCAGTTGATTACT;SOR=6.439;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=49;TCR=1;TR=50;WE=96650916;WS=96650898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	96651740	rs3811069	A	G	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=48;PP=2965;SC=TACCATATCTACTTGTAAATT;SOR=1.092;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=120;WE=96651748;WS=96651730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	96969917	rs77958363	C	T	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=115;PP=2965;SC=GGCCCTGCATCCCGGGTCTTC;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=102;TCR=115;TR=217;WE=96969925;WS=96969907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr6	96973363	rs9400067	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=274;SC=TGGCCAGTTAGACATTTCATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=96973371;WS=96973353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	96974386	rs9320194	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1599;ReadPosRankSum=1.684;SC=TGGAAGGGGGAAAAAAAAATG;SOR=1.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=72;WE=96974394;WS=96974376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr6	96988696	rs2475025	A	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=310;SC=GTTTTATATAATAAAATGGAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=96988704;WS=96988686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	96999220	rs2475024	G	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=342;SC=TTCCACTCAGGAACTTGTTAC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=96999228;WS=96999210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	96999643	rs2255552	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=240;SC=TTACAAAACAATTGTTAAATG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=96999651;WS=96999633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	96999725	rs1127175	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=11;PP=568;SC=GCATAGAAGACTTTATTTCTT;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=96999733;WS=96999715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	97058553	rs2273621	A	G	7946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=127;PP=2965;SC=GTTCATGTCCAGAGACGACTA;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=156;TCR=127;TR=283;WE=97058561;WS=97058543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr6	97063522	rs9373985	C	G	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=60;PP=2791;SC=TTCAAGACAGCCAGTGGCATA;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=149;WE=97063530;WS=97063512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	97063555	rs9398148	A	G	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=67;PP=2677;SC=ACTGCGGGAAATGCTCTGTCT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=144;WE=97063563;WS=97063545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	97063724	rs9398152	T	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=657;SC=CGGTCTTATTTTTGACTTAAG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=97063732;WS=97063714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	97247566	rs392127	T	A	8781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=133;PP=2965;SC=TTGTGTTGGATGTCCCGGTAT;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=153;TCR=133;TR=286;WE=97247574;WS=97247556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr6	97562405	rs199539877	G	T	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=91;PP=2808;SC=ACCTCATGTTGGATTTATCAA;SOR=1.324;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=148;WE=97562413;WS=97562395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	97677118	rs9481410	G	A	11952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=1.434;SC=TCTCTGAGACGTTACAAAAGC;SOR=0.114;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=419;TCF=220;TCR=199;TR=416;WE=97677126;WS=97677108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,435:1.00:437
chr6	97679540	rs34952523	GA	G	2842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=27.07;SOR=1.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	97694582	rs113639235	A	ATAG	2796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=1895;SC=AAGGGAGAAAATAGTGCATCA;SOR=1.685;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=33;WE=97694590;WS=97694572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	97702313	rs67917473	AATTT	A	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=575;SC=ATACATAAATAATTTATCTCT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=97702324;WS=97702303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	98472564	rs9375085	G	C	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=76;PP=2335;SC=CAGAGCATCTGATTGTTTTTG;SOR=1.479;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=118;WE=98472572;WS=98472554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	99283376	rs195860	T	G	5199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=109;NR=71;PP=2965;SC=AGCCGGCCGGTCTGCACCACC;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=110;TCR=72;TR=180;WE=99283384;WS=99283366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	99771540	rs221527	T	C	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=2.268;SC=AATAAGCTAATGTCCTGGAAT;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=91;TCR=108;TR=197;WE=99771548;WS=99771530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,215:0.99:217
chr6	99796886	rs2388906	T	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=5;PP=1150;SC=TCTGGGCAGCTTGACCGAGGG;SOR=4.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=99796894;WS=99796876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	99817419	rs11437017	T	TC	1785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=1169;SC=ATTGTACATTTTTGTATTTGA;SOR=2.511;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=30;WE=99817427;WS=99817409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	99817601	rs4144164	A	G	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=54;PP=1730;SC=TTCACAGCATAAGCTGCATAG;SOR=1.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=94;WE=99817609;WS=99817591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	99819379	rs6925344	T	C	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=52;PP=1930;SC=GGTACAATACTTGCAATTTGC;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=108;WE=99819387;WS=99819369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	99819556	.	C	T	34	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=34;QD=22.9237375157;SC=TCCTTTCTTCCAAATAATCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=99819564;WS=99819546;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	99825227	rs7764793	T	C	7950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=180;NR=97;PP=2965;SC=AATTTTTTTCTCCCAGTTAAA;SOR=1.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=182;TCR=97;TR=277;WE=99825235;WS=99825217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr6	99848035	.	TA	T	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.171;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,21:0.18:118
chr6	99853849	rs11309252	CA	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=512;SC=ATATTGTCTCCAAAAAAAATT;SOR=3.014;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=21;WE=99853857;WS=99853839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	99853866	rs7744072	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=950;SC=AATTGCAAACGAAATAAATCC;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=99853874;WS=99853856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	99860731	rs4339472	A	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=932;SC=TCAGACAGAGAGGGTATGAGG;SOR=3.556;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=38;WE=99860739;WS=99860721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	99883704	rs6570065	T	C	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=99;PP=2965;SC=TGCTGATTCATTATCAGCCGC;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=79;TCR=99;TR=178;WE=99883712;WS=99883694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	99883842	rs7745005	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=286;SC=ACCTGAGAAGCCTGTTTTTTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=99883850;WS=99883832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	99894086	rs41288947	C	G	5969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=89;PP=2965;SC=ACTACTGGATCTGAACAGCCC;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=99;TCR=89;TR=188;WE=99894094;WS=99894076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr6	99916182	rs10457650	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=462;SC=TAAAGGTATCGGTGTCAATCT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=99916190;WS=99916172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	99935975	rs2181687	G	A	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=43;PP=2215;SC=AAGCCCCCTGGCTACTATCTT;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=123;WE=99935997;WS=99935965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	99951750	rs6934692	G	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=770;SC=ACCTGAAAAAGTATAAAATTT;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=99951758;WS=99951740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	99955243	rs11410603	G	GA	327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.48;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	99956560	rs7744845	T	C	5916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=103;PP=2965;SC=CTTCTTTCTTTTAAACATTCT;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=113;TCR=103;TR=216;WE=99956568;WS=99956550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr6	99993188	rs330806	C	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=365;SC=ACTACACAACCCTCAGAAAAC;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=99993196;WS=99993178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	100006244	rs486881	T	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=262;SC=AGATATAAAGTTATCCTCAGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=100006252;WS=100006234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr6	100060761	rs330843	C	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=505;SC=TCGGGGTCCTCGATACAGTAG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=100060769;WS=100060751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr6	100369284	rs13206575	T	C	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=552;SC=CATTGTGATATATTCTTTTTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=100369292;WS=100369274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr6	100868721	rs3734355	G	A	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	100868779	rs3734354	G	T	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=45;PP=1351;SC=GAGAAGGCTGGTTTGGAGGCT;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=100868787;WS=100868769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	100895344	rs397662	C	T	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=81;PP=2437;SC=CTGGGACTGGCCCCAAATGCA;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=124;WE=100895352;WS=100895334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	100964147	rs240780	G	C	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=58;PP=2056;SC=TTCAGGAAGGGACTCGATGGA;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=105;WE=100964155;WS=100964137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	101166095	rs41288423	G	A	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=116;PP=2965;SC=CAGACAGTCCGAGAATCCTTA;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=73;TCR=116;TR=189;WE=101166103;WS=101166085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr6	101215223	rs11345864	TA	T	5252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.119;HP=10;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.223;NF=2;NR=84;PP=1580;ReadPosRankSum=0.947;SC=CTGTCCGATCTAAAAAAAAAA;SOR=1.691;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=98;TCF=3;TCR=95;TR=86;WE=101215232;WS=101215213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr6	101215244	rs7746961	A	G	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=77;PP=2085;SC=GGCATCACCCATTATAAATAG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=31;TCR=77;TR=108;WE=101215252;WS=101215234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	101247503	rs3811078	T	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=48;PP=1484;SC=AGGTAATGCATACACCAAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=57;WE=101247511;WS=101247493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	101253788	rs4839792	A	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=19;PP=507;SC=AACAAACATCAGTTATCTCAA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=101253796;WS=101253778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	101312097	rs846791	C	T	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	101312104	rs705600	T	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	102503196	rs2227281	C	T	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=31;PP=1979;SC=ATAACCTCTCCTTTCTTAGGT;SOR=1.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=80;TCR=31;TR=110;WE=102503204;WS=102503186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	102503317	rs2227283	G	A	7084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=117;PP=2965;SC=CAGAAGAGGAGAGCAAAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=126;TCR=119;TR=243;WE=102503325;WS=102503307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr6	102513865	rs1034253	C	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=450;SC=CCACATAAATCCTTTAATAGA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=102513873;WS=102513855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	105192107	rs72218235	TAAC	T	4585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=39;PP=2574;SC=CCAGAACCACTAACAACAAGA;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=54;WE=105192127;WS=105192097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	105198124	rs55772282	T	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=490;SC=CATTATTTCATTCATCATAAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=105198132;WS=105198118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	105198267	rs7752614	A	G	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=86;PP=2965;SC=TGAACATATGAAAGCCCTGTA;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=107;TCR=86;TR=193;WE=105198275;WS=105198257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr6	105218982	rs7770269	A	G	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=105;NR=29;PP=2965;SC=AAGTTTTTCTACAAGTGCCAG;SOR=2.406;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=105;TCR=29;TR=134;WE=105218990;WS=105218972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	105219773	rs7741145	T	C	5767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=72;PP=2965;SC=TAAATAAATGTCTGCAGAAAT;SOR=1.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=133;TCR=73;TR=205;WE=105219781;WS=105219763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr6	105228156	rs143353438	AAC	A	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,10:0.10:101
chr6	105231930	rs35543340	A	C	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=13;PP=881;SC=ATTTCATTAGATAGAATAAAA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=105231938;WS=105231920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	105232204	rs2290515	C	T	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=16;PP=1031;SC=TTGAATAGTACGAGAAATAGT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=105232212;WS=105232194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	105232233	rs9322817	A	C	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=27;PP=1845;SC=TGTTTAGATGAAACTGTAAGT;SOR=1.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=105232241;WS=105232223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	105232460	rs71763197	C	CA	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.531;NF=0;NR=31;PP=523;ReadPosRankSum=1.051;SC=GCTTCTAAACCAAAAAAAAAA;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=31;WE=105232468;WS=105232450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr6	105244526	rs6918700	A	T	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=22;PP=935;SC=CACAAATACAATACCATGTTT;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=105244534;WS=105244516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	105259122	rs5878826	CAT	C	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr6	105259152	rs2168394	C	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=16;PP=1216;SC=TATATATGAGCATATATAGCA;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=105259160;WS=105259142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	105300074	.	C	CTG	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr6	105300103	.	T	TGTGC	511	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=13;NR=4;PP=511;QD=30.2352941176;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGTGC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=17;WE=105300113;WS=105300093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr6	105300105	.	CG	TG	476	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=13,32;NR=4,19;PP=158,476;QD=10.7647058824;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGTGCGC;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=17,51;WE=105300113;WS=105300093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,51:0.80:64
chr6	105300105	.	CG	CGTG	2685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13,32;NR=4,19;PP=158,476;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGTGCGC;SOR=2.387;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=17,51;WE=105300113;WS=105300093;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:66
chr6	105300262	rs10635352	C	CAG	4341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=46;PP=2303;SC=TAAAAAAAAACAAAGAGTTCA;SOR=1.202;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=52;WE=105300270;WS=105300250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	105306402	rs4541782	T	A	11969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=263;NR=161;PP=2965;SC=TAGTGAGACCTCATCTCTATA;SOR=1.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=425;TCF=264;TCR=161;TR=424;WE=105306410;WS=105306392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr6	105388405	rs7766336	T	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	105405220	rs61701350	T	TC	414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=20;PP=548;SC=TCTTAGACCGTCCCCCCCTTC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=20;WE=105405228;WS=105405210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	105406274	rs17065417	A	C	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=53;PP=1609;SC=GAAAGACAAAATCTTCCCTGA;SOR=4.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=58;WE=105406282;WS=105406264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	105505969	rs62419624	C	T	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=20;PP=1265;SC=CCTGGCTTGACGGTGCATTTT;SOR=1.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=105505977;WS=105505959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	105506170	.	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=244;ReadPosRankSum=0.905;SC=ATAGTTGGGAGCAGAAAAGTT;SOR=1.103;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=21;WE=105506178;WS=105506160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr6	105548850	rs221657	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=611;SC=CCTCCGACTCCACCAGTCTGG;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=105548858;WS=105548847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	105577172	rs9404603	A	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=643;SC=TATGCTAGATACTTACTCTTA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=105577180;WS=105577162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	105577224	rs9404604	A	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=19;PP=1564;SC=CTTTAAAATCACTTCCTTATT;SOR=2.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=74;WE=105577232;WS=105577214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	105577401	rs4946656	C	T	6579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=130;PP=2965;SC=AAAGTTAACACGTTAGATAAT;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=101;TCR=130;TR=231;WE=105577409;WS=105577391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr6	105595261	rs1190274	G	A	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=95;PP=2769;SC=TAAAGGTACTGTTTTATTTAG;SOR=2.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=35;TCR=95;TR=130;WE=105595269;WS=105595251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	105602108	rs1190280	T	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=3;PP=950;SC=TATTTATGGCTTTTGTCAAAC;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=105602116;WS=105602098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	105614712	rs1190292	T	G	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=49;PP=1292;SC=GGGTTACATATTCAAGCATTT;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=56;WE=105614720;WS=105614702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	105614743	rs67687316	TTG	T	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	105771520	rs2253957	T	C	9934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=145;PP=2965;SC=CTCACATTAATGAGATCATAT;SOR=1.145;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=213;TCR=145;TR=357;WE=105771528;WS=105771510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr6	105776792	rs6902415	G	A	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=78;PP=2965;SC=CATCGAGCGGGAAGGTCTTAA;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=161;WE=105776805;WS=105776782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr6	105821449	rs9486069	A	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=48;PP=1358;SC=CGCTGAACGCATAACCTATGG;SOR=2.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=105821457;WS=105821439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	105821512	rs9500087	T	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=412;SC=CCACGGTCCTTTATGCCATCT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=105821520;WS=105821502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	105823966	rs9486071	A	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=4;PP=540;SC=TGAGGGTCTTAGGAGTTCCAC;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=105823974;WS=105823956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	105845906	rs6910880	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=452;SC=GGACAAAAATGCTAATTGGCT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=105845914;WS=105845896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	105850712	rs880177	A	G	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=66;PP=2685;SC=GCGGAGGCAGAGATACTTACG;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=154;WE=105850720;WS=105850702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	106899793	rs7763469	C	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=22;PP=566;SC=CTAAGAAACACATACTTAAAA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=106899801;WS=106899783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	106959139	rs11752122	A	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=651;SC=CAAAAGTAAAACCAGAGTTTA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=106959147;WS=106959138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	106959424	rs4946758	A	G	6817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=131;PP=2965;SC=CCACCAGATCAAATGCCAAAC;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=96;TCR=131;TR=227;WE=106959432;WS=106959414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr6	106959961	rs4946759	A	G	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=79;PP=2965;SC=GTGCCGAAGAAGGCTCCCTGG;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=181;WE=106959969;WS=106959951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	106959999	rs1340623	C	G	5669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=86;PP=2965;SC=AGCCAGCCCCCCAAGGGCGCG;SOR=0.998;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=121;TCR=86;TR=206;WE=106960007;WS=106959989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr6	106960039	rs4945755	G	A	6609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=115;PP=2965;SC=CTCCGGCCGAGGGCGCAGCGC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=123;TCR=115;TR=237;WE=106960047;WS=106960029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr6	106960447	rs11152999	G	A	11269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=219;NR=186;PP=2965;SC=CGAGCCCAGAGTCCAAGCCCA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=405;TCF=219;TCR=186;TR=405;WE=106960455;WS=106960437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr6	106960957	rs1381552	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=11;PP=286;SC=TGTCCGCACACGTGCTGGGGG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=106960965;WS=106960947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	106975415	rs2219666	A	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=766;SC=AAGGGAAATGATCATTTTACG;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=106975423;WS=106975405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	106987161	rs783397	A	G	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=8;PP=1393;SC=ACCATTCATTATGTAGGTCCG;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=55;WE=106987169;WS=106987151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	106987370	rs783396	A	C	7962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.089;SC=GATACAGAAGAAGCGTACATT;SOR=0.568;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=271;TCF=127;TCR=144;TR=267;WE=106987378;WS=106987360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,288:1.00:289
chr6	106989212	rs783392	G	A	5542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=89;PP=2965;SC=AAAAAAACTTGCTAGGTCAAA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=186;WE=106989220;WS=106989202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr6	106992464	rs1799693	A	G	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=32;PP=1677;SC=CATATGAGAAACCTGGATTTA;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=88;WE=106992472;WS=106992454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	106992592	rs2247335	A	T	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=51;PP=2019;SC=GGACAAGCTAATGGCTAATAC;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=99;WE=106992600;WS=106992582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	106992844	rs2066201	C	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=407;SC=TTTAAACATGCGTTTTACCTT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=106992852;WS=106992834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	106999658	rs1676010	A	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=14;PP=980;SC=TGATACATAGATATCCAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=106999666;WS=106999648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	107001456	rs1770731	A	T	7368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=125;PP=2965;SC=AGTGAAACAAAGGCCTGGCAG;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=131;TCR=125;TR=256;WE=107001464;WS=107001446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr6	107001581	rs1770732	T	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=38;PP=1131;SC=TGCTTCGTGATATCTGAGTAC;SOR=6.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=39;WE=107001589;WS=107001571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	107003810	rs2066202	T	C	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=91;PP=2329;SC=CAGAAATGTATGCCTCATATA;SOR=2.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=30;TCR=91;TR=121;WE=107003818;WS=107003800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	107006347	rs4946763	T	C	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=12;PP=2246;ReadPosRankSum=1.937;SC=AACATTGTTTTTGTTCCTCAA;SOR=2.158;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=80;TCR=12;TR=90;WE=107006355;WS=107006337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr6	107050867	rs6568446	A	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=22;PP=595;SC=GTTTTCAACAAATAACTGGTT;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=107050875;WS=107050857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	107069232	rs1870868	G	A	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=39;PP=2360;SC=AAAAACACCAGTTATTTCAGA;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=124;WE=107069240;WS=107069222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr6	107077502	rs2054365	G	A	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=14;PP=1192;SC=AGCGACCGGTGACCTCTTTTT;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=107077510;WS=107077492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	107097123	rs34503502	AAC	A	2408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=33;PP=1562;SC=CCCAAATACAAACAGTCATAA;SOR=1.371;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=107097132;WS=107097113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	107113715	rs2015205	G	A	7754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=130;PP=2965;SC=CAATAGGACTGCAGTTTATTG;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=145;TCR=131;TR=275;WE=107113723;WS=107113705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr6	107113953	rs2169463	C	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=22;PP=623;SC=CTTTGGGAGGCCAAGGCGAGC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=107113961;WS=107113943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	107231881	rs376280113	GTC	G	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=-2.098;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,11:0.14:77
chr6	107351457	rs1665924	G	T	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=61;PP=1939;SC=AGACTTTGCTGTTCTCTGAGT;SOR=1.440;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=98;WE=107351465;WS=107351447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	107361476	rs311207	A	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=869;SC=GCTCGTAGTCATGTTATTTTA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=107361484;WS=107361466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	107365376	rs7767291	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=6;PP=499;SC=AGTTTTGTTACGTGGATATAC;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=107365384;WS=107365366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	107365411	rs311249	G	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=8;PP=613;SC=GTCTGGGCTTGAGTGTACCCA;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=107365419;WS=107365401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	107372242	rs3833659	GTTTTC	G	3892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=19;PP=2974;SC=CCAAGCCTCTGTTTTCTTTTA;SOR=2.409;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=67;WE=107372254;WS=107372232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	107391396	rs3814073	G	A	5716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=91;PP=2965;SC=TGAAGAAGTCGTTCAGCTGGG;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=117;TCR=91;TR=206;WE=107391404;WS=107391386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr6	107420516	rs4946811	A	C	7345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=105;PP=2965;SC=TAAAAAGACAAAGACAATGTG;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=158;TCR=106;TR=259;WE=107420524;WS=107420506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr6	107566946	rs9373933	A	G	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=53;SC=AAAAAATGGGACTATGCACCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=107566954;WS=107566936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	107956095	rs9486659	A	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=23;PP=681;SC=GCGCGAGCCGAGCGCCGCGGA;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=107956103;WS=107956085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	108026317	rs1546962	G	T	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=14;PP=1502;SC=GGAGAGTCTAGTTTGTGATGT;SOR=2.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=70;WE=108026325;WS=108026307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	108026402	rs1546961	A	C	5223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=87;PP=2943;SC=TTTTTAAAAAAGTCAGAACTT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=103;TCR=88;TR=190;WE=108026410;WS=108026392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr6	108026455	rs1546960	A	G	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.866;SC=GTTTCAGTGCAGGTCCCAGCT;SOR=0.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=172;WE=108026463;WS=108026445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr6	108041801	rs11751218	G	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=5;PP=384;SC=TCTCCCAGCAGTCCCACGTTT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=108041809;WS=108041791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	108042213	rs846977	G	A	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=101;PP=2965;SC=CAATAAGGCAGTACAGAGAAG;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=183;WE=108042221;WS=108042203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	108042334	rs846978	T	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=21;PP=641;SC=GAAATGAACCTCACAACATAA;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=108042342;WS=108042324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	108093328	rs9480798	G	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=14;PP=524;SC=CCAAGTACCCGTGCCCCAGCC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=108093336;WS=108093318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	108093580	rs6909292	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=21;PP=524;SC=CGCTCACAGGCAGAAGAGGTG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=108093588;WS=108093570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	108193148	rs642954	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=13;PP=342;SC=ACAGCAATTACAAAGAAATAG;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=108193156;WS=108193138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	108194241	rs579120	T	C	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=47;PP=1305;SC=AAAGTCCTAATAAATGTTACT;SOR=2.419;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=61;WE=108194249;WS=108194231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	108197998	rs570558	A	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=49;SC=CAAAATAGGTATTCAAATGAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=108198006;WS=108197988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	108224422	rs2272886	A	C	4946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=40;PP=2965;SC=TAAAAGAAAAATTATTTGCCT;SOR=2.289;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=128;TCR=40;TR=167;WE=108224430;WS=108224412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	108224599	.	CA	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,38:0.25:153
chr6	108230346	rs617920	A	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=635;SC=CTGAGGTGAGAGGACTGCTTG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=108230354;WS=108230336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	108233929	rs675117	G	A	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=17;PP=833;SC=CCAGAATTGAGTTTTTCTGGT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=108233937;WS=108233919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	108243115	rs142388422	T	TGGG	2014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=44.77;SOR=3.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	108243120	.	AAA	GGG	321	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5002;HP=4;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=15;MQ=59.58;NF=4;NR=16;PP=321;QD=19.2233937431;SC=CTCCCTGGGGAAAAACAAAAA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=20;WE=108243132;WS=108243109;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,20:0.51:39
chr6	108243120	.	AAAAAC	A	2013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=47.95;SOR=3.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	108243123	.	AAC	A	521	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5006;HP=4;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=16;MQ=59.85;NF=0;NR=25;PP=521;QD=21.88;SC=CCTGGGGAAAAACAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=108243132;WS=108243109;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,25:1.00:25
chr6	108277086	rs150788370	C	CTAAA	196.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=1;PP=80;SC=GACTCTGTCTCTAAATAAATA;SOR=1.981;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=108277094;WS=108277076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	108277287	rs9486756	C	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=27;PP=834;SC=TCAAGACCAGCCTGGGTAAAT;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=108277295;WS=108277277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	108279290	rs2272884	G	A	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=69;PP=1982;SC=CCAACGCCCCGGCCCGAGTGG;SOR=3.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=9;TCR=69;TR=78;WE=108279298;WS=108279280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	108487877	rs127501	A	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=9;PP=832;SC=GCTGGAGGGCAGCTGGAGAGC;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=108487885;WS=108487867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	108489462	rs383319	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=545;SC=CTGAGCCTCCGTTGCAAAAAC;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=108489470;WS=108489452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	108495950	rs2233492	G	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=394;SC=GCAAGGTCGCGCCTCCACACC;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=108495958;WS=108495940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	108498014	rs10563315	CTG	C	3978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=52;PP=2521;SC=TTCTTCTGAGCTGTGTGATTG;SOR=1.440;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=53;WE=108498023;WS=108498004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	108666014	rs111980874	G	A	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=112;PP=2965;SC=AAGGTTACTCGTCTAAGTGTA;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=94;TCR=112;TR=206;WE=108666022;WS=108666004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr6	108677003	rs2135941	G	A	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=43;PP=1408;SC=GTGGGGAAACGCTACAAAATG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=75;WE=108677011;WS=108676993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr6	108882830	rs111556510	C	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.69;QD=30.59;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr6	109583186	rs1040285	A	G	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=56;PP=2198;SC=CAGAAACAAGACCAAGACTCT;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=78;TCR=56;TR=134;WE=109583194;WS=109583176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	109659589	rs373605834	TCACACACACACA	TCA,T	1788.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.19;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=6.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.356;NF=8,8;NR=7,7;PP=926,104;SC=ATTGTTTTTCTCACACACACA;SOR=2.339;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=15,15;WE=109659608;WS=109659579;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.98:45
chr6	109689431	rs974034	A	G	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=43;PP=1420;SC=ATGACATAAGATGCTTTACAA;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=109689439;WS=109689421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	109691554	rs3831331	G	GTA	13833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=88;PP=2957;SC=GGCAGAAATTGTAAAGGGCAA;SOR=0.908;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=153;TCF=57;TCR=96;TR=143;WE=109691562;WS=109691544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr6	109703391	rs1885691	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=7;PP=525;SC=GGGAAGCCCACAGGGCCCGCG;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=109703399;WS=109703381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	109721228	rs4946972	A	C	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=57;PP=2965;SC=TAGATCTACAATATACATACC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=118;TCR=57;TR=175;WE=109721236;WS=109721218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	109761352	rs142756236	GGT	G	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=3.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,33:0.10:324
chr6	109761437	rs4945831	A	G	11934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=1.654;SC=TCCCTTTAAAAGTCGCCAAGT;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=431;TCF=208;TCR=223;TR=429;WE=109761445;WS=109761427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,438:1.00:439
chr6	109762600	rs749621	A	C	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=52;PP=2259;SC=CGACCGCATGAGGCGCCTGGG;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=100;WE=109762608;WS=109762590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	109763947	rs35444917	TC	T	9295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=120;PP=2969;SC=CCAACCTGGTTCCCCCAGCCA;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=200;TCF=70;TCR=130;TR=179;WE=109763955;WS=109763937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr6	109764404	rs1476386	C	T	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=30;PP=2301;SC=GTGGGGTAGCCGGGAGCTGGT;SOR=1.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=102;WE=109764412;WS=109764394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	109764535	rs1476387	G	T	11287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=0.963;SC=ACCCTCACAGGGGCACCCCCC;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=416;TCF=225;TCR=191;TR=411;WE=109764543;WS=109764525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,425:1.00:426
chr6	109767631	rs6149743	T	TGTGGTCTGGTCAGTGACCTGCCCAGG	4355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=2965;SC=AAAGCCACCATGTGGAGTGAG;SOR=1.528;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=23;WE=109767652;WS=109767621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	109767644	rs75070108	C	T	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=33;PP=1386;SC=GGAGTGAGGTCGGGGGGTGAG;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=109767652;WS=109767621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	109767803	rs9480959	A	T	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=59;PP=2349;SC=ATGCTAGTAGAAGACGACATT;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=134;WE=109767811;WS=109767793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	109767930	rs9320288	G	T	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=59;PP=1990;SC=GCTGCCTTCCGCTTTGTGGTC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=114;WE=109767938;WS=109767920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	109768713	rs41288560	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=16;PP=936;SC=GCGTACAGATGAACACAAGGG;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=109768721;WS=109768703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	109769216	rs4946975	A	C	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=31;PP=922;SC=CCAATACTGTACTCTCAGAAC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=45;WE=109769224;WS=109769206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	109769300	.	G	GACACACACACACAC	416	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=19;MQ=55.8;NF=3;NR=3;PP=416;QD=70.3333333333;SC=TCCTCTTTCTGACACACACAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=109769308;WS=109769290;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,6:0.67:9
chr6	109769336	rs111385895	TCACACACA	T	227.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	109770808	rs752260	T	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=15;PP=629;SC=GGGCCTGACCTGGGGGAAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=109770816;WS=109770798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	109771827	rs148589234	C	G	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=56;PP=1634;SC=AGTGCCACCCCCTTGGGCGCA;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=99;WE=109771835;WS=109771817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	109775366	rs4946977	C	T	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=75;PP=2404;SC=TCAAAGTGGGCATGCGCTGGG;SOR=1.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=45;TCR=75;TR=120;WE=109775374;WS=109775356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	109775436	rs2277113	T	C	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=48;PP=1176;SC=TGGGCAGAGATGAGTGGCTGG;SOR=1.708;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=70;WE=109775444;WS=109775426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	109786980	rs3734652	T	C	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=81;PP=2965;SC=GAGAGCCTGATTTCAAGCGTT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=176;WE=109786988;WS=109786970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	109797304	rs2236084	A	G	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=48;PP=2965;SC=AGAACAATATAAACCTAATGT;SOR=1.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=110;TCR=48;TR=157;WE=109797312;WS=109797294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	109798283	rs2232441	T	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=555;SC=CAATAAAATTTTGGAAGCTGA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=109798291;WS=109798273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	109815351	rs7755941	T	C	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=78;PP=2579;SC=TGGTTTCTTTTCTTAGTGCCA;SOR=1.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=123;WE=109815359;WS=109815341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	109815440	rs7773950	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=439;SC=ATATGGTTAGATGACCAGTTA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=109815448;WS=109815430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr6	109818567	rs3932480	T	A	85.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.44;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr6	109818567	.	TCT	ACA	388	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=18;MQ=59.13;NF=12;NR=4;PP=388;QD=27.5917421789;SC=ACACACACACTCTCTCTCTCT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=16;WE=109818577;WS=109818557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:31,16:0.34:47
chr6	109818585	.	TCTCA	T	736	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=59.9;NF=7;NR=12;PP=736;QD=39.0;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=19;WE=109818597;WS=109818575;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:24,19:0.44:43
chr6	109818587	rs71809712	TCA	T	75.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.93;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr6	109827716	rs2277114	C	T	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=60.07;NF=67;NR=74;PP=2778;SC=TTGACAGCTACAATTTGTGCA;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=141;WE=109827724;WS=109827706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	109830298	rs6912368	C	T	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.164;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=37;PP=2811;ReadPosRankSum=0.324;SC=CTTTAAGCCCCATGTAAGTGT;SOR=2.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=103;TCR=38;TR=139;WE=109830306;WS=109830288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr6	109837859	rs10872035	T	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=66;PP=2028;SC=AGGAAGAAAATATTCCCTTTT;SOR=8.554;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=0;TCR=66;TR=66;WE=109837867;WS=109837849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	109837879	rs7773915	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=43;PP=1207;SC=TACTATACATATAAAATATGT;SOR=7.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=43;WE=109837887;WS=109837869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	109849810	rs148271752	C	CTGCAGT	4536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.173;NF=26;NR=37;PP=2375;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TGCTTTGTGCCTGCAGTTGCA;SOR=1.502;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=63;WE=109849822;WS=109849800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
chr6	109850199	rs72331392	AAC	A	767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.36;QD=31.99;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	109863238	rs9386812	A	C	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=24;PP=1203;SC=AATTCTATATAAATTAAGATA;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=109863246;WS=109863228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	109871163	rs9400294	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=4;PP=640;SC=CACCGCGCCCGGCCTAGATAT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=30;WE=109871171;WS=109871153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	109886159	rs10872047	C	T	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=191;SC=ATATGAAATGCCTAATAGAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=109886167;WS=109886149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	109900765	rs1998813	C	A	8404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=158;PP=2965;SC=TTTGCCTTCACTTTCATAAGT;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=139;TCR=158;TR=296;WE=109900773;WS=109900755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr6	109906329	rs71770197	GCTT	G	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=300;SC=ATTTTACCTTGCTTCTTCTTC;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=109906339;WS=109906319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	109931580	rs56107923	T	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=23;PP=1111;SC=CTCCAAGGACTTCCTGTAAGA;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=109931588;WS=109931570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	109935560	rs55895756	C	A	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=45;PP=1627;SC=ATGATTTGGTCAATAACATCA;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=109935568;WS=109935550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	109954252	rs1406957	C	T	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=65;SC=GTGGGTTCAACAAAAATGGTT;SOR=0.934;Source=Platypus;TCF=65;WE=109954260;WS=109954242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	109962904	rs7744981	A	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=240;SC=ATGAGCCAAGACCATGCTCCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=109962912;WS=109962894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	109982160	rs2016207	C	T	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=51;PP=1707;SC=TCCTTTAGAACATGATGAAAG;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=96;WE=109982168;WS=109982150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	109993291	rs12197838	G	A	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=51;PP=1586;SC=TGTAATCATAGTTACTTTGAA;SOR=1.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=79;WE=109993299;WS=109993281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	110036274	rs56378532	T	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=11;PP=776;SC=TTCCTTTTTATTTATAGAGAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=110036282;WS=110036264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	110048489	rs11459279	C	CT	456.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=288;ReadPosRankSum=-1.849;SC=TGGTAACTACCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=21;WE=110048497;WS=110048479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr6	110053721	rs11153215	T	G	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	110059510	rs2273752	C	A	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=18;PP=1051;SC=TGGACTGATACAGACTTTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=110059518;WS=110059500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	110062873	rs1322124	T	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=631;SC=GAGAATACAGTTGCCTTTTAG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=110062881;WS=110062863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	110106234	rs10499054	A	G	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=32;PP=1074;SC=TGATGAAGGTAGGTAACTGTT;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=66;WE=110106242;WS=110106224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	110110943	rs9384723	G	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=676;SC=CTTGCAATATGATTTCCACCA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=110110951;WS=110110933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	110113763	rs200535694	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.330;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,19:0.20:93
chr6	110146303	rs1127771	G	A	9559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=153;PP=2965;SC=CACCCATCTCGGCTTTCTCGC;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=170;TCR=153;TR=323;WE=110146311;WS=110146288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr6	110423498	rs79154159	T	C	350.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=182;SC=AAACTATAAATGACTATCAGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=110423506;WS=110423488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	110423523	rs77891600	G	C	321.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=154;SC=ATATCAAAATGGATCCAATAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=110423531;WS=110423513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	110428453	rs78868707	T	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=488;SC=GCAATCAGAATAGAAATAATT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=110428461;WS=110428443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	110514293	rs77753735	A	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=495;SC=CATAAAATAGATGTTAAAGAT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=110514301;WS=110514283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	110643956	rs6908306	T	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=43;PP=1675;SC=TTCTCTAACTTCTTTGAGCCT;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=87;WE=110643964;WS=110643946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	110644112	rs112341783	A	AG	2196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=29;PP=1395;SC=TGTGTAAGGAAGAGGAACTGG;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=31;WE=110644120;WS=110644102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	110756960	rs221717	A	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=3;PP=1070;SC=TAACTTCTATAAAAAAGAAGC;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=42;WE=110756968;WS=110756950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	110777962	rs6907567	A	G	10757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=179;NR=196;PP=2965;SC=TCTCCCTCTTATTCCTGCTAC;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=377;TCF=180;TCR=197;TR=375;WE=110777970;WS=110777952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr6	110778128	rs714368	T	C	5507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.788;SC=GCAGACATGATGAGGGGTGAC;SOR=0.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=98;TCR=110;TR=207;WE=110778136;WS=110778118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr6	110778323	rs717567	G	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=405;SC=ACATATACACGAATGGATAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=110778331;WS=110778313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	110796405	rs7768422	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=324;SC=TTGGCCCAGCTGAGGAGCCGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=110796413;WS=110796395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	110796969	rs55679760	T	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=7;PP=975;SC=CTGAGTCAGATAGAGGAGCTC;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=110796977;WS=110796959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	110797705	rs62421706	G	C	7825.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=4.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	110797706	.	CGGGG	C	8169.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.68;SOR=4.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	110797710	.	G	GCACC	8127.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.71;SOR=4.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	110797821	rs11153236	A	G	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=85;PP=2906;SC=AGCTCCGGGGACTGCGGGTAG;SOR=1.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=42;TCR=85;TR=127;WE=110797829;WS=110797811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr6	111213927	rs34637914	T	TC	396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=4;PP=271;SC=TCGGTCTTTTTCCCCCCCCAG;SOR=2.448;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=12;WE=111213935;WS=111213917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	111527988	rs402940	G	A	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=125;PP=2965;SC=CTCATCACCCGATGTCTCATT;SOR=2.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=34;TCR=125;TR=159;WE=111527996;WS=111527978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	111540372	rs405948	G	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=602;SC=GCTTTTATGTGTGCCTTACTG;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=111540380;WS=111540362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	111543067	rs193282	G	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=1;PP=617;SC=CTATCAAAAAGGGTTTATATT;SOR=5.058;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=111543075;WS=111543057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	111587266	rs11153279	T	C	10877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=190;PP=2965;SC=AATCATCTGATGCTGACTCAG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=386;TCF=196;TCR=190;TR=386;WE=111587274;WS=111587256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr6	111654680	rs5879102	CT	C	90.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=1.915;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr6	111665023	rs240990	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=290;SC=GTAAGCCACCGCAACTGGCCT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=111665031;WS=111665013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	111665071	rs1623806	T	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=6;PP=966;SC=TTATTACATATAAATTACATC;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=111665079;WS=111665061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	111695073	rs455645	C	T	9751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=167;PP=2965;SC=CTTCTGATAACGACCTCGGTT;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=180;TCR=167;TR=346;WE=111695081;WS=111695063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr6	111695268	rs455732	C	T	13285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=249;NR=224;PP=2965;SC=CCGCTATGCACACAATCTGCT;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=474;TCF=249;TCR=225;TR=473;WE=111695276;WS=111695258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr6	111695887	rs462779	G	A	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.930;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=69;PP=2549;ReadPosRankSum=1.007;SC=CTTAAGTGTTGTATGCTTTCT;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=121;WE=111695895;WS=111695877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr6	111696257	rs461646	G	A	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=87;PP=2709;SC=CTATAATTCAGGTCACAATCT;SOR=1.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=43;TCR=87;TR=130;WE=111696265;WS=111696247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	111696852	rs458486	T	C	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=30;PP=1259;SC=TTTCTAACGTTCCATCTCCAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=111696860;WS=111696842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	111711232	rs11376056	C	CG	1047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=7;PP=871;SC=CCACCACACCCGCCGGTCATT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=111711240;WS=111711222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	111793561	rs7772141	T	C	182.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=148;SC=GTTATACTTCTTTGTAATCGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=111793569;WS=111793551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	111884058	rs2280985	A	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.15;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	111896777	.	C	T	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=19;MQ=51.34;NF=4;NR=0;PP=43;QD=19.4428031368;SC=GGCAACAGAGCGAGACTCCGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=111896785;WS=111896767;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	111901453	rs1043730	G	T	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=70;PP=2419;SC=GCCTCTCTTCGTGGTCCCAGG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=75;TCR=70;TR=145;WE=111901461;WS=111901443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	111918865	rs174393	G	A	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	111918869	rs11153302	A	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.10;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	111919108	rs6941014	T	C	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=75;PP=1993;SC=CAGAGGGCGGTGCCTGGATTG;SOR=1.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=43;TCR=75;TR=118;WE=111919116;WS=111919098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	112015570	rs3730352	G	A	8979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=113;PP=2965;SC=TGTCATTCAAGTGCCCACCTT;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=189;TCR=113;TR=302;WE=112015580;WS=112015560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr6	112024262	rs3752545	A	C	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=49;PP=1229;SC=AAGCATTAGCAGCTCCAATCA;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=112024270;WS=112024252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	112041359	rs706895	T	C	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=79;PP=1898;SC=CAAGGCTCACTGTTGGCTATT;SOR=2.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=29;TCR=79;TR=108;WE=112041367;WS=112041349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	112388358	rs9400518	T	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=42;PP=1059;SC=TTAAAGAGACTATTTCCTATG;SOR=4.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=45;WE=112388366;WS=112388348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	112401058	rs186114002	T	A	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=814;SC=TTGAAAAGTATTCTTATTGAG;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=112401066;WS=112401048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	112435697	.	T	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=504;SC=TATTTTGAAATCACATGTGGA;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=112435705;WS=112435687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	112438912	rs3216857	GA	G	4880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=36;PP=2957;SC=AGCATTTCATGACTCATATTT;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=76;WE=112438920;WS=112438902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	112443134	rs4945897	G	A	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=7;PP=1084;SC=AAGGAAAGATGGGAAAAAACG;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=49;WE=112443142;WS=112443124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	112450351	rs2157550	G	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=33;PP=958;SC=TTATGGAAGTGAAAGAGCTTT;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=112450359;WS=112450341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	112457390	rs2032567	C	T	8170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=122;PP=2965;SC=ACAGGGCCACCGCTGAATCCA;SOR=0.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=159;TCR=122;TR=281;WE=112457398;WS=112457380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr6	112457471	rs2032568	G	A	5231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=108;PP=2965;SC=GGAGAGAAAGGAATTGTAAGA;SOR=1.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=69;TCR=108;TR=177;WE=112457479;WS=112457461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	112460648	rs2072020	G	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=268;SC=AGAGGTATTTGTAGGTATGTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=112460656;WS=112460638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	112462470	rs149046391	ATG	A	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.587;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,13:0.13:101
chr6	112480041	rs3752577	A	G	7796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=151;PP=2965;SC=CTTGTAGTTCACTTTTGGCTC;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=119;TCR=151;TR=269;WE=112480049;WS=112480031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr6	112493872	rs1050348	A	G	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1416;ReadPosRankSum=1.040;SC=TCCCTGACATAGTTAAGGGCC;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=112493880;WS=112493862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr6	112506583	rs6908219	G	T	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=47;PP=1446;SC=ATAGTCAATGGGCACACCAGG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=70;WE=112506591;WS=112506573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	112508769	rs9387061	TG	GT	5877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=71;PP=2947;SC=CTAACCGCAGTGCATCAGTCA;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=118;WE=112508778;WS=112508759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	112512905	rs2072021	G	A	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=57;PP=2965;SC=ACTTGAATCCGGTGGTGTTGC;SOR=1.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=113;TCR=57;TR=170;WE=112512913;WS=112512895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	112521183	rs2237242	G	A	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=20;PP=2079;SC=ACTACATATCGTTTAGCTGCC;SOR=2.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=78;TCR=20;TR=98;WE=112521191;WS=112521173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	114178831	rs113531174	C	CGCT	1500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=10;PP=873;SC=TTGCCGCCGCCGCTGCTGCTG;SOR=1.371;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=19;WE=114178839;WS=114178821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	114181914	rs45449896	GTT	G	763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.451;HP=14;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.662;NF=0;NR=29;PP=414;ReadPosRankSum=0.034;SC=AAATTTTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=29;WE=114181924;WS=114181904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,24:0.86:28
chr6	114277625	rs2475631	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=521;SC=TCATAAAACATAGAGGTTTGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=114277633;WS=114277621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	114378970	rs2282237	C	T	11287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=170;NR=213;PP=2965;SC=TTTCTGGAACCTCCTCTGTGA;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=383;TCF=170;TCR=213;TR=383;WE=114378978;WS=114378960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr6	116263524	rs12208531	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=525;SC=ATTTTGGAATGGATTATTTGA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=116263532;WS=116263514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	116323910	rs1338667	T	A	4300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=87;PP=2772;SC=TACCACATTGTCTCAGTGTCA;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=150;WE=116323918;WS=116323900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	116324898	rs3798227	A	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=6;PP=1714;SC=TATTACTCTTAAGTAGTTTAG;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=60;TCR=6;TR=66;WE=116324906;WS=116324888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	116439220	rs515745	A	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=430;SC=GATTTAATTTAAGCTTAAATA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=116439228;WS=116439210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	116441229	rs111661664	T	TGGG	2575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=15;PP=1362;SC=ATTAGCTCTGTGTGTACTCAC;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=116441237;WS=116441219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	116446576	rs1064583	A	G	8028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.889;SC=GCCTGTGGGCATTTGGTATCG;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=172;TCR=138;TR=308;WE=116446584;WS=116446566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,312:0.99:314
chr6	116542500	rs12193974	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=236;SC=TTTTAAACAATGCTGAGTGAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=116542508;WS=116542490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	116560180	.	A	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,27:0.24:111
chr6	116720487	rs10485183	C	T	13508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=260;NR=212;PP=2965;SC=GCCTACATCACCGACGAGAAC;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=474;TCF=262;TCR=212;TR=472;WE=116720495;WS=116720477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr6	116757557	rs560644	T	C	7593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=98;PP=2965;SC=ATCCCTACAATGGGACAAACT;SOR=1.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=164;TCR=98;TR=262;WE=116757565;WS=116757547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr6	116782478	rs72949420	G	A	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	116782488	rs2858833	T	C	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.28;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	116783390	rs10784	A	G	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=27;PP=1041;SC=CCTGGTGTGCACGCAAATCAG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=116783398;WS=116783380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	116836720	rs881863	G	A	3919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=38;PP=2828;SC=TCCCTAAATGGCTTTGCTTTC;SOR=1.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=97;TCR=38;TR=135;WE=116836728;WS=116836710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr6	116864570	rs4142087	A	C	6519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=118;PP=2965;SC=TATTCTGGAGAAAAAGGGGTA;SOR=0.969;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=103;TCR=118;TR=221;WE=116864578;WS=116864560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr6	116875427	rs7762318	G	A	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=74;PP=2783;SC=AAGAGATCCTGGCTGGGTTTC;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=143;WE=116875435;WS=116875417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	116878947	rs6906668	C	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=13;PP=962;SC=ATATTTGATGCATTGATACTT;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=116878955;WS=116878937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	116901640	rs1321534	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TTACGAATCTGCTATGAATGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=116901648;WS=116901630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	117045674	rs1150108	A	G	280.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=202;SC=CTGTGTCTTGAAGGATGGTGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=117045682;WS=117045664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	117073874	rs10556522	AATATAT	AAT,A	348.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0,0;NR=13,13;PP=143,419;SC=GGGGGGAAGAAATATATATAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=13,13;WE=117073887;WS=117073864;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr6	117073905	rs370162145	GTA	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=12;PP=486;ReadPosRankSum=-1.036;SC=ATAGATACACGTATATATATA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=117073914;WS=117073895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr6	117086265	rs641338	C	A	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=76;PP=2965;SC=CGCACCCTTGCGGCCGGGGAC;SOR=1.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=171;TCR=76;TR=247;WE=117086273;WS=117086255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr6	117086378	rs654128	C	A	16524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=297;NR=307;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.312;SC=TCTTGTCGAACTGCGAAGGCC;SOR=0.311;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=606;TCF=299;TCR=307;TR=604;WE=117086386;WS=117086368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,625:1.00:626
chr6	117113653	rs615199	T	C	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=58;PP=2430;SC=TCTCCACAGCTGGTACATATT;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=131;WE=117113661;WS=117113643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	117114025	rs6901250	G	A	11297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=214;NR=169;PP=2965;SC=CAAAGCTGAAGGCTAGCAAAA;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=384;TCF=215;TCR=169;TR=383;WE=117114033;WS=117114015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr6	117114223	rs6924002	T	A	11030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=221;PP=2965;SC=TCACAACAGGTGTGTTCAGGT;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=155;TCR=221;TR=376;WE=117114231;WS=117114213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr6	117114403	rs6901971	G	A	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=37;PP=1008;SC=ATAAAAGGCAGTGAGGCATAT;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=117114411;WS=117114393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	117121894	rs6917467	G	A	5224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=113;PP=2965;SC=TTAAATCCCCGTGAGCATCAA;SOR=1.341;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=68;TCR=113;TR=181;WE=117121902;WS=117121884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	117130704	rs2274911	G	A	7024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=133;PP=2965;SC=TTGACTCCAGGTAAGAGTGTT;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=110;TCR=133;TR=243;WE=117130712;WS=117130694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr6	117609529	rs2778	A	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=1;PP=1323;SC=ATTAGAAATCAGGAACGTTGC;SOR=6.901;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=58;TCR=1;TR=58;WE=117609537;WS=117609519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	117631463	rs71554877	T	TTAA	594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=580;SC=GAAGTTATATTTAATAATAAT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=11;WE=117631471;WS=117631453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	117681436	rs150963992	G	GACAC	1314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.728;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=782;ReadPosRankSum=0.531;SC=ACACCAATGGGACACACACAC;SOR=1.652;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=20;WE=117681444;WS=117681426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr6	117686943	rs2243383	A	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=34;PP=1036;SC=GGAGAAAAAAATGGGGATTAT;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=117686951;WS=117686933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	117714346	rs1535330	C	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=13;PP=995;SC=ATTATTTATTCCCAATGGAAG;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=117714354;WS=117714336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	117718303	rs9401003	A	G	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=102;PP=2965;SC=TGGTGACATAATGAGCAGAAA;SOR=1.415;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=63;TCR=105;TR=164;WE=117718315;WS=117718293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	117724379	rs2243380	C	T	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=32;PP=1173;SC=CCAAACCACTCGGAAAATGTA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=117724387;WS=117724360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	117724462	rs2243379	C	A	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=551;SC=AGTGATCAATCATCAGCATTA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=117724470;WS=117724452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	117724499	rs1407179	A	C	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=13;PP=329;SC=CATTGGGACTAAAAAGCATAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=20;WE=117724507;WS=117724489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	117725383	rs373760201	CA	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=2.152;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr6	117996818	rs9767451	T	C	46.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.26;QD=15.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	118475798	rs205966	G	A	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=63;PP=1917;SC=GCTCACAAAAGCACCAGGAAT;SOR=1.343;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=103;WE=118475806;WS=118475788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	118635122	rs283049	G	C	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=3;PP=877;SC=TCATGTTTCTGTGTGCCTCAT;SOR=4.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=32;WE=118635130;WS=118635112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	118786486	rs3798420	T	C	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=27;PP=2793;SC=GCAAGTCATGTCACTTGCAAC;SOR=2.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=97;TCR=27;TR=124;WE=118786494;WS=118786476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	118832320	rs9489424	T	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=127;SC=AGTTGGACACTCTTTGCCACA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=118832328;WS=118832313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	118845168	rs12203844	A	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	118886961	rs3734382	G	T	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=74;PP=2965;SC=ATGTCTACAGGCTGTCTCCTA;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=96;TCR=74;TR=170;WE=118886969;WS=118886951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	118887303	rs3734381	T	C	6952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=114;PP=2965;SC=TCCCCCCTACTGTGGTTTCCC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=123;TCR=114;TR=237;WE=118887311;WS=118887293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr6	118973953	rs9489486	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=1001;ReadPosRankSum=-0.479;SC=ATGTAATGTTAGCCAAGGGTC;SOR=0.299;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=64;WE=118973961;WS=118973943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr6	118974042	rs9489487	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=606;SC=TTAATGTGCACTAGCTCGTTT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=118974050;WS=118974032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	119149149	rs284921	C	G	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=77;NR=62;PP=2478;SC=AGCGTTCCGGCAATCACTCTG;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=77;TCR=62;TR=139;WE=119149157;WS=119149139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	119177480	rs36160966	T	G	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=22;PP=1422;SC=CATTTTCCCCTAAGCATATAT;SOR=1.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=77;WE=119177488;WS=119177470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	119344020	rs9481880	C	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=1;PP=943;SC=CCCGTCTGGGCGACAGAGCAA;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=37;WE=119344028;WS=119344010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	119346010	rs1775613	T	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=16;PP=494;SC=GGGAGAAGGATTGTGAATCCA;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=119346018;WS=119346000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	119501684	rs68020138	AT	A	361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=269;SC=CAGATAAAACATTTTTTTTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=15;WE=119501693;WS=119501674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	119628029	rs195092	C	T	6201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=85;PP=2965;SC=GAGAAGTTATCGTCACTAAGA;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=125;TCR=85;TR=210;WE=119628037;WS=119628019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	119653287	rs195075	T	C	288.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=208;SC=TAGTATCTAATAGGAAGTGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=119653295;WS=119653277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	121412191	.	T	TA	228	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=18;MQ=58.74;NF=0;NR=17;PP=228;QD=13.9411764706;SC=GGCAAATCTTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=17;WE=121412199;WS=121412181;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,17:0.59:29
chr6	121434153	rs17083186	C	A	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=730;SC=ATCAAAGAATCATGAAAAATA;SOR=3.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=121434161;WS=121434143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	121436420	rs7772283	C	T	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.33;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	121436420	.	CAG	TAT	935	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=16;PP=935;QD=44.9303579483;SC=TTATAAAGTGCAGAAAAGTTT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=22;WE=121436430;WS=121436410;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr6	121436422	rs7772508	G	T	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.56;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	121447445	rs55731091	G	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=502;SC=CTGCCTATCTGTAATATCATT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=121447453;WS=121447435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	121451095	rs1273728	C	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.01;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	121491472	rs1273749	G	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=7;PP=978;SC=CATTAAACAAGCTATATCAAA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=121491480;WS=121491462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	121526447	rs9320795	G	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=515;SC=TAAATAATAAGAAGAAGAAGA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=121526473;WS=121526437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	121526459	rs35328788	G	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	121526465	rs35549991	G	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	121620608	rs9387944	G	T	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=16;PP=818;SC=CTTATATTTCGTTTCAAGAAG;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=121620616;WS=121620598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	121629044	rs73526695	G	A	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=6;PP=1553;SC=GAAAACTATCGTAACTATCAT;SOR=4.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=63;WE=121629052;WS=121629034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	121632008	rs9372653	T	A	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=60;PP=1688;SC=AACACAATTGTCAGGACATTC;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=89;WE=121632016;WS=121631998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	121642851	rs7767455	C	T	10113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=179;PP=2965;SC=ACCCTGATTCCGATCAGATGT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=351;TCF=172;TCR=179;TR=351;WE=121642872;WS=121642841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr6	121655392	rs9490162	A	G	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=64;PP=2965;SC=TCGATGGTTTATAGGCTTAAA;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=124;TCR=64;TR=188;WE=121655400;WS=121655382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	122772921	.	AATAT	A	85.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	122775180	.	AAC	A	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=60;QD=23.0;SC=CAACTGGGGAAACACACACAC;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=3;WE=122775189;WS=122775170;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr6	123022496	rs4382328	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=5;PP=1046;SC=CAGGCTAGACATGGTGATCAG;SOR=4.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=123022504;WS=123022486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	123038887	rs6920792	CT	GC	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=6;PP=850;SC=TGAACATTTACTTCTGAATAG;SOR=2.584;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=39;WE=123038896;WS=123038877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	123101348	rs2171068	G	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=381;SC=ACTTTAGAACGTGGATTCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=123101356;WS=123101342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	123369910	rs6900862	T	C	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=97;PP=2965;SC=ATCCTTTCTCTTCCGCCATCC;SOR=1.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=38;TCR=97;TR=135;WE=123369918;WS=123369900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	123539609	rs361509	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=284;SC=CCACCCTTTCCGTCCACACCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=123539617;WS=123539599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	123539684	rs361508	CT	TC	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=21;PP=2947;SC=GCCTGAACTACTGTGGACAAA;SOR=2.110;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=84;WE=123539693;WS=123539674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	123539904	rs7754205	C	T	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=103;PP=2965;SC=CAGAGCATGACAGTTTGTTAA;SOR=1.325;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=67;TCR=103;TR=170;WE=123539912;WS=123539894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	123580660	rs12661887	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	123592184	rs113318627	C	CTGTG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=188;SC=CAGTGAAGGGCTGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=123592192;WS=123592174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	123600100	rs143535631	CA	C	549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=420;SC=GCAAAATATTCAACATGAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=123600108;WS=123600090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	123658680	rs12216080	A	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=83;SC=ATATTTGCAAAGGGGATGCAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=123658688;WS=123658670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	123687288	rs2873479	A	C	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=51;PP=2116;SC=ACCTTTTTTAATTGAAACCGC;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=122;WE=123687296;WS=123687278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	123687432	rs7769808	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=426;SC=ATGTTGCACATGAGAGCAAAG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=123687440;WS=123687422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	123699042	rs6901953	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=16;PP=444;SC=TCTTTTCCTGTTCTGAAACAT;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=123699050;WS=123699032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	123703101	.	GCTCT	G	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr6	123819847	rs9320940	T	C	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=69;PP=1726;SC=TTTCTAGACATGAGATTGTTT;SOR=1.848;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=99;WE=123819855;WS=123819837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	123833457	rs6902416	G	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	123851538	rs12196787	G	C	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=108;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=68;SC=AGTAAATTTAGTTATTTAATA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=123851546;WS=123851528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	123851590	rs12198164	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=5;PP=160;SC=ATTTTTTCTCGCATATGAATA;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=123851598;WS=123851580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	123851610	rs12198167	G	A	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=6;PP=160;SC=ACACAAAAATGTATATCTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=123851618;WS=123851600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	123868665	rs7450199	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=21;SC=CCAAATTCCAGTTTTTAAGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=123868673;WS=123868655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	123869607	rs9490809	G	C	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=24;PP=1987;SC=ACCTTTATCAGTATCTTCGTC;SOR=2.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=94;WE=123869615;WS=123869597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	123892337	rs2295732	G	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=40;PP=1160;SC=TATTGATGATGAGAAACACTG;SOR=3.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=123892345;WS=123892327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	124979689	rs1479039	T	C	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=55;PP=1751;SC=CAGGTTAAACTAAACCATCCT;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=78;WE=124979697;WS=124979679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	125139473	rs1923726	TG	GC	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=35;PP=2107;SC=TCTGTGTGGGTGCTTGATCAT;SOR=1.456;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=105;WE=125139482;WS=125139463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	125144352	rs2025251	T	G	8945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=170;PP=2965;SC=AAAAACATCTTTTCTCTCTCT;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=152;TCR=170;TR=322;WE=125144360;WS=125144342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr6	125229538	rs781733	T	C	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=53;PP=2617;SC=AAAGAAATCATGTATCTATTA;SOR=1.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=93;TCR=53;TR=146;WE=125229546;WS=125229528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	125229856	rs781734	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=866;SC=ATTTTGCCTGCTATGAATAAT;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=125229864;WS=125229846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	125230075	rs781735	A	C	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=49;PP=1574;SC=TTTGCCAACCATTGTTATTAT;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=125230083;WS=125230065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	125230575	rs1577203	G	T	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=22;PP=894;SC=ATTTTAAGTTGATTTTTTTAT;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=125230583;WS=125230565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	125230965	rs1761559	A	G	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=64;PP=2191;SC=TTTGATAGGGATAGTAATGAA;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=128;WE=125230973;WS=125230955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	125231037	rs1761560	G	A	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=50;PP=1585;SC=GTCCATGAACGTGATATATCT;SOR=1.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=77;WE=125231045;WS=125231027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	125231246	rs1750578	T	A	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=15;PP=801;SC=CGTATATTGATTTTTGTATTT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=125231254;WS=125231236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	125232072	rs699387	T	C	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=17;PP=1126;SC=CACAATTTTATAGTTTTGGGG;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=125232080;WS=125232062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	125232368	rs781740	G	T	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=50;PP=1732;SC=ACCAGGGAAGGGAGATCTGAG;SOR=0.849;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=99;WE=125232376;WS=125232358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	125232594	rs781741	C	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=2;PP=141;SC=CATGGTGAAACCCCATCTCTA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=125232602;WS=125232584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	125232766	rs11385725	C	CA	193.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=1.142;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr6	125232853	rs6569400	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=29;PP=1003;SC=TTCCATGGACAGGGTGGTGGG;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=61;WE=125232861;WS=125232843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	125233518	rs781742	A	G	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=63;PP=2659;ReadPosRankSum=-0.697;SC=AAACATAACCACCTTGAAGCT;SOR=0.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=127;WE=125233526;WS=125233508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr6	125252731	rs4896596	C	T	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=726;SC=CAATGTAATACTTTAGTGCTC;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=125252739;WS=125252721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	125366289	rs34249175	CA	C	4223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.182;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.757;NF=83;NR=50;PP=1875;ReadPosRankSum=-0.007;SC=ATACTGTATACAAAAAAAAAA;SOR=0.550;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=101;TCR=64;TR=133;WE=125366298;WS=125366278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,188:0.93:202
chr6	125402711	rs492800	C	T	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=90;PP=2613;ReadPosRankSum=1.612;SC=AGAGAGAATACGAGTGTAAAT;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=43;TCR=91;TR=133;WE=125402719;WS=125402701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr6	126075709	.	ATTTT	A	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.427;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr6	126242004	rs4563736	CG	GC	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=2;PP=996;SC=TTTTCAAGCACGGGTGTCCCT;SOR=4.615;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=35;WE=126242013;WS=126241994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	126278230	rs2295005	G	C	8891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=136;PP=2965;SC=GAAGCCGCTGGCAAGTCACCA;SOR=0.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=171;TCR=136;TR=307;WE=126278238;WS=126278220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr6	126288023	rs3757212	T	C	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=39;PP=2965;SC=ACAAATGTTTTTTCCTTTAGA;SOR=1.852;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=100;TCR=39;TR=139;WE=126288031;WS=126288013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	126307962	rs6569448	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=221;SC=TCCGAGACCAAACCCCTCGGC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=126307970;WS=126307952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	126319881	rs6569449	T	A	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=31;PP=913;SC=TGAAAGCTACTTATTAGGCCT;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=126319889;WS=126319871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	126334041	rs2206941	G	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=60;PP=2957;SC=CTTGAGAAGAGGCATGTGGCT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=133;WE=126334049;WS=126334031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	127471533	rs9491699	C	T	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=11;PP=1368;SC=GTTAAGAGAACATAATGCAAG;SOR=2.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=65;WE=127471541;WS=127471523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	127471791	rs3734626	C	T	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=90;PP=2671;SC=AAGTCCTTTGCCAAAAGAACT;SOR=2.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=33;TCR=90;TR=123;WE=127471799;WS=127471781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	127476516	rs1892172	G	A	8923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=171;NR=142;PP=2965;SC=AGGGTAACCTGTGTCCCCCAA;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=171;TCR=142;TR=313;WE=127476524;WS=127476506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr6	127640190	rs9285460	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=16;PP=666;SC=TTTAGATTACATAAAATTCCA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=127640198;WS=127640180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	127768762	rs6902288	G	A	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=103;PP=2965;SC=GATTCTTCCTGTTTTTCTGTT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=110;TCR=103;TR=213;WE=127768770;WS=127768752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr6	127768950	rs2236027	A	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=563;SC=TCAAAAGCAAACATAGCTAAA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=127768958;WS=127768940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	127770923	rs3818135	A	C	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.75;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	127771452	rs3734447	T	G	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=46;PP=1274;SC=ATCTTAGCACTTTCATTGATA;SOR=1.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=66;WE=127771460;WS=127771442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	127837357	rs112657916	A	G	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;SC=CTGCCGCCCAAAGCGGCCAGG;SOR=0.768;Source=Platypus;TCF=68;WE=127837365;WS=127837347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	128030957	rs490008	G	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=8;PP=875;SC=TATATCATAGGTTTCTGTAAG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=128030965;WS=128030947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	128040839	rs675531	T	C	7449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=113;PP=2965;SC=GTACCTGCTATTGCTGTGGCC;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=141;TCR=113;TR=254;WE=128040847;WS=128040829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr6	128294055	rs72975916	C	T	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=4;PP=1044;SC=GTCCCCACAACGTCTCATTTT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=45;WE=128294063;WS=128294045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	128297950	rs376302219	GA	G	1816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.686;HP=14;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.320;NF=23;NR=40;PP=985;ReadPosRankSum=0.598;SC=CGTTTTGAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.334;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=63;WE=128297958;WS=128297939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,80:0.93:86
chr6	128297986	rs4321844	G	T	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=34;PP=2023;ReadPosRankSum=-0.401;SC=CTAGTTAGGAGAGTATAAAGC;SOR=0.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=98;WE=128297994;WS=128297976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr6	128321318	rs36043888	C	CT	86.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=102;SC=CTTAGGGGAACTTTTTTTTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=128321326;WS=128321308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	128324241	rs717851	T	C	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=29;PP=1991;SC=ATTTTCAAAATCAAGCTGCCT;SOR=1.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=93;WE=128324249;WS=128324231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	128330249	rs9321104	T	C	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=23;PP=2081;SC=GGTAAGTGAGTGGGACAGGAC;SOR=2.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=99;WE=128330257;WS=128330239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	128385731	rs75971828	G	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=470;SC=CTTCAGTCAAGTACTAGAGGA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=128385739;WS=128385721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	128385998	rs4897241	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=42;PP=1029;SC=TTCCTGTTTCATAAACTATAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=60;WE=128386006;WS=128385988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	128388799	rs35030557	G	T	8778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=175;PP=2965;SC=TTCCCGGGGGGAGTTCTGCAG;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=154;TCR=175;TR=329;WE=128388818;WS=128388789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr6	128388990	rs4897242	A	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=45;PP=1280;SC=ATATTTAGAGATTTAAGATAC;SOR=1.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=128388998;WS=128388980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	128389074	rs4897243	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=333;SC=TAACCTGGTATACTCTTTTCA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=128389082;WS=128389064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	128403745	rs17828130	A	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=42;PP=1247;SC=CAGCCACTGGAACTGCAGGAT;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=128403753;WS=128403735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	128812869	rs76361302	CTT	C	6805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=56;PP=2965;SC=TTTTTTTTCTCTTGTTACCTT;SOR=1.541;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=115;WE=128812878;WS=128812854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr6	128813085	rs17460940	C	T	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=77;PP=2259;SC=AATTGATTCACTACTGTTCAC;SOR=2.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=26;TCR=77;TR=103;WE=128813093;WS=128813075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	129381026	rs4404787	C	A	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=103;PP=2965;SC=TGACAATTACCCTGGATTTAC;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=67;TCR=103;TR=170;WE=129381034;WS=129381016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	129612624	rs1015846	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=783;SC=CCTAACAGGGCACTTAACAAA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=129612632;WS=129612614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	129622055	rs902373	A	G	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=49;PP=1401;SC=AATTTTTTGGAGAGATTTTTG;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=71;WE=129622063;WS=129622045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	129759751	.	TA	T	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.266;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=1.156;SC=TCAGGGATGATAAAACTTATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=7;WE=129759759;WS=129759741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr6	129799682	rs2784895	C	T	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=6;PP=1099;SC=AACCAGTAGACAATGGAAACC;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=48;WE=129799690;WS=129799672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	129802302	rs2275214	G	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=0;PP=639;SC=AACCTATGATGTATTTCATAA;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=129802310;WS=129802295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	129807483	rs6569604	C	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=2;PP=566;SC=TTTTCAAAACCGTTTGAGAAA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=129807491;WS=129807473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	129807629	rs2229848	C	T	5839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=79;PP=2965;SC=GCCTATTATGCAATACTCCTC;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=111;TCR=79;TR=190;WE=129807637;WS=129807619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr6	129807699	rs2229849	G	C	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=110;PP=2965;SC=GGAAAATTGTGATCAGACCAG;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=111;TCR=110;TR=221;WE=129807707;WS=129807689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr6	129807869	rs6938825	C	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=887;SC=GTGTGTGGACCTACTATGCAT;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=129807877;WS=129807859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	129823645	rs7754167	A	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=264;SC=CTGAGCACTCAATAATAAGTA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=129823653;WS=129823642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	129835370	rs13196682	T	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=355;SC=TGTCAAGTTTTAAAATTTTTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=129835378;WS=129835366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	130031215	rs3752536	T	C	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=53;PP=1912;SC=TTCCCGACGGTCTGGTCCTTG;SOR=1.190;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=93;WE=130031223;WS=130031205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	130152479	rs7758540	T	C	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=28;PP=1321;SC=CAAGCAATTTTGATATACCTA;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=86;WE=130152487;WS=130152469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	130154667	rs9492393	T	C	8535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=158;NR=139;PP=2965;SC=AACCCATTCTTCCACAACTGG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=298;TCF=158;TCR=140;TR=297;WE=130154675;WS=130154657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr6	130154686	rs4629709	A	G	7802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=138;PP=2965;SC=GGAACAAAAAACAATCCACAA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=135;TCR=139;TR=273;WE=130154694;WS=130154676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr6	130164764	rs9321190	G	A	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=42;PP=1682;SC=GATGTTATAAGTGAAAACAGT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=91;WE=130164772;WS=130164754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	130164856	rs9402185	C	T	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=842;SC=CTATGCGATTCACCCACATTG;SOR=2.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=130164864;WS=130164846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	130167026	rs9321192	G	C	8499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=147;PP=2965;SC=TGAGGTCCAAGAGCCTGGGAT;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=138;TCR=147;TR=285;WE=130167034;WS=130167016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr6	130370404	rs75575024	C	CCT	7809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=41;PP=2930;SC=TTAAATTTTGCCTTTCTGCTG;SOR=1.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=92;WE=130370412;WS=130370394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	130370731	rs142539365	TTG	T	2694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=12;PP=1937;SC=ACTGTCTTCTTTGTCCTAATG;SOR=2.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=43;WE=130370740;WS=130370721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	130371055	rs3890746	C	T	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=32;PP=917;SC=CTCTTTCTTCCCTAACCCATA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=130371063;WS=130371045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	130374102	rs9388768	C	A	6988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=137;PP=2965;SC=AAAGCTGACACCAAGGAGGAT;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=110;TCR=137;TR=247;WE=130374110;WS=130374092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	130378833	rs12661188	T	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=233;SC=ACATGTGCCATGTGTGGGTGC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=130378841;WS=130378823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	130381246	rs7451021	T	C	7518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=140;NR=123;PP=2965;SC=GCGTGGATCCTGAGCATCAGT;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=140;TCR=123;TR=263;WE=130381254;WS=130381236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr6	130387431	.	G	GTATATATATATATA	876	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.9998;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=26;MQ=57.15;NF=1;NR=1;PP=876;QD=442.5;SC=TTATTTTTGTGTATATATATA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=130387439;WS=130387421;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr6	130387773	rs9402214	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=329;SC=GATGAAACCATGTTTATTAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=130387781;WS=130387763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	130389707	rs35622104	TA	T	289.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=367;SC=AATTAAAGTTTAAAATTAGCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=130389715;WS=130389697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	130405020	rs7774174	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=55;SC=TTGTTACTGGAATTTTTGTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=130405028;WS=130405010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	130466413	rs4897369	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	130483222	rs9321214	G	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=328;SC=AGGAATCAGCGTAAATTAACC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=130483230;WS=130483212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	130504414	rs111748377	G	A	75.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	130505284	rs41285308	C	T	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=52;PP=2296;SC=AAGGGTGGGCCTGCAGCAGGG;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=125;WE=130505292;WS=130505274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	130505374	rs41285310	A	C	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=72;PP=2445;SC=CTTCAAGCAAACCACATTCCT;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=134;WE=130505382;WS=130505364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	130530815	rs1932100	C	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=22;PP=615;SC=GATCTCACAGCAGCTCTGAAG;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=130530823;WS=130530805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	130535420	rs4897377	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=764;SC=CAAACGTCACGCTCTAGCCAT;SOR=2.774;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=35;WE=130535428;WS=130535410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	130536494	rs34071457	AT	A	3090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.412;NF=2;NR=88;PP=1642;ReadPosRankSum=0.448;SC=TTGTGCCTTAATTTTTTTTTT;SOR=1.371;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=122;TCF=5;TCR=117;TR=90;WE=130536503;WS=130536484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,127:0.98:130
chr6	131148382	rs9402288	A	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=382;SC=CAGCTTCCCAAGGTCATTCCC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=131148390;WS=131148373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	131148486	rs9402289	C	T	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=32;PP=2295;SC=AGTAACCTGCCAGCAATCCTA;SOR=1.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=89;TCR=32;TR=120;WE=131148494;WS=131148476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	131148541	rs4895897	A	G	7429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=94;PP=2965;SC=TCCACAAAAAATTCCACTGAG;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=145;TCR=94;TR=238;WE=131148549;WS=131148531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr6	131148737	rs1044303	G	A	6971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=132;PP=2965;SC=CTTCCTCCCCGTGACTTTGCT;SOR=1.210;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=97;TCR=132;TR=229;WE=131148745;WS=131148727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	131148863	rs9388856	A	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=33;PP=913;SC=ATACCGATGCACTGTCAGTGT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=131148871;WS=131148853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	131148891	rs113795427	C	CAT	473.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=61.13;MQRankSum=0.667;NF=1;NR=13;PP=620;ReadPosRankSum=1.533;SC=CCAGGAGAAACATATATATAT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=14;WE=131148899;WS=131148881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr6	131156102	rs6975	G	T	7332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.018;SC=GTGAAGTTGGGGACTTTCCAA;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=131;TCR=118;TR=247;WE=131156110;WS=131156092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,278:0.99:280
chr6	131184770	rs915172	T	G	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=35;PP=1959;SC=AGAACTTAACTTATTTACCTG;SOR=1.463;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=113;WE=131184778;WS=131184760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	131184914	rs915171	C	T	7386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=127;PP=2965;SC=CACGTTTACACAGTCAGAGCA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=124;TCR=127;TR=251;WE=131184922;WS=131184904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr6	131184975	rs867707	C	G	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.754;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=2.717;SC=AGGCCACACACAACAAGCAGC;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=47;TCR=101;TR=146;WE=131184983;WS=131184965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,151:0.99:153
chr6	131190838	rs17059736	G	A	7053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=117;PP=2965;SC=TCTTCTCTCCGGGTATCTTTT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=122;TCR=118;TR=238;WE=131190846;WS=131190828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	131197990	rs7741462	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=508;SC=AAACACAAAATACTGACCCAG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=131197998;WS=131197980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	131201359	.	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=345;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GTGAAATTAAATCACACACAG;SOR=1.770;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=26;WE=131201367;WS=131201349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr6	131247975	rs2275509	C	A	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=186;SC=TTCTCATTTTCTAACAATATA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=131247983;WS=131247965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	131276466	rs34763200	GA	G	3112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=52;PP=1784;SC=GGCTGTTGAGGAAAAAAAAAT;SOR=2.899;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=55;WE=131276481;WS=131276456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	131276473	rs45550834	A	G	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=52;PP=1640;SC=GAGGAAAAAAAAATAAATTCA;SOR=2.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=61;WE=131276481;WS=131276456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	131540726	rs3822866	A	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=634;SC=AATCAGGTTCAAAGAAAGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=131540734;WS=131540716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	131904704	rs60712846	G	GA	1547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=35;PP=1717;SC=TCCTTGACCTGAAACCAAGTC;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=43;WE=131904712;WS=131904694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	131911655	rs2608955	A	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=368;SC=CATACAGTATATACAAAGTAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=131911663;WS=131911645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	131917379	rs2608985	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=413;SC=ATGTGAAAACATTGTTTAGAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=131917387;WS=131917369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	131926334	rs2608953	C	T	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=22;PP=2077;SC=ATACTATACTCGTATCAATTC;SOR=2.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=98;WE=131926342;WS=131926324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	131929309	rs71753454	A	AC	1109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=29;PP=1186;SC=TTAAGGAGAAACCTGGTTCTT;SOR=4.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=29;WE=131929317;WS=131929299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	131931092	rs2245133	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=529;SC=TCAGAACTTCTGTCAGTTCTA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=131931100;WS=131931082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	131936324	rs139719926	GTTT	G	1434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=887;SC=AGAAGAAATCGTTTTTTAGTG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=131936334;WS=131936314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	131940890	rs2297638	A	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=468;SC=TATTAAGAGAACATCCCTCAG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=131940898;WS=131940880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	131958485	rs9375819	A	C	9388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=175;NR=145;PP=2965;SC=AGGAGCACTAATTTATTCTGA;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=175;TCR=145;TR=320;WE=131958493;WS=131958475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr6	131973932	rs3765562	C	G	5161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=83;PP=2965;SC=TCTGTCTGTGCTGCAGCAAGT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=94;TCR=83;TR=176;WE=131973940;WS=131973922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr6	132043349	rs378697	A	T	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=43;PP=2726;SC=ACTTTGAACTAATTTTTTCAA;SOR=1.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=101;TCR=43;TR=144;WE=132043357;WS=132043339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	132270728	rs59140114	GA	G	1245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.856;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.96;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=1.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
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chr6	132271959	rs12206231	T	G	7093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.34;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	132271980	rs6934749	T	G	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=58;PP=1946;SC=GCGGGTCGCATGGGTCGCGCT;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=118;WE=132271988;WS=132271970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	132789363	rs3765577	A	G	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=3;PP=962;SC=CGAGTTAAAAATGAGATCTGT;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=132789371;WS=132789353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	132859609	rs2842899	T	A	9363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=160;PP=2965;SC=CCTTCACTTCTAACAACTGCA;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=327;TCF=167;TCR=160;TR=327;WE=132859617;WS=132859599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr6	132860522	rs2842898	C	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=18;PP=472;SC=TTAAGGTCAACTGCAAAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=132860530;WS=132860512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	132910612	rs3813355	G	A	9671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=158;PP=2965;SC=GAGAGCAGCAGGAAGTTGGTG;SOR=0.746;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=332;TCF=174;TCR=158;TR=331;WE=132910620;WS=132910602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr6	132966279	rs8192620	T	C	6267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=77;PP=2965;SC=ACCAAATCAATACATCATTCA;SOR=1.299;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=138;TCR=77;TR=215;WE=132966287;WS=132966269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr6	133070995	rs4895944	G	T	7562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=162;PP=2965;SC=CACTTCAGCAGTGTGCAGACC;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=102;TCR=162;TR=264;WE=133071003;WS=133070985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr6	133076919	rs34902339	C	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=596;SC=AATTCAAACTCCTAAACCCAG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=133076927;WS=133076909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	133135807	rs9493450	C	T	6050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=138;NR=80;PP=2965;SC=TGGCTCGTTGCGTTCTTGCTG;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=138;TCR=80;TR=218;WE=133135815;WS=133135797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr6	133135864	rs12202302	T	G	9423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.03;NF=183;NR=138;PP=2965;SC=ATGCTTTTGTTTTTTAGTGCG;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=183;TCR=138;TR=321;WE=133135872;WS=133135854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr6	133135886	rs9483504	A	G	9941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=173;NR=162;PP=2965;SC=TCAAGATTCAACTTCACCCGT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=174;TCR=163;TR=335;WE=133135894;WS=133135876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr6	133136041	rs9493451	C	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=777;SC=GTACACTTAGCTTTTGCTGAG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=133136049;WS=133136031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	133137111	rs3778174	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=7;PP=200;SC=GATGGAATTACAGGCACACGC;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=133137119;WS=133137101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	133138010	rs9389034	T	C	7366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=141;PP=2965;SC=ACCCTTCTGATTACAGCCACC;SOR=1.157;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=252;TCF=107;TCR=145;TR=248;WE=133138018;WS=133138000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr6	133138067	rs34924584	ATT	A	1839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.412;NF=3;NR=52;PP=595;ReadPosRankSum=1.071;SC=TATTAATGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.934;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=4;TCR=69;TR=55;WE=133138077;WS=133138057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr6	133827148	rs6929656	T	C	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=847;SC=CATGCAGTCTTCTCCCTCTTC;SOR=2.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=36;WE=133827156;WS=133827138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	134304023	rs2076583	C	T	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=36;PP=1161;SC=TTTCAGGTAACGTTTTCAAAT;SOR=1.163;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=134304031;WS=134304013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	134493149	rs141988023	A	AG	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=766;SC=TTTTCAGTAAAGGAACAGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=134493157;WS=134493139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	134493397	rs1057293	G	A	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=60;PP=1952;SC=AGAGTCCGAAGTCAGTAAGGA;SOR=1.033;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=114;WE=134493405;WS=134493387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	134493947	rs1743966	A	G	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=78;PP=2704;SC=TCTGGGTTGCAAATGAATTTA;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=64;TCR=78;TR=142;WE=134493955;WS=134493937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	134494548	rs1743965	C	T	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=94;PP=2965;SC=AGGGAGAATACAAAAGAGGAC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=100;TCR=95;TR=194;WE=134494556;WS=134494538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr6	134536256	rs201147934	T	TTTTC	365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=30.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	135260303	rs7754722	T	C	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=17;PP=1282;SC=ACAAAGCCCATGATGTCACTG;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=67;WE=135260311;WS=135260293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	135286438	rs35078158	CA	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=8.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr6	135357813	rs192526974	T	C	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=65;NR=59;PP=2445;SC=CCTTTACATCTTGAACTTGTC;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=124;WE=135357821;WS=135357794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	135511108	rs210796	A	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=1016;SC=AGCAGGTAAAATGGGCAAACA;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=135511116;WS=135511098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	135514829	rs34931156	TA	T	4335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.08;NF=55;NR=38;PP=2975;SC=AATTTCACATTAAAAGGTTTT;SOR=1.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=93;WE=135514837;WS=135514819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	135522682	rs7757388	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=867;SC=TAGTTTTATAAAAGTATTTGA;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=135522690;WS=135522672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	135522939	rs743589	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=652;SC=TGGTGCCTCATGAAATCCTGT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=135522947;WS=135522929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	135523774	rs7762830	A	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=7;PP=251;SC=CCAAAGTGCTAGGATTACAGG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=135523782;WS=135523764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	135524516	rs9385719	A	G	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=65;PP=1918;SC=AAAAACTGTCATCTTTGGTGG;SOR=2.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=24;TCR=66;TR=89;WE=135524528;WS=135524506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	135524520	rs113909655	T	TTGG	2014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.497;NF=1;NR=35;PP=1777;ReadPosRankSum=-0.205;SC=ACTGTCATCTTTGGTGGTGGT;SOR=3.188;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=36;WE=135524528;WS=135524506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,50:0.91:55
chr6	135524553	rs9402696	C	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=35;PP=1008;SC=GATGGTAGTGCTGGTGGTCTG;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=135524561;WS=135524543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	135623833	rs2207000	C	T	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=8;PP=1059;SC=ATTTGACTTCCAAACACCTTT;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=135623841;WS=135623823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	135715764	.	T	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=493;SC=ACCTTGGTGATTTTAAGGACA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=135715772;WS=135715754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	135748200	rs2757639	A	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=225;SC=GGGCACAATTATTATGTGTAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=135748208;WS=135748190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	135752608	rs2614270	T	C	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=138;SC=AATCAAAATGTAACTCACAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=135752616;WS=135752598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	135754471	rs737561	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=309;SC=AGAACCAACACAGCCAATGAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=135754479;WS=135754461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	135763585	rs2614274	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=0;PP=307;SC=ACTTTCTTTGTTTGAAGAAAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=135763593;WS=135763575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	135763866	rs2757645	G	A	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=46;PP=1243;SC=AAAAACATACGTTTAAAAAAT;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=135763874;WS=135763856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	135818897	rs13197384	C	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=309;SC=GCGGACAGCGCGCCGCCTGCT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=135818905;WS=135818887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	136359280	rs34030857	C	CG	5013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=79;PP=2969;SC=GAGGATCTTACGGGGGTTCGC;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=107;TCF=20;TCR=87;TR=96;WE=136359288;WS=136359270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	136359446	rs9376173	A	C	5465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=74;PP=2965;SC=TGCTAGAGCGATATTTCCACC;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=107;TCR=74;TR=181;WE=136359454;WS=136359436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr6	136495069	rs368902722	A	G	8814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=177;PP=2965;SC=GCATGCAGTAAAGATAAGCCA;SOR=1.216;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=121;TCR=178;TR=298;WE=136495077;WS=136495059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr6	136582113	.	A	C	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=50.39;NF=2;NR=0;PP=28;QD=31.3856062736;SC=TGAAGACTTAAAACAAAATTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=2;WE=136582121;WS=136582103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr6	136582203	.	T	C	284	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=8;HapScore=4;MGOF=25;MMLQ=24;MQ=55.84;NF=3;NR=1;PP=284;QD=79.6928031368;SC=GTAAAAAAAATGGTGGGTGCA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=4;WE=136582211;WS=136582184;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,4:0.24:17
chr6	136582497	rs62431284	G	T	4114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-10.515;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,205:0.41:506
chr6	136590613	rs62431285	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-2.676;QD=3.14;ReadPosRankSum=-3.177;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,41:0.22:188
chr6	136590640	rs62431286	A	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-4.070;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,90:0.30:299
chr6	136590698	rs62431287	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=11.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-6.354;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,89:0.23:380
chr6	136590712	rs62431288	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=6.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-6.588;QD=2.31;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,76:0.21:368
chr6	136597004	rs7762367	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=11.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-6.539;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=1.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,37:0.16:229
chr6	136597262	rs1967444	T	C	4028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.291;NF=108;NR=88;PP=2946;ReadPosRankSum=-1.100;SC=GCCTTTCCACTACATATCCAG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=476;TCF=263;TCR=213;TR=196;WE=136597270;WS=136597252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,201:0.41:490
chr6	136597281	rs1967445	A	T	7176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.203;QD=14.68;ReadPosRankSum=-1.653;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,199:0.41:489
chr6	136597288	rs1967446	A	C	7167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-0.473;QD=14.54;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,199:0.40:493
chr6	136598895	rs58951987	T	TA	176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=203;SC=AAGTCAAGAGTAAAAACCGCT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=136598903;WS=136598885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	136599393	rs6940018	G	C	6398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.859;NF=132;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.844;SC=AATATCACCGGATGTGGCTGA;SOR=0.824;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=685;TCF=328;TCR=357;TR=285;WE=136599412;WS=136599383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,297:0.42:702
chr6	136599404	rs6919254	T	C	5870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.020;SC=ATGTGGCTGATGACTTATTAA;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=637;TCF=300;TCR=337;TR=277;WE=136599412;WS=136599383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,297:0.45:663
chr6	136599822	rs9942517	C	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-3.717;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,54:0.38:143
chr6	136599836	rs9942518	G	A	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-4.844;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,61:0.39:155
chr6	136599842	rs9942519	G	A	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-4.906;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,63:0.39:163
chr6	136599910	.	T	TGTATCGCTTCTTTCTAGAATGAGATCTTGATCTTGATCG	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.172;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=33.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-5.669;QD=7.00;ReadPosRankSum=-4.612;SOR=4.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,25:0.23:108
chr6	136682172	rs2076190	G	A	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=11;PP=967;SC=GCCTCCTCCCGCTCGCGCAGC;SOR=2.259;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=49;WE=136682180;WS=136682162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr6	136932603	.	TA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=7.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.712;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
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chr6	137166682	rs927181	G	A	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=20;PP=1511;SC=TCATTGTTATGTAACAAGAGA;SOR=1.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=77;WE=137166690;WS=137166672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	137323213	rs1342642	G	A	6756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=111;PP=2965;SC=TGCTGGGTGAGAGAAGTACCT;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=111;TCR=112;TR=222;WE=137323221;WS=137323203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr6	137325847	rs1555498	C	T	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	137338276	rs433243	A	G	8314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=150;PP=2965;SC=AGGTCTTAGTAGCAGAAAAGG;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=135;TCR=151;TR=285;WE=137338284;WS=137338266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr6	137338352	rs451371	G	T	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.58;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr6	137519780	rs3799488	T	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=44;PP=1092;SC=CAGAGATCTATGGGGAGAAAA;SOR=3.219;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=53;WE=137519788;WS=137519770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	137524792	.	C	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.595;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,47:0.27:174
chr6	137539423	rs150776768	AAAAAG	A	3514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=13;PP=2983;SC=TCATAATAAAAAAAAGAAAAC;SOR=3.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=65;WE=137539435;WS=137539413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	137539505	rs9376269	C	G	7961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=183;NR=111;PP=2965;SC=AAAAGCCACCCTCAACATTTG;SOR=1.314;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=184;TCR=111;TR=294;WE=137539513;WS=137539495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr6	137540335	rs11754268	C	T	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	137540370	rs7749390	A	G	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=64;PP=2874;SC=CCTGCCGCGAACGACGGTACC;SOR=1.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=158;WE=137540378;WS=137540360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr6	137540520	rs2234711	A	G	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=57;PP=1777;SC=CCAGCCCAGCACTGCCCTCCA;SOR=1.431;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=94;WE=137540528;WS=137540510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	137540536	rs17181457	G	A	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=48;PP=1508;SC=CTCCAGCCCCGGCCTTACGTC;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=137540544;WS=137540526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	138195961	rs71670547	TCTC	T	1172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.15;QD=41.88;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	138197331	rs661561	A	C	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=90;PP=2937;SC=ATTCACATCTATAACTAGACA;SOR=1.534;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=51;TCR=90;TR=141;WE=138197339;WS=138197321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	138413269	rs648396	A	G	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=48;PP=2965;SC=AGGCACAGCCAATCAGGATAA;SOR=1.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=105;TCR=48;TR=152;WE=138413277;WS=138413259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr6	138413333	rs648802	G	C	7058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=112;PP=2965;SC=AGTGACAGCAGGGTTGGCATG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=150;TCR=112;TR=262;WE=138413341;WS=138413323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr6	138417415	rs2484067	T	C	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=4;PP=1328;SC=TCACGGGTCTTCTTTGTGGAA;SOR=4.294;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=50;WE=138417423;WS=138417405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	138620000	rs2281149	A	G	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=183;SC=TGAGCTTCGCACACTTACTCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=138620008;WS=138619990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	138628503	rs140836920	G	A	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=41;PP=1529;SC=AGTCAGAGATGAAGGAGTACC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=89;WE=138628511;WS=138628493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	138628598	rs34359396	TAAA	T	1628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=589;SC=TTCATGCTATTAAAAAAAAAA;SOR=2.012;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=26;WE=138628608;WS=138628588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	138632506	rs2272890	G	T	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=31;PP=1375;SC=GCACGCAAGGGTAACACTGTT;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=138632526;WS=138632496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	138632518	rs2272889	G	T	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=34;PP=1493;SC=AACACTGTTGGTCTCTGTCTC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=88;WE=138632526;WS=138632496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	138745896	rs117203533	A	G	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=104;PP=2965;SC=GGGAGGGAGAATGGTTTCGGG;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=79;TCR=104;TR=183;WE=138745904;WS=138745886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	138753337	rs2039121	C	T	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=48;PP=2208;SC=AGCTGCCACTCTTGCCTGGGA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=138753345;WS=138753327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	138754323	rs2327891	A	G	6397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=129;NR=72;PP=2965;SC=AAGTGTCTCAACTCCTGGGAT;SOR=1.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=129;TCR=72;TR=201;WE=138754340;WS=138754313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr6	138794628	rs7765573	A	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=35;PP=1143;SC=ACTCCTCTTTACTTACTTTAC;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=138794636;WS=138794618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	138820271	.	GAC	G	109	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=109;QD=28.25;SC=CACACACATGGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=4;WE=138820280;WS=138820261;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr6	139085450	rs4243458	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	139106599	rs3763185	A	C	10688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=208;NR=146;PP=2965;SC=ATTTTAATGTATACAATCACG;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=209;TCR=146;TR=354;WE=139106607;WS=139106589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr6	139106722	rs3763186	C	A	7010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=162;PP=2965;SC=CCCCTAGCAACCCCTAATCTA;SOR=1.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=77;TCR=163;TR=238;WE=139106730;WS=139106712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr6	139106787	rs3763187	G	A	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=61;PP=1595;SC=GTGGAATTATGCAGTATGTGG;SOR=6.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=63;WE=139106795;WS=139106777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	139113869	rs139961983	T	TTAAC	1405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=923;SC=GAAAATCTTCTTAACTGATTA;SOR=1.942;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=17;WE=139113877;WS=139113859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	139114113	rs6570282	A	G	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=169;SC=GCTGTAATTCACCATAACTGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=139114121;WS=139114103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	139134558	rs1919691	C	T	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=30;PP=824;SC=CATGTTGCCACATTTTTAAAG;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=139134566;WS=139134548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	139183879	rs12204850	G	A	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=96;PP=2965;SC=GGAGCTGAGCGCCACGTCCAA;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=63;TCR=96;TR=159;WE=139183887;WS=139183869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	139184044	rs1188827	C	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=316;SC=TTGCTTAGAACAGGATTATTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=139184052;WS=139184034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	139186457	rs12198757	C	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=656;SC=GTTGCTCACACGGCCTTTCAA;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=139186465;WS=139186447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	139202014	rs1157050	G	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=487;SC=ACCAGCAAGGGGGGTCTCCGT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=139202022;WS=139202004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	139229695	rs1188867	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=3;PP=1100;SC=GCCTCCCAAAATGCTGGGATT;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=139229703;WS=139229685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	139229743	rs1188868	C	T	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=32;PP=2151;SC=AGTTTGATTACTTTTAATTGT;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=111;WE=139229751;WS=139229733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	139456761	rs185694700	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.77;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	139487394	rs7768941	T	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=8;PP=925;SC=AAATCTGAAATCTGTTCTCTC;SOR=2.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=139487402;WS=139487384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	139487836	rs3173082	T	C	9562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=169;NR=159;PP=2965;SC=GGCCCCCAAATAAGCCCCAGA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=170;TCR=159;TR=328;WE=139487844;WS=139487826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr6	139610124	rs55712380	G	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=465;SC=TCAATGGTAAGGATATCCCCC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=139610132;WS=139610114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	141004964	rs5880480	G	GT	3385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=29;PP=1758;SC=GTGTCCCCTGGCACGCTATTT;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=40;WE=141004972;WS=141004954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	142491463	rs11446143	C	CG	1586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=15;PP=1112;SC=TAAACTAGACCGCTCTCTTTT;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=142491471;WS=142491453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	142703137	rs2143390	C	T	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=80;PP=2746;SC=GCTGTGCAGACCTGGGGACCC;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=156;WE=142703145;WS=142703127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	142705070	rs41289839	G	A	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=381;SC=CCAACAAAGTGTCTGTTACTG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=142705078;WS=142705060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	142718801	rs989946	G	A	9227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=134;NR=176;PP=2965;SC=ATACTAATTTGGAAGGAAAAA;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=134;TCR=176;TR=310;WE=142718809;WS=142718791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr6	142724918	rs9496369	C	T	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=23;PP=2214;SC=TTAATAGTGGCATTTTTTGTC;SOR=2.459;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=78;TCR=23;TR=101;WE=142724926;WS=142724908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	142758631	rs1262686	A	G	6124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=100;PP=2965;SC=CAGTGGCGGCAGCATCTCTGC;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=220;WE=142758639;WS=142758621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr6	143074700	rs169098	T	C	7428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=0.485;SC=GAGTGCTAGGTGGACCAGATG;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=115;TCR=146;TR=259;WE=143074708;WS=143074690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,285:0.99:287
chr6	143081847	rs197462	A	G	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=39;PP=1068;SC=AGATCCAAATATCAAGGTTAG;SOR=4.271;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=41;WE=143081855;WS=143081837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	143090633	rs75657229	T	C	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=37;PP=2965;SC=CACTATGTAGTCTGCTCAGCA;SOR=1.793;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=139;TCF=102;TCR=37;TR=136;WE=143090644;WS=143090622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr6	143090734	rs34530989	T	C	9034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=133;PP=2965;SC=GCTTGCCGGTTCCAGGCCTAT;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=171;TCR=133;TR=303;WE=143090742;WS=143090724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr6	143091263	rs109836	A	G	6206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=92;PP=2965;SC=CTTGCTGGGCAGGAATGGCTC;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=132;TCR=92;TR=223;WE=143091271;WS=143091253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr6	143091769	rs34947356	G	A	6566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=115;PP=2965;SC=TATTCTCATCGACTTTGCATA;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=116;TCR=115;TR=231;WE=143091777;WS=143091759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	143382254	rs138059311	CGT	C	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.708;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr6	143605472	rs9403480	G	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=444;SC=GCTGTGTGCCGCATTTGGTCC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=143605480;WS=143605462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	143754938	rs3761999	G	A	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=24;PP=1582;SC=CGAATGGTACGATACATTAAC;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=82;WE=143754946;WS=143754928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	143766276	rs9373391	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=272;SC=AACTTTGGGGATTTAAAAAGT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=143766284;WS=143766266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	143784031	rs3830767	AT	A	5239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=62;PP=2732;SC=GACCTTTTTTATTTTTTTTGT;SOR=1.467;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=119;WE=143784039;WS=143784021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr6	143789181	rs161068	A	T	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=1;PP=153;SC=AAAAAGTAAAAATAGATCTAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=143789189;WS=143789171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	143792675	rs22908	T	C	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=34;PP=1114;SC=GGCTTTTAGGTTTGTTTTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=143792683;WS=143792665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	143825104	rs11155297	G	T	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=60;PP=2950;SC=TTGATCCGGTGCTCCTCCGTC;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=141;WE=143825112;WS=143825094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr6	144069984	rs33958582	GT	G	239.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=144;SC=CAGATCATGTGTTTTTTTTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=144069992;WS=144069978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	144086394	rs9496767	G	A	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=37;PP=2682;SC=TCTCTCTATTGTAGCTGGCTC;SOR=1.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=101;TCR=37;TR=138;WE=144086402;WS=144086384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	144104469	rs1012753	A	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.92;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	144165809	rs35521359	CT	C	615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.026;QD=14.66;ReadPosRankSum=3.044;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr6	144167477	rs2277078	G	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=516;SC=GATAGACCACGCCTCCACTTA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=144167485;WS=144167467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	144178419	rs3818089	T	C	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=13;PP=1543;SC=AATTACTGCTTAATTTTTGTT;SOR=2.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=66;WE=144178427;WS=144178409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	144258619	rs1884087	G	A	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=98;SC=TTATTTGTCTGTAGCTACCCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=144258627;WS=144258609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	144258650	rs1884088	C	A	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=194;SC=CCCTCCCCACCACACTCCCCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=144258658;WS=144258640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	144258670	rs3215583	C	CA	388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=216;SC=CACCTCCCACCAAAAAAAAGG;SOR=1.911;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=10;WE=144258678;WS=144258660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	144258881	rs45560534	A	G	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=45;PP=1701;SC=GTAAGAAAAAAAAATCACCGC;SOR=0.956;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=92;WE=144258889;WS=144258871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	144835040	rs66905872	T	C	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=21;PP=1781;SC=TTAATTCCTTTGTAGAACCAT;SOR=2.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=91;WE=144835048;WS=144835030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	144872051	rs1005974	C	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=426;SC=GCTTATTATTCTTCTCATATG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=144872059;WS=144872041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	144872272	rs5880596	G	GAC	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=60.77;MQRankSum=0.366;NF=0;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=0.366;SC=TGCAAATGGTGACACACACAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2;WE=144872280;WS=144872262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr6	144872311	rs1554813	A	G	103.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	144904655	rs17793810	G	A	8545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=154;PP=2965;SC=TGGTGAGAACGTCTCTGCAGA;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=140;TCR=154;TR=292;WE=144904663;WS=144904645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr6	145021193	rs140389119	GTTA	G	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.941;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,14:0.12:119
chr6	145051594	rs4305737	G	A	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=38;PP=1436;SC=CCCCTGAAGAGCCAAGAAGAA;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=78;WE=145051602;WS=145051584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	145069287	rs7756909	C	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=578;SC=ACTTTTTCTCCGTATTTCTCA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=145069295;WS=145069282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	145075724	rs4896740	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=195;SC=AGAAGGGGTCCAAGGGGTCTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=145075732;WS=145075714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	145076046	rs4243472	C	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	145076046	.	CCT	GCA	705	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=27;PP=705;QD=27.0881383879;SC=TTAGATAGATCCTTGTAAGGA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=28;WE=145076056;WS=145076036;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr6	145076048	rs4243473	T	A	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	145079197	rs9283116	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=44;PP=1298;SC=GAGGCTTCTCTCCCCATAACT;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=46;WE=145079205;WS=145079187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	145114935	rs4243475	A	G	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=57;PP=2885;SC=AACATGGTAGACAGATGAAAG;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=91;TCR=57;TR=148;WE=145114943;WS=145114925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	145120682	rs9376859	A	G	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=50;PP=1441;SC=ACATAGATGTATGGGAGAGGG;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=145120690;WS=145120672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	145148690	rs2066054	A	C	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=38;PP=2871;SC=CATTTCTAATAGTAACACCTA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=98;TCR=38;TR=136;WE=145148698;WS=145148680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr6	145162001	rs4895657	A	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CCACAGCTGCACGTGTTCCTT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=68;WE=145162009;WS=145161991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr6	146007166	rs702322	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=217;SC=CCCAAGTGAGGCACTGCAGTT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=146007174;WS=146007156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	146007332	rs35230590	C	T	5638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=121;NR=76;PP=2965;SC=CATTGGTGTGCCCAGTGGCCT;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=121;TCR=76;TR=197;WE=146007340;WS=146007322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr6	146012061	rs2142978	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=11;PP=508;SC=CAAGATAGAATCATGGAAATT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=30;WE=146012069;WS=146012051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	146056476	rs2235482	G	C	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=107;PP=2625;SC=GCTCCTGCAGGGCCAGGGCCC;SOR=1.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=48;TCR=107;TR=155;WE=146056484;WS=146056466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	146056681	rs111332144	C	T	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	146112348	rs6931553	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	146234644	rs9497426	G	A	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=25;PP=847;SC=CACAGATTGGGCAAGGTTCTG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=146234652;WS=146234634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	146242676	rs11326222	GT	G	205.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=148;ReadPosRankSum=0.851;SC=AATTTGGCCAGTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=15;WE=146242684;WS=146242666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr6	146243581	rs6917482	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=208;SC=TTTTTCTTTCCACTAGATATG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=146243589;WS=146243571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	146244743	rs6923545	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=17;PP=1298;SC=TGCTTTTAAAATTATGAGTAG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=146244751;WS=146244733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	146254100	rs55757353	T	TC	111.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.6738;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=78;SC=GGGGGAAAAATCCCCCCCCCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=146254108;WS=146254098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	146262697	rs9285508	G	T	6772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=151;NR=83;PP=2965;SC=ACTACTCAAGGTCCCCTAATT;SOR=1.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=152;TCR=83;TR=234;WE=146262705;WS=146262687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr6	146268623	rs9386141	T	A	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=20;PP=1883;SC=TACTATACCCTCCTACCTCGG;SOR=2.254;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=70;TCR=20;TR=90;WE=146268631;WS=146268613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	146273769	rs9386142	C	T	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=66;SC=ATTTCCCCCACGTGTTTCATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=146273777;WS=146273759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	146720360	rs41305288	C	A	9136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=182;NR=123;PP=2965;SC=CATCATGGAACCCCCTATGCC;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=182;TCR=124;TR=305;WE=146720368;WS=146720350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr6	146975456	.	TTATA	T,TTA	2268.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.976;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.66;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,9,61:0.12,0.82:74
chr6	146975476	rs1322765	T	G	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=45;PP=1343;SC=ATATATATAATACCAAAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=66;WE=146975484;WS=146975466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	146977963	rs79354452	A	C	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=40;PP=2446;ReadPosRankSum=1.009;SC=TCAATGGAGGAATTTTGAGCA;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=122;WE=146977971;WS=146977953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr6	146987930	rs9403802	C	T	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=46;PP=2413;SC=CTACCTGTAACATTATGCATG;SOR=1.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=93;TCR=46;TR=139;WE=146987938;WS=146987920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	146993392	rs77104188	A	G	8269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.115;NF=162;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=0.399;SC=AGCTCCTGAAAGAAATATTGC;SOR=0.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=164;TCR=132;TR=294;WE=146993400;WS=146993382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr6	147042695	rs11273150	A	AGGGAACATGCAATAATAAGATTTTTAGAGGC	3004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=2900;SC=TGTTCAGGCTAGGGCGTGGTG;SOR=3.947;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=12;WE=147042703;WS=147042684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	147049641	rs11155480	T	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=6;PP=856;SC=TTTTAACAGATATTAATTTGT;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=147049649;WS=147049631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	147049868	rs3747756	G	A	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=92;PP=2900;ReadPosRankSum=0.371;SC=TAACTGCACAGCACTTCAGGG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=64;TCR=92;TR=156;WE=147049876;WS=147049853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr6	147054241	rs146394886	A	ATTAATGTAC	1680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=1318;SC=TATAAAAAAAATTTATGTGTT;SOR=2.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=147054249;WS=147054231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	147054410	rs67991595	T	TA	2372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=32;PP=1740;SC=GAATTGTATATATTTAATCAA;SOR=1.539;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=147054418;WS=147054400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr6	147062220	rs1327666	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=309;SC=TAAGAATTCACATCAAGGGAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=147062228;WS=147062210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	147066954	rs9647636	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=564;SC=CTTGGGACCTGTAGGTATATC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=147066962;WS=147066944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	147084985	rs7752601	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=294;SC=TAGTCAGTAATAACTATGTAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=147084993;WS=147084975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	147136212	rs1052444	A	T	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=71;PP=2965;SC=ACATCCGGGAAGAGTACAGAA;SOR=1.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=113;TCR=72;TR=184;WE=147136220;WS=147136202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr6	147136244	rs259370	A	G	6249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=124;NR=105;PP=2965;SC=GAAGCTGAGCACCTAAAGCTG;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=124;TCR=106;TR=229;WE=147136252;WS=147136234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	147136444	rs1052449	A	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=387;SC=ATTAGGCCAAATGAAAATAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=147136452;WS=147136434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	147631421	.	TA	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr6	147635318	rs5880705	T	TAC	1012.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.75;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr6	147655368	.	T	G	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=70;PP=2107;SC=GGTAATTTGGTTTTTTTTTAT;SOR=1.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=110;WE=147655376;WS=147655358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	147704113	rs34677388	A	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=40;PP=1130;SC=GTGCAGAGTCATTTTCTAAAC;SOR=1.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=147704121;WS=147704103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	148701197	rs4897000	A	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=54;PP=1546;ReadPosRankSum=-1.185;SC=ACCAAGAAACAGTTGCTTCAA;SOR=1.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=81;WE=148701205;WS=148701187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr6	148761456	rs2272998	G	C	4586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=115;PP=2965;SC=GAAGCCTGCTGCTCTGACCAC;SOR=1.485;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=58;TCR=115;TR=172;WE=148761464;WS=148761446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	148761603	rs9498038	C	A	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=430;SC=TAGGTCCATGCTGACGGAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=148761611;WS=148761593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	148792617	rs1883625	A	G	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=40;PP=2111;SC=ACCAGAAAGGAATAATGAGAC;SOR=1.278;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=111;WE=148792625;WS=148792607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	148808624	rs2294778	G	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.69;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	148808631	rs2294779	G	T	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.79;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	148865257	rs208696	A	G	8071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=150;PP=2965;SC=CCCCTGGAGCAAGACTCTGCT;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=144;TCR=150;TR=294;WE=148865265;WS=148865247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr6	148869370	rs17643290	G	A	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=28;PP=1514;SC=TTAGACATACGCGAAGTAGTC;SOR=1.450;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=81;WE=148869378;WS=148869360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	149285719	rs3734377	A	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=548;SC=GTCGCATGCAAAAGGCGGTCT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=149285727;WS=149285709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	149340390	rs2275423	G	C	7241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=151;PP=2965;SC=CTAAAGCAGGGTCATGGCATG;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=79;TCR=151;TR=230;WE=149340398;WS=149340380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr6	149700805	rs2031450	G	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=687;SC=AGTATTATATGTATATACATT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=149700813;WS=149700795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	149953835	rs9322202	A	G	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=33;PP=1998;SC=CCTCCTCCTAAATATAATCAA;SOR=1.449;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=101;WE=149953843;WS=149953825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	150064968	rs58509133	C	CT	605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=500;SC=AGCAAAGAGCCATGAGTGCTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=150064976;WS=150064958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	150211123	rs2151910	A	T	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=47;PP=2381;SC=CTGGTGGCATATACCTTCTTC;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=110;WE=150211131;WS=150211113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	150263186	rs4343924	A	C	17778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=318;NR=318;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CAAGTCTCTCATCCCTAGCGC;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=639;TCF=319;TCR=320;TR=636;WE=150263194;WS=150263173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,652:1.00:654
chr6	150267527	rs2282235	A	C	11620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=2.180;NF=256;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=0.728;SC=CCCTGCAGGCAAGGATGTCTT;SOR=1.158;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=422;TCF=258;TCR=164;TR=419;WE=150267535;WS=150267517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,413:1.00:414
chr6	150269778	rs6940581	A	G	4570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=50;PP=2965;SC=TCTGAGACATAGAGTGACTAG;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=104;TCR=50;TR=154;WE=150269786;WS=150269768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	150285128	rs62441827	G	C	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=75;PP=2942;SC=AAACAGCCGTGGTGTGAGCCT;SOR=1.048;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=113;TCR=76;TR=188;WE=150285136;WS=150285118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr6	150285209	rs61742437	G	C	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=102;PP=2965;SC=CCAGCCCCGCGTTCCTTCTGT;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=116;TCR=102;TR=218;WE=150285217;WS=150285187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	150346740	rs1544123	A	G	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=32;PP=899;SC=AGTCACCTCGATTCTGAAAAG;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=150346748;WS=150346730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	150713769	rs672766	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=217;SC=GGAGGAATTACGGAAGTTAAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=150713777;WS=150713759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	150716696	rs612421	T	C	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=76;PP=1806;ReadPosRankSum=1.146;SC=CTCACAAGGCTGCCCAGGTGC;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=31;TCR=77;TR=107;WE=150716704;WS=150716686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr6	151125724	rs803432	C	A	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	151125896	rs712218	G	A	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=61;PP=1775;SC=GCGAGGTGTCGGTGCCCGGCA;SOR=2.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=79;WE=151125904;WS=151125886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	151247439	rs803455	A	G	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=54;PP=1893;SC=TGGGTAAGACACCATCTAACA;SOR=1.008;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=99;WE=151247447;WS=151247429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	151266504	rs803445	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=255;SC=CTAAATAGTTCGGTTATAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=151266512;WS=151266494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	151266564	rs2073191	T	C	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=24;PP=1294;SC=CATGGACAACTAACTTTTGTG;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=151266572;WS=151266554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	151281567	rs1771798	T	C	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=49;PP=1582;SC=TGTTTCCAACTCGGAAGCTTC;SOR=1.029;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=151281575;WS=151281557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	151281707	rs1771796	A	G	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=175;SC=ATGTTTGCCTAACTGCTTCCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=151281715;WS=151281697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	151286224	rs1627462	A	C	6763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=131;PP=2965;SC=GGATTGCCACACAATGTGAAC;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=95;TCR=131;TR=226;WE=151286232;WS=151286214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr6	151362895	rs140096864	CTTG	C	5079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=54;PP=2739;SC=GAAAGCCCCTCTTGTTGTGTC;SOR=1.047;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=59;WE=151362905;WS=151362885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	151362942	rs1983750	T	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=46;PP=1488;SC=CTGGCTCTAGTTGGAGAATCC;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=151362950;WS=151362932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	151626774	rs9397388	T	G	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=10;PP=1521;ReadPosRankSum=-0.964;SC=AACTTCCTTTTCTCTGTATTT;SOR=1.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=65;WE=151626782;WS=151626764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr6	151627034	rs2294792	A	G	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=61;PP=1944;SC=TCATTGTCACAGAGGGTAAGC;SOR=1.074;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=108;WE=151627042;WS=151627024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	151627096	rs2294793	C	T	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=648;SC=ACTTTGGACTCAGCAGAAAAT;SOR=2.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=31;WE=151627104;WS=151627086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	151662728	rs145136225	A	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=563;SC=GAGCTATGGCAGCCGGCAGGG;SOR=5.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=27;WE=151662736;WS=151662718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	151665302	rs6941075	T	A	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=87;SC=TGGGTTTTTCTTGAAATCTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=151665310;WS=151665292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	151669875	rs10872670	A	G	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=41;PP=2205;SC=AGATGTGAGCAAAAGAGACTC;SOR=1.069;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=103;WE=151669883;WS=151669865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	151670172	rs3734799	A	C	7284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TGGCGACCACAAGGACCCCAG;SOR=0.295;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=135;TCR=123;TR=255;WE=151670180;WS=151670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr6	151670656	rs142810400	T	C	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=92;PP=2965;SC=TATGAGAAAGTTGAGCTGCCC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=174;WE=151670664;WS=151670646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	151670690	rs35341741	G	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=79;PP=2924;SC=TCAGTGGCTCGCAGGGACCTT;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=73;TCR=79;TR=152;WE=151670698;WS=151670680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	151670897	rs900654	T	C	6539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=113;PP=2965;SC=CTCAGGAAGCTGAACCTGCCA;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=119;TCR=113;TR=231;WE=151670905;WS=151670887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr6	151672285	rs13212161	A	G	7417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=160;NR=87;PP=2965;SC=TCAGTGACAGAACCTCTTGAA;SOR=1.375;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=248;TCF=161;TCR=87;TR=247;WE=151672293;WS=151672275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	151673589	rs12201388	G	A	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=106;PP=2965;SC=CCATGTGAATGAAGAGAAGCT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=215;WE=151673597;WS=151673579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr6	151674116	rs3842128	T	TGAG	21907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=106;NR=146;PP=2924;SC=GTGTAGCAATTGAGGATTTAG;SOR=1.042;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=292;TCF=118;TCR=174;TR=252;WE=151674124;WS=151674106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr6	151674270	rs34713284	G	A	10436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=219;PP=2965;SC=ACAAGCTCACGTGATAAAAGC;SOR=1.194;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=366;TCF=146;TCR=220;TR=365;WE=151674278;WS=151674260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr6	151738566	rs73780685	A	G	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=73;PP=2042;SC=CTTTTTATTTATCTTGAATTA;SOR=2.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=95;WE=151738574;WS=151738556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	151738627	rs138222695	CT	C	264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=189;SC=TTTATGAAAACTTTTTTTTTT;SOR=3.767;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=12;WE=151738635;WS=151738617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	151742541	rs4870017	T	C	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=33;PP=900;SC=AAATCTGAAGTGGCATAATTT;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=151742549;WS=151742531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	151743629	rs6912830	A	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=431;SC=CATATTTTTTACATATAAAAA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=151743637;WS=151743619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	151754273	rs6904364	T	C	12286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=221;NR=200;PP=2965;SC=CCTAATGGGGTTTCTTTCCTG;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=421;TCF=221;TCR=200;TR=421;WE=151754295;WS=151754263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr6	151766822	rs11550103	C	A	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=79;PP=2307;SC=TGTCAGTGTGCTGCATGTTGT;SOR=2.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=18;TCR=79;TR=97;WE=151766830;WS=151766812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	151773504	rs13201167	T	C	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=17;PP=1731;SC=AGATTGGGTCTTCTGGCGAGC;SOR=2.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=79;WE=151773512;WS=151773494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	151789868	rs35972078	G	A	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=79;PP=2965;SC=CAAGTGTGGGGCTGACTGGGA;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=192;WE=151789876;WS=151789858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr6	151857370	rs1532401	T	C	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=34;PP=2639;SC=TGCTTCTGCCTTTAATCTGGC;SOR=1.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=116;WE=151857378;WS=151857360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	151857594	rs6931664	A	G	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=111;PP=2965;SC=AAGATAATGCATTTCCAGCAC;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=72;TCR=111;TR=183;WE=151857602;WS=151857584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	151859314	rs4870034	A	G	8230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=139;NR=134;PP=2965;SC=GAGTTCAGGAACTAGAAGAAG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=140;TCR=135;TR=273;WE=151859322;WS=151859304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr6	151869725	rs3842129	A	AT	1096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=35;PP=811;ReadPosRankSum=0.202;SC=ACTGATTACGATTTTTTTTAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=35;WE=151869733;WS=151869715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr6	151894278	rs4242277	G	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=558;SC=ACTTCTAATGGTATTGTCTTC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=151894286;WS=151894268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	151894505	rs953767	T	C	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=75;PP=2965;SC=AGCCAGTACTTCTCATTTAGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=161;WE=151894513;WS=151894495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	151936677	rs6929137	G	A	6953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;NR=110;PP=2965;SC=GCTCATGTCTGTCAAGTCAGA;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=122;TCR=111;TR=232;WE=151936685;WS=151936667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr6	151939181	rs3734804	G	A	6810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=116;PP=2965;SC=TGAAAGATTGGTCCATTCACA;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=120;TCR=116;TR=236;WE=151939189;WS=151939171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr6	152201875	rs4986934	T	C	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=78;PP=2594;SC=GCCGGCTCCGTAAATGCTACG;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=126;WE=152201883;WS=152201865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	152265282	rs55740371	A	AT	3694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.200;NF=39;NR=33;PP=1101;ReadPosRankSum=-1.574;SC=AAATAAACTAATTTTTTTTTC;SOR=0.876;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=72;WE=152265290;WS=152265272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,138:0.98:141
chr6	152265522	rs1801132	G	C	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=96;PP=2965;SC=CTGAGCCCCCGATACTCTATT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=190;WE=152265530;WS=152265512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr6	152461048	rs147380321	CTGTT	C	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=819;SC=CGGTGGCTCTCTGTTTGTCCG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=17;WE=152461069;WS=152461040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	152461061	rs3818110	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=0;PP=557;SC=TTTGTCCGCCGTGGGAAAGGC;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=152461069;WS=152461040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	152489294	rs998147	T	C	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=108;PP=2955;SC=TCCACACAGCTGTCCTCTGCC;SOR=1.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=44;TCR=108;TR=152;WE=152489302;WS=152489284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	152497500	rs41292868	C	T	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=682;SC=ACTGCCCACACGTGCCCTATT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=152497508;WS=152497490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	152522812	rs2673776	T	G	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=11;PP=1009;SC=GCCATACAAGTTTCACCTGAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=152522820;WS=152522802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	152523143	rs2635441	G	A	355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=334;SC=ACTGGGGGGGGAAAAGAAAAG;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=152523151;WS=152523133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	152534946	rs684807	TT	AA	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=1693;SC=TTATTCTTACTTCTCTAGCAT;SOR=5.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=31;WE=152534955;WS=152534936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	152540278	rs2147377	A	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=32;PP=988;SC=TCATGGAGAAAAAAGAGGGAA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=152540286;WS=152540268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	152629586	rs9371581	G	A	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=53;PP=2311;SC=AATCAAGCCAGTTTCCTGCCC;SOR=1.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=132;WE=152629594;WS=152629576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	152629617	rs9383985	C	T	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	152629815	rs4112833	C	T	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=134;SC=TTTTTCTCTACCAATAACTAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=152629823;WS=152629805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	152631256	rs11292345	CA	C	166.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.15;ReadPosRankSum=1.436;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr6	152638209	rs1890100	A	G	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=70;SC=TGGACACAACAGTCTTAGGGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=152638217;WS=152638199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	152647681	rs2306916	A	T	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=92;PP=2965;SC=AGCTGTAACAATTCTTGGGCA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=198;WE=152647689;WS=152647671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr6	152652034	rs6911096	A	T	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=64;PP=2757;SC=TGAAGCTCAGAACTCTCATTC;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=128;WE=152652042;WS=152652024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	152653037	rs9478314	T	C	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=49;PP=1369;SC=TGAAAATACATGGAAAGGTAT;SOR=1.395;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=78;WE=152653045;WS=152653027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	152658142	rs9479297	T	C	4452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=84;PP=2965;SC=CTGGACAAGCTTTTGTTCAAT;SOR=1.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=142;WE=152658150;WS=152658132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	152658191	rs9479298	T	C	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=68;PP=1790;SC=CAACCATACATGGAAACATTT;SOR=1.299;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=44;TCR=68;TR=112;WE=152658199;WS=152658181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	152658216	rs9479299	A	G	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=52;PP=1595;SC=TTAATGAATCAGAGATGGAAC;SOR=1.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=152658224;WS=152658206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	152660310	rs4870095	A	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=404;SC=TCAATCTCACATGAAACATTC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=152660318;WS=152660300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	152665261	rs4645434	C	A	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=34;PP=1548;SC=GAGGACTTGGCTCTAAATCCG;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=85;WE=152665269;WS=152665251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	152665464	rs35003170	TC	T	714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=643;SC=AAATGGATTTTCCCCCCAAGA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=20;WE=152665472;WS=152665454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	152671475	rs9478320	A	C	5744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=1.499;SC=ATGCTCCTGCAAAACCAGGTG;SOR=0.339;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=194;WE=152671483;WS=152671465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,216:1.00:217
chr6	152671553	rs9478321	A	G	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=48;PP=1520;SC=AACCCAGTGCAACTCACAGGG;SOR=1.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=152671561;WS=152671543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	152671919	rs5880967	G	GA	4100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=83;PP=1437;ReadPosRankSum=-2.670;SC=GAATTACAAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=10;TCR=102;TR=91;WE=152671927;WS=152671905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,153:0.98:156
chr6	152671975	rs1387549	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=53;PP=1462;SC=ACATATTCCCATGGTATGCAA;SOR=3.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=63;WE=152671983;WS=152671965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	152673147	rs6908392	G	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=619;SC=ATCTGTCAATGAGTAAACACA;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=152673155;WS=152673137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	152673519	rs6932325	A	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=33;PP=762;SC=GAGCAAAGGTAGTCTTGTTTC;SOR=2.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=41;WE=152673527;WS=152673509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	152673543	rs11370219	C	CT	95.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.68;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	152675854	rs9397102	A	G	11801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=229;NR=170;PP=2965;SC=TGGTCCTGGGACTAACTTTCT;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=400;TCF=229;TCR=171;TR=399;WE=152675862;WS=152675844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr6	152683183	rs7771657	G	T	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=240;SC=TATACTAAAAGCCCCAAACGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=152683191;WS=152683173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	152683199	rs7771662	G	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=0;PP=463;SC=AACGTAATTTGCTTATGTGCA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=152683207;WS=152683189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	152683413	rs4407724	G	T	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=31;PP=1202;SC=ACTGTCGAACGCCATCCTGAT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=152683421;WS=152683403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	152685864	.	G	GAA	685.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.64;QD=38.10;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	152685865	.	G	GGAAGGGAGGA	2279.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.40;QD=44.70;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	152688567	rs7775637	C	T	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=54;PP=1568;SC=CAGAGACAAACTGCAAAGCTA;SOR=2.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=69;WE=152688575;WS=152688557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	152690559	rs1873176	G	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=556;SC=GACAGAGGACGGACAAAGACT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=152690567;WS=152690549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	152694184	rs6913579	T	C	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=31;PP=2007;SC=CTAGAGCAGATTCTTTTTGGT;SOR=1.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=103;WE=152694192;WS=152694174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	152708310	rs214950	G	A	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=60;PP=2407;SC=CCTGGACTTCGCAATTAGACG;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=139;WE=152708318;WS=152708300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	152711395	rs214943	T	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=16;PP=699;SC=TTAAACAAACTCTAAAAATAG;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=152711403;WS=152711385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	152711428	rs151091241	C	T	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=19;PP=885;SC=TGAGCGTGGACGGAGGAGCTC;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=152711436;WS=152711418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	152712752	.	C	T	99	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=21;MQ=56.29;NF=0;NR=5;PP=99;QD=26.7542425094;SC=ATTCTGACATCCTGGAGTGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=152712760;WS=152712742;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	152719602	rs488673	G	A	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=11;PP=1213;SC=TTATCATGTTGTCTATTTCCT;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=152719610;WS=152719592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	152721029	rs214951	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=728;SC=TTCACTATGGTACTGTTTTAC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=152721037;WS=152721019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	152722228	rs177330	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=3;PP=702;SC=ACAGAACTACAATCACCATTT;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=152722236;WS=152722218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	152725239	rs143864698	G	GATATAT	238.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;QD=39.79;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	152725253	rs28402070	C	T	197.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=28.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	152740681	.	TA	T	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr6	152749540	rs142900784	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=533;SC=AAGAAGAGTGCGAGAAGAATG;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=152749548;WS=152749530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	152751426	rs554608	A	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=883;SC=AGAAAATGGCATACCTACCTT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=152751434;WS=152751416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	152751558	rs553642	C	T	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=8;PP=1523;SC=ATTTATTGCACTTACCCACAA;SOR=3.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=63;WE=152751566;WS=152751548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	152768796	rs502268	T	G	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=81;PP=2886;SC=ACAGTGCAATTGTGAAATCAT;SOR=0.988;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=146;WE=152768804;WS=152768786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	152771871	.	C	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-0.037;SC=AGGTGTGTCCCTTACTGGGTC;SOR=1.061;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=32;WE=152771879;WS=152771861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr6	152772264	rs214976	A	G	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=71;PP=2257;SC=GCATTCTTCTACAGAGGCTAA;SOR=1.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=106;WE=152772272;WS=152772254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	152772411	rs61388700	CA	C	115.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.30;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	152774917	rs214973	A	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=41;PP=1252;SC=CACCAGGCACAATCAGCCTCT;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=152774925;WS=152774907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	152776750	rs214968	G	A	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=103;PP=2956;SC=CAATCATAATGTGATGCTGCT;SOR=1.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=53;TCR=103;TR=156;WE=152776758;WS=152776740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	152777819	rs214967	G	A	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=52;PP=2746;SC=CTCCACCTCTGACTTGTAGCC;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=100;TCR=52;TR=152;WE=152777827;WS=152777809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	152782628	rs506181	C	T	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=1;PP=1174;SC=ACAAAAGCATCGTTAACAAGT;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=46;WE=152782636;WS=152782618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	152782933	rs579464	G	A	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=38;PP=1098;SC=CTTAACTTCCGGATTCCACAG;SOR=2.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=48;WE=152782941;WS=152782923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	152793412	rs4523096	C	A	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=30;PP=1609;SC=AAGAGACTTCCTTTAAATGCA;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=89;WE=152793420;WS=152793402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	152793571	rs369316551	AT	A	74.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,16:0.18:89
chr6	152793572	rs4331993	T	A	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.87;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,73:0.82:89
chr6	152793575	rs4343926	A	G	4781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.58;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	152805889	rs9397512	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=4;PP=528;SC=TGTTGCCATACCACTGTGTAG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=152805897;WS=152805879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	152809527	rs9397106	A	T	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=15;PP=998;SC=TCTCCATACAATACCTGATAT;SOR=1.512;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=59;WE=152809535;WS=152809517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	152832851	rs191229374	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=531;SC=TGGTAATACGTTTTAAAGAAA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=152832859;WS=152832841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	152847284	rs139156106	A	G	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=76;PP=2482;SC=CTTCAAAAAGATCGTCCACCA;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=133;WE=152847292;WS=152847274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	153296541	rs2073260	G	C	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=83;PP=2965;SC=GTTTCAAGTTGTACAATCCTA;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=137;TCR=85;TR=220;WE=153296549;WS=153296531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	153311001	rs3860814	A	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.485;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.18;MQRankSum=-1.703;QD=26.65;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr6	153315921	rs3799133	G	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=30;PP=913;SC=AAAAGGAGATGAACATGGAGA;SOR=1.123;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=153315929;WS=153315911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	153323594	rs3818123	C	T	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=70;PP=2198;SC=CCGCAGCTCCCGCTCCTTCTC;SOR=1.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=114;WE=153323602;WS=153323584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	153323709	rs3818125	T	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=333;SC=CCGCCCCGGGTGAACAGCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=153323717;WS=153323699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	153323896	rs3818127	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=207;SC=ACACCCAGAATTTGGAGATAA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=153323904;WS=153323886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	153332926	rs34837755	AATAAT	A	1292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=43.09;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	153344531	rs685449	T	A	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=66;PP=2943;SC=GGAACCTCTATGTTCTCTAAG;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=90;TCR=66;TR=156;WE=153344539;WS=153344521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr6	153345309	rs545323	C	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=272;SC=CCTCTCCACACCCCATGCCCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=153345317;WS=153345302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	154412004	rs2075572	G	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=713;SC=GGCTAAAAATGAATGAGCAAA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=154412012;WS=154411997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	154414375	rs9282821	A	C	4441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=46;PP=2891;SC=AATAATGGCCATTATAAAGTA;SOR=1.478;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=102;TCR=46;TR=146;WE=154414383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	154414446	rs540825	A	T	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=84;PP=2965;SC=CTCTAGAGCAAGGCTGCTTGG;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=107;TCR=84;TR=190;WE=154414454;WS=154414436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	154414563	rs675026	A	G	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.66;SOR=1.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	154414573	rs562859	C	T	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=1.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	154415434	rs660756	G	T	6680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.220;SC=AAGTGGAGTGGCGATTTGGCA;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=110;TCR=122;TR=230;WE=154415442;WS=154415424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,248:0.99:250
chr6	154428702	rs650245	A	G	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=36;PP=1401;SC=AGTCTAGAGCATTAATTTTGA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=154428710;WS=154428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	154429085	rs71021021	AT	A	270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=230;SC=ATAAACACTGATTTTTTTATT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=154429093;WS=154429075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	154431393	rs497332	C	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=280;SC=AATCTATGTACCTTTGGGGTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=154431401;WS=154431383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	154489255	rs371421932	GA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,11:0.15:71
chr6	154567666	rs9479798	T	G	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=19;PP=2257;SC=GATCACCTGATGCCTTTAACG;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=73;TCR=19;TR=92;WE=154567674;WS=154567656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	154771277	rs9322467	A	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=27;PP=1934;SC=CCTGGTGTCCAATCCGTGTGA;SOR=1.825;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=99;WE=154771285;WS=154771267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	154771449	rs4870285	T	C	9270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=183;PP=2965;SC=ACCCACCCCCTGCAAACTGCC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=156;TCR=183;TR=339;WE=154771457;WS=154771439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr6	155094988	rs7762129	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=289;SC=CTTATGGGCAGTGATGTTGAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=155094996;WS=155094978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	155109168	rs370598712	GT	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,13:0.20:66
chr6	155116285	rs79232250	TTC	T	3806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=46;PP=2342;SC=TGAGCGGTTTTTCTGTTATAT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=50;WE=155116294;WS=155116275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	155124583	rs3757291	T	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=522;SC=AAATGATAGATATAACGGAAT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=155124591;WS=155124573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	155129784	rs66499928	CCTTT	C	8961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=60;PP=2947;SC=TCTCAACCAGCCTTTCTGTTT;SOR=1.669;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=124;WE=155129795;WS=155129774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr6	155485535	rs1032140	G	A	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=49;PP=2746;SC=AATCACCTCTGTTTTTGCTTT;SOR=1.424;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=102;TCR=49;TR=151;WE=155485543;WS=155485525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr6	155485554	rs1032141	G	A	6133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=134;NR=73;PP=2965;SC=TTAAGATCCAGCAATGGGAGC;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=135;TCR=73;TR=207;WE=155485562;WS=155485544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr6	155561760	rs4259257	T	C	7720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=134;PP=2965;SC=TCCTCCGAGGTCTCTGGCCCG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=132;TCR=134;TR=266;WE=155561768;WS=155561750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr6	155565744	rs6907595	T	C	8578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=124;PP=2965;SC=CGTGGTGTCCTGAACTTCATG;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=306;TCF=180;TCR=126;TR=303;WE=155565752;WS=155565734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr6	155571113	rs3011902	A	G	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=118;PP=2965;SC=GGTCCGTGAGACATCTGCACC;SOR=1.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=65;TCR=118;TR=183;WE=155571121;WS=155571103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	155571616	.	GA	AG	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=3;PP=1321;SC=AACAGGAAAGGACTGGAGATC;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=25;WE=155571625;WS=155571606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	155572986	rs3011899	G	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=212;SC=CATACGTTTGGAGAGTGTTAC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=155572994;WS=155572976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	155573331	rs3011898	A	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=704;SC=AAAAGAAGATATACAGCTGGG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=155573339;WS=155573321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	155574207	rs2274824	T	C	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=72;PP=2196;SC=TCGTGCAGTATGATGCCAGAA;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=140;WE=155574215;WS=155574197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr6	155575538	rs201028845	TC	T	5891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=49;PP=2603;SC=CTGTTTTCTCTCCCCCCCCAC;SOR=1.921;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=115;WE=155575547;WS=155575528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	155575607	rs3011895	G	A	10509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=172;PP=2965;SC=TTCTGAGGGAGAACTTCAGGC;SOR=0.825;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=370;TCF=198;TCR=172;TR=369;WE=155575615;WS=155575597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr6	155577823	rs1571766	C	T	8360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=123;PP=2965;SC=CAGATTTTGCCGACAATCTCA;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=156;TCR=123;TR=278;WE=155577831;WS=155577813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr6	155577913	rs41284228	C	T	7226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.232;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.460;SC=CTAAAGACATCGAAATTCAGT;SOR=0.398;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=245;TCF=131;TCR=114;TR=243;WE=155577921;WS=155577903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr6	155581289	rs4869849	C	A	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=803;SC=CCGTCACAGGCCTGAACTAAG;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=155581297;WS=155581279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	155581619	rs912721	G	A	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=52;PP=1680;SC=TAAAACAGGAGGATGGGCTGT;SOR=2.084;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=74;WE=155581627;WS=155581609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	155596901	rs927718	T	C	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=118;PP=2965;SC=TGGCCTTATCTGGGGTCTCTG;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=106;TCR=120;TR=224;WE=155596909;WS=155596891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr6	155597134	rs34434986	G	A	10471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=170;PP=2965;SC=TCTGCTTTGGGGATCTGCACT;SOR=0.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=366;TCF=196;TCR=170;TR=365;WE=155597142;WS=155597124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr6	155606325	rs324356	C	T	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=81;PP=2965;SC=GTCCTGGAATCGTAAAGATGT;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=108;TCR=81;TR=189;WE=155606333;WS=155606315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr6	155606531	rs324357	A	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=323;SC=ATTTGAAAAGAATGGGCTATC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=155606539;WS=155606521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	155635585	rs162981	A	C	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=44;PP=1395;SC=GCACCATCCAACCCTACCTCA;SOR=1.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=77;WE=155635593;WS=155635575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	155635624	rs1334688	A	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=800;SC=GCTCCGAAAGAAACGCGCAGG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=155635645;WS=155635614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	155635637	rs1334687	A	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=605;SC=CGCGCAGGGGAGGAACCTGCG;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=155635645;WS=155635614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	155732616	rs35270935	C	CT	785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=27;PP=647;SC=AAATAACATGCTTTTTTTTGT;SOR=4.479;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=27;WE=155732624;WS=155732606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	155750035	rs231954	C	T	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=52;PP=2747;SC=TGAAAAAGTCCTCCTGGGGGG;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=82;TCR=52;TR=133;WE=155750043;WS=155750025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	155750219	rs231955	G	A	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=81;PP=2510;SC=CTTTGTCCTCGAAATAATAAA;SOR=1.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=120;WE=155750227;WS=155750209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	155757781	rs231961	T	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=576;SC=TACAGTGAGCTCTGAAATATC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=155757789;WS=155757771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	156275691	rs4870405	G	T	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=36;PP=1833;SC=TCCAGAACTAGTCATTCAATT;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=98;WE=156275699;WS=156275681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	157101072	rs1261893	A	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=862;SC=GAACTTTCTCACACCTTTAGC;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=157101080;WS=157101062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	157405761	rs3734440	G	A	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=22;PP=1848;SC=TCATCCAAACGTGTCACTCTA;SOR=2.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=89;WE=157405769;WS=157405751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	157405930	rs3734441	G	A	7091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=123;NR=123;PP=2965;SC=CCCCACATGCGTCCCCTCATC;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=124;TCR=125;TR=246;WE=157405938;WS=157405909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr6	157744588	rs4708868	C	G	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=62;PP=1831;SC=AAGCGAGAACCAGGCGGAGGA;SOR=2.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=77;WE=157744596;WS=157744578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	158049351	rs66974557	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-0.468;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr6	158068481	rs616538	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=38;PP=884;SC=CCGCCCGCCCTGGTGGAATGG;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=158068489;WS=158068471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	158074504	rs636169	A	G	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=63;PP=2965;SC=GTGCTGCTGCATCTCTGGCTT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=122;TCR=63;TR=185;WE=158074512;WS=158074494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	158322886	rs11367433	CT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr6	158361899	rs912879	C	T	5788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.05;NF=129;NR=64;PP=2965;SC=GATTGATGTTCTGATTTGGGT;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=129;TCR=64;TR=193;WE=158361907;WS=158361889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	158475941	rs2296510	T	C	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=33;PP=1677;SC=GGAAAAACCATGGCCTCCTTG;SOR=1.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=102;WE=158475949;WS=158475931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	158487406	rs1009012	A	T	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=16;PP=1743;SC=AGGCAGCCTCATCTGTCTTTT;SOR=2.391;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=77;WE=158487414;WS=158487396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	158487734	rs3215807	C	CT	5499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=63;PP=2936;SC=ACGCTTGACCCTTTAGTGGCC;SOR=0.970;Source=Platypus;TCF=18;TR=81;WE=158487742;WS=158487724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	158490779	rs751873	C	T	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=54;PP=1683;SC=TTTGACTTCCCCCTCCTCCCC;SOR=2.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=75;WE=158490792;WS=158490769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	158497717	rs2296508	T	C	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=111;PP=2965;SC=AGTATGACGTTGGCTCAGCCG;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=94;TCR=111;TR=205;WE=158497725;WS=158497707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr6	158499097	rs3831094	G	GT	2043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=15;PP=1898;SC=ACGTGGGGTGGTTCGTGGCGC;SOR=1.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=45;WE=158499105;WS=158499087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr6	158502137	rs2256014	G	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=902;SC=TGTTCCTAACGCAGACCTGTG;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=158502145;WS=158502127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	158502590	rs173263	C	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=69;PP=1939;SC=ATCAATCCCTCTTTTTATGTG;SOR=1.863;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=104;TCF=29;TCR=75;TR=98;WE=158502598;WS=158502580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	158504981	rs2236401	C	T	6046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=76;PP=2965;SC=GAAGACTGAGCCTTTCCCCCT;SOR=1.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=134;TCR=76;TR=210;WE=158504989;WS=158504971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	158505088	rs1744173	A	G	8267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=145;PP=2965;SC=ATCAGCCTGGAGTCTCGGACA;SOR=0.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=135;TCR=146;TR=280;WE=158505096;WS=158505078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr6	158507981	rs2296506	G	A	8135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=25.58;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr6	158509750	rs350289	A	G	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=116;NR=92;PP=2965;SC=GCACCCATGGACAGTATTCAA;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=116;TCR=92;TR=208;WE=158509758;WS=158509740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr6	158517308	rs2502601	A	G	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=114;PP=2965;SC=CCAGATCATGAACACAAAACC;SOR=1.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=53;TCR=115;TR=167;WE=158517316;WS=158517298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	158517451	rs2502600	A	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=28;PP=805;SC=CTCCCTCTAGACATCCCTCCA;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=158517459;WS=158517441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	158535720	rs150169784	T	TTATAAAATGAGATAATACATTCAAGGAA	1275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=85.05;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	158536116	rs2502604	A	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=38;PP=947;SC=CTTTCTTTTTAAAAAAAATGG;SOR=5.549;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=158536124;WS=158536106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	158538747	rs117813106	C	T	10716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=0.581;SC=GGTCTAAAGTCGCCTCTGTTA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=385;TCF=158;TCR=227;TR=383;WE=158538755;WS=158538737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,401:1.00:403
chr6	158734913	rs115104209	TCA	CTG	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=480;SC=CTAATTAGATTCAGGTCAGTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=158734923;WS=158734911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	158735087	rs9364951	C	T	4815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.86;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	158735090	rs7756620	T	C	4815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	158923434	rs9364968	G	C	9618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=169;NR=142;PP=2965;SC=CCCAGAACACGTACACCCTCC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=169;TCR=143;TR=311;WE=158923442;WS=158923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr6	158924088	rs914690	T	C	7565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=130;PP=2965;SC=TGGGTGAGGATGTTTGGGTTC;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=146;TCR=130;TR=276;WE=158924096;WS=158924078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr6	158924595	rs3749853	A	G	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=97;PP=2965;SC=CCGACCTCCAAAGCCACTTGG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=97;TCR=97;TR=194;WE=158924603;WS=158924585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr6	158993341	rs34964890	CATA	C	4489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=5;PP=2957;SC=CCAGGCTGAGCATACTATGTC;SOR=3.325;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=67;TCR=5;TR=69;WE=158993351;WS=158993331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	158994577	rs4709217	T	G	8169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=161;PP=2965;SC=TTTTTACTCATTGAATCTTTT;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=130;TCR=161;TR=291;WE=158994585;WS=158994567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr6	159026194	rs117716624	G	A	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=103;SC=GTGTGTGTATGTGTATATATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=159026202;WS=159026184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	159028203	rs35956081	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=389;SC=CTGGTATGCCGGCAAGGTGTG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=159028211;WS=159028193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	159046076	rs6905898	T	G	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=20;PP=1551;SC=GTGGTGGTGCTGGGAGGAGAA;SOR=2.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=85;WE=159046084;WS=159046066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	159047382	rs34976165	T	C	7300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=110;PP=2965;SC=AGGTAATTGCTTGGTGGTTTA;SOR=0.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=144;TCR=110;TR=253;WE=159047390;WS=159047372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr6	159047668	rs71030180	TTTCA	T	17856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=170;PP=2970;SC=TGAACTCAAATTTCATTCAGC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=81;TCR=188;TR=242;WE=159047679;WS=159047658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr6	159050632	rs36092159	T	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=347;SC=GTCTGGGTAATGGACCCCCGG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=159050640;WS=159050622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	159058659	rs35378330	A	C	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=10;PP=1600;SC=AGCGTACGCTAACGTATACTA;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=62;WE=159058667;WS=159058649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	159065758	rs2306751	C	G	10729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=166;NR=218;PP=2965;SC=CCGGCGCGTCCCCTCCGGCTC;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=385;TCF=166;TCR=219;TR=384;WE=159065766;WS=159065748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr6	159166486	rs6914168	A	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=12;PP=1452;SC=GAAGTAACTTATTATATCTGT;SOR=2.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=159166494;WS=159166476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	159166698	rs199688801	G	GT	793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=25;PP=641;SC=TCCGTAAGTTGTTTTTTTTAA;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=26;WE=159166706;WS=159166688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	159178345	rs901363	C	T	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=68;PP=2732;SC=AGTGATCATTCCTCTGGCCAC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=154;WE=159178353;WS=159178335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr6	159184462	rs2291387	A	G	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=83;PP=2965;SC=TGAGGCAGTCAAGCTTGGAGT;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=174;WE=159184470;WS=159184452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr6	159184507	rs2291386	C	T	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=88;PP=2965;SC=TTGGAATGAACGACCGCTTGC;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=178;WE=159184515;WS=159184497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	159184677	rs2291385	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=400;SC=TTGGAAATGCCTAAGTCTAGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=159184685;WS=159184667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	159192575	rs3127181	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=831;SC=TCTCGGCACTAGGAATGTGCA;SOR=4.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=159192583;WS=159192565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	159204426	rs7769862	T	A	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=12;PP=1598;SC=CTTTAAAAAGTTTCCTACTTT;SOR=3.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=69;WE=159204434;WS=159204416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	159239004	rs1994350	G	T	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=8;PP=1691;SC=CGTCTTCTGCGTGTGAGAAGA;SOR=3.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=62;TCR=8;TR=70;WE=159239012;WS=159238994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	159262974	rs113978641	A	T	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=90;PP=2965;SC=TTTACTCTGTAGGCCAAGAAA;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=111;TCR=91;TR=201;WE=159262982;WS=159262964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr6	159291490	rs6455609	G	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=770;SC=AACACATCAGGAAACCTCAAA;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=159291498;WS=159291480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	159294675	rs10945567	C	T	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=47;PP=1720;SC=TGCCCCACCACGTGGGGGATT;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=112;WE=159294683;WS=159294665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	159316197	rs113218217	G	A	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=59;PP=2616;SC=TCATTGACACGTTATTATGTA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=147;WE=159316205;WS=159316187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	159316430	rs9457507	C	T	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=30;PP=898;SC=TGATGGAATACGTGGCATCCT;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=159316438;WS=159316420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	159590734	rs295332	T	C	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=48;NR=24;PP=1146;SC=GGCGGCGGCCTCAGGTACGCG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=159590742;WS=159590724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	159652931	rs420137	G	C	4386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=42;PP=2808;SC=GGCGGATGTTGAGCAGAACAC;SOR=1.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=96;TCR=42;TR=138;WE=159652939;WS=159652921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr6	159653635	rs381639	C	G	7581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=107;PP=2965;SC=CCTCGCCGGCCCGGAGGACCC;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=171;TCR=107;TR=277;WE=159653643;WS=159653625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr6	159654487	rs404435	G	T	10988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.319;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CTGCTCGTCCGCCCGCAGCAC;SOR=0.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=373;TCF=209;TCR=164;TR=370;WE=159654495;WS=159654477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr6	159654551	rs370434	C	G	9793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=160;NR=174;PP=2965;SC=CCGGGCCCCACAACAGCAGCC;SOR=0.819;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=337;TCF=160;TCR=177;TR=334;WE=159654559;WS=159654541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr6	159654994	rs402388	A	C	5036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GCGCCCGGGTACCCAGCAGGG;SOR=0.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=76;TCR=89;TR=164;WE=159655002;WS=159654984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr6	159655084	rs420054	C	G	6409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=118;PP=2965;SC=CCGAGGACGACGAGGAGGAGG;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=118;TCR=118;TR=236;WE=159655092;WS=159655074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr6	159655102	rs436743	A	G	7042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=111;PP=2965;SC=AGGACGCGGGATTTTTTAAAG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=130;TCR=111;TR=241;WE=159655110;WS=159655092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	159655326	rs3003174	T	C	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=62;PP=2965;SC=CCTTCCCGACTGCCGCCTCGC;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=95;TCR=62;TR=157;WE=159655334;WS=159655316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr6	159655383	rs2501176	A	G	14658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=197;NR=127;PP=2965;SC=CCCTGGCCGCAGTACACCACG;SOR=1.196;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=325;TCF=198;TCR=127;TR=324;WE=159655391;WS=159655373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr6	159655402	rs2932988	A	G	16932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=239;NR=171;PP=2965;SC=CGCGCGCCCCACCTGGCCACT;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=410;TCF=239;TCR=171;TR=410;WE=159655410;WS=159655392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr6	159655593	rs2501177	C	T	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=59;PP=1634;SC=TATTCTATTGCATTTAGCACC;SOR=6.027;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=61;WE=159655601;WS=159655583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	159657195	rs420339	G	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=1;PP=917;SC=CCAACTTCCCGGGCATGTTGA;SOR=5.610;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=32;WE=159657203;WS=159657185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	159659481	rs419836	C	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=497;SC=ACTCACATTACGGTTTCCTTC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=19;WE=159659489;WS=159659471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	159659523	rs450538	A	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=12;PP=1325;SC=TACATATATAATTGGACTAAT;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=159659531;WS=159659513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	159660779	rs141435210	GCCACCACCCGCCGCACGA	G	1802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=8;PP=2976;SC=GCCCACCACTGCCACCACCCG;SOR=1.206;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=20;WE=159660804;WS=159660769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	159660879	rs386360	C	A	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=4.960;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.59;ReadPosRankSum=1.524;SOR=1.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr6	159669953	rs28487880	G	C	934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=904;ReadPosRankSum=1.181;SC=GTGTGTGTGTGTGTCTGTCTG;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=36;WE=159669961;WS=159669928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
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chr6	159670303	rs294906	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=703;SC=GCCTCGCCAAGGCAGTGCATT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=159670311;WS=159670293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	159672455	rs294899	C	T	10560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=185;NR=188;PP=2965;SC=AGAAGAGTGACCTGCCTCCCC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=373;TCF=185;TCR=188;TR=373;WE=159672463;WS=159672445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr6	159677498	rs294890	C	T	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=11;PP=1979;SC=TGGGTTACATCTTGTGTGTGA;SOR=3.442;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=72;TCR=11;TR=82;WE=159677506;WS=159677488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	159682206	rs294883	C	T	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=38;PP=2045;SC=CAAAATATATCTTCTTCCAAC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=109;WE=159682214;WS=159682196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	159692321	rs409691	G	A	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=33;PP=1796;SC=TGGTTCAGGGGCCTCTGACGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=94;WE=159692329;WS=159692311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	159692559	rs455162	G	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=544;SC=GACAGCCAGCGTGCTCAGCCC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=159692567;WS=159692549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	160106088	rs2758332	C	A	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.77;SOR=1.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	160106125	rs2855116	A	C	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=51;PP=1501;SC=ATTACAGTAAAATGTTATATT;SOR=2.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=160106133;WS=160106115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	160109051	rs2070994	A	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=975;SC=TCTCAAAAAAACAACAACAAA;SOR=2.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=160109059;WS=160109041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	160113872	rs4880	A	G	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=68;PP=2093;SC=ATACCCCAAAACCGGAGCCAG;SOR=1.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=98;WE=160113880;WS=160113862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	160133957	rs752779	G	A	6904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=155;PP=2965;SC=ATTTAAAAAGGTCTCCCTGTA;SOR=1.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=76;TCR=155;TR=231;WE=160133965;WS=160133947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr6	160148348	rs11752345	C	T	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=103;PP=2965;SC=GCGGCCACGCCTGAAAGGCGA;SOR=1.161;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=64;TCR=103;TR=167;WE=160148356;WS=160148338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	160148406	.	T	TGGCAGGA	718	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=68.19;NF=0;NR=20;PP=718;QD=36.45;SC=GCGGGGAGGCTGGCGGGAGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=20;WE=160148414;WS=160148396;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,20:0.83:24
chr6	160148410	rs111664512	G	A	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=70.00;QD=26.52;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	160174456	rs1440	T	G	5568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=73;PP=2965;SC=GAGAGTTTTGTCTTCATTTTG;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=113;TCR=73;TR=186;WE=160174464;WS=160174446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr6	160182749	rs2277073	G	A	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=80;PP=2499;SC=AAAAGCCCAAGACGTCAAGTC;SOR=1.951;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=31;TCR=81;TR=111;WE=160182757;WS=160182739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	160182845	rs2277072	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=497;SC=TCTGCCCGCAAGCCCAGACCC;SOR=3.442;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=21;WE=160182853;WS=160182835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	160183325	rs2273819	G	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=516;SC=GAACCCTGCGGCTCCCGCGTT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=160183333;WS=160183315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	160196343	rs25683	A	G	4655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=102;PP=2965;SC=TCAACTAGAAAAGGTGAGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=56;TCR=102;TR=157;WE=160196351;WS=160196333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	160199453	rs67585961	GTT	G	219.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=36.63;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	160199454	.	TTTAAAAAAAA	T	850	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=15;MQ=57.39;NF=0;NR=6;PP=850;QD=151.712564361;SC=CTTCCCAAGGTTTAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=160199471;WS=160199444;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,6:0.67:9
chr6	160199687	rs15982	T	C	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=35;PP=1764;SC=TTCTCCCCCGTTAGGTCAATA;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=100;WE=160199695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	160201295	rs2295901	C	A	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=18;PP=1099;SC=TGTCTAGTCCCTGCAGAAGAG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=160201303;WS=160201285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	160201677	rs3818300	G	A	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=52;PP=1546;SC=AGCATTTGTGGTAAAAGTGCT;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=87;WE=160201685;WS=160201667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	160202167	rs2295899	G	A	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=40;PP=1183;SC=TGTAACCTGAGTTACCTTCTG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=160202175;WS=160202157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	160205991	rs1547093	C	A	6285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=142;PP=2965;SC=TCTATTAAAGCAGCAAGCATT;SOR=1.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=65;TCR=142;TR=207;WE=160205999;WS=160205981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr6	160206631	rs3818299	T	C	7578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=119;PP=2965;SC=AGTAATAATATCCGTTCAGCC;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=143;TCR=120;TR=262;WE=160206639;WS=160206621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr6	160207049	rs2273828	T	C	4569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=74;PP=2418;SC=AAACATTCACTGGTCTGAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=156;WE=160207057;WS=160207039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr6	160211485	rs2273823	T	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=2;PP=996;SC=TCCGGGTCGGTGGCGTCTGGC;SOR=3.967;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=34;WE=160211493;WS=160211475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	160211554	rs1128661	T	G	4170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=45;PP=2711;SC=ATATGGCTGCTCCTGGCGAGC;SOR=1.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=100;TCR=46;TR=144;WE=160211562;WS=160211544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	160211636	rs1128670	G	A	10194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=190;NR=169;PP=2965;SC=CTTCGGTCGCGGTTTTGGGGG;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=191;TCR=169;TR=359;WE=160211655;WS=160211626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr6	160211645	rs58504486	GGTT	G	12022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.325;NF=48;NR=178;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CGGTTTTGGGGGTTGTTCTCG;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=49;TCR=182;TR=226;WE=160211655;WS=160211626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,378:0.99:380
chr6	160211728	rs11757681	T	G	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=135;PP=2965;SC=CACAGTACATTGGAACGTGCG;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=88;TCR=136;TR=223;WE=160211736;WS=160211718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr6	160218605	rs3777423	A	G	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=61;PP=1833;SC=TCTTGGCATTAGATAACTTAC;SOR=2.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=83;WE=160218613;WS=160218595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	160218957	rs2342479	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=0;PP=840;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TCTGAAAAACCGTTGTAGGCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=160218965;WS=160218947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr6	160219337	rs4739	G	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=550;SC=CAAGAACTACGTTCTGCCCCT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=160219345;WS=160219327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	160221475	rs733319	A	G	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=36;PP=1135;SC=GGCGAGCTTGAGGAGGGGGTG;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=160221483;WS=160221465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	160221992	rs35619423	CTTT	C	2258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=15;PP=1775;SC=GAGGACCTTGCTTTTTTCTGT;SOR=1.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=48;WE=160222002;WS=160221982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	160224346	rs2146163	T	C	7547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=160;PP=2965;SC=CAAACAAGTATGTATCAAGAG;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=110;TCR=160;TR=269;WE=160224354;WS=160224336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr6	160225012	rs35435543	T	G	7862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=178;NR=105;PP=2965;SC=TAGCCCATTCTTGTAACTTCT;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=178;TCR=105;TR=283;WE=160225020;WS=160225002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr6	160225463	rs11757783	G	T	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=17;PP=1571;SC=TGATCTAGACGAACTGGCTTA;SOR=2.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=76;WE=160225471;WS=160225453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	160225559	rs9364536	G	C	6059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=94;PP=2965;SC=TGTTCTGTTTGTTGTTCTGTT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=110;TCR=94;TR=204;WE=160225567;WS=160225549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	160229889	rs35872675	T	C	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=51;PP=2275;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GGCTCCATTGTTTCTCTCTCA;SOR=0.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=120;WE=160229897;WS=160229879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr6	160234625	rs13220869	G	C	13506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=0.592;SC=TGTTTTCCATGATTGTAGGAG;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=448;TCF=238;TCR=210;TR=446;WE=160234633;WS=160234615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,483:1.00:485
chr6	160237489	rs2342480	T	C	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=52;PP=1913;SC=TTGTATGAGCTGCAGCCACTG;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=131;WE=160237497;WS=160237479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	160237662	rs199990987	CTT	C	127.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	160239835	rs9347350	T	C	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=21;PP=1421;SC=GTTTCTCCACTAAAGCCAACA;SOR=1.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=54;WE=160239843;WS=160239825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	160450401	.	CT	C	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5559;HP=12;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=29;QD=11.6666666667;SC=TTACTTAAAACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=160450409;WS=160450400;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,3:0.75:4
chr6	160453561	rs4709390	T	G	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=63;PP=2965;SC=TTATTTTGCTTCTTTCACATT;SOR=1.333;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=115;TCR=63;TR=178;WE=160453569;WS=160453551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr6	160453978	rs1570070	A	G	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=2;PP=876;SC=TTTTAGGTTCATCCTATATTT;SOR=4.664;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=160453986;WS=160453968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	160461793	rs8191774	T	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=24;PP=520;SC=TTAGTCCACATGCTCATGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=160461801;WS=160461783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	160464289	rs894817	G	A	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=102;PP=2965;SC=AGGCACGAGGGTGTCCCGAGG;SOR=1.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=58;TCR=102;TR=160;WE=160464297;WS=160464279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	160465723	.	G	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.377;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr6	160465753	rs609207	T	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=295;SC=ATTCTTCATATCTCTGTTCCT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=160465761;WS=160465743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	160468278	rs998075	A	G	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=128;PP=2965;SC=GAGGCGGCACACCCTATAACA;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=113;TCR=129;TR=241;WE=160468286;WS=160468268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr6	160468383	rs998074	T	C	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=44;PP=1283;SC=GAATGTTTGTTCCTCATCGCG;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=160468391;WS=160468373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	160489215	rs8191867	CAG	C	8344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=68;PP=2965;SC=CGTTTCTAGACAGAGTGCCCA;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=111;WE=160489224;WS=160489205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr6	160494409	rs629849	A	G	14704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=243;NR=304;PP=2965;SC=GCCTGAGGCCAGGCCAACCAA;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=549;TCF=245;TCR=304;TR=547;WE=160494417;WS=160494399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr6	160494521	rs2282140	C	T	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=75;PP=2113;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CAGATGGGCACGGGAGAAGTG;SOR=1.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=25;TCR=76;TR=100;WE=160494529;WS=160494511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr6	160505199	rs614754	C	G	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=50;PP=1453;SC=CCTGGTCCCTCGTCCACAACG;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=160505207;WS=160505189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	160511250	rs1050026	T	A	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=724;SC=AACAAAAACCTTGGTCTAATT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=160511258;WS=160511240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	160523709	rs2297367	C	T	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=57;PP=2139;SC=AGGAGGTAAGCGGGTGGCAGG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=129;WE=160523717;WS=160523699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	160524671	rs2297369	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=4;PP=801;SC=AAATGCAGCCACCACCAGCCC;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=160524679;WS=160524661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	160551204	rs683369	G	C	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=63;PP=2875;SC=CGGGCTTCTTGTTTGGCTCTC;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=146;WE=160551212;WS=160551194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	160553165	rs3737088	C	T	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=3;PP=622;SC=GACAGTGGTGCGGTGGCCTCC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=160553173;WS=160553155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	160557154	rs4646276	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=4;PP=495;SC=CAGCCCCAACGTGGGGAGGGC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=160557162;WS=160557144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	160560845	rs628031	A	G	7563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=136;NR=136;PP=2962;SC=CCCCATGGCCATGTCAAATTT;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=137;TCR=136;TR=272;WE=160560853;WS=160560835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr6	160560897	rs113569197	CTGGTAAGT	C	4423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.223;NF=12;NR=90;PP=2979;ReadPosRankSum=0.965;SC=TTTATCTCACCTGGTAAGTTG;SOR=1.154;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=13;TCR=103;TR=102;WE=160560912;WS=160560887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,165:0.98:168
chr6	160579527	rs622591	C	T	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=63;PP=2965;SC=TTAACTCCAACTTTTAATTTT;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=157;WE=160579535;WS=160579517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	160645832	rs316003	C	T	9637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.03;NF=149;NR=193;PP=2965;SC=CCAAGCCAAGCACGCCTGAAA;SOR=1.074;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=342;TCF=149;TCR=193;TR=342;WE=160645840;WS=160645822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr6	160645921	rs3219197	C	CT	1958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.11;MQRankSum=0.310;NF=2;NR=59;PP=1436;ReadPosRankSum=-0.428;SC=TTGTTTAAAACTTTTTTTTAG;SOR=1.585;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=2;TCR=78;TR=61;WE=160645929;WS=160645911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,75:0.94:80
chr6	160663230	rs17588242	T	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=2;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.570;SC=ACACTGTGTTTTGAAGGTAAG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=37;WE=160663238;WS=160663220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr6	160666660	rs11422119	A	AC	2571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=44;PP=1900;SC=ATAATTTCTTACCGTCCTGAG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=45;WE=160666668;WS=160666650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	160670282	rs316019	A	C	6651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=91;PP=2965;SC=TTGGGCAGAGAAACTGTGAAC;SOR=0.977;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=138;TCR=91;TR=229;WE=160670290;WS=160670272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr6	160670494	rs316018	A	G	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=46;PP=1440;SC=AAACTAGAACACCAACCTCAA;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=160670502;WS=160670484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	160670533	rs316017	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=633;SC=GAATATTCTACGCAACTCTCT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=160670541;WS=160670523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	160671500	rs316016	T	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=7;PP=1300;SC=GTCCCTTTTCTTGCATGCCGC;SOR=3.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=56;WE=160671508;WS=160671490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	160677614	rs2774230	G	C	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=53;PP=2965;SC=CTTTGGGATTGTTTAAATTCC;SOR=1.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=104;TCR=53;TR=157;WE=160677622;WS=160677604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr6	160769423	rs555754	G	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=336;SC=CCGAGGCGCGGGCTGCGGGCG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=160769431;WS=160769413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	160769811	rs668871	C	T	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr6	160818964	.	A	G	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=61;PP=2965;SC=TGTTTTGAAGATCTGCATTCT;SOR=1.154;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=171;TCF=110;TCR=61;TR=169;WE=160818972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	160830046	.	TC	T	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=59;MMLQ=17;MQ=55.56;NF=0;NR=6;PP=50;QD=14.0;SC=AAGAAAATTTTCTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=6;WE=160830054;WS=160830036;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr6	160969629	rs1801693	A	G	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=49;PP=2413;SC=GCTGGGGTCCATGGTAAAACA;SOR=1.224;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=78;TCR=49;TR=126;WE=160969637;WS=160969619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	161132146	rs4757	C	T	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=8.081;NF=132;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=0.835;SC=ATGGAAAGAACTACAGAGGGA;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=135;TCR=72;TR=202;WE=161132154;WS=161132136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,214:0.98:218
chr6	161135667	rs147901890	CTTATTGCCAATT	C	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=2937;SC=ATCCTGAGTCCTTATTGCCAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=11;WE=161135686;WS=161135665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	161137663	rs4252109	T	G	5681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=68;PP=2965;SC=CTAAAATCTTTCTTGTCCATT;SOR=1.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=124;TCR=68;TR=192;WE=161137671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr6	161139857	rs13231	A	G	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=48;PP=1598;SC=CCACGGAACAATTGGCTCCCA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=161139865;WS=161139847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	161143376	rs4252117	A	G	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=35;PP=2965;SC=TTTTGTCATAAATTGCTTCAT;SOR=2.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=110;TCR=35;TR=145;WE=161143384;WS=161143366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	161143608	rs4252120	T	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=1017;SC=GCGTATGTCTTTGATTTTTAC;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=161143616;WS=161143598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	161152240	rs4252125	G	A	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=67;PP=2383;SC=CCTGCTTCCAGATGTAGAGAC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=137;WE=161152248;WS=161152230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	161152294	rs4252126	A	G	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=54;PP=1625;SC=ACATCTACACACTTGGACGCT;SOR=1.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=86;WE=161152302;WS=161152284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	161153080	rs4252130	A	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=40;PP=968;SC=CAGGGGGCTAAGCTAGAATAT;SOR=5.186;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=41;WE=161153088;WS=161153070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	161160083	rs2859879	G	A	3061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=28;PP=2070;SC=TCCTCTTGACGTCCTCATCTT;SOR=1.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=76;TCR=28;TR=104;WE=161160091;WS=161160073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	161469455	rs9346846	T	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=133;SC=AAATGGATAATTTTTTTTAAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=161469463;WS=161469445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	161469774	rs4559074	G	A	7803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=152;NR=118;PP=2965;SC=GAGCGTGATCGTAAAAAAAAT;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=153;TCR=119;TR=270;WE=161469783;WS=161469764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr6	161509003	rs9355332	T	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=32;PP=1087;SC=CTCATCTCCATCTTTGCAGCA;SOR=1.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=161509011;WS=161508993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	161517964	rs2177587	T	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=2;PP=1024;SC=TATTTGTATATGTAATATTAT;SOR=4.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=43;WE=161517972;WS=161517954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	161519350	.	CCTGCTG	C,CCTG	5295.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=55,55;NR=18,18;PP=2992,335;SC=CCATGGCAGCCCTGCTGCTGC;SOR=3.190;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=73,73;WE=161519363;WS=161519340;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.13,0.87:132
chr6	161531006	rs4709493	G	C	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=231;SC=GCCCGTGGGAGGTGCTCTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=161531014;WS=161530996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	161532855	rs35961625	CT	C	12841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=173;PP=2974;SC=ACAACTACTTCTTTTCTTTTT;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=63;TCR=180;TR=233;WE=161532867;WS=161532845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr6	161557703	rs6455706	A	G	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=100;PP=2965;SC=GGAGTAGCCCAAACAGACTAC;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=67;TCR=100;TR=167;WE=161557711;WS=161557693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr6	161791076	rs35280474	C	T	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=101;PP=2887;SC=GTAATCATCACGATCATCTCT;SOR=1.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=48;TCR=101;TR=149;WE=161791084;WS=161791066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	161970150	.	ATG	A	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr6	162622304	rs4709583	A	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=35;PP=1121;SC=AAAAAGCAGAAGAAGTGGCTA;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=64;WE=162622312;WS=162622294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	163235167	rs201609837	T	TC	5310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=43;PP=1325;SC=TATTTTTTTTTTTCCAATTAA;SOR=1.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=95;WE=163235175;WS=163235148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	163587146	rs1124951	C	G	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=58;PP=2776;SC=GGCTGCAGGGCTTGGCGCGGG;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=154;WE=163587154;WS=163587136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	163587312	rs3064931	CAAA	C	8190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=104;PP=2983;SC=ACAACAACAACAAAAAAATGT;SOR=1.292;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=118;TCF=9;TCR=109;TR=113;WE=163587322;WS=163587302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	163600225	rs742956	C	A	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=101;PP=2965;SC=CGCTGCTCCTCACATGTGCGT;SOR=1.185;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=73;TCR=101;TR=174;WE=163600233;WS=163600215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	163611793	rs6907521	C	T	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=18;PP=1383;SC=TCTCTTATACCAAAAAGCCCA;SOR=1.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=163611801;WS=163611783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	163612783	rs6937392	C	A	13576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=216;NR=276;PP=2965;SC=AGAGCCATGACGTCCCTCTGC;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=216;TCR=276;TR=492;WE=163612800;WS=163612773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr6	165108670	rs13191120	C	T	12806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=159;NR=275;PP=2965;SC=CTCATTTTCTCGTTTCCTCCA;SOR=1.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=160;TCR=275;TR=434;WE=165108678;WS=165108660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr6	165108725	rs13220455	G	A	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=131;PP=2965;SC=GTTTTCTTCCGTTTTTTCATT;SOR=3.625;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=21;TCR=131;TR=151;WE=165108733;WS=165108715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	165693624	rs1413100	C	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=37;PP=1090;SC=GAAATGAATACCATAGGTTAG;SOR=2.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=165693632;WS=165693614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	165694945	rs1333501	C	G	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=179;SC=TGCTCTAGTTCTTTTATCATG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=165694953;WS=165694935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	165703633	rs5881641	CA	C	215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=211;SC=GTATTATTAACAATATTATGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=165703641;WS=165703623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	165723166	rs575424	A	G	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=43;PP=1183;SC=ACTGCTGAGCAACCAGGCACA;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=165723174;WS=165723156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	165806114	rs220794	A	C	7877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=119;PP=2965;SC=CGAGAAACAGAGGTAAAGAGT;SOR=0.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=150;TCR=119;TR=269;WE=165806122;WS=165806104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr6	165808605	rs220792	T	C	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=19;PP=1768;SC=GAGGCATATATGTAGAAGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=72;TCR=19;TR=90;WE=165808613;WS=165808595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	165827194	rs220749	A	G	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=82;NR=80;PP=2643;SC=TGACAGAACCAAAAATAACAA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=82;TCR=80;TR=162;WE=165827202;WS=165827184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	165832227	rs220740	C	T	5926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=124;PP=2965;SC=CCTGGAAAAGCGCACAACGAT;SOR=1.523;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=73;TCR=124;TR=197;WE=165832235;WS=165832217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr6	165845027	rs148704004	AATATACTATATATC	A	761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=14;PP=2973;SC=TACTATATATAATATACTATA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=165845048;WS=165845017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	165863695	rs57550533	C	CA	5491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=45;PP=2936;SC=AATCTTTGCCCATTTTTTCTA;SOR=1.279;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=86;WE=165863703;WS=165863685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	165989776	rs1410479	C	T	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=23;PP=2808;SC=AAACAAAGTTCTCATCAATTG;SOR=2.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=103;TCR=23;TR=126;WE=165989784;WS=165989766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	166075362	rs6456003	G	T	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=7;PP=1073;SC=CACCCAGCAGGCCAAGCCCCC;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=166075370;WS=166075352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	166307718	rs6456029	T	C	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=42;PP=2532;SC=GAATATCATATGTCTGTCCTG;SOR=1.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=101;TCR=42;TR=143;WE=166307726;WS=166307708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	166308090	rs2140232	AT	TC	9834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=94;PP=2947;SC=TGTACTACATATCCCGAGGAA;SOR=0.816;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=203;TCF=99;TCR=104;TR=186;WE=166308099;WS=166308079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr6	166401464	rs371673740	CGT	C	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.877;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=317;ReadPosRankSum=-1.127;SC=TGTGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.223;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=12;WE=166401475;WS=166401454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr6	166401512	rs697475	T	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=22;PP=871;SC=TTGGGGGTGCTTGTGCTCTCA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=166401520;WS=166401502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	166571935	rs35819705	C	T	7399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=138;PP=2965;SC=AGGAAGAGGGCGCCGAGACCG;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=127;TCR=139;TR=265;WE=166571943;WS=166571925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr6	166574246	rs3127334	G	A	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=868;SC=AGGACTAAGGGCCTATGGGAA;SOR=1.880;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=43;WE=166574254;WS=166574236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	166576161	rs2278678	T	A	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=26.06;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	166579270	rs2305089	C	T	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.260;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=47;PP=2501;ReadPosRankSum=0.952;SC=GCGCTGTGGACCCCCAACTCT;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=94;TCR=48;TR=141;WE=166579278;WS=166579260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr6	166581147	rs3099266	T	C	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=38;PP=920;SC=CCACCTTCCCTGCTCTTGGCC;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=166581155;WS=166581137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	166720806	rs911203	G	C	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=116;NR=67;PP=2888;SC=CGGCAGCCGCGGACTCCACGC;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=116;TCR=67;TR=183;WE=166720814;WS=166720796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr6	166721211	rs13204594	G	T	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=49;PP=1699;SC=CGGCCTCGGGGGTGAGATTCA;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=166721232;WS=166721201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	166721224	rs7757150	C	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=48;PP=1856;SC=GAGATTCAGGCAGAAGCGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=166721232;WS=166721201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	166721424	rs13205770	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=186;SC=GAGGGGCCGGCGGCTGCGTCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=166721432;WS=166721414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	166737980	rs4710041	G	A	8688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=117;PP=2965;SC=TGCTCGTCACGTCTCAGGCAA;SOR=1.182;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=189;TCR=118;TR=306;WE=166737988;WS=166737970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr6	166796433	rs1546854	C	A	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=85;PP=2573;SC=AATGACACCCCGGCCAACCCC;SOR=2.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=34;TCR=85;TR=119;WE=166796441;WS=166796423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	166826255	rs909631	G	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=30;PP=1676;SC=ACCCGCTACAGCCGCGTGGAC;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=88;WE=166826263;WS=166826245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	166826304	rs760670	T	C	5125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=82;PP=2839;SC=CCAGGTTGGATGACAGCACGG;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=97;TCR=82;TR=179;WE=166826312;WS=166826294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr6	166827436	rs2235295	T	C	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=97;PP=2474;SC=GGGAAGGTCATGAGAGTCGGG;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=52;TCR=97;TR=149;WE=166827444;WS=166827426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	166831694	rs10946164	C	T	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=38;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TTAAAAGCAACGCTGGGACAT;SOR=0.499;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=80;TCR=38;TR=118;WE=166831702;WS=166831684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr6	166862136	rs7746519	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=4;PP=759;SC=CCTATGCTCCGTGCTCCCACA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=33;WE=166862144;WS=166862126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	166952264	rs1003857	G	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=60;PP=1680;SC=CCTTCACGACGCCTTCTTCCT;SOR=1.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=91;WE=166952272;WS=166952254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	167271711	rs943687	T	C	13258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr6	167271716	rs9347162	T	C	13111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr6	167275491	.	G	C	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=41;PP=2912;SC=ACCCATCATAGTCACCTAATG;SOR=1.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=112;TCR=41;TR=153;WE=167275499;WS=167275481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	167411211	.	CGT	C	661	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=178;MMLQ=24;MQ=50.21;NF=7;NR=2;PP=661;QD=77.3333333333;SC=AACCCAGAGACGTGTTTGGAA;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=9;WE=167411222;WS=167411201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,9:0.31:29
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chr6	167411401	rs73024236	C	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=11.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-4.199;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,76:0.22:352
chr6	167413132	rs34729961	GC	G	374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=242;SC=CTGGGGGCGCGCCCCGGCATG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=167413140;WS=167413122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	167413539	rs12212247	T	C	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=50;PP=1590;SC=TTCTTAACTTTTTTTTAAGGC;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=80;WE=167413547;WS=167413529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	167424293	rs1322077	T	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=16;PP=1864;SC=TAAACTAAAATATTTTAGGGT;SOR=2.511;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=85;WE=167424301;WS=167424283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	167435798	.	C	CACAA	1049	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=26;MQ=63.14;NF=29;NR=1;PP=1049;QD=35.6666666667;SC=GTTGCACACACACAGGTTTGA;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=30;WE=167435806;WS=167435788;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr6	167436159	rs3752520	T	C	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=64;PP=1783;SC=AGACTAGGGGTTTAAAAATAA;SOR=2.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=81;WE=167436167;WS=167436149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	167440128	rs2282861	C	T	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=49;PP=2046;SC=AGTTTTTGTGCTGATCGTTTT;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=167440136;WS=167440118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	167440244	rs2282860	T	C	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=40;PP=968;SC=ATGGCTTTTATGTGTTCAGGA;SOR=1.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=67;WE=167440252;WS=167440234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	167453519	rs368396376	A	AT	1030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.285;NF=4;NR=41;PP=544;ReadPosRankSum=-0.081;SC=GACCGGTTCCATTTTTTTTTT;SOR=0.660;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=45;WE=167453527;WS=167453509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr6	167571048	rs6902566	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=33;PP=1846;SC=CAGCAGGAAGTGCAGGGCCCA;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=95;WE=167571056;WS=167571038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	167584353	rs201194115	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.46;QD=29.31;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	167587493	rs201243713	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQRankSum=-7.924;QD=0.42;ReadPosRankSum=-4.654;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,50:0.14:354
chr6	167590574	rs2989541	G	C	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.31;QD=28.65;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	167590739	rs62436856	C	T	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.80;QD=28.85;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	167591904	rs202225552	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.36;MQRankSum=0.812;QD=11.82;ReadPosRankSum=2.346;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr6	167591956	rs201757849	C	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.05;MQRankSum=-4.758;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,88:0.56:156
chr6	167592107	.	C	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQRankSum=-1.947;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr6	167592464	rs60509455	A	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.09;QD=31.52;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	167592524	rs2989545	T	C	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=18;PP=1187;SC=TCCCGAAGTCTGCAAAACTCC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=167592532;WS=167592514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	167592576	rs60976240	G	A	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=41;PP=1430;SC=AGGCCGCCACGCTGCAGGAGC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=89;WE=167592584;WS=167592566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	167592656	rs4710193	G	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=37;PP=960;SC=CTGTAAAGTGGGGGGCTTTCT;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=167592664;WS=167592646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	167595371	rs202096111	T	C	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.93;QD=25.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	167622070	rs671511	C	T	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=18;PP=1092;SC=TCTAAGAAAACTCTCTGGCTG;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=167622078;WS=167622060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	167622205	rs28588506	G	A	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=58;PP=2258;SC=GACTCCACGCGCTCCACAAGC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=123;WE=167622213;WS=167622195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	167622389	rs6931756	A	G	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=45;PP=1482;SC=AGAGAGCTGCAGAGGAGAGAG;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=73;WE=167622397;WS=167622379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	167622419	rs6936429	T	C	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=37;PP=932;SC=AGCTCTGCCATGGGCCCCACA;SOR=2.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=167622427;WS=167622409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	167622492	rs12174486	A	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=453;SC=CTAAATCAGAAACAAACGAAC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=167622500;WS=167622482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	167711559	rs113906647	G	C	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=74;PP=2220;SC=ATCTACACTGGTACGAGCTCC;SOR=2.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=102;WE=167711567;WS=167711549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	167719436	rs2072767	G	A	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=117;NR=101;PP=2965;SC=CATCCAGTTCGTCGGCTACGT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=117;TCR=101;TR=218;WE=167719444;WS=167719426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr6	167728774	rs663606	T	C	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.81;QD=45.12;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	167728775	rs9459921	G	A	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.99;QD=44.04;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	167752312	.	G	GTTCCTTCC	1308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=1217;SC=AAGCCAGGTAGTTCCTTCCTT;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=20;WE=167752320;WS=167752302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	167754661	rs909545	A	G	8982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.443;SC=AAATGAGGGGAGAGAAGCCAG;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=154;TCR=151;TR=301;WE=167754669;WS=167754651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,315:0.99:317
chr6	167786551	rs146852129	T	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=639;SC=TAGTTTTGGGTTTTTTTTTAA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=167786559;WS=167786541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	167786961	rs151165498	G	T	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=9.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=-0.098;QD=20.78;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr6	167786961	.	GGC	TGT	2442	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=50.89;NF=4;NR=50;PP=2442;QD=46.212368053;SC=TAAGTCAGTGGGCGCGGCTGA;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=98;TCF=4;TCR=94;TR=54;WE=167786971;WS=167786951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr6	167786963	rs201342351	C	T	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=9.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQRankSum=-0.077;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr6	167789590	rs3010591	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=12.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQRankSum=-9.480;QD=3.45;ReadPosRankSum=3.555;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
chr6	167789615	rs58620632	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.693;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=6.775;NF=9;NR=27;PP=571;ReadPosRankSum=4.477;SC=TCCCTGCAGCCGGCAATGCCT;SOR=2.023;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=36;WE=167789623;WS=167789605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr6	167796415	rs9457321	A	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=26;PP=1046;SC=TCCTTGGGCTACCCGGCCTCG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=60;WE=167796423;WS=167796405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	167797844	rs75736096	C	T	4611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=84;PP=2965;SC=TCCCTCAGCCCCACTAACAGA;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=178;WE=167797852;WS=167797834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	167907677	.	TAC	T	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,7:0.11:61
chr6	168060278	.	ACACACACACACACACATACATATG	A	1858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.980;NF=0;NR=35;PP=2992;ReadPosRankSum=2.840;SC=ATACACACATACACACACACA;SOR=3.227;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=35;WE=168060309;WS=168060268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,69:0.87:79
chr6	168265102	rs2301530	A	G	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=62;PP=1938;ReadPosRankSum=-0.712;SC=ATCTCTCTACATTAGTCTCAG;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=95;WE=168265110;WS=168265092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr6	168323754	rs639777	G	A	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=86;PP=2414;SC=TTTTAAAATCGCTGTTAAATA;SOR=1.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=37;TCR=86;TR=123;WE=168323762;WS=168323744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	168343970	rs41266287	A	G	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=70;PP=2965;SC=ATGTAGCACTATAGTGCTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=140;WE=168343978;WS=168343960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	168343997	rs41266291	G	A	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=78;PP=2965;SC=AACAAATAGAGTATCTACTCA;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=98;TCR=78;TR=176;WE=168344005;WS=168343987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr6	168348424	rs669861	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=3;PP=1101;SC=TCTGTGCTGGATACTCACTAG;SOR=5.186;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=168348432;WS=168348414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	168348504	rs35550837	CT	C	5106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.151;NF=54;NR=75;PP=2664;ReadPosRankSum=-1.289;SC=TAATATTACACTTTTTTTTTT;SOR=0.462;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=129;WE=168348522;WS=168348494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr6	168457801	rs3734898	A	G	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=31;PP=1562;SC=CCTGTGGTGGAGCCTCTCCGA;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=82;WE=168457809;WS=168457791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	168457966	rs3734899	G	A	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=57;PP=2078;ReadPosRankSum=-1.056;SC=GCTGCATGTCGTCCAGGCCAT;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=116;WE=168457974;WS=168457956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr6	168458074	rs3734900	G	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=26;PP=814;SC=TCCCACCACCGCACACGGCAG;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=42;WE=168458082;WS=168458064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	168459790	rs1465182	G	T	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.50;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	168459792	rs2269680	G	A	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	168459845	rs1548349	G	C	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=55;PP=1766;SC=GTCCTGACCTGGGTGCAGGGC;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=129;WE=168459853;WS=168459835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr6	168462765	rs3823460	C	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=80;SC=GGGGACGAGGCCCAGGTTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=168462773;WS=168462755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	168467737	rs3816861	G	A	11237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=206;NR=196;PP=2965;SC=GGCGGGCTTCGGGCGGGCACA;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=206;TCR=196;TR=402;WE=168467745;WS=168467727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr6	168468186	rs6906979	G	T	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=62;PP=2405;SC=GTGTCACCGTGTGTTCAAAAC;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=125;WE=168468194;WS=168468176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	168475764	rs9364396	G	T	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=10;PP=1528;SC=GTACATGTGAGTGGTGTGTAA;SOR=3.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=63;WE=168475772;WS=168475754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	168475822	rs3816859	A	G	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=59;PP=2965;SC=AGAGTGGTGTATAACTGTGTA;SOR=1.248;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=102;TCR=59;TR=160;WE=168475830;WS=168475812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	168476198	rs2306943	A	G	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=677;SC=CCATCAGAGCACCTGTGAGTG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=168476206;WS=168476188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	168476532	.	CGTGTCCACATTTCCGGTGCCCGGTGTCCACATTTCCGGCGTCCCGTGTCCACATTTCCGGTGCCCG	C	1012	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=63.3;NF=2;NR=18;PP=1012;QD=52.35;SC=TCCGGCGTCCCGTGTCCACAT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=20;WE=168476605;WS=168476522;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:42,20:0.32:62
chr6	168479604	rs34054991	G	A	5532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=62;PP=2965;SC=GCAGCAGCACGAGGACATCCC;SOR=1.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=136;TCR=64;TR=198;WE=168479612;WS=168479594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
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chr6	168695345	rs4708711	G	A	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=26;PP=1587;SC=GCCTGCAGGCGGAGCATGCAT;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=63;TCR=26;TR=89;WE=168695353;WS=168695335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	168719924	rs4292501	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=4;PP=423;SC=CCTTGGAGACCGAACTGCATT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=168719932;WS=168719914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	168720359	rs9364433	G	A	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	168927213	rs12111003	G	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=607;SC=GAAGGCAGGTGGGGGGAGCCG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=168927221;WS=168927203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	168928225	rs2224209	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=4;PP=273;SC=AGCCACTGCCGCAGAAAGCAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=168928233;WS=168928215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	168928251	rs2609287	C	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=393;SC=GCCTCGCAGCCGTGAGGCGCT;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=168928259;WS=168928241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	168928519	rs2609286	C	T	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=39;PP=1141;SC=CCAGTTTGGCCGGCATTGTGA;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=168928527;WS=168928509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	169008945	rs3734421	C	T	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.470;SC=GAGTGTGGCCCGAATCCACAG;SOR=1.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=46;TCR=103;TR=146;WE=169008953;WS=169008935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr6	169064933	rs2275919	T	C	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=100;NR=89;PP=2712;SC=GCAAGCTTACTGACTACACCC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=100;TCR=89;TR=189;WE=169064941;WS=169064923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr6	169634809	rs9393156	C	T	8399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=171;NR=135;PP=2965;SC=TCAGTGCCCCCGCTTCTACCC;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=172;TCR=136;TR=306;WE=169634817;WS=169634799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr6	169635010	rs9406328	G	A	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=39;PP=1137;SC=CGACTGCGGGGAAAGCCAACC;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=169635028;WS=169635000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	169635020	rs55916292	CA	C	2010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=37;PP=1608;SC=GAAAGCCAACCAGGGGGAGCT;SOR=2.137;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=38;WE=169635028;WS=169635000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	169637456	rs9283850	G	A	5482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.716;SC=CACAAGAAGCGGAGAGAGATC;SOR=0.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=72;TCR=114;TR=185;WE=169637464;WS=169637446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr6	169637519	rs9283851	C	T	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=44;PP=1277;SC=CCTTATTAACCGAGGAGCATC;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=169637527;WS=169637509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	169637911	rs9766678	G	A	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=86;PP=2965;SC=AAGCAAACACGGTGGCATCAG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=81;TCR=86;TR=167;WE=169637919;WS=169637901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr6	169639901	rs9379336	C	T	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=72;PP=2064;SC=TTCCATCCTACGGACCATACA;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=42;TCR=73;TR=114;WE=169639909;WS=169639891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	170033203	rs201051132	T	C	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=22;PP=765;SC=TCAACACTCTTACCCATGGGG;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=170033211;WS=170033193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	170061098	.	C	T	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=58.28;NF=1;NR=5;PP=29;QD=10.6285354245;SC=GAGTGGGGAGCGTGGGCGTTG;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=6;WE=170061106;WS=170061088;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr6	170118085	rs7760142	C	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=10;PP=249;SC=AAAACCTTGACTTTTTAAAGT;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=170118093;WS=170118075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	170594819	rs2255020	T	C	5863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=118;PP=2965;SC=CAGATGGACGTTGACTGTTGC;SOR=1.263;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=76;TCR=118;TR=194;WE=170594827;WS=170594809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	170595430	rs2747757	G	C	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=100;PP=2965;SC=CGCCAAGTACGTCCCAACAGG;SOR=2.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=27;TCR=100;TR=127;WE=170595438;WS=170595420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	170597276	rs2738822	C	T	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=21;PP=2000;SC=TCCCTGCGCGCGGTCCGTGTT;SOR=2.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=89;WE=170597284;WS=170597266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr6	170598352	rs2738821	C	T	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=77;PP=2586;SC=CGGAAATCTCCCGGGCGCGCT;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=136;WE=170598360;WS=170598342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	170598368	rs67433119	TCTC	T	4521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=56;PP=2973;SC=GCGCTCGGCCTCTCCTCCTCG;SOR=1.234;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=14;TCR=67;TR=69;WE=170598378;WS=170598358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	170627651	rs9460113	G	A	15364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=-0.111;NF=301;NR=272;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.643;SC=AAGTTCCCACGTGTACAGGCC;SOR=0.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=579;TCF=301;TCR=278;TR=573;WE=170627659;WS=170627641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,585:1.00:586
chr6	170704444	rs7738466	C	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=19;PP=1313;SC=TGCGTTTTTTCATGACCCTCC;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=170704452;WS=170704434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	170871037	rs71815788	GCAA	G	507.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.617;NF=23;NR=27;PP=2043;ReadPosRankSum=-0.308;SC=AGCAGCAGCAGCAACAGCAAC;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=50;WE=170871062;WS=170871027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr6	170871052	rs112083427	G	A	515.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.617;NF=22;NR=13;PP=1374;ReadPosRankSum=1.746;SC=AGCAACAGCAGCAGCAGCAGC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=35;WE=170871062;WS=170871027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr6	170878886	rs2235506	A	G	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=50;PP=1372;SC=GAAATGTATTATGATTGTTAT;SOR=2.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=63;WE=170878894;WS=170878876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	170880479	rs17860789	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=10;PP=662;SC=TTCTAAACTTTTTGCAATTTT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=170880487;WS=170880469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	286468	.	G	GGACAGGTGAGCCCTTCCTTCCTCCCTCCATCCGC	1626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=21.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.12;ReadPosRankSum=2.012;SOR=3.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr7	286534	rs146778412	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.142;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CCGGTGAGTGAGGCCGTCCTG;SOR=2.179;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=14;WE=286542;WS=286524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr7	295683	rs36173688	T	TG	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.119;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=842;ReadPosRankSum=-0.857;SC=CTGGGATTGATGGGGAACTGT;SOR=2.488;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=25;WE=295691;WS=295682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr7	296557	rs36164325	T	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=415;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CTGCTCCTCATGGCACGCGCC;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=24;WE=296565;WS=296547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr7	296739	rs36156504	G	A	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=78;PP=2082;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GGTACGTCCCGCAGGGGCACG;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=132;TCR=125;TR=161;WE=296747;WS=296729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,172:0.62:277
chr7	299558	.	T	TTCTC	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.436;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=780;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CTCTGTCTTTTTCTCTCTGTC;SOR=0.077;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=16;WE=299566;WS=299548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr7	299642	rs36156024	G	A	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=36;PP=1715;ReadPosRankSum=-0.441;SC=TCGCTTTCCCGTGGGCAGGCA;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=111;TCR=53;TR=113;WE=299650;WS=299632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,115:0.71:162
chr7	299850	rs36170987	G	T	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.649;NF=57;NR=66;PP=1897;ReadPosRankSum=1.586;SC=TCCGCGTCGTGCTAAAGGCCG;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=81;TCR=96;TR=123;WE=299858;WS=299840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,133:0.70:191
chr7	299881	rs36139924	A	G	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=59;PP=1888;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CGTGGAGAGGAACGGGCTCCA;SOR=0.405;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=123;WE=299889;WS=299871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,135:0.71:190
chr7	299976	rs36173075	G	A	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=1225;ReadPosRankSum=1.208;SC=TGCCCGGGACGGAGACAGAGG;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=47;WE=299995;WS=299966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,48:0.83:58
chr7	299987	rs36138803	C	G	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=1198;ReadPosRankSum=0.496;SC=GAGACAGAGGCGCCGGACCTC;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=42;WE=299995;WS=299966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,43:0.84:51
chr7	330822	rs36180337	A	C	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=172;PP=2965;SC=CGGGTGTCCCAGCGTGGCGAC;SOR=2.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=59;TCR=173;TR=231;WE=330830;WS=330812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr7	330882	rs4077171	T	G	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=2.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	330882	.	TCA	GCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=23;NR=61;PP=2947;QD=20;SC=CGCGGCGGCTTCAGGGAGGTC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=84;WE=330892;WS=330872;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,84:0.95:88
chr7	330884	rs4077172	A	G	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=2.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	331086	rs36129019	G	A	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=99;PP=2965;SC=GTTCGCGGGCGGCTGCGAGTC;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=87;TCR=99;TR=186;WE=331094;WS=331076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	331427	rs141537626	C	A	7809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=157;PP=2965;SC=GGCTGGAGAACGTGGGACTCC;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=109;TCR=158;TR=266;WE=331435;WS=331417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr7	551946	rs9692018	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.101;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr7	552046	rs1129401	A	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,57:0.25:226
chr7	559649	rs143598722	C	T	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=3.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=2.310;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,88:0.28:318
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chr7	794576	rs62432239	C	T	249.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=1.829;SC=CCCTCACCCCCGGGCCGCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=794584;WS=794566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr7	801634	rs142752861	T	TTGAGCCCCAGGCCTCAAACATGTC	1208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.815;NF=0;NR=8;PP=2897;ReadPosRankSum=1.162;SC=CCCTCTGTGCTTGACCAGCAA;SOR=0.871;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=8;WE=801642;WS=801624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr7	803342	rs4495324	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-4.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=451;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GGCCCGGCCTGTGTGGTTCTT;SOR=0.167;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=28;WE=803350;WS=803332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr7	808588	rs6973614	C	T	484.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5169;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=320;ReadPosRankSum=2.252;SC=GACTCGTGCTCTGGCGGGAGG;SOR=1.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=16;WE=808596;WS=808578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr7	808810	rs6946758	C	G	5248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.449;SC=AGGGAGAAGGCTCACATCGCG;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=332;TCF=160;TCR=172;TR=219;WE=808832;WS=808800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,232:0.66:352
chr7	810219	rs4720951	T	C	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=75;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.991;SC=CTGTCCACCGTGCTGCTCAGA;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=204;TCF=87;TCR=117;TR=134;WE=810227;WS=810209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,144:0.66:217
chr7	813618	rs4719279	T	C	6193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CATTCATCCCTAGTCTGAAAC;SOR=0.681;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=348;TCF=231;TCR=117;TR=243;WE=813626;WS=813608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,256:0.70:368
chr7	813650	rs62432869	G	A	9677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=1.292;SC=GCACCTGTCCGGTCTCCTCAT;SOR=0.521;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=595;TCF=344;TCR=251;TR=408;WE=813658;WS=813640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,432:0.69:628
chr7	813867	rs6973746	C	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=801;ReadPosRankSum=-0.538;SC=CGGTGGACACCGGCCGGGGAC;SOR=1.708;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=34;WE=813875;WS=813857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr7	814612	rs34943122	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=376;ReadPosRankSum=0.298;SC=GGACAGATGTGAGTCACGTCG;SOR=0.380;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=24;WE=814620;WS=814602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr7	814788	rs3922641	G	A	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1323;ReadPosRankSum=0.092;SC=AAACTCATCAGGATTTATCCT;SOR=0.704;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=91;WE=814796;WS=814778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,104:0.76:137
chr7	822523	rs4719314	A	G	6855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=1.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,293:0.71:414
chr7	825114	rs67721251	T	C	4795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TGGTTTCATGTTTGTTTCTGG;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=288;TCF=163;TCR=125;TR=199;WE=825122;WS=825104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,209:0.68:307
chr7	856320	rs6959154	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=0.645;SC=GGTGAGCTCCCGGCGGGCCGG;SOR=1.270;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=14;WE=856328;WS=856310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr7	857352	rs4275123	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=46;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CTGTGGAGAAACACCGTGTGT;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=6;WE=857360;WS=857342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr7	872100	rs6952577	T	C	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=873;ReadPosRankSum=1.381;SC=CTCGATTTCCTGCCCGTTAAA;SOR=0.560;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=265;TCF=171;TCR=94;TR=83;WE=872109;WS=872090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,80:0.29:277
chr7	881668	rs6461378	C	T	7346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.02;MQRankSum=-1.502;NF=152;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=1.725;SC=TGGCGTCAGCCACGGCGGCAC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=475;TCF=220;TCR=255;TR=330;WE=881679;WS=881658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,338:0.69:487
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chr7	890978	rs7792674	T	C	150.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=0.674;SC=CAGAGGCTGGTCCCTGGCGTC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=890986;WS=890968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr7	900035	rs4276575	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=356;ReadPosRankSum=2.187;SC=TCGGCGAGTCGGCGGCAAGAG;SOR=0.250;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=25;WE=900043;WS=900025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr7	905786	rs4721952	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=0.450;SC=CCACAGCTCCATGGAACTTCG;SOR=0.129;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=905794;WS=905776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr7	912755	rs4722034	C	T	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=56;PP=2965;SC=ATTTCCAACTCAGCTGCTTCC;SOR=1.398;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=109;TCR=56;TR=165;WE=912763;WS=912745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	916534	rs150362623	C	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=101;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GGCCGCGCCGCTGCCCGTCGC;SOR=0.664;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=12;WE=916542;WS=916524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
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chr7	926827	rs4722203	T	C	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=76;PP=2965;SC=CTCTGGGGCATATGGCGCTGG;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=113;TCR=76;TR=189;WE=926835;WS=926817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr7	933234	rs35157448	T	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=204;SC=GTGTTGGGCATGGGCGCGGTG;SOR=3.258;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=933248;WS=933224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	933240	rs34784960	C	CGGT	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=1;PP=342;SC=GGCATGGGCGCGGTGTGTGCA;SOR=3.442;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=933248;WS=933224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	940181	rs10256887	C	T	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=40;PP=1646;SC=TCTGCGTCGCCGGCCCCTGGG;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=92;WE=940189;WS=940171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	940258	rs113839920	G	GGGCAAAGGCA	4748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=2974;SC=AATCTCCTAGGGGCAAAGGTG;SOR=0.876;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=29;WE=940275;WS=940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	940267	rs3824079	T	C	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=40;PP=1040;SC=GGGGCAAAGGTGGGCACAGGC;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=940275;WS=940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	940298	rs13224354	C	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=162;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=38;PP=993;SC=GAGGCTGCAGCGCTGGGGTCC;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=55;WE=940306;WS=940288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	940501	rs72074799	AGAAGGGCC	A	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=1137;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CGAAGTCCTGAGAAGGGCCGA;SOR=2.546;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=940516;WS=940491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr7	940724	rs11765973	G	A	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=44;PP=1371;SC=TTGGAGCTGTGGCCCCTACCG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=940732;WS=940714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	943998	rs3824077	C	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=656;SC=GTGCTGGCGGCGCACCTGCTG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=944006;WS=943988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	944683	rs1881121	C	T	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=42;PP=2248;SC=ACCCCACCCCCGTCTGTGACT;SOR=1.377;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=113;WE=944691;WS=944673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	944993	rs368884685	CAGGGAA	C	44.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	960705	rs10250309	T	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=511;ReadPosRankSum=2.386;SC=CACCCCAAAATTCGGTCCCCG;SOR=0.193;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=25;WE=960713;WS=960695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr7	966926	rs3824074	G	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=839;ReadPosRankSum=0.152;SC=AGGCTGTCACGCACACTGTGC;SOR=1.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=38;WE=966934;WS=966916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr7	974905	rs71538121	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.202;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.214;SC=GAGTAGCCCAAGGCTCCAGGG;SOR=1.863;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=8;WE=974913;WS=974895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
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chr7	1062527	rs3735686	G	A	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1369;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GCTACAAAGCGCGGCGACGTC;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=129;TCR=161;TR=114;WE=1062535;WS=1062517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,118:0.39:303
chr7	1067906	rs2362529	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
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chr7	1132720	rs12702047	G	A	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=73;PP=1495;ReadPosRankSum=2.129;SC=ATCCCAAAGCGCTCGCCCCGC;SOR=0.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=184;TCR=208;TR=137;WE=1132728;WS=1132696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,141:0.35:406
chr7	1132972	rs3808353	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.615;SC=TGGACGTCGCGGTGTGTCCTC;SOR=0.782;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=17;WE=1132980;WS=1132962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr7	1133305	rs1133043	C	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,68:0.27:251
chr7	1197994	rs12702435	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=454;ReadPosRankSum=0.077;SC=AAACGCACTGTGTGGGGAGCA;SOR=1.089;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=37;WE=1198002;WS=1197984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr7	1474632	.	A	C	256	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=15;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=16;MQ=55.83;NF=21;NR=0;PP=256;QD=13.8462482165;SC=CCCCCCCCCCACCCCCAGCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=21;WE=1474646;WS=1474622;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr7	1481919	rs4236408	C	A	9326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=194;NR=129;PP=2965;SC=CTGAGGATTCCGCCAAGTTCC;SOR=1.093;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=323;TCF=194;TCR=129;TR=323;WE=1481927;WS=1481909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr7	1484572	rs10435184	A	G	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=33;PP=1309;SC=GGGCTCCCCCACCCTGGGGTG;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=69;WE=1484580;WS=1484556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	1486454	rs137919202	A	G	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,111:0.68:163
chr7	1516129	.	G	GCCTCTCCCGGATGGGCCACCC	1406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-1.230;QD=29.31;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr7	1517700	rs10265526	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.184;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=454;ReadPosRankSum=0.721;SC=GTCCAGCCGGAGCCAGAGAGG;SOR=2.211;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=21;WE=1517708;WS=1517690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr7	1518336	rs11977356	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=4.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=498;ReadPosRankSum=1.586;SC=CCCCCCAGCCGTCTGCCAGCC;SOR=2.262;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=25;WE=1518344;WS=1518326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr7	1519011	rs56975547	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GCCGTCCTGCGGGAGGCAGAG;SOR=0.897;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=67;WE=1519019;WS=1519001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,72:0.78:92
chr7	1519361	rs9692164	A	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr7	1519892	rs4546558	C	G	267.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=0.877;SC=GAGGCGGCAGCGAAGGCTGCA;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=1519900;WS=1519882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr7	1519946	rs7783971	A	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=357;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TGCAGCAGCAACGCTACCTGG;SOR=0.201;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=21;WE=1519954;WS=1519936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr7	1522157	rs10227674	T	C	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.449;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=796;ReadPosRankSum=-1.066;SC=CAGCAGCCCCTGCCCAAGCCC;SOR=1.260;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=53;WE=1522165;WS=1522147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr7	1522175	rs10224038	A	G	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=29;PP=2063;SC=CCCAGCCTGGACCGTACCGGC;SOR=1.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=108;WE=1522183;WS=1522165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	1523559	rs10235180	T	C	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=45;PP=1024;ReadPosRankSum=1.770;SC=GGTACCCAGCTGGCACCGAGC;SOR=1.462;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=63;WE=1523567;WS=1523549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,66:0.71:93
chr7	1523956	rs11972722	A	G	229.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GCCGCCAGGGAAGACGACCAG;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=1523964;WS=1523946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr7	1526181	rs6969991	G	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=760;ReadPosRankSum=-2.010;SC=GATGACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=52;WE=1526189;WS=1526171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
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chr7	1527687	rs10279407	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=444;ReadPosRankSum=0.102;SC=AAAACCCCTACGGCTGCTGCT;SOR=0.180;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=29;WE=1527695;WS=1527677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr7	1527735	rs10267772	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=1.576;SC=CAGGGCGCCCGGTAGCATCCA;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=14;WE=1527743;WS=1527725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr7	1528947	.	T	TCCCGGGCCCGCCGAGGGGACGTGCGCACTCACTTCAGGCCCTGCTCCCAGC	6437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.97;QD=78.51;SOR=2.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr7	1529427	rs4380839	C	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GCTCCCAGCTCCTCCCGGGAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=1529435;WS=1529417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr7	1532631	rs10229645	G	A	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.784;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.230;NF=86;NR=41;PP=2023;ReadPosRankSum=-0.930;SC=AGTGGGGAGCGGGGCGTGGGC;SOR=1.091;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=193;TCF=126;TCR=67;TR=127;WE=1532639;WS=1532621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,140:0.71:197
chr7	1533513	rs2251226	A	G	4876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.245;SC=GTGTCCTCCAAAATGGGCACC;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=279;TCF=130;TCR=149;TR=205;WE=1533521;WS=1533499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,215:0.74:291
chr7	1533556	rs2251231	T	C	5129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.72;ReadPosRankSum=-1.543;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,140:0.73:192
chr7	1533566	rs2251232	A	G	4773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.76;ReadPosRankSum=-1.966;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,119:0.72:166
chr7	1534425	rs752791	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=845;ReadPosRankSum=-0.994;SC=CCCGGCACACAGGAGCCCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=51;WE=1534433;WS=1534415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,56:0.73:77
chr7	1534593	rs752792	C	A	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=58;PP=1371;ReadPosRankSum=0.214;SC=CCCGTTAGTTCCAGGGAAGGG;SOR=0.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=56;TCR=83;TR=96;WE=1534601;WS=1534583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,101:0.70:145
chr7	1535051	rs892530	A	G	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=742;ReadPosRankSum=1.979;SC=CAGGGGCTGTACAGGGCCCCA;SOR=0.612;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=45;WE=1535059;WS=1535041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr7	1536717	rs3735660	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=609;ReadPosRankSum=-1.554;SC=ACGAGGGGGATGGCGGCGCGT;SOR=0.988;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=38;WE=1536725;WS=1536707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr7	1538539	rs57092311	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CGGCAGGAAGACCACGCTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=16;WE=1538547;WS=1538529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr7	1538595	rs2289034	C	A	121.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.157;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr7	1538614	rs2289035	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=309;ReadPosRankSum=0.080;SC=CCCGCACCTTGGGGTTCTGCA;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=16;WE=1538622;WS=1538604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr7	1538877	rs750005	A	G	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=71;PP=2353;ReadPosRankSum=-0.018;SC=GGGACCGGGCAGGCACGCAGC;SOR=0.803;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=161;WE=1538885;WS=1538867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,169:0.67:251
chr7	1539799	rs2304357	C	T	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=36;PP=1670;ReadPosRankSum=0.546;SC=AGGGGCCCGGCTCAAACCTCA;SOR=1.135;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=142;TCF=90;TCR=52;TR=105;WE=1539807;WS=1539789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,108:0.73:147
chr7	1540049	rs2304358	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=387;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GGGCAGGGTCACCCCAAAGCC;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=19;WE=1540057;WS=1540039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr7	1542697	rs3752714	G	A	4691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.758;SC=TGGACAACGCGGCCGCCGCAT;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=251;TCF=107;TCR=144;TR=180;WE=1542705;WS=1542687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,190:0.73:261
chr7	1542814	rs3752715	T	C	2608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=64;PP=1416;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TGAAGTCTCCTGGGGGAGGGT;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=110;WE=1542822;WS=1542804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,117:0.75:156
chr7	1543476	rs145605530	T	TCCCCAAAGAC	4428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=4.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.620;QD=19.86;ReadPosRankSum=1.924;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,105:0.47:223
chr7	1543981	rs1369011	C	A	6253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GCGACCGGAGCGCCGCCGCCG;SOR=0.528;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=391;TCF=207;TCR=184;TR=274;WE=1543989;WS=1543971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,278:0.71:394
chr7	1544128	rs2278460	G	T	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=70;PP=1888;ReadPosRankSum=0.409;SC=CCGGCCTGATGCCTGCAGCGC;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=51;TCR=96;TR=107;WE=1544136;WS=1544118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,111:0.73:153
chr7	1574403	rs4720833	A	G	9564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=190;NR=161;PP=2965;SC=AGCGAGCGGCAGCCCCGATGC;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=190;TCR=161;TR=351;WE=1574411;WS=1574393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr7	1574562	rs4720834	T	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=40;PP=1185;SC=TCCTAAAAGATAAGGTCTTGC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=41;WE=1574570;WS=1574552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	1578890	rs138099109	G	A	6662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.318;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.978;SC=AGCAGGCCCCGTCTCAAGCAC;SOR=0.444;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=380;TCF=165;TCR=215;TR=287;WE=1578898;WS=1578880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,299:0.76:393
chr7	1586653	rs112463195	A	AGCC	3348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=21;PP=1750;SC=CTCCCGCCGGAGCCGCCGCTG;SOR=1.103;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=35;WE=1586670;WS=1586643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	1586662	rs3779607	T	C	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=25;PP=1066;SC=GAGCCGCCGCTGGGGTGGGTG;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=1586670;WS=1586643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	1586866	rs3824072	T	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=524;SC=GCACTCCAGCTCCCCGGACAA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=1586874;WS=1586856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	1588391	rs3814481	A	G	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=94;PP=2965;SC=CCCTAGAGCCACCGCCGCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=166;WE=1588399;WS=1588381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	1588549	rs3814482	G	A	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=37;PP=1479;SC=CAGGGACGTGGCCGTTCTCCC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=1588557;WS=1588539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	1588768	rs1124871	G	A	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=43;PP=1548;SC=GGTGGGGTGCGCTGTGTGTGT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=1588776;WS=1588758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	1588912	rs3890492	C	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=350;SC=ACATGTGTCCCCGTGTGTGAG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=1588920;WS=1588902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	1589056	rs4294092	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=523;SC=GGTGGACCTTGGTCCCCTTGG;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=1589064;WS=1589046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	1589083	rs1865348	G	A	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=13;PP=848;SC=TGCCCTTAATGCCAAGAGTGC;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=1589091;WS=1589073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	1589417	rs10237660	T	G	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=21;PP=1409;SC=TCCGCCTCGTTGGGCCCCACT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=1589425;WS=1589407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	1590368	rs6463921	A	G	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=2.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	1590376	rs2304360	T	C	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.78;SOR=2.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	1590443	rs2304361	T	C	9541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=196;NR=148;PP=2965;SC=TGACGCAGCCTGGCGCCCACC;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=196;TCR=148;TR=344;WE=1590451;WS=1590433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr7	1595068	rs17852421	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=0.681;SC=CGGCCAGTTCGCTGACACCAG;SOR=0.621;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=27;WE=1595076;WS=1595058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr7	1627632	rs7800178	T	C	9677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=195;PP=2965;SC=CACAGCCACCTGATGGGGAAG;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=353;TCF=157;TCR=196;TR=352;WE=1627640;WS=1627622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr7	1657844	rs10225166	A	C	4844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.10;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr7	1657923	rs12702990	T	G	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=69;PP=2211;SC=TATGTAGGGGTGTGTGTGTGC;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=124;WE=1657931;WS=1657913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	1784308	rs370941771	C	T	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=26;PP=1375;ReadPosRankSum=0.663;SC=CGGCCTGGCCCGCGCAGACTG;SOR=0.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=254;TCF=176;TCR=78;TR=92;WE=1784316;WS=1784298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,92:0.35:263
chr7	1878377	rs3889573	A	G	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=38;PP=2097;SC=ATAGACTGTGATGATGGCTGC;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=104;WE=1878385;WS=1878367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	1878453	rs1078112	T	A	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQRankSum=0.937;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,107:0.64:166
chr7	1883789	rs113710684	A	T	6232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.256;SC=GAACCGCTTAACTCACATCCA;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=188;TCR=220;TR=270;WE=1883797;WS=1883779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,280:0.66:424
chr7	1886805	rs11762803	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=313;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CCTGGGAACAAGGAGTTCCTC;SOR=0.520;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=15;WE=1886813;WS=1886795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr7	1887421	rs112747351	G	T	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1152;ReadPosRankSum=-0.563;SC=AAGAATGAACGAATCGGCCTG;SOR=0.501;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=94;WE=1887429;WS=1887411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,106:0.65:164
chr7	1887442	rs6959164	C	G	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.735;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=760;ReadPosRankSum=0.890;SC=CCTAGCACCCCTTGGCCGGCT;SOR=0.412;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=60;WE=1887450;WS=1887432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
chr7	1887523	rs6978725	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=337;ReadPosRankSum=0.232;SC=TGTGACCTGCAATGCTCCCAC;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=17;WE=1887531;WS=1887513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr7	1888200	rs73286668	G	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=-1.248;SC=ACCAGGAGTAGAAGACAAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=1888208;WS=1888190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr7	1888294	rs4719320	C	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=840;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GAGAGCCCAGCGCTGAATCCT;SOR=0.802;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=51;WE=1888302;WS=1888284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
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chr7	1914140	rs112425367	T	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.184;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,17:0.20:84
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chr7	1976263	rs2280552	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=0.451;SC=CAAAGGCGCACGGATGGACCT;SOR=1.095;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=12;WE=1976271;WS=1976253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr7	1976432	rs1801550	C	T	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=35;PP=1510;ReadPosRankSum=3.127;SC=GCTCGCACTCCGCCTGCAGCT;SOR=0.917;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=93;WE=1976440;WS=1976422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,108:0.71:152
chr7	1976635	rs2280549	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=475;ReadPosRankSum=2.694;SC=CACACAGCACGGGTCACACAC;SOR=0.393;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=33;WE=1976643;WS=1976625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr7	2020011	.	A	AGGACACACCTGGGCGTATCCGCCTCCTCTCTGGG	1275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-0.990;QD=55.47;ReadPosRankSum=-1.624;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr7	2020423	rs73049803	G	A	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=883;ReadPosRankSum=0.803;SC=ACAGGCTCACGGTGAGGTGTG;SOR=1.549;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=48;WE=2020431;WS=2020413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr7	2041589	rs142511367	AG	A	1434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.188;NF=23;NR=12;PP=1213;ReadPosRankSum=0.867;SC=ACGACAGAAGAGGCAGCCATG;SOR=0.604;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=35;WE=2041597;WS=2041579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr7	2041887	rs4721296	A	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=28;PP=802;SC=AGGAGCTGGGAAGTGGGCAGC;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=2041895;WS=2041877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	2108982	rs73048940	G	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=1.189;SC=CGCTGCATGGGAGAGACAAGA;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=19;WE=2108990;WS=2108972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr7	2119174	rs7805774	C	T	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=2;PP=1158;SC=ATCTCGTCAACTGGAATCACC;SOR=4.892;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=48;WE=2119182;WS=2119164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	2255974	rs73041362	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=1021;ReadPosRankSum=-1.140;SC=ACGAAGAGACCTGGAGAAAAT;SOR=0.366;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=65;WE=2255982;WS=2255964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,68:0.75:91
chr7	2258899	rs1639916	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=0.381;SC=CCAGCCACCAGGAGAGAGGTG;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=11;WE=2258907;WS=2258889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	2259134	rs73041377	C	T	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=58;PP=1428;ReadPosRankSum=-1.664;SC=TGAGTGGAGCCCGTGCGTGGA;SOR=0.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=94;WE=2259142;WS=2259124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,98:0.72:137
chr7	2260715	rs1639917	G	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=781;ReadPosRankSum=-1.359;SC=CCTGAGGAGCGGCCACCTCGG;SOR=0.984;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=55;WE=2260723;WS=2260705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr7	2269552	rs1637728	G	T	182.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ACAGAAGACTGGAAGAGGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=2269560;WS=2269542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr7	2278577	.	A	AG	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=317;ReadPosRankSum=0.108;SC=CTCCATCTGGAGGGGGGGGAA;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=2278595;WS=2278567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	2278587	.	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGGGGGGGAAGAACAAAAAT;SOR=1.085;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=9;WE=2278595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	2278663	rs4721496	T	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	2279851	rs6962067	T	C	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=8;PP=1292;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAACA;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=2279859;WS=2279841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	2281754	rs117572262	C	T	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,145:0.61:237
chr7	2281993	rs35675198	G	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=-1.553;SC=CATGGGCTTGGGGGAGAGCGG;SOR=1.270;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=11;WE=2282001;WS=2281983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr7	2290372	rs10230822	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=8;PP=551;SC=GGATTACAGGCGTGAGCCACC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=2290380;WS=2290362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	2290433	rs10230928	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=535;ReadPosRankSum=2.915;SC=TGGGTTGCACCTCAGTGCCTC;SOR=1.435;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=33;WE=2290441;WS=2290423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,34:0.34:100
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chr7	2296493	rs2302070	A	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=12;PP=866;SC=CGGCGGCCGGAGCAGGGCGGA;SOR=1.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=41;WE=2296501;WS=2296483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr7	2315008	rs2398667	G	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=30;PP=888;SC=CCCTGTGACGGCTTCGTATAT;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=2315016;WS=2314998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	2394746	rs9690787	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=421;ReadPosRankSum=-1.322;SC=CGGGCCGGAGTCCGAGGTGAG;SOR=0.873;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=26;WE=2394754;WS=2394736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr7	2400306	rs953770	T	C	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=27;PP=1670;ReadPosRankSum=-0.184;SC=AATGTTTTTCTTGGTAAAAAT;SOR=0.377;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=134;TCF=99;TCR=35;TR=94;WE=2400314;WS=2400296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,95:0.70:136
chr7	2403911	rs116940910	T	A	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.608;NF=42;NR=24;PP=1073;ReadPosRankSum=1.825;SC=AAAAAAAGTTTGTAGAACAGA;SOR=1.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=66;WE=2403919;WS=2403901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,57:0.75:76
chr7	2405885	rs2286204	C	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=323;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGTGTTCTGGCCGCACAGACA;SOR=1.101;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=16;WE=2405893;WS=2405881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr7	2409035	rs2301944	C	T	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=7;PP=964;SC=ATGAGTTGTTCTATTCTCTTC;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=2409043;WS=2409025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	2412493	rs1548595	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=185;ReadPosRankSum=0.161;SC=CCAGTCGCTGCCCAACAGTGA;SOR=1.002;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=16;WE=2412501;WS=2412483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr7	2414142	rs886632	A	G	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=33;PP=1997;SC=AGCTCGTGACAGGCGCGCTCT;SOR=1.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=112;WE=2414150;WS=2414132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	2414365	rs884565	A	G	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=65;PP=2055;SC=GGGTTGCCCCAGTGTCAGTGG;SOR=1.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=109;WE=2414373;WS=2414355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	2416682	rs149974474	C	G	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=1138;ReadPosRankSum=1.817;SC=CCCCGGCCTCCCACACTCCTG;SOR=0.781;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=370;TCF=188;TCR=182;TR=110;WE=2416690;WS=2416672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,106:0.28:376
chr7	2416822	rs2240347	A	G	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.890;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=70;PP=1831;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TAAAAACGTGACATTTGCAAG;SOR=1.383;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=173;TCF=66;TCR=107;TR=106;WE=2416830;WS=2416812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,116:0.66:177
chr7	2418116	rs6461350	T	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.687;NF=12;NR=1;PP=243;ReadPosRankSum=3.432;SC=CTGGGTGTCATGGAGGAAGGA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=13;WE=2418124;WS=2418109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr7	2418645	rs6461351	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=458;SC=TGAATGGACTAGCCATTCCTG;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=2418653;WS=2418635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	2434522	rs1978169	G	A	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=90;PP=2504;SC=AAACACACCCGCCCAGCAAGA;SOR=1.422;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=156;TCF=52;TCR=104;TR=142;WE=2434530;WS=2434512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	2515382	rs5881927	G	GC	8399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=64;PP=2969;SC=GGAAGGCATTGCCACCACAGT;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=114;WE=2515390;WS=2515372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	2517473	rs11767162	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=0.566;SC=CTGCCCTCCCCGGCCACATCC;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=5;WE=2517481;WS=2517463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	2552881	rs34637446	A	AGATG	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,24:0.14:168
chr7	2552986	rs286560	A	C	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.822;NF=43;NR=62;PP=1783;ReadPosRankSum=1.234;SC=TCCTGGGGACATAACCTCCCC;SOR=0.316;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=105;WE=2552994;WS=2552976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,111:0.83:134
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chr7	2565268	rs893239	C	A	6806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=124;PP=2965;SC=GGGGTGGGACCGTGAGGGGCA;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=101;TCR=124;TR=224;WE=2565276;WS=2565258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
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chr7	2582233	rs3735106	A	G	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,96:0.22:431
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chr7	2604767	rs71550361	AGT	A	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.136;NF=9;NR=20;PP=925;ReadPosRankSum=0.539;SC=CATGTGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=29;WE=2604778;WS=2604757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,43:0.30:141
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chr7	2611878	rs2917751	T	C	11235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.939;SC=ATGCGTGGACTGGCGTCCCCG;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=416;TCF=191;TCR=225;TR=414;WE=2611886;WS=2611868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,437:1.00:439
chr7	2612294	rs2969042	TC	AA	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,79:0.29:273
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chr7	2618070	rs3214664	C	CA	8412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=0.680;NF=52;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=1.048;SC=CTGGGGGCTACACCGAAGGCC;SOR=0.821;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=199;TCF=79;TCR=120;TR=116;WE=2618078;WS=2618060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,257:0.69:374
chr7	2619334	rs68086038	GGT	G	2061.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=20.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=1.785;QD=23.43;ReadPosRankSum=1.908;SOR=2.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,62:0.70:88
chr7	2619363	rs2917739	G	C,GTGTC	2417.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=24.647;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.84;MQRankSum=0.808;QD=30.60;ReadPosRankSum=1.546;SOR=2.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,62,11:0.78,0.14:79
chr7	2621567	rs7798469	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=55;SC=AGGATGGTCTTGATCTCCTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=2621575;WS=2621557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	2622101	rs1550204	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=337;ReadPosRankSum=0.048;SC=GAGAGCACAGCGCTGGAGGGA;SOR=1.321;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=21;WE=2622109;WS=2622091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr7	2623351	rs13242369	G	A	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=692;ReadPosRankSum=-2.681;SC=GAGGTGCGCCGTGCTGGGCGG;SOR=0.645;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=44;WE=2623359;WS=2623341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr7	2623801	rs73033665	G	T	4351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=56;PP=2908;ReadPosRankSum=0.583;SC=CTGTGATGTTGGTCTTTTCAG;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=238;TCF=157;TCR=81;TR=169;WE=2623809;WS=2623791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,178:0.72:248
chr7	2625819	rs78092993	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=540;ReadPosRankSum=-1.142;SC=TGCAAACCTCAGTCCACGATT;SOR=0.558;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=172;TCF=106;TCR=66;TR=52;WE=2625827;WS=2625809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,55:0.30:182
chr7	2625838	rs2257285	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TTTGGTTGTTCCAGGCCCCTG;SOR=0.542;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=177;TCF=105;TCR=72;TR=51;WE=2625846;WS=2625828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,57:0.30:191
chr7	2626038	rs3217437	CCAGGGAATGG	C	449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=8;PP=1464;SC=AGGAGGGAGGCCAGGGAATGG;SOR=2.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=2626055;WS=2626028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr7	2627578	rs150431779	CAG	C	1657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.346;NF=0;NR=33;PP=1313;ReadPosRankSum=-1.076;SC=GACGGGCTCACAGGGTGCGGA;SOR=0.234;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=33;WE=2627587;WS=2627568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
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chr7	2649704	rs3735109	T	G	10195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=0.322;SC=GCCACAGGCCTTGGCACCTCT;SOR=0.474;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=231;TCR=146;TR=373;WE=2649712;WS=2649694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
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chr7	2649932	rs3735111	T	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=334;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TCGTGTCTCTTTGTGCTTTTG;SOR=0.347;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=28;WE=2649940;WS=2649922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr7	2672065	rs11976974	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
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chr7	2686761	rs3801079	G	C	6712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=150;NR=106;PP=2965;SC=CATCTCACGGGCCCGCCCTCT;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=150;TCR=107;TR=256;WE=2686769;WS=2686751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr7	2689472	rs3801077	A	C	7486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=122;PP=2965;SC=ACTCCAGGGGACGGGTTCTAC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=148;TCR=123;TR=270;WE=2689480;WS=2689462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
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chr7	2691736	rs35868808	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,38:0.25:150
chr7	2697881	rs2302342	G	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-1.799;SC=GCTCCTTCCTGCTGGGGCCTG;SOR=0.173;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=10;WE=2697889;WS=2697871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr7	2699524	rs139527284	ACT	A	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=10.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.308;SOR=1.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,28:0.19:149
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chr7	2749565	rs13224990	G	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=11;PP=403;SC=GTCAACTGCCGGGTTCCAGGC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=2749573;WS=2749555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	2752152	rs798565	G	A	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1096;ReadPosRankSum=1.654;SC=CCTTCGCCTCGGGGCCAGAGG;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=68;WE=2752160;WS=2752142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,72:0.67:107
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chr7	2968486	rs1183431	G	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=43;PP=1311;SC=GGCTTGTGCTGAGCCCGGAGC;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=47;WE=2968494;WS=2968476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr7	3179991	rs7779245	T	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,42:0.23:182
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chr7	3187085	rs6954885	T	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=28;ReadPosRankSum=-0.564;SC=CAGACTTTTTTTTTTTATTTT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=5;WE=3187093;WS=3187075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr7	3188513	rs7810868	C	G	98.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5266;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=1.282;SC=GAGATGTAGACGTCTTGCTAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=3188521;WS=3188510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr7	3188549	rs10257432	T	C	165.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=-0.489;SC=AGTCTGTTCTTGCAGTGCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=3188557;WS=3188539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr7	3188576	rs10257447	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=0.319;SC=CTACCTGAAATCAGGTAATTT;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=3188584;WS=3188566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	3188712	rs10254519	A	C	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=513;ReadPosRankSum=0.546;SC=TCTTACATGGACAGAGGAGAA;SOR=0.954;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=34;WE=3188720;WS=3188702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr7	3197788	rs73672278	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=1.482;SC=TGCGGATGGAGGTCATTCTCA;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=10;WE=3197796;WS=3197778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	3197867	rs4634530	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=308;ReadPosRankSum=-1.658;SC=AGACATCCTCTGGTCCAGAAT;SOR=0.958;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=29;WE=3197875;WS=3197857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr7	3205580	rs34343308	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=2.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=238;ReadPosRankSum=0.910;SC=TAGCAACATAGCGAGACCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=13;WE=3205588;WS=3205570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	3205705	rs10951088	T	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=20;PP=971;SC=CCCAGGAGTTTGGGCTGTAGT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=3205713;WS=3205695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr7	3341390	rs10228086	T	C	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=78;SC=GCCCGAGACCTCCGGCGGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=3341398;WS=3341380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr7	4051677	rs894776	G	A	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=68;PP=2903;SC=ATGGGCCCCCGCTGTTTCTGG;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=94;TCR=68;TR=162;WE=4051685;WS=4051667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
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chr7	4107697	rs10226642	A	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.228;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=251;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GGAACTGAAAAGTCTTCCTGG;SOR=0.174;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=24;WE=4107705;WS=4107687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr7	4152863	rs6956409	G	C	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=34;PP=1146;ReadPosRankSum=2.308;SC=TTGTGGTTTCGTTCTTTTCCT;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=178;TCR=107;TR=90;WE=4152871;WS=4152853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,94:0.32:297
chr7	4153824	rs2141076	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=-1.351;SC=AGTGGATGGAATACGAGCTGC;SOR=0.552;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=23;WE=4153832;WS=4153814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr7	4166959	rs77297762	G	A	3205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=54;PP=1963;ReadPosRankSum=1.061;SC=CTGGATCTTTGTATGTAGACA;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=204;TCF=125;TCR=79;TR=135;WE=4166967;WS=4166949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,146:0.65:224
chr7	4171853	rs113599151	GT	G	3009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.677;NF=32;NR=32;PP=2024;ReadPosRankSum=-0.347;SC=AGTGTAGCCTGTGGTAGTTAC;SOR=0.481;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=223;TCF=122;TCR=101;TR=64;WE=4171861;WS=4171843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,102:0.31:328
chr7	4185592	rs608271	A	G	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=81;PP=2543;SC=TGTTGTGGGCACAGCTTCCTC;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=131;WE=4185600;WS=4185582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	4189075	rs659182	G	C	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,96:0.29:335
chr7	4213877	rs601424	T	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,73:0.28:263
chr7	4213940	rs671756	T	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,57:0.28:205
chr7	4213975	rs671694	A	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=-0.162;SC=ATAGCTTTACATGCTGAGCTC;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=34;WE=4213983;WS=4213965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,36:0.27:131
chr7	4214046	rs600537	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GGACCCTTGGTATCTGCTCAG;SOR=0.250;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=11;WE=4214054;WS=4214036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr7	4215206	rs585150	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=-1.318;SC=TGTTGTTTACGAGGAGGTGCG;SOR=2.359;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=10;WE=4215214;WS=4215205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr7	4217969	rs649494	T	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CCGGTCACAGTGGATGCAGGT;SOR=0.446;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=7;WE=4217977;WS=4217959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr7	4245493	rs200459788	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GCTTCTCTCCGCATTGCTCTT;SOR=0.765;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=17;WE=4245501;WS=4245483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr7	4266887	rs142581792	CT	C	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=368;ReadPosRankSum=-0.291;SC=CCCTCATGTGCTGCTTGTCTT;SOR=0.610;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=10;WE=4266895;WS=4266877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr7	4266952	rs74496648	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=440;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TTGTCAGCCCGGCTTCCCACC;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=30;WE=4266960;WS=4266942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr7	4267072	rs597636	T	A	2018.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=1258;ReadPosRankSum=1.148;SC=GTCTTTTTTTTAAATCAGATG;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=87;WE=4267080;WS=4267062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,92:0.71:129
chr7	4308140	.	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-3.263;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=670;ReadPosRankSum=1.433;SC=CAGGGAGAGGGGACCCAGATG;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=32;WE=4308148;WS=4308130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr7	4308362	rs8514	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,55:0.29:190
chr7	4490854	rs314605	C	T	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=84;NR=74;PP=2633;SC=AGTTATGTTCCTGGATGTTTG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=158;WE=4490862;WS=4490844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
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chr7	4802029	rs6976790	T	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=21;PP=670;SC=AGCCCAGTGGTGCTGTAACCA;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=4802037;WS=4802019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr7	4841470	rs414035	T	C	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=44;PP=1221;SC=CCCCCACGGCTGGGTTGCCTT;SOR=0.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=86;WE=4841478;WS=4841460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	4871879	rs3830494	C	CAT	5784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.057;NF=11;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.494;SC=TTCAAATACACGATACCATCG;SOR=0.991;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=17;TCR=81;TR=67;WE=4871887;WS=4871869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,143:0.73:195
chr7	4874420	rs2292498	G	C	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=890;ReadPosRankSum=-0.991;SC=TCCTCCAGGTGGGGCTCAAAC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=67;WE=4874428;WS=4874410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,76:0.64:118
chr7	4876057	rs3763384	C	T	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=946;ReadPosRankSum=0.960;SC=CGCATGGCGTCGGGGCCGGGC;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=57;WE=4876065;WS=4876047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,58:0.78:74
chr7	4900095	rs1553960	A	G	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1401;ReadPosRankSum=0.276;SC=GAATTTCAGAATTATCTGGCT;SOR=0.411;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=78;WE=4900103;WS=4900085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,84:0.73:115
chr7	4900341	rs17135247	G	A	6069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TTTGAAAGAAGCTTGGAGCTT;SOR=0.840;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=374;TCF=201;TCR=173;TR=244;WE=4900352;WS=4900331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,262:0.66:397
chr7	4901385	rs3750009	A	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.355;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.744;NF=9;NR=17;PP=400;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CGCCGTAGCGATTCGGCGGCG;SOR=0.211;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=26;WE=4901393;WS=4901375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr7	4901465	rs3833677	G	GCACGTCCCCCACCACCGCGACCTT	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=2;PP=527;ReadPosRankSum=-1.960;SC=CCCCGCCAGGGCACGTCCCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=2;WE=4901473;WS=4901455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	4946951	rs60272141	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=1.392;SC=AGGCCTTGGCGCTGTGCTCTG;SOR=0.425;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=13;WE=4946959;WS=4946941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr7	4946973	rs10951715	A	G	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.95;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	4946973	.	ACAGAAACGTG	GCAGAAACGTC,GCAGAAACGTG	358	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=15,29;NR=4,8;PP=358,243;QD=21.6562039401;SC=GTTAACGTTCACAGAAACGTG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=19,37;WE=4946991;WS=4946963;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.51:37
chr7	4946983	rs59635549	G	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr7	4947013	rs57507079	A	G	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=587;ReadPosRankSum=-2.518;SC=ACGACCTCTCAAGTCTGGGTC;SOR=0.748;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=41;WE=4947021;WS=4947003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr7	4955805	rs62451401	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-1.891;SC=GTGCCTGCCTACAGGTTAGCA;SOR=1.655;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=19;WE=4955813;WS=4955795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr7	4959789	rs932060	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,22:0.22:101
chr7	4959807	rs932061	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,26:0.19:134
chr7	4965195	rs60810442	C	T	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CAGGAAGCTCCGCTGGGCAAG;SOR=0.563;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=85;WE=4965203;WS=4965185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,87:0.71:122
chr7	4965333	rs67781197	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=393;ReadPosRankSum=0.781;SC=TCCCTCACTCTTTCCGATCAT;SOR=1.519;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=21;WE=4965341;WS=4965323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr7	5023202	rs10156118	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=57.89;MQRankSum=-1.960;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CCAGTTGTAACGTGTGACTAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=5023210;WS=5023201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	5023420	rs6965043	A	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.75;QD=27.21;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	5023453	.	T	TTTGTTG	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.93;QD=41.51;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	5026128	rs10274596	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.58;MQRankSum=1.440;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr7	5026170	rs57714855	TA	T	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.51;MQRankSum=-0.309;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr7	5071256	rs62444304	G	A	3357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=62;PP=2073;ReadPosRankSum=0.163;SC=AGGCGGGCCCGATCTCATGGC;SOR=0.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=129;TCR=91;TR=149;WE=5071264;WS=5071246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,152:0.67:226
chr7	5104275	rs12674330	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=1111;ReadPosRankSum=0.683;SC=GAACTCACACGGGAGAGAAGC;SOR=0.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=68;WE=5104283;WS=5104265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr7	5104359	rs12668616	G	A	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=1110;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GAACACACACGGGAGAGAAGC;SOR=0.580;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=75;WE=5104367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,84:0.65:130
chr7	5105133	rs12334144	C	T	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=65;PP=2200;SC=ATGAATGTAACGAGTGTGGGA;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=120;WE=5105150;WS=5105123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr7	5105208	rs36026500	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=625;ReadPosRankSum=0.060;SC=GAAATATGAACGTACTTGATG;SOR=0.945;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=43;WE=5105216;WS=5105198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr7	5112108	rs6862	G	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,53:0.24:217
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chr7	5166400	rs73318773	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=130;ReadPosRankSum=1.972;SC=ACATCCATGGGTTCTGCTTTG;SOR=0.242;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=12;WE=5166408;WS=5166390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr7	5166500	rs112252777	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=1.239;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,30:0.18:169
chr7	5167408	rs888584	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQRankSum=-1.646;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,14:0.17:83
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chr7	5172052	rs113343750	G	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.673;HP=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.553;NF=9;NR=3;ReadPosRankSum=-2.793;SC=TGCTAAAAAGGGCAGTAGAAA;SOR=1.574;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=12;WE=5172060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr7	5172088	rs80233906	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-6.824;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.575;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr7	5172095	.	CTT	C	744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-6.546;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.129;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr7	5172099	.	T	TTG	735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQRankSum=-6.518;QD=13.62;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr7	5172102	rs77898154	A	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQRankSum=-6.668;QD=13.35;ReadPosRankSum=2.523;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr7	5172115	rs73057805	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.696;NF=17;NR=11;PP=1672;ReadPosRankSum=1.474;SC=CTGGAAAAGCAGACACCTGTG;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=28;WE=5172123;WS=5172078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr7	5172176	rs67170096	T	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.845;NF=18;NR=19;PP=520;ReadPosRankSum=-0.383;SC=ACGCTTGCCCTTGGGCTCCCA;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=37;WE=5172184;WS=5172166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr7	5172208	rs74491186	C	T	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.050;NF=17;NR=19;PP=2374;ReadPosRankSum=-0.035;SC=GGACCACCCCCGCCCTCTCCC;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=36;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr7	5172213	rs72125963	TCTCCCA	T	1858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=4;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.475;NF=7;NR=18;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.086;SC=ACCCCCGCCCTCTCCCAGGCG;SOR=0.580;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=25;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr7	5172223	rs77639783	G	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.088;NF=17;NR=20;PP=2380;ReadPosRankSum=0.359;SC=TCTCCCAGGCGCAGGTGGGAG;SOR=0.592;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=37;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr7	5172282	rs73057807	A	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.059;NF=10;NR=20;PP=980;ReadPosRankSum=-1.179;SC=CCCTCACCTTACAAATGTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=30;WE=5172303;WS=5172272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr7	5172295	rs73057808	A	G	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=4;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.171;NF=9;NR=15;PP=947;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AATGTCATAGAGACTCAATCT;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=24;WE=5172303;WS=5172272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr7	5172316	rs66755282	T	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.212;NF=5;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=0.612;SC=TGTGAGGCCTTACTTGGATTT;SOR=1.911;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=18;WE=5172324;WS=5172306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr7	5254227	rs4587243	C	G	7391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=94;PP=2965;SC=TGGCCATCGTCAGCCTTAAAG;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=151;TCR=95;TR=245;WE=5254235;WS=5254217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	5257490	rs7791896	T	C	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=4;PP=984;SC=GGACCAAGTGTCAGCCCTGGG;SOR=3.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=40;WE=5257498;WS=5257480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	5262151	rs62441068	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=8;PP=791;SC=AGCCGTGTGGCGCATTTGCAG;SOR=2.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=5262159;WS=5262141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	5267639	rs73048056	G	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.800;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr7	5269424	rs7785898	A	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.117;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=693;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CCCGAGTGCTACTGCCTTCTG;SOR=1.759;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=34;WE=5269432;WS=5269414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr7	5331307	rs12667188	A	G	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=43.41;NF=3;NR=0;PP=56;SC=TCCCCTCACTAGCCTCTCCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=5331315;WS=5331297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	5336538	.	G	GGCCCCGGCCCACTGTGCAC	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.480;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr7	5336855	rs137903684	TCCCTTCTCTGTC	T	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.509;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.582;NF=2;NR=7;PP=2681;ReadPosRankSum=1.203;SC=CCACCTCTGTTCCCTTCTCTG;SOR=1.541;Source=Platypus;TCR=27;TR=9;WE=5336874;WS=5336845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr7	5336885	rs13244318	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr7	5338714	rs6950111	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=133;ReadPosRankSum=-0.628;SC=TGCGCTTTGATGTGCCGCGGC;SOR=0.773;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=12;WE=5338722;WS=5338704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
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chr7	5353600	rs11292393	GT	G	311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=22.27;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	5359916	rs56056769	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.547;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=446;ReadPosRankSum=0.214;SC=AGATGTTAGGCGGCAGGGGAG;SOR=0.262;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=27;WE=5359924;WS=5359906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr7	5364041	rs1056173	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=0.666;SC=GGGTCCTGCCGGGTTGGGGAC;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=14;WE=5364049;WS=5364031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr7	5369522	rs73051980	G	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.676;NF=30;NR=15;PP=598;ReadPosRankSum=0.207;SC=CATCTGAACAGCTGAATACCC;SOR=1.049;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=157;TCF=100;TCR=57;TR=45;WE=5369530;WS=5369512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,46:0.29:160
chr7	5372406	rs13238738	G	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=512;ReadPosRankSum=-0.613;SC=TGCGCTCGCTGCGGCGCCGCG;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=40;WE=5372414;WS=5372396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr7	5396715	rs35508364	T	C	12801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=0.215;SC=GCCTTCCTGTTCTTCCCCAGC;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=444;TCF=234;TCR=210;TR=441;WE=5396723;WS=5396705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,463:1.00:465
chr7	5396955	rs7805732	A	G	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=52;PP=1476;SC=ACAAAACAGTATAGTGGGTTT;SOR=1.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=80;WE=5396963;WS=5396945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	5399044	rs12531309	C	G	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=37;PP=2965;SC=TGATGAAGTCCGACGAGGCCT;SOR=2.499;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=129;TCR=38;TR=166;WE=5399052;WS=5399034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	5402606	rs4357206	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=407;SC=GTGACATGCCGGAAGTCCTGA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=5402614;WS=5402596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	5409937	rs58182076	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=296;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CTGGGCAACACAGCAAGACCC;SOR=3.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=14;WE=5409945;WS=5409931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr7	5410425	rs12671708	G	C	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.245;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=35;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.863;SC=CACGGGCACCGCCACAGGCAC;SOR=1.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=93;WE=5410433;WS=5410415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,104:0.69:151
chr7	5427720	rs4724663	A	G	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=106;PP=2965;SC=GCCTCTCCAGACCCGTGGGCC;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=93;TCR=106;TR=199;WE=5427728;WS=5427710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	5430283	rs67295626	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr7	5434135	rs4724668	A	G	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=44;PP=1872;SC=GGGAGCGGAAAGACAGGTCAG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=102;WE=5434143;WS=5434125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	5487458	rs4236392	T	C	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=58;PP=1528;SC=CCAGCTCTGCTGGGGGCTCCT;SOR=1.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=87;WE=5487466;WS=5487448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	5521468	rs10951956	G	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1106;ReadPosRankSum=2.012;SC=ATCTCATCCAGGTGCACCAGG;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=323;TCF=149;TCR=174;TR=95;WE=5521476;WS=5521446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,100:0.29:339
chr7	5528991	rs11769725	C	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=407;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GTTGGCCAGGCGTTGTGGCTC;SOR=0.598;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=31;WE=5528999;WS=5528981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr7	5530782	rs10951957	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=460;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GGTAGGCACTCGGTGAAGGCT;SOR=0.522;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=131;TCF=92;TCR=39;TR=42;WE=5530790;WS=5530772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,44:0.32:137
chr7	5530954	rs11975313	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1122;ReadPosRankSum=1.035;SC=AGCGAGCCATGAAGGCCAGCA;SOR=0.780;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=251;TCF=110;TCR=141;TR=83;WE=5530962;WS=5530944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,88:0.32:274
chr7	5540769	rs6953642	A	C	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=53;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ACGCCACCAGAGTCTCCAGGA;SOR=0.285;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=124;WE=5540777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr7	5541009	rs12667381	C	A	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=54;PP=1267;ReadPosRankSum=-1.855;SC=AGGACTTGGGCAGCTGCAGGG;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=242;TCF=106;TCR=136;TR=100;WE=5541017;WS=5540999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,105:0.40:260
chr7	5541657	rs4724704	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=406;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CTTTGTCCTCGCTCGCCTGCG;SOR=1.007;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=38;WE=5541665;WS=5541647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr7	5545355	rs13245207	T	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GAAGCCCTTATCCATGGGAAA;SOR=0.136;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=5545363;WS=5545345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
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chr7	5568366	rs852423	A	G	4432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.334;SC=AGGCAGAGATACACCATGTCA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=292;TCF=137;TCR=155;TR=190;WE=5568374;WS=5568352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,193:0.65:299
chr7	5569327	rs2908425	G	A	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=26;PP=1761;ReadPosRankSum=0.338;SC=TGTGAGCCGAGGTCGCCCCCG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=99;TCR=36;TR=97;WE=5569335;WS=5569317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,101:0.73:139
chr7	5632550	rs113466135	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=0.688;SC=GCGCAGCGGCCTCTCGTCTAC;SOR=1.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=15;WE=5632558;WS=5632540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr7	5751250	rs3735289	G	A	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=120;SC=CAAAGTACTCGTCCTCATTTG;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=5751258;WS=5751240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	5760860	rs2302907	G	A	3557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=80;PP=2387;ReadPosRankSum=0.923;SC=AGGAACCTGGGCCAGCCATGT;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=235;TCF=111;TCR=124;TR=154;WE=5760868;WS=5760850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,160:0.65:246
chr7	5760971	rs4720636	A	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=777;SC=TCTTACCATTAGCCAACCTAC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=5760979;WS=5760961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	5770330	rs35732993	T	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQRankSum=-0.846;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr7	5779375	rs10233615	T	C	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=57;PP=1749;SC=CTCATGCCTATAATCGAAGCA;SOR=3.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=67;WE=5779383;WS=5779365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	5800769	rs3857756	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=32;PP=932;SC=TTTCAAAAGAACTGAAAAGGA;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=5800777;WS=5800759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	5922056	rs13236282	T	C	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=30;PP=2965;SC=TCTGTGTTTTTAGTACCTTGG;SOR=2.459;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=112;TCR=30;TR=142;WE=5922064;WS=5922046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	5922100	rs35069590	A	AT	12987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=80;PP=2936;SC=CAAGCGTCAGAATAACCAATT;SOR=1.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=174;WE=5922108;WS=5922090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr7	5923738	rs3890913	A	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.20;QD=30.38;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	5949830	rs11771500	C	T	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.443;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.996;NF=32;NR=98;PP=2467;ReadPosRankSum=-1.418;SC=TGCATGGGGGCGTTTCTGATC;SOR=1.398;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=193;TCF=55;TCR=138;TR=130;WE=5949838;WS=5949820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,124:0.67:184
chr7	5958650	rs138701366	G	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.00;MQRankSum=-5.539;QD=19.75;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr7	5959485	rs200812052	G	A	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=15.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.46;MQRankSum=-6.381;QD=11.15;ReadPosRankSum=-2.629;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,84:0.50:168
chr7	5959661	rs199977794	C	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.319;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.523;NF=37;NR=87;PP=1988;ReadPosRankSum=0.044;SC=ACGTAGTTTTCACTTACAAAT;SOR=1.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=178;TCF=57;TCR=121;TR=124;WE=5959669;WS=5959651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr7	5965363	rs201355172	A	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=13.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.64;MQRankSum=-2.929;QD=8.78;ReadPosRankSum=2.030;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr7	5965381	rs377528346	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=11.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.36;MQRankSum=-3.164;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	5965398	rs201553072	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=12.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.53;MQRankSum=-3.328;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	5968053	rs61032858	A	G	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=10.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.75;MQRankSum=-6.676;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.525;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,82:0.45:183
chr7	5968086	rs6947898	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.19;MQRankSum=1.509;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.907;SOR=2.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr7	5983012	rs150999559	A	G	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.46;QD=30.69;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	5983063	rs148485394	C	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.97;MQRankSum=0.346;QD=14.40;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr7	5983195	rs138475267	C	A	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=758;SC=GTTTTTTTCCCAGACAGAGTC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=5983203;WS=5983185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	5983729	.	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.30;MQRankSum=-2.260;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	5998509	rs139591741	G	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.702;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.94;MQRankSum=2.541;QD=25.32;ReadPosRankSum=1.872;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr7	6006431	rs369329751	G	A	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.40;QD=21.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	6026607	rs1805318	T	A	3741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=64;PP=2357;ReadPosRankSum=0.915;SC=ATGTCCTGAGTATTTACTAAC;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=123;TCR=93;TR=148;WE=6026615;WS=6026597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,161:0.68:237
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chr7	6036980	rs1805319	G	C	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
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chr7	6048804	rs3735296	G	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	6048973	rs1062372	C	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CACGCGCTACCCCCTTTTGCT;SOR=0.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=6;WE=6048981;WS=6048963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr7	6049209	rs2302335	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	6054987	rs6979676	G	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=392;ReadPosRankSum=0.051;SC=TGGGAAGGTAGGTTCGTTTTG;SOR=0.499;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=26;WE=6054995;WS=6054977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr7	6063283	rs4560	C	T	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=46;PP=1704;ReadPosRankSum=-2.261;SC=CTTGTGAAAACCTGGCTCCTT;SOR=0.945;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=180;TCF=104;TCR=76;TR=113;WE=6063291;WS=6063273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,122:0.60:202
chr7	6063674	rs12657	G	A	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.083;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=67;PP=1831;ReadPosRankSum=1.457;SC=AAAGAGATCTGAGCTGCCTGG;SOR=1.038;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=161;TCF=68;TCR=93;TR=112;WE=6063691;WS=6063664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,117:0.70:166
chr7	6065914	rs10253000	T	C	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.394;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=859;ReadPosRankSum=0.925;SC=CCGGCAGACATACAGACAGCC;SOR=0.344;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=56;WE=6065922;WS=6065904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr7	6066005	rs6973250	C	T	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.33;MQRankSum=-2.043;NF=49;NR=38;PP=1078;ReadPosRankSum=0.523;SC=GCAAACCCTGCGGGCCCCTCC;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=128;TCR=98;TR=87;WE=6066013;WS=6065995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,87:0.34:258
chr7	6066057	rs34019419	G	GC	7577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.882;NF=36;NR=64;PP=2933;ReadPosRankSum=0.162;SC=GCCCCAGGAAGTTTCCTACCG;SOR=0.733;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=163;TCF=51;TCR=112;TR=100;WE=6066065;WS=6066047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,216:0.70:309
chr7	6071060	rs4724769	G	A	4109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=74;PP=2394;ReadPosRankSum=0.635;SC=ACAGTGCCAAGTCCCTGGAAG;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=231;TCF=128;TCR=103;TR=168;WE=6071068;WS=6071050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,182:0.73:249
chr7	6071277	rs4724770	A	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=32;PP=917;SC=GCTTAGAAAGAAGCATGATCT;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=6071285;WS=6071267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	6075823	rs2302334	A	T	7061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=1.253;SC=TGCAGGAATCATGCTACCAGA;SOR=0.476;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=393;TCF=189;TCR=204;TR=283;WE=6075831;WS=6075813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,296:0.72:413
chr7	6078376	rs2302331	A	C	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=1225;ReadPosRankSum=1.442;SC=AACAAATATTAATCTGCCTAT;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=68;WE=6078384;WS=6078366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,72:0.72:100
chr7	6080853	rs34743814	GA	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr7	6084310	rs511969	G	T	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1237;ReadPosRankSum=-1.510;SC=AGAAATGGAAGTAGATCTGCC;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=85;WE=6084318;WS=6084300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,98:0.56:175
chr7	6088339	rs523254	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.066;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	6088349	rs523276	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.89;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	6088533	rs525090	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=0.751;SC=GAATAAAGAACCTATCAAAAT;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=6088541;WS=6088523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	6097667	rs558030	T	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr7	6097868	.	A	C	87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=25;MMLQ=19;MQ=58.8;NF=0;NR=6;PP=87;QD=20.2952020912;SC=CAGCAAGACCACATCTCTGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=6097885;WS=6097858;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	6155166	rs62454267	G	T	3389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=71;PP=2107;ReadPosRankSum=0.332;SC=TAAGTGTTCCGTGTTGTGTTT;SOR=0.537;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=188;TCF=81;TCR=107;TR=127;WE=6155174;WS=6155156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,145:0.69:209
chr7	6193736	rs112159886	G	T	3832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=78;PP=2492;ReadPosRankSum=-0.729;SC=GTTGGCGGAAGCCCCGGAAGG;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=154;WE=6193744;WS=6193726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,163:0.68:241
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chr7	6204999	rs2301910	A	C	4016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=75;PP=2247;ReadPosRankSum=0.249;SC=CGTCGGCCTCAGTCTTACAGG;SOR=0.557;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=248;TCF=143;TCR=105;TR=174;WE=6205007;WS=6204989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,182:0.69:263
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chr7	6431690	rs836478	C	T	3719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=101;PP=2503;ReadPosRankSum=1.501;SC=TTGCAGCTGACTTTTAATGTG;SOR=0.714;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=669;TCF=334;TCR=335;TR=210;WE=6431698;WS=6431680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:483,220:0.31:703
chr7	6441799	rs836551	G	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=6.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
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chr7	6456669	rs836508	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=-1.874;SC=GGATCTGAGACTGCAGAATCA;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=12;WE=6456677;WS=6456659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
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chr7	6485740	.	CA	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr7	6487293	rs3750037	G	C	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=5;PP=1750;SC=TGCTTGGGAAGCCACTTCTGT;SOR=4.294;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=67;TCR=6;TR=72;WE=6487301;WS=6487283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	6505901	rs2230263	T	C	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=55;PP=1847;SC=TGATCATAAATAGCTGCGGAA;SOR=1.408;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=85;WE=6505909;WS=6505891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	6513779	rs17777087	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=272;ReadPosRankSum=0.534;SC=CTGTGCACTGTAGATGAAATA;SOR=0.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=17;WE=6513787;WS=6513769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr7	6522129	rs55841143	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.316;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,86:0.28:309
chr7	6537566	rs5882098	CA	C	2320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.19;MQRankSum=3.465;NF=15;NR=41;PP=1839;ReadPosRankSum=2.018;SC=GACAGCCCATCAGGGGGTTAG;SOR=0.606;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=183;TCF=45;TCR=138;TR=56;WE=6537574;WS=6537556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,83:0.30:279
chr7	6537821	rs6463568	G	C	5442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=121;PP=2965;SC=GCAGCCCGTCGAGCGCCCGAA;SOR=1.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=76;TCR=121;TR=197;WE=6537829;WS=6537811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	6537913	rs79970150	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=229;ReadPosRankSum=-0.786;SC=CCAGGGTCTCAGGTGGTGGCC;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=13;WE=6537921;WS=6537903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr7	6541347	rs7791451	C	T	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=7;PP=877;SC=ACTGGAGCCACAGCCAGCTCT;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=6541355;WS=6541337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr7	6544691	rs2881698	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=502;ReadPosRankSum=-0.226;SC=ACCTCCCCCGCCCCGTGTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=26;WE=6544699;WS=6544681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr7	6545335	rs9640023	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=539;ReadPosRankSum=0.799;SC=GGGACTGAAGGCTTGAGGACG;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=26;WE=6545343;WS=6545325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr7	6545619	rs11980487	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr7	6549867	rs74487555	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.516;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=1.157;SC=TGAGCCTGGGGTGGAGGGAAA;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=8;WE=6549875;WS=6549857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr7	6550403	rs34411495	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,45:0.21:219
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chr7	6566322	rs2881723	T	G	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.954;SC=GGGCCCGGCGTGCGCGGCACA;SOR=0.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=110;TCR=68;TR=177;WE=6566330;WS=6566312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
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chr7	6641635	rs13246348	C	T	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=52;PP=2344;ReadPosRankSum=0.960;SC=ATGAGGCGCTCTTGCTGTCTT;SOR=0.827;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=133;TCR=72;TR=145;WE=6641643;WS=6641625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,149:0.69:217
chr7	6647738	rs4416743	T	C	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=48;PP=1765;SC=TGCCCACGCATCCCGGCCACA;SOR=1.218;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=87;WE=6647746;WS=6647728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	6655932	rs34060186	C	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=686;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TCTGCACGGGCCAGGGTGGAC;SOR=0.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=92;TCR=82;TR=62;WE=6655940;WS=6655922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,65:0.35:187
chr7	6656830	rs2243563	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,49:0.25:194
chr7	6656897	rs1806552	A	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-2.558;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,33:0.20:161
chr7	6844574	rs75680229	C	G	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=70;PP=2542;SC=CAAACCCAGACATCCTCTTGT;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=144;WE=6844582;WS=6844564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	6845516	rs144852517	C	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.64;QD=26.72;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	6845594	rs202001623	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.11;QD=24.36;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	6854272	rs11769113	A	T	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=10;PP=2126;SC=GACATAAATAACACACTAAGA;SOR=3.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=78;TCR=10;TR=87;WE=6854280;WS=6854262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	6854511	rs143064541	C	G	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.22;MQRankSum=-2.106;QD=31.58;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr7	6854616	rs62441814	T	C	181.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.75;QD=30.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	6859453	rs145992513	C	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.94;QD=27.83;SOR=8.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	6861880	rs2711224	G	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.44;QD=31.45;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	6862789	rs6970263	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=559;SC=AGGCATAAACCTCACTACCTG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=6862797;WS=6862781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	7136061	rs35367486	G	GA	4963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.292;NF=30;NR=76;PP=1335;ReadPosRankSum=-1.820;SC=ATGGTGTCTGGAAAAAAAAAC;SOR=0.563;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=131;TCF=34;TCR=97;TR=106;WE=7136069;WS=7136051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,190:0.96:197
chr7	7136077	rs17163287	C	A	8841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.147;NF=82;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=1.036;SC=AAAACTGCAACGAATATAAGA;SOR=0.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=171;WE=7136085;WS=7136067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr7	7277807	rs3807862	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=335;SC=AATTAGGACAGTGCTTTCTTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=7277815;WS=7277797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	7278447	rs61744815	T	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.289;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=228;ReadPosRankSum=1.697;SC=AGAGATACCATTGGAAAAGAA;SOR=1.319;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=15;WE=7278455;WS=7278437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr7	7398457	rs2348042	T	G	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=83;PP=2077;ReadPosRankSum=-1.379;SC=AAAAGGAAAATGTGTCACGGA;SOR=1.106;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=27;TCR=117;TR=101;WE=7398465;WS=7398447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,103:0.70:147
chr7	7400239	rs7786515	A	G	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=174;SC=GAACATATAAAGACTAGTTCA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=7400247;WS=7400229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	7413149	rs61744841	T	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,40:0.27:147
chr7	7414923	rs78016696	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=6.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,39:0.27:146
chr7	7415217	rs1294651	C	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=325;SC=ACAATCAGCACTGGACCATTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=7415225;WS=7415207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	7421019	rs1294626	C	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=292;SC=TATAGGTAGACAAAGCAATGC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=7421027;WS=7421009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr7	7477250	rs5882126	T	TA	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=61.34;MQRankSum=0.319;NF=0;NR=6;PP=157;ReadPosRankSum=0.464;SC=GCATCTTTTGTAACCACTGCT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=7477258;WS=7477240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	7480376	rs33937466	C	CA	3813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.11;MQRankSum=0.999;NF=37;NR=33;PP=2719;ReadPosRankSum=-1.446;SC=AAACCAGACACAATACAAACT;SOR=0.920;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=70;WE=7480384;WS=7480366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,127:0.67:189
chr7	7483083	rs10234554	C	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=15;PP=1094;ReadPosRankSum=0.236;SC=GCTTCCAAGACAGTATTCATA;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=67;WE=7483091;WS=7483073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,71:0.78:91
chr7	7491873	rs4720735	AG	CT	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=10;PP=1688;SC=AGAGTCTGTAAGGCAATTGGA;SOR=2.004;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=44;WE=7491882;WS=7491863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	7493122	rs17519199	A	G	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=715;ReadPosRankSum=0.659;SC=CAGGTGGACCAATAGGACCTT;SOR=0.866;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=52;WE=7493130;WS=7493112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr7	7493244	rs17459676	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CTTACACTCAATAAGCATTTG;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=7493252;WS=7493234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr7	7495863	.	A	G	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5001;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=64;QD=19.7542425094;SC=AAAATTCAACATGGAAAATTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=7495871;WS=7495853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	7528951	rs6463696	C	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=19;PP=1254;SC=GACCATTTATCCTAAACAGAA;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=7528959;WS=7528941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	7557297	rs1016028	T	C	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=43;PP=2965;SC=GATTGCCTTCTTGAGCCATCA;SOR=1.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=103;TCR=43;TR=146;WE=7557305;WS=7557287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	7571094	rs7804532	G	C	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=102;PP=2965;SC=CGTAGAAAGTGCAATGGTGAT;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=94;TCR=102;TR=196;WE=7571102;WS=7571084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr7	7622696	rs4720741	C	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=415;SC=AACTGACTTACTTTCCAAATA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=7622704;WS=7622686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	7627994	rs6463702	T	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=379;SC=TTAATGGCTCTGCAAGATAAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=7628002;WS=7627984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	7628275	rs7801367	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=366;SC=TTTATAATTACATATGTATGA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=7628283;WS=7628265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	7645535	rs10276434	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=6;PP=1689;SC=ATAAAATATTATGATATAGTT;SOR=4.310;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=64;WE=7645543;WS=7645525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	7645806	rs2286209	A	G	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=94;PP=2792;SC=CCAAAGTATGAATTTTATTTT;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=31;TCR=94;TR=125;WE=7645814;WS=7645796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	7646651	rs7806046	G	T	5124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=65;PP=2912;SC=GCCCTGTGTCGGCATGCACGT;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=105;TCR=65;TR=170;WE=7646659;WS=7646641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	7646687	rs4222	A	G	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=85;PP=2965;SC=TGGATACAACAGGGAATCTGG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=110;TCR=85;TR=195;WE=7646695;WS=7646677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr7	7712941	rs148595964	TAGCAGCAGCAGC	T,TAGC	2267.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.37;QD=39.10;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,48:0.17,0.83:58
chr7	7841524	rs6463722	G	T	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=830;SC=AGTCAGTGGAGAGCAGTACAG;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=7841532;WS=7841514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	7841561	rs2348558	C	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=439;SC=TGCTAAACTCCTTTAGTGCTA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=7841569;WS=7841551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	7916817	rs73043329	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.30;ReadPosRankSum=0.796;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr7	7916824	rs73043332	A	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.79;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr7	8043504	rs38013	A	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=529;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TATTTTATTCACTAATGACTA;SOR=0.477;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=131;TCF=96;TCR=35;TR=47;WE=8043525;WS=8043494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,49:0.34:144
chr7	8043647	.	T	C	2899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=69;PP=1872;ReadPosRankSum=-1.067;SC=CACGGGATCCTCATGTTCACT;SOR=0.750;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=376;TCF=196;TCR=180;TR=139;WE=8043655;WS=8043637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,148:0.37:396
chr7	8110475	rs10253861	G	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=551;ReadPosRankSum=-1.463;SC=ATGAAATCAAGGGAAATACTA;SOR=0.405;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=36;WE=8110483;WS=8110465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,36:0.38:95
chr7	8110780	rs10486207	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr7	8125964	rs929509	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=2.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,105:0.22:483
chr7	8126194	rs12847	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=0.866;SC=CCTCCACCCTATGTTCCATGG;SOR=0.303;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=11;WE=8126202;WS=8126184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr7	8132252	rs4725069	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=430;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TAGCTGACTCTCTGTTCACCT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=37;WE=8132260;WS=8132242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,44:0.34:129
chr7	8181555	rs80350640	C	CCA	15805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.201;NF=38;NR=145;PP=2974;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AACACATACACCACACACACG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=44;TCR=163;TR=183;WE=8181563;WS=8181545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,402:1.00:404
chr7	8196529	rs10282493	A	T	7352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.965;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.282;NF=147;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.982;SC=GGATTGCAGTAGATTCTCATT;SOR=0.160;Source=Platypus;TCF=150;WE=8196537;WS=8196519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr7	8196567	rs200840693	AAAAAAAAAAAAAAAAAAG	A	1926.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.85;MQRankSum=0.258;QD=17.52;ReadPosRankSum=2.748;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,85:0.77:110
chr7	8475147	rs6949787	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GTCCCCCACTCCCCGCTACGA;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=8475155;WS=8475137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	10973362	rs7789764	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=18;PP=487;SC=CTCAAATACACAGAGACGGTA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=10973370;WS=10973352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	10977630	rs17163788	G	A	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=43;PP=1978;SC=AATTTTACTCGTATATCCAGT;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=121;WE=10977638;WS=10977620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	11022230	rs218966	A	G	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
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chr7	11030274	rs145285105	GT	G	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=226;ReadPosRankSum=1.004;SC=TAGTGATTAAGTTTTTTTTTT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=16;WE=11030282;WS=11030264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr7	11076514	rs41272942	T	G	108.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGTTTTAAACTATGTAGGTTT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=11076522;WS=11076504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr7	11078498	rs117308428	A	G	5843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TTTCTTTCCAATTGCTGTCTC;SOR=0.839;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=337;TCF=161;TCR=176;TR=241;WE=11078506;WS=11078488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,254:0.70:364
chr7	11078528	rs76391370	T	C	4093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=99;PP=2902;ReadPosRankSum=1.132;SC=TTGCTCCCTATATGATTTTCA;SOR=1.034;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=232;TCF=94;TCR=138;TR=159;WE=11078536;WS=11078518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,169:0.68:250
chr7	11082439	rs61753125	T	C	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=1170;ReadPosRankSum=0.337;SC=AAAACAGTTATTGGTGAGTAA;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=68;WE=11082447;WS=11082429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,72:0.73:99
chr7	11091212	rs141259698	T	A	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=26;PP=1513;ReadPosRankSum=1.936;SC=AATAAATGCATGACTTAAATT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=95;TCR=42;TR=87;WE=11091220;WS=11091202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,94:0.64:147
chr7	11151137	rs117182717	G	A	2530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=62;PP=1605;ReadPosRankSum=0.002;SC=GTGTCCTTCCGTTTGATAGCT;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=53;TCR=85;TR=99;WE=11151145;WS=11151127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,108:0.70:154
chr7	11208989	rs28394821	C	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TCAAGTATAGCTGATAAATGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=11208997;WS=11208979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	11416378	rs2189351	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=396;SC=TATATGACCAATTTCTTTCAA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=11416386;WS=11416368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	11418670	rs2189352	C	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=0;PP=582;SC=AAAGGTTTCTCTTTCAACACT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=11418678;WS=11418660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	11418931	rs12670599	T	C	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=98;PP=2965;SC=AGAAGATTTATACTAGCCATG;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=74;TCR=98;TR=172;WE=11418939;WS=11418921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	11419104	rs2285757	G	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=10;PP=654;SC=AGCAAGTGAAGTCAGGACTTT;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=11419112;WS=11419094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	11419378	rs2107162	T	C	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=54;PP=1803;SC=AATAATATATTTTGCTATGAT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=11419386;WS=11419368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	11441358	rs10950347	A	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=436;SC=TATTTTTAACAGACTATTTTT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=11441366;WS=11441348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	11441700	rs1859225	G	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=509;SC=GGTATCCCAGGCACACATAAT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=11441708;WS=11441690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	11446902	rs6956916	T	G	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=31;PP=1724;ReadPosRankSum=0.071;SC=CCTTGACCAGTAGCCTAATAT;SOR=0.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=98;WE=11446910;WS=11446892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,100:0.74:136
chr7	11447159	rs6975407	G	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=-1.497;SC=AGCCACATAAGAGAATAAAAT;SOR=0.223;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=15;WE=11447167;WS=11447149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr7	11452204	rs2301743	C	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=0;PP=393;SC=TAGAGATGAACTATACTGACA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=11452212;WS=11452194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	11464233	rs111459061	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=600;ReadPosRankSum=-0.755;SC=ATCCAGAAGACTGGGGAGGAG;SOR=0.292;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=39;WE=11464241;WS=11464223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr7	11464297	rs1859226	T	C	5561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=76;PP=2965;SC=TGTCTTGCTTTTCTGTATAAT;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=112;TCR=76;TR=188;WE=11464305;WS=11464287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
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chr7	11500372	rs118134876	C	T	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TTGGCATCTGCGCCATTTGTG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=384;TCF=207;TCR=177;TR=123;WE=11500380;WS=11500362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,133:0.32:411
chr7	11580903	rs2074604	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr7	11581121	rs47	T	C	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=2103;ReadPosRankSum=0.537;SC=GGCTCGCAGTTTCCCAGTCTC;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=239;TCF=105;TCR=134;TR=77;WE=11581142;WS=11581111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,81:0.33:248
chr7	11581134	rs2074603	T	C	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=2103;ReadPosRankSum=1.188;SC=CCAGTCTCACTGCTTTCCAGT;SOR=0.549;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=235;TCF=103;TCR=132;TR=72;WE=11581142;WS=11581111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,77:0.32:243
chr7	11630298	rs2074602	C	A	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=1052;ReadPosRankSum=-4.172;SC=CCAGCAGCAACCATAATTATT;SOR=0.653;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=70;WE=11630306;WS=11630288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,76:0.72:106
chr7	11633193	rs2354954	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=680;ReadPosRankSum=1.131;SC=TGTCTTCTACGCTCAAGAGTG;SOR=0.547;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=38;WE=11633201;WS=11633183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr7	11676377	rs2074598	G	A	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.567;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,103:0.26:403
chr7	11871469	.	A	AGCAGCG	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.178;NF=3;NR=1;PP=167;ReadPosRankSum=0.564;SC=CAGCAGCAGGAGCAGCGGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=11871477;WS=11871459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr7	12255434	rs6460901	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr7	12255511	rs6460902	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-0.848;SC=ATAATCCCCTGTGTGCTGCTT;SOR=0.120;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=12255519;WS=12255501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr7	12257938	rs6415232	A	G	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=179;SC=CTTCTGCTGGATACTTTCTGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=12257946;WS=12257928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	12257966	rs3887296	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GCAATTTACTAAAGGAAAGAG;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=12257974;WS=12257956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	12263799	rs11509137	TG	CA	5185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=24;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.549;SC=TCTAATGTTGTGTTATATAAT;SOR=0.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=140;TCR=37;TR=113;WE=12263808;WS=12263789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,128:0.69:186
chr7	12269213	rs13234238	A	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=95;SC=TTAATAAATGAAGCATAGCTA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=12269221;WS=12269203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	12269260	rs3839691	A	ATGTT	380	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=229;ReadPosRankSum=1.423;SC=ACATATTTGTATATTTTTAGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=12269268;WS=12269250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr7	12269417	rs3173615	C	G	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=765;ReadPosRankSum=0.255;SC=AACAACATAACCATTATTGGT;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=52;WE=12269425;WS=12269407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,56:0.80:70
chr7	12270625	rs2302635	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-2.076;SC=TAAGATAGGAGGGAGAATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=12270633;WS=12270615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	12270770	rs2302634	T	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=482;ReadPosRankSum=0.940;SC=TGAAAGAGATTTTGCTTGTTA;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=38;WE=12270778;WS=12270760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr7	12270815	rs2302633	C	T	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=1063;ReadPosRankSum=0.339;SC=TTATAATATACACAACATCTT;SOR=1.005;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=40;WE=12270827;WS=12270805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr7	12270819	rs73677559	A	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=309;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AATATACACAACATCTTTATA;SOR=0.487;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=14;WE=12270827;WS=12270805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr7	12270967	rs2302632	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.180;SC=GGATGTCACAAGAGTTCAGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=12270975;WS=12270957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	12271452	rs3800842	A	G	5015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=68;PP=2965;SC=CCTCACTTACATTATTTTTAG;SOR=1.258;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=116;TCR=68;TR=183;WE=12271460;WS=12271442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	12271666	rs1042946	G	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=38;PP=859;ReadPosRankSum=-0.781;SC=TCAATGAAGAGGTATTTCCTA;SOR=0.353;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=46;WE=12271674;WS=12271656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr7	12370794	rs1059002	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=110;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TTGTAATTCATATACTTGATG;SOR=1.071;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=12;WE=12370802;WS=12370784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr7	12370952	rs6954265	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TGCCACTAGACTCAATACTGT;SOR=0.687;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=18;WE=12370960;WS=12370942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr7	12371001	rs6954555	G	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=20;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CATACTTAAGGTCCAAGCTGT;SOR=0.527;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=5;WE=12371009;WS=12370991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
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chr7	12375667	rs35608044	G	GT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=2.234;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
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chr7	12383967	rs1440032	T	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-2.460;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,44:0.27:164
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chr7	12393974	rs6944626	A	C	12435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.03;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr7	12394053	rs6945167	G	T	14128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=249;NR=249;PP=2965;SC=ATTCAGGCATGCTACTCCCTC;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=498;TCF=249;TCR=249;TR=498;WE=12394061;WS=12394043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr7	12395813	rs2119141	T	C	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=1213;ReadPosRankSum=1.370;SC=AAGGGTTGGATTGGCACCCAC;SOR=0.797;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=75;WE=12395821;WS=12395803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,78:0.68:115
chr7	12396040	rs4719307	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=189;SC=ACAGTCATGTATGTTTATGTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=12396048;WS=12396030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	12396897	rs1866650	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,57:0.28:206
chr7	12400710	rs2053381	C	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-1.579;SC=TTAATGTGCCCACAGCATAGG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=12400718;WS=12400700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	12400837	rs2053380	G	A	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=17;PP=827;SC=ATATATGACCGTTATTTTGGG;SOR=1.094;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=45;WE=12400845;WS=12400827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	12406989	rs6460939	C	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=658;ReadPosRankSum=0.844;SC=ATACCTGTAGCTTAGTAACTT;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=47;WE=12406997;WS=12406979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr7	12410112	rs963323	G	A	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=82;PP=2481;SC=CAGTGTGTCAGACATGCTTTT;SOR=1.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=129;WE=12410120;WS=12410102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	12414620	rs6945357	G	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=1.680;SC=CAGTATTAGTGTTGTAATTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=6;WE=12414628;WS=12414610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr7	12417407	rs7793993	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=672;SC=ATTACCTTGACCAATAGTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=12417415;WS=12417397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	12418938	rs10499421	G	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.067;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=751;ReadPosRankSum=0.527;SC=AAACTTTGTTGCGCATTAGAA;SOR=2.348;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=32;WE=12418946;WS=12418928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr7	12418964	rs10270931	T	C	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=11;PP=1131;ReadPosRankSum=-1.827;SC=GGGGCTTTTCTTCAAATATGG;SOR=1.209;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=56;WE=12418972;WS=12418954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,59:0.73:81
chr7	12419039	rs10570724	TCA	T	8683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=67;PP=2965;SC=CATGGACAGATCACAGTTTGG;SOR=1.060;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=109;WE=12419048;WS=12419029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	12419108	rs6967241	A	T	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=87;PP=2965;SC=CGTACCTTAAAGCCTGCAAAA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=90;TCR=90;TR=177;WE=12419116;WS=12419098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	12420092	rs1025787	G	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=4;PP=1100;SC=AAAATAAAATGCAACTGTTTT;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=12420100;WS=12420082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	12420447	rs6959370	T	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=31;PP=924;SC=TATAACTCTGTGGTTTATCTT;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=12420455;WS=12420437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	12420517	rs6460941	T	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=161;SC=AAAGTAATACTTTCATATTCT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=12420525;WS=12420507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	12428608	rs6954047	C	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-1.966;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,34:0.25:134
chr7	12428803	rs848016	G	A	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=43;PP=1034;ReadPosRankSum=-1.211;SC=TAAGTATACAGAAAAGTTCCC;SOR=0.558;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=290;TCF=162;TCR=128;TR=91;WE=12428811;WS=12428793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,96:0.31:314
chr7	12429112	rs848015	T	C	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	12609988	rs2240571	G	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=309;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CCAGAAATAAGAGGATTAGCG;SOR=0.653;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=17;WE=12609996;WS=12609978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr7	12610641	rs80240327	C	A	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.541;NF=14;NR=20;PP=530;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GGGACCCCGACGCACCAAGGC;SOR=0.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=34;WE=12610649;WS=12610631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr7	12611179	rs12699405	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=2.539;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,41:0.26:156
chr7	12611252	rs6460967	T	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=930;ReadPosRankSum=-1.107;SC=CAGATAGAAGTAAGAAAAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=50;WE=12611260;WS=12611242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr7	12636026	rs758111	T	C	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=91;PP=2316;SC=GCCTCCCTGATGTCTGCATTC;SOR=1.344;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=59;TCR=91;TR=150;WE=12636034;WS=12636016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr7	12644334	rs849778	G	T	5538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.05;NF=60;NR=104;PP=2962;SC=ACTCCAACTCGTATGTGTCTG;SOR=1.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=60;TCR=104;TR=164;WE=12644357;WS=12644324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr7	12644348	rs78612532	G	GGT	3987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.385;QD=28.08;ReadPosRankSum=0.166;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,122:0.86:142
chr7	12665517	rs2529782	T	C	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=946;ReadPosRankSum=0.102;SC=ATAGAAAACATTGGAGCTCAT;SOR=0.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=61;WE=12665525;WS=12665507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,69:0.81:85
chr7	12666540	rs849757	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CATGGTGAAACCCCACCTCTA;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=12666548;WS=12666530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr7	12684340	rs2691810	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.874;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,21:0.25:83
chr7	12727826	rs2280633	G	C	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=79;PP=2965;SC=AAGAGAAGTTGTAAACCAAGA;SOR=1.351;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=133;TCR=79;TR=212;WE=12727834;WS=12727816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr7	13940570	.	C	CAAGGATATAAGTAAA	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=2897;ReadPosRankSum=0.889;SC=ATGTCCAACTCAAGGATATAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=9;WE=13940578;WS=13940560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr7	13946316	rs17167633	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.217;SC=TATGGTTAAACCACAATCAAC;SOR=0.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=7;WE=13946324;WS=13946306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr7	13947289	rs10950497	G	A	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=15;PP=570;SC=CTGCAAGTATGTCATTGTTAG;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=13947297;WS=13947279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	13950838	rs77694863	C	T	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=50;PP=1641;ReadPosRankSum=0.072;SC=GGTATTTACACGGAATTTCAG;SOR=0.766;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=177;TCF=105;TCR=72;TR=119;WE=13950846;WS=13950828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,123:0.65:190
chr7	13978645	rs3801098	C	T	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.34;SOR=4.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	13978648	rs3801099	T	A	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.11;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	13978809	rs9639168	T	C	6268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=114;PP=2965;SC=CAGGCAGAGCTGATTTCTGAA;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=114;TCR=114;TR=228;WE=13978817;WS=13978799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr7	14016939	rs2074670	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=551;ReadPosRankSum=0.941;SC=GTTAAAAAGGTGCTGGTACAA;SOR=1.460;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=32;WE=14016947;WS=14016929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr7	14017007	rs2066977	CC	TG	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=1738;ReadPosRankSum=-0.754;SC=AAGAAGGAAACCAGAAAGACA;SOR=0.701;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=52;WE=14017016;WS=14016997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr7	14017126	rs5882424	T	TA	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=0.195;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr7	14025640	rs3801110	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=444;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GTCAATTTCAGCAAACATAAC;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=18;WE=14025648;WS=14025630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr7	14025727	rs3823704	C	T	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=27;PP=1849;ReadPosRankSum=1.608;SC=ATTTCCTAAGCATTAGATACA;SOR=0.969;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=159;TCF=117;TCR=42;TR=106;WE=14025735;WS=14025717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,109:0.65:168
chr7	14025766	rs10215655	T	A	5446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.367;SC=GTGAACAAGGTGGAAAGAAGA;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=194;TCR=117;TR=224;WE=14025774;WS=14025756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,231:0.72:322
chr7	14026357	rs3213661	A	G	644.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=587;ReadPosRankSum=1.470;SC=CAAATCTTTAATCTTCATTAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=26;WE=14026365;WS=14026347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr7	14027867	rs59844225	G	GCA	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.336;NF=1;NR=23;PP=925;ReadPosRankSum=-0.228;SC=ACACGCGCGCGCACACACACA;SOR=0.039;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=24;WE=14027876;WS=14027857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr7	14028245	rs11460974	G	GA	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=7.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=0.000;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr7	14517650	rs3839747	T	TAC	54.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=148;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TCTTAATATTTACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=14517658;WS=14517640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr7	14517977	rs3823843	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=1.012;SC=TGCCAAGAAGGTTATGTAAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=14517985;WS=14517967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr7	14622510	rs17595234	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=308;ReadPosRankSum=1.015;SC=TTTGCCAGTTGAATTTTTGAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=15;WE=14622518;WS=14622500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr7	14622870	rs3795245	A	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TATTTTATAAAAACTGTAAAA;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=15;WE=14622878;WS=14622860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
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chr7	14775823	.	GA	G	322	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000,0.5000;HP=10;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=62.71;NF=4,0;NR=8,11;PP=299,322;QD=27.8142677123;SC=CTATTGTCTGGAAAAAAAAAA;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=12,11;WE=14775831;WS=14775813;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr7	14775824	rs80024169	A	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=8.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.98;MQRankSum=5.404;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr7	14789643	rs12673261	C	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=641;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TTATGTAACACTATCCAAATG;SOR=0.640;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=35;WE=14789651;WS=14789633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr7	14789844	rs1723239	A	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=649;ReadPosRankSum=0.804;SC=TTAAAGCATAATTTTCTAAAC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=37;WE=14789852;WS=14789834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr7	14793478	rs1723224	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=237;ReadPosRankSum=1.316;SC=TTCAGTGATATGGATGAGAAA;SOR=3.412;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=14793486;WS=14793468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr7	14793724	rs4632953	G	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=385;ReadPosRankSum=-0.124;SC=AGGTGGTTCCGAAACAGTGGC;SOR=0.720;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=29;WE=14793732;WS=14793714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr7	14797180	rs147706722	T	TAC	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=0.714;SC=TACATATACATACACACACAC;SOR=0.269;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=2;WE=14797188;WS=14797170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	14881079	rs74902981	CAA	C	142.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	15398205	rs146391994	T	TC	1247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.17;MQRankSum=0.604;NF=3;NR=34;PP=1431;ReadPosRankSum=0.009;SC=CCAAACTCAGTCCCTCCCCAA;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=37;WE=15398213;WS=15398195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr7	15458033	rs4469360	C	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=-2.593;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr7	15584604	rs2189445	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=0.381;SC=AAAAAATTACGCTAAAATGTT;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=15584612;WS=15584594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr7	15666230	rs3779406	C	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=0;PP=538;SC=ATTTTGCTGGCAAAATTTTAT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=15666238;WS=15666220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	15725797	rs113582077	ATGGTGG	ATGG,A	3372.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=18,18;NR=33,33;PP=121,2337;SC=GATGGTGGTGATGGTGGTGGT;SOR=1.079;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=51,51;WE=15725813;WS=15725787;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.97:79
chr7	15726066	rs1050290	G	A	11884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.101;NF=202;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=1.215;SC=AGACTTCACGGCGGTTCCAAA;SOR=0.238;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=202;TR=396;WE=15726074;WS=15726042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,444:1.00:445
chr7	15726117	rs33970897	A	ATT	4568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.280;NF=8;NR=86;PP=1119;ReadPosRankSum=1.354;SC=AAACCGTGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.577;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=139;TCF=11;TCR=128;TR=94;WE=15726137;WS=15726107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,155:0.96:162
chr7	15726129	rs11975534	A	C	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=109;PP=2965;SC=TTTTTTTTTAACCTCCCAAAG;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=37;TCR=109;TR=146;WE=15726137;WS=15726107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	16129153	rs28379235	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TATATATGTACGTACATACAT;SOR=0.031;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=8;WE=16129161;WS=16129143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr7	16129172	rs9691136	A	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=594;SC=ATATATATGTATATACATGTA;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=16129180;WS=16129162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	16131260	rs1528137	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,17:0.20:84
chr7	16131470	rs116944458	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr7	16298434	rs1295153	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=396;SC=TCTCCAAAAATGTGTAGAAGA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=16298446;WS=16298424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr7	16298498	rs139478143	CAT	C	1457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.237;NF=14;NR=8;PP=872;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TTCTCTTCCACATTTGTTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=22;WE=16298507;WS=16298488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr7	16298766	rs5882563	A	AT	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=112;SC=AAAAAAATGAAACATGCTGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=16298774;WS=16298756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr7	16348059	rs62441885	T	C	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=21;PP=1581;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CCTTAACTCCTACTCAATGCA;SOR=0.599;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=84;WE=16348067;WS=16348049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,87:0.79:110
chr7	16348091	rs13437646	A	C	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=56;PP=2513;ReadPosRankSum=-0.303;SC=AAATGTACACACACGCAAACA;SOR=0.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=117;TCR=73;TR=144;WE=16348099;WS=16348081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,148:0.76:196
chr7	16445673	rs6461252	A	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,48:0.29:163
chr7	16503932	rs67149353	C	G	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1110;ReadPosRankSum=0.253;SC=GATTCTGCCTCCAGCTCACCT;SOR=0.713;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=250;TCF=132;TCR=118;TR=85;WE=16503940;WS=16503922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,89:0.34:261
chr7	16505054	rs111391406	GA	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=0.195;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr7	16505341	rs6945425	T	C	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=60;PP=2090;SC=ATTCTTTTGCTTCTGCTTCTG;SOR=1.189;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=103;WE=16505349;WS=16505331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	16566391	rs6461263	T	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=4;PP=993;SC=GGCCACACGCTCAAACGTCAC;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=47;WE=16566399;WS=16566381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	16566645	rs2301968	C	G	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1622;ReadPosRankSum=1.215;SC=GCATCCGAAACTGCCCTACAG;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=69;TCR=76;TR=102;WE=16566653;WS=16566635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,111:0.70:159
chr7	16571973	rs1404173	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=12.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.39;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr7	16571976	rs1404172	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=8.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.94;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr7	16572051	rs1404171	C	T	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=950;ReadPosRankSum=1.176;SC=GTTATTGTTACTGACTGCAAG;SOR=1.131;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=53;WE=16572059;WS=16572041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr7	16577376	rs6961390	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=350;SC=TCTTAATTTTGTATTCCTAAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=16577384;WS=16577366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	16597114	rs6951596	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-2.838;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr7	16597174	rs6969347	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr7	16598655	rs6979816	G	A	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=44;PP=1253;SC=ATGGCCATAAGTTAAAATAGT;SOR=1.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=63;WE=16598663;WS=16598645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	16605861	rs11463350	A	AT	1117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=1043;SC=GAATCTCTTAATTTTTTGTAT;SOR=3.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=33;WE=16605869;WS=16605851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	16606084	rs1524359	G	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=60;PP=1548;ReadPosRankSum=1.480;SC=ATAGCTCAGCGGTTTAAAAAC;SOR=0.991;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=137;TCF=42;TCR=95;TR=83;WE=16606092;WS=16606074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,85:0.59:144
chr7	16620928	rs562687	A	G	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=814;ReadPosRankSum=0.931;SC=TTTTTCTGACATAATTGCTTT;SOR=1.148;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=62;WE=16620943;WS=16620915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,62:0.65:95
chr7	16640358	rs543387	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=3;PP=803;SC=AGGGTGAGGATCATCCACACT;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=16640366;WS=16640348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	16640491	rs541797	G	A	5731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=108;NR=91;PP=2965;SC=CTTCAGGATTGGAATCCTTTT;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=108;TCR=91;TR=199;WE=16640499;WS=16640481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr7	16643467	rs561370	T	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=39;PP=1067;SC=ACAAGAAGGATGAGAGTCACA;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=16643475;WS=16643457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	16650427	rs572570	C	G	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=77;PP=2405;SC=TTAAAGGAGACACTTGTTCAT;SOR=1.537;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=120;WE=16650435;WS=16650417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	16655632	rs9638734	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=332;SC=AAACATGCACCAATATCTTTA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=16655640;WS=16655622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	16664511	rs34435348	A	AC	1685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=1495;ReadPosRankSum=0.923;SC=TTTTAAAGCAACATGATAATA;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=37;WE=16664519;WS=16664501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr7	16666741	rs11532682	T	G	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1232;ReadPosRankSum=1.646;SC=CATGTCGCAGTAGTAATTTGC;SOR=0.805;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=74;WE=16666749;WS=16666731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,78:0.64:121
chr7	16666759	rs11531477	G	C	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TGCACATATCGAGTTTTCCTT;SOR=0.579;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=61;WE=16666767;WS=16666749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,64:0.64:100
chr7	16705132	.	TTG	T	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,27:0.14:188
chr7	16713933	rs11465103	A	AT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.566;NF=5;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=-1.579;SC=TGCTCTGTGGATTTTTTTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=16713941;WS=16713928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	16722353	rs818503	A	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=383;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TCTATTACCTACTTCTGTGTC;SOR=0.743;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=22;WE=16722361;WS=16722343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr7	16736478	rs73679839	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=4.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.54;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,67:0.68:98
chr7	16736478	.	GC	AG	961	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=41;NR=16;PP=961;QD=17.7976820151;SC=TGGGCAGCTAGCGGGGAGATG;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=57;WE=16736487;WS=16736468;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:33,57:0.63:90
chr7	16736479	rs7796792	C	G	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.42;SOR=1.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	16745564	rs71540764	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=3.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=431;ReadPosRankSum=1.760;SC=CCTTATAATGGGTGCCTAGGG;SOR=2.494;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=21;WE=16745572;WS=16745554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr7	16745589	rs1149510	T	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.718;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=615;ReadPosRankSum=1.043;SC=AGTATGCTGGTGCAATGGCAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=28;WE=16745597;WS=16745579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr7	16793504	rs6975847	A	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=629;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CGCCTGGGCCAGGCCCCAAAG;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=38;WE=16793512;WS=16793494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr7	16793779	rs11405941	G	GC	3067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=64;PP=2957;SC=GGCTTCCCACGTCTGCGCGCC;SOR=4.671;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=0;TCR=66;TR=64;WE=16793787;WS=16793769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	16815786	rs2290836	C	G	3469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=4.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,153:0.73:210
chr7	16816000	rs2290837	T	C	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.007;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=926;ReadPosRankSum=-0.797;SC=TGTTGCTATTTTTTGTATCCT;SOR=0.232;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=54;WE=16816008;WS=16815990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,68:0.79:86
chr7	16818799	rs6461276	A	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=747;ReadPosRankSum=1.609;SC=GTTTTGCATGACAAAGGGCCT;SOR=0.052;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=36;WE=16818807;WS=16818789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr7	16823095	rs11491	G	A	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.669;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,150:0.28:528
chr7	16834444	rs2272246	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=333;ReadPosRankSum=-0.812;SC=AAACTGAGTCCGAGGCGTCCC;SOR=0.247;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=79;TCR=6;TR=27;WE=16834452;WS=16834434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr7	16834551	rs4719480	C	A	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=46;PP=1346;ReadPosRankSum=-1.569;SC=AATTGAAGGTCACACTTACAC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=377;TCF=224;TCR=153;TR=115;WE=16834559;WS=16834541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,120:0.29:408
chr7	16834597	rs6842	A	G	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=68;PP=1596;ReadPosRankSum=0.232;SC=CATAGAGACGATTTGAATATC;SOR=0.729;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=460;TCF=233;TCR=227;TR=142;WE=16834605;WS=16834587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,149:0.31:487
chr7	16837404	rs819010	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=-0.515;SC=TGTCCATTTCCGGCCAGGCAT;SOR=0.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=11;WE=16837412;WS=16837394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr7	16839501	rs2272245	A	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=22;ReadPosRankSum=0.505;SC=AGCTTTGTTCAATTTTCAGTT;SOR=0.287;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=5;WE=16839509;WS=16839491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr7	16872913	rs4719482	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.541;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,28:0.23:120
chr7	16899197	rs11798	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=2.142;SC=GGCTTTTTTCCATCATCTCTT;SOR=0.999;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=17;WE=16899205;WS=16899187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chr7	16901185	rs4236289	C	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=449;SC=TAATTCCATACAACTTTCTGT;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=16901193;WS=16901175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	16913394	rs10249749	A	G	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=35;PP=2609;SC=TGAGCTGAGAAGCATGTTACC;SOR=1.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=93;TCR=35;TR=126;WE=16913402;WS=16913384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	16913520	rs4472406	G	A	6451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=132;PP=2965;SC=AGAAGAGCTCGGAAATGGGTA;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=93;TCR=132;TR=225;WE=16913528;WS=16913510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr7	16913617	rs4389824	A	G	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=885;SC=CACAATTTTCACAAGATATGG;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=16913625;WS=16913607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	17854532	rs2723501	G	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=1.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,29:0.19:149
chr7	17874271	rs4721660	T	C	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=265;SC=ATTGCCATAGTTTATCTTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=17874279;WS=17874261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	17874300	rs4721661	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=-0.369;SC=TCTACTTTTAGAAAGTTTTTA;SOR=0.260;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=4;WE=17874308;WS=17874290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
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chr7	17908130	rs2389858	T	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
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chr7	19768879	.	G	GT	26	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5015;HP=14;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=26;QD=10.0;SC=TTATTTGTCAGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=19768887;WS=19768869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr7	20180507	rs55989776	G	GAC	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=6.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=2.288;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
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chr7	20371395	rs206197	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=558;SC=CGGAAGGCAGTCAGGCGGCGG;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=20371403;WS=20371385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr7	20406542	rs34556056	A	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=471;SC=AAAATGATATAAAATACCAAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=20406550;WS=20406532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	20418926	rs1042277	T	C	5900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TGCAGGTATCTAGGGTTTGAT;SOR=1.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=76;TCR=119;TR=193;WE=20418934;WS=20418916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,209:0.99:211
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chr7	20668236	rs3033483	T	TTG	845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=751;ReadPosRankSum=1.013;SC=CTGTAGGCTGTTGTGTGTGTG;SOR=1.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=17;WE=20668244;WS=20668226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr7	20706645	rs12535128	G	T	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=150;SC=TTAGGTCACAGGAATGATCTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=20706653;WS=20706635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr7	20739672	rs12700230	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.246;NF=26;NR=28;PP=717;ReadPosRankSum=-2.152;SC=TTGTTTGTTTGCTTTTCAGGG;SOR=0.954;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=54;WE=20739680;WS=20739662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,61:0.62:99
chr7	20739774	rs5882753	AT	A	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=332;SC=TGATAAGTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=19;WE=20739782;WS=20739764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	20739839	rs13229035	A	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.744;SC=TCTCAAGTCAATTTTTGACAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=20739847;WS=20739829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr7	20744543	rs2158855	A	C	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=19;PP=595;SC=CACATCATTAATGAGGCCAGG;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=20744551;WS=20744533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	20744563	rs2158854	C	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=18;PP=517;SC=GTAAGTCTCACGGTTAACAGG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=20744571;WS=20744553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	20766943	rs11976861	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=1.498;SC=TTGAGGGCAACCACAATTAGA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=20766951;WS=20766933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	20768013	rs10254317	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=876;ReadPosRankSum=0.817;SC=TTGCCTATGCGGCAGGGTTTC;SOR=0.558;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=240;TCF=123;TCR=117;TR=77;WE=20768021;WS=20768003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,81:0.32:256
chr7	20778646	rs6461515	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,45:0.27:165
chr7	20778773	rs6461516	C	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,19:0.22:85
chr7	20782474	rs12669866	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=0.932;SC=GTCATTCTTCTCAACTCTGTC;SOR=1.048;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=7;WE=20782482;WS=20782464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr7	20802789	rs77333366	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=178;ReadPosRankSum=-0.127;SC=ATTGATACTATCTATTTTTAA;SOR=0.305;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=13;WE=20802797;WS=20802779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr7	20803107	rs55827389	T	TC	924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=1050;SC=AGTCTGTTTTTCTTTAGTGTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=22;WE=20803115;WS=20803097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	21468869	rs141294478	TCC	T	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=13.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=2.467;SOR=2.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr7	21470536	rs40245	A	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=138;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TCCTAATTCTAAGGTTTGACG;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=12;WE=21470544;WS=21470526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr7	21516627	rs3214203	AT	A	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.336;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr7	21628237	rs6963535	C	T	8712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=156;PP=2965;SC=GGTCAAACTTCGCATCTCTCC;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=148;TCR=157;TR=304;WE=21628245;WS=21628227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr7	21639818	rs6461586	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=0.480;SC=TAGCTCATGCTGGGAATCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=21639826;WS=21639808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	21640361	rs10269582	T	C	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.033;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=56;PP=2631;ReadPosRankSum=-1.908;SC=GTGGTGAATGTCATCAACAAA;SOR=0.910;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=234;TCF=145;TCR=89;TR=155;WE=21640369;WS=21640351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,162:0.65:248
chr7	21640405	rs10224537	A	G	5010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=1.205;SC=GGAGACCCACACTTACCTCTG;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=209;TCR=138;TR=222;WE=21640413;WS=21640395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,228:0.63:360
chr7	21641218	rs3827657	G	A	3331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=73;PP=2104;ReadPosRankSum=0.250;SC=TGCCTGAGCAGGTCTATATTC;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=77;TCR=101;TR=126;WE=21641226;WS=21641208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,136:0.72:189
chr7	21657130	rs12539987	C	G	275.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=226;SC=AATGCTTTCACTCTTTTCTAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=21657138;WS=21657120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	21658855	rs57208694	A	G	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=83;PP=2841;SC=TGTCCTCGGGACTGGGTCATT;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=50;TCR=83;TR=133;WE=21658863;WS=21658845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	21658964	rs68184450	C	T	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=18;PP=503;SC=AGTTTGTTCCCTGCTGTTCAT;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=21658972;WS=21658954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	21659554	rs112373177	A	ATTAAT	3867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=17;PP=2970;SC=GTGCACATTAATTATATTGTT;SOR=2.066;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=54;WE=21659562;WS=21659544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	21659645	rs56029521	T	C	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=82;PP=2965;SC=GAACAGGCATTCCATTACTAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=86;TCR=82;TR=168;WE=21659653;WS=21659635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr7	21695416	rs11769118	A	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=12;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.790;SC=TACAGTAAGAAATGTTCTTAT;SOR=1.079;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=56;WE=21695424;WS=21695406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr7	21695649	rs4385378	G	A	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=79;PP=2019;ReadPosRankSum=1.724;SC=TTTTCAGCATGCTCTTAGAAG;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=64;TCR=111;TR=127;WE=21695657;WS=21695639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,135:0.73:186
chr7	21775153	rs2072219	A	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=734;SC=GATTTCAATTATAAAGTGACT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=21775161;WS=21775143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	21775210	rs2270022	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=18;PP=1546;SC=TCTCGCACGCACTCTCTCTCT;SOR=2.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=83;WE=21775218;WS=21775200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	21775443	rs2072221	G	A	8659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=141;NR=155;PP=2965;SC=ACTACTACACGACATCCACAG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=141;TCR=155;TR=296;WE=21775451;WS=21775433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
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chr7	21827060	rs201944089	G	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,52:0.24:221
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chr7	21901566	rs4722067	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
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chr7	21907458	rs4995598	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
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chr7	21932044	rs12537531	C	T	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=1325;ReadPosRankSum=1.747;SC=TGGTTCAAGACTGAAGATGAA;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=88;WE=21932052;WS=21932034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,92:0.79:116
chr7	21932317	rs9639401	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=441;ReadPosRankSum=1.136;SC=TTCTTTTTCATTGAAGTATAA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=26;WE=21932325;WS=21932307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr7	21934511	rs72658825	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=756;ReadPosRankSum=-2.173;SC=GGGGGAATTGGCATTATCTCC;SOR=0.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=231;TCF=111;TCR=120;TR=72;WE=21934519;WS=21934501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,80:0.33:246
chr7	21939032	rs56333627	C	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,73:0.29:252
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chr7	21940557	rs10555456	AACTT	A	3616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=21;PP=2397;SC=TGCATCAAACAACTTACTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=49;WE=21940568;WS=21940547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr7	21941861	rs60370798	ATCTT	A	3818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=29;PP=2479;SC=CTGTAAAAAAATCTTTCTTAG;SOR=1.429;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=50;WE=21941872;WS=21941851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	21942183	rs141458032	C	CGATTCAGAGTTTATTA	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.822;NF=0;NR=8;PP=2954;ReadPosRankSum=1.632;SC=TCCAGAACCACGATTCAGAGT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=8;WE=21942191;WS=21942173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr7	21956405	rs1128250	G	A	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=64;PP=1682;ReadPosRankSum=-1.794;SC=CAAAACTATCGCAGCTCTCCT;SOR=0.971;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=180;TCF=81;TCR=99;TR=114;WE=21956413;WS=21956395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,127:0.65:194
chr7	21985338	rs3823667	G	A	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,119:0.67:178
chr7	21985347	rs1406706	G	A	6876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.20;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr7	22165421	rs17146285	G	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=850;ReadPosRankSum=0.072;SC=ATGTAGCTTTGATTCTATGGA;SOR=0.233;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=45;WE=22165429;WS=22165411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
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chr7	22200255	rs955484	G	C	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=72;PP=2965;SC=AGACAAATGAGAGCTCAGTGG;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=104;TCR=72;TR=176;WE=22200263;WS=22200245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
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chr7	22202485	rs1981601	T	C	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1299;ReadPosRankSum=2.362;SC=ACAGTGACTCTAAGAAGAGAG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=84;TCR=69;TR=87;WE=22202493;WS=22202475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,99:0.57:175
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chr7	22242370	rs4722110	G	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=819;SC=CAAATTAAACGGATATCCACC;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=22242378;WS=22242360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	22242535	rs4719687	T	C	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=60;PP=1979;SC=CCTCAGTAAATAGAGGGCAGA;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=100;WE=22242543;WS=22242525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	22349761	rs55757213	CA	C	2504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.106;NF=6;NR=64;PP=1602;ReadPosRankSum=0.417;SC=ATCCGTTTGCCAAAAAAACAA;SOR=0.665;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=112;TCF=8;TCR=104;TR=70;WE=22349769;WS=22349751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,106:0.72:148
chr7	22357488	rs62447095	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=-2.087;SC=TCACTGCAGCATCCCTGCAAA;SOR=0.430;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=13;WE=22357496;WS=22357478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr7	22357716	rs10950897	T	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TACCAAAAAATGAAAACATAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=22357724;WS=22357706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	22459324	rs2177142	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=6;PP=674;ReadPosRankSum=0.474;SC=GTTCATTGTGGCAGAGGGAAA;SOR=1.353;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=39;WE=22459332;WS=22459314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr7	22478207	rs2528843	G	T	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=44;PP=1841;ReadPosRankSum=0.568;SC=TTGAAGGGCTGGCTGCTGATA;SOR=0.674;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=168;TCF=108;TCR=60;TR=118;WE=22478215;WS=22478197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,126:0.70:181
chr7	22526636	rs17146979	C	G	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=924;ReadPosRankSum=0.092;SC=ACAAGTATTGCTTTGTCTTTT;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=60;WE=22526644;WS=22526626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,67:0.59:113
chr7	22532434	rs4000921	G	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.009;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.780;NF=0;NR=49;PP=1205;ReadPosRankSum=0.917;SC=TTCCCTGTGTGTACTATGAAG;SOR=2.509;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=75;TCF=3;TCR=72;TR=49;WE=22532442;WS=22532424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr7	22533452	rs201338533	C	T	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=27.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.886;NF=21;NR=81;PP=1770;ReadPosRankSum=-1.520;SC=CCCGTGTCCTCATGCTACAAA;SOR=2.480;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=171;TCF=45;TCR=126;TR=102;WE=22533460;WS=22533442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,78:0.49:160
chr7	22767325	rs2069858	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=37;ReadPosRankSum=0.982;SC=GTGTGGCCGGGGGCTGCCTGC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=5;WE=22767333;WS=22767315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr7	22768572	rs2069840	C	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=113;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AGGAGGCCAACTTCAAGCTTT;SOR=0.096;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=12;WE=22768580;WS=22768562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr7	22857589	rs7782015	T	C	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=28;PP=1133;SC=TGAACATTTGTCCTGAAATGT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=22857597;WS=22857579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	22857682	rs28617621	A	G	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=32;PP=1056;SC=ATCAAGGAAGACAGAAGAGAA;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=22857690;WS=22857672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	22861739	rs35353454	T	C	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=39;PP=2134;SC=TGTGCGACCTTGGCAAAAAAG;SOR=1.452;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=121;WE=22861747;WS=22861729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	22861978	rs4354222	G	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=520;SC=CCTAGTGCTAGAGAGTGAATT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=22861986;WS=22861968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	22862192	rs2270106	A	G	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=49;PP=2965;SC=CGTGCACGGCAGTGTCCCCTA;SOR=1.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=125;TCR=50;TR=173;WE=22862200;WS=22862182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr7	22985868	rs2286491	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=480;SC=AGTTATGCTTTACATAAATTA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=22985876;WS=22985858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	23000783	rs35493358	G	GCTCT	1198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=5;PP=1062;SC=ACTATGAATGGCTCTCAATTT;SOR=2.066;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=18;WE=23000791;WS=23000773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	23145837	rs1005786	G	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=64;PP=1619;SC=TTCCCGGGGTGGAACCCCGCG;SOR=1.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=91;WE=23145845;WS=23145827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	23163270	rs11982002	C	T	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=148;SC=AGAAATTCTGCGCTGGAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=23163278;WS=23163260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	23164526	rs2058275	C	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=37;SC=GGAAGAGTTTCAGTATCCTAT;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=23164534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	23164701	rs15775	C	T	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=54;PP=2068;SC=TCAGTCTTTGCTGGATGCAGC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=113;WE=23164709;WS=23164691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	23191625	rs2178140	G	C	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=54;PP=2782;SC=TGGGTATTTCGTTTTCAAAGC;SOR=1.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=87;TCR=54;TR=141;WE=23191644;WS=23191615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	23191636	rs2178139	A	G	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=59;PP=2656;SC=TTTTCAAAGCACTGGTTAGTG;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=94;TCR=59;TR=152;WE=23191644;WS=23191615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	23191664	rs2141306	G	A	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=91;PP=2965;SC=TTCTTGAAGCGTTGCCATGTA;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=111;TCR=91;TR=201;WE=23191672;WS=23191654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr7	23191899	rs2141305	T	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=483;SC=ACTCACCAACTAGAAGTAGTA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=23191907;WS=23191889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	23195555	rs141774430	CTTTAT	C	3049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=30;PP=2215;SC=ACTCTTAGCACTTTATTTTTA;SOR=0.749;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=43;WE=23195567;WS=23195545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	23221870	rs7808488	T	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=35;PP=1036;SC=CCGGGAAGGGTCCGCCGGCGG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=23221878;WS=23221860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	23239965	.	G	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=0.617;SC=TTGGATTTGGGAAGCCTGAAG;SOR=0.998;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=26;WE=23239973;WS=23239955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr7	23286315	rs858239	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=751;SC=AGATCAGGCAGTGCCGCTTAA;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=23286323;WS=23286305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	23293098	rs199348	C	A	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=123;PP=2965;SC=AAGATTCAAACCAAACACCTG;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=87;TCR=123;TR=210;WE=23293106;WS=23293088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr7	23293746	rs199347	A	G	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=52;PP=2934;SC=AACGAAAGGAAAAAGATGCTG;SOR=1.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=106;TCR=52;TR=157;WE=23293754;WS=23293736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	23296533	rs199355	G	A	7281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=142;NR=111;PP=2965;SC=CTGCTGATCCGTATGTTTACA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=142;TCR=111;TR=253;WE=23296541;WS=23296523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr7	23300049	rs199351	A	C	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=93;NR=21;PP=2690;SC=TGCATTCTTTATTTCTTTGGG;SOR=2.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=93;TCR=21;TR=114;WE=23300057;WS=23300039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	23306020	rs156429	T	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=475;SC=CATAGTATAGTGTTCCTGATA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=23306028;WS=23306010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	23307634	rs2307783	ATGGG	A	3767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=37;PP=2652;SC=CGACAGAGGCATGGGTGGGTC;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=52;WE=23307645;WS=23307624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	23352512	rs199653	C	A	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=41;PP=1474;SC=AGTTTTAAAACCTTACTTCCT;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=77;WE=23352520;WS=23352502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	23530800	rs10228640	A	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.424;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,50:0.24:207
chr7	23719766	rs56391241	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.246;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,9:0.16:57
chr7	23719779	rs56359038	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr7	23724364	rs7791123	C	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=650;ReadPosRankSum=1.640;SC=TTCTACAAATCGTAATGATTG;SOR=1.781;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=31;WE=23724372;WS=23724354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr7	23727944	rs7802834	T	C	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=91;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=23727952;WS=23727934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	23737795	rs5029444	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=7.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,44:0.32:137
chr7	23757162	rs6945306	G	C	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=9.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.407;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,80:0.31:257
chr7	23775454	rs10264952	G	A	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1611;ReadPosRankSum=2.021;SC=GCACTTAAGTGAGAAAATGAC;SOR=0.971;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=105;WE=23775462;WS=23775444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,114:0.64:179
chr7	23775477	rs10264967	G	T	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=51;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TTGACTTGAAGGATGAAAATG;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=58;TCR=79;TR=87;WE=23775485;WS=23775467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,95:0.64:149
chr7	23794139	rs34664371	TA	T	1712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.926;NF=1;NR=38;PP=1453;ReadPosRankSum=-0.139;SC=CTGTTGAACATAAGGAAGTGT;SOR=0.233;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=39;WE=23794147;WS=23794129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,53:0.79:67
chr7	23794183	rs4722267	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=0.598;SC=ATAACAGGATACATGTGCAGA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=5;WE=23794191;WS=23794173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr7	23802579	rs2193826	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	23808604	rs61564984	C	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr7	23810517	rs7785154	G	A	204.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=168;SC=AAATCACTGCGGAAATCTGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=23810531;WS=23810515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	23810523	rs41273996	C	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CTGCGGAAATCTGTTAAAGGC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=3;WE=23810531;WS=23810515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr7	23810605	rs1469000	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=572;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TATAATTCTATGTGTGTGATT;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=40;WE=23810613;WS=23810595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr7	23810845	rs1469001	G	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.16;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	23810845	.	GTTAT	ATTAC,ATTAT	172	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0,0;NR=9,13;PP=172,13;QD=25.0519860958;SC=TCAGTAAATTGTTATTACTAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9,13;WE=23810857;WS=23810835;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.69:13
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chr7	23872024	.	C	CTTTG	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=61.78;NF=0;NR=2;PP=53;QD=39.5;SC=TTTTTAAAAACTTTGGTTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=23872032;WS=23872014;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr7	23872409	rs2214236	T	A	4015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=92;PP=2436;ReadPosRankSum=0.283;SC=TTCCTTCACCTTCCACCACAA;SOR=0.536;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=236;TCF=109;TCR=127;TR=174;WE=23872417;WS=23872399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,182:0.74:246
chr7	24324759	rs16141	T	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=247;ReadPosRankSum=0.078;SC=GGGGGTCGCGTGTGGTAGCAG;SOR=0.724;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=20;WE=24324767;WS=24324749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr7	24324808	rs16140	C	G	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=39;PP=1778;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AGGTGCTGCGCGTGGGTGCTC;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=105;TCR=60;TR=108;WE=24324816;WS=24324798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,115:0.65:176
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chr7	24329133	rs5574	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=6.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,57:0.20:285
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chr7	24888620	rs757156	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=609;SC=GGTCGTGCAATGGGACAGATG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=24888628;WS=24888610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr7	24902762	rs2285690	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=634;ReadPosRankSum=1.323;SC=TGCTGGCACACGGCATGCAGA;SOR=1.874;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=33;WE=24902770;WS=24902752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr7	24903107	rs2285691	C	G	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1587;ReadPosRankSum=-2.409;SC=AAGAGGAGTCCGGCTCACCTG;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=93;WE=24903115;WS=24903097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,99:0.72:137
chr7	24903139	rs17851558	C	T	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=49;PP=1466;ReadPosRankSum=1.415;SC=TAGCTGGTGCCGAGTATGTCC;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=101;WE=24903147;WS=24903129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,110:0.73:150
chr7	24903227	rs62449857	G	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=845;ReadPosRankSum=0.688;SC=GTCTGTGGGGGAAAAGAGGAC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=58;WE=24903235;WS=24903217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,62:0.73:85
chr7	24904868	rs2040689	T	A	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=16;PP=1182;ReadPosRankSum=-1.526;SC=TGGACAAGCATAGGGGAAGGA;SOR=0.449;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=106;TCF=83;TCR=23;TR=67;WE=24904876;WS=24904858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
chr7	24904889	rs2040690	T	C	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=31;PP=1763;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CACAAATGAATCTGAAGTGTA;SOR=0.459;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=151;TCF=109;TCR=42;TR=101;WE=24904897;WS=24904879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,106:0.66:160
chr7	24911526	rs10261181	G	A	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=817;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GGTGCTGAGTGGGGCAGTGTG;SOR=0.439;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=52;WE=24911534;WS=24911516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr7	25181912	rs2285738	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,69:0.29:236
chr7	25182001	rs2285737	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=361;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CGAAGAACGACAGTTATATTA;SOR=0.419;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=30;WE=25182009;WS=25181991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
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chr7	25182405	rs11984293	G	T	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1638;ReadPosRankSum=0.042;SC=GTAGAATACTGGCTTATTTTT;SOR=0.877;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=102;WE=25182413;WS=25182395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,106:0.66:160
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chr7	25194665	rs2523072	G	C	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1384;ReadPosRankSum=-1.353;SC=ATAAGCCTTGGTTGGCACCGT;SOR=0.812;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=89;WE=25194673;WS=25194655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,96:0.72:133
chr7	25194753	rs12535348	C	T	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GGGAACATGGCGCCGCGACAG;SOR=0.480;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=72;WE=25194761;WS=25194743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,81:0.74:110
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chr7	25194918	rs2523071	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	25200976	rs13221848	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.842;SC=ACATATCCACATATATGTAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=25200984;WS=25200966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr7	25218661	rs10642607	A	AAAACAAAC	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=459;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CACCGTCTCAAAAACAAACAA;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=25218669;WS=25218653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr7	25264847	rs2717854	T	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=-0.300;SC=AGCATGCAAGTGTGTATACAA;SOR=0.132;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=25264855;WS=25264837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr7	25266400	rs2717851	G	A	3667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.720;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=62;PP=2711;ReadPosRankSum=-1.635;SC=CAAACCTTTGGGGCAGGTTAG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=222;TCF=122;TCR=100;TR=142;WE=25266408;WS=25266390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,151:0.63:240
chr7	25267934	rs877834	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr7	25267963	rs886354	G	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=15;PP=677;SC=GAAGATTGGAGATCACTAATT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=25267971;WS=25267953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	25268094	rs877835	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.501;SC=CTATGTGCAGCCCAATGTTTA;SOR=0.804;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=6;WE=25268102;WS=25268084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr7	25268157	rs199968975	G	GT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5208;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=-1.960;SC=ACAAAGGAAAGTTTTTTTTAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=25268165;WS=25268147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	25989520	rs6977848	T	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=305;ReadPosRankSum=0.385;SC=ACTGGCGGCATCGGCGACCAC;SOR=0.906;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=18;WE=25989528;WS=25989510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr7	25989732	rs111299611	GA	G	1088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.950;NF=1;NR=23;PP=874;ReadPosRankSum=-0.806;SC=ACCGATAATGGAACGGGTCAT;SOR=0.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=24;WE=25989740;WS=25989722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr7	26223294	rs12113404	A	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=0;PP=667;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TTTATGTGAAAGATGCACTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=45;TCR=0;TR=29;WE=26223302;WS=26223284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr7	26224668	rs2074566	C	T	4898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.578;NF=95;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.720;SC=TAGGTTATTGCACTGACCATG;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=279;TCF=138;TCR=141;TR=200;WE=26224676;WS=26224658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,208:0.72:290
chr7	26232367	rs12672536	T	C	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=444;ReadPosRankSum=0.211;SC=CTCGGGTTCATAGACATTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=19;WE=26232375;WS=26232357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr7	26247984	.	CT	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr7	26386122	rs3801891	T	A	4643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=103;PP=2912;ReadPosRankSum=0.781;SC=AATAACCCACTTATTTTGATT;SOR=0.928;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=249;TCF=115;TCR=134;TR=185;WE=26386130;WS=26386112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,198:0.75:265
chr7	26386154	rs3801890	T	C	4372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.321;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=97;PP=2401;ReadPosRankSum=0.406;SC=GTTCTTCATTTGCGAACCATA;SOR=0.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=233;TCF=111;TCR=122;TR=180;WE=26386162;WS=26386144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,194:0.77:252
chr7	26576535	rs740182	T	C	4049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=83;PP=2653;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CTTCAAAGTATTTCTCGGTCC;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=86;TCR=110;TR=148;WE=26576552;WS=26576525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,164:0.77:214
chr7	26678856	rs57000259	A	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,82:0.30:277
chr7	26685934	rs12671270	T	C	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,73:0.30:246
chr7	26724279	rs212850	T	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=237;ReadPosRankSum=0.579;SC=CTTCCCTAGCTCTGTAAATCC;SOR=0.979;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=55;TCR=7;TR=20;WE=26724287;WS=26724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr7	26778406	rs10951145	A	G	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.706;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,63:0.27:232
chr7	26778568	rs73077525	T	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=485;ReadPosRankSum=0.188;SC=ATATGATTTCTAAGATTCCTC;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=124;TCF=37;TCR=87;TR=38;WE=26778576;WS=26778558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,43:0.32:135
chr7	26883761	rs61646374	T	TA	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.062;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr7	27135033	.	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=559;ReadPosRankSum=0.598;SC=CTCTGGTGCTCCTGTCCATAT;SOR=0.319;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=139;TCF=92;TCR=47;TR=41;WE=27135041;WS=27135023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,41:0.29:143
chr7	27135314	rs10951154	C	T	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.762;NF=112;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.085;SC=CTGGGGGTGGCGATGGTGGTG;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=319;TCF=160;TCR=159;TR=228;WE=27135326;WS=27135303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,174:0.65:266
chr7	27140237	rs117630421	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr7	27141267	rs706016	C	T	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=21;PP=1773;SC=AGACCCCGTCCCCTCCATCTC;SOR=2.069;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=88;WE=27141275;WS=27141257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	27141488	rs77382168	G	C	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:424,162:0.28:586
chr7	27141657	rs2428431	C	G	6474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.744;SC=CCCCTCCCCCCACAGCCACTC;SOR=0.601;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=404;TCF=178;TCR=226;TR=269;WE=27141665;WS=27141647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,285:0.67:425
chr7	27169093	rs2158218	T	G	8390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=158;NR=124;PP=2965;SC=GGGTCAGGTATCGATTGAAGT;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=159;TCR=124;TR=282;WE=27169101;WS=27169083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr7	27169388	rs6957209	A	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,16:0.19:83
chr7	27169617	rs6943542	T	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=23;PP=1288;SC=GCAGCCCGGGTCAGATGGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=27169625;WS=27169607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	27169934	rs10251056	A	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=32;PP=1112;SC=GGGCGGCGGCAGCTGGGGCTG;SOR=1.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=27169942;WS=27169924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	27170145	rs6944345	T	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=10;PP=1302;SC=TAGGAGGCAGTGGGCTCTCGG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=27170167;WS=27170135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	27170159	rs6962314	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=0.504;SC=CTCTCGGCCGCCGCCCGCGTG;SOR=0.475;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=15;WE=27170167;WS=27170135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr7	27191804	rs62454420	A	G	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=4;PP=1312;ReadPosRankSum=0.020;SC=GGTAAGGGGGAGTATGCCCCT;SOR=1.085;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=79;TCF=75;TCR=4;TR=57;WE=27191812;WS=27191794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,58:0.74:78
chr7	27196069	rs2301720	A	C	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=65;PP=1645;ReadPosRankSum=-1.215;SC=GTGAGTTGGGAGCAAAGGAGC;SOR=0.673;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=231;TCF=116;TCR=115;TR=136;WE=27196077;WS=27196059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,140:0.60:235
chr7	27196113	rs2301721	C	T	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=73;PP=1934;ReadPosRankSum=-0.057;SC=AACAGAGAAGCCCCCGCCGTA;SOR=0.741;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=227;TCF=98;TCR=129;TR=131;WE=27196121;WS=27196103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,142:0.60:235
chr7	27204732	rs35355140	C	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.120;SC=GCGCACCGGGCGTGGGCTCCA;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=63;WE=27204740;WS=27204722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,70:0.64:109
chr7	27204773	rs200450890	C	G	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.82;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,59:0.70:84
chr7	27211548	rs34957925	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,57:0.27:211
chr7	27238691	rs2071265	C	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=437;ReadPosRankSum=0.603;SC=AGAACAGAAACGCACCCGGGA;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=77;TCR=19;TR=32;WE=27238699;WS=27238681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr7	27278804	rs144734005	C	CACGGCCTGGAAGATG	1190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=2966;ReadPosRankSum=0.326;SC=GCGCCCCCACCACGGCCTGGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=8;WE=27278812;WS=27278794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr7	27279191	rs3801321	T	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=481;ReadPosRankSum=-2.877;SC=TGGGGGCCTATGCCCGGCTTC;SOR=0.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=40;WE=27279201;WS=27279181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,43:0.36:121
chr7	27497389	rs56098493	G	A	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.770;NF=80;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=1.760;SC=AACTCCTGGAGTTGGGCCAGT;SOR=0.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=80;TCR=92;TR=171;WE=27497397;WS=27497379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr7	27668850	rs76595683	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=2.834;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr7	27668860	rs6415252	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr7	27671899	rs7779990	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.220;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr7	27671901	rs73073128	T	C	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=1261;ReadPosRankSum=-1.410;SC=TTCTAACATGTGAAATTCATG;SOR=1.316;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=45;WE=27671909;WS=27671889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,49:0.82:60
chr7	27788354	rs73078762	C	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=181;ReadPosRankSum=1.853;SC=TTAAAATTTTCTTTTAAAACA;SOR=0.822;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=13;WE=27788362;WS=27788344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
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chr7	27807441	.	GTGAAAATTG	ATGAAAATTC,ATGAAAATTG	198	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=10,15;NR=5,7;PP=198,58;QD=16.7645249908;SC=TATAAAGAATGTGAAAATTGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=15,22;WE=27807458;WS=27807431;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.65:23
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chr7	28996557	rs3735562	C	T	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1600;ReadPosRankSum=1.865;SC=GCGCTTCAGGCCTCGCAGCCG;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=106;WE=28996565;WS=28996547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,111:0.74:149
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chr7	28997141	rs6950750	G	C	5438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.090;SC=AGGGAGCGAAGACCGCGTCCG;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=308;TCF=153;TCR=155;TR=211;WE=28997149;WS=28997131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,232:0.70:330
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chr7	28997596	rs5883174	G	GC	2240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=47;PP=2098;SC=CACGGGCTCGGCAGCGGCGGG;SOR=3.150;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=47;WE=28997604;WS=28997586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	29070209	rs7313	G	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=840;ReadPosRankSum=0.607;SC=GAAGTCACCCGCTTGCCGGAT;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=135;TCR=89;TR=74;WE=29070217;WS=29070199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,78:0.33:233
chr7	29070320	rs1052200	C	T	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=82;PP=2104;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CATCAAGGAGCGCTCTGTCAG;SOR=0.578;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=183;TCF=69;TCR=114;TR=133;WE=29070328;WS=29070310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,134:0.72:185
chr7	29103867	rs644763	T	C	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.87;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	29103867	.	TGGAAAGACAT	CGGAAAGACAC,CGGAAAGACAT	786	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7,31;NR=10,48;PP=188,786;QD=14.203992639;SC=GAAGGGGCATTGGAAAGACAT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=17,79;WE=29103885;WS=29103857;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.21:80
chr7	29103877	rs2074783	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=2.247;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,25:0.30:84
chr7	29103944	rs34641639	A	AT	635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=631;SC=AACATACAACATGGAGAAACG;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=29103952;WS=29103934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	29105776	rs2270027	A	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=669;ReadPosRankSum=0.066;SC=AAAGAAAGAAAACATCAGTGT;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=130;TCF=45;TCR=85;TR=49;WE=29105784;WS=29105766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,47:0.34:140
chr7	29111578	rs2074784	A	C	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-2.410;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,103:0.27:376
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chr7	29111634	rs2074785	C	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=329;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TGCTGGTTAGCCAAGTAGGAT;SOR=0.487;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=23;TCR=82;TR=29;WE=29111642;WS=29111610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,31:0.28:112
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chr7	29437867	rs7799981	T	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=335;SC=GTCACCCCCCTTCTTCACTCA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=29437875;WS=29437865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	29439641	rs12669481	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=521;SC=CAACTAGGGCGGAAGGCATGG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=29439649;WS=29439631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr7	29523563	rs12665897	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=386;ReadPosRankSum=-0.251;SC=GAATACATGCGAGTCACTTAT;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=36;WE=29523571;WS=29523553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,42:0.29:147
chr7	29546763	.	A	AT	208	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5001;HP=14;HapScore=3;MGOF=24;MMLQ=16;MQ=58.1;NF=17;NR=2;PP=208;QD=11.1578947368;SC=TCATCGCTGGATTTTTTTTTT;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=19;WE=29546771;WS=29546753;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr7	29552463	rs1420145	C	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=352;SC=GCTAGAATTTCCTGGACTGCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=29552471;WS=29552453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr7	29606288	rs10271996	C	T	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=42;PP=1159;ReadPosRankSum=0.517;SC=GGGCAGGTCCCCGGAGGAGGC;SOR=1.009;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=60;WE=29606296;WS=29606278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,60:0.78:77
chr7	29688827	rs1641209	T	C	3353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=64;PP=2097;ReadPosRankSum=1.330;SC=ACTCAGGCCATAGGCAGGTAT;SOR=0.685;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=137;WE=29688835;WS=29688817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,149:0.74:201
chr7	29688915	rs1728643	G	A	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=58;PP=1467;ReadPosRankSum=1.557;SC=TGAGCTGCGCGCTGTGGGGGC;SOR=1.231;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=97;WE=29688923;WS=29688905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,103:0.70:148
chr7	29689018	rs1641210	T	C	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=505;ReadPosRankSum=-2.070;SC=TGGAGCTGTGTGCAAGGTGGG;SOR=0.523;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=43;WE=29689026;WS=29689008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr7	29771597	rs850084	A	C	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=2088;ReadPosRankSum=-1.756;SC=CTACAATGGCAAGCGTGAAGC;SOR=0.354;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=121;WE=29771605;WS=29771587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,110:0.64:173
chr7	29781927	rs850098	T	A	4686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.407;NF=74;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.023;SC=AAACTACCCATTACACTATGG;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=114;TCR=173;TR=189;WE=29781935;WS=29781917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,196:0.66:296
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chr7	29944062	rs4722959	A	T	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=68;PP=1558;ReadPosRankSum=-2.528;SC=GCTTTCTCCTAAACAGCTTTA;SOR=1.198;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=171;TCF=69;TCR=102;TR=108;WE=29944082;WS=29944052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,115:0.62:184
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chr7	30085766	rs10951259	T	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=141;ReadPosRankSum=0.319;SC=GTTGGGTGGGTTGGAGGCTAC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=30085774;WS=30085761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	30100667	rs143386179	CT	C	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.693;NF=0;NR=15;PP=474;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TGTCACTGTTCTTTTAAGAGA;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=15;WE=30100675;WS=30100657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
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chr7	30101716	rs17326411	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=497;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AATTGTTACACAAAGGAGACT;SOR=0.484;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=44;WE=30101724;WS=30101706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
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chr7	30113706	rs11977829	A	G	4512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.379;NF=113;NR=103;PP=2942;ReadPosRankSum=1.079;SC=ATGGTAAAACATTGCGGCAAC;SOR=0.383;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=322;TCF=177;TCR=145;TR=216;WE=30113714;WS=30113696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,209:0.66:316
chr7	30113862	.	T	TTGTGTGTG	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.82;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr7	30118508	rs1109208	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=905;ReadPosRankSum=-0.342;SC=ACCCCTTCACCTGGGGGGATG;SOR=0.150;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=42;WE=30118516;WS=30118498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr7	30157472	rs147327175	C	CAGATT	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=372;ReadPosRankSum=0.592;SC=ATATTAGAAACAGAAGTATAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=30157480;WS=30157462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr7	30174773	rs73689406	C	G	5519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.169;SC=AGCAGCTGGCCGACGTTGCGG;SOR=0.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=347;TCF=222;TCR=125;TR=245;WE=30174781;WS=30174763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,252:0.70:359
chr7	30177095	rs6954451	G	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=396;SC=AGGCCACCCAGATTTTAAATA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=30177103;WS=30177085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	30329598	rs151056013	CTATT	C	2640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.071;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.477;NF=4;NR=44;PP=2128;ReadPosRankSum=-0.379;SC=AACTTTTAAACTATTTATTAT;SOR=1.347;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=7;TCR=68;TR=48;WE=30329609;WS=30329588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,68:0.71:96
chr7	30485703	rs55996014	G	GC	945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=1042;ReadPosRankSum=0.353;SC=AGCAAGGCCCGCCCCCCACAC;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=23;WE=30485718;WS=30485693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr7	30485710	rs6958571	A	C	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.443;NF=31;NR=12;PP=1443;ReadPosRankSum=0.409;SC=CCCGCCCCCCACACACACAGC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=43;WE=30485718;WS=30485693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr7	30485741	rs2907749	A	G	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.406;NF=46;NR=23;PP=962;ReadPosRankSum=0.136;SC=ACATACATCCATCCCCTTCTA;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=69;WE=30485749;WS=30485731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,84:0.68:124
chr7	30490760	rs2075822	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=226;ReadPosRankSum=0.067;SC=CTGGTCCATGATGCCATTCCC;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=14;WE=30490768;WS=30490750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr7	30536874	rs38405	G	A	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.11;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,87:0.68:128
chr7	30536916	rs10278906	A	G	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=891;ReadPosRankSum=1.107;SC=TTAACGTACCATACCACAGCT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=65;WE=30536924;WS=30536906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,68:0.67:101
chr7	30538651	rs38409	T	C	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=86;PP=2792;SC=GTGTATGGGATTAAACATTTA;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=128;WE=30538659;WS=30538641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	30540399	rs38410	G	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AATTAAAACAGTCAATAAACT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=30540407;WS=30540389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr7	30544360	rs38414	G	A	7040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=0.653;SC=GCCTGAAGCAGAGTGTAAGGA;SOR=0.500;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=445;TCF=204;TCR=241;TR=307;WE=30544368;WS=30544350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,318:0.69:458
chr7	30634661	rs1049402	C	G	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=27;PP=1174;ReadPosRankSum=0.095;SC=GGCCTCCTGCCCCCCGATCTC;SOR=0.776;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=76;WE=30634669;WS=30634651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,75:0.53:141
chr7	30635600	rs10265589	C	T	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=51;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.248;SC=ATATAGACCTCCTTTTCCTAG;SOR=1.322;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=106;TCF=34;TCR=72;TR=71;WE=30635608;WS=30635590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,77:0.66:116
chr7	30643069	rs1558064	C	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=6.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=322;ReadPosRankSum=0.667;SC=AGTGCATTGTCCTTTTTCCCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=30643077;WS=30643059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr7	30651938	rs1986756	G	A	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=60;PP=1452;ReadPosRankSum=0.323;SC=CTGTTTTGAAGCAATTCTGCT;SOR=0.465;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=108;TCF=21;TCR=87;TR=76;WE=30651946;WS=30651928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,76:0.70:108
chr7	30660938	rs10951271	A	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=325;ReadPosRankSum=0.854;SC=TATAATCTGCATGCATTTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=18;WE=30660946;WS=30660928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr7	30662237	rs10249885	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=506;ReadPosRankSum=-1.435;SC=TGGCATTATAGCCTGAAAAAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=24;WE=30662245;WS=30662227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr7	30666596	.	CA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr7	30673345	rs2240401	C	T	2871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=46;PP=1751;ReadPosRankSum=2.026;SC=CTTTCCTTGTCTCTAGATCTC;SOR=0.905;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=179;TCF=102;TCR=77;TR=116;WE=30673353;WS=30673335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,124:0.63:196
chr7	30673512	rs70983380	TA	T	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=1.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
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chr7	30705105	rs8192496	G	A	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=17;PP=1205;SC=GTGCTGTAGGGGGAGGGATGA;SOR=1.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=65;WE=30705113;WS=30705095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr7	30795288	rs2302339	A	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=775;ReadPosRankSum=1.327;SC=CCCGTCCTACATGGTGGGGAA;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=208;TCF=108;TCR=100;TR=67;WE=30795296;WS=30795278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,72:0.33:221
chr7	30795331	rs2302340	A	G	3013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=70;PP=2046;ReadPosRankSum=1.697;SC=CTGGAGAAAGAGGAGGTGGAG;SOR=0.825;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=185;TCF=83;TCR=102;TR=122;WE=30795339;WS=30795321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,127:0.65:196
chr7	30795436	rs4720015	T	G	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=41;PP=1351;SC=GGGGTCTGCTTCATTGTGGCT;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=30795444;WS=30795426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	30805811	rs2013200	T	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;QD=48.22;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	30805849	.	A	ACACC	2054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.456;NF=36;NR=13;PP=798;ReadPosRankSum=4.493;SC=ACACACACACACCTACCTTTC;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=49;WE=30805857;WS=30805839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,75:0.77:97
chr7	30805913	rs3901848	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.30;MQRankSum=-5.357;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,76:0.27:285
chr7	30811254	rs62446925	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr7	30825229	rs2269921	C	G	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=203;SC=TTCATGATAACGCACTGGCTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=30825237;WS=30825219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	30830641	rs62446934	G	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.825;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=252;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TAATAGGCAAGATTTTAAGGG;SOR=0.096;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=15;WE=30830649;WS=30830631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr7	30831082	rs12701034	C	T	6900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=120;PP=2965;SC=AGCACAGACACGGACAGGATG;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=118;TCR=120;TR=238;WE=30831090;WS=30831072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr7	30876432	rs10258097	A	G	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=590;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GAATGGATATAGATGGCGTGA;SOR=0.351;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=34;WE=30876440;WS=30876422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr7	30878954	rs117995346	T	C	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=56;PP=1649;ReadPosRankSum=0.747;SC=CTAGGTTTCCTTGGGACCTTT;SOR=0.539;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=108;WE=30878962;WS=30878944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,115:0.70:164
chr7	31011485	rs4988501	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=742;ReadPosRankSum=0.246;SC=GTTTGATTCGATTCACCTCCT;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=139;TCR=48;TR=53;WE=31011493;WS=31011475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,56:0.29:196
chr7	31015565	rs2741	T	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=740;ReadPosRankSum=-0.175;SC=CAATAAGCACTCATGACCTCA;SOR=0.653;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=50;WE=31015573;WS=31015555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr7	31016018	rs4988504	G	A	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=27;PP=1549;ReadPosRankSum=-2.199;SC=CCAGTCTTGGGAGCCTAGGAT;SOR=1.122;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=145;TCF=99;TCR=46;TR=92;WE=31016026;WS=31016008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,101:0.63:160
chr7	31121501	rs2302475	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=1.408;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr7	31125082	rs11410563	A	AG	2147.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=40;PP=1727;SC=CAGACCCATTAGGCTCTGCCG;SOR=1.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=41;WE=31125090;WS=31125072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	31132235	rs112436908	CT	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=13.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr7	31592733	rs7811042	C	A	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=963;ReadPosRankSum=-1.209;SC=AGCGCGTGGGCTCCGCTGGAT;SOR=0.731;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=66;WE=31592741;WS=31592723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,72:0.75:96
chr7	31594166	rs2286710	C	T	5465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=96;PP=2965;SC=GTGTGCCTTACATGTTTCTCT;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=186;WE=31594174;WS=31594156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	31594258	rs12155214	G	T	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.707;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=1097;ReadPosRankSum=1.993;SC=TTAATTGTACGTGAAGTATTA;SOR=0.334;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=58;WE=31594266;WS=31594248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,60:0.71:84
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chr7	31681765	rs10239388	C	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=10;PP=391;SC=CCTTTAATAACCTCAAGACCT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=31681773;WS=31681755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	31682453	rs4141001	C	T	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=91;PP=2965;SC=AGCCAAGAAGCGAATGCCTTG;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=101;TCR=91;TR=192;WE=31682461;WS=31682430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	31683410	rs10247620	G	A	11218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.95;NF=193;NR=196;PP=2965;SC=TGCATCTGCTGTCATCACCAC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=390;TCF=193;TCR=197;TR=389;WE=31683418;WS=31683400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr7	31683610	rs38398	G	A	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=90;PP=2748;SC=AGATGCACCCGTGATAAACAC;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=50;TCR=91;TR=140;WE=31683618;WS=31683600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	31691697	rs3735424	T	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=23;PP=743;SC=TTTGACTATATCCAGCCTACC;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=31691705;WS=31691687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	31697913	rs35589779	C	CT	526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=1.723;HP=10;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.583;NF=2;NR=14;PP=226;ReadPosRankSum=0.260;SC=AGCTGGATCCCTTTTTTTTTT;SOR=0.399;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=16;WE=31697921;WS=31697903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr7	31732089	rs3735422	C	G	7318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.072;SC=GCCACTGGAACTCTCAGAAGA;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=200;TCR=202;TR=304;WE=31732097;WS=31732079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,320:0.75:427
chr7	31735263	rs34173	G	C	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=71;PP=2403;SC=CTGCACAGCTGTAAAGGAGAG;SOR=1.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=120;WE=31735271;WS=31735253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	31735297	rs34174	T	G	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=941;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GGTTGCATTGTTCGTACACAT;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=52;WE=31735305;WS=31735287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,58:0.83:70
chr7	31830095	rs982857	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TACATTTGAAATCTTAATAGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=31830103;WS=31830085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr7	31855420	rs1860789	A	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=10;PP=1671;SC=AAGGAACTGGATGAGCAGGGA;SOR=3.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=68;WE=31855428;WS=31855410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	31855578	rs1860790	G	A	10620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.154;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.646;SC=CGGCTTTGGAGTTTTTCCCAC;SOR=0.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=191;TCR=187;TR=377;WE=31855586;WS=31855568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,398:1.00:399
chr7	31876766	rs2270218	T	C	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=38;PP=2151;SC=ATGATGACAGTCCTGATGGAG;SOR=1.349;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=110;WE=31876774;WS=31876756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	31890106	rs917756	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=319;SC=TTGAAGCTGATCAGACTGATC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=31890114;WS=31890096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	31918879	rs1860786	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=406;SC=TCTGCCTCACCTGCATGTTAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=31918887;WS=31918869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	32092037	rs2190128	G	C	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.689;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=883;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ATATCCCAAAGTTCTTCATAT;SOR=1.211;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=50;WE=32092045;WS=32092027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,59:0.74:80
chr7	32110115	rs30598	C	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=372;SC=CGCGTTTGCCCGGCACTTTCT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=32110123;WS=32110105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr7	32338337	rs215607	G	A	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=59;PP=1669;SC=CCTGTTGCCGGCGTCCGTCAT;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=99;WE=32338345;WS=32338327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr7	32529936	rs1584614	G	C	7120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=165;PP=2965;SC=GATTACCTAAGGGCAGCAGCT;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=107;TCR=165;TR=272;WE=32529944;WS=32529926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr7	32593271	rs6961786	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,26:0.27:98
chr7	32597989	rs147955430	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr7	32598524	rs1466144	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
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chr7	32660137	rs201339873	CCA	C	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.04;MQRankSum=-1.913;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
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chr7	32956941	rs139835645	C	T	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.76;MQRankSum=-4.232;QD=18.81;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,90:0.86:105
chr7	33014404	rs62467431	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.294;NF=17;NR=49;PP=1225;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TTATAAACACGTCAGCAGAAA;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=66;WE=33014412;WS=33014394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr7	33016120	rs3750116	G	T	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=74;PP=2646;SC=TGGTAAGTCCGTCTCCTTCTT;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=112;WE=33016128;WS=33016110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	33059407	rs2392209	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=145;SC=TTATTACAAAACATTCTTCCA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=33059415;WS=33059397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	33060946	rs3750117	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=4;PP=139;SC=CAATAGCGTAATATTTTTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=33060954;WS=33060936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	33102462	rs13228639	C	T	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=32;PP=969;SC=CCGCGCAGCTCCGCCCCCACG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=33102470;WS=33102452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	33102514	rs13228827	G	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=582;SC=GCCAGGACGCGGCGGGAGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=33102522;WS=33102504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	33136983	rs6462460	G	A	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=80;PP=2647;SC=ACCTAAAAACGAAAAGAGAAA;SOR=1.202;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=138;WE=33136991;WS=33136973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	33139147	rs17472556	G	A	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=47;PP=1508;SC=CTGGGCTTCCGGTGCCAACAT;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=33139155;WS=33139137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	33186082	rs1969575	C	G	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=69;PP=2146;SC=GGGAGGCCGACGTGGGCAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=16;TCR=69;TR=85;WE=33186090;WS=33186072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	33282577	rs7793096	G	A	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=105;PP=2965;SC=TAAATCATTTGAACTTTCTTG;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=81;TCR=105;TR=186;WE=33282585;WS=33282567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr7	33297108	rs142354634	TCA	T	385.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=377;SC=AGCTTCAATATCACAAATGAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=33297117;WS=33297098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	33380598	rs11981364	G	T	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=83;PP=2748;SC=AGGTGTACTTGCAGATTTTAA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=77;TCR=83;TR=160;WE=33380606;WS=33380588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	33380673	rs10486527	T	C	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=46;PP=1450;SC=TAAAGTTTGGTCCTCCAAGTA;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=33380681;WS=33380663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	33385852	rs6974593	C	T	5247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=61;PP=2965;SC=CCAAGATATACAACCATGCAA;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=121;TCR=61;TR=182;WE=33385860;WS=33385842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	33388618	rs9785054	C	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=244;SC=TAAGTAGTTACGATAGTCTAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=33388626;WS=33388608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	33388829	rs73101660	T	A	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=1186;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GTGAATTTTTTAAAAATACTA;SOR=0.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=58;WE=33388837;WS=33388819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr7	34009946	rs10265207	C	T	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=979;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TTCAGGAGGGCGTTGTCACAG;SOR=0.263;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=34009954;WS=34009936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr7	34192762	rs6968741	G	C	6356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=100;PP=2965;SC=GTATCAAGACGTGTGACAACT;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=118;TCR=100;TR=218;WE=34192770;WS=34192752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr7	34697982	rs887020	A	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=324;SC=TCCCTCACTCAGCTGCAGGAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=34697990;WS=34697972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	34725322	rs740623	T	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,24:0.18:130
chr7	34818113	rs324981	A	T	6469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.911;SC=ACAGATATTAATTGGCGATTC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=184;TCR=164;TR=268;WE=34818121;WS=34818103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,284:0.78:365
chr7	34851393	rs9655357	C	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=1218;ReadPosRankSum=0.349;SC=TTGTGCTGCTCTACGCCTCTA;SOR=0.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=69;WE=34851401;WS=34851383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,71:0.59:120
chr7	34867255	.	C	CA	306	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=15;MQ=60.98;NF=0;NR=8;PP=306;QD=40.375;SC=GGGGGTGGGGCGGGGGGGGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=34867263;WS=34867245;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
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chr7	34989364	rs2021391	T	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=1.081;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,32:0.18:174
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chr7	35050227	rs328939	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-6.250;QD=0.42;ReadPosRankSum=-1.471;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,15:0.13:113
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chr7	35057721	.	AT	A	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=20;QD=20.5;SC=TAGTATCTATATTTTTTTCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=35057729;WS=35057711;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chr7	35058177	rs10282006	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr7	35145811	.	T	A	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=24;QD=19.5904041824;SC=GGAACATACATAAAAATAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=35145819;WS=35145801;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr7	35225518	rs10262841	C	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-1.800;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.494;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,32:0.23:138
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chr7	35280693	rs2072434	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=0.621;NF=1;NR=17;PP=258;ReadPosRankSum=0.857;SC=CATACTTATACTGCTAAACAG;SOR=1.445;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=18;WE=35280701;WS=35280683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr7	35288276	rs17675148	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=-1.278;SC=GTGAAAAATCTGGAGGCACGA;SOR=0.383;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=17;WE=35288284;WS=35288266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr7	35289889	rs5883498	C	CA	1431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=899;SC=ACAGCATAACCAAATGGTCAC;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=35289897;WS=35289879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	35289941	rs5883499	C	CA	522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=9;PP=348;SC=AAACTCCAGGCAGGCTGTAGG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=35289949;WS=35289931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	35293193	rs336283	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr7	35414769	rs2553113	C	T	6441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.97;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,161:0.77:208
chr7	35414772	rs2553114	C	T	6357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=3.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.95;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,157:0.79:199
chr7	35673799	rs2305333	T	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=423;SC=TATATGTTAGTTTTCTTTCAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=35673807;WS=35673794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	35678214	rs3816422	C	T	275.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=226;SC=AAAATACTTACTTTCAACGAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=35678222;WS=35678204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	35709772	rs3779235	G	A	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.264;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.63;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,69:0.95:73
chr7	35709772	.	GAC	AAC,AAT	735	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=46,32;NR=16,10;PP=97,735;QD=2.12534213786;SC=AAAATAAGACGACGACGAAAA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=62,42;WE=35709786;WS=35709762;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.94:66
chr7	35709774	rs62454598	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr7	35709842	rs3779234	C	T	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=72;PP=2867;SC=CTGCTGGATGCCAATGCTTCA;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=165;WE=35709850;WS=35709832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	35840898	rs59008252	G	GC	1695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=829;SC=TCAGCTTCGGGTGCCGCGACT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=35840906;WS=35840888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	35928551	rs6945909	A	G	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=769;ReadPosRankSum=-0.910;SC=AGTGTTTATCATATCTCAGCT;SOR=0.514;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=51;WE=35928559;WS=35928541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,59:0.81:73
chr7	35928678	rs58918750	T	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGATATGATGTCACCTGTGAC;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=35928686;WS=35928668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	36124231	rs5883531	G	GT	6946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=62;PP=2957;SC=GCTGAGAGCAGTAAGTGGCTG;SOR=0.815;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=100;WE=36124239;WS=36124221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	36124292	rs1986593	G	A	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=79;PP=2965;SC=CGGAGTTCACGTGGAGGACGC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=169;WE=36124300;WS=36124282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	36278660	rs145450062	C	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,82:0.21:397
chr7	36320821	rs196586	G	A	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=96;PP=2965;SC=AAGCCCTCGAGTCAGCTCCAG;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=186;WE=36320829;WS=36320811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr7	36324436	rs13232200	G	A	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=34;PP=1172;SC=CAAGGTACCCGCTCCACGCCG;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=36324444;WS=36324426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	36338749	rs196613	T	C	8961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=161;PP=2965;SC=GCAAGAAGGATGCCCCTCGGA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=165;TCR=161;TR=326;WE=36338757;WS=36338739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr7	36338841	rs196614	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,32:0.22:146
chr7	36366569	rs196655	A	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=424;ReadPosRankSum=-0.132;SC=ATGTAACTACAATGTACATTT;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=27;WE=36366577;WS=36366559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr7	36370499	rs196659	C	G	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=14;PP=1121;SC=ACTAAAAATACTGTGAAGCTA;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=36370507;WS=36370489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	36370555	rs196660	G	T	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=32;PP=1572;SC=GCTGATCTGGGGTGTTCGGGG;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=92;WE=36370563;WS=36370545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	36436039	rs202002239	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,11:0.13:83
chr7	36445856	rs197367	G	A	3672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=62;PP=2371;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TCCCCTCCCAGACCTCTGCTT;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=109;TCR=79;TR=147;WE=36445864;WS=36445846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,156:0.78:200
chr7	36552656	rs7986	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,62:0.21:301
chr7	36552729	rs59476355	A	AT	10251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=119;PP=2936;SC=AGAGAAAGACATTTGCAAAGA;SOR=0.786;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=48;TCR=127;TR=166;WE=36552737;WS=36552719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr7	36552790	rs57543920	G	GT	7969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=102;PP=2936;SC=CCCCCATAGGGTTGTGGAATG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=149;TCF=44;TCR=105;TR=142;WE=36552798;WS=36552780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr7	36561469	rs6462681	G	T	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=483;SC=ATTTCCCTATGGTCCCAAATT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=36561477;WS=36561460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	36569907	rs3735393	G	A	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=19;PP=1414;ReadPosRankSum=-0.332;SC=AGAATAGGCAGGAGTAACCCT;SOR=1.130;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=73;WE=36569915;WS=36569897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,76:0.78:97
chr7	36588405	rs5883561	A	AC	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=62.39;NF=1;NR=31;PP=1390;SC=CCTCTTGGCAACTTTTTGCTA;SOR=3.611;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=32;WE=36588413;WS=36588395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	36588955	rs3735397	G	A	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=108;SC=TTTATGCTCAGTAAAAATGAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=36588963;WS=36588945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	36656147	rs2727818	A	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=47;PP=1233;ReadPosRankSum=0.119;SC=GACTGGGTAGATATAAGAGCG;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=69;WE=36656155;WS=36656137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,70:0.74:94
chr7	36656205	rs13235549	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=-0.331;SC=ACAGTAATGCATTACCACTTT;SOR=0.546;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=23;WE=36656213;WS=36656195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr7	36661423	rs2727822	T	C	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1315;ReadPosRankSum=0.072;SC=GGGTTCAGCCTGCTTTGATGT;SOR=0.751;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=110;WE=36661431;WS=36661413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,121:0.70:173
chr7	36671720	rs3832509	GA	G	1210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=42;PP=593;ReadPosRankSum=1.787;SC=TTTCTGGGGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.690;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=49;WE=36671728;WS=36671710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,59:0.72:82
chr7	36698684	rs6959295	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=1.320;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,14:0.16:86
chr7	36726476	.	CGT	C	104	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=104;QD=21.6;SC=AGAAAGGATGCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=5;WE=36726485;WS=36726466;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,5:0.23:22
chr7	36729757	rs7790095	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,31:0.23:137
chr7	36729822	rs11427708	C	CA	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,36:0.21:169
chr7	36729951	rs6462691	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=66;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TCATGAACACCCAGGTTGGGC;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=7;WE=36729959;WS=36729941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr7	36763560	rs6462703	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TGATTTATTACGCAAGCAAAG;SOR=1.281;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=17;WE=36763568;WS=36763550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr7	36763688	rs2228411	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.323;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,55:0.25:224
chr7	36934448	rs6462722	A	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=25;PP=1290;SC=AGTCAATACTAGGTAACTTAC;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=36934456;WS=36934438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	37355590	rs11383031	C	CT	2299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1894;SC=AAAGGAAATACTTGTTAGTTT;SOR=2.015;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=43;WE=37355598;WS=37355580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	37889786	rs10271309	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GTTTTAAAAGATGTTATTTGC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=8;WE=37889794;WS=37889776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr7	37889838	rs141149150	TTTTC	T	2038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.611;NF=22;NR=9;PP=1368;ReadPosRankSum=-1.023;SC=ACTTAAAAATTTTTCTTTCTT;SOR=0.792;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=31;WE=37889849;WS=37889828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,51:0.75:68
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chr7	37890316	rs2598044	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=439;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TGAACGAAGACGAAATTCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=28;WE=37890324;WS=37890306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr7	37896896	rs3213976	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.963;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=596;ReadPosRankSum=2.032;SC=ACAACATTGTGACTTTGCAGC;SOR=0.180;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=48;WE=37896904;WS=37896886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,54:0.83:65
chr7	37901581	rs2249451	G	A	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=72;PP=2671;SC=TTAGTTCTTGGTGTGTTCTCC;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=163;WE=37901589;WS=37901571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr7	37903853	rs3816419	A	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr7	37903904	rs3816418	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=53;ReadPosRankSum=0.869;SC=ATCCAGACTTCGTGCCAAGAA;SOR=0.636;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=8;WE=37903912;WS=37903894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr7	37904065	rs3841582	TAAC	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AATTGCAAAATAACAACCTCT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=37904075;WS=37904055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr7	37907304	rs10250905	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,13:0.19:70
chr7	37923849	rs1993052	G	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=126;SC=TATGTATTGTGTACATAACCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=37923857;WS=37923839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	37924737	rs1530822	T	G	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=28;PP=2087;SC=TTTGTTTTCTTTTCTAATAGT;SOR=1.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=99;WE=37924745;WS=37924727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	37924879	rs2242027	A	G	6413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=117;PP=2965;SC=ATGGGTCACTATCTGTTTTCG;SOR=1.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=220;TCF=103;TCR=117;TR=218;WE=37924887;WS=37924856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	37927779	rs2251179	T	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=1;PP=1179;SC=GATCTGGAATTATTTGCTGTT;SOR=6.138;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=42;WE=37927787;WS=37927769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	37933983	rs10260487	C	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=466;SC=ATTAAACTATCATTTTCCTTA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=37933991;WS=37933973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	37934146	rs56128139	TA	CT	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=16;PP=437;SC=CCTGAGCAAATAGAGAAAATT;SOR=1.382;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=25;WE=37934155;WS=37934136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	37934234	rs10261071	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=ATACATAATTGTTTGCATTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=37934242;WS=37934224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	37951726	rs1132553	G	A	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=13;PP=812;SC=CCTACCTTGAGCGCCACTCGT;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=37951734;WS=37951716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	37960262	rs201513905	AAGGCAGTGGCAGC	A	8056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=93;PP=2973;SC=GAAGCGGCAGAAGGCAGTGGC;SOR=1.731;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=163;TCF=20;TCR=143;TR=107;WE=37960282;WS=37960252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr7	37960955	rs4723716	T	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=19;PP=971;SC=GAGGAGGGTCTCTTGGGGATA;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=37960963;WS=37960945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	37966201	rs12666164	T	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=2;PP=970;SC=CTTTTAAAGATTGCAGGCCAG;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=37966209;WS=37966191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	37988589	rs2044831	C	T	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=61;PP=2104;SC=AGTACTCCATCGGGGGGCCTC;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=115;WE=37988597;WS=37988579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	38254140	rs3778893	C	T	53.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=1.150;SC=CTCTTTTGAACACTGACCATA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=38254148;WS=38254130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr7	38256938	rs6959603	C	T	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=56;PP=1391;ReadPosRankSum=-1.981;SC=CCTCCTGAGGCGGACTGGATA;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=87;WE=38256946;WS=38256928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,90:0.83:109
chr7	38268395	rs7795499	C	T	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=33;PP=1254;SC=TTCTCCACCACGTAGGATCTG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=38268403;WS=38268385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	38282130	rs369281628	GGT	G	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=5.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=3.820;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.038;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,30:0.18:168
chr7	38282166	rs2009434	T	G	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=64;PP=1642;ReadPosRankSum=-0.721;SC=AATGAATATTTATAAAACCTG;SOR=0.454;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=88;WE=38282174;WS=38282156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,93:0.79:118
chr7	38284745	.	TA	T	2310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.433;NF=17;NR=40;PP=1768;ReadPosRankSum=0.259;SC=GTTCAAAACTTAAAATGATCA;SOR=0.583;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=141;TCF=52;TCR=89;TR=57;WE=38284753;WS=38284735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,94:0.42:224
chr7	38284794	rs2008893	C	T	8376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-2.103;QD=32.72;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,206:0.80:256
chr7	38284804	rs4629747	T	C	8395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-2.994;QD=33.32;ReadPosRankSum=-1.165;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,201:0.80:252
chr7	38284808	rs4434531	A	C	8217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-3.159;QD=32.87;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,198:0.79:250
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chr7	38292890	rs10267672	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQRankSum=-4.267;QD=9.83;ReadPosRankSum=-2.326;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
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chr7	38296130	rs6462828	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.609;NF=0;NR=22;PP=397;ReadPosRankSum=0.106;SC=TTTTGTGACATGTGATAGTTT;SOR=2.019;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=22;WE=38296138;WS=38296120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr7	38299872	.	C	T	119	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=43.69;NF=0;NR=8;PP=119;QD=19.2214015684;SC=GAATAAGATACATTAATGCGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=38299880;WS=38299862;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr7	38301741	rs2392542	T	A	5683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.682;SC=AACAAAATGATCAGGAGGAAG;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=174;TCR=136;TR=235;WE=38301749;WS=38301731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,239:0.76:316
chr7	38304926	rs3901405	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=7;PP=1072;ReadPosRankSum=-1.465;SC=AGTGTTCTGACAGATGATATG;SOR=0.839;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=53;WE=38304934;WS=38304916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,56:0.73:77
chr7	38305142	rs113809137	G	C	5361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.149;NF=91;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.340;SC=TTCTTTTCTTGCCAATGTATC;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=119;TCR=151;TR=204;WE=38305150;WS=38305132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,213:0.76:280
chr7	38305340	rs2302343	A	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.611;NF=0;NR=30;PP=710;ReadPosRankSum=1.132;SC=CACATTGCACAGTTTGGAGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=30;WE=38305348;WS=38305330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr7	38309102	rs2075010	A	C	3834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.045;NF=71;NR=91;PP=2712;ReadPosRankSum=-0.124;SC=CTGTGACAACAAGTGTTGTTC;SOR=1.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=198;TCF=90;TCR=108;TR=162;WE=38309110;WS=38309092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,160:0.82:196
chr7	38339546	.	T	G	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,71:0.23:310
chr7	38356943	rs34482025	G	GA	4265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.698;NF=13;NR=85;PP=2514;ReadPosRankSum=-1.934;SC=ACACACTGGGGAAAAAAATGG;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=20;TCR=124;TR=98;WE=38356951;WS=38356933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,167:0.81:206
chr7	38357075	rs11769443	T	C	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=547;ReadPosRankSum=0.265;SC=AGCGTTGATGTGTGGAGCAGT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=40;WE=38357083;WS=38357065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr7	38388773	rs13227721	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.207;NF=11;NR=6;PP=265;ReadPosRankSum=-2.476;SC=GGGGAACAGGGTGCGGCTGCT;SOR=1.880;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=17;WE=38388781;WS=38388763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr7	38388910	rs113354949	C	G	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.514;NF=45;NR=9;PP=1262;ReadPosRankSum=-2.301;SC=GAGGCAGCCACAAGGCAGATT;SOR=1.232;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=54;WE=38388918;WS=38388900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,57:0.77:74
chr7	38393712	rs2215951	CA	TG	5902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.334;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.722;NF=49;NR=74;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.804;SC=AAACAAAACCCATGATCCTCT;SOR=1.098;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=169;TCF=71;TCR=98;TR=123;WE=38393727;WS=38393702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,145:0.78:186
chr7	38398564	rs1810377	AG	GC	6086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.237;NF=38;NR=101;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.259;SC=TAGAAGCACCAGTAGGGCCCA;SOR=0.477;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=189;TCF=49;TCR=140;TR=139;WE=38398573;WS=38398554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,151:0.76:199
chr7	38402496	rs2735118	A	G	6713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.723;NF=145;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.527;SC=ATAGACCCCAAAGTCATTTTC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=184;TCR=134;TR=252;WE=38402504;WS=38402486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,276:0.79:349
chr7	38402781	rs2011898	A	G	3649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.111;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.489;NF=94;NR=54;PP=2441;ReadPosRankSum=1.614;SC=ACTGGCTGCAATGGGAACAAC;SOR=1.053;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=217;TCF=132;TCR=85;TR=148;WE=38402789;WS=38402771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,152:0.68:223
chr7	38402943	rs11495989	G	A	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.419;NF=10;NR=46;PP=1171;ReadPosRankSum=-1.176;SC=TTCCTCTCTGGGGCCTTGGAA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=14;TCR=65;TR=56;WE=38402951;WS=38402933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr7	38407580	rs112349801	A	G	5094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.162;NF=91;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.671;SC=AACAAAACAAAACCCGTGATC;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=120;TCR=151;TR=206;WE=38407588;WS=38407570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,219:0.75:291
chr7	38424539	rs76851151	G	A	4427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=85;PP=2567;ReadPosRankSum=-1.765;SC=GAAAAACAATGACAGAACTTT;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=123;TCR=115;TR=178;WE=38424547;WS=38424529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,196:0.75:261
chr7	38429370	rs6977263	C	T	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=40;PP=1982;ReadPosRankSum=0.015;SC=AAAAAATCAACGTAGCCCAAA;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=101;TCR=53;TR=120;WE=38429378;WS=38429360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,130:0.79:164
chr7	38431511	rs2229922	C	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=573;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CCGGAGGAGCCGCGTCCTCGG;SOR=0.260;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=37;WE=38431519;WS=38431501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr7	38431644	rs79759611	G	GC	1017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=669;SC=CCGTGGCGATGCCGGCAGGGC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=38431652;WS=38431634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	38460546	rs1019287	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=633;ReadPosRankSum=0.858;SC=AAACACTGGGGCGTTTTCTTG;SOR=0.900;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=34;WE=38460554;WS=38460536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr7	38467842	rs1544636	A	G	7767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=129;NR=124;PP=2965;SC=GCTGAATCCAAGCTTGGCTGC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=129;TCR=124;TR=253;WE=38467850;WS=38467832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr7	38467923	rs6958300	A	G	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=112;PP=2965;SC=GTATGACTACAGTTCTCAGTT;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=99;TCR=113;TR=210;WE=38467931;WS=38467913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	38468463	rs2267808	C	T	4231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=72;PP=2860;SC=TTTTCATTGGCGTTTGTACTT;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=141;WE=38468471;WS=38468453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr7	38468695	rs2392572	C	T	7360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=141;PP=2965;SC=GAGAATCTTCCATCTTCTGTT;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=118;TCR=141;TR=259;WE=38468703;WS=38468685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr7	38469039	rs2215955	C	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-2.154;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,32:0.19:167
chr7	38469636	rs10253674	G	T	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=172;SC=TTCCAAAATTGTTTAAGACCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=38469644;WS=38469626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	38471753	rs10232299	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.519;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,18:0.17:104
chr7	38505025	rs722334	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=8.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.629;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr7	38530568	rs2043786	G	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr7	38530807	rs3837078	T	TA	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr7	38543103	rs10225047	TG	GC	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=12;PP=1312;SC=GGCGGGGGGGTGGGTGGTGGA;SOR=2.387;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=70;WE=38543112;WS=38543093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	38543371	rs6946268	C	T	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=74;PP=2190;SC=GTAAGAAGTGCTAAGTCTCAA;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=33;TCR=74;TR=107;WE=38543379;WS=38543361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	38725804	rs11980087	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=2.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,60:0.17:351
chr7	38726473	rs17508140	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=-0.792;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,23:0.24:94
chr7	38726484	.	C	CG	1171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.341;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.951;NF=1;NR=36;PP=2198;ReadPosRankSum=1.250;SC=TGAGGAGTAACGGGGGGAAGG;SOR=1.440;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=37;WE=38726492;WS=38726463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr7	38780883	rs6951429	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=20;PP=714;SC=AACAACAGTCCGAATTTTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=38780891;WS=38780873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	38780924	rs6975410	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=14;PP=491;SC=TCTATAGAAGTTACCAGCATC;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=38780932;WS=38780914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	38782951	rs10254567	G	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=11;PP=1316;SC=GACATAACTGGTTACACTGAG;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=38782959;WS=38782941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	38785062	rs28520398	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.700;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr7	38796570	rs2240350	G	A	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=820;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CATAGTTCTTGTCATAGGTGT;SOR=0.684;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=64;WE=38796578;WS=38796560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,83:0.78:106
chr7	38796748	rs2392599	C	T	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=186;SC=TAACTATACACGACCAATAAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=38796756;WS=38796738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	38810880	.	TA	TAA,T	61	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5244,0.4755;HP=14;HapScore=3;MGOF=26;MMLQ=17;MQ=59.94;NF=1,1;NR=4,4;PP=61,7;QD=13.0;SC=AAGGATGATTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5,5;WE=38810888;WS=38810870;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.62:8
chr7	38813711	rs976350	C	T	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=33;PP=2712;SC=TTCATATCTCCTACCTAAATG;SOR=2.025;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=96;TCR=33;TR=128;WE=38813719;WS=38813701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	38816441	rs1468347	A	G	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=86;PP=2311;ReadPosRankSum=3.259;SC=CATCTGGAGGAACACAATGAC;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=59;TCR=112;TR=132;WE=38816449;WS=38816431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,145:0.78:185
chr7	38816487	rs4236355	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=1007;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AAAAGCTAACGTAAAGGGGAC;SOR=1.267;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=52;WE=38816495;WS=38816477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,56:0.79:71
chr7	38857364	rs2072248	G	A	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=38;PP=1746;ReadPosRankSum=1.112;SC=TACAGAGTAAGCACACAACAC;SOR=0.992;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=165;TCF=105;TCR=60;TR=114;WE=38857372;WS=38857354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,126:0.70:181
chr7	38869708	rs7790054	C	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=11;PP=1264;SC=TATTTTACTTCAATTATGACC;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=38869716;WS=38869698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	38908876	rs3735346	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,51:0.18:279
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chr7	39649275	rs4723884	G	A	2998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=61;PP=2000;ReadPosRankSum=3.107;SC=CCGGAGGTTGGGACGCAACTA;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=88;TCR=85;TR=121;WE=39649283;WS=39649265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,129:0.69:186
chr7	39649456	rs4723885	G	C	3419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=74;PP=2222;ReadPosRankSum=0.340;SC=GCCACCGCCGGCGTTTCAGAC;SOR=0.740;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=174;TCF=85;TCR=89;TR=142;WE=39649464;WS=39649446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,149:0.80:187
chr7	39991306	rs17537669	C	G	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=31;PP=2020;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TCGGCGGCTGCCGCGCTCCCC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=98;TCR=40;TR=107;WE=39991314;WS=39991296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,112:0.78:143
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chr7	40132655	.	A	AATG	9687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.393;NF=36;NR=96;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TCCAGCCTAAAGTGGAGACTG;SOR=0.765;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=179;TCF=46;TCR=133;TR=132;WE=40132663;WS=40132642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,233:0.79:296
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chr7	40220475	rs116844030	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=1.709;SC=TCTCAAGCTTATAATGGTGTA;SOR=0.919;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=11;WE=40220483;WS=40220465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
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chr7	40229072	rs4720354	G	A	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=80;SC=ATATTGCATAGTGGTGGGGAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=40229080;WS=40229062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr7	40356315	rs10245165	A	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GAGTATAGATAAACTAGCTGT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=55;WE=40356323;WS=40356305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,59:0.74:80
chr7	41368666	.	T	TGAAA	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.431;NF=5;NR=0;PP=260;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GAAGCTCAATTGAAAGAAAGA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=41368674;WS=41368656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr7	41368825	rs149443848	C	T	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1096;ReadPosRankSum=0.696;SC=GACCTCATAACTGCCTACCTA;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=77;WE=41368833;WS=41368815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,88:0.81:108
chr7	42003792	rs78794712	A	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=0.114;SC=AAGGAATATAATTGAAACACA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=42003800;WS=42003782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr7	42003898	rs77886553	C	A	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=23;PP=1498;ReadPosRankSum=0.593;SC=CTATTGATTTCCGTTGGTTGC;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=90;WE=42003906;WS=42003888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,94:0.78:120
chr7	42004062	rs35364414	G	A	4891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.191;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.399;SC=GTGGTGAGGCGGGAGGAGCTA;SOR=0.346;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=231;TCF=131;TCR=100;TR=188;WE=42004070;WS=42004052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,199:0.81:245
chr7	42004600	rs34089404	G	A	4290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=87;PP=2731;ReadPosRankSum=1.569;SC=CTGGCCCTTGGTAGATGTTGA;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=119;TCR=118;TR=174;WE=42004608;WS=42004590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,187:0.73:256
chr7	42004651	rs35139358	G	A	6860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.588;SC=TCTGCTGACCGGGGCGGCCTG;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=111;TCR=103;TR=161;WE=42004672;WS=42004641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,178:0.75:236
chr7	42004664	rs35280470	C	T	6674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.863;SC=GCGGCCTGCCCCCGGGTGCTG;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=103;TCR=103;TR=153;WE=42004672;WS=42004641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,171:0.75:227
chr7	42005845	rs34245321	C	G	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=2136;ReadPosRankSum=1.450;SC=GCAGGGGCGTCGGCGGCGGCC;SOR=0.471;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=122;WE=42005853;WS=42005835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,133:0.83:161
chr7	42017103	rs74578991	C	T	182.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5729;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GTGCCTTCCCCGGGATAGTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=42017111;WS=42017093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr7	42018336	rs34020684	G	A	5069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GAATATGGTCGTTATTTATAT;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=146;TCR=155;TR=220;WE=42018344;WS=42018326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,231:0.74:313
chr7	42018391	rs17707162	C	T	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=78;PP=1884;ReadPosRankSum=1.309;SC=GAAACGTATTCATCATTTCTG;SOR=0.504;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=169;TCF=61;TCR=108;TR=126;WE=42018399;WS=42018381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,129:0.75:173
chr7	42064799	rs78554970	G	T	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=435;SC=GGAAGCGGGAGCTGACCCAAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=42064807;WS=42064789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	42064852	rs846273	C	G	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=19;PP=1152;SC=TGTGCGGCCTCGGTGTCCTAC;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=42064860;WS=42064842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	42079765	rs35961850	G	A	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=68;PP=1834;ReadPosRankSum=2.178;SC=AGCTATGATCGGAGAGTGGTG;SOR=0.851;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=105;WE=42079773;WS=42079755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,110:0.72:152
chr7	42084829	rs699493	A	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=642;SC=GCTTCTAGAAAACGAAGGGAA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=42084837;WS=42084819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	42088222	rs846266	T	C	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.84;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	42088222	.	TGGGGTTCCGG	CGGGGTTCCGA,CGGGGTTCCGG	875	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=32,42;NR=18,31;PP=875,195;QD=18.5693574972;SC=GAAGCAGCAGTGGGGTTCCGG;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=50,73;WE=42088240;WS=42088212;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.68:73
chr7	42088232	rs3898405	G	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=2.544;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr7	42950640	rs643138	C	T	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=54;PP=2092;SC=TCTATGAACCCGGGCTTGTGT;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=111;WE=42950648;WS=42950630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	42951515	rs647117	G	A	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=14;PP=1137;SC=GCTCCTCACCGGCAGCGCCAG;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=42951523;WS=42951505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	42957465	rs71008875	ATT	A	316.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=265;SC=TACTTATATCATTGTTTATAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=42957474;WS=42957455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	42970733	rs619664	C	T	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=48;PP=1993;SC=GTACAAGCTGCGGTTAGTTCA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=112;WE=42970741;WS=42970723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	42974827	rs601057	A	C	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=42;PP=1389;SC=ATAAATTATTATCAGATTATA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=42974835;WS=42974817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	42976789	rs630191	A	G	5301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.078;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.537;SC=AGGTGGAACTAGATGGTGTAT;SOR=0.289;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=98;TCR=82;TR=179;WE=42976797;WS=42976779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr7	42977091	rs631132	G	A	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=70;PP=2105;SC=TGCTGTACACGGGAGAGACAC;SOR=2.393;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=94;WE=42977099;WS=42977081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	43190479	rs12702015	T	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.308;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=625;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TTCAGCATCTTTATCAGCGCC;SOR=0.419;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=45;WE=43190487;WS=43190469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,52:0.79:66
chr7	43400656	rs368684213	CGTGTGT	CGT,C	299.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0,0;NR=10,10;PP=156,324;SC=CTTGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10,10;WE=43400669;WS=43400646;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr7	43483981	rs61756574	G	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-2.234;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,39:0.21:186
chr7	43484310	rs73098706	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,37:0.22:169
chr7	43485248	rs6960889	A	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=0.067;SC=AAAAACAAGAAGGGCGGGGGA;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=16;WE=43485256;WS=43485238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr7	43495878	rs3214631	C	CT	2053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=14;PP=1317;SC=TTCTTTTTGCCTTTTTATTAA;SOR=1.230;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=35;WE=43495886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	43506015	rs2304330	C	A	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1252;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TTTCCCAATGCATTCTGTTGC;SOR=0.477;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=81;WE=43506023;WS=43506005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,87:0.67:130
chr7	43506059	rs2304329	A	G	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=63;PP=2197;SC=TAAGGAGAGAAGGGTCACTTT;SOR=0.851;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=125;WE=43506067;WS=43506049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	43506158	rs2304328	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=572;ReadPosRankSum=0.492;SC=CTGTGCTACATGCCAATTATG;SOR=0.500;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=43;WE=43506166;WS=43506148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr7	43540264	rs2304325	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,37:0.19:197
chr7	43546604	rs7810051	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=278;ReadPosRankSum=-0.514;SC=AGGAGGTGGAAGTTGCGGTAA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=6;WE=43546625;WS=43546594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr7	43546617	rs117689113	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=278;ReadPosRankSum=1.034;SC=TGCGGTAAGCCGAGAGCACAC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=7;WE=43546625;WS=43546594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
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chr7	43548857	rs9639877	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,4:0.15:27
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chr7	43591955	rs4724220	A	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=839;ReadPosRankSum=0.989;SC=CAGGAGCTGTAATGATGCAAT;SOR=0.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=46;WE=43591963;WS=43591945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,50:0.77:65
chr7	43622806	rs10251937	T	C	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=33;PP=1112;ReadPosRankSum=1.667;SC=CTGCTCGGAGTGAACAGGCGG;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=87;WE=43622814;WS=43622796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,96:0.59:163
chr7	43623123	rs2241738	C	G	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr7	43664198	rs10233697	A	G	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1111;ReadPosRankSum=1.598;SC=TCAGGATGGAAAAGGCACTAG;SOR=0.677;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=78;WE=43664206;WS=43664188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,85:0.63:134
chr7	43664280	rs1044141	A	G	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=36;PP=1270;SC=ATCAGAAACCAAGGAATCCAT;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=43664288;WS=43664270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	43664477	rs15866	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=1.267;SC=GATTTCTACATTGAAAATGTT;SOR=0.976;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=43664485;WS=43664467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	43685150	rs10263142	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=200;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CTACTCTAAATTGTCCATTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=43685158;WS=43685140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr7	43686194	rs970134	G	A	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.338;SC=AGGGAGAAAGGCTGTCACACC;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=86;WE=43686202;WS=43686184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,91:0.65:140
chr7	43686224	rs970135	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=978;ReadPosRankSum=-1.043;SC=AACCCTGACCCAAAAGTGCAC;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=71;WE=43686232;WS=43686214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,76:0.63:121
chr7	43687074	rs143305109	TGGA	T	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=356;ReadPosRankSum=0.555;SC=TTTCCTCTGATGGAGGAGCAG;SOR=1.127;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=43687084;WS=43687064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr7	43687296	rs2240516	C	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=355;SC=GGGATTTGCCCGGCTTGGACC;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=43687304;WS=43687286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	43687967	rs17531127	G	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=0.422;SC=CTGGGTTATGGAGAGGTTCCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=10;WE=43687975;WS=43687957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	43810695	rs699511	A	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=31;PP=1993;SC=GAGTTTGGGCAGGTGCCACCA;SOR=1.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=105;WE=43810703;WS=43810685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	43810764	rs699512	G	A	6477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=89;PP=2965;SC=CAAGATGAATGCAGAGGTGAG;SOR=1.123;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=139;TCR=89;TR=228;WE=43810772;WS=43810754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr7	43810820	rs10234057	C	T	5974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.580;SC=TATTGTGTCCCTCATTTCTCC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=179;TCR=141;TR=231;WE=43810828;WS=43810810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,252:0.73:344
chr7	43827373	rs17239537	T	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=603;ReadPosRankSum=-0.110;SC=ATCCTGATGCTGTGGCTTCCT;SOR=0.113;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=34;WE=43827381;WS=43827363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr7	43827414	rs849165	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.977;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,25:0.25:100
chr7	43846603	rs7738	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=-1.163;SC=AAGAAAAAGGACCTGGTCTAA;SOR=0.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=11;WE=43846611;WS=43846593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr7	43908866	rs2730608	C	T	197.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr7	43916727	rs2232108	T	G	7093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=112;PP=2965;SC=CTCAGTCCCATGAGCAGAGTG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=126;TCR=112;TR=238;WE=43916735;WS=43916717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr7	43917013	rs2232105	G	A	12578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=0.899;SC=CCAGTCGGACGTGCAGCTCCT;SOR=0.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=438;TCF=198;TCR=240;TR=437;WE=43917021;WS=43917003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,462:1.00:463
chr7	43917274	rs2232103	A	G	8582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=176;PP=2965;SC=TGGTGCCCCCATGCTTTGGTC;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=124;TCR=176;TR=300;WE=43917282;WS=43917264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr7	43945982	rs200939452	G	GC	554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=310;SC=CCGCGCGGCCGGTCCGCCCAA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=43945990;WS=43945972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	43982341	rs2074728	G	C	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=19;PP=1426;SC=TAGACAGTGCGCTGTAATTTA;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=70;WE=43982349;WS=43982331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	43982482	rs2074727	A	C	5368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.438;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=1.062;SC=TGAGCGCACCACTCCAGTTTT;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=105;TCR=74;TR=179;WE=43982490;WS=43982472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr7	44027348	rs2330943	A	G	3938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=68;PP=2477;SC=TATCATTGCCAACACGGAGGA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=140;WE=44027356;WS=44027338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	44081323	rs3099757	C	G	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=5.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.680;NF=41;NR=1;PP=984;ReadPosRankSum=-0.776;SC=AAAGGGCTCTCAATATGGAGA;SOR=3.816;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=66;TCF=63;TCR=3;TR=42;WE=44081331;WS=44081313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr7	44084292	rs4430012	C	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=20;PP=799;SC=CGGCCCGGCCCGGCCCGGAAG;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=44084300;WS=44084282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	44097696	rs6968228	T	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=18;PP=742;SC=AGTGGCAGCATAGGGCTGAGC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=44097704;WS=44097686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	44145910	rs1558469	C	T	7431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=147;PP=2965;SC=GGGAACCCTACGCTCAGTCTT;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=110;TCR=147;TR=257;WE=44145926;WS=44145900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr7	44147485	rs2537188	C	A	5135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=104;PP=2965;SC=CTGGCCAGAGCCCCCTGAGGA;SOR=1.097;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=79;TCR=105;TR=182;WE=44147493;WS=44147475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	44147567	rs58863562	C	CG	3928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=50;PP=2936;SC=GCCATGGCCACGGCGCTCTGG;SOR=0.970;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=76;WE=44147575;WS=44147557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	44148388	rs2075071	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=197;SC=CCCCATCTCCCGTCCTCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=44148396;WS=44148381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	44148553	rs2595701	A	G	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=50;PP=2322;SC=AGCGCCAGACAGACGAAGAGA;SOR=1.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=87;TCR=50;TR=136;WE=44148561;WS=44148543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	44152119	rs11377645	A	AG	1820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=14;PP=1770;SC=TAGTGGCCGGAGCTGCAGCCC;SOR=2.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=44152127;WS=44152109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	44153082	rs67670401	G	GC	1001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=21;PP=1148;SC=GGAGGGCGGTGCTGGGGGCGG;SOR=2.833;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=26;WE=44153090;WS=44153072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	44153115	rs34515254	G	GC	719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=978;SC=GGAGGGCGGGGCTGGGGGCAG;SOR=4.615;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=23;WE=44153123;WS=44153105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	44154865	rs5883885	A	AG	6100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=49;PP=2981;SC=TCAGCAAATCAGCCTGGGCCC;SOR=1.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=96;WE=44154873;WS=44154855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	44157770	rs34484835	G	GC	779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=948;SC=CAGGGCCCTGGCCTTGCCAGG;SOR=3.352;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=22;WE=44157778;WS=44157760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	44180079	rs5883888	A	AG	3126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=70;PP=2974;SC=GTCCCCCAGAAGGCCCAGGCC;SOR=3.044;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=6;TCR=75;TR=76;WE=44180087;WS=44180069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	44243953	rs1476892	C	T	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=2;PP=209;SC=TTTGGTGAGCCAGGTAGCAAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=44243961;WS=44243945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	44247258	rs3824065	C	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=473;SC=TACGTTCAGACCGGGGAACCC;SOR=3.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=44247266;WS=44247248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	44250279	rs3837149	GCA	G	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.140;NF=5;NR=2;PP=213;ReadPosRankSum=-1.593;SC=ACATGTGCGTGCACACACACA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=44250292;WS=44250269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr7	44250826	rs2072439	G	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	44259554	rs149624128	T	TG	1240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=1014;SC=TTCCCAGGCATGGCTCTGCAC;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	44259561	rs138799733	G	GC	1242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=905;SC=GCATGGCTCTGCACAGGCCCC;SOR=3.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	44259706	rs1065359	G	A	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=64;PP=2965;SC=GGAAGTGCACGTTCTGCCACT;SOR=1.088;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=97;TCR=64;TR=160;WE=44259714;WS=44259696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	44259871	rs1127065	C	T	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=120;PP=2965;SC=TCGTGTGGATCGGCTTGCTGT;SOR=0.921;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=105;TCR=121;TR=225;WE=44259879;WS=44259861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	44266077	rs10951758	G	A	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=49;PP=1824;SC=GAGCCCCTCCGGGCAGCCGCT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=105;WE=44266085;WS=44266067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	44268785	rs917791	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,10:0.14:73
chr7	44272314	rs5883896	G	GC	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=312;SC=GGCGGCCAGGGCATGGGACAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=44272322;WS=44272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	44294067	.	C	T	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=25;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GAAAGAGCAGCAGGAGTGGGT;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=83;WE=44294075;WS=44294057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,90:0.78:116
chr7	44294380	rs73096000	C	T	233.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=230;SC=CCAACTACCACCATCACCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=44294397;WS=44294370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	44294388	rs367659815	AGC	A	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	44294398	.	C	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	44294400	rs115220947	T	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=152.03;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr7	44442296	rs1473114	A	C	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=56;PP=1968;SC=CTGCTCCATGATCTGCACTGA;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=98;WE=44442304;WS=44442286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	44578500	rs35803101	G	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.676;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,103:0.25:415
chr7	44579180	rs2072183	G	C	5725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.176;SC=AGGTGGAGTCGAGGGCCTGGG;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=293;TCF=166;TCR=127;TR=226;WE=44579188;WS=44579158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,239:0.78:307
chr7	44607905	rs144290100	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=714;ReadPosRankSum=-0.874;SC=GGATAACACACTCATGTGTTT;SOR=0.336;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=45;WE=44607913;WS=44607895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,49:0.84:58
chr7	44798814	rs139333097	C	CT	2835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.617;NF=33;NR=14;PP=1777;ReadPosRankSum=0.174;SC=TGAGACTCTACTTCCTTCTGG;SOR=0.397;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=47;WE=44798822;WS=44798804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,92:0.74:125
chr7	44800176	rs3735478	G	T	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=2.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-2.271;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,111:0.24:468
chr7	44802401	rs4720479	A	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=10;PP=722;SC=CTGACACACAACCCCCAGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=38;WE=44802409;WS=44802391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	44803907	rs139430652	C	CA	2779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=2379;ReadPosRankSum=1.340;SC=TGCAGTATCTCAGTTATGCAT;SOR=0.595;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=59;WE=44803915;WS=44803897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,85:0.66:128
chr7	44803944	rs79784917	G	T	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.927;NF=91;NR=58;PP=2350;ReadPosRankSum=-0.905;SC=TTCCTGAAAAGGGATTGCAGA;SOR=0.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=214;TCF=132;TCR=82;TR=149;WE=44803952;WS=44803934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,166:0.70:236
chr7	44839616	rs6463247	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=73;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CATACATAAACGACAAATATA;SOR=0.122;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=7;WE=44839624;WS=44839606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr7	44869537	rs1297837	C	T	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=9;PP=1427;SC=CAAGGAAAAGCGCTCTGAAAT;SOR=3.105;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=64;WE=44869545;WS=44869527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	44924627	rs6966024	A	C	13533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=237;NR=254;PP=2965;SC=CCTCGGCGCCAGCCGCCAGCT;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=237;TCR=255;TR=491;WE=44924635;WS=44924617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr7	45004063	rs7792760	T	C	4735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=71;PP=2500;SC=ATCTTTGTCCTGAAGTGTCTT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=94;TCR=71;TR=165;WE=45004071;WS=45004053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr7	45009325	rs3735484	G	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,57:0.81:70
chr7	45009341	rs3735485	A	G	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=30;PP=1321;SC=GCGGTGGTGCATGTCCAGGGT;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=81;WE=45009349;WS=45009331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	45009723	rs11555636	G	A	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=65;PP=2087;SC=GCAGCTTCTCGTTGCAGTAGT;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=120;WE=45009731;WS=45009713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr7	45010734	rs7789375	G	A	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=902;SC=CAAGAAGGAGGAAGGAAAGCA;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=45010742;WS=45010724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	45023503	rs12108	T	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=0.671;SC=TCCAGCATCTTGGGATTGCTG;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=7;WE=45023511;WS=45023493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr7	45067267	rs2289365	G	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,40:0.20:201
chr7	45103481	rs2304689	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.537;SOR=1.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,15:0.17:86
chr7	45111482	rs1001349	A	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,65:0.23:281
chr7	45112902	rs10272243	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=338;SC=CCACCCTGCATGCCCAGTCAG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=45112910;WS=45112892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	45113170	rs2289367	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,25:0.23:109
chr7	45120453	rs10264280	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,37:0.21:178
chr7	45120704	rs2304692	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,66:0.23:289
chr7	45122464	rs10243185	A	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,34:0.25:138
chr7	45122723	rs61740895	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=5.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,72:0.29:251
chr7	45124008	rs7777835	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=341;ReadPosRankSum=0.156;SC=AGGTCCTCTTTAGCCTGCCTG;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=27;WE=45124016;WS=45123998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,28:0.26:109
chr7	45124286	rs3735494	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.340;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,72:0.28:259
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chr7	45125775	rs9791417	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.780;SC=GGCCAGGCCCGGGGAGATGAA;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=7;WE=45125783;WS=45125765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
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chr7	45144494	rs2289376	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=0.780;SC=AGGGAACCCCTGGACCTGGAG;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=12;WE=45144502;WS=45144484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
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chr7	45148773	rs2304694	C	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,39:0.21:183
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chr7	45197433	rs67477213	G	A	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=41;PP=1290;ReadPosRankSum=1.475;SC=CAGCCATGGAGACTGGAGCGC;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=79;TCR=55;TR=96;WE=45197441;WS=45197423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,105:0.70:149
chr7	45216761	rs1294940	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
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chr7	45697295	.	CCT	GCC	1031	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=41;NR=14;PP=1031;QD=19.7175977248;SC=CAAGGTGGGCCCTAGCCCCAC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=55;WE=45697305;WS=45697285;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,55:0.95:58
chr7	45697297	rs2471231	T	C	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.03;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	45703971	rs1042009	G	A	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=62;PP=1810;SC=GACTGTGCACGTAGCTTCAGG;SOR=1.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=103;WE=45703979;WS=45703961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	45724696	rs2461106	T	C	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.652;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=63;PP=1296;ReadPosRankSum=2.382;SC=TGGCATGCGCTGGGGCGGGAG;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=56;TCR=84;TR=104;WE=45724704;WS=45724686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,111:0.77:144
chr7	45743128	rs2247685	T	G	10049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=152;PP=2965;SC=GCACTAGCCCTACACTGCTCT;SOR=1.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=215;TCR=153;TR=367;WE=45743136;WS=45743118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr7	45743403	rs2461114	G	A	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=65;PP=1812;SC=ATCCTGTTGCGTGGGCAGAGC;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=20;TCR=65;TR=85;WE=45743411;WS=45743393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	45928647	rs9658192	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr7	45932600	rs4988515	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,11:0.16:68
chr7	45954692	rs10255707	T	C	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=493;SC=ACAAGAGCCATGCGTGCCTAG;SOR=4.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=45954700;WS=45954682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	45957172	rs55719014	TA	T	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5349;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=149;SC=TTTTTTTTTTTAAAATACCTC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=45957181;WS=45957162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	45961271	rs11765572	G	A	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.423;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=840;ReadPosRankSum=1.353;SC=AGCCGGTGTCGGGGAAACTGG;SOR=0.266;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=55;WE=45961279;WS=45961261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,59:0.82:72
chr7	46728937	rs1404727	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,27:0.20:137
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chr7	46732627	rs1917602	A	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=94;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCCTTCTATGAAGTAAATAGG;SOR=0.346;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=10;WE=46732635;WS=46732617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr7	46736733	rs71003346	GA	G	612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=517;SC=TTCAGAGGAGGAAAATGATGC;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=46736741;WS=46736723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	47242645	rs4720584	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQRankSum=1.985;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr7	47317510	rs3750163	G	A	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=22;PP=1253;ReadPosRankSum=0.438;SC=TCACGGTGATGTTGTTTGTTC;SOR=0.956;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=78;WE=47317518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,81:0.84:96
chr7	47319723	rs4720590	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=445;ReadPosRankSum=1.263;SC=AGTACAACTGCAGACAAGGAG;SOR=1.123;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=27;WE=47319731;WS=47319713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr7	47323456	rs3750164	A	G	4188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=86;PP=2480;ReadPosRankSum=0.035;SC=AGTACCACACATTGCAGGCTG;SOR=0.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=245;TCF=124;TCR=121;TR=179;WE=47323464;WS=47323446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,190:0.73:261
chr7	47332238	rs884824	A	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=-2.515;SC=CTGTCAGTGAAGTAGAATCTC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=47332246;WS=47332228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	47343083	rs3807589	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,21:0.19:110
chr7	47408029	rs2255744	A	G	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=77;NR=45;PP=1892;SC=CCCGGAGCCCACCTCCCACGC;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=77;TCR=45;TR=122;WE=47408037;WS=47408019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	47408974	rs1534136	T	A	7368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=140;PP=2965;SC=GGTCCAACTCTGCCTTCTCCT;SOR=0.975;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=112;TCR=140;TR=252;WE=47408982;WS=47408964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr7	47436558	rs2177795	A	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=39;PP=1131;SC=CCTCCATCCAACCGACTCCAC;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=47436566;WS=47436548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	47451295	rs834607	A	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=21;PP=1529;SC=TGGGGACACCAACCCATCTGC;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=47451303;WS=47451285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	47451572	rs17544073	C	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=635;SC=GTAAAGAAAGCTCCCAGGCCA;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=47451580;WS=47451562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	47481602	rs11763044	G	A	8901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=164;PP=2965;SC=GACACTCACCGCAGAGGTTTA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=151;TCR=165;TR=314;WE=47481610;WS=47481592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr7	47568718	rs10261525	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,77:0.18:437
chr7	47578450	rs334507	A	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr7	47578772	rs334506	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=30;PP=999;SC=CCAGGATTCATACTCTCTGGG;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=47578780;WS=47578762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	47698685	rs12531737	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,42:0.24:178
chr7	47835027	rs9719534	A	G	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=785;SC=GAGGCCTCCCAAGTCATGTGG;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=47835035;WS=47835017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	47840510	rs1466203	T	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=474;SC=GCACTGACCTTGTCACCTCTT;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=24;WE=47840518;WS=47840500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	47847679	rs1074780	G	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=379;SC=AAGCTCTTCAGGCCCTTCACT;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=47847687;WS=47847669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	47853397	rs4595031	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=329;ReadPosRankSum=-2.130;SC=CCCCAGCCCCGGCACTGACAA;SOR=0.460;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=33;WE=47853405;WS=47853387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,38:0.36:106
chr7	47853498	rs6463449	C	T	6164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=103;PP=2965;SC=TCCATTTATTCTTGGAAGCAA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=108;TCR=103;TR=210;WE=47853506;WS=47853488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr7	47859239	rs3757379	C	A	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=45;PP=1251;SC=CAATGCTCAGCAGAAAAAAAA;SOR=2.701;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=57;WE=47859249;WS=47859229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	47869751	rs6463451	C	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=864;SC=CAGTGGTCAGCCCCCTCTAAG;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=47869759;WS=47869741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	47872845	rs921634	A	G	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=78;PP=2417;SC=TGGCTGATGCAGGTTGCTAGA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=68;TCR=78;TR=146;WE=47872853;WS=47872835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	47882810	.	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=-1.056;SC=GCTCATGAAAATAGACATATA;SOR=1.480;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=7;WE=47882818;WS=47882800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr7	47884555	rs13237611	A	G	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=31;PP=1966;SC=TAAAACAAATAAAGTCTATGA;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=102;WE=47884563;WS=47884545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	47905044	rs7782964	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=209;ReadPosRankSum=0.613;SC=CTGTTGTCTCTGGTTTTCCTT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=47905052;WS=47905034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	47913459	rs62447062	T	C	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=10;PP=1083;ReadPosRankSum=1.388;SC=GAAATACAAATAATGGCTAGG;SOR=0.481;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=62;TCR=13;TR=56;WE=47913467;WS=47913449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr7	47913560	rs78833972	G	T	4748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=96;PP=2866;ReadPosRankSum=0.428;SC=CACAGTGCACGGCTGGACCTT;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=271;TCF=144;TCR=127;TR=199;WE=47913568;WS=47913550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,209:0.72:291
chr7	47913579	rs1470859	T	C	11513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.70;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr7	47913579	.	TG	CA,CG	2754	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=94,133;NR=99,134;PP=2754,699;QD=20;SC=TTGGAGCCTTTGCCATCTGTG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=268;TCF=134;TCR=134;TR=193,267;WE=47913588;WS=47913569;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.72:268
chr7	47913580	rs73105162	G	A	4699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,210:0.73:289
chr7	47913615	rs17131867	G	A	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=95;PP=2702;ReadPosRankSum=0.146;SC=ATGACTGTGAGGGAACATGTC;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=223;TCF=98;TCR=125;TR=165;WE=47913623;WS=47913605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,174:0.73:237
chr7	47913737	rs73105163	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=445;ReadPosRankSum=1.280;SC=CCAGGCTCCGAGCCACAGGGA;SOR=1.247;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=23;WE=47913745;WS=47913727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr7	47915651	rs4724654	G	C	3365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=42;PP=2238;ReadPosRankSum=0.029;SC=GTTTAGAACTGTAGGTTGGCA;SOR=0.945;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=175;TCF=113;TCR=62;TR=125;WE=47915659;WS=47915641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,138:0.72:191
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chr7	47920345	rs62447081	G	A	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=655;ReadPosRankSum=0.674;SC=CTTGCAGGACGTACGTCTCTC;SOR=0.695;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=54;WE=47920353;WS=47920335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr7	47920450	rs17131899	A	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=704;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AGTGGTCTCAAGGACAGAGGT;SOR=0.564;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=46;WE=47920458;WS=47920440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr7	47920482	rs78574665	AG	GT	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=1034;ReadPosRankSum=-1.532;SC=CTTGGAAATGAGTTCCACTCT;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=34;WE=47920491;WS=47920472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr7	47920499	rs62447082	A	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=370;ReadPosRankSum=-2.047;SC=CTCTTCCCCCAGGGGTGAAAT;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=28;WE=47920507;WS=47920489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr7	47920583	rs9691249	G	C	189.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TAAACAGCCTGTCCTGCCCAA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=47920591;WS=47920573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr7	47971626	rs885338	G	A	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=83;PP=2678;ReadPosRankSum=-1.164;SC=AGGCCCTTGCGATTATAATGA;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=172;WE=47971634;WS=47971616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,175:0.73:241
chr7	47979716	rs62447089	A	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.784;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=488;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TGAAACATGGAGGTGCTTTTT;SOR=1.284;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=29;WE=47979724;WS=47979706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr7	48004962	rs1056663	C	T	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=55;PP=2077;ReadPosRankSum=-0.344;SC=GCTAGGACAGCGCAGGGATGA;SOR=0.562;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=106;TCR=74;TR=131;WE=48004970;WS=48004952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,142:0.74:193
chr7	48005122	rs2037483	G	A	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.378;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=1801;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TTCCCAGCCTGCACCTCCTGT;SOR=0.300;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=125;WE=48005130;WS=48005112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,130:0.80:162
chr7	48009018	rs953595	AA	GT	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=1648;ReadPosRankSum=-0.426;SC=GTACCCTACAAAACCTCAAAA;SOR=1.325;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=47;WE=48009027;WS=48009008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr7	48010978	rs2708864	T	C	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=10;PP=1333;ReadPosRankSum=-0.265;SC=CATCCCCTCATATACCATCGG;SOR=1.188;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=61;TCR=13;TR=62;WE=48010986;WS=48010968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,65:0.83:78
chr7	48017965	rs2242477	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5087;FS=2.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=724;ReadPosRankSum=0.392;SC=TATGTCTATTCCTTCGAGGCC;SOR=0.390;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=34;WE=48017973;WS=48017955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,34:0.87:39
chr7	48017989	rs2242478	T	C	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=10;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.551;SC=ACTTCTGTGTTAGAAACCCTG;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=51;WE=48017997;WS=48017979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,51:0.85:60
chr7	48018455	rs2242479	T	A	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1219;ReadPosRankSum=1.797;SC=AAATGCACATTATGTATCCTA;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=35;TCR=67;TR=73;WE=48018463;WS=48018445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr7	48028512	rs3736547	G	C	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1993;ReadPosRankSum=0.024;SC=AGATTGTAATGAATGGATGCA;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=120;WE=48028520;WS=48028502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,128:0.78:165
chr7	48035893	rs2708899	T	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=7;PP=133;SC=AGGAAAAGTATGACAGTTTTC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=48035901;WS=48035883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	48045416	rs11767002	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.300;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=0.791;SC=ACTATTTCTACTCTCTTCTTT;SOR=0.076;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=9;WE=48045424;WS=48045406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr7	48045447	rs34145615	T	TC	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=-1.138;SC=TTGATTAATTTCCCCCCCCCA;SOR=0.509;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=14;WE=48045455;WS=48045437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr7	48046714	rs1574242	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=17.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr7	48068258	rs7357251	G	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=0.191;SC=AGACTGTGATGAAGAGAAACC;SOR=0.048;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=48068266;WS=48068253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	48074984	rs1915971	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=-1.311;SC=AGTTGACAGGCGGCGCCCGCG;SOR=0.551;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=48074992;WS=48074974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr7	48086161	rs10233232	T	C	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
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chr7	48089542	rs2686788	T	C	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=91;PP=2955;SC=GCCCTAAGAATCCTGCAGGAA;SOR=1.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=148;WE=48089550;WS=48089532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	48089571	rs2708890	C	A	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=62;PP=1754;SC=TCCTTCCCCCCCGTGTAAGTG;SOR=1.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=94;WE=48089579;WS=48089561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	48092486	rs2686791	T	C	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=38;PP=1682;SC=GGCTCCAGGATGCAGAGGCTT;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=80;WE=48092494;WS=48092476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	48092601	rs17547209	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,47:0.19:252
chr7	48092644	rs17629333	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=5.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.314;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,42:0.17:246
chr7	48092847	rs2686792	C	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=288;SC=CAGATCCAAACAATGTTGACC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=48092855;WS=48092837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	48100016	rs7790252	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr7	48211301	rs141832114	C	T	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=6;PP=163;SC=AATCAAAACCCGTCCCAAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=48211309;WS=48211291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	48237802	rs2188	C	T	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=30;PP=2539;SC=AGCAGGTATACGGACTCATTT;SOR=2.183;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=100;TCR=30;TR=129;WE=48237810;WS=48237792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	48266842	rs150972279	A	AT	2778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=1226;ReadPosRankSum=-0.858;SC=CTTTTGGTGTATTTTTTTTCC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=61;WE=48266850;WS=48266832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,113:0.78:144
chr7	48269679	rs60553397	G	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=26;PP=715;SC=AAAAAAGTATGAATTGTTTCT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=48269687;WS=48269669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	48285485	rs1880738	C	T	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=74;PP=2761;SC=GCTGTCTGCCCGAATGGTCGT;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=160;WE=48285493;WS=48285475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	48312674	rs1358066	G	A	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=39;PP=1982;SC=ATGTCAGTGTGTTCAACAAGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=115;WE=48312682;WS=48312664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr7	48315796	rs1880736	C	A	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=25;PP=975;SC=ATATCTAGAGCAGGCAATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=48315804;WS=48315786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	48318811	rs2222648	C	T	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=25;PP=1092;SC=TGTCAACTTACGGGAAGAAAT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=57;WE=48318819;WS=48318801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	48335265	rs10280046	C	T	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=12;PP=1011;SC=AGTATGTGTGCTTCTAACCTA;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=48335273;WS=48335255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	48336844	rs6583546	C	T	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=105;PP=2965;SC=CCAAAAGCCTCGAGGAAACTT;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=102;TCR=105;TR=205;WE=48336852;WS=48336834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr7	48349583	rs201830095	T	G	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1497;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GTCTGGAAAGTGTGATCAGGA;SOR=0.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=93;WE=48349591;WS=48349573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,99:0.70:141
chr7	48349647	rs3931814	C	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.929;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=944;ReadPosRankSum=0.696;SC=TGGATCGCAGCGGAGGAACTC;SOR=0.401;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=70;WE=48349655;WS=48349637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,77:0.71:109
chr7	48391642	rs4145714	G	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=456;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACTGCGGGCTGGGGCTCTGAG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=20;WE=48391650;WS=48391632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr7	48415892	rs2163938	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=654;SC=ATTTCATGAAAAGTTATGGCC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=48415900;WS=48415882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	48428715	rs17132289	A	T	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=79;PP=2572;ReadPosRankSum=-0.993;SC=ACCAAGGAATATGAGGGCCAC;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=112;TCR=107;TR=158;WE=48428723;WS=48428705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,161:0.71:227
chr7	48431389	rs113609560	T	TA	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5027;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=677;ReadPosRankSum=-0.785;SC=ACTGATTGTGTAAAAACCAGG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=20;WE=48431397;WS=48431379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr7	48431762	rs7780299	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=336;ReadPosRankSum=1.293;SC=TCTCTCTGCTCCTCCTGCCTC;SOR=2.494;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=17;WE=48431770;WS=48431752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr7	48443440	.	C	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=3.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=2.058;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,50:0.18:274
chr7	48443570	rs6978753	G	A	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=56;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.818;SC=TTGTATCCCAGTGAGGCTACA;SOR=1.531;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=81;WE=48443578;WS=48443560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,89:0.80:111
chr7	48450097	rs62447267	C	T	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=72;PP=2731;ReadPosRankSum=-1.783;SC=GGTGCTGATGCACCCTGTGCT;SOR=0.936;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=264;TCF=158;TCR=106;TR=185;WE=48450105;WS=48450087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,200:0.70:286
chr7	48450157	rs17548783	T	C	7622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=2.773;SC=TGGATGAAGCTGAAGCGCTGA;SOR=0.587;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=444;TCF=223;TCR=221;TR=319;WE=48450165;WS=48450147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,344:0.72:475
chr7	48450289	rs62447268	C	G	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=65;PP=1774;ReadPosRankSum=0.417;SC=GGAGTGCAACCATTCTATCTC;SOR=1.000;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=46;TCR=85;TR=98;WE=48450297;WS=48450279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,99:0.74:133
chr7	48451939	rs1865195	T	C	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1270;ReadPosRankSum=0.770;SC=TTTCCTTTTTTTTATGGATAG;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=67;WE=48451947;WS=48451929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,73:0.76:96
chr7	48452200	rs7789493	G	A	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1337;ReadPosRankSum=1.022;SC=AAACTGAAGCGTGCTTTAATT;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=88;WE=48452208;WS=48452190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,95:0.73:130
chr7	48506416	rs4917151	G	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AAAATTAGCTGTATCTCACTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=48506424;WS=48506406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr7	48506566	rs4917152	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,22:0.24:90
chr7	48506642	rs4917153	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.704;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,37:0.23:159
chr7	48506707	rs4917154	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=4.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.740;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,27:0.23:116
chr7	48506727	rs4917155	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=259;ReadPosRankSum=0.580;SC=TTCATGATTGGTTATTTCATG;SOR=1.063;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=24;WE=48506735;WS=48506717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,25:0.25:99
chr7	48520780	rs4472462	A	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,34:0.23:151
chr7	48522845	rs1918584	CA	GG	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=288;ReadPosRankSum=1.408;SC=GCACAGGGTTCAGAAGGACCA;SOR=0.434;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=8;WE=48522854;WS=48522835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr7	48545879	rs6583447	A	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=8.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr7	48545976	rs6583448	A	G	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=62;PP=2965;SC=CTTGCTGAACAAGGACAAGAT;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=102;TCR=62;TR=164;WE=48545984;WS=48545966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr7	48556566	rs74644650	C	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr7	48563752	rs11185607	A	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-0.544;SC=TGATATCTTCAATTTTTTACA;SOR=0.180;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=8;WE=48563760;WS=48563742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr7	48654746	rs10255431	C	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=0.488;SC=GATTTGGTTACCATGAGATTT;SOR=0.612;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=14;WE=48654754;WS=48654736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr7	48654761	rs10243913	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=717;ReadPosRankSum=-0.430;SC=AGATTTCTGTGTAAAAAAATT;SOR=0.705;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=19;WE=48654777;WS=48654751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr7	48654769	rs10046546	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=10;PP=2135;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GTGTAAAAAAATTAAGTAATT;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=62;TCR=14;TR=56;WE=48654777;WS=48654751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
chr7	48685213	.	C	G	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=64;PP=1498;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AACACACTCTCCAGGCCGTCA;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=108;TCR=175;TR=104;WE=48685221;WS=48685203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,107:0.36:295
chr7	48886140	rs62454384	T	C	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.232;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.71;MQRankSum=-1.792;QD=26.83;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=2.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr7	48886193	rs3814470	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.66;MQRankSum=-1.790;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,14:0.15:95
chr7	48886487	rs62454385	T	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.19;QD=30.89;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	48886648	rs71537796	G	A	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.36;QD=28.75;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	48886746	rs4320498	C	T	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.17;QD=26.98;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	48886783	rs62454386	G	A	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.985;NF=80;NR=82;PP=2525;ReadPosRankSum=1.923;SC=GCAATAAATCGGTCTGGTATT;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=113;TCR=111;TR=162;WE=48886791;WS=48886773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,135:0.71:191
chr7	48887548	rs4404869	G	C	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=79;PP=2107;SC=CGTCGTCCTGGGGGTCCCAGC;SOR=1.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=31;TCR=79;TR=110;WE=48887556;WS=48887538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	48964209	rs58317831	TG	T	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr7	48964255	rs6968293	A	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-0.275;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.698;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr7	48964322	rs11767646	G	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQRankSum=-1.712;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,33:0.21:154
chr7	48965000	rs10259692	G	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.03;MQRankSum=-1.685;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,40:0.27:146
chr7	49815390	rs769604	C	G	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=51;PP=2965;SC=ACCCCGCAGGCGGAAGCCCTG;SOR=1.424;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=103;TCR=52;TR=153;WE=49815398;WS=49815380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr7	50173777	rs998928	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=2.085;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,45:0.25:180
chr7	50175681	rs12672941	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,39:0.27:144
chr7	50191216	rs10260654	G	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,28:0.20:139
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chr7	50435617	rs11766800	A	T	216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=262;SC=GTTCTTTTTTAAAAAAAAGTA;SOR=4.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=50435625;WS=50435607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	50435777	rs12669559	T	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=4.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,28:0.18:155
chr7	50436033	rs10899750	A	G	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=73;PP=2356;SC=GTTACTTCGCAGATGCTGCTG;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=117;WE=50436041;WS=50436023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	50450446	rs113962761	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr7	50512857	rs10230307	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAGTACAGAACTTAGAATATA;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=50512865;WS=50512847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr7	50512929	rs10230343	C	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=754;ReadPosRankSum=0.442;SC=GAAGACTGTACTACAGAGATG;SOR=0.573;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=44;WE=50512937;WS=50512919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,46:0.79:58
chr7	50537677	rs11378977	C	CA	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr7	50537983	rs3757472	A	C	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=58;PP=1815;SC=CTGGTGGCCAACCTGCTCCCA;SOR=3.521;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=68;WE=50537991;WS=50537973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	50544269	rs5884156	AG	A	2028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=1649;SC=GCTGTGGCGTAGCCCCCCAGC;SOR=2.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=50544277;WS=50544259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	50544314	rs4490786	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.465;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,21:0.19:109
chr7	50545191	rs4992502	C	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.031;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=723;ReadPosRankSum=0.841;SC=CCATAGCAGGCCCTGACCATG;SOR=1.350;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=37;WE=50545199;WS=50545181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr7	50547584	rs11575457	A	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=-1.036;SC=AACAAATGAAAGGGCTGATAA;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=28;WE=50547592;WS=50547574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr7	50547661	rs11575456	AGCCCT	A	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=415;ReadPosRankSum=2.838;SC=ACCTGCTCCCAGCCCTGCCCT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=50547673;WS=50547651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr7	50566671	rs3807562	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=0.428;SC=AGGACAGGCTGTATGGCTGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=50566679;WS=50566661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr7	50566762	rs2876829	C	T	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=21;PP=1350;SC=TAGCAAGAGACTGGACGTCAG;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=50566770;WS=50566752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	50571779	rs11575375	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,20:0.22:92
chr7	50611735	rs6264	T	C	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=60;PP=1779;SC=TAGTTGGCCATGTAATCCACC;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=101;WE=50611743;WS=50611725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	50660787	rs3807550	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,25:0.18:139
chr7	50663279	rs67197412	ATC	A	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr7	50663299	.	TAC	T	203	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=19;MMLQ=15;MQ=59.83;NF=1;NR=11;PP=203;QD=17.1666666667;SC=CACACTCTCTTACACACACAC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=12;WE=50663308;WS=50663289;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr7	50671481	rs7456867	C	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=543;SC=TACAGATACACTCTGGGCAGA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=50671489;WS=50671475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	50672907	rs4947709	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=429;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CGCATAGAGCTGTTCCTCTGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=18;WE=50672915;WS=50672899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr7	50673029	rs4947710	T	C	4011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=65;PP=2221;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TCTGGGCCTCTGCCGGATTCT;SOR=0.910;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=196;TCF=114;TCR=82;TR=161;WE=50673037;WS=50673019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,174:0.83:209
chr7	50685625	rs2240498	A	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.061;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=111;ReadPosRankSum=0.218;SC=CCCTCCCCCCAACCACCCCTC;SOR=0.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=12;WE=50685633;WS=50685615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
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chr7	50742118	rs2715128	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=270;SC=CTCTGCCCATAAGGCCTGGAC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=50742126;WS=50742108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	50742180	rs1800504	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=698;ReadPosRankSum=-0.869;SC=CCCTCTGCCTCGGGGACACCT;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=40;WE=50742188;WS=50742170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr7	50799889	rs2074777	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=404;ReadPosRankSum=-1.039;SC=AGAAACGATCCATGGCTGCTG;SOR=1.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=21;WE=50799897;WS=50799879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr7	50800169	rs2108350	T	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=40;PP=1152;SC=CAGCTCTTGGTCTTAGCTTGT;SOR=4.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=50800177;WS=50800159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	51085127	rs3214180	A	AT	4090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=43;PP=2587;SC=AACTGTGCGCATTTGGCCTGT;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=61;WE=51085135;WS=51085117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	51093013	rs2240087	A	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=19;PP=921;SC=CCGAGCCCTGAGCAGAGAGTG;SOR=1.033;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=58;WE=51093021;WS=51093003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	51096974	rs2240090	C	T	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=90;PP=2610;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CCTTTTCCGACGTCATGGGAA;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=106;TCR=114;TR=172;WE=51096982;WS=51096964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,183:0.78:235
chr7	51097063	rs10230120	T	G	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=57;PP=2397;ReadPosRankSum=0.224;SC=CGCCAGGGAGTCTCTCCTGCT;SOR=0.274;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=119;WE=51097071;WS=51097053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr7	51240364	rs10236935	A	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=0.995;SC=TGTAATCTTTACCACTTCTGC;SOR=0.201;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=18;WE=51240372;WS=51240354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr7	51252071	rs6952129	T	C	173.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5435;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=1.593;SC=AGTCCTCAGGTCCATTTGGGA;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=51252079;WS=51252061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr7	51287410	rs73120437	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,35:0.21:164
chr7	51287470	rs801142	A	G	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=84;PP=2725;SC=TCTCCAGCCCACTAGGCAGGA;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=153;WE=51287478;WS=51287460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	51288163	rs7804375	C	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=8;PP=920;ReadPosRankSum=0.872;SC=CCTGTCCACACGGCCACCGTG;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=57;TCR=11;TR=48;WE=51288171;WS=51288153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr7	53103371	rs72598684	G	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=785;ReadPosRankSum=-0.132;SC=AGCCATGGGCGCTGCAGCTCC;SOR=1.092;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=23;WE=53103390;WS=53103361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr7	53103382	rs72598685	G	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=785;ReadPosRankSum=1.052;SC=CTGCAGCTCCGGCCGAGTCCG;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=24;WE=53103390;WS=53103361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr7	53103554	rs11238247	C	G	3622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=78;PP=2398;ReadPosRankSum=0.836;SC=GAGCCATATTCAGTACTTCCA;SOR=0.671;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=196;TCF=85;TCR=111;TR=141;WE=53103562;WS=53103544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,152:0.72:210
chr7	53103571	rs11238248	G	A	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.062;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=62;PP=1753;ReadPosRankSum=1.103;SC=TCCAGTGGGGGCGCCCGGTGC;SOR=0.437;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=118;WE=53103579;WS=53103561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,130:0.73:177
chr7	53103673	rs1184320	C	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.281;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,28:0.24:116
chr7	53103946	rs12113170	G	C	5358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.631;SC=GGTTCGACGGGCCGTTGTGGT;SOR=0.787;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=294;TCF=163;TCR=131;TR=221;WE=53103954;WS=53103936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,235:0.77:307
chr7	53104078	rs72598686	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=2.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.892;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,57:0.19:298
chr7	54610654	rs538207	T	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr7	54614585	rs657449	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=-1.036;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.457;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,22:0.17:126
chr7	54614698	rs11432820	C	CG	10132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=105;PP=2966;SC=AGCGTGAGTGCGGGGCGCGCC;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=28;TCR=115;TR=129;WE=54614714;WS=54614688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr7	54618010	rs2293343	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=37;PP=849;ReadPosRankSum=-0.809;SC=AGGTGAGCACCGAGCCTGCAC;SOR=2.400;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=39;WE=54618018;WS=54618000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr7	54621526	rs662136	T	C	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=30;PP=2826;SC=ATATACTAAGTCATTCTCTAC;SOR=2.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=94;TCR=31;TR=123;WE=54621534;WS=54621516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	55086780	rs712830	A	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=369;ReadPosRankSum=-1.145;SC=TGAGCGCCCGACGCGGCCGAG;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=20;WE=55086788;WS=55086770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr7	55087139	rs17335738	G	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=1.223;SC=GCGCACCGGCGCACCGGCTCG;SOR=0.582;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=7;WE=55087147;WS=55087129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
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chr7	55228053	rs1558544	A	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=846;SC=CTTTCTGTTTAGTTTATGGAG;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=55228061;WS=55228043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	55229255	rs2227983	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,41:0.25:162
chr7	55238268	rs10228436	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.024;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=180;ReadPosRankSum=-1.084;SC=TGTTCCCCCCGCTTTTCCTTT;SOR=3.467;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=12;WE=55238276;WS=55238258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr7	55238874	rs2227984	T	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,62:0.28:225
chr7	55240461	rs2241055	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=5.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,23:0.25:92
chr7	55242609	rs2017000	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=1.034;SC=GACCCTGCTCATCTCCACATC;SOR=0.184;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=12;WE=55242617;WS=55242599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr7	55249063	rs1050171	G	A	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=92;PP=2965;SC=CCACCGTGCAGCTCATCACGC;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=137;TCR=92;TR=229;WE=55249071;WS=55249053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr7	55266417	rs1140475	T	C	7816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=119;PP=2965;SC=CAGGGGTGACTGTTTGGGAGT;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=155;TCR=119;TR=274;WE=55266425;WS=55266407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr7	55272826	rs2692456	G	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=357;SC=GGGCCCTCCCGAGGCTCCTGC;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=55272834;WS=55272816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	55433880	rs2272262	G	C	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	55433884	rs2272263	A	C	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.24;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	55466002	rs6973684	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=0;PP=495;SC=GTGTTACCCGTTTGGAAACAT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=55466010;WS=55465992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	55467923	rs2272226	G	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=210;SC=CTCATCAAAAGTAAGAAATAG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=55467931;WS=55467913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	55468773	rs815929	C	A	587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=461;SC=GCCTCTCTCTCTATATATGTC;SOR=3.500;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=55468781;WS=55468763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	55499058	rs815988	A	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=30;PP=851;SC=ACCAAAAGCCACCAGATTGCT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=55499066;WS=55499048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	55540791	rs712819	G	C	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=88;PP=2760;SC=CCATCACACCGCAAGTATGTG;SOR=1.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=144;WE=55540799;WS=55540781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	55750390	rs11238374	A	G	4164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.985;NF=94;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.208;SC=TAAATTCCTCAGCTGTGACCT;SOR=1.154;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=306;TCF=149;TCR=157;TR=201;WE=55750398;WS=55750380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,186:0.63:294
chr7	55759300	rs142045864	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.265;NF=2;NR=10;PP=121;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GTGAGGAAAACGGGCACCCAG;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=12;WE=55759308;WS=55759290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr7	55991292	rs2174460	G	A	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=28;PP=1247;SC=TGTTACTCCTGTGAATAGGGT;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=80;WE=55991300;WS=55991282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	56022544	rs59849749	T	C	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=18;PP=1594;SC=ATATTACATATTACATTACCA;SOR=2.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=73;WE=56022552;WS=56022534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	56022981	rs15892	T	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=595;SC=CTGTGGTGTTTATGAAATAGC;SOR=4.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=56022989;WS=56022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	56047572	rs60160896	C	T	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=84;PP=2462;SC=CTTACAATCTCCATTCAGGTA;SOR=1.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=41;TCR=84;TR=125;WE=56047580;WS=56047562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	56051672	rs150298305	T	TTATATGTATA	127.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=61.53;NF=0;NR=3;PP=855;SC=ATGTCTAGCATTATATGTATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=56051680;WS=56051662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	56059591	rs10435504	G	C	7835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=150;NR=129;PP=2965;SC=AGTATGTTTTGTTTGCCTACC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=150;TCR=129;TR=279;WE=56059599;WS=56059581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr7	56082992	rs4255091	C	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=798;SC=GGTAAAGTCACACAGCCTGGA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=56083000;WS=56082982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	56084856	rs71015158	C	CA	349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=480;SC=AGTTGCATTCCAAAGACATTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=56084864;WS=56084851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	56087530	rs7791829	C	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.72;NF=2;NR=12;PP=328;SC=AAGGAAGATGCTACCAAGAGC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=56087538;WS=56087520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	56119730	rs3735665	T	A	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=43;PP=1196;SC=GCCGCCGCGCTCCTGGCGGGC;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=75;WE=56119738;WS=56119720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	56122058	rs6593297	A	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=44.47;NF=8;NR=2;PP=253;SC=TTTTCTACTTACAGCAAATTC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=56122066;WS=56122051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	56126360	rs2230197	T	C	9282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=158;PP=2965;SC=AAGGCATAGTTGCTCTGCGCA;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=177;TCR=158;TR=334;WE=56126368;WS=56126350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr7	56132122	rs3813505	C	T	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=53;PP=1833;SC=GGATGGGGCGCTCCGCCCTGA;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=97;WE=56132130;WS=56132112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	56136260	rs4245575	C	A	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=101;PP=2965;SC=GAGATGGTGACGGGCCTGTGC;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=183;WE=56136268;WS=56136250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	56142519	rs4948104	A	G	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=45;PP=1380;SC=GGCTGGGCGCAGTGGCTTATG;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=56142527;WS=56142509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	56147589	rs10800	A	G	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=91;PP=2965;SC=CACACAAACAATTGGAACAGA;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=71;TCR=91;TR=162;WE=56147597;WS=56147579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	56151526	rs2242509	G	A	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=76;PP=2375;SC=GCCACTCTCCGTGGAGAACCA;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=140;WE=56151534;WS=56151516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	56155219	rs6945795	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=6;PP=875;SC=TGGGGCCACACTCCCTGGCTT;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=56155227;WS=56155209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	56174115	rs10043	A	C	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=79;PP=2965;SC=ATCCTAGGTAAGCGACGGCTA;SOR=1.029;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=115;TCR=79;TR=194;WE=56174123;WS=56174105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	56174140	rs816407	G	T	7479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=125;PP=2965;SC=TCCGGACGTGGGACAACCACC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=270;TCF=144;TCR=126;TR=268;WE=56174148;WS=56174130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr7	56717637	rs1906630	T	A	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.915;SC=GGGATCCGTCTTTTGTGTCAT;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=77;WE=56717645;WS=56717627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,84:0.75:112
chr7	56717788	rs1849659	A	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=866;ReadPosRankSum=1.724;SC=GAAAAAAATAACATGACTCTT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=51;WE=56717796;WS=56717778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,58:0.77:75
chr7	57069669	rs1467279	T	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.25;QD=25.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	57069935	rs1966122	G	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=358;SC=GGGCGGTGGGGGGAGCTCCTT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=57069943;WS=57069925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	57071671	.	T	C	487	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=19;MQ=55.41;NF=10;NR=7;PP=487;QD=30.6924242675;SC=GCAGCAGCAGTGGCTCGGAGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=57071679;WS=57071661;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr7	57071725	rs62463099	C	T	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.01;QD=27.14;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	57245247	rs11763159	A	G	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=70;PP=2072;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TAGGGTGTGAAGATTGTGGTT;SOR=0.612;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=133;WE=57245255;WS=57245237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,146:0.79:184
chr7	57528997	rs10272498	T	C	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1501;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CGTGGCAAAGTCTTTAGCCGC;SOR=0.678;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=80;WE=57529005;WS=57528987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,87:0.66:132
chr7	57529392	rs13235676	A	C	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.194;NF=65;NR=59;PP=2133;ReadPosRankSum=-0.693;SC=GAAACCCTACAAATGTGAAGA;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=124;WE=57529400;WS=57529367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,135:0.71:189
chr7	63032699	rs139984168	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-1.865;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr7	63033158	.	G	GGAGGAGGAT	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=-0.261;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,12:0.17:71
chr7	63033167	.	T	TGAG	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-1.196;QD=10.30;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
chr7	63033229	.	T	TACGGCCCCCGGCGCC	1504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.84;QD=65.42;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	63033298	.	C	CGCT	1660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.259;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.669;NF=5;NR=11;PP=693;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GTCTCCGAGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.670;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=16;WE=63033308;WS=63033288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,49:0.37:133
chr7	63033315	.	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.168;NF=16;NR=15;PP=542;ReadPosRankSum=1.175;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT;SOR=1.074;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=31;WE=63033323;WS=63033305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,35:0.25:142
chr7	63033332	rs62473979	G	A	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=2.141;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,45:0.31:143
chr7	63033440	rs59639281	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.276;NF=6;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=3.090;SC=GGTCCCGGTCGGTGGCCTTGG;SOR=0.653;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=15;WE=63033448;WS=63033430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr7	63033612	rs117248401	A	G	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.853;NF=23;NR=24;PP=498;ReadPosRankSum=0.913;SC=CTCGTGATCCAGTTTGACAAG;SOR=0.611;Source=Platypus;TCR=68;TR=47;WE=63033620;WS=63033602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,52:0.35:150
chr7	63033753	rs11296161	GC	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.836;NF=1;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=0.054;SC=GGTGGCAGGAGCTGGCAGCTC;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=5;WE=63033761;WS=63033743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
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chr7	63679733	rs10270226	A	G	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.387;NF=64;NR=46;PP=1582;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GCCAGAGCAGAGCATAAAAGA;SOR=0.606;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=126;TCR=89;TR=110;WE=63679741;WS=63679723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,116:0.52:224
chr7	63680098	rs4479992	CC	TA	4994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.520;NF=51;NR=62;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.036;SC=AATCCTTTAACCACTCCTCAA;SOR=0.930;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=288;TCF=140;TCR=148;TR=113;WE=63680107;WS=63680088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,134:0.43:310
chr7	63721420	rs17767341	A	G	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=868;ReadPosRankSum=-1.963;SC=AAGAGTTTCTAAGAAGCCCGA;SOR=0.292;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=103;TCF=17;TCR=86;TR=48;WE=63721428;WS=63721410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
chr7	63774584	rs812337	G	T	4368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=99;PP=2634;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GTTTGAATCCGGCCGGAACCG;SOR=0.659;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=438;TCF=219;TCR=219;TR=206;WE=63774592;WS=63774574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,217:0.47:464
chr7	63796822	rs60337982	AT	A	1576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.659;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.028;NF=2;NR=43;PP=932;ReadPosRankSum=0.444;SC=TTTTCTTCTGATTTTTTTGGA;SOR=0.387;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=95;TCF=6;TCR=89;TR=45;WE=63796830;WS=63796812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,72:0.56:129
chr7	63797256	rs2086168	A	C	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.185;NF=38;NR=21;PP=877;ReadPosRankSum=-0.507;SC=TTTTTTTCTAATAAAACAGGT;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=59;WE=63797264;WS=63797233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,60:0.39:155
chr7	63981563	rs10243954	A	G	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=881;ReadPosRankSum=-2.097;SC=AATTATTGTCACATTTTTCAG;SOR=1.041;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=166;TCF=98;TCR=68;TR=71;WE=63981571;WS=63981553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,76:0.42:180
chr7	63986829	rs73128772	G	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=619;ReadPosRankSum=0.060;SC=CATCTTTAGGGAGGCCAAGGC;SOR=0.686;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=35;WE=63986837;WS=63986819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr7	64023371	rs6969879	T	C	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=102;PP=2794;ReadPosRankSum=-0.877;SC=GATAACGGAGTCACAGAGGCT;SOR=0.876;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=340;TCF=142;TCR=198;TR=167;WE=64023379;WS=64023361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,174:0.49:357
chr7	64023437	rs6965883	A	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.455;NF=27;NR=44;PP=1039;ReadPosRankSum=-1.887;SC=GAGCTCCCGCAGCAGCTAGAG;SOR=0.389;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=146;TCF=50;TCR=96;TR=71;WE=64023445;WS=64023427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,77:0.48:159
chr7	64152353	rs4718101	A	G	6089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.286;NF=146;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.299;SC=GTGAGAGTGAAAGTGAATACA;SOR=0.675;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=538;TCF=268;TCR=270;TR=281;WE=64152361;WS=64152343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,292:0.51:569
chr7	64166642	rs35661712	T	TG	2855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=9;PP=2508;SC=AGATTAGATTTTAAAGTACAT;SOR=4.003;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=61;WE=64166650;WS=64166638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	64168806	rs4718103	T	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1452;ReadPosRankSum=0.551;SC=CAAACCTTACTACACATAAGA;SOR=0.561;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=197;TCF=112;TCR=85;TR=94;WE=64168814;WS=64168796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,98:0.46:211
chr7	64169019	rs4717205	G	A	6156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=105;PP=2965;SC=ACAAATGTGAGTATGGCAAAA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=110;TCR=105;TR=215;WE=64169027;WS=64169009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr7	64169061	rs4717206	G	A	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=99;PP=2965;SC=ACTACACATAGGAAAATTCAT;SOR=1.192;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=66;TCR=99;TR=165;WE=64169069;WS=64169051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr7	64254791	rs10949938	G	T	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=43;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TCTTCCGGGAGGCGGCGGGGT;SOR=0.475;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=244;TCF=154;TCR=90;TR=108;WE=64254799;WS=64254774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,115:0.46:252
chr7	64254901	rs11983033	T	C	5801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.590;SC=ATCTGGTTATTGGGAGATTCA;SOR=0.817;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=593;TCF=331;TCR=262;TR=268;WE=64254909;WS=64254891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,287:0.46:618
chr7	64275284	rs7809431	C	T	8478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.573;SC=TTTGTGTGTGCGTGTTTTTCA;SOR=1.386;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=203;TCR=110;TR=309;WE=64275292;WS=64275276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,304:0.99:308
chr7	64275470	rs202087633	AT	A	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=8.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=-1.540;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.500;SOR=1.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr7	64275548	rs10236928	A	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=58;PP=1475;SC=CTGTTTTCAAAAGAATCTTTG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=58;WE=64275556;WS=64275538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr7	64291225	rs6460193	G	T	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=10;PP=1822;SC=GGATGTGTCAGGTCTGAAATT;SOR=3.482;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=71;TCR=10;TR=81;WE=64291233;WS=64291215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr7	64312707	rs7804955	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=0.187;SC=TAGTCTTTAATTGAAGCGATG;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=14;WE=64312715;WS=64312697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr7	64378806	rs7796966	C	T	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=50;PP=1012;ReadPosRankSum=1.191;SC=TTTGGGAGGCCGAGGCGGGCG;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=10;TCR=104;TR=55;WE=64378814;WS=64378796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr7	64389089	rs2017252	A	C	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1141;ReadPosRankSum=0.661;SC=ACAAATGTGAAGAATGTGGCA;SOR=0.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=96;WE=64389097;WS=64389079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,103:0.50:205
chr7	64437406	rs4607487	A	G	6461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=115;PP=2965;SC=GTTTGAGGATAAGTTAAAAGC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=105;TCR=115;TR=220;WE=64437414;WS=64437396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	64437648	rs10949955	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=550;ReadPosRankSum=-0.461;SC=GGTCTGTAAGGTTTGAAGATC;SOR=0.612;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=39;WE=64437656;WS=64437638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr7	64438403	rs4718175	G	A	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=29;PP=1935;SC=TGTTTAGTAAGGGTTGAGAAA;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=90;WE=64438411;WS=64438393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	64438667	rs1404453	G	A	7775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=120;PP=2965;SC=GTTGAAGATCGGTTAAAGGCT;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=144;TR=264;WE=64438675;WS=64438657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr7	64439613	rs3807068	T	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=492;ReadPosRankSum=0.193;SC=TGCGACATTCTTTACATTTAA;SOR=0.748;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=32;WE=64439621;WS=64439603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr7	64439701	rs3807069	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=677;ReadPosRankSum=1.001;SC=ATATTTATTACATTGAAATAT;SOR=0.860;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=48;WE=64439709;WS=64439691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr7	64439938	rs1852016	C	T	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=39;PP=1129;SC=AAGTAACAAACTACTTCACTT;SOR=2.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=64439946;WS=64439928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	64451558	rs11771269	G	A	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=58;PP=1979;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TCCAAGGGATGAGAACCAACC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=202;TCR=131;TR=148;WE=64451566;WS=64451537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,154:0.45:346
chr7	64451656	rs4718177	G	A	4330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=111;PP=2867;ReadPosRankSum=0.148;SC=TTTCTTTGATGACCTTTCCTT;SOR=0.952;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=420;TCF=198;TCR=222;TR=198;WE=64451664;WS=64451646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,210:0.47:448
chr7	64451699	rs4717229	T	C	8316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=142;PP=2965;SC=GTTAGTAAGGTTGAACTTTCC;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=117;TCR=142;TR=258;WE=64451707;WS=64451689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr7	64451963	rs4618579	T	C	6513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=104;PP=2965;SC=AGGCCATTCATTGTCCTTCCA;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=114;TCR=104;TR=218;WE=64451971;WS=64451953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr7	64452830	rs34639489	C	T	3893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.929;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=75;PP=2435;ReadPosRankSum=0.726;SC=GCTTGTTTTACAATCTGGTTC;SOR=0.931;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=361;TCF=195;TCR=166;TR=175;WE=64452838;WS=64452820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,183:0.49:375
chr7	64453136	rs6460219	G	A	4822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=90;PP=2965;SC=TTCAAACCAGGTCCCAGGTGA;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=165;WE=64453144;WS=64453126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	64498782	rs34438629	G	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.939;NF=7;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=0.449;SC=GCGTGTCGGTGCCGCGGTGGG;SOR=0.537;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=13;WE=64498790;WS=64498776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr7	64535312	rs71533998	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.88;QD=28.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	64535417	rs1852024	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.829;NF=13;NR=9;PP=239;ReadPosRankSum=-1.681;SC=CCAGCATGGGTTGTTCATCAC;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=22;WE=64535425;WS=64535407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr7	64535529	rs5001356	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.684;NF=4;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.320;SC=TGGGGCCCTCCGCCCTGGCGG;SOR=0.646;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=11;WE=64535537;WS=64535519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr7	64639752	rs201003787	A	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=7.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.50;MQRankSum=-1.339;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,65:0.16:411
chr7	64639915	rs368760026	AC	A	1069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=28.242;HP=15;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-6.910;NF=0;NR=42;PP=1440;ReadPosRankSum=1.613;SC=TTCATCCCTCACCCCCCCCCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=147;TCF=5;TCR=142;TR=42;WE=64639934;WS=64639901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,35:0.34:103
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chr7	64639926	rs80126668	C	G	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=25.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.21;MQRankSum=-6.824;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.868;SOR=3.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
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chr7	64670116	rs141830477	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.557;NF=19;NR=12;PP=354;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AATTATTTTACGTTTCTTTTC;SOR=0.713;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=31;WE=64670124;WS=64670106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr7	64852790	.	TTG	T	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-3.595;QD=0.73;ReadPosRankSum=-1.249;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,30:0.13:224
chr7	65084152	rs6978207	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-6.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.298;NF=0;NR=31;PP=606;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TCTATATGGACAATGATGAAT;SOR=0.871;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=31;WE=65084160;WS=65084142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr7	65150816	.	AC	A	606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.79;MQRankSum=-2.521;QD=14.80;ReadPosRankSum=1.140;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr7	65157864	rs2671990	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQRankSum=-3.146;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
chr7	65159983	rs147104756	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.506;NF=22;NR=10;PP=405;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TTGCTTAGTTACCAGGTAGAA;SOR=1.150;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=32;WE=65159991;WS=65159973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,28:0.25:111
chr7	65220463	rs4718275	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.280;NF=16;NR=3;PP=344;ReadPosRankSum=2.397;SC=AATGCTACCATCTGTGAGTTG;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=19;WE=65220471;WS=65220453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr7	65220697	rs4718276	G	A	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=80;PP=2965;SC=TCCAAGAATTGTCTGAACTTT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=159;WE=65220705;WS=65220687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	65229721	rs6966573	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.260;NF=1;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-1.630;SC=CTGGGGAGGTCGCTCTCGGTG;SOR=2.494;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=11;WE=65229729;WS=65229711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr7	65338244	rs191736197	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQRankSum=-1.834;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr7	65338247	.	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQRankSum=-1.834;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr7	65338254	.	G	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQRankSum=-1.834;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr7	65338260	.	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.60;MQRankSum=-1.383;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr7	65425894	rs9530	A	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=507;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TCAAGTAAACAGGCTGTTTTC;SOR=1.271;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=46;WE=65425902;WS=65425884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr7	65426054	.	CA	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=9.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.708;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr7	65439879	rs781143	G	C	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=837;ReadPosRankSum=0.122;SC=AAGCAGCCCCGACAAGGACCC;SOR=0.886;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=46;WE=65439887;WS=65439869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr7	65444359	rs139791587	T	TGA	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=437;ReadPosRankSum=0.890;SC=TGGGCCCCGCTGAGAGGATCC;SOR=0.017;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=12;WE=65444367;WS=65444349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr7	65541185	rs1183245	C	T	6623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=119;NR=124;PP=2965;SC=CTCCAGGAAGCAATTTTGAAA;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=119;TCR=124;TR=243;WE=65541193;WS=65541175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr7	65541307	rs1144895	C	G	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=28;PP=770;SC=GGCAAACCCACCAACCCACAC;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=65541315;WS=65541297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	65551931	rs313830	T	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=37;PP=1050;SC=AGCGGGGGACTCTGCATGGAG;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=65551939;WS=65551921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	65552230	rs60878697	CGT	C	1194.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.368;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.56;MQRankSum=0.699;QD=19.27;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,56:0.90:62
chr7	65552497	rs313829	A	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=63;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.855;SC=TTCATTGCCTATGGGCACTGA;SOR=1.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=78;WE=65552505;WS=65552487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr7	65552614	rs313828	T	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=8;PP=1325;SC=CCCCCAGCTGTTGCCCCACCC;SOR=2.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=65552622;WS=65552604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	65554352	rs160647	C	T	4378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=94;PP=2737;SC=CTGGCTAGTACGTGCCAGTTC;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=65;TCR=94;TR=159;WE=65554360;WS=65554342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	65554385	rs2460432	C	T	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=67;PP=1923;SC=CACACTCAGGCAGGGCCCCAC;SOR=1.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=98;WE=65554393;WS=65554375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	65556936	rs1167406	G	C	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=54;PP=2965;SC=TCCTGGGCCTGGCAGCTTCAG;SOR=1.706;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=119;TCR=54;TR=172;WE=65556944;WS=65556926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	65599446	rs6958484	G	A	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=262;SC=ATTGATATTCGGCTGGGTTTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=65599454;WS=65599436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	66094008	rs35526611	C	T	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.08;SOR=2.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	66098482	rs3764903	G	A	5621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=116;PP=2965;SC=GGTGATTAGCGTAGGCTTGAG;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=81;TCR=117;TR=197;WE=66098490;WS=66098472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	66147057	rs1882655	T	C	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=75;PP=2325;SC=CCGGAAGTGATGTTTGCGCGC;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=78;TCR=75;TR=153;WE=66147065;WS=66147047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	66147101	rs2420827	G	A	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.97;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	66147110	rs3800823	C	A	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.73;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	66147149	rs3800822	A	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=33;PP=1248;SC=GGACTGGGGAACCCAGACCTG;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=66147157;WS=66147139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	66147178	rs3800820	C	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=34;PP=1072;SC=CGTGGGCGAGCGGTGACCTGG;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=66147186;WS=66147168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	66147656	rs2003301	G	C	7418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=130;PP=2965;SC=AACGCGCCGGGATGGGACGCT;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=99;TCR=131;TR=228;WE=66147664;WS=66147646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr7	66147697	rs5884599	A	AG	4940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.61;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	66147746	rs2003300	C	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=55;PP=1567;SC=AGAAGCGTCCCGGAGTTGGGA;SOR=2.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=63;WE=66147754;WS=66147736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	66406823	rs13222461	C	G	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=46;PP=2061;ReadPosRankSum=-0.136;SC=GCTTCTGATTCATTTCTTTCA;SOR=0.508;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=244;TCF=158;TCR=86;TR=123;WE=66406831;WS=66406813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,125:0.50:250
chr7	66416137	rs148803801	TTG	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=2.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,30:0.09:320
chr7	66520726	.	C	CA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	66532235	rs2711910	A	G	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.454;NF=66;NR=21;PP=1144;ReadPosRankSum=0.038;SC=GTGCTTTGACAATTTTATTCA;SOR=1.009;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=204;TCF=149;TCR=55;TR=87;WE=66532243;WS=66532225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,79:0.39:202
chr7	66774157	rs2041575	T	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=0.449;SC=CGGACATTCTTCTGGGGATTT;SOR=0.937;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=21;WE=66774165;WS=66774147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr7	66774604	rs1045513	G	C	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.979;NF=53;NR=45;PP=1270;ReadPosRankSum=2.144;SC=GAGTCTGCACGAAGATATCAA;SOR=0.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=121;TCR=103;TR=98;WE=66774612;WS=66774594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,107:0.44:242
chr7	70193932	rs4718987	T	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=-0.800;SC=ATGTCTCCTCTCCTCCCAGTT;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=70193940;WS=70193931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr7	70194024	rs4718988	G	A	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=597;ReadPosRankSum=0.241;SC=TAGCAGCCTGGGAGGAGCCAC;SOR=0.442;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=39;WE=70194032;WS=70194014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr7	70227883	rs200108105	C	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=350;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GGCACGCTACCAGAACATGAC;SOR=0.696;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=29;WE=70227891;WS=70227873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr7	70229595	rs1983487	T	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=243;SC=GAAAGTGTGCTCGTACAGGGA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=70229603;WS=70229585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	70231070	rs2293509	C	T	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.335;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=31;PP=1508;ReadPosRankSum=1.103;SC=AAGGAAAAGGCGTCATCGTCT;SOR=0.476;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=152;TCF=108;TCR=44;TR=99;WE=70231078;WS=70231053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,97:0.64:152
chr7	70233139	rs3750170	G	A	4818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.468;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=127;PP=2931;ReadPosRankSum=-2.128;SC=ATGACTAGCAGCCTTCCTTAA;SOR=0.843;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=329;TCF=125;TCR=204;TR=201;WE=70233147;WS=70233129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,214:0.62:344
chr7	70238858	rs55838430	G	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=349;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CCTTGAGAAAGAGCATGTGTG;SOR=0.488;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=23;WE=70238866;WS=70238848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr7	70249760	rs9886311	C	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=21;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=1.649;SC=AAAAAAAAAACACACATTTTC;SOR=0.490;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=12;WE=70249768;WS=70249750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr7	70249868	rs3817575	G	A	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=51;PP=1778;ReadPosRankSum=0.833;SC=AGTAGAAGCCGGTTGCATCTT;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=251;TCF=145;TCR=106;TR=124;WE=70249876;WS=70249858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,130:0.49:263
chr7	70249908	rs2293504	C	T	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1601;ReadPosRankSum=-0.487;SC=ACTCTGGTTTCGTTATGTTTG;SOR=0.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=218;TCF=102;TCR=116;TR=106;WE=70249916;WS=70249898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,111:0.48:230
chr7	70252185	rs2293500	A	G	15289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=324;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.291;SC=TCTCCACTTCACCATTTCAGC;SOR=0.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=569;TCF=325;TCR=244;TR=568;WE=70252193;WS=70252175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,584:1.00:585
chr7	70254674	rs941346	G	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,32:0.26:122
chr7	70255115	rs113194983	C	T	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=75;PP=2619;ReadPosRankSum=-0.799;SC=AGCCGGCCTACGAGAACCCCA;SOR=0.827;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=298;TCF=168;TCR=130;TR=176;WE=70255123;WS=70255105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,180:0.60:302
chr7	70765291	rs10266560	T	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=930;SC=ACTCTGGGCTTGAAGCTCTTC;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=70765299;WS=70765281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	70765496	rs10263619	A	G	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	70765503	rs7806503	C	G	6157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.28;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	70765600	rs66762992	CCA	C	633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.28;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	70800468	rs73181639	C	T	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=21;PP=1747;SC=GAAGCTGCAGCGGAGATTGAG;SOR=2.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=86;WE=70800483;WS=70800458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	70885883	rs11455717	C	CT	9452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=56;PP=2973;SC=GTCTATTTCTCTATGTTTCAG;SOR=1.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=170;TCF=105;TCR=65;TR=154;WE=70885891;WS=70885873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr7	70886107	rs11455716	G	GC	2725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=63;PP=2771;SC=TGGCTGGTGAGCCTGGCGGCC;SOR=4.119;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=1;TCR=70;TR=64;WE=70886115;WS=70886097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	71036473	rs10277319	C	T	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=68;PP=2086;SC=ATTTAAAGCTCCTTACAGCTG;SOR=1.631;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=34;TCR=68;TR=102;WE=71036481;WS=71036463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	71134983	rs35612272	C	A	6108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=88;PP=2965;SC=TCGGTGATGTCTCCGAAAGAA;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=123;TCR=88;TR=211;WE=71134991;WS=71134973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr7	71135192	rs2302440	A	G	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=80;PP=2194;SC=CATTCATTCAATGAGTGGTTT;SOR=2.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=19;TCR=80;TR=99;WE=71135200;WS=71135182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	71142089	.	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=0.547;SC=AGGCTCGTGTTGTCTTCCCAT;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=71142097;WS=71142079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr7	71176919	rs10256176	C	G	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=1.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	71177177	rs10226321	G	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=792;SC=GGACATGGCTGCTCCCCCCAA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=71177185;WS=71177167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	71253041	rs736145	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=378;ReadPosRankSum=0.084;SC=TTGACAGGCATTTATGGGACC;SOR=1.697;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=19;WE=71253049;WS=71253031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr7	71571436	rs10950296	G	C	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.62;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	72040700	.	T	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.77;MQRankSum=0.754;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,24:0.18:134
chr7	72304470	rs5884895	GT	G	7563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=105;PP=2951;SC=ACTGATCAAGGTCATAGAAAG;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=11;TCR=105;TR=116;WE=72304478;WS=72304460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr7	72413423	rs71554686	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=3.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQRankSum=0.970;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.663;SOR=0.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,24:0.19:125
chr7	72413443	rs62463429	G	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.975;NF=67;NR=12;PP=1296;ReadPosRankSum=0.390;SC=CCCCCAGCCCGCATTTGGGGC;SOR=0.613;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=151;TCR=28;TR=79;WE=72413451;WS=72413433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,78:0.45:174
chr7	72413581	rs71554687	G	A	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=22.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-21.921;QD=3.19;ReadPosRankSum=-2.048;SOR=2.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:464,90:0.16:554
chr7	72413593	rs71554688	T	C	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=23.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-22.113;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.708;SOR=2.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,68:0.13:508
chr7	72413874	rs199633193	T	C	318.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.63;QD=22.74;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,14:1.00:14
chr7	72416333	rs237934	C	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=27;PP=833;SC=TCTGAGGCCCCGTGAAGATCA;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=72416341;WS=72416323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	72418963	rs7056	T	C	5616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=106;PP=2965;SC=GCCCAGGGTCTTCCACGGAGA;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=222;WE=72418971;WS=72418953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr7	72425626	.	G	GTATATATA	221	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=15;MQ=53.64;NF=1;NR=5;PP=221;QD=38.3333333333;SC=GTGTATGTGTGTATATATATA;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=6;WE=72425634;WS=72425616;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,6:0.32:19
chr7	72441411	.	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.084;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.69;MQRankSum=0.962;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	72711860	rs368152680	A	G	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.11;QD=46.61;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	72711867	rs62465076	A	G	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.58;QD=24.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	72711986	rs62465077	G	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.96;QD=40.67;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	72711991	rs62465078	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.17;QD=45.03;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	72712121	rs62465079	T	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.53;QD=26.70;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	72738350	rs55963844	C	CG	2773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=22;PP=1419;SC=CTGGTCCCCGCGGCCTCTCCA;SOR=0.881;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=34;WE=72738358;WS=72738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	72738749	rs28626137	A	G	7400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=110;PP=2965;SC=CACTGAAGCCAGTCCTCCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=56;TCR=110;TR=166;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	72738762	rs6980258	CA	TG	6733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=86;PP=2947;SC=CCTCCAGCTCCAGCAGGCTCA;SOR=1.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=36;TCR=89;TR=120;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	72750627	rs4717751	G	A	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=448;SC=TTTACAGCATGGGAATAGGCA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=72750635;WS=72750617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	72850178	rs1178947	T	C	9056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=224;PP=2965;SC=GCCCCCTGCATCCCCTAGAGA;SOR=2.497;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=292;TCF=66;TCR=226;TR=290;WE=72850186;WS=72850168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr7	72857049	rs1178977	A	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=14;PP=1160;SC=AGAACACAGCACTCACCTGAA;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=72857057;WS=72857039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	72877166	rs2074755	T	C	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=2;PP=1089;SC=AGGAGGGTCATGTTGGGAAGT;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=43;WE=72877174;WS=72877156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr7	73012042	rs35332062	G	A	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
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chr7	73019975	rs61010704	A	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=21;PP=1236;SC=TTCCTCACACAGACCCTGCCC;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=73019983;WS=73019965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr7	73096993	rs8891	T	C	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=20;PP=2153;SC=AGACTATCAATGGCCAAGGGT;SOR=2.701;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=81;TCR=20;TR=99;WE=73097001;WS=73096983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	73097654	rs1128349	C	T	9999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=203;PP=2965;SC=GTCCTCGCTCCTAGGCCCAGG;SOR=1.211;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=342;TCF=136;TCR=206;TR=339;WE=73097662;WS=73097644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr7	73112057	rs369894399	TG	T	7978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=124;PP=2975;SC=GCAGGGTGGGTGGGGGGTGGA;SOR=0.800;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=189;TCF=53;TCR=136;TR=169;WE=73112065;WS=73112047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr7	73118033	rs35459363	G	A	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=98;PP=2965;SC=GGTCATGGACGTAGGGAACAT;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=95;TCR=98;TR=193;WE=73118041;WS=73118023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr7	73118398	rs7807316	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=366;SC=GCAGCAGCCTTGAGCCACGCA;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=73118406;WS=73118388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	73122923	rs2228607	A	G	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=71;PP=2965;SC=ACTCACTCTCATCGGGGTTGG;SOR=1.417;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=122;TCR=71;TR=193;WE=73122931;WS=73122913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr7	73150511	rs1059779	T	C	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=1482;ReadPosRankSum=-2.052;SC=TCTGAGTCCTTCTGTGCCCAA;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=176;TCR=164;TR=120;WE=73150519;WS=73150501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,128:0.35:365
chr7	73151195	rs3215356	AG	A	1230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.695;NF=23;NR=12;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.144;SC=CTCCCCTGGTAGGGTCCCCAG;SOR=1.026;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=35;WE=73151203;WS=73151174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,45:0.42:108
chr7	73151644	rs6460052	A	G	3785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=90;PP=2488;ReadPosRankSum=-1.198;SC=TGGCTGCCACATAGGTTGCAA;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=402;TCF=207;TCR=195;TR=180;WE=73151652;WS=73151634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,185:0.44:422
chr7	73152578	rs367606949	AC	A	1123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.835;NF=31;NR=18;PP=1049;ReadPosRankSum=-1.430;SC=GAGAAGCGGGACCCCCCCTGC;SOR=0.874;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=49;WE=73152586;WS=73152568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr7	73153228	rs3812318	G	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=302;ReadPosRankSum=-0.058;SC=CTTGAGCCCCGCCCTCTCCCC;SOR=1.047;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=23;WE=73153236;WS=73153218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
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chr7	73243786	rs4717822	T	G	9305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=182;PP=2965;SC=CCCAGCATGGTTGGGAAGAGA;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=136;TCR=182;TR=318;WE=73243794;WS=73243776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr7	73245519	rs8629	T	C	8377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=157;NR=142;PP=2965;SC=TCAACTCCCGTGGACGCTGAA;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=300;TCF=157;TCR=143;TR=299;WE=73245527;WS=73245509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr7	73249165	rs13246460	T	A	10324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=206;PP=2965;SC=GGATACCACCTCCAGCTCGGA;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=368;TCF=160;TCR=208;TR=366;WE=73249173;WS=73249155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr7	73249299	rs13232463	G	C	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=33;PP=1102;SC=AAGGTTGGACGAGTTGGTCCT;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=57;WE=73249307;WS=73249289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	73254464	rs73140869	G	T	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr7	73254812	rs13241921	T	C	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=74;PP=1922;SC=GCCGGGGGCCTGGGCCTGTTC;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=143;WE=73254820;WS=73254802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr7	73254910	rs13242043	T	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=681;SC=TCAGTCATGGTTCACACCTGC;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=73254918;WS=73254900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	73255647	rs4717823	G	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=55;PP=1406;SC=AAGCCTGGCTGGGGCTAGCGT;SOR=1.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=84;WE=73255655;WS=73255637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	73275396	rs4324825	G	A	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=410;SC=GCAGTGGAGCGGCAGGAGCCA;SOR=3.500;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=73275404;WS=73275386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	73275501	rs11770024	T	C	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=41;PP=1579;SC=TTCTCCCAGCTGGAGTAGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=98;WE=73275509;WS=73275491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	73275565	rs11770052	T	A	4461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=86;NR=60;PP=2433;SC=CTTTTGGGGATCCTGTTGCAG;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=86;TCR=60;TR=146;WE=73275573;WS=73275555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	73275769	rs11767129	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=12;PP=376;SC=AACTACAGTGCTGACATTTTC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=73275777;WS=73275759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	73279482	rs13227841	T	C	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=102;PP=2965;SC=CCAGGCTCTCTGGGCTGGGCT;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=71;TCR=102;TR=173;WE=73279490;WS=73279472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr7	73280020	rs1136647	C	T	9061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=155;PP=2965;SC=ATCTCATCACCTGGACCACCT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=165;TCR=155;TR=320;WE=73280028;WS=73280010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr7	73467650	.	CTG	C,CTGTG	177	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=19;MMLQ=15;MQ=59.16;NF=1,1;NR=7,7;PP=97,177;QD=12.5;SC=GTGAGCTGGGCTGTGTGTGTG;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8,8;WE=73467659;WS=73467640;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.36:22
chr7	73470782	rs2856728	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CTTAGTCACACCTGGGGACAT;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=45;WE=73470790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr7	73472050	rs28763986	C	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=36;PP=1133;SC=ACCCCCGCCACTGGCTCACGG;SOR=1.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=73472058;WS=73472040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	73474825	rs17855988	G	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=499;ReadPosRankSum=0.625;SC=TCCTGGCTTCGGGGCAGGTGC;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=42;WE=73474833;WS=73474815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr7	73530046	rs149618	A	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=20;PP=1386;SC=GGCTGTCTACAGGTTGGCTTG;SOR=1.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=77;WE=73530054;WS=73530036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	73630155	rs2293757	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=366;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GTGCAGGAGCGGGGAGGGGAG;SOR=1.255;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=23;WE=73630163;WS=73630145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr7	73630406	rs2293758	G	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.205;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=589;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CCAGGTAAGCGGGGGTCTCGG;SOR=2.071;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=28;WE=73630414;WS=73630396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr7	73649825	rs3135698	T	C	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;ReadPosRankSum=0.633;SC=ATGGGCCACATTCTTGAGGAC;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=212;TCF=126;TCR=86;TR=83;WE=73649833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,87:0.38:226
chr7	73651743	rs3135688	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=503;ReadPosRankSum=0.051;SC=TCATCTCCTTTACCAGCAGTG;SOR=0.377;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=38;WE=73651751;WS=73651733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,41:0.35:118
chr7	73653244	rs41552517	C	T	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=50;PP=1719;ReadPosRankSum=-1.389;SC=CCCACACTAGCGCTTGTACCT;SOR=0.595;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=264;TCF=166;TCR=98;TR=128;WE=73653252;WS=73653234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,133:0.47:280
chr7	73752699	rs574637	C	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=794;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CCTCCCAACCCTAGACTCTGT;SOR=0.944;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=48;WE=73752707;WS=73752689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr7	73753250	rs539518	T	C	5657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.361;SC=CCGTGAAGACTGGCAACGAGT;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=490;TCF=244;TCR=246;TR=263;WE=73753258;WS=73753240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,273:0.54:502
chr7	73768065	rs504854	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=556;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CAATCATCCTTAGGTGTCTCT;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=27;WE=73768073;WS=73768055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr7	73800711	rs10156213	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=7;PP=935;ReadPosRankSum=-0.943;SC=CCCAGCGAGACGGCTGGAGTG;SOR=0.542;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=59;TCR=8;TR=50;WE=73800719;WS=73800701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr7	73803644	rs35415684	T	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=398;ReadPosRankSum=3.308;SC=CCCTTGCTCCTCTTCTTGACA;SOR=0.144;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=25;WE=73803652;WS=73803634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr7	73814749	rs2522943	G	C	17346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=263;NR=370;PP=2965;SC=CTCATCGACCGGTCCTCGGCG;SOR=1.130;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=635;TCF=264;TCR=371;TR=633;WE=73814757;WS=73814739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,659:1.00:659
chr7	73818404	rs2240436	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=799;SC=GGTACAGCCCCGGCCTGACCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=73818412;WS=73818394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	73932560	rs17851629	A	G	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=55;PP=1994;ReadPosRankSum=1.140;SC=GGCTGCCCGAAGGCCTGGCCT;SOR=0.585;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=233;TCF=142;TCR=91;TR=134;WE=73932568;WS=73932550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,142:0.58:245
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chr7	73944185	rs2240357	T	C	4847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=115;PP=2614;ReadPosRankSum=-2.106;SC=CCTGCACTTATGGAGTCCCCA;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=202;TCR=204;TR=228;WE=73944193;WS=73944175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,238:0.56:427
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chr7	74167490	rs373607978	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.95;MQRankSum=-0.455;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
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chr7	74197598	.	T	A	62.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.49;QD=20.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr7	74524986	rs142604065	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQRankSum=-3.686;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.732;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
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chr7	74582543	.	T	G	173.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.06;MQRankSum=1.593;QD=19.30;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
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chr7	75044830	rs236651	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=6.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.873;NF=38;NR=20;PP=1109;ReadPosRankSum=-2.859;SC=TAGCTGCTCCGTGCATGCTCA;SOR=2.173;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=58;WE=75044838;WS=75044820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,33:0.26:126
chr7	75045496	rs201842651	AG	A	915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=19.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQRankSum=-11.280;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.824;SOR=1.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,48:0.28:171
chr7	75051324	rs117499978	G	C	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.697;NF=45;NR=49;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CCGGGGCCGGGGCTGCAGAGT;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=74;TCR=83;TR=94;WE=75051332;WS=75051314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,102:0.60:169
chr7	75051368	rs398003	T	C	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.115;NF=25;NR=38;PP=2069;ReadPosRankSum=-0.757;SC=AAGCTGGGGGTAAGGGCTGGC;SOR=0.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=63;WE=75051383;WS=75051358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,64:0.60:106
chr7	75051375	rs398016	T	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.044;NF=14;NR=23;PP=949;ReadPosRankSum=0.359;SC=GGGTAAGGGCTGGCTTGGCGG;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=37;WE=75051383;WS=75051358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr7	75071964	rs376646711	T	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.556;NF=20;NR=14;PP=452;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GCCGCTCGCCTGCTCCAGCCG;SOR=0.360;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=34;WE=75071972;WS=75071954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr7	75115201	rs186328613	C	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.06;MQRankSum=1.420;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr7	75115226	rs55838432	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.55;MQRankSum=-2.315;QD=10.28;ReadPosRankSum=-1.568;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr7	75145266	rs5884966	TA	T	1843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.829;NF=3;NR=73;PP=2581;ReadPosRankSum=-1.136;SC=CATTTTTTTTTAACCTTATCA;SOR=1.169;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=5;TCR=117;TR=76;WE=75145274;WS=75145247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,77:0.59:131
chr7	75177236	rs112143127	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=529;ReadPosRankSum=0.814;SC=TCCCCAAGTCCCTGCCCACAT;SOR=1.292;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=37;WE=75177244;WS=75177226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr7	75185985	rs794368	A	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=732;SC=AGAAGACTCTATCTCCAAAAA;SOR=3.528;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=27;WE=75185998;WS=75185975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	75401418	rs2240478	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=708;ReadPosRankSum=0.788;SC=GGCCAGCTACGTACGTGTGGC;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=53;WE=75401426;WS=75401408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr7	75441108	rs11465315	C	T	7972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	75441111	rs11465314	G	T	8030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr7	75442587	rs3815261	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=-1.099;SC=ACCTGCCCCCACCCCTCTCCT;SOR=0.404;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=15;WE=75442595;WS=75442577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
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chr7	75442855	rs2302004	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=563;ReadPosRankSum=0.162;SC=TCACTGGGCCACCCTTTCCCC;SOR=1.119;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=34;WE=75442863;WS=75442845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr7	75513062	rs42183	A	G	12859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=1.166;SC=AGCGAGTGGCACTGAAGCTCG;SOR=0.472;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=487;TCF=263;TCR=224;TR=483;WE=75513070;WS=75513052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,502:1.00:503
chr7	75544455	rs3823884	A	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=594;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TGTGGGCCTGAGCCCTGCCCA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=60;WE=75544463;WS=75544445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,62:0.55:113
chr7	75597545	rs10954724	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=69;ReadPosRankSum=-1.145;SC=TTCCTCCTGGCGGGGACCTGC;SOR=0.148;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=8;WE=75597553;WS=75597535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr7	75609677	rs1135612	A	G	5322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GCAGCCTGCCAGAGATCGACA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=433;TCF=257;TCR=176;TR=245;WE=75609698;WS=75609667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,254:0.57:444
chr7	75610698	.	G	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.626;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=581;ReadPosRankSum=-1.154;SC=GATGCTCTGGGTTTATGTCGC;SOR=0.377;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=35;WE=75610706;WS=75610688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr7	75610763	rs2286819	G	A	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=50;PP=2817;SC=GGGTCGGGGCGTGCCTGGCAC;SOR=1.491;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=105;TCR=50;TR=153;WE=75610771;WS=75610753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	75612770	rs13223707	C	G	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=5;PP=1660;SC=CAACCAGAAGCGTCCTTGGAG;SOR=4.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=59;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	75612783	rs13240147	G	A	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=10;PP=2024;SC=CCTTGGAGACGGAGACTCAGA;SOR=3.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=70;TCR=10;TR=80;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	75612803	rs41301394	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=702;ReadPosRankSum=-0.943;SC=ATCAAAGCCCCGGCCGCTCAC;SOR=0.559;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=93;TCR=27;TR=45;WE=75612811;WS=75612793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,45:0.36:126
chr7	75613998	rs4732514	C	T	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=838;ReadPosRankSum=0.146;SC=CACCTGTTGCCGCAGAGCTGG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=56;TCR=5;TR=38;WE=75614006;WS=75613988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr7	75614029	rs4732515	T	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=21;PP=2227;SC=CACCCCCTCCTGCCGCAGCCA;SOR=2.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=80;TCR=21;TR=101;WE=75614037;WS=75614019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	75614082	rs4732516	C	G	7879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=89;PP=2965;SC=TCCTGCCTGTCTCTTCCCTGC;SOR=1.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=175;TCR=89;TR=264;WE=75614090;WS=75614072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr7	75614288	rs2286822	C	T	13953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.36;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,366:0.59:624
chr7	75614296	rs2286823	G	A	14011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.17;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,368:0.58:632
chr7	75614777	rs2302429	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr7	75614863	rs2302431	TG	CT	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=35;PP=2947;SC=AGGGCCTCGGTGTGGCGGTGG;SOR=1.274;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=70;TCR=36;TR=101;WE=75614872;WS=75614853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	75614953	rs2228104	T	C	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=144;NR=90;PP=2965;SC=AGACCAAGGCTGGCCGCATCA;SOR=1.076;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=144;TCR=90;TR=234;WE=75614961;WS=75614943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr7	75615006	rs1057868	C	T	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.083;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=44;PP=1414;ReadPosRankSum=1.419;SC=AAGGAGCCTGCCGGGGAGAAC;SOR=0.969;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=293;TCF=158;TCR=135;TR=116;WE=75615014;WS=75614996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,121:0.40:305
chr7	75616817	rs201142190	GGACA	G	9931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=101;PP=2979;SC=CGCAGAGGACGGACAGACAGA;SOR=0.711;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=155;TCF=34;TCR=121;TR=131;WE=75616828;WS=75616807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr7	75621661	rs2286826	G	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=677;SC=AGGGCAAACAGGGCCCAGAGA;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=75621669;WS=75621651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	75621827	rs4732519	A	G	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=45;PP=1450;SC=CAATTGTTCTAAAGTTTGGTC;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=85;WE=75621835;WS=75621817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	75621979	rs6467956	T	C	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=176;SC=CTGGGAGGGTTTCGCTCAGCG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=75621987;WS=75621969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	75628461	rs4728538	A	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=3;PP=102;SC=GTCTCAAAAAAAAATAAATAA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=75628469;WS=75628451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	75629778	rs3801472	T	C	7796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=138;PP=2965;SC=AGTTAGGAGCTCCGAGTTCCG;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=130;TCR=139;TR=267;WE=75629786;WS=75629768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr7	75629966	rs150614149	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	75630183	rs2302434	C	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=455;ReadPosRankSum=1.308;SC=GGCCGTGGTGCGAGCCTGGCC;SOR=0.905;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=31;WE=75630191;WS=75630173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
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chr7	75633209	rs2058389	T	C	4603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=97;PP=2577;SC=TCAGGTGGAATGCAGAATGCA;SOR=1.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=67;TCR=98;TR=164;WE=75633217;WS=75633199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr7	75643313	rs7798794	C	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=48;PP=1418;SC=TATTTATTTTCTGAGACAGAG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=75643321;WS=75643303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr7	75658197	rs13240967	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=38;PP=871;ReadPosRankSum=-0.410;SC=AACCCCAGCACTTTGGAAGGC;SOR=2.584;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=39;WE=75658205;WS=75658187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr7	75659815	rs1044483	T	C	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=104;PP=2172;ReadPosRankSum=-1.357;SC=AAAGCTCTGTTGGTTCACATA;SOR=0.984;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=306;TCF=126;TCR=180;TR=169;WE=75659823;WS=75659805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,176:0.55:318
chr7	75677430	rs10231092	C	G	6755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=130;NR=113;PP=2965;SC=AGTCACTTCCCCGTCACCAGC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=130;TCR=113;TR=243;WE=75677438;WS=75677420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr7	75677504	rs6720	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=757;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GCCCGGCCTGCCAGCGCTGCT;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=126;TCF=51;TCR=75;TR=54;WE=75677512;WS=75677494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,59:0.43:138
chr7	75677578	rs2286828	G	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=321;ReadPosRankSum=-1.056;SC=GCAGGCGGAGGCCCCCCGGCC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=21;WE=75677586;WS=75677568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr7	75692927	rs1637037	C	T	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=54;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GCATATGACCCTGTGAGGGGC;SOR=0.720;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=177;TCF=59;TCR=118;TR=79;WE=75692935;WS=75692917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,84:0.46:184
chr7	75693009	rs1637039	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=5.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=231;ReadPosRankSum=0.280;SC=GGCCTGGCCACGTGCCAGGTT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=13;WE=75693017;WS=75692999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr7	75693963	rs2286830	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=0.969;SC=GAGTCAATTCTACACCATTCA;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=8;WE=75693971;WS=75693953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr7	75694079	rs11972240	T	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=5.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=590;ReadPosRankSum=0.186;SC=GGGCGTCACGTTTGTGGCACC;SOR=1.550;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=27;WE=75694087;WS=75694069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr7	75694345	rs3214335	TC	T	1091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.969;NF=1;NR=27;PP=933;ReadPosRankSum=1.248;SC=TCAGGAGCTCTCCCTGGCCCT;SOR=0.470;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=28;WE=75694353;WS=75694335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr7	75806299	rs12538908	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.355;NF=27;NR=13;PP=467;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TCAAGGTGCCATACTCCAAGT;SOR=1.002;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=40;WE=75806307;WS=75806289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,38:0.28:135
chr7	75877354	rs1859795	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=-0.170;SC=AGTGCTGAAGACCTGGCTTGA;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=11;WE=75877362;WS=75877349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr7	75889151	rs150272766	G	GC	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.502;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=0.623;SC=GCTAGGTCAGGCCCCCTGCGC;SOR=0.072;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=9;WE=75889159;WS=75889143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr7	75889184	rs6950229	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TGAAGAAAAGTCGTCCCGAGA;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=15;WE=75889192;WS=75889174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr7	75894946	rs6465068	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=324;ReadPosRankSum=-0.750;SC=CACTGCTGTAGTCTCAGCACT;SOR=0.153;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=23;WE=75894954;WS=75894936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr7	75896466	rs6955911	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=224;ReadPosRankSum=-0.428;SC=AGGCAGGTGGAGGGCTGCTCT;SOR=0.899;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=14;WE=75896474;WS=75896456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr7	75912536	rs3839766	TG	T	524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=27.62;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	75914934	rs75544239	G	GC	2163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=15;PP=1449;SC=TCCCGGCAGCGCCGCAAGCGT;SOR=1.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=33;WE=75914942;WS=75914924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	75959188	rs2072435	G	A	4738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AGGCCTTCTCGGAGGACTCCA;SOR=0.672;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=577;TCF=279;TCR=298;TR=219;WE=75959196;WS=75959178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,233:0.39:597
chr7	76019746	rs55920832	C	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.763;SC=AGGCCACTCCCAAGCTAGGTC;SOR=0.919;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=76019754;WS=76019736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	76022688	.	CCGCTGTCAGCCTCACCTT	C	722.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.24;MQRankSum=1.141;NF=3;NR=3;PP=1956;ReadPosRankSum=1.190;SC=GTGCGCGGCCCCGCTGTCAGC;SOR=1.189;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=6;WE=76022713;WS=76022678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr7	76023029	rs10261314	T	C	3432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=63;PP=2372;ReadPosRankSum=0.317;SC=GTCGCAGCCGTCCACCTGCGG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=116;TCR=109;TR=132;WE=76023037;WS=76023019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,143:0.57:249
chr7	76023088	rs140509712	C	CG	10609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=98;PP=2973;SC=TGCCGGCTCCCGGCAGAGCCC;SOR=0.707;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=147;TCF=42;TCR=105;TR=139;WE=76023096;WS=76023077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
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chr7	76024520	rs2286427	C	T	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1212;ReadPosRankSum=-1.625;SC=AGTTCCCAGCCGCACCCACCA;SOR=0.857;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=80;WE=76024528;WS=76024510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,84:0.60:139
chr7	76027235	rs6963070	T	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=625;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TGTCCCAGGATCTACAACCCT;SOR=1.112;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=29;WE=76027243;WS=76027225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
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chr7	76027912	rs112701136	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=693;ReadPosRankSum=0.215;SC=GTGAGCCACCATGCCCAGCCA;SOR=0.418;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=26;WE=76027920;WS=76027891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr7	76028163	rs75640836	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=583;ReadPosRankSum=0.827;SC=TCTCCATCCTCACACCACGGG;SOR=1.375;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=36;WE=76028171;WS=76028153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr7	76033544	rs11773646	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TTCACAACCCTCCTCCTACTA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=76033552;WS=76033543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr7	76033805	rs11773653	A	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=375;ReadPosRankSum=0.632;SC=CGCCAGGGAGAAGTCACAGTT;SOR=0.722;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=38;WE=76033813;WS=76033795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr7	76033906	rs11760779	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CCCAGGGGTTTGAGATCAGCC;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=76033914;WS=76033896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	76054372	rs2286428	G	A	5748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CTTGCAGGGTGGAGCCAGCCA;SOR=0.766;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=432;TCF=228;TCR=204;TR=255;WE=76054380;WS=76054362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,264:0.59:444
chr7	76058767	rs6465128	G	T	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=61;PP=2275;ReadPosRankSum=0.608;SC=TGAGCACTCAGGTATGGCTTG;SOR=0.581;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=265;TCF=166;TCR=99;TR=158;WE=76058775;WS=76058757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,165:0.61:272
chr7	76062434	.	G	GTTTGGT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr7	76062441	.	T	TTTGGTTTTGG	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=6.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.948;SOR=3.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr7	76069486	rs80209248	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.69;MQRankSum=-1.836;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr7	76069629	rs73363163	G	A	3472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.542;NF=99;NR=53;PP=2320;ReadPosRankSum=-0.241;SC=AACTCAACAAGGCCTGTTCCT;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=198;TCR=106;TR=152;WE=76069637;WS=76069619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,158:0.52:306
chr7	76069811	rs2906999	T	C	5043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.164;NF=94;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.639;SC=AGTGGAAGGCTCGGCTGACAT;SOR=0.933;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=452;TCF=206;TCR=246;TR=219;WE=76069819;WS=76069801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,216:0.50:434
chr7	76071003	rs78087397	C	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.295;NF=17;NR=2;PP=368;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TCACACCTGGCCGAGAAAGCT;SOR=1.911;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=19;WE=76071011;WS=76070993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr7	76111994	rs1638075	C	G	4111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.263;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.680;NF=103;NR=87;PP=2794;ReadPosRankSum=2.413;SC=TGGACTTGGCCCCCCTGGGGT;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=352;TCF=197;TCR=155;TR=190;WE=76112002;WS=76111984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,193:0.54:355
chr7	76112060	rs1638074	C	T	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.582;NF=87;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.671;SC=CTTCCAGCTTCTGCCGCAGCG;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=355;TCF=166;TCR=189;TR=190;WE=76112068;WS=76112050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,205:0.55:374
chr7	76112183	.	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=11.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-17.516;QD=0.95;ReadPosRankSum=2.494;SOR=1.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,46:0.15:316
chr7	76112249	rs147779783	A	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-19.858;QD=1.20;ReadPosRankSum=2.017;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,75:0.17:431
chr7	76112487	rs1638073	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.213;NF=3;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=-0.277;SC=ACGGCCGCTCGTTTTGTCTGC;SOR=0.307;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=15;WE=76112495;WS=76112477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr7	76112518	.	C	T	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=25;MQ=49.46;NF=0;NR=4;PP=23;QD=14.4428031368;SC=CGCTCTTAGCCGGGAAGACTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=4;WE=76112526;WS=76112508;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr7	76129364	rs78474289	G	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQRankSum=1.611;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	76131586	rs2690683	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.240;NF=10;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.325;SC=CACTGTTGGCGAGCATGACCC;SOR=1.678;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=11;WE=76131594;WS=76131576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr7	76131645	rs6979487	A	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-2.351;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.889;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,39:0.25:155
chr7	76131650	rs6958774	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-2.110;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.747;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,43:0.26:165
chr7	76131695	rs4728775	A	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.785;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.718;NF=32;NR=24;PP=749;ReadPosRankSum=0.063;SC=TCGGGTCCCTAGCTGTGGGCC;SOR=0.769;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=56;WE=76131703;WS=76131685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,58:0.32:181
chr7	76131812	rs6963784	C	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=269;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GGTGGCCCGCCCCCACAGTCC;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=17;WE=76131820;WS=76131802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr7	76132898	rs17855260	T	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.846;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.139;NF=15;NR=29;PP=609;ReadPosRankSum=1.308;SC=TTCCCCATGGTATCCAGGTGA;SOR=2.064;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=152;TCF=63;TCR=89;TR=44;WE=76132906;WS=76132888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,30:0.22:139
chr7	76135134	rs7398	G	A	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1165;ReadPosRankSum=0.158;SC=TGGGGGCTTAGGATGCAGCTA;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=190;TCF=87;TCR=103;TR=79;WE=76135142;WS=76135124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,81:0.38:214
chr7	76140186	rs12666503	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.159;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.761;NF=12;NR=13;PP=450;ReadPosRankSum=0.052;SC=CACGCCCGTCTCCGTGGCTCA;SOR=1.294;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=25;WE=76140194;WS=76140176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr7	76141300	.	T	TC	54	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=42.91;NF=2;NR=0;PP=54;QD=41.0;SC=CAGGGAGGGGTCCCCGGCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=76141308;WS=76141290;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr7	76142536	rs2286988	G	A	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1339;ReadPosRankSum=0.726;SC=TCTCTGGGCCGCCTCTGCTGA;SOR=0.615;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=224;TCF=98;TCR=126;TR=103;WE=76142544;WS=76142526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,116:0.48:240
chr7	76144455	rs1799125	A	C	21539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.82;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr7	76144455	.	AG	CA,CG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=14;MQ=60.0;NF=144,261;NR=167,290;PP=2944,2962;QD=20;SC=TCCCACCCAGAGAGGCCGCCA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=557;TCF=262;TCR=295;TR=311,551;WE=76144464;WS=76144445;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.56:557
chr7	76144456	rs137995680	G	A	7187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=1.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,333:0.57:580
chr7	76144483	rs1636632	A	G	3845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=102;PP=2382;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GGTGGGCTGCAAGCCTGGCCT;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=416;TCF=174;TCR=242;TR=178;WE=76144491;WS=76144473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,189:0.44:427
chr7	76144560	rs1799126	T	C	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=74;PP=1739;ReadPosRankSum=-1.379;SC=GATGGGGCGCTGGGAGTGAGT;SOR=2.371;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=12;TCR=76;TR=86;WE=76144568;WS=76144550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr7	76239480	rs200882024	C	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.16;MQRankSum=-6.518;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr7	76239503	rs140446540	G	GC	2217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.52;MQRankSum=-6.441;QD=16.80;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,80:0.61:132
chr7	76239703	rs150952334	T	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.522;NF=1;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=0.199;SC=TGTGATGGCTTATGCCTGTAA;SOR=0.384;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=13;WE=76239711;WS=76239693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr7	76240677	rs1799211	T	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.233;NF=13;NR=0;PP=254;ReadPosRankSum=0.791;SC=TTTTAATGGATGACAAGGGAA;SOR=1.961;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=13;WE=76240685;WS=76240667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr7	76240785	rs71819724	CA	C	3101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.068;NF=41;NR=28;PP=2610;ReadPosRankSum=1.133;SC=CCTGCGGTTACAGGGAAGCAG;SOR=0.830;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=92;TCR=60;TR=69;WE=76240793;WS=76240775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,93:0.47:198
chr7	76240888	rs1134609	A	G	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.835;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.579;NF=48;NR=73;PP=1629;ReadPosRankSum=1.315;SC=GATGTCAGCCAGGCCTTCCAC;SOR=1.044;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=366;TCF=185;TCR=181;TR=121;WE=76240896;WS=76240878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,119:0.32:367
chr7	76247668	rs1636619	G	A	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-12.385;NF=65;NR=104;PP=2087;ReadPosRankSum=1.571;SC=GCCGGGCACCGTGGCTCACGC;SOR=0.466;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=513;TCF=180;TCR=333;TR=169;WE=76247676;WS=76247658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,121:0.34:355
chr7	76255032	rs2527936	A	G	4732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.331;NF=65;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=1.564;SC=TAGCAGTAAGATATTTTAATT;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=337;TCF=109;TCR=228;TR=204;WE=76255040;WS=76255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,208:0.60:347
chr7	76255452	rs62476699	G	A	5250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-17.740;NF=143;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.946;SC=AAGTACCCCCGGACAGGAATA;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=515;TCF=282;TCR=233;TR=263;WE=76255460;WS=76255442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,245:0.51:482
chr7	76255491	rs71535586	C	T	5223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.327;NF=133;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.890;SC=ATAGCGTCTTCGAGGTGTTAT;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=536;TCF=251;TCR=285;TR=282;WE=76255499;WS=76255481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,244:0.53:464
chr7	76255998	rs2006268	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQRankSum=0.057;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr7	76607938	rs56083327	C	T	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=527;SC=GGGAAGATGGCCATGGCCCCA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=76607946;WS=76607928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	76608143	rs2245368	C	T	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=54;PP=1857;SC=CCCTCGCTGGCCCGTTACATT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=99;WE=76608151;WS=76608133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	76610299	rs62473743	A	G	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.13;QD=29.35;SOR=2.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	76610346	rs71552449	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=28.36;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	76610407	rs62473744	A	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.22;QD=25.17;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	76610621	rs6956966	T	C	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	76619795	rs149365700	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=106;SC=GGGAGAGCCAGAGGGGCTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=76619803;WS=76619785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	76624959	rs55895615	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.13;MQRankSum=-4.521;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr7	76629626	rs145082715	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.52;MQRankSum=-2.881;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr7	76629830	rs145314075	C	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr7	76635139	rs62474189	CG	TA	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.99;MQRankSum=-1.006;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.180;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr7	76713093	.	A	G	239	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=51.31;NF=18;NR=0;PP=239;QD=15.2095118082;SC=ACATGAGGACATAATAATGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=54;TCR=1;TR=18;WE=76713101;WS=76713083;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
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chr7	76742649	rs142960161	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.43;QD=28.10;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	76748903	rs139039802	AACTTCTAC	A	3720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.617;NF=16;NR=65;PP=2939;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CAATACTTTGAACTTCTACAC;SOR=0.962;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=188;TCF=32;TCR=156;TR=81;WE=76748918;WS=76748893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,105:0.38:278
chr7	76751305	rs3114350	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=1.058;SC=AGCGCTCGCCCCTACCTGAGC;SOR=0.709;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=16;WE=76751313;WS=76751295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr7	76751357	rs3095481	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.965;NF=18;NR=8;PP=338;ReadPosRankSum=0.950;SC=CCAGCGCCCAGCGCCAGCCCA;SOR=0.418;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=26;WE=76751365;WS=76751347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr7	76796958	rs28431858	T	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=34.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.97;MQRankSum=-9.559;QD=1.80;ReadPosRankSum=-3.021;SOR=4.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,34:0.15:228
chr7	76828953	rs2075761	C	T	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1385;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GGGGCACTCCCCTGCCTCTTC;SOR=0.723;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=86;WE=76828961;WS=76828943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,94:0.51:185
chr7	76870998	rs17230010	T	C	5863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.814;SC=CTGTTTTTCATGTAACCCAGC;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=446;TCF=244;TCR=202;TR=260;WE=76871006;WS=76870988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,276:0.59:470
chr7	76871086	rs74783981	G	A	3606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.901;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=90;PP=2279;ReadPosRankSum=1.909;SC=AGTTTCACCTGCAGCAAGCTG;SOR=0.529;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=368;TCF=158;TCR=210;TR=166;WE=76871094;WS=76871076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,176:0.46:384
chr7	76871113	rs17230060	A	G	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=84;PP=2049;ReadPosRankSum=-1.656;SC=TTCCAGAAGCATTCTCCACGG;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=101;TCR=162;TR=135;WE=76871121;WS=76871103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,143:0.51:281
chr7	76883685	rs3114318	T	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=423;SC=TCAGGAAAGGTGTCATAAAGA;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=76883693;WS=76883675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	76883717	rs2056709	C	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.416;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GTTGCCTGGCCGACAAGCATG;SOR=2.170;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=9;WE=76883725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr7	76883989	rs3114319	C	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=174;SC=ATTTTAAAGACTCTAAAGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=76883997;WS=76883979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	76885769	rs3108428	A	G	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1303;ReadPosRankSum=0.274;SC=AACAAAAGCAATTATTAAAAG;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=204;TCF=129;TCR=75;TR=90;WE=76885777;WS=76885759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,96:0.44:219
chr7	76889524	rs61746087	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=466;ReadPosRankSum=-1.010;SC=AATTAGCCAGAGAGAATGAAG;SOR=1.493;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=26;WE=76889532;WS=76889514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr7	76958730	rs10274222	A	G	9226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=175;PP=2965;SC=AACACGTCAGAAATGTGGAAG;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=153;TCR=175;TR=328;WE=76958738;WS=76958720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr7	76984752	rs35161141	CA	C	621.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.759;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;MQRankSum=0.513;QD=17.76;ReadPosRankSum=0.059;SOR=1.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr7	77035392	rs6949654	T	C	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=32;PP=1087;SC=ATTTAATACATGTAAGCTCTC;SOR=0.968;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=76;WE=77035400;WS=77035382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	77200392	rs17155183	A	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.819;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=383;ReadPosRankSum=0.610;SC=GTTGTATTTTAAGCGGTTAAG;SOR=1.254;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=25;WE=77200400;WS=77200382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr7	77227241	rs6955503	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=680;ReadPosRankSum=-1.236;SC=CATTTATAGACTATCTGTAAG;SOR=0.501;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=53;WE=77227249;WS=77227231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,58:0.54:108
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chr7	77247821	rs9640663	G	A	3554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=82;PP=2314;ReadPosRankSum=0.047;SC=TGAAAACATGGTCAGCTCCAT;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=510;TCF=280;TCR=230;TR=185;WE=77247829;WS=77247811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,193:0.35:544
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chr7	77402746	rs10953349	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=0.222;SC=TTTTACCCGTATTTGGATATC;SOR=0.114;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=14;WE=77402754;WS=77402736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr7	77423152	rs1045463	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=217;ReadPosRankSum=-1.235;SC=TTCACCAATCCTGTTTTATGG;SOR=0.169;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=12;WE=77423160;WS=77423142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr7	77423574	rs7953	G	A	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=102;PP=2746;ReadPosRankSum=-1.315;SC=AGACTGGAATGAATATGAGGA;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=472;TCF=221;TCR=251;TR=188;WE=77423582;WS=77423564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,194:0.40:487
chr7	77469486	rs17807802	C	T	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.253;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=31;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.002;SC=GTTCAGTCTCCTTTTGGAAGG;SOR=1.035;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=242;TCF=149;TCR=93;TR=95;WE=77469494;WS=77469476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,98:0.37:263
chr7	77523521	rs10267180	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=295;ReadPosRankSum=-0.017;SC=ATGTAATCATATCTCTTATGC;SOR=0.184;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=17;WE=77523529;WS=77523511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr7	77539744	rs711309	G	A	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.827;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=51;PP=1148;ReadPosRankSum=-2.002;SC=TTTATTTAAGGTTTTATATGG;SOR=1.291;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=141;TCF=45;TCR=96;TR=70;WE=77539752;WS=77539734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,74:0.49:151
chr7	77552127	rs848486	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=431;ReadPosRankSum=1.123;SC=GTATACATACGTATCTATTTT;SOR=0.333;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=27;WE=77552135;WS=77552117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr7	77578871	rs35896422	ATAAT	A	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=0.751;SC=AAAATATTTCATAATTAATGT;SOR=0.042;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=2;WE=77578882;WS=77578861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	77648671	rs13438302	G	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=478;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGAGGACGCTGGGCAGCTTGT;SOR=1.312;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=33;WE=77648679;WS=77648661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr7	77648731	rs2960452	C	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-0.407;SC=CCTTGCGCGCCGGGGCGCCCC;SOR=0.432;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=18;WE=77648739;WS=77648721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr7	77708105	rs67657112	ATG	A,ATGTGTGTGTG	555.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.87;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,4:0.78,0.22:18
chr7	77708131	rs73136595	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=-3.410;SC=GTGTGTGTGTATATATATACC;SOR=0.180;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=12;WE=77708139;WS=77708121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr7	77756580	rs2074641	T	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=423;ReadPosRankSum=-0.543;SC=TGTAGTCCAGTAGGGGAGGCT;SOR=0.752;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=26;WE=77756588;WS=77756570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr7	77756724	rs7812015	C	T	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CTTTCACTTCCGACCTGTAAC;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=202;TCF=101;TCR=101;TR=88;WE=77756732;WS=77756714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,94:0.44:214
chr7	77756815	rs9656109	G	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=338;ReadPosRankSum=0.635;SC=CCAGAGGTGGGCCAGCCATGA;SOR=1.016;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=21;WE=77756823;WS=77756805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr7	77756849	rs2074642	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=154;ReadPosRankSum=0.646;SC=CCACTCCTCTCGGTGGTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=11;WE=77756857;WS=77756839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr7	77764591	rs767682	C	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.878;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=49;PP=1095;ReadPosRankSum=-1.074;SC=GTCCCAGCCCCAAAGGAAACA;SOR=1.238;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=181;TCF=65;TCR=116;TR=70;WE=77764599;WS=77764581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,75:0.40:188
chr7	78119199	rs1990577	A	C	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=4.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;MQRankSum=0.261;QD=24.56;ReadPosRankSum=1.263;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr7	78119221	.	GA	AA	790	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,1.0000;HP=11;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=11;MQ=61.11;NF=0,2;NR=21,75;PP=21,790;QD=2.65577202606;SC=TATTCCTTAAGAAAAAAAAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=120;TCF=23;TCR=97;TR=21,77;WE=78119229;WS=78119208;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:99,21:0.17:120
chr7	78119221	rs3086374	GA	GAAA	2468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=11;MQ=61.11;MQRankSum=0.482;NF=0,2;NR=21,75;PP=21,790;ReadPosRankSum=-1.566;SC=TATTCCTTAAGAAAAAAAAAG;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=120;TCF=23;TCR=97;TR=21,77;WE=78119229;WS=78119208;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:75
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chr7	78256643	rs38117	G	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=0.257;SC=TGAATATTCAGTGCCACTTGT;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=78256651;WS=78256633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
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chr7	80378148	rs1405743	T	C	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=4;PP=1353;SC=TGAGCCTCGCTGAGGGACAGT;SOR=4.575;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=52;WE=80378156;WS=80378138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr7	80805175	rs1509911	T	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=604;ReadPosRankSum=-1.219;SC=AAGCTCTTACTAGATGATCTT;SOR=0.696;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=90;TCR=33;TR=43;WE=80805183;WS=80805165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,45:0.36:126
chr7	80805263	rs11972689	C	T	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=48;PP=1569;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CATAGCAAACCCTGCCCACTT;SOR=0.868;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=279;TCF=151;TCR=128;TR=113;WE=80805271;WS=80805253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,117:0.40:290
chr7	80805381	rs11976314	A	C	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=942;ReadPosRankSum=0.970;SC=ATGTGGACTCAGAAAAATCTC;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=200;TCF=80;TCR=120;TR=82;WE=80805389;WS=80805371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,85:0.41:207
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chr7	81332078	.	G	C	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=125;PP=2796;ReadPosRankSum=0.220;SC=ATCCCCCTAGGAGTAAGACAT;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=487;TCF=176;TCR=311;TR=191;WE=81332086;WS=81332059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,192:0.39:489
chr7	81339304	rs2074725	A	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CAGAGCTTACAGTCTGGCAAG;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=15;WE=81339312;WS=81339294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr7	81346685	rs1800793	T	C	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=91;PP=1866;ReadPosRankSum=0.281;SC=GATATGACTGTGGAAACAACA;SOR=0.570;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=365;TCF=154;TCR=211;TR=163;WE=81346693;WS=81346675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,167:0.44:377
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chr7	81350223	rs10272030	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-0.608;SC=AAACAAAAAGGTTTTTTACAA;SOR=0.267;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=6;WE=81350231;WS=81350213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr7	81355066	rs2887069	G	A	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=3;PP=691;ReadPosRankSum=-0.453;SC=GAAAAATCCAGCTTCAAACTT;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=67;TCR=6;TR=36;WE=81355074;WS=81355056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr7	81355449	rs2286194	T	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=151;ReadPosRankSum=-1.512;SC=GAGTTCTAACTTTTTGGACTC;SOR=0.289;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=10;WE=81355457;WS=81355439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr7	81359116	rs5745686	CA	C	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.256;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr7	81366210	.	G	GGTGTGTGT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.834;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr7	81372156	rs5745676	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=441;ReadPosRankSum=0.114;SC=ATCAGCTATAAAGATTAGAGA;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=24;WE=81372164;WS=81372146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr7	81372452	rs2214826	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-1.150;SC=AATGTTTTCTATGGATGTGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=81372460;WS=81372442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	81374500	rs4732406	G	C	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=53;PP=1660;SC=CACCACTGTTGCATTTAAAGA;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=66;WE=81374508;WS=81374490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	81381326	rs5745646	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=741;ReadPosRankSum=1.069;SC=TGCATTTGCACGAACAACATA;SOR=0.410;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=90;TCF=73;TCR=17;TR=47;WE=81381334;WS=81381316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr7	81588636	rs1229502	G	A	4559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.578;SC=TTCGGTATCTGGGTTGCTTAA;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=344;TCF=165;TCR=179;TR=197;WE=81588644;WS=81588626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,210:0.58:362
chr7	81591114	rs72063149	GTAATGATTATAACAGTATATACAATTTCT	G	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.78;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr7	81591716	rs1229503	T	G	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.400;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=440;ReadPosRankSum=-1.208;SC=AAGAAAATTTTTATTGTTATG;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=40;WE=81591724;WS=81591706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr7	81600197	rs37067	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr7	81601231	rs1229505	C	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=474;ReadPosRankSum=-0.368;SC=AAATTATGATCATAATGAAAA;SOR=0.637;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=35;WE=81601239;WS=81601221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr7	81603966	rs138987517	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr7	81626356	rs6944326	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=8;PP=828;ReadPosRankSum=-1.226;SC=AAATTTTAATGACAAAGAACA;SOR=1.096;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=115;TCF=90;TCR=25;TR=50;WE=81626364;WS=81626346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr7	82072932	rs79572976	G	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5279;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.386;NF=5;NR=20;PP=512;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CCGCGCGGGGGACGGCAAGGG;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=25;WE=82072940;WS=82072922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr7	82453708	rs2522833	A	C	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=46;PP=1153;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TCGAGGTGAGATGTGCTAGAT;SOR=0.508;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=170;TCF=71;TCR=99;TR=82;WE=82453716;WS=82453698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,86:0.48:181
chr7	82455895	rs2715150	A	G	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=82;PP=2041;ReadPosRankSum=1.943;SC=AAAGGAAGTCAGAGGCTTACC;SOR=0.805;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=368;TCF=183;TCR=185;TR=157;WE=82455903;WS=82455885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,164:0.43:384
chr7	82475786	rs67293081	TTA	T	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=0.819;SC=ATATCTGTGTTTATGTCTACA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=82475795;WS=82475776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	82497343	rs4628206	T	A	6137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=70;PP=2965;SC=ATCAACATGATATGTGGTCTG;SOR=1.447;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=132;TCR=70;TR=202;WE=82497351;WS=82497333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	82531887	rs150270529	TATA	T	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=241;ReadPosRankSum=-0.506;SC=AAACTGAAAGTATAATAATAA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=6;WE=82531897;WS=82531877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	82543956	.	G	T	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=45;PP=1595;ReadPosRankSum=-0.915;SC=AGAAAAATAAGAGTTTGAGTT;SOR=0.866;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=309;TCF=184;TCR=125;TR=119;WE=82543964;WS=82543946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,122:0.38:319
chr7	82546282	rs12707531	C	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.875;SC=AAAATGATTTCATGTATGATT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=82546290;WS=82546272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr7	82581488	rs10630259	T	TTCA	16469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=93;PP=2969;SC=CAACGGGTTTTTCATCTTCTA;SOR=1.018;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=85;TCR=107;TR=168;WE=82581496;WS=82581478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr7	82581859	rs976714	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=577;ReadPosRankSum=0.286;SC=GTGTAACTTGCACTAGCTGTG;SOR=1.189;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=43;WE=82581867;WS=82581849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,47:0.34:137
chr7	82582846	rs10954696	C	T	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1210;ReadPosRankSum=0.674;SC=ATTCTTGTAACAGGTAATCCA;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=228;TCF=103;TCR=125;TR=96;WE=82582854;WS=82582836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,103:0.42:244
chr7	82583609	rs10487648	A	C	3971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=93;PP=2872;ReadPosRankSum=-2.552;SC=CAGAATCTTCAAATTTAGTTA;SOR=0.723;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=411;TCF=209;TCR=202;TR=175;WE=82583617;WS=82583599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,182:0.42:431
chr7	82764425	rs2877	C	G	3176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=67;PP=1991;ReadPosRankSum=0.051;SC=ATCAAATGGGCTGACTTTTTC;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=351;TCF=183;TCR=168;TR=142;WE=82764433;WS=82764415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,153:0.42:366
chr7	82784017	rs6951239	G	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=8;PP=879;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TTGTATAAGAGGATGATATGG;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=73;TCR=13;TR=49;WE=82784025;WS=82784007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr7	82784456	rs6972461	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	82785349	.	G	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,43:0.16:263
chr7	83023587	.	TAC	T	3495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=35.31;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	83031907	rs2709930	T	C	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=12;PP=1608;SC=ACCAAAAGTATACTTAAAAAT;SOR=3.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=61;TCR=12;TR=73;WE=83031915;WS=83031897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	83037731	rs61729612	C	G	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=129;PP=2965;SC=ATGGGCCAGTCGCCCCATGCT;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=120;TCR=129;TR=248;WE=83037739;WS=83037721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
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chr7	83606353	rs35361892	T	TGA	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=1477;SC=TTAAGTATTCTGAGAGATGCA;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=30;WE=83606361;WS=83606343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr7	83614801	rs141423527	AG	A	2040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.040;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.160;NF=16;NR=25;PP=1443;ReadPosRankSum=-3.288;SC=TTCCTAAAGGAGAAAAAGAAA;SOR=0.423;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=41;WE=83614809;WS=83614791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr7	83739762	rs1990044	T	C	5511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=66;PP=2965;SC=TGGACAAATATAATTTTTAAA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=125;TCR=66;TR=191;WE=83739770;WS=83739752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	83740015	rs1990045	T	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=20;NR=61;PP=1775;SC=CTTTCTTTTTTTTTTTTTGGC;SOR=2.441;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=81;WE=83740023;WS=83740005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	83764309	rs17241389	C	G	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=72;PP=2090;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TAATGTGAAGCACTATATAAG;SOR=1.129;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=27;TCR=74;TR=99;WE=83764317;WS=83764299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr7	83823737	rs67227861	AG	A	1535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.146;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.735;NF=29;NR=16;PP=647;ReadPosRankSum=-2.285;SC=CAAGGAATTAAGGGGGGGGGC;SOR=0.397;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=45;WE=83823745;WS=83823727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,63:0.64:99
chr7	84628989	rs7800072	T	G	5479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.216;SC=TCCTTGACCTTCCCCTCCTCA;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=443;TCF=228;TCR=215;TR=238;WE=84628997;WS=84628979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,245:0.53:459
chr7	84644346	rs6468008	C	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=751;ReadPosRankSum=0.446;SC=AGAAAGGAAGCCTTTATATTA;SOR=0.505;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=47;WE=84644354;WS=84644336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr7	84644500	rs17559084	C	T	4584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=84;PP=2773;ReadPosRankSum=2.911;SC=AGAGCTGAACCAATCCATCTC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=187;TCR=143;TR=197;WE=84644508;WS=84644490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,210:0.60:348
chr7	84644666	rs17639600	G	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-4.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CACTTGTACAGAAACATAATG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=18;WE=84644674;WS=84644656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr7	84647477	rs7780132	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=430;ReadPosRankSum=-0.601;SC=AAATTTAACTCCCAATTTCAA;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=25;WE=84647485;WS=84647467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr7	84684961	rs199946932	CATATATATATATATAT	C	43.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.967;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr7	86274196	rs274623	T	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=47;PP=1153;ReadPosRankSum=0.260;SC=GAGGTAAGGGTCCCAGAGGAG;SOR=1.387;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=102;TCF=21;TCR=81;TR=56;WE=86274204;WS=86274186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr7	86539070	.	T	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=26.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr7	86687418	.	G	A	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.691;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1245;ReadPosRankSum=0.789;SC=ATTGCTGTGTGTTCGCACACA;SOR=0.395;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=93;WE=86687426;WS=86687408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,103:0.73:142
chr7	86781423	rs2286267	G	A	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=3;PP=1696;SC=CGGCTCCCTCGGCTCGGAGCC;SOR=5.549;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=62;TCR=3;TR=64;WE=86781431;WS=86781413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	86795947	rs3058402	TAG	T	10754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=118;PP=2965;SC=TTAAGAGCCATAGAGTTCCCT;SOR=1.046;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=149;TCF=25;TCR=124;TR=143;WE=86795956;WS=86795937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	86800351	rs3747807	A	G	13870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=255;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.189;SC=CCATGACTGCAACCACAGAAG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=507;TCF=251;TCR=256;TR=503;WE=86800373;WS=86800341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,529:1.00:531
chr7	86814122	rs3214245	CT	C	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,28:0.20:138
chr7	86820459	rs1558050	G	A	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=63;PP=1772;SC=ATGAATGGTAGACTAAATCAG;SOR=3.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=72;WE=86820467;WS=86820449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	86978347	rs802037	C	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=13;PP=1097;SC=TGTGAGGGCTCTCTCTCTTTT;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=86978355;WS=86978337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr7	86998842	rs6966140	G	A	3833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.589;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=112;PP=2597;ReadPosRankSum=2.102;SC=GTCTTATGGTGTTGCTTGAAT;SOR=1.115;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=221;TCF=71;TCR=150;TR=158;WE=86998850;WS=86998832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,163:0.71:230
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chr7	87032613	rs31653	A	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=37;PP=1255;SC=AGTTAACCAAATTATAAATAT;SOR=1.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=87032634;WS=87032603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	87046896	rs5885584	GC	G	983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.161;NF=2;NR=31;PP=984;ReadPosRankSum=1.178;SC=TCCAGCCTTAGCCTCTTGGTC;SOR=1.480;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=5;TCR=91;TR=33;WE=87046904;WS=87046886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,38:0.30:125
chr7	87047813	rs7788404	T	C	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=57;PP=1588;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TCTAAAACCATGTTATGTAAA;SOR=0.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=374;TCF=220;TCR=154;TR=141;WE=87047821;WS=87047803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,146:0.37:392
chr7	87053150	rs31667	A	G	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=22;PP=1439;ReadPosRankSum=-0.396;SC=GGAGCCAGTCAGTGAGGTTGG;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=88;WE=87053158;WS=87053140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,94:0.75:126
chr7	87053206	rs31668	G	A	8667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=184;NR=110;PP=2965;SC=CTGTTATGTGGTGTTTGCAAA;SOR=1.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=185;TCR=110;TR=294;WE=87053214;WS=87053196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr7	87056011	rs1017054	T	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.911;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=612;ReadPosRankSum=1.385;SC=AGAATTTCAATAATTGTAGCA;SOR=1.389;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=123;TCF=100;TCR=23;TR=38;WE=87056019;WS=87056001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,39:0.30:132
chr7	87056176	rs2230028	T	C	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=77;PP=1804;ReadPosRankSum=-1.137;SC=GGGGCCATTCTAGTGGCAGCC;SOR=0.681;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=324;TCF=121;TCR=203;TR=126;WE=87056184;WS=87056166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,132:0.40:334
chr7	87056260	rs111542896	A	AGTGT,AGT	328.77	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=15,15;PP=168,338;ReadPosRankSum=-1.348;SC=AAGACATTAAAGTGTGTGTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=15,15;WE=87056268;WS=87056250;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.82:11
chr7	87069758	rs31675	T	C	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=109;PP=2965;SC=ATTTAACCATTTAATAGCTGA;SOR=4.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=13;TCR=109;TR=122;WE=87069766;WS=87069748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	87072840	rs3834727	GA	G	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=0.315;SC=TTTGAAATTTGAAAAAAAAGT;SOR=0.565;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=29;WE=87072848;WS=87072830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr7	87074419	rs4148826	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr7	87076587	rs1014283	C	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GAGTCACACTCGGCTCCTATA;SOR=0.798;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=8;WE=87076595;WS=87076577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr7	87079406	rs2109505	T	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=5.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,97:0.28:348
chr7	87082292	rs1202283	G	A	5438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.973;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.293;SC=CAGTGGTGTCGTTGATGTCAA;SOR=0.960;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=377;TCF=227;TCR=150;TR=228;WE=87082300;WS=87082282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,242:0.61:398
chr7	87083738	rs4148818	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=-0.208;SC=AAAATGATAATAATAGGTGAA;SOR=0.053;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=87083746;WS=87083728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr7	87083969	rs45626341	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=522;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GCATTGCCAGGTTTTTAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=29;WE=87083977;WS=87083959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr7	87138511	rs2235048	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=462;ReadPosRankSum=-0.788;SC=ACTTCTGGGAGACCAGCCCCT;SOR=0.615;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=31;WE=87138519;WS=87138501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr7	87138645	rs1045642	A	G	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=51;PP=1463;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTGCCCTCACAATCTCTTCCT;SOR=0.822;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=336;TCF=191;TCR=145;TR=116;WE=87138653;WS=87138635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,117:0.34:344
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chr7	87160618	rs2032582	A	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=495;ReadPosRankSum=0.831;SC=ACCTTCCCAGAACCTTCTAGT;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=38;WE=87160626;WS=87160608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
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chr7	87178626	rs2235013	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=16;PP=770;ReadPosRankSum=0.741;SC=TGTTCTTATGCTTATAAATCA;SOR=0.835;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=164;TCF=117;TCR=47;TR=59;WE=87178634;WS=87178616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,61:0.36:168
chr7	87179143	rs2235033	A	G	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=51;PP=2127;ReadPosRankSum=-0.996;SC=ACCTCTAGAAAGGCAAAGGGC;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=405;TCF=255;TCR=150;TR=144;WE=87179151;WS=87179133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,148:0.35:421
chr7	87179601	rs1128503	A	G	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.900;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=60;PP=1356;ReadPosRankSum=0.039;SC=TCAGGTTCAGACCCTTCAAGA;SOR=1.027;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=239;TCF=80;TCR=159;TR=86;WE=87179609;WS=87179591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,87:0.35:248
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chr7	87192731	rs11975994	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=348;ReadPosRankSum=0.426;SC=AATATCCTCAGCAAAATCCTG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=33;WE=87192739;WS=87192721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,34:0.29:118
chr7	87199564	rs2235015	C	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=578;ReadPosRankSum=0.093;SC=AACAAACATACCATTTATGTC;SOR=1.081;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=178;TCF=79;TCR=99;TR=52;WE=87199572;WS=87199554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,56:0.29:192
chr7	87215114	rs1211152	A	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=774;SC=ACTGATACCAACCTAGTCCAA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=87215122;WS=87215104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	87229501	rs2214102	T	C	7101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=128;NR=114;PP=2965;SC=CAAGATCCATTCCGACCTGAA;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=128;TCR=114;TR=242;WE=87229509;WS=87229491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr7	87485539	.	CA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=2.506;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,11:0.16:69
chr7	87526550	rs11422356	T	TA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-2.094;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr7	87564497	rs2279542	C	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=394;ReadPosRankSum=0.170;SC=CTCGGTGGCCCGCAGGTGAGA;SOR=2.219;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=22;WE=87564505;WS=87564487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr7	87594188	rs1637500	T	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=0.537;SC=GGCAGATTTATGTCATACTGA;SOR=0.357;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=13;WE=87594196;WS=87594178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr7	87737592	rs34957515	A	G	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=888;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TCAAAAAGTTATTTTTACTGT;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=186;TCF=66;TCR=120;TR=65;WE=87737600;WS=87737582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,70:0.36:197
chr7	87744034	rs138682284	T	TA	1456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.223;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.110;NF=0;NR=32;PP=1916;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CTCCTTTTTTTATCTCTACTT;SOR=1.139;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=108;TCF=3;TCR=105;TR=32;WE=87744045;WS=87744024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,43:0.31:137
chr7	87744037	rs34182051	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=1907;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CTTTTTTTATCTCTACTTTAT;SOR=0.984;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=119;TCF=25;TCR=94;TR=34;WE=87744045;WS=87744024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,41:0.31:131
chr7	87745903	rs2301998	A	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=399;ReadPosRankSum=0.767;SC=AATACAGGAGAGAATAGGAGG;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=87;TCR=42;TR=36;WE=87745911;WS=87745893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,39:0.30:132
chr7	87754915	rs17255978	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=729;ReadPosRankSum=-1.376;SC=ATTTCAGCAAGTAAACATTAC;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=49;WE=87754923;WS=87754905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,52:0.38:137
chr7	87774924	rs2888581	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=0.571;SC=AGTATCTAACATATATTAAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=87774932;WS=87774914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	87825689	rs78031419	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=831;ReadPosRankSum=0.636;SC=AATCACATATATATGGATGGA;SOR=1.508;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=41;WE=87825697;WS=87825679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr7	87840158	rs139265565	G	GA	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=404;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TAGAATTTTAGAAAAAATTAT;SOR=0.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=15;WE=87840166;WS=87840148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr7	87846385	.	A	C	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=55;PP=1429;ReadPosRankSum=1.094;SC=GTAACAGCTAAGATAGGAAAC;SOR=0.679;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=114;WE=87846393;WS=87846375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,117:0.66:177
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chr7	87912580	rs41278773	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=574;ReadPosRankSum=0.660;SC=AAATGATGACGTAAAACAGTG;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=28;WE=87912588;WS=87912570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
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chr7	88847453	rs4140974	G	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=568;ReadPosRankSum=1.053;SC=CAACATTTATGTATTTTTTCT;SOR=0.521;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=29;WE=88847461;WS=88847440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr7	89783895	rs7799132	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.508;NF=19;NR=21;PP=499;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCGTTTGCTCCTCGAGTCCGC;SOR=0.397;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=40;WE=89783903;WS=89783885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr7	89792250	rs39286	A	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=467;ReadPosRankSum=1.568;SC=AATTTTAAAAATATCTCAGAT;SOR=0.502;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=70;TCR=12;TR=30;WE=89792258;WS=89792240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr7	89797144	rs259136	G	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-2.950;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chr7	89856413	rs17865520	A	G	6853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.998;SC=TACCCCTACGACTCTTTACTC;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=508;TCF=236;TCR=272;TR=290;WE=89856421;WS=89856403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,300:0.57:522
chr7	89861890	rs194525	G	T	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1177;ReadPosRankSum=1.031;SC=AAGAAGGTATGGGAGGAACAA;SOR=0.837;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=163;TCF=81;TCR=82;TR=82;WE=89861898;WS=89861880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,87:0.51:172
chr7	89861942	rs194526	C	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=766;ReadPosRankSum=-0.986;SC=AATGTGATGACAAATGGTGTT;SOR=0.744;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=57;WE=89861950;WS=89861932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr7	89867369	rs2013992	C	G	4839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=1.264;SC=TGCAGCCATGCCTACATCCTC;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=175;TCR=136;TR=202;WE=89867377;WS=89867359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,214:0.64:333
chr7	89884667	rs11563919	A	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=383;ReadPosRankSum=-1.909;SC=TATCATATAAATTAGTGTGTT;SOR=0.286;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=19;WE=89884675;WS=89884657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr7	89884701	rs11563436	G	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=919;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TGATATAGAAGATGATCTAGA;SOR=1.020;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=53;WE=89884709;WS=89884691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr7	89901039	rs10280053	A	C	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=938;ReadPosRankSum=0.720;SC=ACTTTTGTTTATGTCTAAAAA;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=59;WE=89901047;WS=89901029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,61:0.65:94
chr7	89906683	rs13245039	A	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=340;ReadPosRankSum=0.251;SC=ATCAATAAAAATTGTCTTACT;SOR=1.453;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=21;WE=89906691;WS=89906673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr7	89927191	rs6465256	T	A	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1238;ReadPosRankSum=-0.749;SC=AATATGTCTATTAAAGGCCGT;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=85;WE=89927199;WS=89927181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,91:0.75:122
chr7	89933957	.	G	GTAGA,GTAGATAGA	643.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.23;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,9:0.44,0.56:16
chr7	89938588	rs7803620	C	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=950;ReadPosRankSum=0.615;SC=AAGCAAAAAGCCTTCAAGAAA;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=61;WE=89938596;WS=89938578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr7	89969831	rs42637	A	G	3895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=79;PP=2314;ReadPosRankSum=0.495;SC=GGTGGATTGCATATGAGGGTG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=284;TCF=153;TCR=131;TR=176;WE=89969839;WS=89969821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,184:0.62:296
chr7	89976051	rs11563905	C	T	6310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.027;SC=TGGCCTGTTGCAGCCATGGTG;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=398;TCF=260;TCR=138;TR=257;WE=89976061;WS=89976041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,272:0.66:414
chr7	89983808	rs42663	T	G	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.681;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,94:0.73:129
chr7	90001496	rs35001814	G	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr7	90014111	rs9886362	G	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=705;SC=AAATGCTGGTGTTGGTTCCCT;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=26;WE=90014119;WS=90014101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	90014408	rs17863999	G	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=51;PP=987;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CTGATACAATGTCTTCTACTG;SOR=0.853;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=286;TCF=117;TCR=169;TR=84;WE=90014416;WS=90014398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,88:0.29:305
chr7	90225928	rs7782773	T	C	5832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.486;SC=TTGTCGGGGCTCCGCGTCGCC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=198;TCR=164;TR=251;WE=90225936;WS=90225918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,259:0.69:375
chr7	90233431	rs17867713	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=508;ReadPosRankSum=1.320;SC=ACTTTCTGAAATGAAAACACC;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=24;WE=90233439;WS=90233421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
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chr7	90894459	rs139480179	A	ACCG	1991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.867;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=1769;ReadPosRankSum=-0.981;SC=CGGGGCAGCAACCGCCGCCGC;SOR=1.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=35;WE=90894467;WS=90894449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr7	91503228	rs10266424	C	T	11553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=213;NR=179;PP=2965;SC=TTGATGTTTGCGTAGCTTCTT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=393;TCF=214;TCR=179;TR=392;WE=91503236;WS=91503218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr7	91570290	rs4727267	G	C	15151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=350;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=1.015;SC=GCGGGGGAGCGCCGGACCGAA;SOR=0.555;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=552;TCF=351;TCR=201;TR=550;WE=91570298;WS=91570280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,559:1.00:560
chr7	91632306	rs1989779	C	T	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=1.430;SC=GAGTTGTGACCATGACAAGCA;SOR=0.299;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=165;WE=91632314;WS=91632296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr7	91714911	rs1063242	C	T	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=94;PP=2965;SC=GGTTTCAGAACCTTGGCTAGA;SOR=1.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=46;TCR=94;TR=140;WE=91714919;WS=91714901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	91761305	rs66673218	CA	C	1062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=33;PP=686;SC=AAAAAGTTACCAAAAAAAAAG;SOR=2.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=35;WE=91761313;WS=91761295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	91763725	.	C	A	8041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=211;PP=2962;ReadPosRankSum=0.671;SC=CCGCTCCTCCCAATCGACGGA;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=534;TCF=219;TCR=315;TR=361;WE=91763733;WS=91763712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,360:0.67:536
chr7	91991371	rs140343417	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.517;NF=11;NR=2;PP=186;ReadPosRankSum=0.162;SC=GTGATCCACCCGCCTTGGCCT;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=13;WE=91991379;WS=91991361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr7	92027187	rs38793	A	G	9282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=194;PP=2965;SC=GCCTTTCTGAACAGCCTCATT;SOR=1.322;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=315;TCF=121;TCR=194;TR=315;WE=92027195;WS=92027177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr7	92028039	rs38794	C	A	8257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=138;PP=2965;SC=GGATGTGGAACTGGTGCTGCC;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=137;TCR=138;TR=274;WE=92028047;WS=92028029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr7	92129161	.	CAA	C,CA	2070.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.503;QD=20.71;ReadPosRankSum=0.536;SOR=1.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,17,80:0.17,0.80:100
chr7	92131289	rs10278857	G	T	13314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=236;NR=236;PP=2965;SC=CCACAAACCCGCCAGTTTCTT;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=472;TCF=236;TCR=236;TR=472;WE=92131297;WS=92131279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr7	92135802	rs6465359	T	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=33;PP=897;SC=ATACTTCCCATCTCATTTTAT;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=92135810;WS=92135792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	92147584	rs38809	C	T	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=51;PP=1501;SC=AACCAACAGACGAAAAGATCA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=92147592;WS=92147574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	92733975	rs78564070	G	A	6842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.337;SC=AGTAGAAATCGTCTCATTTGG;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=404;TCF=180;TCR=224;TR=273;WE=92733988;WS=92733965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,288:0.69:420
chr7	92734051	rs117649834	C	T	5205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.687;SC=TCTTTGTAAGCTTTGACCACT;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=134;TCR=162;TR=205;WE=92734059;WS=92734041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,218:0.69:315
chr7	92734451	rs6965201	A	G	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=38;PP=1516;ReadPosRankSum=-1.486;SC=TAATCTGGAAATAATCATATT;SOR=0.616;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=84;WE=92734459;WS=92734441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,85:0.64:133
chr7	92760502	rs4268	G	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=768;ReadPosRankSum=0.643;SC=ATAAATAAACGTATTTGAACT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=43;WE=92760510;WS=92760492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr7	92762290	.	C	G	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.475;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=37;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CTTTCCAGTTCTTTTAGACAG;SOR=0.926;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=290;TCF=169;TCR=121;TR=93;WE=92762298;WS=92762280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,93:0.31:297
chr7	92764489	rs10488532	C	T	7596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.504;SC=TTGATCATTACATTGAAGTGG;SOR=0.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=497;TCF=243;TCR=254;TR=317;WE=92764497;WS=92764465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,329:0.64:518
chr7	92875395	.	CT	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.691;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
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chr7	92926605	rs17710854	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5216;FS=2.178;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=352;ReadPosRankSum=-0.186;SC=AATGAGAATACTTTTGTCTAA;SOR=1.552;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=20;WE=92926613;WS=92926595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
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chr7	93091488	rs3802051	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
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chr7	93116138	rs9691220	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=507;ReadPosRankSum=1.793;SC=GGCTTCTGGAGACCAATGCCT;SOR=0.500;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=157;TCF=96;TCR=61;TR=48;WE=93116146;WS=93116128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,51:0.30:169
chr7	93116299	rs2301680	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=237;ReadPosRankSum=2.879;SC=CTCATTTTTGATTTTTGAAGA;SOR=0.536;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=20;WE=93116307;WS=93116289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr7	93116391	.	A	AT	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=49;QD=25.0;SC=TTTCATTTTCATTTTTTCTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=93116399;WS=93116381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr7	93346095	rs2027984	C	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=ATCTATCTATCTATATATGCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=93346103;WS=93346085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	93516460	rs73227485	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=648;ReadPosRankSum=-1.733;SC=TTATGTAGAAGTAGTCTAGAA;SOR=0.593;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=28;WE=93516468;WS=93516450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr7	93623458	rs2286845	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=0.419;SC=TTTGAACACTAGGAATGTTTT;SOR=0.023;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=93623466;WS=93623448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr7	94028427	rs4729131	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=827;ReadPosRankSum=-1.608;SC=AAAGGGCTTCGTCCCGTATTT;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=163;TCF=66;TCR=97;TR=66;WE=94028435;WS=94028417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,70:0.40:173
chr7	94035725	rs193922172	AT	A	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=12.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr7	94037034	rs42517	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr7	94038934	rs42518	C	T	10483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=199;PP=2965;SC=AGTATACCTGCGTAGCTAAAA;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=169;TCR=199;TR=368;WE=94038942;WS=94038924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr7	94039032	rs42519	C	T	8202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=148;PP=2965;SC=TTTTCCTTCACAGGGCCTTCC;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=143;TCR=148;TR=291;WE=94039040;WS=94039022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr7	94039187	rs2521206	A	G	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=46;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CTCTGCCATCATTTCATCACT;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=63;WE=94039195;WS=94039177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr7	94039900	rs42520	C	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=162;SC=TACCCCTTCACTGGGAATTGG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=94039908;WS=94039890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	94040133	rs389328	T	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=9;PP=770;SC=TGCTATTTTTTACAAACTCTA;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=94040141;WS=94040123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	94041937	rs412777	A	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.310;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=650;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CAATTGGCCCAGCTGGAGCAA;SOR=1.036;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=147;TCF=79;TCR=68;TR=50;WE=94041945;WS=94041927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,51:0.32:158
chr7	94043239	rs42524	C	G	7619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=125;PP=2965;SC=ACAGGGTCCCCCTGGTCCTCC;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=141;TCR=125;TR=265;WE=94043247;WS=94043229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr7	94043274	rs421587	A	G	4807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=0.747;SC=GTCAACTCAAACATATACAAT;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=256;TCF=134;TCR=122;TR=183;WE=94043282;WS=94043264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,200:0.72:277
chr7	94045576	rs42526	G	A	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=111;SC=CTAGTGGAGAGATTAGGAACA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=94045584;WS=94045566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	94047677	rs42527	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GGTAAGGAATCGAGACATTGC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=8;WE=94047685;WS=94047667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr7	94047903	rs3216182	AT	A	1694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.360;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=53;PP=822;ReadPosRankSum=1.183;SC=TCGTACTTGGATTTTTTTTTT;SOR=1.695;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=55;WE=94047911;WS=94047893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,78:0.83:94
chr7	94051084	rs143308704	CCTACCTCCTACTCCTTGGTCTATTCCTGGTCACATGTA	C	7772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=9;PP=2973;SC=TATGAAGCTGCCTACCTCCTA;SOR=2.971;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=32;WE=94051140;WS=94051074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	94052495	rs42530	A	G	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=32;PP=1009;SC=CCCCTACACAAATCTTCAAGT;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=94052503;WS=94052485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	94056006	rs400218	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=793;SC=GCTATTTCATACCAACATGAA;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=94056014;WS=94055996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	94056244	rs413826	C	G	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=7;PP=859;SC=GTTTCCCATTCAATTTGGAAA;SOR=1.666;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=41;WE=94056261;WS=94056234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	94056251	rs199900944	GAA	G	1731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;QD=37.65;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr7	94146975	rs2301646	T	G	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1341;ReadPosRankSum=-0.830;SC=TCAGGTAACATTTCTTCATTT;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=82;WE=94146983;WS=94146965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,88:0.60:147
chr7	94157585	rs57770781	CT	C	424.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.892;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
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chr7	94175073	rs3793325	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=145;ReadPosRankSum=2.034;SC=GAAATTTCTTTGTAGTTGCTA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=11;WE=94175081;WS=94175063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr7	94176627	rs6958243	G	C	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=1.068;SC=CTGAAGCTGAGTACTCAGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=94176635;WS=94176617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	94178749	rs10272136	T	C	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=805;ReadPosRankSum=1.226;SC=GACTCTTATATAATCCAAACT;SOR=0.852;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=18;WE=94178769;WS=94178739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr7	94178761	rs7801436	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=805;ReadPosRankSum=1.213;SC=ATCCAAACTTCAGAAAACTAT;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=22;WE=94178769;WS=94178739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr7	94182373	rs6465417	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=376;ReadPosRankSum=1.504;SC=GCGTTGTACAACTTATGCAAT;SOR=1.129;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=22;WE=94182381;WS=94182363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr7	94183993	rs10280843	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=469;ReadPosRankSum=2.231;SC=TATGAAAATCGGACGTACTTT;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=24;WE=94184001;WS=94183983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr7	94184691	rs10238176	T	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=285;ReadPosRankSum=-0.327;SC=AATAAAATGGTTTTAGGAAAG;SOR=0.465;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=17;WE=94184699;WS=94184681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr7	94227509	rs10232398	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=11.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr7	94247971	rs6465421	C	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=261;ReadPosRankSum=0.117;SC=CTTATTAAAACGAAAAATGCA;SOR=0.434;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=16;WE=94247979;WS=94247961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr7	94257449	rs138881114	T	TAC	644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.225;NF=9;NR=6;PP=392;ReadPosRankSum=0.717;SC=CAAATTACAATACACACACAC;SOR=0.408;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=15;WE=94257458;WS=94257439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr7	94540527	rs61737465	G	A	3054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=73;PP=2168;ReadPosRankSum=0.698;SC=TGCAGGTGGTGATTTCACCTC;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=393;TCF=201;TCR=192;TR=151;WE=94540535;WS=94540517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,153:0.38:401
chr7	94879225	rs12690919	A	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=501;ReadPosRankSum=1.365;SC=TCTCAAGTGGATTCAGTGATT;SOR=1.270;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=25;WE=94879233;WS=94879215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr7	94897801	rs854522	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=251;ReadPosRankSum=0.653;SC=TCAGTGTCTGTGGTCTCTTCA;SOR=0.899;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=16;WE=94897809;WS=94897791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr7	94898811	rs854524	G	A	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=119;PP=2965;SC=AAAATATTACGAGAAAAAGGT;SOR=1.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=79;TCR=119;TR=198;WE=94898819;WS=94898801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	94944923	rs854556	C	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=72;PP=1909;SC=GCCAGATGGCCACATAGGAAG;SOR=2.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=21;TCR=72;TR=93;WE=94944931;WS=94944913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	94946084	rs854560	A	T	15116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=257;NR=283;PP=2965;SC=AGTATCTCCAAGTCTTCAGAG;SOR=0.845;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=540;TCF=257;TCR=283;TR=540;WE=94946092;WS=94946074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr7	94953895	rs705379	G	A	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.07;SOR=2.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	94953913	rs705380	G	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=583;SC=CCGCCGGGTCGGCAGCTAGCT;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=94953921;WS=94953885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	94991632	rs17884000	T	C	5921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.599;SC=AAATTTGTTCTTGCAGCTTTG;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=395;TCF=230;TCR=165;TR=245;WE=94991640;WS=94991622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,261:0.62:420
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chr7	94996913	rs3757708	T	G	139.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TCTTGCATTTTACCCTCACAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=94996921;WS=94996903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
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chr7	95727014	rs7794344	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=0.034;SC=ATTGCTGTGATATTTTGGGTG;SOR=0.098;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=7;WE=95727022;WS=95727004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr7	95739431	rs67751149	T	C	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=68;PP=1366;ReadPosRankSum=0.468;SC=TACTGAGAGATGAGTACCAAA;SOR=0.707;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=381;TCF=197;TCR=184;TR=138;WE=95739439;WS=95739421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,145:0.36:399
chr7	95800820	rs2301629	T	C	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=895;ReadPosRankSum=-1.009;SC=CAACTCCCAATAACTGTGGCA;SOR=0.511;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=169;TCF=62;TCR=107;TR=63;WE=95800828;WS=95800810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,67:0.37:180
chr7	95813831	rs6962870	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=557;ReadPosRankSum=0.751;SC=AAGGACAAGACTGAGAAAAGA;SOR=0.210;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=66;TCF=3;TCR=63;TR=29;WE=95813839;WS=95813821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr7	95818444	rs2073976	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=0.021;SC=CATTTCTAAGCAATTTCTCTT;SOR=0.656;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=14;WE=95818452;WS=95818434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr7	95818475	rs6957286	G	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=17;PP=941;SC=AAAATTTATCGAGAGTTTTGG;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=95818483;WS=95818465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	95864108	rs6957975	T	C	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=27;PP=1659;ReadPosRankSum=-0.576;SC=GAAGCATGCTTCTTACCAAAA;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=107;TCR=46;TR=91;WE=95864116;WS=95864098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,89:0.57:155
chr7	95926165	rs77834136	G	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=282;ReadPosRankSum=1.153;SC=AAAAGTTATAGAACACAAATC;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=17;WE=95926173;WS=95926155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr7	96116813	rs10250692	T	C	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=25;PP=1643;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GGTGAGTGGCTGACTCGCCTC;SOR=0.704;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=107;TCR=35;TR=100;WE=96116821;WS=96116803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,105:0.70:149
chr7	96279746	rs6465531	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-2.459;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,23:0.22:105
chr7	96279996	rs56144616	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr7	96280005	rs75928395	C	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr7	96338910	rs62470387	C	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=14.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=1.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,87:0.24:356
chr7	96338929	rs10250534	A	G	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=46;PP=1647;ReadPosRankSum=-1.714;SC=GGGCCCGAGCACCCAAGCTAC;SOR=1.033;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=488;TCF=314;TCR=174;TR=145;WE=96338937;WS=96338919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,148:0.30:501
chr7	96635420	.	A	AGCC	870.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,29:0.30:96
chr7	97361784	rs2072100	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=1;PP=602;ReadPosRankSum=1.352;SC=GGTGAGACTTCAGTCCTTATG;SOR=0.484;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=63;TCR=2;TR=29;WE=97361792;WS=97361774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr7	97369341	rs62499562	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=0.614;SC=ACAATTGTTTGGGGTTGAAAA;SOR=1.371;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=14;WE=97369349;WS=97369331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
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chr7	97487796	.	T	C	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=773;ReadPosRankSum=2.067;SC=ATATTCCTGATAAACACCAAG;SOR=0.847;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=151;TCF=51;TCR=100;TR=53;WE=97487804;WS=97487786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,59:0.37:159
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chr7	97599296	rs7784048	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.735;NF=0;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=0.518;SC=ATAAAGCAAACAGGAAGAACT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=14;WE=97599304;WS=97599286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr7	97784061	rs17435590	T	C	12810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=247;NR=221;PP=2965;SC=AACTGTTCTTTGATTTTAGGT;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=470;TCF=247;TCR=223;TR=468;WE=97784069;WS=97784051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr7	97816327	rs6465657	C	T	8396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=180;PP=2965;SC=ATTGGCTTACCGTTTTATTAG;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=118;TCR=180;TR=298;WE=97816335;WS=97816317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr7	97819893	rs117299368	A	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=354;ReadPosRankSum=0.869;SC=CTCTGTCTTAAAACAACAACA;SOR=2.021;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=63;TCR=4;TR=21;WE=97819901;WS=97819885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr7	97820868	rs11451148	C	CA	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.059;QD=6.12;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr7	97822115	rs11765552	T	A	18117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=354;NR=302;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.107;SC=TAAGCCAGGCTTGTCTTTGTT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=658;TCF=355;TCR=303;TR=656;WE=97822123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,671:1.00:673
chr7	97822210	rs3801294	G	A	17636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=299;NR=306;PP=2965;SC=AGTCTTCCCCGGAAGTGCAGG;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=605;TCF=299;TCR=306;TR=605;WE=97822218;WS=97822200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,625:1.00:625
chr7	97846856	rs11471393	CGAG	C	5633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=63;PP=2978;SC=CTCGGGGACTCGAGGATCCTG;SOR=1.234;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=76;WE=97846866;WS=97846846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	97851109	rs4729416	T	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=36;PP=924;SC=TTCTCCTCCTTGCATGGGCCA;SOR=1.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=97851117;WS=97851099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	97852899	rs2270595	A	G	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=25;PP=2417;SC=CCCGGGGTGCAGGGAACCAGA;SOR=2.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=100;TCR=25;TR=122;WE=97852907;WS=97852889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	97862097	rs139511001	GA	G	488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.754;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,43:0.41:106
chr7	97866327	rs180852874	A	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.167;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=50;PP=1147;ReadPosRankSum=-1.362;SC=AGGGTCCTCCATGTGCAGGTG;SOR=0.111;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=104;TCF=18;TCR=86;TR=65;WE=97866335;WS=97866317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr7	97874143	rs3816944	C	A	6956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=101;PP=2965;SC=CAGGGACAGGCGGGAGGCACC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=135;TCR=101;TR=235;WE=97874151;WS=97874133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	97911618	rs111849767	G	A	7757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=201;NR=79;PP=2965;SC=GTGGCGGTCCGATTTCTCCTC;SOR=1.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=201;TCR=80;TR=280;WE=97911626;WS=97911608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr7	97920270	rs7778015	T	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=4;PP=413;SC=TGTAGCTGGGTGGTGGGGTGG;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=97920278;WS=97920260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	97921834	rs6465664	A	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=623;SC=TTGGCAGCCAAAGATGATTTC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=97921842;WS=97921824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	97922773	rs12873	T	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=590;SC=GCAGACAGGATGCGCCCATCA;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=97922781;WS=97922763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	97922825	rs146202849	C	T	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.712;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1199;ReadPosRankSum=0.393;SC=GAGTCCTTGGCTGTCCTCTCA;SOR=0.341;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=72;WE=97922833;WS=97922815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,77:0.75:102
chr7	97922851	rs12728	C	T	4360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=49;PP=2811;SC=TGATGGGTGCCGAGCGATCAT;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=97;TCR=49;TR=146;WE=97922859;WS=97922841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	97922875	rs13008	G	A	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=74;PP=2965;SC=TCACAGTCGGGCGGAGTTTCA;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=112;TCR=74;TR=185;WE=97922883;WS=97922865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr7	97933601	rs1045916	C	T	8348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=176;NR=125;PP=2965;SC=CCCCCATGGACAAGCATTCCA;SOR=1.005;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=176;TCR=125;TR=301;WE=97933609;WS=97933580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr7	97935671	rs13232181	C	G	7341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=69;PP=2965;SC=GCCTGCGACACAGCTAGATGG;SOR=1.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=236;TCF=167;TCR=69;TR=235;WE=97935679;WS=97935661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
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chr7	97939975	.	G	GT	231	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=16;MQ=59.83;NF=0;NR=9;PP=231;QD=26.3333333333;SC=TCCCAAGGCTGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=9;WE=97939983;WS=97939965;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
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chr7	97944935	rs11385558	A	AT	2853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.17;QD=46.03;SOR=1.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	97944937	rs372695844	A	ATAAT	2694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.87;QD=49.00;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	97944986	rs6963210	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=337;SC=ATCAGATAGCGTGCAGCCTGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=97944994;WS=97944976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	97991792	rs3801257	A	G	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=71;PP=2256;ReadPosRankSum=-0.746;SC=AAAATAAACCAAGTCATCTTC;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=119;WE=97991800;WS=97991782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr7	98460824	rs10238224	C	A	8037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.431;SC=CGTGGCCGACCACACGGATGG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=533;TCF=293;TCR=240;TR=347;WE=98460832;WS=98460814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,357:0.65:546
chr7	98461062	rs1548622	G	A	3185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=78;PP=2122;ReadPosRankSum=0.325;SC=TCAGAATGGTGTGTGGCAAGG;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=78;TCR=111;TR=133;WE=98461070;WS=98461052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,137:0.69:198
chr7	98479194	.	C	CA	34	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.9999;HP=16;HapScore=2;MGOF=52;MMLQ=17;MQ=54.16;NF=2;NR=1;PP=34;QD=12.3333333333;SC=GACTCCCTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=98479202;WS=98479184;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr7	98500956	rs7777927	C	T	3045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=37;PP=1989;ReadPosRankSum=-0.095;SC=TTTTTCTTAACACTCTCCTAT;SOR=0.585;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=198;TCF=143;TCR=55;TR=129;WE=98500977;WS=98500946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,133:0.63:210
chr7	98503707	rs3214239	TG	T	1548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.998;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.14;MQRankSum=0.809;NF=41;NR=5;PP=1606;ReadPosRankSum=0.253;SC=CATATCAGACTGGCGGGCTGG;SOR=1.688;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=72;TCF=62;TCR=10;TR=46;WE=98503715;WS=98503697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr7	98504025	rs139837317	TTTTATTTATTTA	T,TTTTATTTATTTATTTA	418.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=9,9;PP=387,1815;ReadPosRankSum=0.785;SC=TTTGTTTTTGTTTTATTTATT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=9,9;WE=98504044;WS=98504015;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.73:15
chr7	98513300	rs1859662	C	T	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=9;PP=1083;ReadPosRankSum=1.250;SC=GGGTATAGACCCTCCTCATTT;SOR=0.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=70;TCR=13;TR=56;WE=98513308;WS=98513290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,62:0.70:89
chr7	98522627	.	CA	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chr7	98533123	.	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=4.232;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=452;ReadPosRankSum=0.429;SC=TGTGGAAGATTGCTGTGTTCT;SOR=0.906;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=100;TCF=80;TCR=20;TR=28;WE=98533131;WS=98533113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr7	98534906	rs139606125	T	TGTGTGTGCGTGC	3818.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.589;NF=5;NR=46;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GAAAGGTGAGTGTGTGTGCGT;SOR=1.331;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=13;TCR=130;TR=51;WE=98534914;WS=98534894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,101:0.62:162
chr7	98550654	rs66469618	TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	T	3739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.561;NF=17;NR=5;PP=2997;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TCATGTTACATTGTGTGTGTG;SOR=2.906;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=22;WE=98550695;WS=98550644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,104:0.89:117
chr7	98553739	rs3214240	T	TC	1010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=1063;ReadPosRankSum=1.181;SC=GCTCCCATGTTCCGGCGTGAT;SOR=0.956;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=29;WE=98553747;WS=98553729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr7	98556962	rs41633	C	T	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=-0.673;NF=91;NR=80;PP=1901;ReadPosRankSum=0.252;SC=CGGATGAATTCCTAGGTTAAT;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=545;TCF=280;TCR=265;TR=171;WE=98556970;WS=98556952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,175:0.31:557
chr7	98558880	rs160384	G	C	5098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=1.696;SC=GTTGTCCATTGCAGGAGCAGC;SOR=1.020;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=339;TCF=218;TCR=121;TR=212;WE=98558888;WS=98558870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,220:0.62:354
chr7	98568017	rs41644	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=71;ReadPosRankSum=0.590;SC=GCCCCACGGGCAGAATCCCAG;SOR=1.286;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=9;WE=98568025;WS=98568007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr7	98574830	rs219842	C	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TGTCGCCCAGCCTGGAGTGCA;SOR=0.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=13;WE=98574838;WS=98574820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr7	98581195	rs6968258	G	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=-0.105;SC=TTTCCCCCAGGTTTTCTATTT;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=17;WE=98581203;WS=98581185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr7	98587990	rs7808857	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=0.050;SC=AAGCCGCTCTATACAGTGTTG;SOR=0.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=4;WE=98587998;WS=98587980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
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chr7	98602990	rs219838	G	C	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=101;PP=2081;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GAGAGCCACAGCTCGCTGGGT;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=512;TCF=181;TCR=331;TR=156;WE=98602998;WS=98602980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,162:0.31:528
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chr7	98647139	rs219826	C	T	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=13;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.997;SC=AGAAAGCATTCGATTACCAAT;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=101;TCF=81;TCR=20;TR=71;WE=98647147;WS=98647129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,74:0.70:105
chr7	98648517	rs57957340	TG	T	3114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr7	98650099	rs219798	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=42;PP=733;ReadPosRankSum=-1.618;SC=GCAGGCATGGTGTCACCATGG;SOR=1.027;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=7;TCR=67;TR=46;WE=98650107;WS=98650089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr7	98659812	rs67817120	GGT	G	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-1.606;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	98659813	.	GTGA	G	170	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=59.56;NF=1;NR=2;PP=170;QD=73.8432248674;SC=GAACTCCTGGGTGATTCAAGC;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=3;WE=98659825;WS=98659803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,3:0.21:14
chr7	98659816	rs11295323	AT	A	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-1.741;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.265;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr7	98779740	rs6465740	G	T	7844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=162;PP=2965;SC=AACCTAAATAGAGGACACCAA;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=124;TCR=162;TR=286;WE=98779748;WS=98779730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr7	98782750	rs10953283	C	T	11304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=210;PP=2965;SC=CATCTGTGCCCGTGACAATGT;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=399;TCF=189;TCR=210;TR=399;WE=98782758;WS=98782740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr7	98785818	rs12673020	A	G	175.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-1.221;QD=19.54;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	98790607	rs369709836	TA	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.931;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.251;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
chr7	98870997	rs28608208	A	G	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.215;SC=CAGAACGTGCACAAGTTCCTG;SOR=0.553;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=374;TCF=162;TCR=212;TR=112;WE=98871005;WS=98870987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,115:0.30:380
chr7	98877267	rs11769461	C	A	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=62;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CACTGAGTGCCGCCAAGCGCA;SOR=0.731;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=286;TCF=91;TCR=195;TR=89;WE=98877275;WS=98877257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,94:0.31:301
chr7	98878654	rs55790900	A	G	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.339;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=2222;ReadPosRankSum=0.270;SC=GCTTGGCACAATGTGCTTTCC;SOR=1.091;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=220;TCF=74;TCR=146;TR=72;WE=98878674;WS=98878644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,75:0.34:223
chr7	98878666	rs113082974	T	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=2222;ReadPosRankSum=0.356;SC=GTGCTTTCCATTGGAGACTGG;SOR=1.104;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=173;TCF=53;TCR=120;TR=57;WE=98878674;WS=98878644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,60:0.34:179
chr7	98881199	rs17161650	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=478;ReadPosRankSum=0.575;SC=AAACCCTGGACGACCTACAGG;SOR=0.721;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=161;TCF=108;TCR=53;TR=51;WE=98881207;WS=98881189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,58:0.32:179
chr7	98885645	rs61747205	C	T	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=679;ReadPosRankSum=0.829;SC=GCCGAGCTGACGGAGCATGTG;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=62;WE=98885653;WS=98885635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,70:0.36:195
chr7	98895250	rs733991	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=0.588;SC=CCTGGAATGCCGAGTCTTATT;SOR=0.091;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=18;WE=98895258;WS=98895240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr7	99017602	rs146460719	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=659;ReadPosRankSum=1.296;SC=ACCTGCCCCCAAGGGCACATC;SOR=0.714;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=144;TCF=111;TCR=33;TR=54;WE=99017610;WS=99017592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,56:0.37:153
chr7	99129744	rs150395462	G	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1652;ReadPosRankSum=0.427;SC=CCATACTGGTGAGAAACCTTT;SOR=0.650;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=75;WE=99129752;WS=99129734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,78:0.68:114
chr7	99158340	rs185524288	C	G	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=56;PP=1262;ReadPosRankSum=1.151;SC=AAAGCACTTCCGTCTGGGAGA;SOR=0.515;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=268;TCF=115;TCR=153;TR=100;WE=99158348;WS=99158330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,102:0.37:275
chr7	99235895	rs118077012	G	A	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.769;NF=51;NR=75;PP=1662;ReadPosRankSum=0.363;SC=AACCATGTGAGCCCCTCACAG;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=323;TCF=137;TCR=186;TR=126;WE=99235903;WS=99235885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,131:0.39:335
chr7	99293475	rs2740565	T	A	11850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.97;NF=240;NR=185;PP=2965;SC=ACAAACTGAATCAGAAATCAG;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=426;TCF=240;TCR=186;TR=425;WE=99293483;WS=99293465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr7	99293859	rs11401860	C	CT	711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
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chr7	99297804	rs2177180	C	T	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=783;SC=GAGAAGGAGGCGGGGCTGCAG;SOR=4.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=99297812;WS=99297794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	99302994	rs10211	C	T	6289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=69;PP=2965;SC=ACAGAATCCCCGATTATTTAT;SOR=1.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=146;TCR=69;TR=215;WE=99303002;WS=99302984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr7	99303094	rs12360	G	A	9609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=191;PP=2965;SC=CAGCTTTCTTGAAGAGCAAAC;SOR=0.904;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=357;TCF=166;TCR=191;TR=357;WE=99303102;WS=99303071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr7	99306566	rs2687077	C	T	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=8;PP=2433;SC=GACAAGCAAACGATTGTACAA;SOR=4.450;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=88;TCR=8;TR=96;WE=99306574;WS=99306556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	99306685	rs2257401	C	G	15328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=284;NR=257;PP=2965;SC=CTCAGGCTCTCTCCAGTACTT;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=543;TCF=285;TCR=258;TR=541;WE=99306693;WS=99306675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr7	99314986	rs2687075	A	G	12427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=170;NR=252;PP=2965;SC=GTGACATTGTATAATGAATTT;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=424;TCF=171;TCR=253;TR=422;WE=99314994;WS=99314976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr7	99365943	rs2687116	C	A	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=47;PP=1930;SC=TTTAAGAGAGCAAGATAAATA;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=113;WE=99365951;WS=99365933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	99370493	rs2738258	T	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=72;PP=2069;SC=CAGGAGCCACTCAAGTCTTCA;SOR=7.195;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=1;TCR=73;TR=73;WE=99370501;WS=99370483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	99436198	rs800672	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=8.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=0.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr7	99459256	rs17342647	C	T	5289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CCTACGATGCCCTGGTACAGA;SOR=1.259;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=337;TCF=219;TCR=118;TR=215;WE=99459264;WS=99459246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,220:0.64:342
chr7	99473624	rs1025576	T	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=754;SC=AAGGAAGCTATCTCCCTGAAA;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=99473632;WS=99473614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	99474427	rs2572023	A	G	10070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=176;PP=2965;SC=CTTCAGGATGATTGTGGAGAC;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=169;TCR=176;TR=345;WE=99474435;WS=99474417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr7	99474729	rs2572022	T	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=53;PP=1613;SC=TGGGGTCCAGTATACCCAAGG;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=99474737;WS=99474719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	99499872	rs2527913	A	T	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=61;PP=1448;ReadPosRankSum=-1.462;SC=GGTTCTTTTTAGTTTGTTTGT;SOR=1.419;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=98;TCF=11;TCR=87;TR=67;WE=99499880;WS=99499862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,69:0.66:104
chr7	99500899	rs2247762	T	C	7340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TCTTCACCTTTACAGCTTCAA;SOR=0.745;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=507;TCF=254;TCR=253;TR=317;WE=99500919;WS=99500889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,330:0.63:524
chr7	99500911	rs2247761	A	G	6935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CAGCTTCAAGAGAATAGTTCA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=487;TCF=230;TCR=257;TR=300;WE=99500919;WS=99500889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,313:0.62:505
chr7	99501313	rs2572003	A	T	5524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=2.964;SC=TGACGGTTGCATTTGCTCATG;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=368;TCF=154;TCR=214;TR=226;WE=99501321;WS=99501303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,240:0.62:385
chr7	99507353	rs2572001	T	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr7	99514417	rs2571997	A	C	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.997;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=87;PP=2284;ReadPosRankSum=0.317;SC=AACAAAAAAAACGATCATATC;SOR=1.482;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=173;TCF=51;TCR=122;TR=116;WE=99514425;WS=99514399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,117:0.67:175
chr7	99567858	rs140897498	TTTTTTTG	T	2257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=1519;ReadPosRankSum=1.038;SC=TATTATTTCCTTTTTTTGTTT;SOR=0.909;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=34;WE=99567872;WS=99567848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,58:0.59:99
chr7	99567908	rs2527917	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=782;ReadPosRankSum=0.681;SC=CTCTTGTCACCCAGGCTGTAG;SOR=1.199;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=45;WE=99567916;WS=99567898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr7	99569394	rs17295356	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=777;ReadPosRankSum=-0.334;SC=AATACTCCACGATGTCTTTCA;SOR=0.562;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=225;TCF=147;TCR=78;TR=68;WE=99569402;WS=99569384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,68:0.29:236
chr7	99578589	rs148264780	A	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.344;NF=9;NR=30;PP=694;ReadPosRankSum=-1.436;SC=TGGCAGGAACAGGTGTCCAAG;SOR=0.871;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=39;WE=99578597;WS=99578579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
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chr7	99589843	rs66748925	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.625;SC=GCGTGGTGTCATGCACCTGTA;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=8;WE=99589851;WS=99589833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr7	99693337	rs7799115	T	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=16;PP=967;SC=GATTCACCTCTCCTCCTCCCT;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=99693345;WS=99693327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	99696370	rs1534309	C	G	5676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=115;PP=2965;SC=ACCAAAGGAACTCAGAAGGAA;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=91;TCR=117;TR=206;WE=99696378;WS=99696360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
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chr7	99699626	rs2293481	T	C	6396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=134;PP=2965;SC=AGGAGCGGGGTCCCGTCGGGC;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=104;TCR=135;TR=237;WE=99699634;WS=99699616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	99701176	rs999885	G	A	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=106;PP=2965;SC=TGAGGAAAGAGAAGAGGGGTT;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=63;TCR=106;TR=169;WE=99701184;WS=99701166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr7	99701530	.	G	A	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=24;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=19;MQ=56.18;NF=6;NR=0;PP=67;QD=16.9618687579;SC=AAAAAAAAAAGAAAAAGATCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=6;WE=99701538;WS=99701520;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,6:0.27:22
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chr7	99703407	rs35827619	GA	G	233.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=181;ReadPosRankSum=1.247;SC=CCATCTCTCTGAAAAAAAAAA;SOR=3.912;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=14;WE=99703415;WS=99703402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr7	99703958	rs2293479	T	C	9697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=192;NR=165;PP=2965;SC=GGGGAGAGAGTGAGCTCAGCA;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=192;TCR=165;TR=357;WE=99703966;WS=99703948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr7	99704827	rs1050542	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=3;PP=253;SC=ACGTGTGTACATGTCTGCATG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=99704835;WS=99704817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	99706303	rs4134923	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=755;SC=GCCCCTGTTGAAGGCCAAATT;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=99706311;WS=99706293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	99707712	rs2272338	A	G	12574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=249;NR=189;PP=2965;SC=AGAAGGGAAAAGGACAAGCAA;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=440;TCF=251;TCR=189;TR=438;WE=99707720;WS=99707702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr7	99707950	rs4134917	C	T	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=115;PP=2965;SC=GGATGATTGACAGGGACCTAA;SOR=1.854;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=50;TCR=115;TR=165;WE=99707958;WS=99707940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
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chr7	99710584	rs4134904	A	AG	5161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=87;PP=2967;SC=TGAGCATAGTAGAAAAGTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=9;TCR=90;TR=96;WE=99710592;WS=99710574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr7	99711040	rs4134903	G	A	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=56;PP=1629;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TGCAAGGAAGGCAGGTGTCAA;SOR=0.606;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=92;TCR=85;TR=117;WE=99711048;WS=99711030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,125:0.64:195
chr7	99711461	rs34119670	AC	A	9034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=16.734;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=148;PP=2988;ReadPosRankSum=-1.956;SC=ATGGCGTCTCACCCCCCCCCC;SOR=0.357;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=114;TCR=182;TR=241;WE=99711479;WS=99711450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,335:0.99:340
chr7	99720640	rs1569055	C	G	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=46;PP=1440;SC=GGGGAAGGGGCCAGAGTGAGG;SOR=1.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=99720648;WS=99720630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	99722266	rs1880949	G	T	4058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=80;PP=2581;ReadPosRankSum=-1.811;SC=TAAGCGTAAGGGTTGAACTCC;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=262;TCF=140;TCR=122;TR=176;WE=99722274;WS=99722256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,183:0.68:270
chr7	99746444	rs58185311	CG	C	2569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.854;NF=41;NR=15;PP=2218;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GGTCTGACGACGTGGCCACTG;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=56;WE=99746452;WS=99746434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,74:0.59:126
chr7	99747130	rs12878	G	A	17873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=348;NR=310;PP=2965;SC=AGACTTCTGCGCTGACCCAGG;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=660;TCF=349;TCR=311;TR=658;WE=99747138;WS=99747120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,673:1.00:673
chr7	99747378	rs7785392	G	T	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=754;SC=TGGAATCTTAGTCTCCTAACG;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=99747386;WS=99747368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	99751017	rs3736591	A	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=31;PP=1849;SC=CTCCGTCTGCATGCAGTCATC;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=106;WE=99751025;WS=99751007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	99751281	rs3736590	G	T	7304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;NR=111;PP=2965;SC=GGGACTCCCTGGTATCAGAAT;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=143;TCR=111;TR=254;WE=99751289;WS=99751271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr7	99753121	rs2272337	A	G	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=100;NR=98;PP=2965;SC=GGCTTCCAGGACCCAGGCCTC;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=198;WE=99753129;WS=99753111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr7	99757612	rs3823646	G	A	7146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=159;NR=90;PP=2965;SC=GAACTGCTTGGCATCCAGCTT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=159;TCR=90;TR=249;WE=99757620;WS=99757602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr7	99758136	rs3800951	T	G	18487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=658;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=302;NR=333;PP=2965;ReadPosRankSum=1.419;SC=AGTCCAGCCATGCCAGACCCC;SOR=0.277;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=637;TCF=303;TCR=334;TR=635;WE=99758144;WS=99758126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,654:1.00:655
chr7	99772298	rs10252037	A	C	10249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=162;PP=2965;SC=ATACTCAGGCACCCTCCAACC;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=198;TCR=162;TR=359;WE=99772306;WS=99772288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr7	99800239	rs138556948	A	T	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=37;PP=781;ReadPosRankSum=1.334;SC=ACAGAAATAAAAGAGAAGGGA;SOR=1.886;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=39;WE=99800247;WS=99800229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr7	99802812	rs2246713	G	C	14345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=237;NR=261;PP=2965;SC=TGAGGGCCCAGTAGCCCCTTC;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=501;TCF=239;TCR=262;TR=498;WE=99802820;WS=99802802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr7	99810643	rs1618851	T	G	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=44;PP=2148;SC=ACTGGTGTCTTACAAACAGCA;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=107;WE=99810651;WS=99810633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	99811204	rs1623264	G	C	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=14;PP=1555;SC=GCCTGATCCTGGTGCCCACAC;SOR=2.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=70;WE=99811212;WS=99811194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	99811313	rs1624099	G	A	13560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=271;NR=209;PP=2965;SC=CGAAGTGACAGGAGTGTGTAA;SOR=0.937;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=482;TCF=273;TCR=209;TR=480;WE=99811321;WS=99811303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr7	99811464	rs1727130	C	G	16833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=297;NR=268;PP=2965;SC=ATGTATCCTTCGGAAATGCTG;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=568;TCF=299;TCR=269;TR=565;WE=99811472;WS=99811454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr7	99816179	rs1727142	T	C	10400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.438;NF=210;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=1.711;SC=TGAGCTCTGCTGGAAGTGACT;SOR=0.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=385;TCF=211;TCR=174;TR=384;WE=99816187;WS=99816169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,401:1.00:402
chr7	99816256	rs1727143	C	A	8575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=137;PP=2965;SC=GAGAGTCTTCCGTTACTAGGT;SOR=1.268;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=93;TCR=137;TR=230;WE=99816264;WS=99816246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr7	99816272	rs1636986	A	G	6998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.24;QD=48.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	99816275	rs1636987	G	C	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.62;QD=46.12;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	99817859	rs2906645	A	G	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=58;PP=2034;SC=GGGGGGCCCCAACGGTGCTGG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=102;WE=99817867;WS=99817849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	99818137	rs2906646	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=31;PP=967;SC=CTCGGGAACTGGCCACCCATC;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=99818145;WS=99818127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	99818927	rs705867	C	T	6666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.184;NF=99;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.711;SC=CTGGGTGTCACCCCCTTACTT;SOR=0.420;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=99;TCR=131;TR=229;WE=99818935;WS=99818917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr7	99819004	rs141918023	CTCTG	C	2681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=51;PP=2716;SC=CGGATGTGGTCTCTGTGTGTG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=53;WE=99819015;WS=99818994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	99821381	rs858508	C	G	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=99;PP=2965;SC=AACCTCTCACCCTGAGACTCT;SOR=1.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=42;TCR=99;TR=141;WE=99821389;WS=99821371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	99821470	rs858509	A	G	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=53;PP=2965;SC=AGGCGGGCCCAAGTGTGCAAG;SOR=1.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=117;TCR=53;TR=169;WE=99821478;WS=99821460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	99821685	rs863450	C	T	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=78;PP=2424;SC=TCAGGTGCTCCGAGGAGGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=27;TCR=78;TR=105;WE=99821693;WS=99821675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	99821725	rs117078557	T	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.183;NF=20;NR=36;PP=982;ReadPosRankSum=-0.700;SC=AAGGCAGCCCTGTGACTGCTG;SOR=0.511;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=56;WE=99821733;WS=99821715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr7	99821838	rs372167927	ATTTTTT	A	311.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=12.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.230;QD=28.35;ReadPosRankSum=1.795;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr7	99821894	rs858510	C	T	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=9;PP=202;SC=GGCTGGAGTGCCTGGAGTGGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=99821902;WS=99821884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr7	100004446	rs1476679	C	T	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=121;PP=2965;SC=GATCCTGTTACGGACTCCTGT;SOR=1.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=55;TCR=121;TR=176;WE=100004459;WS=100004436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
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chr7	100154079	rs6651109	A	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=5.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=308;ReadPosRankSum=1.415;SC=GCCTTCTGCCATTGGACATCC;SOR=2.886;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=17;WE=100154087;WS=100154069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr7	100160094	rs73154902	A	G	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=984;ReadPosRankSum=-0.365;SC=ATCTCCTGGCAGTTCTCCCCT;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=133;TCR=66;TR=74;WE=100160102;WS=100160084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,75:0.36:209
chr7	100160119	rs73711133	T	C	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=40;PP=1721;ReadPosRankSum=0.681;SC=TCCTCTCCCTTACTCACCCTG;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=302;TCF=191;TCR=111;TR=112;WE=100160127;WS=100160109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,115:0.37:315
chr7	100160264	rs17855473	T	C	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=77;PP=1546;ReadPosRankSum=0.250;SC=TCTGTCACGATGGGCGGCGGC;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=412;TCF=180;TCR=232;TR=139;WE=100160275;WS=100160254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,138:0.33:413
chr7	100161728	rs141099140	G	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=0.535;SC=AGACCCGCCCGGGTACTTCCA;SOR=0.504;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=11;WE=100161736;WS=100161718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr7	100171788	rs73711136	C	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=414;ReadPosRankSum=-0.535;SC=ACCCTCACCACGTGCTTCTCT;SOR=0.562;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=30;WE=100171796;WS=100171778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr7	100172858	rs3197597	C	T	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.030;SC=ACCCGCTTCACGGCCTCCAGC;SOR=0.866;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=105;WE=100172866;WS=100172848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,114:0.69:166
chr7	100173481	rs2075668	A	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=816;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTCTTCCCCAGCCCCAACTG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=70;TCR=105;TR=60;WE=100173489;WS=100173471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,66:0.36:184
chr7	100174207	rs138200144	CAAAGGTACA	C	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=2226;ReadPosRankSum=0.919;SC=ATTTTCAACGCAAAGGTACAA;SOR=0.458;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=8;WE=100174223;WS=100174204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr7	100175473	rs909152	T	C	20284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=343;NR=354;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GTTCTCTGGGTCCCCGGGGCT;SOR=0.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=702;TCF=344;TCR=358;TR=697;WE=100175481;WS=100175463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,719:1.00:720
chr7	100180060	rs34440977	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=624;ReadPosRankSum=0.235;SC=CGGGCACCTCGGGAAACCGGT;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=67;TCR=108;TR=54;WE=100180068;WS=100180050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,58:0.31:188
chr7	100182468	rs73156210	G	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=41;PP=810;ReadPosRankSum=0.872;SC=GTCCCCCACCGTGCAGATGAG;SOR=0.782;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=149;TCF=37;TCR=112;TR=53;WE=100182476;WS=100182449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,54:0.34:157
chr7	100197866	rs62482222	G	A	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=68;PP=1827;ReadPosRankSum=0.098;SC=GGGAGGATGAGAGCCATGAAC;SOR=0.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=84;TCR=98;TR=126;WE=100197874;WS=100197856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,129:0.67:192
chr7	100198386	rs11768465	C	T	10413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=242;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CAGGACCGCACGGAGAAGATG;SOR=0.575;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=717;TCF=339;TCR=378;TR=466;WE=100198394;WS=100198376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,473:0.64:736
chr7	100201230	rs112882557	AC	A	830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQ=60.22;MQRankSum=0.885;NF=3;NR=43;PP=528;ReadPosRankSum=0.877;SC=CTGCGAAGGGACCCCCCCCCC;SOR=1.751;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=88;TCF=4;TCR=84;TR=46;WE=100201248;WS=100201220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr7	100202219	rs56328569	C	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=526;ReadPosRankSum=0.594;SC=CCTCCAACCCCGGGGGGCCCC;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=27;WE=100202227;WS=100202209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr7	100211486	rs7812235	G	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=266;ReadPosRankSum=0.435;SC=TCAGGTGAGGGGGAAAAGACT;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=17;WE=100211494;WS=100211476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr7	100212386	rs202084428	T	TA	792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.848;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
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chr7	100225031	rs2075674	G	A	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.996;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=60;PP=2107;ReadPosRankSum=1.161;SC=CCTGGGCCACGGCGGGCAGGC;SOR=0.424;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=217;TCF=133;TCR=84;TR=140;WE=100225039;WS=100225021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,149:0.66:226
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chr7	100280896	rs221793	A	C	8389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.068;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AGGGTTGTCCACCCAGCCAGC;SOR=0.988;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=285;TCF=179;TCR=106;TR=282;WE=100280904;WS=100280886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,295:1.00:296
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chr7	100282538	rs11974395	G	A	6002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.438;SC=AGAAAAAGAAGAAAGGCTCAG;SOR=0.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=400;TCF=207;TCR=193;TR=257;WE=100282546;WS=100282528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,265:0.64:414
chr7	100284510	rs35436931	TG	T	6073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.490;HP=7;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.293;NF=69;NR=85;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CAAGAAACGTTGGGGGGGCCA;SOR=0.587;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=181;TCF=78;TCR=103;TR=154;WE=100284518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr7	100284913	rs221796	C	G	6610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=94;PP=2965;SC=GCCCCCTCCCCGCCCCACCTG;SOR=1.338;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=166;TCR=94;TR=259;WE=100284921;WS=100284903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr7	100285888	rs2272572	C	T	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,95:0.65:147
chr7	100285974	rs221797	A	C	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=44;PP=2887;SC=ACGAAGGAGAACTTTAAAGCG;SOR=1.227;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=116;WE=100285982;WS=100285964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	100344359	rs2293769	T	C	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=66;PP=1753;ReadPosRankSum=1.028;SC=TTTACACTGATCTGGGCGCAT;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=173;TCF=70;TCR=103;TR=109;WE=100344367;WS=100344349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,113:0.61:186
chr7	100345106	rs2075671	G	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.003;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1144;ReadPosRankSum=-0.076;SC=CATCCTCCTAGGTATAGTTCA;SOR=0.489;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=96;TCF=74;TCR=22;TR=67;WE=100345114;WS=100345096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,69:0.70:99
chr7	100348940	rs2075669	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=474;ReadPosRankSum=0.516;SC=TGAGGTTCCCTGGAGTTCTCT;SOR=1.027;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=32;WE=100348948;WS=100348930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr7	100350763	rs6942733	T	G	11210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=273;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.449;SC=GCCACTGGGCTGGCAGCCTTG;SOR=0.803;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=798;TCF=360;TCR=438;TR=485;WE=100350771;WS=100350753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,506:0.61:829
chr7	100353013	rs201422303	TACA	T	2782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.432;NF=4;NR=44;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CAATTGCTTCTACAACAACGA;SOR=0.642;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=171;TCF=19;TCR=152;TR=48;WE=100353023;WS=100353003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,79:0.33:239
chr7	100353125	rs6971700	A	G	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=662;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TGAAGGCAACAGGGATCACCG;SOR=0.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=30;WE=100353133;WS=100353115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr7	100355708	.	CAAATAAAT	C,CAAATAAATAAAT	1082.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.06;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=10,10;NR=6,6;PP=687,1804;SC=GACTCCATCACAAATAAATAA;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=16,16;WE=100355727;WS=100355698;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.36:28
chr7	100359797	rs75572930	G	T	5643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.093;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GACCGAGGCTGCTTCTCTCCA;SOR=1.069;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=349;TCF=230;TCR=119;TR=238;WE=100359805;WS=100359787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,244:0.67:362
chr7	100360044	rs199997720	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr7	100361391	rs3215395	G	GC	4869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CTGGAAGCGAGCTTTGTCTTT;SOR=0.563;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=79;WE=100361399;WS=100361381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,148:0.66:225
chr7	100361580	rs3215394	TG	T	12030.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.902;NF=91;NR=157;PP=2948;ReadPosRankSum=0.436;SC=GGGCGATGCTTGGCACCTGGG;SOR=0.785;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=408;TCF=145;TCR=263;TR=248;WE=100361596;WS=100361570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,373:0.66:564
chr7	100361675	rs2293767	G	A	12110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=866;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.810;NF=253;NR=285;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.206;SC=CGTGAAGGCCGCTTCCTTCTT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=839;TCF=396;TCR=443;TR=538;WE=100361683;WS=100361664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,553:0.64:860
chr7	100364105	rs11296431	CA	C	3939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.965;QD=14.48;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,181:0.67:272
chr7	100365567	rs10953302	C	T	7023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=0.750;SC=AAGTTCGCTACGACGGGAGCC;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=430;TCF=192;TCR=238;TR=301;WE=100365575;WS=100365557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,311:0.70:446
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chr7	100370800	rs489951	T	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.587;NF=32;NR=3;PP=729;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GTGCTGGGATTACATGTGCGA;SOR=0.167;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=35;WE=100370808;WS=100370790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr7	100371474	rs78193191	G	A	13500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.255;SC=GGGCTGCTCCGTTTCGGGCCT;SOR=0.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=402;TCF=158;TCR=244;TR=237;WE=100371484;WS=100371464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,339:0.68:502
chr7	100371476	rs148800656	T	TG	13548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=147;PP=2933;ReadPosRankSum=0.377;SC=GCTGCTCCGTTTCGGGCCTCA;SOR=0.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=267;TCF=24;TCR=243;TR=160;WE=100371484;WS=100371464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,333:0.67:494
chr7	100373077	rs542137	C	G	13467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=875;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=303;NR=273;PP=2962;ReadPosRankSum=0.156;SC=CCTTGCCCTTCTTCAAGATCA;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=851;TCF=454;TCR=397;TR=576;WE=100373085;WS=100373058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,589:0.68:868
chr7	100373271	rs540330	G	T	3875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=76;PP=2885;ReadPosRankSum=1.496;SC=CCTACTCACCGTCACTGTCCT;SOR=0.563;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=258;TCF=140;TCR=118;TR=153;WE=100373279;WS=100373261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,157:0.59:267
chr7	100373367	rs539445	G	C	6538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=1.536;SC=AGCATCTACAGCATTGTTAAC;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=457;TCF=234;TCR=223;TR=286;WE=100373387;WS=100373357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,295:0.63:468
chr7	100376978	rs314303	T	C	2935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=-0.724;NF=88;NR=32;PP=1972;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CCAGCCTGGGTGACAGAGCAA;SOR=0.478;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=188;TCF=142;TCR=46;TR=120;WE=100376986;WS=100376968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,124:0.65:191
chr7	100377082	rs531503	T	C	12045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=826;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=291;NR=255;PP=2962;ReadPosRankSum=0.627;SC=CAGAGTCTCCTGGTAGATGAG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=805;TCF=427;TCR=378;TR=546;WE=100377090;WS=100377072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,557:0.68:822
chr7	100377373	rs482308	G	A	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=60;PP=1473;ReadPosRankSum=-0.020;SC=AGCTTCTGCCGTGAGTGTGCC;SOR=1.196;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=21;TCR=73;TR=75;WE=100377381;WS=100377363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,73:0.77:95
chr7	100386900	rs191137	T	C	6220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.211;SC=GGTCACCCTGTGGGGCCAACG;SOR=0.824;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=393;TCF=213;TCR=180;TR=270;WE=100386908;WS=100386890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,280:0.69:405
chr7	100389928	rs76427635	GA	TT	4628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=22;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GACACCGACTGATGTCTTTCT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=137;TCR=37;TR=106;WE=100389937;WS=100389918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,115:0.64:179
chr7	100391644	rs314340	T	C	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=137;PP=2965;SC=CTACCAGGTCTGAGCTGGCAG;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=113;TCR=138;TR=249;WE=100391652;WS=100391634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr7	100393141	rs314343	C	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=1.282;SC=ATTAATATATCTTGTATATTA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=100393149;WS=100393131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	100395003	rs314344	G	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=900;ReadPosRankSum=-1.841;SC=AACCTGGTGGGCGTCCTACTG;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=114;TCR=70;TR=64;WE=100395011;WS=100394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,64:0.33:193
chr7	100401270	rs314348	T	G	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=79;PP=2536;SC=CGCTCTCCTCTCTTGGCTCCT;SOR=1.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=54;TCR=79;TR=133;WE=100401278;WS=100401260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	100403429	rs3847060	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-1.807;SC=CAGCCCCCCAAAAAATAACAG;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=100403437;WS=100403419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr7	100410597	rs2230585	G	A	16552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1089;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=356;NR=370;PP=2962;ReadPosRankSum=2.680;SC=GCCGCCCCCGGCACACCTCGC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1075;TCF=525;TCR=550;TR=726;WE=100410605;WS=100410587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,735:0.68:1085
chr7	100410657	rs314358	A	G	4028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=813;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:563,241:0.30:804
chr7	100411278	rs314359	T	C	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.491;SC=ACCCACCATGTCCGATGAGAT;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=154;TCR=89;TR=87;WE=100411286;WS=100411268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,91:0.36:253
chr7	100416052	rs73170800	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=280;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CTGGAATTCAAATGCCTGCCA;SOR=0.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=63;TCR=2;TR=16;WE=100416060;WS=100416042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr7	100416250	rs144173	A	G	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,148:0.28:533
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chr7	100421781	rs41280995	C	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.924;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,85:0.29:297
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chr7	100467975	rs10627414	C	CCT	5515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=38;PP=2640;SC=GGACCGAGCCCGATTCCCACC;SOR=0.945;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=64;WE=100467983;WS=100467965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
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chr7	100468284	rs1054391	A	G	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=82;PP=1947;ReadPosRankSum=-1.124;SC=GCTGCTTTGTATGTTCTACAT;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=442;TCF=219;TCR=223;TR=159;WE=100468292;WS=100468274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,163:0.36:454
chr7	100468398	rs7783543	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=533;ReadPosRankSum=-0.862;SC=AGGGAGTCAGTGGCTGGATGC;SOR=0.538;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=19;TCR=74;TR=42;WE=100468406;WS=100468388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr7	100478514	rs62482511	G	A	3783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=101;PP=2606;ReadPosRankSum=2.005;SC=AGTTAGACAAGAATCTTTGTT;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=238;TCF=88;TCR=150;TR=162;WE=100478522;WS=100478504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,165:0.68:244
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chr7	100484917	rs6954151	C	T	4534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.440;SC=TGCCAACCTTCCTTCCTCTGT;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=790;TCF=390;TCR=400;TR=250;WE=100484925;WS=100484907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:553,254:0.31:807
chr7	100486035	rs2720392	C	A	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=68;PP=2546;ReadPosRankSum=0.403;SC=AGCTTTGTTGCCGCCTGCAGA;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=219;TCF=119;TCR=100;TR=151;WE=100486043;WS=100486025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,156:0.68:229
chr7	100486088	rs3087504	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TACCTCTCACCTCACAGGATG;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=145;TCR=103;TR=79;WE=100486096;WS=100486078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,83:0.33:255
chr7	100486656	rs13241786	T	G	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=3.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,125:0.26:475
chr7	100488658	rs1799806	G	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=755;ReadPosRankSum=-1.977;SC=GCCGGGCCTCGGAGCAGCCTC;SOR=1.387;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=41;WE=100488666;WS=100488648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr7	100494222	rs66793456	G	GC	10612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=69;PP=2965;SC=GCTGGGCGAGGCGCACTCCGC;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=142;TCR=75;TR=201;WE=100494230;WS=100494212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr7	100547148	.	GCAA	G	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=-2.674;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr7	100547155	rs74789991	C	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr7	100547173	rs75482949	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr7	100547175	rs78695034	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=-1.604;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr7	100547182	rs76728014	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr7	100547183	.	GC	G	418.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.988;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr7	100547185	.	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr7	100547189	.	GGGCCAC	G	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr7	100547211	rs79277565	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.619;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
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chr7	100549979	rs73398717	C	T	17027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1885;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=340;NR=380;PP=2962;ReadPosRankSum=0.395;SC=TCAGCCATGACATCTTCTCCC;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1750;TCF=844;TCR=906;TR=720;WE=100549987;WS=100549969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1031,845:0.45:1876
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chr7	100552020	rs78680358	C	T	27187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1657;ExcessHet=3.0103;FS=0.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:929,720:0.44:1649
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chr7	100552094	rs62483698	G	C	13066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=306;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TCTATCACAGGCTTTCCTAGT;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=1376;TCF=652;TCR=724;TR=592;WE=100552102;WS=100552084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:791,592:0.43:1383
chr7	100552117	rs62483699	G	T	12953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=293;NR=294;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CTCTTCCTCTGCAACTACCAG;SOR=0.608;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=1345;TCF=653;TCR=692;TR=587;WE=100552125;WS=100552107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:761,594:0.44:1355
chr7	100552135	rs62483700	T	C	13718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=313;NR=315;PP=2962;ReadPosRankSum=0.131;SC=CAGCACTTCTTCAACCAGCTC;SOR=0.579;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=1412;TCF=683;TCR=729;TR=628;WE=100552143;WS=100552125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:790,634:0.45:1424
chr7	100552251	rs9691900	T	C	9132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1068;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=256;PP=2962;ReadPosRankSum=0.825;SC=TCCCTGCCTCTCCCACTGATC;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=1056;TCF=497;TCR=559;TR=472;WE=100552259;WS=100552238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:599,446:0.43:1045
chr7	100552311	rs12535515	C	T	17020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=874;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=310;NR=382;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CTCCCACCACCCCATTAACAG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=875;TCF=397;TCR=478;TR=692;WE=100552319;WS=100552301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,689:0.79:871
chr7	100552338	rs73398798	C	T	10600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=6.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CCTTTACTACCGAAATGGTCA;SOR=0.723;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=791;TCF=352;TCR=439;TR=311;WE=100552346;WS=100552328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:480,308:0.39:788
chr7	100552358	rs73714254	C	G	10606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.285;NF=120;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=1.173;SC=ACCTGTCCTACCTCCATCAGT;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=748;TCF=329;TCR=419;TR=283;WE=100552398;WS=100552348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:468,282:0.38:750
chr7	100552371	rs73714255	C	G	10592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.272;NF=119;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=0.871;SC=CCATCAGTATCCAAACTACTC;SOR=0.764;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=720;TCF=327;TCR=393;TR=274;WE=100552398;WS=100552348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:447,275:0.38:722
chr7	100552384	rs75597914	A	G	10770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:432,275:0.39:707
chr7	100552390	rs73714257	T	C	10683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:423,274:0.39:697
chr7	100552412	rs73714259	T	C	10721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.398;SC=TCTTCCATGATGCCAGAAAGT;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=650;TCF=339;TCR=311;TR=269;WE=100552420;WS=100552402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:387,280:0.42:667
chr7	100552435	rs76244845	TC	AT	12235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,309:0.44:696
chr7	100552440	rs80290400	C	T	12184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.95;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,313:0.44:719
chr7	100552452	rs112050489	T	C	4675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=2.630;SC=ATGCTTCCAGTTCCACTGGCA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=719;TCF=405;TCR=314;TR=222;WE=100552460;WS=100552425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:509,229:0.31:738
chr7	100552535	rs73163758	GT	AC	25119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=351;NR=253;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.173;SC=CTGAGCAACAGTTCTGTGATC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1452;TCF=832;TCR=620;TR=604;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:821,648:0.44:1469
chr7	100552549	rs73163760	CT	AC	28128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=381;NR=276;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.408;SC=TGTGATCCCCCTACCTCTTCC;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1637;TCF=946;TCR=691;TR=657;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:943,733:0.44:1676
chr7	100552644	rs2904850	C	A	53800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2673;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.22;ReadPosRankSum=1.320;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1052,1609:0.60:2661
chr7	100552657	rs75471530	A	G	41065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2664;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=1.029;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1567,1085:0.41:2652
chr7	100552657	.	ACT	GCC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=513;NR=471;PP=2944;QD=20;SC=CCCACCCACCACTAGGACTTC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=2591;TCF=1364;TCR=1227;TR=984;WE=100552683;WS=100552634;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1607,984:0.38:2591
chr7	100552659	rs78182596	T	C	41779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2673;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.70;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1576,1085:0.41:2661
chr7	100552673	rs200599465	C	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2681;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2320,349:0.13:2669
chr7	100552675	rs73163764	C	T	38609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=513;NR=500;PP=2962;ReadPosRankSum=2.406;SC=TTCAGAGACACCAGTGGCCAC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=2608;TCF=1320;TCR=1288;TR=1013;WE=100552683;WS=100552634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1589,1052:0.40:2641
chr7	100552711	rs75799835	T	A	37357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2553;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1554,987:0.39:2541
chr7	100552711	.	TCA	ACG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=447;NR=457;PP=2944;QD=20;SC=CACCCTTACATCACGCAGGAC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=2507;TCF=1223;TCR=1284;TR=904;WE=100552761;WS=100552700;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1603,904:0.36:2507
chr7	100552713	rs75130157	A	G	38010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2569;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1558,999:0.39:2557
chr7	100552727	rs74529310	G	C	39874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=8.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=498;NR=508;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.009;SC=AGGACAACTCGCATCACTTCT;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=2577;TCF=1255;TCR=1322;TR=1006;WE=100552761;WS=100552700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1572,1026:0.39:2598
chr7	100552738	rs79874934	CA	TG	39116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=462;NR=463;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.956;SC=CATCACTTCTCAGATGACCAC;SOR=0.628;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=2525;TCF=1220;TCR=1305;TR=925;WE=100552761;WS=100552700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1563,1019:0.39:2582
chr7	100552788	rs73398800	C	T	20356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=458;NR=502;PP=2962;ReadPosRankSum=1.682;SC=GGACCTTCTGCCTCTCTGTTC;SOR=0.555;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=2270;TCF=1037;TCR=1233;TR=960;WE=100552796;WS=100552778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1310,992:0.43:2302
chr7	100552837	rs73714264	G	A	28937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=335;NR=473;PP=2962;ReadPosRankSum=1.388;SC=TGTCACTGAGGTCAGGCTTTA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1708;TCF=722;TCR=986;TR=808;WE=100552845;WS=100552827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:896,823:0.48:1719
chr7	100552854	rs73714265	G	A	27318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=278;NR=406;PP=2962;ReadPosRankSum=1.950;SC=TTTATCCTGAGCTTCCCTTTC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1458;TCF=607;TCR=851;TR=684;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:768,690:0.47:1458
chr7	100552867	rs73714266	T	C	23407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=5.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=365;PP=2962;ReadPosRankSum=1.111;SC=TCCCTTTCTTTCTGTGTTTTC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1300;TCF=529;TCR=771;TR=607;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:689,613:0.47:1302
chr7	100552915	rs2904852	A	C	30876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1062;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=461;NR=600;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GGGAACAGGGACAGTGTGCTT;SOR=1.026;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1065;TCF=463;TCR=602;TR=1061;WE=100552923;WS=100552905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1057:1.00:1059
chr7	100552978	rs73163765	T	C	17634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=945;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.72;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:492,450:0.48:942
chr7	100552984	rs73163766	T	C	18096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=960;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.91;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:493,464:0.48:957
chr7	100553002	rs68094465	A	G	17490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=992;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=246;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.178;SC=ATGGCCTCAAATGCCAGTGCC;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=984;TCF=472;TCR=512;TR=470;WE=100553010;WS=100552992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:517,473:0.48:990
chr7	100553073	rs73714269	T	A	14406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=856;ExcessHet=3.0103;FS=1.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:467,388:0.45:855
chr7	100553077	rs73714270	A	C	7204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,371:0.46:814
chr7	100553117	rs73400705	G	A	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=132;PP=2866;ReadPosRankSum=0.702;SC=GGGTGTCACTGACTCTCCCCA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=449;TCF=154;TCR=295;TR=198;WE=100553125;WS=100553107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,194:0.44:445
chr7	100555116	rs34281234	A	AT	932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.22;MQRankSum=-0.833;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr7	100606918	rs4316092	A	G	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=47;PP=1366;SC=GGGGTGGAGGAGGTACATAAG;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=55;WE=100606926;WS=100606908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	100607615	rs2904860	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.400;QD=1.43;ReadPosRankSum=1.011;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,20:0.15:133
chr7	100607640	.	G	GCT	4608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.973;QD=20.95;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,114:0.52:220
chr7	100607642	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=28;MQ=60.04;NF=81;NR=25;PP=2962;QD=20;SC=TGACCTCTGCCCTCTTTCCCC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=224;TCF=169;TCR=55;TR=106;WE=100607654;WS=100607632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:118,106:0.47:224
chr7	100607643	.	CTCT	C,CCT	4603.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.05;MQRankSum=1.000;NF=52;NR=24;PP=2970;ReadPosRankSum=0.749;SC=GACCTCTGCCCTCTTTCCCCC;SOR=0.627;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=125;TCR=52;TR=76;WE=100607654;WS=100607632;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:234
chr7	100607700	.	CAT	C	12284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=577;ExcessHet=3.0103;FS=2.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.55;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,303:0.53:570
chr7	100607707	.	T	G	12641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.76;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,323:0.53:609
chr7	100607709	.	C	CCT	12850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=621;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.73;ReadPosRankSum=2.130;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,323:0.52:620
chr7	100607851	rs6960854	C	G	6043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=1.110;SC=AGGAGGGGCTCCAGAACGCCA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=404;TCF=155;TCR=249;TR=183;WE=100607859;WS=100607841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,188:0.45:414
chr7	100607871	rs6960868	C	T	4692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=74;PP=1756;ReadPosRankSum=0.291;SC=AGCCAGGATGCGAACAGCTGC;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=259;TCF=89;TCR=170;TR=114;WE=100607879;WS=100607861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,121:0.44:276
chr7	100608154	rs10250885	G	A	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=35.74;SOR=4.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	100608154	.	GGATAAGGGAGAG	AGATAAGGGAGAG,AGATGAGGCAGGC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=59.91;NF=101,20;NR=8,2;PP=2962,2914;QD=20;SC=TATTCAGGGGGGATAAGGGAG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=132;TCF=123;TCR=9;TR=109,22;WE=100608205;WS=100608144;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.83:132
chr7	100608158	rs79221376	A	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.876;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,41:0.30:136
chr7	100608162	rs79761591	G	C	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.849;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,46:0.32:146
chr7	100608165	rs76431635	A	G	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.849;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,46:0.32:146
chr7	100608166	rs75884804	G	C	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.835;QD=12.00;ReadPosRankSum=-2.142;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,48:0.32:149
chr7	100608180	rs77646533	C	G	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=17.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.901;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=2.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,56:0.29:193
chr7	100608188	.	C	CT	2690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.062;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=27.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.843;QD=12.07;ReadPosRankSum=-2.046;SOR=2.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,71:0.32:223
chr7	100608190	.	C	T	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=29.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.831;QD=12.37;ReadPosRankSum=-2.138;SOR=3.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,74:0.32:228
chr7	100608194	.	C	CGTCTGGG	3454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=33.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.817;QD=14.33;ReadPosRankSum=-2.212;SOR=3.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,80:0.33:241
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chr7	100608778	rs73163792	TC	CT	15251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=901;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=182;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.052;SC=TCTACTTCCCTCTGGTGGAGG;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=859;TCF=434;TCR=425;TR=365;WE=100608787;WS=100608768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:486,408:0.46:894
chr7	100608823	rs35790618	G	T	13092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:421,351:0.45:772
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chr7	100608868	rs67377634	A	G	8095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.602;SC=AGTGCGTTCTAGAGACGAGCG;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=528;TCF=185;TCR=343;TR=233;WE=100608876;WS=100608858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,245:0.46:537
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chr7	100608912	rs73163798	A	G	3572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=2.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,106:0.43:246
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chr7	100608953	rs78404383	TA	CT	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.17;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr7	100608958	rs76888130	T	C	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.05;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr7	100608961	rs74773493	C	T	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.87;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr7	100608964	rs77850164	G	T	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.86;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr7	100609486	rs62483707	C	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=0.845;NF=32;NR=17;PP=691;ReadPosRankSum=2.115;SC=CAGGTGCACGCGTGGACCCCG;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=49;WE=100609494;WS=100609476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,56:0.60:94
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chr7	100609966	rs10274451	T	C	9414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.515;SC=GACGCCCTCCTTGCCTTCCTC;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=407;TCF=180;TCR=227;TR=263;WE=100609974;WS=100609956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,252:0.62:406
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chr7	100610069	rs10258821	C	T	7637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=0.712;SC=TACAAATTTCCATGTGGCCTT;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=497;TCF=251;TCR=246;TR=335;WE=100610077;WS=100610059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,338:0.67:505
chr7	100612766	rs71901679	CTGTCCAGGCACTT	C	591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=2975;ReadPosRankSum=-1.321;SC=GGGACAGGCACTGTCCAGGCA;SOR=0.992;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=22;WE=100612794;WS=100612756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr7	100612786	rs73168325	G	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.694;SC=ACTTTGCTCTGCTTCAAGGCA;SOR=0.341;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=107;TCF=82;TCR=25;TR=48;WE=100612794;WS=100612756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,25:0.28:89
chr7	100612839	rs76449674	A	G	3409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,93:0.38:246
chr7	100612842	rs79514982	T	C	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,94:0.38:249
chr7	100612865	rs78097765	C	T	5251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=4.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,134:0.41:323
chr7	100612869	rs74554402	G	A	5403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,139:0.41:338
chr7	100612875	rs75162633	C	T	5827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,153:0.42:361
chr7	100612898	rs73168327	T	C	6074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=66;PP=2043;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GCCCGTTCCCTGGGAGATGCT;SOR=0.623;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=378;TCF=225;TCR=153;TR=155;WE=100612906;WS=100612887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,183:0.44:412
chr7	100612945	rs76619309	C	T	6240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=2.200;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,170:0.40:421
chr7	100612952	rs79881008	G	A	6196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,164:0.41:397
chr7	100612955	rs150485202	A	ACTG	6207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=69;PP=2964;ReadPosRankSum=1.429;SC=CGCGTCCGTTACTACAGTGAC;SOR=0.709;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=244;TCF=43;TCR=201;TR=85;WE=100612977;WS=100612935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,158:0.40:395
chr7	100612961	rs78487486	G	C	5505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=3.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=1.751;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,145:0.38:380
chr7	100612969	rs73168328	A	G	5120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=2.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=1.647;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,136:0.37:368
chr7	100612996	rs76589634	A	G	3795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.530;SC=CTGATGCTCCAGGTCCAGTGC;SOR=1.025;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=299;TCF=106;TCR=193;TR=109;WE=100613035;WS=100612986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,114:0.36:317
chr7	100613010	rs80354726	T	C	3561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=6.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=-2.169;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,97:0.36:269
chr7	100613011	rs79331440	G	A	3600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=5.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-2.171;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,96:0.36:266
chr7	100613018	rs78041688	A	C	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=8.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=-1.628;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,86:0.35:243
chr7	100613027	rs73168330	T	C	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=12.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,77:0.36:212
chr7	100613059	rs66842488	GCCT	G	1197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=1436;ReadPosRankSum=2.318;SC=GCTGCAGGTGGCCTCCTCCCC;SOR=2.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=2;TCR=91;TR=36;WE=100613069;WS=100613049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr7	100613107	rs73168333	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr7	100613112	rs75250895	G	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=-1.985;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr7	100613127	rs73168334	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr7	100615281	rs73400789	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.155;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=100;ReadPosRankSum=1.944;SC=AGTCAGAAAAACATCTATCTA;SOR=0.192;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=8;WE=100615289;WS=100615271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr7	100615311	rs79784813	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-2.678;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr7	100615313	rs79548447	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-2.711;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr7	100615321	rs75376427	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.802;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr7	100615353	rs73168339	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=6.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.662;SOR=0.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
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chr7	100634476	rs6980143	C	G	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=85;PP=2965;SC=TCCCCTGGCACTACCACACCA;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=162;WE=100634484;WS=100634466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr7	100634640	rs1791	T	G	17651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.184;NF=357;NR=278;PP=2965;ReadPosRankSum=1.258;SC=ACTGTCCCCTTCCAGCTCTAC;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=644;TCF=360;TCR=284;TR=635;WE=100634648;WS=100634624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,655:0.99:659
chr7	100634921	.	AG	GA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=56.81;NF=173;NR=34;PP=2944;QD=20;SC=AAGAATCTACAGCCTACCACA;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=607;TCF=429;TCR=178;TR=207;WE=100634941;WS=100634911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:400,207:0.34:607
chr7	100634933	.	G	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=27;MQ=57.6;NF=293;NR=91;PP=2962;QD=20;SC=CCTACCACAGGAGCCCGGGCT;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=798;TCF=550;TCR=248;TR=384;WE=100634941;WS=100634911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:414,384:0.48:798
chr7	100634964	rs4370452	C	A	35726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=1296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=908;NR=522;PP=2965;SC=AATGCACTTCCCTGAAAGCTC;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1432;TCF=910;TCR=522;TR=1430;WE=100634972;WS=100634954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1289:1.00:1289
chr7	100635375	rs10808115	A	C	36213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.101;NF=569;NR=819;PP=2965;ReadPosRankSum=1.289;SC=CTTACCTGCCAGCATGACAAG;SOR=0.403;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1394;TCF=569;TCR=825;TR=1388;WE=100635395;WS=100635365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1376:1.00:1380
chr7	100635591	rs10953312	C	A	12702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=288;NR=136;PP=2965;SC=CTTCCACAGCCGCCCAGGCTC;SOR=1.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=425;TCF=289;TCR=136;TR=424;WE=100635599;WS=100635581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr7	100635661	rs10953313	T	C	47691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=1067;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=677;NR=376;PP=2965;SC=GAAGCATCTATGCCCGTCCAC;SOR=1.445;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1057;TCF=680;TCR=377;TR=1053;WE=100635669;WS=100635651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1065:1.00:1065
chr7	100635679	rs10953314	C	G	51230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=1.977;NF=857;NR=525;PP=2965;ReadPosRankSum=1.998;SC=CACAGCAGCACCAGATCGCCA;SOR=0.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1391;TCF=863;TCR=528;TR=1382;WE=100635702;WS=100635666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1253:1.00:1257
chr7	100647819	rs11766024	C	T	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=72;PP=2965;SC=TACCAGCTACCACAGCAGCCC;SOR=1.486;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=134;TCR=72;TR=206;WE=100647827;WS=100647809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr7	100647875	rs11766048	C	A	8168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.89;NF=162;NR=128;PP=2965;SC=CCACAACCTCCGGCCGTAGTG;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=163;TCR=128;TR=290;WE=100647883;WS=100647865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr7	100647920	rs11772963	A	C	11028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GCCCAGATACAAATGGAATCA;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=211;TCR=170;TR=377;WE=100647928;WS=100647910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,379:0.99:381
chr7	100648029	rs10953315	G	A	15714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=294;NR=275;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.135;SC=AGCCAGCACTGCCACAACACC;SOR=0.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=571;TCF=295;TCR=276;TR=569;WE=100648037;WS=100648019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,582:1.00:583
chr7	100648117	rs11766125	C	G	14177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NR=257;PP=2965;SC=GCCAGCATGACAAGCTCCAGC;SOR=0.876;Source=Platypus;TCR=257;WE=100648125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr7	100651855	rs12532750	A	G	7223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=58;PP=2965;SC=GAATGTATCAATCCTGGGGGA;SOR=2.234;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=174;TCR=58;TR=232;WE=100651867;WS=100651845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr7	100652317	rs12540832	T	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=815;SC=TCAAGAAGGGTAACAGGAGAG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=100652325;WS=100652307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	100656003	rs3924886	G	C	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=14;PP=2471;SC=CATTGGCCCAGGGGAGGGCAT;SOR=3.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=84;TCR=14;TR=98;WE=100656011;WS=100655993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	100658717	rs10229453	T	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=535;SC=TGGCCAGTGCTTGCCTTGGTA;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=100658725;WS=100658713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	100674309	rs80250975	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=333;ReadPosRankSum=1.156;SC=GGGCCAGGGACTTTCCAGGGC;SOR=0.632;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=31;WE=100674317;WS=100674299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr7	100675976	rs56103274	G	A	32146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=1169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=580;NR=560;PP=2965;SC=TGTGACCACTGCTAGTGAAGC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1140;TCF=580;TCR=560;TR=1140;WE=100675984;WS=100675966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1168:1.00:1168
chr7	100679366	rs74209688	A	G	9761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.866;NF=254;NR=255;PP=2962;ReadPosRankSum=1.504;SC=ATCTCCTACAACTGCTGACGG;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1636;TCF=828;TCR=808;TR=509;WE=100679386;WS=100679356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1148,520:0.31:1668
chr7	100679902	rs55974941	A	G	39417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=1386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=689;NR=654;PP=2965;SC=CAACTTCTGAAGGTACCAGCA;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1347;TCF=692;TCR=655;TR=1343;WE=100679910;WS=100679892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1382:1.00:1382
chr7	100681762	rs10953316	A	G	38725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=1432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=692;NR=687;PP=2965;SC=GTTTTGAAACAAGCACACTTT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1384;TCF=694;TCR=690;TR=1379;WE=100681783;WS=100681752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1422:1.00:1422
chr7	100687017	rs150141937	C	T	6856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=1.225;SC=TCCTTCCCCACGGTGACCACC;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1087;TCF=520;TCR=567;TR=363;WE=100687025;WS=100687007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:734,379:0.34:1113
chr7	100692341	rs4515470	C	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=428;ReadPosRankSum=1.020;SC=GGGCTGTTCCCTTGTTAGATG;SOR=1.911;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=22;WE=100692349;WS=100692331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr7	100692553	rs77235403	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=431;ReadPosRankSum=0.242;SC=GATGTCCCACAGAACGGCCCC;SOR=1.123;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=37;WE=100692561;WS=100692543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,36:0.35:102
chr7	100692680	rs10246021	T	G	7333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=127;NR=142;PP=2965;SC=GTCTGGGCCCTTGGGAAGAGG;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=127;TCR=143;TR=269;WE=100692688;WS=100692670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr7	100693849	rs6978780	C	T	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,99:0.25:393
chr7	100694854	rs67328257	G	A	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=911;ReadPosRankSum=0.303;SC=CAGAACAAGCGTGTATGTGTC;SOR=0.421;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=57;WE=100694862;WS=100694844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr7	100695058	rs6966570	T	C	6823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=124;NR=118;PP=2965;SC=ATCACGGCTGTTCCCTGTCCC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=127;TCR=118;TR=242;WE=100695066;WS=100695048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr7	100695138	rs73168398	G	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1189;ReadPosRankSum=-1.645;SC=GTGGAGTACCGGGACCAGAAG;SOR=0.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=345;TCF=177;TCR=168;TR=104;WE=100695146;WS=100695128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,110:0.31:360
chr7	100731505	rs4524722	C	G	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=36;PP=1415;SC=TGGCCAGGGCCGCAGCCGCCT;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=100731513;WS=100731495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	100731829	rs6948536	T	C	12032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=232;NR=193;PP=2965;SC=AGCCCCAGGCTGGAGATGGAG;SOR=0.907;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=428;TCF=234;TCR=194;TR=425;WE=100731837;WS=100731819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr7	100732321	rs11760747	C	T	7572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.01;MQRankSum=1.476;NF=205;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=0.026;SC=TCAACCCCAACGGCGAAGTGC;SOR=0.638;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=1370;TCF=637;TCR=733;TR=427;WE=100732329;WS=100732311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:967,445:0.32:1412
chr7	100775087	rs143613360	A	AAAC	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=433;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CTCCATCTCAAAACAACAACA;SOR=1.078;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=12;WE=100775095;WS=100775077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr7	100776931	rs2227684	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=562;ReadPosRankSum=0.069;SC=TGCCATCAGCGAGAGCTGGAG;SOR=0.457;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=100;TCR=38;TR=41;WE=100776939;WS=100776921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,44:0.30:146
chr7	100780176	rs2227694	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.843;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=1;PP=438;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CTGCACTCCCACCTGGGCGAC;SOR=1.793;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=99;TCF=90;TCR=9;TR=33;WE=100780184;WS=100780166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
chr7	100781445	rs7242	T	G	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GAGGAAGAAATGTCAGATGCG;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=120;TCR=125;TR=77;WE=100781453;WS=100781431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,82:0.32:254
chr7	100800131	rs4727481	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr7	100800635	rs2074686	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=563;ReadPosRankSum=-1.986;SC=TTGTAGCGATGTCTCATGCGC;SOR=0.543;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=84;TCR=27;TR=43;WE=100800643;WS=100800625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr7	100803614	rs2074683	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,26:0.26:100
chr7	100804140	rs1048303	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=4.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.762;QD=3.46;ReadPosRankSum=2.111;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,57:0.25:232
chr7	100804240	rs113505007	T	TACCTCC	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=60.22;MQRankSum=1.214;NF=0;NR=12;PP=632;ReadPosRankSum=0.205;SC=TCCCATAACCTACCTCCACCC;SOR=1.140;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=12;WE=100804248;WS=100804230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr7	100815279	rs740103	G	A	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.958;SC=ACGCAGCGTCGGAAATGGCAG;SOR=0.492;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=294;TCF=164;TCR=130;TR=102;WE=100815287;WS=100815269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,103:0.34:306
chr7	100815816	rs12540617	C	T	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=67;PP=1516;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CGCCGCCTGCCTCGGACACGG;SOR=0.604;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=433;TCF=200;TCR=233;TR=129;WE=100815824;WS=100815806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,135:0.30:446
chr7	100816527	rs2009973	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,22:0.22:99
chr7	100818101	rs733965	A	G	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.374;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=82;PP=2091;ReadPosRankSum=0.291;SC=CCCTGCAGAAAAAAAGAGAAT;SOR=0.559;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=356;TCF=138;TCR=218;TR=138;WE=100818109;WS=100818091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,139:0.38:364
chr7	100818193	rs2015923	G	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=605;ReadPosRankSum=1.280;SC=TACACAAATAGCCTTTCTTTT;SOR=0.505;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=15;TCR=71;TR=37;WE=100818201;WS=100818183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr7	100841389	rs2158612	A	C	7607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=164;NR=112;PP=2965;SC=CGGATCCCCCATGCAGGGACC;SOR=1.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=164;TCR=112;TR=276;WE=100841397;WS=100841379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr7	100853173	rs1468358	T	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9785;FS=2.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=-0.281;SC=ATACCCAATATACAGGAGAAG;SOR=2.147;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=100853181;WS=100853163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr7	100855001	rs2301903	C	T	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1153;ReadPosRankSum=0.185;SC=CACCTTCCTGCGGACAGGTGG;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=304;TCF=143;TCR=161;TR=107;WE=100855009;WS=100854991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,114:0.36:314
chr7	100876282	.	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.755;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=544;ReadPosRankSum=0.555;SC=AGGGGCTGCCCAGAGTAGGAC;SOR=1.457;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=109;TCF=17;TCR=92;TR=35;WE=100876290;WS=100876272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,32:0.30:107
chr7	100959859	rs74199090	G	A	5226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.705;SC=GGAAAGTTAGGTCATTCTGGT;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=312;TCF=123;TCR=189;TR=209;WE=100959867;WS=100959849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,222:0.67:330
chr7	100962202	rs3757464	T	A	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=20;PP=1584;ReadPosRankSum=0.658;SC=CCGAGCCAGTTGGACACTCTG;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=117;TCR=31;TR=93;WE=100962210;WS=100962192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,90:0.62:144
chr7	100965096	rs11369267	A	AG	8606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=161;PP=2936;SC=AGAGGCCCGCAGGGCCGACGG;SOR=2.168;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=188;TCF=11;TCR=177;TR=172;WE=100965104;WS=100965086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr7	101006216	rs4989271	G	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.28;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr7	101006223	rs4989270	C	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.37;ReadPosRankSum=-1.478;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr7	101006230	rs4989269	T	G	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.50;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr7	101006233	rs4989268	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.74;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr7	101006376	rs4989267	C	T	5055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=3.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.33;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,134:0.57:237
chr7	101006382	rs4989266	C	T	4876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.30;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,126:0.55:229
chr7	101006488	rs4989265	C	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr7	101090831	rs17135418	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=339;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CACGGACCCCGGCAGTGGTTT;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=26;WE=101090839;WS=101090821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
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chr7	101123784	rs6963889	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr7	101126347	rs34682212	C	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=9;PP=1143;SC=CAACCTCTTACAACTTAACTG;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=101126355;WS=101126337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	101126511	rs35677699	C	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=51;PP=1459;SC=CAGAGTCTCGCTCTGTCACCC;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=76;WE=101126519;WS=101126501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	101126603	rs140382828	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=0.524;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.180;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr7	101126603	.	CA	TG	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=38;MMLQ=24;MQ=59.56;NF=0;NR=5;PP=50;QD=20.6935749724;SC=CTCAGTCGCCCAAGTAGCTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=101126612;WS=101126593;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	101126604	rs28693638	A	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=79;SC=TCAGTCGCCCAAGTAGCTGGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=101126612;WS=101126593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	101176505	rs1476655	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=761;ReadPosRankSum=1.292;SC=GCAACCACTGGGTGTGGCCGT;SOR=2.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=32;WE=101176513;WS=101176495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr7	101183108	rs6465817	T	C	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=18;PP=2408;SC=CATGTCCCTGTGTGTCACGCA;SOR=2.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=88;TCR=18;TR=106;WE=101183116;WS=101183098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	101187190	rs58676608	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=362;ReadPosRankSum=-1.146;SC=CTGGGGGAACGTAGGCTGACA;SOR=0.368;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=22;WE=101187198;WS=101187180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr7	101188812	rs60933561	CG	C	1109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.668;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=683;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GGCTGAGCTACGCTGTGTTCT;SOR=0.523;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=67;TCF=6;TCR=61;TR=21;WE=101188820;WS=101188802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr7	101188852	rs9886175	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=47;PP=1081;SC=TAAAGGATCCTGGGAAGTGGA;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=101188860;WS=101188842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	101192542	rs57977430	G	A	6927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.115;SC=TGTGGGAGGCGGCGGGTGGCG;SOR=0.868;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=428;TCF=201;TCR=227;TR=301;WE=101192550;WS=101192532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,308:0.70:439
chr7	101194424	rs17135626	C	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=44;PP=1329;SC=TGGGGCCGTCCGTAAGTGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=77;WE=101194432;WS=101194414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	101194461	rs73715304	C	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=32;PP=898;SC=TGGGCCACTCCCAGGCAGAGG;SOR=1.702;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=48;WE=101194469;WS=101194451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	101196488	rs12674244	T	C	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=11;PP=1861;SC=AGCACCCGTTTCCCAGGCCCT;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=68;TCR=11;TR=79;WE=101196496;WS=101196478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	101196688	rs13235234	C	T	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=83;PP=2571;SC=CGTTCCCTCCCGCCTCCTTGG;SOR=1.149;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=143;WE=101196696;WS=101196678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	101196756	rs3800980	A	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=1170;SC=ACCGTCAGCCAGCCCCGAGCT;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=101196764;WS=101196746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	101199257	rs4729728	G	A	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=79;PP=2131;SC=TCCCTCCCTTGCCCCTAGTCT;SOR=2.142;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=31;TCR=80;TR=110;WE=101199265;WS=101199247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	101200595	rs17393028	A	G	6104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.776;NF=132;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.745;SC=GATCAAATGTACCCCCAAGTG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=427;TCF=240;TCR=187;TR=233;WE=101200603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,284:0.56:507
chr7	101200669	rs36008849	A	AG	14981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=189;PP=2969;SC=GCCTCCCCAGAGGAGGTTCTG;SOR=1.038;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=239;TCF=34;TCR=205;TR=221;WE=101200677;WS=101200659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr7	101200765	rs17471501	C	T	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.043;NF=41;NR=62;PP=1721;ReadPosRankSum=-0.950;SC=TGCTTGGGCCCGACCCTGGAC;SOR=0.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=67;TCR=96;TR=103;WE=101200773;WS=101200755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,110:0.62:176
chr7	101200835	rs7809926	A	G	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=57;PP=1611;SC=AGGACACCCTATCCTGGCTAG;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=101200843;WS=101200825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	101257075	rs2240390	T	C	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=81;PP=2065;SC=GAGGGGCAAGTGGGGGCAGGG;SOR=2.058;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=30;TCR=82;TR=111;WE=101257083;WS=101257065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	101265350	rs4263675	T	C	5581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=129;NR=67;PP=2965;SC=CTGCTGCCCCTCCAGGACTCC;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=130;TCR=67;TR=196;WE=101265358;WS=101265340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr7	101266379	rs7794055	T	C	8941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=175;PP=2965;SC=TGCTAAGTAGTCACCTGCCCT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=149;TCR=176;TR=324;WE=101266387;WS=101266369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr7	101267435	rs876825	T	C	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=60.04;NF=147;NR=103;PP=2965;SC=AACAGCCCCATGGGGCAGCAG;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=147;TCR=103;TR=250;WE=101267443;WS=101267425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
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chr7	101459161	rs28650922	T	C	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=6;PP=1091;SC=GCTGCGGCGGTGCCGTGAGGA;SOR=2.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=101459169;WS=101459137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	101556846	rs35514641	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=39;PP=995;ReadPosRankSum=0.232;SC=AGACCCCCGGCTCATCTGGCA;SOR=1.392;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=49;WE=101556854;WS=101556836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr7	101559302	rs10231075	C	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=343;ReadPosRankSum=-0.506;SC=ACTGGGGTCTCTCCCCCAGTG;SOR=0.948;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=32;WE=101559324;WS=101559292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,39:0.31:125
chr7	101671585	rs448877	A	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=36;PP=1227;SC=TCTGTGATGTAATTTTCCATT;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=101671593;WS=101671575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	101713590	rs377612	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=770;SC=GCTCTTTGTTTTTCTTTTCTT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=101713598;WS=101713580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	101740606	rs1637257	T	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr7	101740610	rs1734879	C	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr7	101740827	rs10638510	T	TTC	2104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,61:0.37:163
chr7	101754865	rs201493	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.918;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=208;ReadPosRankSum=1.571;SC=TACCCCGTGGTGCGCCTGCCG;SOR=0.314;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=21;WE=101754873;WS=101754855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr7	101758584	rs201501	G	A	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=73;PP=1376;ReadPosRankSum=2.367;SC=TCCCTTATCCGTACACATTTC;SOR=0.727;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=450;TCF=211;TCR=239;TR=133;WE=101758592;WS=101758574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,140:0.30:467
chr7	101870599	rs430841	A	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=33;PP=2301;SC=TGGTCGTGGTAAAAGACAGCT;SOR=1.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=81;TCR=33;TR=114;WE=101870607;WS=101870589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	101892121	rs410825	G	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=745;ReadPosRankSum=0.568;SC=GCTCCGCGCCGCCGCCCAGCA;SOR=0.917;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=49;WE=101892143;WS=101892111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr7	101892328	rs368214	C	T	4949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=102;PP=2965;SC=TCTGAGGGGCCGCGGCCCTGG;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=74;TCR=103;TR=176;WE=101892336;WS=101892318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	101916647	rs813000	A	G	5208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=57;PP=2965;SC=GACGCTGTGCAGAGCTGCAAG;SOR=1.373;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=120;TCR=57;TR=176;WE=101916655;WS=101916637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr7	101916798	rs2974957	C	A	3462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=99;PP=2342;ReadPosRankSum=-2.226;SC=GCCCATCTCGCTACCTGCCCA;SOR=0.715;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=574;TCF=291;TCR=283;TR=189;WE=101916806;WS=101916788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,195:0.33:594
chr7	101917521	rs803064	G	A	4525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=77;PP=2842;ReadPosRankSum=0.086;SC=GCAGGGTGCCGCTGAGCACCG;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=303;TCF=187;TCR=116;TR=197;WE=101917529;WS=101917511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,202:0.64:316
chr7	101917647	rs712839	A	G	7579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=1.462;SC=GATACCGCCTAAGAACACAGA;SOR=0.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=109;TCR=152;TR=259;WE=101917655;WS=101917637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,269:1.00:270
chr7	101917772	rs712840	A	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=29;PP=849;SC=CTATAGTCCCAGCTACTTTGG;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=101917780;WS=101917762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	101923315	rs57030737	T	TC	18261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=158;PP=2967;SC=TCTCTTCCCCTCCTGTCTGTG;SOR=0.745;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=231;TCF=59;TCR=172;TR=213;WE=101923323;WS=101923305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr7	101925065	rs803069	G	T	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=14;PP=1399;ReadPosRankSum=0.060;SC=TTTCTGTGAAGCCCAGGCAGC;SOR=1.037;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=95;TCR=24;TR=77;WE=101925073;WS=101925055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,75:0.62:120
chr7	101925338	rs2257738	A	G	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=94;PP=2757;SC=CTAGCTTGCGACCATGCCTCT;SOR=4.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=11;TCR=94;TR=105;WE=101925346;WS=101925328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	101926087	rs73712454	G	T	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=76;PP=1702;ReadPosRankSum=-3.161;SC=CCCCACTTGGGCCCCCCCTCA;SOR=0.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=59;TCR=125;TR=110;WE=101926095;WS=101926077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,105:0.65:161
chr7	101926228	rs803070	T	C	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=26;PP=1829;ReadPosRankSum=-0.648;SC=ATCCACTACCTCCTAGCCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=80;WE=101926236;WS=101926218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr7	101928495	rs803074	G	C	10891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=241;NR=143;PP=2965;SC=ATCTCAGGACGCTCTCTGGCC;SOR=1.229;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=384;TCF=241;TCR=143;TR=384;WE=101928503;WS=101928485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr7	101928585	rs803075	G	A	16912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=298;NR=307;PP=2965;SC=CCCCTCTCCCGGGAGGGTGGA;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=608;TCF=301;TCR=307;TR=605;WE=101928593;WS=101928575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,626:1.00:626
chr7	101953534	rs809120	T	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=3;PP=693;SC=GGAGGCAGAGTTTGCAGTGAG;SOR=4.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=101953542;WS=101953524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	101954412	rs4729780	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=263;ReadPosRankSum=0.297;SC=TTGCTCTGTCACCCAGGCTGG;SOR=0.172;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=15;WE=101954420;WS=101954402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr7	101962247	rs2960257	C	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.300;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=40;PP=655;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TCTCAGAGACCCCCGTCCATC;SOR=2.479;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=101;TCF=4;TCR=97;TR=40;WE=101962255;WS=101962237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr7	102036769	rs56992893	CGGAGACTGCGTATGCG	C	716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=2974;SC=TTCCCCTCTGCGGAGACTGCG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=102036792;WS=102036759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	102038153	.	CTGTGTG	C,CTG	8417.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.24;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=5,5;NR=144,144;PP=450,2997;SC=TGGGTAATGGCTGTGTGTGTG;SOR=1.935;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=278;TCF=13;TCR=265;TR=149,149;WE=102038170;WS=102038142;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.84:207
chr7	102063527	rs7384395	G	C	10654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;QD=27.39;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr7	102063567	.	CT	C	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.442;QD=1.48;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,21:0.23:93
chr7	102065322	rs1983476	A	G	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=7;PP=1411;SC=GGACTGGTGGACGTGAGGCAT;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=56;WE=102065330;WS=102065312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	102086891	rs12672132	C	T	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=841;SC=CTCTGCCTGGCAGGTGGCCCT;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=102086899;WS=102086881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	102098010	rs41275227	G	A	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=86;PP=2339;ReadPosRankSum=-1.443;SC=GTGCCGTGCCGCCCCGGTGAG;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=261;TCF=124;TCR=137;TR=169;WE=102098018;WS=102098000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,175:0.65:270
chr7	102105984	rs10953368	T	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=-1.792;SC=TTAAGTGGTGTGGAGTCGGGA;SOR=0.180;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=16;WE=102105992;WS=102105974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr7	102106201	rs3823658	G	A	4750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.903;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.328;SC=TGAGGTACCCGGGGCAGATTG;SOR=0.658;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=287;TCF=145;TCR=142;TR=206;WE=102106209;WS=102106191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,205:0.72:286
chr7	102106857	rs140459331	CTTTA	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=1.510;SC=TGATGTGCTACTTTATTTATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=102106868;WS=102106847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr7	102107697	rs11761361	G	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=1.236;SC=GCTTCCAGCAGGTGGCGGGAT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=11;WE=102107705;WS=102107687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr7	102108532	rs73189880	G	A	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=62;PP=2018;ReadPosRankSum=0.745;SC=CCTTGAAACGGCCAGACGACG;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=188;TCF=105;TCR=83;TR=137;WE=102108540;WS=102108522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,149:0.73:205
chr7	102111936	rs60871950	G	A	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1122;ReadPosRankSum=0.617;SC=GGTAGTTATGGGCTTCTCTTT;SOR=0.723;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=218;TCF=113;TCR=105;TR=78;WE=102111944;WS=102111926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,79:0.36:222
chr7	102112980	rs3800987	G	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=41;PP=1219;ReadPosRankSum=-1.494;SC=GCCAGTCCACGGTGGCAGTGG;SOR=0.594;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=228;TCF=131;TCR=97;TR=92;WE=102112988;WS=102112970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,94:0.40:233
chr7	102113093	rs3800988	T	C	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=93;PP=2757;ReadPosRankSum=-1.349;SC=TCCCGCGGGCTTCCGGGAGCT;SOR=0.601;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=535;TCF=292;TCR=243;TR=198;WE=102113101;WS=102113083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,200:0.37:547
chr7	102113563	rs61229695	TG	T	2625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.638;NF=9;NR=74;PP=1026;ReadPosRankSum=0.489;SC=CCGATGGGGGTGGGGGGGGGT;SOR=0.680;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=240;TCF=19;TCR=221;TR=83;WE=102113571;WS=102113553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,116:0.43:270
chr7	102113953	.	G	GACACGTCGGTGTCAGGGTGAGGGGTGGCCA	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.595;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr7	102120821	rs11767570	T	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=19.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.71;MQRankSum=-5.492;QD=3.09;ReadPosRankSum=2.166;SOR=3.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,21:0.20:107
chr7	102136550	rs77782294	G	A	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=6.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.928;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-17.021;NF=132;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=2.116;SC=CAGTGTTGTCGTTTGCAAGAT;SOR=0.986;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=432;TCF=279;TCR=153;TR=194;WE=102136558;WS=102136540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,127:0.35:364
chr7	102147148	.	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.63;MQRankSum=-1.660;QD=16.30;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr7	102158233	.	CA	C	610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.195;NF=0;NR=13;PP=696;ReadPosRankSum=1.139;SC=CTGGGCGCCGCAGGGGGGGCG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=102158245;WS=102158223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr7	102158237	.	G	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.33;MQRankSum=-2.195;QD=25.82;ReadPosRankSum=1.506;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr7	102235692	.	G	GCT	1664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.04;QD=44.99;SOR=5.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	102235910	.	G	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.61;MQRankSum=-1.030;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.055;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	102246225	rs149631316	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.02;MQRankSum=-0.759;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	102246500	rs144574884	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.256;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=8.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.69;MQRankSum=-1.489;QD=11.71;ReadPosRankSum=2.035;SOR=3.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	102257215	.	GT	G	332.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.14;QD=33.27;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	102279621	rs201558735	C	T	5279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1652;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.44;MQRankSum=-26.175;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1238,408:0.25:1646
chr7	102318861	rs374405684	G	A	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=910;ExcessHet=3.0103;FS=1.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQRankSum=-0.358;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:740,168:0.19:908
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chr7	102722516	rs4729869	T	C	7423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=166;PP=2965;SC=TTCTAAAAAGTTGTGTTTTTA;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=245;TCF=78;TCR=167;TR=242;WE=102722524;WS=102722495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr7	102724372	rs4729871	A	T	8855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;PP=2965;SC=TCAGACCCTCAATTTCCTCAT;SOR=1.193;Source=Platypus;TCF=120;WE=102724380;WS=102724362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr7	102738574	rs10808123	A	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr7	102739043	rs4729879	C	T	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.54;QD=28.80;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	102743893	rs3181009	C	T	107.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.57;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	102755330	rs4729882	A	G	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=1;PP=1209;SC=TTCTGACTGTATATGTGTGTA;SOR=5.507;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=46;WE=102755338;WS=102755320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	102755716	.	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=541;ReadPosRankSum=-0.017;SC=GATTCTGCGCAGGACTATGGA;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=25;WE=102755724;WS=102755706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr7	102760722	rs1974715	A	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=42;PP=1095;SC=AAAAAGTATTATATCATCATA;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=45;WE=102760730;WS=102760712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	102825871	rs4317507	T	C	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=155;NR=75;PP=2965;SC=AAGAAATACTTATCAGCTGCC;SOR=1.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=157;TCR=76;TR=230;WE=102825879;WS=102825861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	102825987	.	GA	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=8.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-6.350;QD=0.22;ReadPosRankSum=0.511;SOR=1.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,26:0.18:142
chr7	102874366	rs3987883	C	T	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.75;QD=30.89;SOR=8.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	102948040	rs11489600	T	C	8104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=83;PP=2965;SC=TCTTTCAATTTAGGTGTTTCC;SOR=1.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=184;TCR=83;TR=266;WE=102948048;WS=102948030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr7	103007949	rs4520097	A	C	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=80;PP=2965;SC=TTTTGATCCTAGAGGCAATAT;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=132;TCR=81;TR=212;WE=103007957;WS=103007939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	103018016	rs10273883	A	G	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=33;PP=2965;SC=GCATAGAGGTATTAAATGACT;SOR=2.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=118;TCR=33;TR=151;WE=103018024;WS=103018006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	103019613	rs12705120	A	G	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=49;PP=2703;SC=GTATATACAAAGGTATACTAG;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=89;TCR=49;TR=138;WE=103019621;WS=103019603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	103033573	rs13240456	T	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=28;PP=770;SC=AAAAAAAACCTTGCGACTGCA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=103033581;WS=103033563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	103124207	rs1062831	T	C	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=83;PP=1803;ReadPosRankSum=1.868;SC=GCAGCAGCACTGCCTTGTCCA;SOR=0.625;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=133;TCR=151;TR=156;WE=103124215;WS=103124197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,169:0.56:302
chr7	103132297	.	TCTCTCTCACACACACACACA	T	693	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=25;MQ=58.93;NF=12;NR=0;PP=693;QD=58.0;SC=TCTCTCTCTCTCTCTCTCACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=12;WE=103132330;WS=103132289;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,12:0.71:17
chr7	103132355	rs17151558	G	T	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=12;PP=1368;SC=CGATTTGGATGGGGTATTCAA;SOR=2.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=65;WE=103132363;WS=103132345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	103138517	rs2711885	C	G	10815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=230;NR=148;PP=2965;SC=ACAAAAAATTCACTTACTTTG;SOR=1.209;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=378;TCF=230;TCR=148;TR=378;WE=103138525;WS=103138507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr7	103143716	.	TATGATATG	T	1812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.171;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.358;NF=0;NR=31;PP=2971;ReadPosRankSum=0.457;SC=ATTAAAACTATATGATATGAT;SOR=1.934;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=113;TCF=2;TCR=111;TR=31;WE=103143739;WS=103143706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
chr7	103143731	rs17355678	C	T	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=2623;ReadPosRankSum=1.825;SC=TATGATTCTTCTCCAAGGACT;SOR=1.113;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=100;TCF=12;TCR=88;TR=31;WE=103143739;WS=103143706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
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chr7	103162722	rs2075039	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=187;ReadPosRankSum=-0.466;SC=ATTAGTGAAGACTACTCTTTT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=103162730;WS=103162712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr7	103175965	rs362706	C	T	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=537;ReadPosRankSum=-0.390;SC=GATATAAACACATATCTGCAG;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=162;TCF=53;TCR=109;TR=51;WE=103175973;WS=103175955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,55:0.33:167
chr7	103185830	rs74440147	GAAC	G	3655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.594;NF=3;NR=50;PP=2184;ReadPosRankSum=0.738;SC=CTAATCAACAGAACAATATAC;SOR=0.883;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=91;TCF=8;TCR=83;TR=53;WE=103185840;WS=103185820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,94:0.62:152
chr7	103185877	rs362719	C	A	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=47;PP=1344;SC=GAACAATGGGCAGCTTCTACC;SOR=2.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=64;WE=103185885;WS=103185867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	103185933	rs3025933	C	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=6;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=0.650;SC=ATTTCAGGAACAAAACTCCAT;SOR=0.191;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=103185941;WS=103185923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr7	103234985	rs35588028	C	CT	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-1.684;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr7	103275803	rs362646	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=422;ReadPosRankSum=-0.477;SC=TTTTATACCATTTGAATTATG;SOR=0.404;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=24;WE=103275811;WS=103275793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr7	103280896	rs145527	C	T	4350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=1.001;SC=AAAAGATCCCCGATCCTAAAA;SOR=0.599;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=171;TCR=50;TR=162;WE=103280904;WS=103280886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,169:0.73:230
chr7	103368482	rs3213613	A	G	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=12;PP=994;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CTTTAAGAGCATAAGAAAAAC;SOR=0.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=73;TCR=16;TR=64;WE=103368490;WS=103368472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,71:0.72:99
chr7	103389954	rs607755	A	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=562;ReadPosRankSum=0.744;SC=TATTTCAGCTAAAAGAAAAAG;SOR=0.193;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=34;WE=103389962;WS=103389944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr7	103417134	rs262338	G	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.504;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,54:0.35:154
chr7	103417139	rs13243284	A	C	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.586;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr7	103417557	rs11496125	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=223;ReadPosRankSum=-1.487;SC=CTATTCAAAGCTTTCATAATA;SOR=0.980;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=20;WE=103417565;WS=103417547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr7	103557697	rs711443	A	G	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=60;PP=1591;SC=TATTTCTGAAATGTTAGACAT;SOR=6.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=62;WE=103557705;WS=103557687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	103629803	.	TGCC	T	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.431;QD=2.42;ReadPosRankSum=-2.059;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,11:0.15:74
chr7	103824679	rs17326187	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.537;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr7	103824722	rs34556202	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.494;NF=1;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=0.792;SC=GGAAATTTTACTTAACACATT;SOR=0.144;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=103824732;WS=103824712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr7	103824724	rs11384924	T	TA	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=465;SC=AAATTTTACTTAACACATTTG;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=103824732;WS=103824712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	103828665	rs34389841	C	CACAT	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=818;ReadPosRankSum=2.988;SC=CACACACACACATATATATAT;SOR=0.486;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=74;TCR=12;TR=28;WE=103828673;WS=103828655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr7	103835732	rs2307400	C	T	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=49;PP=1309;SC=AAAGTAACTTCGCATTTAAAA;SOR=2.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=62;WE=103835740;WS=103835722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	103838120	rs13238183	A	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=806;ReadPosRankSum=-1.939;SC=AACTTTTACAACACAATCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=49;WE=103838128;WS=103838110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr7	103838148	rs7784705	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=349;ReadPosRankSum=-1.271;SC=GTTGTGGGGAGAAAGCACTTT;SOR=0.463;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=30;WE=103838156;WS=103838138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr7	103844557	rs2245659	T	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=-0.386;SC=ACACTAAAAATGGCAAAGAAA;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=10;WE=103844565;WS=103844547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr7	103969194	.	CAGG	C	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.726;NF=10;NR=12;PP=818;ReadPosRankSum=-1.229;SC=GGCGGAGGACCAGGAGGAGGA;SOR=0.489;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=22;WE=103969207;WS=103969184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr7	104110392	rs4727601	C	T	11404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=94;PP=2962;SC=ATAGCACAATCATAGAAAACT;SOR=1.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=189;TCR=94;TR=283;WE=104110414;WS=104110382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr7	104110406	rs6949376	C	G	5457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=0.144;SC=GAAAACTGTACGGAAATAGGT;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=341;TCF=222;TCR=119;TR=211;WE=104110414;WS=104110382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,223:0.62:357
chr7	104110492	rs6949536	C	T	7138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=1.634;SC=CGGGTGTTTACTGCCTTGTGC;SOR=0.843;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=486;TCF=232;TCR=254;TR=307;WE=104110500;WS=104110482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,318:0.63:507
chr7	104110657	rs6949602	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=548;ReadPosRankSum=-1.650;SC=AAATGGAAAAAAATGATCAGT;SOR=1.151;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=25;WE=104110665;WS=104110647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr7	104263404	rs1113933	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=192;ReadPosRankSum=-2.136;SC=TTTTATTTTTATCTGTCATTT;SOR=0.622;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=16;WE=104263412;WS=104263394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr7	104263425	rs1073012	T	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=10;PP=736;SC=TTATTATAGCTATCCTGGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=104263433;WS=104263415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	104377453	rs4236573	A	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=624;ReadPosRankSum=0.116;SC=GCTTCCCCTGAGGTTCTAATT;SOR=0.648;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=35;WE=104377461;WS=104377443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr7	104767295	rs3815256	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=579;SC=CTGAGGGGGCATCAAACTCAA;SOR=2.694;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=29;WE=104767303;WS=104767285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	104785779	rs7780887	T	G	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=42;PP=1426;SC=AAACAAAATCTGTATTTAGCA;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=104785787;WS=104785769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	104800939	rs4730071	C	T	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=38;PP=2546;SC=TAGGGGCTGCCGTCAAAAGTC;SOR=1.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=95;TCR=38;TR=133;WE=104800947;WS=104800929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	104808386	rs143276009	G	GA	1094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=8;PP=890;SC=GTATTACCCAGAAAAATCTTT;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=23;WE=104808394;WS=104808376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	104844416	rs34581245	CA	C	1290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.678;QD=17.21;ReadPosRankSum=0.340;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,68:0.91:75
chr7	104845124	rs2237611	A	C	4656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=114;PP=2965;SC=GCATTTCTGCAACGGCAGCCC;SOR=2.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=37;TCR=114;TR=151;WE=104845132;WS=104845114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	104845962	.	TCTCACACACACA	T	661	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=16;MQ=57.14;NF=20;NR=12;PP=661;QD=20.8125;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=32;WE=104845989;WS=104845939;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr7	104846173	rs55712418	A	G	11513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=260;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.158;SC=AGGAGAGGCAAGTAAGGAACT;SOR=0.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=420;TCF=157;TCR=263;TR=417;WE=104846181;WS=104846163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,420:1.00:422
chr7	104846375	rs139433699	A	AAC	6035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.561;NF=36;NR=80;PP=2991;ReadPosRankSum=-1.107;SC=ATTCTCTGAAAACACACACAC;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=170;TCF=51;TCR=119;TR=116;WE=104846384;WS=104846365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,259:0.86:300
chr7	105112489	rs818477	C	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=5.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr7	105135545	rs76888161	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=389;ReadPosRankSum=1.314;SC=GAATATACGTTTCTGTTGCTT;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=33;WE=105135553;WS=105135535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,36:0.31:118
chr7	105146593	rs11421080	A	AT	6094.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.301;NF=58;NR=77;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.150;SC=AGGAAATGCTATTTTTATACA;SOR=0.833;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=241;TCF=93;TCR=148;TR=135;WE=105146601;WS=105146583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,233:0.64:363
chr7	105146812	rs77972725	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=80;ReadPosRankSum=0.647;SC=CCTTACTATTATGCAAAACAA;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=8;WE=105146820;WS=105146802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr7	105148460	rs55700120	G	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=1.153;SC=GTATAAACAAGCCTTGGAGAT;SOR=0.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=10;WE=105148468;WS=105148453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr7	105172685	rs818620	G	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=280;ReadPosRankSum=0.485;SC=GCTGGGTAGTGAGTGTGTCGC;SOR=0.716;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=17;WE=105172693;WS=105172675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr7	105173029	rs818621	T	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.677;NF=0;NR=20;PP=336;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GGGAGGTGGCTCTAGTGAGCA;SOR=2.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=20;WE=105173037;WS=105173019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr7	105177041	rs11556986	A	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=631;ReadPosRankSum=-1.291;SC=TCTTATTGGAAGTAAACAAGT;SOR=0.678;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=149;TCF=81;TCR=68;TR=60;WE=105177049;WS=105177031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,65:0.41:158
chr7	105222738	rs57492756	A	G	2378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.754;NF=63;NR=70;PP=1524;ReadPosRankSum=0.211;SC=CCTCGGGAGCAGACGAATTCT;SOR=0.684;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=379;TCF=183;TCR=196;TR=133;WE=105222746;WS=105222728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,139:0.35:395
chr7	105250905	rs940370	G	A	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=72;PP=2965;SC=TCTGACCCCAGTGTCCAAACT;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=98;TCR=72;TR=170;WE=105250913;WS=105250895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
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chr7	105752555	rs2240473	G	A	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=22;PP=2065;SC=CCGAGCGGCAGGCGGGCCTGG;SOR=2.078;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=73;TCR=23;TR=95;WE=105752563;WS=105752545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr7	105753082	rs17426359	A	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=52;PP=1142;ReadPosRankSum=-1.501;SC=GCGCTTCCGGACCCGCGCGAC;SOR=0.930;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=213;TCF=63;TCR=150;TR=73;WE=105753090;WS=105753072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,75:0.34:218
chr7	105903904	rs2302559	T	C	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-8.281;QD=3.68;ReadPosRankSum=-2.395;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:438,143:0.25:581
chr7	105904150	rs4730153	A	G	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=856;ReadPosRankSum=0.002;SC=CATGTTTACTATACCAAACCA;SOR=0.361;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=166;TCF=32;TCR=134;TR=61;WE=105904158;WS=105904140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,63:0.36:176
chr7	106508978	rs849389	A	G	18484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr7	106508987	rs849390	T	C	18289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr7	106509331	rs17847825	C	A	5489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CCAGCACTGTCCAGCAAGGCC;SOR=0.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=359;TCF=175;TCR=184;TR=240;WE=106509342;WS=106509321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,246:0.66:375
chr7	106519943	rs849370	T	C	12209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=264;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GTGTGGGGAATATGTGACTGC;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=435;TCF=266;TCR=169;TR=430;WE=106519951;WS=106519933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,449:1.00:450
chr7	106520200	rs41276172	C	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=38;PP=860;ReadPosRankSum=1.577;SC=TCTATTCCCACTCTCTTCTTT;SOR=0.859;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=40;WE=106520208;WS=106520190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,43:0.80:54
chr7	106523446	rs849397	A	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=753;ReadPosRankSum=0.781;SC=CTGGCCCCCAATCTCCATCAG;SOR=0.822;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=173;TCF=123;TCR=50;TR=51;WE=106523454;WS=106523436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,55:0.32:174
chr7	106523670	rs17847822	G	C	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=77;PP=2075;ReadPosRankSum=0.080;SC=TATAGCAGTAGTGGCTTCAAG;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=157;TCF=39;TCR=118;TR=101;WE=106523678;WS=106523660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,107:0.64:166
chr7	106524689	rs2230460	C	T	6642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.684;NF=129;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.661;SC=GACACAATGACAATATTATGA;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=430;TCF=191;TCR=239;TR=289;WE=106524697;WS=106524679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,306:0.68:451
chr7	106685289	.	G	T	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.641;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=26;PP=1181;ReadPosRankSum=1.269;SC=CAGCCGCGGGGCCCTAGGCCG;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=83;TCR=37;TR=84;WE=106685297;WS=106685279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,91:0.72:126
chr7	106685448	rs75385144	G	T	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=1.150;SC=TGGAGTTCGCGCTGCAGCACT;SOR=0.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=112;TCR=101;TR=212;WE=106685456;WS=106685438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr7	106768839	rs34736852	G	GAC	9829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=108;PP=2957;SC=TTTGTAAGCTGATCACCCTGG;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=16;TCR=113;TR=123;WE=106768847;WS=106768829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr7	106781445	rs2302453	G	A	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=67;PP=2138;SC=AACCTTTTGTGTAAAATCTCA;SOR=1.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=122;WE=106781453;WS=106781435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	106786952	rs3729876	T	C	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=103;PP=2965;SC=TTTGTAGCAATTGCTATGACG;SOR=1.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=45;TCR=103;TR=148;WE=106786960;WS=106786942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr7	106787065	rs3729877	T	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=429;SC=CACTAAGACTTCACTAAGTCA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=106787073;WS=106787055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	106826333	rs140559709	A	G	3428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=97;PP=2409;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CGAAGAGTGAACCAGCCTTCC;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=585;TCF=280;TCR=305;TR=190;WE=106826341;WS=106826323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:408,192:0.32:600
chr7	106888946	.	TA	T	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr7	106898870	rs373558918	TTC	T	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=2.178;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,28:0.22:130
chr7	107114400	rs11453718	A	AT	798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=683;SC=CAATTGAAAGATTTTTTTTCT;SOR=4.479;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=27;WE=107114408;WS=107114390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr7	107217068	rs3839819	TG	T	7512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=136;PP=2983;SC=TTCTTTTAATTGGGGGGGGAA;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=20;TCR=150;TR=154;WE=107217084;WS=107217044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr7	107218033	rs711442	T	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=534;SC=TTTTAATATATACTTTTAGAC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=107218041;WS=107218023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	107255548	rs3801944	T	C	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.058;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=19;PP=2965;ReadPosRankSum=1.369;SC=CAGTTTCTTATGGCCAGTGTC;SOR=3.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=142;TCR=19;TR=161;WE=107255570;WS=107255538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
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chr7	107303628	rs2248465	C	T	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	107330434	rs2072063	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=3;PP=661;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GTACCTATCACGGTAAAAATT;SOR=1.627;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=34;WE=107330442;WS=107330424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr7	107344921	.	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,28:0.22:127
chr7	107384849	rs756872	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CGCTCCTACTCTGGTTCTGCT;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=107384857;WS=107384839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr7	107392891	rs3216898	C	CTG	3048.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.936;NF=58;NR=28;PP=2991;ReadPosRankSum=0.635;SC=ATGTGTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.105;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=86;WE=107392902;WS=107392881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,106:0.62:171
chr7	107414419	rs41669	A	G	13533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=279;NR=218;PP=2965;SC=CTGAAAAGTCAAGAATGAGGC;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=500;TCF=281;TCR=219;TR=497;WE=107414427;WS=107414409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr7	107423907	rs41280236	T	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=898;ReadPosRankSum=-1.462;SC=GTGTCTCACTTTGGAGTATGA;SOR=1.565;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=36;WE=107423915;WS=107423897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr7	107531832	rs11373214	G	GC	5235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=129;PP=2973;SC=GCTGGCGGAGGCGGGCGCCTG;SOR=4.332;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=2;TCR=135;TR=131;WE=107531840;WS=107531822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	107542662	rs10250718	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=376;SC=TGTGAAAACATAGCCCGAATA;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=107542670;WS=107542659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	107545586	rs17412104	G	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=514;SC=TTTGAACTTGGTTACAGGGGA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=107545594;WS=107545576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	107545799	rs10263341	T	C	7488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=104;PP=2965;SC=AAGATTATTTTGTAAAGGTTG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=176;TCR=104;TR=279;WE=107545807;WS=107545789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr7	107559722	rs8721	A	T	911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=850;SC=GATTATATATATTTTTTTCTG;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=107559730;WS=107559712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	107564366	rs7561	T	G	7050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TTTTACCTTGTTCACCTCAGC;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=164;TCR=77;TR=240;WE=107564374;WS=107564356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,251:1.00:252
chr7	107564539	rs3213673	G	A	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.39;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,100:0.97:103
chr7	107564542	rs3213674	G	T	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.35;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,101:0.97:104
chr7	107569517	rs1131398	A	G	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=29;PP=2965;SC=ACCGAAGTTAACAGGTTCTGG;SOR=2.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=104;TCR=29;TR=133;WE=107569525;WS=107569507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	107575866	rs11545309	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.963;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TTACCATTTCGGCAGCGGCTG;SOR=0.230;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=27;WE=107575874;WS=107575856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,24:0.31:78
chr7	107577448	rs34337564	CT	C	2450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=0;PP=1364;SC=TATTAGAAAACTTTTTTTTTT;SOR=7.978;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=66;TCR=3;TR=49;WE=107577464;WS=107577438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	107577456	rs56285692	T	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=62;NR=3;PP=1821;SC=AACTTTTTTTTTTCCCCAAAA;SOR=5.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=64;TCR=3;TR=65;WE=107577464;WS=107577438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	107580839	rs2158836	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=55;PP=1568;SC=TGATCTACTTAATCATGAACC;SOR=5.318;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=58;WE=107580847;WS=107580829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr7	107603431	rs2230156	A	C	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=84;PP=2549;SC=AAGCCCCTTCAGGCACTCGGA;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=163;WE=107603439;WS=107603421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
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chr7	107791018	rs443552	G	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=489;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TGTGAATGGAGCATGATTTTG;SOR=0.592;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=29;WE=107791026;WS=107791008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr7	107800953	rs12670313	A	G	4601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.113;SC=AAACAAATCAATGGTGTTGGT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=99;TCR=182;TR=189;WE=107800961;WS=107800943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,198:0.68:292
chr7	107808639	rs12537654	A	G	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=9;PP=1044;ReadPosRankSum=0.963;SC=AAGATGATCCATAGTAAATTC;SOR=0.473;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=101;TCF=88;TCR=13;TR=63;WE=107808647;WS=107808629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr7	107815858	rs11983886	T	A	5277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.790;SC=AACACACCCATGAGCATGTAT;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=358;TCF=152;TCR=206;TR=215;WE=107815866;WS=107815848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,225:0.60:373
chr7	107818851	rs428459	T	C	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=38;PP=2086;ReadPosRankSum=0.260;SC=CAGTACTTGTTTGACGCATGA;SOR=1.277;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=213;TCF=135;TCR=78;TR=128;WE=107818859;WS=107818841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,141:0.62:226
chr7	107820911	rs414077	G	T	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=73;PP=1907;ReadPosRankSum=-0.038;SC=GCAGAAAGGAGCAAACAAGAT;SOR=0.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=38;TCR=97;TR=103;WE=107820919;WS=107820901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,107:0.78:138
chr7	107822198	rs2839850	A	G	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=16;PP=1250;ReadPosRankSum=0.441;SC=CTCCTGTGGTATGCATGACAA;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=68;WE=107822206;WS=107822188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,71:0.68:105
chr7	107822396	rs2142325	G	A	3377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=89;PP=2366;ReadPosRankSum=-1.484;SC=GAAAAGGACAGGGAAGTGGTA;SOR=1.092;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=216;TCF=85;TCR=131;TR=141;WE=107822404;WS=107822386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,144:0.65:221
chr7	107824556	rs10561815	TTA	T	164.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5048;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=253;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATATGTATCTTTATATATATA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=107824565;WS=107824550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr7	107824678	rs6970656	A	G	3561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=39;PP=2515;ReadPosRankSum=-1.519;SC=AAGGCATCATAGCTCACCTTC;SOR=1.117;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=231;TCF=162;TCR=69;TR=143;WE=107824686;WS=107824668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,148:0.61:241
chr7	107824889	rs401433	C	G	4145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.070;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.801;SC=ACTGCTCAGACGCCTCGCTGG;SOR=0.998;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=233;TCF=106;TCR=127;TR=166;WE=107824897;WS=107824879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,172:0.71:242
chr7	107825108	rs427909	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=320;ReadPosRankSum=-1.918;SC=TTCAGTCAACTCAGGGGTAGC;SOR=1.739;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=15;WE=107825116;WS=107825098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr7	107831520	rs6962066	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=1.180;SC=GAAAAATCTGTGGTTATGATG;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=107831528;WS=107831519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	107834613	rs6958498	G	C	7899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.083;SC=ATCCATGTAGGATCTGAAATG;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=527;TCF=264;TCR=263;TR=332;WE=107834632;WS=107834603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,337:0.63:538
chr7	107834624	rs6978315	T	C	7788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.175;SC=ATCTGAAATGTAGAGTCATCG;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=520;TCF=266;TCR=254;TR=333;WE=107834632;WS=107834603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,334:0.63:528
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chr7	107836064	rs34680676	G	GA	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=308;ReadPosRankSum=1.171;SC=TGTCTCACAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.287;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=26;WE=107836072;WS=107836055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
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chr7	107874906	rs1269632	G	A	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=1;PP=609;ReadPosRankSum=2.523;SC=ATATCCAACTGAAAAAGGAAG;SOR=1.390;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=47;TCR=2;TR=31;WE=107874914;WS=107874896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr7	107875170	rs1269633	T	C	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.567;NF=14;NR=51;PP=1327;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAAAACAAATTATTTAAAATC;SOR=1.034;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=65;WE=107875178;WS=107875160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,53:0.78:68
chr7	108137253	rs11448779	G	GA	5140.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=74;PP=2967;SC=CCCTTATGATGTAAGATTTCC;SOR=1.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=2;TCR=75;TR=76;WE=108137261;WS=108137243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	108206478	rs73193452	A	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-2.051;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr7	108212353	rs1043615	G	A	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=75;PP=1716;ReadPosRankSum=0.806;SC=ATAAGAGCCCGGATGCTGAAG;SOR=0.930;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=400;TCF=178;TCR=222;TR=127;WE=108212361;WS=108212343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,132:0.31:422
chr7	108524003	rs2280645	T	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.437;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=415;ReadPosRankSum=3.323;SC=TTTTTATACTTTTGACACATT;SOR=2.726;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=17;WE=108524011;WS=108523993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr7	110763563	rs214865	T	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,90:0.29:307
chr7	110764048	.	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=1.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:577,82:0.12:659
chr7	111032703	rs37675	A	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=0.888;SC=TAGCATCAGAATTTTTAGTGC;SOR=0.542;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=12;WE=111032711;WS=111032693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr7	111372095	rs10953696	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=348;SC=TGGCTGCGTTTGTGCAGGAGG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=111372103;WS=111372089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	111372467	rs74504826	G	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=419;ReadPosRankSum=0.301;SC=CTAAGCAAAGGGGGTGGTGAG;SOR=0.663;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=120;TCF=36;TCR=84;TR=40;WE=111372475;WS=111372457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,42:0.34:123
chr7	111376840	rs2301678	T	C	3787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=54;PP=2631;ReadPosRankSum=0.111;SC=CATTAATCCCTTAAAGAGCAT;SOR=0.459;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=227;TCF=153;TCR=74;TR=162;WE=111376848;WS=111376830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,165:0.71:231
chr7	111379634	rs10246451	C	A	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=1026;ReadPosRankSum=0.593;SC=AAATTAGCAACAAAAAGTCCG;SOR=0.993;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=52;WE=111379642;WS=111379624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,59:0.74:80
chr7	111379706	rs2074116	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GAATTAATGAAAAGTCTGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=111379714;WS=111379696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr7	111382324	rs3757648	C	T	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=68;PP=1801;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GTAGGAACAGCTGTCACTTTA;SOR=0.432;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=138;TCF=36;TCR=102;TR=95;WE=111382332;WS=111382314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,98:0.70:141
chr7	111405322	rs80172643	C	T	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=77;PP=2221;ReadPosRankSum=-3.277;SC=TCTCATCTTTCGGTTCTATCA;SOR=0.599;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=213;TCF=86;TCR=127;TR=132;WE=111405330;WS=111405312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,142:0.63:227
chr7	111474749	rs3214145	TA	T	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=10.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr7	111487026	rs10275038	G	A	3574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=16;PP=2528;SC=TTTGAAGGGAGCTATATACTA;SOR=3.145;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=92;TCR=16;TR=107;WE=111487034;WS=111487016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	111503660	rs59559298	G	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=3.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,87:0.27:317
chr7	111512165	rs58173189	GC	G	1160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.805;NF=1;NR=33;PP=1315;ReadPosRankSum=0.681;SC=AGAAAATTGAGCTTTATAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=34;WE=111512173;WS=111512155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr7	111512630	rs28593141	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=268;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CCTTTCAAAATAGAAAAGGAA;SOR=0.389;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=24;WE=111512638;WS=111512620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr7	111535497	rs2074131	A	G	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=2;PP=1361;SC=ATATGTTCTAAAATATAACCC;SOR=5.507;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=47;WE=111535505;WS=111535494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr7	111958382	rs4727766	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=174;ReadPosRankSum=0.295;SC=AAACTCATCAGAACATCCCTA;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=15;WE=111958390;WS=111958372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr7	111970342	rs11773393	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=169;ReadPosRankSum=-0.575;SC=AGGACCAACTAATATTTGAAT;SOR=0.999;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=11;WE=111970350;WS=111970332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr7	111981007	rs11539696	G	A	5562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.461;SC=TGGCTGCCATGTGAAGTTCAA;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=337;TCF=194;TCR=143;TR=223;WE=111981015;WS=111980997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,243:0.68:359
chr7	111981183	rs11463201	G	GA	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=6.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.221;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,26:0.32:81
chr7	112101909	rs2708609	T	A	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	112102355	rs2253962	T	G	10429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=176;PP=2965;SC=GCCTCCTCTCTTGTGATGATG;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=203;TCR=176;TR=379;WE=112102363;WS=112102345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr7	112112279	rs2074796	G	A	15021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=304;NR=219;PP=2965;SC=GTTAGGAACGGGATTTTCCAA;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=523;TCF=304;TCR=219;TR=523;WE=112112287;WS=112112269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr7	112129991	rs34665489	C	T	9048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.080;SC=CAACTGGACTCTGAACAAAAC;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=630;TCF=322;TCR=308;TR=396;WE=112129999;WS=112129981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,407:0.63:648
chr7	112130009	rs11767398	A	C	23536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=292;NR=321;PP=2965;SC=AACTAAAGGAATGATTTTCTG;SOR=0.830;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=614;TCF=292;TCR=322;TR=613;WE=112130017;WS=112129999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,637:1.00:637
chr7	112555294	.	GA	G	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=3.494;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,19:0.20:94
chr7	112575149	rs10231221	A	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=641;SC=ATTTATTTCAATGATCAGGCA;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=112575157;WS=112575139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	112724417	rs2256044	A	G	13202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=272;NR=178;PP=2965;SC=CGATAGCTAAATATCTGGTGA;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=453;TCF=274;TCR=179;TR=450;WE=112724425;WS=112724407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr7	112724525	rs1608890	A	G	19658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=349;NR=325;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TCCAGGTAGAACCATTTTTGA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=678;TCF=351;TCR=327;TR=674;WE=112724533;WS=112724515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,708:1.00:710
chr7	113091231	rs12705871	A	G	10294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GAGTGCAGGCAAACCAAACAC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=206;TCR=173;TR=375;WE=113091239;WS=113091221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,389:0.99:391
chr7	113518502	rs2974938	A	T	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=0.904;SC=AACCTGCCTAAGATCTCTGTT;SOR=0.373;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=196;WE=113518510;WS=113518492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr7	113519719	rs2974944	A	T	5559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=79;PP=2965;SC=TTACTTCAATATTTTTAGCTC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=109;TCR=79;TR=188;WE=113519727;WS=113519709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr7	113519796	rs2974942	C	T	8698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=162;NR=135;PP=2965;SC=GGTATTTGCACTGTGCCATTG;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=298;TCF=163;TCR=135;TR=297;WE=113519804;WS=113519786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr7	114138751	rs2040658	G	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=0.434;SC=CCAAAAGAAAGATTTTAGTTA;SOR=0.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=5;WE=114138759;WS=114138749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr7	114293859	rs11765385	G	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=8.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=388;ReadPosRankSum=0.793;SC=TCCTCCTGACGCAGACTTTTA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=87;TCF=86;TCR=1;TR=23;WE=114293867;WS=114293849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr7	114562833	rs35262508	G	GTT	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=308;ReadPosRankSum=-0.071;SC=AACTTGCGCTGTAACAGTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=7;WE=114562841;WS=114562823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr7	114619598	rs2594449	C	A	7066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=93;PP=2965;SC=AGACTTCAGCCCAGGTGCCAA;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=151;TCR=93;TR=244;WE=114619606;WS=114619588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr7	115608355	rs10248479	T	G	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1247;ReadPosRankSum=0.863;SC=GTGTGGAAACTTCTACACTAA;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=93;WE=115608363;WS=115608345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,99:0.79:125
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chr7	115890187	rs73222310	A	G	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=17;PP=1323;ReadPosRankSum=-1.858;SC=GGCCAATCCCAGTTAACATTG;SOR=1.005;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=104;TCR=29;TR=82;WE=115890195;WS=115890177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,82:0.62:133
chr7	116140076	rs2535220	T	C	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=120;PP=2965;SC=CCACCATTGCTACCGGGTCGG;SOR=4.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=13;TCR=120;TR=133;WE=116140084;WS=116140066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	116140275	rs11767363	T	C	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=25;PP=2283;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GGCGTCAGGTTGGCTGACAGT;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=85;TCR=25;TR=109;WE=116140283;WS=116140265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr7	116140524	rs2270188	G	T	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=71;PP=1791;SC=ACACCGGGTGGACCGGCTTTC;SOR=3.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=9;TCR=71;TR=80;WE=116140532;WS=116140514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	116145957	rs4730743	A	T	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=5;PP=1874;SC=ATCTTTTCATACATGTACAAG;SOR=4.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=69;TCR=5;TR=74;WE=116145965;WS=116145947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	116165174	rs35182456	C	T	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=24;PP=861;ReadPosRankSum=-1.970;SC=GGCGCCGGCTCGGGCGTGCGG;SOR=0.904;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=230;TCF=139;TCR=91;TR=70;WE=116165182;WS=116165164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,81:0.32:250
chr7	116165360	rs1997623	A	C	6943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=135;PP=2965;SC=GAGGGGGCCTAGGGAGCCCCT;SOR=0.951;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=122;TCR=136;TR=257;WE=116165368;WS=116165350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr7	116165463	rs2742125	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=52;PP=1743;SC=GGATGCTCCCTTGTCGCGGGA;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=66;WE=116165471;WS=116165453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	116421967	rs6947629	T	C	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=950;SC=TATAAATAAATATTTCAGAAT;SOR=3.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=116421975;WS=116421957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	116596697	rs6960131	A	G	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=138;PP=2965;SC=TTCTGGAGTCATTCTTGGATA;SOR=1.404;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=82;TCR=138;TR=220;WE=116596705;WS=116596687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr7	116598724	rs35042045	C	T	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=6.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.003;SC=GTTTGGTTCCCGGCCACTGCA;SOR=1.102;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=127;TCF=7;TCR=120;TR=82;WE=116598743;WS=116598714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,81:0.64:127
chr7	116598735	rs6466595	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GGCCACTGCAATAAAGTGAGT;SOR=0.068;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=94;TCF=1;TCR=93;TR=32;WE=116598743;WS=116598714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,33:0.35:94
chr7	116600049	rs10262671	A	T	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=3;PP=2515;SC=GACTCTTAATACTTAGTGAAT;SOR=6.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=87;TCR=3;TR=90;WE=116600057;WS=116600039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	116600223	rs74301894	G	A	6912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,341:0.68:499
chr7	116606241	rs74837525	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GTGGATTACACTTATTTGTTG;SOR=0.330;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=17;WE=116606249;WS=116606231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr7	116607501	rs10259502	T	C	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=69;PP=2117;SC=GTCAGGCAGCTTGTGCAGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=104;WE=116607509;WS=116607491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	116660464	rs5886844	AC	A	2881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=15;PP=2281;SC=TTTCAATCACACCGGGAGAAA;SOR=2.720;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=58;WE=116660472;WS=116660454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	116660803	rs7788320	A	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.416;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=637;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TTTTGGCTCTAATTACAAAGG;SOR=1.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=106;TCF=21;TCR=85;TR=39;WE=116660811;WS=116660793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,39:0.37:106
chr7	116770715	rs3808218	A	C	3378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=80;PP=2273;ReadPosRankSum=1.515;SC=CTTAAGTGTCAAGATTTCTGC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=101;TCR=129;TR=143;WE=116770723;WS=116770705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,149:0.62:239
chr7	116778443	.	AT	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.195;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr7	116838311	rs193573	G	A	7952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=1.211;SC=TACCTGCTCAGTACATGTTGG;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=474;TCF=270;TCR=204;TR=337;WE=116838319;WS=116838301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,354:0.71:502
chr7	116918060	rs6972479	G	A	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=14;PP=2965;SC=CCATCCTGGGGCCCCCAGGGA;SOR=3.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=108;TCR=14;TR=122;WE=116918068;WS=116918050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	116918085	rs2228946	C	T	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=19;PP=858;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GAGGGGGCTTCCGTTGAGATA;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=168;TCR=63;TR=71;WE=116918093;WS=116918075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,72:0.31:234
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chr7	117023237	rs10278953	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=238;SC=GAAACTGAACATACGATTATC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=117023245;WS=117023227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr7	117066718	rs7784156	C	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=661;SC=CAAATGCAAGCAGAGAGGAAG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=117066726;WS=117066714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	117066978	rs117446983	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,40:0.28:145
chr7	117067040	rs10242827	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=796;SC=TTTTTGTTTCCACCTCATCAG;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=117067048;WS=117067030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	117176568	rs34543279	AGATT	A	1069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.013;NF=10;NR=6;PP=668;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTTTACTATTAGATTGATTGA;SOR=0.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=16;WE=117176579;WS=117176558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr7	117176738	rs1800503	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=463;ReadPosRankSum=-0.530;SC=GTAAGTTGTTCCAATAATTTC;SOR=0.317;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=28;WE=117176746;WS=117176728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr7	117188682	rs10229820	G	T	895.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;HP=8;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=2.574;NF=33;NR=18;ReadPosRankSum=1.202;SC=GTGTGTGTGTGTTTTTTTAAC;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=51;WE=117188690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr7	117188736	rs4727853	C	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQRankSum=-3.685;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.207;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,20:0.17:115
chr7	117199457	rs34855237	A	G	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=12;PP=1150;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TGATAATTGGAGGCAAGTGAA;SOR=0.567;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=94;TCF=78;TCR=16;TR=63;WE=117199465;WS=117199447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,67:0.66:101
chr7	117199533	rs213950	G	A	6701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;NR=94;PP=2965;SC=ACTTCTAATGGTGATTATGGG;SOR=1.102;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=240;TCF=146;TCR=94;TR=237;WE=117199541;WS=117199523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr7	117235055	rs1042077	T	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=412;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GATATATTACTGTCCACAAGA;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=40;WE=117235063;WS=117235045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,44:0.38:115
chr7	117235196	rs4148712	CAT	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=87;ReadPosRankSum=0.464;SC=TATGCACACACATAAATATGT;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=117235205;WS=117235186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr7	117254527	rs213981	A	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=355;ReadPosRankSum=-1.615;SC=TGATGAACTGAGATTTAAAAA;SOR=0.337;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=78;TCF=65;TCR=13;TR=27;WE=117254535;WS=117254517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr7	117307108	rs1800136	G	A	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=813;ReadPosRankSum=0.336;SC=CTAAGCCCCAGATTGCTGCTC;SOR=0.587;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=225;TCF=97;TCR=128;TR=69;WE=117307116;WS=117307098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,74:0.32:234
chr7	117359633	.	ACCCAGAGAGAGTC	A	4427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.664;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=31.475;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.836;NF=4;NR=79;PP=2933;ReadPosRankSum=1.845;SC=CGTCATCTGAACCCAGAGAGA;SOR=2.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=143;TCF=9;TCR=134;TR=83;WE=117359653;WS=117359623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,115:0.55:210
chr7	117420784	rs17140422	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=335;ReadPosRankSum=0.891;SC=CATATATCAATTATTATGGAT;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=16;WE=117420792;WS=117420774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr7	117426484	rs149142354	AAAAC	A	3278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.455;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.187;NF=20;NR=27;PP=2111;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TATTTTCTTAAAAACAAACAA;SOR=1.201;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=47;WE=117426495;WS=117426474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,86:0.61:142
chr7	117451124	rs6973399	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=131;ReadPosRankSum=-0.923;SC=TTTGTGATTATACTTCCAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=117451132;WS=117451114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	117824239	rs2896242	G	C	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=77;PP=2067;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GCTTGCTGTCGGCACCGCTGC;SOR=0.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=576;TCF=335;TCR=241;TR=192;WE=117824247;WS=117824229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,196:0.33:592
chr7	117825549	rs9655829	T	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=2.166;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	117825681	rs45604739	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=437;ReadPosRankSum=-1.928;SC=ATTCCCTAAGAAACACTTTCT;SOR=0.648;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=34;WE=117825689;WS=117825671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,38:0.35:108
chr7	117825834	rs2041527	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=339;ReadPosRankSum=0.013;SC=TCTAATGCCTAGACAGCACAT;SOR=1.105;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=21;WE=117825842;WS=117825824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr7	117832138	rs1061731	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=265;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GTTTTTATGAGTGTGTCACTG;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=20;WE=117832146;WS=117832128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr7	117874308	rs10267938	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AACACACTTGCGCAGCCCTGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=117874316;WS=117874303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	120380757	rs145751389	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,25:0.25:99
chr7	120380961	rs3834346	ATTTG	A	1192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,38:0.27:142
chr7	120381751	rs7795370	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=262;ReadPosRankSum=-0.263;SC=AGTTCTACTTTCCTATAATTT;SOR=0.278;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=89;TCF=17;TCR=72;TR=23;WE=120381759;WS=120381741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr7	120428607	rs41622	G	A	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=13;PP=1850;SC=CACAAGTCCAGTAAAACAAGT;SOR=3.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=66;TCR=13;TR=79;WE=120428615;WS=120428597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	120428799	rs41623	C	A	8058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=160;PP=2965;SC=GGTCTGTCCCCGGCTCCCTTC;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=113;TCR=162;TR=273;WE=120428807;WS=120428789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr7	120450658	rs7805733	G	A	8550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;QD=25.52;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr7	120450678	.	TCACA	T,TCA	3178.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.220;QD=33.11;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,68,27:0.71,0.28:96
chr7	120590786	rs11408222	C	CG	364.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=984;SC=AGGCAAGCGCCTCAGGCGCCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=120590794;WS=120590776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	120605030	rs2525720	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=615;ReadPosRankSum=-2.429;SC=TTGGACCCTAACAGTTGGAAA;SOR=0.847;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=155;TCF=36;TCR=119;TR=43;WE=120605038;WS=120605020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,48:0.30:162
chr7	120609024	rs139417776	T	TA	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=412;ReadPosRankSum=0.936;SC=AAAATCTACATATTTACATAT;SOR=0.061;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=10;WE=120609032;WS=120609018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr7	120610632	rs2074576	C	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=0.186;SC=CTTTAGCTTACACTTTAATTT;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=6;WE=120610640;WS=120610622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr7	120613419	rs2721369	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=487;SC=TATTAGTTATATTATGCTAAT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=120613427;WS=120613409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	120613450	rs2525726	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TCCTCTTCAAAATAGGGTAGT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=120613458;WS=120613440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr7	120704289	rs2721375	C	T	12519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=1.687;SC=TCATTCCTTTCAGGCAAACAG;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=447;TCF=259;TCR=188;TR=443;WE=120704297;WS=120704278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,460:1.00:461
chr7	120739962	rs199844199	GTT	G	2239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.390;QD=27.31;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,75:0.91:82
chr7	120740103	rs798937	G	T	12498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=222;NR=231;PP=2965;SC=TTCATTCGACGGGCACAGTTT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=455;TCF=223;TCR=232;TR=453;WE=120740111;WS=120740093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr7	120740225	rs1917112	C	G	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.171;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=61;PP=1482;ReadPosRankSum=0.403;SC=GCCATTTTCCCACCTTTATGG;SOR=1.391;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=113;TCF=24;TCR=89;TR=75;WE=120740233;WS=120740215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,76:0.66:115
chr7	120764477	rs1524498	G	C	5408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.927;SC=TACTGCTAGCGGCTGAAGTAT;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=398;TCF=188;TCR=210;TR=255;WE=120764485;WS=120764467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,262:0.65:405
chr7	120764573	rs798948	C	A	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=64;PP=1797;SC=AGAAAGAAAGCAACCTATCTT;SOR=3.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=75;WE=120764581;WS=120764563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	120765954	rs798949	T	C	5870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.600;SC=CAGGTCAGTATGCCAAAGGCC;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=438;TCF=228;TCR=210;TR=277;WE=120765962;WS=120765944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,278:0.62:445
chr7	120770437	rs34320754	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GTTAAAGCAAGCAGCAACAAC;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=15;WE=120770445;WS=120770427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr7	120773954	rs61128227	A	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=-1.373;SC=AAAGGTAAAAATATAGATATT;SOR=0.242;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=28;WE=120773962;WS=120773944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr7	120776080	.	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr7	120776097	rs41281692	C	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr7	120776281	rs13232048	G	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=0.733;SC=GAAGTTATTAGATTTCCAATG;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=120776289;WS=120776271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr7	120781884	rs11979314	G	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=609;SC=TATTTTCATAGTTTAGGTTTC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=120781892;WS=120781882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	120884453	rs2272196	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr7	120901695	rs10953934	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=890;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GTTGGGTGTCGATGTCCAGAG;SOR=0.674;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=184;TCF=97;TCR=87;TR=63;WE=120901703;WS=120901685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,63:0.34:186
chr7	121080929	rs6961822	A	G	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1448;ReadPosRankSum=0.830;SC=CCTCTGGCATACTCGAACTTC;SOR=0.924;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=90;WE=121080937;WS=121080919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,92:0.73:126
chr7	121080957	rs7795121	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,57:0.27:208
chr7	121081052	rs6962156	C	T	4001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=80;PP=2405;ReadPosRankSum=1.117;SC=AGGACGGTGCCGCAGACCTTG;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=130;TCR=114;TR=169;WE=121081060;WS=121081042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,181:0.68:268
chr7	121081115	rs6466786	A	C	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=69;PP=2032;SC=CCCACCCTGAAGATGTGGCTG;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=48;TCR=69;TR=117;WE=121081123;WS=121081105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	121081222	rs76006173	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=666;ReadPosRankSum=0.770;SC=CACGGCCGTTTTGTTTTCCTG;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=106;TCR=65;TR=50;WE=121081230;WS=121081212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,51:0.28:179
chr7	121164363	rs2896305	C	G	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=45;PP=2938;SC=GAAAAGTCAACACCTGAGGGT;SOR=1.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=99;TCR=45;TR=143;WE=121164371;WS=121164353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	121164389	rs148334104	C	T	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=42;PP=2359;ReadPosRankSum=-1.754;SC=CTGACACTTACGGGCTATTGA;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=158;TCR=70;TR=142;WE=121164397;WS=121164379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,148:0.62:237
chr7	121513369	.	G	GTC	70.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=1.981;SC=CTCTGTCTCTGTCTCTCTCTC;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=121513377;WS=121513359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	121616250	rs4629793	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr7	121617017	rs3817483	A	G	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=45;PP=1134;ReadPosRankSum=0.205;SC=CTACATTTTTAAAGAGGAGCA;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=63;WE=121617025;WS=121617007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr7	121653374	rs35947407	GTGA	G	5134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.536;NF=38;NR=85;PP=2983;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GATGATGATGGTGATGATGAT;SOR=0.741;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=251;TCF=71;TCR=180;TR=123;WE=121653384;WS=121653364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,212:0.64:332
chr7	121653398	rs1147504	G	A	5994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.111;NF=136;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GATGACAGAGGTAGTGATGGC;SOR=0.703;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=379;TCF=210;TCR=169;TR=242;WE=121653406;WS=121653388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,258:0.65:399
chr7	121684676	rs73222696	A	G	4066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=121;PP=2858;ReadPosRankSum=1.283;SC=ATGTCCCTGCATCTTCTCATT;SOR=1.180;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=246;TCF=71;TCR=175;TR=163;WE=121684684;WS=121684666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,171:0.67:257
chr7	121699018	.	G	A	4615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.761;SC=GTGTTAGATGGTTTCACACCT;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=147;TCR=162;TR=207;WE=121699026;WS=121699008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,212:0.66:322
chr7	121699151	rs59593536	AT	A	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr7	121699789	.	CT	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.884;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,20:0.23:87
chr7	121942832	rs10685687	G	GACA	17168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=108;NR=87;PP=2969;SC=AACCATGAGAGACATTTCCTG;SOR=1.397;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=210;TCF=114;TCR=96;TR=195;WE=121942840;WS=121942822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr7	121942847	rs6968786	G	C	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.119;NF=67;NR=41;PP=1531;ReadPosRankSum=1.277;SC=TTCCTGGTTTGCATACCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=363;TCF=227;TCR=136;TR=108;WE=121942855;WS=121942837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,144:0.30:476
chr7	121943642	rs111662975	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-1.414;QD=7.84;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr7	121944527	rs11761299	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.396;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=420;ReadPosRankSum=0.849;SC=CGGGGCTGGGTTGCGCCGTCC;SOR=1.207;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=28;WE=121944535;WS=121944517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,30:0.31:98
chr7	121985541	rs798685	T	C	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=17;PP=1138;SC=AAGGAGACTATGCTTTGCAAA;SOR=1.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=121985549;WS=121985531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	121985556	rs798684	C	G	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=20;PP=1510;SC=TGCAAACATACCATCAAAATT;SOR=1.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=70;WE=121985564;WS=121985546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	122194751	rs139130136	G	GA	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.607;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=3.636;NF=2;NR=33;PP=369;ReadPosRankSum=0.930;SC=CACCTGTATGGAAAAAAAAAC;SOR=1.713;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=118;TCF=14;TCR=104;TR=35;WE=122194759;WS=122194741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,41:0.28:146
chr7	122303321	rs2251761	C	T	7120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=71;PP=2965;SC=GCTGGTGTTCCAGTTTTTTAA;SOR=1.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=167;TCR=71;TR=238;WE=122303329;WS=122303311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr7	122635024	rs860170	C	T	11868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=217;PP=2965;ReadPosRankSum=1.654;SC=GGCAGTGAAGCGCGCTTTCAT;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=414;TCF=196;TCR=218;TR=413;WE=122635032;WS=122635014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,429:1.00:430
chr7	122635113	.	G	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.21;ReadPosRankSum=-1.131;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,50:0.12:401
chr7	122757505	rs28364221	A	AT	1701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,88:0.30:290
chr7	122769378	.	CTGTGTGTGTG	C	3220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=8.176;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;MQRankSum=0.596;QD=37.89;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,80:0.94:85
chr7	122774729	rs2470984	C	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=-0.086;SC=AAATAGAGTACTTTTACCCCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=122774737;WS=122774719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr7	122808528	rs11976455	A	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=12;PP=768;SC=AATTTGGAAAAATCCCAATCA;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=122808536;WS=122808518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	123097380	rs12673749	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=708;SC=GTCCAGTTATCGCTAATAATT;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=123097388;WS=123097370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	123097468	rs10234745	T	C	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=44;PP=2461;SC=GATGAGCAGCTGCTTCATCTT;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=133;WE=123097476;WS=123097458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	123102893	rs79983462	T	C	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=66;PP=2849;SC=CCATCTGAAATTGTGCAAGAA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=150;WE=123102905;WS=123102883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	123119990	rs10500091	T	C	10653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=205;PP=2965;SC=CAGTAAAAGATTGGTTAATAC;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=373;TCF=168;TCR=205;TR=372;WE=123119998;WS=123119980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr7	123120070	rs12155170	C	T	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=79;PP=2310;SC=AAAATCCCATCTTGAATGATC;SOR=3.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=15;TCR=79;TR=94;WE=123120078;WS=123120060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	123150194	rs1917708	T	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=27;PP=858;SC=TTTAATTACATAGAATACAAG;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=123150202;WS=123150184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	123152019	rs10255061	C	T	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;NR=42;PP=2965;SC=GAATCTTCCACTGATTCTTGC;SOR=2.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=125;TCR=42;TR=167;WE=123152027;WS=123152009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	123152035	rs10270705	T	C	6370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=153;NR=57;PP=2965;SC=CTTGCAAAGATTCCTTTACAG;SOR=2.020;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=153;TCR=57;TR=210;WE=123152043;WS=123152025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	123196787	rs113495801	C	CA	1221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=12;PP=985;SC=TCAAATGTGTCAAAAAACGCT;SOR=1.845;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=30;WE=123196795;WS=123196777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	123256427	rs6962756	C	T	7183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=152;PP=2965;SC=GGTCACATTCCTGAGCTCCAG;SOR=1.535;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=84;TCR=152;TR=236;WE=123256435;WS=123256417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	123264804	rs11769381	C	T	11207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=182;NR=221;PP=2965;SC=GATTTGGAGTCACACCACTAG;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=182;TCR=223;TR=403;WE=123264812;WS=123264794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr7	123269118	rs4731112	G	C	20815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=320;NR=386;PP=2965;ReadPosRankSum=1.291;SC=CTGTATTTTGGCGTTTCTAAT;SOR=0.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=708;TCF=321;TCR=387;TR=706;WE=123269126;WS=123269108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,740:1.00:741
chr7	123269976	rs3993666	G	GGC	2494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=5;PP=2118;SC=TTATGTATATGATATTAAAAA;SOR=4.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=48;WE=123269984;WS=123269966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	123295964	rs7779099	C	T	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=50;PP=2869;SC=TGCTTCTGGCCGCCTTGAATG;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=103;TCR=50;TR=152;WE=123295972;WS=123295954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	123296320	rs12538876	C	A	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	123301940	rs7809453	A	G	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=30;PP=2219;SC=AGGAAAGTGAAGAAGAGCTTA;SOR=1.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=102;WE=123301948;WS=123301930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	123324546	rs5887151	AAT	A	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=6;NR=4;PP=474;SC=TCACCTTAAAAATATATATAT;SOR=1.473;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=10;WE=123324557;WS=123324536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	123324745	rs147291543	CCAG	C	3403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.55;NF=6;NR=39;PP=2193;SC=AATGTGACTCCCAGAAGAATC;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=123324755;WS=123324735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	123329060	rs67743898	GTC	G	656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;QD=32.84;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	123334696	rs35280100	GT	G	3543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=22;PP=2653;SC=ATGTATGAATGTTAACTGGTT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=64;WE=123334704;WS=123334686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	123360398	rs34980321	CA	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	123388732	rs1054706	G	A	12026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=1.763;SC=TGAGCAACAGGGACCCCACGT;SOR=0.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=445;TCF=204;TCR=241;TR=442;WE=123388740;WS=123388722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,448:0.99:451
chr7	123610348	rs11975640	C	T	8750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=167;PP=2965;SC=CCTTGGCTTACAGGTGACTAT;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=141;TCR=167;TR=308;WE=123610356;WS=123610338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr7	123672456	rs374529977	CGCT	C	6853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=66;PP=2993;SC=CGCGCCCCTCCGCTGCTGCTG;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=31;TCR=98;TR=87;WE=123672469;WS=123672446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr7	123673004	rs148474510	C	T	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.53;SOR=3.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	124387092	rs3735270	C	G	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=78;PP=1929;ReadPosRankSum=-1.272;SC=AATACCACCACAGTCTCGCAC;SOR=0.842;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=421;TCF=196;TCR=225;TR=139;WE=124387100;WS=124387082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,148:0.34:441
chr7	124387374	rs724356	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=42;PP=1224;SC=ATAAGGTGAAAGTGGTGACTC;SOR=2.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=54;WE=124387382;WS=124387364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	124462661	rs17246404	C	T	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=80;PP=1674;ReadPosRankSum=0.359;SC=ATCATCAACACGGAAACACAC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=422;TCF=181;TCR=241;TR=138;WE=124462669;WS=124462651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,141:0.32:442
chr7	124467470	rs10244817	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TTTACTAAAATAACTCAAGAT;SOR=0.527;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=10;WE=124467478;WS=124467460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr7	124469267	rs10263573	A	T	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1196;ReadPosRankSum=0.549;SC=TAACCTTGTAAACAAACAGTT;SOR=0.521;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=77;WE=124469275;WS=124469257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,80:0.71:113
chr7	124475296	rs142780416	TAAACA	T,TAAACAAAACA	3525.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=33,33;NR=12,12;PP=2989,1450;SC=AAAAGTATAATAAACAAAACA;SOR=2.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=45,45;WE=124475322;WS=124475286;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.70,0.30:88
chr7	124477182	rs7787804	A	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=40;PP=1628;SC=ACATTTATTAAGTCTTTAACC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=124477190;WS=124477172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr7	124533740	rs10954048	C	T	4103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=111;PP=2476;ReadPosRankSum=1.813;SC=CCTGAATTTGCACATGCAACC;SOR=0.540;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=689;TCF=367;TCR=322;TR=223;WE=124533748;WS=124533730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:476,231:0.33:707
chr7	124540841	rs4383910	A	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
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chr7	125753485	rs1419526	C	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.007;NF=38;NR=6;PP=821;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AGGCTCTGTTCATGAATTTCA;SOR=0.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=44;WE=125753493;WS=125753475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr7	125753551	rs1419527	A	G	5714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.304;QD=27.61;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,133:0.64:207
chr7	125753556	rs5887285	A	AG	6032.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.298;QD=25.56;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,152:0.64:236
chr7	125753603	rs1419528	A	G	5274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.944;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=2.055;NF=110;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.940;SC=AGAGAAGGAGATAAGATTTTA;SOR=0.485;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=328;TCF=179;TCR=149;TR=208;WE=125753611;WS=125753593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,242:0.66:367
chr7	125753636	rs1419529	A	G	5335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.162;NF=98;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.135;SC=AGAGTTACAAACATGAACCAA;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=342;TCF=164;TCR=178;TR=212;WE=125753644;WS=125753626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,236:0.64:371
chr7	125753737	rs4395830	A	C	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=908;ReadPosRankSum=0.546;SC=TGGGCATGACAAAGGTTTTGA;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=46;WE=125753745;WS=125753727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr7	126079144	rs712723	A	G	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1493;ReadPosRankSum=1.316;SC=CATATACCACATCTCTTCAGA;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=91;TCR=79;TR=108;WE=126079152;WS=126079134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,119:0.63:188
chr7	126174079	rs185082401	T	C	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TCGTTTTTTTTCCCCTGATAT;SOR=2.303;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=10;WE=126174087;WS=126174069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	126410171	rs35648111	G	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=0.844;SC=TCCAATAAAAGACAGCATTAG;SOR=0.676;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=20;WE=126410179;WS=126410161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr7	126544012	rs769199	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.617;NF=37;NR=0;PP=768;ReadPosRankSum=-0.722;SC=AAATTCTCTATGGTGCATTCT;SOR=2.951;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=75;TCF=69;TCR=6;TR=37;WE=126544020;WS=126544002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr7	126716306	rs1419447	G	A	7288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.849;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=0.940;SC=GACAAGGAAAGAAAAATGAGG;SOR=0.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=303;TCF=118;TCR=185;TR=298;WE=126716314;WS=126716292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,284:0.98:289
chr7	127015083	rs62621812	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,28:0.20:141
chr7	127026342	rs6962137	G	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=1338;ReadPosRankSum=0.165;SC=ACACACACACGCATATATAAT;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=45;WE=127026350;WS=127026330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr7	127222157	rs3735644	G	A	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=42;PP=1250;ReadPosRankSum=0.532;SC=AAGATAGTCAGTATGGCTGTG;SOR=0.637;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=340;TCF=205;TCR=135;TR=107;WE=127222165;WS=127222147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,112:0.31:356
chr7	127224193	rs3735643	A	G	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=13;PP=2408;SC=TGAAAGAGATATGGATAATTA;SOR=3.023;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=82;TCR=13;TR=95;WE=127224201;WS=127224183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	127224286	rs3735642	A	G	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=39;PP=1262;ReadPosRankSum=-2.490;SC=GCAGCCGGGGATCTGGCTGAT;SOR=0.766;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=296;TCF=173;TCR=123;TR=100;WE=127224294;WS=127224276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,107:0.34:312
chr7	127228728	rs12536382	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-5.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=468;ReadPosRankSum=-0.233;SC=CCCCGAGTCACCCACCTCATA;SOR=0.285;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=26;WE=127228736;WS=127228718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr7	127230276	rs1419428	A	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.998;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=0.289;SC=GGGAGCCCCCAACAGGCATTG;SOR=0.109;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=15;WE=127230284;WS=127230266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr7	127234121	rs806212	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=193;ReadPosRankSum=-1.390;SC=TGTGCGCGCGCGCGTGTGTGT;SOR=0.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=15;WE=127234129;WS=127234088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr7	127250907	rs712700	T	C	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=61;PP=2831;SC=CTCTTAAGGCTAGTGTGAGAA;SOR=1.013;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=93;TCR=63;TR=154;WE=127250915;WS=127250897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	127251188	rs712701	T	G	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=45;PP=1751;SC=ACTGGCCAGGTGACAGTGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=103;WE=127251196;WS=127251178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	127251732	.	TA	T	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=6.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.075;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,23:0.18:126
chr7	127251792	rs327518	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.875;NF=6;NR=15;PP=265;ReadPosRankSum=0.416;SC=AGAGAACGCCGGGACCCCAGA;SOR=0.906;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=21;WE=127251800;WS=127251782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr7	127253714	rs3835004	A	AG	1478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=20;PP=1318;SC=GGCCACTCACACCTGCACCTC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=29;WE=127253722;WS=127253704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	127254457	rs594141	G	A	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=41;PP=1915;SC=ATCCAAGAAAGAACGAGAAAG;SOR=1.168;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=105;WE=127254465;WS=127254447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	127255285	rs698406	C	G	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=76;SC=TCCAGCCTCACCTTTGAGGGC;SOR=1.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=30;TCR=76;TR=106;WE=127255293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	127255795	rs327516	C	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=18;PP=1414;SC=TTGCCCATACCCGCCAACTCT;SOR=2.062;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=73;WE=127255803;WS=127255785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	127256071	rs181513994	G	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=291;ReadPosRankSum=0.818;SC=TTTCCAGCTTGGGGGCTGGCT;SOR=0.786;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=23;WE=127256079;WS=127256061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr7	127326782	rs144637656	C	T	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=69;PP=1970;ReadPosRankSum=0.471;SC=CGGGCAGCCGCCACACAACCT;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=435;TCF=241;TCR=194;TR=151;WE=127326790;WS=127326772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,157:0.34:456
chr7	127347733	rs11972774	G	C	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1408;ReadPosRankSum=0.829;SC=GATATGCATAGTGGACATTGC;SOR=0.707;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=318;TCF=136;TCR=182;TR=101;WE=127347741;WS=127347723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,103:0.31:336
chr7	127361269	rs918793	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=476;ReadPosRankSum=0.327;SC=CTGTGAGGGTGGTGGGCCTTG;SOR=0.227;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=30;WE=127361277;WS=127361259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr7	127447499	rs325440	A	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=588;ReadPosRankSum=-0.966;SC=TTCATTTGATATTGTTCATTC;SOR=1.239;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=36;WE=127447507;WS=127447489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr7	127637816	rs17151639	A	G	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=4.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.008;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,139:0.28:492
chr7	127714523	rs55998540	C	G	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=8;PP=986;ReadPosRankSum=0.744;SC=GGCCTGGCCCCCACAGGCTTA;SOR=1.252;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=73;TCR=13;TR=56;WE=127714531;WS=127714513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr7	127721507	rs322825	T	C	16315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=301;NR=303;PP=2965;ReadPosRankSum=0.137;SC=TGTTTGTGACTGAGATCACTG;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=607;TCF=302;TCR=305;TR=604;WE=127721515;WS=127721497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,633:1.00:635
chr7	127950725	rs12850	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.225;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=8;PP=993;ReadPosRankSum=-1.469;SC=GGGCACCTCCGAGCACAGTGG;SOR=0.155;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=87;TCF=77;TCR=10;TR=55;WE=127950733;WS=127950715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr7	127957602	rs2290225	A	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=366;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GGGAACTAGGAGCAAAAAAAC;SOR=1.371;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=17;WE=127957610;WS=127957592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr7	127957893	rs2290226	T	C	2736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=86;PP=1868;ReadPosRankSum=1.049;SC=CTTTTTTTTGTCCACTTGCCA;SOR=0.629;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=401;TCF=150;TCR=251;TR=142;WE=127957901;WS=127957873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,151:0.36:422
chr7	127973133	rs359650	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=190;ReadPosRankSum=0.824;SC=GAAATCTAAATGAAAACGTGA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=13;WE=127973141;WS=127973123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr7	127975958	.	T	C	4465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.627;SC=TTCCTCTTCATCTTCATCATC;SOR=0.573;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=577;TCF=313;TCR=264;TR=223;WE=127975966;WS=127975948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,230:0.38:606
chr7	127976119	rs359651	G	T	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=58;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GTAAAGAAAGGAGGAATTCAT;SOR=0.819;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=207;TCF=65;TCR=142;TR=81;WE=127976127;WS=127976109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,84:0.39:215
chr7	127992437	rs1651945	C	G	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=88;PP=2965;SC=CGGGCGGGCACCGCCAGGGCA;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=122;TCR=88;TR=210;WE=127992445;WS=127992427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr7	128000091	rs359642	G	A	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=824;SC=GGACTCAGTTGTTCAGCAGCT;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=128000099;WS=128000081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	128035152	rs28580600	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=945;ReadPosRankSum=-1.411;SC=TCCAGCCCTCGCCTGCCCAAT;SOR=0.646;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=282;TCF=143;TCR=139;TR=89;WE=128035160;WS=128035142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,87:0.31:282
chr7	128095876	rs2732393	A	G	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=23;PP=2483;SC=GCGTGCGCGTACCCTCCTGGG;SOR=2.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=86;TCR=23;TR=109;WE=128095884;WS=128095866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	128102508	rs10647404	C	CTCTT	1335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=1469;SC=ACATATGGTGCTCTTGTGAGC;SOR=3.407;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=26;WE=128102516;WS=128102498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr7	128128133	rs2732429	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.82;QD=30.81;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	128128286	rs140236081	AG	A	1940.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.281;NF=29;NR=42;PP=2590;ReadPosRankSum=-2.037;SC=CTAAAAATCAAGGTCTCTGGC;SOR=0.437;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=71;WE=128128294;WS=128128276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,60:0.73:82
chr7	128133984	rs2562741	G	A	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=166;PP=2965;SC=TCTTTCAGCAGTTGTTCCAGA;SOR=2.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=52;TCR=166;TR=218;WE=128133992;WS=128133974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr7	128141865	rs1053124	T	C	11111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-17.699;NF=289;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.538;SC=AAGTTCAGAATCTGGTGGACC;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=642;TCF=405;TCR=237;TR=463;WE=128141873;WS=128141855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,483:0.73:664
chr7	128142023	rs12539729	A	T	4115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.735;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=1.414;SC=GAGCTTTTTTAAAAAAAAATT;SOR=1.023;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=358;TCF=114;TCR=244;TR=236;WE=128142031;WS=128142006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,202:0.61:329
chr7	128218913	rs201455172	A	G	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.39;MQRankSum=-0.048;QD=20.17;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,48:0.74:65
chr7	128220111	rs139965573	G	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.61;MQRankSum=-1.763;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,67:0.36:184
chr7	128248198	rs201811442	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.85;MQRankSum=-1.903;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr7	128298600	rs73723614	T	A	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.445;NF=64;NR=43;PP=1668;ReadPosRankSum=0.382;SC=GCACTCCCTGTCCCACCTGGT;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=95;TCR=64;TR=107;WE=128298608;WS=128298590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,112:0.68:165
chr7	128298920	rs114191334	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.779;NF=10;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=1.460;SC=CTTGGACCCACGGAAGTGGGG;SOR=0.385;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=24;WE=128298928;WS=128298902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr7	128312450	rs11769769	C	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=2224;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TACCAAGAACCAATGAGTAAA;SOR=0.383;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=51;WE=128312471;WS=128312440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr7	128312463	rs74343948	C	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=1154;ReadPosRankSum=-1.253;SC=TGAGTAAAATCAGGGGCCTCC;SOR=1.000;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=96;TCF=77;TCR=19;TR=34;WE=128312471;WS=128312440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,35:0.36:97
chr7	128315588	rs13308199	T	C	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=12;PP=1494;SC=GGGAGGCCAATGAAAAGGATC;SOR=2.463;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=69;WE=128315596;WS=128315578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	128315672	rs78302479	A	ATTC	3334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,94:0.29:325
chr7	128315791	rs61738927	C	G	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.632;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.601;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,137:0.27:500
chr7	128315882	rs17169357	C	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=444;ReadPosRankSum=1.255;SC=CTGGAGCACACCTGGTGACGC;SOR=0.510;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=18;TCR=79;TR=32;WE=128315890;WS=128315872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr7	128317658	rs6467210	C	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=417;ReadPosRankSum=-1.099;SC=AATCTACGACCGGCTCCAGCG;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=36;WE=128317666;WS=128317648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,36:0.34:106
chr7	128317882	rs7797745	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.353;NF=7;NR=19;PP=358;ReadPosRankSum=1.744;SC=GTGGGCCTCCTTCCGGGACCT;SOR=0.852;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=26;WE=128317890;WS=128317872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr7	128317931	rs139645567	CTG	C	640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.644;NF=0;NR=17;PP=653;ReadPosRankSum=1.314;SC=ATGTAAGTGTCTGTGTATATA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=17;WE=128317940;WS=128317921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr7	128318006	rs67602452	G	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=1.036;SC=TTTCTATTCAGTAGTATGAAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=128318014;WS=128317996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr7	128319982	rs2290229	A	T	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=890;ReadPosRankSum=0.111;SC=TTAGGGTGTGAAACTCAACTG;SOR=0.560;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=245;TCF=165;TCR=80;TR=75;WE=128319990;WS=128319972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,80:0.32:252
chr7	128322918	rs4554406	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=7.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=0.583;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=2.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr7	128323034	rs1109552	A	G	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,146:0.31:468
chr7	128358891	rs745229	C	A	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=43;PP=1861;ReadPosRankSum=2.330;SC=TCAGGATTCTCCCATTGAGGT;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=189;TCF=123;TCR=66;TR=119;WE=128358899;WS=128358881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,127:0.64:199
chr7	128363287	rs6971091	G	A	5345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=2.157;SC=CCAGCCCAGCGAGAGTCTCAT;SOR=0.687;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=363;TCF=186;TCR=177;TR=228;WE=128363295;WS=128363265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,235:0.63:372
chr7	128371206	rs339066	G	A	8642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=0.536;SC=TGCAAGCCTCGTCAACACCAC;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=592;TCF=280;TCR=312;TR=367;WE=128371214;WS=128371196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,388:0.63:612
chr7	128388648	rs2290228	G	A	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=48;PP=1563;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ATGGACCTGCGACAGTTTCTT;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=372;TCF=224;TCR=148;TR=121;WE=128388656;WS=128388638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,123:0.31:396
chr7	128450532	rs7799186	G	A	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=85;PP=2538;ReadPosRankSum=0.916;SC=CCAGGGGTAAGGATAAGGCAA;SOR=2.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=12;TCR=86;TR=97;WE=128450540;WS=128450522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr7	128451353	rs111409895	C	CAGAGAGCCTGGGA	5425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=33;PP=2974;SC=AAGCCAGGCCCAACATGCCCA;SOR=0.765;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=47;WE=128451361;WS=128451343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	128455767	rs4728137	C	G	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=45;PP=2604;SC=GGAAAAAAAGCAAGTGAAAGA;SOR=1.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=124;WE=128455775;WS=128455757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	128487866	rs2249128	T	C	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=81;PP=2965;SC=TCACAGTGGATTGCAGTCAAG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=91;TCR=81;TR=172;WE=128487874;WS=128487856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr7	128498630	.	T	TAC	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-0.969;SC=ACACACACATTACACACACAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=8;WE=128498639;WS=128498620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr7	128533514	rs34061445	T	TC	7244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=98;PP=2973;SC=GATACTGGTGTCCTGGTACTC;SOR=1.277;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=122;TCF=15;TCR=107;TR=113;WE=128533522;WS=128533504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	128548304	.	G	GAAGAAAGAAAGAAAGA,GAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA	3175.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.75;QD=102.44;SOR=6.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,24,7:0.77,0.23:31
chr7	128550680	rs11335250	GC	G	3028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=37;PP=1879;SC=CAGCGCCAGGGCCCCCGAGGT;SOR=0.757;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=50;WE=128550688;WS=128550670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	128553100	rs142966946	T	G	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-6.504;NF=67;NR=46;PP=1634;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GTCACCACCTTGCTGGCATCT;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=109;TCR=76;TR=113;WE=128553108;WS=128553090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,85:0.62:138
chr7	128587351	rs199508964	CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT	C	7888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=75;PP=2957;SC=AGTGGCCGCCCACTCTGCAGC;SOR=0.872;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=133;TCF=37;TCR=96;TR=100;WE=128587388;WS=128587341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	128607384	rs8043	G	A	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=102;PP=2965;SC=TCACTGTGACGGCTCCCACGG;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=144;TCR=103;TR=245;WE=128607392;WS=128607374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr7	128610484	rs1691779	A	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=59;PP=1853;SC=GTGTGTGTGCACGCGTGGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=79;WE=128610501;WS=128610474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	128630227	rs1154329	C	T	7972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=160;PP=2965;SC=CAGGCTGTGACGACACACAGC;SOR=1.060;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=121;TCR=162;TR=281;WE=128630235;WS=128630217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr7	128630313	rs6969930	T	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=53;PP=1552;SC=TTTTCAAATCTTCAAAAAAGA;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=67;WE=128630321;WS=128630303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	128640334	rs4728144	A	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=2;PP=462;SC=TAATTTTTTTAAAAAATTCCA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=128640342;WS=128640324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	128641226	rs2305324	G	C	11522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=177;NR=220;PP=2965;SC=CAATGGCATAGAGAGCTGAGC;SOR=1.020;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=398;TCF=177;TCR=221;TR=397;WE=128641234;WS=128641216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr7	128645292	rs11768572	A	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=527;SC=TTACAAGTATAATAATGAGAA;SOR=4.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=20;WE=128645300;WS=128645282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	128694976	rs2242028	C	T	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=58;PP=1685;SC=GGGCAGAAGGCTCTCCGTGGA;SOR=5.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=60;WE=128694984;WS=128694966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	128766505	rs6952057	A	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=49.58;NF=12;NR=0;PP=239;SC=TAGGCGCCGAACGCTCCCGGC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=128766513;WS=128766495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	128766528	rs10464697	G	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.73;QD=43.82;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	128766533	rs10464698	A	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.34;QD=42.18;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	128766553	rs6952077	A	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.23;QD=26.45;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	128767410	rs10247566	A	G	14977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=245;NR=306;PP=2965;SC=ATCTTTGGCCAGCCCGTGGTC;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=555;TCF=247;TCR=308;TR=551;WE=128767418;WS=128767400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr7	128767490	rs7809681	T	C	11557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=188;PP=2965;SC=CAACAGCGGTTACGGGATGGA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=387;TCF=196;TCR=191;TR=384;WE=128767498;WS=128767480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr7	128767506	rs7809687	T	G	11757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=229;NR=197;PP=2965;SC=ATGGACAGCCTGCCCGCCATG;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=427;TCF=230;TCR=197;TR=426;WE=128767514;WS=128767496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr7	128784723	rs13309419	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=489;SC=GGGCTCCTGCACGGCGCGGCT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=128784731;WS=128784713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	128785008	rs13243618	C	T	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=86;PP=2395;SC=GCGCGGGAGCCGCACTGCCGA;SOR=3.507;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=13;TCR=86;TR=99;WE=128785016;WS=128784998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	128802936	rs919551	T	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=59;PP=1718;SC=TTTAAGATCATAAGGTGCTTT;SOR=3.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=68;WE=128802944;WS=128802926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	128804218	rs2566892	G	A	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=43;PP=2331;SC=GGCAGACTCAGTTAAGAAGGA;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=118;WE=128804226;WS=128804208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr7	128845325	rs2566872	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.283;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=7;PP=764;ReadPosRankSum=2.459;SC=GGGAAGGGGGGCAAAGAGGTC;SOR=1.477;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=130;TCF=101;TCR=29;TR=46;WE=128845333;WS=128845315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,45:0.35:127
chr7	128845555	rs45445295	G	A	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,139:0.28:489
chr7	128845907	rs2075779	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=341;ReadPosRankSum=0.795;SC=CCTCAGCAGCTGAGGGTCTGG;SOR=0.242;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=31;WE=128845915;WS=128845897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr7	128846328	rs2228617	G	C	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:454,180:0.28:634
chr7	128846469	rs2735842	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.654;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=370;ReadPosRankSum=1.451;SC=GCAACAAAATATACTGGGCAC;SOR=0.176;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=89;TCF=14;TCR=75;TR=28;WE=128846477;WS=128846459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,31:0.33:94
chr7	128850084	rs4728158	T	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=3;PP=674;ReadPosRankSum=-1.019;SC=AGTTGGAAGCTGCAGTGGGTT;SOR=1.978;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=39;WE=128850092;WS=128850074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr7	128852381	rs2075780	C	T	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=74;PP=1773;ReadPosRankSum=-1.248;SC=CCTAGGATCCCGTCTTCCAGA;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=38;TCR=120;TR=97;WE=128852389;WS=128852371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,100:0.62:161
chr7	129028857	rs35404531	AT	A	4063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.250;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.673;NF=66;NR=46;PP=1569;ReadPosRankSum=-2.134;SC=TAGAGGAAGCATTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=151;TCF=84;TCR=67;TR=112;WE=129028876;WS=129028847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,179:0.94:191
chr7	129029391	rs1541711	C	T	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=8;PP=1350;SC=AGGATCTTAACTTAAGAAAAC;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=61;WE=129029399;WS=129029381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	129029698	.	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.194;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=377;ReadPosRankSum=1.081;SC=TTAATCCTTATAATGGCCATA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=16;WE=129029706;WS=129029688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr7	129037029	rs17168750	G	C	7191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=98;PP=2965;SC=GTTTGGCCCAGGCTTGCTCAT;SOR=1.100;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=156;TCR=98;TR=253;WE=129037037;WS=129037012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr7	129049507	rs6467244	A	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=59;PP=1786;SC=ATAGTAGCCCACAAAGCCAGC;SOR=2.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=72;WE=129049515;WS=129049497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	129067053	rs4728164	T	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=81;PP=2545;SC=CCTGTGCCTGTAGTGTTGGCC;SOR=2.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=24;TCR=81;TR=105;WE=129067061;WS=129067043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	129091302	rs4731578	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=457;SC=TCCTTTTCCCATACCTTATTC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=129091310;WS=129091298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	129094195	rs581829	T	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=619;SC=AGAGACCATCTCTGAGGTCTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=129094203;WS=129094185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	129098313	rs3214796	AC	A	859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=863;SC=AGCATCAGGGACCCCTATGCT;SOR=3.180;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=129098321;WS=129098303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	129125352	rs10500117	C	G	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=20;PP=1763;SC=TCCCATAGACCATGCTCTGTG;SOR=2.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=92;WE=129125360;WS=129125342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	129142694	rs691332	C	G	10413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=203;PP=2965;SC=CTAAAGTACCCGGGGCCAGGG;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=166;TCR=204;TR=368;WE=129142702;WS=129142684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr7	129142775	rs610591	G	A	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=77;PP=2263;SC=CCCTGGGGTCGACCTCAACGC;SOR=2.509;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=24;TCR=79;TR=101;WE=129142783;WS=129142765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	129297332	rs1882094	T	G	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.431;SC=CGCCTTCTTCTCCCGAGGACA;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=363;TCF=147;TCR=216;TR=227;WE=129297340;WS=129297322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,236:0.63:373
chr7	129356936	rs17161218	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=0;PP=482;ReadPosRankSum=0.558;SC=TGTATATTGCAGGTCATGTTA;SOR=2.271;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=46;TCR=1;TR=28;WE=129356944;WS=129356926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr7	129410144	rs4467881	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=48;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CCAGCAGTCCGGGACCTGAGT;SOR=0.319;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=8;WE=129410152;WS=129410134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr7	129410195	rs4541843	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=2.030;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,22:0.23:95
chr7	129504866	rs3807118	C	G	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=61;PP=1438;ReadPosRankSum=0.917;SC=CTTCTCTGTCCTGCGTCTTTT;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=65;TCR=93;TR=104;WE=129504874;WS=129504856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,106:0.65:164
chr7	129505027	rs3807119	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
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chr7	129592517	rs1045896	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CGCGGTCCCGGCGGTCCCGTC;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=16;TCR=74;TR=65;WE=129592525;WS=129592500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr7	129658655	rs2242488	A	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=895;SC=AATGATCTGGATATGTCTAGG;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=129658663;WS=129658645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	129664312	rs1464890	T	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1091;ReadPosRankSum=0.664;SC=TGCGAACATGTTATCAGGGAG;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=244;TCF=113;TCR=131;TR=78;WE=129664320;WS=129664302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,82:0.31:261
chr7	129680994	rs34409527	A	ATG	1106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.424;NF=0;NR=45;PP=1885;ReadPosRankSum=1.917;SC=ATGTGTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=3.865;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=91;TCF=0;TCR=91;TR=45;WE=129681002;WS=129680984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,40:0.89:45
chr7	129806441	rs4507710	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=801;SC=ACATGTTTAACTGATATTTAA;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=129806449;WS=129806431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	129825215	rs4731668	T	C	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=50;PP=985;ReadPosRankSum=1.099;SC=TCCCTACAATTGTTAAGATAA;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=66;WE=129825223;WS=129825205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,67:0.66:101
chr7	129841939	rs11375003	G	GA	906.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.870;NF=3;NR=33;PP=529;ReadPosRankSum=1.119;SC=CAACTAGAAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=5;TCR=66;TR=36;WE=129841947;WS=129841929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr7	129847482	rs2727837	C	T	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=318;SC=GAAAATATAGCATATACAAGT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=129847490;WS=129847480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	129853233	rs13224721	T	C	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=4;PP=1316;ReadPosRankSum=0.233;SC=ACATTATAAATGGGCCTCAGC;SOR=1.393;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=81;TCR=6;TR=61;WE=129853241;WS=129853223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr7	129853251	rs6969994	T	G	3332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.798;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=13;PP=2088;ReadPosRankSum=0.171;SC=AGCAATAGTGTTTTATAACAA;SOR=1.285;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=146;TCF=122;TCR=24;TR=100;WE=129853259;WS=129853241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,98:0.68:144
chr7	129855837	rs4728190	C	T	6488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.527;SC=TTCCTGTAAGCGGCAAAGCAA;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=386;TCF=228;TCR=158;TR=271;WE=129855845;WS=129855827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,284:0.70:405
chr7	129906915	rs7788519	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=391;ReadPosRankSum=-2.060;SC=TAGATTTGGGGATAAGTCAAT;SOR=1.035;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=73;TCF=6;TCR=67;TR=24;WE=129906923;WS=129906905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr7	129910818	rs3816830	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=-0.406;SC=TTCATGTAGGGCCTGAAGTCC;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=129910826;WS=129910808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr7	129916515	rs17590	T	C	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,154:0.31:502
chr7	129938598	rs34587586	G	T	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.877;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,136:0.30:458
chr7	129940561	rs12538292	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.278;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=222;ReadPosRankSum=1.422;SC=TGAAAGGGCCGCCATCTTGGC;SOR=0.053;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=14;WE=129940569;WS=129940551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr7	129948013	rs1038628	G	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=14;PP=779;ReadPosRankSum=0.157;SC=TGCTCAATGAGGACTAGGAGC;SOR=0.586;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=189;TCF=147;TCR=42;TR=58;WE=129948021;WS=129948003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,61:0.32:192
chr7	129950740	rs2171492	G	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,56:0.26:214
chr7	129950879	rs901800	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=117;ReadPosRankSum=-1.621;SC=CCCTCCTGGCGCTGCTAAGGT;SOR=0.576;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=10;WE=129950887;WS=129950869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr7	129962360	rs1569133	A	G	12234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=262;NR=187;PP=2965;SC=TCGACTGGGCATATGACAACG;SOR=0.998;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=449;TCF=262;TCR=187;TR=449;WE=129962368;WS=129962350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr7	129986226	rs6955991	T	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.97;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr7	129986236	rs6955995	T	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.87;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr7	129986338	rs6973851	C	T	4489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=72;PP=2899;ReadPosRankSum=0.900;SC=TGCAGGGCACCCCTGGAGGCG;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=181;TCR=110;TR=191;WE=129986346;WS=129986328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,197:0.66:298
chr7	129986521	rs6467306	T	C	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=63;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.426;SC=GTGGCTGCCCTGCTGGTGCCT;SOR=2.175;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=108;TCF=18;TCR=90;TR=71;WE=129986529;WS=129986511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,71:0.66:108
chr7	129987764	rs12532645	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=422;ReadPosRankSum=-1.162;SC=TGTCCTGCCCCCCTTTATCCC;SOR=0.342;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=29;WE=129987772;WS=129987754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr7	129989878	rs7808823	T	C	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=77;PP=1812;ReadPosRankSum=0.022;SC=TTCCTTTCTCTGAACTGAAAG;SOR=0.760;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=256;TCF=131;TCR=125;TR=149;WE=129989886;WS=129989868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,157:0.59:267
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chr7	130020569	rs7790688	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=510;ReadPosRankSum=-1.497;SC=GCTGGCAGATAAGCAACCAGG;SOR=1.381;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=29;WE=130020577;WS=130020559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr7	130021488	rs1126899	G	C	8272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.653;SC=TCTGGCGGGGGCCTGCCCACC;SOR=0.536;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=510;TCF=339;TCR=171;TR=337;WE=130021496;WS=130021472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,351:0.66:528
chr7	130022041	rs968404	C	T	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,114:0.28:406
chr7	130023179	rs6972781	A	G	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=34;PP=1752;ReadPosRankSum=-1.704;SC=GGGCAGCAAGATGAGGCCTCA;SOR=0.949;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=105;TCR=57;TR=100;WE=130023187;WS=130023169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,103:0.61:169
chr7	130023561	rs34474469	G	A	19819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.546;NF=446;NR=426;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.834;SC=AGCTTTCACCGCCATTCTCGA;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1302;TCF=663;TCR=639;TR=872;WE=130023569;WS=130023551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:445,901:0.67:1346
chr7	130023657	rs34925618	TG	T	14214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=838;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.539;NF=49;NR=284;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.257;SC=CTCCTGTCCTTGGGGGAAGCA;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=560;TCF=83;TCR=477;TR=333;WE=130023665;WS=130023647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,514:0.65:786
chr7	130024308	rs3043750	A	ACC	1548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.741;NF=28;NR=6;PP=1001;ReadPosRankSum=0.628;SC=CCTCTGAACCACCCCCCACCC;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=34;WE=130024316;WS=130024298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr7	130025895	rs2239606	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.747;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=703;ReadPosRankSum=3.004;SC=GGCAAGGGCTATTCTGAGGGG;SOR=2.806;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=34;WE=130025903;WS=130025885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr7	130027633	rs10263705	A	G	4112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.563;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.546;SC=AAAGTGATTGACCCTTTCTCT;SOR=0.499;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=277;TCF=177;TCR=100;TR=181;WE=130027641;WS=130027623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,180:0.64:281
chr7	130040828	rs73484537	T	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=132;ReadPosRankSum=0.045;SC=TTTCCCATCATGGAAACCACA;SOR=0.033;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=11;WE=130040836;WS=130040818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr7	130138155	rs6968284	A	G	17038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=323;NR=258;PP=2965;SC=GATGCTAGGAAAGTACATTGT;SOR=0.910;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=582;TCF=324;TCR=258;TR=581;WE=130138163;WS=130138145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr7	130148562	rs58927323	T	TTCTTAGGAAGTG	2626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=16;PP=2976;SC=TTTCCATCATTCCATCTGTAC;SOR=0.884;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=32;WE=130148570;WS=130148552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	130148817	rs1047456	G	A	11323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=201;NR=238;PP=2965;SC=TATCAAAGGGGCCTAAATGTT;SOR=0.883;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=469;TCF=201;TCR=268;TR=439;WE=130148825;WS=130148807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr7	130148984	rs113170271	T	G	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=48;PP=2133;ReadPosRankSum=-0.423;SC=TGATGGCGGGTCCACAGATCA;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=107;TCR=72;TR=122;WE=130148992;WS=130148974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,124:0.66:187
chr7	130150019	rs17333054	G	A	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,134:0.29:470
chr7	130293022	rs6970543	C	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=983;ReadPosRankSum=-0.088;SC=TAATATTCATCCTCAAGAGAT;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=72;TCR=22;TR=59;WE=130293030;WS=130293012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr7	130295525	rs7800717	T	C	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=6.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=70;PP=1867;ReadPosRankSum=1.185;SC=GGATAATTCTTAATGTCCCTG;SOR=2.191;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=133;TCF=31;TCR=102;TR=83;WE=130295533;WS=130295515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,85:0.61:140
chr7	130297119	rs34699820	GA	G	5101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.245;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.282;NF=11;NR=175;PP=2698;ReadPosRankSum=0.801;SC=GCTAAATACAGAAAAAAAAAA;SOR=1.104;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=15;TCR=229;TR=186;WE=130297138;WS=130297108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,221:0.94:236
chr7	130298550	rs4731696	C	T	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=75;PP=2321;SC=GAAAAACATGCTTATGCAAAA;SOR=2.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=21;TCR=75;TR=96;WE=130298558;WS=130298540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	130351884	rs3804620	T	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=447;ReadPosRankSum=-1.180;SC=ACATTGTCTATAGTTCTCAAT;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=21;WE=130351892;WS=130351874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr7	130354106	rs10232683	G	C	7876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=187;PP=2965;SC=TAAAGGAGACGCACTTGGAGG;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=86;TCR=188;TR=272;WE=130354114;WS=130354096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr7	130357518	rs2288080	C	T	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=21;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.120;SC=GAACCAGAAACGTGAATAGGG;SOR=0.546;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=96;TCR=36;TR=74;WE=130357526;WS=130357508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,77:0.57:134
chr7	130365805	rs117124404	A	G	3499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=77;PP=2036;ReadPosRankSum=-1.157;SC=GGACTGTGTAATGCCGAAGGT;SOR=0.676;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=486;TCF=271;TCR=215;TR=170;WE=130365813;WS=130365795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,186:0.36:519
chr7	130365992	rs117574581	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=804;ReadPosRankSum=0.991;SC=ACAGTTAGAAGTGCTTCAGAT;SOR=0.521;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=129;TCF=26;TCR=103;TR=52;WE=130366000;WS=130365982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,54:0.39:137
chr7	130370267	rs17165066	T	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=0.516;SC=GACATGATGATGCTTGCTCTT;SOR=0.212;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=14;WE=130370275;WS=130370257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr7	130418720	rs111359117	A	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=33;PP=1618;SC=CGGACTCCGGATGCGCCGCAC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=130418728;WS=130418710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	130418883	.	C	CGAGCGCCGTCCGAACGCGGCCGGCCGCGGGCGACGGAGTTCCCGGGAGCGTCCGTCCCGCAGCCTCG	3003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=50.06;SOR=4.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	130827796	rs74965170	T	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TCTGGAGTCTTCATCAGAAGA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=14;WE=130827804;WS=130827786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr7	131060277	rs3823557	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=723;ReadPosRankSum=-1.340;SC=ATCCCTTAATGCTGTTTAGAA;SOR=0.685;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=170;TCF=74;TCR=96;TR=59;WE=131060285;WS=131060267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,65:0.35:188
chr7	131155588	rs1733861	G	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
chr7	131155764	rs1684172	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TCCTAACTTATATTTAATGAT;SOR=0.927;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=6;WE=131155772;WS=131155754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr7	131190554	rs7799613	C	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.323;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=502;ReadPosRankSum=1.443;SC=TTCTGCAACTCGGGAATCACG;SOR=0.141;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=27;WE=131190562;WS=131190544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr7	131190696	rs6651125	T	C	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=68;PP=1915;ReadPosRankSum=0.138;SC=GCAGGAATGATGCCATGCAGA;SOR=0.753;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=247;TCF=132;TCR=115;TR=148;WE=131190704;WS=131190686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,152:0.60:253
chr7	131191536	rs3212303	A	G	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.090;NF=30;NR=42;PP=1172;ReadPosRankSum=-1.476;SC=ACAGCAGCCTAGGCCTGTGGG;SOR=0.333;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=72;WE=131191544;WS=131191526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,73:0.63:115
chr7	131191554	rs56231781	TC	T	1411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.732;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.126;NF=4;NR=31;PP=1192;ReadPosRankSum=-1.288;SC=GGGGCTGCCCTCCCAGCTAAG;SOR=0.154;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=63;TCF=4;TCR=59;TR=35;WE=131191562;WS=131191544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr7	131191609	rs11770771	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=418;ReadPosRankSum=1.710;SC=CTCCCTCTCTAGCCCCAGCTG;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=20;WE=131191617;WS=131191599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr7	131195535	rs3847113	G	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=360;ReadPosRankSum=1.613;SC=GAGCCATCACGCCTGGCCCTG;SOR=1.153;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=25;WE=131195543;WS=131195525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr7	131195712	rs12670788	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=904;ReadPosRankSum=-1.272;SC=AGGATGCGTCGAAGTGGGTTG;SOR=0.951;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=187;TCF=125;TCR=62;TR=62;WE=131195720;WS=131195702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,66:0.33:200
chr7	131195959	rs3735035	C	T	3644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=92;PP=2219;ReadPosRankSum=1.890;SC=TTGCCTGAGCCGCCTCCTCTA;SOR=0.578;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=491;TCF=224;TCR=267;TR=179;WE=131195967;WS=131195949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,188:0.38:501
chr7	131241029	.	G	GGGCGAC	6243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=40;PP=2988;SC=CATTCTGGGAGGGCGACGGCG;SOR=1.284;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=61;WE=131241037;WS=131241019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	131815118	rs10954359	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=0.542;SC=GAGAGAGAAACAGCGCTGCTC;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=12;WE=131815126;WS=131815108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr7	131815220	rs10954360	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=738;ReadPosRankSum=-1.052;SC=CTCCAGGGCGGCCCTGGAAGG;SOR=0.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=113;TCR=69;TR=66;WE=131815228;WS=131815210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,71:0.37:194
chr7	131815310	rs2671103	A	G	6723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=117;PP=2965;SC=CACACTGGTCATCGTGGTCCA;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=124;TCR=118;TR=241;WE=131815318;WS=131815300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr7	131815343	rs10954361	G	A	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.446;SC=TCTGCGGAAGGGCCAAGAACA;SOR=0.566;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=229;TCF=107;TCR=122;TR=228;WE=131815352;WS=131815333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr7	131817726	rs6467422	T	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=1.864;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr7	131817735	rs6467423	C	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=7.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.95;ReadPosRankSum=2.006;SOR=0.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr7	131830080	rs2671100	G	A	6765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.43;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,176:0.69:256
chr7	131830086	rs2598198	C	T	6524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.88;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,161:0.69:234
chr7	131832627	rs1450882	A	G	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=21;PP=1783;SC=CAGGACACCCAGGCCTCCCTA;SOR=2.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=71;TCR=21;TR=92;WE=131832635;WS=131832617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	131833425	rs10256987	G	A	6168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.00;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,157:0.61:257
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chr7	131859496	rs7808586	G	A	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=51;PP=2944;ReadPosRankSum=1.419;SC=TTGCCAACACGCTCCCCTGCT;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=115;TCR=51;TR=165;WE=131859504;WS=131859486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
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chr7	131866817	rs3734985	A	G	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=24;PP=1974;SC=AACGTGTTGCATGGGCAGCCT;SOR=2.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=86;TCR=24;TR=109;WE=131866825;WS=131866807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr7	131888058	rs143605398	TGCTAGGCCCCAGCC	T	2588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.328;NF=18;NR=19;PP=2954;ReadPosRankSum=1.457;SC=CTCCCTCCCCTGCTAGGCCCC;SOR=0.950;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=37;WE=131888079;WS=131888048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,72:0.37:197
chr7	131908468	rs2290232	T	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=477;ReadPosRankSum=1.075;SC=GGCTTGAGTCTCTATGGTCTA;SOR=0.435;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=113;TCF=33;TCR=80;TR=38;WE=131908476;WS=131908458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,42:0.34:122
chr7	131908566	rs2290233	A	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr7	131915507	rs1868781	A	G	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=908;ReadPosRankSum=2.740;SC=GAGAGCTGGTACGGGCTTAAA;SOR=0.744;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=217;TCF=80;TCR=137;TR=65;WE=131915515;WS=131915497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,71:0.30:233
chr7	131926112	rs3925378	C	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=1.536;SC=ACATATGCATCCAGGGAGACA;SOR=0.275;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=10;WE=131926120;WS=131926102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr7	132070054	rs741664	T	C	4113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=71;PP=2773;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GTACCAGGCATCTGGAAAAGA;SOR=0.872;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=282;TCF=166;TCR=116;TR=178;WE=132070062;WS=132070044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,190:0.63:300
chr7	132192231	rs156960	A	G	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=33;PP=1403;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CTACACTCCCAACCATCCCAG;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=96;WE=132192239;WS=132192221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,99:0.68:145
chr7	132192295	rs156961	G	A	4817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CCTTCACCTTGAGCCAGGCCA;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=300;TCF=179;TCR=121;TR=207;WE=132192303;WS=132192285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,221:0.68:323
chr7	132192949	rs156962	T	C	7183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.993;SC=CTCCAAAGACTGAGCCGCTCT;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=468;TCF=231;TCR=237;TR=311;WE=132192957;WS=132192939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,322:0.66:489
chr7	132409606	rs594208	T	C	6890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=68;PP=2965;SC=CAGGGGTGACTCCAACAGCAC;SOR=1.897;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=229;TCF=161;TCR=68;TR=227;WE=132409614;WS=132409596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	132481248	rs17353298	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=26;PP=1097;ReadPosRankSum=0.347;SC=TGGCCAGAGCGGAGCATTTGA;SOR=0.550;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=185;TCF=129;TCR=56;TR=76;WE=132481256;WS=132481238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,77:0.40:192
chr7	132523126	rs6950300	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=0.549;SC=TTGTTAAGAATAGTAAATAAT;SOR=0.484;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=12;WE=132523134;WS=132523116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr7	132570358	rs12707059	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	132706981	rs17421819	G	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=356;SC=CAAAATGTACGTACGTAGATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=132706989;WS=132706971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	132709293	rs13235276	C	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=476;SC=CTCTCTGATACCACAAAACTC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=132709301;WS=132709288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	132938039	rs10641096	C	CCCTT	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=317;ReadPosRankSum=0.842;SC=ACCCTGCTCTCCCCTTTCCTC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=132938047;WS=132938029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr7	132990536	rs5887620	C	CT	706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=937;SC=CGTAAGCTCCCTTTGTTAGTA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=132990544;WS=132990526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr7	133682181	rs3735050	T	C	4670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.758;SC=CAAAATAATATGTCATTTCAG;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=272;TCF=208;TCR=64;TR=187;WE=133682189;WS=133682171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,192:0.68:281
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chr7	133821619	rs13246630	A	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=160;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TAATATGTATATGTTATCAAC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=9;WE=133821627;WS=133821616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr7	133821642	rs73454662	T	G	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=282;ReadPosRankSum=-0.495;SC=AGAATTTTTTTGGGGGTTGGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=13;WE=133821650;WS=133821632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr7	133824117	rs724812	G	C	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=836;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TTTCCATCAAGAGTTATTGCA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=52;WE=133824125;WS=133824107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,56:0.64:88
chr7	133824418	rs11981906	G	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-1.498;SC=TGTAAAAAAGGCACCGATAAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=133824426;WS=133824408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	133828021	rs17167492	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=-0.082;SC=AAGATACAGAGGTAAGCAATG;SOR=1.123;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=26;WE=133828029;WS=133828011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr7	133832887	rs10453020	C	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-1.434;SC=GTAATGAATTCTAACTCTACA;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=133832895;WS=133832877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr7	133848076	rs17167551	A	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=419;ReadPosRankSum=1.433;SC=TCAGTATCCCAAATGAAAACT;SOR=0.765;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=20;WE=133848084;WS=133848066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr7	133848257	rs17167553	G	T	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=75;PP=1943;ReadPosRankSum=0.080;SC=AGAGAATCATGACCTCCTGGA;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=116;TCR=125;TR=146;WE=133848265;WS=133848247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,150:0.61:246
chr7	133861905	rs17167592	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AATATAATCAATAAATAAGAC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=133861913;WS=133861895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr7	133868368	rs1222420	C	T	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=11;PP=1569;ReadPosRankSum=0.387;SC=TATTCTTCTACGCAGGGTCTT;SOR=1.900;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=69;WE=133868376;WS=133868358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr7	133868439	rs55857809	G	A	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=54;PP=2241;ReadPosRankSum=-0.419;SC=TTAATGTGCTGTCTCCCTGAC;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=140;TCR=81;TR=149;WE=133868447;WS=133868429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,159:0.67:236
chr7	133868507	rs1222419	C	T	9122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=141;PP=2965;SC=GCCTGGATGCCCCTTATCCCA;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=167;TCR=142;TR=308;WE=133868515;WS=133868497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr7	133868667	rs6952909	T	C	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.306;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=52;PP=1295;ReadPosRankSum=2.970;SC=GAGGTATCAATAGTTGTAGTA;SOR=1.230;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=119;TCF=30;TCR=89;TR=67;WE=133868675;WS=133868657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,70:0.58:120
chr7	133881919	rs10611703	ATG	A	1226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.78;MQRankSum=0.408;QD=33.15;ReadPosRankSum=1.652;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr7	133886356	rs369598961	AT	A	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.926;QD=2.22;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,37:0.25:150
chr7	133906669	rs35149449	C	T	8533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=215;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.729;SC=AAAACACCAGCGGTAAGAGAG;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=603;TCF=267;TCR=336;TR=379;WE=133906677;WS=133906659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,392:0.63:627
chr7	134133291	rs2734653	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=612;ReadPosRankSum=1.516;SC=GTGGCTACACGCTGATGGGAC;SOR=0.878;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=188;TCF=90;TCR=98;TR=58;WE=134133299;WS=134133281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,63:0.30:209
chr7	134135751	rs2734649	C	T	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=78;PP=1673;ReadPosRankSum=0.085;SC=AACCCATTTGCTTTACCATGA;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=414;TCF=179;TCR=235;TR=139;WE=134135759;WS=134135741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,140:0.34:417
chr7	134136584	rs1732035	A	C	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.839;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.469;SC=AGCCACCGATACCTGCTGACC;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=57;TCR=125;TR=182;WE=134136592;WS=134136560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr7	134217729	rs3735041	A	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=619;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TGCAGATTCCAGTAAACTTTT;SOR=0.414;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=131;TCF=95;TCR=36;TR=49;WE=134217737;WS=134217719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,53:0.38:140
chr7	134223127	rs4732035	T	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.491;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.376;NF=0;NR=28;PP=423;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CATTGTCTTTTGCCCCCTCCC;SOR=3.153;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=83;TCF=7;TCR=76;TR=28;WE=134223135;WS=134223117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr7	134225788	rs4732036	C	T	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=52;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GTTTTTTGTTCTTTCCTGCAG;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=234;TCF=84;TCR=150;TR=79;WE=134225796;WS=134225778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,84:0.34:245
chr7	134225827	rs4728329	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=388;ReadPosRankSum=0.047;SC=CTATCCCTTCAATGCAGAATA;SOR=0.523;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=99;TCF=18;TCR=81;TR=29;WE=134225835;WS=134225817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr7	134250322	rs4732038	A	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=843;ReadPosRankSum=1.968;SC=TCTTTGCACAACTTTCTTCTC;SOR=0.513;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=201;TCF=126;TCR=75;TR=72;WE=134250330;WS=134250312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,72:0.35:208
chr7	134254427	rs782538	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.881;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.027;NF=1;NR=11;PP=153;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CCACATTAATGTTTTTATAAT;SOR=0.052;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=12;WE=134254435;WS=134254417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr7	134261097	rs2161803	C	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-6.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.006;NF=28;NR=0;PP=377;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CTTTCTGCCCCTAGGGCCAAA;SOR=1.202;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=88;TCF=87;TCR=1;TR=28;WE=134261105;WS=134261087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
chr7	134576441	rs6953822	T	C	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	134612662	rs189666322	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	134612759	rs11438725	G	GT	3930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=23;PP=1893;SC=CAAAGTCCCGGTTGGTAGTGT;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=134612767;WS=134612749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	134618710	rs6973420	A	G	3975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=55;PP=2804;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GAGAAAAAACATGCCATGCAA;SOR=1.035;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=310;TCF=210;TCR=100;TR=178;WE=134618718;WS=134618700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,185:0.57:323
chr7	134678463	rs12540686	T	C	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=113;PP=2965;SC=ATTCAGACATTAGCAAACTTA;SOR=2.226;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=37;TCR=113;TR=150;WE=134678471;WS=134678453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	134678523	rs2252826	C	T	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=41;PP=1041;SC=TAGAAAACAGCACATTCCAAC;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=44;WE=134678531;WS=134678513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	134694939	rs6958457	T	C	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=10;PP=194;SC=GCCACCACGCTCAGCTAATTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=134694947;WS=134694929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	134701856	rs4236655	G	C	18364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=340;NR=318;PP=2965;SC=CTTAGAAACGGAACCCCTTTA;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=659;TCF=340;TCR=319;TR=658;WE=134701864;WS=134701846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,679:1.00:679
chr7	134719551	rs9656447	C	G	11299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=204;PP=2965;SC=TACCCATGCTCAATCCAGATG;SOR=0.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=386;TCF=182;TCR=204;TR=386;WE=134719559;WS=134719541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr7	134730151	rs2348054	G	C	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=6;PP=1264;SC=TTTGTTTATAGTGTTTTGCAA;SOR=3.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=55;WE=134730159;WS=134730141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	134730441	rs2348055	A	G	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;PP=2965;SC=TTGGGGTTTTAGCACTTAATT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=33;WE=134730449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	134744060	rs146909058	CA	C	3447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.288;NF=2;NR=84;PP=1977;ReadPosRankSum=1.680;SC=AATAATCAGGCAAAAAAAATT;SOR=0.915;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=2;TCR=102;TR=86;WE=134744068;WS=134744050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr7	134765148	rs10215144	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=20;PP=577;SC=TTTCTTCCCTGCAGGACCTCA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=134765156;WS=134765138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	134813853	rs2348282	G	A	8274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=139;PP=2965;SC=CTACTGGTCAGGTCAAAGAGC;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=148;TCR=139;TR=287;WE=134813861;WS=134813843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr7	134833056	rs3735002	C	G	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=62;PP=1806;SC=CACAGCTTACCCAGACGTCTA;SOR=3.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=73;WE=134833064;WS=134833046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	134849209	rs292500	C	T	3554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=31;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CGGCCCAAGGCCTCGGTGGCG;SOR=0.740;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=192;TCF=151;TCR=41;TR=139;WE=134849221;WS=134849199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,142:0.71:199
chr7	134849213	rs3800592	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=2.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,61:0.29:213
chr7	134849280	rs292501	T	A	15314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=336;NR=219;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.344;SC=GCCTGATGTTTTACGCTCTTC;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=559;TCF=338;TCR=221;TR=555;WE=134849288;WS=134849270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,570:1.00:572
chr7	134849577	rs2288237	A	C	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=984;ReadPosRankSum=-1.744;SC=TGCTGCTGGCAGGCGGCCTGG;SOR=0.985;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=261;TCF=130;TCR=131;TR=88;WE=134849585;WS=134849567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,92:0.34:269
chr7	134852399	rs2288238	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=256;ReadPosRankSum=-1.114;SC=GGCAGAGGGCGTCTCTCTTAC;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=19;WE=134852407;WS=134852389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr7	134852420	rs138841490	CA	C	683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.070;NF=16;NR=5;PP=593;ReadPosRankSum=-0.600;SC=TGACGGTGACCAAGGGTCTAG;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=21;WE=134852440;WS=134852410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr7	134852432	rs292505	C	T	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.219;NF=68;NR=27;PP=2634;ReadPosRankSum=-0.271;SC=AGGGTCTAGCCTCTGCCCATG;SOR=0.986;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=95;WE=134852440;WS=134852410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr7	134853844	rs9649052	C	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-0.631;SC=GGTGAATTCCCATACCTCCAG;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=9;WE=134853852;WS=134853834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	134871775	rs292557	C	T	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=51;PP=2357;SC=AATTTCCCTCCGAGTCAAAAG;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=124;WE=134871783;WS=134871765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	134872003	rs292558	C	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=26;PP=749;SC=ACCCACCCCACAGCAGAGGCT;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=134872011;WS=134871993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	134873355	rs292564	G	A	5520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=145;PP=2965;SC=GAAGGAATCTGCCTGCAGCAG;SOR=2.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=37;TCR=145;TR=182;WE=134873363;WS=134873345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr7	134877935	rs292573	A	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=5;PP=1551;SC=CCAGGGGAATACAGAGTGTGT;SOR=4.370;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=53;TCR=5;TR=58;WE=134877943;WS=134877925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	134879830	rs292575	G	A	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=59;PP=1691;SC=TCCCAGAGCAGTCCACTCTGA;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=87;WE=134879838;WS=134879820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	134880884	rs292578	G	C	11173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=225;NR=191;PP=2965;SC=CTTGGCCCCAGGCCCAACCCA;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=417;TCF=225;TCR=192;TR=416;WE=134880892;WS=134880874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr7	134882592	rs292581	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=566;ReadPosRankSum=-1.770;SC=AATGATGAACCCAAATAACCA;SOR=0.892;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=28;WE=134882600;WS=134882582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr7	134882680	rs292582	A	G	7167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.176;SC=AGAAGAGAAGACCCCCCACAG;SOR=0.479;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=157;TCR=92;TR=247;WE=134882701;WS=134882670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr7	134882693	rs292583	T	C	8015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=109;PP=2965;SC=CCCCACAGTGTTCCTCAGTAG;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=170;TCR=110;TR=279;WE=134882701;WS=134882670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr7	134889141	rs292592	G	A	8239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=155;PP=2965;SC=GCCCACACGAGGTGACTGGGA;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=120;TCR=156;TR=275;WE=134889149;WS=134889131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr7	134890855	rs292593	T	G	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=64;PP=2057;SC=TCACCTAACCTTCCCTCTGCG;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=119;WE=134890863;WS=134890845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	134895532	rs292601	T	C	13065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=270;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=1.471;SC=CTGCCTCTCATTGAAGTCAGT;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=479;TCF=272;TCR=207;TR=476;WE=134895540;WS=134895522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,487:1.00:489
chr7	134896383	rs292602	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=43;PP=1054;SC=CCGCACGCACTGGGCGACCAG;SOR=3.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=49;WE=134896391;WS=134896373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	134930169	rs113633449	A	AGAG	2551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=7.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.08;MQRankSum=4.252;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.019;SOR=1.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,101:0.63:160
chr7	134962043	rs10239950	C	G	9115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=155;PP=2965;SC=GGCCACTAGGCAGTTAGTTGG;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=164;TCR=155;TR=318;WE=134962063;WS=134962033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr7	134968479	rs11762990	A	C	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=81;PP=1884;ReadPosRankSum=-2.102;SC=TGAAGGTGGAACTCAATTAAC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=404;TCF=170;TCR=234;TR=137;WE=134968487;WS=134968469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,137:0.33:418
chr7	135047703	rs6969632	T	C	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=71;PP=2250;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GTCTGAAGGCTGTCTGAAAGC;SOR=0.988;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=128;WE=135047711;WS=135047693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr7	135048033	rs2059367	G	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=507;SC=CAAAAGGAAAGACAGAAGAGA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=135048041;WS=135048023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	135082751	rs3812281	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=0.018;SC=TAAACTATGCTCTATATATTC;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=6;WE=135082759;WS=135082741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	135095270	rs2696877	A	G	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=21;PP=889;SC=CTTACGTATCATACCTCTGCA;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=135095278;WS=135095260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	135242910	rs6961420	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=1.599;SC=GGCTCCAGCCCTCGAGTTGGG;SOR=0.123;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=14;WE=135242918;WS=135242900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr7	135256027	.	AT	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.937;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr7	135285788	rs4296989	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=352;SC=CTATGTTATATATAAATTAAA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=135285796;WS=135285778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	135291001	rs73725182	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=442;ReadPosRankSum=0.492;SC=TGTGCATACACGCATTCTTTT;SOR=0.960;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=34;WE=135291009;WS=135290991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,37:0.31:120
chr7	135301521	.	TA	T	27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.9998;HP=13;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=16;MQ=58.31;NF=0;NR=2;PP=27;QD=16.0;SC=AGACATATATTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=135301529;WS=135301511;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr7	135304273	rs7810767	G	C	6523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=92;PP=2965;SC=TGAACAGAAGGAAACATCAGT;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=133;TCR=92;TR=225;WE=135304281;WS=135304263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr7	135311120	rs7810260	G	A	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=104;PP=2965;SC=GTAAGTGTCTGTATAGATTAA;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=51;TCR=104;TR=155;WE=135311128;WS=135311110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	135311164	rs113302711	G	GA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr7	135311167	rs10234309	G	A	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=62;PP=1738;SC=ATTAAGGGAAGAAAAAATTCC;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=73;WE=135311175;WS=135311154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	135312572	rs4073627	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TCTCTGGACCGCGGATGTATA;SOR=0.069;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=135312580;WS=135312570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	135315054	rs10690915	C	CCT	2070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=7;PP=1682;ReadPosRankSum=1.579;SC=TCTACTTCTACCTGTTTTTTC;SOR=1.140;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=153;TCF=112;TCR=41;TR=45;WE=135315062;WS=135315044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,58:0.31:187
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chr7	135329690	rs12540688	T	C	3261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=85;PP=2357;ReadPosRankSum=1.562;SC=TCTCCACTGCTCAGAAATATG;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=568;TCF=303;TCR=265;TR=183;WE=135329698;WS=135329680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,188:0.32:583
chr7	135330410	rs148753323	GT	G	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=12.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.109;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=3.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,30:0.31:98
chr7	135391084	rs373822143	G	A	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=54;PP=1141;ReadPosRankSum=1.352;SC=GAGCGTCCACGGAACACACAT;SOR=0.770;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=248;TCF=86;TCR=162;TR=80;WE=135391092;WS=135391074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,83:0.32:257
chr7	135614740	rs17168527	T	C	5847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.740;SC=CATCTGGGCCTTTCACAGTCT;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=361;TCF=169;TCR=192;TR=246;WE=135614748;WS=135614730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,253:0.68:373
chr7	136588109	rs6963819	G	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=721;ReadPosRankSum=-1.553;SC=TCAAAAGGAAGTCTTACTCTT;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=52;WE=136588117;WS=136588099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chr7	136921062	rs322295	C	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=665;ReadPosRankSum=0.668;SC=ACTTTCTTTACACAGTAGAGT;SOR=0.417;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=169;TCF=69;TCR=100;TR=63;WE=136921070;WS=136921052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,71:0.39:183
chr7	136939582	rs1162122	G	T	8478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=124;PP=2965;SC=TGAAGCATCTGGCCTTCAGAA;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=166;TCR=124;TR=289;WE=136939590;WS=136939572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr7	137082039	rs2241443	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=334;ReadPosRankSum=-0.364;SC=AAATTACCTATGATATGCTCT;SOR=2.086;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=19;WE=137082047;WS=137082029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr7	137092745	rs3217275	CA	C	4005.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.541;NF=6;NR=84;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.790;SC=CTATTAGCTGCAAAGAGAGAC;SOR=0.639;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=9;TCR=131;TR=90;WE=137092753;WS=137092735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,132:0.68:193
chr7	137092781	rs7800454	T	C	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.966;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=66;PP=1665;ReadPosRankSum=1.802;SC=CAGGCAGAATTCGGAACAAGG;SOR=1.334;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=110;TCF=16;TCR=94;TR=76;WE=137092789;WS=137092771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,78:0.68:114
chr7	137097086	rs1731959	G	C	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=54;PP=1594;SC=ATATCTTGGTGAAGCAGACCG;SOR=5.856;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=56;WE=137097094;WS=137097076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	137154572	rs2293546	T	C	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=52;PP=1212;SC=AAAATTAGCATGAGGTTTTTA;SOR=7.903;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=52;WE=137154580;WS=137154562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	137304765	.	G	GCA	183	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=15;MQ=57.14;NF=0;NR=6;PP=183;QD=31.0;SC=ATGTACACACGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=137304773;WS=137304755;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,6:0.46:13
chr7	137304799	.	A	ACT	87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=19;MQ=56.98;NF=0;NR=6;PP=87;QD=15.0;SC=ACACACACACACTCATTACAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=137304807;WS=137304789;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	137374777	rs145453298	A	AACAAAG	1821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=1.235;QD=26.79;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr7	137531147	rs71815938	GT	G	12807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=169;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.862;SC=CCCTTGCTGGGTAGAAGAGTG;SOR=1.253;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=323;TCF=131;TCR=192;TR=290;WE=137531155;WS=137531134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,473:1.00:475
chr7	137590369	rs273968	G	A	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=35;PP=2120;SC=AGTGCTGGCCGTTGGGAAGGC;SOR=1.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=115;WE=137590377;WS=137590359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	137600690	rs273957	C	T	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=63;PP=2671;SC=TCGTCTGTAACTGGCTCTGTC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=142;WE=137600698;WS=137600680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	137600866	.	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.885;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=0.602;SC=TGAAGGATGATTGAAAGTAGA;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=137600874;WS=137600856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr7	137607183	.	CGT	C	251	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=33;MMLQ=27;MQ=52.83;NF=6;NR=0;PP=251;QD=49.0;SC=TATATATATACGTATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=137607195;WS=137607182;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	137607187	.	T	C	131	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=33;MMLQ=27;MQ=53.8;NF=6;NR=0;PP=131;QD=27.6285354245;SC=TATATACGTATATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=137607195;WS=137607182;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr7	137607217	.	C	T	635	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=25;MQ=58.27;NF=22;NR=1;PP=635;QD=29.1204875021;SC=TATATATATACACACATATAT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=23;WE=137607241;WS=137607207;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,23:0.88:26
chr7	137607233	.	C	T	848	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5453;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=59.21;NF=42;NR=7;PP=848;QD=18.0157390316;SC=TATATATATACACACACACAC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=49;WE=137607241;WS=137607207;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,49:0.89:55
chr7	137612913	rs66593747	CTGG	C	2118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=1;PP=1457;SC=GAAGCTGTCACTGGTGGTAAT;SOR=3.702;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=30;WE=137612923;WS=137612903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr7	137773291	rs2120846	T	G	13100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=277;NR=180;PP=2965;SC=GATTAATGATTATTAAAGGAA;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=459;TCF=278;TCR=181;TR=457;WE=137773299;WS=137773281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr7	137773563	rs2166188	T	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=785;SC=AAGGTTTCAGTTGTTCATTTT;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=137773571;WS=137773553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	137773587	rs35802315	C	CGTGT	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=674;SC=ATTCATCTTCCGTGTGTGTGT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=13;WE=137773595;WS=137773577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	137776411	rs202194493	C	CA	1225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5178;FS=3.003;HP=12;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.289;NF=26;NR=14;PP=486;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CCCCCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.377;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=40;WE=137776419;WS=137776401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,61:0.78:78
chr7	137798593	rs2306847	A	T	7318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=153;PP=2965;SC=AAGGCTCATAAGAACCCTGAC;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=112;TCR=153;TR=265;WE=137798601;WS=137798583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr7	137801413	rs1872929	A	C	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=104;PP=2965;SC=TACTGACTGCAGGGAGTTCCT;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=105;TCR=104;TR=209;WE=137801421;WS=137801403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	137801444	rs1872930	C	T	5245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=94;PP=2965;SC=TTCACTCCCACGAGTGCCAAG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=87;TCR=94;TR=181;WE=137801452;WS=137801434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	138189189	rs148040062	GCTC	G	1685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.767;NF=5;NR=33;PP=1839;ReadPosRankSum=0.276;SC=TTGCCTGCCAGCTCTTTTTTT;SOR=1.220;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=38;WE=138189199;WS=138189179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr7	138200117	rs3757381	A	T	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=80;PP=2370;SC=AATAAATGAGATCTTTGCATT;SOR=2.100;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=30;TCR=80;TR=109;WE=138200125;WS=138200107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	138229990	rs6959574	G	A	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=7;PP=1112;SC=TCTTCCTGGCGTGGAGGCACC;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=138229998;WS=138229980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	138270657	rs1673203	G	A	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=972;ReadPosRankSum=2.182;SC=AAAGGGACTCGTTTTTGTGGT;SOR=0.592;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=84;TCR=123;TR=78;WE=138270665;WS=138270647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,77:0.36:212
chr7	138281355	rs1659832	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=-2.160;SC=GAGAAAATACAGATTCACTTC;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=15;WE=138281363;WS=138281345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr7	138281906	rs1659831	T	C	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=56;PP=1511;ReadPosRankSum=0.955;SC=TCTCATACTTTAGTTTCTCTT;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=272;TCF=125;TCR=147;TR=103;WE=138281914;WS=138281896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,111:0.38:292
chr7	138305743	rs3734946	A	T	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=1654;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GGTTCCTCTTACCCCCTCTCT;SOR=1.013;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=95;TCR=69;TR=105;WE=138305751;WS=138305733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,109:0.64:169
chr7	138305782	rs3734945	T	C	4369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1390;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GCAGGGTCCTTGGCTGTACCT;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=104;TCR=84;TR=113;WE=138305790;WS=138305772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,121:0.61:197
chr7	138305806	rs3734944	T	C	4951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=68;PP=1847;ReadPosRankSum=-0.838;SC=ATATAAATGGTGCCACCATTG;SOR=0.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=119;TCR=111;TR=141;WE=138305814;WS=138305796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,147:0.62:238
chr7	138310629	rs1673162	G	A	14648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=297;NR=224;PP=2965;SC=GTCAACAGAAGCCAGGCATGC;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=521;TCF=297;TCR=224;TR=521;WE=138310637;WS=138310619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr7	138312122	rs2305816	A	C	9088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=120;PP=2965;SC=GAGGAGAAGGAAGAATAAAGC;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=190;TCR=120;TR=310;WE=138312130;WS=138312112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr7	138333933	rs58569190	GA	G	1237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=50;PP=882;SC=TTATGACAATGAAAAAAAAAA;SOR=1.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=5;TCR=68;TR=54;WE=138333942;WS=138333922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	138356659	rs5887893	AG	A	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	138356662	rs5011821	G	A	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.38;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	138356663	rs5011820	G	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.73;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	138356664	rs5887894	C	CA	1134.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	138356730	rs202122915	T	TG	4482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.21;SOR=2.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	138356732	.	CTG	GCT	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=65;NR=12;PP=2937;QD=20;SC=CCCTCAGTTGCTGTGTTCACG;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=100;TCF=76;TCR=24;TR=77;WE=138356742;WS=138356722;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:23,77:0.77:100
chr7	138356733	rs5887896	TG	T	4482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=2.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	138394695	rs141195167	G	GCAAT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=110;ReadPosRankSum=-1.133;SC=CTGGCCTGAAGCAATCCTCCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=138394703;WS=138394685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	138434066	rs11324444	GA	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.006;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr7	138545996	rs12707399	G	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.830;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=1066;ReadPosRankSum=1.536;SC=GTGGGACTCCGGGGCCTACAC;SOR=0.340;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=60;WE=138546004;WS=138545986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,64:0.80:80
chr7	138555816	rs35334186	GC	G	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.092;HP=7;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=533;ReadPosRankSum=1.998;SC=GCCTGCCTTGGCCCCCCCAAG;SOR=0.090;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=13;WE=138555830;WS=138555806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr7	138555822	rs78932570	C	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.778;HP=6;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=409;ReadPosRankSum=-1.118;SC=CTTGGCCCCCCCAAGTGCTGG;SOR=2.207;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=13;WE=138555830;WS=138555806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr7	138583840	rs7802841	C	A	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1320;ReadPosRankSum=0.827;SC=TGAGCTGTACCGGATTGTCAT;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=334;TCF=162;TCR=172;TR=102;WE=138583848;WS=138583830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,110:0.31:352
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chr7	138588564	rs375662924	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-2.912;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr7	138588566	rs368387735	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-2.612;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	138595835	rs11379929	T	TA	2865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.359;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.370;NF=67;NR=14;PP=941;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TTTAGAAAGATAAAAAAAAAA;SOR=1.647;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=113;TCF=79;TCR=34;TR=81;WE=138595843;WS=138595825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,115:0.97:119
chr7	138596001	rs16873582	G	A	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=67;PP=1517;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CATTTATGACGGATATTGCCG;SOR=0.575;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=289;TCF=104;TCR=185;TR=108;WE=138596009;WS=138595991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,120:0.38:315
chr7	138596064	rs6969074	G	A	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=83;PP=2374;SC=TAAATAGTTCGTAAACCTAGG;SOR=3.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=13;TCR=84;TR=96;WE=138596072;WS=138596054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	138597036	rs3735013	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=1;PP=547;ReadPosRankSum=0.664;SC=TTCCATGGCCATAATCACCTG;SOR=2.833;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=33;WE=138597044;WS=138597026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr7	138601473	rs1958658	C	T	2747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=30;PP=1821;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CCCAGAGAGGCGGCAGGAAGC;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=128;TCR=47;TR=110;WE=138601481;WS=138601463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,116:0.65:179
chr7	138601826	rs2251220	G	A	9688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.112;SC=AGAAACAAACGAGGATCCTGA;SOR=0.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=182;TCR=152;TR=332;WE=138601834;WS=138601816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,354:1.00:355
chr7	138602417	rs2774960	G	A	4936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.805;SC=CAAGTCACTCGGCATCAGAGA;SOR=0.944;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=304;TCF=135;TCR=169;TR=198;WE=138602425;WS=138602407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,204:0.65:314
chr7	138602523	rs2774962	T	C	5044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.973;SC=AAAGCACCTCTGGGTTTATGC;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=196;TCR=144;TR=211;WE=138602531;WS=138602513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,221:0.62:356
chr7	138602916	rs2718131	G	C	5737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.913;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.827;SC=GGTCTGGAGGGGAAAAGCGTA;SOR=0.853;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=367;TCF=198;TCR=169;TR=244;WE=138602924;WS=138602906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,253:0.67:377
chr7	138707177	rs10249949	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr7	138713715	rs11767739	G	C	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.927;NF=36;NR=65;PP=1294;ReadPosRankSum=2.440;SC=ACCTGGTACAGAAATGAGGGA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=119;TCR=216;TR=101;WE=138713723;WS=138713705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,100:0.30:331
chr7	138719194	rs10713373	AG	A	2038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.380;NF=25;NR=21;PP=1392;ReadPosRankSum=0.132;SC=GTTGCTTCGAAGGCAATTAAA;SOR=0.538;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=46;WE=138719202;WS=138719184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,73:0.35:210
chr7	138719231	rs7810237	T	C	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=42;PP=1354;ReadPosRankSum=2.542;SC=AAAAGAAAAATAAATGGGGAA;SOR=0.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=207;TCR=132;TR=109;WE=138719239;WS=138719221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,118:0.33:355
chr7	138732274	rs3087999	C	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.118;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=911;ReadPosRankSum=-2.166;SC=CTCCTGTCTGCGGCAATTTAG;SOR=1.095;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=227;TCF=144;TCR=83;TR=67;WE=138732282;WS=138732264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,71:0.30:233
chr7	138732457	rs3735008	G	A	3680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=103;PP=2418;ReadPosRankSum=-1.138;SC=CACAGCTGTCGAACTGTGGAG;SOR=0.762;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=568;TCF=289;TCR=279;TR=198;WE=138732465;WS=138732447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,203:0.34:591
chr7	138732497	rs3735007	G	A	3297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=84;PP=2163;ReadPosRankSum=1.026;SC=ATTTCCTTCAGTAAACTTTCC;SOR=0.678;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=542;TCF=273;TCR=269;TR=177;WE=138732505;WS=138732487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,187:0.33:565
chr7	138739816	rs10261597	C	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=144;ReadPosRankSum=-0.068;SC=GATTACAGGGCTGAGCCACTG;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=9;WE=138739824;WS=138739815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr7	138740037	rs2297236	G	C	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=952;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TTTGCTGGCTGATGGCTACAA;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=123;TCR=138;TR=77;WE=138740045;WS=138740027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,79:0.29:272
chr7	138740186	rs2297237	A	G	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=13.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.387;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr7	138740195	rs2297238	T	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=14.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr7	138740224	rs2297239	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ATCATGTCTTTTAAAAATGCT;SOR=0.031;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=6;WE=138740232;WS=138740214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr7	138740240	rs2297240	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=1.081;SC=ATGCTGCAACTATTCATAATC;SOR=0.052;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=138740248;WS=138740230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr7	138916201	rs139437904	GA	G	6532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=73;PP=2954;ReadPosRankSum=1.336;SC=GCGCCGGCTCGAGCAAAAGCG;SOR=0.733;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=184;TCF=56;TCR=128;TR=107;WE=138916211;WS=138916191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,186:0.59:315
chr7	138951165	.	T	TA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr7	139090315	rs78924699	G	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=327;ReadPosRankSum=2.673;SC=TTTTTTCTCAGCAGTTCTGAA;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=15;WE=139090323;WS=139090305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr7	139299254	rs191959717	G	C	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.876;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=44;PP=665;ReadPosRankSum=0.103;SC=AGGAGTGATGGGGATTAAACA;SOR=1.142;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=198;TCF=66;TCR=132;TR=61;WE=139299262;WS=139299244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,61:0.31:200
chr7	139605869	rs35857550	CT	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.788;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr7	139653196	rs5768	A	C	11321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=203;NR=184;PP=2965;SC=AAGCCTGCGAACTTCTCCTGG;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=387;TCF=203;TCR=184;TR=387;WE=139653204;WS=139653186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr7	139726121	rs79970126	G	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,108:0.27:406
chr7	139727211	rs180697510	A	G	4257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=100;PP=2701;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GATCTTCTGCAAGGGGCAAAT;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=315;TCF=152;TCR=163;TR=188;WE=139727219;WS=139727199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,196:0.59:330
chr7	139746599	.	AGT	A,AGTGTGTGTGTGTGTGTGT	188.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.622;NF=12;NR=1;PP=1921;ReadPosRankSum=0.521;SC=GGCTGCTCACAGTGTGTGTGT;SOR=2.823;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=13;WE=139746610;WS=139746589;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.41:32
chr7	139762273	rs737321	A	G	5929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	139762282	rs6945590	A	G	6494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.37;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	139797225	rs3214226	TA	T	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GACCCTGTGCTAATGTAAGTC;SOR=0.155;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=8;WE=139797233;WS=139797215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr7	139820354	rs59225858	C	G	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=81;PP=1633;ReadPosRankSum=0.899;SC=AATATATAAACCAGTCATTTT;SOR=0.855;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=396;TCF=140;TCR=256;TR=120;WE=139820362;WS=139820344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,123:0.30:411
chr7	139827494	rs62491412	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-6.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=402;ReadPosRankSum=-1.929;SC=TATAAAACTATGTAGTCTAGA;SOR=0.440;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=100;TCF=11;TCR=89;TR=35;WE=139827502;WS=139827484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr7	139833527	.	A	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.088;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=86;ReadPosRankSum=-0.504;SC=TAATCATTATATCCGACATAA;SOR=0.919;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=9;WE=139833535;WS=139833517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr7	140037053	rs11331602	CT	C	729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=12;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.254;NF=11;NR=16;PP=330;ReadPosRankSum=0.278;SC=AGAAAAATGACTTTTTTTTTT;SOR=0.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=27;WE=140037061;WS=140037043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr7	140051063	rs12703774	C	T	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=66;PP=2965;SC=AAGATGTAAGCGGTCCTTACC;SOR=1.491;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=125;TCR=66;TR=191;WE=140051071;WS=140051053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	140051091	rs12703775	G	A	8113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=108;PP=2965;SC=CTCCAGGAAGGCAACATGCCT;SOR=1.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=173;TCR=109;TR=281;WE=140051099;WS=140051081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr7	140051848	rs12665885	C	T	4791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=80;PP=2812;SC=ATAGAAGGGGCGGCTTCTCCT;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=163;WE=140051856;WS=140051838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
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chr7	140080087	rs62490396	C	G	9384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=166;NR=159;PP=2965;SC=CTTACCTCCACAGGCAGCTCA;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=325;TCF=166;TCR=159;TR=325;WE=140080095;WS=140080077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr7	140082363	rs6968618	G	A	8324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=175;PP=2965;SC=TTGACCTTAAGGTTTGGATGA;SOR=1.390;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=106;TCR=177;TR=281;WE=140082371;WS=140082353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr7	140082400	rs34686944	G	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.896;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=977;ReadPosRankSum=-1.775;SC=CTTCCTTCTGGAAAGACAAAA;SOR=1.033;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=174;TCF=56;TCR=118;TR=59;WE=140082408;WS=140082390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,65:0.36:181
chr7	140107672	rs12703834	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.939;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr7	140155778	rs2363826	G	C	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.515;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1196;ReadPosRankSum=0.282;SC=CTGGTGTGTCGCCTCCAGACT;SOR=0.921;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=280;TCF=123;TCR=157;TR=89;WE=140155786;WS=140155768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,91:0.31:292
chr7	140159721	rs10243155	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-3.399;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.434;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,44:0.25:177
chr7	140159798	rs11763850	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TGTAATCCCAACAGTTTGGGA;SOR=1.392;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=16;WE=140159806;WS=140159788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr7	140173102	rs17161569	T	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=2.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,84:0.25:332
chr7	140174292	rs10709936	CA	C	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.490;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr7	140174343	rs145915770	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=1.506;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr7	140175141	rs139052285	AAAAC	A	3329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=53;PP=2593;ReadPosRankSum=0.696;SC=TCCATCTCAGAAAACAAACAA;SOR=1.165;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=185;TCF=29;TCR=156;TR=60;WE=140175152;WS=140175131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,96:0.31:312
chr7	140225750	rs2252397	G	A	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=41;PP=1207;SC=GTAGCCACAGGTAATGAAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=140225758;WS=140225740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	140244560	rs2293177	C	T	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=90;PP=2591;SC=CGGCACAGTTCGATCACCTGC;SOR=2.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=31;TCR=90;TR=121;WE=140244568;WS=140244550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	140244627	rs2293176	G	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=825;SC=GGCCTCTCACGGGTGTCGCAG;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=140244635;WS=140244617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	140255360	rs149634983	A	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=3;PP=681;ReadPosRankSum=-0.501;SC=GGCCCAGGACATGGGGGTATT;SOR=1.802;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=39;WE=140255368;WS=140255350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr7	140255657	rs11763409	C	T	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=104;PP=2965;SC=AAGTTGTTATCCCATTGTGTT;SOR=2.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=28;TCR=104;TR=132;WE=140255665;WS=140255647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	140257841	rs10252031	A	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=3;PP=1302;SC=GTGCCTCATCAGGGAATCTCA;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=58;TCR=3;TR=61;WE=140257849;WS=140257831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	140259521	.	G	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.18;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,29:0.12:242
chr7	140269625	rs587373	C	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=34;PP=871;SC=TCTCCTAGGACGATGGAGGGC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=140269633;WS=140269615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	140301731	rs269243	G	T	21732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;PP=2965;SC=CACGGAGAGGGGATCGTTCTG;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;WE=140301739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,800:1.00:800
chr7	140389216	.	T	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.486;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GCAGCGGGGGTGGGGGCATTC;SOR=0.052;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=14;WE=140389224;WS=140389211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr7	140396472	rs57717083	C	CG	1706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=1431;ReadPosRankSum=-1.394;SC=ACGGGAGGCGCGGGCGGAGCG;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=35;WE=140396480;WS=140396462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr7	140404562	.	G	GT	101	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=15;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=15;MQ=58.84;NF=5;NR=0;PP=101;QD=21.2;SC=GAGCCATATTGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=5;WE=140404584;WS=140404552;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr7	140421490	rs145773998	T	A	3510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=87;PP=2198;ReadPosRankSum=1.435;SC=CATCCCAGTATAACATTTCAA;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=97;TCR=137;TR=149;WE=140421498;WS=140421480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,158:0.64:246
chr7	140426257	rs3829814	A	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,80:0.25:316
chr7	140702399	.	TGAA	T	2831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.49;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,71:0.69:103
chr7	140702400	.	GAAGCAGGCAGAATTTCAAATT	G	2923	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=59.72;NF=0;NR=31;PP=2923;QD=20;SC=GAGACGGGGTGAAGCAGGCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=31;WE=140702430;WS=140702390;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr7	140702404	.	CAGGCAGAATTTCAAATTT	C	2830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.75;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr7	140702422	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=59.61;NF=0;NR=31;PP=2962;QD=20;SC=ATTTCAAATTTTGATTTATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=31;WE=140702430;WS=140702390;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr7	140774467	rs477223	C	G	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.074;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=753;ReadPosRankSum=0.511;SC=GCTTCGACCCCGAGATCGCCG;SOR=0.472;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=199;TCF=90;TCR=109;TR=72;WE=140774475;WS=140774457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,80:0.38:210
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chr7	141374030	.	A	AAC	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=87;ReadPosRankSum=2.341;SC=CCTGCAGAAAAACACACACAC;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=6;WE=141374040;WS=141374020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr7	141420707	rs6971275	T	C	7515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=174;NR=90;PP=2965;SC=TTGATGTTTTTATTCCTCAAT;SOR=1.424;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=175;TCR=90;TR=264;WE=141420715;WS=141420697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	141420768	rs6967301	A	G	9947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.167;SC=ATGCTCACGCAGTGCTTGGGC;SOR=0.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=210;TCR=171;TR=380;WE=141420776;WS=141420758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,394:1.00:395
chr7	141429224	rs35399772	TC	T	1813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=2;PP=1994;SC=GCTTTTCGTTTCTGTAAATAC;SOR=5.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=50;WE=141429232;WS=141429214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	141429515	rs6962507	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=280;ReadPosRankSum=0.531;SC=GCAGCCGGGCGTGGTGGCTCA;SOR=0.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=21;WE=141429523;WS=141429505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr7	141536351	rs370442337	CAG	C	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.093;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,24:0.21:114
chr7	141538812	rs36029840	TA	T	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=1.169;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr7	141635538	rs5888023	C	CA	3625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=17;PP=2829;SC=CCCCACTCCCCCAAGTTTCTA;SOR=2.486;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=69;WE=141635546;WS=141635528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	141672705	rs1726866	G	A	11196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=206;PP=2965;SC=GATGAAGGCAGCACAGGATGA;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=386;TCF=180;TCR=206;TR=385;WE=141672713;WS=141672695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
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chr7	141705540	rs1285965	A	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,18:0.19:93
chr7	141708625	rs1465093	A	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr7	141720643	rs1852508	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-1.332;NF=35;NR=5;PP=680;ReadPosRankSum=1.943;SC=CCACCTGCCTTGGCCTCCCAA;SOR=1.251;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=113;TCF=90;TCR=23;TR=40;WE=141720651;WS=141720633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,40:0.35:113
chr7	141730618	rs111279755	CTG	C	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=502;ReadPosRankSum=0.515;SC=TTGAATGTGTCTGTGTGTGTG;SOR=0.563;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=15;WE=141730629;WS=141730608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr7	141731340	rs4374898	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.386;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr7	141733994	rs10693852	T	TTG	4067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=25;PP=2236;SC=TCATTTCGGATTGTGATAGTC;SOR=1.203;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=47;WE=141734002;WS=141733984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	141736798	rs4132774	T	C	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=87;PP=2496;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CTAACCTCCTTAAATTTTATT;SOR=0.751;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=229;TCF=91;TCR=138;TR=140;WE=141736806;WS=141736788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,150:0.61:246
chr7	141738504	rs8180874	C	T	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=72;PP=1926;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TCCAAACTCACTTCTGACATC;SOR=1.106;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=175;TCF=74;TCR=101;TR=119;WE=141738512;WS=141738494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,124:0.68:182
chr7	141740408	rs73153960	CA	TG	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=1050;ReadPosRankSum=0.428;SC=CTGGCTAGACCATAATTCAGC;SOR=0.454;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=26;WE=141740417;WS=141740398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr7	141747499	rs62477571	A	G	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=4;PP=1318;ReadPosRankSum=1.070;SC=AACTTTTCCAATTTGAAATTT;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=72;TCR=5;TR=55;WE=141747507;WS=141747489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr7	141747658	rs2960746	A	G	17084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=283;NR=321;PP=2965;SC=TTTCTGGGATAATGGGGAAAC;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=605;TCF=283;TCR=322;TR=604;WE=141747666;WS=141747648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,630:1.00:630
chr7	141750316	rs6948116	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=465;ReadPosRankSum=1.647;SC=TTTTTATGATCGTTTTAAATT;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=21;WE=141750324;WS=141750307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
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chr7	141760293	rs2961073	T	G	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=52;PP=918;ReadPosRankSum=-1.590;SC=AACACTTAGGTGATGTGTCTT;SOR=0.648;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=250;TCF=73;TCR=177;TR=75;WE=141760301;WS=141760283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,77:0.30:256
chr7	141762625	rs62477625	A	G	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=32;PP=911;SC=TGGACATAGCAGACACTTCTT;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=141762633;WS=141762615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	141765753	rs77524472	G	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	141776782	rs10259247	A	G	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=109;PP=2965;SC=TTTTTTGGGGAAAAAAATGAG;SOR=3.048;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=23;TCR=111;TR=132;WE=141776790;WS=141776772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	141784326	rs10952514	G	C	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.884;NF=95;NR=51;PP=2012;ReadPosRankSum=-2.452;SC=TAGTTGATTGGCCGGCCTGTG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=417;TCF=269;TCR=148;TR=146;WE=141784334;WS=141784316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,144:0.35:415
chr7	141794763	rs138070479	ATT	A	3307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.480;QD=36.35;ReadPosRankSum=2.252;SOR=4.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,88:0.97:91
chr7	141794790	rs4259331	A	G	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=68;PP=1903;SC=TTTGAGACAAAGACTCATTCT;SOR=8.380;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=0;TCR=68;TR=68;WE=141794798;WS=141794780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	141796131	rs6975672	G	A	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.71;QD=28.81;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	141796250	rs6976953	C	T	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=80;PP=2242;SC=GGGAGGATCCCAGCTGTGAGG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=35;TCR=80;TR=115;WE=141796258;WS=141796240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	141840581	rs73158439	T	C	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=909;ReadPosRankSum=-1.454;SC=TAGGTTCTGATTGACCAGAGC;SOR=0.681;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=212;TCF=139;TCR=73;TR=69;WE=141840589;WS=141840571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,71:0.32:224
chr7	141847512	rs13241102	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=1.314;SC=TTCTTACAGAGTATTTAAGAG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=141847520;WS=141847502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	141854436	rs61281471	A	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=606;SC=ATGATGTGACAAAGAGGTTCT;SOR=4.091;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=23;WE=141854444;WS=141854426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	141854659	rs11770705	A	G	5836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=111;PP=2965;SC=AGGTCACCAAAAGAAGTGATG;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=86;TCR=111;TR=197;WE=141854667;WS=141854649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	141857846	rs7811706	A	G	10307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=201;PP=2965;SC=CTTTTCTACCATGCTCACACC;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=173;TCR=201;TR=373;WE=141857854;WS=141857836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr7	141860199	rs60403744	A	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=600;SC=TCCTTTCAAAATTGATCCAAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=141860207;WS=141860189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	141860861	rs34106041	T	C	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=20;PP=1235;SC=GGGATGAAGGTGGCTGGTTTC;SOR=1.578;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=72;WE=141860869;WS=141860851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	141861072	rs12703440	C	A	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=38;PP=1055;SC=GAAAATTAGTCATCATAGGCT;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=141861080;WS=141861062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	141896059	rs4236467	A	G	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=77;PP=2965;SC=ACACAGCTGCATGGGACCAGC;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=122;TCR=77;TR=199;WE=141896067;WS=141896049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr7	141897595	rs3110843	T	C	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=80;PP=2155;ReadPosRankSum=-0.528;SC=AAAAGCATTTTAAAGATCATC;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=31;TCR=132;TR=99;WE=141897603;WS=141897585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,103:0.61:170
chr7	141898023	rs4260813	C	A	5102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.864;SC=TGTGAAGAACCAGTTTGGTCT;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=379;TCF=181;TCR=198;TR=227;WE=141898031;WS=141898013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,237:0.59:401
chr7	141898522	rs2960768	T	A	7589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=160;PP=2965;SC=AAGAGCCTGCTATGAACACTC;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=104;TCR=160;TR=264;WE=141898530;WS=141898512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr7	141898680	rs2961065	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=232;ReadPosRankSum=0.792;SC=ATCCTGTGAGTGCTTTCTGAG;SOR=2.428;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=141898688;WS=141898670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr7	141901322	rs6963175	G	A	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=25;PP=1376;ReadPosRankSum=0.355;SC=AATACAGTTAGGTTTTGACAA;SOR=0.647;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=86;TCR=37;TR=81;WE=141901330;WS=141901312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,92:0.67:137
chr7	141901506	rs6464469	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=643;ReadPosRankSum=-0.707;SC=TTTCTTGTTACTATTTTGTAA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=31;WE=141901514;WS=141901496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr7	141952110	rs1052406	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,143:0.28:503
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chr7	141955250	rs4470937	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.198;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=0.445;SC=TCCCAAAGGCCTTTCTAATCC;SOR=1.765;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=12;WE=141955258;WS=141955240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
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chr7	142008934	.	A	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=1.624;SOR=2.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,7:0.12:60
chr7	142008939	.	A	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.966;SOR=2.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,7:0.13:54
chr7	142008941	.	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.755;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.775;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,7:0.13:53
chr7	142008959	.	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr7	142013384	rs361401	G	C	17624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=284;NR=327;PP=2965;SC=GAAAGTGTGCGAAGTCGCTTC;SOR=0.864;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=612;TCF=284;TCR=328;TR=611;WE=142013392;WS=142013374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,632:1.00:632
chr7	142021521	rs72430962	TCA	T	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=565;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TTTCTGCAACTCAGGGCTGGG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=16;WE=142021530;WS=142021511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr7	142028108	rs361428	A	C	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.76;SOR=4.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	142028108	.	ACTTGAGAGTC	CCTTGAGAGTA,CCTTGAGAGTC	1015	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=59.61;NF=14,49;NR=0,3;PP=207,1015;QD=18.6048482044;SC=AGAATGACCCACTTGAGAGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=14,52;WE=142028126;WS=142028098;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.27:52
chr7	142028118	rs361429	C	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=8.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.172;SOR=0.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr7	142028462	.	T	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.349;ClippingRankSum=0.000;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=6.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-23.350;QD=0.15;ReadPosRankSum=0.655;SOR=1.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:512,35:0.06:547
chr7	142028472	.	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.521;ClippingRankSum=0.000;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=2.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-22.255;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:525,54:0.09:579
chr7	142028474	.	TC	GG	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DP=599;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-22.311;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:538,60:0.10:598
chr7	142028485	.	C	A	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.797;ClippingRankSum=0.000;DP=637;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-22.838;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:560,76:0.12:636
chr7	142028490	.	A	C	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.124;ClippingRankSum=0.000;DP=637;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-22.871;QD=2.47;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:557,78:0.12:635
chr7	142028500	.	A	G	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.807;ClippingRankSum=0.000;DP=655;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-23.076;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:565,88:0.13:653
chr7	142028506	.	CA	TG	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.333;ClippingRankSum=0.000;DP=678;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-23.580;QD=2.94;ReadPosRankSum=2.261;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:586,91:0.13:677
chr7	142028533	.	C	A	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.098;ClippingRankSum=0.000;DP=646;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-22.680;QD=3.03;ReadPosRankSum=4.392;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:553,92:0.14:645
chr7	142028538	.	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DP=636;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-22.189;QD=3.02;ReadPosRankSum=5.966;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:553,82:0.13:635
chr7	142028540	.	G	A	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.976;ClippingRankSum=0.000;DP=636;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-22.226;QD=2.70;ReadPosRankSum=5.661;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:553,82:0.13:635
chr7	142028542	.	G	T	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DP=625;ExcessHet=3.0103;FS=1.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-21.993;QD=2.78;ReadPosRankSum=5.360;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:543,81:0.13:624
chr7	142028546	.	TC	CT	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DP=612;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-21.656;QD=2.69;ReadPosRankSum=4.921;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:533,78:0.13:611
chr7	142028551	.	CA	GG	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-21.433;QD=2.77;ReadPosRankSum=3.082;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:521,78:0.13:599
chr7	142028555	.	C	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DP=583;ExcessHet=3.0103;FS=1.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-21.010;QD=2.91;ReadPosRankSum=2.072;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,75:0.13:582
chr7	142028578	.	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=1.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-18.278;QD=0.55;ReadPosRankSum=-4.689;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:412,61:0.13:473
chr7	142032115	rs10567930	CTG	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=1.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr7	142032161	.	T	TGA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=0.403;SC=GATGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=11;WE=142032169;WS=142032151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr7	142032610	.	A	G	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=22.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=4.105;SOR=1.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,70:0.21:341
chr7	142032613	.	TG	CA	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=20.454;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=4.178;SOR=1.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,70:0.21:333
chr7	142032633	rs80121287	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=7.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.764;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,40:0.16:254
chr7	142032646	rs78118526	G	A	7001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.82;SOR=2.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	142032646	.	GTGTACATAGTGCAA	ATGTACATAGTGCAA,ATGTACATGGTGAAG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=67,15;NR=140,33;PP=2962,2924;QD=20;SC=TTAAAAATGTGTGTACATAGT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=67;TCR=141;TR=207,48;WE=142032668;WS=142032623;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:208
chr7	142032654	rs190649630	A	G	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=4.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,55:0.30:186
chr7	142032658	.	C	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,50:0.29:171
chr7	142032660	.	A	G	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,48:0.29:166
chr7	142032677	rs375896144	G	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=514;ReadPosRankSum=-1.513;SC=AATCTAGCTAGTTAACATATG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=26;TCR=99;TR=37;WE=142032685;WS=142032667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,38:0.30:126
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chr7	142032729	.	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=176;ReadPosRankSum=0.351;SC=GAGAATACTTAAAATGTACTC;SOR=0.172;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=13;WE=142032737;WS=142032719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
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chr7	142045613	.	G	T	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:472,120:0.20:592
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chr7	142045690	rs61750021	A	G	5614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=861;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:675,181:0.21:856
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chr7	142045802	rs2855871	T	C	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=2.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.735;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,86:0.25:347
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chr7	142045899	rs2974900	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=21.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-2.691;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.866;SOR=1.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,41:0.12:340
chr7	142045912	rs374368376	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=33.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-2.719;QD=0.17;ReadPosRankSum=-1.870;SOR=2.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,38:0.12:321
chr7	142045924	rs1811089	A	G	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=30.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=2.918;NF=104;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=3.307;SC=AAGAGCCCCGACAGAAGATTC;SOR=0.742;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=269;TCF=111;TCR=158;TR=246;WE=142045932;WS=142045914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:31,262:0.89:293
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chr7	142099438	.	A	G	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-7.855;ClippingRankSum=0.000;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.960;NF=75;NR=38;PP=1417;ReadPosRankSum=0.898;SC=GGAAGGAGGCAACTGTGCCAT;SOR=0.304;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=343;TCF=264;TCR=79;TR=113;WE=142099446;WS=142099428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,104:0.30:342
chr7	142099484	.	G	C	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DP=732;ExcessHet=3.0103;FS=1.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-10.364;QD=1.84;ReadPosRankSum=3.894;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:568,141:0.20:709
chr7	142099512	rs373830246	T	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=921;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-10.436;QD=0.18;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:782,119:0.13:901
chr7	142099533	.	T	C	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DP=1043;ExcessHet=3.0103;FS=7.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-23.397;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.262;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:914,125:0.12:1039
chr7	142099537	.	G	T	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DP=1055;ExcessHet=3.0103;FS=6.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-24.462;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:936,117:0.11:1053
chr7	142099541	.	T	C	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.846;ClippingRankSum=0.000;DP=1060;ExcessHet=3.0103;FS=6.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-25.582;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:951,107:0.10:1058
chr7	142099548	.	A	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DP=1075;ExcessHet=3.0103;FS=4.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-26.890;QD=1.09;ReadPosRankSum=-2.177;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:973,99:0.09:1072
chr7	142104144	rs361434	T	C	8283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.198;SC=CACAGAAGTATACAGATGTCT;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=494;TCF=320;TCR=174;TR=342;WE=142104152;WS=142104134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,358:0.70:515
chr7	142119831	rs361390	G	A	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.482;NF=83;NR=32;PP=1608;ReadPosRankSum=0.928;SC=CTAAGCTGCTGGCACAGCGAT;SOR=0.674;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=333;TCF=247;TCR=86;TR=115;WE=142119839;WS=142119821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,122:0.37:326
chr7	142119873	.	A	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.331;ClippingRankSum=0.000;DP=609;ExcessHet=3.0103;FS=3.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-24.294;QD=1.05;ReadPosRankSum=-3.617;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:550,55:0.09:605
chr7	142119876	.	CG	C	987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.406;ClippingRankSum=0.000;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=3.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-24.821;QD=1.57;ReadPosRankSum=-3.025;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:574,57:0.09:631
chr7	142119879	.	C	CCA	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DP=655;ExcessHet=3.0103;FS=1.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-25.234;QD=1.79;ReadPosRankSum=-4.141;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:584,67:0.10:651
chr7	142119881	.	GA	G	1095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DP=682;ExcessHet=3.0103;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-25.764;QD=1.62;ReadPosRankSum=-3.268;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:606,72:0.11:678
chr7	142119890	.	TG	AA	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.752;ClippingRankSum=0.000;DP=714;ExcessHet=3.0103;FS=3.107;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-26.395;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.172;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:635,76:0.11:711
chr7	142119899	.	C	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DP=757;ExcessHet=3.0103;FS=0.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-26.383;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:665,89:0.12:754
chr7	142119928	rs361387	G	A	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-27.579;QD=1.72;ReadPosRankSum=5.851;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:726,87:0.11:813
chr7	142119935	.	C	T	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.943;ClippingRankSum=0.000;DP=816;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-27.614;QD=1.66;ReadPosRankSum=5.141;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:728,87:0.11:815
chr7	142119942	.	G	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DP=829;ExcessHet=3.0103;FS=3.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-27.836;QD=1.61;ReadPosRankSum=3.792;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:741,87:0.11:828
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chr7	142119962	.	T	G	673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.835;ClippingRankSum=0.000;DP=796;ExcessHet=3.0103;FS=2.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-27.808;QD=0.85;ReadPosRankSum=-1.588;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:723,70:0.09:793
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chr7	142124626	.	A	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQRankSum=-10.353;QD=5.65;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,22:0.20:110
chr7	142124629	.	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQRankSum=-10.254;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,22:0.20:108
chr7	142131709	.	T	C	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=19.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-12.434;QD=2.22;ReadPosRankSum=-5.119;SOR=2.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,38:0.09:425
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chr7	142131734	.	A	T	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=7.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-11.590;QD=4.56;ReadPosRankSum=-2.423;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,89:0.17:532
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chr7	142131746	.	T	C	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=6.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-11.897;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.102;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:450,101:0.18:551
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chr7	142131858	rs367836940	C	A	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-10.522;QD=5.92;ReadPosRankSum=-3.734;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,59:0.20:295
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chr7	142131885	.	A	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=7.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-12.763;QD=2.26;ReadPosRankSum=-4.051;SOR=1.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,18:0.10:187
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chr7	142131990	.	C	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=10.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-3.465;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr7	142131991	.	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=10.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-3.465;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr7	142131999	.	T	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.845;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-3.465;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr7	142132011	.	T	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-3.153;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.525;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr7	142139259	rs361374	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=4.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=0.397;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.437;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,61:0.32:192
chr7	142139271	rs146977487	TG	CA	9150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=38.483;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=13.396;NF=153;NR=51;PP=2944;ReadPosRankSum=4.067;SC=GACTATGCCATGCTGTGGCTA;SOR=2.253;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=282;TCF=209;TCR=73;TR=204;WE=142139280;WS=142139249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,221:0.84:262
chr7	142139296	rs374460258	C	A	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=13.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=-17.048;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,68:0.17:406
chr7	142139315	.	G	C	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.392;ClippingRankSum=0.000;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=8.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-18.839;QD=3.29;ReadPosRankSum=3.375;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,73:0.14:508
chr7	142139334	.	CG	C	1215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;ClippingRankSum=0.000;DP=651;ExcessHet=3.0103;FS=4.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-19.825;QD=1.87;ReadPosRankSum=4.479;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:578,71:0.11:649
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chr7	142139339	.	GA	G	855.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DP=677;ExcessHet=3.0103;FS=8.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-19.830;QD=1.27;ReadPosRankSum=4.986;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:609,66:0.10:675
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chr7	142139357	.	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DP=742;ExcessHet=3.0103;FS=2.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-20.908;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:676,64:0.09:740
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chr7	142143646	rs369634458	G	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=21.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=-9.567;QD=5.98;ReadPosRankSum=2.347;SOR=0.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,42:0.19:218
chr7	142143675	.	A	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=12.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-13.914;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,32:0.10:324
chr7	142143681	.	A	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=15.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-15.817;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,25:0.07:337
chr7	142143804	rs73742281	A	C	16495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=277;NR=295;PP=2965;ReadPosRankSum=0.752;SC=AGTAGTAAATAAGCCTCAGCC;SOR=0.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=573;TCF=277;TCR=296;TR=572;WE=142143812;WS=142143794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,595:1.00:597
chr7	142143906	.	GT	CC	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.594;ClippingRankSum=0.000;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=29.957;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-19.155;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,86:0.20:421
chr7	142143941	rs368607254	T	C	4310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.915;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-16.527;NF=116;NR=67;ReadPosRankSum=2.399;SC=CCAGCATTCATTGGACCTGCA;SOR=1.228;Source=Platypus;TCF=341;TR=183;WS=142143931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,173:0.29:602
chr7	142143953	rs371156869	G	A	5107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.659;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-15.830;NF=134;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=1.610;SC=GGACCTGCAGGGAAGGACAAA;SOR=1.205;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=659;TCF=365;TCR=294;TR=215;WE=142143961;WS=142143931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:453,206:0.31:659
chr7	142143993	rs374220425	C	A	5294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-15.796;NF=133;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.069;SC=TGGAAAGGGGCTGGGCCTTGA;SOR=0.602;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=745;TCF=360;TCR=385;TR=262;WE=142144012;WS=142143983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:493,255:0.34:748
chr7	142144004	rs368631399	T	A	5590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-15.918;NF=125;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TGGGCCTTGATATCCACACAA;SOR=0.599;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=749;TCF=351;TCR=398;TR=262;WE=142144012;WS=142143983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:498,261:0.34:759
chr7	142144022	rs371600923	T	C	4509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-13.457;NF=108;NR=131;PP=2380;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CAAGGGGCCCTGCCCAGGACC;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=702;TCF=311;TCR=391;TR=239;WE=142144030;WS=142144012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:468,236:0.34:704
chr7	142144059	.	A	C	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-14.758;NF=52;NR=97;PP=2073;ReadPosRankSum=0.605;SC=AGAAAAGGCCACACAGCACAG;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=494;TCF=174;TCR=320;TR=149;WE=142144067;WS=142144049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,146:0.30:491
chr7	142144091	.	GG	AA	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=2.438;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=-15.811;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,86:0.29:294
chr7	142144101	.	C	T	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQRankSum=-14.471;QD=11.04;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,76:0.31:246
chr7	142144111	.	T	C	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-13.181;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,57:0.28:202
chr7	142144129	.	A	G	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQRankSum=-10.705;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.100;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,36:0.28:129
chr7	142144135	.	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.754;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=11.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQRankSum=-10.139;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.738;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,29:0.27:107
chr7	142144142	.	T	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=10.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.89;MQRankSum=-9.103;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.120;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,26:0.30:87
chr7	142148850	.	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.464;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQRankSum=-10.126;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.265;SOR=0.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr7	142148878	rs370978147	T	C	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=10.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQRankSum=-14.632;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,62:0.27:227
chr7	142148881	rs374566766	C	A	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=9.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQRankSum=-14.449;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,67:0.28:240
chr7	142148919	rs376682174	C	T	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=12.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-18.267;QD=3.10;ReadPosRankSum=4.526;SOR=0.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:416,133:0.24:549
chr7	142148963	rs371195527	C	T	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=869;ExcessHet=3.0103;FS=7.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-21.351;QD=2.43;ReadPosRankSum=4.538;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:755,110:0.13:865
chr7	142148969	.	AA	TC	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DP=894;ExcessHet=3.0103;FS=9.259;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-21.030;QD=2.07;ReadPosRankSum=2.864;SOR=1.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:788,102:0.11:890
chr7	142149160	rs17217	T	G	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=3.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-0.002;QD=4.65;ReadPosRankSum=-1.653;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,95:0.28:340
chr7	142149349	rs140504979	A	C	6623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=136;PP=2965;SC=CTCACCTGCTACCAGGAGACA;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=84;TCR=136;TR=220;WE=142149366;WS=142149339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr7	142162001	rs73742263	A	C	20246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=384;NR=335;PP=2965;SC=AGCGGGAAATACTCTGTGGTT;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=722;TCF=386;TCR=336;TR=719;WE=142162009;WS=142161991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,750:1.00:750
chr7	142162050	rs71878	A	G	12041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.089;NF=236;NR=260;PP=2962;ReadPosRankSum=0.247;SC=CTTCTCCTTTATCAGTGATAC;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=716;TCF=336;TCR=380;TR=496;WE=142162058;WS=142162040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,519:0.70:743
chr7	142162148	rs71877	C	T	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-6.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.172;NF=54;NR=68;PP=1572;ReadPosRankSum=-2.041;SC=ATATCCTGGGCACACTGCAGT;SOR=0.954;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=393;TCF=191;TCR=202;TR=122;WE=142162156;WS=142162138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,127:0.31:407
chr7	142162278	rs361443	C	T	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.366;NF=80;NR=81;PP=1851;ReadPosRankSum=1.446;SC=GGGGCTGGGCCTTGAAATCTA;SOR=0.396;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=509;TCF=220;TCR=289;TR=161;WE=142162286;WS=142162257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,167:0.32:528
chr7	142162306	rs361442	A	G	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.768;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.460;NF=53;NR=70;PP=1599;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GGCCCTGTCCAGGACCCACCT;SOR=0.464;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=362;TCF=140;TCR=222;TR=123;WE=142162314;WS=142162296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,130:0.34:377
chr7	142168348	.	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=17.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-13.802;QD=3.03;ReadPosRankSum=1.213;SOR=3.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,26:0.14:192
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chr7	142168362	.	A	T	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=38.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-16.304;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.229;SOR=4.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,40:0.15:268
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chr7	142168371	.	C	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.070;ClippingRankSum=0.000;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=27.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-16.446;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.418;SOR=2.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,64:0.19:343
chr7	142168414	rs374005717	G	C	5692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=770;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-15.904;QD=7.40;ReadPosRankSum=-3.768;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:484,285:0.37:769
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chr7	142168452	rs361355	C	A	42981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=994;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.399;NF=373;NR=392;PP=2965;ReadPosRankSum=1.452;SC=TCAGAGCTATCATTAGGGAAC;SOR=0.291;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=768;TCF=374;TCR=394;TR=765;WE=142168482;WS=142168442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,993:1.00:994
chr7	142168466	.	A	C	14959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.654;ClippingRankSum=0.000;DP=993;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-14.343;QD=15.07;ReadPosRankSum=2.130;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:585,408:0.41:993
chr7	142168474	rs377511417	G	A	14941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=979;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-13.963;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:575,404:0.41:979
chr7	142168498	.	GCCA	G	6769.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DP=836;ExcessHet=3.0103;FS=52.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-12.804;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.659;SOR=3.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:499,199:0.29:698
chr7	142168502	.	T	TTTC	6781.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=14.211;ClippingRankSum=0.000;DP=677;ExcessHet=3.0103;FS=52.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-12.524;QD=10.05;ReadPosRankSum=1.367;SOR=3.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:476,199:0.29:675
chr7	142168508	.	TC	T	6132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.641;ClippingRankSum=0.000;DP=637;ExcessHet=3.0103;FS=46.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-12.027;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.219;SOR=3.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:461,176:0.28:637
chr7	142168511	.	T	A	5775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.884;ClippingRankSum=0.000;DP=613;ExcessHet=3.0103;FS=44.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-11.415;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.176;SOR=3.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:446,167:0.27:613
chr7	142168515	.	T	TC	5290.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=12.081;ClippingRankSum=0.000;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=41.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-10.889;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.680;SOR=3.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,149:0.25:585
chr7	142168516	.	A	G	4978.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=10.533;ClippingRankSum=0.000;DP=585;ExcessHet=3.0103;FS=37.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-11.214;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.735;SOR=3.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,143:0.24:585
chr7	142168518	.	A	C	4618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=17.042;ClippingRankSum=0.000;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=41.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-10.671;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.752;SOR=3.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:434,134:0.24:568
chr7	142168523	.	T	C	3946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=15.524;ClippingRankSum=0.000;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=41.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-9.956;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,123:0.22:548
chr7	142168524	.	G	A	3865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.084;ClippingRankSum=0.000;DP=540;ExcessHet=3.0103;FS=39.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-9.510;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=3.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:421,119:0.22:540
chr7	142168527	.	A	G	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.567;ClippingRankSum=0.000;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=36.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-9.517;QD=7.02;ReadPosRankSum=-1.375;SOR=3.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,115:0.22:521
chr7	142168530	.	T	G	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=15.334;ClippingRankSum=0.000;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=36.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-9.301;QD=6.81;ReadPosRankSum=-2.080;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:395,108:0.21:503
chr7	142168531	.	A	G	3407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=14.768;ClippingRankSum=0.000;DP=504;ExcessHet=3.0103;FS=33.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-9.632;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,103:0.20:504
chr7	142168538	.	G	A	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.085;ClippingRankSum=0.000;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=33.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-9.048;QD=5.49;ReadPosRankSum=-1.976;SOR=3.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,84:0.18:467
chr7	142168540	.	C	G	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.517;ClippingRankSum=0.000;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=28.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-9.362;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.912;SOR=2.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,78:0.17:455
chr7	142168544	.	T	A	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.503;ClippingRankSum=0.000;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=31.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-8.702;QD=4.46;ReadPosRankSum=-2.025;SOR=3.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,69:0.16:436
chr7	142168662	rs73742240	C	T	10677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.75;MQRankSum=5.351;QD=42.20;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,248:0.98:253
chr7	142168662	.	CG	TC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=56.52;NF=106;NR=109;PP=2947;QD=20;SC=GTGACTCCAGCGTCCACTGAG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=236;TCF=119;TCR=117;TR=215;WE=142168671;WS=142168652;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,215:0.91:236
chr7	142168663	rs361352	G	C	11307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.73;QD=45.05;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	142168799	.	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=11.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=-6.214;QD=0.78;ReadPosRankSum=1.905;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,14:0.09:159
chr7	142168803	.	C	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=8.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-6.367;QD=1.42;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,16:0.11:151
chr7	142168818	.	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=5.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQRankSum=-5.837;QD=3.20;ReadPosRankSum=2.774;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,18:0.15:123
chr7	142168819	rs361350	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=4.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=-0.152;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr7	142168825	.	C	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.388;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=5.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQRankSum=-5.540;QD=3.61;ReadPosRankSum=3.335;SOR=0.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,18:0.16:115
chr7	142168835	.	CA	TG	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.035;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=7.698;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQRankSum=-5.141;QD=4.38;ReadPosRankSum=3.528;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr7	142168839	.	G	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.358;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=7.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQRankSum=-4.560;QD=5.40;ReadPosRankSum=2.948;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,18:0.20:92
chr7	142168856	rs73742239	C	G	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.713;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.965;NF=15;NR=43;PP=2313;ReadPosRankSum=0.040;SC=GCACAGTGGGCCAGGCAGCAC;SOR=1.496;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=58;WE=142168870;WS=142168846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,57:0.74:77
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chr7	142180509	.	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=2.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-20.175;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.918;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,43:0.10:420
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chr7	142180618	.	TG	CA	4152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.332;ClippingRankSum=0.000;DP=1275;ExcessHet=3.0103;FS=11.963;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-27.558;QD=3.27;ReadPosRankSum=-4.964;SOR=1.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1096,175:0.14:1271
chr7	142180625	.	T	C	4905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.062;ClippingRankSum=0.000;DP=1278;ExcessHet=3.0103;FS=11.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-25.990;QD=3.85;ReadPosRankSum=-3.192;SOR=1.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1085,189:0.15:1274
chr7	142180633	.	G	T	6057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.953;ClippingRankSum=0.000;DP=1277;ExcessHet=3.0103;FS=14.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-22.897;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1063,210:0.16:1273
chr7	142180635	.	T	G	6234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.193;ClippingRankSum=0.000;DP=1273;ExcessHet=3.0103;FS=12.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-22.535;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1050,219:0.17:1269
chr7	142180640	.	GA	TG	6748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.242;ClippingRankSum=0.000;DP=1275;ExcessHet=3.0103;FS=12.078;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-21.777;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.878;SOR=1.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1044,228:0.18:1272
chr7	142180646	.	AG	CT	7337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.578;ClippingRankSum=0.000;DP=1267;ExcessHet=3.0103;FS=13.355;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-20.720;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.354;SOR=1.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1013,250:0.20:1263
chr7	142180704	rs368420989	G	T	7629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-6.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1024;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.440;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.957;NF=165;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=5.122;SC=TCGATACCAGGACATGTATTC;SOR=0.408;SbPval=0.16;Source=Platypus;TCF=412;TR=322;WE=142180712;WS=142180694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:632,387:0.38:1019
chr7	142180737	rs372013265	T	A	6780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.944;NF=121;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=3.121;SC=CTGGGCACACTGCAGTGTCAT;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=327;TR=279;WE=142180745;WS=142180727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:499,319:0.39:818
chr7	142180770	rs375278683	T	C	3776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-16.930;NF=86;NR=126;PP=2695;ReadPosRankSum=0.063;SC=CTTCAGGACCTGGAATTTTGG;SOR=0.908;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=693;TCF=321;TCR=372;TR=212;WE=142180778;WS=142180760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:476,212:0.31:688
chr7	142180818	rs377067235	AAGG	A	1976.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FS=11.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-24.289;QD=2.81;ReadPosRankSum=2.578;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:600,104:0.15:704
chr7	142180849	.	T	C	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=694;ExcessHet=3.0103;FS=14.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-26.200;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.035;SOR=2.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:598,94:0.14:692
chr7	142180850	rs55802850	G	C	8062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FS=8.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=11.220;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,377:0.54:696
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chr7	142180876	.	C	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.093;ClippingRankSum=0.000;DP=649;ExcessHet=3.0103;FS=18.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-25.414;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=3.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:585,64:0.10:649
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chr7	142197606	rs373222208	T	C	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=7.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-2.625;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr7	142197613	rs376535639	T	C	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=5.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-2.868;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,45:0.37:123
chr7	142197620	rs17281	C	T	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.035;NF=33;NR=13;PP=539;ReadPosRankSum=-0.575;SC=GCTTTGCAGGCTGGATCTTGA;SOR=1.238;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=46;WE=142197628;WS=142197596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chr7	142197770	.	A	ATT	138.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.109;ClippingRankSum=0.000;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=8.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-9.182;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.564;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,30:0.08:386
chr7	142197771	.	GCA	G	90.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.595;ClippingRankSum=0.000;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=8.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-9.308;QD=0.23;ReadPosRankSum=3.096;SOR=1.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,30:0.08:396
chr7	142197782	rs377242129	T	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=8.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-8.742;QD=0.59;ReadPosRankSum=1.371;SOR=1.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,33:0.09:388
chr7	142197807	rs369644106	CT	GG	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=13.875;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-8.716;QD=0.71;ReadPosRankSum=3.144;SOR=1.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,32:0.09:374
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chr7	142197835	rs17280	C	T	9914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=168;NR=170;PP=2965;SC=ATCTTATATCCGGGAGACTGG;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=339;TCF=168;TCR=171;TR=338;WE=142197843;WS=142197825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
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chr7	142223953	.	T	TTC	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=3.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-14.386;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,42:0.12:340
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chr7	142223995	.	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=4.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-14.561;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,42:0.11:376
chr7	142223997	.	A	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=4.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-14.643;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,42:0.11:380
chr7	142224003	rs201978710	C	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=7.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-14.890;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,42:0.11:377
chr7	142224020	.	A	ATT	207.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=5.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-15.353;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.457;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,33:0.08:404
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chr7	142231703	.	G	T	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=2.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-5.305;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,75:0.20:372
chr7	142231740	rs372096379	T	C	4867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-4.551;QD=11.96;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,141:0.35:407
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chr7	142231769	.	T	A	3287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.839;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=31.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-7.274;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.403;SOR=2.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,84:0.30:281
chr7	142231771	.	TT	CG	2935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=28.960;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-7.445;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=2.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,78:0.29:269
chr7	142231780	.	CA	TC	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=14.076;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-8.155;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.439;SOR=1.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,60:0.27:225
chr7	142231793	.	A	AT	1539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=12.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-8.751;QD=8.10;ReadPosRankSum=1.301;SOR=1.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,48:0.25:190
chr7	142231795	.	G	T	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=12.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-8.573;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.223;SOR=1.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,47:0.25:187
chr7	142231796	.	CCA	C	1478.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.994;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=13.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-8.628;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.063;SOR=1.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,47:0.25:189
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chr7	142231805	.	C	CTG	1484.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=20.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-8.423;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.196;SOR=2.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,43:0.25:172
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chr7	142242352	rs2734112	C	T	7566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.896;SC=CTCAGAGCAACAGTCATGGAA;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=493;TCF=263;TCR=230;TR=334;WE=142242360;WS=142242342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,347:0.68:508
chr7	142242670	rs17219	T	G	10473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=188;PP=2965;SC=ATCTGAGAATTGGGCTGCTGT;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=177;TCR=188;TR=365;WE=142242678;WS=142242660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr7	142247125	rs361365	A	G	6710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.21;ReadPosRankSum=1.529;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,168:0.66:256
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chr7	142247148	rs361361	C	T	4936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.687;NF=120;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=0.478;SC=TGAGTCCCCCCGCTCTGTGCG;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=177;TCR=122;TR=200;WE=142247156;WS=142247115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,218:0.67:323
chr7	142247213	rs361360	G	T	6220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.930;SC=AGAACCGATCGTTGGGCAGCC;SOR=0.763;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=420;TCF=235;TCR=185;TR=253;WE=142247221;WS=142247203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,271:0.65:418
chr7	142247288	.	T	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DP=564;ExcessHet=3.0103;FS=2.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=1.050;QD=1.48;ReadPosRankSum=-9.731;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:494,67:0.12:561
chr7	142247347	rs361359	A	C	17341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-2.709;QD=25.69;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,535:0.79:675
chr7	142247347	.	AT	CC,CT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=41;MMLQ=16;MQ=59.03;NF=90,222;NR=105,242;PP=2944,2962;QD=20;SC=AGCTCTACATATTTTCCCTTC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=603;TCF=283;TCR=320;TR=195,464;WE=142247356;WS=142247337;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:603
chr7	142247348	rs371674308	T	C	5087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FS=3.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-6.563;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:415,260:0.39:675
chr7	142247380	rs374995027	T	A	6430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.402;HP=5;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.545;NF=61;NR=94;PP=2267;ReadPosRankSum=0.169;SC=TTACTGGGGGTCTGGGAGACT;SOR=1.153;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=486;TCF=210;TCR=276;TR=155;WE=142247388;WS=142247370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,193:0.36:536
chr7	142247396	.	A	T	5793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.515;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.099;NF=49;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.992;SC=AGACTCCAGCACCTGTGTGAT;SOR=0.989;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=424;TCF=173;TCR=251;TR=128;WE=142247440;WS=142247386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,160:0.34:465
chr7	142247410	rs56172210	C	T	3776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=7.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-3.684;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=1.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,110:0.27:406
chr7	142247417	rs370449003	AC	A	2898.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=5.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.054;NF=15;NR=79;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.479;SC=CTGCGGAGACACAAGTTGAGA;SOR=1.685;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=242;TCF=41;TCR=201;TR=94;WE=142247440;WS=142247386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,86:0.23:366
chr7	142247425	.	A	G	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.449;ClippingRankSum=0.000;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=16.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-4.213;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=1.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,76:0.22:343
chr7	142247432	.	G	A	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=13.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-5.308;QD=6.61;ReadPosRankSum=-3.095;SOR=1.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,64:0.20:317
chr7	142247443	.	C	T	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=18.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-6.387;QD=4.53;ReadPosRankSum=-2.797;SOR=2.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,41:0.15:277
chr7	142247445	.	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.564;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=18.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-6.357;QD=3.66;ReadPosRankSum=-3.641;SOR=1.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,40:0.15:266
chr7	142247448	.	G	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.687;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=15.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-6.538;QD=3.59;ReadPosRankSum=-3.820;SOR=1.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,37:0.14:258
chr7	142247451	.	C	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=16.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-6.806;QD=3.14;ReadPosRankSum=-3.689;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,34:0.13:254
chr7	142247455	rs57923366	T	TCACACA	3710.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.973;NF=11;NR=50;PP=2990;ReadPosRankSum=3.359;SC=GTTGTACTCATCACACACACA;SOR=0.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=27;TCR=119;TR=61;WE=142247464;WS=142247445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,101:0.50:202
chr7	142247456	.	C	CACACGAATGCACACAGCCCACCCCT	775.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=11.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-7.117;QD=3.21;ReadPosRankSum=-6.048;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,30:0.12:242
chr7	142247474	rs372827613	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=7.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-11.469;QD=0.24;ReadPosRankSum=-2.139;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,16:0.08:198
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chr7	142247530	.	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=6.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-1.398;QD=2.48;ReadPosRankSum=-4.290;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,20:0.12:165
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chr7	142353577	rs71522189	C	CTTTGT	4610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.994;NF=17;NR=59;PP=2989;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CAGATCCAAGCTTTGTTTTGT;SOR=0.828;SbPval=0.17;Source=Platypus;TCF=42;TR=76;WE=142353585;WS=142353567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,120:0.68:176
chr7	142364553	rs17254	G	A	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=40;PP=1617;ReadPosRankSum=0.427;SC=CTGGGCCTACGGTTGATCTAT;SOR=0.480;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=87;WE=142364561;WS=142364543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,94:0.56:168
chr7	142378633	rs17243	G	A	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=18;PP=826;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CCTCTGCTACGTGGGCTTTTA;SOR=0.854;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=237;TCF=166;TCR=71;TR=70;WE=142378641;WS=142378623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,72:0.29:246
chr7	142378708	rs361418	T	G	8880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.033;SC=TAATTCCTCTTTGTTGGGTTT;SOR=0.594;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=518;TCF=292;TCR=226;TR=363;WE=142378716;WS=142378698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,369:0.69:533
chr7	142378831	rs76429157	C	G	17433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=298;NR=292;PP=2965;SC=TTGTTATAGGCACAGGAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=592;TCF=298;TCR=294;TR=590;WE=142378839;WS=142378821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,618:1.00:618
chr7	142423161	rs112325538	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=1;PP=716;SC=AGGTGGAGACATTACAGAAAC;SOR=4.294;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=34;WE=142423169;WS=142423151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	142423289	rs17251	C	A	3597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.374;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=58;PP=2260;ReadPosRankSum=-1.058;SC=ACATAGGCAACTTTTGGCCTT;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=217;TCF=135;TCR=82;TR=146;WE=142423297;WS=142423279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,158:0.67:236
chr7	142423562	rs62001054	C	T	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=89;PP=2965;SC=AATGTTGAGGCGACTGATAAG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=92;TCR=89;TR=181;WE=142423570;WS=142423552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	142428611	rs361326	C	T	7062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=104;PP=2965;SC=CCTACTATTTCGAGGTCTTTT;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=141;TCR=104;TR=245;WE=142428619;WS=142428601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr7	142428626	rs361327	A	C	8495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=163;NR=126;PP=2965;SC=TCTTTTATACAAAGCTCTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=163;TCR=126;TR=289;WE=142428634;WS=142428616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr7	142429001	rs17213	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=-1.396;SC=GCAGCACAGCCGCATCCTCTC;SOR=0.610;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=12;WE=142429009;WS=142428991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr7	142448199	rs112413030	GGGTGGAAA	G	3407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=26;PP=2978;SC=TGTTAACACTGGGTGGAAAGG;SOR=0.948;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=36;WE=142448214;WS=142448189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	142458304	.	T	A	1851	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=45;MMLQ=27;MQ=52.19;NF=36;NR=5;PP=1851;QD=45.9944198182;SC=AGCCTCACTGTGCTTGTTAAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=80;TCR=11;TR=41;WE=142458324;WS=142458294;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:50,41:0.45:91
chr7	142458316	.	A	T	1851	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=45;MMLQ=26;MQ=53.72;NF=50;NR=12;PP=1851;QD=30.4156647185;SC=CTTGTTAAGGATTTCTAATTA;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=135;TCF=101;TCR=34;TR=62;WE=142458324;WS=142458294;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:73,62:0.46:135
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chr7	142458409	rs200665515	C	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQRankSum=-6.073;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,37:0.09:419
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chr7	142458972	rs371766102	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-6.614;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=1.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr7	142458987	rs375094420	C	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.690;NF=1;NR=15;PP=242;ReadPosRankSum=-1.313;SC=TCTACCTCTGCTAACTGTAGA;SOR=1.928;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=16;WE=142458995;WS=142458977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr7	142459042	rs369844822	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=1.086;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr7	142460313	rs6666	T	C	4885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=912;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=1;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=9.900;NF=147;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.599;SC=AGTGCCTGGATGCTCCTGTGC;SOR=0.744;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=864;TCF=423;TCR=441;TR=278;WE=142460321;WS=142460303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:611,285:0.32:896
chr7	142460335	rs201550522	A	G	15981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FS=5.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQRankSum=-8.597;QD=21.60;ReadPosRankSum=2.600;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,492:0.66:740
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chr7	142470290	rs11769872	T	C	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.388;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=12.042;NF=76;NR=60;PP=2530;ReadPosRankSum=1.324;SC=GGAAGGAGGGTTAAGGAGCAT;SOR=0.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=136;WE=142470298;WS=142470280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr7	142470364	rs11770572	T	C	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=76;PP=2668;SC=AACAGAAAGGTCCTGGGTCTC;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=139;WE=142470372;WS=142470354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	142470434	.	G	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.292;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=21.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-8.452;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=4.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,8:0.11:73
chr7	142470442	.	CA	AG	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=24.048;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-8.504;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=4.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,10:0.14:74
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chr7	142470821	rs371709048	C	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQRankSum=-12.131;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,36:0.23:155
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chr7	142478755	rs73742441	T	C	8382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=104;PP=2965;SC=GGAATGGTGATCCTCACCTCA;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=143;TCR=105;TR=246;WE=142478763;WS=142478745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr7	142478771	rs201689354	A	AC	11270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=100;PP=2967;SC=CCTCACAGACACTCCTCTCTG;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=69;TCR=101;TR=166;WE=142478779;WS=142478761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr7	142478881	.	T	TAG	918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-20.826;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:469,53:0.10:522
chr7	142478897	rs73742442	T	C	17632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=316;NR=294;PP=2965;SC=TCATGCCCTGTCTCAGGCCCC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=610;TCF=316;TCR=294;TR=610;WE=142478905;WS=142478887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,605:1.00:605
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chr7	142479912	rs200484890	C	G	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=15.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQRankSum=-5.683;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,78:0.18:426
chr7	142479915	rs377017470	T	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=54.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=-14.772;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=4.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:368,61:0.14:429
chr7	142479917	rs369591097	C	T	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=14.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQRankSum=-5.448;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,76:0.18:429
chr7	142479940	rs58649169	C	T	8670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-5.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=9.551;NF=169;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.979;SC=ATGACAAGATCGTTGGGGGCT;SOR=0.148;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=461;TCF=269;TCR=192;TR=325;WE=142479962;WS=142479930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,333:0.72:460
chr7	142479954	rs201779716	C	T	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.318;NF=125;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=0.065;SC=GGGGGCTACACCTGTGAGGAG;SOR=1.363;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=491;TCF=283;TCR=208;TR=187;WE=142479962;WS=142479930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,181:0.39:459
chr7	142480002	rs199512312	C	A	6585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-5.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-11.304;NF=163;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=3.149;SC=AATTCTGGCTCCCACTTCTGC;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=638;TCF=314;TCR=324;TR=337;WE=142480020;WS=142479992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,330:0.51:643
chr7	142480012	rs56146961	C	T	10924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=5.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=3;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=11.416;NF=142;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.620;SC=CCCACTTCTGCGGTGGCTCCC;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=642;TCF=298;TCR=344;TR=297;WE=142480020;WS=142479992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,310:0.48:645
chr7	142480034	rs10808019	C	A	6261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=10.580;NF=132;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.058;SC=CATCAGCGAACAGTGGGTGGT;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=613;TCF=268;TCR=345;TR=285;WE=142480042;WS=142480024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,297:0.48:616
chr7	142480067	rs201659809	C	T	4316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.013;NF=67;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.676;SC=CTGCTACAAGCCGTAAGTGTG;SOR=0.992;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=399;TCF=148;TCR=251;TR=197;WE=142480103;WS=142480057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,188:0.47:397
chr7	142480079	rs371397657	T	G	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=10.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQRankSum=-14.073;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,122:0.39:309
chr7	142480083	.	A	C	4043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.117;ClippingRankSum=0.000;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=8.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.43;MQRankSum=-14.364;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,107:0.39:276
chr7	142480095	rs374574556	G	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=26.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-13.169;NF=9;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.445;SC=TGACTGCAAAGCTCCCAGCCA;SOR=2.452;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=196;TCF=48;TCR=148;TR=71;WE=142480103;WS=142480057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,64:0.34:191
chr7	142480126	rs374398930	C	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.825;NF=3;NR=23;PP=506;ReadPosRankSum=-4.795;SC=GAGAGCTTGGCTTCAGCCCAG;SOR=0.854;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=98;TCF=14;TCR=84;TR=26;WE=142480156;WS=142480116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr7	142480137	rs57353422	A	G	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.96;QD=44.60;SOR=3.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	142480137	.	AGAACTACTGAG	GGAAGTACTGAC,GGAAGTACTGAG	2116	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=28;MQ=55.87;NF=7,9;NR=42,51;PP=2116,309;QD=44.4789362217;SC=TTCAGCCCAGAGAACTACTGA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=49,60;WE=142480156;WS=142480116;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.72:68
chr7	142480141	rs55775033	C	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.42;QD=46.89;SOR=3.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	142480148	rs10808021	G	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;MQRankSum=7.417;QD=41.75;ReadPosRankSum=1.593;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr7	142481234	rs57725689	T	C	35676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=1292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=678;NR=556;PP=2965;SC=AACAGGATTATTCTGAACAAT;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1244;TCF=680;TCR=564;TR=1234;WE=142481242;WS=142481224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1286:1.00:1286
chr7	142481376	rs73740310	T	A	9372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=242;PP=2965;SC=CCCTGAGCTCTGGGGGTGAGT;SOR=3.162;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=295;TCF=51;TCR=244;TR=293;WE=142481384;WS=142481366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr7	142481807	rs4726591	C	T	10485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=210;NR=144;PP=2965;SC=AGTGCCTGGACGCTCCTGTGC;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=211;TCR=144;TR=354;WE=142481815;WS=142481797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr7	142481867	rs59320698	C	G	15605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=301;NR=233;PP=2965;SC=TTACCAGCAACATGTTCTGTG;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=534;TCF=301;TCR=233;TR=534;WE=142481875;WS=142481857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr7	142482184	rs73740312	A	C	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=46;PP=2874;SC=TCCATCTCTCAATAAAACTTG;SOR=1.323;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=126;WE=142482192;WS=142482174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	142494606	rs2071361	C	G	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=60;PP=2193;SC=GCTGAAGCCCCGGAACTGGGG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=125;WE=142494614;WS=142494596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	142495126	rs12532977	GG	AT	10430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=130;NR=86;PP=2947;SC=TGCATGCGGGGGTGCACCTCC;SOR=1.012;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=225;TCF=132;TCR=93;TR=216;WE=142495135;WS=142495116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr7	142495308	rs56352733	G	A	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=56;PP=1648;SC=CGCTCCTGGGGAAAGACTGGG;SOR=2.331;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=75;WE=142495316;WS=142495298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	142498627	rs368978596	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=9.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-3.619;SOR=2.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,12:0.09:132
chr7	142498630	rs372653085	T	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=13.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-4.404;SOR=3.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,17:0.12:144
chr7	142498635	.	C	CAG	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=20.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-4.976;SOR=3.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,23:0.15:158
chr7	142498638	rs372878243	CCT	C	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=28.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.414;QD=3.09;ReadPosRankSum=-4.506;SOR=4.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,28:0.16:180
chr7	142498652	rs377324607	CAT	C	1000.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=13.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=4.356;QD=4.53;ReadPosRankSum=-3.251;SOR=1.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,39:0.18:221
chr7	142498673	rs376425724	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=3.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=5.072;QD=0.74;ReadPosRankSum=-5.736;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,42:0.14:309
chr7	142498687	rs1799887	T	C	12781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=252;NR=122;PP=2965;SC=AGACAGCTCTTAGAGCAACCC;SOR=1.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=256;TCR=124;TR=374;WE=142498716;WS=142498663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr7	142498699	.	A	G	4370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.548;ClippingRankSum=0.000;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=6.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=3.353;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.464;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,128:0.26:485
chr7	142498702	.	C	T	4538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DP=504;ExcessHet=3.0103;FS=6.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=3.356;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.947;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,132:0.26:501
chr7	142498705	.	ATT	A	4842.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.849;ClippingRankSum=0.000;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.356;QD=9.31;ReadPosRankSum=1.088;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,137:0.26:520
chr7	142498708	.	A	ACC	4845.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.352;ClippingRankSum=0.000;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=8.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.316;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.634;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,141:0.27:526
chr7	142498735	rs377360215	A	C	9194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FS=3.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.838;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:497,248:0.33:745
chr7	142498738	rs370415932	C	G	9267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FS=3.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.749;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,268:0.35:772
chr7	142498813	rs1042955	G	A	12589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=979;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=287;NR=283;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CCACACTGGTGTGCCTGGCCA;SOR=0.583;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=963;TCF=499;TCR=464;TR=570;WE=142498821;WS=142498803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,572:0.59:975
chr7	142498833	.	A	T	13840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.708;ClippingRankSum=0.000;DP=887;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:512,371:0.42:883
chr7	142498837	rs1042957	C	T	13852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=880;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,369:0.42:876
chr7	142498897	rs1042959	A	G	7659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GGGTCAGCACAGACCCGCAGC;SOR=0.566;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=766;TCF=372;TCR=394;TR=354;WE=142498905;WS=142498887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,362:0.47:771
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chr7	142499729	rs3114480	T	C	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=73;PP=2478;SC=GACACAGGGGTGTGAGGGAGG;SOR=1.151;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=126;WE=142499737;WS=142499719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	142499762	rs706	A	G	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=61;PP=2549;SC=GTGCACAGGTACCTACATGCT;SOR=0.936;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=115;WE=142499770;WS=142499752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	142500409	rs11327	T	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=1036;SC=AATAAAAAATTGTGTGTTGGG;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=142500417;WS=142500399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	142510174	rs17270	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=393;ReadPosRankSum=-1.355;SC=AAATATCCTCCACCCAGTCCC;SOR=0.941;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=21;WE=142510182;WS=142510164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr7	142510309	rs17269	A	G	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=61;PP=2962;ReadPosRankSum=0.184;SC=AGTCACTGAGAAGGAGCTTCT;SOR=0.868;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=265;TCF=168;TCR=97;TR=172;WE=142510317;WS=142510299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,183:0.65:282
chr7	142510350	rs17268	G	A	5731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.055;SC=CGGTCCTGGGGTCTGGAGGCT;SOR=0.498;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=391;TCF=217;TCR=174;TR=248;WE=142510358;WS=142510340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,258:0.64:404
chr7	142510446	rs17267	G	A	5462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.035;SC=GCAGCCTGTCGGTACCAGTAT;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=156;TCR=199;TR=231;WE=142510454;WS=142510436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,240:0.64:375
chr7	142566163	rs6944571	C	G	13954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=882;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=273;NR=305;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CTCCCTTGTGCCCTCCGCTGG;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=860;TCF=412;TCR=448;TR=578;WE=142566171;WS=142566153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,589:0.67:877
chr7	142572304	rs4987704	G	A	6132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.789;SC=AGTACATGACGTTGCACCAGC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=429;TCF=187;TCR=242;TR=274;WE=142572312;WS=142572294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,280:0.63:444
chr7	142583330	rs17881456	A	C	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=109;PP=2965;SC=AGCCTTGGGGACACATCAGCC;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=28;TCR=109;TR=137;WE=142583338;WS=142583320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	142606882	.	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=203;ReadPosRankSum=0.588;SC=TAGAGGTCAGTGGTGAGAACA;SOR=0.726;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=23;WE=142606890;WS=142606872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr7	142625417	rs4252416	A	C	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=80;PP=2094;ReadPosRankSum=0.249;SC=CAGTTGCCCAACCCTTGAGAC;SOR=0.451;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=167;TCF=50;TCR=117;TR=117;WE=142625425;WS=142625407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,122:0.69:176
chr7	142626549	rs4236480	C	T	3023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=20;PP=2283;ReadPosRankSum=1.061;SC=GCGGGGACTACGGCGGAAGGC;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=184;TCF=155;TCR=29;TR=118;WE=142626557;WS=142626539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,119:0.64:186
chr7	142626773	rs4236481	A	C	3882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.436;SC=TGCTAGACTTATGCCCTGGGC;SOR=0.428;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=198;TCF=43;TCR=155;TR=138;WE=142626781;WS=142626763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,146:0.70:209
chr7	142627138	rs4252402	G	A	4984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=1.390;SC=TTGAATTACCGTGTAGGCTCC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=329;TCF=156;TCR=173;TR=203;WE=142627146;WS=142627128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,215:0.62:344
chr7	142627580	rs4252400	G	T	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=52;PP=1416;ReadPosRankSum=0.048;SC=GAGACAGTCAGAGCAGAATGA;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=95;WE=142627588;WS=142627570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,105:0.56:187
chr7	142639321	rs8176044	T	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=1;PP=663;ReadPosRankSum=-0.645;SC=GGGTGCTGAATTAGGTAGAAG;SOR=0.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=34;WE=142639329;WS=142639319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr7	142983699	rs61737885	G	A	7355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GAACAGAGGCGAATGGCCTCA;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=506;TCF=220;TCR=286;TR=306;WE=142983707;WS=142983689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,320:0.61:521
chr7	143017807	rs10282312	G	T	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=82;PP=2965;SC=AGGGGAAGACGGGATCTTTCT;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=113;TCR=82;TR=195;WE=143017815;WS=143017797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr7	143028536	rs2242493	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr7	143029371	rs2367941	G	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=3;PP=832;SC=TCAAATATTGGTTTTTTGTGT;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=143029379;WS=143029361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	143029983	rs7794560	T	C	3965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=109;PP=2894;ReadPosRankSum=0.038;SC=CTCCTGACACTAGCAACACCC;SOR=0.700;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=584;TCF=299;TCR=285;TR=216;WE=143029991;WS=143029973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,220:0.36:604
chr7	143036318	rs2272253	G	A	5706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=47;PP=2133;ReadPosRankSum=-1.170;SC=GAGTTGAAAGGGTATTCCAAC;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=139;TCR=74;TR=134;WE=143036326;WS=143036308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,142:0.62:228
chr7	143036337	rs2272252	C	T	6133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.206;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=56;PP=2345;ReadPosRankSum=-0.478;SC=ACGCTTCTTTCTACTCCAGTT;SOR=0.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=155;TCR=88;TR=154;WE=143036345;WS=143036327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,163:0.63:260
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chr7	143043240	rs13438232	C	T	9058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.038;SC=CAGCTTCCTCCTTCCCTTGCT;SOR=0.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=577;TCF=308;TCR=269;TR=384;WE=143043248;WS=143043230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,400:0.67:599
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chr7	143043890	rs2242491	A	G	5346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.473;SC=ATGATGAATGAAAAGGAGGCA;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=137;WE=143043910;WS=143043880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,140:0.65:215
chr7	143043902	rs2242490	C	T	5497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.775;SC=AAGGAGGCATCGGTGGTCCTG;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=112;TCR=101;TR=142;WE=143043910;WS=143043880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,144:0.67:216
chr7	143043939	rs2242489	T	C	3933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=61;PP=2869;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TATTGTTTCATTGGGAGCCAT;SOR=1.260;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=241;TCF=140;TCR=101;TR=158;WE=143043947;WS=143043929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,162:0.66:245
chr7	143047375	rs41277416	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.223;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=393;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TTCTGGGCAGCGGCTAGGAGG;SOR=1.030;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=26;WE=143047383;WS=143047365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr7	143054585	rs6958357	A	G	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=54;PP=1657;SC=GGGGTAGGAAAACATCTTAGT;SOR=1.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=82;WE=143054593;WS=143054575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	143056902	rs41277419	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-0.112;SC=CCAGTCACTCGCAGGAATGCA;SOR=0.211;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=5;WE=143056910;WS=143056892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr7	143057268	rs13244040	C	T	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=68;PP=1453;ReadPosRankSum=1.021;SC=GGTTAGCCGCCGGCCCTCACC;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=253;TCF=84;TCR=169;TR=99;WE=143057276;WS=143057243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,99:0.39:254
chr7	143078928	rs10808025	C	G	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=89;PP=2680;SC=GGGGGGCAGTCGTTTCGGGAA;SOR=6.294;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=4;TCR=89;TR=93;WE=143078936;WS=143078918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	143079806	rs6464546	G	A	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=145;NR=83;PP=2965;SC=AGGAAAAGCAGGGCTCAGGGC;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=145;TCR=83;TR=228;WE=143079814;WS=143079796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr7	143088526	rs1131885	T	C	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=46;PP=2124;ReadPosRankSum=0.226;SC=TGCACCCTGATTGGGCATGGG;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=221;TCF=147;TCR=74;TR=133;WE=143088534;WS=143088516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,138:0.61:225
chr7	143088823	rs1804527	T	C	16205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=275;NR=330;PP=2965;SC=CGGTTCGATATGGGATCCCAT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=605;TCF=275;TCR=330;TR=605;WE=143088831;WS=143088813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr7	143088867	rs6967117	T	C	10654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=161;NR=220;PP=2965;SC=CGAAGAGTCATCCTGTGGGAC;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=382;TCF=161;TCR=221;TR=381;WE=143088875;WS=143088857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr7	143090741	.	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.046;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=-1.729;SC=CTGGGTTCCCTAGTCCTTCCC;SOR=0.112;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=16;WE=143090749;WS=143090731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr7	143093538	rs10952549	G	A	6672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=137;NR=106;PP=2965;SC=GTAAAGTCCAGGGCTCCCTGT;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=137;TCR=106;TR=243;WE=143093546;WS=143093528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr7	143094635	rs45497499	A	G	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.647;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=32;PP=2284;ReadPosRankSum=2.285;SC=GTGGTTGGGGAGGGGGCAGGA;SOR=0.937;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=219;TCF=155;TCR=64;TR=118;WE=143094643;WS=143094620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,104:0.51:202
chr7	143095256	rs35251323	A	G	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=1648;ReadPosRankSum=-0.876;SC=GGGGCTGGAGAGCAGAATGGT;SOR=0.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=76;WE=143095264;WS=143095246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,76:0.77:99
chr7	143095378	rs3812407	T	C	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=935;ReadPosRankSum=1.219;SC=TGCCCGGGCATGGACACTGAA;SOR=0.845;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=138;TCR=48;TR=64;WE=143095386;WS=143095368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,66:0.34:197
chr7	143097100	rs4725617	A	G	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=138;PP=2965;SC=GGAGCCAGACACAAGGTCTCG;SOR=1.128;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=102;TCR=138;TR=240;WE=143097108;WS=143097090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
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chr7	143105830	rs12703524	C	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTTGGCGCGCGCCCCCGGGG;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=12;WE=143105838;WS=143105820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
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chr7	143175345	rs10278721	C	T	3631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=103;PP=2551;ReadPosRankSum=0.786;SC=TGGAGGTTCCCAGGGTGGGTG;SOR=0.630;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=239;TCF=70;TCR=169;TR=147;WE=143175353;WS=143175335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,153:0.62:247
chr7	143554451	rs200166862	G	A	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr7	143747481	rs79781351	AC	A	2123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.121;NF=21;NR=27;PP=1648;ReadPosRankSum=0.502;SC=CAACGCAGGTACTGTCACAAG;SOR=0.679;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=48;WE=143747496;WS=143747471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,71:0.31:229
chr7	143747870	rs2961144	A	G	8411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=1.538;SC=GTACATGGCTATCTGCCACCC;SOR=0.585;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=555;TCF=237;TCR=318;TR=346;WE=143747878;WS=143747860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,361:0.63:574
chr7	143748098	rs6464573	G	T	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.885;NF=35;NR=48;PP=1384;ReadPosRankSum=-0.138;SC=CATCTTTGCTGCTTCAGTGTT;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=83;WE=143748106;WS=143748088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,89:0.64:140
chr7	143748257	rs6464574	G	A	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.748;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.582;NF=78;NR=44;PP=1772;ReadPosRankSum=1.027;SC=CTTTGGCAGCGCCATTGTCAT;SOR=0.189;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=167;TCF=114;TCR=53;TR=122;WE=143748265;WS=143748247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,127:0.74:172
chr7	143748364	rs4407791	T	C	10582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=178;PP=2965;SC=CCTTGATCTATAGCCTGAGGA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=367;TCF=189;TCR=178;TR=367;WE=143748372;WS=143748354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr7	143771408	rs59319753	G	C	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=60;PP=1366;ReadPosRankSum=0.988;SC=TCTTCTCCCTGTTCTACATCT;SOR=0.373;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=289;TCF=87;TCR=202;TR=94;WE=143771416;WS=143771398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,101:0.34:295
chr7	143771536	rs6951485	G	A	6997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=70;PP=2965;SC=TGTGCTTGCAGCACGGTGCCC;SOR=1.589;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=152;TCR=70;TR=220;WE=143771544;WS=143771526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr7	143771937	rs2961135	G	C	9883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=191;PP=2965;SC=GCTGGTGGGAGCCTTCTTTTC;SOR=1.069;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=147;TCR=191;TR=337;WE=143771945;WS=143771927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr7	143772321	rs58564374	A	G	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=56;PP=1620;SC=TACTCAGGATACATAATCACA;SOR=5.453;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=59;WE=143772329;WS=143772311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	143807515	rs2961149	T	G	25059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.43;QD=44.99;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr7	143807518	rs2951315	T	C	25092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.54;QD=44.10;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,569:1.00:569
chr7	143807674	rs2961150	T	C	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=103;PP=2965;SC=ATATATTTTGTAGAAGAAGTT;SOR=2.461;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=32;TCR=105;TR=135;WE=143807682;WS=143807664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	143826603	rs2961160	G	T	10347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.140;NF=155;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=1.499;SC=CGTTACAATAGCCTCATGAGC;SOR=0.367;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=156;TCR=197;TR=351;WE=143826611;WS=143826593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,371:1.00:372
chr7	143826697	rs2961161	C	G	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=122;PP=2965;SC=TCATCCTGAGCCTGCCCTTCT;SOR=1.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=62;TCR=122;TR=184;WE=143826705;WS=143826687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	143826729	rs66549240	ACTT	A	5525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=75;PP=2971;SC=GAAATCAACCACTTCTTCTGT;SOR=1.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=12;TCR=82;TR=86;WE=143826739;WS=143826719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	143827198	rs34308692	CT	C	1012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.316;NF=2;NR=44;PP=803;ReadPosRankSum=-1.354;SC=TAGAAGTTGGCTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=46;WE=143827207;WS=143827188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr7	143839408	rs1919954	C	T	19312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.026;NF=284;NR=402;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GACCTATTTGCATTTCTCTTT;SOR=1.128;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=688;TCF=285;TCR=403;TR=686;WE=143839416;WS=143839398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,712:1.00:714
chr7	143839605	rs1919953	T	C	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.539;NF=107;NR=42;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.607;SC=TGCCGTTCTGTGGGCCCCGGG;SOR=0.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=109;TCR=42;TR=149;WE=143839613;WS=143839595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
chr7	143956742	rs77952084	C	G	8940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.567;NF=157;NR=226;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CAGAGGAAATCAAGTTAATGC;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=547;TCF=228;TCR=319;TR=383;WE=143956750;WS=143956732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,386:0.69:556
chr7	143982618	rs201930242	T	C	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.345;NF=92;NR=109;PP=2731;ReadPosRankSum=0.221;SC=CTGGCTGTTTTGATCTATTTC;SOR=0.756;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=396;TCF=175;TCR=221;TR=201;WE=143982626;WS=143982608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,133:0.50:264
chr7	143982703	rs201194348	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=18.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.50;MQRankSum=0.868;QD=2.36;ReadPosRankSum=-2.491;SOR=3.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,15:0.18:82
chr7	143982776	rs199949243	G	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.18;QD=26.65;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr7	144068214	rs376311961	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.21;MQRankSum=-3.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,22:0.20:109
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chr7	144095600	rs2699503	A	G	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=41;PP=1497;SC=GAGAACTGGAAGGGTCCTGGC;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=74;WE=144095608;WS=144095590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	144095730	rs11979528	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=0.191;SC=GGGAGCTCCCCGTTCCTACCA;SOR=0.330;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=144095738;WS=144095720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	144096068	rs2525702	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=827;ReadPosRankSum=1.922;SC=CCACAGGGGCCGTCCTTGTGG;SOR=0.928;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=44;WE=144096076;WS=144096058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr7	144096456	rs11769787	C	T	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=676;ReadPosRankSum=-1.059;SC=TCTTTAGTTGCCATTTTCCCC;SOR=0.702;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=171;TCF=90;TCR=81;TR=58;WS=144096446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,65:0.35:185
chr7	144096598	rs11769847	C	T	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=47;PP=1401;SC=AGAATGAAGACTGTAGCTTTG;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=144096606;WS=144096588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	144096839	rs757388	A	G	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=30;PP=1495;SC=AGAAAGAGGAAGAATTCTGAC;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=79;WE=144096847;WS=144096829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	144098896	rs727712	T	C	5475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=69;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TTGAAAAATGTAGACAAATTT;SOR=0.438;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=119;TCR=69;TR=187;WE=144098904;WS=144098886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr7	144098922	rs727713	G	A	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=51;PP=1974;ReadPosRankSum=0.553;SC=ATTCTGAGACGGCGTTAGCTC;SOR=0.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=238;TCF=144;TCR=94;TR=136;WE=144098930;WS=144098912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,147:0.57:258
chr7	144098992	rs727714	G	A	6841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=125;PP=2965;SC=CCAGACACCAGGGGTATGAGT;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=245;TCF=120;TCR=125;TR=245;WE=144099000;WS=144098982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr7	144100595	rs2525703	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=405;ReadPosRankSum=0.845;SC=GCAGTGAGGTCGGCCTCCTCC;SOR=0.719;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=24;WE=144100603;WS=144100585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr7	144100874	rs375024030	ACGGGC	A	2446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=45;PP=2453;SC=TGCAGCCCGCACGGGCCGGGC;SOR=4.332;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=1;TCR=72;TR=46;WE=144100886;WS=144100864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	144107279	rs1208179	A	G	4077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=73;PP=2914;ReadPosRankSum=-1.675;SC=TGTCCCAGGTACCCTCCAGGT;SOR=0.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=162;TCR=118;TR=172;WE=144107287;WS=144107269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,175:0.61:285
chr7	144462951	rs3779087	C	T	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=37;PP=1491;SC=AGCAAAGAAACAGAAATGCTA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=81;WE=144462959;WS=144462941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	144703163	rs35986454	T	G	7603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=145;PP=2965;SC=ACCTGCAGTCTGCCCTGAGCA;SOR=0.953;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=121;TCR=146;TR=266;WE=144703171;WS=144703153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr7	144708145	rs79359669	G	C	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=939;ReadPosRankSum=1.401;SC=TTTGGTATAAGTTTGTGTTGC;SOR=0.565;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=146;TCF=32;TCR=114;TR=57;WE=144708153;WS=144708135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,62:0.40:155
chr7	144708192	rs75385443	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=261;ReadPosRankSum=0.539;SC=AATGTGGTTTGTTATTGTAGC;SOR=0.302;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=18;WE=144708200;WS=144708182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr7	145691964	rs202048434	CCTT	C	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-1.252;QD=19.49;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr7	146471527	.	A	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=648;ReadPosRankSum=0.187;SC=AGAACATGTTATATTTATAGC;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=32;WE=146471535;WS=146471517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr7	146805228	rs35167289	T	TG	670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.778;NF=20;NR=1;PP=673;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TTATTTTTTTTTTTGTTTTAG;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=21;WE=146805236;WS=146805218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr7	147183278	rs4015951	CAAA	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTCATTTCTCCAAAAAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=147183288;WS=147183268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	147259105	rs4425670	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=736;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GACAAAGAACGCTCTTTCCAG;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=51;WE=147259113;WS=147259095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr7	147259374	rs2074715	A	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=37;PP=900;ReadPosRankSum=0.893;SC=TTTATGTTTTATGAAGATGCT;SOR=0.727;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=43;WE=147259382;WS=147259364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr7	147600604	rs2538962	C	A	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=17;PP=978;ReadPosRankSum=-2.137;SC=GTGTGGCAGTCTAATGACTGA;SOR=0.817;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=64;WE=147600612;WS=147600594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,71:0.63:113
chr7	147926888	rs3779032	A	C	4561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.830;SC=ATACATGTACATATAAATTAC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=283;TCF=90;TCR=193;TR=182;WE=147926896;WS=147926878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,186:0.64:292
chr7	147963983	rs10248273	G	C	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=16;PP=1881;SC=TTTTCTCGGGGTGGTGTTTTA;SOR=2.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=82;WE=147963991;WS=147963973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	148080647	rs1637841	T	G	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=0;PP=1599;SC=GAAACCTAAATGTAAGCTTTG;SOR=6.630;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=55;TCR=0;TR=55;WE=148080655;WS=148080637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	148106475	rs72268642	C	CTT	3705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.771;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,104:0.28:368
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chr7	148106490	rs9648691	G	A	4235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=1.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.672;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,132:0.30:444
chr7	148143136	rs2530301	A	G	11148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=212;NR=202;PP=2965;SC=CCTGGGCCTCACGCCAGGGTC;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=414;TCF=212;TCR=202;TR=414;WE=148143156;WS=148143126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr7	148143386	rs112648232	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.204;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=153;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CACTGCCCCACCCTGAACCAG;SOR=2.409;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=11;WE=148143394;WS=148143376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	148311115	rs11434056	G	GT	3966.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=2522;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CAATTTGTTTGTTTGTTTGTT;SOR=0.591;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=66;WE=148311123;WS=148311105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,139:0.69:201
chr7	148312382	rs6962115	T	G	5583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.475;SC=AGGTAAATCATCCTGAGATAA;SOR=0.554;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=342;TCF=211;TCR=131;TR=226;WE=148312390;WS=148312372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,233:0.65:357
chr7	148312520	rs6962292	T	C	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=88;PP=2259;ReadPosRankSum=0.730;SC=AAGAGTCACATCTCTAAATTT;SOR=0.344;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=180;TCF=50;TCR=130;TR=127;WE=148312528;WS=148312510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,131:0.72:183
chr7	148463860	rs1014095	T	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=805;ReadPosRankSum=-0.048;SC=TAATTATCTGTAGTTTTGATA;SOR=1.358;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=39;WE=148463868;WS=148463850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,42:0.76:55
chr7	148464675	rs6956231	T	G	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.554;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=14;PP=1307;ReadPosRankSum=-1.771;SC=TGCAAAATTTTTTTCAGTGCA;SOR=0.107;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=105;TCF=89;TCR=16;TR=71;WE=148464683;WS=148464665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,74:0.70:106
chr7	148484019	rs67104604	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=400;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GGTGACAGTCAGCTCTGCACT;SOR=0.118;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=26;WE=148484027;WS=148484009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr7	148485529	rs140011356	CTTTGCTAGT	C	1789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.077;NF=39;NR=2;PP=2938;ReadPosRankSum=-0.216;SC=ATGTTACTAGCTTTGCTAGTA;SOR=1.209;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=76;TCF=69;TCR=7;TR=41;WE=148485545;WS=148485519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr7	148485603	rs67507356	G	A	4637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.963;NF=141;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.804;SC=GTATACATTTGTATTTTTGTA;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=331;TCF=223;TCR=108;TR=205;WE=148485611;WS=148485593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,206:0.61:336
chr7	148495860	rs67248614	A	G	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=6.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=69;PP=1718;ReadPosRankSum=-1.159;SC=CGGGGGTGACAAAGGAGTGAT;SOR=1.632;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=109;TCF=8;TCR=101;TR=73;WE=148495868;WS=148495850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,74:0.66:112
chr7	148497388	rs59400376	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	148497451	rs73158249	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=503;ReadPosRankSum=-1.882;SC=CTCTATGCTAACAGATCTGGG;SOR=0.760;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=17;WE=148497471;WS=148497441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr7	148497463	rs59586477	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=523;ReadPosRankSum=-1.487;SC=AGATCTGGGGCGGGGACACTG;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=21;WE=148497471;WS=148497441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr7	148504716	rs3217095	AG	A	2158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.098;NF=21;NR=27;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.081;SC=GTTTCAGAGGAGGGGGGAGGA;SOR=0.607;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=48;WE=148504724;WS=148504706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,82:0.63:130
chr7	148506363	rs10268879	T	G	3909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;ReadPosRankSum=1.299;SC=ATCACAGGACTGAAAAGGGAG;SOR=0.863;Source=Platypus;TCF=116;WE=148506371;WS=148506353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,171:0.63:271
chr7	148516251	.	TA	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=4.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,18:0.20:92
chr7	148529922	rs17552167	C	T	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=994;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TAAAGAGATGCTGCCTACCCA;SOR=1.032;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=61;WE=148529930;WS=148529912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,65:0.62:105
chr7	148543525	rs10274535	A	G	6660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.206;SC=AAACCAAAAGATGATGATAAT;SOR=0.842;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=397;TCF=243;TCR=154;TR=272;WE=148543533;WS=148543515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,283:0.69:412
chr7	148543693	rs3214332	TA	T	2192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.963;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.271;NF=3;NR=83;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.549;SC=AACATACTCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.182;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=146;TCF=7;TCR=139;TR=86;WE=148543702;WS=148543681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,105:0.72:146
chr7	148638572	rs2035216	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=358;ReadPosRankSum=1.403;SC=AGACTCACAGGATAACACAGT;SOR=1.949;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=18;WE=148638580;WS=148638562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
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chr7	148778355	rs34939910	C	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.97;NF=3;NR=27;PP=703;SC=TGGTGAAACCCCACCTCTACT;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=148778363;WS=148778345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	148801091	rs11525060	G	A	17769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=289;NR=341;PP=2965;SC=GGCTTTTCAGGTTTCCCTTGA;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=631;TCF=290;TCR=341;TR=630;WE=148801099;WS=148801081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,637:1.00:637
chr7	148801658	rs1137432	C	T	8170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=122;PP=2965;SC=TCCCAATGTGCTGCAGCCCGT;SOR=0.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=156;TCR=122;TR=277;WE=148801666;WS=148801648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr7	148809451	rs6464938	T	C	7141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=181;PP=2965;SC=TTTGGCCGGGTGTGGTGGCTC;SOR=2.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=69;TCR=181;TR=250;WE=148809459;WS=148809441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr7	148823366	rs10251621	A	G	7036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=150;PP=2965;SC=GCCCCAACCCAACTCCCAGGT;SOR=1.509;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=86;TCR=151;TR=236;WE=148823374;WS=148823356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr7	148848257	rs917122	T	C	8515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=95;PP=2965;SC=TTAGAAACCATTGGTATGTGG;SOR=1.438;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=187;TCR=96;TR=282;WE=148848265;WS=148848247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr7	148848358	rs917123	G	A	11302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=172;NR=216;PP=2965;SC=ATTCAAGGCCGGAGGTTAGCT;SOR=1.020;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=388;TCF=172;TCR=216;TR=388;WE=148848366;WS=148848348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr7	148851213	rs917124	G	A	7589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=124;NR=136;PP=2965;SC=TCCTACACCTGGAAGGTCGGA;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=124;TCR=136;TR=260;WE=148851221;WS=148851203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr7	148863414	rs71990250	CAGCTCCA	C	13253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=161;PP=2969;SC=GAAGTGACAGCAGCTCCAAGA;SOR=1.691;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=198;TCF=21;TCR=177;TR=178;WE=148863428;WS=148863404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr7	148873497	rs1568944	T	A	7629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=189;NR=77;PP=2965;SC=GCAAACCAACTTGATTATCTT;SOR=1.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=189;TCR=78;TR=266;WE=148873505;WS=148873487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr7	148875632	rs1202461	T	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=530;SC=CCTTCTGCTGTATTTCTGATC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=148875640;WS=148875627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	148903984	rs12537763	G	A	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=96;PP=2701;SC=ATTTGTCCACGTTAGCACCGC;SOR=3.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=18;TCR=96;TR=114;WE=148903992;WS=148903974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	148904293	rs147860582	C	CAAGGTTCTTCATAAG	1718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=2957;SC=GACTCGTTTTCAGATTACCCG;SOR=4.548;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=19;WE=148904301;WS=148904283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	148904343	rs6464946	A	T	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=40;PP=2131;SC=GACACCCAGGAGGAGAGGGGG;SOR=1.308;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=129;WE=148904351;WS=148904333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	148904624	rs7784122	C	T	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=75;PP=2275;SC=GCCGGCTTTCCGCACACTGCT;SOR=1.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=42;TCR=75;TR=117;WE=148904632;WS=148904614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr7	148907849	rs10952805	G	A	9683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=147;NR=194;PP=2965;SC=AGGGGAGAGGGTTAGCATGGT;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=148;TCR=194;TR=341;WE=148907857;WS=148907839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr7	148909687	rs1202425	C	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=290;SC=ATTTTTTGTTCTTTGAGACGG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=148909695;WS=148909677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	148936762	rs111428978	A	ACGG	1806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=851;SC=TGGCATCAACACGGCGGCGGC;SOR=0.843;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=16;WE=148936770;WS=148936758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	148937136	rs1202427	C	A	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=76;PP=2271;SC=ACTTCTCTGACGCTTGCTTTA;SOR=2.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=27;TCR=76;TR=103;WE=148937144;WS=148937126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	148947698	rs4725801	A	G	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=45;PP=2293;ReadPosRankSum=1.576;SC=TTTAATATGTAAGCACCTCAG;SOR=0.394;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=183;TCF=122;TCR=61;TR=125;WE=148947706;WS=148947688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,131:0.69:190
chr7	148963845	rs36045700	G	T	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=65;PP=1556;ReadPosRankSum=0.155;SC=ACCCTGGGGTGGGGGAGCTCG;SOR=0.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=471;TCF=265;TCR=206;TR=147;WE=148963853;WS=148963835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,153:0.32:480
chr7	148984880	.	T	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=719;ReadPosRankSum=-1.503;SC=AAGTGGGCCGTGCTGGGGACC;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=48;WE=148984888;WS=148984870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr7	148990933	rs6977581	G	A	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=617;ReadPosRankSum=1.735;SC=CACAGTACACGGTGGGAAGGG;SOR=0.496;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=196;TCF=137;TCR=59;TR=56;WE=148990941;WS=148990923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,58:0.29:198
chr7	148991132	rs12530775	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=50;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AATGTCACCACGCTGGTCTTG;SOR=1.064;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=70;WE=148991140;WS=148991122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,73:0.64:114
chr7	148991489	rs140611544	G	GAGAGA	4565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=6.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.425;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.391;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,125:0.34:368
chr7	148991638	rs75001734	G	A	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=38;PP=942;ReadPosRankSum=1.662;SC=CAGGCCCCCCGAGCCAGGCTG;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=276;TCF=145;TCR=131;TR=88;WE=148991646;WS=148991628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,95:0.33:288
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chr7	149148319	rs4727071	T	C	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=51;PP=837;ReadPosRankSum=0.368;SC=GAGACCACAATGGAAAACCGC;SOR=0.913;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=179;TCF=44;TCR=135;TR=65;WE=149148327;WS=149148309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,65:0.36:182
chr7	149152770	rs3735319	A	G	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=76;NR=66;PP=2914;SC=GAGAAGGGAGACTTCTTGTTC;SOR=0.926;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=142;WE=149152778;WS=149152760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	149152906	rs3735318	G	A	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1176;ReadPosRankSum=0.712;SC=TGTGGCATCCGGCCAGAAGTC;SOR=0.882;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=315;TCF=169;TCR=146;TR=96;WE=149152914;WS=149152896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,97:0.30:326
chr7	149174265	rs4725816	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=316;ReadPosRankSum=-1.623;SC=TGGGCACGAGGACCCAACCTC;SOR=1.140;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=18;WE=149174273;WS=149174255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr7	149174542	rs4727073	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TTCTAAAGTTGTCAGGCCGGA;SOR=0.389;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=16;WE=149174550;WS=149174532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr7	149190098	rs13311996	T	C	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.031;NF=52;NR=60;PP=1428;ReadPosRankSum=0.370;SC=TTTGCCACGTTCCAGTCAAAG;SOR=0.755;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=318;TCF=157;TCR=161;TR=112;WE=149190106;WS=149190088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,114:0.34:331
chr7	149191460	rs112293204	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=0.947;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,74:0.27:276
chr7	149420820	rs11462346	C	CT	5161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.457;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.707;NF=15;NR=67;PP=2971;ReadPosRankSum=-2.260;SC=TTCCTTTTTCCTTAGTGAAGA;SOR=0.770;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=145;TCF=34;TCR=111;TR=82;WE=149420828;WS=149420810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,173:0.68:255
chr7	149426232	rs855757	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=524;ReadPosRankSum=0.946;SC=TGTGGCAGCACGAGGCCCCGT;SOR=0.897;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=29;WE=149426240;WS=149426222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr7	149426305	rs11424737	G	GC	5551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=38;PP=2936;SC=CTGCGAGTCAGCCGTCTCGGG;SOR=1.324;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=88;WE=149426313;WS=149426295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	149427409	rs709065	T	G	13240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=267;NR=178;PP=2965;SC=CAGAGCCTGATCTCTGGAAGC;SOR=1.154;Source=Platypus;TCF=267;TR=445;WE=149427431;WS=149427399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr7	149476666	rs57553723	G	GC	8590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=96;PP=2966;SC=GGCTGTGACAGCCCCTGGGGC;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=50;TCR=104;TR=143;WE=149476674;WS=149476656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr7	149486574	rs855694	G	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=22;PP=1529;SC=TCACCTCCCCGCTCCTTTGCC;SOR=1.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=149486582;WS=149486564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	149493782	rs76190154	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr7	149499152	rs140977594	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,36:0.31:116
chr7	149500472	rs10952229	A	G	4795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.053;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.924;SC=GGACTGTGGGATGCCCACACA;SOR=0.425;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=284;TCF=122;TCR=162;TR=193;WE=149500480;WS=149500462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,202:0.69:292
chr7	149500992	rs4725830	A	G	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=1056;ReadPosRankSum=1.479;SC=GCGATAGTGGAAAGATGGTGG;SOR=0.526;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=49;WE=149501000;WS=149500982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr7	149506211	rs71194663	G	GC	10230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=91;PP=2974;SC=CGAGGCAGCAGCTGCGCAGCC;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=50;TCR=93;TR=140;WE=149506219;WS=149506201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr7	149511985	rs10952230	A	G	6044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.298;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TGCCCTGGGAACCACACGCAG;SOR=0.744;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=416;TCF=209;TCR=207;TR=251;WE=149511993;WS=149511975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,264:0.61:436
chr7	149518041	rs117930273	C	T	6042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.531;SC=ACAGCTGGGCCCCGGGGAGCC;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=367;TCF=188;TCR=179;TR=243;WE=149518049;WS=149518031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,266:0.67:395
chr7	149520811	rs369244871	A	T	4398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=101;PP=2860;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CCTTCCACCCAGGGGCTGCTG;SOR=0.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=159;TCR=156;TR=205;WE=149520819;WS=149520792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,204:0.65:316
chr7	149523195	rs78492471	C	G	7935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.673;SC=GGTGTGCCCACACCAGGAGTG;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=550;TCF=291;TCR=259;TR=337;WE=149523203;WS=149523185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,349:0.61:569
chr7	149528139	rs35876030	C	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=552;ReadPosRankSum=0.637;SC=TTCTCCTGTGCCTCCCCACCC;SOR=0.506;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=35;WE=149528147;WS=149528129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr7	149543219	rs139634052	CT	C	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,35:0.32:111
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chr7	149572842	rs10240203	G	C	5826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.216;SC=AATGCCTCTTGAAAGGCTGAA;SOR=0.695;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=323;TCF=111;TCR=212;TR=228;WE=149572850;WS=149572832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,234:0.71:328
chr7	149575707	rs6946997	C	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.550;NF=27;NR=4;PP=637;ReadPosRankSum=0.442;SC=ACCGAGGCCTCCCCTGGGTGT;SOR=0.990;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=31;WE=149575715;WS=149575697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr7	149575725	rs6947011	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=770;ReadPosRankSum=0.540;SC=TGTGGGAGGACCCTCCTGTGC;SOR=0.862;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=47;WE=149575733;WS=149575715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,49:0.72:68
chr7	149575747	rs5888369	TG	T	2548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=1621;ReadPosRankSum=1.390;SC=AGGCTCACCATGCTTTGCTGT;SOR=0.874;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=41;WE=149575755;WS=149575737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
chr7	149575884	rs10246226	T	C	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=56;PP=1330;ReadPosRankSum=-1.798;SC=ACCCAGGTACTGTGTGGGCGA;SOR=1.285;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=102;WE=149575892;WS=149575874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,105:0.65:161
chr7	149576818	rs7785847	A	G	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=76;PP=2300;ReadPosRankSum=0.312;SC=CGGGGGAGTCAGTGCCCAGTC;SOR=0.893;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=179;TCF=69;TCR=110;TR=121;WE=149576826;WS=149576808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,123:0.67:183
chr7	149589343	rs2626759	G	A	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.86;QD=31.29;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	149589496	rs11428600	A	AC	2437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.003;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.120;NF=10;NR=69;PP=1904;ReadPosRankSum=1.021;SC=ACCTTAAAAAAACACACACAC;SOR=0.937;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=238;TCF=26;TCR=212;TR=79;WE=149589505;WS=149589480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,102:0.26:388
chr7	149589599	rs4725318	C	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.621;NF=2;NR=16;PP=257;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TGTTAGGGCTCCATGTGGGGT;SOR=0.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=18;WE=149589607;WS=149589589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr7	149606918	.	T	TA	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5208;HP=12;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=16;MQ=42.27;NF=0;NR=10;PP=106;QD=11.2;SC=TCCTTGAAATTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=149606926;WS=149606908;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,10:0.77:13
chr7	149981774	rs143645753	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=8.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=45.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.626;NF=43;NR=0;PP=839;ReadPosRankSum=-1.549;SC=CAGTAATACCGTCTTCTAAGA;SOR=5.639;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=134;TCF=106;TCR=28;TR=43;WE=149981782;WS=149981764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,31:0.24:128
chr7	149981830	rs4725334	T	G	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=7.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=42.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.435;NF=110;NR=50;PP=2829;ReadPosRankSum=-3.645;SC=ACCTTACCCATGCAGCTCATA;SOR=2.081;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=353;TCF=218;TCR=135;TR=160;WE=149981838;WS=149981820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,134:0.40:339
chr7	149983565	rs28634863	T	C	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=7.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=59.677;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.144;NF=17;NR=73;PP=1530;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GATCCACTTCTGGGGATCCAC;SOR=3.148;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=265;TCF=99;TCR=166;TR=90;WE=149983573;WS=149983555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,81:0.32:257
chr7	149986773	rs2286443	T	A	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.331;NF=10;NR=68;PP=1762;ReadPosRankSum=1.066;SC=TCAGCCTCCCTGTCTGCCCCT;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=14;TCR=100;TR=78;WE=149986781;WS=149986763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,77:0.70:110
chr7	149990318	.	GT	G	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=9.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.12;MQRankSum=-4.901;QD=11.79;ReadPosRankSum=2.744;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr7	149992184	rs2261646	C	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.617;NF=23;NR=0;PP=401;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CATGGGACACCTTCCCTATAG;SOR=2.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=23;WE=149992192;WS=149992180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr7	150035459	rs1047586	T	G	4089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=85;PP=2601;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ATAGAACGGGTTCCTCTCCCT;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=281;TCF=144;TCR=137;TR=180;WE=150035467;WS=150035449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,184:0.64:286
chr7	150035500	rs1047575	C	G	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=84;PP=2419;ReadPosRankSum=-0.814;SC=GGTTACCACCCGCAGCGGTCC;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=128;TCR=143;TR=161;WE=150035508;WS=150035490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,164:0.60:275
chr7	150035526	rs4721	T	G	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=76;PP=2244;ReadPosRankSum=-1.876;SC=GCACCACGCATCTCTAGACAA;SOR=0.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=101;TCR=131;TR=135;WE=150035534;WS=150035516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,139:0.58:240
chr7	150093701	rs940453	A	C	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=58;PP=2165;ReadPosRankSum=3.026;SC=AGGAGAACATATTTCAGCAGC;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=219;TCF=127;TCR=92;TR=141;WE=150093709;WS=150093691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,148:0.65:229
chr7	150094853	rs7780011	G	A	4723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CCCGGGACACGCTGTGGGGCC;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=312;TCF=199;TCR=113;TR=202;WE=150094861;WS=150094843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,205:0.65:314
chr7	150171599	.	CAGATATAGTGCCTTCAACTACCGGGCAACAGGAGA	C	1682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=4.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,57:0.20:284
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chr7	150217309	rs3735080	C	T	9608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=162;NR=175;PP=2965;SC=GGAAATCAGCCGCTGCATCAT;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=162;TCR=176;TR=337;WE=150217317;WS=150217299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr7	150218007	rs141933762	ATAGT	A	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=1538;SC=TTTTGCAAAGATAGTTAGAGA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=150218018;WS=150217997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	150266835	rs11769703	G	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=13;PP=2292;SC=GAGGGTTGAGGAGACTTTTGG;SOR=3.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=82;TCR=13;TR=95;WE=150266843;WS=150266825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	150325175	rs13234724	C	T	16665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=305;NR=273;PP=2965;SC=TCCAGGGAGCCGCCAGCCAGG;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=578;TCF=305;TCR=273;TR=578;WE=150325183;WS=150325165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
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chr7	150487961	rs3757410	G	A	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=58;PP=1657;SC=TGAAAGGAAGGAAGACTAAGG;SOR=4.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=63;WE=150487969;WS=150487951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	150491995	.	C	CCACA	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=40.27;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr7	150493442	rs2075080	C	G	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=21;PP=1999;SC=CCCCGCACCACCCCAGTCTTA;SOR=2.226;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=72;TCR=21;TR=92;WE=150493450;WS=150493432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	150498508	rs1108578	G	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=520;ReadPosRankSum=0.282;SC=CTGTGACCAGGACAGCCATTC;SOR=0.606;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=86;TCR=19;TR=38;WE=150498516;WS=150498498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,38:0.36:106
chr7	150498836	rs2075079	C	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.499;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=614;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CCTGCCTCGTCGGGCGGCGGG;SOR=0.081;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=88;TCF=17;TCR=71;TR=38;WE=150498844;WS=150498826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr7	150500356	rs741068	T	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,43:0.31:137
chr7	150500455	rs741067	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,41:0.22:187
chr7	150500576	rs741065	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=0.174;SC=GGAGGGGACCAGGTTCAGGCT;SOR=0.439;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=26;WE=150500584;WS=150500566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,25:0.28:88
chr7	150500729	rs741064	A	G	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=54;PP=2965;SC=GACTCTGCTAACGCTGGCAGC;SOR=1.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=94;TCR=54;TR=147;WE=150500737;WS=150500719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	150501516	rs9088	A	G	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.289;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=62;PP=1528;ReadPosRankSum=0.815;SC=GGCATCTCTGACCCCTCTGTG;SOR=0.611;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=379;TCF=199;TCR=180;TR=126;WE=150501524;WS=150501506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,127:0.32:391
chr7	150501635	rs12112782	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=569;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GGACAGTGGACAGTTTGGGGA;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=53;TCR=106;TR=46;WE=150501643;WS=150501625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,49:0.28:172
chr7	150553605	rs10156191	C	T	6501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.265;SC=ATGCTGCAGACGGCCATGGCG;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=423;TCF=272;TCR=151;TR=287;WE=150553613;WS=150553595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,282:0.67:423
chr7	150554887	rs2071514	G	A	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=64;PP=1722;ReadPosRankSum=1.328;SC=ACTTCTATGCGGGGCTGAAGG;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=385;TCF=192;TCR=193;TR=129;WE=150554895;WS=150554877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,135:0.34:399
chr7	150555915	rs10893	A	G	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=80;PP=1975;ReadPosRankSum=2.654;SC=CCTGGAGCCCAAGACACCGCG;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=491;TCF=240;TCR=251;TR=162;WE=150555923;WS=150555905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,166:0.34:493
chr7	150556002	rs1049748	T	C	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=64;PP=1760;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GGAAGCTGCCTAAGTACCTGC;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=363;TCF=169;TCR=194;TR=122;WE=150556010;WS=150555992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,128:0.34:382
chr7	150556055	rs6943147	CG	GC	14814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=160;PP=2947;SC=CACAAGCGCACGTACCGCCTG;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=140;TCR=162;TR=298;WE=150556064;WS=150556045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr7	150556992	rs10952294	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=-2.141;SC=GTGTGCTGGGCGCAGGAGCTC;SOR=0.614;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=11;WE=150557000;WS=150556982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr7	150557471	rs2071515	G	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=864;ReadPosRankSum=-1.549;SC=CAGATGATCTGTCATCTTGGG;SOR=0.906;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=181;TCF=118;TCR=63;TR=61;WE=150557479;WS=150557457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,60:0.32:189
chr7	150557622	rs12179	G	A	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=65;PP=1736;ReadPosRankSum=1.364;SC=ACCGGGAGTCGGAGCTGTGCA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=400;TCF=203;TCR=197;TR=131;WE=150557630;WS=150557612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,136:0.33:408
chr7	150557665	rs1049793	C	G	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=76;PP=1893;ReadPosRankSum=-2.434;SC=CGACCCCTGGCACCCGCCCGT;SOR=0.651;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=440;TCF=222;TCR=218;TR=157;WE=150557683;WS=150557655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,165:0.36:453
chr7	150557748	rs3735076	G	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=881;ReadPosRankSum=-0.335;SC=AGCCCTGCCCGGTGCTGGCCC;SOR=0.545;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=202;TCF=75;TCR=127;TR=75;WE=150557756;WS=150557738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,81:0.38:214
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chr7	150558444	rs34090933	G	GCA	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.148;NF=0;NR=15;PP=579;ReadPosRankSum=0.456;SC=GAACAGACGTGCACACACACA;SOR=1.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=15;WE=150558452;WS=150558434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
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chr7	150645682	rs2968860	G	A	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=86;PP=1910;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CTGCCCCACCGGGGTCAGGCC;SOR=0.713;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=434;TCF=189;TCR=245;TR=148;WE=150645690;WS=150645672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,154:0.34:449
chr7	150647969	rs2072413	CC	TG	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.553;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.864;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr7	150648198	rs1137617	A	G	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=922;ReadPosRankSum=1.336;SC=AGATGCTAGCATACATGAGGG;SOR=0.785;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=264;TCF=108;TCR=156;TR=79;WE=150648206;WS=150648188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,84:0.30:278
chr7	150648986	rs2072411	G	C	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=535;ReadPosRankSum=-0.485;SC=AGGAGGGGAGGTGCTGCGGCC;SOR=0.313;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=113;TCF=38;TCR=75;TR=40;WE=150648994;WS=150648976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,43:0.38:114
chr7	150652286	rs887586	C	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=-0.363;SC=GTCCCAGCAACGGAAACTCTG;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=7;WE=150652294;WS=150652276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr7	150654622	rs11462566	A	AG	1527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=1206;SC=TCAGGCCAGCAGCCCAGGGCC;SOR=1.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=27;WE=150654630;WS=150654612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	150672162	rs11410979	T	TC	1395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=35;PP=1539;SC=GGGACTGGGGTCCCAGCAGGG;SOR=3.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=38;WE=150672170;WS=150672152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	150695726	rs1549758	T	C	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=74;PP=1656;ReadPosRankSum=-0.116;SC=GGCAGCAGGATGGCTCTGTGC;SOR=0.968;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=133;WE=150695744;WS=150695716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,145:0.71:204
chr7	150696008	rs1007311	A	G	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=28;PP=1503;ReadPosRankSum=1.744;SC=TCAGCCCCAGAACCCCCTCTG;SOR=1.020;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=166;TCF=110;TCR=56;TR=93;WE=150696016;WS=150695998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,90:0.56:162
chr7	150696111	rs1799983	T	G	5931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.906;SC=CCCCAGATGATCCCCCAGAAC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=447;TCF=239;TCR=208;TR=268;WE=150696119;WS=150696101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,274:0.60:460
chr7	150698879	rs1800780	A	G	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.423;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=37;PP=1794;ReadPosRankSum=0.287;SC=CTGTGCACCCAGGACACCCTC;SOR=1.173;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=158;TCF=101;TCR=57;TR=112;WE=150698887;WS=150698869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,117:0.71:164
chr7	150703915	rs2853796	G	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=872;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TGGGGCTGGGGCTGGGCCTAG;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=50;WE=150703923;WS=150703905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr7	150706190	rs143037297	G	T	5464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GGTTCTCTGAGGCCCCCACAC;SOR=0.553;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=356;TCF=188;TCR=168;TR=232;WE=150706198;WS=150706180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,231:0.65:353
chr7	150706383	rs753482	C	A	10664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=220;NR=241;PP=2965;SC=ACCGCCCCCCCACCCCTGTCC;SOR=1.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=468;TCF=226;TCR=242;TR=461;WE=150706391;WS=150706373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr7	150706436	rs142498418	G	GC	1953.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.496;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=78;PP=2966;ReadPosRankSum=0.264;SC=ACATTCTCCCGCCCCCACCCC;SOR=2.079;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=193;TCF=40;TCR=153;TR=86;WE=150706446;WS=150706420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,89:0.55:162
chr7	150707488	rs743507	C	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=19;PP=600;SC=TTCTCCTGGCCGACATGCACT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=150707496;WS=150707478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	150708089	rs891512	A	G	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=114;PP=2965;SC=GTGAGATGGAAGACTTGGTGG;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=77;TCR=114;TR=191;WE=150708097;WS=150708079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr7	150708850	rs2256314	G	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=8;PP=1008;SC=CTGACCTCACGATCCTCCCAC;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=150708858;WS=150708840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	150713902	rs11393607	G	GC	3630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=35;PP=2259;SC=GGCCAGGAAGGCTCAGGCTGG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=150713910;WS=150713892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	150715817	rs1835428	A	G	7705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=167;PP=2965;SC=CGAAGAGTGCACCCGCGAAGA;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=92;TCR=168;TR=257;WE=150715825;WS=150715807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr7	150715947	rs7804893	T	C	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1321;ReadPosRankSum=1.152;SC=CGGCAGCTCGTTGAAGTGGCG;SOR=0.543;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=247;TCF=156;TCR=91;TR=91;WE=150715955;WS=150715937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,90:0.36:253
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chr7	150720902	rs13307588	A	G	18852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=343;NR=346;PP=2965;SC=CCAGCCTGGGATAAGTACTGG;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=691;TCF=344;TCR=347;TR=689;WE=150720910;WS=150720892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,702:1.00:702
chr7	150725722	rs2303922	A	C	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=106;PP=2965;SC=ACCTACTCAGAGCGGGCCATT;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=77;TCR=106;TR=183;WE=150725730;WS=150725712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	150725972	rs11769256	C	T	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=46;PP=1809;SC=CACTCCCGACCGGGGGTCCCC;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=101;WE=150725980;WS=150725962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	150730220	rs10952299	G	A	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=47;PP=1474;SC=CCAGGAGGTGGGGCTGTGTCT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=150730228;WS=150730210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	150731338	rs2303923	G	C	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=8;PP=2390;SC=AAACATTTGTGCCCTCTGTCT;SOR=4.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=83;TCR=8;TR=91;WE=150731346;WS=150731328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	150733025	rs2303926	T	A	15878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=332;PP=2965;SC=GGACTGTGCGTGCCTTCGCCA;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=531;TCF=198;TCR=333;TR=529;WE=150733033;WS=150733015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr7	150734380	rs35900662	T	C	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=120;PP=2965;SC=GGCTGTGACATTCCATGCATG;SOR=1.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=83;TCR=120;TR=203;WE=150734388;WS=150734370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr7	150747746	rs2288645	A	G	19477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=386;NR=351;PP=2965;SC=ACACCACCTCAGACCCTAAAC;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=741;TCF=388;TCR=353;TR=737;WE=150747754;WS=150747736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,744:1.00:744
chr7	150747937	rs11977275	C	A	18117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=283;NR=378;PP=2965;SC=TAGGCTCCCCCAGCCCCAGCC;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=661;TCF=283;TCR=378;TR=661;WE=150747953;WS=150747922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,674:1.00:674
chr7	150752066	rs891507	T	C	18152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=350;NR=336;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.357;SC=CAAAACTCCATGGACTCTCCC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=691;TCF=352;TCR=339;TR=686;WE=150752074;WS=150752055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,705:0.99:709
chr7	150759219	rs3217354	CGTGTGTGAGT	C	2535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=44;PP=2976;SC=GGGGTGTGAGCGTGTGTGAGT;SOR=4.407;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=45;WE=150759236;WS=150759209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	150761150	rs6464122	C	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=1;PP=583;SC=CTGCTGGGGGCATATAGAGCC;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=150761158;WS=150761140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	150761680	rs1050702	C	A	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	150765065	rs2229550	T	C	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=71;PP=2009;SC=AGGAGGAGACTGAGCGCTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=134;WE=150765080;WS=150765055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	150765236	rs12703112	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=28;PP=741;SC=TTGTGTGACAGCCCCAGAGCC;SOR=1.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=39;WE=150765244;WS=150765226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	150768786	rs2303937	G	A	8656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=158;NR=148;PP=2965;SC=GAGAGAAGACGCAGGACCTGA;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=159;TCR=148;TR=306;WE=150768794;WS=150768776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr7	150772917	rs11766855	C	T	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=56;PP=1751;SC=TCCTGGTCTACTTGGGTCACT;SOR=1.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=150772925;WS=150772907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	150773072	rs2303939	G	C	5249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=43;PP=2965;SC=TAGGGAGGAAGCTGGGCTCAC;SOR=2.187;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=128;TCR=43;TR=170;WE=150773080;WS=150773062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr7	150773807	rs7262	A	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=6;PP=553;SC=CCCCACATCAACCCCTCAGCC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=150773815;WS=150773797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	150775306	rs2303942	G	A	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=29;PP=851;SC=CAGTCCCTCCGGCCTCACAGT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=150775314;WS=150775296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	150783756	.	TGCCGCC	T	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=248;SC=CGCTCGCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=150783769;WS=150783746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	150783900	.	C	CG	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-0.230;QD=30.34;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr7	150783903	.	T	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-0.230;QD=31.16;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr7	150783906	.	C	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.24;QD=49.64;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	150783908	.	C	CG	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.33;QD=52.22;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	150783911	.	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;QD=52.56;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	150783917	.	T	G	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=55.61;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	150783919	.	GTCT	G	2838.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=51.61;SOR=3.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	150783922	.	T	TGGGG	2838.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=51.61;SOR=3.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	150813977	rs76473497	T	TG	1031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.810;NF=8;NR=27;PP=716;ReadPosRankSum=-0.670;SC=GGCCTGGAGCTGGGGGGGCGA;SOR=0.633;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=118;TCF=33;TCR=85;TR=35;WE=150813985;WS=150813967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,48:0.38:125
chr7	150814340	rs200527701	T	TG	2026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.403;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.137;NF=27;NR=36;PP=1755;ReadPosRankSum=0.141;SC=AGGGTCTGGGTGGGGGGTCTC;SOR=0.399;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=63;WE=150814348;WS=150814330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,78:0.61:127
chr7	150825567	rs2288650	C	T	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=4.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	150831431	rs41273644	C	T	8062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.753;SC=CAAGGCTCAACGCTGGAGTGA;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=548;TCF=348;TCR=200;TR=347;WE=150831439;WS=150831421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,358:0.64:557
chr7	150864240	rs13241978	G	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=370;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TGTTTCGGGCGGCAGTGGCGG;SOR=0.793;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=37;WE=150864255;WS=150864230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
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chr7	150883761	rs2257090	C	T	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1319;ReadPosRankSum=-1.328;SC=GGAGGGGAGACGTGGGCCTCA;SOR=0.776;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=244;TCF=124;TCR=120;TR=103;WE=150883769;WS=150883751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,106:0.42:253
chr7	150884266	rs34383739	C	CAG	1867.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=2.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=3.046;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,89:0.21:417
chr7	150921296	.	AT	A	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=3.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,34:0.17:203
chr7	150934669	rs147884296	G	A	8565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GTGATGCGTTGGAGACTGCCC;SOR=0.640;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=524;TCF=266;TCR=258;TR=350;WE=150934677;WS=150934646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,364:0.67:542
chr7	150934811	rs199523114	C	T	11187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=245;NR=262;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.232;SC=ATGTGTGACACAGCGTGGGCA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=788;TCF=380;TCR=408;TR=507;WE=150934819;WS=150934801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,514:0.64:801
chr7	150937377	rs61667463	C	CG	3434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=63;PP=2974;SC=TGCCCCCATACGGCCCCAGGG;SOR=1.755;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=13;TCR=66;TR=76;WE=150937385;WS=150937367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	150939359	rs219227	C	T	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=95;PP=2944;SC=AGAACAGGGACGAGGTGGGAG;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=46;TCR=95;TR=141;WE=150939367;WS=150939349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	150939396	rs219228	C	A	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=48;PP=1480;SC=AGTTGGCAGCCGACAGGGCAG;SOR=2.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=150939404;WS=150939386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	150940657	rs122815	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=0;PP=324;SC=GTGACTGTGATGCTGAAGCTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=18;WE=150940665;WS=150940647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	150940867	rs219229	G	A	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=92;PP=2965;SC=AGATTATCCCGACATCTCCGC;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=73;TCR=92;TR=165;WE=150940875;WS=150940857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr7	150972141	rs10249260	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.612;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=501;ReadPosRankSum=0.747;SC=AGGGCTGGCCGACTCGCCATG;SOR=0.106;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=34;WE=150972149;WS=150972131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr7	151038958	rs2142172	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-2.526;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,54:0.28:192
chr7	151048484	rs449081	G	A	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=37;PP=2289;SC=ATTCAAGTACGTTTTACTTTG;SOR=1.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=117;WE=151048492;WS=151048474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	151049002	rs60437024	A	ATCACAC,ATCACACAC,ATCAC	1144.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.4999;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=16,16;NR=0,0;PP=347,31;SC=CCATCTGTAAAACACACACAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=16,16;WE=151049010;WS=151048992;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:19
chr7	151049025	rs379931	T	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=7;PP=1036;SC=ACACACACGTTTGCCACATAC;SOR=3.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=45;WE=151049033;WS=151049015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	151049231	rs366355	C	T	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=144;PP=2965;SC=GCGTAGAAGACCCTGTGGATC;SOR=1.192;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=95;TCR=144;TR=239;WE=151049239;WS=151049221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr7	151049337	rs394259	A	G	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=1244;ReadPosRankSum=0.537;SC=ATGGATCTACAGCACTGTGGT;SOR=1.055;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=62;WE=151049345;WS=151049327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr7	151049818	rs444648	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=8;PP=1027;SC=CGTGAGCCACCGGGCCTGGCT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=151049826;WS=151049808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	151053043	rs446886	A	G	7497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=146;PP=2965;SC=AGAGGTACCCAGAGCTCTGGG;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=106;TCR=146;TR=252;WE=151053051;WS=151053033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr7	151057396	rs3217033	AC	A	12991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=211;PP=2965;SC=TATACAGAACACCCTGCCATG;SOR=1.233;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=254;TCF=35;TCR=219;TR=245;WE=151057404;WS=151057386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr7	151064064	rs386956	C	T	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=44;PP=2965;SC=TGGATAACTACGCCGTCCTCC;SOR=2.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=122;TCR=44;TR=166;WE=151064072;WS=151064054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	151064305	rs367191	A	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=37;PP=1099;SC=GCCAGAAGGTAATTTCATTTT;SOR=5.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=151064313;WS=151064295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	151074015	rs2240629	G	C	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=39;PP=2110;SC=ACGTCACCGGGCCGGCCACCT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=151074023;WS=151074005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	151074296	rs2159158	A	G	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=65;PP=1919;SC=GGAAGTCAGCAACAAAGAAAA;SOR=3.940;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=9;TCR=65;TR=74;WE=151074304;WS=151074286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	151078735	rs4141455	A	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=16;PP=784;SC=GAGGCTGCGCATGGGCGGAGG;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=151078743;WS=151078725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	151078845	rs4141454	G	A	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=21;PP=2544;SC=GCGGGCGCAGGGGCGGGCGTC;SOR=2.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=83;TCR=21;TR=103;WE=151078853;WS=151078835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
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chr7	151097323	rs11767693	A	G	6648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=115;PP=2965;SC=CATAGCTTTCATGTCCTGCAG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=124;TCR=115;TR=239;WE=151097331;WS=151097313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr7	151164348	rs17635434	G	A	5765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=1.028;SC=GCCGAACTCCGAGAGTATTTT;SOR=0.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=395;TCF=190;TCR=205;TR=258;WE=151164356;WS=151164338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,259:0.65:401
chr7	151168415	rs35526149	CAAT	C	944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.373;NF=14;NR=6;PP=860;ReadPosRankSum=0.140;SC=GACATCAGAACAATAATTAAA;SOR=1.096;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=20;WE=151168425;WS=151168405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr7	151168534	rs6956899	G	A	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.699;NF=59;NR=54;PP=1495;ReadPosRankSum=1.478;SC=TATTCTATTTGTAAGAAAAAA;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=113;WE=151168546;WS=151168524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,129:0.68:190
chr7	151195328	rs11772458	G	C	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=50;PP=1360;ReadPosRankSum=1.434;SC=GGAAGAGGAAGAGAAGCAGCT;SOR=0.464;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=77;WE=151195336;WS=151195318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,78:0.67:117
chr7	151216353	rs6948477	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=830;ReadPosRankSum=0.556;SC=CAGCTACCGCGGCTCCTCCAC;SOR=0.244;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=62;WE=151216367;WS=151216343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,64:0.70:92
chr7	151254175	rs8961	T	C	11152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.695;SC=AAATACCTATTGTTAAACCCT;SOR=0.198;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=402;TCF=239;TCR=163;TR=399;WE=151254183;WS=151254165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,414:1.00:416
chr7	151254445	rs764801	T	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=370;SC=AGGAGGGCGATGTGGGAAGGA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=151254453;WS=151254435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	151254462	rs764800	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=415;SC=AGGAGCAGGTGGCCCAAGCTC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=151254470;WS=151254452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	151292395	rs35348247	A	AT	4152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=21;PP=2979;SC=CCATCCAAAAAATACCAAAAA;SOR=2.175;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=81;WE=151292403;WS=151292385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	151432869	rs1547470	T	C	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=1;PP=964;ReadPosRankSum=1.148;SC=TGATGTTATATCCCAGTTGGA;SOR=1.410;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=67;TCR=2;TR=44;WE=151432877;WS=151432867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr7	151483445	rs12671980	A	G	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=32;PP=1885;ReadPosRankSum=0.446;SC=GTGCAAGCGGACATGCGGGTG;SOR=0.287;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=146;TCF=107;TCR=39;TR=105;WE=151483453;WS=151483435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,106:0.72:147
chr7	151504499	rs10257529	G	A	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.847;SC=TGTGGGTGACGGTCATACTTT;SOR=0.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=127;TCR=91;TR=217;WE=151504507;WS=151504489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr7	151573580	rs77902041	G	A	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-6.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.438;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=18;PP=2007;ReadPosRankSum=0.167;SC=GGGACCGAGTGCTGGGACTCA;SOR=0.258;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=144;TCF=123;TCR=21;TR=110;WE=151573588;WS=151573570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,113:0.76:148
chr7	151668225	rs1919521	A	T	381.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=434;ReadPosRankSum=1.422;SC=GATAGATAGAAAGAAAACAGT;SOR=2.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=151668233;WS=151668215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr7	151680072	rs6960270	T	C	6613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TGCCTGCAGGTGTCTTCAAAA;SOR=0.672;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=465;TCF=239;TCR=226;TR=291;WE=151680080;WS=151680062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,301:0.62:485
chr7	151680175	rs35682935	C	T	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=81;PP=1872;ReadPosRankSum=-1.772;SC=TCCAGTGTCACGAACCTCACG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=172;TCR=217;TR=145;WE=151680183;WS=151680165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,149:0.37:404
chr7	151680268	rs147547437	TTTG	T	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=613;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TCTCATCTACTTTGTTGTTGT;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=16;WE=151680278;WS=151680258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr7	151684168	rs4726127	C	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=527;SC=TTTAGGAATACGTCATAATGA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=151684176;WS=151684158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	151700199	.	TATTGTTA	T	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.904;NF=0;NR=8;PP=310;ReadPosRankSum=0.219;SC=GTAATAGAATTATTGTTAATA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=151700213;WS=151700189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr7	151723022	rs72200904	TGCG	T	6358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=69;PP=2983;SC=CCTCGAGAGCTGCGGCGGCGG;SOR=0.982;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=103;TCF=8;TCR=95;TR=76;WE=151723032;WS=151723012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	151817856	.	C	CA	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=23;QD=28.9485868237;SC=GAAGAATATGCAAAGTGTTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=3;WE=151817864;WS=151817846;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr7	151818777	rs967093	T	C	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=86;PP=2109;SC=GATGCTGTGGTGGGAACGTTG;SOR=4.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=10;TCR=86;TR=96;WE=151818785;WS=151818767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	151854734	.	A	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.317;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=0.971;SC=TTAAGTTTTAATAAAACTTGG;SOR=0.540;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=9;WE=151854742;WS=151854731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr7	151933333	rs148887101	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=-2.335;SC=CCTGATCCAGATATTTCGAAG;SOR=0.352;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=13;WE=151933341;WS=151933323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr7	152511598	rs112910296	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=8.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQRankSum=-6.354;QD=2.24;ReadPosRankSum=-2.183;SOR=1.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,28:0.18:159
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chr7	152517560	rs201127372	G	A	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQRankSum=-8.253;QD=11.37;ReadPosRankSum=-2.489;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,61:0.32:192
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chr7	152520731	rs3864524	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.81;MQRankSum=-5.522;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.196;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr7	152549107	rs6944646	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=438;ReadPosRankSum=-1.415;SC=GCCGATGTGTCGTGCCCACAA;SOR=0.183;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=96;TCF=78;TCR=18;TR=31;WE=152549115;WS=152549097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr7	152550499	rs4726215	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=385;ReadPosRankSum=-2.181;SC=TGGGTGCAGCTGTGGTCTCGT;SOR=0.535;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=36;WE=152550507;WS=152550489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,39:0.35:112
chr7	153749772	rs374262699	TTGC	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=364;ReadPosRankSum=1.126;SC=TGGGCTTGCCTTGCTGCTGCT;SOR=0.446;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=153749782;WS=153749762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr7	153750319	.	G	GC	148.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.79;QD=29.77;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	154429560	rs11243339	C	T	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=39;PP=2212;SC=CTGGATATTACGTCCTGAGCA;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=111;WE=154429568;WS=154429550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	154429657	rs6972501	T	C	5094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=89;NR=88;PP=2965;SC=GGACGAGCTGTTTAACCCTTA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=89;TCR=88;TR=177;WE=154429665;WS=154429647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr7	154461112	rs3807218	A	G	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=68;PP=1637;ReadPosRankSum=0.457;SC=GCAATGCAAAACTTCAGTATG;SOR=0.803;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=441;TCF=226;TCR=215;TR=132;WE=154461120;WS=154461102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,139:0.30:464
chr7	154461248	rs10580981	TTGTGTG	T,TTG	1181.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=0,0;NR=28,28;PP=490,720;SC=GTACATGGTGTTGTGTGTGTG;SOR=4.479;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=28,28;WE=154461261;WS=154461238;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.41,0.59:29
chr7	154461291	rs4960721	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TTAAAATCTGGAGAGGTACAC;SOR=0.126;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=11;WE=154461299;WS=154461281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr7	154587507	rs3778731	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr7	154596517	rs2280659	G	A	8282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=1.227;SC=ACTCCCTGCAGGCCATGGGCG;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=197;TCR=83;TR=278;WE=154596525;WS=154596507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
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chr7	154645406	rs6962284	A	G	6220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=25;PP=2299;SC=TCTACGTGGCATAAGAAAAGC;SOR=2.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=98;TCR=25;TR=122;WE=154645427;WS=154645396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	154645419	rs145928686	G	GTTTTC	8664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=38;PP=2966;SC=AGAAAAGCCTGTTTTCTTGTT;SOR=2.072;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=99;WE=154645427;WS=154645396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	154659566	rs56243497	TT	GG	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=713;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CCAGTTTCTTTTTCTGTACAC;SOR=2.059;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=14;WE=154659575;WS=154659556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr7	154667628	rs2293353	A	G	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=113;NR=88;PP=2965;SC=ATGGCACCCCAGGCAGCCAGA;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=201;WE=154667636;WS=154667618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	154667643	rs2230064	G	A	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GCCAGAGTGTGGCTGAGAAGT;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=118;TCR=105;TR=221;WE=154667651;WS=154667633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
chr7	154672809	rs3817518	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=38;PP=1082;SC=GATTCCAGCCGTGGGAGGTTT;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=154672817;WS=154672799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	154679447	rs940378	G	A	16780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=309;NR=308;PP=2965;SC=CATACGAGGTGTGTATGGGCA;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=617;TCF=309;TCR=308;TR=617;WE=154679455;WS=154679437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,638:1.00:638
chr7	154681363	rs13232266	A	T	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=51;PP=1472;SC=GTGGTCGGTGATGAGCAAGGT;SOR=3.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=59;WE=154681371;WS=154681353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	154794482	.	G	GCGGGGA	891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=685;ReadPosRankSum=0.888;SC=CGCGGCAGGAGCGGGGACGGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=12;WE=154794490;WS=154794472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr7	154862621	rs6320	T	A	21712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=491;NR=461;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TGGATTTACCTGTGAACCTAA;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1425;TCF=740;TCR=685;TR=952;WE=154862629;WS=154862611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:474,971:0.67:1445
chr7	154876342	rs980442	T	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=40;PP=1117;SC=TGCACTGGCCTCTTTTCCACC;SOR=6.229;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=41;WE=154876350;WS=154876332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	154989982	rs28664023	G	A	7646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=0.519;SC=GGCTCACCCCGAATCACTCAG;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=493;TCF=226;TCR=267;TR=322;WE=154989990;WS=154989972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,336:0.65:516
chr7	155094593	rs11772189	G	T	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=49;PP=1241;ReadPosRankSum=0.156;SC=TAAAACTTGCGTCTCTTTACC;SOR=0.507;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=113;TCF=35;TCR=78;TR=73;WE=155094601;WS=155094583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,74:0.64:116
chr7	155099855	rs9769506	C	A	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=594;ReadPosRankSum=-1.325;SC=AAGTGTCAATCTTTCCCATGT;SOR=1.845;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=31;WE=155099863;WS=155099845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr7	155150472	rs3922604	G	A	8545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=139;PP=2965;SC=CTGTTTCCCCGCAGGGCTGCC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=291;TCF=152;TCR=139;TR=291;WE=155150480;WS=155150462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr7	155150560	rs6605563	A	G	15893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=299;NR=239;PP=2965;SC=AAGGACTCCAAGGGAAATGTC;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=539;TCF=299;TCR=240;TR=538;WE=155150568;WS=155150550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr7	155150602	rs6605562	T	C	16929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=356;NR=278;PP=2965;ReadPosRankSum=0.444;SC=GTGTACTTCCTCCGGGGCTGC;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=639;TCF=358;TCR=281;TR=634;WE=155150610;WS=155150591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,629:0.99:633
chr7	155150870	rs67400545	A	G	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=141;PP=2965;SC=GATGTCTTTCATCATTCGCAG;SOR=3.271;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=28;TCR=141;TR=169;WE=155150878;WS=155150860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	155187575	rs2361680	C	A	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=145;SC=CATGGCAAGACCAGCCATGTT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=155187583;WS=155187565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	155187691	rs2885336	T	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=2.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	155251433	rs3735653	C	T	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=37;PP=1254;SC=CTCGGAGCAGCTCTTGGGCTC;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=155251441;WS=155251423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	155295804	rs35244674	GA	G	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.637;QD=2.23;ReadPosRankSum=2.839;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,26:0.27:95
chr7	155295854	rs7804744	G	A	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=137;PP=2965;SC=ACTCCAGCCCGTTAAGTCATT;SOR=3.070;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=23;TCR=137;TR=160;WE=155295862;WS=155295844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	155437475	rs7786826	T	C	220.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=-0.895;SC=CCCTCCCTTCTCTGTCCTCCG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=155437483;WS=155437465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
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chr7	155499799	rs4716543	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=1.669;SC=CCTAGAACTTCAGAACAAATG;SOR=1.460;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=7;WE=155499807;WS=155499789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
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chr7	155595470	rs112020900	A	ATTATTC	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=0.792;SC=GTCCTACTTTATTATTCTTAT;SOR=0.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=2;WE=155595478;WS=155595463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr7	155598879	rs1233554	A	C	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=19;PP=2914;SC=TCGCCCAGCGACCCTGCTCCT;SOR=3.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=96;TCR=19;TR=115;WE=155598887;WS=155598869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	155599300	rs1233555	C	T	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.303;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=72;PP=1792;ReadPosRankSum=1.878;SC=GCCTGGGCAACCGCCACCCCT;SOR=0.286;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=172;TCF=65;TCR=107;TR=123;WE=155599308;WS=155599290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,127:0.73:175
chr7	155599630	rs9333616	CGCCCCCACGTTGCCCTCCACTTCTA	C	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.923;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr7	155747865	rs7798508	C	G	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=36;PP=2541;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TGACCATTCTCAGGCTGTCAG;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=198;TCF=146;TCR=52;TR=134;WE=155747873;WS=155747855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,141:0.67:212
chr7	155749974	rs10440919	GC	AA	13082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=154;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GGGCAGTGCAGCCAGCTCCAC;SOR=0.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=473;TCF=231;TCR=242;TR=307;WE=155749988;WS=155749964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,329:0.67:492
chr7	155750033	rs10256182	A	G	7604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=2.398;SC=TGGCCACCTCAGATTTTAAAA;SOR=1.224;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=108;TCR=164;TR=270;WE=155750041;WS=155750013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,281:0.99:283
chr7	155755336	rs7807731	C	T	5347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=59;PP=2965;SC=TTTAGGAGCACGGGTACTACT;SOR=1.457;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=122;TCR=59;TR=180;WE=155755344;WS=155755326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	155755826	rs2007015	A	G	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=84;PP=2646;SC=CCAGATTCTCATGTAGGCTGG;SOR=1.213;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=151;WE=155755834;WS=155755816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr7	155757502	rs1551630	T	C	4563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=104;PP=2965;SC=TCGCTTGCTGTCACTGCCTGG;SOR=2.271;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=38;TCR=105;TR=142;WE=155757510;WS=155757492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr7	156473779	rs71838136	T	TA	844.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.616;QD=19.20;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,38:0.86:44
chr7	156474012	.	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.248;SC=GAGAGGCTCCGTCCATCTCTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=156474020;WS=156474002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr7	156516951	rs7793618	G	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=552;ReadPosRankSum=0.648;SC=TCTGAGAAATGATTGTGCATT;SOR=1.044;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=150;TCF=38;TCR=112;TR=44;WE=156516959;WS=156516941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,43:0.28:152
chr7	156518007	rs2072468	T	C	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=803;ReadPosRankSum=-0.268;SC=CCAGTTTGTGTTTACGCAACT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=40;WE=156518015;WS=156517997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr7	156518195	rs59912051	G	A	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1161;ReadPosRankSum=2.292;SC=TATAGAAGCCGACAACAGAGG;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=361;TCF=194;TCR=167;TR=108;WE=156518203;WS=156518185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,111:0.30:368
chr7	156521493	rs6459703	A	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=176;ReadPosRankSum=-1.881;SC=AATCTGTTTTATACATAATTT;SOR=0.378;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=14;WE=156521501;WS=156521483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr7	156529062	rs10640672	C	CAGT	2572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=1;PP=2609;SC=AGCTTGCATTCATTATTTAGT;SOR=6.593;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=47;WE=156529070;WS=156529052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	156589149	rs112583005	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=388;ReadPosRankSum=-0.520;SC=ATACAAATAAACAAAGGTTGG;SOR=0.460;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=35;WE=156589157;WS=156589139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr7	156685519	rs200299453	G	GC	2180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=7;PP=2176;SC=GGCGCGAGGCGAGGCCCGGAG;SOR=3.952;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=48;WE=156685527;WS=156685509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr7	156685545	rs200101319	A	AC	1761.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.736;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.13;MQRankSum=0.664;NF=39;NR=14;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.286;SC=GGGTCCGGGGACCGGGGGCCC;SOR=0.148;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=53;WE=156685553;WS=156685528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,59:0.71:83
chr7	156685592	rs117913319	A	G	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.691;NF=42;NR=32;PP=929;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GGCACGCGGGACTGTCAGGGC;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=122;TCR=92;TR=74;WE=156685600;WS=156685582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,64:0.33:194
chr7	156746890	rs61740447	C	T	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=64;PP=1468;ReadPosRankSum=-0.957;SC=CCCTGACCTCCGCTCTCATGG;SOR=0.571;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=403;TCF=188;TCR=215;TR=126;WE=156746898;WS=156746880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,132:0.31:422
chr7	156752414	rs76106391	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=266;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TCTGGGTTGCCGAGGGATGCC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=16;WE=156752422;WS=156752404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr7	156754975	rs77054396	A	G	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,110:0.34:324
chr7	156754981	rs3750131	T	C	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,101:0.33:303
chr7	156755052	rs73506029	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=343;ReadPosRankSum=0.027;SC=TGCACGTCAGGGTGGTGTCTG;SOR=0.465;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=25;WE=156755060;WS=156755042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr7	156755350	rs12672076	T	C	7568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=126;PP=2965;SC=GCCTCCCTGTTGGAGTGAGTC;SOR=0.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=145;TCR=126;TR=271;WE=156755358;WS=156755340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr7	156759597	rs34856615	ATATAT	A	4675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.664;NF=55;NR=14;PP=2966;ReadPosRankSum=0.007;SC=GTTGTTAGTGATATATTATAG;SOR=0.667;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=130;TCF=100;TCR=30;TR=69;WE=156759609;WS=156759587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,119:0.69:172
chr7	156761751	rs9969350	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=729;ReadPosRankSum=-0.304;SC=ATCAGTGTAACTTTATTTTTC;SOR=0.035;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=64;TCF=59;TCR=5;TR=36;WE=156761759;WS=156761741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr7	156761818	rs2302445	G	A	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=33;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CCCAGAGTCCGTTTTTTACGA;SOR=0.477;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=204;TCF=149;TCR=55;TR=116;WE=156761826;WS=156761808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,120:0.58:206
chr7	156761913	rs2302444	C	T	6503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=0.037;SC=CCCTTTCCGACGAGACATGGA;SOR=0.499;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=459;TCF=217;TCR=242;TR=286;WE=156761921;WS=156761903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,301:0.63:479
chr7	156762224	rs2302443	G	C	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1737;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CCTTTCCAGAGTATCTGACAA;SOR=0.566;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=184;TCF=110;TCR=74;TR=104;WE=156762232;WS=156762214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,106:0.56:188
chr7	156762248	rs12919	G	A	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=1744;ReadPosRankSum=0.695;SC=AAAGCTGGGGGTGTTACGTGA;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=223;TCF=112;TCR=111;TR=127;WE=156762256;WS=156762238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,132:0.57:230
chr7	156762446	rs3087905	G	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=-1.668;SC=AAATGTCCTTGGTAAACCCAA;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=20;WE=156762454;WS=156762436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr7	156802643	.	A	AGCGGCG	278.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;MQRankSum=0.627;QD=15.47;ReadPosRankSum=-2.196;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr7	156802898	.	CCCG	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,6:0.12:51
chr7	156931907	rs182166882	G	T	6608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,294:0.66:443
chr7	156932094	rs200844106	G	GGGACTCGGGGTT	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr7	156932105	rs59178327	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.739;SC=GGACTCGGGGCTGGACTCGGG;SOR=1.270;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=19;TCR=91;TR=101;WE=156932113;WS=156932084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,47:0.81:58
chr7	156962874	rs6956046	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=350;ReadPosRankSum=0.991;SC=AGCAAGGACCGATAATGGTGT;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=18;WE=156962882;WS=156962864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr7	156971581	rs870745	T	C	4863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CTCAGCATCCTGATGGGGAGT;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=350;TCF=156;TCR=194;TR=224;WE=156971589;WS=156971571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,228:0.62:366
chr7	156994353	rs28442280	A	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=245;ReadPosRankSum=0.590;SC=TTTTTTTTTTAAGAAATGTTT;SOR=0.527;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=14;WE=156994361;WS=156994343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr7	157000176	rs2301914	T	C	5763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.167;SC=CACTCTTTTATCTTTTTAGCT;SOR=0.626;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=368;TCF=193;TCR=175;TR=241;WE=157000184;WS=157000166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,257:0.67:384
chr7	157041003	rs138201644	CTTTG	C	3154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.596;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.799;NF=20;NR=28;PP=2094;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GCATATGGCTCTTTGTTTGTA;SOR=0.379;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=48;WE=157041014;WS=157040993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,80:0.62:129
chr7	157049530	rs1182373	T	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=13;PP=2732;SC=TTTCCGTGGGTGTCTGGACCA;SOR=3.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=94;TCR=13;TR=107;WE=157049538;WS=157049520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	157151234	rs3802100	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=500;ReadPosRankSum=-1.546;SC=CCTGTTTTTACTTGCAGGACC;SOR=1.210;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=30;WE=157151242;WS=157151224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr7	157156151	rs3802096	C	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=39;PP=844;ReadPosRankSum=0.926;SC=TAGGTAACCACGAGTGCTGGG;SOR=3.190;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=39;WE=157156159;WS=157156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr7	157159423	rs3779591	G	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.002;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=922;ReadPosRankSum=-0.876;SC=GCATTTAAAAGTCTTTTACGA;SOR=0.177;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=67;TCF=4;TCR=63;TR=45;WE=157159431;WS=157159413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr7	157162068	rs9692250	T	C	4550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=111;PP=2619;ReadPosRankSum=-1.945;SC=GGGCAGTGTTTGGGTTGAAGT;SOR=0.650;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=318;TCF=148;TCR=170;TR=208;WE=157162076;WS=157162058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,215:0.65:331
chr7	157162103	rs12672981	A	G	3702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=96;PP=2405;ReadPosRankSum=0.889;SC=GGTGATTCTCATGGTGACCAA;SOR=0.835;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=255;TCF=108;TCR=147;TR=162;WE=157162111;WS=157162093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,170:0.63:270
chr7	157234112	rs11977865	G	A	10714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=229;PP=2965;ReadPosRankSum=0.269;SC=GGCTGTTCTGGGCGGCGCCTG;SOR=0.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=144;TCR=230;TR=373;WE=157234120;WS=157234102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,378:1.00:379
chr7	157234787	rs12698061	G	T	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=-0.326;NF=27;NR=28;PP=966;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CGTAGCGTCTGTGGTGGGCTC;SOR=0.581;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=55;WE=157234795;WS=157234777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr7	157234816	rs12698062	A	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.57;MQRankSum=-0.372;QD=35.66;ReadPosRankSum=2.123;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr7	157234912	rs12669046	A	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=36;PP=1152;SC=GTGGTGGGCTATTCCACGCGG;SOR=1.131;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=67;WE=157234920;WS=157234902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	157235034	rs56250133	T	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=14;PP=637;SC=GCTCTTCCGGTCGGCGCCTGA;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=33;WE=157235042;WS=157235024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	157235150	rs145147352	G	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.52;MQRankSum=-1.153;QD=22.57;ReadPosRankSum=0.298;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr7	157235229	rs6974109	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=19;NR=23;PP=627;SC=TCGGGGCGGGTGCCTGATGTA;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=157235237;WS=157235219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	157235364	rs6950818	C	G	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=144;SC=GCTGCTGGCTCGGGAGGCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=157235372;WS=157235354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	157261201	rs4716743	T	G	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=19;PP=1505;ReadPosRankSum=0.151;SC=CACCGTCACCTTCACGGGAGA;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=117;TCR=30;TR=95;WE=157261209;WS=157261191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,93:0.64:146
chr7	157261258	rs4716744	C	T	8691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.098;SC=GGGACCATCCCTCACCTTTGG;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=438;TCF=263;TCR=175;TR=270;WE=157261266;WS=157261245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,273:0.61:444
chr7	157261275	rs4716745	C	T	12966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=1.839;SC=TTGGTTTGCCCGCGTTCTCAC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=512;TCF=283;TCR=229;TR=312;WE=157261283;WS=157261265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,318:0.61:522
chr7	157261292	rs4716746	A	G	13860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TCACACGGGGACAGCTGTTTA;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=597;TCF=324;TCR=273;TR=374;WE=157261300;WS=157261282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,377:0.62:605
chr7	157261945	rs2109830	A	G	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=6;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.246;SC=CAGCAGGGGCAGGACCCTCGG;SOR=0.948;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=92;TCF=85;TCR=7;TR=62;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr7	157261953	rs11449038	C	CG	4746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=13;PP=2933;SC=GCAGGACCCTCGGCCTGGCCA;SOR=3.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=88;TCR=15;TR=90;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	157262170	rs7801907	T	C	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=86;PP=1687;ReadPosRankSum=-1.214;SC=GAGTAGGGGGTGCAGACCCGG;SOR=0.652;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=211;TCF=70;TCR=141;TR=131;WE=157262188;WS=157262160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,127:0.61:208
chr7	157262226	rs7778458	G	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=915;ReadPosRankSum=0.570;SC=AGGACATGCCGGCATCGGAGG;SOR=0.728;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=14;TCR=65;TR=46;WE=157262234;WS=157262216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr7	157262920	rs7806450	T	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=318;ReadPosRankSum=0.199;SC=GCACTGGGTCTGCTCCCTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=24;WE=157262928;WS=157262910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr7	157263050	.	A	G	171	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=18;MQ=45.25;NF=5;NR=9;PP=171;QD=14.6979437534;SC=TGTGTCCGGCACTGGCCTGCG;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=14;WE=157263058;WS=157263040;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr7	157263391	.	G	T	476	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=15;MQ=59.79;NF=27;NR=13;PP=476;QD=12.7692803137;SC=CGCTGGCCTGGGTTGGGTGTG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=40;WE=157263399;WS=157263381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr7	157263410	.	C	T	690	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=15;MQ=59.84;NF=32;NR=23;PP=690;QD=13.1776584099;SC=TGTCCGTGTGCCCGGTGCTGG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=55;WE=157263418;WS=157263400;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr7	157263532	rs7785035	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=436;ReadPosRankSum=0.612;SC=TTGAATCTCCCAACATCCAAC;SOR=1.125;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=38;WE=157263540;WS=157263522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr7	157318501	rs117224154	G	A	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=5.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.648;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,74:0.27:277
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chr7	157462117	rs5888726	G	GCA	2735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.9832;FS=2.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=7;PP=2455;ReadPosRankSum=-1.437;SC=GTTTGCACGCGCACACACACA;SOR=1.758;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=95;TCF=82;TCR=13;TR=60;WE=157462125;WS=157462107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,80:0.92:87
chr7	157462425	rs755703	T	C	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=94;PP=2291;SC=CTTCTAAATGTGGAACAGTCT;SOR=3.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=18;TCR=94;TR=112;WE=157462433;WS=157462415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	157800838	rs143545915	AGT	A	6401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=36;PP=2975;SC=CACATGTGTGAGTGTGTGTGG;SOR=2.734;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=137;TCF=91;TCR=46;TR=120;WE=157800847;WS=157800828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	157800899	rs12666418	C	T	12947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.33;NF=282;NR=190;PP=2965;SC=TGGGCATGTGCATACACACTG;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=474;TCF=283;TCR=191;TR=472;WE=157800907;WS=157800889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr7	157873975	rs3800863	T	C	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=24;PP=1442;SC=TACGTGTGTGTGGAAACAGCC;SOR=1.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=157873983;WS=157873965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	157903478	rs3800861	A	G	14436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=262;NR=282;PP=2965;ReadPosRankSum=1.687;SC=CTCTGCGACCAAGCAACAGGA;SOR=0.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=549;TCF=264;TCR=285;TR=544;WE=157903488;WS=157903468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,556:0.99:559
chr7	157903504	rs3800860	C	T	13378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=233;NR=272;PP=2965;SC=ACAGAAACCCCAGGGCCCCGT;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=506;TCF=233;TCR=273;TR=505;WE=157903512;WS=157903494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr7	157903538	rs1130501	A	G	10062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=211;PP=2965;SC=CAGCGAACGCACTGCTGGGCA;SOR=1.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=362;TCF=151;TCR=211;TR=361;WE=157903546;WS=157903528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr7	157929294	rs3800857	G	A	15774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=338;NR=216;PP=2965;SC=TGAACAAAAAGATCACCAACT;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=556;TCF=339;TCR=217;TR=554;WE=157929302;WS=157929284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,580:1.00:580
chr7	157959620	rs10277232	C	T	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=8;PP=540;SC=GGGGCTGGCTCACCATCGCCT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=157959628;WS=157959610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	157959636	rs1130498	G	A	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=12;PP=673;SC=CGCCTGTGCTGGAGGGGTCTT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=157959644;WS=157959626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	157959879	rs1130497	C	T	9090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=83;PP=2965;SC=CGAGGGTCCGCGGCAGGAGGT;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=123;TCR=83;TR=204;WE=157959903;WS=157959869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	157959895	rs1130496	C	T	10281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=90;PP=2965;SC=GAGGTCCTCGCGGAGCTGGGT;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=122;TCR=91;TR=210;WE=157959903;WS=157959869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	157959911	rs1130495	A	G	10218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=100;PP=2965;SC=TGGGTCCGGGACCCGGGAGGG;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=136;TCR=102;TR=235;WE=157959919;WS=157959900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr7	157997673	rs17847433	C	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=235;ReadPosRankSum=-0.749;SC=ACTGGAGGGTCACCCCAATAT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=12;WE=157997681;WS=157997664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr7	158104616	rs199712329	CAT	C	2204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=35;PP=1602;ReadPosRankSum=-1.215;SC=CCTGCACACACATGTGCTCAC;SOR=0.926;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=123;TCF=27;TCR=96;TR=39;WE=158104625;WS=158104606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,63:0.41:154
chr7	158325310	rs55857496	C	CAA	2565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=19.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=1.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,79:0.23:347
chr7	158325316	rs34189096	C	A	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=13.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.662;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,85:0.22:386
chr7	158325338	rs12670231	G	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,128:0.25:502
chr7	158325572	rs4909238	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=150;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CAGACCATCTTGATGGCTCAG;SOR=0.650;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=13;WE=158325580;WS=158325562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
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chr7	158384305	rs67404380	CTGTG	C	1768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.590;NF=25;NR=10;PP=1424;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CTGTGTCTGTCTGTGTAAGAA;SOR=1.029;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=35;WE=158384316;WS=158384295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,53:0.33:163
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chr7	158424508	rs11973267	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=268;SC=GTTTGCAACCATGCATTTAAA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=158424516;WS=158424498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	158438186	rs2290393	G	A	10626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=227;NR=141;PP=2965;SC=CCACCTTCCAGATGACAGAGG;SOR=1.246;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=371;TCF=228;TCR=143;TR=368;WE=158438194;WS=158438176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr7	158444975	rs1466210	T	G	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=35;PP=1975;SC=TCCTGGGGAGTTCTGAGTACC;SOR=1.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=112;WE=158444983;WS=158444965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	158445267	.	C	CA	77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=77;QD=34.0;SC=AAAATGGTAACAAAAAAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=158445275;WS=158445257;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr7	158450965	rs12533939	A	T	7992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=93;PP=2965;SC=ACATGAATTAATAATTCAGCA;SOR=1.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=191;TCR=95;TR=282;WE=158450973;WS=158450955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr7	158455089	rs4484634	G	A	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=59;PP=2039;SC=ATTGTGAAAGGATCTAATCAT;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=113;WE=158455097;WS=158455079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	158456710	rs10227735	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=270;SC=CTACAAAGGACATATAGCAAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=158456718;WS=158456700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	158457095	rs2290392	G	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=11;PP=483;SC=CTATTTTAAGGGAAATCATTC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=158457103;WS=158457085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	158473339	rs2305470	G	T	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=17;PP=2327;SC=ATTGTAATTTGGACTTAGAGT;SOR=2.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=87;TCR=17;TR=104;WE=158473347;WS=158473329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	158476148	rs6969248	G	A	10611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=201;PP=2965;SC=CAAGCAGTGCGGCATTTGAGT;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=366;TCF=165;TCR=201;TR=366;WE=158476156;WS=158476138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr7	158528158	rs3816461	C	G	5923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=84;PP=2965;SC=ATTTTACAAACTGCAGGAACT;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=115;TCR=84;TR=199;WE=158528178;WS=158528148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr7	158528170	rs7787974	G	A	6158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.278;SC=GCAGGAACTGGTTGAGGATTC;SOR=0.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=116;TCR=89;TR=204;WE=158528178;WS=158528148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr7	158534163	rs66689505	T	TG	616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=514;SC=CAGCGTGGGGTGGGGGGCGCT;SOR=2.636;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=17;WE=158534171;WS=158534153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	158552331	rs896859	C	G	7603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=163;PP=2965;SC=GATACTATTTCTATCTGATTG;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=103;TCR=164;TR=266;WE=158552339;WS=158552309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr7	158552398	rs896860	C	T	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=57;PP=1460;SC=ATCCATGCAACAGAGACAGAA;SOR=3.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=8;TCR=59;TR=65;WE=158552406;WS=158552388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	158555706	rs844521	C	T	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=44;PP=2965;SC=TTAAAACATACTTTTGATTAT;SOR=1.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=119;TCR=46;TR=163;WE=158555714;WS=158555696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	158560621	rs2602542	A	C	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=85;PP=2626;SC=TACAACCTGCATTTCAATTCT;SOR=3.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=12;TCR=85;TR=97;WE=158560629;WS=158560611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	158566138	rs842447	T	C	6906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=139;PP=2965;SC=TTCCAATTATTGAATCAGGTG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=105;TCR=139;TR=244;WE=158566146;WS=158566128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr7	158566217	rs842448	C	T	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=94;PP=2838;SC=CTTCATCCTTCGTAATATACC;SOR=1.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=60;TCR=94;TR=154;WE=158566225;WS=158566207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	158586138	rs2602552	T	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=0;PP=897;SC=TTATTTAACATATTTTATGAA;SOR=7.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=34;WE=158586146;WS=158586136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	158590512	rs2788501	T	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.55;SOR=2.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	158590547	rs11404991	G	GA	1216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=538;ReadPosRankSum=0.741;SC=TCCGTCTCAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.834;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=50;WE=158590557;WS=158590534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,66:0.77:86
chr7	158591851	rs2709855	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=720;SC=TCTCATCATACGTCCTATGTT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=158591859;WS=158591841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	158672476	rs2709859	C	G	11355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=237;NR=171;PP=2965;SC=ATCGAGACAACAAACACCGAG;SOR=1.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=411;TCF=237;TCR=174;TR=408;WE=158672484;WS=158672466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr7	158711584	rs10279428	A	G	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.207;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=558;ReadPosRankSum=0.623;SC=CTCAAATATGATTTTAAATCC;SOR=1.247;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=129;TCF=34;TCR=95;TR=39;WE=158711592;WS=158711574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,44:0.33:134
chr7	158715219	rs2730238	A	G	4598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=105;PP=2965;SC=GGCCACAGAAAGTTCTGATAT;SOR=2.004;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=44;TCR=106;TR=149;WE=158715227;WS=158715209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	158715264	rs6459913	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=-1.324;SC=TGAGAGTCGCACGTTTGATGG;SOR=0.502;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=19;WE=158715272;WS=158715254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr7	158718793	rs2527188	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=11;PP=922;ReadPosRankSum=1.024;SC=ACCCAGAAGCACCTCGTGTTT;SOR=0.766;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=54;WE=158718801;WS=158718783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,56:0.65:86
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chr7	158723014	rs2730241	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=671;SC=GGATGCTGTGTATTGATTTGC;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=158723022;WS=158723004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	158726798	rs34181207	T	TC	2611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=21;PP=1811;SC=CATCTGTTCATTTTGTTACTT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=158726806;WS=158726788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	158727015	rs35962377	C	CT	4252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=22;PP=2971;SC=TTACTCTTTTCTTTATAAAGT;SOR=3.138;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=129;TCF=100;TCR=29;TR=114;WE=158727023;WS=158727005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	158727276	rs2657331	T	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=59;PP=1319;ReadPosRankSum=1.513;SC=CCAATTCTTCTTTTTTTGTTT;SOR=1.480;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=104;TCF=11;TCR=93;TR=65;WE=158727284;WS=158727266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,64:0.60:107
chr7	158727303	rs2657332	G	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=33;PP=771;ReadPosRankSum=-1.149;SC=ACAGGGTCTTGCTCTGTCACC;SOR=1.708;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=35;WE=158727311;WS=158727293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr7	158734813	rs34634437	C	T	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=65;PP=1344;ReadPosRankSum=0.343;SC=TGGGTCCTGTCGCCAAACAGC;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=307;TCF=129;TCR=178;TR=111;WE=158734821;WS=158734803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,117:0.37:320
chr7	158738611	rs2527201	G	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=412;SC=ACATGAATATGTCTTTGGTAT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=158738619;WS=158738601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	158827401	rs1017033	A	G	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=73;PP=2262;SC=ACAGGTACAGAAGAATGAGCG;SOR=2.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=27;TCR=73;TR=100;WE=158827409;WS=158827391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	158829285	rs2730223	T	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=2;PP=674;SC=ATGTGTTGTTTGTAGGAGCCT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=158829293;WS=158829275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	158835631	rs2540353	A	G	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=44;PP=2895;SC=CCCTGACAGGAACCCTGCACC;SOR=1.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=92;TCR=44;TR=136;WE=158835639;WS=158835621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	158851234	rs2098349	T	G	11004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=214;NR=183;PP=2965;SC=TGTAGCCCAGTGTATAAATGG;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=398;TCF=215;TCR=183;TR=397;WE=158851242;WS=158851224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr7	158851804	rs2730257	C	T	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=23;PP=2350;ReadPosRankSum=0.917;SC=TTAGCAAGGTCCATGGCTTGA;SOR=1.455;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=86;TCR=23;TR=108;WE=158851812;WS=158851794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr7	158935333	rs439204	G	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=37;PP=1118;SC=AACCTCACAGGTTTAAACTGC;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=38;WE=158935341;WS=158935323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	194596	rs149135623	C	CT	980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=1.713;HP=11;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=448;ReadPosRankSum=0.621;SC=TATATAGCATCTTTTTTTTTT;SOR=1.468;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=42;WE=194604;WS=194586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr8	261290	rs56233128	G	C	5933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=117;PP=2965;SC=TGGAAACTGAGAGAAGTGAGT;SOR=1.173;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=87;TCR=117;TR=204;WE=261298;WS=261280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr8	280241	rs7388619	A	G	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=45;PP=2033;SC=ACAGCACACCACTCGCACACT;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=114;WE=280249;WS=280231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	280391	rs4976858	T	G	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=60;PP=1966;SC=AAGATTATGTTCACATACGTG;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=106;WE=280399;WS=280381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	281022	rs11997640	A	G	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=43;PP=1158;SC=CAATCACTGCATTGCAGGAGA;SOR=2.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=281030;WS=281012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	362999	rs71223333	T	TAATG	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.30;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	363192	rs10090550	G	A	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=62;PP=2340;SC=GAGAATAACCGTTGTAACATC;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=129;WE=363200;WS=363182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	399960	rs12548083	C	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=12;PP=530;SC=ATATATATATCGCTCAGCTTT;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=399968;WS=399950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	412944	rs76612974	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=4;PP=1338;SC=AAAAGTTTTACACCTAATATT;SOR=4.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=52;TCR=4;TR=56;WE=412952;WS=412934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	418993	rs8049	G	C	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=83;SC=CAGAGGCCAAGGAAATCATTT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=419001;WS=418983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	494804	rs10105131	C	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=591;SC=CGGGCTGTGGCTCCGCGTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=494812;WS=494794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	565232	rs1669694	C	G	4686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=72;PP=2847;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GTTAAGGCAGCCCCTCTCTCT;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=159;WE=565240;WS=565222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr8	566417	rs13276545	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=1;PP=179;SC=TGAGGCTGACCGAACCCCGCA;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=566440;WS=566407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	566429	rs13255197	A	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	566432	rs13276566	C	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	566460	rs13276586	C	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=4;PP=439;SC=GCGGATTCAGCGCTGGCCAAC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=566468;WS=566450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	566615	rs181124600	G	C	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.27;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	566619	rs68122960	A	G	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	577101	rs336433	A	G	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=35;PP=1833;SC=ACGTATCCCTAGACACCTGCA;SOR=1.212;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=96;WE=577109;WS=577091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	577249	rs12547464	G	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=46;PP=1435;SC=CTGGAAGTTGGAGATAAGAAC;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=577257;WS=577239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	607380	rs1669658	A	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=333;SC=TCTGGTCGGAAGGGAGGTTAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=607388;WS=607377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	607766	rs4735812	C	G	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=81;PP=2965;SC=TTAAAGGACTCAGTAATGTGC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=183;WE=607774;WS=607756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr8	608034	rs10090260	T	C	7109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=121;PP=2965;SC=CCACGGACCATGTTTGAGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=136;TCR=121;TR=257;WE=608042;WS=608024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr8	608279	rs1703925	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=399;SC=CTGGGGAGAGAGGCTGGTTCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=608287;WS=608269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	609872	.	G	A	2746	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=56.73;NF=93;NR=46;PP=2746;QD=20;SC=TCTCCAGTGTGCACTGAATAT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=139;WE=609880;WS=609862;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
chr8	609901	.	A	G	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=59.05;NF=132;NR=80;PP=2965;QD=20;SC=GGGGGTGACCATCGAGGCTTC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=133;TCR=80;TR=212;WE=609909;WS=609891;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr8	610137	.	GGG	AGT	513	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=53.9;NF=0;NR=10;PP=513;QD=56.6467874862;SC=GCCCCTGCCCGGGGTCATGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=610147;WS=610127;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	623156	rs6559065	G	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=245;SC=ACTTATATTAGTTGCCTTACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=623164;WS=623146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	623696	rs61741834	G	A	13789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=247;NR=248;PP=2965;SC=CCCGGCCAGTGTCGGGTCTTC;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=496;TCF=248;TCR=248;TR=495;WE=623704;WS=623686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr8	676191	rs12549425	A	G	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=38;PP=2778;SC=AATCTGAGCCAGCATCTTCAG;SOR=2.068;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=111;TCR=38;TR=148;WE=676199;WS=676181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr8	676277	rs12549443	A	G	9646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=170;NR=167;PP=2965;SC=ACACCACACAAGGACACACAC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=170;TCR=167;TR=337;WE=676285;WS=676267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr8	676339	rs12549459	A	G	6289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=128;PP=2965;SC=GCAGGCACACAACACACAGGC;SOR=1.349;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=83;TCR=128;TR=210;WE=676347;WS=676329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr8	677063	rs11782509	G	A	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=4;PP=1161;SC=ATGCACACACGTACACATACA;SOR=4.174;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=44;WE=677071;WS=677053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	681206	rs11781283	G	C	8429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=129;PP=2965;SC=GCGGTCCTGAGCTGAGCGCCG;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=156;TCR=129;TR=285;WE=681214;WS=681196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr8	960303	rs35654511	T	TCA	9641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=75;PP=2965;SC=CACTCAGATATCAGTTTTATA;SOR=0.790;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=119;WE=960311;WS=960293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr8	1645536	rs2293909	T	C	5431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=119;PP=2965;SC=CTGCTGCAGATAGAGCATGAC;SOR=1.301;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=70;TCR=119;TR=189;WE=1645544;WS=1645526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr8	1719569	.	G	C	4285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=92;PP=2910;ReadPosRankSum=-1.866;SC=CTTTTGCTTTGAAAATGTTGC;SOR=0.742;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=434;TCF=222;TCR=212;TR=192;WE=1719577;WS=1719559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,207:0.45:461
chr8	1749388	rs7017381	C	T	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=48;PP=1718;SC=CACTCAGAAGCGGACTCCCTG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=112;WE=1749396;WS=1749378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	1749410	rs7003112	T	A	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=60;NR=54;PP=1848;SC=CCTGCTAAACTACCCTTGAAA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=114;WE=1749418;WS=1749400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	1749513	rs12541297	C	T	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=670;SC=GTGACTTGCACGTATATGCCC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=1749521;WS=1749503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	1791433	rs11136431	C	T	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=15;PP=989;SC=TTCCTTTTTGCGGGGTTCTCT;SOR=1.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=1791441;WS=1791423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	1791638	rs11136432	T	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=23;PP=712;SC=GTGGGTCAGGTTGTGCTGCTG;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=1791646;WS=1791628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	1791663	rs11136433	G	A	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.51;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	1791672	rs11136434	C	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	1791685	rs11136435	A	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=410;SC=GAACCACTGAATTGCTGGTCA;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=1791693;WS=1791653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	1806036	rs66620071	AGATC	A	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=410;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TGGCTAACATAGATCGATCGA;SOR=4.174;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=1806056;WS=1806026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr8	1806333	rs56203106	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=365;ReadPosRankSum=3.230;SC=TCCCCAGGTGAGTCCCCAGGT;SOR=3.352;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=1806341;WS=1806323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,14:0.74:19
chr8	1814588	rs67268874	GACAC	G	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;QD=39.14;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	1817314	rs7003839	G	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=19;PP=1358;SC=AATTGCACTAGGTTTTGTTGG;SOR=1.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=1817322;WS=1817304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr8	1830928	rs4543586	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=17;PP=558;SC=CCGTGCCTGCAGGTCTTCTTG;SOR=1.697;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=25;WE=1830936;WS=1830918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	1830956	rs34599746	TG	T	206.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr8	1841758	rs118161222	T	C	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.473;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=1518;ReadPosRankSum=0.665;SC=ATATACTGGGTTCAGTTGTCG;SOR=0.595;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=82;WE=1841766;WS=1841748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr8	1846562	rs755543	C	T	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=29;PP=2124;SC=GGCATGGCAGCCCTGCAGGGA;SOR=1.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=102;WE=1846570;WS=1846552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	1871896	rs2272614	G	C	7192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=109;PP=2965;SC=TCACAGGATGGAGCACGTTTT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=124;TCR=109;TR=233;WE=1871904;WS=1871886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr8	1900855	rs7832438	A	G	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=21;PP=1128;SC=GAAGCCACTCATGTCTTTCCG;SOR=1.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=1900863;WS=1900845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	1901110	rs74808197	G	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=694;SC=ATTATCTGTGGTTTTTCAGTG;SOR=2.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=1901118;WS=1901100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	1901177	rs80299596	A	G	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=71;SC=ATATTTTTCCATTTTTTACCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=1901185;WS=1901167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	2005414	rs7833424	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=409;SC=TCGGGGGCCACGTGGTTTTCT;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=2005422;WS=2005404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	2005923	rs117274617	T	C	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=110;PP=2865;SC=TCCCAGGGGGTGAAGAAGTCC;SOR=1.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=61;TCR=110;TR=171;WE=2005931;WS=2005913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr8	2006054	rs3779862	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=317;SC=CTGAACGTTCACTTTAACTCA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=2006062;WS=2006044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	2007116	rs7461903	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=0;PP=544;SC=ACCAGTGCGAACTCTGGGCCT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=2007124;WS=2007111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	2007230	rs6558591	A	C	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CACACACAAAATACAACTCTG;SOR=0.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=129;TCR=68;TR=196;WE=2007238;WS=2007220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr8	2020366	rs13251504	A	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	2020377	rs150521018	G	GATGCTCTCTGCCCTTCGGCCATGAAAGCCTCCATCGTTTC	2773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=163.16;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	2024207	rs7822836	A	C	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=25;PP=1795;SC=TGCCTTTTCTATCCCTGCCCC;SOR=1.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=87;WE=2024215;WS=2024197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	2024405	rs3817698	G	A	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=58;PP=1713;SC=CGTTCCGCATGGAATCTTACC;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=2024413;WS=2024395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	2024437	rs3817699	C	T	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.84;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	2024446	rs3817700	CG	TA	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.62;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	2027633	rs1440291	C	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=31;PP=1448;SC=CAACCTTTCTCTCCGCAGCCG;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=84;WE=2027641;WS=2027623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	2033641	.	T	C	230	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=24;MQ=55.75;NF=2;NR=11;PP=230;QD=20.3670163498;SC=TCGTGATCTCTGCGTGGCCCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13;WE=2033649;WS=2033631;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr8	2040298	rs2235122	C	T	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=51;PP=1578;SC=GCTGTGTGGCCGGAACCAACC;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=85;WE=2040306;WS=2040288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	2040337	rs6420202	T	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=31;PP=758;SC=ACAAGCCCATTGGATACAACA;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=2040345;WS=2040327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	2044363	rs7834633	A	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=24;PP=659;SC=ACATTAGATAATTTGATACAG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=2044385;WS=2044353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	2044376	rs7815778	GG	AC	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=18;PP=511;SC=TGATACAGACGGAAAAATGGA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=29;WE=2044385;WS=2044353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	2044426	rs7820357	C	A	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=243;SC=TTTTGGAGCTCAAAAGATCCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=2044434;WS=2044416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	2046526	rs7817175	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=680;SC=TGCAGCTCGTTGGCCACATCG;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=2046534;WS=2046516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	2046880	rs2294067	G	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=388;SC=GCCTCTGTGGGTGCGACTCTG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=2046888;WS=2046870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	2048640	rs3779838	C	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=14;PP=1728;SC=ATGCGCGCAGCAACAAGGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=73;WE=2048648;WS=2048630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	2048811	rs4876227	A	C	7200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=1.795;SC=GGATCACTGTAAATCAGACGA;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=98;TCR=141;TR=237;WE=2048819;WS=2048801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr8	2050383	rs2294070	A	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=13;PP=920;SC=CCCTATTCACAATAAAATGTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=2050391;WS=2050373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	2054012	rs12677887	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=716;SC=AGCCGCTCACCTCATACTCTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=2054020;WS=2054002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	2054476	rs33927116	GA	G	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.26;NF=0;NR=16;PP=425;SC=TACTTGCTTAGAAAAAAAGAC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=2054484;WS=2054466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	2056569	rs1978898	C	T	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=95;PP=2965;SC=ACTTTTTCTTCGTTTTAGAGC;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=89;TCR=95;TR=184;WE=2056577;WS=2056559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr8	2057090	rs2280895	C	T	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=220;SC=TCTCAAAAATCTAATAACTAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=2057098;WS=2057080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	2057262	.	C	T	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=24;PP=1129;SC=AGGCTGAGCACTTATCACCAG;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=58;WE=2057270;WS=2057252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	2071002	rs6558607	T	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=693;SC=CGTCTGAGACTGTCTATAGTA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=2071010;WS=2070996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	2071261	rs71270475	A	AGAC	7398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=80;PP=2957;SC=GAGTAACACAAGAAAGCAAAA;SOR=1.284;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=16;TCR=89;TR=95;WE=2071269;WS=2071251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr8	2071306	rs6998711	A	G	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=43.99;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	2071309	rs6998712	A	T	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=45.01;SOR=1.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	2071673	rs2280898	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=449;SC=CTTTGGTTGCTTTCAGAGTTT;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=2071681;WS=2071663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	2112004	rs17064804	T	G	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=43.07;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	2112013	rs17752600	G	A	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=43.35;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	2112080	rs33945248	G	GTT	2332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;MQRankSum=0.000;QD=30.30;ReadPosRankSum=-1.216;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr8	2148408	rs114021924	G	A	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=465;SC=ACATATGTGCGCATATGTACT;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=2148416;WS=2148398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	2148429	rs2618847	T	A	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	2148429	.	TGC	AGT	531	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=24;NR=5;PP=531;QD=20.1540646504;SC=TGTGTGTGCATGCGTGTGTGC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=29;WE=2148439;WS=2148419;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr8	2148431	rs2618846	C	T	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	2148550	rs2618845	G	A	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=90;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=39;PP=1068;SC=TGTGCATGCTGTATTTATGTG;SOR=1.068;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=2148558;WS=2148540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	2148566	rs116420410	G	A	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=105;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=31;PP=691;SC=ATGTGTACATGTTATGCAATG;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=2148574;WS=2148556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	2148587	rs138518302	TATGTGTGTACATATGTAC	T	1568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=2976;SC=TGCAGGTGTGTATGTGTGTAC;SOR=1.949;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=19;WE=2148612;WS=2148577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	2796277	rs585000	C	T	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=103;PP=2965;SC=CTAAGGAAAACAGAAAACAAA;SOR=0.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=186;WE=2796285;WS=2796267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr8	2806920	rs5741961	G	GAAAGAAAAGA	2310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=22;PP=2981;SC=TGACACATAGGAAAGAAAAGA;SOR=0.919;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=25;WE=2806928;WS=2806910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	2820745	rs667859	G	C	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=41;PP=2024;SC=AGAACTTACGGAGACACTGGG;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=114;WE=2820753;WS=2820735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	2832139	rs667595	C	G	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=58;PP=2247;SC=GGTGTCCACACGATATAGCTT;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=2832147;WS=2832129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	2836102	rs615578	C	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=14;PP=1795;SC=GCAGGGGTCTCTGCACAGAAA;SOR=2.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=70;WE=2836110;WS=2836092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	2909992	rs6558702	G	A	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=15;PP=1115;SC=ACGCTTACACGTGGGCGGCTT;SOR=2.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=57;WE=2910000;WS=2909982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	2910020	rs6558703	A	G	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=35;PP=2006;SC=TTACTCCACAACCCATCTTCT;SOR=1.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=102;WE=2910028;WS=2910010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	2910223	rs6420209	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=38;PP=1130;SC=TATTTTCCAGCTATTAAAACC;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=2910231;WS=2910213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	2910289	rs7004774	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=107;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=273;SC=TGTGAATTATATTTCTTTTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=2910297;WS=2910279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	2954716	rs3802290	G	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=177;SC=CAGAGGGAGGGCAACATTGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=2954724;WS=2954706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	2964003	rs10503192	T	C	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=30;PP=1762;SC=AATACAATTTTCCATGTTGAA;SOR=1.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=93;WE=2964011;WS=2963993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	2965122	rs113534820	C	CTGTTTT	293.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=376;SC=TTCTTTGTTTCTGTTTTTGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=2965130;WS=2965112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	2965209	rs1531351	A	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=12;PP=764;SC=GTCGTGCTGAATTCATGGTAT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=2965217;WS=2965199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	2965244	rs3824271	T	C	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=22;PP=1021;SC=TATTACCTATTTCGAAATCAT;SOR=0.955;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=62;WE=2965252;WS=2965234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	2966072	rs3802291	G	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=561;SC=AACACTGCAGGAAACACCACA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=2966080;WS=2966062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	2967639	rs898512	G	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=527;SC=CAGAATTGTTGATCACAATTA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=2967647;WS=2967629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	3038763	rs11785446	G	C	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=65;PP=2171;SC=AGATAGAATTGTAACACTACA;SOR=1.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=3038771;WS=3038753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	3038838	rs11785463	G	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=24;PP=697;SC=AATCCCTACAGTTTGTCTGAT;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=3038846;WS=3038828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	3045230	rs17319192	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=520;SC=CCTGTTTCTTGATGGTCTTAC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=3045238;WS=3045220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	3046635	rs898501	G	T	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=52;PP=1551;SC=AAGAGAAAATGTACATGAACA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=70;WE=3046643;WS=3046625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	3059365	rs5888954	TA	T	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=371;SC=AAGAATTTGGTAAAAAAATAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=3059373;WS=3059355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	3141551	rs75649972	G	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=384;SC=TTCAAATTAGGCTCAATAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=3141559;WS=3141541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	3141586	rs4875508	T	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=3;PP=779;SC=GAGACGCTGGTGAATATAAAT;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=3141594;WS=3141576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	3165207	rs10103770	A	G	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=26;PP=1747;SC=AACCAAAATAAAACAAGTACC;SOR=1.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=86;WE=3165215;WS=3165197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	3165471	rs10089504	C	A	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=3.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	3165478	rs10089513	C	G	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	3165777	rs10091831	G	A	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=0;PP=325;SC=ATGCAACATGGTGCAAGCACC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=3165785;WS=3165768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	3165814	rs1393843	A	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=2;PP=667;SC=GCACAATGGTATGACTGCTTC;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=3165822;WS=3165804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	3201012	rs156075	C	T	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=57;PP=1721;SC=TATGCCTTCACTGGATTCTTA;SOR=1.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=84;WE=3201020;WS=3201002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	3201034	rs156076	G	T	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=39;PP=1191;SC=GTTAGCAATGGTAATAAACAA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=3201042;WS=3201024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	3205378	rs190535	G	A	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=206;SC=AACTCATTGTGTAAATAAATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=3205386;WS=3205368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	3226919	rs270096	C	T	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=78;PP=2185;SC=GAGATGATTACAGCACTAAAG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=56;TCR=78;TR=134;WE=3226927;WS=3226909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	3263528	rs1161518	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=6;PP=608;SC=GGAGAAGAGCGGGGGGTGGCA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=3263536;WS=3263518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	3263749	.	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,20:0.21:97
chr8	3351264	rs9314495	G	A	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=62;PP=2045;SC=TACAAGGTACGAAACAGTGAC;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=3351272;WS=3351254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	3443799	rs5888973	GA	G	577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.081;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;MQRankSum=0.635;QD=19.26;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr8	3474342	rs2291221	C	T	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=133;PP=2965;SC=GAAACATTGTCAAAATGCTGT;SOR=1.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=66;TCR=133;TR=199;WE=3474350;WS=3474332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr8	3566106	rs10105577	T	C	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=72;PP=2258;SC=ATAACTGCTTTCTATCAACCC;SOR=1.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=103;WE=3566114;WS=3566096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	3566161	rs10105599	T	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=800;SC=ACCAAGTCAATGAAGTCAAAG;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=3566169;WS=3566151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	3807319	rs2740867	C	G	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=236;SC=GCCTCTAACACATGGAAAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=3807327;WS=3807309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	3807528	rs6984912	C	T	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=47;PP=1832;SC=ACTACATTTGCCAGGGTCCAC;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=106;WE=3807536;WS=3807518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	3807553	rs11786061	G	A	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr8	3855302	rs1863475	G	A	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=95;SC=AGAGCAAGGCGAAAAAAGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=3855310;WS=3855292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	4494811	rs2617007	T	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=414;SC=CTAGATTTCATAATCTGTGTA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=4494819;WS=4494801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr8	6288879	rs2251956	A	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=199;SC=TTGTATTTGCAGTTGTATTTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=6288887;WS=6288869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	6296550	rs2442513	G	T	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=24;PP=965;SC=TTAATAGTAGGCACCACAGCG;SOR=0.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=61;WE=6296558;WS=6296540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	6299532	rs2053618	A	G	4544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=50;PP=2691;SC=TGCTGGCTTCATCTGCTAAGA;SOR=1.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=107;TCR=50;TR=157;WE=6299540;WS=6299522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr8	6302183	rs930557	G	C	5609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=79;PP=2965;SC=AGTCACCCCTGACCAAAAGCA;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=105;TCR=79;TR=184;WE=6302191;WS=6302173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr8	6302418	rs2515569	A	G	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=78;PP=2965;SC=AGGTCGGAAGACAGGCTGCAG;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=151;WE=6302426;WS=6302408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr8	6303025	rs2584	G	A	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=75;PP=2304;SC=ACATGGAGACGTCTACAGAAG;SOR=1.125;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=56;TCR=76;TR=131;WE=6303033;WS=6303015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	6312880	rs2515575	C	T	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=229;SC=GTCTTTTATTCTAAAAAATTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=6312888;WS=6312870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr8	6390079	rs2515482	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=441;SC=AATGTTTGTCGTCTCCTCCCT;SOR=4.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=20;WE=6390087;WS=6390069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	6478956	rs2936531	A	G	5450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	6478960	rs11137040	C	G	5663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr8	6478986	rs2912010	C	T	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=100;NR=63;PP=2895;SC=TGTGCCGAAGCGAGTGCCACT;SOR=1.083;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=163;WE=6478994;WS=6478976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
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chr8	6479178	rs2912016	C	A	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.92;NF=92;NR=111;PP=2965;SC=AGAAGAAAGCCACAGTCAAGT;SOR=1.015;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=92;TCR=111;TR=203;WE=6479186;WS=6479168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr8	6479282	rs11137041	G	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=41;PP=1162;SC=GGAGGGCGGCGTCAGGCTCAC;SOR=2.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=6479290;WS=6479272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr8	6500751	rs2433149	C	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=427;SC=GACTGAATGTCTGTTTCAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=6500759;WS=6500741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr8	6582485	rs2980686	A	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=14;PP=753;SC=TGCATGAAACATAGGTTTTTC;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=6582493;WS=6582475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr8	6673377	rs11338621	CA	C	13202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=157;PP=2965;SC=GGCTGGTCCACAGATGCCCCC;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=44;TCR=161;TR=198;WE=6673390;WS=6673367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr8	6690173	rs2978902	G	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=20;PP=1251;SC=TCCACATGGAGAGAAGATTCC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=6690181;WS=6690163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	6690215	rs2978901	G	C	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=43;PP=1563;SC=GTGCTCCAGAGGTGAAAGAGG;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=101;WE=6690223;WS=6690205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr8	6690276	rs2741098	T	C	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=59;PP=2373;SC=TGCAGCATCATCAAGGAGCAA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=131;WE=6690284;WS=6690266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr8	6692909	rs2978895	G	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=4;PP=342;SC=GCGCCGGGGTGGGGTTAGGGG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=6692917;WS=6692899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	6692968	rs2977806	C	T	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=602;SC=GCGCGCTCTGCTCGGCCGCCT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=6692976;WS=6692958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	6782271	rs712276	A	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=3;PP=721;SC=GGCAATGTATAGGACACACGA;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=6782279;WS=6782261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	7308386	rs1042797	T	C	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.23;QD=26.57;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	7308729	rs2294141	G	C	5712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=118;PP=2965;SC=GCACTAGAAGGAAACAAAGGG;SOR=1.135;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=84;TCR=118;TR=202;WE=7308737;WS=7308719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr8	7308798	rs4840280	A	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=46;PP=1332;SC=AAGGAAATTAAAGGTATTAAC;SOR=6.316;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=47;WE=7308806;WS=7308788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	7686323	rs201085281	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.16;QD=23.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	7717861	rs199535123	C	G	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.49;QD=21.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	8186052	.	CTTTAT	C	3194.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=2.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	8186053	.	T	TGGAC	1886	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=30;PP=1886;QD=59.40625;SC=CTTGTTTCCCTTTATTTATTT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=3;TCR=48;TR=32;WE=8186066;WS=8186043;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,32:0.63:51
chr8	8186058	.	T	TGGACCCAAA	3195.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.01;SOR=2.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	8186101	rs143704562	T	TTTTCTA	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=24;PP=838;SC=ATGTTACTTCTTTTCTATTTC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=8186109;WS=8186091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	8197274	rs11325094	GA	G	385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=24.11;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	8559898	rs11995449	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.28;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	8560536	rs12548737	G	A	8564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=184;NR=122;PP=2965;SC=CACCATCCAAGTGGAGTGGCC;SOR=1.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=184;TCR=122;TR=306;WE=8560544;WS=8560526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr8	8560602	rs2280560	C	T	13798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=264;NR=236;PP=2965;SC=GCACCGACCGCCGCCTGCCCA;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=501;TCF=264;TCR=237;TR=500;WE=8560610;WS=8560592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr8	8560909	rs12153	G	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=726;SC=TCTGCCTTTCGTGGGACCAAA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=8560917;WS=8560899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	8643387	rs10903311	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.32;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	8643582	rs2271340	C	G	7237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=122;PP=2965;SC=GGGTGGACAACAAGAAAGCAC;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=129;TCR=122;TR=251;WE=8643590;WS=8643572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr8	8643725	rs2271341	T	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=831;SC=TCAGGCAACTTATGTCCCCAC;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=8643733;WS=8643715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	8655023	rs3748144	C	T	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=52;PP=1728;SC=GAGAGAAAAACGTGTTAGGGA;SOR=1.216;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=8655031;WS=8655013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	8747537	rs399123	T	C	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=71;PP=2965;SC=TCTTACAGCATACCACAGAAG;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=109;TCR=71;TR=180;WE=8747545;WS=8747527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr8	8747894	rs429433	A	G	6124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=103;PP=2965;SC=AAACAACCCAAGTGGAAAAGT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=110;TCR=103;TR=213;WE=8747902;WS=8747884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr8	8750245	rs141278509	C	T	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=52;PP=2378;SC=GGTGGCCGAGCTCGGCCACCG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=75;TCR=52;TR=126;WE=8750253;WS=8750235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
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chr8	8887542	rs140242735	TAAC	T	5572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=55;PP=2969;SC=TTTTAGAAAGTAACAACAGTT;SOR=1.143;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=63;WE=8887552;WS=8887532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	8905786	rs11433078	G	GT	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.474;NF=18;NR=2;PP=463;ReadPosRankSum=0.954;SC=ATAGGGATTTGTTTTTTTTAA;SOR=2.494;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=20;WE=8905794;WS=8905776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr8	8905926	rs2921379	A	G	5636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=91;PP=2965;SC=AGTTTAAAAAACGTCCTTAAG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=104;TCR=91;TR=195;WE=8905934;WS=8905916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr8	9414049	rs33945943	G	A	7085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=132;PP=2965;SC=GGGTAAAGAGGCTGGTGGACG;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=116;TCR=132;TR=247;WE=9414057;WS=9414039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr8	9414159	rs34790717	G	C	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=89;PP=2965;SC=AGGGTTATGGGTTTGGGTGCA;SOR=1.454;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=52;TCR=90;TR=140;WE=9414181;WS=9414149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	9414237	rs34206126	C	T	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=31;PP=952;SC=TATGGTTCTTCATCACCTCAC;SOR=1.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=49;WE=9414245;WS=9414227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	9435825	rs4840427	T	C	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=56;PP=1803;SC=AAGTCGAAGTTAGAGAATTAA;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=100;WE=9435833;WS=9435815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	9435886	rs4840428	G	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=782;SC=AACAAAACCAGGAACCCTGGT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=9435894;WS=9435876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	9436580	rs4841174	C	T	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=49;PP=1593;SC=TATTTCTTACCTTTCTAAGTG;SOR=1.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=9436588;WS=9436570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	9436610	rs4841175	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=816;SC=TCCTTAGACTACTTGAGACTC;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=9436618;WS=9436600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	9437945	rs7822548	T	A	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=55;PP=1560;SC=TATTCTTACTTTTTTTGTGGT;SOR=1.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=9437953;WS=9437935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	9472952	rs7833036	G	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=2;PP=289;SC=GTGCTTTTTTGCTTTTTTTCT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=9472960;WS=9472942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	9577940	rs6601360	T	C	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=60;PP=2677;SC=CCCTAGCAGGTCACCTGCAGA;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=141;WE=9577948;WS=9577930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	9578146	rs35039536	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=508;SC=TTACTTTGCCTGAAGTTTTTC;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=9578154;WS=9578136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	9599426	rs62489364	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=428;SC=CTCCTTTTCTAACTCCAAGTA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=9599434;WS=9599416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	9609331	rs13265931	G	A	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=81;PP=2768;SC=ATGGCGCCGCGGGAACAGAAA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=137;WE=9609339;WS=9609321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	9619159	.	G	GA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr8	9623170	rs34982116	C	A	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=9;PP=806;SC=CACGTTTCACCGATAATGTTT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=9623178;WS=9623160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	10210990	rs111889058	ACCGGAGGC	A	1987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=2981;SC=TGTATTTGGTACCGGAGGCCC;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=32;WE=10211005;WS=10210980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	10211062	rs12679609	G	A	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=52;PP=2965;SC=TGACGTTTCTGTAACGAGATG;SOR=1.363;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=99;TCR=52;TR=151;WE=10211070;WS=10211052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr8	10285825	rs10903326	T	G	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=70;PP=2210;SC=AAAAATAATTTCTCCCCACAT;SOR=1.570;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=110;WE=10285833;WS=10285815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr8	10383138	rs35102108	G	A	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=46;PP=1920;SC=CCTGGTCACGGGAACTCAGCT;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=105;WE=10383146;WS=10383128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	10388749	rs4841366	G	A	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=34;PP=1824;SC=CAATTCTGCCGCTTTTGAGAC;SOR=1.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=105;WE=10388757;WS=10388739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr8	10390320	rs10106714	C	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=655;SC=GGGATGGGGGCTGGGGGACAC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=10390328;WS=10390316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	10396054	rs6601483	A	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=27;PP=1316;SC=TGGGCATCATAAGCTGGGGAA;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=10396062;WS=10396044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	10465097	rs4354268	C	T	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.996;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TGGGCCTCCTCTTCAGCCTCC;SOR=0.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=98;TCR=95;TR=188;WE=10465105;WS=10465087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr8	10465771	rs11785822	G	T	9548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=158;PP=2965;SC=CTCCTGGGCCGCCTCTTCTGC;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=156;TCR=159;TR=314;WE=10465779;WS=10465761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr8	10466482	rs13267180	G	A	5248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=85;PP=2965;SC=CTTGCCAGGGGCCACCTCTGC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=88;TCR=85;TR=173;WE=10466490;WS=10466472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr8	10467207	rs4840498	C	A	6486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=122;NR=94;PP=2965;SC=AGCCACTCTGCCTCTCGCTGG;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=122;TCR=94;TR=216;WE=10467215;WS=10467197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr8	10467637	.	T	TCCTCTAACTGCACCCTCTCTTCTTGCAGCCCTTCTATTACTTTAGTCC	32424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=742;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;MQRankSum=-0.183;QD=53.95;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,599:1.00:601
chr8	10467652	.	GC	CT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=58.8;NF=119;NR=152;PP=2944;QD=20;SC=TAACTGCACCGCCTCTTCTTG;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=708;TCF=342;TCR=366;TR=271;WE=10467661;WS=10467615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:437,271:0.38:708
chr8	10468172	rs4840502	G	A	9808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=198;NR=152;PP=2965;SC=TCCTGGTACCGAGGGGAGTCT;SOR=0.915;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=350;TCF=198;TCR=152;TR=350;WE=10468180;WS=10468162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr8	10469233	rs35602868	A	G	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=82;PP=2965;SC=CTCTTCCCCCAGGCTGGCAGC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=85;TCR=82;TR=166;WE=10469241;WS=10469223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr8	10469817	rs6996950	G	A	8318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=167;NR=136;PP=2965;SC=CCTGCTCGGTGCCCTGTCCTT;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=167;TCR=136;TR=303;WE=10469825;WS=10469807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr8	10470068	rs74990397	C	T	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=132;NR=112;PP=2965;SC=TGCTCTGGGCCGCCCAGCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=132;TCR=113;TR=244;WE=10470076;WS=10470058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr8	10470915	rs11773913	A	G	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=63;PP=1909;SC=TGGGGGCAGCATCAGGATAAA;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=10470923;WS=10470905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	10470941	rs4840503	C	T	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=52;PP=1505;SC=AAAACAGTCACGAGCCTCCCA;SOR=1.554;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=79;WE=10470949;WS=10470931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	10530037	rs11250057	G	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=288;SC=CAGGCCCAGCGCATCGCAGGA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=10530045;WS=10530035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	10530218	rs11250058	C	T	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=59;PP=2144;SC=AGTCTTCCAACTTCAGGTGAA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=119;WE=10530226;WS=10530208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	10532355	rs4841419	T	C	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=92;PP=2265;SC=AAAGGTATGGTGTGTCCAGGG;SOR=1.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=42;TCR=93;TR=134;WE=10532363;WS=10532345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr8	10532401	rs4840505	A	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=42;PP=1213;SC=TGGGGTGGGTACACATAGAAC;SOR=2.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=10532409;WS=10532391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	11142389	rs3021505	C	CG	4111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=40;PP=2440;SC=GCTCCGGCCGCGGGGGAGCAT;SOR=0.908;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=64;WE=11142397;WS=11142379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr8	11142625	rs2272594	T	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=45;PP=1362;SC=CGGGGGTCCCTTGTGGGCGCC;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=56;WE=11142633;WS=11142615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	11152957	rs2245937	C	T	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=106;SC=CCTGGTTCATCGTCATATGAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=11152965;WS=11152947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	11155613	rs2409754	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=487;SC=GCAATAAGTTAGTGAAGCTTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=11155621;WS=11155603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	11157371	rs2736387	A	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=205;SC=AATCAGCTTCAGTAAGACTAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=11157379;WS=11157364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	11157460	rs3808513	T	G	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=17;PP=1625;SC=TGCTTAATACTAATTTGTCAG;SOR=2.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=68;TCR=17;TR=85;WE=11157468;WS=11157450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	11162496	rs2164272	A	C	5517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.813;SC=TCCCAGTACTAAGCTATTACC;SOR=0.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=68;TCR=129;TR=195;WE=11162516;WS=11162486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr8	11162602	rs2256016	C	A	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.49;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	11162609	rs2060465	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	11164012	rs17797443	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=338;SC=TCAAATTAACTTCTGCATTAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=11164020;WS=11164002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	11174484	rs11784572	G	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=48;PP=1423;SC=CCTAGGAGACGACGATTTGGA;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=11174492;WS=11174474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	11177410	rs2293855	G	A	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=69;PP=2133;SC=GCCTGTGAGTGTGTGCTGTTG;SOR=1.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=119;WE=11177418;WS=11177400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	11177447	rs2293856	C	T	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=43;PP=1263;SC=GTGAGCTGGACGTGGCCCTCA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=11177455;WS=11177437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	11204165	rs2572387	C	T	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=72;PP=2646;ReadPosRankSum=1.046;SC=CAAAACGAGACAGATTTCACA;SOR=0.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=158;WE=11204173;WS=11204155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr8	11204184	rs11784458	G	A	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=78;PP=2965;SC=CAAAATCACAGATTGTTAATG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=163;WE=11204192;WS=11204174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr8	11204755	rs11777746	T	C	9271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=193;NR=125;PP=2965;SC=CTCAAGGTCTTCCAACACCCG;SOR=1.108;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=319;TCF=194;TCR=125;TR=318;WE=11204769;WS=11204745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr8	11292542	rs2280803	C	T	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=30;PP=1402;SC=CTGCCTCCCCCCCTCACTCAA;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=11292550;WS=11292532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	11295511	rs2001463	A	G	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=24;PP=1237;SC=TTGTCACACCATGCCACTGTG;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=11295519;WS=11295501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	11296091	rs1057750	G	A	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=26;PP=739;SC=TTCCTATTTTGGAAACTTCGA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=11296099;WS=11296081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	11301753	rs3021513	A	C	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=46;PP=1881;SC=AGGGCCAGGTATGCTCCTCCA;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=88;WE=11301761;WS=11301743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	11400628	rs12386974	C	G	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=639;SC=CACTTCCACCCCACCTTTCTA;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=11400636;WS=11400618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	11403769	rs2244931	C	G	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=30;PP=878;SC=CCTCTTGGGGCGTCTCTTCAG;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=11403777;WS=11403759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	11405437	rs6994605	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=9;PP=1109;SC=CATTTCCATCGTGGGCAAGCA;SOR=2.187;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=53;WE=11405445;WS=11405427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	11414013	rs11250147	G	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=669;SC=ACGCAAGGTAGGCACCACACA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=11414021;WS=11414003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	11414237	rs2306234	T	C	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=89;NR=81;PP=2965;SC=CAGAAGCCTTTCTGGGTGAGG;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=170;WE=11414245;WS=11414227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr8	11416122	rs2467518	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=478;SC=TGGACCTCCTTGGCTACCCAG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=11416130;WS=11416112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	11417493	rs10098664	T	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=479;SC=TCTGGTACTGTTCAATAAATA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=11417501;WS=11417483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	11418385	rs2898289	G	A	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=57;PP=2550;SC=CTTCCCGAGGGCCTCCAGCTC;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=143;WE=11418393;WS=11418375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr8	11418773	rs4841561	C	T	7217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=126;PP=2965;SC=GGCGTGGAGGCCCCCAGGCTG;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=119;TCR=126;TR=245;WE=11418781;WS=11418763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr8	11421321	rs13248757	T	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=6;PP=898;SC=GTCCCTTGCCTGGGCCCACTG;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=11421329;WS=11421311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	11421358	rs10097005	C	A	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=27;PP=1856;ReadPosRankSum=-1.478;SC=CAGGGCCCCCCACCCACCGAG;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=92;WE=11421366;WS=11421348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr8	11421384	rs10097015	C	T	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=45;PP=2304;SC=CAGCCCCTCACCCCCGCTTGC;SOR=1.288;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=88;TCR=47;TR=133;WE=11421392;WS=11421374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr8	11421793	rs1042689	C	T	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=20;PP=1674;SC=TCACCGACTGCACCCCCGGGC;SOR=2.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=80;WE=11421801;WS=11421783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	11606312	rs3735819	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=24;NR=0;PP=633;SC=TGGTCTTCTCTTTCCAAGGAA;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=11606320;WS=11606308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	11607527	rs11773988	G	A	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=7;PP=1064;SC=CCTGCCTCCCGTTAGGGAGGC;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=11607535;WS=11607517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	11612698	rs804280	C	A	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=51;PP=1464;SC=CTCAGAGTGCCTAAGAATCAT;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=11612706;WS=11612688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	11618998	rs804285	G	C	164.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=143;SC=CCCAGCTACTGGGGAAGCGGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=11619006;WS=11618988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	11619261	rs2740431	T	A	8069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=118;PP=2965;SC=TTGGAGTGGGTCTGGGTGTTC;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=153;TCR=118;TR=271;WE=11619269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr8	11619397	rs36018280	G	A	8031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=129;PP=2965;SC=ACAAGTATGCGTCATGCCTGC;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=141;TCR=129;TR=270;WE=11619405;WS=11619387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr8	11629119	rs804269	T	C	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=70;PP=2847;SC=CTCTGAAGGGTTGGCTCTGTC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=75;TCR=70;TR=145;WE=11629127;WS=11629109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr8	11629241	rs804267	G	A	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=40;PP=1076;SC=TCAGTCTCACGTGTCTCAGCC;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=11629249;WS=11629231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	11640611	rs8191639	C	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=10;PP=1044;SC=GTTGTGGTAACGATGTGGGGA;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=11640619;WS=11640601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	11660051	rs2645429	A	G	6315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=120;PP=2965;SC=GAGCTTCTAGAGTGTTATCAC;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=99;TCR=120;TR=219;WE=11660059;WS=11660041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr8	11660916	rs2252567	C	T	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=39;PP=1184;SC=CGCCTTGCTGCCTTCCATCGC;SOR=2.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=11660924;WS=11660906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	11665959	rs1032577	C	T	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	11666218	rs71711801	GTCCCAC	G	15158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=160;PP=2990;SC=GCCTGCCCCAGTCCCACTCCC;SOR=0.821;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=240;TCF=59;TCR=181;TR=200;WE=11666231;WS=11666208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr8	11666451	rs1616534	C	T	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=92;PP=2770;SC=TGTCCGGGACCTTTGAGTGTG;SOR=2.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=27;TCR=92;TR=119;WE=11666459;WS=11666441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	11679336	rs139354492	G	A	5492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=96;PP=2965;SC=TGGGCATTGGGATGGCAGAGT;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=190;WE=11679344;WS=11679326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr8	11683653	rs904011	T	C	4265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=75;PP=2689;SC=GGGCCTGTTTTTGCAGAAAAC;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=136;WE=11683661;WS=11683643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	11687938	rs1293313	G	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=549;SC=AGGTAGGGAAGGGGGCTCCTC;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=11687946;WS=11687928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	11689228	rs2409836	T	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=879;SC=CTTTTATGATTTAGTAATGTC;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=11689236;WS=11689218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	11695872	rs10903343	T	C	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=15;PP=2359;SC=ATAGCACTTATCATTTTTTCC;SOR=2.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=86;TCR=15;TR=100;WE=11695880;WS=11695862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	11702542	rs8898	T	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=387;SC=TCAGACCCTGTCTGAAACTTG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=11702550;WS=11702537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	11831948	rs7461062	T	C	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=35;PP=2279;SC=GGTGGCCCATTTGATATTGGT;SOR=1.482;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=116;WE=11831956;WS=11831938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	11832079	rs10108075	A	G	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=86;PP=2788;SC=TCACCAGGAAAAAGAGTAATG;SOR=1.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=153;WE=11832087;WS=11832069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr8	11853596	rs11250186	A	G	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=20;PP=2087;SC=GCTTTTTTCTAGCTTGAAAAT;SOR=2.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=95;WE=11853604;WS=11853586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr8	12598608	rs4831354	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=461;SC=AGTGCCGATTCTGGGCCGGGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=12598616;WS=12598598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	12600622	rs7837242	C	T	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=595;SC=AATGCATGTCCCTTATAGTTA;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=12600630;WS=12600612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	12878637	rs528255	A	G	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=83;PP=2965;SC=AAGAACCGTCACTTTGAGAAG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=99;TCR=83;TR=182;WE=12878645;WS=12878627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr8	12878677	rs622106	T	C	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=74;PP=2965;SC=GGAACAGGGCTCTGTGTTCCC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=87;TCR=74;TR=161;WE=12878685;WS=12878667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr8	12878807	rs3739310	T	G	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=102;NR=89;PP=2965;SC=TAAAGAGCAGTGTGGTTCAAA;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=102;TCR=90;TR=191;WE=12878815;WS=12878797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr8	12878830	rs3739309	C	T	5442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=91;PP=2965;SC=GGTCCCACAGCGTGGGCTATG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=189;WE=12878838;WS=12878820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr8	12879062	rs503550	T	C	8437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=135;PP=2965;SC=ACACTCTAGTTTAGACTTTGA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=281;WE=12879070;WS=12879052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr8	12879099	rs502882	G	A	8615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=138;NR=146;PP=2965;SC=TCAACAAAAGGGCAAAGTTTA;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=138;TCR=147;TR=284;WE=12879107;WS=12879089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr8	12879334	rs608909	T	C	8076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=2.027;SC=TTTCTGCAGTTGATTCCACAG;SOR=0.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=161;TCR=123;TR=283;WE=12879342;WS=12879324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr8	12879539	rs608052	A	G	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=73;PP=2306;SC=AGAGAAAAAGAGAGGTTGTGA;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=110;WE=12879547;WS=12879529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	12879600	rs498852	C	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=26;PP=722;SC=CACATTCTTTCCTCTTGGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=35;WE=12879608;WS=12879590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	12888743	rs13281744	A	G	5662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.395;SC=CCAGAAACAAACAATCATTTG;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=100;TCR=100;TR=194;WE=12888751;WS=12888733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,206:0.98:210
chr8	12888908	rs7826836	T	G	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=76;PP=2797;SC=GGGTCATGTCTCGGCTTCATT;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=148;WE=12888916;WS=12888898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr8	12888997	rs573652	T	C	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=48;PP=1459;SC=CTCTCTCAGCTTTCTCTGAGA;SOR=1.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=75;WE=12889005;WS=12888987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	12943691	rs621554	C	T	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=164;SC=TTCATGAAGTCACCAAGAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=12943699;WS=12943684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	12948951	rs609020	A	G	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=55;PP=1556;SC=CCTAGGTAGAAGAAATACAGG;SOR=1.434;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=87;WE=12948959;WS=12948941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	12950110	rs7829535	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=806;ReadPosRankSum=1.678;SC=CACCTCCCATGCAGCCCGTAC;SOR=2.252;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=40;WE=12950118;WS=12950100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr8	12952174	rs5889417	CA	C	1404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.742;HP=11;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.279;NF=39;NR=8;PP=776;ReadPosRankSum=0.309;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=3.037;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=47;WE=12952183;WS=12952164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,62:0.97:64
chr8	12952230	rs658948	C	T	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=137;NR=87;PP=2965;SC=TCCCATTTTTCCCCAATGCCA;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=137;TCR=87;TR=224;WE=12952238;WS=12952220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr8	12957475	rs532841	C	T	7956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=138;PP=2965;SC=TTCTGCTCCACCACGTTGTTA;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=284;TCF=145;TCR=139;TR=283;WE=12957483;WS=12957465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr8	12960281	rs2280335	T	C	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=66;NR=54;PP=1628;SC=CATTCTATTATGCAATTTGTA;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=120;WE=12960289;WS=12960271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	12972946	rs35858677	C	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=3;PP=461;SC=TTGTTTTCAGCGGTGGGGGTC;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=12972954;WS=12972936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	12972972	rs145012061	A	AT	1318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=7;PP=341;SC=TGCTTACAACATTTTTTTTAA;SOR=1.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=18;WE=12972989;WS=12972962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	12972981	rs56332333	A	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=8;PP=567;SC=CATTTTTTTTAAAAATAAAAC;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=12972989;WS=12972962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	12973078	rs34462909	T	C	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=31;PP=1757;SC=TTTTAAAAAGTGGCATTCCCA;SOR=1.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=99;WE=12973086;WS=12973068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	13072177	rs3739300	C	T	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=27;PP=1886;SC=AAAGCCTCTTCTGGGGAAAGG;SOR=1.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=97;WE=13072185;WS=13072167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	13258936	rs289583	T	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=351;SC=AGGTCAAGAGTTACGACTCCT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=13258944;WS=13258926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	13356424	rs3736135	G	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=514;SC=GTGGGTAGTCGTTGAATTACA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=13356432;WS=13356421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	13356802	rs3816747	G	A	6434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=106;PP=2965;SC=TGTGCAAGGAGTATCCAAGAA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=215;WE=13356810;WS=13356792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr8	13356818	rs11203494	TT	CG	10256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=105;PP=2947;SC=AAGAACTCATTTTGTACTACA;SOR=0.861;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=100;TCR=112;TR=202;WS=13356808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr8	13357587	rs1383942	G	A	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=66;PP=1883;SC=ACATGTCATCGTAGTTTAACA;SOR=1.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=94;WE=13357595;WS=13357577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	13424583	rs13273355	C	T	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=79;PP=2965;SC=TTGAAGAACTCTACTGATGAG;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=111;TCR=79;TR=190;WE=13424591;WS=13424573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr8	13425353	rs11203497	T	A	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=70;PP=2269;SC=AGAGCAGAAGTTGCAGCGAGA;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=118;WE=13425361;WS=13425343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr8	13965581	rs11336839	AT	A	1484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=10;PP=1335;SC=TGGGAGAAACATTTGTCTAGT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=32;WE=13965589;WS=13965571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	14095008	rs144265627	C	CAACA	6088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.23;QD=40.06;SOR=3.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,149:0.98:152
chr8	14095250	rs1478030	A	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=49;PP=1436;SC=TTACAAAAAAATATACTGCAT;SOR=4.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=53;WE=14095258;WS=14095240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	15095085	rs4831331	C	G	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=32;PP=1422;SC=CGCCCGGACCCGCACGTACCT;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=94;WE=15095093;WS=15095075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	15095296	rs11782187	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=18;PP=458;SC=GGTTAAAAATAAGGAAAATAA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=15095304;WS=15095286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	15095332	rs11782191	A	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=192;SC=AATTCACTTTATTTTACTTCC;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=15095340;WS=15095322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	15508200	rs1035972	T	C	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=42;PP=2482;SC=CCATTATTCTTATCAGGCAAG;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=128;WE=15508208;WS=15508190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	15556203	rs76433027	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=161;SC=TCTCTCATTACTAGGTGAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=15556211;WS=15556200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	15590866	rs2111752	T	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=6.628;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.03;ReadPosRankSum=2.036;SOR=2.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr8	15978063	rs4338104	C	T	5585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=78;NR=122;PP=2965;SC=GTATCTCCACCCTCCCCTCGT;SOR=1.413;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=207;TCF=79;TCR=128;TR=200;WE=15978071;WS=15978053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr8	16007649	.	GTA	G	48	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9990;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=48;QD=51.0;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=1;WE=16007658;WS=16007639;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1:0.50:2
chr8	16035302	rs414580	T	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=3;PP=481;SC=TAACATCCACTTACATTTAAG;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=16035310;WS=16035292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	16035612	.	C	CTTT	56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.9999;HP=17;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=56.57;NF=0;NR=2;PP=56;QD=31.0;SC=TTCAGTTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=16035620;WS=16035602;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr8	16043667	rs435815	C	T	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=36;PP=1977;SC=TTCATGCTCACGGTTTTTTGT;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=112;WE=16043675;WS=16043657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	16043913	rs370067	G	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=612;SC=CCCATAGCTCGTCTCTCAACT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=16043935;WS=16043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	16043927	rs442677	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=530;SC=CTCAACTACAAACCCATATAT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=16043935;WS=16043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	17042129	rs75130109	C	CCT	911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=702;SC=TTTCCTGCACCCTCTCCACAC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=17042137;WS=17042119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	17042416	rs2517086	G	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=326;SC=ATAAATTGTTGTTTGAGAATG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=17042424;WS=17042406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	17063335	rs2904674	A	G	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=108;SC=AATAGATAATATAGGCTTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=17063343;WS=17063325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	17068013	rs1548350	T	G	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=52;PP=1473;SC=TTTTTTCATTTTACTTTCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=79;WE=17068021;WS=17068003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	17092164	rs2959606	G	T	10390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=203;NR=157;PP=2965;SC=GCCTAGGCTCGCATGACAGTC;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=203;TCR=157;TR=360;WE=17092172;WS=17092154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr8	17100357	rs2904701	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.82;QD=25.78;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	17137687	rs3213601	G	A	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=20;PP=838;SC=TCTCCTGAGCGCACATTTCCT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=17137695;WS=17137677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr8	17270640	rs13268193	A	C	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=15;PP=1221;SC=TGCTCAGGCAATGCCTGCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=17270648;WS=17270630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	17270764	rs76718364	C	A	9342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr8	17270770	rs75437306	T	C	9461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.71;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr8	17270787	rs67972978	A	G	9002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=100;PP=2965;SC=CCTTGGGCGTACGGATGTGCT;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=92;TCR=100;TR=192;WE=17270795;WS=17270777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr8	17396380	rs13259948	G	A	6173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=135;NR=78;PP=2965;SC=CTAATTTGTCGAGGGTTTATT;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=135;TCR=78;TR=213;WE=17396388;WS=17396370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr8	17396415	rs13259978	G	C	6810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=131;NR=105;PP=2965;SC=ACCGGTTTGCGACAGCAAGTT;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=131;TCR=105;TR=236;WE=17396423;WS=17396405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr8	17406367	rs11373918	GT	G	1946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.356;NF=4;NR=58;PP=928;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AATATTTGAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.247;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=83;TCF=4;TCR=79;TR=62;WE=17406376;WS=17406357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,84:0.95:88
chr8	17419539	rs62622371	G	A	8105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=118;PP=2965;SC=CGCTCTCCTCGCGCTGTTTCT;SOR=1.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=169;TCR=118;TR=287;WE=17419547;WS=17419529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr8	17486282	rs2229084	T	C	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=55;PP=1352;SC=AGCTGCTCTATGTGGCGGGTA;SOR=3.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=65;WE=17486290;WS=17486272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	17500223	rs4705	T	C	5581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=75;PP=2965;SC=TGGAAGACTTTGAGACGATTG;SOR=1.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=118;TCR=75;TR=193;WE=17500231;WS=17500213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr8	17503431	rs1043883	G	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=3;PP=392;SC=ACTTTGGGGAGGTGTCATCTG;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=17503439;WS=17503421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	17532573	rs2269698	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=450;SC=GCCCAGATACTAGACAGGGAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=17532581;WS=17532563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	17532619	rs2269699	C	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=11;PP=737;SC=CCAGCCACAACGCAGACAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=17532627;WS=17532609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	17533568	rs2301541	A	T	363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=270;SC=TAAAAAAAAAATGAAGAATTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=17533576;WS=17533563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	17533633	rs2301542	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=5;PP=792;SC=AGCTCCCACCACATCCTGATC;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=17533641;WS=17533623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	17539206	rs2410495	C	T	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=134;PP=2965;SC=TCTTTATGTACGGCTACAGCA;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=121;TCR=134;TR=255;WE=17539214;WS=17539196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr8	17539303	rs2410496	A	C	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=35;PP=1065;SC=AGACTCCCCAAAACAAAATAA;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	17539315	rs2410497	A	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=29;PP=773;SC=ACAAAATAACATGAGTTACGT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	17539329	rs2410498	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=659;SC=GTTACGTAATTATAAATTTCC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	17541999	rs2979792	T	C	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=57;PP=1720;SC=CATCGGGAGCTGTCTGTGGCT;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=112;WE=17542007;WS=17541989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	17579135	rs6982255	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=2;PP=854;SC=GTTACAAAAACAGAAGTCAAG;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=17579143;WS=17579125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	17611886	rs2979788	G	A	8709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=136;PP=2965;SC=TTCCTAAACTGGGTTTACACA;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=298;TCF=162;TCR=136;TR=298;WE=17611896;WS=17611876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr8	17612456	rs11203910	C	T	11772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=1.243;SC=CTTGTGTCTCCTTTTCTCCAA;SOR=0.394;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=434;TCF=220;TCR=214;TR=429;WE=17612464;WS=17612444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,431:0.99:434
chr8	17612875	rs3739407	A	G	10583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=206;NR=168;PP=2965;SC=TAGCCTGCACAGTTCAAATTG;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=206;TCR=168;TR=374;WE=17612883;WS=17612865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr8	17726019	rs10112643	A	G	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=50;PP=2841;SC=GTGAGATATCATCAACTCCAT;SOR=1.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=106;TCR=50;TR=156;WE=17726027;WS=17726009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	17732084	rs2517294	GC	CA	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=1830;SC=TTCTCCCCCCGCCTTAGGGAG;SOR=1.863;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=40;WE=17732093;WS=17732074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr8	17742929	rs2073562	A	G	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=16;PP=1638;ReadPosRankSum=1.537;SC=TATAGGTTTAATGCAAAATGA;SOR=2.389;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=58;TCR=17;TR=74;WE=17742937;WS=17742919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr8	17743020	rs484373	G	A	8938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=132;PP=2965;SC=CCTGCCCATTGTCAGAGCGGT;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=181;TCR=132;TR=313;WE=17743028;WS=17743010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr8	17743256	rs369898	G	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=797;SC=GAATGACACTGAGTGTTAACT;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=17743264;WS=17743246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	17753657	rs500282	G	A	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=22;PP=993;SC=TCCATTAATCGTATTGTGTAA;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=17753665;WS=17753647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	17753873	rs3896063	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	17796382	rs412750	AC	GT	12680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=106;PP=2947;SC=GCATCTACAAACCCCCCAAAC;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=146;TCR=110;TR=245;WE=17796391;WS=17796372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr8	17797409	rs2285303	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=597;SC=TTATTTTTGTAGTATCTCAGT;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=17797417;WS=17797399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	17804665	rs28655174	G	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=640;SC=TTAATAGTCAGATACAAGTAT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=17804673;WS=17804655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	17814680	rs11777618	G	C	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=0;PP=205;SC=AATGTGCTTGGTTTGGTGTTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=17814688;WS=17814670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	17814915	rs208753	A	G	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=50;PP=1803;SC=GGCTCTAAACATGCCTCCTTC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=104;WE=17814923;WS=17814905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr8	17819572	rs3780103	C	T	9115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=139;PP=2965;SC=GTAACTGTCCCACCAAAAAAT;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=169;TCR=139;TR=308;WE=17819580;WS=17819562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr8	17819761	rs208060	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=31;PP=753;SC=GCACATCTCAAGAAAGGAAAC;SOR=5.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=32;WE=17819769;WS=17819751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	17827260	rs3214087	A	AC	3265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=48;PP=2334;SC=AAACCAAGGTACTGATTGTAA;SOR=1.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=50;WE=17827268;WS=17827250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	17829756	rs34990698	C	CAA	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=0;PP=373;SC=TAAATCTACTCGAGTAGACTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=17829764;WS=17829746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	17851248	rs429633	C	A	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=155;SC=AAAACTATCACCCATAATTTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=17851256;WS=17851238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	17868029	rs2467556	C	A	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=16;PP=988;SC=GTCTATAATCCCAGTACTTTG;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=17868037;WS=17868019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	17868245	rs2467555	C	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=270;SC=TAATCGCAGCCCTTTGGGAGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=17868253;WS=17868235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	17871598	rs13266287	T	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=108;SC=TTATTTGCTTTAAAGCTAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=17871606;WS=17871588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	17885091	rs3213605	T	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=222;SC=AGAACAATGTTAAATTCTAGT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=17885099;WS=17885081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	17891178	rs6586680	C	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=241;SC=TATGTAACATCATGTAGTTCA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=17891186;WS=17891168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	17916224	rs420610	A	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=243;SC=TTAATAAAAAATCAGTCCTAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=17916232;WS=17916214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	17916553	rs7465164	C	T	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=92;PP=2713;SC=CTGTTAGAAACACAGGTAACA;SOR=1.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=46;TCR=92;TR=138;WE=17916561;WS=17916543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	17916598	rs33985304	CT	C	1050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=33;PP=1087;SC=TCTCCTTCCCCTTTTTTAAAT;SOR=4.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=34;WE=17916606;WS=17916588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	17918934	rs10103355	A	G	7230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=156;NR=95;PP=2965;SC=TATCCACATGACATCTTTCTT;SOR=1.196;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=253;TCF=158;TCR=95;TR=251;WE=17918953;WS=17918924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr8	17920807	rs7824644	A	G	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=77;PP=2231;SC=TGGACAATTAATTTTGATTAA;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=33;TCR=78;TR=109;WE=17920828;WS=17920797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	17920820	rs7824650	A	T	1931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.00;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	17921921	rs2073574	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=30;PP=1125;SC=GATTTTTCTTTATGTAGTGCT;SOR=0.770;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=69;WE=17921929;WS=17921911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	17924609	.	T	TGCACCTGTGCTGTATATCTAAGACATACA	1086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=120.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	17928711	rs11785746	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=GTGAGACTCTGTCTCAAAACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=17928719;WS=17928701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	17928753	rs113896339	G	GAAATA	1529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.99;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	18074536	rs7387461	G	A	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=51;PP=1625;SC=CTCCAGTTTCGCATACAAAAA;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=18074544;WS=18074526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	18077007	rs10106882	G	C	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=53;PP=1655;SC=AGGTATTAAGGGCCTTTCTGA;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=18077015;WS=18076997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	18257854	rs1801280	T	C	4361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=58;PP=2627;SC=CAGGTGACCATTGACGGCAGG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=136;WE=18257862;WS=18257844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr8	18257994	rs1799929	C	T	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=75;PP=2965;SC=AATCTGGTACCTGGACCAAAT;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=147;WE=18258002;WS=18257984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr8	18413875	rs2260920	A	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=32;PP=861;SC=GCAGGAAATCATGATGCCATT;SOR=2.833;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=43;WE=18413883;WS=18413865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	18413893	rs112511528	C	CAAA	565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=40.41;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	18414870	rs2717725	T	A	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=54;SC=ATTTTTTACATAAACAGAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=18414878;WS=18414860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	18415081	rs2634454	G	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=26;PP=806;SC=AAAAGCAGAGGACACGAATGG;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=18415089;WS=18415071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	18432578	rs2248559	C	G	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=13;PP=1544;SC=TTGTTCCTTGCAATAAAGTAG;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=69;WE=18432586;WS=18432568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	18432924	rs1546002	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=395;SC=ATGAAACAAACGGTGAGTAAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=18432932;WS=18432914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	18457957	rs2932001	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=20;PP=795;SC=AGAAAGGGGGAAAAAATGTAA;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=18457965;WS=18457947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	18632327	rs7822288	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.88;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	18632333	rs7841096	A	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.88;SOR=4.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	18656601	rs2248631	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=313;SC=CCAGACACCAGGACGATGGAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=18656609;WS=18656591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	18658929	rs1386691	C	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=442;SC=GTGAAATTTTCGAAAATGCTA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=18658937;WS=18658919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	18658950	rs11774165	T	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=306;SC=TCACACTCTTTCATAGTTAAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=18658958;WS=18658940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	18659765	rs2638646	A	G	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=14;PP=1045;SC=TAGGAAGTGTATCAAAAACCA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=18659773;WS=18659755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	18659928	rs2632847	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=749;SC=ACTATGGTAAAAAACATACCA;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=18659936;WS=18659918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	18660007	rs2638647	A	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=270;SC=AACAAACTATATATTGACAAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=18660015;WS=18659997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	18661932	rs60951997	TAA	T	969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=430;ReadPosRankSum=-1.619;SC=CATGGAGGTTTAAAAAAAAAA;SOR=2.517;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=24;WE=18661941;WS=18661922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr8	18666210	rs2638653	G	A	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=53;PP=2259;SC=ACAAGAACCGGAATTGCTCCT;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=125;WE=18666218;WS=18666200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr8	18729040	rs148993976	G	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=144;SC=AAGAACCCAAGGTATTGTGAT;SOR=2.093;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=18729048;WS=18729030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	18729067	rs74315865	G	A	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=226;SC=CTCATATCAAGTACAGGATAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=18729075;WS=18729057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	18729350	rs146066561	G	A	10413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=189;NR=160;PP=2965;SC=ATGAGATGGCGTGGCACTTTG;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=349;TCF=189;TCR=160;TR=349;WE=18729358;WS=18729340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr8	18729459	rs13273954	T	C	7730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=138;PP=2965;SC=TCCACAGTATTTCCACTCCTT;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=117;TCR=138;TR=255;WE=18729467;WS=18729449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr8	18729529	rs78452893	C	G	5179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.754;SC=ATCACATCCCCCTGGGTGCTC;SOR=0.427;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=73;TCR=108;TR=180;WE=18729537;WS=18729519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr8	18729817	rs7016219	GT	AG	8785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=84;PP=2947;SC=AGCAGGGAGCGTTTTGTTGAC;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=91;TCR=91;TR=167;WE=18729826;WS=18729806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr8	18793697	rs10092681	T	A	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=63;PP=1870;SC=AATACATCATTAAAAAACACA;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=92;WE=18793705;WS=18793687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr8	18870837	rs73594632	T	G	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=2;PP=1784;SC=AAAGCCGAGGTATGAACTAAA;SOR=5.960;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=60;TCR=2;TR=61;WE=18870845;WS=18870827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	18941575	rs9657494	G	A	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=355;SC=GGAAGGCTGCGGCTCGTGGGT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=18941583;WS=18941572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	19230955	rs35186255	GTA	G	47.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr8	19230957	rs202121745	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.53;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr8	19250860	rs149184974	T	A	7168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=114;PP=2965;SC=CAAATGAACTTCTTCTGAGCA;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=134;TCR=114;TR=247;WE=19250868;WS=19250850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr8	19252189	rs1344254	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=36;PP=1034;SC=GCCTCCAAGCGGGCTTTCCCC;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=19252197;WS=19252179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	19277735	rs7016592	A	G	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=423;SC=TTGCTATTGAAGTAAAACAGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=19277743;WS=19277725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	19277817	rs6999786	G	A	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=19;PP=1361;SC=GAGGGCTGGGGGCCACCTGAG;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=19277825;WS=19277807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	19297583	rs13278459	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=769;SC=GGGAATCCAGAACCTTTCTGG;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=19297591;WS=19297573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	19315034	rs10888163	G	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=184;SC=TGAGGCAGGAGAATTACCTGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=19315042;WS=19315024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	19316086	rs12155539	G	A	6965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=111;PP=2965;SC=GTTTGAATTCGTGTTTGTGGT;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=129;TCR=111;TR=240;WE=19316094;WS=19316076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr8	19362768	rs7017776	C	T	5545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=64;PP=2965;SC=CTCTGCAGGACTGTTCAGGGT;SOR=1.506;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=129;TCR=64;TR=192;WE=19362776;WS=19362758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr8	19363425	rs6984644	C	T	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=51;PP=1428;SC=CTGGGCTAGACCACAGGAAGC;SOR=4.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=56;WE=19363433;WS=19363415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	19456473	rs4244454	C	T	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=41;PP=2686;SC=CAGGAACACACTACCATTGAG;SOR=1.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=95;TCR=41;TR=136;WE=19456481;WS=19456463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	19680736	rs12547934	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=285;SC=AAATGAACTCTGAAAGCTTTT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=19680744;WS=19680726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	19680979	rs4464983	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=557;SC=TGTACTTTTACTTAAATAGGC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=19680987;WS=19680969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	19681647	rs2410612	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=18;PP=481;SC=GTAATGCGTAGGTATAGTTTT;SOR=4.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=19681655;WS=19681637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	19682545	rs3816246	A	G	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=98;PP=2965;SC=TGGTAAGGAAAATGAAAGTGT;SOR=1.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=49;TCR=99;TR=147;WE=19682553;WS=19682535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	19682577	rs6997363	G	A	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=61;PP=1778;SC=TGCTGGATCCGAATAACTGTG;SOR=2.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=80;WE=19682585;WS=19682567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	19682592	rs7018076	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=42;PP=1236;SC=ACTGTGGGGCAGTACCAGTCC;SOR=4.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=46;WE=19682600;WS=19682582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	19689633	rs4434638	T	C	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=35;PP=1626;SC=TAGAGTATTATACATATTTTA;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=98;WE=19689641;WS=19689623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	19689821	rs4615593	G	A	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=157;SC=CGTGGCTTACGCCTGTAATCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=19689829;WS=19689811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	19700244	rs115468458	T	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=4;PP=875;SC=ATTGTGTGACTGTTGCATATT;SOR=3.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=19700252;WS=19700234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	19803996	rs56321069	T	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=25;PP=882;SC=AAATGCCTATTCTTTCACTGT;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=19804004;WS=19803986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	19810826	rs248	G	A	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=64;PP=2859;SC=CAAAGGAGGAGTTTAACTACC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=158;WE=19810834;WS=19810816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr8	19816934	rs301	T	C	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=891;SC=CCAGTCCCTCTCCTGCCATAA;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=19816942;WS=19816924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	19818436	rs316	C	A	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=15;PP=936;SC=CAAATAAGACCTACTCCTTCC;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=19818444;WS=19818426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	19819536	rs327	T	G	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=20;PP=2068;SC=TGATCATGTATTATTTAAACA;SOR=2.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=89;WE=19819544;WS=19819526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	19822830	rs4922115	G	A	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=51;PP=1717;SC=GAAACTGGGCGAATCTACAGA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=19822838;WS=19822820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	20003431	rs35711001	AT	A	195.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9968;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=113;ReadPosRankSum=1.742;SC=CATTATTATCATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=20003439;WS=20003421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr8	20005439	rs10102779	T	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=360;SC=CCTCCTCTGATGAGAAAAGGG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=20005447;WS=20005429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	20005716	rs903997	G	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=12;PP=464;SC=TGCACTCTCAGACTTTCTCAT;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=20005724;WS=20005706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	20007100	rs60330468	CCT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=2.134;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr8	20022694	rs3779670	G	A	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=44;PP=1257;SC=ATCTGAGAAAGTACAATTATG;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=20022702;WS=20022684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	20028464	rs11989477	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=245;SC=TACCTGAAACGTAACCCTATC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=20028472;WS=20028462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	20028830	rs17222134	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=16;PP=694;SC=AAACCGCCCATTCTTAGTGAA;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=20028838;WS=20028820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr8	20036095	rs2279708	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=550;SC=GAGCAGAAATGCAGCTATTTG;SOR=3.383;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=20036103;WS=20036085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	20036521	rs1390937	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=5;PP=507;SC=GACTCCCCTGAGGAATCATAC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=20036529;WS=20036511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	20036713	rs1390938	A	G	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=63;PP=2318;SC=GACCCGGGTAATCTCTTCCTC;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=118;WE=20036721;WS=20036703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr8	20037017	rs2270638	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=233;SC=AGAGGACAGGTGATGGGGGCT;SOR=1.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=20037025;WS=20037007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	20038466	rs2270641	T	G	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=87;PP=2634;SC=TCCAGAATGGTCCGGAGCATG;SOR=1.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=43;TCR=87;TR=130;WE=20038474;WS=20038456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	20068163	rs7460146	T	G	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=52;PP=1574;SC=CATGGGTAGGTACAGTAGATG;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=20068171;WS=20068153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	20068619	rs9325865	A	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=6;PP=1305;SC=TTAATTTGATATGATATCTAA;SOR=3.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=51;WE=20068627;WS=20068609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	20072192	rs62498257	A	G	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=148;SC=ATTTTTCTAAATCATTCTTAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=20072200;WS=20072187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	20107143	rs904003	A	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=12;PP=1175;SC=GCGTCTCTCAAAGGGGTCTGA;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=20107151;WS=20107133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	21771038	rs147921496	C	A	7089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CCCAGCCCAGCCTCACTCCTA;SOR=0.232;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=261;TCF=159;TCR=102;TR=259;WE=21771046;WS=21771028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr8	21890581	rs1947985	T	C	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=13;PP=1450;SC=TGCCTGAGGCTAGTCCCCGAG;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=21890589;WS=21890571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	21891939	rs10089142	G	A	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=20;PP=1073;SC=GGAGCTCAGCGGGGACCTTGT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=21891947;WS=21891929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	21891968	rs4871915	C	G	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=28;PP=1321;SC=GGAATCTGTTCTGGCTCTGGA;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=21891976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	21895146	rs11992609	A	G	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=66;PP=2229;SC=CACACAGATGAGCCCTACACT;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=122;WE=21895154;WS=21895136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr8	21900315	rs145160603	G	A	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.260;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=28;PP=1330;ReadPosRankSum=1.000;SC=TCTCCTCCTCGCCCCCCTGAA;SOR=1.138;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=84;WE=21900323;WS=21900305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr8	21904212	rs1078363	T	C	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=56;PP=1311;SC=TAGGGCATCATGCTCCCCTCT;SOR=2.272;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=75;WE=21904220;WS=21904202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	21924297	rs9657287	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	21924743	rs11135821	G	A	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=75;PP=2233;SC=GGCTGCTAGCGTGCCTTCCCG;SOR=1.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=117;WE=21924751;WS=21924733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	21924778	rs11135822	T	G	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=48;PP=1437;SC=TGGTGGTCCCTCCGGTGCTGG;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=67;WE=21924786;WS=21924768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	21924944	rs11135823	A	G	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=62;PP=2965;SC=ATGGCGGTCCATTTTCTTGGT;SOR=1.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=125;TCR=62;TR=187;WE=21924952;WS=21924934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr8	21925214	rs6997244	C	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=43;PP=1247;SC=TCCTCTTGGGCAGGACTCCGG;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=21925222;WS=21925204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	21927137	rs12680100	G	A	10159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=217;PP=2965;SC=CTCGCCTCAGGGCTAAGTAGG;SOR=1.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=125;TCR=217;TR=342;WE=21927145;WS=21927127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr8	21927211	rs12681799	C	G	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;SC=CTCCCCCAGCCGGAAAAGTGT;SOR=1.632;Source=Platypus;TCF=33;WE=21927219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	21927460	rs7386762	C	G	8110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=169;PP=2965;SC=TGAGGGCGCCCCTGGCTCACC;SOR=1.175;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=115;TCR=169;TR=283;WE=21927468;WS=21927450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr8	21930007	rs3824334	G	A	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=32;PP=1052;SC=CAGGAGTCTCGCTCTGTTGCC;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=21930015;WS=21929997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	21930068	rs3824336	A	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=499;SC=CTCCGCTCCCAGGTTCAAGTG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=21930076;WS=21930058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr8	21997738	rs35574275	A	T	8440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=153;PP=2965;SC=GTGCAAAAACAATCCAGTACA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=154;TCR=153;TR=307;WE=21997746;WS=21997728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr8	22013717	rs186343334	C	G	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=147;SC=GAATCTCCAGCCCTGAGGACC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=22013725;WS=22013707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	22020066	rs13248346	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=811;SC=GCCTGTCTCCTTGCCTGCCCC;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=22020074;WS=22020056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	22020294	rs2070684	C	A	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=73;PP=2223;SC=TGCCAGACAGCGGGGCTAGGT;SOR=1.411;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=118;WE=22020302;WS=22020284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	22021037	rs4715	C	A	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=87;PP=2934;SC=GAGGCTCTCACTAGAAAAGTC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=97;TCR=87;TR=184;WE=22021045;WS=22021027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr8	22021517	rs1124	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=691;SC=ATGGCCGTGAGCACCCTGTGT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=22021525;WS=22021507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	22021739	rs3216166	G	GA	7808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=54;PP=2957;SC=CCACTCCCCTGATTCTCTCTG;SOR=1.288;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=106;WE=22021747;WS=22021729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr8	22021883	rs7592	G	A	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=63;PP=1779;SC=GCAGGGACAAGCCCTGGAGAA;SOR=1.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=101;WE=22021891;WS=22021873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	22021934	rs1139547	G	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=639;SC=CAGAGGTGGCGCCCAGGGGCC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=22021942;WS=22021924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	22035248	rs377158841	A	AG	6186.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.162;NF=33;NR=89;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.008;SC=ACCCTCAGGTAGGGGGACTCT;SOR=0.780;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=134;TCF=33;TCR=101;TR=122;WE=22035256;WS=22035238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,238:0.99:240
chr8	22051679	.	T	G	9704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=0.175;SC=TTCTTTGCAGTCTACGAAGGT;SOR=0.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=352;TCF=175;TCR=177;TR=351;WE=22051687;WS=22051669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,369:1.00:370
chr8	22053123	rs4075478	T	C	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	22066855	rs4463424	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=1;PP=638;SC=GTGGCCTTCACCCAGGCCTCC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=22066863;WS=22066845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	22069018	rs11778448	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=589;SC=TGGGAGCCTCCTGCCCTTCAA;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=22069026;WS=22069008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	22079355	rs4872422	A	G	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=87;PP=2965;SC=CGTGGCTGCCACTGTTGTCCT;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=85;TCR=87;TR=172;WE=22079363;WS=22079345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr8	22084653	rs4871975	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=510;SC=TGAGCAGGACCAATCTTGAGG;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=22084661;WS=22084643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	22085260	rs10100426	T	C	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=107;PP=2965;SC=GCAAAAGGGCTCCGCCCCGAC;SOR=1.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=46;TCR=107;TR=153;WE=22085268;WS=22085250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	22104691	rs34392777	G	T	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=56;PP=2692;SC=GTACTTTGGGGTCAGAACCTA;SOR=1.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=147;WE=22104699;WS=22104681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr8	22105502	rs1126677	T	C	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=68;PP=2315;SC=AGGGCCCAGCTGAAATGATGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=136;WE=22105510;WS=22105492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	22105987	.	T	C	4453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=70;PP=2747;SC=CAGACTCTCTTTGGCAGTTCC;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=144;WE=22105995;WS=22105977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr8	22147333	rs4872463	A	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=7;PP=1064;SC=CTTCTATTAGAAAACTCATAC;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=22147341;WS=22147323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	22163331	rs12543697	C	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=371;SC=CTCCTTAGTGCGCAAGGTATA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=22163339;WS=22163321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	22167286	rs4486204	A	G	570.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=495;ReadPosRankSum=0.332;SC=AATTTTACCTATATAAATGTA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=21;WE=22167294;WS=22167276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr8	22172702	rs4397403	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=28;PP=805;SC=CCAGAGAATCCTCCAAGCTGT;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=22172710;WS=22172692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	22175836	rs112432255	AT	A	104.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=-0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr8	22211756	rs66554545	T	A	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=17;PP=1612;SC=ATCCGACCATTTCACTGATTT;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=78;WE=22211764;WS=22211746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	22262098	rs896375	A	G	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=651;SC=GGAGCAGAGAAGCAGAGACTG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=22262106;WS=22262088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	22262321	rs896378	T	C	8321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=144;NR=145;PP=2965;SC=GCTTCATCCCTGGGTGCACCA;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=144;TCR=146;TR=289;WE=22262329;WS=22262311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr8	22262418	rs2293144	A	G	5624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=104;PP=2965;SC=TGAAGGCCCTACTCAACCACC;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=85;TCR=104;TR=189;WE=22262426;WS=22262408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr8	22266054	rs3817445	G	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=610;SC=CATCTCGCCCGCGTCTCACAA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=22266062;WS=22266044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	22267385	rs3802199	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=235;SC=AATTCAGAACAGGGCCGCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=22267393;WS=22267375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	22277040	rs10101909	G	A	9113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=153;PP=2965;SC=AATTGCAGCTGTGTTGTTTCT;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=166;TCR=153;TR=319;WE=22277048;WS=22277030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr8	22389900	rs2449340	T	G	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=57;PP=1831;SC=AGTTTTTTTATAATTGGAATG;SOR=2.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=78;WE=22389908;WS=22389890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	22396781	rs5890041	TC	T	468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=3;PP=339;SC=TTAGAAACTCTCCCCCACCCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=10;WE=22396789;WS=22396771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	22398414	rs7430	G	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=28;PP=811;SC=CAACTTCAACGTGGAGGTGCA;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=22398422;WS=22398404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	22398462	rs7431	G	A	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=187;SC=TAAAAAGGTGGCTGTTTTATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=22398470;WS=22398452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	22419191	rs2469764	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=7;PP=1304;SC=ATGTAGTAAATGTCGTAAAGC;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=22419199;WS=22419185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	22421355	rs2449336	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=654;SC=CCACAGTTTAATCTTGCTTCC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=22421363;WS=22421345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	22421395	rs2469762	G	A	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=1;PP=1163;SC=CAGAGGCAGAGTAGACCCCAC;SOR=5.330;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=44;WE=22421403;WS=22421385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	22428658	rs2449331	T	C	7180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GCTGACCCCATCGACTTGGGG;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=124;TCR=129;TR=249;WE=22428666;WS=22428648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr8	22482851	rs900268	A	C	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=27;PP=1262;SC=GTCCAGGATCAGGCTGCGCAG;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=22482859;WS=22482841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	22487388	rs6558170	C	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=423;SC=TCTGGGGACACGCAGCTAGAA;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=22487396;WS=22487378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	22487422	rs6558171	T	C	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=8;PP=767;SC=CCCAAGTGGCTGCTGACCTGC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=22487430;WS=22487412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	22491880	rs17088488	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=1;PP=659;SC=AATTCATGGCACAGACCAAGA;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=22491888;WS=22491870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	22491980	rs17746902	G	T	5843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=79;PP=2965;SC=TTCCTTTTGTGATCAGTGCTT;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=113;TCR=80;TR=192;WE=22491988;WS=22491970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr8	22492052	rs6558172	G	A	8856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=128;PP=2965;SC=GCATAAAATGGGAACAAATTC;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=121;TCR=129;TR=247;WE=22492060;WS=22492042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr8	22492079	rs11383600	T	TA	11520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=110;PP=2936;SC=CTGCCTCTATTGGGACATTTC;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=35;TCR=112;TR=144;WE=22492087;WS=22492069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr8	22492129	rs6558174	A	G	4326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=87;PP=2773;SC=GTAGGAGCACACTGGTCCTCA;SOR=1.369;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=48;TCR=87;TR=135;WE=22492151;WS=22492119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	22492143	rs7838146	C	T	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=80;PP=2484;SC=GTCCTCAAGTCCCACCCGTAG;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=35;TCR=80;TR=115;WE=22492151;WS=22492119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	22777710	rs74484614	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=16;PP=839;SC=CACGGCCCCCGGGAACTTGAC;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=22777718;WS=22777700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	22785013	rs1553778	T	C	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=3;PP=893;SC=AGATGGTGCTTCTTGGTTCTG;SOR=4.294;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=22785021;WS=22785003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	22863004	rs2430811	A	G	6331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=117;PP=2965;SC=GAAGGCCTCTAGCCGCCTGCA;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=103;TCR=117;TR=220;WE=22863025;WS=22862994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr8	22863017	rs2466179	G	T	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=110;PP=2965;SC=CGCCTGCAGAGAACCAACAGG;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=87;TCR=110;TR=197;WE=22863025;WS=22862994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr8	22863191	rs2430812	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=376;SC=GATTGAGTTCCAGCTCTGTGC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=22863199;WS=22863181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	22864622	rs2466178	T	C	17999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=332;NR=301;PP=2965;SC=TCTCCACCTCTTCCTCCAAGT;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=635;TCF=332;TCR=303;TR=633;WE=22864630;WS=22864612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,656:1.00:656
chr8	22865320	rs2430815	T	G	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=48;PP=1658;SC=ATTGCCTGTCTGTCTCAGCTC;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=99;WE=22865328;WS=22865310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	22880162	rs1047275	G	C	5910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=69;PP=2965;SC=GGGAAGGTCTGACTTCCTGAA;SOR=1.263;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=129;TCR=69;TR=197;WE=22880170;WS=22880152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr8	22881852	rs6557609	T	C	7433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=143;PP=2965;SC=ACCAGCCAGCTCTGAGACCTG;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=128;TCR=145;TR=271;WE=22881860;WS=22881842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr8	22885109	rs1105944	A	G	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=7;PP=1568;SC=AGCCCAGAGCACCCAGGCCAC;SOR=4.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=65;TCR=7;TR=72;WE=22885117;WS=22885099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	22885153	rs2293402	GG	AA	8931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=55;PP=2947;SC=AGGACAATGGGGACCCACCCA;SOR=1.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=134;TCR=59;TR=181;WE=22885162;WS=22885143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr8	22886020	rs13265018	A	G	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=75;PP=2721;SC=CACAGCTGGGACTTCCCCACT;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=139;WE=22886028;WS=22886010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr8	22886130	rs2293399	A	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=36;PP=1067;SC=GTACACACACAGAGGGAGAGG;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=22886138;WS=22886120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	22887013	rs6420148	C	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=9;PP=988;SC=GCAGCCACAGCCTCAAGGATG;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=22887021;WS=22887003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	22888313	.	T	G	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=61;PP=1900;SC=AAGGAGGTCATTCCAGTGAGT;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=111;WE=22888321;WS=22888303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	22888407	rs10866818	G	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=614;SC=GAGAAAAGCCGGTGAATGAAA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=22888415;WS=22888397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	22926313	rs1129424	G	A	8670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=150;PP=2965;SC=GGGGACCCGGGGCCCAGGCCT;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=144;TCR=150;TR=294;WE=22926322;WS=22926303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr8	22969091	rs10111172	T	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=16;PP=1050;SC=AACACAGGTATGAAAGAATGA;SOR=1.850;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=61;WE=22969099;WS=22969081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	22974325	rs11780493	G	A	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.682;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.63;MQRankSum=1.621;QD=27.07;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=2.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr8	22974450	.	T	C	2565	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=55.39;NF=74;NR=56;PP=2565;QD=20;SC=GAGACAATGATCACCAGCCCG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=130;WE=22974458;WS=22974440;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr8	22990193	rs138383437	TTGTGTG	T	816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.89;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	23054779	rs3824218	T	C	8116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=1.513;SC=TAGTACTGACTCTGACCATCA;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=139;TCR=162;TR=298;WE=23054787;WS=23054768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,307:0.99:309
chr8	23059265	rs11294851	TC	T	4868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=28;PP=2951;SC=TTTTTAGGGTTCCTTGCTTCT;SOR=2.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=80;WE=23059273;WS=23059255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr8	23059280	rs4872078	G	T	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=36;PP=2320;SC=GCTTCTGTGGGTTCTTTGAGG;SOR=1.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=86;TCR=36;TR=121;WE=23059288;WS=23059270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	23059324	rs20575	C	G	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=107;NR=83;PP=2965;SC=GTCTCACCCTCTGCTGCACTT;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=108;TCR=84;TR=190;WE=23059332;WS=23059314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr8	23060256	rs17620	T	C	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=41;PP=1001;SC=GGCTCCAGGATGTTCTGATCT;SOR=3.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=23060264;WS=23060246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	23113908	rs4439140	G	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=324;SC=CACCACCAGCGCTCCTGGTTG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=23113916;WS=23113898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	23116103	rs56160478	G	A	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=77;PP=2965;SC=CAGTCAGGAGGTTTGGCCTCG;SOR=1.417;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=121;WE=23116111;WS=23116093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr8	23116431	rs4872098	C	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=18;PP=1419;SC=TTAACGAAACCTGACTTGTGA;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=23116439;WS=23116421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	23145320	rs11777755	A	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=1;PP=797;SC=CCAACATGGAAGAAAAAAAGA;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=23145328;WS=23145310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	23146095	rs11546682	A	G	7072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GACTTCGTCCACCGGATCCAG;SOR=0.307;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=116;TCR=127;TR=241;WE=23146103;WS=23146085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr8	23147564	rs3808536	G	A	6328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=116;PP=2965;SC=GTGCTGCGCAGGCAGGAAGAA;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=228;WE=23147572;WS=23147554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr8	23148003	rs4469460	G	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=13;PP=370;SC=TCTTGAGCCCGAAAAGGGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=23148011;WS=23147993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	23148930	rs2272762	A	G	5628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	23148940	rs2272761	G	A	5545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	23148978	rs2272760	G	T	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=42;PP=1315;SC=TTGCCCACGTGGTAGAGATCT;SOR=1.275;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=23148986;WS=23148968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	23149089	rs2272759	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=232;SC=AGAGGAGCTAAGATACTTCTC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=23149097;WS=23149079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	23150671	rs11135720	A	G	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=239;SC=GCTGCAAATGATTGTCTCCGT;SOR=4.615;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=23150679;WS=23150661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	23150772	rs72237352	CTGCT	C	5601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=31;PP=2972;SC=AGGAGTTTGACTGCTTGCTTT;SOR=1.416;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=61;WE=23150783;WS=23150762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	23150878	rs13530	T	G	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=87;PP=2965;SC=TTTCCCTGCCTGGCCTCAGGT;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=176;WE=23150886;WS=23150868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr8	23151000	rs3860836	A	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=549;SC=CTGAGCCAGTAGGCTCTGGGG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=23151008;WS=23150990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	23152334	rs15946	A	G	8828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=60.03;NF=164;NR=158;PP=2965;SC=GGCCCCTCACACAGGGAACCA;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=323;TCF=164;TCR=159;TR=322;WE=23152342;WS=23152324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr8	23152756	rs11783381	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=161;SC=GGTCCGCTCCGGGACCCCCAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=23152764;WS=23152746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	23153022	rs1002792	T	C	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=80;PP=2754;SC=TTCAAAGTAGTAACTAGTAAA;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=142;WE=23153030;WS=23153012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr8	23156281	rs62503960	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=833;SC=TAGGAAGCTGCCTCTGGGTCC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=23156289;WS=23156271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	23160778	rs3765215	C	G	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=36;PP=2520;SC=TCCCATCCCCCCACTCCGCTC;SOR=2.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=95;TCR=36;TR=131;WE=23160786;WS=23160768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr8	23186222	.	ATGTG	A	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=49;QD=26.0;SC=TGATGTATGGATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=2;WE=23186233;WS=23186212;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,2:0.13:15
chr8	23243323	rs10095723	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=6;PP=1084;SC=TTTTATTTGATGCAATATATT;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=48;WE=23243331;WS=23243313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	23243350	rs150315839	AC	A	3322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=23;PP=2700;SC=TGGAATCAATACAAAAATTAT;SOR=1.954;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=62;WE=23243358;WS=23243340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	23290304	rs60497420	C	T	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=439;ReadPosRankSum=-0.557;SC=AGCCACCGCGCTCGGCCTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=23290312;WS=23290294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr8	23292044	.	G	GCA	1184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=6.249;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.411;NF=1;NR=34;PP=1508;ReadPosRankSum=-0.559;SC=TGTCAAGATGGCACACACACA;SOR=3.912;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=35;WE=23292052;WS=23292034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr8	23292876	rs75831733	T	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=15;PP=840;SC=TTCTTAAGAGTGCCCTGGGCT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=23292884;WS=23292866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	23302164	rs2272640	A	G	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=50;PP=1496;SC=TATTTTAGCTATAACATGTGA;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=23302172;WS=23302154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	23423669	rs2942194	A	G	7335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=93;PP=2965;SC=GTACACAAGTATCTACGGAGC;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=151;TCR=93;TR=244;WE=23423677;WS=23423659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr8	23423758	rs10992	G	A	7876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=126;PP=2965;SC=GTGCAGGGCCGGCCCATGCCA;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=140;TCR=127;TR=266;WE=23423766;WS=23423748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr8	23432326	rs1398232	T	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=61;PP=1662;SC=CAGTGTAACCTTTGCACGTAC;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=74;WE=23432334;WS=23432316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	23538762	.	A	T	4630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=55;PP=2905;SC=CCAGCTGCCCACGCAGTACAG;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=100;TCR=56;TR=155;WE=23538770;WS=23538752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr8	23540417	rs11781886	C	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=29;PP=926;SC=GCGGCCCCGCCTTGGCCTGAA;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=23540425;WS=23540407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	24187397	.	TGTGA	T	416.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.27;MQRankSum=0.712;QD=20.84;ReadPosRankSum=0.315;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr8	24193264	rs4872222	T	C	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=65;PP=1727;SC=TTAGAAGCTTTGAACTCAAAA;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=106;WE=24193272;WS=24193254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	24208649	rs10092862	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=357;SC=AAGAAAGACACAATGGGAAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=24208657;WS=24208639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	24208847	rs7009516	G	A	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=72;PP=2581;SC=TCTGGGCTGTGATTACCATGG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=147;WE=24208855;WS=24208837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr8	24211278	rs7815643	C	T	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=50;PP=2231;SC=TTATAATTAACGTAGCATAAA;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=129;WE=24211286;WS=24211268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	24211331	rs7814768	G	A	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=68;PP=2251;SC=GGATAATCCAGTGTCTACACC;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=135;WE=24211339;WS=24211321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr8	24211884	rs10694022	A	ATGTC	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=1017;SC=TTTAGAAGTTATGTCTTTTTT;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=24211892;WS=24211874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	24211993	rs10610134	ACTAT	A	4142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=42;PP=2540;SC=AGAGAAATATACTATCTATCT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=47;WE=24212004;WS=24211983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr8	24212040	rs1058914	T	C	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=33;PP=1124;SC=AGGTTAACATTTTCTGATTCA;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=24212048;WS=24212030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	24241973	rs10087305	G	C	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=37;PP=1705;SC=CTTCTAAAGAGAAATTGGAGA;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=98;WE=24241981;WS=24241963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	24256579	rs2291578	G	T	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=63;PP=1896;SC=CCAGGTGAATGTAGGCAGAAT;SOR=2.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=86;WE=24256587;WS=24256569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	24263015	.	C	CT	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;MQRankSum=0.417;QD=24.61;ReadPosRankSum=1.013;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr8	24348221	rs1492401	T	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=4;PP=1426;SC=TTTAACTCTATCAGAATCCAC;SOR=4.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=53;WE=24348229;WS=24348211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	24774683	rs196864	C	A	5572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.031;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=1.977;SC=GATTCAGAAACCCAAGGTGGA;SOR=0.253;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=194;WE=24774691;WS=24774673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr8	24811064	rs11300136	AG	A	2496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=25;PP=1435;SC=TCTCCTTCAGAGGGGGGGCTC;SOR=1.292;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=51;WE=24811072;WS=24811054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	25132735	rs4478580	T	A	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=462;SC=CACCATGCTTTTGTGGAGGTA;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=25132743;WS=25132725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	25156296	rs2956656	T	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=4;PP=708;SC=GCCCAGGCTGTTCTCAAATTC;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=25156304;WS=25156291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	25158026	rs2709639	G	A	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=48;PP=2406;SC=AGTCTATACTGAGGGTAGCCT;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=134;WE=25158034;WS=25158016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	25158072	rs5890219	AT	A	5287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=81;PP=2286;SC=ATTAAGAGCAATTTTTTTTTC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=36;TCR=83;TR=115;WE=25158080;WS=25158062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr8	25159665	rs868335	T	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=561;SC=AAGTCATGTTTTCTGATGCCA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=25159673;WS=25159655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	25159885	rs907157	G	A	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=68;PP=2555;SC=TCAGCCTTGTGTGCCAGATTG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=144;WE=25159893;WS=25159875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr8	25160084	rs2709638	CA	TG	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=633;SC=TGCCCTGCTTCAAAACAATCA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=25160093;WS=25160074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	25174495	rs2666169	C	T	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=74;PP=2965;SC=CTCTCAGCAACACTCACAGCA;SOR=1.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=122;TCR=74;TR=196;WE=25174503;WS=25174485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr8	25174710	rs2709627	C	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=693;SC=ACGATAGAATCTTGGCCGTAT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=25174731;WS=25174700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	25174723	rs2666168	T	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=486;SC=GGCCGTATTTTAATTCTTCTT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=25174731;WS=25174700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	25181356	rs2666174	C	T	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=641;SC=GTCTTTCTGCCTTTTCAGCCA;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=25181364;WS=25181346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	25182969	rs2666172	C	T	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=77;PP=2391;SC=TTCAAGCATCCAAAAACCTGG;SOR=0.962;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=147;WE=25182977;WS=25182959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr8	25200148	rs10110351	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=591;SC=TGCATGCTGAAATGACAGCCC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=25200156;WS=25200138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	25202915	rs2468901	A	G	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=12;PP=1223;SC=CTGGTCGAGGAAGAGTTGCAG;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=25202923;WS=25202905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	25203022	rs2468902	A	G	5130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=79;PP=2965;SC=CACTGCTGACAGACCAGCTCA;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=173;WE=25203030;WS=25203012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr8	25216620	rs17053446	A	T	6304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=111;PP=2965;SC=AGACTTCTTAAATTTGGTTTA;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=112;TCR=111;TR=223;WE=25216628;WS=25216610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr8	25222165	rs2271111	A	G	5655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=81;PP=2965;SC=GCTATAAATCAGTTTGCTGAA;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=123;TCR=81;TR=204;WE=25222173;WS=25222155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr8	25227229	rs2048083	T	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.05;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	25227234	rs2048082	A	G	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.91;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	25227255	rs2659578	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=234;SC=TGAGTAGTCTCAGAGTCACTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=25227263;WS=25227245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	25230168	rs2271108	C	T	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=64;PP=2516;SC=ACCTGCTGGACTATAGAACCA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=137;WE=25230176;WS=25230158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr8	25230267	rs2271106	T	C	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=43;PP=1389;SC=GATGGGAGGGTACTGTCAGGC;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=25230275;WS=25230257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	25231044	rs12676152	T	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=530;SC=AAGTGAAACTTTTGAAAAGCA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=25231052;WS=25231034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	25231117	rs3215159	C	CT	1877.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=1046;ReadPosRankSum=1.457;SC=TTCTGTGATCCTTTTTTTTCC;SOR=1.030;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=44;WE=25231125;WS=25231107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr8	25231385	rs2271105	T	C	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=61;PP=1884;SC=TGAGGTCATGTCAGGGATCAG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=80;WE=25231393;WS=25231375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	25234858	rs2659585	A	G	5314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=70;PP=2965;SC=TTGCTTCAGAAGGACAGTTAC;SOR=1.102;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=105;TCR=70;TR=175;WE=25234866;WS=25234848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr8	25246481	rs2709602	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=225;SC=TAGATTTTCAGTGAGAACTTG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=25246489;WS=25246471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	25247821	rs113940021	TA	T	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr8	25257531	rs3763520	A	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=44;PP=1317;SC=GCTTTCCTCTACACTCCCAGG;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=25257539;WS=25257521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	25267622	rs2709618	A	G	7389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=154;NR=124;PP=2965;SC=TAGGCTCCCCATCGTTGCAGA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=155;TCR=125;TR=278;WE=25267630;WS=25267612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr8	25280666	rs2709608	A	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=24;PP=1616;SC=TAAATTGAATAAAATCACTAT;SOR=1.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=82;WE=25280674;WS=25280656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	25280800	rs6185	C	G	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=80;PP=2876;SC=TTCCACGCACCAAGTCAGTAG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=71;TCR=80;TR=151;WE=25280808;WS=25280790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	25287556	rs965130	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=32;PP=1103;SC=TTTCTGCTCAAAATGATTTCT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=25287564;WS=25287546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	25315837	rs62502022	G	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	25317691	rs6987936	A	T	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=23;PP=1970;SC=TGAATAAGGTACGTGATCGAA;SOR=2.184;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=94;WE=25317699;WS=25317681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	25323777	rs10108752	T	C	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=45;PP=1357;SC=TAAAGGAAAATGAGAAAATGA;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=87;WE=25323785;WS=25323767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	25327571	rs62502024	A	G	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=36;PP=1089;SC=CTATTTGCTAAAATTTGGGGG;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=25327579;WS=25327561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	25365278	rs8537	G	A	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=822;SC=CAGAGTCTGTGGCAAGAGGGA;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=25365286;WS=25365268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	25744257	rs6557865	G	A	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=52;PP=2190;SC=TCTTGGAATCGTTTTCTCACC;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=129;WE=25744265;WS=25744247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	25766097	rs34200265	A	AT	2966.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=56;PP=2313;SC=GATGTGTTACATTTTTCAGTA;SOR=1.708;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=4;TCR=65;TR=59;WE=25766105;WS=25766087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	25890478	rs1872497	G	C	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=24;PP=2041;SC=TGTTGGATGAGCTTAGTGACT;SOR=2.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=76;TCR=24;TR=100;WE=25890486;WS=25890468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	25902513	.	GA	G	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr8	26240646	rs1055479	A	G	8674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=204;NR=126;PP=2965;SC=GCTGTCCGACAATGTCGTCCC;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=204;TCR=126;TR=330;WE=26240654;WS=26240636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr8	26249018	rs2304300	G	A	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=45;PP=1229;SC=GGAAAAATCTGTTTGCTTAAA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=26249026;WS=26249008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	26441275	rs415524	A	G	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=30;PP=1542;SC=TTGAGTCCACATTTCATTTAC;SOR=1.477;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=96;WE=26441283;WS=26441265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	26441477	rs11786691	G	A	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=55;PP=1817;SC=AGGCGGCCCTGGCTGGGGGAA;SOR=1.103;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=97;WE=26441485;WS=26441467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	26481771	rs327222	T	C	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.845;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=73;PP=2084;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TGGACATCAGTGAGTGGCATA;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=131;WE=26481779;WS=26481761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr8	26483998	rs71553811	AACACACACACACACAC	AAC,A	1035.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.09;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=14.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.482;NF=14,14;NR=0,0;PP=683,168;SC=TCTGTACTGAAACACACACAC;SOR=6.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=14,14;WE=26484021;WS=26483988;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:26
chr8	26484613	rs17322275	G	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=293;SC=CAGGCTAATAGAATCGCCTAG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=26484621;WS=26484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	26505451	rs11776801	G	T	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=42;PP=1191;SC=GTTATGATTTGCAATTTGCTG;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=26505459;WS=26505441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	26510792	rs708621	T	C	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=68;PP=2470;SC=ATGACGGACCTGTGTGTGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=99;TCR=68;TR=167;WE=26510800;WS=26510782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr8	26716472	rs536401	A	G	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=7;PP=1149;SC=CCTTAGTGGAAAGAAGCTTGG;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=26716480;WS=26716462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	26906402	rs73235381	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=3;PP=1250;SC=AAAGTAATTGCGGTTTTTGTC;SOR=4.534;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=48;WE=26906410;WS=26906392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	26906437	rs184537764	A	G	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=24;PP=2553;SC=AAGTAATTAAAGTAATGACAA;SOR=2.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=86;TCR=24;TR=110;WE=26906445;WS=26906427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr8	26943929	rs1814489	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=501;SC=CGCGGAGGCTTACCCCTGTAA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=26943937;WS=26943919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	26944600	rs2028908	A	G	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=18;PP=1839;SC=CCAATGACAAAGCCATTATTC;SOR=2.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=81;WE=26944608;WS=26944590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	26944940	rs55682598	T	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=248;SC=ATTTGCCATTTATTTGAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=26944948;WS=26944930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	27094548	rs10217008	A	G	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=31;PP=981;SC=CTCTGTCTGCAAAGGCATCCC;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=27094556;WS=27094538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	27099879	rs3739212	C	T	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=12;PP=1367;SC=CAGGGCCCCCCCGCCCCTCAC;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=27099887;WS=27099869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	27101204	rs4733040	T	A	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.74;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	27101204	.	TTA	ATC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=79;NR=46;PP=2947;QD=20;SC=CCTACGCCCCTTAACACATGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=81;TCR=47;TR=125;WE=27101222;WS=27101194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,125:0.98:128
chr8	27101206	rs7830662	A	C	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr8	27147716	rs12386801	A	C	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=53;PP=1821;SC=AAAAATAAAAAAATAACACAG;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=104;WE=27147724;WS=27147706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	27277642	rs41315629	G	A	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=26;PP=757;SC=AATTTAGGGTGGGGAGGCCCT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=27277650;WS=27277632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	27279705	rs2241652	G	A	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.30;SOR=2.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr8	27289612	rs11988406	C	T	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=732;SC=AGATTGGACACCCCTGAACTA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=27289620;WS=27289604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr8	27289963	rs2303882	T	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=220;SC=ACCAAAAGTCTGTGACACACA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=27289971;WS=27289953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	27291557	rs919493	T	C	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=54;PP=2587;SC=CAGTCACCCATCCAGGTCCCT;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=135;WE=27291565;WS=27291547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	27291749	rs12056620	C	T	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=840;SC=TAGTTTCTGGCTTTCAGGCCC;SOR=3.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=27291757;WS=27291739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	27292287	rs1896959	A	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=5.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr8	27293865	rs7005936	C	T	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=58;PP=2031;SC=ACACAAATCACGTGAGTTCTA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=120;WE=27293873;WS=27293855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr8	27293989	rs2241654	G	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=23;PP=568;SC=GTCCCTAAGGGCCTCTTGTCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=27293997;WS=27293979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	27294532	rs2163176	C	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=20;PP=1690;SC=GGAGAAAGGGCCCTTTCCTGG;SOR=2.133;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=77;WE=27294540;WS=27294522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	27294606	rs7005954	G	C	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=78;PP=2965;SC=CACTGGGCTGGACCAAGGGGT;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=108;TCR=78;TR=186;WE=27294614;WS=27294596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr8	27294823	rs6996922	T	C	6844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=92;PP=2965;SC=GAGGAGGGGTTCCCGTCCTCC;SOR=1.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=141;TCR=92;TR=231;WE=27294831;WS=27294813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr8	27295109	rs2288617	A	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=707;SC=TCTGTGTTCCACTGAAATAAG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=27295117;WS=27295099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	27297696	rs2241657	T	C	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=10;PP=1727;SC=CGATGGTGCTTCTGGGTGGGA;SOR=3.228;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=62;TCR=11;TR=71;WE=27297704;WS=27297686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	27303126	rs4733064	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=336;SC=GAGAGGCTGCACTGCTCCACC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=27303134;WS=27303116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	27308538	rs751018	G	A	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=70;PP=2544;SC=TTAGTCCTTCGCTCTTGTTTC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=153;WE=27308546;WS=27308528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr8	27310546	rs3735758	A	G	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=174;SC=GTAGAGGGGAAGGGGCTCATT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=27310554;WS=27310536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	27311703	rs1879184	T	C	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=54;PP=1862;SC=TGGACCGGACTGATGACCTGG;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=120;WE=27311711;WS=27311693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr8	27312040	rs10093964	C	T	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=15;PP=1106;SC=GCCCCTTTCTCCCCCCAGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=27312048;WS=27312030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	27312135	rs7007145	G	A	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=56;PP=2121;SC=AGAGGTGAGCGTCCCATTCCA;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=137;WE=27312143;WS=27312125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr8	27315726	rs1879183	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=9;PP=843;SC=TTGGCCAGCATGCAGGTGGAC;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=42;WE=27315734;WS=27315716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	27315876	rs1879182	A	G	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=54;PP=1697;SC=TGCGGCTGGCACAGCAGAACG;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=27315884;WS=27315866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr8	27315900	rs1879181	A	G	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=50;PP=1728;SC=TGACCTCCCTAAGTGAGGAGT;SOR=0.973;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=27315908;WS=27315890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	27321597	rs3735757	G	C	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=595;SC=AGGGGAACCCGAAGAACCAAG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=27321605;WS=27321587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	27324822	rs891398	T	C	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=67;PP=1993;SC=CCAAAATCAGTGGGGTTCCAG;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=134;WE=27324830;WS=27324812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	27328354	rs2472554	G	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=7;PP=710;SC=CTCCACCTCTGCCAGTGGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=27328362;WS=27328344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	27593650	rs10081527	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.26;NF=7;NR=2;PP=193;SC=GTATTTTATATTTCAGAACAC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=27593658;WS=27593640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	27598172	rs7842672	A	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=421;SC=TAATCTCTGCACTCAAGGAGA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=27598180;WS=27598162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	27609830	rs4732744	A	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=0;PP=1125;SC=CAAAATGACAAGGGTGGGGAG;SOR=7.378;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=38;WE=27609838;WS=27609823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	27614138	rs2280884	A	G	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=181;SC=TTTGCGTACCAACTTATTACT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=27614146;WS=27614128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	27630152	rs7842666	G	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=29;PP=845;SC=CCTGGCCCCCGGAACTCCTCC;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=27630160;WS=27630142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	27633237	rs75977974	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=40;PP=1119;SC=TTCTAGCTTGGAAATACATTA;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=27633245;WS=27633227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	27641609	rs1824449	G	A	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=78;PP=2482;SC=TCCAAGCCTTGTAAATTATAC;SOR=1.058;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=138;WE=27641617;WS=27641599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	27641706	rs145374594	TATTG	T	1265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=20;PP=1138;SC=AGGAGAATAATATTGAGAATA;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=27641717;WS=27641696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	27645704	rs6558014	C	T	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=43;PP=1216;SC=TTCCTGCACTCTATTTTTTGT;SOR=7.701;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=43;WE=27645712;WS=27645694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	27649426	rs11402833	G	GT	2029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=12;PP=951;SC=TTTAATGTTGGTTTTTTTTCC;SOR=2.964;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=57;WE=27649442;WS=27649416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	27661066	rs144484866	T	TAC	314.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=280;SC=CTCACACTCATACACACACAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=27661074;WS=27661056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	27729713	rs11776426	G	A	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=45;PP=1234;SC=GCTTCCAGCTGCCCTCTCCAC;SOR=2.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=27729721;WS=27729703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	27737198	rs4732610	A	G	9365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=1.179;SC=CGGTGCCCCAACGCCGGTCGT;SOR=0.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=325;TCF=159;TCR=166;TR=322;WE=27737206;WS=27737188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,344:1.00:345
chr8	27743535	rs2685381	T	C	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=51;PP=1682;SC=TACCATGCATTGAGCAAAGTC;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=106;WE=27743543;WS=27743525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr8	27762235	rs2726984	T	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=11;PP=906;SC=TGGGGCTGCTTGGGGGACAGC;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=27762243;WS=27762225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	27762537	rs939706	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=557;SC=TGGGTACCCCAAGAAGGAGGA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=27762545;WS=27762527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	27764627	rs2726987	T	C	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=146;NR=109;PP=2965;SC=TGCCTGGGACTGGTGGTGAGG;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=146;TCR=109;TR=255;WE=27764635;WS=27764617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr8	27767171	rs2726991	G	A	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.720;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=69;PP=2241;ReadPosRankSum=2.058;SC=CCAGGGGCACGCTCATTACCT;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=126;WE=27767179;WS=27767161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr8	27767305	rs2726992	A	G	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=27;PP=986;SC=CTCCCTTCTGAAACAGGACCA;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=27767313;WS=27767295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	27767339	rs2726993	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=25;PP=761;SC=GGAAACAAAACGCCCTCTCTG;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=27767347;WS=27767329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	27779545	rs10103504	C	T	6776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=100;PP=2965;SC=GCAGCCCCCACAGCGCGCCCT;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=152;TCR=101;TR=251;WE=27779553;WS=27779535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr8	27779811	rs4732613	C	T	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=94;PP=2739;SC=GGAGGAAGGCCCCGGGTGACA;SOR=2.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=31;TCR=95;TR=125;WE=27779819;WS=27779801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	27779880	rs61455593	T	TA	1469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=29;PP=1156;SC=GATAGACGAATAAAATCACAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=29;WE=27779893;WS=27779870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	27779885	rs59195507	T	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=894;SC=ACGAATAAAATCACAGGTGGT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=27779893;WS=27779870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	27823832	rs11780263	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=343;SC=ATGGTGACAAGGGCAGTGTTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=27823840;WS=27823822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	27824165	rs73568976	T	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=14;PP=414;SC=GATGTTCATGTTGAACTTCTC;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=27824173;WS=27824155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	27886902	.	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=40;PP=1084;ReadPosRankSum=0.353;SC=GCTTTTTTGCCCGTGATCTGA;SOR=0.555;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=82;WE=27886910;WS=27886892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,86:0.41:208
chr8	27898452	rs12675621	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=0;PP=425;SC=ATGAGCCGCCATGCCCGGCCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=27898460;WS=27898442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	27903069	rs13279787	C	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=12;PP=500;SC=GGAGTTGAAACTATCTGTGAG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=27903077;WS=27903059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	27915830	rs4336563	T	C	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=112;NR=75;PP=2965;SC=AATTACTTAATTTTTACTATG;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=187;WE=27915838;WS=27915820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr8	27918057	rs7817227	T	C	4641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=84;PP=2769;SC=TTCGTGGGCTTGCCCCCCAGA;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=164;WE=27918065;WS=27918047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr8	27925204	rs4732620	T	C	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=58;PP=2094;SC=TCTTCTCTGCTCAGCTCCTCC;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=101;WE=27925212;WS=27925194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	27927849	rs6998705	C	G	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=44;PP=1322;SC=TTTTCTCGTTCGTTCTTTATA;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=27927857;WS=27927839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	27957529	rs2290370	C	T	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=57;PP=1782;SC=GGTATCTGTTCTGGCAGAAGT;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=27957537;WS=27957519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	27957556	rs2290369	G	A	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=47;PP=1203;SC=TCCATGTGACGCCCGTGTAGT;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=27957564;WS=27957546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	27964056	.	CAAAAAAAAAAAAAAA	C	1030	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=20;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=19;MQ=57.23;NF=1;NR=5;PP=1030;QD=172.166666667;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=6;WE=27964078;WS=27964046;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr8	27967856	rs3213997	A	G	7926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=118;PP=2965;SC=TTTTAATTCAATGTGGGCATA;SOR=1.050;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=165;TCR=118;TR=283;WE=27967864;WS=27967846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr8	28013579	rs4732832	A	C	8215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=0.493;SC=TCAGGCCACAACTGTTGAGAA;SOR=0.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=137;TCR=147;TR=283;WE=28013587;WS=28013569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr8	28016002	rs149274779	AAATAAAG	A	1616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=1948;SC=GTTTAAATAAAAATAAAGATT;SOR=2.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=35;WE=28016016;WS=28015992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	28186520	rs2614101	A	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=358;SC=AAAGTGAATCACAGGCCCCTA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=28186528;WS=28186510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	28186607	rs2645721	T	C	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=23;PP=1766;SC=TGAGCAGCCCTCCGAGAATGG;SOR=1.890;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=82;WE=28186615;WS=28186597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	28341058	rs7843764	A	G	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=45;PP=1295;SC=AATACCAGCCAGGCACGATGG;SOR=3.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=52;WE=28341066;WS=28341048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	28362792	rs7833751	T	G	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=63;PP=1930;SC=CTGAATGAATTCAAAGACAGT;SOR=1.397;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=103;WE=28362800;WS=28362782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr8	28384712	rs2241802	A	G	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=30;PP=2323;SC=ATCTGAATTTAGCTGGAGAAC;SOR=1.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=107;WE=28384720;WS=28384702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	28574803	rs240951	G	A	8549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=132;PP=2965;SC=CCAGCCTGCCGACTGAGTGGG;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=160;TCR=132;TR=292;WE=28574811;WS=28574793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr8	28600572	rs2048369	G	C	10429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=1.180;SC=TCTTGTAACAGAGCATGTGGT;SOR=0.245;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=191;TCR=167;TR=356;WE=28600580;WS=28600562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,384:1.00:385
chr8	28633124	rs7462400	T	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=841;SC=CCACCTTGGCTGCCCAAAGTG;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=28633132;WS=28633114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	28707570	rs4732887	C	T	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=299;SC=TTAAAAACAGCAGTTACCATG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=28707578;WS=28707560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	28707622	.	GA	G	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.281;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.317;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr8	28876221	rs7837237	T	C	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=22;PP=1931;SC=AAGTAGATGTTATATTGTTTT;SOR=2.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=90;WE=28876229;WS=28876211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	28900087	rs1948132	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=17;PP=1558;SC=AAATGAGGGTTCCAGTTAAGG;SOR=2.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=74;WE=28900095;WS=28900077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	28902759	rs17526069	C	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=7;PP=712;SC=CATTTGACAGCCTGGACCTAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=28902767;WS=28902749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	28979949	rs4732905	C	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=10;PP=1036;SC=TATGACACACCAATCAGTCCG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=28979957;WS=28979939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	28980171	rs78494476	G	A	5527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.191;SC=GTCCTAAAACGGGAAGAACAA;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=77;TCR=109;TR=185;WE=28980179;WS=28980161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,202:1.00:203
chr8	28984042	rs3793435	T	C	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=37;PP=1246;SC=AAAGAAAATATACATTACAAA;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=28984050;WS=28984032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	28984572	rs3763566	G	A	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=474;SC=AGTTTCGTACGGGTTCCAAAA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=28984580;WS=28984562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	28991405	rs3750265	A	G	286.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=237;SC=AGGAGTATAGATGCATTGACA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=28991413;WS=28991399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	29005093	rs6986672	A	G	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=76;PP=2965;SC=TGTTGTTCTAAGCTGTTTAAT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=161;WE=29005101;WS=29005083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr8	29005128	rs13263819	A	G	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=66;PP=2035;SC=ATCTAAACACATTTTTAAAAA;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=114;WE=29005136;WS=29005118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	29023421	.	T	TTCGATTGTAGATCGAAGTACC	661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	29033422	rs6558098	C	T	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=0;PP=829;SC=AAAAAACCTACGTTTATTCCA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=29033430;WS=29033412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	29053761	.	TAA	T,TA	805.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=7.291;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.65;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,29:0.24,0.71:41
chr8	29107388	rs2954794	G	A	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=13;PP=1677;SC=ATGGTCAACTGGCATTAAAGT;SOR=2.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=71;WE=29107396;WS=29107378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr8	29927300	rs6468093	C	G	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=44;PP=2119;SC=AGACTACAAACGCGATCCCAA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=102;WE=29927308;WS=29927290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	29927321	rs6468094	A	G	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=45;PP=2037;SC=GGAGTACCACAATGGTAATCA;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=106;WE=29927329;WS=29927311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	29931375	rs986636	T	C	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=42;PP=2058;SC=AGACTGCCATTACTGTAGTGG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=115;WE=29931383;WS=29931365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	29935696	.	GAAA	G	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.60;MQRankSum=-1.067;QD=6.65;ReadPosRankSum=2.492;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr8	29940271	rs13279112	A	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=434;SC=AGGCTCCGGGAAGACGGCGCA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=29940279;WS=29940261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	29953256	rs56969689	C	T	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=858;SC=GGCTTCGCCCCGCAGCCCCCA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=29953264;WS=29953246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	29989564	rs7844812	A	G	8633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=156;PP=2965;SC=GAGAGGAGAGACTCCTGACCT;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=305;TCF=149;TCR=156;TR=304;WE=29989572;WS=29989554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr8	29996158	rs4733141	A	G	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=46;PP=1531;SC=CTTGCTGAGGAGCCAGGGAAC;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=29996166;WS=29996148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	29996256	rs7813902	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=486;SC=CCTCCTCCAGTCAGGAGAAAG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=29996264;WS=29996246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	29996294	rs80177409	G	A	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=187;SC=GGGACACCTTGGGGAGAATGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=29996302;WS=29996284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	30001915	rs12546113	T	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=3;PP=1080;SC=GCCTCCCAAATTGCAGGGATT;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=30001923;WS=30001905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	30013759	rs7012749	A	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=491;SC=ACGCGACGCAAACAAGAGTCG;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=30013767;WS=30013749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	30021437	rs13249436	C	T	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=561;SC=AGGCTGGTGTCGAACTCCTGA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=30021445;WS=30021427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	30021461	rs71521373	C	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=4;PP=775;SC=CAGGTGATCCCCCCACCTCGG;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=38;WE=30021469;WS=30021451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	30210274	rs4349946	T	C	7503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=159;PP=2965;SC=TGCTGACCTCTGCAAGTTGGC;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=104;TCR=159;TR=263;WE=30210282;WS=30210264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr8	30394968	rs2979511	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=338;SC=AAATAGTGGAGTGGGGAGACG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=30394976;WS=30394967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	30402817	rs2915595	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=545;SC=CTGTTTCTCCGCAAAGATTAC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=30402825;WS=30402807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	30469805	rs7815625	A	C	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=11;PP=685;SC=TAGAAAGAAAAGAGAGATTAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=30469813;WS=30469795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	30569609	.	G	GA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.361;QD=1.18;ReadPosRankSum=-2.377;SOR=1.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr8	30584923	rs2251780	G	A	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=33;PP=2463;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GGGGAGTTGCGGGGGTGGAAA;SOR=1.106;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=89;TCR=33;TR=121;WE=30584931;WS=30584913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr8	30601617	rs73672521	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=731;SC=CTCTCCCAGCCGGCCCGCGGC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=30601625;WS=30601607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	30608976	rs2911690	C	T	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=87;PP=2915;SC=CTTACTTTAACTATTTCTGTG;SOR=0.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=170;WE=30608984;WS=30608966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr8	30620840	rs11388922	G	GT	4616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=43;PP=2959;SC=TGAGGAGAAGGTTTTGAAGTC;SOR=0.982;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=72;WE=30620848;WS=30620830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	30620964	rs2956010	T	C	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=59;PP=1894;SC=GTCATCTGCATCTCCCATCAG;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=95;WE=30620972;WS=30620954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr8	30623996	rs2956016	T	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=466;SC=CAAATCACACTATACCTTGAT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=30624004;WS=30623986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	30643538	rs3832549	C	CCTAT	2575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=1806;SC=GTTAGACTGACCTAGAACATA;SOR=1.532;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=33;WE=30643546;WS=30643528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	30695226	rs2720593	C	T	8166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=146;PP=2965;SC=TCTGCAAAAGCGTCCCATGGT;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=131;TCR=146;TR=277;WE=30695234;WS=30695209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr8	30700598	rs61740968	T	C	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=50;PP=1954;SC=TGCAAGCAAATTACTGTTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=110;WE=30700606;WS=30700588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chr8	30744615	rs184596951	A	T	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=15;PP=1780;SC=TAAAAGATGAACATAAACTAA;SOR=2.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=80;WE=30744623;WS=30744605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	30854033	rs2725371	A	G	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=15;PP=1130;SC=CTGAGGCCTTACATTCATGAT;SOR=1.436;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=50;WE=30854041;WS=30854023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	30916085	rs2737316	T	C	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=26;PP=679;SC=ACTATTCTTTTGGGTGAGAAA;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=30916093;WS=30916075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	30922346	rs2725346	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=238;SC=TACAAATTTACACATAAACAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=30922354;WS=30922336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	30924557	rs1800389	C	T	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=38;PP=2004;SC=AGCTGAAATGCACAGAGACCT;SOR=1.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=112;WE=30924565;WS=30924547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	30933816	rs370040831	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr8	30933859	rs4733221	C	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=349;SC=ATTTTTTTATCACATTTTCCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=30933867;WS=30933849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	30938704	rs1800391	G	A	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=45;PP=1850;SC=AAGAGAATATGGAAAGAGCTT;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=30938712;WS=30938694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	30941317	rs2737325	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.11;QD=32.59;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr8	30981971	rs3087417	G	T	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	30999122	rs3024239	C	T	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=83;PP=2945;SC=AAAAGGTAAACGGTGTAGGAG;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=150;WE=30999130;WS=30999112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr8	31004465	rs17652297	T	A	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=143;SC=GAAGAATAAATGTTTGTACTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=31004473;WS=31004463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	31005017	rs3087415	T	TC	5164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=66;PP=2972;SC=GCATGTGTTCTATTTATTTCC;SOR=1.317;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=8;TCR=69;TR=74;WE=31005025;WS=31005007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	31024654	rs1346044	T	C	8441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=2.064;SC=TCAACCTTCATGTGATGTCAA;SOR=0.243;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=161;TCR=153;TR=314;WE=31024662;WS=31024644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,328:1.00:329
chr8	32579686	rs17669659	G	C	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=27;SC=TAAGTAACTCGTAAAGAATTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=32579694;WS=32579676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	33311091	rs7009689	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=242;SC=ACATCTCTCATTAATCTTGAT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=33311099;WS=33311081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	33313329	rs2732315	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	33347907	rs2732274	T	G	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=27;PP=947;SC=TTTCTGGGGGTCTCTTATAGA;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=33347915;WS=33347897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	33354873	rs11987085	C	A	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=21;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=311;SC=AAAAAAAAAACAAAAACAGGG;SOR=1.981;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=23;WE=33354881;WS=33354844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	33355886	rs2676419	G	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=513;SC=GAGGGGACAAGGAAGGGAGTT;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=33355894;WS=33355876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	33356074	rs6468171	A	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=37;PP=1190;SC=GGACCACTGCAGAGAAAACGA;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=33356082;WS=33356064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	33356561	rs34242409	AG	A	131.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	33356825	rs368990473	AT	A	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.445;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr8	33369944	rs2304748	T	C	6640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=108;PP=2965;SC=CCTATCAAATTCTGTGGCTTC;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=119;TCR=108;TR=227;WE=33369952;WS=33369934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr8	33369994	rs3098657	A	G	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=116;PP=2965;SC=CATCTTTTACATTGCCTCGTC;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=95;TCR=116;TR=210;WE=33370002;WS=33369984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr8	33370985	rs2581896	A	G	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=7;PP=1561;SC=AATGTCAACTATAAGATGATC;SOR=3.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=55;TCR=7;TR=62;WE=33370993;WS=33370975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	33371146	rs2581897	T	G	17433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr8	33371150	rs2581898	A	G	17331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.67;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr8	33371199	rs2581899	T	C	5750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=131;PP=2965;SC=TCGGGTGCCCTTTTTTCTGGC;SOR=1.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=60;TCR=131;TR=191;WE=33371207;WS=33371189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr8	33416189	rs3735950	G	A	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=26;PP=1319;SC=TGCCTGTGCCGAAGATGACCA;SOR=1.059;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=83;WE=33416197;WS=33416179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	33416222	rs3735951	C	T	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	33416303	rs35879627	G	GA	1617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=30;PP=751;SC=CAAAGGGAGAGAAAAAAAAAT;SOR=1.123;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=35;WE=33416311;WS=33416293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	35093427	rs10694226	C	CAGCT	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=205;SC=GCGGAGCGGGCAGCTGGGGGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=35093435;WS=35093417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	35425870	rs2589340	T	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=23;PP=586;SC=AAATGAGAGGTCTTAAATTTA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=35425878;WS=35425860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	36664834	rs1079678	G	A	5788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=64;PP=2965;SC=TTATAACGTAGGCTCCCTCTG;SOR=1.360;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=130;TCR=64;TR=194;WE=36664842;WS=36664824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr8	36767024	rs28608091	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=37;PP=817;SC=GCGATTTCTCTGGAATTTTCC;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=36767032;WS=36767014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	36767145	rs13257544	C	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	36776267	rs10108041	T	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=694;SC=CAAGTTACATTATATTCTTCT;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=36776275;WS=36776257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	36780209	rs1010669	A	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=11;PP=263;SC=GTGAACAGGTAGTATAAGGCT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=36780217;WS=36780199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	36786396	rs10089755	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=471;SC=ATTCTGATTCCCATTCCTGTC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=36786404;WS=36786386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	36788693	rs6986249	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=34;PP=1145;SC=AATTCAGTTTTTCACTTCTTT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=36788701;WS=36788683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	37455990	rs1008547	G	C	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=58;PP=2554;SC=CCCACACACAGAGGAGCCACA;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=138;WE=37455998;WS=37455980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr8	37620076	rs6468438	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	37635368	.	C	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=7;PP=1167;SC=GGATTACAGGCGTGAGCCACC;SOR=3.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=50;WE=37635376;WS=37635358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	37686749	rs6468442	A	G	5252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=67;PP=2965;SC=CCACGTGGCCAACATGCTGAG;SOR=1.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=126;TCR=67;TR=193;WE=37686757;WS=37686739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr8	37693302	rs10101560	T	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=620;SC=AGGGACTGAATTCCCCGCCCC;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=37693310;WS=37693292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	37699195	rs4976898	C	G	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=29;PP=1101;SC=TCGGGGAGGGCCCCCCCTCCC;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=65;WE=37699203;WS=37699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr8	37699516	rs7010546	C	T	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=32;PP=1164;SC=GCGAGAGCGGCAGTCTGCACA;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=76;WE=37699524;WS=37699506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	37706057	rs11777510	A	T	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=30;PP=2294;SC=GAGCCACAGCACCTGGCCTAG;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=84;TCR=30;TR=114;WE=37706065;WS=37706047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	37706267	rs12541064	C	A	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=58;PP=1603;SC=AAATTCAAATCATTGAGCATC;SOR=3.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=66;WE=37706275;WS=37706257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	37728017	rs7817179	A	G	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	37728017	.	ATT	GTG	951	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=17;NR=28;PP=951;QD=22.3215083303;SC=CTTGGTGGCCATTGCATTCAT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=45;WE=37728027;WS=37728007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr8	37728019	rs7820872	T	G	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	37730368	rs12541651	G	A	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=61;PP=2240;SC=TGATCCCAGGGCAGAAGAACC;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=130;WE=37730376;WS=37730358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	37985897	rs2843740	A	G	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=64;PP=2965;SC=GAGTACGGAAAGGTGCCTGGT;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=101;TCR=64;TR=165;WE=37985905;WS=37985887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr8	37986561	rs2517394	G	C	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=44;PP=1394;SC=TAGGAACTGAGCCACAGCTCA;SOR=2.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=37986569;WS=37986551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	38003787	rs2720050	T	C	10824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=199;PP=2965;SC=CCCTGCCACCTGCACCTGGAC;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=384;TCF=185;TCR=199;TR=384;WE=38003801;WS=38003777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr8	38005835	rs2229620	T	C	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=83;PP=2725;SC=GAGTCTCTTCTAGCCGAGAAC;SOR=1.210;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=140;WE=38005843;WS=38005825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	38006330	rs35520501	TC	T	4022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=56;PP=2875;SC=GATGGACCACTCCCACCCCCT;SOR=0.965;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=72;WE=38006338;WS=38006320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	38027519	rs16887236	A	G	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=80;PP=2341;SC=GTTATTTTGAAAAGATTTAGG;SOR=5.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=3;TCR=80;TR=83;WE=38027527;WS=38027509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	38028726	rs2843739	T	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=274;SC=CGGAACTGCTTTGAAGTCATT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=38028734;WS=38028716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	38029391	rs72643087	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	38029694	rs200558035	AGC	A	547.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	38029696	.	C	CAAA	547.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	38029708	rs2843738	G	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	38125396	rs3215009	GT	G	5627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=68;PP=2967;SC=TGCTGGGGTGGTTAGCTGTTG;SOR=0.760;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=88;WE=38125404;WS=38125386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr8	38265795	rs72067977	GACT	G	6701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=89;PP=2975;SC=GAGCATAAAGGACTACTTGAG;SOR=1.625;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=105;TCF=10;TCR=95;TR=97;WE=38265805;WS=38265785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	38272484	.	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-2.332;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr8	38373924	rs2461327	T	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=550;SC=GCCTGGTACATACCTGAATGT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=38373932;WS=38373914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	38458552	.	G	GTCT	6915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=57;PP=2970;SC=TTCTGGCCGTGCCAGCCACTG;SOR=0.774;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=85;WE=38458560;WS=38458542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	38458659	rs327934	C	T	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=53;PP=1743;SC=TCGCGCCCGCCCCGCCCCGCT;SOR=1.237;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=89;WE=38458667;WS=38458649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	38458802	rs327935	A	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=231;SC=TATTACCAAGACGCTCCCACT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=38458810;WS=38458792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	38646402	rs34210207	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=477;SC=TATCAATGAAGGAAGGAAAAA;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=38646410;WS=38646392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	38677932	rs2013586	A	G	8389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=0.402;SC=GTCAGTGGGAAAGCCCCAGCT;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=157;TCR=123;TR=278;WE=38677940;WS=38677922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,302:0.99:304
chr8	38684853	rs2037204	T	C	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=56;PP=2308;SC=CCAATGTTCCTGTGTCTACCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=78;TCR=56;TR=134;WE=38684861;WS=38684843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	38695996	rs2292741	T	C	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=69;PP=2965;SC=AGATAATTACTAAAGAGATTG;SOR=1.417;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=127;TCR=69;TR=196;WE=38696004;WS=38695986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr8	38697649	rs13262797	T	C	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=185;SC=TGTCAGTGTATGTTAATGTGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=38697657;WS=38697639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	38809663	rs6984871	A	C	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=12;PP=1167;SC=AGGCGCTGATACTGACACTGT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=38809671;WS=38809653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	38826290	rs6996274	G	A	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=868;SC=TGGTCCCGAGGTGCAGCTGAA;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=38826298;WS=38826280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	38827185	rs5891050	GC	G	3601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=56;PP=2655;SC=GGAGGGCAGCGCCTCCTGGGG;SOR=1.562;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=64;WE=38827193;WS=38827175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	38835456	rs4733960	T	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=4;PP=588;SC=CCCCATCCCTTTTTGGGCACG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=38835464;WS=38835446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	38835666	rs4733961	T	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=39;PP=978;SC=CCACAATTAATGTAAGTCACT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=38835674;WS=38835656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	38839302	.	AT	A	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=2.435;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.005;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr8	38840591	rs7814264	C	T	8465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=133;PP=2965;SC=AGGCCTTTGTCATCTACCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=154;TCR=133;TR=287;WE=38840599;WS=38840581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr8	38845638	rs66513029	A	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	38845716	rs7823125	A	G	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=49;SC=AAGTTTTTGGATCTTTTTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=38845724;WS=38845706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	38848850	rs4733895	C	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=3;PP=778;SC=GGCAGCTCTTCTTAGTAAACA;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=38848858;WS=38848840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	38853620	rs6991968	G	A	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=22;PP=2088;SC=AACGACCTCAGAGAGGCAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=73;TCR=23;TR=95;WE=38853628;WS=38853610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	38853983	rs7840270	C	A	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=147;PP=2965;SC=GAGCGGAGACCCGGCCTCAAC;SOR=1.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=76;TCR=147;TR=223;WE=38853991;WS=38853973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr8	38854438	rs200300781	CGCGCGCGTGCTCGTCGG	C	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.316;NF=11;NR=8;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GCGTCAGTGCCGCGCGCGTGC;SOR=1.508;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=19;WE=38854462;WS=38854428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr8	38854458	.	GC	G	465.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=-0.161;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr8	38854460	.	GCGTGCTCGTCGGGCGC	G	432.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.086;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.655;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr8	38854476	.	C	G	362	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=88;MMLQ=24;MQ=60.46;NF=12;NR=6;PP=362;QD=22.0428451415;SC=TCGTCGGGCGCGCGCGCTTCC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=18;WE=38854484;WS=38854466;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr8	38872186	rs7833611	C	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=575;SC=GGTATTATACCTTTTTTTCTT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=38872194;WS=38872176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	38876466	rs6474518	T	C	8180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr8	38876466	.	TCC	CCT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=63;NR=96;PP=2947;QD=20;SC=TTTCTTCTTTTCCATGAAAAG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=167;TCF=65;TCR=102;TR=159;WE=38876476;WS=38876456;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,159:0.95:167
chr8	38876468	rs6474519	C	T	8180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr8	38884342	rs10652213	G	GTTCT	4378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.540;NF=6;NR=81;PP=2974;ReadPosRankSum=0.525;SC=GAGTACCTGGGTTCTTCTTCT;SOR=1.579;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=104;TCF=6;TCR=98;TR=87;WE=38884350;WS=38884332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr8	38911953	rs9643905	C	A	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=13;PP=2079;SC=AATGAGTATTCATGTCAATTA;SOR=2.906;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=80;TCR=13;TR=89;WE=38911961;WS=38911943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr8	38964647	rs4517088	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=13;PP=405;SC=TCTTTGGAATGTTCACACATC;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=38964655;WS=38964637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	38965271	rs59118660	C	T	10753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=204;NR=168;PP=2965;SC=AACGGCTTCCCGCTGGCAGCC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=372;TCF=204;TCR=168;TR=372;WE=38965279;WS=38965261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr8	38987347	rs9650316	T	C	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=8;PP=317;SC=TTTATAATTATGAGTGTAATC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=38987355;WS=38987337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	38991720	rs6997278	A	G	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=50;PP=2007;SC=TCAGGATGTAATCTGTTGGGG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=112;WE=38991728;WS=38991710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	39068890	rs11786404	A	G	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=37;PP=1045;SC=TATTGTTTTAATTTATCTTTT;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=39068898;WS=39068880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	39080632	rs7845771	C	G	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=96;NR=95;PP=2965;SC=TGTAATGGAACCTCACCAGAA;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=96;TCR=95;TR=191;WE=39080640;WS=39080622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr8	39080824	rs4476978	T	A	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=226;SC=GATAATGGGGTATATTTTCAT;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=39080832;WS=39080814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	39091526	rs4515515	T	C	7252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=121;PP=2965;SC=TATGCATAACTGTAGACTACA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=129;TCR=121;TR=250;WE=39091534;WS=39091503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr8	39114949	rs73608630	C	T	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=35;PP=1034;SC=AGTAGCAATACTTTACATATC;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=39114957;WS=39114939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	39128387	rs4733994	C	T	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=40;PP=1726;SC=TTTTCAATTTCTTTTTAGATC;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=93;WE=39128395;WS=39128377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	39128510	rs11347842	AT	A	785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=381;SC=TTTATTTCCAATTTTTTTTTG;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=21;WE=39128518;WS=39128500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	39133206	rs4733913	C	G	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=14;PP=991;SC=ATTTAGTAGTCTTTTGAAATT;SOR=1.567;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=50;WE=39133214;WS=39133196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	39311600	rs7813010	C	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=17;PP=855;SC=CTGTTACTACCGCTGTCTTCT;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=39311608;WS=39311590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	39311677	rs7834545	T	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=28;PP=1082;SC=TCAAGAAAAGTTTAAAAAGCT;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=39311685;WS=39311667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	39312965	rs76855595	CA	C	2324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=1436;SC=AGAAACTGATCAAAAGACCAT;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=38;WE=39312973;WS=39312955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	39323484	rs141960707	AC	A	1916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=42;PP=1692;SC=CAAATCTAAAACCAAAACAAA;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=42;WE=39323492;WS=39323474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	39330916	rs142026482	ATC	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,11:0.16:70
chr8	39331031	rs7465396	T	C	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=42;PP=1585;SC=TTATATCTTCTGTATAGGTCT;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=39331039;WS=39331021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr8	39331093	rs7845028	T	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=45;PP=1597;SC=ACGTGACCTCTAAGGTAAGTA;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=39331101;WS=39331083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	39331226	rs12541604	T	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=231;SC=GTCACTTAGGTACACAATTAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=39331234;WS=39331216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	39332895	rs199887672	G	GA	222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.14;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr8	39463063	rs4236751	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=25;SC=AATTTGTTACTGGTTCGTTAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=39463071;WS=39463053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	39602328	rs143373254	A	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	39607105	rs112217136	C	CATGT	878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=43.94;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	39618637	rs10093751	G	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=9;PP=563;SC=TTGTTTGATGGTATTTTCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=39618645;WS=39618627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	39618865	rs10097616	C	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=201;SC=ATAACAAATACACTTAAAATT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=39618873;WS=39618855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	39644691	rs3779718	C	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=215;SC=ATTAATGTAACATAGCATAAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=39644699;WS=39644681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	39785321	rs3739319	G	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=21;PP=1313;SC=TGTGACCTCCGTATTTCCTCT;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=39785329;WS=39785311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	39843139	rs2729472	A	G	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=127;SC=TATATGTATAATATAATATCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=39843147;WS=39843129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	39847148	rs2955876	C	T	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.779;SC=ACTGTCCGGTCCTCCCCTGGG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=61;WE=39847156;WS=39847138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr8	39871036	rs2955897	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=323;SC=AAAATATACCATTACCTCCCT;SOR=3.500;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=39871044;WS=39871026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	39871298	rs5891075	T	TTAA	1388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=34;PP=348;SC=TTTTTTTTTTTCCAATTGATA;SOR=0.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=34;WE=39871306;WS=39871276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr8	39873053	rs72632016	G	A	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=63;PP=1817;SC=AGGTGGAACCGCAGTTATGAG;SOR=1.502;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=99;WE=39873061;WS=39873043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	39873188	rs2981162	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=205;SC=GAATGAGGGTCAGGGTTCTGC;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=39873196;WS=39873178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	40011079	rs6474226	G	A	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=43;PP=2418;ReadPosRankSum=1.766;SC=CCACCAAGCCGTCATCATGTC;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=126;WE=40011087;WS=40011069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr8	40389823	rs1429965	C	A	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=98;NR=117;PP=2965;SC=ACCTCTTTCTCCCCCCCACCC;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=100;TCR=117;TR=215;WE=40389831;WS=40389813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr8	40389842	rs1429966	T	C	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=109;PP=2965;SC=CCCCTGTCTCTCTTCTACTTC;SOR=1.289;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=73;TCR=110;TR=181;WE=40389850;WS=40389832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr8	40389933	rs4038741	TAA	T	1217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.11;NF=0;NR=27;PP=1056;SC=CCTGTATATATAAAATATCTC;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=40389942;WS=40389923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	40665997	rs1512214	A	G	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=11;PP=1457;SC=CTAACGGTTGACAATGCAGTA;SOR=2.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=66;WE=40666005;WS=40665987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	40666094	.	CA	C	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.747;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,35:0.34:102
chr8	40666189	rs11777437	T	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=56;PP=1552;SC=TCAGGGGAGGTAACAAGAAAG;SOR=2.062;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=81;WE=40666197;WS=40666179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	40666257	rs11776726	A	C	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=411;SC=AATGTGAAGAAGGAAAAAGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=40666265;WS=40666247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	41128710	rs11779707	T	C	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=57;PP=2169;SC=AAGTGAGGCCTAACAAATCAC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=128;WE=41128718;WS=41128700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr8	41297486	rs10637700	T	TTTTG	2583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=2035;SC=AAGGGTATGTTTTTGTTTGTT;SOR=2.683;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=75;TCF=3;TCR=72;TR=36;WE=41297494;WS=41297476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	41387921	rs7819949	C	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=260;SC=TTGGGGCTTACTTTAGAACAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=41387929;WS=41387911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	41391588	rs10096250	A	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=235;SC=GGGCGGACACACTTCAGCCCG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=41391596;WS=41391578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	41517860	rs565491	G	A	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=290;SC=CTTGCTGCTCGGTCCCAGAGT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=41517868;WS=41517850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	41517958	rs59908561	A	AG	2458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=19;PP=1771;SC=TCCCACCCCGAGTATCCTGTA;SOR=1.284;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=39;WE=41517966;WS=41517948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	41519248	rs516946	T	C	8001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=159;PP=2965;SC=GGAGGTGTCATGCAGACGGCC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=126;TCR=159;TR=284;WE=41519256;WS=41519238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr8	41519462	rs515071	A	G	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=114;PP=2965;SC=CGAATGATCTAGGAAAGGAAG;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=95;TCR=115;TR=209;WE=41519470;WS=41519452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr8	41521663	rs563118	T	C	6773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=130;NR=120;PP=2965;SC=GTGACTTGCTTGAAACCCCAG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=130;TCR=121;TR=250;WE=41521671;WS=41521653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr8	41529856	rs508112	A	G	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=69;PP=2965;SC=CCCTGCTCCCACAGTCAAGCT;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=134;TCR=70;TR=202;WE=41529864;WS=41529846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr8	41553928	rs504574	C	G	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=37;PP=1731;SC=TCCTGCTGGCCAGGCCCTCCT;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=105;WE=41553936;WS=41553918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	41559256	rs186697432	C	T	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=36;PP=1001;SC=GAAAAACAGACGGAGGAGGCG;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=41559264;WS=41559246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	41559609	rs2304880	G	A	6197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=84;PP=2965;SC=TGAGCACGTCGGTGACAGAAA;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=120;TCR=84;TR=204;WE=41559617;WS=41559599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr8	41563685	rs1137177	G	A	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=31;PP=2045;SC=CCACCATGACGCCGTGTTTGA;SOR=1.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=105;WE=41563693;WS=41563675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	41571826	rs17660898	C	G	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=29;PP=955;SC=GACTTTCTCCCAGGACTCCCT;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=41571834;WS=41571816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	41571963	rs74771278	A	T	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=95;SC=ACAGGGGGGAACGTGGGCAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=41571971;WS=41571953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	41574736	rs575817	A	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=518;SC=TGTGTGCATGAGCATGTATGT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=41574744;WS=41574726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	41575054	rs149520651	C	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=556;SC=GGACTGGGAGCACTGGTGAAA;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=41575062;WS=41575044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	41580906	rs2304874	G	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=7;PP=930;SC=CACTGCACGCGGCACTGCCCA;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=41580914;WS=41580896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	41585384	rs2304872	T	G	8556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=166;NR=139;PP=2965;SC=GAACCACCTGTGGAAAGGCAA;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=306;TCF=167;TCR=139;TR=305;WE=41585392;WS=41585374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr8	41585571	rs1872877	C	T	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	41585577	rs2304870	G	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	41615429	rs486223	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=455;SC=CCACAGGCAGGAGCCCTGGGG;SOR=3.500;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=41615437;WS=41615419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	41798202	rs2929896	G	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=1;PP=409;SC=AATGTTCACTGGGAAGATCTT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=41798210;WS=41798192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	41834902	rs34473679	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=35;PP=1064;SC=GTAAGGTTCCTTTTTAATACA;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=41834910;WS=41834892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	42013563	rs150778126	T	TATG	11963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=87;PP=2973;SC=AAAACGTAAGTATAAGTCCCA;SOR=0.795;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=127;TCF=32;TCR=95;TR=117;WE=42013571;WS=42013553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr8	42037924	rs2020922	T	A	5424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=101;PP=2965;SC=TTAGAATGCTTTTTTTGCTGT;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=93;TCR=101;TR=194;WE=42037932;WS=42037914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr8	42044954	rs1058720	G	A	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=68;PP=2093;SC=GCCTGATGGCGTCTGGCCTCC;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=119;WE=42044962;WS=42044944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr8	42045655	rs2070713	C	T	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=708;SC=GTGGAACACGCGTATACCAGT;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=42045663;WS=42045645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	42172017	rs7814513	C	G	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=70;PP=2071;SC=TCTTGGCTGGCCGTGGTGGCT;SOR=3.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=82;WE=42172025;WS=42172007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	42175303	rs2294100	A	T	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=88;PP=2965;SC=AGAATTTGTTATGTTTTGTTT;SOR=0.881;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=172;WE=42175311;WS=42175293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	42186579	rs2272732	T	C	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=25;PP=2112;SC=TATTTTAAAATAGCAGTGTTA;SOR=2.141;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=75;TCR=25;TR=100;WE=42186587;WS=42186569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	42188550	rs1057741	A	G	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=54;PP=1469;SC=GGCCTTGTGCAGTGGGGGGAC;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=67;WE=42188558;WS=42188540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	42196441	rs3136717	C	T	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=40;PP=2580;SC=GTCACTGTCTCTTAGAGGCTG;SOR=1.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=121;WE=42196449;WS=42196431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	42220244	rs2307165	TA	T	6021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.140;NF=19;NR=99;PP=2321;ReadPosRankSum=0.545;SC=TTAGCACATCTAAAAAAAAAC;SOR=0.746;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=130;TCF=20;TCR=110;TR=118;WE=42220252;WS=42220234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,230:0.99:232
chr8	42404040	rs2974349	C	T	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=581;SC=CTTAGTACTTCTTTCAGATGT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=42404048;WS=42404030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	42552633	rs4950	G	A	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=93;PP=2965;SC=CCCTTTTCCAGTGGAAATGCT;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=116;TCR=94;TR=208;WE=42552641;WS=42552623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr8	42587796	rs4954	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=4;PP=104;SC=TAAATGTGACGTTATATAAGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=42587804;WS=42587786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	42761288	.	TC	T	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=44.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.174;QD=1.83;ReadPosRankSum=2.796;SOR=0.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,40:0.18:227
chr8	42882555	rs111931018	A	ATTTGT	9378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=60;NR=43;PP=2974;SC=ACATTCTGTCATTTGTTCTGT;SOR=1.496;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=103;WE=42882563;WS=42882545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr8	42959007	rs5024011	C	A	4658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=105;PP=2965;SC=TGCTGTCATCCTGTTATTTCG;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=55;TCR=106;TR=159;WE=42959015;WS=42958997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr8	43013936	rs10958738	C	T	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=56;PP=2091;SC=TTTCTCTTTACAGTATTTTTC;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=96;WE=43013944;WS=43013926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	43047593	rs17603428	G	A	4411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=71;PP=2365;SC=ACTCGAGTTCGCTTAGAACTG;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=145;WE=43047601;WS=43047583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr8	43054553	rs1126058	T	C	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=53;PP=1972;ReadPosRankSum=0.804;SC=TTCTGGTATATGTCGGCCACG;SOR=0.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=120;WE=43054561;WS=43054543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr8	47759712	rs3849804	T	G	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=68;PP=2002;ReadPosRankSum=-1.146;SC=ACTATTTGAGTCTATACCCAG;SOR=0.940;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=116;WE=47759720;WS=47759702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr8	48320563	rs34569190	AT	A	1071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=1037;SC=GTGTAAAAAAATATTTTAGTT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=48320571;WS=48320553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	48614659	.	TTACACACA	T	123	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MMLQ=28;MQ=57.15;NF=0;NR=6;PP=123;QD=21.0;SC=TCTCTCTCTCTTACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=48614674;WS=48614638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	48805816	rs11411516	A	AG	4206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=28;PP=2521;SC=TGGCCCCCGAAGTACAAGAGG;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=48805824;WS=48805806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	48846519	rs1231202	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=9;PP=431;SC=CAATGGTAAATGTTACCATCA;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=48846527;WS=48846509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	48866788	rs1231203	T	G	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=27;SC=CAGCAAAAAGTATTCGACTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=48866796;WS=48866787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	48885436	rs762679	T	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=18;PP=1028;SC=GATCTTCCTCTTGCTGGACCC;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=48885444;WS=48885426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	49641784	rs1482261	A	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=614;SC=TCAAGTGTTAATTTAAAAAAA;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=49641792;WS=49641774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	49643243	rs966703	A	G	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=53;PP=1698;SC=TGTCCTGCATAATAACTCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=79;WE=49643251;WS=49643233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	49987230	rs2292399	A	G	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=50;PP=1443;SC=AAGAATAACCATTGTCTAGTT;SOR=1.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=49987238;WS=49987220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	49987910	rs6984804	G	A	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=707;SC=TAAGAAGACAGAAATGTGTCT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=49987918;WS=49987900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	51306704	rs7015950	A	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=12;PP=836;SC=GATTTCCTCCACTATATTAGT;SOR=1.487;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=51306712;WS=51306694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	51314659	rs79190000	C	T	354.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=224;SC=AGTGTGTTTTCACCACCTCTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=51314667;WS=51314649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	51314678	rs75805189	T	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=263;SC=TTAAATGTTATTCACCATGTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=51314686;WS=51314668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	51362462	rs1481475	A	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=17;PP=504;SC=CTCCTGTGGGAGAGGACTTCT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=51362470;WS=51362452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	51363078	rs7817955	C	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=401;SC=ATAACAAAAACAGTCAATGCA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=51363086;WS=51363068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	51571370	rs1911831	G	A	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=439;SC=AAAATAAACTGGACAAAAAAG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=51571378;WS=51571360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	51617430	rs7003356	T	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=487;SC=CTTGACCTCATATACATTCTA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=51617438;WS=51617420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	52232487	rs1052704	G	T	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=16;PP=744;SC=GCATTCCTCGGTCTCTGCAAA;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=52232495;WS=52232477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	52232624	rs1370446	A	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=15;PP=430;SC=GTTTCTTATAATCAAAGTACT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=52232632;WS=52232614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	52233276	rs7827306	C	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=250;SC=TTGAATTTTTCAAGTATGCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=52233284;WS=52233266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	52233299	rs3217441	T	TAGG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=658;SC=ACTGGCTGGCTAGAAGTGAAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=52233318;WS=52233289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	52233308	.	A	AAC	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=0;PP=256;SC=CTAGAAGTGAAATGGGGAGTT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=52233318;WS=52233289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	52233310	rs2304552	T	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=297;SC=AGAAGTGAAATGGGGAGTTGG;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=52233318;WS=52233289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	52233408	rs7827446	C	T	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=29;PP=1468;SC=TGGAACCCCTCTAACATCTGT;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=84;WE=52233416;WS=52233398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	52252395	rs1437594	T	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.67;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	52252405	rs1437593	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	52321243	rs2977020	T	C	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=70;PP=2840;SC=TCCGTGGCCATCCTGTTGTGT;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=144;WE=52321251;WS=52321233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr8	52321686	rs11985241	C	T	5885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=98;PP=2965;SC=GCAGACGGAGCTGCACGGCCG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=104;TCR=98;TR=200;WE=52321694;WS=52321676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr8	52321843	rs11992240	G	C	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=66;PP=1860;SC=GCGACCAGCCGGGGCGGCGGG;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=112;WE=52321851;WS=52321833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	52325767	rs16916207	T	G	5368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=81;PP=2965;SC=CTGTACAGCATCAAGAATGGA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=173;WE=52325775;WS=52325757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr8	52325879	rs1560511	T	G	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=50;PP=1484;SC=GGCATGATATTATATGAATGG;SOR=2.173;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=67;WE=52325887;WS=52325869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	52366200	rs6473599	G	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=45;PP=1729;SC=ACGTTGCCACGTGCCTGGATC;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=95;WE=52366208;WS=52366190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr8	52733050	rs12335014	T	A	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=36;PP=1253;SC=CTCTTCTTTGTTATCCTCTTC;SOR=0.836;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=73;WE=52733058;WS=52733040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	52733076	.	T	C	468	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=50.1;NF=26;NR=4;PP=468;QD=16.7590404182;SC=TTTCATCCTCTTCACTGTCTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=30;WE=52733084;WS=52733066;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:72,30:0.29:102
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chr8	52733148	rs76104220	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQRankSum=-1.714;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,14:0.16:86
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chr8	52733231	rs75748152	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=6.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQRankSum=-3.113;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.247;SOR=2.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr8	52733340	rs35006940	A	AT	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=339;SC=TCTATTGTTTATTTTTTTCAT;SOR=1.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=52733348;WS=52733330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	52746153	rs9298462	C	T	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1234;ReadPosRankSum=0.951;SC=GGTCTTTCTGCACTCCAGCTC;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=79;WE=52746161;WS=52746143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr8	52811681	rs10106734	A	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=18;PP=614;SC=TGCGCAGAGAACCACGGGCAC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=52811689;WS=52811671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	52811758	rs13263909	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=8;PP=188;SC=GCCCCGCCCCCCTCAGGGCTC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=52811766;WS=52811748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	53028767	rs79619736	G	A	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=245;SC=TGGCAACCCCGTGGGTAGATG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=53028775;WS=53028757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	53071461	rs2278152	G	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=10;PP=789;SC=GGCCTACCTTGGCATGCAGAC;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=53071469;WS=53071451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	53079336	rs2303457	T	C	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=20;PP=1080;SC=TAATTCCAAATTGGGAGACAA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=53079344;WS=53079326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	53570529	rs12708142	C	A	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=16;PP=811;SC=ACACTAATGACGAAAACTGTT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=53570537;WS=53570519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	53586706	rs17337252	A	G	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=80;PP=2724;ReadPosRankSum=-0.943;SC=GGATCTTTTCATCTCAGCTTT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=74;TCR=81;TR=153;WE=53586714;WS=53586696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr8	54628383	rs6988082	T	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=4;PP=309;SC=TTTGTTGTTGTTGTTTGGAAA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=54628391;WS=54628373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	54628736	rs3735833	C	A	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=4;PP=80;SC=TCCAAATTTCCAAAGTACTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=54628744;WS=54628726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	54723638	rs73680313	T	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=144;SC=GTTGGGGAACTAGTAAACACC;SOR=1.445;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=54723646;WS=54723628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	54745538	rs6991513	C	G	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=26;PP=1269;SC=AATGTTTATTCATCACCTGGC;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=71;WE=54745546;WS=54745528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	55539395	rs2293869	A	T	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=52;PP=2588;SC=GACAGGAGATAATCTATGTAA;SOR=1.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=146;WE=55539403;WS=55539385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	55542540	rs61739567	G	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=18;PP=962;SC=GAAAGGTTTTGTATGAATTTC;SOR=1.094;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=48;WE=55542548;WS=55542530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	55590975	rs382476	G	A	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=167;SC=GTATTATTAGGCCATATTTAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=55590983;WS=55590965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	55592336	rs405226	A	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=532;SC=TGGTGTTTTCATTTGTTTTGC;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=55592344;WS=55592326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	55647367	rs370295274	AGT	A	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr8	56048060	rs1480763	T	A	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=39;PP=1460;SC=TCACTCTTTGTCCATCTGTAA;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=93;WE=56048068;WS=56048050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	56048107	rs1480764	C	T	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=50;PP=1815;SC=ACAAGGAGCACAGTCCAACAT;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=110;WE=56048115;WS=56048097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr8	56054696	rs11785942	C	T	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=57;PP=2445;SC=CATTCTTTCCCCCACAGGGAG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=143;WE=56054704;WS=56054686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	56185702	.	CTGTGTGTGTGTGTG	C	322	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5032;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=322;QD=162.5;SC=GAAAAGAGGACTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=56185723;WS=56185692;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr8	56270470	rs2622565	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=324;SC=CTGAATTTGGGGAAAGATTGA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=56270478;WS=56270460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	56792685	rs167999	G	A	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=39;PP=1227;SC=CGCGAGCCCAGGGGTGGGCGC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=56792693;WS=56792675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	56863439	rs7829420	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=189;SC=AGGGCATATAGTATGCTCTGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=56863447;WS=56863429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	56912086	.	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,33:0.24:138
chr8	57294907	.	GT	G	241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=0;PP=197;SC=TATTCTGGCTGTTTTTTTTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=14;WE=57294915;WS=57294897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	59324162	rs2859998	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=8;PP=179;SC=AGAATCCGGCGCCCGGTCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=59324170;WS=59324152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	59329438	rs13277646	A	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr8	59352506	rs71557723	TATTA	T	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	59409284	.	G	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.025;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr8	59411042	rs2162459	G	A	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=83;PP=2621;SC=TCAGACACAAGTGTATGATAG;SOR=1.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=142;WE=59411050;WS=59411032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr8	59512334	rs2680903	G	A	5120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=69;PP=2965;SC=GAAGCTCCACGTCGTCAACCA;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=175;WE=59512342;WS=59512324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr8	59515756	rs2255834	G	A	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=28;PP=1154;SC=AGAATTCCACGTGTGGCAGTT;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=59515764;WS=59515746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	59520476	rs139778478	GA	G	422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=261;SC=TCAGAAAGGGGAAAAAAAAAT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=59520484;WS=59520466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	59549792	rs75712986	C	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=23;PP=1571;SC=ACCTTCCTTACTTGCCAGTAT;SOR=1.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=81;WE=59549800;WS=59549782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr8	59739333	rs4737522	C	T	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=77;NR=51;PP=2144;SC=TCAAAGTCTGCGCCGAGATGG;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=128;WE=59739341;WS=59739323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	59851907	rs61753688	T	C	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=56;PP=2296;SC=GCCCAGCATATTGGAGACTGT;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=127;WE=59851915;WS=59851897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr8	59852168	rs3832587	A	AAC	709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=576;SC=CATCATATCAAACACTTGACC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=59852176;WS=59852158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr8	61139319	rs12549574	C	T	439.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=1.379;SC=ACCACAAGGACAGCAGCTTTT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=61139327;WS=61139309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr8	61655690	rs7836586	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=556;SC=CTGCATTGCAGTGTGAAATTC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=61655698;WS=61655680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	61707725	rs4540437	G	A	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=38;PP=1281;SC=TTGGTTATTTGGCATGGGTAA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=61707733;WS=61707715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	61713126	rs5891777	A	ATGGACT	3382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=2043;SC=CATTTTAAAGATGGACTAGAA;SOR=0.720;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=32;WE=61713134;WS=61713116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	61714245	rs10448027	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	61732521	rs6471902	A	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=4;PP=991;SC=ATTTCATCTTAGGAAATAAGT;SOR=3.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=61732529;WS=61732511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	61748893	rs7005873	C	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=133;SC=AATTACCTTCCCAGGGGTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=61748901;WS=61748883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	61750860	rs7844902	A	G	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=56;PP=1630;SC=GAAGCATGACAGAGTTCATGT;SOR=1.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=61750868;WS=61750850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr8	61764076	rs4342642	A	G	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=228;SC=TAGGATAACTATTTCTTTGAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=61764084;WS=61764066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	61878921	rs35585682	T	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=14;PP=806;SC=ATGACAAGAATCACCCCAGGA;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=61878929;WS=61878911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	62003453	rs1367972	A	G	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=64;PP=2558;SC=TGAAGCTGTAATGAGTTAAGA;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=150;WE=62003475;WS=62003443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr8	62003547	rs35220668	G	GC	3289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.51;NF=5;NR=50;PP=1609;SC=AATGACCCATGCCCCCCCACC;SOR=1.253;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=55;WE=62003555;WS=62003537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	62289060	rs10957192	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=297;SC=ACCCTCCAGGCGGGGTTCATG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=62289068;WS=62289053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	62371260	rs2291607	C	T	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=208;SC=AAACTGAAAACAAATGGGGCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=62371268;WS=62371250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	62411925	rs71559334	G	GAAAT	3275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=11;PP=2044;SC=ATTAAAAAGAGAAATATAAAA;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=39;WE=62411933;WS=62411915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	62416074	rs7005617	G	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=25;PP=803;SC=AGGTCCTGCAGCAGAAAGACA;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=62416082;WS=62416064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	62438530	rs4738904	A	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=9;PP=481;SC=GAAGTCAGAAACTCACCTTGC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=62438538;WS=62438520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	62460886	rs10113272	A	G	318.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.85;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	62460894	rs16927479	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	62475160	rs3802287	A	G	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=84;SC=ATGTTAAAACATAGTTTAGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=62475168;WS=62475150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	62475276	rs3802286	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=633;SC=CTTAATTTGACGTAGTTAATA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=62475284;WS=62475266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	62475518	rs3824269	G	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=120;SC=TAAGTCATGAGAGACTATTCA;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=62475526;WS=62475508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	62479934	rs10090754	C	T	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=55;PP=1616;SC=TTTGTAATTACCCAAAATATT;SOR=1.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=78;WE=62479942;WS=62479924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	62531670	rs35550451	T	C	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=207;SC=ATTCAATAAGTATAATCAAAG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=62531678;WS=62531660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	62545288	rs2882462	C	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=20;PP=620;SC=AGGCATCCCACATATAACTAA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=62545296;WS=62545278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	62563764	rs7016141	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=277;SC=TGACATTGGTACATACACATT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=62563772;WS=62563754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	62595068	rs3750278	C	T	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=80;PP=2624;SC=AACATGAAAACTGTTATTTGT;SOR=1.539;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=122;WE=62595076;WS=62595058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	62626962	rs3829051	C	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=20;PP=540;SC=TGAGGGCTGGCGGACCTCCTT;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=62626970;WS=62626952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	62627004	rs3750279	A	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=350;SC=CGACGCGGGAACCGCTGGCGG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=62627012;WS=62626994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	62627510	rs4272369	C	G	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=30;PP=903;SC=CGGAGTGCGCCGCTTCTAGGC;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=62627518;WS=62627500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	63161462	rs2272014	G	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=272;SC=CCGCCCCGCCGGGAAACTAAC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=63161470;WS=63161453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	63161612	rs2272013	C	G	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=33;PP=1465;SC=CAGTCAGCGCCGCTCGGACGC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=63161620;WS=63161602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	63161829	rs5020321	C	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=385;SC=CTCCCCACCGCCTGGCTGGGC;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=63161837;WS=63161819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	63257441	rs4442138	T	G	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=217;SC=CATTAAATTGTTAGATAACTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=63257449;WS=63257431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	63296132	rs10808724	T	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=26;PP=894;SC=CCTTTTGGTTTGAAGAACATG;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=63296140;WS=63296122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	63502434	rs72423486	TTGTGTGTGTGTGTG	T	246.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.157;NF=0;NR=6;PP=1562;ReadPosRankSum=0.887;SC=TATAGGTATATTGTGTGTGTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=63502455;WS=63502424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr8	63659610	rs1319275	G	A	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=22;PP=954;SC=ACGATTACACGTACGTCTCTG;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=63659618;WS=63659600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	63775788	.	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=0.854;SC=GCCTCTTCTGTTTATTTTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=63775796;WS=63775778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr8	63978658	rs5891887	TA	T	3207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=77;PP=1770;SC=CCCAGTGTGCTAAAAAAAATA;SOR=1.863;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=94;TCF=5;TCR=89;TR=80;WE=63978666;WS=63978648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	64098729	rs58419856	A	AG	1779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=5;PP=1168;SC=CACCAATGTCAATCCATACAT;SOR=2.059;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=64098737;WS=64098719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr8	67064654	rs7843605	A	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.98;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr8	67068131	rs2446433	T	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=32;PP=945;SC=AAGACCTCTTTCTGAGGAGAA;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=32;WE=67068139;WS=67068121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	67089425	rs6159	T	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=22;PP=1004;SC=TGCCGCTGCCTCCGGCGAGGA;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=60;WE=67089433;WS=67089415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	67105379	rs56266342	T	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=98;SC=TCTCTTTTGGTCAAAAAAAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=67105387;WS=67105369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	67105436	rs7003450	C	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.80;QD=29.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr8	67109101	rs11990370	G	T	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=43;PP=2421;SC=CCTGGGTGTCGCCCGAAAGCC;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=122;WE=67109109;WS=67109091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr8	67109225	rs1044938	T	C	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=103;PP=2965;SC=TCAGTGTGCTTTGTGGATGCA;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=195;WE=67109233;WS=67109215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr8	67109297	rs1044942	A	G	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=48;PP=1406;SC=GCACTAGGTAAACTATTCCAG;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=67109305;WS=67109287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	67342031	rs137894990	T	C	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=79;PP=2540;SC=GGCCGCGCCATGCAAGTGGCC;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=75;TCR=79;TR=154;WE=67342039;WS=67342021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr8	67411019	rs2251827	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=385;SC=AAATTTAAAATCTATGAAATA;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=67411027;WS=67411009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	67755920	rs7008720	C	A	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=99;SC=TGAACCCAAACCCACATTAGG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=67755928;WS=67755910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	67813633	rs2358008	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=872;SC=TTCAAATGATATGTTTAATTA;SOR=2.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=42;WE=67813641;WS=67813623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	67969596	.	TA	T	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr8	67970243	rs6997490	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=9;PP=569;SC=TTACTACACTATTCTTATTTC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=67970251;WS=67970233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	68092258	.	TA	T	27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.9998;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=27;QD=16.0;SC=TACAAGGTAGTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=68092266;WS=68092248;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr8	68211691	rs35570525	T	TA	400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=420;SC=TGAATATACATAAAATTTTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=68211699;WS=68211681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	68929993	rs12549702	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=347;SC=CTTTGGTTTGTTGTAAAGAAA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=68930001;WS=68929983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	68950289	rs6986739	C	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=244;SC=CTGTGCATAGCTTGCTTCTTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=68950297;WS=68950279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	68965521	rs10504417	C	T	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=46;PP=1478;SC=TTTGTGAAGACTCTAACTTAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=83;WE=68965529;WS=68965511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr8	68968171	rs1434775	G	A	6593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.86;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	68972907	rs1369164	C	G	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=70;PP=2720;SC=CTGACTTTCTCTTGCAGCGAA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=156;WE=68972915;WS=68972897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	69033084	rs1160174	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=7;PP=834;SC=ACAGAAGAAGGTTTTGAAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=69033092;WS=69033074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	69217174	rs2692030	T	A	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=28;PP=794;SC=CTATTCTACATCACAGTGAGT;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=69217182;WS=69217164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	69243745	rs2676639	C	T	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=34;PP=1001;SC=GGCCAGGTGTCCTGGAACGCG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=69243753;WS=69243735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	69351982	rs2591004	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=426;SC=TAGATAGTTACCAAAGGTTTC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=69351990;WS=69351972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	69688772	rs7833828	G	T	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=112;SC=CCATCTACTTGTAGGGTTTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=69688780;WS=69688762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	70498501	rs2241882	G	A	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=187;SC=TTGTTTTACCGTCTCTTTTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=70498509;WS=70498491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	70505272	rs4737996	A	G	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=72;PP=2347;SC=AATTCATGTGATTGTTTGAAG;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=133;WE=70505280;WS=70505262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	70513855	rs752040	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=29;PP=1726;SC=TACCAGCACAATTGATTCTGA;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=70513863;WS=70513845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	70514116	rs1155965	A	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=445;SC=AAGTGTGTCTAAGATAATTCA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=70514124;WS=70514106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	70516940	rs4737998	G	T	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=256;SC=TAAAGAATGTGGAGTCATGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=70516948;WS=70516930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	70516969	rs4737284	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr8	70539661	.	C	CA	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.6253;HP=12;HapScore=2;MGOF=97;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=35;QD=14.6666666667;SC=TGAAAAAATACAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=70539669;WS=70539651;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr8	70539911	rs4738002	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=100;SC=ATGAATAGCTGTTATTACAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=70539919;WS=70539908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	70540216	rs3802275	C	T	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=32;PP=978;SC=TCATAGAGTACGATAACCTAA;SOR=1.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=70540224;WS=70540206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	70554689	rs7814130	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=480;SC=ACTGTCCTCAATCTGCCCCAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=70554697;WS=70554679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	70571313	rs3802278	G	A	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=42;PP=1457;SC=CAGCCCATTCGCAGGCACCCG;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=82;WE=70571321;WS=70571303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	70571531	rs6990375	G	A	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=46;PP=1423;SC=AGAAGGCAGCGCCTCCTCTTC;SOR=0.982;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=85;WE=70571539;WS=70571521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	70744812	rs3750266	G	A	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=80;NR=71;PP=2606;SC=TTAGACCTGAGGGTCTCCGGC;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=151;WE=70744820;WS=70744802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr8	70964399	rs10089937	A	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=10;PP=460;SC=AGCAGCCATCATCCTCCTTGT;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=70964407;WS=70964389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	70967607	rs3750225	T	C	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=44;PP=1567;SC=GGCTGGAAGATTGAGAGAAAC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=70967615;WS=70967597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	70967727	rs3750226	T	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=348;SC=AGAGAAGAACTCTTTTCCAAT;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=70967735;WS=70967717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	71071695	rs2272670	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=403;SC=GTAATATCTCCTCTTAACTTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=71071703;WS=71071685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	71082718	rs2958370	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=263;SC=ATTCACACACAGATAGAAAAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=71082726;WS=71082708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	71129120	rs71558586	A	AAC	361.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=273;SC=ACCAGTAATTAACATTGTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=71129128;WS=71129110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	71486568	rs268566	G	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=18;PP=612;SC=GTGTTGTAACGATTATTATGT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=71486576;WS=71486558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	71506634	rs3816745	G	C	77.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=1;PP=79;SC=GTTGAGGTAAGAAGAATGGAG;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=71506642;WS=71506624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	71510093	rs268626	A	G	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=25;PP=1858;SC=AATCTTAGATAAGGAAGGAGA;SOR=1.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=94;WE=71510101;WS=71510083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	71512349	rs268592	A	T	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=23;PP=1276;SC=GATCAAGTCAATTTGTGACCC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=70;WE=71512357;WS=71512339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	71550058	rs268571	G	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=264;SC=ACCATTCTCTGAAAGCAAAAT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=71550066;WS=71550048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	71550895	.	C	CT	74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=74;QD=22.0;SC=AAAAAAATTCCTTTTTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=71550903;WS=71550885;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr8	71573259	rs35863913	C	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=9;PP=569;SC=AAGCAATCCACACACCTTGAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=71573267;WS=71573249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	71574251	rs17760050	A	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=366;SC=TTTAACATGCACAAAAACCAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=71574259;WS=71574241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	71593425	rs6991329	G	A	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=28;PP=1074;SC=GTGCTTTAGCGTTAAGCTTTA;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=71593433;WS=71593415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	71593663	rs71560435	CTTA	C	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=332;SC=ACAAAGATCCCTTATTTGCAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=71593673;WS=71593653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr8	72111599	rs10103397	A	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=15;PP=782;SC=GTTCCAAGGCATGGTGCAGGG;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=72111607;WS=72111589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	72111678	rs10090382	T	C	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=50;PP=1595;SC=CACACATACATGTGAGGACAG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=61;TCR=50;TR=111;WE=72111686;WS=72111668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	72111710	rs10103644	C	T	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=51;PP=1667;SC=CCAGCCCTGCCAGCTTTTTTG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=104;WE=72111721;WS=72111700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	72111739	rs10103852	G	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=49;PP=1688;SC=CTCCCATGCTGACCCCCATTT;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=91;WE=72111747;WS=72111729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr8	72127563	rs7846086	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=152;SC=ATTGCCTTTCGTTTTTATTAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=72127571;WS=72127559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	72127764	rs3735935	C	A	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=57;PP=2693;SC=AAAAAGAAAACAAAGACTGTT;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=88;TCR=57;TR=145;WE=72127772;WS=72127754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr8	72128874	rs4737312	G	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=10;PP=1015;SC=AGTACTTTTGGAATTGTATCT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=72128882;WS=72128864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	72267207	.	G	T	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=54;PP=1665;SC=CATTTAATGCGCTAATGACTT;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=80;WE=72267215;WS=72267197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	72755040	rs7812453	A	C	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=47;PP=1450;SC=AAACCGAAACAGCTCTCCTAC;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=98;WE=72755048;WS=72755030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	72914433	.	CTTT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=0.319;QD=18.93;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr8	72935039	rs10085964	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	72935045	rs10086177	G	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.87;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	72935944	rs959975	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TAAAGCAAGATAATATATAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=72935952;WS=72935934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	72936145	rs959976	T	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=22;PP=701;SC=ACAGAATATATGCTGTCGGAT;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=72936153;WS=72936135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	72936237	rs1384001	C	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=12;PP=417;SC=CCACTGGTACCAATATGCATA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=72936245;WS=72936227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	72938332	rs2305017	G	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=19;PP=574;SC=TGGATTTATTGATAGAATCAT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=72938340;WS=72938322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	72938359	rs2305019	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=396;SC=GTATATGGAATTTTTATATGG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=72938367;WS=72938349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	72942210	rs3824151	G	T	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.294;NF=86;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CCAATCTGAAGTATGACACAA;SOR=0.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=186;WE=72942218;WS=72942200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr8	72952123	rs3214737	G	GT	130	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=139;SC=TTATAACTGTGTTTGGTATTG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=72952131;WS=72952113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	72952145	rs2044271	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=50;SC=AAAAGTAACACCTATTTTAGA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=72952153;WS=72952135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	72959535	rs13255063	T	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=25;PP=683;SC=CACAAGACATTCCCTTTCCTT;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=72959543;WS=72959525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	72962985	rs2120474	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=3;PP=280;SC=GCATAAACCCGGGAAGAATTT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=72962993;WS=72962975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	72963258	rs1025928	T	C	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=85;SC=GGAACCAACATGTAAAGCAAG;SOR=3.611;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=72963266;WS=72963248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	72963296	rs1025929	A	G	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	72966002	rs3735943	G	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=22;PP=919;SC=TCTTCATCCAGGCGATCTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=45;WE=72966010;WS=72965992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	72966124	rs3735944	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=302;SC=TTAAGAAAAGATGTGTGCATA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=72966132;WS=72966114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	72971570	rs9298198	C	T	225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=140;SC=TGTAATTATACGATTTCTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=72971578;WS=72971560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	72975619	rs34929058	GA	G	391.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.573;NF=7;NR=6;PP=202;ReadPosRankSum=0.286;SC=CATCTCAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.721;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=13;WE=72975627;WS=72975609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr8	72975801	rs7819749	T	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=437;SC=TAGCTCCTTTTTTAAGCTGGA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=72975809;WS=72975791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	72981221	rs16937970	G	A	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=10;PP=959;SC=CACCTGCACCGCCGGTCAGGC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=72981229;WS=72981211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	72981327	rs1811457	A	G	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=54;PP=2138;SC=AGTTTCGGAGATTTGGGTTTG;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=115;WE=72981335;WS=72981317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	72981499	rs10091093	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=29;PP=827;SC=TCCTGAGTGCCTATACACTAT;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=72981507;WS=72981489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	72984041	rs16937976	C	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=136;SC=ATCGTCACATCTTTTTAATTT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=72984049;WS=72984031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	72987638	rs13268757	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=457;SC=CTCAGGCTGCGCTTCATTGAC;SOR=3.816;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=72987646;WS=72987628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	73117525	rs1842716	T	G	5288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=74;PP=2965;SC=GGGGAGGCACTGCACTTACCT;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=118;TCR=74;TR=190;WE=73117533;WS=73117515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr8	73142382	rs12541758	C	T	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=43;PP=1414;SC=AGGTCCCCTTCATTCAGAAGC;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=73142390;WS=73142372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr8	73146170	rs375770708	A	AT	722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=6;PP=417;SC=TAATCATATGATTTTTTCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=13;WE=73146178;WS=73146160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	73152837	rs4559286	A	G	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=229;SC=GCTTTTGTAAATAATAATAAT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=73152845;WS=73152827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	73156976	rs2017235	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=329;SC=TATCATTTGACCTGGAAGCTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=73156984;WS=73156967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	73848139	rs3735829	A	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=834;SC=AACTAAGAGGATTTGCTGACT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=73848147;WS=73848129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	73921534	rs113373855	G	GGAGGTCGGGAGA	1347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=2802;SC=CGTCGCCGAGGGAGGGGCTGC;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=73921542;WS=73921524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	73925128	rs3779667	A	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=15;PP=520;SC=GGCTATCTGAAGTCATCACCT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=73925136;WS=73925118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	74153582	rs35071098	T	TTTC	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	74169337	rs2546217	T	C	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=82;PP=2573;ReadPosRankSum=1.383;SC=CTTGAGCTCTTCTAGACCAAA;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=61;TCR=84;TR=142;WE=74169345;WS=74169327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr8	74203576	rs4394387	G	A	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=393;SC=GCTGTGAGATGAAAACATAAC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=74203584;WS=74203566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	74204653	rs2070764	A	T	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=44;PP=1382;SC=GAAAACCAATAATCAGTTATT;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=74204661;WS=74204643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	74205792	rs143737238	G	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=13;PP=842;SC=ATCTGGCTCTGGAGATGGAGA;SOR=1.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=52;WE=74205800;WS=74205782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	74231476	rs34875062	T	TGG	4634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=55;PP=2965;SC=GTTTATCCTGTGATAAGTACA;SOR=1.587;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=61;WE=74231484;WS=74231466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr8	74233349	rs3830704	T	TA	2830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=48;PP=2342;SC=ATAAAAAGAATATGTTGGGAG;SOR=1.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=51;WE=74233357;WS=74233339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	74332207	rs6998213	A	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=509;SC=AATCATTAAAAACAACCCTAG;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=74332215;WS=74332197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	74462883	.	TTTTTTA	T	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=419;SC=AATTGAGATCTTTTTTAAACA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=74462896;WS=74462873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	74581290	rs11419133	A	AG	6694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=63;PP=2957;SC=CAAGGAAAAGACATCTCCTTG;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=15;TCR=63;TR=78;WE=74581298;WS=74581280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr8	74782696	rs34722969	T	C	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=120;SC=TAAAAGATAATTCACCAATTC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=74782704;WS=74782686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	74859123	rs55903314	T	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=49;PP=1327;SC=TGTTGAAGTCTTAACCCCTTG;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=74859131;WS=74859113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	74868374	rs72661849	G	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=35;PP=960;SC=AGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=1.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=74868382;WS=74868364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	74888494	rs2306486	C	T	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=25;PP=1263;SC=CTGGGGCGTCCGCAGCCGCTC;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=74888502;WS=74888484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	74890961	rs62509309	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=4;PP=523;SC=TAAGAAGGTTAGTTGACCATA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=74890969;WS=74890951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	74893880	rs7108	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=366;SC=TGTTCGTGCTCAAATGTGATT;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=74893888;WS=74893870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	74917084	rs6472812	A	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=27;PP=1015;SC=AGAATTGAAAAGATCCAAAGG;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=74917092;WS=74917074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	74917228	rs11466001	A	G	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=205;SC=TTGCTACGTAACAAATTACCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=74917236;WS=74917218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	75149647	.	A	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=474;SC=TGCAGTAAATAAGGCATAAAA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=75149655;WS=75149637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	75262798	rs7828201	G	C	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=83;NR=69;PP=2563;SC=GGACGCATTCGTTCAGCTCTC;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=152;WE=75262806;WS=75262788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr8	75262841	rs4321999	G	A	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1880;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GGCGGAGGGTGGCGCGGATCG;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=108;WE=75262849;WS=75262831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
chr8	75274141	rs11554166	T	G	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=54;PP=2226;SC=ACACAGAGTCTGAGCTGAAGA;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=131;WE=75274149;WS=75274131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr8	75275312	rs4463412	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=9;PP=396;SC=TATATTCTTTCTCTCTTTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=75275320;WS=75275302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	75460784	rs150212729	T	TG	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=246;SC=GTGAAGTTTTTGAAGAGTATT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=75460797;WS=75460774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	75460789	rs150990986	A	AG	314.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=193;SC=GTTTTTGAAGAGTATTGCCAC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=75460797;WS=75460774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	75614614	rs269198	C	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=7;PP=795;SC=CCTTTGCCAGCTGAAGCTATG;SOR=2.110;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=42;WE=75614622;WS=75614604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	75737818	rs1991860	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=19;PP=474;SC=TATTGTACATCTGCAGAATCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=75737826;WS=75737808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	76452313	rs2943549	G	A	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=36;PP=1029;SC=TATAATTCAAGTGGTGAGTTA;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=76452321;WS=76452303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	76452402	rs2943550	A	G	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=192;SC=TGGTGGCTCAATGTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=76452410;WS=76452392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	76452421	rs2943551	G	A	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=184;SC=TTGCTGGAGAGTTTAGGGCTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=76452429;WS=76452411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	76459726	rs1800922	G	A	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=147;SC=TTATCGAACCGAATTTGACAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=76459734;WS=76459716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	76465360	rs1805099	A	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=14;PP=710;SC=AATCTATGAAACAGCAGCTCT;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=76465368;WS=76465350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	76465522	rs1800924	T	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=175;SC=TAATGCATATTCTATATTACT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=76465530;WS=76465512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	76468282	rs1805098	G	A	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	76468309	rs61003427	GTT	G	121.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5048;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TTTTGGGTAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.707;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=76468318;WS=76468299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr8	76472485	rs2941472	G	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=609;SC=CAAAAATAGCGATATTTAAGC;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=76472493;WS=76472475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	76472560	rs2941473	A	T	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=21;PP=1499;SC=CTAACACAGCATCTTTTTATC;SOR=1.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=76472568;WS=76472550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	76472735	rs1800950	T	A	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=29;PP=812;SC=ACCAAGATATTTCTTAATTAC;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=76472743;WS=76472725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	76476396	rs1805100	G	A	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=41;PP=1209;SC=AAATATCTCAGGATAGCACTT;SOR=2.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=76476404;WS=76476386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	76476457	rs2272669	G	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=544;SC=ATAAGATGGTGTCCTATTTTC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=76476465;WS=76476447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	77690380	rs12679822	C	G	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=210;SC=GGGTGGGTGTCACCTGTTTTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=77690388;WS=77690370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	77690563	rs16939357	T	C	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=54;NR=39;PP=1468;SC=CGGTGAAGCATCAGCAGACTG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=93;WE=77690571;WS=77690553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	77745635	rs2733733	G	A	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=46;PP=1650;SC=AGTTGAGATCGACCTCAGGTA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=97;WE=77745643;WS=77745625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	77754904	rs1825366	G	A	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	77761425	rs35135295	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=430;SC=CCTGATAGTTTTAAAGCCCCA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=77761433;WS=77761415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	77765298	.	ACCT	A	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.14;ReadPosRankSum=1.737;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr8	77767797	rs16939379	C	T	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=77;PP=2965;SC=ACAAAGATGGCGACCACGACC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=159;WE=77767805;WS=77767787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr8	77879257	rs7000529	T	C	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=213;SC=CCATTGCCTTTTCCTTTGGTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=77879265;WS=77879247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	77895865	rs10087163	A	G	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=57;PP=2262;SC=CCAACTTCACATATGTTTTGA;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=131;WE=77895873;WS=77895855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
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chr8	80523536	rs3829028	A	G	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=33;PP=966;SC=ATTCAGAGATATTTTATAAAG;SOR=1.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=48;WE=80523544;WS=80523526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr8	86135096	rs2132589	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=-0.857;SC=CAATGAGAGCAACACACACAA;SOR=0.426;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=16;WE=86135104;WS=86135086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr8	86158217	rs34150174	TTAAAC	T	1129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.544;NF=0;NR=21;PP=821;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CGGTTCCTCTTTAAACTAAGC;SOR=1.571;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=82;TCF=4;TCR=78;TR=21;WE=86158229;WS=86158207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
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chr8	86351997	rs20571	G	A	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.731;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=735;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CCAGTCGCCCGTTGAGCTGCA;SOR=0.835;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=59;WE=86352005;WS=86351987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,67:0.43:156
chr8	86360458	rs11340759	TC	T	2120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.279;NF=1;NR=32;PP=1321;ReadPosRankSum=1.647;SC=CTTCTGGTGCTCCTTACTCCA;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=33;WE=86360466;WS=86360448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
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chr8	87226634	rs56993779	TCCGACATC	T	1313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.190;NF=10;NR=9;PP=2939;ReadPosRankSum=-0.748;SC=AGTTTGCACTTCCGACATCTA;SOR=1.309;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=19;WE=87226649;WS=87226624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
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chr8	87517700	rs35592191	C	G	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=1002;ReadPosRankSum=1.069;SC=GGAAGGCAGACGGGGTTTATG;SOR=0.840;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=56;WE=87517708;WS=87517690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
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chr8	87520983	rs78296862	C	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=-0.215;SC=CGCCTCCTGCCCAGCACCTCT;SOR=0.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=87520991;WS=87520973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr8	87563198	rs112013396	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=394;ReadPosRankSum=-0.350;SC=AGCTCATATGGATTTTATTGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=19;WE=87563206;WS=87563188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr8	87581682	rs10660354	T	TCA	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.139;NF=0;NR=24;PP=801;ReadPosRankSum=-0.297;SC=ACATGCACACTCACACACACC;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=1;TCR=67;TR=24;WE=87581690;WS=87581672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr8	87581723	rs71275866	CAT	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr8	87588519	rs974279	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=101;ReadPosRankSum=0.042;SC=TATCATTTGATGAAGTTTCTG;SOR=0.313;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=10;WE=87588527;WS=87588509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr8	87666251	rs4961206	T	G	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=79;PP=2965;SC=TGAAATTTTGTAGAAGTCCTG;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=91;TCR=79;TR=170;WE=87666259;WS=87666241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
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chr8	87680112	rs7815125	T	A	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=7;PP=1344;SC=TGCAGGTTATTTAATTTAAAT;SOR=3.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=60;WE=87680120;WS=87680102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr8	87899960	rs67958512	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=0.691;SC=TATCACACAGATAAAAACAGT;SOR=0.346;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=20;WE=87899968;WS=87899950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr8	87917236	rs10504828	T	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=590;SC=ACGTATATATTGAGTTAAAAA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=21;WE=87917244;WS=87917226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	87951714	rs4644279	A	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=218;SC=TCTGAAAATGACAAATTTTCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=87951722;WS=87951704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	88440717	rs34224018	T	TTTTA	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=248;ReadPosRankSum=-0.528;SC=CAATTGCTCTTTTTATGAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=6;WE=88440725;WS=88440707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr8	88622001	rs9692781	C	T	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=16;PP=603;SC=TCTTCAACACCGAAAATTCTA;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=88622009;WS=88621991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	88622043	rs9694259	T	G	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=16;PP=714;SC=TCAGATTGCATCATGGACAAA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=88622051;WS=88622033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	88622592	rs72670872	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=336;SC=CATGAATTTCAGAAGCCTTTG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=88622600;WS=88622582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	89081541	rs2664347	A	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=416;SC=TTTGGTGTTTACGAATGCAAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=89081549;WS=89081531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	89081734	rs144762406	T	TA	5850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=66;PP=2972;SC=GGATTATAGATAGAGTGTCTC;SOR=0.870;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=14;TCR=66;TR=79;WE=89081742;WS=89081724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr8	89339993	.	GCA	G	385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	89340162	rs16892543	G	C	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=62;PP=1427;ReadPosRankSum=0.906;SC=CCCGCGACAAGGGCCCTGGTT;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=126;TCR=112;TR=130;WE=89340170;WS=89340152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,141:0.53:266
chr8	90770609	rs39499	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=1.449;SC=CAAGCTTGGGAGATAGGGAGC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=12;WE=90770617;WS=90770599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr8	90777510	rs431264	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=266;ReadPosRankSum=0.910;SC=CTTTCTAAGTGTGAAACATAG;SOR=0.773;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=17;WE=90777518;WS=90777500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr8	90781953	rs40377	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=626;ReadPosRankSum=0.232;SC=GACTTTTGGACTTTTTAAAGA;SOR=0.452;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=44;WE=90781961;WS=90781943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
chr8	90792127	rs39506	A	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=0.194;SC=GATTCTCAACACTATTCCATT;SOR=1.755;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=90792135;WS=90792117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr8	90915111	rs149993601	C	G	3714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=52;PP=1269;ReadPosRankSum=0.870;SC=GGGGATGCCGCGCTCTCGAGC;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=222;TCF=105;TCR=117;TR=102;WE=90915119;WS=90915101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,110:0.46:240
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chr8	90937766	rs111852370	GT	G	1200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=1034;ReadPosRankSum=1.637;SC=CTTAAAGCAAGTTTACAAGTA;SOR=0.747;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=88;TCF=5;TCR=83;TR=33;WE=90937774;WS=90937756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,44:0.38:117
chr8	90949166	rs13312970	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=0.281;SC=TATGAGGACAGAAGAAACAAA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=90949174;WS=90949156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr8	90949425	rs13312969	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=0.822;SC=ACCACATCTGAGTTCTTGCCT;SOR=0.905;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=22;WE=90949433;WS=90949415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
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chr8	91967658	rs2677572	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=201;ReadPosRankSum=1.216;SC=GCACCTTGAATGTTCTTTGCC;SOR=1.345;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=14;WE=91967666;WS=91967648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr8	91972899	rs2631017	G	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr8	91973099	rs2740780	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=551;ReadPosRankSum=-0.011;SC=AACATCAAATATAATGTTAGG;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=40;WE=91973107;WS=91973089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
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chr8	92136728	rs11785003	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=513;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CAGTTGACAACACTAAATCTG;SOR=0.921;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=39;WE=92136736;WS=92136718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
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chr8	92301249	rs4734009	G	A	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=6;PP=1237;SC=TGTTGAGCAAGTAGAATAAAG;SOR=3.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=51;WE=92301257;WS=92301239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	92307978	rs10107822	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=41;PP=1066;SC=CACAGCGGCACAGGGAAGGCA;SOR=4.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=92307986;WS=92307968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	92352887	rs7012287	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=282;ReadPosRankSum=2.137;SC=CCTAACTGTACAGCAAGAGTG;SOR=1.446;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=24;WE=92352895;WS=92352877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr8	92378782	rs10099092	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=454;ReadPosRankSum=-2.488;SC=ATTTAGAGTTCTGAATCTGTT;SOR=0.648;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=28;WE=92378790;WS=92378772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr8	92401457	rs10086685	A	C	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=655;ReadPosRankSum=0.886;SC=AGTGTTTAGAATTACTGTTGT;SOR=0.715;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=39;WE=92401465;WS=92401447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr8	92972780	rs2977676	G	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=50;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AAGATCCCAAGTTAATACACT;SOR=0.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=65;TCR=94;TR=85;WE=92972788;WS=92972770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,89:0.51:175
chr8	93074911	rs34021722	C	T	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=42;PP=829;ReadPosRankSum=1.928;SC=GCGGCATCGCCGGAGGCAGGG;SOR=1.397;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=139;TCF=36;TCR=103;TR=51;WE=93074919;WS=93074901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,50:0.36:140
chr8	93088151	rs13252280	C	T	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=15;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TTTTCTGGTACGTAAGTAAAT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=105;TCR=32;TR=65;WE=93088159;WS=93088141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr8	93328793	.	T	G	223	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=24;MMLQ=29;MQ=44.17;NF=8;NR=1;PP=223;QD=28.6412458386;SC=GAAGGAGAAGTAGAAGTAGAA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=9;WE=93328813;WS=93328783;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,9:0.28:32
chr8	93328805	rs13267622	T	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.96;QD=30.70;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	93328829	rs12114425	G	A	1138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQRankSum=-1.150;QD=18.67;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr8	93904087	rs3780016	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=296;SC=CAAAAACCTTTAAGTCTGGCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=93904095;WS=93904077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	94146636	rs79906536	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.065;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=543;ReadPosRankSum=0.108;SC=GCTGTTCCCCGAACTGCCTTC;SOR=0.849;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=39;WE=94146644;WS=94146626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr8	94146656	rs13267247	G	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=624;ReadPosRankSum=1.370;SC=CTTTGAAGTTGCAGAGCCATG;SOR=0.613;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=46;WE=94146664;WS=94146646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr8	94359032	rs12677732	A	G	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.971;SC=ATTATCTCACACCAGCAGGAA;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=69;TCR=76;TR=74;WE=94359040;WS=94359022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr8	94715965	rs6997642	C	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=24;PP=728;SC=CTGGCAAAGACTATGAGGTTT;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=94715973;WS=94715955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	94738629	rs36117362	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=3;PP=967;ReadPosRankSum=-1.356;SC=TAGGTTTTCCGAAATTCTCTG;SOR=0.172;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=73;TCF=70;TCR=3;TR=47;WE=94738637;WS=94738619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr8	94746698	rs3133974	G	T	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=54;ReadPosRankSum=-0.947;SC=AGTCCTCCTCGGGGAGCTGCC;SOR=0.533;Source=Platypus;TCF=116;WE=94746706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,107:0.49:218
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chr8	94794620	rs3097427	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=313;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TATTTTGCTGCAGCTTTGTCC;SOR=0.616;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=27;WE=94794628;WS=94794610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
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chr8	95504224	rs3098725	G	A	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=768;SC=TTATATTTCAGTTTTTTTGTA;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=95504232;WS=95504214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	95507237	rs112365062	A	AT	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=-2.052;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
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chr8	95508721	rs2289455	C	T	4613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=121;PP=2898;ReadPosRankSum=1.454;SC=GTAAATGTCACACATAAGTTA;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=460;TCF=198;TCR=262;TR=220;WE=95508729;WS=95508711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,231:0.47:492
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chr8	95518960	rs113892534	G	GA	1039.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=9;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.010;NF=3;NR=27;PP=411;ReadPosRankSum=0.704;SC=GGGGAGCAGGGAAAAAAAAAT;SOR=0.427;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=30;WE=95518968;WS=95518950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr8	95521853	rs147073742	TACACACAC	T	3680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.481;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=2992;ReadPosRankSum=0.767;SC=GATGCTTAAATACACACACAC;SOR=0.350;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=51;WE=95521868;WS=95521843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,97:0.51:191
chr8	95524126	rs35725183	TTAAA	T	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=309;ReadPosRankSum=1.787;SC=TTTTTCATTATTAAATAAATG;SOR=0.041;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=8;WE=95524137;WS=95524116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr8	95531419	rs1866844	T	C	6238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CTGTAATACATTGCAATGTCT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=558;TCF=279;TCR=279;TR=279;WE=95531427;WS=95531409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,282:0.50:568
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chr8	95565762	rs3133659	A	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=222;ReadPosRankSum=1.962;SC=GGAGAAACAGAGGGACTTCCG;SOR=0.180;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=18;WE=95565770;WS=95565752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
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chr8	95651573	rs13268847	C	G	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.545;NF=49;NR=60;PP=1791;ReadPosRankSum=1.904;SC=AAGTTCAGGACAGGGAAGCAC;SOR=0.691;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=109;WE=95651581;WS=95651563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,115:0.55:211
chr8	95651590	rs5893292	C	CT	2920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.136;NF=6;NR=34;PP=2732;ReadPosRankSum=0.420;SC=GCACCCACCTCTGGAACTCAA;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=16;TCR=93;TR=40;WE=95651607;WS=95651580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,79:0.44:179
chr8	95651599	rs2162237	A	C	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=2740;ReadPosRankSum=0.977;SC=TCTGGAACTCAAGCAGTGGAC;SOR=0.876;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=144;TCF=55;TCR=89;TR=56;WE=95651607;WS=95651580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr8	95658287	.	A	AT	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=22;QD=22.5;SC=TAAATTTTAAATTTTTCCATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=2;WE=95658295;WS=95658278;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,2:0.17:12
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chr8	95658562	rs57602858	A	AAAAT	804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=767;ReadPosRankSum=0.826;SC=GTTCCAGAAAAGGTAATTCAA;SOR=0.689;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=14;WE=95658570;WS=95658552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr8	95673674	rs6471455	A	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=-0.511;SC=AGTGGGAAACACAAAAAATTG;SOR=1.525;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=13;WE=95673682;WS=95673664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
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chr8	95718314	rs11785	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=472;SC=AAATTTGAGCTAGTGAAGCCA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=95718322;WS=95718304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	95732283	rs13267007	G	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=21;PP=749;SC=GCTGCCAGTGGTCTCGGGAAG;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=95732291;WS=95732273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	95738717	rs7816645	A	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=372;SC=AATAGTTTACACTAGAAAGTA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=95738725;WS=95738707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	95746833	rs7815731	C	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=9;PP=816;SC=ATTACCTTTTCATTACTTTTA;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=95746841;WS=95746823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	95750546	rs201512830	CA	C	80.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr8	95777657	rs4604401	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=38;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TCTGCCTCCCGGGTTCAAGTG;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=95777665;WS=95777647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr8	97257982	rs871798	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=6.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=516;ReadPosRankSum=-2.482;SC=AATAACTTATTTTAAAGTCTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=46;TCR=0;TR=24;WE=97257990;WS=97257972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
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chr8	98787752	rs112936102	CA	C	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.965;SOR=1.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
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chr8	98828215	rs3073521	A	ACTT	1416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TTAATAAAATACTTTGAATTT;SOR=0.754;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=30;WE=98828223;WS=98828205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr8	98828529	rs2331656	A	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.02;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr8	98828532	rs2331657	C	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.32;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
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chr8	99121038	rs34397714	A	AG	1668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.86;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
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chr8	99162888	rs4735530	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=848;ReadPosRankSum=-2.722;SC=GGCTTCTCTAATTTGATAATG;SOR=0.965;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=56;WE=99162896;WS=99162878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
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chr8	99205612	rs3735887	C	T	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=59;PP=1937;ReadPosRankSum=1.034;SC=CATTCACTCACCTCCAAGCCT;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=321;TCF=190;TCR=131;TR=148;WE=99205620;WS=99205602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,154:0.46:335
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chr8	101281238	rs7014862	C	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=455;ReadPosRankSum=0.748;SC=AATTAGTGCACTATATTAAAA;SOR=0.428;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=93;TCF=21;TCR=72;TR=33;WE=101281246;WS=101281228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
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chr8	102505016	.	AAGTAAGTGGATC	A	6064.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.200;NF=10;NR=62;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AGAGTCGGACAAGTAAGTGGA;SOR=0.644;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=150;TCF=30;TCR=120;TR=72;WE=102505035;WS=102505006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,157:0.56:281
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chr8	102585806	rs548564	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=435;ReadPosRankSum=0.453;SC=ATTGGTTAATGTTCATGTGAA;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=21;WE=102585814;WS=102585796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr8	102676566	rs3029400	T	TGAA	2780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=9;PP=1955;SC=GACTCATGAGTGAAGAGCACT;SOR=2.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=36;WE=102676574;WS=102676556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	102678798	rs10093032	C	T	9010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.416;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.103;SC=TTTTCACACCCCTCCCCCCTC;SOR=0.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=320;TCF=177;TCR=143;TR=316;WE=102678806;WS=102678788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,335:1.00:336
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chr8	103137693	rs487571	T	C	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=81;PP=2686;SC=AGCATTTCCCTTCCTGGACAC;SOR=1.282;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=135;WE=103137701;WS=103137683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr8	103244221	rs2015704	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.640;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=617;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TAAACTAAAACATTGAGAACA;SOR=0.145;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=32;WE=103244229;WS=103244211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr8	103247134	rs2853229	A	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=645;ReadPosRankSum=0.403;SC=AGCCTACTAGACATAGAAATT;SOR=1.082;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=47;WE=103247142;WS=103247124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr8	103282518	rs2978431	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=1.559;SC=TAGGTTGTTCAGTTATGGTAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=103282526;WS=103282508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr8	103283313	rs3018508	C	T	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=27;PP=1752;ReadPosRankSum=-0.135;SC=ACAGGCCTATCTCTAATTCAT;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=102;TCR=40;TR=100;WE=103283321;WS=103283303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,108:0.72:149
chr8	103287850	.	T	TA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.338;QD=0.27;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,19:0.14:136
chr8	103339881	rs2445948	A	C	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=18;PP=2091;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TTTTAATTGAACTTCTCATGT;SOR=0.536;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=156;TCF=131;TCR=25;TR=107;WE=103339889;WS=103339871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,107:0.68:158
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chr8	104312432	rs827528	A	G	5012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.373;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.393;SC=TCCCAGATGTATGAAAATGGC;SOR=0.805;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=736;TCF=371;TCR=365;TR=261;WE=104312440;WS=104312422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:488,268:0.35:756
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chr8	104337367	rs3808553	A	C	10777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=245;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=1.488;SC=GCTTCTTGCTATGAACAAAGT;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=698;TCF=399;TCR=299;TR=423;WE=104337375;WS=104337357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,455:0.62:733
chr8	104340742	rs112280833	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=471;ReadPosRankSum=0.435;SC=CATTATATCAACTATTATTTC;SOR=0.566;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=26;WE=104340750;WS=104340732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr8	104343686	rs1053917	G	A	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=69;PP=2172;ReadPosRankSum=0.496;SC=TTGTTCACCCGGTTTCAGGAG;SOR=0.839;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=209;TCF=104;TCR=105;TR=132;WE=104343694;WS=104343676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,141:0.64:222
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chr8	104384780	rs6995597	A	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=462;ReadPosRankSum=1.345;SC=GGGTCTTCATATGTGGCCGCC;SOR=0.687;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=41;WE=104384788;WS=104384770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
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chr8	104426907	rs367610017	CG	C	814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.29;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr8	104426908	.	GCT	CCC	1472	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=16;NR=0;PP=1472;QD=95.3417421789;SC=GGACAGCAACGCTCCCTTCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=16;WE=104426918;WS=104426900;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr8	104426910	rs114156661	T	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.145;SOR=1.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr8	104427359	rs3134295	A	C	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=81;PP=2385;ReadPosRankSum=-1.644;SC=CGGGGCACAGACACTACGTCA;SOR=0.823;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=614;TCF=337;TCR=277;TR=191;WE=104427367;WS=104427349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:428,197:0.32:625
chr8	104427541	rs3134296	C	T	4559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=772;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=138;PP=2747;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CCAGTTGAGCCAGCAGGCCGC;SOR=0.873;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=753;TCF=358;TCR=395;TR=246;WE=104427549;WS=104427531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:511,257:0.33:768
chr8	104427578	rs3134297	T	C	3822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=109;PP=2733;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TGACTGGAAGTAGTCTGGGAA;SOR=0.822;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=582;TCF=268;TCR=314;TR=191;WE=104427586;WS=104427568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,201:0.34:596
chr8	104432545	rs3134253	A	G	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.821;NF=84;NR=63;PP=1958;ReadPosRankSum=-0.133;SC=ACGAGAATATATAAGAGCTTT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=399;TCF=227;TCR=172;TR=147;WE=104432553;WS=104432535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,156:0.38:415
chr8	104442666	rs7816297	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=-1.030;SC=GGATTTTACAGTGAAAATACT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=3;WE=104442674;WS=104442656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr8	104445009	rs1370005	T	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=0.097;SC=ATTTCTATCATGAATGGCTTA;SOR=0.555;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=21;WE=104445017;WS=104444999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr8	104452554	rs36073721	A	ATAT	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr8	104452621	rs58480092	TAAAA	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=0.768;SC=ATAGCTGTGATAAAAAAAGCA;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=104452632;WS=104452611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr8	104513343	rs35745796	C	G	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=63;PP=1869;SC=CGCCCCCTCGCCCACTGCCCT;SOR=1.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=100;WE=104513351;WS=104513333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	104513395	rs36056848	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=37;PP=844;SC=TCCCTCCCGCTGGCGGCGCCC;SOR=3.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=104513403;WS=104513385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	104892734	rs76209418	A	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=7;PP=918;SC=ATTTTTTAGTAACTTAGTTTT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=104892742;WS=104892724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	104934028	rs6468897	G	A	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=146;PP=2965;SC=TAGTCATTACGTTTACTCTTC;SOR=1.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=70;TCR=146;TR=216;WE=104934036;WS=104934018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr8	104940187	rs369397058	C	T	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=62;PP=1400;ReadPosRankSum=1.427;SC=TTGGAAAATGCGTTAGTAGGA;SOR=1.258;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=139;TCF=39;TCR=100;TR=82;WE=104940195;WS=104940177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,86:0.57:150
chr8	104943468	rs201265766	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=-1.629;SC=TTGAATTGATAAATGAATATT;SOR=2.603;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=10;WE=104943480;WS=104943458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr8	105263751	rs2252152	T	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=537;SC=GAATGTACTTTAGTATTTTAA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=105263759;WS=105263750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	105263979	rs10461	C	T	7710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=132;NR=141;PP=2965;SC=CAACCTTGGCCCCTCTGACAA;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=276;TCF=135;TCR=141;TR=273;WE=105263987;WS=105263969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr8	105361095	rs3088027	C	T	3243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=83;ReadPosRankSum=0.691;SC=GCACAGGGATCGTCATCTTGG;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCF=293;TR=173;WE=105361103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,183:0.30:603
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chr8	105367096	rs2458431	T	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=10;PP=1323;SC=TTTTATTCTTTCATTTTAGAA;SOR=2.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=105367104;WS=105367086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr8	105601176	rs9694676	A	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=50;PP=993;ReadPosRankSum=0.384;SC=GAGGGAGGAGAAGCTGGAGGT;SOR=0.640;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=75;TCR=152;TR=74;WE=105601184;WS=105601166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,81:0.33:242
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chr8	105845706	rs145596017	T	TTTTTTTTC	1580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=9;PP=763;SC=AATTTTTTCCTTTTTTTTCTA;SOR=1.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=105845714;WS=105845696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr8	106331094	.	G	GGCGGCGGGA	954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.94;MQRankSum=4.719;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.513;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
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chr8	107371924	rs2022982	C	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.545;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=667;ReadPosRankSum=0.426;SC=GCAGTATTTTCTGAGGGAGTC;SOR=0.972;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=148;TCF=35;TCR=113;TR=48;WE=107371932;WS=107371914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,55:0.35:159
chr8	107630536	rs3134136	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=5.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=531;ReadPosRankSum=0.459;SC=GGATCTGTGACGATGCAGTTG;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=25;WE=107630544;WS=107630526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr8	107670141	rs2282510	G	A	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=879;ReadPosRankSum=-1.335;SC=GCCGGTGGGCGCGCTAGTGGT;SOR=1.035;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=49;WE=107670149;WS=107670131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr8	107691271	rs28921395	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
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chr8	107754583	rs1784468	T	G	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=58;PP=991;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TTATAAAGAGTTGACATAACA;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=271;TCF=89;TCR=182;TR=85;WE=107754591;WS=107754573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,91:0.32:286
chr8	107782065	rs13259080	A	G	3355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=103;PP=2368;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CTCCTCTCTCATAAGTCTTGC;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=579;TCF=278;TCR=301;TR=200;WE=107782073;WS=107782055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,197:0.33:589
chr8	107782395	rs11996466	G	A	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=767;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GGCCCTCCCCGCTTTCCTTTT;SOR=0.882;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=182;TCF=66;TCR=116;TR=62;WE=107782403;WS=107782385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,62:0.35:177
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chr8	108306367	rs10110459	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=309;ReadPosRankSum=2.367;SC=GTCTGCAGATTACAAAAACCG;SOR=0.082;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=17;WE=108306375;WS=108306357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
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chr8	110293143	rs186175342	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr8	110301951	rs2980617	C	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr8	110301998	rs2980618	T	C	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=19;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.005;SC=TTCTCTGATATGTCTTCATCC;SOR=0.426;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=152;TCF=122;TCR=30;TR=83;WE=110302006;WS=110301988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,89:0.55:161
chr8	110302047	rs2980619	T	G	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=72;PP=2451;ReadPosRankSum=-0.993;SC=GAACAAATGTTAAAGACTTGT;SOR=0.885;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=288;TCF=159;TCR=129;TR=169;WE=110302055;WS=110302037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,180:0.59:306
chr8	110348249	rs2980571	A	T	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=25;PP=1667;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GAAATGTATCACCCCTTCAGT;SOR=0.605;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=151;TCF=116;TCR=35;TR=95;WE=110348257;WS=110348239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,101:0.62:162
chr8	110355501	rs34301269	CT	C	57.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=1.282;SC=ATAACTTTACCTTTTTTTTAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=110355509;WS=110355491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr8	110400698	rs66889268	A	AT	1491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=927;SC=ACATAACTTGATTTTTTCTAA;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=27;WE=110400706;WS=110400688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	110402491	rs9642806	C	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=CACCTTATTACGTATATTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=110402499;WS=110402481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	110412519	rs1379369	G	A	10298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TCTACATCAAGGGTGATGACC;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=136;TCR=206;TR=341;WE=110412527;WS=110412509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,372:1.00:373
chr8	110413762	rs964307	T	C	9502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=173;PP=2965;SC=TGCCAACAGTTATTTTTCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=176;TCR=173;TR=349;WE=110413770;WS=110413752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr8	110413824	rs2061294	C	T	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=117;PP=2965;SC=AAGAGTAAGGCTTTTTCCTGT;SOR=1.485;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=62;TCR=118;TR=179;WE=110413832;WS=110413814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr8	110416813	rs1457286	C	T	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=11;PP=2155;SC=TGCAGGAGTACAGATTAAGTG;SOR=3.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=85;TCR=11;TR=95;WE=110416821;WS=110416803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr8	110420245	rs16879470	T	C	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=12;PP=2219;SC=TATTAGTTAATGTCTACAAAT;SOR=3.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=86;TCR=12;TR=97;WE=110420253;WS=110420235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	110420384	rs13254245	T	C	16626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=302;NR=298;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TCACACTGAATTGGGATGGGA;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=602;TCF=303;TCR=299;TR=600;WE=110420392;WS=110420374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,621:1.00:623
chr8	110420429	rs13252234	A	G	12509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=174;NR=265;PP=2965;SC=GGTCATCAGAAGCTGAAGTAC;SOR=1.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=439;TCF=174;TCR=265;TR=439;WE=110420437;WS=110420419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr8	110425594	rs4604408	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=290;SC=TTGAATTGTTGTGAAACAATG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=110425602;WS=110425584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	110431217	rs7016609	G	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=667;SC=CCTGATGGTCGTCTTGTGGGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=24;WE=110431225;WS=110431214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	110437384	rs4735133	A	G	8966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=173;NR=169;PP=2965;SC=TCAAAAATTCATATTCAAAGA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=173;TCR=169;TR=342;WE=110437392;WS=110437365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr8	110439166	rs13264587	A	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=3;PP=262;SC=ACAGGCGTGAACCACCACATC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=110439174;WS=110439162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	110439519	rs12544835	G	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=46;PP=1083;SC=TTCTTTAAAAGGAAGTTAAGG;SOR=3.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=54;WE=110439527;WS=110439509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	110455321	rs1673408	C	A	14758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=218;NR=292;PP=2965;SC=GTTTGTGGGTCGCTCTGAAGC;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=510;TCF=218;TCR=292;TR=510;WE=110455329;WS=110455311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr8	110457265	.	G	A	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.328;ClippingRankSum=0.000;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=81;PP=2149;ReadPosRankSum=1.205;SC=ACAGCTTGTGGATGTAGATCT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=379;TCF=177;TCR=202;TR=152;WE=110457273;WS=110457255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,158:0.40:394
chr8	110460317	rs17446497	G	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=2;PP=749;ReadPosRankSum=-0.283;SC=ATCTTTAAATGGATGTGTATT;SOR=2.935;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=51;TCR=4;TR=36;WE=110460325;WS=110460307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr8	110460488	rs1673407	G	T	12565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=244;NR=216;PP=2965;SC=TGATAGTGTGGTGCAGTGCAT;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=460;TCF=244;TCR=216;TR=460;WE=110460496;WS=110460478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr8	110461518	rs1673405	A	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=12;PP=1224;SC=ACACAGAAGAAGTTTTATTTT;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=110461526;WS=110461508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	110465060	rs1673404	G	C	9825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=184;PP=2965;SC=AGACCATTCTGCTGGATCAAA;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=158;TCR=184;TR=342;WE=110465068;WS=110465050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr8	110471673	rs11356938	AT	A	81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=103;SC=AGAATAAAATATTTTTTCTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=110471681;WS=110471663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	110471796	rs5893958	TA	T	2032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.28;QD=30.34;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	110472066	rs17368310	G	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=735;ReadPosRankSum=0.388;SC=TTTGACACAGGTAATTTTAGC;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=32;WE=110472074;WS=110472056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr8	110473907	rs1026439	T	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=1;PP=1100;SC=TGAGATCATATGTGAATCAAA;SOR=5.464;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=42;WE=110473915;WS=110473897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	110473965	.	A	AT	6203.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=26;PP=1555;SC=GGATTCCGACAATTTTTTTAA;SOR=2.303;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=89;WE=110473974;WS=110473955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr8	110473966	rs1026438	A	T	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=26;PP=2683;SC=GATTCCGACAATTTTTTTAAT;SOR=2.336;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=104;TCR=30;TR=122;WE=110473974;WS=110473955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr8	110476993	rs1673398	A	G	9702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=160;PP=2965;SC=CAGTGCCTGCACCTGCAATAT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=342;TCF=182;TCR=160;TR=342;WE=110477001;WS=110476983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr8	110487512	rs12549027	T	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=508;ReadPosRankSum=0.075;SC=AAAATATTTATCTTCTAATGA;SOR=1.547;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=26;WE=110487520;WS=110487502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr8	110489620	rs1783148	A	T	8211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=0.725;SC=GACCAGCCACATATAAGTACA;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=518;TCF=231;TCR=287;TR=349;WE=110489628;WS=110489601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,357:0.67:531
chr8	110491840	rs1783147	C	G	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=927;ReadPosRankSum=-1.486;SC=CTGTACCTCACCCAGGGGCAA;SOR=0.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=61;WE=110491848;WS=110491830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr8	110491877	rs1630942	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=908;ReadPosRankSum=0.627;SC=AGGTAAATGCGTAAACACAAA;SOR=0.408;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=64;WE=110491885;WS=110491867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,68:0.59:115
chr8	110491964	rs1630134	A	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=738;ReadPosRankSum=-0.825;SC=ACACCTTTCCAAAAGAGCAAG;SOR=0.626;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=53;WE=110491972;WS=110491954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,57:0.50:114
chr8	110492949	rs1026437	G	C	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=84;PP=2071;ReadPosRankSum=0.975;SC=CTATTAAGCAGCATTAAAATA;SOR=0.246;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=173;TCF=35;TCR=138;TR=111;WE=110492957;WS=110492939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,113:0.65:173
chr8	110495192	rs2844254	T	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=15;PP=1211;ReadPosRankSum=0.057;SC=GGTGAATAAGTAGGAGTGTGC;SOR=0.393;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=109;TCF=88;TCR=21;TR=69;WE=110495200;WS=110495182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr8	110504088	rs56235913	CTTT	C	5883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.362;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.560;NF=49;NR=50;PP=2909;ReadPosRankSum=0.971;SC=TTCTTTTTTTCTTTTTTTAAA;SOR=0.980;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=186;TCF=84;TCR=102;TR=99;WE=110504098;WS=110504078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,152:0.59:259
chr8	110505886	rs2607628	C	T	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.912;NF=88;NR=48;PP=2166;ReadPosRankSum=-3.023;SC=AATCATTGCACTAGATAAATA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=157;TCR=85;TR=136;WE=110505894;WS=110505876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,142:0.55:258
chr8	110506104	rs1563580	T	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CTGAAATAACTCAACAAGATA;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=15;WE=110506112;WS=110506094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
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chr8	110527630	rs58870933	CAAT	C	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.787;NF=0;NR=10;PP=372;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CCTTATCTATCAATGATGGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=110527640;WS=110527620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr8	110530774	rs1783169	T	C	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=79;PP=2102;ReadPosRankSum=0.668;SC=AGGAATGCAATTACCAAATCC;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=58;TCR=126;TR=116;WE=110530782;WS=110530764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,127:0.63:201
chr8	110534512	rs1563578	G	A	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=74;PP=1877;ReadPosRankSum=0.333;SC=TTAACATTTCGTCCATGTCTA;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=126;TCR=118;TR=151;WE=110534520;WS=110534502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,164:0.63:260
chr8	110538954	rs1457295	G	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=401;ReadPosRankSum=0.313;SC=AAATGGGAACGGTATGAAAAC;SOR=0.771;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=24;WE=110538962;WS=110538944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr8	110539186	rs1783174	G	A	5115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.839;SC=TAGCTGTCTGGTTGGAAGAAT;SOR=0.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=158;TCR=172;TR=213;WE=110539194;WS=110539176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,224:0.64:350
chr8	110542298	rs1617259	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TGTATTGTTTCCATTTTTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=8;WE=110542306;WS=110542288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr8	110542337	rs1617350	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.016;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=378;ReadPosRankSum=1.245;SC=TTCCGAAGAATAGGCTGAAAC;SOR=1.245;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=10;WE=110542351;WS=110542327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr8	110542343	rs34490230	G	GA	506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.138;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=349;ReadPosRankSum=0.951;SC=AGAATAGGCTGAAACAAAAAT;SOR=1.400;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=110542351;WS=110542327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr8	110566184	rs2703377	T	G	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=854;ReadPosRankSum=1.360;SC=TAGGTTTTTTTTGTGTGTTCT;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=60;WE=110566192;WS=110566174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,69:0.68:102
chr8	110569827	rs2844231	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=0.245;SC=TATATTATCTGTTGTTGTGTA;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=10;WE=110569835;WS=110569817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr8	110570060	rs2844232	A	G	11278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=219;PP=2965;SC=AATTAATGCTATTTGTTTGCA;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=390;TCF=171;TCR=219;TR=390;WE=110570068;WS=110570050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr8	110575806	.	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr8	110588176	rs33970535	C	T	4457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.497;SC=CCCGGTGACACTCCTCCTCAA;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=102;TCR=173;TR=183;WE=110588184;WS=110588166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,191:0.67:285
chr8	110598198	rs2236628	G	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1207;ReadPosRankSum=0.249;SC=AATATGAACGGACAGTAATCC;SOR=0.426;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=78;WE=110598206;WS=110598188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,84:0.65:130
chr8	110620037	.	T	TCA	114	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=16;MQ=59.96;NF=7;NR=0;PP=114;QD=16.7142857143;SC=CACAACTAACTCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=110620045;WS=110620027;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,7:0.44:16
chr8	110656746	rs59295888	TC	T	5568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.121;NF=52;NR=72;PP=2972;ReadPosRankSum=0.731;SC=CACCACCACCTCCTTCCACCT;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=134;TCR=186;TR=124;WE=110656754;WS=110656736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,188:0.40:468
chr8	110656773	rs11774663	T	C	15949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;MQRankSum=0.101;QD=26.02;ReadPosRankSum=2.282;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,611:1.00:613
chr8	110657514	rs3108849	G	A	7618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=140;PP=2965;SC=GATCCCTCTCGTACCGGAGCC;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=127;TCR=140;TR=267;WE=110657522;WS=110657504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr8	110657533	rs138417985	C	T	4507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=95;PP=2754;ReadPosRankSum=-1.182;SC=CCCAGCCAAGCCAGTGCGTCA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=144;TCR=148;TR=186;WE=110657541;WS=110657523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,200:0.64:311
chr8	110703333	rs13266567	A	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=438;ReadPosRankSum=0.229;SC=CCAATCAAACAGGAGGGCCTT;SOR=0.960;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=22;WE=110703341;WS=110703323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
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chr8	113241088	rs1592624	T	G	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=766;ReadPosRankSum=-1.404;SC=TGAGGTTGATTTGAAGAATTT;SOR=0.548;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=58;WE=113241096;WS=113241078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
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chr8	113657607	rs72678429	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=310;SC=CTAGAGAAGAAAAGTGTACTC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=113657615;WS=113657597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr8	113662583	rs17652171	A	C	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=82;PP=2611;SC=TAACACCTGGAAAACAAAGGG;SOR=1.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=43;TCR=82;TR=125;WE=113662591;WS=113662573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr8	114111250	rs2030506	G	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.164;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=40;PP=951;ReadPosRankSum=0.421;SC=CAATTGTTCAGTTGTAAGTAA;SOR=1.459;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=47;WE=114111258;WS=114111240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr8	114448786	rs10682578	C	CCTT	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=207;ReadPosRankSum=1.869;SC=TGAATCAACTCCTTTAGTATT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=7;WE=114448794;WS=114448776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr8	116504323	rs800883	A	T	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.009;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=21;PP=2280;ReadPosRankSum=0.669;SC=AAGAAAAAAAATCTATTGAGA;SOR=1.464;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=191;TCF=150;TCR=41;TR=123;WE=116504331;WS=116504313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,127:0.66:193
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chr8	116635688	rs2737219	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=-1.850;SC=CTCCCCTAGCGAGTCGTAAGT;SOR=1.038;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=9;WE=116635696;WS=116635678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr8	118533382	rs7015216	T	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=524;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GTGGATGTCATCGGGGCTGCC;SOR=0.321;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=87;TCF=13;TCR=74;TR=36;WE=118533390;WS=118533372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr8	118811806	rs71739430	CT	C	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr8	118825354	rs4382503	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=379;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CATTTCCCATCAATGCAGATG;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=25;WE=118825362;WS=118825344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr8	118830706	.	C	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=796;ReadPosRankSum=-1.421;SC=ACGACAGGCACAGCAGTGGCA;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=127;TCR=94;TR=69;WE=118830714;WS=118830696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,77:0.33:231
chr8	118830820	rs10955837	T	C	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=53;PP=957;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TATTTATGTATGCCTCCAACC;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=33;TCR=86;TR=73;WE=118830828;WS=118830810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,73:0.61:119
chr8	118832020	rs17439693	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=540;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TGAATTTGGAGGGGGGCTTTA;SOR=0.658;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=40;WE=118832028;WS=118832010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr8	118843785	.	T	C	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=48;PP=2193;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TTACGGAGTCTATAGTCTTTA;SOR=0.567;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=236;TCF=154;TCR=82;TR=130;WE=118843793;WS=118843775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,135:0.55:245
chr8	118844039	rs12682457	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.467;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=219;ReadPosRankSum=0.314;SC=GGAGGAGCAATAAAATAGCTT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=13;WE=118844047;WS=118844029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr8	119209773	rs2514743	C	T	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=28;PP=2548;SC=CACAGCAAAGCAAGATTTTTC;SOR=2.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=92;TCR=28;TR=120;WE=119209781;WS=119209763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr8	119391791	rs5020517	T	C	20174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=341;NR=369;PP=2965;SC=CAGGAAGCAATAGGGTACCTT;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=710;TCF=341;TCR=369;TR=710;WE=119391799;WS=119391781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,739:1.00:739
chr8	119391866	rs12171673	G	A	4830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.131;SC=GTTGTAAGATGTGCTGCCGGA;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=348;TCF=123;TCR=225;TR=206;WE=119391874;WS=119391856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,209:0.59:354
chr8	119451983	rs34337924	ATGT	A	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=440;ReadPosRankSum=0.444;SC=CAGCAGGAAGATGTTGTTTCA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=12;WE=119451993;WS=119451973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr8	119941173	rs3134046	A	G	6413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=154;PP=2965;SC=GGGTTCCTACAGAAAATACCA;SOR=1.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=60;TCR=154;TR=214;WE=119941181;WS=119941163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr8	119942830	rs6469787	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=3;PP=629;SC=TTTGTATTTTTAGTAGAGGCA;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=119942838;WS=119942820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	119964052	rs2073618	G	C	13227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=260;NR=206;PP=2965;SC=AGCACAGCAAGTTGTTCATTG;SOR=0.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=468;TCF=261;TCR=207;TR=466;WE=119964060;WS=119964042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr8	119964283	rs2073617	G	A	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=39;PP=1132;SC=AAGCTCCAGGGTTAACGCTTT;SOR=2.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=119964291;WS=119964273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	120079748	rs2465383	A	G	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=56;PP=1534;SC=CTAGATTTCAATGACTTTCTC;SOR=5.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=58;WE=120079756;WS=120079738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr8	120428758	rs56013326	G	A	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=9;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.062;SC=AAAAGCGAGAGGGGAAAGCCT;SOR=0.904;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=81;TCR=18;TR=55;WE=120428766;WS=120428748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
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chr8	120596023	rs10283100	A	G	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.206;SC=TTAAATGTTGAGCCATAACCT;SOR=1.381;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=136;TCR=68;TR=202;WE=120596031;WS=120596013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr8	120598395	rs72688223	G	A	2547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=51;PP=1508;ReadPosRankSum=0.631;SC=TTGTGGAAATGAGAAACAGAA;SOR=0.661;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=394;TCF=236;TCR=158;TR=135;WE=120598403;WS=120598385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,143:0.35:410
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chr8	120602908	.	CTAAAAC	TTAAAAC,TTAAAAT	618	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=47,15;NR=50,18;PP=618,378;QD=6.72960012935;SC=TCAGGCAAGACTAAAACGAAA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=97,33;WE=120602922;WS=120602884;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:97
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chr8	120613822	rs2289889	C	T	2806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=86;PP=1943;ReadPosRankSum=0.401;SC=TCTGTTTTCACTTCATTTGTA;SOR=0.605;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=388;TCF=147;TCR=241;TR=144;WE=120613830;WS=120613812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,147:0.37:398
chr8	120754645	rs4871569	A	G	88.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr8	120790304	rs1509348	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.589;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.378;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr8	120790378	rs35033415	G	GA	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.578;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.342;NF=7;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GTCTACAAAAGAAAAAAAAGA;SOR=1.232;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=17;WE=120790386;WS=120790368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
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chr8	120795607	rs13268676	G	A	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=26;PP=1321;ReadPosRankSum=0.851;SC=CCTTTATGCTGTATATAATCT;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=217;TCF=156;TCR=61;TR=89;WE=120795615;WS=120795597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,92:0.41:225
chr8	120801805	rs6469846	C	T	2889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=74;PP=1915;ReadPosRankSum=1.930;SC=CTTCCCCACTCTGTTGAACTG;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=501;TCF=267;TCR=234;TR=164;WE=120801813;WS=120801795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,170:0.32:531
chr8	120803637	rs9297605	C	G	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=517;ReadPosRankSum=1.601;SC=CTGAAACATACTGTAGTATTC;SOR=0.744;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=53;WE=120803645;WS=120803627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,58:0.33:175
chr8	120803654	rs11996390	C	T	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=511;ReadPosRankSum=0.149;SC=ATTCCCAGGACAGTGTATGTG;SOR=0.710;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=52;WE=120803662;WS=120803644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,58:0.33:177
chr8	120814020	rs7813438	A	G	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TAAGAGAGGAAAGCTCTGACT;SOR=0.952;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=182;TCF=119;TCR=63;TR=70;WE=120814028;WS=120814010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,72:0.38:192
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chr8	121267617	rs993823	C	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=1073;ReadPosRankSum=1.561;SC=CCATCACTTACGTTTTTGTCA;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=67;WE=121267625;WS=121267607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,75:0.62:120
chr8	121290573	rs2305609	T	A	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=5;PP=1221;SC=TTTAAAGATTTTTTTTTTCAT;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=121290581;WS=121290563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr8	121292805	rs1869832	G	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=167;ReadPosRankSum=0.992;SC=TGAAACCACAGAAAACCATAG;SOR=0.404;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=12;WE=121292813;WS=121292795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
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chr8	121309862	rs2219241	A	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=744;SC=TTGATTTTTTAAATTGTATTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=121309870;WS=121309852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	121326122	rs3217653	CAG	C	3007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=22;PP=2312;SC=TTCTAGATGTCAGAGAGTCTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=46;WE=121326131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	121326427	rs10505379	G	T	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=182;SC=AGCCATTTTTGTGTCCAATGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=121326435;WS=121326417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	121327673	rs7844334	C	T	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=4;PP=1637;SC=AGTGCAAACGCGATTTACTGT;SOR=4.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=62;TCR=4;TR=66;WE=121327681;WS=121327663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	121328383	rs78746650	A	AT	3797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=61;PP=2957;SC=CCTATCCTGCACTATTTCCCT;SOR=2.135;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=64;WE=121328391;WS=121328373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	121353416	rs1563390	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=257;ReadPosRankSum=-0.152;SC=ACTGGTTGCTGTTTATTTTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=13;WE=121353424;WS=121353406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr8	121353651	rs1563391	A	G	5196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.572;SC=CACCCCTTCCATTGCATAAGC;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=176;TCR=188;TR=230;WE=121353659;WS=121353641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,240:0.64:377
chr8	121353692	rs1563392	A	T	4450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.205;SC=AATACCATTAATATTCATTGC;SOR=0.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=127;TCR=171;TR=187;WE=121353700;WS=121353682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,197:0.64:310
chr8	121354505	rs63246862	GG	AA	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=836;ReadPosRankSum=1.411;SC=CTGTTGCTAGGGGCCAAAGAT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=16;WE=121354514;WS=121354495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr8	121354851	rs2290523	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=0.573;SC=AGAGATCACTGCAGATTACCC;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=121354859;WS=121354841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr8	121383048	rs4463470	T	C	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=43;PP=1431;SC=TCCCTGCTCTTCCCTGGTGAT;SOR=1.340;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=121383056;WS=121383038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	121383082	rs6469922	A	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=27;PP=757;SC=GAGATTTTTTAAAAAAATTTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=121383090;WS=121383072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	121408195	rs6650	T	C	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.337;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=48;PP=2038;ReadPosRankSum=-1.453;SC=TGAAGGACTATACCTTCCTGA;SOR=0.422;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=201;TCF=131;TCR=70;TR=131;WE=121408203;WS=121408175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,143:0.67:213
chr8	121426425	rs68086071	AGT	A	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=262;ReadPosRankSum=1.264;SC=ATACTTCATAAGTGTTAAAAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=121426434;WS=121426415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr8	121455558	.	GA	G,GAA	83.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.408;NF=0,0;NR=35,35;PP=351,212;ReadPosRankSum=1.834;SC=GCTTGGGGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=2;TCR=75;TR=35,35;WE=121455567;WS=121455547;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.58:12
chr8	121471361	rs6984090	A	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=44;SC=TTATACATGGATTTCCCCTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=121471369;WS=121471351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr8	121473656	rs11781130	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TTATTTTTGGAGTTGCTGGGG;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=121473664;WS=121473646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr8	121483196	rs13248998	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=777;ReadPosRankSum=1.531;SC=TACATGTTTCGGTTGTTTTAA;SOR=0.771;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=41;WE=121483204;WS=121483186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr8	121483260	rs139022872	A	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.238;SC=TAACATTTCTATATGAGAAAA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=121483268;WS=121483250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr8	121509825	rs35918868	C	CTTT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=192;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AATTTTAGTTCGTGTGTGTGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=121509833;WS=121509815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr8	121518863	rs147426766	CTG	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr8	121528385	rs35511242	T	C	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=703;ReadPosRankSum=-1.918;SC=AGTATCCCGATTGAAACGGAG;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=179;TCF=64;TCR=115;TR=54;WE=121528393;WS=121528375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,60:0.32:186
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chr8	121530190	rs13258848	A	G	8912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CACAAACAGAACGGTCCTTAC;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=587;TCF=310;TCR=277;TR=371;WE=121530198;WS=121530180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,387:0.63:611
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chr8	121561201	rs138861807	GGA	G	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.404;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
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chr8	121583533	rs72680559	G	A	6100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=58;PP=2096;ReadPosRankSum=-0.745;SC=TCCAGTGACTGTGGTCTAATC;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=168;TCR=110;TR=146;WE=121583541;WS=121583523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,155:0.54:288
chr8	121583562	rs72680560	C	T	8377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=84;PP=2810;ReadPosRankSum=-0.285;SC=GTTTCTGTTGCGGGAATGTCT;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=369;TCF=205;TCR=164;TR=195;WE=121583570;WS=121583552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,208:0.54:386
chr8	121583603	rs72680561	G	A	7498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=117;PP=2891;ReadPosRankSum=0.622;SC=CACGGATGAGGACTGTGGATG;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=413;TCF=182;TCR=231;TR=207;WE=121583611;WS=121583593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,222:0.51:436
chr8	121583635	rs73707305	G	T	6643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=104;PP=2154;ReadPosRankSum=-1.643;SC=AAGCAATAGCGATTGGGCCGA;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=314;TCF=118;TCR=196;TR=164;WE=121583643;WS=121583625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,174:0.54:325
chr8	121583719	rs200630168	G	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=2.165;SC=ACTATTGAGGGTTTTTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=22;WE=121583727;WS=121583709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr8	121583725	rs201354068	T	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.05;ReadPosRankSum=1.498;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr8	123964431	rs3204141	G	A	5284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.513;SC=AGATCCTCTCGAGACTCGGCG;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=353;TCF=163;TCR=190;TR=224;WE=123964439;WS=123964421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,223:0.63:352
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chr8	123966159	rs3802265	G	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1011;ReadPosRankSum=2.801;SC=AGGAGGATGCGATCTCAGATA;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=125;TCR=126;TR=77;WE=123966167;WS=123966149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,79:0.30:265
chr8	124027628	rs7159	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=10;PP=1260;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AGTTGTTAAGTGCACCCAGCA;SOR=1.188;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=102;TCF=84;TCR=18;TR=64;WE=124027636;WS=124027618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,60:0.61:98
chr8	124042733	rs2891672	T	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=484;SC=ATTTACTATCTTTATGCAGTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=124042741;WS=124042732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	124084909	rs2385160	G	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=8;PP=727;ReadPosRankSum=-0.284;SC=AGGCCGCCGCGGCCGGAGCTC;SOR=0.099;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=140;TCF=127;TCR=13;TR=52;WE=124084917;WS=124084899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,56:0.39:144
chr8	124114333	rs10956116	G	T	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=29;PP=2257;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TCCATTTCACGAAAATGCATG;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=146;TCR=45;TR=125;WE=124114341;WS=124114323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,126:0.65:194
chr8	124114560	rs10956117	T	C	7238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=1.360;SC=CTTCCAAGATTACATGAGATT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=423;TCF=159;TCR=264;TR=288;WE=124114578;WS=124114550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,300:0.68:442
chr8	124132166	rs17314930	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=1.292;SC=GTTACTTCTGGAGAGGTGAAC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=124132174;WS=124132156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr8	124138855	rs16898012	G	A	8030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.857;SC=CCTTCCTTCTGATGACTGTTG;SOR=0.664;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=588;TCF=308;TCR=280;TR=348;WE=124138863;WS=124138845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,363:0.58:621
chr8	124140413	rs61061621	AT	A	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.772;NF=24;NR=0;PP=848;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TTGCAAAAAAATATATATTCT;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=24;WE=124140421;WS=124140403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr8	124140805	rs148339992	C	CATA	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=772;ReadPosRankSum=-1.498;SC=ATGTTATAAACATAAGAAAGT;SOR=1.121;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=16;WE=124140813;WS=124140795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr8	124142489	rs2272724	T	C	7550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=1.143;SC=ACTTACAAGATGCTGCAAGAA;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=544;TCF=271;TCR=273;TR=337;WE=124142497;WS=124142479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,357:0.62:577
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chr8	124206324	rs7813708	G	A	2846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=61;PP=1716;ReadPosRankSum=0.052;SC=CAGGAAATTCGCTGGCCAAAT;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=120;WE=124206332;WS=124206314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,127:0.63:202
chr8	124206394	rs7813460	C	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TACAGGTGAGCCTTGGATTCA;SOR=1.424;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=64;WE=124206402;WS=124206384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,70:0.57:123
chr8	124212058	rs9693914	A	G	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=31;PP=1221;ReadPosRankSum=1.000;SC=TATTCCAGGAAGTAAGGGCCC;SOR=0.417;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=113;TCF=75;TCR=38;TR=86;WE=124212066;WS=124212048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,95:0.78:122
chr8	124228190	.	TA	T	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.572;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr8	124359749	rs9297666	C	G	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=109;PP=2965;SC=AAAAATCAGCCTCGGAATATA;SOR=2.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=26;TCR=109;TR=135;WE=124359757;WS=124359739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	124359794	rs79736655	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=0.016;SC=AGACCAAAATCTCTTTTACCC;SOR=0.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=18;WE=124359802;WS=124359784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr8	124440174	rs6999234	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=395;ReadPosRankSum=-0.245;SC=TGAAGAAAATATTTGGAAGCT;SOR=1.215;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=28;WE=124440182;WS=124440164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr8	124440336	rs10628888	A	AAG,AAAG	2244.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.51;QD=40.08;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,30,26:0.54,0.46:56
chr8	124442114	rs71961566	TGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCC	T	355.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.76;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr8	124442187	rs13278992	A	G	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.158;NF=74;NR=31;PP=1599;ReadPosRankSum=2.339;SC=TGGTTTAACTAAAGGTATGGC;SOR=0.704;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=247;TCF=176;TCR=71;TR=105;WE=124442195;WS=124442176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,100:0.43:232
chr8	124448689	rs9297669	T	C	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=40;PP=2965;SC=ACTTTTACTTTTAGGATTACC;SOR=2.155;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=114;TCR=40;TR=154;WE=124448697;WS=124448679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr8	124448736	rs7014678	A	G	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=37;PP=1621;ReadPosRankSum=-1.110;SC=GGAGGACAGAACTTCATTTAT;SOR=0.953;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=318;TCF=195;TCR=123;TR=111;WE=124448744;WS=124448726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,118:0.36:324
chr8	124448804	rs6470147	T	A	2994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=81;PP=1900;ReadPosRankSum=-0.403;SC=AGAAGATGCCTTTAAGTCTGA;SOR=0.654;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=461;TCF=223;TCR=238;TR=161;WE=124448812;WS=124448794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,167:0.35:474
chr8	124448907	rs10590897	CTT	C	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=5.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.093;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.138;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr8	124448947	rs6470148	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=32;PP=915;SC=ATCTCGTCTGACATCACCATT;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=124448955;WS=124448937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	124449466	rs3824250	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,49:0.24:201
chr8	124449672	rs11991520	T	G	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.97;MQRankSum=-1.197;NF=32;NR=51;PP=1224;ReadPosRankSum=1.898;SC=GTTCTTTGAATAAAACTCCAT;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=209;TCF=84;TCR=125;TR=83;WE=124449680;WS=124449662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,88:0.41:216
chr8	124449712	rs11987798	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.169;NF=13;NR=33;PP=745;ReadPosRankSum=0.758;SC=GGGAGGCCGAGGTGGGCGGAT;SOR=0.481;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=116;TCF=30;TCR=86;TR=46;WE=124449720;WS=124449702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr8	124449742	rs11987776	C	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.482;NF=5;NR=24;PP=551;ReadPosRankSum=0.190;SC=AGGAGATAGACACCATCCTGG;SOR=0.381;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=29;WE=124449750;WS=124449732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr8	124450364	rs3765212	G	T	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=875;ReadPosRankSum=0.059;SC=TCTCATTTATGTGCTTTTAGG;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=117;TCR=95;TR=71;WE=124450372;WS=124450354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,74:0.34:218
chr8	124450631	rs11992509	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=1.036;SC=CGTGGTGGCTTATGCCTGTAA;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=124450639;WS=124450621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
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chr8	124453662	rs13269287	T	C	3048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=74;PP=2262;ReadPosRankSum=0.597;SC=CTGAACTTGGTCTCAAGATGT;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=450;TCF=240;TCR=210;TR=155;WE=124453670;WS=124453652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,161:0.35:463
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chr8	124658203	rs72711231	T	C	6431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.028;SC=CTCCGGTCTTTCATGTCCGCA;SOR=0.677;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=422;TCF=214;TCR=208;TR=278;WE=124658222;WS=124658193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,288:0.66:437
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chr8	124658404	rs11786734	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=367;ReadPosRankSum=-0.953;SC=TGGGATGTTGAGCTAACCTGC;SOR=0.313;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=20;WE=124658412;WS=124658394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr8	124659329	rs11991744	C	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=702;ReadPosRankSum=0.845;SC=GTAGTAATTACGAGGGTGAAC;SOR=0.951;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=160;TCF=43;TCR=117;TR=48;WE=124659337;WS=124659319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,51:0.31:166
chr8	124663769	rs10109736	A	T	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=65;PP=2965;SC=GGTGTGTCCAAGCACACATAC;SOR=1.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=141;TCR=65;TR=206;WE=124663777;WS=124663759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr8	124663895	rs16898689	G	A	7287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=2.573;SC=CAGCGACTGCGGGGTGGAGCA;SOR=0.730;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=532;TCF=267;TCR=265;TR=323;WE=124663903;WS=124663885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,328:0.61:539
chr8	124663987	rs16898691	C	G	5129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.064;SC=AGCTCCTGCCCTTCTCCAATC;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=378;TCF=180;TCR=198;TR=224;WE=124663995;WS=124663977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,231:0.60:386
chr8	124664130	rs11780509	C	T	4024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=103;PP=2606;ReadPosRankSum=0.268;SC=GACCAGACTCCTCCCTGAGCT;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=578;TCF=292;TCR=286;TR=203;WE=124664138;WS=124664120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,212:0.36:597
chr8	124664167	rs11784192	T	C	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=101;PP=1999;ReadPosRankSum=0.789;SC=AGCACATAGATGCTGCGGTGC;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=511;TCF=245;TCR=266;TR=191;WE=124664175;WS=124664157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,200:0.38:526
chr8	124664792	rs7387544	C	T	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=1607;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TCTGCAAGTACGAGGAGCAGG;SOR=0.588;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=376;TCF=171;TCR=205;TR=130;WE=124664800;WS=124664782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,140:0.35:396
chr8	124664873	rs7387792	AT	GC	3894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.420;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=-2.015;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,110:0.33:336
chr8	124665211	rs7387855	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=445;ReadPosRankSum=0.724;SC=AAGAGTCAAACCTTTCTCAGC;SOR=0.987;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=29;WE=124665219;WS=124665201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr8	124693444	rs3739283	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=377;ReadPosRankSum=-1.031;SC=TTGACAAAGGCGGTTCCACCC;SOR=2.066;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=57;TCF=51;TCR=6;TR=22;WE=124693452;WS=124693434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr8	124710729	rs2294013	C	T	5025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.393;SC=CTCGCTGGGACGGTCCAGAAG;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=704;TCF=399;TCR=305;TR=254;WE=124710737;WS=124710719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:466,265:0.36:731
chr8	124749610	rs6470179	C	T	12583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=228;NR=229;PP=2965;SC=TGTATTTCATCAAGAGATCAG;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=457;TCF=228;TCR=229;TR=457;WE=124749618;WS=124749600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr8	124749651	rs11331268	TC	T	11591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=218;PP=2975;SC=ACAACAGTTTTCCCCCCGGAC;SOR=1.219;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=259;TCF=25;TCR=234;TR=242;WE=124749659;WS=124749641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr8	124749704	rs10956146	T	G	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=122;PP=2965;SC=GGCACTGAATTTGAATACATT;SOR=2.260;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=41;TCR=122;TR=163;WE=124749712;WS=124749694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr8	124796926	rs17259760	G	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CATGTGGGGAGATCATACCAT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=5;WE=124796934;WS=124796916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr8	124824826	rs1946586	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.854;NF=39;NR=41;PP=1097;ReadPosRankSum=1.125;SC=CAGTCATCGTGTGCTGACATG;SOR=0.609;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=210;TCF=111;TCR=99;TR=80;WE=124824834;WS=124824816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,79:0.37:211
chr8	124982125	rs7008210	A	C	220.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-0.365;QD=16.99;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr8	124982215	rs7008604	G	A	4399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=65;PP=2772;ReadPosRankSum=-1.389;SC=CCACTCCAAGGACAGGATTCT;SOR=0.628;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=292;TCF=195;TCR=97;TR=189;WE=124982223;WS=124982205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,198:0.65:306
chr8	124985780	rs10102622	A	C	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=84;PP=2227;ReadPosRankSum=0.983;SC=CCCCATCTGTATCTCACTTGT;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=79;TCR=134;TR=135;WE=124985788;WS=124985770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,142:0.63:226
chr8	124987478	rs7465584	T	C	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=66;PP=2265;ReadPosRankSum=0.221;SC=GTGACATCAGTGTCATGGGAA;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=163;TCR=103;TR=169;WE=124987486;WS=124987468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,181:0.64:283
chr8	125047370	rs4871451	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=295;SC=GGGGCCATTGTCTTTATTTTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=125047378;WS=125047360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	125051966	rs4269524	A	G	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=9;PP=2328;SC=TTTCTTCAGGACTTCCATTCC;SOR=4.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=81;TCR=9;TR=90;WE=125051974;WS=125051956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	125052018	rs4389914	T	C	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=66;PP=2965;SC=TCTCCTTTTGTCTGTCTGTGG;SOR=1.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=158;TCR=66;TR=224;WE=125052026;WS=125052008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr8	125072426	rs4483140	T	C	13806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=258;NR=240;PP=2965;SC=GGTAGGTTCCTCCTTCTGGGC;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=501;TCF=260;TCR=241;TR=498;WE=125072434;WS=125072416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr8	125076589	rs7012186	T	G	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=52;PP=2730;SC=TCATTTCAGATATTTCAGATT;SOR=1.209;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=143;WE=125076597;WS=125076579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr8	125076988	rs4871460	T	C	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=41;PP=1187;SC=AGCTTTGTTATAGGATCAGAA;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=42;WE=125076996;WS=125076978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	125088636	rs9643188	A	G	6589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=152;PP=2965;SC=CTGTGGGGATAGTGCGTGTAT;SOR=2.079;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=58;TCR=152;TR=210;WE=125088644;WS=125088626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr8	125094847	rs10956163	C	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=527;SC=ATCAGCAGAGCTGGCTTGGGG;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=125094855;WS=125094837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	125107201	rs6470219	G	A	11628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr8	125107207	rs6470220	C	T	9229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.18;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,268:0.99:270
chr8	125110258	rs10956164	C	T	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=149;PP=2965;SC=TTAAGGCCACCTTCTTTGTCT;SOR=1.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=66;TCR=149;TR=215;WE=125110266;WS=125110248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr8	125130966	rs13438814	G	C	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=39;PP=2841;SC=TCAAAATAAAGCAGCGGGATA;SOR=1.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=99;TCR=39;TR=138;WE=125130974;WS=125130956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	125384436	rs7841552	C	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=5;PP=176;SC=GGCCGTCCGGCAAGGCGGTTT;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=125384444;WS=125384426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	125463001	rs79997881	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.495;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr8	125463098	rs3812474	A	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=678;ReadPosRankSum=2.093;SC=GCTGCAGGCTACCTTATTTAA;SOR=1.101;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=43;WE=125463106;WS=125463088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr8	125463250	rs3812475	T	C	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.377;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=1627;ReadPosRankSum=0.568;SC=GACTGAGCCTTGGTTTACCCA;SOR=0.460;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=408;TCF=228;TCR=180;TR=148;WE=125463258;WS=125463240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,151:0.35:431
chr8	125463544	rs11556913	T	C	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=53;PP=1677;ReadPosRankSum=-1.127;SC=GTCAGCCGAGTTGGAGGCTGA;SOR=0.768;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=335;TCF=178;TCR=157;TR=115;WE=125463552;WS=125463534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,118:0.34:349
chr8	125498547	rs3812471	C	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=52;PP=1623;ReadPosRankSum=1.075;SC=ATCGAATTTACGGATTACAGT;SOR=0.603;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=343;TCF=195;TCR=148;TR=119;WE=125498555;WS=125498537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,124:0.35:355
chr8	125516237	rs76350429	T	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=983;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TGAGAATAAATTGGATTACCA;SOR=0.830;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=192;TCF=74;TCR=118;TR=67;WE=125516245;WS=125516227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,67:0.34:200
chr8	125568162	rs12375359	A	G	10000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.272;NF=187;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=0.747;SC=GTTGGAGGAGAGAAATACACA;SOR=0.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=187;TCR=169;TR=354;WE=125568170;WS=125568152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,361:1.00:362
chr8	125568181	rs141339886	TA	T	4332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.653;NF=33;NR=100;PP=2948;ReadPosRankSum=1.453;SC=CAGGTTGCTTTAGGGGGGGGG;SOR=0.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=231;TCF=68;TCR=163;TR=133;WE=125568190;WS=125568171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,191:0.60:317
chr8	125568623	rs3829036	A	G	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=61;PP=1306;ReadPosRankSum=0.774;SC=GAGGCTGGTCATAGGGCCCAG;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=290;TCF=128;TCR=162;TR=107;WE=125568631;WS=125568613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,116:0.38:303
chr8	125568761	rs60522958	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=151;ReadPosRankSum=1.018;SC=GGGAACCTCCGGCTGGGACAA;SOR=0.136;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=12;WE=125568769;WS=125568751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr8	125570144	rs4870903	G	A	827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=-1.230;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr8	125574913	rs7015228	G	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GGTTTCTCAAGTCAGTGGGCA;SOR=0.541;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=24;WE=125574933;WS=125574903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr8	125574925	rs7015374	G	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CAGTGGGCAGGGGATTGTCTA;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=29;WE=125574933;WS=125574903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr8	125577869	rs2303952	C	G	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=39;PP=1720;ReadPosRankSum=-1.725;SC=AATGACCCGTCCTGAAAGCAA;SOR=1.017;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=163;TCF=98;TCR=65;TR=107;WE=125577877;WS=125577859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,121:0.65:185
chr8	125579788	rs3857944	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-6.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=5;PP=783;ReadPosRankSum=0.226;SC=TAGCTTCAATGGATGACACGA;SOR=0.059;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=67;TCF=62;TCR=5;TR=43;WE=125579796;WS=125579778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
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chr8	125579990	rs6470252	C	T	4383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=95;PP=2892;ReadPosRankSum=0.864;SC=CGGGCTAGAACGATCCATGGA;SOR=0.677;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=166;TCR=174;TR=188;WE=125579998;WS=125579980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,195:0.56:349
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chr8	126023638	rs3750234	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=0;PP=919;ReadPosRankSum=1.004;SC=ATAATTAGTTCTTGATTTATC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=54;TCR=0;TR=38;WE=126023646;WS=126023628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr8	126030809	rs966946	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=349;ReadPosRankSum=-1.362;SC=TTTGAGGGGATTATAAACATC;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=19;WE=126030817;WS=126030799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr8	126033195	rs9297709	T	C	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=98;PP=2672;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CAAATCTTTCTTCCTTACACA;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=89;TCR=160;TR=152;WE=126033203;WS=126033185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,164:0.62:264
chr8	126056215	rs11370883	G	GC	12653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=103;PP=2974;SC=CCCGCCTCAGGTAGTTTCAGG;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=47;TCR=106;TR=149;WE=126056223;WS=126056205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr8	126068886	rs2303522	T	C	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=38;PP=1889;ReadPosRankSum=0.146;SC=TAGTTTTTAATATGAAAAGGC;SOR=0.993;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=92;TCR=50;TR=110;WE=126068894;WS=126068876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,113:0.77:146
chr8	126079772	rs55873854	A	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=-1.419;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr8	126085363	rs10102230	T	C	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=22;PP=2239;ReadPosRankSum=-0.900;SC=TTATGTGGAGTAATATAAACG;SOR=0.847;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=131;TCR=33;TR=113;WE=126085371;WS=126085353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,115:0.66:174
chr8	126085586	rs12546285	G	A	3363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=101;PP=2438;ReadPosRankSum=0.675;SC=TAAGAAACTTGAATTACATTT;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=217;TCF=58;TCR=159;TR=136;WE=126085594;WS=126085576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,141:0.61:230
chr8	126142476	rs3923300	G	C	6606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GAAGAGCACAGAGGTCAAGGG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=465;TCF=249;TCR=216;TR=284;WE=126142484;WS=126142466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,298:0.61:489
chr8	126378901	rs149174348	GAC	G	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=973;ReadPosRankSum=0.754;SC=TCCTGATTTTGACACTTTTCC;SOR=0.741;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=21;WE=126378910;WS=126378891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr8	126443348	rs2385113	C	T	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=58;PP=2251;SC=CGCCCTGCAGCCCGCAGCCCC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=130;WE=126443356;WS=126443338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr8	126443534	rs3750182	G	T	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=42;PP=1373;SC=GACCCGGCTGGGGTCGGGGGC;SOR=1.096;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=75;WE=126443542;WS=126443524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	126445505	rs13277396	G	C	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=20;PP=2055;ReadPosRankSum=0.359;SC=CAGGGGTTTGGGAGGCTGCCT;SOR=0.353;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=158;TCF=130;TCR=28;TR=102;WE=126445513;WS=126445495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,107:0.67:159
chr8	126445537	rs2235110	C	T	3649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=7.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.887;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,102:0.31:327
chr8	126445544	rs2235109	C	A	3923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=5.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,121:0.32:377
chr8	126448789	rs2235108	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=303;ReadPosRankSum=0.361;SC=GCCCTTTGGCGTGGTACCAAC;SOR=0.289;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=20;WE=126448797;WS=126448779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr8	128099242	rs13257371	C	A	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.969;NF=86;NR=52;PP=1436;ReadPosRankSum=0.184;SC=AGGTGAACGTCTCTTGGTGAC;SOR=0.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=418;TCF=263;TCR=155;TR=138;WE=128099250;WS=128099232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,147:0.34:430
chr8	128099269	rs4571699	A	G	13352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=268;NR=206;PP=2965;SC=GCTTCTTTGGAAGGTGGAGAA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=476;TCF=268;TCR=208;TR=474;WE=128099277;WS=128099259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
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chr8	128099457	rs61262194	CGTG	C	6983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=73;PP=2983;SC=AGTCCTTCGTCGTGGTGGTGG;SOR=1.158;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=115;TCF=25;TCR=90;TR=96;WE=128099467;WS=128099445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	128428061	rs4871789	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=429;ReadPosRankSum=-1.725;SC=ATGAAAAGTAACATAATTGCT;SOR=0.421;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=30;WE=128428069;WS=128428051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr8	128428751	rs13274084	A	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.675;NF=19;NR=31;PP=806;ReadPosRankSum=1.640;SC=AGCTGACAACAATGAAAATCT;SOR=0.808;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=50;WE=128428759;WS=128428747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,47:0.41:114
chr8	128428795	rs6998254	G	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.701;NF=35;NR=18;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.855;SC=CCCTCATGCAGGCCCGAAAGA;SOR=1.001;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=53;WE=128428803;WS=128428785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,53:0.56:95
chr8	128428823	rs7002225	G	C	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.545;NF=54;NR=21;PP=1568;ReadPosRankSum=0.685;SC=AACCAGTATCGAGAACCGAGT;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=97;TCR=40;TR=75;WE=128428831;WS=128428813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,74:0.53:140
chr8	128429262	rs9297754	G	C	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=51;PP=1626;SC=GGAGTTTGTGGCAGGGCTTTT;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=128429270;WS=128429252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	128972721	rs9649959	A	G	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=23;PP=2504;SC=GATCACCGAGAGAAGTTAGGA;SOR=2.474;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=86;TCR=23;TR=108;WE=128972729;WS=128972711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	129061242	rs2720660	A	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=486;SC=TCTCCACTGGACTCTGTGTTC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=129061250;WS=129061232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	129162497	rs10956412	A	C	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1162;ReadPosRankSum=-1.788;SC=CTGACCCTGGACATCAAAATA;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=50;TCR=84;TR=73;WE=129162505;WS=129162487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,70:0.52:134
chr8	130760850	rs4144738	A	G	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.766;SC=ATCCAGCTCCATCCTAAGGCC;SOR=0.838;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=348;TCF=178;TCR=170;TR=102;WE=130760858;WS=130760840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,110:0.30:363
chr8	130761030	rs4144736	G	C	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=861;ReadPosRankSum=-0.862;SC=CCTTTAAGATGAGGAAGAGAA;SOR=0.702;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=129;TCF=41;TCR=88;TR=54;WE=130761038;WS=130761020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,55:0.40:138
chr8	130761644	rs4527833	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=985;ReadPosRankSum=-0.686;SC=ATTCTTCTTACCTCTGGTTCC;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=269;TCF=154;TCR=115;TR=82;WE=130761652;WS=130761634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,86:0.31:276
chr8	130772882	rs11276511	T	TGCCTGAGTCTTTCCCATA	10998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=65;PP=2970;SC=AGGTTATTCCTGCCTGAACCT;SOR=1.640;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=134;TCF=12;TCR=122;TR=69;WE=130772890;WS=130772872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr8	130788548	rs4733741	C	T	9044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=131;NR=191;PP=2965;SC=AAAGAAAAGACGACCATAGGT;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=131;TCR=191;TR=322;WE=130788556;WS=130788538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr8	130874674	.	A	C	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=37;QD=23.9237375157;SC=CATAGGAAACACTGGTATAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=130874682;WS=130874664;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr8	131020729	rs4733757	T	C	8965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=169;PP=2965;SC=CTCCAAGCTGTTCAGGCCTCA;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=136;TCR=169;TR=305;WE=131020737;WS=131020719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr8	131020798	rs72720360	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=589;ReadPosRankSum=1.220;SC=GGATCCATCACGGGGCCTAGC;SOR=0.459;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=114;TCF=27;TCR=87;TR=43;WE=131020806;WS=131020788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,46:0.38:121
chr8	131066848	rs11781272	C	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.862;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=331;ReadPosRankSum=-0.327;SC=ATTATATCCCCCTCCTGAGGT;SOR=1.302;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=27;WE=131066856;WS=131066838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr8	131066928	rs11781294	C	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=910;ReadPosRankSum=0.574;SC=TACATGAAGGCAGCAGTCTTG;SOR=0.939;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=251;TCF=142;TCR=109;TR=76;WE=131066936;WS=131066918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,78:0.30:258
chr8	131092026	rs6415509	T	A	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=7;PP=1759;SC=TGTTGTGGCCTGCCCCACTTG;SOR=4.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=66;TCR=7;TR=73;WE=131092034;WS=131092016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	131172791	rs34161158	GT	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.967;NF=3;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-1.253;SC=AGTGAAAAGTGTTATGATGTC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=3;WE=131172799;WS=131172781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr8	131172968	rs10089819	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,25:0.21:120
chr8	131192905	rs28495072	G	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TAATCAAACAGAGTCTGCCTT;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=18;WE=131192913;WS=131192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr8	131193153	rs71572332	T	TA	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.747;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr8	131353139	rs13265869	T	C	7324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.761;NF=138;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=1.686;SC=GACCAATCATTGCGATGAATG;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=516;TCF=220;TCR=296;TR=326;WE=131353159;WS=131353129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,344:0.64:541
chr8	131373887	rs10091130	C	G	13264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=266;NR=183;PP=2965;SC=TCTGCAATTACAATTTCAAAG;SOR=1.110;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=449;TCF=266;TCR=183;TR=449;WE=131373895;WS=131373877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr8	131812899	rs263237	G	T	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=64;PP=1711;SC=CACACATGTGGGTACACACGT;SOR=4.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=6;TCR=64;TR=70;WE=131812907;WS=131812889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr8	131859768	.	TAA	T	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.930;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr8	132936266	rs142533670	ATCAGTAAGTCC	A	1645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=2972;ReadPosRankSum=0.224;SC=TCAGGGACTTATCAGTAAGTC;SOR=0.970;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=21;WE=132936292;WS=132936256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr8	132936281	rs200639448	ATACT	A	1616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=2967;ReadPosRankSum=1.155;SC=TAAGTCCCTGATACTTACTGT;SOR=1.024;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=19;WE=132936292;WS=132936256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr8	132947529	rs4736523	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=283;ReadPosRankSum=1.033;SC=TTGTTTCCTTATTTATTTAGG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=14;WE=132947537;WS=132947527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr8	132947818	rs68090127	TGA	T	1282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.241;NF=0;NR=26;PP=1030;ReadPosRankSum=-1.956;SC=GAGAATTAAATGAGAGAATTG;SOR=0.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=1;TCR=79;TR=26;WE=132947827;WS=132947808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,37:0.40:92
chr8	132952727	rs34080810	A	AT	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.23;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
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chr8	132966028	rs10755935	T	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=477;SC=ATAATTTTTTTATGGCTCATT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=19;WE=132966036;WS=132966018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	132980709	rs6471017	G	A	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=102;PP=2811;SC=AAAATAGTGCGTTGATCTGGT;SOR=2.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=39;TCR=102;TR=141;WE=132980717;WS=132980699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	132980781	rs2270879	C	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=571;SC=TATTTCTACACATTTTTCGGT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=132980789;WS=132980771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	132982824	rs1051221	A	G	10044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=187;PP=2965;SC=AGGCAGTGTCAACTTAAATAC;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=177;TCR=187;TR=364;WE=132982841;WS=132982814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr8	132988478	rs2270876	T	A	507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=449;SC=TGTTTTTTTTTAAAAATCATT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=132988486;WS=132988468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr8	133045480	rs2202068	C	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=794;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GATGGACATACGAAAGCCAAA;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=243;TCF=100;TCR=143;TR=75;WE=133045488;WS=133045470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,84:0.32:263
chr8	133046876	.	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=740;ReadPosRankSum=0.792;SC=CACATTTGGGGAATAAATGCT;SOR=0.513;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=93;TCR=24;TR=45;WE=133046884;WS=133046866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,45:0.39:116
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chr8	133082494	rs4357268	T	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.524;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=271;ReadPosRankSum=1.501;SC=CCAGAAGAAATAACAGTATGT;SOR=3.538;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=12;WE=133082502;WS=133082484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
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chr8	133116251	rs6998880	C	T	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=50;PP=2525;SC=GTGTTAGATGCGGATATAATC;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=142;WE=133116259;WS=133116241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
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chr8	133198679	rs138394110	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.509;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=175;ReadPosRankSum=1.637;SC=CTAATTAGTAGAATCAGCTAG;SOR=1.655;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=14;WE=133198687;WS=133198669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
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chr8	133590645	.	G	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.271;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GTGGGGAGGGGCCTTTTCACC;SOR=1.037;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=244;TCF=145;TCR=99;TR=88;WE=133590653;WS=133590635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,94:0.36:260
chr8	133634814	rs2272681	C	T	8949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.943;SC=ACACCATTGACTGACACTTTT;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=606;TCF=332;TCR=274;TR=390;WE=133634822;WS=133634804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,399:0.65:618
chr8	133637659	rs2293979	G	A	7287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.119;SC=GTGTTCCTCTGTGTCTGGTGC;SOR=0.848;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=562;TCF=266;TCR=296;TR=327;WE=133637667;WS=133637649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,335:0.58:577
chr8	133700036	rs3857933	T	C	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=91;PP=1879;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CTTTTGGCTTTGATATTGACC;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=77;TCR=146;TR=140;WE=133700044;WS=133700016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,148:0.64:232
chr8	133723166	rs1895807	A	G	5354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.457;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GACAATTTCCAGATATTCAGA;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=359;TCF=176;TCR=183;TR=231;WE=133723174;WS=133723156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,248:0.65:383
chr8	133740259	rs201428959	AGT	A	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=266;ReadPosRankSum=1.299;SC=GTTCAGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=133740268;WS=133740247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr8	133764263	rs2467986	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=481;ReadPosRankSum=1.460;SC=AAAAGATAACGCACTTTAAAT;SOR=1.801;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=32;WE=133764271;WS=133764253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr8	133764321	rs1469265	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=-1.247;SC=TCATCACTGTGAAGGAAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=133764329;WS=133764311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr8	133769554	rs138117721	TGA	T	2603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=41;PP=1736;ReadPosRankSum=-1.694;SC=CATAAACAAATGAGAGAGAAG;SOR=0.766;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=125;TCF=10;TCR=115;TR=43;WE=133769563;WS=133769544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,77:0.41:186
chr8	133769625	rs11778229	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=619;ReadPosRankSum=-0.776;SC=ATATGTATAATTGCAAACAGT;SOR=1.713;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=27;WE=133769633;WS=133769615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
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chr8	133920411	rs2261147	T	C	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=30;PP=1418;ReadPosRankSum=1.411;SC=CCTCTGCTGATCTCTGGTGCT;SOR=0.904;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=294;TCF=198;TCR=96;TR=99;WE=133920419;WS=133920401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,101:0.33:308
chr8	133920518	rs2069556	A	G	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=91;PP=2048;ReadPosRankSum=0.213;SC=GACTACGCGGATTTGCTGCAG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=543;TCF=251;TCR=292;TR=167;WE=133920526;WS=133920508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,171:0.30:567
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chr8	133925209	rs2687824	T	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CTGGATATTCTAGGCATCTCT;SOR=0.730;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=51;TCR=6;TR=17;WE=133925217;WS=133925199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
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chr8	133947859	rs2739062	A	G	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=673;ReadPosRankSum=-1.061;SC=CTGCTTACACATCTGTCTCCT;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=40;WE=133947867;WS=133947849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
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chr8	133961237	rs2246611	G	C	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,106:0.41:258
chr8	133961279	rs2246608	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
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chr8	133975283	rs2069561	G	A	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.879;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.325;SC=ATGTAGAAAAGACACAGTGCC;SOR=1.021;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=215;TCF=133;TCR=82;TR=81;WE=133975291;WS=133975273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,85:0.38:222
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chr8	134108546	rs2069569	T	C	5027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=104;PP=2916;ReadPosRankSum=1.331;SC=GAGGTCTTTATGGGTAGAGGT;SOR=0.679;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=382;TCF=197;TCR=185;TR=223;WE=134108554;WS=134108531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,236:0.59:402
chr8	134114716	rs733735	G	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=831;ReadPosRankSum=-2.230;SC=AAGTCCCTCTGAAGACCCTCC;SOR=0.406;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=44;WE=134114724;WS=134114706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr8	134114771	rs4478553	C	T	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=33;PP=1512;ReadPosRankSum=-1.644;SC=CAGGGGGTCCCAATGACAGCA;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=101;TCR=53;TR=96;WE=134114779;WS=134114761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,102:0.63:161
chr8	134125682	rs1133076	G	A	4140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.262;SC=GAGGAAAGTCGAGGCCGGACC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=189;TCR=134;TR=201;WE=134125690;WS=134125672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,190:0.63:301
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chr8	134225396	rs55733525	T	TC	13776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=145;PP=2967;SC=CGTAAGTGAGTCCTCCATACC;SOR=0.824;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=201;TCF=49;TCR=152;TR=193;WE=134225404;WS=134225386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
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chr8	134237578	rs2280834	G	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=234;ReadPosRankSum=0.597;SC=TGAAAGTGAGGGTTGGGGGCT;SOR=0.544;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=18;WE=134237586;WS=134237568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr8	134239770	rs3739261	T	C	5186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.855;SC=GCATGGACAATAGGTGCTGCA;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=381;TCF=219;TCR=162;TR=225;WE=134239778;WS=134239760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,233:0.59:392
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chr8	134256559	rs2233341	G	T	4574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.474;SC=CCAGGGGGAAGCGACAGCTGT;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=326;TCF=180;TCR=146;TR=204;WE=134256567;WS=134256549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,209:0.62:335
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chr8	134260817	rs16904873	T	C	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=990;ReadPosRankSum=0.846;SC=GGCTGGGTAATGCTCAGTCTC;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=68;WE=134260825;WS=134260807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr8	134261065	rs2233335	T	G	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=752;ReadPosRankSum=1.785;SC=CCTGGAGAAATCTCCCACTCC;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=48;WE=134261073;WS=134261055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr8	134266653	rs2233333	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=318;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTATCTCATGAGCACCAGCT;SOR=0.166;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=18;WE=134266661;WS=134266650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr8	134266970	rs2272650	C	G	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=53;PP=1548;SC=TCAAGGACATCCCCCTTGATA;SOR=2.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=66;WE=134266978;WS=134266960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	134267721	rs16904874	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=39;PP=797;ReadPosRankSum=0.253;SC=AAAGACAATCCTCAGGCTTCA;SOR=0.768;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=125;TCF=24;TCR=101;TR=47;WE=134267729;WS=134267711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,51:0.38:134
chr8	134267762	rs3824240	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=377;ReadPosRankSum=1.317;SC=CCCCAGACCTTCGAGTCTCAC;SOR=0.613;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=20;WE=134267770;WS=134267752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr8	134270468	rs139790285	CCA	C	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=480;ReadPosRankSum=0.355;SC=TACCCATGCACCACACACACA;SOR=0.307;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=62;TCR=2;TR=20;WE=134270479;WS=134270458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr8	134270548	rs2272651	T	C	4920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=1.452;SC=TTTTCCAATGTCTTCCTTCAT;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=337;TCF=226;TCR=111;TR=214;WE=134270556;WS=134270538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,219:0.63:347
chr8	134271506	rs2233327	G	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1089;ReadPosRankSum=-1.896;SC=ATTAGTGAGCGCCCGGACAGA;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=78;WE=134271514;WS=134271496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,83:0.59:140
chr8	134274226	rs2233324	C	G	14315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=281;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GAGCAAAGCACCTGAACCCCT;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=505;TCF=282;TCR=223;TR=503;WE=134274234;WS=134274215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,530:1.00:532
chr8	134277064	rs75751459	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=0.170;SC=GCCACTCCAAGGACCAGGGCT;SOR=1.188;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=12;WE=134277072;WS=134277054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr8	134292288	rs2977507	T	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=535;SC=TCCTGATTCTTTGGCCAGCAC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=134292296;WS=134292278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	134292516	rs2272653	A	G	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=3.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.758;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,60:0.29:208
chr8	134308600	rs4236901	T	C	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=17;PP=2919;SC=CTCGCCCAGGTCACTTCTCCC;SOR=3.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=98;TCR=17;TR=114;WE=134308608;WS=134308590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	134308937	.	GACACACACACAC	GACAC,G	547	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=21;MQ=59.38;NF=0,0;NR=13,13;PP=547,262;QD=42.3076923077;SC=CCCAGACACAGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=13,13;WE=134308956;WS=134308927;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.54:24
chr8	134314037	rs139817736	CCATCAT	C	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.120;NF=10;NR=0;PP=488;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTCATCATCACCATCATCATC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=10;WE=134314050;WS=134314030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr8	134314369	rs2976580	A	G	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=88;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=264;SC=AAAAAAAACCATGAAAGGAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=134314377;WS=134314359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	134474148	rs1048479	C	T	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=63;PP=1942;ReadPosRankSum=-0.717;SC=AGAAGATGACCGAGAGGATGC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=428;TCF=246;TCR=182;TR=151;WE=134474156;WS=134474138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,154:0.35:442
chr8	134475820	rs2075823	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=409;ReadPosRankSum=-1.215;SC=TCCTGCCCCCCATAGCTTCCC;SOR=0.838;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=24;WE=134475828;WS=134475810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr8	135521741	rs17688265	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=418;ReadPosRankSum=0.673;SC=GGTATGAGACTAGACCAATTT;SOR=0.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=27;WE=135521749;WS=135521731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr8	135522364	rs2289547	A	G	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.938;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=60;PP=1345;ReadPosRankSum=1.272;SC=TCCTGGGAGCACCCAGCAAGC;SOR=1.304;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=242;TCF=98;TCR=144;TR=88;WE=135522372;WS=135522354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,91:0.36:251
chr8	135524938	rs3739427	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CAAACGCATATAAGAAAGCAA;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=135524946;WS=135524928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr8	135577533	rs6988653	T	A	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.301;SC=AAGCAACGCCTTTTTTGTCTG;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=131;TCR=133;TR=87;WE=135577541;WS=135577523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,92:0.33:277
chr8	135577677	.	G	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,80:0.17:467
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chr8	135602629	.	T	C	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=865;ReadPosRankSum=-0.855;SC=ATCAGTTGACTTTCTCATTTA;SOR=0.877;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=50;WE=135602637;WS=135602619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
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chr8	135612745	rs894344	A	G	4625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.087;SC=AGTCACAGCCATCGGTGGGAC;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=700;TCF=377;TCR=323;TR=256;WE=135612753;WS=135612735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:470,260:0.36:730
chr8	135613624	rs894347	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=1.116;SC=CTTAGAAGGTATTCTTTGCAA;SOR=0.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=135613632;WS=135613614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr8	135614972	rs3739422	A	G	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=55;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TGAACGAGCAATAGTCGCAGG;SOR=0.713;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=268;TCF=102;TCR=166;TR=91;WE=135614980;WS=135614962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,93:0.34:276
chr8	135620894	rs3739421	T	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=-1.891;SC=CGAACAAGCATGCTGATCCTT;SOR=0.889;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=21;WE=135620902;WS=135620884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr8	135622640	rs2277138	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TGACTCAGACTGTGACATCAG;SOR=0.009;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=13;WE=135622648;WS=135622630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr8	135622940	rs118085744	T	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=39;PP=914;ReadPosRankSum=0.809;SC=TCCTTTTATATCAGTGGCAGA;SOR=0.920;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=48;WE=135622948;WS=135622930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr8	135649848	rs12541381	G	A	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.917;SC=GGAGCCAGCGGGCTGTCCTCA;SOR=0.902;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=235;TCF=108;TCR=127;TR=92;WE=135649856;WS=135649838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,101:0.40:253
chr8	135725058	rs71528372	C	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=7.522;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.71;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr8	136306291	rs4344113	G	C	186.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=120;SC=CTTACGAAAGGATTCACCAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=136306299;WS=136306281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	136560952	rs12545587	A	G	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=17;PP=1694;SC=TTCATTTCTTATAATGACACG;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=76;WE=136560960;WS=136560942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	136561153	rs11166602	A	G	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=102;PP=2965;SC=TGTTAGTACCATTTTTCTTGA;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=61;TCR=102;TR=163;WE=136561161;WS=136561143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr8	136657198	rs4243846	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=690;SC=ATTTTCAGTCTTGCCCTTCAT;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=136657206;WS=136657188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	136657534	rs4373553	G	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=848;SC=ATAAATATTTGAAGAGGACTA;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=136657542;WS=136657524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	136659195	rs28621864	C	T	10326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=225;NR=148;PP=2965;SC=CTGTGGGATTCATGGCAGTGA;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=373;TCF=225;TCR=148;TR=373;WE=136659203;WS=136659185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr8	136659426	rs3184618	G	A	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=45;PP=1337;SC=AAATAAATCAGAATGCTTAAA;SOR=2.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=60;WE=136659434;WS=136659416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	139144914	rs2280848	G	A	5557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=1.918;SC=CGATGTGAGCGGCTCGGCCGA;SOR=0.935;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=359;TCF=159;TCR=200;TR=233;WE=139144922;WS=139144904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,245:0.65:378
chr8	139149406	rs6577876	G	A	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=62;PP=2058;ReadPosRankSum=1.805;SC=GTCTGTCTTTGAGGGCAGTTT;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=475;TCF=302;TCR=173;TR=166;WE=139149414;WS=139149396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,172:0.35:494
chr8	139149510	rs6577877	A	C	19464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=300;NR=377;PP=2965;SC=AGCCCTGTAAAAATTAGCCAG;SOR=0.955;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=677;TCF=300;TCR=377;TR=677;WE=139149518;WS=139149500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,709:1.00:709
chr8	139151375	rs4634694	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,41:0.34:121
chr8	139151421	rs4634695	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=37;PP=1406;SC=GTGAGATGAACGTTAAACTGA;SOR=5.031;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=40;WE=139151436;WS=139151411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	139151428	rs35147483	C	CTG	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=1.258;SC=GAACGTTAAACTGAATTTTAG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=8;WE=139151436;WS=139151411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr8	139153374	rs4909738	G	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=817;SC=AAGTACCTGTGCCCGGTTTCA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=139153393;WS=139153364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	139153385	rs7816196	C	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=9;PP=1070;SC=CCCGGTTTCACGCCCCAGAGG;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=139153393;WS=139153364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr8	139160683	rs3215420	ACCT	A	1779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=1168;ReadPosRankSum=1.537;SC=TTGAATGAATACCTCATCTAA;SOR=0.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=29;WE=139160693;WS=139160673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
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chr8	139614436	rs4394401	G	A	7569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=142;PP=2965;SC=TCATTGCCCCGGGCCCTCTGC;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=102;TCR=142;TR=244;WE=139614444;WS=139614426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr8	139614582	rs6993225	C	T	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=19;PP=693;SC=GCACACTGTGCCTTCTCTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=139614590;WS=139614572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	139617046	rs12546923	A	C	7949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=127;PP=2965;SC=GTGGCTCTGCAGCATCAGCCC;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=153;TCR=127;TR=280;WE=139617054;WS=139617036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
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chr8	139620079	rs59376288	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=732;ReadPosRankSum=-0.214;SC=TGTCCCCACCGATGCTTCTAG;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=42;WE=139620087;WS=139620069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr8	139620267	rs11166829	G	A	6808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=117;PP=2965;SC=ATCCTGCCAGGGCATCAAAGA;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=110;TCR=117;TR=227;WE=139620275;WS=139620257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr8	139626176	rs7000261	C	G	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=48;PP=1780;SC=GGAACAAAGACAGAGAGATGG;SOR=1.141;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=80;WE=139626184;WS=139626166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	139629255	.	A	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,32:0.20:159
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chr8	139638307	rs3924860	T	C	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=305;SC=GTTTCTAATTTTCTACAACAC;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=139638315;WS=139638297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr8	139648892	rs11166830	G	A	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=53;PP=2965;SC=AGGCAAAGAAGAGACAAGGAA;SOR=1.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=129;TCR=53;TR=182;WE=139648900;WS=139648882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr8	139668032	rs11166832	T	C	3144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=20;PP=2434;SC=GCTGTTATCGTTAATACTACC;SOR=2.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=81;TCR=20;TR=101;WE=139668040;WS=139668022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	139668300	rs12675091	C	T	7350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=151;PP=2965;SC=TGACACACTGCGCCGTGCGTG;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=98;TCR=151;TR=249;WE=139668308;WS=139668290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr8	139672602	rs4072506	T	C	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=13;PP=1839;SC=CCTCTTGAACTTTCTGAGTTG;SOR=3.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=77;WE=139672610;WS=139672592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	139672671	rs3935045	T	C	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=0.063;SC=AACCATAAGATGACATACCGG;SOR=1.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=134;TCR=72;TR=204;WE=139672679;WS=139672661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr8	139674213	rs11780732	C	T	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=9;PP=1641;SC=TGGTGGAGGGCGGGCTTTCAG;SOR=3.500;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=64;TCR=9;TR=73;WE=139674221;WS=139674203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	139675869	rs11166835	G	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=8;PP=1628;SC=AGTTTTTGGTGCTTCCCATTT;SOR=3.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=62;TCR=8;TR=69;WE=139675877;WS=139675859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	139676082	rs4410946	A	G	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=127;PP=2965;SC=CAGTTGTCCTAGGAGGAGTCA;SOR=1.491;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=73;TCR=128;TR=200;WE=139676090;WS=139676072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr8	139688697	.	A	AAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGG	3079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.73;QD=26.78;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	139696635	rs4506262	T	C	8094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=156;NR=141;PP=2965;SC=CGGCAACTCGTGGCACCCACA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=157;TCR=141;TR=297;WE=139696643;WS=139696625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr8	139697478	rs9644500	T	C	8301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=166;NR=138;PP=2965;SC=CTTTTCCGGGTGGCCCAGGGA;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=166;TCR=138;TR=304;WE=139697486;WS=139697468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr8	139712323	rs4909835	A	G	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=30;PP=2702;SC=GCCGAGGCACACTGGGCACCC;SOR=2.370;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=103;TCR=31;TR=133;WE=139712331;WS=139712313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	139733062	rs11774914	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.801;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,37:0.24:155
chr8	139733089	rs34929697	CA	C	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr8	139734225	rs138454217	T	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=526;ReadPosRankSum=1.114;SC=AAGCATCTCTTTAGTTTCTGT;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=37;WE=139734233;WS=139734215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,40:0.32:124
chr8	139734462	rs12678237	T	C	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=107;PP=2965;SC=GCTCTTTGATTAGCAGGGCCC;SOR=1.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=45;TCR=107;TR=152;WE=139734470;WS=139734452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	139736649	rs28726333	C	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=0.102;SC=GCCAGGGCACCCAGGGAGCCT;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=7;WE=139736657;WS=139736641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr8	139736933	rs10112806	C	A	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=67;PP=1748;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CCACATGGACCCTGTTAGCCT;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=346;TCF=179;TCR=167;TR=136;WE=139736941;WS=139736923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,141:0.39:364
chr8	139737521	rs12545759	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=548;ReadPosRankSum=0.174;SC=TTTTGCACTGGACTTGGGTGG;SOR=0.917;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=29;WE=139737529;WS=139737511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr8	139749638	rs4409435	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=260;ReadPosRankSum=1.343;SC=ACCCACTGGCTGTTCTTTTTA;SOR=1.588;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=16;WE=139749646;WS=139749628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr8	139767349	rs2318338	T	C	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=14;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CCAAACCCATTGGTAAGAGAA;SOR=0.614;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=93;TCR=25;TR=69;WE=139767357;WS=139767339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,74:0.59:126
chr8	139768085	rs7825723	G	A	5862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.892;SC=GCACAGAAACGACAAACATTT;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=390;TCF=155;TCR=235;TR=244;WE=139768093;WS=139768075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,258:0.63:407
chr8	139774852	rs149851445	C	CACACACA	960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.43;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr8	139774866	rs12550638	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=7.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.950;QD=21.80;ReadPosRankSum=0.064;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr8	139808946	rs13262305	C	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=3;PP=908;SC=CCCAGGACACCTCTTTTCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=139808954;WS=139808936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	139809111	rs11992887	G	T	11186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CTAGAAAAATGAAAGAAGGCA;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=401;TCF=228;TCR=173;TR=399;WE=139809119;WS=139809101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,417:1.00:418
chr8	139819949	rs58366541	T	C	12119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=201;NR=212;PP=2965;SC=TTGTCTTATATAGACAGCAAA;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=415;TCF=202;TCR=213;TR=413;WE=139819957;WS=139819939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr8	139823922	rs2318332	C	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=3;PP=299;SC=AGGGTGCTGTCAGCTGACAGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=139823930;WS=139823912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	139825393	rs6577951	A	G	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=47;PP=1422;SC=AGTCCACCCCAGGATACCCCT;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=55;WE=139825401;WS=139825383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr8	139845520	rs6993839	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=605;ReadPosRankSum=0.507;SC=TCGGGAGGGAGTTGTTCAAAT;SOR=1.347;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=35;WE=139845528;WS=139845510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
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chr8	141407698	rs3779658	T	C	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=42;PP=1864;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CTCTTCCACTTACAGGTAGAC;SOR=0.336;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=180;TCF=120;TCR=60;TR=112;WE=141407706;WS=141407688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,120:0.62:192
chr8	141436826	rs6998221	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=393;ReadPosRankSum=2.563;SC=TCATAATTCACATAGCCTAGA;SOR=0.982;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=22;WE=141436834;WS=141436816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr8	141445349	rs11267571	AAGAAAACAAAAAACAAAAACC	A	3693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.707;NF=2;NR=58;PP=2923;ReadPosRankSum=-1.119;SC=GCTGGGCATTAAGAAAACAAA;SOR=1.520;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=207;TCF=7;TCR=200;TR=60;WE=141445377;WS=141445339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,157:0.59:268
chr8	141461062	rs3735803	G	A	7749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=1.964;SC=AGTCCTCGTAGTTGGGGTAGA;SOR=0.819;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=492;TCF=273;TCR=219;TR=328;WE=141461070;WS=141461052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,343:0.68:506
chr8	141461185	rs3735802	A	G	8596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.795;SC=GGAACTTCTCAAAGGTCTGTG;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=590;TCF=293;TCR=297;TR=380;WE=141461200;WS=141461175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,385:0.64:597
chr8	141461266	rs3735801	A	G	6113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TCTGGAAGTCACCCCACTCGT;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=442;TCF=244;TCR=198;TR=272;WE=141461274;WS=141461256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,273:0.62:443
chr8	141525465	rs2231527	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=49;PP=1197;SC=AGTTCCAGTGTGTGGTATTCT;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=141525473;WS=141525455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr8	141549383	rs13252337	A	G	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.305;NF=57;NR=18;PP=1419;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TGAGGGGAGAACCGTGCCCCC;SOR=0.934;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=88;TCR=29;TR=75;WE=141549391;WS=141549373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,82:0.64:129
chr8	141551407	rs2293939	G	A	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=56;PP=1235;ReadPosRankSum=-0.436;SC=GCTGCTGCACGCGCACGGTGG;SOR=0.416;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=137;TCF=38;TCR=99;TR=81;WE=141551415;WS=141551397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,84:0.60:141
chr8	141557497	rs2292782	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=451;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CCCTGCATACTGCACCCCACC;SOR=0.997;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=69;TCR=10;TR=28;WE=141557505;WS=141557487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr8	141561357	rs2292780	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=304;ReadPosRankSum=-1.367;SC=AGCTGCCCATCGGGCAGCACC;SOR=0.333;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=25;WE=141561365;WS=141561347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr8	141561393	rs2292779	G	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=7.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.510;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,35:0.33:105
chr8	141568622	rs2292778	G	A	3127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=87;PP=1996;ReadPosRankSum=-0.151;SC=CATTGCAGACGCGGTACTTCC;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=459;TCF=216;TCR=243;TR=162;WE=141568630;WS=141568612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,167:0.35:477
chr8	141568699	rs2292777	A	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=706;ReadPosRankSum=-0.412;SC=AGGCATCGGCATCGGGGCTGT;SOR=0.590;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=165;TCF=47;TCR=118;TR=54;WE=141568707;WS=141568689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,54:0.31:173
chr8	141568725	rs2292776	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.012;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=627;ReadPosRankSum=-1.939;SC=CCTGAGTGCAGGCGCCACTTG;SOR=1.409;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=107;TCF=20;TCR=87;TR=37;WE=141568733;WS=141568715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
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chr8	141570343	rs76762181	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.198;NF=21;NR=1;PP=439;ReadPosRankSum=0.412;SC=AGCCAGGTGTCACGCAGCGGC;SOR=1.257;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=22;WE=141570351;WS=141570333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
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chr8	141670907	rs9324530	C	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=0.760;SC=CTACAGGGTTCGAATGCTTTG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=12;WE=141670915;WS=141670897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr8	141679817	rs10283368	T	C	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,84:0.57:148
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chr8	141685506	rs13249806	T	C	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=47;PP=1644;ReadPosRankSum=-1.748;SC=ATTCAAAACCTGCTTTCATCA;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=116;TCR=71;TR=123;WE=141685514;WS=141685496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,130:0.65:201
chr8	141685641	rs6998337	C	A	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=112;PP=2965;SC=GGTATATACACTTGGGCAATG;SOR=1.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=75;TCR=112;TR=186;WE=141685649;WS=141685631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr8	141685774	rs13278258	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=2.669;SC=CAGGCAAATAAGCAAATGATG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=141685782;WS=141685764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr8	141744917	rs45613837	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=817;ReadPosRankSum=0.868;SC=GGTGGCAAAGGTCAGGAAAGG;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=56;TCR=101;TR=59;WE=141744925;WS=141744907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,59:0.37:158
chr8	141749052	rs11464275	A	AT	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=216;ReadPosRankSum=-0.329;SC=AAAAGAGATAATTTTTTTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=14;WE=141749060;WS=141749042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr8	141762558	rs6578132	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GAATGAGAGGGATACTTAAAA;SOR=1.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=8;WE=141762566;WS=141762548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr8	141774282	rs7840381	A	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=227;ReadPosRankSum=-1.504;SC=TTTTAAATGCAAGGAGGCATC;SOR=0.501;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=23;WE=141774290;WS=141774272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr8	141779826	rs10875458	C	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.689;SC=AAATAAAAAACAATTACCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=13;WE=141779834;WS=141779816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr8	141840645	rs4246127	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=268;ReadPosRankSum=0.066;SC=AAAAAGAAGCGTATTAACAAA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=21;WE=141840653;WS=141840635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr8	141840739	rs4246128	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=0.417;SC=ATATTATTTAGGAAGGAAACA;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=141840747;WS=141840729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr8	141994297	rs4961311	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=17;PP=442;SC=AGCATTACATAATCATGTAGT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=141994305;WS=141994287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	142138860	rs3739232	C	G	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=36;PP=1431;SC=TGCTGGAGCTCTGCGCGCTGC;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=85;WE=142138868;WS=142138850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	142146708	rs307772	T	C	3474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=88;PP=2024;ReadPosRankSum=-1.635;SC=GACAGTCAAATGGCCGGTGCC;SOR=0.721;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=510;TCF=260;TCR=250;TR=191;WE=142146716;WS=142146698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,193:0.37:518
chr8	142152442	rs307765	A	G	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=52;PP=1208;ReadPosRankSum=-1.087;SC=TTGTGTCATCATGCTGGAGAA;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=165;TCR=151;TR=106;WE=142152457;WS=142152432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,113:0.34:329
chr8	142160829	rs35212078	T	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.611;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=715;ReadPosRankSum=2.020;SC=TTCAGAAATGTTTTCTAACTC;SOR=0.390;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=166;TCF=126;TCR=40;TR=51;WE=142160837;WS=142160819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,55:0.32:172
chr8	142161064	rs3816063	C	T	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=1035;ReadPosRankSum=-1.848;SC=TACGCGGCCCCGCCCCGGCGA;SOR=0.625;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=215;TCF=63;TCR=152;TR=75;WE=142161072;WS=142161054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,79:0.36:220
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chr8	142168337	rs59830378	C	T	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=78;PP=2309;ReadPosRankSum=1.124;SC=GTCCTCTGCGCGAACTTTGAA;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=531;TCF=292;TCR=239;TR=181;WE=142168345;WS=142168327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,186:0.34:547
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chr8	142202884	rs7014062	T	C	4764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.693;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.175;SC=CCTCTCAGGGTTCCCCTCCTA;SOR=0.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=317;TCF=174;TCR=143;TR=189;WE=142202892;WS=142202874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,194:0.60:326
chr8	142204326	rs1045248	C	G	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.703;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=98;PP=2603;ReadPosRankSum=0.056;SC=TTTGGAAAGGCGAATAAACGT;SOR=0.933;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=206;TCF=67;TCR=139;TR=140;WE=142204334;WS=142204316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,145:0.67:218
chr8	142221874	rs3739239	A	G	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=1170;ReadPosRankSum=0.584;SC=GATAAGACTTAGCAGAGAATG;SOR=0.837;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=76;WE=142221882;WS=142221864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,81:0.71:114
chr8	142222261	rs3824235	A	G	96.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr8	142222445	rs3739238	T	C	4423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=74;PP=2589;ReadPosRankSum=1.402;SC=TCTGACACGTTGGGATAGATC;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=338;TCF=207;TCR=131;TR=198;WE=142222453;WS=142222435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,205:0.57:357
chr8	142226108	rs892364	C	T	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=91;PP=2248;ReadPosRankSum=1.611;SC=AGTGGGCAGGCGGCTGGCTCC;SOR=0.771;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=43;TCR=135;TR=121;WE=142226116;WS=142226098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,123:0.68:182
chr8	142228077	rs3842198	AGAGCGGCCCCGCTCCGGT	A	3441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.057;NF=21;NR=21;PP=2970;ReadPosRankSum=1.457;SC=GTGGGCAGAGAGAGCGGCCCC;SOR=1.075;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=42;WE=142228102;WS=142228067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,89:0.63:142
chr8	142228809	rs753779	T	C	5150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=2.041;SC=GCACGTGCAATGCCGAGTCGC;SOR=0.810;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=450;TCF=254;TCR=196;TR=243;WE=142228817;WS=142228799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,246:0.53:460
chr8	142228909	rs753778	G	A	8485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.118;SC=GACGCCGTGCGGCTCGCCCCC;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=612;TCF=335;TCR=277;TR=369;WE=142228917;WS=142228899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,371:0.60:616
chr8	142229145	rs3739235	A	G	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.633;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=80;PP=1974;ReadPosRankSum=0.344;SC=GGGAGGAAGCAGCAGCCGGTG;SOR=0.472;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=163;TCF=34;TCR=129;TR=104;WE=142229153;WS=142229135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,105:0.64:163
chr8	142229178	rs3739234	G	A	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.671;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=55;PP=1339;ReadPosRankSum=0.628;SC=CAGGCCACAGGGGGGGAAGCT;SOR=0.187;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=99;TCF=15;TCR=84;TR=68;WE=142229186;WS=142229168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,68:0.69:98
chr8	142229891	rs2304279	A	G	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=82;PP=2040;ReadPosRankSum=0.750;SC=GCACGATGCCAATGGGCTGCC;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=74;TCR=130;TR=126;WE=142229899;WS=142229881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,123:0.60:204
chr8	142229946	rs4961256	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=942;ReadPosRankSum=1.775;SC=GAGCACACGGGAGGGCGGTCA;SOR=0.155;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=54;WE=142229954;WS=142229936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,55:0.67:82
chr8	142231944	rs6983780	GC	AG	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=706;ReadPosRankSum=0.074;SC=CCCGCGACAGGCAGGTGCCTC;SOR=0.239;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=18;WE=142231953;WS=142231934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
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chr8	142367335	rs10875472	T	C	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=122;PP=2405;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GCGACCCTGGTGGAGCAGACC;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=686;TCF=320;TCR=366;TR=227;WE=142367343;WS=142367325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:458,229:0.33:687
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chr8	142444526	rs10104447	G	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.260;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=-0.851;SC=ATGCTGGGTAGGGGGGGCAGG;SOR=2.373;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=13;WE=142444534;WS=142444516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr8	142444780	rs10104806	G	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=550;ReadPosRankSum=1.658;SC=CTGGGGGGCTGTAGCCCACCC;SOR=1.567;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=34;WE=142444788;WS=142444770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr8	142445062	rs35650977	T	TG	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.233;NF=2;NR=17;PP=568;ReadPosRankSum=0.338;SC=TGGGACGGGCTGGGGGCCCTG;SOR=0.926;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=19;WE=142445070;WS=142445052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr8	142451399	rs73372116	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=689;SC=GCTCAGAGCCCACCCTCCTGC;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=142451407;WS=142451389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	142458039	rs72685417	C	T	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CCTCCTGGGCCTGCTGCTTGG;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=148;TCR=88;TR=234;WE=142458047;WS=142458029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr8	142459814	rs7003306	C	T	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=46;PP=1469;SC=CGTGGGCTGCCCAGCCCCCAG;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=142459822;WS=142459804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	142459859	rs62522537	G	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=31;PP=947;SC=GCTGTGGGCAGAGAGGGCATG;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=142459867;WS=142459849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	142476424	rs28710266	G	A	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.01;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	142476424	.	GCG	ACA	1181	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=39;NR=11;PP=1181;QD=24.6893574972;SC=GTGGGCCATGGCGGGGGCAGA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=50;WE=142476434;WS=142476414;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,50:0.91:55
chr8	142476426	rs28663233	G	A	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	142476474	rs28525328	T	C	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=41;PP=2045;SC=GGGGAGAGGATGGGGAGTGGG;SOR=1.304;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=117;WE=142476482;WS=142476464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	142476555	rs28439396	A	G	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=95;PP=2965;SC=ACCAGCTCACAGGTGTGGCTC;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=100;TCR=95;TR=194;WE=142476563;WS=142476545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr8	142476611	rs28504323	G	A	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=95;PP=2965;SC=CTTGGCTTGCGGGATGTGGAC;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=72;TCR=95;TR=167;WE=142476619;WS=142476601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr8	142477453	.	CCCTGGCCCTT	C	2987	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=75;MMLQ=18;MQ=59.82;NF=29;NR=4;PP=2987;QD=20;SC=GCCCTCCGCCCCCTGGCCCTT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=33;WE=142477470;WS=142477443;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr8	142477468	rs377007139	GCCC	G	2193.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=44.77;SOR=2.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	142477472	rs370101118	TTCCTGGC	T	2193.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=43.87;SOR=2.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	142477479	.	C	T	866	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=200;MMLQ=26;MQ=60.61;NF=42;NR=6;PP=866;QD=18.7660669281;SC=CCCTTCCTGGCCCAGCCCCAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=48;WE=142477498;WS=142477469;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,48:1.00:48
chr8	142477490	rs73713679	C	T	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=200;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=9;PP=1449;SC=CCAGCCCCAGCGCCCTCACGA;SOR=2.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=57;WE=142477498;WS=142477469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	142477517	rs79788097	G	A	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=153;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=17;PP=1575;SC=GCTTGGCCCCGTGCTCCTGGA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=83;WE=142477525;WS=142477507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	142477553	rs73713680	T	C	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=45.48;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	142477563	rs73713681	C	T	8455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=48.04;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr8	142477588	rs74908317	C	T	11955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.16;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr8	142477592	rs76586547	G	A	12859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr8	142477614	rs72685432	C	T	14248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=187;NR=152;PP=2965;SC=GATGAGGTCGCTCAACTCTGC;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=187;TCR=152;TR=339;WE=142477622;WS=142477604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr8	142477752	rs11775650	T	C	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=68;PP=1688;SC=CCCAGGATCTTGCAAGTCTCT;SOR=2.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=16;TCR=69;TR=84;WE=142477760;WS=142477742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	142477771	rs72685433	C	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=46;PP=1251;SC=CTGAGCATATCTGGCCTCCTA;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=142477779;WS=142477761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr8	142484144	rs2126099	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=817;SC=AGGTCCCGCCTTGTCTCCTCT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=142484152;WS=142484134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr8	142487856	rs11779508	A	G	9757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;NR=166;PP=2965;SC=TGCCCGCCTCACCCAGGGCCT;SOR=0.726;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=350;TCF=184;TCR=166;TR=347;WE=142487864;WS=142487846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr8	142488662	rs2613643	C	T	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=24;PP=1748;ReadPosRankSum=1.849;SC=GTCCGGGACTCGGTCTTGGTG;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=85;WE=142488670;WS=142488652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr8	142488837	rs12547980	G	A	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=53;PP=1537;SC=GGTGCTGCTGGCCCATTTCCA;SOR=1.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=142488845;WS=142488827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr8	142489981	rs2748417	C	T	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.578;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=33;PP=2940;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CAGGTGGTGGCGGGGACAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=114;TCR=34;TR=146;WE=142489989;WS=142489971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
chr8	142490079	rs2613641	G	A	11745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=228;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CCGTGGCACCGTTTTTTTCAG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=458;TCF=228;TCR=230;TR=453;WE=142490087;WS=142490068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,460:0.99:464
chr8	142490120	rs2748416	G	T	10651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=1.412;SC=TAGGTAAACAGGAAGGCCTGT;SOR=0.325;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=384;TCF=175;TCR=209;TR=382;WE=142490128;WS=142490110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,399:1.00:400
chr8	142490166	rs7838192	C	T	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=132;PP=2965;SC=CTTGACCCCCCCCAAGGTGGC;SOR=1.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=67;TCR=132;TR=199;WE=142490174;WS=142490156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr8	142505038	rs6578193	T	C	7834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=144;PP=2965;SC=TGCTGGAGATTTGTGGATGGC;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=119;TCR=144;TR=263;WE=142505046;WS=142505028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr8	142505056	rs2246587	T	C	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=86;PP=1777;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GGCAGAGCAATGGTGGCTTGG;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=243;TCF=105;TCR=138;TR=154;WE=142505064;WS=142505046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,163:0.63:257
chr8	142505578	rs2748404	C	A	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.593;SC=ATCTTGAAGCCGGTGGCTAAG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=92;WE=142505586;WS=142505568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,98:0.65:151
chr8	142506401	rs2748400	G	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=0.910;SC=GCCTGTCTGAGCCCAGGGCTG;SOR=0.883;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=10;WE=142506409;WS=142506391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr8	142506461	rs2613637	A	G	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GTGCTCCTGTAGCATCAGTGT;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=75;TCR=28;TR=69;WE=142506469;WS=142506451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,75:0.69:109
chr8	142517130	rs11355664	TG	T,TGG	3131.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=55,55;NR=40,40;PP=574,1711;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGAGTACCGGTGGGGGGGGGT;SOR=0.718;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=95,95;WE=142517142;WS=142517117;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.45,0.43:168
chr8	142517222	rs2748421	A	G	6411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,181:0.36:498
chr8	142517227	rs2613648	C	T	6358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,175:0.35:496
chr8	142528260	rs72614018	G	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=722;ReadPosRankSum=1.043;SC=CGCCTGCGCGGGCCGCTCCCG;SOR=0.648;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=41;WE=142528268;WS=142528250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr8	143352978	rs11777062	T	G	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=28;PP=1891;SC=AGGGGGTCAGTTTCAGGCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=98;WE=143352986;WS=143352968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	143353038	rs35674714	C	T	6156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=92;PP=2965;SC=CTGGGGGTCTCGTCCTCCTCA;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=126;TCR=92;TR=218;WE=143353046;WS=143353028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr8	143365913	rs5895710	GT	G	4188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=83;PP=2951;SC=GCACCTGAAAGTTTCCCATGG;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=4;TCR=86;TR=87;WE=143365921;WS=143365903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	143381810	rs7822013	T	C	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=14;PP=2965;SC=TCATGTGGAGTGTGGAGAGTG;SOR=4.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=115;TCR=14;TR=129;WE=143381818;WS=143381800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr8	143396311	rs140648614	G	A	10046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=224;NR=139;PP=2965;SC=TCCGGGAACCGAGGCCGACCC;SOR=1.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=224;TCR=140;TR=363;WE=143396319;WS=143396301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
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chr8	143412377	rs34722595	T	C	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.111;SC=GGAGCTTCCCTGCCCCCTGCT;SOR=1.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=72;TCR=120;TR=190;WE=143412385;WS=143412367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,201:0.99:203
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chr8	143427178	rs33970858	C	G	21397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=772;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=395;NR=357;PP=2965;SC=CCCCACACAGCGGTTCTGCAG;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=755;TCF=396;TCR=359;TR=752;WE=143427186;WS=143427168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,767:1.00:767
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chr8	143447503	rs7388487	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=27;PP=731;SC=GTTCATGCCACTCTCCAGCCT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=143447511;WS=143447493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr8	143560504	rs13279697	A	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=7;PP=1006;SC=CTGATGACTGATTTCTCCTCT;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=143560512;WS=143560503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	143560555	rs13252518	T	C	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=35;PP=1949;SC=TGCCCCACATTCCTGGGTCCC;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=99;WE=143560563;WS=143560545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr8	143560996	rs66517676	AGCCAGCT	A	8952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=65;PP=2965;SC=CACCTTCCAGAGCCAGCTGCC;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=110;WE=143561010;WS=143560986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr8	143561206	rs4509377	G	A	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=68;PP=2121;SC=CTGTCCTCACGGTGATGCCCA;SOR=2.278;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=93;WE=143561214;WS=143561196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	143563087	rs11782438	C	G	10682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=236;PP=2965;SC=GCTCCCCGAGCGGCATTTTGG;SOR=1.253;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=388;TCF=151;TCR=237;TR=387;WE=143563095;WS=143563077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr8	143563161	rs11776057	G	A	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=71;PP=2066;SC=CCCCAACCCTGGCCACAGCCC;SOR=4.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=6;TCR=71;TR=77;WE=143563169;WS=143563151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	143570281	rs73714305	G	A	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=16;PP=2633;SC=GGCCCTGGACGCGACCTTGAA;SOR=3.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=101;TCR=16;TR=117;WE=143570289;WS=143570271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr8	143599631	rs13281622	A	G	14944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr8	143599634	rs13254098	T	G	14838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=1.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr8	143599651	rs13281652	A	C	7288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=166;PP=2965;SC=CTCCTGCATCACACGCCTCTT;SOR=1.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=79;TCR=166;TR=245;WE=143599673;WS=143599641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
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chr8	143599753	rs13281945	A	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=44.19;SOR=4.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	143603269	rs7463713	A	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=7;PP=972;SC=CTCAGTGGGGACAGGTGTGGG;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=143603277;WS=143603259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	143603318	rs7462471	C	T	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=37;PP=1972;SC=GCCCTGGGCCCCACACAGGTG;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=102;WE=143603326;WS=143603308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	143603418	rs7460600	G	C	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=100;NR=90;PP=2965;SC=CCTACATGGCGGTGACGGGCC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=100;TCR=90;TR=190;WE=143603426;WS=143603408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
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chr8	143823863	rs13254346	G	C	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.991;SC=TTATACCCAGGCCCTTGGGCA;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=347;TCF=155;TCR=192;TR=135;WE=143823884;WS=143823853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,137:0.38:359
chr8	143823876	rs13254358	G	A	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=0.958;SC=CTTGGGCACCGGCTTCTGGGC;SOR=0.733;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=305;TCF=133;TCR=172;TR=108;WE=143823884;WS=143823853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,110:0.35:315
chr8	143845950	rs2585187	A	G	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr8	143846593	rs12541206	T	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=403;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CACAAACGGATGGGAGGCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=113;TCF=29;TCR=84;TR=35;WE=143846601;WS=143846583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
chr8	143849626	rs7006366	T	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.14;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	143849657	.	A	G	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=16;MQ=54.36;NF=0;NR=3;PP=21;QD=18.5904041824;SC=GGTGGGGGGGAGGGGGCAGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=143849665;WS=143849647;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
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chr8	143857208	rs2304397	G	A	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1605;ReadPosRankSum=1.592;SC=CACCTTCCCCGGGGCAGGGGG;SOR=0.726;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=259;TCF=128;TCR=131;TR=105;WE=143857216;WS=143857198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,105:0.39:266
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chr8	143867841	rs2717607	C	G	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=1677;ReadPosRankSum=0.782;SC=ACACAGGCCACAGCCGCCCAC;SOR=0.921;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=89;TCR=112;TR=113;WE=143867849;WS=143867831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,120:0.58:207
chr8	143867905	rs2572925	C	T	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.942;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=1286;ReadPosRankSum=-0.474;SC=ACAGCCAGGGCTGCAAGGAGC;SOR=0.964;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=80;WE=143867913;WS=143867895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,88:0.58:153
chr8	143921804	rs3750246	C	T	14130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr8	143921812	rs3750247	A	G	14629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
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chr8	143956808	rs6395	A	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=20;PP=708;SC=CTACCGAAGAACCCGCAGAGG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=143956816;WS=143956798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr8	143956965	rs6391	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=54.03;NF=4;NR=6;PP=207;SC=GATTCCAGAGAAAGAAGAGCT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=143956973;WS=143956955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	143957405	rs6471570	A	C	19303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=281;NR=394;PP=2965;SC=ATACCCTGAGAACGACAGAGC;SOR=1.118;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=676;TCF=281;TCR=395;TR=675;WE=143957422;WS=143957395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,692:1.00:692
chr8	143957856	rs7822986	G	A	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=90;PP=2752;SC=GGTGCTGGGAGACATCCTTCA;SOR=1.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=45;TCR=90;TR=135;WE=143957864;WS=143957846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	143957886	rs10105643	A	C	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=51;PP=1623;SC=TCCTGCCCAGACTGCCCCGAC;SOR=1.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=72;WE=143957894;WS=143957876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	143958427	rs6387	C	T	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;PP=2965;SC=GATCTTCCCACGTGGCCCACA;SOR=0.713;Source=Platypus;TCF=101;WE=143958435;WS=143958417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr8	143959250	rs7818826	T	C	8542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=154;NR=144;PP=2965;SC=CAGCCACATTTCTGCAAAACT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=154;TCR=144;TR=298;WE=143959258;WS=143959240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr8	143959289	rs7818953	T	C	6997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=135;PP=2965;SC=CAGCTGGCTGTTGTGAGCTGT;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=101;TCR=135;TR=236;WE=143959297;WS=143959279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr8	143959412	rs28551743	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.64;NF=1;NR=12;PP=334;SC=CACCCATGCCGGCACCTGCAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=143959420;WS=143959402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	143960597	rs5283	G	A	29047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1082;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.278;SC=CTCCTCCCAAGTCGTACCTGT;SOR=0.225;SbPval=0.5;Source=Platypus;WE=143960605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1075:1.00:1076
chr8	143961005	rs6410	T	C	7797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.156;SC=AAATGGGCCCTAGTTCCTGGA;SOR=1.618;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=180;TCR=84;TR=262;WE=143961013;WS=143960995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr8	143993640	rs6433	C	T	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=47;PP=1390;SC=ACCTATCCCACTTCTGACCAG;SOR=3.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=143993648;WS=143993630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	143994321	rs6435	T	C	2034.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.799;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.951;NF=24;NR=44;PP=1461;ReadPosRankSum=1.472;SC=GGGGCATCCATAGAAAGGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=68;WE=143994329;WS=143994311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,76:0.86:88
chr8	143994349	rs6397	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.697;NF=13;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=-1.701;SC=GGATGGGGCTTCCTGTGCTCT;SOR=1.048;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=19;WE=143994357;WS=143994339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
chr8	143994388	rs6429	G	C	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.73;MQRankSum=-0.676;QD=27.46;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
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chr8	143994396	rs79201878	A	T	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.32;MQRankSum=-1.083;QD=28.75;ReadPosRankSum=2.965;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr8	143994398	rs80062072	A	G	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.53;MQRankSum=-0.908;QD=28.25;ReadPosRankSum=3.070;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr8	143994399	rs74838461	T	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQRankSum=-0.778;QD=29.26;ReadPosRankSum=2.605;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr8	143994419	rs5895735	T	TG	1389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.752;NF=5;NR=18;PP=957;ReadPosRankSum=1.052;SC=GCCCAGGTCGTAGGAAGTACT;SOR=0.502;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=23;WE=143994435;WS=143994409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr8	143994427	rs6394	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.763;NF=9;NR=22;PP=774;ReadPosRankSum=1.314;SC=CGTAGGAAGTACTTCCTTGCA;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=143994435;WS=143994409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr8	143994702	rs4538	G	T	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.185;NF=108;NR=8;PP=2965;ReadPosRankSum=1.050;SC=AGCACCCACCGCAAGGTCTCC;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=120;TCF=111;TCR=9;TR=116;WE=143994710;WS=143994692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr8	143994978	.	CAAA	C,CAA	11415.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=154;PP=2969;SC=ATGCCCTGAGCAAAAACAGAG;SOR=2.640;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=170;TCF=7;TCR=163;TR=160;WE=143994990;WS=143994968;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:256
chr8	143994981	.	AA	CG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.94;NF=45;NR=154;PP=2947;QD=20;SC=CCCTGAGCAAAAACAGAGCCC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=205;TCF=45;TCR=160;TR=199;WE=143994990;WS=143994968;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,199:0.97:205
chr8	143994982	.	A	ACG	11414.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=2.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr8	143995761	rs4536	C	T	8379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=161;NR=126;PP=2965;SC=ACAGGAGCTCCGCCACGATGC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=162;TCR=126;TR=287;WE=143995769;WS=143995751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr8	143996059	rs6434	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr8	143996363	rs6418	A	G	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.08;MQRankSum=-0.925;QD=25.69;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr8	143996363	.	AGG	GGA	2241	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=51.1;NF=60;NR=55;PP=2241;QD=19.951894564;SC=AGGCAGCCCCAGGCCTCCTGG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=115;WE=143996373;WS=143996353;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,115:0.97:119
chr8	143996365	rs6399	G	A	4998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.25;QD=44.24;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	143996539	rs4539	T	C	9168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=85;PP=2965;SC=CACCTTCTTCTTCAGGGCCTG;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=109;TCR=85;TR=194;WE=143996561;WS=143996529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr8	143996553	rs4546	G	A	9564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=95;PP=2965;SC=GGGCCTGGGAGAAGTCCCTGG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=120;TCR=95;TR=215;WE=143996561;WS=143996529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
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chr8	144097220	.	C	T	311	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=15;MQ=54.11;NF=13;NR=4;PP=311;QD=20.339483091;SC=GAGGGAGTGCCGTGTGAGGAG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=17;WE=144097228;WS=144097210;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,17:0.85:20
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chr8	144097356	rs75280734	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=5;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=590;ReadPosRankSum=-1.325;SC=TAGATGTGTGGGGGGAGAGTT;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=48;WE=144097364;WS=144097346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
chr8	144097377	rs62525087	C	G	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=44;PP=1469;SC=GGCATTCGGCCCGGTCAGGAC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=92;WE=144097385;WS=144097367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	144124512	rs11136299	T	C	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=69;PP=2254;ReadPosRankSum=1.601;SC=AGGGTAGGCCTGCGGGGGAGA;SOR=0.548;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=156;TCR=107;TR=169;WE=144124520;WS=144124502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,182:0.66:277
chr8	144124609	rs11136300	T	C	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=62;PP=1281;ReadPosRankSum=1.523;SC=CAGGGGCTGCTGGCTGCCAGG;SOR=0.469;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=365;TCF=202;TCR=163;TR=129;WE=144124617;WS=144124598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,132:0.35:373
chr8	144125727	rs6997455	T	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=571;ReadPosRankSum=-0.962;SC=GCAGCTGGCGTTGGGAGGCTA;SOR=1.553;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=35;WE=144125735;WS=144125717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr8	144126244	rs4612316	T	C	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=58;PP=940;ReadPosRankSum=-1.089;SC=GGTGGGTGACTGCAGCACATG;SOR=1.104;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=208;TCF=53;TCR=155;TR=72;WE=144126252;WS=144126234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,74:0.35:214
chr8	144130550	rs12677862	C	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=763;ReadPosRankSum=0.029;SC=GGATGTCCCACACCCTGTCAT;SOR=0.651;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=157;TCF=118;TCR=39;TR=51;WE=144130558;WS=144130540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,51:0.31:162
chr8	144162364	rs6993880	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=303;ReadPosRankSum=-1.990;SC=GGGGGGTGCGCCCTGAGTAAA;SOR=0.681;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=20;WE=144162372;WS=144162354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr8	144239660	rs7007949	G	A	3649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=23;PP=2695;ReadPosRankSum=-1.331;SC=GTGGGAAGGAGGAGACATCAG;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=178;TCR=40;TR=131;WE=144239668;WS=144239650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,138:0.62:223
chr8	144239859	rs10109061	A	G	9409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=235;PP=2962;ReadPosRankSum=1.747;SC=TAACGAAGTCACAGGAGGAGG;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=678;TCF=291;TCR=387;TR=403;WE=144239867;WS=144239849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,417:0.59:701
chr8	144240257	rs9694368	C	G	6559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.408;SC=TGGCACACACCGTGTCGGACG;SOR=0.577;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=396;TCF=185;TCR=211;TR=281;WE=144240265;WS=144240247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,292:0.71:409
chr8	144295321	rs13253453	C	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=18;PP=505;SC=CCCCAGCCCACAGCAGCATGG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=144295329;WS=144295311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	144295782	rs11538388	G	T	3769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=89;PP=2279;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AGGATGAGGTGGAAGAGGAGG;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=272;TCF=125;TCR=147;TR=163;WE=144295790;WS=144295772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,175:0.61:286
chr8	144332012	rs6558339	T	C	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=54;PP=1339;ReadPosRankSum=-1.134;SC=AGGAACAGAATGATGGAGAAG;SOR=0.943;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=388;TCF=214;TCR=174;TR=132;WE=144332020;WS=144332002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,140:0.34:406
chr8	144332082	rs11136275	T	C	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=60;PP=1389;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TGCAGAAGAGTGCGCTCAGAG;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=355;TCF=182;TCR=173;TR=128;WE=144332090;WS=144332072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,133:0.36:366
chr8	144332475	.	C	T	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.961;ClippingRankSum=0.000;DP=692;ExcessHet=3.0103;FS=3.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:508,181:0.26:689
chr8	144351632	rs6558341	A	G	12488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=201;NR=246;PP=2965;SC=TCTCATCACCAGGGACACCTG;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=448;TCF=202;TCR=246;TR=447;WE=144351640;WS=144351622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr8	144357213	rs3817675	G	C	3845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=83;PP=2768;ReadPosRankSum=0.011;SC=GTGGCCCCACGTGGACTCCTG;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=519;TCF=289;TCR=230;TR=195;WE=144357221;WS=144357203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,195:0.37:529
chr8	144357479	rs3812433	C	G	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=57;PP=1076;ReadPosRankSum=-1.411;SC=TTTAACAGTGCTGAGCCCTCG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=321;TCF=131;TCR=190;TR=95;WE=144357487;WS=144357469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,99:0.29:337
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chr8	144357992	rs2293923	A	G	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,51:0.26:193
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chr8	144398029	rs13275896	A	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.290;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=536;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GCCCCTCCCCATCCCGCACCA;SOR=1.060;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=44;WE=144398037;WS=144398019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr8	144398132	rs2293927	T	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=991;ReadPosRankSum=-0.989;SC=AGGGGTCCCTTGAGGGCTGGG;SOR=0.475;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=196;TCF=133;TCR=63;TR=80;WE=144398140;WS=144398122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,76:0.40:188
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chr8	144399885	rs2272637	A	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=1.371;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr8	144399886	rs2272636	G	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr8	144403449	rs61631623	G	A	4693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=130;PP=2925;ReadPosRankSum=-0.020;SC=CGTGTTGGCAGCCATCGGCCT;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=692;TCF=326;TCR=366;TR=252;WE=144403457;WS=144403439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:451,256:0.36:707
chr8	144406579	rs3812435	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=317;ReadPosRankSum=1.728;SC=GCCGGTGCCCGGCTTACACAC;SOR=0.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=67;TCR=11;TR=23;WE=144406587;WS=144406569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr8	144406627	rs3829018	G	A	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=26;PP=1292;ReadPosRankSum=-0.476;SC=TCCTGGGGAGGAAACACCCTG;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=243;TCF=175;TCR=68;TR=91;WE=144406635;WS=144406617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,98:0.39:253
chr8	144406926	rs13250865	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=443;ReadPosRankSum=0.845;SC=TGACCGAGTCTGGCATCAGAG;SOR=1.341;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=126;TCF=22;TCR=104;TR=39;WE=144406934;WS=144406916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,38:0.29:129
chr8	144411759	rs3812436	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr8	144411767	rs2467894	C	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr8	144417051	rs2956274	A	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=146;ReadPosRankSum=0.312;SC=TCCGGGAAAGAGCGACAAGCT;SOR=0.054;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=13;WE=144417059;WS=144417041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr8	144425247	rs7837655	C	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=1.002;SC=CTTATTTCACCATAAAATCTT;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=13;WE=144425255;WS=144425237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr8	144451368	rs62524011	C	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr8	144458874	rs3812439	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=860;ReadPosRankSum=0.740;SC=TGCACGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=10;TCR=64;TR=44;WE=144458882;WS=144458858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr8	144459231	.	C	CGT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.102;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr8	144459233	.	CG	TG	859	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=13,9;NR=7,1;PP=859,58;QD=44.0;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGTGT;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=20,10;WE=144459241;WS=144459224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr8	144459233	.	CG	CGTG	859	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=13,9;NR=7,1;PP=859,58;QD=44.0;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGTGT;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=20,10;WE=144459241;WS=144459224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr8	144459233	rs3889112	C	CGT,T	895.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=34.45;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,19,7:0.73,0.27:26
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chr8	144460569	rs901762	G	A	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=202;SC=AGACACATGCGGAGGCTGAAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=144460577;WS=144460559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr8	144523323	rs2294114	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=522;ReadPosRankSum=1.759;SC=TGGGTGGGCCGGCTGGAGGCT;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=33;WE=144523331;WS=144523313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr8	144566969	rs2294119	C	T	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=22;PP=1262;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CAGGTCACTGCTGTCTAAAGA;SOR=1.169;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=212;TCF=151;TCR=61;TR=87;WE=144566977;WS=144566959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,88:0.40:219
chr8	144618379	rs11774857	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=4;PP=220;SC=AGCATATCCCATCAGGCAGGC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=144618387;WS=144618369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	144620183	rs4874147	T	C	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=797;ReadPosRankSum=0.129;SC=CTTGTGCTGCTGCGTCTCCGG;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=132;TCR=66;TR=68;WE=144620191;WS=144620173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,70:0.33:210
chr8	144623574	rs2242093	T	C	5960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=968;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.02;MQRankSum=1.939;NF=169;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=0.334;SC=GCCGCCGTAATATCTCCTTTT;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=947;TCF=489;TCR=458;TR=323;WE=144623582;WS=144623564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:630,336:0.35:966
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chr8	144641161	rs4292703	A	G	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1124;ReadPosRankSum=0.015;SC=GGGTCCCTGCACCACGCTCAG;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=84;TCR=90;TR=85;WE=144641169;WS=144641151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,96:0.50:192
chr8	144641753	rs4874151	A	C	9669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=256;PP=2965;SC=GCAGAGCCCCAGGGAGGCTGG;SOR=1.997;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=104;TCR=256;TR=360;WE=144641761;WS=144641743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr8	144642151	.	G	GAGGGCAGGGCAGGGC	2768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=3.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.471;QD=19.78;ReadPosRankSum=1.281;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,68:0.49:140
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chr8	144642281	rs146277165	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=413;ReadPosRankSum=1.683;SC=TGGCCTCAAGCAGTCCTCCTG;SOR=1.708;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=22;WE=144642289;WS=144642271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr8	144642596	rs7835865	T	C	6421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=109;NR=117;PP=2965;SC=AGTCCACCTTTCCTCATGGGG;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=109;TCR=117;TR=226;WE=144642604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr8	144642626	rs7831485	A	G	5482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=99;PP=2965;SC=CGTGGGGAGCACACGGAGAGG;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=99;TCR=99;TR=198;WE=144642634;WS=144642616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr8	144642881	rs112103340	G	A	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=75;PP=1782;ReadPosRankSum=0.527;SC=TGGAAGTCACGCGCACCCACA;SOR=0.972;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=232;TCF=105;TCR=127;TR=132;WE=144642889;WS=144642871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,145:0.58:249
chr8	144642932	rs62000422	G	A	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.947;SC=CCGGAGCCACGTGCTTGCAGG;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=74;WE=144642940;WS=144642922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,79:0.59:133
chr8	144642986	rs11136298	T	C	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=32;PP=1366;SC=CACGTGGGCATGCGGCGGCGG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=67;WE=144642994;WS=144642976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr8	144643603	rs2290414	G	A	5265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.079;SC=GGTGAGAGCCGAGAGCCCCCA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=387;TCF=216;TCR=171;TR=234;WE=144643611;WS=144643593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,244:0.61:401
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chr8	144649690	rs13254590	C	T	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=29;PP=1376;SC=AGTGCCCGGGCCCCTGGCCCT;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=144649698;WS=144649680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr8	144650503	rs13271361	G	A	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.457;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=2860;ReadPosRankSum=1.374;SC=GGGAAGAGGGGGAGCAAGGGC;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=89;WE=144650518;WS=144650493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,90:0.67:134
chr8	144650510	rs11136301	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.902;SC=GGGGGAGCAAGGGCATCGGGT;SOR=0.777;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=48;TCR=70;TR=38;WE=144650518;WS=144650493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
chr8	144650547	rs11136302	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=1.794;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr8	144650550	rs10101426	T	C	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=41;SC=GGCAGGAGACTGGATTGATTC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=144650558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	144650925	rs13279011	A	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=633;SC=AGGCGGAGACAGAGAGGGGCT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=144650933;WS=144650915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	144651554	.	A	G	58	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=58;QD=18.5542425094;SC=AGAGACTGGAAGGGCGGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=144651562;WS=144651544;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
chr8	144652393	rs11280720	C	CCCCTCCTCA	4587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.704;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=2978;ReadPosRankSum=0.735;SC=CACCCTGGGGCCCCTCCTCAC;SOR=1.065;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=33;WE=144652401;WS=144652383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,95:0.57:168
chr8	144653011	rs11777527	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.964;SOR=1.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr8	144653218	rs4874152	A	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=640;SC=GTGTCCAGGGAATGTAGGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=144653226;WS=144653208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	144654249	rs10866911	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=2.157;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,71:0.35:200
chr8	144654255	rs4874153	A	G	6680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=70;PP=1948;SC=CAGGGTGAGCACTGTCGCCTG;SOR=1.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=123;TCR=70;TR=193;WE=144654263;WS=144654239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr8	144654430	rs141522358	C	G	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.282;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=75;PP=2385;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CGGCCTCCCACCTGGCTTCCT;SOR=1.010;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=196;TCF=83;TCR=113;TR=125;WE=144654438;WS=144654420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,127:0.63:201
chr8	144654582	rs4874154	C	A	19342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr8	144654582	.	CCCCGTCACCTGG	ACCCCTCACCTGG,ACCCCTCACCTGT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=213,83;NR=182,72;PP=2944,2153;QD=20;SC=CCCTTCCCTCCCCCGTCACCT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=414;TCF=219;TCR=195;TR=395,155;WE=144654602;WS=144654571;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.95:414
chr8	144654586	rs4874155	G	C	19483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.79;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr8	144654594	rs4873803	G	T	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,176:0.41:433
chr8	144654693	rs4873804	G	C	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=61;PP=1226;ReadPosRankSum=0.456;SC=CTGCCTCAGAGGGGGCGGTGA;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=307;TCF=145;TCR=162;TR=112;WE=144654701;WS=144654683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,121:0.38:317
chr8	144656977	rs78452615	G	C	6412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TGAGTGATTCGTGTTGTTTCC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=447;TCF=257;TCR=190;TR=276;WE=144656985;WS=144656967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,286:0.61:466
chr8	144657269	rs2290417	G	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=837;ReadPosRankSum=0.520;SC=CACAGCTGCAGGGAGGAGGTA;SOR=0.926;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=232;TCF=101;TCR=131;TR=81;WE=144657277;WS=144657259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,87:0.35:247
chr8	144657600	rs2290416	G	A	3179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=78;PP=1936;ReadPosRankSum=-0.291;SC=CACCGTCAGAGCCCAGGAGCC;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=94;TCR=124;TR=136;WE=144657608;WS=144657590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,143:0.63:226
chr8	144657969	.	TGGG	T	262	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=26;MQ=56.33;NF=0;NR=8;PP=262;QD=36.5;SC=CTGCCCTGGGTGGGGAAGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=144657979;WS=144657959;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,8:0.50:16
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chr8	144658505	rs114291348	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=817;ReadPosRankSum=0.116;SC=GCAGTATCACCGCTGAAACTT;SOR=0.777;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=46;WE=144658513;WS=144658495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr8	144658711	rs872935	G	A	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=68;PP=1850;ReadPosRankSum=-1.019;SC=CCCAGGGCCAGGGCGACTGCT;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=384;TCF=189;TCR=195;TR=136;WE=144658719;WS=144658700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,143:0.35:404
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chr8	144660189	rs896953	A	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.721;HP=6;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.771;NF=15;NR=30;PP=617;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CCACGGGGGGACAAGGACTTC;SOR=1.145;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=45;TCR=87;TR=45;WE=144660197;WS=144660179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,43:0.38:112
chr8	144660509	.	T	TCCGGC	1703	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=62.99;NF=1;NR=22;PP=1703;QD=75.0869565217;SC=ACGTCCGGACTCCGCCCCGCC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=23;WE=144660531;WS=144660499;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr8	144660511	rs201754569	C	CG	1565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=15.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.92;MQRankSum=3.027;QD=28.47;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=0.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr8	144660513	.	C	CCCGA	1565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.857;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=13.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.97;MQRankSum=2.932;QD=27.47;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr8	144660523	rs4475500	A	G	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=1039;SC=CCCCGCCCCGACCCCGTGACG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=144660531;WS=144660499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	144662353	rs1062391	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=587;ReadPosRankSum=2.689;SC=CCTCCAGCTGGGCCATGTCCG;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=49;WE=144662361;WS=144662343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,55:0.38:144
chr8	144663075	rs1809148	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.846;SC=ACCTGCCCAGGGCTAACTGTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=144663083;WS=144663065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr8	144668590	rs11780087	T	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=121;SC=AACGAGAGCTTGGCGGGCCAG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=144668598;WS=144668580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	144671244	rs4874160	C	A	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=47;PP=2942;SC=ACCAGGCCACCCGCAGGGCCT;SOR=1.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=105;TCR=48;TR=152;WE=144671252;WS=144671234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	144671685	rs6985081	G	C	13135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=257;NR=188;PP=2965;SC=TGCGGCTGCCGTCGGGGGCCA;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=446;TCF=258;TCR=188;TR=445;WE=144671693;WS=144671675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr8	144671922	rs3812448	G	A	11950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=234;PP=2965;SC=CCAGCCACACGCGTTCGGCCG;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=419;TCF=185;TCR=234;TR=419;WE=144671930;WS=144671912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr8	144672541	rs751932	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=996;SC=ATGAACAATATATAATTTTGT;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=144672549;WS=144672531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	144681777	rs10282929	G	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=680;ReadPosRankSum=0.419;SC=CCTCTGCCATGGGGGGCGGAG;SOR=0.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=50;WE=144681785;WS=144681767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,53:0.35:151
chr8	144686998	rs114073802	T	C	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=794;ReadPosRankSum=0.847;SC=GCCAGTGTGGTGGTGCCAGAG;SOR=0.956;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=47;WE=144687006;WS=144686988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr8	144688348	rs118119099	G	T	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=83;PP=2175;ReadPosRankSum=1.371;SC=ATGGTGGTTGGGGGGGATAGG;SOR=0.713;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=254;TCF=127;TCR=127;TR=162;WE=144688356;WS=144688336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,167:0.65:256
chr8	144688736	rs2242090	C	G	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=52;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GCTGCAGGAGCTTGGTCTCGC;SOR=0.756;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=253;TCF=135;TCR=118;TR=99;WE=144688744;WS=144688726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,107:0.39:276
chr8	144689289	rs11549789	C	T	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1120;ReadPosRankSum=2.337;SC=GTGCGTGGTCCGGCAACCCAG;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=77;WE=144689297;WS=144689279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,89:0.66:135
chr8	144689686	rs4874169	A	G	10392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=221;NR=171;PP=2965;SC=GCACAAACACATGCACACACA;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=394;TCF=222;TCR=172;TR=392;WE=144689694;WS=144689676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr8	144689914	rs11136305	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.593;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.938;NF=15;NR=17;PP=486;ReadPosRankSum=0.600;SC=CACAAGCGCACGTGCAAACGC;SOR=0.600;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=32;WE=144689922;WS=144689904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,31:0.26:118
chr8	144689932	rs34360518	CACAT	C	1156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.587;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.647;NF=22;NR=13;PP=1395;ReadPosRankSum=-1.089;SC=CGCACATGAGCACATACATAC;SOR=0.296;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=35;WE=144689943;WS=144689922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,37:0.28:132
chr8	144690014	rs4874170	T	C	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.137;NF=116;NR=59;PP=1875;ReadPosRankSum=-1.186;SC=CACTCACACATGCATACACAC;SOR=0.997;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=563;TCF=347;TCR=216;TR=175;WE=144690027;WS=144690004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:398,175:0.31:573
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chr8	144690886	rs10097337	A	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=170;ReadPosRankSum=-1.398;SC=GTGGCAGCCAAACACACCAGT;SOR=0.700;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=17;WE=144690894;WS=144690876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
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chr8	144732450	rs3750204	G	A	5150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.320;SC=CGTTTAATTCGGACCTAGTTA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=346;TCF=145;TCR=201;TR=205;WE=144732458;WS=144732440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,217:0.60:360
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chr8	144773147	rs56377635	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=329;ReadPosRankSum=-0.835;SC=ATCAGTCCACCGCAGGGCCAC;SOR=0.251;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=26;WE=144773155;WS=144773137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr8	144773918	rs59729010	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=219;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GGCGGGCCCCGTCCCTGTGGC;SOR=0.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=16;WE=144773926;WS=144773908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
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chr8	144774233	rs11785723	T	C	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=757;ReadPosRankSum=1.185;SC=GTGATGGCCATGTGGGGTCCC;SOR=1.042;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=231;TCF=128;TCR=103;TR=76;WE=144774241;WS=144774223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,84:0.34:244
chr8	144774526	rs73718140	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=100;ReadPosRankSum=-1.600;SC=GACTGTGGAGTGTCAGGTCCC;SOR=0.399;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=13;WE=144774534;WS=144774516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr8	144775717	rs11993562	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.952;NF=15;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CACCCGCCTCGGCCTCCCAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=15;WE=144775725;WS=144775707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr8	144775871	rs6987308	C	A	4539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=106;PP=2937;ReadPosRankSum=0.596;SC=CCCAAGAGACCTTGTGATCAT;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=660;TCF=378;TCR=282;TR=241;WE=144775879;WS=144775861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:437,246:0.36:683
chr8	144776109	rs11786757	A	G	8397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=184;PP=2965;SC=TAGAGCTGTCATTCATCTGCG;SOR=1.264;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=299;TCF=115;TCR=184;TR=299;WE=144776117;WS=144776099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr8	144776713	rs7464270	A	C	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=59;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GCGCCCGAAGAGTGGGGTGCT;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=290;TCF=114;TCR=176;TR=99;WE=144776721;WS=144776703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,106:0.34:310
chr8	144789624	rs75368383	T	C	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=70;PP=1641;ReadPosRankSum=0.545;SC=GAAGGCCGCCTTGTCCTCCAG;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=430;TCF=206;TCR=224;TR=133;WE=144789632;WS=144789614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,136:0.30:449
chr8	144798592	rs62524242	C	T	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=2.156;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,117:0.36:321
chr8	144800137	rs144696520	TC	T	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.511;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr8	144800552	rs6997797	C	T	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=67;PP=1797;SC=TGCGTGTCCCCCTGCGTGTCC;SOR=3.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=12;TCR=67;TR=79;WE=144800560;WS=144800542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	144801347	rs5895782	AC	A	2464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=43;PP=1732;SC=GACATCCCCAACCCCCCCTCC;SOR=1.445;Source=Platypus;TCF=34;TR=66;WE=144801362;WS=144801337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	144801544	.	G	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=3.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,73:0.27:268
chr8	144803450	rs34410761	C	T	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=87;PP=2252;ReadPosRankSum=1.476;SC=GAGAAGGGCCCGGAGGGTGTC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=483;TCF=225;TCR=258;TR=163;WE=144803458;WS=144803440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,166:0.33:500
chr8	144803616	rs11783357	C	T	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=78;PP=2485;ReadPosRankSum=1.847;SC=ACGCGGAGCACGGCCCGGGCC;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=559;TCF=324;TCR=235;TR=188;WE=144803624;WS=144803606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,198:0.34:574
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chr8	144808003	rs4875045	G	C	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=33;PP=2168;SC=TGCTCAAGCAGATGAGCAGGG;SOR=1.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=109;WE=144808011;WS=144807993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr8	144825272	rs4074641	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=30;PP=715;ReadPosRankSum=1.593;SC=TCTGCAGGGTAGCCACCGGGC;SOR=4.899;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=30;WE=144825280;WS=144825262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr8	144825290	rs4074640	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-5.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=418;ReadPosRankSum=0.483;SC=GGCACGGCCTTGCCAGGCTGA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=24;WE=144825298;WS=144825280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr8	144873475	rs146664605	G	A	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=60;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.915;SC=CTCCTCCTGCGGGCCTGGAGG;SOR=0.769;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=386;TCF=210;TCR=176;TR=142;WE=144873483;WS=144873465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,151:0.38:397
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chr8	144873779	rs9314417	G	A	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=55;PP=2636;SC=GAGCGGATGGGGGCGGTGGCA;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=139;WE=144873787;WS=144873769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	144873996	rs367554617	CA	C	210.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,18:0.20:88
chr8	144873997	rs6982642	A	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,69:0.79:87
chr8	144874078	rs117338714	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr8	144874366	rs7461245	T	C	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=83;PP=2512;SC=CAGGGCGGGGTGGCGACCCCA;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=61;TCR=83;TR=144;WE=144874374;WS=144874356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	144874554	rs6991873	T	C	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=20;PP=767;SC=CTCCCAGGGGTGGGGGGGACG;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=48;WE=144874562;WS=144874544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	144877546	rs115359803	C	T	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=49;PP=1393;ReadPosRankSum=0.479;SC=CCACCGGCCTCGGGCTCCCTG;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=303;TCF=170;TCR=133;TR=109;WE=144877554;WS=144877536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,113:0.36:313
chr8	144885580	rs13281371	A	G	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=29;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TGCTGGCCTCAAAGCCGTCAC;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=116;TCR=48;TR=101;WE=144885588;WS=144885570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,108:0.61:176
chr8	144886628	rs34099611	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=-0.954;SC=GGCGAGCAGGCCGGCTTCCCA;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=15;WE=144886636;WS=144886625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr8	144887656	rs7830442	A	G	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=78;PP=1970;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CGCCACAGACAGCCACGTGCT;SOR=0.982;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=186;TCF=64;TCR=122;TR=116;WE=144887664;WS=144887646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,121:0.63:191
chr8	144889172	rs10866915	A	G	5840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GCCGCAGGATAGTGAGGGTCA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=420;TCF=226;TCR=194;TR=253;WE=144889180;WS=144889162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,266:0.61:438
chr8	144889901	rs58557681	C	T	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=55;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CAAGCTCCCTCGACTGCCCTG;SOR=0.186;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=176;TCF=33;TCR=143;TR=74;WE=144889909;WS=144889891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,78:0.44:177
chr8	144890873	rs10098508	A	T	7609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;MQRankSum=0.125;QD=26.24;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,288:0.99:290
chr8	144894496	rs4875060	G	A	8976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CGATGGCCTCGGTCACCTCGC;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=578;TCF=303;TCR=275;TR=386;WE=144894504;WS=144894486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,402:0.67:596
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chr8	144894702	rs11404566	C	CT	1093.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.28;MQRankSum=0.513;NF=2;NR=21;PP=837;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CCTACCTTGCCCCACAAGCCT;SOR=0.929;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=23;WE=144894710;WS=144894692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
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chr8	144917880	rs72693365	G	A	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=1210;ReadPosRankSum=-1.416;SC=CCAGGAAGGCGGCCAGCTTCA;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=329;TCF=158;TCR=171;TR=99;WE=144917888;WS=144917869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,102:0.30:336
chr8	144917952	rs117961018	G	A	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=817;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TGCCCCGTGCGCCCCCTCCGC;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=69;WE=144917960;WS=144917942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,72:0.33:219
chr8	144940117	rs4977192	C	A	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=44;PP=2718;SC=AGTATGCCTCCACTTCTCCAG;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=144940125;WS=144940107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr8	144940230	.	G	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=22;MQ=50.85;NF=391;NR=73;PP=2962;QD=20;SC=AGAAGCTGCAGGTACGTGAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=781;TCF=552;TCR=229;TR=464;WE=144940238;WS=144940220;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:317,464:0.59:781
chr8	144940300	rs4977191	G	A	21701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.425;NF=558;NR=330;PP=2962;ReadPosRankSum=2.097;SC=CGGCCAGGACGCGGTTCATCT;SOR=0.850;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=1231;TCF=729;TCR=502;TR=888;WE=144940308;WS=144940282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,911:0.72:1267
chr8	144940779	rs11781942	G	A	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=44;PP=2301;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CGCTTGACGCGGTCGTCCTCC;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=319;TCF=179;TCR=140;TR=103;WE=144940787;WS=144940763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,108:0.33:327
chr8	144941419	rs12681478	C	T	6883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=1.901;SC=TCAGTGCCTCCGCCTTCTCGA;SOR=0.930;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=440;TCF=149;TCR=291;TR=276;WE=144941427;WS=144941409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,284:0.63:454
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chr8	144944161	rs35221054	C	T	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=78;PP=2589;ReadPosRankSum=1.596;SC=CCTGGCCGTCCGGTGTGGGGA;SOR=0.795;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=266;TCF=145;TCR=121;TR=176;WE=144944169;WS=144944151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,185:0.66:280
chr8	144944176	rs12542653	T	C	10405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=115;PP=2965;SC=TGGGGAAGGTTTCGGAGGAGC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=142;TCR=115;TR=256;WE=144944184;WS=144944166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr8	144945792	rs13255110	T	C	10040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=187;PP=2965;SC=GCGCTCAGCTTAGCGGCCAGC;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=351;TCF=162;TCR=189;TR=349;WE=144945800;WS=144945782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr8	144946252	rs11136330	C	T	6306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=84;PP=2965;SC=GCCGCAGTGCCAGTGGCCTGT;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=132;TCR=84;TR=216;WE=144946260;WS=144946242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr8	144946345	rs34753358	G	A	10142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=1.251;SC=CGGCCTGCTCGGCCACCAGGA;SOR=0.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=186;TCR=179;TR=362;WE=144946353;WS=144946335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,382:1.00:383
chr8	144946818	rs13260439	C	T	11077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=193;NR=198;PP=2965;SC=GTGTTGGGGTCGAGGAAGCGC;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=393;TCF=195;TCR=198;TR=391;WE=144946826;WS=144946808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr8	144992900	rs17062686	G	A	4144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=96;PP=2795;ReadPosRankSum=2.514;SC=GAACCGGGCAGGTAGACACCA;SOR=0.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=516;TCF=263;TCR=253;TR=203;WE=144992908;WS=144992878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,210:0.40:528
chr8	144994064	rs77303974	G	A	3196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=77;PP=2105;ReadPosRankSum=1.407;SC=ACAGGGGCACGGAGGCCGCTG;SOR=0.800;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=396;TCF=195;TCR=201;TR=149;WE=144994072;WS=144994054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,158:0.38:411
chr8	145003590	rs150652392	C	T	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1654;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GCCTGCTGCTCGGCGATGCGC;SOR=0.587;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=93;WE=145003598;WS=145003580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,95:0.70:136
chr8	145004546	rs11780911	G	A	7782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=127;PP=2965;SC=CCCGGCCTGCGCTCACCTCCA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=142;TCR=127;TR=269;WE=145004554;WS=145004536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr8	145006420	.	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
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chr8	145066886	rs13277282	A	G	17108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=312;NR=255;PP=2965;SC=CCCAGCTGCTACTGGGGAACA;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=571;TCF=314;TCR=257;TR=567;WE=145066894;WS=145066876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,592:1.00:592
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chr8	145149860	rs6984764	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=7;PP=330;SC=CGCGACCGGGACCAGCGCGCT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=145149868;WS=145149850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	145150101	rs11541475	T	G	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=29;PP=1067;SC=GCAGCGCGCGTCCCGGGCAGC;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=145150109;WS=145150091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	145150832	rs7820984	A	G	7198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=165;NR=114;PP=2965;SC=GGGGCTGGCCATGGCTCTGCA;SOR=1.024;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=166;TCR=114;TR=279;WE=145150840;WS=145150822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr8	145151665	rs200379271	TGGCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC	TCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC,T	13762.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=102;PP=2918;SC=GCCTCCAGTCTGGCAGTGGGC;SOR=1.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=123;TCF=9;TCR=114;TR=109;WE=145151701;WS=145151655;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:305
chr8	145151668	.	CAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCCA	C	13728.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr8	145151693	.	A	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=33;NR=107;PP=2965;QD=20;SC=ATACTTCTCCACTACCCCCAG;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=172;TCF=36;TCR=136;TR=140;WE=145151701;WS=145151655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:32,140:0.81:172
chr8	145154257	rs11541804	C	G	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=74;PP=2108;ReadPosRankSum=1.917;SC=AGAGGCAAGGCTGCGCTCAGG;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=507;TCF=269;TCR=238;TR=159;WE=145154265;WS=145154247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,160:0.30:527
chr8	145158446	rs12549149	C	T	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=67;NR=41;PP=1752;SC=CGCCCTCCGCCCCCACTCACC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=108;WE=145158454;WS=145158436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	145158503	rs11136254	G	T	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=47;PP=1851;SC=CGCCCAGGCCGCTCAGGGTCC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=104;WE=145158511;WS=145158493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	145160646	rs11136256	T	C	9269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=132;PP=2965;SC=CTGTGGAGACTGGAGATGCCC;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=190;TCR=132;TR=321;WE=145160654;WS=145160636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr8	145161823	rs11546144	G	A	5303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=71;PP=2965;SC=AAGCAGAAGCGGGGGCAGTGG;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=119;TCR=71;TR=190;WE=145161831;WS=145161813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr8	145161896	rs13263342	T	C	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=120;PP=2965;SC=ACCCGGGTCCTTGAAGCCTGG;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=122;TCR=120;TR=242;WE=145161904;WS=145161886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr8	145162598	rs10091401	G	C	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=48;PP=2965;SC=CTGCCGCTGCGGGCCGTGACC;SOR=2.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=143;TCR=49;TR=191;WE=145162606;WS=145162588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr8	145163414	rs4977196	C	G	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=74;PP=2558;SC=GGCGCCTGTCCGGCTTACGGG;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=150;WE=145163422;WS=145163404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr8	145163647	rs4977195	T	C	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=103;NR=83;PP=2965;SC=GGCAGTTCCGTTCAGGTGGTC;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=186;WE=145163655;WS=145163637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
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chr8	145166134	rs55908964	C	G	5160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.268;SC=AGGTCCCATGCAGGCCTGCTC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=307;TCF=122;TCR=185;TR=202;WE=145166142;WS=145166124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,209:0.66:317
chr8	145167478	rs147561361	A	G	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=79;PP=1862;ReadPosRankSum=-1.708;SC=CTCTCCAGGCATCACTCTTGT;SOR=0.503;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=214;TCF=84;TCR=130;TR=135;WE=145167486;WS=145167468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,142:0.63:225
chr8	145168298	rs5895787	T	TG	1551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=11;PP=1221;SC=GTGTCCAGGCTGGGGAATCCA;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=31;WE=145168306;WS=145168288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	145168611	rs7463214	A	G	5941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.379;SC=GCCATCCCAAACCCAGTGGCA;SOR=0.424;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=83;TCR=122;TR=204;WE=145168619;WS=145168601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
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chr8	145170440	rs12543080	A	C	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=84;PP=2757;SC=CTGGCACCCAAGCGCAGCTGG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=92;TCR=84;TR=176;WE=145170448;WS=145170430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr8	145170704	rs13278106	A	T	7199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=126;PP=2965;SC=CACCCGCCAGAGCCCTACACG;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=247;TCF=121;TCR=126;TR=246;WE=145170712;WS=145170694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr8	145171003	rs4977193	G	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=29;PP=1793;SC=GGCCCCATGCGGTCCCGGCTC;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=145171011;WS=145170993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr8	145223191	rs6982878	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=401;SC=AGGCTTTGTCGCTGCAGAGCT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=145223199;WS=145223181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	145223288	rs34819224	C	T	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=34;PP=1831;SC=CTCGGGGAGGCGCGGCCGGTG;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=101;WE=145223296;WS=145223278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	145223442	.	G	A	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=45;PP=1043;ReadPosRankSum=0.241;SC=GCAGTGGGTCGGGTGTTACGC;SOR=0.607;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=74;TCR=110;TR=75;WE=145223450;WS=145223432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,81:0.41:196
chr8	145223499	rs6558308	G	A	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=43;PP=1225;SC=CTATGTCAGGGTGGGTAACCT;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=55;WE=145223507;WS=145223489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	145234508	rs7842771	G	C	11483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=196;NR=232;PP=2965;SC=CAGGCCCTCTGGCCTCGCAGA;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=428;TCF=196;TCR=232;TR=428;WE=145234516;WS=145234498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr8	145245631	rs6558318	T	C	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=5;PP=2071;SC=ACATAGGTGCTGAGGATCGTC;SOR=4.587;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=73;TCR=5;TR=76;WE=145245639;WS=145245621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	145245944	rs10108542	A	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=73;PP=2129;SC=TTGCATTGGCAAGCAGAGGTG;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=18;TCR=73;TR=91;WE=145245952;WS=145245934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr8	145247168	rs6988451	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=280;SC=CAGTTCGGGCGGCTGGAGGTA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=145247176;WS=145247164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	145254159	rs7464776	T	C	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=90;PP=2329;SC=ACAGGGTCACTGCCTGCTGTA;SOR=1.563;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=52;TCR=90;TR=142;WE=145254167;WS=145254149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	145255553	rs6558320	C	G	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=53;PP=1576;SC=GCTTTGAATTCTCTAGAAAGA;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=83;WE=145255561;WS=145255543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	145535881	rs78202224	C	A	3543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=98;PP=2339;ReadPosRankSum=2.889;SC=TCCCTCCCCCCCGCCCACCTC;SOR=0.482;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=77;TCR=141;TR=150;WE=145535889;WS=145535871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,153:0.72:213
chr8	145536169	rs35680822	C	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=5;PP=1217;SC=TCAGCCACCCCTCCTGCTGCC;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=56;TCR=5;TR=61;WE=145536177;WS=145536159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	145537328	rs62530368	T	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.90;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	145537361	.	C	CCCGCA	125	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5001;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=16;MQ=48.42;NF=0;NR=2;PP=125;QD=69.0;SC=TCCCCGCCTCCCCGCCTCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=2;WE=145537369;WS=145537351;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr8	145537458	rs186369167	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=627;ReadPosRankSum=-0.633;SC=GCCTCCCCGCTTCCCCGCCCC;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=31;WE=145537466;WS=145537448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr8	145541766	rs55962377	G	T	3187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=87;PP=2319;ReadPosRankSum=-0.141;SC=ACCGCGGTAGGTCAGATTGTC;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=476;TCF=239;TCR=237;TR=174;WE=145541774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,171:0.35:484
chr8	145542316	rs141056262	G	A	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=84;PP=2066;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TCCCAGGAGCGCACACAGCAG;SOR=0.755;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=430;TCF=218;TCR=212;TR=162;WE=145542324;WS=145542306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,165:0.37:447
chr8	145542597	rs56126815	G	T	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=60;PP=1420;ReadPosRankSum=0.415;SC=GGGGTGGAGGGATGGGGGTCT;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=86;TCR=113;TR=107;WE=145542605;WS=145542587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,104:0.60:174
chr8	145550338	rs6599571	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=7;PP=250;SC=AGCGTGGGCCTGCCGGGTTCG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=145550346;WS=145550328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	145557497	rs7013127	A	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=46;PP=1509;SC=GCGGCGGCAGAGCCGGCATTG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=110;WE=145557505;WS=145557487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr8	145557851	.	C	G	257	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=15;MQ=58.42;NF=0;NR=23;PP=257;QD=12.6857048934;SC=GATGGGGGGGCGGGAGACAGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=23;WE=145557859;WS=145557841;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr8	145577824	rs880701	C	G	17203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.01;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr8	145577829	rs880702	A	C	16528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=1.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr8	145577999	rs2272664	T	A	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=67;PP=2271;SC=AGACTGGGGGTGGCGCGGCGC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=115;WE=145578007;WS=145577989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	145578296	rs2272663	A	G	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=39;PP=2487;SC=CCTGCTGCACAAATGGGTAGA;SOR=1.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=101;TCR=39;TR=140;WE=145578304;WS=145578286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr8	145579949	.	G	GGCCGCT	6925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;QD=48.77;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	145579951	.	A	ACC	7204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=48.68;SOR=1.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr8	145579954	.	G	GGCACGGCACAAGGGCCCCCACACCTCACGTGCCTGGCCACAACCCAGAACAA	13407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=91.83;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	145580984	rs2272666	A	G	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=23;PP=1846;ReadPosRankSum=1.274;SC=CAGGCAGGCAAGCAGACATCC;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=80;WE=145580992;WS=145580974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr8	145581557	rs2280840	G	A	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=27;PP=1838;SC=CCAACTGGGCGCCTAAGGGGC;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=145581565;WS=145581548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	145582839	rs3817681	T	C	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=46;PP=2965;SC=TCTGTTTCTTTCAAGCTAGAA;SOR=1.723;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=115;TCR=46;TR=161;WE=145582847;WS=145582829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr8	145603114	rs6599528	A	C	12566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=249;PP=2965;SC=TGCTGCACAGAAGGCAGAAGC;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=432;TCF=183;TCR=249;TR=431;WE=145603122;WS=145603104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr8	145615776	rs1383095	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=375;SC=AGGGCTGGCCGGGGTGAGGCT;SOR=2.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=145615784;WS=145615767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	145617534	rs148509143	TGGGGGTGCAAGGTGA	T	4353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=27;PP=2969;SC=GCAGCCGCACTGGGGGTGCAA;SOR=1.270;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=53;WE=145617556;WS=145617524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	145618309	rs1052951	G	A	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=2.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	145618312	rs1052952	G	A	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=2.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	145618597	rs1871532	G	A	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=46;SC=GGGATGGAAGGGTGGGTGGGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=145618605;WS=145618587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr8	145618862	rs2272661	C	G	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=26.49;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	145620296	rs2280837	C	G	10226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=1.195;SC=ACCCCACCCCCGCCGGCCCAG;SOR=0.326;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=357;TCF=164;TCR=193;TR=355;WE=145620317;WS=145620286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr8	145621556	rs2280836	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=258;SC=AACCGGCCGGACCCCACCTGT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=145621564;WS=145621546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	145622923	rs2977835	T	C	9790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=184;PP=2965;SC=CCCCAGGGACTCAAGCCCCTA;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=164;TCR=184;TR=347;WE=145622931;WS=145622902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr8	145623098	rs2977834	T	C	7831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=139;NR=143;PP=2965;SC=TGGACTGCTGTGGGGAGAGGG;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=139;TCR=143;TR=282;WE=145623106;WS=145623088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr8	145623382	.	A	AGGGCCCAACCACCTCCCCG	2974	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=58.43;NF=7;NR=18;PP=2974;QD=20;SC=GCGCCTCCCCACCACCGTCCC;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=25;WE=145623390;WS=145623372;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:35,25:0.42:60
chr8	145623446	.	C	G	243	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=15;MQ=46.48;NF=1;NR=11;PP=243;QD=23.1476010456;SC=CCACCTCCCCCCCACCGTCCC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=145623454;WS=145623436;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	145623622	.	C	A	370	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=17;MQ=41.28;NF=17;NR=6;PP=370;QD=17.5987483716;SC=CCACCTCCCCCCCACCGTCCC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=23;WE=145623630;WS=145623612;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr8	145623881	rs141269368	C	CCCCAGGT	19752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=130;PP=2982;SC=GGGACCCCAGCCCCAGGTCCC;SOR=0.851;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=286;TCF=92;TCR=194;TR=198;WE=145623889;WS=145623871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr8	145623963	rs4317614	G	A	20284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=337;NR=375;PP=2965;SC=GTCTGCGGCCGTCGTCGTCTG;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=713;TCF=338;TCR=375;TR=712;WE=145623971;WS=145623953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,750:1.00:750
chr8	145624640	rs2293963	C	T	9774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=212;NR=140;PP=2965;SC=CTGGCTGGGACGGGGGCCCTG;SOR=1.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=214;TCR=141;TR=352;WE=145624648;WS=145624630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr8	145625283	rs2291135	T	C	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr8	145625524	rs145341443	GCC	G	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=26.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=1.266;SOR=4.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr8	145625538	rs141140965	C	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=11.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=3.340;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr8	145639521	rs4992316	T	C	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.654;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1461;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GGTCCCAGGGTGCCTCCCACC;SOR=1.409;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=83;WE=145639529;WS=145639511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr8	145639726	rs2272662	T	C	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=967;ReadPosRankSum=0.945;SC=ATGTAGTGGGTGACCCCCCTG;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=118;TCR=112;TR=93;WE=145639734;WS=145639716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,104:0.42:249
chr8	145640411	rs2977838	A	G	8763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=0.654;SC=ACAGGGTCCCAGCTGCTGGCT;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=172;TCR=139;TR=309;WE=145640419;WS=145640401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,330:0.99:332
chr8	145657761	rs34599999	G	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=48;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GGGTGCCGGCGGGCAGGCTCT;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=212;TCF=81;TCR=131;TR=76;WE=145657769;WS=145657751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,82:0.37:224
chr8	145661320	rs2721140	G	A	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=103;PP=2965;SC=GCCAGTCCCCGGCCAGGCACT;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=67;TCR=104;TR=169;WE=145661328;WS=145661310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr8	145661675	rs7830832	G	A	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=68;PP=2965;SC=CCTGACATGGGCCTGAGAGGC;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=163;WE=145661683;WS=145661665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr8	145663814	rs13255086	A	G	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=14;PP=1328;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CAGCTCCTCCATGCTAGGCAG;SOR=1.202;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=131;TCF=105;TCR=26;TR=84;WE=145663822;WS=145663804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,84:0.62:135
chr8	145665407	rs2229315	C	T	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=22;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CCCTCACCGCCCTCTGAGAGC;SOR=0.579;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=93;TCR=36;TR=80;WE=145665415;WS=145665397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,84:0.63:134
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chr8	145668443	rs760477	G	A	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=21;PP=1401;ReadPosRankSum=-1.259;SC=GATTGCCCAAGGAGGCTGCGG;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=184;TCR=57;TR=90;WE=145668451;WS=145668433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,92:0.38:245
chr8	145668481	rs2242263	C	T	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=49;PP=2425;ReadPosRankSum=0.756;SC=CTCTTCGGCCCGAAGTTCAGG;SOR=1.090;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=443;TCF=288;TCR=155;TR=160;WE=145668489;WS=145668471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,165:0.37:451
chr8	145677469	rs2245052	A	G	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=8;PP=1671;SC=CCTTGCAGGGATGGTGAAGCC;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=57;TCR=8;TR=65;WE=145677477;WS=145677459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	145677973	rs2256094	C	T	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=144;PP=2965;SC=GCAGGTACATCACTCACAGAC;SOR=1.940;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=56;TCR=144;TR=200;WE=145677981;WS=145677963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr8	145678020	rs1871538	C	T	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=62;PP=1935;SC=AGCTGTCCTCCCATATGGCTT;SOR=3.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=75;WE=145678028;WS=145678010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	145689667	rs142152732	C	G	12829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=982;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=-1.312;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,611:0.63:965
chr8	145689915	rs2721167	G	A	8864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=141;NR=163;PP=2965;SC=GGCAGTCTTCGTGTGTGCTCA;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=306;TCF=143;TCR=163;TR=304;WE=145689923;WS=145689905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr8	145690111	rs3832555	CCTCT	C	1831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=1553;ReadPosRankSum=0.473;SC=TTCCCACCAACCTCTCTCTAA;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=32;WE=145690122;WS=145690101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr8	145690308	rs2721166	C	T	14025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=270;NR=229;PP=2965;SC=GCAGTATGTACGAGGACACAG;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=500;TCF=270;TCR=230;TR=499;WE=145690316;WS=145690298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr8	145690348	rs2620644	G	A	16300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=287;NR=290;PP=2965;SC=GGAGAGGAAGGAAGCGCAGAA;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=577;TCF=287;TCR=290;TR=577;WE=145690356;WS=145690338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr8	145690396	rs2620645	A	C	12820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=252;PP=2965;SC=CACTCTAGTAAGCCCAGGTTC;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=466;TCF=214;TCR=252;TR=465;WE=145690404;WS=145690386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr8	145691915	rs112422823	G	C	3409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=98;PP=2299;ReadPosRankSum=-1.379;SC=AGCGGGGCTGGCCGTGCAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=394;TCF=157;TCR=237;TR=160;WE=145691923;WS=145691905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,169:0.42:407
chr8	145692110	rs2306388	C	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=8;PP=510;SC=CTGCCTGCCCCCCTCCTCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=145692118;WS=145692100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	145692296	rs2250895	A	C	5544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=86;PP=2965;SC=GGCCTGGCTCAAGCACGTGAC;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=108;TCR=87;TR=194;WE=145692313;WS=145692286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr8	145692385	rs2250891	C	T	5158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=85;PP=2965;SC=CAGCCGAGGGCCGCGCGGCCG;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=87;TCR=85;TR=172;WE=145692393;WS=145692375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr8	145692762	rs2291133	G	T	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=63;PP=2148;ReadPosRankSum=0.955;SC=GAACTCTGGAGGGAGCAAATC;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=478;TCF=292;TCR=186;TR=156;WE=145692770;WS=145692752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,167:0.34:490
chr8	145692812	rs2250779	C	T	20492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=415;NR=304;PP=2965;SC=GGGTCATGTTCCGGAAGATTT;SOR=1.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=721;TCF=416;TCR=305;TR=719;WE=145692820;WS=145692802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,735:1.00:735
chr8	145693720	rs2250657	A	G	10039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=204;PP=2965;SC=AGGAGGAGGCAGAGGCATTGC;SOR=0.966;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=378;TCF=172;TCR=206;TR=374;WE=145693728;WS=145693710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
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chr8	145699601	rs2721176	T	C	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=24;PP=2514;ReadPosRankSum=0.414;SC=GAGGGAGGAGTGGCCCCTGTC;SOR=1.304;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=95;TCR=24;TR=118;WE=145699609;WS=145699591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
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chr8	145729727	rs1063739	C	A	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=44;PP=1860;ReadPosRankSum=1.608;SC=GGCGGTGAGGCATGGACTGAG;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=195;TCF=122;TCR=73;TR=127;WE=145729735;WS=145729717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,137:0.65:211
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chr8	145730330	rs2101039	G	A	7741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.223;SC=CCCTTGGGAGGGCTGAGGAGA;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=547;TCF=285;TCR=262;TR=330;WE=145730338;WS=145730320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,336:0.61:553
chr8	145737040	rs2279243	C	T	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.657;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=82;PP=2765;ReadPosRankSum=1.353;SC=CAGCCTGCAGCGGGTGGGGCC;SOR=0.490;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=294;TCF=168;TCR=126;TR=180;WE=145737048;WS=145737030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,183:0.61:300
chr8	145737286	rs756627	G	A	7522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=0.716;SC=TGGCCTTACTGCACTCACTCT;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=502;TCF=224;TCR=278;TR=322;WE=145737294;WS=145737276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,335:0.64:520
chr8	145737514	rs4244610	G	A	5388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.189;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.132;SC=GGCCCCGCCCGCCTCCTCCCA;SOR=0.483;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=324;TCF=202;TCR=122;TR=229;WE=145737522;WS=145737504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,232:0.71:326
chr8	145737636	rs4925828	A	G	19065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=331;NR=347;PP=2965;ReadPosRankSum=0.490;SC=TCAGCGGTCAAGTCCCCCGGG;SOR=0.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=682;TCF=334;TCR=348;TR=678;WE=145737647;WS=145737626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,699:1.00:700
chr8	145737816	rs4251691	C	T	6317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.142;SC=GCAGAGAGCCCGCCGCACAGA;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=412;TCF=232;TCR=180;TR=259;WE=145737824;WS=145737806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,261:0.62:420
chr8	145738581	.	TGGG	T,TG	867.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.65;MQRankSum=0.000;QD=22.25;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,13,19:0.33,0.49:39
chr8	145738767	rs11342077	CG	C	15299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-6.236;NF=90;NR=278;PP=2951;ReadPosRankSum=-1.522;SC=CACCACCACCCGGCAACTGGC;SOR=0.803;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=385;TCF=100;TCR=285;TR=368;WE=145738775;WS=145738757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,591:1.00:593
chr8	145739205	rs4925829	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=12.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-1.135;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.490;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr8	145739218	rs13267993	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-0.282;QD=16.18;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr8	145739924	rs4244611	G	A	8334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.050;SC=AAATGCAGGAGCGACAGCCGT;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=537;TCF=202;TCR=335;TR=358;WE=145739932;WS=145739914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,365:0.67:547
chr8	145741130	rs4251689	C	T	3614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-5.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.916;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=35;PP=2624;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GACCCACCCTCCAGGGCAGAT;SOR=0.493;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=227;TCF=177;TCR=50;TR=147;WE=145741138;WS=145741120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,148:0.65:228
chr8	145741702	rs4244612	C	G	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.828;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=56;PP=2104;ReadPosRankSum=-1.310;SC=TCTCCCAGGGCTCCTCGTTCC;SOR=0.448;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=220;TCF=135;TCR=85;TR=138;WE=145741710;WS=145741692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,145:0.63:229
chr8	145741765	rs4244613	G	A	4385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=85;PP=2822;ReadPosRankSum=0.462;SC=CCACACGGATGCTGACTTCTT;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=330;TCF=185;TCR=145;TR=198;WE=145741773;WS=145741755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,208:0.61:342
chr8	145742514	rs2721190	A	G	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=124;PP=2965;SC=CCTGGCGTAGACTGTGGACTC;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=69;TCR=124;TR=193;WE=145742522;WS=145742504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr8	145742716	rs2721189	C	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=5;PP=286;SC=TGCCCCACGGCGGCCTGGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=18;WE=145742724;WS=145742706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	145742879	rs2306386	T	C	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=22;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GAGTGCGGTATTCCCGGTAGA;SOR=0.777;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=72;WE=145742887;WS=145742869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,82:0.56:146
chr8	145745182	rs2721172	T	C	17405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=358;NR=267;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GGCCCTGCCCTTGCTGCCACG;SOR=0.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=626;TCF=359;TCR=267;TR=625;WE=145745190;WS=145745172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,641:1.00:642
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chr8	145750138	rs2721138	T	C	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1432;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GCTTACCCCGTTGCGGGGGTC;SOR=0.790;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=88;WE=145750147;WS=145750128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,96:0.63:153
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chr8	145756170	rs873884	G	A	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=721;ReadPosRankSum=-1.931;SC=CCTCGGGGCTGTCGTAGTGCG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=91;TCR=91;TR=67;WE=145756178;WS=145756160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,73:0.37:199
chr8	145771211	rs2721161	C	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=437;ReadPosRankSum=0.421;SC=AGGACAAATGCGGCTGGGCTG;SOR=0.264;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=22;WE=145771219;WS=145771201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr8	145806681	rs2620647	A	G	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=41;PP=1437;SC=GACAGGGTTAAGGCGGCTGGA;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=82;WE=145806689;WS=145806671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	145830757	rs4541972	A	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=17;PP=1621;SC=TGAGGGCTGCACTGTGCACAG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=79;WE=145830765;WS=145830747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	145830894	rs5895822	CT	C	13059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=158;PP=2951;SC=GCCCGGGCAGCTTCCGCAGGT;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=67;TCR=167;TR=221;WE=145830902;WS=145830884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr8	145999616	rs3830702	CTTT	C	4071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.134;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.603;NF=17;NR=62;PP=2966;ReadPosRankSum=0.464;SC=TTCTGATCTTCTTTAACAACT;SOR=1.164;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=200;TCF=51;TCR=149;TR=79;WE=145999626;WS=145999606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,113:0.37:302
chr8	146000095	rs2958493	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TCATCTCCAAAGTCCCAACAG;SOR=0.233;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=11;WE=146000103;WS=146000085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr8	146003567	rs2294120	A	G	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=50;PP=1070;ReadPosRankSum=1.545;SC=GACAGGGACTACTGCAGCCCA;SOR=1.016;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=202;TCF=75;TCR=127;TR=75;WE=146003575;WS=146003557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,77:0.37:209
chr8	146028061	rs2958527	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=4;PP=697;SC=GTGAGAGCCAAAAAACATTGG;SOR=2.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=146028069;WS=146028051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	146033347	rs2976653	T	C	5771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=78;PP=2965;SC=GACGGCGGCGTGGGGCAGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=112;TCR=78;TR=190;WE=146033355;WS=146033337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr8	146035691	rs111602026	A	G	4789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.201;SC=TGGTGTGTCAAACTCCATGAT;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=288;TCF=143;TCR=145;TR=201;WE=146035699;WS=146035679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,210:0.70:300
chr8	146036012	rs2953882	C	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1000;ReadPosRankSum=-1.205;SC=CGATCCCTTCCACCTGGGGCA;SOR=0.948;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=81;WE=146036020;WS=146036002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,85:0.38:222
chr8	146036234	rs2958511	A	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=23;PP=634;SC=TCCAGACGTCAGCACCCAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=146036242;WS=146036224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	146056279	rs12682087	C	T	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.360;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1058;ReadPosRankSum=-1.073;SC=CCACCGTGCCCAGCCGGAGTA;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=219;TCF=146;TCR=73;TR=75;WE=146056287;WS=146056269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,74:0.33:222
chr8	146068594	rs1735408	T	C	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=106;PP=2965;SC=AATAAACCTATAGCCTTAACT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=43;TCR=106;TR=149;WE=146068602;WS=146068584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	146115367	rs2735906	A	G	13386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=257;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.278;SC=TTCTGTAGAGACCCCTCTGAG;SOR=0.290;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=475;TCF=259;TCR=216;TR=472;WE=146115375;WS=146115357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,486:1.00:487
chr8	146221823	rs2978409	A	T	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=5;PP=904;SC=AGTTGTTGCAAGTATCTTCTT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=146221831;WS=146221813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	2039827	rs10964525	G	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=1097;ReadPosRankSum=0.814;SC=AACAGCAGCCGCAGCAGCAGC;SOR=0.580;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=56;WE=2039835;WS=2039817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr9	2047145	.	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr9	2101545	rs10738570	T	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=7;PP=502;SC=TTTAAAATCATTCTTTCTATC;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=2101553;WS=2101535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	2103950	rs1986592	T	C	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=0;PP=873;SC=CTGGATTTTTTAAGAAGACAG;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=32;WE=2103958;WS=2103942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	2191246	rs3818384	T	C	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=20;PP=1642;SC=TGGTGTCTATTTCATTTGCTT;SOR=1.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=2191254;WS=2191236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	2622121	rs12379259	A	G	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=24;PP=1092;SC=TTTCGGAAGGACTGGTAACTT;SOR=1.306;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=53;WE=2622162;WS=2622111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	2622134	rs34881325	C	T	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=23;PP=926;SC=GGTAACTTGTCGTGCGGAGCG;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=2622162;WS=2622111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	2622146	rs369552432	ACGGCGGCGG	A	1887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=11;PP=2993;SC=TGCGGAGCGAACGGCGGCGGC;SOR=0.941;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=17;WE=2622162;WS=2622111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	2622278	rs2219143	G	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=174;SC=ACCGGTGAGTGAGGACGCGCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=2622286;WS=2622268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	2717698	rs7029012	C	G	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=18;PP=996;SC=GGACCCCTACCACAGCCAGGA;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=2717706;WS=2717688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	2717922	rs10967705	C	G	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=79;PP=2939;SC=ACGAAGACGGCGAGGAGGAGG;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=154;WE=2717930;WS=2717912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	2718534	rs12237048	C	G	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=42;PP=1566;SC=TCGGGGTGGCCTCCAGCACCT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=93;WE=2718542;WS=2718524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	2811505	rs2270888	G	A	4481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=78;PP=2765;SC=CTTCTTGGGCGTGTTCTTGCA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=77;TCR=78;TR=155;WE=2811513;WS=2811495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	2828765	rs2173904	C	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=18;PP=716;SC=GTCCAGAGTTCGGTGATCTGC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=2828773;WS=2828755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	2831149	rs2292000	A	C	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=21;PP=1077;SC=GGAGAAGACAAACCTAAACAA;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=2831157;WS=2831139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	2833267	rs10217194	T	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=12;PP=501;SC=GAAACAATGATAAGATCATCT;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=2833275;WS=2833257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	3228700	rs643429	A	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=35;SC=TGGAGAAATAATGAAAAGACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=3228708;WS=3228690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	3263224	rs633893	T	C	293.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=244;SC=TGAGAGAGTTTACTTGTAAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=3263232;WS=3263214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	3469357	rs1970534	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	3829188	rs16919730	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=524;SC=TTCAGGGGTCGTTCAACAGGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=3829196;WS=3829178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	3879693	rs4740742	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=23;PP=691;SC=GAGGGGCTTGCTTGTTTTTCT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=3879701;WS=3879683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	3898509	rs10758532	A	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=654;SC=TTATGAGAAAAAACAATCTGC;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=3898517;WS=3898499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	3932521	rs587571	T	C	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=61;PP=1927;SC=ATAAAGGTAATTGGGGAATGT;SOR=2.359;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=80;WE=3932529;WS=3932511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	3932940	rs7873636	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=217;SC=AGAGAAAGGGAGAGAATTAAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=3932948;WS=3932930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	4117713	rs927315	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=393;SC=AACACACGTACGCAAAGCAAG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=4117721;WS=4117703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	4118208	rs806052	A	G	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	4286255	rs117802495	G	A	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=37;PP=1574;SC=TGAGATGGAGGTTGTTAGCAA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=77;WE=4286263;WS=4286245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	4490880	rs12002726	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=680;ReadPosRankSum=1.870;SC=GCAGGGTCCCTCGATGCCCCC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=28;WE=4490888;WS=4490870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr9	4564432	rs2228622	G	A	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=35;PP=1317;SC=AAGTCAGTACGGTGGATGCCA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=4564440;WS=4564422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	4566210	rs7022772	A	C	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=77;PP=2544;ReadPosRankSum=0.462;SC=GCAGGAAGTAAACCTGTGACT;SOR=1.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=120;WE=4566218;WS=4566200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr9	4572480	rs3780412	T	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=35;PP=793;SC=TGTCAACTGATGAAGCTAGAG;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=4572488;WS=4572470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	4646363	rs301469	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=217;SC=TATAAACTTACAGACACATAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=4646371;WS=4646353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	4655915	rs7869353	G	C	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=188;SC=ATTTTACGTAGGCTGTCTTGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=4655923;WS=4655905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	4661749	rs143968076	T	TCCGACTGCGGTTTTGCTTCAAGG	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=83.46;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	4722462	rs2274821	C	A	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=26;PP=1602;SC=CCTGCCAGCACTGATTATTTT;SOR=1.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=4722470;WS=4722452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	4722685	rs10758645	C	G	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=56;PP=1628;SC=TTCCAGGCACCTCGGAACGAG;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=4722693;WS=4722675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	4793254	rs841990	G	A	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	4833436	rs463578	GC	AT	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=429;SC=CAGTGATGTTGCACTTCTTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=4833445;WS=4833426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	4834034	rs466547	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=269;SC=TGGAAGAGCTATGCCTTGTAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=4834042;WS=4834024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	5069837	rs7869668	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=TTTCTTATACGTAGAACACAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=5069845;WS=5069827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	5081780	rs2230724	G	A	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=57;PP=2389;SC=TAGGTGCCCTGGGGTTTTCTG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=133;WE=5081801;WS=5081770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	5090641	rs10974955	G	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=16;PP=544;SC=AAATCATCTAGACGTTTTCAT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=5090649;WS=5090631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	5122932	rs10815163	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=0;PP=692;SC=AATTTATACAATGATTTGCAG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=5122940;WS=5122922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	5335639	rs2146074	C	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=469;SC=GGCGTATTCACGTCAAAGAGC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=5335647;WS=5335629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	5339738	rs56235721	G	A	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=43;PP=1501;SC=ACAAGAACAGGCGAGGCATCC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=83;WE=5339746;WS=5339728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	5339799	rs2273784	G	A	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=26;PP=734;SC=TCAGGACTGCGGCTGCTGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=5339807;WS=5339789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	5358505	rs10125658	A	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=278;SC=CCTCAGGAGAAGTAATATACT;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=5358513;WS=5358495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	5534924	rs56072800	C	G	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=90;PP=2965;SC=GCTGGAGGAGCAGCTGCCCCT;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=69;TCR=90;TR=159;WE=5534932;WS=5534914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	5557672	rs7854303	T	C	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=59;PP=2965;SC=TTCATCCCCTTCTGCATCATT;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=148;WE=5557680;WS=5557662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	5770368	.	C	G	185.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=156;SC=CATTCTTTTTCTATCGTGATG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=5770376;WS=5770358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	5832849	.	G	A	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=22;PP=1381;SC=GCCCCTGCTCGCGCCGCCGCT;SOR=1.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=76;WE=5832857;WS=5832839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	5929167	rs7029054	T	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=19;PP=544;SC=TCCCTAAAAATAATGTTTAAA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=5929175;WS=5929157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	5968416	rs3739649	A	G	5925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=84;PP=2965;SC=CACCTGGACTAAGAGGCTCTC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=100;TCR=84;TR=184;WE=5968424;WS=5968406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	5969517	rs7030731	C	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.27;QD=38.92;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	5969525	rs10815326	G	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.10;QD=39.23;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	5988333	rs2291055	C	T	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=21;PP=1782;SC=GAATTTTTTTCTTAACATTTA;SOR=1.936;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=79;WE=5988341;WS=5988315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	6012734	rs106033	A	C	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=30;PP=1593;SC=CTTTTACCAGAAGTGGAACAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=71;WE=6012742;WS=6012724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	6253571	rs10975519	C	T	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=62;PP=2472;SC=TACTGAGTTACTATGAGTCTC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=135;WE=6253579;WS=6253561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	6253710	rs10975520	G	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=33;PP=792;SC=AGTCTCAGAAGGTTATCTCCA;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=6253718;WS=6253700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	6254567	rs367807947	AT	A	100.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr9	6254568	rs10975521	T	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr9	6328440	rs11553814	C	T	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=6;NR=0;PP=145;SC=GGATCCCTCCCGCCTGAAATC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=6328448;WS=6328430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	6328947	rs3847262	T	C	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=44;PP=1439;SC=GTCGGCCACATTCAGATCTTT;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=6328955;WS=6328937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	6330915	rs1037885	G	A	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	6468447	rs3739654	A	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=24;PP=1555;SC=CAGAGAATCAAAGAGAACCAA;SOR=1.583;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=6468455;WS=6468437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	6475319	rs7852539	G	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	6499821	rs57099869	TC	T	1207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=30.19;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	6499994	rs1929929	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=380;SC=GTTGTTGAGACGGGGTCTCAC;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=6500002;WS=6499984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	6506038	rs33962342	C	T	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=89;PP=2965;SC=CATAGGATTGCCTACAGCGCT;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=114;TCR=90;TR=202;WE=6506046;WS=6506028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	6534845	rs2282160	T	C	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=38;PP=1370;SC=CTTCTCCTCCTACCCTGCACC;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=71;WE=6534853;WS=6534835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	6875085	rs60286758	C	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=578;SC=CTGACATAGCCTTCCTTCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=6875093;WS=6875075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	6990364	rs2760657	G	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	7016001	rs818883	G	T	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=46;PP=1348;SC=TTAAGTCTAGGGAAAAGATAA;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=68;WE=7016009;WS=7015991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	7170165	rs3829103	G	A	56.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.02;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	7798435	rs1254	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=7;PP=620;SC=CGATTTTCTTCTCAGTCTTGT;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=7798443;WS=7798425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	7798518	rs4742410	G	C	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=46;PP=1915;SC=CATGCCTGCTGTGTGTGTCAC;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=70;TCR=46;TR=116;WE=7798526;WS=7798508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	8338778	.	T	TA	52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=52;QD=22.0;SC=ATATTAAACATAAAAAAAAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=8338786;WS=8338768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr9	8338847	rs143960430	C	CAGAGAGAGAGAGAG,CAGAGAGAGAGAG	846.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002,0.4998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;NF=3,3;NR=5,5;PP=220,21;SC=GTGCTTCTCCCAGAGAGAGAG;SOR=0.892;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=8,8;WE=8338855;WS=8338837;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:17
chr9	8340168	rs4742483	C	A	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=143;SC=TAAATTTAAACACTTGATGTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=8340176;WS=8340165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	8341280	.	GA	G	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.565;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.779;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr9	8436560	rs1359117	A	T	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=13;PP=1206;SC=TAACTCTTGAAATTACTGTAA;SOR=2.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=8436568;WS=8436550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	8436703	rs1359118	C	G	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=57;PP=1820;SC=TTGAAAAAAGCAAAGAAGAAA;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=92;WE=8436711;WS=8436693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	8451755	rs10977117	T	C	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	8451816	rs4742505	TT	AC	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=47;PP=2947;SC=TCCCTTCCCATTGTGGCTCTG;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=108;WE=8451825;WS=8451806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	8454566	rs7031287	T	C	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=61;PP=2404;SC=AGGGGTTTGTTCTCTATTCCT;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=116;WE=8454574;WS=8454556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	12694255	rs34509359	C	A	6662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=110;PP=2965;SC=CAGAGATGATCGGGAGGTCTG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=123;TCR=110;TR=233;WE=12694263;WS=12694245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr9	12708269	rs17280629	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=338;SC=TTCATTTGTACTTTTATTTGA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=12708277;WS=12708259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	12708910	rs2733834	C	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=665;SC=TAAATTTCATCTGTCCACTTT;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=12708918;WS=12708900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	12708958	rs147565972	T	TA	2634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=19;PP=1921;SC=TTTTTATTTTTATCTTCCTTT;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=43;WE=12708966;WS=12708948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	12775861	.	T	TGGCGGC	2950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=18;PP=1272;SC=GCGGTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=1.092;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=32;WE=12775869;WS=12775851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr9	13109111	rs10732331	C	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=342;SC=AAAAACTATACATATATGTTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=13109119;WS=13109101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	13112116	rs10809904	A	G	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=42;PP=1414;SC=CTCCTCCAGCAATGCTGATTC;SOR=1.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=64;WE=13112124;WS=13112106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	13125201	rs2297003	T	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=487;SC=CTCTCATGAGTCCAGAGGCCT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=13125209;WS=13125191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	13126470	rs10738323	C	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=570;SC=TAATCATGCCCAAGGATGGGC;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=28;WE=13126478;WS=13126460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	13165218	rs10960959	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=517;SC=TATGTTCTTACTTAAACAAAG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=13165226;WS=13165208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	13175715	rs3831219	TGAG	T	821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=577;SC=TCAAGGGGGTTGAGGAGTAGG;SOR=3.160;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=14;WE=13175725;WS=13175705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	13186504	rs189934099	G	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=229;SC=AAATTGGAAAGTTTTCAAACG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=13186512;WS=13186494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	13189017	rs41265290	T	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=20;PP=630;SC=AAGGAAAGAGTCAGCTCATTT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=13189025;WS=13189007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	13192320	rs1331676	C	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=38;PP=1050;SC=CATTGTCCAACAAACAACACT;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=13192328;WS=13192310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	13222188	.	T	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=672;SC=CAAAAACAACTTGAAAAATAC;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=13222196;WS=13222178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	14088146	rs13301482	T	A	746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=580;SC=TTTCCTTTTTTTTTATTTAAA;SOR=3.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=14088154;WS=14088136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	14113179	.	CA	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=2.784;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr9	14120655	rs6474818	A	G	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=36;PP=993;SC=AGATTGACTCATCAGCTGGTT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=61;WE=14120663;WS=14120645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	14155769	rs12349255	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=309;SC=GTTCAAAATATAAAGTATTTT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=14155777;WS=14155759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	14306944	rs4741362	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=241;SC=GGAGATTTGTAGGCGGTGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=14306952;WS=14306934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	14619168	rs10810187	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=220;SC=AACAATACAGATTGGCTGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=14619176;WS=14619158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	14640055	rs6474849	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=12;PP=311;SC=GAGTTGCTTACATTGCTTACA;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=14640063;WS=14640045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	14690419	rs10961672	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=23;PP=695;SC=AATCAGAAGCTTGGTTGACAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=14690427;WS=14690409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr9	14737506	rs10961689	T	G	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=36;PP=1333;SC=CTTGGAGCGTTGAGAGGGCCC;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=74;WE=14737514;WS=14737496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	14737616	rs10961690	A	G	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=28;PP=936;SC=AAAAGAATGTACCAATTACTT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=14737624;WS=14737606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	14737743	rs10511596	C	A	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=186;SC=CTCTAAGACACAAACGGTCAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=14737751;WS=14737733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	14740300	rs2270528	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=18;PP=488;SC=CGAAATGCATAACAGAAATAA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=14740308;WS=14740290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	14756318	rs57793294	C	CA	2419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=908;ReadPosRankSum=0.862;SC=GACATGCCTACAAAAAAAAAC;SOR=1.219;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=58;WE=14756326;WS=14756306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,92:0.96:96
chr9	14756483	rs10810233	A	G	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=91;PP=2817;SC=GATAAAAATAAATATTCTACA;SOR=2.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=32;TCR=91;TR=123;WE=14756491;WS=14756473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	14759725	rs7045154	A	G	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=17;PP=1615;SC=ACACCAAAGAACAACATAAGT;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=77;WE=14759733;WS=14759715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	14770580	rs1874109	G	A	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=4;PP=265;SC=AATGGCAATTGTAAGGATTAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=14770588;WS=14770570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	14774329	rs7018782	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=382;SC=AGTTGTAGGCTTTAAGAGAAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=14774337;WS=14774319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	14775779	rs1874108	A	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=376;SC=TGTGTTTTTCATACTTGCCTG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=14775787;WS=14775769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	14775853	rs1032474	A	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=19;PP=1180;SC=GGTTTGTCCCATCTGTGGCCA;SOR=1.917;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=68;WE=14775861;WS=14775843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	14801738	rs16932300	G	C	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=32;PP=1293;SC=AGAAGTCTTTGCTAAACCCCC;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=70;WE=14801746;WS=14801728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	14806848	rs10810249	C	A	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=61;PP=1966;SC=ACGGGACCTGCATACAAATAA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=14806856;WS=14806838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	14819370	rs7023244	G	T	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=40;PP=2036;SC=ATCTGCATCAGAAATTAGAAT;SOR=1.074;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=104;WE=14819378;WS=14819360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	14846036	rs2779500	C	G	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=62;PP=2121;SC=TTGTCGACAACCTGAAACTGT;SOR=1.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=103;WE=14846044;WS=14846026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	14846122	rs2642404	C	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=634;SC=GTGTTGGTATCATAGACTGGA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=14846130;WS=14846112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	14851617	rs2818940	T	C	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=64;PP=2102;SC=TTTTGAAGGATAGAGAAAATA;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=108;WE=14851625;WS=14851607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	14851703	rs729492	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=431;SC=CCACAGCCTAGCGTCTAGCAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=14851711;WS=14851693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	15000551	rs7029527	T	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=17;PP=707;SC=TAAAGGATCTTTTCTTTGCCT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=15000559;WS=15000541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	15017223	rs2222456	G	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=244;SC=ATTACTACCCGAGGTGGCACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=15017231;WS=15017213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	15017240	rs1403562	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=365;SC=CACAAGTTGTACTAGTACAAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=15017248;WS=15017230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	15017388	rs112344710	G	C	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.90;QD=38.29;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	15017410	rs1047677	G	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=17;PP=763;SC=GATGAGAGACGAAAAGCTTTT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=15017418;WS=15017400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	15019447	rs77959631	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=294;SC=GATATCTGCTATGTTATCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=15019455;WS=15019437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	15190494	rs475932	A	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=377;SC=CAGGTGTAACACACCATGTCT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=15190502;WS=15190484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	15267981	rs552693	G	C	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=23;PP=1041;SC=AGTTTCTCAAGAATTCTCAAT;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=15267989;WS=15267971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	15447361	rs3830477	A	AACT	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=626;SC=GATTCCATCAAACTACACTAT;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=15447369;WS=15447351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	15451597	rs74447267	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=48;SC=GCTGAGGCAGGAGAATCTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=15451605;WS=15451587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	15457853	rs10756669	G	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=547;SC=AAAATTGAAAGTATCTATTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=15457861;WS=15457843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr9	15468480	rs4741507	T	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=629;SC=AGTCCTTCAATAGGCCCATCA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=15468488;WS=15468470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	15469882	rs76473372	A	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=345;SC=TTATGTCTATATAACTTCTTT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=15469890;WS=15469872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr9	15623473	.	G	GCACACACACA	184.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr9	15695418	rs1355172	G	A	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=59;PP=1762;SC=GATGCCTCTTGTAGTCCCTCA;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=92;WE=15695426;WS=15695408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	15784496	rs2382540	C	G	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=35;PP=2324;SC=CCCCTCTCCTCCTTTTTACAG;SOR=1.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=83;TCR=35;TR=118;WE=15784504;WS=15784486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	15784631	rs1539172	A	G	5065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=94;PP=2965;SC=TTGAATTATAAACTTGAATTG;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=167;WE=15784639;WS=15784621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	15864506	rs770196	C	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=299;SC=TCCACTTCTTCTGTCCAAGTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=15864514;WS=15864496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	15922137	rs1328285	A	G	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=53;PP=2676;ReadPosRankSum=1.651;SC=TTTAGAAGAGATGGTTCACCC;SOR=0.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=147;WE=15922145;WS=15922127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr9	15922325	rs2225181	A	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.53;SOR=3.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr9	16436647	rs117470554	T	C	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=31;PP=1228;SC=TGGCAGCTCCTGAGGTGGCCC;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=66;WE=16436655;WS=16436637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	16664871	rs35822374	T	TG	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=406;SC=ACCTATACCATAAGCATTGTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=16664879;WS=16664861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	17135115	rs41306071	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=8;PP=298;SC=AGCGCGACAGCTGGGCCCCAG;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=19;WE=17135123;WS=17135105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	17135434	rs12003380	G	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	17135443	rs111496959	T	C	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	17235642	rs67017076	AT	A	810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=8;PP=556;SC=AGTAATTTAAATTTTTTTCCA;SOR=1.839;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=21;WE=17235650;WS=17235632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	17309336	rs10756860	T	C	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=58;SC=AAAATTTAAATATATTTGCAT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=17309344;WS=17309326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	17309374	rs6475126	T	A	63.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	17342383	rs1442527	C	T	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=46;PP=1774;SC=AAGATTCTGACGCTGTGTGGA;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=108;WE=17342391;WS=17342373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	17342517	rs10756869	A	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=316;SC=AAAAGCTATTAAAGAAACACT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=17342525;WS=17342507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	17366568	rs4961548	A	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=23;SC=TGATTTTTTTAAATAAAACAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=17366576;WS=17366558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	17394465	rs7035357	G	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=85;SC=TCATAAGTTAGAAATGGTAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=17394473;WS=17394455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	17394536	rs7035276	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=0;PP=105;SC=CTTTAGGTCACTGAGTTGGAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=17394544;WS=17394526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	17394996	rs3739489	T	C	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=101;PP=2965;SC=TTCTCAATCATTCCATCAAGG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=200;WE=17395004;WS=17394986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr9	17395108	rs3739488	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=42;PP=1211;SC=GGGGACACTGCGCATATGTAA;SOR=2.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=17395116;WS=17395098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	17409366	rs2780211	G	A	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=70;NR=53;PP=2192;SC=TAAGTCCTACGGAAGATGGAA;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=123;WE=17409374;WS=17409356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	17409556	rs2584549	C	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=205;SC=AATGTTACTACTGATTTAATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=17409564;WS=17409546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	17457512	rs35399020	TA	T	481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=420;SC=TTTCTTTTTTTAAAAAAAAGA;SOR=3.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=19;WE=17457520;WS=17457502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	17464402	rs1442532	G	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=266;SC=CATTTAAAAAGTAACAGTAGG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=17464410;WS=17464392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	17579190	rs4961573	C	G	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	17579198	rs4961574	T	G	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.29;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	17747173	rs3780226	C	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=27;PP=854;SC=TTGACATAAACATGTCTACCA;SOR=1.136;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=47;WE=17747181;WS=17747163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	17747279	rs2031456	G	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=242;SC=TTTCATGTATGTTTTAAAACA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=17747287;WS=17747269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	17775367	rs2209429	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=21;PP=775;SC=AGTGGGAAAACAGAGAAAAAA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=17775375;WS=17775357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	17787220	rs41305339	C	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=266;SC=GGCATTGAGTCTGTTGCCTGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=17787228;WS=17787210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	18504916	rs2277160	T	A	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=41;PP=1266;SC=CCTGCGGGGGTGGGGCCTCCT;SOR=1.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=18504924;WS=18504906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	18657558	rs776776	A	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=530;SC=GCACTACCATATACTCTTGTT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=18657566;WS=18657548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	18661848	rs41268977	T	G	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=480;SC=ATAATTTCCATTGATGTGAGC;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=18661856;WS=18661838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	18675972	rs41268979	T	G	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=72;PP=2316;ReadPosRankSum=0.588;SC=TCTATATATATAGAGATATAC;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=32;TCR=73;TR=104;WE=18675980;WS=18675962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr9	18681695	.	T	TGTG,TGTGTGG	34	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5016,0.4984;HP=13;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=61.78;NF=2,2;NR=1,1;PP=34,14;QD=13.3333333333;SC=AGTCCTCGTGTGGGGGGGGGG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3,3;WE=18681703;WS=18681685;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.75:4
chr9	18717903	rs530120	G	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=252;SC=CAAAGTTGGAGTGTTGGCACT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=18717911;WS=18717893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	18718086	rs4977338	G	T	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=33;PP=1490;SC=GAATTTTGTAGAAGAATCTAA;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=18718094;WS=18718076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	18718114	rs4977339	A	C	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=41;PP=2104;SC=CAGTTGTTCCATTGTCTTGCT;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=94;WE=18718122;WS=18718104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	18718139	rs532101	C	G	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=42;PP=2108;SC=TTTTGACCTTCTTCCTTCCCT;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=103;WE=18718147;WS=18718129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	18753529	rs56778727	A	G	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=403;SC=GTTACTCAATATTGGAGCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=18753537;WS=18753519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	18770943	rs16937047	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=273;SC=TAGCTTTTAACGAGGCTGCAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=18770951;WS=18770933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	18775810	rs934472	C	A	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=77;PP=2849;SC=GAAAACCGGCCTCTCAACGGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=160;WE=18775818;WS=18775800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	18776840	rs1549986	A	C	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=35;PP=1933;SC=AGGTCTACATACAGACTCGCA;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=99;WE=18776848;WS=18776830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	18777368	rs7033684	T	C	7748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CGCAGGACTCTGCGGAAAGGA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=152;TCR=140;TR=288;WE=18777376;WS=18777357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,298:0.99:302
chr9	18817246	rs1433809	A	C	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=53;PP=1791;SC=GTGAGAAATTAATGTTCATTT;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=18817254;WS=18817236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	18817372	rs7873880	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=223;SC=ACCTCAGTCGCTCTGAAAGTA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=18817380;WS=18817362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	18826261	rs75054093	GTT	G,GT	1508.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.374;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,17,58:0.20,0.70:83
chr9	18826500	rs934469	T	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=32;PP=1120;SC=CTGCACCCTGTTGGGAGTGAC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=18826508;WS=18826490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	18830087	rs7026429	G	A	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=790;SC=GGCCAACAGGGAATCACTAAA;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=18830095;WS=18830077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	18887753	rs731370	C	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=9;PP=807;SC=TAGAGCCACACAGACAGTAAA;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=18887761;WS=18887743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	18889544	rs10963819	A	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=25;PP=1429;SC=TCTTTTCTACACTGCTCCTCC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=72;WE=18889552;WS=18889534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	18889789	rs34099646	G	A	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=115;SC=CACCCTAGGAGGAGCCCTCCC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=18889797;WS=18889779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	18890446	rs7026374	A	G	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=14;PP=1262;SC=GCACTGGTGCAGTGCTGAGAG;SOR=2.173;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=66;WE=18890454;WS=18890436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	18906726	rs41268985	C	T	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=45;PP=2335;ReadPosRankSum=-0.798;SC=CAGAGGCCTGCAGTGTACACT;SOR=0.513;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=93;TCR=45;TR=137;WE=18906734;WS=18906716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr9	18907049	rs5896821	A	AT	4729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=76;PP=2936;SC=GGAGTTGAGCATTTCAGTGGG;SOR=1.530;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=96;TCF=14;TCR=82;TR=90;WE=18907057;WS=18907039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	18907122	rs1327506	T	C	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=44;PP=1022;SC=AGGGCTTCCATGATCTCCATC;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=18907130;WS=18907112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	18928039	rs1052448	A	G	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=18;PP=1200;SC=CTAAATTACTATTTTTCAAAA;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=18928047;WS=18928029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	18950787	rs6475273	G	A	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=41;PP=1331;SC=ATTGGTATAGGCCCTTTCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=18950795;WS=18950777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	18950895	rs7021572	T	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=19;PP=551;SC=TTCTCTGTTTTATCATAAATC;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=18950903;WS=18950885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	18950980	rs6475274	A	T	45.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	19033058	rs10963922	C	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=433;SC=GGCCCTTTTGCAATGTCCTGT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=19033066;WS=19033048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	19050632	rs144345924	A	AT	1396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=34;PP=1451;SC=AAAATGCTGAATTGCCTTTTT;SOR=4.125;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=34;WE=19050640;WS=19050622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	19063108	rs13302748	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=51.19;NF=16;NR=7;PP=419;SC=CAACATCTGATAATGGAGAAT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=19063116;WS=19063098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	19076673	rs13286328	G	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=5.832;NF=21;NR=9;PP=522;ReadPosRankSum=-0.801;SC=CAAACGAAAGGGGAGACATTG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=30;WE=19076681;WS=19076663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr9	19123745	rs10963972	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=892;SC=TGGGCTGGGCACGGTGGCTCA;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=19123753;WS=19123735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	19126476	rs3802335	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=273;SC=TTCAGAACACCGGGATAAGAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=19126484;WS=19126466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	19295941	rs10757051	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=588;SC=TGTAATAAGAAAAAAAGAGAA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=19295949;WS=19295931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	19298259	rs16937435	C	T	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=33;PP=944;SC=TGCTTTGTAGCTTTACTGAAC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=19298267;WS=19298249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	19326053	rs2256093	G	T	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=42;PP=2278;SC=GAAAAATAATGATTTTCAGGT;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=117;WE=19326061;WS=19326043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	19327897	rs34023524	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=80;SC=TGAAAAAGTATTTTTTCTATA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=19327905;WS=19327887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	19334957	.	AT	A	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.128;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr9	19335160	rs11791904	A	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=9;PP=193;SC=ATTATTTTGTATACCTTTAGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=19335168;WS=19335150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	19336169	rs10683145	G	GTA	238.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.126;NF=7;NR=0;PP=251;ReadPosRankSum=-1.645;SC=TTATATTTGTGTATATATATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=19336177;WS=19336159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr9	19341045	rs928128	A	G	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=41;PP=1474;SC=AGGATGATGCAGAAATTCATG;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=89;WE=19341053;WS=19341035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	19347204	rs2666801	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=208;SC=GTGGCATGATTTTGGCTGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=19347212;WS=19347194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	19350980	rs2803125	C	G	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=235;SC=AGGCTGGTCTCGAACTCCTGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=19350988;WS=19350970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	19352260	rs10114039	A	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=562;SC=CAGGATTCTAAGATACCCTTG;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=19352268;WS=19352250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	19357230	rs36178701	C	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=43;PP=1141;SC=TAAAGACAACCTGACTCATAT;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=19357238;WS=19357220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	19357276	rs10667709	C	CTTA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=669;SC=TACATCTTAACTTATTACCAC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=19357284;WS=19357266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	19360566	rs75572195	GT	AC	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.79;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	19360570	rs35304654	C	T	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.79;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	19370108	rs10114375	G	T	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=228;SC=AACATCTATTGTTTTAAGTGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=19370116;WS=19370098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	19378882	.	T	C	9459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=149;PP=2965;SC=GAAACCTTGTTTGTCGTTCCC;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=166;TCR=149;TR=315;WE=19378890;WS=19378872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr9	19379367	rs957	G	A	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=41;PP=2432;ReadPosRankSum=0.279;SC=GCATTCGGAAGCAACTTACCA;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=89;TCR=41;TR=129;WE=19379375;WS=19379357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr9	19516090	rs3739481	C	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=14;PP=1156;SC=GGTCAAGGAGCCCAGAGCCCA;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=19516098;WS=19516080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	19550308	rs4977555	A	T	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=39;PP=1197;SC=ACAAAAAAATAAAATGTACAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=19550316;WS=19550298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	19573483	rs149743267	AACACACACACACACACACACACACAC	A	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=5;PP=328;SC=ATATAATTTAAACACACACAC;SOR=2.670;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=7;WE=19573536;WS=19573473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	19576815	rs2247818	C	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=208;SC=TGTGCTGCAGCGGTGTGTGTG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=19576825;WS=19576805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	19576816	rs56172301	GGT	G	532.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.83;NF=9;NR=1;PP=444;SC=GTGCTGCAGCGGTGTGTGTGT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=19576825;WS=19576805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	19576949	rs2383101	T	G	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=34;PP=1780;SC=CCATTCTGCCTCTCGTTCTCA;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=99;WE=19576957;WS=19576939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	19619509	rs1885220	C	T	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=10;PP=748;SC=AGCACAAACACGTTTTATGCA;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=19619517;WS=19619499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	19622072	rs4977307	A	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=212;SC=GCATGTGTCCATGAATGCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=19622080;WS=19622062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	19622268	rs4977308	T	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=37;PP=870;SC=CCGGTAGAGTTGGTTCATCCT;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=19622276;WS=19622258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	20502078	rs6475449	T	C	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	20502096	rs6475450	G	C	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	20620596	rs2780835	C	T	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=44;PP=2737;SC=ACCGCCCGGGCCAAGCGATTG;SOR=1.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=97;TCR=44;TR=141;WE=20620604;WS=20620586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	20621901	rs376536186	CGT	C	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.022;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,23:0.20:115
chr9	20622064	.	C	CG	104	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=16;MQ=57.35;NF=5;NR=0;PP=104;QD=23.6;SC=GTGTGCGCGCCGGGGGGGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=20622072;WS=20622054;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,5:0.36:14
chr9	20720599	rs4977898	A	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=35;PP=1001;SC=TCACTAAATCACTATTAAGAG;SOR=3.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=42;WE=20720607;WS=20720589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	20740433	rs17685673	A	T	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=8;PP=165;SC=TTAGTTATTTAATTCAGCAGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=20740441;WS=20740423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	20758306	rs7851363	T	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=407;SC=TGATCTATAATGTTTTCTCCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=20758314;WS=20758296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	20764870	rs10511687	T	C	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=18;PP=2382;ReadPosRankSum=-0.894;SC=TCTTATAGGTTAGAAGTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=82;TCR=18;TR=99;WE=20764878;WS=20764860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr9	20765097	rs7871811	A	G	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=58;PP=1688;SC=CTCCTCCACAAATATAGGTCA;SOR=2.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=72;WE=20765105;WS=20765087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	20778631	rs7875153	A	G	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=21;PP=1161;SC=CAAAGCCATGATTCTGGGAAC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=20778639;WS=20778621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	20866974	rs7875872	C	G	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	20882117	rs7026225	T	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=461;SC=ACTTCCACTTTCAAGTAGGAT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=20882125;WS=20882107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	20885240	rs2383156	G	A	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=52;PP=1629;SC=GTAGGTTCCCGTGTCCTCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=88;WE=20885248;WS=20885230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	20907333	rs11435123	G	GA	1693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=40;PP=1661;SC=AAGCACTTGGGAAAATAGCAC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=41;WE=20907341;WS=20907323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	20932889	rs112589234	C	CT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=335;ReadPosRankSum=0.104;SC=AATATTGTCACTTTTTTTTTT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=20932897;WS=20932884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr9	20944558	rs12552707	G	A	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=24;PP=1201;SC=GTAAACACCCGTGGTAAGTGA;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=20944566;WS=20944548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	20978312	rs4977616	A	G	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=674;SC=CTATATATTCAATTCTTTTCC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=20978320;WS=20978302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	20982503	rs4304410	T	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=36;PP=1128;SC=TACGATTGAATAATTGATTTC;SOR=2.393;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=20982511;WS=20982493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	20990099	rs13301875	C	T	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=74;NR=37;PP=1820;SC=TATGACCTAACGTCATTTCTA;SOR=1.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=111;WE=20990107;WS=20990089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	21006934	rs1134090	A	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=32;PP=1656;SC=ATGGATTTTTATCAAATACAA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=90;WE=21006942;WS=21006924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	21026540	rs2275889	G	T	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=3;PP=1105;SC=AAGCTTTAAAGAGAAAAAATG;SOR=4.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=47;WE=21026548;WS=21026530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	21026800	rs2275890	G	A	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=940;SC=GCACTTTGAAGTCAAATGGAG;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=21026808;WS=21026790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	21031479	rs10964805	C	T	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=111;SC=GCCCGCCCGCCGCAGAGGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=21031487;WS=21031469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr9	21968199	rs11515	C	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=26;PP=964;SC=CTAAGTTTCCCGAGGTTTCTC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=21968207;WS=21968189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr9	24545957	rs2772578	G	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=23;PP=758;SC=TCTGTGCAGGGAGATGTCTCA;SOR=1.157;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=24545965;WS=24545947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr9	26116150	rs7019716	G	T	12428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=259;PP=2965;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTGCCCAGAGTCAAAGGACA;SOR=0.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=439;TCF=178;TCR=261;TR=437;WE=26116160;WS=26116140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,457:1.00:458
chr9	26982270	rs57511456	CT	C	1350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=13;PP=406;SC=AGCTTTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.931;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=19;WE=26982288;WS=26982260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	26988783	rs7865596	G	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=13;PP=389;SC=ACAAAACAAAGCATTTATATC;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=26988791;WS=26988773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	27009344	rs62542669	C	A	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=139;SC=TAGAAAACTTCATTTTCATCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=27009352;WS=27009334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr9	27047246	rs10812520	T	C	5140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.79;SOR=1.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	27061142	.	G	GGT	62.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=145;SC=GTAGTTAAGAGGTGTGTGTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=27061150;WS=27061132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	27062721	rs3429	C	T	5721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=103;NR=115;PP=2965;SC=TTACATAGCACCAGCGGAAAC;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=105;TCR=118;TR=218;WE=27062729;WS=27062711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr9	27062802	.	CA	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=0.680;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr9	27168315	rs10511802	G	A	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=753;SC=CAGATTCTTAGAAAGGTACAT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=27168323;WS=27168305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	27168704	rs10967753	T	C	150.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=120;SC=GGGCAGATGTTTGAATTAAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=27168712;WS=27168694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	27172838	rs3739542	C	A	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=50;PP=1464;SC=TGGGAATGGACGCTAAATGGC;SOR=4.615;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=55;WE=27172846;WS=27172828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	27173180	rs666478	C	T	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=62;PP=2961;SC=CAAGGGGTTGCATATTTGACT;SOR=1.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=163;WE=27173188;WS=27173170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	27180228	rs41272241	C	T	9909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=199;NR=165;PP=2965;SC=TTTGATGTCTCTGTTTACAGC;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=199;TCR=165;TR=364;WE=27180236;WS=27180218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr9	27183463	rs682632	A	C	5190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=70;PP=2965;SC=TCAGGCATACAGAGGATGACC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=114;TCR=70;TR=184;WE=27183471;WS=27183453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	27185762	rs17834811	T	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=508;SC=CTTTAAAAAATTATATGCATG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=27185770;WS=27185752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	27192330	rs2252883	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=5;PP=1239;SC=TCCTCATATTGGGAAGGATGA;SOR=3.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=27192338;WS=27192320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	27202870	rs639225	A	G	6400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=87;PP=2965;SC=CACACTCCTCAGCTGTGATTT;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=154;TCR=90;TR=240;WE=27202878;WS=27202860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr9	27203134	rs638203	A	G	5099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=100;PP=2965;SC=TGAATGGACAAGTATTTACAT;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=70;TCR=100;TR=170;WE=27203142;WS=27203124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	27213580	rs3737188	T	C	8731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=163;PP=2965;SC=AAGAGGTGTATGTGAAAAAGA;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=164;TCR=163;TR=327;WE=27213588;WS=27213570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr9	27217516	rs5897224	CTGTT	C	1544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=1567;SC=AGGACTTATACTGTTTGTTTG;SOR=4.174;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=27;WE=27217530;WS=27217506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	27217522	rs5004610	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=4;PP=809;SC=TATACTGTTTGTTTGCATGTT;SOR=3.797;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=37;WE=27217530;WS=27217506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	27217822	rs681754	G	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=395;SC=TTTGACAGAGGTTTTAAAAAG;SOR=2.387;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=27217837;WS=27217812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	27217829	rs142597435	A	AAAGAT	895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=625;SC=GAGGTTTTAAAAAGATACAGG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=27217837;WS=27217812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	27217851	rs681707	G	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=259;SC=ATGTCCTGTAGCTCTCGGGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=27217859;WS=27217841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	27218726	rs667250	C	T	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=28;PP=1738;SC=GGAAAATGAGCGGTGACTCTG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=92;WE=27218734;WS=27218716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	27228022	rs2273717	A	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=645;SC=TAAATCTATGAGGAGTTGAAA;SOR=4.977;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=23;WE=27228030;WS=27228014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	27228058	rs2273716	T	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=8;PP=1055;SC=GAGGTGGGAGTCCTCATAGAA;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=27228066;WS=27228048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	27229099	rs10757644	G	A	8360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=122;PP=2965;SC=TGTAACTGCCGCTGGCAGAGG;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=172;TCR=123;TR=293;WE=27229107;WS=27229089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr9	27289536	rs3739538	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.52;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	27289545	rs3739537	G	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	27289832	rs1980660	G	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=379;SC=TGTGTGTACAGTCTGTTCTCA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=27289840;WS=27289822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	27290984	rs2383724	T	C	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=8;PP=620;SC=AAAACCAAAATGTTTCCCAAG;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=27290992;WS=27290974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	27291133	rs57396932	G	T	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=533;SC=TTAGTTTGAGGAACATTCGTT;SOR=2.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=27291148;WS=27291123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	27291140	rs59009836	C	CATTT	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=898;SC=GAGGAACATTCGTTTGTTAGT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=27291148;WS=27291123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	27291192	rs35677322	C	CT	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=234;SC=TGTGTCAGACCTGTGGTTGGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=27291203;WS=27291182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	27291195	rs3739536	T	C	227.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=86;SC=GTCAGACCTGTGGTTGGCACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=27291203;WS=27291182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	27292279	rs3739534	G	A	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=138;SC=TTAAAAGGTAGCAGTATAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=27292287;WS=27292269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	27294215	rs41272859	G	C	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=40;PP=2768;ReadPosRankSum=1.083;SC=GTCTTATTTAGGAACGAAGAC;SOR=0.930;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=146;TCF=106;TCR=40;TR=144;WE=27294223;WS=27294205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr9	27296595	rs7044345	C	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=328;SC=CATTTCTATTCACTTTAAAGA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=27296603;WS=27296585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	27296943	rs3832606	TAC	T	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=927;SC=CCTTCTTACCTACTATTTTTA;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=27296952;WS=27296933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	27297260	rs7875090	A	T	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=197;SC=GTTTTTAGTTATTTTTTAAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=27297268;WS=27297250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	27455585	rs10757661	G	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=22;PP=584;SC=TGCAGGAAGCGAAAAGGCACC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=27455593;WS=27455575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	27524731	rs700785	A	G	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=1.141;SC=GGAGGAAGACAAGAATGAAAA;SOR=0.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=108;TCR=138;TR=245;WE=27524739;WS=27524721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr9	27556780	rs10122902	G	A	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=95;PP=2824;SC=GCAGCACAAAGCTTCCAGTTG;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=172;WE=27556788;WS=27556770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	27561465	rs3063748	A	ATGT	1074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=631;SC=CAAATACGTAATGTCCCTAGA;SOR=1.802;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=13;WE=27561473;WS=27561455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	27561628	rs17769294	T	C	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=25;PP=958;SC=ATCATCATCATTGAGTACTGT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=27561636;WS=27561618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	27562293	rs10812616	T	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=184;SC=TCCTTACTATTAAAATTAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=27562301;WS=27562283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	27562352	rs2589050	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=564;SC=ACTCATAAAGTGTATAATTGC;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=27562360;WS=27562342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	32384843	rs913762	A	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=629;ReadPosRankSum=0.656;SC=CAGTGGCGGCACGGGGGACAC;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=40;WE=32384851;WS=32384833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr9	32427600	rs2375965	A	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=9;PP=261;SC=ATCTAAAGAGAGCCCTCTTGC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=32427608;WS=32427590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	32436132	.	G	C	3297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=69;PP=2139;ReadPosRankSum=-0.702;SC=AGGAGACTTAGAGAAATAGCC;SOR=0.804;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=260;TCF=134;TCR=126;TR=132;WE=32436140;WS=32436122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,149:0.53:283
chr9	32440384	.	G	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=701;SC=ATCCAGCCCCGCCCTCACCAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=32440392;WS=32440374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	32466184	rs2274864	G	A	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=16;PP=1385;SC=ACTTTTTGTTGTAATATAACA;SOR=2.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=68;WE=32466192;WS=32466174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	32480142	rs77681738	G	A	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=33;PP=1862;SC=TATATTAAATGCAATACATGT;SOR=1.440;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=99;WE=32480150;WS=32480132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	32485288	rs71302893	C	CA	1038.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.55;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,45:0.80:56
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chr9	32491240	rs6476363	C	T	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=33;PP=1897;SC=GCAAAACAAGCCCCCACACCA;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=100;WE=32491248;WS=32491230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	32498291	rs2777725	A	G	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=23;PP=1291;SC=TGGGTCCCATAGAAAGGCATG;SOR=1.418;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=67;WE=32498299;WS=32498281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	32525915	rs3824456	C	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=444;SC=CTGGCAACCTCTAGCCTAAAA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=32525923;WS=32525905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	32525969	rs2777729	C	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=25;PP=1439;SC=CTGGCAGGCTCTCTGCATTGA;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=32525977;WS=32525959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	32526233	rs3739674	G	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=244;SC=AGCCGGGTAGGAGGAGGGCGT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=32526241;WS=32526223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	32542204	rs10971019	A	G	5713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=97;PP=2965;SC=ATCTGTTACTAGACAGGCTCC;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=97;TCR=97;TR=194;WE=32542212;WS=32542194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr9	32552164	rs35002468	T	TCTC	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	32559114	rs10813835	C	T	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=101;SC=AGCTATCAAACAGGCATCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=32559122;WS=32559104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	32974372	rs4878522	C	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=5;PP=423;SC=TGAGGTCAGACTGTTATTCAG;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=32974380;WS=32974362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	32974570	rs34600530	G	GA	365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=13;PP=278;SC=CTAGTTGAAAGAAAAAAAAAC;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=32974578;WS=32974560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	33001441	rs10813920	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	33001449	rs1197774	C	A	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.83;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	33026572	rs20583	T	C	7191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=138;NR=112;PP=2965;SC=GGAAACTGGCTTTGAAGTACC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=138;TCR=114;TR=250;WE=33026580;WS=33026562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr9	33069062	rs10971383	G	A	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=54;PP=1510;SC=TTAAAGAAGGGATTAGTTGAA;SOR=2.331;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=73;WE=33069070;WS=33069052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	33113322	rs7019909	C	T	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=168;SC=GGAAAGCCATCTGAATGATGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=33113330;WS=33113318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	33116238	rs34433922	AT	A	625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=24.07;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	33264540	rs1071545	C	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=736;SC=GGTGGACGCCCAGAGGGAGGC;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=33264548;WS=33264530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	33270479	rs844239	A	G	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=164;SC=GTTTTTGCCAATTTTTCTGCG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=33270487;WS=33270469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	33270748	rs831271	G	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=16;PP=584;SC=GTTATTTCATGTATTTATTCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=33270756;WS=33270738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	33290532	rs830576	A	G	9102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=175;NR=149;PP=2965;SC=GACAGTGCTGACTTGGCTGTA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=175;TCR=149;TR=324;WE=33290540;WS=33290522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr9	33290688	rs4879682	G	C	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=98;PP=2965;SC=CTCATATCGCGAGAGTAGCAC;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=68;TCR=98;TR=166;WE=33290696;WS=33290678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	33344252	rs642157	T	A	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=802;SC=CCTGCTGTGTTACTGTCTTCA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=33344260;WS=33344242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	33354070	rs145934546	TTTTTA	T	4202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=29;PP=2862;SC=TTCCCTTTCTTTTTTATATTT;SOR=1.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=56;WE=33354082;WS=33354060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	33364742	rs138260842	A	G	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=83;NR=76;PP=2965;SC=TTGAGAAGGAAATGGAAACCC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=159;WE=33364750;WS=33364732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr9	33385784	rs114937176	C	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=12.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-8.632;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.333;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,8:0.11:76
chr9	33385786	rs76908057	C	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=6.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-8.791;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,11:0.14:79
chr9	33385808	rs62542744	G	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-4.645;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,10:0.14:73
chr9	33385815	rs62542745	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-4.474;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,10:0.14:69
chr9	33385828	.	C	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-6.153;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.840;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,10:0.16:64
chr9	33385852	rs202183465	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=11.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQRankSum=-4.234;QD=2.46;ReadPosRankSum=-1.929;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr9	33385863	rs62542746	G	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.221;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-5.105;NF=9;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=1.837;SC=GGTCAGCCACGCCTGAGGAGC;SOR=0.335;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=15;WE=33385871;WS=33385853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr9	33386053	.	A	G	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=54.03;NF=2;NR=0;PP=39;QD=36.8856062736;SC=AGGGGGAGGGATACTCATCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=2;WE=33386072;WS=33386051;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,2:0.14:14
chr9	33386064	.	C	G	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=54.38;NF=2;NR=0;PP=39;QD=36.8856062736;SC=TACTCATCCTCGACCACTGAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=2;WE=33386072;WS=33386051;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr9	33386144	.	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.161;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=27.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-8.538;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=4.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,14:0.16:89
chr9	33386146	rs76608797	C	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=32.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-7.915;QD=4.12;ReadPosRankSum=-2.224;SOR=5.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,17:0.18:96
chr9	33386167	rs79172651	G	C	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.683;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.251;NF=29;NR=11;PP=628;ReadPosRankSum=-2.937;SC=ACCATCAGCTGTCCACCCGAA;SOR=2.062;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=140;TCF=88;TCR=52;TR=40;WE=33386175;WS=33386157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,35:0.25:138
chr9	33386211	rs80148578	G	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.986;NF=50;NR=35;PP=1107;ReadPosRankSum=1.557;SC=GACACAGACTGTCATGCGAAC;SOR=1.174;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=211;TCF=114;TCR=97;TR=85;WE=33386219;WS=33386201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,74:0.37:202
chr9	33386226	rs78244036	T	C	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.684;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-6.765;NF=48;NR=39;PP=1260;ReadPosRankSum=2.751;SC=GCGAACCTGCTCCCAACTAAG;SOR=0.876;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=205;TCF=103;TCR=102;TR=87;WE=33386234;WS=33386216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,77:0.39:196
chr9	33386243	rs76705820	C	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.604;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-5.850;NF=44;NR=43;PP=1145;ReadPosRankSum=2.492;SC=TAAGCCCCACCGGGGTCCCAG;SOR=0.560;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=202;TCF=94;TCR=108;TR=87;WE=33386251;WS=33386233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,83:0.43:193
chr9	33386284	rs73478964	T	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.650;NF=26;NR=42;PP=1119;ReadPosRankSum=0.314;SC=GGGTGGGGGATCTCCAAGGCT;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=68;WE=33386292;WS=33386274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr9	33386378	rs74462413	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=12.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.93;MQRankSum=-1.162;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.347;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr9	33386387	rs77429065	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=10.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQRankSum=-2.121;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=1.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr9	33386393	rs77837642	G	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=10.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQRankSum=-3.144;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr9	33386395	rs2484931	T	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=16;PP=2347;SC=CCGGGCAGGATACTCACTGTA;SOR=1.009;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=48;WE=33386408;WS=33386368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	33386399	.	CA	TG	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=7.539;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQRankSum=-4.255;QD=5.56;ReadPosRankSum=-1.964;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,11:0.19:59
chr9	33386465	rs74668961	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=-8.994;QD=4.50;ReadPosRankSum=-1.842;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,20:0.17:119
chr9	33386469	rs78695486	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=-9.322;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.486;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,21:0.17:123
chr9	33386510	rs77962308	CA	TG	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-9.490;NF=21;NR=22;PP=1207;ReadPosRankSum=1.004;SC=GCACAGTTAGCAAAGGTCACA;SOR=0.604;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=43;WE=33386519;WS=33386500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,34:0.24:139
chr9	33386526	rs79202054	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-7.877;NF=18;NR=23;PP=419;ReadPosRankSum=1.574;SC=TCACAGCTGCGTTCATGTGGG;SOR=0.537;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=41;WE=33386534;WS=33386516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,34:0.27:125
chr9	33395031	rs72707429	G	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-3.529;QD=11.76;ReadPosRankSum=2.142;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr9	33395039	rs72707431	C	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-3.014;QD=10.48;ReadPosRankSum=2.536;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr9	33395196	rs642636	A	G	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=90;PP=2904;SC=GGGTGGACCTAAGACAGTGGC;SOR=1.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=59;TCR=90;TR=149;WE=33395204;WS=33395186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	33441711	rs200785872	A	C	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	33441826	rs16919255	C	A	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=24;PP=959;SC=ACCCAAATTCCGGTTCCACCC;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=33441834;WS=33441816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	33442952	rs2228332	G	A	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=42;PP=1268;SC=GGTTGTCGGCGAAGTGCCAGA;SOR=1.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=33442960;WS=33442942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	33442986	rs2231231	A	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=807;SC=CAGATTAGACACACAGTGAGT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=33442994;WS=33442976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	33444000	rs2227285	G	C	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=180;SC=AGGACTAGAGGCGCTTCCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=33444008;WS=33443990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	33447306	rs517210	C	G	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=21;PP=1131;SC=GTGGGGGTCACAGCTGGGGAG;SOR=1.394;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=64;WE=33447314;WS=33447296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	33447424	rs591810	C	G	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=66;PP=2227;SC=CACTCACCACCAGGATGAGGG;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=130;WE=33447432;WS=33447414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	33465182	rs2785210	G	A	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=26;PP=1777;SC=CTTCTCAGCTGGGGAAAAAGT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=67;TCR=26;TR=93;WE=33465190;WS=33465172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	33465651	rs560833	T	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=629;SC=ATCTGGCCCCTGGAGAGACAG;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=33465659;WS=33465641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	33467577	rs2275228	T	C	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1919;ReadPosRankSum=1.840;SC=AGAAACCTACTTTCTAGCTAG;SOR=0.472;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=88;WE=33467585;WS=33467567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr9	33467983	rs679644	G	A	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=26;PP=1540;SC=CTGTAGCCCCGAAGAGACAGG;SOR=1.463;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=33467991;WS=33467973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	33469406	rs2777746	C	T	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=40;PP=2122;SC=CCCATCCTGTCCCCCCATACT;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=105;WE=33469414;WS=33469396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	33473893	rs2777744	T	G	6445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=124;PP=2965;SC=GGTCTATACCTCATAGCTTCC;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=101;TCR=124;TR=225;WE=33473901;WS=33473883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr9	33524684	rs3843933	G	A	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=24;PP=781;SC=GTCCGCGACAGAAAAGACAGG;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=33524692;WS=33524674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	33524725	rs3843934	G	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=16;PP=427;SC=GTGGGAGGGGGCCCCCAGGCC;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=33524733;WS=33524715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	33558025	rs34748833	T	A	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=9;PP=984;SC=TCTTAAAAATTCTTGACTTAC;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=44;WE=33558033;WS=33558015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	33568789	rs10971566	T	G	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=60;PP=1936;SC=TTGAAAATCTTAATAGTATAG;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=33568797;WS=33568770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	33573377	rs597219	T	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=58;SC=GATTAGTCTCTCTGCAGCCTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=33573385;WS=33573367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	33649383	rs855547	C	A	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=48;PP=1547;SC=ATTATGCTGGCATGTTCTCAG;SOR=1.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=33649391;WS=33649373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	33662424	rs41313962	G	A	8821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=152;PP=2965;SC=TGTTATAGGGGCAGGAAAGAA;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=150;TCR=152;TR=301;WE=33662432;WS=33662414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr9	33662557	rs41302224	G	C	5855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=113;PP=2965;SC=GGAGATCTTTGCTCTGAGTCA;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=77;TCR=114;TR=189;WE=33662565;WS=33662547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	33662593	rs16933245	G	A	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=81;PP=2342;SC=AGGATAGAGCGTTTTCCCCTG;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=126;WE=33662601;WS=33662583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	33675629	rs7849845	A	C	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.612;NF=120;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.010;SC=TTCACCTTAAAATTTGGAGAA;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=121;TCR=119;TR=238;WE=33675637;WS=33675619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr9	33676094	rs7853346	C	G	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=58.33;NF=66;NR=64;PP=2965;SC=CTATAATCCACATGATTCTTT;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=130;WE=33676102;WS=33676084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	33676173	rs111298584	C	T	7269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=114;PP=2965;SC=TGTCTCTGGTCCTTACTTCCC;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=140;TCR=114;TR=254;WE=33676181;WS=33676163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr9	33750453	rs113217588	A	ACACAG	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=289;SC=CTCCTGAAGCACACAGCCTAG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=33750461;WS=33750443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	33750845	rs855551	G	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	33794726	.	G	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.801;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=16.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-11.251;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=3.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,8:0.06:128
chr9	33794727	.	C	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=16.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-11.384;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=3.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,8:0.06:131
chr9	33794736	.	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-12.610;QD=2.27;ReadPosRankSum=-2.487;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,20:0.12:161
chr9	33794749	.	C	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-13.449;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,23:0.13:183
chr9	33794753	.	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.931;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-13.731;QD=3.18;ReadPosRankSum=-2.187;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,27:0.14:191
chr9	33794789	.	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQRankSum=-12.183;QD=4.21;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,42:0.17:248
chr9	33794797	.	TGA	T	566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=4.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQRankSum=-6.206;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,30:0.12:241
chr9	33794809	rs201061108	G	A	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=8.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQRankSum=-14.363;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,86:0.33:258
chr9	33794811	.	GG	AT	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.41;MQRankSum=-11.227;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,51:0.20:259
chr9	33794840	rs10117993	G	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-11.058;NF=40;NR=39;PP=776;ReadPosRankSum=0.609;SC=GGAGGAGTGCGCCATTGGTTT;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=140;TCR=133;TR=79;WE=33794848;WS=33794830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,79:0.27:295
chr9	33794877	.	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.599;ClippingRankSum=0.000;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-10.478;NF=41;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=0.404;SC=ACTGAGTAAGCTCCTACCTAA;SOR=0.567;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=252;TCF=112;TCR=140;TR=89;WS=33794867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,88:0.32:273
chr9	33794890	.	T	A	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.910;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQRankSum=-9.948;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,77:0.32:240
chr9	33794894	.	T	C	3713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=3.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.85;MQRankSum=-10.792;QD=16.08;ReadPosRankSum=-2.408;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,116:0.50:231
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chr9	33794915	.	TTCC	T	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=39.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQRankSum=-2.768;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=4.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,28:0.15:181
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chr9	33797930	.	GAC	G	9857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=6.021;ClippingRankSum=0.000;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-25.196;NF=86;NR=59;PP=2971;ReadPosRankSum=-2.763;SC=ATACAACAGGGACACTCTGGA;SOR=1.569;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=489;TCF=216;TCR=273;TR=145;WE=33797939;WS=33797907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:470,247:0.34:717
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chr9	33798016	.	CA	TG	2734	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=102;MMLQ=26;MQ=47.78;NF=113;NR=199;PP=2734;QD=20;SC=CTCTGCCCACCACCCCTCCAG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=945;TCF=399;TCR=546;TR=312;WE=33798025;WS=33798006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:633,312:0.33:945
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chr9	33798574	rs201773718	G	A	3989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=9.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQRankSum=-15.244;QD=14.25;ReadPosRankSum=1.023;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,105:0.38:280
chr9	33798596	rs377148991	T	C	4927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-14.292;NF=98;NR=78;PP=1800;ReadPosRankSum=1.024;SC=TGGGCTTCCTTGAGGGAGGCA;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=376;TCF=207;TCR=169;TR=176;WE=33798604;WS=33798586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,161:0.44:366
chr9	33798633	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=53;MMLQ=16;MQ=48.43;NF=110;NR=128;PP=2962;QD=20;SC=GATTTGACCCTTTCCCATGCT;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=463;TCF=233;TCR=230;TR=238;WE=33798641;WS=33798623;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:225,238:0.51:463
chr9	33798960	rs72711744	C	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.23;QD=29.02;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	33798960	.	CAGTAAATGTAGCTA	GAGCAAATGTAGGTG,GAGTAAATGTAGCTA	1753	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MMLQ=28;MQ=48.56;NF=2,39;NR=3,14;PP=117,1753;QD=38.0935749724;SC=TTAAGGTTCACAGTAAATGTA;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=5,53;WE=33798982;WS=33798950;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.09:53
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chr9	33799186	.	G	A	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=15.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQRankSum=-13.973;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,82:0.27:302
chr9	33799218	.	G	A	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=8.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.22;MQRankSum=-13.685;QD=12.06;ReadPosRankSum=-3.821;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,84:0.36:233
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chr9	33799230	.	C	CTG	2368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.682;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.932;NF=10;NR=42;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.164;SC=CCTGCTCTCACTCTGTGTCTG;SOR=0.409;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=148;TCF=16;TCR=132;TR=52;WE=33799238;WS=33799208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,62:0.32:192
chr9	33799245	.	G	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQRankSum=-8.933;QD=10.52;ReadPosRankSum=2.668;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
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chr9	33799263	.	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.658;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.420;NF=6;NR=34;PP=1334;ReadPosRankSum=2.823;SC=CACACTCCTTCACACTGGAAA;SOR=1.524;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=117;TCF=21;TCR=96;TR=40;WE=33799275;WS=33799235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
chr9	33900109	rs10971774	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=4;PP=601;SC=ACTTTAGAACCGATGTCCCTT;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=33900117;WS=33900099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	33912102	rs148101204	GT	G	2137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=61;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.574;SC=ATTAGGTAAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=66;WE=33912111;WS=33912092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr9	33922626	rs10971793	A	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=52;PP=1781;SC=GAAGGCTGTCAAGGCTGGAGC;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=100;WE=33922634;WS=33922616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	33924312	rs10971794	G	A	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=54;PP=1908;SC=CTTGATCAGCGACTGGCCCTG;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=113;WE=33924320;WS=33924302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	33927899	rs307692	G	A	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=36;PP=1224;SC=GGACAGGCTGGCGCCTGAGGA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=33927907;WS=33927889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	33928074	rs147678695	A	AC	430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=244;SC=GCTTGGGCCCAAGTCTCAAGG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=33928082;WS=33928064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	33932688	rs307648	G	C	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=68;PP=2118;SC=TGAACAAGACGCACGTGGGTC;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=116;WE=33932696;WS=33932678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	33934271	rs56274755	T	C	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=39;PP=1254;SC=TCAGAAAGGATGTGGAGACAC;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=88;WE=33934279;WS=33934261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	33935736	rs307652	A	G	6238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=114;NR=97;PP=2965;SC=TTTAACGAATAAGCCATTGAC;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=114;TCR=97;TR=211;WE=33935744;WS=33935726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr9	33939062	rs2307692	TCC	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=470;SC=CATGGAAAGCTCCCCATTTTA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=33939071;WS=33939052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	33941759	rs307658	T	C	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=49;PP=1785;SC=ACTAGCAGAATTCAGTGATGA;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=93;WE=33941767;WS=33941749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	33944730	rs72727350	A	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=512;SC=AATTTCTCCAAATCATTTCCA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=33944738;WS=33944720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	33948652	rs307654	T	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=21;PP=605;SC=CTTTAAAACATATCAAGTATT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=33948660;WS=33948642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	33960778	.	CA	C	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=13.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.757;SOR=1.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr9	33963669	rs139216466	G	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=154;SC=GAAAGATATTGCAAGCAATTT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=33963677;WS=33963659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	33969352	rs307675	T	C	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=43;PP=1589;SC=TAAGACCAGCTTCCACAACAA;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=33969360;WS=33969342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	33986731	rs148986402	ATT	A	19332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.161;NF=45;NR=204;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.535;SC=AATTGAAAGCATTTTCTTCCC;SOR=0.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=48;TCR=212;TR=249;WE=33986740;WS=33986721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,436:1.00:437
chr9	33988919	rs72727392	G	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.958;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=24;PP=1760;ReadPosRankSum=0.271;SC=GAGGCGGGAGGGTCACTTGAG;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=84;WE=33988927;WS=33988909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr9	34011803	rs7029112	C	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=35;PP=1025;SC=AAGAAAAGTACCATCACTACA;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=34011811;WS=34011793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	34011835	rs7029122	C	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=645;SC=GGATCTCTTACCCATTCATAT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=34011843;WS=34011825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	34017015	.	GA	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
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chr9	34096597	rs7857551	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=410;SC=GCGAGACTCTGCCTCAAAAAT;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=34096605;WS=34096587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	34096873	rs10971910	T	C	4763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=109;PP=2965;SC=GGGTCCTTTATTCCTGTCTCG;SOR=1.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=52;TCR=109;TR=161;WE=34096881;WS=34096863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	34107504	rs1378	C	T	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=67;PP=2368;SC=CTCCAGGCTCCCGGTCTTTCA;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=114;WE=34107512;WS=34107494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	34127211	rs10971940	A	G	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=24;PP=2820;SC=AGCACAACCAACCCAGGCCGC;SOR=2.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=97;TCR=24;TR=120;WE=34127219;WS=34127201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	34178974	rs9650705	G	A	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	34211942	rs1556439	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=38;PP=1537;ReadPosRankSum=1.051;SC=AAAAATAGAATATCACTGATA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=84;WE=34211950;WS=34211932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr9	34220855	rs41313794	G	A	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=62;PP=2441;SC=AATTTTCTTCGTACTACCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=135;WE=34220863;WS=34220845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	34242192	rs10972015	C	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=79;PP=2259;SC=TGATTTTTTTCGAGACAGGGT;SOR=2.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=28;TCR=79;TR=107;WE=34242200;WS=34242174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	34269386	rs141274403	ACTT	A	9838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=132;PP=2957;SC=AGCAGGAGTGACTTCTGTGAA;SOR=2.030;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=6;TCR=141;TR=138;WE=34269396;WS=34269376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr9	34272085	rs72731297	T	C	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=144;SC=CACTAAATTATACCTAGTTAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=34272093;WS=34272075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	34286486	rs6476442	G	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=202;SC=TTTACAGATGGGAAGTGGTGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=34286494;WS=34286476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	34310927	rs10972048	T	C	12574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=230;NR=216;PP=2965;SC=TCTGGTAGCATGTGTTCTAGC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=446;TCF=230;TCR=216;TR=446;WE=34310935;WS=34310917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr9	34343033	rs143309441	G	GA	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=2.516;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr9	34370701	rs58832809	TG	T	1789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=7;PP=1547;SC=GGTATAGAGGTGGGAGGTTCC;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=38;WE=34370709;WS=34370691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	34372252	rs202011793	T	C	6104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.406;SC=CGCGCGAAGATAGCCAGTAGC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=107;TCR=111;TR=214;WE=34372260;WS=34372242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,227:0.98:231
chr9	34372783	rs4879781	G	C	4898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=74;PP=2965;SC=GCGGCTTCAGGTCTTTGGAAG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=166;WE=34372791;WS=34372773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	34372873	rs4879782	C	G	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=76;PP=2588;SC=GGTTCTGACGCTATGCGTAGC;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=148;WE=34372881;WS=34372863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	34373041	rs10972084	C	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=304;SC=TGAGCTATCTCATCCCATGAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=34373049;WS=34373031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	34382726	rs3808876	A	G	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=25;PP=1423;SC=CAGTCCCCAGACGTCTGTGCT;SOR=1.300;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=71;WE=34382734;WS=34382716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	34397545	rs11790577	A	G	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=81;PP=2598;SC=GTGGGTCCTTATAGACCTCCT;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=143;WE=34397553;WS=34397535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	34402173	rs10738926	A	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=561;SC=ACAGCAGACAACGCAGGCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=34402181;WS=34402163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	34406801	rs34985382	CT	C	35.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr9	34552437	rs2274592	C	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=228;SC=GTACTGCCTCCCCCATCAGGC;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=34552445;WS=34552427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	34569010	rs9695558	T	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=47;PP=1355;SC=GGGGGAGGGGTCAGCATCAGC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=34569018;WS=34569000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	34618641	rs3802427	C	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=660;SC=GGTGGGATGTCGGGCAGGCAG;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=34618649;WS=34618631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	34627940	rs13283357	C	T	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=73;PP=2363;SC=GTGGCAGCAGCGGGCATGCAG;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=129;WE=34627948;WS=34627930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	34635598	rs4879809	T	C	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=17;PP=1288;SC=CGCTCCTGTCTATCCGCAGGT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=34635606;WS=34635588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	34655436	rs2812357	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=15;PP=610;SC=ACCTGGGTCCTCTCTCTACCC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=34655444;WS=34655426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	34655723	.	C	T	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=63;PP=2044;SC=TCTGCCTAGTCCTCATGTCCC;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=103;WE=34655742;WS=34655713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	34655734	rs11575576	G	T	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=56;PP=1719;ReadPosRankSum=-0.708;SC=CTCATGTCCCGCCCCTCCCAT;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=86;WE=34655742;WS=34655713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr9	34657663	rs1104748	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=22;PP=666;SC=ACTCCCAGAGTTCCCAGTTTC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=34657671;WS=34657653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	34726671	rs1854574	G	A	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=23;PP=1530;SC=ATCTGCATACGTTGACTGGGC;SOR=1.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=34726679;WS=34726661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	34976946	rs112735645	G	A	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=14;PP=1190;SC=CGCACTGGAAGTGCTGATGCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=34976954;WS=34976936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	34978293	rs139047747	TGCCACAAGGAGAA	T	1451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=2936;SC=GTGAATGCATTGCCACAAGGA;SOR=5.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=21;WE=34978313;WS=34978283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	34990871	rs147463499	C	T	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=662;SC=ACGCGGCCATCCCCTCCATTG;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=28;WE=34990879;WS=34990861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	35042827	rs113761104	A	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=4;PP=632;SC=AAAAGGCTTCATGCCTGAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=35042835;WS=35042817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	35044398	rs34368082	T	C	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=99;PP=2965;SC=TGTGGGGACATACAAAAGACA;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=70;TCR=99;TR=169;WE=35044406;WS=35044388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	35060955	rs2258240	T	C	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=76;PP=2965;SC=ATGAGACTTATCAAGGGAGGG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=93;TCR=77;TR=169;WE=35060963;WS=35060945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	35062972	rs514492	C	T	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=85;PP=2906;SC=CCAAATATCTCACCATTGATC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=166;WE=35062980;WS=35062962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	35072565	.	T	TGGCAGCGGCAGC	1675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=2982;SC=GCAGTGGCAGTGGCAGCGGCA;SOR=0.927;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=16;WE=35072573;WS=35072555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	35077441	rs554098	T	C	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=92;PP=2965;SC=TACAACCTCCTCGTCTTCTCC;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=162;WE=35077449;WS=35077431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr9	35078100	rs17885506	G	A	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=48;PP=2530;SC=GAGGAAGGAAGGAGGAGACCC;SOR=1.276;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=134;WE=35078108;WS=35078090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	35089048	rs556766	A	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=4;PP=941;SC=CACTGTTCTCAAGCACTCTCT;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=35089056;WS=35089038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	35090782	rs505297	A	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=35;PP=1018;SC=TACACACTCAAATGCCTATCA;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=35090790;WS=35090772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	35092480	rs35287398	T	G	7571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=127;PP=2965;SC=CCCACTGAGATGCCAGCAGGC;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=121;TCR=128;TR=247;WE=35092488;WS=35092470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr9	35093020	rs568300	T	C	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=0;PP=1170;SC=CCAGCCCGCTTACCTACCTGC;SOR=7.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=43;TCR=0;TR=43;WE=35093028;WS=35093010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	35093321	rs75289720	G	A	6503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=122;PP=2965;SC=CAGGATCATGGATTTGGGGGC;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=224;TCF=102;TCR=122;TR=223;WE=35093329;WS=35093311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr9	35100002	rs664357	T	C	3303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=48;PP=2273;ReadPosRankSum=1.048;SC=GCTTCCTTGTTCCCAGACTCC;SOR=0.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=77;TCR=49;TR=123;WE=35100010;WS=35099992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,128:0.98:131
chr9	35100569	rs586017	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=571;SC=CCAGTGCTCTATGCTGGGTCC;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=35100577;WS=35100559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	35101522	rs35119429	G	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=43;PP=1571;SC=CTTGGTTGATGGCATCCACAA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=92;WE=35101530;WS=35101512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	35107740	rs61735988	C	T	11811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=192;NR=214;PP=2965;SC=CCTGGAGGGGCTGGCCCTGGG;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=194;TCR=214;TR=406;WE=35107762;WS=35107730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr9	35107858	rs7039828	C	T	7217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.94;NF=113;NR=128;PP=2965;SC=TCCAGGCCCCCGAAGTCCAAG;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=114;TCR=128;TR=241;WE=35107866;WS=35107848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr9	35295984	rs661712	T	C	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=40;PP=1255;SC=CATGATGCAATTGGCAAGAAG;SOR=1.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=35295992;WS=35295974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	35546735	rs1535422	A	G	12399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=213;PP=2965;SC=CCTGCACTCTACTCCAGGAGG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=436;TCF=222;TCR=214;TR=435;WE=35546743;WS=35546725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr9	35555823	rs946483	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=12;PP=904;SC=CATCCCTCCCTCAGCATCTGT;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=35555831;WS=35555813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	35556250	rs870978	G	C	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=20;PP=1541;SC=CACTGAACTGGCCTGGAACTC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=35556258;WS=35556240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	35556527	rs150786704	A	ACCTCTAAGTGCTGGCTGGGC	610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=2521;SC=CCAGTCTGAAACCTCTAAGTG;SOR=3.912;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=5;WE=35556535;WS=35556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	35559369	rs4879906	G	A	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=74;PP=2290;SC=GGTGGGGAGGGGGACCACACA;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=115;WE=35559377;WS=35559359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	35559905	rs12338773	T	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=5;PP=1474;SC=TACATGCAAGTTGACTAGTGC;SOR=4.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=56;WE=35559913;WS=35559895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	35561912	.	CCCCACCCT	C	352	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=352;QD=183.5;SC=CTTTGTGTTCCCCCACCCTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=35561927;WS=35561902;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr9	35562328	rs5897609	TACAA	T	3726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=21;PP=2233;SC=CCCATACCCATACAAACAAAC;SOR=1.275;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=44;WE=35562339;WS=35562318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	35562549	rs755774	G	A	7328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.486;SC=GGAAGCGGGCGCAGGGCACAT;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=160;TCR=100;TR=257;WE=35562557;WS=35562539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,268:0.99:270
chr9	35610523	rs71940749	CCCCTGCTCTGAGT	C	1774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=2978;SC=GGCCCCTGGGCCCCTGCTCTG;SOR=2.780;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=20;WE=35610543;WS=35610513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	35610912	rs4879913	A	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=565;SC=ACTAAAACAGACTTTAGAACC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=35610920;WS=35610902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	35616583	rs2095858	A	T	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.245;SC=GGAAGTAGGGACAGCCTTACT;SOR=0.256;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=190;WE=35616591;WS=35616573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr9	35664624	rs1361338	C	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=23;PP=772;SC=ATGCTAAGGCCCTGGGCCAAG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=35664632;WS=35664614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	35677702	rs2857801	T	A	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=9;PP=1038;SC=ATGGGAGAGGTCTATGGGAAC;SOR=2.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=50;WE=35677719;WS=35677692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	35677711	rs35212337	AC	A	2222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=10;PP=1412;SC=GTCTATGGGAACCCCCCTTCA;SOR=2.437;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=44;WE=35677719;WS=35677692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	35679061	rs2857802	C	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=5;PP=1184;SC=CTGCACTTAGCGAAGAAGTGG;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=35679069;WS=35679051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	35684822	rs3215700	C	CG	1675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=873;ReadPosRankSum=0.495;SC=GGGTGTGTGGCGGGGGGGGCA;SOR=0.527;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=52;WE=35684838;WS=35684805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr9	35689373	rs2145925	T	C	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=257;SC=GCTACTGGGATGGAAGCGGAA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=35689381;WS=35689363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	35700150	rs2295794	C	T	9319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=172;NR=148;PP=2965;SC=ATGTTCTGGCCCAAAGCTGCC;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=172;TCR=149;TR=320;WE=35700158;WS=35700140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr9	35711806	rs2249250	G	T	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=63;PP=2068;SC=GGTGAGAGGGGAAGTCAGACA;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=122;WE=35711814;WS=35711796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	35713181	rs877365	C	T	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=26;PP=1533;SC=GCCTGGCTCTCTGCCCACATA;SOR=1.416;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=35713189;WS=35713171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	35808334	rs3763631	C	G	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=52;PP=1885;SC=TAAAGATTCCCTAGACATCTC;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=107;WE=35808342;WS=35808324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	35809328	rs2281645	A	G	5391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=103;NR=81;PP=2965;SC=AGGGAGACAAAGGGACTAACA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=184;WE=35809336;WS=35809318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	35819837	.	A	ACATACTTCTCTCTCATACTTCCCAAGACAT	5727.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=35;PP=1390;SC=GACATGACAGAGTACAGTTAT;SOR=2.683;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=54;WE=35819846;WS=35819822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	35819838	.	GT	G	5726.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=35;PP=552;SC=ACATGACAGAGTACAGTTATT;SOR=1.107;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=53;WE=35819846;WS=35819822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	35825413	rs4879930	C	T	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=63;PP=1946;SC=AGTGAGAAGGCCCTAAAACTA;SOR=2.128;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=89;WE=35825421;WS=35825403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	35841444	rs72727082	C	T	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=41;PP=1543;SC=TATGCCCCCTCCTTCCTAGTG;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=59;WE=35841452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	35845929	rs7848557	A	C	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=15;PP=860;SC=GTGGGTGGAGATGGAGGATGT;SOR=1.314;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=45;WE=35845937;WS=35845919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	35906471	rs76452347	C	T	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr9	35906519	rs79284865	G	A	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	36063743	rs942478	C	G	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=22;PP=1743;SC=CATGCTATCTCTTTTTATTGC;SOR=1.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=36063751;WS=36063733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	36105264	rs11788747	A	G	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=110;PP=2965;SC=CCTGTCTTCCATACTTTTGTG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=95;TCR=110;TR=205;WE=36105272;WS=36105254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	36109947	rs10972726	C	A	5544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=83;PP=2965;SC=CTTTCTGTTTCTGTCAGGTCA;SOR=0.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=120;TCR=83;TR=202;WE=36109955;WS=36109937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	36110063	rs10972727	T	A	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=74;PP=2292;SC=AAGATGACCGTCGTACCTTCA;SOR=1.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=117;WE=36110071;WS=36110053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	36110137	rs10972728	C	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=648;SC=CACATTTTTCCCTTCAAGGCA;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=36110145;WS=36110127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	36141817	.	AT	A	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.318;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr9	36151164	rs2277172	G	A	139.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=55;SC=TCCCTCTGAGGGCCACCAGCT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=36151172;WS=36151154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	36169598	rs3739609	T	C	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=74;PP=2894;SC=TGGCCCTGAGTGTGGACAACC;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=173;WE=36169606;WS=36169588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	36210409	rs143043565	C	T	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=2;PP=1093;SC=TTGATTTCTGCACATTCTCTC;SOR=5.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=36210417;WS=36210399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	36276857	rs7875447	A	G	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=45;PP=2663;SC=TGCAATTTCAATAATAAAGCT;SOR=1.493;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=94;TCR=45;TR=135;WE=36276865;WS=36276847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	36597142	rs10972987	T	C	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=28;PP=1541;SC=CCTTAAGTCATTTTTAGAAAT;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=85;WE=36597150;WS=36597132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	36643118	rs9298969	G	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=22;PP=602;SC=AGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=36643139;WS=36643108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	36643131	rs9298970	A	G	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=551;SC=TGTAATCCAAACACTTTGGGA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=36643139;WS=36643108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	36840623	rs3780135	G	A	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=31;PP=1257;SC=CGCTATAATAGTAGGGGGAGC;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=36840631;WS=36840613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	36864119	rs4289895	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.39;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	36882264	.	TAC	T	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.735;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr9	37020622	rs2297105	A	C	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=72;PP=2965;SC=GCCTCGAGCTACTGCCTTTAC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=117;TCR=72;TR=188;WE=37020630;WS=37020612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr9	37302155	rs10814518	C	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=18;PP=531;SC=AAAAGTGCCACGGTTAAGTAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=37302163;WS=37302145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	37304168	rs11422051	A	AT	3543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.451;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.263;NF=53;NR=34;PP=1501;ReadPosRankSum=-1.749;SC=TTAATTCTTGATTTTTTTTTC;SOR=1.574;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=87;WE=37304176;WS=37304158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,134:0.95:141
chr9	37305829	rs3837244	GATATAT	GAT,G	1169.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0,0;NR=24,24;PP=51,1207;SC=TACTCCGTGAGATATATATAT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=24,24;WE=37305842;WS=37305819;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:29
chr9	37426524	rs2736664	C	T	9003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=143;PP=2965;SC=CACCAGATGTCTGATTCGTAG;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=308;TCF=164;TCR=144;TR=307;WE=37426532;WS=37426514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr9	37429661	rs309459	A	G	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=57;PP=2487;SC=CCGCTGTTCCAGAAATGCTGG;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=134;WE=37429669;WS=37429651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	37429814	rs309458	A	G	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=65;PP=2269;SC=AGGAAGCAGCAGAATTCCAGG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=120;WE=37429822;WS=37429804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	37432264	rs309455	T	C	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=43;PP=1311;SC=ACACCAGGGATCGTAAATGTT;SOR=7.701;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=43;WE=37432272;WS=37432254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	37441808	rs309450	A	G	6078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=91;PP=2965;SC=CAGTCATTCCATCAGCTTTAG;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=124;TCR=91;TR=215;WE=37441816;WS=37441798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr9	37486603	rs1571234	A	G	13178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=239;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=2.019;SC=CCCCATTCTGACACTCCCTCC;SOR=0.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=468;TCF=240;TCR=228;TR=465;WE=37486611;WS=37486593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,497:0.99:500
chr9	37486916	rs913278	G	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=566;SC=AGCAAATGGAGCTTTGAAGAA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=37486924;WS=37486906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	37503124	rs7047823	G	A	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=875;ReadPosRankSum=0.467;SC=AAGATCACAAGCTGGGCACCC;SOR=0.295;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=55;WE=37503132;WS=37503114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr9	37536998	rs927930	C	T	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=4;PP=735;SC=GTCAAGCGTGCGTGAATAAGT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=37537006;WS=37536988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	37537557	rs7044153	G	A	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=101;PP=2965;SC=GGGAGCTAGAGGCTGGGCTGG;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=180;WE=37537565;WS=37537547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	37692526	rs10973494	G	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=0;PP=689;SC=CTAGTTATTCGATTAGCATGT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=37692534;WS=37692516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	37708307	rs2296555	A	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=143;SC=TGGGAACTGGATCAGGGTGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=37708315;WS=37708304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	37715574	rs1952126	G	C	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=5;PP=976;SC=CTGCTGCTTTGTGATGAATTA;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=37715582;WS=37715564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	37715724	rs1952125	T	G	7326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.04;NF=128;NR=119;PP=2965;SC=AAGATATTCATGGTAGCAGAG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=129;TCR=120;TR=247;WE=37715732;WS=37715714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr9	37719011	rs2013458	T	C	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=70;PP=2965;SC=AAGATAGATATACCTGGCTTT;SOR=1.301;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=117;TCR=70;TR=186;WE=37719019;WS=37719001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	37724195	rs10814609	A	G	6556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=76;PP=2965;SC=AAAGACAGGGATACAACAATA;SOR=1.422;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=144;TCR=76;TR=220;WE=37724203;WS=37724185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr9	37731177	rs2274323	T	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=318;SC=GAACGTGAGCTCGAGGCCATT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=37731185;WS=37731167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	37732142	rs7035345	T	C	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=131;SC=ACCAAATGCTTGGAGAGTCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=37732150;WS=37732135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	37737283	rs2296552	A	G	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=31;PP=892;SC=GGCCCCTTTCACTGGCCTTGT;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=37737291;WS=37737273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	37740637	rs2281872	T	C	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=65;PP=2670;SC=GCAGCCACGCTGACTACTACA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=135;WE=37740645;WS=37740627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	37745413	rs3747541	G	A	10084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=183;PP=2965;SC=TTCAGGAGGAGTCTAGGAAGG;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=162;TCR=183;TR=345;WE=37745421;WS=37745403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr9	37769811	rs10973531	T	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=1;PP=1307;SC=TGTTGCCCAGTCTGGTCTCGA;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=46;TCR=1;TR=47;WE=37769819;WS=37769801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	37782111	rs7158	C	T	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=68;PP=2799;SC=CAACCACAAACTGGCCATAGA;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=90;TCR=68;TR=158;WE=37782119;WS=37782101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	38015327	rs2183130	C	G	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=685;SC=TGCTCCAAGTCTTGTATTATC;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=38015335;WS=38015317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	38015646	rs7047952	C	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=678;SC=CTGCCTACTACGAAGCTCTAA;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=38015654;WS=38015636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	38016247	rs7037371	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=855;SC=AGGCAGGAACTAAAGCCGGCG;SOR=4.294;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=34;WE=38016255;WS=38016237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	38068532	rs3750444	A	G	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=46;PP=1997;SC=GGGGCTGCGAAGGCCGCTCGC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=106;WE=38068540;WS=38068522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	38395940	rs2228094	T	C	8201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=152;PP=2965;SC=GGGAGGTCATTGGGCACGTGG;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=142;TCR=152;TR=294;WE=38395948;WS=38395930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr9	38396065	rs2073478	G	T	7868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=146;NR=130;PP=2965;SC=CTGCTGAACCGCCTGGCAGAC;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=146;TCR=132;TR=276;WE=38396073;WS=38396055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr9	38396502	rs4878199	G	A	5972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=85;PP=2965;SC=CGCCCAGCACGTGGATGTTGA;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=125;TCR=85;TR=209;WE=38396510;WS=38396492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr9	38397355	rs3043	G	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=617;SC=CCACCTTGACGAATGCTTGCC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=38397363;WS=38397345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	38411345	rs12377125	A	G	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=22;PP=1231;SC=CAAATATCTCATAACATGGGT;SOR=1.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=70;WE=38411353;WS=38411335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	38414022	rs72447808	CCT	C	1265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=1510;SC=TCTGTTTCTCCCTCTTTCTCA;SOR=2.694;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=29;WE=38414038;WS=38414012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	38414030	.	T	TCACACACACA,TCACACACACACA	1730.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.24;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;NF=9,9;NR=7,7;PP=40,244;SC=TCCCTCTTTCTCACACACACA;SOR=2.765;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=16,16;WE=38414038;WS=38414012;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.22:32
chr9	38414067	rs12375529	G	T	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.649;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CACACGAGATGCATGAGTTCT;SOR=0.702;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=195;TCF=117;TCR=78;TR=189;WE=38414075;WS=38414057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr9	38423826	rs7039990	T	A	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=1;PP=2638;SC=AGGAGAGATATGAAATACTGC;SOR=7.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=90;TCR=1;TR=91;WE=38423834;WS=38423816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	38571214	rs3045002	T	TACA	3868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=47;PP=2957;SC=GCAGAGAAAATACATTAGTTT;SOR=1.286;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=53;WE=38571222;WS=38571204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	38571976	rs140529454	T	TTAAA	3527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=18;PP=1747;SC=GATTTTATGGTTAATCTCTTC;SOR=1.061;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=31;WE=38571994;WS=38571966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	38571986	rs55960030	C	G	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=24;PP=1211;SC=TTAATCTCTTCATTAGATGTG;SOR=1.046;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=65;WE=38571994;WS=38571966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	38573141	rs1974262	T	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	38586130	rs1415581	T	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=505;SC=CTGTACCTCTTACACATGTAA;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=38586138;WS=38586120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	38588602	rs2799163	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=22;PP=792;SC=GTCCGCAGTATAGTTCAGTAA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=38588610;WS=38588592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	38595886	rs2996347	T	C	12960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=220;NR=234;PP=2965;SC=TTTTAAGGTATTGAACTTCAC;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=455;TCF=220;TCR=235;TR=454;WE=38595894;WS=38595876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr9	38603131	rs3005823	G	A	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.72;QD=43.75;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	38603140	rs11377377	A	AT	3039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.67;QD=44.05;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	38615698	rs1832313	C	T	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=34;PP=1207;SC=TAGATATCCTCAATGTTTGGA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=38615706;WS=38615688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	38615779	rs1765381	T	C	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=21;PP=1149;SC=TAGTGTTAGATAAAAAACTAG;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=53;WE=38615787;WS=38615769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	38621344	rs1815549	G	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=660;SC=TGCAGCTTGGGTGCCCAGGCG;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=38621352;WS=38621334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	40501713	.	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQRankSum=-2.242;QD=1.74;ReadPosRankSum=-2.605;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,24:0.18:136
chr9	40503085	rs139489532	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.68;QD=26.21;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	40503105	rs201003096	G	C	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.62;QD=31.34;SOR=3.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	40784183	rs4339693	A	G	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=53;PP=1491;SC=AGATCACCTTAGGTTTAGTAA;SOR=3.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=60;WE=40784191;WS=40784173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	43816656	rs199925161	T	C	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.89;QD=31.67;SOR=4.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	43860959	rs145957320	G	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.743;NF=9;NR=6;PP=188;ReadPosRankSum=1.321;SC=TGCTGCTGGCGTCTGCCGCCC;SOR=0.538;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=15;WE=43860967;WS=43860949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr9	43861081	.	T	G	77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=45.73;NF=4;NR=6;PP=77;QD=11.1771212547;SC=GGGCACCCGCTCTCGGCTGTG;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=10;WE=43861089;WS=43861071;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,10:0.26:38
chr9	66457003	.	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQRankSum=0.029;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr9	66457016	rs10436128	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.26;MQRankSum=-1.578;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.138;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr9	66457018	rs61448030	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.657;NF=18;NR=4;PP=625;ReadPosRankSum=-1.735;SC=ATTGCTCACTCGGAGAGCTTG;SOR=0.478;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=62;TCR=12;TR=22;WE=66457035;WS=66456993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr9	66457019	rs7040398	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.67;MQRankSum=-2.485;QD=16.46;ReadPosRankSum=1.637;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
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chr9	66457051	rs79307166	G	C	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=7.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-7.032;QD=14.51;ReadPosRankSum=1.395;SOR=1.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr9	66457052	.	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=3.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQRankSum=-4.421;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.172;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,33:0.22:149
chr9	66457076	rs76994164	T	C	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.421;NF=51;NR=30;PP=1157;ReadPosRankSum=1.470;SC=AATAAAGCCCTTCCTTCTACA;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=218;TCF=139;TCR=79;TR=81;WE=66457120;WS=66457066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,84:0.41:205
chr9	66457127	.	G	A	1397	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=78;MMLQ=19;MQ=51.23;NF=71;NR=50;PP=1397;QD=11.8328199384;SC=TCCTCCTGCTGCAGAAGGAGA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=352;TCF=197;TCR=155;TR=121;WE=66457137;WS=66457117;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:231,121:0.34:352
chr9	66457161	rs139907210	A	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-0.779;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,43:0.19:223
chr9	66457173	rs199759715	GGAGAGAGAGAGACAGCGATAGAGAGA	G	2548.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=-1.292;QD=16.55;ReadPosRankSum=-1.733;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,72:0.47:154
chr9	66457178	.	G	C	603.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=8.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQRankSum=-7.750;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.427;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,27:0.14:193
chr9	66457192	rs148663514	TAG	T	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=3;MGOF=79;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.883;NF=39;NR=84;PP=2991;ReadPosRankSum=0.927;SC=GAGACAGCGATAGAGAGAGAG;SOR=0.570;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=164;TCF=54;TCR=110;TR=123;WE=66457242;WS=66457141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,34:0.24:143
chr9	66457204	.	G	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=5.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-7.176;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,30:0.16:182
chr9	66457209	.	AG	A	780.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=5.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQRankSum=-6.837;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.251;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,30:0.18:170
chr9	66457211	.	ACAGAAAAG	A	771.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.999;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=10.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQRankSum=-6.619;QD=4.73;ReadPosRankSum=2.809;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,25:0.15:163
chr9	66457228	.	A	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.00;MQRankSum=-5.900;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,30:0.23:132
chr9	66457233	.	G	C	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=3.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQRankSum=-6.247;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,34:0.25:136
chr9	66457237	.	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=7.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.26;MQRankSum=-5.307;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,24:0.16:148
chr9	66457253	.	A	C	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=5.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.93;MQRankSum=-7.074;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.461;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,47:0.28:166
chr9	66457259	.	G	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.206;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQRankSum=3.078;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,32:0.18:178
chr9	66457265	.	C	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQRankSum=-6.057;QD=8.56;ReadPosRankSum=1.653;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,46:0.26:179
chr9	66457267	.	C	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.95;MQRankSum=3.810;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,32:0.18:178
chr9	66457270	.	G	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQRankSum=-5.474;QD=8.18;ReadPosRankSum=2.204;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,44:0.25:177
chr9	66457278	.	G	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.59;MQRankSum=-4.027;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.751;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,31:0.19:167
chr9	66457310	rs75999199	T	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=5.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.87;MQRankSum=-4.222;QD=0.30;ReadPosRankSum=1.358;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,15:0.08:191
chr9	66457313	rs79959518	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.489;NF=60;NR=63;PP=1785;ReadPosRankSum=2.256;SC=AGGGAGTTGTGGAGCGACAGC;SOR=0.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=305;TCF=151;TCR=154;TR=123;WE=66457321;WS=66457303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,57:0.29:197
chr9	66457317	rs77524857	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.97;MQRankSum=-4.310;QD=0.53;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,16:0.08:194
chr9	66457324	rs80001863	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=5.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.28;MQRankSum=-4.253;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,17:0.09:196
chr9	66457382	.	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.120;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=9.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.47;MQRankSum=-4.884;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.401;SOR=1.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,32:0.15:208
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chr9	66457399	rs78461570	T	G	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.985;NF=59;NR=31;PP=1338;ReadPosRankSum=3.459;SC=GGTGGAGGGTTCTTGGGCCGG;SOR=1.036;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=288;TCF=181;TCR=107;TR=90;WE=66457407;WS=66457364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,65:0.27:244
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chr9	68372402	rs78803668	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQRankSum=-3.181;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,58:0.32:179
chr9	68372420	rs77874833	C	G	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.16;MQRankSum=-5.680;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.504;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,58:0.37:158
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chr9	68415388	rs4928837	A	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.714;NF=11;NR=38;PP=1984;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGGGAGGAGGATGAAATATTA;SOR=1.268;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=103;TCF=28;TCR=75;TR=49;WE=68415396;WS=68415376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
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chr9	68427800	rs77055654	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.95;MQRankSum=-0.948;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,56:0.16:359
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chr9	68427938	rs113084687	CAT	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=4.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-1.110;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,16:0.09:183
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chr9	68433462	rs111392331	T	C	3308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.57;MQRankSum=-2.571;QD=4.57;ReadPosRankSum=3.909;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:518,206:0.28:724
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chr9	68433481	rs112175502	T	TCTC	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQRankSum=-10.183;QD=0.41;ReadPosRankSum=-7.626;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:595,51:0.08:646
chr9	68433510	rs75661796	C	G	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.98;MQRankSum=-9.214;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:430,113:0.21:543
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chr9	68433523	rs62543350	T	C	9195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=13.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-18.683;NF=137;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-6.033;SC=TGCTTCATTGTATCTAATAAA;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=557;TCF=275;TCR=282;TR=267;WE=68433545;WS=68433500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,234:0.45:520
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chr9	69002423	rs62555123	G	A	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=1.550;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,91:0.43:214
chr9	69120693	rs200239202	T	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=1;PP=921;SC=ATAATTTTCATGAGTTTACTT;SOR=6.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=36;WE=69120701;WS=69120683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	71002554	rs2480145	G	C	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=91;PP=2786;SC=ATTGAGACCTGTACACCTGTT;SOR=3.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=13;TCR=91;TR=104;WE=71002562;WS=71002544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	71538069	rs2027208	A	G	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=24;PP=1582;SC=CCTGGGCCCCACGGGCTACAG;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=87;WE=71538077;WS=71538059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	71555492	rs10746973	A	G	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=22;PP=1815;SC=GACTCATTTCAATTATTATAG;SOR=2.235;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=97;WE=71555500;WS=71555482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	71555522	rs10746974	C	T	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=41;PP=2965;SC=CTGCATTTATCCTTGAGATTC;SOR=1.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=108;TCR=41;TR=149;WE=71555530;WS=71555512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	71629038	.	C	CGCGGCGGCG	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.94;QD=39.25;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr9	71650752	rs2481598	A	G	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	71667986	rs7865353	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=320;SC=AATAACAAATGTATAAATTTG;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=71667994;WS=71667976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	71714693	rs10121021	C	T	5130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=55;PP=2965;SC=TTGGGAACCACAGGCAAGAAT;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=118;TCR=55;TR=173;WE=71714701;WS=71714683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	71789156	rs13301644	C	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=17;PP=1110;SC=GGGGTGGGTCCCCGCGGGTCG;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=71789164;WS=71789146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	71789386	rs144607139	T	TCGTGAG	2655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=33;PP=2372;SC=GGGAGGAGGGTCGTGAGCGTG;SOR=2.226;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=37;WE=71789394;WS=71789376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	71820008	rs2498440	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=340;SC=ACGTAACCACATGGAGTGATG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=71820016;WS=71819998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	71827618	rs34883177	T	C	2708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=73;PP=2252;SC=GCTTTTTTTTTCCCTTGAGGT;SOR=3.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=15;TCR=73;TR=88;WE=71827626;WS=71827608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	71831398	rs2498417	T	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=29;PP=816;SC=CCTCCCTCGCTCCGCAGCCCC;SOR=5.211;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=71831406;WS=71831388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	71843023	rs2309428	C	A	5410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.411;SC=ACCAAGAGGACCCCCCAGGTG;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=86;TCR=118;TR=201;WE=71843031;WS=71843012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,204:0.99:206
chr9	71851877	rs34774441	G	A	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=48;PP=2235;SC=CTGAACAAATGGCCAGTGTTC;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=118;WE=71851885;WS=71851867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	71862817	rs41308892	C	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=18;NR=0;PP=463;SC=CCTTCCCTGGCGAGCACATCA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=71862825;WS=71862814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	71865835	rs117794991	G	A	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=5;PP=1267;SC=TGTCAGAATGGTATTTGTGGA;SOR=4.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=71865843;WS=71865825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	71866026	rs201317427	GC	TT	12647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=137;PP=2947;SC=CTCTGCCGTTGCTGGTAATGA;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=123;TCR=139;TR=258;WE=71866035;WS=71866016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr9	71867861	rs41277913	A	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=46;PP=1380;SC=GGGACTTCTCAAGGACTGGGA;SOR=3.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=56;WE=71867869;WS=71867851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	71986315	rs1034239	T	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=9;PP=1779;SC=TTTAAAAAAATGTTCTCTTGG;SOR=3.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=69;TCR=9;TR=78;WE=71986323;WS=71986305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	72000674	rs10867436	C	T	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=0;PP=340;SC=ATTTATGTTTCGCCTCTTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=20;WE=72000682;WS=72000664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	72000704	rs35925312	A	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=14;PP=593;SC=TTTTTTTTTTAAATCAGATGG;SOR=2.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=29;WE=72000712;WS=72000694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	72002911	rs5898077	T	TGTTATA	11804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=54;PP=2969;SC=AATAACCTTGTGTTGTTTTCC;SOR=1.129;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=116;WE=72002919;WS=72002901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr9	72006393	rs139462503	C	CT	1203.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.863;HP=10;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=7;PP=676;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GGGAAAATGCCTTTTTTTTTT;SOR=2.387;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=50;WE=72006401;WS=72006383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,52:0.87:60
chr9	72064749	rs2781532	T	C	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=46;PP=1261;SC=CCTCCATCAGTGACCATCTGG;SOR=1.320;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=72064757;WS=72064739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	72132199	rs11139063	G	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=19;PP=541;SC=CACTGGGCTGGAAAAACAAGA;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=72132207;WS=72132189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	72338180	rs11139996	T	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=3;PP=1136;SC=TAACTAACACTTTCTGCAGCT;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=72338188;WS=72338170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	72373624	rs10735564	A	G	7060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=114;NR=133;PP=2965;SC=TCATCACCTTAGAGGAAAAGA;SOR=1.024;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=114;TCR=134;TR=247;WE=72373632;WS=72373614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr9	72373716	rs10780612	G	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=34;PP=993;SC=AAAAAATCATGAGCTCCAGTC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=47;WE=72373724;WS=72373706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	72373752	rs10780613	A	C	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	72374677	rs2274745	T	G	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=27;PP=2285;SC=CAGGACCCGCTGTCCGCCCGC;SOR=2.400;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=92;TCR=27;TR=119;WE=72374685;WS=72374667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	72374941	rs2274744	C	A	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.72;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	72374969	rs2252130	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=620;SC=CTAGGCCGCGTCCCCGCCGCC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=72374977;WS=72374959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	72459567	rs10780678	G	T	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=120;PP=2965;SC=TACTTCGTTTGAAGTCTGAAA;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=96;TCR=121;TR=216;WE=72459575;WS=72459557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	72459640	rs11140621	G	A	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=72;PP=2217;SC=ACCATCCCTCGTTAACTGTGT;SOR=1.490;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=72459648;WS=72459630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	72472746	rs35585376	TA	T	2202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=11;PP=1999;SC=GCCCAGCCCCTAAATTAGTTT;SOR=2.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=52;WE=72472754;WS=72472736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	72473053	rs1133275	T	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=52;PP=1243;SC=TCCTTTCACATGCACAACATT;SOR=3.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=61;WE=72473061;WS=72473043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	72501698	rs4407955	G	T	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=27;PP=2269;SC=CAATAAAAATGTAAAATATTT;SOR=2.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=86;TCR=27;TR=113;WE=72501706;WS=72501688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	72501962	rs4548246	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=28;PP=657;SC=ATTGGAATCATGACAATGTTT;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=72501970;WS=72501952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	72517162	rs12344550	T	C	8140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=166;NR=117;PP=2965;SC=CTCACAATTCTCTTGACAGGT;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=166;TCR=117;TR=283;WE=72517170;WS=72517152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr9	72517293	rs11140833	G	T	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=110;PP=2965;SC=ACATTCTAAAGTCCTCAAAAC;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=46;TCR=110;TR=156;WE=72517301;WS=72517283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	72740974	rs1927112	A	G	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=52;PP=2965;SC=CACCATTCCCACTGGATTATT;SOR=1.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=108;TCR=52;TR=160;WE=72740982;WS=72740964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	72741312	rs1998972	G	A	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=43;PP=1239;SC=GTCGAGTTCAGTGCTCCTTAC;SOR=1.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=72741320;WS=72741302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	72783608	rs10780871	T	C	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=53;PP=2759;SC=TTTATTTTTATGAATTTCAGG;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=148;WE=72783616;WS=72783598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	72785653	rs4744587	T	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=413;SC=CTTGTGTCTATAATGAAATGC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=72785661;WS=72785643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	72882642	rs7027209	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=544;SC=ACCTAATATTATTATTGTTGT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=72882650;WS=72882632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	72893298	rs10714271	GT	G	518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=0;PP=443;SC=TATCTCAAATGTTTTTTTTAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=19;WE=72893306;WS=72893288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	72897434	rs1180116	G	A	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=52;PP=1612;SC=GCAGATTCCTGTAACATGTCG;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=72897442;WS=72897424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	72901096	rs1180123	T	C	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TCCCCCCCTCTCCCCGGTTTA;SOR=1.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=101;TCR=117;TR=211;WE=72901104;WS=72901084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,203:0.98:207
chr9	72929503	rs10868801	T	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=188;SC=TACAGTATTATCACAGTAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=72929511;WS=72929493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	72933958	rs7025228	G	C	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=39;PP=1192;SC=AATAACAACAGCATTTCCACA;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=72933966;WS=72933948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	72965438	rs1536957	A	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=45;PP=1255;SC=ATCTCCTGTGACATAATCATA;SOR=4.450;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=49;WE=72965446;WS=72965428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	73002648	rs7020167	C	G	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=72;PP=2965;SC=GAGTACTTTTCTCCTTTCGGG;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=106;TCR=72;TR=178;WE=73002656;WS=73002638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	73150873	rs17535963	T	G	10823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=195;NR=170;PP=2965;SC=GAAGGTTTAGTTGTGCTTGCT;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=365;TCF=195;TCR=170;TR=365;WE=73150881;WS=73150863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr9	73150918	rs41287373	C	T	10795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=185;PP=2965;SC=TCTGGACAGTCTCCTCATGGA;SOR=0.698;Source=Platypus;TCF=185;WE=73150926;WS=73150908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr9	73151715	rs7033976	C	T	7364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=129;PP=2965;SC=TTGGCTCGCCCAGCCCAAGGA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=127;TCR=129;TR=256;WE=73151723;WS=73151705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr9	73164596	.	GA	G	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.800;QD=2.06;ReadPosRankSum=2.058;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,34:0.25:138
chr9	73233677	.	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=458;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TAGAACCTCCCTCCTGAGATA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=21;WE=73233685;WS=73233676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr9	73234066	rs7849400	G	A	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=61;PP=1840;SC=GACTTATAAGGTAAAAGTGGA;SOR=1.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=73234074;WS=73234056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	73234884	rs3829095	G	C	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=16;PP=1926;SC=GCATCACTGGGGTGATACTGA;SOR=2.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=71;TCR=16;TR=87;WE=73234892;WS=73234874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	73240312	rs7035025	C	G	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=66;PP=2352;SC=AGGGATTCTACTTCACGTATT;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=114;WE=73240320;WS=73240302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	73250037	rs4322073	C	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=522;SC=GACAGGAATACTCTGGCAGCT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=73250045;WS=73250027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	73255337	rs1538670	A	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=15;PP=1492;SC=GGAGCTCAGGATACAGACTTT;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=73255345;WS=73255327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	73255432	rs1538669	G	C	6351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=102;PP=2965;SC=AATACCCTTGGCCAACCAAAG;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=120;TCR=102;TR=222;WE=73255440;WS=73255422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr9	73391409	rs34030044	C	CA	1614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=34;PP=1161;SC=TTGAGCTAGTCAAAAAATGAT;SOR=1.938;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=35;WE=73391417;WS=73391399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	73408385	.	AATAT	A	229.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=38.30;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	73408518	rs10868890	T	G	7357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=101;PP=2965;SC=TGATCAAACATTCCTCTTCCC;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=154;TCR=101;TR=255;WE=73408526;WS=73408508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr9	73442724	rs1034538	C	T	9088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=197;NR=114;PP=2965;SC=TTCAGCATACCTCCTACGAGC;SOR=1.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=197;TCR=114;TR=311;WE=73442732;WS=73442714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr9	73457832	rs1337031	G	A	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=24;PP=1342;SC=ATACTATAATGTGCACATTTT;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=73457840;WS=73457822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	73457861	rs1337030	A	G	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=36;PP=1867;SC=ATTTTATTATACTTTTCTGAT;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=103;WE=73457869;WS=73457851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	73458045	rs3833697	T	TA	822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.393;HP=10;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.354;NF=4;NR=25;PP=388;ReadPosRankSum=-0.420;SC=GAATAACACCTAAAAAAAAAA;SOR=1.284;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=29;WE=73458053;WS=73458035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr9	73461337	rs7862440	T	A	10501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.244;SC=CAGTTGTCATTGCTGCTTTGA;SOR=0.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=382;TCF=199;TCR=183;TR=380;WE=73461345;WS=73461327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,395:1.00:396
chr9	73461558	rs10868907	G	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=718;SC=ACTGGCTGAGGCTGGTTATCT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=73461566;WS=73461548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	74350002	rs2274698	A	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=721;SC=TTCACAAATCAAAAGTTAAGA;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=74350010;WS=74349992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	74355185	rs3753006	T	G	8335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=169;PP=2965;SC=TGATTACTTGTCATGGTATTC;SOR=1.190;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=286;TCF=116;TCR=170;TR=285;WE=74355193;WS=74355175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr9	74360096	rs25689	C	T	7061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=120;PP=2965;SC=GCTCTCATTGCGGTATTCATG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=129;TCR=120;TR=248;WE=74360104;WS=74360086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	74360209	rs3739783	G	C	6183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=105;PP=2965;SC=AGGACCCAAAGGGCAAGCCTG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=117;TCR=105;TR=221;WE=74360217;WS=74360199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr9	74477617	rs10573097	TAAGA	T	2401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=34;PP=1708;SC=AAATCACTCTTAAGATTTTGT;SOR=2.345;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=35;WE=74477628;WS=74477607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	74526540	rs4744647	T	A	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=20;PP=2304;SC=AGGCTGCGTTTGTTTCTTCCG;SOR=2.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=90;TCR=20;TR=110;WE=74526548;WS=74526530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	74526978	rs10580392	GCA	G	80.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=62.65;NF=0;NR=3;PP=83;SC=TTAACTAATTGCACAGAGTGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=74526987;WS=74526968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	74561883	rs10120169	G	A	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=22;PP=961;SC=GCTGGCTCACGCGTGAAATTC;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=74561891;WS=74561873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	74586309	rs7866397	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=GAAATTGAAACCTAGGAATTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=74586317;WS=74586299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	74622941	rs11143055	G	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=22;PP=607;SC=TGCCCTCAGGGGACAGGGAGG;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=74622949;WS=74622931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	74825707	rs11143170	T	C	12422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=267;PP=2965;SC=AAATGAAGCATGATTTATGGG;SOR=1.104;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=462;TCF=194;TCR=268;TR=461;WE=74825715;WS=74825697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr9	74828718	rs200145454	CAAAAAAA	C	2679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.542;HP=17;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.162;NF=27;NR=5;PP=447;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=4.198;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=32;WE=74828732;WS=74828708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr9	74834384	rs10869148	C	T	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=38;PP=1958;SC=CCATTTGTTGCTTTATTTCAG;SOR=1.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=74834392;WS=74834374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	74842851	rs17579467	C	T	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=83;PP=2965;SC=GGGCACTCTTCTCTCCAGACA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=176;WE=74842859;WS=74842841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	74845989	rs10869150	C	A	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=31;PP=2332;SC=TTTATTGGAACCACATGGATC;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=82;TCR=31;TR=113;WE=74845997;WS=74845979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	74846104	rs17057536	A	G	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=102;NR=122;PP=2965;SC=ACAGGTTAGTAGTTCACCATT;SOR=0.961;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=102;TCR=123;TR=224;WE=74846112;WS=74846094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	74846187	rs34627726	TA	T	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr9	74863449	rs3830994	AG	A	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=746;SC=TCTGGTTGAGAGGGTTCATAA;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=74863457;WS=74863439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	74975136	rs2809270	T	C	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=17;PP=977;SC=CACTAGCTGTTCCTATTTAAA;SOR=1.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=74975144;WS=74975126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	74975711	rs1853276	T	C	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=79;PP=2430;SC=CTGCTATAGATGAAACGAAAT;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=158;WE=74975719;WS=74975701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	74979593	rs2224603	G	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=33;PP=980;SC=GCTCCCACCCGCAGCCCCGTA;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=74979601;WS=74979583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	75242814	rs36038786	AT	A	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=6;PP=248;SC=TCTGTATTGGATTTTTTTTTT;SOR=1.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=14;WE=75242823;WS=75242804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	75521060	rs348472	A	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=55;PP=1569;SC=TAATTTCATTATAACATACTC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=69;WE=75521068;WS=75521050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	75539077	rs3739962	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=39;PP=1165;SC=AAAAGTTACAGTATAAGAATT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=75539085;WS=75539067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	75540276	rs8187932	AT	A	978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=960;SC=TGCTAAATGTATTCCCCCCAC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=75540284;WS=75540266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	75541942	rs2303317	G	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=475;SC=AAATACATAAGCATCCATCTG;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=75541950;WS=75541932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	75543974	rs8187922	T	TAA	4494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=67;PP=2930;SC=TAAAATTCCATAAGTTTTAGA;SOR=2.442;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=5;TCR=74;TR=72;WE=75543982;WS=75543964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	75544038	rs2288087	A	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.43;NF=2;NR=23;PP=670;SC=AATTTTTGAAATAGAAGAAAT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=75544046;WS=75544028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	75545882	rs13959	G	A	6328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=101;PP=2965;SC=TACGCCACGGGGATCCAATCT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=116;TCR=101;TR=217;WE=75545890;WS=75545872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	75554952	rs7027604	A	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=75;NR=32;PP=2230;SC=GCTGCCCCAGAAACCATATTT;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=75;TCR=32;TR=107;WE=75554960;WS=75554942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	75554982	rs348449	G	A	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=63;PP=2965;SC=GTCTTTTGGAGCTTGCAATGG;SOR=1.548;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=127;TCR=64;TR=190;WE=75554990;WS=75554972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	75782510	rs1342017	G	A	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=32;PP=940;SC=CTTAGAGGAAGAATTATTTGT;SOR=1.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=75782518;WS=75782500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	75783937	rs3739959	A	G	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=48;PP=2965;SC=ACCCTCATTTATTTTGGCCAG;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=115;TCR=48;TR=163;WE=75783945;WS=75783927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	77230423	rs3904059	A	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=29;PP=1557;SC=GCCTGTTGGGATTGAAGTTGT;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=82;WE=77230431;WS=77230413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	77230477	rs3904058	A	G	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=47;PP=2513;SC=AGTGAAAAGTATCATATTTTT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=125;WE=77230485;WS=77230467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	77245162	rs2146777	A	T	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=69;PP=2965;SC=GAAAGAAAACATCTGTATGCT;SOR=1.438;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=135;TCR=69;TR=204;WE=77245170;WS=77245152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	77353300	rs506973	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=370;ReadPosRankSum=0.314;SC=GCTTGTTGTATCAAATCCTAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=15;WE=77353308;WS=77353290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr9	77376647	rs2274924	T	C	9223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.214;SC=TTCTTTTTCTTTGACAGTCTC;SOR=0.411;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=188;TCR=124;TR=311;WE=77376655;WS=77376637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,328:1.00:329
chr9	77377410	rs3750425	C	T	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=91;PP=2965;SC=TCAGAGACAACTGGGGTCTGC;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=92;TCR=91;TR=183;WE=77377418;WS=77377400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	77386857	rs34783728	T	TAA	2427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=37;PP=1890;SC=CCTGTTGTGATAAGTTTGTCA;SOR=2.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=40;WE=77386865;WS=77386847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	77391060	rs2274923	T	C	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=73;PP=2197;SC=GAGTCTATATTTTCCAACATT;SOR=3.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=89;WE=77391068;WS=77391050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	77397519	rs12339024	T	C	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=49;PP=2736;SC=ATTTAGATGATTGTTTTTCAG;SOR=1.203;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=128;WE=77397527;WS=77397509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	77407736	rs7858755	A	G	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=85;PP=2591;SC=TAACTAAAATAGTGACAAGCA;SOR=2.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=20;TCR=85;TR=105;WE=77407744;WS=77407726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	77415284	rs7859201	A	C	11310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=202;NR=183;PP=2965;SC=CGGCCAGTTTAAGGCAGGTCG;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=385;TCF=202;TCR=183;TR=385;WE=77415292;WS=77415274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr9	77425638	rs17060550	A	C	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=52;PP=2965;SC=AACAATCCAAATCTGCATTTT;SOR=1.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=120;TCR=52;TR=172;WE=77425646;WS=77425628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	77427173	rs4300062	T	C	7981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=115;PP=2965;SC=TTGCTCTTCTTGAATCTGGAG;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=168;TCR=115;TR=283;WE=77427181;WS=77427163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr9	77442616	rs7045949	C	T	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=68;PP=2965;SC=AGAGTGAGCTCTGATGGTCAG;SOR=0.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=99;TCR=68;TR=167;WE=77442624;WS=77442606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	77457028	rs373974133	GA	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.715;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr9	77479033	.	ATC	A	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=3.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,26:0.10:254
chr9	77599756	rs57537935	T	C	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=27;PP=1441;SC=CTAACAGCCATGATATCAACA;SOR=1.346;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=84;WE=77599764;WS=77599746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	77631104	rs34980997	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=0;PP=529;SC=AACAATGAAGCGAGACTGTGA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=77631112;WS=77631094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	77692555	rs60305501	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr9	77745424	rs2295861	T	C	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=27;PP=2180;SC=CCCTAGGAGCTAGATAATTTG;SOR=1.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=100;WE=77745432;WS=77745414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	77746804	rs2281662	T	C	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=102;PP=2965;SC=CAATTAGCTTTGACAAGTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=86;TCR=102;TR=188;WE=77746812;WS=77746794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr9	77752675	rs2025159	A	G	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=48;PP=1330;SC=GTATCATGGAATAGTTATGAT;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=56;WE=77752683;WS=77752665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	78600898	rs4322070	C	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=15;PP=1758;SC=TAAGGAATCTCTGAGCACTTA;SOR=2.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=58;TCR=15;TR=73;WE=78600906;WS=78600888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	78601268	rs1538843	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=656;SC=ACCAGGGATTGTTTCCTATTT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=78601276;WS=78601258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	78748980	.	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr9	78790143	.	GAATGGAATGA	G	2058	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5206;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=18;MQ=47.23;NF=0;NR=30;PP=2058;QD=69.3;SC=GAATGAAATGGAATGGAATGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=98;TCF=2;TCR=96;TR=30;WE=78790161;WS=78790133;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:68,30:0.31:98
chr9	78790153	rs4281168	A	G	594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;QD=24.78;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr9	78790182	rs62556619	G	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=9.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=2.386;QD=27.62;ReadPosRankSum=2.428;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr9	78790187	rs10118321	G	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=9.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=2.386;QD=27.83;ReadPosRankSum=2.428;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr9	78790202	rs375090801	C	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=34.63;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	78799566	rs1537183	C	T	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=24;PP=1733;SC=AACTGATTTACAACTTTCTCT;SOR=1.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=90;WE=78799574;WS=78799556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	78803466	rs7046850	T	C	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=41;PP=1924;SC=CAACAGTCTGTTTGAAGCTCC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=103;WE=78803474;WS=78803456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	78804206	rs150226536	G	GAAAAT	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=466;SC=ATCTTCATAAGAAAATAAGAA;SOR=2.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=78804214;WS=78804196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr9	78910273	rs2643325	G	A	7386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=132;PP=2965;SC=TAGTAACTGTGGCAGCTGTGA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=122;TCR=132;TR=254;WE=78910281;WS=78910263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr9	78910387	rs2842479	G	A	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=4.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr9	78911794	rs11407417	C	CA	724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=20;PP=655;SC=ATGTGCCCCCCAAAAAAGAGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=20;WE=78911802;WS=78911784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	78917015	rs11451259	T	TA	572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5856;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.426;NF=15;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=0.830;SC=CTTTTTGCATTAAAAAAAAAC;SOR=1.179;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=19;WE=78917023;WS=78917005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr9	78923351	rs6560510	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=0;PP=425;SC=CTTGATAATCAATTGCAAATG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=78923359;WS=78923342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	78925814	rs2257775	C	A	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=35;PP=945;SC=TCACTCTCCTCTGGTACTTTG;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=78925822;WS=78925804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	79003324	rs2501926	G	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=796;SC=AAAGAAGATAGATTCACGTAA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=79003332;WS=79003314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	79003440	rs2501924	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=315;SC=AGCAGTAGTAGTATTTAAGAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=79003448;WS=79003435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	79009106	rs2490582	A	C	5723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=98;NR=99;PP=2965;SC=CCGCTCGGGGAATGGGCTGCG;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=98;TCR=99;TR=197;WE=79009114;WS=79009096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr9	79009139	rs3739729	A	G	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=72;PP=2234;SC=CGTCCTGCGGAGCCGCCGTCG;SOR=1.239;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=122;WE=79009147;WS=79009129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	79117751	rs2282683	A	G	7617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=131;PP=2965;SC=TTTCTATTGCATTCATGTGGA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=137;TCR=131;TR=268;WE=79117766;WS=79117741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr9	79118329	rs1057406	G	A	8854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=138;PP=2965;SC=AGTATGATCTGTCTGACATGC;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=172;TCR=138;TR=309;WE=79118337;WS=79118319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr9	79118631	rs111772588	AC	A	4011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=79;PP=2951;SC=CACAAAACGTACCCTTATCTG;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=3;TCR=81;TR=82;WE=79118639;WS=79118621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	79118661	rs1057419	A	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=53;PP=1410;SC=CCTTGTCAGCATCGGGAAGAT;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=64;WE=79118669;WS=79118651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	79240050	rs700809	T	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=50;PP=1194;SC=ATGATTTAAATGACAGTCAAA;SOR=3.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=60;WE=79240058;WS=79240040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	79253347	rs3739518	T	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=423;SC=ATGTTGACTATAGGTCTGTAG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=79253355;WS=79253337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	79259592	rs511040	C	T	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=85;PP=2965;SC=AGACTCACTTCATGATTTTAA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=114;TCR=85;TR=199;WE=79259600;WS=79259582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr9	79259850	rs512951	A	G	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=77;PP=2540;SC=GCACAGAGCAAGGCTGAAGGA;SOR=1.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=54;TCR=77;TR=131;WE=79259858;WS=79259840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	79306919	rs498266	G	A	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=39;PP=2168;SC=TAGTCTTTGAGAACAACACTC;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=79;TCR=39;TR=118;WE=79306927;WS=79306909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	79307176	rs500952	G	C	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=39;PP=1174;SC=TGCAGCCGCTGTGGCTAGGGG;SOR=3.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=47;WE=79307184;WS=79307166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr9	79318471	rs560094	C	T	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.073;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.996;SC=CCTCTAGTGCCAAAGATTCTA;SOR=0.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=118;TCR=112;TR=226;WE=79318479;WS=79318461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,241:0.99:244
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chr9	79318921	rs620985	A	G	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=54;PP=1994;SC=TCTTCTCTGTACATCTTTCTT;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=98;WE=79318929;WS=79318911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	79318998	rs620552	A	G	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=40;PP=1269;SC=TCCAATTCTGATATTTCCTTG;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=64;WE=79319006;WS=79318988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	79319050	rs620476	A	C	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=774;SC=AAGAGGAGAAAAAGGTTTAAT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=79319058;WS=79319040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	79319130	rs59728338	AT	A	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr9	79321276	rs517634	T	C	9653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=185;NR=156;PP=2965;SC=GTAAAGGCTGTGTCCGGATGA;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=342;TCF=185;TCR=157;TR=341;WE=79321284;WS=79321266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr9	79321871	rs577993	C	T	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=48;PP=2469;SC=TTTCAGTCTCCGTTAATGGTG;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=134;WE=79321879;WS=79321861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	79322068	rs683866	G	T	9662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=152;PP=2965;SC=TCAGCAACGTGGCAGTTGGCC;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=184;TCR=152;TR=336;WE=79322076;WS=79322058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr9	79322674	rs680775	A	G	5261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.501;SC=ATCTCAGAACATGTGCTGCTG;SOR=0.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=93;TCR=98;TR=189;WE=79322682;WS=79322664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr9	79322720	rs680729	A	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=71;PP=2502;SC=CGTCCCCAAAATCAAGACTTC;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=118;WE=79322728;WS=79322710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	79324135	rs11267622	A	ATGACTGTTGCAG	10210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=64;PP=2957;SC=CGATTTCGAGATGACTGTTGC;SOR=0.744;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=162;TCF=50;TCR=112;TR=98;WE=79324143;WS=79324125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr9	79324179	rs530978	G	A	9145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=98;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=132;PP=2965;SC=CTCCTCTGCCGTGGAGTTACC;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=178;TCR=132;TR=310;WE=79324187;WS=79324169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr9	79324741	rs557352	T	C	6809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=111;PP=2965;SC=GGGTGCAAATTCCAGGTATTT;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=125;TCR=112;TR=234;WE=79324749;WS=79324731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr9	79325558	rs600859	G	C	6931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=143;PP=2965;SC=TAGACATGTTGGTTCCCATGC;SOR=1.183;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=101;TCR=144;TR=244;WE=79325566;WS=79325548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr9	79325615	rs611461	A	G	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=85;PP=2965;SC=CTGACAGGTCACTGTTGGGGA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=82;TCR=85;TR=167;WE=79325623;WS=79325605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	79471995	rs12238848	T	C	11735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=226;NR=176;PP=2965;SC=TCATGGTCTCTCATTTCTCTC;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=402;TCF=226;TCR=176;TR=402;WE=79472003;WS=79471985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr9	80049298	rs1801258	C	T	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=27;PP=1991;SC=TGGCAGAGTCCGACAGCTGGT;SOR=1.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=99;WE=80049306;WS=80049288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	80430802	rs2289121	C	A	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=336;SC=CTGGTCTTTACACTGGTTTAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=80430810;WS=80430792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	80851350	rs10867166	G	C	12061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=234;NR=199;PP=2965;SC=TGCAGAACTCGGTGCCGCTGC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=435;TCF=235;TCR=200;TR=433;WE=80851358;WS=80851340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr9	80851527	rs13292584	G	A	9267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CAGGTTTGTAGTTCCCGCCTC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=141;TCR=190;TR=329;WE=80851535;WS=80851517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,340:0.99:342
chr9	80868354	rs3824547	G	T	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=771;SC=CACAGTATAGGCGTGTGGATA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=80868362;WS=80868344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr9	80915403	rs10121107	A	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=12;PP=665;SC=TGGGGATGGAAGCCTGGGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=80915411;WS=80915393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr9	80919756	rs3739474	T	G	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=55;PP=1601;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GAAGGTGTGCTGACTATGTGG;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=85;WE=80919764;WS=80919746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr9	80921446	rs944513	G	T	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=54;PP=1595;SC=CTGACTCGGTGTCTGCAGGGA;SOR=1.222;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=96;WE=80921454;WS=80921436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	80932574	rs3780194	T	A	3491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=55;PP=1885;SC=ACGGATTTTTTAAAAATCTTC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=120;WE=80932582;WS=80932564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	82006446	rs11138190	G	A	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=28;PP=1609;SC=GGCACACACAGGGTCACGCCG;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=76;WE=82006454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	82187750	rs1934610	A	G	18605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=306;NR=363;PP=2965;ReadPosRankSum=1.457;SC=CCAGACACCCAGTGAGTGCGG;SOR=0.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=670;TCF=306;TCR=364;TR=669;WE=82187758;WS=82187731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,699:1.00:700
chr9	82189914	rs2791566	T	C	5873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=116;PP=2965;SC=AACAAGAATATGTTTAAATTG;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=91;TCR=116;TR=207;WE=82189922;WS=82189904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr9	82308670	rs7025437	A	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=40;PP=1157;SC=TGTCCTTCGAACCATATTTAG;SOR=3.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=82308678;WS=82308660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	82320887	rs4877147	A	T	8241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=169;PP=2965;SC=AATTTTTTGCACTTGCCCAGC;SOR=1.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=104;TCR=169;TR=273;WE=82320895;WS=82320877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr9	82333000	rs7022923	G	A	16558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr9	82333010	rs7039108	T	C	15686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr9	84202822	.	CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	C	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=5.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=-1.083;QD=3.28;ReadPosRankSum=4.019;SOR=1.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr9	84202861	rs191191373	G	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-2.713;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr9	84205860	rs8782	G	A	5537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=84;PP=2965;SC=TGATGCGCGGGGTTGGAGCCG;SOR=0.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=105;TCR=84;TR=188;WE=84205868;WS=84205850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr9	84207857	rs2796471	A	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=64;PP=2965;SC=CATAATGGGAATAAAACCCAG;SOR=1.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=120;TCR=64;TR=184;WE=84207865;WS=84207847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr9	84267021	.	T	TACACACAC	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=45.21;ReadPosRankSum=-1.489;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr9	84267147	rs2228173	T	C	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=71;PP=2955;SC=TGGCATTCAATTCTGCCATGG;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=94;TCR=71;TR=164;WE=84267155;WS=84267137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	84275014	rs2627002	C	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=716;SC=AGCTTTCTACCTAAAAGCCTT;SOR=3.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=84275022;WS=84275004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	84275095	rs2796450	C	T	4368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=54;PP=2721;SC=ATTTCTTTGCCGTACCTCCCC;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=99;TCR=54;TR=152;WE=84275103;WS=84275085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	84676352	rs111856402	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=22;PP=696;SC=ACAGCCCCTCCACCACCCCAC;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=84676360;WS=84676342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	85597720	.	CAG	C	593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=10.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.976;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr9	85677254	rs10573978	AG	A	2906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.196;NF=51;NR=24;PP=1404;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AGAGAAGACTAGGGGGGGGGG;SOR=1.214;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=75;WE=85677262;WS=85677244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr9	85862792	rs11292389	CT	C	1617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=9;PP=1397;SC=AAAGAAATCACTAGCATTGAA;SOR=2.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=85862800;WS=85862782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	85905666	rs942283	A	G	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=51;PP=1472;SC=CAAGCCAGACAGAGTTGGTTT;SOR=1.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=85905674;WS=85905656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	85905737	rs942282	C	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=574;SC=TTTGTGTCTACAGGGAACTAC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=85905745;WS=85905727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	85905786	rs942281	G	A	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=127;SC=TAAAGATGACGTAACATTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=85905794;WS=85905776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	85964735	rs2277175	C	A	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=109;PP=2965;SC=CAAACACACACGGGAAAGGCA;SOR=1.475;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=60;TCR=109;TR=169;WE=85964743;WS=85964725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	85987879	.	GAA	G,GA	3756.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.258;HP=12;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.277;NF=22;NR=118;PP=1443;ReadPosRankSum=1.824;SC=TGCTAGGGAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.465;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=177;TCF=31;TCR=146;TR=140;WE=85987899;WS=85987869;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.76:185
chr9	85987935	rs3739657	T	C	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=111;PP=2965;SC=AACGAATACCTAATAACTAAA;SOR=2.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=48;TCR=112;TR=158;WE=85987943;WS=85987925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	86004436	rs3739655	T	C	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=7;PP=885;SC=AGGGCATCACTAGGGCTTTGA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=86004444;WS=86004426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	86004986	rs59288178	C	T	4908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=70;PP=2932;SC=TCATGTAACACATACAACGGC;SOR=1.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=177;WE=86004994;WS=86004976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	86238086	rs2811903	T	C	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=24;PP=1475;SC=GAGCTTGGGTTATGGCGGCGC;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=86238094;WS=86238076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	86241489	rs2780977	A	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=203;SC=GCACCACCACACCCAGCTAAG;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=86241497;WS=86241479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr9	86399815	rs7021357	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=23;PP=553;SC=AACTCACCAACAGGTAATATG;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=86399823;WS=86399805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	86588185	rs112088787	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr9	86617557	.	C	A	6075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=102;PP=2965;SC=TACTTACTAGCTTGATAGGGT;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=106;TCR=102;TR=208;WE=86617565;WS=86617547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr9	86900369	rs56350726	T	A	10171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=188;NR=169;PP=2965;SC=GAAGGTCTTATAACCTATGAG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=190;TCR=171;TR=357;WE=86900377;WS=86900359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr9	86909399	rs7030202	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=488;SC=CCTGTCTTCTATGGTGAGCTT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=86909407;WS=86909389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	86914709	rs201453954	A	AT	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=2.477;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr9	86917301	rs10868138	T	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.404;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=1084;ReadPosRankSum=0.301;SC=CATAACCAGATAACCTGTCCA;SOR=3.075;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=43;WE=86917309;WS=86917291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr9	86920236	rs7867504	T	C	10223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=212;NR=161;PP=2965;SC=AACCACATACTGTGTCATACC;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=212;TCR=162;TR=373;WE=86920244;WS=86920226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr9	86924464	.	G	A	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=23;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=17;MQ=55.65;NF=4;NR=0;PP=30;QD=16.1928031368;SC=AAAAAAAAAAGAAATCAAATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=86924472;WS=86924454;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr9	87475806	rs143811359	GTTTATTTA	G	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=11;PP=1317;SC=CAAGTGGTTTGTTTATTTATT;SOR=1.819;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=23;WE=87475825;WS=87475796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	87563252	rs1078947	T	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=12;PP=1831;SC=TTAGCACAAATGTTATTTCCT;SOR=3.285;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=71;TCR=12;TR=82;WE=87563260;WS=87563242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	88287602	.	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr9	88292506	.	TA	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=4.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr9	88401021	rs11141102	A	G	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=132;NR=65;PP=2965;SC=TTTAGATCATAAGGCTGGAGA;SOR=1.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=133;TCR=65;TR=197;WE=88401029;WS=88401011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr9	88618462	rs1328923	C	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=7;PP=462;SC=TTTATTTAATCTATTAATGAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=88618470;WS=88618452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	88667582	rs10780743	T	G	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=93;PP=2965;SC=TACAAACCAATGATGGGGCCT;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=172;WE=88667590;WS=88667572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
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chr9	88925534	rs5898926	ATG	A	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=1005;SC=GATGAAATGAATGTGACTTCT;SOR=4.255;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=22;WE=88925543;WS=88925524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	88938668	rs61730257	G	A	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=128;PP=2965;SC=ATCATCTTTTGTTTGTACATC;SOR=1.039;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=104;TCR=128;TR=230;WE=88938676;WS=88938658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr9	89763851	rs458983	C	G	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=72;PP=2405;SC=TCATGGGCCCCGGCTTTACAA;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=143;WE=89763859;WS=89763841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	90062823	rs12682834	A	G	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.06;NF=109;NR=63;PP=2956;SC=GAAACGCTCCATAGTCCTATT;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=109;TCR=63;TR=172;WE=90062831;WS=90062813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
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chr9	90316710	rs3118858	T	C	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=99;NR=76;PP=2732;SC=TGGTTCTAGATGTGCTTCCAG;SOR=0.926;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=99;TCR=76;TR=175;WE=90316718;WS=90316700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
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chr9	90387628	rs7024674	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=3;PP=784;SC=TGAGTACGATGTGGGCATAGG;SOR=3.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=33;WE=90387636;WS=90387624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr9	90396135	rs9410963	G	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=15;PP=542;SC=GAGTCCTGAGGTGGCACAGGT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=90396143;WS=90396125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	90500405	rs7850542	A	C	12529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=241;NR=211;PP=2965;SC=TCCCGACCACACCTCAGAGGC;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=453;TCF=242;TCR=211;TR=452;WE=90500413;WS=90500395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr9	90501448	rs4076795	C	A	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=85;PP=2965;SC=AGCCTTCTGACTTTGCAGGGA;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=120;TCR=85;TR=205;WE=90501456;WS=90501438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr9	90502458	rs10868670	T	A	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=57;PP=2590;SC=GCCCTGCAAGTGCTCAGCATA;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=90502466;WS=90502448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	90502819	rs10868671	T	C	7174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=0.421;SC=ACATGCTCACTGCCGCAGACA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=137;TCR=112;TR=246;WE=90502827;WS=90502809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,278:0.99:280
chr9	90502992	rs35095477	C	T	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=38;PP=1820;SC=AGTCAGAAGACGCTGGGCTGT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=82;WE=90503000;WS=90502982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	90503007	rs11789780	A	G	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=41;PP=2013;SC=GGCTGTGCGGACAAGGGCGAG;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=90;WE=90503015;WS=90502997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	90503451	rs11142017	G	A	14014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=244;NR=250;PP=2965;SC=GGTGACTTCCGCGCCCAGGAG;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=496;TCF=245;TCR=251;TR=494;WE=90503459;WS=90503441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr9	90559129	rs7027067	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=234;SC=CTGGCAGCCCGGAGAGGAAGG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=90559137;WS=90559119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	90588814	rs570184	C	G	7792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=164;NR=127;PP=2965;SC=GTGAGAATACCATGCCCCCCC;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=164;TCR=128;TR=291;WE=90588822;WS=90588804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr9	90588903	rs665983	C	T	9626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=172;PP=2965;SC=GGAAGCCGTCCTCCAACCGCC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=155;TCR=174;TR=327;WE=90588911;WS=90588893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr9	90589016	rs666459	A	G	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=53;PP=1894;SC=AAGGTGGGTGAGGGGAAGGTG;SOR=1.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=90589024;WS=90589006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	90589502	rs576555	G	C	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=40;PP=1171;SC=TCCTGTAGGCGACGTCACCAG;SOR=6.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=41;WE=90589510;WS=90589492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	90748837	rs10868714	T	C	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=110;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCAGGTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=90748845;WS=90748827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	91083260	.	CTTT	C	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=-0.615;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr9	91606203	rs4877039	C	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=498;SC=GCGGGGCGCACGGAGACCAGG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=91606211;WS=91606193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	91628546	rs944483	A	C	7049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=135;PP=2965;SC=AAAAAGAGAAAATGGTTTGCT;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=102;TCR=135;TR=237;WE=91628554;WS=91628536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr9	91652414	rs2282125	A	T	9745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=184;PP=2965;SC=AGTGCCAGGGATGGCCAACAT;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=158;TCR=186;TR=341;WE=91652422;WS=91652404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr9	91652977	rs56005403	G	A	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=29;PP=2410;SC=GGACAAAGGAGCCCGGGTTGG;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=85;TCR=29;TR=114;WE=91652985;WS=91652967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	91653287	rs944481	G	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=30;PP=801;SC=TACAGTGAGAGAGATGGAAAT;SOR=5.211;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=31;WE=91653295;WS=91653277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	91656963	rs3750399	T	C	10750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=188;PP=2965;SC=GGTCTTTCCTTGGGCTGCTCT;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=201;TCR=188;TR=389;WE=91656971;WS=91656946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr9	91666812	rs7021743	C	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=769;SC=CATATCCCAGCACCGACCAGG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=91666820;WS=91666802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	91667136	rs7025214	C	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=30;PP=833;SC=ACCTGGGCTCCTCTACAAAGA;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=91667144;WS=91667126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	91680531	rs3818668	C	G	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=57;PP=1782;SC=TGTCACTAATCACAAGTGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=86;WE=91680539;WS=91680521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	91680600	rs9410455	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=605;SC=CTCAACCACCAAACAGCTAAA;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=91680608;WS=91680590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	91954848	rs45452691	C	G	7727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=160;PP=2965;SC=ACCGAAATTTCAATCTAAGCA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=115;TCR=160;TR=275;WE=91954856;WS=91954838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr9	92003679	rs11526468	C	T	7390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NR=116;PP=2965;SC=AGGTTGTAGGCGCACACTGCC;SOR=0.841;Source=Platypus;TCR=117;WE=92003687;WS=92003669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr9	92017733	rs41287361	G	A	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=19;PP=1408;SC=GGCCAGGAGAGGCTGCCCACT;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=92017741;WS=92017723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	92020433	rs7856677	G	A	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=77;PP=2291;SC=TGGCCGGGCAGGTGTGCTATT;SOR=3.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=11;TCR=77;TR=88;WE=92020441;WS=92020423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	92785610	rs586750	G	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=423;SC=AGTGATACCTGGACTCACTCT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=92785618;WS=92785600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	93624755	rs914928	T	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=46;PP=1374;SC=AGGCCAGCAGTAGCTCTGGAG;SOR=5.018;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=49;WE=93624763;WS=93624745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	93627484	rs4744516	C	T	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=50;PP=1368;SC=ATTTTGATTGCGCTTCAAAAC;SOR=2.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=60;WE=93627492;WS=93627474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	93629347	rs1760124	G	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=456;SC=GTAGCATGTCGTGGAAGGGAT;SOR=3.500;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=93629355;WS=93629337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	93629789	rs965892	C	G	5584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=75;NR=114;PP=2965;SC=TTATCATGTCCGAAAATCTTT;SOR=1.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=75;TCR=114;TR=189;WE=93629797;WS=93629779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	93639803	rs1760132	A	G	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=38;PP=2965;SC=AGATTATCTAAAAGTGAGGCA;SOR=1.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=103;TCR=38;TR=141;WE=93639811;WS=93639793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	93650015	rs2126053	T	A	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=47;PP=2847;SC=AATTTCTCCCTCTGCTTTGCT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=101;TCR=47;TR=148;WE=93650023;WS=93650005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	94087622	rs7874056	T	G	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=60;PP=2669;SC=TCACTGCTCTTATTTTGGAGA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=133;WE=94087630;WS=94087612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	94118106	rs7019926	T	C	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=9;PP=896;SC=GGAAAACAGATTACTATTGAG;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=94118114;WS=94118096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	94118523	rs78704969	C	T	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=24;PP=691;SC=TAGCTAGCTTCGAACTTAACA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=94118531;WS=94118513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	94172975	rs33973463	C	T	12600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=179;NR=250;PP=2965;SC=CATCAAGAGACGCCTGCTCCT;SOR=1.106;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=430;TCF=179;TCR=251;TR=429;WE=94172983;WS=94172965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr9	94398581	rs67339585	T	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=11;PP=860;SC=ATGCCTTTTATATCAAGGCAC;SOR=2.200;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=44;WE=94398589;WS=94398571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	94398800	rs67030398	G	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=284;SC=CTCTGGGCAGGGCAGGGCATG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=94398808;WS=94398790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	94456490	rs923772	A	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=11;PP=606;SC=CCCTATCTCCATCAACAGGAA;SOR=1.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=41;WE=94456498;WS=94456480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	94456643	rs923771	G	C	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=51;PP=2094;SC=CCCAGGGTCTGTCATGCGGTT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=111;WE=94456651;WS=94456633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	94456705	rs923770	T	A	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	94456714	rs923769	C	T	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	94485928	rs2230578	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=0;PP=1021;SC=CCCCGAACCCCGGGCCCTGGT;SOR=4.664;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=42;TCR=0;TR=42;WE=94485936;WS=94485918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	94486321	rs10761129	C	T	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=71;PP=2601;SC=TTGACGGGGACGTAGAGCTGC;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=126;WE=94486329;WS=94486311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	94486688	rs10992063	G	A	13471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=269;NR=196;PP=2965;SC=CCTGGTTGGAGTACCCGCAGT;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=465;TCF=269;TCR=196;TR=465;WE=94486696;WS=94486678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr9	94495608	rs10820900	T	C	8524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=128;PP=2965;SC=GGCTTGGGTGTCCGGGAGCGC;SOR=0.886;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=288;TCF=160;TCR=128;TR=288;WE=94495616;WS=94495598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr9	94499618	rs7855522	G	A	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=40;PP=2692;SC=CCATCTGTGCGACAGATGGCT;SOR=1.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=98;TCR=41;TR=138;WE=94499626;WS=94499608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	94518328	rs12683181	C	T	6907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=96;PP=2965;SC=CAGCAGAACACGGCTTGGGGA;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=232;WE=94518336;WS=94518318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr9	95219597	rs4744132	G	A	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=38;PP=1332;SC=CAAGCTGAACGCTCATTCTGC;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=95219605;WS=95219587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	95237024	rs3078372	CTCATCA	CTCA,C	2974.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001,0.4999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=13,13;NR=33,33;PP=2426,31;SC=GAGAGTTGTCCTCATCATCAT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=46,46;WE=95237037;WS=95237014;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:80
chr9	95256519	rs331380	C	T	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=62;PP=2023;SC=TGCTGACTCACCTTATTCAGT;SOR=1.290;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=95256527;WS=95256509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	95572247	rs10821018	G	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=15;PP=411;SC=GGGCACCCTCGGAGCCGCGGA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=95572255;WS=95572237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	95580745	rs71364316	GT	G	1068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.311;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.487;QD=18.75;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=1.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,52:0.91:57
chr9	95738781	rs3802381	C	A	7773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=136;PP=2965;SC=TCGACAGTCCCTCCTCCAGTG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=138;TCR=136;TR=274;WE=95738789;WS=95738771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr9	95766471	rs6479445	A	T	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=60;PP=1797;SC=TCTCTAGACCAGGGTTCATGT;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=85;WE=95766479;WS=95766461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	95772799	rs151317911	A	AAGAGAC	875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=749;SC=ACCAGAGGGAAAGAGACAGAG;SOR=1.230;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=95772807;WS=95772789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	95780267	rs7048701	A	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=4;PP=1029;SC=ACGCTGACCTAAGCCTCTGCA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=95780275;WS=95780257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	95780465	rs7048975	A	G	12606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=222;NR=231;PP=2965;SC=TCATCATAACAGGAAGAAAAA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=453;TCF=222;TCR=231;TR=453;WE=95780478;WS=95780455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr9	95784485	rs10821054	A	T	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=5;PP=1461;SC=GGCCTGGGAAATCCTGCTCCC;SOR=4.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=59;WE=95784493;WS=95784475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	95784852	rs12380291	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=288;SC=GAGGTGAAGCTATGTCTGAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=95784860;WS=95784842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	95797999	rs4073460	C	T	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=24;PP=805;SC=GCTCAGGACACTTGGCTTTGG;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=95798007;WS=95797989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	95820941	rs142105381	ACCCAGGCCCAGG	A	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=1446;SC=CCCGCCCCTCACCCAGGCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=95820960;WS=95820931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	95872744	rs3819011	C	T	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=4;PP=1778;SC=GGTGTCCTGACACCCAACAGG;SOR=5.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=67;TCR=4;TR=71;WE=95872752;WS=95872737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	95874070	rs2027585	G	C	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=27;PP=1265;SC=GGCCCCAGGAGGCAGCAGCAA;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=81;WE=95874078;WS=95874060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	95874428	rs10821071	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=5;PP=410;SC=ACTCCCCTGCGCAGCCCCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=95874436;WS=95874418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	95875556	rs2298242	G	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=440;SC=TAAATGTTCAGGTTCTCTCAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=95875564;WS=95875546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	95875575	rs2298243	G	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=272;SC=AGCCTGCCTCGTTCCTCAGTC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=95875583;WS=95875565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	95887320	rs2275848	G	T	13250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=272;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.819;SC=GGCGTGCTTGGCCGGGTTGTT;SOR=0.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=494;TCF=221;TCR=273;TR=493;WE=95887328;WS=95887310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,503:1.00:504
chr9	95992213	rs7871272	A	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=21;PP=731;SC=ACCATAGCTGAGGGTGAGGTC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=95992221;WS=95992203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	95993170	rs7048527	A	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=13;PP=1228;SC=ACCCCTGCAGATACCTGAAGC;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=58;WE=95993178;WS=95993160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	95993429	rs7032194	G	C	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=69;PP=2117;SC=TGGAGCCCATGAGAAGCTGGG;SOR=2.405;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=22;TCR=69;TR=91;WE=95993437;WS=95993419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	96000622	rs1539670	C	T	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=58;PP=2266;SC=CCCTGAAGGGCTGGGTTCTGG;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=96000630;WS=96000612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	96015377	rs4744202	A	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=42;PP=1170;SC=GAGTCAGAGCATCACTCCCAC;SOR=3.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=96015385;WS=96015367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	96019118	rs10122466	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=4;PP=726;SC=GAATGTGAGCATGTGCGTGTG;SOR=3.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=96019126;WS=96019108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	96024794	rs7854000	T	C	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=618;SC=TGACGCCCCCTGGGTCGTACC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=96024802;WS=96024784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	96024859	rs1936403	A	G	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=30;PP=2242;SC=GGGCTGAGGAAGTGGGGAGGG;SOR=1.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=102;WE=96024867;WS=96024849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	96025717	rs10649709	C	CAG	1766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=10;PP=1474;SC=TCGCACAGGACGGGCTGCCTC;SOR=2.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=30;WE=96025725;WS=96025707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	96025771	rs6479467	G	A	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=38;PP=2494;SC=GACTGTTCCAGATAAGCTGAC;SOR=1.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=83;TCR=38;TR=121;WE=96025779;WS=96025761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	96026122	.	T	TG	640	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=26;MQ=59.91;NF=15;NR=0;PP=640;QD=44.4;SC=GGGGGAGGGGTACTTGGGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=15;WE=96026130;WS=96026112;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr9	96030230	rs7856268	T	C	5721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=114;PP=2965;SC=TGGGAGGTGGTGAGAGTGCAG;SOR=1.050;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=93;TCR=114;TR=206;WE=96030238;WS=96030220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr9	96278474	rs147979681	C	T	6394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.37;MQRankSum=1.971;QD=25.68;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
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chr9	96398508	rs2398851	A	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=5;PP=836;SC=AGGTCGAGGTAGGGGGTTGAC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=96398516;WS=96398498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr9	96415653	rs3750354	C	T	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=58;PP=1736;SC=TCAAGGTGAGCCACGCCCCTC;SOR=2.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=78;WE=96415661;WS=96415643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	96420390	rs3763605	A	G	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr9	96425138	rs3750358	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=689;SC=TCAAGAGAGTTCCACCAGCCC;SOR=6.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=96425146;WS=96425128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	96425777	rs7036592	C	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=6;PP=595;SC=GGCTCAGGGACGGCCCTGGTC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=96425785;WS=96425767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	96426049	rs112327078	T	TCACA	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=24;PP=1366;SC=ACTCTGCATCTCACACACACC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=24;WE=96426057;WS=96426039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr9	96439004	rs149736720	C	CCCTGCCTCCACCACA	2513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=1120;SC=CCTCTACCACCCCGGCCTCCA;SOR=1.157;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=35;WE=96439012;WS=96438992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	96714429	rs2297835	C	A	4641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=117;NR=39;PP=2965;SC=TCCCAGGCCCCGCACCGTATA;SOR=2.055;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=117;TCR=39;TR=156;WE=96714437;WS=96714419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	97054889	.	TTGTGTG	T,TTG	534.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.1;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=0,0;NR=14,14;PP=373,399;SC=CACAGTGCAGTTGTGTGTGTG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=14,14;WE=97054902;WS=97054879;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:15
chr9	97062295	rs34433105	C	T	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=72;PP=2965;SC=CCCGACAGCTCATTAAGAAAG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=95;TCR=72;TR=167;WE=97062303;WS=97062285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	97080944	rs150455117	GAGA	G	3060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.72;QD=43.11;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	97081795	rs150662309	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=5;PP=224;SC=AAGAAGCTGAACATCCCCAGC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=97081803;WS=97081785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	97190662	rs117399794	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	97329737	rs10657369	C	CAG	8794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=85;PP=2930;SC=AGCCAGGAAACAAGCCAACCG;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=12;TCR=94;TR=96;WE=97329745;WS=97329727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr9	97329822	rs2987883	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=36;PP=1048;SC=GTCACTCTGAACCTGCTCTTT;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=97329830;WS=97329812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	97349666	rs573212	C	G	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=48;PP=2298;SC=GAGGATTGGACCATGTTGATC;SOR=0.963;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=131;WE=97349674;WS=97349656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	97365642	rs9695	G	A	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=26;PP=1790;SC=GCAATTCTCCGGATGCAGGCA;SOR=1.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=87;WE=97365650;WS=97365632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	97365720	rs1769257	T	C	8784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=168;NR=143;PP=2965;SC=CGTCGGGGGATCCCAAGATCA;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=168;TCR=143;TR=311;WE=97365728;WS=97365710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr9	97365985	rs3780554	G	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=407;SC=TTTCCTTCCTGTGAGGCTGTA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=97365993;WS=97365975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	97369083	rs2297084	G	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=10;PP=1226;SC=CACCCTCCCCGGGCCCTCACT;SOR=2.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=97369091;WS=97369073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	97369149	rs1769259	C	T	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=56;PP=2965;SC=GTCAAAGTCCCTGGCGTAGCC;SOR=1.205;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=102;TCR=57;TR=158;WE=97369157;WS=97369139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr9	97372172	rs3739747	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=13;PP=946;SC=AGACACCAGCCAAGCCCCCAG;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=97372180;WS=97372162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	97426330	.	TA	T	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.633;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr9	97426576	rs28436028	A	G	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=75;PP=2562;SC=GGTGGGGTGGAGGGTAATTAG;SOR=1.357;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=51;TCR=75;TR=126;WE=97426584;WS=97426566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	97427531	rs4743965	C	A	8067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=151;PP=2965;SC=TCGCGGGATGCAGACAGGAGT;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=134;TCR=152;TR=285;WE=97427539;WS=97427521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr9	97768286	rs10761364	T	C	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=21;PP=1077;SC=ACCTAGACTTTAAATTGGAGT;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=97768294;WS=97768276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	97822941	rs1888944	T	C	8418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;NR=141;PP=2965;SC=ATCAACTGAATGGCATTTTCA;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=172;TCR=141;TR=313;WE=97822949;WS=97822931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr9	97849090	rs4657	A	G	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=48;PP=1955;ReadPosRankSum=0.972;SC=CCCTGTTCACATCTTGGTGCT;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=116;WE=97849098;WS=97849080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,126:0.98:128
chr9	97873435	rs2404457	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=482;SC=ACGCCTTGGAGGACGCGACCC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=97873443;WS=97873425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	97873957	rs4647534	A	G	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=135;PP=2965;SC=TTGACAACCTAAATTCTTCTT;SOR=1.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=63;TCR=135;TR=198;WE=97873965;WS=97873947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	97885616	rs881791	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=331;SC=AATATATTTATTGTTGCTTTA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=97885624;WS=97885606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	97933252	rs3737142	T	C	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=213;SC=CTATATAAAATACAACCATAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=97933260;WS=97933250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	98209594	rs357564	G	A	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;PP=2965;SC=CGGTCTGTAGGGGGGTGGCCA;SOR=0.818;Source=Platypus;TCF=115;WE=98209602;WS=98209584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr9	98218474	rs5899258	G	GC	8859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=52;PP=2957;SC=CAGGGAGAATGCAAGGTTCCC;SOR=1.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=100;TCR=55;TR=145;WE=98218482;WS=98218464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr9	98231110	rs149258400	G	A	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=80;PP=2763;SC=GTACAGGGGGGCTCGAGGCAG;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=147;WE=98231118;WS=98231100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	98678164	rs683829	G	T	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=915;SC=AGCTGAATACGGTCTTGTTTG;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=98678172;WS=98678154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	98685797	rs3824492	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=579;SC=AAGTGGTGCAATTGTATCAGC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=98685805;WS=98685787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	98691137	rs2274654	T	C	4867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=118;PP=2965;SC=ATTTGCCTTGTCTCTACAATG;SOR=2.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=42;TCR=118;TR=160;WE=98691145;WS=98691127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	98694641	rs10760675	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=20;PP=549;SC=CCACCATTTCTGCCATCACAT;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=98694649;WS=98694631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	98734670	rs3088294	C	T	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=60;PP=2965;SC=CCAAGTCTGACGAGAAAAAAA;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=169;WE=98734678;WS=98734660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	98734891	rs3780574	A	T	5573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=109;PP=2965;SC=GACAAAAGAAATGGAATAATT;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=71;TCR=109;TR=180;WE=98734899;WS=98734881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	98766861	rs12683634	G	T	11807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=215;NR=187;PP=2965;SC=GCCAGCAACCGAGTGAAGGCA;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=404;TCF=216;TCR=188;TR=402;WE=98766869;WS=98766850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr9	98997810	rs2066479	C	T	9124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=145;PP=2965;SC=TGGAAGGCACCGCTGTAGAAG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=172;TCR=145;TR=317;WE=98997818;WS=98997800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr9	99003264	rs2066485	C	T	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=116;PP=2965;SC=AACACTCAAGCCCCCATCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=59;TCR=118;TR=175;WE=99003272;WS=99003254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	99013663	rs408876	A	G	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=29;PP=2304;SC=CAGAACCTGGATAAGAGGAAT;SOR=2.100;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=81;TCR=29;TR=110;WE=99013671;WS=99013653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	99060612	rs7029101	T	C	5728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=67;PP=2965;SC=TGCTTTTATATTCAAAAATCT;SOR=1.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=137;TCR=67;TR=203;WE=99060620;WS=99060602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	99060882	rs3925451	G	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=636;SC=TCCAGCCCACGCCCTTGAAGC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=99060890;WS=99060872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	100041610	rs2255135	C	G	122.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=99;SC=TCCTACCAGCCTCTCATCTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=100041618;WS=100041600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	100041876	rs2255139	A	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=30;PP=875;SC=TTGAATCTTGATAAGTCAAAG;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=100041884;WS=100041866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	100053599	rs148283445	TA	T	2062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=17;PP=1754;SC=AGGAGGGGTATAGGGGGTAGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=100053607;WS=100053589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	100201664	rs3214070	G	A	8872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=162;PP=2965;SC=ATATCTGGTGGTGGCTTTTGA;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=152;TCR=164;TR=314;WE=100201672;WS=100201654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr9	100227360	rs41316506	A	G	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=82;PP=2399;SC=ATACCTTATTATTTTCCAAAT;SOR=1.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=127;WE=100227368;WS=100227350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	100353801	rs2805792	G	T	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=55;PP=1505;SC=AAATTCTGTAGATGCCTCTCC;SOR=4.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=61;WE=100353809;WS=100353791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	100361864	rs958346	C	T	6764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=110;PP=2965;SC=ACAGTGCTGGCCCCTGGTCTA;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=134;TCR=110;TR=244;WE=100361872;WS=100361854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr9	100366953	rs2805779	A	G	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=86;PP=2965;SC=TTTCTAGAATAGTGAACTGAC;SOR=1.256;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=142;TCR=86;TR=228;WE=100366961;WS=100366943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	100388197	rs2773347	C	T	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=103;PP=2965;SC=GAATAGCTGCCGACAGCATTT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=67;TCR=103;TR=170;WE=100388205;WS=100388187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr9	100430997	rs10712851	TG	T	1482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=9;PP=1127;SC=GGTGGCGGGGTGGGGGGGTAC;SOR=2.655;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=40;WE=100431005;WS=100430987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	100433233	rs2805837	G	A	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=3;PP=1755;SC=GGGGTCCATTGTTCCTATCAG;SOR=6.273;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=73;TCR=3;TR=74;WE=100433241;WS=100433223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	100459578	rs1800975	T	C	5547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=89;PP=2944;SC=CCGCCATCTCTGGCCCACTCC;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=107;TCR=89;TR=196;WE=100459586;WS=100459568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr9	100616066	rs1867280	G	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=6;PP=247;SC=CTGGGCTCTCGGGGCCAGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=100616074;WS=100616058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	100616583	rs3021523	T	C	19599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=744;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=302;NR=413;PP=2965;SC=ACTGGGCGCTTGACCCCAACG;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=717;TCF=302;TCR=415;TR=715;WE=100616591;WS=100616573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,742:1.00:742
chr9	100616700	rs71369530	AGCCGCC	A	3529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=53;PP=2995;SC=CGGCTGCCGCAGCCGCCGCCG;SOR=1.952;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=110;TCF=8;TCR=102;TR=60;WE=100616713;WS=100616690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	100617021	rs3021526	C	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=23;PP=915;SC=CCAACCCCTCCGCCTATGCGG;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=100617029;WS=100617011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	100617375	rs7046645	T	C	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=99;PP=2965;SC=TTCCCCGCAATCTGAGAACGA;SOR=1.482;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=55;TCR=99;TR=154;WE=100617383;WS=100617365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr9	100672338	rs2282192	C	T	7151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=2.868;SC=GCAGGAACCACGCTGCGGGGA;SOR=0.910;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=249;TCF=141;TCR=108;TR=247;WE=100672346;WS=100672328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
chr9	100675289	rs137953216	A	G	12051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=274;PP=2965;SC=CCACCAGTCTATGTGTTTTCC;SOR=1.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=420;TCF=144;TCR=276;TR=418;WE=100675297;WS=100675279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr9	100675944	rs2120263	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=250;SC=CACAAATTAACAGAAATCATG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=100675952;WS=100675934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	100745902	rs3739672	A	G	8033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=150;NR=142;PP=2965;SC=GTAAGCAGAGACCCCTCTGGG;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=151;TCR=142;TR=292;WE=100745910;WS=100745892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr9	100767530	rs1131641	C	T	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=53;PP=1476;SC=GGCACACAACCGTAATCCCAG;SOR=3.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=61;WE=100767538;WS=100767520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	100774646	rs987142	A	T	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=15;PP=936;SC=TTTGTACTATATGCACTTTTC;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=100774654;WS=100774636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	100819070	rs3199064	T	G	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.07;NF=97;NR=47;PP=2362;SC=GTAGTGAGGCTTTGGACCCCG;SOR=1.454;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=97;TCR=48;TR=144;WE=100819078;WS=100819060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	100819192	rs3739670	C	T	6727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=116;NR=114;PP=2965;SC=GCGACCTGGACGTAGCCAAGC;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=116;TCR=114;TR=230;WE=100819200;WS=100819182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr9	100822940	rs7846880	G	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=218;SC=GTGAAAGAGCGAAACTCTGTC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=100822948;WS=100822930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr9	100843417	rs4237190	A	G	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=86;PP=2755;SC=GAAAAAGGATAGGCTGGCCTG;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=63;TCR=86;TR=149;WE=100843425;WS=100843407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	100849500	rs1059273	G	T	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=28;PP=2406;SC=TTAAAGTAGTGTAAGTGATGG;SOR=1.962;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=87;TCR=28;TR=115;WE=100849508;WS=100849490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	100854765	rs10818475	C	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=24;PP=1636;SC=ATTGGGGCCGCAGCTCACTCA;SOR=1.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=100854773;WS=100854755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	100854920	rs4743163	C	A	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=53;PP=1634;SC=GTTCGGCCTACATATTTTTCT;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=100854928;WS=100854910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	100881525	rs2761063	C	G	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=96;PP=2965;SC=CCAAGGGAAACCGAAACCTCG;SOR=1.149;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=173;WE=100881533;WS=100881515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr9	100962504	rs10046819	G	C	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=29;PP=2165;SC=TGTGTGAGTGGTGGGAGTGGC;SOR=1.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=99;WE=100962512;WS=100962494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	100965451	rs12342968	G	A	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=19;PP=1736;SC=CTCCCACAGTGCAGAGGGAGA;SOR=2.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=67;TCR=19;TR=86;WE=100965459;WS=100965441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	100965472	rs3739667	C	T	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=40;PP=2438;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AATGGAAGCCCGAGAGATTCC;SOR=1.592;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=129;WE=100965480;WS=100965462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr9	100970881	rs10985441	A	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=262;SC=GCCTGTCCACAGTCTGAGGGT;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=100970889;WS=100970872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	100971348	rs3739666	T	C	8493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=158;NR=157;PP=2965;SC=GTGACTCCAATGCCTGGATCT;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=318;TCF=158;TCR=160;TR=315;WE=100971356;WS=100971338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr9	100973178	rs3832623	A	AGAGGCCT	4169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=41;PP=2977;SC=GGGCCGCCCCAGAGGCCTGAG;SOR=1.346;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=43;WE=100973186;WS=100973168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	100983566	rs7855855	C	G	4278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=81;PP=2629;SC=CTGGGCGCCACAGTGGGGTAT;SOR=1.324;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=139;WE=100983574;WS=100983556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	100995721	rs879369	A	G	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=44;PP=2965;SC=GTCAGAGGCCAAGGGCTGCTC;SOR=2.007;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=132;TCR=44;TR=175;WE=100995729;WS=100995711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	100995758	rs879368	G	T	9300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=201;NR=135;PP=2965;SC=CCACTCTGTGGAGAATCTTCC;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=201;TCR=135;TR=336;WE=100995766;WS=100995735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr9	101006210	rs10818666	T	C	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.96;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	101006216	rs10818667	A	G	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.70;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	101006436	rs10818668	C	A	7528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	101006443	rs10818669	T	C	7197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.36;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	101053076	rs5010004	C	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=41;PP=1399;SC=GGTAGCTGGGCGCTTACCAGA;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=88;WE=101053084;WS=101053066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	101053123	rs41273923	G	A	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=810;ReadPosRankSum=1.203;SC=AAAAGCTGATGACAGGAGCAT;SOR=0.510;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=45;WE=101053131;WS=101053113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr9	101061665	rs41273925	G	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=514;SC=GTTGAGTCAGGTCCCTGGCCC;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=101061673;WS=101061655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	101065807	rs10985795	T	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=493;SC=CTGGAGGCGATAAGAGGCCCC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=101065815;WS=101065797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	101125148	rs514993	C	T	8886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=183;PP=2965;SC=CAGAGGGGAGCCGATGTGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=324;TCF=141;TCR=183;TR=322;WE=101125156;WS=101125138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr9	101216177	rs3802477	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=709;SC=ACAGATCACATAACAGAAAGC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=101216185;WS=101216167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	101243021	rs2779547	T	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=787;SC=TCCTCGATGATGGTATTGTTC;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=101243029;WS=101243012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	101243364	rs2808557	T	G	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=95;PP=2704;SC=CAACATTCCTTCACCTCTGGC;SOR=3.164;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=20;TCR=95;TR=115;WE=101243372;WS=101243354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	101258881	rs1000440	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=549;SC=GGGAAGTCAATTGGGCAAAGC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=101258889;WS=101258871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	101518677	rs692824	G	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=554;SC=GAATAGGTGGGGTTTCAGGCC;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=101518685;WS=101518667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	101585444	rs2295922	G	C	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=17;PP=1728;SC=GTCCCCTTCCGCAGGGGACCA;SOR=2.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=76;WE=101585452;WS=101585434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	101599558	rs10119864	A	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=35;PP=917;SC=GATACGAGTAAGGGGAGAATT;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=101599566;WS=101599548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	101602171	rs2277189	C	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=21;PP=1693;SC=TGGCATGCGACGAATGCTCCA;SOR=1.893;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=78;WE=101602179;WS=101602156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	101606549	rs1885608	G	T	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=942;SC=AAATTAAATAGTTGAATTTTT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=101606557;WS=101606539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	101867537	rs11466445	TGGCGGCGGC	T	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=1828;SC=CTCCTCGTGCTGGCGGCGGCG;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=101867553;WS=101867527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	102068344	rs790287	C	G	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=19;PP=752;SC=ATGACCTAAGCCGCACAAAGA;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=102068352;WS=102068334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	102068770	rs7871150	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=4;PP=531;SC=GCTCCAGCTTTGGCTCTGCCG;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=102068778;WS=102068760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	102068832	rs170462	G	A	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.85;NF=55;NR=31;PP=1402;SC=GTGGTTGTGAGGAAGATCGAG;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=86;WE=102068840;WS=102068822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	102068912	rs182704	C	T	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=40;PP=1264;SC=GGCAGCCCCACCCCGCCTGCC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=102068920;WS=102068902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	102589219	rs3832634	G	GT	6276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.886;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.221;NF=12;NR=97;PP=2975;ReadPosRankSum=1.470;SC=AAAAACCGCCGTTTTTTACCA;SOR=0.202;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=128;TCF=12;TCR=116;TR=109;WE=102589227;WS=102589209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr9	102591042	rs12344570	A	G	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=46;PP=2091;SC=CGCGCTTGAGAGCCACCCGTA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=96;WE=102591050;WS=102591032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	102595685	rs10988904	C	T	8817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=155;PP=2965;SC=TGATGAATGCCCTTGTCCGAG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=145;TCR=156;TR=300;WE=102595693;WS=102595675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr9	102690883	rs6478987	A	G	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=56;SC=TTTGTATGCAACATTCTTAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=102690891;WS=102690873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	102713580	rs1997368	G	A	10075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=198;PP=2965;SC=AATGTATTGTGCTAAGTCTTA;SOR=1.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=145;TCR=198;TR=342;WE=102713599;WS=102713570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr9	102713591	rs3739794	T	C	9499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=177;PP=2965;SC=CTAAGTCTTATTCTCAGTCAC;SOR=1.118;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=308;TCF=131;TCR=177;TR=308;WE=102713599;WS=102713570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr9	102778480	rs10819718	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=543;SC=AGCTATGATATAGTTATGTTC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=102778488;WS=102778470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	102780721	rs4743375	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=441;SC=CCAAGAAAAGTATACATTTAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=102780729;WS=102780711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	102814585	rs202031558	T	TA	479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.654;NF=21;NR=0;PP=310;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GCAGAGCATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=21;WE=102814593;WS=102814575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr9	102860928	rs6479001	G	A	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GCGAGAGTGAGGGCAGCGGGG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=131;TCR=70;TR=200;WE=102860936;WS=102860918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr9	102988234	rs56840267	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=131;SC=AATTTCTCTGGATGTTATTAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=102988242;WS=102988229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	102988328	rs61147858	CTT	C	3223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=18;PP=2106;SC=CTTATCATCTCTTGTTTTTTA;SOR=1.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=49;WE=102988337;WS=102988318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	103027226	.	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=18.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=2.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr9	103046916	rs11790431	G	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=678;SC=ATCTTCTGCCGGCCCATGGAC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=103046924;WS=103046906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	103054951	rs2787374	T	C	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=117;NR=100;PP=2965;SC=GAAGGTGCTCTCCGGCTGGTT;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=219;TCF=117;TCR=102;TR=217;WE=103054959;WS=103054941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	103059176	rs41274951	C	G	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=80;PP=2965;SC=CTTAAAGCCTCTCCTCTCCTC;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=182;WE=103059184;WS=103059166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	103059476	rs7864494	A	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=35;PP=1027;SC=CCCCCAGAGTACCACATCAGA;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=43;WE=103059484;WS=103059466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	103060386	rs3813712	T	G	5022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=107;PP=2965;SC=TTAGAACAGATATGGCCAGGG;SOR=1.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=54;TCR=107;TR=161;WE=103060394;WS=103060376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	103065884	rs3923501	C	T	7288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=89;PP=2965;SC=TATGCTAATACTGCAAAGCCT;SOR=1.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=167;TCR=89;TR=256;WE=103065892;WS=103065874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr9	103090328	rs143830136	TTAAA	T	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=674;SC=TTTTTTTAACTTAAATATATC;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=103090339;WS=103090318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	103108641	rs10989063	T	C	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=98;PP=2965;SC=TTAAAAAATGTTTATTATCCC;SOR=1.785;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=44;TCR=99;TR=142;WE=103108649;WS=103108631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	103108941	rs2151131	C	G	5878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=65;PP=2965;SC=TTCAATACAGCAAAACTGTGT;SOR=1.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=129;TCR=65;TR=194;WE=103108949;WS=103108931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr9	103111418	rs41274961	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=691;SC=ACATTCTACACGATTCCAAAG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=103111426;WS=103111408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	103114793	rs1930244	G	C	9399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=221;PP=2965;SC=CACACTCCGGGCTAAAACTCT;SOR=1.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=103;TCR=221;TR=324;WE=103114801;WS=103114783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr9	103114876	rs11791943	G	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=47;PP=1383;SC=TCCCGCCCCCGCAGTGCCGGC;SOR=3.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=57;WE=103114884;WS=103114866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	104124664	rs2229594	C	T	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=8;PP=1204;SC=GAGAAGGTCCCGGTAAAGAGA;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=55;WE=104124672;WS=104124654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	104133628	rs1572983	C	T	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=70;PP=2069;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GCCTGTAGCTCGGATATGCAC;SOR=0.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=114;WE=104133636;WS=104133618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr9	104162095	.	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=219;ReadPosRankSum=-0.058;SC=AAGTGATTGCCTCTGTCACTT;SOR=1.981;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=13;WE=104162103;WS=104162085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr9	104238142	rs15889	A	C	9060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=203;NR=127;PP=2965;SC=GGCCAACTTCAGAAAGGCATC;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=203;TCR=127;TR=330;WE=104238150;WS=104238132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr9	104341796	rs17774987	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=646;SC=ACCTTCATTATACATCATGAA;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=104341804;WS=104341786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	104375538	rs17189821	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=729;SC=AATCCAAATATTATGCAAGAG;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=104375546;WS=104375535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	104385711	rs10989563	CA	TG	8083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=115;PP=2947;SC=TTCTCTGGATCATTCCTATAT;SOR=2.215;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=44;TCR=125;TR=153;WE=104385720;WS=104385701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	104385800	rs10989565	G	A	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=741;SC=TTTTGTTTAGGGGACAGAACC;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=104385821;WS=104385790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	104385813	rs10989566	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=487;SC=ACAGAACCCGAACACTAAGGG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=104385821;WS=104385790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	104390789	rs10819955	C	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=573;SC=CGGAACTTTTCTAACCCCCAC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=104390797;WS=104390779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	104432293	rs1323434	C	T	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=12;PP=1276;SC=ATACAACATACGGAATTATAA;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=61;WE=104432301;WS=104432283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	104432873	rs942142	T	G	16302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=292;NR=285;PP=2965;SC=CATTTTTCCATGCTCCATACT;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=577;TCF=292;TCR=285;TR=577;WE=104432881;WS=104432863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr9	104433034	rs10512285	A	G	9850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=178;PP=2965;SC=AGGCTGTCCAATGTGGAAGAG;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=166;TCR=178;TR=344;WE=104433042;WS=104433024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr9	104433235	rs10989589	C	T	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=104;PP=2965;SC=ACAATCTTTCCCCCCTGCCAG;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=115;TCR=104;TR=219;WE=104433243;WS=104433225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	104433255	rs34755188	C	T	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=2.776;SC=GCTGCCCAAGCGGGTCCACAT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=113;TCR=106;TR=217;WE=104433263;WS=104433245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr9	104433436	rs1885980	T	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=28;PP=783;SC=CAGTGAGGCCTAAGATAGGAA;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=104433444;WS=104433426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	104449063	rs2506354	C	T	5185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=73;PP=2965;SC=GAGCAATGAGCCCTAAGGGCA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=97;TCR=73;TR=170;WE=104449071;WS=104449053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr9	104449098	rs10989591	C	T	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=76;PP=2948;SC=AGTTCCTCCACATTCTGGGAA;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=163;WE=104449106;WS=104449088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	104499575	rs1337677	T	C	12086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.02;NF=234;NR=184;PP=2965;SC=GACTCTCCCGTGGAAACTCGT;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=419;TCF=234;TCR=185;TR=418;WE=104499583;WS=104499565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr9	105757558	rs10739861	A	G	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=63;PP=2965;SC=CTTTTGTTTTACCCCTTTAAT;SOR=1.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=112;TCR=63;TR=175;WE=105757566;WS=105757548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	105757756	rs1341205	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=567;SC=ATGAAGAGATATTTATTATAT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=105757764;WS=105757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	105765610	rs2066261	T	C	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=71;PP=2253;SC=ATTATAACCATAATAAGTAAT;SOR=3.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=10;TCR=71;TR=81;WE=105765618;WS=105765600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	106857908	rs3739736	G	A	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=80;PP=2535;SC=GAGACGTCCCGATATTCTCTT;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=134;WE=106857916;WS=106857898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	106860969	rs10991107	T	C	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=133;SC=ACTATTGTGCTGTGTCCGGCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=106860977;WS=106860959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	106878318	rs35784229	TCTC	T	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=1117;SC=AATGGCAGCATCTCCTTTTTC;SOR=5.421;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=24;WE=106878328;WS=106878313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	106885332	rs7350223	A	G	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=20;PP=2106;SC=GTTTGAATGTATTTCTCAAAT;SOR=2.354;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=71;TCR=20;TR=91;WE=106885340;WS=106885322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr9	106896874	rs11281153	T	TATATTATAA	3355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=38;PP=2967;SC=ATCACTTTGCTATATTATAAT;SOR=2.334;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=42;WE=106896882;WS=106896864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	107331504	rs7026705	C	A	6739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.710;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GGGCTTTCTGCCCACCCAAAG;SOR=1.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=155;TCR=71;TR=224;WE=107331512;WS=107331494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
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chr9	107360826	rs1851725	A	G	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=77;PP=2965;SC=AGGATTCATCATGGGAGTCAT;SOR=0.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=122;TCR=77;TR=199;WE=107360834;WS=107360816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr9	107360851	rs1523678	T	C	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=87;PP=2965;SC=CTGTAGAATATGAATATAAGT;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=130;TCR=87;TR=217;WE=107360859;WS=107360841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr9	107360922	rs1851724	A	G	8131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=142;PP=2965;SC=CTTCATGTACATGAGGAAGAT;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=157;TCR=142;TR=299;WE=107360930;WS=107360912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr9	107361129	rs4117966	C	T	16903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=351;NR=255;PP=2965;SC=GATGTCAGCACAGGCCAGTTT;SOR=1.037;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=637;TCF=381;TCR=256;TR=606;WE=107361137;WS=107361119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,616:1.00:616
chr9	107361178	rs202235686	TGTTA	T	3462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=985;ExcessHet=3.0103;FS=6.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQRankSum=-17.612;QD=3.54;ReadPosRankSum=-9.692;SOR=1.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:832,146:0.15:978
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chr9	107361460	rs116283639	G	A	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.64;QD=47.05;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr9	107361710	rs7856737	G	A	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=119;PP=2965;SC=TCCCTCTTTAGCTTGTAAGAC;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=77;TCR=119;TR=196;WE=107361718;WS=107361700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	107366884	rs7856643	C	G	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=49;PP=2965;SC=TAAAAGTACCCAAAATTCTAA;SOR=1.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=117;TCR=49;TR=166;WE=107366892;WS=107366874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	107367008	rs10156474	T	C	11301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=206;NR=199;PP=2965;SC=TTCACATCCTTGTTTCTAAGA;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=405;TCF=206;TCR=199;TR=405;WE=107367016;WS=107366998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr9	107367392	rs143198170	TGTTA	T	19074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.505;NF=70;NR=253;PP=2973;ReadPosRankSum=0.898;SC=TGATTGATGATGTTATTCCTG;SOR=1.335;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=327;TCF=71;TCR=256;TR=323;WE=107367403;WS=107367382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,431:1.00:433
chr9	107367431	rs1851716	A	T	7395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=4.462;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.51;MQRankSum=-1.582;QD=31.21;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=2.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr9	107367612	rs55706329	C	T	11291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=3.429;NF=246;NR=292;PP=2962;ReadPosRankSum=6.148;SC=GGAACATCTGCACTGCACAGC;SOR=0.753;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=604;TCF=266;TCR=338;TR=538;WE=107367620;WS=107367602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:27,455:0.94:482
chr9	107367664	rs143760725	AGC	A	11038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.71;MQRankSum=-0.248;QD=43.12;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr9	107367841	rs10991326	A	T	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.09;QD=27.48;SOR=1.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	107380177	rs1813819	A	G	9371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-3.078;NF=215;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=1.145;SC=TGGCCAAGCCAAGGAACATCT;SOR=0.451;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=420;TCF=216;TCR=204;TR=417;WE=107380185;WS=107380167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,338:0.99:341
chr9	107380215	rs993658	T	A	11330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=239;NR=252;PP=2965;SC=AAGGAAATGGTCTTTCTTTCT;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=491;TCF=239;TCR=252;TR=491;WE=107380223;WS=107380205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr9	107380414	rs2900373	C	A	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=95;PP=2965;SC=AAAAGAGTAACTCAAGCCTTG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=201;WE=107380422;WS=107380404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	107380571	rs4743728	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=26;PP=650;SC=CAATGTACAAATATAAAAATT;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=107380579;WS=107380561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	107456933	rs12347076	C	T	7798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=92;PP=2965;SC=ATAGCCTCCTCATTATCATCA;SOR=1.533;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=168;TCR=92;TR=260;WE=107456941;WS=107456923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr9	107457532	rs10761073	C	T	12159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.97;NF=216;NR=204;PP=2965;SC=TCAGCGCACTCGATTGTGGTC;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=421;TCF=216;TCR=205;TR=420;WE=107457540;WS=107457522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr9	107457725	rs12338899	G	A	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=52;PP=1541;SC=GCAGACATCTGCATTTATTGA;SOR=1.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=74;WE=107457733;WS=107457715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	107510145	rs3753024	G	C	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=56;PP=1889;SC=TACCGGCCACGGGGGTACCCA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=127;WE=107510153;WS=107510135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	107510178	rs147856422	AGGGGC	A	4510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=48;PP=2460;SC=ACGGGAGGGGAGGGGCGGGGC;SOR=1.094;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=52;WE=107510190;WS=107510168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	107510279	rs144977747	C	CCCCGGAACCCCAAGACAGGGGTA	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=1081;SC=CTAGCGTGAGCCCCGGAACCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=10;WE=107510287;WS=107510269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	107521496	rs2297397	G	A	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.93;NF=73;NR=74;PP=2687;SC=GAACAAATGTGTTTCAGTCAG;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=73;TCR=74;TR=147;WE=107521504;WS=107521486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	107531361	rs2472478	T	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=47;PP=1375;SC=AGACCTAAAGTTATAAAGAGT;SOR=3.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=53;WE=107531369;WS=107531351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	107548493	rs2740485	G	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=10;PP=1668;SC=TTCCCTTTATGTTAGAGGCAC;SOR=3.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=70;WE=107548501;WS=107548483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	107562804	rs2230808	T	C	8854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=126;PP=2965;SC=GACATTATTTTTGGTGTCCAG;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=175;TCR=126;TR=300;WE=107562812;WS=107562794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr9	107566877	rs2777801	C	A	6236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=81;PP=2965;SC=AGTAATAATACGGCAGGGGCC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=135;TCR=82;TR=216;WE=107566885;WS=107566867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr9	107581749	rs2254884	A	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=638;SC=CTCTTCTGTGATAACAGAAGA;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=107581757;WS=107581739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	107602466	.	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=2;PP=515;SC=AGACATCTAACGCTGCTACAG;SOR=2.753;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=107602474;WS=107602456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	108060515	rs2036876	G	A	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=28;PP=886;SC=CTAGGAACAAGATGAAAATGC;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=108060523;WS=108060505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	108147627	rs2771034	G	A	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=13;PP=1724;SC=CAAAAATGTAGATGTTCTTTA;SOR=2.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=62;TCR=13;TR=75;WE=108147635;WS=108147617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	108152199	rs2771040	G	A	6432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=114;NR=103;PP=2965;SC=AGTAATGCTGGGAGGAATAAA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=114;TCR=103;TR=217;WE=108152207;WS=108152189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr9	108275777	rs10739910	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=410;SC=CAGTAATGAATCCCCAAAAAT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=108275785;WS=108275767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	109687288	rs1000152	T	C	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=128;PP=2965;SC=GATCCCGTTATGGAATGACTG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=157;TCR=128;TR=285;WE=109687296;WS=109687278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr9	109689859	rs3814540	T	C	9860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=186;PP=2965;SC=TCAAGGCCAATGCAGATGTGA;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=173;TCR=187;TR=358;WE=109689867;WS=109689849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr9	109691676	rs3814538	A	G	11172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=187;NR=192;PP=2965;SC=GAGAGAGGCAACTTTGAGAAA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=187;TCR=192;TR=379;WE=109691684;WS=109691666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr9	110045992	.	G	GGGGGCA	3696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=44.54;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	110047132	rs10733562	G	C	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=73;PP=2907;SC=GCAAATTACGGTTAGTTTCAT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=151;WE=110047140;WS=110047122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	110081288	rs72738215	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=314;SC=CTTTTTTTTTTCTAGTATGTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=110081296;WS=110081278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	110084261	rs1805330	C	T	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=53;PP=2597;SC=AATTCTATTACAGGGAATCCC;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=148;WE=110084269;WS=110084251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	110086149	rs1805334	G	A	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=17;PP=2453;SC=CTTTTGTTTAGAAATGTTTAT;SOR=3.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=84;TCR=17;TR=101;WE=110086157;WS=110086139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	110093970	.	C	CA	2100.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,115:0.77:149
chr9	111637331	rs1981268	CC	AG	8900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=111;PP=2947;SC=AATCCCTACCCCCAGAAAACA;SOR=1.373;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=69;TCR=112;TR=180;WE=111637340;WS=111637321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	111641627	rs2275496	C	T	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=3;PP=888;SC=ATTCTCCCCACTCCCACTACA;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=111641635;WS=111641617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	111653574	rs1063110	C	G	7372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=115;PP=2965;SC=TGCCACATGTCAGAAAGGCTG;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=134;TCR=115;TR=248;WE=111653582;WS=111653554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr9	111665719	rs17792422	G	A	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=1;PP=1370;SC=TAAAGCTTAGGGTTTTCCAGG;SOR=6.556;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=49;TCR=1;TR=50;WE=111665727;WS=111665712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	111670707	rs838824	T	C	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=113;PP=2965;SC=AATGCAAATATTATCATCGTA;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=65;TCR=113;TR=178;WE=111670715;WS=111670697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	111678428	rs1772046	T	A	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=22;PP=1957;SC=CCCATACCTGTCTACTTTCAA;SOR=2.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=92;WE=111678436;WS=111678418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	111688767	rs2275635	C	T	11375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TGGGAAGAAACGTAGGTCACA;SOR=0.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=408;TCF=221;TCR=187;TR=408;WE=111688775;WS=111688757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,423:1.00:424
chr9	111712910	rs2780334	G	C	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=86;PP=2965;SC=ACGAGCACAGGATCCCTCACT;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=161;WE=111712918;WS=111712900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	111746607	rs838838	T	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=29;PP=1688;SC=TATTACACAGTAAAACCAAAA;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=111746615;WS=111746597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	111754288	rs838836	T	C	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=34;PP=1448;SC=AATTTTGTAGTTGTGGATAAT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=111754296;WS=111754278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	111782531	rs7776	T	G	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=114;SC=AACCACCAACTCTGAACTCTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=111782539;WS=111782521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	111798751	rs2256253	C	T	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=48;PP=1397;SC=TCCTCAACAACTTCCAACAAA;SOR=2.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=61;WE=111798759;WS=111798741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	111800234	rs534286	G	A	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=12;PP=1990;SC=TTTCCTAGATGTATGTAAAAT;SOR=3.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=82;TCR=12;TR=94;WE=111800242;WS=111800224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	111812825	rs614253	C	T	12910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=246;NR=206;PP=2965;SC=GGAAATATGACGTGTACTTAT;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=452;TCF=246;TCR=206;TR=452;WE=111812833;WS=111812815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr9	111843055	rs497196	A	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=18;PP=780;SC=GCTAGCTTTTAATCCAGACTA;SOR=1.094;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=48;WE=111843063;WS=111843045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	111853412	rs2271877	C	T	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=63;PP=1866;SC=AACGTTGGAGCGGATTCTCCC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=81;WE=111853420;WS=111853402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	111882355	rs10710804	GA	G	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=140;SC=TCCCGAAGGGGAAATGGGGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=111882363;WS=111882345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	111899928	rs10759329	A	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=56;PP=1666;SC=AAAAGAGAAGAGCAGGGGCAA;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=76;WE=111899936;WS=111899918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	111903890	rs11421991	G	GA	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.720;NF=2;NR=23;PP=287;ReadPosRankSum=1.159;SC=AAATGATTGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.148;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=25;WE=111903898;WS=111903880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,35:0.92:38
chr9	111911775	rs1533641	G	A	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=1084;SC=CGGGATGGCCGTTACGAAACT;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=111911783;WS=111911765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	111911823	rs999729	C	G	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=23;PP=1892;SC=GCTCAGGCCCCCTGATTAGAA;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=100;WE=111911831;WS=111911813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	111929420	rs10979723	CG	GC	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=10;PP=281;SC=CCGCGCCATCCGTGCGCACAG;SOR=2.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=111929429;WS=111929410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	111936732	rs10733569	G	A	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=22;PP=1966;SC=TGGGCGAACAGAGCACACACT;SOR=2.128;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=92;WE=111936740;WS=111936722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	111936788	rs10979727	C	T	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=72;PP=2922;SC=AGAAAGAAGACGGACAGAAGG;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=101;TCR=73;TR=173;WE=111936796;WS=111936778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	111945049	rs3750450	T	G	8485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=153;NR=143;PP=2965;SC=AGGAAACGGGTTCATTGTATC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=153;TCR=144;TR=296;WE=111945057;WS=111945039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr9	111945166	rs10122682	A	G	4203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=84;PP=2697;SC=AAATGGAACCAAAGGATTCAG;SOR=1.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=138;WE=111945174;WS=111945156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	111956599	rs3750447	G	A	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=40;PP=1804;SC=CTTGTGTGGCGGCCGTTGTGG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=91;WE=111956607;WS=111956589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	112020713	rs893917	A	G	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=68;PP=1973;SC=TCCTTTCGGGAAGACTTAACT;SOR=1.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=97;WE=112020721;WS=112020703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	112025473	rs1982226	C	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=329;SC=AAAGGTAGCGCTATTTAGATA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=112025481;WS=112025463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	112041925	rs2014890	A	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=2;PP=1130;SC=GGCATCCTACAAGCATTGTGA;SOR=4.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=44;WE=112041933;WS=112041915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	112225552	rs200343380	TA	T	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=2.680;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr9	112629397	rs7044189	G	A	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=78;PP=2277;SC=GGATTGAGACGTTTTTATTCT;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=131;WE=112629405;WS=112629387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	112629446	rs13295100	G	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.64;QD=21.97;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	112629858	rs2769154	A	G	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=54;PP=1751;SC=CAAGGTAAGCAGCTGATCCCA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=112629866;WS=112629848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	112852530	rs10759388	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=369;SC=CCCCTGAAATCCTGTGACCTG;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=112852538;WS=112852523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	112898327	rs1475612	A	G	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=3;PP=765;SC=CTTCCTCTTAATTATGAGTCA;SOR=3.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=31;WE=112898335;WS=112898317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	112899361	rs4978872	A	C	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=66;PP=2614;SC=GCTGCTGCAGAAGCAGTTACA;SOR=0.857;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=129;WE=112899369;WS=112899351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	112900341	rs150402481	G	GGAAGCT	6101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=40;PP=2974;SC=CGACTGTAGAGGAAGCTGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=61;WE=112900349;WS=112900331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	112900785	rs3739456	A	G	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=62;PP=1736;ReadPosRankSum=-0.791;SC=ATGCCCCATCACTGCCCTCCA;SOR=1.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=73;WE=112900793;WS=112900775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr9	112918531	rs10759392	A	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=17;PP=1218;SC=TTTATTTGCCAGTTTTCTTTC;SOR=2.105;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=65;WE=112918539;WS=112918521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	112918581	rs7862044	T	C	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=47;PP=2518;SC=AAAGGGTATTTTCTTCGTGTT;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=126;WE=112918589;WS=112918571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	112924558	rs2148989	A	T	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=762;SC=CTGTTCTGAAATATGGGACTG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=112924566;WS=112924548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	112963504	rs10120707	A	G	14090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=268;NR=231;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.379;SC=GGAGCCTTTGATCAGATCCCA;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=504;TCF=270;TCR=234;TR=499;WE=112963512;WS=112963494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,522:1.00:524
chr9	113006420	rs5843	A	G	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=31;PP=2848;SC=GGCTGGTTATATTTTCAGAAA;SOR=2.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=94;TCR=31;TR=124;WE=113006428;WS=113006410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	113006579	.	T	TTATATATATACATATACATATG	1479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.28;SOR=4.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	113007289	rs4135220	T	G	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=82;PP=2349;SC=TATAATGGCATTACAAAAGCC;SOR=2.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=27;TCR=82;TR=109;WE=113007297;WS=113007279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	113007319	rs4135219	TGAA	T	1403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=1457;SC=ATATTCTCAATGAAGAAGTTT;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=30;WE=113007329;WS=113007309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	113013588	rs4135192	A	G	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=65;SC=TGTGACCACCAACTCAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=113013596;WS=113013578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	113091653	rs10980325	A	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=245;SC=TCAGTAGAAAAGAAAATTGAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=113091661;WS=113091643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	113139783	rs2077800	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=34;PP=963;SC=TCGAATCTCAGGAGGGAATTT;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=113139791;WS=113139773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	113163085	rs34048899	G	A	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=0;PP=1594;SC=GTATCCCCAAGTATATTGGAA;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=57;TCR=0;TR=57;WE=113163093;WS=113163075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	113170371	rs377555961	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.854;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,71:0.17:409
chr9	113197657	rs13288154	T	C	11354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GAAAGTTTAATAACACTTTAG;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=391;TCF=154;TCR=237;TR=386;WE=113197665;WS=113197647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,404:0.99:407
chr9	113207962	rs7847560	A	C	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=0;PP=1078;SC=TACGTTCTTAAAGAACTTGTT;SOR=7.523;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=41;TCR=0;TR=41;WE=113207970;WS=113207959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	113212205	rs2095294	G	A	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=1;PP=1131;SC=GGAATATTCAGCTGTAGCCTA;SOR=6.138;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=40;WE=113212213;WS=113212202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	113213726	rs4421419	A	G	12313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=178;NR=234;PP=2965;SC=AACTTGACAGAACTTTAAGAC;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=413;TCF=178;TCR=235;TR=412;WE=113213734;WS=113213716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr9	113218098	rs112071235	T	TAAAGA	1917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=1854;SC=TGGGTAGTGGTAAAGGGTAAT;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=30;WE=113218106;WS=113218088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	113219779	rs7875113	A	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=336;SC=TTGCTGCCTGAATAACACTGG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=113219787;WS=113219769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	113220277	rs11405869	T	TG	563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=536;SC=ATAAAGCATTTGGTTTAGCTA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=15;WE=113220285;WS=113220267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	113220930	rs13287717	C	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=38;PP=1056;SC=TTCTGGTTGTCAGAGTGGGTA;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=47;WE=113220938;WS=113220920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	113233956	rs7860284	C	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=556;SC=TTTTACCAAACAGAAATACTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=113233964;WS=113233946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	113234507	rs10817025	T	C	8243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.236;NF=160;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CCGTGAGGACTTGGCATTGCC;SOR=0.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=161;TCR=125;TR=285;WE=113234515;WS=113234497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,301:1.00:302
chr9	113234618	rs34710785	CAG	C	4633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-4.081;NF=15;NR=94;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.549;SC=ATAGTCGGGGCAGAGACACAA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=16;TCR=96;TR=109;WE=113234627;WS=113234608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr9	113241818	rs35796415	G	A	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=0;PP=1217;SC=TCACAAAGAAGAGGGAAATAG;SOR=7.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=43;TCR=0;TR=43;WE=113241826;WS=113241810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	113251951	rs13286541	T	C	7014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.344;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.999;SC=ATATGGAAAATGCAGCTGGCC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=150;TCR=112;TR=259;WE=113251959;WS=113251941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,269:0.99:272
chr9	113261483	rs872665	C	T	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=88;PP=2417;SC=GATATGATGACATCTTTGGGC;SOR=2.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=32;TCR=88;TR=120;WE=113261491;WS=113261473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	113261522	rs192079586	C	T	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=54;PP=1448;SC=TGGCGCTCTACGGTAGGGAAA;SOR=4.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=61;WE=113261530;WS=113261512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	113308284	rs2991363	A	T	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=7;PP=2317;SC=TGTGCCACTGACCCCACACAC;SOR=4.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=89;TCR=7;TR=95;WE=113308292;WS=113308274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	113308525	rs41305611	T	A	8458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=178;PP=2965;SC=CACAAAGATATGAGCAGTGGA;SOR=1.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=100;TCR=178;TR=278;WE=113308533;WS=113308515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr9	113449271	rs7869057	G	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=460;SC=TTATTCAGAAGTCACTCAAGT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=113449279;WS=113449269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	113457722	rs55980069	T	C	5515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=114;NR=90;PP=2965;SC=GTGAAAATAATAGAGGGATTA;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=114;TCR=91;TR=204;WE=113457730;WS=113457712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	113524340	rs1013820	C	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=347;SC=GGCCTCCTAGCAGAAGCGGAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=113524348;WS=113524330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	113524511	rs147974075	AT	A	5880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=65;PP=2974;SC=TATTGTAACAATTGTTTCCAA;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=103;WE=113524519;WS=113524501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	113538347	rs57438571	A	AT	278.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.6003;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=184;ReadPosRankSum=0.637;SC=GGCATTTCTAATTTTTTTTTT;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=16;WE=113538355;WS=113538337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr9	113547001	rs572189	A	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=2;PP=863;SC=TAAATATATTATTATCATGAA;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=113547009;WS=113546991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	113547322	rs484010	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=41;PP=933;SC=CAGCTAACCATGTGTAGTAAT;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=42;WE=113547330;WS=113547312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	113550168	rs2766999	T	C	9848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=175;NR=151;PP=2965;SC=ACAGAGGCTTTCCAAGTTTTT;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=176;TCR=151;TR=326;WE=113550176;WS=113550158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr9	114090279	rs314452	A	G	10874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=179;PP=2965;SC=AGGAGACCGTAGCCATCCGTG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=373;TCF=194;TCR=179;TR=373;WE=114090287;WS=114090269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr9	114125835	rs2297524	A	G	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=25;PP=1144;SC=ACATGGCTTTATGGTCCCCCA;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=114125843;WS=114125825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	114134198	rs10980884	C	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=775;SC=GACCAACAGTCTAAAAGCAGT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=114134206;WS=114134188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	114136169	rs7029123	A	G	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=19;PP=1971;SC=GGTCTGAATGATAAGTATTTT;SOR=2.254;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=89;WE=114136177;WS=114136159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	114146686	rs12350482	C	T	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=27;PP=2670;SC=TGAACTACAACATGAAGCCAA;SOR=2.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=99;TCR=27;TR=126;WE=114146694;WS=114146676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	114148496	rs4978994	A	G	120.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=85;SC=CACCCACCTCAGCCTCCCCAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=114148504;WS=114148488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	114155899	rs2598360	G	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=571;SC=ATTAATCCAGGTTTTTGAACA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=114155907;WS=114155889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	114174415	rs2418163	T	C	7235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=113;NR=154;PP=2965;SC=TTCTTTACTGTTATTCATCAG;SOR=1.133;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=276;TCF=113;TCR=163;TR=267;WE=114174423;WS=114174405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr9	114178402	rs12338500	T	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=449;SC=TCCCAATACTTTTTTTTTAAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=114178410;WS=114178392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	114193095	rs12348365	A	T	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=126;SC=TATGTTTTTAAACCAAAACAA;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=114193103;WS=114193085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	114202502	rs7860748	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=587;SC=AAGCAGTGGAGCTGAAGTTTA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=114202510;WS=114202499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	114301585	rs10441737	C	T	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=9;PP=865;SC=CTATTTATTACGCATTAAATT;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=41;WE=114301593;WS=114301575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	114326557	rs138247149	T	TTTA	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=0.897;QD=24.12;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr9	114341376	rs17320055	C	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=59;PP=1630;SC=CATAATGGGCCAACAGATCCC;SOR=2.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=73;WE=114341384;WS=114341366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	114356659	rs3739703	C	T	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=66;PP=1882;SC=GTTGAGAAACCACCCATGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=96;WE=114356667;WS=114356649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	114359624	rs1053959	C	A	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=22;PP=1803;SC=GGGAGCTCAGCTGTCTTCAAC;SOR=2.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=88;WE=114359632;WS=114359614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr9	114366094	rs966627	G	C	12240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=211;NR=218;PP=2965;SC=CTACACTTTTGTCTGTTCCAT;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=429;TCF=211;TCR=218;TR=429;WE=114366102;WS=114366084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr9	114371322	rs4978450	T	A	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=50;PP=2965;SC=TTTCTGTTCATTCTGGGCTTC;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=151;WE=114371330;WS=114371312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	114371493	rs12351897	C	T	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=69;PP=2313;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CTTCTCACATCGTTGTTGGGG;SOR=0.389;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=125;WE=114371501;WS=114371483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr9	114393784	rs10980984	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=579;SC=GCTGCTGCTGGTGCGGCCCGC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=114393792;WS=114393774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	114394146	rs10980985	G	T	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=989;SC=CCACCACCGCGACCTTTAAGA;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=114394154;WS=114394136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	114394177	rs10980986	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=619;SC=TCCCACGTGGCCCTGTGAAAG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=114394185;WS=114394167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	114454544	rs7869279	T	C	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=44;PP=2025;SC=ACTTGAGATTTCTTTTAGTTC;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=102;WE=114454552;WS=114454534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	114454580	rs1475110	A	G	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=44;PP=1807;SC=GTCATTCAAAATGGTGGTTTT;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=94;WE=114454588;WS=114454570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	114456322	rs113054343	T	TTAAG	916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.93;NF=3;NR=10;PP=601;SC=AGAAAAGAGTTTAATAGTCAG;SOR=1.931;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=13;WE=114456330;WS=114456312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	114462322	rs6477845	A	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=29;PP=868;SC=TTCTGTAAGCAGATACCTACA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=114462330;WS=114462312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	114464487	rs1407390	T	C	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=36;PP=1221;SC=TGCCTTCTCATAATTCAATTC;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=114464495;WS=114464477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	114467446	.	T	TACACACACAC	264.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=52.95;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	114467448	rs4993590	T	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	114467450	rs28406980	T	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	114467478	rs28545063	T	C	70.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=20;NR=3;PP=335;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CACACACACATATATATATAA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=114467486;WS=114467468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr9	114467703	.	C	CT	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.6735;HP=12;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=17;MQ=61.07;NF=0;NR=8;PP=100;QD=13.625;SC=AGCTCTTTCTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=114467711;WS=114467693;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr9	114469078	rs10125413	T	G	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=48;PP=1394;SC=GTTATTATTTTGTTGAACTAT;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=114469086;WS=114469068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	114470127	rs12683681	A	G	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=45;PP=1678;SC=GAAGGAATGAATTTTTACCCC;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=104;WE=114470135;WS=114470117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	114475262	rs6477846	T	A	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=13;PP=984;SC=ATACGCTTTCTAAGGGTGAAT;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=114475270;WS=114475252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	114480602	rs2418174	C	A	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=54;PP=1509;SC=AAAACATAGACTATACATTAC;SOR=2.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=73;WE=114480610;WS=114480592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	114484682	rs1337581	T	C	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=11;PP=2520;SC=CTTTTATTTGTACTCACCTTG;SOR=3.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=89;TCR=11;TR=99;WE=114484690;WS=114484672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	114489887	rs953536	C	T	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=12;PP=964;SC=ACCATATCTACGGCAAAATAT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=114489895;WS=114489877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	114490308	rs7470491	T	C	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=53;PP=1401;SC=AGGTGAAGAATGACTTTTATG;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=92;WE=114490316;WS=114490298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	114537978	rs440164	A	T	660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.73;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	114543400	rs2786632	A	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=55;PP=1644;SC=ATCTTTATTTATTCACAAATG;SOR=6.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=57;WE=114543408;WS=114543390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	114659643	rs3780520	A	G	3711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=77;PP=2509;SC=CGGGCCTCGGAGACAGGCGAG;SOR=1.138;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=132;WE=114659651;WS=114659633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	114677046	rs140717465	TTTTTG	T	5247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=72;PP=2989;SC=GTGTTACGGTTTTTTGTTTTG;SOR=1.883;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=8;TCR=108;TR=78;WE=114677058;WS=114677036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	114685005	rs41279075	C	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=386;SC=TGTGAATGCTCTCTTTTAAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=114685013;WS=114684995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	114811154	rs1980739	C	T	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=58;PP=2928;SC=GAGGAGAAAGCATGGGCCATA;SOR=1.193;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=156;WE=114811162;WS=114811144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	114861016	rs3739697	T	C	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=73;PP=1853;SC=ATTAGCAAAATGGAGTTAAAA;SOR=1.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=29;TCR=73;TR=102;WE=114861024;WS=114861006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	114864602	.	C	T	9290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=156;PP=2965;SC=ACAGCTTGCACCATCTTAGCA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=168;TCR=156;TR=324;WE=114864610;WS=114864592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr9	114919707	rs700105	A	G	6246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=53;PP=2965;SC=CCCCAAGGACATCAACTCTTT;SOR=2.415;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=170;TCR=53;TR=223;WE=114919715;WS=114919697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr9	114937659	rs7024998	C	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=9;PP=274;SC=GCGGGGTCCCCGGGAGGCCGC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=114937667;WS=114937649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	114982463	rs7855745	T	C	13093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=274;NR=200;PP=2965;SC=CAATTTTTTGTCCAAAAATAT;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=477;TCF=275;TCR=202;TR=474;WE=114982471;WS=114982453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr9	114982549	rs7869523	C	T	10405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=217;PP=2965;SC=CACGGAGACACTGAAAAGAAC;SOR=1.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=362;TCF=144;TCR=218;TR=361;WE=114982557;WS=114982539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr9	114986021	rs34621641	C	CAGAA	1356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=1391;SC=ATATCAAACTCAGAGTTATTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=23;WE=114986029;WS=114986014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	114990841	rs111362962	T	TTATACTATA	931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=2900;SC=AAGGCATTTCTTACTCTCCCT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=114990849;WS=114990831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	114990872	rs7026917	C	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9365;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=418;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=201;SC=ATACATACACCTGCAAATTTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=114990880;WS=114990862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	114993508	rs943620	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=9;PP=456;SC=TAAATCATCACTGTAATTACT;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=114993516;WS=114993498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	114993790	rs943621	G	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=331;SC=TTATTTTAAAGCATGGTTTTA;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=114993798;WS=114993780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	114997288	rs2274519	C	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=37;PP=985;SC=GATTCTGTTACGGAGTAAAGA;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=114997296;WS=114997278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	115014799	rs10659246	G	GAA	76.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=110;SC=TTTTAGCTTAGAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=115014807;WS=115014789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	115024695	rs10981334	G	A	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=26;PP=1517;SC=ACTTTCTTAAGGGTATTTATT;SOR=1.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=115024703;WS=115024685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	115024971	rs3843823	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=19;PP=484;SC=ATGAAGCAATGTAGTTAAGTA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=115024979;WS=115024961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	115030570	rs7870866	C	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=651;SC=AACCCATGCACTCTCAAGTAA;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=115030578;WS=115030560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	115030590	rs4500150	T	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=332;SC=AAATGACATTTCCCCCAAGGG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=115030598;WS=115030580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	115038100	rs4979093	T	C	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=14;PP=1970;SC=AATCACTCTTTGTCAATCTTT;SOR=3.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=68;TCR=14;TR=82;WE=115038108;WS=115038090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	115051546	rs11792085	A	G	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=81;PP=2666;SC=CATATACCTTAGAGCACTGAC;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=145;WE=115051554;WS=115051536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	115052104	rs10121087	A	G	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=83;SC=CAAATTATTCAGTTTGTTAGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=115052112;WS=115052094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	115052167	rs7047691	T	C	52.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.02;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	115060100	rs34861385	A	AC	1178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=12;PP=827;SC=TAAAAAAAAAAAAAAAACTCA;SOR=1.329;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=30;WE=115060108;WS=115060090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	115060682	rs3808881	G	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=424;SC=GATCTTTAATGCAGACTATTT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=115060690;WS=115060672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	115092577	rs2418204	G	A	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=85;SC=AAAATCCAAAGTTACCTCAGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=115092585;WS=115092567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	115092624	rs2900539	T	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=290;SC=ATTAAAGACTTTTACACAATA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=115092632;WS=115092614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	115095044	rs74805013	G	A	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=79;PP=2965;SC=AAAATCGCTCGTACATCATAT;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=106;TCR=79;TR=185;WE=115095052;WS=115095034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	115095743	rs7040447	T	C	9246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=184;NR=142;PP=2965;SC=CGCCGCCTAGTACTTACCCAT;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=326;TCF=184;TCR=142;TR=326;WE=115095751;WS=115095733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr9	115142330	rs35979933	CG	C	569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=328;SC=GCACAGGCATCGGGGGGGGCA;SOR=2.531;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=15;WE=115142338;WS=115142320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	115142507	rs7867831	A	G	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=86;PP=2901;SC=CGGGCGAAGGACGCGTCTCGG;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=63;TCR=86;TR=149;WE=115142515;WS=115142497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	115216222	rs10538330	GATTA	G	4536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.250;NF=48;NR=21;PP=2977;ReadPosRankSum=1.549;SC=CTGTCCTGCTGATTAATTAAT;SOR=1.517;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=69;WE=115216233;WS=115216212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr9	115249262	rs6477940	T	C	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=13;PP=1567;SC=CACTTACCTTTGGTGCCCGGC;SOR=2.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=67;WE=115249270;WS=115249252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	115249433	rs7031191	T	C	7247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=1.292;SC=CGGGGACGAGTGCGCCGACGC;SOR=0.353;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=280;TCF=121;TCR=159;TR=277;WE=115249441;WS=115249423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr9	115380269	.	A	C	6453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=99;PP=2965;SC=CTTCTGAAACAAGAGAGATTT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=132;TCR=99;TR=231;WE=115380277;WS=115380259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	115450093	rs786970	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=392;SC=TGGCTGGGCGCGGTGGCTCAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=115450101;WS=115450083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	115567015	rs139599865	A	ATG	1998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=5;PP=1392;SC=ACTCTCCAGTATGTTTTCATT;SOR=2.885;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=33;WE=115567023;WS=115567005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	115567184	rs1891402	T	C	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=82;PP=2390;SC=TCGTTATAGTTGATGATCCCA;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=158;WE=115567192;WS=115567174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	115580008	rs10117709	G	C	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=42;PP=2379;SC=AGTTTGACCTGCCAGAATATT;SOR=1.213;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=124;WE=115580016;WS=115579998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	115598447	rs6477961	C	T	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=502;SC=TAGTCCTGCCCATGTGAGTGA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=115598455;WS=115598442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	115600848	rs7023478	T	C	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=52;PP=1843;SC=GTGAGCTGGCTGAACCCCTGG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=115600856;WS=115600838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	115649520	rs3802493	C	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=14;PP=1178;SC=GGAACTGTCTCAAGTGCCTTC;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=115649528;WS=115649510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	115759519	rs10981589	G	A	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=61;PP=2965;SC=GTATGTATTCGCTTATGTTTA;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=106;TCR=61;TR=167;WE=115759527;WS=115759509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr9	115760587	rs7036363	G	A	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=91;PP=2715;SC=CATTTTTGTCGGTATGTAATA;SOR=3.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=13;TCR=91;TR=104;WE=115760595;WS=115760577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	115760610	rs11971	T	A	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=69;PP=1879;SC=TGTTGGCTTTTCATTTATTTC;SOR=3.500;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=11;TCR=69;TR=80;WE=115760618;WS=115760600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	115873890	rs80016582	G	C	7967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=103;PP=2965;SC=AGCGGTGGTCGCTCGCCCCCT;SOR=1.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=181;TCR=103;TR=284;WE=115873898;WS=115873880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr9	116022860	.	TAC	T	215	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=15;MQ=59.33;NF=0;NR=7;PP=215;QD=31.1428571429;SC=TTTGTGCACGTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=7;WE=116022869;WS=116022850;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr9	116124454	rs10600721	GGT	G	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.481;NF=5;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=-0.829;SC=ATGTGTTATGGGTGTGTGTGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=116124463;WS=116124444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr9	116136198	rs1043836	C	T	16120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=276;NR=300;PP=2965;SC=GCCAAGGCCCCCCAGGATGCC;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=576;TCF=276;TCR=300;TR=576;WE=116136206;WS=116136188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,578:1.00:578
chr9	116151191	rs1805313	A	G	6387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.087;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.737;SC=GTCGTTCCCCAATCTAGGCAG;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=146;TCR=83;TR=227;WE=116151199;WS=116151181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr9	116151501	rs8177813	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=34;PP=793;SC=CCTGGGTTACTGCGGCTGGCA;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=116151509;WS=116151491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	116153352	rs2761016	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=378;SC=CACAGAGGACTGACCCTACAT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=116153360;WS=116153342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	116190600	.	A	T	3045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=82;PP=2184;ReadPosRankSum=-1.782;SC=GCTATTGCTAATGATTCTGTG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=57;TCR=123;TR=119;WE=116190608;WS=116190590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,123:0.65:188
chr9	116356373	rs12350531	G	C	11768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=175;NR=236;PP=2965;SC=GGCTCCTCCTGTCTGAGTCCC;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=412;TCF=176;TCR=236;TR=411;WE=116356381;WS=116356363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr9	116356516	rs12341266	A	G	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=102;PP=2965;SC=GGTGCCTCCTACAGACCAATC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=134;TCR=102;TR=236;WE=116356537;WS=116356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	116356529	rs10817493	C	G	7997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.503;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.591;SC=GACCAATCTGCGGCCCCAAGG;SOR=0.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=161;TCR=116;TR=273;WE=116356537;WS=116356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,288:1.00:289
chr9	116357408	rs884992	C	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=460;SC=GGGCTGAGCCCAAGCTGAGGC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=116357416;WS=116357398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	116359339	rs1051013	T	C	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=64;PP=1516;SC=CCCCAGAGGCTGTGTCTCTGG;SOR=4.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=7;TCR=65;TR=71;WE=116359347;WS=116359329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	116638556	.	AGCG	A	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.4997;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=22;QD=28.0;SC=CGGAGGAGGGAGCGGCGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=1;WE=116638566;WS=116638546;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,1:0.14:7
chr9	116764832	rs148995274	TTTTGCAC	T	11390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=94;PP=2967;SC=CCATGTTCTCTTTTGCACTTG;SOR=0.968;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=150;TCF=49;TCR=101;TR=135;WE=116764846;WS=116764822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr9	116769515	rs4979321	C	T	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=45;PP=2965;SC=TTCCTCCCTCCGCTAGCCAGA;SOR=2.041;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=135;TCR=45;TR=180;WE=116769523;WS=116769505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	116778269	rs4979324	A	G	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=13;PP=791;SC=AAGAGTGGGGACCAGGGCACC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=43;WE=116778277;WS=116778259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	116791161	rs7030167	T	C	12297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=217;NR=227;PP=2965;SC=TGGTCCGATGTGCCACCCTCT;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=444;TCF=217;TCR=227;TR=444;WE=116791169;WS=116791151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr9	116822610	rs2269456	A	G	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	116840204	rs2251680	A	G	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=2;PP=2046;SC=CAGCCAAGAGACCCACGGAAT;SOR=5.226;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=70;TCR=2;TR=72;WE=116840212;WS=116840194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	116840338	rs2285056	C	T	15557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=289;NR=265;PP=2965;SC=TCCCCATCACCACATCCACCC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=556;TCF=289;TCR=267;TR=554;WE=116840346;WS=116840328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,583:1.00:583
chr9	116854183	rs117751044	A	G	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=37;PP=1242;SC=GTGCGCCCTCACTGCAGGGTG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=116854191;WS=116854173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	116856889	rs1465660	A	G	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=263;SC=TCTGCCTGGAAGGGGCACCTT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=116856897;WS=116856879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	116857656	rs7036734	T	C	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=78;PP=2719;SC=ATCACTTGCCTAGGGCCATCA;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=131;WE=116857664;WS=116857646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	116858625	rs6478062	T	G	9292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.03;NF=164;NR=153;PP=2965;SC=GACCCTTGCTTGGTGGCCCCG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=318;TCF=165;TCR=153;TR=317;WE=116858633;WS=116858615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr9	116859769	rs3810929	T	C	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.197;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=2725;ReadPosRankSum=0.861;SC=AGTCCACCCATCCCCAGATCT;SOR=0.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=117;WE=116859777;WS=116859759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr9	116860516	rs57239538	TG	T	2645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=32;PP=1800;SC=CTACCCGGGGTGGGGGCTGGG;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=50;WE=116860524;WS=116860506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	116860731	.	A	AGCGGGGCACTCTGGAGGAGG	843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.75;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	116930100	rs2567707	G	A	8318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=142;PP=2965;SC=CACGGGCACCGTCATTCCTGC;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=291;TCF=149;TCR=142;TR=291;WE=116930108;WS=116930090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr9	116930194	rs2567706	A	G	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=150;NR=130;PP=2965;SC=GTCCGCAGCCAGAAACGCAAG;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=151;TCR=130;TR=280;WE=116930202;WS=116930184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr9	116931099	rs2241671	G	A	20712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=361;NR=363;PP=2965;SC=CTCCCGTCCCGCAGAGAAGCC;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=725;TCF=361;TCR=364;TR=724;WE=116931107;WS=116931089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,744:1.00:744
chr9	116931445	rs2808770	T	C	16427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=255;NR=300;PP=2965;SC=AAGAAGCCCATTGGATCGGAA;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=555;TCF=255;TCR=300;TR=555;WE=116931453;WS=116931435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr9	116931666	rs2567705	A	T	9113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=157;PP=2965;SC=TGGCTATTCGATCTTCCACCT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=166;TCR=157;TR=323;WE=116931674;WS=116931656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr9	116931737	rs2808771	C	T	9610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=176;NR=173;PP=2965;SC=GAGACTGTGGCTTGCCGGTAA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=176;TCR=173;TR=349;WE=116931745;WS=116931727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr9	116958214	rs2567710	C	T	13666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.10;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr9	116958214	.	CAC	TAT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=146;NR=120;PP=2947;QD=20;SC=TTTCCTGCCTCACCCACCTTG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=153;TCR=126;TR=266;WE=116958224;WS=116958204;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,266:0.95:279
chr9	116958216	rs2567711	C	T	13666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr9	116967263	rs2567719	T	G	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=61;PP=2965;SC=GAGTGCACACTCCATCCCGGA;SOR=1.285;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=116;TCR=61;TR=176;WE=116967271;WS=116967253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	116967952	rs2567720	T	C	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=42;PP=2013;SC=TCTTTATTCATTGTCAGCCCC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=107;WE=116967960;WS=116967942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	116980089	rs16927409	T	C	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=86;PP=2681;SC=AGGTGGGAACTCAATGCCTTC;SOR=1.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=130;WE=116980097;WS=116980079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	116997994	rs2015408	T	C	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=109;PP=2965;SC=TCCCCTGGTCTTGGCTTCCTT;SOR=0.963;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=88;TCR=110;TR=197;WE=116998002;WS=116997984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr9	117026581	rs4978576	C	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=26;PP=1325;SC=CCTGGTTCTCCGCCCGAGGGA;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=117026589;WS=117026571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	117033022	rs4143245	T	C	7099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=102;PP=2965;SC=AGCCAGGCCTTGAGGGTGACA;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=150;TCR=102;TR=252;WE=117033030;WS=117033012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr9	117033096	rs2636866	C	T	9973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=171;PP=2965;SC=CTGGGGACCCCGGCAGGGCAT;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=350;TCF=179;TCR=171;TR=350;WE=117033104;WS=117033086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr9	117033219	rs10118121	T	C	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=82;PP=2535;SC=GTCAGCAGTGTCCAGCAGCCA;SOR=1.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=33;TCR=82;TR=115;WE=117033227;WS=117033209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	117064306	rs1546049	T	C	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=65;PP=2787;SC=TGACACCCTCTCAGATTCCAG;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=147;WE=117064314;WS=117064296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	117064345	rs1546048	G	A	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=83;PP=2787;SC=TGACTGACCCGCAGTCTTCTT;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=77;TCR=83;TR=160;WE=117064353;WS=117064335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	117086271	rs10982151	T	G	14481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=250;NR=261;PP=2965;SC=TCTTCCTGTTTTCCTTCCGCC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=513;TCF=251;TCR=262;TR=511;WE=117086279;WS=117086261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr9	117108122	rs3762054	C	T	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=19;PP=1337;SC=GCACCCATCCCGGCCCTCCCT;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=74;WE=117108130;WS=117108112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	117121840	rs2787348	A	C	7603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=144;NR=122;PP=2965;SC=TAGGGTGGAAACAAACATTCT;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=145;TCR=122;TR=266;WE=117121848;WS=117121830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr9	117122202	rs3748177	C	T	8994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=154;NR=150;PP=2965;SC=GGTAAACTTGCTCCATCTGCA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=155;TCR=150;TR=304;WE=117122210;WS=117122192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr9	117124519	rs2636901	A	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=1;PP=911;SC=GACTCAAATCACAGCTTTTGA;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=117124527;WS=117124509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	117124731	rs3748176	G	A	6284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=112;PP=2965;SC=GCCGGCAAGCGGCTGGGCAGG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=105;TCR=112;TR=217;WE=117124739;WS=117124721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	117127034	rs2787351	C	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=156;SC=AGCATGGAGACGTGGGTGCTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=117127042;WS=117127024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	117138278	rs4979371	C	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;QD=24.97;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	117145609	rs10982190	G	A	5935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=135;PP=2965;SC=TCCTTCTGACGCTCCTGCTAT;SOR=1.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=83;TCR=135;TR=217;WE=117145617;WS=117145599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	117150302	rs1886377	C	T	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=60;PP=1549;SC=CATCGCTCCCCACCTCTCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=79;WE=117150310;WS=117150292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	117166246	rs2274159	A	G	9430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=196;NR=149;PP=2965;SC=CTTGGTGGACACCGACTGCCT;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=196;TCR=149;TR=345;WE=117166254;WS=117166236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr9	117166338	rs6478078	G	C	9211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=170;PP=2965;SC=TGTCCGAGAGGTGGGAGAGCG;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=151;TCR=170;TR=320;WE=117166346;WS=117166328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr9	117168551	rs10982200	C	A	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=8;PP=1428;SC=AGCTGGTCCCCCCCTTCACTG;SOR=3.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=64;WE=117168559;WS=117168541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	117169033	rs942519	A	G	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=53;PP=2140;SC=GCAGGAAGGCATGGAGGAAGG;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=125;WE=117169041;WS=117169023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	117186677	rs4979387	A	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=18;PP=1003;SC=AGACGCTGCCACCACGGTACT;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=117186685;WS=117186667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	117188566	rs10817610	C	T	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=33;PP=1736;SC=GGTGCGGGCACGGGGCAGCCT;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=97;WE=117188574;WS=117188556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	117266337	rs35122928	TA	T	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=1.795;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr9	117266965	rs2297815	C	T	6768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=127;PP=2965;SC=GCAGCTGGCGCACGTTGGCAG;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=109;TCR=128;TR=236;WE=117266973;WS=117266955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr9	117390300	rs7031094	C	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=5;PP=687;SC=TCAGTAGTGTCTGAAAGGTGT;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=117390308;WS=117390290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	117428960	rs1055207	T	C	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=15;PP=1161;SC=GAATGGCCAGTGCTCCTGGCA;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=117428968;WS=117428950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	117430524	rs2296947	G	A	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=54;PP=2619;SC=GCTCTTTTTTGTCTGGATCAG;SOR=1.349;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=95;TCR=54;TR=149;WE=117430532;WS=117430514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	117430611	rs1359992	A	T	6602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=106;PP=2965;SC=CTTCTGAAGCAGCAAATCTGG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=119;TCR=106;TR=225;WE=117430619;WS=117430601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr9	117430743	rs2418316	A	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=35;PP=964;SC=GTGGGGGTGTACCTGAAACTA;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=117430751;WS=117430733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	117433685	rs2296948	C	T	4598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=71;PP=2965;SC=GCTTGTGCTCCTGGGTTTGAC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=162;WE=117433693;WS=117433675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	117433811	rs3215861	C	CA	4308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=36;PP=2957;SC=GAATGAGGGGCATGGGTTCCG;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=74;WE=117433819;WS=117433801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	117792426	rs13286441	G	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=582;SC=CTCACACATGGGGGTGTCAGA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=117792434;WS=117792425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	117792583	rs13321	C	G	6796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=114;PP=2965;SC=TCCAGCGCCTCAGCCTTATCA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=122;TCR=114;TR=236;WE=117792591;WS=117792573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr9	117797359	rs3215885	A	AT	185.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=114;SC=GTCTCTACTAATTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=117797367;WS=117797349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	117797394	rs1330361	G	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=626;SC=CACTGGGGTAGAAAAACAGCA;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=117797402;WS=117797384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	117815036	rs62578424	G	A	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=37;PP=2338;SC=GACAAAGGCAGTGAGGGGTCT;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=85;TCR=37;TR=122;WE=117815044;WS=117815026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	117819436	rs17819466	C	T	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=12;PP=1812;SC=ATGTACCTGTCGTGGCTGTGG;SOR=3.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=79;WE=117819444;WS=117819426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	117836188	rs2210108	A	G	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=36;PP=1189;SC=AGGCTGCAAGACAGGGCTGCT;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=117836196;WS=117836178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	117844239	rs2989519	G	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=833;SC=GTAAGAGTTAGGGGAGGTGCC;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=117844247;WS=117844229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	117846450	rs1755639	A	G	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=8;PP=881;SC=GTGGGCTGACATCAGGTGAGG;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=117846458;WS=117846440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	117846580	rs1061494	T	C	10321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=138;PP=2965;SC=CTCCAGCTCCTGGATGATGGT;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=362;TCF=224;TCR=138;TR=360;WE=117846588;WS=117846570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr9	117848112	rs1617917	A	T	8091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=105;PP=2965;SC=CATCATGGCCATTATATGCTG;SOR=1.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=178;TCR=105;TR=283;WE=117848120;WS=117848102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr9	117848394	rs1757095	T	C	15213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=291;NR=258;PP=2965;ReadPosRankSum=0.342;SC=ACAGCGACCCTGGCCATGGCA;SOR=0.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=552;TCF=294;TCR=258;TR=549;WE=117848402;WS=117848384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,569:1.00:570
chr9	117849314	rs2992147	T	C	18969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=291;NR=364;PP=2965;ReadPosRankSum=0.958;SC=AGACTCCATTTACGCACTTGC;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=657;TCF=292;TCR=365;TR=655;WE=117849322;WS=117849304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,672:1.00:673
chr9	117853022	rs944510	C	T	17803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=337;NR=283;PP=2965;ReadPosRankSum=2.538;SC=TTTCCCCATCCACTGTGTGCT;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=624;TCF=338;TCR=286;TR=620;WE=117853030;WS=117853012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,648:1.00:651
chr9	118054182	rs2285316	G	A	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=88;PP=2932;SC=CAGGAATGAAGAGGAAGAGCT;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=153;WE=118054190;WS=118054172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	118163563	rs2269700	C	T	5261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=105;PP=2965;SC=GTATCTCTTGCCAGGCCCAAG;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=76;TCR=105;TR=181;WE=118163571;WS=118163553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	118164375	rs370103137	CT	C	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.297;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr9	118969686	rs11268296	T	TTATTTAAATAG	844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=0;PP=2900;SC=AGAGGGCCTGTTATCTTTTTG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=118969694;WS=118969676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	119125082	rs3747828	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=38;PP=991;SC=CAGGGCTAATGCCTGGGTGGG;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=39;WE=119125090;WS=119125072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	119160758	.	T	TA	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=17;HapScore=3;MGOF=47;MMLQ=15;MQ=56.08;NF=2;NR=1;PP=59;QD=20.6666666667;SC=TCATAGCACTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=3;WE=119160766;WS=119160748;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,3:0.21:14
chr9	119187839	rs7518	C	T	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=41;NR=24;PP=1251;SC=ACTTCTGCCTCGGGATTGACA;SOR=1.230;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=65;WE=119187847;WS=119187829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	119199485	rs7034542	T	A	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=115;SC=ATAATAATAATAAAAAATACC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=119199493;WS=119199475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	119199820	rs7018569	C	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=33;PP=1096;SC=GCGGCCCGGCCGCCTTTCCAG;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=119199828;WS=119199810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	119462112	rs3019	C	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=232;SC=TCTAGAACTTCAGAAGCTCCA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=119462120;WS=119462102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	119495697	rs7863560	T	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=30;PP=1204;SC=GTTGGAGGTCTGGAAGGGGCT;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=75;WE=119495705;WS=119495687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	119582872	rs3765537	T	G	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=10;PP=951;SC=ATGGGGCACCTGGGCCTTGGG;SOR=2.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=49;WE=119582880;WS=119582862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	119770551	rs7036098	G	A	7553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=152;PP=2965;SC=ATGGGTGAACGGAGAGACAGA;SOR=1.166;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=262;TCF=110;TCR=152;TR=260;WE=119770559;WS=119770541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr9	119770621	rs16934199	A	G	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=54;PP=1687;SC=AGGTGTGTACAAGCCACGTTC;SOR=2.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=71;WE=119770629;WS=119770611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	119903807	rs57782747	A	C	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=56;PP=1741;SC=CACCCTCAGCACCTAGAGCAC;SOR=3.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=65;WE=119903815;WS=119903797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	119903827	rs13291457	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=42;PP=1283;SC=CTGGGGCTGAAGTTAGGGCTT;SOR=4.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=119903835;WS=119903817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	119977077	rs4543613	T	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=31;PP=693;SC=AATCGAGGGCTGCAGGGGATT;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=119977085;WS=119977067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	120053776	rs7848630	T	C	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=53;PP=1654;SC=AGATGTCCGCTGCTGTGCCAG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=107;WE=120053784;WS=120053766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	120466806	.	C	A	4028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=86;PP=2396;ReadPosRankSum=0.502;SC=GCCTTCCTCTCCTGCGTGAGA;SOR=0.759;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=288;TCF=148;TCR=140;TR=175;WE=120466814;WS=120466796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,186:0.61:304
chr9	120466929	rs5900307	CA	C	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=54;PP=592;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTATTTTTGCAAAAAAAAAA;SOR=0.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=1;TCR=71;TR=55;WE=120466938;WS=120466918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr9	120471058	rs2770148	G	A	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=117;PP=2965;SC=TCATTGTCCTGTCATTTCATT;SOR=1.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=55;TCR=117;TR=172;WE=120471066;WS=120471048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	121930416	rs141766717	C	T	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=117;NR=75;PP=2965;SC=CACGCAGCTCCGCTGGCTCTC;SOR=1.081;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=117;TCR=75;TR=192;WE=121930424;WS=121930406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	123151679	rs4836820	A	G	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=58;PP=1825;SC=TGCTTTCAAAAACATAGTTTG;SOR=1.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=123151687;WS=123151669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	123152099	rs2297457	C	G	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=94;PP=2965;SC=ATGATTAGGGCCATGGATATC;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=81;TCR=95;TR=174;WE=123152107;WS=123152089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	123152241	rs2297456	A	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=406;SC=ACCCATCACAAACCCCAGGGC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=123152249;WS=123152231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	123156742	rs10984902	G	A	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=27;PP=1419;SC=GGGAGCCCTCGGAGGCAGGAA;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=80;WE=123156750;WS=123156732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	123156761	rs4410972	G	C	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=39;PP=1882;SC=AAGTGGTCAGGCATAGCGGCC;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=69;TCR=39;TR=108;WE=123156780;WS=123156751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	123170733	rs4837768	C	G	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=49;PP=2000;SC=CTCAACTTCACCTCCTCCTGC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=107;WE=123170741;WS=123170723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	123171755	rs2297454	T	C	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=229;SC=GCAGATAAATTTGTCAACATC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=123171763;WS=123171745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	123223026	.	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr9	123280236	rs149890580	T	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	123280950	rs2095064	T	C	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=66;PP=1727;SC=AGAAGCAAGATGAGCTAATTT;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=107;WE=123280958;WS=123280940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	123291036	rs4836822	C	G	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=40;PP=1817;SC=ATCCTCTCTTCAAAGCTGTTT;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=100;WE=123291044;WS=123291026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	123313246	rs954214	T	C	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=43;PP=1310;SC=AGATAGTACATACATTAGTCG;SOR=4.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=48;WE=123313254;WS=123313236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	123330813	rs4837782	T	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=60;PP=1811;SC=GATTTACTGATTTTGCTCCAG;SOR=2.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=77;WE=123330821;WS=123330803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	123342259	rs932975	C	A	8868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=208;PP=2965;SC=TCCATCATGGCTACAGAGGTG;SOR=1.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=100;TCR=208;TR=308;WE=123342267;WS=123342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr9	123342275	rs932974	A	G	7170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=170;PP=2965;SC=AGGTGGCGACAGCGTTGGTGT;SOR=1.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=72;TCR=170;TR=242;WE=123342283;WS=123342265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr9	123370345	rs991121	C	G	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=58;PP=1713;SC=ATTAAAAATGCAAAACAACTA;SOR=4.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=65;WE=123370353;WS=123370335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	123374639	rs2416760	T	C	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=29;PP=2115;SC=GATTTTTTTTTCCCTCTAAAA;SOR=1.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=106;WE=123374647;WS=123374629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	123476542	rs369989873	ACGGCGG	A	10953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=67;PP=2992;SC=GGCTGAGGCGACGGCGGCGGC;SOR=1.888;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=195;TCF=104;TCR=91;TR=157;WE=123476555;WS=123476532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr9	123550027	rs7026635	G	A	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=66;PP=2965;SC=AACCCAAAAAGCAGTTTCAAC;SOR=1.621;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=141;TCR=66;TR=205;WE=123550035;WS=123550017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	123583192	rs1060817	A	G	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=49;PP=2180;SC=GCTCCAGTGGATCCCGAGATA;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=123;WE=123583200;WS=123583182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	123586581	rs35903891	CA	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.497;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr9	123586737	rs10760117	T	G	14284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=260;NR=240;PP=2965;SC=TGTCAAAGATTAAGATATCCC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=502;TCF=262;TCR=240;TR=500;WE=123586745;WS=123586727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr9	123631642	rs3753029	G	C	9493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=185;NR=171;PP=2965;SC=TCAACCACCAGGTCCGGGTGG;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=356;TCF=185;TCR=171;TR=356;WE=123631650;WS=123631632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr9	123632045	rs1056567	A	G	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=71;PP=2965;SC=TGGAGCTCAGACTCTGTGATG;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=95;TCR=71;TR=165;WE=123632053;WS=123632035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	123632829	rs4836833	G	C	7686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=130;NR=141;PP=2965;SC=GAAAGAGAGGGCCTCGAGGGT;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=130;TCR=141;TR=271;WE=123632837;WS=123632819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr9	123636121	rs10985070	C	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=420;SC=ATCATCATCACAGGTGGGCTT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=123636129;WS=123636111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	123670505	rs7866003	A	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=262;SC=TATCTAAAAAATTTTTTAACT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=123670513;WS=123670495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	123671520	rs2239657	G	A	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=31;PP=1935;SC=TGTTCCGGAAGGGCCACGGCA;SOR=1.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=98;WE=123671528;WS=123671510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	123676396	rs2416804	G	C	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=29;PP=1299;SC=TTAGTACAAAGGACATCCAGA;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=123676404;WS=123676386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	123676482	rs2416805	T	C	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=57;PP=2246;SC=CCATAGTGGATAGATCTCCTT;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=120;WE=123676490;WS=123676472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	123676699	rs758959	C	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=139;SC=ACTTTGCACACTGCTGTTCCC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=123676707;WS=123676689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	123751800	rs3764912	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=696;SC=TAAAAATATTAGTTTAGAATC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=123751808;WS=123751790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	123758425	rs10760134	T	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=478;SC=TTTTAGACAATTCACTTTCTG;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=123758433;WS=123758415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	123760086	rs34704763	AT	A	376.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9977;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.640;NF=0;NR=12;PP=128;ReadPosRankSum=1.687;SC=ATCAAAATACATTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=12;WE=123760094;WS=123760076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr9	123762321	rs10733649	G	A	117.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.67;QD=19.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	123769200	rs17611	C	T	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=47;PP=1721;SC=GAAATGCCAACGCCTTGAATT;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=114;WE=123769208;WS=123769190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	123780005	rs25681	G	A	10173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=178;PP=2965;SC=CTGTGACGATGTAATAGACCA;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=173;TCR=178;TR=351;WE=123780013;WS=123779995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr9	123787697	rs140753263	T	TACACACAC,TACACAC	558.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4,4;NR=1,1;PP=52,36;SC=AAAGAAAGTATACACACACAC;SOR=2.494;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5,5;WE=123787705;WS=123787687;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr9	123789634	rs2416811	C	T	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=75;SC=TTTGAAATTACGTAAAGCACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=123789642;WS=123789624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	123800094	rs10818499	T	A	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=4;PP=160;SC=AGGACAGGGTTATGAAATGAG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=123800102;WS=123800084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	123850770	rs10818503	G	A	10465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=160;NR=203;PP=2965;SC=GTGTGAGCAAGTTGAGATTGC;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=363;TCF=160;TCR=203;TR=363;WE=123850778;WS=123850760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr9	123857085	rs10760146	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=301;SC=ATCAAACAGACCCTGATGCAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=123857093;WS=123857078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	123860689	rs10818504	C	T	7914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AAGTTGAAACCGCTTCAAGAT;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=183;TCR=95;TR=275;WE=123860697;WS=123860679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr9	123888242	rs10760150	G	T	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=57;PP=1790;SC=CCTATTTTCCGTAGCTTCATA;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=123888250;WS=123888232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	123908345	rs7023214	G	A	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=0;PP=908;SC=AAGGAAGTAAGTGATTTCATA;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=32;WE=123908353;WS=123908335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	123917020	rs3736855	T	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=16;PP=937;SC=ATGGAAATGTTGAGAGTCTTA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=123917028;WS=123917010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	123917355	rs10818512	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=37;PP=982;SC=GTGAGAATTTATGCAAGTCAT;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=123917363;WS=123917345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	123922729	rs35562325	A	ATGT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=364;SC=AAGGAATATGATATTTTCTGC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=123922737;WS=123922719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	123923411	rs139754979	A	AGT	3293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.222;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.577;NF=34;NR=22;PP=2698;ReadPosRankSum=0.894;SC=AATGTGTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=2.076;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=56;WE=123923419;WS=123923401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr9	123924667	rs10586591	CAT	C	1826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=40;PP=1176;SC=AACTTGGTATCATAATACATT;SOR=4.125;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=40;WE=123924676;WS=123924656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	123927477	rs4836841	T	A	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=90;PP=2698;SC=ATGAGCATGGTGTTTCTTTCT;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=27;TCR=90;TR=117;WE=123927485;WS=123927467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	123928486	rs2273988	T	C	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=51;PP=1912;SC=AATATTCTAGTAGTATACTGA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=102;WE=123928494;WS=123928476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	123928569	rs1535655	G	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=38;PP=1081;SC=AGCAGATACCGTAGGGCCATT;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=123928577;WS=123928559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	123929710	rs10818513	A	G	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=43;PP=2886;SC=ATTGGCACTGACCACCTCTAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=91;TCR=43;TR=134;WE=123929718;WS=123929700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	123937601	rs3789310	T	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=39;PP=1186;SC=CTGGAGTGCATTGGTACCATC;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=123937609;WS=123937591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	123939336	rs3838267	T	TA	373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=474;SC=TCCAAAGAGGTACTCAAATAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=123939344;WS=123939326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	123943884	rs2296078	C	T	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=74;PP=2148;SC=ATTGGAGAACCACAGTTTTCT;SOR=2.058;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=29;TCR=74;TR=103;WE=123943892;WS=123943874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	123945505	rs3215744	C	CA	1691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=793;ReadPosRankSum=-0.798;SC=AAAAAAAATGCAAAAAAAAAC;SOR=1.355;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=40;WE=123945513;WS=123945482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr9	123955756	rs10818516	G	A	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	123955765	rs6478504	A	C	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	124043867	rs10985200	C	T	13379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=231;NR=247;PP=2965;SC=AGACACCTGTCGTCCTCTTAA;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=478;TCF=231;TCR=247;TR=478;WE=124043875;WS=124043857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr9	124073176	rs306785	T	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=884;SC=CCTGGTCTGATCAGGGACTTG;SOR=4.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=124073184;WS=124073166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	124088768	rs306769	T	C	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=31;PP=1379;SC=GTCCCTGACTTGCTCTCCTGT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=84;WE=124088776;WS=124088758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	124089173	rs216784	C	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=816;SC=ACACTTTGCACAGTGGACAGC;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=124089181;WS=124089163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	124091135	rs306771	G	A	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=15;PP=1517;SC=GGGTGATGGCGTCCCTTGGCA;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=70;WE=124091143;WS=124091125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	124218133	rs3747845	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=9;PP=417;SC=GAAGAAAAAACAGCAACATTA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=124218141;WS=124218123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	124222267	rs2289068	A	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=3;PP=1695;SC=CTAATATGCTAAGGCTCTTTC;SOR=5.421;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=58;TCR=3;TR=61;WE=124222275;WS=124222264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	124622502	rs4381015	C	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=1;PP=582;SC=ATGTCTAGATCTGATGGCATC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=124622510;WS=124622496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	124632735	rs4384052	C	T	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=21;PP=1515;SC=TGGACTCCACCCAGCCCAAAG;SOR=1.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=124632743;WS=124632725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	124633096	rs4370602	G	A	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=115;PP=2965;SC=GAGATTTACAGCCTCCTCGGG;SOR=1.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=57;TCR=116;TR=172;WE=124633104;WS=124633086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	124736218	rs35609526	C	T	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=16;PP=1531;SC=CAAGAACTTACCTGCTTAGGA;SOR=1.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=76;WE=124736226;WS=124736208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	124854880	rs10818624	C	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=297;SC=CCTCGCCCGCCGACCTGACCT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=124854888;WS=124854870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	124855211	rs61742319	C	T	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=35;PP=1255;SC=CCCTCCTCAGCCGCACTGGGC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=124855219;WS=124855201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	124855330	rs201653732	G	GTGGCCT	3889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.661;NF=11;NR=30;PP=2702;ReadPosRankSum=0.758;SC=CGTCTCCGCTGTGGCCTCGGC;SOR=0.249;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=41;WE=124855338;WS=124855320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr9	124972042	rs989798	C	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=50;PP=1248;SC=AGGCTGCACACAGGATCCCAC;SOR=3.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=57;WE=124972050;WS=124972032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	124976152	rs2274748	G	C	6552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=124;PP=2965;SC=TCGCCTCCTGGAGAAGGATGG;SOR=0.967;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=96;TCR=126;TR=220;WE=124976160;WS=124976142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	124976475	rs62574050	C	G	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=29;PP=1681;SC=CCGGGTCCGGCCCGAGGGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=67;WE=124976483;WS=124976465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	125133479	rs1236913	T	C	9844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=192;NR=168;PP=2965;SC=TCTCTTGCTCTGGTTCTTGCT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=363;TCF=193;TCR=170;TR=360;WE=125133487;WS=125133469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr9	125140696	rs2282169	G	C	7032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.206;SC=CTGAGTGACTGCCATTGCCCC;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=137;TCR=97;TR=232;WE=125140704;WS=125140686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr9	125143792	rs5788	C	A	11842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=206;NR=211;PP=2965;SC=AAACTTCTGGCAAGATGGGTC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=419;TCF=207;TCR=212;TR=417;WE=125143800;WS=125143782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr9	125144039	rs3215925	CA	C	5007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=83;PP=2951;SC=AGTGCTGGGCCAGGGGGTAGG;SOR=1.811;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=6;TCR=87;TR=89;WE=125144047;WS=125144029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	125144145	rs1238420	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=323;SC=GGGAGTGGGAAGCTTGTGCCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=125144153;WS=125144135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	125315376	rs11412445	C	CT	2262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.00;SOR=4.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	125315393	rs12684786	G	A	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=16;PP=2459;SC=TCCCAGCACAGTTCTGGCCAC;SOR=2.876;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=86;TCR=16;TR=100;WE=125315401;WS=125315383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	125315557	rs1831370	T	C	9706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.288;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.841;SC=ACTCTCTGAGTGGCCAGAGGA;SOR=0.435;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=352;TCF=171;TCR=181;TR=350;WE=125315565;WS=125315547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr9	125315778	rs1411271	G	C	12139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=242;PP=2965;SC=AGATCATCTCGTATTCTGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=408;TCF=166;TCR=242;TR=408;WE=125315786;WS=125315768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr9	125316033	rs1341042	T	C	14192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr9	125316042	rs1341043	T	C	14430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=136;PP=2965;SC=ATTGTGATCCTAGTGCTCTCC;SOR=0.931;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=322;TCF=185;TCR=137;TR=319;WE=125316050;WS=125316035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr9	125316179	rs1341044	T	G	8561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=138;PP=2965;SC=GCTGTGTTTGTCATCTCATCT;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=154;TCR=138;TR=292;WE=125316187;WS=125316169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr9	125316350	rs1411272	C	T	10678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=174;NR=187;PP=2965;SC=ATTATTCCCACGCTAAACCCA;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=361;TCF=174;TCR=187;TR=361;WE=125316358;WS=125316340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr9	125317424	rs10733658	G	T	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=36;PP=2223;SC=AAAAAATGTTGCAGTGATAAC;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=108;WE=125317432;WS=125317402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	125317485	rs10760239	G	T	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=71;PP=2520;SC=AAGTTCATCCGGGGCCAAATT;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=143;WE=125317493;WS=125317475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	125317661	rs1041355	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=374;SC=GAGACAACTAAGGAAACCAGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=125317669;WS=125317651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	125330125	rs10739614	C	G	9173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=154;PP=2965;SC=GCAGAGAAAACGAGTCACCAA;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=149;TCR=154;TR=303;WE=125330133;WS=125330115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr9	125330678	rs10985704	T	G	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=87;PP=2965;SC=ACAAAGAGTGTCTTTTGGTCC;SOR=1.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=53;TCR=87;TR=140;WE=125330686;WS=125330668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	125330739	rs1999182	G	A	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=65;PP=2058;SC=CACTGCTGGTGTGGTTGATTC;SOR=1.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=100;WE=125330747;WS=125330729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	125330859	rs1999183	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=245;SC=CTTCTGTTTGGTCACAATTAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=125330867;WS=125330849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	125377087	rs972925	A	G	11155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=231;NR=165;PP=2965;SC=CCAGAAGAGCAAATCCCACTC;SOR=1.020;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=398;TCF=233;TCR=165;TR=396;WE=125377095;WS=125377065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr9	125377505	rs1329957	A	G	9731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=166;PP=2965;SC=CCTTTCTCATAGGCCAACTAA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=171;TCR=167;TR=337;WE=125377513;WS=125377495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr9	125378014	rs7470572	T	G	4386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=98;PP=2965;SC=AATAATGTTGTGCCTCACAGA;SOR=1.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=53;TCR=99;TR=151;WE=125378022;WS=125378004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	125390874	rs1556189	A	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=9;PP=1004;SC=GTCTACCTTCACCCATTCAAG;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=51;WE=125390882;WS=125390864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	125391026	rs1476858	A	C	6106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=85;PP=2965;SC=GGAAGTAGACACAAATGATGG;SOR=1.100;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=124;TCR=85;TR=208;WE=125391034;WS=125391016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr9	125391369	rs1536929	A	G	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=74;PP=2932;SC=CACCCAGCTCAAGGCTAGTAA;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=90;TCR=74;TR=164;WE=125391377;WS=125391359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	125391409	rs1536928	A	G	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=82;PP=2965;SC=TTCATTACCAAAGCATAGTGC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=173;WE=125391417;WS=125391399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	125391677	rs12347681	T	C	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.159;NF=81;NR=68;PP=2558;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GCAGCACCAGTGTCACATTCC;SOR=0.260;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=149;WE=125391685;WS=125391667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr9	125391770	rs11421222	C	CA	4032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.337;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.199;NF=18;NR=58;PP=2234;ReadPosRankSum=-0.013;SC=ACCCAAGGAGCAAAAAAACCG;SOR=0.484;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=20;TCR=66;TR=76;WE=125391778;WS=125391760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr9	125391917	rs1329951	A	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=561;SC=TTACGTTACTAAAGATCGTTA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=125391925;WS=125391907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	125391940	rs7037571	C	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=378;SC=GACCTAGATTCGAACTTGACC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=125391948;WS=125391930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	125424507	rs70156	A	C	21401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=364;NR=357;PP=2965;SC=TCTGTGCCTCAAATGTCATCC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=721;TCF=364;TCR=357;TR=721;WE=125424530;WS=125424497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,750:1.00:750
chr9	125437755	.	C	T	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:395,104:0.21:499
chr9	125438390	.	GGT	G	103	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=103;QD=26.5;SC=CTGATTACAAGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=4;WE=125438399;WS=125438380;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr9	125486968	rs2215530	G	A	9090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=118;NR=180;PP=2965;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=1.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=118;TCR=180;TR=298;WE=125486976;WS=125486958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr9	125512193	rs10760252	C	A	15324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=248;NR=298;PP=2965;SC=TTCCAACCCTCAGCTGCAGAA;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=546;TCF=248;TCR=298;TR=546;WE=125512201;WS=125512183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr9	125512575	rs4838012	G	A	21008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=374;NR=416;PP=2965;SC=TTGGGTTCTTGCAGCATCTCC;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=792;TCF=374;TCR=418;TR=790;WE=125512583;WS=125512565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,776:1.00:776
chr9	125512770	rs10985760	T	C	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.05;QD=31.40;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	125512788	rs10818740	G	A	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.65;QD=44.98;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	125512795	rs10818741	G	C	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.24;QD=41.04;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	125512826	rs28670025	G	A	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=48;PP=2275;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=110;WE=125512834;WS=125512816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	125551965	rs146508500	G	A	11242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=233;NR=167;PP=2965;SC=CCTCACAGCCGTGGCCATGAT;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=400;TCF=233;TCR=167;TR=400;WE=125551973;WS=125551955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr9	125620105	rs5900549	C	CA	836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=1082;SC=CAAACCACTGCAAATATCCAA;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=27;WE=125620113;WS=125620095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	125637471	rs2596699	A	T	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=78;PP=2965;SC=TTCTCTAGGCACTTCAAGTGG;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=144;TCR=79;TR=222;WE=125637479;WS=125637461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	125637648	rs2596698	T	C	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=84;PP=2614;SC=GGGGTTACACTTATGTAAGAT;SOR=1.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=46;TCR=84;TR=130;WE=125637656;WS=125637638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	125659520	rs2793005	T	C	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=18;PP=1641;SC=ATAGTGATTATTTTTGCACCA;SOR=2.334;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=74;WE=125659528;WS=125659510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	125673051	rs1147321	T	G	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=20;PP=2032;SC=TAATACAAACTTTATATAACA;SOR=2.531;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=82;TCR=20;TR=102;WE=125673059;WS=125673041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	125747038	rs614274	G	T	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=95;PP=2958;SC=GAAGGTTATTGTTTTTAATAT;SOR=1.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=48;TCR=96;TR=143;WE=125747046;WS=125747025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	125759861	rs138316961	TTTTC	T	1152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.11;MQRankSum=0.453;QD=39.75;ReadPosRankSum=0.837;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr9	125760863	rs587364	T	C	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=66;PP=2965;SC=AGCCTCTCTCTTTCTTTGTTT;SOR=1.210;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=110;TCR=66;TR=176;WE=125760871;WS=125760853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr9	125761051	rs605546	G	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=44;PP=1238;SC=AACAGGTACTGTATTTTTCTA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=125761059;WS=125761041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	125777961	.	A	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=29;PP=792;SC=TTTTCATTTTATGGGTAGAGA;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=125777969;WS=125777951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	125797918	rs71989983	CGTGTGTGTGT	C	434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;NF=0;NR=8;PP=2330;SC=ACGGGGTTCCCGTGTGTGTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=8;WE=125797935;WS=125797908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	125827752	rs3214358	CA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=1.876;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,10:0.18:57
chr9	125832879	rs803733	T	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=911;SC=GGAGGAGATATATGATGAGAA;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=125832887;WS=125832869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	125861695	rs700080	T	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=347;SC=GCTTCCACTATGGAATTTATG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=125861703;WS=125861685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	125861888	rs700081	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=29;PP=922;SC=TGGCTGTATAAACAGGTTTTG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=125861896;WS=125861878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	125884717	.	ATT	A	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=17;MQ=54.87;NF=0;NR=6;PP=31;QD=10.8333333333;SC=TTCACCCAAAATTAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=125884727;WS=125884707;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,6:0.46:13
chr9	125884719	.	TA	T	111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5001;HP=17;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=17;MQ=55.21;NF=0;NR=6;PP=111;QD=19.0;SC=CACCCAAAATTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=125884727;WS=125884707;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr9	125898643	rs72753292	T	C	6518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=104;PP=2965;SC=AAGGCTGGCTTGTGTCTGGGT;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=132;TCR=105;TR=236;WE=125898651;WS=125898633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr9	125920376	rs803736	G	A	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=109;PP=2965;SC=TGTAAATCTGGCCAAAGGCTG;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=195;WE=125920384;WS=125920366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr9	125920650	.	C	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,106:0.26:404
chr9	125922854	rs11437080	C	CA	677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=699;SC=ATCAGGCAAACAAAAAAATCA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=24;WE=125922862;WS=125922844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	125932152	.	CAT	C	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=382;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CAAATATATACATATATATAT;SOR=1.609;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=13;WE=125932163;WS=125932142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr9	126028395	rs7863265	C	G	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=23;PP=2652;SC=CTGGTCTCTTCCAGTTTCACA;SOR=2.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=91;TCR=23;TR=112;WE=126028403;WS=126028385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	126118517	rs72433015	AGCAGAGC	A	4688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=26;PP=2976;SC=ACAGCAGCCGAGCAGAGCGCA;SOR=1.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=48;WE=126118531;WS=126118507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	126125318	rs2808415	C	A	7535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=141;NR=124;PP=2965;SC=CCAGATCCCACCGGCTTCCGC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=141;TCR=124;TR=265;WE=126125326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr9	126128211	rs1105223	T	C	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=49;PP=2110;SC=ACCTGCGAGATGGAGGTGGAC;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=81;TCR=49;TR=130;WE=126128219;WS=126128201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	126128253	rs1105222	G	C	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=81;NR=56;PP=2414;SC=CTGCACGGGGGCTCGTGCCTG;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=137;WE=126128261;WS=126128243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	126128679	rs11790447	G	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=24;PP=784;SC=CTGGCGGGGGGAGGGGTAGGT;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=126128687;WS=126128669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	126129351	rs10760281	G	A	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=42;PP=2457;SC=GGCTTATTCCGAGCTGCGGTC;SOR=1.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=88;TCR=42;TR=130;WE=126129359;WS=126129341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	126129904	rs10818812	C	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=17;PP=1157;SC=CATGCCTCAACGGAGGCCACT;SOR=1.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=68;WE=126129912;WS=126129894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	126131110	rs2488603	T	C	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=14;PP=950;SC=GAGCTCTGCCTCCTCCCCACT;SOR=1.480;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=48;WE=126131118;WS=126131100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	126131161	rs10760282	G	A	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=29;PP=1264;SC=CAACCTGTCTGGAGGGCATGG;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=126131169;WS=126131151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	126133547	rs2488602	T	C	6830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=148;PP=2965;SC=CGGGCTGAGGTGCCGGGCAGT;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=101;TCR=149;TR=249;WE=126133555;WS=126133537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr9	126134542	rs61740213	G	A	8694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=172;PP=2965;SC=CGGGGCCTACGTGTGCCCAGC;SOR=1.168;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=124;TCR=172;TR=296;WE=126134550;WS=126134532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr9	126135715	rs2488601	A	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=14;PP=1088;SC=CCCGGCGGCCACCACCTCGCG;SOR=1.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=126135723;WS=126135705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	126139065	rs10760283	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=329;SC=TGAGGGCCCCGGCGTCCTCCC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=126139073;WS=126139062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	126144746	rs2491348	T	C	3830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=53;PP=2458;SC=CCAGGGAGTTTCCGAGCAGGG;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=123;WE=126144766;WS=126144736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	126144758	rs2808409	T	C	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=53;PP=2277;SC=CGAGCAGGGCTGAGGGCTTCT;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=129;WE=126144766;WS=126144736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	126145907	rs2797946	C	A	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=39;PP=2389;SC=GGCCCCCGGCCGATACCCTCC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=117;WE=126145915;WS=126145897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	126146197	rs2808411	C	G	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=145;PP=2965;SC=TGCGGCCTGTCGGGGACAGAG;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=102;TCR=146;TR=247;WE=126146205;WS=126146187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr9	126202551	rs10739633	A	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.673;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=598;ReadPosRankSum=-1.682;SC=AACTGAAATGAAAAACCGTCT;SOR=1.322;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=40;WE=126202559;WS=126202541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr9	126392678	.	C	T	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=47;PP=2385;SC=GCAGATGCGGCGGCAGCACGG;SOR=1.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=146;WE=126392694;WS=126392668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	126770250	rs10818907	C	G	6588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=105;PP=2965;SC=CCAAATCCGGCGTTTTCTCTG;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=115;TCR=105;TR=220;WE=126770258;WS=126770240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	126783433	rs1042486	G	C	15566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=322;NR=204;PP=2965;SC=AGCCATACCCGAGCAGCCAGA;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=526;TCF=322;TCR=204;TR=526;WE=126783441;WS=126783423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr9	126794648	rs28649641	G	A	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=11;PP=1457;SC=CAGTCGGGGGGATGCTCTGCC;SOR=3.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=64;WE=126794656;WS=126794638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	127101924	rs10760354	C	T	13715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=244;NR=249;PP=2965;SC=CATCTGGTCCCTGGGCTGTCT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=493;TCF=244;TCR=249;TR=493;WE=127101932;WS=127101914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr9	127177736	rs2236386	G	C	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=81;PP=2265;ReadPosRankSum=1.233;SC=GGTCGGAGGCGGGTGCAAACA;SOR=1.102;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=138;WE=127177744;WS=127177726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr9	127215167	rs59108500	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=509;SC=GACTCTTGGGCAGGGGAACTC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=127215175;WS=127215157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	127215344	rs7861556	A	G	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=70;PP=2834;SC=CTGGTGTTCGACGAGAGGACG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=159;WE=127215352;WS=127215334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	127215772	rs72616654	C	G	7788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	127215778	rs67997410	C	T	7926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr9	127216378	rs118108631	T	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=37;PP=1395;SC=ACCGGACAGGTGCGCCCTGGC;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=89;WE=127216386;WS=127216368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	127220952	rs12347840	T	C	10029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GGGACGTCACTGGAGAGGTCA;SOR=0.326;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=351;TCF=199;TCR=152;TR=350;WE=127220960;WS=127220942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,368:1.00:369
chr9	127228596	rs4838184	A	G	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=47;PP=2414;SC=GGGCCACCACAGGCTGCTCCG;SOR=1.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=95;TCR=47;TR=141;WE=127228604;WS=127228586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	127228824	rs4838185	T	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=750;SC=CAGGGCTGCATGCAGTAGTTC;SOR=2.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=127228832;WS=127228814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	127230891	rs10760365	G	A	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=64;PP=1932;SC=GTGGAGGAAGGTGGTAGCTGT;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=121;WE=127230899;WS=127230881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	127231774	rs1570580	C	G	8907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=157;NR=159;PP=2965;SC=CCGCCGTGCCCGCATGTTGAG;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=157;TCR=160;TR=316;WE=127231782;WS=127231764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr9	127244955	rs915034	G	A	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=25;SC=TGAACCATGCGGAGCCAGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=127244963;WS=127244945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	127255448	rs2297605	G	A	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=105;PP=2965;SC=AGAGGCACGCGGGGGGCCGGG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=114;TCR=105;TR=218;WE=127255456;WS=127255438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	127302345	.	T	A	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=53;PP=2965;SC=TGAGGGCTGGTTGCTCTCCGA;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=127;TCR=53;TR=180;WE=127302353;WS=127302335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	127495508	rs10760374	C	T	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=14;PP=1219;SC=TTATCAATGACACCTTAAGTT;SOR=1.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=59;WE=127495516;WS=127495498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	127557152	rs7856071	G	T	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=9;PP=1664;SC=CCACCCGCCTGGGCCTCCCAA;SOR=3.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=62;TCR=9;TR=71;WE=127557160;WS=127557142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	127561559	rs2281923	C	T	5768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=76;PP=2965;SC=CTGCCCCCTCCGCAGAGCATC;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=119;TCR=76;TR=195;WE=127561567;WS=127561549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	127563364	rs913231	G	A	6347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=121;PP=2965;SC=GTGAGCAGGTGGAGGAGGCTG;SOR=1.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=94;TCR=121;TR=215;WE=127563372;WS=127563354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr9	127566378	rs7874348	A	G	6719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=119;PP=2965;SC=TGCAGACAACACCCTCCAGGG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=127;TCR=119;TR=246;WE=127566386;WS=127566368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr9	127572710	rs7020260	C	G	5251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=127;PP=2965;SC=CTGTGCTCCCCGGAGAGGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=43;TCR=128;TR=170;WE=127572718;WS=127572700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	127618776	rs2274970	A	G	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=65;PP=2847;SC=TCCACCGTACACATCTGGGAC;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=93;TCR=65;TR=158;WE=127618784;WS=127618766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	127618839	rs10760381	C	G	7093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=111;PP=2965;SC=GGACACAGTGCCAACATCAGC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=135;TCR=112;TR=246;WE=127618847;WS=127618829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr9	127619553	rs10819000	C	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=1128;SC=GAAGACTCATCTCATATTTTG;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=127619561;WS=127619543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	127619625	rs35041146	G	GC	3944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=38;PP=2285;SC=TTCCTGACATGCCCCCCTCCT;SOR=1.135;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=67;WE=127619633;WS=127619615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	127619922	rs944952	T	C	6619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=138;PP=2965;SC=CCAACCACCTTAGATGGTGCC;SOR=1.508;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=75;TCR=139;TR=213;WE=127619930;WS=127619912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	127620480	rs10593927	CAT	C	1344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.34;NF=8;NR=15;PP=1082;SC=GCAGGCCACACATGTCACTAA;SOR=0.756;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=23;WE=127620489;WS=127620470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	127637215	rs581558	T	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=852;SC=GGCGGTGCCTTCGCAGCTCTG;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=127637223;WS=127637205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	127644882	rs596231	G	A	11710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=200;NR=228;PP=2965;SC=AAAGCCAATCGTTAGATGCAT;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=429;TCF=201;TCR=228;TR=428;WE=127644890;WS=127644872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr9	127661521	rs750884	T	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.71;SOR=3.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	127661526	rs750883	A	C	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.30;SOR=2.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	127674200	rs583134	A	C	9748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=142;PP=2965;SC=AGTTCTTGCAAGTGTTCTTCT;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=198;TCR=142;TR=340;WE=127674208;WS=127674190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr9	127733926	rs2289631	C	T	6299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=89;PP=2965;SC=TTCTGTTAAACGTGCAGTTAG;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=123;TCR=89;TR=212;WE=127733934;WS=127733916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr9	127757310	rs6478690	C	T	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=136;PP=2965;SC=AAAACAACAACGAAGAACTGT;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=70;TCR=136;TR=206;WE=127757318;WS=127757300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr9	127911821	.	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.872;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr9	127975583	rs359588	T	C	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=18;PP=1276;SC=ATGACCCTCCTCAAGTGTGCC;SOR=1.644;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=64;WE=127975591;WS=127975573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	127982775	rs35811664	CT	C	14679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=147;PP=2966;SC=TCAGAAGCCCCTCTACCTGGA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=261;TCF=112;TCR=149;TR=255;WE=127982783;WS=127982765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr9	128070227	rs1333055	G	C	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=49;PP=1451;SC=TGTTATTGCTGAGTGTTTTGG;SOR=5.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=51;WE=128070235;WS=128070217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr9	128121592	rs2270746	A	G	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=5;PP=1410;SC=GCTGTAATCCATATCTAGTCA;SOR=4.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=63;TCR=5;TR=67;WE=128121600;WS=128121582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	128124798	rs13291306	A	T	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=6;PP=1338;SC=TGTCTTTCATAGAAGAACATT;SOR=3.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=56;WE=128124806;WS=128124788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	128201098	rs7864593	A	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=8;PP=788;SC=CACCGGGTGGACTCTAGGGCA;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=128201106;WS=128201088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	128206717	rs907501	C	G	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=54;PP=2965;SC=GGCCATGCCGCAAACAGCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=110;TCR=54;TR=164;WE=128206725;WS=128206707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	128327891	rs545320	A	C	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=114;NR=91;PP=2965;SC=AGAAGCTGATATCTCTGAAAT;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=205;WE=128327899;WS=128327881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr9	129089099	.	TCCG	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr9	129097817	rs1230752	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=27;PP=755;SC=CCTTGCTTGCGATTTGCCAGC;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=129097825;WS=129097807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	129143242	rs917778	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=554;SC=GGAGATCCCAAGCTGGTGTTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=21;WE=129143250;WS=129143232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	129143315	rs917777	A	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=27;PP=1917;SC=CCTTACCTGCAATCCTTTTCT;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=106;WE=129143323;WS=129143305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	129158002	rs722538	G	A	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=56;PP=1611;SC=GGTGTCTTGCGTTGTCCTGTG;SOR=2.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=129158010;WS=129157992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	129246177	rs2286886	T	C	9740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=201;NR=153;PP=2965;SC=GGTGTTACCATTGTCATGCAT;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=356;TCF=202;TCR=154;TR=354;WE=129246185;WS=129246167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr9	129265271	rs28562924	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=2;PP=805;SC=CACACACGCCACATGCACAGT;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=129265279;WS=129265264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	129265334	rs28641758	C	T	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=14;PP=2965;SC=CCAGCTGCGCCATGTCAAGAT;SOR=4.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=119;TCR=14;TR=133;WE=129265342;WS=129265324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	129265397	rs45520335	G	A	11574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=235;NR=174;PP=2965;SC=GGCTGTGGAGGGGTTTCCCTA;SOR=1.029;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=412;TCF=237;TCR=175;TR=409;WE=129265419;WS=129265387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr9	129377855	rs1336980	G	C	11722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=241;PP=2965;ReadPosRankSum=1.442;SC=AACAGTAAGCGCTTCTCGTCC;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=422;TCF=181;TCR=241;TR=421;WE=129377863;WS=129377845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,432:1.00:433
chr9	129453009	rs144076261	C	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=410;SC=CTCCCTCCCACCTGGGCCTGA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=129453017;WS=129452999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	129595895	rs3118994	T	C	8424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=135;PP=2965;SC=TCTCAGCCACTGACAAGCTGT;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=157;TCR=135;TR=292;WE=129595903;WS=129595885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr9	129831659	rs1281158	T	A	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=98;PP=2965;SC=TTGGCTTATTTTTTTTTAAGA;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=77;TCR=98;TR=175;WE=129831667;WS=129831649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr9	129928600	rs946430	A	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=8;PP=256;SC=ATTTTAATATATCGAGCATCA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=129928608;WS=129928590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	130075672	rs2779714	C	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=3;PP=1270;SC=CCATCTGTGGCTGGCAGGATC;SOR=5.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=49;WE=130075680;WS=130075662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	130116826	rs4837144	G	A	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=209;SC=CACAAAAATAGCATCACTGTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=130116834;WS=130116816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	130164818	rs3802367	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=376;SC=GCCAGCCTCCTCCACCCACCC;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=130164826;WS=130164808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	130164993	rs1138739	C	T	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=20;PP=686;SC=TGTGGGGCTCCGAGCAGGGCT;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=130165001;WS=130164983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	130165995	rs1138740	C	T	7237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=152;NR=96;PP=2965;SC=TCATCATCGGCGTCTCCCTGA;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=152;TCR=96;TR=248;WE=130166003;WS=130165985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr9	130166382	rs10819287	CG	GT	6785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=60;PP=2947;SC=CCCCGCCATGCGGGGGAGGGC;SOR=0.733;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=134;WE=130166391;WS=130166372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	130191186	rs13292096	C	T	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=29;PP=968;SC=GGTCTCCTCACAGCTGGGCCC;SOR=0.917;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=130191194;WS=130191176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	130197414	rs4504745	A	G	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=1.096;SC=TGCACAGGAAAGGTGGAGGTG;SOR=0.261;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=96;TCR=101;TR=196;WE=130197422;WS=130197404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr9	130198100	rs7853047	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=5;PP=484;SC=TGAACAGTCCAACTGGCCTAC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=130198108;WS=130198090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	130198342	rs4500179	G	A	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	130206669	rs2298182	C	T	7190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=107;PP=2965;SC=GGAAGGCCTTCAGCCAGAGCT;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=135;TCR=107;TR=242;WE=130206677;WS=130206659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr9	130210111	rs1139400	T	C	10707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=190;NR=200;PP=2965;SC=ATACACTGGGTGGCCCCCCTT;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=392;TCF=191;TCR=201;TR=390;WE=130210119;WS=130210101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr9	130210946	rs2247573	A	G	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=24;PP=611;SC=CAAATCTGACATGGCAGAAAC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=130210954;WS=130210936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	130212876	rs2247322	T	A	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=35;PP=1612;SC=ACCTAGTACTTGTTCAGTGGC;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=97;WE=130212884;WS=130212866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	130213422	rs4837153	T	C	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=21;PP=1372;SC=AGGCTGAGGCTTGGCCGGGGC;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=130213430;WS=130213412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	130213508	rs2244624	A	G	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	130219669	rs2243906	C	T	7587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=132;NR=152;PP=2965;SC=TGGCAACCATCAAGGTACTGG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=132;TCR=152;TR=284;WE=130219677;WS=130219659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr9	130219743	rs2243903	T	C	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=62;PP=1891;SC=CGCCTGCTCCTTTTGGGCTGC;SOR=3.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=75;WE=130219751;WS=130219733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	130221388	rs2243767	T	C	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=110;PP=2965;SC=TCGGATGGCCTTAGTGAGACC;SOR=1.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=49;TCR=111;TR=159;WE=130221396;WS=130221378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	130241374	rs56957982	G	GCA	2654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=1644;SC=CCTCTTACACGCAGTCTGCTG;SOR=2.041;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=36;WE=130241382;WS=130241364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	130241822	rs1539569	T	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=663;SC=CCTGGCTGCATCCCCCAGCCA;SOR=3.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=130241830;WS=130241812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	130242166	rs1539567	A	G	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=85;PP=2965;SC=GCGCCACCTCAACGCAGAGCG;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=127;TCR=85;TR=212;WE=130242174;WS=130242156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr9	130243620	rs10819297	C	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=15;PP=352;SC=CAACCCCCGCCGCCCAGGTCC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=130243628;WS=130243610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	130251615	rs10987668	C	A	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=28;PP=1293;SC=TCAGAAAAAACCCATCCATTA;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=80;WE=130251623;WS=130251605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	130251835	rs68012879	CAG	C	2762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=31;PP=1606;SC=CCTGCTCTCTCAGAGACTTGC;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=34;WE=130251844;WS=130251825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	130253286	rs5900748	G	GA	589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=483;SC=GCACGTCCATGCCCCAGGAAC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=130253294;WS=130253280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	130259618	rs2248822	A	C	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=70;PP=2784;SC=AGCCAGGTACAAGCACAGCTC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=147;WE=130259626;WS=130259608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	130259656	rs3802358	G	A	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=68;PP=2335;SC=GGCTCCAGCCGTATGTGTGGG;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=138;WE=130259664;WS=130259646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	130265014	rs10987671	C	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=12;PP=768;SC=TCCTGGAACCCGGTAGGGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=40;WE=130265022;WS=130265004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	130269786	rs2245051	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=26;PP=981;SC=CTGCTCAAAGAAGACCCGTCT;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=130269794;WS=130269776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	130270683	rs2277194	G	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	130270686	rs3824524	C	T	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	130272417	rs11788951	G	A	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.97;NF=129;NR=87;PP=2965;SC=GGGCGGTGCCGGCCTCACCTC;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=130;TCR=87;TR=216;WE=130272425;WS=130272407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr9	130286150	rs2251409	A	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=54;PP=1744;SC=CCTGATGAGCAGCTGCCCTCT;SOR=2.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=74;WE=130286158;WS=130286140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	130289615	rs2243558	C	G	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	130331257	rs151147273	CCCGCTCCCG	C	584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=8;PP=1554;SC=CCCTGCTTCCCCCGCTCCCGC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=130331273;WS=130331247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	130341095	rs4240419	C	T	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=9;PP=581;SC=ATGATCATTCCGCTGCACTCC;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=130341103;WS=130341085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	130341253	rs4240420	A	G	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=71;PP=2191;SC=AGGGACCGGAACTGGCCCAGT;SOR=1.144;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=53;TCR=71;TR=124;WE=130341261;WS=130341243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	130425331	.	T	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.111;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr9	130438230	.	GT	TC	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=32;PP=2517;SC=TGGTAGGGCTGTGGGACCTAG;SOR=0.717;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=70;WE=130438239;WS=130438220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	130489169	rs148412578	G	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=25;PP=1791;SC=AAATCTGGCTGTGCAGGGTCA;SOR=1.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=86;WE=130489177;WS=130489148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	130494957	rs538066	T	C	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.616;SC=TTGATCTGCTTGCCACCCGTG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=125;TCR=99;TR=223;WE=130494965;WS=130494947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr9	130524817	rs3962613	C	T	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=98;PP=2945;SC=GCCAAAAACCCTGTGGTCCTT;SOR=2.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=35;TCR=99;TR=133;WE=130524825;WS=130524797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	130536717	rs10760500	G	A	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=92;PP=2965;SC=AGGTTGGAGAGACTCCCAAAG;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=73;TCR=92;TR=165;WE=130536725;WS=130536707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	130548589	rs11403971	G	GC	1466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=38;PP=946;SC=GGATGCCCGGGCCCCCCCCGA;SOR=3.171;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=40;WE=130548597;WS=130548579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	130550044	rs3217740	C	T	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=47;PP=1336;SC=GGTGCTTCCTCGGGGCCTGCC;SOR=2.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=59;WE=130550052;WS=130550034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	130565267	rs10760502	A	G	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=93;SC=TGCGCGCGGCATAACGACCCA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=130565275;WS=130565257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	130572123	rs7027767	A	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=4;PP=80;SC=GGTGAGGGGCAGGGCTGGGGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=130572131;WS=130572113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	130578404	rs10760503	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=492;SC=GTGCTGGCCCATGTGGGCTTT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=130578412;WS=130578394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	130579599	rs1330684	C	T	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=49;PP=1306;SC=CCATCTCCACCGCTTCGTAGC;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=130579607;WS=130579589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	130605348	rs7847860	C	A	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=12;PP=919;SC=TGAGCCCCCACCCGACCCTGC;SOR=2.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=130605356;WS=130605338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	130630233	rs4226	G	T	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=11;PP=581;SC=GGAGGACCTCGAATCAGGACG;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=130630241;WS=130630223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	130630639	rs913986	A	G	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=26;PP=1287;SC=AGGCGATGACAGGTTCTGTGG;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=77;WE=130630647;WS=130630629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	130634944	rs743537	T	C	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=12;PP=1148;SC=ATCCCCTGCCTCTCACCCCAC;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=130634952;WS=130634934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	130635540	rs2767398	A	G	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=36;PP=2298;SC=GTCAGGGAAGAGAGGGTGCTC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=100;WE=130635548;WS=130635521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	130648680	rs913983	G	A	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=75;PP=2965;SC=CTGATTAACCGCATAGACTCC;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=123;TCR=76;TR=198;WE=130648688;WS=130648670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	130649111	rs4837202	G	A	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=822;SC=GGTGAGCGCTGGCAGGGTCCT;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=130649119;WS=130649101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	130657020	rs5900777	GC	G	2181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=54;PP=2101;SC=CAGGCTCAGCGCCCCCACCTC;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=58;WE=130657028;WS=130657010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	130670652	rs1043012	A	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=541;SC=CGGCATGGCGACTGGCAGGAC;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=130670660;WS=130670642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	130670903	rs10760511	C	A	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=54;PP=1535;SC=AGAACCCACTCGCCTCCGGCC;SOR=1.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=74;WE=130670911;WS=130670893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	130672106	rs7026378	A	G	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=9;PP=1208;SC=TATCTGTGCTATGGTCACCCA;SOR=2.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=130672114;WS=130672096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	130672221	rs10739700	C	T	8264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=165;NR=131;PP=2965;SC=CCGGCCTGGCCGGTCTGACCT;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=165;TCR=131;TR=296;WE=130672229;WS=130672211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr9	130687245	rs143994650	GCA	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,6:0.11:54
chr9	130690412	rs10760515	G	C	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=46;PP=1406;SC=CGGGGCCCAGGGCAGCCTGAT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=88;WE=130690420;WS=130690402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	130698029	rs7997	G	C	5118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=68;PP=2965;SC=CACTCTCTTGGTCTTCAGCAT;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=103;TCR=68;TR=171;WE=130698051;WS=130698019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	130698043	rs6781	A	G	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=77;PP=2965;SC=TCAGCATCACATAGGAGATGA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=104;TCR=77;TR=181;WE=130698051;WS=130698019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr9	130699917	rs2274424	G	A	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=41;PP=2327;SC=AGATGGTAGAGGGCTGACTAG;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=130699925;WS=130699907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	130700251	rs6478802	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=663;SC=CGCCTCCTCTTCTTTGCATAT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=130700259;WS=130700241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	130707081	rs2274426	A	G	5670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=1.911;SC=CATCTGTGAAATCCTGGCTCT;SOR=0.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=112;TCR=81;TR=192;WE=130707089;WS=130707071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr9	130710726	rs4837212	A	G	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=97;PP=2892;SC=CTATGCCCTGACCACCCACAG;SOR=1.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=51;TCR=98;TR=148;WE=130710734;WS=130710716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	130710791	rs4837213	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=695;SC=CAGAAGGGCTTGGATTCCAAT;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=130710799;WS=130710781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	130715922	rs2417062	A	G	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=93;PP=2965;SC=AGTTGACTGCAGAATCCCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=78;TCR=94;TR=171;WE=130715930;WS=130715912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	130829039	rs1539350	A	G	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=76;PP=2940;SC=GGCCACCGCCACCACTGCCAC;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=160;WE=130829047;WS=130829029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	130854127	rs10739712	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=334;SC=AGTCGCCATCAGAGGCGTTTG;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=130854135;WS=130854117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	130860866	rs947624	T	C	4805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=58;PP=2827;SC=TGTGCCTGTATGTGCCGGTCA;SOR=1.211;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=106;TCR=59;TR=164;WE=130860874;WS=130860856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	130861039	rs947623	A	G	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=78;PP=2243;ReadPosRankSum=1.038;SC=GGAGAGGCGCATTCAACCGGT;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=120;WE=130861047;WS=130861029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr9	130864676	rs7859709	T	C	8052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=155;NR=125;PP=2965;SC=CGATGACCATTGACTGGAACG;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=156;TCR=126;TR=280;WE=130864684;WS=130864666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr9	130868312	rs7864867	G	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=19;PP=941;SC=GGCTCACCACGAGTTCCTTAC;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=130868320;WS=130868302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	130868831	rs1418420	T	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=352;SC=TTTAGAAACCTCCTCCCAGCA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=130868839;WS=130868821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	130869499	rs4837239	A	T	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=103;PP=2965;SC=GGTCGGGGGGAGCGGACAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=113;TCR=103;TR=215;WE=130869507;WS=130869489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr9	130883511	rs2040004	C	T	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=109;NR=65;PP=2965;SC=GGTCATCGAACGCATCCAGCC;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=109;TCR=65;TR=174;WE=130883519;WS=130883501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	130886906	rs4837241	A	G	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=33;PP=921;SC=TTAACAAGACACTCTGGGCAT;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=130886914;WS=130886896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	130889571	rs4837242	A	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=397;SC=TTTTACACAAAAGAATACAGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=130889579;WS=130889561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	130889600	rs4837243	C	T	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=11;PP=768;SC=AGACTTCAGACCAAGTCACTC;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=130889608;WS=130889590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	130889705	rs4837244	G	A	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=67;PP=2639;SC=TCCCCGGCCGGGCCAGGCCTT;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=148;WE=130889713;WS=130889695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	130890449	rs11283643	A	AGGTGCGCGGC	9802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=39;PP=2828;SC=ACCCGGCACCAGGTGTTGCGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=92;WE=130890460;WS=130890439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	130914170	rs11794980	C	G	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=24;PP=1515;SC=GACCCCTCACCGTCCACGCCT;SOR=1.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=75;WE=130914178;WS=130914160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	130914434	rs2232629	A	G	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=43;PP=1711;SC=GGTGTCTGCCAGCCACTCACT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=130914442;WS=130914424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	130922952	rs1539351	G	C	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=40;PP=1364;SC=CCCCGTGAGAGCTGCAGGTCA;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=130922960;WS=130922942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	130932396	rs144699223	AAC	A	6890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=62;PP=2967;SC=CCTGAATGACAACAGTCAAAG;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=90;WE=130932405;WS=130932386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr9	130940121	rs4075428	G	A	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=41;PP=1197;SC=ATCTGCCAACGTTGTCTCATC;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=130940129;WS=130940111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	130940822	rs3892074	C	T	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=55;PP=1845;SC=CAAGAGCTGCCTTCTCCGTCC;SOR=2.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=70;WE=130940830;WS=130940812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	130942972	rs45585631	T	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=14;PP=798;SC=CATGTCCCTCTGAAGGGCCAG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=130942980;WS=130942962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	130981064	rs3003602	C	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=562;SC=TGGCCACGCACCTCTGCGTGC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=130981072;WS=130981054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	130982416	rs3003606	C	T	8360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.399;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.821;SC=CCACCCTTCCCCTCCTCTTGA;SOR=0.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=156;TCR=126;TR=281;WE=130982424;WS=130982406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,303:1.00:304
chr9	130984430	rs3003608	C	A	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=40;PP=1648;SC=CCCTTCCTGGCCCTGTGACCA;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=104;WE=130984438;WS=130984420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	130984755	rs3003609	C	T	10480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=199;NR=170;PP=2965;SC=TCCAGCAGTTCGCCGTAGACT;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=199;TCR=171;TR=369;WE=130984772;WS=130984745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr9	130988616	rs3003612	C	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=22;PP=531;SC=CACTCATGACCCCTCCAGGCC;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=130988624;WS=130988606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	130994179	rs3003578	C	T	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=3;PP=325;SC=GCTCCAGGGGCTGTGTCCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=130994187;WS=130994169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	131015279	rs2267958	G	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=14;PP=651;SC=CTCACAGCATGTGTGTGCACG;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=131015287;WS=131015269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	131085373	rs3003601	G	C	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=65;PP=1662;SC=CTGCAGAAAGGGCTGTTGGCC;SOR=1.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=110;WE=131085381;WS=131085363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	131190737	rs148431165	G	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=31;PP=886;SC=ACCTGCTGCCGGGGCTCCCTG;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=131190745;WS=131190727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	131218213	rs10819384	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=235;SC=GGCGAGACCCGGCCAGGCCCG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=131218221;WS=131218203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	131222541	rs6478832	A	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=38;PP=1163;SC=CAGCCCTAAGAACCCTGGGGC;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=131222549;WS=131222531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	131235321	rs4512487	A	G	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=49;PP=1385;SC=AGCTGAAAACAGTAGGTGGCA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=131235329;WS=131235311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	131250084	rs372216616	AC	A	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.37;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,44:0.92:48
chr9	131250086	rs148902913	AC	A	1155.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.11;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,46:0.92:50
chr9	131255236	rs62584804	C	T	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=98;PP=2769;SC=TCCACTCTACCCTGTGCCTCT;SOR=2.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=28;TCR=100;TR=126;WE=131255244;WS=131255226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	131287352	rs10988014	C	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=4;PP=687;SC=AGTATCAATTCGTTGAATGTG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=131287360;WS=131287342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	131300143	rs7048583	G	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=6;PP=828;SC=CTGCCCTGTGGCAGGTGCTAG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=131300151;WS=131300133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	131331320	rs2152833	C	T	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=7;PP=159;SC=AGAAGTTACCCGAATCCTGCC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=131331328;WS=131331310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	131337389	rs2297768	C	T	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=9;PP=777;SC=AACATGGCTCCGTCCCTAATG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=131337397;WS=131337379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	131337661	rs2297769	A	C	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=1010;SC=TCACAACATTATTATGTTAAC;SOR=4.294;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=131337669;WS=131337651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	131340306	rs4837280	A	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=10;PP=1248;SC=ATTTGAGAACATAGAATTCAG;SOR=2.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=63;WE=131340314;WS=131340296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	131340639	rs1890103	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=37;PP=1174;SC=TCACAGGTGTTTCTCATCATG;SOR=3.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=44;WE=131340647;WS=131340629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	131341997	rs144787939	T	G	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=69;PP=2333;SC=TCACTATGCCTCAGATGAAGT;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=124;WE=131342005;WS=131341987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	131344607	rs5900808	GA	G	195.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=167;SC=AAAGTTATGAGAAAAAATGTC;SOR=1.863;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=131344615;WS=131344601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	131346218	rs10760566	A	C	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=1.905;SC=AGAAACATGCACTGCTAGAGG;SOR=0.397;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=78;TCR=103;TR=180;WE=131346226;WS=131346208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr9	131346479	rs4240431	A	G	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=55;PP=2965;SC=TCAGGAATGGAAAAAAGACCT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=110;TCR=55;TR=164;WE=131346487;WS=131346469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	131347165	rs4836615	G	A	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=3.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	131347169	rs4837284	C	T	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.61;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	131350112	rs4837286	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=10;PP=247;SC=CAGAGTTTAAAATAAGATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=131350120;WS=131350102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	131360750	rs2227864	C	T	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=24;PP=1135;SC=CTGAAGGTCTCATGGCAGAGG;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=131360758;WS=131360740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	131374165	rs7024498	C	G	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=71;PP=2125;SC=AGGAAGATGACCACCGTCACT;SOR=3.391;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=12;TCR=71;TR=83;WE=131374173;WS=131374155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	131375701	rs1415568	A	G	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=48;PP=1557;SC=GCAAAGACCTAGCTTCTGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=87;WE=131375709;WS=131375691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	131379967	rs2227862	C	T	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=62;PP=2151;SC=GGGACCTAACCGGCGTGCAGA;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=125;WE=131379975;WS=131379957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	131380149	rs3750332	C	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=15;PP=774;SC=GTTCATGACCCCTCAGTCCAA;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=131380157;WS=131380139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	131380994	rs4837290	T	C	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=207;SC=GATCTCCTGATCTCGTGATCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=131381002;WS=131380986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	131388643	rs3737308	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=4;PP=998;SC=CTGGCGACTCCGCCAACTCAG;SOR=3.664;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=39;WE=131388651;WS=131388633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	131389060	rs10694437	C	CAA	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=1049;SC=CACGACAAGACGAGCAGGATG;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=131389068;WS=131389050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	131392553	rs7866175	G	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=38;PP=1298;SC=CTGAGCTCTCGGCCAGCTGGG;SOR=0.961;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=75;WE=131392561;WS=131392543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	131397479	rs4837291	G	A	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=67;PP=2694;SC=CCTTCCCGTCGGTGGCCACAC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=85;TCR=67;TR=152;WE=131397487;WS=131397469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	131398343	rs947182	T	A	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=3;PP=185;SC=CACAGCCCCCTGTCCTGGCCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=131398351;WS=131398333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	131398636	rs10760570	C	T	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=33;PP=1469;SC=CGGCCGACGGCTGCTGGGGAC;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=79;WE=131398644;WS=131398626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	131403096	rs2298045	A	G	6892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=117;NR=133;PP=2965;SC=TGGGTATGTCATACTGGGACG;SOR=0.989;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=117;TCR=134;TR=250;WE=131403104;WS=131403086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr9	131418828	rs4837292	A	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=17;PP=1080;SC=ACCGTCTCCCAGCGGATGCCC;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=131418836;WS=131418818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	131452121	.	C	CG	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=724;SC=GCCTGGGTGGCCCGCGCCGCG;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=131452129;WS=131452111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	131452126	.	GCC	G	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	131452137	.	C	CG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=4;PP=678;SC=CCGCGGCGGCCGCGCTGCGAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=30;WE=131452145;WS=131452127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	131453331	rs4837293	G	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=13;PP=740;SC=TGGAACGCTTGCCTTTGTACT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=131453339;WS=131453321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr9	131455796	rs12553001	C	T	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=22;PP=1811;ReadPosRankSum=-0.658;SC=ATAATGGTAGCGTAGATAGTA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=86;WE=131455804;WS=131455786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr9	131455903	rs4836618	C	T	4966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=91;PP=2965;SC=AAAGCTCTTCCGGTATTCATT;SOR=0.932;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=76;TCR=91;TR=167;WE=131455911;WS=131455893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	131456159	rs140324291	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.665;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
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chr9	131465167	rs1572915	A	G	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=21;PP=651;SC=TGGCTGAGAGAAGGGCCCCAA;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=131465175;WS=131465157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	131468251	rs1572916	T	C	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=53;PP=1759;SC=GAGACACCATTCCAGCCTGCA;SOR=1.289;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=131468259;WS=131468241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	131475951	rs4837297	T	C	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=70;PP=1798;SC=TCTGACTTGGTGGGACCCTGG;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=115;WE=131475959;WS=131475941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	131477544	rs7854055	G	A	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=60;NR=49;PP=1845;SC=GGTATGGGACGGGATTGGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=109;WE=131477552;WS=131477534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	131479023	rs10739729	T	C	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=61;PP=2965;SC=CTCTCTCCTGTAGCCTGTACT;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=108;TCR=61;TR=168;WE=131479031;WS=131479013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	131479257	rs182635429	C	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=29;PP=817;SC=TGGTTCCCTACACCCACTCTC;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=131479265;WS=131479247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	131482467	rs3750325	T	C	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=61;PP=2277;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AGTGAGCGCCTGTCCTATTGC;SOR=0.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=144;WE=131482475;WS=131482457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr9	131483551	rs11539209	T	A	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=65;PP=2225;SC=GTGGGCCAGGTTGCGGGTCAG;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=128;WE=131483559;WS=131483541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	131483749	rs2900268	T	A	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=34;PP=1089;SC=CCGCAACCACTGACCCCAGGG;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=131483757;WS=131483739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	131502112	rs2298044	A	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=442;SC=GACCAGAAGGAAGGTGGGAGC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=131502120;WS=131502111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	131502440	rs3818931	G	C	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=67;PP=2207;SC=CACTCCCCCAGTTTCTCTTCA;SOR=1.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=107;WE=131502448;WS=131502430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	131502460	rs7027146	G	T	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=55;PP=1662;SC=AGATACCAGCGGCAGGACCCC;SOR=1.996;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=78;WE=131502468;WS=131502450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	131505092	rs10739731	A	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=48;PP=1579;SC=TCTAGGAACTATCTAGAGGTA;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=131505100;WS=131505082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	131550722	rs1891076	C	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=32;PP=933;SC=GGTTTCCCTACAGCAGCCCTG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=131550730;WS=131550712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	131553768	rs10760577	A	G	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=62;PP=2134;SC=TGCATGTGACAGAGCCAGTAC;SOR=1.158;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=131553776;WS=131553758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	131565554	rs1572912	T	C	3580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1694;ReadPosRankSum=-0.833;SC=AAGAACTCTGTGCCATCATCC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=122;WE=131565562;WS=131565544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr9	131570183	rs7862546	C	G	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=111;PP=2965;SC=GCCCATGTTCCGGAGAGAAGC;SOR=1.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=74;TCR=111;TR=185;WE=131570191;WS=131570173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	131585205	rs2997919	T	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=290;SC=GCCCGAGACCTGGCCCACTGG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=131585213;WS=131585195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	131585994	rs2997918	T	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=24;PP=1127;SC=AAGGCCCCAGTGGCTGGCAGT;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=131586002;WS=131585984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	131586374	rs7033070	G	A	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1602;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GCTGGGCAGAGGCCACATCTG;SOR=0.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=83;WE=131586382;WS=131586364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr9	131588652	rs2997914	T	C	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=54;PP=2965;SC=GGCGGGCCCATACAGCGTTAC;SOR=1.470;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=102;TCR=54;TR=156;WE=131588660;WS=131588642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	131588813	rs6478853	C	G	7444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=122;NR=137;PP=2965;SC=GGAGTGACCCCCTTACTGTGG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=122;TCR=137;TR=259;WE=131588821;WS=131588803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr9	131588888	rs6478854	G	C	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.311;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CCCAACTCCTGTGAATTCCCC;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=62;TCR=93;TR=154;WE=131588896;WS=131588878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr9	131589234	rs2977991	C	G	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=12;PP=1597;SC=GTGGACGGGGCCATGGTGAAG;SOR=3.126;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=64;WE=131589242;WS=131589224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	131592193	rs2997906	T	C	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=89;PP=2793;SC=GCTGCAGGGGTACGCGGGCTG;SOR=1.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=42;TCR=89;TR=131;WE=131592201;WS=131592183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	131689361	rs751340	G	A	7374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=134;PP=2965;SC=TCTTGTCTGCGGAAGAGTGTG;SOR=0.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=116;TCR=134;TR=250;WE=131689369;WS=131689351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr9	131699847	rs12686860	G	A	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=296;SC=TTGTTGGGCAGGGGTGGGGGT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=131699855;WS=131699837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	131700209	rs10113912	C	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=13;PP=292;SC=CATTCCTTCCCCTGATAGTGG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=131700217;WS=131700199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	131702891	rs2273866	A	G	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=57;PP=1989;SC=GTGTGTCAAGAAGGATGGTCC;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=108;WE=131702899;WS=131702881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	131718489	.	T	TGC	84.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.83;QD=28.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	131726703	rs79820863	G	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	131735559	rs17452428	T	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=30;PP=983;SC=AAGCTGTCTCTACTGCCCAGC;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=131735567;WS=131735549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	131743701	.	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.070;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
chr9	131745548	rs719703	T	C	6602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=98;PP=2965;SC=CTTTATTGAGTATAGTGTATT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=137;TCR=98;TR=234;WE=131745556;WS=131745538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr9	131761437	rs2004632	A	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=17;PP=1068;SC=TGGCCCACCCAGTATTCTTTC;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=131761445;WS=131761427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	131761659	rs2302813	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=1051;SC=ACAGCCAGGCAGGGCTTCCTT;SOR=1.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=47;WE=131761667;WS=131761649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	131761899	rs2302811	A	G	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=58;PP=2965;SC=TGTCTATTCTACAGTAAGTGA;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=150;WE=131761907;WS=131761889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	131764969	rs12683155	A	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=6;PP=1037;SC=TGGTGGCCAGACAGTGGCTGT;SOR=3.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=40;WE=131764977;WS=131764959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	131765987	rs10739740	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=506;SC=AAGAATACACTTGGGGCCGGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=131765995;WS=131765977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	131767668	rs2287363	A	C	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=73;PP=2965;SC=CCTCCTCCTCAAAGCAGCCCG;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=171;WE=131767676;WS=131767658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	131771505	rs1129098	C	T	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=34;PP=1468;SC=AGGCCTCCCCCGGAGGGGCCA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=79;WE=131771513;WS=131771495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	131772389	rs3750340	T	G	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=70;PP=2965;SC=GGGTGGGCAGTGGGACTCACG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=173;WE=131772397;WS=131772379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	131790531	rs11537529	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=605;SC=TGCTGCGGGGCACCAGCCCTC;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=131790539;WS=131790521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	131846774	rs10988199	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=508;SC=ATCACGTATGGCTGTGACTGA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=131846782;WS=131846764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	131846957	rs11541836	T	C	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=69;PP=1681;SC=GTGATCTCTCTGGCCACCTCC;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=126;WE=131846965;WS=131846947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	131848382	rs7859344	T	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=13;PP=1313;SC=TGTGTCTGACTGGCTCTCACA;SOR=2.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=131848390;WS=131848372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	131860901	rs3118635	G	T	5450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=104;PP=2965;SC=AGGGGCACCAGGGGAGACCGC;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=83;TCR=104;TR=187;WE=131860909;WS=131860891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	131862073	rs3118638	G	A	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=37;PP=2244;SC=TTCTCTATAAGCTGGTCTATC;SOR=1.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=119;WE=131862081;WS=131862063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	131862730	rs10819462	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=618;SC=CAGGAAGTCCCGAGGCTGCAG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=131862738;WS=131862720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	131862781	rs10988204	G	A	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=7;PP=1590;SC=AAGCCCTGCCGGGCCTCACCT;SOR=3.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=61;TCR=7;TR=68;WE=131862789;WS=131862771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	131863079	rs7866897	T	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=35;PP=1011;SC=CATTTGTACCTCTCTGGGATG;SOR=3.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=41;WE=131863087;WS=131863069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	131871144	rs2768629	A	G	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=42;PP=1504;SC=CTACAAAGTGAGTGAGCAGAA;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=89;WE=131871152;WS=131871134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	131871249	rs2541163	A	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=17;PP=655;SC=GCTGTGGTGGAATCGGGGGTT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=131871257;WS=131871239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	131871435	rs2541162	A	C	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=38;PP=1848;SC=GGGAGTCAGGACAAAAGGTAA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=94;WE=131871443;WS=131871425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	131873222	rs3814492	G	A	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=11;PP=912;SC=AGGGCCGAGGGCGAGTCATTG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=131873230;WS=131873212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	131873638	rs3124501	T	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=250;SC=CGTCGCCCGGTTCCGCGCGTC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=131873646;WS=131873635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	131881492	rs10819466	G	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=6;PP=139;SC=TGGCCAGCCTGGTCTTGAACC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=131881500;WS=131881482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	131882706	.	G	A	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=14;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=112;QD=48.9237375157;SC=TCCGTCTCAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=131882714;WS=131882696;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr9	131882729	.	AGT	A	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=42;QD=15.75;SC=GGTGAAAGGGAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=4;WE=131882738;WS=131882719;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr9	131882761	rs9409311	T	C	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	131882961	rs3739843	G	A	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=38;PP=1154;SC=GACGGGCGGTGAGTTCCTGGC;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=131882969;WS=131882951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	131891152	rs7023900	C	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=482;SC=GGGGAGAGTTCCCAGTAGGGG;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=131891160;WS=131891142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	131897221	rs7019373	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=355;SC=GAGGGGCCATCTGTTTCCTCC;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=131897229;WS=131897211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	131898880	rs1536548	A	G	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=57;PP=1844;SC=GATAGGTACTAGAGCGGGAGG;SOR=1.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=89;WE=131898888;WS=131898870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	131899846	rs3118631	T	C	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=22;PP=1258;SC=TGGTTCTGAATGCTGGGGCCC;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=131899854;WS=131899836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	131900180	rs2297112	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=357;SC=TTCTCCTTCAGTTTCTCCTGA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=131900188;WS=131900170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	131904617	rs57365080	T	TTG	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=691;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GCGTGTGCGTTTGTGTGTGTG;SOR=2.066;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=18;WE=131904628;WS=131904607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr9	131905814	rs913272	T	C	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=283;SC=CGGGGAAGGGTGCCAGAGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=131905822;WS=131905804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	132084885	rs913771	A	G	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=51;PP=1499;SC=GGGTGAGGGAAGCAGAGAGAA;SOR=2.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=63;WE=132084893;WS=132084875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	132374601	rs78833435	C	A	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=56;PP=1921;ReadPosRankSum=0.812;SC=CCCATGTGTGCCCCTGGCCTT;SOR=0.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=127;WE=132374609;WS=132374591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr9	132375432	rs2302779	C	T	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=34;PP=1555;SC=GAGGCTGCTTCGCGGCCTCTG;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=92;WE=132375440;WS=132375422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	132377728	rs918166	C	T	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=62;PP=2690;SC=CTAGAACTTTCGGGAGTCTCG;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=154;WE=132377736;WS=132377718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	132377900	rs918165	C	T	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=47;PP=1663;SC=AGCCTTGAGCCTGGGGACCTG;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=89;WE=132377908;WS=132377890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	132382596	rs111606531	C	A	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=13;PP=474;SC=CCCGCCGGGTCGCGGTGAGCA;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=132382604;WS=132382586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	132396281	rs10819551	G	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=38;PP=2123;SC=AGGAAGGGCCGCACGTGCGGT;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=107;WE=132396289;WS=132396271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	132396655	rs1558873	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=35;PP=968;SC=ATAAGGTGTCAGGACCAGGGC;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=49;WE=132396663;WS=132396645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	132401824	rs2302780	G	A	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=39;PP=1134;SC=GGTCCTATCTGTCCGCATTCT;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=132401832;WS=132401814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	132402908	rs2241247	C	G	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=39;PP=2258;SC=GGGCGTTGCTCACGCCTTCCT;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=109;WE=132402916;WS=132402898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	132404304	rs4837396	C	G	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=51;PP=1595;SC=GCAGCAGGGCCGTCGCGCTTT;SOR=1.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=81;WE=132404312;WS=132404294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	132511199	rs10988492	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=310;SC=CATGAAAAGGCCCCCCTGTCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=132511207;WS=132511189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	132515081	rs2241271	T	C	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=22;PP=1588;SC=ACCTTGGCCATGTTTCCCTAT;SOR=1.855;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=84;WE=132515089;WS=132515071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	132569553	rs1043178	C	T	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=77;PP=2965;SC=AATTGCACCCCGGGATCATTG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=100;TCR=77;TR=177;WE=132569561;WS=132569543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr9	132572614	.	CTG	C	95	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=95;QD=34.6666666667;SC=CTGAGCTGACCTGTGTGTGTG;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=3;WE=132572637;WS=132572604;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,3:0.15:20
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chr9	132618578	rs4836674	T	C	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr9	132620458	rs10819569	C	A	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.03;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr9	132620707	rs2134601	T	C	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=52;PP=2634;SC=CTTGTTAGGCTAGAGTGCCCT;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=129;WE=132620715;WS=132620697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	132620990	rs2174157	T	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=29;PP=883;SC=GGTGTCTGTTTCTGGGTCAGT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=132620998;WS=132620980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	132623293	rs1503375	C	T	6551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.175;SC=AGTCAGAGGACGATGACCTGA;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=107;TCR=127;TR=232;WE=132623301;WS=132623283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr9	132623868	rs10115249	T	C	6244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=124;PP=2965;SC=ACATGAACGCTGCCCTGCAGG;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=94;TCR=124;TR=218;WE=132623876;WS=132623858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr9	132623917	rs10124224	C	A	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=77;PP=2317;SC=GTCCGAGGGCCGAGAGCTGTC;SOR=1.521;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=43;TCR=78;TR=120;WE=132623925;WS=132623907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	132625417	rs4837419	CA	TG	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=354;SC=TAAACTGCCGCATGCCTCATT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=132625426;WS=132625407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	132625602	rs2900279	T	C	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=79;PP=2754;SC=TCCCTAGCCTTGGGCGGTGTG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=98;TCR=79;TR=177;WE=132625610;WS=132625592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	132627480	rs913319	C	T	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=5;PP=1086;SC=TGTCAGGAAACGCCACACTCT;SOR=3.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=132627488;WS=132627470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	132627723	rs913320	G	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=58;PP=1601;SC=TGACTTTGACGCCAAAACCAG;SOR=2.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=78;WE=132627731;WS=132627713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	132630231	rs913325	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.063;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1560;ReadPosRankSum=-0.780;SC=GGCGCTGGAGACTGGTTCCTC;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=75;WE=132630239;WS=132630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr9	132630664	rs10602985	TGAC	T	4225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=47;PP=2717;SC=TGGCTGCCCTTGACGACCAGC;SOR=1.190;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=53;WE=132630674;WS=132630654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	132631680	rs6478920	T	C	5763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=99;PP=2965;SC=TTCTCAGCCTTGTGCAGTGTC;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=106;TCR=99;TR=205;WE=132631688;WS=132631670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr9	132632162	rs5900871	G	GC	850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=584;SC=CATGGGCTGGGCCTGTCCTGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=132632170;WS=132632152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	132635653	rs1809959	A	G	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=42;PP=2433;SC=ATGAGCCACCATGCCCAGCCA;SOR=1.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=93;TCR=42;TR=135;WE=132635661;WS=132635643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	132635944	rs2296787	C	G	6004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=100;PP=2965;SC=GCCCTGATGCCGGACACTGAT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=112;TCR=100;TR=212;WE=132635952;WS=132635934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	132636031	rs4332226	A	G	10015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr9	132636031	.	AGT	GGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=87;NR=100;PP=2947;QD=20;SC=GAGGTGAGCCAGTGGCCTCGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=92;TCR=106;TR=187;WE=132636041;WS=132636021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,187:0.94:198
chr9	132636033	rs4415421	T	C	10015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr9	132652677	rs60841376	G	GGA	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=6;PP=577;SC=GGAGCATGCTGGAGAGAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=12;WE=132652685;WS=132652667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	132658044	rs2047837	T	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=550;SC=GTAACAGTCATGGTTGTGGGG;SOR=4.804;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=132658052;WS=132658034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	132662786	rs1023000	C	T	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=51;PP=1593;SC=CGCCTGCTCGCTGCGTGCTGG;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=91;WE=132662794;WS=132662776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	132671359	rs3215850	T	TG	331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=305;SC=CCTGCAGCCATGGGGGGTGCA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=132671367;WS=132671349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	132672319	rs7855720	G	A	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=77;PP=2965;SC=TCCCTTTTCAGAAGCAGCTGC;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=108;TCR=77;TR=185;WE=132672327;WS=132672309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr9	132678195	rs7867211	G	A	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=77;PP=2965;SC=TAAAAGACACGCCAGAAAACC;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=109;TCR=79;TR=186;WE=132678203;WS=132678185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr9	132681619	rs1054874	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=318;SC=CAAAATCTTTCGGTCAACTTT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=132681627;WS=132681609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	132686186	rs4836680	A	G	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	132689671	rs4837429	A	G	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=63;PP=1915;SC=ATTATTAAACAAAGTTGTTTT;SOR=3.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=75;WE=132689679;WS=132689661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	132720720	rs11394970	G	GA	2222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=18;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=23;PP=743;SC=CAAAAAAAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.300;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=48;WE=132720728;WS=132720710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	132816398	rs5900882	T	TC	3888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.67;MQRankSum=0.391;NF=6;NR=51;PP=2284;ReadPosRankSum=-1.918;SC=CCGAGGCCACTCCCCGGGTTT;SOR=0.920;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=57;WE=132816406;WS=132816388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr9	132841808	rs6478942	G	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=251;SC=TGTAGAACATGATAAGGACTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=132841816;WS=132841798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	132845723	rs7855078	T	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=706;SC=GTCCCCAAGATTATTTTGTTT;SOR=4.407;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=27;WE=132845731;WS=132845713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	132845986	rs10819597	T	C	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=71;PP=1695;SC=CATACATGCATGCACAGACAC;SOR=2.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=19;TCR=71;TR=90;WE=132845994;WS=132845976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	132848653	rs11399718	C	CT	2309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=15;PP=1960;SC=AATTAGCATGCTTCTATGCCG;SOR=2.070;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=45;WE=132848661;WS=132848643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	132862830	rs10081664	AA	TC	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=11;PP=900;SC=TAATTTCCCAAATGGGTCCAA;SOR=2.387;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=47;WE=132862839;WS=132862820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	132863035	rs2277196	G	C	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=604;SC=CAAGACAAGGGGGGTGGGCAA;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=132863043;WS=132863025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	132866883	rs7868997	T	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=40;PP=1165;SC=TCAAGCCCAATAGCTGAACTG;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=132866891;WS=132866873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	132866906	rs887536	C	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=781;SC=CATTCCCAAACTGATCTCAGT;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=132866914;WS=132866896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	132872686	rs4837460	A	G	5341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=72;PP=2965;SC=GAGCGAATCTAAGAGCAGGAA;SOR=1.076;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=105;TCR=73;TR=177;WE=132872694;WS=132872676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	132891113	rs2286794	G	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	132891113	.	GGT	AGC	662	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=12;PP=662;QD=44.7167421789;SC=GTGTGAATCGGGTCGGCTGCT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=132891123;WS=132891103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	132891115	rs7853219	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	132897231	rs1003416	G	A	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=46;PP=2313;SC=CCTAATCACCGTGCTGTGGCA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=123;WE=132897239;WS=132897221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	132962801	rs7037407	A	T	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.177;HP=13;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=16;PP=1167;ReadPosRankSum=0.394;SC=AGCTCCCCCCACCCCCCCACA;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=68;WE=132962809;WS=132962790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr9	132962816	rs7022964	T	C	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=33;PP=1700;ReadPosRankSum=1.161;SC=CCCACATAGGTGGGGCAGCCG;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=99;WE=132962824;WS=132962806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr9	132963115	rs887534	T	G	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=14;PP=1064;SC=GAGCAGGCCGTTGCCCGGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=132963137;WS=132963105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	132963129	rs887535	G	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=1191;ReadPosRankSum=1.842;SC=CCGGGGACATGGCCGTGGGGA;SOR=0.880;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=56;WE=132963137;WS=132963105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr9	132963350	rs4837482	T	C	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=29;PP=817;SC=GTCCAGCTGCTCAGGATGGGG;SOR=2.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=37;WE=132963358;WS=132963340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	132980035	rs2277198	G	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=339;SC=CCTGGGCCCCGGGCAGGCGAT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=132980043;WS=132980025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	132985111	rs3829905	T	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=30;PP=768;SC=GCCATGCTCCTGCCCAGGGTG;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=132985119;WS=132985101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	132985258	rs68053432	GC	G	383.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=426;SC=GAAGAGGGGGGCGGCCCTCAT;SOR=3.056;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=132985270;WS=132985248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	132985262	rs112503385	C	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=300;SC=AGGGGGGCGGCCCTCATCTGG;SOR=2.494;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=11;WE=132985270;WS=132985248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	133028155	rs12336255	G	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=739;SC=AGCCGCGCTCGGCATGATGCC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=133028163;WS=133028145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	133028196	rs12336285	G	A	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=10;PP=1324;SC=TGCTGACCGCGGTCTCTGCGG;SOR=2.872;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=54;WE=133028217;WS=133028186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	133028204	rs72240442	CGGCAGT	C	2982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=12;PP=2167;SC=GCGGTCTCTGCGGCAGTGGCA;SOR=2.551;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=35;WE=133028217;WS=133028186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	133028476	rs71387337	A	AC	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=1312;SC=CACCTGCCTGACCCCCTCAGT;SOR=2.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=35;WE=133028484;WS=133028466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	133048501	rs6478957	G	A	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=33;PP=1375;SC=TGTGGCGACCGCACCCATCCT;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=133048509;WS=133048491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	133058082	rs10739777	G	A	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=99;PP=2965;SC=GAGAAAGGTCGACTAGCTTTA;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=84;TCR=99;TR=183;WE=133058090;WS=133058072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	133058181	rs12348163	G	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=36;PP=969;SC=TGATGTGGTCGTATCAATAGA;SOR=3.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=42;WE=133058189;WS=133058171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	133058197	rs7045548	C	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=808;SC=ATAGAAGTAACGGGTCAAGGA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=133058205;WS=133058187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	133069946	rs28435140	A	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=11;PP=357;SC=GGAGAGCTGGAAGGTTCTGCT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=133069954;WS=133069936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	133226785	rs74323913	G	A	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=42;PP=2239;SC=CCTTACTGGCGCTTTTCCCTT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=121;WE=133226793;WS=133226775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	133260353	rs11244109	G	A	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=975;SC=ACGGGCCCCAGGAGCCTGGCT;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=133260361;WS=133260343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	133263923	rs7849839	T	C	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=80;PP=2145;SC=ACAGGATGCCTGTGGGTGAGC;SOR=1.458;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=125;WE=133263931;WS=133263913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	133264059	rs35750041	GC	G	600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=13;PP=195;SC=GTGCCGTGTTGCCCCCCCCCC;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=133264067;WS=133264049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	133264074	rs11244124	A	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=13;PP=363;SC=CCCCCCCACCATTTGTGTTTG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=133264082;WS=133264064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	133264096	rs11244127	G	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=272;SC=GTGAAGCGTTGTTTATTGGCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=133264104;WS=133264086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	133266442	rs45488294	C	T	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=84;PP=2941;SC=CAGGCGGGCACCTACACGTGC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=179;WE=133266450;WS=133266432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	133270337	rs883982	A	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=7;PP=354;SC=GGGTCCCTCGATGCATGAGAA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=133270345;WS=133270327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	133270740	rs6597641	T	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=34;PP=961;SC=TGCAGGTGGGTGCCAGGCAGG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=133270748;WS=133270730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	133274806	rs11244165	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=16;PP=928;SC=GATACAGGAAGGGGAAATGGG;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=133274814;WS=133274796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	133280476	rs75527174	G	A	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=77;PP=2605;SC=GGCACAGCAGGGAATAATGGC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=128;WE=133280484;WS=133280466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	133280580	rs1475732	C	G	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=529;SC=CGGGTACAGACAGCCAGAACT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=133280588;WS=133280570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	133281691	rs11244201	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	133283255	rs10736862	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=580;SC=CTGAAGTCCAAGTTCTACTTC;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=133283263;WS=133283245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	133284310	rs10793975	G	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=26;PP=704;SC=CTGACCATCCGCAGGACTGAG;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=133284318;WS=133284300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	133294244	rs13294886	G	A	5134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=96;NR=77;PP=2721;SC=CCACTGGAGAGCCCACACCCA;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=173;WE=133294252;WS=133294234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	133307004	rs11244312	G	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=22;PP=565;SC=GTGGGGCGGGGAGGCAGGCTC;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=133307012;WS=133306994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	133308780	rs1006615	C	T	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=17;PP=1350;SC=CGGGCGGCCCCTCTACGCTGC;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=133308788;WS=133308770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	133324502	rs10123082	A	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=404;SC=CAGATCGCTTAAGTCCAGGAG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=133324510;WS=133324492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	133325472	rs4740158	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=456;SC=GGCTTCCACATATTTCCTGAA;SOR=3.383;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=133325480;WS=133325462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	133327439	rs1760275	T	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=855;SC=AGGTCAGGGTTCCCGGGGGTG;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=133327447;WS=133327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	133346920	rs652313	A	G	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.536;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.878;SC=CCCAAACCCCATCTCCTCCCA;SOR=0.618;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=107;TCR=120;TR=226;WE=133346928;WS=133346910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr9	133346983	rs641510	A	G	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=71;PP=2206;SC=TGATGTATTTATAGCCTAATT;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=112;WE=133346991;WS=133346973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	133347080	rs486889	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=454;SC=TCTGCCCACCGTCTCCTCGCT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=133347088;WS=133347070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	133376153	rs2282219	A	G	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=2;PP=1191;SC=ATGACAAACAATGTTTTCCCC;SOR=4.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=46;WE=133376161;WS=133376143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	133488282	rs17453184	T	A	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=46;PP=2214;SC=AATTCAGTCATTCCTGCGTGG;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=123;WE=133488290;WS=133488272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	133498017	rs35428077	CA	C	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.730;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.762;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr9	133710722	rs11433465	G	GC	325.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=115;SC=GGTGAGGGCGGCTGGCGGGGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=133710730;WS=133710712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	133710740	rs11433464	G	GC	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.51;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	133710804	rs7866590	T	C	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=15;PP=916;SC=GGGAGAGGGGTTCCGGCCCCC;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=133710812;WS=133710794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	133710819	rs11433463	T	TC	4037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=21;PP=1911;SC=GCCCCCGACGTGCTGGCGCGG;SOR=1.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=40;WE=133710827;WS=133710809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	133769169	rs3847193	G	A	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=90;PP=2965;SC=CCAGTAGAGGGAAGCAGGCGC;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=85;TCR=90;TR=175;WE=133769177;WS=133769159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	133779448	rs11792889	A	G	5790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=94;PP=2965;SC=AAGGTGCACCAGTCTAGCGGT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=116;TCR=95;TR=209;WE=133779456;WS=133779438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr9	133787225	rs6597650	A	G	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=31;PP=1079;SC=CTCGGTACGCATCCCAGCCCC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=133787233;WS=133787215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	133884820	rs3739512	T	G	7228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=99;PP=2965;SC=CGGGGGCTCATTGCCAGCGCT;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=155;TCR=99;TR=254;WE=133884828;WS=133884810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr9	133907645	.	T	G	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=16;MQ=56.82;NF=0;NR=7;PP=56;QD=12.9673160782;SC=GGGTGGGGGGTGGGGGGGCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=7;WE=133907653;WS=133907635;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,7:0.28:25
chr9	133911598	rs2275132	A	G	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.332;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=68;PP=2911;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CCGACGTGGCAGGCCAGTTGG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=106;TCR=70;TR=172;WE=133911606;WS=133911588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,187:0.98:190
chr9	133911821	rs2275130	C	T	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=41;PP=1137;SC=CTCCTGGGTACGCCCCGGGGG;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=133911829;WS=133911811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	133936381	rs3824398	G	A	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=28;PP=1858;SC=CCATCTCTGGGCATTCTGGGT;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=95;WE=133936389;WS=133936371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	133936571	rs3739510	C	G	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=63;PP=2019;SC=CCCAGAGAGCCGGGAGGTGGT;SOR=1.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=94;WE=133936579;WS=133936561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	133942624	rs3765569	A	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=30;PP=914;SC=CCAGGGTGGCACATGGTGGGC;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=133942632;WS=133942614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	133944522	rs2275142	C	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	133944525	rs2275141	A	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	133948049	rs2275140	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=328;SC=GCAGATGATGAGCCTCGAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=133948057;WS=133948039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	133963058	rs6597675	C	A	5115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.401;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=0.768;SC=CCTGGCAGCCCGGGTGGGGAC;SOR=0.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=168;WE=133963066;WS=133963048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr9	133967240	rs818056	T	C	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=87;PP=2962;SC=GGGTGCACACTACCCCACAGG;SOR=1.438;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=139;WE=133967248;WS=133967230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	133972065	rs184924255	C	G	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=24;PP=1323;SC=CCGCCGTCCCCGAGCAGCCAC;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=133972073;WS=133972055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	133986836	rs353528	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=243;SC=CTCCAAGGGGCGACAGGAAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	133986848	rs353527	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=262;SC=ACAGGAAGCCGGGGTGAACAA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	133986980	rs353526	T	G	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=51;PP=2222;SC=TCTCACCTCTTTAGGAGTTTC;SOR=1.117;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=83;TCR=52;TR=134;WE=133986988;WS=133986970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	133987060	rs353525	G	A	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=53;PP=1702;SC=GGTAAGCTGGGGCGGGCTGCC;SOR=1.232;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=133987068;WS=133987050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	133996460	rs353511	T	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=12;PP=1086;SC=CCTGGGGTTTTGGGGGAAAGG;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=48;WE=133996468;WS=133996450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	133996503	rs353510	T	A	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=28;PP=1735;SC=TTTAGGGAGGTTACTGAGGGG;SOR=1.469;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=91;WE=133996511;WS=133996493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	134007853	rs116929835	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=11;PP=677;SC=GCACTATTCTGTTTCTTCAGT;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=134007861;WS=134007843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	134015788	rs17147620	G	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=321;SC=ACGAAAGGCTGTTCAGATATA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=134015796;WS=134015778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	134020092	rs103612	C	T	6853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=133;PP=2965;SC=AGCAATGAAGCCCTCCTTCCC;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=107;TCR=133;TR=240;WE=134020100;WS=134020082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr9	134064345	rs2274427	T	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=2;PP=505;SC=TTGCTTATTTTAAATTATATT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=134064353;WS=134064335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	134067795	rs4602942	G	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=699;SC=AGTTCTTACCGTGGCAGTAAT;SOR=5.283;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=28;WE=134067803;WS=134067785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	134136515	rs352952	A	G	8007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=122;PP=2965;SC=CCCGGTAGATATTGGTGAGCT;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=151;TCR=123;TR=272;WE=134136523;WS=134136505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr9	134136677	rs352951	A	G	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=116;PP=2965;SC=AGTTCACCCCATCCGAGTCGC;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=81;TCR=116;TR=196;WE=134136685;WS=134136667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr9	134165888	rs11244356	T	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=539;SC=GGAGGCAGCCTGGCCTGCCCA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=134165896;WS=134165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	134322324	rs2966340	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=1;PP=1131;SC=ATGAAATGGGGGAGATGGTGG;SOR=5.235;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=42;WE=134322332;WS=134322314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	134323240	rs2994064	A	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=270;SC=CAAAGTCCATATGTACTTACC;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=134323248;WS=134323230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	134334588	rs34553878	A	G	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=74;PP=2871;SC=GCAGTTGTCAATGAGCTCTGC;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=163;WE=134334596;WS=134334578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr9	134346315	rs4310250	T	C	10600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=195;NR=185;PP=2965;SC=TGGACCCACGTATCACGCCCA;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=195;TCR=185;TR=380;WE=134346323;WS=134346305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr9	134348807	rs4276727	G	A	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=4;PP=1071;SC=CAGGGTAACTGTTAACTTCTT;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=134348826;WS=134348797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	134348818	rs5900941	TG	T	1692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=43;NR=5;PP=1925;SC=TTAACTTCTTTGGGCCTTTGG;SOR=4.174;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=48;WE=134348826;WS=134348797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	134350323	rs10736851	C	G	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=94;PP=2965;SC=ACGGGCAGGACCCGGAGGTCG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=71;TCR=94;TR=165;WE=134350331;WS=134350313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr9	134350458	rs10751478	C	T	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=88;PP=2965;SC=GAGCAGAGCCCCACGGCAGAA;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=83;TCR=88;TR=171;WE=134350466;WS=134350448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr9	134350647	rs10793873	T	C	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=69;PP=2175;SC=GTTCCCCCCATGAAGAGAAAT;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=134350655;WS=134350637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	134351065	rs7858488	G	T	5366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=87;PP=2965;SC=CCAACAAGGGGTGCTCTGAGG;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=92;TCR=88;TR=179;WE=134351073;WS=134351055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr9	134351343	rs11243403	C	T	14461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=246;NR=262;PP=2965;SC=GACAGCCGCGCGGAGGACAAG;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=510;TCF=246;TCR=264;TR=508;WE=134351351;WS=134351333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr9	134358657	rs10901061	G	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=7;PP=426;SC=TTTTGAGTCGGGGAAACTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=134358665;WS=134358647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	134359918	rs10751480	G	C	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=9;PP=576;SC=ACACGGAGCTGTAGGTGCTTT;SOR=1.536;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=29;WE=134359926;WS=134359908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	134360015	rs10793874	G	T	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=40;PP=2001;ReadPosRankSum=-1.472;SC=GGATGGGTTTGGGCAAAGCCA;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=110;WE=134360023;WS=134360004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,120:0.98:122
chr9	134361318	rs3808829	C	A	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=22;PP=1394;SC=CGTGTGCTTCCGGCACACAGG;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=134361326;WS=134361308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	134361581	rs10793875	T	A	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=89;PP=2806;SC=TGACAGCAGCTAGCCAGGTGG;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=64;TCR=89;TR=153;WE=134361589;WS=134361571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	134361627	rs10901062	G	A	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=46;PP=1333;SC=CCAGTGCAGGGCGGAATTGGC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=69;WE=134361635;WS=134361617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	134382673	rs6597501	C	T	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=15;PP=1145;SC=AACATGACGGCGCTATGTGAA;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=134382681;WS=134382663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	134384277	rs11243404	T	C	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=24;PP=2021;SC=AAAATTGACATGTGTTTCCTC;SOR=2.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=79;TCR=24;TR=103;WE=134384285;WS=134384267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	134384500	rs11999204	C	T	5429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=92;PP=2690;SC=TTTTTTGTTTCGTTTTGTGAG;SOR=2.218;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=35;TCR=93;TR=127;WE=134384521;WS=134384490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	134384513	rs28447664	A	G	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=69;PP=2063;SC=TTTGTGAGACAGTACCTTTTC;SOR=2.424;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=22;TCR=69;TR=90;WE=134384521;WS=134384490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	134385436	rs2296949	A	G	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=46;PP=1798;SC=GGGCAGATGCAGATGTCACAG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=93;WE=134385444;WS=134385426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	134385599	rs2018621	A	G	5168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=79;PP=2965;SC=AGAGGTGGGTACGCTTTTCCA;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=99;TCR=79;TR=178;WE=134385607;WS=134385589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr9	134386659	rs34159422	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=5;PP=428;SC=TGGCCATCGGGAAGGCTGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=134386667;WS=134386649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	134386675	rs4740163	T	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=8;PP=574;SC=TGGCTTAGGGTCATTTTTCTT;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=134386683;WS=134386665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	134386744	rs10901065	T	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=22;PP=996;SC=CTCGGATCACTCAGGGTCAGC;SOR=0.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=58;WE=134386752;WS=134386734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	134386903	rs10901066	G	A	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=29;PP=841;SC=TTATTTGCTCGTAGATTTGCT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=134386911;WS=134386893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	134387315	rs10901068	C	G	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=5;PP=1109;SC=CCAGGCTGGTCTCAAACTCCT;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=134387323;WS=134387305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	134387488	rs3739494	T	C	6242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=118;PP=2965;SC=CCTTCAAAGATGTCAATAACT;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=105;TCR=118;TR=223;WE=134387496;WS=134387478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr9	134394163	rs1547768	A	G	6002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=98;PP=2965;SC=CTTCCAACCCAAGTGGACACG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=111;TCR=98;TR=209;WE=134394171;WS=134394153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	134394646	rs2010635	A	G	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=23;PP=2646;SC=GCTAAGTGGAATGATGCGGTT;SOR=2.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=89;TCR=23;TR=112;WE=134394654;WS=134394636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	134395628	rs2277152	C	G	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=66;PP=2092;SC=CATCCTGTTTCTTGAGAATTC;SOR=1.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=102;WE=134395636;WS=134395618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	134395687	rs2277153	C	A	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=868;SC=GGGTTTCTCCCAAGCTTTTCC;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=134395695;WS=134395677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	134397624	rs4740165	C	T	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=100;PP=2965;SC=ACGGGGGCTGCGGAGACAGTG;SOR=1.427;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=55;TCR=100;TR=155;WE=134397632;WS=134397614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	134398534	rs3739495	T	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=39;PP=1100;SC=GGGGTCGGGATGAGGTTGAAG;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=134398542;WS=134398524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	134401335	rs2296957	C	T	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=50;PP=1985;SC=CCACTCCTCGCGGGATGATCA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=116;WE=134401343;WS=134401325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	134404199	rs4740260	A	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=605;SC=GTATGTGGCCATAATGAGCCA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=134404207;WS=134404189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	134406071	rs7867616	C	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1085;SC=TGGAACCGCTCGTCCTGTGAC;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=134406079;WS=134406061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	134406131	rs3904960	G	T	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=309;SC=CCCCTGGGGGGTATGCTCGGA;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=134406139;WS=134406121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	134406647	rs4740261	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	134406650	rs7041225	C	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	134433417	rs28731115	C	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=2;PP=497;SC=CCCACCGCCCCCTCCTGCCCT;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=23;WE=134433425;WS=134433407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	134433463	rs4740167	T	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=12;PP=1060;SC=TGGGCAGGGGTGACCTGGCCC;SOR=2.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=52;WE=134433471;WS=134433453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	134465398	rs3818581	T	C	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=41;PP=1423;SC=AGCCATGTGGTCGGCTGAGGG;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=134465406;WS=134465388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	134467578	rs3215862	GA	G	3247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=45;PP=1924;SC=AATCTAGAGGGAAAAAACAAT;SOR=0.802;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=61;WE=134467586;WS=134467568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	134473517	rs2296950	T	C	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=33;PP=2368;SC=CAAGATCACATTCTTCTCTGC;SOR=1.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=85;TCR=33;TR=118;WE=134473525;WS=134473507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	134477387	rs3842210	AG	A	1521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=4;PP=1264;SC=CTGCTCAGGCAGGCCTCATGA;SOR=3.056;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=31;WE=134477395;WS=134477377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	134479293	rs7037668	A	G	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=7;PP=1426;SC=GGGAGGGCAGAGCCCAAGCCC;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=56;WE=134479301;WS=134479283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	134480272	rs72054278	GGT	G	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=2.799;SC=CATGTGCAGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.941;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=4;WE=134480283;WS=134480262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr9	134497450	rs7023385	C	A	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=42;PP=1236;SC=CCCCTCCCCCCATTCTTCCCA;SOR=2.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=134497458;WS=134497440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	134949155	rs200460682	GA	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr9	135102254	rs2149171	C	T	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=32;PP=1460;SC=GCAACCTGCACGCCAACCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=84;WE=135102262;WS=135102244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	135105964	rs4962173	A	G	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	135106054	rs2274854	T	A	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=109;PP=2965;SC=TGGAAAAAGCTGGAGAGAAAA;SOR=1.045;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=92;TCR=110;TR=200;WE=135106062;WS=135106044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr9	135117178	rs12342966	T	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=4;PP=1057;SC=GCCCCCGGGATCTCGCACACC;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=135117186;WS=135117168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	135152543	rs34769225	TA	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.413;QD=0.60;ReadPosRankSum=2.448;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,13:0.17:78
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chr9	135203409	rs1185193	A	C	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.009;SC=TTCCCACAAGATCTCTCTTAT;SOR=0.868;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=144;WE=135203417;WS=135203399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr9	135206460	rs9411449	A	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=12;PP=804;SC=TTTCAGGATTATAATTGTATA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=135206468;WS=135206450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	135211609	rs111938515	AAC	A	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=605;SC=CAGCCTGGGCAACAGAGTGAG;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=135211618;WS=135211599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	135221597	rs497650	G	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=589;SC=AATTCTTATGGTACTAAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=135221605;WS=135221587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	135263573	rs556386	G	T	7315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=0.899;SC=TGCCATAGTAGATACGCCGAC;SOR=0.444;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=107;TCR=154;TR=260;WE=135263581;WS=135263563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,270:1.00:271
chr9	135265876	rs471890	T	C	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=5;PP=827;SC=CTAGACACGATTGTTCTTGAC;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=135265884;WS=135265866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	135271987	rs1166321	T	C	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=91;PP=2218;SC=TATAACAACATGAACTATCCT;SOR=1.429;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=52;TCR=91;TR=143;WE=135271995;WS=135271977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	135272061	rs5900975	GT	G	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.660;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr9	135273507	rs569288	G	A	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=8;PP=1168;SC=ATGGTCAAAGGGTGATTGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=135273515;WS=135273497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	135273607	rs504525	C	G	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=82;PP=2965;SC=CCGTGTACAGCAGCTTGTCTG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=101;TCR=82;TR=183;WE=135273615;WS=135273597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr9	135273759	rs5900976	G	GA	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=1296;SC=TGTTAATAATGACAAAAGCAA;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=29;WE=135273767;WS=135273749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	135276710	rs553323	C	T	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	135470176	rs306549	C	G	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=133;SC=TTTTCACAAGCCTCCTCTGAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=135470184;WS=135470166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	135470414	rs306547	T	C	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=58;PP=2027;SC=ACCTTGGCGATGTCGGCCTCC;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=125;WE=135470422;WS=135470404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	135507624	rs35126244	CGT	C	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=481;SC=ATGCCCAGTACGTGTACACAC;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=135507633;WS=135507614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	135522454	rs140712462	AAAGT	A	10402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=97;PP=2966;SC=ACCTTGGATAAAAGTAAGAAG;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=31;TCR=100;TR=127;WE=135522465;WS=135522444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr9	135522573	rs3824573	A	G	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=45;PP=1319;SC=GGGTATCACCAAGTCCCAGCA;SOR=3.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=54;WE=135522581;WS=135522563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	135523692	.	TA	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,17:0.18:93
chr9	135538807	rs2583805	G	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=35;PP=804;SC=GCCTGATTGCGGATTACAGGC;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=135538815;WS=135538797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	135544857	rs373110082	T	TAA	1382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.776;HP=12;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.483;NF=19;NR=13;PP=384;ReadPosRankSum=-1.084;SC=GTGGGCAAGATAAAAAAAAAA;SOR=0.250;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=32;WE=135544865;WS=135544847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr9	135553706	rs146657712	G	A	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=41;PP=1677;ReadPosRankSum=1.999;SC=AGGAAATCTCGGGGATTTTGC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=88;WE=135553714;WS=135553696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr9	135601354	rs396819	T	C	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=145;SC=TGGCCTGGCCTGGAAGCAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=135601375;WS=135601344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	135601367	rs396801	G	C	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=86;SC=AAGCAGGGGAGAAAGGGACCC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=135601375;WS=135601344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	135602727	rs1999121	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=379;SC=ATAATCGTCCTTCAGTGGTCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=135602735;WS=135602722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	135603108	rs139398120	TCC	T	307.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=150;SC=AGAGCCTGTGTCCCCCCAACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=135603117;WS=135603098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	135702490	rs13299768	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=457;SC=AGGGGCCCTGTGGGCGCTGCT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=135702498;WS=135702480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	135730078	rs214640	T	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=2;PP=1530;SC=CCTTTTCCTTTGACAAAAGCA;SOR=5.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=54;TCR=2;TR=55;WE=135730086;WS=135730068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	135739226	rs2251448	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=271;SC=CAAATGACTCTATTAAAATGC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=135739234;WS=135739216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	135764081	rs1062218	A	G	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=31;PP=873;SC=ACTGGTACCCATGGACCCTGC;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=54;WE=135764089;WS=135764071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	135776034	rs1076160	C	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=0;PP=684;SC=CTATGCCATGCGGGAGACATA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=135776042;WS=135776024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	135861998	rs2073577	T	G	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=13;PP=1306;SC=TATGGAGGGGTATTGTTCTCT;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=135862006;WS=135861988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	135862592	rs2073578	A	C	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=23;PP=1844;SC=CCTCCTAGGAAGGGCGTGCCC;SOR=2.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=98;WE=135862600;WS=135862582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	135862632	rs633153	C	T	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=59;PP=2965;SC=TCCCAGAAACCGTGGCTATTG;SOR=1.325;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=120;TCR=59;TR=178;WE=135862640;WS=135862622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	135937248	rs2735395	G	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.609;NF=12;NR=4;PP=202;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CTGTGGGTTTGGGGAAAACTG;SOR=1.501;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=16;WE=135937256;WS=135937238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr9	135944286	rs142943621	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.24;MQRankSum=0.792;QD=7.97;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr9	135961787	rs10901232	A	G	10395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.783;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.22;MQRankSum=-0.299;QD=39.98;ReadPosRankSum=1.006;SOR=1.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,258:0.99:260
chr9	135961796	rs10901233	C	T	9095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.98;MQRankSum=-0.232;QD=45.71;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr9	135961809	rs679779	T	C	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.362;NF=27;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.532;SC=TCTCTAAGGCTATGACCGCCT;SOR=1.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=27;TCR=109;TR=134;WE=135961817;WS=135961777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr9	135974079	rs1062356	G	C	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=78;PP=2965;SC=TCCGCTTCTTGAGGACAAAGT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=175;WE=135974087;WS=135974069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	135982088	rs2073822	A	C	5870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=105;NR=95;PP=2834;SC=TCTGCAGGGCAGAGAGGATGG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=200;WE=135982096;WS=135982078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	135983504	rs2285375	T	C	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=79;PP=2291;SC=ATGGAACTGGTGCTGGAGCTG;SOR=0.978;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=145;WE=135983512;WS=135983494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	135983902	rs34479413	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=12;PP=391;SC=CCCACAAAACGTGTACCAGGC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=135983910;WS=135983892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	135985166	rs3747817	G	A	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=79;PP=2237;SC=AGGCCCAGGAGGGCAGGGATT;SOR=1.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=112;WE=135985182;WS=135985156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	136004699	rs623361	G	A	6314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=128;PP=2965;SC=CCTGCTTCCCGGGCCATGGTG;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=92;TCR=128;TR=220;WE=136004707;WS=136004689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	136030458	rs651453	C	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=9;PP=1135;SC=CCGAGCCTCCCGGGTGCCCAG;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=136030466;WS=136030448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	136080746	rs1052517	A	G	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=23;PP=755;SC=CAGGTGGTCCAGGCTCTGTGT;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=136080754;WS=136080736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	136081173	.	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQRankSum=-4.972;QD=23.34;ReadPosRankSum=-1.735;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr9	136081174	.	A	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.976;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.66;MQRankSum=-5.064;QD=22.31;ReadPosRankSum=-2.540;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr9	136081176	.	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.66;MQRankSum=-5.064;QD=22.24;ReadPosRankSum=-2.434;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr9	136081180	.	G	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.291;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQRankSum=-4.709;QD=19.76;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr9	136081185	.	T	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.596;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQRankSum=-4.672;QD=21.29;ReadPosRankSum=0.312;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr9	136081186	.	G	GA	1140.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.89;MQRankSum=-4.561;QD=21.52;ReadPosRankSum=0.196;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr9	136081191	.	T	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.959;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.35;MQRankSum=-5.273;QD=22.06;ReadPosRankSum=0.110;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr9	136081193	.	G	GCA,GGCA	1449.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.828;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.137;NF=11;NR=0;PP=1335;ReadPosRankSum=0.201;SC=CCTGACCCTGGGGGGGTCTCC;SOR=1.969;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=11;WE=136081204;WS=136081163;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.54:67
chr9	136081196	rs150469509	G	A	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.55;MQRankSum=-4.732;QD=21.39;ReadPosRankSum=0.157;SOR=2.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr9	136081261	rs137892402	AG	A	3849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.059;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.851;NF=25;NR=51;PP=2653;ReadPosRankSum=0.826;SC=CCGGGAACCCAGGACTCTGGG;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=46;TCR=94;TR=76;WE=136081269;WS=136081251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,123:0.56:221
chr9	136081283	rs147134232	C	T	5972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.00;MQRankSum=-8.453;QD=19.84;ReadPosRankSum=1.141;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,155:0.51:301
chr9	136081289	rs146582704	T	C	6155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQRankSum=-8.223;QD=19.12;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,164:0.51:322
chr9	136081364	.	GC	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=50.34;NF=1;NR=71;PP=2962;QD=20;SC=ATTAGAAGGCGCCCTAGACCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=166;TCF=15;TCR=151;TR=72;WE=136081372;WS=136081346;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:94,72:0.43:166
chr9	136081391	rs6597608	G	A	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=95;PP=2731;SC=AGACCCCATCGCAGCCCAGAG;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=52;TCR=96;TR=147;WE=136081399;WS=136081381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	136081416	.	G	C	623	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=27;MQ=53.06;NF=5;NR=29;PP=623;QD=19.3462121337;SC=GAGCCCCAGAGCCCATCGCAG;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=34;WE=136081424;WS=136081406;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:51,34:0.40:85
chr9	136081436	.	C	T	285	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=24;MQ=53.11;NF=0;NR=18;PP=285;QD=17.7650673637;SC=GCCCAGAGCGCGGAGCCCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=18;WE=136081444;WS=136081426;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr9	136081466	rs6597609	C	T	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=992;SC=CAGCCCAGAGCGCGGAGCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=27;WE=136081477;WS=136081456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	136081829	rs11244037	C	T	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=44;PP=1183;SC=CCAGGTGAGCCGACGTGGGGA;SOR=2.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=136081837;WS=136081819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	136083580	rs2073870	T	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.84;QD=22.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	136083638	rs72769499	C	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-1.198;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr9	136083801	rs4310274	A	G	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=13;PP=995;SC=CACCAGGTGGATCTGGGGAGG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=136083809;WS=136083791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	136133380	.	CGGG	C	3486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=20;PP=1927;SC=GAGGAGAGAACGGGGAAGCAG;SOR=1.522;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=41;WE=136133390;WS=136133370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	136133506	rs512770	A	G	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=66;PP=2362;SC=AGCACCTTTGACTGGGGGTAG;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=129;WE=136133514;WS=136133496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	136133531	rs4962040	A	G	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=59;PP=1952;SC=TCCTGCAAGCACAAAGCGCCG;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=99;WE=136133539;WS=136133521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	136133582	rs8176712	AG	A	1565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=33;PP=1273;SC=GCAGGTAAGCAGGGGGTGTGC;SOR=2.256;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=35;WE=136133590;WS=136133572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	136135108	.	G	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=286;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=189;SC=AGCCACAGGAGGAAAGAGGAC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=136135116;WS=136135100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	136135137	.	GCTTCTGTCCACAC	G	1470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=5;PP=2957;SC=GCTCCCACATGCTTCTGTCCA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=136135157;WS=136135127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	136135195	rs549331	G	C	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=114;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=14;PP=1237;SC=GACATGGGAGGCACTGAAGGG;SOR=2.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=60;WE=136135203;WS=136135185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	136135237	rs549443	AT	GC	6217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=44.73;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	136135365	rs624601	A	G	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=41;PP=1380;SC=AGTGGAAGGGACACAGCGTCA;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=136135373;WS=136135355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	136135444	rs551322	G	A	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=408;SC=GATGGGCCTGGCGTGGGCCCG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=136135452;WS=136135434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	136136770	rs688976	A	C	6935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=121;PP=2965;SC=GGGCTTAGGAACCCGTAACTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=125;TCR=121;TR=246;WE=136136778;WS=136136760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr9	136150466	rs616154	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=5;PP=251;SC=GCGGCCGGCCCGAAGCCTCGC;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=136150474;WS=136150456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	136150484	rs559723	A	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=8;PP=349;SC=CGCAGCCCTGAGCGCCCCCAC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=136150492;WS=136150474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	136185358	rs544622	T	C	179.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.43;QD=19.98;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	136199466	rs886089	G	A	7064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=121;PP=2965;SC=CTGGGCCTCCGTGGCCTCCTC;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=133;TCR=121;TR=253;WE=136199474;WS=136199456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr9	136199503	rs886090	G	A	6560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=122;PP=2965;SC=TCTTTCGCCCGCAGCTCCTTT;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=111;TCR=122;TR=233;WE=136199511;WS=136199493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr9	136201470	rs563666	C	A	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=313;SC=GTTAAGTCCCCATCTCATGGC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=136201478;WS=136201460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	136211248	rs9645009	A	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=718;SC=CTTGCCTACAAGTAGCTGATG;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=136211256;WS=136211238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	136223043	rs59358281	C	G	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=2;PP=56;SC=TCAATCCCCACGACAACCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=136223051;WS=136223033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	136232758	rs2269894	T	C	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=24;PP=1920;SC=AGCGTCATGTTGGTGCCCAAG;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=92;WE=136232766;WS=136232748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	136234124	rs1179033	A	G	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=50;PP=2194;SC=ACCACCCGCAAAGCCACTCAC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=117;WE=136234132;WS=136234114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	136260696	rs41306714	G	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=3;PP=592;SC=TTACTTAAGGGAATACACAGA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=136260704;WS=136260686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	136268084	rs3124747	A	G	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=59;PP=1958;SC=CAGCTCCCTCAAAAGCAGGGA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=136268092;WS=136268074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	136272787	rs3214115	AT	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=2.040;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
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chr9	136291539	rs3118668	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=23;PP=647;SC=AGGTGGTCTTAGCAAGCAGTG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=136291547;WS=136291529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	136291594	rs28515121	G	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=220;SC=CCCTCACCCCGACAGACTCAG;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=136291602;WS=136291584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	136291621	rs28757785	A	T	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=139;SC=GGACAGGGGAACCTGATACTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=136291629;WS=136291611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	136295290	rs3124773	A	C	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=57;PP=2017;SC=CACGTCCCCCAAAACGTGCAT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=45;TCR=57;TR=102;WE=136295298;WS=136295280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	136301982	rs2301612	C	G	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=45;PP=2105;SC=GTTCATGTCGCAACAGTGCGC;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=111;WE=136301990;WS=136301972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	136303253	rs2028002	T	C	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=17;PP=1462;SC=TGGGGTGCTATAGAAGTGTTG;SOR=1.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=136303261;WS=136303243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	136311017	rs652600	G	A	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=64;PP=2172;SC=GCCTCGTTCTGAAAAGCATTT;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=129;WE=136311025;WS=136311007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	136324239	rs1055432	C	A	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=31;PP=1122;SC=AGTACTGGACCCTCCAATCAT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=68;WE=136324247;WS=136324229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	136325160	rs2301614	G	A	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=18;PP=809;SC=CCTTTGTGAGGGCTGTGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=136325168;WS=136325150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	136328657	rs3124765	T	C	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=125;PP=2965;SC=CTCTGAACATTGCGGCCGGCG;SOR=1.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=70;TCR=125;TR=195;WE=136328665;WS=136328647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	136338580	rs41297217	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=585;SC=CCAGGGTGAGGTAGCCAGCGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=136338588;WS=136338570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	136338598	rs41309954	C	A	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=11;PP=772;SC=CGGGTGCTGCCAGGGGCTGCG;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=136338606;WS=136338588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	136340200	rs2073935	T	G	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=41;PP=1513;SC=GGCACACGTGTGGGGCCCGTG;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=88;WE=136340208;WS=136340190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	136385437	rs9802272	A	G	5346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.97;NF=70;NR=115;PP=2965;SC=AGGTGGTCACAGCACAAAGAG;SOR=1.357;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=70;TCR=115;TR=185;WE=136385445;WS=136385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	136385453	rs9802273	A	G	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.96;NF=50;NR=96;PP=2965;SC=AAGAGGCCAGAGCTGGTCCCC;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=50;TCR=96;TR=146;WE=136385461;WS=136385443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	136401606	rs11507717	A	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=21;PP=2737;SC=GTCTTGCCTGAAGCAGGCATT;SOR=2.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=91;TCR=21;TR=112;WE=136401614;WS=136401596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	136403562	rs13283227	G	T	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=40;PP=1094;SC=GCCCGGCCCGGGCAGGGGCAC;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=136403570;WS=136403552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	136404775	rs148654239	A	ACGGCTGTCC	906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=2091;SC=TGGCCCCCGCACGGCTGTCCC;SOR=3.500;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=136404783;WS=136404765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	136409457	rs9802736	A	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=306;SC=GAGCTGAGCTACACAAGCGGG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=136409465;WS=136409448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	136409580	rs9802778	T	G	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=57;PP=2468;SC=ACTGTCATCCTTTTGCCTCCA;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=145;WE=136409588;WS=136409569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	136412170	rs2073874	C	T	8266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=165;NR=125;PP=2965;SC=CTCTTGCAGACGAAGCTGGCT;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=165;TCR=125;TR=290;WE=136412178;WS=136412160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr9	136412236	rs2073875	A	T	9442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=157;NR=179;PP=2965;SC=TCAACATCGCAGGCACGGTGG;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=337;TCF=158;TCR=179;TR=336;WE=136412244;WS=136412226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr9	136412255	rs2073876	A	C	7796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=173;PP=2965;SC=GGTCAAGTACAGGCGGCCCAT;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=117;TCR=173;TR=290;WE=136412263;WS=136412245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr9	136412296	rs2073877	C	T	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=102;PP=2858;SC=TCGAGTACATCGTGGCACAGG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=43;TCR=102;TR=145;WE=136412304;WS=136412286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	136412346	rs2073878	C	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=41;PP=1102;SC=GTACGTGTGCCGCAGGCCTTG;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=136412354;WS=136412336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	136412382	rs2073879	T	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=451;SC=CTGGGCACTGTTTCCCCAGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=136412390;WS=136412372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	136512906	rs3025411	G	A	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=51;PP=2413;SC=TAATCTGTCCGCAGGGGGAAG;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=137;WE=136512914;WS=136512896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	136518097	rs77905	A	G	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=53;PP=2417;SC=CGTACAACACAGAAGACCGGG;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=130;WE=136518105;WS=136518087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	136522187	rs1611131	A	G	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=48;PP=2633;SC=CCTTGTCCCCACCAGGTTCAA;SOR=1.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=91;TCR=48;TR=138;WE=136522195;WS=136522177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	136532107	rs7854480	G	C	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=359;SC=CGTGGCTCCAGGCAGATAGGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=136532115;WS=136532097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	136536633	rs2797840	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	136536679	rs129932	G	A	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=30;PP=1308;SC=TCAGGGAGTCGATGGCGCGGT;SOR=0.908;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=74;WE=136536687;WS=136536669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	136536793	rs2519123	C	G	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	136561303	rs2502739	A	T	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=5;PP=1243;SC=GGCTGTGCCCATGGAGTGACA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=136561311;WS=136561293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	136561367	rs2502740	G	A	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=96;NR=61;PP=2965;SC=TGACATCTGCGGAGAAGAGCC;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=96;TCR=61;TR=157;WE=136561375;WS=136561357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	136561567	rs2427998	G	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=854;SC=CGGGGGCTGTGTCCAACACAC;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=136561575;WS=136561557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	136569974	rs2510248	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=212;SC=CTGGGGAGGCGGGGCACACGG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=136569982;WS=136569964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	136570004	rs2502747	GT	AC	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=767;SC=GACGGGGCACGTGGAGGGGCA;SOR=2.124;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=19;WE=136570013;WS=136569994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	136573412	rs2073815	G	A	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=59;PP=2965;SC=GCGTTACCTCGTGCAGCGGGT;SOR=1.405;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=117;TCR=59;TR=175;WE=136573420;WS=136573402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	136578271	rs582326	G	C	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=81;NR=94;PP=2965;SC=GAGAGGCCTGGAGTCCCTTTT;SOR=1.029;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=82;TCR=94;TR=175;WE=136578279;WS=136578261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr9	136584196	rs2027963	T	G	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=120;PP=2965;SC=CTTGGCATCATCCAGAACTGG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=66;TCR=120;TR=186;WE=136584204;WS=136584186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	136590812	rs150689824	A	AAAAC	1040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=41.63;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	136594864	rs2427988	A	G	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=52;PP=2245;ReadPosRankSum=-1.089;SC=AGACTGACACAGAACCCGGGG;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=134;WE=136594872;WS=136594854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr9	136596397	rs916619	G	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=649;SC=GCTGGGAACAGGGGACCCAGA;SOR=4.332;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=26;WE=136596405;WS=136596387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	136599146	rs573904	C	T	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=52;PP=2271;SC=CCGAGGTGCCCTGTCCCTCCT;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=120;WE=136599154;WS=136599136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	136599315	rs2488553	G	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=481;SC=AGGCCTCAGCGAAACAGGGAG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=136599323;WS=136599305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	136629256	.	CTGTG	C,CTG	2811.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=31.24;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,14,73:0.16,0.81:90
chr9	136629298	rs2797825	A	G	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=45;PP=1319;SC=GTGCATGTCTATGTTGGGGTG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=136629306;WS=136629288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	136629399	rs2797826	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=258;SC=GGGAGTAAGAGCAACCCAGAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=136629407;WS=136629389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	136637177	.	A	ACACACGGCCCCGGCGGTCACTGCGTGAGGGC	4095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.71;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr9	136637198	.	C	T	1205	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=33;NR=51;PP=1205;QD=14.7591811018;SC=CGGCGGTCACCGCGTGAGGGC;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=112;TCF=35;TCR=77;TR=84;WE=136637206;WS=136637188;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,84:0.75:112
chr9	136637242	rs2510244	A	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=30;PP=799;SC=AGCCAGGCTCATTCTGTGTTT;SOR=4.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=136637250;WS=136637232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	136640226	rs2488559	G	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=31;PP=903;SC=CAGTGTCTGAGGGGTGCCCAG;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=136640234;WS=136640216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	136641235	rs667183	C	T	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=42;PP=1909;SC=TTAACGGCCCCCCAGGGCCAC;SOR=1.059;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=106;WE=136641243;WS=136641225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	136641313	rs2077065	G	C	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=55;PP=1479;ReadPosRankSum=-0.831;SC=CTGCCCTGGAGGGGACTGTCT;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=104;WE=136641321;WS=136641303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr9	136643994	rs602990	T	C	6038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=119;NR=101;PP=2965;SC=TAATTCTGCATGGCCACCATC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=120;TCR=102;TR=220;WE=136644002;WS=136643984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr9	136645079	rs540626	G	C	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=90;NR=65;PP=2675;SC=GACAAGGACAGAACACAGAGA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=90;TCR=65;TR=155;WE=136645087;WS=136645069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr9	136648535	rs2488563	T	C	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=479;SC=CCGTGGGAGATGGTGCCCGAG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=136648543;WS=136648525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	136648565	rs680458	G	A	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=748;SC=CAGGTGGTAGGGGGCAGAAGT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=136648573;WS=136648555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	136648606	rs1468128	G	A	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=44.30;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr9	137019511	rs28703244	T	C	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=81;PP=2965;SC=ACGTGGGGGATGGGGAGCGGG;SOR=1.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=180;TCR=81;TR=261;WE=137019519;WS=137019501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr9	137020431	rs28620999	A	G	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=41;PP=1490;SC=GCCTCCAGACATGCCGCCTCA;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=101;WE=137020439;WS=137020421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	137021442	rs28605038	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=308;SC=GCGGGGCTGTCCCCATTGGGA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=137021450;WS=137021432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	137293761	rs2234753	G	A	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=878;ReadPosRankSum=-0.844;SC=GGGAGGGGGTGGGGCCTGGGG;SOR=1.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=44;WE=137293769;WS=137293751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr9	137299949	rs1805352	C	A	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	137300725	rs1805349	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=3;PP=649;SC=CGTTGGATGGGGGGTGGGCTC;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=137300733;WS=137300715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	137320855	rs3118570	G	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=4;PP=1066;SC=AGGATGGGTCGGTGACATGCT;SOR=4.021;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=41;WE=137320863;WS=137320845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	137321156	rs1536475	A	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=34;PP=1030;SC=GAGTTCAGCCACCTTGGCCCC;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=137321164;WS=137321146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	137325822	rs3132293	T	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=321;SC=CCAGCGGCATTCCTCCACCAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=137325830;WS=137325815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	137328286	rs1805343	G	A	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=36;PP=2166;SC=CCCCTTGCCCGGCCCTCACCA;SOR=1.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=78;TCR=36;TR=114;WE=137328294;WS=137328276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	137600270	rs4841925	T	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=-1.299;SC=ACTCCCGGGGTGGGGGCTCTG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=10;WE=137600278;WS=137600259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr9	137600687	rs3128588	C	T	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TGGGCGGGGCCGTGCTCCCTC;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=105;TCR=113;TR=214;WE=137600695;WS=137600677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr9	137619195	rs3124299	C	T	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=49;PP=2050;SC=ACTGTGACACCGCAGTACCTG;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=121;WE=137619203;WS=137619185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
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chr9	137622033	rs3124308	A	G	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	137622039	rs3128598	G	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.24;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	137622455	rs3128600	A	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=820;SC=GTTCCACCACACCCTGGCCCT;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=30;WE=137622463;WS=137622445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	137623555	rs3109675	T	C	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=80;PP=1777;SC=GGGGGGCTGGTGGGGCATCAT;SOR=3.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=14;TCR=81;TR=94;WE=137623563;WS=137623545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	137623601	rs3124310	C	G	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=42;PP=1160;SC=CAGGGGTGGGCCTCTACGGGC;SOR=4.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=45;WE=137623609;WS=137623591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	137672012	rs3124932	C	T	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=47;PP=1343;SC=TCCTTGCAGCCACGGGGCCCC;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=137672020;WS=137672002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	137674331	rs9409919	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=521;SC=AGCTGGGAACGCAGAGCTCAT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=137674339;WS=137674323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	137694032	rs10858281	C	A	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=37;PP=1045;SC=GGAGCAAGCACAGATGTGTTT;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=137694040;WS=137694022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	137702200	rs3827850	G	C	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	137702209	rs3827849	G	A	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	137707942	rs4841934	T	C	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=50;PP=1353;SC=TAGTTGATATTGATTCCTTTA;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=137707950;WS=137707932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	137708803	rs3811149	A	G	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=30;PP=1323;SC=TGAAATCGCCATGTGTTTTGC;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=137708811;WS=137708793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	137708934	rs10858282	T	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=33;PP=956;SC=GGGTAAATAATCCTGCAGGCA;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=137708942;WS=137708924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	137708960	rs10776910	A	C	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=25;PP=734;SC=TTGCTGTCAAATCCCTGCATG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=137708981;WS=137708950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	137708973	rs10858283	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=24;PP=685;SC=CCTGCATGAAACACCCCCGCC;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=137708981;WS=137708950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	137709517	rs7854010	T	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=840;SC=CTCGTCCCTCTGCCCCTGCAG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=137709525;WS=137709507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	137709780	rs11792894	T	C	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=40;PP=1035;SC=CCATGGAGGCTGAGAGTGGCT;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=137709788;WS=137709770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	137709795	rs7847840	C	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=33;PP=939;SC=GTGGCTGCCCCAGGGGCACCT;SOR=2.059;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=45;WE=137709803;WS=137709785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	137710837	rs11792181	C	T	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=99;PP=2965;SC=CCCCTGCCTCCTCCCACAGGG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=200;WE=137710845;WS=137710827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	137710961	rs10745388	G	A	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=40;PP=1103;SC=GTGGCCGTGGGTCTCAAACTC;SOR=2.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=137710969;WS=137710951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	137714027	rs9697186	T	C	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=28;PP=728;SC=TGGTCATTCCTGGGAGGGCAG;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=137714035;WS=137714017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	137715150	rs3128599	AT	TG	5741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=46;PP=2947;SC=GCTGTGGCTGATAGGGCCACC;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=116;WE=137715159;WS=137715140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	137717610	rs7868111	T	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=48;NR=21;PP=1095;SC=TGACTCTGCCTGCCTCCCTCC;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=137717618;WS=137717600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	137741291	.	A	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.86;MQRankSum=-0.815;QD=37.42;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,31:0.89:35
chr9	137741297	rs201757360	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.50;MQRankSum=-2.321;QD=42.56;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr9	137741299	rs371945436	T	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.55;MQRankSum=-2.647;QD=33.69;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr9	137742018	.	A	ATATCACACCTCCCAGGAAGCACGG	11852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.05;MQRankSum=-0.574;QD=55.91;ReadPosRankSum=0.093;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chr9	137742124	rs62571442	G	A	15257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=291;NR=289;PP=2965;SC=GGATCACACCGCTCAGGAAGA;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=583;TCF=291;TCR=292;TR=580;WE=137742132;WS=137742114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,581:1.00:581
chr9	137742496	.	TGGGATCAGACCTCCCAGGGAGCACGGGATCACACCTCCCAGGAAAGCAC	T	9237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.10;QD=45.28;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	137742538	.	GA	G	2429	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=56.22;NF=29;NR=30;PP=2429;QD=42.0005237266;SC=CACCTCCCAGGAAAGCACGGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=59;WE=137742553;WS=137742528;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,59:0.92:64
chr9	137772604	rs7865453	A	C	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=28;PP=1334;SC=TTGGAGTCTGAGGGAGGCTGG;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=76;WE=137772612;WS=137772594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	137772792	rs3128627	C	T	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=41;PP=1147;SC=GGGCCTCCTCCTGGAAACTTC;SOR=2.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=137772800;WS=137772782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	137775084	rs7024491	A	G	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=58;PP=2428;SC=CGCCAGCTCCAGGGTGGGCCC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=142;WE=137775092;WS=137775074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	137775212	rs7037264	G	A	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=61;PP=1940;SC=GTAAGGAGGGGACAAGAGTGA;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=102;WE=137775220;WS=137775202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	137776719	rs12685659	A	T	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=72;PP=2317;SC=GACAAATATGAACAGAAGAAA;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=139;WE=137776727;WS=137776709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	137777788	rs12684723	G	A	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=47;PP=1567;SC=CCTGAATGGGGGTGCCCCTGC;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=137777796;WS=137777778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	137779091	rs7851696	G	T	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=34;PP=1603;SC=CGGAAATTGTGCTGTGATGTT;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=137779099;WS=137779081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	137779306	rs4521835	T	G	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=58;NR=61;PP=1999;SC=CATAGTTGGTTGGGGGGTAGG;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=119;WE=137779314;WS=137779296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	137967701	rs730539	T	C	7983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=165;PP=2965;SC=GCCCGGCCCCTCGGGAGCCCC;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=120;TCR=165;TR=285;WE=137967709;WS=137967686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr9	137968919	rs61043559	G	GAA	6030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=60;PP=2967;SC=CTCTAGGAGAGGTTTTCTTGG;SOR=0.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=76;WE=137968927;WS=137968909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	137968951	rs56222438	G	A	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.286;NF=44;NR=65;PP=2163;ReadPosRankSum=2.184;SC=CCTGGTGGAGGGTGGTGGTTG;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=109;WE=137968959;WS=137968941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr9	137982127	rs500461	T	C	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=57;PP=2336;SC=CAGTGGTCGCTCCACAGCAGA;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=122;WE=137982135;WS=137982117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	137982220	rs10628208	A	ATGTG,ATG	951.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.513;NF=2,2;NR=39,39;PP=134,1009;ReadPosRankSum=-0.970;SC=GTGAGTTTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.368;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=41,41;WE=137982242;WS=137982210;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.70:44
chr9	137982232	rs56337838	T	G	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.26;MQRankSum=-0.675;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.894;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
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chr9	138236031	rs914398	A	G	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=99;PP=2965;SC=CCGGACGCCCAGTCCTGGGCT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=107;TCR=100;TR=206;WE=138236039;WS=138236021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr9	138236212	rs914397	T	G	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=75;PP=2354;SC=ACCGCCCCAATGGGGTTGGTT;SOR=1.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=109;WE=138236220;WS=138236195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	138377698	.	A	C	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=24;PP=1302;SC=CCATGCCCCCAAGCTCCTGAA;SOR=1.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=138377706;WS=138377688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	138378856	rs2078266	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=602;SC=AGTGGACAGCAACGACAGCAT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=138378864;WS=138378846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	138379002	rs1975518	T	G	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=35;PP=1714;SC=GGAAGGAGCCTGCCCCACCGC;SOR=1.141;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=90;WE=138379010;WS=138378992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	138387483	rs2274650	G	A	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=51;PP=1524;SC=AAAGGAACACGGATTAATGAC;SOR=2.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=67;WE=138387491;WS=138387473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	138391299	rs7037251	T	A	5514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=84;PP=2965;SC=CCGACACAAATCAGTGGAGCT;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=180;WE=138391307;WS=138391289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr9	138391517	rs2274651	A	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=47;PP=1555;SC=GCTATCGAGCAGTGGACGCCA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=138391525;WS=138391507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	138391774	rs2274652	C	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=28;PP=775;SC=GGGGAGCGAGCGGAGGGGCCT;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=138391782;WS=138391764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	138392889	rs140165953	C	A	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=103;NR=61;PP=2815;SC=GGGAAGGCGACCCCCCGGCCT;SOR=1.051;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=104;TCR=61;TR=164;WE=138392897;WS=138392879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	138415201	rs56239374	C	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=31;PP=947;SC=GCTGGATGTGCGGGGGCAGCC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=138415209;WS=138415191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	138415238	rs56120410	C	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=22;PP=695;SC=GGCCTTTTGGCCTGGGAAGCC;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=138415246;WS=138415228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	138416919	rs3216169	GC	G	1403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=7;PP=1273;SC=CTGATGAGGGGCCCCGGTCCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=35;WE=138416927;WS=138416909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	138438976	rs78161279	G	C	97.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=32.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	138438980	rs4006724	G	T	129.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=64.52;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	138438982	rs4006725	T	G	95.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.38;QD=31.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	138439005	rs504061	A	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=258;SC=CCGCTGCCCGAGTGTCTCCTG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=138439013;WS=138438995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	138439189	rs148884427	G	GC	3225.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=1423;SC=CTTCTGCCAGGGTCCCAGCCC;SOR=1.002;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=30;WE=138439198;WS=138439179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	138439190	rs62578296	G	T	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=20;PP=941;SC=TTCTGCCAGGGTCCCAGCCCT;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=38;WE=138439198;WS=138439179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	138439806	rs72766543	C	T	5501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	138439809	rs72766544	T	C	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.60;ReadPosRankSum=1.825;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr9	138439904	rs72766546	C	T	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=39;PP=1136;SC=ACCATCATCACGCCCTGGCAC;SOR=1.426;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=65;WE=138439912;WS=138439894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	138440554	rs55695858	G	C	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.05;QD=46.07;SOR=2.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	138440562	rs3178137	C	T	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.29;QD=42.73;SOR=2.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	138440624	rs3827835	G	C	10597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=90;PP=2965;SC=AGGGACTCTCGGAGGAGGACA;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=139;TCR=92;TR=227;WE=138440632;WS=138440614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr9	138440641	rs2853652	T	C	11386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=114;PP=2965;SC=GACATTTTCATGCCCCTGCAG;SOR=0.889;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=155;TCR=114;TR=267;WE=138440649;WS=138440631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr9	138440726	rs3827838	C	T	7564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	138440726	.	CCA	TCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=60;NR=100;PP=2947;QD=20;SC=CCCATGACCCCCATGTCCTCC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=62;TCR=102;TR=160;WE=138440736;WS=138440716;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,160:0.98:164
chr9	138440728	rs3827839	A	G	7654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.84;SOR=1.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr9	138440748	rs3827840	C	T	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.69;SOR=1.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	138440756	rs3827841	G	A	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.46;SOR=2.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr9	138453811	rs697448	A	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=19;PP=621;SC=GCGGGCAGGCAGGAAGCCCAG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=138453819;WS=138453801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	138454301	rs3748206	C	T	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=85;PP=2859;SC=ATCATTGAGACGGGCTGGGCG;SOR=0.953;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=163;WE=138454309;WS=138454291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	138516531	rs7466817	G	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=31;PP=929;SC=GAAACACACAGTGGGGAAGAA;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=138516539;WS=138516521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	138516570	rs58631066	CTTTTTTTTTTTTT	C	223.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.30;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	138518010	rs1333240	A	G	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=31;PP=1125;SC=CCCATAGGACAGGAGCGAGCC;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=138518018;WS=138517987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	138557256	rs492708	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=37;PP=1052;SC=CTCTGAAGTCCGGCCCAACCC;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=138557264;WS=138557246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	138586198	rs572335	G	A	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=45;PP=2885;SC=GTGCTTACGCGGGGGGACCAG;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=105;TCR=45;TR=150;WE=138586206;WS=138586188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	138586309	rs484524	A	G	8308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=139;PP=2965;SC=CAGACCTGGAAGCGACAAGCT;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=284;TCF=145;TCR=139;TR=284;WE=138586317;WS=138586299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr9	138586457	rs548911	T	C	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=37;PP=925;SC=CGGGGAGAAATGCAGAGGCCA;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=138586465;WS=138586447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	138586966	rs3119932	GC	AA	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=10;PP=1360;SC=ATGGCCAGGGGCCCAGCCTGG;SOR=1.567;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=40;WE=138586975;WS=138586956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	138587203	rs2769033	A	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=399;SC=GTCCACTCACACTGACCGAGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=138587211;WS=138587193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	138587220	rs2483364	T	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=203;SC=GAGCACCTGCTCTGCTGCCTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=138587228;WS=138587210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	138590138	rs506498	T	C	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=41;PP=1746;SC=ATCACCGTGATGCCGGAGGAC;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=138590146;WS=138590128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	138590347	rs529976	C	T	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=73;PP=2401;SC=GAAACAAATACCTCTGGGCCC;SOR=1.058;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=134;WE=138590355;WS=138590337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	138590680	rs474061	G	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=276;SC=TTCCCCAACAGGGCTTTTCTG;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=138590688;WS=138590670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	138590928	rs471525	C	T	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=29;PP=935;SC=GCCCGAGCCCCGGGCCGAGTC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=138590936;WS=138590918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	138591230	rs558113	C	T	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=80;PP=2965;SC=ACCCCTTGGCCGCCAGCCCAA;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=169;WE=138591238;WS=138591220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	138591266	rs559326	A	G	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=84;PP=2789;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CCCTGACGGTAGGGATTCTGG;SOR=0.334;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=73;TCR=86;TR=157;WE=138591274;WS=138591256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr9	138594266	rs5901089	A	AC	1531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=26;PP=1183;SC=CTAACCTAAGACCCCCAAGTT;SOR=0.952;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=30;WE=138594274;WS=138594256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	138606581	rs141291153	C	CGG	10792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=98;PP=2967;SC=GGACCGGGCGCGGGGTGGGGG;SOR=0.910;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=135;TCF=21;TCR=114;TR=119;WE=138606594;WS=138606571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr9	138606586	rs2385007	T	C	10802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=98;PP=2910;SC=GGGCGCGGGGTGGGGGCTGGG;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=77;TCR=98;TR=175;WE=138606594;WS=138606571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr9	138642912	rs10122976	C	A	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	138644203	rs10735239	T	C	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=102;PP=2933;SC=CTCCTAAGAATGAACCTCCTG;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=97;TCR=102;TR=199;WE=138644211;WS=138644193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr9	138645716	rs12378616	C	T	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=31;PP=2017;SC=TGGAAGCCCTCGGGCAGCAAG;SOR=1.835;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=102;WE=138645724;WS=138645706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	138646881	rs4842032	C	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=492;SC=CCAGTGGAGGCCAATGGTTAT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=25;WE=138646889;WS=138646871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	138648829	rs13286338	C	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.67;QD=40.56;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	138648837	rs59909130	A	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.11;QD=41.20;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	138648838	.	G	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.66;QD=41.27;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	138648847	.	A	AC	577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.11;QD=41.27;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	138648849	.	C	CCTCTCCCA	821	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=1;NR=22;PP=821;QD=36.5217391304;SC=CCTCCCCCACCTCCCCCACCC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=138648876;WS=138648803;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr9	138660548	rs35127932	G	A	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=42;PP=1508;SC=CTGCCCAGGCGGGAGGGGCAC;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=138660556;WS=138660538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	138662273	rs17038714	G	A	8166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=156;PP=2965;SC=TCACCTACGCGGCCTTCCACG;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=127;TCR=156;TR=283;WE=138662281;WS=138662263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr9	138662309	rs10776844	A	G	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=98;PP=2878;SC=GCCGGGCTGCATCCACAGGGC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=64;TCR=98;TR=162;WE=138662317;WS=138662299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	138662661	rs10858172	G	A	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=11;PP=938;SC=GGGACAGGGCGGGTGAGCGGC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=138662669;WS=138662651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	138664851	rs36100410	G	A	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.14;NF=23;NR=46;PP=1355;SC=CCATGAGTGCGGGGGATGGGT;SOR=1.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=69;WE=138664859;WS=138664841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	138669261	rs914428	G	A	6533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=125;PP=2965;SC=CGGCAGAGACGGCCGGCAATG;SOR=1.019;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=100;TCR=125;TR=225;WE=138669269;WS=138669251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	138679911	rs12555229	C	G	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=51;PP=2734;SC=CTCTCTCTCTCTTTCTGTCTG;SOR=1.131;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=83;TCR=51;TR=132;WE=138679919;WS=138679887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr9	138707727	rs913342	C	G	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=36;PP=1789;SC=GGAGGGCGAACGCCGTCACCT;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=90;WE=138707735;WS=138707717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	138754582	rs2039330	A	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=351;SC=CAATTGCAATAATCTAGAAAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=138754590;WS=138754572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	138816898	rs4842048	T	C	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.37;SOR=1.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	138816906	rs4842049	T	C	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.82;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	138825117	rs6569	A	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=3;PP=566;SC=GAGCAGGAGCAGCTGCAGCAC;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=138825125;WS=138825107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	138831640	rs145115840	C	T	7677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=161;PP=2965;SC=TCGCTGGGGGCGGCAGGAGGC;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=110;TCR=161;TR=271;WE=138831648;WS=138831630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr9	138837113	rs10776856	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=301;SC=GGCAAGAGACTCTTTCCAACA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=138837121;WS=138837103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	138837958	rs2297691	C	T	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=58;PP=1553;SC=CCCTCAGGCACATCAACAGGA;SOR=2.359;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=78;WE=138837966;WS=138837948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	138838140	rs7028495	T	C	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=22;PP=1208;SC=ACAATTCCACTGCATCTGGGT;SOR=1.310;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=70;WE=138838148;WS=138838130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	138839888	rs2297689	C	T	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=36;PP=1062;SC=CCTTGATGAGCTGGGGGAGCC;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=138839896;WS=138839878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	138898893	rs4842070	C	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=9;PP=814;SC=CCATCCAAATCTTCAAGTCAA;SOR=2.049;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=138898901;WS=138898883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	138899253	rs56162840	G	GCA	5882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=90;PP=2969;SC=ACACGCACGTGCACACAGACG;SOR=2.452;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=119;TCF=5;TCR=114;TR=93;WE=138899261;WS=138899243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	138899276	rs71759303	TACAC	T	3176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=61;PP=2954;SC=CGTGCACACATACACACAGAC;SOR=4.587;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=62;WE=138899287;WS=138899266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	138903671	rs9626	A	G	6841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=133;PP=2965;SC=GTGCCGCGGCAGGCGGGAACT;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=105;TCR=133;TR=238;WE=138903679;WS=138903661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr9	138904997	rs2280485	T	C	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=55;PP=1867;SC=GGCTGGGATCTGAACCCAGCC;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=112;WE=138905005;WS=138904987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr9	138905136	rs2280486	C	T	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=42;PP=1292;SC=TGTTGGCCAGCGTGTTCCTGG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=138905144;WS=138905126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	138905214	rs2280487	C	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=545;SC=CCCGCCCGCACGAATGCCCTG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=138905222;WS=138905204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	138905884	rs11103273	T	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=11;PP=244;SC=GGCGCACAGATGGGTGAGGGG;SOR=1.911;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=15;WE=138905892;WS=138905874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	138927183	rs149084098	T	C	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=87;NR=59;PP=2223;SC=TGTGACGCACTGAGAAGGTTC;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=146;WE=138927191;WS=138927173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	138927396	rs150781505	A	G	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=53;PP=2149;SC=GTGATTCTGGATTAAATACCA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=118;WE=138927404;WS=138927386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	139010319	rs1717447	A	C	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=101;SC=CGGGTCCCCGACCGCAGCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=139010327;WS=139010317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	139089679	rs7860634	G	A	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=16;PP=567;SC=CCCCTGGGTCGGAGAAAGAGT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=139089687;WS=139089669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	139089717	rs7850466	TA	GC	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=793;SC=TGACAGGTCATAACAGGCCCC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=139089726;WS=139089707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	139090465	rs3215774	T	TC	890.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=587;ReadPosRankSum=0.204;SC=CGCGCGCTCGTCCCCCCCCGA;SOR=0.507;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=25;WE=139090481;WS=139090455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,40:0.91:44
chr9	139091797	rs1924521	A	C	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=40;PP=1828;SC=GGTTGGAGAGAGGCAAGCGGC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=139091805;WS=139091787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	139092679	rs4842131	T	C	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=45;PP=1341;SC=CGCGAGCCAGTCTCCCCTCCG;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=139092687;WS=139092669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	139094773	rs2274115	A	G	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=21;PP=1076;SC=CGGTGCAGCCACTCGGCCCGG;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=139094781;WS=139094763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	139094805	rs2274116	C	T	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=30;PP=1369;SC=GGCGCAGGTCCGCCCTCCGCG;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=139094813;WS=139094795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	139100805	rs9696116	T	C	8760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=165;PP=2965;SC=GCAAGCTCTCTGGAAGGGCAG;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=148;TCR=168;TR=312;WE=139100813;WS=139100795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr9	139107230	rs10858247	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=26;PP=505;SC=GCTGCCTTCTTGACTGGGGGG;SOR=3.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=28;WE=139107238;WS=139107220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	139108359	rs55791344	G	A	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=9;PP=590;SC=CCCGGGCCCCGAGCAGGGAGA;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=139108367;WS=139108349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	139110654	rs12684650	C	T	5320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=80;PP=2965;SC=ACAGCTTCGACCTAGGACGGG;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=179;WE=139110662;WS=139110644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr9	139118515	rs72773794	C	T	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=433;SC=AAAACACAGGCACTATGATGT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=139118523;WS=139118507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	139137626	rs79849109	C	T	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=80;NR=72;PP=2360;SC=GGCTGCGCGCCACCGCCGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=80;TCR=72;TR=152;WE=139137634;WS=139137616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	139142710	rs62579871	G	A	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=37;PP=1299;SC=GCTCCCGGGCGAGGGGTGTCT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=67;WE=139142718;WS=139142700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	139221567	rs72775735	C	A	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=78;PP=2584;SC=GAGGGTAGGACCCCCGAGGCG;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=140;WE=139221575;WS=139221557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	139221808	rs144733220	ACCCCCTC	A	820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=436;SC=TGGGGCCCACACCCCCTCCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=139221822;WS=139221798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	139221843	rs28676496	C	G	253.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=228;ReadPosRankSum=1.195;SC=GGGGACTGCCCGCCTCACGGC;SOR=2.038;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=139221851;WS=139221833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr9	139222174	rs28495820	T	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	139230292	rs28447209	T	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=432;SC=ATCACCTCAGTGGTTGCAGGC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=139230300;WS=139230282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	139230585	rs28583929	T	C	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=60;PP=1797;SC=GGGCTGGGTGTCTCCCACCCC;SOR=1.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=90;WE=139230593;WS=139230575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	139232033	rs28489139	A	G	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=65;PP=2179;SC=TGAGCCGGGCAGGGTGACAGG;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=126;WE=139232041;WS=139232023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	139235415	rs60980157	C	T	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=15;PP=749;SC=CCGGCAGCCTCAGAGAAGCCT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=139235423;WS=139235405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	139257411	rs10870202	T	C	5585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=81;PP=2965;SC=TGGGTGGCCTTCTGGCCCAGC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=185;WE=139257419;WS=139257401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	139258462	rs1135314	A	G	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=61;PP=2965;SC=CACTAATACAATGCATGCATG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=94;TCR=61;TR=155;WE=139258470;WS=139258452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	139261933	rs3812555	C	T	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=28;PP=1258;SC=CTGAACTGCTCGTGTGCCCTC;SOR=1.005;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=78;WE=139261941;WS=139261923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	139265801	rs115131813	C	T	6070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=97;PP=2965;SC=AGACGCGGGCCGGCTCCTTGC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=117;TCR=97;TR=214;WE=139265809;WS=139265791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	139266405	rs10781499	G	A	5924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=88;PP=2965;SC=CCTCATCATCGGGGTTCAGGA;SOR=0.817;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=115;TCR=88;TR=202;WE=139266413;WS=139266395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr9	139266496	rs4077515	C	T	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=75;PP=2564;SC=CTCCAGGACGCTCCAGCACTC;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=131;WE=139266504;WS=139266486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	139270975	rs3812562	C	T	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=68;PP=2126;SC=GTGACACCCCCGAGCCATGAT;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=125;WE=139270983;WS=139270965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	139271919	rs11791262	C	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=755;SC=GCCCCCACCCCACTGCTCCAG;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=139271927;WS=139271909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr9	139272502	rs3812565	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=11;PP=991;SC=CAGGCTGGGGTAGGGGCGGCT;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=139272510;WS=139272492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	139273288	rs3829112	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.285;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=813;ReadPosRankSum=0.635;SC=GGGCTGTGCCCTCGGCCTCTG;SOR=0.487;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=47;WE=139273296;WS=139273278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr9	139273790	rs3812568	C	A	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=30;PP=945;SC=AAGCCCCAGGCATCTGGCCCA;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=139273798;WS=139273780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	139275204	rs3812570	A	C	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=54;PP=2750;SC=GCAGAAGATGAACTGGTGGGT;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=135;WE=139275212;WS=139275194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	139275294	rs3812571	G	C	5873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=101;PP=2965;SC=CAGTATCGATGTGGAACAGCT;SOR=0.851;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=97;TCR=102;TR=198;WE=139275302;WS=139275284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr9	139276680	rs3812573	C	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=11;PP=911;SC=GTGGCGTGCGCGTGGGTGTCT;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=139276688;WS=139276670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	139279173	rs10781510	G	A	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=78;PP=2965;SC=GCAACTTACCGACACCATATT;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=168;WE=139279181;WS=139279163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	139281847	rs78428995	T	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=3;PP=882;SC=CGCTGGCCGCTGTCCCCCAGC;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=139281855;WS=139281837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	139287279	rs113704900	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=480;SC=GGCTGCGGGGCGGGGCAGGTT;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=139287287;WS=139287269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	139288682	rs141530587	C	CT	3642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=23;PP=1784;SC=CCGTTTTTGACTTATGGTTTT;SOR=1.121;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=41;WE=139288700;WS=139288672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	139288688	rs76179734	G	T	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	139288692	rs11145863	T	C	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	139289825	rs4266763	A	G	7053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GGCTTTTGCCATCTTTCACCT;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=148;TCR=117;TR=263;WE=139289833;WS=139289815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,277:0.99:279
chr9	139290011	rs11145874	G	A	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=51;PP=1646;SC=GGGGGCTCTGGGGGTGGGGAG;SOR=2.566;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=66;WE=139290019;WS=139290001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	139290251	rs4498662	C	G	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=41;PP=1364;SC=TGGCATGTGACGAGATGAGAC;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=75;WE=139290259;WS=139290241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	139298580	rs1131992	C	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=21;PP=1392;SC=TGCTTCACCACGGTCAGGCTG;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=77;WE=139298601;WS=139298570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	139298593	rs1051957	A	G	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=71;NR=35;PP=1722;SC=TCAGGCTGGCACCCTGGCCGC;SOR=1.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=106;WE=139298601;WS=139298570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	139299637	rs3812577	C	T	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=39;PP=2101;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TTCTAACTTCCGCTCAAGCGT;SOR=1.177;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=84;TCR=40;TR=123;WE=139299645;WS=139299627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr9	139300547	rs10781518	A	G	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=35;PP=958;SC=TCAGTGCAGCATCCACCTGCA;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=139300555;WS=139300537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	139301583	rs3087886	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	139302049	rs11145915	A	T	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=113;SC=AATGGAGGCCATGCTTCTGAC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=139302057;WS=139302039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	139302094	rs4880155	C	G	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=178;SC=TTCTGCCTCGCAACAAGAAGA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=139302102;WS=139302084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	139303301	rs4487900	A	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=674;SC=CTACTCTAGGATCAAGACTGA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=139303309;WS=139303291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	139303635	rs35168798	CT	C	91.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=1.150;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr9	139306467	rs10870144	C	T	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=11;PP=1459;SC=CTCCTGCGTACAGACGGTTTA;SOR=2.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=67;WE=139306475;WS=139306457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	139307194	rs3841202	T	TA	1056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=10;PP=492;SC=AAGTAGATTTTAAAAAAAAAT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=21;WE=139307202;WS=139307184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	139313403	rs4604565	G	A	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=61;PP=2948;SC=TCCTCAGTGCGGTTGCCTGTC;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=152;WE=139313411;WS=139313393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	139316601	rs10870165	C	T	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=74;PP=2548;SC=GTCGTGGGGTCGCAGACCTGG;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=139;WE=139316609;WS=139316591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	139324680	rs4451431	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=1;PP=932;SC=CATGGGACGACGGCACGACCC;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=37;WE=139324688;WS=139324670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	139324740	rs10870182	C	T	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=42;PP=2533;SC=TGTCTCGCCCCGGCCTCACTT;SOR=1.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=94;TCR=42;TR=136;WE=139324748;WS=139324730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	139325641	rs68002978	C	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=30;PP=798;SC=GCCCTCACCTCTCCTCATCTC;SOR=2.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=139325649;WS=139325631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	139326304	rs10870188	G	A	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=27;PP=1895;SC=TGAGCTGGTCGTGCTGCAGCA;SOR=1.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=101;WE=139326312;WS=139326294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	139327034	rs10870194	A	G	5990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=92;PP=2965;SC=CCTTCCCGTCACCTGCTGTGG;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=116;TCR=92;TR=208;WE=139327042;WS=139327024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	139327439	rs10781542	A	G	9941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=166;PP=2965;SC=AGAGGAAGGAAGTGCCAAAAA;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=187;TCR=167;TR=352;WE=139327452;WS=139327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr9	139328551	rs10870199	T	C	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=29;PP=1221;SC=CGGCCTCGGCTGGGAGCAGGA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=80;WE=139328559;WS=139328541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	139328722	rs7851507	G	T	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=39;PP=1128;SC=CAAAAAGGGAGCTGCCCGGTC;SOR=1.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=139328730;WS=139328712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	139333049	rs5901103	GCCCT	G	1703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=10;PP=1346;SC=CACCCGCCAGGCCCTCCCTAC;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=139333060;WS=139333039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	139340351	rs36066734	A	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=460;SC=AACCCTGTTGACTCTAGACCC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=139340359;WS=139340341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	139341529	rs3841203	CA	C	2753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.079;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.192;NF=12;NR=64;PP=1389;ReadPosRankSum=-0.236;SC=ACAGGCAAATCAAAAAAAAAA;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=13;TCR=70;TR=76;WE=139341537;WS=139341519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr9	139358899	rs142408856	C	T	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=28;PP=1683;SC=CCACCAAGGCCGGCTGTCCTT;SOR=1.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=139358907;WS=139358889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	139360354	rs3124590	A	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=517;SC=TTCAGATGCCAGGCTGGGTGG;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=139360362;WS=139360344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	139369212	rs17567909	G	A	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=67;PP=2909;SC=TAGCAAATCCGGGAAGAGCAC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=142;WE=139369220;WS=139369202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	139391636	rs2229974	G	A	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=73;PP=2603;SC=AGCCCTTGCCGTCCTGGGACT;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=149;WE=139391644;WS=139391626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	139393307	rs9632944	A	G	6964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=99;PP=2965;SC=TTCTCTGTGGATTCAGCCCTC;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=138;TCR=99;TR=236;WE=139393315;WS=139393297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr9	139396113	rs11574906	T	A	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=270;SC=GTTTCCAGAGTATCAACTGTA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=139396121;WS=139396109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	139396408	rs3124594	A	G	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GCAGCCCGGCAGCAGGTGCCC;SOR=0.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=181;WE=139396416;WS=139396398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr9	139397557	rs34383263	C	G	10042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.694;SC=CTGGCACAAACAGCCAGCGTG;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=343;TCF=167;TCR=176;TR=339;WE=139397565;WS=139397547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,364:0.99:366
chr9	139399641	rs13300218	G	A	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=15;PP=784;SC=CTGGCCAGCCGCGGGGGACGT;SOR=1.061;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=36;WE=139399649;WS=139399631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	139401504	rs3124596	G	A	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=224;SC=CCCGGAAGACGAGCGCTCAGG;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=139401512;WS=139401494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	139402663	rs3124597	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=29;PP=1035;SC=GGACCCGAGCTGGGTGGGCAC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=139402671;WS=139402653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	139402908	rs3812603	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=22;PP=576;SC=AACGCACATCTGCCAAGGGGC;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=139402916;WS=139402898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	139403268	rs3125000	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	139403280	rs11145765	C	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=4;PP=214;SC=GGCACCCACCCAGGGCCCCTC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=139403288;WS=139403258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	139403554	rs3124598	T	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=27;PP=693;SC=GGGGGCTGAGTGGAGGGCATT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=139403562;WS=139403544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	139404988	rs11574896	C	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=8;PP=407;SC=CAACCCTCCCCGGCCACACTC;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=139404996;WS=139404978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	139405093	rs36119806	G	A	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=34;PP=1724;SC=CCAGAGCCGCGGGGCTACTCA;SOR=1.167;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=96;WE=139405101;WS=139405083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	139407452	rs3812608	C	T	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=10;PP=756;SC=CCCTCCAGCACAGGCCCCACC;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=139407460;WS=139407442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	139408892	rs3812609	C	T	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=27;PP=1299;SC=TGTGCAGGTGCCACCCTCCTG;SOR=1.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=139408900;WS=139408882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr9	139440852	rs3013307	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr9	139564668	rs2297538	G	A	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=57;PP=2161;SC=CCAGCGCTGCGTCAACACCGC;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=120;WE=139564676;WS=139564658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	139566823	rs1051828	A	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=38;PP=1135;SC=GGGTCCAGAAACCACCTCGGG;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=139566831;WS=139566813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	139616742	rs945384	A	G	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=65;PP=2123;SC=GATGACCCTCAGCTTCCTCAA;SOR=1.072;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=122;WE=139616750;WS=139616732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	139616840	rs3739939	G	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=735;SC=CATGCCCAGCGCAAAGGCACA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=139616848;WS=139616830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	139634495	rs9886752	G	A	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=95;PP=2963;SC=GAAACATTCTGCCTATCTGAG;SOR=1.172;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=73;TCR=95;TR=168;WE=139634503;WS=139634485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	139635199	rs145287279	C	CTCCTGGG	1159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=1151;ReadPosRankSum=0.267;SC=CCCGCCTCACCTCCTGCCCGG;SOR=2.833;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=16;WE=139635207;WS=139635189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr9	139635430	rs7848807	C	T	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=84;PP=2565;ReadPosRankSum=2.826;SC=CGCTGGTTCCCGGATGGCGTG;SOR=1.248;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=59;TCR=85;TR=142;WE=139635438;WS=139635420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
chr9	139635877	rs12345308	C	T	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=76;PP=2064;SC=TGCCAGCCACCGAGCCCCACC;SOR=3.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=12;TCR=77;TR=88;WE=139635885;WS=139635867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	139639004	rs7848644	A	G	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=49;PP=2687;SC=GCCAGAATCAACCCCAGGGTC;SOR=1.309;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=140;WE=139639012;WS=139638994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	139639571	rs2811726	T	C	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=22;PP=2000;ReadPosRankSum=-1.257;SC=GGGCCCCGAGTGGCCCACGCA;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=81;TCR=22;TR=102;WE=139639579;WS=139639561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr9	139643023	rs1360879	G	A	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=60;PP=1795;SC=GAATTTCTCCGTGTGGGTGGC;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=106;WE=139643031;WS=139643013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	139648918	rs2282261	T	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=40;PP=1694;SC=GGGCGGGCGCTCCGAACCTTG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=90;WE=139648926;WS=139648908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	139649612	rs2282258	C	A	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=44;PP=1914;SC=GGCACACCGCCCTGCAGGATA;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=113;WE=139649620;WS=139649602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	139650167	.	G	GAACAGCATGGGGAACAGTGCAGGGAACCCTGCAGGGAACAGCATGGGGAACGGTGCAGGA	1578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=526.24;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,0:0:3
chr9	139650581	.	CA	C	11529.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.84;QD=43.02;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr9	139650582	.	A	G	2962	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MMLQ=23;MQ=55.24;NF=54;PP=2962;QD=20;SC=GGAACAGCGCAGGGAACAGCA;Source=Platypus;TCF=54;WE=139650627;WS=139650572;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr9	139650583	.	GGGAACAGCATGTGGAACAGCGCAGGGAACAGCATGAGGAACAGTGCA	G	11926.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=3.173;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.85;MQRankSum=-0.333;QD=43.85;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr9	139650595	.	T	G	2661	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MMLQ=19;MQ=51.88;NF=38;NR=33;PP=2661;QD=20;SC=GAACAGCATGTGGAACAGCGC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=71;WE=139650627;WS=139650572;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,71:0.77:92
chr9	139650606	.	A	G	954	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MMLQ=23;MQ=50.63;NF=28;NR=21;PP=954;QD=20.1790043377;SC=GGAACAGCGCAGGGAACAGCA;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=49;WE=139650627;WS=139650572;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr9	139650619	.	A	G	1652	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MMLQ=27;NF=38;NR=18;PP=1652;QD=30.1209145098;SC=GAACAGCATGAGGAACAGTGC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=56;WE=139650627;WS=139650572;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr9	139650653	.	CA	C	14063.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=3.577;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.06;MQRankSum=-0.286;QD=44.09;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr9	139650654	.	A	G	2812	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MMLQ=16;MQ=56.83;NF=93;NR=61;PP=2812;QD=20;SC=GGAACAGCGCAGGGAACAGCA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=95;TCR=65;TR=154;WE=139650662;WS=139650644;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,154:0.96:160
chr9	139650655	.	GGGAACAGCATGGGGAACAGTGCA	G	13866.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=3.627;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.08;MQRankSum=-0.283;QD=42.67;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,324:1.00:325
chr9	139651163	rs57411373	A	AG	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=592;SC=GGAGTATCCCAGGCCTGGAGC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=139651171;WS=139651153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	139652269	rs7045311	G	A	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=44;PP=1570;SC=GCGTCCCCACGAGCTCCCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=94;WE=139652277;WS=139652259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	139652329	rs7045416	G	C	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.52;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	139652333	rs141370879	C	T	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.03;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	139656618	rs2484658	T	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=2;PP=340;SC=GGGCATGGGGTGGGCGGGGCT;SOR=2.636;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=20;WE=139656626;WS=139656608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	139656670	rs2297722	T	C	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=28;PP=1061;SC=ATCATGTCCTTGGGGAGCCCC;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=139656678;WS=139656660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	139656706	rs2297723	A	C	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=38;PP=1763;SC=TCCTGGAAGGACTTCAGAGCC;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=102;WE=139656714;WS=139656696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	139657678	.	GA	G	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9999;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=62.65;NF=2;NR=1;PP=104;QD=43.6666666667;SC=GCGGGGGGCGGAGGGGTGAGG;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=139657686;WS=139657677;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr9	139657834	rs9987876	G	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	139658051	rs4880070	G	T	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=284;SC=GGGAGGGCGGGCAGGGGGCTG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=139658059;WS=139658041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	139658576	rs4880140	G	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=694;SC=GAGTGGCCATGTCTTGGGTGT;SOR=4.332;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=24;WE=139658584;WS=139658566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	139685722	rs2784043	T	C	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=16;PP=1789;SC=TGCCCCTCCGTCCGTAACTGC;SOR=2.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=71;TCR=16;TR=87;WE=139685730;WS=139685712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	139686247	rs3739950	G	A	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=70;PP=2211;SC=GCGTCCAGGTGTCCTGCGGCT;SOR=0.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=128;WE=139686255;WS=139686237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	139686357	rs2784042	T	C	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=48;PP=2266;SC=GGGCCCTGGCTATCCCCGGGT;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=118;WE=139686365;WS=139686347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	139690840	rs1055995	G	A	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=29;PP=950;SC=TGGGGGGCCTGAGAGCAGCCA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=139690848;WS=139690830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	139693452	rs112596159	CCCTGGGG	C	1060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=1;PP=945;SC=TCCCCCTGGACCCTGGGGCCT;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=18;WE=139693466;WS=139693442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	139693596	rs945386	T	C	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=81;NR=64;PP=2198;SC=AAAGAGAATATGGACCAGAAC;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=81;TCR=65;TR=145;WE=139693604;WS=139693586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	139694276	rs4442241	C	T	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.166;NF=74;NR=79;PP=2723;ReadPosRankSum=-1.728;SC=AGACCCAACCCTCCCCACCCC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=153;WE=139694284;WS=139694266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr9	139694521	rs4546744	T	G	6488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.284;SC=CTGATCCACCTGGTGCGGCGG;SOR=1.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=96;TCR=129;TR=222;WE=139694529;WS=139694511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,249:0.99:251
chr9	139694569	rs7859194	A	C	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=79;PP=2383;SC=CTGGAGCTGGACAGCCTGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=118;WE=139694577;WS=139694559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	139716646	.	T	TG	83	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=83;QD=25.0;SC=ACAGAAAACCTGGGGGGGGCG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=139716654;WS=139716636;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr9	139739643	rs10870132	T	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=199;SC=GGCCCCTGCCTGGGCCCCGGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=139739651;WS=139739633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	139744807	rs872463	A	G	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=12;PP=1715;SC=ACACCCCCAGACATGGCCGGC;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=65;WE=139744815;WS=139744797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	139746992	rs10123375	G	A	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=49;PP=1595;ReadPosRankSum=1.185;SC=GGCAGTGACGGACACCAGGGC;SOR=0.344;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=93;WE=139747000;WS=139746982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr9	139749067	rs7869864	C	T	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=46;PP=2193;SC=GGAACCACCGCGCTGGTGGTC;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=120;WE=139749075;WS=139749057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	139752899	rs2275156	T	G	9996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=208;PP=2965;SC=CCACCTGGCCTGGCCCGGCCT;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=144;TCR=208;TR=352;WE=139752907;WS=139752889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr9	139760830	rs76229681	CG	C	1671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=40;PP=1349;SC=TGGCTGCACGCGGGGGGCGGG;SOR=4.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=42;WE=139760838;WS=139760820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	139804274	rs4567138	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=4;PP=1158;SC=GTGCTCCTGCGGCCCCTCGGC;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=48;WE=139804282;WS=139804264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	139804346	rs4448378	C	T	4949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=64;PP=2883;SC=CGTCCACCCTCACACTCCTGA;SOR=1.216;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=107;TCR=65;TR=171;WE=139804354;WS=139804336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	139815053	rs10781522	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=424;SC=AGCAGGTCCTGGAGCTTTAGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=139815061;WS=139815043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	139818169	rs17250631	CTT	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=0;PP=214;SC=GGAAAAAAAACTTTTCTTTGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=139818178;WS=139818159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	139820421	rs7852970	G	A	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=63;PP=2120;SC=GGGCCACCACGCTGGGCCAGG;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=92;WE=139820429;WS=139820411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	139836362	rs7040705	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=274;SC=CCCAGGTCTGGGCTTGTGACC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=139836370;WS=139836352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr9	139837700	rs11339872	AC	A	245.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=1;PP=128;SC=GGCCTGACCCACCCCCCCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=139837708;WS=139837690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr9	139847570	rs884218	T	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=54;PP=1249;SC=CCATGGGCCCTGTCCCAGCAC;SOR=3.458;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=63;WE=139847578;WS=139847560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	139848273	rs2271869	A	G	5790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr9	139848688	rs4880175	C	T	5654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=92;PP=2965;SC=ATGACAACATCGTCTTCCCAG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=204;WE=139848696;WS=139848678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr9	139849843	rs55888789	G	A	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=111;PP=2965;SC=CCAGGCCAGCGTCTGTTGAAG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=121;TCR=111;TR=232;WE=139849851;WS=139849833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr9	139872048	rs4880179	A	G	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=57;PP=2489;SC=CTCATCACACACTGTGGATGG;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=88;TCR=57;TR=145;WE=139872056;WS=139872038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	139875318	rs146717258	C	CCATT	1291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=1169;ReadPosRankSum=-1.161;SC=GTGAGCCACTCCATTCATTCA;SOR=0.853;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=22;WE=139875326;WS=139875308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr9	139875354	.	T	TCATA	628	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=22;PP=628;QD=28.8181818182;SC=ATTCATTCATTCAACACACAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=22;WE=139875362;WS=139875344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr9	139877698	rs968516	A	C	6996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=136;NR=104;PP=2965;SC=TCCCCCAACAATCCCCAGGGC;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=136;TCR=105;TR=240;WE=139877706;WS=139877674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	139878828	rs4880082	T	C	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=20;PP=1019;SC=CCATGTCCTCTAAGGATTGTG;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=139878836;WS=139878818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	139879067	rs2049042	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=796;SC=GGAGGCTGCATGGACTGCTGG;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=139879075;WS=139879057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	139879113	rs2049041	G	A	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=29;PP=1933;SC=GGGGTGCCACGCTCGGGGGGG;SOR=1.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=99;WE=139879121;WS=139879103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr9	139902786	rs4880186	G	C	4787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=86;NR=83;PP=2965;SC=GTTCTCCCCCGACCCCACCCG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=169;WE=139902805;WS=139902776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
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chr9	139903352	rs59031144	G	GC	3343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=52;PP=2228;SC=GCCTGGCAGCGCCCCCCCACC;SOR=1.189;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=76;WE=139903360;WS=139903342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr9	139906359	rs2271862	G	A	8083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=140;PP=2965;SC=CAAACTGCAGGTGCTTGGCCT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=151;TCR=140;TR=291;WE=139906367;WS=139906349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr9	139906513	rs2271863	T	C	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=72;PP=1940;ReadPosRankSum=1.498;SC=GGGGCTGCAGTGCCCACCTGC;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=59;TCR=74;TR=129;WE=139906521;WS=139906503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,144:0.97:148
chr9	139906686	rs45540434	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=24;PP=765;SC=GCTCCTCCCCGCCCCGCCCCG;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=35;WE=139906694;WS=139906676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	139906891	rs45606041	G	A	6641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=115;PP=2965;SC=TGCAGACCTCGGGCGGCGCTA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=108;TCR=115;TR=223;WE=139906899;WS=139906881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
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chr9	139908139	rs10870162	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=9;PP=439;SC=AGGAGACAGGACTCCCGGATG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=139908147;WS=139908129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr9	139943429	rs7873815	G	A	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=67;PP=2386;SC=AGGCGCGCTCGTCGAAGCCGT;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=135;WE=139943437;WS=139943419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	139943549	rs7390981	G	A	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=40;PP=1885;SC=GCGGGACACCGTCAGGCAGGC;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=100;WE=139943557;WS=139943539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	139944496	rs10870169	T	C	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=35;PP=861;SC=GAGCACCTGCTGCCACCCGCC;SOR=1.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=51;WE=139944517;WS=139944486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr9	139944689	rs7869777	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.982;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.28;MQRankSum=-0.392;QD=24.41;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
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chr9	139946804	rs2271867	C	G	4929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	139946905	rs34679600	C	CA	551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=13;PP=633;SC=CTCCCCCCCCCACCCAGTCAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=139946924;WS=139946895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	139946916	rs11145979	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=339;SC=ACCCAGTCATGTGCCAAGCCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=139946924;WS=139946895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr9	139964450	rs71483302	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	139973186	rs7390974	T	C	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=53;PP=1604;SC=GGGAGCGTAGTTGGGGGTCCA;SOR=4.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=59;WE=139973194;WS=139973176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	139973652	rs7390711	A	G	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=80;PP=2924;SC=CCCGCCCCTCACGGAGCCCCG;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=71;TCR=80;TR=150;WE=139973660;WS=139973642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	139973820	rs7037849	C	T	6413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=120;PP=2965;SC=CAGCTACGTGCCTCCGACGGG;SOR=0.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=111;TCR=120;TR=229;WE=139973828;WS=139973810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr9	139975108	rs9314874	T	C	5134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=81;PP=2965;SC=GCCTCTGTGCTGGGACGTGGG;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=113;TCR=81;TR=194;WE=139975116;WS=139975098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr9	139977195	rs4390039	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=14;PP=476;SC=GCCCAGACTGTCCCCAGACTC;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=139977203;WS=139977185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	139981241	rs968732	GT	CG	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=28;PP=1738;SC=AGCTACGCTCGTAGCACACCT;SOR=1.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=44;WE=139981250;WS=139981231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	139981627	rs968733	A	G	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=68;PP=2461;SC=TTTGGCGAGAACTATGACAAC;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=136;WE=139981635;WS=139981617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	139982868	rs3750518	C	T	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=69;PP=2014;SC=CTGATATGTCCAGCCTCCCTT;SOR=1.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=112;WE=139982876;WS=139982858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	139990530	rs7871579	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=400;SC=GGAGCTGTCTTCTGAAGCTGC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=139990538;WS=139990520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	139990906	rs4880199	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=277;SC=AAAACAAGATTGCGGAAACGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=139990914;WS=139990896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	139994102	rs4880200	G	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=884;SC=CTGTGCCGACGCCAGGACCAC;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=139994110;WS=139994092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	139996641	rs13298199	C	A	14401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=23.323;NF=273;NR=318;PP=2962;ReadPosRankSum=6.541;SC=GAGTACAGGTCGGTGGTGTTA;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TR=591;WS=139996631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,576:0.96:599
chr9	139996653	.	ACG	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=51.37;NF=33;NR=188;PP=2962;QD=20;SC=GTGGTGTTACACGTGCTGTTG;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=500;TCF=61;TCR=439;TR=221;WE=139996671;WS=139996631;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:279,221:0.44:500
chr9	139996691	.	ACATT	A	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MMLQ=24;MQ=50.98;NF=61;NR=251;PP=2968;QD=20;SC=GGTGGTACACACATTCATGCT;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=481;TCF=66;TCR=415;TR=312;WE=139996722;WS=139996676;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:169,312:0.65:481
chr9	139996739	.	A	ACG	2954	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=24;MQ=51.97;NF=25;NR=175;PP=2954;QD=20;SC=ACACACATTCACTGTTGCAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=388;TCF=100;TCR=288;TR=200;WE=139996789;WS=139996725;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:188,200:0.52:388
chr9	139996768	.	T	TAC	2964	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=24;MQ=50.61;NF=18;NR=122;PP=2964;QD=20;SC=TCGGTGGTGTTACACATTCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=413;TCF=119;TCR=294;TR=140;WE=139996789;WS=139996725;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:273,140:0.34:413
chr9	139996933	rs10118812	T	G	16470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-1.176;NF=306;NR=291;PP=2965;ReadPosRankSum=10.014;SC=ACACATTCATTCTGTTGCAGG;SOR=0.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=599;TCF=308;TCR=291;TR=597;WE=139996941;WS=139996916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:121,616:0.84:737
chr9	139997157	.	C	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=15;MQ=49.02;NF=252;NR=129;PP=2962;QD=20;SC=CAGGTCGGTGCTGTTACACAC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=1231;TCF=687;TCR=544;TR=381;WE=139997221;WS=139997122;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:850,381:0.31:1231
chr9	139997245	.	CAT	C	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MMLQ=22;MQ=43.08;NF=177;NR=464;PP=2968;QD=20;SC=GTGTTACACACATTCATGCTG;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=1370;TCF=352;TCR=1018;TR=641;WE=139997259;WS=139997225;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:729,641:0.47:1370
chr9	139997563	.	A	ACATT	2968	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MMLQ=26;MQ=42.2;NF=46;NR=230;PP=2968;QD=20;SC=GGTGTTACACACATGCTGTTG;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=730;TCF=146;TCR=584;TR=276;WE=139997574;WS=139997553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:454,276:0.38:730
chr9	140001341	rs5901117	G	GAAC	2450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=1291;SC=ATGTCAAAAAGAACGAAATCC;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=26;WE=140001349;WS=140001331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	140002220	rs10117795	A	G	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=50;PP=1919;SC=TGTGACCTGGATCCGGGAGGG;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=81;WE=140002228;WS=140002210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	140002501	rs6420280	T	C	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=3;PP=82;SC=AGAGTGTCACTTCCTGGCTCT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=140002509;WS=140002491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	140002989	rs4880091	T	C	7278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=117;PP=2965;SC=TCAGCCTGGATGCCTACGTGT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=132;TCR=117;TR=248;WE=140002997;WS=140002979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr9	140003427	rs4567	A	G	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=56;PP=1777;SC=GAAGCCTCAGATGTCCCCAAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=140003435;WS=140003417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	140006202	rs13631	G	A	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=66;PP=2465;SC=TGGCGGCTCTGAGATCTGCAA;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=135;WE=140006210;WS=140006192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	140006425	rs10747048	C	G	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=123;NR=99;PP=2965;SC=AGGGCAGGTCCGGGAACATAT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=123;TCR=99;TR=222;WE=140006433;WS=140006415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr9	140008653	.	A	G	229	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=19;MQ=48.88;NF=5;NR=5;PP=229;QD=26.3771212547;SC=CCCGGCACCCACGTGCCCCGC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=140008673;WS=140008643;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	140008665	.	A	AC	489	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=16;MQ=54.47;NF=8;NR=5;PP=489;QD=39.6153846154;SC=GTGCCCCGCGACCCCGCCCGC;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=13;WE=140008673;WS=140008643;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,13:0.68:19
chr9	140008750	rs10747049	G	C	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=24.96;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	140008899	rs10870183	G	A	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	140040156	rs10870196	G	A	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=36;PP=1978;SC=ACCTCAGCCCGCCGTGCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=111;WE=140040164;WS=140040146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	140040174	rs202180269	G	A	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=57;PP=2408;SC=CCCGCCTCCCGCAGAGCATCC;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=150;WE=140040182;WS=140040164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	140055876	rs10747050	G	A	4881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	140064315	rs7019671	C	A	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	140064376	rs77712801	G	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=36;PP=1066;SC=CCGAGGCCGCGACCAGGAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=140064384;WS=140064366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	140080910	.	GCA	G	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=66;QD=36.5;SC=AGTGCATGCAGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=140080919;WS=140080900;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr9	140100224	rs7032361	A	G	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	140130606	rs28542318	A	T	5421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=81;PP=2965;SC=GGGGGCATGGAGCTGGCCGCT;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=186;WE=140130614;WS=140130596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	140138788	.	CAGAT	C	4580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=51;PP=2957;SC=GGCAGGCAAACAGATAGTCAA;SOR=0.994;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=61;WE=140138799;WS=140138778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	140139757	rs9775264	G	A	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=30;PP=1187;SC=TCCCCTGGCTGCCTGGTGCTG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=140139765;WS=140139747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	140142299	rs9330201	C	T	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=39;PP=1076;SC=CAGGCCACCTCGCTAACCCTG;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=140142307;WS=140142289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	140147094	rs71387813	C	CCT	4799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=37;PP=2930;SC=CCCTGCAGCCCGTCTCCTACC;SOR=1.300;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=66;WE=140147102;WS=140147084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	140147152	rs28376526	C	G	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=68;PP=2951;SC=TCAGCCGGCCCGCCTTCCCCG;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=99;TCR=68;TR=167;WE=140147160;WS=140147142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	140148051	rs28631372	A	G	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=46;PP=1289;SC=TGCCCCTGAAAGGTGCTCTCT;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=48;WE=140148059;WS=140148041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	140157429	rs13294457	G	A	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=25;PP=2191;SC=CGGGCGTGACGTCCCTGTGTC;SOR=2.345;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=83;TCR=26;TR=108;WE=140157437;WS=140157419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	140157460	rs13296455	T	C	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=61;PP=2918;SC=CAGGACGGTCTGGGGGCCTGA;SOR=1.338;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=113;TCR=61;TR=174;WE=140157468;WS=140157450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	140157701	rs56368095	C	T	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=75;PP=2171;SC=TCCTTCCCCCCTACCCTCCTG;SOR=2.393;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=24;TCR=76;TR=99;WE=140157709;WS=140157691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	140158650	rs9695897	C	T	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=50;PP=1634;SC=GGTCTCTGGTCATCCTGGGAG;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=107;WE=140158658;WS=140158640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	140158871	rs13295537	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=434;SC=GGTCTGCGCTTGCTGTGTTTT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=140158879;WS=140158861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	140161334	rs9330192	C	T	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=6;PP=471;SC=GTGTGTGTCACGTCAGGGTGG;SOR=2.584;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=26;WE=140161342;WS=140161324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	140161631	.	TGTGGGGCTGAG	T	2990	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=2990;QD=20;SC=CAGGGGTCGGTGTGGGGCTGA;Source=Platypus;TR=20;WE=140161655;WS=140161621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,20:0.59:34
chr9	140161634	.	GGGGCT	G	2276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=42.96;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	140161641	.	AGGTGGG	A	2277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=39.27;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	140161647	.	G	A	986	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;NF=26;NR=19;PP=986;QD=22.6838047233;SC=GCTGAGGTGGGGCTGAGGTGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=45;WE=140161655;WS=140161621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:18,45:0.71:63
chr9	140161871	rs9802270	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=384;SC=GCCCAGGGTGCGGGCCCCAGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=140161879;WS=140161861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	140161909	rs9802698	G	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=194;SC=TGTCTCCCCAGCCCACCTCCA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=140161917;WS=140161899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	140167022	rs3204123	G	A	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=39;PP=1661;SC=GGGTGGCCCCGTCTAAGCTGG;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=94;WE=140167030;WS=140167012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr9	140202194	rs13288421	T	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=38;PP=1215;SC=CTGAGCACAGTCACCTCATGG;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=140202202;WS=140202184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	140218025	.	C	T	671	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.9999;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=24;MQ=55.77;NF=27;NR=3;PP=671;QD=23.5257070849;SC=GAGGGATGCTCTGCCGACACC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=30;WE=140218033;WS=140218015;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,30:0.86:35
chr9	140218025	.	C	CTGCCGACACCTCACCCCGGACCACGAGGGATGCTT	1277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.75;QD=70.99;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	140246050	rs11534416	T	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=45;PP=1268;SC=AGCCTGGAGGTCCTGAGCAGC;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=140246058;WS=140246040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	140267650	rs28688091	T	C	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=56;SC=CATCGGGTGGTCTGCAGGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=140267658;WS=140267640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	140268183	rs6606585	T	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=37;PP=859;SC=AGCCGCCATCTGCGCCTCCGT;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=140268191;WS=140268173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	140277794	rs80074261	T	C	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=40;PP=1476;SC=GACCACAGGGTCTGCAGGGCC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=80;WE=140277802;WS=140277784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	140277826	rs13291830	C	T	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=34;PP=1054;SC=GAGGGGGTCCCGGCCTGTGGA;SOR=1.068;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=140277834;WS=140277816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	140277936	.	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=277;SC=GGGGCTCCTCTGGACCCGGGG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=140277944;WS=140277926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	140289696	rs9695232	A	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=12;PP=1003;SC=CCCCATGCACACCCACGCACC;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=140289704;WS=140289686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	140320792	rs72765154	G	C	6099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=143;PP=2965;SC=GGTGAGTACAGGGGTGCCTTG;SOR=1.579;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=79;TCR=145;TR=221;WE=140320800;WS=140320782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr9	140322404	rs28580293	C	G	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=14;PP=695;SC=GGGGGCGGCTCGAGCGGGGCT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=140322412;WS=140322394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	140322640	rs28553346	C	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=178;SC=GGGGTGTCCACGGGCGGTGGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=140322648;WS=140322630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	140323251	rs11535664	C	T	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	140323906	rs9697151	G	C	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=34;PP=891;SC=CCCAGGGATGGGGGGAGGTGC;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=140323914;WS=140323896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	140328077	rs35138580	C	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.496;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1426;ReadPosRankSum=1.566;SC=AGAAAGCCCCCGGTGGCTGCG;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=140328085;WS=140328067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr9	140329265	rs28725243	G	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=4;PP=650;SC=CGTGGGCAGAGCCACAGAGCA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=140329273;WS=140329255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	140330976	rs13297080	T	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=44;PP=2310;ReadPosRankSum=1.402;SC=AGCTGACCTGTACCAGCCCCA;SOR=0.534;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=122;WE=140330984;WS=140330966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr9	140331833	rs9414731	A	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=608;SC=CCCCAAAGACATGACCACCTC;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=140331841;WS=140331823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	140332478	rs6606582	A	G	13677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=268;NR=239;PP=2965;SC=CTTGTTCGCCAGCCACTGATA;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=509;TCF=269;TCR=240;TR=507;WE=140332486;WS=140332468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr9	140344328	rs28699612	G	A	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=52;PP=2183;SC=GTCTGTCCACGTCGGGGGTTT;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=124;WE=140344336;WS=140344318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	140349874	rs28585539	C	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=49;SC=CGGGGCCCGGCAGAGGAGTCC;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=140349882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	140356374	rs4962240	C	A	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=15;PP=1043;SC=TCCGGACGCCCGTACTCACCG;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=140356382;WS=140356364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	140357848	rs2275781	G	C	4087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=63;PP=2472;SC=TGCCGGGCGTGGTCCCCCCAC;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=152;WE=140357856;WS=140357838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	140357972	rs1891627	A	G	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=86;PP=2881;SC=CGCACGTACCACCACAGGGAG;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=164;WE=140357980;WS=140357962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	140374861	rs1891630	A	G	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=46;PP=1971;SC=CGTGCCATCTACCTGGTAGAG;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=117;WE=140374869;WS=140374851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	140396212	rs1891629	C	T	6791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.292;SC=GGAACACGGGCGGGAAGCATA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=130;TCR=114;TR=242;WE=140396220;WS=140396202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr9	140441975	rs181345197	G	A	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=42;PP=2008;SC=ATGGGGACAGGGAGAGGTGAA;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=100;WE=140441983;WS=140441965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	140459760	.	A	ACT	186	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5562;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=54.47;NF=0;NR=4;PP=186;QD=54.0;SC=CCCCTGGGTGACTGTCTGTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=140459768;WS=140459750;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,4:0.67:6
chr9	140605202	rs11791658	A	G	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=167;SC=ACTGTCTTCAAAAATAGAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=140605210;WS=140605192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	140646638	rs41302687	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=4;PP=383;SC=AGCAGGCCGGCGGCGCCCCCG;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=140646646;WS=140646628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	140652537	rs3125795	G	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=25;PP=757;SC=CTCTGTATTAGCATGATGCCC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=140652545;WS=140652527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	140652571	rs3123518	C	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=15;PP=370;SC=AGTAGAAGATCGGGTTAACTG;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=140652579;WS=140652561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	140657350	rs41302691	C	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=537;SC=CCCCGACAGCCCCTCGAGTGA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=140657358;WS=140657340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	140740856	.	A	C	249	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=49.43;NF=12;NR=2;PP=249;QD=20.2693723248;SC=CTGTGCGCGCACCCACTGGAG;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=14;WE=140740864;WS=140740846;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr9	140777299	rs71238527	G	T	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,138:0.26:523
chr9	140777306	rs4422842	C	G	9117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=1.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=1.556;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,302:0.61:493
chr9	140777370	rs1110146	A	C	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=61;PP=1564;ReadPosRankSum=-0.637;SC=CCAGCGTGTGAGGCCCGGGCG;SOR=0.646;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=153;TCF=43;TCR=110;TR=88;WE=140777378;WS=140777360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,107:0.62:172
chr9	140786918	rs4076712	T	C	151.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=7;PP=105;SC=TTAGATGGTTTGATGTCTGCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=140786926;WS=140786908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	140846956	rs41277867	G	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=423;SC=GTTGCCCCTGGTGTTCTGGGT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=140846964;WS=140846946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	140881314	rs7034745	A	C	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=89;PP=2965;SC=CAGGTAAGGCACCTGCTCTGC;SOR=1.304;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=59;TCR=90;TR=147;WE=140881322;WS=140881303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	140901146	rs2290580	A	G	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=623;SC=ACATGCACTCATGTGGGTGGG;SOR=3.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=30;WE=140901154;WS=140901136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	140904640	rs7040050	G	A	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=20;PP=577;SC=GCGTTGCCTTGGGTCCTGGCG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=140904648;WS=140904630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	140911670	rs7028989	C	T	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=48;PP=2072;SC=CGCTCTGCTACGATATTCCAT;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=111;WE=140911678;WS=140911660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	140911822	rs7042117	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=352;SC=TGCTCCCTGATGTCCCCAAGT;SOR=4.407;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=140911830;WS=140911812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	140917779	rs7873074	G	T	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=34;PP=1190;SC=CAAGACCCCCGCGGCGGGGGA;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=69;WE=140917787;WS=140917769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	140918170	rs145816559	TGGAGAAGGAGACCAC	T	3122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=2973;SC=CACGAGGCTGTGGAGAAGGAG;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=37;WE=140918192;WS=140918160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	140918300	rs6559259	G	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=24;PP=734;SC=GGAGGGAAGGGTTGGCCGGGG;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=140918308;WS=140918290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	140938183	rs3750506	A	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=17;PP=1084;SC=CGTGGGCTTCATGTGCACTAC;SOR=1.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=140938191;WS=140938173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	140942057	rs1547504	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=553;SC=TGTGCTCAGCACATGAACATG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=140942065;WS=140942047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	140946701	rs140068697	C	CGTGTGTGCGTGTGT	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.41;MQRankSum=1.618;QD=30.98;ReadPosRankSum=1.522;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr9	140997349	rs35796437	AG	A	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=829;SC=TCTCCCTTTCAGGGTGCCCGG;SOR=2.468;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=22;WE=140997357;WS=140997339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	141016262	rs2278973	T	G	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=80;PP=2965;SC=CTGAGGACACTCTCACTTTCG;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=72;TCR=80;TR=152;WE=141016270;WS=141016252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	141069844	rs62581042	T	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=24.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.486;NF=43;NR=6;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.696;SC=ATGAACATGCTATCGACTCCG;SOR=3.334;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=49;WE=141069852;WS=141069834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr9	141069883	rs146937777	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQRankSum=1.576;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.387;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,34:0.18:192
chr9	141069905	rs71485051	C	T	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.10;MQRankSum=-2.089;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,60:0.24:250
chr9	141069927	rs71485052	C	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=3.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=-0.769;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,53:0.18:287
chr9	141069952	rs9410185	T	C	12162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.89;QD=39.11;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr9	141069956	.	C	CACCACCACGAGGCCAACGGTGAGACCCCCGTCCTTCTCCCACCCAACGTGT	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=0.848;QD=1.75;ReadPosRankSum=-3.559;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,51:0.19:266
chr9	141069977	.	G	GAGA	2783.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQRankSum=2.005;QD=13.58;ReadPosRankSum=1.516;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,143:0.70:205
chr9	141069978	.	C	A	2021	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MMLQ=16;MQ=55.59;NF=47;NR=82;PP=2021;QD=15.93621095;SC=GCCAGCGGTGCGACCCCCGTC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=189;TCF=78;TCR=111;TR=129;WE=141069986;WS=141069968;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:60,129:0.68:189
chr9	141069978	.	C	CCCCCGTCCTTCTCCCACCCAACGTGTACCACCACGAGGCCAGCGGTGA	3220.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.892;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=1.384;QD=15.79;ReadPosRankSum=-2.075;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,160:0.78:204
chr9	141069993	rs200245769	C	T	2746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.745;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.838;NF=33;NR=67;PP=1586;ReadPosRankSum=1.205;SC=CCCGTCCTTCCCCCACCGCCC;SOR=0.147;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=100;WE=141070001;WS=141069983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,69:0.77:90
chr9	141070125	rs10867114	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5409;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=581;SC=CGCTCGGGGCCCTTCGGGCAG;SOR=3.098;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=28;WE=141070133;WS=141070115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	141070181	.	A	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.17;MQRankSum=2.067;QD=0.49;ReadPosRankSum=-2.134;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,12:0.13:90
chr9	141070283	rs7868693	T	C	3974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-12.978;NF=91;NR=91;PP=2342;ReadPosRankSum=-0.146;SC=CCCTCCTATCTGCCGAGTCGA;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=134;TCR=129;TR=182;WE=141070291;WS=141070273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,179:0.70:257
chr9	141070335	rs7868705	T	G	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=91;PP=2962;SC=CGGGAGGAAGTCCCGGGTGTC;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=157;WE=141070355;WS=141070325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	141070347	rs189844666	C	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.85;MQRankSum=7.049;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,24:0.20:121
chr9	141071738	rs199786532	GC	G	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.819;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.340;NF=2;NR=6;PP=239;ReadPosRankSum=1.266;SC=TCTAGGTAAAGCGGGGGAGGC;SOR=0.416;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=8;WE=141071746;WS=141071728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr9	141071755	rs2507130	T	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.285;NF=6;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=0.616;SC=AGGCAGTGTGTATTCTTCACT;SOR=0.385;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=12;WE=141071763;WS=141071745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr10	95074	rs6560828	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.117;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=164;ReadPosRankSum=1.096;SC=CACCTTCCCCGGCCACCCGGC;SOR=0.169;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=15;WE=95082;WS=95064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr10	95226	rs6560829	A	T	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;MQRankSum=6.041;QD=40.36;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,71:0.95:75
chr10	95229	rs6560830	C	T	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;MQRankSum=6.123;QD=39.31;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,73:0.95:77
chr10	282897	rs4600135	C	T	6452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=135;PP=2965;SC=TCCCAAAACACATTTTACTAT;SOR=1.251;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=93;TCR=135;TR=228;WE=282905;WS=282887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr10	285200	rs7919436	T	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=526;ReadPosRankSum=0.000;SC=TATACTATATTATTAAAACCG;SOR=0.478;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=26;WE=285208;WS=285190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr10	285479	rs10655220	G	GTGT,GTGTT	4550.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.25;MQRankSum=0.218;QD=24.87;ReadPosRankSum=0.240;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,116,64:0.63,0.35:183
chr10	288184	rs34123561	G	GAA	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.880;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr10	292927	rs2303990	C	A	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=840;SC=AGTGTGTCTCCGGAAGGAAGT;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=292935;WS=292917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	294165	rs10903752	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=0.320;SC=AACAGCAGTTTATTCTATGGC;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=6;WE=294173;WS=294159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	294953	rs1017361	A	G	6967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=133;PP=2965;SC=AGTGTAAGGAAGAATTTGTAG;SOR=1.028;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=103;TCR=135;TR=236;WE=294961;WS=294929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr10	329182	rs66861796	TG	T	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=934;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GCCCATCTGTTGGGGGGGGGC;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=28;WE=329199;WS=329172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr10	329188	rs45445697	G	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=569;ReadPosRankSum=0.471;SC=CTGTTGGGGGGGGGCCGCCAG;SOR=1.127;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=14;WE=329199;WS=329172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr10	329191	rs371065533	GC	G	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=590;ReadPosRankSum=0.534;SC=TTGGGGGGGGGCCGCCAGCCT;SOR=1.085;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=28;WE=329199;WS=329172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr10	370977	rs3123241	A	G	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=38;PP=1120;SC=AGGCAAAGGAAGGCGGATCAT;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=370985;WS=370967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	375570	rs3832678	GGGAGCTCAGCAAGGCT	G	4919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=48;PP=2932;SC=CTGTCAGGGCGGGAGCTCAGC;SOR=2.100;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=87;TCF=6;TCR=81;TR=53;WE=375593;WS=375560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	387060	rs7904155	G	A	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=17;PP=876;SC=GCAGTGCTTAGGTTGCCTGGC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=45;WE=387068;WS=387050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	394714	rs4880610	G	A	9412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=157;NR=192;PP=2965;SC=TACACAAGGAGAGAAACATCA;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=157;TCR=192;TR=349;WE=394722;WS=394704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr10	395266	rs4880611	T	C	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=60;PP=2843;SC=ACCCTGCGCCTGTACCTGGGG;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=99;TCR=60;TR=159;WE=395274;WS=395256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	395463	rs4242754	G	A	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=105;PP=2864;SC=GAGCGCGCACGCGTCATACAA;SOR=2.068;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=41;TCR=105;TR=146;WE=395471;WS=395453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	410825	rs10795053	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=7;PP=893;SC=CCAATCAGCAGTAACTGATTA;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=410833;WS=410815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	412449	rs1133113	A	G	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=111;PP=2965;SC=ACCAGTGAACAGGAATGGGGT;SOR=1.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=48;TCR=111;TR=159;WE=412457;WS=412439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	428503	rs4881200	A	G	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=48;PP=2493;SC=CCTCAGCATCAACTGTTAGGA;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=131;WE=428511;WS=428481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	436848	rs10904093	A	G	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=91;PP=2762;SC=GACCTGCCCCACTCCGCCCAG;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=56;TCR=91;TR=147;WE=436856;WS=436838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	445061	rs6560837	C	T	12998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=244;NR=226;PP=2965;SC=TCCTGGTGAGCGGCACCTCGA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=473;TCF=245;TCR=228;TR=470;WE=445069;WS=445051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr10	468748	rs4881290	C	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=246;SC=AGAAAGACACCGTGAAGCGTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=468756;WS=468738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	530644	rs1539231	G	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=8;PP=982;SC=ACGTCTGTACGGGATGGCACT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=530652;WS=530634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	687569	rs1631975	C	T	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=74;NR=40;PP=2014;SC=CACTGCCAGGCTACCCATGAG;SOR=1.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=114;WE=687577;WS=687559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	696237	rs10904535	G	A	7253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.320;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=0.073;SC=TCAGGGCCAGGGACCATGGTG;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=152;TCR=85;TR=236;WE=696245;WS=696227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,250:0.99:252
chr10	708192	rs3853289	A	G	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=118;PP=2965;SC=TCCTGAAGGTACTGTATGAGG;SOR=5.720;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=126;TCF=7;TCR=119;TR=124;WE=708200;WS=708182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	859270	rs3763722	C	T	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=809;SC=TCCATCTTCACTAGTGTTTTT;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=859278;WS=859260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	875287	rs17159950	T	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=651;ReadPosRankSum=-2.301;SC=TCTAGCATAGTGTCTACAACA;SOR=0.685;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=38;WE=875295;WS=875277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr10	910225	rs35968821	A	G	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=84;PP=2120;ReadPosRankSum=2.326;SC=GAAGAAATGTAAGATAGACAT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=79;TCR=157;TR=126;WE=910233;WS=910215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,130:0.53:244
chr10	1034228	rs12777788	G	A	242.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.7386;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=0.256;SC=GCCCTCACACGCCCTCCGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=1034236;WS=1034227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr10	1034412	rs12772979	C	T	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=1669;ReadPosRankSum=-0.186;SC=GTGCATACGGCTGCCGGCATG;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=129;TCR=109;TR=121;WE=1034420;WS=1034402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,124:0.49:252
chr10	1042023	rs10665098	A	AAAC	13156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=99;PP=2975;SC=AGTGGAAAAAATAATATTTTT;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=84;TCR=100;TR=181;WE=1042031;WS=1042013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr10	1043058	rs1250887	T	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=4;PP=1330;SC=AATATCACCATAGGCCTGGAC;SOR=4.294;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=53;WE=1043066;WS=1043048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	1044809	rs11253559	T	C	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=15;PP=1694;ReadPosRankSum=1.141;SC=ACCAGGCTCCTATTCGATGCA;SOR=0.816;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=158;TCF=128;TCR=30;TR=85;WE=1044817;WS=1044799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,88:0.52:168
chr10	1052950	rs2306408	G	A	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=44;PP=1609;ReadPosRankSum=0.332;SC=TCTTTTTTACGTTATTAGGCT;SOR=1.024;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=246;TCF=142;TCR=104;TR=115;WE=1052958;WS=1052940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,118:0.46:254
chr10	1054276	rs10904595	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=0;PP=695;SC=ACCTGGGAGGTGGAGGTTGCA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=1054284;WS=1054266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	1054343	.	C	CA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.188;QD=0.51;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,14:0.16:90
chr10	1054444	rs11253567	A	G	4962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.213;NF=122;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.891;SC=TGGAGGTTGCACTCCGTTTCA;SOR=0.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=408;TCF=218;TCR=190;TR=231;WE=1054452;WS=1054434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,248:0.58:431
chr10	1055055	rs12356612	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=0.558;SC=CCTGGGGCATCGAACAGGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=13;WE=1055063;WS=1055045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	1056310	rs3765102	G	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=211;ReadPosRankSum=0.134;SC=CGTAGTACTTGAAGATATTAA;SOR=0.024;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=12;WE=1056318;WS=1056300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	1061625	.	GCTGAGCA	G	1850	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=86;MMLQ=24;MQ=58.47;NF=31;NR=5;PP=1850;QD=52.1111111111;SC=GGTCCTGAGCGCTGAGCACTG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=36;WE=1061639;WS=1061615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,36:0.86:42
chr10	1061862	rs2306406	A	G	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=57;PP=1466;ReadPosRankSum=-1.491;SC=GTGTAATGTAATAAAATGACA;SOR=0.515;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=207;TCF=85;TCR=122;TR=101;WE=1061870;WS=1061852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,113:0.50:227
chr10	1065406	rs41260144	G	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=553;ReadPosRankSum=1.325;SC=TCAATGGTGCGTCTGCCTGCA;SOR=1.508;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=28;WE=1065414;WS=1065396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr10	1068639	rs13377037	C	T	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=50;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.443;SC=ACGTGACTTTCGTGTCCGACC;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=151;TCR=119;TR=115;WE=1068647;WS=1068629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,118:0.42:278
chr10	1068802	rs3750729	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=67;PP=1899;SC=TCTGTTTCTCGTAGAAAAGCC;SOR=2.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=26;TCR=67;TR=93;WE=1068810;WS=1068792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	1070461	rs3793777	C	T	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=1;PP=748;SC=CTTAGGTTGCCGTCGGGTGGG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=1070469;WS=1070451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	1087535	rs77166645	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=0.484;SC=AGCGATATCTCGAACAGCAGT;SOR=1.059;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=16;WE=1087543;WS=1087525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr10	1087566	rs200068259	TGG	T	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=259;ReadPosRankSum=2.606;SC=GATTAGAACTTGGTTAAAGCA;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=8;WE=1087575;WS=1087556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr10	1088565	rs7074880	T	C	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=735;ReadPosRankSum=-0.342;SC=GTAGGAGAGCTGGTTACCTCT;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=53;WE=1088573;WS=1088555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr10	1088746	rs7075188	T	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=708;ReadPosRankSum=0.493;SC=TTCTTCAAAGTAGGTCTGAAA;SOR=1.702;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=37;WE=1088754;WS=1088736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr10	1089616	rs11250238	T	C	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=127;PP=2965;SC=TGAAGGCACATGCTTCCCTGC;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=104;TCR=127;TR=231;WE=1089624;WS=1089606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr10	1089635	rs144262408	C	T	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=49;PP=1082;ReadPosRankSum=0.553;SC=GCATGGTGCCCGCCTCTCTCC;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=92;TCR=114;TR=89;WE=1089643;WS=1089625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,94:0.43:220
chr10	1093992	rs4880759	A	G	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=0;PP=138;SC=GGGTCTTGCTATGTCTGTCGC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=1094000;WS=1093982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	1118017	rs74120410	C	T	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=805;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TGTTTCAACTCGCTGTATCAG;SOR=0.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=86;TCR=35;TR=52;WE=1118025;WS=1118007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr10	1118289	rs150855148	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=187;ReadPosRankSum=1.770;SC=GACAGAGTTTCGCTCGTTTCC;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=15;WE=1118297;WS=1118279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr10	1118318	rs59497142	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=121;ReadPosRankSum=-0.392;SC=AGTGCGATGGTGCGATCTCCG;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=11;WE=1118326;WS=1118308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr10	1120236	rs41299206	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.555;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=364;ReadPosRankSum=-1.118;SC=AAGTGTTCTTTTCTGGGCCCT;SOR=1.565;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=21;WE=1120244;WS=1120226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr10	1126293	rs7087381	T	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=730;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GACCCATTTGTGAGGCTATAG;SOR=0.832;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=90;TCR=39;TR=55;WE=1126301;WS=1126283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr10	1126619	rs7084283	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.187;NF=2;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=1.482;SC=GCTGAGGTGGATGGATCACTT;SOR=0.105;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=11;WE=1126627;WS=1126609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr10	1142208	rs10794716	T	C	5988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=121;PP=2965;SC=TCCTTACCTGTGAATGTGTAG;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=105;TCR=121;TR=226;WE=1142216;WS=1142198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr10	1230968	rs2271275	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=564;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CGCGCCTCGGCGTCACTCACG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=45;WE=1230976;WS=1230958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr10	1262872	rs34113348	AG	A	6557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=67;PP=2967;SC=CATCCTCGAGAGGAAGCCGTG;SOR=1.013;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=100;WE=1262880;WS=1262862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	1313099	rs75036478	G	A	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=946;ReadPosRankSum=-0.319;SC=AGATGCTAATGCTCCTTTCTT;SOR=0.883;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=70;WE=1313107;WS=1313089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,74:0.56:133
chr10	1406228	rs11250463	T	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=282;ReadPosRankSum=-0.993;SC=CGCCCCCAGGTCAGGCCTGAG;SOR=0.465;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=18;WE=1406236;WS=1406218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr10	1421516	rs10794748	A	G	4347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.835;SC=AATATCTGACAGCATTTTATC;SOR=0.526;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=338;TCF=179;TCR=159;TR=188;WE=1421524;WS=1421506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,195:0.56:348
chr10	1598718	rs10903484	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=694;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CTGTGCATTCGAATCACCTGG;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=46;WE=1598726;WS=1598708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr10	3111685	rs74504363	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TACCTGGGCCGCGAAAGACAA;SOR=0.117;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=10;WE=3111693;WS=3111675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr10	3124516	rs4881074	G	A	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=37;PP=1618;ReadPosRankSum=2.069;SC=GTCATGGGTAGTTAGTGGCAG;SOR=0.768;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=208;TCF=136;TCR=72;TR=112;WE=3124524;WS=3124506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,118:0.54:220
chr10	3143054	rs71294492	CAAAA	C	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.11;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr10	3143283	rs55882340	T	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=246;ReadPosRankSum=-1.448;SC=GGCTGGTTCCTGCTCCATGTA;SOR=1.292;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=16;WE=3143291;WS=3143273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr10	3143643	rs4881080	A	C	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=83;PP=2653;SC=TGCTGCAGCGAGGCATCACCA;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=156;WE=3143651;WS=3143633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	3145885	rs10903966	T	C	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.35;SOR=2.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	3145885	.	TGGC	CGGC,CGGT	1107	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=92,45;NR=28,11;PP=1107,919;QD=9.51476010456;SC=TCTCTACCCATGGCCATTCTG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=94;TCR=28;TR=120,56;WE=3145896;WS=3145875;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:122
chr10	3145888	rs76527967	C	T	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr10	3145906	rs11251719	A	C	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=49;PP=2965;SC=CCTCACCCCTAGTGGGGCACC;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=119;TCR=49;TR=168;WE=3145914;WS=3145896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	3146155	rs2306293	C	G	3139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=74;PP=2081;ReadPosRankSum=1.649;SC=CTCAGAGGAACCGGCGGGAGG;SOR=0.439;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=290;TCF=129;TCR=161;TR=138;WE=3146163;WS=3146145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,147:0.48:309
chr10	3146180	rs2306294	C	T	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=59;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TGGGGCCCGACGTGTGCCCAG;SOR=0.514;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=209;TCF=86;TCR=123;TR=103;WE=3146188;WS=3146170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,108:0.49:222
chr10	3147096	rs4424569	C	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr10	3147099	rs4469783	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr10	3147192	rs4256893	G	A	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=38;PP=1653;ReadPosRankSum=1.565;SC=TGGCTAACTCGGCTGTCAAAG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=170;TCR=86;TR=114;WE=3147200;WS=3147182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,123:0.45:272
chr10	3147456	rs4271292	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=377;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GTGGAAAGTCCTGAAGGGGCC;SOR=0.426;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=19;WE=3147464;WS=3147446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr10	3147501	rs4881081	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.38;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr10	3147508	rs4881082	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.52;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr10	3149402	rs10903967	A	G	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=56;PP=1423;ReadPosRankSum=-1.719;SC=TTCTGTCTCCACAGAACCGTG;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=291;TCF=146;TCR=145;TR=111;WE=3149423;WS=3149392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,112:0.38:297
chr10	3150898	rs11251721	C	T	4857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=97;PP=2858;ReadPosRankSum=0.232;SC=TGCAGCTTGTCGTCACGCAGC;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=397;TCF=215;TCR=182;TR=216;WE=3150906;WS=3150888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,233:0.55:426
chr10	3150973	rs1132173	C	T	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=78;PP=1988;ReadPosRankSum=2.336;SC=CTTCGGCATTCGACAGGATCT;SOR=0.523;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=291;TCF=127;TCR=164;TR=144;WE=3150981;WS=3150963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,151:0.49:307
chr10	3154534	rs2306304	A	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=978;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CCTCAGGCCCAGCCACTGCAA;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=27;TCR=77;TR=56;WE=3154542;WS=3154524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr10	3155173	rs7896691	C	T	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=14;PP=1858;SC=GCACATGGAACCCTGGGGCCT;SOR=2.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=71;TCR=14;TR=84;WE=3155181;WS=3155163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	3155217	rs6602023	T	C	5792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=61;PP=2965;SC=GCAGACACATTGAGTGCTGGC;SOR=1.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=126;TCR=61;TR=187;WE=3155225;WS=3155207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr10	3155237	rs6602024	A	G	8260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CAGATAAGCCACCTTTTCTCC;SOR=0.541;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=174;TCR=89;TR=262;WE=3155245;WS=3155227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr10	3155263	rs7906901	T	C	14809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.37;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr10	3155263	.	TG	CG,CT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=214,129;NR=133,79;PP=1668,2944;QD=4.90712164999;SC=AGCCCTGAGTTGTGTCCGGTA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=215;TCR=135;TR=347,208;WE=3155272;WS=3155253;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:350
chr10	3155264	rs7915793	G	T	5517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=2.693;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,243:0.61:398
chr10	3155285	rs3816698	G	A	6166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=2.519;SC=TCTCGACTCCGGTCCAACGAC;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=429;TCF=253;TCR=176;TR=249;WE=3155293;WS=3155275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,279:0.60:467
chr10	3155353	rs3816699	C	T	5149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GACTTGCCATCAAGCTGCCGG;SOR=0.811;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=436;TCF=214;TCR=222;TR=226;WE=3155361;WS=3155343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,242:0.53:460
chr10	3155408	rs3816700	C	T	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=62;ReadPosRankSum=1.122;SC=CGCGATGCCCCGACCTCTCCT;SOR=0.507;SbPval=0.42;Source=Platypus;TCF=108;TR=116;WE=3155416;WS=3155398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,117:0.46:252
chr10	3155428	rs3816701	C	T	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.204;SC=TGCGGGCCTCCCCTCATGGCC;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=92;TCR=108;TR=97;WE=3155436;WS=3155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,97:0.47:205
chr10	3155540	rs4881085	A	G	11412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=197;PP=2965;SC=GTGACCCAGCACTCACCTGCC;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=422;TCF=223;TCR=199;TR=419;WE=3155548;WS=3155530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr10	3155620	rs1052309	A	G	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=81;PP=1926;ReadPosRankSum=-0.804;SC=GGATGAACGCAGCCGTACGCT;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=361;TCF=159;TCR=202;TR=145;WE=3155628;WS=3155610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,152:0.40:377
chr10	3155698	rs4881086	C	T	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=45;PP=1005;ReadPosRankSum=-0.698;SC=TTGACGGCTTCGCCAAGGGCC;SOR=0.695;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=21;TCR=78;TR=58;WE=3155706;WS=3155688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,65:0.61:106
chr10	3155753	rs4881087	G	C	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=36;PP=1057;SC=CACCCTGGCTGTGAGCACAGT;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=3155761;WS=3155743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	3158848	rs7086902	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=491;ReadPosRankSum=0.111;SC=CTGTCTCATACGCCTCTCAAA;SOR=0.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=31;WE=3158856;WS=3158838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr10	3160904	rs3829911	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=1386;ReadPosRankSum=1.707;SC=GGGTGGGGACCGGCGTGGCGT;SOR=0.765;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=34;WE=3160925;WS=3160894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr10	3160913	rs3829912	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr10	3160917	rs3829913	T	C	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=24;PP=1386;SC=CGTGGCGTCCTGCGGACCGCG;SOR=1.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=88;WE=3160925;WS=3160894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	3161131	rs3829914	C	T	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=85;PP=2883;SC=AAACATTAAGCTACTTGTTGG;SOR=0.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=71;TCR=85;TR=156;WE=3161139;WS=3161121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	3161148	rs3829915	G	C	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1099;ReadPosRankSum=0.723;SC=TTGGCTACTGGCCACGATCCG;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=54;TCR=77;TR=68;WE=3161156;WS=3161138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
chr10	3162033	rs6602025	T	C	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=14;PP=2133;SC=AGCGAGACCCTCTCCTCCCCA;SOR=3.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=75;TCR=14;TR=89;WE=3162041;WS=3162023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	3162130	rs41288721	A	G	4264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GAGAAGCACGAGGAGTTCTGT;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=428;TCF=252;TCR=176;TR=203;WE=3162138;WS=3162120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,207:0.47:437
chr10	3167465	rs3816703	A	G	4056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=109;PP=2608;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GTTTCCTCTCATTGCTTTTCC;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=360;TCF=147;TCR=213;TR=187;WE=3167473;WS=3167455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,198:0.52:381
chr10	3174499	rs3830217	G	GC	3392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=27;PP=2602;SC=GCACTTCCCAGCCTGCAGTGC;SOR=1.489;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=61;WE=3174507;WS=3174489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	3178076	rs11251741	A	T	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=115;PP=2965;SC=CAATGTGAGTACGGGACAGGG;SOR=2.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=44;TCR=115;TR=159;WE=3178084;WS=3178066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	3178881	rs1053000	C	T	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=935;SC=AATACCTAATCGGCGAGTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=45;WE=3178889;WS=3178871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	3178905	rs7673	T	A	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.76;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	3178915	rs541	C	T	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	3179663	rs11251744	G	A	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=48;PP=2538;SC=AAGAGCTAGCGCGGAGGCTTT;SOR=1.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=96;TCR=48;TR=144;WE=3179671;WS=3179653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	3179842	rs2306319	C	T	6928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=136;PP=2965;SC=GTGGGACACCCTTGTGCACCT;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=103;TCR=136;TR=239;WE=3179850;WS=3179832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr10	3180227	rs6901	T	C	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=26;PP=2076;SC=GGCTGCTCATTGGATGATCCA;SOR=1.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=78;TCR=26;TR=104;WE=3180235;WS=3180217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	3180951	rs2279216	G	A	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=6;PP=1652;SC=GCGTGTTTAGGGTGTCAGACG;SOR=4.277;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=59;TCR=6;TR=65;WE=3180959;WS=3180941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	3181003	rs2279217	A	G	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=51;PP=2965;SC=ACCAGAAGCTAGTGCTCCTGC;SOR=1.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=117;TCR=51;TR=168;WE=3181011;WS=3180993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	3181282	rs2279220	G	A	8319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=161;PP=2965;SC=CATTTTACCAGTGGACAAGTT;SOR=0.988;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=128;TCR=161;TR=289;WE=3181290;WS=3181272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr10	3183747	rs7094698	A	G	8829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=1.749;SC=GAACAGGGCCAATTTCCTCTG;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=195;TCR=141;TR=334;WE=3183755;WS=3183737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,345:0.99:347
chr10	3185798	rs3736093	T	C	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=46;PP=2965;SC=TCCCACGCACTGCCCACGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=137;TCR=46;TR=182;WE=3185806;WS=3185788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	3186458	rs3752803	C	G	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=41;PP=2379;SC=CACCCGCTGGCAACCCGGATG;SOR=1.424;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=122;WE=3186466;WS=3186448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	3186723	rs9423496	G	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=353;SC=AGGCTGGGCAGAGTGGCTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=3186731;WS=3186713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	3187749	rs3758632	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=162;SC=TCTGGCACCCACCAGGCGCTC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=3187757;WS=3187739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	3187924	rs3758631	T	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=12;PP=351;SC=TGAAAAATTATGTATACATAA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=3187932;WS=3187914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	3188071	rs3758630	T	G	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=113;SC=TCCCTGCTCTTCAGTGCTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=3188079;WS=3188061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	3189380	rs3740607	C	T	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=58;PP=1630;ReadPosRankSum=1.170;SC=TCTTGATACGCGGGAGCTTCC;SOR=0.549;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=283;TCF=167;TCR=116;TR=137;WE=3189388;WS=3189370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,146:0.49:296
chr10	3190265	rs4881111	A	G	14190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=258;NR=245;PP=2965;SC=CCTGAACCAAAGAAAACACAG;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=503;TCF=258;TCR=245;TR=503;WE=3190273;WS=3190255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr10	3190298	rs4881112	C	T	12593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=221;NR=222;PP=2965;SC=AGGGCCGAATCGAACAGTGAC;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=443;TCF=221;TCR=222;TR=443;WE=3190306;WS=3190288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr10	3199555	rs7086470	A	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=7;PP=745;SC=AATATCAAAAAGCCAGTTAAG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=3199563;WS=3199545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	3200249	rs45600442	C	T	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=721;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CTTCATCAATCGTTCTGTCTA;SOR=1.052;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=53;WE=3200257;WS=3200239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,56:0.43:131
chr10	3200292	rs3182535	G	A	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=59;PP=2047;SC=GTCTTTCTCCGCAATCCCTTG;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=118;WE=3200300;WS=3200282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	3201010	rs3814592	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=4;PP=851;SC=GTTCCAGACACTGTCAAGTGT;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=3201018;WS=3201000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	3201097	rs3814594	T	C	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=57;PP=2965;SC=AATCTAATCATAAACTCACCC;SOR=1.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=132;TCR=57;TR=189;WE=3201105;WS=3201087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr10	3202065	rs4242746	T	C	9116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=107;PP=2965;SC=CTAACGCTGATGGTTGTTTGT;SOR=1.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=322;TCF=215;TCR=107;TR=322;WE=3202073;WS=3202055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr10	3202140	rs4242747	C	T	13791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=262;NR=227;PP=2965;SC=TGTAAAATGACGTGACGTTGT;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=489;TCF=262;TCR=227;TR=489;WE=3202148;WS=3202130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr10	3205851	rs6602034	C	G	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=13;PP=1068;SC=ATGCCATAAACTGTTAAGAAC;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=50;WE=3205859;WS=3205841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	3206027	rs4609511	A	G	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=43;PP=1440;SC=ACGTGTGGTCAGGAAGAAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=3206035;WS=3206017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	3208557	rs12359035	A	G	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=40;PP=1322;SC=CCATGGGAGTAGTACGGAACT;SOR=1.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=61;WE=3208575;WS=3208547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	3208567	.	T	TGCACGCTAGGGAAGAGAGAGGAATG	2957	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.43;NF=1;NR=9;PP=2957;QD=20;SC=AGTACGGAACTGCACGCTAGG;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=10;WE=3208575;WS=3208547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:33,10:0.23:43
chr10	3208581	rs58131139	G	GA	896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=24.24;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	3208583	.	A	C	354	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=105;MMLQ=24;MQ=60.39;NF=3;NR=18;PP=354;QD=18.5129148832;SC=CTAGGGAAGGAGAATGACCAG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=3208591;WS=3208573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	3208583	.	A	AGAGGAATGGCACGCTAGGGAAGGC	1011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=22.99;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	3214369	rs4880599	A	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=16;PP=1308;SC=GCGCTGAACTATTACCTTATA;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=67;WE=3214377;WS=3214359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	3214516	rs4881118	A	G	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=73;PP=2204;SC=GACTTTAAGTATGGGCTGTGG;SOR=1.204;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=127;WE=3214524;WS=3214506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	3214995	rs34460808	AC	A	20250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=296;PP=2974;SC=CTGGCGAGGAACCCCCTCTTA;SOR=0.696;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=373;TCF=66;TCR=307;TR=354;WE=3215003;WS=3214985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,619:1.00:619
chr10	3215111	rs9423713	G	C	7312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=153;PP=2965;SC=AAAAGGGTAGGCCTCCACTGC;SOR=1.413;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=256;TCF=95;TCR=161;TR=247;WE=3215119;WS=3215101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
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chr10	4872769	rs3750738	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.159;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=439;ReadPosRankSum=0.347;SC=TGACTTAATTTTTTATGTATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=19;WE=4872777;WS=4872759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr10	4872887	rs3750739	C	A	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1278;ReadPosRankSum=0.019;SC=GGAAAGTGACCGAGGCAGTGA;SOR=0.320;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=185;TCF=113;TCR=72;TR=84;WE=4872895;WS=4872877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,92:0.45:203
chr10	4872911	rs3750740	C	T	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1335;ReadPosRankSum=-2.093;SC=AGGCCATTGACGCAGGGTACC;SOR=0.428;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=198;TCF=112;TCR=86;TR=93;WE=4872919;WS=4872901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,100:0.47:214
chr10	4875591	rs17133693	A	G	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=2017;ReadPosRankSum=0.439;SC=GCATGCAGAAAGAGTCTCAAG;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=385;TCF=199;TCR=186;TR=151;WE=4875599;WS=4875581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,157:0.39:402
chr10	4875664	rs41289263	G	A	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=67;PP=1558;ReadPosRankSum=0.149;SC=TCAAGGTACCGTTCAGTAGGT;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=277;TCF=113;TCR=164;TR=114;WE=4875672;WS=4875654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,117:0.41:285
chr10	4877814	rs150127444	T	TTTTTG	1804.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.28;ReadPosRankSum=1.537;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr10	4877817	rs76184294	T	G	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;MQRankSum=-2.548;QD=15.66;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr10	4877819	rs74993572	G	T	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.89;MQRankSum=-2.401;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,39:0.40:97
chr10	4877828	.	TG	T	1501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.82;MQRankSum=-2.337;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,41:0.39:105
chr10	4877831	.	TTTG	T	1483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=-2.166;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.513;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr10	4878081	rs79922401	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=-0.024;SC=AGCTGCTTGTGTTCAAAGACA;SOR=0.184;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=4878089;WS=4878071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr10	4879465	rs2961584	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=265;SC=CCCAGCATCCTCTAGCCAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=4879473;WS=4879455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	4881823	rs2290350	C	G	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CCCATGGCTACTCGGTGACAG;SOR=0.548;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=128;TCR=79;TR=91;WE=4881831;WS=4881813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,98:0.44:221
chr10	4881846	rs34882719	C	T	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=42;PP=1284;ReadPosRankSum=1.315;SC=AAGACTTTGACGCAGGTCTTC;SOR=0.660;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=268;TCF=162;TCR=106;TR=111;WE=4881854;WS=4881836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,121:0.43:283
chr10	4881935	rs2290349	A	G	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1194;ReadPosRankSum=0.358;SC=AGTGCCACCCATATCTTACTC;SOR=0.575;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=296;TCF=145;TCR=151;TR=102;WE=4881943;WS=4881925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,116:0.36:322
chr10	4882095	rs2290348	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CTTGGGATGACTGAGGGAGGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=14;WE=4882103;WS=4882085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr10	4884076	rs2278869	A	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=55;PP=1238;ReadPosRankSum=0.640;SC=GTTCTGAGCCAGGTGGGGTTC;SOR=1.301;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=145;TCF=42;TCR=103;TR=72;WE=4884084;WS=4884066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,76:0.50:153
chr10	4884642	rs12573669	T	C	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=61;PP=1675;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TCCAGAGGAATGTGATAGTGA;SOR=0.485;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=293;TCF=173;TCR=120;TR=138;WE=4884650;WS=4884632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,144:0.47:304
chr10	4884721	rs12570011	G	A	4038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=102;PP=2647;ReadPosRankSum=-1.545;SC=TCTTTTATTTGGCGGGTTTCA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=433;TCF=208;TCR=225;TR=194;WE=4884729;WS=4884711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,204:0.45:454
chr10	4884784	rs2924269	T	C	8797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=168;PP=2965;SC=GCCTCAGGGTTGCGGAGCTTG;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=97;TCR=168;TR=265;WE=4884792;WS=4884774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr10	4884800	rs2961592	A	G	3126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,88:0.42:209
chr10	4884808	rs12573690	T	C	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=-1.308;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,80:0.44:182
chr10	4884844	rs34722294	T	TC	644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=683;ReadPosRankSum=1.365;SC=TGGTTGACCTTCCCTCAGCGA;SOR=0.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=1;TCR=73;TR=22;WE=4884852;WS=4884834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr10	4887813	rs74698686	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=330;ReadPosRankSum=1.801;SC=GAGGAGCCACCGAGTGAGCAG;SOR=0.301;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=18;WE=4887821;WS=4887803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr10	4887935	rs17133753	T	C	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=55;PP=1723;ReadPosRankSum=0.775;SC=ACGGGGACCTTGGGCCCAGCT;SOR=0.629;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=340;TCF=207;TCR=133;TR=139;WE=4887943;WS=4887925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,147:0.41:360
chr10	4888140	rs2397986	A	G	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.85;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr10	4888149	rs2397985	A	G	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.04;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr10	4889475	rs1869217	G	T	3669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=117;PP=2569;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CAGATTGAATGATTGGTGTCT;SOR=0.940;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=395;TCF=139;TCR=256;TR=171;WE=4889483;WS=4889465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,179:0.43:416
chr10	4889525	rs2961597	T	C	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=123;PP=2965;SC=TTAATTAAACTTTCTCATTAT;SOR=2.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=30;TCR=124;TR=152;WE=4889533;WS=4889515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	4889640	rs1869216	T	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=575;ReadPosRankSum=2.408;SC=AAAATAATCATTCTTTGTTCC;SOR=1.102;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=33;WE=4889648;WS=4889630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr10	4889662	rs1869215	T	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=798;ReadPosRankSum=-1.138;SC=ATTTTTGATTTGTTTTTCTGT;SOR=0.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=83;TCR=44;TR=49;WE=4889670;WS=4889652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,60:0.42:142
chr10	4889726	rs34195821	C	CA	3448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=2018;ReadPosRankSum=2.192;SC=ATACTGAGGACGCTTCCCCTT;SOR=0.721;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=158;TCF=46;TCR=112;TR=55;WE=4889734;WS=4889716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,106:0.38:276
chr10	4889770	rs1869214	T	C	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.753;NF=38;NR=51;PP=1325;ReadPosRankSum=-2.480;SC=GCACAGACACTATTGGCAATG;SOR=0.654;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=248;TCF=109;TCR=139;TR=89;WE=4889778;WS=4889760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,111:0.40:280
chr10	4889806	rs12569410	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.034;NF=18;NR=36;PP=759;ReadPosRankSum=-0.112;SC=CATCACAGCGCCAGGGCAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=153;TCF=54;TCR=99;TR=54;WE=4889814;WS=4889796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,53:0.33:161
chr10	5005855	rs116910432	A	G	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.70;QD=26.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	5009347	rs4445550	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=22;PP=744;SC=ATTATAACATAGAAGAAGAAT;SOR=0.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=5009355;WS=5009337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	5009364	rs2904802	T	C	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=20;PP=693;SC=GAATCCTAAATCTAACTCCTA;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=5009372;WS=5009354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	5009449	rs7076886	T	C	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=135;SC=AGTGCAGAACTCTCAAAGCCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=5009457;WS=5009439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	5010367	rs12250190	C	T	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.65;QD=29.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	5010572	rs1138600	A	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	5010718	rs61854318	T	C	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.88;QD=24.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	5014264	rs6143754	CATTTTTGACAATA	C	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQRankSum=-1.806;QD=32.25;ReadPosRankSum=0.914;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr10	5014545	rs67671072	T	TA	4045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.262;NF=10;NR=80;PP=1756;ReadPosRankSum=1.401;SC=ACCGGTTTGATAAAAAAAATT;SOR=0.546;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=173;TCF=16;TCR=157;TR=90;WE=5014553;WS=5014535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,170:0.66:259
chr10	5019959	rs8483	G	A	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.04;QD=29.42;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	5043504	rs67362530	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=665;SC=GCACTTTGAAGGCATGAATTG;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=5043512;WS=5043500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	5120157	rs4881396	G	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	5120332	rs7894134	T	G	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=27;SC=AAAATAATAATAAGTCAGGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=5120340;WS=5120322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	5136499	rs3763676	A	G	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	5138607	rs7741	G	A	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=29;PP=1135;SC=TCCAGGTTCCGAGAAGTAAAG;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=5138615;WS=5138597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	5139685	rs12387	G	A	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=48;PP=2190;SC=ACTCACTGAAGAAAGCTCAAT;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=125;WE=5139693;WS=5139675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	5144562	rs35558480	C	CG	184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=242;SC=TGGTGATGCTCGGGGGCCTCG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=5144570;WS=5144552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	5147909	rs2275928	G	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=32;PP=993;SC=ATTTATTTCTGGAGAAGGAAT;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=5147917;WS=5147899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	5149703	rs3209896	G	A	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=50;PP=1758;SC=TAACATGGAGGGCTTTGCCTG;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=93;WE=5149711;WS=5149693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	5196273	rs1781930	A	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=5;PP=329;SC=ATCAAATACTAAAATCCTCTC;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=5196281;WS=5196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	5196479	rs1334471	C	T	7582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=117;PP=2965;SC=AATTTACCACCACGTCCCTAC;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=150;TCR=117;TR=267;WE=5196487;WS=5196469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr10	5200076	rs11253019	A	G	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=107;PP=2965;SC=CCTTTTCCCCAAATTCTCCAG;SOR=2.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=26;TCR=107;TR=133;WE=5200084;WS=5200066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	5200739	rs5782810	T	TAGG	2460.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TTCGCTTTAATAGTTTTTCAG;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=50;WE=5200747;WS=5200728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr10	5200861	rs2020172	C	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=29;PP=831;SC=CTTGGACTTGCAGAACTCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=5200869;WS=5200851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	5202104	rs2801889	C	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=219;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=442;SC=GGGCTTGTACCTGAGCCCTGG;SOR=0.804;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=11;WE=5202112;WS=5202094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	5202241	rs1761599	C	T	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=63;PP=2364;SC=TGGCTTGAGACATGCAATAGT;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=77;TCR=63;TR=140;WE=5202249;WS=5202231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	5203864	rs11253021	C	T	7845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=134;PP=2965;SC=CTACATAGTCCGGTCCAAGTT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=138;TCR=134;TR=272;WE=5203872;WS=5203854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr10	5203944	rs11325738	AC	A	6579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=105;PP=2951;SC=AGCTGCAGTGACCAAAAGAAA;SOR=1.333;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=9;TCR=111;TR=114;WE=5203952;WS=5203934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr10	5204676	rs7080497	A	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=264;SC=TCAGAGTAAGAAAGTCTTTTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=5204684;WS=5204666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	5204928	rs7097295	C	T	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=103;PP=2965;SC=ATCAATATGGCGGAAGCCTAC;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=71;TCR=103;TR=174;WE=5204936;WS=5204918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	5242346	rs7099651	G	A	18968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=360;NR=323;PP=2965;SC=ATGCACATGTGTTTAATGGGA;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=683;TCF=360;TCR=323;TR=683;WE=5242354;WS=5242336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,720:1.00:720
chr10	5244441	rs2151896	A	G	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=48;PP=1451;SC=TCCTTTTCCAATTTGGATTCC;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=5244449;WS=5244431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	5246584	rs11253042	C	A	12295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=196;NR=224;PP=2965;SC=AAGTATAATGCCTAAGCCATT;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=420;TCF=196;TCR=224;TR=420;WE=5246592;WS=5246574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr10	5246670	rs1413781	A	C	8122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=161;PP=2965;SC=AAAGCCTCTGATTCAAAAATT;SOR=1.398;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=98;TCR=162;TR=259;WE=5246678;WS=5246660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr10	5254804	rs11253045	G	T	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=38;PP=2203;SC=GGGATAATTTGCATTTCTTAT;SOR=1.043;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=96;WE=5254812;WS=5254794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	5255025	rs4880718	A	G	4411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.23;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr10	5258955	rs2050309	C	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=465;SC=GGGTCAGCATCGGTCAACCTG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=5258963;WS=5258945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	5260553	rs1413622	T	C	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=9;PP=1109;SC=AAAGACATTCTACAAATAGTC;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=5260561;WS=5260543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	5260621	.	T	C	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.896;NF=46;NR=26;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TTCACTTTGCTACCAGCTTTT;SOR=0.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=83;TCR=47;TR=72;WE=5260629;WS=5260611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,76:0.56:135
chr10	5260812	rs2398157	A	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=838;SC=CTGGACACACAGCCTCTGGTT;SOR=2.964;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=35;WE=5260820;WS=5260802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	5415954	rs10904481	A	G	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=71;PP=2200;ReadPosRankSum=2.262;SC=GGGTGGAGCCAGAGGCACCCG;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=175;TCR=135;TR=161;WE=5415962;WS=5415944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,164:0.50:326
chr10	5435918	rs7097775	G	A	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=75;PP=2136;ReadPosRankSum=0.536;SC=ACTCAAAGCAGGCAGTGGTGA;SOR=0.817;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=261;TCF=122;TCR=139;TR=133;WE=5435926;WS=5435908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,135:0.50:270
chr10	5436260	rs7910290	A	G	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1292;ReadPosRankSum=0.764;SC=GCTCTACCACAGCAGTGGAGA;SOR=0.576;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=83;WE=5436268;WS=5436250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,95:0.61:156
chr10	5436487	rs6601957	A	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=819;ReadPosRankSum=0.125;SC=TGAATTGGACAGTAGTGGCAG;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=50;WE=5436495;WS=5436477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr10	5437365	rs11253156	A	G	3332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=69;PP=2212;ReadPosRankSum=-0.336;SC=CGTAATTGTTAGCAGCATCCT;SOR=0.556;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=267;TCF=146;TCR=121;TR=143;WE=5437373;WS=5437355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,153:0.53:288
chr10	5446632	rs10904491	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=364;ReadPosRankSum=-0.017;SC=AGAAACAAATGTTTCTTTACA;SOR=0.246;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=27;WE=5446640;WS=5446622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr10	5446794	rs7477466	C	T	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=1036;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GTAGTAATGACTGAGGAGCCT;SOR=0.597;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=159;TCF=70;TCR=89;TR=77;WE=5446802;WS=5446784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,83:0.49:171
chr10	5446942	rs4881435	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-1.318;SC=CTGAACAACCCGGGATAAAGT;SOR=0.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=5446950;WS=5446932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	5471200	rs4604777	C	T	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=32;PP=1199;SC=AAGGTAAGCCCTGCTGCCCTG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=5471208;WS=5471190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	5495157	rs11253185	A	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=631;ReadPosRankSum=-0.746;SC=CCAAGTATAGATCCCTCATGT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=57;TCR=11;TR=36;WE=5495165;WS=5495147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr10	5495218	rs4567355	T	C	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=62;PP=2965;SC=GACAGGCCTATCATGACCCCA;SOR=1.212;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=106;TCR=62;TR=168;WE=5495226;WS=5495208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	5498248	rs4242790	G	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=441;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TAAAATGCAGGCCTTCAATAA;SOR=0.797;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=25;WE=5498256;WS=5498238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr10	5558145	rs5782832	G	GC	5528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.932;NF=23;NR=67;PP=2933;ReadPosRankSum=1.382;SC=AATCAAACAGGCACCTGGGCA;SOR=0.543;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=201;TCF=62;TCR=139;TR=90;WE=5558153;WS=5558135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,176:0.54:327
chr10	5558349	rs4072067	G	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=39;PP=1120;SC=GAGGCTTGACGGGGAAAGAAG;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=5558357;WS=5558339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	5682641	rs7896492	C	T	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=30;PP=2027;SC=ACGGGGGCAGCCACGGTCCGG;SOR=1.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=103;WE=5682649;WS=5682631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	5682855	rs4427479	T	C	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=39;PP=728;ReadPosRankSum=-0.309;SC=ACACCTGCAATGGAACACAAA;SOR=0.992;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=139;TCF=55;TCR=84;TR=60;WE=5682863;WS=5682845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,62:0.41:150
chr10	5684342	rs6602421	C	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=260;SC=TCTTGCGGGCCCAGGACGGAG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=5684350;WS=5684332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	5684534	rs61006671	T	TA	965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.544;QD=15.58;ReadPosRankSum=2.153;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr10	5684553	rs12268809	A	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=-0.980;QD=19.14;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr10	5691135	rs2386647	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=55;PP=1275;ReadPosRankSum=1.415;SC=AGCACACAGACGCGGCAGGGG;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=30;TCR=98;TR=71;WE=5691143;WS=5691125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr10	5693379	rs6602483	A	G	9522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=164;NR=185;PP=2965;SC=CACGCAACCCACTTTCCCATC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=349;TCF=164;TCR=185;TR=349;WE=5693387;WS=5693357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr10	5708360	rs75474563	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=334;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CCCGCCCACGGAGCCAGCGCG;SOR=0.617;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=26;WE=5708368;WS=5708350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr10	5708420	rs6602613	T	C	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.66;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,83:0.47:178
chr10	5708420	.	TCA	CCT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=42;NR=31;PP=2944;QD=20;SC=GCGGCCGGCCTCAGGAGCCGG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=73;WE=5708442;WS=5708410;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:87,73:0.46:160
chr10	5708422	rs76394459	A	T	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.47;ReadPosRankSum=1.964;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,83:0.46:180
chr10	5708434	rs56178329	C	G	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=2.037;SC=GAGCCGGCGCCGCTGCCTCGC;SOR=0.682;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=76;WE=5708442;WS=5708410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,85:0.44:193
chr10	5766337	rs10737018	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr10	5768812	rs193131035	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=0.767;SC=GGATTGCAGAATATTCCTTCA;SOR=1.831;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=19;WE=5768820;WS=5768802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr10	5772432	rs45549643	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=3;PP=811;ReadPosRankSum=-1.326;SC=ATGTTTAATACGTGTGTATAT;SOR=1.828;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=73;TCF=66;TCR=7;TR=41;WE=5772440;WS=5772422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr10	5781628	rs2254067	T	G	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=41;PP=1753;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TTCAAGAGGTTGTCAAGAAGA;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=289;TCF=187;TCR=102;TR=119;WE=5781636;WS=5781618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,125:0.42:300
chr10	5781969	rs2797486	A	T	3042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=56;PP=1865;ReadPosRankSum=1.295;SC=CAGACTTAACAGTTAGCCAAG;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=138;TCR=118;TR=122;WE=5781977;WS=5781959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,135:0.50:270
chr10	5782130	rs201010984	A	G	4540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CATTCAAAGAAACATCTACAG;SOR=0.610;Source=Platypus;TCF=182;WE=5782138;WS=5782120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,196:0.54:366
chr10	5784509	rs2797488	G	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=678;ReadPosRankSum=0.289;SC=GCTGAATACCGTTAAATGTTG;SOR=0.272;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=40;WE=5784517;WS=5784499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr10	5788608	rs2797491	G	C	5867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GCTGATGAACGTACAACCTTT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=609;TCF=302;TCR=307;TR=263;WE=5788616;WS=5788598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,274:0.43:634
chr10	5790420	rs2669142	T	C	13141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=256;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GCAGAGCCAGTGTTTCAAGCA;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=480;TCF=223;TCR=257;TR=477;WE=5790428;WS=5790410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,495:0.99:498
chr10	5804531	rs2797501	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=-1.223;SC=TTTGAAAATAGTGGAATCCTT;SOR=1.136;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=10;WE=5804539;WS=5804521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr10	5804865	rs56352451	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=0.374;SC=TAACTTGGATCGTCAGTACAG;SOR=1.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=11;WE=5804873;WS=5804855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr10	5805087	rs139115917	AAC	A	637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.107;NF=0;NR=13;PP=477;ReadPosRankSum=1.068;SC=TACACATGTGAACAGTCTTAC;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=13;WE=5805096;WS=5805077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr10	5810458	rs61836362	C	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=428;ReadPosRankSum=1.859;SC=AAACCATCCTCAAGTTCATAT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=21;WE=5810466;WS=5810448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr10	5837038	rs10752110	T	C	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=844;ReadPosRankSum=0.275;SC=ATAAAGAACATTTACTAATAC;SOR=1.037;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=43;WE=5837046;WS=5837028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr10	5853767	rs1567706	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=320;ReadPosRankSum=-1.968;SC=GAATATTCTCTAATAATTGCA;SOR=0.638;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=25;WE=5853775;WS=5853757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr10	5853817	rs1567707	G	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=583;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AGAAAAACACGATTCTAATTC;SOR=0.754;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=41;WE=5853825;WS=5853807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
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chr10	5922186	rs811561	T	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=562;SC=ATTAAAATCATTGTTTTAAAT;SOR=4.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=21;WE=5922194;WS=5922176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	5924942	rs617165	C	G	10692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=223;NR=138;PP=2965;SC=CAGGGAAGCTCGGACAACGTT;SOR=1.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=223;TCR=138;TR=361;WE=5924950;WS=5924932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr10	5925971	rs631947	C	A	9476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=164;NR=171;PP=2965;SC=CGTCGATGTGCCCACACTGGA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=336;TCF=165;TCR=171;TR=335;WE=5925979;WS=5925961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr10	5926070	rs372118919	G	A	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=5.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=-2.023;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,110:0.53:209
chr10	5926079	rs3750657	AT	CC	8948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.43;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	5926131	rs7919785	G	A	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=65;PP=1869;SC=GGTGAACTGCGTGTGTGCAAA;SOR=2.110;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=90;WE=5926139;WS=5926121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	5926154	rs7907053	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=42;PP=1227;SC=ACCTGTGAGCATGGAGCTCTC;SOR=2.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=5926162;WS=5926144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	5936425	rs12781700	C	G	5007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=79;PP=2965;SC=GTCAGGAGACCCGGGTTCTTG;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=182;WE=5936433;WS=5936415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	5948638	rs7082434	C	T	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=64;PP=1865;SC=TCTAAAAGCACGTAACTTTGC;SOR=1.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=91;WE=5948646;WS=5948628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	5952854	rs7067928	C	T	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=7;PP=1264;SC=TTCGTATTAACCATGGCCTGT;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=55;WE=5952862;WS=5952844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	5957270	rs10508298	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=389;ReadPosRankSum=0.119;SC=GCTCTCAAGACAGAGGTGTGA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=22;WE=5957278;WS=5957260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr10	5957352	rs41290313	C	T	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=31;PP=1474;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CTCCTTTCCTCCTGGCTTCCC;SOR=0.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=167;TCF=113;TCR=54;TR=93;WE=5957360;WS=5957342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,95:0.55:172
chr10	5957602	rs61834496	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=329;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TTTCCCGTGACGATCACATGT;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=19;WE=5957610;WS=5957592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr10	5960209	rs2387092	C	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=655;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TCCAGTGTGCCCTGGCTTAGC;SOR=0.700;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=37;WE=5960217;WS=5960199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr10	5960499	rs2274027	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=348;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CTTACGTGCCAGGCCCTGTGA;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=17;WE=5960507;WS=5960489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr10	5963174	rs41290317	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=926;ReadPosRankSum=1.704;SC=AATGCACGGACACACCACAGG;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=65;WE=5963182;WS=5963164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr10	5966192	rs2274030	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=798;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GCTCTTGCGCAGCTGCTTAGG;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=36;WE=5966200;WS=5966182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr10	5966535	rs59730206	CT	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	5966806	rs55639163	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr10	5966854	rs11594794	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=1.482;SC=TCCCTGTGTGGAATATCTTTG;SOR=0.654;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=23;WE=5966862;WS=5966844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr10	5967176	rs11255971	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=262;ReadPosRankSum=-1.013;SC=TGTCTGTTCCCGACAGTTGTT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=5967184;WS=5967166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr10	5978411	rs646406	T	C	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=52;PP=2965;SC=TCGCTCTTTCTTTCTCAGGAG;SOR=1.319;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=102;TCR=52;TR=153;WE=5978419;WS=5978401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	5990899	rs4367845	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=-1.449;SC=TTATACAAGGCACAATGTCAA;SOR=0.202;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=8;WE=5990907;WS=5990889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr10	5998285	rs3136627	G	A	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=28;PP=1376;ReadPosRankSum=0.586;SC=GCCAGGTGCAGCTCTTTTCTC;SOR=0.982;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=214;TCF=140;TCR=74;TR=91;WE=5998293;WS=5998275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,94:0.41:227
chr10	6000409	rs12260233	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=193;ReadPosRankSum=-1.953;SC=AGTGCAGTGGTGTGATCACAG;SOR=0.420;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=15;WE=6000417;WS=6000399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
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chr10	6041873	rs11596136	C	T	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=71;PP=2219;ReadPosRankSum=0.980;SC=AGGACTTGTACTCCTGGCTGC;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=169;TCR=152;TR=151;WE=6041881;WS=6041863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,150:0.46:323
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chr10	6042034	rs10795731	C	T	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=1.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chr10	6054951	rs7076103	C	T	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.373;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=62;PP=1434;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CGCCACCATGCCTGGCTAATT;SOR=0.273;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=170;TCF=45;TCR=125;TR=91;WE=6054959;WS=6054941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,91:0.53:173
chr10	6059898	rs7899538	C	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=284;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TCTCCCTTTGCCACTCCCTGA;SOR=0.829;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=18;WE=6059906;WS=6059888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr10	6061277	rs7069976	G	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=0;PP=700;SC=CAACCTACCAGTCAACCAACT;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=6061285;WS=6061267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	6061479	rs28360490	A	C	2987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1479;ReadPosRankSum=0.645;SC=AAAAGAGATAAAGAGAGACAC;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=182;TCF=84;TCR=98;TR=86;WE=6061487;WS=6061469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,87:0.45:195
chr10	6061499	rs28360489	C	T	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CTCCTGCTACCGTGACTTTAG;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=70;TCR=96;TR=76;WE=6061507;WS=6061489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,78:0.43:180
chr10	6061781	rs10752175	T	C	7745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=164;NR=106;PP=2965;SC=CCTGGTCACCTCTGCCCTTTT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=164;TCR=106;TR=270;WE=6061789;WS=6061771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr10	6062051	rs9804284	T	A	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=728;SC=ATGCCACCCCTCATGGTTCCA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=6062059;WS=6062041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	6063674	rs942200	T	C	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=89;PP=2443;SC=ATGGAAGGAATGCTCTGAAGG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=49;TCR=89;TR=138;WE=6063682;WS=6063664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	6066200	rs11256369	C	G	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=22;PP=1276;ReadPosRankSum=2.105;SC=ACAGATTCATCTCTCACCTGG;SOR=0.341;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=142;TCF=110;TCR=32;TR=77;WE=6066208;WS=6066190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,81:0.54:150
chr10	6150828	rs374720400	GCTCTGTC	G	1063.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.037;SC=AGCCTGCCTGGCTCTGTCACC;SOR=0.811;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=9;WE=6150859;WS=6150818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr10	6150837	.	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.408;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.47;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr10	6150843	.	G	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.31;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr10	6150844	.	C	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.452;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.84;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr10	6150845	.	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.88;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr10	6150848	rs75593307	ACCTG	A	955.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.979;SC=CTGAGGCCGCACCTGGATCTC;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=9;WE=6150859;WS=6150818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr10	6152220	rs41295353	C	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=544;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CACACGGTACCTGCCTCAATC;SOR=0.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=22;TCR=68;TR=36;WE=6152228;WS=6152210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr10	6156118	rs10795823	T	C	5972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=83;PP=2965;SC=GAAGTAAGAGTGTTTTCTTTT;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=118;TCR=83;TR=201;WE=6156126;WS=6156108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr10	6187115	rs11256972	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=-1.320;SC=GCCCGGGGCCAAGCGAGACGC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=26;WE=6187123;WS=6187105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr10	6188591	rs7074372	A	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=50;PP=1469;SC=TTGTCGATGTAGGCTCTGGTT;SOR=2.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=64;WE=6188599;WS=6188581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	6255817	rs2073629	T	C	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.438;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=51;PP=958;ReadPosRankSum=-1.418;SC=CTCTGTCCCCTGGTCGGGGAG;SOR=0.379;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=119;TCF=18;TCR=101;TR=62;WE=6255825;WS=6255807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr10	6255838	rs2794982	C	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=705;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TCTGATCCTGCCTCCCATGCA;SOR=2.066;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=88;TCF=12;TCR=76;TR=39;WE=6255846;WS=6255828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr10	6258015	rs2148293	T	C	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=23;PP=2377;SC=TGTCGGGGCGTGTCGGGAGTT;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=88;TCR=23;TR=111;WE=6258023;WS=6258005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	6258052	rs2148294	G	A	6972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=84;PP=2965;SC=CGGATGCACCGGCGCTGACAT;SOR=1.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=150;TCR=84;TR=234;WE=6258060;WS=6258042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr10	6258300	rs2516622	A	C	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=33;PP=814;SC=CTCAGGAAGGAGGATGTGGGG;SOR=4.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=38;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	6258311	rs2516623	T	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=24;PP=605;SC=GGATGTGGGGTGGACTCAGGG;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=30;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	6258796	rs2182412	T	C	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=101;PP=2965;SC=AGGAAAAGGCTTCAGGAAGCG;SOR=2.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=26;TCR=101;TR=127;WE=6258804;WS=6258786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	6258840	rs5782881	GC	G	1640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=1527;SC=CCCTCCTGCTGCCCATGTTCC;SOR=2.352;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=37;WE=6258848;WS=6258830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	6258937	rs2765827	A	G	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=8;PP=1236;SC=CTTGGGGGCCATGGGGCGTTC;SOR=3.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=64;WE=6258945;WS=6258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	6259239	rs2516624	G	A	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=42;PP=1164;SC=GACCGGGTCCGGCTCGGAAGC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=6259247;WS=6259229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	6261704	rs1557111	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=-1.469;SC=TGAGGGTTCTTACTGAATTCT;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=6261712;WS=6261694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr10	6266956	rs4747951	G	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=0.322;SC=GGGGTGGCGGGTGGGGAGGCG;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=13;WE=6266964;WS=6266952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr10	6273170	rs35890201	C	CT	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.531;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.605;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,33:0.27:121
chr10	6368721	rs7074209	G	T	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.54;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	6368724	rs7074211	G	T	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=2.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	6392848	rs744254	G	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=46;PP=1402;SC=AGCTGAACCAGATTGGTGTCA;SOR=1.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=6392856;WS=6392838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	6472962	rs601150	T	G	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=110;PP=2965;SC=CATCAGGAGGTCGTGGTGCTT;SOR=3.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=24;TCR=110;TR=134;WE=6472970;WS=6472952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	6498799	rs2296123	C	G	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=894;ReadPosRankSum=1.781;SC=TGAAGCAAATCTCACATTAAT;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=56;WE=6498807;WS=6498789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr10	6504126	rs604663	T	C	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr10	6504136	rs678304	C	G	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.05;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,50:0.39:127
chr10	6520963	rs35751269	G	A	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=28;PP=2004;ReadPosRankSum=-0.872;SC=CCTTGGTCTGGAATGTACAAA;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=201;TCF=152;TCR=49;TR=111;WE=6520971;WS=6520953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,115:0.53:217
chr10	6521147	rs643610	G	A	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=88;PP=2067;ReadPosRankSum=-1.066;SC=GAGGGAAGAAGTAACTTTATT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=85;TCR=171;TR=131;WE=6521155;WS=6521137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,140:0.51:274
chr10	6527143	rs2236379	G	A	3664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=82;PP=2399;ReadPosRankSum=-0.543;SC=TAAACATGGCGGCCTTGCTTC;SOR=0.550;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=331;TCF=155;TCR=176;TR=164;WE=6527151;WS=6527133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,173:0.49:350
chr10	6527344	rs661891	A	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CATAGGGTCAACAAAGATCTC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=6527352;WS=6527334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr10	6533625	rs527611	T	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=286;ReadPosRankSum=-0.261;SC=CGGGCCATGCTCATCCCCCAC;SOR=1.101;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=17;WE=6533633;WS=6533615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr10	7242441	rs41306403	G	A	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=65;PP=1803;ReadPosRankSum=0.914;SC=CACTGTGGGCGGCAATCTGTC;SOR=0.764;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=246;TCF=124;TCR=122;TR=129;WE=7242449;WS=7242431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,139:0.52:265
chr10	7285632	rs2248474	A	G	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=81;NR=110;PP=2965;SC=GTCTTAGGTCATCAATAGTCA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=81;TCR=111;TR=191;WE=7285641;WS=7285622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	7423960	rs2254756	T	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=834;SC=ATCATATTGATTATATTCACT;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=7423968;WS=7423950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	7423984	rs2254760	G	T	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.99;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	7605067	rs3824658	C	T	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=43;PP=2965;SC=GGACATTCCCCGGCCAAGTGT;SOR=1.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=109;TCR=44;TR=152;WE=7605085;WS=7605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	7605077	rs61199416	TC	T	6449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=49;PP=2965;SC=CGGCCAAGTGTCCATCCCTGT;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=114;WE=7605085;WS=7605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	7605101	rs10795551	A	G	6033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=70;PP=2965;SC=AAATGGATGGAATGCCAGGTA;SOR=1.344;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=132;TCR=71;TR=202;WE=7605109;WS=7605091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr10	7605457	rs10737022	G	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=948;SC=GCCACAGCCCGAGACTGGACT;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=7605465;WS=7605447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	7614918	rs11255194	T	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=592;SC=TTTTTGTATTTTTAGTAGAGA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=7614926;WS=7614917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	7614936	rs10737023	T	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=0;PP=1037;SC=AGACGAGGTTTCACCATGTTG;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=35;WE=7614944;WS=7614926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	7618380	rs3818783	C	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=6;PP=584;SC=CTCAGGCCCGCGTCCCCCACA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=7618388;WS=7618370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	7618501	rs2275068	A	G	7184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=91;PP=2965;SC=CCTCCAGGCCATCCATGCGTG;SOR=1.443;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=173;TCR=91;TR=264;WE=7618509;WS=7618491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr10	7618686	rs2275069	T	G	12858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=217;NR=234;PP=2965;SC=ATGTGGTTGGTGTCCCCCTCT;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=453;TCF=218;TCR=235;TR=451;WE=7618694;WS=7618676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr10	7618993	rs10458802	G	A	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=2.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	7618997	rs10458803	G	A	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=2.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	7621578	rs11255201	C	A	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.205;NF=89;NR=2;PP=2490;ReadPosRankSum=1.592;SC=CATGGTGACACCTCCCATTGC;SOR=4.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=90;TCR=2;TR=91;WE=7621586;WS=7621577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr10	7621771	rs17431370	A	G	18099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=318;NR=349;PP=2965;SC=GTGTGAGGCCACAGTTCTCCA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=667;TCF=318;TCR=349;TR=667;WE=7621779;WS=7621761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,685:1.00:685
chr10	7622009	rs41298373	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=0.542;SC=CCTCTGCAGGGCCCCGTTGAT;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=21;WE=7622017;WS=7621999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr10	7622047	rs12256183	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=0.344;SC=ACCAACACGGAACAGCTCAAG;SOR=0.465;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=13;WE=7622055;WS=7622037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	7622075	rs12262854	G	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=-0.886;SC=ACTCACCTCCGCACTCTGATT;SOR=0.175;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=7622083;WS=7622065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr10	7627746	rs12413114	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.989;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	7627792	.	A	AAAAC	1250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=35.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=46.32;ReadPosRankSum=2.653;SOR=3.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr10	7627804	rs12218509	C	A	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.75;ReadPosRankSum=2.279;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr10	7627812	.	A	AG	2229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.27;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr10	7629168	rs945149	C	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=595;SC=CAGGGATGCTCAGTGATAACA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=7629176;WS=7629158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	7629203	rs4747526	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=308;ReadPosRankSum=0.085;SC=TCAGCTGTGACGAATGGAAAG;SOR=0.254;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=21;WE=7629211;WS=7629193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr10	7629411	rs4747527	T	G	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr10	7629417	rs4747528	A	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr10	7659272	rs150273439	ATAACT	A	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=520;ReadPosRankSum=-0.325;SC=AACATAATTAATAACTTAATA;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=12;WE=7659284;WS=7659262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr10	7679393	rs6602256	C	T	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1222;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CGGCTTTGTCCTTGCTGGGAA;SOR=0.699;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=201;TCF=104;TCR=97;TR=87;WE=7679401;WS=7679383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,90:0.43:210
chr10	7747155	rs76983422	G	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=879;ReadPosRankSum=1.561;SC=GGTATAGTAAGGTTTACTCCC;SOR=0.632;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=85;WE=7747163;WS=7747145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,87:0.43:202
chr10	7755088	.	GA	G	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=4.661;QD=0.41;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,34:0.17:206
chr10	7763661	rs7075296	A	G	9179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=131;PP=2965;SC=ATATGCCCTAACTGCCGGGAG;SOR=0.891;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=172;TCR=132;TR=302;WE=7763669;WS=7763651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr10	7769604	rs2277226	A	G	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=1061;ReadPosRankSum=0.854;SC=CTGAATCCAGAATGGGATTTT;SOR=0.419;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=52;WE=7769612;WS=7769594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr10	7773976	rs7098319	A	G	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=84;PP=1911;ReadPosRankSum=0.779;SC=CCACTTATCCATTTATTCTAT;SOR=0.504;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=208;TCF=55;TCR=153;TR=118;WE=7773984;WS=7773966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,116:0.56:206
chr10	7776831	rs1926937	C	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=8;PP=1116;ReadPosRankSum=-1.283;SC=AGCTGACTTGCGCTCCCCCTC;SOR=1.233;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=103;TCF=85;TCR=18;TR=60;WE=7776839;WS=7776821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,62:0.59:105
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chr10	7785017	rs3736965	T	C	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=167;SC=ATATTTGTTCTGATTAAATTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=7785025;WS=7785007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr10	7795911	rs7342066	A	G	3357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=61;PP=1990;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GTTTGGCACCATACCTGTGTC;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=195;TCR=130;TR=155;WE=7795919;WS=7795888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,172:0.48:360
chr10	7797903	rs138937189	C	CAACT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=85;SC=TTTAGCTGAACAACTATACAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=7797911;WS=7797893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr10	7811407	rs2296734	G	C	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=72;PP=1804;ReadPosRankSum=0.385;SC=GTGTGACATAGTAATTTACAG;SOR=0.877;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=37;TCR=126;TR=92;WE=7811415;WS=7811397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,95:0.57:166
chr10	7829759	rs17553878	C	T	4349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=55;PP=2911;ReadPosRankSum=0.982;SC=CCTGGGAAGACGGGGCCACTC;SOR=0.555;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=309;TCF=219;TCR=90;TR=181;WE=7829767;WS=7829749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,189:0.59:319
chr10	7830319	rs1475406	G	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=595;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GGGGGCAGATGTGGGGTCGCA;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=40;WE=7830327;WS=7830309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr10	7838208	rs1244418	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GCTTTAGCCCATTGTGTATTT;SOR=0.476;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=27;WE=7838216;WS=7838198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,30:0.30:101
chr10	7844195	rs932971	C	T	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=453;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CTATTCCTTCCATATAACTTG;SOR=0.858;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=31;WE=7844203;WS=7844185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr10	7844906	rs1244431	T	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=640;ReadPosRankSum=0.284;SC=TTTCGTTTTTTTCTTTTGAAG;SOR=0.944;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=42;WE=7844914;WS=7844896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr10	7846152	rs914609	T	C	8269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=1.421;SC=ACCCACAGAGTGCAGAATACT;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=140;TCR=170;TR=308;WE=7846160;WS=7846142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,321:1.00:322
chr10	7849688	rs4655	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=196;ReadPosRankSum=-1.582;SC=CCGAAGAAACTGTTCCTCCAT;SOR=0.595;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=23;WE=7849696;WS=7849678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr10	7866263	.	CT	C	2963	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=59.83;NF=50;NR=50;PP=2963;QD=20;SC=ATTTGATTTGCTTTTCACTTT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=118;TCR=120;TR=100;WE=7866277;WS=7866253;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:138,100:0.42:238
chr10	7866266	.	TTCA	T	6573.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=3.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.94;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,176:0.45:388
chr10	7866268	rs7070208	C	G	4740.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=4.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,204:0.54:380
chr10	7866268	.	CA	GA,GG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=59.87;NF=219,92;NR=120,50;PP=2962,2944;QD=20;SC=ATTTGCTTTTCACTTTGTTTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=351;TCF=225;TCR=126;TR=339,142;WE=7866277;WS=7866253;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:351
chr10	7866269	.	A	AGG	6573.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=4.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,176:0.46:385
chr10	7866557	rs1244471	T	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=746;ReadPosRankSum=0.866;SC=ATGTTAGTGATTATTTTAATG;SOR=0.778;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=13;TCR=75;TR=38;WE=7866565;WS=7866547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr10	7866576	rs1244472	A	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=597;ReadPosRankSum=0.036;SC=TGGATTTTTAATCCTCTTAGC;SOR=0.547;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=30;WE=7866584;WS=7866566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr10	8093034	rs501764	G	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=958;ReadPosRankSum=0.331;SC=CCGCGCCTCCGCTCTGCGCCA;SOR=0.835;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=71;WE=8093042;WS=8093024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,77:0.56:137
chr10	8093185	rs485411	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=391;ReadPosRankSum=1.849;SC=CCCTACCGAGTGGAGAAAGTC;SOR=0.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=41;WE=8093193;WS=8093175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,46:0.39:117
chr10	8111409	rs422628	C	T	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=47;PP=1996;ReadPosRankSum=1.214;SC=GTTTTGATTTCACCCTCTCCT;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=297;TCF=190;TCR=107;TR=133;WE=8111417;WS=8111399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,127:0.47:273
chr10	8115668	rs373223232	TA	T	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.310;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr10	9449465	.	A	G	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=15;MQ=54.37;NF=397;NR=397;PP=2965;QD=20;SC=GACACAGAGCACCTCAGCGGG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=800;TCF=399;TCR=401;TR=794;WE=9449473;WS=9449455;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,794:0.99:800
chr10	9449536	.	G	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MMLQ=16;MQ=42.56;NF=153;NR=203;PP=2962;QD=20;SC=CGGGGTCCTAGACACAGAGCG;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=630;TCF=295;TCR=335;TR=356;WE=9449544;WS=9449519;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:274,356:0.57:630
chr10	9449563	.	G	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=17;MQ=40.06;NF=105;NR=120;PP=2962;QD=20;SC=CGGGGTCCTAGACACAGAGCG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=512;TCF=232;TCR=280;TR=225;WE=9449571;WS=9449553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:287,225:0.44:512
chr10	9449628	.	A	G	2580	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=49.09;NF=35;NR=88;PP=2580;QD=20;SC=TGCAGAGCCCATCAGTGGGTT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=35;TCR=88;TR=123;WE=9449636;WS=9449618;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	11047207	rs2773499	C	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr10	11047218	rs377078265	GGAGA	G	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.08;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr10	11299735	rs2277212	A	T	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=85;PP=2965;SC=TAGGAATGGTATCGAAGAAAT;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=170;WE=11299743;WS=11299725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
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chr10	11316909	rs2244576	G	C	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=39;PP=2097;SC=CATCAGTAGGGAGTAGCAACC;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=110;WE=11316917;WS=11316899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	11316987	rs2244573	G	A	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=81;PP=2965;SC=TGCTCTCACCGTCTCCACTTT;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=100;TCR=83;TR=181;WE=11316995;WS=11316977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	11330525	rs2277214	G	A	10340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=238;PP=2965;SC=GGTGAGTGTGGGGGGTGCTCT;SOR=1.940;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=100;TCR=238;TR=337;WE=11330533;WS=11330515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr10	11356093	rs5783207	T	TTTTG	2787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=14;PP=2161;SC=TCTGTTTTCCTTTTTTCAGTG;SOR=1.919;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=45;WE=11356101;WS=11356083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	11360673	rs2279809	A	G	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=38;PP=2930;SC=TTTGGCAAAAAGGAGAAAGAG;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=132;WE=11360681;WS=11360663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	11367780	rs3832668	CT	C	9102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=127;PP=2986;SC=CTTACTCTGACTTTTTTTTTC;SOR=1.169;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=225;TCF=83;TCR=142;TR=203;WE=11367789;WS=11367770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr10	11532758	rs882206	C	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=691;ReadPosRankSum=-0.085;SC=GAAATGTGCCCACAGGGCCCT;SOR=0.919;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=63;WE=11532766;WS=11532748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,72:0.41:177
chr10	11789290	rs4750089	G	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=2;PP=1004;SC=GGAATCGCAGGGGTCCTCACT;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=11789298;WS=11789280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	11789382	rs4750090	G	A	5322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=80;PP=2965;SC=GAAGAGGAACGCGTTGTCACT;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=115;TCR=80;TR=195;WE=11789390;WS=11789372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr10	11789405	rs4750091	G	A	6558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=103;PP=2965;SC=CAATGCTGAAGTCTCTCCAAA;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=130;TCR=103;TR=233;WE=11789413;WS=11789395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr10	11789511	rs4750092	C	G	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.958;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.994;SC=GCAGTGCCCACAAGAGCTTTC;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=77;TCR=109;TR=185;WE=11789519;WS=11789501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr10	11791741	rs58243400	CCCAGCAAT	C	1830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=20;PP=2977;SC=GATCCTTTATCCCAGCAATCC;SOR=6.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=21;WE=11791756;WS=11791731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	11797436	rs7899215	T	C	18820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=720;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.075;NF=374;NR=321;PP=2965;ReadPosRankSum=1.108;SC=ACCACCCCGTTCCCGTCATTG;SOR=0.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=696;TCF=375;TCR=321;TR=695;WE=11797444;WS=11797426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,710:1.00:711
chr10	11797467	rs7910140	G	A	15767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=283;NR=290;PP=2965;SC=TGGCCTGGCCGCGGCTGCCGG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=574;TCF=284;TCR=290;TR=573;WE=11797475;WS=11797457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr10	11797619	rs902892	C	G	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=106;PP=2965;SC=TAATTTAACTCCCCCCACCCA;SOR=1.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=60;TCR=107;TR=166;WE=11797627;WS=11797609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	11805152	rs61844892	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=535;ReadPosRankSum=0.553;SC=GTCATTGAGCCGAGGCGGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=93;TCR=30;TR=40;WE=11805160;WS=11805142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,43:0.33:131
chr10	11805204	rs72781916	A	C	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1150;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CCTCAGTGACATCCCGTGTCT;SOR=0.909;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=238;TCF=147;TCR=91;TR=81;WE=11805212;WS=11805194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,87:0.35:248
chr10	11805249	rs61739577	T	C	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1324;ReadPosRankSum=-1.081;SC=TCTTTACTGGTGAGCCCATTT;SOR=0.884;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=290;TCF=153;TCR=137;TR=112;WE=11805257;WS=11805239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,120:0.40:301
chr10	11805354	rs12258196	A	G	6186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=2.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=1.272;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,163:0.46:352
chr10	11805357	rs10906011	G	A	6234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=2.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,165:0.47:350
chr10	11912065	rs17857360	C	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=360;ReadPosRankSum=0.330;SC=CGGGGCCTGCCGGGCCCCGCT;SOR=1.008;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=27;WE=11912073;WS=11912055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr10	11912431	rs12253600	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.843;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=400;ReadPosRankSum=1.702;SC=CAGTCCACCCCGTTTCTCCCC;SOR=0.446;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=37;WE=11912439;WS=11912421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr10	11978499	rs7921794	T	G	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=66;PP=2965;ReadPosRankSum=0.856;SC=AACCTAACTGTATAACTCACA;SOR=0.543;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=119;TCR=67;TR=184;WE=11978507;WS=11978489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr10	11985210	rs77536640	T	C	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=54;PP=999;ReadPosRankSum=0.605;SC=CTTTTCGAAGTGTAACCATAT;SOR=0.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=57;TCR=115;TR=81;WE=11985218;WS=11985200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,82:0.47:176
chr10	12020981	rs11257462	C	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=6.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=0;PP=897;ReadPosRankSum=1.493;SC=TGCTTACCAACAATTACATTC;SOR=2.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=67;TCR=2;TR=39;WE=12020989;WS=12020971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr10	12021312	rs3740023	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.235;SC=CCATCATAAAGAAGTGTTTGA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=12021320;WS=12021302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr10	12068542	rs12415637	C	T	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=5.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,202:0.46:442
chr10	12111090	rs1279138	T	C	8180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=137;NR=148;PP=2965;SC=TCTCCCTCTCTTCTGGCGTGG;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=137;TCR=148;TR=285;WE=12111098;WS=12111080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr10	12123666	rs10906066	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-7.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=47;PP=948;ReadPosRankSum=-0.346;SC=CGGAGCTGCACACCAGGCCAG;SOR=0.132;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=80;TCF=3;TCR=77;TR=50;WE=12123674;WS=12123656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr10	12126490	rs11257527	A	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=394;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ACATCATGTTAAGGAACATGA;SOR=0.206;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=21;WE=12126498;WS=12126480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr10	12131081	rs3740015	T	G	6968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TGTGGACCTGTACTTTGGGGC;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=579;TCF=302;TCR=277;TR=306;WE=12131089;WS=12131071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,316:0.53:600
chr10	12140030	rs10906076	C	G	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=102;PP=2965;SC=TATTGCTTCTCCTTCCTGCTC;SOR=2.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=31;TCR=102;TR=133;WE=12140038;WS=12140020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	12143105	rs2062988	C	G	8563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=146;PP=2965;SC=GGCATGCAATCGTGGTTTGCC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=147;TCR=146;TR=293;WE=12143126;WS=12143095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr10	12148259	rs1701472	A	C	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=95;PP=2965;SC=GCAACAGCCCACTGTCAGAAG;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=112;TCR=95;TR=207;WE=12148267;WS=12148249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr10	12148286	rs1615510	T	C	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=112;PP=2965;SC=TCCTGGGATTTGAATATGGGA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=121;TCR=112;TR=233;WE=12148294;WS=12148276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr10	12149939	rs1722462	C	T	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=92;PP=2965;SC=AAAGCGGCATCGTCATCCTCC;SOR=0.927;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=129;TCR=92;TR=220;WE=12149947;WS=12149929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr10	12159647	rs2399771	A	G	9673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=184;NR=154;PP=2965;SC=TGCTTGCTGGATGTGTGGCCT;SOR=0.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=340;TCF=185;TCR=155;TR=338;WE=12159655;WS=12159637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr10	12159844	.	GATCTCCCCTCTCCT	G	254	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=16;PP=254;QD=18.5625;SC=AGGTGATGCAGATCTCCCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=16;WE=12159870;WS=12159834;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,16:0.70:23
chr10	12159845	rs34396265	ATCTCCCCTCTCC	A	1411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=7.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	12159859	rs376672314	ATT	A	1408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=7.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	12159861	.	T	A	254	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=254;QD=57.7542425094;SC=CCTCTCCTATTTTTATTTATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=12159870;WS=12159834;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,5:0.29:17
chr10	12160602	rs11257543	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.23;QD=43.95;SOR=5.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	12160602	.	TGATT	CGATC,CGATT	288	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=52.79;NF=12,25;NR=0,1;PP=270,288;QD=26.9556562385;SC=AGGATGGTCTTGATTTCCTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=12,26;WE=12160614;WS=12160595;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:27
chr10	12160606	rs11257544	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQRankSum=-1.729;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.643;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr10	12160623	rs11257545	C	T	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=1;PP=1260;SC=CCTCGTGATCCGCCCGCCTTG;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=44;WE=12160631;WS=12160613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	12171740	rs11257552	G	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=3.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,68:0.50:136
chr10	12172775	rs7070684	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=444;ReadPosRankSum=0.297;SC=AAGTAATTGCGGTTTTCAATT;SOR=0.409;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=25;WE=12172783;WS=12172765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr10	12191933	rs10466280	C	T	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=75;PP=1717;ReadPosRankSum=1.412;SC=AAATGGGTGCCGGAATCTGTC;SOR=0.528;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=289;TCF=101;TCR=188;TR=118;WE=12191941;WS=12191923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,122:0.41:297
chr10	12195881	rs2895501	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=397;ReadPosRankSum=0.154;SC=TTTCATTCACGTGGTTAGTGT;SOR=0.223;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=33;WE=12195889;WS=12195871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr10	12197259	rs10906089	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=-1.201;SC=TATTCTGTACACATTTTATAG;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=12197267;WS=12197249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr10	12198019	rs3758376	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=0.171;SC=GCCTAGAGCCGTTCTGGTTTG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=7;WE=12198027;WS=12198009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr10	12200125	rs4750175	C	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=47;PP=931;ReadPosRankSum=0.205;SC=TGTTTATTTACATTATTTATA;SOR=1.079;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=42;TCR=100;TR=64;WE=12200133;WS=12200115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,65:0.44:147
chr10	12202866	rs10906092	A	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=892;ReadPosRankSum=0.954;SC=GTTTGAAGTGACATGCAAATG;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=82;TCR=43;TR=63;WE=12202874;WS=12202856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr10	12203197	rs2399784	C	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=436;SC=AGCACTTTGGCAGGCTGAGGC;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=12203205;WS=12203187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	12209752	rs6686	T	C	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=70;PP=2302;ReadPosRankSum=0.097;SC=CATGTTTCAGTGCTAGAGCGT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=214;TCR=161;TR=162;WE=12209760;WS=12209742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,169:0.43:391
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chr10	12212186	rs11257577	T	A	3281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=82;PP=2043;ReadPosRankSum=-1.604;SC=AATTATACAATGCATCTACAT;SOR=0.447;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=232;TCF=82;TCR=150;TR=135;WE=12212194;WS=12212176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,147:0.59:251
chr10	12215870	rs35088067	CT	C	467.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=305;ReadPosRankSum=0.501;SC=TTAAACCCTCCTTTTTTTTTT;SOR=0.653;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=30;WE=12215879;WS=12215860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr10	12227067	rs2140660	C	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=37;PP=1027;SC=CAATAATCATCTTTCCTTCCC;SOR=1.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=12227075;WS=12227057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	12228459	rs11257584	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=273;ReadPosRankSum=-1.111;SC=TGTCTCAGTATGTGAGGGAAC;SOR=0.957;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=17;WE=12228467;WS=12228449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr10	12240640	rs11257591	G	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=-1.137;SC=CAAGTGTAGAGATTTTTCTCT;SOR=0.979;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=18;WE=12240648;WS=12240630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr10	12240691	rs150891932	GT	G	704.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr10	12292348	rs12590	G	T	3056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=76;PP=1833;ReadPosRankSum=0.781;SC=GAGCGTACTGGAACTGGAGAA;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=345;TCF=171;TCR=174;TR=150;WE=12292356;WS=12292338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,158:0.44:356
chr10	12595037	rs2815629	G	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=1;PP=1035;SC=CCACTGCGCCGGGCTGCCCCT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=40;WE=12595045;WS=12595028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	12595147	rs2895524	C	T	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=52;PP=1631;ReadPosRankSum=-1.272;SC=ACTCAAACTTCGGTGGTAGGG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=127;TCR=89;TR=125;WE=12595155;WS=12595137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,127:0.56:226
chr10	12595443	rs1077744	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=0.464;SC=AGACTTTCCCCGGGGGCAGAG;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=12595451;WS=12595433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr10	12833003	rs10717134	TA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,13:0.15:85
chr10	12856057	rs10795984	G	A	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=8;PP=1016;ReadPosRankSum=0.147;SC=CAAATTGCTGGGATTACCTGC;SOR=1.050;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=70;TCR=14;TR=53;WE=12856065;WS=12856047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr10	12866356	rs2482023	A	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=275;ReadPosRankSum=0.237;SC=CACCCTGTCCACGACTGAGCC;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=12866364;WS=12866355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr10	12867598	rs1757051	C	G	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=75;PP=2401;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CGGCCGTCGTCAGACATATGA;SOR=0.718;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=325;TCF=179;TCR=146;TR=163;WE=12867606;WS=12867588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,166:0.50:334
chr10	12870714	rs2482075	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=382;ReadPosRankSum=-0.816;SC=AGTGGGAAGCAGGGTGAGAAT;SOR=1.078;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=27;WE=12870722;WS=12870704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr10	12940377	rs10752280	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=601;SC=TCAATTACCGTCAGGATTGGC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=12940385;WS=12940367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	12940455	rs10906249	A	G	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=29;PP=1950;SC=GCCCCCGGGCATTGATGTGCG;SOR=1.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=81;TCR=29;TR=110;WE=12940463;WS=12940445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	13151224	rs2234968	G	A	7385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=135;PP=2965;SC=ACCTGGACACGTTTACCCCGG;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=126;TCR=135;TR=261;WE=13151232;WS=13151214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr10	13151354	rs10906303	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=50;PP=1501;SC=ATCCCTTTGCACTAAGGCTTG;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=67;WE=13151362;WS=13151344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	13152504	rs34617995	GT	G	1857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.28;SOR=4.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	13152515	rs79529484	T	G	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=1029;SC=TTTTTTTTTTTTCCCTTGACA;SOR=4.362;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=36;WE=13152523;WS=13152494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	13158262	rs2244380	C	T	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=98;PP=2965;SC=TTTCTGTTTTCACAGGAAGGA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=115;TCR=99;TR=213;WE=13158270;WS=13158252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	13164332	rs765884	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=205;ReadPosRankSum=-0.963;SC=ATAATTGCTATTTCTCTTAAA;SOR=0.238;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=13;WE=13164340;WS=13164322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr10	13164596	rs489040	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=541;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TATAGAAATCATGTTGATATT;SOR=0.461;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=37;WE=13164604;WS=13164586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr10	13166076	rs523747	A	G	5545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=120;PP=2965;SC=AAAACTCAGCAAAGCTGAGCT;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=73;TCR=120;TR=193;WE=13166084;WS=13166066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr10	13167860	rs676302	G	T	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=22;PP=1327;SC=TTTTTCTACTGGAGTGTTCAG;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=70;WE=13167868;WS=13167850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	13206233	rs7090944	A	T	12086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=248;PP=2965;SC=GTTTTCTGTTACTCTGTTTCA;SOR=1.254;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=408;TCF=160;TCR=248;TR=408;WE=13206241;WS=13206223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr10	13230950	rs2296222	C	T	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=78;PP=2279;ReadPosRankSum=1.055;SC=GCGTGCGGATCTGCAGTCCAC;SOR=0.557;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=307;TCF=150;TCR=157;TR=157;WE=13230958;WS=13230940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,167:0.51:330
chr10	13231194	rs2296221	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=0.100;SC=TTTATCTTTCATAACTCACTA;SOR=0.242;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=12;WE=13231202;WS=13231184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr10	13237015	rs10796036	G	A	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=35;PP=1366;ReadPosRankSum=1.248;SC=CCCTGTTTGCGTATTTTGACT;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=211;TCF=132;TCR=79;TR=97;WE=13237023;WS=13237005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,106:0.48:223
chr10	13239917	rs201284607	ATTT	A	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.75;ReadPosRankSum=-1.814;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	13240887	rs4750317	G	C	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1548;ReadPosRankSum=-1.159;SC=GACCAAGAATGTGTTGTTTGT;SOR=0.433;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=153;TCF=52;TCR=101;TR=94;WE=13240895;WS=13240877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,101:0.64:159
chr10	13243345	rs1535852	C	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=648;ReadPosRankSum=0.366;SC=GAATAATCATCGAGTTACTCT;SOR=0.902;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=47;WE=13243353;WS=13243335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr10	13264280	rs2281797	C	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=374;ReadPosRankSum=1.052;SC=TCAGCCGAACCCCTGCCCTGT;SOR=0.962;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=26;WE=13264288;WS=13264270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr10	13271513	rs112352250	GA	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.518;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.818;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
chr10	13275510	rs7893239	C	G	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr10	13275514	rs4750327	A	G	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.10;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	13275553	rs3829925	T	G	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=48;PP=2478;SC=ACCTCATCTCTGGACTTGGGG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=96;TCR=48;TR=144;WE=13275561;WS=13275543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	13275643	rs4750328	G	A	2987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=67;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TCTGAAACCCGGGAGAGGCCT;SOR=0.690;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=290;TCF=159;TCR=131;TR=139;WE=13275651;WS=13275633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,145:0.48:305
chr10	13275676	rs3829926	T	C	6762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.432;SC=GTGGGGGTGCTGGGGCTGCTG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=131;TCR=125;TR=252;WE=13275684;WS=13275657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,256:0.99:258
chr10	13275691	rs10796042	G	T	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=58;PP=1982;ReadPosRankSum=0.159;SC=CTGCTGCTTCGCTGGCTGCAC;SOR=0.771;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=263;TCF=137;TCR=126;TR=132;WE=13275699;WS=13275681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,137:0.50:274
chr10	13276179	rs942418	A	G	6540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=130;PP=2965;SC=AACACCCTCCACCTTGACCCT;SOR=0.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=240;TCF=109;TCR=131;TR=239;WE=13276187;WS=13276169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr10	13276368	rs2399954	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr10	13320411	rs825625	A	T	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=76;PP=2268;SC=GCCCTCCATTAACCTTCAATT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=120;WE=13320419;WS=13320401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	13334058	rs1408364	A	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=214;SC=TTGCAAACAAAGCATGAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=13334066;WS=13334048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	13337319	rs654536	A	C	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=3;PP=198;SC=CAGAGTGAGAACCTTTCTCTA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=13337338;WS=13337309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	13337330	rs654553	T	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=312;SC=CCTTTCTCTATAAAAAATAAA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=13337338;WS=13337309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	13337588	rs1747682	G	A	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=45;PP=1298;SC=GGGTTAGAACGTTATTATCCA;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=13337596;WS=13337578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	13340293	rs7916926	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=478;ReadPosRankSum=0.722;SC=AAGGCCAGGCACGGTGGCTCA;SOR=0.435;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=33;WE=13340301;WS=13340276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr10	13340339	rs10796054	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GGCTGAGGCAGGAGGATTACT;SOR=0.100;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=14;WE=13340347;WS=13340329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr10	13341836	rs511959	G	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=336;SC=AGGCGGGGACGCGGCGCTGAG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=13341844;WS=13341827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	13341889	rs732704	C	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=294;ReadPosRankSum=-1.900;SC=CCCGAGGCCTCCACCCGGACC;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=21;WE=13341908;WS=13341879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr10	13341900	rs512109	A	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=14;PP=1226;SC=CACCCGGACCAGGGCCACCAC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=13341908;WS=13341879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	13344169	rs3758423	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.742;SC=AGCATCACCAGCCCCTTCCTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=4;WE=13344177;WS=13344159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr10	13361421	rs10906347	C	T	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=51;PP=1207;ReadPosRankSum=0.847;SC=GCCTCTGCTGCTTCTGCAGAG;SOR=0.365;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=113;TCF=23;TCR=90;TR=67;WE=13361429;WS=13361411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,70:0.61:115
chr10	13370315	rs3740211	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=333;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CTGTCTTGGACCCCTGGGACC;SOR=0.339;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=21;WE=13370323;WS=13370312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr10	13375906	rs10752297	T	C	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=59.95;MQRankSum=-1.331;NF=49;NR=46;PP=1045;ReadPosRankSum=0.143;SC=CTGTTACAGATGTTCCTGCTT;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=92;TCR=87;TR=95;WE=13375914;WS=13375896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,101:0.53:191
chr10	13378445	rs2275128	A	G	4508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=1.172;SC=GAGAACGTGGAGACTTTCCAG;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=364;TCF=145;TCR=219;TR=207;WE=13378453;WS=13378435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,210:0.56:374
chr10	13483868	rs7902755	C	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.248;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=-1.379;SC=TGTAGCCCCCCAAAAGAAGAA;SOR=0.218;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=24;WE=13483876;WS=13483858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr10	13489148	rs10675399	T	TGCAGA	1034.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=878;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CCTGGTCCACTGCAGAAGCAG;SOR=0.789;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=21;WE=13489156;WS=13489138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr10	13489201	rs11408564	A	AT	3187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.208;NF=31;NR=26;PP=2195;ReadPosRankSum=0.586;SC=ATCGTTTTCAATGCAAATAGT;SOR=0.558;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=57;WE=13489209;WS=13489191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,103:0.51:201
chr10	13534554	rs2251467	T	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=770;ReadPosRankSum=0.547;SC=ATAAATACTATAAAATTCCCA;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=53;WE=13534562;WS=13534544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr10	13534851	rs2251555	A	G	6481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GGGAAATTGGAGGTTGTTGTC;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=100;TCR=138;TR=236;WE=13534859;WS=13534841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,243:1.00:244
chr10	13541724	rs113234105	T	TAAAAC	2752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=11;PP=1478;SC=TATTTAGAAATAGAACAGTAC;SOR=2.080;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=39;WE=13541732;WS=13541714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	13568033	.	T	G	3226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.210;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=39;PP=2333;ReadPosRankSum=-1.262;SC=TGTCATACATTAAGCAATGGC;SOR=1.140;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=242;TCF=162;TCR=80;TR=134;WE=13568041;WS=13568023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,139:0.53:260
chr10	13570569	.	GGCGGCAGCGGCGGCA	G	973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=2458;SC=CTGAGGAGGCGGCGGCAGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10;WE=13570591;WS=13570559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	13570673	rs10906401	A	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=11;PP=355;SC=GGAGTCGGCGAGGGGAGGCCG;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=13570681;WS=13570663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	13633928	.	GT	G	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=5.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.443;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.853;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr10	13653490	rs2478121	C	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=294;ReadPosRankSum=-0.202;SC=AAATTCCATCCGATTTTTAAG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=15;WE=13653498;WS=13653480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr10	13653653	rs1135102	A	G	5239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.854;SC=ATGATCATAAAGACATGGACA;SOR=0.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=404;TCF=223;TCR=181;TR=231;WE=13653661;WS=13653643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,238:0.57:419
chr10	13658335	rs2253308	G	A	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=45;PP=1648;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AATACTTTCAGTAAGAATTTG;SOR=0.568;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=214;TCF=133;TCR=81;TR=114;WE=13658343;WS=13658325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,122:0.54:225
chr10	13696570	rs10906442	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=594;ReadPosRankSum=0.814;SC=CACAGGTGAAAGAGCTTGCGA;SOR=0.141;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=33;WE=13696578;WS=13696560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr10	13705298	rs10796108	G	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=1087;ReadPosRankSum=1.801;SC=CCCAACCAAAGAGGTGAATAC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=17;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr10	13705307	rs55876188	ACT	A	677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=1079;ReadPosRankSum=1.673;SC=AGAGGTGAATACTGGGAAATG;SOR=0.336;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=16;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr10	13717076	rs3814663	C	G	2806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=83;PP=1915;ReadPosRankSum=-0.433;SC=ACTTGGCCAGCTGACAGGGGA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=72;TCR=144;TR=124;WE=13717084;WS=13717066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,128:0.57:225
chr10	13735603	rs943090	G	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=1;PP=827;SC=TTGCCATGGGGATTGTGAAAC;SOR=4.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=13735611;WS=13735593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	13735887	rs41291333	C	A	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1372;ReadPosRankSum=0.562;SC=CTCCAGCTGGCCTCTGCCTAC;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=147;TCR=133;TR=105;WE=13735895;WS=13735877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,105:0.36:293
chr10	13735947	rs2296596	A	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=59;PP=1390;ReadPosRankSum=-0.523;SC=TCCCCTTGCTACCCATGTTGG;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=395;TCF=200;TCR=195;TR=120;WE=13735955;WS=13735937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,122:0.30:413
chr10	13743251	rs2296598	A	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=565;ReadPosRankSum=2.143;SC=GGCAAGGGACATGGCGCCTCC;SOR=0.280;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=26;WE=13743259;WS=13743241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr10	13743646	rs1541005	G	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=486;SC=TGCGCACACAGCTTACAGACA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=13743654;WS=13743636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	13749228	rs11258541	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=258;ReadPosRankSum=0.309;SC=AACAGAGACCGTAGTCTGTGC;SOR=1.414;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=15;WE=13749236;WS=13749218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr10	13782110	rs11258567	A	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=9.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.423;SOR=1.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,46:0.37:124
chr10	13782124	rs10906462	A	G	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=41;PP=2962;SC=AGAAGAAAACATATAACGAGA;SOR=2.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=139;TCR=41;TR=179;WE=13782132;WS=13782100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr10	13782605	rs6602679	G	A	7454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=119;PP=2965;SC=GAATGCTGTTGTTGGAGTCTC;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=145;TCR=119;TR=263;WE=13782613;WS=13782595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr10	13838329	rs3740123	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=1;PP=882;SC=CTGCACCCTCGCACCCCGCCT;SOR=5.728;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=34;WE=13838348;WS=13838319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	13838340	rs3740122	T	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=4;PP=1211;SC=CACCCCGCCTTTCCATCTATG;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=13838348;WS=13838319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	13900729	rs111933425	G	C	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=25;PP=1362;ReadPosRankSum=0.717;SC=TTCTCTCACAGATATTAACAG;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=145;TCR=57;TR=91;WE=13900737;WS=13900719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,99:0.46:214
chr10	14425204	rs12780876	T	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=525;ReadPosRankSum=-1.246;SC=CTTGCTTCAGTCAGGCTGTTC;SOR=0.737;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=44;WE=14425212;WS=14425194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr10	14572644	rs7922221	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=438;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTGGGGCATCGCTGATAAATA;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=23;WE=14572652;WS=14572634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr10	14882060	rs3830599	AT	A	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.744;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	14920685	rs200159062	T	TG	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.403;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=472;ReadPosRankSum=-0.059;SC=TCCTCGCGCTTGGGGCCGGGC;SOR=0.020;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=16;WE=14920693;WS=14920675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr10	14941055	rs7896464	T	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	14941654	rs17353856	C	T	4243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=124;PP=2844;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CGGCTCGATACGGCAATGTGT;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=515;TCF=211;TCR=304;TR=208;WE=14941664;WS=14941644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,214:0.39:543
chr10	14974843	rs35927251	G	A	5067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=1.673;SC=GGAATCACTTGCACACGTACC;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=575;TCF=258;TCR=317;TR=246;WE=14974851;WS=14974833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,257:0.43:600
chr10	14974905	rs12768894	T	C	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.221;NF=41;NR=84;PP=1487;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TGTGAGATGATGAAGGATCTC;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=297;TCF=99;TCR=198;TR=125;WE=14974913;WS=14974895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,132:0.42:311
chr10	14976414	rs7076862	G	A	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.535;NF=112;NR=56;PP=2507;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TTGGTGAACAGATATTCATAG;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=374;TCF=246;TCR=128;TR=168;WE=14976422;WS=14976404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,163:0.44:372
chr10	15008493	rs4750568	A	C	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=34;PP=1559;SC=GTAAAACCAAAATCAGTAAGT;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=86;WE=15008501;WS=15008483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	15014369	rs1935401	C	A	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=1;PP=1399;SC=TTGTGGGTATCATACTTTAAA;SOR=6.666;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=53;TCR=1;TR=54;WE=15014377;WS=15014359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	15014418	rs1935400	C	G	4643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=28;PP=2965;SC=TACTTTGTTTCTGTAAGTCAT;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=117;TCR=28;TR=145;WE=15014426;WS=15014408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr10	15014440	rs1935399	A	G	6781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=60;PP=2965;SC=CTTTTTAACTATTTGATAGTA;SOR=1.884;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=159;TCR=60;TR=219;WE=15014448;WS=15014430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr10	15014698	rs4418687	C	T	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.14;SOR=5.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	15014702	rs4295952	A	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=6.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	15059899	rs12357939	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=432;ReadPosRankSum=0.774;SC=GCTACTTGGGAGGCTGAGGCA;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=20;WE=15059907;WS=15059889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr10	15106281	rs7075914	C	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=264;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TCAACTCACACTTTCCTTTCA;SOR=1.162;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=16;WE=15106289;WS=15106271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr10	15106379	rs10796255	A	G	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=858;ReadPosRankSum=1.882;SC=AGTTCTTGTCATGTTTTTCTT;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=124;TCR=78;TR=81;WE=15106387;WS=15106369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,89:0.42:213
chr10	15106441	rs10906818	A	G	3699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=74;PP=2305;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CACTAGGTCTAAAAGAAAACA;SOR=0.640;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=267;TCF=138;TCR=129;TR=159;WE=15106449;WS=15106431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,169:0.58:291
chr10	15120865	rs7092227	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=235;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TATTATAATCGCAATTAATAT;SOR=1.244;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=15;WE=15120873;WS=15120855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr10	15121195	rs11259464	A	C	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.050;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=48;PP=1133;ReadPosRankSum=0.741;SC=CTAGGAGTTCACCTCTCCTGG;SOR=1.127;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=27;TCR=95;TR=60;WE=15121203;WS=15121185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr10	15130560	rs11259477	G	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=406;ReadPosRankSum=0.302;SC=GCACAGGTGCGGTCTACACTG;SOR=0.743;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=22;WE=15130568;WS=15130555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr10	15138615	rs7896053	C	T	4831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.434;SC=CGATGGTAGCCTGAGTCTCCA;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=350;TCF=189;TCR=161;TR=197;WE=15138623;WS=15138605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,209:0.57:369
chr10	15145855	rs15772	C	G	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=52;PP=1974;ReadPosRankSum=-1.388;SC=CTAGCCTTGGCGTTCAAAAAG;SOR=0.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=123;TCR=93;TR=121;WE=15145863;WS=15145845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,135:0.57:235
chr10	15145948	rs10242	T	C	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=59;PP=2107;ReadPosRankSum=0.947;SC=CAAGACAGAATTGAAGATTCT;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=142;TCR=115;TR=132;WE=15145956;WS=15145938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,144:0.54:269
chr10	15151907	rs7918775	T	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=0.483;SC=ATATCTCAGTTTAACAATTCT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=15151915;WS=15151897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr10	15154974	rs7072269	A	G	5697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=104;PP=2965;SC=TAGGAGCAAAAGTGCTGTCAG;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=79;TCR=104;TR=183;WE=15154982;WS=15154964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr10	15161274	rs10906832	A	C	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=14;PP=955;SC=TGTGTAAATAATTCTGCTGCA;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=15161282;WS=15161264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	15177191	.	TTTG	T	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=3.871;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,14:0.12:117
chr10	15183129	.	C	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,10:0.15:67
chr10	15183131	.	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,8:0.13:62
chr10	15296572	rs3824620	A	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=0;PP=759;SC=ACAGTTTCAAAGCACTTGAAC;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=15296580;WS=15296564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	15413071	rs192904368	G	A	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	15573050	rs1041135	A	G	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=114;NR=83;PP=2965;SC=GATACTCACTACTATGCTTCC;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=114;TCR=83;TR=197;WE=15573058;WS=15573040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr10	15590372	rs9333229	G	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=559;SC=ATTAGAAATCGCTATGAAAAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=15590380;WS=15590362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	15647757	.	G	T	4756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=82;PP=2853;ReadPosRankSum=0.069;SC=GGAACACACAGATTGTCTTCT;SOR=0.869;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=413;TCF=237;TCR=176;TR=206;WE=15647765;WS=15647747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,220:0.50:438
chr10	15648104	rs2282384	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.576;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=547;ReadPosRankSum=0.218;SC=CAAGAGGAAAGGCTTCCGAAA;SOR=1.819;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=25;WE=15648112;WS=15648095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr10	15648243	rs2282383	C	T	8331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CCCCAGAGAGCTTGCTTGAGA;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=159;TCR=130;TR=287;WE=15648251;WS=15648233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,304:0.99:306
chr10	15685983	rs4748191	A	T	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=10;PP=1520;SC=AATGGACTCTATTTCAGGACG;SOR=2.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=67;WE=15685991;WS=15685973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	15701093	rs9333128	A	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=370;ReadPosRankSum=-0.697;SC=ACCATTTGCCATAGAATTGGA;SOR=1.515;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=27;WE=15701101;WS=15701083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr10	15703101	rs9333112	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=460;ReadPosRankSum=-1.536;SC=TTGGGAGCCCGGCCACACACA;SOR=0.643;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=25;WE=15703109;WS=15703091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr10	15713507	rs7100228	A	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=13;PP=1012;ReadPosRankSum=0.325;SC=CCTTTGGTATAGCAAATAAAA;SOR=0.351;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=54;WE=15713515;WS=15713497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr10	15713541	rs6602051	T	C	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=63;PP=2965;SC=AAAAACTTTATATGCCATTTT;SOR=1.469;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=186;TCF=123;TCR=63;TR=185;WE=15713549;WS=15713531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr10	15713667	rs7100510	C	G	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.521;SC=GAAAAAGAAACAAACTAATCA;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=58;TCR=121;TR=177;WE=15713675;WS=15713657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr10	15729923	rs1954181	C	T	12192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=222;NR=223;PP=2965;SC=CACAAGCCCACGGCTCATACT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=445;TCF=222;TCR=223;TR=445;WE=15729931;WS=15729913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr10	15761527	rs9333070	T	C	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=34;PP=2553;SC=AGCGCCTTCGTCCCCGCGCGC;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=84;TCR=34;TR=118;WE=15761535;WS=15761517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	15902425	rs71493236	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=248;ReadPosRankSum=-0.523;SC=AGGCAGGAAAGAAGAAGGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=17;WE=15902433;WS=15902415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr10	16526840	rs2275731	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=327;ReadPosRankSum=0.362;SC=TTCTTTGACAGTATTTGTTCA;SOR=0.337;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=20;WE=16526848;WS=16526830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr10	16547058	rs7904014	A	G	4557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=1.073;SC=AGTTTGCTCAACTTGGCTGCT;SOR=0.705;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=406;TCF=236;TCR=170;TR=200;WE=16547066;WS=16547048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,208:0.49:424
chr10	16556710	rs7909832	T	C	4453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=124;PP=2460;ReadPosRankSum=0.034;SC=CACGCACCTATGTGAAACAGA;SOR=0.646;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=413;TCF=155;TCR=258;TR=203;WE=16556718;WS=16556700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,221:0.50:438
chr10	16562600	rs72772306	G	A	6568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.274;SC=TGGGGTCGTAGTGGTTTCCGA;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=547;TCF=300;TCR=247;TR=304;WE=16562608;WS=16562590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,313:0.56:562
chr10	16806545	rs3765595	A	C	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=57;PP=1334;ReadPosRankSum=-1.452;SC=GAATCTGGGAATGGAACTCCT;SOR=0.907;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=25;TCR=112;TR=69;WE=16806553;WS=16806535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,70:0.50:139
chr10	16878204	rs703062	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=854;SC=GGCAGCTTTTTTGAATAAAAG;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=16878212;WS=16878194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	16882518	rs703064	T	C	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=59;PP=1366;SC=TTGCATTGTATGTTCCACCAC;SOR=4.438;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=65;WE=16882526;WS=16882508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	16911605	rs703075	C	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=-0.749;SC=ACAGTCCTGACAAATAGATTT;SOR=0.972;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=14;WE=16911613;WS=16911595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr10	16943371	rs2796835	G	C	6508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=138;PP=2965;SC=CTCCAACAGCGAAGAGCAGTG;SOR=1.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=91;TCR=138;TR=229;WE=16943379;WS=16943361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	16945905	rs5783520	TG	T	762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=675;ReadPosRankSum=-1.603;SC=GAAATCTTTATGGAAAAAAAT;SOR=0.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=21;WE=16945913;WS=16945895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr10	16948177	rs780807	A	G	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.564;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=7;PP=975;ReadPosRankSum=0.332;SC=ATAAATGGGAAAACGCATTCT;SOR=1.215;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=70;TCR=15;TR=46;WE=16948185;WS=16948167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr10	16949401	rs780805	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=335;ReadPosRankSum=0.749;SC=AAGATTTCAAGTATCACTAAA;SOR=1.028;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=22;WE=16949409;WS=16949391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr10	16949447	rs780804	A	C	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=985;ReadPosRankSum=-1.588;SC=TTGGCAGTAGATGGGGGCATC;SOR=1.104;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=65;WE=16949455;WS=16949437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,70:0.45:154
chr10	16967401	rs1276712	C	T	7021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=141;PP=2965;SC=GGGTGGAGAACAGATATCAGG;SOR=1.055;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=105;TCR=142;TR=246;WE=16967409;WS=16967391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr10	16967445	rs1276713	T	G	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.489;NF=14;NR=51;PP=1288;ReadPosRankSum=0.219;SC=AATTAAAATTTCATCAACTCC;SOR=0.763;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=22;TCR=84;TR=65;WE=16967453;WS=16967435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,75:0.65:116
chr10	16979661	rs1801234	T	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=800;ReadPosRankSum=-0.757;SC=ATCCCTTCCCTGAGATTGAAG;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=171;TCF=105;TCR=66;TR=73;WE=16979669;WS=16979651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,79:0.41:192
chr10	16979714	rs41289305	T	C	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=849;ReadPosRankSum=0.728;SC=CCAGTGGAGCTGAAAGATTCA;SOR=0.525;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=182;TCF=90;TCR=92;TR=80;WE=16979722;WS=16979704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,86:0.44:197
chr10	16992132	rs74668791	T	G	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.146;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=719;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AAGAGAAGACTCTCTCGTAAA;SOR=0.443;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=58;WE=16992140;WS=16992122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr10	17007818	rs57634749	C	CT	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=503;ReadPosRankSum=0.116;SC=CTGATAGGTACTTAAATACAT;SOR=2.617;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=20;WE=17007826;WS=17007808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr10	17007847	rs61151602	T	TA	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.902;NF=20;NR=11;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.035;SC=ATTTGATTCTTACAGTTCCAC;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=31;WE=17007855;WS=17007837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr10	17008171	rs1687708	A	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.62;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr10	17008174	rs1687707	T	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.87;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr10	17008183	rs1687706	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.83;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr10	17024503	rs1801231	G	A	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=18;PP=1405;SC=GAGTCTTGTGGTTCAAGATCA;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=69;WE=17024511;WS=17024493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	17024615	rs1801229	A	T	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=73;PP=2449;SC=TTGGAGAATGAATCTCTCCAC;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=146;WE=17024623;WS=17024605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	17026010	rs2291523	A	C	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=6;PP=1191;SC=ACTAAGTTATAAGTGTGTAGC;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=17026018;WS=17026000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	17026384	rs3012494	A	G	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=110;SC=TATGATTATTAGAGATTGAAA;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=17026392;WS=17026374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	17032559	rs925522	A	C	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.57;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	17032559	.	ACA	CCG	612	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=25;PP=612;QD=24.6469583282;SC=GGGCAACAGCACATGGAAAAT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=27;WE=17032569;WS=17032549;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr10	17032561	rs925523	A	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.51;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	17110474	rs4747297	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=642;SC=AGAAAATATACATTCTTTGTC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=17110482;WS=17110464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	17110595	rs10795440	G	A	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=109;NR=81;PP=2965;SC=AAAGGGAACAGTCTCTTACCC;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=109;TCR=81;TR=190;WE=17110603;WS=17110585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	17113563	rs1801225	C	T	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.209;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.619;SC=GAAAAAAAGGCGAGCGAATGA;SOR=0.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=137;TCR=134;TR=269;WE=17113571;WS=17113543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr10	17141952	rs1033765	C	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=2;PP=482;SC=TGATTAAGAACACTTAATAAC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=17141960;WS=17141942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	17142304	.	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.598;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=35;PP=747;ReadPosRankSum=-1.573;SC=ATTTCTCCCACTTCCTAGGCA;SOR=0.487;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=80;TCF=10;TCR=70;TR=41;WE=17142312;WS=17142294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr10	17146667	rs4748353	C	T	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=59;PP=1512;SC=CTTTAATCAACCCAAATAATA;SOR=3.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=68;WE=17146675;WS=17146657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	17147521	rs1801224	G	T	10250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=179;PP=2965;SC=CATCCATTTGGCCCATAACCA;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=180;TCR=179;TR=359;WE=17147529;WS=17147511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr10	17156151	rs1801222	A	G	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=50;PP=1926;SC=GTTGGGTGAAAACATCCACCC;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=105;WE=17156159;WS=17156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	17157630	rs2295813	C	T	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=75;PP=2354;SC=TGTCAGGGCACGCGCTTTGGG;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=64;TCR=75;TR=139;WE=17157638;WS=17157620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	17164760	rs11409967	A	AC	699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=34.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	17171265	rs2281648	G	C	6707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=135;PP=2965;SC=TAATTCAAACGAGAGAATGCA;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=99;TCR=136;TR=234;WE=17171273;WS=17171255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr10	17195428	rs2273736	G	C	9320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=199;NR=136;PP=2965;SC=GTTTAGGCAAGTCCTAGACAC;SOR=1.094;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=199;TCR=136;TR=335;WE=17195436;WS=17195418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr10	17199419	rs2295810	C	G	9008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=107;PP=2965;SC=GATACAGGATCAATAGATCTT;SOR=1.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=187;TCR=107;TR=294;WE=17199427;WS=17199409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr10	17203598	rs151076824	AAAAGT	A	174.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.78;NF=0;NR=5;PP=217;SC=ACTAAGAAGAAAAAGTAAAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=17203610;WS=17203588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	17204246	rs111781208	TA	T	1429.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=21;PP=651;SC=CCTAAAGGGGTAAAAAAAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=24;WE=17204269;WS=17204236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	17204248	rs200006483	A	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.67;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	17210822	rs17464824	A	C	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.151;NF=58;NR=33;PP=1713;ReadPosRankSum=1.822;SC=ACAACACTGAAATATTTATGA;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=91;WE=17210830;WS=17210812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr10	17243406	rs1885395	C	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=4;PP=1010;SC=GGGGTGGACACGGCGGCGCGC;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=17243414;WS=17243396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	17243480	rs1885394	T	A	7327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=162;NR=110;PP=2965;SC=GTCCGCCCCTTGCGTCTCGCC;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=162;TCR=111;TR=272;WE=17243488;WS=17243470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr10	17278171	rs165531	C	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=2;PP=887;SC=AATTATTTGGCGAGTAGTACT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=17278179;WS=17278161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	17496193	.	CGCA	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=7.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=1.656;SOR=1.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,5:0.10:48
chr10	17636182	rs2272144	G	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TCAAATCAAAGTACTAATAAG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=17636190;WS=17636172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr10	17636309	rs1053926	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=295;ReadPosRankSum=-2.425;SC=TTCTTCACATGCGGCAAGGCA;SOR=0.676;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=28;WE=17636317;WS=17636299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr10	17645814	rs2252808	C	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=582;ReadPosRankSum=1.488;SC=TCAACATTGGCATTCAGCAAA;SOR=0.422;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=36;WE=17645822;WS=17645804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr10	17659131	rs11254692	C	A	9973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=119;PP=2965;SC=GTGGCCAAGACCCCCAGGCGC;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=114;TCR=119;TR=233;WE=17659139;WS=17659121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr10	17659149	rs7895850	C	T	8447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=91;PP=2937;SC=CGCCTCCGCTCGCCGGGAGCC;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=175;WE=17659157;WS=17659139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr10	17686234	rs45579031	G	A	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=10;PP=1082;ReadPosRankSum=-1.553;SC=TGTAGAGTCGGTCTCTGTTGC;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=105;TCR=19;TR=63;WE=17686242;WS=17686224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr10	17686334	rs17141457	C	T	7742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CGGCACGCAGCGGAGATGCCT;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=623;TCF=343;TCR=280;TR=356;WE=17686342;WS=17686324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,364:0.57:638
chr10	17746301	rs17141517	C	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=472;ReadPosRankSum=0.346;SC=GGGACACTGACAACATAAAAG;SOR=0.350;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=22;WE=17746309;WS=17746291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr10	17746611	rs3824629	A	C	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=6.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=34;PP=807;ReadPosRankSum=-1.160;SC=TAATATTAAAAATGGAACATT;SOR=1.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=1;TCR=64;TR=34;WE=17746619;WS=17746601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr10	17747053	rs4748405	G	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr10	17747108	rs11419676	T	TA	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr10	17747879	rs58504059	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=1.465;SC=CCAGCCTGGGTAACATAGTGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=17747887;WS=17747869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr10	17756596	rs12221	T	C	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=48;PP=1662;ReadPosRankSum=-1.859;SC=CGCCAGTATATAGTCCTCCTC;SOR=0.938;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=266;TCF=146;TCR=120;TR=113;WE=17756604;WS=17756586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,121:0.43:281
chr10	17891705	rs1926736	A	G	5781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=112;PP=2965;SC=GAAGGAAGGCAGTGACCTCGC;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=93;TCR=112;TR=205;WE=17891713;WS=17891695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	18087629	rs199734634	CTG	C	5496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.102;NF=15;NR=108;PP=2964;ReadPosRankSum=0.935;SC=TTTTCTCACACTGTAAAAGAA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=35;TCR=248;TR=123;WE=18087638;WS=18087619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,146:0.46:316
chr10	18242304	rs691112	T	C	8855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.54;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr10	18242304	.	TAGCAGAA	CAGCAGAA,CAGCAGAG	2496	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=135,47;NR=121,41;PP=2496,1294;QD=9.88582504901;SC=CAGCCCAGGATAGCAGAAGCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=135;TCR=121;TR=256,88;WE=18242319;WS=18242294;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:256
chr10	18242311	rs10764176	A	G	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=2.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,95:0.37:258
chr10	18254655	rs11011754	C	T	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1288;ReadPosRankSum=0.145;SC=TTCCAAGTCACACCTGCTAAA;SOR=0.599;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=139;TCF=51;TCR=88;TR=84;WE=18254663;WS=18254645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,84:0.58:145
chr10	18266783	rs1926740	G	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=310;ReadPosRankSum=0.223;SC=GTGACTATTCGGAACTTATCT;SOR=0.086;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=20;WE=18266791;WS=18266773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr10	18266989	rs2478568	G	A	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=61;PP=1526;ReadPosRankSum=2.604;SC=GGATGGTCCAGTTTCCTGGGA;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=225;TCF=108;TCR=117;TR=116;WE=18266997;WS=18266979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,124:0.53:234
chr10	18267096	rs2437260	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=0.554;SC=AACTTAAAGAGTATTGTGTAT;SOR=0.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=26;WE=18267104;WS=18267086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr10	18270140	rs2437261	C	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=-1.687;SC=TGTGTGTTCTCGCTATTCCAT;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=18270148;WS=18270130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	18270341	rs72778328	A	G	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=919;ReadPosRankSum=0.130;SC=GGGATCATCCAGCAGCTCCTC;SOR=0.531;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=63;WE=18270349;WS=18270331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr10	18270422	rs1926739	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=0.121;SC=AGTAAGTTCTGGATCTTCCTT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=12;WE=18270430;WS=18270412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr10	18276682	rs10508555	G	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=435;ReadPosRankSum=-0.134;SC=TTCAAAGAGAGAGTATCGTGG;SOR=0.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=25;WE=18276690;WS=18276672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr10	18331480	rs16916794	A	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=195;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CATTTCAAAGACATGGTAGAG;SOR=2.522;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=11;WE=18331488;WS=18331470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr10	18439926	rs79819217	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr10	18550450	rs951046	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GTTTTTATCTGTCTTTTGTGC;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=6;WE=18550458;WS=18550440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	18550887	rs12261375	T	C	2685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=51;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TGGATGCTAATTGCAATATGC;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=276;TCF=155;TCR=121;TR=122;WE=18550895;WS=18550877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,128:0.44:290
chr10	18551154	rs10764369	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5749;FS=3.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=305;ReadPosRankSum=1.414;SC=TGGAAAATTGGCCACAGAAAA;SOR=2.448;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=15;WE=18551162;WS=18551144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	18691018	rs3750592	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.642;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=689;ReadPosRankSum=0.264;SC=GTTGTGCTGTGCCCCTGATAG;SOR=0.983;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=35;TCR=81;TR=48;WE=18691026;WS=18691008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr10	18789724	rs4485000	T	G	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=20;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TTTTAATGCTTTTGATTTTGT;SOR=0.504;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=122;TCF=91;TCR=31;TR=72;WE=18789732;WS=18789712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,77:0.59:130
chr10	18804094	rs7088091	T	C	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=66;PP=1720;ReadPosRankSum=-1.832;SC=GCCTTTGCCATTGGCCATCCA;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=230;TCF=94;TCR=136;TR=110;WE=18804102;WS=18804084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,115:0.48:241
chr10	18828663	rs4747352	G	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr10	18836957	rs4747353	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=316;ReadPosRankSum=-1.439;SC=TTTTACTTATCTCTTCGTTAA;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=19;WE=18836965;WS=18836947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr10	18837285	rs3817494	T	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=38;PP=630;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TGATGTTCTATGTGACAAGGA;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=10;TCR=68;TR=43;WE=18837293;WS=18837275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr10	18898701	rs4748493	T	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=192;ReadPosRankSum=-0.771;SC=AATTTTAAAATATCCTAGATT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=18898709;WS=18898691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr10	18937579	rs45468894	A	AAAG	900.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=877;ReadPosRankSum=1.618;SC=CACAATCTAAAAAGAAGTTCA;SOR=0.749;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=19;WE=18937587;WS=18937569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr10	18940157	rs3740102	C	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr10	18940185	rs140572895	G	GT	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.654;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.381;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
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chr10	18957752	.	GC	G	115	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=28;MQ=53.67;NF=0;NR=4;PP=115;QD=35.25;SC=AGGCTAGAGTGCAGTGGAGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=18957760;WS=18957742;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,4:0.57:7
chr10	19355918	rs72787427	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=331;ReadPosRankSum=-0.071;SC=GGGAAGCAGAATCTTGTCTGA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=16;WE=19355926;WS=19355908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr10	19376734	rs112293611	G	GT	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.270;QD=4.58;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,36:0.28:127
chr10	19392857	rs10159517	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=533;ReadPosRankSum=-2.079;SC=GAGACAGTGATGTTCCTTGCT;SOR=1.188;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=42;WE=19392865;WS=19392847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr10	19417181	rs11008573	T	C	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1506;ReadPosRankSum=1.259;SC=CTAAGCATGGTTTCACTCTTA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=203;TCF=119;TCR=84;TR=104;WE=19417189;WS=19417171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,117:0.53:222
chr10	19492566	rs7902704	A	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=1;PP=1175;SC=ATACAGAAGCATAATAAGGTG;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=43;WE=19492574;WS=19492556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	19492832	rs7476259	A	C	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=1.316;SC=CAGGGACTCTACAACCACTGC;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=82;TCR=154;TR=235;WE=19492840;WS=19492822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr10	19493415	rs2358348	C	G	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=44;PP=1189;SC=AGGCATACCTCTGCACTTATT;SOR=2.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=19493423;WS=19493405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	19498278	rs2358355	G	A	8610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=0.177;SC=TGGACCAGGAGCCAGGGTCCA;SOR=0.351;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=177;TCR=134;TR=309;WE=19498286;WS=19498268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,315:1.00:316
chr10	19498722	rs2245136	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=465;SC=TCAAAGTTACATTGAGACACA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=19498730;WS=19498712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	19546796	rs10763903	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=6.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=574;ReadPosRankSum=-0.126;SC=AAATTTCCAATATGACCTTGC;SOR=1.104;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=25;WE=19546804;WS=19546786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr10	19613068	rs72782366	C	G	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.615;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=61;PP=1302;ReadPosRankSum=1.000;SC=TCTGAATTTTCTCTCTAAAAG;SOR=0.900;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=212;TCF=65;TCR=147;TR=85;WE=19613076;WS=19613056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,87:0.40:216
chr10	19616735	rs1577289	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-5.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=359;ReadPosRankSum=0.941;SC=GTGGACACCATGCTTAACACT;SOR=0.243;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=22;WE=19616743;WS=19616725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr10	19620407	rs7100382	A	C	4532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.848;SC=AAGTGTACTGATCATGAATTC;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=347;TCF=162;TCR=185;TR=197;WE=19620415;WS=19620397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,206:0.56:370
chr10	19620439	rs7100403	A	G	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=99;PP=2414;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TAAGCACTGCATTGCCAAAGA;SOR=0.808;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=296;TCF=129;TCR=167;TR=169;WE=19620447;WS=19620429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,181:0.57:317
chr10	19620559	rs7082205	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=882;SC=AACTCCCACAGCCTTACTCAA;SOR=4.021;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=37;WE=19620567;WS=19620549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	19636869	rs1609746	G	T	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=40;PP=1461;ReadPosRankSum=-1.141;SC=TCTTTATAAAGAGTTTGTTTC;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=106;TCR=74;TR=98;WE=19636877;WS=19636859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,103:0.54:190
chr10	19637088	rs1577307	G	A	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=38;PP=1062;SC=TATGTGAAGGGGGGAAAAAAT;SOR=7.523;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=38;WE=19637096;WS=19637078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	19641035	rs10827306	T	C	2784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=42;PP=1905;ReadPosRankSum=0.054;SC=AACCTCACTGTAGAACAAGGC;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=159;TCR=87;TR=121;WE=19641043;WS=19641025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,128:0.48:265
chr10	19641231	rs7092566	A	G	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.904;NF=66;NR=101;PP=2301;ReadPosRankSum=0.534;SC=CAACAGGTACATTCTAATCTG;SOR=0.704;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=300;TCF=115;TCR=185;TR=167;WE=19641248;WS=19641221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,177:0.55:324
chr10	19641239	rs10616221	CTG	C	10532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=141;PP=2989;SC=ACATTCTAATCTGTGTGTGTG;SOR=1.486;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=179;TCF=10;TCR=169;TR=150;WE=19641248;WS=19641221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr10	19676553	rs12773592	A	G	3381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,91:0.38:240
chr10	19676561	rs12771333	G	A	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,102:0.39:262
chr10	19678286	rs10763974	C	T	5288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=81;PP=2965;SC=TCAGATCATACGAATTGTAAT;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=176;WE=19678294;WS=19678276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr10	19678497	rs10763975	G	A	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=66;PP=2026;SC=CTGGTATTTCGTATCTGCAAA;SOR=1.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=95;WE=19678505;WS=19678487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	19678602	rs7896087	T	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=396;SC=AGGGTCTTGCTCTGTCACTCA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=19678610;WS=19678592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	19739459	rs6415957	T	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=39;PP=1058;SC=AAGCACATTTTTAATCTAGCC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=19739467;WS=19739449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	19777982	rs72788548	G	A	4972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.516;SC=AGGGTGGAGGGGCGGCAGCGC;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=416;TCF=223;TCR=193;TR=225;WE=19777990;WS=19777972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,235:0.54:437
chr10	19778056	rs2151234	G	A	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.357;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=80;PP=2150;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CTCTGCTGAAGGGGCCGCCAC;SOR=1.018;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=234;TCF=88;TCR=146;TR=122;WE=19778064;WS=19778046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,129:0.53:244
chr10	19778072	rs2184035	A	G	7438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=126;PP=2965;SC=GCCACAGGAAAAGCCTAACAG;SOR=1.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=63;TCR=126;TR=189;WE=19778080;WS=19778062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	19780543	rs10827499	C	T	4224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=100;PP=2810;ReadPosRankSum=1.536;SC=ATAAGCCAGACTGCTCTGATA;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=183;TCR=219;TR=187;WE=19780551;WS=19780533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,200:0.47:427
chr10	19884264	rs10827628	G	A	6211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=102;PP=2965;SC=TGTCCTCTCAGCCCCACCCCT;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=116;TCR=102;TR=218;WE=19884272;WS=19884254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr10	19896830	rs7909976	C	A	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=71;NR=64;PP=2429;SC=CCAGCTGCTCCGGTACCCCAT;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=135;WE=19896838;WS=19896820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	19904870	rs10580913	ATT	A	3979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=46;PP=1422;SC=GCATTGTTTAATTTTTTTTTT;SOR=0.935;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=53;WE=19904887;WS=19904860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	19904879	rs62881061	T	G	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	20105936	rs989767	T	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=589;ReadPosRankSum=1.113;SC=GGCCCGGTCGTGCCTATTGCA;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=27;WE=20105944;WS=20105926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr10	20105996	rs63234960	TGGC	T	2780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.797;NF=30;NR=18;PP=1998;ReadPosRankSum=0.570;SC=GGTAGGGAGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.627;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=48;WE=20106006;WS=20105986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,75:0.49:154
chr10	20336112	rs10740961	G	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr10	20357183	rs7072650	A	G	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.947;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=87;PP=2137;ReadPosRankSum=1.151;SC=GTGGTTTTCTACCCATTCACC;SOR=0.834;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=284;TCF=124;TCR=160;TR=152;WE=20357191;WS=20357173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,160:0.54:299
chr10	20436838	rs4626974	G	C	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=74;PP=2268;ReadPosRankSum=-0.885;SC=AGAAGTAAGTGATGCGTTGAT;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=132;TCR=143;TR=142;WE=20436846;WS=20436828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,151:0.52:293
chr10	20500710	rs12259741	G	A	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=1004;ReadPosRankSum=0.902;SC=TCATATACATGTGTTTTAACT;SOR=0.905;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=69;WE=20500718;WS=20500700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,75:0.58:130
chr10	20500743	rs10827997	T	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=445;ReadPosRankSum=0.766;SC=TATTCAAAATTTATGCCCTAA;SOR=0.553;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=32;WE=20500751;WS=20500733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr10	20506418	rs3817405	G	A	6147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=0.262;SC=CACCACAACCGTAGGAGCGAC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=515;TCF=259;TCR=256;TR=289;WE=20506426;WS=20506408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,302:0.57:534
chr10	20534333	rs2778979	A	G	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=46;PP=1479;SC=TGGCCTCATCATTGGAATCCT;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=20534341;WS=20534323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	20568507	rs966569	A	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=612;ReadPosRankSum=-1.308;SC=CTGTAGCTATAATAAGAGATA;SOR=2.517;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=27;WE=20568515;WS=20568497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr10	20568524	rs2681949	T	C	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=7;PP=1383;SC=GATAATTTAATGTGTTAATTA;SOR=3.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=58;WE=20568532;WS=20568514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	20841150	rs2496601	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-0.834;SC=ATCCCGGCTACTCACCCTTGG;SOR=0.409;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=10;WE=20841158;WS=20841140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr10	21076307	rs2296607	C	T	3416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=87;PP=2290;ReadPosRankSum=0.379;SC=CCCAAACCCTCAGAGTGATGT;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=309;TCF=140;TCR=169;TR=160;WE=21076315;WS=21076297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,163:0.51:319
chr10	21108377	rs1006363	C	T	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1106;ReadPosRankSum=0.397;SC=CCTGGTTTCGCCTCACTCTCT;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=96;TCR=71;TR=84;WE=21108385;WS=21108367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,91:0.49:185
chr10	21141398	rs41277372	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=247;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TAAGACGCACGGCAGTGAGCG;SOR=1.705;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=15;WE=21141406;WS=21141388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr10	21141469	rs703089	T	C	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=33;PP=1321;SC=CGGGCAAGTGTGTACCTGACT;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=21141477;WS=21141459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	21148584	rs4748729	C	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=9;PP=681;SC=ACAGTCGATTCTAAAAAAAAC;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=21148592;WS=21148574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	21157492	rs2296609	T	C	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=12;PP=1237;SC=CTCTGTTTATTCTTGCAATTA;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=21157500;WS=21157482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	21176945	rs703100	G	A	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=7;PP=746;SC=TGATGAAAACGTTTTATTAAA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=21176953;WS=21176935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	21177156	rs67288319	GA	G	1493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=40;PP=1239;SC=AAAAAAACAGGAAAAAAATAA;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=45;WE=21177164;WS=21177146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	21185821	rs788971	A	C	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=47;PP=2965;SC=CAGCTCTATGACTCTATAACA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=101;TCR=47;TR=148;WE=21185829;WS=21185811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	21461410	rs11413698	G	GA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.042;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr10	21784647	rs143363975	C	A	5448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=0.967;SC=CCGTTCCGGACGGTCAGGCCC;SOR=0.774;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=460;TCF=188;TCR=272;TR=244;WE=21784655;WS=21784637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,251:0.52:479
chr10	21805466	rs112207161	C	CCCTCCT	1761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.971;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=3.752;NF=12;NR=12;PP=895;ReadPosRankSum=-2.658;SC=CCCGCTGCCCCCCTCCTCCTC;SOR=1.295;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=24;WE=21805474;WS=21805456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,46:0.38:122
chr10	21806832	rs946711	A	C	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=809;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GTTAATCCTCAGCCAGATGCT;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=55;TCR=104;TR=76;WE=21806840;WS=21806822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,78:0.48:163
chr10	21901255	rs369797804	CT	C	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=4.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=2.926;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr10	22048330	rs9045	C	T	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=58;PP=1420;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GCTCCGGCTTCGCTGTAGCCT;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=237;TCF=103;TCR=134;TR=101;WE=22048338;WS=22048320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,100:0.41:241
chr10	22193422	rs792455	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=5;PP=455;SC=TTATATGACATTGTTAAAACA;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=22193430;WS=22193412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	22208630	rs2807978	T	C	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=77;SC=TGGCACATTATTAGTCTTTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=22208638;WS=22208622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	22491750	rs149889974	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=0.619;SC=TACATACAATGACATGTTTTA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=22491758;WS=22491740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr10	22498749	rs2478476	A	T	12574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=235;PP=2965;SC=TTTTTCAATGACCTTAACATC;SOR=0.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=430;TCF=195;TCR=235;TR=430;WE=22498757;WS=22498739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr10	22826093	rs1053454	A	C	5857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=115;NR=88;PP=2965;SC=ACCTCTGTCCATCCAATGTTC;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=115;TCR=88;TR=203;WE=22826101;WS=22826083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr10	22828831	.	AGAGAGAGAGG	A	208.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.364;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr10	22828833	.	AGAGAGAGG	A	694.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.894;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr10	22830719	rs943192	G	C	15995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=284;NR=273;PP=2965;SC=AGGGTCCACAGTAATCAAACT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=559;TCF=285;TCR=274;TR=557;WE=22830727;WS=22830709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr10	22839463	rs10047326	C	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=105;SC=TCTGACTTCCCTAAGGTAGAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=22839471;WS=22839462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	22896779	rs2765997	C	T	3224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=52;PP=2003;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GACAAAAATACAGATCCCAAT;SOR=0.573;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=280;TCF=183;TCR=97;TR=144;WE=22896787;WS=22896769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,150:0.52:287
chr10	23003226	rs1132816	A	G	4591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.205;SC=TCGCCAGGACAGAGGACCCTA;SOR=0.808;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=436;TCF=176;TCR=260;TR=208;WE=23003234;WS=23003187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,214:0.46:465
chr10	23244917	rs11013203	C	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=-1.303;SC=CATTATCATTCTTTTAAATTT;SOR=0.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=23244925;WS=23244907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr10	23297301	rs11817610	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=561;ReadPosRankSum=-0.453;SC=AAGAAAAGAACAAGTAAGAAA;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=45;WE=23297309;WS=23297291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,51:0.66:77
chr10	23297336	rs11819616	A	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=480;ReadPosRankSum=1.043;SC=GTATGCAAACAGCTTCCCCTT;SOR=0.894;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=34;WE=23297344;WS=23297326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr10	23303253	rs1054052	T	A	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=37;PP=1004;SC=TCAATGTGCGTCCCTTCTCTC;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=38;WE=23303261;WS=23303243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	23408139	rs2296468	A	G	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=57;PP=2129;SC=GAGTGGGAACAGATCCTGCTG;SOR=1.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=95;WE=23408147;WS=23408129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	23408278	rs7427	C	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=920;ReadPosRankSum=0.167;SC=CTTCGTTTTCCGAGGCTCATG;SOR=1.190;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=59;WE=23408286;WS=23408268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,65:0.48:135
chr10	23482635	rs7918487	T	C	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=1008;ReadPosRankSum=0.577;SC=CTGTCCAGGGTCCCCCTCCCC;SOR=0.564;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=104;TCR=25;TR=55;WE=23482643;WS=23482625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,60:0.44:137
chr10	23482850	rs10828415	G	A	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=91;PP=2258;ReadPosRankSum=1.184;SC=TCCCAGACTCGGCTGAAGATC;SOR=0.814;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=365;TCF=149;TCR=216;TR=149;WE=23482858;WS=23482840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,162:0.42:386
chr10	23528589	rs146338373	C	T	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.907;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.259;SC=AAACCTTAAACGAGAACAGAA;SOR=0.790;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=82;WE=23528597;WS=23528579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,90:0.36:250
chr10	23556110	rs4382803	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr10	23570792	rs11013364	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCATTTACATATGTTTATAAT;SOR=0.646;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=23570800;WS=23570782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	23611188	rs5783834	TATTA	T	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=0.993;SC=AAGCTCTGTGTATTAATTACC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=23611199;WS=23611185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr10	23621972	rs56268420	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=1.118;SC=CAGAAGTTTCAGAACAAATTC;SOR=1.276;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=22;WE=23621980;WS=23621962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr10	23632970	rs11013408	T	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=479;ReadPosRankSum=-0.846;SC=CCGCTCGCTCTCCTGAGTCGG;SOR=0.879;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=38;WE=23632978;WS=23632960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr10	23633566	rs2036917	C	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=683;ReadPosRankSum=-1.686;SC=CGCAGCAGACCCGCAGCTCGG;SOR=0.846;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=53;WE=23633574;WS=23633556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,55:0.39:140
chr10	24498403	rs72774807	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=2.000;SC=TTCTTAAGCAGCAAAAGAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=24498411;WS=24498393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	24544276	rs67303587	GCTGA	G	640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=566;ReadPosRankSum=0.027;SC=ATCCTGAGCGGCTGACTGTCA;SOR=0.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=14;WE=24544287;WS=24544266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr10	24564831	rs10764458	C	T	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=78;PP=2413;SC=CCTTCTGGTCCTGATATTCCT;SOR=1.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=117;WE=24564839;WS=24564821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	24564859	rs17583862	A	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=648;ReadPosRankSum=-0.993;SC=CTGTCTTTCCATACCCCTCCC;SOR=0.533;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=41;WE=24564867;WS=24564849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr10	24722205	rs2274830	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=0.267;SC=GAGGGGTTTTTTTTTACCCAC;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=24722213;WS=24722195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr10	24727492	rs3827853	C	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=46;PP=963;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GTAATCAGAACTCTACAACTG;SOR=0.850;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=118;TCF=31;TCR=87;TR=60;WE=24727500;WS=24727482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr10	24762465	rs3748215	A	G	4179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=94;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.713;SC=AAAACATTGCAATGTACAGAA;SOR=0.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=412;TCF=204;TCR=208;TR=190;WE=24762473;WS=24762455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,198:0.46:434
chr10	24783384	rs3818673	T	C	6068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.48;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,155:0.57:270
chr10	24783393	rs3818672	C	A	6150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.73;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,162:0.57:283
chr10	24784014	rs71506836	TAA	T	965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.472;QD=18.22;ReadPosRankSum=1.084;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr10	24813282	rs2297329	G	C	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=29;PP=1085;ReadPosRankSum=-1.134;SC=TGAAAGGCACGGACGCAGCCC;SOR=0.927;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=82;WE=24813290;WS=24813272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,86:0.41:212
chr10	24813327	rs2297328	A	G	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=57;PP=1775;ReadPosRankSum=0.299;SC=AAAAGGCCACAGCCGCAGAAG;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=162;TCR=122;TR=132;WE=24813335;WS=24813317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,139:0.46:299
chr10	24813454	rs10828663	G	A	4852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.393;SC=GGTTCGCCACGCGCAGAGCTC;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=212;TCR=183;TR=222;WE=24813462;WS=24813444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,225:0.55:410
chr10	24832885	rs3748218	C	T	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=38;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AGGACGCGACCGATGACCAGT;SOR=0.924;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=197;TCF=112;TCR=85;TR=95;WE=24832893;WS=24832875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,99:0.49:204
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chr10	24873369	rs1127893	C	G	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.336;NF=53;NR=30;PP=1360;ReadPosRankSum=1.953;SC=CTCTGCTTTACTGCCTGGGGT;SOR=0.963;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=168;TCF=110;TCR=58;TR=83;WE=24873377;WS=24873359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,72:0.46:155
chr10	24878042	rs9663520	C	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=-1.303;SC=ATCTAGTATTCTTCTTATCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=7;WE=24878050;WS=24878032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	24878129	rs7478260	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=550;ReadPosRankSum=0.457;SC=ATGCATTTGTGTATCAACCAT;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=44;WE=24878137;WS=24878119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr10	24879281	rs10734053	A	G	9973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=186;NR=166;PP=2965;SC=AGAATCGGGGATTTCTGCAGA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=352;TCF=186;TCR=166;TR=352;WE=24879289;WS=24879271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr10	24880712	rs10828678	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=-1.720;SC=CTTAGGGAAAGATATTACAAC;SOR=0.064;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=11;WE=24880720;WS=24880702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr10	24889901	rs3748221	T	G	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=96;PP=2258;ReadPosRankSum=0.785;SC=AATATTTGGCTAAATCTTTGT;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=304;TCF=100;TCR=204;TR=145;WE=24889909;WS=24889891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,151:0.48:317
chr10	24908686	rs3748222	T	C	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.480;NF=73;NR=63;PP=2271;ReadPosRankSum=1.606;SC=TAAATCTTGATTCCTTTGACT;SOR=0.538;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=262;TCF=147;TCR=115;TR=136;WE=24908694;WS=24908676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,145:0.52:277
chr10	24924216	rs138171888	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TTATTTTGCTTCTTCCATAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=24924224;WS=24924206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	25140411	rs1326192	G	C	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	25231171	rs3748223	A	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=781;ReadPosRankSum=1.371;SC=GCAGCTCAGGAATAGGGTCCT;SOR=0.565;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=43;WE=25231179;WS=25231161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr10	25465327	rs11014433	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=0.608;SC=GTGCACGTGTGAGGAAGGAAC;SOR=0.385;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=17;WE=25465335;WS=25465317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr10	25684997	.	A	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=35.535;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=33;PP=395;ReadPosRankSum=0.439;SC=ATATACTATTATTACGAAGAT;SOR=5.510;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=33;WE=25685005;WS=25684987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr10	25755716	.	T	TAC	673.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.447;NF=0;NR=20;PP=967;ReadPosRankSum=1.075;SC=AGTTACTGTTTACACACACAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=20;WE=25755724;WS=25755706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr10	25888180	rs10828833	A	G	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=97;PP=2965;SC=GAAAGAAGAGATCTGGGATAG;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=71;TCR=97;TR=168;WE=25888188;WS=25888170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	26244089	rs1546700	T	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	26244096	rs1546699	G	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr10	26310403	rs56077277	CA	TG	5960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=44;PP=2944;ReadPosRankSum=2.225;SC=TCACAAATTTCACCTTTTGAT;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=243;TCF=163;TCR=80;TR=135;WE=26310412;WS=26310393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,149:0.57:261
chr10	26310470	rs35010955	C	T	4202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=82;PP=2709;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CCACTTATGACGCCAGATGTG;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=366;TCF=202;TCR=164;TR=186;WE=26310478;WS=26310460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,196:0.50:389
chr10	26310506	rs34067308	C	T	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=83;PP=2026;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GTATCACGGCCATTGAGCTGG;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=317;TCF=143;TCR=174;TR=146;WE=26310515;WS=26310496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,155:0.46:335
chr10	26310597	rs56210104	G	A	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=66;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CTAACATTGGGTCCAGTATCT;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=42;TCR=118;TR=90;WE=26310605;WS=26310587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,93:0.56:165
chr10	26310679	rs17666079	A	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=0.388;SC=GATATATTCCAACAAGTTGGG;SOR=1.230;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=16;WE=26310687;WS=26310669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr10	26355771	rs3824703	C	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=0.532;SC=ATATATTAGGCTATTTTCTGG;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=26355779;WS=26355761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr10	26355862	rs3824702	G	T	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.88;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr10	26355872	rs3824701	A	G	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,74:0.54:137
chr10	26355906	rs3824700	G	A	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=38;PP=1653;ReadPosRankSum=1.348;SC=CTCCACAGACGTGAACGTATT;SOR=0.975;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=190;TCF=115;TCR=75;TR=101;WE=26355914;WS=26355896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,108:0.51:210
chr10	26355992	rs3824699	A	G	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=67;PP=1581;ReadPosRankSum=-0.517;SC=AACCCTAGAAATTTTGGATGA;SOR=0.806;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=207;TCF=89;TCR=118;TR=112;WE=26356000;WS=26355982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,128:0.55:234
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chr10	26356066	rs3824695	C	T	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=518;ReadPosRankSum=-1.343;SC=ATAGAAGACACGGGTATTGGT;SOR=1.218;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=29;WE=26356074;WS=26356056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr10	26357625	rs3817421	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=492;ReadPosRankSum=0.627;SC=CTGTTTATTATTGTTTACTTT;SOR=0.085;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=27;WE=26357633;WS=26357615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr10	26357747	rs35379457	CG	TA	7369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.718;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=81;PP=2944;ReadPosRankSum=0.169;SC=ATCAGATCTACGTCTATGTGG;SOR=0.562;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=351;TCF=188;TCR=163;TR=168;WE=26357756;WS=26357737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,190:0.51:375
chr10	26357820	rs3817419	C	T	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=71;PP=1617;ReadPosRankSum=-0.786;SC=AAAGGTATGTCGTATGGGGTG;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=98;TCR=149;TR=117;WE=26357828;WS=26357810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,128:0.49:263
chr10	26359180	rs3758441	T	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=419;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AATTTACCTCTTAGTTACTTA;SOR=0.840;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=32;WE=26359188;WS=26359170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr10	26359200	rs3834403	T	TA	944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=841;ReadPosRankSum=1.587;SC=AAATGTCACTTAATTTTGAGG;SOR=0.873;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=26;WE=26359208;WS=26359190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr10	26434455	rs33947968	G	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=515;ReadPosRankSum=-2.251;SC=TCACCATTATGCAGGAAAGGT;SOR=0.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=38;WE=26434463;WS=26434445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr10	26436287	rs2368158	G	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-5.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=2;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TGTTGTTGATGATGATGATGG;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=93;TCF=88;TCR=5;TR=52;WE=26436295;WS=26436277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr10	26443646	rs3818956	G	A	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=37;PP=1428;ReadPosRankSum=-0.851;SC=TAGATACCAAGGCATCACTGT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=196;TCF=116;TCR=80;TR=95;WE=26443654;WS=26443636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,101:0.48:211
chr10	26446312	rs3758449	G	A	4098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=95;PP=2524;ReadPosRankSum=0.266;SC=AAACCAAATAGTGAGCGTCAG;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=359;TCF=187;TCR=172;TR=190;WE=26446320;WS=26446302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,195:0.52:374
chr10	26457585	rs75423842	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=233;ReadPosRankSum=-1.504;SC=AGCACAGCACATAACTGCTTC;SOR=1.356;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=18;WE=26457593;WS=26457575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr10	26463043	rs3740231	A	T	4086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=85;PP=2692;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTTTAAAAAAACTTTGGAACC;SOR=0.700;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=349;TCF=177;TCR=172;TR=179;WE=26463051;WS=26463033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,189:0.51:368
chr10	26463130	rs1999240	C	A	4359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.609;SC=AGTTACCCAGCGTGCACCGAT;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=378;TCF=202;TCR=176;TR=195;WE=26463138;WS=26463120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,198:0.51:388
chr10	26463587	rs3758447	C	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GTTTTATCTGCGTTGATGGGC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=26463595;WS=26463577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	26500658	rs10508715	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=-0.245;SC=CCTTTCCTAAATGTCCGCGGT;SOR=2.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=14;WE=26500666;WS=26500648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr10	26505822	rs2839671	G	A	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CAGGTAGGAAGGAGAACGGGG;SOR=1.034;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=222;TCF=107;TCR=115;TR=83;WE=26505830;WS=26505812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,91:0.39:233
chr10	26506384	rs8190595	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=264;ReadPosRankSum=0.642;SC=GCCTTCTGCACCTGCCGGCCT;SOR=0.380;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=22;WE=26506392;WS=26506374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr10	26506999	rs41304609	G	A	3134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=101;PP=2228;ReadPosRankSum=0.314;SC=CGGGTCCGGCGCTGAGAGCCG;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=240;TCF=61;TCR=179;TR=134;WE=26507007;WS=26506989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,136:0.56:245
chr10	26507030	rs8190597	A	G	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=67;PP=1598;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TCGAGGTGGCAGCGGAGGCGG;SOR=0.679;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=17;TCR=120;TR=76;WE=26507038;WS=26507020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
chr10	26507847	rs7071922	C	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=262;SC=AATGTTCTGCCTTTCCAAAAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=26507855;WS=26507844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	26512615	rs112861572	GGT	G	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=-0.363;SC=ACGCTTTTATGGTGTGTGTGT;SOR=0.138;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=4;WE=26512624;WS=26512605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr10	26513380	.	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,7:0.13:53
chr10	26518479	rs2839676	T	G	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=7;PP=1016;ReadPosRankSum=-1.763;SC=AGTCAATAGGTTTTTCTTCTG;SOR=0.514;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=65;TCR=10;TR=49;WE=26518487;WS=26518469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
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chr10	26569755	rs8190748	A	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=226;SC=CGCACTATATACGTGTAATAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=26569763;WS=26569745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	26575221	rs8190770	A	G	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=11;PP=970;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TTACCAATATAAATCTAATAA;SOR=0.997;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=108;TCF=82;TCR=26;TR=56;WE=26575229;WS=26575211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr10	26581321	rs3824694	G	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=451;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GCAGGATGACGGTCAGTCTCC;SOR=1.048;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=36;WE=26581329;WS=26581311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr10	26781388	rs1775246	G	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=662;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GAATTTCATTGTAATATGACA;SOR=0.429;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=43;WE=26781396;WS=26781378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chr10	26856213	.	C	CCCG	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=2.371;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.234;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr10	26986932	rs2448114	T	C	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=674;SC=TGAGGGGTGCTCGCGGTGGGA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=26986940;WS=26986922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	26990849	rs1677726	T	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=26;PP=832;SC=AGCCACAGAGTCAGAGCCACC;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=26990857;WS=26990839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	26991037	rs1677725	A	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;QD=43.62;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	26991045	rs1780186	T	C	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;QD=46.05;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	26991067	rs71403882	CG	C	1393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=734;SC=TTGGATGTAACGTAACTTGTT;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=26991075;WS=26991057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	26991179	rs1780185	G	A	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=144;SC=AAGACTTTTGGGGACTGTTCG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=26991187;WS=26991169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	26993597	rs34296355	AT	A	987.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=691;SC=TGACATTTTTATTTTATAGAT;SOR=0.818;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=19;WE=26993605;WS=26993587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	26993725	rs1677730	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=200;SC=TAAATTTATTGTTGTTTAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=26993745;WS=26993715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	26993737	rs1780193	A	T	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=145;SC=TGTTTAAAAAATTTTTTTTGT;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=26993745;WS=26993715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	26994150	rs1780192	A	C	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=24;PP=1489;SC=ATCTGAGTCTACTAAATATAT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=78;WE=26994158;WS=26994140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	26998739	rs2368183	G	C	6967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=141;PP=2965;SC=TTATATTTGGGAAGTCTTTCT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=101;TCR=141;TR=242;WE=26998747;WS=26998729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr10	27009334	rs1780196	A	G	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1453;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TGAATCACACACTTTTCGGAC;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=90;WE=27009342;WS=27009324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr10	27048207	.	G	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=300;ReadPosRankSum=-1.212;SC=AAAGAGACTTGAGCATTGTAA;SOR=1.675;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=14;WE=27048215;WS=27048197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr10	27318371	rs1963735	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr10	27326014	rs11015469	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=154;ReadPosRankSum=0.023;SC=TAAAAATCCTCGACACTTTCC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=27326022;WS=27326004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr10	27326999	rs7096505	T	C	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=29;PP=924;SC=GTTAAATATGTTTATCTTAAA;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=27327007;WS=27326989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	27368126	rs3737055	A	C	4903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=113;PP=2965;SC=GAGTGAATTCATTTCTTTAAA;SOR=1.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=59;TCR=113;TR=172;WE=27368134;WS=27368116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	27371623	rs10829173	G	A	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=17;PP=653;SC=CTGTTGGGACGACTATATGGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=27371631;WS=27371613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	27371647	rs10829174	T	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=20;PP=573;SC=GCACATAATATGGTGTCTACC;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=43;WE=27371655;WS=27371637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	27375377	rs10443987	A	T	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=15;PP=1105;SC=ACTGATTTTTAAAACTGCTTT;SOR=1.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=27375385;WS=27375367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	27382240	rs2297147	T	C	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=2;PP=1412;SC=AACAAACGCATTTCAAATACT;SOR=5.856;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=54;TCR=2;TR=56;WE=27382248;WS=27382230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	27389197	rs7897309	T	C	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=67;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.956;SC=GCTGCTCCTCTGCCGCCGCGC;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=86;WE=27389205;WS=27389187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr10	27400861	rs9833	G	A	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=73;PP=2965;SC=AATGCTACTTGTATTCTTGCA;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=153;WE=27400869;WS=27400851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	27405310	rs2480718	C	G	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=74;PP=2278;SC=AAAAAATAAGCAAAGAGGCTG;SOR=1.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=105;WE=27405318;WS=27405300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	27405331	rs7901976	C	T	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=51;PP=1566;SC=GGTGCGGTGGCTCACGCCTGA;SOR=2.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=27405339;WS=27405321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	27409555	rs10829190	G	A	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=136;PP=2965;SC=CCCTAATGACGTGACTGGGAA;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=95;TCR=136;TR=231;WE=27409563;WS=27409545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr10	27436295	rs3780926	A	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=5;PP=757;SC=ACAAACAAAGAAACTAGACTG;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=27436303;WS=27436285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	27444303	rs3824593	G	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=562;SC=GTTGGCGGGAGTGGCTGCTCG;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=27444311;WS=27444301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	27444328	rs7919803	CT	AC	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=1;PP=724;SC=GGGGCAGTGTCTGCGGGGCCG;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=28;WE=27444337;WS=27444318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	27444344	rs7907988	T	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=3;PP=1308;SC=GGCCGCTGTATGCTGTCCAGC;SOR=4.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=45;WE=27444352;WS=27444334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	27454111	rs7068375	A	T	10825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=185;NR=210;PP=2965;SC=TAAGTACTTGAGAAGAAAATT;SOR=0.819;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=398;TCF=185;TCR=213;TR=395;WE=27454119;WS=27454101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr10	27456003	rs788238	G	A	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=58;PP=2814;SC=GCTGTAACATGGAATTCAATA;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=95;TCR=58;TR=153;WE=27456011;WS=27455993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	27459670	rs1981296	C	T	6132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=80;PP=2965;SC=ATAGAAGCATCAAAGAATCCT;SOR=1.255;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=217;TCF=137;TCR=80;TR=215;WE=27459678;WS=27459660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr10	27461953	rs6482600	T	A	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=7;PP=1131;SC=TAGTAGCCTATGAGCTAGTTA;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=27461961;WS=27461943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	27475444	rs10741130	T	C	10012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=220;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.709;SC=AGCACCTGACTGTATCTGGAT;SOR=1.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=376;TCF=154;TCR=222;TR=372;WE=27475452;WS=27475434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,391:0.99:393
chr10	27475494	rs10764686	T	C	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=109;PP=2745;SC=AGTCTAGCCTTGTGTTATAGA;SOR=2.553;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=33;TCR=109;TR=142;WE=27475502;WS=27475484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	27497074	rs7919523	C	T	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=15;PP=1233;SC=CTAAAAAAATCAGTAAAATAC;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=27497082;WS=27497064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	27506854	rs1775355	C	T	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=45;PP=2696;SC=CCTATAATTACTAAAAGACTA;SOR=1.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=135;WE=27506862;WS=27506844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	27508758	rs10764690	T	C	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,149:0.47:317
chr10	27508837	rs788213	T	C	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=62;PP=1827;SC=TACAATAATGTCATAATTTCC;SOR=4.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=7;TCR=62;TR=69;WE=27508845;WS=27508827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	27529549	rs2797078	C	A	17133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=326;NR=298;PP=2965;ReadPosRankSum=0.995;SC=CCTCCTCCCCCGGGGCGTGAC;SOR=0.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=629;TCF=330;TCR=299;TR=624;WE=27529557;WS=27529539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,644:1.00:647
chr10	27529565	rs2489372	T	C	20137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=379;NR=346;PP=2965;SC=GTGACTAAGGTCACGAATCCG;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=725;TCF=379;TCR=346;TR=725;WE=27529573;WS=27529555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,747:1.00:747
chr10	27539507	rs7896532	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=11;PP=594;SC=GTTCACGCTCCGTAGGATGAC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=27539515;WS=27539497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	27570130	rs1252880	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.00;QD=28.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	27577568	rs2780686	G	A	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=65;PP=2827;SC=TCTCCACACTGTAGCTTACAT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=97;TCR=65;TR=162;WE=27577576;WS=27577558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	27577615	rs11015640	T	G	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=85;PP=2858;SC=GGAAGAGTGCTGAAAAGATTG;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=157;WE=27577623;WS=27577605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr10	27577640	rs3818746	G	T	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=78;PP=2365;SC=AACTGTTAGCGATAGCTCCTC;SOR=1.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=122;WE=27577648;WS=27577630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	27595356	rs7085523	C	T	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=57;PP=1674;SC=GACAAATTTTCGCAGTAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=11;TCR=57;TR=68;WE=27595364;WS=27595346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	27687225	rs2505323	A	G	5676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=85;PP=2965;SC=CGTCGTAATTAGAATAACAAT;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=109;TCR=85;TR=194;WE=27687233;WS=27687215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	27687775	rs1638630	T	C	11688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=209;NR=171;PP=2965;SC=AAAACAAACTTATTGGATGGA;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=381;TCF=209;TCR=172;TR=380;WE=27687783;WS=27687765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr10	27687965	rs2505327	A	G	8824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=1.247;SC=TAACAGGGTCATTCCTGTATA;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=321;TCF=160;TCR=161;TR=316;WE=27687973;WS=27687955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,332:0.99:334
chr10	27687994	rs2484173	A	G	9688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=174;PP=2965;SC=AACATTGTACAGACCTAAAAG;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=164;TCR=175;TR=336;WE=27688002;WS=27687984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr10	27688109	rs2429485	T	C	6990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=141;PP=2965;SC=TCGTATGTCATCTGCAAGGTT;SOR=1.174;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=274;TCF=115;TCR=159;TR=254;WE=27688117;WS=27688099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr10	27688189	rs2484174	G	A	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	27700887	rs2429499	G	A	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	27702042	.	T	TA	7795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=45;PP=2936;SC=GTCTTCCTCATCCCTCTCACC;SOR=1.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=118;WE=27702050;WS=27702032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr10	27702726	rs11015753	G	A	10187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=165;NR=207;PP=2965;SC=CCGGTGCCCAGCGCGGCTGTC;SOR=1.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=372;TCF=165;TCR=207;TR=372;WE=27702734;WS=27702716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr10	27702744	rs11015754	A	G	8285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=161;PP=2965;SC=GTCAGCATCAAGGGCGCCAGC;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=135;TCR=161;TR=296;WE=27702752;WS=27702734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr10	27703234	rs7071851	A	G	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=47;PP=1385;SC=GCAGCTGCGGAGATCCCACCA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=27703242;WS=27703224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	27822619	rs72264716	TTC	T	634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=645;SC=ACGCCATTGCTTCTTTCTTTA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=27822628;WS=27822609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	27964470	rs2253230	G	A	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=127;PP=2965;SC=TATTGGATCCGTTTTCCAGAG;SOR=1.260;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=85;TCR=127;TR=212;WE=27964478;WS=27964460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	28023688	rs148956781	C	T	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=107;PP=2965;SC=TAGCCCCCTTCGTTCATGTGG;SOR=1.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=56;TCR=108;TR=163;WE=28023696;WS=28023678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	28032136	rs2252651	C	T	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=17;PP=1090;SC=GCGGGCAGGGCCCCCAGGGGA;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=28032144;WS=28032126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	28142294	rs143299831	T	TATAAATAA	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	28151604	rs34181914	AT	A	2079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=58;PP=1872;SC=ACATTTAGGCATTTTTTAAGA;SOR=3.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=60;WE=28151612;WS=28151594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	28225897	rs2297646	G	T	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=68;PP=2031;SC=CTAGTAGCTAGGAAACTTCTT;SOR=1.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=105;WE=28225905;WS=28225887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	28228865	rs7893462	A	G	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=83;PP=2965;SC=GCAGCTGCTCATTCTCACTAT;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=97;TCR=83;TR=180;WE=28228873;WS=28228855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr10	28233120	rs3824590	A	C	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=2;PP=783;SC=GGCTGGCACTAGATGACGATG;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=28233128;WS=28233110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	28233469	rs3802517	T	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=440;SC=TAAGAAATCATTTCCATTCCC;SOR=3.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=28233477;WS=28233459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	28233931	rs34717952	G	A	14796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=1.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr10	28233931	.	GCA	ACG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.84;NF=103;NR=185;PP=2947;QD=20;SC=AAGGAACACCGCATTCCCATA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=305;TCF=108;TCR=197;TR=288;WE=28233941;WS=28233921;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:17,288:0.94:305
chr10	28233933	rs34084011	A	G	14796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.53;SOR=1.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr10	28247957	rs34350686	A	C	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=42;PP=1310;SC=GGACTCTCTTAATTCATCTTC;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=28247965;WS=28247947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	28259936	rs67085081	TAAAC	T	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.096;NF=12;NR=1;PP=328;ReadPosRankSum=2.401;SC=AATAAATAAATAAACAAACAA;SOR=1.241;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=13;WE=28259947;WS=28259926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr10	28260151	rs4405206	A	G	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1291;ReadPosRankSum=0.547;SC=TGAACCAGAAATGTCTTTGCG;SOR=1.051;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=225;TCF=98;TCR=127;TR=86;WE=28260159;WS=28260141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,92:0.37:246
chr10	28270612	rs9334541	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=541;ReadPosRankSum=2.308;SC=TTTTCATCTCCGAAGGATCTA;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=37;WE=28270620;WS=28270602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr10	28348815	rs1361922	C	T	49.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TAATAAAATACAGTAAGCTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=28348823;WS=28348805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	28358548	rs2763318	CA	AC	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	28378758	rs2997211	T	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.920;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=725;ReadPosRankSum=-1.273;SC=ACGAAAACTTTTTCTAAAACC;SOR=1.698;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=69;TCF=11;TCR=58;TR=35;WE=28378766;WS=28378748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr10	28527425	rs56069980	C	CA	4150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=2832;ReadPosRankSum=0.705;SC=TTGCTTAAAGCATGCTGTATT;SOR=0.475;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=157;TCF=68;TCR=89;TR=71;WE=28527433;WS=28527415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,134:0.49:271
chr10	28822373	rs12767429	A	C	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=84;NR=5;PP=2445;SC=CTGGGAGCTGATGAGAGTCGC;SOR=5.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=85;TCR=5;TR=89;WE=28822381;WS=28822363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	28823126	rs35136724	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=819;SC=GGTTCCTTTAGCGCTCTCCAG;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=28823134;WS=28823116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	28879838	rs41283724	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=37;PP=997;SC=ATCCATTGCCATCTACATATG;SOR=5.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=28879846;WS=28879828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	28903400	rs71391055	G	GTCTTCTTTAAAACA	1785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=2900;SC=GAACTTGACTGCCACATTTTA;SOR=2.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=28903408;WS=28903390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	29136129	rs813935	A	G	7816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=118;PP=2965;SC=CTGAGCTCAAATAGTCCTCCT;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=151;TCR=118;TR=269;WE=29136137;WS=29136119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr10	29137085	rs787323	C	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=349;SC=CTCTTGTGCACGGGATGGGGA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=29137093;WS=29137075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	29162324	rs35236571	TAC	T	483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.21;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	29169046	rs199740171	AT	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr10	29578084	rs17851935	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQRankSum=-2.111;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,45:0.24:185
chr10	29578180	.	A	ATGAAGCCAACTGTCTC	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=22.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-9.216;QD=1.55;ReadPosRankSum=-3.456;SOR=3.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,15:0.09:173
chr10	29578351	rs2768693	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.406;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr10	29580735	rs2148901	C	T	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.82;QD=45.02;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	29580743	rs2148902	G	A	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.03;QD=43.27;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	29581309	rs1751955	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.686;NF=30;NR=1;PP=572;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GCCCCCTGGGCGCATGCCCGC;SOR=1.157;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=57;TCR=4;TR=31;WE=29581317;WS=29581299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr10	29581440	rs3818550	C	T	8174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.559;NF=199;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=1.825;SC=TGGCTTTCCCCCCTCCAGGGA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=579;TCF=326;TCR=253;TR=349;WE=29581448;WS=29581430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,370:0.61:606
chr10	29581493	rs3818551	A	C	4444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.109;NF=112;NR=126;PP=2736;ReadPosRankSum=0.001;SC=ACCACAGCCCAGACGGTCCTG;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=615;TCF=298;TCR=317;TR=238;WE=29581501;WS=29581483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,245:0.39:636
chr10	29598896	rs2796293	A	G	9895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=223;NR=95;PP=2965;SC=TAATGAAAATAAGATTGTGGC;SOR=1.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=223;TCR=95;TR=318;WE=29598904;WS=29598886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr10	29779977	rs61848920	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-6.577;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,11:0.13:85
chr10	29783908	rs78773460	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=9.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQRankSum=-2.826;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,60:0.20:294
chr10	29783984	rs3031505	GAAACT	G	3953.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=6.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=44.090;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.832;NF=14;NR=68;PP=2943;ReadPosRankSum=-1.911;SC=CTTCTGATCAGAAACTGCTTG;SOR=2.268;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=144;TCF=23;TCR=121;TR=82;WE=29783996;WS=29783974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,105:0.47:225
chr10	29784004	rs28427082	G	A	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-6.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=35.106;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=8.813;NF=44;NR=44;PP=1102;ReadPosRankSum=4.339;SC=GGCGTGGCCGGGGCCTTGGCG;SOR=0.094;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=192;TCF=72;TCR=120;TR=88;WE=29784012;WS=29783994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,93:0.52:179
chr10	29784072	rs2368406	G	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=5.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.981;NF=8;NR=25;PP=711;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CCGCAAATGGGTGAGGCTACT;SOR=1.093;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=33;WE=29784080;WS=29784062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr10	29784114	rs6481601	T	C	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=918;SC=GCCAAACCTGTGGAACACACA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=29784122;WS=29784104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	29784188	rs2368401	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQRankSum=-3.105;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr10	29784188	.	AAA	GAG	115	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=28;MQ=54.89;NF=0;NR=4;PP=115;QD=42.1169687156;SC=GGATCTCCAGAAATCCCAGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=4;WE=29784198;WS=29784178;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr10	29784190	rs2368400	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQRankSum=-3.532;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr10	29820070	rs11819202	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=251;ReadPosRankSum=-1.933;SC=TGCAGCAAAGGGAGACACTGT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=15;WE=29820088;WS=29820060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr10	29821089	rs17756919	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=705;ReadPosRankSum=-1.395;SC=CCGACCTCTCCACCCGTGATT;SOR=1.126;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=42;WE=29821097;WS=29821079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr10	29821475	rs41284748	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=981;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GTCTCCTGCAGGCGTTGGCAG;SOR=0.426;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=60;WE=29821483;WS=29821465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr10	29821523	rs1328323	T	C	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=34;PP=1527;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CGACAGAGACTTTTGTGTCCA;SOR=1.019;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=210;TCF=128;TCR=82;TR=96;WE=29821531;WS=29821513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,100:0.45:221
chr10	29822032	rs1247696	C	T	7270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=113;PP=2965;SC=GACTCGCAGACATGGAGAACT;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=161;TCR=113;TR=274;WE=29822040;WS=29822022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr10	29822159	rs7076239	T	C	3975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=93;PP=2846;ReadPosRankSum=0.065;SC=CTGGCGTCACTAGCTTGGCGG;SOR=0.620;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=419;TCF=216;TCR=203;TR=189;WE=29822167;WS=29822149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,192:0.45:428
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chr10	29834003	rs2368392	G	A	5708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=1.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.09;ReadPosRankSum=2.839;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,149:0.45:334
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chr10	29839513	rs10159964	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=394;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTTAGCGTGGACTGGATGCTT;SOR=0.086;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=24;WE=29839521;WS=29839503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
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chr10	29839864	rs1270874	A	C	14187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=248;NR=254;PP=2965;ReadPosRankSum=0.288;SC=ACAGAGAACTAGCATCTCTGC;SOR=0.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=503;TCF=249;TCR=254;TR=502;WE=29839880;WS=29839854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,523:1.00:524
chr10	29840038	rs3740003	A	G	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=57;PP=1670;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TGTACCTTGCAATTCTTTCGG;SOR=0.508;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=240;TCF=103;TCR=137;TR=107;WE=29840046;WS=29840028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,112:0.45:249
chr10	29840164	rs3740002	A	G	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.515;SC=GAGAAGAATCAGAAGTTTCCT;SOR=0.869;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=233;TCF=111;TCR=122;TR=97;WE=29840172;WS=29840154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,102:0.41:248
chr10	29843833	rs1547169	C	T	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=48;PP=1837;ReadPosRankSum=0.740;SC=CATTTTCAATCCCTTCCAGGC;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=251;TCF=159;TCR=92;TR=129;WE=29843841;WS=29843823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,141:0.51:275
chr10	29844067	rs1547170	T	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=444;ReadPosRankSum=-1.184;SC=GAACAAAATATAGTATTTAGT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=20;WE=29844075;WS=29844057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr10	29891161	rs11007666	A	G	3364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=69;PP=1949;ReadPosRankSum=0.264;SC=ATGATGTTTCATGAAGTGCCC;SOR=0.532;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=306;TCF=174;TCR=132;TR=154;WE=29891169;WS=29891151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,170:0.51:332
chr10	29891260	rs12416605	C	T	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.457;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=979;ReadPosRankSum=-0.973;SC=CCTTTAAGGGCACATGGTACA;SOR=0.377;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=183;TCF=68;TCR=115;TR=77;WE=29891268;WS=29891250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,87:0.45:193
chr10	29891321	rs2505901	T	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=623;ReadPosRankSum=-1.300;SC=CCCTCCCTTCTCTGCTGTGGG;SOR=0.062;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=32;WE=29891329;WS=29891311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr10	30611614	rs2484284	C	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=770;SC=AAATTAAACTCAAACCAAGAA;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=30611622;WS=30611604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	30615638	rs1029172	A	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=744;SC=TTTGTAAAAGAATGCTCTAAA;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=30615646;WS=30615628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	30629082	rs2689215	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=807;SC=GTAGCTTGAACATTTTACAGG;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=30629090;WS=30629072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	30629136	rs1047988	G	A	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=43;PP=2913;SC=TAAAAGTTGAGGTACACCTAA;SOR=1.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=98;TCR=43;TR=140;WE=30629144;WS=30629126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	30629226	rs1047991	G	A	9570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=151;PP=2965;SC=GACCGTACGCGTGACCGTTCA;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=186;TCR=151;TR=337;WE=30629234;WS=30629216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr10	30629434	rs36002941	CTATTT	C	3262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=44;PP=2299;SC=ATCTAACATACTATTTTAGCT;SOR=3.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=46;WE=30629446;WS=30629424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	30728101	rs1042058	T	C	11840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=226;NR=201;PP=2965;SC=CAGTCAGATATGGAACTGTGG;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=429;TCF=227;TCR=202;TR=427;WE=30728109;WS=30728091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr10	30728250	rs2907	A	G	12299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=246;PP=2965;SC=CAGCTTTCCTACTGCAGCTTC;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=433;TCF=186;TCR=247;TR=432;WE=30728258;WS=30728240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr10	30739058	rs303428	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=1;PP=507;SC=TGGGCAGTCCATTTTCACACA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=30739066;WS=30739048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	30747197	rs146674517	C	CGG	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.645;QD=17.04;ReadPosRankSum=0.401;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr10	30749895	rs3034	G	A	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=597;SC=CCTGTGACCCGTGAATGTGCC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=30749903;WS=30749885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	30901722	rs3832672	GC	G	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.276;NF=19;NR=1;PP=617;ReadPosRankSum=1.373;SC=GCCCATGACAGCCCAAGTCTT;SOR=0.102;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=53;TCF=52;TCR=1;TR=20;WE=30901730;WS=30901712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
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chr10	30915618	rs3852488	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.520;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.962;NF=23;NR=1;PP=351;ReadPosRankSum=-2.008;SC=GGTAGTTGGGGAGACACAGCA;SOR=1.880;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=84;TCF=75;TCR=9;TR=24;WE=30915626;WS=30915608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
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chr10	30978274	rs4988769	T	C	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=8.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQRankSum=-10.367;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,100:0.48:210
chr10	30978282	rs11008182	G	T	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=5.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.460;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=11.614;NF=60;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.229;SC=CCTCGGCCACGCCAAGCCTGA;SOR=1.012;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=226;TCF=124;TCR=102;TR=103;WE=30978296;WS=30978264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,106:0.48:220
chr10	30982526	rs7068784	T	G	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.510;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-4.284;NF=52;NR=38;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.115;SC=AGAGAAGATCTCCTTCAGGAA;SOR=1.125;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=257;TCF=140;TCR=117;TR=90;WE=30982534;WS=30982516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,80:0.32:253
chr10	30985081	rs10826846	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=14;PP=354;SC=TCCTGACTGTGTAATTCATCC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=30985089;WS=30985071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	30986240	rs138927815	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.20;QD=50.46;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr10	30986244	rs11007616	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.45;QD=45.99;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	30986253	rs4747726	G	A	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=38.25;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	30986296	rs4749587	C	T	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=10;PP=818;SC=GTGTCTGCCTCGTGTTCAGGA;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=30986304;WS=30986286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	30986348	rs4749588	G	A	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=779;ReadPosRankSum=0.121;SC=CTCGAGCTTCGGCGCTCAATA;SOR=0.480;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=63;WE=30986356;WS=30986338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr10	30986364	rs7078530	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=493;ReadPosRankSum=-0.980;SC=CAATAGTGGGGACTGCTTCCT;SOR=0.779;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=46;WE=30986372;WS=30986354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,53:0.40:131
chr10	30989188	rs10740829	G	C	16159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=246;NR=315;PP=2965;SC=CCGCTTATCCGCAGGTACTAC;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=561;TCF=246;TCR=315;TR=561;WE=30989208;WS=30989178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr10	30993404	rs11008192	G	A	3569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=70;PP=2294;ReadPosRankSum=1.230;SC=TGCCCCAGACGACAGCAGGTG;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=388;TCF=213;TCR=175;TR=160;WE=30993412;WS=30993394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,173:0.43:406
chr10	30993448	rs10826848	G	A	10803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.99;NF=197;NR=187;PP=2965;SC=GGCTGTGGCTGTGGCCTGGTG;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=384;TCF=197;TCR=187;TR=384;WE=30993456;WS=30993438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr10	31001494	rs1826619	A	C	15141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=275;NR=257;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.482;SC=CAGGAAAAAAATCTCAAGAAG;SOR=0.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=534;TCF=276;TCR=258;TR=532;WE=31001502;WS=31001484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,560:1.00:561
chr10	31146615	rs16932010	T	C	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=51;PP=1859;ReadPosRankSum=-1.761;SC=TTACTATCCATAGGACTCTGA;SOR=0.511;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=255;TCF=157;TCR=98;TR=129;WE=31146623;WS=31146605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,144:0.53:270
chr10	31791501	rs2839664	A	G	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=926;ReadPosRankSum=0.586;SC=CTACCATTCTACTATGGGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=129;TCF=36;TCR=93;TR=50;WE=31791509;WS=31791491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,52:0.37:140
chr10	31803516	rs220060	G	A	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=32;PP=1252;SC=TAAAATACCAGTTCTTTTCTT;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=31803524;WS=31803506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	32096803	rs1412493	G	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=0.489;SC=AAATAAGAGAGAGGGAAAATT;SOR=0.257;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=13;WE=32096811;WS=32096793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr10	32106947	rs148874927	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.084;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	32115133	rs2255544	A	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=4.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=511;ReadPosRankSum=-0.148;SC=CACACTAGCTATAACTATAAG;SOR=0.619;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=50;TCR=0;TR=24;WE=32115141;WS=32115129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr10	32307534	rs11428920	T	TA	1942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=1306;SC=TTTTATTCTGTATATTGTACT;SOR=2.007;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=31;WE=32307544;WS=32307524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	32307536	rs55938482	T	A	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=852;SC=TTATTCTGTATATTGTACTTA;SOR=2.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=37;WE=32307544;WS=32307524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	32309005	rs1775715	A	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=39;PP=1068;SC=CTGTTATCCTATACCCTATGG;SOR=7.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=39;WE=32309013;WS=32308995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	32311969	rs176924	A	G	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=113;PP=2965;SC=AGGCTGCTGTAAGGAAAAAGT;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=72;TCR=113;TR=185;WE=32311977;WS=32311959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	32324718	rs150931224	TTC	T	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=2.295;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,21:0.10:210
chr10	32328526	rs1251363	G	C	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=CACATACACAGTACTGTACAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=32328534;WS=32328516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	32561858	rs11594459	A	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=384;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TCAGACGGGAAGACAGTATCT;SOR=0.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=20;WE=32561866;WS=32561848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr10	32575793	rs2986931	A	G	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.831;NF=70;NR=42;PP=2115;ReadPosRankSum=-0.261;SC=AATCCAAATTATTTAATTTTG;SOR=0.780;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=186;TCF=118;TCR=68;TR=112;WE=32575801;WS=32575783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,110:0.60:184
chr10	32635834	rs11597888	G	A	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=85;PP=2033;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CGAAACGACAGTTTACTCATC;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=288;TCF=118;TCR=170;TR=147;WE=32635842;WS=32635824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,155:0.52:299
chr10	32740798	rs146679927	C	CT	1995.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=1703;ReadPosRankSum=0.558;SC=AGACAAAGAACTTACTACCAG;SOR=0.931;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=149;TCF=56;TCR=93;TR=49;WE=32740806;WS=32740788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,77:0.35:218
chr10	32742234	rs2505335	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=264;ReadPosRankSum=-0.857;SC=ATTTTAAACTATTAAAGTATC;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=32742242;WS=32742224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	32742256	rs2490505	T	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=10;PP=909;SC=AATTGGCTTTTATTTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=43;WE=32742264;WS=32742246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	32745396	rs2244153	A	G	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=372;SC=GCATTGGAAAACATTATTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=20;WE=32745404;WS=32745386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	32751901	rs2505380	G	A	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=59;PP=2053;SC=TGCAATTTAAGTAGTCACTAT;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=114;WE=32751909;WS=32751891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	32759918	rs2460710	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-1.501;SC=TAATAAAGGAGATAATGAAAT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=32759926;WS=32759912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	32763113	rs2002079	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-2.189;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	32781030	rs2990982	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.751;SC=AAAGTTAGTACGTGTTTATTG;SOR=0.446;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=32781038;WS=32781020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	32806972	rs2990984	C	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=1.144;SC=TAGAAATTGTCAGGATACATA;SOR=0.639;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=29;WE=32806980;WS=32806962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,34:0.35:97
chr10	32807550	rs3006708	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-2.606;SC=TTAATAATTCGTAGCAGCTAT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=32807558;WS=32807540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr10	32832214	rs2990986	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=366;ReadPosRankSum=0.859;SC=TCTGGCTTATGTAAAATTATA;SOR=1.189;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=24;WE=32832222;WS=32832204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr10	32856937	rs12783494	T	G	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	32873056	rs2947085	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=0.180;SC=AGATGAGAGCAAAAAGCTAGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=32873064;WS=32873046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	32974969	rs1762526	A	G	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=59;PP=1895;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CAAATTACAAATAAAGAAACA;SOR=0.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=113;WE=32974977;WS=32974959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr10	32978136	rs1763784	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TTAAAAGTAAGTTCATCCGAA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=17;WE=32978144;WS=32978126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr10	33015782	rs928701	G	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	33015855	rs4145863	G	A	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	33018351	rs1414548	G	C	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=24;PP=781;SC=AATCTCAAACGAAGAAACTTC;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=33018359;WS=33018341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	33093858	.	TACAC	T,TAC	1445.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=32.86;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,36:0.18,0.82:44
chr10	33113633	rs117792712	G	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=115;SC=TAATTATCACGTGAGAAAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=33113641;WS=33113623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	33123774	rs11009107	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=86;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AAGGTGTTAATGGAAAAGATA;SOR=0.495;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=11;WE=33123782;WS=33123764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr10	33123824	rs4448627	G	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=27;PP=986;SC=AAGAGTCATGGAGGTAAGAAC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=33123832;WS=33123814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	33134064	rs41276070	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=-0.160;SC=AGTATTATATAGGTGAAATTC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=33134072;WS=33134054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	33137515	rs2488294	T	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr10	33137551	rs2504011	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr10	33143396	rs1418538	G	A	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=33;PP=1384;SC=GACCAATACAGTTGGAAAACC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=33143404;WS=33143386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	33144132	rs34544892	GT	G	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.690;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr10	33165226	rs2488305	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=7;PP=679;SC=TATATCAACTGGAGTAAAATT;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=33165234;WS=33165216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	33165422	rs12217414	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=629;ReadPosRankSum=0.151;SC=ATACTGACTCGTGTGGATGGT;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=47;WE=33165430;WS=33165412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr10	33165516	.	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=0.799;SC=GTGGTGAGTTTGAAAGTTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=12;WE=33165524;WS=33165506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr10	33190567	rs2153875	C	A	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=17;PP=606;SC=TTTCACCCTACAACAAAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=33190578;WS=33190557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	33197130	rs77744583	GCTTT	G	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=309;ReadPosRankSum=-1.137;SC=TATTTAGGATGCTTTCTGTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=8;WE=33197141;WS=33197120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	33199496	.	A	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	33201128	rs2504020	C	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=35;PP=790;ReadPosRankSum=1.088;SC=CAAACAGGAACAGCTCTAGTC;SOR=0.330;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=10;TCR=73;TR=41;WE=33201136;WS=33201118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr10	33208720	rs3780876	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TTGCTCCAAATAGAGAGATAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=9;WE=33208728;WS=33208710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	33209266	rs2230396	G	T	7860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=131;PP=2965;SC=TTATTGTTACGCCTTCTGACA;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=136;TCR=131;TR=267;WE=33209274;WS=33209256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr10	33211440	rs2252752	T	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TAAAAATTAATATAAACCACT;SOR=1.302;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=25;WE=33211448;WS=33211430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr10	33214802	rs2298141	A	G	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=56;PP=1695;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CGCTTACTCCACAAACTGCAA;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=325;TCF=191;TCR=134;TR=132;WE=33214810;WS=33214792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,140:0.41:339
chr10	33219008	rs2256455	T	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=1.987;SC=TAAATGAAAATTGTAATGGTC;SOR=0.346;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=33219016;WS=33218998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr10	33469181	rs1048804	A	G	5701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.699;SC=CCCCCAGGGCACTCATGGCTA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=496;TCF=217;TCR=279;TR=253;WE=33469189;WS=33469148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,260:0.50:515
chr10	33471761	rs148435065	GCA	G	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=305;ReadPosRankSum=0.804;SC=TTAGGTACATGCACACACACA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=9;WE=33471770;WS=33471751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	33481478	rs2243920	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=0.199;SC=TGAAAATTCCAGGAAAGCCAG;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=33481486;WS=33481468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	33483561	rs2474726	T	A	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=7;PP=907;ReadPosRankSum=1.782;SC=CCGCTCTAAGTTTTTGTATTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=67;TCR=13;TR=48;WE=33483569;WS=33483551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr10	33483837	rs149169549	CAT	C	1209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.314;SC=ATGAAACAAACATATAGGACT;SOR=1.225;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=27;WE=33483846;WS=33483827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr10	33484577	rs2474724	C	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=746;ReadPosRankSum=0.171;SC=TAGACCTGACCCCTGGCTTGA;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=19;TCR=70;TR=46;WE=33484585;WS=33484567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr10	33486667	rs10827208	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=538;ReadPosRankSum=-0.832;SC=ACATGCAAAAATAAGAAAACA;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=34;WE=33486675;WS=33486657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr10	33491552	rs11009288	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=540;ReadPosRankSum=1.426;SC=TTAGCCATGGGGAAATTCTTA;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=31;WE=33491560;WS=33491542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr10	33495267	rs11812166	C	T	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1420;ReadPosRankSum=-1.873;SC=CATTCTTGGTCTGTGTTGATA;SOR=0.867;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=101;WE=33495275;WS=33495257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,108:0.54:199
chr10	33495304	rs11815912	A	G	4443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.36;ReadPosRankSum=1.953;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,115:0.55:208
chr10	33495306	rs2474715	A	G	4443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.26;ReadPosRankSum=1.758;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,116:0.56:209
chr10	33495333	rs11812181	C	A	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=49;PP=1190;ReadPosRankSum=0.549;SC=AACAACCACACGGTGAAGAAT;SOR=0.961;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=63;TCR=88;TR=81;WE=33495341;WS=33495323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,92:0.56:163
chr10	33502240	rs2070303	C	T	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=72;PP=2319;ReadPosRankSum=-0.460;SC=AGCCCTTCCTCGGGAGAATGC;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=147;TCR=140;TR=147;WE=33502248;WS=33502230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,157:0.53:299
chr10	33510614	rs4934837	G	A	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=21;PP=1353;ReadPosRankSum=0.166;SC=TCTTCGACTTGGAAGATTCAG;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=111;TCR=37;TR=83;WE=33510622;WS=33510604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,84:0.56:150
chr10	33510663	rs2229935	G	A	3613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=65;PP=2283;ReadPosRankSum=0.921;SC=TCTTGCAACCGTATACTTCAA;SOR=0.574;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=301;TCF=189;TCR=112;TR=165;WE=33510671;WS=33510653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,169:0.55:309
chr10	33510768	rs2229934	G	A	3665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=88;PP=2311;ReadPosRankSum=0.798;SC=CAACATCTGTGGGGTTGGTGT;SOR=0.559;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=347;TCF=157;TCR=190;TR=169;WE=33510776;WS=33510758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,179:0.50:359
chr10	33542835	rs7074620	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=241;ReadPosRankSum=1.685;SC=TTATACCTGATGGCCGTGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=14;WE=33542843;WS=33542825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr10	33545464	rs10827221	G	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=1.138;SC=GCAAGAATTAGCATTTACAAA;SOR=0.954;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=16;WE=33545472;WS=33545454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr10	33552407	rs2070299	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-0.233;SC=AGGTCTTCTTGAGCTCAAATA;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=33552415;WS=33552397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	33552518	rs2070298	A	C	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.41;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,69:0.51:135
chr10	33552522	rs2070297	G	A	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=3.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.01;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,72:0.52:139
chr10	33552695	rs2070296	C	T	3108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=3.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.786;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,155:0.45:345
chr10	33552695	.	CA	TG	1638	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=75;NR=65;PP=1638;QD=12.0819133919;SC=ACATCTTTGGCACAAAGACAA;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=332;TCF=164;TCR=168;TR=140;WE=33552704;WS=33552685;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:192,140:0.42:332
chr10	33552696	rs7079053	A	G	12238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr10	33619562	rs1411924	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=734;SC=TTGTACACACCGACTTCCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=33619570;WS=33619552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	34408636	rs11009651	T	C	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=57;PP=1591;ReadPosRankSum=0.218;SC=ACACCGAGTGTCGCCCGCTCT;SOR=0.594;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=273;TCF=125;TCR=148;TR=108;WE=34408644;WS=34408626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,119:0.41:290
chr10	34420607	rs970166	G	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1037;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GTGAAATGACGCCATTTAAGA;SOR=0.826;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=116;TCF=28;TCR=88;TR=59;WE=34420615;WS=34420597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,63:0.49:128
chr10	34663981	.	AACACAC	AAC,A	55.52	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.11;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0,0;NR=8,8;PP=137,70;SC=ACAACAGGAAAACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=8,8;WE=34663994;WS=34663971;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:2
chr10	34688287	rs2796011	G	A	9404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=172;PP=2965;SC=AAGGCACTACGTGGATTCCCA;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=166;TCR=172;TR=338;WE=34688295;WS=34688277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr10	34739166	rs982687	T	C	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TCACCAGTGATTGAGATGGGA;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=244;TCF=145;TCR=99;TR=124;WE=34739174;WS=34739156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,130:0.52:248
chr10	34985197	rs5784425	C	CA	2091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=9.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.339;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.556;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,110:0.74:148
chr10	35302705	rs12830	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.290;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=285;ReadPosRankSum=-0.843;SC=TTAATGAAAACGAAGATTCTG;SOR=1.528;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=21;WE=35302713;WS=35302695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr10	35320383	rs3740083	C	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1347;ReadPosRankSum=0.953;SC=TAAAGTTGACCAAAATACAAA;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=103;TCR=56;TR=80;WE=35320391;WS=35320373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,80:0.49:162
chr10	35321414	rs16935840	C	T	3807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=73;PP=2509;ReadPosRankSum=1.279;SC=TTACAACTGACGTAAGGGCCT;SOR=0.795;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=363;TCF=202;TCR=161;TR=175;WE=35321422;WS=35321404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,181:0.49:372
chr10	35322024	rs12261654	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=176;ReadPosRankSum=-1.479;SC=CTAGAATTCTGATCTTGAAAC;SOR=0.132;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=14;WE=35322032;WS=35322014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr10	35324076	rs2244174	A	G	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=34;PP=2344;SC=GGAGGAAAACATTGCAGTTTC;SOR=2.045;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=95;TCR=34;TR=129;WE=35324084;WS=35324066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	35328088	rs11010077	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=-1.408;SC=CAAGTAACTCAGCCAAATTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=35328096;WS=35328078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	35338699	rs7900480	G	A	4371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=101;PP=2781;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCTAGCTGCCGGGAAAAACGA;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=370;TCF=174;TCR=196;TR=189;WE=35338707;WS=35338689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,201:0.52:385
chr10	35343525	rs2384289	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=262;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GAAAGCAAATGACTTGCAACT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=12;WE=35343533;WS=35343515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr10	35360310	rs4934711	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=334;ReadPosRankSum=1.038;SC=ATAATTCCATGAGCTTAGTTT;SOR=1.358;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=17;WE=35360318;WS=35360300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr10	35362977	rs12248333	A	G	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CAACCATGCTACCTCACTAAC;SOR=0.452;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=136;TCF=101;TCR=35;TR=71;WE=35362985;WS=35362967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,74:0.53:139
chr10	35363104	rs41276098	C	T	3666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=76;PP=2597;ReadPosRankSum=-1.471;SC=TTATCAAAGACACAAAAATAA;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=393;TCF=219;TCR=174;TR=170;WE=35363112;WS=35363094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,175:0.43:411
chr10	35426614	rs35808464	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TTCCTGGCCTTGTTTTGAGAG;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=10;WE=35426622;WS=35426604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr10	35426755	rs17499247	A	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=2.745;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,93:0.64:145
chr10	35437239	rs34879823	A	AT	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=1198;ReadPosRankSum=0.667;SC=TTCAACCTGTATTTCCAAATA;SOR=0.590;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=35;WE=35437247;WS=35437229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr10	35464778	rs1531550	C	T	2814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=70;PP=1857;ReadPosRankSum=0.571;SC=ATCATTTTGGCAGGTTTCTGT;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=139;TCR=146;TR=136;WE=35464786;WS=35464768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,137:0.46:295
chr10	35467671	rs12260130	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=237;ReadPosRankSum=1.195;SC=CAGACTCCTTCAGTGCAGATT;SOR=0.122;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=13;WE=35467679;WS=35467661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr10	35484949	rs1057108	T	G	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=64;PP=2121;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TTTGAAGTGGTTGTCTGCTTG;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=172;TCR=123;TR=150;WE=35484957;WS=35484939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,157:0.52:302
chr10	35625845	rs59114674	C	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=413;SC=GGCCGGCCGCCGTTCCGCCCC;SOR=3.180;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=21;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	35625846	.	G	GC	1163.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.12;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=709;SC=GCCGGCCGCCGTTCCGCCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	35772402	rs3802509	G	A	4544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=79;PP=2890;SC=AATCTCAGACGGACGGTAGGT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=160;WE=35772410;WS=35772392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	35894666	rs627267	A	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=726;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TCAGTGTGCAAGCACCAAGCT;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=47;WE=35894674;WS=35894656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr10	35894761	rs637881	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=0.281;SC=GAATGGTTCCGCGGTTCCTCC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=8;WE=35894769;WS=35894751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr10	35928224	rs625858	C	G	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=59.97;NF=106;NR=76;PP=2965;SC=CTGCACTTGGCTCTCCTCGCC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=106;TCR=77;TR=182;WE=35928232;WS=35928214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	36811687	rs143754208	G	GGT	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=469;ReadPosRankSum=2.341;SC=CATACACAAAGGTGTGTGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=12;WE=36811695;WS=36811677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr10	36812251	rs41276114	C	T	4654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.071;NF=107;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.053;SC=TCTCCAAAACCTTTAACACAG;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=463;TCF=247;TCR=216;TR=207;WE=36812259;WS=36812241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,219:0.45:487
chr10	36812362	rs2503084	C	T	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.144;NF=109;NR=95;PP=2797;ReadPosRankSum=-0.057;SC=TTTTCTCACACGCATTATAAA;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=535;TCF=285;TCR=250;TR=204;WE=36812370;WS=36812352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,211:0.39:545
chr10	36813180	rs2503083	T	A	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1162;ReadPosRankSum=-2.434;SC=GCCAGGGGCGTGCGCGCCGGG;SOR=0.531;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=208;TCF=85;TCR=123;TR=86;WE=36813188;WS=36813170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,95:0.43:220
chr10	36813198	rs2503082	A	G	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=89;PP=2729;SC=GGGCTGGCCCAGCAGGGAAAG;SOR=1.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=47;TCR=90;TR=136;WE=36813206;WS=36813188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	36813218	rs2505569	C	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=447;ReadPosRankSum=0.298;SC=GCCCCGCTCACTCTCCACTGC;SOR=0.972;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=31;WE=36813226;WS=36813208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
chr10	36813298	rs10764092	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=2.732;SC=GGAAGGGCATGCGCTCGCCGG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=14;WE=36813306;WS=36813288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr10	37415027	rs111758094	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=-1.340;SC=GGGGCCTGGGGAAGAAGGGAG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=10;WE=37415035;WS=37415017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr10	37425741	.	A	ATG	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr10	37425761	.	A	G	90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=90;QD=20.7952020912;SC=GTGTGTGTGTATATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=37425769;WS=37425751;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr10	37433853	.	T	C	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=27;MQ=55.22;NF=6;NR=0;PP=36;QD=11.7952020912;SC=TGAAAATAGATTTGTATATGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=6;WE=37433861;WS=37433843;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,6:0.19:31
chr10	37441072	rs1148257	T	G	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=2.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,111:0.49:227
chr10	37454048	rs41304589	C	G	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.330;NF=77;NR=53;PP=1972;ReadPosRankSum=1.690;SC=AGAATCCAAACAAAAGGACTA;SOR=0.843;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=277;TCF=160;TCR=117;TR=130;WE=37454056;WS=37454038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,140:0.46:306
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chr10	37505192	rs1200875	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=687;ReadPosRankSum=0.943;SC=CTGTGAACAACGTACAGGAAA;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=50;WE=37505200;WS=37505182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr10	37508450	rs1148259	A	C	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.917;NF=37;NR=43;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TCAATTATGCAGGAGATGCTC;SOR=0.814;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=80;WE=37508458;WS=37508440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,88:0.54:164
chr10	38246545	rs2799499	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=527;SC=AGACATGTGAACTAGCTCTTA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=38246553;WS=38246535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	38260558	rs371664170	AACACACAC	A	1183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.502;QD=19.41;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr10	38299843	rs2293962	G	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=0.046;SC=GGACGGCGGGGCTGCAGCGTG;SOR=0.927;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=14;WE=38299851;WS=38299833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr10	38306128	rs2738208	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=4;PP=827;SC=TTCCACTGGCAACTCGAAGCA;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=38306136;WS=38306118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	38344700	rs2505232	C	G	4874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.795;NF=127;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.049;SC=ACACACAGGGCAGAAACCCTT;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=473;TCF=265;TCR=208;TR=220;WE=38344708;WS=38344690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,229:0.46:498
chr10	38385316	rs2474572	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.914;NF=7;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=-1.862;SC=TACAGCATAAATTGTTTTTAA;SOR=0.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=8;WE=38385324;WS=38385307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr10	38385441	rs2474573	G	A	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=1468;ReadPosRankSum=3.489;SC=ATGTTTTGCCGGCTGCGAAGT;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=281;TCF=158;TCR=123;TR=110;WE=38385449;WS=38385431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,113:0.39:290
chr10	38407519	rs176889	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.942;NF=5;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=1.139;SC=GTCAGAAGTCAGCCCTAATTG;SOR=0.654;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=11;WE=38407527;WS=38407509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr10	38537070	rs1780145	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=128;ReadPosRankSum=-0.979;SC=AAGAGAATATATAAACACACA;SOR=0.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=9;WE=38537078;WS=38537060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr10	38598955	rs12358852	T	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.364;NF=27;NR=17;PP=637;ReadPosRankSum=-0.162;SC=TGTTTGTCTGTTTTTCAAAAT;SOR=0.421;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=44;WE=38598963;WS=38598945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr10	38599101	rs34686283	C	CT	4128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=64;PP=2936;SC=GACATAGTGTCTTCCCATTGG;SOR=0.871;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=90;WE=38599109;WS=38599091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	38638948	rs11815474	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.676;NF=21;NR=9;PP=529;ReadPosRankSum=-1.365;SC=GTCTTTGATCGTAAGTCGAAT;SOR=0.593;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=30;WE=38638956;WS=38638938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr10	38645343	rs75687299	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=10.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQRankSum=-5.973;QD=2.07;ReadPosRankSum=5.300;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,55:0.21:260
chr10	38645403	rs72639552	T	C	9540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=184;NR=177;PP=2965;SC=TGGTTTTGATTACCGGGGCTA;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=361;TCF=184;TCR=177;TR=361;WE=38645411;WS=38645393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr10	38647171	rs2800473	C	G	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=1;PP=847;SC=TTTTCTGAACCAGAGAGAAAT;SOR=5.376;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=39;WE=38647179;WS=38647168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr10	38667003	rs2804622	A	G	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.38;QD=31.23;SOR=2.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	38672144	rs3087759	A	C	8450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.15;QD=27.89;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr10	38740347	rs368155982	C	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	38740353	rs2754385	T	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.65;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	38740382	rs2754386	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	42379801	.	C	G	101	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=147;MMLQ=15;MQ=44.57;NF=5;NR=4;PP=101;QD=15.085690283;SC=TTCCACTCGACTTGATTCCAT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=9;WE=42379809;WS=42379791;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	42379864	rs11523878	G	C	49.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr10	42905431	rs3004228	A	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=2;PP=387;SC=TTTCTTCTTTAGAAAATACCA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=42905439;WS=42905421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr10	42907201	rs2505860	G	A	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=48;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.336;SC=AATACAGGCCGTTGTTGTGTG;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=185;TCF=101;TCR=84;TR=110;WE=42907209;WS=42907191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,118:0.59:201
chr10	42907260	rs2505861	T	C	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=753;ReadPosRankSum=1.013;SC=CTGTTAGTAATGCTGTTATTA;SOR=0.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=64;WE=42907268;WS=42907250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
chr10	42920832	rs2505872	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=474;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CAAATCTGAAGATCAATTTGT;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=32;WE=42920840;WS=42920822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr10	42920884	rs2489720	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=400;ReadPosRankSum=2.891;SC=AACCTCTTTTCGCTGAAAGAA;SOR=0.699;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=32;WE=42920892;WS=42920874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr10	42924560	rs6143878	TCACCTTTGCTTGATATGATAATATAGTGCCAAGG	T	985.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=2954;ReadPosRankSum=2.360;SC=TTAAAAAAGCTCACCTTTGCT;SOR=0.950;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=14;WE=42924601;WS=42924550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr10	42926170	rs66977053	TGG	T	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.714;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-1.586;SC=GTGATTGAGTTGGGGTGAAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=42926179;WS=42926160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr10	42928605	rs2000380	T	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.998;NF=14;NR=6;PP=1024;ReadPosRankSum=1.830;SC=TATAGTTGACTCCAATTTCTT;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=20;WE=42928694;WS=42928591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr10	42928664	.	T	TA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=7.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-8.084;QD=0.79;ReadPosRankSum=-2.663;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,6:0.07:81
chr10	42928665	.	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=12.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-7.086;QD=0.86;ReadPosRankSum=-3.043;SOR=3.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,8:0.09:85
chr10	42928668	rs67090148	GGAGTCTATC	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=0.723;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.974;SOR=1.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,8:0.09:92
chr10	42928675	.	A	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.648;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=12.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-7.218;QD=0.62;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,8:0.09:88
chr10	42928683	.	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=16.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-6.807;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=3.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,8:0.08:98
chr10	42928702	.	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.957;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=5.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-7.903;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,16:0.15:108
chr10	42928709	.	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-8.234;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,18:0.16:110
chr10	42928719	.	AA	TG	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.051;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.311;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-8.756;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.076;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,20:0.17:118
chr10	42928729	rs377527495	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-9.077;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.745;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,22:0.18:122
chr10	42928737	.	TA	AG	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=4.601;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-9.061;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.934;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,23:0.19:120
chr10	42928759	rs75794730	G	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-8.644;QD=3.31;ReadPosRankSum=1.927;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,24:0.18:136
chr10	42928764	rs113163067	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-8.718;QD=3.17;ReadPosRankSum=2.633;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,24:0.17:138
chr10	42928790	.	G	A	577	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=73;MMLQ=19;MQ=54.93;NF=22;NR=33;PP=577;QD=11.1231129554;SC=TGAGTAAAATGCTCAGTAGAT;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=55;WE=42928798;WS=42928780;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:100,55:0.35:155
chr10	42928814	.	G	A	1399	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MMLQ=27;MQ=54.69;NF=15;NR=31;PP=1399;QD=31.1689394032;SC=TGAAGGGGAAGGGAAGTATAA;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=46;WE=42928834;WS=42928804;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:94,46:0.33:140
chr10	42928826	.	A	T	1399	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=65;MMLQ=26;MQ=54.61;NF=12;NR=28;PP=1399;QD=35.8442803137;SC=GAAGTATAAGATAAACTTATC;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=123;TCF=47;TCR=76;TR=40;WE=42928834;WS=42928804;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:83,40:0.33:123
chr10	42928842	rs4570532	A	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-9.645;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,15:0.16:95
chr10	42928845	.	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-9.540;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.972;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,15:0.16:93
chr10	42928851	.	CA	C	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=5;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.065;NF=0;NR=21;PP=2732;ReadPosRankSum=0.928;SC=TATACTTTTTCATTGGTTAAA;SOR=0.866;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=21;WE=42928893;WS=42928832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,13:0.15:84
chr10	42928858	rs371544593	T	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.309;NF=4;NR=18;PP=1528;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TTTCATTGGTTAAAATGTCAA;SOR=0.770;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=22;WE=42928893;WS=42928832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
chr10	42928869	.	ATTTT	A	230.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-6.862;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.692;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,10:0.18:55
chr10	42928874	.	T	TGA	239.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-7.218;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.371;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr10	42928879	.	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-6.725;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.742;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr10	42928885	.	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-6.346;QD=3.76;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr10	42941685	rs11455507	T	TA	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=0.789;SC=TCACTTCTGATAAAAATACCA;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=42941693;WS=42941675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	42949664	rs2490085	A	T	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=911;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CTCACCAGCTACAAAAGTCAC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=141;TCF=83;TCR=58;TR=67;WE=42949672;WS=42949654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,70:0.50:140
chr10	42949757	rs76723897	T	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-11.768;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,12:0.09:140
chr10	42949768	rs73251888	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-11.065;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.678;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,12:0.10:124
chr10	42949773	.	G	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-11.159;QD=0.96;ReadPosRankSum=2.343;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,10:0.08:126
chr10	42949782	.	G	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-10.886;QD=0.36;ReadPosRankSum=2.551;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,10:0.08:120
chr10	42949787	.	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-10.794;QD=0.44;ReadPosRankSum=2.460;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,10:0.08:118
chr10	42949789	.	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-10.700;QD=0.47;ReadPosRankSum=2.160;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,10:0.09:116
chr10	42949797	.	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-10.606;QD=0.61;ReadPosRankSum=1.714;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,10:0.09:114
chr10	42949811	.	C	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-10.073;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,10:0.10:103
chr10	42965636	rs1255411	C	T	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=19;PP=993;SC=TAAATCTCTCCGGGCTCTGGG;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=42965644;WS=42965626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	43089965	rs210280	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.368;NF=12;NR=6;PP=237;ReadPosRankSum=0.340;SC=CTCATTCCACGTGAGTCATAC;SOR=0.990;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=18;WE=43089973;WS=43089955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr10	43119123	rs158377	G	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CTGTTGGGAGGGGGGAATGAG;SOR=1.124;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=22;WE=43119131;WS=43119113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr10	43119159	rs158378	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=0.924;SC=GGCAATACAGTTTCTGTTTGA;SOR=1.999;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=17;WE=43119167;WS=43119149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr10	43132232	rs209387	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=-0.698;SC=ACAGAGATGGAGACACTGCGC;SOR=0.941;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=5;WE=43132240;WS=43132222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr10	43232450	rs702370	G	A	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=48;PP=2200;SC=ACCTTTTAATGTGAAAATGTG;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=123;WE=43232458;WS=43232432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	43280057	rs55869085	CTT	C	6051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=78;PP=2672;SC=TCCATTGATTCTTTTTTTAAA;SOR=1.094;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=8;TCR=83;TR=86;WE=43280066;WS=43280047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	43281089	rs7074877	T	C	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=873;ReadPosRankSum=-0.024;SC=AGAAGTTGACTGAGATCAGAG;SOR=0.755;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=75;WE=43281097;WS=43281079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,84:0.63:133
chr10	43292647	rs787795	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-1.016;SC=GAAGATTACAAGGAAGAAAAT;SOR=0.620;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=19;WE=43292655;WS=43292637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr10	43493050	rs193120735	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=1.655;SC=GGGGTAGGAGCGTGGCTTCTG;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=43493058;WS=43493040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr10	43572832	rs12267460	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-2.235;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr10	43572950	rs12246855	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	43572950	.	AA	GC	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=55;QD=54.2339374311;SC=GCGGCGGGCGAAGGGCAGGAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=43572959;WS=43572940;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	43572951	rs12246856	A	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	43595781	rs2565206	G	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=105;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GAGTGTTCATGTTCTCAGGAA;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=43595789;WS=43595771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr10	43595968	rs1800858	A	G	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=57;PP=2249;SC=TGGACCAGGCAGCCGGCACGC;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=120;WE=43595976;WS=43595958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	43596179	rs2435351	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CAGTAAGGGAGCCGCCCCAAC;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=19;WE=43596187;WS=43596169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr10	43600689	rs2435352	A	G	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.959;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=745;ReadPosRankSum=-1.979;SC=GTCTCCGGCCACAGTTCGTTT;SOR=0.374;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=48;WE=43600697;WS=43600679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr10	43604390	rs1864404	A	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=268;SC=CACCAGTGTGAGTGCAGGGCT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=43604398;WS=43604380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	43607756	rs3026750	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=382;SC=CCAGCCTGGGGTGGCTCTCCC;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=43607767;WS=43607746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	43607759	rs34827976	GC	G	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=507;SC=GCCTGGGGTGGCTCTCCCTGC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=43607767;WS=43607746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	43610119	rs1799939	G	A	3284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=80;PP=2091;ReadPosRankSum=0.315;SC=CTCCTCTTCCGGTGCCCGCCG;SOR=0.601;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=208;TCF=83;TCR=125;TR=135;WE=43610127;WS=43610109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,145:0.66:221
chr10	43613843	rs1800861	G	T	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=33;PP=1494;SC=CGAGTGAGCTGCGAGACCTGC;SOR=0.965;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=83;WE=43613851;WS=43613833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	43615633	rs1800863	C	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=304;ReadPosRankSum=-0.894;SC=AAGAGGATTCCTACGTGAAGA;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=23;WE=43615641;WS=43615623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr10	43620335	rs17158558	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=304;ReadPosRankSum=0.370;SC=CACCAGGTACCGCCTGATGCT;SOR=1.292;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=19;WE=43620343;WS=43620325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr10	43622217	rs2075912	T	C	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=71;PP=2668;SC=GCTGTCCCCTTTGCACTATCC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=71;TCR=71;TR=142;WE=43622225;WS=43622207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	43657811	rs2257767	T	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=379;SC=ATGGCCAGGTTGGGTGGGGGT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=43657819;WS=43657801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	43659536	rs2503865	C	T	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=50;PP=1421;SC=GAATTTAGAACGTTGTCAGCA;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=72;WE=43659544;WS=43659526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	43671378	rs61579799	GT	G	91.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	43694363	rs35825252	C	CA	1256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=951;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GCAGCTGTGACGGGGCTCAGG;SOR=1.000;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=24;WE=43694371;WS=43694353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr10	43695049	rs1254964	T	C	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=933;ReadPosRankSum=1.350;SC=CATCATCTAATTCCTGGGGCA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=60;WE=43695057;WS=43695039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,64:0.49:131
chr10	43698980	rs1254961	C	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=-0.788;SC=CCGCCGGTCCCGAGGCCATGC;SOR=1.739;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=11;WE=43698988;WS=43698970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr10	43883139	.	T	G	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=743;ReadPosRankSum=2.042;SC=TTTTACATCATCTTCTGATCC;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=51;WE=43883147;WS=43883129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,53:0.42:127
chr10	43883342	rs1126487	T	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=630;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TGGACACTTGTCAGGGTGGGT;SOR=0.638;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=43;WE=43883350;WS=43883332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr10	43932479	rs2244396	A	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=705;SC=GGGAGCAGCAAGGCTTCCGGA;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=43932487;WS=43932469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	43976983	rs12359980	T	C	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=45;PP=1535;SC=TGGACAGAAATGGTGTATTAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=43976991;WS=43976973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	43991255	rs9422519	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	44103923	rs3128239	G	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=372;SC=CACATCCCCTGAGCCCTCAGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=44103931;WS=44103913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	44104513	rs7342073	C	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=241;SC=TGCCCCCTCCCTTTGCTTTAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=44104521;WS=44104503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	44111806	rs10899839	G	A	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=47;PP=2209;SC=CATCTGTTCTGGGAGAGCGAA;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=124;WE=44111814;WS=44111796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	44112245	rs12354886	G	A	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=53;PP=1911;SC=GAAAGCCTTCGCTCAGAATGC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=113;WE=44112253;WS=44112235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	44793299	rs2505734	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=436;ReadPosRankSum=1.030;SC=TGTCCACTCTCGCTCAGCGTG;SOR=0.854;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=33;WE=44793307;WS=44793289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,37:0.34:109
chr10	44793355	rs56043323	G	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=886;ReadPosRankSum=-0.338;SC=ACTCCAAGGAGGAAAGAGAGA;SOR=0.511;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=57;WE=44793363;WS=44793345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,63:0.66:95
chr10	44868856	rs266091	A	C	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=71;PP=2287;SC=CCAGCTCCAGAAGGACAGCGG;SOR=1.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=112;WE=44868864;WS=44868846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	44871548	rs2297630	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr10	44873849	rs2839695	A	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=672;ReadPosRankSum=-0.951;SC=CAACGTGCACAGGTACAGGGC;SOR=1.114;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=40;WE=44873857;WS=44873839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr10	44873992	rs2839694	C	CCT	1221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.825;NF=15;NR=13;PP=970;ReadPosRankSum=0.938;SC=GTTAAGGCCCCCTCCCCCACG;SOR=0.836;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=28;WE=44874000;WS=44873982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr10	44874216	rs2236533	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=0.639;SC=ACAGGAGGAAGGCGCGGCTGC;SOR=1.134;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=16;WE=44874224;WS=44874206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr10	44880260	rs72790862	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=1.242;SC=AGCGCCCAGCTAAGCGAGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=44880268;WS=44880250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	45423282	rs10900131	C	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=236;ReadPosRankSum=0.109;SC=AGGAAGAAGACTCACTCCACA;SOR=1.371;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=12;WE=45423290;WS=45423272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	45430462	rs17417442	C	T	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=645;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CCTCCCTCGCCGAAGGTCTGG;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=48;WE=45430470;WS=45430452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr10	45466726	rs4948938	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=105;SC=TACTCACAGGGCCATCACCTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=45466734;WS=45466724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	45480230	rs138837221	C	G	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=879;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CATCACCCACCCTGCCATTCT;SOR=0.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=65;WE=45480238;WS=45480220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,71:0.70:101
chr10	45496120	rs12269028	A	T	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=81;PP=2965;SC=AAATCTCAAAATTTGTGGAAA;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=103;TCR=81;TR=184;WE=45496128;WS=45496110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
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chr10	45869700	rs72561472	G	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=1359;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CGAGGCTCCCGGCGCTCGCTG;SOR=0.572;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=35;WE=45869721;WS=45869690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr10	45869713	rs4987106	C	G	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=1359;ReadPosRankSum=1.098;SC=GCTCGCTGCTCCCGCGGCCCG;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=39;WE=45869721;WS=45869690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr10	45869748	rs4987105	C	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=863;ReadPosRankSum=0.205;SC=ACACGGTCACCGTGGCCACTG;SOR=0.718;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=68;WE=45869756;WS=45869738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,75:0.65:116
chr10	45869895	rs111916157	A	G	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.38;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr10	45869903	rs111528152	A	G	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.07;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr10	45877899	rs28395865	C	T	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1375;ReadPosRankSum=1.132;SC=CAGGAGACCACGCATGGCCTG;SOR=0.532;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=156;TCF=106;TCR=50;TR=85;WE=45877907;WS=45877889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,89:0.53:167
chr10	45891215	rs41526545	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=267;ReadPosRankSum=1.850;SC=CGGCATGGGCAGGGCATCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=17;WE=45891223;WS=45891205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr10	45924023	rs1565096	G	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=13;PP=631;SC=TTTTTGGTCCGTCTGCTGAGC;SOR=1.201;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=42;WE=45924031;WS=45924013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	45924256	rs1565097	T	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=365;SC=CTCAGTCCTCTGCGATCCAGG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=45924264;WS=45924246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	45935744	rs3780914	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=170;ReadPosRankSum=-0.884;SC=TTACCCCCTCCAGGCTCTTCT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=9;WE=45935752;WS=45935734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr10	45938746	rs1051713	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;ReadPosRankSum=2.173;SC=GCCCCTCCACCGCTAGCGCTG;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=28;WE=45938754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr10	45939136	rs7900977	T	C	5061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=78;PP=2965;SC=CCTGGGGTCCTCAGGGACTGG;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=176;WE=45939144;WS=45939126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	45953767	rs7908745	A	G	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1633;ReadPosRankSum=0.116;SC=CAGATTCCATATCCATGTTTA;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=108;WE=45953775;WS=45953757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,116:0.70:166
chr10	45958856	rs2291428	G	C	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CCAGCTCATGGAACCTGTGCA;SOR=0.764;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=76;TCR=85;TR=90;WE=45958864;WS=45958846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,97:0.55:177
chr10	45958881	rs2291429	A	C	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1401;ReadPosRankSum=0.039;SC=GCTGGCGCTCAAGCCGTGCGA;SOR=0.537;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=84;WE=45958889;WS=45958871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,88:0.55:159
chr10	46148326	rs7091141	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr10	46222724	rs10793625	C	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.605;NF=7;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=0.718;SC=GGTCCTCGGCCTGTGCTGGCA;SOR=1.426;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=9;WE=46222732;WS=46222714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	46960084	rs9422009	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-0.797;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,25:0.21:118
chr10	46963738	rs3127783	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.514;NF=28;NR=2;PP=469;ReadPosRankSum=0.319;SC=GAGCTCGTACAGCTCCTTCTG;SOR=0.122;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=30;WE=46963746;WS=46963729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr10	46963951	rs55945664	G	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=1.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.75;MQRankSum=-1.737;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,81:0.18:461
chr10	46964884	rs28468379	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-1.792;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,31:0.21:145
chr10	46965018	rs3127785	C	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=8.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,62:0.22:286
chr10	46965727	rs1889849	G	A	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=33;PP=1285;ReadPosRankSum=-0.153;SC=CCAGGCTCTCGGCCTCCAGGT;SOR=0.815;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=189;TCF=116;TCR=73;TR=92;WE=46965735;WS=46965706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,99:0.49:203
chr10	46965887	rs112965082	T	TG	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,27:0.25:109
chr10	46967672	rs2152530	C	T	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=80;PP=2078;ReadPosRankSum=1.798;SC=TTTTGTCCTCCGGGAACTTGT;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=296;TCF=131;TCR=165;TR=146;WE=46967680;WS=46967662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,158:0.50:315
chr10	46968674	.	AATCTC	A	1106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.642;NF=8;NR=10;PP=750;ReadPosRankSum=-0.923;SC=AGGGGCACCCAATCTCGGCCT;SOR=0.763;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=18;WE=46968686;WS=46968664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,34:0.31:111
chr10	46968762	rs3127790	C	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.781;NF=24;NR=28;PP=662;ReadPosRankSum=0.584;SC=GGTGGCAAGTCAATGGTGTGG;SOR=0.837;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=52;WE=46968770;WS=46968752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,55:0.39:142
chr10	46969496	rs3127792	A	G	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.000;NF=38;NR=64;PP=1513;ReadPosRankSum=-0.151;SC=TGCCTGGGAAAGCCACTCTCC;SOR=0.895;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=203;TCF=78;TCR=125;TR=102;WE=46969504;WS=46969486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,109:0.50:216
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chr10	46998719	rs201733825	GTCAC	G	961.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=1142;ReadPosRankSum=0.516;SC=CTGGTGTCTTGTCACTCACTG;SOR=0.394;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=47;TCR=1;TR=24;WE=46998730;WS=46998711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr10	46998795	rs3127677	A	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1041;ReadPosRankSum=0.692;SC=TGAACCTAGCACTGTGGGAGT;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=99;TCR=59;TR=80;WE=46998803;WS=46998785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,86:0.51:167
chr10	46998894	rs3127817	G	A	2904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.978;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=75;PP=1736;ReadPosRankSum=1.168;SC=AGCTCCAGCCGCCCCGAGCCG;SOR=0.943;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=265;TCF=120;TCR=145;TR=132;WE=46998902;WS=46998884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,141:0.50:280
chr10	46998995	rs4926045	C	G	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=0.185;SC=GAGGCCAGAGCTCCGCAAGAC;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=234;TCF=127;TCR=107;TR=114;WE=46999007;WS=46998985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,119:0.47:252
chr10	46998999	rs3127818	G	A	4974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=0.471;SC=CCAGAGCTCCGCAAGACTGCC;SOR=0.823;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=247;TCF=134;TCR=113;TR=123;WE=46999007;WS=46998985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,136:0.52:262
chr10	46999019	rs3127819	G	A	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.764;SC=CAGCAGCACCGTGTGGCAGGC;SOR=0.894;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=269;TCF=148;TCR=121;TR=139;WE=46999038;WS=46999009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,148:0.53:280
chr10	46999030	rs4925989	C	T	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=2.487;SC=TGTGGCAGGCCCAGCTGGGCG;SOR=0.583;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=139;TCR=121;TR=121;WE=46999038;WS=46999009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,125:0.46:269
chr10	46999151	rs3127820	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=974;ReadPosRankSum=-0.059;SC=AGGCCACTGGTGGAGCAGCAC;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=86;TCR=88;TR=67;WE=46999159;WS=46999141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,74:0.40:184
chr10	46999178	rs7090312	A	C	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.311;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=1.803;SC=CAATGTGTCCACCATGGGCGG;SOR=0.580;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=91;WE=46999206;WS=46999168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,95:0.53:178
chr10	46999189	rs3127678	C	T	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr10	46999190	rs3127679	A	G	5913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=63;PP=2962;SC=CATGGGCGGCAGTGACCTGTG;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=85;TCR=64;TR=145;WE=46999206;WS=46999168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr10	46999198	rs3127680	G	T	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=6.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,84:0.49:170
chr10	46999465	rs3127682	A	G	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1227;ReadPosRankSum=-1.629;SC=GTCAGTTGTCAGTGCCACCAC;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=191;TCF=87;TCR=104;TR=91;WE=46999473;WS=46999455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,94:0.46:203
chr10	46999484	rs11204658	G	T	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.678;NF=48;NR=51;PP=1369;ReadPosRankSum=0.305;SC=ACTAGACCTGGGGGACACAAC;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=99;WE=46999492;WS=46999474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,107:0.58:183
chr10	46999577	rs11204659	G	T	3154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.544;NF=43;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=0.385;SC=GCCCCCAGCTGCTCTACTCTG;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=81;WE=46999612;WS=46999567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,86:0.41:209
chr10	46999591	rs112620425	C	CATGAGGGAG	4725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.647;NF=13;NR=33;PP=2954;ReadPosRankSum=0.309;SC=TACTCTGTGGCATGAGGGAGG;SOR=0.675;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=126;TCF=46;TCR=80;TR=46;WE=46999612;WS=46999567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,117:0.58:202
chr10	46999596	rs7895979	G	A	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.28;MQRankSum=-4.493;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,90:0.40:226
chr10	46999604	rs3127683	A	G	9679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=82;PP=2962;SC=GAGGGAGGTGAGGGCTGGTGG;SOR=0.834;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=100;TCR=82;TR=180;WE=46999612;WS=46999567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	46999732	rs4579877	G	A	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=1915;ReadPosRankSum=0.086;SC=GGTTGTCTGGGGGGCTCCCTG;SOR=0.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=273;TCF=131;TCR=142;TR=130;WE=46999740;WS=46999722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,140:0.49:285
chr10	46999747	rs3127821	T	C	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=69;PP=1950;ReadPosRankSum=-2.300;SC=TCCCTGGGCATTCCCATTGCT;SOR=0.704;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=258;TCF=122;TCR=136;TR=134;WE=46999755;WS=46999737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,136:0.51:269
chr10	46999863	rs4445576	C	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.825;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,30:0.17:178
chr10	46999922	rs4926046	G	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=817;ReadPosRankSum=2.323;SC=CTGCAAGGCTGTGGCCACCAG;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=51;WE=46999930;WS=46999912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,53:0.37:143
chr10	47000004	rs3127822	T	C	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=62;PP=2692;SC=CTGGAGGAGGTGCCGTCCCCT;SOR=0.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=90;TCR=62;TR=152;WE=47000012;WS=46999994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	47000071	rs4244614	G	A	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=0.894;SC=ACGGAGCTGCGGTGGACCTGG;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=107;TCR=108;TR=118;WE=47000087;WS=47000061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,124:0.56:223
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chr10	47086915	rs59974223	C	T	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=55;ReadPosRankSum=-0.288;SC=TGGTCTTCATCGTCACTTCCT;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=379;TCF=202;TCR=177;TR=114;WE=47086923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,119:0.29:407
chr10	47086978	rs3740294	G	A	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,114:0.29:391
chr10	47087371	rs1048156	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.371;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,66:0.16:419
chr10	47087474	rs1129838	C	T	9344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=208;PP=2962;ReadPosRankSum=1.270;SC=GGGCTTCATCCTGGTCTGTTA;SOR=0.624;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=472;TCF=217;TCR=255;TR=383;WE=47087482;WS=47087464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,400:0.81:494
chr10	47087608	rs1936339	T	C	7788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=136;PP=2965;SC=TGGCCTTTGCTGTGCTCTGGC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=156;TCR=136;TR=291;WE=47087616;WS=47087598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr10	47087680	rs1048157	C	T	6045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.850;SC=CCATCTGCCACGGGAACCTCA;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=323;TCF=183;TCR=140;TR=247;WE=47087688;WS=47087670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,250:0.76:329
chr10	47087731	rs1048158	C	T	7580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.594;SC=CCTCCACCTGCGTCAACCCAT;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=409;TCF=225;TCR=184;TR=308;WE=47087739;WS=47087721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,322:0.75:430
chr10	47087830	rs1129839	G	A	6061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.217;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.801;SC=TGGAGGAGTCGGAGCATCTGC;SOR=0.548;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=322;TCF=126;TCR=196;TR=246;WE=47087838;WS=47087820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,256:0.76:336
chr10	47416908	rs3127728	A	G	4145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.299;NF=80;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.198;SC=GTTTACATCCATGTAGAATCA;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=416;TCF=157;TCR=259;TR=219;WE=47416916;WS=47416898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,196:0.49:403
chr10	47663227	rs4074141	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=259;ReadPosRankSum=0.462;SC=AGGCTGGGGGCGGGGCAGACA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=16;WE=47663235;WS=47663217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr10	47663461	rs4074140	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.900;SC=GGGTGGGCGTGGGAGTCCTTC;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=47663469;WS=47663451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	47664973	rs41284475	A	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=609;ReadPosRankSum=0.003;SC=CCAAAGCGGAAGAGTTGGGGT;SOR=0.484;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=43;WE=47664981;WS=47664963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr10	47667508	rs34058224	C	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=327;SC=TGCCGTCCCCCTGGTGGTCCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=47667516;WS=47667498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	47668720	rs72790466	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=0.909;SC=GGTAATTCCAAGCAGGTAACC;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=11;WE=47668728;WS=47668710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr10	47673858	rs7092598	TG	CA	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.901;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
chr10	47673864	rs57149643	C	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr10	47677955	rs6602879	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=344;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CCACAGGGTCAGCCCTGCATG;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=27;WE=47677963;WS=47677945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr10	47680257	rs11596494	G	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=349;ReadPosRankSum=0.156;SC=GGCCAGCTAGGGAGAGTGAGG;SOR=0.294;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=26;WE=47680265;WS=47680247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr10	47680513	rs10572939	GCC	G	986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=640;SC=ACATGTGACTGCCCCCCGTGA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=47680522;WS=47680503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	47681520	rs73291027	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=179;ReadPosRankSum=2.254;SC=TGGAGGCTGAGGCCCAGGAGG;SOR=0.746;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=13;WE=47681528;WS=47681510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr10	47681550	rs73291028	G	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=327;ReadPosRankSum=-0.869;SC=CCGGGTACAAGTTCACAGGCT;SOR=0.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=27;WE=47681558;WS=47681540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr10	47681757	rs75611076	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.173;NF=1;NR=12;PP=188;ReadPosRankSum=0.897;SC=TTCTGGTCCCGATATTGTCAC;SOR=1.449;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=13;WE=47681765;WS=47681747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr10	47682811	rs2999446	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=737;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CTCCACTCCCGCCTCCGCCCC;SOR=0.471;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=55;WE=47682819;WS=47682801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr10	47701275	rs10906952	G	A	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=90;PP=2729;ReadPosRankSum=0.751;SC=TCAGGCACACGGCAGAACCCC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=123;TCR=142;TR=166;WE=47701283;WS=47701265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,164:0.62:266
chr10	47701302	rs7091749	G	C	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=81;PP=2394;ReadPosRankSum=0.596;SC=CACTCCCCCCGTCAGAGCCCA;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=224;TCF=103;TCR=121;TR=144;WE=47701310;WS=47701285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,145:0.64:226
chr10	47756004	rs3013885	T	C	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.29;QD=28.00;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	47756065	rs77623921	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=4.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.97;MQRankSum=2.179;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.400;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,25:0.19:134
chr10	47756145	rs200192962	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.311;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.909;NF=5;NR=27;PP=477;ReadPosRankSum=-2.726;SC=ATCTGGACTCTGGCTCCTCTG;SOR=2.613;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=32;WE=47756153;WS=47756135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr10	47915898	rs183064568	A	G	217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.47;QD=16.75;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	48370595	rs11204210	G	A	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=698;ReadPosRankSum=0.040;SC=TGGCAGCTGGGAAGGGAGCCC;SOR=0.778;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=53;WE=48370603;WS=48370585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,54:0.48:112
chr10	48370747	rs35618062	C	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=689;ReadPosRankSum=1.253;SC=GTGGGCAGTGCGGAGCTGGCA;SOR=0.813;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=38;WE=48370755;WS=48370737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr10	48371277	rs3814160	C	T	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=1909;ReadPosRankSum=1.871;SC=GGCCCAGGTGCCCCCACCCTC;SOR=0.533;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=216;TCF=117;TCR=99;TR=120;WE=48371285;WS=48371267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,123:0.54:229
chr10	48386110	rs2070706	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.056;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=142;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GCAGGCGCCATGGGAAATATT;SOR=1.663;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=13;WE=48386118;WS=48386100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr10	48390041	rs2376635	C	T	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=74;PP=2304;ReadPosRankSum=0.710;SC=ACACGGGCACCGTGAAGAAGA;SOR=0.803;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=310;TCF=166;TCR=144;TR=169;WE=48390049;WS=48390031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,185:0.56:332
chr10	48414570	rs7923671	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=0.351;SC=GTCTGTTTCCATGACACTGAA;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=20;WE=48414578;WS=48414560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr10	48416274	rs12252199	C	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=801;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TGGCCAGTGGCCTCCACCCTG;SOR=0.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=42;WE=48416282;WS=48416264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr10	48426798	rs743509	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=211;ReadPosRankSum=0.274;SC=ACCTCAGCTCCGCCCTCACCC;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=14;WE=48426806;WS=48426788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr10	48429650	rs2236723	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=20;PP=536;SC=AGGAGCAAACGCCCACCGATC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=48429658;WS=48429640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	49392575	rs931743	C	G	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=16;PP=1070;SC=AACAGGGGAGCCTCTTAAGCT;SOR=1.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=52;WE=49392583;WS=49392565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	49393002	rs2062704	C	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=1.900;SC=TTATTTCCCTCATATCACACA;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=12;WE=49393010;WS=49392992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr10	49420008	rs1864345	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CTCAAGAACTTCAGCTCAGCA;SOR=0.511;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=9;WE=49420016;WS=49419998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr10	49420205	rs72792229	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=0.589;SC=GGCCGGGGGACTCTGAGAGGA;SOR=0.623;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=14;WE=49420213;WS=49420195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr10	49440346	rs6537556	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=282;ReadPosRankSum=0.056;SC=AAAACAACAACAGTATCAATT;SOR=0.675;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=29;WE=49440354;WS=49440336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,31:0.28:110
chr10	49446204	rs905184	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr10	49450443	rs280612	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=599;SC=CAGAGCTGCCACTACGAGGCC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=49450451;WS=49450433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	49609578	rs3730154	C	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=251;SC=ACTATCAGTACGTAAACAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=49609586;WS=49609568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	49633873	.	T	TAC,TACAAGAATACATTCTTGTAA	355.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=766;ReadPosRankSum=0.377;SC=GTAATATGAATATGACTAATG;SOR=0.223;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=2;WE=49633886;WS=49633863;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.53:17
chr10	49633875	.	T	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.41;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr10	49633876	.	GACT	G	184	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=184;QD=105.0;SC=ATATGAATATGACTAATGTAT;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=2;WE=49633886;WS=49633863;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,2:0.15:13
chr10	49633877	.	A	AATACATT	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.99;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr10	49633879	.	T	TTGTAAATG	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.57;ReadPosRankSum=0.884;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr10	49654342	rs1051508	C	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.884;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr10	49654403	rs1051507	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=446;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GACCAGCAGACGTGGTACAGA;SOR=1.341;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=24;WE=49654411;WS=49654393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr10	49658248	rs1867585	G	A	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=20;PP=1181;SC=CCAAGAGCACGGCTCTCCCTG;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=49658256;WS=49658238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	49659559	rs10776601	C	T	4985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=80;PP=2965;SC=GGCTGCCCCACGTCACCCCTC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=87;TCR=80;TR=167;WE=49659567;WS=49659549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr10	49659637	rs3827681	T	C	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=46;PP=2367;ReadPosRankSum=1.390;SC=GGACAGGGAATAGAGCCATCT;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=68;WE=49659652;WS=49659627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr10	49659644	rs72796303	A	G	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=1848;ReadPosRankSum=-1.490;SC=GAATAGAGCCATCTTTCCTGT;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=54;WE=49659652;WS=49659627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr10	49659691	rs115507432	C	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=246;ReadPosRankSum=-0.823;SC=ACACAATGCACCCCGCCCACC;SOR=0.653;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=20;WE=49659699;WS=49659681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr10	49661341	rs7092959	A	G	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=16;PP=1095;SC=TACACCTCCCACTTACCTTCC;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=49661349;WS=49661331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	49662884	rs11101327	A	G	182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=4;PP=179;SC=TCCCCCACCCAAGCAGGATGC;SOR=1.085;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=10;WE=49662892;WS=49662874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	49663184	rs72796308	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.916;SC=TGTGCTGTGGGGGGGAAGAGG;SOR=1.781;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=4;WE=49663192;WS=49663174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr10	49667713	rs1867575	G	A	4461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=61;SC=CCTTACCCCCGATCACAAGCT;SOR=0.897;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=152;WE=49667721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	49667795	rs3853761	T	C	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=69;PP=1993;SC=TGGCCTGGCCTGGCATGCGGA;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=128;WE=49667803;WS=49667785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	49687556	rs4240511	A	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=5;PP=483;SC=CTGCTGTGAGAAGCACAGGAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=49687564;WS=49687546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	49687594	rs4838601	G	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=13;PP=556;SC=AGTGAGCAGGGTCTTTGGGGC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=49687602;WS=49687584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	49687800	rs4080665	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=331;ReadPosRankSum=0.696;SC=CCCGCTCCCCGGCACCACCTG;SOR=0.412;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=19;WE=49687808;WS=49687790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr10	49687964	rs4240513	A	C	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=44.38;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	49687971	rs4240514	T	C	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=43.17;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	49688014	rs4838602	C	A	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=67;PP=2775;SC=TTTTTCCCTTCGTCTCACTTT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=136;WE=49688022;WS=49687992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	49690351	rs1445157	T	C	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=68;PP=2965;SC=GTTCATTCTTTTGCATATGCA;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=173;WE=49690359;WS=49690341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	49701384	rs11812546	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=397;ReadPosRankSum=-2.146;SC=ACCTGGTTGCGGCCACCAAAC;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=28;WE=49701392;WS=49701374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr10	49701445	rs9663545	C	T	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=662;ReadPosRankSum=-2.810;SC=CCAGCCTGGTCCTCACAGCCT;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=46;WE=49701453;WS=49701435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr10	49732141	rs7089439	C	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr10	49763418	rs6143892	GAGGAGTGTCACGA	G	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=1605;ReadPosRankSum=0.319;SC=GCTCCTGCGGGAGGAGTGTCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=49763438;WS=49763408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	49763618	rs1838570	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=423;ReadPosRankSum=1.306;SC=CAAACACAAACACAGGGAGCA;SOR=0.492;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=34;WE=49763626;WS=49763608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr10	49763677	rs1838569	A	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=494;ReadPosRankSum=0.908;SC=TGGAGAGGAGAGGTTAGGACC;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=20;WE=49763698;WS=49763667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr10	49763690	rs1838568	G	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=494;ReadPosRankSum=1.585;SC=TTAGGACCTGGGGCCCTCCAG;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=16;WE=49763698;WS=49763667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr10	49763709	rs1445148	T	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.36;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	49763717	rs7098068	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.38;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	49790972	rs2289808	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=625;ReadPosRankSum=-0.584;SC=ACGATGCCCACGGCACACCGG;SOR=1.410;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=44;WE=49790980;WS=49790962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr10	49804554	rs10776627	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=765;SC=CCTCACTGAGAGGTGGAGTGT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=49804562;WS=49804544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	49804785	rs10745280	T	G	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=55;PP=1795;SC=CCCATTCTGGTGTCTCTCTCG;SOR=1.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=82;WE=49804793;WS=49804775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr10	49860258	rs2377614	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=361;ReadPosRankSum=0.195;SC=TTTCCCACATAGAACATAAAA;SOR=0.727;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=26;WE=49860266;WS=49860248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr10	49929491	rs10857625	A	C	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.107;SC=GGGTGGTGGCATATCCCAAGA;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=66;WE=49929499;WS=49929481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr10	49939077	rs2377628	T	A	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=13;PP=1064;SC=TGGCATGCCCTCTTAGTAATG;SOR=2.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=58;WE=49939085;WS=49939067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr10	49944249	rs4838645	C	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=816;SC=TATTAGGTAGCGTCAGGTGCT;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=49944257;WS=49944239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	49944268	rs41282001	T	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=-0.757;SC=CTGTAACAAATAAATCCCATA;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=16;WE=49944276;WS=49944258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr10	49983890	rs1871604	G	T	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=68;PP=2011;SC=TTAATGGGAAGTAAAAGATGA;SOR=2.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=94;WE=49983898;WS=49983880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	50025396	rs7097397	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=592;ReadPosRankSum=0.908;SC=CCAGCGTGGCGAGCCCCGGAG;SOR=0.574;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=90;TCR=70;TR=55;WE=50025404;WS=50025386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,60:0.35:173
chr10	50025604	rs12264297	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=1.294;SC=GCTTGGATAACCATCCTTTTT;SOR=1.061;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=11;WE=50025612;WS=50025594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr10	50031145	rs11101515	A	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.138;NF=34;NR=18;PP=742;ReadPosRankSum=0.020;SC=ATGTAGGTGTATGTATGTGCA;SOR=0.669;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=74;TCR=42;TR=52;WE=50031153;WS=50031135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr10	50031212	rs113439641	CT	C	1071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=7.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.784;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.956;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,57:0.63:90
chr10	50038800	rs3747874	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TGGTGGCACAAAGGCAGCAGA;SOR=0.701;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=22;WE=50038808;WS=50038790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr10	50040722	rs12761517	C	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=866;ReadPosRankSum=-0.647;SC=GATGCCCGGGCGGCAGGCCAA;SOR=0.801;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=151;TCF=55;TCR=96;TR=60;WE=50040730;WS=50040712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,62:0.39:158
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chr10	50108145	rs2671693	G	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=318;SC=TCAAAAGGACGACCCAGGAAG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=50108153;WS=50108135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr10	50109902	rs2663046	G	A	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=52;PP=882;SC=GACACCCTCAGTCTAAGGTAA;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=50109910;WS=50109885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	50110015	rs7068839	A	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=0.605;SC=CATGCCCAACAGTTTCCCTCA;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=50110023;WS=50110005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr10	50121425	rs12774010	G	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=518;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TCAGGGTCAGGTTCCAAGTCA;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=30;WE=50121433;WS=50121415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr10	50121454	rs41302987	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=509;ReadPosRankSum=-0.924;SC=CTTCCCAGGAGTCCTTGGCCA;SOR=0.993;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=38;WE=50121462;WS=50121444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr10	50121721	rs35986885	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=600;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AGATGCTCACGGGGATGTTGT;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=44;WE=50121729;WS=50121711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr10	50121760	rs41283291	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=593;ReadPosRankSum=0.475;SC=GCCCTACCTCGTGGAGCTCCT;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=42;WE=50121768;WS=50121750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr10	50121784	rs10776653	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=620;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GGGCCCCCAGTGTGGTGGGCA;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=46;WE=50121792;WS=50121774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr10	50122109	rs17772611	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CAAGTCAAGGCGCTTTTTCCC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=19;WE=50122117;WS=50122099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr10	50149674	rs2671717	A	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=414;SC=GGGTGGGGCAAGAAGAGCTGG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=50149682;WS=50149664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	50154768	rs2663066	A	T	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=6;PP=1130;SC=TGAATGTTTTACTTTAGGTCT;SOR=3.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=48;WE=50154776;WS=50154758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	50155036	rs113307003	T	TAC	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	50165128	rs3829206	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=3;PP=696;SC=GCCAGCAGGAGGGTGCCAGTG;SOR=3.321;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=50165136;WS=50165118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	50167621	rs10776660	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=500;SC=GGCAGAGAAGATTGAAAGCAG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=50167629;WS=50167611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	50167952	rs4317902	C	G	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=81;SC=GGGCCAGTGACCAGCACTGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=50167960;WS=50167942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	50184949	rs2271565	C	T	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=34;PP=1744;SC=CCATAACCTGCTGCTGCCTGA;SOR=1.214;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=89;WE=50184957;WS=50184939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	50186415	rs2292584	C	T	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=67;PP=1985;SC=GAGGAGCCCCCGGCTCAGCCT;SOR=1.266;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=115;WE=50186423;WS=50186405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	50190923	.	G	GA	138	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.9998;HP=11;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=1;NR=13;PP=138;QD=10.5;SC=CTATTGCACTGAAAAAAAAAA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=50190931;WS=50190913;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,14:0.70:20
chr10	50227785	rs1913525	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=13;PP=584;SC=TCAGCTCCAGTTCGGCATAGG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=50227793;WS=50227775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	50227870	rs1913524	C	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=13;PP=383;SC=ACCACAGGAGCTCTACATCAC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=50227878;WS=50227860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	50227927	rs1913523	C	A	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=7;PP=204;SC=TGGGATTCAGCGAGGGATAAG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=50227935;WS=50227917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	50339754	rs73302786	G	T	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=39;PP=1586;ReadPosRankSum=1.154;SC=CCAGCTGTTGGTCATGTGCTT;SOR=0.832;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=203;TCF=128;TCR=75;TR=110;WE=50339762;WS=50339744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,121:0.54:226
chr10	50339962	rs75297145	A	T	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=840;ReadPosRankSum=0.675;SC=GCAGCACTCCAGCAGGTCTAT;SOR=0.725;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=52;WE=50339970;WS=50339952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr10	50342079	rs7097375	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=-1.372;SC=GCTCCCCATGGTCGCTAAGAT;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=14;WE=50342087;WS=50342069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr10	50374819	rs9418839	T	C	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=1187;ReadPosRankSum=1.748;SC=GGCTCTGCGCTTGTGGGTTCA;SOR=0.409;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=65;WE=50374827;WS=50374809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,73:0.63:115
chr10	50376106	rs2466756	A	C	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.043;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=880;ReadPosRankSum=-1.966;SC=CCATGTACCCACCAGGAGCAC;SOR=1.147;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=56;WE=50376114;WS=50376096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr10	50531549	rs56206226	G	T	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.225;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=2351;ReadPosRankSum=1.455;SC=CCTCCTGAGCGCACAGTCTCT;SOR=0.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=129;WE=50531557;WS=50531539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr10	50531604	rs7093235	T	C	4251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	50531604	.	TGC	CGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=40;NR=50;PP=2947;QD=20;SC=AGAACAGACTTGCAGCAGGGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=90;WE=50531614;WS=50531594;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr10	50531606	rs55780106	C	A	4251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	50531972	rs45554335	A	C	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=143;NR=138;PP=2965;SC=GATTCAGCAGACAGCCAGCCA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=143;TCR=139;TR=281;WE=50531980;WS=50531962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr10	50532683	rs7921186	T	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=23;PP=1150;SC=CAGAAATTCTTCCCAGGGCCC;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=50532691;WS=50532673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	50533237	rs12217617	G	A	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=93;PP=2965;SC=GTCCTTGGAGGACTCCCTCAG;SOR=1.078;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=73;TCR=95;TR=166;WE=50533245;WS=50533227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	50533617	rs2377940	T	C	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=85;PP=2965;SC=TACCCGAGGGTGACATAGAAG;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=115;TCR=86;TR=200;WE=50533625;WS=50533607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	50534862	rs12411843	T	C	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=61;PP=1607;SC=TCTCCACTGATGACCTAGAGG;SOR=1.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=101;WE=50534870;WS=50534852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	50535186	rs71500272	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.43;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	50598420	rs56114955	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=317;SC=AAGAGAGCTCTTTGGAAAGAT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=50598428;WS=50598410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	50667105	rs2228529	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=1.279;SC=AGAAGCTTCCTGCAGGTGCCC;SOR=0.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=23;WE=50667113;WS=50667095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr10	50678369	rs2228527	T	C	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TTGGCGTCTCTGCAATGCTTA;SOR=0.947;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=278;TCF=130;TCR=148;TR=103;WE=50678377;WS=50678359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,114:0.38:300
chr10	50678717	rs2228526	T	C	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,88:0.35:253
chr10	50681033	rs2229760	G	A	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=874;ReadPosRankSum=-1.506;SC=CACCTAAGCCGCCCACCCGCG;SOR=0.630;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=64;WE=50681041;WS=50681023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,74:0.70:106
chr10	50691037	rs4253165	C	T	63.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=42;SC=TTGGTACTCTCCAAAACATAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=50691045;WS=50691027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	50691360	rs4253162	T	C	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=40;PP=2289;SC=TCTTCTCCACTTGGAAATCTC;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=115;WE=50691368;WS=50691350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	50701156	rs4253132	G	A	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=22;PP=1298;SC=CTGAAATATTGTGTTACCTTT;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=50701164;WS=50701146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	50723684	rs4253073	G	A	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=75;PP=2934;SC=TGTAAGACCAGTTCGAAACAG;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=83;TCR=75;TR=158;WE=50723692;WS=50723674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	50724016	rs4253072	C	T	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=88;PP=2923;SC=CAGTGGAACTCTGTCAATGTG;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=71;TCR=88;TR=159;WE=50724024;WS=50724006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	50732139	rs4253047	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=685;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CACTTTCCGACCTCCTCCTCC;SOR=1.037;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=48;WE=50732148;WS=50732128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr10	50740876	rs2228524	G	C	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=79;PP=2965;SC=AACGAAAGGAGAGGTACTCCT;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=104;TCR=79;TR=183;WE=50740884;WS=50740866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr10	50818762	rs1880675	C	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=710;SC=CGGAGGCGTCCTCGGAAGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=50818770;WS=50818752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	50820345	rs8187730	C	A	6917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=106;PP=2965;SC=CCTTTTGATGCGTGCGAGGAC;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=123;TCR=106;TR=229;WE=50820353;WS=50820335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr10	50822192	rs7903315	G	C	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=143;SC=GGTAGATTCTGGGGGCCGGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=50822200;WS=50822182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	50822226	rs7923716	T	G	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=1;PP=81;SC=GGCGGGGAGCTGGGGAAGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=50822234;WS=50822216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	50824117	rs1880676	G	A	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=48;PP=1392;ReadPosRankSum=1.456;SC=GGAATGCAGAGATGAAGCACT;SOR=0.726;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=106;WE=50824125;WS=50824107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,116:0.63:183
chr10	50824619	rs3810950	G	A	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=46;PP=1339;ReadPosRankSum=1.552;SC=CCGTAAGATGGCAGCAAAAAC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=98;WE=50824627;WS=50824609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,108:0.61:177
chr10	50828506	rs1880677	G	A	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=52;PP=2777;SC=GACTGTTTGGGGGGATGTGAC;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=90;TCR=52;TR=142;WE=50828514;WS=50828496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	50833839	rs868750	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=-1.137;SC=TCCAAAGTGGGGCCCCTACTT;SOR=0.481;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=15;WE=50833847;WS=50833829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr10	50856652	rs4838544	G	A	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=29;PP=911;SC=GCTCAAGCACGTGTGAGTCTG;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=50856660;WS=50856642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	50856772	rs10580502	TAC	T	156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	50857835	rs1917813	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=327;ReadPosRankSum=0.626;SC=TGTAGTCAAATTAAAGGAGAG;SOR=0.826;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=16;WE=50857843;WS=50857825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr10	50863083	rs12264845	A	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=19;PP=910;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTTCTTTCCGAGTTTATGATT;SOR=1.046;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=127;TCF=88;TCR=39;TR=68;WE=50863091;WS=50863073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,71:0.53:134
chr10	50863147	rs8178992	T	C	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=101;PP=2965;SC=GCAGGCTCCATCGAAGACTGG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=110;TCR=101;TR=211;WE=50863155;WS=50863137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	50863565	rs7076926	C	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=38;PP=1060;SC=ATGGGCACCACGGCATAAGAC;SOR=2.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=50863573;WS=50863555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	50863623	rs7094421	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TGGCAAGGCCACTTCACCACT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=50863631;WS=50863613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	50887651	rs1153781	G	C	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=42;NR=19;PP=891;SC=GGCCCCGCCCGGCGCGTAGCG;SOR=1.276;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=61;WE=50887659;WS=50887641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	50901809	rs1153797	T	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=408;SC=CTCCTTTTCTTTCCTTCCCAG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=50901817;WS=50901799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	50901938	rs1133837	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=280;ReadPosRankSum=0.974;SC=ACTTGGAGTTCGGTAAGCCCT;SOR=0.740;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=24;WE=50901946;WS=50901928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr10	50902469	rs2278561	T	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=318;ReadPosRankSum=-0.271;SC=TAGTTAACATTTTACCAGCCC;SOR=1.172;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=24;WE=50902477;WS=50902459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr10	50902684	rs1055421	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=307;ReadPosRankSum=0.573;SC=GTCGGCACAACAGCAGCTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=24;WE=50902692;WS=50902674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr10	50916484	rs1258236	A	G	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=29;PP=1707;SC=CAGCCCGTGTAGGATGAAAGT;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=50916492;WS=50916474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	50916542	rs4838554	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=626;ReadPosRankSum=-1.422;SC=CTGACTTGTACTGTATTGGCC;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=48;WE=50916550;WS=50916532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,53:0.36:147
chr10	50916834	rs6537550	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.366;SC=CAAACCCAACGTGATTCTCCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=50916842;WS=50916824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	50943186	rs1258256	C	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=685;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AGCCCCTCTCCTGGGCAGGAG;SOR=0.186;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=45;WE=50943194;WS=50943176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr10	50944009	rs1258257	T	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=403;SC=ATGGGACAGATGGAGCCAGGA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=50944017;WS=50943999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	50944613	rs1258258	C	T	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=939;ReadPosRankSum=-0.344;SC=CCCAGAGGGGCTGGGGCAGCT;SOR=0.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=59;WE=50944621;WS=50944603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr10	50947918	rs1258259	A	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=593;SC=CTTGCTGCACACAGTCACCAA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=50947926;WS=50947908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	50952851	rs1268723	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=493;ReadPosRankSum=0.433;SC=CGCAGCCAGACGCCCAGTCCA;SOR=1.133;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=28;WE=50952859;WS=50952841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr10	50960209	rs1258184	G	A	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=1217;ReadPosRankSum=0.918;SC=CCCGCAGAGAGAGGGTGTTTT;SOR=0.478;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=80;WE=50960217;WS=50960199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,92:0.60:153
chr10	51027585	rs74418277	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=-0.315;SC=AAGTATGTAATTGAAAAAACC;SOR=0.600;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=30;WE=51027593;WS=51027575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,33:0.29:115
chr10	51124153	rs2664655	T	G	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.005;NF=17;NR=44;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.084;SC=ACAAGCTTCCTACTACCTCCC;SOR=0.375;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=118;TCF=30;TCR=88;TR=61;WE=51124161;WS=51124143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr10	51537292	rs4131357	C	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=360;ReadPosRankSum=1.034;SC=ACAATAGAGTCTTTTAATCTA;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=24;WE=51537300;WS=51537282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr10	51539745	rs35494443	AC	A	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=183;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TGAACTTGCTACCCCCAATAG;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=51539753;WS=51539735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr10	51539762	rs10763588	G	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=244;ReadPosRankSum=-0.957;SC=ATAGAGAATTGACTCCCTCAT;SOR=0.776;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=13;WE=51539770;WS=51539752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	51540291	rs11006274	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=1.006;SC=CTGTGGGATCTCCCGCATGAA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=16;WE=51540299;WS=51540281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr10	51549496	rs10993994	T	C	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=596;ReadPosRankSum=0.355;SC=TTCCCAATGATGTCGAATGCG;SOR=0.629;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=146;TCF=78;TCR=68;TR=61;WE=51549504;WS=51549486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,70:0.41:169
chr10	51549545	rs4935176	G	T	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=77;PP=2425;SC=ATGCAGCTTTGCCTGGATGTA;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=137;WE=51549553;WS=51549535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	51573474	rs72795888	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.795;QD=12.95;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr10	51582894	rs41306524	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=307;ReadPosRankSum=0.208;SC=CCAGCACCGACCCCCAGGACT;SOR=1.088;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=22;WE=51582902;WS=51582884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr10	51592727	rs72797707	C	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=360;ReadPosRankSum=0.903;SC=CACGGTGGCTCAGGTAATCCC;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=20;WE=51592735;WS=51592717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr10	51620499	rs78584401	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.34;MQRankSum=-1.726;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	51623004	rs201547968	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.83;MQRankSum=-5.373;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr10	51623024	rs146205287	A	C	992.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.044;HP=9;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.305;NF=39;NR=13;PP=1437;ReadPosRankSum=1.888;SC=GAAAAAAAAAACAACAACATA;SOR=1.139;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=52;WE=51623032;WS=51622994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr10	51623052	rs143647852	C	CT	3154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.92;MQRankSum=-8.663;QD=21.76;ReadPosRankSum=1.124;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,77:0.53:145
chr10	51623061	rs115719811	G	A	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.692;NF=53;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=0.151;SC=ACTTAGTGTAGACGCAAGAAC;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=124;TCR=77;TR=87;WE=51623069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,91:0.55:164
chr10	51623147	rs373071373	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.48;MQRankSum=-5.124;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr10	51623174	rs141118546	C	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQRankSum=-2.780;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr10	51623866	rs374725846	A	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	51631812	rs200391397	A	G	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=3.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQRankSum=-9.055;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,91:0.40:229
chr10	51632906	rs146420399	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.01;MQRankSum=-1.981;QD=15.97;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	51632971	rs200644678	A	G	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQRankSum=-8.566;QD=9.24;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,72:0.49:146
chr10	51633027	rs115081809	T	C	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.207;NF=61;NR=70;PP=1409;ReadPosRankSum=-1.088;SC=AGTAACTATTTGGGTAGGTAG;SOR=0.721;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=293;TCF=126;TCR=167;TR=131;WE=51633035;WS=51633017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,101:0.47:215
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chr10	51974685	rs201931325	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.34;QD=25.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr10	52088004	rs12358176	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=-1.419;SC=ACATTCTTTCCCTCTCTACCT;SOR=0.518;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=7;WE=52088012;WS=52087994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr10	52103707	rs10763354	A	G	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=28;PP=1050;SC=GCCGCTGCCCATTGTCAGAGG;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=52103715;WS=52103697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	52576068	rs4245008	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=483;ReadPosRankSum=0.995;SC=AAATATCAACGCGAGATGATA;SOR=1.308;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=28;WE=52576076;WS=52576058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr10	52603659	rs10821877	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=1.383;SC=CAGCCACTGACCAAGAAGGCT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=52603667;WS=52603649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	52610352	rs71457593	T	TTG	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.001;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=613;ReadPosRankSum=2.002;SC=CAAAAAGCATTTGTGTGTGTG;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=16;WE=52610360;WS=52610342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr10	52751088	rs35361017	C	CGCT	1284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.60;QD=37.79;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	53227474	rs45615337	C	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=555;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TTTCCCTCCTCCTTTTTAGAT;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=78;TCR=37;TR=44;WE=53227482;WS=53227464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr10	53458304	.	C	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.292;SC=CCACGTGGGTCATTTGGAGCA;SOR=0.861;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=208;TCF=114;TCR=94;TR=79;WE=53458312;WS=53458294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,83:0.36:228
chr10	53667443	rs10823860	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=0.719;SC=TAAAAAATTTCTAAGCTCTGG;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=15;WE=53667451;WS=53667433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr10	53667476	rs7081919	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=0.042;SC=ATTTGGCTTCGTATAGAAAGC;SOR=0.191;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=53667484;WS=53667466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr10	53814229	rs1904010	G	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.084;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=310;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TTTTCTTATTGTTTCTACTTT;SOR=1.586;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=21;WE=53814237;WS=53814219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr10	53814383	rs12778630	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=397;ReadPosRankSum=-1.186;SC=TTAGTAACTCCAGTAGGAACA;SOR=0.669;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=38;WE=53814391;WS=53814373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,37:0.37:101
chr10	53841337	rs1904024	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=13;PP=858;SC=AATACTTACCATATGCCATGT;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=53841345;WS=53841327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	53841639	rs5784902	AG	A	238.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=278;SC=TCCTGACAATAGGGGTCTCAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=53841647;WS=53841629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	53893539	rs17642863	A	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=0.377;SC=ATTAATCACAATGGACACTGT;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=7;WE=53893547;WS=53893529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr10	53921754	rs10824173	C	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=281;SC=ATTTTGATTGCAAAATGATTT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=53921762;WS=53921744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	54040717	rs7912782	G	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=999;ReadPosRankSum=0.070;SC=CGTGCTTTCTGCCCTGCAGAT;SOR=0.402;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=147;TCF=56;TCR=91;TR=72;WE=54040725;WS=54040707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,75:0.48:157
chr10	54074757	rs2241529	A	G	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=921;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GAGGGGACGCAGGCGTGCAAA;SOR=0.916;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=69;WE=54074765;WS=54074747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,76:0.63:121
chr10	54076271	rs1569198	A	G	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=1166;ReadPosRankSum=1.383;SC=TGCAGGTTTAACAGTAACTAT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=63;WE=54076279;WS=54076261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr10	54528266	rs930507	G	C	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=1353;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GAGAGAAGGTGAGCCCTAAAA;SOR=0.234;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=68;WE=54528274;WS=54528256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr10	54528298	rs930508	G	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=36;PP=1276;SC=GGGTGAAACTGACTCATCCTT;SOR=1.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=54528306;WS=54528288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	54528353	rs930509	C	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=599;SC=TTCTAGAGTACAGTTGCCGGA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=54528361;WS=54528343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	54530636	rs1982266	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=13;PP=355;SC=CTCAGGAGAAAGGAGACCTTG;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=54530644;WS=54530626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr10	55568972	rs11003863	T	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=628;ReadPosRankSum=0.117;SC=GAACTCAGACTCTTCTTCACT;SOR=0.739;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=35;WE=55568980;WS=55568962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr10	55587034	rs10740555	A	G	350.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5272;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=272;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TCTTGAAAATAATAGAATAAA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=13;WE=55587042;WS=55587024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr10	55588137	rs4570494	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-1.365;SC=TTTCACATTTGTGCAAGTTAC;SOR=0.602;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=6;WE=55588145;WS=55588127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr10	55590850	rs10825117	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=334;ReadPosRankSum=-0.679;SC=GAAAGAGACCGAATTAGAATC;SOR=1.445;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=19;WE=55590858;WS=55590840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr10	55590942	rs66893390	TAGAC	T	2659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=2867;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TGGTACGAGATAGACAGACAG;SOR=0.545;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=37;WE=55590958;WS=55590932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr10	55590950	rs77597438	C	T	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=2855;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GATAGACAGACAGATAAAGCA;SOR=0.525;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=62;WE=55590958;WS=55590932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,72:0.61:119
chr10	55591313	rs7089209	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TAGATAAATAGTAAAATTAAT;SOR=0.283;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=12;WE=55591321;WS=55591303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr10	55617177	rs7083307	T	C	45.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TTTAATTATATGATCTACACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=55617185;WS=55617167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	55626367	rs10825135	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=347;ReadPosRankSum=-0.110;SC=CTAGTATCGTAGCTACTTCCC;SOR=0.425;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=18;WE=55626375;WS=55626357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr10	55663198	rs10740559	A	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.72;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr10	55663202	rs2593124	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.21;ReadPosRankSum=1.749;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr10	55719652	rs2593107	C	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=573;ReadPosRankSum=1.411;SC=GTAAGAACAGCGTAACAGCAC;SOR=1.306;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=36;WE=55719660;WS=55719642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr10	55755340	rs11003980	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=434;ReadPosRankSum=-1.103;SC=TCTTGTGATTCGGTCATTTAT;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=26;WE=55755348;WS=55755330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr10	55779915	rs3812658	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=11;PP=950;SC=TGTAGAGAGAGCAAAGCAGGC;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=55779923;WS=55779905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	55826470	rs3812657	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=96;ReadPosRankSum=1.133;SC=ATAAACTTACACTCTTTGAAA;SOR=0.151;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=13;WE=55826478;WS=55826460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr10	55838950	rs1911433	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=0;PP=520;SC=TAGCCTGTTGAAGAAAAGAGC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=55838958;WS=55838940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	55943184	rs7093302	T	C	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=13;PP=1641;SC=AGTGTACACTTATATTATGTG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=67;WE=55943192;WS=55943174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	55949264	rs5785045	AT	A	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=0.044;SC=AGAGTATACAATTTTTTTATT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=55949272;WS=55949254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr10	55955485	rs7921598	A	G	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1228;ReadPosRankSum=0.819;SC=TTAAAGGTGAAGTCAAATTGA;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=87;WE=55955493;WS=55955475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,99:0.62:159
chr10	55955610	rs10825269	C	T	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=761;ReadPosRankSum=1.925;SC=ATGTGTAGACCGGCAAAGGCA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=48;WE=55955618;WS=55955600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr10	55973889	rs10763086	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=16;PP=473;SC=CCCTTCATCAGCTGAGGAACA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=55973897;WS=55973879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	55996761	rs721825	C	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=36;PP=1056;SC=GAGACAGATGCTTTAGTTTGG;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=39;WE=55996769;WS=55996751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	56076975	rs10763098	A	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=0.420;SC=CTTGAACATGATCCCATTGGG;SOR=0.061;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=8;WE=56076983;WS=56076965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr10	56077209	rs10740579	G	A	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=27;PP=878;SC=GTCCTGTTAGGGAGAAAAACA;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=56077217;WS=56077199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	56089166	rs11004239	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TCAAAGAATACAGTGAATAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=56089174;WS=56089156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	56089223	rs11004240	A	G	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=177;SC=TATTATATATAAACACCAAGG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=56089231;WS=56089213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	56089263	rs857395	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=4;PP=238;SC=GAAGTGAGTGGCACAGAGCTC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=56089271;WS=56089253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	56129066	rs11594958	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=677;ReadPosRankSum=0.276;SC=CTTTTAAAATACTAATTAAAA;SOR=1.511;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=38;WE=56129074;WS=56129056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr10	56335031	rs7070334	A	G	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.16;QD=19.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	56335067	rs7070440	A	G	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=1;PP=26;SC=TAATAAAAAAAAAAACTGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=56335075;WS=56335057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	56335099	rs10825362	C	T	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=75;SC=TATTATTTCTCGTCAGTTCTT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=56335107;WS=56335089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	56345303	rs4570492	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=14;PP=652;SC=ACTTCATAGCTGTAGGCTAAC;SOR=1.203;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=37;WE=56345311;WS=56345293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	56345335	rs2026413	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=16;PP=821;SC=AAATAATTCATTCATTTCATT;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=56345343;WS=56345325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	56345378	rs11396767	T	TG	2004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=22;PP=330;SC=ATATGTGTTTTTTTTTTTTTT;SOR=0.762;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=26;WE=56345386;WS=56345367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	56345425	rs2026412	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	56345491	rs2026411	C	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=292;SC=CCACAGATAACAGCCGCAATC;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=56345499;WS=56345481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	56345511	rs2026410	A	G	245.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=168;SC=CAACTTCAGCAGGTTCCCAGA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=56345519;WS=56345501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	58118630	rs2241666	T	C	5727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=97;PP=2965;SC=TGAAACACCCTGTCAAGCTCC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=111;TCR=97;TR=208;WE=58118638;WS=58118620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr10	58119976	rs3861049	G	A	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=40;PP=2554;SC=CTCTCTGCCAGTGCTGCCCTG;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=121;WE=58119984;WS=58119966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	59064371	rs1275284	C	G	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=48;SC=ACATGTATCTCTCTGTGTGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=59064379;WS=59064361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	59956556	rs2790149	C	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=172;SC=TTTTCCCCATCATCCCTTAGA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=59956564;WS=59956546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	59958956	rs1769044	C	A	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=131;SC=CTTTAGAAGTCTTTTAACTGT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=59958964;WS=59958946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	59975743	rs2790146	A	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.46;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	59987071	rs11398218	G	GT	149.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=192;SC=GAGTAACTATGTATTTAGAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=59987079;WS=59987061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	59997644	rs2790217	A	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=15;PP=443;SC=TAAATAGATTAGTTCCTGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=59997652;WS=59997634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	60027099	rs1339581	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=271;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CCAGGCAGGCCCGAGAGCGCT;SOR=0.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=28;WE=60027107;WS=60027089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr10	60027122	rs1339580	C	T	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=29;PP=1465;SC=GCTGCCTCCGCTGACAGGGGG;SOR=1.295;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=84;WE=60027130;WS=60027112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	60028935	rs2790171	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=0.558;SC=ATCGCGGAGTCGGTGCTTTAG;SOR=0.283;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=60028943;WS=60028925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	60029163	rs1416763	C	T	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	60036815	rs2254775	A	G	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=1083;ReadPosRankSum=0.442;SC=TCTGACATGCATGTGATATTA;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=67;WE=60036823;WS=60036805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,79:0.95:83
chr10	60047177	rs3758567	G	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=-2.077;SC=AGCATATGTAGTTTACATATG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=12;WE=60047185;WS=60047167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	60095105	rs112660736	G	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=-1.149;SC=GCCGGGGTGCGGGCAGGGAGC;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=15;WE=60095113;WS=60095095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr10	60095143	rs1905456	T	C	218.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=1.645;SC=CCAGCGGGCATCGGACAGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=60095151;WS=60095133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr10	60121081	rs12250046	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=401;ReadPosRankSum=-1.651;SC=ACCTTACATATTTTTGATTTC;SOR=1.001;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=32;WE=60121089;WS=60121071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr10	60123486	rs73288305	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=-0.907;SC=CCCATGTAAGAGATTTTATTC;SOR=1.765;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=11;WE=60123494;WS=60123476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr10	60145342	rs1937	G	C	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.978;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=44;PP=1410;ReadPosRankSum=0.086;SC=GGCGTGCTGAGTGCCCTGGGA;SOR=0.467;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=70;TCR=76;TR=88;WE=60145350;WS=60145332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,93:0.61:152
chr10	60145842	.	GTC	G	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=51;QD=42.0;SC=GTTTTAATAAGTCTCTAGCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=60145851;WS=60145832;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,2:0.67:3
chr10	60154213	rs41283690	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=0.842;SC=GTCTACTTAGGATATCTGTGA;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=19;WE=60154221;WS=60154203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr10	60273121	rs7100474	T	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.409;NF=33;NR=32;PP=766;ReadPosRankSum=1.913;SC=TCTCGGACTCTCCGACTGAGC;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=98;TCR=95;TR=65;WE=60273129;WS=60273111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,71:0.34:210
chr10	60273155	rs7079648	C	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.355;NF=20;NR=31;PP=544;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TCGGACATCCCCACCGCGCGC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=56;TCR=89;TR=51;WE=60273163;WS=60273145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,55:0.36:154
chr10	60273189	rs10571555	ACGGC	A	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.623;QD=9.01;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr10	60558125	rs2393503	A	T	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.755;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=870;ReadPosRankSum=0.436;SC=TCTTAAATTTATGTGAATTGA;SOR=1.329;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=47;WE=60558133;WS=60558115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr10	60559047	rs2893789	G	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=211;SC=TGTGTGATCTGTACTGTTTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=60559055;WS=60559037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	60566137	rs3740451	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=235;ReadPosRankSum=-0.987;SC=CAGAAGTGGTGATTTATTATT;SOR=0.172;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=14;WE=60566145;WS=60566127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr10	60573753	rs9416746	G	T	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1843;ReadPosRankSum=0.490;SC=TCAAGTGAGCGTTGTGTTTTA;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=106;TCR=91;TR=123;WE=60573761;WS=60573743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,140:0.63:221
chr10	60577393	rs4344442	T	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=908;ReadPosRankSum=0.580;SC=TGGCTGTAACTTAAATAGCTC;SOR=0.470;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=62;WE=60577401;WS=60577383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,66:0.53:125
chr10	60588553	rs4948550	T	C	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=852;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GCTTTTTGAATCGCCAAATGC;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=62;WE=60588561;WS=60588534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,70:0.65:107
chr10	60996453	rs10763600	G	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=463;SC=AAAAGCTTTAGTTGTTCTGGG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=60996461;WS=60996443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	61005244	rs2452505	G	C	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=65;PP=2726;SC=GGATCTTTCTGTGGGCACCGT;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=139;WE=61005252;WS=61005234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	61007534	rs1459996	A	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=38;PP=1044;SC=TTCACAATGAATCAAGTCATT;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=61007542;WS=61007524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	61007592	rs2446724	G	A	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=259;SC=ATACTGTAACGGCCTCCACTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=61007600;WS=61007582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	61014056	rs1903252	C	A	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=13;PP=691;SC=ATGTGACATCCTGTTAACTAC;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=61014064;WS=61014046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	61111975	rs284606	G	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=232;SC=GAACCGTGTGGCCTAGCCTAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=61111983;WS=61111965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	61122268	rs3078330	T	TTA	1215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=930;SC=TCTCCGGGAGTGAGCACATAC;SOR=1.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=61122276;WS=61122257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	61443751	rs7071865	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=387;ReadPosRankSum=-1.204;SC=AGATATGTTATACTTTGAAAA;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=20;WE=61443759;WS=61443741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr10	61444091	rs34715719	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-1.817;SC=AGGTCCTAAACAAAAACAAAC;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=61444099;WS=61444081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr10	61552692	rs1053266	G	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=394;ReadPosRankSum=-1.096;SC=TGGGAGGAGGGGTGCGCCGAA;SOR=0.860;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=30;WE=61552700;WS=61552682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
chr10	61574357	.	AAC	A	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=-0.169;SC=CCAGAGCAGCAACACACACAC;SOR=0.582;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=7;WE=61574366;WS=61574347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr10	61665886	rs1171830	C	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=613;ReadPosRankSum=-1.629;SC=TCACGATGGTCACGCTGGCTT;SOR=1.268;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=37;WE=61665894;WS=61665876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr10	61802342	rs2393603	C	A	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=13;PP=1280;SC=AAGGAAAGGACGGGGAAAATC;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	61802353	rs2393604	A	T	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=17;PP=1580;SC=GGGGAAAATCAGAATCACTTA;SOR=2.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=74;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	61802374	rs2393605	AA	TT	6505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=36;PP=2947;SC=TTTAGTGAAAAATATAAGTTT;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=87;TCR=39;TR=123;WE=61802383;WS=61802364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	61802561	rs2393607	G	T	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=89;PP=2751;SC=GTGAAACAGTGTTAGTTATAA;SOR=2.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=31;TCR=89;TR=120;WE=61802569;WS=61802551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	61802577	rs5785427	T	TC	3227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=66;PP=2936;SC=TATAAAGCAGTCCATTCTGAT;SOR=2.808;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=4;TCR=70;TR=69;WE=61802585;WS=61802567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	61815367	rs4948384	C	T	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=286;SC=AAGTAAAGCACCGATACTTTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=61815375;WS=61815357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	61819049	rs10733757	T	G	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=19;PP=1442;SC=TAAGATAAACTATTAACAAGT;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=80;WE=61819057;WS=61819039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	61831290	rs28932171	T	C	4775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=73;PP=2965;SC=TGACTTATGATTTTTTTTACA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=158;WE=61831298;WS=61831280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	61831984	rs11599164	G	T	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=38;PP=2350;SC=TACTCTCAGGGTGACCAATGT;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=111;WE=61831992;WS=61831974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	61834573	rs17208576	G	A	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=41;PP=1865;SC=TTTCGGAGGCGGCTTTTGCTT;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=93;WE=61834581;WS=61834563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	61840167	rs7917800	C	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=615;SC=GGTTGTATGACAGGGTTTTCC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=61840175;WS=61840157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	61841144	rs7098848	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=16;PP=536;SC=GTGAGCCACCACGCCTGGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=61841152;WS=61841134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	61842498	rs2393595	A	G	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=45;PP=1354;SC=TCTCTAATCTAGAAGAATTTT;SOR=1.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=63;WE=61842506;WS=61842488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	61843451	rs10509122	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=105;SC=GTCACGTAACGTTAAAAGACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=61843459;WS=61843441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	61843475	rs41274682	T	C	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=89;SC=GTTACTATGTTACACGTGTCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=61843483;WS=61843465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	61844398	.	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=297;ReadPosRankSum=1.505;SC=TCAAAATTCTCTTGTTGCTCT;SOR=0.413;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=26;WE=61844406;WS=61844388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,26:0.25:103
chr10	61845154	rs7084246	A	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=1.216;SC=TACTAAAGGTAGTTTTCCTCT;SOR=3.797;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=61845162;WS=61845144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr10	61871430	rs10821675	C	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=299;SC=CTAACTATGGCAAAAATTCAC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=61871438;WS=61871420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	61871598	rs4369346	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr10	61893898	rs3213829	T	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=1.924;SC=TTTAACTGGCTAGTACCAGAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=61893906;WS=61893889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr10	61898957	.	C	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=21;ReadPosRankSum=1.111;SC=TCATATTCACCTTCCCCTATC;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=4;WE=61898965;WS=61898947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr10	61900356	rs6479694	A	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=532;SC=TCAGGCCCCCAAAAAAATCTT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=61900364;WS=61900346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	61926728	rs11814723	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=462;SC=TTATCTCTGAATTAATCAGTT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=61926736;WS=61926718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	62039654	rs1380451	G	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=791;SC=TAAAGTATAGGCACCTTAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=62039662;WS=62039644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	62548098	rs2456772	G	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=269;ReadPosRankSum=1.667;SC=CTACTCTGTGGCAGTATCAAT;SOR=0.404;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=14;WE=62548106;WS=62548088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr10	62551815	rs3212319	GC	G	991.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.001;NF=8;NR=8;PP=527;ReadPosRankSum=2.423;SC=TTTTCAGGTAGCTATTAAAAA;SOR=0.806;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=16;WE=62551823;WS=62551805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr10	62551889	rs2456777	AA	GT	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.216;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.610;NF=8;NR=10;PP=706;ReadPosRankSum=-0.209;SC=AGAAATTTTTAATTTCCTGTT;SOR=0.256;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=18;WE=62551898;WS=62551879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr10	62553763	rs1871446	A	G	158.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CATATGTTATATCAACAGATA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=62553771;WS=62553753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr10	63170292	rs7083475	A	G	5300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TAGAGTTGCAACACCACCACG;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=375;TCF=192;TCR=183;TR=218;WE=63170300;WS=63170282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,242:0.58:418
chr10	63175677	rs12766100	A	T	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=106;SC=TCATATGTTTAAGGACTATAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=63175685;WS=63175667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	63422754	rs151189963	G	GGGGCCGACCCCGGCA	4856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=20;PP=2969;SC=CGACTCCCTGGGGGCCGACCC;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=41;WE=63422762;WS=63422744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	63519674	rs2588915	G	A	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=10;PP=1080;SC=AGGACAAAAAGGGCAATGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=63519682;WS=63519664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	63520698	rs1992625	T	C	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=27;PP=1033;SC=TAGTTGGTTTTACCATTGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=63520706;WS=63520688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	63699895	rs7073837	A	C	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=851;ReadPosRankSum=0.908;SC=CATTTCCCTCAAACCTATAAA;SOR=0.932;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=54;WE=63699903;WS=63699885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr10	63700228	rs4360655	A	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=276;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TTTTCGGTTGAAGATTTTTCT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=16;WE=63700236;WS=63700218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr10	63700245	rs4562771	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=-0.988;SC=TTCTGGAAACACTATCATTTA;SOR=1.371;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=12;WE=63700253;WS=63700235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	63818920	rs3832683	GA	G	269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=197;SC=CTTTCTCGTTGAAAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=11;WE=63818928;WS=63818910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	63944176	rs3125730	A	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=19;PP=937;SC=ACCTTTAGTCACCCACAGAGG;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=63944184;WS=63944166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	63958112	rs3125734	T	C	4200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=89;PP=2134;SC=GGATTCTTCATGCTGACCAAT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=61;TCR=89;TR=150;WE=63958120;WS=63958102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	63974950	rs4559572	C	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=CATTTTTACTCCTCAGCTATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=63974958;WS=63974940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	63977011	rs148142088	GAAAAA	G	1755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;QD=34.43;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr10	63977069	rs1432414	A	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=806;SC=CACTTTAAATACATCAAAATA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=63977077;WS=63977059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	63978077	rs11355398	GA	G	376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	63982984	rs10740069	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=11;PP=632;SC=AGTAAAATATATACTGTACTT;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=63982992;WS=63982974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	63995983	rs3852448	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=19;PP=556;SC=AGCAACTATACACTTCCACCT;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=63995991;WS=63995973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	64000878	rs1368158	T	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=10;PP=402;SC=AACATTTCAATTACAAATTAA;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=64000886;WS=64000868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	64001114	rs1368157	T	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=58;SC=TTATAGTTTGTACTTTTAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=64001122;WS=64001104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	64005711	rs3815999	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	64019037	rs10675790	A	ATAAAT	758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=470;SC=CTTTTTCTTAATACTCAGTCT;SOR=2.448;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=64019045;WS=64019027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	64136710	rs149800343	CAG	C	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=425;ReadPosRankSum=0.384;SC=GTGTTGCTGACAGGGGATGCT;SOR=1.061;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=64136719;WS=64136700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr10	64136751	rs1873686	G	C	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=197;SC=CACCCCAATCGCCTTACAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=64136759;WS=64136741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	64148125	rs3852424	C	A	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=66;PP=2965;SC=TTATATTTCCCTTTTGTGTTC;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=109;TCR=66;TR=175;WE=64148133;WS=64148115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	64148369	rs2893897	A	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=435;SC=CGAGTGTAAGATCCCTGTGGT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=64148377;WS=64148359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	64159333	rs3758490	G	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=4.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,72:0.26:277
chr10	64415184	rs7076156	A	G	4859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.324;SC=AGACCATCTCACCTTCCAACC;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=299;TCF=165;TCR=134;TR=211;WE=64415192;WS=64415161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,221:0.71:310
chr10	64415413	rs7094595	T	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=582;ReadPosRankSum=0.939;SC=TTCCTTTCAGTAGCAGACTCA;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=26;WE=64415421;WS=64415403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr10	64573771	rs224083	C	T	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=40;PP=1670;SC=GCTTGGGGGACGGATAGGAAG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=92;WE=64573779;WS=64573761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	64893433	rs2175197	T	C	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=36;PP=1109;SC=GGCTCCAGGCTAGCCACTTCA;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=64893441;WS=64893423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	64911893	rs112912729	A	G	3596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=39;PP=2302;ReadPosRankSum=0.845;SC=TAACATGCCTATTTTTTCTCT;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=124;TCR=51;TR=132;WE=64911901;WS=64911883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,145:0.75:193
chr10	64937314	rs35854283	G	A	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=74;SC=TTTCAAAGAGGAGCAAGAGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=64937322;WS=64937304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	64944317	rs10740107	T	A	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=40;PP=2320;SC=GCAAAAATTTTAAAAAATCCA;SOR=1.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=121;WE=64944325;WS=64944307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	64945364	rs3211105	G	A	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=71;PP=2337;SC=CTGAAGGCCAGTCTTTCAATT;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=118;WE=64945372;WS=64945354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	64952835	rs41274064	G	A	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=60;PP=1721;ReadPosRankSum=0.610;SC=CTCAGACTTCGGAGGAGTATT;SOR=1.056;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=103;WE=64952843;WS=64952825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,113:0.73:155
chr10	64953311	rs4747098	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=245;SC=ACAATATTTTGTATTATAATT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=64953319;WS=64953301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	64953959	rs2306264	C	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=381;SC=TCTCTCCACCCTGTTATATTT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=64953967;WS=64953949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	64960536	rs10465990	G	A	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=567;SC=GTGATGATACGGTAAGACTTT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=64960544;WS=64960526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	64967445	rs1904294	A	T	10273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=148;PP=2965;SC=TTTCACTAACACGATCTTTAG;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=186;TCR=148;TR=334;WE=64967453;WS=64967435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr10	64974537	rs10761725	A	T	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=37;PP=1869;SC=TGTTCTGACGAATGAATAATC;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=106;WE=64974545;WS=64974527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	65139945	rs7477425	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=531;SC=TTCAAGCAATTGTCCTGCTTC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=65139953;WS=65139935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	65225244	rs1061259	GA	CG	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=30;PP=2947;SC=GGGGGGCGCTGACTCTCTTAC;SOR=1.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=100;WE=65225253;WS=65225234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	65225450	rs1054693	C	T	11053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.129;SC=CGGCCGCTGCCTCCTCCAGTG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=384;TCF=196;TCR=188;TR=382;WE=65225458;WS=65225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,403:1.00:405
chr10	65281137	rs377532429	T	C	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	65322464	rs36027145	A	ATCAG	4771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=73;PP=2977;SC=CTCTGCAGCAATCAATCAATT;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=9;TCR=79;TR=81;WE=65322472;WS=65322454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	65379304	rs35995927	G	A	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=14;PP=1326;SC=TGCAAAAAGAGTAACTGGGGG;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=61;WE=65379312;WS=65379294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	65383515	.	ATGTG	A	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=43;QD=23.0;SC=CACAATATATATGTGTGTGTG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=2;WE=65383526;WS=65383505;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chr10	65928826	rs10740151	T	C	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=52;PP=2346;SC=CACTCTTTTCTGTATAGCTTG;SOR=1.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=130;WE=65928834;WS=65928816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	67726514	rs2105702	A	C	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=57;PP=1614;ReadPosRankSum=0.862;SC=ACTAAATATGAATCAAAGATA;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=86;WE=67726522;WS=67726504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,91:0.83:110
chr10	68535082	rs5785786	C	CT	3039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=13;PP=2146;ReadPosRankSum=1.089;SC=TATATTTACTCTTTTTTTCCT;SOR=2.187;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=74;WE=68535090;WS=68535072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr10	68685929	rs7902006	G	C	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=76;PP=2869;SC=AACTGCTGGGGTATGGAATAC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=129;WE=68685937;WS=68685919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	68688019	rs139383106	A	G	4766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CCCTGCGAGCATGAAGCAGCT;SOR=0.599;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=306;TCF=141;TCR=165;TR=212;WE=68688027;WS=68688009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,215:0.69:312
chr10	69366602	rs3750863	T	C	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=41;PP=2036;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CTGACCAGGATTGGAGTACTC;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=103;TCR=54;TR=120;WE=69366610;WS=69366592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,132:0.77:171
chr10	69556814	rs41307567	T	C	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AAACAAAGACTGCATGTTGGC;SOR=0.566;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=78;WE=69556822;WS=69556804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,85:0.80:106
chr10	69583206	rs962608	G	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=44;PP=1198;SC=AGTGACTCACGCCTATAATCT;SOR=3.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=69583214;WS=69583196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	69647332	rs932657	G	T	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=38;PP=1078;SC=TAAATGTACGGTTTTTGGTTT;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=69647340;WS=69647322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	69648569	rs2236318	T	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=287;ReadPosRankSum=2.786;SC=GCTAACTCATTACTTCAGAAA;SOR=1.814;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=16;WE=69648577;WS=69648559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr10	69651125	rs7896005	A	G	3799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=32;PP=2594;SC=AAGGTAGAAGATTTAATTTTA;SOR=1.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=96;TCR=32;TR=128;WE=69651133;WS=69651115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	69668014	rs10997870	G	T	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=161;SC=GTTAGCATTTGGGAATTTTGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=69668022;WS=69668004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	69684961	rs111617068	C	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr10	69692330	rs3758392	T	C	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=23;PP=2078;SC=CATTTAACAATATCAGAGATT;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=94;WE=69692338;WS=69692320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	69695879	.	A	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.966;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,60:0.27:224
chr10	69699478	rs142773200	GAT	G	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=162;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTTACTTATGGATATATATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=69699487;WS=69699468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	69719074	rs7907843	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=319;SC=TATATATCTACTAATGTAAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=69719082;WS=69719064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	69750597	rs17533917	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,18:0.19:93
chr10	69750788	rs5785841	GA	G	1896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;MQRankSum=0.312;QD=24.01;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr10	69755112	rs2308195	C	CCTAT	301.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=213;SC=TTAGTTTCTCCCTATTATATA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=69755120;WS=69755102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr10	69925176	rs10823147	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.174;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=579;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GCCACTGCGCTCCAGCCTGGG;SOR=0.228;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=39;WE=69925184;WS=69925166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr10	69926097	rs2673794	T	C	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=53;PP=2183;ReadPosRankSum=0.271;SC=CAGCCAACTCTACCACCAACC;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=106;TCR=71;TR=132;WE=69926105;WS=69926087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,137:0.74:184
chr10	69926334	rs10823148	C	G	4600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.048;SC=CCGATTCTTTCCAGGAGAGGT;SOR=0.528;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=117;TCR=120;TR=181;WE=69926342;WS=69926324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,192:0.76:253
chr10	69933921	rs10997975	G	A	6913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NF=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.588;SC=TTTCCTTTCAGCATGACTGTT;SOR=0.733;Source=Platypus;TCF=199;WE=69933929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,299:0.76:396
chr10	69933969	rs7916821	G	A	6345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.271;SC=ACAACATCCAGTAAGCAGGTG;SOR=0.509;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=164;TCR=164;TR=256;WE=69933977;WS=69933959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,266:0.78:343
chr10	69934258	rs3814182	C	G	8978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CCATCCCCAGCGGAAACCAGT;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=509;TCF=262;TCR=247;TR=386;WE=69934266;WS=69934248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,397:0.76:525
chr10	69934467	rs3814183	A	G	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=60;PP=1720;SC=GTCGATGTGCACATTGAATAG;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=81;WE=69934475;WS=69934457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	69934535	rs7917519	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=369;SC=ATTCTCTTAGGCACAGAATGG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=69934543;WS=69934525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	69935059	rs7097776	A	G	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1504;ReadPosRankSum=-1.470;SC=TGGGTGTGTCAGGTGTGGATT;SOR=0.553;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=102;WE=69935067;WS=69935049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,105:0.80:131
chr10	69935235	rs6480306	T	C	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=81;PP=2721;SC=TTGTTGGATTTAGAAGGTTTA;SOR=1.523;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=129;WE=69935243;WS=69935225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	69948844	rs10733838	T	C	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=57;PP=2024;SC=GCTCTCCAGTTACATTCACCT;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=96;WE=69948852;WS=69948834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	69954290	rs7081213	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.818;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=44;PP=1036;ReadPosRankSum=-0.471;SC=AGGGTTCTGCGCTGTGCTGCA;SOR=1.656;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=51;WE=69954298;WS=69954280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr10	69955140	rs7069569	T	A	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=923;ReadPosRankSum=0.305;SC=GGTCCAGAAATTTTTATGTAA;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=54;WE=69955148;WS=69955130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,58:0.74:78
chr10	69956999	.	C	CA	77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5124;HP=12;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=7;NR=1;PP=77;QD=10.375;SC=TTTCCCCCTTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=69957007;WS=69956989;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,8:0.73:11
chr10	69957375	.	C	T	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5001;HP=7;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=73;QD=21.5542425094;SC=CACTTTTTTTCATCATAAGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=69957383;WS=69957365;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr10	69959097	rs7079549	G	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=418;ReadPosRankSum=-1.385;SC=CATCAGTCATGTGCCTCAGCT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=21;WE=69959105;WS=69959087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr10	69959242	rs7079481	C	A	5401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.222;NF=121;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.005;SC=GCTCATTGACCCACTCACTCA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=168;TCR=141;TR=223;WE=69959250;WS=69959232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,242:0.73:331
chr10	69959345	rs11279655	GCTGGGA	G	4334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.319;NF=9;NR=54;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.697;SC=AAGGTTTGCTGCTGGGACCCC;SOR=0.607;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=13;TCR=87;TR=63;WE=69959358;WS=69959335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,109:0.70:155
chr10	69959397	rs7079974	G	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.913;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=828;ReadPosRankSum=-0.350;SC=AAGAGGCAGAGCCTCTGCCAG;SOR=2.024;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=43;WE=69959405;WS=69959387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr10	69961470	rs7913133	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GGGTGCAGGCAGAGGTTGCAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=69961478;WS=69961460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr10	69961501	rs7913146	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.82;QD=23.20;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	69966392	rs3814185	T	G	273.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=193;SC=CTGCTCTTCTTTGACGTCTTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=69966400;WS=69966391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	70043916	rs736535	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.644;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,44:0.25:175
chr10	70044031	rs4142048	T	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-2.504;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,52:0.25:212
chr10	70045201	rs7909365	C	A	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=104;PP=2965;SC=AGACAATCCCCAAGAAAACAG;SOR=1.356;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=63;TCR=104;TR=167;WE=70045209;WS=70045191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	70045264	rs3816299	A	C	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=998;ReadPosRankSum=0.466;SC=TCCAGTTTGAATAAACTCTAG;SOR=0.476;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=51;WE=70045272;WS=70045254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,54:0.77:70
chr10	70048118	rs78904265	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=1.033;SC=GGGGAAAGATAGAGGAACAAG;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=8;WE=70048126;WS=70048108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr10	70051810	rs3835100	A	G	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=21;PP=1246;SC=GATGGGGGGAAAAAAAACAAA;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=70051818;WS=70051800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	70051928	rs10823171	A	G	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=63;PP=2729;SC=GGACGATGCCATCCTCTGCTC;SOR=0.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=151;WE=70051936;WS=70051918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	70056600	rs2394470	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=16;PP=1260;SC=CACTCCAGCCCGTGCGACAGA;SOR=1.893;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=61;WE=70056608;WS=70056590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	70056619	rs60698417	T	TA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.082;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,15:0.17:87
chr10	70100987	rs144723762	A	G	5057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CTGATGGCAGAGCCACAGGAG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=155;TCR=125;TR=211;WE=70100995;WS=70100977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,224:0.75:300
chr10	70101656	rs2273902	A	G	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=1193;ReadPosRankSum=-1.126;SC=TGTAGTGCAAACTTTAAAGTG;SOR=0.810;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=67;WE=70101664;WS=70101646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
chr10	70105560	rs1162753	G	A	8892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=132;PP=2965;SC=TGAATGAGCAGTGCATGACAG;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=173;TCR=132;TR=305;WE=70105568;WS=70105550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr10	70143774	rs7899885	C	T	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=58;PP=1869;SC=ATTTCTGACACGAGATTGTCT;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=70143782;WS=70143764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	70166913	rs59831114	T	G	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=36;PP=1188;SC=ACTGAGGGCCTAGCGTTCGGT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=70166921;WS=70166903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	70174707	rs1801041	T	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr10	70205920	rs61316500	C	CA	247.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.64;MQRankSum=0.671;QD=20.60;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr10	70225504	rs3758626	G	T	5259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.545;SC=TATTATTTATGGCTTTTTGAA;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=273;TCF=149;TCR=124;TR=208;WE=70225512;WS=70225494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,225:0.75:299
chr10	70227964	rs10998205	C	T	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=59;PP=1923;ReadPosRankSum=-0.936;SC=TGTCTGGATACAGAATCAAAT;SOR=0.589;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=170;TCF=88;TCR=82;TR=128;WE=70227972;WS=70227954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,141:0.76:186
chr10	70230475	rs10509302	G	C	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.474;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=56;PP=1138;ReadPosRankSum=0.312;SC=GAGATGTTTTGGACACGATCC;SOR=0.152;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=96;TCF=24;TCR=72;TR=78;WE=70230483;WS=70230465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,77:0.80:96
chr10	70231701	rs1535539	A	G	6793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.236;SC=AAAAGGGAAAAAGGCGCGAGC;SOR=0.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=356;TCF=184;TCR=172;TR=262;WE=70231709;WS=70231691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,282:0.74:380
chr10	70263579	rs10823215	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TAAATGTGAACGAAATGAGCA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=70263587;WS=70263569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr10	70266523	rs2275715	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=5.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.238;SC=ATTATCTAAACCTAAATTTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=70266531;WS=70266513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	70276728	rs2664412	G	A	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=328;SC=TGCCCACAGCGTATAGATATG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=70276736;WS=70276718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	70332066	rs3814177	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=266;ReadPosRankSum=-2.260;SC=CTGTTTCCTGCGCCCTTTCAT;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=15;WE=70332074;WS=70332056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr10	70332672	rs12773594	T	A	5625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=1.264;SC=TCAGTTTTGGTCCCAAAGAGT;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=126;TCR=182;TR=229;WE=70332680;WS=70332662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,241:0.74:327
chr10	70392319	rs10733844	G	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=8;PP=1077;SC=TTGGAGTAGGGGGGTTTATCT;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=70392327;WS=70392309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	70392375	rs1747	G	A	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-4.870;NF=45;NR=20;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.065;SC=AATTATGCAAGGCAAAGAATC;SOR=0.317;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=65;WE=70392383;WS=70392365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,67:0.73:92
chr10	70405855	rs3998860	A	G	11505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=217;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=1.504;SC=AGGGCACAATACAACAGAAAC;SOR=0.454;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=385;TCF=217;TCR=168;TR=383;WE=70405863;WS=70405845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,409:1.00:411
chr10	70426847	.	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=635;ReadPosRankSum=0.746;SC=TTGTTTGGTCCGGCAGCGTAC;SOR=1.627;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=86;TCF=75;TCR=11;TR=33;WE=70426855;WS=70426837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr10	70442868	rs11284778	GA	G	156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=167;SC=AAAATAAAGTGAAAAAAAAGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=70442876;WS=70442858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	70481547	rs1616158	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=37;PP=1010;SC=CGAGCTCTGGCCCTTGAGGGT;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=70481555;WS=70481537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	70497482	rs1162961	A	G	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=179;SC=TCAATGCCACACCAGAACAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=70497490;WS=70497472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	70497799	rs1149679	C	T	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=131;SC=AAAAAAGGAACGTCTCCAAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=70497807;WS=70497789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	70502288	rs1300253	G	A	6154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=112;PP=2965;SC=TACATGATACGTTTGGATTTG;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=85;TCR=113;TR=197;WE=70502296;WS=70502278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr10	70502426	rs1300252	T	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=346;SC=TGGACACAGTTGTGCAATCTC;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=70502434;WS=70502416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	70520636	rs58477996	CAAA	C	176.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=35.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	70525591	rs1149688	G	A	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=15;PP=1592;SC=TCTTGCACATGTATATACATC;SOR=2.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=62;TCR=15;TR=77;WE=70525599;WS=70525581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	70531217	rs10823258	C	T	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=68;PP=2027;SC=GTAATAACAACCTGCTTTAGA;SOR=1.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=108;WE=70531225;WS=70531207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	70534744	rs1782323	A	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=11;PP=440;SC=TTTACGGTATATTTTGTTTGC;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=21;WE=70534752;WS=70534734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	70641860	rs1341667	T	C	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=114;PP=2965;SC=GATGAAACATTACCCAGGTAG;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=74;TCR=114;TR=188;WE=70641868;WS=70641850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	70646399	rs192785353	T	C	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=1008;ReadPosRankSum=0.058;SC=AAGTGTCTGATTTAGGCCGGG;SOR=0.875;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=51;WE=70646407;WS=70646389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,55:0.76:72
chr10	70673430	rs5030891	G	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=462;SC=TGTCCCCTGCGTTCTAACAAA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=70673438;WS=70673420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	70696009	rs7084726	T	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=470;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCGGGCA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=70696017;WS=70695999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	70696713	rs5030895	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=325;SC=CCGTTTCTTACGCTGCTGTTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=70696721;WS=70696703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	70696818	rs61743874	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.740;NF=30;NR=14;PP=667;ReadPosRankSum=-0.160;SC=GTGCATCAAGCTTTGAACCAC;SOR=1.082;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=44;WE=70696826;WS=70696808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,52:0.78:67
chr10	70696908	rs1539166	G	T	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=32;PP=920;SC=TTGAACATAGGAAATATTGTA;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=70696916;WS=70696898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	70700944	rs5030900	A	G	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=26;PP=1471;SC=TCCTGAAAGGAAATATGGTAG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=70700952;WS=70700934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	70716106	rs5030896	A	G	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=95;PP=2734;SC=GGGACGCTGAATGGAGCGGAA;SOR=1.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=39;TCR=95;TR=134;WE=70716114;WS=70716096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	70722939	rs5030897	T	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=631;SC=GAAGGTAGAATTCCTTAATTC;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=70722947;WS=70722929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	70725128	rs3898314	A	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,31:0.23:132
chr10	70733266	rs5030899	T	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=7.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr10	70734589	rs3740595	T	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr10	70734599	rs5030902	A	T	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.72;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	70742192	rs2251911	T	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=422;SC=TAAGCACTTATGTTATCACCT;SOR=3.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=70742200;WS=70742182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	70748784	rs2255607	G	A	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=1526;ReadPosRankSum=0.719;SC=GGCCGAGGACGGCCCGGGTGC;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=76;WE=70748792;WS=70748774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,79:0.71:111
chr10	70856852	rs2229498	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=6.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.764;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,35:0.27:130
chr10	70951565	rs370229180	AT	A	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.127;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr10	70962381	rs2279928	C	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.686;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,32:0.23:139
chr10	70968199	rs4746821	G	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=0.149;SC=CCTCCGATATGTGGGGGCAGA;SOR=0.656;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=9;WE=70968207;WS=70968189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr10	70992413	rs874557	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=0.431;SC=ATGATACCTAGTGGCTGTGAT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=70992421;WS=70992403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr10	70992664	rs874556	C	T	4480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=95;PP=2743;ReadPosRankSum=0.460;SC=GGGAACGGCACAGAGGTACCT;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=189;WE=70992672;WS=70992654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,200:0.76:263
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chr10	70992949	rs5030971	T	A	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.804;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=43;PP=1052;ReadPosRankSum=1.406;SC=TGGGCACGGGTGGGAGTCAGG;SOR=1.652;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=51;WE=70992957;WS=70992939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
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chr10	70998738	rs4145930	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.623;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,23:0.19:120
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chr10	71018660	rs1111335	T	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=42;PP=1096;SC=AGATGACATCTGGACCCGATA;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=71018668;WS=71018650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	71026510	rs906219	C	A	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.340;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1666;ReadPosRankSum=0.265;SC=AGAAGGAGAACTAGGAACCCC;SOR=1.188;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=109;WE=71026518;WS=71026500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,121:0.72:169
chr10	71027231	rs2611	G	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
chr10	71052083	rs4746836	C	T	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=20;PP=1242;ReadPosRankSum=0.204;SC=CCTGCCTCAGCCTCCTAAAGT;SOR=0.431;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=64;TCR=25;TR=69;WE=71052096;WS=71052073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,75:0.78:96
chr10	71055232	rs2894081	T	C	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=47;SC=ATCCAGAGAATTGGTAATCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=71055240;WS=71055229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	71055459	rs4746837	T	C	1657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.38;ReadPosRankSum=-1.527;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr10	71060610	rs906220	A	G	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	71060634	rs906221	G	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=45;PP=1564;SC=AGAAAATCCTGGAATACCCAC;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=71060642;WS=71060624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	71060696	rs906222	G	A	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=23;PP=622;SC=AGGATACAAGGTTAATATACA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=71060715;WS=71060686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	71060707	rs906223	T	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=587;SC=TTAATATACATAAATCAATTG;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=71060715;WS=71060686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	71098195	rs906216	G	T	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=18;PP=907;SC=GGTTTGAGAGGGAGCATTTGA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=71098203;WS=71098185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	71098295	rs7912524	T	A	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=37;PP=1345;SC=CAGCTGGAAGTGGTGCTGTGC;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=71098303;WS=71098285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	71098436	rs111495357	AGTGTGTGT	A	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.52;ReadPosRankSum=-2.362;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	71103597	rs1133189	C	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=8;PP=1170;SC=ACAAGTATCTCTATGCCATGC;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=71103605;WS=71103587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	71128545	rs12359036	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=0.132;SC=AATGATGAGGATGGGGATGGT;SOR=0.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=71128553;WS=71128535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr10	71142183	rs4746846	G	A	5274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.973;SC=AAGGGTGGCCGGAGGTCCCCA;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=171;TCR=97;TR=221;WE=71142191;WS=71142173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,227:0.82:276
chr10	71142420	rs748235	G	A	6317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=116;PP=2965;SC=ACCTCACCAAGGACATGCTGC;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=104;TCR=117;TR=220;WE=71142428;WS=71142410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr10	71144702	rs749105	G	A	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=43;PP=1240;SC=CTCAGTGATCGGGCAGCACTG;SOR=3.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=51;WE=71144710;WS=71144692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	71152091	rs2278745	T	C	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=54;PP=1845;SC=GAGAGGACACTCACAGTCAGG;SOR=1.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=91;WE=71152099;WS=71152081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	71158268	rs1227938	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,19:0.22:85
chr10	71164655	rs2229170	C	T	4339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=67;PP=2583;ReadPosRankSum=0.957;SC=ATCCTGGGGACGCCCCGCCTC;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=128;TCR=87;TR=167;WE=71164663;WS=71164645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,185:0.78:238
chr10	71167119	rs10998762	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=202;ReadPosRankSum=-0.737;SC=AGGACCCCTTGCACCCACCTG;SOR=1.391;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=19;WE=71167127;WS=71167109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr10	71168620	.	GCCAGCCCCCCGCCCCCTCCAGGCCCCGCCCCCT	G	652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=0;PP=1071;SC=CCTCGCCCCCGCCAGCCCCCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=16;WE=71168660;WS=71168610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	71168685	rs55953810	A	T	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=14;PP=1657;SC=CACCTTCTTCATGGCCTGCAG;SOR=2.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=70;WE=71168693;WS=71168675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	71168945	rs1549797	C	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=27;PP=744;SC=GCGGGCCCACCCTGGGCGCCT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=71168953;WS=71168935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	71174636	rs150956058	TAC	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.123;QD=0.33;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,24:0.09:256
chr10	71175609	rs10998765	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=1.648;SC=TGCTGTGTAATCACAGGCATG;SOR=0.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=4;WE=71175617;WS=71175599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	71176012	rs5030920	A	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=6.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.294;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,44:0.22:197
chr10	71243323	rs10823396	C	G	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=215;SC=CTAACAGGGCCCTTTCTGTGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=71243331;WS=71243313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	71244832	rs2305201	C	A	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=30;PP=1631;SC=CAGATGGTGCCTCCCCTGTAC;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=97;WE=71244840;WS=71244822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	71263991	rs5785921	G	GT	532.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5042;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=552;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CATTCCTACAGTTTTTTCACG;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=20;WE=71263999;WS=71263981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr10	71264325	rs1652804	G	A	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=71;PP=1823;ReadPosRankSum=-1.955;SC=ATTGAGGTCGGGGTCCTGGCC;SOR=1.101;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=34;TCR=87;TR=96;WE=71264333;WS=71264315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,105:0.77:137
chr10	71267412	rs1665583	T	G	453.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.65;ReadPosRankSum=0.251;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
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chr10	71390392	rs1947741	C	T	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=49;PP=1690;ReadPosRankSum=0.834;SC=TTTCGGCATACATGTCACCAG;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=122;WE=71390400;WS=71390382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,130:0.72:180
chr10	71391211	rs41277242	T	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=682;ReadPosRankSum=-0.612;SC=AACTTGCCTTTATTTCTCCCC;SOR=0.671;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=234;TCF=151;TCR=83;TR=67;WE=71391219;WS=71391201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,69:0.28:243
chr10	71391707	rs2262274	C	T	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.659;NF=12;NR=31;PP=2671;ReadPosRankSum=0.670;SC=CTGAAGCCCTCTTTGCAGAGA;SOR=0.404;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=43;WE=71391727;WS=71391697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr10	71391719	rs144716370	C	CTGGGTAAGACT	1767.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.556;NF=1;NR=19;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TTGCAGAGAGCTGGGGAAGAT;SOR=0.114;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=20;WE=71391727;WS=71391697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,46:0.77:60
chr10	71392495	rs2616089	T	A	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=13.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.57;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,75:0.80:94
chr10	71392501	rs2616088	G	C	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.75;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,77:0.77:100
chr10	71392557	rs12020	C	T	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=50;PP=1748;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GCTTCTTCAACAGGGGCCATG;SOR=0.498;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=166;TCF=97;TCR=69;TR=118;WE=71392565;WS=71392547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,129:0.72:178
chr10	71392692	rs1052152	T	C	3477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=74;PP=1980;ReadPosRankSum=0.884;SC=AGTGGCATCTTGGCAACCATG;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=97;TCR=103;TR=146;WE=71392700;WS=71392682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,153:0.73:209
chr10	71620388	rs10762320	G	A	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=8;PP=453;SC=TCGGGTTGTCGTTCCTCTTGC;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=71620396;WS=71620378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	71620403	rs10823443	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=-1.777;SC=TCTTGCCAGGGGCTGGGCATC;SOR=0.997;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=11;WE=71620411;WS=71620393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr10	71620436	rs67173564	A	AC	3253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=18;PP=1242;SC=CCTGGGCAGAACCTGCAGCCA;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=32;WE=71620444;WS=71620426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	71620671	rs4341432	C	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=322;SC=GCTAGGCTGGCGAACGGCTTC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=71620679;WS=71620661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	71637905	rs10823446	C	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.976;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=77;ReadPosRankSum=-0.057;SC=AGCCCTCCCCCCCATGAAAGC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=8;WE=71637913;WS=71637895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr10	71640491	rs1227783	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AGGAAAGTGGCCTGGCTAAAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=71640499;WS=71640481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	71647152	rs185751752	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=567;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TGGAGGCCTAGGGATTGGCTC;SOR=1.207;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=34;WE=71647160;WS=71647142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr10	71647196	rs35268667	GT	G	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr10	71649046	.	G	A	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=20;QD=18.2570708491;SC=ATGGAGCACAGGGGACAGGGA;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=3;WE=71649054;WS=71649036;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,3:0.19:16
chr10	71649309	rs2683572	A	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=47;PP=1478;SC=ATGGCTGTCCATGCTGGTCAC;SOR=1.130;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=71649317;WS=71649299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	71655443	rs1227744	G	A	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=56;PP=1636;SC=TCATGGGGGAGCAGGAGCACC;SOR=1.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=71655451;WS=71655433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	71657272	rs1227746	A	G	10585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=200;NR=185;PP=2965;SC=GCTCCAGCCAAATAATTGCCC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=386;TCF=201;TCR=185;TR=385;WE=71657280;WS=71657262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr10	71658512	rs1227747	G	A	9896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=174;NR=178;PP=2965;SC=AAAGGCGGACGTTCCAGGTAG;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=353;TCF=175;TCR=178;TR=352;WE=71658520;WS=71658502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr10	71662783	rs942576	G	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=532;SC=CTCACCACCTGTTGCACTCTG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=71662791;WS=71662773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	71665676	rs2683575	G	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=497;SC=TTCCAACCTAGGTGGCTGTGC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=71665684;WS=71665666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	71684530	rs1228671	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GAGGCAGCCCAGAGGGACTCA;SOR=0.239;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=14;WE=71684538;WS=71684520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr10	71685532	rs1227778	G	C	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=32;PP=1686;SC=GGTCCAGGCCGTGGGTTGAGA;SOR=1.274;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=89;WE=71685540;WS=71685522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	71689645	rs2763339	T	G	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=22;PP=1359;SC=AGAGAGGCAATGCAAATTCAT;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=71689653;WS=71689635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	71689966	rs59283631	TG	T	1106.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=1117;SC=GAAGGGGAGATGGGGGGGGGC;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=71689976;WS=71689956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	71689968	rs115514231	G	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=672;SC=AGGGGAGATGGGGGGGGGCAG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=25;WE=71689976;WS=71689956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	71692556	rs7094009	C	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=48;PP=1295;SC=CACAGAGCACCTCCCATGCTT;SOR=2.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=71692564;WS=71692546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	71868763	rs2271698	G	A	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=33;PP=2019;SC=GAAATAACCCGCGGCATTTTC;SOR=1.311;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=112;WE=71868771;WS=71868753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	71876382	rs2394656	C	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=10;PP=871;SC=GCTCACCAAACGCTTTGCGGT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=71876390;WS=71876372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	71880757	rs4746962	A	C	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=45;PP=2424;SC=GCTCTGAGTAACCCCGTGGCC;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=83;TCR=45;TR=128;WE=71880765;WS=71880747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	71905569	rs3750774	C	A	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1496;ReadPosRankSum=-1.665;SC=CGGTGCCGGGCAGGCAGCGTG;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=91;WE=71905577;WS=71905559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,93:0.70:133
chr10	71905695	rs10999158	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,53:0.19:281
chr10	71906150	rs4746970	T	C	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=36;PP=1763;ReadPosRankSum=0.075;SC=CCGGCCGCGGTCAGGACTTCG;SOR=1.046;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=135;TCF=85;TCR=50;TR=104;WE=71906158;WS=71906140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,123:0.78:157
chr10	71921591	rs2271690	G	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,59:0.74:80
chr10	71966031	.	TGGCTCTGGCAGCATCAGGATCACACTTGAAGG	T	1936	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=1936;QD=337.29365137;SC=GCATCCACAATGGCTCTGGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=6;WE=71966077;WS=71966021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,6:0.23:26
chr10	71966035	.	TCTGG	T	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.508;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr10	71966041	.	AGCATCAGGATCACACTTGAAGGGGCTCT	A	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.658;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr10	71966069	.	T	A	279	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=2;NR=6;PP=279;QD=39.2214015684;SC=GAAGGGGCTCTCAGACAAAGT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=8;WE=71966077;WS=71966021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,8:0.33:24
chr10	71969989	rs12412466	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=0.921;SC=AGCATGCACACGCCCAGCTAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=71969997;WS=71969983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	71970259	rs3969945	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=388;ReadPosRankSum=0.621;SC=GGATAGTACAGGCACTGTACA;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=16;WE=71970267;WS=71970249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr10	71974468	rs7911572	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=718;SC=TCTTTATTCGCATTTAAGAAT;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=71974476;WS=71974458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	71989884	rs9415958	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-1.097;SC=AGGCTGTTCTTGAACTTCTGG;SOR=0.293;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=71989892;WS=71989883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	71990196	rs7904074	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=1.716;SC=ATAATTAATTGTATTGCTAAA;SOR=1.347;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=9;WE=71990204;WS=71990186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr10	71993094	rs7077538	T	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.941;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=838;ReadPosRankSum=0.841;SC=AGTGCCGGAGTCCTGCCGCCG;SOR=1.098;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=224;TCF=112;TCR=112;TR=65;WE=71993102;WS=71993084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,68:0.27:248
chr10	72015409	rs10999212	C	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=5.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,50:0.21:240
chr10	72026279	rs3812697	G	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CCCAGCTCCAGTTGCAACTTG;SOR=0.283;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=3;WE=72026287;WS=72026269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	72037687	rs35789490	T	TG	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,35:0.28:124
chr10	72043389	rs1889394	T	G	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=59.93;NF=80;NR=86;PP=2821;SC=GTCGGTACCCTGCCCCACGGC;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=166;WE=72043397;WS=72043379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	72043460	rs10999239	T	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-1.443;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,19:0.19:100
chr10	72061079	rs10740336	C	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=15;PP=940;SC=GTGGCCTCTGCCCCTTGCTGG;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=72061087;WS=72061069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	72061420	rs4746997	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=858;SC=AGCCCTGTGCAAAGGGCCATC;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=72061428;WS=72061410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr10	72179746	rs1043098	C	T	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=786;ReadPosRankSum=0.583;SC=CACCCTGCCACCTGCCCAATA;SOR=0.843;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=125;TCR=122;TR=73;WE=72179754;WS=72179736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,79:0.30:260
chr10	72181460	rs3793809	G	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr10	72195439	rs1904589	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,46:0.24:192
chr10	72195844	rs7909303	T	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=-1.697;SC=TTACCTTATATAGAATTACCT;SOR=0.620;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=20;WE=72195852;WS=72195834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr10	72207517	rs34717077	AC	A	1553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=1287;SC=CCACCAGCCTACCAGATTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=32;WE=72207525;WS=72207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	72288900	rs10999377	G	A	352.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=471;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GTTTTCCTGCGGTGGGCTCTG;SOR=2.448;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=23;WE=72288908;WS=72288890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr10	72288964	rs60188579	GCCCCC	G	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.04;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr10	72288971	.	C	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.25;ReadPosRankSum=2.549;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr10	72289126	rs10823560	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.063;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=566;ReadPosRankSum=0.922;SC=GCCTGCTGCCTCCCACCCCTA;SOR=2.419;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=25;WE=72289134;WS=72289116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr10	72289701	rs2275059	G	A	2881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=52;PP=1961;ReadPosRankSum=0.313;SC=TGGGCACCGTGGGAAGCTGTG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=120;WE=72289722;WS=72289691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,124:0.83:150
chr10	72298631	rs1122918	T	C	8167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.089;SC=GTCCCAGGCTTGGTGCTCTCC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=176;TCR=120;TR=293;WE=72298639;WS=72298621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,309:0.99:311
chr10	72299605	rs72811353	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=0.723;SC=GGAGAATGAAACGACCCCAGC;SOR=0.123;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=12;WE=72299613;WS=72299595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr10	72300743	rs12776085	C	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=3;PP=565;ReadPosRankSum=0.763;SC=GCTTGGGAGCCTGACAATTTC;SOR=2.038;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=33;WE=72300751;WS=72300740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr10	72307101	rs3740447	C	T	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=47;PP=1173;ReadPosRankSum=0.737;SC=CGATGGGCACCGTGTGAAGAA;SOR=0.789;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=56;TCR=71;TR=85;WE=72307109;WS=72307091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,93:0.68:136
chr10	72324143	rs7093516	A	G	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=32;PP=1741;SC=AAGAGGCGCAAGAAATGCGGA;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=92;WE=72324151;WS=72324133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	72326318	rs12412625	G	C	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=75;PP=2674;ReadPosRankSum=1.240;SC=CACTGCTCCTGCCTCTGCTCT;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=205;TCF=106;TCR=99;TR=158;WE=72326326;WS=72326308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,164:0.77:213
chr10	72358577	rs885822	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,84:0.25:339
chr10	72360038	rs10999426	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=502;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TTGATTGGAGGACTCTGCCTT;SOR=0.303;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=32;WE=72360046;WS=72360028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chr10	72360059	rs10999427	C	T	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=991;ReadPosRankSum=2.181;SC=TCCAGGGCTCCTAGACCACCC;SOR=0.400;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=58;WE=72360067;WS=72360049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,61:0.78:78
chr10	72432498	rs12762780	C	A	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=1238;ReadPosRankSum=0.348;SC=CTAGCCTCGCCGCCCTCAGCC;SOR=0.972;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=81;WE=72432506;WS=72432488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,85:0.69:123
chr10	72432521	rs12762616	A	C	2374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.148;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=37;PP=1538;ReadPosRankSum=0.014;SC=GGACTTGGGGATCGGGCGCTT;SOR=1.015;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=94;WE=72432529;WS=72432511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,105:0.69:153
chr10	72434194	rs614201	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-2.023;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr10	72490102	rs7895554	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,20:0.24:82
chr10	72492212	rs2587478	T	C	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=39;PP=1183;SC=TTGGCCTGGTTCCAGTGTCCT;SOR=2.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=72492220;WS=72492202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	72492244	rs10740357	A	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GAGGAGCTGGACTGCCACTGC;SOR=0.148;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=15;WE=72492252;WS=72492234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
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chr10	72493876	rs10740358	T	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=871;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TTCCCCACGTTGCCCCTGGCT;SOR=0.994;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=65;WE=72493884;WS=72493866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,66:0.79:84
chr10	72493916	rs61852887	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=9.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-1.591;SOR=0.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
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chr10	72496375	rs1861517	A	G	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=4;PP=1112;SC=CTCCATCACTACCCTTTGTTC;SOR=3.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=44;WE=72496383;WS=72496365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr10	72500863	rs10999500	C	G	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.05;NF=73;NR=106;PP=2965;SC=AGCGCAACTCCTACTATGTGC;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=74;TCR=107;TR=179;WE=72500871;WS=72500853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	72503344	rs10999502	G	A	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.799;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,110:0.27:401
chr10	72505315	rs2791183	A	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=391;SC=CCCTGGGGGCAGTTTTCTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=72505323;WS=72505305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	72509809	rs2541229	C	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=683;SC=GCTACATCTGCTGCCAAGCCA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=72509817;WS=72509799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	72511228	rs61851560	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-3.158;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,14:0.16:88
chr10	72513682	rs2587475	C	T	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	72517837	rs6480463	C	T	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1051;ReadPosRankSum=-1.427;SC=GCAGCCTGCCCGCCTGTGGAG;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=74;WE=72517845;WS=72517827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,76:0.77:99
chr10	72520330	rs10823615	A	G	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=1.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,109:0.24:446
chr10	72532037	rs2253793	C	T	4424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.672;NF=82;NR=99;PP=2732;ReadPosRankSum=0.359;SC=ATGTAAGTTCCGTGACAGCAG;SOR=0.854;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=244;TCF=113;TCR=131;TR=181;WE=72532045;WS=72532027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,192:0.74:260
chr10	72532106	rs3832689	ATAAATATTTGT	A	1191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.677;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,37:0.27:139
chr10	72532238	rs2253801	T	C	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.509;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=1071;ReadPosRankSum=0.973;SC=CCTTGGTGAGTCCCCCAAATG;SOR=1.052;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=70;WE=72532246;WS=72532228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,77:0.62:124
chr10	72532443	rs10823618	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CTGCTCCAGGGAGAGGCAAGA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=4;WE=72532451;WS=72532433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr10	72533910	rs7077672	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=644;SC=CCAGGTCCCACTGGCCTCACC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=72533918;WS=72533900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	72534212	rs7078118	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=62;ReadPosRankSum=1.296;SC=GCAGCTTTCTCTAAGCATCCC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=6;WE=72534220;WS=72534202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr10	72535007	rs2254174	C	T	7699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=109;PP=2965;SC=TTCCAGGATCCGACACAGGAG;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=150;TCR=109;TR=258;WE=72535015;WS=72534997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr10	72536288	rs7897034	T	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.02;SOR=3.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	72536288	.	TGTGGT	CGTGGC,CGTGGT	558	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2,6;NR=6,32;PP=60,558;QD=14.1834843578;SC=TTTGCTGCATTGTGGTAAGGT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=8,38;WE=72536301;WS=72536278;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.21:38
chr10	72536293	rs2254308	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr10	72536779	rs2254422	A	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=730;SC=TGCTGACTCCACAGGGCTGGA;SOR=2.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=72536787;WS=72536769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	72536936	rs2254433	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=5.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,54:0.22:247
chr10	72537450	rs2254445	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=1;PP=773;SC=TAGGTCCTCCTTGCTGCTCCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=72537458;WS=72537440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	72614421	rs2171157	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=388;ReadPosRankSum=0.132;SC=CTGTCTCTACTGTACTCTTGC;SOR=0.487;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=69;TCR=11;TR=26;WE=72614429;WS=72614411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,25:0.30:82
chr10	72617256	rs2297842	A	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-0.530;SC=TTGGGTTTCCACTCAACATTT;SOR=0.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=7;WE=72617264;WS=72617246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr10	72619205	rs827255	C	T	6522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=124;PP=2965;SC=AGGCAGAAATCGTGAGGATAG;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=104;TCR=124;TR=228;WE=72619213;WS=72619195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr10	72635143	rs3998628	ATT	A	1932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.801;NF=24;NR=17;PP=1077;ReadPosRankSum=-2.012;SC=TCCTTCATTTATTTTTTTGTT;SOR=0.448;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=41;WE=72635152;WS=72635133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,57:0.77:74
chr10	72636450	rs923177	T	G	8220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=144;PP=2965;SC=TTTCTTCTCTTGGAAATTTAG;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=139;TCR=145;TR=283;WE=72636458;WS=72636440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
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chr10	72648086	rs827239	A	G	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.30;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr10	72648336	rs827237	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=0.114;SC=AGGCGGCGGCCGGGCGCGCAG;SOR=0.439;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=16;WE=72648344;WS=72648326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr10	72813306	rs10762420	G	A	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=59;PP=1759;ReadPosRankSum=-0.035;SC=GCCTCTGTCTGTGTTCCTGGG;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=99;TCR=76;TR=135;WE=72813314;WS=72813296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,149:0.76:197
chr10	72813361	rs10740361	A	G	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=55;PP=1433;ReadPosRankSum=1.552;SC=ATCTAATTGCAGGGTCACCCA;SOR=0.972;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=99;WE=72813369;WS=72813351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,109:0.77:142
chr10	73039860	rs4415677	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=32;PP=883;SC=GAGGCACAGGCCTAGCTCCAT;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=73039868;WS=73039850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	73044382	rs10823716	T	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=8;PP=462;SC=TGGGCAAGAGTGCCAGCAGGA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=73044390;WS=73044372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	73044413	rs10762434	G	C	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=11;PP=809;SC=AAGGCCGGGGGTGTCCTGTGC;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=73044421;WS=73044403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	73044580	rs12770025	G	A	8076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=161;NR=126;PP=2965;SC=GGAGCTCCGCGGGCACCACCA;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=161;TCR=126;TR=287;WE=73044588;WS=73044570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr10	73044674	rs10999762	G	A	7321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=147;PP=2965;SC=CCATCCCTGAGGATGCTGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=113;TCR=147;TR=260;WE=73044682;WS=73044664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr10	73044924	rs7350453	A	G	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	73044930	rs7350455	C	T	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	73044954	rs6480503	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=9;PP=1234;SC=GAAATTTCCCAGGCAAAGGCC;SOR=3.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=53;TCR=9;TR=62;WE=73044962;WS=73044944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	73047593	rs7074280	G	A	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=107;PP=2965;SC=TGCCAGAGCCGGGACAGCCAT;SOR=1.376;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=66;TCR=107;TR=173;WE=73047601;WS=73047583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	73050983	rs3740462	C	T	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=48;PP=1641;SC=CCAGAGTTTGCTCTAGAGATA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=66;WE=73050991;WS=73050973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	73056277	rs72810312	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=505;ReadPosRankSum=0.404;SC=GCCTCCATTTCTATGAGGACA;SOR=1.371;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=27;WE=73056285;WS=73056267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr10	73078862	rs7924115	C	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr10	73079004	rs72542481	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=264;ReadPosRankSum=-1.290;SC=CCGCCTGCCGCCTGCCAAGCC;SOR=0.287;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=20;WE=73079012;WS=73078994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr10	73079147	rs17525188	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=1.299;SC=TCCCTCCCGGGCCCTGGGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=9;WE=73079155;WS=73079137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	73082563	rs2277257	A	G	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=1768;ReadPosRankSum=-0.450;SC=CTCCACCTACAGAACCACAAG;SOR=0.616;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=176;TCF=92;TCR=84;TR=121;WE=73082571;WS=73082553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,133:0.70:189
chr10	73103904	rs41281300	C	G	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=14;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TCTCTGCTCGCGTGGAACTGC;SOR=1.486;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=63;WE=73103912;WS=73103894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,65:0.76:86
chr10	73104056	rs2243540	A	G	8402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=1.332;SC=CAGGTAGGCGACTCTCTTCCC;SOR=0.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=155;TCR=157;TR=311;WE=73104064;WS=73104046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,322:1.00:323
chr10	73111258	rs780667	G	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.865;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=604;ReadPosRankSum=-0.868;SC=TGGCTCACCAGCCCCAGCCCA;SOR=0.134;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=36;WE=73111266;WS=73111248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,43:0.77:56
chr10	73111408	rs780668	C	T	5837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GTGGACACTTCCTCCTGGACC;SOR=0.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=315;TCF=171;TCR=144;TR=233;WE=73111416;WS=73111398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,248:0.74:334
chr10	73115941	rs2252997	TG	CA	7519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=62;PP=2742;SC=TGACGGCCACTGTCTTCCTCG;SOR=0.928;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=88;TCR=62;TR=146;WE=73115950;WS=73115931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	73121645	rs2487067	C	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=281;ReadPosRankSum=0.980;SC=TGAGTGCCCACCCCTGGCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=14;WE=73121653;WS=73121635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr10	73121913	rs2487068	A	G	12763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=0.030;SC=CTACCCCGCCATCTGCACCAA;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=461;TCF=259;TCR=202;TR=459;WE=73121921;WS=73121891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,483:1.00:485
chr10	73121945	rs1084004	T	C	15542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=275;NR=242;PP=2965;SC=TCAACAAGGGTTCGGGCTCAC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=519;TCF=276;TCR=243;TR=517;WE=73121953;WS=73121935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr10	73122468	rs780680	G	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=418;ReadPosRankSum=-0.411;SC=TTTCACTTGGGGACAGAGAGC;SOR=0.914;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=24;WE=73122476;WS=73122458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr10	73199501	rs4747153	C	A	3433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=54;PP=2047;ReadPosRankSum=0.537;SC=CTCTCTGGAGCTGCAGAGGTG;SOR=0.504;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=166;TCF=101;TCR=65;TR=135;WE=73199509;WS=73199491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,143:0.82:174
chr10	73269714	rs2297953	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=3;PP=993;SC=TGTGATGATCTGTGGCCTGCT;SOR=3.417;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=73269722;WS=73269704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	73270906	rs3802720	T	C	13762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=260;NR=246;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.910;SC=ACATCCAGGTTGGGGATGTGA;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=508;TCF=261;TCR=247;TR=506;WE=73270914;WS=73270896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,533:1.00:535
chr10	73270982	rs3802719	G	A	15286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=1.034;SC=AGGAGCCACTGGGGTTACCCT;SOR=0.509;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=142;TCR=216;TR=357;WE=73271003;WS=73270972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,374:1.00:375
chr10	73270995	rs3802718	A	G	13971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=184;PP=2965;SC=GTTACCCTTGAGGGTATCAGA;SOR=1.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=114;TCR=185;TR=298;WE=73271003;WS=73270972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr10	73326757	rs7087735	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=664;ReadPosRankSum=0.196;SC=AAGAGAGTGACGGGGCATTCC;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=34;WE=73326765;WS=73326747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr10	73330454	rs736717	G	A	644.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5173;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=461;ReadPosRankSum=0.253;SC=CTTATGTGCTGCACGGTGCAG;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=24;WE=73330462;WS=73330444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
chr10	73337850	rs6480531	G	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=46;PP=1167;ReadPosRankSum=0.083;SC=AGAGGTCTGCGGGCATGTGGG;SOR=0.522;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=92;TCF=19;TCR=73;TR=60;WE=73337858;WS=73337840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,67:0.67:100
chr10	73377314	rs7903772	C	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=203;ReadPosRankSum=1.038;SC=AATCACTAGTCTCTACTTTTG;SOR=0.073;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=18;WE=73377322;WS=73377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr10	73377330	rs6480536	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.478;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=478;ReadPosRankSum=0.100;SC=TTTTGGATTATCCCCTACACC;SOR=4.553;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=20;WE=73377338;WS=73377320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr10	73403490	rs10823810	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.224;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=336;ReadPosRankSum=-2.813;SC=CTAGGGTGTGATCCTGGGGTC;SOR=1.402;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=24;WE=73403498;WS=73403480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,23:0.26:89
chr10	73406504	rs2305209	T	C	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1354;ReadPosRankSum=1.332;SC=TGAGCTGTGTTTGTTGGTGTA;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=76;WE=73406512;WS=73406494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,78:0.69:113
chr10	73406599	rs2305210	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=0.098;SC=GAGGGGTGACGAGACTGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=6;WE=73406607;WS=73406589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr10	73439066	rs3802717	A	T	5455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.003;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=34;PP=2965;ReadPosRankSum=2.612;SC=AGTCTTCCCCACCCTCCCAGC;SOR=2.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=139;TCR=35;TR=172;WE=73439074;WS=73439056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr10	73439101	rs1227042	T	C	9746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=208;NR=120;PP=2965;SC=TGGCCCCCAGTCTCCTGCAGG;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=208;TCR=122;TR=328;WE=73439109;WS=73439091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr10	73447281	rs1227087	G	A	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=273;ReadPosRankSum=0.983;SC=CTGGTTATACGGAGAGGCCAA;SOR=0.568;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=28;WE=73447289;WS=73447271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,29:0.28:104
chr10	73447555	rs1227086	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr10	73492079	rs1227065	A	G	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,106:0.23:471
chr10	73493837	rs141789033	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GGTGGCTTCCCAGTGGAATGT;SOR=1.651;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=15;WE=73493845;WS=73493827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr10	73494159	rs1227062	T	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-0.716;SC=TGACACTTCCTAACCCATGTC;SOR=0.845;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=14;WE=73494167;WS=73494149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr10	73494229	rs1227061	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=-0.264;SC=AGCCTGAGGCTTCGCCATGTC;SOR=0.495;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=9;WE=73494237;WS=73494219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr10	73499561	rs10762474	C	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,33:0.20:169
chr10	73501374	rs1227052	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=406;ReadPosRankSum=-0.495;SC=GGGGAGCCTTCGGGCTACAGG;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=93;TCR=17;TR=31;WE=73501382;WS=73501364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr10	73501556	rs1227051	G	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:368,89:0.19:457
chr10	73511040	rs114278565	G	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1365;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GAGAGTCAGGGACAGGGTCTG;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=104;WE=73511048;WS=73511030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,119:0.70:169
chr10	73514911	rs9415993	G	C	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=62;PP=1883;SC=AAAGGGGCTGGTGGGCACTTG;SOR=2.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=76;WE=73514919;WS=73514901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	73515103	rs3747858	G	T	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=19;PP=1079;SC=CCCAGGCAGGGAGGAATACTC;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=73515111;WS=73515093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	73520511	rs41305045	G	A	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GAGGAGGACCGGGGGGTTCTG;SOR=0.531;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=68;WE=73520519;WS=73520501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,69:0.77:90
chr10	73520632	rs3747869	A	C	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=41;PP=1542;SC=TACTTTCACTATCCTGGGAGG;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=73520640;WS=73520622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	73533177	rs3747862	A	G	7720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=151;PP=2965;SC=GCCGGCCTCCAGGGCCGTGGG;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=123;TCR=151;TR=274;WE=73533185;WS=73533167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr10	73537614	rs17712523	G	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=5.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=2.599;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,79:0.24:331
chr10	73538896	rs6480555	T	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=0;PP=822;SC=CATATCCGACTTCCCATATGA;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=73538904;WS=73538886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	73545236	rs3802709	G	T	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=13;PP=1760;SC=GGTCACTCTCGCCCCGGCGAG;SOR=2.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=76;WE=73545244;WS=73545226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	73550117	rs11592462	C	G	11508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=212;NR=201;PP=2965;SC=GCCGTGGTGACCTACCAGCTG;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=413;TCF=212;TCR=201;TR=413;WE=73550125;WS=73550107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr10	73570264	rs376497158	G	A	8065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=168;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TGAACTTTGCGCAGACAGAAC;SOR=0.471;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=439;TCF=213;TCR=226;TR=331;WE=73570272;WS=73570254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,354:0.75:471
chr10	73571581	rs140848302	C	CCT	1907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=16;PP=2322;SC=CCCACCGGAGCCACAAGCCTG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=49;WE=73571589;WS=73571571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	73578704	rs142614739	AAGTCTC	A	1479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=1486;SC=CCCCACGGCCAAGTCTCAGAG;SOR=3.675;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=25;WE=73578717;WS=73578694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	73583520	rs2249814	G	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=3.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	73591829	rs41306532	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=8.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr10	73594358	rs3878001	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr10	73611108	rs12261323	A	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,36:0.24:149
chr10	73765773	rs11000129	T	G	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=67;PP=1684;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TTCATCTTCCTTTCAAGGTGG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=118;WE=73765781;WS=73765763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,129:0.75:171
chr10	73767859	rs3740129	G	A	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=1206;ReadPosRankSum=1.525;SC=CTGGGGCTGCGGCAGCCCGCC;SOR=0.929;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=57;WE=73767867;WS=73767849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,57:0.78:73
chr10	73822507	rs1530803	C	T	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=5;PP=1307;SC=GCAGCCGGCTCCTGAGGGCGT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=73822515;WS=73822497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	73822957	rs1530802	G	A	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=59;PP=1640;SC=CAGAGCAGGGGCCCAGGCTGT;SOR=1.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=92;WE=73822965;WS=73822947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	73823019	rs1668172	A	G	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=784;SC=AGAAGTCTATACACCCCCAGA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=73823027;WS=73823009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	73824170	rs2242250	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=434;SC=TCTATGGCACGAAAACGCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=73824189;WS=73824160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	73824181	rs2242251	C	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=408;SC=AAAACGCTCACTCTCTATTTA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=73824189;WS=73824160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	73824203	rs2242252	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=357;SC=GGGAGCTCATTCCACAGCTGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=73824211;WS=73824193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	73827292	rs1530804	A	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=337;SC=ACAAGGGCAGACTGGCCCAGC;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=73827300;WS=73827285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	73832859	rs896074	C	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=391;SC=AGTATTCTTACGTCTTCATCA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=73832867;WS=73832849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	73846826	rs1245546	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=810;SC=CACCAGGTCGCCAGGAGCAGC;SOR=3.193;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=73846834;WS=73846816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	73848105	rs10713496	TG	T	523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=366;SC=GGGTTCGACCTGGGGGGGTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=73848113;WS=73848095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	73856984	rs3312	A	G	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=25;PP=2480;SC=ACCACCCAGGAAAGTCACCAT;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=88;TCR=25;TR=113;WE=73856992;WS=73856974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	73862032	rs1668154	C	T	7132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=145;NR=112;PP=2965;SC=TGAAAGGGAGCTACTTCATGG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=145;TCR=112;TR=257;WE=73862040;WS=73862022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr10	73964004	rs4237336	C	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=376;SC=CGAGACTCTGCCTCAAAAAAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=73964012;WS=73963994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	73970451	rs7069703	G	T	7032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=96;PP=2965;SC=GAGTTTCCTGGAAGTGTCTTC;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=232;WE=73970459;WS=73970441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr10	74100642	rs9416018	G	A	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=33;PP=1559;SC=GGTCAGAGGGGCTGAGTCAGG;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=74100650;WS=74100632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	74139200	rs11000276	T	G	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=29;PP=2146;SC=TAACCATTCCTTTTTCTGCAT;SOR=2.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=86;TCR=29;TR=115;WE=74139208;WS=74139190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	74182917	rs10823922	T	C	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=43;PP=2609;SC=CTCATCATTATGTTAATACCT;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=100;TCR=43;TR=143;WE=74182925;WS=74182907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	74183251	rs7069357	G	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=297;SC=TATTTTTGAGGTACAATTCTC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=74183259;WS=74183241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	74234817	rs915432	T	C	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=10;PP=1278;SC=TGCCCATCAGTTCCACATGTG;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=74234825;WS=74234807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	74235771	rs11000322	G	A	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=685;SC=GATCACCTGCGGTCAGGAGTT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=74235779;WS=74235761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	74268031	rs3793927	T	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=22;PP=649;SC=AAATTTTCTATAGAATGTATG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=74268039;WS=74268021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	74293584	rs10509343	A	T	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.92;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	74293601	rs11818304	T	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=22;PP=699;SC=CAAGTGAAATTTATAAAATGA;SOR=0.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=74293609;WS=74293591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	74452931	rs112298026	AGT	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.381;NF=0;NR=10;PP=299;ReadPosRankSum=1.092;SC=CTCTTGGGTGAGTGTGTGTGT;SOR=1.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=10;WE=74452940;WS=74452921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	74631107	.	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,23:0.24:97
chr10	74695287	rs2461917	T	C	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=380;SC=GTTGGAAGAATGAATGAGTCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=74695295;WS=74695277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	74769729	.	CT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.682;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr10	74896542	.	G	C	4011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=85;PP=2755;ReadPosRankSum=-0.815;SC=TATGACTTGAGATTATCAAGT;SOR=0.787;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=231;TCF=117;TCR=114;TR=167;WE=74896550;WS=74896532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,176:0.71:248
chr10	74928066	.	TGAG	T	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr10	75135833	.	TA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.085;SOR=1.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,17:0.19:90
chr10	75199699	.	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=9.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=2.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
chr10	75258558	rs61749235	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=3.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,32:0.22:147
chr10	75286616	.	CA	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.145;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr10	75305531	.	A	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=190;ReadPosRankSum=-1.444;SC=GATAGCTATGAAACCAAATGT;SOR=4.073;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=17;WE=75305539;WS=75305521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr10	75490217	rs11814282	T	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=0.313;SC=GGCACCGAACTTGCTCACAAC;SOR=0.368;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=75490225;WS=75490207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	75519322	rs10740418	T	C	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=58;PP=2239;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GACACTTCTGTAGACTTCAAA;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=200;TCF=121;TCR=79;TR=143;WE=75519330;WS=75519312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,153:0.72:213
chr10	75525999	rs3849969	A	G	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1815;ReadPosRankSum=0.771;SC=GTGTTTCCTGAGGTTAATGAT;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=96;WE=75526007;WS=75525989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,99:0.70:141
chr10	75526756	rs41280410	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=213;ReadPosRankSum=-0.416;SC=TAATAAATGACAAGGGAAGAG;SOR=0.813;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=12;WE=75526764;WS=75526746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr10	75532848	rs145929404	GCCAGGACTCCAGGTGTCCAGGACTCCAGGTGT	G,GCCAGGACTCCAGGTGT	1340.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=2,2;NR=7,7;PP=2190,1125;SC=GCGGGTTGAGGCCAGGACTCC;SOR=1.061;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=9,9;WE=75532887;WS=75532838;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.75,0.25:36
chr10	75545251	rs12256103	A	G	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=958;ReadPosRankSum=-0.512;SC=TTAAATAAAAATGTCCCCTAC;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=50;WE=75545259;WS=75545241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,52:0.75:69
chr10	75558867	rs2271271	G	A	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=75;PP=2197;ReadPosRankSum=-0.785;SC=GGTTCTGGCTGTATGAGCAAA;SOR=0.913;Source=Platypus;TCF=75;TR=132;WE=75558875;WS=75558857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,142:0.81:176
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chr10	75620757	rs2664282	T	C	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.362;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=53;PP=1403;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TTGTGATGATTTGCTGAAGTA;SOR=0.302;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=74;TCF=7;TCR=67;TR=60;WE=75620765;WS=75620747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,59:0.83:71
chr10	75632760	rs2675671	C	T	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1662;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GGGCAGACAACTTCTTGGTAT;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=113;WE=75632768;WS=75632750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,115:0.71:161
chr10	75672607	rs61567551	C	CA	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.709;HP=12;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.470;NF=16;NR=1;PP=166;ReadPosRankSum=-2.140;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=17;WE=75672615;WS=75672597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr10	75673101	rs2227564	T	C	4863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=102;PP=2822;ReadPosRankSum=-1.134;SC=GGCCTAAAGCTGCTTGTCCAA;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=154;TCR=143;TR=211;WE=75673109;WS=75673091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,221:0.71:312
chr10	75673731	rs2227566	C	T	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=52;PP=1736;ReadPosRankSum=0.936;SC=GGTATCTTCTCCCACAGTGAT;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=124;WE=75673739;WS=75673721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,137:0.67:204
chr10	75674740	rs2227571	C	T	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=82;PP=2092;ReadPosRankSum=0.955;SC=ATGAGCCCAGCGTGATCAAGG;SOR=0.979;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=69;TCR=107;TR=131;WE=75674748;WS=75674730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,135:0.75:180
chr10	75842152	rs2270548	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.904;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=470;ReadPosRankSum=0.246;SC=TCTGTCTTACGTTCTATCATG;SOR=1.351;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=33;WE=75842160;WS=75842142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr10	75843100	rs1908339	T	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,23:0.24:94
chr10	75863750	rs2270552	C	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=29;PP=763;SC=GAAATTGGAGCGGGACTGGTT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=75863758;WS=75863740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	75865065	rs767809	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=477;ReadPosRankSum=0.282;SC=CCATCTCCCCGATGGTGATGG;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=30;WE=75865073;WS=75865055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr10	75865159	rs55984079	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GAGGTTAACTCAGGAAAGGTC;SOR=0.175;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=75865167;WS=75865149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	75866929	rs2131957	C	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.344;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=850;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TGCTGCTGCACAGACAGTGCT;SOR=0.051;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=44;WE=75866937;WS=75866919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,44:0.83:53
chr10	75867193	rs2279648	G	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=0.529;SC=GTGTTTTAGAGCCTCCATCAC;SOR=0.421;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=25;WE=75867201;WS=75867183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr10	75871735	rs2131956	C	G	7390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=150;NR=99;PP=2965;SC=ATGCTGCTGGCTTCCCTGTCC;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=150;TCR=99;TR=249;WE=75871743;WS=75871725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr10	75874166	rs142879319	CGTGTGTGT	C	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=2.018;NF=0;NR=13;PP=539;ReadPosRankSum=1.247;SC=AAAGAGGCTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=13;WE=75874181;WS=75874156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr10	75874192	rs28639484	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.43;MQRankSum=-2.010;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.775;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr10	75885817	rs1908331	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=10.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,13:0.16:81
chr10	75889760	rs35456205	GA	G	3087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.252;HP=13;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.389;NF=5;NR=81;PP=1522;ReadPosRankSum=1.065;SC=CCTGAAGAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=6;TCR=94;TR=86;WE=75889769;WS=75889750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,124:0.97:128
chr10	75896601	rs10762576	A	C	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=40;PP=1161;SC=ATGGAAGGCAAAAAGAAAGGC;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=75896609;WS=75896591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	75936611	rs10824095	C	T	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=103;NR=75;PP=2965;SC=CGCCGTGGCGCTGGGCAGGAG;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=103;TCR=75;TR=178;WE=75936619;WS=75936601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
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chr10	76429870	rs10740443	T	C	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=64;PP=2965;SC=GAGCTTCAGATGTTACTGGGT;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=118;TCR=64;TR=182;WE=76429878;WS=76429860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
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chr10	77807092	rs1898070	A	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr10	77818594	rs7924288	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=1.131;SC=CATGGCAGTGCTTACACCCCA;SOR=0.518;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=8;WE=77818602;WS=77818584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
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chr10	78704773	rs149631521	CAG	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,9:0.13:70
chr10	78778734	rs16934182	G	A	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=37;PP=1531;SC=GTCTACAGCCGGGCCAGAAAG;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=78778742;WS=78778724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	78782876	rs7078109	T	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=31;PP=968;SC=TCACATTTCATTGGGTATCTC;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=78782884;WS=78782866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	78839127	rs139730603	A	AGTGT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr10	78868165	rs375194108	CAAAA	C,CA	4292.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,26,83:0.24,0.76:109
chr10	78880943	rs7907270	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=16;PP=539;SC=CTGGTACCTCAGACATATTCC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=78880951;WS=78880933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	78944590	rs1131824	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,63:0.21:301
chr10	78977190	rs16934368	A	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.514;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,79:0.28:280
chr10	79396463	rs12217221	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=36;ReadPosRankSum=-1.239;SC=CCTGTTATCTCGGGCCATGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=5;WE=79396471;WS=79396453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr10	79552151	rs1058202	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.794;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,17:0.19:90
chr10	79553673	rs2812425	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=300;ReadPosRankSum=-0.552;SC=ATGTAGAAAGTGCGGGCTTCT;SOR=0.625;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=88;TCR=19;TR=29;WE=79553681;WS=79553663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,28:0.25:112
chr10	79565655	rs2289311	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CAGGGCCATCGAGACCCTGCT;SOR=0.540;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=15;WE=79565663;WS=79565645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr10	79566480	rs58116353	CT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=0.728;SC=TCGGCGACCCCTGCCCCACCC;SOR=0.573;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=6;WE=79566488;WS=79566470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr10	79566632	rs1058198	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,74:0.19:381
chr10	79571108	rs2289309	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=93;ReadPosRankSum=1.239;SC=TAGCCCTGCACCCTGTGCCCT;SOR=0.976;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=9;WE=79571116;WS=79571098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr10	79575879	rs1248638	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,31:0.20:153
chr10	79579047	rs1248635	A	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,62:0.23:271
chr10	79579251	rs2289308	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.200;SOR=1.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr10	79581028	rs138732431	G	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=708;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GAAGCAATGCGGACCCTGGCC;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=53;WE=79581036;WS=79581018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,56:0.31:180
chr10	79584178	rs1248629	G	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,39:0.28:138
chr10	79589904	rs55854323	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.614;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr10	79590510	rs77492655	C	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=6.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.993;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,29:0.16:187
chr10	79590685	rs10824579	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=1.125;SC=AACATCCCACCGCGTAACGGC;SOR=1.329;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=9;WE=79590693;WS=79590675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr10	79590726	rs1248663	C	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=0.137;SC=CCATTTGAAACAGCTAAAATG;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=3;WE=79590734;WS=79590716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr10	79614189	rs1248692	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=8.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=1.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,28:0.18:152
chr10	79616605	rs1248696	T	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=32;PP=761;SC=ATTCACTTGCTGGTCAGTGAG;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=79616613;WS=79616595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	79628875	rs1248655	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,14:0.18:79
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chr10	79779150	rs1863898	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=39;PP=1028;SC=ATCCTGGGCAGCCTGCTGCCT;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=39;WE=79779158;WS=79779140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	79793688	rs3740253	C	T	11289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=181;NR=224;PP=2965;SC=CCCGTGCAGTCATCTGCCGCG;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=405;TCF=181;TCR=224;TR=405;WE=79793696;WS=79793678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr10	80288406	rs1865706	T	G	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=27;PP=1575;SC=TGAATATTTGTGTTGTTTCCA;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=80288414;WS=80288396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	80310465	rs2670191	T	C	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=45;PP=2113;SC=TGGGTGTTGTTGGAACCTACT;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=120;WE=80310473;WS=80310455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	80310636	rs7090749	G	A	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=63;PP=2631;SC=TCCAATGTAAGTGTGGAAAAA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=143;WE=80310644;WS=80310626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	80763534	rs10762829	A	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=605;ReadPosRankSum=2.211;SC=AAATTGGCCTAGCTTCCTAAC;SOR=0.785;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=38;WE=80763542;WS=80763524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr10	81037112	rs79407124	A	G	4317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=88;PP=2690;ReadPosRankSum=-0.928;SC=GGGTGCAGGTACTGAGCAGAC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=92;TCR=114;TR=157;WE=81037120;WS=81037102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,177:0.78:227
chr10	81037229	rs1250539	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=615;ReadPosRankSum=0.551;SC=TTACATCTTCGTGGGTGAGCC;SOR=1.629;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=33;WE=81037237;WS=81037219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr10	81045207	rs1250569	T	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=7;PP=1068;ReadPosRankSum=0.131;SC=CCCCATTTCATAGATGAGGTT;SOR=0.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=53;WE=81045215;WS=81045197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,59:0.86:69
chr10	81045280	rs1250568	T	C	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=53;PP=2466;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TCTCTCACTTTCTGGGCCCCA;SOR=0.333;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=173;TCF=111;TCR=62;TR=139;WE=81045288;WS=81045270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,151:0.80:189
chr10	81049687	rs12263204	C	T	6820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TCTTTCTAGGCGGGAGTGTCC;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=375;TCF=166;TCR=209;TR=282;WE=81049695;WS=81049677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,295:0.76:390
chr10	81050610	rs80309312	C	G	8109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.704;SC=CCCTGTTGTCCTGCCTCCACT;SOR=0.605;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=481;TCF=239;TCR=242;TR=353;WE=81050627;WS=81050600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,366:0.74:494
chr10	81058027	rs1250552	A	G	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.318;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=7;PP=1508;ReadPosRankSum=0.302;SC=GAGAGAGAAGAGTTTCCCTGG;SOR=1.533;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=89;TCF=78;TCR=11;TR=69;WE=81058035;WS=81058017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,69:0.78:88
chr10	81060474	rs1250549	T	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=990;ReadPosRankSum=1.362;SC=CTGAGCACCCTCGTTCCCCAC;SOR=0.544;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=61;WE=81060482;WS=81060464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,64:0.82:78
chr10	81060829	rs1782648	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=0.939;SC=GCCCACAGCCGCCAAAGATAC;SOR=0.204;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=81060837;WS=81060819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr10	81065201	rs1250558	G	A	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1190;ReadPosRankSum=1.122;SC=CAGCAGGGGTGGGACCCCACT;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=78;WE=81065209;WS=81065191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,87:0.81:108
chr10	81065774	rs1250557	G	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=2;PP=882;SC=AAGGTCACCTGGGTGTCTGTC;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=81065782;WS=81065764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	81067480	rs1972346	C	G	587.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.6792;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=462;ReadPosRankSum=0.532;SC=ACTGAGGCTACGTCGTGCCCT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=21;WE=81067488;WS=81067470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr10	81072523	rs2802359	G	C	3339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=91;PP=2648;ReadPosRankSum=0.270;SC=CCCGGTCGGGGCCATCCCTCC;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=41;TCR=116;TR=122;WE=81072531;WS=81072513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,129:0.78:166
chr10	81073763	rs2997468	G	C	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.43;SOR=4.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	81073763	.	GG	CA,CG	505	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=59.85;NF=24,35;NR=0,0;PP=505,76;QD=23.2694947859;SC=CTGCAGGCATGGGGGGGAGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=24,35;WE=81073772;WS=81073757;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.63:38
chr10	81073764	rs2985841	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=9.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.09;ReadPosRankSum=1.131;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr10	81074125	rs1782652	T	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=23;PP=575;SC=GGTCCCCAGCTCTCCTCTGTG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=81074133;WS=81074115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	81108956	rs2233718	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=217;ReadPosRankSum=0.056;SC=GTCGGGGCTCAGAGACCCCTG;SOR=0.283;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=19;WE=81108964;WS=81108946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr10	81266411	rs1010929	T	C	5332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.856;NF=110;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.702;SC=AGACCTACAGTTGCAGAAGGT;SOR=0.575;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=270;TCF=140;TCR=130;TR=197;WE=81266419;WS=81266401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,211:0.73:289
chr10	81267591	rs1250778	C	T	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=58;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.454;SC=GGGGACTCTCCAGTGCAAGAG;SOR=1.224;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=92;WE=81267599;WS=81267581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,105:0.82:128
chr10	81270253	rs373503554	A	G	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.02;MQRankSum=-8.495;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,74:0.43:174
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chr10	81272881	rs199829110	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQRankSum=-0.999;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.377;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
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chr10	81286427	rs1250961	G	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQRankSum=-4.554;QD=5.08;ReadPosRankSum=-3.262;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
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chr10	81317741	rs145350846	G	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.772;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.496;NF=31;NR=9;PP=750;ReadPosRankSum=0.344;SC=ATTCTAGAAGGTGGTGCTGAG;SOR=2.274;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=40;WE=81317749;WS=81317731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr10	81318545	rs2217231	A	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=2;PP=634;SC=GCCCTTGGGGAACCTGCAGGG;SOR=3.477;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=81318553;WS=81318535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	81318565	rs17882088	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=-0.372;SC=GTTTGTCTGACCCCCATCACC;SOR=0.616;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=10;WE=81318573;WS=81318555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr10	81318820	rs17880349	G	A	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=34;PP=1001;SC=GTTGGAGCTAGTGAGACTCGA;SOR=2.461;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=44;WE=81318828;WS=81318810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	81318930	rs1250943	C	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=3;PP=116;SC=GAACCCACCACCCCTGCAGAC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=81318938;WS=81318925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	81319214	rs1059046	G	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.16;QD=31.77;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	81319267	rs1650232	C	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.93;QD=31.70;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	81319423	rs1975008	C	T	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=39;PP=1492;SC=CCAAGCATCACCTGGCACCTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=81319431;WS=81319413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	81319483	rs1975007	A	G	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=39;PP=1466;SC=GGGTCTCAAGACTGCTGAGGA;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=81319491;WS=81319473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	81342369	rs34032311	G	T	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=63;NR=80;PP=2367;SC=TCCGCTCACCGTTGGTCATGA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=143;WE=81342377;WS=81342359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	81342469	rs2678654	A	G	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.65;QD=27.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	81343036	rs3855862	G	A	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=29.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	81371729	rs1136450	C	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.88;QD=30.08;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	81373182	rs4253524	G	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=332;SC=GAATGGCCCAGAGGAGACAGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=81373190;WS=81373172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	81373542	rs3997777	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.47;MQRankSum=-0.177;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr10	81846062	rs61859013	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=2.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-1.295;QD=3.01;ReadPosRankSum=-1.395;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,62:0.23:268
chr10	81901722	rs745182	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=380;SC=GGCCGTCCTCCGCTTGCTCCT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=81901730;WS=81901720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	81904638	rs2819874	G	A	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=10;PP=930;SC=CTCACTGGGGGCCTCTGCTTT;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=81904646;WS=81904628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	81915790	rs2789687	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=888;SC=GGGAATTTTCTCCCACTGCAG;SOR=3.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=81915798;WS=81915780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	81917708	rs1079242	A	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=15;PP=1125;SC=CAACCTGCACATGGAAGTTAC;SOR=1.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=55;WE=81917716;WS=81917698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	81921918	rs2245168	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=584;SC=CTGAACTAGATGGCCTCTAAA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=81921926;WS=81921908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	81923961	rs2236557	G	A	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1111;SC=CAGCACTCGGGAAGAAGGGTG;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=81923969;WS=81923951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	81925785	rs2573348	C	T	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.10;QD=46.32;SOR=2.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	81925795	rs9421228	C	T	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.14;QD=45.90;SOR=2.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	81925796	.	GCGCACACACACACA	G,GCA,GCACA	4260.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.31;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=30,30;NR=19,19;PP=78,1420;SC=GCACACACGCGCGCACACACA;SOR=1.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=49,49;WE=81925817;WS=81925775;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.83:105
chr10	81926702	rs1049550	G	A	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=62;PP=2384;ReadPosRankSum=0.125;SC=TTGTTGGAGCGACTCCCCAGG;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=144;WE=81926710;WS=81926692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
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chr10	81995007	rs1250973	A	G	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.655;NF=91;NR=45;PP=1828;ReadPosRankSum=0.719;SC=TTGGTAAGTCACTGTGGATTT;SOR=0.524;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=283;TCF=193;TCR=90;TR=136;WE=81995015;WS=81994997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,126:0.52:244
chr10	81995059	rs200784765	A	G	5418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=2.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.01;MQRankSum=-5.538;QD=15.57;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,145:0.42:348
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chr10	81995240	rs61862376	G	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.824;NF=5;NR=29;PP=528;ReadPosRankSum=0.491;SC=GCATCAGGAGGGCCACAATTC;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=13;TCR=76;TR=34;WE=81995248;WS=81995230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr10	82012599	rs12219032	T	C	7459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.541;NF=145;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.907;SC=CATCCACCTCTCGAAGCTGGT;SOR=0.439;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=382;TCF=184;TCR=198;TR=290;WE=82012607;WS=82012589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,314:0.77:408
chr10	82012748	rs12217395	G	A	7087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.614;SC=ACACCCTGCAGCTGTAGGTCT;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=406;TCF=238;TCR=168;TR=283;WE=82012756;WS=82012738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,299:0.70:426
chr10	82012954	rs12773664	A	G	16328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=258;PP=2965;ReadPosRankSum=1.727;SC=GACCTCATCCATCTTTTATAG;SOR=0.568;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=414;TCF=156;TCR=258;TR=414;WE=82012975;WS=82012944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,424:1.00:425
chr10	82012967	rs12411782	G	T	6834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.089;SC=TTTTATAGCTGCCTTCCTCTA;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=372;TCF=140;TCR=232;TR=273;WE=82012975;WS=82012944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,283:0.73:388
chr10	82013047	rs72809528	T	C	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-2.296;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,59:0.26:229
chr10	82013119	rs12411806	G	A	4423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.589;NF=101;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=0.830;SC=GAATCTCCTCGGTTACTTCAA;SOR=0.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=231;TCF=139;TCR=92;TR=170;WE=82013127;WS=82013109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,179:0.74:243
chr10	82013134	rs1298908	C	T	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=2.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.573;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,59:0.24:245
chr10	82013146	rs2573326	T	C	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=3.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.565;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.257;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,57:0.24:242
chr10	82034162	rs72809554	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
chr10	82034842	rs10887711	A	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CAGCATATGCAGCTGAGCGGT;SOR=0.634;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=39;WE=82034862;WS=82034832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr10	82034854	rs10788546	T	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=1593;ReadPosRankSum=-1.229;SC=CTGAGCGGTCTACCTTGGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=50;WE=82034862;WS=82034832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr10	82039825	rs72809562	G	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-3.293;SC=TGAATGCCCAGATTGAATATT;SOR=0.763;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=12;WE=82039833;WS=82039815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr10	82040052	rs1143694	A	G	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=81;PP=2935;SC=TCTCGTCGGTAGCATAGCCGA;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=78;TCR=81;TR=159;WE=82040060;WS=82040042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	82040346	rs2282367	A	G	8275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=99;PP=2965;SC=GTGCTAGGACAAGAATCCACC;SOR=1.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=197;TCR=99;TR=295;WE=82040354;WS=82040336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr10	82049251	rs145126070	T	TTTCTTC,TTTC	2124.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003,0.4997;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;NF=0,0;NR=34,34;PP=1342,15;SC=TGAGTTTTTTTTTCTTCTTCT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=34,34;WE=82049259;WS=82049241;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.98:53
chr10	82095804	rs72815321	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=0.088;SC=TCCTTAGAGGAAAAAAAAAGG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=13;WE=82095812;WS=82095794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr10	82095968	rs1340383	T	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=15;PP=580;SC=AAGTAAATATTCCTTAATACA;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=82095976;WS=82095958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	82111460	rs11202652	T	A	142.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGTATATGTGTATACAAGAAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=82111468;WS=82111450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	82112488	rs1572819	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=519;SC=GACACCTCCCATTGGGGGTGT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=82112496;WS=82112478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	82126808	rs1047952	C	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=264;SC=AAGGCAAGTTCAGGGACTCTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=82126816;WS=82126798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr10	82182328	rs1870143	G	A	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=60;PP=1706;SC=ATTGTTTTCCGGCCAGAACCA;SOR=1.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=89;WE=82182336;WS=82182318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	82182405	.	C	CT	194	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=194;QD=42.9742934119;SC=CTAGGTATTTCTTTGATTTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=82182413;WS=82182395;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr10	82191643	rs6585994	A	G	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=46;PP=2621;SC=GTCCTTTGCTATTCAAGCAAA;SOR=1.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=88;TCR=46;TR=134;WE=82191651;WS=82191633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	82264423	rs2343550	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.607;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,19:0.17:113
chr10	82269238	rs10785897	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=498;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GTAAGCACCTCCCCAGCGGGC;SOR=1.150;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=25;WE=82269246;WS=82269228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr10	82331347	rs59617064	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5364;FS=3.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=659;ReadPosRankSum=0.195;SC=GGGCCAGCGCATGGGGCCCCT;SOR=1.568;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=36;WE=82331355;WS=82331337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr10	82369219	rs17107368	T	A	3161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=49;PP=2116;ReadPosRankSum=0.164;SC=TCTCCAGAGATGTCATCGTCC;SOR=0.433;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=177;TCF=115;TCR=62;TR=131;WE=82369227;WS=82369209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,139:0.75:186
chr10	82394019	rs71310969	G	GT	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.860;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,25:0.23:109
chr10	83637775	rs1884282	C	G	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=40;PP=1889;ReadPosRankSum=0.712;SC=GGACTACACACGGTAGGGGTA;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=112;WE=83637783;WS=83637765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,117:0.72:163
chr10	84586960	.	TAAAAAAAAAA	T	677	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=20;HapScore=2;MGOF=95;MMLQ=15;MQ=53.8;NF=1;NR=2;PP=677;QD=226.666666667;SC=TACCAAATTGTAAAAAAAAAA;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=84586977;WS=84586950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr10	84625107	rs478010	C	T	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.614;SC=ATGTATAGAGCTTTTTCTAAC;SOR=0.363;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=113;TCR=82;TR=195;WE=84625115;WS=84625097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr10	84718677	rs17101139	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.294;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr10	84738992	rs999799	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=-0.842;SC=ACTGGCTATATATGCTTACTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=4;WE=84739000;WS=84738982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr10	84744926	rs17101193	C	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,51:0.26:195
chr10	84745040	rs17101196	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,34:0.22:154
chr10	85902394	rs3816716	G	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-1.891;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,43:0.21:201
chr10	85903888	rs10887241	G	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.800;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=681;ReadPosRankSum=-0.147;SC=TAAGTAAACTGTTCCTAAACA;SOR=0.247;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=41;WE=85903896;WS=85903878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr10	85908688	rs7069909	G	A	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=894;SC=TGGAATTTAAGCCTCATGTTT;SOR=2.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=85908696;WS=85908678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	85936160	rs4348833	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,37:0.30:125
chr10	85944313	rs12250279	A	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
chr10	85944322	rs35568118	T	A	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr10	85955440	rs11592361	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,14:0.16:89
chr10	85957681	rs11200915	A	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=137;ReadPosRankSum=-1.658;SC=CCAAGCCTTCATGGGGGCTTT;SOR=1.188;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=11;WE=85957689;WS=85957671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr10	85958658	rs59594596	A	AAG	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=1.620;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr10	85958739	rs11200917	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.905;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.890;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,40:0.29:136
chr10	85960274	rs11200920	A	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,17:0.19:89
chr10	85960296	rs10788334	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,22:0.18:122
chr10	85960395	rs4933975	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,16:0.13:119
chr10	85961758	rs11200922	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,21:0.20:104
chr10	85962650	rs7073076	T	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,20:0.19:108
chr10	85965819	rs10788335	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-0.956;SC=GAGCACCTGCACCAGACATGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=3;WE=85965827;WS=85965809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr10	85974236	rs3814213	T	C	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=66;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CCGTGCCTACTGTCTCTGGCT;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=148;TCR=216;TR=111;WE=85974244;WS=85974226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,117:0.31:372
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chr10	85978809	rs4562752	T	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=5.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=171;ReadPosRankSum=0.337;SC=AGAACACTAATGTACTATTAT;SOR=0.854;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=11;WE=85978817;WS=85978799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
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chr10	86259872	rs56347056	C	A	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=527;ReadPosRankSum=0.021;SC=TCTCTTAACACTTCCTTTTAC;SOR=0.454;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=26;WE=86259880;WS=86259862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr10	87362579	rs60453921	T	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=0.496;SC=TGGGCGAGTATCCCTTTCATG;SOR=0.330;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=5;WE=87362587;WS=87362569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
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chr10	88024443	rs2607863	T	C	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=34;PP=1887;SC=CCATGTCCCATGCAGGAGCCG;SOR=1.397;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=109;WE=88024451;WS=88024433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	88024553	rs10887569	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,85:0.26:325
chr10	88125921	rs10887587	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=587;SC=CGGTGCACAGCTCCTCCGCCG;SOR=3.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=88125929;WS=88125911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	88126056	rs11202000	T	G	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=112;NR=89;PP=2965;SC=CGGCCCGGCCTCCAGCCGCGC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=112;TCR=89;TR=201;WE=88126064;WS=88126046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
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chr10	88203208	rs7094269	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=34;PP=1006;SC=ATCTTTACTTTAAAACTGCTA;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=88203216;WS=88203198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr10	88226851	.	T	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.992;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=535;ReadPosRankSum=0.652;SC=TAAATACAGATAAACTAGTTT;SOR=1.911;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=23;WE=88226859;WS=88226849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
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chr10	88256943	rs4934215	C	T	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=16;PP=1461;SC=AAATCACTGACAGTGCTTTAC;SOR=2.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=72;WE=88256951;WS=88256933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	88281346	rs4934218	A	G	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=47;PP=2123;SC=GGCCGGGCCCAGGCCTAGCTC;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=100;WE=88281354;WS=88281336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	88281367	rs142142942	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=26.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=299;ReadPosRankSum=-1.061;SC=TCGCTGGCCGCCACTGCTGGA;SOR=3.150;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=21;WE=88281375;WS=88281357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,21:0.26:81
chr10	88440018	rs45598635	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=346;ReadPosRankSum=-1.023;SC=GGATGAGGCCGTGGGATCAGC;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=17;WE=88440026;WS=88440008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr10	88445385	rs3740345	G	C	3884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=61;PP=2627;ReadPosRankSum=0.959;SC=ACTGCCCCTGGTGGAGCCTCT;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=235;TCF=146;TCR=89;TR=157;WE=88445393;WS=88445375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,167:0.66:252
chr10	88458996	rs374727638	TTCTC	T,TTC	1954.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.791;QD=20.36;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,36,44:0.38,0.46:96
chr10	88466465	rs45459491	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=1.531;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,27:0.24:112
chr10	88635779	rs11528010	C	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.519;NF=12;NR=3;PP=257;ReadPosRankSum=0.351;SC=TTGAACAATGCCTCAGCTATA;SOR=1.569;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=15;WE=88635787;WS=88635769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr10	88676749	rs374702079	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.945;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr10	88679356	rs56183521	TG	T	43.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=0.319;SC=AATGTATAGTTGGGGGGGATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=88679364;WS=88679346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	88683122	rs7074064	T	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TGTTTTCTCATTCCCTTATAG;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=10;WE=88683130;WS=88683112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr10	88702350	rs4934281	G	C	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=48;PP=1691;SC=TGGAGGCCGTGAAGGGAGGCG;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=82;WE=88702358;WS=88702340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	88702390	rs10887673	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
chr10	88705306	rs3750822	T	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,42:0.15:280
chr10	88717140	rs4244973	T	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=508;SC=CTTACCGTCCTACGGGGTCCT;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=88717162;WS=88717130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	88717154	rs3750823	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=362;ReadPosRankSum=1.028;SC=GGGTCCTTGCCGGTGTCCTCA;SOR=0.922;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=26;WE=88717162;WS=88717130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr10	88718436	rs1800373	A	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=538;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CTGCAGCAGCACAACCCTGCA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=27;WE=88718444;WS=88718426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr10	88719569	rs760112	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr10	88719789	rs760113	C	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,49:0.26:187
chr10	88722398	rs9864	A	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-1.638;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,38:0.20:187
chr10	88728246	rs117748202	G	A	9912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GCCACTCTGGGCAGGATCCAA;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=555;TCF=317;TCR=238;TR=406;WE=88728254;WS=88728236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,432:0.73:591
chr10	88730106	rs2279602	C	T	5901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CACATCCTCTCCTCTGCAGAG;SOR=0.500;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=349;TCF=201;TCR=148;TR=255;WE=88730114;WS=88730096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,261:0.74:355
chr10	88730177	rs2279601	A	G	6465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.177;SC=CTAAGCCTACAGGCACTGTGG;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=381;TCF=200;TCR=181;TR=280;WE=88730185;WS=88730167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,286:0.74:389
chr10	88730312	rs4869	T	C	6599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.245;SC=TCTCTGGGATTGGGAAAAAAT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=422;TCF=199;TCR=223;TR=292;WE=88730320;WS=88730302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,305:0.71:432
chr10	88730374	rs7960	C	T	4782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.919;SC=CCTGAAATGACAGCAGGGAGA;SOR=0.603;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=133;TCR=154;TR=197;WE=88730382;WS=88730364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,206:0.70:294
chr10	88768253	rs2641563	A	G	5838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.72;MQRankSum=-1.572;NF=112;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.801;SC=ACCCACGCCCATTTGCAAGCA;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=145;TCR=172;TR=246;WE=88768261;WS=88768243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,264:0.79:335
chr10	88768657	rs1745901	C	T	4040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.95;MQRankSum=1.515;NF=91;NR=76;PP=2534;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CCAATTCAGACATCGGGCTGG;SOR=0.554;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=237;TCF=133;TCR=104;TR=167;WE=88768665;WS=88768647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,177:0.69:255
chr10	88930249	rs11202365	A	T	5900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=80;PP=2965;SC=CAGTGTAGTTAGTGAAGTTGT;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=123;TCR=80;TR=203;WE=88930257;WS=88930239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	88935590	rs11202370	C	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=8;PP=584;SC=TAATCTGATACTAAGCCTAGA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=88935598;WS=88935580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	88939962	rs7081609	T	C	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=87;PP=2765;SC=TATATACTGGTTGTGCAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=133;WE=88939970;WS=88939952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	89264593	rs2233166	C	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=802;ReadPosRankSum=0.432;SC=GAAGCGCCCTCCAGACCCGCC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=50;WE=89264601;WS=89264583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,56:0.73:77
chr10	89267957	rs3843597	C	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=29;PP=1166;SC=AGTTTCCTGACCAATATGTGC;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=89267965;WS=89267947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	89269267	rs3843598	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=305;SC=AGGCTAATGTGGTGAACATCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=89269275;WS=89269257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	89419638	.	C	CGCT	2657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=2405;ReadPosRankSum=-1.147;SC=GTCCGGCAGCCGCTGCTGCTG;SOR=1.342;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=48;WE=89419646;WS=89419628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,105:0.81:129
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chr10	89420789	rs2762528	A	G	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=70;PP=2221;SC=TCTCTAGTAGATAGACGTGCA;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=134;WE=89420797;WS=89420779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	89420898	rs10595979	TAA	T	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.43;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr10	89527300	rs1819163	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=2;PP=68;SC=GACCAGTACCAGTCTGTGGCT;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=89527308;WS=89527290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	89552283	rs11202557	T	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=12;PP=713;SC=GGAATACAACTATATGCCGAG;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=89552291;WS=89552273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	89653686	rs1903858	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=2;PP=177;SC=AGTGGGGAAAACTTTCTTTTC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=89653694;WS=89653676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	89690952	rs1799734	T	TTTATC	1021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=1225;SC=GAGATACATATTTAAGAATTA;SOR=2.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=20;WE=89690960;WS=89690942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	89720907	rs555895	T	G	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=47;PP=1345;SC=GTGGGGGTTGTTGACTTGTAT;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=60;WE=89720915;WS=89720897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	89725078	.	C	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQRankSum=-0.326;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,48:0.25:195
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chr10	90074145	rs11202711	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr10	90305245	.	T	C	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1220;ReadPosRankSum=0.124;SC=TATGTACAACTGCCCTTTACA;SOR=0.989;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=98;WE=90305253;WS=90305235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,110:0.73:151
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chr10	90356598	rs1409136	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
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chr10	90484422	rs11358016	GA	G	1174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.654;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.814;NF=0;NR=20;PP=944;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CATTTATTCAGAAAAAAATGC;SOR=0.243;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=0;TCR=60;TR=20;WE=90484430;WS=90484410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr10	90486793	rs407433	T	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.547;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
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chr10	90490921	rs412227	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,20:0.16:129
chr10	90497588	rs444764	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,33:0.27:121
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chr10	90499894	rs443886	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=147;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CTCTCAGAGAGCTCACTGCAG;SOR=0.325;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=15;WE=90499902;WS=90499884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
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chr10	90503075	rs390152	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,21:0.25:84
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chr10	90522182	rs843782	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=1.357;SC=ATTGGATTAGTCTTTAAATAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=4;WE=90522190;WS=90522172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr10	90524237	rs430517	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=5.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=1.238;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,47:0.19:246
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chr10	90528499	rs450011	C	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,64:0.28:226
chr10	90534085	rs303470	A	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=1.406;SC=GTATTGACCTAAATGGTATAT;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=7;WE=90534093;WS=90534075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	90534787	rs303472	T	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.913;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr10	90537732	rs303484	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=259;ReadPosRankSum=0.211;SC=TGAGGAGCTTCCTCTCATGAA;SOR=0.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=27;WE=90537740;WS=90537722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,31:0.28:109
chr10	90538020	rs303485	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=0.502;SC=TTTACTTTTCAATTAAAAGTT;SOR=0.287;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=12;WE=90538028;WS=90538010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr10	90562596	.	T	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.787;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,36:0.22:160
chr10	90565671	rs303534	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,14:0.16:87
chr10	90565864	rs303533	T	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=2.437;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,15:0.21:73
chr10	90574222	rs303524	C	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr10	90574957	rs61740492	G	C	4807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.808;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.339;SC=CCAAATTTTTGTTGCTGCCAG;SOR=0.652;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=270;TCF=142;TCR=128;TR=196;WE=90574965;WS=90574947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,205:0.73:279
chr10	90585819	rs7893917	G	A	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.336;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=28;PP=1137;ReadPosRankSum=-1.385;SC=TAACTTCGACGCCAGCATCAA;SOR=1.147;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=88;WE=90585827;WS=90585809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,99:0.67:148
chr10	90588154	rs1977537	A	G	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	90588161	rs1029025	C	T	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.33;SOR=3.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	90674434	.	AAT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.400;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr10	90767395	rs2031611	G	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=2;PP=677;SC=TCCCTCTATAGTTCCCACCCT;SOR=3.528;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=90767403;WS=90767385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	90767482	rs2229521	A	G	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=39;PP=1858;ReadPosRankSum=0.149;SC=GGGACTGCACAGTCAATGGGG;SOR=0.950;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=112;WE=90767490;WS=90767472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,116:0.80:145
chr10	90770439	rs2296600	C	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=7.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.414;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,54:0.22:244
chr10	90771829	rs2234978	T	C	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=65;PP=2236;SC=AATCTCCAACTTTAAATCCTG;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=118;WE=90771837;WS=90771819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	90773303	rs1571019	A	G	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=447;SC=TTTATAATGAATACTCATAGT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=90773311;WS=90773293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	90982081	rs6586175	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=-0.918;SC=CCCACGTATAACACAGTGTGC;SOR=0.242;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=10;WE=90982089;WS=90982071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr10	90985067	rs72163486	CGCCCTCTCGCGGA	C	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.825;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,18:0.20:88
chr10	90988250	rs2071509	C	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=305;SC=GATCCATAAGCAAATAATGAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=90988258;WS=90988240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	91005713	rs3740044	G	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=0.484;SC=CTCATCACAAGAGTAAATCCT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=91005721;WS=91005703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr10	91007339	rs1051339	C	T	3874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=77;PP=2375;ReadPosRankSum=1.473;SC=AGTTTCCCTCCAGACCCCTCA;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=175;WE=91007347;WS=91007329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,184:0.70:264
chr10	91007360	rs1051338	T	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,78:0.25:306
chr10	91007470	rs2250781	C	A	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=57;PP=1632;SC=ATTCTGGTAACTTAATGCTCC;SOR=2.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=78;WE=91007478;WS=91007460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr10	91092219	rs142253655	G	A	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=1041;ReadPosRankSum=-2.319;SC=GAGGGATCTTGATAGGGTTCC;SOR=0.546;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=62;WE=91092227;WS=91092209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr10	91162497	rs303211	A	G	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=96;PP=2965;SC=GTGGAGGAAAAAATTATGAAC;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=194;WE=91162505;WS=91162480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr10	91344169	rs1063943	G	A	4467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=82;PP=2697;ReadPosRankSum=0.681;SC=GTCTCTACTTGTCATCAGTCA;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=259;TCF=144;TCR=115;TR=189;WE=91344177;WS=91344159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,202:0.73:276
chr10	91352650	rs17481096	C	T	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.693;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=63;PP=1694;ReadPosRankSum=1.979;SC=AGACCTTTTCCTCACATTTCA;SOR=1.199;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=144;TCF=59;TCR=85;TR=104;WE=91352658;WS=91352640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,116:0.75:154
chr10	91352667	rs10509577	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=5.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,28:0.23:123
chr10	91352850	rs10160034	C	A	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=926;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TAAAGGGAAGCTTTCCTAAGG;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=65;WE=91352858;WS=91352840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,75:0.76:99
chr10	91352966	rs2296616	G	A	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=65;PP=2365;SC=CATTCAACGCGCACATCCGAG;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=129;WE=91352974;WS=91352956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	91358943	rs62620049	C	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=188;ReadPosRankSum=1.082;SC=ATATAAATAACCTTTTACTAT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=10;WE=91358951;WS=91358942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr10	91371329	rs41297163	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=-0.917;SC=AAACTGAGGCACAGAGCGGTG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=91371337;WS=91371319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr10	91371445	rs7896079	C	A	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.32;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	91371445	.	CG	AA,AG	679	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=11,39;NR=8,23;PP=155,679;QD=10.9719934138;SC=AAGACAAACCCGACCTACCAT;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=19,62;WE=91371454;WS=91371435;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.29:65
chr10	91371446	rs72818709	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-2.396;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr10	91371844	rs3802655	C	T	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=884;SC=GAATGCTATGCGTGCAAAGAA;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=91371852;WS=91371834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	91373511	rs7079690	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=214;SC=CTGGTCATCCTCATTTGTTGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=91373519;WS=91373509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	91373624	rs7091626	G	A	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.89;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	91373624	.	GGGATTCG	AGGATTCA,AGGATTCG	520	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=12,44;NR=4,17;PP=174,520;QD=14.2167421789;SC=GCCCCAGACTGGGATTCGGAA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=16,61;WE=91373639;WS=91373614;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.26:61
chr10	91373631	rs56160723	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,18:0.22:80
chr10	91373847	rs7076397	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=27;PP=780;SC=AGTCTTTTTCAGTGGAGTTTT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=91373855;WS=91373837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	91404448	rs11185826	C	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=403;ReadPosRankSum=-0.338;SC=GCTGCGGCTGCAGCTCCGGCA;SOR=0.250;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=23;WE=91404456;WS=91404438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr10	91404832	rs12769113	T	C	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=75;PP=2039;ReadPosRankSum=-1.549;SC=CCACCTCCTCTGCGCCCTGCC;SOR=0.304;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=166;TCF=67;TCR=99;TR=132;WE=91404840;WS=91404822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,139:0.79:177
chr10	91469576	rs10881631	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=301;ReadPosRankSum=-1.456;SC=GTGGCACCTATTTTAAGAATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=14;WE=91469584;WS=91469570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr10	91470660	rs7089473	T	G	259.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=175;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AATAAACAAGTAAAGTTTCCT;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=91470668;WS=91470650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr10	91470834	rs1048057	A	C	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=457;ReadPosRankSum=0.727;SC=AGAATACTTAAGGTTATCATC;SOR=1.040;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=37;WE=91470842;WS=91470824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr10	91470953	rs10881632	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GACTTCTTATAAACCCTTTAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=91470961;WS=91470943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	91473887	rs11185853	G	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=640;ReadPosRankSum=0.368;SC=ATTATATGAAGTACACTTGAA;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=42;WE=91473895;WS=91473877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,45:0.75:60
chr10	91473975	rs11185854	T	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=161;SC=CGGTGGCTCATGCCTGTAATC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=91473983;WS=91473965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	91474699	rs57304303	C	CT	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr10	91475098	rs3758384	A	G	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=77;SC=ATGTTTTGGTATATTTATTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=91475106;WS=91475088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	91479085	rs980520	G	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=52;SC=ACACTTGAGTGTTCATTTGAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=91479093;WS=91479079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr10	91485950	rs10881639	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCAAGTGATGAATTTTTTGCT;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=91485958;WS=91485940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	91487649	rs12572012	A	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
chr10	91488979	rs3758388	A	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.737;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr10	91497631	rs1062465	T	A	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.409;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1301;ReadPosRankSum=2.966;SC=ATCTCAGGGATCTGTCAAATG;SOR=0.733;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=91;WE=91497639;WS=91497621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,94:0.74:127
chr10	91497902	rs144593231	C	CTAAAAG	2164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=1434;ReadPosRankSum=-1.918;SC=AAACAATAGACTAAAGGAGAA;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=26;WE=91497910;WS=91497892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,50:0.78:64
chr10	91498127	rs1886996	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=41;PP=1228;SC=GAAAGTTGAATGTAGTCATTC;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=91498135;WS=91498117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	91498254	rs1886997	A	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.788;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=711;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AAAGATTTAAATGTAAAGGAA;SOR=0.442;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=39;WE=91498262;WS=91498244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,43:0.77:56
chr10	91498318	rs1886998	A	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=445;ReadPosRankSum=0.100;SC=AAGATATGAAACATTTACTTC;SOR=0.628;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=32;WE=91498326;WS=91498308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr10	91503660	rs1126480	A	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=888;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TAGATATGAAACAGCGAACCA;SOR=0.687;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=60;WE=91503668;WS=91503650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr10	91503750	rs10881648	G	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.879;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=268;ReadPosRankSum=0.883;SC=TGTACAAAAAGGTACAAATTT;SOR=0.112;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=18;WE=91503758;WS=91503740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr10	91510982	rs1326201	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=277;SC=AAAGTTTCTGTCTATATGGAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=91510990;WS=91510977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	91518388	rs2026549	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=488;ReadPosRankSum=0.344;SC=GGTGTTACATATAATAATTTC;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=24;WE=91518396;WS=91518378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr10	91522605	rs3740038	G	C	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=80;PP=2509;SC=AAATACTTAAGTGATGAGTAA;SOR=1.962;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=32;TCR=81;TR=112;WE=91522613;WS=91522595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	91522689	rs17127001	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=0.299;SC=CCTGTTCATAGGCACTGCTGT;SOR=0.033;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=8;WE=91522697;WS=91522679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr10	91522707	rs12767644	C	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=1.240;SC=TGTTAGAGACCAAAATCACAA;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=13;WE=91522715;WS=91522697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr10	91528441	rs3824609	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=299;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TGGCCATAACTATTTCCTTCT;SOR=0.144;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=16;WE=91528449;WS=91528431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr10	91532432	rs3758389	A	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=527;ReadPosRankSum=0.364;SC=CTAATTAACAATTTTATTTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=25;WE=91532440;WS=91532422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr10	92503476	rs55802807	C	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,11:0.15:72
chr10	92503619	rs3740048	T	C	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=49;PP=2377;ReadPosRankSum=0.315;SC=AGTGCAAAAGTATTCACAGCT;SOR=0.511;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=180;TCF=118;TCR=62;TR=134;WE=92503627;WS=92503609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,135:0.74:183
chr10	92509237	.	G	C	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=981;ReadPosRankSum=0.639;SC=CCCATCCAAAGAGTGGAGGTA;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=125;TCR=130;TR=84;WE=92509245;WS=92509227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,91:0.34:271
chr10	92635211	rs149175620	T	TA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GCTTTCTTTTTAAAAAAAATG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=92635219;WS=92635201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr10	92638707	rs75192201	C	CAGT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=0.935;SC=GCAGAAATGTCAGTATATTAG;SOR=0.072;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=2;WE=92638715;WS=92638697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr10	92645687	rs4144422	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=0.751;SC=CTGTATTTGAATCTTAGAAAC;SOR=0.458;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=12;WE=92645695;WS=92645677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr10	92655338	rs59891149	A	AT	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=1.137;SC=TATTTGTTGCATTTTTTTCTA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=92655346;WS=92655328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr10	92662860	rs4568910	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr10	92663108	rs7089472	C	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,9:0.14:63
chr10	92675649	rs3839929	GA	G	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=0.516;SC=TGGAAAATTGGAAAACGCTGC;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=6;WE=92675657;WS=92675639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	92676187	.	ATG	A	83	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.6;NF=0;NR=3;PP=83;QD=29.6666666667;SC=GCTAAATTACATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=3;WE=92676196;WS=92676177;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,3:0.21:14
chr10	92678740	.	AATAAATAAATATATATATATATAT	A	1783.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.798;NF=7;NR=20;PP=2976;ReadPosRankSum=0.447;SC=CTAAAGCCAAAATAAATAAAT;SOR=0.907;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=27;WE=92678771;WS=92678730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr10	92678748	rs369346626	AAT	A	128.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=-0.711;QD=1.59;ReadPosRankSum=2.234;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,12:0.15:81
chr10	92680929	rs10881855	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAACACTCCCACCCCCATTAG;SOR=0.473;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=7;WE=92680937;WS=92680919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr10	93170250	rs7081569	C	G	4611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=64;PP=2672;SC=GGTGGCGGCGCCCGCGCCTGA;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=89;TCR=64;TR=153;WE=93170258;WS=93170240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	93170365	rs71025355	CG	C	1757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=1436;SC=TCTGGCGCCCCGGACGGCGGG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=35;WE=93170373;WS=93170355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	93572984	rs11186694	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.918;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=596;ReadPosRankSum=0.387;SC=TTTACTTTTCCGACTTTTACT;SOR=0.238;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=33;WE=93572992;WS=93572974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr10	93577141	rs1539041	T	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.337;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-1.601;SC=GCTGACATTTTATTCTCCTCT;SOR=2.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=93577149;WS=93577131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr10	93582248	rs61874701	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=-0.885;SC=GTATTTATAAGCATTATAAAA;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=93582256;WS=93582238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr10	93588201	rs1572933	G	C	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr10	93588208	rs1572934	G	A	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.28;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,58:0.73:80
chr10	93588247	rs3832677	AT	A	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.283;HP=7;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=0.908;SC=TAGAACTAGCATTTTTTTGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=19;WE=93588255;WS=93588237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr10	93593527	rs1770474	G	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AGACTTAAAAGTAGTAAAAAG;SOR=0.172;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=13;WE=93593535;WS=93593517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr10	93600297	rs111962010	ATGTTG	A	3802.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=2418;ReadPosRankSum=0.079;SC=AGTATCATGTATGTTGTGTTT;SOR=0.237;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=49;WE=93600309;WS=93600287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,94:0.72:130
chr10	93605405	rs1770466	A	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=542;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CATTTCCAGAATAAGTTTGAA;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=26;WE=93605413;WS=93605395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr10	93608035	rs1538831	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=328;ReadPosRankSum=0.883;SC=TGATAGTACTGGCACAAATTG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=19;WE=93608043;WS=93608025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr10	93611176	rs112177544	A	ATATG	577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=609;ReadPosRankSum=0.127;SC=TAATTTAAAAATATGAGAGAA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=93611184;WS=93611166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr10	93617306	rs1340420	A	G	5397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.508;SC=CCTCCCCACCAACTCTACCAC;SOR=1.135;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=282;TCF=118;TCR=164;TR=211;WE=93617314;WS=93617296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,230:0.76:301
chr10	93668110	rs1107947	T	A	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.177;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=61;PP=1606;ReadPosRankSum=-1.985;SC=CCTCTTGCCCTCGTTGGTCTT;SOR=1.144;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=108;WE=93668118;WS=93668100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,119:0.71:168
chr10	93695310	rs72823185	C	T	360.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=276;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TTTATGTTAGCGTAGGTCTTC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=93695318;WS=93695300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr10	93702171	.	T	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=118.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=-1.288;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.483;SOR=7.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,52:0.46:114
chr10	93716899	rs7894570	G	C	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=243;SC=ACTAGACCTAGAAATAAAATT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=93716907;WS=93716889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	93717189	rs72823191	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=654;ReadPosRankSum=-0.262;SC=ATATCATTGACCTAAATAGAA;SOR=1.157;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=39;WE=93717197;WS=93717179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr10	93719497	rs10581040	GTATATATA	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	93719507	.	A	G	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	93756883	rs10591030	ACT	A	2954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.985;NF=20;NR=25;PP=1899;ReadPosRankSum=3.382;SC=ATCAGTAGAAACTCTGGTTCA;SOR=0.945;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=45;WE=93756892;WS=93756873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,77:0.68:113
chr10	93778520	rs140447601	CT	C	542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.660;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,37:0.27:137
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chr10	93812334	rs1711841	G	A	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=45;PP=1308;SC=ACTGGATGGTGGTTGAGAGCA;SOR=7.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=45;WE=93812342;WS=93812324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr10	94507612	rs2488066	A	G	5941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=91;PP=2965;SC=CACCACTACCACTGTCAGCCC;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=125;TCR=91;TR=216;WE=94507620;WS=94507602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr10	94507715	.	T	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.216;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,29:0.24:122
chr10	94511683	rs2096177	G	T	10921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=226;NR=162;PP=2965;SC=ATATTTGTATGAAGGCTGCAG;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=226;TCR=163;TR=388;WE=94511691;WS=94511673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr10	94594416	rs11408607	A	AT	776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.576;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr10	94594565	rs2490741	G	A	4943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.432;SC=CGAACTGCCTGTTGAAGCTAC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=132;TCR=155;TR=208;WE=94594573;WS=94594555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,219:0.72:303
chr10	94695617	rs1326331	C	T	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=48;PP=1602;SC=AAGAATCTTACTGTAATATTT;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=94695625;WS=94695607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	94714427	rs11187225	C	G	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=627;ReadPosRankSum=1.472;SC=ATCAACAAATCTGCTGCTGAC;SOR=0.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=48;WE=94714435;WS=94714417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
chr10	94773927	rs147232343	C	CT	1075.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=876;ReadPosRankSum=-1.207;SC=CATTTTTATTCTTTTTTTTTC;SOR=0.698;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=51;WE=94773935;WS=94773917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr10	94816807	rs60582805	G	GA	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=998;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AGTATATTCTGAAACTTTTTT;SOR=0.526;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=18;WE=94816825;WS=94816797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr10	94816817	rs11187263	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=2316;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GAAACTTTTTTGTATAACATT;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=46;WE=94816825;WS=94816797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr10	94822895	rs12263200	G	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=257;ReadPosRankSum=-0.962;SC=GGTGGGAGGCGTTGTGGCGGT;SOR=0.810;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=16;WE=94822903;WS=94822885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr10	94822932	rs111691473	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CTGGGCCTGGCCTCTGTGCTG;SOR=0.948;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=10;WE=94822940;WS=94822922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr10	94824024	rs11187264	C	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=298;ReadPosRankSum=0.554;SC=AGCTGGGAAGCTGTTAACACA;SOR=2.093;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=15;WE=94824032;WS=94824014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr10	94824166	rs11187265	G	A	4288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=67;PP=2567;ReadPosRankSum=0.631;SC=CAGCTGCATCGGCACCTGGAG;SOR=0.926;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=224;TCF=131;TCR=93;TR=167;WE=94824174;WS=94824156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,184:0.74:247
chr10	94826081	.	TCCTGCCG	T	1322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.799;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.300;NF=1;NR=33;PP=1998;ReadPosRankSum=-0.453;SC=GCCTCCTGCCTCCTGCCGCCT;SOR=1.802;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=34;WE=94826095;WS=94826071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr10	94834440	rs74151825	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=-0.867;SC=GGAGAGTGCCATGTGTCTGGC;SOR=0.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=21;WE=94834448;WS=94834430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr10	95070037	rs2761286	A	G	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=43;PP=1313;SC=GTCAAGAAAAAATACTGTTCC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=95070045;WS=95070027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	95070080	rs2797581	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=552;SC=CTTTAACCTACGACAGCTTCC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=95070088;WS=95070070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	95070526	rs787661	G	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=946;SC=ATTGCCTTCAGTTTTCCTCAA;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=95070534;WS=95070516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	95072906	rs787666	T	C	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=108;NR=68;PP=2965;SC=TCATGTCCAATCTGCATTTCT;SOR=1.087;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=108;TCR=68;TR=176;WE=95072914;WS=95072896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	95073046	rs787667	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=5.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.176;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,21:0.22:95
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chr10	95089762	rs17477816	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=471;ReadPosRankSum=0.074;SC=TAGTACATACTAGAAATAAGA;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=19;WE=95089770;WS=95089752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
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chr10	95107428	rs11187393	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=358;ReadPosRankSum=1.149;SC=CAGCGAAAGCGGTCCAGGCGC;SOR=1.549;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=27;WE=95107436;WS=95107418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
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chr10	95148835	rs17108594	T	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,59:0.22:273
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chr10	95159025	rs701862	T	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=295;SC=CTGTGTTCCCTCAGAGTGCCT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=95159033;WS=95159015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	95159115	rs78464761	A	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=184;ReadPosRankSum=0.748;SC=GATATTTATTACTAGCAGCAT;SOR=0.666;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=21;WE=95159123;WS=95159105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr10	95159335	rs77041759	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=1.378;SC=TTATACATCAAAATAGTTGCA;SOR=0.784;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=6;WE=95159343;WS=95159325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr10	95162147	rs41290204	G	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=0.442;SC=ATGCTAAAAAGGTACTGATAA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=13;WE=95162155;WS=95162137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr10	95162496	rs701875	A	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=292;ReadPosRankSum=0.224;SC=AATATTTTTTAAAAAATTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=17;WE=95162504;WS=95162486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr10	95162525	rs3841653	TC	T	1208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=13;PP=707;SC=AATTCTTTGATCCCCCCCAAA;SOR=1.292;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=26;WE=95162533;WS=95162515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	95162660	rs41290206	T	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.631;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=104;ReadPosRankSum=0.730;SC=GGGAAAACAATAATCGAAAGT;SOR=0.380;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=12;WE=95162668;WS=95162650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr10	95164040	rs788088	A	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=26;PP=681;SC=GGAATCTGATACTATAATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=95164048;WS=95164030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	95211956	.	G	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.215;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr10	95216430	rs17481931	C	T	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=53;SC=CTTCCCTTGCCGCGCCACTGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=95216438;WS=95216420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	95237861	rs2096181	C	T	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=194;SC=GGTTGTTTATCTTATGTCTAC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=95237869;WS=95237851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	95237899	rs58873758	ATAT	A	780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=41.09;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	95237963	rs3938769	A	G	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=29;PP=1383;SC=ACTGTTTGGAAGAATCATCAA;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=95237971;WS=95237953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	95238050	rs6583893	C	T	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=36;PP=1163;SC=CCTGGCTGTCCGCATGGAACT;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=95238058;WS=95238040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	95241721	rs75929587	C	T	800.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5415;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=538;ReadPosRankSum=0.860;SC=AACGGGTCCTCTCCCCTGTCC;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=35;WE=95241729;WS=95241711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
chr10	95241754	rs79268758	G	C	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=796;ReadPosRankSum=1.053;SC=AAACGCTGCTGGAGAGACTTG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=53;WE=95241762;WS=95241744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,55:0.82:67
chr10	95241999	rs947597	A	C	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=47;PP=1340;SC=AGTGGAGACTAGGGCGCTGGA;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=81;WE=95242007;WS=95241989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	95262981	rs7080916	A	G	6415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=102;PP=2965;SC=TAGTACTACCACATTGCTTGA;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=131;TCR=103;TR=233;WE=95262989;WS=95262971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr10	95266683	rs947599	A	G	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=84;PP=2965;SC=ATTATGGTGAATGTAATGAGG;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=118;TCR=84;TR=202;WE=95266691;WS=95266673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr10	95276673	rs4919224	G	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=16;PP=1125;SC=GAGTTGTGCCGTAATGTTGTT;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=95276681;WS=95276663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	95278829	rs2280605	A	G	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=44;PP=1169;SC=AAAGACTTCAATAAAAGTCTT;SOR=6.316;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=45;WE=95278849;WS=95278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	95278841	rs2280606	C	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=31;PP=878;SC=AAAAGTCTTTCTTCTTCAATA;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=95278849;WS=95278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	95279506	rs2293277	A	T	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=110;PP=2965;SC=CATCAATTGCATGTAATTCTT;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=78;TCR=110;TR=188;WE=95279514;WS=95279496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr10	95279653	rs7068719	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=330;SC=ACAGCTTAACACACAGCTAGC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=95279661;WS=95279643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr10	95347381	rs41290218	C	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,27:0.21:131
chr10	95347475	rs17108973	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=1.192;SC=GAAAATGAACCTATGCAAATA;SOR=0.798;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=6;WE=95347483;WS=95347465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr10	95353817	rs12265684	C	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,51:0.26:195
chr10	95360027	rs36014035	A	C	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=29;PP=2048;SC=CGGGTTCCTGACACTTCCAGA;SOR=1.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=94;WE=95360035;WS=95360017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	95360109	rs57477607	C	G	5042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.015;SC=GCCCGGTAGGCGCCCCATTCC;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=278;TCF=156;TCR=122;TR=202;WE=95360117;WS=95360099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,219:0.72:303
chr10	95360380	rs61461737	A	G	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=20;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GCCCTTGGGGAACCCTGGAGC;SOR=1.265;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=73;WE=95360388;WS=95360370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,76:0.77:99
chr10	95360396	rs116736522	G	C	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=32;PP=1571;ReadPosRankSum=0.680;SC=GGAGCGCAAAGGGCGCAGCTG;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=97;WE=95360404;WS=95360386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,100:0.75:133
chr10	95360411	rs57029781	G	A	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.355;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=44;PP=2154;ReadPosRankSum=0.662;SC=CAGCTGCCCCGGCGGCCACTG;SOR=1.097;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=103;TCR=60;TR=122;WE=95360419;WS=95360401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,128:0.75:171
chr10	95360650	rs56401591	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=4.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,51:0.24:215
chr10	95360846	.	C	CGG	2479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.481;NF=0;NR=32;PP=1500;ReadPosRankSum=-0.463;SC=AGCCGACCCCCGCCGCCGTAT;SOR=0.740;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=0;TCR=57;TR=32;WE=95360854;WS=95360836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,65:0.80:81
chr10	95360863	.	T	TCACCC	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=-0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=24;PP=279;ReadPosRankSum=0.501;SC=GTATCCCACCTCACCCCACCC;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=24;WE=95360871;WS=95360853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr10	95372734	rs1131978	G	A	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=63;PP=2693;SC=ACAGGGCCCTGCAGAGGCTGG;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=144;WE=95372742;WS=95372724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	95372764	rs12781149	C	T	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=60;PP=2168;ReadPosRankSum=-1.097;SC=TCCAGGCTGACCGCTGCAGCA;SOR=0.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=137;WE=95372772;WS=95372754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,149:0.77:193
chr10	95380790	rs1223306	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=682;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TGACAAAGCCGCCCAGAGACA;SOR=0.515;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=41;WE=95380798;WS=95380780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,42:0.74:57
chr10	95381773	rs701865	T	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=5.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-2.186;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,66:0.18:358
chr10	95394455	rs1856563	T	C	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=5;PP=1869;SC=TCCTGTGAATTTATGATTATT;SOR=4.323;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=67;TCR=5;TR=72;WE=95394463;WS=95394445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	95395247	rs616522	A	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=9;PP=993;SC=CCTTTTATCCATTTCAGACTC;SOR=2.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=95395255;WS=95395237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	95395364	rs3737228	C	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,59:0.22:273
chr10	95400947	rs1147644	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTCCGCCTTCACGATAACGTT;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=95400955;WS=95400937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	95419032	rs720298	C	A	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	95421683	rs2422324	G	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=461;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CTTTTTAAAAGTTAAGAGCAT;SOR=2.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=21;WE=95421691;WS=95421678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr10	95432968	rs1572773	T	C	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=32;PP=2043;ReadPosRankSum=-0.290;SC=AAAAATCTGTTTTTGGGCAGT;SOR=0.468;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=103;TCR=38;TR=114;WE=95432976;WS=95432958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,118:0.81:145
chr10	95447015	rs1543579	T	C	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	95459817	rs726817	C	T	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1299;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TTCTCCACAGCGTTCATCATC;SOR=0.447;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=79;WE=95459825;WS=95459807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,87:0.64:135
chr10	95552653	rs1111820	T	C	6459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=135;PP=2965;SC=CGAAGGATTTTGATTGCATCA;SOR=1.332;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=90;TCR=135;TR=225;WE=95552661;WS=95552643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr10	95658258	rs11187724	C	G	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=12;PP=1181;ReadPosRankSum=2.230;SC=CCATTTTTCTCAGTTTCTAAG;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=62;WE=95658266;WS=95658248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,67:0.77:87
chr10	95791613	rs17109671	T	C	4971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=83;PP=2878;ReadPosRankSum=0.209;SC=AAGGCTCTTGTGAGAAGGTTG;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=150;TCR=114;TR=191;WE=95791621;WS=95791603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,215:0.74:292
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chr10	95987313	rs11187825	C	T	485.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.7458;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=411;ReadPosRankSum=-1.222;SC=AGCCAGGTAACTGGAAATGAT;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=18;WE=95987321;WS=95987303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr10	96013824	rs1408820	C	T	958.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=2.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=665;ReadPosRankSum=-1.830;SC=AGGTCTTTACCGGTTTTACCA;SOR=0.347;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=34;WE=96013832;WS=96013814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,36:0.90:40
chr10	96014622	rs10786156	C	G	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CTGAGTCATTCTCTCTTTTCT;SOR=1.030;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=71;WE=96014630;WS=96014612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,77:0.75:103
chr10	96018510	rs4918182	A	T	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=6;PP=821;ReadPosRankSum=0.418;SC=ACAGAATCACAACAGTGGCCT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=37;WE=96018518;WS=96018500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr10	96022618	rs11307441	GT	G	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=213;ReadPosRankSum=1.496;SC=ATACAGTTTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=18;WE=96022626;WS=96022608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr10	96030458	rs1969867	G	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=0.949;SC=ACAGAGTCTCGCTCTCTCACC;SOR=0.221;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=22;WE=96030466;WS=96030448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr10	96039597	rs2274224	G	C	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1660;ReadPosRankSum=0.161;SC=GCCAACCCCCGACCTGCCAAT;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=104;WE=96039605;WS=96039587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,120:0.79:152
chr10	96039708	rs2274225	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=330;ReadPosRankSum=0.987;SC=CAGGAAAATTCTTGGATGATT;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=17;WE=96039716;WS=96039697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr10	96043732	rs7084339	A	G	4452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=100;PP=2949;ReadPosRankSum=0.197;SC=GTTTCAGATGAGATTCCACTT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=101;TCR=124;TR=180;WE=96043740;WS=96043722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,190:0.77:248
chr10	96044734	.	C	A	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=36;QD=23.5904041824;SC=TAAGATTAGGCAATATCATCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=3;WE=96044742;WS=96044724;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,3:0.16:19
chr10	96058298	rs3765524	C	T	6079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.429;SC=CAGAAACTGACCCAGCACACC;SOR=0.746;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=354;TCF=179;TCR=175;TR=255;WE=96058306;WS=96058288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,265:0.72:370
chr10	96058433	rs17516758	G	A	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=53;PP=1343;ReadPosRankSum=0.379;SC=GATGGTAAGGGGCCTGCATGC;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=13;TCR=71;TR=63;WE=96058441;WS=96058423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,64:0.76:84
chr10	96064168	rs3818432	C	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.166;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=281;ReadPosRankSum=-0.862;SC=TTTGAACTTTCAATTTATAAG;SOR=3.202;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=14;WE=96064176;WS=96064158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr10	96066341	rs2274223	A	G	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=90;PP=2514;ReadPosRankSum=1.107;SC=TTTCTGTTCCACGTTCACTTC;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=91;TCR=118;TR=162;WE=96066349;WS=96066331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,172:0.78:220
chr10	96068480	rs11187850	A	G	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=56;PP=1422;ReadPosRankSum=-1.843;SC=GTTTCACTCAACATATTTATG;SOR=0.383;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=82;WE=96068488;WS=96068470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,84:0.82:103
chr10	96076495	rs942676	C	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,42:0.22:187
chr10	96084372	rs3831084	A	AT	403.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.751;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=432;ReadPosRankSum=1.446;SC=TCTGATACCCATAATTACACT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=96084380;WS=96084362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr10	96087728	rs3203713	A	G	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1520;ReadPosRankSum=-0.344;SC=ATTACAGGTGAAGATCTTTAA;SOR=0.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=83;WE=96087736;WS=96087718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,85:0.77:110
chr10	96098373	rs17517578	C	T	4857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=89;PP=2920;ReadPosRankSum=-1.489;SC=ACCCGCAGAGCATGCAGTTCC;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=155;TCR=128;TR=196;WE=96098381;WS=96098363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,214:0.68:314
chr10	96100257	rs34713827	TA	T	284.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.535;NF=3;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=1.159;SC=TTAGGTCCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.346;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=96100265;WS=96100247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr10	96104086	rs17439123	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=411;ReadPosRankSum=-2.082;SC=TGAGGATAATGGGCCATCATT;SOR=0.399;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=23;WE=96104094;WS=96104076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr10	96106025	rs11187894	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GAAAACATTTCTTTGCAGTAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=96106033;WS=96106015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	96109325	rs7085378	C	A	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=144;SC=AAATGTATGCCGACATTGCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=96109333;WS=96109315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	96112233	rs7092226	T	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=-0.250;SC=ATAAAATATGTGTGTCTAGTA;SOR=1.347;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=11;WE=96112241;WS=96112223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
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chr10	96116419	rs12771562	GA	AG	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=817;ReadPosRankSum=0.655;SC=GAAATGCTAGGAGGTGATTAC;SOR=0.549;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=28;WE=96116428;WS=96116409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr10	96117978	rs111938683	CCA	C	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,33:0.11:298
chr10	96122543	rs7100430	A	G	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=41;PP=2028;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CTATCACCCGAAGGGGCCCTA;SOR=1.058;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=170;TCF=109;TCR=61;TR=120;WE=96122551;WS=96122533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,131:0.72:183
chr10	96163039	rs2477534	C	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chr10	96201615	rs10882455	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=220;ReadPosRankSum=1.591;SC=CTCTCTGGTTACAAAAAACAC;SOR=0.202;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=18;WE=96201623;WS=96201605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr10	96201820	rs12246393	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr10	96271298	rs2860761	A	C	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=16;PP=951;SC=AACTTAGAGAAAATTATTTGT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=96271306;WS=96271288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	96281677	.	A	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.292;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=613;ReadPosRankSum=0.010;SC=TTATTATTGTAAGTCCATTTT;SOR=1.275;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=81;TCF=63;TCR=18;TR=32;WE=96281685;WS=96281667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr10	96292988	rs12260063	T	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=206;ReadPosRankSum=0.928;SC=CTGCTGATTTTACATTTTATG;SOR=0.264;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=96292996;WS=96292978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	96343623	rs962234	T	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=254;SC=TCCCATTGTCTTGTTCTACTA;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=96343631;WS=96343613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	96348254	rs11188036	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=0.238;SC=AGGCTGTGGTGCAGTGGCACA;SOR=0.191;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=96348262;WS=96348244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr10	96353422	rs11346357	AT	A	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.859;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr10	96448129	rs1926706	A	G	394.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=399;ReadPosRankSum=-1.397;SC=TATGGGGTACATGTAATATTT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=19;WE=96448137;WS=96448119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr10	96466824	rs7904929	C	T	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=249;SC=TATGTACTTACCATGTGTATA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=96466832;WS=96466814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	96495232	rs2860840	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,31:0.26:118
chr10	96698690	rs9332104	T	C	262.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5099;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=-1.274;SC=TAGAGGTACATGTTACAAGAG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=96698698;WS=96698680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr10	96802598	rs2275620	A	T	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=17;PP=1166;ReadPosRankSum=1.987;SC=AACCAGCACTATGGAAATTTC;SOR=1.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=66;WE=96802606;WS=96802588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,68:0.84:81
chr10	96827178	rs2275622	T	C	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=55;PP=1738;ReadPosRankSum=-0.505;SC=CTGCAACACTTGGCAGCCATG;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=184;TCF=107;TCR=77;TR=126;WE=96827186;WS=96827168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,137:0.68:201
chr10	96828323	rs2071426	T	C	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1176;ReadPosRankSum=-0.664;SC=AGAGAACTTATTGGATGAAAT;SOR=0.668;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=75;WE=96828331;WS=96828313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,79:0.83:95
chr10	96954511	rs681838	T	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=755;SC=ATGAGATTCATATCCCATCTA;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=96954519;WS=96954501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	96997589	rs1049961	A	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=5;PP=1162;SC=AACCAAAGTAAGCAGAGAACT;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=96997597;WS=96997579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	96997670	rs1049921	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=393;ReadPosRankSum=0.238;SC=AACAGTGGTCAGATCTGCTGG;SOR=0.815;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=147;TCF=86;TCR=61;TR=41;WE=96997678;WS=96997660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,46:0.28:162
chr10	96997820	rs1049814	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,29:0.25:117
chr10	96998458	rs2901832	C	T	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=48;PP=1533;ReadPosRankSum=3.497;SC=ATGAGGAAAACACTGTCATTG;SOR=0.879;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=111;WE=96998466;WS=96998448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,127:0.70:181
chr10	96998519	rs2860998	T	C	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=72;PP=2559;SC=CAGAACCACTTATAAATATAT;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=136;WE=96998527;WS=96998509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	96998591	rs2901833	G	A	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=43;PP=1149;SC=AAGTAACTTAGCCTCTCTGGT;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=96998599;WS=96998581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr10	96998648	rs2860999	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=450;SC=CCTGGCCAAAGAAAAGCCCAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=96998656;WS=96998638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr10	97127462	rs6583998	C	A	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.85;ReadPosRankSum=-0.672;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,98:0.75:131
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chr10	97141523	rs2274490	G	A	4603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.346;SC=ATTTTCTTGTGTCTACTTTCT;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=267;TCF=119;TCR=148;TR=197;WE=97141531;WS=97141510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,202:0.73:276
chr10	97154682	rs55688714	A	T	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=14;PP=1379;ReadPosRankSum=-0.703;SC=AAAAGCCCAAATCTTATGCCT;SOR=0.317;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=92;TCF=76;TCR=16;TR=72;WE=97154690;WS=97154672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,82:0.81:101
chr10	97154698	rs11188311	G	A	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=26;PP=1644;ReadPosRankSum=0.005;SC=TGCCTACAATGGAACTATAAG;SOR=0.574;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=93;TCR=32;TR=97;WE=97154706;WS=97154688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,111:0.79:140
chr10	97165811	rs3818540	G	A	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=35;PP=1772;ReadPosRankSum=-1.676;SC=AATATCGGGCGGTGACCGGAA;SOR=0.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=103;TCR=52;TR=107;WE=97165819;WS=97165801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,114:0.72:159
chr10	97166103	rs2274488	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.627;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=364;ReadPosRankSum=-2.075;SC=TCTCCCAGCCTGCCCCGCTTC;SOR=0.203;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=23;WE=97166111;WS=97166093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr10	97174164	rs3818539	A	G	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1261;ReadPosRankSum=0.046;SC=CTGTCCTCAGAGCTCAGTGCT;SOR=0.404;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=81;WE=97174172;WS=97174154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,94:0.78:121
chr10	97174306	rs34507864	G	A	3379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=70;PP=2025;ReadPosRankSum=1.274;SC=GAGGTCCTCCGGGGCAGGAGG;SOR=0.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=78;TCR=90;TR=132;WE=97174314;WS=97174296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,147:0.78:189
chr10	97192324	rs943542	A	G	5340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=103;NR=79;PP=2965;SC=GATTTTTGTAAGATCCATGTC;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=182;WE=97192332;WS=97192314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr10	97192452	rs732101	A	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=1163;SC=CAGCCATGCGAAGTCTTTGAA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=97192460;WS=97192442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	97392969	rs3750701	G	A	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.456;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=56;PP=1373;ReadPosRankSum=-1.070;SC=TCTGTCTGCAGAACACACTGT;SOR=1.694;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=69;WE=97392977;WS=97392959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,71:0.72:99
chr10	97392993	rs3750700	T	C	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.265;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=38;PP=971;ReadPosRankSum=0.697;SC=CTGGCAATCCTTTTTCCAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=41;WE=97393001;WS=97392983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr10	97397227	rs2275273	T	C	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1692;ReadPosRankSum=-1.448;SC=GACTGTAAGTTACCGTACTGT;SOR=0.387;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=98;WE=97397235;WS=97397217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,108:0.79:137
chr10	97412921	rs9787589	T	G	453.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5447;FS=5.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=337;ReadPosRankSum=0.628;SC=CTCCAGCCTGTGTGACAAAAT;SOR=3.383;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=15;WE=97412929;WS=97412911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr10	97440097	.	TCA	T	769	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=769;QD=135.333333333;SC=TTATGTCAGCTCACTTTAAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=97440116;WS=97440094;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	97440098	.	CACT	C	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.27;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	97440103	.	T	TGG	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.27;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	97440106	.	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.98;ReadPosRankSum=-1.097;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	97440107	.	CA	C	331.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.64;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	97440394	rs12784530	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=1.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
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chr10	97446206	rs2297788	G	A	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;PP=1623;ReadPosRankSum=-0.681;SC=AGATGCAGAGGAGCCAAATAT;SOR=0.188;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=103;WE=97446214;WS=97446196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,112:0.71:157
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chr10	97599537	rs61731067	G	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=4.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-1.664;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,43:0.21:203
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chr10	97605057	rs7074403	C	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.363;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
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chr10	97964154	rs10748665	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=1;PP=864;SC=CCTTTTAACACGTAACTGCAA;SOR=5.031;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=36;WE=97964162;WS=97964144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	97974930	.	C	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.566;SC=CACACACGTGCCACCAGACAG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=97974938;WS=97974920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr10	97975167	rs3835127	GTA	G	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.825;NF=0;NR=14;PP=457;ReadPosRankSum=-2.391;SC=AAATGTGTGTGTATATATATA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=14;WE=97975180;WS=97975157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr10	97987378	rs34233512	G	A	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=62;PP=1513;ReadPosRankSum=0.509;SC=CTGCCTGGCCGTCAGGACCAT;SOR=0.878;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=51;TCR=86;TR=97;WE=97987386;WS=97987368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,105:0.72:145
chr10	97990583	rs727852	A	G	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=57;PP=1899;SC=CTTCGTCAGCAGGGCTCTCTG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=97990591;WS=97990573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	98006857	rs2168732	A	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=10;PP=393;SC=CTGACTTTTTAAAAAAAGTCT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=98006865;WS=98006847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	98007727	rs10882762	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=5;PP=562;SC=CAGTAAATCTATGCTTTCATT;SOR=3.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=98007735;WS=98007717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	98007933	rs9663433	G	A	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.69;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	98007943	rs9664029	T	A	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	98078127	rs7081385	C	T	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=9;PP=1421;SC=TCACCCACATCGTAGCAGAGA;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=61;WE=98078135;WS=98078117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	98078239	rs6584066	A	G	8148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=140;PP=2965;SC=CGAATGCATAAGAGCAGGGAA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=153;TCR=141;TR=292;WE=98078247;WS=98078229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr10	98082517	rs7097016	T	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=25;PP=739;SC=TATTGAAAATTGTTTTTCAGT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=98082525;WS=98082507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	98084231	rs2181320	A	G	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=43;PP=1177;SC=TGCAACTCCAATCTGGGAGAG;SOR=2.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=98084239;WS=98084221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	98088387	rs10882773	A	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=199;SC=CTATGTTGCAAATCTTAAGCA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=98088395;WS=98088377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	98095794	rs10736102	T	C	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=96;PP=2965;SC=CCCCCGAGCTTTTTTCATGGA;SOR=1.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=50;TCR=96;TR=146;WE=98095802;WS=98095784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	98105618	rs56148171	A	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=0.637;SC=GCAGCTTGGCATCTTTCCTCT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=12;WE=98105626;WS=98105608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	98127809	rs41291624	A	C	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=12;PP=1114;ReadPosRankSum=0.965;SC=CAAAACAAAAAAAATTCTCAG;SOR=0.836;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=59;WE=98127817;WS=98127799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,60:0.77:78
chr10	98144312	rs7085022	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=13;PP=1025;SC=CCTCACTCGCGCTGCATCAGC;SOR=1.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=52;WE=98144320;WS=98144302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	98240035	rs2281801	A	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	98240045	rs2281800	C	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.20;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	98287094	rs10786298	T	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=15;PP=729;SC=TACTTTCAACTTAAGGCCTTA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=98287102;WS=98287084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	98287261	rs3789957	G	C	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	98303971	rs150892649	G	GA	689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.636;NF=2;NR=16;PP=548;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TTCCTGAAAAGAAAGGAAACT;SOR=0.563;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=18;WE=98303979;WS=98303961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr10	98312891	rs10736113	C	T	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=40;PP=1106;SC=TGAGGACAACCGGATGTTAAT;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=98312899;WS=98312881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	98319236	rs10128106	G	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=253;SC=GGAAGTTTTTGATTGCTCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=98319244;WS=98319226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	98319367	rs3818389	A	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=29;PP=1169;SC=ATGTTTGTTGAACGAATTGGT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=98319375;WS=98319357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	98319503	rs3818390	A	T	963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=20;PP=615;SC=CCTAAAAAAAATTTTTTCATT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=98319511;WS=98319493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	98321928	rs7094142	A	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=11;PP=288;SC=TACAAGGTAAAACCACTTAAT;SOR=1.179;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=20;WE=98321936;WS=98321918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	98346411	rs11188836	A	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=505;SC=GCCGCCGGGCACTCCAGGCTG;SOR=3.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=98346419;WS=98346401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	98380277	rs3748234	C	T	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=413;SC=CATATATACTCGACTGGGGCC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=98380285;WS=98380267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	98380363	rs7910630	A	G	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=94;SC=ACTGGGGACCACTCACCAGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=98380371;WS=98380353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	98383329	rs4917745	G	T	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=53;PP=1610;SC=TACTGAAAAAGTATCAAAATC;SOR=2.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=72;WE=98383337;WS=98383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	98386433	rs1469847	C	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=432;SC=GCTCCAAAGACCCAGTTGGAC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=98386441;WS=98386423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	98386558	rs4344416	G	A	5868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=74;PP=2965;SC=CTGCTGGCCAGGTCCACAGAA;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=123;TCR=74;TR=197;WE=98386566;WS=98386548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr10	98392872	rs6584092	A	C	149.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=4;PP=56;SC=TTCCAGGGTCACCATGAGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=98392880;WS=98392862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	98408714	rs912483	A	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=32;PP=900;SC=GGCAACAGAAAGCACTCAGCC;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=98408722;WS=98408704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	98410901	rs3748232	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr10	98412329	.	C	CA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr10	98416533	rs3748231	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=328;ReadPosRankSum=-1.401;SC=CATCCAGCTACCAGGCCCCCA;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=18;WE=98416541;WS=98416523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr10	98469507	rs3748229	C	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=5.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.403;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,53:0.27:199
chr10	98715698	rs145617106	A	T	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1178;ReadPosRankSum=0.894;SC=TAGAGTGCCAATTACTGTACA;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=71;WE=98715706;WS=98715688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,80:0.76:105
chr10	98778941	rs57812299	A	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.104;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=677;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CTCAACCCCGAGGAGCCCATG;SOR=0.123;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=32;WE=98778949;WS=98778931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr10	98797351	rs2805586	A	G	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=39;PP=2066;SC=GAAAAGAAGCAGGATCTGCCC;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=115;WE=98797359;WS=98797341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	98803252	rs35388136	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,25:0.26:97
chr10	98808866	rs2805588	C	G	7029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=112;NR=137;PP=2965;SC=AAGGGTTCTGCGCCAGGTGCC;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=112;TCR=137;TR=249;WE=98808874;WS=98808856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr10	98816786	rs2817675	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=4;PP=771;SC=CTCTACCTCCTTCTCTAGCCT;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=31;WE=98816794;WS=98816776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	98817662	rs59428103	G	A	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=16;PP=1216;ReadPosRankSum=0.755;SC=GGGGAGGGGGGTTGTATGCCA;SOR=0.982;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=73;WE=98817670;WS=98817652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,80:0.75:106
chr10	98819317	rs2817676	A	G	4636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=74;PP=2641;SC=GAGAGGGGGCATCTGAATCCC;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=98;TCR=74;TR=171;WE=98819325;WS=98819307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	98825940	rs1106375	G	A	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=62;PP=1909;SC=AGGTGGGCTGGAGGGCACTGA;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=101;WE=98825948;WS=98825930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	98923361	rs2636772	T	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=37;PP=839;SC=CACAGGCCTATGCCTGGCCTG;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=98923369;WS=98923351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	98979111	rs10714841	AT	A	222.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=154;SC=TTATATGTGGATTTTTCGACT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=98979119;WS=98979101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	98988759	rs1468069	A	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=1;PP=809;SC=CTGGTGAATGAACTCAAGGGC;SOR=4.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=98988767;WS=98988753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	98989454	rs2297987	A	G	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=15;PP=1990;SC=AGATGACAGTATATCAATTTT;SOR=2.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=81;WE=98989462;WS=98989444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	99003613	rs793528	A	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=0;PP=263;SC=GACAAGCCTGATTTCTCAGCT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=99003621;WS=99003603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr10	99019177	rs2253301	A	G	8907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=145;PP=2965;SC=GCCACAGGACATGGGGTGCAA;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=174;TCR=146;TR=318;WE=99019185;WS=99019167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr10	99025611	rs10882884	T	A	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=8;PP=1439;SC=CAAACACATCTCCTACCCTTT;SOR=3.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=62;WE=99025619;WS=99025601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr10	99116903	rs1048445	C	T	4183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=70;PP=2494;ReadPosRankSum=2.133;SC=GGAACCTCGCCGGGCAGCCTT;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=128;TCR=88;TR=172;WE=99116911;WS=99116893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,182:0.79:229
chr10	99117097	rs7923385	T	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.537;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=551;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TAGGCAGACCTCACGTGGTTC;SOR=2.303;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=26;WE=99117105;WS=99117087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr10	99117120	rs10882905	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=-1.029;SC=GCTTCCACACGGCTCATGTCC;SOR=0.163;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=7;WE=99117128;WS=99117110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	99118382	rs2297988	T	C	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=65;PP=1807;ReadPosRankSum=-1.511;SC=GCTTTCTGCTTGCCCAGAGAA;SOR=0.555;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=106;TCR=85;TR=148;WE=99118390;WS=99118372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,160:0.78:204
chr10	99123457	rs11189165	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=541;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GGCACCCACAACCTTCTGGAC;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=24;WE=99123465;WS=99123447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr10	99125722	rs11189167	A	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=695;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TTTCTCAAAAAAAGTTTGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=31;WE=99125730;WS=99125712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr10	99125769	rs11189168	T	C	3338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=21;PP=1421;ReadPosRankSum=1.562;SC=GAGAGAAGAGTTTCTCTGGTC;SOR=0.279;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=77;WE=99125777;WS=99125759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,83:0.82:101
chr10	99125788	rs10882907	G	C	4130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=36;PP=1867;ReadPosRankSum=0.506;SC=TCTGTTTTTAGCCACGCTTCC;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=106;WE=99125796;WS=99125778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,116:0.81:143
chr10	99125949	rs2275580	C	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,42:0.21:200
chr10	99126249	rs2275581	G	A	4955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=0.372;SC=TGAGGGGCTCGTCCCCACCGC;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=169;TCR=95;TR=198;WE=99126257;WS=99126239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,211:0.75:281
chr10	99130127	rs3737194	A	G	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=27;PP=1438;ReadPosRankSum=-0.372;SC=GCCAGGGCACAGAGCTCTCCC;SOR=1.034;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=83;WE=99130142;WS=99130117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,85:0.69:124
chr10	99130161	rs149757559	CCCCA	C	2179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.217;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,65:0.29:223
chr10	99139600	rs11189174	C	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.084;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	99140511	rs7078004	A	G	3782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=61;PP=2357;ReadPosRankSum=2.102;SC=ATAGTCCAAGAGCCAGCACCA;SOR=0.579;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=119;TCR=80;TR=150;WE=99140519;WS=99140501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,168:0.77:218
chr10	99140969	rs7096801	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=328;ReadPosRankSum=1.254;SC=ACATGGCAGGTGCTCAAGTCC;SOR=0.301;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=17;WE=99140977;WS=99140959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr10	99141205	rs2275089	A	G	5019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.099;SC=AGCCAATGTCAGCCATGTGGG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=128;TCR=168;TR=215;WE=99141213;WS=99141195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,229:0.73:314
chr10	99141484	rs12218483	C	T	5287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.444;SC=TGAGGCTCTGCGTAGCAGCAG;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=143;TCR=141;TR=220;WE=99141492;WS=99141474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,230:0.77:298
chr10	99141663	rs11189177	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=1.534;SC=CTGAGACGGCCCAGCTCTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=16;WE=99141671;WS=99141653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr10	99144832	.	CCCCCCACCTCGGCAGCCTGGACACAGGCCCTGAGCA	C	980.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.149;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.024;NF=8;NR=0;PP=2413;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GCCCTGAGGACCCCCCACCTC;SOR=3.150;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=99144875;WS=99144822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr10	99145179	rs3818787	T	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=-1.473;SC=CCCTTCTCCATGAAGCCCTCC;SOR=0.826;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=16;WE=99145187;WS=99145169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr10	99145616	rs75905387	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.353;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=565;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CACCACCCCCGACCTAATGCC;SOR=2.636;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=32;WE=99145624;WS=99145606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr10	99147975	rs869967	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-1.522;SC=CCACTGCAGGTCCCCCTTTCT;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=9;WE=99147983;WS=99147965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr10	99148151	rs2275090	A	G	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=35;PP=1387;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TATACAGAAGAGGAATTGAGA;SOR=0.887;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=83;WE=99148159;WS=99148141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,88:0.71:124
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chr10	99160965	rs2275091	A	G	13402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=226;PP=2965;ReadPosRankSum=1.202;SC=AGACACCAGAAGGCAACTTTC;SOR=0.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=476;TCF=249;TCR=227;TR=473;WE=99160973;WS=99160955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,491:1.00:492
chr10	99205686	rs2297666	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,77:0.19:406
chr10	99215953	rs3818909	G	C	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=39;PP=976;ReadPosRankSum=0.008;SC=ATTTGAACCAGAAAGGCTTGA;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=44;WE=99215961;WS=99215943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr10	99216432	rs10882939	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=1175;ReadPosRankSum=1.168;SC=TGATTGACACCGAGGTAGCTT;SOR=0.990;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=63;WE=99216440;WS=99216422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,66:0.78:85
chr10	99219404	rs29001331	TG	T	6333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.899;NF=49;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.548;SC=AAGCTCTGCCTGTGGGACTTA;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=112;WE=99219412;WS=99219394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,175:0.79:221
chr10	99219885	rs2152092	G	A	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=61;PP=2009;ReadPosRankSum=0.014;SC=TCCGCACTTCGGCATGGCCAG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=127;WE=99219893;WS=99219875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,137:0.72:189
chr10	99220707	rs3740526	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.605;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,41:0.20:208
chr10	99225738	rs2236575	T	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,105:0.27:390
chr10	99229394	rs2275583	G	A	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1184;ReadPosRankSum=1.396;SC=TTATCTGAGTGACACTCACCT;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=77;WE=99229402;WS=99229384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,87:0.77:113
chr10	99240048	rs7897727	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.901;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr10	99240758	rs2275586	G	C	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=30;PP=1181;SC=AAGCTGGATTGCTCGTGCCCG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=99240766;WS=99240748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	99258223	rs3750558	T	G	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=86;PP=2439;ReadPosRankSum=0.828;SC=CGAGCCAATCTCCGGGGAAGC;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=99;TCR=115;TR=159;WE=99258231;WS=99258213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,163:0.76:215
chr10	99332488	rs12221474	A	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=266;ReadPosRankSum=1.020;SC=CCAGCTGGGCAGGGGTGGGTG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=21;WE=99332496;WS=99332478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr10	99337473	rs10786357	T	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=25;PP=1014;SC=GGAGGATGTCTCTGTGGGGTG;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=99337481;WS=99337463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	99337572	rs7094973	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr10	99342563	rs3818910	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=615;ReadPosRankSum=1.248;SC=CATGTATCATTGGCTCTGGCC;SOR=0.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=40;WE=99342571;WS=99342553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr10	99350017	rs7093840	G	C	4862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=129;PP=2850;ReadPosRankSum=0.342;SC=CCACTGATGAGGCCACGTGGG;SOR=1.095;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=275;TCF=112;TCR=163;TR=210;WE=99350025;WS=99350007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,220:0.76:288
chr10	99350128	rs7093643	A	G	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1605;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CAGGTCACCTAGAGTCCAAGG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=92;WE=99350136;WS=99350118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,104:0.72:145
chr10	99359406	rs75929214	C	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=616;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CGGCTGCCCTCTCCTGCTTTT;SOR=0.555;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=39;WE=99359414;WS=99359396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr10	99371147	rs1124116	A	G	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=715;ReadPosRankSum=2.066;SC=TAGAGTTGGCAGTTACTTTCC;SOR=1.292;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=43;WE=99371155;WS=99371137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr10	99371344	rs12261752	C	A	5878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.440;SC=CCTGCCGCGCCCCCTTGCAGG;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=146;TCR=178;TR=240;WE=99371352;WS=99371334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,255:0.74:345
chr10	99376843	rs4919121	A	C	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=9;PP=1722;SC=ACTACTTATTACTCATCTGTG;SOR=3.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=68;WE=99376851;WS=99376833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr10	99416303	rs1889475	T	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=279;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CTGTCTTCCTTATTTCTGTCA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=99416311;WS=99416293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr10	99426751	rs12253175	G	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.899;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=780;ReadPosRankSum=1.046;SC=GTTTCTAACTGGGGGAGAAAA;SOR=0.345;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=45;WE=99426759;WS=99426741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr10	99426967	.	ACC	A	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.32;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr10	99426975	.	C	CTTT	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.81;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr10	99433297	rs2065672	C	T	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=26;PP=1780;ReadPosRankSum=1.007;SC=ATCTGGAATGCTGAGGCCTCT;SOR=0.416;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=132;TCF=100;TCR=32;TR=99;WE=99433305;WS=99433287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,108:0.77:140
chr10	99437822	rs3750564	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=578;ReadPosRankSum=0.457;SC=CATCAATAGGAAGAATGGAAT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=39;WE=99437830;WS=99437812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,49:0.80:61
chr10	99439541	rs2275047	G	C	4382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.211;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=89;PP=2741;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TTGAAACAGGGCTTGGATCTG;SOR=0.812;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=252;TCF=129;TCR=123;TR=174;WE=99439549;WS=99439531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,195:0.70:278
chr10	99439688	rs2151930	A	G	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1001;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GATGCAAAGCATGGAGACATC;SOR=0.326;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=66;WE=99439696;WS=99439678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,73:0.78:94
chr10	99439703	rs11595249	A	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=872;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GACATCATCAACTCAGCTGGT;SOR=0.258;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=57;WE=99439711;WS=99439693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,64:0.77:83
chr10	99439724	rs2151931	C	T	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=640;ReadPosRankSum=-0.985;SC=CCTTCCCAGACCTGGGGGTCC;SOR=0.384;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=43;WE=99439732;WS=99439714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr10	99498234	rs3818876	G	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=6;PP=1144;SC=ATGGTTACAGGATGCAGACAT;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=48;WE=99498242;WS=99498224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	99504630	rs10882993	G	T	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=52;PP=1971;SC=CTGCAGAGAGGTCGCCTGTCT;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=102;WE=99504638;WS=99504620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	99504725	rs10882994	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=34;PP=984;SC=AGCAGCCATGACACTAAGTGC;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=99504733;WS=99504715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	99507869	rs11189352	T	C	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=40;PP=2800;SC=TAGCCAGGCCTGTTTCTCCCA;SOR=1.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=106;TCR=40;TR=146;WE=99507877;WS=99507859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	99508142	rs41317028	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=417;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CCTCCTCTCCCGCCACCACCC;SOR=0.546;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=39;WE=99508150;WS=99508132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,39:0.32:122
chr10	99509457	rs946778	T	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=444;SC=CTTCCACAAGTGCAACACCAC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=99509465;WS=99509447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	99509969	rs3750615	T	C	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=4;PP=944;SC=GTTAGGAGGGTGACTCTTTCC;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=99509977;WS=99509959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	99510068	rs3750614	G	T	6510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=98;PP=2965;SC=CTCCTACCTTGTTCTCCATTC;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=131;TCR=98;TR=227;WE=99510076;WS=99510058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr10	99510284	rs3829137	T	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=700;SC=CCCCCTGTTATCAGCTTGTTT;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=99510292;WS=99510274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	99512472	rs1538723	T	C	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=14;PP=660;SC=CGTCTGTCAATGTCACCATTT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=99512480;WS=99512462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	99514645	rs7922907	A	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=23;PP=574;SC=TTACAGATGAATAACCTGAGG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=99514653;WS=99514635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	99516955	rs10882995	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=8;PP=740;SC=ATTTAGAAGCGCCAGGAGCAG;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=99516963;WS=99516945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	99517355	rs3750612	A	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=79;PP=2965;SC=AACTCCAGGTACCTGAGGGTG;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=106;TCR=79;TR=185;WE=99517363;WS=99517345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	99518810	rs1981238	C	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=666;SC=GGCATCATCACCCCCAGGATC;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=99518818;WS=99518802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	99518874	rs10882996	G	A	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=31;PP=2137;SC=AGCTGGGCAGGGAGGGTGTGG;SOR=1.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=110;WE=99518882;WS=99518864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	99518901	rs12412543	G	C	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=51;PP=2965;SC=TGGGGGGTCTGTGTGGGGCAT;SOR=1.383;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=104;TCR=51;TR=153;WE=99518909;WS=99518881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	99519097	rs1981237	A	G	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=48;PP=1378;SC=CGTCCTTGGGACCAGCAGTAG;SOR=2.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=62;WE=99519105;WS=99519087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	99531571	rs11815012	C	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	99640255	rs10883009	G	A	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=70;PP=1950;SC=TGCCTTCCTCGCAGAGCCTCA;SOR=3.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=10;TCR=70;TR=80;WE=99640263;WS=99640245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	99682981	rs894375	T	C	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=18;PP=1507;SC=CTGGCTCTCATGTGGCTTCTC;SOR=2.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=73;WE=99682989;WS=99682971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr10	99971224	rs72826282	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=153;ReadPosRankSum=0.634;SC=AAGAAATAATAATAAGGTGGG;SOR=1.033;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=11;WE=99971232;WS=99971214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr10	99991408	rs1952061	A	G	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=57;PP=1748;SC=CAAGAATTTCATACTGAAGAC;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=79;WE=99991416;WS=99991398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	100003785	rs1359508	T	C	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1176;ReadPosRankSum=0.982;SC=GTAATTTGGATTAAGGGAAAG;SOR=0.876;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=69;WE=100003793;WS=100003775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,76:0.74:103
chr10	100011077	rs11189523	T	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr10	100011219	rs113644121	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ACAGGCCTGTCGGAAACCCTG;SOR=2.910;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=4;WE=100011227;WS=100011218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr10	100012011	rs10748722	C	T	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=22;PP=1333;SC=TCCAGGTGCCCTGGGCTGCTG;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=70;WE=100012019;WS=100012001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	100013244	rs3750599	A	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=561;ReadPosRankSum=1.349;SC=GGAAGGGCCAAACTGCTCCCT;SOR=1.734;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=31;WE=100013252;WS=100013234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chr10	100015563	rs3763688	G	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=6.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=2.285;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,49:0.23:209
chr10	100018844	rs7077073	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,13:0.14:92
chr10	100019039	rs7077266	G	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=0.082;SC=AGAGCTTCAGGACTAAGGGAG;SOR=0.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=10;WE=100019047;WS=100019029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr10	100020880	rs33995374	C	T	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=66;PP=1615;ReadPosRankSum=0.179;SC=CTCCAGCCGCCGGCCCTGCGG;SOR=0.462;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=133;TCF=42;TCR=91;TR=99;WE=100020888;WS=100020870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,105:0.74:141
chr10	100021983	rs746257	G	A	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=76;PP=1981;ReadPosRankSum=0.721;SC=GTGGAGTGGAGGTGATGCTCA;SOR=0.884;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=128;TCF=37;TCR=91;TR=105;WE=100021991;WS=100021973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,107:0.80:133
chr10	100022446	rs10736125	A	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=500;SC=AGCCCAGCCCAAGAAGACTGT;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=100022454;WS=100022436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	100022917	rs112780536	A	ATG	901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=914;SC=CCCCCCTCAAATGTGTGTGTG;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=18;WE=100022925;WS=100022907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	100183774	rs10883093	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=532;SC=GGACCACCCCACTCTTGTACC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=100183782;WS=100183764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	100189138	rs1061135	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=561;SC=GGTCTTAACAATCCTTGAGTT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=100189146;WS=100189128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	100189774	rs56733454	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=2.242;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=286;ReadPosRankSum=1.279;SC=GGTGCAGTCCTGGGTGTGTGG;SOR=1.638;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=21;WE=100189782;WS=100189764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr10	100190264	rs2296431	T	C	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=124;NR=98;PP=2965;SC=CCCACCATCTTCAGGCAGGTT;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=124;TCR=98;TR=222;WE=100190272;WS=100190254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr10	100190920	rs1801287	G	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,95:0.26:359
chr10	100193679	rs1886728	G	C	11792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=225;NR=183;PP=2965;SC=GGTCTTAAAGGTGGACGCCCC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=408;TCF=225;TCR=183;TR=408;WE=100193693;WS=100193669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr10	100195583	rs2296430	T	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=763;ReadPosRankSum=0.273;SC=CACCAAGAACTAAGGAAGGGA;SOR=0.602;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=55;WE=100195591;WS=100195573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr10	100202987	rs58548334	A	G	4406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=1.138;SC=GGCCACCAAGACGCACTTCAT;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=127;TCR=125;TR=182;WE=100202995;WS=100202977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,192:0.71:269
chr10	100219314	rs10883099	G	A	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1237;ReadPosRankSum=-1.808;SC=ACTGGTAGCCGTGAGTGTGAG;SOR=1.201;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=86;WE=100219322;WS=100219304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,88:0.75:118
chr10	100219374	rs10883100	T	A	3407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.596;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,147:0.77:192
chr10	100219519	rs11189618	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=893;ReadPosRankSum=0.570;SC=AAAACAGTATGGGACTCATTA;SOR=0.316;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=54;WE=100219527;WS=100219509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,57:0.75:76
chr10	100250019	rs59184373	GACACACACAC	G,GAC	1234.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3,3;NR=19,19;PP=38,707;SC=GAGTAAACATGACACACACAC;SOR=2.147;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=22,22;WE=100250038;WS=100250009;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:30
chr10	100401745	rs693656	T	C	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=43;PP=1298;SC=AAGCAAGGGATTATAAATACA;SOR=2.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=100401753;WS=100401735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	100481305	rs11189772	T	C	123.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=0.674;SC=CCTCCTTTTTTCTTAAGACCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=100481313;WS=100481295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr10	100503581	rs41290490	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=1.615;SC=CTGTATCACAAGCCAACTTAT;SOR=0.427;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=12;WE=100503589;WS=100503571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr10	101090428	rs2862600	T	G	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=85;PP=2965;SC=GCACCAAAGTTGTGGAGGAGG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=96;TCR=85;TR=181;WE=101090436;WS=101090418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	101117557	rs3750895	G	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=174;SC=AGGTGCTGCTGTGGCAAGATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=101117565;WS=101117547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	101124157	rs368559277	CT	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr10	101137063	rs3829211	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=504;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CCATTCCTAGGAGGGATGTGT;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=26;WE=101137071;WS=101137053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr10	101150256	rs3793931	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GGGAGGAGCCATGGACTCCTC;SOR=0.293;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=101150264;WS=101150246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr10	101163442	.	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=744;ReadPosRankSum=-1.395;SC=GGGAGTGATGCGAGGAGGTGG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=42;WE=101163450;WS=101163432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chr10	101293035	rs41290504	C	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,59:0.26:226
chr10	101295274	.	GGGC	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,6:0.10:61
chr10	101372411	rs880568	T	C	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=57;PP=1909;SC=GACCAACTCATTGAGGTCCCC;SOR=1.378;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=91;WE=101372419;WS=101372401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	101373729	rs17494319	C	T	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=31;PP=866;SC=GCCAACTTCTCGCCCCACCTC;SOR=1.140;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=101373737;WS=101373719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	101420283	rs10595744	GCACACA	G,GCA	523.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.92;ReadPosRankSum=1.048;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,7,7:0.47,0.47:15
chr10	101439252	rs3740079	G	A	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=47;PP=1375;SC=TTTGTTGTCAGTCTCTTTTAA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=101439260;WS=101439242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	101462193	rs10748790	C	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=736;SC=TGTGGGAATACGGAGTGGCTT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=101462201;WS=101462183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	101473218	rs2231687	A	G	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=50;PP=1691;SC=TTAAAAGTAAAGTTGAATAAG;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=87;WE=101473226;WS=101473208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	101480604	rs3832650	C	CAG	2260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=12;PP=1198;SC=GAACAGGAAACAGGGTGAAGA;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=25;WE=101480612;WS=101480594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	101489216	rs58771687	CAAAA	C	331.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	101492241	rs2231675	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=19;PP=523;SC=CGTAGTCAGTGGTGATTTCTT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=101492249;WS=101492231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	101544447	rs927344	A	T	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=83;PP=2965;SC=CCCTTGGGCTACCTATGGCTC;SOR=1.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=138;TCR=84;TR=221;WE=101544455;WS=101544437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr10	101551902	rs2756108	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=442;SC=CTGCATACCGCTTTTCCTATC;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=101551910;WS=101551892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	101553259	rs2804400	C	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=648;SC=CCCCTCAGTCCTCGGTTAGTG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=101553267;WS=101553249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	101603781	rs3740067	C	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=471;SC=AGTTTCCTTTCCTCTAACTCA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=101603789;WS=101603771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	101604207	rs3740066	C	T	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=60;PP=2156;SC=CTTGTGACATCGGTAGCATGG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=128;WE=101604215;WS=101604197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	101639796	rs2255901	G	A	6294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=104;PP=2965;SC=GCTGGGAGGTGGAGTCTGGGT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=109;TCR=105;TR=213;WE=101639817;WS=101639786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr10	101639877	rs11190305	A	C	7102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=123;PP=2965;SC=TTCCTTGGTCACATTCTTTTG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=116;TCR=123;TR=239;WE=101639885;WS=101639867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr10	101645498	rs2490763	T	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=457;SC=TCCTCTCAAATGGCTTCTTGG;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=101645506;WS=101645488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	101654696	rs3758394	T	C	7583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=142;PP=2965;SC=GTGATGTTGATGCTCACCCGG;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=142;TCR=142;TR=284;WE=101654704;WS=101654686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr10	101655982	rs3740058	G	A	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=14;PP=1424;SC=GCCCTGAAAAGCTGTCAAAGA;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=64;WE=101655990;WS=101655972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	101657880	rs7919323	G	A	7375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=127;PP=2965;SC=TAATGTTAACGTTGATTTCCT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=134;TCR=127;TR=261;WE=101657888;WS=101657870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr10	101658585	rs3740057	T	C	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=98;PP=2965;SC=GTTTCACATTTTTCTCAGAAC;SOR=1.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=42;TCR=98;TR=140;WE=101658593;WS=101658575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	101667792	rs17854135	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,70:0.24:292
chr10	101689378	rs7077718	G	C	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=11;PP=1358;ReadPosRankSum=0.485;SC=GGGTTTTCTTGCTGTTTTGCA;SOR=1.734;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=66;WE=101689386;WS=101689368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,67:0.83:81
chr10	101689736	rs185416534	T	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=3.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,54:0.24:229
chr10	101690050	rs10786578	C	T	6244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.152;SC=AGTCAGTCAACTGTTCAGCTT;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=346;TCF=178;TCR=168;TR=251;WE=101690058;WS=101690040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,263:0.72:364
chr10	101690379	rs10883428	A	G	4041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=77;PP=2833;ReadPosRankSum=-0.338;SC=CTGGGATCCAAGTCATTTTCT;SOR=0.530;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=207;TCF=103;TCR=104;TR=157;WE=101690387;WS=101690369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,165:0.75:219
chr10	101690637	rs7085955	C	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=1.028;SC=TGTCTCCCAACCATTCCAGAC;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=15;WE=101690645;WS=101690627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr10	101715899	rs2862923	G	A	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.962;SC=GAAGAAGGTCGGGGTACTGTT;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=83;WE=101715907;WS=101715889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,90:0.69:130
chr10	101728754	rs149159985	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TATTTGGTATTGCCGAGGACT;SOR=0.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=5;WE=101728762;WS=101728750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr10	101731631	rs11593499	A	G	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.31;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	101823543	rs4462272	T	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GCAATGCTCCTACTCACAACT;SOR=0.160;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=20;WE=101823551;WS=101823533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr10	101825160	rs3829161	C	G	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1202;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CGGTGAAGGGCCAACTGGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=65;WE=101825168;WS=101825150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,70:0.76:92
chr10	101829686	.	C	CT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr10	101841153	rs10883439	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=449;SC=AGCTGTTCAGAACTTACAGGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=101841161;WS=101841143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	101912064	rs2862954	T	C	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=56;PP=1334;ReadPosRankSum=-2.210;SC=TTAGAAGCAATGGCCTGGTAC;SOR=0.881;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=106;WE=101912072;WS=101912054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,117:0.74:158
chr10	101912194	rs1408579	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=-1.529;SC=TCACCTATTGCTCTCCTGAGT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=13;WE=101912202;WS=101912184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr10	101953705	rs11597086	A	C	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=5;PP=981;ReadPosRankSum=-0.272;SC=ATAGCAACTCAATGTCACATT;SOR=0.244;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=45;WE=101953713;WS=101953695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr10	101967212	rs7909855	C	G	243.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6272;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=172;ReadPosRankSum=-0.549;SC=ATGTGTATTACCATATCTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=101967220;WS=101967202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr10	101977883	rs2230804	C	T	3365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=85;PP=2262;ReadPosRankSum=0.684;SC=GGTTCTACTACTAAACTAGAA;SOR=1.318;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=185;TCF=71;TCR=114;TR=130;WE=101977891;WS=101977873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,137:0.70:195
chr10	101980459	rs986266	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=30;PP=867;SC=AATATACTTTAAAGTAACAGA;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=101980467;WS=101980449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	101989017	rs17883190	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.610;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr10	102006429	rs4919438	T	C	277.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=-1.013;SC=TTTCTAAACATCATCATGATT;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=102006437;WS=102006419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr10	102016268	rs2270961	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=1040;ReadPosRankSum=1.545;SC=ATTTTAGTCAGAATTGCAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=58;WE=102016276;WS=102016258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,64:0.77:83
chr10	102027407	rs12784396	C	T	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1378;ReadPosRankSum=0.205;SC=CGAATCCGCGCTCCCCGGAAA;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=92;WE=102027415;WS=102027397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,93:0.71:131
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chr10	102056972	rs2278840	G	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr10	102057005	rs2278839	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.612;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TGGAGCCTTCGCTGGGACGGC;SOR=1.569;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=13;WE=102057013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr10	102088906	rs3829159	C	T	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=40;PP=2362;SC=AATGTTTATACATATAGTGCA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=86;TCR=41;TR=126;WE=102088914;WS=102088896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	102104521	rs735877	C	T	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.387;NF=41;NR=59;PP=1344;ReadPosRankSum=-0.716;SC=TGGAATAGGGCGTTCAGAGTA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=63;TCR=89;TR=100;WE=102104529;WS=102104511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,102:0.66:154
chr10	102107251	rs1054411	C	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,40:0.22:179
chr10	102116208	rs111712956	ATCCCC	A	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.080;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,28:0.18:159
chr10	102116311	rs2234970	A	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=3.069;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,49:0.18:278
chr10	102259706	rs2273696	T	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=346;ReadPosRankSum=0.259;SC=AACCTAGAAATAATTAATGTG;SOR=0.906;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=18;WE=102259714;WS=102259696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr10	102265056	.	AACAC	A,AAC	886.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.74;ReadPosRankSum=-1.220;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,15,20:0.38,0.51:39
chr10	102295836	rs2295778	C	G	4583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=98;PP=2876;ReadPosRankSum=0.968;SC=CCCGACTAGGCCCATTCCGCG;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=136;TCR=134;TR=195;WE=102295844;WS=102295826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,208:0.72:288
chr10	102306228	rs116854727	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr10	102506070	rs4472867	G	C	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,112:0.28:398
chr10	102506103	rs4405241	C	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,75:0.29:262
chr10	102539429	rs7901210	C	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=658;ReadPosRankSum=0.287;SC=TGCCTGCCCGCTTGAGGTCCA;SOR=2.038;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=33;WE=102539437;WS=102539419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr10	102568983	rs1800898	A	C	3973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=95;PP=2271;ReadPosRankSum=0.769;SC=AGACATACCCAGTTGTGACTG;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=111;TCR=134;TR=174;WE=102568991;WS=102568973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,183:0.71:257
chr10	102584597	rs11190717	G	A	4979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.663;SC=AGGCTGGGGTGGGGGGAGACA;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=151;TCR=129;TR=208;WE=102584605;WS=102584587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,215:0.74:289
chr10	102672718	rs3802724	T	C	7097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.161;SC=CACGCCGGAGTCACTTCCGAA;SOR=0.501;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=386;TCF=220;TCR=166;TR=292;WE=102672726;WS=102672708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,306:0.76:402
chr10	102673063	rs3802725	G	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,25:0.25:99
chr10	102684380	rs10883563	C	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=3.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,59:0.21:280
chr10	102689217	rs2273654	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,46:0.24:194
chr10	102705058	rs55950013	A	AT	244.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=253;ReadPosRankSum=1.743;SC=CTCCTAAAATATTTTTGTCTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=102705066;WS=102705048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr10	102732813	rs41291460	A	C	7463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.060;SC=TCAACCTCAAAAGGCAGCAGA;SOR=0.637;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=451;TCF=219;TCR=232;TR=311;WE=102732821;WS=102732803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,319:0.69:460
chr10	102733407	rs41291462	C	A	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=836;ReadPosRankSum=-0.387;SC=TCCTCCCCTTCTTCCTCAATC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=52;WE=102733415;WS=102733397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr10	102734778	rs4919510	C	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr10	102738551	rs67813203	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.887;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=719;ReadPosRankSum=0.038;SC=CCTCAGAGTGAGGGAAAGGAA;SOR=0.360;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=34;WE=102738559;WS=102738541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr10	102740271	rs67692077	T	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=750;ReadPosRankSum=0.774;SC=GTATTAGGCCTCTTGCAGGGT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=35;WE=102740279;WS=102740261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr10	102740678	.	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.648;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,87:0.26:337
chr10	102744214	rs2295716	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=343;ReadPosRankSum=-1.613;SC=TCCTGTTCCATTCATCTGCCC;SOR=0.243;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=24;WE=102744222;WS=102744204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr10	102744331	rs11591349	A	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=4.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=2.383;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,32:0.21:155
chr10	102746503	rs2863095	C	T	4396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=80;PP=2488;ReadPosRankSum=-0.289;SC=ACTGTGCTTGCACCTGGGCTG;SOR=0.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=117;TCR=98;TR=173;WE=102746511;WS=102746493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,193:0.82:235
chr10	102750621	rs3740485	C	T	7408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=1.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.49;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,181:0.74:243
chr10	102750621	.	CGT	TGC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=94;NR=74;PP=2944;QD=20;SC=GTTGGGATGGCGTAGGATCGC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=128;TCR=100;TR=168;WE=102750631;WS=102750611;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:60,168:0.74:228
chr10	102750623	rs3740486	T	C	7408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.00;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,184:0.74:247
chr10	102750783	rs3740487	C	A	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=48;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TGGCCTTTAGCGGAGCTCAAG;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=63;WE=102750791;WS=102750773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,66:0.80:83
chr10	102750851	rs3824783	G	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=0.071;SC=AGCCTTAATCGTCTTGACTGT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=19;WE=102750859;WS=102750841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr10	102764047	rs807029	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-0.061;SC=ACCCCCCTGCCCTCCCCACCA;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=13;WE=102764055;WS=102764037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	102766574	rs807024	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr10	102767155	rs14177	C	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=541;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CCCAGAGGCTCTTGTTACTAC;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=28;WE=102767163;WS=102767145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr10	102770082	rs807023	T	G	6800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.387;SC=GCCACTGGGGTTCTTCATGGC;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=122;TCR=126;TR=246;WE=102770090;WS=102770072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,261:0.99:263
chr10	102770293	rs200896335	T	TGCTGCG	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr10	102770327	rs807022	A	G	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=33;PP=1368;SC=GGCTGCGGCTACGGCTCTGAG;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=69;WE=102770335;WS=102770317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	102771573	rs807020	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GCTCCGGGACGGAGGCAGCTC;SOR=0.668;Source=Platypus;TCF=34;WE=102771581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,55:0.76:72
chr10	102775221	rs71929129	ATGTGTG	A	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GAGCTGGCAGATGTGTGTGTG;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=102775234;WS=102775217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr10	102775349	rs34125357	CT	C	631.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,26:0.21:126
chr10	102777461	rs10786615	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=490;SC=GAGGATCGCTTGAGCGTGGGA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=102777469;WS=102777451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	102777768	rs11190793	C	G	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=18;PP=1869;SC=GCTGGTAAGACGCGGTGTGGG;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=82;WE=102777776;WS=102777758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	102780265	rs7075659	G	A	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=443;SC=AAAATGCTGGGATTACAGGTG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=102780273;WS=102780255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	102780312	rs7075685	G	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=12;PP=942;SC=TCTTCAGAGAGCCGGGCCCCA;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=102780320;WS=102780302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	102780354	rs77484072	TG	T	3775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=30;PP=2303;SC=CCTCCAACCTTGGGAGATCTG;SOR=1.158;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=55;WE=102780362;WS=102780344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	102783678	rs6584410	T	C	7726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=126;PP=2965;SC=CTGGGGGTTCTGCTTACCTGC;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=156;TCR=126;TR=282;WE=102783686;WS=102783668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr10	102792295	rs807014	G	A	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	102796774	rs2275383	C	T	755.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.652;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=639;ReadPosRankSum=1.427;SC=GCTGCTCATTCGGGCATTGCA;SOR=2.712;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=28;WE=102796782;WS=102796764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr10	102797259	rs2275382	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=456;ReadPosRankSum=0.010;SC=CCAACTCTCTCTCCAGCCTCG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=28;WE=102797267;WS=102797249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr10	102798346	rs807049	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=2.420;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,40:0.26:152
chr10	102824349	rs807037	G	C	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=38;PP=1178;SC=CGCTGCCTTGGCCGCAATGCC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=102824357;WS=102824339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	102997581	rs678741	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=609;ReadPosRankSum=1.336;SC=GCCTGTGTTGGGACCTAAGGA;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=102997589;WS=102997571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr10	103221870	rs5787432	CAGG	C	4013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=39;PP=2273;SC=AAACAAAAGACAGGAGGAAAC;SOR=1.105;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=48;WE=103221880;WS=103221860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	103281722	rs9420854	C	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.464;SC=TCTTTATTGGCTTGATTTTTA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=103281730;WS=103281712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr10	103291249	rs9420859	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=718;ReadPosRankSum=0.407;SC=AATCCCAGCATTTTTGGAGGC;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=34;WE=103291257;WS=103291239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr10	103340056	rs3730477	G	A	4171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=77;PP=2605;ReadPosRankSum=-0.472;SC=CGGTGGGACCGGCCATCTGGG;SOR=0.577;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=250;TCF=144;TCR=106;TR=175;WE=103340064;WS=103340046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,186:0.70:266
chr10	103340144	rs3730476	A	G	4201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=91;PP=2667;ReadPosRankSum=-1.960;SC=ACAGCAGCCCAGAGTTAAAGG;SOR=0.570;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=111;TCR=127;TR=175;WE=103340152;WS=103340134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,187:0.73:256
chr10	103340179	rs3730475	A	G	2727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=66;PP=1811;ReadPosRankSum=0.550;SC=TGGACCTGGGAAAGAGAGCGG;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=60;TCR=94;TR=110;WE=103340187;WS=103340169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,116:0.71:163
chr10	103340235	rs3730474	T	C	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=880;ReadPosRankSum=1.905;SC=CCCACAGCAGTACAAGGGCCT;SOR=1.716;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=47;WE=103340243;WS=103340225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
chr10	103343533	rs3730465	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5214;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=292;ReadPosRankSum=2.051;SC=GCAGATGCTGACATAAAAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=18;WE=103343541;WS=103343523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr10	103345940	rs3730462	CTGTTG	C	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=381;ReadPosRankSum=0.844;SC=CAGATGACTACTGTTGTAACT;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=103345952;WS=103345930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr10	103354554	rs7911520	A	G	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=63;PP=1521;ReadPosRankSum=2.757;SC=CATAAGCACAATGAACACTCC;SOR=1.198;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=82;WE=103354562;WS=103354544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,89:0.83:107
chr10	103361088	rs7874	C	T	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=62;PP=1696;ReadPosRankSum=0.195;SC=GAACAACCAACAAGAAGTGAG;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=76;TCR=75;TR=124;WE=103361096;WS=103361078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,134:0.81:166
chr10	103368654	rs7006	T	C	6568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GATGACGCCTTGCTGAGCTTT;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=366;TCF=203;TCR=163;TR=272;WE=103368662;WS=103368644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,290:0.75:389
chr10	103454402	rs61382490	A	T	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1153;ReadPosRankSum=0.460;SC=CGCCATGGCCACCCCTGTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=81;WE=103454410;WS=103454392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,84:0.65:130
chr10	103531201	rs3218234	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,42:0.26:164
chr10	103542959	rs935445	CC	GG	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=2.335;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,76:0.26:297
chr10	103559245	rs76134290	G	T	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=1038;ReadPosRankSum=-2.823;SC=AAATAAAATGGTCACACAGAT;SOR=0.995;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=56;WE=103559253;WS=103559235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,63:0.74:85
chr10	103565960	rs3740422	G	C	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=57;PP=1610;ReadPosRankSum=0.200;SC=TTTTCTCTTTGTTTGTTTGTT;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=71;WE=103565968;WS=103565950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,74:0.73:102
chr10	103573222	rs11191118	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.902;SOR=1.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr10	103588734	rs1562364	A	G	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=35;PP=1522;ReadPosRankSum=-1.309;SC=CCTTCCGCCCACACCTCAAGC;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=99;WE=103588742;WS=103588724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,108:0.75:144
chr10	103599325	rs874885	A	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=287;ReadPosRankSum=0.836;SC=CCTCCTGCTCAGTAAGGAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=16;WE=103599333;WS=103599315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr10	103603162	rs12413444	G	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=625;ReadPosRankSum=0.576;SC=GGCAGAGTGTGGGTGCGGGCC;SOR=0.336;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=45;WE=103603170;WS=103603152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,51:0.71:72
chr10	103771457	.	GA	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,16:0.17:93
chr10	103869633	rs78325172	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=348;ReadPosRankSum=0.688;SC=CACCCTTCCCCCGCCTGCCTT;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=26;WE=103869641;WS=103869623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
chr10	103904763	rs11357964	TC	T	4642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.56;QD=29.57;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	103908080	rs3740405	G	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=334;SC=GATAAGCAGAGTATACCTGAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=103908088;WS=103908070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	104122842	rs1890060	A	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=453;SC=AGAGAATCTAATGCTTGGCTG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=104122850;WS=104122832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	104128954	rs7902882	T	A	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=56;PP=2584;SC=GTCTGTTCTCTTCCTCTTTTC;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=148;WE=104128962;WS=104128944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr10	104156390	rs138364110	G	GT	4309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=20;PP=2936;SC=GAGTGCTGTAGTTTGGTTCAG;SOR=2.566;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=89;WE=104156398;WS=104156380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	104157727	rs4919632	C	T	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=21;PP=1300;SC=AATCCATATCCCACTCCATAG;SOR=1.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=66;WE=104157735;WS=104157717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	104158933	rs3740418	C	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=84;SC=GATCACACCACTGCACTCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=104158941;WS=104158923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	104159196	rs4919633	A	G	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=30;PP=1405;SC=CCGCGGAGCCAAGCGCCCCCT;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=78;WE=104159204;WS=104159186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	104160434	rs4919634	A	G	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1568;ReadPosRankSum=0.652;SC=TACACCTGGCAGTCCGAGCCC;SOR=0.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=92;WE=104160442;WS=104160424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,98:0.97:101
chr10	104163489	rs7068416	G	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=19;PP=987;SC=TGAGGCTTAGGTTAAGCAACC;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=104163497;WS=104163479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	104163569	rs11191283	G	A	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=60;PP=2239;SC=GCCTGCGTGTGTGGACAGAGG;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=126;WE=104163577;WS=104163559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	104179219	rs56384670	C	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=262;SC=CGTGGGGGACCGGCAACCCTT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=104179227;WS=104179209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	104184213	rs41287462	G	A	9554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=151;PP=2965;SC=AGTTGGGGGAGCGGGATTATG;SOR=0.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=186;TCR=151;TR=337;WE=104184221;WS=104184203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr10	104184953	rs11597439	C	G	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=71;PP=2182;SC=CATGCTCTCTCTTCTGAAGGG;SOR=1.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=62;TCR=71;TR=133;WE=104184961;WS=104184943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	104184981	rs11593146	A	G	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=52;PP=1710;SC=CAGGATGGCCAGGCCTTCTTC;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=93;WE=104184989;WS=104184971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	104196465	rs2224374	T	C	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=111;SC=TAACTTTGACTCGGGCTACTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=104196473;WS=104196455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	104214080	rs148334455	CT	C	1694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.925;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.45;ReadPosRankSum=1.522;SOR=2.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,75:0.95:79
chr10	104231234	rs913028	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=284;SC=GCTGGGAACTTGGCCACGCAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=104231242;WS=104231224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	104235807	.	TGGTTTTTTTTTTAAGGATTTCATAG	T	263.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	104240498	rs12162	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=292;SC=TCGCATGTGCACACACACTCA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=104240506;WS=104240492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	104240974	rs2296578	C	G	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=37;PP=1114;SC=CCAGCCCTCCCGCTCCCTTTC;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=57;WE=104240982;WS=104240964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	104242886	rs2296581	G	A	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=100;PP=2965;SC=AGACAGTCAGGCTGGCAGGAA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=88;TCR=100;TR=188;WE=104242894;WS=104242876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr10	104243883	rs7079810	C	T	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=29;PP=2414;SC=TCCCAACCCCCACTCCATCCC;SOR=2.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=113;WE=104243891;WS=104243873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	104244139	rs2296582	G	T	6284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=130;PP=2965;SC=CGTAACTGAAGCAAAGGGGCA;SOR=1.240;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=218;TCF=87;TCR=131;TR=217;WE=104244147;WS=104244129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr10	104245549	rs2296585	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=272;SC=CTTCATTAGTCTTAGGGGAGA;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=104245557;WS=104245539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	104245575	rs2296586	G	A	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	104245588	rs2296587	G	A	144.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	104248087	rs2296588	T	C	5104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=101;PP=2965;SC=CAGGACCCTGTTCTCCCAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=66;TCR=101;TR=167;WE=104248095;WS=104248077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr10	104248106	rs2296589	T	A	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=90;PP=2937;SC=GACTAAGCAGTGCAAGCTGAA;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=53;TCR=90;TR=143;WE=104248114;WS=104248096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	104250209	rs111446950	CT	C	2387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=16;PP=1701;SC=AACTGTTTTCCTTTGTTGACT;SOR=1.678;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=42;WE=104250217;WS=104250199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	104268877	rs2281879	G	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=4;PP=612;SC=GCTTGACATTGTCTGATTTCC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=104268885;WS=104268867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	104356822	rs10786690	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=12;PP=1276;SC=CTGTAAGAGCAGTGGCTGAAA;SOR=2.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=69;WE=104356830;WS=104356812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	104375258	rs2001389	G	A	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=49;PP=1288;SC=CCCAGCAGGCGTCCTCCAGGG;SOR=3.575;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=57;WE=104375266;WS=104375248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	104378750	rs10786698	G	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=10;PP=1140;SC=GTTCAAGCACGTTTTCCTGGG;SOR=2.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=104378758;WS=104378740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	104387103	rs41297161	G	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=633;ReadPosRankSum=0.610;SC=TGTACCTGTGGTGCGTGTGTG;SOR=0.579;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=31;WE=104387111;WS=104387093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr10	104389932	rs4917980	T	G	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=86;PP=2498;SC=GGCCCTGCAGTGGCCAGCAGG;SOR=1.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=39;TCR=86;TR=125;WE=104389940;WS=104389922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	104415720	rs4274160	T	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=0;PP=1021;SC=TGGCCACCCCTACCCCTGCCA;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=37;WE=104415728;WS=104415719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	104415777	rs78418271	G	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,30:0.23:132
chr10	104445545	rs3832710	AG	A	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=0.551;SC=TCATGTTGCCAGGTGGCCAAG;SOR=0.173;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=5;WE=104445553;WS=104445535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr10	104449836	rs61869211	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=0.732;SC=GGTGAGTCTCATCTCATTTAT;SOR=0.019;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=104449844;WS=104449826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	104459079	rs59504153	TAA	T	1840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=8;PP=1269;SC=TCCATGTTTCTAACACATGGC;SOR=2.303;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=28;WE=104459088;WS=104459069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	104473813	rs2248684	C	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=8;PP=826;SC=GCCTCGGACCCGCTGCAAGCC;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=104473821;WS=104473803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	104474107	rs2248679	G	A	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=43;PP=1172;SC=CTGCGGCGCCGCCCCCGACGT;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=104474115;WS=104474097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	104486304	rs2244647	G	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.300;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,6:0.16:38
chr10	104486974	rs2244524	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr10	104487072	rs2244518	G	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=274;SC=TTTAACCCTCGCAACAACCCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=104487080;WS=104487062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	104489011	rs2244254	G	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,24:0.23:105
chr10	104491702	rs3802676	G	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;ReadPosRankSum=1.368;SC=GTTCAGAACAGGCCCCTTCTC;SOR=0.349;Source=Platypus;TCF=38;WE=104491710;WS=104491692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
chr10	104492707	rs2778037	G	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=4.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,36:0.21:170
chr10	104493432	rs78400164	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.839;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,54:0.23:230
chr10	104536365	rs2254563	C	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=2.193;SC=CCACCGTGTTCTTAACCCTCT;SOR=0.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=6;WE=104536373;WS=104536355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr10	104572276	rs284861	A	G	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=8;PP=1604;SC=CAATGCAAATATTCAGTGGGA;SOR=3.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=61;WE=104572284;WS=104572266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	104572963	rs284860	T	C	5108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=102;PP=2965;SC=CCTCTGTCAGTCCTCTGAGGA;SOR=1.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=70;TCR=102;TR=172;WE=104572971;WS=104572953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	104573017	rs284859	G	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,26:0.22:117
chr10	104591182	rs284849	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=163;ReadPosRankSum=-1.231;SC=CAGCAAGCTTGGCAGAGGTGA;SOR=0.512;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=14;WE=104591190;WS=104591172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr10	104621829	rs41287472	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=1.081;SC=ATAAGCTGAAATTTCTTCTGC;SOR=0.269;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=5;WE=104621837;WS=104621819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr10	104638421	rs3740391	A	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=279;ReadPosRankSum=2.242;SC=GTAACCCCCCAAAAATTTTGA;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=13;WE=104638429;WS=104638416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	104816469	rs41287478	T	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=573;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AGTATTCTTATCTAAACACCT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=28;WE=104816477;WS=104816459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr10	104860395	rs2863727	T	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=671;SC=AAATCTTGCCTGGCCTGGGAA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=104860403;WS=104860385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	105108455	rs4917387	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-0.676;SC=ACAATTGTAATTTATATATTC;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=6;WE=105108463;WS=105108445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr10	105110740	rs113359610	A	AGGAGGC	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr10	105127708	rs10883858	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.648;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	105128134	rs10883859	T	G	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=78;PP=2143;ReadPosRankSum=0.402;SC=AGTGGCGGGCTCCGGAGCCCC;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=53;TCR=94;TR=119;WE=105128142;WS=105128124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,118:0.79:150
chr10	105144986	rs7069667	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=750;SC=ATAGTCAAATATATATAAAAT;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=105144994;WS=105144976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	105154089	rs7911488	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,60:0.22:277
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chr10	105176179	rs7894407	T	C	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=20;PP=1154;ReadPosRankSum=0.344;SC=GTTTAAGAGGTTGCAGAGACC;SOR=0.325;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=70;TCR=26;TR=68;WE=105176187;WS=105176169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,70:0.73:96
chr10	105177645	rs11598673	G	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=893;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAAAGAGCCTGCAGGACACAG;SOR=0.844;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=56;WE=105177653;WS=105177635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,57:0.78:73
chr10	105191755	rs80307802	C	CAA	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=271;ReadPosRankSum=1.164;SC=AGGAGAGAAACGGCCTTGGAG;SOR=0.297;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=8;WE=105191763;WS=105191745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr10	105194086	rs2986014	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,31:0.19:163
chr10	105199983	.	G	T	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=1007;ReadPosRankSum=0.166;SC=AAAAAGGCCTGGGCCGCCTGT;SOR=1.173;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=63;WE=105199991;WS=105199973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,66:0.75:88
chr10	105201565	rs2281861	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.652;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=630;ReadPosRankSum=0.857;SC=TTTCTTTAGCGCCTCTGTGTT;SOR=0.188;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=16;WE=105201585;WS=105201555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr10	105201577	rs2281860	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=630;ReadPosRankSum=0.034;SC=CTCTGTGTTCCTCCAGGAGAA;SOR=0.221;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=23;WE=105201585;WS=105201555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr10	105204454	rs942900	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.947;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=107;ReadPosRankSum=1.127;SC=GTGGGGCAGCTGGCCAAGGCC;SOR=1.721;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=13;WE=105204462;WS=105204444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr10	105205302	rs7831	A	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr10	105206874	rs6580	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,20:0.21:94
chr10	105214932	rs729211	T	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=596;ReadPosRankSum=-1.565;SC=TGCCCAGCACTGAAACCCTTC;SOR=1.432;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=35;WE=105214940;WS=105214922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr10	105215016	rs2986016	A	G	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=48;PP=2392;SC=AGCTGGCCACACCTCACACTT;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=126;WE=105215024;WS=105215006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	105218252	rs2986017	A	G	19903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.54;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr10	105218252	.	AGC	GGC,GGT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=222,159;NR=229,165;PP=1234,2944;QD=2.81323993913;SC=CCGGCGGCCCAGCGGCCGCTT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=458;TCF=224;TCR=234;TR=451,324;WE=105218262;WS=105218242;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:458
chr10	105218254	rs4918016	C	T	8455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,369:0.74:498
chr10	105218359	rs2986018	T	C	9183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=0.524;SC=CGCTGTAGGCTGCATTGTAGC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=155;TCR=172;TR=324;WE=105218367;WS=105218349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,348:0.99:350
chr10	105233110	rs2986035	C	T	6486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=107;PP=2965;SC=AGGAGGCGGTCCACCTGCTCC;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=120;TCR=107;TR=226;WE=105233118;WS=105233100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	105254090	rs2986041	G	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,29:0.22:134
chr10	105344451	rs11191737	G	A	3019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:519,193:0.27:712
chr10	105344756	rs2236209	T	C	5911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=1.597;SC=CCGACCTGCCTTTCAGCCCTG;SOR=0.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=108;TCR=94;TR=200;WE=105344764;WS=105344746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr10	105361816	rs4918031	T	G	6449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.732;SC=GGGACACGGGTATGCTGTTGC;SOR=0.369;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=97;TCR=135;TR=231;WE=105361824;WS=105361806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr10	105362104	rs11191741	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=4.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,51:0.22:227
chr10	105362209	rs4917396	T	C	10140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=200;NR=143;PP=2965;SC=GGCTGTCTGATTTGCCTTCGT;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=200;TCR=144;TR=343;WE=105362217;WS=105362199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr10	105363289	rs3740471	T	C	6024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.449;SC=CAAAGCCGAATGCAGGGATGT;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=355;TCF=178;TCR=177;TR=268;WE=105363297;WS=105363279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,272:0.74:367
chr10	105365386	rs7088714	A	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=623;SC=AGTTTAGGCCATGGCACTGGC;SOR=4.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=30;WE=105365394;WS=105365376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	105420796	rs200556417	C	A	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.110;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,123:0.24:515
chr10	105428453	rs10533306	CAG	C	13444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=163;PP=2982;SC=AGAGGAGAACCAGAGAGAGAG;SOR=0.878;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=214;TCF=29;TCR=185;TR=192;WE=105428462;WS=105428443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr10	105428523	.	C	T	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.459;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.668;NF=35;NR=77;PP=1973;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CTCGGCCAGCCGCGGGCGGAA;SOR=0.960;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=157;TCF=52;TCR=105;TR=112;WE=105428531;WS=105428513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,112:0.70:160
chr10	105561300	rs148335179	T	TACACAC	83.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	105614884	rs4918064	A	G	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=5;PP=1689;SC=TGGGAGGGGCAAGGGGCCATC;SOR=4.323;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=71;TCR=5;TR=75;WE=105614892;WS=105614874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	105615105	rs10883929	G	C	10228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=226;PP=2965;SC=TCCAGCTGCCGGGGTCCCGGG;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=147;TCR=227;TR=373;WE=105615113;WS=105615095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr10	105657316	rs10786775	G	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=8;PP=807;SC=TTGGTCGGAGGAGGCACTGTG;SOR=2.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=105657324;WS=105657306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	105657363	rs11191853	C	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,30:0.25:120
chr10	105658588	rs2902639	G	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=195;ReadPosRankSum=1.152;SC=AGCTGCTTCAGTTTTCTGCCG;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=15;WE=105658596;WS=105658578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr10	105659826	rs2487999	T	C	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=29;PP=1870;SC=TTACAGTAAGTGGTGGCATGA;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=95;WE=105659834;WS=105659816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	105727656	rs67597452	AAG	A	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=325;ReadPosRankSum=0.776;SC=TGTACAAGGTAAGAGGGGGAA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=10;WE=105727665;WS=105727646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr10	105752229	rs2476952	C	T	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=50;SC=TTTAGTATATCGTTTCCATAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=105752237;WS=105752219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	105752503	.	C	T	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5266;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=32;QD=22.2570708491;SC=ATGTAAGTATCGAGTAAAGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=105752511;WS=105752493;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr10	105759749	rs112226841	A	ATCTC	817.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=591;ReadPosRankSum=2.199;SC=TTATTTTAACATCTAAGAATG;SOR=1.136;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=105759757;WS=105759739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr10	105762591	rs805657	G	A	5524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.199;SC=ATAGGAACATGTGAGGCAGCA;SOR=0.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=290;TCF=135;TCR=155;TR=213;WE=105762599;WS=105762581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,234:0.75:314
chr10	105762972	rs34326537	T	C	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=81;PP=2464;ReadPosRankSum=1.859;SC=ACTACTCAGATAGATAAAGAG;SOR=0.916;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=173;TCF=72;TCR=101;TR=135;WE=105762980;WS=105762962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,137:0.77:177
chr10	105768158	rs805664	A	T	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.22;ReadPosRankSum=1.631;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,85:0.91:93
chr10	105781532	rs10883961	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,46:0.20:234
chr10	105791929	rs805687	C	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=547;ReadPosRankSum=0.184;SC=CCTCTGGAGACCTTGGACCTA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=25;WE=105791937;WS=105791919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr10	105792077	rs805688	A	G	3167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=65;PP=2121;ReadPosRankSum=0.269;SC=GTAGGAAGTTAAAACATATCT;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=200;TCF=102;TCR=98;TR=136;WE=105792085;WS=105792067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,140:0.66:211
chr10	105792205	rs813943	A	C	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=34;PP=1301;SC=GCCCCATTTCAACACCAGCTT;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=105792213;WS=105792195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	105793173	rs1747675	T	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=486;SC=AGCAGGGATCTCCCAGTACCC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=105793181;WS=105793163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	105796399	rs2274098	G	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=1.026;SC=CCCTGGAGAGGAGAGGATGCA;SOR=0.515;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=19;WE=105796407;WS=105796389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr10	105796449	rs2476957	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=605;SC=CGCAGCCATGATCCAGCCACA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=105796457;WS=105796439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	105796738	rs805714	A	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=235;SC=CAAGGTTTGCATGACGAGTGA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=105796746;WS=105796728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	105796819	rs2476958	A	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=9;PP=549;SC=GCACAGCCAGAATGTCTTCAG;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=105796827;WS=105796809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	105797378	rs2282437	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr10	105797693	rs61382109	TA	T	614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=599;SC=GTCCTTCCCCTAAATTACAGA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=17;WE=105797701;WS=105797683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	105797989	.	TACACACACACACACACACAC	T	809	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=59.88;NF=6;NR=1;PP=809;QD=116.0;SC=TAGACACACATACACACACAC;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=7;WE=105798018;WS=105797979;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr10	105798872	rs2274100	T	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-2.172;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,41:0.28:149
chr10	105799216	rs2296219	G	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TGTCACCTTTGGGTCCCTGGG;SOR=0.348;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=19;WE=105799224;WS=105799206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr10	105799524	.	CCA	C	404.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=14.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-0.462;QD=15.57;ReadPosRankSum=1.746;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr10	105799552	.	ACG	A	460	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MMLQ=24;NF=10;NR=15;SC=ACACACACACACGCACACGCA;Source=Platypus;TCR=19;TR=25;WS=105799540;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,25:0.57:44
chr10	105799599	rs11191905	C	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.574;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,24:0.26:91
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chr10	105805436	rs805720	G	A	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=27;PP=1597;SC=TGGCCAGAGAGAGGCCTCCTC;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=81;WE=105805444;WS=105805426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	105805497	rs813944	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,49:0.26:192
chr10	105806310	rs805721	C	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=742;ReadPosRankSum=-0.855;SC=CATTTCTACTCGAATGGTGTT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=44;WE=105806318;WS=105806300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,50:0.85:59
chr10	105809671	rs10883963	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=161;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TCTGGATACCTCCTTATCCTC;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=105809679;WS=105809661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr10	105810400	rs805722	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=1.050;SC=GGTGGTCCCATTGGTCCTTTG;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=15;WE=105810408;WS=105810390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr10	105810879	rs805723	C	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=103;ReadPosRankSum=-0.428;SC=AACACATTGTCGAGTCTTGGC;SOR=0.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=9;WE=105810887;WS=105810869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr10	105812690	rs2274101	G	C	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=16;PP=1069;ReadPosRankSum=0.913;SC=ATGAAGGAAGGGGGGAGAAAC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=65;WE=105812698;WS=105812680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,69:0.72:96
chr10	105813001	rs11191909	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TCCCTGGCCTCCCTGCTTGCT;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=24;WE=105813009;WS=105812991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr10	105814826	rs805691	C	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,44:0.21:207
chr10	105814937	rs805692	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,19:0.23:84
chr10	105815241	.	A	C	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MMLQ=24;MQ=59.19;NF=3;NR=3;PP=46;QD=13.4618687579;SC=CACACACACAATAAGGGGATC;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=6;WE=105815249;WS=105815231;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr10	105816685	rs805696	T	C	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	105816916	rs805698	C	T	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=43;PP=1486;SC=CCACTGCTGCCGTAGCTGTGG;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=87;WE=105816924;WS=105816906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	105817043	rs805699	C	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=229;SC=TGGGGGCTTTCAAGTTCCTGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=105817051;WS=105817033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	105817891	rs11191910	G	A	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=23;PP=1053;ReadPosRankSum=0.186;SC=CAGGGTTCGCGGTTCTCACCC;SOR=0.807;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=69;WE=105817899;WS=105817881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,74:0.70:105
chr10	105819956	rs805701	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,52:0.22:237
chr10	105821136	rs805704	A	T	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=26;PP=1199;SC=ACCAGCCTGAACCCTGGCAGC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=105821144;WS=105821126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	105821294	rs805705	A	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=39;PP=1061;SC=GAGAAGCCTGATCAGCCCTGG;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=105821302;WS=105821284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	105821836	rs805706	C	T	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=776;SC=ACAGCCTTCCCTGTGTGCTTG;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=105821844;WS=105821826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	105824333	rs805708	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,36:0.24:150
chr10	105831714	rs141284620	GCA	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.982;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=1.259;SC=ACACACGCATGCACACACACA;SOR=0.084;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=5;WE=105831723;WS=105831704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr10	105837000	rs2274106	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=692;SC=GCTGCCCAATAGCTGTGTGTT;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=105837008;WS=105836990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	105883395	rs1338777	A	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=502;ReadPosRankSum=-1.509;SC=AAATGGAAGGACTTTATTTCT;SOR=1.188;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=33;WE=105883403;WS=105883385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr10	105927460	rs17750886	C	T	7733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.090;SC=GCGCTTTCATCGGGAAGTTTT;SOR=0.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=426;TCF=235;TCR=191;TR=322;WE=105927468;WS=105927450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,341:0.75:453
chr10	105932074	rs626708	C	T	394.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=279;ReadPosRankSum=0.168;SC=AAGGTTTTGTCATATTCACAT;SOR=1.863;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=16;WE=105932082;WS=105932064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr10	105932157	rs35761606	CT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,12:0.15:81
chr10	105938913	rs200538630	CAGAG	C,CAG	1456.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.17;QD=33.11;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,32:0.27,0.73:44
chr10	105939451	rs624159	C	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=14;PP=1042;SC=ATTTGCTTTCCGAAAAGTTAC;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=105939459;WS=105939441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	105942304	rs569856	T	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=41;PP=1325;SC=ACAGAGGCTATAAAAATCATA;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=105942312;WS=105942294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	105942337	rs569967	G	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=34;PP=1020;SC=ACATTTAGCTGTATTATTTTC;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=105942345;WS=105942327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	105945985	rs479879	A	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=852;SC=TGTAAATAAAATGATATGGCA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=105945993;WS=105945975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	105956776	rs584309	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=34;PP=985;SC=CCAGTGTGCCAATGATTTAGT;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=105956784;WS=105956766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	105957561	rs678292	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=301;SC=TCTGCCTCCTGTTCGCATTGC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=105957569;WS=105957551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	105957613	rs677904	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=10;PP=520;SC=ACATATAAATGGGGATTTAAA;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=105957621;WS=105957603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	105967413	rs17824653	A	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr10	105967624	rs11191948	C	T	3740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=97;PP=2442;ReadPosRankSum=-0.587;SC=AAAACAATCACGGCTAAAAGC;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=70;TCR=125;TR=151;WE=105967632;WS=105967614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,160:0.77:209
chr10	105973981	rs584082	C	G	4841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.224;SC=CAAACAAAGACCACCATGTTG;SOR=0.940;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=254;TCF=162;TCR=92;TR=192;WE=105973989;WS=105973971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,198:0.75:263
chr10	105978690	rs606697	A	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-0.093;SC=CACCACACCAACCACAGCTGC;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=14;WE=105978698;WS=105978680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr10	105991884	rs789577	T	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=32;PP=1417;SC=AGGAGGGGACTTGGGGCAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=89;WE=105991892;WS=105991874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	106014764	rs144343542	CCGG	C	3507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=49;PP=2932;SC=TCGGCGACCCCCGGCGGCATG;SOR=2.215;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=62;WE=106014774;WS=106014754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	106022789	rs4925	C	A	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=30;PP=939;SC=GAAGACTATGCTGGCCTAAAA;SOR=1.057;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=56;WE=106022797;WS=106022779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	106028154	rs45596840	G	A	16245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr10	106028157	rs641071	G	T	16187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr10	106034491	rs2297235	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=4;PP=339;SC=CCCAGGTTAAATTACCCTAGC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=106034499;WS=106034481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	106037894	rs157077	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=466;SC=ATTTAAAAAGTCACTCACACT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=106037902;WS=106037884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	106039185	rs156697	A	G	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1486;ReadPosRankSum=-0.692;SC=AGAATGCACTAATCTGAAGGC;SOR=0.327;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=86;WE=106039193;WS=106039175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr10	106039303	rs276203	A	G	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=488;SC=TGGTCACTCTAACACCAGCTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=106039311;WS=106039293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	106116606	rs17754804	T	A	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=49;PP=1665;SC=ACTCATCTTGTGGATAAGCTG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=95;WE=106116614;WS=106116596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	106124660	rs12769756	G	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=37;PP=1069;SC=CTGCCATGGAGGGCAAGAAGA;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=106124668;WS=106124650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	106159305	rs10509772	G	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.211;SC=AACAGACACGGGTATTTAATT;SOR=0.066;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=13;WE=106159313;WS=106159295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr10	106602496	rs5787553	C	CT	577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.968;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,33:0.26:129
chr10	106675585	rs6584635	C	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,82:0.24:338
chr10	106802709	.	G	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=578;ReadPosRankSum=1.760;SC=TGCCTACTTGGGTGTGTTGGG;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=38;WE=106802717;WS=106802699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr10	106907440	rs791125	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.562;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,16:0.16:97
chr10	106907586	rs791126	C	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-1.776;SC=TCCCTTGGGTCTGTCTCTCTT;SOR=0.474;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=15;WE=106907594;WS=106907576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr10	106916819	rs2297500	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr10	106974123	.	AAC	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.924;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,35:0.11:306
chr10	107012665	.	G	T	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=969;ReadPosRankSum=0.417;SC=CCTGGAACAAGTAAGTGAAAG;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=54;WE=107012673;WS=107012655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,59:0.77:77
chr10	108338807	rs74668920	C	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=637;ReadPosRankSum=1.120;SC=TCAGCCATTGCCTACTCAGCC;SOR=1.802;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=31;WE=108338815;WS=108338797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr10	108371571	rs137930414	A	AGTTT	1868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=1495;ReadPosRankSum=0.153;SC=CTGCTGGGTTAGTTTGTTTGT;SOR=0.631;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=31;WE=108371579;WS=108371561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr10	108380006	.	CAG	C	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr10	108389249	rs1322004	T	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=230;SC=TCAGGCATGATGGCAGCCCTG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=108389257;WS=108389239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	108432828	rs11193010	C	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=614;SC=GGGGCGTTCACCCTGAGCTAA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=108432836;WS=108432818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	108439103	rs821929	A	C	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=65;PP=1592;SC=AGAAAGAGAAAGGTGCCATTA;SOR=1.466;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=104;WE=108439111;WS=108439093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	108447836	rs821935	C	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=11;PP=1394;SC=CCCTTCCCCACTCCCTTTTGT;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=108447844;WS=108447826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	108466412	rs2756231	C	T	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=74;PP=2224;SC=AAAAACAAGACTGTAAGAAGC;SOR=1.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=45;TCR=75;TR=119;WE=108466420;WS=108466402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	108469161	rs2756232	C	G	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=56;PP=1646;SC=CAGAGATTTACAGTCAGGGTG;SOR=1.911;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=77;WE=108469169;WS=108469151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	108923704	rs2993097	A	G	7326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CCACCCCTTTACCCTCAGTCC;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=442;TCF=259;TCR=183;TR=305;WE=108923712;WS=108923694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,322:0.69:468
chr10	111440605	rs7898586	A	G	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=50;PP=2557;SC=TTCATTACAGAAAGAGATTAG;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=117;WE=111440613;WS=111440595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	111440719	rs7915504	T	A	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=108;PP=2965;SC=TCTAGTCACTTGTAAACAATG;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=232;WE=111440727;WS=111440709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr10	111625108	rs483072	T	C	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=21;PP=639;SC=TATTCACCACTACATCTTTAA;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=111625116;WS=111625098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	111630731	rs612155	G	C	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=75;PP=2256;SC=ATTATGTGTGGCTCCAGAACG;SOR=2.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=28;TCR=75;TR=103;WE=111630739;WS=111630721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	111633025	rs642938	A	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=486;SC=TTACTACCCCACATGTAATTT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=111633033;WS=111633015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	111646147	rs623980	A	G	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=86;PP=2871;SC=CCCAGAAAGCAGTAGGAACCC;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=69;TCR=86;TR=155;WE=111646155;WS=111646137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	111647738	rs472049	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GAGGACGAGGCTGGAGACAAT;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=111647746;WS=111647728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	111667702	rs686155	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=353;SC=TTCAAATTGATCACTCCACCA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=111667710;WS=111667692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	111683280	rs145751207	CGGCG	C	1538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=685;SC=GCGCGAGAGCCGGCGGGCGGG;SOR=1.148;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=14;WE=111683291;WS=111683270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	111985946	rs35741140	G	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=-0.786;SC=GCGGAGAGGCGCCGGTCGCCA;SOR=0.386;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=14;WE=111985954;WS=111985936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr10	112044553	rs5787843	G	GTTC	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.634;QD=15.27;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr10	112044842	rs16448	TAAAAC	T	819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.105;NF=1;NR=16;PP=796;ReadPosRankSum=1.010;SC=GTCTCCTCTTTAAAACAAAAC;SOR=1.197;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=17;WE=112044854;WS=112044832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr10	112054908	rs7074311	C	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=749;SC=CAAAAAATCTCCATCTCTTTT;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=112054916;WS=112054898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	112266822	rs1889566	GC	AT	13495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=156;PP=2947;SC=CGAGGCCTGCGCGACCCACCT;SOR=1.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=121;TCR=163;TR=274;WE=112266831;WS=112266812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr10	112327678	rs55750861	C	CA	3730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=48;PP=2116;SC=CGCAGCCTCTCCCCTGTCTCC;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=52;WE=112327686;WS=112327668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	112328838	rs4917577	C	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=444;SC=CTGTCCATTTCTATATTGGCT;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=112328846;WS=112328828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	112349204	rs2419572	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=198;SC=TTAAGACAATAAACACGTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=112349212;WS=112349194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr10	112362019	rs2039874	G	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=439;SC=TTTTAAAGCTGTTTTCCTCAT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=112362027;WS=112362009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr10	112572458	rs1417635	G	C	11095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=232;PP=2965;SC=AAAGCCAAGTGGGACAAGTAT;SOR=1.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=407;TCF=174;TCR=233;TR=406;WE=112572466;WS=112572448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr10	112579663	rs11195343	C	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=491;SC=ATCTATAAAACGAAGATGCTG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=112579671;WS=112579657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	112580880	rs10787283	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr10	112590810	rs7070640	G	C	8484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=176;NR=126;PP=2965;SC=ATCCCCCATCGTTTCCCAGGG;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=302;TCF=176;TCR=126;TR=302;WE=112590818;WS=112590800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr10	112595719	rs942077	G	C	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=31;PP=975;SC=GCCACGCTTCGAAAGGAAAAA;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=112595727;WS=112595709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	112641053	rs7081726	A	G	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=33;PP=2360;SC=GACTGAGGAAATAAAGAATGA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=85;TCR=33;TR=118;WE=112641061;WS=112641043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	112764594	rs1980869	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=38;PP=1163;SC=ATTGCTTTAATTGGTACTTCC;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=112764602;WS=112764584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	113913222	rs2297991	T	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=21;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GACCCTGCGATGGCACCTTCA;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=71;WE=113913230;WS=113913212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr10	113917085	rs2254537	T	A	6488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=118;PP=2965;SC=ACAAAGGTTCTGGAAGCTTCT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=108;TCR=118;TR=226;WE=113917093;WS=113917075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr10	113917227	rs75818360	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=71;ReadPosRankSum=0.767;SC=GGACAAGGCAGTCCTCTTCTC;SOR=1.574;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=7;WE=113917235;WS=113917217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr10	113917982	rs6585140	C	G	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=26;PP=2068;SC=TGCCACCATGCCTGGCCAATT;SOR=1.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=99;WE=113917990;WS=113917972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	113920465	rs2277207	G	A	8941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=127;PP=2965;SC=AAAACTCATCGTTCCTGCTAG;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=183;TCR=127;TR=310;WE=113920473;WS=113920455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr10	113920652	rs3824626	T	C	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=71;PP=1829;SC=AACGGTATCATGATGGTGGAA;SOR=2.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=18;TCR=72;TR=89;WE=113920660;WS=113920642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	113921354	rs2250802	G	A	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=20;PP=1068;SC=CTGCCCCTGAGTATGTATCTG;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=113921362;WS=113921344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	113923595	rs10736219	C	G	10125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=158;NR=185;PP=2965;SC=TTTCAAAAATCAACACACAAC;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=158;TCR=187;TR=343;WE=113923603;WS=113923585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr10	113926012	rs10749108	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=539;SC=AAAAATTTAGGCAACACCACC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=113926020;WS=113926002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	113928487	rs2251579	A	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=473;ReadPosRankSum=0.734;SC=TACCAAACTCAAGCAATAATC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=19;WE=113928495;WS=113928477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr10	113935379	rs10787428	T	C	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=43;PP=1762;SC=CAGCACATTTTCAGTCACATT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=102;WE=113935387;WS=113935369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	113937941	rs2487294	G	T	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=161;SC=AAAATCTTAGGGAAGAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=113937949;WS=113937931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	113940329	rs2792751	T	C	5532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=126;PP=2965;SC=GATCTGAAGATGGTGGGTCTA;SOR=1.315;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=75;TCR=126;TR=201;WE=113940337;WS=113940319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	114043596	rs41314509	G	A	3147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CCATTTTCCTGGGACGAAAAG;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=126;WE=114043604;WS=114043586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,139:0.78:178
chr10	114053546	rs726009	C	G	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TGGAGGCATCCGAAATCGGTT;SOR=0.726;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=83;WE=114053554;WS=114053536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,83:0.71:117
chr10	114059064	rs41306846	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=-1.299;SC=AAGTTGGAGAAGGGATGAACA;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=114059072;WS=114059054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr10	114059303	rs41310278	C	T	4916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=91;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.860;NF=88;NR=103;PP=2328;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GAGTCCTGGTCGTGGAGCTCT;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=122;TCR=144;TR=191;WE=114059311;WS=114059293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,217:0.73:296
chr10	114059330	rs11279253	TCTCTGTTTTC	T	6228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.886;NF=7;NR=75;PP=2979;ReadPosRankSum=1.091;SC=GGAGTAAGCGTCTCTGTTTTC;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=12;TCR=122;TR=82;WE=114059347;WS=114059320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,156:0.72:216
chr10	114061979	rs10749114	G	A	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=60;PP=1827;SC=CTTTGGCCCCGGCAAAACTTT;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=87;WE=114061987;WS=114061969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	114136349	rs2277208	G	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=-0.210;SC=ACATCATGCTGTCTCCCTCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=114136357;WS=114136339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	114169552	rs7919710	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=74;ReadPosRankSum=0.951;SC=GGGGTGGCACGTGAGGAGTAG;SOR=0.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=10;WE=114169560;WS=114169542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr10	114171385	rs3831106	T	TAC	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr10	114181683	rs2255740	A	G	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=91;PP=2965;SC=TTTCTCAGCTAATTCAGCACG;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=107;TCR=91;TR=198;WE=114181691;WS=114181673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr10	114185856	rs34341101	T	TG	884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=976;SC=TACAGTTCCATGGTGTTGAAA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=24;WE=114185864;WS=114185846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	114186624	rs2256368	G	A	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=62;PP=2216;SC=ACAGGTGTGTGCTACCACTGA;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=120;WE=114186632;WS=114186614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	114192285	rs2306158	G	A	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=49;PP=1188;ReadPosRankSum=0.742;SC=CGAACCTGTCGTCAGTGATCA;SOR=1.358;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=60;WE=114192293;WS=114192275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,61:0.76:80
chr10	114197982	rs3736059	A	T	352.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=175;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTCACTTTTAGGCACTTTTC;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=14;WE=114197990;WS=114197972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr10	114200355	rs2306159	G	A	4153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=87;PP=2667;ReadPosRankSum=-1.346;SC=AGGCAAACAAGGTGGTAGCAA;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=215;TCF=107;TCR=108;TR=166;WE=114200363;WS=114200345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,177:0.77:229
chr10	114202219	rs11195961	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=316;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CCATGAGCTACGAGAGAATTA;SOR=0.941;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=16;WE=114202227;WS=114202209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr10	114220529	rs199735161	AG	A	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=86;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TTCTTAGCAAAGGTGATTCAT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=114220537;WS=114220519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr10	114224502	rs3740143	C	G	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=46;PP=1217;SC=AATGCACAGTCTTTTGGGCTC;SOR=4.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=50;WE=114224510;WS=114224492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	114903859	.	CTGTGTG	C	78.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr10	114910667	rs113579124	G	GT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr10	114925369	rs77961654	C	A	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=2.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,88:0.24:373
chr10	115312811	rs2240879	T	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=12;PP=1207;SC=CTGACATTTTTCCCCCCTAAA;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=115312819;WS=115312796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	115327399	rs2419837	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=23;PP=668;SC=AACTGGTTCCAGGTTGTCACA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=115327407;WS=115327389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	115335843	rs911709	A	G	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=58;PP=1759;SC=AGCACTGCGCAATGCCATGGA;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=89;WE=115335851;WS=115335833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	115340492	rs2286742	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
chr10	115341545	rs2181082	G	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=1.721;SC=CTGCTCAGCTGTTGGGCTCAG;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=11;WE=115341553;WS=115341535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr10	115343831	rs911701	A	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr10	115343852	rs911700	C	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,19:0.20:94
chr10	115349397	rs11196388	AG	A	1503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=1209;SC=CTTGCAAGCCAGGGGTGGCTT;SOR=2.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=32;WE=115349405;WS=115349387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	115357078	rs12241995	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.621;NF=2;NR=12;PP=180;ReadPosRankSum=0.798;SC=CTTCTTGGTAGGTACCTAACA;SOR=0.648;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=14;WE=115357086;WS=115357068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr10	115357131	rs113389465	CA	C	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.515;NF=0;NR=7;PP=185;ReadPosRankSum=-1.880;SC=TGATATGGAACATTTTACAGG;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=7;WE=115357139;WS=115357121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr10	115370254	rs12243176	A	G	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=3.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,68:0.22:308
chr10	115370274	rs10749138	T	C	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=11.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.233;SOR=1.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,70:0.22:319
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chr10	115405664	rs3121478	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.539;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,18:0.14:132
chr10	115410234	rs2185913	T	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,51:0.31:164
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chr10	115412686	rs3121488	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-1.375;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,14:0.18:79
chr10	115417289	rs1891762	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,60:0.22:276
chr10	115423094	rs12770981	G	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,63:0.19:334
chr10	115439569	rs7921977	C	T	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=14;PP=1105;SC=GAGCGCACTACCCCGAGCCAG;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=115439577;WS=115439559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	115439640	rs10553596	CTT	C	4458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.703;NF=11;NR=35;PP=1756;ReadPosRankSum=0.572;SC=AGCGCCGAGACTTTTAGTTTC;SOR=0.592;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=46;WE=115439649;WS=115439630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,110:0.81:136
chr10	115457264	rs11555408	T	G	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.57;ReadPosRankSum=-2.651;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,141:0.74:190
chr10	115481018	rs3814231	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CTGCACCTACCTACTGTGGCA;SOR=1.296;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=11;WE=115481026;WS=115481008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr10	115489152	rs2227310	C	G	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,87:0.26:335
chr10	115489167	rs2227309	G	A	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,93:0.26:364
chr10	115515120	rs3981351	G	A	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=944;ReadPosRankSum=0.026;SC=AATGCCCCACGGTTTCCTTCA;SOR=0.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=59;WE=115515128;WS=115515110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,58:0.72:81
chr10	115525175	rs4631835	T	C	6652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=112;PP=2965;SC=TCTGAATCTCTGATGTATTTT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=120;TCR=112;TR=232;WE=115525183;WS=115525165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr10	115526177	rs10885500	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=4.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,25:0.23:111
chr10	115528428	rs10885501	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr10	115529576	rs41292632	T	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=22;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.943;SC=AAGAACCCTCTTCTACTCCAG;SOR=1.146;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=75;WE=115529584;WS=115529566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,81:0.74:110
chr10	115533975	rs3750903	T	C	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=10;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.084;SC=ATCTATTCCTTTTATCTGCAG;SOR=1.358;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=58;WE=115533983;WS=115533965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,64:0.77:83
chr10	115535426	rs7899829	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=336;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTGGACAATGTCATCTCAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=17;WE=115535434;WS=115535416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr10	115535599	rs3750901	T	C	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=76;PP=2572;ReadPosRankSum=-0.286;SC=ACTATCTTGCTCTCACAGAAG;SOR=0.585;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=239;TCF=123;TCR=116;TR=164;WE=115535607;WS=115535589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,179:0.68:263
chr10	115537960	rs2900990	C	T	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.715;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=83;PP=2124;ReadPosRankSum=-0.214;SC=AAGTGAGAGGCTGGTTTTCAA;SOR=1.227;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=161;TCF=48;TCR=113;TR=114;WE=115537968;WS=115537950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,120:0.71:170
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chr10	115540411	rs11196483	T	C	4484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=85;PP=2362;ReadPosRankSum=1.699;SC=CATTCCATGCTGCATCCTGTA;SOR=0.671;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=243;TCF=133;TCR=110;TR=184;WE=115540419;WS=115540401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,206:0.76:270
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chr10	115675025	rs7895609	G	A	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=106;PP=2965;SC=TTCCCTACCTGTACAAGCAGC;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=63;TCR=107;TR=169;WE=115675033;WS=115675015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
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chr10	115922495	rs143591180	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,43:0.28:152
chr10	115922774	rs1061159	G	A	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1308;ReadPosRankSum=0.109;SC=TTCTGAGCCTGTGTCTGTTTT;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=81;WE=115922782;WS=115922764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,84:0.80:105
chr10	115963126	rs11313522	CT	C	2300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.08;MQRankSum=0.603;NF=31;NR=35;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AATTATTCCTCTTTTTTTTTA;SOR=0.462;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=66;WE=115963134;WS=115963116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,102:0.74:137
chr10	115963813	rs10885537	C	T	479.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=321;ReadPosRankSum=-0.688;SC=AGCAGAGTACCATTATATTTC;SOR=4.163;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=15;WE=115963821;WS=115963803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr10	115966147	rs17091424	C	G	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=736;ReadPosRankSum=-1.881;SC=GACCATCTACCTACTAAACAA;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=49;WE=115966155;WS=115966137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,53:0.82:65
chr10	115973468	rs58093408	C	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=174;ReadPosRankSum=0.943;SC=TTAAATCAAGCATTCATCTAA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=115973476;WS=115973458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	115986015	rs138611231	A	AT	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=11;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=472;ReadPosRankSum=0.330;SC=GTTTCTGGGTATTTTTTTTTT;SOR=1.308;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=34;WE=115986023;WS=115986005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr10	115986065	rs12265237	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=-0.413;SC=AATCAAATGGGTATTTCCAGT;SOR=0.317;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=18;WE=115986073;WS=115986055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr10	116008464	rs9665610	T	A	5184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=1.989;SC=TCCCTGTAGTTATATCAACAT;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=300;TCF=168;TCR=132;TR=220;WE=116008483;WS=116008454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,228:0.73:312
chr10	116008497	rs9664945	G	A	5277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GTTGCTGGAAGCCGTCTGTGT;SOR=0.548;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=149;TCR=153;TR=229;WE=116008505;WS=116008487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,240:0.75:319
chr10	116014827	rs12262953	G	T	887.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.336;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=500;ReadPosRankSum=-0.999;SC=AGTCTTGTGGGTGTTTGTGTT;SOR=0.129;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=33;WE=116014835;WS=116014817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,38:0.90:42
chr10	116032519	rs597371	A	G	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=52;PP=2086;ReadPosRankSum=-1.424;SC=ACGGAGACGGAACTTGCTCTG;SOR=0.534;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=104;TCR=60;TR=140;WE=116032527;WS=116032509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,150:0.85:177
chr10	116044587	rs10787521	C	T	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=18;PP=979;SC=CTCTGTGCTGCGGTGCTTAGC;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=59;WE=116044595;WS=116044577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	116058933	rs1889450	G	A	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=503;SC=TTGAGAAGGTGTGGTGACAGC;SOR=3.690;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=23;WE=116058941;WS=116058923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	116059095	rs41314501	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=833;ReadPosRankSum=0.460;SC=GGATTTCTTCCTTCTTCTTTT;SOR=0.633;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=225;TCF=124;TCR=101;TR=66;WE=116059103;WS=116059085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,67:0.28:240
chr10	116060194	rs3214266	A	AG	5239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=51;PP=2936;SC=CCTGCAGGGGAGGCCTGTACC;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=83;WE=116060202;WS=116060184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	116060387	rs2286396	T	C	9001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CCAGGTACACTCGGTCAGATT;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=166;TCR=149;TR=313;WE=116060395;WS=116060375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,336:0.99:338
chr10	116068176	rs581327	A	G	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=15;PP=1292;SC=TTCCCCTCCCAACCACATGAT;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=116068184;WS=116068166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	116073696	rs3813722	C	T	8402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.120;SC=CATTCATCGGCGTGATCTTCA;SOR=0.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=164;TCR=125;TR=287;WE=116073704;WS=116073686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,313:1.00:314
chr10	116075228	rs694883	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=598;SC=GAAACCTCTGAGGTCAGGGAC;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=22;WE=116075236;WS=116075218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	116075271	rs377755078	T	TCC	2667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=14;PP=1514;SC=CCCTGCCCCTTCCCCAAGGAG;SOR=1.802;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=35;WE=116075279;WS=116075261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	116079505	rs10885547	G	A	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=58;PP=1671;SC=AGACCCAGATGTGGCAACTCG;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=81;WE=116079513;WS=116079495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	116085784	rs74928179	C	CCCG	11068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=81;PP=2924;SC=GAGATCTGGCCCAAGGTCAGG;SOR=0.803;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=30;TCR=88;TR=107;WE=116085792;WS=116085772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr10	116091555	rs10787524	T	C	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=42;PP=1134;SC=CCTGAACTGATGCTTACCATC;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=73;WE=116091563;WS=116091545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	116100320	rs4752395	T	G	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=15;PP=1896;SC=AACCATCTCTTTTGGCGTGGA;SOR=2.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=79;WE=116100328;WS=116100310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	116199175	rs941853	G	A	342.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TTGCTGTATAGGAACAGGAAT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=116199183;WS=116199165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr10	116209978	.	A	AAC	753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;MQRankSum=0.514;QD=39.67;ReadPosRankSum=1.645;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr10	116210018	rs10885568	T	C	160.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AAAGCAAGCGTATGGTTTAAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=116210026;WS=116210008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr10	116233824	rs11814528	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=700;ReadPosRankSum=-0.443;SC=AAAAGAAACACTTATCACCTT;SOR=0.719;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=39;WE=116233832;WS=116233814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr10	116251686	rs12784116	T	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=787;ReadPosRankSum=0.970;SC=TGTCATGGATTCCAGAATCTT;SOR=0.852;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=55;WE=116251694;WS=116251676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr10	116251753	rs34507585	G	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=344;ReadPosRankSum=-2.180;SC=AAAAATAATTGTCTAATTGAC;SOR=1.112;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=20;WE=116251761;WS=116251743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr10	116527877	rs808293	C	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr10	116659253	rs10885629	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,34:0.23:149
chr10	116719543	rs7099565	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=6.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,30:0.18:165
chr10	116853177	rs2484265	C	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=264;SC=CCCTCCTCCTCCCGGTCAGGT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=116853185;WS=116853169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	116856543	rs1264777	T	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=393;SC=TCTTCTGTTTTCATTTGAAAA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=116856551;WS=116856533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	116925553	.	C	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACCACATACTCTTATGCTTTT;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=116925561;WS=116925543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr10	116931101	rs3086141	C	CTT	2623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=35;PP=1821;SC=ATGTTTTTCTCTAATAAAATC;SOR=1.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=37;WE=116931109;WS=116931091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	117075175	rs1953758	G	A	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=43;PP=1294;SC=ATGCACCACAGTGAGATGGTT;SOR=1.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=117075183;WS=117075165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	117226880	rs17723399	T	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.158;SC=GACAGGATTATTTTGCTGTTA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=117226888;WS=117226870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr10	117228794	rs10885721	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr10	117228946	rs12770375	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TTGACTAATACAAAAACATGC;SOR=0.976;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=117228954;WS=117228936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr10	117278988	rs6421370	G	C	186.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=0;NR=5;PP=120;SC=TCCCACAGAGGAGAGGTAACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=117278996;WS=117278978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	117308880	rs1336109	A	G	354.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=0.474;SC=ACTTATATATATATGTATTTG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=117308888;WS=117308870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr10	117309098	rs1336108	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=234;SC=CAAATATATGGATCTCTATTG;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=117309106;WS=117309088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	117357169	rs11197326	G	A	162.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TGCAACCTCCGCATCCTGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=8;WE=117357177;WS=117357159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	117486763	rs2254619	G	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=650;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TCCAGCAACTGCTTCGAGAAC;SOR=0.900;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=54;WE=117486771;WS=117486753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,59:0.29:204
chr10	117486910	rs2286631	T	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=526;ReadPosRankSum=-2.313;SC=CTTTGCATATTTATTATATTG;SOR=0.818;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=33;WE=117486918;WS=117486900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr10	117856379	rs66851912	TGCACAC	T	560.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=871;ReadPosRankSum=1.158;SC=TGCCTTTTTCTGCACACGCAC;SOR=1.329;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=20;WE=117856401;WS=117856369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr10	117856386	rs376047022	GCACACGCA	G	130.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
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chr10	118215150	rs34077637	C	CT	81.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CATGTTGATCCTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=118215158;WS=118215140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	118231360	rs10736251	G	A	5753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
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chr10	118231406	rs10749217	A	C	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=51;PP=1851;SC=GCAGAGTGAGAAACTGACGCT;SOR=1.129;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=118231414;WS=118231396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	118313116	rs2915749	T	C	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=19;PP=1645;SC=TATGTAAATATACTTTATGAT;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=118313124;WS=118313106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	118313265	rs2915748	T	C	6167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=121;PP=2965;SC=CACCTTCCAATGTGCATGTCA;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=103;TCR=121;TR=223;WE=118313273;WS=118313255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr10	118351414	rs11197744	A	G	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=53;PP=1532;ReadPosRankSum=-1.544;SC=GCTGTACACCAATGAAAACCC;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=107;WE=118351425;WS=118351404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,118:0.69:171
chr10	118357490	rs2915764	C	T	8222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=136;PP=2965;SC=GCTGTGAGCACGCACAACTGT;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=278;TCF=142;TCR=136;TR=278;WE=118357498;WS=118357480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr10	118359548	rs3816355	T	C	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=28;PP=1419;SC=TCTCCTTATTTGTTTTCCCAG;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=118359556;WS=118359538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	118368493	rs5003367	C	A	4455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.20;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	118380511	rs3010502	A	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=34;PP=1188;SC=GCCCCATGTGAGCAGGGGATT;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=118380519;WS=118380501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	118380629	rs3214321	TC	T	855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=607;SC=GCTGTCTAACTCCCTGTGCAC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=118380637;WS=118380619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	118383463	rs56189579	A	AG	5794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=57;PP=2957;SC=CTAGGAAAAGAGTCTGCTACG;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=87;WE=118383471;WS=118383453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	118387137	rs7092580	A	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=0;PP=726;SC=TGCAAATAGGAAGCGGGGTCG;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=118387145;WS=118387127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	118394551	rs2286779	G	C	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=47;PP=1581;SC=TAGAACAGAAGAAAGAGATGT;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=118394559;WS=118394541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	118396278	rs11197776	G	T	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=17;PP=761;SC=ACAAATTATGGTTTTTTTTTT;SOR=2.231;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=63;WE=118396286;WS=118396266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	118397884	rs4751995	A	G	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	118397894	rs4751996	A	G	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.46;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	118397971	rs10885997	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=26;PP=934;SC=ATGAAAACTCAAAACAATATG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=118397979;WS=118397961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	118398046	rs7910135	C	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=22;PP=694;SC=ATTATTCAAACTTGATTGAGT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=118398054;WS=118398036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	118404620	rs2301179	A	G	6329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.706;SC=AACGTGGTGCAGCTATTGCGG;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=122;TCR=110;TR=230;WE=118404628;WS=118404610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,238:0.99:240
chr10	118424216	rs10885999	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=7.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.003;SOR=2.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr10	118435989	rs11197793	C	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,55:0.27:204
chr10	118436068	rs2166634	G	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-2.210;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,20:0.17:116
chr10	118451699	rs740595	T	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=638;SC=AGGAAAGGGATGGCTCCTTGT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=118451707;WS=118451689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	118451810	rs733216	A	G	5450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=62;PP=2965;SC=ACCACCCTGGACATCTTGAGT;SOR=1.325;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=125;TCR=62;TR=186;WE=118451818;WS=118451800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	118452044	rs2240711	G	T	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=94;PP=2811;SC=GCCTCCTGTGGCTTCACTGAA;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=38;TCR=94;TR=132;WE=118452052;WS=118452034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	118452099	rs2240710	C	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=42;PP=1209;SC=GTTTCAGGGTCCCCCAAACTT;SOR=7.523;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=42;WE=118452107;WS=118452089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	118466662	.	GCGCACACACA	G,GCACA	843.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5156;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=269;SC=GCACCCATGCGCGCACACACA;SOR=2.948;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=118466679;WS=118466652;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:19
chr10	118501765	rs3095121	A	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=364;SC=GGTCCACCGGACCCCGGCCCC;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=118501773;WS=118501755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	118620459	rs11197835	A	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.875;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,48:0.19:252
chr10	118628036	rs1637571	G	A	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=736;SC=GTGTGTGTGCGTGTATGTGTG;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=118628044;WS=118628026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	118633548	rs1637574	A	G	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=23;PP=1927;SC=TGAATTCATTATTTATCCCTT;SOR=2.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=90;WE=118633556;WS=118633538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	118643670	rs2257791	G	A	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=43;PP=2139;SC=TAAGCAGGACGTATGTAAGTT;SOR=1.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=123;WE=118643678;WS=118643660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	118646129	rs2531685	G	C	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=56;PP=1726;SC=AGAGAAAATAGTTGTCTCTGA;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=118646137;WS=118646119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	118667208	.	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=2.021;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr10	118667346	rs2531690	A	C	7600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.459;SC=TTGTCCACCAAGGCTAATAAT;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=166;TCR=109;TR=274;WE=118667354;WS=118667336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr10	118708315	rs10595325	GAGA	G	1738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=7;PP=1271;SC=CACAATATAGGAGAAGATTTT;SOR=2.419;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=25;WE=118708325;WS=118708305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	118927196	.	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.949;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.748;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,35:0.21:170
chr10	118927198	.	TGGTCCCGGCGCCCGGCCTGTGTGGTGCTCAGATCAGACTTATCCACCCGAGCACCACGCAGACCAGCGCCTGGACCAA	T	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.265;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-3.162;QD=0.82;ReadPosRankSum=-2.939;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,19:0.09:211
chr10	119001151	rs2619094	A	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=479;SC=TGGGGGGTCCACGGCCGCCTT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=119001159;WS=119001141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	119014023	rs2072362	C	T	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=28;PP=759;SC=GTAAGGCCCCCGTGTAGGCAA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=119014031;WS=119014013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	119014931	rs363420	C	T	7190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=92;PP=2965;SC=TGCTGGCACGCGCTTGGGCCA;SOR=1.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=69;TCR=93;TR=161;WE=119014939;WS=119014921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	119014948	rs363343	C	A	6591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=81;PP=2872;SC=GCCACACCTGCTTTCTGAAGA;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=138;WE=119014956;WS=119014938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	119026401	rs363266	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=27;PP=859;SC=TTTCTGCCTTTGCTGTTACAA;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=119026409;WS=119026391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	119026566	rs363227	T	C	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=45;PP=1225;SC=AGATGGCATTTGACAAGTGGG;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=84;WE=119026574;WS=119026556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	119027123	rs363228	C	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=315;SC=TCAAGACTTTCCGAGATGATT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=119027131;WS=119027113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	119027411	rs363271	G	T	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=20;PP=518;SC=TCCGTGTAAAGACACCTGCTT;SOR=4.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=119027419;WS=119027401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	119029515	rs363230	C	T	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=585;ReadPosRankSum=-1.339;SC=AGACACACTCCCTGATATTCG;SOR=1.655;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=31;WE=119029523;WS=119029505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr10	119029744	rs363272	G	A	6328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=104;PP=2965;SC=ACCTCAATACGTAATGGATAA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=107;TCR=104;TR=211;WE=119029752;WS=119029734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr10	119042761	rs363293	C	T	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=59;PP=2760;SC=CATTTGAAAGCTTAAATAGAC;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=91;TCR=59;TR=150;WE=119042769;WS=119042751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	119307524	rs2240776	T	A	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=641;SC=AGGCACTTGATAGAAGGGTGC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=119307532;WS=119307514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	119768551	rs7923321	C	T	7524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=116;PP=2965;SC=ATGGTTCATACGGCACTCTGA;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=149;TCR=116;TR=265;WE=119768559;WS=119768541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr10	119793629	rs2928118	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=439;SC=ACGCTACCACCGTACACAATT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=119793637;WS=119793619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	120070427	rs4751651	G	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr10	120070709	rs3213691	G	A	286.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=10.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=235;ReadPosRankSum=-0.690;SC=AAAATCTTAAGTAAACTCACC;SOR=4.798;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=120070717;WS=120070699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr10	120070843	rs34120011	G	GA	614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.417;NF=4;NR=16;PP=391;ReadPosRankSum=0.578;SC=TTACAAAGGAGAAAAAAAAAG;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=20;WE=120070851;WS=120070833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr10	120081948	rs853911	C	T	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=91;PP=2645;SC=TAACCTAAAACTAATCATGAG;SOR=1.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=41;TCR=92;TR=132;WE=120081956;WS=120081938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	120353910	rs1613448	T	C	7265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=140;NR=115;PP=2965;SC=ACCACCACGATCACCACCAGC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=140;TCR=115;TR=255;WE=120353918;WS=120353900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr10	120445794	rs752483	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
chr10	120460715	rs2274314	G	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=21;PP=1434;SC=TTCAGAAGATGTTAACATTGG;SOR=2.082;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=79;WE=120460723;WS=120460705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	120795795	.	T	TA	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.659;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.059;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr10	120796572	.	TCC	T	97.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.29;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	120803435	rs565922	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CAAACCCACACGCAATCAGAC;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=6;WE=120803443;WS=120803425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr10	120803746	rs3740553	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=4.039;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=492;ReadPosRankSum=2.181;SC=TTTGTACTTATAACAATATGA;SOR=2.670;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=23;WE=120803754;WS=120803736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr10	120810623	rs669964	A	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=4.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.220;SOR=1.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,29:0.18:161
chr10	120817450	rs10886375	A	G	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=39;PP=2931;SC=ATTTTTTAATAACTAAGATGC;SOR=1.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=94;TCR=39;TR=133;WE=120817458;WS=120817440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	120818609	rs6585524	C	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=611;SC=CTATAGGAAACATATCATAAA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=120818617;WS=120818599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	120819324	.	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=49;ReadPosRankSum=-0.247;SC=GTAGAAATTATGCCAGAGAAT;SOR=0.458;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=8;WE=120819332;WS=120819314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr10	120819453	rs10787901	A	G	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	120819458	rs10787902	T	C	319.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	120820224	rs3740555	C	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=14;PP=762;SC=GAGCACATAACATCACAAAAC;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=120820232;WS=120820214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	120828969	rs7908387	A	G	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=13;PP=956;SC=TTTGCATCTCATCTTGTGTGA;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=120828977;WS=120828959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	120832872	rs1397616	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=197;SC=AAACATCTACTTCAAAAGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=120832880;WS=120832862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	120864868	rs1511033	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=315;SC=AGCGCAATCATCGCTCTCTGC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=120864876;WS=120864858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	120896027	rs11198799	G	A	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=61;PP=2126;SC=ACCTAGCACCGTTTTCAGAAG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=127;WE=120896035;WS=120896017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	120905940	.	CGTGTGT	C,CGT	2134.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=40,40;PP=110,1443;ReadPosRankSum=0.686;SC=TGAATCAGGGCGTGTGTGTGT;SOR=1.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=3;TCR=66;TR=42,42;WE=120905953;WS=120905930;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.72:60
chr10	120905972	rs7075068	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=152;ReadPosRankSum=-0.838;SC=TGTGTGTGTGTGCACGTGTGT;SOR=0.560;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=15;WE=120905984;WS=120905962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr10	120905976	rs33947324	C	CGT	1540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=42;PP=1608;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TGTGTGTGCACGTGTGTGTGT;SOR=0.749;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=42;WE=120905984;WS=120905962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr10	120916432	rs11198806	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=53;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GGTCCTCTCCCTGTTCATCTA;SOR=1.048;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=7;WE=120916440;WS=120916422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr10	120917269	rs2420494	A	T	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=29;PP=2282;SC=AAAGTACTTAATTAGCAAATA;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=78;TCR=29;TR=107;WE=120917277;WS=120917259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	120917445	rs2275111	G	A	10619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=191;NR=160;PP=2965;SC=AAAACCTGCCGAGAGGGGCAA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=352;TCF=192;TCR=160;TR=351;WE=120917453;WS=120917435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr10	120919179	rs3740558	G	A	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=47;PP=2621;SC=CTGAGGTTAGGAGGAGAGTGG;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=133;WE=120919187;WS=120919169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	120919246	rs2181118	T	C	6797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=133;NR=108;PP=2965;SC=TCACCGTGGGTGCCATGAAAG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=133;TCR=108;TR=241;WE=120919254;WS=120919236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr10	120920588	rs10749291	T	C	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=106;PP=2965;SC=TCCAAGCTTCTTGTATCTTAA;SOR=1.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=46;TCR=106;TR=152;WE=120920596;WS=120920578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	120924874	rs933092	G	C	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=104;NR=92;PP=2965;SC=TGCGTCCCCTGCCGCGCCCTA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=196;WE=120924882;WS=120924864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
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chr10	120933324	rs3758609	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=576;SC=CACAGTTCACGTCGTGAAATT;SOR=2.621;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=120933332;WS=120933314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	120967376	rs2230347	C	T	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=21;PP=1434;ReadPosRankSum=-1.075;SC=AGCGGCAGCACCCCAGGCGCT;SOR=0.524;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=107;TCF=81;TCR=26;TR=83;WE=120967384;WS=120967366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,87:0.76:114
chr10	121093160	rs10886461	A	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=9;PP=450;SC=CAGGGAGACTACTTAGGTGCT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=121093168;WS=121093150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	121140321	rs2275036	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=374;ReadPosRankSum=0.508;SC=CTTTTCTTGTCTCCAGACAGA;SOR=1.721;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=23;WE=121140329;WS=121140311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr10	121140511	rs4751714	A	G	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=43;PP=1418;SC=CAAAGGAAAAAATAGATCTCA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=121140519;WS=121140501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	121140534	rs2275037	C	G	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=39;PP=1159;SC=GGTTAGAAGACTGAGGAATAA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=121140542;WS=121140524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	121190113	rs915120	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=1.893;SC=TCAGTGGCCTTGGGGCTATCA;SOR=0.330;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=12;WE=121190121;WS=121190103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr10	121196062	rs2275040	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=2.429;SC=GGTGAGGCTCCTCTGTTCCCT;SOR=0.399;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=7;WE=121196070;WS=121196052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr10	121199189	rs2245364	T	C	7246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=160;NR=90;PP=2965;SC=GATGCCAGTGTATCCTACCTG;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=160;TCR=90;TR=250;WE=121199197;WS=121199179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr10	121199310	rs1109490	T	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,77:0.24:322
chr10	121199365	rs1109489	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,32:0.20:161
chr10	121199437	rs915116	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=35;PP=744;SC=AAGCTGTGAGTGTGAACAGAG;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=121199445;WS=121199427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	121201626	rs2275044	T	C	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=56;PP=1463;SC=CCTGTGTCAATGCACCTTGAG;SOR=1.386;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=97;WE=121201634;WS=121201616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	121287019	rs3009921	G	A	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=36;PP=1078;SC=CAGCACTGCCGTCACCATCAC;SOR=1.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=121287027;WS=121287009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	121302244	rs77190301	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.27;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr10	121338401	rs4752334	T	A	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=115;PP=2965;SC=AATAAGACTCTGTAAGATGAA;SOR=2.155;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=41;TCR=116;TR=156;WE=121338409;WS=121338391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	121347839	rs146020828	TTTTC	T	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.668;NF=1;NR=14;PP=638;ReadPosRankSum=0.866;SC=ATTCATCACCTTTTCTTTCTT;SOR=1.085;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=15;WE=121347850;WS=121347829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr10	121435955	rs196294	A	C	3931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=59;PP=2709;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TTAAAAATATATTTTTGTGTC;SOR=0.530;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=193;TCF=122;TCR=71;TR=157;WE=121435963;WS=121435945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,165:0.82:202
chr10	121436362	rs196295	A	G	3355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.012;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=57;PP=2102;ReadPosRankSum=1.367;SC=TGGAGAAGGTACAGGGGCTGG;SOR=0.355;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=129;WE=121436370;WS=121436352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,140:0.82:170
chr10	121551581	rs2289306	A	C	4716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.475;SC=CAGGGTTTGCACTTGGGAAGA;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=103;TCR=138;TR=177;WE=121551589;WS=121551571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,190:0.74:257
chr10	121557940	rs35547475	CTT	C	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=400;ReadPosRankSum=0.202;SC=TTTAGACAATCTTAGTTCATT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11;WE=121557949;WS=121557930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr10	121571507	rs3781503	T	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=594;ReadPosRankSum=-1.536;SC=CTTGCTTAACTGATGTTGGGA;SOR=0.188;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=38;WE=121571515;WS=121571497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,40:0.80:50
chr10	121582556	rs2289307	T	C	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=28;PP=2049;ReadPosRankSum=0.485;SC=AACATTTAACTTTATACGTAT;SOR=1.020;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=165;TCF=120;TCR=45;TR=112;WE=121582564;WS=121582546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,118:0.68:174
chr10	121586882	rs3188055	A	G	7740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=0.413;SC=TCAAGTTTCAAATGAAACCCA;SOR=0.590;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=403;TCF=217;TCR=186;TR=306;WE=121586890;WS=121586872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,321:0.76:422
chr10	121675238	.	CT	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr10	121678110	rs112954131	T	TTTTG	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=7.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.665;QD=7.99;ReadPosRankSum=2.044;SOR=2.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr10	121678896	rs2475300	C	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr10	121679013	rs2475298	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-1.755;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,41:0.17:235
chr10	121689030	rs113085369	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr10	121717932	rs11199132	G	A	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.006;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.67;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr10	121717956	rs34665773	GT	G	1578.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.393;NF=18;NR=28;PP=683;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GCAAGTGATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=46;WE=121717975;WS=121717946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,74:0.89:83
chr10	121718112	rs11199134	C	T	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=53;PP=1863;SC=GCAGAAGTCACGAGCAGGGTG;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=111;WE=121718120;WS=121718102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	122216790	rs10886691	A	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=455;ReadPosRankSum=0.676;SC=GCACCAGCTGACGCCGCGGGA;SOR=1.011;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=120;TCF=84;TCR=36;TR=34;WE=122216798;WS=122216780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,35:0.28:125
chr10	122216862	rs67319648	C	T	5053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=89;PP=2904;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CCCTGCTCTTCGGAGTCTTCG;SOR=0.898;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=278;TCF=158;TCR=120;TR=211;WE=122216870;WS=122216852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,223:0.75:296
chr10	122263555	rs2478418	A	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=121;ReadPosRankSum=-0.103;SC=AAAGAGAAGGAGAGCAGCCCA;SOR=0.204;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=9;WE=122263563;WS=122263545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr10	122273276	rs5788426	CT	C	748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=2;PP=403;SC=ATACATCATCCTTTTTTTTTT;SOR=4.548;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=23;WE=122273284;WS=122273266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	122334561	rs4751791	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=9;PP=972;ReadPosRankSum=0.709;SC=GTGTGCAAGACGGCAGACGGA;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=52;WE=122334569;WS=122334551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,51:0.81:63
chr10	122618148	rs2241846	G	C	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=29;PP=1606;ReadPosRankSum=-0.603;SC=ATTTCTTCTTGATACAGGTTA;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=87;TCR=42;TR=93;WE=122618159;WS=122618138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,100:0.72:138
chr10	122619466	rs10563638	TACAC	T	812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=878;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GGAATATTGATACACACACAC;SOR=0.598;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=21;WE=122619479;WS=122619456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr10	122622121	rs3816173	A	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=0.167;SC=TATGTTATGAATGCATAACAT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=13;WE=122622129;WS=122622116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr10	122624679	rs10886789	G	A	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=80;PP=2100;ReadPosRankSum=1.436;SC=TGAATCAGACGGTGGGTGTGA;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=90;TCR=110;TR=144;WE=122624687;WS=122624669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,159:0.73:219
chr10	122626038	rs2289335	C	T	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=17;PP=1440;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GTAGTGGTATCGATATGGCTG;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=87;TCR=23;TR=82;WE=122626046;WS=122626028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,89:0.75:118
chr10	122638073	rs1992274	T	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=1.077;SC=AATTTTTTTTTATATTTCATG;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=16;WE=122638081;WS=122638063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr10	122640243	rs4751805	T	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GAGGGTAGGATGGGTAGGACT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=122640251;WS=122640233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr10	122640433	rs148146594	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-1.997;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr10	122643597	rs4752469	C	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=524;ReadPosRankSum=0.457;SC=CATATTAGTGCAATTCCAATT;SOR=1.619;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=29;WE=122643605;WS=122643587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr10	122643699	rs4752470	G	C	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=1390;ReadPosRankSum=-0.594;SC=AGTCATCCTTGAATAAAGAGG;SOR=0.666;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=76;WE=122643707;WS=122643689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,83:0.70:118
chr10	122645376	rs7899928	A	T	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=662;ReadPosRankSum=-0.194;SC=AGCAACTTGCAACTCGAGAGG;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=51;WE=122645384;WS=122645366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
chr10	122646113	rs7079527	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=692;ReadPosRankSum=1.169;SC=CCTCTTAATGCGTCTGTACTT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=17;WE=122646134;WS=122646103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr10	122646126	rs7079781	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=710;ReadPosRankSum=2.070;SC=CTGTACTTTGGGCAAGTTAAT;SOR=1.931;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=20;WE=122646134;WS=122646103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr10	122646160	rs11395714	G	GA	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.603;HP=9;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.509;NF=35;NR=3;PP=588;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CACTCTAGGGGAAAAAAAAAC;SOR=2.517;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=38;WE=122646168;WS=122646150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr10	122646379	rs7079830	A	G	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=67;PP=1838;ReadPosRankSum=0.089;SC=ATCTTCATCAAGAAGATTTTG;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=25;TCR=82;TR=88;WE=122646387;WS=122646369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,96:0.84:114
chr10	122648750	rs141904743	T	TTTTTGTTTTG	1240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.929;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.663;NF=0;NR=19;PP=2978;ReadPosRankSum=-0.844;SC=AAATGAAATCTTTTTGTTTTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=0;TCR=69;TR=19;WE=122648758;WS=122648740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr10	122659490	rs2289336	C	T	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=745;ReadPosRankSum=-0.787;SC=TGAAGCTTCACTGTAGTATAA;SOR=0.412;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=45;WE=122659498;WS=122659480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,49:0.74:66
chr10	122660701	rs11199635	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=1.309;SC=AAATAAGTTACGTTTTAGAAA;SOR=0.180;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=122660709;WS=122660691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr10	122664388	rs10886798	C	T	3221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=86;PP=2250;ReadPosRankSum=0.007;SC=AGCAAAGTATCTGATTAGTAG;SOR=0.731;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=157;TCF=47;TCR=110;TR=124;WE=122664396;WS=122664378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,129:0.79:163
chr10	122664694	rs10788127	G	A	136.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.366;SC=TTATGTTTCAGAATTTAAATC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=122664702;WS=122664684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	122664967	rs1866516	C	T	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1165;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CCTCAACATTCGGGATAGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=78;WE=122664975;WS=122664956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,83:0.85:98
chr10	122665285	rs1652726	A	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=4;PP=461;SC=CAAGCAGAGCATAGCCTGTAT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=122665293;WS=122665275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	122665310	rs3740306	T	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=402;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TAGAAACAGATCTCACTTTAA;SOR=0.145;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=27;WE=122665318;WS=122665300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr10	123241794	rs2556537	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,10:0.18:55
chr10	123243197	rs2278202	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.322;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=770;ReadPosRankSum=-1.301;SC=GGGGCTTCTAGAAGGAAGTTC;SOR=0.380;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=52;WE=123243205;WS=123243187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,57:0.70:82
chr10	123246732	rs148450955	TTTCTAAGGCCAGCTCCTGCACC	T	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=2317;ReadPosRankSum=0.265;SC=AAATCTGTCCTTTCTAAGGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=123246761;WS=123246722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	123247037	rs2981461	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.43;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	123247044	rs2981460	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.97;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	123277742	rs2420942	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=251;SC=AAGGATCAACCATGCAACCAA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=123277750;WS=123277732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	123279745	rs2981448	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=283;SC=AATAAATAAGCTGTGTTGTCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=123279753;WS=123279735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	123298158	rs1047100	T	C	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=98;PP=2965;SC=CATTCTCCACTACACAGGTAT;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=98;TCR=98;TR=196;WE=123298166;WS=123298148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr10	123549691	rs35350755	T	G	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=620;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TACCTGCTTCTGGGTCCTGGT;SOR=0.511;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=46;WE=123549699;WS=123549681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,52:0.85:61
chr10	123596254	rs4237536	T	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=263;SC=TCTTGGGACATGAATGAATGT;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=123596262;WS=123596244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	123673202	rs112026227	A	C	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.95;ReadPosRankSum=-1.661;SOR=1.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,84:0.83:101
chr10	123673206	rs11200251	C	T	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.79;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	123673339	rs10749435	T	C	10100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=1.904;SC=CCCCTTTAGCTAGAAATTTCA;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=348;TCF=150;TCR=198;TR=344;WE=123673347;WS=123673329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,376:0.99:378
chr10	123681962	rs10887023	T	C	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.575;SC=ATGTCTTATATATTTTTCACT;SOR=0.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=55;WE=123681970;WS=123681952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr10	123687456	rs79570924	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=293;ReadPosRankSum=-1.506;SC=CCCCCGCCCAGAAAGCCATGG;SOR=0.596;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=29;WE=123687464;WS=123687446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,33:0.35:94
chr10	123719835	rs10887033	T	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.45;ReadPosRankSum=-1.349;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr10	123720032	rs12412229	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AATCAAATTACACCATAGCAA;SOR=0.743;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=123720040;WS=123720022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr10	123724701	rs34074742	AC	A	1529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=0;PP=1583;ReadPosRankSum=1.292;SC=CTGGCTCCAGACCCGCACACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=30;WE=123724713;WS=123724691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr10	123724705	rs11351821	G	A	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.976;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=1;PP=1499;ReadPosRankSum=0.968;SC=CTCCAGACCCGCACACTTAGA;SOR=2.004;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=33;WE=123724713;WS=123724691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr10	123724767	rs4752626	T	G	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=58;PP=2965;SC=TTAACTTTAATGTGTTTTTTT;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=107;TCR=58;TR=165;WE=123724775;WS=123724757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	123792509	.	A	AACT	231.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	123792527	rs11361502	AC	A	445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=34.29;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	123842065	rs2459103	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=629;SC=AGGGCACTTGATGCCCTTTTG;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=123842073;WS=123842055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr10	123984121	rs117920976	G	A	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=41;PP=1893;ReadPosRankSum=0.459;SC=GGCACCGTCAGAAAGCCCAGA;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=103;TCR=55;TR=117;WE=123984129;WS=123984111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,129:0.75:173
chr10	123986119	rs61312157	AT	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.969;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
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chr10	123996976	rs2295879	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.490;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,33:0.20:162
chr10	124001539	rs11200496	G	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=-0.698;SC=ACCTGCGGGGGCTCAGGCCGG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=24;WE=124001547;WS=124001529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr10	124008927	rs2273794	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=188;ReadPosRankSum=0.622;SC=TCTCATGGGCTCCTGTGCTCC;SOR=0.831;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=12;WE=124008935;WS=124008917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr10	124008959	rs2273795	G	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.766;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=180;ReadPosRankSum=0.134;SC=GTGGCAGCTGGGGCCAGACCA;SOR=1.751;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=17;WE=124008967;WS=124008949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
chr10	124009261	rs10887111	G	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=411;ReadPosRankSum=-2.364;SC=GACAGGCTGGGCTTCCCTGGC;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=22;WE=124009269;WS=124009251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr10	124013604	rs3763763	C	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,51:0.22:236
chr10	124034528	rs7096744	G	T	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=33;PP=2011;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TATGGAAAATGTCACCTTTAC;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=150;TCF=107;TCR=43;TR=112;WE=124034536;WS=124034518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,120:0.75:161
chr10	124034703	rs7080859	T	C	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=66;PP=1999;ReadPosRankSum=0.934;SC=GGGGCTGGGTTCTGCACCACC;SOR=0.330;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=153;TCF=59;TCR=94;TR=112;WE=124034711;WS=124034693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,125:0.75:167
chr10	124036141	rs6585808	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5042;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=455;ReadPosRankSum=2.417;SC=TGGAATACAGTGTCTTTGCCT;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=20;WE=124036149;WS=124036131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr10	124036190	rs7086389	T	C	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=1019;ReadPosRankSum=0.709;SC=TGTTCAAAAATTAACCAGCAC;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=53;WE=124036198;WS=124036180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,54:0.83:65
chr10	124036226	rs7086403	T	C	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=36;PP=2182;SC=GATTTCCTTCTTGCTATACAA;SOR=1.490;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=111;WE=124036234;WS=124036216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	124036494	rs7090214	T	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=650;SC=AATGGCCCATTATTCCTGGGA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=124036502;WS=124036484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	124036543	rs7072288	C	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=92;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TGATTGGCTGCAGTGGCTGTC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=124036551;WS=124036533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	124043629	rs7098436	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr10	124066652	rs7082865	G	A	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=27;PP=1388;SC=TACAAGCAGCGTGATTTTGTG;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=124066660;WS=124066642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	124089036	rs2421013	G	A	4990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=89;PP=2965;SC=GACATAGGACGGAGCTTGAGG;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=160;WE=124089044;WS=124089026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr10	124089075	rs986178	G	A	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.913;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=937;ReadPosRankSum=-0.751;SC=CGTCTGCACGGCATCACCAAA;SOR=0.433;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=70;WE=124089083;WS=124089065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,75:0.71:105
chr10	124091855	rs5788544	A	AG	801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=769;SC=AAACCTGGTGAGGGGGGCAGG;SOR=3.690;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=24;WE=124091863;WS=124091845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	124091921	rs4627016	C	T	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=28;PP=1890;SC=AGGATCCCACCGTGGTCAGCT;SOR=1.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=94;WE=124091929;WS=124091911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	124094283	rs10788282	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.600;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr10	124095982	rs3817280	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,30:0.20:151
chr10	124096014	rs150944464	A	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,54:0.21:253
chr10	124096035	rs3817281	T	C	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=1.694;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,58:0.21:280
chr10	124096041	rs1129973	T	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.656;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,59:0.21:281
chr10	124096061	rs1048347	A	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,66:0.22:301
chr10	124096209	rs3817284	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,40:0.19:210
chr10	124096306	rs3817285	T	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=32;PP=722;SC=TGAAGATCCCTGGAAAATCTG;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=124096314;WS=124096296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	124097427	rs11200559	G	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=327;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CCATAGTTGAGAGCCAGCATT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=16;WE=124097435;WS=124097423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr10	124097755	rs2271597	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=45;PP=1166;ReadPosRankSum=-1.533;SC=ATTTGAGGGTGGAACGTGCCA;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=52;WE=124097763;WS=124097745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,53:0.80:66
chr10	124152936	rs3838776	G	GA	745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=662;SC=ACAGGCTTTAGATTTGTCTTC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=124152944;WS=124152926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	124175273	rs4751892	G	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=236;SC=ATCTGTTTCTGACTAATCTAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=124175281;WS=124175263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	124176452	rs4612730	G	A	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=29;PP=1395;SC=TGAGGGCAGGGGTTTCTTACT;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=124176460;WS=124176442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	124183732	rs4405249	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=11;PP=536;SC=AACCTCTTCGTGTAATACCAC;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=124183740;WS=124183722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	124186714	rs2292626	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=481;SC=TTTAATGCTTCCTTGTAGTAT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=124186722;WS=124186704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	124189010	rs10591719	TTGTGTG	T,TTG	445.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5,5;NR=2,2;PP=85,258;SC=GCTGCTGCCTTTGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7,7;WE=124189023;WS=124189000;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:12
chr10	124189197	rs1045216	A	G	5660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=80;PP=2965;SC=CAACGCAGCCACCGCCACCTC;SOR=1.059;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=125;TCR=80;TR=205;WE=124189205;WS=124189187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr10	124214448	rs10490924	G	T	3750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=85;PP=2580;ReadPosRankSum=0.075;SC=GATCCCAGCTGCTAAAATCCA;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=198;TCF=89;TCR=109;TR=151;WE=124214456;WS=124214438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,157:0.74:211
chr10	124214600	rs144224550	G	GGT	1898.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.864;NF=3;NR=27;PP=1296;ReadPosRankSum=0.294;SC=ATTCTGGAGTGGTGCCCTGCA;SOR=1.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=30;WE=124214608;WS=124214590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,49:0.74:66
chr10	124216384	rs72511653	C	CTA	761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.606;NF=10;NR=5;PP=530;ReadPosRankSum=-1.926;SC=CGTCATGTGTCTTTAAAAATG;SOR=1.085;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=15;WE=124216392;WS=124216374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr10	124221270	rs1049331	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.18;ReadPosRankSum=-1.914;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	124221276	rs2293870	G	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.12;ReadPosRankSum=-1.920;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	124266991	rs147948338	GTTGT	G	1500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.616;QD=34.11;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,38:0.86:44
chr10	124271589	rs2672586	G	A	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.37;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	124271589	.	GGAGTCG	AGAGTCA,AGAGTCG	737	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=22,39;NR=28,47;PP=737,321;QD=15.8093574972;SC=AGCGTGAGTTGGAGTCGTTTT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=50,86;WE=124271603;WS=124271579;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.58:86
chr10	124271595	rs2272599	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=2.153;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,54:0.62:87
chr10	124320194	rs2981745	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
chr10	124325400	rs17748235	C	T	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TGTGATTGTACGGTGAAGCTA;SOR=1.152;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=173;TCF=106;TCR=67;TR=123;WE=124325417;WS=124325390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,129:0.71:181
chr10	124325409	rs3019515	T	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,54:0.28:194
chr10	124325569	rs3019516	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,10:0.17:59
chr10	124325631	rs2981768	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=322;SC=CCTTGTCGAATGCAGGAATGC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=124325639;WS=124325621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	124329580	rs11524819	C	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr10	124329583	rs11524820	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.561;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr10	124329672	rs3740220	TC	CT	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,41:0.26:155
chr10	124329710	rs11523871	C	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=6.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.470;SOR=1.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,32:0.20:160
chr10	124329746	rs3740222	A	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,22:0.18:123
chr10	124329801	rs3740223	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
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chr10	124330252	rs2981791	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.342;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=1166;ReadPosRankSum=0.899;SC=CCAGTACGGTAACACAGTGAT;SOR=0.176;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=33;WE=124330260;WS=124330230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
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chr10	124399467	rs2261655	C	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=435;SC=TGTTGAGTCACGTCCCTCTCA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=124399475;WS=124399457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	124399985	rs2261660	G	T	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=69;PP=2007;SC=GTCTTTATGCGATGGCCTTAA;SOR=1.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=120;WE=124399993;WS=124399975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	124402677	rs1052715	A	G	10860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=223;NR=169;PP=2965;SC=ACTCCTCGCCATCTCTTCGCA;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=392;TCF=223;TCR=169;TR=392;WE=124402685;WS=124402667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr10	124402944	rs8441	G	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.599;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=692;ReadPosRankSum=-0.380;SC=ACTGTCCACCGGGGCGCAGAC;SOR=2.964;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=29;WE=124402952;WS=124402934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr10	124436530	rs3019500	G	T	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=477;SC=ACAATTTGACGACATTTTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=124436538;WS=124436520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	124457452	rs2947594	C	T	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=97;PP=2965;SC=GGTTTCTTTGCGGGGAGGAAT;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=187;WE=124457460;WS=124457442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr10	124457906	rs2901343	C	T	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,84:0.27:314
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chr10	124647891	rs2950354	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,56:0.20:279
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chr10	124648206	rs11248323	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.217;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,60:0.24:247
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chr10	124711589	rs147647614	CTTTTAA	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TATATTGTCACTTTTAATAGT;SOR=1.108;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=124711602;WS=124711579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr10	124740079	rs79913180	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=426;ReadPosRankSum=1.512;SC=GCCTCCCCGCGGCAGGAAAAT;SOR=0.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=41;WE=124740087;WS=124740069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,43:0.26:166
chr10	124742586	rs3736585	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=19.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr10	124742792	rs3736583	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TTTCAGATTCGTTGGGCTTTT;SOR=0.465;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=28;WE=124742800;WS=124742782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,28:0.26:108
chr10	124742895	rs3736582	G	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr10	124746801	rs7096614	T	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=3.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,43:0.26:167
chr10	124787047	rs10794584	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,16:0.17:94
chr10	124787118	rs10902863	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
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chr10	124810746	.	C	CT	106	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5567;HP=10;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=15;MQ=51.22;NF=1;NR=6;PP=106;QD=16.8571428571;SC=GTAATTCAGCCTTTTTTTTTT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=124810754;WS=124810736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr10	124812685	rs11307362	AT	A	1566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.262;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.07;MQRankSum=0.618;NF=5;NR=51;PP=583;ReadPosRankSum=1.797;SC=TGGTAAATAGATTTTTTTTTT;SOR=1.663;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=100;TCF=7;TCR=93;TR=56;WE=124812694;WS=124812675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,81:0.71:114
chr10	124924484	rs34736387	CT	C	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=240;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AGAGAAGGGTCTTTTTTTTTT;SOR=0.551;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=20;WE=124924503;WS=124924474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr10	125425822	rs10902974	T	G	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=57;SC=CTGGGGCCGGTGGTCGCCGGG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=125425830;WS=125425819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	125426412	rs12263344	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=429;ReadPosRankSum=1.459;SC=GCCGGCGGCCAGACGAGCGCC;SOR=0.986;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=36;WE=125426420;WS=125426402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,37:0.26:140
chr10	125426565	rs4980313	G	C	5110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=91;PP=2647;SC=TGCAGACGCTGGTGCTGCTGG;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=177;WE=125426573;WS=125426555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	125426627	rs3808964	G	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
chr10	125506302	rs7088479	T	C	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=29;PP=2935;SC=TCGTCTCTTCTGCCCCCGCAG;SOR=2.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=104;TCR=29;TR=133;WE=125506310;WS=125506292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	125521533	rs10794566	G	A	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=139;NR=110;PP=2965;SC=ACACGTGGTCGTCGGGGGTGG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=139;TCR=111;TR=249;WE=125521541;WS=125521523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr10	125521590	rs10794567	G	A	6659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=119;PP=2965;SC=GGTCGTAGGGGTACGCCACCA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=122;TCR=119;TR=240;WE=125521598;WS=125521580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr10	125521721	rs10751743	G	A	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=61;PP=1874;SC=AAAATAAGCAGGAAGTCATTT;SOR=2.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=83;WE=125521729;WS=125521711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	125521751	rs10794568	C	G	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=35;PP=1079;SC=AGCTGTCAAACAGGGACATAG;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=125521759;WS=125521741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	125526689	rs1896392	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=623;SC=GTGAGAGTGTGAAGAATGCAC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=125526697;WS=125526679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	125528007	rs1219726	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr10	125528048	rs1219725	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.351;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,12:0.18:65
chr10	125528297	rs1219724	T	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=135;ReadPosRankSum=0.299;SC=GGCCAAACGGTGCTTGTCACA;SOR=0.656;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=14;WE=125528305;WS=125528287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr10	125530746	rs727416	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr10	125558507	rs55721423	A	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=0.086;SC=ATCAGACTGTAGTGGTAGGTT;SOR=0.352;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=14;WE=125558515;WS=125558497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr10	125601975	rs17679897	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,27:0.22:123
chr10	125602943	rs6599625	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=5.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=1.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr10	125622051	rs61861899	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=290;ReadPosRankSum=0.224;SC=TTAAATCCTGCGCATTGCCTG;SOR=1.047;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=21;WE=125622059;WS=125622041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,21:0.26:81
chr10	125622250	rs11299200	CA	C	9190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=143;PP=2951;SC=CTGGAAAGGACAAATGCTTGT;SOR=1.144;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=175;TCF=24;TCR=151;TR=167;WE=125622258;WS=125622240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr10	125673492	rs7893288	A	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=6.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,28:0.21:136
chr10	125673547	rs4329614	T	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,21:0.14:150
chr10	125780752	rs5788645	CG	C	3663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=42.11;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	125780759	rs4072194	G	C	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.78;QD=39.36;SOR=1.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	125780958	rs9422312	C	T	6980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=121;NR=117;PP=2965;SC=ATATTTTTACCACCCATGAAC;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=121;TCR=117;TR=238;WE=125780966;WS=125780948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr10	125801761	rs28698985	A	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=11.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr10	125801809	rs28716482	C	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=5.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
chr10	126086730	rs2459217	G	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=45;PP=1249;SC=ATCCCTTGCCGTATGTATGGG;SOR=2.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=61;WE=126086738;WS=126086720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	126089656	rs2459215	T	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=13;PP=404;SC=CTAGATAAAATACCAGAGGAA;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=126089664;WS=126089646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	126089703	rs2491158	G	A	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=219;SC=GCCTGTATTAGTTTCTAATTA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=126089711;WS=126089693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr10	126091814	rs2240882	A	C	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=6.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=39;PP=985;ReadPosRankSum=0.708;SC=CTCACCAACTATTTCCTTTGT;SOR=2.001;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=39;WE=126091822;WS=126091804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr10	126093991	rs9422807	T	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=18;PP=1180;SC=AGCACTATGATGCTAGTGAAA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=126093999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	126097716	rs7923012	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-1.981;SC=GAATTACTAAGAATTGTATTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=126097724;WS=126097706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	126100523	rs10794058	G	A	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=37;PP=1427;ReadPosRankSum=-1.290;SC=GGGAAAAGACGGATTAATTTG;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=97;WE=126100531;WS=126100513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,106:0.68:156
chr10	126150338	rs2459213	C	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=109;SC=CCTGCCCCGCCCGCGGGACTA;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=126150346;WS=126150328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	126150388	rs2491156	C	A	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=194;SC=GCGCCGGCGCCGGCGTCGGTT;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=126150396;WS=126150378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	126172863	rs6597801	A	G	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=101;PP=2965;SC=CTGAAGGAGCAAGGCCTGCGA;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=90;TCR=101;TR=191;WE=126172877;WS=126172853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr10	126185451	rs10794134	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=-1.486;SC=ACAGGCCCGGTGCTCAGCTCC;SOR=0.280;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=10;WE=126185459;WS=126185441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr10	126185618	rs3824810	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,50:0.21:235
chr10	126185707	rs3824809	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.442;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=140;ReadPosRankSum=1.072;SC=GCCTTTTGGGCTTCCACAAAG;SOR=0.276;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=16;WE=126185715;WS=126185697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr10	126384610	rs10901807	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=0.799;SC=GAAGAGTCCCGGGGCTGCTCT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=3;WE=126384618;WS=126384600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr10	126395123	rs7897256	T	C	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=75;NR=44;PP=2152;SC=TTTGCTAAGCTTAGGTGCTCA;SOR=1.102;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=119;WE=126395131;WS=126395113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	126480381	rs144443222	C	T	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2253;ReadPosRankSum=0.189;SC=GCGCCACCGCCGCCGTCAGCG;SOR=0.741;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=202;TCF=104;TCR=98;TR=148;WE=126480389;WS=126480371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,158:0.73:217
chr10	126480556	rs10901821	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5173;FS=6.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=398;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CGACGCCCTCTGCTCTACCCC;SOR=2.557;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=22;WE=126480564;WS=126480546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr10	126505062	rs11451694	T	TA	473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.487;NF=15;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=1.620;SC=AGATTTTGATTAAAAAAAAAA;SOR=1.101;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=17;WE=126505070;WS=126505052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr10	126517989	rs2303611	G	A	5171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AGGATGGAGTGATGAAAGACA;SOR=0.783;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=275;TCF=128;TCR=147;TR=213;WE=126517997;WS=126517979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,226:0.78:288
chr10	126629167	rs143159305	A	AT	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5068;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=176;ReadPosRankSum=0.118;SC=TCTTATAGTGATTTTTTTTTC;SOR=0.330;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=17;WE=126629175;WS=126629157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr10	126629204	rs7074163	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=217;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CACTATAAATGGTGTATGGAC;SOR=0.264;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=126629212;WS=126629194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr10	126660781	rs3802700	A	T	751.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=624;ReadPosRankSum=0.878;SC=GAAAGCACATAACATAGCTAC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=29;WE=126660789;WS=126660771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,28:0.90:31
chr10	126662451	rs3740534	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=337;SC=TTCACTGTTACAGAGTGAACA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=126662459;WS=126662441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	126670356	rs17152433	G	A	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=27;PP=1173;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GAGAAGAACAGTGGCAAGAAG;SOR=0.512;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=76;WE=126670364;WS=126670346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,91:0.73:124
chr10	126671673	rs2241541	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.926;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=584;ReadPosRankSum=-0.455;SC=GGGGAGGTAGTATTGTTTTTT;SOR=1.871;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=34;WE=126671681;WS=126671663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr10	126673560	.	G	GA	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.555;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,37:0.23:162
chr10	126686762	rs72828989	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,60:0.26:232
chr10	126686827	rs1982225	T	A	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=47;PP=1167;ReadPosRankSum=0.992;SC=CTCCTGAGACTCGGTTGTTGG;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=67;WE=126686835;WS=126686817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,73:0.76:96
chr10	126692193	rs750599	C	T	347.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=157;ReadPosRankSum=-0.448;SC=GAGGGCACCGCCTCCACCTGC;SOR=0.317;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=12;WE=126692201;WS=126692183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr10	126714714	rs2946994	G	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,12:0.15:81
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chr10	126716346	rs2938006	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,15:0.15:99
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chr10	126727353	rs2289431	C	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=0.138;SC=CCTCCTAGTCCCCAACCCCGC;SOR=2.494;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=126727361;WS=126727343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	127265374	rs11244568	T	C	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=917;ReadPosRankSum=-0.102;SC=ATGGACTGGGTCCTCACCGGC;SOR=0.951;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=55;WE=127265382;WS=127265364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,59:0.82:72
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chr10	127426588	rs3740180	C	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,47:0.24:192
chr10	127426835	rs3943225	G	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=0.348;SC=AAGTTAGATAGATAGTGAATG;SOR=0.428;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=21;WE=127426843;WS=127426825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr10	127436048	rs2296833	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,26:0.23:115
chr10	127436411	rs2296832	T	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,64:0.24:269
chr10	127441573	rs10751530	G	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=369;ReadPosRankSum=1.316;SC=TATGTGTGTGGGTATATATAC;SOR=1.395;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=102;TCF=18;TCR=84;TR=28;WE=127441581;WS=127441563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,27:0.26:103
chr10	127445408	rs4962313	G	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=67;ReadPosRankSum=0.720;SC=TTGAGACAAGGTCTCACTCTG;SOR=0.358;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=10;WE=127445416;WS=127445398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr10	127460753	rs7922546	G	A	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=32;PP=1694;SC=AGTGTCCTCCGCTAGCTCAGG;SOR=1.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=94;WE=127460761;WS=127460743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	127462525	rs10901425	A	G	9015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=166;PP=2965;SC=CTGGTCGGCCACGGACAGTTG;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=140;TCR=166;TR=305;WE=127462533;WS=127462515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr10	127478064	rs35711389	C	G	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=31;PP=972;SC=GACCTTGGCCCGTGGCCCATC;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=56;WE=127478072;WS=127478054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	127504660	rs2366044	A	G	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=24;PP=1852;SC=ATAAAATAAGAAGACAGTAAA;SOR=1.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=84;WE=127504668;WS=127504650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	127529756	rs146907010	T	TTG	8431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.303;NF=37;NR=76;PP=2987;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CCCTCTCCTTTTGTGTGTGTG;SOR=0.420;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=46;TCR=97;TR=113;WE=127529764;WS=127529746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,229:0.99:232
chr10	127548587	rs1539315	C	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=410;SC=CTTATGCTAACTCATGCAAAA;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=127548595;WS=127548577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	127584978	rs5006357	A	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.331;NF=36;NR=3;PP=810;ReadPosRankSum=1.551;SC=GGGCTTCAGGAGCAGTGTCCT;SOR=0.435;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=55;TCR=5;TR=39;WE=127584986;WS=127584968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr10	127585015	rs79042596	G	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.012;NF=30;NR=9;PP=2194;ReadPosRankSum=1.832;SC=CGCTACCCTCGCTCAGTGTCC;SOR=0.651;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=69;TCR=22;TR=39;WE=127585048;WS=127585005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr10	127585035	rs113524015	C	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-7.397;QD=10.83;ReadPosRankSum=3.158;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,44:0.31:140
chr10	127585040	rs5006358	G	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-9.223;QD=11.48;ReadPosRankSum=2.579;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,49:0.33:150
chr10	127585090	rs74635147	C	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.88;MQRankSum=-15.397;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.192;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,44:0.18:240
chr10	127585097	rs78188902	T	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-15.939;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,45:0.18:257
chr10	127585099	rs79920605	A	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-15.991;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,47:0.18:259
chr10	127585112	rs72832617	T	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=4.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQRankSum=-15.580;QD=5.02;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,48:0.19:259
chr10	127585120	rs80288044	G	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=2.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQRankSum=-15.144;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.564;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,46:0.18:252
chr10	127585150	rs74162870	C	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.752;NF=33;NR=40;PP=928;ReadPosRankSum=-2.965;SC=GCGACGCCGGCCCTGGCTGAG;SOR=1.183;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=231;TCF=120;TCR=111;TR=73;WE=127585158;WS=127585140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,51:0.25:206
chr10	127585179	rs74162871	G	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.091;NF=44;NR=43;PP=1051;ReadPosRankSum=3.169;SC=GGAGTCCGGGGGTTCGCCCGC;SOR=0.515;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=194;TCF=86;TCR=108;TR=87;WE=127585187;WS=127585169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,43:0.27:161
chr10	127585237	rs5013589	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=8.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-7.223;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.858;SOR=1.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,17:0.15:112
chr10	127585260	rs4986789	G	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.592;NF=7;NR=16;PP=247;ReadPosRankSum=1.838;SC=GGACCGGGGCGGGCGACCGGG;SOR=0.495;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=89;TCF=21;TCR=68;TR=23;WE=127585268;WS=127585250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr10	127585288	rs5013590	C	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.776;NF=5;NR=18;PP=440;ReadPosRankSum=1.626;SC=TCCCCGGGAACGAGTGTGGGC;SOR=0.638;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=23;WE=127585296;WS=127585278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr10	127585307	rs74579856	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.721;NF=6;NR=13;PP=197;ReadPosRankSum=0.806;SC=GCGCCCCGCGCGCGACTCCGC;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=19;WE=127585315;WS=127585297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr10	127585360	rs78190003	C	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=7.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.92;MQRankSum=-0.749;QD=11.14;ReadPosRankSum=-2.479;SOR=2.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr10	127585363	rs74162872	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=9.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQRankSum=-0.758;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=3.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr10	127685091	rs3736477	T	C	7916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=128;PP=2965;SC=ACTGAGCATGTTTATCTCTTT;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=148;TCR=128;TR=276;WE=127685099;WS=127685081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr10	127693432	rs2138283	C	T	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=38;PP=1474;SC=TGTCAAATGCCGCTTCTTCCA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=127693440;WS=127693422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	127697165	rs2292690	T	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=28;PP=829;SC=GTGGAATTAATGTCAGAGCTT;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=127697173;WS=127697155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	127708091	rs2176099	AG	GT	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=1;PP=593;SC=ATAAGCTCACAGGGACTGCTT;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=30;WE=127708100;WS=127708088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	127708428	rs2138280	A	T	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=34;PP=921;SC=AGGGTCACTTACCAGGAGCCA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=127708436;WS=127708418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	127708503	rs2292694	G	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=240;SC=ATATCATCCTGTCACCATACA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=127708511;WS=127708493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	127724778	rs1044122	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=8;PP=548;SC=GTGCACGTGGAGCCCGGTGGA;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=127724786;WS=127724768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	127727768	rs1278255	A	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=12;PP=1009;SC=CGCCCGCCTCAGCCTCCCAAA;SOR=2.262;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=54;WE=127727776;WS=127727758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	127727808	rs1278256	A	G	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=35;PP=1783;SC=GAGCCACCGCACCCAGCCTCT;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=105;WE=127727816;WS=127727798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	127753359	rs56076315	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=214;ReadPosRankSum=0.734;SC=ATGCCGAGCTTGTGGCGGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=12;WE=127753367;WS=127753349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr10	127753388	rs2279091	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=0.208;SC=GTCCCCAGAGCGTGACACACT;SOR=0.525;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=9;WE=127753396;WS=127753378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr10	127755544	rs1278280	T	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr10	127782530	rs372238350	G	C	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=27;PP=1568;ReadPosRankSum=0.273;SC=CACTGTCAAAGCAGATGGAAG;SOR=1.042;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=114;TCF=78;TCR=36;TR=91;WE=127782538;WS=127782520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,99:0.79:125
chr10	127789618	.	G	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=1.004;SC=TTTTTTTTAAGCAGACAAGAC;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=127789626;WS=127789595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr10	127829012	rs1551678	C	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=317;SC=CAACAACTCACTTGAAGTATT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=127829020;WS=127829002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	127829043	rs71490760	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=-1.913;SC=GAGGAGGGGGGTGGATTTCAG;SOR=0.402;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=7;WE=127829051;WS=127829033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr10	127843641	rs1466358	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=0.420;SC=GGATTTATAATAGAACGCCTA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=6;WE=127843649;WS=127843631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr10	127843740	rs1466359	G	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=2.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,51:0.20:254
chr10	127843756	rs1466360	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,63:0.21:302
chr10	127843921	rs1466361	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,23:0.13:178
chr10	128019025	rs3740199	C	G	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=66;PP=2549;SC=TCCCCACTCCCAACAGAGGCA;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=131;WE=128019033;WS=128019015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	128153623	rs7079392	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=-0.876;SC=GACTTCTACCGCACATGGTGC;SOR=1.101;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=19;WE=128153631;WS=128153613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr10	128191222	rs61863954	A	G	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=969;ReadPosRankSum=0.501;SC=ACCATGACACATGGTTTAAAA;SOR=0.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=67;WE=128191230;WS=128191212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,73:0.72:102
chr10	128191368	rs10510159	T	C	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CTTTGGAACATTGATAGCTGC;SOR=0.940;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=65;WE=128191376;WS=128191358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,68:0.72:95
chr10	128202435	rs1436803	T	C	4360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=72;PP=2341;SC=AGTCAGATTTTGCCTCTGTGA;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=151;WE=128202443;WS=128202411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	128209769	rs2099552	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=11;PP=582;SC=TGGGGCCTCATACAGTACTGG;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=128209777;WS=128209759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	128209797	rs2099553	C	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=14;PP=561;SC=AGATACTCAGCGTGGACAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=128209805;WS=128209787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	128209959	rs4962342	G	T	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=27;PP=791;SC=TGTATTTGGCGACATGAAAGA;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=128209967;WS=128209949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	128798689	rs11017150	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=21;ReadPosRankSum=-1.295;SC=CTTTTCTGCTGGAGAGAAAAA;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=4;WE=128798697;WS=128798679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr10	128806831	rs10542991	ATAACT	A	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=375;ReadPosRankSum=1.593;SC=GCATTTTCTGATAACTTAATT;SOR=0.242;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=128806843;WS=128806821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr10	128807018	rs35541322	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=0.532;SC=CAGATATAATAAATGGAAAAG;SOR=0.963;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=21;WE=128807026;WS=128807008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr10	128821616	rs9418791	T	G	4639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.613;SC=GGCTCATCTGTAGTGTTTCAG;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=231;TCF=84;TCR=147;TR=180;WE=128821624;WS=128821606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,189:0.77:244
chr10	128821636	rs9418698	C	T	3372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=91;PP=2327;ReadPosRankSum=-0.055;SC=GTTTTACTTGCCAAGTGCTCA;SOR=0.497;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=165;TCF=45;TCR=120;TR=128;WE=128821644;WS=128821626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,134:0.77:173
chr10	128821671	rs7076668	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chr10	128822873	rs3818879	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=1238;ReadPosRankSum=-1.997;SC=CTGTCCCCCCACATATATAGT;SOR=0.512;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=30;WE=128822894;WS=128822863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr10	128822886	rs3818880	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.617;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=1238;ReadPosRankSum=1.312;SC=TATATAGTGGGAGATGTATAT;SOR=1.473;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=38;WE=128822894;WS=128822863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr10	128830336	rs2275534	G	A	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=13;PP=1014;SC=ATAACAAAGGGTGGCAAAAAT;SOR=2.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=49;WE=128830344;WS=128830326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	128830381	rs61873978	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,23:0.26:89
chr10	128830409	rs2229597	A	G	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=44;PP=1854;SC=AGGCCGAAGCAAAGAAGCTGG;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=107;WE=128830417;WS=128830399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	128835834	rs77532250	A	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=618;ReadPosRankSum=0.602;SC=GCTACAAAGGAATGGAATATT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=28;WE=128835842;WS=128835824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr10	128836111	.	TC	T	86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=15;MQ=58.52;NF=1;NR=8;PP=86;QD=12.3333333333;SC=ACTTTTTGGGTCTTTTTTTTT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=9;WE=128836121;WS=128836101;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr10	128836214	rs7085407	G	C	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	128840842	rs880272	A	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=11;PP=1045;SC=TGTGTGGGGGAAGTCCGGTGG;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=128840850;WS=128840832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	128841245	rs144019822	CAG	C	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=2.010;SC=TATCCTAACACAGGGGTGCAG;SOR=0.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=128841254;WS=128841235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	128841570	rs882052	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=172;ReadPosRankSum=1.988;SC=TTTTTAGTATTGTTTCCCTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=128841578;WS=128841560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr10	128850841	rs9418817	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,8:0.17:48
chr10	128923954	rs1186355	A	C	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=57;PP=1333;SC=TAAAAATGAAAGGTCTTGATT;SOR=1.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=96;WE=128923962;WS=128923944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	128925761	rs1153016	A	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=1;PP=602;SC=ATTAATAAAAACCCCTGAGTT;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=128925769;WS=128925751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	128926013	rs1060561	A	G	4453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=86;PP=2801;SC=CCATGGGACGAGATTCTGAAC;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=152;WE=128926021;WS=128926003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	128952219	rs34225417	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=639;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GCATTACAAGCGGTGGCTGGG;SOR=0.676;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=225;TCF=105;TCR=120;TR=66;WE=128952227;WS=128952209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,67:0.28:238
chr10	128952265	rs7068954	A	G	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=94;PP=2786;SC=CCTCAAATCAAATGCCTTCCC;SOR=1.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=40;TCR=94;TR=134;WE=128952273;WS=128952255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	128974621	rs2489386	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=1.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,85:0.26:329
chr10	128974713	rs2489385	C	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-1.571;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,40:0.26:156
chr10	128974716	rs2489384	A	C,G	4465.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=37;NR=71;PP=2962;SC=ATACACACTCAAGCACCGGCC;SOR=1.690;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=141;TCF=46;TCR=95;TR=108;WE=128974724;WS=128974703;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.75,0.25:150
chr10	129160313	rs2296636	C	T	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=39;PP=2097;SC=GAATATTGTACCTCTTTTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=115;WE=129160321;WS=129160303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	129160458	rs2296635	G	A	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=68;PP=2175;SC=AATTCCATTCGACCCGAAGCT;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=120;WE=129160466;WS=129160448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	129179426	rs7099958	T	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=0;PP=919;SC=TTATGAACATTGTAAAAAGGA;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=34;WE=129179434;WS=129179416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	129179653	rs6482833	C	T	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=62;PP=1621;ReadPosRankSum=0.962;SC=TTACCAGTCACCTTGATGATT;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=100;WE=129179661;WS=129179643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,108:0.73:147
chr10	129183015	rs878562	T	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=543;SC=CCCTGGGTGTTTCCGCCTCGG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=129183023;WS=129183005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	129207514	rs2296629	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=6.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,59:0.28:210
chr10	129207564	rs12774391	C	T	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.678;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=55;PP=1552;ReadPosRankSum=1.559;SC=GATCCTTAACCCCCTCACCTC;SOR=1.450;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=134;TCF=53;TCR=81;TR=86;WE=129207572;WS=129207554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,85:0.65:131
chr10	129208894	rs6482874	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=430;SC=GAGGGTTGGCAGGGACAGGGA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=129208902;WS=129208887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	129208954	rs11017943	T	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=573;ReadPosRankSum=0.783;SC=TTTCCCTGGCTGGGAGAGGAC;SOR=0.364;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=20;WE=129208973;WS=129208944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr10	129208965	rs11017944	A	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.992;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=1824;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GGGAGAGGACACCAAGGCGAT;SOR=1.336;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=56;WE=129208973;WS=129208944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,59:0.69:85
chr10	129209084	rs2296628	A	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,45:0.23:192
chr10	129209213	rs11017952	C	A	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.23;ReadPosRankSum=-0.492;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,90:0.73:124
chr10	129209237	rs10830001	G	A	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=998;ReadPosRankSum=-1.802;SC=ATATCATTCCGCCACCAGTAG;SOR=0.913;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=52;WE=129209245;WS=129209227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,52:0.73:71
chr10	129209256	rs11017953	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=619;ReadPosRankSum=-0.419;SC=AGAACTGCCACTGGAGAAGCG;SOR=1.547;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=28;WE=129209264;WS=129209246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr10	129213586	rs3736940	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,30:0.26:116
chr10	129213631	rs3736939	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=36;PP=968;SC=TACAGTTCCCATAACCACCCC;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=40;WE=129213639;WS=129213621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	129216658	rs2229600	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.338;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,69:0.20:340
chr10	129237460	.	CA	C	7436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.099;NF=15;NR=98;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TTCCCTGCAGCAGTCTGAGGC;SOR=0.762;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=149;TCF=25;TCR=124;TR=113;WE=129237468;WS=129237450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,206:0.77:267
chr10	129237572	rs1926427	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.804;NF=5;NR=16;PP=805;ReadPosRankSum=-1.006;SC=CAGGGCTGACGGTGGGCTCTT;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=21;WE=129237588;WS=129237562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr10	129237580	rs2275052	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.846;NF=5;NR=23;PP=1372;ReadPosRankSum=0.570;SC=ACGGTGGGCTCTTATTGAACT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=28;WE=129237588;WS=129237562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr10	129242555	rs2275053	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,60:0.27:223
chr10	129245684	rs869801	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,21:0.14:153
chr10	129245922	rs72843745	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr10	129249662	rs2229603	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,19:0.14:133
chr10	129249676	rs2229604	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,20:0.14:145
chr10	129249693	rs2229605	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,22:0.13:164
chr10	129249701	rs2229606	C	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,23:0.14:167
chr10	129249914	rs3824814	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-2.116;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr10	129350641	rs4080381	C	A	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=345;SC=TATCGCCATACGATTTTGAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=129350649;WS=129350640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	129534478	rs147236104	A	AGCGCGGC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=205;SC=TACCCAGCCCAGCGTCAGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=129534486;WS=129534468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr10	129534739	rs4751502	C	G	5814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=90;PP=2965;SC=CCGGACTCCCCGGCTTGGGAA;SOR=0.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=122;TCR=90;TR=212;WE=129534747;WS=129534729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr10	129534864	rs4751503	A	C	7583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=120;PP=2965;SC=GGGTTGAGGGAGCGAGGACTC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=156;TCR=121;TR=275;WE=129534872;WS=129534839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr10	129536642	rs7085541	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.12;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr10	129785814	rs11817943	A	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=1.050;SC=AGTTACCTTTATCCAGCTCTG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=129785822;WS=129785804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr10	129834422	rs10764738	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	129845547	rs4262642	A	C	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=11;PP=742;SC=ACTTTACAAAATATAGTTTGG;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=129845555;WS=129845537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	129845903	rs7912703	C	T	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1726;ReadPosRankSum=0.451;SC=GGCCTTAGCGCGGCTCAGCCA;SOR=0.632;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=97;WE=129845911;WS=129845893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,99:0.73:135
chr10	129846010	rs7911904	G	A	7671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.017;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.013;SC=GAAACCTAACGCATCCTGTGT;SOR=0.122;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=134;TCR=136;TR=268;WE=129846018;WS=129846000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,285:0.99:287
chr10	129846781	rs116926731	C	T	5734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.586;SC=CTAAAATAGACTCTTAAAACG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=184;TCR=128;TR=233;WE=129846789;WS=129846771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,252:0.75:337
chr10	129854369	rs4424589	T	C	4274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=93;NR=66;PP=2457;SC=TTCATACTAATGCTACATTTT;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=93;TCR=66;TR=159;WE=129854377;WS=129854359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	129854507	rs41282862	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,20:0.17:116
chr10	129854550	rs11016041	G	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=820;ReadPosRankSum=1.230;SC=GCAGCTCCCCGTGACTGCAGG;SOR=0.299;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=54;WE=129854558;WS=129854540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,61:0.82:74
chr10	129859061	rs28411949	T	C	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.63;SOR=7.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	129859065	rs11016046	T	C	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	129859992	rs4462251	T	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=1.904;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,58:0.71:82
chr10	129861497	rs56204987	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=0.081;SC=TGCTGCTGCCGGGCTGGGGAT;SOR=1.835;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=14;WE=129861505;WS=129861487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr10	129864515	rs10764743	C	T	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AGCATCATGCCCAGAGTTAAC;SOR=0.965;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=87;WE=129864523;WS=129864505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,91:0.67:135
chr10	129869233	rs10829325	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=6.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=0.758;SC=TTCATCCTGGAGAAGCCATTG;SOR=2.891;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=11;WE=129869241;WS=129869223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr10	129870510	rs41282874	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=2.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,76:0.22:348
chr10	129880911	rs72848780	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=CACATTCTACGTAGAAAAACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=129880919;WS=129880910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	129883370	rs1129205	A	G	7646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CCAGGACGCAAGACTCTCCCC;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=398;TCF=176;TCR=222;TR=314;WE=129883378;WS=129883360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,327:0.79:413
chr10	129899578	rs8473	T	C	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=21;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TGCACAGATTTGCTCTCCAAA;SOR=0.956;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=79;TCR=28;TR=84;WE=129899586;WS=129899568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,89:0.79:112
chr10	129899778	rs11106	G	C	4342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=89;PP=2888;ReadPosRankSum=1.057;SC=TTTGTTCTCAGTGACTTTGTC;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=221;TCF=101;TCR=120;TR=168;WE=129899786;WS=129899768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,183:0.77:237
chr10	129900858	rs3191122	C	T	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=55;PP=2353;ReadPosRankSum=0.692;SC=TTTCAGGGACCGAGTCTTGTA;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=131;TCR=80;TR=145;WE=129900866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,157:0.68:232
chr10	129901501	rs2071496	G	C	4795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=0.680;SC=GGTGTGCGTGGTCTCCCCTGA;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=238;TCF=130;TCR=108;TR=189;WE=129901509;WS=129901491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,196:0.78:251
chr10	129901747	rs10764749	C	T	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=48;PP=2367;ReadPosRankSum=1.085;SC=TGCTCTTGGCCGTCTCCTGCT;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=154;TCF=94;TCR=60;TR=120;WE=129901755;WS=129901737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,119:0.76:156
chr10	129902281	rs1063535	G	A	4340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=102;PP=2839;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TTCTTTCCTGGGACGTGTCTT;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=229;TCF=99;TCR=130;TR=171;WE=129902289;WS=129902271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,182:0.76:240
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chr10	129904917	rs1894410	G	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=687;ReadPosRankSum=0.619;SC=TAGTTTTTTCGTTAGTCATTG;SOR=0.644;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=192;TCF=92;TCR=100;TR=62;WE=129904925;WS=129904907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,63:0.32:197
chr10	129905896	rs3740423	T	A	4754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=104;PP=2773;ReadPosRankSum=-1.579;SC=GGCTGAGAGCTCCTTCTGTAC;SOR=0.548;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=120;TCR=143;TR=193;WE=129905904;WS=129905886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,213:0.74:287
chr10	129906980	rs2152143	C	T	9316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=2.639;SC=GTGAACTTGCCGACTGCTAGG;SOR=0.612;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=530;TCF=272;TCR=258;TR=379;WE=129906988;WS=129906970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,394:0.71:554
chr10	129907741	rs2065718	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=706;SC=CATGTCAATCGAGTATTACAG;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=129907749;WS=129907731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	129911919	rs12255393	T	A	920.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=734;ReadPosRankSum=0.705;SC=ATACCAAGACTAGTGATTTAT;SOR=0.931;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=34;WE=129911927;WS=129911909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,34:0.89:38
chr10	129917560	rs2071498	T	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=1025;ReadPosRankSum=-1.420;SC=CTTCCTTCCATTCTGAAGACT;SOR=0.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=55;WE=129917568;WS=129917550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,63:0.81:78
chr10	131265665	rs16906255	T	G	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CCGTCGGGTGTGGGGCCGCCC;SOR=1.295;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=84;WE=131265673;WS=131265655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr10	131334789	rs10734087	T	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=438;SC=CTCAAAACAGTGTGCTGCGAC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=131334797;WS=131334779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	131641361	rs35210769	T	TG	2157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=1276;ReadPosRankSum=1.218;SC=GGTTCTGGCATGGGGGGGAGG;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=45;WE=131641369;WS=131641351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr10	131665885	rs12572694	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=439;SC=GGGGTGTTCCGTAGCCACCCA;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=131665893;WS=131665875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	131755652	.	AT	A	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.861;QD=1.26;ReadPosRankSum=1.516;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr10	131760352	rs573370	A	G	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=12;PP=910;ReadPosRankSum=-0.665;SC=CACGAGATCCATTTGTCAGTG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=57;WE=131760360;WS=131760342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,59:0.75:79
chr10	131905056	rs149953039	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,34:0.20:171
chr10	131906096	rs55975328	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,54:0.21:261
chr10	131934552	rs2274221	T	C	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	131934628	rs2274220	T	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	131934894	rs61874388	C	T	219.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.28;ReadPosRankSum=1.901;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr10	131943423	rs7073590	G	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=2;PP=446;SC=CAGTATTTGTGTATTTCCAAA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=131943431;WS=131943413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	131958210	rs1570795	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr10	131958960	rs1571457	T	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=0.431;SC=TTTCTTTTTTTACATCTCCGG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=131958968;WS=131958950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	131959150	rs2274217	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,25:0.19:135
chr10	131965392	rs7078860	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=25;SC=TTAGCCATTCAAACTTTGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=131965400;WS=131965382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	131967508	rs7082126	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.226;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=483;ReadPosRankSum=0.764;SC=AAGCCATATTGTGTTTTACAG;SOR=2.165;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=25;WE=131967516;WS=131967498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr10	131967693	rs17297984	T	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=352;ReadPosRankSum=-0.495;SC=TTTTCTCTCTTTAGGCTCAAA;SOR=0.860;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=35;WE=131967701;WS=131967683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,39:0.30:132
chr10	132961555	rs11416735	C	CA	3013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=1527;SC=GAGGAATAAACAAATCTCCTG;SOR=0.852;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=37;WE=132961563;WS=132961545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	133109961	rs4993310	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=0.714;SC=TGGGCCGGCGGCGGCGCGGCT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=9;WE=133109969;WS=133109951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
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chr10	133608210	rs4897741	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,25:0.19:132
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chr10	133918574	rs112564062	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=626;ReadPosRankSum=1.632;SC=CTAAAGGCTGCTTGGGACAGA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=28;WE=133918582;WS=133918564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr10	133930932	.	G	A	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.528;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=53;PP=1512;ReadPosRankSum=0.917;SC=CGAGCTCAAGGGCGCCAAAAG;SOR=0.878;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=89;WE=133930940;WS=133930922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,89:0.77:116
chr10	133948456	rs2637643	C	T	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=6;PP=846;SC=CCCACGGCAGCGTTTTTGTTC;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=133948464;WS=133948446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	133948634	rs2814182	T	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=29;PP=811;SC=AGGACCGCAATGCATTGCTGT;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=133948642;WS=133948624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	133948689	rs2637644	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=9;PP=271;SC=GGGCTTCTGGCTCCTGGGGGT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=133948697;WS=133948679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	133951501	rs57086821	CA	C	2476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=18;PP=1676;SC=GGTGTGGGGACAAGCCAGCCC;SOR=1.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=42;WE=133951509;WS=133951491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	133951707	rs2814179	G	A	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.082;SC=ACCGGCACGTGCGGAGAGTAC;SOR=0.856;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=55;WE=133951726;WS=133951697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr10	133951718	rs2637646	G	A	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=1540;ReadPosRankSum=2.155;SC=CGGAGAGTACGCCGGGTGTGT;SOR=0.993;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=45;WE=133951726;WS=133951697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr10	133954011	rs2818387	C	T	6106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=107;NR=119;PP=2965;SC=TGGAATCCGACGGCTCCTCCG;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=107;TCR=120;TR=226;WE=133954019;WS=133954001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	133954111	rs9733324	G	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr10	133955427	rs11592585	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,46:0.17:264
chr10	133955569	rs5789117	C	CCG	4149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.09;NF=4;NR=60;PP=2969;SC=GTGACTTCCACCGCGCGTTCC;SOR=1.958;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=81;TCF=4;TCR=77;TR=64;WE=133955577;WS=133955559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	133958541	rs2637627	C	T	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=41;PP=1840;ReadPosRankSum=-0.896;SC=TTCTGACGTCCCACGAGTGTG;SOR=1.208;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=144;TCF=88;TCR=56;TR=113;WE=133958549;WS=133958531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,117:0.79:149
chr10	133958734	rs139018463	TG	T	925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=869;ReadPosRankSum=0.642;SC=GGGGCACACGTGGGTGGGAGG;SOR=0.560;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=23;WE=133958742;WS=133958724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,30:0.88:34
chr10	133961494	rs2818384	C	T	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=63;NR=44;PP=1616;SC=GGCTCAGACACGAGGTGCAGG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=107;WE=133961502;WS=133961484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	133961564	rs2818383	T	C	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=31;PP=803;SC=GGTAGCTGAGTGGATGGCCAG;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=133961572;WS=133961554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	133961636	rs111344225	C	CTGAACA	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=329;SC=ACACAAAGCCCTGAACATGAA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=133961644;WS=133961626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	133963042	rs112941338	GC	G	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.989;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr10	133963466	rs9419380	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,25:0.23:108
chr10	133963499	rs117391524	C	T	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=40;PP=1504;ReadPosRankSum=-0.463;SC=ATTGTGGTTGCGGAGCTGATG;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=145;TCF=98;TCR=47;TR=117;WE=133963507;WS=133963489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,131:0.79:166
chr10	133967593	rs7906747	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=82;ReadPosRankSum=-1.500;SC=CCCATGTGGGCCAGGTCGCAG;SOR=0.243;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=8;WE=133967601;WS=133967583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr10	133976706	rs12776458	G	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr10	133980657	rs141430338	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=5.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=485;ReadPosRankSum=0.092;SC=ACCTGCCATTCGATCAACTGG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=23;WE=133980665;WS=133980647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr10	133981414	rs2637651	C	T	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.38;ReadPosRankSum=0.773;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,81:0.82:99
chr10	133981422	rs2637650	C	T	3497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.51;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,92:0.83:111
chr10	133981682	rs4880338	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=2.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,47:0.24:193
chr10	133981983	rs2814172	T	C	794.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=646;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CCCCGACGCCTCAGGGGCCCC;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=29;WE=133981991;WS=133981973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,28:0.90:31
chr10	134000498	.	TCCCCCCGCCCGC	T	176	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=53.69;NF=0;NR=10;PP=176;QD=20.1;SC=GGCTCACGCGTCCCCCCGCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=134000517;WS=134000488;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr10	134000501	rs12356773	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.396;QD=11.67;ReadPosRankSum=-3.195;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	134000501	.	CCCCGCCCG	C	358	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=55.76;NF=0;NR=10;PP=358;QD=36.7;SC=TCACGCGTCCCCCCGCCCGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=134000517;WS=134000488;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,10:0.71:14
chr10	134010224	rs1552681	C	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=534;SC=GGGACTGCTCCCAGGGCTGGC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=134010232;WS=134010214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	134010435	rs78726081	AG	A	3659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.310;NF=21;NR=71;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.430;SC=AGGTAAGGGCAGGCGTGGGGA;SOR=0.543;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=122;TCF=26;TCR=96;TR=92;WE=134010443;WS=134010425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,157:0.77:203
chr10	134012499	rs201362217	ATG	A	808.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.646;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
chr10	134012502	rs199811778	CCGAGGG	C	807.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.082;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr10	134012508	.	G	C	997	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=14;PP=997;QD=60.6924242675;SC=GATGCCGAGGGGCCATGGTCT;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=17;WE=134012516;WS=134012489;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:50,17:0.25:67
chr10	134013856	rs871883	G	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=5.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,52:0.24:219
chr10	134013990	rs2247705	G	A	14490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=285;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.683;SC=CCACCACGGCGGACCACCTCA;SOR=0.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=525;TCF=240;TCR=285;TR=525;WE=134013998;WS=134013980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,547:1.00:548
chr10	134016115	rs2637629	G	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=328;SC=GGGCCCCAGCGTGGAGGCACT;SOR=2.124;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=134016123;WS=134016105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	134016396	rs3736258	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=321;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GGCCCAGAACGCACCCCTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=27;WE=134016404;WS=134016386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
chr10	134017295	rs12313	A	G	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.019;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=26;PP=1912;ReadPosRankSum=0.275;SC=TGCCCCGTGGACTGTATGACG;SOR=1.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=98;WE=134017303;WS=134017285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr10	134017388	rs1052556	C	G	4341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=78;PP=2734;ReadPosRankSum=0.896;SC=AGATCTCCGTCCCTCCTGTGC;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=255;TCF=148;TCR=107;TR=181;WE=134017396;WS=134017378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,193:0.69:280
chr10	134021740	rs923659	G	A	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=40;PP=1191;SC=GGCTCATGGGGTAGGCCATGG;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=134021748;WS=134021730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	134021810	rs923660	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=471;SC=ATGCTCCCGATACACTGGCAG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=134021818;WS=134021800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	134036053	rs2814197	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	134036057	rs2637635	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	134036073	rs2814196	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=546;SC=GTCCCCACACGCCTTGCTCGG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=134036081;WS=134036063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	134036193	rs2818401	A	G	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=117;NR=74;PP=2965;SC=TCTTGGCCAGACGCTTCTTCT;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=117;TCR=74;TR=191;WE=134036201;WS=134036183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr10	134036596	rs1994688	G	C	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=115;SC=CACCAAGCCTGAGGTTCAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=134036604;WS=134036586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	134038715	rs902629	A	G	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=33;PP=2233;SC=AGCCAAGCCCAGGGGCTGCAG;SOR=1.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=85;TCR=33;TR=118;WE=134038723;WS=134038705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	134039130	.	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,89:0.21:418
chr10	134040290	rs2306982	C	A	4044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=57;PP=2683;ReadPosRankSum=1.104;SC=CCGTCTGCCACGCACACACCT;SOR=1.151;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=202;TCF=126;TCR=76;TR=159;WE=134040298;WS=134040280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,171:0.78:218
chr10	134040367	rs12413251	C	T	6912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.367;SC=ACAGCCTCACCGTGTCCTCGG;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=365;TCF=185;TCR=180;TR=281;WE=134040375;WS=134040357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,303:0.77:392
chr10	134059616	rs3814609	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCTCCTGTGCGAGGCAGGAGG;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=134059624;WS=134059606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr10	134062574	rs4880361	G	A	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CGGCGGCTCCGGCAGAGGCTC;SOR=1.172;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=83;WE=134062582;WS=134062564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,87:0.79:110
chr10	134137627	rs7914257	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=411;SC=CCCACTCCAATCACAGCAGCT;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=134137635;WS=134137617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	134143942	rs1052281	C	T	6685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GCCCGGGTGGCTGGCCTCCCC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=364;TCF=174;TCR=190;TR=278;WE=134143950;WS=134143932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,291:0.77:379
chr10	134143985	rs1132165	GC	TT	10766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=141;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.785;SC=TGTGCTTTCAGCTTCCTGATT;SOR=0.597;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=320;TCF=133;TCR=187;TR=244;WE=134143994;WS=134143975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,265:0.77:344
chr10	134144005	rs7085852	T	C	5212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.317;SC=TGGTAGATAGTTGGGTATGTA;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=278;TCF=109;TCR=169;TR=205;WE=134144013;WS=134143995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,218:0.74:295
chr10	134145136	rs7086691	A	G	5466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=5.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.55;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,133:0.72:185
chr10	134145136	.	ACC	GCG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=60;NR=51;PP=2944;QD=20;SC=GGCAGCGAGGACCGCTCCAAA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=111;WE=134145146;WS=134145126;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:52,111:0.68:163
chr10	134145138	rs7080014	C	G	5466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=4.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.77;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,139:0.73:190
chr10	134145166	rs13882	T	C	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=58;PP=2320;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TCAGCAGCAATTCTTTTCTGC;SOR=0.576;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=188;TCF=101;TCR=87;TR=135;WE=134145174;WS=134145156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,152:0.73:207
chr10	134145293	rs12784130	G	T	5192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.367;SC=CCAGACCCTCGCGGTCTCTAC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=135;TCR=155;TR=232;WE=134145301;WS=134145283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,238:0.80:296
chr10	134145336	rs12784321	G	T	3642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=100;PP=2317;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TCAAGGCCGCGGGCGCGGAAA;SOR=1.043;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=202;TCF=78;TCR=124;TR=159;WE=134145344;WS=134145326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,161:0.79:205
chr10	134145420	rs56274613	AC	A	183.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=-1.593;SC=GCGCACCACAACCCCCCCACC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=9;WE=134145428;WS=134145410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr10	134145440	.	A	C	182	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=44;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=182;QD=54.1928031368;SC=CGCAAGCGCAACCCCCCGCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=134145449;WS=134145430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr10	134145441	.	C	CT	135	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=44;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=135;QD=53.3333333333;SC=GCAAGCGCAACCCCCCGCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=134145449;WS=134145430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr10	134147341	rs12416634	T	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=1.282;SC=CTCTTTGGAATTGATGAATTC;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=134147349;WS=134147331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr10	134151034	rs2259594	A	G	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=17;PP=1229;ReadPosRankSum=-2.699;SC=TTAGTTGGTTAACAAAACATT;SOR=1.090;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=72;WE=134151042;WS=134151024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,84:0.71:119
chr10	134151288	rs2259600	A	G	873.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=693;ReadPosRankSum=0.592;SC=ACTCTTGATTAAATTTTTACC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=29;WE=134151296;WS=134151278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,31:0.91:34
chr10	134161633	rs2474328	A	G	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.870;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1620;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GCTTTCTCCCACCTGTGGAAA;SOR=0.930;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=157;TCF=89;TCR=68;TR=110;WE=134161641;WS=134161623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,125:0.71:176
chr10	134165291	rs2261222	C	G	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=6.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=42;PP=1021;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CCGCACAGCCCGCCCAGTGCA;SOR=2.537;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=44;WE=134165299;WS=134165281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr10	134166273	rs72479351	A	G	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.934;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.047;NF=57;NR=19;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.331;SC=TCCCTGTGGGACAGGCCGGTT;SOR=0.996;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=102;TCF=75;TCR=27;TR=76;WE=134166281;WS=134166263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,79:0.73:108
chr10	134218269	rs11146363	C	T	2154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.976;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=1749;ReadPosRankSum=1.423;SC=CCCTCCTGCCCGCGGGGTTCA;SOR=0.308;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=110;WE=134218277;WS=134218259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,98:0.82:119
chr10	134218296	rs10747057	C	G	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=53;PP=1474;ReadPosRankSum=1.134;SC=CGAGACCACCCGCCCCGAGCC;SOR=1.063;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=76;WE=134218304;WS=134218286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,65:0.83:78
chr10	134237276	rs1574449	T	G	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.905;QD=19.70;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,70:0.80:88
chr10	134237425	rs1574448	A	G	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TGCCAGCTTCAGCCTGAAGAG;SOR=0.858;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=104;WE=134237433;WS=134237415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,110:0.80:137
chr10	134239228	rs12775406	T	C	5898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.076;NF=109;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TGTACCCACGTGTGCGCGTGC;SOR=0.583;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=125;TCR=158;TR=245;WE=134239236;WS=134239218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,260:0.88:297
chr10	134598628	rs2804003	A	G	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.606;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=83;PP=2926;ReadPosRankSum=1.099;SC=CGCCATCTCCACCGCGTGCCG;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=152;WE=134598636;WS=134598618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr10	134621766	rs147774653	G	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5171;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=385;ReadPosRankSum=-0.787;SC=TGCAGGGTACGTGGCCTGTGC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=19;WE=134621774;WS=134621758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr10	134621877	rs74848222	G	A	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=39;PP=2097;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CTCGAGTCACGGAAACCACTC;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=104;TCR=47;TR=126;WE=134621885;WS=134621867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,131:0.81:161
chr10	134622408	rs2767434	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,25:0.15:168
chr10	134622507	rs2767431	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	134623855	rs148594126	T	C	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=31;PP=1865;ReadPosRankSum=0.115;SC=ACGTGCCCCATGGGCAGTGGC;SOR=0.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=96;TCR=36;TR=112;WE=134623863;WS=134623845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,112:0.85:132
chr10	134623959	rs2254419	T	C	10726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=197;NR=191;PP=2965;SC=GGAGACGCACTGTTTCTCCAA;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=197;TCR=192;TR=388;WE=134623967;WS=134623949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr10	134624504	rs2274429	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,63:0.15:428
chr10	134627593	rs11146529	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr10	134627882	rs7070307	G	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=949;SC=TGCCATGCCCGGGTGGGGTGA;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=134627890;WS=134627872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	134647453	rs3750583	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=9.695;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=415;ReadPosRankSum=0.700;SC=CTGACCCCCCCTGGCGTTCCC;SOR=3.841;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=18;WE=134647461;WS=134647443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr10	134659626	rs10870341	A	G	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1280;ReadPosRankSum=1.214;SC=CTGTCTTGGCACCGGAGCTGG;SOR=0.992;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=80;WE=134659634;WS=134659616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,80:0.80:100
chr10	134659766	rs12260141	G	C	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=1263;ReadPosRankSum=0.966;SC=CCAGGGGCCCGAGGCCTGGGC;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=67;WE=134659774;WS=134659756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,70:0.77:91
chr10	134664875	rs7913626	A	G	3557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=77;PP=2145;ReadPosRankSum=-1.531;SC=ACATCCCCACAACTTGGATGA;SOR=0.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=88;TCR=95;TR=146;WE=134664883;WS=134664865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,156:0.81:192
chr10	134726094	.	TCTCTCTC	T	698.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=2.794;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.023;SOR=1.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr10	134726101	.	CCTCTCTCCT	C	417.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.84;MQRankSum=-1.620;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr10	134750604	rs10870211	C	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr10	134755298	rs4880292	C	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,18:0.19:95
chr10	134884516	rs4271312	G	A	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	134884546	rs4576736	A	G	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=63;PP=2483;SC=GGGGCCGGACACCACAGTCAC;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=144;WE=134884554;WS=134884536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	134884595	rs4271313	G	A	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=60;PP=2622;SC=CCACACCCGGGGCAGATGGAC;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=137;WE=134884603;WS=134884585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	134884610	rs4486541	C	G	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=72;PP=2613;SC=ATGGACGTACCGGCCCATCGA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=144;WE=134884618;WS=134884600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	134884755	rs11101751	C	A,G	1364.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;NF=15,3;NR=31,5;PP=771,20;SC=GCCTCGCAGCCAGGGAGGAGA;SOR=1.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=46,8;WE=134884763;WS=134884745;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:47
chr10	134885677	rs7069085	A	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=536;ReadPosRankSum=1.706;SC=GGGGAGAGTGAGGCCCAGACA;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=25;WE=134885685;WS=134885667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr10	134885700	rs7094939	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=362;SC=ACCATGGGCCTGAGAACGTCC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=134885708;WS=134885690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	134886618	rs4838684	G	C	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=117;PP=2965;SC=GGAGCTGGGTGCCCAGGGCTG;SOR=1.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=64;TCR=118;TR=181;WE=134886626;WS=134886608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	134895530	rs34883766	C	T	819.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5220;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=556;ReadPosRankSum=2.663;SC=ATCCGCTCCCCTCCCCCACTC;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=30;WE=134895538;WS=134895520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr10	134898594	rs4838694	A	G	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=39;PP=1193;SC=ACCTGCCTCCAAGGGGCAAGC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=134898602;WS=134898584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	134902396	rs10776692	C	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.764;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,26:0.21:124
chr10	134902398	rs10776693	C	T	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=44;PP=1428;SC=CACGCTTCCGCAACTTTGCAG;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=119;WE=134902406;WS=134902386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	134910629	rs11101914	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=3.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,36:0.17:207
chr10	134915993	rs7905581	G	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr10	134916121	rs7918862	T	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=-1.454;SC=ATTCTTGAAGTTGCAAGCCCG;SOR=0.551;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=11;WE=134916129;WS=134916111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr10	134916366	rs12219529	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.106;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,20:0.17:116
chr10	134974187	rs56406605	A	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=694;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GGCGCCCTCCATGGCCGAGGG;SOR=0.430;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=38;WE=134974195;WS=134974177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr10	134980855	rs41299175	C	T	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1336;ReadPosRankSum=-1.294;SC=GGGGTCCTGCCGGGCTCACGG;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=84;WE=134980863;WS=134980845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,90:0.83:108
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chr10	134981837	rs2998151	T	C	7406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=1.297;SC=GTGGGGGTAATGTGCCACACC;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=373;TCF=167;TCR=206;TR=317;WE=134981859;WS=134981818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,326:0.86:381
chr10	134997480	rs57510763	C	T	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=68;PP=2620;SC=TCGAGTCCTTCGGAGCGCTGC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=81;TCR=68;TR=149;WE=134997488;WS=134997470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	134997514	rs67800134	A	G	6698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.87;NF=52;NR=73;PP=2333;SC=GAACCCACACACGTGCATCCT;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=125;WE=134997532;WS=134997504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	134997524	rs138319019	T	TCTTG	6575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=64;PP=2957;SC=ACGTGCATCCTCATGCACATA;SOR=1.139;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=10;TCR=68;TR=73;WE=134997532;WS=134997504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	134999397	.	TGGGAGGAGAGGGGAGGGGC	T	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=4.904;QD=19.73;ReadPosRankSum=-1.389;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,22:0.96:23
chr10	134999602	rs3008393	G	C	7381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=127;PP=2965;SC=AGTCTGAGACGAGCCGGGGCC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=129;TCR=127;TR=256;WE=134999610;WS=134999592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr10	135000148	rs3810965	T	C	12780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=198;NR=263;PP=2965;SC=CAGAAGGAGCTAGGCAGCTGG;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=463;TCF=198;TCR=265;TR=461;WE=135000167;WS=135000138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr10	135000159	rs3810964	A	G	11322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=241;PP=2965;SC=AGGCAGCTGGAAAGTGCAGCC;SOR=1.181;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=163;TCR=242;TR=404;WE=135000167;WS=135000138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr10	135012162	rs2998139	T	C	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=91;PP=2965;SC=AAGCTCTCCCTGGAGGCCCAC;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=163;WE=135012170;WS=135012152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	135012429	rs3008390	TT	AC	8650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=67;PP=2947;SC=CCACCTGGAGTTGCTTCCGGG;SOR=1.010;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=170;WE=135012438;WS=135012419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr10	135012652	rs3008388	T	C	10701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.482;SC=CCTGCGTGGATGCCTCGCCAC;SOR=0.513;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=403;TCF=185;TCR=218;TR=398;WE=135012660;WS=135012642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,408:0.99:411
chr10	135015427	rs9418941	C	A	7610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=120;PP=2965;SC=TTGGCACTGCCGGGTGGGGCA;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=141;TCR=120;TR=260;WE=135015435;WS=135015417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr10	135015667	rs9419023	C	T	14430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=268;NR=248;PP=2965;SC=CTCTCATGGTCGCCCGGGCGA;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=517;TCF=269;TCR=248;TR=516;WE=135015675;WS=135015657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr10	135016089	rs3008386	T	C	9804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=150;PP=2965;SC=GAACCTCTCCTACCACCGTCT;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=181;TCR=150;TR=331;WE=135016097;WS=135016079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr10	135016175	rs3008385	T	G	7424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=131;PP=2965;SC=TCCTCCTTGCTCCTCTCCTGC;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=128;TCR=132;TR=259;WE=135016183;WS=135016165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr10	135020315	rs3008375	T	C	7381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=107;PP=2965;SC=TCCGAGACCCTGGCTGCAGGC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=144;TCR=108;TR=250;WE=135020323;WS=135020305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr10	135032376	rs3008370	A	G	8673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=126;PP=2965;SC=TGATTGCAAAATCTTGCTATG;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=175;TCR=126;TR=301;WE=135032384;WS=135032366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr10	135038088	rs11597218	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=223;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CCTAAGAACGCGGGGGGACTC;SOR=0.866;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=20;WE=135038096;WS=135038078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr10	135043802	rs7092433	C	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=219;SC=GATGCTGCTCCGGCCCCGCAG;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=135043810;WS=135043792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	135044009	rs11599284	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=715;ReadPosRankSum=-1.440;SC=GCTGCTGCTGGGGACGCTGCT;SOR=0.951;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=41;WE=135044017;WS=135043999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
chr10	135051562	rs2998143	A	G	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=858;ReadPosRankSum=0.622;SC=TCCCTGGCCCAGGCCAGACAT;SOR=0.731;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=64;WE=135051570;WS=135051552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,70:0.82:85
chr10	135053413	rs9418951	T	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=292;ReadPosRankSum=0.196;SC=CTCACCCCTGTTCTGATCTTG;SOR=0.442;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=23;WE=135053421;WS=135053403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr10	135053604	rs9418952	G	A	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=789;ReadPosRankSum=0.272;SC=ACCCCTGTCCGGGCCCCAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=49;WE=135053612;WS=135053594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,55:0.82:67
chr10	135053710	rs74164127	C	A	5164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=0.179;SC=CAGCCTCTGGCGTCCCACCCC;SOR=0.570;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=117;WE=135053729;WS=135053700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,130:0.79:164
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chr10	135053773	rs9418953	G	A	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=1807;ReadPosRankSum=0.722;SC=GGGCCCCGGGGCCTGTGTGCT;SOR=0.824;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=122;WE=135053781;WS=135053763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,128:0.80:160
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chr10	135076523	rs2995300	C	A	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=15;PP=1683;SC=TAGATGCATTCCTGAGGTTAG;SOR=2.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=80;WE=135076531;WS=135076513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	135076596	rs2230576	T	C	5890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=95;PP=2965;SC=GACCGTGGAATGCTGGAACGC;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=124;TCR=95;TR=219;WE=135076604;WS=135076586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	135076758	rs3008318	T	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=51;PP=1584;SC=GAAAAGATAATTGATGTTGAA;SOR=1.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=71;WE=135076766;WS=135076748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	135076903	rs3121298	A	G	230.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=0.674;SC=GGCAGTCACAATATATACAGC;SOR=0.307;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8;WE=135076911;WS=135076893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr10	135077121	rs3216041	C	CGTCAGCCCCGTGGGGAGGCCGTGCCACT	792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=0;PP=1156;SC=GCAGTGCCACCGTCAGCCCCG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=2;WE=135077129;WS=135077111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	135077311	rs2995301	C	G	8510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=154;NR=151;PP=2965;SC=CCCCCAGGCACTCCCGGCTCT;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=154;TCR=151;TR=305;WE=135077326;WS=135077301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr10	135081684	rs2995309	T	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	135081754	rs11101672	G	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=469;SC=ATGAGAGACAGACAGGCCCAG;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=135081762;WS=135081735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	135082346	rs2275720	A	G	11706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=213;NR=203;PP=2965;SC=ACCACCACGAAGACGGGGAGG;SOR=0.707;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=417;TCF=214;TCR=203;TR=416;WE=135082354;WS=135082336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr10	135082810	rs2995310	C	T	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=24;PP=1655;SC=TCTGCCTATACCTGTGTGTCG;SOR=1.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=86;WE=135082818;WS=135082800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	135082874	rs2995311	G	A	5607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=85;PP=2965;SC=CCGGGCCCGCGGCTTCTGCCT;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=110;TCR=85;TR=195;WE=135082882;WS=135082864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr10	135083164	rs2275719	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=19;PP=534;SC=CCACATGCGCCGACGGCGAGG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=135083172;WS=135083154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	135083812	rs885023	C	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=13;PP=1011;SC=CCACGTGGGGCACATGCCCGG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=135083820;WS=135083802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	135084232	rs5789159	C	CAGA	4956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=25;PP=2965;SC=AGGGCGGTCTCAGCTCACCTG;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=57;WE=135084240;WS=135084222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	135084322	rs3008321	A	G	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=64;PP=2965;SC=GTGGGACCAGAAGCGGGTTAG;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=105;TCR=64;TR=169;WE=135084330;WS=135084312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	135084601	rs2995314	T	C	9895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.03;NF=155;NR=208;PP=2965;SC=CAGCTCACCATGGGGACAGGT;SOR=1.099;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=365;TCF=155;TCR=210;TR=363;WE=135084609;WS=135084591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr10	135085321	rs1131720	C	T	6789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.606;SC=CAATGCTGCCCGCCATGATGC;SOR=0.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=127;TCR=107;TR=231;WE=135085329;WS=135085311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr10	135085426	rs1131719	A	G	10998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=225;NR=163;PP=2965;SC=GGGCCATGGTACAGGCCACGC;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=388;TCF=225;TCR=163;TR=388;WE=135085434;WS=135085416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr10	135085754	rs1131718	G	A	13463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=197;NR=288;PP=2965;SC=CAAACCCCACGGTAGTCCCGG;SOR=1.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=485;TCF=197;TCR=288;TR=485;WE=135085762;WS=135085744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr10	135086380	rs3008324	C	T	5966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=136;NR=68;PP=2965;SC=ACTGGGGACACGAGACCCTCA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=136;TCR=68;TR=204;WE=135086388;WS=135086370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	135087521	rs3008326	G	A	11860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=216;NR=215;PP=2965;SC=TGTAGCCGGAGCCCAGCAGGT;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=431;TCF=216;TCR=215;TR=431;WE=135087529;WS=135087511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr10	135088595	rs112711355	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.225;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=706;ReadPosRankSum=-1.338;SC=CGGGGAGGGGGGCATTCTCAG;SOR=1.995;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=41;WE=135088603;WS=135088585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr10	135089035	rs2275725	A	G	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=125;PP=2965;SC=GGCAGACGCCACGGCAACACG;SOR=1.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=88;TCR=125;TR=213;WE=135089043;WS=135089025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr10	135090183	rs2995317	A	G	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=19;PP=1581;SC=GCGGGGTGCGAGCAGGCCAGG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=72;WE=135090191;WS=135090173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	135096784	rs2995325	A	G	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=61;PP=1670;SC=CGGGCCCTGCATGCGCACGTG;SOR=4.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=6;TCR=61;TR=67;WE=135096792;WS=135096774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	135097224	rs56403249	T	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.80;QD=41.22;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	135097227	.	CGCA	C	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.72;QD=46.05;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	135097232	.	T	TCG	730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.80;QD=42.98;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	135097434	rs2995326	A	G	6688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCATCACTTCAAACATCATGT;SOR=0.245;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=122;TCR=120;TR=241;WE=135097442;WS=135097424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,261:1.00:262
chr10	135098547	.	C	G	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=7;PP=1174;ReadPosRankSum=0.829;SC=GTGCAGCGAGCGCTGCTTCAG;SOR=1.091;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=51;WE=135098555;WS=135098537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,51:0.86:59
chr10	135098672	rs3008334	G	A	12109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=241;NR=196;PP=2965;SC=CGTGCTTGCAGTAGAACATGT;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=437;TCF=241;TCR=196;TR=437;WE=135098680;WS=135098662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr10	135098830	rs3008335	T	C	11959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=190;PP=2965;SC=CGTGAATCTCTCGGACACTGA;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=405;TCF=215;TCR=190;TR=405;WE=135098838;WS=135098820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr10	135098845	rs2995327	C	T	11976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=0.654;SC=CACTGAAGGCCGGGGAGAGCC;SOR=0.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=416;TCF=220;TCR=196;TR=415;WE=135098853;WS=135098835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,428:1.00:429
chr10	135103311	rs141370078	C	CGCCCGCTGCGCCGCGGACGCCAAGTCCCT,CCCAAGTCCCT	2786.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=1;PP=499;SC=CCCAAGTCCCCGCCCGCTGCG;SOR=5.728;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=8;WE=135103319;WS=135103301;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:35
chr10	135105962	.	CCCCGTGTCCCTCCGTGT	C	2975	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=24;MQ=55.31;NF=38;NR=28;PP=2975;QD=20;SC=CCCTCCGTGTCCCCGTGTCCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=66;WE=135105999;WS=135105951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,66:0.80:83
chr10	135105991	rs72864793	G	A	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=104;NR=61;PP=2962;SC=CCCGTGTCCCGGGGAGCCCTA;SOR=1.134;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=104;TCR=61;TR=165;WE=135105999;WS=135105951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	135141572	rs2298122	G	T	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=88;PP=2440;SC=GGACCCAAGAGAGCCCTGAAC;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=43;TCR=88;TR=131;WE=135141580;WS=135141562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	135160950	rs4838721	C	T	9900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=165;NR=205;PP=2965;SC=CATCCCTGAGCCCCAATCCCC;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=371;TCF=166;TCR=205;TR=370;WE=135160958;WS=135160940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr10	135165790	rs4369319	A	G	10398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=214;NR=162;PP=2965;SC=ACCCTGGGCCATGTCCTGAGT;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=215;TCR=162;TR=376;WE=135165798;WS=135165780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr10	135170369	rs182479234	C	T	2198.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1345;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CACTCCAAGGCAGGTGGGCCC;SOR=0.856;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=93;WE=135170377;WS=135170359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,97:0.90:108
chr10	135171364	rs1891372	T	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	135178087	rs10745294	A	C	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=41;PP=2965;SC=TTAATGATAAAATTTAAAAGG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=115;TCR=43;TR=155;WE=135178095;WS=135178077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	135179458	rs6537598	G	C	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=57;PP=2965;SC=CCTCTCCAGTGTCTTCCTGGC;SOR=1.781;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=134;TCR=57;TR=191;WE=135179466;WS=135179448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr10	135180430	rs2230261	A	G	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=89;PP=2965;SC=TCCGGTCACCAGTGAGGACCA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=106;TCR=89;TR=195;WE=135180438;WS=135180420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	135184126	rs1049951	G	A	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=61;PP=2965;SC=CTCCTCGAAGGTCTTCAGGGC;SOR=1.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=153;TCR=61;TR=214;WE=135184134;WS=135184116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	135186806	rs10466126	A	G	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=48;PP=1549;SC=CGGGCCGCGGACGCAGGACAG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=90;WE=135186814;WS=135186796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	135192762	rs12250188	C	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.27;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	135194890	rs10745295	A	G	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=17;PP=1721;SC=GTGGGAACTCAGAGCACGTAT;SOR=2.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=72;TCR=17;TR=88;WE=135194898;WS=135194880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	135197419	rs4240520	G	A	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=30;PP=2078;SC=GGACTTCCGTGGAGGGCTTTA;SOR=1.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=78;TCR=30;TR=107;WE=135197427;WS=135197409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	135202594	rs10776679	T	C	6136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=132;PP=2965;SC=CCACACACGCTGGTTCCTGCC;SOR=1.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=95;TCR=132;TR=227;WE=135202602;WS=135202584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr10	135204799	rs6537600	C	T	13199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=222;NR=238;PP=2965;SC=CATTCTAACCCTGGCTCTTCT;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=462;TCF=223;TCR=239;TR=460;WE=135204807;WS=135204775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr10	135204950	rs1046175	C	G	6098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=124;PP=2965;SC=AGCCCAGGCCCAGGCTCTAGC;SOR=1.189;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=85;TCR=125;TR=209;WE=135204958;WS=135204940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr10	135205009	rs1046178	C	G	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=101;PP=2965;SC=GGCTGGGACCCTCATTTCTTC;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=90;TCR=102;TR=191;WE=135205017;WS=135204999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr10	135207936	rs10160083	T	C	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=37;PP=1258;SC=TCCCGGTCGTTCTGGGCTGGC;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=135207944;WS=135207926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	135209105	rs4838742	A	G	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=717;SC=TCCCTCAGATATAGTCTTTTT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=135209113;WS=135209095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	135211892	rs2252852	A	G	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=16;PP=1925;SC=TGACAGAGCCAAGACTCCAGT;SOR=2.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=80;TCR=16;TR=96;WE=135211900;WS=135211882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	135213263	rs2814206	T	C	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=78;PP=2276;SC=CCAGAGCACATCTTGTCTCGT;SOR=2.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=97;WE=135213271;WS=135213253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	135232934	rs2243619	C	T	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=16;PP=1722;SC=TGGCTGGCCGCGCGGTGTCAG;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=69;TCR=16;TR=85;WE=135232942;WS=135232924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	135233541	rs2255246	A	G	12771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=250;NR=224;PP=2965;SC=TAACGTGAACATTATTCAGCC;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=475;TCF=251;TCR=224;TR=474;WE=135233549;WS=135233531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr10	135237060	rs2480253	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=14;PP=636;SC=CCCCGCGCGCACCCCCGCGGA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=135237068;WS=135237050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	135237166	rs2492666	G	A	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=26;PP=831;SC=AGCCCAGCACGTTGCGGGTGC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=135237174;WS=135237156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	135237196	rs4838682	C	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=17;PP=576;SC=CTTCGTGGGGCTAAACCTGCG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=135237204;WS=135237186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	135267445	rs2253522	T	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=3;PP=1868;SC=CTGTGACCTCTGCCATTGCCC;SOR=5.580;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=64;TCR=3;TR=67;WE=135267453;WS=135267435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	135267738	rs2253529	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=32;PP=758;SC=TCCACATGGCTGGATCCCTGT;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=135267746;WS=135267728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	135270837	rs144029024	TC	T	2464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.715;NF=23;NR=23;PP=1558;ReadPosRankSum=-0.428;SC=TGCGCGGGACTCCCCGAGATC;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=46;WE=135270845;WS=135270827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,82:0.86:95
chr10	135271789	rs2480245	C	T	8630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=167;NR=129;PP=2965;SC=TGAAGCCTTCCGCAGTCTGAG;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=167;TCR=129;TR=296;WE=135271797;WS=135271779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr10	135273463	rs731947	C	G	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=36;PP=1515;SC=ATGCCTGGGACCTGCGGGACG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=74;WE=135273471;WS=135273453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	135278193	rs2492654	A	G	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=77;PP=2624;SC=CTGGGGCGCCATGTGCAGCAA;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=158;WE=135278201;WS=135278183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	135279283	rs2243812	T	C	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=34;PP=2162;SC=TTTTTGGGAATTCCCTTTTGT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=74;TCR=34;TR=108;WE=135279291;WS=135279273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	135279810	rs2243909	T	G	6745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=97;PP=2965;SC=CGTCCTGGGATCCCTTCTTGG;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=139;TCR=97;TR=236;WE=135279818;WS=135279800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr10	135280765	rs2246634	C	T	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=119;NR=89;PP=2965;SC=GAAATGCCGCCAGCAGGACTG;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=208;WE=135280773;WS=135280755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr10	135340866	rs11445593	T	TC	666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=670;SC=CACAGGATTGTCTCCCGGGCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=135340874;WS=135340856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	135341973	rs72862138	G	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.345;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,20:0.14:143
chr10	135347397	rs915909	T	C	8447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=172;PP=2965;SC=ACCCTGAGATTGAAGGTAGGC;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=129;TCR=173;TR=301;WE=135347405;WS=135347387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr10	135347533	rs943976	A	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=650;SC=TGAGATGGCTAGATGCACTGC;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=135347541;WS=135347523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	135350490	rs147973606	A	AGATGGGTGGAT	1292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=2980;ReadPosRankSum=1.827;SC=GTGATTGAATAGATGGGTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=17;WE=135350498;WS=135350480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr10	135351137	rs2070676	G	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=426;ReadPosRankSum=-2.049;SC=TCCTTCAACTGGAAATATACT;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=19;WE=135351145;WS=135351127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr10	135351174	rs2070677	T	A	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=7;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.815;SC=TATTCAAAACTACATTCTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=54;WE=135351182;WS=135351164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,56:0.78:72
chr10	135351362	rs2515641	T	C	7121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.083;SC=ATGGAAAGTTTAAGTACAGTG;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=154;TCR=180;TR=281;WE=135351370;WS=135351352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,291:0.84:347
chr10	135352153	rs2249694	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=363;ReadPosRankSum=0.462;SC=TAGGCAGAGAAGGGTGAGTCC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=15;WE=135352161;WS=135352149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr10	135352168	rs2249695	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5770;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=567;ReadPosRankSum=0.694;SC=GAGTCCTGCCTTGTGATGGCC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=24;WE=135352176;WS=135352158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr10	135352490	rs7081484	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,26:0.16:159
chr10	135352509	rs2480257	T	A	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.05;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,76:0.84:91
chr10	135352514	rs2480256	A	G	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.54;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,70:0.82:85
chr10	135368059	rs77020414	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,28:0.19:146
chr10	135369054	rs3020514	A	G	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=43;PP=2631;SC=ATACAACATCAGTCATCTTCC;SOR=1.435;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=92;TCR=43;TR=135;WE=135369062;WS=135369044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	135370060	rs2987791	G	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=159;SC=ACTTGACCTTGGTCTCATCAG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=135370068;WS=135370051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr10	135371466	rs2987792	T	C	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=496;ReadPosRankSum=0.313;SC=TGTCAAGGTATTGGGTTTTGG;SOR=1.162;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=29;WE=135371474;WS=135371456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
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chr10	135381766	rs3020503	C	T	7220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.677;NF=126;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.919;SC=CCGCGTTCCCCGGGTCCCGCG;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=359;TCF=158;TCR=201;TR=291;WE=135381774;WS=135381756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,306:0.81:377
chr10	135381927	rs2987800	T	G	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=39;PP=1060;ReadPosRankSum=0.069;SC=AGAGGAAGGCTGCCTCCTGTA;SOR=0.851;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=65;WE=135381935;WS=135381917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,68:0.80:85
chr10	135438888	rs150376644	C	T	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.10;MQRankSum=-14.110;QD=2.90;ReadPosRankSum=-4.694;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:608,165:0.21:773
chr10	135438929	rs201901202	T	G	3712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1050;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQRankSum=-22.182;QD=3.55;ReadPosRankSum=2.996;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:785,261:0.25:1046
chr10	135438951	rs200483318	G	A	10288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1081;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQRankSum=-24.285;QD=9.54;ReadPosRankSum=2.262;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:774,304:0.28:1078
chr10	135438955	rs201563622	C	T	10256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1068;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQRankSum=-24.553;QD=9.63;ReadPosRankSum=2.477;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:764,301:0.28:1065
chr10	135438967	rs145018822	C	T	8757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1000;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQRankSum=-25.151;QD=8.78;ReadPosRankSum=4.108;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:723,274:0.27:997
chr10	135438977	rs79631365	G	A	8411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=935;ExcessHet=3.0103;FS=2.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQRankSum=-26.955;QD=9.03;ReadPosRankSum=4.389;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:682,250:0.27:932
chr10	135439220	rs138977113	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.62;MQRankSum=-1.104;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr11	192997	rs2280540	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=381;ReadPosRankSum=1.134;SC=GCTGGCTGCCGGGTCCTAATG;SOR=0.269;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=30;WE=193005;WS=192987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr11	193096	rs2280539	T	C	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=59;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CTGAGACTGCTGGCATGAAGG;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=266;TCF=152;TCR=114;TR=140;WE=193104;WS=193086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,146:0.53:273
chr11	193194	rs2686896	T	C	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=-2.033;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,110:0.98:112
chr11	193698	rs2294083	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=387;ReadPosRankSum=1.003;SC=GGCATCATCTCGCTCGTGATG;SOR=1.154;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=26;WE=193706;WS=193688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr11	193722	rs2294082	A	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=594;ReadPosRankSum=-2.249;SC=GGATGGCCACAGGGGAGGACA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=44;WE=193730;WS=193712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr11	193863	rs2294081	T	C	9456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.44;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	193863	.	TAT	CAG,CAT	2300	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=55,99;NR=78,129;PP=2300,1145;QD=17.6952471794;SC=TCAAGTCCTGTATAGATGGCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=99;TCR=134;TR=133,228;WE=193873;WS=193853;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:233
chr11	193865	rs2686894	T	G	3593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,152:0.62:244
chr11	193925	rs2294080	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=661;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TGAGGGCGGCGGGCACCCCAT;SOR=1.280;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=41;WE=193933;WS=193915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,42:0.36:117
chr11	194441	rs61997072	C	T	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=60;PP=1558;ReadPosRankSum=-0.344;SC=GCAGTCAGGACGGTGCCTAAG;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=292;TCF=153;TCR=139;TR=122;WE=194449;WS=194431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,128:0.42:308
chr11	194640	rs2979429	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.282;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.366;NF=3;NR=16;PP=340;ReadPosRankSum=-0.110;SC=AACACACTCGGGGCCACAGCC;SOR=3.287;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=19;WE=194648;WS=194630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr11	197337	rs3802984	G	A	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=37;PP=2058;SC=GTACCTGGAGGCCCCATCGCC;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=117;WE=197345;WS=197327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	197557	rs7103852	A	G	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=28;PP=1961;SC=CATTGCGTCCACAGGCTTCAT;SOR=1.790;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCR=28;TR=93;WE=197565;WS=197547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	199256	rs3741411	G	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=24;PP=1302;SC=CTTGATGCACGGGCACCAACT;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=199264;WS=199246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	205757	rs3837432	AACTCTG	A	2772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=35;PP=2838;SC=CCCTGCCAACAACTCTGCCAG;SOR=1.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=205770;WS=205747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	208980	.	T	G	176	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=16;MQ=59.97;NF=0;NR=20;PP=176;QD=10.5385606274;SC=ACGGAGGGGGTGGGGCAGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=20;WE=208988;WS=208970;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:49,20:0.29:69
chr11	209002	rs2177173	A	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=27;PP=939;SC=GTGCGCGGGTAGCAGGGAGGG;SOR=1.259;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=45;WE=209010;WS=208992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	219089	rs511744	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=16;PP=433;SC=CTTTACAAGCTCCTCAGGATG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=219097;WS=219079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	223733	rs11246009	T	A	6330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=105;PP=2965;SC=TCCCTCAGCCTGGAACCCCAG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=113;TCR=105;TR=218;WE=223741;WS=223723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	223976	rs11246014	A	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=205;SC=TGCCCTCCAGACTCCTCCCTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=223984;WS=223974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	235894	rs9795476	T	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=390;SC=CCCCCATAAGTGACGTCCACA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=235902;WS=235884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	236091	rs28365927	G	A	4643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=76;PP=2965;SC=GGCTGCCTCCGGAATGCCCTG;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=162;WE=236099;WS=236081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	236343	rs7118852	A	G	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=322;SC=CGCGCAGTCCAAGGAGTCCTC;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=236351;WS=236333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	236370	.	C	CCGGCGCCCCGCCCG	307.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=38.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	236871	rs2272563	T	C	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=384;SC=GAGAGTTTTGTCCGGAGCGCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=236879;WS=236867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	237087	rs1045288	A	G	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=75;PP=2532;SC=CAGAGCCAGAACTCCGGGCCC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=154;WE=237095;WS=237077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	243987	rs6598060	G	A	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=5;PP=764;SC=TGGGGTCTTCGTTTTGCAGAA;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=243995;WS=243977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	244106	rs10902112	A	G	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.94;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	244108	rs7107362	A	G	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.00;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	244115	rs7128044	G	A	4885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	244129	rs7116130	C	T	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=42;PP=1652;SC=TGATGCTCGGCGGTGCTCAAA;SOR=0.924;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=82;WE=244149;WS=244096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	244141	rs7128029	G	A	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=45;PP=1561;SC=GTGCTCAAAGGCTGGTGGCTT;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=84;WE=244149;WS=244096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	244167	rs1128320	C	T	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.27;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	244171	rs1128321	T	C	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.40;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	244197	rs1128322	T	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=38;PP=1023;SC=TCATTCTTCATGTAGTTAGAC;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=244205;WS=244187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	244414	rs2272565	C	T	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=54;PP=2731;SC=CTGATTGTTCCTTCTTTTCCA;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=131;WE=244422;WS=244404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	244490	rs3830667	ATACCTTTTAG	A	6586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=60;PP=2981;SC=CATGTGGGCAATACCTTTTAG;SOR=0.775;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=105;TCF=25;TCR=80;TR=82;WE=244507;WS=244480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	244552	rs2272566	A	G	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=162;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;PP=2158;SC=CTCACTGTCCAGACCTTTAGA;SOR=0.874;Source=Platypus;TCF=76;WE=244560;WS=244542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	280221	rs6421985	A	C	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=89;PP=2965;SC=GGAGGAGGCGATGGGGCCCGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=66;TCR=89;TR=155;WE=280229;WS=280211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	280673	rs12807092	C	T	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=15;PP=916;SC=GGCTGCTGAGCAAGGCGCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=280681;WS=280663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	280816	rs7482965	AT	TC	13538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=106;PP=2947;SC=TTCTACAAGTATTTCCGGGAT;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=178;TCR=109;TR=279;WE=280825;WS=280806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr11	284716	rs760059	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=222;SC=CCTGGGGGCTCCCCCTGGACC;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=284724;WS=284706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	290816	rs10902120	A	G	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=55;PP=1861;SC=TCCTGACAGCAGTGGGCGGCA;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=105;WE=290824;WS=290806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	292798	rs11602423	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=9;PP=715;SC=AGGTGTCTCAATGCCAGGCCT;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=292806;WS=292788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	293001	rs35259273	A	AG	4005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=44;PP=2973;SC=CTGAGGGGTGAGGCCATGGTG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=74;WE=293009;WS=292991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	294512	rs149098966	A	ACCCCAGGCTGTCCCTCACCCCCAGACTGCCCTCTCAC	3969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.56;QD=54.38;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	294523	.	C	T	1583	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.2;NF=20;NR=37;PP=1583;QD=28.3819510973;SC=CCCCAGGCTGCCCCTCACCCC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=57;WE=294548;WS=294513;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr11	294537	.	G	A	1583	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=19;MQ=60.21;NF=12;NR=21;PP=1583;QD=49.0233700772;SC=TCACCCCCAGGCTGCCTCTCT;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=33;WE=294548;WS=294513;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:81,33:0.29:114
chr11	299411	rs57285449	C	G	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=65;PP=2127;SC=GTGCGGGGCCCCCAGTGTGAG;SOR=1.104;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=115;WE=299419;WS=299401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	308065	rs9704108	T	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=544;SC=GTTCTGCCCTTATCTGGCCCT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=308073;WS=308055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	308178	rs1058873	T	C	9795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.56;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	308178	.	TCA	CCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=118;NR=69;PP=2947;QD=20;SC=GGTAACCCGATCACCGCTGGT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=123;TCR=73;TR=187;WE=308188;WS=308168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,187:0.95:196
chr11	308180	rs10398	A	G	9795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=1.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	308290	rs1058900	T	C	8969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=97;NR=126;PP=2965;SC=ATGCTGGGGGTGCCCCACAAC;SOR=1.097;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=97;TCR=126;TR=223;WE=308298;WS=308280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	308314	rs14408	T	C	7388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;SC=GCTCCCCCGATGTCCACCGTG;SOR=1.555;Source=Platypus;TCF=60;WE=308322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	308363	rs1058935	G	C	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=63;PP=1787;SC=CTGACCATGTGGTCTGGTCCC;SOR=1.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=94;WE=308371;WS=308353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	308426	rs1058964	G	C	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=41;PP=1403;SC=TAGCATTCGCGTACTCCGTGA;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=75;WE=308434;WS=308416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	309127	rs1059091	A	G	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=1.849;SC=CATTCTGCTCATCATCATCCC;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=118;TCR=63;TR=178;WE=309135;WS=309117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr11	314207	rs9667990	C	G	12552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=202;NR=244;PP=2965;SC=TGTGCTGGGGCCACCCCCCAG;SOR=0.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=447;TCF=202;TCR=245;TR=446;WE=314215;WS=314197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr11	320166	rs28655829	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.27;QD=29.37;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	320237	rs28688930	C	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	396701	rs11246147	C	T	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=53;PP=2318;SC=AGCGATGGGCCCAGCCCGAGG;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=135;WE=396709;WS=396691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	396915	rs12419281	C	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=57;PP=1866;SC=CAGCCCACAACGGGGGCAGCG;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=103;WE=396923;WS=396905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	397706	rs9795298	T	C	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=38;PP=1104;SC=GGTGACCTCCTTCGTGGGCCC;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=397714;WS=397696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	397732	rs9795299	T	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=653;SC=CCTCCCACTGTCCTCTGCTCA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=397740;WS=397722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	400040	rs1128982	A	G	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	400109	rs8858	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=17;PP=522;SC=CCTCGGAGGCAGAGATCTTCT;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=400117;WS=400099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	403001	.	ACCCGACCCGCTCAC	A	216	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=24;MQ=61.78;NF=2;NR=0;PP=216;QD=122.5;SC=CCCCACTCACACCCGACCCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=403022;WS=402991;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr11	403046	.	C	T	353	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=60.63;NF=13;NR=0;PP=353;QD=29.8285548113;SC=CCGCTCACCCCGACCCCGCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=403054;WS=403036;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	403939	rs7479832	A	G	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=40;PP=2048;SC=CCGGCCTCCCACAGCCACGAA;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=97;WE=403947;WS=403929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	403980	rs11748	G	A	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=55;PP=2965;SC=AGAAGCTGCCGGGCAGCGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=94;TCR=55;TR=148;WE=403988;WS=403970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	404317	rs1134578	C	T	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=100;PP=2965;SC=ACCGTGACTTCCGGGCGGTAC;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=96;TCR=100;TR=196;WE=404325;WS=404307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	406043	rs7947	G	A	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=75;PP=2678;SC=GCTCTCCAAAGACAGGCCCCC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=155;WE=406051;WS=406033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	406473	rs3087588	A	C	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.53;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	406483	rs3210908	T	C	6905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	407364	.	C	CATGGG	290	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=61.78;NF=5;NR=0;PP=290;QD=66.6;SC=TGGGACGGAGCATGGGGCGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=407372;WS=407354;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	407708	rs6421977	A	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=929;SC=CGCACAGAGCACCCGGGGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=407716;WS=407698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	409385	rs6421976	C	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=472;SC=TGGATGGGCACAGCTGGGAGC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=409393;WS=409375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	409720	rs6598024	T	G	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=37;PP=1920;SC=AAGGGCCCAGTGGGAGGGGTG;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=105;WE=409732;WS=409710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	428385	rs10794323	A	G	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=23;PP=1697;SC=AGGGCCACGCACCTGTTGATC;SOR=1.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=89;WE=428393;WS=428375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	429659	rs7111432	C	T	9583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.503;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=0.847;SC=GTGGCTGCGGCGGGGGCAAGG;SOR=0.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=159;TCR=193;TR=347;WE=429667;WS=429649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,353:1.00:354
chr11	430456	rs11603743	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	431577	.	T	A	65	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=56;MMLQ=21;MQ=44.16;NF=4;NR=0;PP=65;QD=24.9428031368;SC=GTGTGGGGGCTCCCGCGGGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=431585;WS=431573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr11	431622	.	C	T	329	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=17;MQ=57.99;NF=17;NR=5;PP=329;QD=16.5350551158;SC=GGGGCGTCCGCGGGTATCTGG;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=431630;WS=431612;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr11	431834	rs55914928	A	G	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=0.581;SC=TCTCCAGGCCAGCCCACCCCT;SOR=0.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=106;TCR=73;TR=177;WE=431842;WS=431824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,189:0.99:191
chr11	433387	rs7395065	A	G	7987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=154;NR=134;PP=2965;SC=TCCAGGAGGAAAGTGCGGTAC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=288;TCF=154;TCR=134;TR=288;WE=433395;WS=433377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	433568	rs7396813	G	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=20;PP=518;SC=CCTCTATTCCGCCTCAGAACC;SOR=3.816;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=433576;WS=433558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	433995	rs7396776	G	A	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=32;PP=1395;SC=GGGCCAGGTGGGGCCCGGGAG;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=62;WE=434003;WS=433985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	441806	rs10794325	C	A	243.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=149;SC=GGGACCCCCCCCACACACACA;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=441814;WS=441796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	549959	rs7942030	C	T	4368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=53;PP=2726;SC=GCTGTGGCCTCGCTGACCTGG;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=148;WE=549967;WS=549949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	550028	rs11246180	C	G	6522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=133;NR=99;PP=2965;SC=GCTGGGGAGGCCTGGGCTGGG;SOR=0.939;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=134;TCR=99;TR=232;WE=550036;WS=550018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	551405	rs7396875	G	A	6247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=125;PP=2965;SC=CATCTCATGCGCTTCTCCAGC;SOR=0.988;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=231;TCF=106;TCR=125;TR=227;WE=551413;WS=551395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	551753	rs4963198	G	A	7226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=115;PP=2965;SC=CTGCTGGTCCGTGGGGGCCCC;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=134;TCR=115;TR=248;WE=551767;WS=551743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	552547	rs3740652	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=290;SC=GGCTGGAGCTTCTCCTCCTCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=552555;WS=552537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	552756	rs12361381	T	C	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=39;PP=1473;SC=AACACCCCACTTCTATAGGGG;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=552764;WS=552746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	552787	rs12361383	TG	CC	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=27;PP=1973;SC=CCAGATCAGATGTGTCAACCT;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=51;WE=552796;WS=552777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	552875	rs28575794	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=385;SC=GCTCACGACCAAGGGAGGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=552883;WS=552865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	553866	rs12792519	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=5;PP=540;SC=CCACTGCCTCGGGGCTGCAGG;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=553874;WS=553856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	554166	rs10902170	C	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=31;PP=1543;SC=GGTGGCCTCACGCCTGAGCCC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=554174;WS=554156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	554214	rs10902171	G	C	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=68;NR=47;PP=2009;SC=GCCAGCACCAGATGCAGCAGC;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=115;WE=554222;WS=554204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	554299	rs10902172	C	G	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=60;PP=1842;SC=TGCCAGGCTTCCCTGTGCTGG;SOR=1.089;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=110;WE=554307;WS=554289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	555182	rs9704177	G	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.04;QD=27.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	555223	rs55731724	AC	A	909.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=632;SC=GGACGAGGAGACAGAGGGGAG;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=555231;WS=555213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	556121	rs936467	G	A	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=12;PP=392;SC=CAGACCTGGAGGGGCGTGGAG;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=556129;WS=556111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	556457	rs28407128	T	C	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=42;PP=1979;SC=CCAGCTCCAGTCCGGCGCCGG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=94;WE=556465;WS=556447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	556521	rs28406183	C	G	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=56;PP=2490;SC=TCCAGTGGTCCGGGTCTGTGC;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=137;WE=556529;WS=556511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	556857	rs7938269	G	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=28;PP=1090;SC=TGCTGTAGCTGCCGGCCTGCA;SOR=1.000;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=556865;WS=556847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	557342	rs936466	T	C	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=26;PP=1474;SC=GCGTCTTCACTTGCCAAGGTG;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=557350;WS=557332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	557989	rs7129811	C	T	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=24;PP=1410;SC=CCTCCATCTCCTGGAGCGTGC;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=557997;WS=557979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	558884	rs2061586	C	T	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=48;PP=2262;SC=ACCACCGGTGCGGGGTGGGGC;SOR=1.010;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=123;WE=558892;WS=558874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	559016	rs3943356	C	T	5825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=96;NR=109;PP=2965;SC=TCGGTTTCTTCAACCTCCTGG;SOR=0.939;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=96;TCR=110;TR=205;WE=559024;WS=559006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	560801	rs71462097	C	CG	165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=208;SC=CCTGTAGTCTCGGGGGGGGCG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=560809;WS=560791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	568211	rs7395206	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=215;SC=GCGGGCGGAGGGATTGACCCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=568219;WS=568201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	606656	rs936470	G	C	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=39;PP=1265;SC=CAGGCTGTTCGCAAGCACTCA;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=606664;WS=606646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	610277	rs11246212	T	C	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=71;PP=2004;SC=GTCAGGCAGGTGTTCTCCGAG;SOR=1.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=610285;WS=610267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	614864	rs1061501	C	T	12263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=223;NR=201;PP=2965;SC=CCGAGTTATCCCGCAGCATCA;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=424;TCF=223;TCR=201;TR=424;WE=614872;WS=614854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr11	616970	rs1610161	A	T	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=37;PP=1149;SC=GAGGTCTGAGATGAGCCGGGT;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=616978;WS=616960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	617537	rs2740380	C	T	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	617967	rs2740379	C	G	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=11;PP=1683;SC=AGCTTTGCCACAGCAGCACTT;SOR=3.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=66;WE=617975;WS=617957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	618172	rs6598008	A	G	5007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=109;PP=2965;SC=GGCATTTCCCATGCCAACCTG;SOR=1.253;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=70;TCR=109;TR=179;WE=618180;WS=618162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	618998	rs2740375	G	A	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.579;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=1866;ReadPosRankSum=-0.645;SC=GCACCCGGGGGCCCCCCGGGT;SOR=0.663;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=105;WE=619006;WS=618988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr11	619789	rs2246614	T	G	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=71;PP=2231;SC=CACGATACAGTCTCTGGGGGA;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=128;WE=619797;WS=619779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	636496	rs936461	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=7;PP=524;SC=AGCCGAACCTACTGTCCGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=636504;WS=636486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	636690	rs936462	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.46;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	636784	rs1800955	T	C	105.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	639374	rs28540443	C	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=6;PP=924;ReadPosRankSum=-0.947;SC=AGAGTGGGGGCGGGTCACAAG;SOR=1.117;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=54;WE=639382;WS=639363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
chr11	640119	.	C	T	281	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=15;MQ=59.31;NF=10;NR=6;PP=281;QD=19.7357007842;SC=AGGACCCCTGCGGCCCCGACT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=640127;WS=640109;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	678561	rs10902190	C	T	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=4;PP=1373;SC=CACACTTTACCAGCCACTGAT;SOR=4.615;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=51;WE=678569;WS=678551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	680866	rs7483337	A	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=382;SC=TGTGCTTTAGAAGTGAGAATC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=680874;WS=680856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	704753	rs7941896	G	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=40;PP=1129;SC=GGCCCGAGAGGCCAGCCTGGA;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=704761;WS=704743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	709680	rs11605783	T	C	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=50;PP=1476;SC=GGGGGACAGCTGCTCCTGCCC;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=93;WE=709688;WS=709670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	710558	rs7395822	G	A	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.03;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	710567	rs7396652	A	C	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.85;SOR=2.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	720197	rs3087546	C	T	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=115;PP=2965;SC=CGACCAGTCGCTGCGGCTGCT;SOR=1.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=59;TCR=115;TR=174;WE=720205;WS=720187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	721570	rs7635	C	T	13027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=248;NR=212;PP=2965;SC=CCCAGCAAATCCTCAACTGCG;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=460;TCF=248;TCR=212;TR=460;WE=721578;WS=721560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr11	723429	rs4078520	C	T	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=54;PP=1536;SC=CATATGGGTACGCTGCCACCA;SOR=1.313;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=89;WE=723437;WS=723419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	725877	rs66512023	G	GC	276.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=3;PP=192;SC=TGGGGTCGCAGCCCCCAGCTT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=725885;WS=725867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	726178	rs28498399	G	C	10910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=197;NR=202;PP=2965;SC=ACGGTGAGAGGTGCTGCTTCG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=399;TCF=197;TCR=202;TR=399;WE=726186;WS=726168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr11	763299	.	TCCCCGCCCTCACCTG	T	596	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=65.2;NF=11;NR=0;PP=596;QD=57.2727272727;SC=CCCTCACCTGTCCCCGCCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=11;WE=763321;WS=763289;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,11:0.73:15
chr11	771034	rs7930569	A	G	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=46;PP=1875;SC=CGGCCGGGACAGTGGAGCTGG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=102;WE=771042;WS=771024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	772490	rs12224894	G	A	10452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=197;PP=2965;SC=AGCACAGGGCGGCGACACCGT;SOR=0.962;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=362;TCF=165;TCR=197;TR=359;WE=772498;WS=772480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr11	774982	rs7952095	C	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=12;PP=751;SC=CCTCCCAGGCCGCGGCGGCAG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=774990;WS=774972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	775275	rs7942564	A	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=467;SC=TACACCCAAGAACGACTACTT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=775283;WS=775265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	799670	rs28649421	G	C	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=877;SC=CTGGGGCCAGGTGCGGCCAGA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=799678;WS=799660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	799778	rs72844793	C	T	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=12;PP=1134;SC=AGGGCTCAGCCCTGGGGCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=799786;WS=799768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	800485	rs7121646	TC	AT	12074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=112;PP=2947;SC=CAAGGAGGGCTCGGGGAGGAC;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=137;TCR=116;TR=242;WE=800494;WS=800475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	801631	rs55974235	T	TG	2465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.226;NF=8;NR=44;PP=1901;ReadPosRankSum=1.536;SC=GCCGCTGGGATGGGGGAGAGA;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=52;WE=801639;WS=801621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr11	801776	rs7479183	T	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=8;PP=550;SC=GGGGTGGAAGTTGCCAGGGAC;SOR=1.292;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=23;WE=801784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	802115	rs7479101	A	G	8239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	802125	rs28498421	T	C	7967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	802379	rs10902221	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=16;PP=491;SC=TGAGCAGCCTTGAGGGGTCAC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=802387;WS=802369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	802902	rs28360884	T	G	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=7;PP=173;SC=CTGCGGGCAGTTGCTGGCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=802910;WS=802892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	804212	rs7104785	C	A	5822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=93;PP=2965;SC=GCAGCAGCTGCAGAGGCTGCT;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=105;TCR=93;TR=198;WE=804220;WS=804202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	822622	rs7942159	A	G	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=51;PP=1493;SC=CTCTGCTCCGAGGACTGTGGC;SOR=3.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=61;WE=822630;WS=822612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	823729	rs56152088	C	T	6491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=125;NR=120;PP=2965;SC=GCTGGCGTTGCCCCCCGCCCG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=125;TCR=123;TR=245;WE=823737;WS=823719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	824789	rs1138693	T	C	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=56;PP=2930;SC=CAGCACCAGCTGGCCGGGCCT;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=100;TCR=56;TR=156;WE=824797;WS=824779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	824987	rs66460720	CTGCA	C	7687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=100;PP=2974;SC=CACTCACCAGCTGCATGCACT;SOR=1.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=10;TCR=108;TR=109;WE=824998;WS=824977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	825110	rs1138714	A	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=562;SC=TTTACTCCTGAGAACTTTGCA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=825118;WS=825100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	836023	rs28475448	C	T	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=32;PP=1967;SC=GTCAGGGGCCCGGTGCTGTGG;SOR=1.632;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=102;WE=836031;WS=836013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	836227	rs28434354	A	G	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=58;PP=2130;SC=GGCAGATGCGATGACCTTTGT;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=95;WE=836235;WS=836217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	836539	rs56063221	TG	T	1618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.389;NF=10;NR=27;PP=717;ReadPosRankSum=-0.070;SC=TGTGCTCACCTGGGGGGGGGG;SOR=0.417;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=37;WE=836548;WS=836529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,65:0.96:68
chr11	840578	.	A	AC	1880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.305;NF=4;NR=42;PP=695;ReadPosRankSum=1.173;SC=TGCTGGCCTCACCCCCCCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=46;WE=840586;WS=840568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,75:0.95:79
chr11	842653	rs35249369	C	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=904;SC=ACCGGCCCCGCCACCGCTGGC;SOR=4.804;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=33;WE=842661;WS=842643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	849090	rs28402197	C	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=533;SC=GGTGGGTGCGCGCGACTGCCC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=849098;WS=849080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	850170	rs28704105	T	G	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=37;PP=2965;SC=CGCCGGGGGCTCCTTCTTCGG;SOR=2.359;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=126;TCR=38;TR=163;WE=850178;WS=850160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	850207	rs138052940	C	T	8822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.928;SC=GGCCCCAAGGCGGCCCAGGCG;SOR=0.555;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=198;TCR=105;TR=301;WE=850215;WS=850197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,322:1.00:323
chr11	862505	rs56005156	T	C	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=510;SC=AGAGCTTGCATTGGGGCCTCA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=862513;WS=862502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	862652	rs28505621	T	C	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=58;PP=2611;SC=GGCTGCCAACTTGCTCATCAT;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=137;WE=862660;WS=862642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	864626	rs28377158	A	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=39;PP=1137;SC=CCTCACGGGCAGCCAGGACAG;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=864634;WS=864616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	865447	rs28423070	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=636;SC=GGGCCGGCGAGGGGGTCTGGA;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=865455;WS=865437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	865503	rs28581489	G	A	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=18;PP=928;SC=GACCCCCCCCGCACCCCCAGA;SOR=1.211;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=58;WE=865511;WS=865493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	866044	rs28457111	A	G	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=26;PP=976;SC=CCACTTTGTTAGGACCTTCTG;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=866052;WS=866034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	866183	rs28439203	T	C	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=330;SC=GGGCTCCCTCTTAGTGGACAG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=866191;WS=866173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	866498	rs28663055	T	C	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=32;PP=2355;SC=GGACAGGGACTGCTCTGGGCT;SOR=1.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=87;TCR=32;TR=119;WE=866506;WS=866488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	870446	rs6682	G	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	900894	rs28454252	T	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=18;PP=1255;SC=ACCCCCGCAGTTTGAGCCATC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=900902;WS=900884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	900929	rs10794339	C	G	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=37;PP=2069;SC=TGGCCTGCCGCACTTACCTAT;SOR=1.284;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=117;WE=900937;WS=900919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	903070	rs28380110	G	C	7551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=134;PP=2965;SC=GGTCCGTCACGACCAAACCCC;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=121;TCR=134;TR=255;WE=903078;WS=903060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	1009622	rs28464902	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=488;SC=GGGGCGGCCCCGGGGGACACG;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=1009630;WS=1009612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	1016609	rs73403291	C	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=7.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-8.802;QD=1.29;ReadPosRankSum=-3.156;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,24:0.14:166
chr11	1016640	rs111704427	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=7.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-11.125;QD=0.91;ReadPosRankSum=5.631;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,30:0.09:326
chr11	1016655	rs77024070	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-12.393;QD=0.84;ReadPosRankSum=3.408;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,40:0.10:406
chr11	1016665	rs77438942	C	T	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.889;NF=118;NR=59;PP=2412;ReadPosRankSum=-0.043;SC=GGTGGAGGAACGGTGCCTGTT;SOR=0.675;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=521;TCF=313;TCR=208;TR=177;WE=1016673;WS=1016655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,100:0.24:422
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chr11	1016802	rs77342817	T	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1427;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=1.458;QD=0.06;ReadPosRankSum=2.328;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1324,100:0.07:1424
chr11	1016834	rs34740154	G	A	11952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1885;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=3.163;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1314,566:0.30:1880
chr11	1016869	rs35469308	A	T	19686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.461;HP=3;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.388;NF=434;NR=477;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.727;SC=GTGGAAGAGAAGGGACTGCTC;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1808;TCF=874;TCR=934;TR=911;WE=1016877;WS=1016858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:685,590:0.46:1275
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chr11	1016894	rs34281988	G	A	16954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1059;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-1.620;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:589,438:0.43:1027
chr11	1016910	rs113559934	G	A	7344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=889;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQRankSum=-4.900;QD=8.28;ReadPosRankSum=3.213;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:652,235:0.26:887
chr11	1016914	rs74632841	G	T	12177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=855;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.241;HP=2;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.001;NF=162;NR=255;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.363;SC=AAGGGTGTGGGTAGCCTGCTG;SOR=0.998;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=1216;TCF=523;TCR=693;TR=417;WE=1016941;WS=1016900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:518,325:0.39:843
chr11	1016918	rs34375705	C	T	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FS=9.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQRankSum=2.503;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:686,124:0.15:810
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chr11	1016928	.	CTGGCC	GTGGCC,GTGGCT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=71;MMLQ=27;MQ=52.54;NF=375,111;NR=542,234;PP=2962,2944;QD=20;SC=CCTGCTGCTGCTGGCCGAGGT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=1060;TCF=449;TCR=611;TR=917,345;WE=1016941;WS=1016900;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.87:1060
chr11	1016933	rs199579978	C	T	8035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FS=13.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-1.205;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:477,214:0.31:691
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chr11	1017035	.	A	AAT	2587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=897;ExcessHet=3.0103;FS=1.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-20.239;QD=2.90;ReadPosRankSum=-2.870;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:779,112:0.13:891
chr11	1017040	.	GGT	G	2476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DP=931;ExcessHet=3.0103;FS=2.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-19.604;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.573;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:798,126:0.14:924
chr11	1017045	rs77885750	G	T	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=933;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-19.468;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:801,126:0.14:927
chr11	1017069	rs80333708	G	A	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=963;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=2.109;QD=2.22;ReadPosRankSum=2.572;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:761,190:0.20:951
chr11	1017084	rs34649796	G	A	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=939;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=5.498;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.192;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:714,221:0.24:935
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chr11	1017112	rs77753732	G	C	10618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=865;ExcessHet=3.0103;FS=3.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-5.843;QD=12.36;ReadPosRankSum=2.551;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:564,295:0.34:859
chr11	1017113	rs74202058	T	C	16405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=861;ExcessHet=3.0103;FS=2.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-9.281;QD=19.19;ReadPosRankSum=1.339;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,446:0.52:855
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chr11	1017169	rs200932890	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=3.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-8.445;QD=0.95;ReadPosRankSum=-2.507;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:509,50:0.09:559
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chr11	1017183	rs34844844	G	T	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=0.661;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,110:0.22:489
chr11	1017220	rs56238842	T	C	10066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.387;PP=2962;ReadPosRankSum=0.163;SC=GCCATCTGTGTGTGGGTAGGG;SOR=0.631;Source=Platypus;WE=1017248;WS=1017210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,266:0.72:370
chr11	1017231	rs35840539	A	G	9811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQRankSum=-10.151;QD=29.91;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,236:0.72:328
chr11	1017239	rs56386804	C	T	9565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQRankSum=-10.354;QD=29.99;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,230:0.72:319
chr11	1017240	rs62891761	G	A	9509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=2.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQRankSum=-10.141;QD=29.72;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,232:0.73:320
chr11	1017280	rs199539548	G	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=3.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQRankSum=-4.687;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:434,42:0.09:476
chr11	1017294	rs200241162	A	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=3.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQRankSum=-5.556;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:500,47:0.09:547
chr11	1017302	rs35330958	G	C	5403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQRankSum=-12.769;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:446,155:0.26:601
chr11	1017317	rs33943903	G	T	7475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.84;MQRankSum=-10.813;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,209:0.29:716
chr11	1017325	rs55903826	A	C	5147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=6.457;QD=6.69;ReadPosRankSum=2.924;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,285:0.37:770
chr11	1017337	rs76686156	TC	CA	9267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-12.097;NF=143;NR=127;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GTAGTGGTGGTCTGGAAGGAT;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=889;TCF=457;TCR=432;TR=270;WE=1017346;WS=1017292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:558,260:0.32:818
chr11	1017381	rs34912894	G	C	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=806;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-16.575;QD=1.76;ReadPosRankSum=-2.380;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:685,103:0.13:788
chr11	1017384	rs34095361	G	C	4896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-16.830;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:576,201:0.26:777
chr11	1017421	rs35549382	G	T	4665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.589;NF=121;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.261;SC=AAGGGTGTGGGTAGCCTGCTG;SOR=0.835;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=672;TCF=357;TCR=315;TR=224;WE=1017429;WS=1017411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,165:0.30:546
chr11	1017440	rs78729877	C	T	4243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=12.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-12.531;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,126:0.27:470
chr11	1017443	rs80266715	C	G	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=5.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.683;NF=146;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TGGTGGCCGACGTGGTGTGGG;SOR=1.401;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=631;TCF=364;TCR=267;TR=253;WE=1017466;WS=1017442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,109:0.23:465
chr11	1017458	.	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.276;ClippingRankSum=0.000;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=19.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-8.408;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.979;SOR=2.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,45:0.10:470
chr11	1017461	rs77216712	G	T	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=16.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-11.070;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.784;SOR=1.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,66:0.14:485
chr11	1017464	rs112874139	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=22.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-14.860;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.323;SOR=1.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,63:0.14:465
chr11	1017466	rs201054567	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=5.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-17.859;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.161;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,45:0.10:442
chr11	1017470	rs75533660	G	T	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=11.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-18.266;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.070;SOR=1.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,73:0.15:490
chr11	1017483	rs79986665	T	G	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=9.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-20.395;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.496;SOR=1.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:438,63:0.13:501
chr11	1017514	rs79037833	A	G	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.556;HP=3;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-23.327;NF=187;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.204;SC=GTAGAAGTTGAGGTGACTTCA;SOR=1.021;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=943;TCF=503;TCR=440;TR=362;WE=1017522;WS=1017504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:568,95:0.14:663
chr11	1017746	.	T	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=26;MQ=53.57;NF=304;NR=294;PP=2962;QD=20;SC=TGGCTGTGTTTAATGAGCTCA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=713;TR=598;WE=1017754;WS=1017736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:842,598:0.42:1440
chr11	1017773	rs57384288	G	A	5534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-2.934;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,177:0.26:684
chr11	1017783	rs36101709	A	G	5463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FS=1.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-3.365;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:471,167:0.26:638
chr11	1017844	rs200752571	T	C	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FS=4.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-5.133;QD=2.26;ReadPosRankSum=-5.444;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:676,86:0.11:762
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chr11	1017858	rs79583615	A	G	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=-8.609;QD=3.58;ReadPosRankSum=-6.634;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:576,114:0.17:690
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chr11	1018138	rs71454075	T	C	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-6.519;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,59:0.35:171
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chr11	1018186	.	G	T	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-8.694;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,52:0.27:193
chr11	1018192	.	C	T	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-8.360;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,53:0.27:199
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chr11	1018215	.	G	GCA	1737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-9.073;QD=9.00;ReadPosRankSum=-1.899;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,48:0.25:193
chr11	1018218	.	T	G	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.942;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=18.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-8.586;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.841;SOR=2.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,35:0.19:180
chr11	1018220	.	T	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.961;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=16.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-8.669;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.021;SOR=1.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,34:0.19:177
chr11	1018222	.	AAT	A	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=10.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-9.029;QD=5.57;ReadPosRankSum=2.166;SOR=1.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,34:0.20:171
chr11	1018226	.	T	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.127;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=13.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-7.679;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.973;SOR=1.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,25:0.15:162
chr11	1018229	rs77630889	C	G	1427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=5.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-9.089;QD=8.55;ReadPosRankSum=2.254;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,40:0.24:167
chr11	1018232	rs113063572	G	T	1457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-9.154;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.319;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,43:0.25:172
chr11	1018237	rs79892432	GT	AG	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-8.561;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,33:0.20:168
chr11	1018245	rs76423553	TT	GC	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-9.253;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,38:0.24:161
chr11	1018256	.	T	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.863;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=12.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-5.833;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.076;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,28:0.17:169
chr11	1018262	rs78003962	GT	CG	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQRankSum=-5.081;QD=1.26;ReadPosRankSum=-2.077;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,17:0.11:161
chr11	1018266	.	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=16.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-5.628;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=2.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,23:0.15:158
chr11	1018279	rs201852389	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=14.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQRankSum=-6.450;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.868;SOR=2.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,17:0.12:140
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chr11	1018291	.	G	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=5.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQRankSum=-6.261;QD=4.94;ReadPosRankSum=1.009;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,28:0.19:147
chr11	1018292	.	C	T	269.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=17.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.48;MQRankSum=-5.339;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=2.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,17:0.12:146
chr11	1018295	rs73403297	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-5.530;NF=31;NR=25;PP=695;ReadPosRankSum=2.952;SC=TGGTCGGCGTTATTGGTGGGG;SOR=0.619;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=162;TCF=82;TCR=80;TR=56;WE=1018303;WS=1018285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,29:0.19:149
chr11	1018299	rs200809011	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=14.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQRankSum=-5.409;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,17:0.11:152
chr11	1018303	.	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQRankSum=-2.809;QD=0.39;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,13:0.08:154
chr11	1018313	rs75499910	G	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=4.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQRankSum=-7.121;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.130;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,32:0.20:160
chr11	1018340	rs77556339	TG	CA	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.858;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.63;MQRankSum=-7.760;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,30:0.22:137
chr11	1018385	rs7396380	T	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-10.134;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr11	1018390	rs111785507	C	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQRankSum=-8.274;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.901;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,15:0.14:110
chr11	1018399	.	C	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQRankSum=-6.706;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.502;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,13:0.11:114
chr11	1018406	.	A	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQRankSum=-6.169;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,12:0.11:113
chr11	1018456	rs79920422	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQRankSum=-9.884;QD=2.94;ReadPosRankSum=4.385;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,26:0.18:141
chr11	1018483	rs78265558	C	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-11.636;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.506;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,30:0.20:149
chr11	1018496	rs67341709	G	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-12.519;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.471;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,28:0.16:172
chr11	1019375	rs9704308	C	T	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.055;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=82;PP=2466;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TGGCGGTCGACGCCGTGGCCC;SOR=0.989;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=139;WE=1019383;WS=1019365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr11	1020268	rs113111233	G	A	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=8;PP=233;SC=CTGGGTGGGCGGACATGCCAT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=1020276;WS=1020258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	1021268	rs113451874	T	C	8033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=157;PP=2965;SC=CTGGGAGCAGTTGTAGCAGCC;SOR=1.101;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=281;TCF=119;TCR=162;TR=276;WE=1021276;WS=1021258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	1029135	rs59763899	C	T	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=80;PP=2682;ReadPosRankSum=1.658;SC=GCACCGTCCTCGGGAAGCTGG;SOR=0.354;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=147;WE=1029143;WS=1029125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr11	1030363	rs112111283	G	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=316;SC=TCCGGTGAGAGGGTCCCACCC;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=1030371;WS=1030353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	1079534	.	A	G	243	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=58.8;NF=11;NR=1;PP=243;QD=23.1476010456;SC=GACACTCACCACGCCGGGCAC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=1079542;WS=1079524;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	1079809	rs10902081	C	T	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=49;PP=1467;SC=GGCCCCGCCCCGGCACTGCCC;SOR=1.320;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=1079817;WS=1079799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	1093430	rs199573018	C	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQRankSum=5.152;QD=1.37;ReadPosRankSum=5.099;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:432,98:0.18:530
chr11	1093452	rs34136803	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-14.547;NF=58;NR=138;PP=2657;ReadPosRankSum=-8.273;SC=CCCCAACCCCGACACCCACCG;SOR=0.512;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=560;TCF=246;TCR=314;TR=196;WE=1093460;WS=1093442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,82:0.20:403
chr11	1093512	rs34493663	C	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=2.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.520;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,87:0.30:290
chr11	1093710	rs7944723	C	G	13678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=267;NR=230;PP=2965;SC=GCACAGCACCCATTGCTGAGT;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=498;TCF=268;TCR=230;TR=497;WE=1093736;WS=1093700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr11	1093945	rs7934606	T	C	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=73;PP=1797;SC=TAAGCAGAGCTGCTTGGTTCC;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=89;WE=1093953;WS=1093935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	1094629	rs11245950	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=686;SC=AGATGTGCAATGTCTCAGCCC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=1094637;WS=1094619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	1094690	rs10794291	C	T	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=24;PP=2750;SC=GTACCACGACCGGGTCATCTT;SOR=2.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=94;TCR=24;TR=118;WE=1094698;WS=1094680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	1094753	rs10794292	A	C	8453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=179;NR=134;PP=2965;SC=CCTGGACCCCAACGCCGACCC;SOR=0.980;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=317;TCF=179;TCR=138;TR=313;WE=1094777;WS=1094743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr11	1095082	rs6597999	A	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=18;PP=1181;SC=CTGCCTCCGGATAGCCCTGCC;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=1095090;WS=1095072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	1096494	rs6421972	T	C	9819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=195;PP=2965;SC=AGGTGTCCTGTCCCCGCACCC;SOR=1.081;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=139;TCR=196;TR=333;WE=1096502;WS=1096484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr11	1097975	rs10902090	C	T	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=62;PP=1746;SC=GGCCTCTGTGCCCCAGCCCCC;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=83;WE=1097983;WS=1097965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	1098637	rs12418069	A	G	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=72;PP=2965;SC=CTCTCCCTGCACAGCCTGTTT;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=104;TCR=72;TR=176;WE=1098645;WS=1098627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	1100905	rs7396585	G	A	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=14;PP=1261;SC=GTTTCTCCCCGCTGACCACAG;SOR=2.340;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=62;WE=1100913;WS=1100895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	1101649	rs7480563	T	C	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=72;PP=2462;SC=GGTGCTGTCCTTTCTACTGGT;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=145;WE=1101657;WS=1101639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	1158073	rs28691231	T	C	5952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=104;PP=2965;SC=GCTCCCCCTGTGCAGACACCT;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=104;TCR=105;TR=208;WE=1158081;WS=1158063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	1158834	rs28433367	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=441;SC=GCCCCCGTCCCGGGCCCCTGG;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=1158842;WS=1158824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	1159133	rs35917282	G	A	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=32;PP=1123;SC=TGGGGGTTGCGACCCAGGCCG;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=1159141;WS=1159123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	1159150	rs28542750	A	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=22;PP=946;SC=GCCGGCAGGCACCCTCGTCTG;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=1159158;WS=1159140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	1161315	rs28403537	T	C	4814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=91;NR=79;PP=2463;SC=CTGGATGGGGTGCAGACGGTG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=92;TCR=80;TR=170;WE=1161323;WS=1161305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	1213245	rs67624660	T	A	48688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=5.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1888;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.003;NF=637;NR=551;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.681;SC=CAGTCACCAGTGACTGTCATC;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=1830;TCF=950;TCR=880;TR=1188;WE=1213339;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:628,1248:0.67:1876
chr11	1213256	rs370028072	C	T	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1899;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-2.946;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.615;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1532,353:0.19:1885
chr11	1213257	rs76779582	T	C	54451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1890;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.978;QD=28.99;ReadPosRankSum=-2.504;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:608,1270:0.68:1878
chr11	1213259	rs75991767	T	G	54441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1896;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.971;QD=28.91;ReadPosRankSum=-2.668;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:604,1279:0.68:1883
chr11	1213264	rs72846341	G	A	55719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1911;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.938;QD=29.37;ReadPosRankSum=-3.973;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:580,1317:0.69:1897
chr11	1213272	rs78252457	A	C	45647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1970;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.210;QD=23.34;ReadPosRankSum=2.889;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:827,1129:0.58:1956
chr11	1213275	rs71251383	G	A	8987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2002;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.648;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.217;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1644,344:0.17:1988
chr11	1213281	rs75618268	C	T	48322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2039;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.204;QD=23.86;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:851,1174:0.58:2025
chr11	1213284	rs200981907	C	T	8845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2076;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.643;QD=4.29;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1709,352:0.17:2061
chr11	1213287	rs112774721	G	A	11379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-2.855;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1691,415:0.20:2106
chr11	1213293	rs77207494	C	T	30148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;NF=400;NR=383;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.416;SC=ACGTGGACTTCCCATCCCCTG;SOR=0.716;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=2125;TCF=1136;TCR=989;TR=783;WE=1213339;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1353,802:0.37:2155
chr11	1213296	rs78466479	A	G	11594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2196;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1779,401:0.18:2180
chr11	1213302	rs371630624	T	C	12936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=1.950;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1821,433:0.19:2254
chr11	1213311	rs80058880	C	T	15027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2358;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=3.929;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1857,487:0.21:2344
chr11	1213314	rs73395695	C	T	50817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=712;NR=612;PP=2962;ReadPosRankSum=2.484;SC=GACCCCACGGCGGGGACAAGG;SOR=0.702;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=2325;TCF=1211;TCR=1114;TR=1324;WE=1213339;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1014,1352:0.57:2366
chr11	1213317	rs76191775	G	A	15489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2429;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=4.214;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1892,524:0.22:2416
chr11	1213405	rs67262263	G	A	23884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1784;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=346;NR=437;PP=2962;ReadPosRankSum=1.848;SC=GTGCCGAGCCGAGAGCCACCC;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1783;TCF=798;TCR=985;TR=783;WE=1213448;WS=1213392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:991,786:0.44:1777
chr11	1213416	rs78511643	G	A	8451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1609;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1131,471:0.29:1602
chr11	1213424	rs61867531	A	G	49365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1500;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.06;ReadPosRankSum=1.457;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,1185:0.79:1493
chr11	1213428	rs61867532	T	C	30743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1459;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.22;ReadPosRankSum=2.276;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:570,879:0.61:1449
chr11	1213440	rs61867533	T	C	41359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.257;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=445;NR=660;PP=2965;ReadPosRankSum=1.919;SC=AACACCTGGGTCAGGTGGTGC;SOR=0.964;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=1410;TCF=589;TCR=821;TR=1105;WE=1213448;WS=1213392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,1072:0.79:1361
chr11	1213460	rs200307483	G	A	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1200;ExcessHet=3.0103;FS=1.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.494;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1031,158:0.13:1189
chr11	1213461	rs61867534	T	G	12645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=368;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.658;SC=AGTGCAGCCGTGAAGAGGGCC;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=1302;TCF=527;TCR=775;TR=597;WE=1213469;WS=1213450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:485,546:0.53:1031
chr11	1213533	rs73395699	C	T	8279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=390;PP=2962;ReadPosRankSum=-7.600;SC=ACGAGGTGCGCGTGCTCTGCT;SOR=0.897;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=957;TCF=373;TCR=584;TR=560;WE=1213541;WS=1213523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,396:0.50:787
chr11	1215271	rs71025716	GA	G	984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=1;PP=996;SC=CTGTTGGGAGGAAAGCCCCAG;SOR=3.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=1215279;WS=1215261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	1215698	rs28452143	A	G	6332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=108;PP=2965;SC=CCCGTCGACCACGCCCTGCGT;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=126;TCR=108;TR=234;WE=1215706;WS=1215688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	1216316	rs58550179	G	GC	8148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=71;PP=2965;SC=GAGATGTCCGGCTCTGGAACG;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=107;WE=1216324;WS=1216306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	1216333	rs60138698	TA	T	8066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=80;PP=2957;SC=AACGTGAGCATACCCTGACCA;SOR=0.773;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=29;TCR=83;TR=109;WE=1216341;WS=1216323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	1216440	rs28415193	G	C	9670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=121;NR=108;PP=2965;SC=GGTCTACCACGGTCGGGCCCA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=121;TCR=109;TR=229;WE=1216448;WS=1216430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	1216491	rs1132434	G	C	8906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=97;NR=109;PP=2965;SC=CCATCTGCCAGCTGATTCTGA;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=98;TCR=109;TR=206;WE=1216499;WS=1216481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	1217228	rs28592983	T	C	6055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=127;PP=2965;SC=CGGCACTCTGTGCGTCCCACG;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=99;TCR=128;TR=226;WE=1217236;WS=1217218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	1218143	rs28515631	A	C	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=75;PP=2487;ReadPosRankSum=-0.607;SC=AGGTGAGTGGAAGGCATGGCC;SOR=0.459;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=128;WE=1218151;WS=1218133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr11	1220967	rs1132436	C	T	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=23;PP=2724;SC=TTCTGCCCGCCGCCCCCGCCC;SOR=2.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=91;TCR=23;TR=114;WE=1220975;WS=1220957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	1221592	rs28728088	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=414;SC=GCCCAGAGCTTGGCACGGCGC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=1221600;WS=1221582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	1221817	rs1132440	G	C	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=61;PP=2692;SC=TGGGCCGGCGGTGCCCTGCGC;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=131;WE=1221825;WS=1221807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	1248197	rs908224	G	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=12;PP=530;SC=AGGGCTGGGGGGGGGTTGGGT;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=1248205;WS=1248187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	1248491	rs908223	T	G	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=51;PP=2677;SC=GTTGCCAGTGTGGGGATCAGA;SOR=1.114;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=83;TCR=52;TR=133;WE=1248499;WS=1248481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	1250068	rs144854459	T	TG	90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=1;PP=131;SC=TGGGGGCCACTGGGGGTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=4;WE=1250076;WS=1250058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	1250384	rs2471912	A	G	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=18;PP=1020;SC=GCCCAGCCCCACCTCCTTTTG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=1250392;WS=1250374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	1250488	rs2075859	C	T	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=70;PP=2305;SC=CGCAGCTCTGCGAGGACCACT;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=141;WE=1250496;WS=1250478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	1250603	rs2075860	G	C	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=32;PP=968;SC=CTCATCAGGCGTGGAAGCAGA;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=57;WE=1250611;WS=1250593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	1250696	rs10832955	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=187;SC=CCTGCCGATGCGTGGAGGGAG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=12;WE=1250704;WS=1250686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	1252047	rs2672807	T	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=7;PP=756;SC=CAGGTCCAGGTCTGAGCTTCT;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=36;WE=1252055;WS=1252037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	1252708	rs2735709	G	C	8493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=152;NR=172;PP=2965;SC=AGACAGGCCTGGGGCTGCAGC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=152;TCR=173;TR=324;WE=1252716;WS=1252698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr11	1253401	rs12421917	C	G	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=62;PP=2099;SC=GTACTCCTCGCCCCCACCCCC;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=109;WE=1253409;WS=1253391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	1253856	rs1318321	T	C	6659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=149;PP=2962;SC=GACGCCCCGATGCCTCCCACC;SOR=1.286;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=271;TCF=119;TCR=152;TR=245;WE=1253864;WS=1253846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	1253942	rs908229	T	C	6633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=128;PP=2965;SC=TGTCCTCCTATGTGCACGCCT;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=109;TCR=128;TR=237;WE=1253950;WS=1253932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	1253969	rs72846370	A	G	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,67:0.40:169
chr11	1253976	rs76956995	A	G	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=-2.675;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,54:0.38:142
chr11	1253980	rs202127660	A	G	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=6.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-3.538;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,48:0.37:130
chr11	1254038	rs11026355	G	A	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=26;PP=831;SC=TGTCCACACCGCGTGGGGGTG;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=1254046;WS=1254028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	1254599	rs2672806	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=14;PP=293;SC=TTCTGAGACATGAGGGGCCAG;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=1254607;WS=1254589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	1254940	rs2735719	G	A	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=8;PP=606;SC=GAGGCCCAGCGTTCGGCGGGG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=1254948;WS=1254930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	1255089	rs147340559	CCCCTG	C	1282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=21;PP=1240;SC=GTAAGTGCCACCCCTGCCCTG;SOR=2.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=21;WE=1255101;WS=1255079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	1255773	rs7116614	C	T	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=36;PP=1316;SC=GCACACACTGCGTGTCCGGCT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=1255781;WS=1255763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr11	1261640	rs2735733	C	T	5814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=128;PP=2965;SC=GGCCCAGTACCGTCTGGGTGA;SOR=1.388;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=77;TCR=128;TR=205;WE=1261648;WS=1261630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	1267325	rs55813014	T	C	7628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.13;QD=30.03;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	1267562	rs60268710	C	T	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=60;PP=2071;SC=ACTGGCCCCACGGCCACCCCG;SOR=1.192;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=96;WE=1267570;WS=1267552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	1271321	rs2943517	C	G	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=81;PP=2965;SC=ACAACTGCAGCCACTGGCCCC;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=143;WE=1271329;WS=1271311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	1272226	rs2943512	A	C	6387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=136;NR=86;PP=2965;SC=AACACCCATCACCCCAGTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=136;TCR=87;TR=222;WE=1272234;WS=1272216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	1272858	rs4963059	C	T	6896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=109;PP=2965;SC=TGCCAACCTTCAGCGTGTCCA;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=128;TCR=109;TR=236;WE=1272866;WS=1272848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	1279486	rs2249550	A	G	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.488;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=27;PP=1644;ReadPosRankSum=0.038;SC=GGGGTGGGGGAGTGCAGGATG;SOR=1.930;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=94;WE=1279494;WS=1279476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr11	1281134	rs2857476	T	C	8232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=124;PP=2965;SC=TCACCCCCAATGGGGCTCTGC;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=293;TCF=168;TCR=125;TR=292;WE=1281142;WS=1281124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr11	1284227	rs12417955	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	1284494	rs117082557	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=44;PP=1128;SC=CCCTGCCAGCGCTCCAGAGCT;SOR=1.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=1284502;WS=1284484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	1411501	rs112066837	C	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	1432691	rs61868960	T	C	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=53;PP=2759;SC=CCTGCATCTGTCCTTCCTCCC;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=143;WE=1432699;WS=1432681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	1432949	rs112544636	C	T	225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=123;SC=ACGGCAGGGACGGGGGACCTC;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=1432957;WS=1432939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	1457472	rs115584864	G	C	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	1462162	rs61002819	AG	A	2710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=42;PP=1744;SC=CCATATGGTGAGGCCCCACCC;SOR=1.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=43;WE=1462170;WS=1462152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	1462217	rs9651643	C	T	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=14;PP=372;SC=CAGTGCGCTACCACAGATGCC;SOR=1.942;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=23;WE=1462225;WS=1462207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	1464903	rs56896587	CG	C	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=689;SC=CAGAGCGTGGCGGGGGGGCGC;SOR=1.949;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=26;WE=1464911;WS=1464893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	1471154	rs11028332	C	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=35;PP=1025;SC=GGCAGCCTCGCGGACCCTGGG;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=1471162;WS=1471144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	1472050	rs61869028	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=34;PP=948;SC=GAGGCGCCAGAGTGGGGCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=1472058;WS=1472040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	1477797	rs61869032	C	T	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=85;PP=2943;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GGCCCAGGCCCGTCCAGGGCA;SOR=0.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=73;TCR=86;TR=158;WE=1477805;WS=1477787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr11	1481610	rs28555282	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=410;SC=CGTCGAGGCCTCTTCGTTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=1481618;WS=1481600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	1481691	rs112514854	C	T	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.09;QD=23.08;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	1481930	rs4963048	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.05;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	1491096	rs9440	G	A	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=82;PP=2965;SC=GGGGCTGCACGGAGACCAGAG;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=162;WE=1491104;WS=1491086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	1492445	rs4881724	A	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=5;PP=1153;SC=CCGGCACAGGAGCTTGGTCAC;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=48;WE=1492453;WS=1492435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	1501670	rs10742185	G	C	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	1502097	rs10767696	A	G	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=41;PP=1382;SC=TCTTGCCATTAGGCTTGGCTT;SOR=1.068;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=1502105;WS=1502087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	1502401	rs4881735	A	C	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=34;PP=1665;SC=CCCCTCACCAAGTCCTCCAAC;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=103;WE=1502409;WS=1502391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	1507512	rs1881502	T	C	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=229;SC=CCTGGACAGCTTGCGTGTGGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=1507520;WS=1507508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	1507731	rs1881503	A	G	5496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=87;NR=101;PP=2965;SC=TCCACTTTGCAGGGACTGGCC;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=87;TCR=101;TR=188;WE=1507739;WS=1507721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	1509238	rs2334554	T	C	8336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=146;PP=2965;SC=CCCTAAGCCATGCTCTGAGCA;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=147;TCR=146;TR=293;WE=1509246;WS=1509228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr11	1509421	rs2334553	G	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=384;SC=CCAACAGCAGGGACACAGGTG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=1509429;WS=1509411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	1576005	rs59483236	T	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.16;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	1576008	rs61869676	G	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.16;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	1576235	rs6578504	T	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.11;QD=23.52;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	1576283	rs11603496	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=5;PP=316;SC=CTCAGGACTGGGTCCTGCCCT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=1576291;WS=1576273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	1576863	rs12576976	A	G	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=24;SC=CTCTCCTGCAATGGTGCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=1576871;WS=1576853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	1585277	rs3740620	C	T	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=71;PP=2177;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GCCCTGGCCCCGTCCCAGATA;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=142;WE=1585285;WS=1585267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr11	1606120	.	ACCACAGCCACCCTTGGATCCCCCACAAGAG	A	1726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-0.555;NF=0;NR=22;PP=2688;ReadPosRankSum=2.298;SC=CACAGCCGGAACCACAGCCAC;SOR=1.559;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCR=24;TR=22;WE=1606157;WS=1606110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr11	1619172	.	ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG	A	1517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=37.94;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	1619202	.	G	A	261	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=16;MQ=58.37;NF=11;NR=11;PP=261;QD=13.4441460249;SC=CCCCCTTGGAGCCCCCACAGG;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=22;WE=1619210;WS=1619192;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:30,22:0.42:52
chr11	1628844	rs1989592	A	G	4520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=50;PP=2881;SC=CACAGCTGCAATCATTCCTGG;SOR=1.453;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=103;TCR=50;TR=152;WE=1628852;WS=1628834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	1628965	rs57186801	G	A	11106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=140;PP=2965;SC=GCTTGCAGCAGCTGGACTGGC;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=130;TCR=141;TR=270;WE=1628973;WS=1628955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	1628992	rs60210378	G	A	10164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=131;PP=2965;SC=ATGACCCACAGCCTGAGGAGC;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=97;TCR=133;TR=228;WE=1629000;WS=1628982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	1630342	rs10837527	T	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=14;PP=596;SC=AGTTTTCCTCTATTAATTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=1630350;WS=1630332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	1651169	rs71454095	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.85;QD=26.92;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	1651198	.	GAGGCTGTGGGGGCTGTGGCTCCGGCTGTGC	G	1861	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=15;MQ=64.49;NF=7;NR=16;PP=1861;QD=81.9565217391;SC=TCCGGCTGTGGAGGCTGTGGG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=23;WE=1651235;WS=1651188;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr11	1651540	rs61867581	C	G	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.09;QD=46.04;SOR=1.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	1651550	rs61867582	C	T	4594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.27;QD=42.15;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	1651613	.	TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC	T	5197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.7784;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=35;PP=2914;SC=GCTGTAAGCCTTACTGCTGCC;SOR=1.280;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=61;WE=1651650;WS=1651603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	1651830	rs4752770	G	T	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=73;PP=2315;SC=GAAGGGCCCGGCTGCCCAGCT;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=110;WE=1651838;WS=1651820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	1651917	rs4752769	C	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=471;SC=CACCAGTGCTCCCGAAACTGA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=1651925;WS=1651907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	1776024	rs55725229	TC	T	604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=712;SC=CTTGCCCAGCTCCCACTACTC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=1776032;WS=1776014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	1776332	rs2292963	G	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=35;PP=906;SC=GAGTAAGAGGGTGAATGTGGC;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=1776340;WS=1776322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	1853107	rs616594	C	T	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=53;PP=1820;SC=TGGCCGGCCACAGGAAGTGGT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=107;WE=1853115;WS=1853097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	1855854	rs2063551	G	C	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=57;PP=2481;SC=TGTGGTGCGTGCTGGGGTAGA;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=140;WE=1855862;WS=1855844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	1857042	rs907605	G	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=546;SC=GTCATGCAAGGGCTGCCCGGG;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=1857050;WS=1857032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	1857173	rs564271	T	C	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=52;PP=2338;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GCAATGGGGGTGCCTGCAGCT;SOR=0.377;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=138;WE=1857181;WS=1857163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr11	1857747	rs3741232	T	C	8450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.90;ReadPosRankSum=2.444;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr11	1857751	rs3741231	C	G	8393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.72;ReadPosRankSum=2.927;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,190:0.99:192
chr11	1857930	rs3741229	G	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=25;PP=659;SC=GGGGGTCTGAGCCCCAACTCG;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=1857938;WS=1857920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	1858572	rs2292474	C	T	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=55;PP=2392;SC=CATTGCCCAGCGGCACCCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=113;WE=1858580;WS=1858562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	1861760	rs907610	T	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=30;PP=1342;SC=CACCGCAGAGTGTGATGCTGC;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=78;WE=1861768;WS=1861750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	1874266	rs2089909	C	T	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=12;PP=498;SC=AAGTGAAACTCGGCTGGGGGT;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=1874274;WS=1874256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	1874404	rs2089910	C	T	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=25;PP=1018;SC=ACCCGGGTGCCGAGGAGCGGG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=1874412;WS=1874394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	1880811	rs571122	G	A	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=38;PP=1067;SC=TAGCCAATTCGTTCCAGATGA;SOR=1.264;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=1880819;WS=1880801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	1890810	rs501124	G	A	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=8;PP=1091;SC=GGGAGGAGGGGTCTCTCCCAC;SOR=3.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=1890818;WS=1890800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	1891035	rs61278563	G	GA	1317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=1104;SC=GGGCGTGGGGGGGGCTGGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=28;WE=1891043;WS=1891025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	1891319	rs61868778	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=489;SC=ATTGTGAGGACGGAGGCGCTG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=1891327;WS=1891309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	1891587	rs61868779	C	T	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=52;PP=1906;SC=ACCGGGGAGTCTCCTGGGAAA;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=98;WE=1891595;WS=1891577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	1901467	rs2271439	A	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=554;SC=GAGCAGCCCCATAACGCGTGC;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=1901475;WS=1901457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	1902635	rs536462	G	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	1910707	rs613638	T	C	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=30;PP=942;SC=TCTGTGGGGGTGGGCACCTCT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=1910715;WS=1910697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	1956212	rs513735	T	C	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=116;PP=2965;SC=AGAGCAGCCATCTCCCTGCGT;SOR=1.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=58;TCR=116;TR=174;WE=1956220;WS=1956202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	1961701	rs375322681	TCTCA	T	97.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=1961712;WS=1961695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	1961869	rs11041941	T	C	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=53;PP=2219;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CATGGCTGTCTATGTAGATTA;SOR=0.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=121;WE=1961877;WS=1961859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr11	1976988	rs177720	A	G	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=44;PP=1592;SC=TGATTTATCAACTGCCGCACG;SOR=1.046;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=81;WE=1976996;WS=1976978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	1993975	rs190063	C	A	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=40;PP=1532;SC=TCAGGATGGACGTCTTCTACT;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=1993983;WS=1993965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	2016619	rs3741219	A	G	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=41;PP=1842;SC=CGGGCCCTGCACAGGCACTTG;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=90;WE=2016627;WS=2016609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	2016924	rs10840159	A	G	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=18;PP=857;SC=GGGGGTGGCCATGAAGATGGA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=2016932;WS=2016914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	2017017	rs2839702	A	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=27;SC=TGGTTCCTCTAGCTTCACCTA;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=2017025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	2017497	.	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,18:0.18:100
chr11	2018168	rs2067051	C	T	8061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=128;PP=2965;SC=CTCCTGGTGACGTCCTGCTGC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=288;TCF=159;TCR=129;TR=287;WE=2018176;WS=2018158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr11	2018336	rs2075745	A	T	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=2.360;SC=GTCCCCTGCCATGTCCCTGTC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=175;WE=2018344;WS=2018326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr11	2018449	rs2075744	A	G	7973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=143;NR=125;PP=2965;SC=CGGGCCCATAACCCCCCAGCC;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=144;TCR=125;TR=268;WE=2018457;WS=2018439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr11	2018853	rs2839698	G	A	10942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=203;NR=181;PP=2965;SC=ATGCCTGGGCGCCTACTCCAC;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=386;TCF=204;TCR=182;TR=384;WE=2018861;WS=2018843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr11	2156536	rs3213225	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=9;PP=680;SC=GAGGTTGGGCGTCCTCACCGG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=2156544;WS=2156526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	2161858	rs3741212	A	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1455;ReadPosRankSum=1.579;SC=CTTTCCCCACAAATGAGATCT;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=96;WE=2161866;WS=2161848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr11	2167543	rs1003483	T	G	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=124;PP=2965;SC=CCCAGCTCCTTTCTCCAAGGG;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=108;TCR=124;TR=232;WE=2167551;WS=2167533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	2167618	rs1003484	A	G	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=55;PP=1593;SC=CCTTGCGCTCACTCCCCTCGC;SOR=1.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=83;WE=2167626;WS=2167608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	2169014	rs10770125	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	2181060	rs3842753	T	G	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=28;PP=1077;SC=GCGGCGGGTGTGGGGCTGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=2181068;WS=2181050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	2182004	rs5506	A	G	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=42;PP=1855;SC=AGCAATGGGCAGTTGGCTCAC;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=111;WE=2182012;WS=2181994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	2182224	rs689	A	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=382;SC=GTGATCTGGGAGACAGGCAGG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=2182232;WS=2182214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	2186335	rs2070762	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=5;PP=391;SC=GGCTGCTGCAACCAGGGGTCG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=2186343;WS=2186325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	2187071	rs6578990	T	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=45;PP=2072;SC=GTGACCAGGATACCACCCCCA;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=85;WE=2187079;WS=2187061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	2187398	rs4072823	T	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=24;PP=649;SC=GACACTTCCCTGGCGGCAGAG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=2187406;WS=2187388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	2187439	rs4072824	C	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=267;SC=ATCCGCACCTCCACCGGGCCT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=2187447;WS=2187429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	2188566	rs7925924	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=371;SC=TTAGTCTCTCCTGTTGTGCCA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=2188574;WS=2188556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	2189185	rs4074905	G	A	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=33;PP=1128;SC=GGGGATGCACGGGTCAGGAGG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=2189193;WS=2189175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	2320558	rs16928079	C	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=196;SC=CTCGCTGTGACGCAGGTGGGA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=2320566;WS=2320549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	2320884	rs1501466	A	G	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=59;PP=2103;SC=GAACAAGGGCACCATGGGCGG;SOR=1.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=108;WE=2320892;WS=2320874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	2321650	rs2651823	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=374;SC=TTGCAGAGGGAATGTTGGGGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=2321658;WS=2321640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	2322954	rs16928084	A	G	7881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.102;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.911;SC=GGCCCAGTCCACACTTGCTCA;SOR=0.433;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=153;TCR=138;TR=287;WE=2322962;WS=2322944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,299:0.99:302
chr11	2323029	rs756924	T	C	5733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=114;PP=2965;SC=CCACACCAGGTCCTGCCCATG;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=89;TCR=114;TR=203;WE=2323037;WS=2323019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	2323198	rs734095	C	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=543;SC=CTGCCCCTCCCCTTCCTGCCT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=2323206;WS=2323188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	2323528	rs2074021	T	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=261;SC=ACAGGGATTATCCCTCCCCTG;SOR=2.833;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=2323536;WS=2323518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	2324041	rs2074022	A	G	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=31;PP=1497;SC=CAGCAGTCCCATGCCCCACAC;SOR=1.189;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=97;WE=2324049;WS=2324031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	2324852	rs2651824	A	C	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=165;SC=GAGGTCAGGGATACTGCCTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=2324860;WS=2324842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	2329894	.	GC	G	75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=19;MQ=61.78;NF=4;NR=0;PP=75;QD=23.0;SC=ACAGTGACCGGCCCCCCCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=2329902;WS=2329884;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr11	2329995	rs11554947	C	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=25.78;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	2330077	rs2234297	C	G	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=42;PP=1289;SC=AGTGGAGGGTCCCCCAGTAAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=2330085;WS=2330067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	2330400	rs2521273	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=48;NR=24;PP=1181;SC=CTTGGCCTTAGGGGTTGACTA;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=2330408;WS=2330390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	2330479	rs2521274	G	A	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=40;PP=1846;SC=TGGGGCAGACGGTACCAGTGG;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=2330487;WS=2330469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	2330563	rs2521275	C	T	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=54;PP=1991;SC=CCCATCCTTCCGTCCTGGATG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=111;WE=2330571;WS=2330553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	2334740	rs739546	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=244;SC=TCCGCTTTGGGGAGATCCACC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=2334748;WS=2334730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	2337012	rs11022252	G	C	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=218;SC=GAACCAGGAAGCTGGGACTGT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=2337020;WS=2337002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	2337272	rs75574677	G	A	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=69;PP=2534;SC=TGTCCCACTGGGCTTCACCTG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=143;WE=2337280;WS=2337262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	2337693	rs2234308	G	A	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=75;PP=2965;SC=GGTGTGACAGGGCCTGCCTCC;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=99;TCR=75;TR=173;WE=2337701;WS=2337683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	2339041	rs2234315	G	C	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=20;PP=968;SC=TGCTGCGTAAGAAGCAGCATG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=2339049;WS=2339031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	2356603	rs2651795	T	C	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=36;PP=2071;SC=TCCAACTTGTTGAGACTTGGC;SOR=1.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=112;WE=2356611;WS=2356593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	2356701	rs113441481	C	T	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=88;PP=2965;SC=CGTGGACAGTCGTGCCGTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=182;WE=2356709;WS=2356691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	2356769	rs2651794	T	C	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=80;PP=2965;SC=TACACCTGGATTACCTTGCCA;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=121;TCR=80;TR=201;WE=2356777;WS=2356759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	2357108	rs2173888	C	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=35;PP=1005;SC=TGTTGGACATCCTCACCAACA;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=2357116;WS=2357098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	2400338	rs2651796	C	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=47;PP=1758;SC=GGACCTCAGCCGTTGCTTAGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=105;WE=2400346;WS=2400328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	2405766	.	GGGTGGGGCATCTCGGGA	G	524	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.9998;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=58.85;NF=2;NR=0;PP=524;QD=276.0;SC=ACGGCTTGTGGGGTGGGGCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=2405790;WS=2405756;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr11	2407084	rs71029143	G	GT	10292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=109;PP=2957;SC=TACAAGAAACGTGCTAGAACA;SOR=0.939;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=17;TCR=113;TR=126;WE=2407092;WS=2407074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	2418193	rs1063316	C	T	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=45;PP=1272;SC=ATAACGTTTCCGGTATTACTC;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=2418201;WS=2418183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	2423913	rs2234278	A	C	5846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=1.765;SC=GAGGGCGAACACGGGACGGAG;SOR=0.333;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=121;TCR=83;TR=204;WE=2423921;WS=2423903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr11	2424541	rs2234279	C	G	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=77;PP=2575;SC=AAGCCAGACACGAGAGGAAGA;SOR=1.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=129;WE=2424549;WS=2424531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	2424684	rs2234283	A	C	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=37;PP=1834;SC=TGGGGCAGCCACCATGGAGGC;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=92;WE=2424692;WS=2424674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	2427291	rs800342	A	C	10350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=200;NR=166;PP=2965;SC=GCTCTCTCAGACCCCCGAGGT;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=366;TCF=200;TCR=166;TR=366;WE=2427299;WS=2427281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr11	2427400	rs7939970	C	T	3720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=86;PP=2458;SC=TCCCCCCAGGCCTCCCTGTGT;SOR=1.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=46;TCR=87;TR=132;WE=2427408;WS=2427380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	2432820	rs2651822	A	G	5873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=94;PP=2965;SC=CAGGCAGGGGATTGCTGTCCC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=108;TCR=94;TR=201;WE=2432828;WS=2432810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	2432964	rs2074234	T	C	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=81;PP=1996;ReadPosRankSum=1.663;SC=TGGCGAGGACTGTGCGGCCAG;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=49;TCR=81;TR=129;WE=2432972;WS=2432954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr11	2435910	rs76270811	G	GC	1349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=7;PP=584;SC=ATCCTCCCCCGCGCGCGGGCC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=13;WE=2435918;WS=2435900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	2435931	rs4929980	C	T	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.89;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	2435946	rs4929981	A	G	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.36;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	2435956	rs4929982	C	T	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.77;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	2436464	rs34551253	C	T	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=97;NR=57;PP=2753;SC=GGTGGCCCCGCGGGTGGCTCC;SOR=1.164;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=154;WE=2436472;WS=2436454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	2439542	rs3986599	A	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=44;PP=1340;SC=CCCCGAGCCTACCAGGATCAG;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=2439550;WS=2439532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	2439621	rs2074236	A	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=15;PP=704;SC=AGCGGACCCCAGATTAGCCCG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=2439629;WS=2439611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	2439651	rs886276	G	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=587;SC=GGATGCAGGTGTCAGGGGTGC;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=2439659;WS=2439641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	2439672	rs147746598	T	TC	1675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=1503;SC=CCCCATCCCTTCAGCCCTGTC;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=34;WE=2439680;WS=2439662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	2439767	rs886277	T	C	5208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=69;PP=2965;SC=CTCCAAGGTGTTGGGATCACC;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=174;WE=2439775;WS=2439757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	2439876	rs886278	G	A	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=85;PP=2965;SC=GTGACCACCCGGATCTCAGGC;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=155;WE=2439884;WS=2439866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	2440041	rs4244810	T	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=527;SC=ACGCGCACTTTGTGGCAACAG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=2440049;WS=2440031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	2441686	rs35998237	T	TG	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=830;SC=CAGCTTGGGCTGGTCCCGCTG;SOR=1.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=2441694;WS=2441676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	2789856	rs163161	A	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=627;SC=CCACTCACAGATGAGGTGAAA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=2789864;WS=2789850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	2797320	rs163150	A	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=634;SC=GAGGGTGCCCAGGTCCTGCCC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=2797328;WS=2797310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	2798448	rs163148	A	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=668;SC=TCCAAAGTACATTTTACAAAG;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=2798456;WS=2798438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	2869188	rs11601907	C	T	5396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=107;PP=2965;SC=TGCCCACCTACGAGCAGCTGA;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=77;TCR=107;TR=184;WE=2869196;WS=2869178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	2905204	rs34289096	G	GC	3630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.503;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.213;NF=7;NR=57;PP=1908;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GGCCCTCCGCGCCCCCCCAGG;SOR=1.050;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=10;TCR=69;TR=64;WE=2905212;WS=2905194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,125:0.98:128
chr11	2906196	.	ACCGCGACCGGAG	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=470;SC=CAGGACCGCGACCGCGACCGG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=2906215;WS=2906186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	2929552	rs429886	A	G	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=50;PP=1527;SC=GCGGGCCGGTATTTGGCAGGT;SOR=1.485;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=2929560;WS=2929542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	2930395	rs10832891	G	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=48;NR=33;PP=1313;SC=GACCGCCTCCGTGAGGGTCCG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=2930403;WS=2930385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	2930594	rs67769451	CG	C	875.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=20;PP=592;SC=CAGGTAGGGCCGGGGGGACTG;SOR=2.226;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=20;WE=2930602;WS=2930584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	2930656	rs2286660	T	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=228;SC=CCGGGACACCTCCAGGGAGGT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=2930664;WS=2930646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	2930773	rs61871178	G	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	2930987	rs61871179	G	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=20;PP=455;SC=GGACGCCCGCGGCTGGGTCGG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=2930995;WS=2930977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	2939392	rs445679	G	A	5250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=112;PP=2965;SC=GCCAGGGCCCGGCCCTTCCTC;SOR=1.317;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=69;TCR=112;TR=181;WE=2939400;WS=2939382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	2940492	rs450244	T	C	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=24;PP=2053;SC=GGCGCCAAGGTCGGGGTGTGG;SOR=1.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=93;WE=2940500;WS=2940482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	2979798	rs7940694	G	T	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=109;PP=2965;SC=ACAGCTGTCAGGAACACACAA;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=92;TCR=109;TR=201;WE=2979806;WS=2979788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	2990852	rs61871240	T	C	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	2990985	rs61871241	G	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=7;PP=763;SC=GATAAGTAATGTTAGAAGACT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=2990993;WS=2990975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	3026692	rs4758458	T	G	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=36;PP=1111;SC=GTGAGAAGAGTCTGGGCTCTG;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=3026700;WS=3026682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	3026712	rs7931504	C	T	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=35;PP=1003;SC=GTGGGCCGTCCCCACTGCGGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=53;WE=3026720;WS=3026702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	3028270	rs7950766	A	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=591;SC=GTGCTGGGGAAGGAGGGGCCG;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=3028278;WS=3028260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	3036933	rs2071104	G	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=9;PP=1053;SC=ACAGAGGAGGGGCAGTTCAGA;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=3036941;WS=3036923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	3048140	rs494427	A	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=34;PP=1036;SC=TCTGTGGCCTATCTACTCTCT;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=42;WE=3048148;WS=3048130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	3061949	rs2285390	C	A	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=51;PP=1587;SC=TTACTTATGGCATTAAAATTT;SOR=1.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=3061957;WS=3061939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	3063660	.	C	CT	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5267;HP=14;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=17;MQ=59.4;NF=0;NR=4;PP=44;QD=12.25;SC=ACAACTGCGTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=3063668;WS=3063650;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr11	3076018	rs7934892	T	C	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=172;SC=GAGCAGTGCCTGGCACAGACT;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=3076026;WS=3076008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	3076257	rs7945933	C	T	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=35;PP=1344;SC=CCTTCAAGACCGCAAAGGAAA;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=3076265;WS=3076247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	3128774	rs3741353	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=53;PP=1652;SC=TGCTCCGCACTTCACATACGT;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=3128782;WS=3128764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	3143030	rs6578322	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=311;SC=TTCCTACCACTGGTGTCCTTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=3143038;WS=3143028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	3150482	rs11025526	A	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=204;SC=GCCCCTGGCTAAGAAGTCCCC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=3150490;WS=3150472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	3242833	rs7929163	G	C	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=4;PP=870;SC=TGATAAGAGAGTTTTTCCTTC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=3242841;WS=3242823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	3242907	rs11602794	G	A	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=56;PP=2744;SC=CCAGAAATTCGGTCGTAAAGA;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=144;WE=3242915;WS=3242897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	3242933	rs10833491	C	T	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=67;PP=2965;SC=TTTCTCTTCACGTTTCTCAAA;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=102;TCR=67;TR=169;WE=3242941;WS=3242923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	3243346	rs11026004	C	T	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=53;PP=1547;SC=CTGGGTCCCTCCTGGCTGCCT;SOR=2.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=3243354;WS=3243336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	3243367	rs12280457	G	T	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=1091;SC=CACCATCAGGGGCGGGATGAG;SOR=3.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=3243375;WS=3243357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	3243427	rs12275900	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.31;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	3243435	rs117350168	C	T	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.74;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	3382069	rs6578335	C	G	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=56;PP=1994;SC=CCCACTGCAGCCCCCGCTCCT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=109;WE=3382077;WS=3382059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	3398795	rs7932797	G	A	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=31;PP=1469;SC=TGTGTCTCCAGGGATTGAAAG;SOR=1.059;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=86;WE=3398803;WS=3398785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	3661140	rs4910876	T	C	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=0.074;SC=GGACAGAGTCTCCCAGCCTCT;SOR=0.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=121;TCR=98;TR=215;WE=3661148;WS=3661130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr11	3661585	rs3062849	A	ATGG	10042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=89;PP=2957;SC=CAGGGGCAGGATGGGAACAGC;SOR=1.099;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=17;TCR=97;TR=105;WE=3661593;WS=3661575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	3662892	rs72844325	G	T	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=17;PP=1177;SC=AGAGATGGAGGTTCCTGAGAG;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=67;WE=3662900;WS=3662882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	3663170	rs7111519	G	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=376;SC=TCGAGGGGCTGGAGGCAGATC;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=3663178;WS=3663160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	3681519	rs2280134	T	C	5665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=129;PP=2965;SC=GCCAGCAGACTGGCCCAGGGC;SOR=1.189;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=86;TCR=129;TR=215;WE=3681527;WS=3681509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	3829419	rs2278845	G	C	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=14;PP=993;SC=TTTCAGAAGGGCGAGGCTGGA;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=3829427;WS=3829409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	3838910	rs7946577	G	C	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=49;PP=1679;SC=GTCAGAGTCAGAGATAATTCA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=83;WE=3838918;WS=3838900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	3838953	rs10835147	T	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=33;PP=1079;SC=AGAATCACAGTCCTCCCTGAG;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=3838961;WS=3838943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	4045360	rs10835508	A	T	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=303;SC=AGTCACTAAAAAAGACTGAAT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=4045368;WS=4045350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	4104060	rs2898950	A	C	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=726;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TTTCTCATTTATTCCATTCTC;SOR=2.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=31;WE=4104068;WS=4104050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr11	4104087	rs10767828	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=12;PP=1093;SC=CTGCTCTTTTTGAGCTGGGGG;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=4104095;WS=4104077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	4104355	rs894455	T	C	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=1109;ReadPosRankSum=0.659;SC=ATTTATCTCCTGCCTTGCTCT;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=56;WE=4104363;WS=4104345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr11	4104745	rs2289570	C	G	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=2149;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GACCTCTTTGCGGGGATGAAG;SOR=0.363;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=117;WE=4104753;WS=4104735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr11	4109709	rs10835604	A	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=353;SC=CAGCAGAGCCACTCATATCCA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=4109717;WS=4109702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	4116335	rs12801088	A	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=256;SC=TGATGCCCAGACCGCCCGCCC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=4116343;WS=4116325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	4123345	rs1348310	C	G	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=31;PP=1223;SC=TGGGTTCCTTCTTTCATGTGT;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=4123353;WS=4123335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	4133317	rs56336381	C	A	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=46;PP=1399;SC=TAGGGAAATACGCCTTGACCT;SOR=1.014;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=85;WE=4133325;WS=4133307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	4153767	rs10835662	A	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=645;SC=AACTTTGATAAAGACAGTCAT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=4153775;WS=4153757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	4159466	rs1042858	G	A	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=34;PP=1834;SC=CAAGACCAGCGGCTAATCCAA;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=100;WE=4159474;WS=4159456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	4159764	rs1042919	A	T	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=61.07;NF=0;NR=10;PP=271;SC=GTTAATGATGATAATGATTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=4159778;WS=4159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	4159770	rs866902	AT	A	115.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.07;NF=0;NR=6;PP=102;SC=GATGATAATGATTTTTTTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=4159778;WS=4159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	4185463	rs979941	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=12;PP=1017;SC=TGCTCAGCACTAGGGCAGATG;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=4185471;WS=4185453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	4185595	rs979942	T	G	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=65;PP=2317;SC=TCTGTAGAGGTCACCTTGCTC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=62;TCR=66;TR=126;WE=4185603;WS=4185585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	4389404	rs11310407	AG	A	4268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=54;PP=2967;SC=GTTCCCAAGAAGGGCGGTGAC;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=79;WE=4389412;WS=4389394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	4411615	.	T	C	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=99;PP=2965;SC=TCCCACATCATTGTCAAGCGT;SOR=1.436;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=60;TCR=99;TR=159;WE=4411623;WS=4411595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	4562831	rs2657172	A	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=7;PP=597;SC=GTCTAAGGCAAGACTCAGGAA;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=4562839;WS=4562821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	4562947	rs2641414	G	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=23;PP=742;SC=CAAGACCTTTGAATACATCAC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=4562955;WS=4562937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	4562969	rs144617165	A	AATTTT	1144.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=788;SC=ATGTTCTTTAAATTTTATTTT;SOR=0.922;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=14;WE=4562977;WS=4562959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	4566711	rs2709182	C	T	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=63;PP=2344;SC=TTGGCCTGGACGCCTGCTTGG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=128;WE=4566719;WS=4566701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	4567185	rs12295898	T	C	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=59;PP=2514;SC=TGATCTTTTATGTTCCCATTG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=77;TCR=59;TR=136;WE=4567193;WS=4567175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	4594490	rs78122004	G	A	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=34;PP=1428;SC=TACTCCCAGGGCACTGCTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=80;WE=4594498;WS=4594480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	4594558	rs146711685	T	TG	3257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=45;PP=2508;SC=CAAGGTCTTTTGTCATCTTCT;SOR=1.046;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=56;WE=4594566;WS=4594548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	4594739	rs919519	C	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=261;SC=GCACAGGAGTCTTTTTTACCC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=4594747;WS=4594729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	4608262	rs12793957	A	C	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.21;QD=33.91;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	4615390	rs2010722	C	T	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.27;QD=30.00;SOR=4.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	4615508	rs2010719	C	G	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.77;QD=25.83;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	4621485	rs2231978	C	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=297;SC=CCAAGCCTCTCTGGTTAGGGT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=4621493;WS=4621475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	4622159	rs2231972	T	C	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=31;PP=1281;SC=GATGAAGGGGTGAGGCTGGAT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=4622167;WS=4622149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	4623788	rs931811	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=204;SC=CTATTTTTCCTAGCTTCCTGT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=4623796;WS=4623778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	4661285	rs905871	A	G	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=66;PP=2965;SC=CCTCTCCTCTATCACCATGCC;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=148;WE=4661293;WS=4661275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	4674575	rs3817098	G	A	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=67;PP=2928;SC=GTGACTCTCCGCTGCCCGTCA;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=156;WE=4674583;WS=4674565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	4703165	rs1123991	C	A	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=84;PP=2965;SC=AGCGGTGTACCACTGAGAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=91;TCR=84;TR=175;WE=4703173;WS=4703155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	4730985	rs4619142	C	T	7997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=131;PP=2965;SC=ACCCATGTATCATTTTCTCTC;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=145;TCR=131;TR=276;WE=4730993;WS=4730975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr11	4731180	rs4432013	G	A	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=97;PP=2965;SC=CTTTATTGCCGTCTGTAACCC;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=197;WE=4731188;WS=4731170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	4731468	rs4436535	G	A	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=70;PP=2628;SC=TGTTCTGATCGTCCGCTCTGT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=137;WE=4731476;WS=4731458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	4731583	rs4471413	C	T	5165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=66;PP=2965;SC=AGTTTGTCACCAGTGCACAGA;SOR=1.185;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=104;TCR=68;TR=170;WE=4731591;WS=4731573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	4827272	.	GA	G	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.268;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chr11	4928621	rs11034596	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=9;PP=665;SC=CAATAACTCCGAAGTCAAGCT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=4928629;WS=4928611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	4929061	rs10500627	C	G	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=70;PP=2726;SC=GGAGCATTCTCTTAGTGATTC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=134;WE=4929069;WS=4929051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	4945229	rs10836954	G	A	4037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=55;PP=2499;SC=CAGAACTGATGACTCCATTGA;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=127;WE=4945237;WS=4945219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	4945631	rs10836955	G	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=385;SC=AAAGTGACAAGGCTGAATTCT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=4945639;WS=4945621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	4965239	rs2570581	G	A	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=24;PP=1036;SC=CTGCCTATCCGCACACTGGGA;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=4965247;WS=4965229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	4965301	rs2605303	G	T	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=29;PP=1193;SC=ACTACTGCTTGGTTGTACTAC;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=4965309;WS=4965291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	4967532	rs2595988	G	C	5465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=108;PP=2965;SC=GAGACATGCCGGGCAAAGCGG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=121;TCR=108;TR=229;WE=4967540;WS=4967522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	4967831	rs2595987	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.77;QD=31.10;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	4976241	rs2570571	C	G	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.72;QD=33.01;SOR=3.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	4976788	rs35318834	C	A	5270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=1.865;NF=109;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.709;SC=AGGGCTCTGTCTTGATGATAA;SOR=0.406;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=109;TCR=114;TR=222;WE=4976796;WS=4976778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr11	4977026	rs10837027	C	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=715;SC=GTAAAATAGGCATATCTGTAA;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=30;WE=4977034;WS=4977016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	5012592	rs61880629	C	T	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.295;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=42;PP=1647;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TAGCTTCTGTCGTCCACAGCC;SOR=0.456;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=109;WE=5012600;WS=5012582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr11	5013421	rs5789346	G	GT	1255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.361;NF=2;NR=40;PP=485;ReadPosRankSum=-0.103;SC=ATTTACTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=42;WE=5013429;WS=5013411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,55:0.93:59
chr11	5020416	rs2445290	A	G	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=64;PP=2708;SC=TTTCCATCTTAGCAGTGAATG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=135;WE=5020424;WS=5020406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	5079946	rs2445332	C	T	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=41;PP=1252;SC=ATATTTTCTTCACACATTTAT;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=5079954;WS=5079936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	5080844	rs16909440	T	C	6003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=94;PP=2965;SC=CTGGGTGTCATTGGGAAGGAA;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=118;TCR=94;TR=211;WE=5080852;WS=5080834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	5141876	rs10837373	G	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=806;SC=GGAACAGAATGTTTTTACTAC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=5141884;WS=5141866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	5141902	rs10837374	T	C	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=16;PP=950;SC=CTCTAATGTGTTTGGTCTTTA;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=5141910;WS=5141892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	5141980	rs4426129	A	G	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	5142134	rs11035760	C	T	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=104;PP=2965;SC=TGATAAATATCTGAATATAGG;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=152;TCR=104;TR=256;WE=5142142;WS=5142124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr11	5142270	rs10837375	T	G	7393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=0.429;SC=GTAAGTGTGGTATATTAACTT;SOR=0.142;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=117;TCR=134;TR=249;WE=5142278;WS=5142260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,263:0.99:265
chr11	5142549	rs7947334	T	C	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=108;PP=2965;SC=CCAAAAAATATCAAGCATCTT;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=118;TCR=108;TR=226;WE=5142557;WS=5142539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	5153261	rs2472530	A	G	6667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=114;PP=2965;SC=CAAAGGCAACAAATAGGCCAT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=116;TCR=114;TR=229;WE=5153269;WS=5153251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	5172786	rs10768611	A	G	5989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=92;PP=2965;SC=ATATAAGGGGAGATGTGAGAC;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=116;TCR=92;TR=208;WE=5172794;WS=5172776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	5199222	rs7924390	A	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=205;SC=TGAAACACTGAGTGAAGGATC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=5199230;WS=5199215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	5199340	rs113029548	A	AATGCCC	5742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=24;PP=2906;SC=CCAATCTGGCAATGTGCTCAC;SOR=1.476;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=56;WE=5199348;WS=5199330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	5199645	rs6578560	T	C	4822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=95;PP=2965;SC=GCCAGCACCTTAGGGGCTGCA;SOR=1.207;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=64;TCR=96;TR=159;WE=5199653;WS=5199635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	5199660	rs6578561	T	C	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=80;PP=2388;SC=GCTGCAGCAGTGGCGAGCAGG;SOR=1.441;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=130;WE=5199668;WS=5199650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	5199675	rs6578562	C	T	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=72;PP=2340;SC=AGCAGGAAGTCGGCTGAGGCC;SOR=1.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=112;WE=5199683;WS=5199665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	5199708	rs6578563	T	A	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=46;PP=1672;SC=AAGAGATACATGGGCTCATGG;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=5199716;WS=5199698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	5199817	rs5789371	GC	G	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=665;SC=AGGTATGCAAGCCTTCCAGCC;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=5199825;WS=5199807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	5221645	rs11512276	C	A	7921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=1.019;SC=CGAATGATCCCCCACAGGATC;SOR=0.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=132;TCR=148;TR=279;WE=5221653;WS=5221635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,297:1.00:298
chr11	5221825	rs11036212	G	A	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=45;PP=1912;SC=GGGATGGAAAGCCAGGGGTAT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=103;WE=5221833;WS=5221815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	5247141	rs1609812	G	A	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=137;SC=TATATGCAGAGATATTGCTAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=5247149;WS=5247131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	5247733	rs7480526	A	C	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.576;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=8;PP=1076;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CCTGTTACTTATCCCCTTCCT;SOR=2.601;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=47;WE=5247741;WS=5247723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr11	5247791	rs10768683	C	G	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=43;PP=2049;SC=AAACATCAAGCGTCCCATAGA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=111;WE=5247799;WS=5247781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	5248243	rs713040	A	G	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=48;PP=1344;SC=CAGGAGTCAGATGCACCATGG;SOR=2.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=5248251;WS=5248233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	5263577	rs10128555	C	G	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=109;SC=CATCCTTTTTCACCAGAGTTT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=5263585;WS=5263567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	5269582	rs371855998	AG	A	7761.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.874;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.64;MQRankSum=4.425;QD=43.36;ReadPosRankSum=1.245;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,175:0.98:179
chr11	5269584	rs1065686	T	A	7807.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.57;MQRankSum=4.402;QD=43.38;ReadPosRankSum=1.558;SOR=1.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,176:0.98:180
chr11	5269586	rs371890964	A	AG	7798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.41;MQRankSum=4.319;QD=43.09;ReadPosRankSum=1.781;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,177:0.98:181
chr11	5269799	rs28440105	A	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.02;QD=33.13;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	5274452	rs34879481	G	GT	3301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=17;PP=2476;SC=TTTATTATTTGATTGCTTGCA;SOR=1.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=53;WE=5274460;WS=5274442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	5289896	rs3061750	A	AAAAC	2218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=1459;SC=ACTTGATGAAAAAACAAACAA;SOR=2.124;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=28;WE=5289904;WS=5289886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	5322520	rs12283334	G	A	6989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=129;PP=2965;SC=TCACTGTCTTGAGGATTAGTA;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=114;TCR=129;TR=243;WE=5322528;WS=5322510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	5323071	rs7118113	C	T	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=69;PP=2391;SC=CCAAAAAGGACGGAGAAGTAG;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=123;WE=5323079;WS=5323061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	5344552	rs7934105	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	5344561	rs7933257	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.63;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	5344592	rs11036814	A	C	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=7;PP=905;SC=TCCGAGTTTAACTACTAAACC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=5344600;WS=5344582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	5344772	rs10742622	T	C	5668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=92;PP=2965;SC=AACCCATCACTGTAACATAGA;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=107;TCR=93;TR=197;WE=5344780;WS=5344762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	5344847	rs10768793	A	G	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=79;PP=2965;SC=CTTCACCAGAAGCAATGCCTA;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=157;WE=5344855;WS=5344837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	5344902	rs7937237	C	G	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=61;PP=2906;SC=GATGATCAGACAGTCTAGGAA;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=125;WE=5344910;WS=5344892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	5345128	rs10837814	G	A	7426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=131;PP=2965;SC=GTATTGGTGAGAATGGAAGCA;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=123;TCR=131;TR=254;WE=5345136;WS=5345118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	5345170	rs7952293	A	G	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=92;PP=2965;SC=GCAATGAAACAATCATATGCC;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=72;TCR=92;TR=164;WE=5345178;WS=5345160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	5345486	rs4910750	G	A	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=50;PP=1556;SC=GCCCTGGAAAGCCAGTCAGCA;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=5345494;WS=5345476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	5364742	rs11036913	C	T	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=37;PP=1227;SC=TGGGAGCTGCCGCTGGACGAC;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=5364750;WS=5364732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	5364776	rs78253695	T	TGTC	925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=822;SC=ATAGAAGAAATGTCTTTCTGT;SOR=3.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=17;WE=5364784;WS=5364766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	5373713	rs12802177	A	T	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=70;PP=2305;SC=AATTCAGGGGACCTGGACAGG;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=123;WE=5373721;WS=5373703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	5410934	rs1498467	T	G	5861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=108;PP=2965;SC=TTAACTCCCATAGTATCTACT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=85;TCR=108;TR=193;WE=5410942;WS=5410924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	5411031	rs1498468	C	T	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=94;PP=2965;SC=CTTTGACCGCCTTGTGGCCAT;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=91;TCR=94;TR=185;WE=5411039;WS=5411021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	5411239	rs1498469	T	C	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=66;PP=2519;SC=TGCACAGATATCACCTTCAAT;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=127;WE=5411247;WS=5411229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	5411395	rs9783355	C	A	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=42;PP=2101;SC=TGCACCGCTCCTCTCTGTGCT;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=104;WE=5411403;WS=5411385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	5411579	rs10768906	GT	AC	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=67;PP=1863;SC=CCATTATCAAGTTCCTAGGTC;SOR=1.498;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=107;WE=5411588;WS=5411569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	5451875	rs1498474	G	A	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=26;PP=1534;SC=CTGACTCCTTGCAGTGATTCA;SOR=1.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=81;WE=5451883;WS=5451865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	5461991	rs1498486	C	A	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=82;PP=2965;SC=ACATAAAAGGCCAGCACTGCA;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=73;TCR=82;TR=154;WE=5461999;WS=5461981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	5474838	rs2030094	G	T	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=32;PP=2201;SC=TGGCCCTTGGGGGAAATACAG;SOR=1.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=72;TCR=32;TR=104;WE=5474846;WS=5474828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	5475431	rs35301588	T	TCA	10166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=105;PP=2974;SC=CTCAAAGCTCTCAACACATGT;SOR=1.058;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=133;TCF=23;TCR=110;TR=124;WE=5475439;WS=5475421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	5475597	rs11037503	C	T	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=79;PP=2965;SC=TCATTTATAGCGCCAAGACAA;SOR=0.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=117;TCR=79;TR=194;WE=5475605;WS=5475587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	5510284	rs417425	A	G	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=88;PP=2965;SC=TGGAGTCCTCAATTCTACTTG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=201;WE=5510292;WS=5510274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	5510497	rs2467219	T	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=69;PP=2155;SC=ATATGGGCATTGCCCGACTGG;SOR=1.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=116;WE=5510505;WS=5510487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	5510540	rs146317894	G	GGGCT	6171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=49;PP=2918;SC=TATTGTCTATGGGCTAACTGT;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=74;WE=5510548;WS=5510530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	5510626	rs444878	T	C	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=73;PP=2965;SC=CAGTCTTTCATCTTCCATCTC;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=105;TCR=73;TR=177;WE=5510634;WS=5510616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	5510928	rs392296	G	A	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=866;SC=AAAAAAAAGTGTAGGATGGCT;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=5510936;WS=5510918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	5511003	rs426886	G	A	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=196;SC=ATGGCAGGAAGCTCTGGAAGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=5511011;WS=5510993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	5528918	rs2227271	C	T	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=46;PP=1481;SC=GCCCATGGACCGCAGTTGCTC;SOR=1.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=5528926;WS=5528908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	5529139	rs2234456	T	C	6106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=99;PP=2965;SC=TACCCGTCCCTGCTAGGCAAG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=112;TCR=99;TR=211;WE=5529147;WS=5529129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	5529865	rs186434	G	A	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=42;PP=1526;SC=CTCCATGTGTGGAAGTCCAGG;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=83;WE=5529873;WS=5529855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	5536415	rs10769023	C	T	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=26;PP=1096;SC=AGCTGCTCTGCTCATCTGACA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=64;WE=5536423;WS=5536405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	5536537	rs393044	A	C	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=34;PP=1388;SC=GCTGGTATCCAAGCTGGCTGC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=75;WE=5536545;WS=5536527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	5536852	rs2017434	A	G	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=2295;ReadPosRankSum=1.405;SC=ATATCAGCATAGTTCTGACCC;SOR=0.360;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=109;WE=5536860;WS=5536842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr11	5537045	rs872751	T	G	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=90;PP=2965;SC=GGGAAACTTCTGGGTTCTGCT;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=100;TCR=90;TR=190;WE=5537053;WS=5537035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	5537161	rs2047456	A	G	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=51;PP=1746;SC=TGTGCTTTGCACTCTGGGTGG;SOR=1.190;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=89;WE=5537169;WS=5537151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	5537780	rs1809862	C	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=9;PP=242;SC=GCTCTCAGGCCACAGGATAGT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=5537788;WS=5537770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	5549254	rs1498480	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=626;SC=GCCTTGTCAGTGACCACCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=5549262;WS=5549244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	5549316	rs1846317	A	G	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=35;PP=1416;SC=CAGGCACACAAGCACAGAGAG;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=83;WE=5549324;WS=5549306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	5549531	rs1560811	T	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=23;PP=696;SC=GTGAGGGTGATGCTAGGGCTT;SOR=0.994;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=5549539;WS=5549521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	5566030	rs1995158	A	G	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=67;PP=2604;SC=GCTTTCTGGCAGGCATCTTGG;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=136;WE=5566038;WS=5566020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	5566051	rs1995157	C	A	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=59;PP=2221;SC=GAGGGAAGGCCAAAGACAGCA;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=114;WE=5566059;WS=5566041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	5566112	rs1995156	C	T	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=46;PP=1841;SC=CTGAGATGACCGTCATGATGG;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=96;WE=5566120;WS=5566102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	5566365	rs1566275	T	C	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=57;PP=1851;SC=AGCTACATAGTGATCAAATGC;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=111;WE=5566373;WS=5566355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	5566489	rs10769054	C	T	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=41;PP=1677;SC=ATACTGAGTGCTTTAGGCACA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=5566497;WS=5566479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	5566830	rs10838299	A	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=456;SC=AACTAATTATAATTATTGCCT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=5566838;WS=5566820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	5617987	rs12272467	G	A	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=723;SC=GAGCAGAGTCGTGCGTGGTTG;SOR=2.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=5617995;WS=5617977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	5618298	rs146384026	A	ATTTTAT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=336;SC=GGTTAGAGACATTTTAATCAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=5618306;WS=5618288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	5625603	rs7108470	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=234;SC=TTTTCATCCCATGTATATATA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=5625611;WS=5625594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	5625847	rs3751006	A	G	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=37;PP=1188;SC=GAGAGAAGAAAACATCCTGGA;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=5625855;WS=5625837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	5629607	rs10769121	G	A	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=21;PP=783;SC=CCTAGGATGTGAGTGATGTCA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=5629615;WS=5629597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	5631622	rs7125403	G	T	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=34;PP=1482;SC=AGAAGATGCGGTTTGTATTTA;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=5631630;WS=5631612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	5632212	rs10769124	G	A	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=50;PP=2777;SC=CCTGGATCCTGGGGGTATGCA;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=123;WE=5632220;WS=5632202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	5653417	rs4287358	AT	GA	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=313;SC=GCCAGTCTTTATTGTCTGTGC;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=5653426;WS=5653407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	5655150	rs7941976	T	A	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=40;PP=1476;SC=ATTCTGAAGGTTTTCTGAGAC;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=85;WE=5655158;WS=5655140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	5655233	rs3824951	G	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=34;PP=970;SC=GAGTCCTGAAGCCATTTGATT;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=5655241;WS=5655223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	5655758	.	CACAT	C	201	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=15;MQ=60.56;NF=7;NR=3;PP=201;QD=20.4;SC=CACACACACACACATATATAT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=10;WE=5655769;WS=5655748;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr11	5662319	rs7108834	C	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=10;PP=799;SC=CATTTTTTTTCCTACTGTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=36;WE=5662327;WS=5662309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	5663575	rs12792498	T	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=77;SC=AAACCAGTGATGTGGGAGGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=5663583;WS=5663565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	5663920	rs66637086	CT	C	2034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=14;PP=1745;SC=TCTGGTTTATCTTTTTAATTC;SOR=2.372;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=48;WE=5663928;WS=5663910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	5664974	rs7109861	T	C	6939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=145;PP=2965;SC=CCCTTTGTCTTGACTTATCTC;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=114;TCR=146;TR=259;WE=5664982;WS=5664964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	5689145	rs34080219	C	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=382;SC=GTAGAAATAGCTTTCATCCCT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=5689153;WS=5689135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	5691191	rs4309185	C	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=278;SC=GGCAACAGAGCGAGACTTCAT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=5691199;WS=5691181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	5700340	rs3740995	T	C	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.88;NF=55;NR=35;PP=1646;SC=TGTCAGCTTCTAACTCTTCAG;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=90;WE=5700348;WS=5700330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	5701409	rs3824949	G	C	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=74;PP=2455;SC=AGAAGCCATAGTAGCTATTCC;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=118;WE=5701417;WS=5701399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	5718517	rs7935564	G	A	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=26;PP=896;SC=GATAAAGGAGGATCAAGAGGC;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=50;WE=5718525;WS=5718498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	5719667	rs2291842	T	C	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=25;PP=1013;SC=ATGTGCTGGATAACCTGGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=5719675;WS=5719657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	5719788	rs11038753	A	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=21;PP=598;SC=AAGACTTGGGATGGAGCACCT;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=5719796;WS=5719778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	5730248	rs999295	A	G	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=28;PP=1495;SC=CACCTATCCCATATCCTTCAC;SOR=1.561;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=89;WE=5730256;WS=5730238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	5755605	rs1498552	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=381;SC=ATAGAGGATTAGAGGGCCTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=5755613;WS=5755595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	5757785	rs12792180	C	T	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=45;PP=2360;SC=TCTCCAATAGCTCCAAATTCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=123;WE=5757793;WS=5757775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	5758062	rs7397032	T	C	5277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=94;PP=2965;SC=CCTCCCTGAGTGCTTTGCTCA;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=86;TCR=94;TR=180;WE=5758070;WS=5758052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	5758118	rs7396766	A	C	7025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=104;PP=2965;SC=CTGGTATCCTACTCTGCATGG;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=132;TCR=104;TR=236;WE=5758126;WS=5758108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	5776287	rs7936512	C	T	7033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=118;PP=2965;SC=ATGTTCTTCACCCACACCTTC;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=125;TCR=118;TR=243;WE=5776295;WS=5776277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	5776470	rs7394584	T	G	4984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=91;PP=2965;SC=CTCACCAAGCTCCTGCCCTAC;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=82;TCR=91;TR=172;WE=5776478;WS=5776460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	5776623	rs7396938	A	T	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=67;PP=2744;SC=TGTATCACCAACTCCTATACC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=140;WE=5776631;WS=5776613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	5777023	rs10742782	C	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=717;SC=TTTCTGGAAGCACTGTATTGA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=5777031;WS=5777013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	5777053	rs10742783	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=517;SC=GGAGTTTGTTAACTGGTGCAT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=5777061;WS=5777043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	5809308	rs7934670	A	T	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=69;PP=2692;SC=ATGGCACAGAAGTGGGCAGTG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=139;WE=5809316;WS=5809298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	5809548	rs7948009	G	A	5661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=1.952;SC=TATGGAAGGCGCTTGGTGAGG;SOR=0.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=107;TCR=80;TR=186;WE=5809556;WS=5809538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr11	5810105	rs61619938	TA	T	298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=259;SC=GAGCAGGAAATAAAAAAAAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=5810113;WS=5810095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	5841856	rs4758435	C	T	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=65;PP=2965;SC=TTGACTTTAACGCCTGCCTGG;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=102;TCR=65;TR=167;WE=5841864;WS=5841846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	5842310	rs8181529	T	G	5925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=86;PP=2965;SC=TCACATGTGTTCCATTGTGAT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=104;TCR=86;TR=190;WE=5842318;WS=5842300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	5842356	rs8181512	A	G	7723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=127;PP=2965;SC=TTTTTCACTCATCGTTTTGTA;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=156;TCR=127;TR=283;WE=5842364;WS=5842346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	5862731	rs10838719	A	G	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=57;PP=2496;SC=ATGGTGTACCAAAGAGGTTTG;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=121;WE=5862739;WS=5862721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	5877909	rs12417880	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=525;SC=ATGTTATTGGCTGCAGCATTC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=5877917;WS=5877899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	5877979	rs12419602	T	A	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=32;PP=1561;SC=CTCCAACTGGTTAGTGATTGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=95;WE=5877987;WS=5877969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	5905412	rs17233457	C	T	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=956;SC=ATACCATTACCTCTAGCACAC;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=5905420;WS=5905402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	5906048	rs4758168	G	A	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=77;PP=2965;SC=GCATAACATCGTACCTCACAC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=158;WE=5906056;WS=5906038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	5906073	rs4757986	G	T	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=72;PP=2965;SC=TGTGAGCACAGGGGTCTGGCC;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=158;WE=5906081;WS=5906063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	5906143	rs11823809	T	C	7073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=84;PP=2965;SC=TGATTTCTTATATTATTGTGG;SOR=1.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=143;TCR=84;TR=227;WE=5906151;WS=5906133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	5906192	rs1453435	A	C	10384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=163;PP=2965;SC=GCTTATCCTTAGAGCTGTTTT;SOR=0.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=197;TCR=163;TR=360;WE=5906211;WS=5906182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr11	5906203	rs11823828	T	G	11343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=207;NR=182;PP=2965;SC=GAGCTGTTTTTCGCCTTCCCT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=390;TCF=207;TCR=183;TR=389;WE=5906211;WS=5906182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr11	5906291	rs11823842	T	C	10062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=194;PP=2965;SC=CACACCAGCATTTTTTTCTTT;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=160;TCR=194;TR=353;WE=5906299;WS=5906281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr11	5922222	rs10160336	T	C	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=83;PP=2965;SC=CCGGCACTGATCTGGGCTTGT;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=186;WE=5922230;WS=5922212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	5922707	rs7106300	C	T	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=75;PP=2648;SC=GATGCCCGGCCTAAGGCACTC;SOR=1.012;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=63;TCR=76;TR=138;WE=5922715;WS=5922697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	5923297	rs4601752	A	G	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=37;PP=1190;SC=TTACATATCCAAAGCTGAAGT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=5923305;WS=5923287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	5968728	rs1840178	T	C	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=82;PP=2085;SC=ACCCTCCTGATGACCATCTGG;SOR=2.113;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=111;WE=5968736;WS=5968718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	5969185	rs10769378	A	G	9302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=141;PP=2965;SC=ACCTTTACCAATTTGCTGGAG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=154;TCR=141;TR=295;WE=5969193;WS=5969175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr11	5989415	rs7114672	C	A	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=51;PP=1513;SC=ATGATGAACACCTGAAGGAAG;SOR=1.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=72;WE=5989423;WS=5989405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	6007272	rs4237768	A	G	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	6007613	rs4354673	T	G	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=74;PP=2965;SC=GAAGATAAGTTTTCCCAACAA;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=106;TCR=74;TR=180;WE=6007621;WS=6007603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	6007680	rs4436524	A	G	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=88;PP=2965;SC=ATTCCGATGCACCCTATGACC;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=181;WE=6007688;WS=6007670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	6007743	rs4436525	A	G	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=84;PP=2965;SC=GCTACATAGCAATCCAGAGCC;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=103;TCR=84;TR=187;WE=6007751;WS=6007733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	6007899	rs4501959	C	T	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=102;PP=2965;SC=AGAACCAGGTCGATGGCAGCT;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=84;TCR=102;TR=185;WE=6007907;WS=6007889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	6079001	rs4448669	G	A	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=138;PP=2965;SC=AGTAATCCCCGCACCAGCACC;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=153;TCR=138;TR=290;WE=6079009;WS=6078991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr11	6173364	rs325695	T	A	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=80;PP=2965;SC=CATTTTTCCATTTACCATAGA;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=107;TCR=80;TR=186;WE=6173372;WS=6173354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	6245555	rs325608	C	T	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=60;PP=2276;SC=ATATAGAAGGCTGGGAGAACT;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=114;WE=6245563;WS=6245545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	6262715	rs7129498	G	A	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=52;PP=2157;SC=CCATCTTACAGCACTTGCCTG;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=71;TCR=52;TR=123;WE=6262723;WS=6262705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	6281400	rs11040819	T	C	7006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	6292065	rs1800843	C	A	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=75;PP=2523;SC=AAAATCTGGGCGAGGCGGAGC;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=57;TCR=75;TR=132;WE=6292073;WS=6292055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	6292837	rs10839535	CG	GA	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=724;SC=TCCAGACATACGAAACACAAA;SOR=3.056;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=24;WE=6292846;WS=6292826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	6340525	rs12570	A	T	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=28;PP=1581;SC=GCTGGGCTTCAGCGCTCCGGC;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=6340533;WS=6340515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	6340706	rs1051992	A	G	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=67;PP=2965;SC=TTCGGCCTCCAGCTGCTCTGG;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=91;TCR=67;TR=158;WE=6340714;WS=6340696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	6341684	rs2682123	C	G	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=35;PP=1070;SC=CACAGGCCCCCGCTCCAACGC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=6341692;WS=6341674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	6411935	rs1050228	T	C	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=58;PP=2353;ReadPosRankSum=-0.889;SC=ATGGGCCTGGTGCTGGCGCTG;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=164;TCF=103;TCR=61;TR=160;WE=6411943;WS=6411920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,130:0.97:134
chr11	6416959	rs1800606	C	T	6799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=91;PP=2965;SC=GCAGTCACTCCCCAGCCTACC;SOR=1.083;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=137;TCR=92;TR=228;WE=6416967;WS=6416949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	6461277	rs2682099	T	A	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=156;SC=GGAGGGCACATGGGAAAGAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=6461285;WS=6461267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	6477176	rs139873545	TTAAGGAACGGTACTATCTG	T	769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=2965;SC=TTCACTGCTCTTAAGGAACGG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=6477202;WS=6477166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	6477455	rs13343175	C	T	6963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=83;PP=2965;SC=CAGAGGTCATCTTGAACCTCC;SOR=1.317;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=151;TCR=83;TR=232;WE=6477463;WS=6477445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	6477831	rs10606	C	T	7753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=138;PP=2965;SC=CCACTGGCACCGGAAGGCGCG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=133;TCR=138;TR=271;WE=6477839;WS=6477821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr11	6478384	rs11605141	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=11;PP=779;SC=ACACAGATGCCCACAGCACCT;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=6478392;WS=6478374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	6478619	rs16913748	G	A	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=50;PP=1494;SC=ACGCTGCACTGATCTGGGCCA;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=91;WE=6478627;WS=6478609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	6486945	rs74053396	C	T	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=39;PP=1042;SC=AGATGGCTCCCGCCACTCACA;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=6486953;WS=6486935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	6499215	rs2303493	A	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CTAATGCCCAAATTTCCACCC;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=51;WE=6499223;WS=6499205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr11	6500309	rs2253104	A	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=12;PP=851;SC=ACGATCACGAAGAAAAGGGAA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=6500317;WS=6500299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	6503127	rs2303492	G	A	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=60;PP=2223;SC=AGAGTTTAGCGGTAGACTGCT;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=107;WE=6503135;WS=6503117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	6519642	rs11604149	G	A	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=83;PP=2965;SC=GCTGAGCTCCGAACTCTGTTC;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=76;TCR=83;TR=159;WE=6519650;WS=6519632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	6520015	rs11040899	G	T	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1813;ReadPosRankSum=1.352;SC=CATTGACACTGCCTGAGCTAC;SOR=0.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=90;WE=6520023;WS=6520005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr11	6520164	rs2555158	T	A	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=69;PP=2321;SC=AATGCAGAGGTGGAGCCTGTT;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=123;WE=6520172;WS=6520154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	6520346	rs10769693	C	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	6524072	rs11605196	A	C	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=46;PP=1811;SC=CTGGATAGCCAGGTGATGACT;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=108;WE=6524080;WS=6524062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	6524253	rs11603067	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=544;SC=ACCCTTCTCCCTGTCCTTTCT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=6524261;WS=6524243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	6530106	rs11605607	A	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=17;NR=2;PP=517;SC=CTCTTTTTTTAAAGGCCTTAC;SOR=3.716;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=19;WE=6530114;WS=6530096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	6532778	rs17244263	A	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=643;SC=CTACAGTTGAATCAGAGCCAT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=6532786;WS=6532768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	6541225	rs11603869	C	G	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=64;PP=2445;SC=TCTCTCATCACAGCTGGTCTT;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=129;WE=6541233;WS=6541215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	6541580	rs2555143	T	G	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=32;PP=927;SC=GCACAAGTACTAATGGCATGG;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=6541588;WS=6541570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	6549667	rs4623884	AC	GT	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.967;NF=3;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.431;SC=GTGTGTGTGTACACACACTGA;SOR=1.609;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=6549676;WS=6549654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	6549779	rs4633449	A	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=12;PP=667;SC=GACTCAAAAGACGAATTTCTG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=6549787;WS=6549769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	6549995	rs7480644	A	G	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	6550004	rs2344828	A	G	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	6550309	rs2344829	G	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=12;PP=478;SC=CACAAAAGGCGGGTTGCTGCT;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=6550317;WS=6550299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	6555365	rs7103810	A	G	10671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=183;PP=2965;SC=ACAGTCAGCGACCTCAGTGAA;SOR=0.774;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=359;TCF=175;TCR=184;TR=358;WE=6555373;WS=6555355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr11	6560141	rs11040914	A	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=14;PP=457;SC=AACACCTTTCATCCCCAAGTT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=6560149;WS=6560131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	6567895	rs11270441	C	CTGCCCTACTGCA	4353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=26;PP=2957;SC=ATTGAGGAGGCTGCCCTACTG;SOR=1.014;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=40;WE=6567903;WS=6567885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	6568785	rs145187870	GGG	AAA	6211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=53;PP=2937;SC=GCAGGTACACGGGCAGCAGGC;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=115;WE=6568795;WS=6568775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	6568866	rs117939157	C	T	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=54;PP=1707;SC=CCTCCACCTTCGCCTAAAGGA;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=96;WE=6568878;WS=6568856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	6569896	rs11606889	G	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=22;PP=1445;SC=CTTGTATGTGGTGGACCTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=6569904;WS=6569886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	6579354	rs16915382	G	C	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;SC=CAGTGGCTCTGTTGGTACCCA;SOR=1.055;Source=Platypus;TCF=55;WE=6579362;WS=6579344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	6580495	rs72901756	G	A	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=56;PP=1771;SC=TGGAACAGCAGCTGAAAGACT;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=92;WE=6580503;WS=6580485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	6585670	rs16915423	C	T	5546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=87;PP=2965;SC=AGCTACTGGACGAGTGGTTAG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=105;TCR=87;TR=192;WE=6585678;WS=6585660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	6585838	rs11825255	G	A	7381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=135;PP=2965;SC=AATCGGAGCAGTACCAGTGGG;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=126;TCR=135;TR=261;WE=6585846;WS=6585828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	6587228	rs7947368	G	A	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=63;PP=1801;SC=TGTGGTGAGAGCTGGTCCCCA;SOR=1.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=6587236;WS=6587218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	6588553	rs56313830	C	T	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=40;PP=2000;SC=GTGCATTGGGCGCTTTGGCTC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=101;WE=6588561;WS=6588543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	6622112	rs76589565	G	A	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=15;PP=1130;SC=ATTAGCATACGGAGGTTGGCC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=6622120;WS=6622102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	6622714	rs2288283	G	A	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=47;PP=1663;SC=ATCTTCTCTTGTTCTTTTGCC;SOR=0.953;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=89;WE=6622722;WS=6622704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	6623433	rs146487650	G	A	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=1265;ReadPosRankSum=1.090;SC=AAGAGCTGGCGGCGCTTGGAG;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=56;WE=6623441;WS=6623423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr11	6626049	rs55802517	G	A	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=20;PP=1069;SC=TTTTAAAGCTGTATAGTGACA;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=6626057;WS=6626039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	6626072	rs12272856	C	A	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=30;PP=1469;SC=ATGAGATTGTCCATTTTTCAG;SOR=1.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=6626080;WS=6626059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	6629530	rs2048092	G	A	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=48;PP=1881;SC=AAGCATGTGTGCTCTTCCCCC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=88;WE=6629538;WS=6629520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	6630028	rs11314683	TC	T	11067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=123;PP=2974;SC=GAGGTCCATCTCCCCCATCCC;SOR=1.077;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=214;TCF=75;TCR=139;TR=193;WE=6630036;WS=6630018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr11	6631016	rs2292195	C	T	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=48;PP=2210;SC=GGGGCATGGCCTTCCTACACA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=110;WE=6631024;WS=6631006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	6631361	rs111833028	C	T	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=62;PP=2614;SC=CCAGAACAGACAAGCCCTATC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=133;WE=6631369;WS=6631351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	6632450	rs12451	C	T	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=19;PP=1528;SC=TGCCGGAGGCCGTGCCCTTCA;SOR=1.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=6632458;WS=6632440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	6636300	rs1800723	A	G	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=40;PP=1900;SC=TTAAAGTATCAGACATCTCTA;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=94;WE=6636308;WS=6636290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	6636900	rs1800745	G	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=302;SC=ACTAGACTCTGTGGGGAAGCA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=6636908;WS=6636890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	6637518	rs7943955	A	G	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=24;PP=1071;SC=AGGTGTAAGCATTGTCTAAGT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=6637526;WS=6637508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	6647738	rs111724712	C	T	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=21;PP=1111;SC=GAACCTGCTTCCCCAGTAGCC;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=6647746;WS=6647728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	6651546	rs112937871	C	T	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=34;PP=1293;SC=CGCTGAGCGCCCCGGTGCGCG;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=6651554;WS=6651536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	6651810	rs2659872	A	G	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=58;PP=2302;SC=CGCGTACCGTAAGCGCGCGCC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=127;WE=6651818;WS=6651800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	6652603	rs112445976	C	T	10066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=198;PP=2965;SC=CCTGCAGAGTCGTCACCAGTG;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=348;TCF=150;TCR=198;TR=348;WE=6652611;WS=6652593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr11	6652618	rs2659871	C	T	8493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=173;PP=2965;SC=CCAGTGTTCCCGGAGGCACGC;SOR=1.190;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=292;TCF=119;TCR=173;TR=292;WE=6652626;WS=6652608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr11	6654613	rs11040938	A	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=497;SC=TTTGGGTCTGACACCAAGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=6654621;WS=6654603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	6655264	rs77573797	G	A	9851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=154;PP=2965;SC=GGTGGGACATGCAGCCATAGG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=188;TCR=154;TR=341;WE=6655272;WS=6655254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr11	6661447	rs117002568	G	A	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=78;PP=2965;SC=GTGCATTGTCGTTGACATCAG;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=179;WE=6661455;WS=6661437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	6789294	rs7924459	G	C	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=78;PP=2610;SC=CTCAAGGCCCGCATGACCTCC;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=135;WE=6789302;WS=6789284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	6790028	rs10839616	C	G	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=61;PP=2370;SC=CATGTGGAGCCGGGCTTCTAT;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=136;WE=6790036;WS=6790018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	6790106	rs7102536	T	C	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=54;PP=1851;SC=AAATGTAGCATAGAGCAGTTC;SOR=1.077;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=98;WE=6790114;WS=6790096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	6816778	rs866347	A	G	7842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=1.847;SC=TGTGGAGGGTAGAATGGTTCC;SOR=0.325;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=139;TCR=124;TR=262;WE=6816786;WS=6816768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,283:1.00:284
chr11	6816875	rs7122644	G	A	4109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=92;PP=2732;SC=CTGTAGTGGCGCAGGAGCAGG;SOR=1.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=40;TCR=92;TR=132;WE=6816883;WS=6816865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	6867894	rs7105094	T	C	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=50;PP=1574;SC=CTAAATTCTATTGAATGACAA;SOR=1.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=6867902;WS=6867884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	6891704	rs10839632	T	C	13058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=0.834;SC=CTTTTCTATATATCATTAAGC;SOR=0.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=440;TCF=219;TCR=221;TR=439;WE=6891712;WS=6891694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,470:1.00:471
chr11	6898663	rs10839635	G	A	5664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=101;PP=2965;SC=ACGTATTTCCGACCCCAATCC;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=87;TCR=102;TR=188;WE=6898671;WS=6898653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	6913244	rs1965208	A	G	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=58;PP=2626;SC=TAGCCTCAGTATGAAGGTGGT;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=136;WE=6913252;WS=6913234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	6942476	rs10839658	C	A	6826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=118;PP=2965;SC=TCTTAGAAATCTCTCCTTTGC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=122;TCR=118;TR=240;WE=6942484;WS=6942466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	6942726	rs10839659	G	C	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=55;PP=2190;SC=TTCAGGTCCTGGGCCAGTGGG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=113;WE=6942734;WS=6942716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	6953858	rs11041108	A	G	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=94;PP=2965;SC=CAGTAAAGATATGGTGACCCT;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=71;TCR=95;TR=165;WE=6953866;WS=6953848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	6965012	rs2515947	C	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=323;SC=AGACATTATTCGCTTTTGTTC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=6965020;WS=6965002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	6976988	rs2239731	A	T	5681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=113;NR=88;PP=2965;SC=CCGAAAGTGGACACCCTTCTT;SOR=0.844;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=203;TCF=115;TCR=88;TR=201;WE=6976996;WS=6976978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	7022160	rs2857919	A	G	4975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=84;PP=2965;SC=CATGCTTTACAGATGGAGCAT;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=164;WE=7022168;WS=7022150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	7022531	rs1156525	A	T	4274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=75;PP=2783;SC=TAAGTTCCTGAGACTTTTGCT;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=136;WE=7022539;WS=7022521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	7022717	rs1156526	T	C	3605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=65;PP=2188;SC=GCCTTGCCAGTAGGAAAAATT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=7022725;WS=7022707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	7059960	rs12801277	A	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=26;PP=1504;SC=ACACCCTGGAATGAAGTGAAG;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=7059968;WS=7059950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	7063755	rs7123944	C	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=24;PP=1237;SC=AACACTTGTTCGATGTGGATG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=7063763;WS=7063745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	7065289	rs6578821	C	A	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=39;PP=1120;SC=AGGGAGGAGGCGTTTAGCTGA;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=7065297;WS=7065279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	7070866	rs1552727	G	A	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=0;PP=1214;SC=GAGAGAAATGGTTTTGTAATA;SOR=7.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=44;TCR=0;TR=44;WE=7070874;WS=7070856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	7071031	rs1552726	G	A	7252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=135;PP=2965;SC=CATTGTGTGAGGCCTTGAAAC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=121;TCR=135;TR=256;WE=7071039;WS=7071021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	7079038	rs10839708	G	A	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=73;PP=2724;SC=GCTTTTGTGTGAGGCCTTAAG;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=144;WE=7079046;WS=7079028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	7091772	rs10769763	C	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=34;PP=978;SC=CCTCAGAATCCACCTAATTGT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=7091780;WS=7091762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	7110363	rs4758158	G	A	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=129;NR=102;PP=2965;SC=TGGTTGAAGCGGATCGCCCGG;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=129;TCR=103;TR=231;WE=7110371;WS=7110353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	7110751	rs11041171	A	G	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=27;PP=949;SC=CGGCGGCTACACGGCGGATTT;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=7110759;WS=7110741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	7260054	rs10839747	A	G	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=63;PP=2279;SC=TGAGACTTCAATTTGGGAAAG;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=124;WE=7260062;WS=7260044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	7324475	rs4412741	T	C	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=108;PP=2965;SC=ACTTCCTAGATCCTCCCACGC;SOR=1.097;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=78;TCR=108;TR=186;WE=7324483;WS=7324465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	7439093	rs4757993	G	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=188;SC=AAGGAGTTCAGCATACCATAG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=7439101;WS=7439083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	7614492	rs7115173	A	G	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=62;PP=2031;SC=TTATCCTGTTACCTCCTACTA;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=97;WE=7614500;WS=7614482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	7614531	rs7129888	C	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=38;PP=1126;SC=GAAGGGAAGCCCAAGAGATTT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=7614539;WS=7614521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	7618953	rs4758203	G	A	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=710;SC=CAGCTCATGTGCTGAAGCCCC;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=7618961;WS=7618943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	7619518	rs4758206	T	C	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=24;PP=771;SC=CTTAATATTATATTTTTCCCA;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=7619526;WS=7619508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	7642031	rs10769813	G	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	7642031	.	GTG	ATC	752	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=30;NR=6;PP=752;QD=22.3741076351;SC=AACAAGGGACGTGTTTAAAGA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=36;WE=7642051;WS=7642021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,36:0.88:41
chr11	7642033	rs190631983	G	C	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	7642407	rs10839822	T	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=488;SC=GATGGTGCAGTAGACAGACTT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=7642415;WS=7642397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	7649640	rs6578886	C	G	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=91;PP=2765;SC=TGTTTGGTCCCTGCTGGTCTC;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=68;TCR=91;TR=159;WE=7649648;WS=7649630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	7650607	rs6578887	A	C	4735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=68;PP=2965;SC=TCCTTGTGCCAAGAACATAGC;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=156;WE=7650615;WS=7650597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	7652034	rs11823260	T	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	7652039	rs11823261	T	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	7652385	rs4130354	T	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=259;SC=TAAATTAATATAGTGCCCCTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=7652393;WS=7652375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	7663726	rs4402283	T	C	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=48;PP=1099;SC=CAAACCTGCATGGGTGAATCT;SOR=1.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=79;WE=7663734;WS=7663716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	7670440	rs4758209	A	G	7136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=124;PP=2965;SC=TAGAGTTGACAGACGAATGCT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=134;TCR=124;TR=257;WE=7670448;WS=7670430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	7689633	rs10743030	A	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=727;SC=GTTGTCCCTTAGAGGATCAAA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=7689641;WS=7689623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	7690685	rs4631871	T	C	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=800;SC=CTCTGAATTGTTGTACGCAAT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=7690693;WS=7690675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	7716549	rs4287332	C	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=51;PP=1577;SC=CAAGAAAAGACGTAGTGCATG;SOR=2.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=7716557;WS=7716539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	7716855	rs4528317	T	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=1011;SC=CCAGCTGCATTATCTGTGGCA;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=7716863;WS=7716845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	7720426	rs4367936	C	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=30;PP=910;SC=AGTCAATATGCAACTAATAAA;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=7720434;WS=7720416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	7720453	rs35619418	A	AGG	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=958;SC=ATCTGTGGAAAGAAGGGAAGG;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=19;WE=7720461;WS=7720443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	7721743	rs12279973	C	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=713;SC=AGAGGTAGAGCCTGTTGGTTC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=7721751;WS=7721733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	7721870	rs10839849	G	A	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=60;PP=2485;SC=TGGATCCAGGGAAGCACTTTA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=80;TCR=60;TR=140;WE=7721878;WS=7721860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	7723171	rs5789540	GA	G	2139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=19;PP=1514;SC=ATGCACAATCGATTTTTAAAA;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=37;WE=7723179;WS=7723161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	7723683	rs4373911	G	A	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=68;PP=2965;SC=AGACAATTCAGTATGATCCTC;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=96;TCR=68;TR=164;WE=7723691;WS=7723673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	7725092	rs3924747	C	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=7;PP=736;SC=CAATGTCACCCAGCCCCATTT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=7725100;WS=7725082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	7725173	rs3924748	G	A	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=47;PP=2057;SC=GTTTTAATAGGGTTATTGCTG;SOR=0.971;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=116;WE=7725181;WS=7725163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	7725454	rs11041539	C	T	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=215;SC=TGTCAAGAATCGTGGACTGTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=7725462;WS=7725444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	7727872	rs12289558	T	C	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=50;PP=1835;SC=AGCGAAAGAGTTGCAGATTTA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=7727880;WS=7727862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	7794545	rs1482784	C	A	5725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=89;PP=2965;SC=TGTAGGACAGCGATATCAATC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=100;TCR=89;TR=189;WE=7794553;WS=7794535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	7794650	rs371799	G	C	5936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=89;PP=2965;SC=GGGAGGTACAGGTGGAGAAGG;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=129;TCR=90;TR=216;WE=7794658;WS=7794640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	7794976	rs980145	T	A	6766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=110;PP=2965;SC=TGGGTGGAGTTCACCAGGGGT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=119;TCR=110;TR=229;WE=7794984;WS=7794966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	7847208	rs1482791	T	C	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=125;PP=2965;SC=CAAACGTCACTACAGAACAGA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=117;TCR=125;TR=241;WE=7847216;WS=7847198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr11	7847466	rs1482792	A	G	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	7847472	rs1482793	C	T	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.02;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	7847523	rs1482794	T	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=867;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TCCCCATCTATATTGGGAATG;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=42;WE=7847531;WS=7847513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr11	7871011	rs4758022	A	G	8716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=165;NR=134;PP=2965;SC=ATGGCACACTATTTTTCATGT;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=165;TCR=134;TR=299;WE=7871019;WS=7871001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr11	7949134	rs12273639	T	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=455;SC=TGATATACAATCAAACTTGGA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=7949142;WS=7949124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	7949192	rs11041669	G	A	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=10;PP=1140;SC=CAAACTTAATGAATCTAAATT;SOR=3.113;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=7949200;WS=7949182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	7949350	rs4758258	A	G	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=89;PP=2965;SC=GTAGATAAGCAGATTCAGCAG;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=169;WE=7949358;WS=7949340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	7950024	rs12272735	A	G	7869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=153;PP=2965;SC=AGTTCAGGAGAAACAGGTACA;SOR=1.100;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=113;TCR=153;TR=265;WE=7950032;WS=7950014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	7960045	rs6578915	G	A	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=0;PP=1270;SC=AAAAAATGCAGTCTGTTTTCA;SOR=7.658;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=45;TCR=0;TR=45;WE=7960053;WS=7960035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	7961130	rs4758259	C	T	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=18;PP=631;SC=AGTCGTAATCCCATAGCTGTG;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=31;WE=7961138;WS=7961120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	8009241	rs12421289	C	T	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=29;PP=1249;SC=AGGGTGCTGCCCGAGTTATCG;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=8009249;WS=8009231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	8014479	rs4758267	C	T	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=22;PP=1905;SC=TGCTGATCCACGAGTACTACA;SOR=2.435;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=92;WE=8014487;WS=8014469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	8061100	rs10769865	C	T	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=12;PP=490;SC=CTGAAGGAGGCCTTGAGTGAC;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=8061108;WS=8061090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	8103104	rs11041733	G	T	7086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	8111540	rs2272382	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=3;PP=689;SC=CAAGGTGGGCTGTGGACCCCC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=8111548;WS=8111532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	8115762	rs7396690	C	G	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=57;PP=1819;SC=CTACAGCCCTCCCCAGCAGGC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=93;WE=8115770;WS=8115752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	8117228	rs11041739	A	G	6334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=98;PP=2965;SC=CCCCATGGGGACCCAGTGATA;SOR=0.782;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=216;WE=8117236;WS=8117218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	8118103	rs2242501	A	G	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=17;PP=1221;SC=GATATGGCTAAGAGTGTGTGC;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=8118124;WS=8118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	8118116	rs2242502	A	G	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=21;PP=1466;SC=GTGTGTGCATAAGTTTGTGGG;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=8118124;WS=8118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	8118185	rs10160258	C	G	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=50;PP=2356;SC=TCAGGGGCAGCGTAGACTTCT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=117;WE=8118193;WS=8118175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	8118200	rs7931842	C	A	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=53;PP=2138;SC=ACTTCTCCTCCTTCATCCCTT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=121;WE=8118208;WS=8118190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	8119063	rs7950355	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=671;SC=CATATCTACCACTGACCTCTC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=8119071;WS=8119053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	8122228	rs12796222	A	G	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	8122234	rs7394561	G	A	4441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	8190364	rs79545167	C	T	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=39;PP=1771;SC=GCAGCGTTCTCCGTACTCTTC;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=97;WE=8190372;WS=8190354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	8251921	rs3750952	G	C	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=50;PP=1909;SC=AGTCACAGCAGGCACACTTGA;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=121;WE=8251929;WS=8251911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	8284838	rs204931	A	G	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=20;PP=1104;SC=GCGCCGCGGCAGGGGGCGAGG;SOR=1.451;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=8284846;WS=8284828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	8284981	rs176083	A	C	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=46;PP=1402;SC=CGCGCTTTGGAGGGGCGGCCG;SOR=1.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=83;WE=8285003;WS=8284971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	8284995	rs204929	T	C	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=43;PP=1502;SC=GCGGCCGGTCTTCGGGCAGCT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=75;WE=8285003;WS=8284971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	8285124	rs2071458	A	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=210;SC=TTTGTGCCTCAGAATTGGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=8285132;WS=8285114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	8483335	rs1900273	G	A	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=34;PP=1636;SC=AAAATGCAGCGCCTAATAGAG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=8483343;WS=8483325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	8486310	rs1446464	C	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=50;PP=1419;SC=CCTTGTCTGTCGCTTCAATGA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=85;WE=8486318;WS=8486300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	8639325	rs4929924	G	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=14;PP=971;SC=GATGTACTACGGCTCCCAAAT;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=8639333;WS=8639315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	8641501	rs7946508	C	A	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=3;PP=270;SC=AATTTTGTGACTCTAGAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=8641509;WS=8641491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	8641882	rs7943945	G	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=21;PP=943;SC=GGCATAGGACGAAGAAATGTA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=8641890;WS=8641872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	8642218	rs7950166	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=318;SC=ACTGAGTCTCCGGCTTTGCCG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=8642226;WS=8642208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	8644530	rs4929948	T	G	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=95;PP=2965;SC=GCCACACATCTGTCATACAGT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=57;TCR=96;TR=152;WE=8644538;WS=8644520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	8644562	rs10533257	TCATA	T	3531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=55;PP=2970;SC=CTATAGTCATTCATACATAGT;SOR=2.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=57;WE=8644573;WS=8644552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	8646237	rs12803166	G	T	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=46;PP=2100;SC=AGGAAGTTTGGATAGCATTTC;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=8646245;WS=8646227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	8662090	rs11042022	T	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=2;PP=404;SC=AGGTGGGGGATGGGGGAGGGG;SOR=3.500;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=20;WE=8662098;WS=8662080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	8662516	rs11042023	T	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=15;PP=706;SC=TGGGGAGCAGTGGGAGCAGCA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=8662524;WS=8662506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	8669437	rs10840100	A	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=0;PP=575;SC=CAGGCACTACATCTGACGGCC;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=8669445;WS=8669427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	8670172	rs7950801	T	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=25;PP=771;SC=GCTGCACAGCTCTCAGCCTTC;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=8670180;WS=8670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	8706406	rs4670	T	G	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=80;NR=63;PP=2459;SC=AAAACAAGACTGGGGCTGCTC;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=143;WE=8706414;WS=8706396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	8716968	rs2270955	T	A	8148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=126;PP=2965;SC=AGCCCCTTCCTTCTTGCTGAA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=149;TCR=126;TR=275;WE=8716976;WS=8716949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr11	8719615	rs10840113	C	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=640;SC=TGAGCCCAGGCAGGTCGAGGC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=8719623;WS=8719605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	8721613	rs6483727	G	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.64;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	8721616	rs6483729	G	A	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.89;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	8732300	.	G	GCA	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=2.256;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	8735662	rs931756	G	A	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=2010;ReadPosRankSum=0.666;SC=CACCACCCCAGCTTTTCTCAC;SOR=0.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=117;WE=8735670;WS=8735652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr11	8736046	rs931757	C	T	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=0;PP=769;SC=CTCCCTCCTACGTGGCCATTT;SOR=5.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=8736054;WS=8736036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	8751479	rs11042053	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=665;SC=TACAACACACCGGAGGGGCAT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=8751487;WS=8751469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	8751889	rs3794153	C	G	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=77;PP=2965;SC=AGGTTCCAGTCTTCCTTTTCC;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=92;TCR=77;TR=169;WE=8751897;WS=8751879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	8788168	rs10743089	A	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=13;PP=714;SC=CTGGGTGAAGATCTGCACGAA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=8788176;WS=8788158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	8788225	rs10734637	A	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.54;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr11	8797684	.	CACGT	C	52.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.02;QD=26.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	8797693	.	GCA	G	52.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.02;QD=26.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	8797703	.	G	GCACACACACACACA	54.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.02;QD=27.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	8797705	rs151193662	G	A	63.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;QD=31.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	8797707	rs145618051	G	A	321.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=35.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	8933853	rs2742519	T	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=3;PP=1134;SC=TCTTTTAGAGTTGGAATTCTT;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=43;WE=8933861;WS=8933843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	8934101	rs2742518	A	G	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=93;PP=2965;SC=GTGAACCAAAACTATGCCCCA;SOR=1.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=54;TCR=93;TR=147;WE=8934109;WS=8934091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	8938787	rs2016942	A	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=398;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TTTACAATCCAAAAGTGAAAG;SOR=3.160;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=8938795;WS=8938778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr11	8942999	rs2568023	G	A	5818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=99;PP=2965;SC=CCCCACTACTGCAGTTTGTGC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=199;WE=8943007;WS=8942989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	8946950	rs3751068	G	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=4;PP=940;SC=ACATGTGGGAGGGAAGGGAGG;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=8946958;WS=8946940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	8947021	rs2653588	A	G	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=49;PP=2701;SC=TGGCTTCCCAAGGCATGGCTC;SOR=1.436;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=95;TCR=49;TR=144;WE=8947029;WS=8947011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	8947283	rs3751066	G	C	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=65;PP=2741;SC=TGTGCTGTGGGCTCCAACTCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=140;WE=8947291;WS=8947273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	8948680	rs3751065	A	T	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=53;PP=1806;SC=CTGCGACAAGAGGAGCCTCGA;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=8948688;WS=8948670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	8959511	rs4910179	T	G	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=19;PP=1421;SC=CACTGTAATTTCCCAGGATAA;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=8959519;WS=8959501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	8959545	rs4909951	C	A	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=28;PP=1477;SC=AAAAGGCAGCCGTGGCAGCTC;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=8959553;WS=8959535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	8970083	rs2653604	C	A	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=645;SC=CATAGACACACAACAGTGACC;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=8970091;WS=8970073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	8977691	rs2742488	C	G	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=13;PP=1098;SC=GCAGAAAAGACGTAGACAGAC;SOR=1.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=53;WE=8977699;WS=8977681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	8977707	rs2568069	G	A	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=23;PP=1503;SC=CAGACAGACAGACAGGTAGAT;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=8977715;WS=8977697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	9005036	rs2568046	T	A	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=42;PP=1928;SC=CAGTTTTCTCTATCTGTCAAC;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=106;WE=9005044;WS=9005026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	9051385	rs7479998	C	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=29;PP=1494;SC=ACCCAGACACCTATCTTCTTA;SOR=1.455;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=84;WE=9051393;WS=9051375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	9052170	rs10769983	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=273;SC=CTGCTGGGGCGAGTGGAGCTG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=9052178;WS=9052160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	9052423	rs7395988	A	C	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=58;PP=2108;SC=GGGCACAGAGATGGCAAGGTG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=114;WE=9052431;WS=9052413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	9072140	rs3751052	C	T	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=17;PP=1234;SC=ACACCAACCACCTGATTCCAT;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=9072148;WS=9072130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	9081926	rs7112378	C	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=10;PP=920;SC=TAACAGGGCACCCAGTCTCCC;SOR=2.256;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=9081934;WS=9081916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	9096189	rs7930311	G	C	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=96;PP=2965;SC=ATTAGCCTTTGCTTTGGTGAC;SOR=1.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=44;TCR=96;TR=140;WE=9096197;WS=9096179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	9167399	rs10732517	T	C	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=38;PP=1293;SC=TGAGGAGAATTAGGAATCTTT;SOR=1.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=9167407;WS=9167389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	9309405	rs5014247	A	G	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=39;PP=1110;SC=TCTTACTCACATTGATTTATT;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=9309413;WS=9309395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	9310169	rs10770007	C	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=23;SC=AGTATAAATACAAAAATTATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=9310177;WS=9310159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	9316937	rs4601780	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=455;SC=TTTCTTCTCTGAAGAAATAAA;SOR=1.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=9316945;WS=9316927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	9321399	rs10743101	A	G	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=56;SC=GGGCACAGTGACTCACGCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=9321407;WS=9321389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	9336071	rs4325312	A	G	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=72;PP=2234;SC=ACTACGCCGAAGCGCCACGGC;SOR=1.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=9336079;WS=9336061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	9406349	rs4606477	T	C	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=73;PP=2703;SC=TGCGGGGCACTATGGACCCAG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=153;WE=9406357;WS=9406339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	9442388	rs12418581	C	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=133;SC=GTCTCAGGATCTCTTTATGTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=9442396;WS=9442378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	9450377	rs2290423	T	G	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=45;PP=2334;SC=TCTGTGTTTTTCATTCAGATC;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=115;WE=9450385;WS=9450367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	9493100	rs7119680	G	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	9495961	rs2278900	A	T	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=9;PP=1848;SC=TACTGAACTTACTTAAATGTT;SOR=3.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=65;TCR=9;TR=74;WE=9495969;WS=9495951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	9519420	.	T	C	167	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=16;MQ=43.17;NF=0;NR=7;PP=167;QD=28.8244589353;SC=CTCTGTCGCCTAGGCTGGAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=9519428;WS=9519410;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr11	9522567	rs2290425	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=601;SC=CTAGGCAGGATTGAAGGATAA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=9522575;WS=9522557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	9537904	rs10743108	G	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=998;ReadPosRankSum=0.637;SC=TACAGAAGGGGAACAGGTAAT;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=52;WE=9537912;WS=9537894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr11	9603236	rs4370932	C	T	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=29;PP=936;SC=GTAAGTATTGCAGATCTTCTG;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=9603244;WS=9603226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	9715628	rs360049	C	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=246;SC=GCATGTTGTACTCATGGTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=9715636;WS=9715620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	9715646	rs3763865	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=269;SC=GAAGGTGTCATGTGCTGGTTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=9715654;WS=9715636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	9751089	rs12360647	G	A	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=232;SC=TCTGTTGCCCGGGCTGTAGTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=9751097;WS=9751079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	9754221	rs360157	C	T	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=599;SC=AGGCCGCCAACGAAAGCAAGC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=9754229;WS=9754211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	9759608	rs93139	T	C	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=91;SC=TAGACTGGAATTCTAATGGAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=9759616;WS=9759598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	9759713	rs93138	T	G	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=22;PP=1062;SC=TTAATGTACTTCTACTCTAAC;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=9759721;WS=9759703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	9759918	rs173396	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=293;SC=AGCCTGGGTCGGTGGGAACAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=9759926;WS=9759908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	9769562	rs415895	C	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=58;PP=2349;SC=GCAGCTGGAGCAGCTTGAGTT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=119;WE=9769570;WS=9769552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	9771687	rs6483656	G	C	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.92;QD=19.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	9801925	rs3751000	T	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=790;SC=TCTGGCAGCATGAGTTCTTCT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=9801933;WS=9801915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	9802228	rs360124	G	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=30;PP=896;SC=CTTTACTTTTGTGGTCTCTAG;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=34;WE=9802236;WS=9802218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	9806914	rs71453928	T	TACTG	2751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=1799;SC=ACACTTAAACTACTGACTGGA;SOR=1.234;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=31;WE=9806922;WS=9806904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	9812236	rs2645029	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=18;PP=574;SC=AGTTCCTGTAGATTAAAAAAA;SOR=1.148;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=32;WE=9812244;WS=9812226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	9830732	rs10770066	A	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=481;SC=GACACTTTTGACTGGATGCAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=9830740;WS=9830722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	9838591	rs116966215	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=367;SC=AGCCAAAGTCGTGGAGTGAGA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=9838599;WS=9838581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	9861009	rs7483882	G	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=4;PP=956;SC=AAGAAAGGAAGGAAGACCTCT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=9861017;WS=9860999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	9875353	rs375686	G	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=748;SC=AGAAACATGAGCAAAGTGATG;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=9875361;WS=9875343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	9879727	.	CA	AT	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=930;ReadPosRankSum=0.906;SC=TCCTTAAAGCCAGAATCCTAA;SOR=0.990;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=26;WE=9879736;WS=9879717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr11	9917620	rs4910073	G	C	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=45;PP=1586;SC=AAATACATGCGAACTAACATC;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=9917628;WS=9917610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	9983610	.	C	T	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=1082;ReadPosRankSum=1.297;SC=GAGACACTGTCTTGCTGCCTT;SOR=0.591;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=68;WE=9983618;WS=9983600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,76:0.53:143
chr11	10010964	rs11826263	A	C	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=133;SC=TAACCACGTAACACCCGTACC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=10010972;WS=10010954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	10014462	rs56223901	C	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=261;SC=ATAAATGGCTCGGAAAAAAAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=10014470;WS=10014452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	10019879	rs16907355	G	A	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=37;PP=1345;SC=GAATACATTCGGGAATTTTAA;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=76;WE=10019887;WS=10019869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	10518251	rs16907878	G	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=0;PP=685;SC=CTTGATTCTGGGTGTTTGATG;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=24;WE=10518259;WS=10518241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	10518289	rs1466426	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=5;PP=994;SC=AGGAAGTGACTGGGGCTGGTC;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=10518297;WS=10518279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	10521764	rs3741041	T	C	7222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=140;PP=2965;SC=ACTACATGTATGCCAACATCA;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=127;TCR=140;TR=267;WE=10521772;WS=10521754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	10521850	rs3741039	G	A	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=55;PP=1486;SC=GTACATGCACGCATGCACACA;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=68;WE=10521858;WS=10521840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	10522983	rs1870951	G	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=5;PP=1109;SC=AACTGGGGGGGGCCTTCCTGA;SOR=3.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=47;WE=10522991;WS=10522973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	10526060	rs7943804	C	T	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=74;PP=2965;SC=ATGGATATCCCCCCTTCTAAT;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=114;TCR=74;TR=188;WE=10526068;WS=10526050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	10553355	rs4910153	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=645;SC=ATGAGGCCATCGAAAGTTAAG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=10553363;WS=10553345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	10553672	rs4910154	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	10553675	rs4910155	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	10555589	rs1065052	A	G	6520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=1.938;SC=CTACTCTCCCAAGAAATTCTT;SOR=0.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=115;TCR=114;TR=227;WE=10555597;WS=10555579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
chr11	10581623	rs746164	C	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=299;SC=ATTGGCCTTGCTTCTCACACT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=10581631;WS=10581613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	10603648	rs2288236	A	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=666;SC=AGGCTTTTTCAGTAACTTTCA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=10603656;WS=10603638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	10614911	rs3741033	C	G	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=86;SC=CACTCAGATTCTATTCTGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=10614919;WS=10614901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	10615473	rs7126245	C	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=132;SC=CTTATGATCACTTCATGTTCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=10615481;WS=10615467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	10631247	rs3741042	C	T	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=30;PP=1408;SC=CGGTACAGGGCCTTCTGTAAC;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=10631255;WS=10631237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	10645289	rs61892975	A	G	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=15;PP=987;SC=ACAAATCAGCACTCGCTGAGA;SOR=1.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=52;WE=10645297;WS=10645279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	10645569	rs2303402	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=28;PP=782;SC=AAGCACCAGGAAATAGTTCCT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=10645577;WS=10645559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	10647702	rs2241489	G	A	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=56;PP=2131;SC=TGTCCCAGGAGAGCCCTCGCA;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=114;WE=10647710;WS=10647692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	10649161	rs1425152	C	A	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=41;PP=2496;SC=CATACGTGTGCATGCACACAC;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=83;TCR=41;TR=124;WE=10649169;WS=10649151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	10650329	rs2278125	C	T	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	10653729	rs3741032	C	G	162.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.35;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	10655609	rs2162044	C	T	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=43;PP=1158;SC=ACTCCTGCGGCAGGAGGACCC;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=10655617;WS=10655599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	10673739	rs4909945	T	C	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=85;PP=2588;SC=GCTGGGGAGATGCCAAAAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=180;WE=10673747;WS=10673729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	10709194	rs1035694	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=240;SC=CTTCACCAGACACAGATGCCC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=10709202;WS=10709184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	10711918	.	TA	T	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=2.531;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr11	10715124	rs10770136	T	C	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=28;PP=878;SC=GGCCAGCCTCTCTTCACTCTG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=10715132;WS=10715114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	10786023	rs3830388	A	AAGTTG	2320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=20;PP=2511;SC=ATACTGAATCAAGTTGCATGC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=40;WE=10786031;WS=10786013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	10786142	rs3736326	C	T	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=72;PP=2754;SC=AAGCGGAACACGATGAGCATT;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=153;WE=10786150;WS=10786132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	10797276	rs72259410	CTTTCTT	C	446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=421;SC=ATATACTTTTCTTTCTTTTTC;SOR=3.442;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=10797289;WS=10797266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	10821055	rs3736327	C	T	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=47;PP=1584;SC=GCTTCTTTTCCAGTACATGAA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=10821063;WS=10821045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	10822202	rs4910190	G	A	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=44;PP=2535;SC=TTCCTGTGAAGAACACAAGTA;SOR=1.109;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=110;WE=10822210;WS=10822192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	10822350	rs7951708	C	T	5783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=108;PP=2965;SC=CCTGGATAAGCGGTGGATTAG;SOR=0.959;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=90;TCR=108;TR=198;WE=10822358;WS=10822340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	10823079	rs10840492	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=16;PP=970;SC=AAAAGAAGTATAGAAAAGAGA;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=10823087;WS=10823069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	10823576	.	C	CACACTCCTAAAATAGTTTCATGTTTTAATAGCAAATGAAATCACATATATTGCATAATTTAACATTTGTTGCCTAA	2397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=266.41;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	10823815	rs7105210	C	T	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=62;PP=2412;SC=TTCAGCTTAACGCAACCATTG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=128;WE=10823823;WS=10823805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	10824540	rs10743150	G	A	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=201;SC=TACACACACAGAGTCTATGTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=10824548;WS=10824530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	10824731	rs2270620	C	T	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=52;PP=2503;SC=CTCAGCTTACCAACAAATTTA;SOR=1.379;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=92;TCR=52;TR=144;WE=10824739;WS=10824721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	10826341	rs2242360	A	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=434;SC=TCAAAAATACATACCTATCTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=10826349;WS=10826331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	10827418	rs11042964	T	C	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=76;PP=2965;SC=TAATCCACACTTCCCATCTTT;SOR=1.239;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=126;TCR=76;TR=201;WE=10827426;WS=10827408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	10828361	rs10743151	C	A	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=63;PP=2522;SC=TACATGTTTACCACACCTGTT;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=152;WE=10828369;WS=10828351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	10828490	rs11373962	T	TA	1673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=34;PP=1476;SC=TCAAAAAGAATAAGCATCTAT;SOR=2.448;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=10828498;WS=10828480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	10830106	rs7127279	A	G	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=63;PP=1940;SC=CTTTCCAGGTATCTGAAGCGC;SOR=1.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=107;WE=10830114;WS=10830096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	11292635	rs12282251	C	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=200;SC=CAGCAGGCAACGTTGCAGCAG;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=11292643;WS=11292625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	11292700	rs10831567	G	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=13;PP=851;SC=GTCAGGACGCGAGGCTCCTCA;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=11292708;WS=11292690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	11292859	rs12282460	G	T	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.76;ReadPosRankSum=1.661;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr11	11292864	rs12282401	C	T	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.71;ReadPosRankSum=1.758;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr11	11314538	rs10437598	C	T	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=32;PP=2005;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TGGTTTTCCACGATGGCTGCC;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=101;WE=11314546;WS=11314528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr11	11354393	rs901554	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=852;SC=ACAGGGACGCAGAAGCAGAGA;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=11354401;WS=11354383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	11373508	rs7948121	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=675;SC=TGAGCGCCAGTGGCAGCTGGA;SOR=4.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=29;WE=11373516;WS=11373498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	11373587	rs7945066	A	G	6352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=139;NR=81;PP=2965;SC=GGGGTGAAGGAGTTGGCACTG;SOR=1.251;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=140;TCR=81;TR=220;WE=11373595;WS=11373577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	11373635	rs1056963	C	T	8607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=130;PP=2965;SC=TGCTGACGGGCGTACTGCCCC;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=166;TCR=130;TR=296;WE=11373643;WS=11373625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr11	11373808	rs1056951	T	G	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=78;PP=2965;SC=TGATTTTCACTGTGGACAAAG;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=106;TCR=79;TR=184;WE=11373816;WS=11373798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	11373925	rs4243927	A	C	9865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=167;PP=2965;SC=GTCCCCAGAAACTTGGCTATC;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=343;TCF=176;TCR=167;TR=342;WE=11373933;WS=11373915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr11	11373960	rs2071461	C	T	9372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=160;NR=173;PP=2965;SC=ATAATTGTCACGTCCATGGAA;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=333;TCF=160;TCR=173;TR=333;WE=11373968;WS=11373950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr11	11374016	rs2896586	T	A	6019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=120;PP=2965;SC=TACAACCCAATCTCCACATAT;SOR=1.244;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=83;TCR=121;TR=203;WE=11374024;WS=11374006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	11374269	rs2071460	A	G	7152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=131;PP=2965;SC=GTAAAATCGAATATCATAGTC;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=113;TCR=131;TR=244;WE=11374291;WS=11374259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	11374283	rs2896585	T	G	6839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=123;PP=2965;SC=CATAGTCTGTTAACGTCTGGT;SOR=1.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=98;TCR=123;TR=221;WE=11374291;WS=11374259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	11954786	rs10741562	G	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=779;SC=TCATTGAACAGTGTAACCAAC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=11954794;WS=11954776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	11972054	rs11022090	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=462;SC=TTTGGGGGGAAGTATCAGTTA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=11972062;WS=11972044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	11976628	rs7933089	G	A	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=43;PP=1675;SC=ATATTCATCAGGATTTAGACT;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=11976636;WS=11976618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	11986061	rs3206824	T	C	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=52;PP=2460;SC=GCAGGCTCCCTCAGCGCCATC;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=122;WE=11986069;WS=11986051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	11989899	rs2291599	T	C	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=18;PP=1426;SC=CCCAGGTGCCTGAGACCCTGG;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=69;WE=11989907;WS=11989889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	12225946	rs3763823	T	G	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=117;PP=2965;SC=ATGACCTTCGTGGCCTGGGAG;SOR=0.918;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=102;TCR=117;TR=219;WE=12225954;WS=12225936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	12231112	rs2306727	A	G	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=47;PP=1487;SC=TGACGTCATCATTGGTGCCGA;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=12231120;WS=12231102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	12241626	rs7101833	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=1;PP=468;SC=CCTGGTTTTTATATGTCTTTT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=12241634;WS=12241616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	12241962	rs78682404	C	T	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=59;PP=1645;SC=GAGCGGCAGGCGCACCAGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=93;WE=12241970;WS=12241952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	12242030	rs4237704	A	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=23;PP=592;SC=CGGAGCCCCCATGTTTCTCTG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=12242038;WS=12242020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	12244468	rs10831769	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=208;SC=TTTCTAGCCCGCAGGACAGAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=12244476;WS=12244458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	12257925	rs77307435	G	A	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=26;PP=718;SC=CAAGCTTGGCGTGATGGAAAA;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=12257933;WS=12257915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	12262476	rs2641936	C	A	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=40;PP=2596;SC=GCACTTGCAACCTTCGTCTCC;SOR=1.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=131;WE=12262484;WS=12262466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	12495623	rs7109678	G	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=595;SC=ACGAGCCCCTGAGAGAAGGTA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=12495631;WS=12495613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	12517935	rs11406960	G	GT	746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=662;SC=GAATAACTGAGTAAGTGCATG;SOR=3.816;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=15;WE=12517943;WS=12517925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	12534808	rs2403631	A	G	9781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=174;PP=2965;SC=GCCAGGGATCAGCTCTTGTGC;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=350;TCF=176;TCR=174;TR=350;WE=12534816;WS=12534798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr11	12535415	rs11022380	A	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=6;PP=642;SC=TCCTGGGCCCAGGGCTCTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=12535423;WS=12535405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	12923434	rs2289436	T	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=8;PP=949;SC=ATGGATGAGTTCCAGGTTGAT;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=12923442;WS=12923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	12951623	rs2245140	A	C	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=2;PP=854;SC=AAGATGATTCATGTTGAAAAA;SOR=4.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=34;WE=12951631;WS=12951613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	12951926	rs2727360	A	G	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=46;PP=1422;SC=GAGGCTTGACAGAAGTGAGGA;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=12951934;WS=12951916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	12952015	rs2727361	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=314;SC=GGTCAGTCAGCAGTTGAATTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=12952023;WS=12952005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	13031846	rs12793946	G	A	7989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=158;PP=2965;SC=CAATTCGCCAGCAGGTGCAGC;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=128;TCR=158;TR=286;WE=13031854;WS=13031836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	13398129	rs10741617	T	A	5772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=73;PP=2965;SC=CCAAGTTGAATGGTGCACAGT;SOR=1.123;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=117;TCR=73;TR=190;WE=13398137;WS=13398119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	13399791	rs10832030	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=268;SC=TGAACTGCAAATGGATCATGG;SOR=1.911;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=13399799;WS=13399781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	13514263	rs6254	C	T	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=66;PP=2023;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CTCCCCACTTCGAAATGATAA;SOR=1.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=111;WE=13514271;WS=13514253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
chr11	13514417	rs694	C	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=207;SC=ACTAAAAGGACAAGCAAAATG;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=13514425;WS=13514407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	13716530	rs7130943	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=27;PP=789;SC=CACTCAGAACAAAGAAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=41;WE=13716538;WS=13716520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	13716614	rs143770401	T	TA	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	13716619	rs71482916	C	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=87;SC=ATTAGTAAAACAAAAAAACTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=13716627;WS=13716604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	13729639	rs183124096	GA	AT	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=654;SC=ATGTTTGTTTGAAATTTATAT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=13729648;WS=13729629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	13733401	rs7934570	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=9;PP=445;SC=CATTTTTCTGCTTTTTGTATA;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=25;WE=13733409;WS=13733391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	13744935	rs12421421	A	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	13744958	rs12420123	T	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=7;PP=705;SC=TTTATTTATATTCTGTCTTAC;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=38;WE=13744966;WS=13744948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	13984583	rs3761859	C	T	8815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=0.502;SC=AGGGCTACTGCAGCCGTATCC;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=159;TCR=167;TR=324;WE=13984591;WS=13984573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,336:0.99:338
chr11	13984720	rs10741631	A	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=46;PP=1280;SC=GCATTAGGAGAGCGGGACCCG;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=13984728;WS=13984710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	14101493	rs5789820	G	GC	7323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=71;PP=2971;SC=AGACTGCTGTGCTGCGGAACT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=98;WE=14101501;WS=14101483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	14246296	rs1025412	G	A	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=59;PP=1904;SC=GTGAAAGACTGAGGGAGATAT;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=112;WE=14246304;WS=14246286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	14303282	rs2303972	T	A	5868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=113;PP=2965;SC=ATTCCAACAGTTATGTTTATG;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=88;TCR=113;TR=201;WE=14303290;WS=14303272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	14329984	rs2915408	C	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=11;PP=266;SC=CTGGCTCTCACCTATAAATGA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=14329992;WS=14329974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	14386145	rs4517475	A	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=723;SC=CACACACACAACCCTGAGGAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=14386153;WS=14386135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	14480292	rs12576926	C	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=374;SC=GAGGCAAAAACCAAACAGCAT;SOR=2.303;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=17;WE=14480300;WS=14480282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	14497269	rs2597194	C	T	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=24;PP=1576;SC=ATTTGACTGTCTTACATACAA;SOR=1.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=14497277;WS=14497259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	14501296	rs2575857	C	T	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=28;PP=661;SC=ATGGAACTAACAATTTTCGAA;SOR=5.486;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=29;WE=14501304;WS=14501286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	14512060	rs2597189	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=307;SC=GTAATACTTTCAATTGTCACT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=14512068;WS=14512050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	14516003	rs10832279	TT	AA	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.63;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	14520566	.	T	TA	70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.9991;HP=12;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=70;QD=15.2;SC=CATTACAAATTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=14520574;WS=14520556;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,5:0.56:9
chr11	14532338	rs2597218	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=7;PP=238;SC=CAGAATGTTGCATATATACTC;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=14532346;WS=14532328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	14540671	rs1823466	A	G	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=28;PP=2008;SC=ATATGCTTGTATTTCCATTCA;SOR=1.538;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=14540679;WS=14540661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	14540942	rs2305305	C	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=569;SC=AAAAGTCTTCCTTTTCTTTAA;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=14540950;WS=14540932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	14632570	rs1403247	A	C	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=59;PP=1854;SC=AGACCAACATACAACATAGGT;SOR=1.322;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=100;WE=14632578;WS=14632560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	14810762	rs4757268	A	G	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=63;PP=2141;SC=ATGGCAAAAGACCTCACCAAG;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=14810770;WS=14810752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	14825704	rs3740823	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=35;PP=988;SC=AATTTCATGTATTATAAGTTA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=14825712;WS=14825694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	14852490	rs1037378	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=73;SC=TTTTAATATAGTAGTATTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=14852498;WS=14852480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	14913575	rs12794714	G	A	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=33;PP=1246;SC=GGGGAAGCTCGGATGAGGCTG;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=72;WE=14913583;WS=14913565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	14991539	rs5239	T	C	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=25;PP=1298;SC=TGCACATAGTTCTGCACCAGT;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=14991547;WS=14991529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	15096419	rs1540139	C	T	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=15;PP=760;SC=CTCTGTGCCTCTGAAGTCACG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=15096427;WS=15096409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	15170644	rs1714354	T	C	4895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=75;PP=2879;SC=TCTTTTAGGATCTCGTTGTGC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=164;WE=15170652;WS=15170634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	15170807	rs12222688	G	A	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=30;PP=821;SC=TCCAGGCCAGGCCTGCCCCAT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=15170815;WS=15170797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	15199957	rs1714376	T	C	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=48;PP=1845;SC=AGCACTTTGGTCAGCTGCTGG;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=104;WE=15199965;WS=15199947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	15267727	rs1945624	A	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=29;PP=861;SC=AATGGAGGACAAAATCTTAGA;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=15267735;WS=15267717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	16205323	rs7926424	T	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=529;SC=GAAAACAGCCTTATTGGTGCT;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=16205331;WS=16205313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	16205595	rs1455111	C	T	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=251;SC=AATCTTTTACCGCACCTCTAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=16205603;WS=16205585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	16760244	rs1846936	T	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=525;SC=GCTTGGGCCCTTGGCGGATTG;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=16760252;WS=16760234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	16847558	rs400458	A	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=379;SC=AGGTAATGGCAGTAAAGAGTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=16847566;WS=16847548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	16848077	rs390974	G	A	5291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=105;PP=2965;SC=GGCCACATTCGTGACAGGACT;SOR=1.156;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=75;TCR=105;TR=180;WE=16848085;WS=16848067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	16863049	rs369457	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=434;SC=GGTCCCAATCCTAGTGTAGGA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=16863057;WS=16863039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	16863087	rs452745	A	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=556;SC=CCTCCATCAGAACTAACCTCT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=16863095;WS=16863077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	16863362	rs454869	T	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=20;PP=631;SC=GCCCTTCTAGTCTAAAAGCCC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=16863370;WS=16863352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	16863424	rs431208	C	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=299;SC=GGCTAGATTTCTCTTTCTTAG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=16863432;WS=16863414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	16873799	rs417406	C	T	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=53;PP=2965;SC=CTGAACACTTCGGCAGGGTAA;SOR=1.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=128;TCR=53;TR=181;WE=16873807;WS=16873789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	16874067	rs418113	C	T	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=36;PP=1008;SC=GACATTAGAACTTGGATTAAA;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=16874075;WS=16874057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	16876618	rs409354	G	A	4670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=96;PP=2786;SC=TAGGAGGACCGTCGGCTCTCT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=61;TCR=96;TR=157;WE=16876626;WS=16876608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	16892477	rs402973	C	G	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=16;PP=1486;SC=TGAAAGAAGTCTGAAGGTTGA;SOR=2.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=16892485;WS=16892467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	17035487	.	AC	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.782;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr11	17096059	rs11024148	A	G	8241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;PP=2965;SC=GATTAATACTAGTCCCTCCAC;SOR=0.735;Source=Platypus;TCF=144;WE=17096067;WS=17096049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	17096150	rs7125607	T	A	6187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=98;PP=2965;SC=GCACCAAACTTCTGAATACCT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=204;WE=17096158;WS=17096140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	17111272	rs10832733	A	G	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=24;PP=1544;SC=CCAAAGCTCAAACATTCACTA;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=79;WE=17111280;WS=17111262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	17113483	rs7113396	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=23;SC=CCACATTCATCGAGAAGTTAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=17113491;WS=17113473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	17156715	.	GCA	G	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=37;QD=24.0;SC=ACCTACACATGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=2;WE=17156724;WS=17156705;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,2:0.12:16
chr11	17172133	rs2302511	T	C	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=121;PP=2965;SC=TGTTTCTTTGTGCTGTGACTG;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=107;TCR=121;TR=228;WE=17172141;WS=17172123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	17333663	rs2521998	G	A	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=22;PP=659;SC=CATGTAATGAGTGAGGTATGT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=17333671;WS=17333653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	17339127	rs2634462	T	C	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=896;SC=TAATGTCTTTTTAGTCTCCTT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=17339135;WS=17339117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	17351683	rs757081	C	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=3;PP=367;SC=GACATTAGATCAGCAACAGTT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=17351691;WS=17351673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	17435936	rs4148631	G	A	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=449;SC=TGGAGTGCAGGTAAGCACCTG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=17435944;WS=17435926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	17435966	rs4148630	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=5;PP=734;SC=ATGGCTGGGTGTGGGTGATCG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=17435974;WS=17435956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	17436191	rs1800852	A	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	17436191	.	AAG	GAA	1024	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10;NR=34;PP=1024;QD=24.4879062469;SC=GGGGGTGCGGAAGGCATTCTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=44;WE=17436201;WS=17436181;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,44:0.92:48
chr11	17436193	rs1800851	G	A	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=2.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	17436936	rs4148626	A	G	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=70;PP=2907;ReadPosRankSum=1.478;SC=AGTGAACCATATCCTCCAGGA;SOR=0.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=85;TCR=71;TR=155;WE=17436944;WS=17436926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr11	17449929	rs1799858	C	T	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=55;PP=2235;SC=GGGCTGGACGCTTGCGGTTCA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=122;WE=17449937;WS=17449919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	17452492	rs1799857	G	A	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=39;PP=1537;SC=AGAAGCTGACGTGGCCCACGA;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=17452500;WS=17452482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	17452580	rs2074308	C	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=24;PP=706;SC=ACGCTCAGCACTGGAAGGGAA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=17452588;WS=17452570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	17517235	rs10832795	A	G	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=42;PP=1320;SC=CTATATATACAGAGCAGAGCA;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=17517243;WS=17517225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	17517381	rs10530940	CAT	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=101;SC=TTCTCCAAGACATGTGTAGAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=17517390;WS=17517371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	17517407	rs1859824	G	C	93.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	17518180	rs2072229	T	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=6;PP=874;SC=GCTCTGGCTATGAGAAGCTGC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=17518188;WS=17518170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	17522638	rs10832796	G	A	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=49;PP=2188;SC=CAGCAGAAACGACCACCTTCC;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=129;WE=17522646;WS=17522628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	17522810	rs2072234	T	C	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=39;PP=1361;SC=AGCCATGGGGTCACCGGCAGT;SOR=1.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=17522818;WS=17522800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	17548015	rs6486378	C	T	5926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=100;PP=2965;SC=AGCAGAATCACGGAGTGTCCA;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=105;TCR=101;TR=204;WE=17548023;WS=17548005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	17548401	rs5789990	CG	C	5313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=67;PP=2957;SC=TAGCGAGAGACGTTTGAGGAA;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=84;WE=17548409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	17548704	.	C	A	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=59.18;NF=3;NR=0;PP=33;QD=22.5904041824;SC=TGGAGTACTGCCCTGCTCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=17548712;WS=17548694;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr11	17548737	rs12795083	T	C	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=8;PP=820;SC=CTCCCACCGTTATGGAGTACT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=17548745;WS=17548727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	17553105	rs2041027	G	A	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=31;PP=876;SC=GAGATGCCGGGAATGCCTGGA;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=17553113;WS=17553095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	17554914	rs2240489	G	C	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=27;PP=769;SC=CTCAGCACCCGCCCCCATAGC;SOR=1.034;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=53;WE=17554922;WS=17554900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	17554930	rs878546	T	C	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=32;PP=1111;SC=ATAGCAGACCTCAGGGAGGAG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=17554938;WS=17554920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	17555498	rs11024319	C	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=867;SC=GCAGGGGGAGCGTCAGGTTAC;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=17555506;WS=17555488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	17574588	rs4757543	T	C	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=55;PP=2787;SC=CTGGATCCTGTGAAGCCTGAG;SOR=1.353;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=102;TCR=56;TR=157;WE=17574596;WS=17574578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	17582470	rs1990180	T	C	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=24;PP=1866;SC=GGCACTCACTTAGTACCTTTG;SOR=1.638;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=80;WE=17582478;WS=17582460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	17600037	rs144060182	G	T	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=64;PP=2118;SC=GTGTCAGCCCGTGGCCCCTGC;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=121;WE=17600045;WS=17600027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	17627613	rs7934079	G	C	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=59;PP=1860;SC=TGTGTCGGGCGCGGTGCTGGC;SOR=1.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=17627621;WS=17627603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	17657205	rs114417076	C	T	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=64;PP=1586;ReadPosRankSum=0.395;SC=GAAGGGGAGGCGCTCACTGTG;SOR=0.605;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=286;TCF=144;TCR=142;TR=135;WE=17657213;WS=17657195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,147:0.48:308
chr11	17741968	rs141519188	G	T	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=67;PP=2096;SC=TGGTAAGGCCGGGACCCCAGG;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=121;WE=17741976;WS=17741958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	17742681	rs10832853	G	C	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=75;PP=2217;SC=CCTGTCTTTTGGATTGTCCCG;SOR=1.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=128;WE=17742689;WS=17742671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	17940172	rs141971282	G	GAC	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=286;ReadPosRankSum=-1.134;SC=AGCAGGAACAGACACACACAC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=10;WE=17940180;WS=17940165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr11	17940209	.	ACT	A	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr11	17981047	rs211146	C	T	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=30;PP=1535;SC=AATGCGGAGACGAAGGCATGC;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=17981055;WS=17981037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	18017517	rs211131	T	C	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=50;PP=1674;SC=ACTAGATTGCTCTTTGAACCT;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=18017525;WS=18017507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	18022305	rs139990913	TCAC	T	3631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=26;PP=2620;SC=AAATACCATATCACAATACCA;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=53;WE=18022315;WS=18022295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	18023414	rs211134	C	T	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=10;PP=737;SC=TTAAGGCTTACCACATTTGTT;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=18023422;WS=18023404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	18044304	rs211101	C	T	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=35;PP=1463;SC=GGGCTGATCTCTCCCTGAAGA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=83;WE=18044312;WS=18044294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	18063977	rs623580	A	T	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=26;PP=641;SC=CGTTGTCCTAAAGCGTGAAAA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=18063985;WS=18063967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	18102232	rs10500831	C	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=190;SC=TTTCCCATTCCGTTTTACTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=18102240;WS=18102222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	18105302	rs3741199	T	C	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=107;PP=2699;ReadPosRankSum=-0.810;SC=TCAAGAAGCATGGAATTGGCC;SOR=0.530;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=72;TCR=108;TR=179;WE=18105310;WS=18105292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr11	18108492	rs12363226	T	C	7823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=124;PP=2965;SC=AGGCTAGCACTGTTTTCTGTT;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=148;TCR=124;TR=272;WE=18108500;WS=18108482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	18111642	.	CT	C	1048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=0;PP=1169;SC=AAAAAGGTGACTTCTAGAAAT;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=18111650;WS=18111632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	18111692	rs11424886	A	AT	2011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=895;ReadPosRankSum=-0.974;SC=AATTTAAAACATTTTTTTTCT;SOR=1.338;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=51;WE=18111700;WS=18111682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,74:0.96:77
chr11	18118538	rs4757613	A	T	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=52;SC=ATCCTAGCACATTGGGAGGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=18118546;WS=18118528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	18127558	rs148650821	C	CCGG	3912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.242;NF=3;NR=42;PP=2293;ReadPosRankSum=-0.248;SC=TTGTCGCGACCCGGCGGCGGC;SOR=0.849;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=6;TCR=66;TR=45;WE=18127566;WS=18127548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,91:0.97:94
chr11	18127679	rs871699	T	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=197;SC=GCGTACCCGGTGGGACTCCCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=18127687;WS=18127669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	18159169	rs2468839	A	G	4715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=57;PP=2965;SC=ACCTGTCATCAGTCATGTGTG;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=113;TCR=57;TR=170;WE=18159177;WS=18159159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	18195051	rs2445179	T	C	9283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=155;PP=2965;SC=ATTATACGTTTGCCATTACGC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=173;TCR=156;TR=328;WE=18195059;WS=18195041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr11	18195348	rs11024532	C	T	8460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=159;PP=2965;SC=ATCCCAGTCGCGTGGCTGATT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=140;TCR=159;TR=299;WE=18195356;WS=18195338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr11	18210480	rs2445150	T	C	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=38;PP=1371;SC=CTGACGGCGGTGGCGGGGGGT;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=81;WE=18210488;WS=18210470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	18210580	rs2124372	C	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=25;PP=1508;SC=GCTGAAGCCGCTGCCCGCGGA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=70;WE=18210588;WS=18210570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	18210814	rs7936382	GC	AA	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=31;PP=2453;SC=CAAAGTAGGGGCCACGCTGGC;SOR=1.197;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=53;WE=18210823;WS=18210804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	18210849	rs6486412	C	T	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=26;PP=1061;SC=AAAGAGGCCTCCGCTTCATCC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=18210857;WS=18210839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	18231289	rs4757627	C	A	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=51;PP=2286;SC=CTAACATCTTCGAAACAAGAT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=130;WE=18231297;WS=18231279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	18231749	rs2468789	T	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=641;SC=TTTATCGAGGTTTGGTGCCCA;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=18231757;WS=18231739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	18253176	rs2460827	C	T	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=63;PP=2373;SC=AAATAAATAGCAGTCTATTAA;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=134;WE=18253184;WS=18253166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	18267027	rs2468844	C	T	6965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=1.032;SC=CTCCGCACCACGGCCTGTGAG;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=138;TCR=106;TR=242;WE=18267035;WS=18267017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,256:0.99:258
chr11	18267057	rs116861605	G	A	7483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.520;SC=ATTCTCTCTGGCATTGCTGTA;SOR=0.304;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=142;TCR=124;TR=265;WE=18267065;WS=18267047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr11	18267135	rs56373142	C	T	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.179;NF=55;NR=81;PP=2482;ReadPosRankSum=1.647;SC=CCATTCTCCCCGTTCCAAGGG;SOR=0.518;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=55;TCR=83;TR=136;WE=18267143;WS=18267125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr11	18267188	rs58546509	GA	G	1710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=47;PP=1838;SC=AAGGAGGAGTGAAAACACTGA;SOR=4.255;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=48;WE=18267196;WS=18267178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	18267373	rs1671927	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=4.878;NF=30;NR=5;PP=708;ReadPosRankSum=2.714;SC=CTAACTTCTCCACAAGGAGCT;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=35;WE=18267381;WS=18267363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr11	18267431	rs76546965	C	T	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.89;MQRankSum=-9.379;QD=16.19;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,64:0.43:148
chr11	18267434	rs78891342	AA	GG	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.970;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.80;MQRankSum=-9.364;QD=16.30;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,65:0.43:151
chr11	18267463	rs74872559	A	G	3747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-5.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-6.290;NF=79;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.251;SC=TTACCTGATCACTTCTGCAGC;SOR=0.715;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=275;TCF=166;TCR=109;TR=127;WE=18267486;WS=18267453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,102:0.48:213
chr11	18267471	rs1136766	A	G	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQRankSum=5.396;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,112:0.52:214
chr11	18267478	rs79620496	G	A	3704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.51;MQRankSum=-4.963;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,100:0.47:212
chr11	18267651	rs80208174	A	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=808;SC=GACTCCAACAACACCTTAGAG;SOR=2.419;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=41;WE=18267659;WS=18267641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	18267702	rs4757631	T	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=438;SC=ACTTCAAGCTTTCAGCCTGTG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=18267710;WS=18267692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	18290737	rs145097411	T	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.87;QD=27.80;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	18290859	rs1136743	C	T	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.57;QD=42.94;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	18290874	rs1136747	T	C	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.55;QD=44.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	18290880	rs28720026	C	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=45.58;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	18290902	rs34068567	TT	CC	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.92;QD=45.48;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	18290906	rs35474820	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.74;QD=43.85;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	18291321	rs12218	T	C	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.377;NF=78;NR=105;PP=2849;ReadPosRankSum=0.547;SC=ACTCGCTGGCTGATCAGGCTG;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=79;TCR=106;TR=183;WE=18291329;WS=18291311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr11	18301605	rs11024601	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=440;SC=TTCTGTGCATTAAAAGACACA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=18301613;WS=18301595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	18303404	rs2271997	C	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=14;PP=1243;SC=AGTGATGGGTCGGGACTAAAT;SOR=2.221;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=18303412;WS=18303394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	18308088	.	C	CA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr11	18312953	rs4757638	G	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=6;PP=389;SC=TTTTTAATACGAATTTCTATC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=18312961;WS=18312943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	18314579	rs10665418	C	CTT	2225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=51;PP=1097;SC=GGGATCAGAGCTTTTTTTGAG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=52;WE=18314587;WS=18314569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	18317458	rs2305564	T	A	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=2;PP=1070;SC=TTCCTTTTTCTCATTTTCCAT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=44;WE=18317466;WS=18317448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	18317699	rs2305565	C	T	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=64;PP=1711;SC=AAAAAAGAAACAAAATCTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=87;WE=18317707;WS=18317689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	18327684	rs1140047	G	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=285;SC=ATCGTTACCTGAGAGTAATCA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=18327692;WS=18327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	18330385	rs35952141	G	GA	1316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=7;PP=783;SC=AAAAGAAAAAGAAAAAAAATC;SOR=2.737;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=32;WE=18330393;WS=18330375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	18354877	rs4150561	T	C	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=213;SC=AAAAATCAACTATGTAGAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=18354885;WS=18354867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	18357180	rs4150579	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=6;PP=973;SC=AAGCATCAGTATTGGAATAGG;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=18357188;WS=18357170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	18357270	rs4150581	A	G	4278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=51;PP=2674;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TGTGAGTGTCATCATCTAACT;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=105;TCR=51;TR=155;WE=18357278;WS=18357260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr11	18359983	rs111946613	ATGTT	A	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=243;SC=TATTATTATTATGTTTGTTTG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=18359994;WS=18359973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	18379629	rs4150661	C	A	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=66;PP=2102;SC=CTGCCTAAATCAGCTTTAAAA;SOR=1.169;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=110;WE=18379637;WS=18379619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	18422113	rs5790035	C	CA	223.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=203;SC=GCTTGGGGATCAAAAATTTGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=18422121;WS=18422104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	18424451	rs5030621	C	T	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=69;PP=2622;SC=TTATTGGAAGCGGTTGCAATC;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=136;WE=18424459;WS=18424441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	18424487	rs4820	A	G	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=58;PP=2483;SC=TCCGTTACCTAATGGGGGAAA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=111;WE=18424495;WS=18424477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	18424590	rs3758680	T	A	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=58;PP=1859;SC=TTTTTGTTTTTGAAAAGATTA;SOR=1.129;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=103;WE=18424598;WS=18424580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	18426656	rs6486424	A	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.63;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	18426796	rs6486425	T	G	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=33;PP=1170;SC=GATTGTCATGTTTTTGCTGTT;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=66;WE=18426804;WS=18426786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	18428552	rs56345574	C	CA	212.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=376;ReadPosRankSum=-1.112;SC=GACTCTGCCTCAAAAAAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=19;WE=18428572;WS=18428542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr11	18428637	rs113340412	A	ATT	203	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.45;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr11	18434536	rs10766477	T	C	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	18456235	rs4757664	A	T	813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=1;PP=761;SC=GAAAAAAAAAATTTTTTTAAG;SOR=6.273;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=18456243;WS=18456225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	18467821	rs2658565	T	C	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=68;PP=2507;SC=TGTGATGGATTTGGTAGGATC;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=135;WE=18467829;WS=18467811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	18503159	rs2279900	C	T	4116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=65;PP=2444;SC=AATCTTGGAACGTAAAATGAA;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=149;WE=18503167;WS=18503149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	18536215	rs12574333	G	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	18537800	rs7942548	CA	TG	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=664;SC=TAAAATTCATCATTATCCTTG;SOR=2.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=18537809;WS=18537790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	18541207	rs72031390	CTGGA	C	794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.78;NF=0;NR=13;PP=544;SC=TATTTTACAGCTGGATGAATT;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=18541218;WS=18541197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	18548574	rs1857908	T	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=41;PP=912;ReadPosRankSum=1.891;SC=AGGGGCCTGGTGGGGTGGGTT;SOR=3.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=44;WE=18548582;WS=18548564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr11	18555901	rs56151250	C	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=14;PP=1097;SC=ATACAGAATGCACTTTCTTCT;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=18555909;WS=18555891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	18555949	rs55999230	T	C	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=38;PP=1543;SC=CAGCTACTGATAGTCCAACAG;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=96;WE=18555957;WS=18555939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	18586344	rs3832729	C	CAT	2810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=10;PP=2505;SC=GGTTTTCCCACGACAAAATGA;SOR=3.223;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=50;WE=18586352;WS=18586334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	18591645	rs2305166	A	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=223;SC=CAAAGACTACATGAAGAATAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=18591653;WS=18591639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	18633897	rs35411689	T	C	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=45;PP=2491;SC=TCTAATGTGCTTGGATATTTC;SOR=1.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=125;WE=18633905;WS=18633887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	18720339	rs117069882	C	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=21;PP=1231;SC=GTCCGTCCCTCCGGGCTTTGT;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=18720347;WS=18720329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	18727448	rs1867877	T	C	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=60;PP=2583;SC=TCCTTGAGCGTGCAGGTGGGG;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=92;TCR=60;TR=152;WE=18727456;WS=18727438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	18729597	rs7110914	A	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=24;PP=854;SC=ATTTGGGGGCAGGCCTTCCTC;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=18729605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	18730895	rs11024768	A	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=284;SC=TGGAGGTACAATGTTGGGCAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=18730903;WS=18730890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	18732426	rs4237728	T	G	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=47;PP=1385;SC=CATGTAGATATTTGCCCACCT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=18732434;WS=18732416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	18733521	rs7128042	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=1;PP=385;SC=ATGAGACAGCCAGAGAGATGT;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=18733529;WS=18733515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	18733579	rs10832972	T	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=11;PP=1000;SC=GCTTAAGGTCTCCATGCTGAC;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=18733587;WS=18733569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	18735321	rs10766493	A	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=144;SC=CTGGCCTCCTACTCAGCCTGC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=18735329;WS=18735311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	18735396	rs10741752	G	T	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=10;PP=1064;SC=GCCCTGCCCTGACCCAGCACA;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=18735404;WS=18735386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	18735753	rs7106673	G	A	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=47;PP=2280;SC=CCCATGGGGCGGGGGAGAAGC;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=119;WE=18735761;WS=18735743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	18735947	rs7125943	T	C	7150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=98;PP=2965;SC=ACAATCTGCATGCCTGGCAAG;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=151;TCR=98;TR=249;WE=18735955;WS=18735937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	18736247	rs4265581	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=45;PP=1300;SC=GGCTGGTAGCGATGGTCATGG;SOR=4.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=50;WE=18736255;WS=18736237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	18736942	rs3887900	G	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=653;SC=CAGGGTCAGGGGGATTGGTCA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=18736950;WS=18736932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	18737095	rs4424652	C	T	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=77;PP=2965;SC=CAGCTCTGCTCGCTTGCCCTC;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=98;TCR=77;TR=175;WE=18737103;WS=18737085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	18738281	rs10766494	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=5;PP=925;SC=TCACGGTCAACAGTGAGCTGG;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=18738289;WS=18738271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	18738603	rs10766495	G	A	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=55;PP=1627;SC=GAGGGGTGGAGTGGTGAAGAG;SOR=1.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=81;WE=18738611;WS=18738593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	18741847	rs11024770	G	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	18741905	rs80076815	G	A	276.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.75;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr11	18741910	.	CT	C	267.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.58;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr11	18743180	rs10832975	C	G	7562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=159;PP=2965;SC=TGGGGTTTGGCGTTCCCCTGC;SOR=1.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=107;TCR=159;TR=266;WE=18743188;WS=18743170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	18754679	rs6483524	A	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=12;PP=1072;SC=CGGAGTGAACACCGCCGACCT;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=18754687;WS=18754669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	18763698	rs4757706	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=821;SC=GCTAAGCTATAAGGCCAGCTC;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=18763706;WS=18763688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	18764026	rs4757707	G	C	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.021;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=860;ReadPosRankSum=1.022;SC=GGTGGCTCTGGGGGTGTCCTC;SOR=2.278;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=46;WE=18764034;WS=18764016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr11	18764113	rs2278732	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=371;SC=TGTTCCTGGAGTGCCCATGGG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=18764121;WS=18764103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	18771041	rs2028897	G	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=53;PP=1612;SC=AGGGTGGGGGGCAGAACCTTG;SOR=1.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=79;WE=18771049;WS=18771031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	18956194	rs2014931	T	C	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=37;PP=2565;SC=AGAGCACAACTGCGTTTCCTG;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=84;TCR=37;TR=121;WE=18956202;WS=18956184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	18978501	rs12363322	C	A	5839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=86;PP=2965;SC=AGCAAGGAGTCTCCTCACGTC;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=127;TCR=86;TR=213;WE=18978509;WS=18978491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	18994005	rs7114481	T	C	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=84;NR=63;PP=2381;SC=TGAGGCGGAATGTATAACGTG;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=147;WE=18994013;WS=18993995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	19167850	rs2271001	A	G	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=113;PP=2965;SC=GATCTTGTAAAGTAAGATGGG;SOR=1.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=77;TCR=113;TR=190;WE=19167858;WS=19167840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	19169319	.	TC	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr11	19186826	rs2042687	A	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=125;SC=GGGCCCATGCATCGTTATTAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=19186834;WS=19186816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	19188122	rs2242458	A	G	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	19191851	rs7114038	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	19194141	rs7111850	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=258;SC=TTTTTCTTTGTCCCTTTTCAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=19194149;WS=19194131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	19197349	.	C	CT	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=1.574;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,15:0.18:85
chr11	19214120	.	A	AT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr11	19252427	rs793252	G	T	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=39;PP=1132;SC=TGGCTCAGTTGGCTTTTGGGA;SOR=2.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=19252435;WS=19252417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	19256250	rs793269	C	T	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=16;PP=923;SC=AGACAGAGGACAAATGCCATG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=19256258;WS=19256240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	19372616	rs10655705	G	GGA	3074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=37;PP=2089;SC=TTATGGTGCTGATTGCTAAGT;SOR=1.712;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=42;WE=19372624;WS=19372606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	19955500	rs1372989	A	G	5330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=87;PP=2965;SC=CAGGAATGAAAAGCATGCCCG;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=92;TCR=87;TR=179;WE=19955508;WS=19955490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	19961457	rs11423145	C	CT	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.660;NF=1;NR=13;PP=171;ReadPosRankSum=1.299;SC=AACTTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=14;WE=19961465;WS=19961447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	19970507	rs12284679	C	T	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=120;PP=2965;SC=GCCATGTGGACGTCTCAGACA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=97;TCR=120;TR=217;WE=19970515;WS=19970497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	19970558	rs2585773	T	C	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=87;PP=2256;SC=TCAGCATGGATGCCCCCGGCT;SOR=1.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=46;TCR=87;TR=133;WE=19970566;WS=19970548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	19970579	rs2707084	C	T	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=64;PP=1918;SC=ACATGAGCGACGGGGATGTTC;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=100;WE=19970587;WS=19970569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	20005845	rs35295670	GC	G	776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=740;SC=TCCCAGGGGGGCCCTGAGAAA;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=20005853;WS=20005835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	20005870	rs2568116	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=380;SC=GGTTATGATATTGGGAGAGTG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=20005878;WS=20005860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	20057371	rs6483634	T	G	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=19;PP=1680;SC=CACATCTGAGTCAAGAGAGCT;SOR=2.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=20057379;WS=20057361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	20065673	rs3802799	G	T	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=62;PP=2389;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TGTCTGACGAGTCCGACAAAA;SOR=0.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=133;WE=20065681;WS=20065663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr11	20065779	rs3802800	C	G	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=48;PP=1609;SC=AAGGACGAAGCCTTCAGCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=92;WE=20065787;WS=20065769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	20067064	rs7125647	C	T	8292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=137;PP=2965;SC=ACCAAACAGACAAGGAGAAAG;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=159;TCR=137;TR=296;WE=20067072;WS=20067041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr11	20072779	rs6483635	C	T	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	20099112	rs4757028	A	T	5046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=70;PP=2965;SC=ACCTTGTGGCAGCCTTTGAAC;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=162;WE=20099120;WS=20099102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	20099399	rs6483641	G	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=607;SC=TTATGTGTTTGTTCATGCCTG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=20099407;WS=20099391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	20099449	rs12146551	C	T	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=9;PP=1011;SC=ACTTCATTCCCGCTCCTCCTG;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=20099457;WS=20099439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	20099541	rs6483642	C	T	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=67;PP=2965;SC=TTCCCTAGGACTCAGAACTGA;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=92;TCR=67;TR=159;WE=20099549;WS=20099531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	20099767	rs7121301	A	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	20101704	rs1867114	C	T	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=39;PP=1570;SC=GCCACTCCAGCGTGGGCAGCA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=101;WE=20101712;WS=20101694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	20101744	rs1867115	C	A	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=41;PP=1608;SC=GAAGAAGAAGCGGAAGAACTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=92;WE=20101752;WS=20101734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	20101924	rs1867116	T	G	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=113;SC=AAATCAATATTGTACTCAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=20101932;WS=20101914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	20104669	rs2028570	G	A	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=49;PP=1649;SC=CAAAGTTACCGCACAATGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=20104677;WS=20104659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	20112492	rs1837971	G	A	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=37;PP=1319;SC=TGAAGCTGACGGATATCCGCT;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=20112500;WS=20112482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	20119373	rs10833241	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=29;PP=742;SC=CTTGTGGCCCCAGTTTTGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=20119381;WS=20119363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	20122392	rs2245314	C	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=6;PP=1095;SC=GGAGAGGAATCACCTCAGGTC;SOR=3.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=47;WE=20122400;WS=20122382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	20124914	rs2243411	A	C	7260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=141;PP=2965;SC=GCTCTCTGGGAGAGATCTTCA;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=126;TCR=142;TR=266;WE=20124922;WS=20124904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr11	20127046	rs11025385	C	A	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=27;PP=1035;SC=TCACCATCATCAGCTTGAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=68;WE=20127054;WS=20127036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	20129075	rs4757890	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=134;SC=GTATACCTGCGTTCAGGCCTC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=20129083;WS=20129072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	20136087	rs368911001	C	T	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=42;PP=1899;SC=ACTGGGGCTACGAGAGAGATC;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=72;TCR=42;TR=114;WE=20136095;WS=20136077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	20385228	rs3808991	T	C	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=71;SC=GGAGTTCGTCTCCAGGTCCCG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=20385236;WS=20385218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	20385606	rs10437608	G	A	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	20398034	rs10741834	T	C	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=49;PP=2623;SC=TCCATCCTTCTAGGCCTCCCA;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=90;TCR=49;TR=139;WE=20398042;WS=20398024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	20403825	rs7926967	A	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=15;PP=516;SC=TATGCCACTGATGGTTAATCC;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=20403833;WS=20403815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	20403904	rs10766664	G	C	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=178;SC=ACATTGGCTAGAGGTAGATTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=20403912;WS=20403894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	20404506	rs2403587	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	20404613	rs3824886	T	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=19;PP=1344;SC=CTTGGGCCAGTGGGCATTCTG;SOR=1.367;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=71;WE=20404621;WS=20404603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	20404757	rs3781679	T	C	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=70;PP=2823;SC=CATGACCACATTGGAGAAATG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=85;TCR=71;TR=155;WE=20404765;WS=20404747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	20411199	rs56308542	TAAAA	T	1277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=41.22;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	20411418	rs7937501	G	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.13;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	20411424	rs7937204	A	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	20419028	rs7934372	T	C	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=0;PP=1163;SC=CATCACACTGTACTCCCTCCC;SOR=7.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=39;WE=20419036;WS=20419018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	20424326	rs10833319	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=0;PP=124;SC=TTTCTTAGGAAAAAAATAAGC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=20424334;WS=20424316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	20429454	rs10741836	T	C	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=33;PP=2215;SC=TTAATTACCCTAGGTAGTTTT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=105;WE=20429462;WS=20429444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	20448531	rs12797994	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=74;SC=TATTTTTTAAGTAGCTACATT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=20448539;WS=20448521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	20473655	rs1001669	T	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=492;SC=TAAACTCTTTTTTTCCCCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=20473663;WS=20473645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	20483650	rs34565672	T	C	6599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=123;PP=2965;SC=AAGCAGTTATTCCAGAAGCTG;SOR=0.980;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=108;TCR=125;TR=230;WE=20483658;WS=20483640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	20483748	rs3758803	T	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=45;PP=1313;SC=TTTATAATGGTATTGCTATTT;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=60;WE=20483756;WS=20483738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	20515555	rs6483697	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=637;SC=TAATTATTACGGAAGTACATT;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=20515563;WS=20515545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	20529886	rs6483700	G	A	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=42;PP=2108;SC=GTTCACAAGAGTAAGAAAGAT;SOR=1.161;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=117;WE=20529894;WS=20529876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	20623023	rs2241941	C	T	5950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=81;PP=2965;SC=CGGCAACGCGCTGCACTGTAA;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=123;TCR=81;TR=204;WE=20623031;WS=20623013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	20623042	rs1443548	T	C	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=94;PP=2965;SC=AAGATCCCTTTTCTGCGAGGC;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=129;TCR=94;TR=223;WE=20623050;WS=20623032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	20623156	rs1443549	C	G	5066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=100;PP=2965;SC=GTGGTGCTGGCCACGGATGGA;SOR=1.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=72;TCR=101;TR=172;WE=20623164;WS=20623146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	20628479	rs2278649	T	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=21;PP=1663;SC=GCTCAGCCCCTAGCCCAGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=79;WE=20628487;WS=20628469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	20628700	rs147290648	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=31;PP=899;SC=TCCAGCCTGCCGCTCAGCCTC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=20628708;WS=20628690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	20629164	rs1443551	G	A	6854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=120;PP=2965;SC=CTTGGAATACGCCAGAATGCA;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=110;TCR=120;TR=230;WE=20629172;WS=20629154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	20639400	rs7925597	A	G	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=38;PP=1491;SC=TGTATGCATCATTGGCTAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=93;WE=20639408;WS=20639390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	20639479	rs11827415	G	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=35;PP=1099;SC=ACCCAGGGGCGGTTGCTTTGG;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=20639487;WS=20639469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	20648179	rs76260245	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=29;NR=3;PP=822;SC=CACTCTTCCCCGAGCAATGCT;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=20648187;WS=20648169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	20648418	rs4923548	C	T	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=28;PP=744;SC=TATAACCAGCCCTGGGGGAGT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=20648426;WS=20648408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	20649644	rs80286799	T	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=48;PP=1578;SC=GTAGAGGTACTACAAGATCTG;SOR=1.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=84;WE=20649652;WS=20649634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	20699394	rs1793003	C	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=14;PP=1185;SC=TCCTTGTATTCCCTGCCACTC;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=20699402;WS=20699384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	20805286	rs8176785	G	A	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=74;PP=2965;SC=CAGCTGTTCCGGAACAAGAGT;SOR=1.087;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=113;TCR=74;TR=187;WE=20805294;WS=20805276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	20949115	rs2293241	C	T	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=850;SC=TACCTAGCACCCACTAGCCAT;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=20949123;WS=20949105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	20949763	rs4363596	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=291;SC=TCATTCGGGCCGGAGAAAACA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=20949771;WS=20949753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	20959185	rs1880088	A	T	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=326;SC=CCTCCACACAATTCCTTTCAC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=20959193;WS=20959177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	20959429	rs1880087	T	C	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=56;PP=2069;SC=TTATGGTCCCTATCACTTCTG;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=118;WE=20959437;WS=20959419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	20959482	rs1880086	G	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=50;PP=1602;SC=TGAGGTTCTTGAGTGGGGCAT;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=20959490;WS=20959472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	20959533	rs1880085	G	A	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=24;PP=694;SC=ACTCTCTGCGGTGGGTTGGAT;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=20959541;WS=20959523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	21305927	rs4151053	T	C	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.163;NF=67;NR=68;PP=2367;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CAAGTCTTTGTGCATTGCTGA;SOR=0.529;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=135;WE=21305935;WS=21305917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr11	21581665	rs7119475	C	T	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=845;SC=AATGCTACTGCAAATGATGGT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=21581673;WS=21581655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	21581805	rs8176789	C	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.751;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1803;ReadPosRankSum=0.829;SC=TGGCAGGGGGCTTTGACTGTC;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=91;WE=21581813;WS=21581795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr11	21581997	rs8176790	C	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=13;PP=327;SC=TTCTACCTCCCCAGCTCTCTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=21582005;WS=21581987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	21592228	rs4922847	C	A	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=5;PP=822;SC=GGTGACCAAACATCCAAGAAG;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=21592236;WS=21592218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	22214877	rs139514865	A	AAGGAGGAGGGGAATGAGGAGGAGG	2885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=2974;SC=GGAGGAGGAGAAGGAGGCCTG;SOR=3.258;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=17;WE=22214885;WS=22214867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	22214903	rs12792259	G	C	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=29;PP=1273;SC=GGAAGAGCAGGCCCTTAGAAG;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=86;WE=22214911;WS=22214893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	22215156	.	G	A	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=29;PP=852;SC=CAGAGGCCCCGGGGGACGTTG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=22215164;WS=22215146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	22233029	rs4922980	G	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=323;SC=TTAGGTGGGGGGAAAACACAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=22233037;WS=22233019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	22242729	rs4312063	T	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=17;PP=485;SC=ACGTTGATGATGTAAAGAAAG;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=22242737;WS=22242719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	22271870	rs7481951	A	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=12;PP=617;SC=TAGTTGGCTTAGCTTGTTTTA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=22271878;WS=22271860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	22297606	rs5790245	AT	A	441.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.973;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.492;QD=17.67;ReadPosRankSum=1.130;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr11	22391534	rs2665677	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=5;PP=291;SC=TTCCCACTTAGGTTTGAAAAT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=22391542;WS=22391524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	22397739	rs2248436	A	C	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=243;SC=TCATATATATATTCTATATGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=22397747;WS=22397729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	22398830	rs1374718	A	G	186.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=151;SC=CATAATCAGGATATGGATTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=22398838;WS=22398820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	22647366	rs3740615	G	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=25;PP=686;SC=TGAGGTGCGCGAAGGCCCTAC;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=22647374;WS=22647356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	22707467	rs395398	A	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=155;SC=AAGTACAGAGAGTTCTTTTTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=22707475;WS=22707457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	22747745	rs337448	A	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=454;SC=GGCATGAGGTAATTCCGAAGC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=22747753;WS=22747735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	22851409	rs2286810	A	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=749;SC=ACCGCCCTCCACTGGCTCGGC;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=22851417;WS=22851399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	22868937	rs2302423	G	A	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=7;PP=336;SC=TTATTTTTCCGAAATGGTGGA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=22868945;WS=22868927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	24750842	rs7128434	G	A	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=55;PP=1646;SC=GGTGAGATGAGAACTCATTTT;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=100;WE=24750850;WS=24750832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	26353951	rs17243259	G	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=31;PP=803;SC=AGCATCCTTTGCAGGCTTATG;SOR=2.247;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=43;WE=26353959;WS=26353941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	26529861	rs118181050	T	C	140.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=86;SC=GGAACAGATATAATCACTTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=26529869;WS=26529851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	26529883	rs117136103	A	G	104.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=41;SC=GTTTAGAAAGAAAAATATGTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=26529891;WS=26529873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	26538223	rs140868622	A	AT	1379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=863;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CTTCATTAAGATTTTTTTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=36;WE=26538231;WS=26538213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr11	26547353	rs410617	T	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=202;SC=TTGTCGAAGATATTTCCAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=26547361;WS=26547343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	26552702	rs293937	T	C	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=6;PP=1051;SC=AAGGTAGTCATGGCTTTGGAA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=26552710;WS=26552692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	26556171	.	G	GT	589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=433;SC=CAGAATTATTGTTTTTTTTAA;SOR=2.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=18;WE=26556179;WS=26556161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	26558841	rs386635	G	A	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=2;PP=818;SC=GAAGTCATTTGGGTTATCTTA;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=26558849;WS=26558831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	26559172	rs396863	G	A	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=887;SC=CTGTGCACTGGCTCCTCTGCC;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=26559180;WS=26559162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	26563464	rs410036	A	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=695;SC=AAAAAATAGAACCAAATGTAT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=26563472;WS=26563454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	26563652	rs420143	T	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=25;PP=700;SC=AGCAAAGTATTCTGTTTTGTG;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=26563660;WS=26563642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	26574788	rs202169392	TTC	T	6206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=56;PP=2984;SC=TTTTTGTTTTTTCTCAAGCCA;SOR=1.097;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=90;WE=26574797;WS=26574778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	26587133	rs293980	T	C	8506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=141;PP=2965;SC=GCTCTGCTGATGAGTTACTGG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=150;TCR=141;TR=291;WE=26587141;WS=26587123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr11	26588804	rs293976	C	T	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=30;PP=850;SC=ACTTTTTTTTCCTCAAGCAAT;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=26588812;WS=26588794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	26645894	rs1012552	A	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=271;SC=TTCTATTTAAAGTAAAATGTA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=26645902;WS=26645884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	26663284	rs10835039	T	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=352;SC=TTCAAAATGTTTTTTTAACTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=26663312;WS=26663283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	26663298	rs11603910	T	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	26663304	rs57264690	A	T	692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.46;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	26663394	rs10835040	A	G	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=42;PP=2819;SC=ATTGTTAACCAGATGCTTGAA;SOR=1.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=99;TCR=42;TR=141;WE=26663402;WS=26663384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	26677867	rs10835050	T	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=61;PP=1817;SC=CAAGAAAATTTGGGCCTCCAC;SOR=1.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=103;WE=26677875;WS=26677857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	26677947	rs10835051	C	T	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	26694812	rs4278475	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=2;PP=1040;SC=AACTCTGAAGCTGAAACTCAA;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=26694820;WS=26694802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	26700078	rs73436381	G	A	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=3;PP=777;SC=TATATTAATAGTCAGGTATAT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=26700086;WS=26700068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	26700118	rs12278745	G	A	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=32;PP=2188;SC=GTATGTCAGCGTTGAGAGAGT;SOR=1.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=109;WE=26700126;WS=26700108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	26700310	rs12278761	C	G	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=92;PP=2842;SC=AAGCAGCCCACTGCACTGTAG;SOR=1.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=45;TCR=92;TR=137;WE=26700318;WS=26700300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	26702482	rs10767569	T	A	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=2;PP=193;SC=GGTACTTCCCTGAGTGAGTCT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=26702490;WS=26702472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	26702664	rs10734383	C	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=17;PP=510;SC=GGTCTGTTGACAGAGGCAAAG;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=36;WE=26702672;WS=26702654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	26705310	rs3924551	A	G	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=20;PP=823;SC=TTACCTTCCAATTCACAAAAG;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=26705318;WS=26705300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	26720204	rs61877327	A	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=646;ReadPosRankSum=-0.578;SC=AAAATTCTATAGCCTTTAAGA;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=33;WE=26720212;WS=26720194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr11	26724997	rs200830755	C	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=61.94;MQRankSum=0.319;NF=7;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=1.611;SC=ACACACACCCCCCAAGAGGAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=26725005;WS=26724996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	26734209	rs10742156	C	T	8545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=2.882;SC=TGTAGATGACCGTGGCAGCAT;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=301;TCF=137;TCR=164;TR=297;WE=26734217;WS=26734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,313:0.99:315
chr11	27076977	rs2305095	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=387;SC=AGACCGGAAACATGGCTTGTA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=27076985;WS=27076967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	27077118	rs10767598	C	T	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=38;PP=1611;SC=ACCTGGATTCCGCAAAAGCAC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=94;WE=27077126;WS=27077108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	27390089	rs2447997	T	C	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=0.377;SC=TGCAGTATAGTTTAGTGTAGA;SOR=0.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=107;TCR=97;TR=203;WE=27390097;WS=27390079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr11	27390144	rs34717439	G	A	6530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=101;PP=2965;SC=TAGCACTAACGTTACAGTGAA;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=122;TCR=101;TR=223;WE=27390152;WS=27390134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	27397988	rs76220141	G	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	27398845	rs10835171	G	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=378;SC=ACTCAGAAGCGTTGAAAGCAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=27398853;WS=27398835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	27402582	rs76722202	T	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=22;PP=615;SC=AAGTATCTACTGCTGTTCAGC;SOR=1.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=27402590;WS=27402572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	27412782	rs61648905	CTT	C	267.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.60;ReadPosRankSum=2.273;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr11	27413855	rs1871251	T	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=335;SC=CTCTGGCCTCTCATACTACTC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=27413863;WS=27413845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	27493630	rs200956245	TC	T	309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=25.81;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	27523164	rs151336878	T	TGAAGTTAAAATTTCAGGC	2010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=2957;SC=GAGTTCTCTGTGAAGTTAAAA;SOR=1.225;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=19;WE=27523172;WS=27523154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	27523186	rs10835188	G	T	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=109;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=445;SC=TTCAGGCAAAGTTATGCATCT;SOR=1.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=19;WE=27523194;WS=27523176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	27523624	.	CTG	C	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=36;QD=27.0;SC=GGGAAGGAGACTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=2;WE=27523633;WS=27523614;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,2:0.14:14
chr11	27679662	rs2353512	T	C	6995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=112;PP=2965;SC=TTTTGTCTGCTGCCGTTACCC;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=135;TCR=112;TR=247;WE=27679670;WS=27679652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr11	27910923	rs6484341	T	A	4405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=59;PP=2965;SC=CTTTTCTTCATCCTCTGGAAG;SOR=1.348;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=98;TCR=59;TR=157;WE=27910931;WS=27910913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	28045430	rs34088899	AT	A	424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=213;SC=TTAGTTAAGCATTTTTTTTAT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=28045438;WS=28045420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	28106058	rs997555	C	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=354;SC=AAAGACCCTTCTAACCCTCAG;SOR=5.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=28106066;WS=28106048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	28145422	.	CTG	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=3;PP=397;SC=AAGAAGTAAACTGTGGATATT;SOR=1.911;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=28145431;WS=28145412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	30253318	rs611246	A	T	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=0;PP=839;SC=AGGAAAAAAAACTTTTGAAGC;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=30253326;WS=30253308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	30253641	rs609896	T	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=723;SC=AGCAAGGGTGTTGAAGGTCTG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=30253649;WS=30253631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	30255185	rs6169	C	T	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=43;PP=1888;SC=AACTGGTATACGAAACAGTGA;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=30255193;WS=30255175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	30352473	rs35824273	C	CAG	1374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=9;PP=693;SC=CAAAATAAAACGGAAAATTTG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=17;WE=30352481;WS=30352463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	30358033	.	CT	C	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=23.78;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	30438948	rs492604	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;QD=28.05;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	30900263	rs5790842	TA	T	53.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=10.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	30902893	rs273613	T	C	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=34;PP=851;SC=GAATACGGAATGGCACAATAT;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=30902901;WS=30902883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	30922081	rs273560	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=23;PP=632;SC=CATTGTTCAACGAATAATGAA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=30922089;WS=30922071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	30930393	rs175398	T	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=58;SC=TCAACTTGTATGAACATAAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=30930401;WS=30930383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	30953608	rs163877	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=258;SC=CATTCATTCAACAAAAATGTA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=30953616;WS=30953598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	30965855	rs273605	A	T	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=92;PP=2965;SC=TTAGGAACCAAGTCTATCTCC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=98;TCR=92;TR=190;WE=30965863;WS=30965845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	30974203	rs10767883	T	A	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=110;SC=GTACTTACTATACACTAGGCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=30974211;WS=30974193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	31326420	rs2616821	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=12;PP=472;SC=TAGCACTAGATACCAAACTCT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=31326428;WS=31326410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	31327316	rs2616815	C	T	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=73;PP=2356;SC=CTGTGCACTCCTCCAGCAGCT;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=130;WE=31327324;WS=31327306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	31327766	rs2761592	G	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=22;PP=1492;SC=GAAAACTTTGGAACACTAGTT;SOR=1.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=31327774;WS=31327756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	31458730	rs7479413	T	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=371;SC=TCAGGTTTCATATATTTAGAT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=31458738;WS=31458720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	31648529	rs2273943	G	A	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=45;SC=ATATAATACTGTTTTGACATT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=31648537;WS=31648519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	31653956	rs4922872	C	A	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=82;PP=2670;SC=GATCCAGGTACGAAATTTCCA;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=143;WE=31653964;WS=31653946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	31812582	rs2071754	C	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=310;SC=GCTAGTCCTTCCACTGGCCAC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=31812590;WS=31812572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	31814879	rs3026384	G	A	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=49;PP=2256;SC=ACTGTAGTGCGAAAAGCTCTC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=117;WE=31814887;WS=31814869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	31838252	rs5790869	C	CG	545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=622;SC=GAGCAGGGGGCGCCACCGCTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=31838260;WS=31838242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	32118925	rs223073	A	G	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=48;PP=1378;SC=GGGGGCCCAGATCACAAGCTT;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=32118933;WS=32118915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	32125119	rs142493579	G	T	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=98;PP=2965;SC=ATTGACCCATGTGGCCATGTC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=42;TCR=98;TR=140;WE=32125127;WS=32125109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	32608473	rs201881	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=6;PP=788;SC=CAGTATTTCCGTTTTAGTTTT;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=32608481;WS=32608463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	32610388	rs201877	A	T	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=18;PP=829;SC=GCTGTGGCTCATATTAGCTGT;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=32610396;WS=32610378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	32610968	rs201876	T	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=156;SC=TTGATCCTCCTGCCTTGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=32610976;WS=32610958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	32615352	rs66536432	A	AT	1819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=7;PP=1888;SC=TCTTAAAAATATTTTAAATGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=47;WE=32615360;WS=32615342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	32623419	rs77379922	C	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=16;PP=555;SC=TAGTTTGTTCCGATTATTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=32623427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	32624405	rs201893	C	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=13;PP=1449;SC=CTTTTCTTTTCTTTGGCTGGT;SOR=2.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=66;WE=32624413;WS=32624390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	32657266	rs201854	T	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=22;PP=669;SC=CTTCCTCAAATGTTTTTTGAT;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=32657274;WS=32657256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	32674627	rs172101	A	G	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=20;PP=1319;SC=AATATACTAAAACACAGATAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=32674635;WS=32674617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	32676631	.	A	ATTT	29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=61.88;NF=0;NR=2;PP=29;QD=26.0;SC=AATTTGTTATAATTCCCTTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=32676639;WS=32676621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,2:0.25:8
chr11	32676632	rs61176333	A	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.45;QD=38.67;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	32676635	rs58867287	C	CATATAT	495.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.57;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	32676636	rs58870509	C	CAAGATAATA	495.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=55.08;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	32676638	rs58027589	T	TAC	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	32676640	rs58121007	G	GGTC	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.53;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	32676642	rs57068465	A	ATTAAAGTGTATTTTCCCT	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=69.44;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	32874926	rs11032025	G	A	3940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=57;PP=2638;SC=CTCCATTGCCGCCTTCTGTGG;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=132;WE=32874934;WS=32874916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	32954344	rs1022586	G	A	4991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=89;PP=2965;SC=ATCTCAGACTGTAACTCCTGA;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=163;WE=32954352;WS=32954334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	32956244	rs7940077	A	G	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=50;PP=2721;SC=AGTGGAGAGAATGCTACATCA;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=139;WE=32956252;WS=32956234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	32956620	rs7481878	A	G	5581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=77;PP=2965;SC=AAAAACAACCAGAAGTCAAAA;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=111;TCR=77;TR=185;WE=32956628;WS=32956610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	32975333	rs7395190	T	G	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=12;PP=1619;SC=TTAAACTGTTTTGAGTTTTAC;SOR=2.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=67;WE=32975341;WS=32975323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	32990842	rs6416072	G	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	33014668	rs7941237	G	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=595;SC=TCACAGACTGGGTAGCTTATA;SOR=5.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=25;WE=33014676;WS=33014658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	33054754	rs2273539	C	G	150.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=138;SC=GATTTTTCTGCTTAAATATGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=33054762;WS=33054744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	33076191	rs2273544	T	C	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=56;PP=2035;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CAGCGAGAGGTGTCACCAACA;SOR=0.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=122;WE=33076199;WS=33076181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr11	33080407	rs112498700	G	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=291;SC=CTCCCAAAGTGTTGGGATTAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=33080415;WS=33080397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	33106908	rs3834432	C	CTTTATAG	1655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=1295;SC=ACTGTGGATACTTTATTTCAT;SOR=3.855;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=20;WE=33106916;WS=33106898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	33113653	rs7950763	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=2;PP=1096;SC=TAAAAATAATTTTAAACAGGT;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=33113661;WS=33113643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	33113910	rs113144162	A	AT	2961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;MQRankSum=0.286;QD=27.94;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr11	33183017	rs3736213	A	G	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=38;PP=1063;SC=CGCCCACTCAAATATGAATTA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=33183025;WS=33183007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	33360783	rs3847592	A	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=572;SC=AGATAATTGTAGTTCCCTCTC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=33360791;WS=33360773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	33360886	rs5790925	AT	A	3280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=32;PP=2242;SC=TGAAATTTTGATTTTCTTAGG;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=59;WE=33360894;WS=33360876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	33362723	rs266470	G	T	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=15;PP=471;SC=TAATGATTGCGCATTTTACTT;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=33362731;WS=33362713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	33564123	rs2076623	T	C	7597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=136;PP=2965;SC=ATTCAGCAGGTTCATCCACAC;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=117;TCR=136;TR=253;WE=33564131;WS=33564113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	33581153	rs2076627	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=267;SC=CGGTTACTCTTGTCTGTTCCT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=33581161;WS=33581149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	33581262	rs2281381	G	A	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=30;PP=1830;SC=TATTTGGCCTGTCTCCCTCCC;SOR=1.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=100;WE=33581270;WS=33581252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	33581306	rs2281380	G	A	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=58;PP=2704;SC=TTGTGAGCACGTCCAATGCCT;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=93;TCR=58;TR=151;WE=33581314;WS=33581296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	33581537	rs3830851	GCCACATACTA	G	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=2940;SC=ATAGTGCCAGGCCACATACTA;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=18;WE=33581554;WS=33581527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	33631423	rs2076622	G	A	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=44;PP=2103;SC=CCGAAAGAAAGAAGATGTATG;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=79;TCR=44;TR=123;WE=33631431;WS=33631413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	33640104	rs768474	A	C	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=98;PP=2768;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CTCTGTCTACAGAAGCCGGCA;SOR=0.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=87;TCR=99;TR=185;WE=33640112;WS=33640094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr11	33667333	rs1033543	A	G	6041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=110;PP=2965;SC=AGACCTCCACACTGAGCTCCC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=96;TCR=110;TR=206;WE=33667341;WS=33667323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	33667596	rs1033542	T	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=180;SC=AGTCATTCATTCCACCCACCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=33667604;WS=33667586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	33680249	rs11032332	G	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=559;SC=TCGGGACGCCGCCTGAGGTCT;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=33680271;WS=33680239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	33680263	rs12226271	A	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=7;PP=678;SC=GAGGTCTGGGACAGTGCTAAC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=33680271;WS=33680239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	33680371	rs12280103	C	T	5044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=60;PP=2965;SC=TGCACGACAGCGCCTCCTTCA;SOR=1.275;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=111;TCR=60;TR=171;WE=33680379;WS=33680361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	33680613	rs2295064	A	G	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=30;PP=792;SC=AGAGCTGCTGATTTTCTTTCT;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=33680621;WS=33680603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	33719821	rs831611	T	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=697;SC=CCACACAAAGTGGGCACTGTA;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=33719829;WS=33719811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	33721175	rs4755893	G	C	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=48;PP=1802;SC=GACTTCAGACGTAAGACCAGA;SOR=0.921;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=33721183;WS=33721165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	33721261	rs4755894	T	G	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=616;SC=CCCCCAGCATTGAGAAGTGGA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=33721269;WS=33721251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	33722084	rs149234067	G	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=18;PP=932;SC=GGCGGGGAGCGCCTGGGACAG;SOR=1.203;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=47;WE=33722092;WS=33722074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	33773161	rs7479064	G	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=16;PP=452;SC=CACCTATAAAGCAGGAAAGGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=33773169;WS=33773151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	33775982	rs2272065	A	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=15;PP=771;SC=GGGGGAAAAAAGACTTTTTTC;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=33775990;WS=33775972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	33777334	rs1402954	C	T	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=15;PP=1056;SC=TGGTAGAAAACTTCATTTTTG;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=33777342;WS=33777324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	33796080	rs71480984	C	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=360;SC=CCCGCCCTGGCCCCGCCCCTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=33796088;WS=33796070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	33881016	rs3740617	T	C	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=44;PP=1842;SC=AGGCGGCGCATTTGAAACATT;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=97;WE=33881024;WS=33881006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	34093349	rs10718447	AT	A	1355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=742;SC=AAGATGTTATATTTTTTATTT;SOR=0.866;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=24;WE=34093357;WS=34093339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	34107785	rs4755360	G	A	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=26;PP=1418;SC=ATTTTAGTCAGACTCTGTAAC;SOR=1.151;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=72;WE=34107793;WS=34107775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	34113717	rs2982592	C	T	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=61;PP=1696;SC=GTTTTAGTAGCAGACCATATG;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=79;WE=34113725;WS=34113707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	34149199	rs2957512	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=483;SC=CTTGCAGATTTAGGGGCATGT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=34149207;WS=34149189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	34152939	rs2957516	T	C	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=58;PP=2759;SC=GCGGACACTGTATGAGGTTTC;SOR=0.996;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=98;TCR=58;TR=156;WE=34152947;WS=34152929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	34154641	rs2957518	C	T	5154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=77;PP=2868;SC=TTCTGCCTCCCGTGCCCCCCA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=92;TCR=77;TR=169;WE=34154649;WS=34154631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	34158411	rs2982615	A	G	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=26;PP=1296;SC=GGTAGCTGGTATCGGTGCTAG;SOR=0.836;Source=Platypus;TCR=26;TR=55;WE=34158419;WS=34158401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	34158431	rs2957521	T	C	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=1320;ReadPosRankSum=-0.707;SC=GCCTGCTATTTGTGGCGTGCT;SOR=0.521;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=62;WE=34158439;WS=34158421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr11	34163705	rs2982612	T	C	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=62;PP=2869;SC=TGCAGGTAGATGGAAGAGAAG;SOR=1.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=105;TCR=62;TR=167;WE=34163713;WS=34163695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	34176214	rs2957525	A	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=11;PP=1279;SC=TGGGCACCCTAGCCCAGGCCC;SOR=2.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=55;WE=34176222;WS=34176204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	34188982	rs7120749	A	G	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=46;PP=1577;SC=ATGGTGAACCAGAGTTAACAA;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=86;WE=34188990;WS=34188972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	34189564	rs4756111	A	G	6481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=112;PP=2965;SC=TGCACGTGCTAAACTGTTTGC;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=218;WE=34189572;WS=34189554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	34226041	rs2955944	A	G	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=82;NR=51;PP=2330;SC=CCCAGCCCTGAGACCTCGCCG;SOR=1.042;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=85;TCR=51;TR=133;WE=34226049;WS=34226031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	34460472	rs7943316	A	T	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=32;PP=2885;SC=GTCGCCACGGACTCGGGGCAA;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=101;TCR=32;TR=133;WE=34460480;WS=34460462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	34460541	rs1049982	T	C	8905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=167;NR=153;PP=2965;SC=TGCAGTGTTCTGCACAGCAAA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=167;TCR=153;TR=320;WE=34460549;WS=34460531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr11	34532993	rs11606405	T	C	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=55;PP=2810;SC=GTCATCATTCTAGCTGCCTAG;SOR=1.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=143;WE=34533001;WS=34532983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	34643780	rs286920	A	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=11;PP=981;SC=CTGATTTACCATGCTCCCAGG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=34643788;WS=34643770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	34678435	rs435537	C	G	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=63;PP=2855;SC=CAATTAAACGCCTCTCATTTT;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=158;WE=34678443;WS=34678425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	34680053	rs3818514	G	A	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=40;PP=2204;SC=TAGATCATTAGTAACCTGCCT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=80;TCR=40;TR=120;WE=34680061;WS=34680043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	34680598	rs11032804	C	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=18;PP=484;SC=ATGAGGGGAACAAGAAACTAC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=34680606;WS=34680588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	34969271	rs3215780	A	AT	372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=396;SC=TGTCTACTACATAATACATTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=34969279;WS=34969261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	35161288	rs12365962	G	A	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=198;SC=AAGCCCCACCGGGCTGTGTCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=35161296;WS=35161278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	35198007	rs111607249	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=423;SC=TTGTAGGCATGAGCCACCGCG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=35198015;WS=35197997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	35198032	rs4756195	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=734;SC=GCCTTATTTGACTTTTTAAGG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=35198040;WS=35198022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	35198108	rs4756196	A	G	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=42;PP=2489;SC=TAACATTTCTATTTCTTCCCA;SOR=1.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=122;WE=35198116;WS=35198098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	35453796	rs11344760	GC	G	676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=781;SC=CCCTGGCACAGCCCAAGTTCA;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=20;WE=35453804;WS=35453786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	35641312	rs3740799	G	A	4453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=72;PP=2766;SC=GGCGCGTCCTGGAGCTGCACC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=151;WE=35641320;WS=35641302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	35706780	rs3740798	G	C	6592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;NR=84;PP=2965;SC=ATGCTGTCTAGTGACCCCTCA;SOR=1.123;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=143;TCR=84;TR=227;WE=35706788;WS=35706770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	35827958	rs61881297	A	G	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=88;PP=2805;SC=CCCAGTGGAAAATCATCCCCT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=153;WE=35827966;WS=35827943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	36031593	rs262404	G	A	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=28;PP=2024;ReadPosRankSum=0.812;SC=GGACTGAAGAGTATAACCTAC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=101;WE=36031601;WS=36031583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr11	36103381	rs3740962	A	G	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=54;PP=1599;ReadPosRankSum=0.278;SC=CCGCCAGCCAAACTTGTCCAC;SOR=1.694;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=67;WE=36103389;WS=36103371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr11	36293048	rs7107433	G	A	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=21;PP=1196;SC=AAAAGCCCCAGAGAGATGGTC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=36293056;WS=36293038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	36298555	rs2289986	C	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=4;PP=664;SC=TTGGTTTCTGCCAAAATCTCT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=36298563;WS=36298545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	36299976	rs34980490	A	T	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=28;PP=1779;SC=GAGAATAAAAATAATAAGAAA;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=92;WE=36299984;WS=36299966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	36311014	rs7939948	G	T	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=39;PP=1266;SC=TCACGTGGCTGTCGCTGTTGT;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=36311022;WS=36311004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	36422792	rs330261	G	A	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=72;PP=2033;SC=ATTCCAAGCAGCTCGGCAGGC;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=123;WE=36422800;WS=36422782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	36453247	rs746762	C	A	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=174;SC=GAAGCCTTAACCTTCCAAGAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=36453255;WS=36453237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	36484208	rs514352	T	C	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	36514290	rs2303439	T	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=304;SC=ACATTGGCAGTTGAATAGGTG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=36514298;WS=36514280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	36518824	rs3830511	T	TA	2212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=714;ReadPosRankSum=-0.285;SC=ATCCTATAATTAAAAAAATAA;SOR=1.270;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=40;WE=36518832;WS=36518814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr11	36595600	rs3740955	A	G	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=79;PP=2965;SC=GCCCGTCAGCACAAGAGAAGA;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=166;WE=36595608;WS=36595590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	36597734	rs1980131	A	G	5490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=78;PP=2965;SC=GGGCATGGGCAAGTGAGGGAA;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=107;TCR=78;TR=185;WE=36597742;WS=36597724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	36612090	rs1818545	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=21;PP=709;SC=TCTTCTAACACGGCTCATTTG;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=36612098;WS=36612080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	36631867	rs77576907	G	A	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=400;SC=GCTGCCTCTTGAGAAAGACTA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=36631875;WS=36631857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	36655049	rs144097691	C	CA	399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=233;SC=CTTCATGAATCAAAAAAAAGA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=36655057;WS=36655039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	36657775	rs871912	A	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=13;PP=408;SC=CACCTCTCCTAAGACAGGAAG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=36657783;WS=36657765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	36669778	rs1566245	C	T	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=65;PP=1816;SC=AGAAATGCTGCATGCTTCTGT;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=96;WE=36669786;WS=36669768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	42209105	rs11416548	G	GA	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.783;NF=24;NR=8;PP=481;ReadPosRankSum=-0.665;SC=TACTGAAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.653;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=32;WE=42209113;WS=42209095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr11	42209292	rs901894	T	G	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GATAGCAAATTCTATTGTGTC;SOR=1.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=54;TCR=108;TR=160;WE=42209300;WS=42209282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr11	42259731	rs11036779	G	A	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=92;PP=2965;SC=AAAATAAAGCGGGTCATAAGT;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=185;WE=42259739;WS=42259721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	43348322	rs5743236	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=274;SC=TTAGGACTGCTTCATGGATTC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=43348330;WS=43348312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	43413158	rs67884453	TTGCG	T	841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.617;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;MQRankSum=0.426;QD=36.60;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr11	43419451	.	CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	C	3000	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=15;MQ=61.24;NF=6;NR=4;PP=3000;QD=20;SC=TTTTTTTTTCCGTGTGTGTGT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=43419480;WS=43419441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,10:0.67:15
chr11	43472895	rs6485426	G	C	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=82;PP=2554;SC=CTAAGTGTCTGTAACCTCTTC;SOR=2.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=34;TCR=82;TR=116;WE=43472903;WS=43472885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	43515304	rs12276980	C	G	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=22;PP=1392;SC=CCTCACATTTCTCTCCTTGGC;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=68;WE=43515312;WS=43515294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	43702581	rs4573669	G	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=19;PP=551;SC=GCGGCGGCCCGGACCAGGCCT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=43702589;WS=43702571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	43702615	rs4573668	G	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=365;SC=TAGTTCTGGGGTCTGCTCCTG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=43702623;WS=43702605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	43876435	rs3736505	A	G	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	43876698	rs11555762	C	T	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=29;PP=1106;SC=CCCTAGGGCTCGATAATCTCA;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=43876706;WS=43876688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	43905484	rs2271817	T	G	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=23;PP=1571;ReadPosRankSum=-1.249;SC=GTCAGTATCCTTGAGGATTAA;SOR=0.492;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=84;WE=43905492;WS=43905474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr11	43908104	rs3740983	T	G	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=53;PP=2965;ReadPosRankSum=1.616;SC=CCACTGGGTATAGCATATTGT;SOR=0.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=110;TCR=53;TR=161;WE=43908112;WS=43908094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr11	43911365	rs2434478	T	C	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=48;PP=1440;SC=AACAGAGGACTGGCATCAGAG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=90;WE=43911373;WS=43911355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	43911530	.	G	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=389;ReadPosRankSum=1.211;SC=AAAAGGACAGGGAAGAGTATT;SOR=0.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=24;WE=43911538;WS=43911520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr11	43940566	rs7926534	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=522;SC=AAACATTTATTACAACAAATG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=43940574;WS=43940556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	43940644	rs1048928	G	T	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=28;PP=1029;SC=TGGATCATGGGACCTTGTTAA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=67;WE=43940652;WS=43940634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	43946967	rs1973717	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=42;PP=1381;SC=GATCGTCTCCACGCTGCACCA;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=43946975;WS=43946957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	43947990	rs12797684	T	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=16;PP=1229;SC=CAGGCCACTTTCAAACTCTGT;SOR=1.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=57;WE=43947998;WS=43947980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	43954812	rs2434476	T	C	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=28;PP=735;SC=TACTAGCTGGTGGATGTCCCT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=43954820;WS=43954802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	43964842	rs7077	G	C	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	44080210	rs2074051	T	C	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=58;PP=1525;SC=AGGCTGGTTCTGCCTCATCTT;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=93;WE=44080218;WS=44080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	44089161	rs178514	G	A	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=46;PP=2026;SC=AGGCCTGTGCGTTTTGTCTTT;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=125;WE=44089169;WS=44089151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	44092880	rs2074039	C	T	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.055;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=1.523;SC=GTCCTAGGGCCCCTCTAGGGG;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=68;TCR=97;TR=163;WE=44092894;WS=44092870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr11	44096115	rs79453091	G	A	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=38;PP=1746;SC=GATGCACCGTGGGTTGGGGAC;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=102;WE=44096123;WS=44096105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	44096238	rs178521	G	A	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=65;PP=1996;SC=GAATGTGAGTGGCCCCCTCCA;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=108;WE=44096246;WS=44096228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	44096322	.	CTT	C	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.39;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	44096330	rs61491891	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	44096334	.	C	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	44098751	rs2074041	G	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=542;SC=GGCTTGGAGAGGGACTGGGGA;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=44098759;WS=44098741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	44098969	rs2074042	G	A	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=58;PP=2022;SC=GCCTGCCTGTGGTCAAGAGTT;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=102;WE=44098977;WS=44098959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	44098985	rs2074043	G	A	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=57;PP=1769;SC=GAGTTTCCTGGGTCTGAATTT;SOR=1.354;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=92;WE=44098993;WS=44098975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	44101118	rs7950395	C	T	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=28;PP=1207;SC=GGTCTACATGCTGTCCGTGTT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=44101126;WS=44101108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	44104701	rs79395013	C	CCT	6452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=41;PP=2965;SC=GATCTTCTGGCCTCTTTCACC;SOR=1.282;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=83;WE=44104709;WS=44104691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	44104981	rs3107275	C	T	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CAGTACCTGCCCAAGGGCACC;SOR=0.579;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=79;TCR=62;TR=140;WE=44104989;WS=44104971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr11	44117898	rs11037860	T	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=584;SC=GGGCATGTTATGCCGGGGACT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=44117906;WS=44117888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	44129086	rs11037864	A	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=161;SC=GTGAGCTGAGATTGCACCACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=44129094;WS=44129076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	44146257	rs10769018	A	G	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=15;PP=1098;SC=ACTTACTGTCATAAGTTTAAT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=44146265;WS=44146247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	44151457	rs7125352	T	C	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=23;PP=2660;SC=GGGAAAGAGATAATACTTACC;SOR=2.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=92;TCR=24;TR=115;WE=44151465;WS=44151447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	44257708	rs151110171	GGT	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,7:0.12:59
chr11	44289289	rs10742699	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=60;PP=1658;SC=CGTTTGGGAAACGGTGCGGCC;SOR=4.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=66;WE=44289297;WS=44289279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	44296828	rs11037927	C	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=10;PP=1077;SC=TCAGGAGACCCCAACTGCAGC;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=44296836;WS=44296818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	44297054	rs10769028	T	C	10232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.786;SC=TGTTGCTCTCTGAGTCGGCCT;SOR=0.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=370;TCF=197;TCR=173;TR=367;WE=44297062;WS=44297034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,389:1.00:390
chr11	44297253	rs11037929	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=48;PP=1440;SC=GTTGAACCAAACAAGAGAAGG;SOR=1.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=44297261;WS=44297243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	44297343	rs11037930	C	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=11;PP=393;SC=ATGCGAGGTCCGGAGACTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=44297351;WS=44297333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	44608866	rs7930303	T	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=726;SC=GGAAAGAGGCTACATGAGCCT;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=32;WE=44608874;WS=44608856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	44609129	rs7118753	T	A	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=57;PP=1677;SC=CTGAGAGGAGTGGTGGGTTGG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=83;WE=44609137;WS=44609119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	44609198	rs7102843	G	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=268;SC=GCCCTCAGGTGTTCAGTCTGA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=44609206;WS=44609188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	44639921	rs2303863	C	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.243;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=37;PP=994;ReadPosRankSum=1.264;SC=AGGAGGTGTGCGGGGGGCTGC;SOR=4.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=40;WE=44639929;WS=44639911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr11	44919495	rs10838380	C	T	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=26;PP=693;SC=GTGTCTCCTTCGGTCTTTCCC;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=44919503;WS=44919485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	44924950	rs5791652	GC	G	2752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=21;PP=1999;SC=GAAAGTCAGGGCAGGAATAAC;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=46;WE=44924958;WS=44924940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	44940873	rs11038214	G	A	5897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=101;PP=2965;SC=AGTGAGTGACGCCCCAGAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=108;TCR=102;TR=208;WE=44940881;WS=44940863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	44948052	rs835988	G	T	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=3;PP=762;SC=CTGCCAAGTCGCTGTTTCTGG;SOR=3.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=44948060;WS=44948043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	45203212	rs11038341	C	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=16;PP=1698;SC=GGAGGGTAACCAGACTCCGCG;SOR=2.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=82;WE=45203220;WS=45203202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	45204071	rs1078930	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=568;SC=GGCTATTGTTAGCCCCATTTT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=45204079;WS=45204061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	45234877	rs11038356	T	C	5663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=112;PP=2965;SC=TGTCCCGTGGTGGCAGGCCTT;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=93;TCR=112;TR=204;WE=45234885;WS=45234867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	45235433	rs3781704	G	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=421;SC=GGGAAGAGGAGGCAGGGGGCA;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=45235441;WS=45235423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	45672261	rs3802762	A	G	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=65;PP=2497;SC=AGGAGGAGCCACTGCGCGTGG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=130;WE=45672269;WS=45672251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	45832935	rs1139266	G	A	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=2;NR=4;PP=82;SC=GTACACAGGCGGGGCCAGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=45832943;WS=45832925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	45834044	rs4756027	C	T	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=13;PP=1574;SC=GGCTGGGACGCCCAAGATCAA;SOR=2.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=59;TCR=13;TR=72;WE=45834052;WS=45834034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	45834198	rs7943306	T	C	8762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	45834201	rs55758172	C	T	8737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.51;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	45868850	rs11394694	C	CG	3873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.230;NF=22;NR=49;PP=2970;ReadPosRankSum=0.702;SC=CGTGAGGGGGCGGGCCTGTTC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=71;WE=45868858;WS=45868840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr11	45877529	rs2292913	A	G	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=67;PP=2651;SC=TGTGGACTCCACAGGTTCCTA;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=145;WE=45877537;WS=45877519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	45877688	rs2292912	C	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=572;SC=CTGTCCCTGACGGTTTCCCCA;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=45877696;WS=45877678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	45883914	rs4755343	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=359;SC=CTCAGCATTTTTGGGTTAAGC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=45883922;WS=45883904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	45891418	rs7123390	G	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=25;PP=653;SC=GGTCAGGCCCGTCAAAGGGCA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=45891426;WS=45891408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	45891508	rs4755345	A	G	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=5;PP=250;SC=CTTGCCTTCAATGGAAGGGTT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=45891516;WS=45891498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	45926445	rs2271847	T	C	9970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=174;NR=187;PP=2965;SC=CCAAGACTTGTGATGAAGAGG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=364;TCF=175;TCR=189;TR=361;WE=45926453;WS=45926421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr11	45935253	rs2271845	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=3;PP=763;SC=CCGGACAACACACAGTGCTTG;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=45935261;WS=45935243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	45935384	rs1132349	A	G	6989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=145;NR=112;PP=2965;SC=AGAAGCGGTCATAGAAAGGAG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=145;TCR=112;TR=257;WE=45935392;WS=45935374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	45936035	rs3802758	G	A	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=40;PP=2315;SC=ACACAAGGGCGGCAGATGAGC;SOR=1.169;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=108;WE=45936043;WS=45936025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	45937267	rs10742772	C	T	12615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=219;PP=2965;ReadPosRankSum=1.148;SC=GCCAGCTGGACGAGGGCGATG;SOR=0.454;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=473;TCF=251;TCR=222;TR=470;WE=45937275;WS=45937249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,482:1.00:483
chr11	45937968	rs3215273	CTA	C	933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=817;SC=CACCCACAGACTATGTGGAAA;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=45937977;WS=45937958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	45944994	rs33927614	G	GC	2348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=13;PP=1845;SC=GAGAAGGGGGGCTGCTGCCGA;SOR=1.681;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=42;WE=45945002;WS=45944984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	45947619	.	C	T	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=666;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GGACCGGCTCCGGCAGGCTGG;SOR=0.772;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=51;WE=45947627;WS=45947609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,54:0.48:112
chr11	45949201	rs884668	C	T	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=64;PP=2371;SC=ACGGGGCATGCGTGGGACCCC;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=67;TCR=64;TR=131;WE=45949209;WS=45949191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	45949534	rs939105	C	T	4735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=60;PP=2965;SC=TGCCGGCATTCGAGACCCTGC;SOR=1.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=96;TCR=60;TR=156;WE=45949542;WS=45949524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	45959669	rs10742773	C	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=4;PP=1218;SC=GTGTCTTTGTCCTCCTCGGCC;SOR=4.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=48;WE=45959677;WS=45959659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	46105688	rs2932515	G	A	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=38;PP=1771;SC=CTTAACAACAGTGTGGGAGAA;SOR=1.149;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=105;WE=46105696;WS=46105678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	46342081	rs67946579	TG	T	2259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=41;PP=1838;SC=CCACGACAGGTGGGGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=48;WE=46342089;WS=46342071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	46342259	rs79068197	A	AG	6464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=49;PP=2936;SC=TTCTCTCTCCAGGATCTGGGC;SOR=1.249;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=98;WE=46342267;WS=46342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	46369238	rs76656670	C	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=0.473;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr11	46369267	rs114974750	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQRankSum=1.471;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	46686260	rs10838610	G	A	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=15;PP=1655;SC=CCCCTATCACGTCAGGCCCCC;SOR=2.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=78;WE=46686268;WS=46686250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	46694313	rs67065551	GTC	G	4307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.33;NF=10;NR=39;PP=2253;SC=TTGGTGTGGAGTCGCAGAAAG;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=46694322;WS=46694303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	46701728	rs10838612	G	T	5746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=91;PP=2965;SC=CACACATATGGCCCTGCAACA;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=101;TCR=91;TR=191;WE=46701736;WS=46701718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	46702160	rs4752927	C	T	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	46702920	rs4268467	T	C	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=63;PP=2127;SC=CCTTGATGTTTTTCTTGTACC;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=126;WE=46702928;WS=46702910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	46722731	rs4752928	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=36;PP=1208;SC=TCCTCAGTCTTCTCTCCTCCG;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=46722739;WS=46722721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	46724716	rs148055528	CAGTGGTGACAGA	C	2532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=2957;SC=GCAGCTGTAGCAGTGGTGACA;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=36;WE=46724735;WS=46724706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	46741495	rs2070850	C	T	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=342;SC=AAGCGAGGAACGCCACAGCCC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=46741503;WS=46741485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	46745003	rs5896	C	T	7742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=0.018;SC=AGCAGCACCACGGGACCCTGG;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=122;TCR=154;TR=275;WE=46745011;WS=46744993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,286:1.00:287
chr11	46747979	rs1799867	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=613;SC=CGTAGGGGAATTGGGGGGATC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=46747987;WS=46747969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	46760466	rs3136515	G	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=275;SC=GGATTGGATGGGTAGGGTGAG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=46760474;WS=46760456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	46776697	rs4237546	A	G	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=186;SC=AAACTTCTCCATAAGAATATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=46776705;WS=46776687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	46802094	rs6485691	C	A	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=200;SC=TACTCAATAACGTTTTATAAA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=46802102;WS=46802084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	46837625	rs59649961	AC	A	1034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	46837631	.	CCA	C	595	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=21;NR=2;PP=595;QD=26.9565217391;SC=AACGACCCCCCCATTCCCCCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	46837633	rs58152993	AT	A	1071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.87;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	46837634	.	T	A	585	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=20;NR=2;PP=585;QD=28.1714187521;SC=GACCCCCCCATTCCCCCCAAC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=22;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr11	46890197	rs2290883	G	A	5300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=72;PP=2965;SC=AGGCACATACGAAGTCCGAGG;SOR=1.202;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=117;TCR=72;TR=189;WE=46890205;WS=46890187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	46897446	rs2306033	G	A	6141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.049;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GATGAGCACCGCGCGGTCTGA;SOR=0.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=110;TCR=101;TR=209;WE=46897454;WS=46897436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,227:1.00:228
chr11	46900659	rs2306028	G	T	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=62;PP=2451;SC=AAGCCAATGCGAGCCAAGGGC;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=134;WE=46900667;WS=46900649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	46911781	rs2306037	G	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=856;SC=GGGCAGGGACGGGGGCAGGAG;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=46911789;WS=46911771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	46914583	rs10838631	T	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=16;PP=1325;SC=ACAGCAACACTTTCCGGTGGG;SOR=1.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=64;WE=46914591;WS=46914573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	46914598	rs10769215	A	G	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=20;PP=1192;SC=GGTGGGCCCCATCCAGATTGG;SOR=1.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=46914606;WS=46914588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	46969616	rs2867207	T	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=76;NR=40;PP=1750;SC=GTAAGATATATGAAAGGCCAC;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=116;WE=46969624;WS=46969606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	47159053	rs4752965	G	A	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=73;PP=2965;SC=CTGGAGGTTAGAGACTAGCAT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=148;WE=47159061;WS=47159043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	47181040	rs1965952	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=443;SC=CAGCCTGTGCGACAGAGCAAG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=47181048;WS=47181034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	47185510	rs4752969	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=273;SC=AATATTTCTTAAACTCCACTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=47185518;WS=47185508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	47188314	rs4752820	T	C	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=38;PP=2087;SC=CACTTACCTCTGCATCCACCT;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=118;WE=47188322;WS=47188304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	47189416	rs60076400	T	TA	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=7.299;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.830;NF=20;NR=6;PP=292;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TCAGCTTGTTTAAAAAAAAAA;SOR=2.387;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=26;WE=47189424;WS=47189406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr11	47193367	rs57323109	T	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=32;PP=916;SC=AACAGAATCATGTAAGGGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=47193375;WS=47193357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	47196982	rs2279439	C	T	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=39;PP=1090;SC=GGATGATACACGCTACTGACA;SOR=1.576;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=62;WE=47196990;WS=47196972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	47201924	rs11039119	G	A	11607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CTGGACCCTGGATGCCACACC;SOR=0.854;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=403;TCF=187;TCR=216;TR=400;WE=47201932;WS=47201914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,426:1.00:428
chr11	47203904	rs10838664	G	A	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=22;PP=1025;SC=AAGCTGGCCCGACAGTCCTGC;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=47203912;WS=47203894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	47238522	rs326212	T	C	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=63;PP=1757;SC=ACCCCAGCACTGTGGCTGTGG;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=47238530;WS=47238512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	47238665	rs326211	A	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=398;SC=AGTGGTTCGCACCTGTAATCC;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=47238673;WS=47238655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	47256708	rs2306353	C	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=0;PP=1154;SC=TTCCTTTCCGCTCCTGTCTAG;SOR=7.701;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=45;TCR=0;TR=45;WE=47256716;WS=47256698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	47260272	rs2013867	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=911;ReadPosRankSum=-1.122;SC=TTTACCAAATTGTAGGTTTGC;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=49;WE=47260280;WS=47260262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr11	47260319	rs901746	A	G	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=34;PP=1468;SC=GGTAACAGAAAGTGTAAGTCA;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=85;WE=47260327;WS=47260309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	47266471	rs75393320	G	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=29;PP=720;SC=AGCCTCTCCAGGGGGCAGCTC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=47266479;WS=47266461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	47266808	rs2242261	T	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=17;PP=1146;SC=GACCTGGGCCTGCTGAGAGGG;SOR=1.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=54;WE=47266816;WS=47266798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	47267408	.	C	CGTGTGTGTGTGT	240.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.10;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	47269159	rs4752973	T	C	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=78;PP=2562;SC=CAGCATACCTTGTTCCCCTTG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=166;WE=47269174;WS=47269149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	47269936	rs7118396	C	T	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=34;PP=1358;SC=GTGAAAGCAACGTATGTGGTG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=86;WE=47269944;WS=47269926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	47270255	rs2167079	C	T	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=77;PP=2767;SC=ACTCCGGGCCCGGGTGGGCGG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=86;TCR=78;TR=163;WE=47270263;WS=47270245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	47280762	rs11039155	G	A	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=38;PP=2592;SC=AGGGCTCCAGGAAGAGATGTC;SOR=1.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=97;TCR=38;TR=134;WE=47280770;WS=47280752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	47282024	rs2279238	C	T	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=AGCTATGCAGCGTGTGTGGGG;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=189;WE=47282032;WS=47282014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	47300429	rs4752977	T	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=501;SC=TGTGCAGTTATATAATGTATA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=47300437;WS=47300419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	47305669	rs3816725	T	G	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=29;PP=2595;SC=TGGTGCTGATTGTAGGTGTTC;SOR=2.152;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=118;WE=47305677;WS=47305659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	47306585	rs1051006	G	A	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=51;PP=2066;SC=CAAATCGAACGTGGACAGACG;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=112;WE=47306593;WS=47306575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	47307332	rs148495681	G	GTCATTA	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=440;SC=GGACAGATTAGTCATTATGCC;SOR=1.609;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=47307340;WS=47307322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	47311367	rs10838686	G	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=221;SC=AAGGTGGGGGGTGCTCTGCAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=47311375;WS=47311357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	47312374	rs58023804	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=357;SC=ATTGGTACGTATCAGTGTGTT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=47312382;WS=47312364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	47317625	rs5791755	CAAAAG	C	2564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=28;PP=1490;SC=TGTTTATTAACAAAAGAAAAC;SOR=1.421;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=30;WE=47317637;WS=47317615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	47331116	rs1017594	T	C	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=57;PP=2314;SC=AGATCGCTTGTTGGCCACACT;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=47331124;WS=47331106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	47346145	rs2290148	G	A	10211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=199;NR=166;PP=2965;SC=GCGAGCGGCAGCACGAGGCTC;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=199;TCR=166;TR=365;WE=47346153;WS=47346135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr11	47350287	rs2305280	G	A	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=59;PP=1893;SC=GATGGGCCACGGTGCGCAGGG;SOR=1.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=87;WE=47350295;WS=47350277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	47350553	rs10838693	G	C	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=52;PP=2785;SC=TATGGAGATGGAGGAGTCTCA;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=141;WE=47350561;WS=47350543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	47353498	rs2290146	G	A	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=31;PP=1146;SC=CCATCTGGGCGTGGCAGGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=47353506;WS=47353488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	47354068	rs3729802	G	A	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=50;NR=27;PP=1165;SC=GTCGGGGCCTGTGAGCCCTGC;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=47354076;WS=47354058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	47354787	rs1052373	C	T	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=75;NR=50;PP=2085;SC=ACCCCCAGAGCTCCGTGTTGC;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=125;WE=47354795;WS=47354777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	47361084	rs2856653	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=10;PP=618;SC=GTCTCTCCCATGGGGTAGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=47361092;WS=47361074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	47362431	rs2697926	A	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=29;NR=0;PP=798;SC=GGCAAAGCTGAAGCTGGGCCC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=47362439;WS=47362421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	47362465	rs10769254	G	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=12;PP=1401;SC=TTTGATCCTTGCTCTTCCCTC;SOR=2.200;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=62;WE=47362473;WS=47362455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	47364762	rs896818	A	G	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=76;PP=2570;SC=AGTGCGCCCCATGATAATCCC;SOR=0.945;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=142;WE=47364770;WS=47364752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	47371442	rs11570051	G	A	5294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=90;PP=2965;SC=GGCTGGCGCCGGCCACGCGGG;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=88;TCR=90;TR=178;WE=47371450;WS=47371432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	47380061	rs10734557	A	C	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=15;PP=1522;SC=ACACCCACTCACACAGCCACT;SOR=2.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=69;WE=47380069;WS=47380051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	47380276	rs35282035	G	GCA	2567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.140;NF=12;NR=50;PP=2658;ReadPosRankSum=0.353;SC=TGGCAAACATGCACACACACA;SOR=0.970;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=16;TCR=72;TR=62;WE=47380285;WS=47380266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,79:0.86:92
chr11	47380340	rs3740688	G	T	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=31;PP=1302;SC=CTGGGTGGGGGCAGGGCACAG;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=47380348;WS=47380330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	47380688	rs35284836	GGAA	G	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=5;PP=211;SC=GGAGACTGGAGGAAGAAGACC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=47380698;WS=47380678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	47422772	rs74206205	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=32;PP=1037;SC=TCAAGATAAGTTCTCTGACAA;SOR=1.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=45;WE=47422780;WS=47422762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	47431728	rs2010519	A	G	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=56;PP=2573;SC=GAGCTCTTGGAAAGGGCTGGG;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=141;WE=47431736;WS=47431718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	47431961	rs61000762	G	A	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=79;PP=2525;SC=GTGACTCTCCGGTGGCGCCCA;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=44;TCR=79;TR=123;WE=47431969;WS=47431951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	47432034	rs755554	G	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=821;SC=GTCACAGAGTGTCTGAGATGG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=47432042;WS=47432024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	47436531	rs11039228	G	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=24;PP=1294;SC=TGTGGCTACCGCACTGCTGGT;SOR=0.950;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=65;WE=47436539;WS=47436521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	47447955	rs7948705	C	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=460;SC=ACTCTTGACCCGACCAGCTCC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=47447963;WS=47447945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	47462837	rs10716680	AG	A	1374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=35;PP=1067;SC=AGCACAGGGTAGGGGGGGCAG;SOR=2.985;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=39;WE=47462845;WS=47462827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	47470345	rs34312154	G	A	5312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=54;PP=2965;SC=TCCTTGTAGCGGCCCATCTCC;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=118;TCR=54;TR=172;WE=47470353;WS=47470335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	47587577	rs58926533	TC	T	5714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=113;PP=2969;SC=GGGGGCCCGCTCCCCCTCGCC;SOR=1.664;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=140;TCF=10;TCR=130;TR=121;WE=47587585;WS=47587567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	47599322	rs75352463	T	C	3187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=69;PP=2209;ReadPosRankSum=-0.004;SC=CTCCTTCAGGTTGGAAGTGAA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=197;TCF=95;TCR=102;TR=129;WE=47599330;WS=47599312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,135:0.65:207
chr11	47600438	rs2280231	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=317;ReadPosRankSum=-0.670;SC=GGAGCTAGGACCACGCTCACC;SOR=0.263;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=20;WE=47600446;WS=47600428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr11	47609867	rs4486587	G	A	8994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=1.649;SC=GGGCCGCTGGGCCCAGGTCTT;SOR=0.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=319;TCF=167;TCR=152;TR=317;WE=47609875;WS=47609857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,330:1.00:331
chr11	47611316	rs10769279	C	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=3;PP=1064;SC=TTCGAGCCTCCGGCCCGGCCT;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=50;WE=47611324;WS=47611306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	47684450	rs6485766	C	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=405;SC=TGTTCACCTGCGCAGAACGAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=47684458;WS=47684440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	47689343	rs10742817	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=669;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GACACAAAGGCTAACTCGGTA;SOR=0.587;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=193;TCF=77;TCR=116;TR=59;WE=47689351;WS=47689333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,63:0.31:203
chr11	47701528	rs12286721	C	A	3980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=82;PP=2291;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TTTTTACCTTCATTTGGTCAG;SOR=0.622;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=256;TCF=128;TCR=128;TR=170;WE=47701536;WS=47701518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,182:0.69:265
chr11	47701629	.	GA	G	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=9.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr11	47727590	rs17791016	A	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=-1.396;SC=TTTCTATCTAAATCTTTCTCC;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=20;WE=47727598;WS=47727580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr11	47736023	rs4752791	T	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=955;ReadPosRankSum=0.704;SC=TCCATGCGAATTATTCTATCG;SOR=1.037;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=50;WE=47736031;WS=47736013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr11	47736314	rs4752863	C	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=458;SC=TACAAAGCCACAAGAGGACAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=47736322;WS=47736304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	47745589	rs34242224	T	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=611;ReadPosRankSum=-0.951;SC=CCTGTAGCTATAGCTGACTGG;SOR=0.618;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=87;TCR=35;TR=48;WE=47745597;WS=47745579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr11	47758152	rs59205786	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5447;FS=6.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=323;ReadPosRankSum=1.206;SC=CAAGTTGCATTAAGTAATATA;SOR=2.712;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=16;WE=47758160;WS=47758142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr11	47772401	rs11039366	C	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=412;SC=AAGGCTTCCACTCCTGTGCTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=47772409;WS=47772391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	47776047	rs7928954	G	A	7771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=114;PP=2965;SC=AGTAGCTTCAGTAACTAAAAC;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=156;TCR=114;TR=270;WE=47776055;WS=47776037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr11	47776283	rs7929014	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=15.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr11	47788663	rs67450550	CGGTGGT	C	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=332;ReadPosRankSum=0.260;SC=GCAGTCACCGCGGTGGTGGTG;SOR=0.544;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=8;WE=47788676;WS=47788653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr11	47801101	rs7114813	A	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=457;ReadPosRankSum=0.350;SC=AATATTTTAGATAGGCTCAGG;SOR=0.580;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=41;WE=47801109;WS=47801091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,46:0.40:114
chr11	47802092	rs72169400	CT	C	121.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.730;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr11	47813436	rs10742821	C	T	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=26;PP=1427;SC=ACAATAACAACATTACTACTG;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=47813444;WS=47813426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	47814280	rs754434	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=405;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GACCAAAACAAGTAGATTTAC;SOR=0.602;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=31;WE=47814288;WS=47814270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr11	47825972	rs7124949	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=1.471;SC=TCTTTGGGGTATGTCTTCACA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=47825980;WS=47825962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	47826090	rs11039402	A	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=7.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,44:0.26:167
chr11	47828404	.	C	T	109	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5268;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=49.36;NF=6;NR=0;PP=109;QD=23.9618687579;SC=CACACACACACATATATATAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=47828412;WS=47828399;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	47828558	rs77201654	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=11.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.329;SOR=1.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,44:0.28:160
chr11	47834346	rs10838773	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.996;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=302;ReadPosRankSum=0.924;SC=TATTCTGTACGCTCTGGAACA;SOR=0.220;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=26;WE=47834354;WS=47834336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr11	47834592	rs7110289	G	A	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=76;PP=2176;SC=CCCGAGCGATGTCCACATCTA;SOR=2.373;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=24;TCR=77;TR=100;WE=47834600;WS=47834582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	47837333	rs17727140	T	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TTAAAGGCCATAGACTATGCA;SOR=0.140;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=14;WE=47837341;WS=47837323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr11	47837408	rs6485786	G	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=822;ReadPosRankSum=0.695;SC=ACAAGGTCAAGTGAAGAATTC;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=141;TCR=70;TR=62;WE=47837416;WS=47837398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,64:0.28:231
chr11	47837638	rs7130715	G	A	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=59;PP=1615;SC=AATGGAAAACGTTTCAGTTTA;SOR=3.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=8;TCR=59;TR=67;WE=47837646;WS=47837628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	47843133	rs7122182	A	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=615;ReadPosRankSum=1.665;SC=CCTGGTCTCGAACTCCTGAGC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=28;WE=47843141;WS=47843123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr11	47857168	rs2305982	A	G	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=24;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CAGTACACACAGAATAACTTG;SOR=0.646;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=139;TCF=102;TCR=37;TR=85;WE=47857176;WS=47857158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,86:0.61:141
chr11	47857253	rs3816605	T	C	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=58;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.264;SC=AGTCCCATGGTGGGGGAATAA;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=351;TCF=200;TCR=151;TR=133;WE=47857261;WS=47857243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,134:0.37:360
chr11	47861857	rs74873109	A	G	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,127:0.27:474
chr11	47869200	rs71045524	TG	T	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.256;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr11	48118347	rs11382316	T	TA	1632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=2.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,68:0.30:228
chr11	48145166	rs2270993	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTAAAATAGAGCCGATCCCAG;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=7;WE=48145174;WS=48145156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	48145247	rs2270992	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=414;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GCAATGGCACTGCCTCCTGCC;SOR=1.002;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=89;TCF=63;TCR=26;TR=32;WE=48145265;WS=48145237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr11	48157869	rs2270994	T	C	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.162;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=956;ReadPosRankSum=0.084;SC=TAGGATGCCCTTCTAAGGAAC;SOR=0.908;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=221;TCF=92;TCR=129;TR=73;WE=48157877;WS=48157859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,77:0.33:232
chr11	48158485	.	T	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=33.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=5.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr11	48166267	rs4752904	G	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=914;ReadPosRankSum=-0.219;SC=ACACGTATGAGGATTTCAAAA;SOR=0.612;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=244;TCF=138;TCR=106;TR=82;WE=48166275;WS=48166257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,84:0.32:260
chr11	48170870	rs4752908	T	G	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=65;PP=2965;SC=TGGTGTCAGCTGTGAACTAAT;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=109;TCR=66;TR=174;WE=48170878;WS=48170860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	48171793	rs10734565	T	C	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=77;PP=1982;SC=AGCTGGGATCTGAGGGGAGTT;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=115;WE=48171801;WS=48171783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	48175608	.	A	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.661;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=233;ReadPosRankSum=-0.841;SC=TAAGCACTATATTTAGGTGCA;SOR=4.452;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=90;TCF=16;TCR=74;TR=26;WE=48175616;WS=48175598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,25:0.28:88
chr11	48184971	rs3830431	CCTTT	C	2596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,76:0.27:279
chr11	48184983	rs2270990	G	T	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=2.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,85:0.27:318
chr11	48186104	rs12225986	C	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=580;ReadPosRankSum=0.519;SC=TCCACCCTTCCCCTCCATTTT;SOR=0.835;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=44;WE=48186112;WS=48186094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr11	48238302	rs1566737	G	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=267;SC=TTAGCGTTATGATTGCATGTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=48238310;WS=48238292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	48238421	rs10769329	T	G	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=34;PP=1746;SC=AGGATCCAGCTGTGCAGAGTG;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=105;WE=48238429;WS=48238411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	48238880	rs10838833	C	T	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=46;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.335;SC=ATGTGATTGACCACTATTTCT;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=109;WE=48238888;WS=48238870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,118:0.69:170
chr11	48266582	rs7120549	A	C	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=49;PP=2773;ReadPosRankSum=1.565;SC=GTGAAGAAGTATTTTGTATCA;SOR=0.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=98;TCR=49;TR=146;WE=48266590;WS=48266572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chr11	48266736	rs7120775	C	G	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=59;PP=2474;ReadPosRankSum=0.832;SC=TGTTCTTGTACACAGCAATTG;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=214;TCF=118;TCR=96;TR=136;WE=48266744;WS=48266726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,144:0.65:221
chr11	48267589	rs1503180	A	G	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=59;PP=1891;SC=TTGTATTGATACTTGGGTTTA;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=48267597;WS=48267579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	48285301	rs713325	A	G	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=6;PP=1062;SC=GAACAAACTCAAGAGGGAGCA;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=51;WE=48285309;WS=48285291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	48285842	rs1503193	A	G	10513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=173;PP=2965;SC=TCTCCTCGTGAGGATAGCATG;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=182;TCR=173;TR=355;WE=48285864;WS=48285832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr11	48285856	rs10838850	C	T	10119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=181;NR=172;PP=2965;SC=TAGCATGGGGCGGGGGCCTGC;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=354;TCF=182;TCR=172;TR=353;WE=48285864;WS=48285832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr11	48285906	rs16905753	C	T	6445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.339;NF=138;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TTCCAGCTCCCGTTCTGTGGC;SOR=0.530;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=377;TCF=205;TCR=172;TR=259;WE=48285914;WS=48285896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,271:0.69:392
chr11	48285981	rs76884411	CCTT	C	18889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=185;PP=2969;SC=TGCGCAGACACCTTCTTCATT;SOR=0.817;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=287;TCF=85;TCR=202;TR=266;WE=48285991;WS=48285971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr11	48286231	rs10838851	T	A	7882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=141;PP=2965;SC=CTGTATTTTATACAGTGGTCA;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=134;TCR=141;TR=275;WE=48286239;WS=48286221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	48286256	rs10838852	C	T	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1003;ReadPosRankSum=-0.797;SC=TCTCTTAAACCCTGTGATTTA;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=238;TCF=106;TCR=132;TR=75;WE=48286264;WS=48286246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,77:0.31:249
chr11	48328818	rs11039669	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=1.351;SC=ATCCTCCTAGCTCTTGTTGTT;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=12;WE=48328826;WS=48328808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr11	48346450	rs79776366	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.696;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr11	48346458	rs77295176	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr11	48346487	rs33950768	TC	T	797.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.890;HP=5;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.162;NF=21;NR=0;PP=568;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GCAATGTTTTTCCCCCATGCA;SOR=2.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=21;WE=48346495;WS=48346477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr11	48346513	rs78206553	T	C	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=10.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.082;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,46:0.32:144
chr11	48346523	rs72911451	C	T	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=13.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.962;QD=14.55;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=1.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,58:0.35:168
chr11	48346535	rs76964780	G	C	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=17.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.018;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.534;SOR=1.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,74:0.33:223
chr11	48346541	rs75498992	A	T	2941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=16.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.010;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.732;SOR=1.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,81:0.33:243
chr11	48346547	rs79042268	C	T	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=16.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.062;QD=11.33;ReadPosRankSum=1.523;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,85:0.32:264
chr11	48346551	rs77470587	C	A	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=11.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.926;QD=11.00;ReadPosRankSum=1.697;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,90:0.32:280
chr11	48346579	rs72911452	C	A	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=8.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.738;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.734;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,124:0.35:354
chr11	48346588	rs75900655	A	C	5271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.636;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,139:0.37:378
chr11	48346604	rs75647397	T	G	5963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.494;NF=83;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.090;SC=CACAGAATTTTTCATGCTGGG;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=374;TCF=213;TCR=161;TR=145;WE=48346623;WS=48346594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,159:0.39:404
chr11	48346615	rs73463988	G	A	6017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.770;NF=84;NR=67;ReadPosRankSum=0.050;SC=TCATGCTGGGGCTCTCACAGA;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=221;TR=151;WE=48346623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,167:0.39:427
chr11	48346660	rs138704181	TTTGCTGATC	T	5515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.217;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.963;NF=33;NR=62;PP=2971;ReadPosRankSum=2.030;SC=TTGTGGTCTTTTTGCTGATCT;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=103;TCR=187;TR=95;WE=48346689;WS=48346650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,152:0.37:416
chr11	48346681	rs78490540	G	A	5571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.212;NF=73;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=0.081;SC=ATGTGGTCACGGTTTGTGGCA;SOR=0.655;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=385;TCF=204;TCR=181;TR=144;WE=48346689;WS=48346650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,155:0.38:406
chr11	48346729	rs73463990	G	C	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.447;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.283;NF=73;NR=62;PP=2091;ReadPosRankSum=-1.531;SC=CCAGCCCCACGCTGGCTTCCC;SOR=0.789;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=372;TCF=188;TCR=184;TR=135;WE=48346737;WS=48346719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,137:0.37:373
chr11	48346791	rs73463994	C	T	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.754;NF=98;NR=92;PP=2946;ReadPosRankSum=1.012;SC=TTTTATTCTTCTTCTATGGCT;SOR=0.661;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=475;TCF=239;TCR=236;TR=190;WE=48346799;WS=48346781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,187:0.40:473
chr11	48346822	rs73463997	A	C	4500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TTGCTGACTCATTGTATGAGG;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=522;TCF=265;TCR=257;TR=214;WE=48346830;WS=48346812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,216:0.41:532
chr11	48346843	rs73463998	C	T	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.207;SC=GGAGAACCATCTCTTATGAGT;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=519;TCF=272;TCR=247;TR=205;WE=48346851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,208:0.39:528
chr11	48346916	rs77069283	G	C	5981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=-2.713;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,165:0.39:424
chr11	48346924	rs72911454	T	C	5929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=-3.103;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,167:0.40:421
chr11	48346932	rs80285195	G	A	6250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=-3.043;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,171:0.41:417
chr11	48346961	rs75493089	AA	TG	3392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=79;PP=2944;ReadPosRankSum=0.416;SC=GCCCCTGCACAATACTACCAT;SOR=0.713;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=401;TCF=204;TCR=197;TR=155;WE=48346970;WS=48346951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,164:0.40:412
chr11	48346999	rs72473367	T	G	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=93;PP=2653;ReadPosRankSum=1.530;SC=GTGCCATGCTTGTAGGGGTGG;SOR=0.657;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=420;TCF=220;TCR=200;TR=186;WE=48347007;WS=48346989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,191:0.44:431
chr11	48347014	rs72473368	G	A	6989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=1.670;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,192:0.43:442
chr11	48347023	rs67077733	C	T	7322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,207:0.45:463
chr11	48347067	rs73464001	C	T	3871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=89;PP=2597;ReadPosRankSum=0.651;SC=CTTTGGTTGCCCTTCTGTGGG;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=482;TCF=255;TCR=227;TR=183;WE=48347075;WS=48347057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,193:0.39:496
chr11	48347100	rs73465905	C	T	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=81;PP=2203;ReadPosRankSum=-1.367;SC=AATCACTTTGCCTGTGACTTG;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=495;TCF=252;TCR=243;TR=169;WE=48347108;WS=48347090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,176:0.35:505
chr11	48347124	rs79019124	A	G	5657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=1.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-2.302;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,163:0.33:489
chr11	48347130	rs77395846	C	G	5908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=1.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-1.996;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,160:0.33:487
chr11	48347140	rs10838874	T	C	5734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=-2.297;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,156:0.34:462
chr11	48347142	rs79891698	C	T	5623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,151:0.33:458
chr11	48347144	rs79124801	T	C	5424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,146:0.32:454
chr11	48347267	rs73465910	T	C	3357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=95;PP=1922;ReadPosRankSum=0.065;SC=AGATGGGAGATGCAAAGCCCT;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=195;TCR=215;TR=181;WE=48347275;WS=48347257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,181:0.44:416
chr11	48347306	rs73465911	G	T	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.090;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=95;PP=2460;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTTCATTGTTGTTGCCTTGTT;SOR=1.042;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=405;TCF=195;TCR=210;TR=168;WE=48347314;WS=48347296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,170:0.41:410
chr11	48347342	rs76958755	G	A	4353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,126:0.35:356
chr11	48347346	rs74590631	A	T	4291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.660;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,121:0.35:345
chr11	48347358	rs76274696	C	T	3744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-2.480;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,108:0.34:321
chr11	48347363	rs77814753	C	T	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-2.812;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,102:0.33:306
chr11	48347392	rs79127479	T	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=50;PP=833;ReadPosRankSum=-1.017;SC=CATTATTTTATGGTATTCTGA;SOR=0.848;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=265;TCF=113;TCR=152;TR=82;WE=48347400;WS=48347382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,82:0.31:267
chr11	48347419	rs73465913	A	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.568;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=899;ReadPosRankSum=0.987;SC=TGTTGAATCCACTCATTTATA;SOR=0.412;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=245;TCF=103;TCR=142;TR=78;WE=48347427;WS=48347409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,83:0.33:248
chr11	48347492	rs79775762	G	A	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,53:0.41:130
chr11	48347498	rs78309417	A	T	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,52:0.42:125
chr11	48347539	rs79172951	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=285;ReadPosRankSum=0.953;SC=CTTTATTTTTGTAAGTGAAAC;SOR=1.483;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=18;WE=48347547;WS=48347529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr11	48347563	rs68062129	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=-2.156;SC=CCAAGCCTTACTTTTTTTGTA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=48347571;WS=48347553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr11	48347583	rs78209927	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.754;NF=0;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=-1.896;SC=ATCATGTATAGTTGTATTCCA;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=6;WE=48347591;WS=48347573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr11	48349128	rs76530627	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=2.019;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr11	48349128	.	GTA	ATG	175	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=175;QD=45.6935749724;SC=TGTCTTTAAAGTAAAAGTAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=5;WE=48349138;WS=48349118;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,5:0.28:18
chr11	48349130	rs75661263	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=2.018;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr11	48349152	rs73465924	A	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=0.805;SC=ATTTTAGATTACAAGTATAAG;SOR=1.115;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=9;WE=48349160;WS=48349142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr11	48349171	rs73465926	T	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=319;ReadPosRankSum=-1.558;SC=AGTGAGGTCATGCAGTATTTG;SOR=0.854;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=22;WE=48349179;WS=48349161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr11	48349209	rs73465927	A	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=344;ReadPosRankSum=0.037;SC=TATTTCACTTAGCATAATGTC;SOR=1.270;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=26;WE=48349217;WS=48349199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,31:0.31:101
chr11	48349230	rs74884553	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=503;ReadPosRankSum=0.258;SC=TTCCAGGTCCGTATACCTTGC;SOR=0.684;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=38;WE=48349238;WS=48349220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,43:0.33:129
chr11	48349252	rs76041098	G	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.902;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=679;ReadPosRankSum=1.182;SC=GCAAATGACAGAACTTCTTTC;SOR=0.938;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=52;WE=48349260;WS=48349242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,58:0.36:160
chr11	48349312	rs79572913	A	G	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=1.507;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr11	48349316	rs76607933	T	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr11	48349320	rs77184441	A	T	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,43:0.37:116
chr11	48349329	rs76765071	C	A	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,39:0.38:104
chr11	48349375	rs6486052	A	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr11	48349377	rs72911466	A	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr11	48349389	rs79223613	A	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.564;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr11	48349391	rs76599777	TG	CA	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.356;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr11	48349394	rs78755709	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.461;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr11	48349407	rs72911467	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-1.097;QD=14.65;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr11	48349425	rs79941850	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.043;NF=1;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=1.426;SC=TTTGATATTATCATGTCTACC;SOR=0.495;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=12;WE=48349433;WS=48349415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr11	48366895	rs72473369	A	C	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=4;PP=1092;ReadPosRankSum=1.189;SC=TTTGTGTCACAAGACTTATTT;SOR=1.648;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=130;TCF=116;TCR=14;TR=57;WE=48366903;WS=48366885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,55:0.42:132
chr11	48366958	rs76319939	T	G	3200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.263;NF=104;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.694;SC=ATTTTTCACTTCTTTATTTTT;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=415;TCF=259;TCR=156;TR=162;WE=48366980;WS=48366948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,163:0.39:421
chr11	48366971	rs75689989	GG	CA	6277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.02;MQRankSum=1.323;NF=100;NR=63;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.470;SC=TTATTTTTGAGGGTGTAGATT;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=472;TCF=284;TCR=188;TR=163;WE=48366980;WS=48366948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,176:0.37:482
chr11	48367050	rs113897236	T	TAG	9595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.317;NF=48;NR=96;PP=2927;ReadPosRankSum=2.762;SC=GGAAGGAGGTTAGGTCTTAGA;SOR=0.584;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=466;TCF=147;TCR=319;TR=144;WE=48367058;WS=48367040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:451,261:0.37:712
chr11	48367073	rs7941588	A	C	13985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=0.492;SC=CAGGTATGAAAAAGGGACAAA;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=702;TCF=362;TCR=340;TR=353;WE=48367081;WS=48367060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,416:0.54:767
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chr11	48367133	rs79453749	C	A	6731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FS=1.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:523,198:0.27:721
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chr11	48367469	rs79686513	TG	CA	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.816;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.974;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.365;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,29:0.20:144
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chr11	48373827	rs80081241	G	A	5868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=2.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,150:0.38:399
chr11	48373833	rs75965588	GA	AG	5838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.94;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,157:0.37:419
chr11	48373885	rs76292854	A	G	3931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=83;PP=2533;ReadPosRankSum=2.800;SC=ACTGAGATGAACAGGTTACCT;SOR=0.674;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=449;TCF=225;TCR=224;TR=172;WE=48373893;WS=48373875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,190:0.39:488
chr11	48373900	rs77877396	A	G	4007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=87;PP=2494;ReadPosRankSum=1.323;SC=TTACCTGCCAATGTGATCAAG;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=447;TCF=221;TCR=226;TR=178;WE=48373908;WS=48373890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,195:0.41:481
chr11	48373936	rs76304554	A	G	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=84;PP=2102;ReadPosRankSum=-1.037;SC=ATAACAAACAAGAATTTCTGC;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=361;TCF=161;TCR=200;TR=155;WE=48373944;WS=48373926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,173:0.45:384
chr11	48373976	rs80225178	T	G	3435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=2.482;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,98:0.42:235
chr11	48373986	rs12420054	A	G	3366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,87:0.45:194
chr11	48374000	rs112772888	C	CT	1441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=46;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CATTGTTCATCTTTTTCATAG;SOR=0.764;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=120;TCF=4;TCR=116;TR=50;WE=48374008;WS=48373966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,62:0.44:141
chr11	48374031	rs72896827	G	A	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=-2.718;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr11	48374041	rs72896828	T	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
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chr11	48387118	rs79339252	G	A	5215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=1.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=1.601;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,148:0.35:426
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chr11	48387164	rs72473371	G	A	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=5.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-3.484;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,87:0.22:390
chr11	48387186	rs1994140	A	G	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=6.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,82:0.24:344
chr11	48387275	rs10838881	T	C	4309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.356;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.258;NF=97;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.303;SC=AGAGAGAGCCTTCCGCTGTGA;SOR=0.461;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=336;TCF=189;TCR=147;TR=180;WE=48387293;WS=48387244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,188:0.61:308
chr11	48387278	rs139139147	C	CACTGTCCTTCTGT	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=14.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-3.293;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,26:0.08:310
chr11	48387301	rs76220342	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=34.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-2.420;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=2.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,49:0.14:338
chr11	48387335	rs73460769	C	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=63;PP=1931;ReadPosRankSum=-5.439;SC=AATGAGCATACACATCAGCCC;SOR=0.785;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=400;TCF=208;TCR=192;TR=145;WE=48387343;WS=48387325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,82:0.22:367
chr11	48387370	rs73460772	A	G	3639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=86;PP=2391;ReadPosRankSum=2.316;SC=CAAAGAGTCCAAAGACGTGAG;SOR=0.642;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=455;TCF=225;TCR=230;TR=188;WE=48387378;WS=48387360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,192:0.41:472
chr11	48387424	rs61917478	G	T	4086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-5.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=107;PP=2562;ReadPosRankSum=-1.388;SC=GGTCACAGATGAAATGGTCAA;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=476;TCF=237;TCR=239;TR=206;WE=48387432;WS=48387414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,210:0.44:480
chr11	48387490	rs77144540	G	A	3991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.192;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=76;ReadPosRankSum=0.157;SC=GAATCAGAGCGTGAAGAAATC;SOR=0.896;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=447;TCF=232;TCR=215;TR=136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,138:0.30:458
chr11	48387506	rs72898882	A	G	3827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=8.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,121:0.28:434
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chr11	48387540	rs72898885	G	T	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=3.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,103:0.25:414
chr11	48387580	rs78299098	G	T	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.909;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,109:0.23:470
chr11	48387582	rs75027745	C	T	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=2.129;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,110:0.23:479
chr11	48387584	rs75821991	A	T	3691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=2.295;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,110:0.23:483
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chr11	48387630	rs73460777	C	T	3223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=3.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:411,127:0.24:538
chr11	48387647	rs75615667	A	G	2971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,112:0.22:514
chr11	48387668	rs10769651	C	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,71:0.15:471
chr11	48387679	rs76209049	A	G	3185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,99:0.23:436
chr11	48387683	rs67755516	GT	G	3054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=1.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,101:0.23:432
chr11	48387689	rs75371569	T	C	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.399;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,101:0.25:410
chr11	48387705	rs34926479	C	T	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=7.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,101:0.26:388
chr11	48387737	rs73460780	G	C	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=54;PP=1754;ReadPosRankSum=0.297;SC=GGTAGAAGAGGAGCAGCCATC;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=399;TCF=209;TCR=190;TR=127;WE=48387745;WS=48387727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,132:0.32:407
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chr11	48388524	.	CAA	TAG	643	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=13;NR=0;PP=643;QD=53.5744519125;SC=ATTTCAGAATCAACTGAACTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=13;WE=48388534;WS=48388514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr11	48388526	rs77473022	A	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.14;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr11	48388542	rs77282201	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
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chr11	48388553	rs80082776	C	G	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr11	48388563	rs77148147	CT	AG	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
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chr11	48388583	rs77992774	A	T	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=2962;ReadPosRankSum=2.367;SC=GTTAGATTTGAGAATTTATGC;SOR=1.271;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=146;TCF=106;TCR=40;TR=54;WE=48388591;WS=48388532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,56:0.37:152
chr11	48388610	rs79108820	T	G	3940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=7.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,102:0.40:253
chr11	48388612	rs76366705	T	C	3979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=9.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,105:0.41:255
chr11	48388614	rs146852809	T	C	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=7.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=-1.639;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,103:0.41:252
chr11	48388621	rs75849499	ACA	GTC	4300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=16.951;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.148;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,115:0.38:300
chr11	48388641	rs80267937	G	A	6114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=48;PP=1637;ReadPosRankSum=-0.171;SC=ACTTCTGGAAGCATATCCTGG;SOR=0.880;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=360;TCF=206;TCR=154;TR=124;WE=48388649;WS=48388631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,155:0.38:408
chr11	48388657	rs80000751	G	A	7304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=70;PP=2129;ReadPosRankSum=-1.283;SC=CCTGGAAGAGGATAAAACAGC;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=426;TCF=239;TCR=187;TR=162;WE=48388665;WS=48388647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,194:0.41:473
chr11	48388681	rs76712816	G	A	8150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=88;PP=2361;ReadPosRankSum=0.754;SC=ATGCAAGGCAGCATTCCCCAG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=484;TCF=249;TCR=235;TR=184;WE=48388689;WS=48388671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,214:0.40:532
chr11	48388698	rs77483743	C	T	8018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=0.418;SC=CCAGATGTATCTGAAACTTTA;SOR=0.637;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=455;TCF=228;TCR=227;TR=183;WE=48388725;WS=48388688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,211:0.42:501
chr11	48388717	rs78132200	T	C	7140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TAGAATTCACTTGGAGAACTG;SOR=0.723;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=414;TCF=197;TCR=217;TR=170;WE=48388725;WS=48388688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,191:0.43:448
chr11	48388782	rs76039310	A	G	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.140;NF=19;NR=51;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.571;SC=AAGGATGACTATGAAAAATTA;SOR=0.614;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=162;TCF=42;TCR=120;TR=70;WE=48388790;WS=48388772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,77:0.44:175
chr11	48388833	rs73460789	A	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=6.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.115;NF=0;NR=28;PP=646;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GGTGAGGGAAAAAAAGCACCA;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=28;WE=48388841;WS=48388823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr11	48453787	rs4882063	G	A	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-0.771;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,74:0.25:291
chr11	48510654	rs7103557	A	C	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.100;NF=50;NR=55;PP=1439;ReadPosRankSum=0.912;SC=TATCGAGCACATTTTCGGTGG;SOR=0.811;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=358;TCF=177;TCR=181;TR=105;WE=48510662;WS=48510644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,106:0.28:375
chr11	48510777	rs7103992	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.675;NF=34;NR=29;PP=778;ReadPosRankSum=1.607;SC=GCTGCTGGTAGTGTCCTGGGT;SOR=0.669;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=204;TCF=106;TCR=98;TR=63;WE=48510785;WS=48510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,67:0.31:215
chr11	48511050	rs76991989	T	C	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1107;ReadPosRankSum=2.102;SC=AAAAGCCCTCTCAACCTGCAG;SOR=0.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=87;TCR=129;TR=75;WE=48511058;WS=48511040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,77:0.34:225
chr11	48997592	rs1813231	C	T	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=39;PP=964;SC=ATGTAATTAACAGAAATTAGA;SOR=4.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=48997600;WS=48997582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	48998688	rs7113308	A	G	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.049;NF=42;NR=79;PP=2046;ReadPosRankSum=1.134;SC=CCTGCACTGAACTCTGGATTC;SOR=0.949;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=188;TCF=69;TCR=119;TR=121;WE=48998696;WS=48998678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,126:0.64:196
chr11	49000423	rs1965370	C	G	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=0;PP=1280;SC=TCAGTCCGTACCTGGAATAGC;SOR=7.614;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=44;TCR=0;TR=44;WE=49000431;WS=49000414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	49000522	rs1963629	C	T	7598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=114;PP=2965;SC=GCTTTGCTTTCATTGAGTTGC;SOR=1.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=157;TCR=114;TR=271;WE=49000530;WS=49000512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	49002343	rs9783302	T	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.180;NF=39;NR=4;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CAAGTGTTTTTTCCTTGTTTG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=43;WE=49002351;WS=49002333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr11	49059362	rs2696914	C	A	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=162;PP=2965;SC=CTCCCCACTTCTGCTGCAATA;SOR=1.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=99;TCR=163;TR=261;WE=49059370;WS=49059352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	49075605	rs2851535	G	A	5542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=101;NR=85;PP=2965;SC=AATGCTTGCCGGAGGTGAATG;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=101;TCR=86;TR=186;WE=49075613;WS=49075595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	49076898	rs7932199	T	G	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=9.081;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.562;NF=32;NR=3;PP=797;ReadPosRankSum=-0.582;SC=ACTCCAGTTATGCACCATGAA;SOR=2.779;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=35;WE=49076906;WS=49076888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
chr11	49076963	rs34650085	C	CAA	3819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.412;NF=35;NR=34;PP=749;ReadPosRankSum=-1.532;SC=ATCAGTTCTGCAAAAAAAAAA;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=69;WE=49076971;WS=49076953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,123:0.98:126
chr11	49077012	rs2773242	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=-1.105;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,34:0.24:140
chr11	49077889	rs36015501	AT	A	5948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=96;PP=2938;SC=CAGAAATAGCATTTTTTTTAG;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=139;TCF=37;TCR=102;TR=128;WE=49077897;WS=49077879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	49079350	rs1819409	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=1.383;SC=ACCCAGTCTTAGTGAAAGGTT;SOR=0.527;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=49079358;WS=49079340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	49080565	rs7932738	A	C	2469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.962;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.097;NF=56;NR=52;PP=1342;ReadPosRankSum=-1.212;SC=GGCCTGCAAAAGCTGTGCACA;SOR=0.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=156;TCF=78;TCR=78;TR=108;WE=49080573;WS=49080555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,117:0.68:171
chr11	49080616	rs60452246	T	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-2.030;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,60:0.33:184
chr11	49138552	rs11040259	C	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.039;NF=32;NR=14;PP=555;ReadPosRankSum=0.499;SC=GGTTTGTGACCTGTCCCTGAT;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=114;TCR=48;TR=46;WE=49138560;WS=49138542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,49:0.29:169
chr11	49145048	rs6485962	T	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.649;NF=2;NR=16;PP=358;ReadPosRankSum=0.030;SC=CACTAGAAAATAAAATATAGT;SOR=0.950;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=18;WE=49145056;WS=49145038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
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chr11	49168300	rs595139	G	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.211;NF=95;NR=54;PP=2424;ReadPosRankSum=2.395;SC=ATTCTCTAAAGAATCCTCTTA;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=214;TCF=138;TCR=76;TR=149;WE=49168308;WS=49168290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,160:0.70:230
chr11	49168612	rs598841	T	C	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.388;NF=1;NR=28;PP=673;ReadPosRankSum=1.358;SC=AACAAGCCACTTGTCAACTGA;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=29;WE=49168620;WS=49168602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr11	49170334	rs202694	T	C	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.98;NF=22;NR=59;PP=1842;SC=ATGTTTCTACTCAGAAAATAA;SOR=2.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=81;WE=49170342;WS=49170324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	49176945	rs202689	A	G	137.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=139;ReadPosRankSum=-0.366;SC=ATCTGGGAAGAATAGCCCATG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=49176953;WS=49176935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr11	49192667	rs10839236	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.75;MQRankSum=-1.260;NF=11;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=-1.472;SC=ATATTCACTTCTTATTTTTAT;SOR=0.593;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=12;WE=49192675;WS=49192657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr11	49192690	rs202719	T	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.453;NF=28;NR=6;PP=561;ReadPosRankSum=1.079;SC=GCTTGGCAAATAAGTCCTGGC;SOR=1.132;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=34;WE=49192698;WS=49192680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr11	49194894	rs175849	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.352;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.474;NF=36;NR=10;PP=738;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TTTTCTTGCTGTTTGTTTGTA;SOR=1.248;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=46;WE=49194902;WS=49194884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr11	49195090	rs202718	T	C	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.00;QD=25.84;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	49195129	rs67031328	G	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.24;QD=22.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	49196332	rs4929893	CG	TC	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.714;NF=6;NR=0;PP=273;ReadPosRankSum=0.552;SC=CGATTTTCTTCGTTTGTTTGT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=6;WE=49196341;WS=49196328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr11	49196490	rs202716	T	C	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.967;NF=44;NR=31;PP=1037;ReadPosRankSum=-2.660;SC=TGTAAATTCTTGTCACTTCAT;SOR=0.966;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=75;WE=49196498;WS=49196480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,66:0.47:140
chr11	49196652	rs202715	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=572;SC=AAACTGAAAACTGATTAACAG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=49196660;WS=49196642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	49207315	rs182169	A	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=5.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.316;NF=13;NR=34;PP=944;ReadPosRankSum=0.858;SC=GATTCCAACCATCTGGATAGG;SOR=2.295;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=47;WE=49207323;WS=49207305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr11	49208267	rs75940285	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQRankSum=-7.871;QD=1.97;ReadPosRankSum=3.219;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,47:0.20:240
chr11	49208319	rs79155991	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=6.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-13.565;QD=0.18;ReadPosRankSum=-1.945;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,22:0.12:186
chr11	49214499	rs4315497	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.623;NF=3;NR=19;PP=380;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TTTGATTACTGTAATCAAACA;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=22;WE=49214507;WS=49214489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr11	49221885	rs202680	T	A	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.198;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.205;NF=78;NR=72;PP=2360;ReadPosRankSum=1.459;SC=CATCATAATGTGCTAGCTCAA;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=136;TCR=128;TR=150;WE=49221893;WS=49221875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,111:0.47:235
chr11	49227488	rs202677	G	A	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	49227620	rs202676	A	G	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.121;NF=51;NR=25;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TGTACTTACTATAAGAACTTC;SOR=0.441;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=76;WE=49227628;WS=49227610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,78:0.69:113
chr11	49229500	rs111891603	C	CAAACAAAACA	1300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.974;QD=25.01;ReadPosRankSum=1.304;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr11	49312058	rs10769571	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.778;NF=1;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AAATCAATAGGAAAAGCTAGA;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=15;WE=49312066;WS=49312048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr11	49329552	rs1164670	G	A	7920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=149;PP=2965;SC=TGGAAATCCGGATGGTCAAAG;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=298;TCF=149;TCR=149;TR=297;WE=49329560;WS=49329542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr11	49372872	rs3915110	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQRankSum=-8.615;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.903;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,59:0.25:232
chr11	49400965	rs3974576	T	C	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.653;NF=29;NR=33;PP=775;ReadPosRankSum=-1.988;SC=ATTCACTATCTAAGACTCTTC;SOR=0.883;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=169;TCF=88;TCR=81;TR=62;WE=49400973;WS=49400955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,69:0.38:183
chr11	49401125	rs7102702	T	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=0.217;SC=ATCAGACAGCTGTGTTATGCC;SOR=0.665;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=7;WE=49401133;WS=49401115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr11	49437005	rs11040359	G	T	158.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9229;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=1.534;SC=GGATTATAAGGTACTTTCAGG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=49437013;WS=49436999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr11	49597799	rs7131345	C	T	7623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=175;NR=102;PP=2965;SC=TGTCCTAAAACGGTCCTTCTG;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=278;TCF=176;TCR=102;TR=277;WE=49597807;WS=49597789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	49598178	rs7101761	G	A	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.898;NF=53;NR=51;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AGGGCTTGGTGTGCTCTGTGG;SOR=0.588;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=349;TCF=190;TCR=159;TR=104;WE=49598186;WS=49598168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,106:0.28:376
chr11	49598207	rs3750925	T	C	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=-3.779;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,108:0.32:341
chr11	49598207	.	TCT	CCC	1413	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=54.8;NF=54;NR=47;PP=1413;QD=14.5194839095;SC=TCCTCTTCCTTCTGCTCCAAG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=331;TCF=173;TCR=158;TR=101;WE=49598217;WS=49598197;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:230,101:0.31:331
chr11	49598209	rs7939515	T	C	11134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.611;NF=169;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=1.027;SC=CTCTTCCTTCTGCTCCAAGAA;SOR=0.243;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=172;TCR=159;TR=324;WE=49598217;WS=49598197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,338:1.00:339
chr11	49637416	rs7125677	A	G	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=600;SC=ATGCTAAAATACCCTTAATGA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=49637424;WS=49637406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	49729155	rs7934809	G	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.922;NF=28;NR=0;PP=640;ReadPosRankSum=0.016;SC=TTTTGAAGCAGTACTCCTGCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=28;WE=49729163;WS=49729145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr11	49729299	rs67084465	AC	A	1656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.762;NF=13;NR=32;PP=1250;ReadPosRankSum=0.639;SC=TCTCATCAACACCCCAACTGG;SOR=0.606;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=148;TCF=25;TCR=123;TR=45;WE=49729307;WS=49729289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,71:0.29:244
chr11	49813442	rs7943083	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=456;SC=GGACCCTGCGACCTTCCGCAG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=49813450;WS=49813432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	49813637	rs11530434	A	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.11;QD=27.27;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	49829193	rs35198519	AT	A	2144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.186;NF=11;NR=51;PP=769;ReadPosRankSum=-0.239;SC=ACGTATTTCTATTTTTTTTTA;SOR=0.745;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=157;TCF=31;TCR=126;TR=62;WE=49829201;WS=49829177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,113:0.41:279
chr11	49974371	rs28662375	G	A	10540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=188;NR=175;PP=2965;SC=CTATACCACCGTCATGAAGCA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=363;TCF=188;TCR=175;TR=363;WE=49974379;WS=49974361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr11	49974649	rs117023546	C	T	6070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.556;SC=CCTTAAAGACCCACAGCTTAG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=381;TCF=152;TCR=229;TR=245;WE=49974657;WS=49974639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,264:0.64:412
chr11	50003191	rs4598671	C	A	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.596;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,85:0.26:330
chr11	51411460	rs34285763	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.802;NF=30;NR=18;PP=667;ReadPosRankSum=-1.012;SC=ACATGAGGACGGACACTCCTC;SOR=0.516;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=48;WE=51411468;WS=51411450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr11	51411740	rs35083184	A	T	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=56;ReadPosRankSum=0.427;SC=AAGGGAGCTTAGGATGACTCC;SOR=0.719;Source=Platypus;TCF=103;TR=111;WE=51411748;WS=51411730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,118:0.53:224
chr11	51527482	rs35049610	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.720;NF=28;NR=18;PP=646;ReadPosRankSum=1.378;SC=ATCTCAGTAGCACCAAAAATG;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=46;WE=51527490;WS=51527472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,48:0.42:113
chr11	55035809	rs11407154	A	AT	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-4.654;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr11	55339829	rs557590	A	G	12875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=243;NR=199;PP=2965;SC=TACTTCCATAACCCCTAGAAT;SOR=0.835;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=443;TCF=243;TCR=200;TR=442;WE=55339837;WS=55339819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr11	55340580	.	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GTGACCTAGAAGAAATCAATG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=10;WE=55340588;WS=55340570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr11	55371381	rs75423534	G	A	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1452;ReadPosRankSum=0.088;SC=AGGATAATCTGAGCTGTAGAG;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=89;TCR=103;TR=91;WE=55371389;WS=55371371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,97:0.47:206
chr11	55541098	rs297118	G	A	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=67;PP=2634;SC=ACAATCATGTGCTTTTTCCTT;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=140;WE=55541106;WS=55541088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	55541284	rs11230983	G	A	3572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.002;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=62;PP=2096;ReadPosRankSum=-1.448;SC=GCTTATGACCGTTTTGTGGCA;SOR=0.895;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=303;TCF=167;TCR=136;TR=152;WE=55541292;WS=55541274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,167:0.52:321
chr11	55563602	rs68042892	G	A	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=48;PP=1909;ReadPosRankSum=-1.199;SC=CTCTGTGTCTGGCTCTGATAT;SOR=0.946;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=242;TCF=142;TCR=100;TR=126;WE=55563610;WS=55563592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,148:0.54:272
chr11	55563738	rs67863827	G	A	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=57;PP=2032;ReadPosRankSum=0.540;SC=GTTAGTGGGCGCCACAAAGCC;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=134;TCR=113;TR=125;WE=55563746;WS=55563728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,135:0.51:266
chr11	55563776	rs297054	T	G	7024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=104;PP=2965;SC=CCACCTGACTTCTATCACCAT;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=124;TCR=104;TR=228;WE=55563797;WS=55563766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	55563900	rs297055	T	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=58;PP=1206;ReadPosRankSum=0.434;SC=CTGAACCCTCTGATCTACAGC;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=108;TCR=128;TR=109;WE=55563908;WS=55563890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,116:0.47:249
chr11	55578987	rs67727364	T	C	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQRankSum=0.716;QD=17.98;ReadPosRankSum=-1.525;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,78:0.47:165
chr11	55578991	rs66537410	C	T	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=0.446;QD=17.05;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,79:0.46:172
chr11	55579102	rs34961497	C	T	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.844;NF=75;NR=81;PP=2314;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GGTCAGCTCTCGGCTCCACAC;SOR=0.715;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=330;TCF=168;TCR=162;TR=156;WE=55579110;WS=55579092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,166:0.46:363
chr11	55579419	rs34948392	T	C	3439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.158;NF=76;NR=69;PP=2149;ReadPosRankSum=1.572;SC=CTCTGATTCATTTGTGCTTAG;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=141;TCR=123;TR=145;WE=55579427;WS=55579409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,156:0.54:288
chr11	55579801	rs12790505	T	C	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=58;PP=1806;ReadPosRankSum=0.008;SC=TATGCTGAACTCTGTGATCTA;SOR=0.559;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=226;TCF=110;TCR=116;TR=119;WE=55579809;WS=55579791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,125:0.53:238
chr11	55587117	rs297082	T	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=9;PP=1122;SC=TGCTGCTGACTGATAGAAATA;SOR=3.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=50;WE=55587125;WS=55587107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	55587511	rs297081	A	G	5972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.119;SC=CTACACAGTTAACATGTCCCA;SOR=0.328;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=193;WE=55587519;WS=55587501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr11	55594869	rs56711116	G	A	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.033;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.125;NF=61;NR=84;PP=1908;ReadPosRankSum=1.463;SC=CCACACCCCCGTGTACTTTTT;SOR=0.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=301;TCF=131;TCR=170;TR=145;WE=55594877;WS=55594853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,151:0.47:318
chr11	55595012	rs35645945	A	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-5.472;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,31:0.28:112
chr11	55595017	rs117277709	GA	TG	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=7.351;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-4.698;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.844;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,31:0.29:106
chr11	55595114	rs34929168	GCG	TTC	4399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.625;NF=49;NR=48;PP=2934;ReadPosRankSum=2.977;SC=CTCAGAAGCTGCGTGTGGAGC;SOR=0.566;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=249;TCF=134;TCR=115;TR=97;WE=55595124;WS=55595104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,114:0.43:265
chr11	55606302	rs6591699	G	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.904;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1152;ReadPosRankSum=1.318;SC=ACCTGGAACTGCAAATTCCCC;SOR=0.971;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=85;TCR=57;TR=76;WE=55606310;WS=55606292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,78:0.51:152
chr11	55656483	rs7483200	T	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.868;NF=6;NR=22;PP=486;ReadPosRankSum=-0.102;SC=CACAGGTGAGTGCACACCAAG;SOR=1.626;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=28;WE=55656491;WS=55656473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr11	55681130	rs34573569	A	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=309;ReadPosRankSum=1.326;SC=ATTTCCTTAAAATAAAATTTT;SOR=1.524;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=20;WE=55681138;WS=55681120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr11	55681494	rs2457239	G	A	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=70;PP=2965;SC=GTATCTGAGCGAGAGAGTAAT;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=90;TCR=70;TR=160;WE=55681502;WS=55681484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	55681566	rs61749302	G	A	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=48;PP=1665;ReadPosRankSum=2.045;SC=AAGCATAGGCGGAAGGCCAGT;SOR=0.875;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=209;TCF=117;TCR=92;TR=112;WE=55681574;WS=55681556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,116:0.52:224
chr11	55681865	rs12419022	T	C	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=956;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GAAAGACAGATGACTGAGGAA;SOR=0.592;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=87;WE=55681873;WS=55681855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,100:0.47:211
chr11	55682111	rs2940752	T	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=378;SC=AGAATGACAGTCTAGAACTTG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=55682119;WS=55682101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	55702929	rs34603986	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr11	55703247	rs4465383	G	A	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TAAAACAAATGATTTCCACTG;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=81;WE=55703255;WS=55703237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,89:0.55:161
chr11	55703728	rs4367963	A	G	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=61;PP=2024;ReadPosRankSum=0.147;SC=AATCCTGATCAACAGCATCAA;SOR=0.742;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=272;TCF=152;TCR=120;TR=132;WE=55703736;WS=55703718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,147:0.48:305
chr11	55703931	rs35011193	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.924;NF=4;NR=20;PP=360;ReadPosRankSum=-0.257;SC=ATGCTATAATGATGAAAAAAG;SOR=0.229;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=24;WE=55703939;WS=55703921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr11	55703981	rs35841857	T	TA	177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=25.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	55734972	rs11231705	A	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=1.960;SC=TTAAAAAAAAATTCACTGAAG;SOR=0.132;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=55734980;WS=55734962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	55746891	rs7481466	G	A	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=21;PP=1659;SC=AATGGGGAAGGCAACTGTATA;SOR=1.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=87;WE=55746899;WS=55746881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	55761221	rs2449134	C	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=17;PP=801;SC=TACTTCCTTACTCCTGAGGCT;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=55761229;WS=55761211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	55761528	rs35607186	T	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=894;ReadPosRankSum=0.840;SC=TTCAGGATTGTGTCAGAACAA;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=81;TCR=55;TR=76;WE=55761536;WS=55761518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,84:0.56:151
chr11	55761738	rs2128152	T	G	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=26;PP=1466;SC=GCCGCATACCTGTCATAGGCC;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=73;WE=55761746;WS=55761728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	55783155	rs34107711	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.758;NF=25;NR=18;PP=601;ReadPosRankSum=0.060;SC=AGCCAGCAAAAGAGATGGTTT;SOR=0.470;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=43;WE=55783163;WS=55783145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr11	55798152	rs1482011	G	A	7669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=118;PP=2965;SC=CAAACTTCTTGGCATCCAGGA;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=146;TCR=118;TR=263;WE=55798160;WS=55798142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	55798259	rs12224086	G	T	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1235;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GCTTATGACCGCTATGCAGCC;SOR=0.642;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=185;TCF=102;TCR=83;TR=78;WE=55798267;WS=55798249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,85:0.43:198
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chr11	55872657	rs28681529	A	C	6232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=111;PP=2965;SC=TGTGGGGATGATATTGATAAT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=96;TCR=111;TR=207;WE=55872665;WS=55872647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	55872876	rs2512961	C	T	8000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=148;PP=2965;SC=CTCAATGGCCCATGATCGCTA;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=120;TCR=148;TR=268;WE=55872884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr11	55873024	rs2449148	A	G	14476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=266;NR=230;PP=2965;SC=TTGCATTTCTACGACTCAAAC;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=498;TCF=267;TCR=231;TR=496;WE=55873032;WS=55873014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr11	55873334	rs11227212	A	G	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.870;NF=33;NR=33;PP=1021;ReadPosRankSum=-0.020;SC=GAAGAGATCAAGTGGCTTCTG;SOR=0.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=66;WE=55873342;WS=55873324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,69:0.44:158
chr11	55873368	rs1842696	G	A	3771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=71;PP=2307;SC=TGTGATTCCCGTGCTGAATCC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=55873376;WS=55873358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	55889790	rs2035408	G	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=10;PP=1360;SC=GTAGCTGGGAGTACAGGCGCC;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=58;WE=55889798;WS=55889780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	55889895	rs61751933	C	T	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.716;NF=87;NR=58;PP=2248;ReadPosRankSum=1.866;SC=TTCATCCTTACGGGACTGTCA;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=147;TCR=95;TR=145;WE=55889903;WS=55889885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,158:0.60:263
chr11	55890257	rs1842691	C	T	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;PP=2965;SC=AGTTATTATGCCCAAAAGGCT;SOR=0.849;Source=Platypus;TCF=110;WE=55890265;WS=55890247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	55904382	rs17150102	A	C	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.806;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1339;ReadPosRankSum=0.465;SC=AAGCCATCTTATCAGTATCCA;SOR=0.986;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=191;TCF=101;TCR=90;TR=92;WE=55904390;WS=55904372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,97:0.47:208
chr11	55904828	rs11227321	A	G	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1099;ReadPosRankSum=0.666;SC=ATGGCCACATAGCGGTCATAG;SOR=1.032;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=70;WE=55904836;WS=55904818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,73:0.46:159
chr11	55905078	rs61742348	C	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=764;ReadPosRankSum=1.136;SC=GGTTCCCTGCCATGGTCAGCA;SOR=0.526;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=54;WE=55905086;WS=55905068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr11	55944048	rs10896103	G	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=366;SC=CAAATTATGAGTCTATCTTTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=55944056;WS=55944038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	55944474	rs4489763	G	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1071;ReadPosRankSum=1.552;SC=TGGCCATTGTGAGTCCCTTGC;SOR=0.625;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=151;TCF=77;TCR=74;TR=70;WE=55944482;WS=55944464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,76:0.48:159
chr11	55999950	rs12221615	G	C	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=41;PP=1597;ReadPosRankSum=-0.013;SC=AAGTAGAAGAGTAGAAGCTGG;SOR=1.114;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=307;TCF=163;TCR=144;TR=110;WE=55999958;WS=55999940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,120:0.37:328
chr11	56000079	rs77295387	C	T	4630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=-1.004;NF=103;NR=113;PP=2755;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGTATAGTAGCATGTAAAATG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=440;TCF=211;TCR=229;TR=216;WE=56000087;WS=56000069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,230:0.50:464
chr11	56000403	rs10791893	C	G	5286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=107;NR=71;PP=2965;SC=CTAATGACCACTAAAATCAGT;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=107;TCR=71;TR=178;WE=56000411;WS=56000393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	56000451	rs11227598	G	A	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1462;ReadPosRankSum=1.049;SC=TAGATTGCTAGAAACAGGAAG;SOR=0.698;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=205;TCF=106;TCR=99;TR=94;WE=56000459;WS=56000441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,104:0.46:224
chr11	56000471	rs11227599	G	A	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1166;ReadPosRankSum=0.844;SC=GAAGAAGATAGTCTGCAGTTC;SOR=0.557;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=87;WE=56000479;WS=56000461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,97:0.45:215
chr11	56015479	rs1531757	A	G	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=566;ReadPosRankSum=-0.021;SC=ATGAGCAGACAACGAAGATTG;SOR=0.408;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=31;WE=56015487;WS=56015469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr11	56019585	rs11227638	A	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AGTGAAATTCATCTATTTGGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=56019593;WS=56019579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr11	56043702	rs7125697	G	C	10818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=173;PP=2965;SC=TGCCTCCTCTGCTTGCTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=178;TCR=174;TR=351;WE=56043710;WS=56043692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr11	56086147	rs960193	T	G	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=97;PP=2965;SC=TCCTACGACCTCTATGTGGCC;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=123;TCR=97;TR=220;WE=56086155;WS=56086137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	56113516	rs1905055	T	C	4993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.702;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=51;PP=2965;ReadPosRankSum=1.749;SC=GTTACCAAGATGAATCATGTG;SOR=1.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=125;TCR=53;TR=175;WE=56113524;WS=56113506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr11	56127746	rs7942390	A	G	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.715;NF=35;NR=14;PP=863;ReadPosRankSum=1.208;SC=ATTTCACCAGAGTCACTGAGT;SOR=1.192;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=49;WE=56127754;WS=56127736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
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chr11	56128673	rs34649252	A	AT	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.572;NF=0;NR=21;PP=672;ReadPosRankSum=0.275;SC=AAACAATGTAATTTTAAACAG;SOR=1.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=21;WE=56128681;WS=56128663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
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chr11	56143907	rs374830614	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-3.225;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,10:0.09:116
chr11	56185224	rs12785840	A	G	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1362;ReadPosRankSum=-1.330;SC=ACGGAAAGTGATAACGGTGTG;SOR=0.918;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=184;TCF=97;TCR=87;TR=85;WE=56185232;WS=56185214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,91:0.46:198
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chr11	56310877	rs66945922	C	CTT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=425;SC=CTACCATAAACTGGTTTTGGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=56310885;WS=56310867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	56344993	rs10792043	C	A	6521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=96;PP=2965;SC=CAAATGTCTACAAAGGAGAGG;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=126;TCR=96;TR=222;WE=56345001;WS=56344983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	56380134	rs4939078	C	G	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.211;NF=47;NR=38;PP=1168;ReadPosRankSum=0.881;SC=CAGCATTGGGCTCAAAAAAGT;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=97;TCR=78;TR=85;WE=56380142;WS=56380124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,86:0.49:174
chr11	56409276	rs139226873	T	G	3300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=73;PP=2249;ReadPosRankSum=-0.509;SC=ACACAGCTGATGACAATAAAA;SOR=0.645;Source=Platypus;TCF=143;TR=145;WE=56409284;WS=56409266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,154:0.51:304
chr11	56431216	rs11228710	C	T	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.834;SC=GGGCATCACCCAGGACCCTCA;SOR=0.498;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=83;WE=56431224;WS=56431206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,88:0.51:172
chr11	56431834	rs56067375	A	G	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.194;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=802;ReadPosRankSum=0.768;SC=CCTTGTTGCAATCATCAGAAT;SOR=0.656;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=57;WE=56431842;WS=56431824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
chr11	56467757	.	CACG	C	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.861;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	56467763	.	A	AGAT	262.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.045;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr11	56467764	rs78916686	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.675;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr11	56467787	rs74218731	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=335;ReadPosRankSum=0.034;SC=ATCTTATGTAACATAATTCTA;SOR=1.106;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=17;WE=56467795;WS=56467777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr11	56467810	rs76085479	A	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.37;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr11	56467813	rs77180330	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.89;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr11	56467816	rs78119960	G	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.89;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr11	56467819	rs78036340	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.35;ReadPosRankSum=-1.502;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr11	56467833	rs73474897	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=1813;ReadPosRankSum=0.572;SC=GAGCTCATTTTCTTTCCCCAT;SOR=1.244;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=30;WE=56467841;WS=56467800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr11	56467881	rs73474900	T	C	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=925;ReadPosRankSum=0.432;SC=GGAGCAATCATACAGTGACTG;SOR=0.557;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=57;WE=56467889;WS=56467871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr11	56467926	rs1704284	A	G	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.543;NF=43;NR=37;PP=1271;ReadPosRankSum=-0.783;SC=CAGACCCAGGAATGCAGCTGG;SOR=0.585;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=80;WE=56467934;WS=56467916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,87:0.46:191
chr11	56467945	rs36184181	G	T	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-3.066;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,41:0.19:220
chr11	56468020	rs532637	T	C	3956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-3.789;QD=21.62;ReadPosRankSum=-2.595;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,127:0.69:183
chr11	56468021	rs532635	G	A	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-7.758;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.898;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,63:0.35:179
chr11	56468044	rs3975155	T	G	3379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQRankSum=-3.428;QD=24.31;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,87:0.63:139
chr11	56468047	rs2865519	A	G	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQRankSum=-3.486;QD=25.22;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,83:0.62:133
chr11	56468048	rs2865520	C	T	5222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=65;PP=1643;SC=TATTTTTTCACTGGAAATCTG;SOR=0.957;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=128;WE=56468056;WS=56468034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	56468111	rs602224	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.641;NF=28;NR=21;PP=847;ReadPosRankSum=0.445;SC=ATCCTAGTGACCTGCATCTCT;SOR=0.685;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=49;WE=56468119;WS=56468101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr11	56468155	rs11228732	T	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-0.377;QD=3.77;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,39:0.24:161
chr11	56468198	rs4990194	A	G	4485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-2.281;QD=21.46;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,113:0.54:209
chr11	56468200	rs4990195	C	T	4524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=3.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-2.317;QD=21.14;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,114:0.53:214
chr11	56468202	rs4990196	G	A	4539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=3.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-2.307;QD=21.12;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,115:0.53:215
chr11	56468212	rs591369	G	A	4746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-2.214;QD=20.91;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,126:0.56:227
chr11	56468258	rs78340277	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.937;QD=3.11;ReadPosRankSum=-2.153;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,58:0.22:260
chr11	56468259	rs503776	C	T	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=1.012;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,65:0.25:259
chr11	56468368	rs11228733	C	T	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=59;PP=1621;ReadPosRankSum=1.281;SC=TAACTTCTGCCGTGAAAACAT;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=168;TCR=152;TR=124;WE=56468376;WS=56468358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,135:0.40:335
chr11	56468403	rs11228734	G	A	3190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TCTGTGATTTGCTTCCCTTGG;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=284;TCF=151;TCR=133;TR=99;WE=56468424;WS=56468393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,107:0.36:294
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chr11	56468704	rs79288825	T	C	8670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=0.817;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,227:0.44:513
chr11	56468720	rs66943455	T	C	4400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=108;PP=2838;ReadPosRankSum=1.531;SC=ATGTTGAATCTCATGATCTAC;SOR=0.886;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=445;TCF=210;TCR=235;TR=194;WE=56468728;WS=56468710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,214:0.45:472
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chr11	56468819	rs78460796	CC	TT	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=13.104;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=1.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,65:0.33:195
chr11	56468828	rs530142	G	C	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=7.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,54:0.33:164
chr11	56468832	rs79579174	G	T	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=1.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,49:0.31:157
chr11	56468835	rs588308	G	T	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=2.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,42:0.29:145
chr11	56468870	.	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.296;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=7.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr11	56468871	.	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.620;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=7.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr11	56468872	.	G	A	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=14.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.90;ReadPosRankSum=1.714;SOR=2.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr11	56468877	.	G	A	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr11	56468881	.	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.115;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr11	56468883	.	T	C	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.815;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.079;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr11	56468893	rs79757227	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr11	56468897	.	G	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.346;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr11	56468909	rs79696743	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.999;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr11	56468909	.	TG	CA	1471	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=1471;QD=217.78112498;SC=GTTACAGACATGTACAATAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=7;WE=56468918;WS=56468860;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,7:0.23:30
chr11	56468910	rs79587945	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.999;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr11	56508476	rs11228758	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.564;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=224;ReadPosRankSum=-1.178;SC=TTCTACCTTTTATACTATGCT;SOR=0.486;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=15;WE=56508484;WS=56508466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr11	56508525	rs556056	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=203;ReadPosRankSum=1.218;SC=AGTCTGAGGAATAAAGACATG;SOR=0.248;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=19;WE=56508533;WS=56508515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr11	56508619	rs545772	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=508;ReadPosRankSum=0.667;SC=GCTAAGTGATGACAAACTGCT;SOR=0.701;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=46;WE=56508627;WS=56508609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr11	56508727	rs59062115	GA	G	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=221;ReadPosRankSum=0.636;SC=TGTTTGTTATGATTTTGAGAT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=56508735;WS=56508717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	56510672	rs577576	T	C	6485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=93;PP=2965;SC=ACCCTGGTGTTTGTACAGGAC;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=121;TCR=94;TR=214;WE=56510680;WS=56510662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	56756664	rs2853083	G	A	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.276;NF=36;NR=49;PP=1308;ReadPosRankSum=2.248;SC=AGAATTTGATGTTATTTCAGG;SOR=0.750;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=85;WE=56756672;WS=56756654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,90:0.54:168
chr11	56757259	.	A	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=45.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr11	56954846	rs716745	C	T	7854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=132;PP=2965;SC=TCATTGCGTTCGTGGGCTTCG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=136;TCR=132;TR=268;WE=56954854;WS=56954836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr11	57004577	rs11544374	C	T	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=175;SC=TGGCTTGAGCCTCAGAGAGTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=57004585;WS=57004567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	57077464	rs10896602	T	C	10327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.99;NF=181;NR=174;PP=2965;SC=TCCCCAAATCTTGGCCCTGCT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=356;TCF=182;TCR=174;TR=355;WE=57077472;WS=57077454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr11	57094842	.	TA	T	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=6.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,24:0.24:101
chr11	57100225	rs2230650	A	G	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=53;PP=1370;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TCCGAATGTCATAACGACCAC;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=208;TCF=107;TCR=101;TR=103;WE=57100233;WS=57100215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,110:0.49:226
chr11	57135663	rs55655702	A	AG	1034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=925;SC=TCTGGGGGGCAGGGTCTGCTG;SOR=1.911;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=23;WE=57135671;WS=57135653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	57137296	rs2276040	G	A	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=132;NR=57;PP=2965;SC=GTCAAATGGGGTCACAAAAGA;SOR=1.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=132;TCR=57;TR=189;WE=57137304;WS=57137286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	57137538	rs67821929	A	AG	1994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=59;PP=2385;SC=TGCCTGAGCAAGGGGCATGGG;SOR=6.027;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=0;TCR=69;TR=59;WE=57137546;WS=57137528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	57144152	rs1867126	G	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=6;PP=521;SC=ACTCGGCCATGGCTCACTTTC;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=57144160;WS=57144142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	57147016	rs540687	A	G	5123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.06;NF=111;NR=59;PP=2965;SC=GTAGCGGCAGATCTTGCACCT;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=111;TCR=59;TR=170;WE=57147024;WS=57147006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	57147353	rs544079	G	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=28;PP=818;SC=CTCCAGCAACGTCGCTCGAGC;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=57147361;WS=57147343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	57148053	rs571651	G	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=390;SC=AAATAAAAGCGGGGGGAGGGG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=57148061;WS=57148043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	57148175	rs669661	A	G	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=36;PP=1329;SC=AGCAAGAGGCATTGCATATCT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=57148183;WS=57148165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	57155001	rs536455	G	A	6336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=102;PP=2965;SC=CGACGCCAGTGGCCTCCTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=117;TCR=102;TR=218;WE=57155009;WS=57154991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	57155288	rs630396	T	C	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=62;PP=1954;SC=CAGCCCAGTATGCAAAGTTCC;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=116;WE=57155296;WS=57155278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	57156438	rs3741089	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=252;ReadPosRankSum=-0.834;SC=CATATCCCACACCCGTTCCAT;SOR=0.638;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=20;WE=57156446;WS=57156428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr11	57157405	rs490358	A	G	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=81;PP=2965;SC=GCCAGAAGTAAGGGGAGTTTC;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=183;WE=57157413;WS=57157395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	57184218	rs4938865	C	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	57184224	rs60961847	G	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	57193653	rs12422015	A	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=25;PP=772;SC=CATGAGCAGAAGTGGAGTGGA;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=57193661;WS=57193643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	57313469	rs12223229	C	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=944;ReadPosRankSum=1.674;SC=CCGGGGGCCCCGGGCACAGAA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=70;WE=57313477;WS=57313459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,74:0.50:149
chr11	57313659	rs2649658	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=331;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GGCCCTTCATGGCCTCCTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=16;WE=57313667;WS=57313649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr11	57320044	rs2234412	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=0.702;SC=TGGCTGCCCGTTCCCAATGTC;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=20;WE=57320052;WS=57320034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr11	57334426	.	C	CA	89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=11;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=16;MQ=60.14;NF=4;NR=5;PP=89;QD=10.5555555556;SC=GCCCGCCCCCCCCCCCCTCCT;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=9;WE=57334434;WS=57334410;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,9:0.50:18
chr11	57367222	rs1005510	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=-0.563;SC=GCTCATCTGCCGCACTGTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=13;WE=57367230;WS=57367212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr11	57379170	rs2511988	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=335;ReadPosRankSum=-1.572;SC=GACTGTTAAGATGCATCTCTT;SOR=0.602;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=24;WE=57379178;WS=57379160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr11	57413943	rs12793139	C	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=1.227;SC=AGTCCCCAGACAGCCCAAGGG;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=6;WE=57413951;WS=57413933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr11	57414387	rs7947357	A	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=521;ReadPosRankSum=1.955;SC=GGTGATGTTCAGGCTAGCCTG;SOR=0.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=34;WE=57414395;WS=57414377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr11	57424389	rs55969690	GA	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=-1.379;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr11	57460224	rs12801694	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=602;ReadPosRankSum=0.653;SC=GAACTTTTATCTTCTTTGGGC;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=36;WE=57460232;WS=57460214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr11	57461225	rs141993890	GTCTC	GTC,G	98.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.638;NF=2;NR=2;PP=56;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CTCTCGCTGTGTCTCTCTCTC;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=4;WE=57461236;WS=57461215;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.32:28
chr11	57463500	rs1783978	T	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=422;ReadPosRankSum=0.076;SC=ACACCTCGGCTTGGCTACTAA;SOR=0.829;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=32;WE=57463508;WS=57463490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr11	57467035	rs11604333	C	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=1.302;SC=TTGACTCTACCTGCCTTCATG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=57467043;WS=57467025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr11	57507983	rs4827	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=-0.584;SC=AAGCTTGGGTCAGTGTGTTAA;SOR=2.566;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=12;WE=57507991;WS=57507973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr11	57509429	rs635663	A	G	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=71;PP=2295;SC=CGGCAGCAGTAAGTGGGGACC;SOR=1.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=101;WE=57509437;WS=57509419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	57518392	rs56392705	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=0.908;SC=GTAATTGTCCTAGAAACAAAC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=57518400;WS=57518382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	57563991	rs10896644	C	T	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.481;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=55;ReadPosRankSum=0.228;SC=TGGGACCAGACGGGTTGCCTG;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCF=154;TR=126;WE=57563999;WS=57563981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,140:0.46:303
chr11	57571232	rs11229137	C	T	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=67;PP=2038;SC=AGCCACGCCACATTGAGTGGG;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=122;WE=57571240;WS=57571222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	57581613	rs623541	C	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=0.116;SC=ATAGTGAGACCTCATCTCTAC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=57581621;WS=57581603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	57582847	.	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr11	57799183	rs7123727	C	T	3714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=84;PP=2288;ReadPosRankSum=1.299;SC=CTGTGGTGAGCCTCTTCTATG;SOR=0.649;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=337;TCF=174;TCR=163;TR=163;WE=57799191;WS=57799173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,178:0.50:359
chr11	57799371	rs1374570	G	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=1.016;SC=TTTTGGAAGGGACAGTGAGGA;SOR=0.776;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=15;WE=57799379;WS=57799361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr11	57876436	rs7935428	C	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=924;ReadPosRankSum=-0.930;SC=CTTGGCTTACCCACCTGCCGA;SOR=0.455;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=62;WE=57876444;WS=57876426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr11	57876682	rs61738000	C	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1007;ReadPosRankSum=1.141;SC=TGACACCCCACAGATGAAGGC;SOR=0.663;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=80;WE=57876690;WS=57876672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,87:0.42:207
chr11	57947264	rs11229273	C	G	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=36;PP=1218;ReadPosRankSum=0.295;SC=ACCTCTTGGCCCTCATGGCCT;SOR=0.939;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=192;TCF=105;TCR=87;TR=85;WE=57947272;WS=57947254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,93:0.45:206
chr11	57957960	rs61902821	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=219;ReadPosRankSum=-1.004;SC=AACCACTGGATGGATGGCTGA;SOR=1.222;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=14;WE=57957968;WS=57957950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr11	57958497	rs34337292	T	C	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=75;PP=1827;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CTTCATTTTCTGTGACCTCCC;SOR=0.674;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=319;TCF=164;TCR=155;TR=144;WE=57958505;WS=57958487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,158:0.46:342
chr11	57958775	rs7120468	C	T	3409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=80;PP=2253;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CCGAGGGAGACCGAGTGGTGT;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=276;TCF=129;TCR=147;TR=147;WE=57958783;WS=57958765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,156:0.53:293
chr11	57958972	rs1451317	C	A	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=481;ReadPosRankSum=0.421;SC=CTCAATAGCACCTTCTGGAGA;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=31;WE=57958980;WS=57958962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr11	57971195	rs11229279	G	A	4885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=3.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.935;QD=17.51;ReadPosRankSum=1.709;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,129:0.46:279
chr11	57971201	rs11229280	G	A	5072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=3.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.972;QD=17.86;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,137:0.48:284
chr11	57982229	rs1966836	A	G	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=75;PP=2965;SC=GAAGACTTTTAGTTCCTTTCT;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=118;TCR=75;TR=193;WE=57982237;WS=57982219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	57982584	rs1966835	T	C	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.144;NF=53;NR=40;PP=1376;ReadPosRankSum=0.817;SC=TTTGTCGTCATTGACAATTTG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=108;TCR=81;TR=93;WE=57982592;WS=57982574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,102:0.49:210
chr11	57982620	rs1966834	A	G	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.849;NF=53;NR=46;PP=1344;ReadPosRankSum=1.393;SC=GCCTATGACCACTTTGTGGCG;SOR=0.589;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=212;TCF=118;TCR=94;TR=99;WE=57982628;WS=57982610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,110:0.47:235
chr11	57982726	rs1993089	G	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.257;NF=25;NR=27;PP=679;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TTATTGCTCTGACACACACCC;SOR=0.667;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=52;WE=57982734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,52:0.34:153
chr11	57982763	rs1993088	A	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.956;NF=17;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=-1.759;SC=GCTCTTCTGTAACCACAACAC;SOR=0.709;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=32;WE=57982771;WS=57982753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,31:0.29:107
chr11	57982832	rs2867400	T	A	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.171;NF=63;NR=28;PP=1582;ReadPosRankSum=0.159;SC=TTCAGATACATTGATCAATGA;SOR=1.008;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=218;TCF=145;TCR=73;TR=91;WE=57982840;WS=57982822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,98:0.41:237
chr11	57982896	rs2903566	G	T	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-8.848;NF=107;NR=75;PP=2577;ReadPosRankSum=0.020;SC=TTTACACTCAGCTTCTTTTCC;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=405;TCF=234;TCR=171;TR=182;WE=57982904;WS=57982886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,197:0.45:439
chr11	57983162	rs7103026	A	G	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.760;NF=51;NR=76;PP=2032;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TGCCCTGAGAAAGCTCATCAA;SOR=0.824;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=247;TCF=105;TCR=142;TR=127;WE=57983170;WS=57983152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,137:0.51:269
chr11	57983194	rs7103033	A	G	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.683;NF=35;NR=48;PP=1161;ReadPosRankSum=-1.673;SC=CTTCCCTTTGATGCCCTGGAC;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=73;TCR=101;TR=83;WE=57983202;WS=57983184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,94:0.48:197
chr11	57996312	rs4245219	C	G	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=42;PP=1282;SC=ACTCAGTGGGCTCAGACTGGT;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=57996320;WS=57996302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	58034543	rs10792156	C	T	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=61;PP=2625;SC=TGAGATGAACCGATCTTGCTT;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=134;WE=58034551;WS=58034533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	58125620	rs4127353	T	C	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=32;PP=2133;SC=ATCTAGAGAATATTTTGCCTT;SOR=1.630;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=110;WE=58125628;WS=58125610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	58126305	rs4939208	A	T	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=68;PP=2645;SC=AACCCAGTTAAAACCTTTGGA;SOR=0.901;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=133;WE=58126313;WS=58126295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	58207204	rs4938895	A	G	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=74;PP=2903;SC=ATGGCCAGGCAAGCACATACA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=75;TCR=74;TR=149;WE=58207212;WS=58207194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	58295748	rs35632700	TCA	T	579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=6;PP=253;SC=CCTTTCAATCTCAGTGTCCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=58295757;WS=58295738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	58318619	rs1047979	C	G	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=59;PP=2736;SC=ATTCCTGCTCCAGACCCCCAA;SOR=1.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=98;TCR=59;TR=157;WE=58318627;WS=58318609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	58343324	rs137856485	G	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=348;ReadPosRankSum=3.016;SC=GGACCGCAAAGGAACTGGATG;SOR=1.578;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=23;WE=58343332;WS=58343314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr11	58379663	rs139680226	CGT	C	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=4.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,15:0.16:91
chr11	58478026	rs675423	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=1609;ReadPosRankSum=-1.254;SC=TTACTTGAGAGGTGTGAGTGG;SOR=1.029;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=42;WE=58478047;WS=58478016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr11	58478039	rs675757	T	C	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=1609;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GTGAGTGGTATAGACTGGATT;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=79;TCR=41;TR=53;WE=58478047;WS=58478016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,59:0.44:133
chr11	58478084	rs675815	T	C	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=58;PP=2860;SC=TTTGCCACCATTGGGAGATAA;SOR=0.924;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=143;WE=58478092;WS=58478074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	58491921	rs10896818	A	T	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=818;ReadPosRankSum=-1.442;SC=TTCCTCAAGGATTTCTCCAGC;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=60;WE=58491929;WS=58491911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,65:0.54:120
chr11	58492073	rs58778620	GTT	G	557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=29.35;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr11	58602309	rs11229651	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=254;ReadPosRankSum=1.097;SC=AAGTTTCCTTCCCTGTGAAGA;SOR=0.917;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=24;WE=58602317;WS=58602299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr11	58604712	rs11229653	T	C	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=1082;ReadPosRankSum=1.540;SC=GAATAAACCATGGATCTTTTT;SOR=0.880;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=151;TCF=84;TCR=67;TR=84;WE=58604720;WS=58604702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,91:0.55:165
chr11	58605673	rs11229655	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=238;ReadPosRankSum=-1.827;SC=AGTTCCCTCATTGCCATGCAG;SOR=0.638;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=17;WE=58605681;WS=58605663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr11	58605922	rs10896850	A	G	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=52;PP=1599;SC=ATAAGACATGACATGAGAAAT;SOR=1.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=58605930;WS=58605912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	58674690	rs141204903	GTC	G	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.809;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,9:0.12:78
chr11	58674948	rs150638642	TTTTG	T	155.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=14;PP=147;ReadPosRankSum=1.158;SC=TTTCGCTCTTTTTTGTTTGTT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=58674960;WS=58674938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	58674952	rs35731745	G	GT	121.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=14;PP=276;ReadPosRankSum=-1.063;SC=GCTCTTTTTTGTTTGTTTTGT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=14;WE=58674960;WS=58674938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr11	58715513	rs11229707	T	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TCAGACACCATGGCTGCTTTT;SOR=1.284;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=14;WE=58715521;WS=58715503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr11	58919813	rs10896928	A	G	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=71;PP=1884;ReadPosRankSum=0.032;SC=TCAAGGATGCACTGTGCAAGG;SOR=0.682;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=275;TCF=141;TCR=134;TR=133;WE=58919821;WS=58919803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,149:0.49:303
chr11	58940278	rs12796683	G	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=144;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GCCAAGACACGGGTGAGCCAG;SOR=1.863;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=58940286;WS=58940268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr11	58978434	rs180770562	C	A	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=918;ReadPosRankSum=0.471;SC=GCAGCTCTATCGGTTCTCCCA;SOR=0.433;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=62;WE=58978442;WS=58978424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,69:0.56:124
chr11	58978940	rs544864	C	T	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=45;PP=1465;ReadPosRankSum=0.826;SC=TGGCTGCTGGCCACACACCAA;SOR=0.597;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=109;TCR=89;TR=100;WE=58978948;WS=58978930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,103:0.51:203
chr11	59056153	rs1894123	C	T	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=-0.422;NF=89;NR=76;PP=2768;ReadPosRankSum=-1.076;SC=GGAGTTGGTTCGGTTTGAGAG;SOR=0.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=90;TCR=76;TR=165;WE=59056161;WS=59056143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr11	59189405	rs9988824	T	C	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=12;PP=921;SC=TTTAAAATTATGTAAATGTCT;SOR=2.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=59189413;WS=59189395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	59189912	rs1453547	G	A	5513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=72;PP=2965;SC=GATCATATAGGGCCCACAGAA;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=108;TCR=72;TR=180;WE=59189920;WS=59189902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	59190499	rs11602535	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=597;SC=TTGTTTGTTATTGTAAGAGTG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=59190507;WS=59190489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	59190529	rs34222593	TACAA	T	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=607;SC=TAGAAGATCATACAAACAGTC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=59190540;WS=59190519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	59210550	rs7947825	G	A	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=205;SC=CTCCCTCTCAGGCATTTTGTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=59210558;WS=59210540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	59210761	rs11605572	C	G	5817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=88;PP=2965;SC=TCTATCTTACCACCCTGGCCT;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=206;WE=59210769;WS=59210751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	59211421	rs17591107	C	T	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=60;PP=2347;SC=CAGCCCTTTTCGTGTACTTGC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=122;WE=59211429;WS=59211411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	59224608	rs1453544	A	G	5498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=84;PP=2965;SC=ACACACTCCTATGTACTTTCT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=179;WE=59224616;WS=59224598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	59224720	rs1453543	A	G	5891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=98;PP=2965;SC=TCCTACAATGACTGCATGGCA;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=198;WE=59224728;WS=59224710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	59224885	rs1453542	G	C	4830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=68;PP=2965;SC=TCTTGGGTGAGTGGTGGTTTG;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=160;WE=59224893;WS=59224875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	59225221	rs1453541	T	C	7014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=142;NR=108;PP=2965;SC=CGGCCCTTCATGACGCTGCCC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=142;TCR=108;TR=250;WE=59225229;WS=59225211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	59271637	rs7120079	T	C	7513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=134;PP=2965;SC=TGCTCTTGAGTTCTTGATGAT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=137;TCR=134;TR=271;WE=59271645;WS=59271627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	59343974	.	G	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.366;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=177;ReadPosRankSum=0.374;SC=TGGTAAGAGAGTCACAACTTC;SOR=0.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=13;WE=59343982;WS=59343964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr11	59368218	rs367608218	CA	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.347;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr11	59369401	rs7106463	A	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=37;PP=1058;SC=CTTATTCTGGAAACTTTTAAC;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=59369409;WS=59369391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	59480951	rs499033	T	C	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=64;PP=2388;SC=CGCTATAAACTGGTCATAAGC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=132;WE=59480959;WS=59480941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	59516459	rs507235	T	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=515;ReadPosRankSum=1.132;SC=TGCATCCTGCTGGCCGTCATG;SOR=0.967;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=42;WE=59516467;WS=59516449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr11	59540697	rs2229915	A	G	4343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=99;PP=2742;ReadPosRankSum=1.212;SC=CAGCTGACACAGGATGATGAT;SOR=0.562;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=410;TCF=218;TCR=192;TR=202;WE=59540705;WS=59540687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,217:0.49:442
chr11	59554659	rs75068197	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=489;ReadPosRankSum=1.177;SC=CTTTCCTTGGAGCTGAGCCAG;SOR=1.079;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=34;WE=59554667;WS=59554649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr11	59554708	rs75459935	A	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=-0.849;SC=AGGGAAGTGTACAAGTTACAG;SOR=0.634;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=17;WE=59554716;WS=59554698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr11	59556218	rs2509730	A	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=420;ReadPosRankSum=-0.257;SC=GGGAGTGCGTAGGGATAAATA;SOR=0.534;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=24;WE=59556226;WS=59556208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr11	59559500	rs79081229	T	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=213;ReadPosRankSum=-1.111;SC=CTATTGTAGATGGCTATGTGG;SOR=0.709;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=14;WE=59559508;WS=59559490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
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chr11	59568190	rs17154200	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=493;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TTTAACTCCAAGTTCTGTCCT;SOR=1.169;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=31;WE=59568198;WS=59568180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr11	59611279	rs116881831	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=73;SC=TGGGAAGGACGCTGAGTTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=59611287;WS=59611276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	59612657	rs79819581	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=0.711;SC=AATAAAAAACATATAGACTTG;SOR=0.247;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=13;WE=59612665;WS=59612647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr11	59612859	rs35211634	T	C	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=427;ReadPosRankSum=0.301;SC=GCATGAACTCTGGGTCTGGGT;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=36;WE=59612867;WS=59612849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr11	59623378	rs34324219	C	A	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=694;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TTGTTAATATCCAAGAAGGTC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=51;WE=59623386;WS=59623368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr11	59626477	rs370252349	TA	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=2.443;QD=2.09;ReadPosRankSum=-2.352;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr11	59814173	rs2276043	G	A	2895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=48;PP=1895;ReadPosRankSum=-2.351;SC=AAGACCATTCGTCTTTCTACT;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=119;TCR=84;TR=115;WE=59814181;WS=59814163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,123:0.56:219
chr11	59814287	rs2276044	A	G	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=61;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TCTAGAAGGCATAGTATGCTG;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=75;TCR=106;TR=103;WE=59814295;WS=59814277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,110:0.59:188
chr11	59829804	rs506053	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=254;SC=GATAAGCTCTCGTTCTGTTAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=59829812;WS=59829795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	59830103	rs481950	A	G	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=64;PP=1919;SC=TCCCCTGGCTATATGTTATTT;SOR=1.482;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=107;WE=59830111;WS=59830093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	59830198	rs533855	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=328;SC=GGTTTTGATTTGCAATTCTTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=59830206;WS=59830188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	59831716	rs1151065	C	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=452;ReadPosRankSum=0.168;SC=TATCTGTTTTCCTTCCTATTT;SOR=1.127;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=35;WE=59831724;WS=59831706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr11	59834298	rs12221875	G	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=-0.349;SC=ATTGATGTTAGCCTCGCATCT;SOR=0.160;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=59834306;WS=59834288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr11	59834318	rs579721	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TAGGATATCAGTGGGTGTGTA;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=59834326;WS=59834308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr11	59836887	rs2298584	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=190;ReadPosRankSum=-0.441;SC=TTGAGATACTATCTCTTCTAC;SOR=0.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=10;WE=59836895;WS=59836877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr11	59837097	rs528823	C	T	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.854;NF=35;NR=40;PP=956;ReadPosRankSum=1.977;SC=TATGCGTAACCATCTCTACCA;SOR=0.549;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=170;TCF=77;TCR=93;TR=75;WE=59837105;WS=59837087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,80:0.43:187
chr11	59837721	rs144234019	T	TTATGAAAA	1689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=1531;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GAATACCTCCTTAATTCTGAG;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=23;WE=59837729;WS=59837711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr11	59858036	rs2847663	C	G	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=54;SC=CCAGTATTAACATGATATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=59858044;WS=59858026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	59860178	rs502581	G	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=0.712;SC=TACCCCAAATGTTACCTATGT;SOR=0.078;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=59860186;WS=59860168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	59940396	rs595718	A	G	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;QD=46.44;SOR=3.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	59940400	rs2044979	C	T	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=46.37;SOR=3.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	59940403	rs2044978	A	G	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=48.72;SOR=2.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	59940407	rs592346	A	G	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=41.91;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	59940599	rs7232	T	A	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1090;ReadPosRankSum=1.254;SC=AGAGAGAGAGTTCCCTGAAAG;SOR=0.862;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=77;WE=59940607;WS=59940589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr11	59942757	rs662196	C	T	122.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=0.792;SC=ATAAACCTGGCTTTCCCCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=59942765;WS=59942747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr11	59943109	rs2278867	A	T	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=161;SC=TTGGGTAAGGATCATTGCTAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=59943117;WS=59943099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	59945745	rs12453	T	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=789;ReadPosRankSum=0.237;SC=AAAGCTTGGTTAACCTTTTCT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=54;WE=59945753;WS=59945735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,57:0.40:144
chr11	59946302	rs598862	C	T	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.87;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
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chr11	60050125	rs10792260	A	G	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1642;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CAGATGTCTCAATATAGGAAT;SOR=0.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=85;WE=60050133;WS=60050115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr11	60073597	rs4644658	C	T	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=35;PP=2131;SC=GGTGCTCCTCCTAAGTGTGCT;SOR=1.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=106;WE=60073605;WS=60073587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	60073702	rs3018806	A	T	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=75;PP=2306;SC=TTTGAAGATGACTGTATTAGT;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=138;WE=60073710;WS=60073692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	60075733	rs76673655	T	G	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=57;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.082;SC=AAATTACCAGTATCCAACTTC;SOR=0.897;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=150;TCF=49;TCR=101;TR=81;WE=60075741;WS=60075723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,86:0.54:159
chr11	60102790	rs1443250	G	A	165.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=6.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TTTCTTTTACGAAAGTAATGG;SOR=2.526;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=60102798;WS=60102785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr11	60107470	rs2289612	C	A	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=56;PP=1664;SC=CTTAATCTTGCCTAGTGTATC;SOR=1.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=60107478;WS=60107460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	60152468	rs79791578	A	ATTT	1099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=935;SC=ATTATAATGTATTTTATACTC;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=19;WE=60152476;WS=60152458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	60152531	rs2233244	A	C	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=41;PP=2021;SC=TTTGAAGTGCAGTCTAGATTT;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=119;WE=60152539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	60163958	rs6591579	G	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=688;SC=GCTCATCTCTGAGGGCTCCAT;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=60163966;WS=60163948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	60172076	rs61898304	T	C	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1486;ReadPosRankSum=-0.300;SC=CCTTAATGTGTCAAGTATCCA;SOR=1.017;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=219;TCF=120;TCR=99;TR=96;WE=60172084;WS=60172066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,99:0.43:230
chr11	60202747	rs894590	C	A	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	60202798	rs11377519	C	CA	124.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=5;PP=135;SC=CAGAACATAGCAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=60202806;WS=60202788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	60230722	rs10792278	G	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=624;SC=TTGGGTTAAAGTAATTAAGAA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=60230730;WS=60230712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	60268679	rs2186918	G	C	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=91;PP=2965;SC=TAGAACACCAGTCCTTCTTGG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=70;TCR=91;TR=161;WE=60268687;WS=60268669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	60285575	rs10736706	A	G	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=21;PP=705;SC=CATCTTTCACATTTTCATGTG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=60285583;WS=60285565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	60291413	rs6591595	C	T	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	60309947	rs4939400	A	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=509;SC=GTTGTATAATATTAAGAAACA;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=60309955;WS=60309937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	60531264	rs12363342	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,40:0.51:78
chr11	60534901	rs4939450	G	C	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=423;ReadPosRankSum=-0.953;SC=CTTTCCCAGTGGCCAACAAGC;SOR=1.143;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=20;WE=60534909;WS=60534891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr11	60540975	rs200595371	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=173;ReadPosRankSum=0.734;SC=GTCAGATGGCCCTCGGGGTGG;SOR=0.723;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=18;WE=60540983;WS=60540965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr11	60559805	rs931861	A	G	10097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=186;PP=2965;SC=GTGAGTGGGCACACTGAGATC;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=175;TCR=186;TR=361;WE=60559813;WS=60559795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr11	60567275	rs579967	G	A	7085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=112;PP=2965;SC=AGCTGCTGTTGCTATTAATAT;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=149;TCR=112;TR=261;WE=60567283;WS=60567265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	60617646	rs495949	T	C	13665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=270;NR=244;PP=2965;SC=AGGCTGCAGCTGCACTAATGT;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=518;TCF=272;TCR=246;TR=514;WE=60617654;WS=60617636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr11	60620585	rs2467642	A	G	6958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	60620590	rs2428461	C	G	7088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	60634977	.	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr11	60635091	rs550479	T	C	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=43;PP=1663;SC=TACTGCTGGTTGCCACCCTGG;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=104;WE=60635099;WS=60635081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	60637164	rs489172	C	T	13732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=252;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TCTGTCTCAACCCCACAAACC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=485;TCF=253;TCR=232;TR=482;WE=60637172;WS=60637154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,510:1.00:512
chr11	60638470	rs566411	A	G	10051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=204;NR=138;PP=2965;SC=TCGTCCTCGTAGTGTCCCAAG;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=205;TCR=139;TR=342;WE=60638478;WS=60638460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr11	60705454	rs2905692	A	G	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=55;PP=1819;SC=CCATGATGGCACCCTGCATGG;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=97;WE=60705462;WS=60705444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	60750048	rs2905506	T	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=14;PP=1323;SC=CCCCACTCCATTTGGTGTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=62;WE=60750056;WS=60750038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	60750240	rs3019541	G	A	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=34.98;SOR=2.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	60750240	.	GAGGTGCG	AAGGTGCA,AAGGTGCG	678	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=28;MQ=60.11;NF=10,23;NR=24,64;PP=593,678;QD=19.0137610254;SC=GGAGGAAAGCGAGGTGCGAAG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=34,87;WE=60750255;WS=60750230;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.39:87
chr11	60750247	rs79761481	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.066;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.862;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr11	60750298	rs72195127	GTCTGCAGGGAC	G	1165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=2957;SC=GAGAAGCCCAGTCTGCAGGGA;SOR=3.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=18;WE=60750316;WS=60750288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	60775007	rs4939485	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr11	60776103	rs61899223	T	C	3564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.822;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=71;PP=2215;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GCGATGACACTTGGGACCTGG;SOR=0.472;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=293;TCF=167;TCR=126;TR=153;WE=60776111;WS=60776093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,169:0.53:318
chr11	60776209	rs11230563	C	T	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1204;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GCCTATCCACCGGGACCAGGT;SOR=0.519;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=181;TCF=84;TCR=97;TR=86;WE=60776217;WS=60776199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,87:0.47:184
chr11	60776306	rs2074225	CG	TC	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=2113;ReadPosRankSum=-1.255;SC=GACGCGGGCGCGGTGTGCTCA;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=176;TCF=93;TCR=83;TR=75;WE=60776319;WS=60776296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,88:0.47:188
chr11	60776334	rs2905518	A	G	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=97;PP=2965;SC=GGGCGGAGTCACTGAAGCCCG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=98;TCR=97;TR=195;WE=60776342;WS=60776324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	60776484	rs2074226	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GAGAAAGTGGTAAATGCCCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=10;WE=60776492;WS=60776474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr11	60778650	rs150035626	C	CGTGTGTGTGT	2202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;QD=42.36;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	60783108	rs2074229	C	T	3013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=51;PP=1750;ReadPosRankSum=-1.651;SC=TCACCTCTGCCGTTCATACTC;SOR=0.615;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=189;TCR=112;TR=137;WE=60783116;WS=60783098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,146:0.47:313
chr11	60783126	rs3019556	C	T	17239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr11	60783135	rs3019557	A	G	17745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.66;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr11	60784934	rs2074231	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr11	60785038	rs2074232	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=648;ReadPosRankSum=0.385;SC=TCAGGATGGGAAGGGGTGTGA;SOR=0.481;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=47;WE=60785046;WS=60785028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr11	60785352	rs1050922	A	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=904;ReadPosRankSum=-1.224;SC=GCACCTCTTCAGGGGAGGATT;SOR=0.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TCF=57;TR=61;WE=60785360;WS=60785342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,65:0.42:153
chr11	60785723	rs59258857	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=91;ReadPosRankSum=1.988;SC=GAAGTGGCTGTGTGCTGGCAG;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=60785731;WS=60785713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr11	60785952	rs144632420	C	CAAGGGGAAAAGGAGAAAGG	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=3.944;NF=2;NR=6;PP=1999;ReadPosRankSum=0.396;SC=TGCATTCGCTCAAGGGGAAAA;SOR=0.360;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=8;WE=60785960;WS=60785942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr11	60890563	rs4245224	C	T	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=67;PP=2154;SC=AGGGGCTGCACTAGAGTCCTC;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=123;WE=60890571;WS=60890553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	60891310	rs7106643	T	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=27;PP=1533;SC=CCCCCACCCATACCTGCCCCC;SOR=1.362;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=72;WE=60891318;WS=60891300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	60892606	rs637186	A	G	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=138;PP=2965;SC=AGGAACTCCCACCTGTCAGCT;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=100;TCR=138;TR=238;WE=60892614;WS=60892596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	60893235	rs2229177	C	T	8435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=141;NR=154;PP=2965;SC=CTGGAAGGGGCTCTGCATCGC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=141;TCR=154;TR=295;WE=60893243;WS=60893225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr11	60899767	rs754382	A	G	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=26;PP=1100;SC=AGGCATGGCTAATGGTGGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=60899775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	60900116	.	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.637;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=395;ReadPosRankSum=0.461;SC=TCACGCCGCCTCAGGCACCCC;SOR=1.162;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=19;WE=60900124;WS=60900106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr11	60906450	rs508970	A	G	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=36;PP=1098;SC=GAGAGGCAGAAATCTCTGAGA;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=60906458;WS=60906440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	61044021	.	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.792;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr11	61089305	rs28720292	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=1.320;SC=TGCAGACTTGGCAGAGGTTGA;SOR=0.184;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=11;WE=61089313;WS=61089295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr11	61099072	rs2230356	G	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=960;ReadPosRankSum=1.418;SC=CCTCTTTGACGGGCCGAAGCC;SOR=0.934;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=86;TCR=62;TR=68;WE=61099080;WS=61099062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,72:0.45:161
chr11	61100308	rs2512810	G	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.96;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	61106525	rs2512809	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=9;PP=473;SC=CACTCCACTCCTTCCACCTCC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=61106533;WS=61106515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	61106892	rs2513329	G	C	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=73;PP=1815;SC=TGTGCGGCACGGTGCTTATAC;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=118;WE=61106900;WS=61106882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	61108974	rs2260655	G	A	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=47;PP=1413;SC=GAACGTGGTCGCCAAGGCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=70;WE=61108982;WS=61108964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	61110169	rs4939514	A	C	9616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=177;PP=2965;SC=ACCCCTCCTAAACCTCTGGGG;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=145;TCR=178;TR=322;WE=61110177;WS=61110159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr11	61112802	rs2305465	C	T	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=39;PP=1818;SC=AGTTGTCTGTCCTGCTCCTGG;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=98;WE=61112810;WS=61112792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	61123965	rs76030461	A	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=8;PP=775;SC=GTCCAGCCTGAGCCCTATCCC;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=61123973;WS=61123955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	61165280	rs3741265	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=7;PP=627;SC=GAAAGATGCCGCTCAGTATTA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=61165288;WS=61165270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	61165731	rs11382548	C	CA	6772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=53;PP=2957;SC=TTTCTGCCATCGTATGGACAG;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=75;WE=61165749;WS=61165721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	61165741	rs10897158	G	C	6882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=58;PP=1836;SC=CGTATGGACAGGATTTGAAGT;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=61165749;WS=61165721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	61179285	rs3019198	G	A	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=26;PP=1429;SC=ACTTGGCTTCGATGCCATGAA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=80;WE=61179293;WS=61179275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	61183388	rs17704641	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=93;ReadPosRankSum=0.272;SC=CACCTGCTCCCGCATTTAATT;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=7;WE=61183396;WS=61183378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr11	61197460	rs34378918	GC	G	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=298;ReadPosRankSum=0.337;SC=CCCAGGTCCCGCCCCCCCCGC;SOR=0.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=15;WE=61197468;WS=61197450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr11	61204361	rs896831	A	C	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=28;PP=1220;SC=ATAAGTTGTCAACTTCTCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=63;WE=61204369;WS=61204351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	61205434	rs879647	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=493;SC=ATTAGACACAGCCTTCTCAAC;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=61205442;WS=61205424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	61205676	rs5792226	C	CT	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.891;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr11	61249383	rs3019200	C	A	6114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=104;PP=2965;SC=GCTACTGCACCGCCTACGGTG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=109;TCR=104;TR=213;WE=61249391;WS=61249373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	61253200	rs3019187	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=328;SC=CACCTGCTGGGACACTGAGCC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=61253208;WS=61253190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	61253973	rs2957858	A	G	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=52;PP=2526;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TCCTGGTGCCAGTGGCTGCTT;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=91;TCR=53;TR=142;WE=61253981;WS=61253963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr11	61254376	rs3019188	G	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=738;SC=GCTGCCTCAGGCTGGCCACCT;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=61254384;WS=61254373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	61404161	rs67140840	G	A	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=15;PP=943;ReadPosRankSum=0.510;SC=GATGCCCAGGGAAGACAGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=91;TCR=30;TR=59;WE=61404169;WS=61404151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,61:0.47:129
chr11	61404336	rs17626916	G	A	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.226;SC=GCCATGACGCGCAAGGCCATC;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=70;TCR=100;TR=86;WE=61404344;WS=61404326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,92:0.52:178
chr11	61490486	rs198426	C	T	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=49;PP=1077;ReadPosRankSum=0.147;SC=GCACAGGGGACGAGATCAGTT;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=41;TCR=94;TR=69;WE=61490494;WS=61490476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,75:0.53:141
chr11	61490880	rs9735635	C	A	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1318;ReadPosRankSum=0.506;SC=GCGCCCCTACCTAATGCCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=176;TCF=102;TCR=74;TR=90;WE=61490888;WS=61490870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,96:0.51:189
chr11	61491097	rs566009	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=368;SC=CTGTCTGGTGAGCAGAGGTCT;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=61491105;WS=61491087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	61505168	rs198444	G	A	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=49;PP=1360;ReadPosRankSum=2.766;SC=GTGAGGATGCGATGGAGTATT;SOR=0.664;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=207;TCF=117;TCR=90;TR=103;WE=61505176;WS=61505144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,111:0.48:230
chr11	61505583	rs2240287	G	A	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=25;PP=1133;ReadPosRankSum=1.710;SC=CCTGGCTGACGGCCCTGTCTC;SOR=0.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=98;TCR=50;TR=75;WE=61505591;WS=61505573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,78:0.51:152
chr11	61505696	rs198443	G	T	3330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=76;PP=2128;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CCCCACCTGGGCACCCTGCCT;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=358;TCF=187;TCR=171;TR=160;WE=61505704;WS=61505686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,167:0.45:374
chr11	61523300	rs10709102	GA	G	1499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=33;PP=1526;SC=GGTGTGCAGGGAGCCTTGGAG;SOR=3.202;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=33;WE=61523308;WS=61523290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	61524507	rs2238001	T	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=430;ReadPosRankSum=-0.005;SC=AATTATTAACTGAATCATTAA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=39;WE=61524515;WS=61524497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr11	61524974	rs198460	G	A	7784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=142;PP=2965;SC=GAAGATTACTGGTCCCCAGGG;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=125;TCR=142;TR=267;WE=61524982;WS=61524964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr11	61525020	rs198459	G	A	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1378;ReadPosRankSum=-1.035;SC=GGCTTGTTGAGCATGTTCTGT;SOR=0.718;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=207;TCF=85;TCR=122;TR=102;WE=61525028;WS=61525010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,105:0.48:221
chr11	61533797	rs4963418	A	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.502;SC=CTGGCATGGGATGGGCTGGGT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=61533805;WS=61533787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	61534872	rs547589	A	C	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=64;PP=1796;ReadPosRankSum=0.593;SC=GGCCACTGCTACCGTCAGGAT;SOR=0.861;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=266;TCF=131;TCR=135;TR=122;WE=61534880;WS=61534862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,129:0.46:282
chr11	61536583	rs579383	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=516;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TGGGTGGTGCGGAGAAATGCC;SOR=0.455;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=44;WE=61536591;WS=61536573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr11	61539020	rs149803	C	G	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.094;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=69;PP=2225;ReadPosRankSum=0.360;SC=AATCCCCCCCCAGCACCCTCA;SOR=0.925;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=312;TCF=171;TCR=141;TR=168;WE=61539028;WS=61539010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,178:0.54:330
chr11	61548559	rs509360	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=888;ReadPosRankSum=2.174;SC=GGAGGTTGCTATGTTCTGTCT;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=54;WE=61548567;WS=61548549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr11	61548874	rs174532	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=585;ReadPosRankSum=0.797;SC=ATACTCATTGGTGGGAGGGTC;SOR=1.187;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=30;WE=61548882;WS=61548864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr11	61624705	rs498793	T	C	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=737;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CCTCAGCCTGTGTTACAGGCC;SOR=2.047;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=102;TCF=24;TCR=78;TR=50;WE=61624713;WS=61624695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr11	61624885	rs526126	G	C	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=37;PP=1948;SC=GCACAGGCAGGGTGGAATGGA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=106;WE=61624893;WS=61624875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	61631282	rs520298	C	T	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=943;ReadPosRankSum=0.508;SC=TGCGGGGAGGCGGGGAGACCC;SOR=1.025;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=136;TCF=51;TCR=85;TR=65;WE=61631290;WS=61631272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr11	61631331	rs639394	A	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=428;ReadPosRankSum=-1.243;SC=ACTGGGCAGAATGCAGAATGT;SOR=0.850;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=30;WE=61631339;WS=61631321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr11	61633182	rs482548	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=292;ReadPosRankSum=-0.716;SC=CCCGGGACACCGTGGGGAAGG;SOR=0.625;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=31;WE=61633190;WS=61633172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr11	61641211	rs6591665	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=6;PP=575;SC=TGGAGGGGTGAGGGTATCGAT;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=61641219;WS=61641201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	61641396	rs75306442	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=-0.863;SC=AAGATCCTAACACCCCTGTAT;SOR=0.880;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=29;WE=61641404;WS=61641386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr11	61647427	rs174635	T	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=447;SC=CCGAGGGAGCTGCTCCTGGCC;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=61647435;WS=61647417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	61658629	rs693672	T	C	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=31;PP=1278;SC=GGCTTCCTTATGGCTTCCTTA;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=61658637;WS=61658619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	61658800	rs174465	C	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=30;PP=790;SC=TGGGCAGCGGCGCCCCCGGCT;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=61658808;WS=61658790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	61670037	rs174471	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=563;ReadPosRankSum=-0.632;SC=AAATGGGTCACGGGGGCTGGC;SOR=0.520;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=46;WE=61670056;WS=61670027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,50:0.53:95
chr11	61671956	rs174472	A	G	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=938;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TCGGCACAGTAAACACACGGC;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=152;TCF=94;TCR=58;TR=65;WE=61671964;WS=61671946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,69:0.45:155
chr11	61674118	rs174476	C	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=902;ReadPosRankSum=0.013;SC=TGATGACCAGCGTCTTCAAGG;SOR=0.889;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=66;WE=61674126;WS=61674108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,76:0.50:151
chr11	61674298	rs148623923	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=1.501;SC=AACAGCCTTCGAGGCAGAGAC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=61674306;WS=61674288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	61687674	rs2524290	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=270;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TGCTTGCAAGGCCAGACTGAG;SOR=0.573;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=22;WE=61687682;WS=61687664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr11	61724514	rs195162	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=712;SC=GTGGGAAGGGCTGTGGTCCAC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=61724522;WS=61724504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	61725599	rs113492158	A	ATCCTCCTCC	3275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=17;PP=1572;SC=TTGCTACCACATCCTCCTCCT;SOR=1.999;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=37;WE=61725607;WS=61725589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr11	61726871	rs195158	G	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=647;SC=CAGGAAGGGCGTCATGGGGTG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=61726879;WS=61726861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	61730036	rs149698	G	A	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.020;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=957;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CCCCACAGACGCCCCTCAGCC;SOR=0.984;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=72;WE=61730044;WS=61730026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,84:0.57:147
chr11	61730183	rs1800008	C	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=24;PP=1206;ReadPosRankSum=-1.176;SC=TCTCAGAGAGCGATGGGGCCT;SOR=0.532;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=143;TCF=103;TCR=40;TR=74;WE=61730191;WS=61730173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,78:0.50:156
chr11	61730234	rs1800009	T	C	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=41;PP=1777;ReadPosRankSum=0.410;SC=GGAGGAAAACTGTGGAGTTTA;SOR=0.599;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=254;TCF=171;TCR=83;TR=116;WE=61730242;WS=61730218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,123:0.44:281
chr11	61730553	rs17185413	T	C	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=59;PP=1586;ReadPosRankSum=-2.874;SC=AGGGAAGTGTTCGGGACCTTT;SOR=0.957;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=229;TCF=101;TCR=128;TR=99;WE=61730561;WS=61730543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,108:0.43:251
chr11	61731534	rs195155	G	T	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=32;PP=1595;SC=GAAATGAAGGGACCTTCCATA;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=88;WE=61731542;WS=61731524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	61735553	rs11271453	T	TGCTGCAGATTGGGAA	3359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=8;PP=2974;SC=TGTGACACCTTGCTGCAGATT;SOR=1.127;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=20;WE=61735561;WS=61735543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	61736135	rs77709427	GT	TG	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=339;ReadPosRankSum=0.686;SC=CAGGGTGGATGTGAATTTATG;SOR=1.051;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=8;WE=61736144;WS=61736125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr11	61895541	rs1675130	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=330;ReadPosRankSum=-0.270;SC=GTTGTGGGTCAGGTGGGTATT;SOR=1.426;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=19;WE=61895549;WS=61895531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr11	61895741	rs1675131	A	G	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=940;ReadPosRankSum=-3.377;SC=GGCTTGAGGAAATCCAAGAGG;SOR=1.142;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=64;WE=61895749;WS=61895731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,71:0.44:163
chr11	61896215	rs1792946	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=638;ReadPosRankSum=-1.981;SC=AGGCAGCCTCGAGTGACACCC;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=44;WE=61896223;WS=61896205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr11	61897197	rs1792944	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=320;ReadPosRankSum=1.526;SC=CTTGGAGAGACTGGGTGCCAC;SOR=0.577;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=24;WE=61897205;WS=61897187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr11	61897359	rs1675133	C	T	3626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=76;PP=2396;ReadPosRankSum=-0.422;SC=ACGGCTCCGTCCTGCGGCGTG;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=361;TCF=198;TCR=163;TR=172;WE=61897367;WS=61897349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,178:0.46:383
chr11	61906299	rs1614060	A	G	7869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=112;PP=2965;SC=GCTCTGCACTACGGCCATCCT;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=275;TCF=163;TCR=112;TR=274;WE=61906307;WS=61906289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	61906374	rs1675126	T	C	8770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=167;NR=161;PP=2965;SC=CTGAGAACAATGGAAATAACT;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=167;TCR=161;TR=328;WE=61906382;WS=61906364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr11	61906538	rs11230922	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=393;ReadPosRankSum=0.383;SC=TGGCGGCCTCGGCCTGACCTT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=19;WE=61906546;WS=61906528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr11	61907631	rs3741246	T	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.374;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.945;NF=22;NR=14;PP=405;ReadPosRankSum=-3.008;SC=CAAGGACCCCTTCCCCCTACA;SOR=0.377;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=36;WE=61907639;WS=61907621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr11	61907909	rs1675124	A	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=38;PP=1063;SC=CCAAGGAGGCAGCTCCATGCT;SOR=3.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=61907917;WS=61907899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	61908672	rs1675123	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=-1.050;SC=TGTGGCCACCGGCTGTCTTGA;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=61908680;WS=61908662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	61958022	rs7932927	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=105;SC=TCAATGCAGGCGAACGTTAGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=61958030;WS=61958012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	61960763	rs11441356	T	TC	2532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=13;PP=2062;SC=CCTCTACCCTTCAATTGTCTT;SOR=2.105;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=45;WE=61960771;WS=61960753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	61960809	rs7951859	C	A	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.875;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.07;MQRankSum=0.167;NF=77;NR=45;PP=2116;ReadPosRankSum=-1.492;SC=TGGATGTTAACCTGTTGTCTC;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=122;WE=61960817;WS=61960799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr11	61960827	rs2232941	T	C	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=65;PP=2294;SC=CTCCAGGAGCTGCATGACCGA;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=89;TCR=65;TR=154;WE=61960835;WS=61960817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	61977858	rs201416395	CTTTTTTT	C	463.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=8.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.68;ReadPosRankSum=1.470;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr11	62009611	rs2232946	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=456;SC=AGATGGATGGCAACAGCCCTG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=62009619;WS=62009601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	62010863	rs2232950	C	T	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=103;NR=92;PP=2965;SC=GATGCCCCTCCGGAAGCTGTT;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=197;TCF=103;TCR=94;TR=195;WE=62010871;WS=62010853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	62040694	rs59964144	T	TACAC,TAC	270.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=0,0;NR=8,8;PP=201,64;SC=ATATTTTACATACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8,8;WE=62040702;WS=62040684;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:6
chr11	62105391	rs2513749	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=256;SC=ACCCGCGCGGCTTCCTTGGGC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=62105399;WS=62105386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	62105441	rs3741245	T	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=9;PP=833;SC=CTGCCTAGGATCCGCCGACAT;SOR=1.845;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=40;WE=62105449;WS=62105431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	62123989	rs67821209	T	A	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=35;PP=1014;SC=ATTGTTATACTGCAGTGATAA;SOR=2.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=43;WE=62123997;WS=62123979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	62158886	rs2958531	G	T	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=8;PP=813;SC=GACCTTTGTCGGTACTTGAGC;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=62158894;WS=62158876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	62159187	rs3832779	G	GA	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=435;SC=ATGGAGAAGTGTAGGAAACCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=62159195;WS=62159177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	62186542	rs3741240	G	A	7208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=115;PP=2965;SC=AACCAGAGACGGGCCAGAGCA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=138;TCR=115;TR=252;WE=62186550;WS=62186532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	62190700	rs2302364	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=509;SC=TTGGTCTCCTTGTTATGGTGG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=62190708;WS=62190690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	62201131	rs2259606	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.939;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=0.806;SC=CCTTGCAAGTAAAGAAATGCA;SOR=0.148;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=8;WE=62201139;WS=62201128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr11	62201458	rs4084164	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=382;ReadPosRankSum=-0.635;SC=ACCAACTGAAAGAAGGTCCCC;SOR=0.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=24;WE=62201466;WS=62201448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr11	62283814	rs76939572	T	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr11	62292882	rs566144	G	T	10048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=193;NR=145;PP=2965;SC=ATGTCCACTTGGGGACCCCTG;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=193;TCR=145;TR=338;WE=62292890;WS=62292872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr11	62293948	rs486903	G	A	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=95;PP=2965;SC=AGCCAGGCATGCTGAACTTTG;SOR=0.986;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=124;TCR=95;TR=219;WE=62293956;WS=62293938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	62328038	rs11231144	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=314;ReadPosRankSum=1.026;SC=ATGGTCATTGTGCTGGCAGAT;SOR=0.743;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=22;WE=62328046;WS=62328028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr11	62334096	rs7124057	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TGCTCTCCACAATCAAAATTT;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=11;WE=62334104;WS=62334086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr11	62334908	rs1061093	G	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=428;ReadPosRankSum=0.946;SC=GTTTCACTTCGCCCAAGACAG;SOR=0.663;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=28;WE=62334916;WS=62334898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr11	62361266	rs79825424	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.908;SC=TCACTCCCTTCGACACGAAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=62361274;WS=62361256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr11	62365619	rs11231155	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=501;ReadPosRankSum=2.509;SC=CAGTCCTGGAATTGGGGAGAG;SOR=0.321;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=29;WE=62365627;WS=62365609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr11	62365665	rs2849031	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=173;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATAGGCGGCGGGGAGGGAGG;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=12;WE=62365673;WS=62365655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr11	62369018	rs12226821	C	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=452;ReadPosRankSum=0.180;SC=CGGTGGGCTGCCGCTTCGAGG;SOR=0.256;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=69;TCF=7;TCR=62;TR=27;WE=62369026;WS=62369008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr11	62369881	rs35156678	G	A	4668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=-1.497;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,130:0.44:297
chr11	62369884	rs35880596	C	G	4572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,122:0.43:286
chr11	62370155	rs71490394	G	A	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=62;PP=1990;ReadPosRankSum=2.339;SC=CGGCGCCTGGGCCGGAGGGAA;SOR=0.576;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=296;TCF=167;TCR=129;TR=137;WE=62370163;WS=62370145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,142:0.47:304
chr11	62370490	rs71458425	C	CGAGGGCCG	3758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=2828;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TTCCCGGTCCCGAGGGGCCTC;SOR=1.140;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=45;WE=62370498;WS=62370480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,81:0.36:224
chr11	62371773	rs2516633	A	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=364;ReadPosRankSum=-1.950;SC=GATGGCAAATAAGAGAAGCTC;SOR=0.355;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=26;WE=62371781;WS=62371763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr11	62376836	.	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=0.530;SC=ACCCAGTCAAGGCTGAGGGTC;SOR=1.066;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=21;WE=62376844;WS=62376826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr11	62378660	rs12808829	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=752;ReadPosRankSum=-0.399;SC=ATTGGGTCCCGCTAGGCTCTT;SOR=0.678;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=48;WE=62378668;WS=62378650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
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chr11	62380732	rs4387351	T	C	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=415;SC=CACCTCTGCATTCCCTTGGGC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=62380740;WS=62380722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	62381106	rs1799959	G	C	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=21;PP=1136;SC=CTGGTCGTCGGCCTCGGGCTA;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=62381114;WS=62381096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	62381483	rs72927237	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=-0.784;SC=CTGCCATTTATTAGCTGTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=62381491;WS=62381473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr11	62381703	rs35904570	C	CT	1685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.295;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=1239;ReadPosRankSum=2.736;SC=TCCAGACATCCTAACCCCTCT;SOR=0.391;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=35;WE=62381711;WS=62381693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,57:0.40:144
chr11	62381808	rs1801144	G	C	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.03;MQRankSum=1.330;NF=64;NR=60;PP=1757;ReadPosRankSum=0.708;SC=ACTCACCCCGGCCTTGCCTGC;SOR=0.567;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=330;TCF=180;TCR=150;TR=124;WE=62381816;WS=62381798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,126:0.36:347
chr11	62384869	rs4963224	T	C	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=87;PP=2380;SC=ACCATTTGCCTGCTCCAGCCA;SOR=1.349;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=143;WE=62384877;WS=62384859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	62394881	rs7949030	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=440;ReadPosRankSum=1.373;SC=ACAAGTCAGAAATGCTCCTCC;SOR=1.108;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=25;WE=62394889;WS=62394871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr11	62397177	rs948683	C	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=28;PP=1875;SC=AGAGAAGAGACGGGTAGTGAG;SOR=1.549;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=99;WE=62397185;WS=62397167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	62400016	rs10897289	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=682;ReadPosRankSum=-1.325;SC=CCCTCCTTTTTCCCCGTGCCT;SOR=0.685;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=46;WE=62400024;WS=62400006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr11	62401716	rs2957121	A	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=13;PP=946;SC=ACCTCCCCCCAAAGGCTAGAG;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=62401724;WS=62401706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	62430659	rs597259	T	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=515;ReadPosRankSum=-0.063;SC=GGAAGTATTATCCCAAATAAA;SOR=1.040;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=36;WE=62430667;WS=62430649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr11	62432815	rs4489748	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=0.992;SC=GTAAGTGTGGTTTTAGCTGTA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=13;WE=62432823;WS=62432811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr11	62433781	.	CA	C	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=2.021;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,22:0.21:103
chr11	62434173	rs11231181	G	A	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1366;ReadPosRankSum=2.099;SC=GGGTGGCCCAGGCCAAACACC;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=92;TCR=76;TR=83;WE=62434181;WS=62434163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,91:0.50:181
chr11	62437647	rs489778	G	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GCTTTCAGGGGAGGGGAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=62437655;WS=62437637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	62438750	rs17637597	T	C	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=575;ReadPosRankSum=-2.046;SC=TGAGTGTTTGTTCCAGAGTTG;SOR=0.922;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=39;WE=62438758;WS=62438740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr11	62438819	rs693698	G	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=321;ReadPosRankSum=-1.430;SC=TGTTGAAAACGCGCGGGTGAC;SOR=0.906;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=20;WE=62438827;WS=62438809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr11	62438846	rs3809079	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AAACCACAGAGCACAGCTCGG;SOR=0.223;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=8;WE=62438854;WS=62438836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	62439569	rs13941	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=270;ReadPosRankSum=1.442;SC=AGGCGGCGCCGGCGGGAGGTC;SOR=1.501;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=16;WE=62439577;WS=62439559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr11	62458275	rs6856	T	C	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1558;ReadPosRankSum=1.231;SC=CTGAGGGATCTTCAGGGCTCT;SOR=0.903;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=214;TCF=100;TCR=114;TR=104;WE=62458283;WS=62458265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,108:0.48:224
chr11	62459994	rs2850597	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=369;ReadPosRankSum=1.883;SC=TCCTGCCGCTAGCACTCTTAC;SOR=0.281;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=23;WE=62460002;WS=62459984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr11	62460066	rs2850596	T	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=473;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CCTGGAGGCTTCTCAGGTAGA;SOR=0.960;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=31;WE=62460074;WS=62460056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr11	62469929	rs72929434	C	A	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1283;ReadPosRankSum=-2.470;SC=CTCTCTAGTTCCCATACTCAC;SOR=0.930;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=180;TCF=103;TCR=77;TR=92;WE=62469937;WS=62469919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,94:0.49:192
chr11	62484531	rs142868058	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=358;ReadPosRankSum=0.789;SC=TTGTCCGCTTCTCGGAGGGGG;SOR=0.460;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=25;WE=62484539;WS=62484521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr11	62487378	rs12291015	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=0.558;SC=CAGATGCTAATGCTATGCTCT;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=6;WE=62487386;WS=62487372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr11	62488916	rs34425182	T	TG	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.061;NF=2;NR=14;PP=484;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TGAGAGGAAGTGAAAAAAAAA;SOR=1.379;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=16;WE=62488924;WS=62488906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr11	62489267	rs496032	C	T	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=42;PP=1319;ReadPosRankSum=0.468;SC=ATACTGTATCCGACAAATCCC;SOR=0.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=139;TCR=88;TR=108;WE=62489275;WS=62489257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,122:0.48:254
chr11	62490219	rs576251	G	A	3857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.290;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=79;PP=2683;ReadPosRankSum=0.706;SC=ACCTACAACCGGACTTCCCAT;SOR=0.489;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=346;TCF=167;TCR=179;TR=164;WE=62490227;WS=62490209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,173:0.47:369
chr11	62496052	rs77435722	A	G	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=46;PP=1330;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TCGCCTCTTTAGGAAGTCACT;SOR=0.762;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=209;TCF=106;TCR=103;TR=90;WE=62496060;WS=62496042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,93:0.43:214
chr11	62496519	rs584845	T	C	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1508;ReadPosRankSum=-0.081;SC=AGAAAACATATTGCATACCAC;SOR=0.539;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=182;TCF=64;TCR=118;TR=89;WE=62496527;WS=62496509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,94:0.49:190
chr11	62505764	rs6675	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=668;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TCCAAGATGCCAACGTCCGGC;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=43;WE=62505772;WS=62505754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
chr11	62521408	rs72929469	A	T	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=17;PP=1092;ReadPosRankSum=-1.218;SC=CCCGCCCCTTAGCCACCCTCC;SOR=0.719;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=149;TCF=106;TCR=43;TR=71;WE=62521416;WS=62521398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,71:0.48:147
chr11	62521475	rs72929471	T	C	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=67;PP=2480;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GAGATCTTTTTCGCTCCCAGG;SOR=0.792;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=422;TCF=240;TCR=182;TR=171;WE=62521483;WS=62521465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,178:0.40:441
chr11	62521663	rs3829248	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=42;PP=939;ReadPosRankSum=-1.518;SC=CTTTAATTGGCTTAAGATTGC;SOR=1.668;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=94;TCF=15;TCR=79;TR=47;WE=62521671;WS=62521653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr11	62530483	.	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-1.693;SC=ATGCTGTTGTCACTCAGGTCA;SOR=0.301;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=62530491;WS=62530473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr11	62555059	rs3087924	G	A	35.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	62555242	rs2241908	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=378;ReadPosRankSum=0.438;SC=GTCTTAAAGCACTAGGTGGAG;SOR=1.046;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=25;WE=62555250;WS=62555232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr11	62563353	rs539465	G	A	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=41;PP=2740;SC=CTACAAACTCGGGACTCTAAA;SOR=1.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=94;TCR=42;TR=135;WE=62563361;WS=62563343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	62564009	rs4693	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=303;ReadPosRankSum=0.955;SC=GGAGCCCTTGTCGGTCTCCAG;SOR=0.382;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=22;WE=62564017;WS=62563999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr11	62638323	rs202225713	TAA	T	191.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	62638326	.	TA	T	191.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.97;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr11	62652063	rs489381	A	G	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=38;PP=1308;SC=CTAGAGCCTCATAATATTCTC;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=77;WE=62652071;WS=62652053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	62744899	rs3017670	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=1.063;SC=TTAGAGTTCCAGCATGAATGC;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=62744907;WS=62744889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr11	62747145	rs3017671	A	G	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=50;PP=1745;SC=CTTCTGAGATATTGGGTTATG;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=62747153;WS=62747135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	62763226	rs57743826	C	T	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GTATCCGGAACAGGTCACTTG;SOR=0.594;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=166;TCF=106;TCR=60;TR=89;WE=62763234;WS=62763216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,99:0.55:181
chr11	62766431	rs2276299	A	T	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1436;ReadPosRankSum=3.000;SC=GAATGGACACAGTTAACTGCA;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=123;TCR=87;TR=105;WE=62766439;WS=62766421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,112:0.48:231
chr11	62847453	rs7945121	T	C	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=67;PP=1575;SC=TCCTGCTTTATGTTTCTTGAA;SOR=1.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=27;TCR=68;TR=94;WE=62847461;WS=62847443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	62847562	rs7926818	G	T	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=5;PP=117;SC=TGTGCCTGAGGACAAGCTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=62847570;WS=62847552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	62848367	rs10897341	A	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=310;SC=TCCCCACTCAAGTGACAGCTA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=62848375;WS=62848357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	62848445	rs11231340	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=0.688;SC=TGGTTTCTGGAAGGAGGAGGA;SOR=0.634;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=18;WE=62848453;WS=62848435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr11	62848487	rs11231341	A	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=14;PP=714;SC=GGAAGACTCCATAGGAAATCC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=62848495;WS=62848477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr11	62848995	rs6591733	G	C	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=28;PP=1688;SC=TCAGAAATTTGTGTTTTGAAA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=84;WE=62849003;WS=62848985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	62850684	rs4963356	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-1.113;SC=GGGGTAACTACTTTCTTTCCT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=8;WE=62850692;WS=62850678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr11	62863518	rs7113279	A	G	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.918;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=67;PP=1920;ReadPosRankSum=1.404;SC=CGGAACAGGGAAAAAATGGAT;SOR=0.919;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=272;TCF=134;TCR=138;TR=122;WE=62863526;WS=62863507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,129:0.45:285
chr11	62871460	rs12283166	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=0.823;SC=ATCCACTTCTCCCAGTATATT;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=14;WE=62871468;WS=62871450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr11	62886246	.	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=0.419;SC=GTTTGCTTCTCAGGTGACACA;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=6;WE=62886254;WS=62886236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr11	62886319	rs948060	G	C	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=21;PP=1172;SC=CCAGGTGTCAGAATTTTCCTT;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=62886327;WS=62886309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	62886609	rs10897367	A	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=518;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TTCAAGGTCAATTCAAGACAT;SOR=0.653;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=33;WE=62886617;WS=62886599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr11	62886800	rs4963245	G	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=669;ReadPosRankSum=0.409;SC=ATGATCTTCCGTCCAACCCTA;SOR=0.463;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=41;WE=62886808;WS=62886790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr11	62902172	rs1939782	A	C	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=41;PP=2153;SC=GACCTCCCAGAAGTGACCCAG;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=62902180;WS=62902162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	62910849	rs1939749	T	C	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=43;PP=2284;SC=GGGCCTCTTATCTCAGTCACG;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=121;WE=62910857;WS=62910839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	62911079	rs1939748	G	C	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=75;PP=2965;SC=GTCAGACACAGTGTCATTGTC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=167;WE=62911087;WS=62911069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	62933774	rs2226866	C	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=-0.304;SC=ATCTGTGGAACCTAAATCCTA;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=32;WE=62933782;WS=62933764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr11	62951064	rs1525072	C	A	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=41;PP=2655;SC=ACCCATAACTCTACCTGTGTT;SOR=1.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=98;TCR=42;TR=139;WE=62951072;WS=62951054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	62984697	rs7949840	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=368;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CAAGGCTAGATAGAGGATCAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=21;WE=62984705;WS=62984687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr11	62984868	rs11231409	T	C	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1352;ReadPosRankSum=0.024;SC=AAAGCCAGGCTTCCCAGGGTT;SOR=0.495;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=177;TCF=98;TCR=79;TR=84;WE=62984876;WS=62984858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,92:0.47:196
chr11	62985544	rs12417255	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=367;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAAAGATACACGCACTCACAT;SOR=0.536;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=22;WE=62985552;WS=62985534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr11	62995875	rs7106186	G	A	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=9;PP=1081;SC=TAGATGAAAAGTGTTTCATGA;SOR=2.226;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=53;WE=62995883;WS=62995865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	62996162	rs7126435	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=311;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CTGCATTACCTGATATTCACT;SOR=0.269;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=22;WE=62996170;WS=62996152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr11	63057925	rs1790218	G	A	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=59;PP=1567;ReadPosRankSum=1.092;SC=ATCCCCAGTGGCAGCTTCTTC;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=245;TCF=114;TCR=131;TR=116;WE=63057933;WS=63057915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,126:0.48:261
chr11	63064823	rs576641	T	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=44;PP=1425;ReadPosRankSum=2.191;SC=AGCTTGCCATTACTGACACCT;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=90;WE=63064831;WS=63064813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,99:0.49:202
chr11	63064970	rs575009	T	G	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=959;ReadPosRankSum=0.037;SC=TATGACCCTTTAATTTGACCT;SOR=0.737;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=144;TCF=78;TCR=66;TR=63;WE=63064978;WS=63064960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,65:0.44:149
chr11	63066903	rs515213	T	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=294;ReadPosRankSum=0.209;SC=AAAGGGAACATATTTCTCTTG;SOR=2.894;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=17;WE=63066911;WS=63066893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr11	63067138	rs513338	T	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=861;ReadPosRankSum=0.106;SC=CATTAAAAGTTTGGTGACATG;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=54;WE=63067146;WS=63067128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr11	63069715	rs557658	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=0.415;SC=ACTGACCAATAACTGCCTGGG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=63069723;WS=63069705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr11	63072310	rs1201559	C	T	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=54;PP=1345;ReadPosRankSum=0.145;SC=TTCCTCCTACCAGAAACCAAG;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=221;TCF=103;TCR=118;TR=101;WE=63072318;WS=63072300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,110:0.45:243
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chr11	63129876	rs516763	T	G	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=71;PP=2965;SC=CTGCTCAATGTCTGCTCATCA;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=102;TCR=71;TR=172;WE=63129884;WS=63129866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
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chr11	63175800	rs7109920	A	G	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=62;PP=1742;SC=AAAATAAATCATAACAGTCAT;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=84;WE=63175808;WS=63175779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	63176367	rs4088469	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=423;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TAAATAGCCCGGTTGCCCCTC;SOR=1.445;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=21;WE=63176375;WS=63176357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr11	63177203	rs61928015	G	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=752;ReadPosRankSum=0.245;SC=TAAAGAATGCGGGACTTACAT;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=45;WE=63177211;WS=63177193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr11	63177242	rs78795943	A	AT	2276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CATTTTTGTGATTTTTTGTTG;SOR=0.632;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=51;WE=63177250;WS=63177232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,94:0.48:197
chr11	63233710	rs2275999	A	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=724;ReadPosRankSum=0.470;SC=TCCACCGGCAAGGGCAGGTAC;SOR=0.669;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=53;WE=63233718;WS=63233700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
chr11	63256441	rs940611	C	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=685;ReadPosRankSum=1.020;SC=CTAACTACAGCCTTCTCCCTA;SOR=0.689;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=48;WE=63256449;WS=63256431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,56:0.44:128
chr11	63258298	rs116362768	C	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=466;ReadPosRankSum=-0.753;SC=TGAGGGTAACCGCCCGCTGGG;SOR=0.717;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=35;WE=63258306;WS=63258288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr11	63258416	rs10897424	T	C	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=31;PP=675;SC=GGCCCGGTACTGGCGGTTCGC;SOR=1.437;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=63258424;WS=63258406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	63274120	rs12272556	G	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=429;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CCCAGCACCTGCCCTGGGTTC;SOR=0.406;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=21;WE=63274128;WS=63274110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr11	63278621	rs2239679	C	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=694;ReadPosRankSum=-1.003;SC=GGGGGCGCAGCCTGGGTGAGC;SOR=0.190;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=38;WE=63278629;WS=63278611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr11	63283220	rs3740633	C	G	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1323;ReadPosRankSum=1.409;SC=TCCCTTCAGGCTGGAGCACAG;SOR=0.809;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=88;WE=63283228;WS=63283210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,89:0.53:168
chr11	63284035	rs3781604	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=1.198;SC=GGGAAGGCACAAGAGTGCAAA;SOR=1.421;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=63284043;WS=63284025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr11	63313644	rs584905	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=18;PP=1034;SC=AGGTTGAAGTTGGTGTGGCCA;SOR=1.571;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=55;WE=63313652;WS=63313634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	63357919	rs593759	C	T	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=73;PP=2054;SC=CCCAGCCGGGCATCTGCCCTT;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=27;TCR=73;TR=100;WE=63357927;WS=63357909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	63413962	rs147319344	AAAAT	A	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	63487386	rs542998	T	C	5194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.057;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.443;SC=GTGAAAGTGGTTTTACCTGAT;SOR=0.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=92;TCR=86;TR=176;WE=63487394;WS=63487376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr11	63585804	rs643634	C	A	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=71;PP=1755;ReadPosRankSum=0.191;SC=TAAAAGGAGCCGGCCCAGGGG;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=94;TCR=152;TR=115;WE=63585812;WS=63585794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,126:0.47:270
chr11	63636181	rs12792726	G	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GTCTGCCTGCGTTGTTGCTCC;SOR=0.495;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=16;WE=63636189;WS=63636171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr11	63657494	rs4980528	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TGAGACCCAGGGCCAAGCTGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=63657502;WS=63657484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	63668557	rs224174	C	T	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=61;PP=1770;SC=TGCTCCCCGCCCCATTCTCTG;SOR=2.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=80;WE=63668565;WS=63668547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	63670387	rs1486936	C	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TCGCTCCCAGCAGTAAATGCA;SOR=0.204;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=10;WE=63670395;WS=63670377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr11	63673603	rs10625190	CTG	CTGTG,C	279.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=15,15;PP=237,498;ReadPosRankSum=1.430;SC=GTTGAGCCCGCTGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=15,15;WE=63673614;WS=63673593;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.73:15
chr11	63676313	rs56263226	G	GC	716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.294;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=474;ReadPosRankSum=0.256;SC=GGGTGCCTCAGCCCCCCCGTG;SOR=0.283;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=21;WE=63676321;WS=63676303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr11	63680045	rs320109	C	A	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=62;PP=1867;ReadPosRankSum=0.255;SC=AATACCCCTTCGAACTAGTTA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=321;TCF=165;TCR=156;TR=129;WE=63680064;WS=63680035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,134:0.40:334
chr11	63680297	rs320110	A	G	10992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=215;NR=172;PP=2965;SC=CTCTGCCTCCAGAGAGAAACC;SOR=0.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=388;TCF=216;TCR=172;TR=387;WE=63680305;WS=63680287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr11	63681513	rs10897461	T	C	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=67;PP=2417;SC=CCGTGAGGCCTTCAGGGCTCA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=124;WE=63681521;WS=63681503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	63681648	rs4980533	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=486;ReadPosRankSum=-2.236;SC=GAGGCTGCCAGTGAAAGGAGA;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=36;WE=63681656;WS=63681638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr11	63682312	rs4375445	G	C	16889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr11	63682312	.	GAGCCTG	CAGGCTG,CAGGCTC	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=59.96;NF=160,158;NR=145,144;PP=2944,2934;QD=20;SC=AGGGGCAGCTGAGCCTGAGCT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=319;TCF=165;TCR=154;TR=305,302;WE=63682327;WS=63682302;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:319
chr11	63682315	rs34212439	C	G	17078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.54;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr11	63682317	rs113350066	TG	T	5807.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=71;PP=2971;ReadPosRankSum=2.248;SC=CAGCTGAGCCTGAGCTGCCCC;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=33;TCR=150;TR=86;WE=63682327;WS=63682302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,172:0.47:365
chr11	63682318	rs11231638	G	C	6589.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.05;ReadPosRankSum=-2.334;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,193:0.53:365
chr11	63682319	rs57942405	A	C	5816.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=2.676;SC=GCTGAGCCTGAGCTGCCCCGG;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=327;TCF=167;TCR=160;TR=147;WE=63682327;WS=63682302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,172:0.47:368
chr11	63682869	rs3802941	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=0.302;SC=AGACCCAGACAGGAAGGCAGG;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=14;WE=63682877;WS=63682859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr11	63706441	rs28683669	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	63713239	rs3740636	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=124;ReadPosRankSum=0.450;SC=AGGGCCCTTCGATTCCTTAAA;SOR=0.616;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=14;WE=63713247;WS=63713229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr11	63713317	rs3740637	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=386;ReadPosRankSum=1.023;SC=TGCAGAGAAAGTCAAGCAAAG;SOR=0.719;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=29;WE=63713325;WS=63713307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr11	63714319	rs4980500	T	C	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=967;ReadPosRankSum=-1.457;SC=AGTCTCCCGTTGTGGGTCCCC;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=130;TCR=75;TR=81;WE=63714327;WS=63714309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,84:0.38:221
chr11	63720086	rs4980513	T	G	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=74;PP=2175;SC=CCTGGCGATGTTCCAGGCACT;SOR=1.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=104;WE=63720094;WS=63720076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	63767186	rs709594	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=526;ReadPosRankSum=-0.516;SC=CGGCAGCCTGACTGGCGCTGG;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=35;WE=63767194;WS=63767176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr11	63767249	rs11600062	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.116;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=2.147;SC=CGGGGGGCGACGGGGTCAGAC;SOR=0.301;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=25;WE=63767257;WS=63767229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr11	63769144	rs539432	C	G	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=904;ReadPosRankSum=-0.734;SC=ACGCTGAGAACGGCTCAGGCC;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=61;WE=63769152;WS=63769134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,64:0.44:144
chr11	63883985	rs614397	T	C	5227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TCCCTGATGATGCCACCACCC;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=518;TCF=282;TCR=236;TR=250;WE=63883993;WS=63883975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,257:0.48:539
chr11	63884027	rs614035	C	T	4649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.865;SC=TCAACAACGCCGGCATCCCCC;SOR=0.520;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=442;TCF=210;TCR=232;TR=218;WE=63884035;WS=63884017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,220:0.48:457
chr11	63885632	rs4379854	A	G	10183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=1.135;SC=GCGCCAAAGAAGAGTACGTGG;SOR=0.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=197;TCR=161;TR=356;WE=63885640;WS=63885622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr11	63885704	rs677447	C	T	4150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=102;PP=2417;ReadPosRankSum=-0.313;SC=CCATTGGCTACGGCACCACGC;SOR=0.636;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=393;TCF=173;TCR=220;TR=190;WE=63885712;WS=63885694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,204:0.49:415
chr11	63885769	rs688241	C	T	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1169;ReadPosRankSum=1.121;SC=ACATGATGCCCGCCCACCCGG;SOR=0.435;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=154;TCF=48;TCR=106;TR=78;WE=63885777;WS=63885759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,87:0.52:168
chr11	63963378	rs2701539	T	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=368;ReadPosRankSum=-1.744;SC=TGATTGACCATGATTATTATG;SOR=0.520;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=19;WE=63963386;WS=63963368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr11	63964657	rs2236648	C	T	117.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=0.674;SC=ATGTTAGTTGCATTTCAGAAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=63964665;WS=63964653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	63967770	rs11231722	C	G	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1322;ReadPosRankSum=-1.560;SC=CTCAAGGTGACGAGACCTGTG;SOR=0.625;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=93;WE=63967778;WS=63967760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,100:0.53:189
chr11	63970625	rs2070232	G	A	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=39;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.208;SC=AAGCCGCTGCGCTGGAAGCGA;SOR=0.488;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=213;TCF=131;TCR=82;TR=93;WE=63970633;WS=63970615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,101:0.45:225
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chr11	63988340	rs1544538	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=0.157;SC=GCAGCCTGGCGCAGTGCAGAT;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=11;WE=63988348;WS=63988330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr11	63990505	rs78324705	C	G	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=1079;ReadPosRankSum=-1.156;SC=CTCACTCTCTCTCCCTGGGGG;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=106;TCR=59;TR=72;WE=63990513;WS=63990495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,72:0.43:167
chr11	63990996	rs5792315	AC	A	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.226;NF=2;NR=15;PP=544;ReadPosRankSum=-1.317;SC=CCTGCTCACCACCCTGTCACA;SOR=1.005;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=17;WE=63991004;WS=63990986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr11	63993287	rs11549691	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=577;ReadPosRankSum=-0.614;SC=GCCCTTCTACCCCTGGACCCT;SOR=0.672;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=44;WE=63993295;WS=63993277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr11	63994692	rs1860368	T	C	11818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	63994696	rs2429456	T	C	11768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr11	63995302	rs2429455	C	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=347;SC=AATTCTAGCCCTCAGTACCCT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=63995310;WS=63995292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	63997329	rs633561	A	G	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.79;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	63997338	rs633557	T	C	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	63997882	rs11311686	AT	A	1259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.680;HP=13;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=420;ReadPosRankSum=-0.557;SC=GTCTCCACCGATTTTTTTTTT;SOR=0.061;Source=Platypus;TR=42;WE=63997891;WS=63997872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,61:0.94:65
chr11	63999529	rs3741403	C	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=980;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GCATCTCTGGCGGGTGCCACA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=30;TCR=81;TR=60;WE=63999547;WS=63999519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr11	64002238	rs7482791	T	C	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=143;SC=GCTCTGGCTGTCGCCGCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=64002246;WS=64002228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	64004557	rs67110559	AAGAGAGAGAGAGAGAG	A,AAGAGAGAG	600.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=9,9;NR=3,3;PP=590,2153;SC=CACAGTCTCAAAGAGAGAGAG;SOR=2.448;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=12,12;WE=64004580;WS=64004547;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.53,0.47:17
chr11	64011441	rs654573	T	C	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=69;PP=1604;SC=CCCCTACAGGTGGTGCAACCC;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=103;WE=64011449;WS=64011431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	64012225	rs605187	G	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=5;PP=858;SC=GTCGGGGACCGTCACTTCTTC;SOR=3.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=64012233;WS=64012215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	64012910	rs60031276	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.388;SC=GGAGGAAAACAGATCAGGCCC;SOR=0.631;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=6;WE=64012918;WS=64012900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	64012949	rs57467371	TG	T	142.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=71;SC=CAAAGCGGGGTGGGGGGGGGA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=64012957;WS=64012939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	64022459	rs632439	A	G	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	64024056	rs588177	C	A	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1484;ReadPosRankSum=0.959;SC=CAGGTGGGACCCCAGCTGACC;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=97;TCR=73;TR=90;WE=64024064;WS=64024046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,93:0.53:175
chr11	64026144	rs2244625	G	A	5362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.189;SC=TCAAGACCTCGCCCTACCCCG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=408;TCF=201;TCR=207;TR=238;WE=64026157;WS=64026134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,254:0.58:435
chr11	64026219	rs2244621	C	T	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=49;PP=1180;ReadPosRankSum=-1.157;SC=CCCCATGGACCGGGGGACAGT;SOR=0.726;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=206;TCF=90;TCR=116;TR=85;WE=64026227;WS=64026209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,90:0.41:220
chr11	64027468	rs28395878	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=0.670;SC=TGTGTGGTCCTGACCCCTCAC;SOR=0.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=9;WE=64027476;WS=64027458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr11	64030944	rs2510067	T	C	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=837;ReadPosRankSum=1.349;SC=GTCAGCCCTGTGGCTCAGCTC;SOR=0.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=52;WE=64030952;WS=64030934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr11	64033748	rs28395880	T	C	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=903;ReadPosRankSum=0.527;SC=TCTGTGCTTCTGCCGCTGACC;SOR=0.530;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=164;TCF=60;TCR=104;TR=74;WE=64033756;WS=64033738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,82:0.45:183
chr11	64052306	rs652611	T	G	8598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=195;PP=2965;SC=CTCGTCCGCATCCTTTTTCCT;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=314;TCF=119;TCR=195;TR=313;WE=64052314;WS=64052296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr11	64066859	rs2232417	G	A	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=1;PP=968;SC=GGACTGGCACGGTGACAGCGC;SOR=4.849;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=40;WE=64066867;WS=64066849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	64066999	rs953778	C	T	6494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=60.03;MQRankSum=-1.391;NF=171;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.332;SC=AAGGCTCAGCCGCCTTCCCCG;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=599;TCF=335;TCR=264;TR=298;WE=64067010;WS=64066989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,309:0.49:628
chr11	64082437	rs650008	C	T	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=36;PP=1436;SC=CTCTGGTGCGCTTGCTCAGCC;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=71;WE=64082445;WS=64082427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	64085063	rs4930698	G	C	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=94;PP=1954;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CCTCACTTCCGGGGATGCTCC;SOR=0.917;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=321;TCF=139;TCR=182;TR=157;WE=64085082;WS=64085053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,165:0.49:336
chr11	64085074	rs550819	T	A	7859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=166;PP=2965;SC=GGGATGCTCCTCTCGATGCTA;SOR=1.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=117;TCR=167;TR=283;WE=64085082;WS=64085053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr11	64085785	rs7938623	A	G	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=32;PP=1649;SC=GCAAGACGGTACAGTGAAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=90;WE=64085793;WS=64085775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	64085938	rs7941847	T	C	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=58;PP=1955;SC=AGAGTATCGCTTTATTTCCTG;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=103;WE=64085946;WS=64085928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	64088435	rs566049	A	G	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=54;PP=2104;SC=GGGGGCCCTTAGCCTCTTCAA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=64088443;WS=64088425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	64107735	rs663743	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=-0.748;SC=ACCCCGACCCGGGCATGGAGG;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=25;WE=64107743;WS=64107725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr11	64109118	rs647152	T	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=815;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CTGGGCCAGATCCTGGGGAGC;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=52;WE=64109126;WS=64109108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr11	64110348	rs11602301	T	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	64110422	rs11601860	A	T	77.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9986;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=84;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CATGGACAGAAGGGCGGGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=5;WE=64110430;WS=64110412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr11	64110668	rs574835	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=314;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GGGTGCTCTCGGGGGTGCTGG;SOR=0.439;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=16;WE=64110676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr11	64110683	rs479552	G	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=487;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TGCTGGAGGCGTCCAAGGCGC;SOR=0.598;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=22;WE=64110691;WS=64110673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr11	64110954	rs61354326	TG	T	4756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.522;NF=19;NR=77;PP=2948;ReadPosRankSum=0.657;SC=GTGGAGGGCTTGTCTGACCCT;SOR=0.774;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=197;TCF=33;TCR=164;TR=96;WE=64110962;WS=64110944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,143:0.47:307
chr11	64111928	rs685870	T	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=711;ReadPosRankSum=0.462;SC=GCCTGAGGCCTGGGGGTTGAG;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=53;WE=64111936;WS=64111918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr11	64116843	rs1318165	A	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=905;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GAGTTGGGGGACCGGCTGGAG;SOR=0.422;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=64116851;WS=64116833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr11	64117284	rs4930155	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-1.891;SC=GGGCCTGTTGGAGAGAGCACT;SOR=0.836;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=12;WE=64117292;WS=64117274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr11	64117315	.	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCAGGTGGCCGTGTTGACTTA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=64117323;WS=64117305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr11	64118422	rs614047	G	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=651;SC=CTGCCGCAGAGAGACAGAAGT;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=64118430;WS=64118420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	64120435	rs489419	T	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.51;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	64120435	.	TC	CC,CT	292	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=20,9;NR=15,6;PP=292,118;QD=9.33632035849;SC=TGGGGTCCTGTCTGGCCTCCC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=35,15;WE=64120444;WS=64120425;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.92:38
chr11	64120436	.	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.33;ReadPosRankSum=-0.538;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr11	64120451	rs61886887	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=262;ReadPosRankSum=1.064;SC=CTCCCCTCCCCGGCATAACTT;SOR=0.540;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=17;WE=64120459;WS=64120441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr11	64124515	rs612448	T	C	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=37;PP=1170;ReadPosRankSum=1.565;SC=CTCTAGGCCCTGAGGTACAGG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=181;TCF=110;TCR=71;TR=95;WE=64124523;WS=64124505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,97:0.51:189
chr11	64124622	rs61886888	G	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=968;ReadPosRankSum=-0.075;SC=GAGTGTCAGCGGAGGCCCCAG;SOR=1.049;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=151;TCF=62;TCR=89;TR=67;WE=64124634;WS=64124612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,69:0.45:154
chr11	64124823	rs519763	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=561;ReadPosRankSum=0.981;SC=GTGGCTCCCGCTGAGGCAGCG;SOR=0.515;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=39;WE=64124831;WS=64124813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr11	64124940	rs600377	T	G	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=859;ReadPosRankSum=0.084;SC=GACTGTGGCCTGGGCTGATCT;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=60;WE=64124948;WS=64124930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,62:0.43:143
chr11	64124980	rs542907	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr11	64127744	rs521950	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=319;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CCAAGACGCAAGAGCACACGC;SOR=0.507;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=17;WE=64127752;WS=64127734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr11	64127881	rs564687	T	G	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=74;PP=2965;SC=CCCAACGGGGTTGGGGTGGCT;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=100;TCR=74;TR=174;WE=64127889;WS=64127871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	64135435	rs508168	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=184;ReadPosRankSum=0.396;SC=ATAAAACCAGGTGGAATAAAA;SOR=0.141;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=13;WE=64135443;WS=64135427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr11	64135541	rs3217512	GTC	G	3686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=1.010;NF=29;NR=36;PP=2726;ReadPosRankSum=-0.264;SC=CCCCACCAGAGTCTCCTCACC;SOR=0.571;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=65;WE=64135550;WS=64135531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,97:0.50:194
chr11	64136877	rs11606015	C	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.612;NF=10;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=0.337;SC=GGCTTGCCGCCGTGGGTGGGT;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=10;WE=64136885;WS=64136867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr11	64137875	rs11606081	T	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=641;ReadPosRankSum=-1.759;SC=CTGGAGGTCATAGACCATGGT;SOR=0.789;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=38;WE=64137883;WS=64137865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr11	64138805	rs11542299	T	C	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=63;PP=1256;ReadPosRankSum=1.401;SC=GCGTGGAGAATGCACCCCTGG;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=294;TCF=144;TCR=150;TR=128;WE=64138813;WS=64138795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,133:0.44:304
chr11	64138905	rs17857342	T	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.674;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=452;ReadPosRankSum=-0.647;SC=CCCCGTCGCCTCCAAAGGGGC;SOR=1.790;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=26;WE=64138913;WS=64138895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr11	64359286	rs3825016	C	T	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;ReadPosRankSum=0.731;SC=AGAGGCCCCACCAGTGCCGCC;SOR=1.059;Source=Platypus;TCF=66;WE=64359294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,82:0.50:163
chr11	64360274	rs11231825	T	C	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=70;PP=1614;ReadPosRankSum=0.318;SC=GTGACTCTCATGCTCTGAAGC;SOR=0.674;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=345;TCF=179;TCR=166;TR=149;WE=64360282;WS=64360264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,156:0.44:358
chr11	64361384	rs2021860	G	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TAGAGGCCAGGGGTGCATGGG;SOR=1.302;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=20;WE=64361392;WS=64361374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr11	64365943	rs1529909	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=1.783;SC=GGCCAGGCACTGGGGGCCACA;SOR=2.093;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=11;WE=64365951;WS=64365933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	64367325	rs1630320	A	G	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=73;PP=2311;SC=TGTTGCTGGCAGGGCTCTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=39;TCR=73;TR=110;WE=64367333;WS=64367315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	64387932	rs2277311	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=504;ReadPosRankSum=2.401;SC=ACGGTGGCACGGGGGATGCCC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=34;WE=64387940;WS=64387922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr11	64418900	rs526338	G	A	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=38;PP=1462;ReadPosRankSum=1.085;SC=GATCGGCCACGATGGCACGCA;SOR=0.666;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=200;TCF=123;TCR=77;TR=102;WE=64418908;WS=64418890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,112:0.52:216
chr11	64480308	rs2666560	C	T	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=448;SC=AGCCCTGGAGCGCTCGCACCC;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=64480316;WS=64480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	64480641	rs2518907	G	A	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=2.583;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,87:0.58:150
chr11	64496357	rs2230414	G	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=259;ReadPosRankSum=0.131;SC=AGCCTCGCCTGCCAGGGCGGG;SOR=1.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=15;WE=64496365;WS=64496347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr11	64496587	rs559977	T	C	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=51;PP=1412;SC=CGCAGGCTTGTGCCCCCCTAC;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=96;WE=64496595;WS=64496577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	64497161	rs534221	C	T	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;QD=24.62;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	64497185	rs34152691	C	CA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=9.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.013;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,17:0.16:107
chr11	64497189	rs533515	A	C	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=8.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.012;QD=18.32;ReadPosRankSum=1.195;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,89:0.81:110
chr11	64503179	rs553618	A	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=16;PP=541;SC=GAGGCAGGGGAAGCCCAGAGC;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=64503187;WS=64503169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	64503363	rs10897524	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=522;ReadPosRankSum=0.322;SC=AGAGGAGGGAGTACCCCCTCA;SOR=1.144;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=37;WE=64503371;WS=64503353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr11	64503496	rs556356	A	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=46;PP=1468;SC=CCCTGCCCACAGCCACAGAGC;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=64503504;WS=64503486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	64503543	rs33956572	CT	C	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.974;NF=0;NR=15;PP=561;ReadPosRankSum=1.430;SC=CACAGCTCAGCTCAGAGCTCG;SOR=0.906;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=15;WE=64503551;WS=64503533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr11	64507315	rs550930	T	C	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=86;PP=2256;SC=AGCACCTTGCTGGCCTCTCCC;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=146;WE=64507323;WS=64507305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	64507680	rs547280	A	C	11517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=210;NR=192;PP=2965;SC=CATGCGCATGACTCGTGGCCC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=403;TCF=211;TCR=192;TR=402;WE=64507688;WS=64507670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr11	64507799	rs546323	G	C	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=110;PP=2965;SC=CATCTCCCCCGACCCCGTCAT;SOR=1.431;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=62;TCR=110;TR=172;WE=64507807;WS=64507789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	64510898	rs2904961	C	T	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=30;PP=1268;SC=GGCGTCCTGCCCGCCTCGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=64510906;WS=64510888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	64511050	rs2073797	G	C	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=851;ReadPosRankSum=-1.392;SC=CGGGAAGCCTGAGCCTGGGAA;SOR=0.693;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=54;WE=64511058;WS=64511040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr11	64514506	rs569602	A	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=697;ReadPosRankSum=1.109;SC=GGGGGCTAGGATAAGTTCTAT;SOR=1.199;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=47;WE=64514514;WS=64514496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,49:0.43:114
chr11	64519062	rs532747	T	C	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=48;PP=1632;ReadPosRankSum=1.250;SC=GGAGCCTGGCTTCTCACCTTC;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=98;WE=64519083;WS=64519052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,102:0.50:203
chr11	64519345	rs686171	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=320;ReadPosRankSum=2.176;SC=GTACTATGCCGCAGGAACACG;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=20;WE=64519353;WS=64519335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr11	64520942	rs2959652	G	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=576;ReadPosRankSum=-0.590;SC=ACAGAGGCGTGGAGTGGGTGG;SOR=0.869;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=48;WE=64520950;WS=64520932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,50:0.47:107
chr11	64522066	rs625172	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=0.323;SC=CCCAGTCTCCACTCCCTTATC;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=15;WE=64522074;WS=64522056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr11	64525216	rs589691	C	T	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.773;SC=CCCTCCCCTTCTCTGGGCTCC;SOR=0.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=156;TCF=104;TCR=52;TR=79;WE=64525224;WS=64525206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,82:0.52:157
chr11	64525464	rs490980	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=355;ReadPosRankSum=0.761;SC=GGGTGGGGGCCGTGGGCCGGT;SOR=0.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=27;WE=64525472;WS=64525454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr11	64525644	rs489192	G	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTCGGACCTTGCCAGAGATGA;SOR=1.609;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=12;WE=64525652;WS=64525634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr11	64527080	rs477549	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=260;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GCCAGCTCCCTGGCAGCGCCT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=14;WE=64527088;WS=64527070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr11	64534502	rs71581802	AGGC	A	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=520;ReadPosRankSum=1.342;SC=GCCCACTGGGAGGCGGCGGCG;SOR=0.830;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=12;WE=64534512;WS=64534492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr11	64535357	rs575375	T	C	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=114;PP=2965;SC=TGCCTGCGCCTCCTAGTGGCA;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=91;TCR=114;TR=205;WE=64535365;WS=64535347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	64535849	rs561158	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=26;PP=802;SC=ATGGAAAGTTCTGAAGAATTC;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=64535857;WS=64535839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	64536866	rs484886	T	C	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=71;PP=2965;SC=AGGTTTCTGCTAGGAGGCTTC;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=140;WE=64536874;WS=64536856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	64543927	rs34514973	G	GT	911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.451;NF=15;NR=4;PP=727;ReadPosRankSum=-0.381;SC=AGAATAAATCGTAACAATCTC;SOR=1.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=19;WE=64543935;WS=64543917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr11	64544135	rs474707	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=712;ReadPosRankSum=-1.488;SC=GATGTAAATACAAGTAGTTAT;SOR=0.886;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=52;WE=64544143;WS=64544125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,55:0.43:129
chr11	64559898	rs10897526	T	C	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=66;PP=1858;ReadPosRankSum=0.233;SC=AAAGCGCCTGTAGGGGTGATA;SOR=0.728;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=249;TCF=107;TCR=142;TR=111;WE=64559906;WS=64559888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,110:0.45:247
chr11	64563934	rs483544	A	G	8850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=140;PP=2965;SC=GCCCCTGCGGACCCTGCCTCC;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=161;TCR=140;TR=299;WE=64563942;WS=64563924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr11	64567047	rs3832792	GCA	G	4411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=57;PP=2976;ReadPosRankSum=2.294;SC=CCCAAAATCTGCACACACACA;SOR=0.742;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=197;TCF=49;TCR=148;TR=83;WE=64567056;WS=64567029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,132:0.44:301
chr11	64569000	rs1143937	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=463;ReadPosRankSum=-0.681;SC=CCAGGGTAGCCGGGGAGGGTC;SOR=1.148;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=26;WE=64569008;WS=64568990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr11	64572018	rs2959656	T	C	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=80;PP=2298;SC=GGTGATGCTGTGGGTGCTGGC;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=143;WE=64572026;WS=64572008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	64572557	rs540012	A	G	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=55;PP=1973;SC=CCCAGCCCACATGCAGCACAG;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=119;WE=64572565;WS=64572547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	64572602	rs2071313	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=525;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TGCAGATGCCGTCGTAGAATC;SOR=0.657;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=45;WE=64572610;WS=64572592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,49:0.37:133
chr11	64573589	rs669976	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=242;ReadPosRankSum=-0.271;SC=GCCTAGGGACTGGATGGAAAG;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=13;WE=64573597;WS=64573584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr11	64577147	rs61736636	G	A	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=1310;ReadPosRankSum=-1.134;SC=CTGTGATGAAGCTGAAGAGGG;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=172;TCF=107;TCR=65;TR=88;WE=64577155;WS=64577137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,97:0.52:185
chr11	64591972	rs10792447	T	C	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1209;ReadPosRankSum=0.983;SC=ATTCAGGGGATAGGGGGAGGC;SOR=0.445;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=88;WE=64591980;WS=64591962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,93:0.48:195
chr11	64594490	rs646709	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=291;SC=AGCCTCACCAAAGTGGCTTGT;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=64594498;WS=64594480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	64596916	rs10897529	C	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=828;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TGCCTGGCCCCCCTGCCAAGC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=39;WE=64596924;WS=64596906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr11	64597205	rs7936466	G	T	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ATAGCCGGTCGCCCAGCAGCC;SOR=0.517;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=87;WE=64597213;WS=64597195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,95:0.51:187
chr11	64597506	rs3741395	T	C	2512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1521;ReadPosRankSum=0.164;SC=CAAGGTCAGCTGCTGCACGCG;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=97;TCR=124;TR=106;WE=64597514;WS=64597496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,118:0.50:236
chr11	64597574	rs12790925	G	A	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=49;PP=1526;ReadPosRankSum=1.429;SC=AGTGTCACTGGCAGGTGGTTG;SOR=0.634;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=109;WE=64597582;WS=64597564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,116:0.47:246
chr11	64598944	rs684071	A	G	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=59;PP=2965;SC=CGCAGGCCTGAACTGCTTCCT;SOR=1.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=112;TCR=59;TR=171;WE=64598952;WS=64598934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	64601933	rs7933683	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=-1.755;SC=CCTGCACCTGTGTCAGCCGCT;SOR=0.742;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=25;WE=64601941;WS=64601923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr11	64602757	rs561895	T	C	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=40;PP=1663;ReadPosRankSum=0.139;SC=TGCCCACCCCTCAACTGGCTC;SOR=0.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=128;TCR=77;TR=106;WE=64602765;WS=64602747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,118:0.53:224
chr11	64602782	rs11605623	C	T	3380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=66;PP=2168;ReadPosRankSum=-0.924;SC=TTGCCTTGTCCGTCTGTTGTA;SOR=0.580;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=308;TCF=183;TCR=125;TR=152;WE=64602790;WS=64602772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,162:0.48:338
chr11	64603844	rs138577794	A	ACTCACCCAC	2429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=6.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.79;MQRankSum=2.600;QD=25.31;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr11	64604178	.	T	C	242	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;FR=1.0000;HP=16;HapScore=4;MMLQ=24;MQ=61.64;NF=2;NR=7;PP=242;QD=30.7523569497;SC=GACTCAGCCCTGGGGGGGGGG;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=9;WE=64604190;WS=64604168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,9:0.60:15
chr11	64605689	rs541525	A	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=6;PP=194;SC=CCCGAGGCCCAAGGCCCAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=64605697;WS=64605679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	64606765	rs676977	T	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=41;PP=1298;SC=GACTGCTGGCTCCTCGCGATG;SOR=2.187;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=57;WE=64606773;WS=64606755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	64606910	rs142726755	C	CCTGCTCCCA	1360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=1965;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GCTTGGCCCGCCTTGTATCCC;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=11;WE=64606918;WS=64606900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr11	64621856	rs3897618	A	G	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=47;PP=2485;SC=GCAGGTCGGCAGGCAGCTCGT;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=88;TCR=47;TR=135;WE=64621864;WS=64621846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	64622869	rs10897533	G	C	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=675;ReadPosRankSum=0.801;SC=AGATCTCTCCGAGGTTGTTCA;SOR=0.850;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=44;WE=64622877;WS=64622859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr11	64627812	rs71581707	G	C	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=54;PP=1106;ReadPosRankSum=-1.363;SC=TCATAGCCTGGGGGGAAGAGA;SOR=0.499;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=69;TCR=99;TR=93;WE=64627820;WS=64627802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,97:0.54:181
chr11	64645871	rs1211284	A	G	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=76;PP=1935;ReadPosRankSum=-1.127;SC=GCAGCCCCTCAGCCACCGTCT;SOR=0.801;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=258;TCF=120;TCR=138;TR=139;WE=64645879;WS=64645861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,153:0.54:284
chr11	64646034	rs12801172	G	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GCAGGGAATCGGGAGCGACCC;SOR=0.387;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=12;WE=64646042;WS=64646024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr11	64656757	rs7944276	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.505;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr11	64664774	rs658006	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=328;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AGAGGAGAAACTGAGGCCCTG;SOR=0.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=27;WE=64664782;WS=64664764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr11	64669417	rs682673	T	C	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=22;PP=2643;ReadPosRankSum=-1.031;SC=AACTGGTCCATCCCTCCCACC;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=95;TCR=22;TR=115;WE=64669425;WS=64669407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr11	64674676	rs34944753	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTGCTCTGCCGCCAATGGGAG;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=64674684;WS=64674666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr11	64677293	rs656195	G	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=35;PP=1155;SC=CCAGGGGTCCGGCTCAGGCCG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=64677301;WS=64677283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	64678920	rs638583	T	C	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=213;SC=AGACCAGGCCTTCTGCCCAGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=64678928;WS=64678910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	64680407	rs594820	G	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=2;PP=530;SC=AGTAAATCCCGCACTTGACAT;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=64680415;WS=64680397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	64680819	rs618006	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=1.904;SC=GCTGATGCACGTCCACCGGCG;SOR=0.724;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=13;WE=64680827;WS=64680809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr11	64693086	.	G	GCC	149	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=10;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=4;NR=11;PP=149;QD=10.7333333333;SC=CTGTGGTTGTGCCCCCCCCCC;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=15;WE=64693094;WS=64693076;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr11	64695185	.	GA	G	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=1.853;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr11	64700767	rs675090	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=378;ReadPosRankSum=0.853;SC=GCAGGGAGGAGTCAGACCCCC;SOR=0.040;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=26;WE=64700775;WS=64700757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr11	64702200	rs673995	C	T	3036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=58;PP=1846;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CCCACCAGAACGTCAAGCCCT;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=171;TCR=123;TR=140;WE=64702208;WS=64702190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,148:0.48:310
chr11	64702765	rs2307669	C	CTCTG	643.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=572;ReadPosRankSum=0.471;SC=CCACCGTCCACTCAGCTCTTT;SOR=1.150;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=11;WE=64702773;WS=64702755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr11	64703083	.	TTG	T	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=67;QD=36.5;SC=GTATCTGCCTTTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=2;WE=64703092;WS=64703073;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr11	64707978	rs586616	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=283;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GCTGCTCTACATATCAGAGAA;SOR=0.580;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=28;WE=64707986;WS=64707968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr11	64713485	rs596321	T	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=1.266;SC=ACCGGAATCCTGACTTGTAAC;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=64713493;WS=64713475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr11	64714793	rs373891467	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=334;ReadPosRankSum=-1.303;SC=CAGTAATAGCTGGCAAAGCCT;SOR=0.489;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=23;WE=64714801;WS=64714783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr11	64718050	rs138174447	TTTTC	T	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.228;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.505;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr11	64721908	rs495330	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GTTTCCCAGAGCCCTGGAAGG;SOR=1.204;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=11;WE=64721916;WS=64721898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr11	64726701	rs602404	A	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=418;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GGTGAAGGTAAAGAAGAGGTG;SOR=1.079;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=29;WE=64726709;WS=64726691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr11	64757504	rs574381	G	C	4992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.730;SC=TCCGCCTGCTGTCATCCCACC;SOR=0.573;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=433;TCF=191;TCR=242;TR=217;WE=64757512;WS=64757494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,230:0.50:456
chr11	64761779	rs626670	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=0.426;SC=AGCCACAGGATCCTTTTCTCA;SOR=0.275;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=14;WE=64761787;WS=64761769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr11	64794918	rs3832791	T	TG	680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=620;ReadPosRankSum=-0.125;SC=AGCGCAGGCCTGGCGAGGCGG;SOR=0.850;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=18;WE=64794926;WS=64794908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr11	64799823	rs689361	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=393;ReadPosRankSum=-0.829;SC=TGATCCTCACGCCCCCTGGGG;SOR=0.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=28;WE=64799831;WS=64799813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr11	64799841	rs533164	A	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=549;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GGGGCAGGCTAGGCATGGGGG;SOR=0.686;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=32;WE=64799849;WS=64799831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr11	64799891	rs533301	T	C	2979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,81:0.42:193
chr11	64799894	rs678614	A	C	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,83:0.42:199
chr11	64803206	rs561524	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=289;ReadPosRankSum=0.016;SC=GGCAGAGCCCCACTAGCCTGC;SOR=1.358;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=64803214;WS=64803196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr11	64806270	rs542175	C	T	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=701;ReadPosRankSum=0.507;SC=GCTATCGAGACGGCGTGCACG;SOR=0.459;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=59;WE=64806278;WS=64806260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,65:0.54:121
chr11	64807005	rs34589041	T	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=289;ReadPosRankSum=0.079;SC=GGCCTCAGTTTTCTTATTTGT;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=21;WE=64807013;WS=64806995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr11	64807136	rs2670910	G	A	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.005;SC=AGGTGCCTCAGCTGAGCATTC;SOR=0.650;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=93;WE=64807144;WS=64807126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,101:0.64:159
chr11	64807235	rs495820	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=433;ReadPosRankSum=-2.045;SC=GGAGATCCTGCGCCTGCACCT;SOR=1.265;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=36;WE=64807243;WS=64807225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr11	64807278	rs495935	A	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=8.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.152;SOR=1.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
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chr11	64808681	rs34998502	AC	A	393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=1.261;SC=GCCGCTCCCCACCCCCCGGCC;SOR=0.832;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=8;WE=64808689;WS=64808671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
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chr11	64809090	rs12271134	T	G	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=34;PP=1136;SC=CGAGCTGTGCTCCTGGACCTG;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=64809098;WS=64809080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr11	64809167	rs10792456	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=17;PP=627;SC=CACGCTGCTGACCGTAGTGGC;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=64809175;WS=64809157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	64812857	rs35124799	G	A	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CTGTGTCCCTGGCCCTGGAGC;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=94;WE=64812865;WS=64812847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,100:0.57:175
chr11	64813433	rs376296923	A	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=487;ReadPosRankSum=0.077;SC=CCAGCAGCCCAGCTACCAGCC;SOR=1.099;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=34;WE=64813441;WS=64813423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr11	64834432	rs573957	T	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=30;PP=827;SC=CACCTCCTGCTTCAGCCACCT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=64834440;WS=64834422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	64835415	rs3850946	C	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=434;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GGAGAAACACCATCCACCTCC;SOR=1.005;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=27;WE=64835423;WS=64835405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr11	64835463	rs149675910	ACT	A	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,25:0.26:96
chr11	64836207	rs12362669	C	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=226;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GCAAGCCAGACCCCCTCAAAG;SOR=1.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=13;WE=64836215;WS=64836197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr11	64851453	rs35819335	CT	C	5321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=96;PP=2948;ReadPosRankSum=0.585;SC=CCAGACATAACTTAGGCTCCG;SOR=1.088;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=231;TCF=33;TCR=198;TR=106;WE=64851461;WS=64851443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,172:0.48:360
chr11	64856500	rs525781	A	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=48;PP=1416;SC=TCTTGCAGCCACATCTTGCCC;SOR=2.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=63;WE=64856508;WS=64856490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	64878661	rs625004	T	C	7228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=130;NR=118;PP=2965;SC=TATCCCTCCCTTCTTATCTGG;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=130;TCR=118;TR=248;WE=64878669;WS=64878651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr11	64880090	rs4930284	G	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=12;PP=483;SC=CGTCCCTGCCGGGGCTGGAGG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=64880098;WS=64880080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	64883864	rs1706937	A	G	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=976;ReadPosRankSum=0.367;SC=CTCAGAAACAAGCAACAGGGC;SOR=1.208;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=171;TCF=99;TCR=72;TR=64;WE=64883872;WS=64883854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,66:0.37:177
chr11	64884052	rs1546532	G	A	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CGCAGTCTAGGGCCAGGGGTG;SOR=0.635;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=161;TCF=94;TCR=67;TR=82;WE=64884060;WS=64884042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,82:0.51:160
chr11	64889416	rs769440	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=255;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GGCTCACGTGGGGAAGGCCAG;SOR=1.345;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=20;WE=64889424;WS=64889406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr11	64897453	rs1206196	C	T	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=644;ReadPosRankSum=-1.053;SC=CAAGAAGAACCCAGAGAGTGG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=50;WE=64897461;WS=64897443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,58:0.41:142
chr11	64898357	rs11369296	G	GC	6545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.06;NF=44;NR=61;PP=2974;SC=TGGGGCCTGTGCCTGCTGTGC;SOR=0.929;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=105;WE=64898365;WS=64898347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	64948277	rs3953797	A	C	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=40;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CATCCACAACATGCAAGACTG;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=212;TCF=123;TCR=89;TR=98;WE=64948285;WS=64948267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,107:0.47:230
chr11	64948555	rs12422027	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=450;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TGGGGGAGAGAACAGGGATGT;SOR=0.578;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=25;WE=64948563;WS=64948545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr11	64950970	rs17583	C	T	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1167;ReadPosRankSum=-1.509;SC=TGGCGGCCATCGCCTCCCTCA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=121;TCR=80;TR=87;WE=64950978;WS=64950960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,93:0.43:218
chr11	64972286	rs10895991	G	C	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1334;ReadPosRankSum=-2.710;SC=CGCGAGCGCCGCTTCGGCCGC;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=217;TCF=104;TCR=113;TR=94;WE=64972294;WS=64972276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,98:0.42:232
chr11	64972354	rs2271450	A	T	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=67;PP=2209;SC=TCACCGGTGGATCTCACTGAG;SOR=1.311;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=114;WE=64972362;WS=64972344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	64977424	rs2271448	C	T	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=54;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CATGCAGGTGCGGGCCGGGCA;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=101;TCR=117;TR=99;WE=64977432;WS=64977414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,105:0.47:224
chr11	64977644	rs625750	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=369;ReadPosRankSum=-1.174;SC=AGGCCCTTGTCCCTGGGGTGC;SOR=0.384;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=24;WE=64977652;WS=64977634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr11	64977937	rs542380	A	G	6781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=145;PP=2965;SC=AGTGTCCCCAACTGCCTCCCA;SOR=1.355;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=87;TCR=145;TR=232;WE=64977945;WS=64977927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	64981472	rs239258	G	C	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=57;PP=1622;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AGAACTTCACGGCCGCTGTCC;SOR=0.668;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=277;TCF=160;TCR=117;TR=130;WE=64981488;WS=64981462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,138:0.46:302
chr11	64981522	rs11605576	C	A	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.583;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,144:0.50:290
chr11	64981587	rs11605632	G	A	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=54;PP=1272;ReadPosRankSum=-1.281;SC=TGGGGCCCCTGAGCCCTGCCG;SOR=1.047;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=196;TCF=81;TCR=115;TR=85;WE=64981595;WS=64981577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,88:0.43:205
chr11	64981837	rs12420456	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=363;ReadPosRankSum=0.116;SC=CGAGACCTGGCGCAGTCCGTC;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=32;WE=64981845;WS=64981827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr11	64981853	rs239259	G	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=283;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CCGTCTACATGGCCGGGGTGC;SOR=0.618;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=27;WE=64981861;WS=64981843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr11	64985220	.	C	G	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=16;MQ=59.42;NF=0;NR=5;PP=20;QD=10.9542425094;SC=AGGGCGGGGGCGGGGGGACAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=5;WE=64985228;WS=64985210;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr11	64990041	rs514076	G	C	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	64993195	rs10633296	C	CAGTA	3629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=41;PP=1940;SC=CTTCTGGAAACAGCAAAAGCC;SOR=1.694;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=43;WE=64993203;WS=64993185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	65000478	rs2904978	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=0.876;SC=CTTAGGAGACCGTGAAGGGGT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=8;WE=65000486;WS=65000468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr11	65000719	rs2904979	C	T	6425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=113;PP=2965;SC=ATCATCAACACCCCGGCCATG;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=104;TCR=114;TR=217;WE=65000727;WS=65000709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	65003810	rs75921540	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.820;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=660;ReadPosRankSum=-1.194;SC=GAGGCTCCACCCTTCTCCACT;SOR=1.508;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=15;WE=65003820;WS=65003800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr11	65003812	rs625427	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=1202;ReadPosRankSum=0.983;SC=GGCTCCACCCTTCTCCACTAC;SOR=0.271;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=30;WE=65003820;WS=65003800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr11	65003962	rs61743983	C	T	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=56;PP=1413;ReadPosRankSum=-0.347;SC=ACCTGTTTACCGGCGAGCTGT;SOR=0.588;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=263;TCF=143;TCR=120;TR=114;WE=65003970;WS=65003952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,120:0.42:285
chr11	65003983	rs61742143	G	C	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1362;ReadPosRankSum=-0.968;SC=ACCCCACGGAGATCAGGTGGG;SOR=0.800;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=242;TCF=122;TCR=120;TR=106;WE=65003991;WS=65003973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,112:0.43:263
chr11	65004301	rs2904982	G	T	9052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=167;PP=2965;SC=GGCCGTCTGCGTCCTGACCGA;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=151;TCR=167;TR=318;WE=65004309;WS=65004291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr11	65004386	rs56657874	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=671;ReadPosRankSum=0.284;SC=ACCAAGAGGCCGAAAGTTACA;SOR=1.105;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=122;TCF=38;TCR=84;TR=43;WE=65004394;WS=65004376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,50:0.38:132
chr11	65118971	rs620888	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=445;SC=TGATATTTCATAATATTTGAA;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=65118979;WS=65118961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	65144075	rs624307	T	C	10469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=198;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.280;SC=GACTTGATCATGTCTAAGGGC;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=398;TCF=198;TCR=200;TR=395;WE=65144095;WS=65144065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,403:1.00:405
chr11	65147862	rs573864	C	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=388;SC=GGACAAGGGACTAAGACCCCA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=65147870;WS=65147852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	65157094	rs739389	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-1.051;SC=GCTGGGGAGCCGCTGGCCACT;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=17;WE=65157102;WS=65157084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr11	65161328	rs4930154	T	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=527;SC=TGAAGCCCCATTGGGGGATGG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=65161336;WS=65161318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	65164085	.	G	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	65164114	rs7940559	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=2;PP=288;SC=CCCTCTGTCTGGTGCCTGGGT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=65164122;WS=65164104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	65164357	rs12417665	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=1.471;QD=11.52;ReadPosRankSum=-2.270;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr11	65178620	rs2957274	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=216;SC=GGAAGGAGCCGTCGCGCTGGA;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=65178628;WS=65178610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	65222952	rs1784858	T	C	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=72;PP=1567;ReadPosRankSum=-1.169;SC=AAGATAAGGTTGTGCTTCTGG;SOR=0.799;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=232;TCF=102;TCR=130;TR=126;WE=65222960;WS=65222942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,139:0.54:258
chr11	65271779	rs36002528	CT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=10.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=2.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
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chr11	65307402	rs11227217	C	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=595;ReadPosRankSum=2.055;SC=AGGAACCGCCCGCCTCCGCCC;SOR=0.502;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=48;WE=65307410;WS=65307392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr11	65308174	rs147365999	C	CGGGCGGGGCCTACAGGAG	781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=7.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.555;QD=16.63;ReadPosRankSum=2.389;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr11	65314814	rs66973976	CG	C	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.34;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr11	65314830	rs58621819	A	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.64;ReadPosRankSum=1.273;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr11	65320780	rs4244811	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=6.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr11	65325325	.	C	CCAGCAG	790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=8.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-1.641;QD=17.57;ReadPosRankSum=-2.081;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr11	65337251	rs1346	A	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=879;ReadPosRankSum=-0.092;SC=GGGCGGCTGGAAGCGCAATGC;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=99;TCR=48;TR=66;WE=65337259;WS=65337241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,73:0.46:158
chr11	65337714	rs1784220	GA	TT	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=299;ReadPosRankSum=1.237;SC=AGTTACCAAGGAGACGCTCCT;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=7;WE=65337723;WS=65337704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr11	65338034	rs1151496	A	G	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1103;ReadPosRankSum=0.490;SC=GAGGCAGCCCACTCCGGCAAG;SOR=0.802;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=167;TCF=96;TCR=71;TR=82;WE=65338042;WS=65338024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,92:0.51:181
chr11	65347297	.	CA	CAA,C	49	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5050,0.4949;HP=15;HapScore=3;MGOF=19;MMLQ=15;MQ=58.47;NF=4,4;NR=1,1;PP=49,14;QD=10.4;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5,5;WE=65347305;WS=65347287;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:11
chr11	65347636	rs1194100	G	C	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=44;PP=2147;SC=CCAAGTCCCAGTGAGGCTGCG;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=109;WE=65347644;WS=65347626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	65349063	rs3741380	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=924;ReadPosRankSum=1.223;SC=CCTCGGCTCCGGAAAGGCTCT;SOR=0.685;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=64;WE=65349071;WS=65349053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,66:0.53:124
chr11	65349756	rs6591182	T	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=217;ReadPosRankSum=1.763;SC=AGGCCCCAGGTGAGCAGCTGG;SOR=1.196;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=18;WE=65349764;WS=65349746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr11	65349849	rs1194099	A	T	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=21;PP=1055;SC=GGTTCAGGGGACCTGGAAACA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=65349857;WS=65349839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	65352062	rs2298615	C	T	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=670;ReadPosRankSum=1.690;SC=GCCAGGCTCTCAGTGTCAGAT;SOR=0.395;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=108;TCF=36;TCR=72;TR=45;WE=65352070;WS=65352052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr11	65357697	rs1151503	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=284;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GCATACATCTAGGGATCCCTT;SOR=0.628;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=15;WE=65357705;WS=65357687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr11	65359625	rs4261292	C	G	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=65;PP=1901;SC=CAGAGGGCTGCGTGTGGACCC;SOR=1.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=95;WE=65359633;WS=65359615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	65363275	rs3814752	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr11	65366192	rs7946115	G	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=437;ReadPosRankSum=-1.634;SC=GTTTCCCCATGTGCACAGTGA;SOR=0.277;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=32;WE=65366200;WS=65366182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr11	65366240	rs7932616	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=222;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TCCTGCTCCGTGGTGCCTCTG;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=17;WE=65366248;WS=65366230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr11	65366847	rs10791820	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=239;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TGAAGCAGGCCGGCTTCAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=21;WE=65366855;WS=65366837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr11	65366990	.	G	GGGGAAGGGGGCGGCTCGGTCGGGC	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.315;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	65367253	rs4326800	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=2.034;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr11	65373621	rs1151527	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=20;PP=546;SC=CAGGCTTCAGAGATAAACTTT;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=65373629;WS=65373611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	65380916	rs2004649	G	A	3876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=92;PP=2449;ReadPosRankSum=-1.183;SC=GGGGCGGGCCGCCACCCCGAG;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=146;TCR=179;TR=168;WE=65380924;WS=65380893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,180:0.52:349
chr11	65383755	rs58950470	G	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=219;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GTCCCGGGAGGGGGGGCGCGG;SOR=0.356;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=19;WE=65383763;WS=65383745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr11	65383896	rs7947140	G	C	11679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=223;NR=198;PP=2965;SC=ACCTCTATGTGTGGATCTTCC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=422;TCF=223;TCR=199;TR=421;WE=65383904;WS=65383886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
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chr11	65386206	rs1193851	C	G	3614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=77;PP=2326;ReadPosRankSum=2.702;SC=CCTGAGAGCTCCCGGGGTGCA;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=286;TCF=139;TCR=147;TR=153;WE=65386214;WS=65386196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,165:0.54:304
chr11	65387378	rs61744384	T	A	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=74;PP=1968;ReadPosRankSum=1.799;SC=CTGAGGGTGCTGTGCACTATT;SOR=0.803;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=269;TCF=122;TCR=147;TR=130;WE=65387386;WS=65387368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,135:0.48:280
chr11	65389631	rs1144789	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.151;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr11	65389890	rs11227241	G	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=399;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CTGGACCTTGGCTCCCCAGAC;SOR=0.580;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=27;WE=65389898;WS=65389880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr11	65392695	rs1205259	C	T	3063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=70;PP=2001;ReadPosRankSum=1.229;SC=TCTGTGGCCTCCTGGTGGCAC;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=258;TCF=131;TCR=127;TR=138;WE=65392703;WS=65392685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,144:0.53:270
chr11	65393686	.	G	A	3877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=81;PP=2438;ReadPosRankSum=-0.070;SC=CGTGTTGCCCGGCTGCGCTCT;SOR=0.656;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=312;TCF=162;TCR=150;TR=174;WE=65393694;WS=65393676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,183:0.56:329
chr11	65394322	rs10896024	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.110;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GGACTTCCTCAGGGAAGGCAG;SOR=2.215;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=15;WE=65394330;WS=65394312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr11	65412467	rs2306364	G	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=921;ReadPosRankSum=-0.707;SC=ACTGCCGGGCGGGCCAGGGCT;SOR=0.700;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=151;TCF=88;TCR=63;TR=71;WE=65412475;WS=65412457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,80:0.49:164
chr11	65415028	rs4930157	T	G	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=41;PP=1344;SC=GCGGCCAGACTCTGCCCAGCC;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=65415036;WS=65415018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	65423082	rs1144792	G	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=18;PP=808;SC=ATGGGGCCCAGGAGTCTTCAT;SOR=1.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=45;WE=65423090;WS=65423072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	65480090	rs2236682	G	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GGCCTGGAAAGGGGTGGCACT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=41;WE=65480098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr11	65480768	rs4244812	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=418;ReadPosRankSum=0.598;SC=CCCCTTCCCCATCCCACTGCC;SOR=1.956;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=25;WE=65480776;WS=65480758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr11	65480791	rs551115	A	G	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=16;PP=1580;SC=CCCCGCCCCAAAGGAAGACCC;SOR=2.173;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=72;WE=65480799;WS=65480781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	65481166	rs1151500	T	C	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.41;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	65481465	rs487264	T	G	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=158;SC=GGCAGAACATTGTTCAAATGA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=65481473;WS=65481455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	65484569	rs563427	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=1;NR=22;PP=603;SC=CTCTAGGGGAACCAGCCAGAA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=65484577;WS=65484559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	65487503	rs182000627	C	T	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=74;PP=2121;ReadPosRankSum=1.718;SC=GACGGAACTCCTCGTCTACTC;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=271;TCF=122;TCR=149;TR=132;WE=65487511;WS=65487493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,134:0.48:281
chr11	65546763	rs201041158	G	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=799;ReadPosRankSum=-1.734;SC=CTGGGCAGGAGACCACGGCAT;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=48;WE=65546771;WS=65546753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,50:0.41:122
chr11	65547075	rs367659364	G	A	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=609;ReadPosRankSum=1.851;SC=AGACCCCGCAGGGCCCAGCCC;SOR=0.541;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=46;WE=65547083;WS=65547065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr11	65548108	rs76925283	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=-0.626;SC=ACCCTCAGGCCGCAGCCACCG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=65548116;WS=65548098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr11	65554680	rs10896044	C	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=168;ReadPosRankSum=1.288;SC=GGTGGAACCGCCGCGCGCCGT;SOR=0.078;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=11;WE=65554688;WS=65554678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr11	65561468	rs644740	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=-0.933;SC=CTCTCTTCTCCACCAAGCCTC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=15;WE=65561476;WS=65561458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr11	65562257	rs2276133	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=813;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GCGGCCGTGCGGGAAAAGTCC;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=20;TCR=71;TR=43;WE=65562265;WS=65562247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr11	65562852	rs72922786	G	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=-0.716;SC=AGCCCCAAGAGCATCCAGGAT;SOR=0.204;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=14;WE=65562860;WS=65562842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr11	65601466	rs59416249	C	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=741;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CGGTCAGTTCCTCGGGCGAGT;SOR=0.485;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=37;WE=65601474;WS=65601456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr11	65617113	rs11327250	AG	A	4972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=68;PP=2969;SC=GGCCTCCCCCAGGGGGTGGTA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=103;WE=65617121;WS=65617103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	65623347	rs652021	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=989;ReadPosRankSum=-1.554;SC=AGGAGCCACAGAAGTTCCCAT;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=69;TCR=11;TR=45;WE=65623355;WS=65623337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr11	65623519	rs4621	G	A	3942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=94;PP=2470;ReadPosRankSum=1.914;SC=TGGCGTAGGGGTCGTCGACAG;SOR=0.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=364;TCF=171;TCR=193;TR=174;WE=65623527;WS=65623509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,187:0.48:386
chr11	65624934	rs7125986	A	C	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=-1.177;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,119:0.57:208
chr11	65628334	rs13817	G	A	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=920;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CGCAGCAGGCGCCGCACGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=120;TCF=85;TCR=35;TR=62;WE=65628342;WS=65628324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr11	65629932	rs659857	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
chr11	65629932	.	TCG	CCC	1166	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=59.76;NF=20;NR=11;PP=1166;QD=39.3376733827;SC=CTGGGAGTGCTCGACCCTGGC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=31;WE=65629942;WS=65629922;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:64,31:0.33:95
chr11	65629934	rs545500	G	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,38:0.35:108
chr11	65630098	rs3216088	T	TG	1006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=1787;ReadPosRankSum=2.513;SC=CTGTTGAGATTGGGGGGGGTG;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=11;TCR=72;TR=27;WE=65630109;WS=65630088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr11	65630101	rs633877	G	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.08;MQRankSum=-1.082;NF=30;NR=36;PP=1554;ReadPosRankSum=-1.153;SC=TTGAGATTGGGGGGGGTGGGC;SOR=0.700;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=66;WE=65630109;WS=65630088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr11	65630698	rs538394	T	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.812;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=0.145;SC=GGCAGAGGAGTGGGGAAAACA;SOR=0.193;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=19;WE=65630706;WS=65630688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr11	65631167	rs648732	C	T	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=41;PP=1649;ReadPosRankSum=1.525;SC=TGTGGGTGGCCCAGGAGACCA;SOR=0.952;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=245;TCF=142;TCR=103;TR=109;WE=65631175;WS=65631157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,112:0.45:249
chr11	65631642	rs116908055	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr11	65631879	rs630758	C	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.179;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr11	65631879	.	CCG	ACA	625	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=14;NR=2;PP=625;QD=42.4042421789;SC=GAACAGGGTCCCGGCACCATT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=16;WE=65631889;WS=65631869;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,16:0.43:37
chr11	65631881	rs630755	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=1.353;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr11	65631973	rs630303	G	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=899;ReadPosRankSum=-1.369;SC=CCTAGTTCCGGCTGAAGCGCT;SOR=0.504;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=70;WE=65631981;WS=65631963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,71:0.46:156
chr11	65632262	rs558114	G	T	3379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=82;PP=1963;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CCCTCTTGACGCGGGGCCTGC;SOR=0.615;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=319;TCF=140;TCR=179;TR=150;WE=65632270;WS=65632252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,167:0.48:347
chr11	65635559	rs594689	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=-0.596;SC=ACACAAATGAGCTCCTTGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=17;WE=65635567;WS=65635549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr11	65636053	rs601314	T	C	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=62;PP=1765;SC=GGCTCGTTGATGCAGCGGTAC;SOR=1.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=65636061;WS=65636043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	65637273	rs501630	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=444;ReadPosRankSum=-1.844;SC=GAGGCACGGCATAGCTAGGGC;SOR=1.642;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=29;WE=65637281;WS=65637263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr11	65637984	rs630394	C	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=693;ReadPosRankSum=-1.183;SC=GCCGGGACTACAGAAGCTGCT;SOR=0.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=43;WE=65637992;WS=65637974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr11	65638719	rs633800	G	A	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=891;ReadPosRankSum=0.273;SC=GTCCCTCGCCGTGTAGGTCGT;SOR=0.579;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=65;WE=65638727;WS=65638709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
chr11	65639374	rs2234458	C	T	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=20;PP=1683;SC=TGGGGCTGTCCCTTGGAAAGC;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=80;WE=65639382;WS=65639364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	65647260	rs658524	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=4;PP=566;SC=CTCCAGCCCCACCCTCACACC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=65647268;WS=65647250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	65647796	rs201535604	CT	C	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=4.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.486;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.130;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr11	65649774	rs604630	A	G	7191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=137;NR=122;PP=2965;SC=GAAGGTGGCCAGCGCCATCTC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=137;TCR=122;TR=259;WE=65649782;WS=65649764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	65649984	rs687672	T	C	7273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=135;NR=121;PP=2965;SC=ATTTTGTGGATGTCTCCGTGC;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=135;TCR=121;TR=256;WE=65649992;WS=65649974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	65650515	rs35461885	G	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=782;ReadPosRankSum=1.466;SC=ACATGCCAAGGGTCTGATGAT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=52;WE=65650523;WS=65650505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,53:0.46:114
chr11	65651830	rs658938	A	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=11;PP=921;SC=GCTGGGGCAAAGCCAAGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=65651838;WS=65651820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	65655259	rs2308217	G	GCC	6916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=62;PP=2977;SC=GTCTGGCGGGGCCTAGCAGGG;SOR=0.830;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=99;WE=65655267;WS=65655249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	65664346	rs637571	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=202;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CTGGCCGGGGTTGTGGGGGGC;SOR=0.352;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=19;WE=65664354;WS=65664336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr11	65667796	rs1058068	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr11	65684929	rs9667389	C	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=11;PP=1092;SC=ATTTGGCCCCCCTAGGTCAGT;SOR=2.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=45;WE=65684937;WS=65684919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	65685225	rs7947504	T	C	6301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=130;PP=2965;SC=CACCTGAAGCTGGCCTTCAAC;SOR=1.025;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=100;TCR=130;TR=230;WE=65685233;WS=65685215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	65713207	rs9795469	T	C	5725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=106;NR=95;PP=2897;SC=CCCGTCGGTGTGACCAGGGCA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=201;WE=65713215;WS=65713197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	65715747	.	T	TCATC	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.748;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.846;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	65727301	rs491973	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CCACAGGTCAATGGGGGTGAG;SOR=0.963;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=7;WE=65727309;WS=65727291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr11	65732651	rs550435	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=685;ReadPosRankSum=-1.180;SC=AGAAGCTGGCGGCTGCCAAGG;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=46;WE=65732659;WS=65732641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr11	65732800	rs552130	T	C	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1032;ReadPosRankSum=0.983;SC=GCATCACTTTTTCCCCTCTTC;SOR=0.636;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=72;WE=65732808;WS=65732790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,74:0.51:144
chr11	65733289	rs556643	G	A	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=690;ReadPosRankSum=1.168;SC=GACACTGGTGGCCTTGCTACC;SOR=0.692;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=58;WE=65733297;WS=65733279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,61:0.44:139
chr11	65733393	rs688862	C	T	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=57;PP=1851;ReadPosRankSum=2.454;SC=AGGGCCTCACCGTGGAGCATG;SOR=0.691;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=226;TCF=118;TCR=108;TR=121;WE=65733401;WS=65733383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,125:0.54:232
chr11	65735174	rs660118	G	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr11	65744275	rs543952	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=608;ReadPosRankSum=-0.699;SC=CGTTTGGGGGTGCTCAAGCTG;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=33;WE=65744283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr11	65744421	rs542332	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=322;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CAGGTGGTGACCAGTGGGTGG;SOR=0.818;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=23;WE=65744429;WS=65744411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr11	65744597	rs7952056	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=584;ReadPosRankSum=0.374;SC=GCAGCCATGACTTGGGTGGGC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=37;WE=65744605;WS=65744587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr11	65746653	rs679581	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=0.198;SC=AGACCTGGCCATCAAATGACA;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=65746661;WS=65746643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr11	65767153	rs507672	A	G	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=21;PP=958;SC=TCCCCTGTAGATAAGAAGAGA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=65767161;WS=65767143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	65767215	rs506873	G	T	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=31;PP=876;SC=CCATAGGAAGGGGTTCTATCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=65767223;WS=65767205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	65771050	rs147010511	TCACTGAG	T	709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=685;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CTCTTATCTCTCACTGAGCAC;SOR=0.097;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=13;WE=65771064;WS=65771040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr11	65780702	rs9667817	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=713;SC=GGCCTGGAGCAGCCTGGCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=65780710;WS=65780692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	65787666	rs3829937	G	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=903;ReadPosRankSum=0.728;SC=GGATCCGGGCGGCCCTCTGGG;SOR=1.063;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=125;TCF=86;TCR=39;TR=60;WE=65787674;WS=65787656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,66:0.50:132
chr11	65788072	rs3814747	C	T	8917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=147;PP=2965;SC=ATGTAAATTACGAGGATGGGA;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=149;TCR=147;TR=296;WE=65788080;WS=65788062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr11	65790527	rs2845570	G	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=1.086;SC=CGCTGGAGCCGGCCGGCTGAA;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=31;WE=65790535;WS=65790517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr11	65803383	rs10791840	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=444;ReadPosRankSum=0.775;SC=GATCCTCAGATTTCTGTAGCC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=30;WE=65803391;WS=65803373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr11	65810045	rs4565902	T	G	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=30;PP=1219;ReadPosRankSum=-1.156;SC=CAGGACGGGCTCGGGCCGAGC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=83;WE=65810053;WS=65810035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,91:0.61:149
chr11	65810209	rs61895584	C	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=829;ReadPosRankSum=0.432;SC=TGGGCTGCCACGGCTGCAGCT;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=58;WE=65810217;WS=65810199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr11	65810239	rs78578425	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=670;ReadPosRankSum=0.997;SC=GGATCTGCGCGGCAGGCCGCA;SOR=0.336;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=42;WE=65810247;WS=65810229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr11	65810749	rs7937692	T	C	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=123;PP=2965;SC=AGGCGTTGGGTACGCGCCGGA;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=109;TCR=123;TR=232;WE=65810757;WS=65810735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	65811208	rs4930170	G	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=475;ReadPosRankSum=-3.031;SC=CTTGACCCCTGCCCTTACCCA;SOR=0.713;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=30;WE=65811216;WS=65811198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr11	65824994	rs2302883	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=2.543;SC=AAACTAAGGGTATGGCAGAGG;SOR=1.051;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=13;WE=65825002;WS=65824984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr11	65829637	rs11227395	A	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.674;SC=AAAAACAAATAATGGTTTTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=65829645;WS=65829627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	65868310	rs475817	T	A	9345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=172;NR=176;PP=2965;SC=GAACACCTGTTATGGCCTTTC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=172;TCR=176;TR=348;WE=65868318;WS=65868300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr11	65983522	rs548858	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=0;PP=406;SC=GGTCTTGTGCATTCCTTGGCT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=65983530;WS=65983519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	65985000	rs557082	A	C	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=32;PP=1962;SC=TAGGGACCAAACCCCTGAGAG;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=97;WE=65985008;WS=65984990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	65985168	rs512421	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=512;ReadPosRankSum=-0.410;SC=TTGTCCTCAGGTATCCACCTC;SOR=1.136;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=34;WE=65985176;WS=65985158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr11	65997898	rs561948	A	G	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=84;SC=ACTTGCTTTCAGGAAAAGAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=65997906;WS=65997888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	66001418	rs2236651	C	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1282;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TCGGTAAAGACGGGAGGCACC;SOR=0.539;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=187;TCF=83;TCR=104;TR=98;WE=66001426;WS=66001408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,106:0.53:201
chr11	66002681	rs2236652	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=444;ReadPosRankSum=-1.172;SC=AGAGTCTGACGGGTCTCAGGA;SOR=1.438;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=27;WE=66002689;WS=66002671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr11	66006323	rs476551	G	C	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.936;SC=AGCAGGTGAGGCTGGGGCTCC;SOR=0.520;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=53;WE=66006331;WS=66006313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr11	66010633	rs524268	T	C	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=53;PP=2089;SC=CTGTCACCCCTAGTGTCCATC;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=66010641;WS=66010623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	66029130	rs572827	G	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=1;PP=116;SC=TTCACTGGGTGCCAGAGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=66029138;WS=66029120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	66031450	rs525698	T	C	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=76;PP=2622;SC=CTGGGCAGGCTGGGGGTCTGG;SOR=1.114;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=129;WE=66031458;WS=66031440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	66033430	rs2276036	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=853;ReadPosRankSum=0.277;SC=GGGTGCCGGGCCTCGGTCTGA;SOR=0.483;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=61;WE=66033438;WS=66033420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr11	66036293	rs55687530	A	AC	1410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,72:0.86:84
chr11	66040053	rs555826	A	G	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=35;PP=964;SC=TTGTCTGCTTACAGGAACTAA;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=66040061;WS=66040043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	66043253	rs55931871	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=370;ReadPosRankSum=0.529;SC=GCAAAATAACTTTGGCCCCTG;SOR=1.519;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=18;WE=66043261;WS=66043243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr11	66043742	rs3831389	CCTT	C	1428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.186;NF=2;NR=24;PP=906;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GGAGGGGGCACCTTCTCCAGA;SOR=0.589;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=8;TCR=83;TR=26;WE=66043752;WS=66043732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,43:0.30:144
chr11	66049889	.	T	G	681	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=9;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=15;MQ=59.19;NF=0;NR=27;PP=681;QD=26.5100449092;SC=AAGACGGGGGTGGGGTGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=27;WE=66049902;WS=66049879;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,27:0.49:55
chr11	66049894	.	T	G	562	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=10;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=15;MQ=59.05;NF=1;NR=21;PP=562;QD=27.1259642067;SC=GGGGGTGGGGTGGGGGGCCTA;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=22;WE=66049902;WS=66049879;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,22:0.47:47
chr11	66050062	rs147449169	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=275;ReadPosRankSum=-0.306;SC=GCCATGGGGACGGCGCGGCTG;SOR=1.981;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=15;WE=66050070;WS=66050052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr11	66050948	rs3016315	C	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=23;PP=1240;SC=CCTTTTGCCCCTGAGGACTGA;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=66050956;WS=66050938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	66052832	rs2282568	C	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=298;ReadPosRankSum=-1.083;SC=GCCACCTCCCCCTGGCCCACA;SOR=0.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=31;WE=66052840;WS=66052822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr11	66054823	rs510398	C	T	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=2;PP=1279;SC=GGGAGGGATACAGTCCAAATC;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=50;TCR=2;TR=52;WE=66054831;WS=66054813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	66056457	rs7945723	G	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=774;ReadPosRankSum=1.470;SC=GATAAGCCATGGCCGCGACGC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=56;WE=66056465;WS=66056447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,60:0.44:136
chr11	66059782	rs6591210	T	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=113;SC=GCCCCCGGCGTCCCCTCATCC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=66059790;WS=66059772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	66099987	rs1784029	C	T	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=55;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.316;SC=CAGGCCACTCCGCCCGGCGGT;SOR=0.842;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=90;WE=66099995;WS=66099977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,91:0.46:196
chr11	66100152	rs1784030	T	C	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=55;PP=2169;SC=CAATCGAGGCTTCTGGGGGCA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=110;WE=66100160;WS=66100142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	66101974	rs3016317	C	T	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.57;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	66101974	.	CGGAG	TGGAA,TGGAG	836	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=27,70;NR=30,50;PP=709,836;QD=13.3766293835;SC=TATGGAGAGACGGAGCCTCAC;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=57,120;WE=66101986;WS=66101964;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.47:121
chr11	66101978	rs10896110	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=5.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,57:0.46:124
chr11	66102807	rs10444359	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=577;ReadPosRankSum=0.148;SC=TTCGGGCGGTGTGCTGCGAGC;SOR=0.928;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=41;WE=66102815;WS=66102797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,44:0.50:88
chr11	66103046	rs3016763	C	T	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=52;PP=2326;SC=AGGAGCAGGGCCCGTGGACAC;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=130;WE=66103054;WS=66103036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	66104057	rs3016316	T	A	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=32;PP=827;SC=GGGTCAGGGGTCCCCTCCATG;SOR=2.303;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=42;WE=66104065;WS=66104047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	66104993	rs3116068	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=664;ReadPosRankSum=1.825;SC=GCCCTGAGGCCGGACAGCCTG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=50;WE=66105001;WS=66104983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr11	66105194	rs1052566	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=-0.671;SC=AGGAGTCCAGGCCAGTGCCAG;SOR=1.402;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=66105202;WS=66105184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	66105817	rs2276106	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=0.268;SC=CCCTGCCCCACCCCCCACCTC;SOR=1.334;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=8;WE=66105825;WS=66105807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr11	66107527	rs1785633	C	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=33;PP=1087;ReadPosRankSum=-1.100;SC=CCAACCCCCTCCCCTGGGTCT;SOR=0.676;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=168;TCF=107;TCR=61;TR=87;WE=66107535;WS=66107517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,97:0.52:188
chr11	66107674	rs1784035	A	G	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=79;PP=2156;SC=GCAGTTTGTCATCCCACCATT;SOR=1.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=37;TCR=79;TR=116;WE=66107682;WS=66107664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	66108660	rs947978	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=676;ReadPosRankSum=0.080;SC=GAAGAGGGTACAGAACCACCC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=40;WE=66108668;WS=66108650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr11	66108894	rs2236679	G	C	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=91;PP=2132;ReadPosRankSum=0.270;SC=CAGCAAGCCCGGTGTTAGGCG;SOR=0.707;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=333;TCF=160;TCR=173;TR=168;WE=66108902;WS=66108884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,175:0.49:355
chr11	66109197	.	T	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.348;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=509;ReadPosRankSum=0.360;SC=CATGCCTGTGTGTAGGGCCTG;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=34;WE=66109205;WS=66109187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr11	66109527	rs112182142	C	CTGTGTG	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.233;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=907;ReadPosRankSum=-0.638;SC=TGTAGGGGCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.874;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=21;WE=66109536;WS=66109517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr11	66109779	rs1784037	AT	GA	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=29;PP=1732;SC=AGGCAGCAGGATGCTGAACAC;SOR=5.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=30;WE=66109788;WS=66109769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	66130736	rs1039593	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=32;SC=TTTCTTCCCCACAGCACTCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=66130744;WS=66130726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	66131149	rs1039594	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CCCTTCTTTCCGGGCCTCAGT;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=16;WE=66131157;WS=66131139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr11	66131906	rs7125100	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=547;SC=CTGTGGTAGAAGCTGAAGTCA;SOR=2.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=66131914;WS=66131896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	66133311	rs4930358	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=2;PP=495;SC=TACCAGGCCATTTGGACTACC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=66133319;WS=66133301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	66133336	rs2279861	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=495;ReadPosRankSum=-2.037;SC=AATCACCTCCATGCTCTTTCA;SOR=0.616;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=37;WE=66133344;WS=66133326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr11	66134085	rs8187658	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CCAGGTTTCCCGACAGCCAGG;SOR=2.419;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=66134093;WS=66134075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr11	66135179	rs2279862	C	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=1243;ReadPosRankSum=0.068;SC=CTCTCAGGGCCTCAGGCTCAG;SOR=0.971;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=71;WE=66135187;WS=66135169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,72:0.60:120
chr11	66135898	rs2292123	T	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=18;PP=783;SC=CCATATCACCTGCTTACCTCC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=66135906;WS=66135888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	66138894	rs7946434	G	C	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=33;PP=1547;SC=CTACAACCCCGATCACCCCGG;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=66138902;WS=66138884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	66188761	rs77600363	G	T	3473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=79;PP=2291;ReadPosRankSum=0.414;SC=AGGTCCGGCTGTCCTACCTGC;SOR=0.648;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=371;TCF=184;TCR=187;TR=165;WE=66188769;WS=66188751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,175:0.44:396
chr11	66188904	rs111442339	T	C	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=753;ReadPosRankSum=1.060;SC=GCTGGGGCTGTCGCATGTCTA;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=44;WE=66188912;WS=66188894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr11	66193270	rs117404271	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GTTTCACTCCGTCCATCCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=12;WE=66193278;WS=66193260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr11	66193600	rs3215144	TG	T	35.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	66206169	rs11110	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.405;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=261;ReadPosRankSum=1.003;SC=TCGCCCGGATCACACCGCCGA;SOR=1.737;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=16;WE=66206177;WS=66206159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr11	66236431	rs57724777	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=339;ReadPosRankSum=-1.089;SC=GGTCTAGTGCGCTTTCACTAA;SOR=0.866;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=26;WE=66236439;WS=66236421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr11	66240882	rs2277302	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=576;ReadPosRankSum=-3.205;SC=CTGGCTTCGATGCCTCTAGCA;SOR=0.530;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=44;WE=66240890;WS=66240872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr11	66247844	rs2279864	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=334;ReadPosRankSum=0.720;SC=CCGAGGCCAGGCAGTTGGCCA;SOR=0.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=20;WE=66247852;WS=66247834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr11	66254085	rs11550299	G	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=373;ReadPosRankSum=2.366;SC=GCCTCTGGCAGACCTGCGGGG;SOR=0.769;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=31;WE=66254093;WS=66254075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr11	66255515	rs4930378	T	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=506;ReadPosRankSum=-1.716;SC=TGCTCCCTCCTGGGCATTTCC;SOR=0.450;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=44;WE=66255523;WS=66255505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,47:0.43:110
chr11	66262806	rs10791878	T	C	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=37;PP=1779;SC=AGTGGCCACCTTAAGCCCGAC;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=96;WE=66262814;WS=66262796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	66263243	rs11227495	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GTGGAGCCCCCTGGAGGCGGA;SOR=0.546;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=27;WE=66263251;WS=66263233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr11	66272142	rs1671063	A	G	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=47;PP=1892;SC=GGTATGCAACAGTCACTGATG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=105;WE=66272150;WS=66272132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	66272237	rs2305535	G	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=681;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CCCAACACTCGCCTTGAAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=62;TCR=56;TR=58;WE=66272245;WS=66272227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,68:0.50:136
chr11	66277035	rs17065	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=-1.102;SC=CAGGTGGCACGTGACAGCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=12;WE=66277043;WS=66277025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr11	66278059	rs1791688	C	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=8;PP=777;SC=TTGTACTCGCCCTTCCCTGTG;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=41;WE=66278067;WS=66278049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	66282095	rs2298806	G	A	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=59;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AGTTCAGCCTGCCCCAATTGC;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=112;TCR=128;TR=112;WE=66282103;WS=66282085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,118:0.46:254
chr11	66283257	rs2276406	C	T	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=1060;ReadPosRankSum=-1.315;SC=AGGAAGCAGCCGCCAGAATGT;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=62;WE=66283265;WS=66283247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,66:0.52:128
chr11	66285268	rs10736656	G	A	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=1;PP=41;SC=AAGAGATGGGGTCTCACCATG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=66285276;WS=66285258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	66288733	rs10896125	G	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=199;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TGCGCTTCTTGTTTGCAGATG;SOR=0.929;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=17;WE=66288741;WS=66288723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr11	66297363	rs3816492	C	T	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=35;PP=1023;ReadPosRankSum=0.373;SC=TGCAGGCCCTCGAGTCCAGCC;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=80;WE=66297371;WS=66297353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,86:0.53:163
chr11	66298594	rs2305532	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=75;ReadPosRankSum=0.718;SC=AGGGTCAGAGCGTGCGGGTGG;SOR=2.973;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=6;WE=66298602;WS=66298584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr11	66298623	.	A	C	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=53;QD=21.9428031368;SC=TGGCCAGCAGACCTACTCTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=66298631;WS=66298613;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr11	66299515	rs8432	A	G	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=28;PP=971;SC=CTGAGACCTGAGCTGCTGTGA;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=66299523;WS=66299505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	66302724	rs12272545	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CTTGTCACCCAGGCTGGAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=11;WE=66302732;WS=66302714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr11	66303895	rs7116940	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=-0.017;SC=GGCATGATGGTGGGTGCCTGC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=66303903;WS=66303885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr11	66313203	rs2305534	T	C	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=791;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CGCCCAGCCCTGGCCCAGACC;SOR=0.754;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=65;WE=66313211;WS=66313193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,66:0.57:115
chr11	66318972	rs490998	G	A	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=27;PP=1307;SC=ATGACCTTTGGCCCTTGGCCT;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=71;WE=66318980;WS=66318962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	66324583	rs678397	T	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=26;PP=1276;SC=AATGCCAGCCTTCTGCCCACT;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=66324591;WS=66324573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	66324762	rs677488	C	T	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=22;PP=712;SC=CCCTGCTAACCCCAAGCGTGG;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=66324770;WS=66324752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	66327673	rs1671064	G	A	6525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=141;NR=88;PP=2965;SC=ACCATTGACCGGCTGCAACTG;SOR=1.064;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=141;TCR=88;TR=229;WE=66327681;WS=66327663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	66328095	rs1815739	T	C	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=57;PP=2156;SC=CGAGGCTGACTGAGAGCGAGG;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=79;TCR=58;TR=135;WE=66328103;WS=66328085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	66328719	rs618838	T	C	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=79;SC=GGTGCCCAGCTGTGACCAGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=66328727;WS=66328709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	66328852	rs2290463	G	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=543;ReadPosRankSum=0.719;SC=GGGATAGTGGGTCCAACCTGG;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=33;WE=66328860;WS=66328842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr11	66328877	rs607736	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=415;ReadPosRankSum=-1.032;SC=ATGGGGCCAGGGCTGGGCCAC;SOR=1.206;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=26;WE=66328885;WS=66328867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr11	66329732	rs540874	A	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=32;PP=1023;SC=CTACAGAAGCAGAATGGGATG;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=66329740;WS=66329722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	66331458	rs572846	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=8;PP=544;SC=CCCCGGACCCACGATGCAAGT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=66331466;WS=66331448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	66333072	rs4630309	C	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GTCTCCCCCCCATTATGAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=66333080;WS=66333062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr11	66333598	rs545009	C	T	9385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=145;PP=2965;SC=CAGGCTCTTTCCTCAGGAGAG;SOR=0.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=173;TCR=145;TR=318;WE=66333606;WS=66333588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr11	66333643	rs78871927	G	A	3131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=2008;ReadPosRankSum=-0.007;SC=CCTCCTCTGCGGGCAAAGGTG;SOR=0.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=272;TCF=131;TCR=141;TR=130;WE=66333651;WS=66333633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,146:0.49:299
chr11	66335308	rs2242663	T	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=723;ReadPosRankSum=0.467;SC=TCATAGCATCTTGGTTTCCAG;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=41;WE=66335316;WS=66335298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr11	66335548	rs1127894	A	G	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=72;PP=2072;SC=GCGACCCCTGACCCGCCTGGA;SOR=2.400;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=21;TCR=73;TR=93;WE=66335556;WS=66335538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	66335832	rs1044522	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	66358126	rs486584	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=992;ReadPosRankSum=0.954;SC=CTATCTCCTCCAGGAGGGAAA;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=62;WE=66358134;WS=66358116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,65:0.55:119
chr11	66393248	rs139146740	GTCTTC	G	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=495;ReadPosRankSum=0.489;SC=CCCTCCCTCGGTCTTCTCTTC;SOR=0.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=10;WE=66393260;WS=66393238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr11	66406070	rs670900	A	C	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=63;PP=1921;SC=AGAGGATCTGAGGGAACGCCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=131;WE=66406078;WS=66406060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	66456387	rs2276138	T	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-7.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.919;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=51;ReadPosRankSum=0.020;SC=ACAGTGGCCATGGCAACCTCA;SOR=0.146;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=105;TCF=17;TCR=88;TR=65;WE=66456395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,68:0.64:107
chr11	66458696	rs12804382	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GAACTCTCCCCGGCATTTCCC;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=17;WE=66458704;WS=66458686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr11	66458980	rs623022	G	A	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=44;PP=1302;ReadPosRankSum=0.432;SC=CCCAGGCCTCGTTGAGACTGT;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=230;TCF=139;TCR=91;TR=106;WE=66458988;WS=66458970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,119:0.47:251
chr11	66460527	rs639938	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=332;ReadPosRankSum=-0.874;SC=GGGCTTGCTCCAGCACCTGGT;SOR=0.743;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=29;WE=66460535;WS=66460517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr11	66468469	rs506028	A	G	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.425;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=45;PP=1143;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GTTGATGGCCACTGCCTGAGC;SOR=0.981;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=164;TCF=82;TCR=82;TR=84;WE=66468477;WS=66468459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,92:0.51:180
chr11	66469032	rs532439	T	C	3061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=47;PP=1852;SC=GTCAGTTTCCTGGTCCTGCCC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=107;WE=66469040;WS=66469022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	66472274	rs4930388	T	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=41;PP=1693;SC=GGCACCCGGCTCTGCACCTCG;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=66472282;WS=66472264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	66481264	rs615536	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=28;PP=729;SC=TGTGAGATCTCGAAGAGGAAG;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=66481272;WS=66481254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	66512290	.	G	GGGC	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=4;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=118;ReadPosRankSum=0.377;SC=GCTGAGGAGGGGGCGGCGGCG;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=4;WE=66512300;WS=66512280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr11	66516049	rs3782079	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=0.095;SC=TCGTAGCTTATTTAAAAATTT;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=12;WE=66516057;WS=66516039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr11	66583759	rs7930203	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.690;SC=TCTAAATTAGATATATTTCTG;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=66583767;WS=66583749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	66583779	rs543191	T	G	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=159;SC=GTAGAATAAATAAGTTCAGTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=66583787;WS=66583769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	66610645	rs7570	G	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr11	66618407	rs139065746	GGA	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.355;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.145;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,11:0.16:70
chr11	66619334	.	T	A	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=923;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TGGAAAGGGATGTTGGGGATG;SOR=1.103;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=61;WE=66619342;WS=66619324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,69:0.42:166
chr11	66626234	rs3741194	T	C	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=783;ReadPosRankSum=1.212;SC=GAGATTGGGGTGACCGGCGCT;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=70;WE=66626242;WS=66626224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,79:0.54:146
chr11	66636163	rs45625436	G	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTAGAATAATGACTTTTAAAA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=66636171;WS=66636158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	66743098	rs118060724	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=421;ReadPosRankSum=-1.241;SC=GTGGCTGAGGCGGTACCAACA;SOR=0.642;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=36;WE=66743106;WS=66743088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr11	66812338	rs11227668	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=183;ReadPosRankSum=1.118;SC=ATGCAGATGGATAGGGGGTGG;SOR=0.551;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=13;WE=66812346;WS=66812328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr11	66837965	rs4930409	T	C	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=68;PP=2156;SC=GACTGACCTGTGCAAGGACAA;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=81;TCR=68;TR=149;WE=66837973;WS=66837955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	66995603	rs3741189	T	C	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=89;PP=2965;SC=CCCACCTAACTAAGGAATTTC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=93;TCR=90;TR=182;WE=66995611;WS=66995593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	67017445	rs34463980	C	CA	2022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=5;PP=2056;SC=CCCTCTCCAACGTGACCTTTC;SOR=4.534;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=45;WE=67017453;WS=67017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	67034122	.	AGCG	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
chr11	67034266	rs2228418	C	A	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=45;PP=1843;SC=GCAAGAAGATCCTGCTGCCCG;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=110;WE=67034274;WS=67034256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	67050292	rs2071007	G	A	6252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=127;PP=2965;SC=TGACGATGGTGGGTGCAGGTC;SOR=1.319;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=84;TCR=127;TR=211;WE=67050300;WS=67050282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	67052466	rs10896164	G	A	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=43;PP=2965;SC=TAAGGAGCCCGTGCGGGGGTC;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=107;TCR=43;TR=150;WE=67052474;WS=67052456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	67057104	rs11227758	C	G	164.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr11	67068859	rs2298815	T	C	6325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=124;PP=2965;SC=GCTCTGCTGTTGCCGCATCAG;SOR=0.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=105;TCR=125;TR=229;WE=67068867;WS=67068849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	67071584	rs4244822	C	G	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=66;PP=1950;SC=CTGCTCTCTCCGCAGGACCAG;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=116;WE=67071592;WS=67071574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	67076810	rs3737460	T	G	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=29;PP=2590;SC=CAGGTCCGATTGCCAGTGGGC;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=82;TCR=29;TR=111;WE=67076818;WS=67076800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	67168308	rs11542939	C	T	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=752;ReadPosRankSum=-1.492;SC=CATAGTCCCCCAGAAAGAGGT;SOR=0.603;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=66;WE=67168316;WS=67168298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,75:0.45:167
chr11	67177278	rs7122299	G	A	5360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=99;PP=2965;SC=GGCTGATGCCGGCCCGGCAAA;SOR=1.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=75;TCR=99;TR=174;WE=67177286;WS=67177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	67254434	rs377538917	G	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GGGGGTCAGGGTGAGGGTTTG;SOR=0.399;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=8;WE=67254442;WS=67254424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr11	67254781	.	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=2.060;SC=TTTTTTTGAGATGGAGTCTTG;SOR=0.247;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=23;WE=67254789;WS=67254771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr11	67257273	rs611697	G	T	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=32;PP=887;SC=CATGATCTCTGCGAGGGCAGG;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=67257281;WS=67257263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	67257292	rs182438052	C	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.929;NF=1;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=1.692;SC=GGGCTTTTCACCGTCTTGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=13;WE=67257300;WS=67257282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr11	67257823	rs641081	C	A	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.055;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=80;PP=2911;ReadPosRankSum=1.288;SC=CCAGCTGGACCAGCAGATCAC;SOR=0.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=177;WE=67257831;WS=67257813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr11	67258391	rs4930199	A	G	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=72;NR=45;PP=1850;SC=CGAGAGCTGCAGGCCCTGGAG;SOR=0.971;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=117;WE=67258399;WS=67258381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	67262264	.	T	TGAGTGGGCGA	1556	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=16;MQ=60.18;NF=18;NR=4;PP=1556;QD=71.5454545455;SC=GCCTCTCTGGTGAGTGGGCGA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=22;WE=67262272;WS=67262254;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,22:0.76:29
chr11	67262282	rs202207490	C	CGA	2776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.94;QD=50.49;SOR=3.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	67262289	.	G	A	1535	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=20;MQ=60.24;NF=68;NR=26;PP=1535;QD=16.6996937505;SC=GGGCGAGTGGGCGAGGGGGCG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=94;WE=67262297;WS=67262279;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,94:0.96:98
chr11	67262289	.	G	GCGAGTGGA	3313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=41.95;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	67263767	rs618633	A	G	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=564;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CGCAGGGGTCAGCCGCGTGGA;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=67263775;WS=67263757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr11	67267043	.	T	TCCAA	88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=62.89;NF=4;NR=0;PP=88;QD=23.5;SC=CATCCATCCATCCATCCATCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=67267055;WS=67267033;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr11	67267047	.	T	A	187	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=62.89;NF=6;NR=0;PP=187;QD=36.9618687579;SC=CATCCATCCATCCATCCATCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=67267055;WS=67267033;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,6:0.60:10
chr11	67288594	rs2276118	C	T	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.934;NF=59;NR=45;PP=1306;ReadPosRankSum=0.840;SC=GTAGCCGTCCCGGTCTCGGTC;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=226;TCF=127;TCR=99;TR=104;WE=67288602;WS=67288584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,112:0.47:238
chr11	67351531	rs1079719	G	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=7.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.23;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr11	67351540	rs1871041	A	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=7.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.72;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr11	67351774	rs2370143	C	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.414;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=592;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CCTTCCTGTTCCCCGCCTCTC;SOR=1.668;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=31;WE=67351782;WS=67351764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr11	67352256	rs762803	C	A	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=679;ReadPosRankSum=0.247;SC=GAGTCTTGAACCTCCAAGTCC;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=57;WE=67352264;WS=67352246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,61:0.45:136
chr11	67352689	rs1695	A	G	3226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=70;PP=1938;ReadPosRankSum=-1.073;SC=CTGCAAATACATCTCCCTCAT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=204;TCR=154;TR=164;WE=67352697;WS=67352679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,171:0.46:369
chr11	67353844	rs1871042	C	T	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=57;PP=1843;ReadPosRankSum=2.294;SC=GAGTCCCTGGCCCCCCTGCCC;SOR=0.832;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=246;TCF=139;TCR=107;TR=137;WE=67353852;WS=67353834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,154:0.56:273
chr11	67353970	rs4891	T	C	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=62;PP=1359;ReadPosRankSum=0.103;SC=GGCGCCTCAGTGCCCGGCCCA;SOR=0.404;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=113;WE=67353978;WS=67353960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,122:0.69:178
chr11	67372477	rs12421329	G	T	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=77;PP=2363;SC=TGCTCCAGTGGGTGGGGACCA;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=126;WE=67372485;WS=67372467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	67372593	rs12793832	A	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=457;SC=AACAGGGCTCATCATTCCTGA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=67372601;WS=67372583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	67374581	rs1871043	T	C	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=55;PP=1479;SC=CACGGGTGTTTGGGGCCGGGT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=78;WE=67374589;WS=67374571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	67375162	rs1382089	T	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=149;SC=AGGGCCAAGCTGCCACACTCG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=67375170;WS=67375152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	67375184	rs7948073	T	G	135.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CTTGTGGGGCTGTGTGGTGCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=67375192;WS=67375174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr11	67377787	rs111907965	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=411;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CTTCATGACTCCTGAAGTTAT;SOR=0.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=26;WE=67377795;WS=67377777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr11	67395714	rs7124513	C	T	5976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=106;PP=2965;SC=GTGCAAACACCTCATCTACCT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=100;TCR=106;TR=206;WE=67395722;WS=67395704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	67399735	rs2514021	T	C	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=96;NR=66;PP=2888;SC=CCCTTTGCCTTCCGCCCACTG;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=96;TCR=66;TR=162;WE=67399743;WS=67399725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	67401635	rs12787511	G	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=716;ReadPosRankSum=0.812;SC=AGGCCCTTCCGTCCCCACCGT;SOR=0.762;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=44;WE=67401643;WS=67401625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr11	67402362	rs3758938	T	G	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=800;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GCCCAGGATCTTCACCTGGAA;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=92;TCR=69;TR=73;WE=67402370;WS=67402352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,82:0.45:182
chr11	67407146	rs2447591	T	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=443;SC=GTGGTCTTCCTACTCGAGCTG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=67407154;WS=67407136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	67412203	rs143278298	C	CCA,CCACA	466.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.02;MQRankSum=0.735;QD=24.56;ReadPosRankSum=-2.517;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,8,8:0.42,0.42:19
chr11	67414492	rs948445	C	T	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=39;PP=1229;SC=CAGGGGCTCCCGGGGCACAGG;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=67414500;WS=67414482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	67430589	rs78402723	A	G	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=8;PP=597;SC=GGCTGGGGGAACCTGCGGTCT;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=67430597;WS=67430579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	67430762	rs1551886	T	C	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=56;PP=2259;SC=GGGTGGGTAGTGGATCTCCTT;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=136;WE=67430770;WS=67430752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	67431038	rs1979375	G	A	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=28;PP=1791;SC=GAGGCCCAGGGTGTGGATCAA;SOR=1.413;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=92;WE=67431046;WS=67431028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	67431110	rs1979376	G	A	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=64;PP=2672;SC=CTTCCCTAGGGGTGGAAATGG;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=146;WE=67431118;WS=67431100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	67432804	rs2447571	T	C	6503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.433;NF=126;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.094;SC=GCCACGCGGCTGCAGCCCAGC;SOR=0.243;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=127;TCR=108;TR=234;WE=67432812;WS=67432794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr11	67432854	rs6591270	T	C	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.757;NF=70;NR=98;PP=2708;ReadPosRankSum=1.702;SC=GTTGATGATGTGGCCCAGGTT;SOR=0.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=70;TCR=99;TR=168;WE=67432862;WS=67432829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr11	67433708	rs5792424	C	CG	4053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.176;NF=42;NR=49;PP=2981;ReadPosRankSum=2.085;SC=GGGGCGGGCTCGGGGCCAGCC;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=91;WE=67433716;WS=67433698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr11	67433758	rs1551887	G	A	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=83;PP=2965;SC=TGGGGACGTCGGGCACTGCTG;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=175;WE=67433766;WS=67433748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	67433869	rs1551888	C	T	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=83;PP=2883;SC=CACCACGCAACTCCCTGCAGG;SOR=1.048;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=155;WE=67433877;WS=67433859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	67434010	rs1871032	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=499;ReadPosRankSum=0.547;SC=GGCTACTGGGCGGGGAGAGCA;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=29;WE=67434018;WS=67434000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr11	67434416	rs4646823	C	A	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=86;PP=2965;SC=TCCAGGCCTGCAGGTTCTTGA;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=106;TCR=86;TR=192;WE=67434424;WS=67434406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	67564034	rs79787139	A	G	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.52;QD=24.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	67564056	rs74682508	T	A	377.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5448;FS=7.270;HP=1;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=370;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AGTGTGGGGCTTCCTAGCTTT;SOR=3.092;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=16;WE=67564076;WS=67564046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr11	67564068	rs77439896	C	A	483.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5449;FS=6.990;HP=4;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.355;NF=18;NR=2;PP=434;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CCTAGCTTTTCCCCGGCCCCC;SOR=2.908;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=20;WE=67564076;WS=67564046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr11	67564135	rs77521350	G	C	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.293;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=1.269;NF=55;NR=23;PP=1237;ReadPosRankSum=0.766;SC=ATGCAGGCCCGGGTGGGCGTG;SOR=1.164;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=78;WE=67564143;WS=67564125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr11	67564162	rs75324740	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-6.370;NF=36;NR=16;PP=585;ReadPosRankSum=0.627;SC=CACATAGCTCAGTGGTGAACA;SOR=0.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=52;WE=67564170;WS=67564152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,56:0.49:115
chr11	67564197	rs72657419	T	C	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=56;PP=1908;SC=GGGTTGCAGATGGTAAGGGCC;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=135;WE=67564205;WS=67564187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	67564238	rs77785393	C	T	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.78;QD=44.04;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	67564241	rs80309804	C	T	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.61;QD=45.49;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	67765163	rs5792426	A	AG	3980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=40;PP=2707;SC=ATGGCCAGGAAGCCACTGCCA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=60;WE=67765171;WS=67765153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	67782947	rs2286170	G	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=329;ReadPosRankSum=2.172;SC=GGGGTTGGGGGTATGAGAGGG;SOR=0.653;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=26;WE=67782955;WS=67782937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr11	67786064	rs11433668	A	AC	4765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=42;PP=2922;SC=GCCCTCAGGAACTCCGGGCCT;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=65;WE=67786072;WS=67786054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	67786764	rs1636207	A	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=606;ReadPosRankSum=0.605;SC=GGAACAGGCAAGGCTCAAGGG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=40;WE=67786776;WS=67786754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr11	67789293	rs58160034	G	GC	8068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=80;PP=2967;SC=CTGGGCTGCGGCGTGTGGCCA;SOR=0.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=28;TCR=85;TR=105;WE=67789301;WS=67789283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	67790243	rs3764818	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.076;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=188;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GGGGTGCGGCCGGGCTGGGCA;SOR=1.292;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=18;WE=67790251;WS=67790233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr11	67795299	rs308341	G	A	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.627;NF=84;NR=81;PP=2254;ReadPosRankSum=0.715;SC=TGCGCAGCCCGGGGATGGAGA;SOR=0.565;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=350;TCF=170;TCR=180;TR=165;WE=67795307;WS=67795289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,190:0.49:390
chr11	67795353	rs3751082	G	A	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.659;NF=44;NR=44;PP=1315;ReadPosRankSum=2.173;SC=CGCGCCGCCTGAGGATGCTGC;SOR=0.521;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=180;TCF=84;TCR=96;TR=88;WE=67795361;WS=67795343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,103:0.48:215
chr11	67795378	rs11436139	G	GC	6348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=79;PP=2936;SC=GGCCATGGAGGCCAAGGCTGC;SOR=1.080;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=25;TCR=83;TR=101;WE=67795386;WS=67795368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	67799731	rs3133266	C	G	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=42;PP=1837;SC=CCTGGTATGACGTCACGCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=67799739;WS=67799721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	67800494	rs3115545	T	G	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=67;PP=2965;SC=GTCCTGGGCATGAGGGGACAG;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=106;TCR=67;TR=173;WE=67800502;WS=67800484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	67801282	rs3133267	C	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=402;SC=GCAGCCGCCGCCGCTACTTTC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=67801290;WS=67801272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	67801517	rs3115546	G	T	5159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.198;SC=GACAGACCCGGTGCTGTGCCA;SOR=0.343;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=178;WE=67801525;WS=67801507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr11	67804156	rs3133269	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=0.478;SC=GGGCCGTTCCCGGCCTGCCTG;SOR=2.179;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=7;WE=67804164;WS=67804146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr11	67814979	rs2471829	G	C	9084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=165;NR=138;PP=2965;SC=TCATGTTCCTGTTCGCCCTGG;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=165;TCR=138;TR=303;WE=67814987;WS=67814969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr11	67815086	rs12418239	G	A	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.831;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=74;PP=2316;ReadPosRankSum=-2.238;SC=GGGCCAGGCAGCCCCTCACCA;SOR=0.536;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=371;TCF=214;TCR=157;TR=172;WE=67815094;WS=67815076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,182:0.47:390
chr11	67837771	rs3819255	A	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr11	67842369	rs2512611	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.735;SC=AGCACTCTCACAGGAGTGTTT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=67842377;WS=67842359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	67938848	rs7949511	A	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=0.706;SC=TCTCAAGTTCAACTAAAGGAA;SOR=0.223;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=67938856;WS=67938838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	67957518	rs2512606	A	T	6643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.723;SC=CACCACCATGATCTTGGATTC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=98;TCR=126;TR=222;WE=67957526;WS=67957508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr11	68030015	rs901827	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=676;ReadPosRankSum=-1.644;SC=CTGGAGGCTGCAGTCGTGGGA;SOR=0.807;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=48;WE=68030023;WS=68030005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr11	68115764	rs643981	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=361;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GTGTCACCATCTCTCTCTCGA;SOR=1.079;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=87;TCF=12;TCR=75;TR=24;WE=68115772;WS=68115754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr11	68131167	rs10791978	A	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=12;PP=2004;SC=GCAATGACTGACGGGGGACCC;SOR=3.471;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=78;TCR=12;TR=87;WE=68131175;WS=68131157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	68133035	rs314776	T	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.476;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,57:0.25:232
chr11	68153710	rs17848255	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=5.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,46:0.24:191
chr11	68157299	rs4988320	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,68:0.28:247
chr11	68170825	rs687482	A	G	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=4.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	68170825	.	AAAGTTGCG	GAAGTTGCG,GAAGTTGCT	720	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=32,26;NR=2,1;PP=33,720;QD=1.99327095727;SC=AGGTGCAGGTAAAGTTGCGGC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34,27;WE=68170841;WS=68170823;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:34
chr11	68170833	rs686921	G	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.02;ReadPosRankSum=1.938;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr11	68171013	rs545382	T	C	10130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=1.497;SC=CGCACATTTTTGGGTTCACGC;SOR=0.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=620;TCF=317;TCR=303;TR=453;WE=68171021;WS=68170998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,463:0.73:632
chr11	68173861	rs471966	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=547;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GGACCTGACCCGGGGGTGAGT;SOR=0.476;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=27;WE=68173869;WS=68173851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr11	68177318	rs371789773	CA	C	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=12.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.276;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.237;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr11	68179166	rs689179	A	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=57;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CTCGCCGCACATACCCTGTGG;SOR=1.762;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=92;TCF=18;TCR=74;TR=68;WE=68179174;WS=68179156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,66:0.74:89
chr11	68192690	rs556442	G	A	7592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=140;PP=2965;SC=CCCTGGTGGTGGACAACACAC;SOR=0.894;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=128;TCR=140;TR=268;WE=68192698;WS=68192680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr11	68305521	rs11403965	G	GT	1482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=38;PP=1705;SC=CATTCTAGCAGTAAGTCCAGG;SOR=6.043;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=38;WE=68305529;WS=68305511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	68312645	rs10896340	A	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=38;PP=976;SC=AAGCACTCACATACTATTTGT;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=68312653;WS=68312635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	68315798	rs10736668	C	A	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=43;PP=1297;SC=TCTGGGGAGCCGGTAACAGGG;SOR=4.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=45;WE=68315806;WS=68315788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	68331663	rs12804775	G	A	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=0;PP=976;SC=CTTTTTTCCCGCAGCCAGAAA;SOR=7.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=37;WE=68331671;WS=68331653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	68331715	rs10501398	C	G	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=22;PP=2583;SC=TGGTCGATAACCTTGAATGAT;SOR=2.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=89;TCR=22;TR=109;WE=68331723;WS=68331705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	68452985	rs694066	G	A	8333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.070;SC=CTGCCATGCCGGGAAAGCCTG;SOR=0.688;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=487;TCF=280;TCR=207;TR=335;WE=68452993;WS=68452975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,358:0.69:518
chr11	68456410	rs3136540	T	C	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,162:0.27:602
chr11	68458470	rs1042577	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,58:0.24:241
chr11	68476011	rs4930597	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=91;ReadPosRankSum=0.611;SC=ACAGTGCACCATTTCTACCTA;SOR=0.154;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=9;WE=68476019;WS=68476001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr11	68514575	rs36118833	C	G	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=2;PP=1042;ReadPosRankSum=0.071;SC=ACAATACATACGTGAAATGAA;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=61;TCR=3;TR=42;WE=68514583;WS=68514565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr11	68530318	rs7112615	C	A	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=116;PP=2965;SC=GGCAAGGAGACGTGGACTTCA;SOR=1.515;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=66;TCR=116;TR=182;WE=68530326;WS=68530308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	68548260	rs3019576	C	A	8890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=172;PP=2965;SC=AAAGAGGCAACAATGAGGAGA;SOR=1.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=299;TCF=127;TCR=172;TR=299;WE=68548268;WS=68548250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr11	68549340	rs2228502	A	G	10629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=193;NR=188;PP=2965;SC=CTAACGTCACAAAGAACGCTG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=381;TCF=193;TCR=188;TR=381;WE=68549348;WS=68549330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr11	68562328	rs2229738	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=3.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,61:0.21:296
chr11	68566647	.	GAAA	G	4211.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.97;SOR=3.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	68566648	.	A	AC	2338	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=44;NR=7;PP=2338;QD=46.4509803922;SC=CTTCATACGGAAAAATTTCAT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=52;TCR=8;TR=51;WE=68566659;WS=68566638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,51:0.85:60
chr11	68566649	.	AAA	GCT	1143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=46;NR=7;PP=1143;QD=22.7635448087;SC=TTCATACGGAAAAATTTCATC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=65;TCR=10;TR=53;WE=68566659;WS=68566638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:22,53:0.71:75
chr11	68566651	.	A	ACGCT	4211.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.41;SOR=3.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	68566839	rs3019603	G	A	4823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=131;PP=2698;ReadPosRankSum=-0.476;SC=ATTATTGGGGGAAAAAAAAAT;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=82;TCR=134;TR=211;WE=68566847;WS=68566824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,189:0.97:194
chr11	68668208	rs668576	A	G	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=75;PP=1924;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CCACAGAAACACCTAGGTGAG;SOR=0.516;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=163;TCF=55;TCR=108;TR=116;WE=68668216;WS=68668198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,122:0.70:174
chr11	68671104	rs629426	A	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=7;PP=781;ReadPosRankSum=0.276;SC=ACAAGGCACCAGGTCGGACCC;SOR=0.350;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=45;WE=68671112;WS=68671094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr11	68671280	rs111612765	G	GCCGCCGCCATCTTC	6249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=78;PP=2897;ReadPosRankSum=2.918;SC=TGCTGCCATGGCCGCAGCCTC;SOR=0.659;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=284;TCF=63;TCR=221;TR=103;WE=68671288;WS=68671270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,273:0.58:472
chr11	68671477	rs1249463	T	C	5291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=130;PP=2855;ReadPosRankSum=0.450;SC=TGCTGGAGCTTGAGAGAGACG;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=291;TCF=130;TCR=161;TR=234;WE=68671485;WS=68671467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,245:0.81:302
chr11	68678962	rs560096	T	C	4164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=75;PP=2841;ReadPosRankSum=0.844;SC=GAAGCGGTTTTATTTGCGCTG;SOR=0.564;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=239;TCF=139;TCR=100;TR=173;WE=68678970;WS=68678952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,179:0.71:251
chr11	68703009	rs598255	C	G	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=806;ReadPosRankSum=1.078;SC=TCATGGTGCACCTTCTGTCCT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=37;WE=68703017;WS=68702999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr11	68703959	rs622082	A	G	4571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GGGACCTGCTACGTCCACCAG;SOR=0.457;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=235;TCF=93;TCR=142;TR=176;WE=68703967;WS=68703949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,182:0.75:244
chr11	68704264	rs546382	C	T	5108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;PP=2962;ReadPosRankSum=1.614;SC=ACGACAGTTCCGGGGAAGGGA;SOR=0.879;Source=Platypus;WE=68704272;WS=68704254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,219:0.73:302
chr11	68705504	rs513615	G	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=297;ReadPosRankSum=0.071;SC=ACTCCTGGCCGCAAGCAGTCC;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=14;WE=68705512;WS=68705494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr11	68773810	rs57545280	AG	A	529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=11;PP=240;SC=AGCGTGGGGGAGGGGGGGGGT;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=68773818;WS=68773800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	68777183	rs11228437	G	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,43:0.27:162
chr11	68777323	rs11544721	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-2.106;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr11	68816370	rs4930642	A	G	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	68821294	rs117606434	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=0.084;SC=GCCCTGGGCCTGGCCTGTGCA;SOR=0.136;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=13;WE=68821302;WS=68821284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr11	68822739	rs1470892	T	C	26454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=967;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=401;NR=532;PP=2965;ReadPosRankSum=0.796;SC=ACCGCGCTGCTCCCTGGGAGC;SOR=0.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=936;TCF=401;TCR=535;TR=933;WE=68822747;WS=68822729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,960:1.00:961
chr11	68822831	rs72917389	C	T	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=132;PP=2965;SC=GTGAGGCGGGCGCCAGGCCCT;SOR=5.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=11;TCR=132;TR=143;WE=68822839;WS=68822821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	68825037	rs3750973	A	C	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=48;PP=2965;SC=CCGCCCGTCTATCTTGCAGGG;SOR=1.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=136;TCR=48;TR=184;WE=68825049;WS=68825027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	68831364	rs72928978	G	A	3638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=62;PP=2221;ReadPosRankSum=-2.907;SC=CTCCCCCAGCGTCGGGCTGCT;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=119;TCR=84;TR=150;WE=68831372;WS=68831354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,160:0.74:217
chr11	68834968	rs6591368	T	C	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=100;NR=73;PP=2965;SC=CTTCTGCTCTTAGCAGGATGA;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=100;TCR=73;TR=173;WE=68834976;WS=68834958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	68838028	rs3829236	C	T	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=86;PP=2474;SC=ACCGATACACCCTGCTGCCTC;SOR=1.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=37;TCR=86;TR=123;WE=68838036;WS=68838018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	68839949	rs896969	C	T	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=28;PP=1893;SC=GCAGGATGCTCGTTACAGGGG;SOR=1.563;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=97;WE=68839957;WS=68839939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	68846098	rs4930649	A	G	20500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=341;NR=385;PP=2965;SC=CAGAGCTGGCACGGAAGTGCC;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=726;TCF=341;TCR=385;TR=726;WE=68846106;WS=68846074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,745:1.00:745
chr11	68846399	rs35264875	A	T	17289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=292;NR=322;PP=2965;SC=CCTGTTGGAGATGCTGCTCAA;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=616;TCF=293;TCR=323;TR=614;WE=68846407;WS=68846389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,644:1.00:644
chr11	68846519	rs7124310	A	C	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=96;PP=2906;SC=GCCGGCCTCTACTGGGCGGGT;SOR=2.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=34;TCR=96;TR=130;WE=68846527;WS=68846509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	68847138	rs12804893	T	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=4;PP=940;SC=AAAGAAGTCCTGACATCTGGA;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=68847146;WS=68847128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	68850773	rs1542334	G	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=429;SC=CGCAACGTGTGCACACGTACA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=68850781;WS=68850763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	68851414	rs2376558	T	C	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=93;PP=2750;ReadPosRankSum=1.109;SC=TGTCCTCAGCTGATGGCCGTG;SOR=0.322;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=182;WE=68851422;WS=68851404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr11	68851547	rs72928652	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=37;PP=1103;SC=GGAGGCTGGCGGAAGGCAGTG;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=68851555;WS=68851537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	68853504	rs2290421	C	T	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=71;PP=2117;SC=GTGGCTGGGACGGGGACTCGG;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=17;TCR=71;TR=88;WE=68853512;WS=68853494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	68854012	rs35337391	A	G	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=69;PP=2735;SC=TCTATTTTGTATTGTGGTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=150;WE=68854020;WS=68854002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	68855197	rs1123665	T	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=543;SC=ACATCCATCCTGAGGCTCATC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=68855205;WS=68855187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	68855483	rs1551306	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=301;SC=ACAGGTGCCCGTCATGGAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=68855491;WS=68855473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	69462910	rs9344	G	A	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FS=3.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.592;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,151:0.27:552
chr11	69466115	rs7177	C	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=105;ReadPosRankSum=-1.478;SC=CAGGTGCTCCCCTGACAGTCC;SOR=1.371;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=8;WE=69466123;WS=69466105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr11	69588729	rs2073464	G	A	8284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=1.431;SC=GAGAAGCCACGAGCCTGCTAG;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=473;TCF=262;TCR=211;TR=351;WE=69588737;WS=69588719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,361:0.74:486
chr11	69625385	rs35420992	C	T	7732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.274;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.521;SC=TACTAGACACCGTCCGGTACA;SOR=0.642;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=441;TCF=226;TCR=215;TR=329;WE=69625393;WS=69625375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,341:0.75:457
chr11	69625511	rs7932320	T	C	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=82;PP=1645;ReadPosRankSum=0.879;SC=GGGGAGACTGTGGCAGCGTCA;SOR=0.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=55;TCR=105;TR=123;WE=69625519;WS=69625501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,127:0.76:167
chr11	69630973	rs3926882	G	A	3834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.35;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,91:0.79:115
chr11	69630978	rs7483837	G	A	4059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.52;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,104:0.78:133
chr11	69633633	rs41538178	C	A	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=54;PP=1728;ReadPosRankSum=-1.098;SC=GCCGCAACCGCGCCCCAGGGC;SOR=0.406;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=111;WE=69633641;WS=69633623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,117:0.76:154
chr11	69924226	rs2509134	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-0.480;SC=CCCCCTTTCACACCCGGTATG;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=69924234;WS=69924216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr11	69924476	rs11233122	T	G	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.012;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=444;ReadPosRankSum=-0.927;SC=AGCAGCCGGGTGGCGGCGCGA;SOR=1.292;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=29;WE=69924484;WS=69924466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr11	69924835	rs78535175	C	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=4.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,73:0.25:293
chr11	69931624	rs12290914	G	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,97:0.25:385
chr11	69931876	rs2509128	C	G	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=24;PP=646;SC=CCCTCCCCCTCTCCCCCACTG;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=69931884;WS=69931866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	69933717	rs2509133	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=490;SC=CCTAGGACAGTGCCTGGCCCG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=69933725;WS=69933707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	69934085	rs10898112	G	A	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:446,175:0.28:621
chr11	69949135	rs55698329	GCC	G	4834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=42;PP=2087;SC=GAGATGCACCGCCCCCCCTCA;SOR=1.297;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=69;WE=69949144;WS=69949125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr11	69970412	rs2509160	G	A	6063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GAGCAACCTCGGAGTGCCACA;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=338;TCF=206;TCR=132;TR=259;WE=69970420;WS=69970402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,265:0.76:348
chr11	69970637	rs2515258	A	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=35;PP=824;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GTTTGAACTCAAAGAGCTTGT;SOR=1.287;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=39;WE=69970645;WS=69970627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr11	69978265	rs2509174	C	T	3975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=100;PP=2487;ReadPosRankSum=-1.967;SC=TCTGTCTTTGCGAAATCATCC;SOR=0.462;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=201;TCF=77;TCR=124;TR=166;WE=69978273;WS=69978255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,174:0.81:215
chr11	69978358	rs2515264	G	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=502;SC=TTACTGGGGTGCGCAGTGCAT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=69978366;WS=69978348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	69998470	rs12807936	C	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.410;NF=43;NR=12;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.316;SC=AAAAGTTGTCCTTAGTGGACA;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=55;WE=69998478;WS=69998460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,54:0.83:65
chr11	69999122	rs10160639	A	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=4;PP=979;SC=CTCAGACTCAAAATTAACAAG;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=69999130;WS=69999112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	69999252	rs3781663	G	A	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=93;PP=2965;SC=GGCCACTGTGGGTTAACTTTC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=99;TCR=93;TR=192;WE=69999260;WS=69999242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
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chr11	70002185	rs34657087	AT	A	212.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,23:0.21:107
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chr11	70007392	rs2276067	A	G	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:472,150:0.24:622
chr11	70007484	rs2276068	C	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=4.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.089;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,54:0.23:235
chr11	70007865	rs2155461	A	C	5857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=128;PP=2965;SC=GCCTTTCCCCAACCTCGCTTC;SOR=1.520;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=73;TCR=128;TR=201;WE=70007873;WS=70007855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	70009720	rs11235460	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=125;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CTTTTTTTGTGAGACTGAATA;SOR=0.035;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=12;WE=70009728;WS=70009710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr11	70013186	rs3781654	G	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.907;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=1.282;SC=CAAGGAGGCAGAGGTTGCAGT;SOR=1.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=12;WE=70013194;WS=70013176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr11	70015951	rs56751551	C	T	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=10;PP=1150;ReadPosRankSum=0.732;SC=GCCAGGCACACGGTGACATTC;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=72;TCR=14;TR=60;WE=70015959;WS=70015941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
chr11	70016058	rs17333013	A	C	8990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=3.206;SC=TTCCACTCAGAAACCTTTTCC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=502;TCF=273;TCR=229;TR=384;WE=70016066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,397:0.76:520
chr11	70016247	rs35843284	T	TG	3203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=58;PP=2533;SC=AGGGGAAGTTTGGGCTCTGGA;SOR=1.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=62;WE=70016255;WS=70016237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	70016345	rs57900749	T	C	223.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.640;NF=2;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=0.900;SC=CTTCCCAGCATGGGCAGGGGG;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=70016353;WS=70016335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr11	70016922	rs7127005	C	T	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=8;PP=814;ReadPosRankSum=0.528;SC=GCTCGGCACACGGGGTGGTGG;SOR=0.338;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=132;TCF=118;TCR=14;TR=50;WE=70016930;WS=70016912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,52:0.40:130
chr11	70016944	rs3842255	AT	A	2629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.391;NF=41;NR=17;PP=1994;ReadPosRankSum=1.341;SC=GTCCCCCCTTATGGGCTGTGG;SOR=0.459;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=188;TCF=142;TCR=46;TR=58;WE=70016952;WS=70016934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,78:0.34:227
chr11	70031909	rs7937532	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=267;ReadPosRankSum=-1.742;SC=GGTTCAGAGACTCCTCCAGAG;SOR=0.970;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=20;WE=70031917;WS=70031899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr11	70049523	rs1131677	A	G	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=47;PP=2904;SC=CAGAGGGCGCACGGAGGGCCG;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=115;TCR=47;TR=162;WE=70049531;WS=70049513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	70118251	rs670012	T	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=290;ReadPosRankSum=1.284;SC=TGAGCTTAATTACTGTAGCCT;SOR=1.230;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=70118259;WS=70118241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr11	70118489	rs546502	G	A	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=59;PP=1789;ReadPosRankSum=-1.603;SC=GTTACACGAGGTTGGTCATGA;SOR=0.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=114;WE=70118497;WS=70118479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,122:0.71:172
chr11	70173019	.	C	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.627;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=491;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CTCTTACTCTCCCAATTACTT;SOR=0.968;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=22;WE=70173027;WS=70173009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr11	70179672	rs2282481	C	T	4462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.250;SC=GAGCATGCAGCCCTGAGGGTG;SOR=0.951;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=253;TCF=96;TCR=157;TR=183;WE=70179680;WS=70179662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,192:0.72:268
chr11	70200594	rs7943389	C	T	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=81;PP=2432;SC=CAGAGCGCACCTGTCTTTTCG;SOR=4.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=10;TCR=81;TR=91;WE=70200602;WS=70200584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	70208311	rs7130178	G	A	4395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=69;PP=2938;ReadPosRankSum=0.996;SC=ATGCAGTTGCGTGGGTTACAG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=149;TCR=95;TR=179;WE=70208319;WS=70208301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,187:0.73:255
chr11	70208350	rs10751231	G	A	8788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=140;PP=2965;SC=TACTTTGTAGGCTGTACCTCA;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=172;TCR=140;TR=312;WE=70208358;WS=70208340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr11	70211574	rs670310	A	G	7581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.644;SC=CACTCCTCCCAGCGCGTTTTC;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=420;TCF=178;TCR=242;TR=322;WE=70211582;WS=70211564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,334:0.77:433
chr11	70222604	rs664130	G	A	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=800;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TAGATTTGATGAAAGTTTTAT;SOR=0.403;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=56;WE=70222612;WS=70222594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,63:0.75:84
chr11	70229171	rs552282	G	A	4270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=97;PP=2840;ReadPosRankSum=-0.745;SC=ACTACATTTTGGAATCCAGTG;SOR=0.562;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=253;TCF=106;TCR=147;TR=170;WE=70229179;WS=70229161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,182:0.68:267
chr11	70253586	rs569732	T	C	5801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=90;PP=2965;SC=TGTGTCACAATCCAGGCTGTG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=108;TCR=91;TR=198;WE=70253594;WS=70253576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	70268474	rs77395560	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.905;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=1.731;SC=GGGTGGTCCCGCAGACTGCAT;SOR=2.288;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=18;WE=70268482;WS=70268464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr11	70279766	rs643301	C	T	9509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=172;PP=2965;SC=ACAGCACCTACGATGAGTACG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=166;TCR=172;TR=338;WE=70279774;WS=70279756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr11	70280992	rs3802780	G	A	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=4;PP=1332;SC=GAGGCAGCAGGAGCCTCCGCG;SOR=4.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=51;WE=70281000;WS=70280982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	70333498	rs62622853	T	C	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:413,126:0.23:539
chr11	70349061	rs7110158	A	G	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=83;PP=2513;SC=AGAGGATGGCATCAGTGAGAG;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=152;WE=70349069;WS=70349051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	70506206	rs525304	G	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=189;SC=CCCCAGGAAGGGCTTGAGATT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=70506214;WS=70506196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	70507605	rs3837380	TACACACACACACACACACACACACACACACAC	T	4640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=10;PP=1487;SC=TGCAGGCGTATACACACACAC;SOR=2.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=31;WE=70507646;WS=70507595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	70544937	rs7117514	A	G	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=42;PP=1229;SC=CCCACAGCACATGAGGCTGGT;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=70544945;WS=70544927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	70644839	rs11237534	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr11	70666765	rs11237599	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,30:0.23:133
chr11	70672399	rs3019835	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=618;SC=GTTATATTCCGGACCAACTCA;SOR=4.407;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=25;WE=70672407;WS=70672397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	70757620	rs4409861	T	C	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=2.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,85:0.29:297
chr11	70757705	rs4246962	C	T	6518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=124;PP=2965;SC=ATTAATTATCCGTTTTCCCAG;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=103;TCR=124;TR=227;WE=70757713;WS=70757695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	70766554	rs4077321	C	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.359;SC=AAAGGAGAGGCGGAGGGTGGA;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=85;WE=70766562;WS=70766544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,94:0.73:129
chr11	70766664	rs4495913	A	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=20;PP=497;SC=AAGTCATTAAAAATCAAAAAT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=70766672;WS=70766654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	70777553	rs10899691	A	C	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FS=2.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:483,108:0.18:591
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chr11	71146248	rs141483210	AAGCAAGGAACAG	A	1422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,57:0.16:354
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chr11	71146691	rs760241	A	G	7615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=124;PP=2965;SC=GCCTCTGCCCATCGGCGGATG;SOR=0.858;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=156;TCR=124;TR=279;WE=71146699;WS=71146681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr11	71146952	rs1792268	G	A	5579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=98;PP=2965;SC=TGTGGGCTCGGGGGCCCAGCG;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=94;TCR=98;TR=191;WE=71146960;WS=71146942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	71149069	rs949176	A	G	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=80;PP=2464;SC=CACTCCACGCAGATGCAGCAG;SOR=2.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=19;TCR=80;TR=99;WE=71149077;WS=71149059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	71150217	rs2852853	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=585;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CCAGCACTGGCCCAGGGTCCT;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=26;WE=71150225;WS=71150207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr11	71152258	rs736894	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,41:0.25:167
chr11	71152461	rs949177	A	G	5286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=113;PP=2965;SC=CTTGCAGGCCATTGATCTGAT;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=68;TCR=113;TR=180;WE=71152469;WS=71152451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	71153459	rs11603330	C	A	7506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=0.926;SC=AAGGGGGACGCATAGCAGGAA;SOR=0.630;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=431;TCF=186;TCR=245;TR=315;WE=71153467;WS=71153449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,325:0.74:441
chr11	71155153	rs1790334	A	G	15279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=293;NR=279;PP=2965;ReadPosRankSum=0.473;SC=CCACAGGGCCAGTCAGGGCGC;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=575;TCF=295;TCR=280;TR=572;WE=71155161;WS=71155143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,587:1.00:589
chr11	71155171	rs1044482	C	T	9094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=0.701;SC=CGCAGCTGTACTGGTCACAAG;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=600;TCF=308;TCR=292;TR=406;WE=71155179;WS=71155161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,411:0.67:612
chr11	71155778	rs112621523	CA	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr11	71164471	rs12789751	G	A	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1181;ReadPosRankSum=-1.993;SC=GTGGCGCACGGGCACCGTGGC;SOR=0.615;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=73;WE=71164479;WS=71164461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,76:0.70:108
chr11	71164544	rs12791871	A	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=492;ReadPosRankSum=1.358;SC=GGCCCTGGGCATGGGATCAGG;SOR=1.508;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=23;WE=71164552;WS=71164534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr11	71166060	rs2276359	T	TG	4523.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.898;NF=51;NR=38;PP=2262;ReadPosRankSum=0.395;SC=GTTTGTTTTTTTTTTTATCCT;SOR=0.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=89;WE=71166068;WS=71166044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,128:0.91:140
chr11	71166337	rs1790373	A	G	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=36;PP=974;SC=CGCCACACCCACTGTTGGGCC;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=39;WE=71166345;WS=71166327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	71169547	rs2276360	G	C	4642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=97;PP=2944;ReadPosRankSum=1.812;SC=AGCGGCCCTTGTGGAGTCTCC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=136;TCR=143;TR=188;WE=71169555;WS=71169537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,203:0.68:300
chr11	71169648	rs2276361	A	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=41;PP=892;ReadPosRankSum=0.148;SC=GCTCAAGGGCATGACCCACCC;SOR=0.135;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=51;WE=71169656;WS=71169638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr11	71174452	rs2276362	A	G	5756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GGGCAGACACACATGTACCTC;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=383;TCF=207;TCR=176;TR=261;WE=71174460;WS=71174442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,266:0.68:390
chr11	71174553	rs1629220	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,66:0.26:251
chr11	71174589	rs1629304	T	C	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=94;PP=2266;SC=GGCTCTCAGCTGAGGGCTGCC;SOR=2.394;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=30;TCR=94;TR=124;WE=71174597;WS=71174579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	71183474	rs2282621	C	T	4913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,125:0.64:194
chr11	71183477	rs2282620	C	T	4941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.29;ReadPosRankSum=-1.661;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,121:0.64:188
chr11	71183645	rs2282619	T	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=381;SC=ATCCAGGTAATGGAAGGCACC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=71183653;WS=71183635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	71184190	rs7935125	C	A	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=12;PP=1622;ReadPosRankSum=-0.639;SC=AGGGCACCCACCTCTTCGGAA;SOR=1.412;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=120;TCF=100;TCR=20;TR=81;WE=71184198;WS=71184180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr11	71184498	rs2276358	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=251;ReadPosRankSum=1.332;SC=TCCTGGGGCCGTGGCCGTGGC;SOR=1.928;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=17;WE=71184506;WS=71184488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr11	71184678	rs7950441	A	C	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=79;PP=2965;SC=GCAGCCACCAAGTGCTGCGCA;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=113;TCR=80;TR=192;WE=71184686;WS=71184668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	71185479	rs2276354	T	C	16296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=346;NR=254;PP=2965;ReadPosRankSum=0.782;SC=AGAAGGGTTGTGACGGGGACC;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=603;TCF=347;TCR=256;TR=600;WE=71185487;WS=71185466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,619:1.00:621
chr11	71185518	rs2186778	T	C	21042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=405;NR=377;PP=2965;ReadPosRankSum=1.181;SC=GTGCCATGATTGCCATGAACG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=785;TCF=407;TCR=378;TR=782;WE=71185526;WS=71185508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,812:1.00:814
chr11	71187061	rs2017686	C	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.991;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=764;ReadPosRankSum=0.435;SC=CACCCGGCCTCTCTTTCTGTT;SOR=1.097;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=166;TCF=109;TCR=57;TR=56;WE=71187069;WS=71187051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,58:0.33:178
chr11	71188361	rs68009340	TCACA	T	2123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=5.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.138;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.785;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,77:0.18:427
chr11	71188502	rs3794065	G	A	6172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=143;PP=2965;SC=CCCCTGTTACGGCGGTAGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=74;TCR=143;TR=217;WE=71188510;WS=71188492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	71189436	rs2276353	T	C	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=117;NR=92;PP=2965;SC=AATTTCCTTCTCCAGGAAGTC;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=118;TCR=94;TR=209;WE=71189444;WS=71189426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	71191604	rs74471702	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TGAGAATCCCGGTTTCTCACC;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=6;WE=71191612;WS=71191601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr11	71192602	rs3814731	T	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=20;PP=463;SC=GCTTAGTCTGTGCTAGCCAGA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=71192610;WS=71192592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	71192851	rs3814734	A	G	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=30;PP=2364;SC=GGAAAGTGCTAACACCCACGT;SOR=1.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=82;TCR=30;TR=111;WE=71192859;WS=71192841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	71193135	rs7949129	G	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-2.139;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,50:0.32:155
chr11	71238896	rs182544928	T	C	4684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=136;PP=2897;ReadPosRankSum=0.629;SC=TTTCCGAAGCTGTGACCTGTC;SOR=0.825;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=290;TCF=101;TCR=189;TR=204;WE=71238904;WS=71238886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,212:0.70:302
chr11	71260243	rs2664	T	C	8976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=219;PP=2962;ReadPosRankSum=0.832;SC=AGGTAGCTCCTGAAGATCTGT;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=546;TCF=238;TCR=308;TR=388;WE=71260251;WS=71260233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,401:0.71:565
chr11	71260296	rs2663	G	A	4706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.104;SC=TCCCCTTCTGGATCTGAAAAG;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=65;TCR=184;TR=179;WE=71260304;WS=71260286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,184:0.72:255
chr11	71276909	.	G	A	80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=28;MQ=46.07;NF=9;NR=0;PP=80;QD=12.7523569497;SC=GCTCCAAGGGGGGCTGTGGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=9;WE=71276917;WS=71276899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,9:0.30:30
chr11	71279936	rs72475645	A	C	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=8.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-12.038;QD=3.37;ReadPosRankSum=3.822;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,96:0.23:409
chr11	71279995	rs200834593	C	T	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=16.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.92;MQRankSum=-7.794;QD=6.19;ReadPosRankSum=-3.055;SOR=1.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,75:0.22:344
chr11	71280000	.	T	G	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.613;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=32.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.46;MQRankSum=-8.620;QD=6.19;ReadPosRankSum=-2.888;SOR=2.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,64:0.20:321
chr11	71290670	rs2015464	C	G	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.585;NF=67;NR=30;PP=1977;ReadPosRankSum=1.338;SC=AAAACAGTCACCCCAGGGCTG;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=97;WE=71290678;WS=71290660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr11	71290740	rs4081429	A	C	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.011;NF=78;NR=76;PP=2811;ReadPosRankSum=-0.791;SC=ATGAGAGCCAATATGACTGTG;SOR=0.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=154;WE=71290748;WS=71290730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr11	71290790	.	A	ACAGCAGCTGGACTGGGAGCAGCAGGACCTG	2994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.17;MQRankSum=-1.661;QD=56.50;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr11	71290816	.	GCT	ACC	1247	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=44.55;NF=11;NR=21;PP=1247;QD=40.6396210894;SC=GAGCAGCAGGGCTTGCAGCAG;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=32;WE=71290826;WS=71290806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:56,32:0.36:88
chr11	71507261	rs111708284	A	G	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=83;PP=2550;SC=AGCTGTCCCTACAGGACTCCA;SOR=1.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=123;WE=71507269;WS=71507251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	71576817	rs112808966	GTTT	G	1942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.81;QD=44.15;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	71576840	rs3018297	T	G	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.24;QD=44.36;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	71576841	rs61031502	G	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.24;QD=44.36;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	71576918	rs60461859	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.64;QD=33.28;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	71576923	rs138059322	T	TAAAC	358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.48;QD=39.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	71627159	rs80164817	C	A	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=68;PP=2399;SC=AGGGACCCACCACAGAGTCAT;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=138;WE=71627167;WS=71627149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	71630226	rs3763797	C	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=709;SC=ATACTGTTATCATGTGCCAAG;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=71630234;WS=71630216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	71634606	rs113842864	GT	G	275.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.548;QD=16.23;ReadPosRankSum=1.127;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr11	71668362	rs3216157	CT	C	4698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=67;PP=2951;SC=GTTAACCCAGCTTAATTGAGT;SOR=1.179;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=87;TCF=14;TCR=73;TR=81;WE=71668370;WS=71668352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	71671692	rs78708286	G	C	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=8;PP=1861;SC=ATGAAGCAGGGAATGTGTTCT;SOR=3.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=63;TCR=8;TR=71;WE=71671700;WS=71671682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	71701502	rs2276385	G	C	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=5;PP=835;SC=ACAGCAGACTGGATTTGGTCA;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=71701510;WS=71701492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	71701523	rs2276384	G	A	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.98;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	71701532	rs2276383	C	T	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=2.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	71701763	rs35844388	G	A	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=87;PP=2965;SC=CTACCATAGGGGTAAGTTCAT;SOR=1.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=62;TCR=87;TR=149;WE=71701771;WS=71701753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	71706455	rs76950159	C	T	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=10;PP=2110;SC=GCTGGAGTGCCGCCCTGGCTC;SOR=3.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=75;TCR=10;TR=85;WE=71706463;WS=71706445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	71706544	rs34075366	A	G	8103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=131;PP=2965;SC=GAAAGAAGCAAACGTGTCCCT;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=153;TCR=132;TR=284;WE=71706552;WS=71706534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	71706746	rs78736687	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=33;PP=846;SC=TGCTAGTCCTGCCCCCATGAT;SOR=3.967;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=71706754;WS=71706736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	71707102	rs79664808	C	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=4;PP=612;SC=TGAGGCTGGGCCCTTCCAGAA;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=71707110;WS=71707092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	71707465	rs1055452	TG	CT	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=912;SC=CTCAAAGGGGTGCTTGGGCCA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=71707474;WS=71707455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	71714526	rs949324	G	C	12811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.59;SOR=1.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	71714526	.	GGT	CGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=180;NR=75;PP=2947;QD=20;SC=GACCAGGTGAGGTCAGCATCG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=267;TCF=184;TCR=83;TR=255;WE=71714536;WS=71714516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,255:0.96:267
chr11	71714528	rs949323	T	G	12811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=1.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	71715218	rs2852365	T	C	12209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=203;NR=221;PP=2965;SC=CCACGCTCTATCAGCAAGGTC;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=425;TCF=203;TCR=222;TR=424;WE=71715229;WS=71715208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr11	71717106	rs61745941	G	A	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=49;PP=2241;SC=TGGACACCCCGGCCTGGGAAC;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=81;TCR=49;TR=130;WE=71717114;WS=71717096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	71719328	rs111494297	C	CT	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.256;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr11	71719619	rs2155145	G	T	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=10;PP=1057;SC=CCCGTTTTTCGTTATTCTTCT;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=71719627;WS=71719609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	71721757	rs78266495	C	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=463;SC=CCCGACACCCCCCACGGCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=71721765;WS=71721747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	71726168	rs3750913	G	C	12839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=246;PP=2965;ReadPosRankSum=0.471;SC=GTGCTGGGCAGCCATGGCCTC;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=440;TCF=193;TCR=247;TR=438;WE=71726176;WS=71726158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,464:0.99:467
chr11	71727422	rs1057992	A	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=13;PP=1123;SC=CACACCAACCAGCAGCACACA;SOR=1.714;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=43;WE=71727430;WS=71727412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	71728914	rs111660939	C	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=45;PP=1271;SC=CCAGAGTCAACGCTGACCCCA;SOR=4.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=50;WE=71728922;WS=71728904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	71729383	rs113691033	T	C	4756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=72;PP=2965;SC=AGAGTATGGGTTCCTGGCTGG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=154;WE=71729391;WS=71729373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	71730071	rs78877838	C	G	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=43;PP=1497;SC=CGCCTAAGATCTGAAGCAATC;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=85;WE=71730079;WS=71730061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	71804513	rs2250866	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=381;SC=AAGCAAAGATGATACCCAAGT;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=71804521;WS=71804503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	71805732	rs34329029	T	TGA	2565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=17;PP=1441;SC=CAACTAAGGCTGAGAGAGGCA;SOR=1.366;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=31;WE=71805740;WS=71805722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	71816092	rs12293885	T	A	9270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=159;NR=176;PP=2965;SC=GTTCCCAAGCTCACCAGTTCA;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=159;TCR=176;TR=335;WE=71816100;WS=71816082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr11	71816219	rs12272213	G	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=42;PP=1227;SC=TGGATGAGGAGGAGAATGGTC;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=71816227;WS=71816209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	71821236	rs17161980	A	G	6358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=123;PP=2965;SC=TATCCTCATCATCTTCATCAT;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=100;TCR=123;TR=223;WE=71821244;WS=71821226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	71822165	rs144948522	G	GTGCTGGGGTCTCTGTCTA	1453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=2;PP=743;SC=GTCTCTGTCTGTGCTGAGGTC;SOR=3.528;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=24;WE=71822173;WS=71822155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	71822401	rs3750908	A	G	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=109;PP=2965;SC=AATTTGATTTAGGGATAGGGT;SOR=1.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=70;TCR=109;TR=179;WE=71822409;WS=71822391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	71849741	rs652197	C	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=474;SC=TTATTTGAGCCCAGGATGTTG;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=71849749;WS=71849731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	71850734	rs193208888	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=178;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CCTTCAAGGTCAGCAACTATA;SOR=1.156;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=16;WE=71850742;WS=71850724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr11	71883540	rs633738	G	A	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=85;PP=2965;SC=TGGCTTTGGTGACTGCTGCGG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=88;TCR=85;TR=173;WE=71883548;WS=71883530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	71929526	rs651646	T	A	599.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5042;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=414;ReadPosRankSum=-1.474;SC=CACCGTAGGGTTGGGGAGACT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=20;WE=71929534;WS=71929516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr11	71932120	rs2508202	G	C	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.788;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GTCTCCCCCCGACCCACCCCA;SOR=2.753;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=26;TCR=111;TR=133;WE=71932128;WS=71932108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,130:0.96:135
chr11	71940473	.	G	A	4001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=58;PP=2785;ReadPosRankSum=1.295;SC=TACTTAGGTCGGGGTGGGAGT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=143;TCR=83;TR=159;WE=71940481;WS=71940463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,168:0.72:233
chr11	71948768	.	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.272;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,45:0.24:187
chr11	72114143	rs149561316	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=1.068;SC=TTGACATCTGCACCTTCTGAC;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=19;WE=72114151;WS=72114133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr11	72281818	rs380126	A	G	7743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=117;PP=2965;SC=GAATCCCAACACTCATCCTGC;SOR=0.975;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=163;TCR=117;TR=280;WE=72281826;WS=72281808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	72281884	rs433640	C	T	11363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=1.596;SC=AGCAGGGATTCGCTGTATGGG;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=409;TCF=237;TCR=172;TR=409;WE=72281892;WS=72281874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,419:1.00:420
chr11	72282039	rs409512	T	C	15766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=305;NR=289;PP=2965;SC=CCTTCATTCCTGCCCCAACCC;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=596;TCF=306;TCR=290;TR=594;WE=72282047;WS=72282029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr11	72288599	rs1980091	G	A	5421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.231;NF=58;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=1.871;SC=CCACGCGCTCGTACAGCTCTG;SOR=1.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=60;TCR=130;TR=187;WE=72288607;WS=72288589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr11	72288650	rs3842266	TG	T	2100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=50;PP=1636;SC=TGCGGGTGCATGGGGGGCAGA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=52;WE=72288672;WS=72288640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	72288664	rs1980090	C	T	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=40;PP=1116;SC=GGGCAGAGGGCGAGAGGCCAG;SOR=2.917;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=50;WE=72288672;WS=72288640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	72289176	rs379276	C	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=772;SC=ATCAGTTGGACCTGGGCCAGG;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=72289184;WS=72289166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	72289627	rs115243977	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=5.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.636;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,72:0.23:308
chr11	72290629	rs392565	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,31:0.22:144
chr11	72291883	rs644698	C	A	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=20;PP=1304;SC=ATGAGACTCCCAGACACCCCA;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=72291891;WS=72291873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	72291927	rs577536	T	C	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=18;PP=1608;SC=GGCAGGGTCTTACCGAGGCCA;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=72291935;WS=72291917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	72292176	rs7108477	C	T	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=29;PP=959;SC=TGGTTTGGAGCCCAGCAGACC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=72292184;WS=72292166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	72292353	rs57803658	G	GA	7953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=54;PP=2970;SC=CTGTCCCAGGGAGGGGACCCC;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=86;TCR=58;TR=134;WE=72292361;WS=72292343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	72292860	rs376724	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=15;PP=1026;SC=CCGGGGGCAACGGATGTGACA;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=72292868;WS=72292850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	72293039	rs379638	G	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=57;PP=1888;SC=GTATCAAGACGGGGCCCTTGC;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=108;WE=72293047;WS=72293029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	72293079	rs414178	A	G	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=36;PP=1130;SC=CCACACTCAAAATCTGGAGTC;SOR=1.276;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=72293087;WS=72293069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	72293602	rs4944557	A	G	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=77;PP=2476;SC=TATACTCATCATCGGAGACCT;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=63;TCR=77;TR=140;WE=72293610;WS=72293592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	72294440	rs426907	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=0.625;SC=CTGGGTCCCCGGGGAATCTGG;SOR=0.719;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=12;WE=72294448;WS=72294430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr11	72294714	rs408269	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=17;PP=455;SC=AGTAAAGACCCCACCCCCACT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=72294722;WS=72294704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	72294734	rs56267207	A	AC	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=376;SC=TTTCATCCAGACCCCGCGCCG;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=72294742;WS=72294724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	72295502	rs366711	T	C	16567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=289;NR=334;PP=2965;SC=TCCGGGACGCTGGAGGCGGTG;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=624;TCF=290;TCR=334;TR=623;WE=72295510;WS=72295492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,628:1.00:628
chr11	72295906	rs452228	A	G	9438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CTCCCTCCACACCCTCTCACC;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=163;TCR=183;TR=343;WE=72295917;WS=72295896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,351:0.99:353
chr11	72296341	rs75861523	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=3;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=830;ReadPosRankSum=1.995;SC=GGAAGTGGGTGGGGCAGGAAA;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=21;WE=72296361;WS=72296331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr11	72296353	rs59776769	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.735;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=201;ReadPosRankSum=-2.323;SC=GGCAGGAAAGGAGATGATGGG;SOR=0.004;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=12;WE=72296361;WS=72296331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr11	72296373	rs112798775	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=30.824;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=3;PP=926;ReadPosRankSum=0.059;SC=GGACTGAAGGCCACAGCCTCT;SOR=4.503;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=43;WE=72296381;WS=72296363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr11	72296700	rs424234	C	T	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=104;PP=2957;SC=TATCCAACCTCCTGCCTCCAA;SOR=2.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=41;TCR=104;TR=145;WE=72296708;WS=72296690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	72302191	rs429075	C	G	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=4;PP=1679;SC=GGCCCAGAGACGTTTAGTGAC;SOR=4.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=57;TCR=4;TR=61;WE=72302199;WS=72302181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	72302275	rs11235544	G	C	6827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.924;SC=CCCTGGCCAGGCCATCTTCCC;SOR=0.413;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=378;TCF=233;TCR=145;TR=283;WE=72302283;WS=72302265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,292:0.75:389
chr11	72307528	rs57087192	T	A	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=9.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=3.831;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr11	72307742	rs1877652	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,34:0.20:169
chr11	72307749	rs12276229	C	T	3154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.461;SC=TCAGAGATACCGAGCCGGGAC;SOR=1.298;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=153;TCF=48;TCR=105;TR=124;WE=72307757;WS=72307732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,130:0.81:160
chr11	72308511	rs142826924	TCCCTGC	T	1358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=7;PP=1284;SC=CCACAGTCCCTCCCTGCCCCT;SOR=2.093;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=23;WE=72308524;WS=72308501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	72309540	rs4943939	C	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,86:0.26:332
chr11	72326210	rs572421	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=1.630;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,23:0.18:128
chr11	72326275	rs754042	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.452;SOR=1.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,8:0.16:50
chr11	72346977	.	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=1.542;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,46:0.24:189
chr11	72354028	rs907853	C	A	5451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.533;SC=GACACGTGCGCACAGACACCG;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=152;TCR=160;TR=227;WE=72354036;WS=72354018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,243:0.73:332
chr11	72361883	.	T	C	284	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=14;NR=1;PP=284;QD=21.2514141698;SC=GTGCCTCAGGTTAGAGTCAGT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=15;WE=72361907;WS=72361873;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,15:0.56:27
chr11	72361893	rs72349218	TCCCTGAC	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=1;PP=1295;SC=TTAGAGTCAGTCCCTGACCCC;SOR=4.174;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=23;WE=72361907;WS=72361873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	72363759	rs12146545	G	A	6220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.305;SC=GAGGTCATTCGTCCAAAGTCA;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=373;TCF=165;TCR=208;TR=264;WE=72363770;WS=72363749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,274:0.71:385
chr11	72366929	rs907858	C	A	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=47;PP=1234;ReadPosRankSum=-2.143;SC=ACCCTCGGGCCCCCCAGAGTG;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=82;WE=72366937;WS=72366919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,88:0.73:120
chr11	72367102	rs907857	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=221;ReadPosRankSum=1.527;SC=GCCCGGCATCCGGAGAGGAAT;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=14;WE=72367110;WS=72367092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr11	72368986	rs3781916	T	G	3407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=44;PP=2372;ReadPosRankSum=-1.819;SC=GGGCAGGGCATGTCCCTCCTG;SOR=0.465;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=122;TCR=55;TR=133;WE=72368994;WS=72368976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,138:0.75:185
chr11	72396800	rs12802369	A	G	6245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.976;SC=AAGCTGCTGCAGCTGCTGCAG;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=335;TCF=153;TCR=182;TR=256;WE=72396808;WS=72396790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,265:0.76:349
chr11	72396990	rs12805218	G	A	4602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GAGGGCAATCGGGGAGGGCAA;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=133;TCR=115;TR=188;WE=72396998;WS=72396980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,194:0.77:253
chr11	72399451	rs7944294	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=5.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,53:0.15:363
chr11	72399607	rs2306609	G	A	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=92;PP=2306;ReadPosRankSum=-1.251;SC=GGAGAAGAGGGCACTTTAGTC;SOR=1.038;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=175;TCF=52;TCR=123;TR=128;WE=72399615;WS=72399597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,132:0.73:180
chr11	72404003	rs11235567	A	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=1349;ReadPosRankSum=1.663;SC=AATGAGGGAGAAGGGTGGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=57;WE=72404011;WS=72403993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr11	72404958	rs12276972	A	C	5134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.316;SC=CTCCAACCATATGCAAGTGCC;SOR=0.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=62;TCR=110;TR=171;WE=72404966;WS=72404948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr11	72405868	rs2306608	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=873;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TGCCAGCACCCTATCACCACC;SOR=1.863;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=38;WE=72405876;WS=72405858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr11	72407770	rs2306612	G	C	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1419;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CTGGGCTGCTGTGCCTCTCAT;SOR=0.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=81;WE=72407778;WS=72407760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,83:0.70:119
chr11	72407977	rs11602233	C	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=16;PP=1301;ReadPosRankSum=-1.345;SC=CGCAGGAGTCCGGAGGGATGG;SOR=0.696;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=70;TCR=20;TR=68;WE=72407985;WS=72407967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,69:0.75:92
chr11	72408055	rs56200889	G	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,75:0.26:286
chr11	72408657	rs2291289	C	T	4201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=82;PP=2486;ReadPosRankSum=-1.191;SC=TTCGCTCCACCAGCACCAGCA;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=254;TCF=129;TCR=125;TR=170;WE=72408665;WS=72408647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,186:0.69:271
chr11	72408840	rs200428900	AGGATGGCGG	A	2144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=2938;ReadPosRankSum=-1.645;SC=ATGAGAGGGCAGGATGGCGGC;SOR=0.639;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=34;WE=72408856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
chr11	72409189	rs12575364	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,25:0.24:106
chr11	72411082	rs7110501	T	C	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=55;PP=2195;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CAGAAGCATCTATCACTCTGT;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=122;TCR=84;TR=136;WE=72411090;WS=72411072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,142:0.65:219
chr11	72411099	rs10898866	C	T	3491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=66;PP=2090;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CTGTACTCTGCCTCCTGCTAC;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=126;TCR=98;TR=150;WE=72411107;WS=72411089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,160:0.67:240
chr11	72412675	rs11235574	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=4;PP=891;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GCTAAAGCAGAGTCTGGGGTG;SOR=2.124;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=43;WE=72412683;WS=72412665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr11	72416732	rs4598696	GG	CT	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=8;PP=2947;SC=TTATCACAAAGGGTCTCTTCC;SOR=3.767;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=74;TCR=8;TR=76;WE=72416741;WS=72416722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	72528973	rs891655	C	T	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=41;PP=1185;SC=ACGGGTACTCCTGTGTTTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=72528981;WS=72528963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	72532569	rs1864651	G	T	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=85;PP=2965;SC=CCTGTGCAAGGTCCCAAACCT;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=190;WE=72532591;WS=72532559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	72532621	rs1864652	T	G	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=84;PP=2795;SC=GGCGGGCAGGTGAGCAGCCGA;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=154;WE=72532629;WS=72532611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	72532708	rs11235603	C	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=33;PP=1017;SC=CCTGTCCGCCCCCAGATGGCC;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=72532716;WS=72532698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	72533711	rs4944806	A	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=49;PP=2339;SC=ATGTGGTCGGAGCCCACGAGA;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=72533719;WS=72533701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	72536272	rs2303969	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=479;ReadPosRankSum=0.909;SC=CACAGGCACCGGTAAGAGGGC;SOR=1.921;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=28;WE=72536280;WS=72536262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr11	72538141	rs3862793	T	C	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=7;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GGGAGGACACTGGGTTCTGGG;SOR=2.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=54;WE=72538149;WS=72538131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr11	72540225	rs891657	G	T	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=60;PP=2281;SC=GAGCTAACTTGACAGATGAGG;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=134;WE=72540233;WS=72540215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	72554407	rs3217361	A	AGGG	14352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.565;NF=58;NR=111;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.011;SC=ACAAGTTTACACACACAATTT;SOR=0.689;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=308;TCF=84;TCR=224;TR=169;WE=72554415;WS=72554397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,354:0.62:569
chr11	72598704	rs7129851	G	A	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=36;PP=981;SC=ATAATTCAAAGGGCTTTAGTG;SOR=7.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=36;WE=72598712;WS=72598694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	72788823	rs6592510	C	T	4608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=86;PP=2742;SC=ATTATAAGGACACACAGGAAA;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=77;TCR=86;TR=163;WE=72788831;WS=72788813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	72945341	rs2511241	C	T	10230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=135;PP=2965;SC=GTGTGCGTGCCTGGGCTGTGT;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=340;TCF=205;TCR=135;TR=340;WE=72945349;WS=72945331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr11	72946020	rs1783596	C	T	3988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=110;PP=2568;ReadPosRankSum=-1.640;SC=ACTCCTTCCGCTCGCTGGACC;SOR=0.759;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=620;TCF=306;TCR=314;TR=213;WE=72946028;WS=72946004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:426,220:0.34:646
chr11	72946140	rs3741156	G	C	3759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=93;PP=2787;ReadPosRankSum=-1.229;SC=CTGGGCAGAGGCTCGTACGCT;SOR=0.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=470;TCF=241;TCR=229;TR=189;WE=72946148;WS=72946130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,189:0.39:481
chr11	73020375	rs139105330	G	GCTC	1854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=3.273;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,53:0.37:144
chr11	73020846	rs3741151	G	T	4413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=104;PP=2852;ReadPosRankSum=-0.861;SC=GCAGGCTCCCGCGGTAGCAGC;SOR=0.701;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=540;TCF=275;TCR=265;TR=215;WE=73020854;WS=73020836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,225:0.41:551
chr11	73021084	rs3741149	C	T	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=48;PP=1358;ReadPosRankSum=0.025;SC=ATCCAGATATCGCCTCAGAGA;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=181;TCR=141;TR=109;WE=73021092;WS=73021074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,118:0.35:334
chr11	73066771	rs112840535	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=505;ReadPosRankSum=-2.014;SC=AGCTCCCAGCGTGGGTACCAT;SOR=0.624;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=33;WE=73066779;WS=73066761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr11	73072965	rs10553377	CCACA	C	911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TATAGGGCATCCACACACACA;SOR=0.260;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=24;WE=73072976;WS=73072955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr11	73073580	rs76764824	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=578;ReadPosRankSum=-1.949;SC=CCGCGACGCTCGCGGAGCCGG;SOR=0.706;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=163;TCF=98;TCR=65;TR=48;WE=73073588;WS=73073570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,50:0.29:170
chr11	73073846	rs75912489	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=546;ReadPosRankSum=-1.790;SC=AGGAGGGGGAGAGGAGGGACC;SOR=0.483;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=38;WE=73073854;WS=73073836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr11	73104724	rs79365754	G	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=543;ReadPosRankSum=0.944;SC=TCTGAGCCTGGATCCCACATT;SOR=0.383;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=171;TCF=122;TCR=49;TR=54;WE=73104732;WS=73104714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,57:0.32:180
chr11	73362766	rs670811	C	T	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=60;PP=2965;SC=CTATTCCTGTCCCTGCTTTAC;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=111;TCR=60;TR=171;WE=73362774;WS=73362756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	73364368	rs6592527	C	G	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=16;PP=1020;SC=TCCAGCTGCTCCTCACAACAG;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=73364376;WS=73364358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	73364629	rs7942217	T	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=1015;SC=ATTTGCAGTGTCTGGCCCTTT;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=73364637;WS=73364619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	73364673	rs7952228	G	A	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=548;SC=GGCTTAAACCGAGGACTGAAG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=73364681;WS=73364663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	73366697	rs2008734	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=546;ReadPosRankSum=1.061;SC=GTTACCATGAGCTGAGGAGAA;SOR=0.970;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=31;WE=73366705;WS=73366687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr11	73390772	rs71469461	GAA	G	10384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=122;PP=2950;SC=AGAGCTGTGGGAAAGAGAGAA;SOR=0.986;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=16;TCR=124;TR=138;WE=73390781;WS=73390762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	73441681	.	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=2.859;SC=ATTGTATTTATACAGCATTTT;SOR=0.380;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=15;WE=73441689;WS=73441671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr11	73441772	rs2037709	A	C	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=26;PP=1375;SC=ACTTGTAACAAAAAATAGACA;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=73441780;WS=73441762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	73602291	.	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=0.849;SC=TAGCATGTTAATTTTTCATTT;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=15;WE=73602299;WS=73602281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr11	73611349	rs2067912	G	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.564;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=894;ReadPosRankSum=1.712;SC=GATGTGAATTGTTGCAGGTTT;SOR=1.152;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=194;TCF=107;TCR=87;TR=57;WE=73611357;WS=73611339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,60:0.29:209
chr11	73669310	rs10793068	C	A	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=71;PP=1748;ReadPosRankSum=1.036;SC=CTCTGGTCCGCCCTCAGAAAC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=427;TCF=234;TCR=193;TR=157;WE=73669318;WS=73669300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,160:0.36:440
chr11	73669334	rs10793069	A	C	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,177:0.35:501
chr11	73670645	rs653263	T	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=1.177;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,52:0.30:174
chr11	73670795	rs148856834	ATTATT	A	1130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=5.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.207;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.071;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr11	73675810	.	CTGTGTGTG	C	120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=15;MQ=57.46;NF=4;NR=0;PP=120;QD=30.75;SC=GATAGGGAGGCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=73675825;WS=73675800;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,4:0.67:6
chr11	73675857	rs28393876	T	C	359.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=376;ReadPosRankSum=-1.342;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=1.911;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=17;WE=73675865;WS=73675847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr11	73676154	rs117097339	G	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=1.567;SC=CCCTTACCTGGGTGGGAGGAC;SOR=1.402;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=15;WE=73676162;WS=73676144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr11	73679219	rs2306817	G	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=769;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TAAGCTTCTCGGGCTTCTAAT;SOR=0.197;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=23;WE=73679240;WS=73679209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr11	73679232	rs2306818	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=769;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CTTCTAATCCATCTGGGCTAT;SOR=0.271;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=27;WE=73679240;WS=73679209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr11	73681090	rs2306819	C	T	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=59;PP=1879;ReadPosRankSum=0.440;SC=TCATCTTCTTCGACATCCAGT;SOR=0.873;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=349;TCF=192;TCR=157;TR=140;WE=73681098;WS=73681080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,148:0.41:360
chr11	73681135	rs72982975	G	A	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.833;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=69;PP=1598;ReadPosRankSum=-1.665;SC=AGAAGCAGATGCTGCGCCAGG;SOR=0.655;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=323;TCF=163;TCR=160;TR=145;WE=73681143;WS=73681123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,149:0.45:332
chr11	73685896	.	A	AGAAAGAGGGAAGGTGGTAGGTAAAGGAGCGGAAGGAAGAGGTGGG	1238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.81;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
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chr11	73689104	rs660339	G	A	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=43;PP=1407;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CTGGGCGCTGGCTGTAGCGCG;SOR=0.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=173;TCR=120;TR=107;WE=73689112;WS=73689094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,112:0.36:312
chr11	73712708	rs3837411	G	GTC	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=0.405;SC=AATCCTTTCAGTCTCTCTCTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=73712716;WS=73712698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	73715542	rs2075577	G	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=738;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TGAGCAGGTGGTAGTCCAGCA;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=85;TCR=38;TR=52;WE=73715550;WS=73715532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr11	73715666	rs2734828	G	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=677;ReadPosRankSum=0.317;SC=TGTGAAATGGGTGGGGAGGGA;SOR=1.004;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=159;TCF=64;TCR=95;TR=54;WE=73715674;WS=73715656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,59:0.33:177
chr11	73717024	rs1726747	AT	TC	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.456;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=488;ReadPosRankSum=1.569;SC=ACTAAGCAGCATTCTGGGACA;SOR=2.439;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=12;WE=73717033;WS=73717014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr11	73717984	.	T	C	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=61;PP=1749;ReadPosRankSum=-0.425;SC=CTTGGCTGTGTCCAGTGGAAA;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=421;TCF=232;TCR=189;TR=133;WE=73717992;WS=73717974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,144:0.32:446
chr11	73785326	rs4453265	T	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=730;ReadPosRankSum=1.213;SC=TTGCTCTTTCTACTAGGATGC;SOR=0.652;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=51;WE=73785334;WS=73785316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,57:0.35:161
chr11	73789777	rs1726735	T	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=514;ReadPosRankSum=0.103;SC=CGGGAGAAAATAAAGATTCTC;SOR=0.809;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=35;WE=73789785;WS=73789767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,37:0.32:117
chr11	73796608	rs1095424	T	C	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=20;PP=2532;SC=AGGGCTATACTATTCACAATG;SOR=2.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=82;TCR=20;TR=102;WE=73796616;WS=73796598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	73796917	rs826058	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=376;ReadPosRankSum=0.858;SC=AGCGGGTTCCCGTTCAGCCAA;SOR=0.241;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=28;WE=73796925;WS=73796907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr11	73803398	rs1790400	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=-0.424;SC=CCGCACCCGGCTATTTTATAT;SOR=0.425;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=8;WE=73803406;WS=73803388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr11	73879561	.	C	T	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=1381;ReadPosRankSum=-3.179;SC=GCTTTGCAATCTTCCATATGA;SOR=1.041;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=295;TCF=125;TCR=170;TR=97;WE=73879569;WS=73879551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,101:0.33:305
chr11	73882260	rs1726746	T	G	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TTTGTATGAGTGCTGTTGCGC;SOR=0.605;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=83;WE=73882268;WS=73882250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,95:0.40:237
chr11	74022429	rs7944333	C	T	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=900;ReadPosRankSum=1.676;SC=TGAGGCCCCTCGGTCGCTCCC;SOR=0.768;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=209;TCF=115;TCR=94;TR=86;WE=74022437;WS=74022419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,95:0.43:223
chr11	74047683	rs1044782	A	G	15847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=300;NR=297;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GTGTCATGACATATTGGTGTA;SOR=0.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=600;TCF=301;TCR=299;TR=597;WE=74047691;WS=74047673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,611:1.00:614
chr11	74049569	rs3867270	A	G	8058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=128;PP=2965;SC=GTTCTGTTCCACTTGTCCGAA;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=166;TCR=128;TR=294;WE=74049577;WS=74049559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr11	74053547	rs592644	C	T	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=30;PP=1121;SC=CCAGTGGTAACGTCCCGTACA;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=63;WE=74053555;WS=74053537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	74054346	rs641271	G	T	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=13;PP=1608;SC=AAATTTTGAAGATTTTAATAT;SOR=2.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=70;WE=74054354;WS=74054336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	74057647	rs519083	T	C	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=448;SC=GTGGTTATTTTGGGATAATGG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=74057655;WS=74057637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	74057931	rs3741130	C	T	5635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=108;PP=2965;SC=TCAATGTTAACGTTCCTGTAT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=73;TCR=108;TR=181;WE=74057939;WS=74057921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	74085420	rs35170680	T	G	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=11;PP=1531;ReadPosRankSum=1.836;SC=AGCCACCATGTCCAGTCAAAA;SOR=1.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=69;WE=74085428;WS=74085410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr11	74109342	rs904155	C	T	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=43;PP=1151;SC=GCAGGGTGTTCGTAACAGCTC;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=47;WE=74109350;WS=74109332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	74203308	rs586088	T	A	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1043;ReadPosRankSum=2.159;SC=GTGACGCCTGTCCCAACCAGT;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=307;TCF=154;TCR=153;TR=97;WE=74203321;WS=74203298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,102:0.32:323
chr11	74204198	rs10736797	G	A	4340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	74204269	rs10736798	T	G	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=110;PP=2965;SC=ACCGCCCTGCTCCGCGGCGCT;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=121;TCR=111;TR=231;WE=74204277;WS=74204259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	74204591	rs60455691	G	A	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CACGGGCCCCGCGGGCTCGCA;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=68;WE=74204599;WS=74204581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,75:0.77:98
chr11	74204727	rs4944895	A	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=39;PP=1525;SC=AGGCGCACCAACCGAACGGCG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=74204735;WS=74204717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	74207856	rs643738	G	A	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=71;PP=2965;SC=AACATCCCCAGTGGGAAAAAA;SOR=1.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=117;TCR=72;TR=188;WE=74207864;WS=74207846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	74208029	rs655025	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=460;ReadPosRankSum=0.927;SC=GCATTACTCACTGCATTTTTT;SOR=0.480;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=33;WE=74208037;WS=74208019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,33:0.26:129
chr11	74208214	rs656506	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.844;NF=16;NR=19;PP=561;ReadPosRankSum=-0.808;SC=AACATCTTACGGAAGAGTATG;SOR=0.766;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=35;WE=74208222;WS=74208204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr11	74208592	rs657339	G	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=171;ReadPosRankSum=-1.045;SC=TTACTGGCAAGTTCAGTAATG;SOR=0.403;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=20;WE=74208600;WS=74208582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr11	74340191	rs41541119	C	A	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=25;PP=999;ReadPosRankSum=-0.075;SC=AAAGCAAAACCCATAAGAGCA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=158;TCR=83;TR=73;WE=74340199;WS=74340181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,78:0.29:265
chr11	74407676	rs3819242	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=0.217;SC=TGTGTCTGCACGTGCACAACA;SOR=0.972;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=10;WE=74407684;WS=74407666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr11	74408384	rs10751240	C	T	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=59;PP=2563;SC=AGGCAAAAACCTACAGTCGGT;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=133;WE=74408392;WS=74408374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	74408619	rs3741124	C	G	18106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=317;NR=325;PP=2965;SC=AATCCTAGCTCTGGTCATTAG;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=644;TCF=318;TCR=326;TR=642;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,662:1.00:662
chr11	74408633	rs3741123	A	G	17982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=319;NR=345;PP=2965;SC=TCATTAGAACATGTATACGTC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=664;TCF=319;TCR=345;TR=664;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,680:1.00:680
chr11	74408740	rs3741122	C	T	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=55;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.212;SC=CTGTCACCTGCACCATCCTGC;SOR=0.539;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=255;TCF=92;TCR=163;TR=90;WE=74408748;WS=74408730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,97:0.36:266
chr11	74419357	rs1944937	C	T	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=7;PP=819;SC=CTTTGCAGGCCTGGCAGCAGG;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=74419365;WS=74419347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	74419378	rs7948433	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=1.709;SC=AGTCTGGCAGCGGGAGGGGTG;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=22;WE=74419386;WS=74419368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr11	74429987	rs12417156	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=263;ReadPosRankSum=-0.949;SC=GGCCACTCAGGCAAAAGAGAA;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=23;WE=74429995;WS=74429977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr11	74431277	rs4944943	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=1.573;SC=GACCCTTAGTTGAATGCTATT;SOR=0.245;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=14;WE=74431285;WS=74431267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr11	74441796	rs11236234	T	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=0.600;SC=GCGCTGTCCCTCACATTCCAG;SOR=0.354;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=21;WE=74441804;WS=74441786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr11	74460517	rs111614451	T	TA	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=229;ReadPosRankSum=-2.116;SC=TCCCGGGCCCTACTCGGGCGG;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=74460525;WS=74460507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr11	74546905	rs1125609	G	A	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=67;PP=1896;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GAAGCCTGCAGAAGCAGACTT;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=87;TCR=109;TR=119;WE=74546913;WS=74546895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,128:0.60:214
chr11	74547232	rs117602103	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1123;ReadPosRankSum=-2.399;SC=CACTGGAAACCTGCTGTTCCT;SOR=0.558;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=71;WE=74547240;WS=74547222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,77:0.60:129
chr11	74559481	rs4944961	C	T	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1457;ReadPosRankSum=0.259;SC=GAGGCTGCTTCGGCACCTTTG;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=90;WE=74559489;WS=74559471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,99:0.66:149
chr11	74559623	rs571437	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=1.171;SC=CGGACTGAGGCGGGGGTGGAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=74559631;WS=74559613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	74562067	rs557037	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=220;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CAGCCAGGTTGGTTTGCATAC;SOR=0.345;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=18;WE=74562075;WS=74562057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr11	74660504	rs1282689	A	C	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.618;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=1172;ReadPosRankSum=1.319;SC=GCGGCGAGCCAACCTTCCCAT;SOR=0.434;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=239;TCF=151;TCR=88;TR=81;WE=74660512;WS=74660494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,85:0.34:253
chr11	74660631	rs1282690	G	A	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.004;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=60;PP=1492;ReadPosRankSum=2.219;SC=ACCTGGACCCGGTCCTCTTTA;SOR=0.429;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=375;TCF=172;TCR=203;TR=120;WE=74660639;WS=74660621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,127:0.33:390
chr11	74674612	rs71848982	GTTTA	G	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQ=61.02;MQRankSum=-0.934;NF=12;NR=0;PP=298;ReadPosRankSum=1.595;SC=TTGTTTGTTTGTTTATTTATT;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=12;WE=74674623;WS=74674602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr11	74676794	rs514534	G	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=674;ReadPosRankSum=0.897;SC=TTGATTCCTTGTTTTTCTCAC;SOR=0.960;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=174;TCF=94;TCR=80;TR=50;WE=74676802;WS=74676784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,53:0.28:187
chr11	74700896	rs681566	A	G	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=39;PP=2965;SC=AGAAAGCGGGAAGGACTTGAT;SOR=1.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=98;TCR=39;TR=136;WE=74700904;WS=74700886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	74705696	rs544115	T	C	13957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=243;NR=244;PP=2965;SC=AGAAGCGTTCTACGAGGAGAG;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=487;TCF=243;TCR=244;TR=487;WE=74705704;WS=74705686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr11	74717618	rs116902328	C	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-0.485;SC=TACAGATAATCAAAAAACTTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=74717626;WS=74717608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr11	74862356	rs2851069	T	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=457;ReadPosRankSum=2.041;SC=GAAGATTTGCTTCCTCTCCCC;SOR=0.481;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=31;WE=74862364;WS=74862346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr11	74862391	rs1944612	A	G	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=49;PP=2474;SC=TCCTGAGATTAAATTAGGGGC;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=119;WE=74862399;WS=74862381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	74877004	rs3740839	G	A	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=56;PP=1294;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GGTAAGAGCAGCAGGGGCTGG;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=23;TCR=82;TR=71;WE=74877012;WS=74876994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr11	74880151	rs74885054	T	TC	1391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.24;MQRankSum=1.145;NF=26;NR=12;PP=1248;ReadPosRankSum=0.506;SC=AACAGTACCTTCCCCCGGGGT;SOR=0.793;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=38;WE=74880159;WS=74880141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr11	74880357	rs75987864	G	A	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=63;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TCGTGGCACAGACCCTGCTGG;SOR=0.540;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=343;TCF=151;TCR=192;TR=121;WE=74880365;WS=74880336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,123:0.35:350
chr11	74880856	rs7125268	C	A	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.014;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=91;PP=2330;ReadPosRankSum=-1.870;SC=TAACTGACTGCCACTCTCATA;SOR=0.902;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=234;TCF=90;TCR=144;TR=143;WE=74880864;WS=74880846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,148:0.61:244
chr11	74883577	rs12422149	G	A	10610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=243;PP=2962;ReadPosRankSum=1.402;SC=CAGTTTCGGCGAAAGGTCTTA;SOR=0.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=715;TCF=329;TCR=386;TR=458;WE=74883585;WS=74883567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,479:0.64:746
chr11	74904362	rs1621378	T	C	10064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=185;NR=162;PP=2965;SC=GGCATGGCCATCTTCCTGCCC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=348;TCF=185;TCR=163;TR=347;WE=74904370;WS=74904348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr11	74982882	rs36123903	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=0.571;SC=GAAGACCCACGGGACACACTC;SOR=1.355;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=20;WE=74982890;WS=74982872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr11	74988021	rs34053901	G	GTCCCC	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.066;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr11	74994352	rs877711	G	A	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=45;PP=1438;ReadPosRankSum=-0.071;SC=AAGGGTAAGCGTGCTCGCCCA;SOR=0.689;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=100;TCR=73;TR=109;WE=74994360;WS=74994342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,121:0.65:187
chr11	74995350	rs647630	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.929;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=809;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GAGTAAGCGGCCTCTCCCAAC;SOR=0.488;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=212;TCF=120;TCR=92;TR=72;WE=74995358;WS=74995340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,75:0.33:226
chr11	74995509	rs899115	C	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TTCCCCCATCCCAGGCCAGTA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=21;WE=74995517;WS=74995499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr11	75017436	rs536852	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=485;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CCCCATCTCCACCCCGCACTG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=26;WE=75017444;WS=75017426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr11	75023093	rs546812	A	G	5494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CCCCTCCTCTAAGTGCTGATC;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=379;TCF=204;TCR=175;TR=233;WE=75023101;WS=75023083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,245:0.62:396
chr11	75062547	rs34867163	A	G	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=41;PP=1267;ReadPosRankSum=-1.846;SC=CGAACGCAGAACCAGGACGCA;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=100;TCR=74;TR=96;WE=75062555;WS=75062537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,105:0.56:189
chr11	75062783	rs35382855	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.665;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr11	75113275	rs17881509	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=368;ReadPosRankSum=0.837;SC=GGGCAGCATGCGGCCCGTGGG;SOR=0.523;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=30;WE=75113283;WS=75113265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr11	75141630	rs11236430	T	C	2767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=49;PP=1947;ReadPosRankSum=-1.862;SC=CGCACGGCGCTTCGCAGCCCG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=111;WE=75141638;WS=75141620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,117:0.62:190
chr11	75141762	rs3018101	T	C	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1375;ReadPosRankSum=-3.724;SC=TTATTTCCTCTCTTGACCATT;SOR=1.088;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=81;WE=75141770;WS=75141752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,88:0.61:144
chr11	75152243	rs571353	C	T	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=131;NR=70;PP=2965;SC=TGGGACAGGGCGTGGGAGTTG;SOR=1.393;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=131;TCR=70;TR=201;WE=75152251;WS=75152233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	75154067	rs532454	C	T	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=25;PP=2239;SC=GTGGAGGTCGCGAAAGCTCTG;SOR=2.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=81;TCR=25;TR=106;WE=75154075;WS=75154057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	75155743	rs479574	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=-0.857;SC=GCCTACCTCATTGGTTTTACT;SOR=0.141;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=75155751;WS=75155733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr11	75160213	rs473462	G	A	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=46;PP=1411;SC=CCCTGGGCAGGTTGGGGTGCA;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=75160221;WS=75160203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	75160575	rs518611	G	A	6264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=125;NR=96;PP=2965;SC=TCCGCTCTGCGCGGGCGAACT;SOR=0.918;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=126;TCR=97;TR=221;WE=75160583;WS=75160565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	75167704	rs1793410	T	C	11338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=220;NR=193;PP=2965;SC=ATTCTAACGGTGATCCAGGGG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=413;TCF=220;TCR=193;TR=413;WE=75167712;WS=75167694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr11	75167793	rs12789498	G	A	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=57;PP=1423;ReadPosRankSum=1.125;SC=CGGCCGAGGCGGCCCTTACCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=116;TCR=148;TR=102;WE=75167801;WS=75167783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,102:0.38:271
chr11	75188569	rs1790149	C	T	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=38;PP=2193;SC=CTGTCCAGAGCGAGTCAGCAG;SOR=1.420;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=120;WE=75188577;WS=75188559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	75277628	rs584961	A	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=46;PP=1690;SC=CCTCGTCGCTAGGGCTCGTGT;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=75277636;WS=75277618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	75277757	rs650241	C	G	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=24;PP=1052;ReadPosRankSum=-2.416;SC=TCAGCAACTCCACGGCGCGCA;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=214;TCF=153;TCR=61;TR=82;WE=75277765;WS=75277747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,85:0.38:225
chr11	75277992	rs651581	C	T	5945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.391;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.108;NF=75;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=1.888;SC=CGGCGCCCTGCTAGTCAACGC;SOR=1.026;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=363;TCF=136;TCR=227;TR=216;WE=75278000;WS=75277982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,250:0.62:402
chr11	75278040	rs35462148	G	GTCC	5732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.08;MQRankSum=1.063;NF=12;NR=63;PP=2980;ReadPosRankSum=-2.353;SC=GCGTTCAGGGGTCCTCCTCCT;SOR=0.831;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=161;TCF=22;TCR=139;TR=75;WE=75278048;WS=75278030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,144:0.64:225
chr11	75279846	rs649257	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.261;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=386;ReadPosRankSum=0.184;SC=GGTCCTATACCGTGGGTGTCA;SOR=1.633;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=26;WE=75279854;WS=75279836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,27:0.26:103
chr11	75282882	rs585821	G	A	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=71;PP=2260;ReadPosRankSum=-1.166;SC=AGGCCGACTTGTCACGCATGT;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=551;TCF=329;TCR=222;TR=182;WE=75282890;WS=75282872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,189:0.33:570
chr11	75298797	rs1231128	A	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=25;PP=1215;SC=TGGGACCTTCATCCTTGACAG;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=75298805;WS=75298787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	75378674	rs12225010	A	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=12;PP=479;SC=CGCGGCGCACAATCCAGGCAG;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=75378682;WS=75378664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	75501852	rs2510635	A	G	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=45;PP=1367;SC=ACCCACCCACAGGGAAGCAAG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=73;WE=75501860;WS=75501842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	75508391	rs199994187	T	C	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.146;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=370;ReadPosRankSum=0.613;SC=AGTGCCTCCCTACACACACAC;SOR=2.419;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=21;WE=75508400;WS=75508381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr11	75902571	rs2508779	A	G	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=19;PP=1829;SC=GTGCAACACCAGTGACCCTTT;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=94;WE=75902579;WS=75902561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	75907381	rs78696074	T	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=188;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ACCCCATCCATCCATGCCTGT;SOR=0.372;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=52;TCR=2;TR=16;WE=75907389;WS=75907371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr11	75917175	rs112594021	CT	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=256;ReadPosRankSum=2.020;SC=GTCTCACTCCCTTTTCGCAAG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=5;WE=75917197;WS=75917173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr11	75917189	rs1717626	G	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=255;ReadPosRankSum=0.665;SC=TCGCAAGCCTGCGGGAGGCAG;SOR=0.105;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=7;WE=75917197;WS=75917173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr11	75917334	rs1879633	T	C	11103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=230;NR=164;PP=2965;SC=CCCCAGTCCCTGGCCTGTGCG;SOR=1.032;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=394;TCF=230;TCR=164;TR=394;WE=75917342;WS=75917324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr11	76115231	rs7113820	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-5.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=35;PP=815;ReadPosRankSum=1.142;SC=GGAATAGAACGAGGAGTTCAA;SOR=2.078;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=35;WE=76115239;WS=76115221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr11	76183924	rs4245443	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=0.159;SC=CACAGTTGCTATATGGAATTT;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=76183932;WS=76183914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr11	76207633	rs10899226	G	A	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=28;PP=1242;SC=TTTTTCATCAGTGTTTTACAG;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=76207641;WS=76207623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	76207709	rs72930511	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr11	76227182	rs2508740	G	A	3766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=75;PP=2231;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TTCCCTTTCTGTAGGCACACA;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=139;TCR=124;TR=161;WE=76227190;WS=76227172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,178:0.63:281
chr11	76237725	rs11363199	CA	C	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.852;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr11	76257215	rs3753051	T	C	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=64;PP=1189;ReadPosRankSum=1.724;SC=GTCCATCCACTGTTGGCTCTT;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=313;TCF=143;TCR=170;TR=110;WE=76257223;WS=76257205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,112:0.34:331
chr11	76370792	rs4304809	A	G	9423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=174;NR=175;PP=2965;SC=CACAGTCCTCAGGACGCACGT;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=352;TCF=176;TCR=176;TR=349;WE=76370800;WS=76370782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr11	76371123	.	A	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.609;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=685;ReadPosRankSum=0.397;SC=CACCTGCAGGACCATCAGCCC;SOR=0.916;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=45;WE=76371131;WS=76371113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,44:0.37:118
chr11	76372418	rs3740778	T	C	3707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=82;PP=2053;ReadPosRankSum=0.090;SC=GACGAAGTGCTGTGTAGAAGC;SOR=0.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=117;TCR=125;TR=159;WE=76372426;WS=76372408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,170:0.66:256
chr11	76372596	rs375236643	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=402;ReadPosRankSum=-1.143;SC=TAAGTGGGCACGGTAGGGGAT;SOR=1.798;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=26;WE=76372604;WS=76372586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr11	76406341	rs10751260	G	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.220;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=8;PP=926;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TTCCTGAAAAGTAGGGTACGC;SOR=1.366;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=52;WE=76406349;WS=76406331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,56:0.63:89
chr11	76418482	rs11607917	T	C	4493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=65;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.298;SC=AGGGCTTGCATTGAGCTAAGT;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=280;TCF=179;TCR=101;TR=185;WE=76418490;WS=76418472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,200:0.66:304
chr11	76418737	rs2120898	A	G	3322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=90;PP=2333;ReadPosRankSum=2.368;SC=GTCCTGGGAAAGGTCATGAAA;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=212;TCF=78;TCR=134;TR=140;WE=76418745;WS=76418727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,143:0.66:216
chr11	76427731	rs10751261	T	C	10581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=1.973;SC=GATGCCAACGTCCCCTCCCAG;SOR=1.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=222;TCR=157;TR=376;WE=76427739;WS=76427721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,387:0.99:389
chr11	76429160	rs10899266	T	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	76430529	.	C	G	1092	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=17;MQ=58.44;NF=37;NR=14;PP=1092;QD=22.0935531872;SC=GTCTGCACGACGAGCATGCCT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=51;WE=76430537;WS=76430519;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr11	76506572	rs1149620	T	A	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=940;ReadPosRankSum=0.366;SC=CTTCCAACAGTGTCTAGACTG;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=58;WE=76506580;WS=76506562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,64:0.74:87
chr11	76507692	rs1149621	T	A	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=22;PP=696;SC=ACACCCGGGATTCTGCTGCCA;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=76507700;WS=76507682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	76579429	.	CTCTCTCTG	C	289	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=57.88;NF=0;NR=4;PP=289;QD=74.5;SC=ATCTCTCTCTCTCTCTCTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=76579444;WS=76579409;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr11	76637651	rs4379869	G	A	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,132:0.29:462
chr11	76637680	rs4479014	G	A	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,144:0.29:500
chr11	76637730	rs4604914	C	G	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=60;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.863;SC=AACACTGTATCTGAAGAAATG;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=324;TCF=127;TCR=197;TR=100;WE=76637738;WS=76637720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,106:0.32:335
chr11	76637785	rs4457775	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=536;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TTCTAAAAGCGGTTTTCAATT;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=26;TCR=108;TR=39;WE=76637793;WS=76637775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,42:0.30:140
chr11	76669891	rs3740768	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr11	76687399	rs1517909	A	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=0.227;SC=AGTACTTTTAAAATTTCATTG;SOR=0.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=11;WE=76687407;WS=76687389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr11	76687448	rs1517908	A	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=-0.985;SC=CTCATAGTGGATTAATATAAC;SOR=0.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=76687456;WS=76687438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr11	76701365	rs3824889	G	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TAAAACATTCGACTCACCATA;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=9;WE=76701373;WS=76701355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr11	76701606	rs3740767	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=330;ReadPosRankSum=-1.355;SC=TAAAAGAGCCGATATTCCATC;SOR=0.528;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=26;WE=76701614;WS=76701596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr11	76701657	rs3740766	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=0.261;SC=GATTGTTTACGATACATGGCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=7;WE=76701665;WS=76701647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr11	76751541	rs11292198	CT	C	21752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=258;PP=2951;SC=GGGCATGTGTCTTGGAGCGCG;SOR=0.842;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=373;TCF=105;TCR=268;TR=361;WE=76751549;WS=76751531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr11	76751584	rs11292199	CT	C	25631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=295;PP=2951;SC=CGAGGGCATCCTGGCCCTTCG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=73;TCR=295;TR=368;WE=76751592;WS=76751572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr11	76751603	rs11292200	CT	C	24804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=277;PP=2951;SC=CGGCGTGCAGCTTGCCTGGCG;SOR=0.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=65;TCR=284;TR=340;WE=76751611;WS=76751593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr11	76799004	rs7121748	T	C	6895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=126;NR=123;PP=2965;SC=GGCCATTCGCTGGCCCCTCAC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=126;TCR=123;TR=249;WE=76799012;WS=76798994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	76814080	rs199977260	C	A	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=46;PP=1479;ReadPosRankSum=1.251;SC=GGCTACAGTTCGAGCGCTGGA;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=323;TCF=194;TCR=129;TR=117;WE=76814088;WS=76814070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,126:0.37:342
chr11	76814110	rs2233549	G	A	5891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.252;SC=TGGACAAGCCGGGCAAGGTCA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=409;TCF=231;TCR=178;TR=255;WE=76814118;WS=76814100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,267:0.62:432
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chr11	76827360	rs11604536	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=2.436;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,52:0.29:179
chr11	76868372	rs762667	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,30:0.24:126
chr11	76870634	rs4944145	T	C	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=1841;ReadPosRankSum=-0.388;SC=TTTAAGCTCATTGGGGGCTGG;SOR=0.674;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=351;TCF=163;TCR=188;TR=138;WE=76870642;WS=76870624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,139:0.38:368
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chr11	76885779	rs2276283	G	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=914;ReadPosRankSum=-1.617;SC=TGGCCCTGATGCCCTTGGCTG;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=61;WE=76885787;WS=76885769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr11	76890242	rs10793239	T	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=51;PP=877;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GCCATGGCAGTGGGACTGGCC;SOR=1.275;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=99;TCF=13;TCR=86;TR=57;WE=76890250;WS=76890232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr11	76891308	rs3831388	T	TCTGCCAAATTATTTGG	1215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=2954;ReadPosRankSum=0.293;SC=ACTTGTCCTATCAAAGTCATG;SOR=3.690;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=19;WE=76891316;WS=76891298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr11	76891585	rs1109163	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=588;ReadPosRankSum=1.004;SC=TCCCCTCCCCGAGGCTGGCTT;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=38;WE=76891593;WS=76891575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,40:0.61:66
chr11	76891661	rs1109162	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=2.066;SC=AGACCCACTCAGCCAGCATTG;SOR=0.269;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=10;WE=76891669;WS=76891651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr11	76892943	rs7117606	A	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.6262;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=477;ReadPosRankSum=0.476;SC=CGATCCTCCCACCTGAGCTTC;SOR=0.776;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=30;WE=76892951;WS=76892933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr11	76893280	rs57741157	A	AG	926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.37;NF=0;NR=19;PP=830;SC=TGGTGGCCGTAGTGATGAGGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=19;WE=76893288;WS=76893270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	76893401	rs2276287	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=405;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TCCCCAAACCGCCAGGTCATT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=19;WE=76893409;WS=76893392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr11	76893731	rs112227803	G	GA	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.965;NF=0;NR=16;PP=532;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CTCCTCTGCAGAAAAAGGATC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=16;WE=76893739;WS=76893721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr11	76894235	rs948972	G	C	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=873;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TGGCAGCCCAGGGGTGGCTGC;SOR=0.595;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=67;WE=76894243;WS=76894225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,70:0.67:105
chr11	76895770	rs143953991	GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT	G	3083.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.014;NF=12;NR=19;PP=2922;ReadPosRankSum=0.409;SC=GGTCAGTGCCGGGAGGCGGGG;SOR=0.636;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=31;WE=76895799;WS=76895760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,82:0.48:171
chr11	76901273	rs2276286	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=360;ReadPosRankSum=-0.908;SC=CTCGAGTGCCCCAGAAACATT;SOR=1.781;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=23;WE=76901281;WS=76901263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr11	76901623	rs55637648	T	TGCTGGGGCCTGGAGC	931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CCCAGTGAGGTACTGGGGCCT;SOR=0.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=14;WE=76901631;WS=76901613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr11	76901648	rs7947922	C	G	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.812;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.071;NF=43;NR=2;PP=858;ReadPosRankSum=1.433;SC=TGCTGGGGCACCTCCAACCCC;SOR=1.951;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=72;TCF=65;TCR=7;TR=45;WE=76901656;WS=76901638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr11	76901927	rs2276285	C	T	3792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=109;PP=2603;ReadPosRankSum=-1.377;SC=TATGGCCGCCCGGAAGCACCT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=82;TCR=155;TR=166;WE=76901935;WS=76901917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,162:0.69:234
chr11	76904945	rs10899359	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=283;ReadPosRankSum=0.212;SC=AACGGTGGTAATGGTGATGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=76904953;WS=76904935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr11	76905272	.	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=644;ReadPosRankSum=-0.358;SC=AAGCCTGGGTCCCAAAGGCCA;SOR=0.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=35;WE=76905280;WS=76905262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr11	76905604	rs1109977	G	T	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=52;PP=1398;ReadPosRankSum=0.829;SC=GAGAAGGGATGTGGACCTGAA;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=49;TCR=75;TR=85;WE=76905612;WS=76905594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,97:0.69:140
chr11	76905725	rs948958	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=2.894;SC=ACTCATTCTCCTTCCATCTGT;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=15;WE=76905733;WS=76905715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr11	76910766	rs7927472	C	T	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=83;PP=2264;ReadPosRankSum=-0.204;SC=TCACCTCCAGCAATGCTGAGG;SOR=0.513;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=243;TCF=118;TCR=125;TR=167;WE=76910774;WS=76910756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,178:0.69:259
chr11	76912636	rs2276288	A	T	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=73;PP=1804;ReadPosRankSum=0.148;SC=CCCCACCGACAGTGTGTACGT;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=182;TCF=74;TCR=108;TR=128;WE=76912644;WS=76912626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,129:0.69:186
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chr11	76918322	rs2276291	T	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=692;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CAGTGCTCACTGCCCCTCCCA;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=51;WE=76918330;WS=76918312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,57:0.66:86
chr11	76918497	rs2276290	G	A	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1142;ReadPosRankSum=0.007;SC=TGGGGCCATAGGAACTTACGG;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=84;WE=76918505;WS=76918487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,95:0.59:160
chr11	76919468	rs1320703	A	T	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=1.837;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,77:0.59:130
chr11	76919478	rs948962	C	A	3344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.55;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,89:0.63:142
chr11	76919619	rs948961	G	A	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.70;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr11	76919629	rs948960	C	T	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.69;ReadPosRankSum=-1.914;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr11	76919865	rs1320702	T	A	5782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.011;SC=ACCTCTGCACTCTAGTTGCCT;SOR=0.544;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=357;TCF=169;TCR=188;TR=243;WE=76919873;WS=76919855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,259:0.68:381
chr11	76920003	rs11237122	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=504;ReadPosRankSum=1.965;SC=CCCCAAGGGATGGCCCAACCC;SOR=2.716;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=30;WE=76920011;WS=76919993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr11	76923352	rs12418037	A	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=846;ReadPosRankSum=-0.429;SC=CAGACCCTGGAAAGAGTGCTC;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=47;WE=76923360;WS=76923342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,49:0.69:71
chr11	76924130	rs2276289	A	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=740;SC=TGCCTGAACCACAGACACGGT;SOR=1.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=76924138;WS=76924120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	76924874	rs883223	G	A	7125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.369;SC=GGCCCAGGCCGTGCCTCTCTA;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=467;TCF=269;TCR=198;TR=306;WE=76924882;WS=76924864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,313:0.65:484
chr11	76925075	rs948959	G	T	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=68;PP=1971;SC=TGCCTGCAGCGTAGCCAGCCT;SOR=2.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=94;WE=76925083;WS=76925065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	76928149	rs2282576	A	G	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=70;PP=2934;SC=CCAGGCTTCAAAGGTGTGACA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=147;WE=76928157;WS=76928139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	76944015	rs4945161	G	A	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=29;PP=2128;SC=AGGGCTGGGGGGCCTGCACTG;SOR=1.841;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=101;WE=76944023;WS=76944005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	76944049	rs4945162	C	T	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=34;PP=1534;ReadPosRankSum=0.520;SC=CCTGGAAGAACAATCTGGACA;SOR=0.852;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=104;TCR=57;TR=100;WE=76944057;WS=76944039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,104:0.62:169
chr11	76954788	rs34784710	T	TA	1487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,44:0.28:157
chr11	76954812	rs11237145	T	C	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=2.134;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,52:0.26:201
chr11	76954833	rs11237146	G	A	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.453;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,59:0.27:220
chr11	76954898	rs7104577	A	G	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=63;PP=2264;ReadPosRankSum=0.392;SC=AAAAATCTCTAAGGAGAAACA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=141;WE=76954906;WS=76954888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,148:0.68:219
chr11	76979465	rs1618188	A	C	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=40;PP=2344;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TTGAACTTATACCCTCCTCCC;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=201;TCF=137;TCR=64;TR=129;WE=76979473;WS=76979455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,136:0.65:209
chr11	76979889	rs1621624	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=581;ReadPosRankSum=0.635;SC=TCCAGGGGCTTCCATGGTTCT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=11;WE=76979908;WS=76979881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr11	76979900	rs1613357	C	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=630;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CCATGGTTCTCTTTTCTTCTC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=15;WE=76979908;WS=76979881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr11	76980743	rs1620915	T	C	1396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.91;ReadPosRankSum=2.368;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr11	77051683	rs2725832	G	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=576;ReadPosRankSum=-0.695;SC=CTTGGCCCTTGGCCTTACCTC;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=79;TCR=24;TR=41;WE=77051691;WS=77051673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
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chr11	77069790	rs2250639	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=206;ReadPosRankSum=2.141;SC=CATACAGAAAGTACCTTTAGT;SOR=0.257;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=16;WE=77069798;WS=77069780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr11	77531810	rs10751277	T	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=20;PP=634;SC=GGGGAAGTTGTGGTGCCGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=77531818;WS=77531800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	77553638	rs585721	T	C	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1074;ReadPosRankSum=0.070;SC=GGCCAGGGGGTAGTCGGACTT;SOR=0.784;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=74;WE=77553646;WS=77553628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,79:0.60:132
chr11	77583376	rs588217	G	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=724;ReadPosRankSum=0.638;SC=GCCTTAAGAGGAGAATAAATC;SOR=0.689;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=45;WE=77583384;WS=77583366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr11	77583476	rs668701	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GCCAGGTCCTGTGCTAGGCTC;SOR=1.552;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=77583484;WS=77583466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr11	77595642	rs608389	A	G	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=12;PP=1452;ReadPosRankSum=-1.276;SC=TGCTCTATGTAAATATACTTA;SOR=0.842;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=77;TCR=18;TR=69;WE=77595650;WS=77595632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,71:0.73:97
chr11	77595717	rs658398	C	T	5235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=99;PP=2926;ReadPosRankSum=0.220;SC=GTTGAAACTGCGGAAGGCATG;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=158;TCR=135;TR=215;WE=77595725;WS=77595707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,232:0.73:318
chr11	77605501	rs1793336	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.619;NF=6;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=-1.181;SC=TAGCATATTATACTATAAAAA;SOR=0.471;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=21;WE=77605509;WS=77605491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
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chr11	77629132	rs60400274	A	AT	1634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.492;NF=4;NR=22;PP=986;ReadPosRankSum=0.555;SC=GCACAGTTAGATCTGAATTGT;SOR=0.623;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=26;WE=77629140;WS=77629122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,54:0.47:115
chr11	77635882	rs7119720	A	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.648;NF=23;NR=15;PP=569;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CTTTGGTTGAAACATTAGTAC;SOR=0.919;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=38;WE=77635890;WS=77635872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr11	77639466	rs11607043	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=65.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.80;MQRankSum=-10.085;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=4.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,46:0.21:220
chr11	77639511	rs11607479	T	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=8.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQRankSum=-6.569;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.645;SOR=1.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,21:0.17:121
chr11	77652420	rs112337042	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=0.311;SC=AGTAAAGATGCTATGGGTTCT;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=77652428;WS=77652410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr11	77671217	rs72939500	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=219;ReadPosRankSum=1.139;SC=CATAACCTCCATTCTCTTCCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=15;WE=77671225;WS=77671213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr11	77671544	rs2305317	T	C	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=661;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GCTAACATGGTTCCTTTTAGC;SOR=1.125;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=37;WE=77671552;WS=77671534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,41:0.79:52
chr11	77692775	rs17825404	G	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.987;SC=CTTCTGGAGAGACAGCTTTCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=77692783;WS=77692765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	77698524	rs7938133	C	T	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=18;PP=1039;ReadPosRankSum=0.235;SC=TTATTGGTAACAGATCTTTAA;SOR=0.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=95;TCR=31;TR=74;WE=77698532;WS=77698514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,82:0.61:135
chr11	77698651	rs6592756	T	C	4225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.640;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=89;PP=2824;ReadPosRankSum=1.371;SC=GTAGCTCACGTCTGTAATCCC;SOR=0.523;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=308;TCF=150;TCR=158;TR=186;WE=77698659;WS=77698641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,191:0.60:321
chr11	77698694	rs11606909	T	C	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=77;PP=1984;ReadPosRankSum=0.094;SC=GGAGGGTTGCTTGAGCTCAGG;SOR=0.197;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=179;TCF=54;TCR=125;TR=119;WE=77698702;WS=77698684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,115:0.66:174
chr11	77702033	rs2276441	T	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=252;ReadPosRankSum=0.407;SC=TACCTAGCACTTGGAAGACAC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=13;WE=77702041;WS=77702023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
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chr11	77775466	rs545869	C	G	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=737;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GTGCAACCCACTGGGAGAGGA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=37;WE=77775474;WS=77775456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr11	77790653	rs534418	T	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=468;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TCCGCCGGATTAGGTTATCAA;SOR=1.238;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=25;WE=77790661;WS=77790643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr11	77790863	rs499799	C	G	5073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.468;SC=ACCACTACCCCGGCCTAAGCG;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=165;TCR=203;TR=232;WE=77790871;WS=77790853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,241:0.63:384
chr11	77811990	rs1263505	T	C	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=21;PP=1775;SC=GCTTGGCACATATCTAAGCAG;SOR=1.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=88;WE=77811998;WS=77811980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	77820670	rs1783515	T	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr11	77820673	rs1789032	T	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr11	77823557	rs624350	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.239;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=298;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TGCTCCCCCTGTTCATCCTGA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=15;WE=77823565;WS=77823547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr11	77824907	.	GA	G	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=7.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.228;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.708;SOR=2.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr11	77825064	rs572693	A	G	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=77;PP=1746;ReadPosRankSum=-1.041;SC=ATCAGTAACCAGGAAGATGGA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=147;TCR=221;TR=128;WE=77825072;WS=77825054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,134:0.35:384
chr11	77825275	rs10899440	A	G	3982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=55;PP=2791;ReadPosRankSum=-1.096;SC=GTAAGGGAAAAATCGAAAATG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=137;TCR=81;TR=148;WE=77825283;WS=77825265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,158:0.68:233
chr11	77825508	rs678277	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=38;ReadPosRankSum=1.111;SC=GTGGTATTCTAGATTGAATCC;SOR=0.009;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=7;WE=77825516;WS=77825498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr11	77825642	rs653721	A	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=6;PP=708;SC=TGGGTGAGGGATATATAGGAA;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=77825650;WS=77825632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	77825697	rs653368	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr11	77832076	rs518624	T	A	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=11;PP=1257;SC=ACATCAGAATTAGTAAGGGAA;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=77832084;WS=77832066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	77834994	rs498278	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=1.111;SC=TAAATTGGGAGTAAGTTAATA;SOR=0.590;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=15;WE=77835002;WS=77834984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr11	77838373	rs59662312	TA	T	845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.370;NF=18;NR=9;PP=377;ReadPosRankSum=2.348;SC=AGATGAATCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=27;WE=77838381;WS=77838363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr11	77850417	.	A	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.847;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,76:0.29:262
chr11	77850517	rs10793289	C	A	10199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=223;NR=212;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.562;SC=CCCGCCCAGCCCCTGGCCGTG;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=656;TCF=340;TCR=316;TR=435;WE=77850525;WS=77850507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,453:0.66:682
chr11	77920878	.	C	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=721;ReadPosRankSum=1.470;SC=GCCTGTACATCGAAGGCCTGG;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=84;TCR=119;TR=59;WE=77920886;WS=77920868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,63:0.30:210
chr11	77921527	rs2512526	G	C	15657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=279;NR=256;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CCGCCCTGCCGCTTCTCTGGG;SOR=0.327;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=536;TCF=279;TCR=257;TR=535;WE=77921535;WS=77921517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,560:1.00:561
chr11	78180503	.	A	C	77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=11;PP=77;QD=10.1610193225;SC=TAATCCTATGAAAGAATGATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=11;WE=78180511;WS=78180493;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr11	78204073	rs66546995	CACAGAT	C	5904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=39;PP=2965;SC=ATTTTAATGTCACAGATACCT;SOR=1.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=81;WE=78204086;WS=78204063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	78204299	rs56279811	T	TA	1818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.16;NF=0;NR=41;PP=1721;SC=TTTAAGTATTTAAATATTCAG;SOR=3.422;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=41;WE=78204307;WS=78204289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	78204380	rs4474465	C	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=138;SC=TTTGCTGCTACATATTTCTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=78204388;WS=78204370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	78277277	rs10751296	A	G	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=63;PP=1921;SC=ATTGTCGCAGATACTCCAGAG;SOR=1.199;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=108;WE=78277285;WS=78277267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	78279790	rs10501429	T	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=39;PP=1157;SC=ACTCCCAAAATTTAATTCTCT;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=78279798;WS=78279780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	78383336	rs111604043	G	A	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=953;ReadPosRankSum=-1.879;SC=TGCGTGTTACGCGATCAAAGT;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=247;TCF=101;TCR=146;TR=88;WE=78383344;WS=78383326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,98:0.36:272
chr11	78437182	rs689369	G	A	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=58;PP=1741;ReadPosRankSum=0.530;SC=GCTTGGACGCGTCAATTTCAT;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=368;TCF=209;TCR=159;TR=142;WE=78437190;WS=78437172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,147:0.39:380
chr11	78440736	rs512004	G	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=131;ReadPosRankSum=1.320;SC=TCGACTCACCGAGTGGAGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=9;WE=78440744;WS=78440726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr11	78443235	rs1790557	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=-1.616;SC=TTTTGCATAACAGGCTGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=78443243;WS=78443225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	78482113	rs34863597	G	A	4162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=74;PP=2675;ReadPosRankSum=-0.284;SC=AGCCCAGCTGGCAGACGCAGT;SOR=0.506;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=236;TCF=140;TCR=96;TR=176;WE=78482121;WS=78482103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,182:0.74:245
chr11	78489793	rs1573527	C	A	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.98;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,61:0.63:97
chr11	78489798	rs1573528	C	A	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.60;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr11	78498022	rs11237621	C	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=793;ReadPosRankSum=1.089;SC=CGGCACAGCGCGGGTGGCAGG;SOR=0.835;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=146;TCF=66;TCR=80;TR=57;WE=78498030;WS=78498012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,65:0.40:163
chr11	78516318	.	CTT	C	588	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=113;MMLQ=28;MQ=58.66;NF=1;NR=4;PP=588;QD=123.4;SC=ACCCATGCTTCTTCTCCCCCT;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=78516327;WS=78516308;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,5:0.62:8
chr11	78516320	.	T	TCTCCCCACCCTCCACACCCCACCCCTCATTCTTCCCCACCCCCACTCCTCCTCCACCCACCCTTC	1833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=458.43;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	78523143	rs149473432	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-0.143;SC=GGAAGGTGCCGGAGCTGCCAC;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=11;WE=78523151;WS=78523133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr11	78602525	rs10736817	C	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=507;ReadPosRankSum=0.433;SC=GGTCAGTGTGCAAGCCACATG;SOR=1.572;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=25;WE=78602533;WS=78602515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr11	79133292	rs139029687	TACACACACACAC	T,TACACACACACACACACACAC	292.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=4,4;PP=240,821;SC=ACATGGTTCTTACACACACAC;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4,4;WE=79133311;WS=79133282;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.73:11
chr11	81601884	rs11603185	A	G	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=75;PP=1876;ReadPosRankSum=-0.383;SC=ACTCATAGAAAACACTGGGGT;SOR=0.762;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=216;TCF=79;TCR=137;TR=120;WE=81601901;WS=81601874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,125:0.59:213
chr11	82443417	rs3780	C	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=947;ReadPosRankSum=0.042;SC=CATCGTTCTTCAGATTTAGGA;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=59;WE=82443425;WS=82443407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,59:0.64:92
chr11	82443672	rs6592081	C	G	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=49;PP=1589;ReadPosRankSum=-0.463;SC=CAAATGGCCCCGCCCGTCCTC;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=90;TCR=80;TR=105;WE=82443680;WS=82443662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,107:0.61:174
chr11	82550387	rs4843	A	G	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=57;PP=1410;ReadPosRankSum=-1.846;SC=AATAATTGTAATATACATTCA;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=78;TCR=100;TR=100;WE=82550395;WS=82550377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,118:0.60:196
chr11	82560312	rs10792653	T	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1093;ReadPosRankSum=0.980;SC=TCAACAGATGTCTTTACAGAT;SOR=1.143;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=59;WE=82560320;WS=82560302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,67:0.59:114
chr11	82560858	rs10736757	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=3.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=325;ReadPosRankSum=0.375;SC=TGTACATTATACTTTAACAAA;SOR=2.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=82560866;WS=82560848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr11	82561339	rs13306597	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=417;ReadPosRankSum=1.300;SC=ATTAAGAAACGTTCATGTCCA;SOR=0.487;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=28;WE=82561347;WS=82561329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr11	82561661	rs10792655	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=1.804;SC=AAATAGAATTTCTAGGCAATT;SOR=1.569;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=13;WE=82561669;WS=82561651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr11	82564152	rs2298669	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=0.749;SC=AGTGGGGCATATAATTTAGAA;SOR=0.569;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=82564160;WS=82564142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr11	82564357	rs17144337	A	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=694;ReadPosRankSum=0.231;SC=ATAAAATCAGAATGTGAAAAA;SOR=0.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=48;WE=82564365;WS=82564347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,57:0.62:92
chr11	82570926	rs12290925	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=-1.270;SC=TTAAGAACAGCAATGTTTGGT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=82570934;WS=82570916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr11	82595975	rs6592087	T	A	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=57;PP=1594;ReadPosRankSum=-1.309;SC=TTTGAAAGGTTTTACTAGCAC;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=84;TCR=90;TR=109;WE=82595983;WS=82595965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,121:0.63:192
chr11	82641157	rs2170009	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=383;ReadPosRankSum=1.016;SC=GTAAAATTTCAAAGTTCATTG;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=32;WE=82641165;WS=82641147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
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chr11	82752499	rs138934935	TAGAA	T	2746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.429;NF=54;NR=3;PP=2483;ReadPosRankSum=0.173;SC=AAACATATATTAGAAAGGGCT;SOR=0.387;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=86;TCF=80;TCR=6;TR=57;WE=82752510;WS=82752489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,70:0.72:97
chr11	82752734	rs34023989	TA	T	666.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
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chr11	82874970	rs10898088	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=222;ReadPosRankSum=0.464;SC=GAATTCTTCTGCAGAACTTAC;SOR=0.950;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=15;WE=82874978;WS=82874960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr11	82875359	rs7130527	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=808;ReadPosRankSum=0.638;SC=TAATAAGGCAGCAGTTACTGG;SOR=0.516;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=182;TCF=101;TCR=81;TR=61;WE=82875367;WS=82875349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,66:0.35:190
chr11	82878393	rs17144692	G	A	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=687;ReadPosRankSum=-1.150;SC=ATTATCTATCGTCTATTTTTT;SOR=0.644;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=45;WE=82878401;WS=82878383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr11	82880341	rs12284052	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=811;ReadPosRankSum=-2.292;SC=CACATGGTCAGCCAGGGGTTG;SOR=0.843;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=213;TCF=109;TCR=104;TR=69;WE=82880349;WS=82880331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,74:0.32:228
chr11	82892837	rs138976866	TAC	T	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=342;ReadPosRankSum=-0.752;SC=ATATTGAAGATACACAGTAAA;SOR=0.527;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=9;WE=82892846;WS=82892827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr11	82895657	rs17144746	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=5.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.608;NF=12;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=0.218;SC=TTACAAGACTAAATGTTATTT;SOR=1.550;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=12;WE=82895665;WS=82895647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr11	82895826	rs118001085	A	G	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=3.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-1.733;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,143:0.28:506
chr11	82905679	rs11233519	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=822;ReadPosRankSum=1.159;SC=GGGGCCTGGACTCAACTCCTC;SOR=0.536;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=206;TCF=93;TCR=113;TR=72;WE=82905687;WS=82905669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,73:0.34:215
chr11	82952108	rs625102	T	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=819;SC=TTGGAGGAACTAGAACTAATA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=82952116;WS=82952098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	82959338	rs202087105	TACACACAC	T	221.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.96;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	82968164	rs628223	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=437;SC=ACTTGCTTACGGACCCTTAGC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=82968172;WS=82968154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	82968418	rs657824	G	A	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.44;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	82973004	rs8789	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=381;ReadPosRankSum=0.583;SC=AAGTAAACACCGAAGCTGTGA;SOR=0.623;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=35;WE=82973012;WS=82972994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,35:0.30:116
chr11	82973045	rs645954	C	T	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=49;PP=1413;SC=GGTCTTGTATCTGTAATTATT;SOR=3.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=58;WE=82973053;WS=82973035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	82984985	rs543562	T	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=854;ReadPosRankSum=-0.928;SC=AGAAAAAAAATTCACTTACCA;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=53;WE=82984993;WS=82984966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,57:0.64:89
chr11	82996986	rs494791	A	C	15298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=263;NR=268;PP=2965;ReadPosRankSum=0.287;SC=CTTGGGAGAGAAAGAGCCGCC;SOR=0.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=533;TCF=263;TCR=270;TR=531;WE=82997002;WS=82996976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,549:1.00:550
chr11	83170723	rs45591844	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=0.699;SC=ATACAGTTTGTGTTGTACATT;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=6;WE=83170731;WS=83170713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr11	83585289	rs144508115	G	GGGAAGGAAGGAAGGAGAGAGGGAA	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.660;QD=13.88;ReadPosRankSum=1.312;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr11	83585583	rs11447183	T	TA	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-1.134;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr11	83585585	rs112496782	A	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-1.098;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.834;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr11	83810113	rs3750917	T	G	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=47;PP=1418;SC=AAAGCAGATATTAAATGATGT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=83810121;WS=83810103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	83878075	rs1869472	G	A	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=66;PP=2088;SC=TTCCAGTTCTGGCCCTAACTG;SOR=1.397;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=106;WE=83878083;WS=83878065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	83962251	rs7933566	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=6;PP=411;SC=CACAGTTTTAAAAGAAGGTAG;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=83962259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	83983364	rs182189934	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=424;ReadPosRankSum=0.760;SC=AAGCATATCTCTTGAGTTTCT;SOR=0.913;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=26;WE=83983372;WS=83983354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr11	85339542	rs575050	G	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=1;PP=437;SC=TTGACTGAGTGGGGGCGGGCC;SOR=3.180;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=85339550;WS=85339537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr11	85419193	rs290197	C	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.58;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	85421989	rs376974442	TA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.491;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr11	85431755	rs7116742	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=7;PP=812;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GCCTCTTCAGCGCACTTTGGA;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=62;TCR=12;TR=45;WE=85431763;WS=85431745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr11	85435001	rs34653849	T	TA	1108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=833;SC=TAATCCCAATTAAAAAAAATC;SOR=3.003;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=34;WE=85435009;WS=85434991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	85435730	rs550404	C	T	11895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=230;NR=193;PP=2965;SC=CAGTTATTAACGGAGCCTCGG;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=424;TCF=231;TCR=193;TR=423;WE=85435738;WS=85435720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr11	85436352	rs641393	G	A	10062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=139;NR=207;PP=2965;SC=CGAAATTTCCGTTTGAGAAGG;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=139;TCR=207;TR=346;WE=85436360;WS=85436342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr11	85436394	rs556669	T	C	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=135;PP=2965;SC=AAGATGAGCATCCTGGGGAAA;SOR=1.202;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=94;TCR=135;TR=229;WE=85436402;WS=85436384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	85436500	rs580459	T	C	5503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=79;PP=2965;SC=TCTGCAGCCATCTGAATCAAA;SOR=0.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=107;TCR=79;TR=186;WE=85436508;WS=85436490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	85436699	rs598346	A	G	14965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=279;NR=258;PP=2965;SC=CAGTGATAACAGGCGCCAACT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=538;TCF=280;TCR=258;TR=537;WE=85436707;WS=85436689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr11	85436868	rs597480	G	C	11284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=184;NR=189;PP=2965;SC=CTCAGTATCAGCAAAATCTGT;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=375;TCF=184;TCR=191;TR=373;WE=85436876;WS=85436858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr11	85437896	rs491867	A	G	13697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=259;NR=230;PP=2965;SC=TGGATGATACACCCTGTGACT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=261;TCR=231;TR=489;WE=85437904;WS=85437886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr11	85447611	rs680498	T	C	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=69;PP=2292;SC=TTTGTTGTGATGAGTGACCTT;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=93;TCR=69;TR=161;WE=85447619;WS=85447601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	85456703	rs647912	T	C	4452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=28;PP=2965;SC=GTGCTGCATCTTCTTCTGGCT;SOR=2.484;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=113;TCR=28;TR=141;WE=85456711;WS=85456693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	85576113	rs11389838	C	CT	5420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=27;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GAATTTTTCACTTTCGTATGT;SOR=0.844;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=199;TCF=140;TCR=59;TR=128;WE=85576135;WS=85576103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,186:0.79:234
chr11	85576127	rs36093844	C	T	7021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.290;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.03;MQRankSum=0.515;NF=180;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=0.074;SC=CGTATGTCTCCTTTCTAAACA;SOR=1.016;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=309;TCF=224;TCR=85;TR=243;WE=85576135;WS=85576103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,268:0.80:337
chr11	85584151	rs142446208	G	GT	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=214;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CCCTAAATGTGTTTTCATAAT;SOR=0.346;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=85584159;WS=85584141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr11	85593529	rs17817308	G	A	3916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=44;PP=2601;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TTGATCAAACGTGAATTACTG;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=145;TCR=60;TR=156;WE=85593537;WS=85593519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,160:0.76:210
chr11	85597163	rs17744699	C	T	384.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=315;ReadPosRankSum=-0.756;SC=AATATCAGATCTTAACTTCTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=85597171;WS=85597153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr11	85609806	rs10501601	A	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=361;ReadPosRankSum=0.491;SC=ACAGTGTAAAACAGCAAAAGC;SOR=1.255;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=19;WE=85609814;WS=85609800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr11	85610109	rs725459	G	C	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=83;PP=2199;ReadPosRankSum=0.234;SC=ATTTTTTTAAGTGGAAATGAC;SOR=0.718;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=159;TCF=43;TCR=116;TR=115;WE=85610117;WS=85610099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,118:0.71:166
chr11	85622518	rs140532988	C	CA	412.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5070;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=350;ReadPosRankSum=1.113;SC=TTTTTTAAAACAAAAAAAGAT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=14;WE=85622526;WS=85622508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr11	85626569	rs60185300	G	A	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=50;PP=1258;ReadPosRankSum=2.207;SC=TAATGATGATGATTTTTTTCA;SOR=1.261;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=22;TCR=70;TR=64;WE=85626577;WS=85626559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,66:0.71:93
chr11	85627108	rs7927222	T	C	9006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.725;SC=AAGTAGAAAGTAGAGACTTGA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=485;TCF=272;TCR=213;TR=369;WE=85627116;WS=85627098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,381:0.76:501
chr11	85671702	rs618679	A	C	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=37;PP=1892;SC=CCATCTCCCAAAACAAGTAGC;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=98;WE=85671710;WS=85671692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	85685574	rs4944550	C	T	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=48;PP=1518;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TATCCTTTCCCTCCAAATAAT;SOR=0.333;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=70;WE=85685582;WS=85685564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,68:0.68:100
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chr11	85692181	rs76719109	A	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:430,87:0.17:517
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chr11	85718663	rs10751133	A	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
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chr11	85723527	rs17745153	C	T	331.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=-0.340;SC=ACAGTAAATTCATGCATTAGG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=15;WE=85723535;WS=85723517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr11	85725937	rs592297	C	T	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=36;PP=1935;SC=GTGCATCCATCTGATTCTGAA;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=94;WE=85725945;WS=85725927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	85737502	rs541674	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,6:0.16:38
chr11	85966177	rs7950735	G	T	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=23;PP=1045;SC=ATTTAAGATAGGATTGCGATT;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=85966185;WS=85966167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	85977117	rs10898460	G	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=643;SC=TTTTGGTTTTGCATACAGGAT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=85977125;WS=85977107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	85979636	rs71040225	C	CGTGTGTGT,CGTGT	471.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.542;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.376;NF=2,2;NR=15,15;PP=55,283;ReadPosRankSum=-2.078;SC=GTACTTCCATCGTGTGTGTGT;SOR=2.368;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=17,17;WE=85979644;WS=85979626;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.83:18
chr11	86111700	rs12272824	A	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,22:0.20:109
chr11	86119396	rs4412777	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=26;PP=771;SC=TTTTATTGGCGCAGGGTCTCA;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=86119404;WS=86119386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	86123467	rs3741006	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=1.125;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,62:0.21:298
chr11	86123556	rs3741005	A	G	12245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=266;NR=240;PP=2962;ReadPosRankSum=0.553;SC=CAAAGACAATACAGAGAGTTG;SOR=0.695;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=635;TCF=334;TCR=301;TR=506;WE=86123564;WS=86123545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,521:0.81:647
chr11	86133784	rs1056194	C	T	11847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=216;NR=204;PP=2965;SC=CTTCGTTTCCCGGGGAAAGTT;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=420;TCF=216;TCR=204;TR=420;WE=86133792;WS=86133774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr11	86153911	rs7548	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,57:0.24:234
chr11	86157998	rs4944580	T	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=17;PP=1235;SC=CTTTCTGAAATTCAGTTTGCT;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=86158006;WS=86157988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	86161147	rs4944581	A	C	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=41;NR=50;PP=2260;SC=CCCCCACCTCAATGACTCCCA;SOR=1.061;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=91;WE=86161155;WS=86161137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	86161388	rs1042780	C	G	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:452,144:0.24:596
chr11	86173565	rs601646	C	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=702;ReadPosRankSum=-0.047;SC=ACCTGGATAACAGAGAGGCTG;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=46;WE=86173573;WS=86173555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr11	86175193	rs11234662	A	G	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,104:0.23:455
chr11	86175300	rs605251	G	A	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=113;PP=2965;SC=ATTTGTTAAAGCATCATCAAG;SOR=2.537;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=33;TCR=113;TR=146;WE=86175308;WS=86175290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	86198335	rs669325	C	T	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=48;PP=2055;ReadPosRankSum=-0.307;SC=GTCACGGCATCTCTTAAAAGT;SOR=0.358;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=126;WE=86198343;WS=86198325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,135:0.80:169
chr11	86208897	rs609848	A	G	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=3;PP=1209;SC=ATGCCAAGAAAGAAATGGCCC;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=86208905;WS=86208893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	86267633	rs17211115	C	T	8493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.754;SC=GCTGACAGGCCAGCCCCACGG;SOR=0.847;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=457;TCF=270;TCR=187;TR=358;WE=86267641;WS=86267623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,358:0.77:462
chr11	86267678	rs4943943	G	A	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:480,143:0.23:623
chr11	86267714	rs12287767	C	A	9826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=229;PP=2962;ReadPosRankSum=1.085;SC=GCTTCTCGTTCCGGTCTTGGA;SOR=0.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=548;TCF=262;TCR=286;TR=432;WE=86267722;WS=86267704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,441:0.78:567
chr11	86270684	rs34249558	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr11	86650282	rs4631906	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr11	86749027	rs61906171	G	C	7416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.056;SC=CTGGGCTCTCGCGCCCCTCCC;SOR=0.838;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=393;TCF=267;TCR=126;TR=297;WE=86749035;WS=86749017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,307:0.77:401
chr11	86868278	rs633629	A	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=501;ReadPosRankSum=-0.602;SC=AAGTTGCTGGATATATAATAG;SOR=0.195;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=31;WE=86868286;WS=86868268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr11	86868347	rs556139	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.76;ReadPosRankSum=-1.249;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,56:0.79:71
chr11	86947765	rs567403	C	G	4856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ATACCCCAAACAGTATCTCTT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=267;TCF=143;TCR=124;TR=198;WE=86947773;WS=86947755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,210:0.76:278
chr11	87006776	rs10792935	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.387;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=884;ReadPosRankSum=-0.295;SC=ATAGGTACTTGTATCTCAAAA;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=57;WE=87006784;WS=87006766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,58:0.87:67
chr11	87007008	rs10792936	A	T	127.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=145;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAGCCTGCGGATAAATAGCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=87007016;WS=87006998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	87013252	rs2276103	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=0;PP=701;ReadPosRankSum=-1.091;SC=TTGCCAAAGCGTATTTGTTTA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=32;WE=87013260;WS=87013242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr11	87013438	rs2276102	G	A	13899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=310;PP=2962;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGAAAAACCCGGAAGAATGAA;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=778;TCF=376;TCR=402;TR=593;WE=87013446;WS=87013428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,603:0.76:794
chr11	87016818	rs111653145	A	AAAATAAAT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=433;ReadPosRankSum=0.842;SC=ACTTTATCTCAAAATAAATAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=87016826;WS=87016808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	87032215	rs7112344	T	C	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=20;PP=2671;SC=TATATTAATATTTGTTTACTG;SOR=2.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=94;TCR=20;TR=114;WE=87032223;WS=87032205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	87846757	rs9144	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=1.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr11	87847018	rs3740925	C	T	4598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=96;PP=2965;SC=TTCTCTCTCACTGAAAAAACA;SOR=1.488;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=52;TCR=96;TR=148;WE=87847026;WS=87847008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	87908346	rs302647	C	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=5.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,26:0.21:125
chr11	87908448	rs302646	A	G	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:576,152:0.21:728
chr11	87908502	rs36074402	G	A	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:620,167:0.21:787
chr11	88033661	rs217116	A	G	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=26;PP=1652;ReadPosRankSum=-1.854;SC=AAATAGTTCCAAACAAATTAA;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=96;TCR=34;TR=101;WE=88033669;WS=88033651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,101:0.79:128
chr11	88045583	rs217086	A	G	8052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.578;SC=AAGGTGTGCTATGTTGACATA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=374;TCF=217;TCR=157;TR=310;WE=88045591;WS=88045573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,330:0.82:403
chr11	88045815	rs5793312	C	CT	712.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=939;ReadPosRankSum=0.324;SC=AAATGTGCCCCTTTCAAAACA;SOR=2.910;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=26;WE=88045826;WS=88045805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr11	88070563	rs580808	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=2;PP=840;ReadPosRankSum=-0.308;SC=ATGCTCTGGCCACCCACAAGC;SOR=1.762;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=39;WE=88070571;WS=88070553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr11	88070858	rs11019400	A	G	7140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.133;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.418;SC=GGAGCTGAGAAAAGAGGTGAA;SOR=0.953;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=368;TCF=159;TCR=209;TR=285;WE=88070866;WS=88070848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,299:0.78:385
chr11	88070914	rs11600158	A	G	4268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.048;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=95;PP=2214;ReadPosRankSum=-1.593;SC=TGAGTCCACCACGAGGCGCGC;SOR=1.192;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=199;TCF=74;TCR=125;TR=146;WE=88070924;WS=88070904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,158:0.75:212
chr11	88070916	.	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,30:0.15:205
chr11	88242024	rs2941563	T	G	18538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=382;NR=308;PP=2965;ReadPosRankSum=1.584;SC=GCTGCGCGCCTCCCGTGACTT;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=693;TCF=383;TCR=310;TR=690;WE=88242032;WS=88242014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,721:1.00:722
chr11	88258689	rs4753486	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=222;ReadPosRankSum=0.729;SC=AATGGGGGTTCCTGCTTCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=16;WE=88258697;WS=88258679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr11	88338165	rs3816649	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,11:0.13:84
chr11	88645129	rs626218	T	A	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.43;QD=28.45;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	88925242	rs10765196	G	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,17:0.13:129
chr11	88925328	rs10765197	A	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=935;SC=CTAAATATTTATCCTACAAAT;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=88925336;WS=88925318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	88961188	rs3793975	G	A	2849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=82;PP=2179;ReadPosRankSum=0.501;SC=TTTAAATAGAGGGTGCCTATC;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=31;TCR=104;TR=106;WE=88961196;WS=88961178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,108:0.79:136
chr11	89017961	rs1126809	G	A	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.588;NF=42;NR=30;PP=853;ReadPosRankSum=-0.668;SC=CAGTGGCTCCGAAGGCACCGT;SOR=0.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=126;TCR=86;TR=72;WE=89017969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,82:0.36:226
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chr11	89075404	rs58561872	G	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.443;NF=5;NR=19;PP=448;ReadPosRankSum=0.470;SC=ATGAAAATAAGTGAAATTAAT;SOR=0.425;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=24;WE=89075412;WS=89075394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr11	89133449	rs317139	C	T	14665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=268;NR=265;PP=2965;SC=AGGGATGACTCATGACCGAAA;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=533;TCF=268;TCR=265;TR=533;WE=89133457;WS=89133439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,553:1.00:553
chr11	89221958	rs597046	G	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr11	89223931	rs2304500	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.690;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=294;ReadPosRankSum=-1.048;SC=CTGAGACTAAGCATTTGGGTT;SOR=2.472;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=16;WE=89223939;WS=89223921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr11	89224101	rs3816123	G	T	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.428;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,135:0.30:449
chr11	89224131	rs34495256	T	TCTC	3838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=3.344;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,111:0.31:356
chr11	89224229	rs35177439	G	GT	1606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=1535;ReadPosRankSum=1.147;SC=ATAAAGTTTTGTAAGTTGAGA;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=63;TCR=83;TR=44;WE=89224237;WS=89224219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,60:0.33:182
chr11	89224326	rs10830279	G	A	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=57;PP=1445;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AGGACAGAGAGAACGCAAGGA;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=333;TCF=166;TCR=167;TR=112;WE=89224334;WS=89224316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,118:0.33:359
chr11	89224453	rs2289125	A	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=409;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TGCCCGCCGGACCGAGAAGGA;SOR=0.883;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=27;WE=89224461;WS=89224443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr11	89224477	rs2289124	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=769;ReadPosRankSum=0.702;SC=GGCGGCGGCCGGGGCAGCGGT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=39;WE=89224485;WS=89224467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr11	89370552	rs72971036	G	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.46;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	89370598	rs12363392	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=26;PP=1908;SC=CTCACTCTGTTACCAGGCTCC;SOR=1.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=83;WE=89370606;WS=89370588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	89370719	rs12363079	A	G	6178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=126;PP=2965;SC=CAGGTCAGCAATCTGGACAGG;SOR=1.060;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=105;TCR=126;TR=231;WE=89370727;WS=89370709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr11	89371726	rs10765221	G	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.45;QD=29.35;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	89372210	rs7924505	C	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=9;PP=726;SC=AATTGGTTTGCAACTTAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=89372218;WS=89372200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	89372292	rs7942274	T	C	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=38;PP=1929;SC=TCACCTAATGTCAGAGGTAAT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=96;WE=89372300;WS=89372282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	89372341	rs7942295	T	G	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=65;PP=2795;SC=CATACAACAATAATGAAAAAT;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=145;WE=89372349;WS=89372331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	89372524	rs7945304	T	C	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=53;PP=1397;SC=AGCACATTCTTGAAAGTTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=83;WE=89372532;WS=89372514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	89378138	rs2072623	C	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.66;QD=28.12;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	89378269	rs11018694	C	T	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.69;QD=27.06;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	89392653	rs10765230	A	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.51;QD=24.25;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	89392799	rs10830330	G	A	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=4.360;NF=103;NR=84;PP=2840;ReadPosRankSum=2.811;SC=CTATCCAGACGGTTGGAATCT;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=120;TCR=99;TR=187;WE=89392807;WS=89392789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,198:0.90:220
chr11	89402557	rs80292557	G	T	6015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-1.744;NF=145;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TAATAATGTTGTTTTGTGTCC;SOR=0.506;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=227;TCF=146;TCR=81;TR=226;WE=89402565;WS=89402547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr11	89402687	rs11018718	T	C	4539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.080;NF=68;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.418;SC=GAGACTATTTTAATTTTAACT;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=68;TCR=119;TR=184;WE=89402695;WS=89402677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr11	89402728	rs11018719	A	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.920;NF=8;NR=68;PP=1943;ReadPosRankSum=0.126;SC=AGAAAAAAATACTATAGAGGA;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=8;TCR=69;TR=76;WE=89402736;WS=89402718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr11	89403414	rs10734120	C	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=422;SC=ACGCCTTTTCCCCTGTTAATC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=89403422;WS=89403404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	89404941	rs11325465	CT	C	161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.140;QD=16.17;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr11	89405190	rs10047486	A	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.17;QD=29.51;SOR=2.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	89407164	.	C	CT	311	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=15;MQ=51.98;NF=14;NR=7;PP=311;QD=15.0952380952;SC=CCATCAATGACTTTTTTTTTT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=21;WE=89407172;WS=89407154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,21:0.66:32
chr11	89407391	rs2075536	A	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=43;PP=1327;SC=GTAGCCAGGAATTATTTGCCA;SOR=1.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=89407399;WS=89407381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	89409158	rs4753234	A	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.37;QD=43.52;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	89409166	rs4753235	G	C	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.85;QD=37.12;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	89413781	rs10830339	C	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=7;PP=886;SC=TTTCAGGAAACTACACTCTGA;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=89413789;WS=89413771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	89413850	rs10830340	C	T	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=41;PP=1717;SC=AAGAGGTATACAATTACATAT;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=89413858;WS=89413840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	89413867	rs7128813	G	A	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=49;PP=2065;SC=ATATAATTTAGGAAAACCCAA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=114;WE=89413875;WS=89413857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	89413975	rs10830341	C	T	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=35;PP=978;SC=TATGACATCACATCTTCACAG;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=89413983;WS=89413965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	89424716	rs2035677	A	G	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=64;PP=2069;SC=ACATATATGTACATATGTGTA;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=105;WE=89424771;WS=89424706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	89424736	rs6144434	GTGTGTATATATATATATATATATA	G	2728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=807;SC=ATATGTGTGTGTGTGTATATA;SOR=1.421;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=21;WE=89424771;WS=89424706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	89431458	rs150227494	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-5.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.091;NF=32;NR=1;PP=673;ReadPosRankSum=1.534;SC=TGGAAGTTCAGTTGACAAGTG;SOR=0.204;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=51;TCR=1;TR=33;WE=89431466;WS=89431448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr11	89443429	rs10830355	G	A	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=33;PP=2872;SC=TATGCCATGGGGGAAAGAATG;SOR=2.197;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=96;TCR=33;TR=128;WE=89443437;WS=89443419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	89443808	rs11018745	A	C	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=114;PP=2965;SC=TGTGTTTTCTATGCTCTCAAT;SOR=1.682;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=57;TCR=115;TR=171;WE=89443816;WS=89443798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	89443939	rs10830356	C	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=460;SC=ACAGGTAATACGGAAAGATAT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=89443947;WS=89443929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	89444754	rs7111680	G	A	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=63;PP=1901;SC=AGTTAACCATGTGTCCCCTGA;SOR=1.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=92;WE=89444762;WS=89444744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	89447256	rs1967075	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=416;SC=GCATTAAACTATATTTAGTAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=89447264;WS=89447254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	89447313	rs1967074	A	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=7;PP=1305;SC=TAAGGAAAGAATAAAACCACT;SOR=3.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=89447321;WS=89447303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	89451057	rs3881253	A	G	8351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=136;PP=2965;SC=ACAGGTCACAAACCTGACCAA;SOR=1.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=56;TCR=136;TR=192;WE=89451079;WS=89451047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	89451071	rs3881254	C	A	7154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=118;PP=2965;SC=TGACCAAGGCCTTGGGAATTC;SOR=2.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=35;TCR=118;TR=153;WE=89451079;WS=89451047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	89531540	rs12417980	C	T	13469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=242;NR=236;PP=2965;SC=CCCGCCTTTCCATCTATCTTC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=478;TCF=242;TCR=236;TR=478;WE=89531548;WS=89531530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr11	89606435	rs201030722	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.39;MQRankSum=-7.357;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,40:0.21:195
chr11	89896537	rs80078229	A	G	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=47;PP=1794;SC=TATTGACCCAACCAGTGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=99;WE=89896545;WS=89896527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	89909096	.	ATG	A	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.815;NF=2;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=2.153;SC=TTACTTGTTTATGTGTGTGTG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=4;WE=89909105;WS=89909086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr11	91545212	rs4753345	C	G	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=21;PP=642;SC=CACAGCAAGACTATTTAACTG;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=91545220;WS=91545202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	92086828	rs139595720	T	C	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=25;PP=1095;SC=CTGAATTTGTTACCATTTGTC;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=92086836;WS=92086818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	92702962	rs8192552	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=475;SC=GGCTGGTCGGGGGCTGGCAGC;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=92702970;WS=92702952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	92718127	rs1447350	G	C	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=31;PP=994;SC=ATTTGGGGAAGCCTGTCTTCC;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=59;WE=92718135;WS=92718117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	92718163	rs1447351	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=25;PP=689;SC=AAGTCTGGTCAGAGGTGCCAC;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=92718171;WS=92718153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	92895920	rs78676517	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=419;SC=GATTTCATCATGGAAACACAT;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=92895928;WS=92895910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	93118515	rs3020057	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=329;SC=TGCATTGTACGTTATGATAAC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=93118523;WS=93118505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	93141580	rs2259633	C	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=451;SC=AAAAGTGGAACAAAATGAAGA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=93141588;WS=93141570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	93170909	.	T	TC	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5559;HP=9;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=38;QD=17.3333333333;SC=TTTATTTGCTTCCCCCCCCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=93170917;WS=93170899;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr11	93170925	rs2605584	G	A	59.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=97;SC=CCCCACCCCCGCCAAGAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=93170933;WS=93170915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	93400052	rs7123801	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=49;SC=TTACATTAGAGTGTTCTAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=93400060;WS=93400042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	93402096	rs1944101	C	A	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=159;SC=AACAAAAAACCTGGTAAAGTA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=93402104;WS=93402086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	93403067	rs1954994	G	A	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=160;SC=TTGTACAGGAGTATATCTGGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=93403075;WS=93403057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	93408831	rs10831088	G	A	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=21;PP=818;SC=GACACAAAACGGGTGATTGAC;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=93408839;WS=93408821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	93408958	rs35646565	C	CA	187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=253;SC=TAATAATAATCAAAACCTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=93408966;WS=93408948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	93412774	rs1944100	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=752;SC=ATAGCATTGCAGGACTGATTA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=93412782;WS=93412764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	93425159	rs4753495	C	A	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=28;PP=1080;SC=CCTCAAGAAGCAGCAGCCAGG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=60;WE=93425167;WS=93425149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	93462607	rs7131178	A	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=204;SC=TAGGTGAGTGAGTTTCTGCCT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=93462615;WS=93462597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	93463145	.	AT	A	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.571;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.561;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr11	93463332	rs7101779	A	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=17;PP=561;SC=TAACTGAGGGAGAAGGACTTA;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=38;WE=93463340;WS=93463322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	93463666	rs7119918	C	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=7;PP=267;SC=GGCAACAATCCTGGATTATTA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=93463678;WS=93463656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	93463726	rs34898352	T	TAG	383.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=368;SC=AGGAGTGCTATGGCTTCCTAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=93463734;WS=93463716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	93466866	rs2155248	G	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=753;SC=AGGGGTTCGAGGCTACAGTGA;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=93466874;WS=93466856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	93474570	rs11280945	T	TGCGTGA	10282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=70;PP=2965;SC=ACTGGCCTGGTGTCCTAGAGC;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=98;WE=93474578;WS=93474560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	93474678	rs630648	G	C	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.56;NF=43;NR=73;PP=2403;SC=TATTTCCGTGGCCCAAGTAAT;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=116;WE=93474686;WS=93474668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	93474791	rs623510	G	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=365;SC=GCGCAGGGAGGACTGACTAAC;SOR=2.948;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=93474799;WS=93474781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	93474827	rs631116	T	C	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=174;SC=GCTCGCGTATTCTGAGGAGGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=93474835;WS=93474817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	93480708	rs624856	T	C	183.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=93;SC=TTACTACTTATGTATATCTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=93480725;WS=93480698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	93480717	rs5793654	A	ATATCTTACT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=724;SC=ATGTATATCTATATCTTACTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=93480725;WS=93480698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	93487008	rs623993	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=5;PP=273;SC=CTGTTGATCAGTTGGCAAGGA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=93487016;WS=93486998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	93490682	rs604414	T	A	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=39;PP=1031;SC=GTGTGTGCACTTACTTAAGAT;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=93490690;WS=93490672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	93494878	rs72097212	AAG	A	1596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=1097;SC=TATTTAGAAAAAGAAATAATT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=24;WE=93494887;WS=93494868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	93517874	rs7116967	C	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=14;PP=409;SC=GGACCGAGGGCGACGCGCAGG;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=93517894;WS=93517864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	93517886	rs2848477	G	C	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=11;PP=359;SC=ACGCGCAGGAGTGGCCGGGCG;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=93517894;WS=93517864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	93521405	rs676586	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=351;SC=GGCTTTGTGCCTGTTGTTCCA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=93521413;WS=93521395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	93527219	rs657177	T	C	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=49;PP=1502;SC=TATGTTCTATTCTCTAATTTC;SOR=1.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=93527227;WS=93527209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	93527282	rs5793656	GA	G	694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=647;SC=ATATAGGTAGGAAAAAATAGA;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=20;WE=93527290;WS=93527272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	93534929	.	T	TGA	367.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	93534930	.	TTC	GAT	445	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=7;NR=0;PP=445;QD=72.6382678375;SC=TCATAAAATTTTCGAATCATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=93534940;WS=93534920;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr11	93534930	.	TTC	T	367.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	93534990	rs655699	G	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=9;PP=521;SC=TTAACTTCTTGTATTTAAAAG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=93534998;WS=93534980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	93553903	.	G	T	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=69;PP=2639;SC=AGGCCCAGGGGGTTACCTTTG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=146;WE=93553911;WS=93553893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	93754508	rs2511403	G	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=181;SC=TGTGCAGGCTGCCTGCCTGCT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=93754516;WS=93754498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	93797619	rs1945783	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=41;PP=1693;SC=TTTCTGCACCAACCCTGATTC;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=100;WE=93797627;WS=93797609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	93803717	rs1878799	C	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=687;SC=AGGTAAGCACCCTTTGTTGGT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=93803725;WS=93803707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	93803771	rs1878800	T	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=370;SC=AGGCTTTCTCTGTGATCTAAT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=93803779;WS=93803761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	93806416	rs1914725	T	C	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=44;PP=1916;SC=CTCTTCTGCTTTACTTCTTTC;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=86;WE=93806424;WS=93806406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	93834223	rs7927016	G	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=52;SC=CTCTAAAGTGGAGTAGAGTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=93834231;WS=93834213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	93844034	rs7925817	G	T	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=10;PP=756;SC=AGCAAAGAAGGCTACTAGCTG;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=93844042;WS=93844024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	93862493	rs1138800	A	C	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=26;PP=1285;SC=CCATCGCTCAACTGGCCACGG;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=93862501;WS=93862483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	93886838	rs7928030	G	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=16;PP=458;SC=TTGCTTTATAGATAAGGAAAC;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=93886846;WS=93886828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	93913458	rs3020015	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=628;SC=TACGGGAGTCTACCGAGAGCC;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=93913466;WS=93913448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	94113466	rs3740868	G	T	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=24;PP=1068;SC=TGGGGAGGGTGGCCTGTCCTC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=94113474;WS=94113456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	94170484	rs13447714	TTC	T	1810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=1145;SC=GCTAAAGATTTTCTGAGTCCT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=94170493;WS=94170474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	94179125	rs1014666	T	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=24;PP=708;SC=CATACAACACTAAAAAATGAA;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=42;WE=94179133;WS=94179115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	94203868	rs610611	A	T	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1520;ReadPosRankSum=-1.098;SC=GTGATGTGCAAACGAAAGCTT;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=84;WE=94203876;WS=94203858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr11	94225807	rs496797	C	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=77;SC=ATTCCAAATACCCTTTTTGAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=94225815;WS=94225797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	94225920	rs497763	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=13;PP=360;SC=CCCCAAATAACAAGGGATTCC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=94225928;WS=94225910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	94250663	.	A	T	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=51;QD=28.5904041824;SC=GTCTTCTTTTAAAAAAATTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=94250671;WS=94250653;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	94261255	rs647484	C	G	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=12;PP=678;SC=GACAGTGGCCCTGGAAGGGAT;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=94261263;WS=94261245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	94261280	rs11605546	G	A	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=19;PP=938;SC=AGCATTAAAAGGAATCTGCCT;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=94261288;WS=94261270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	94320237	rs7110167	T	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=16;PP=1038;SC=GGCCTGGGTTTGCCATTTCTG;SOR=1.574;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=60;WE=94320245;WS=94320227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	94322352	rs11020845	AG	TA	8446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=76;PP=2947;SC=CACACCTTTCAGAAGCGGGAT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=93;TCR=77;TR=167;WE=94322361;WS=94322342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	94326627	rs11020851	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=4;PP=345;SC=ATGTAAGGATGCTCACCTGGC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=94326635;WS=94326617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	94326654	rs111738403	CT	C	1181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=8;PP=783;SC=TCCATGTTAACTTTTTACTTA;SOR=1.788;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=22;WE=94326662;WS=94326644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	94326848	rs11020852	C	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=471;SC=CTCCTGGATACAGGCCCCTGA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=94326856;WS=94326838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	94328651	rs1015714	T	C	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=30;PP=750;SC=AGATGGCCTATGTAACACTGA;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=94328659;WS=94328641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	94337220	rs593690	C	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=390;SC=TGATGTTCAGCTGGTAAGTAC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=94337228;WS=94337210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	94340838	rs561774	A	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=22;PP=586;SC=TCTATTAGTAATTAATAAATT;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=94340846;WS=94340828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	94354019	rs504010	T	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=10;PP=1025;SC=TCTTAATTATTATCAATACTT;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=94354027;WS=94354009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	94474044	rs11300560	GT	G	1968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=12;PP=1372;SC=GCTGGTGCTTGTGCGGGTTCG;SOR=1.958;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=32;WE=94474052;WS=94474034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	94501610	rs17608451	G	A	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=50;PP=2124;SC=ATTGTCCGGCGCCACTTCCCC;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=120;WE=94501618;WS=94501600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	94501849	rs2915239	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=314;SC=TGGGGGCCCGGGGCTGAGATC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=94501857;WS=94501839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	94696474	rs58293261	G	GA	107.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr11	94699507	rs34805065	A	AT	1128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=764;SC=GGCCAGTGAGATAAGGAGAGG;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=94699515;WS=94699497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	94704037	rs3737505	C	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=265;SC=ATAACAGTAACTAAACATAAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=94704045;WS=94704027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	94704092	rs4753645	T	A	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	94704092	.	TAG	AAA	647	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=25;NR=8;PP=647;QD=21.2262992382;SC=TATTTTAGAATAGCATGGTAA;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=33;WE=94704102;WS=94704082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,33:0.89:37
chr11	94704094	rs4753646	G	A	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	94704689	rs3831469	A	AAC	556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5747;FS=5.006;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.471;NF=1;NR=13;PP=765;ReadPosRankSum=-0.275;SC=ATGTTACTTAAACACACACAC;SOR=1.739;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=94704698;WS=94704679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr11	94759059	rs10752685	A	G	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.83;QD=26.07;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	94782539	rs620838	G	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=465;SC=TCAGGCATTTGGAGGACACCG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=94782547;WS=94782529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	94800902	rs5793709	G	GC	9723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=83;PP=2973;SC=TCGCGCTACAGCGCTCTCCCT;SOR=0.839;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=135;TCF=48;TCR=87;TR=124;WE=94800910;WS=94800892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	94823024	rs138039025	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=349;SC=TGCGCTCCCCGCCCAGCCTGC;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=94823032;WS=94823014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	94823448	rs3016947	A	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=284;SC=GCCGCTGGACATGCCCCCAGT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=94823456;WS=94823438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	95509037	rs3789960	C	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=207;SC=TGCTATTACTCAAGTTTAGCC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=95509045;WS=95509027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	95512060	rs1150360	A	G	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=38;PP=1564;SC=TCTTCTTTCAATTGACTTATA;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=90;WE=95512068;WS=95512050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	95519195	rs3748252	A	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=215;SC=GAATAGATCCAGTCTCAGTAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=95519203;WS=95519185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	95519506	rs3748253	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=24;PP=634;SC=TATACCCAGTGTTGTAGACAT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=95519514;WS=95519496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	95520695	rs1313288	T	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=4;PP=228;SC=TGAGCCACTGTGCCCAGCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=95520703;WS=95520685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	95521648	rs1727165	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	95521855	.	A	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=436;SC=CAACGTAAAGAACTGGATGCT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=95521863;WS=95521845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	95521953	rs3748256	A	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=15;PP=1091;SC=TATATTACAGACAAATTAAGA;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=95521961;WS=95521943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	95524067	rs12272061	G	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=567;SC=CATTCACTGTGGCTGTGTCGA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=95524075;WS=95524057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	95528663	.	C	CT	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.8326;HP=13;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=52;QD=15.25;SC=AGCTGTTATTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=95528671;WS=95528653;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	95528714	rs522536	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	95551136	rs666398	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=441;SC=AATTATTTTACATCACTGGAT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=95551144;WS=95551126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	95555841	rs56284050	G	GTGCCTTTACCAGTGTGTGGATCA	836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.49;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	95561265	rs34100857	TA	T	34.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=49;SC=TTGACTTTATTAAATCTTACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=95561273;WS=95561255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	95562327	rs534488	G	A	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=18;SC=ACTTAACCATGTTCTACTTCT;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=95562335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	95562535	.	G	GA	58	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=58;QD=17.5;SC=TAATGATTAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=95562543;WS=95562525;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,4:0.57:7
chr11	95564259	rs644799	A	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	95569183	rs499637	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=358;SC=TCTACTATACGATTGTTAACT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=95569191;WS=95569173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	95569253	rs627568	A	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=21;PP=804;SC=GCTGCTTTTAAGGAGACAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=95569261;WS=95569243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	95580926	rs566204	G	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=32;PP=1118;SC=ACAACCAGTGGGTTTCCTCAA;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=95580934;WS=95580916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	95598629	rs687559	A	G	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=17;PP=1118;SC=TAAGATGCTGAGAAGACTGCA;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=95598637;WS=95598619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	95657111	rs3824874	T	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=860;SC=GCTCGAGCTCTTCTCCATCGC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=95657119;WS=95657101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	95825374	rs10557243	TTGCTGCTGC	T	845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.781;NF=5;NR=6;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.316;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.473;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=11;WE=95825390;WS=95825364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr11	99427091	rs2047166	A	G	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=186;SC=ATCCTCAGGTATTAATTTAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=99427099;WS=99427081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	99428929	rs11375374	C	CT	745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.71;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr11	99690286	rs10790978	T	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=444;ReadPosRankSum=-0.313;SC=GTATTCAAAATCTCTTCCTGG;SOR=0.193;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=22;WE=99690294;WS=99690276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr11	99690428	rs7125822	T	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=653;ReadPosRankSum=-1.398;SC=CCCAGCTGGCTAGGGGCAGCT;SOR=0.791;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=47;WE=99690436;WS=99690418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,47:0.35:135
chr11	99690461	rs10893933	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=366;ReadPosRankSum=-3.058;SC=TCCCCCATCAATCTTTATCAT;SOR=1.245;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=20;WE=99690469;WS=99690451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr11	100168289	rs1944178	C	T	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=15;PP=1073;SC=TCTGACTTATCTCAGGATTTT;SOR=1.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=45;WE=100168297;WS=100168279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	100168320	rs75986029	T	TC	3695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=30;PP=1606;SC=GGTTGGGAGTTTTTTTCTCCT;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=100168328;WS=100168310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	100169829	rs1944180	A	G	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=358;SC=TTAATTAAGAATTTGGAGAAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=100169837;WS=100169819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	100226773	rs10894795	A	G	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=17;PP=983;SC=TTAGTCTTACATACTAAAAAC;SOR=1.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=63;WE=100226781;WS=100226763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	100641200	rs7944598	A	T	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=168;SC=AAGTTCTATTACTAATATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=100641208;WS=100641190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	100730087	rs661237	G	A	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	100730213	rs646392	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	100804088	rs626529	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=15;PP=414;SC=CTAGTGGAAAATACAACCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=100804096;WS=100804078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	100807130	rs581921	T	C	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=37;PP=1340;SC=GTGACTTGGTTAGTAGTATTT;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=100807138;WS=100807120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	100811574	rs35159175	CAT	C	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=4;PP=301;SC=ATTAAGAACTCATATTCTAGT;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=100811583;WS=100811564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	100811690	rs661973	G	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=TTCAGACAGTGATAACCGCTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=100811698;WS=100811680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	100812338	rs151209547	A	AAC	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	100812342	rs370937549	CACTCTACCCTAT	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	100814344	.	G	A	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=211;SC=CTAACATCAGGAATAAAAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=100814352;WS=100814334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	100814409	rs619066	G	A	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=17;PP=851;SC=ACATTTTAATGTGGCAACTTG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=100814417;WS=100814399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	100814570	rs543146	A	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=512;SC=TTGACAAACGATTCTGCTTTG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=100814578;WS=100814560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	100814609	rs618155	G	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=11;PP=292;SC=GGTTTGAGCTGTTCTTTTCAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=100814617;WS=100814599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	100819305	rs633967	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.73;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	100820725	rs694556	A	T	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=364;SC=TTTTATCATGAAGTTATTTTT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=100820733;WS=100820715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	100827326	rs151243237	AAATAT	A	5613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=53;PP=2965;SC=GGGTGCTGAGAAATATAATCT;SOR=0.725;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=67;WE=100827338;WS=100827316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	100830693	rs563460	T	C	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=156;SC=GTTGCCTGATTGGTACAGCAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=100830701;WS=100830683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	100833059	rs540866	A	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	100847050	rs569270	A	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=230;SC=GTGTTGCTTCAGTCACTAGCC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=100847058;WS=100847040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	100847069	rs569336	G	A	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=9;PP=439;SC=CCCAGGAGACGTTTCCCCACC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=100847077;WS=100847059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	100847749	rs575734	A	G	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=23;PP=767;SC=GGATACAGAGAGGAGTTGAGT;SOR=1.077;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=100847757;WS=100847739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	100847829	rs3216738	CA	C	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=407;SC=AGAGTGGGTACAGTCCACTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=100847837;WS=100847819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	100849673	rs10791440	A	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=381;SC=AGCAGAACTGAATGTGATTGA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=100849681;WS=100849665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	100856632	rs629813	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=296;SC=GAAATTATAATGTAATGCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=100856640;WS=100856622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	100859439	rs524811	G	A	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=22;PP=715;SC=TATTTATTTTGCCAGTGTACC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=100859447;WS=100859429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	100863096	rs515552	A	G	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=71;PP=2965;SC=CAGGTCACGAAAAAGAACACA;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=101;TCR=71;TR=172;WE=100863104;WS=100863086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	100863354	rs471933	C	A	3082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=56;PP=1949;SC=CCCTCATTGTCACCGTTATCC;SOR=1.109;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=100863362;WS=100863344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	100998105	rs11571153	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=3;PP=250;SC=TGGCGGCCGCCGCCGCCAACG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=100998113;WS=100998095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	100998623	rs1379130	G	A	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=29;PP=1071;SC=AGGCCTCCGCGCCTTCCTCCT;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=100998631;WS=100998613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	100999838	rs11437764	A	AG	852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=545;SC=CCCCGTCTCCAGGAGGAGGGA;SOR=1.358;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=100999846;WS=100999828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	101374626	rs4542378	G	A	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=206;SC=TAAAGAGCTTGTTGAATAAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=101374634;WS=101374616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	101375549	rs10501986	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=366;SC=AACAGAAAGATTGTAAACAAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=101375557;WS=101375539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	101771248	rs3858418	G	A	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=49;PP=1723;SC=ATCACAGTCCGTCCACCTCCT;SOR=0.868;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=100;WE=101771256;WS=101771238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	101832478	rs7926728	G	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=4;PP=303;SC=CCAGAAATTTGGTGATGAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=101832486;WS=101832468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	101833644	rs7109233	C	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=13;PP=806;SC=TTCCAAAGACCATTAAAAAAC;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=101833652;WS=101833634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	101857758	rs6590942	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=274;SC=AATGATCTCAGTGAAAGACTA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=101857766;WS=101857748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	101918327	rs12804542	A	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=33;PP=1067;SC=GAACCGAGGCACAGGGAGAGA;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=101918335;WS=101918317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	101984718	rs2033082	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	102080325	.	GA	G	41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=15;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=41;QD=11.0;SC=TTTAGCACTGGAAAAAAAAAA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=102080333;WS=102080315;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	102098354	rs3858420	G	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=10;PP=279;SC=ACTTAACAGTGGGATATGTTA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=102098362;WS=102098344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	102323160	rs2436036	C	T	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=16;PP=876;SC=CAGACACACGCGGAACTTTCT;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=102323168;WS=102323150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	102391287	rs17886371	T	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=115;SC=ATGTAACATTTATTGACATCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=102391295;WS=102391278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	102449650	rs7934921	T	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=218;SC=TGAAAGGACCTAAGACCAAAT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=102449658;WS=102449640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	102449931	rs10502004	T	C	210.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=77;SC=TGGTTGTAGATGACACTATAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=102449939;WS=102449921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	102449951	rs1940054	A	C	184.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=116;SC=CTGGTCAGGCATATGGACACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=102449959;WS=102449941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	102465281	rs7116339	G	A	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=142;SC=AATGCTGGCAGGGCTAGATAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=102465289;WS=102465271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	102482738	rs1711416	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=367;SC=CTACAATTTAGATTTTTCTCT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=102482746;WS=102482728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	102495998	rs2245803	T	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=447;SC=AGTGGAAAACTTCAAAGCCAT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=102496006;WS=102495988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	102573396	rs2701994	C	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=4;PP=265;SC=GGGAACTTTACAGTTAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=102573404;WS=102573386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	102576358	rs2846707	T	C	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=9;PP=658;SC=GCCAGTTGCATATTTTCTTCA;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=102576366;WS=102576348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	102576375	rs1939015	G	A	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=14;PP=856;SC=TTCATTTTCCGTCATCCGGAC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=102576383;WS=102576365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	102584023	rs1939018	T	A	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=36;PP=1812;SC=ACGAAAATGCTTGCTGAACTT;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=100;WE=102584031;WS=102584013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	102584466	rs3832755	G	GT	1478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=558;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CATTTATTAGGTTTTTTTTTC;SOR=0.841;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=37;WE=102584474;WS=102584456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,60:0.94:64
chr11	102584607	rs2509013	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	102592049	rs113713628	T	TTG,TTGTG	816.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=13,13;NR=0,0;PP=256,247;SC=GTTACCTTTATTGTGTGTGTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=13,13;WE=102592057;WS=102592039;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:22
chr11	102593042	rs948218	T	A	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=78;SC=CTCACACTCTTCAAAGGCAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=102593061;WS=102593032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	102593053	rs1940474	G	T	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=83;SC=CAAAGGCAGGGATATTTATCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=102593061;WS=102593032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	102593248	rs1940475	T	C	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=24;PP=1403;SC=CGAGGCTTTTTCATCATGTCC;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=102593256;WS=102593238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	102594376	rs6590983	A	C	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=25;PP=912;SC=CCATTCTATTAATTACTAATC;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=102594384;WS=102594366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	102594427	rs6590984	T	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=18;PP=727;SC=CAAAAATTAATCCAGTCACAC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=102594435;WS=102594417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	102595492	rs3765620	G	A	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=17;PP=941;SC=TACCTGAACAGTTTTTGTATT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=46;WE=102595500;WS=102595482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	102595666	rs2155052	C	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=14;PP=427;SC=AGCACCCTGACGTTCACAGCA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=102595674;WS=102595656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	102623115	rs531335	A	G	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=159;SC=TTCTCAAGCTACACAGGTGTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=102623123;WS=102623105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	102624007	rs10895360	G	A	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=179;SC=TACTAATAAAGTCAAAATTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=102624015;WS=102623997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	102642716	rs17860997	A	AT	1114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=972;SC=AGATTCCTGCATGACAATGAA;SOR=2.985;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=102642724;WS=102642706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	102642899	rs17860995	C	T	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=744;SC=TCCCATTACACACAATAGTAT;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=102642907;WS=102642889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	102647310	rs470154	T	G	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=12;PP=477;SC=TCATTGTAGATCTGCAATGCC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=102647318;WS=102647300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	102649543	rs470277	T	A	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=277;SC=CTGTTCCAATTAAACAACAGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=102649551;WS=102649533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	102650246	rs17860949	G	A	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=49;PP=1961;SC=TGTATGTAAGGTGGGTTTTCC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=113;WE=102650254;WS=102650236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	102661665	rs1938901	G	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=382;SC=TGTGAAATGGGGAGTGGATGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=102661673;WS=102661655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	102666043	rs491152	A	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=26;PP=945;SC=TAAAATACCTAGAGTTAGTTT;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=51;WE=102666051;WS=102666033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	102666316	rs470558	T	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=32;PP=809;SC=GTTCATGAGCTGCAACACGAT;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=102666324;WS=102666306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	102668603	.	CA	C	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.9983;HP=14;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=3;NR=2;PP=53;QD=11.4;SC=CTGTTTCTAGCAAAAAAAAAA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=102668611;WS=102668593;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	102668882	rs3213460	G	A	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=154;SC=GCCTCTTGCTGCTCCAATATC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=102668890;WS=102668872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	102735103	rs476185	A	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=27;PP=877;SC=CTCTGATGAAAAAAACCAAGG;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=102735111;WS=102735093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	102737944	rs28381681	CA	C	474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=374;SC=TGTTTTCTGACAAAAAAAATT;SOR=4.514;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=17;WE=102737952;WS=102737934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	102738793	rs5794199	G	GT	3429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=33;PP=1689;SC=TGAGGAACAAGTGGTGCCTAA;SOR=1.409;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=39;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	102738795	rs5003690	G	T	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=33;PP=1050;SC=AGGAACAAGTGGTGCCTAAGA;SOR=1.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=48;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	102824826	rs478927	T	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=202;SC=AACTTCATACTAGTGTGTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=102824834;WS=102824816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	102825091	rs640198	T	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	103004929	rs2450918	C	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=341;SC=ATTGATATGTCTTGTATAGAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=103004937;WS=103004919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	103013954	.	G	T	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=67;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=23;QD=28.8856062736;SC=TTAACATATTGGTTCTGTGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=103013962;WS=103013944;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	103019443	rs2514000	C	G	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=74;SC=AATATATAATCTCAACATTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=103019451;WS=103019433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	103029373	rs688094	G	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=1;PP=52;SC=AATTGTTAAAGTAGATGTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=103029381;WS=103029363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	103036743	rs72989738	C	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=314;SC=AATATACTAACATTGATACAA;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=103036751;WS=103036733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	103046866	rs72989749	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=55;SC=CTAGTGCATTTAATGATTAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=103046874;WS=103046858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	103047007	rs585692	C	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=9;PP=588;SC=GGCTTAATACCATGTCAAAGT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=103047015;WS=103046997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	103062371	rs146014868	T	TTGTGTG,TTGTG	374.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=0,0;NR=7,7;PP=75,130;SC=AGTGTGTATCTTGTGTGTGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7,7;WE=103062379;WS=103062361;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:10
chr11	103074349	rs631712	C	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=224;SC=GAAAAAGCATCATTTATTAAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=103074357;WS=103074339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	103082412	rs72971518	T	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=TATAACTATATAGCATGGAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=103082420;WS=103082410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	103082590	rs589623	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	103086381	rs679691	G	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=0;PP=356;SC=CTTTTCTATAGGGCTTTATTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=103086389;WS=103086371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	103086399	rs78873690	G	GTA	760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=0;PP=835;SC=TTTACTGTGTGTGTAAAATTC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=19;WE=103086407;WS=103086389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	103091237	rs636510	A	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=85;SC=TAAGAGAGAGAACATTAGTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=103091245;WS=103091227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	103091546	rs670464	G	A	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=609;SC=ATATTATTTCGGCAATGAATG;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=103091554;WS=103091536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	103092886	.	A	AT	272.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=242;SC=TCCAAAGGTAATTTTTAAGTT;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=103092894;WS=103092876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	103092945	rs654061	A	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=92;SC=GCTTTTTAAAATGTGGTGCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=103092953;WS=103092935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	103092968	.	C	T	72	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=72;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=72;QD=26.6928031368;SC=TCATTGCCAACTGTTTAGATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=103092976;WS=103092958;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	103104930	rs1784259	C	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=21;PP=623;SC=TACCTTTAAACTGCAGGAAAT;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=103104938;WS=103104920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	103114624	rs146123206	CT	C	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=317;SC=CTGGGTCCTACTGTATGGGAC;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=103114632;WS=103114614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	103123999	rs648387	G	T	877.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=517;ReadPosRankSum=1.080;SC=CCAATTGTGTGTTTTTTTTAA;SOR=1.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=36;WE=103124007;WS=103123987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,36:0.92:39
chr11	103153896	rs72973684	G	A	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=211;SC=CTCCTTATTCGTAATCAGTGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=103153904;WS=103153886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	103174035	rs12362743	T	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=18;PP=510;SC=GTTCCCACACTTGATGATATT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=103174043;WS=103174025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	103187169	rs72975657	T	C	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	103229027	rs2566913	T	C	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=37;PP=1865;SC=CCAAATTTGATAGAGAAATCT;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=97;WE=103229035;WS=103229017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	103229110	rs2671333	G	A	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=58;PP=2001;SC=ATATTCTTCTGATTCTTTTGC;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=115;WE=103229118;WS=103229100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	103229173	rs2514408	A	C	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=47;PP=1267;SC=GAGTCATACAAGTAATCACAT;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=103229181;WS=103229163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	103229188	rs2512128	G	C	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=42;PP=1313;SC=TCACATTGCAGAGGTTCCTAA;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=103229196;WS=103229178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	103229238	rs2512129	G	A	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=663;SC=CTTCATACCAGTGCACATCAA;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=103229246;WS=103229228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	103325908	rs11225812	C	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=19;PP=1483;SC=ATTTCCCCCCCTCTAGAACTG;SOR=1.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=103325916;WS=103325898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	103327166	rs7121138	G	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=586;SC=ATCTCAAAGTGACCTATCTTT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=103327174;WS=103327156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	103345030	rs11225822	A	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=58;SC=ATACATTAGAACTCCGATTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=103345038;WS=103345020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	103780455	rs10791649	A	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=12;PP=612;SC=AGATACAATCACATCGTTCAT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=103780463;WS=103780445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	103780610	rs4754997	C	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=22;PP=625;SC=CAGATGCCACCTACTTATTAC;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=103780618;WS=103780600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	103780695	rs4754998	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TGCACACGTTGCTATTAGAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=103780703;WS=103780685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	103818344	rs11226083	G	C	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=31;PP=1333;SC=GACCTTAGCTGTTCCATCCGT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=103818352;WS=103818334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	103871109	rs3824936	T	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	103908735	rs1052313	G	A	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=52;PP=1601;SC=GACGAAAAGAGCATTAAAGCA;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=105;WE=103908743;WS=103908725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	104757836	rs5794352	T	TA	113	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=200;SC=CAAGATGAATTAGAGCTTTGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=104757844;WS=104757826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	104758035	rs484438	G	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=9;PP=254;SC=AACATTATCTGCAAATAAAAG;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=104758043;WS=104758025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	104761013	rs635846	T	G	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=363;SC=GAAATGCTCTTTTCGGTGATA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=104761021;WS=104761003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	104761100	rs513131	T	C	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=29;PP=1224;SC=AAATCACTTATGTGGTGTGGA;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=81;WE=104761108;WS=104761090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	104761206	rs647039	C	T	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=47;PP=1443;SC=GTATCTGCACCGGCTTTTCCA;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=87;WE=104761214;WS=104761196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	104761271	rs693506	A	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=644;SC=CATTATGTCTAATTAAAGAAG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=104761279;WS=104761261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	104762228	rs544216	G	A	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=137;SC=AGCCAGCACTGAGGAATCAGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=104762236;WS=104762218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	104763117	rs497116	G	A	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=26;PP=1441;SC=AGTAGATCTCGCATCCCCAAA;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=104763125;WS=104763107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	104763716	rs617983	A	G	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=44;PP=1453;SC=ATTTCCAGAAAAGCTGAAAGA;SOR=1.264;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=104763724;WS=104763706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	104768000	rs693001	G	A	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=70;PP=2512;ReadPosRankSum=1.072;SC=TTTGCCTGCAGTTTGAGCTGT;SOR=0.228;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=149;WE=104768008;WS=104767990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr11	104768098	rs555367	T	C	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=54;PP=1804;SC=CTGTATTTAATACATTATTTT;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=104768106;WS=104768088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	104819327	rs9507	T	C	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=18;PP=963;SC=CATCTTCCTCTAGGTTCTCAG;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=104819335;WS=104819317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	104819542	rs5794358	G	GAAAC,GAAACAGAC	391.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=4;PP=313;SC=CACACACAGAGAGAGACACAC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=104819554;WS=104819532;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:10
chr11	104819544	.	GAG	CAC	245	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=16;MQ=63.17;NF=2;NR=4;PP=245;QD=49.7446458104;SC=CACACAGAGAGAGACACACAC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=104819554;WS=104819532;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr11	104819544	rs33955446	G	GACAC	391.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.17;QD=39.17;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	104819546	rs5004914	G	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=44.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	104820163	rs649739	A	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=489;SC=AATGTACTTTATTTACACTGG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=104820171;WS=104820153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	104839222	rs658560	A	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=32;PP=1107;SC=CTACTCCCAAACTCCTAGTCA;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=63;WE=104839230;WS=104839212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	104866384	rs3181334	A	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=264;SC=CCATATAAGCAGTCAGCTGTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=104866392;WS=104866374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	104870945	rs3181328	C	T	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=19;PP=1190;SC=CAATCCTCTGCATACACCTTC;SOR=1.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=104870953;WS=104870935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	104871322	rs45613137	G	A	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=660;SC=TGTAACATCCGGGTCGTGGTG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=104871330;WS=104871312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	104872981	rs544211	C	T	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=17;PP=527;SC=CTTTTCAACCCCCATATGCCT;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=104872989;WS=104872971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	104896375	rs2509648	G	T	62.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=49;SC=GAAAGAATTTGGTTAAAGACA;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=104896383;WS=104896365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	104905028	rs147322917	C	T	5270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=85;PP=2965;SC=TTCGGAATAACGGAGTCAATC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=106;TCR=85;TR=191;WE=104905036;WS=104905018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	104971210	rs1792771	C	T	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=16;PP=1312;SC=AGGCCCTAGGCGAACTTGAGT;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=66;WE=104971218;WS=104971200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	104971233	rs34491690	C	T	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=35;PP=1921;SC=GAGTCACTGACCCTTACCTGC;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=64;TCR=35;TR=99;WE=104971241;WS=104971223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	104972190	rs1792773	C	T	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=64;PP=2375;SC=AAAGCATGCACCACCTTTCTT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=143;WE=104972198;WS=104972180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	105836923	rs632549	G	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=273;SC=TACGTATGCAGTTACTGTCAA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=105836931;WS=105836913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	105836960	rs1939826	A	G	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=137;SC=ACCATTATCAATTTAGTGACA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=105836968;WS=105836950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	106579204	rs12420232	C	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=312;SC=AAACAAAGGCCAAGACAGGAA;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=106579212;WS=106579194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	106680653	rs141065153	CAATTT	C	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=317;SC=GTAAAAAAATCAATTTAATTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=106680665;WS=106680643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	106695697	rs77535954	A	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=26;PP=866;SC=GAATGTTACTAAATTTTCTAA;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=106695705;WS=106695687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	106807443	rs11331245	AT	A	1179.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.615;HP=12;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=37;PP=459;ReadPosRankSum=0.679;SC=CTTGCTCTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=39;WE=106807463;WS=106807433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,61:0.90:68
chr11	106888608	rs3107973	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=9;PP=433;SC=TCGGGGCCGGGGCGGCGGCAG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=106888616;WS=106888598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	107313608	rs144259680	G	GAGGAAGGA	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.11;QD=49.48;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	107396158	rs12574614	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=10;PP=424;SC=GATAAGAGTATATACTTACTA;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=107396166;WS=107396148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	107420530	rs645056	A	G	5320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=92;PP=2965;SC=CGGAATGTGTATCAATATGAG;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=90;TCR=92;TR=182;WE=107420538;WS=107420520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	107431637	rs662349	C	A	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=81;SC=TGTAAAAAAACAAGACAGTAA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=107431645;WS=107431627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	107462878	rs542650	A	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=9;PP=268;SC=CTCAGTGTTTATGCTCAACCT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=107462886;WS=107462868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	107462895	rs4085361	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=167;SC=ACCTCTAAGCGGCGAGTTCGG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=107462903;WS=107462885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	107502123	rs10539761	ACCC	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=153;SC=AAATTGCACTACCCCCCCCCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=107502133;WS=107502121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	107643289	rs60511673	T	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=7;PP=205;SC=AACCATGTTGTCCAGGCTGGT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=107643297;WS=107643279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	107646918	rs484427	G	A	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=0;PP=208;SC=ATTTAGTCAGGTGTGATGATG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=107646926;WS=107646908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	107650473	rs650686	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=8;PP=315;SC=GCGCCTGGCCGGGACCCCAGT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=107650481;WS=107650463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	107650505	rs519422	C	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=11;PP=338;SC=TTTTTTCTAACCGACATAGTC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=107650513;WS=107650495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	107663631	rs148577551	TTTTCTTTC	T	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=1131;SC=AATCTTTTTATTTTCTTTCTT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=107663646;WS=107663621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	107673628	rs556153	T	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=411;SC=GCCAAGAAGATGAGAAGGTTT;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=18;WE=107673636;WS=107673618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	107675566	rs495836	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=16;PP=469;SC=GCATTTTAGTCACTATACTTC;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=107675574;WS=107675556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	107677399	rs34066069	C	CA	2511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=15;PP=1624;SC=AAAACATAAACAAATTTGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=39;WE=107677407;WS=107677389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	107686741	.	T	TAC	89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=19;MQ=61.19;NF=0;NR=2;PP=89;QD=46.0;SC=AGTTATACCTTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=107686749;WS=107686731;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr11	107799153	.	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=273;SC=CCCGAGAGGGCGGGCACCAGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=107799161;WS=107799143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	107904646	rs10890800	C	T	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=38;PP=1179;SC=TCGTAAGTACCCCACTAATTC;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=107904654;WS=107904636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	107917087	rs7117111	A	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=24;PP=756;SC=TTATTAAGCAAGCACAGGCAG;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=107917095;WS=107917077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	107925327	rs3847562	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=ACTCAAAATACTGATTTTGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=107925335;WS=107925317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	107948858	rs10890807	T	A	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=174;SC=TTTATCTGTATATTTTCAATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=107948866;WS=107948848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	107992325	rs3741055	T	A	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=32;PP=984;SC=TACTCAGCCCTCTGCGACCAT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=70;WE=107992333;WS=107992315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	107992346	rs3741056	G	C	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=30;PP=889;SC=GGCTGTGCTGGCGGCACTTCT;SOR=0.917;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=58;WE=107992354;WS=107992336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	108006047	rs10890817	A	C	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=58;PP=1747;SC=AGGCATATTCATATTTTAGAA;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=86;WE=108006055;WS=108006037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	108012510	rs34420529	A	AAAGT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=264;SC=GGATTTTGAAAAATTCTAGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=108012518;WS=108012500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	108014662	.	T	TA	60	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=2;PP=60;QD=11.5;SC=TTCTATACAGTAAAAAAAAAA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=108014670;WS=108014652;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	108014799	rs10890819	C	T	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=14;PP=535;SC=AGGGGCGATACTCCATTATGC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=108014807;WS=108014789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	108043988	rs2070661	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=5;PP=309;SC=CTCTTGTGAACTTCACTAGAA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=108043996;WS=108043978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	108044205	rs61913698	A	C	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CAGGCTGATCAGGCTGTAACT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=69;WE=108044213;WS=108044195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr11	108057430	.	G	A	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=25;QD=29.8856062736;SC=GCAGGGGGCTGGTTTCAGGAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=108057438;WS=108057420;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	108059000	rs3781869	T	C	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.30;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	108061379	rs659584	C	T	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=99;SC=ATTTTTTGGGCAAGCAACTGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=108061387;WS=108061369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	108064935	rs11212546	A	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	108068954	rs683312	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=11;PP=335;SC=AAATCTAATCTCAAGAGTTGT;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=108068962;WS=108068944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	108093208	rs228589	A	T	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=19;PP=1322;SC=ATAACCCTCCATCCCGCGTCC;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=71;WE=108093216;WS=108093198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	108098459	rs2066734	TAA	T	1327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=833;SC=TTCCTTGAAATAAGTGTGATT;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=108098468;WS=108098449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	108124486	rs4987951	T	G	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=87;SC=CTAATACATATAAGGCAAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=108124494;WS=108124476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	108129657	rs672655	A	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=7;PP=285;SC=ACTGTCTGCCAAGAATAATTG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=108129665;WS=108129647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	108137775	rs642496	T	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=388;SC=CACCTGGCTCTGCCTCCCAAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=108137783;WS=108137765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	108141701	rs651030	G	T	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	108143182	rs664677	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	108151707	rs3218681	T	TA	429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.86;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr11	108183167	rs659243	A	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	108188039	rs17107917	C	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=408;SC=CTGTTTTTTTCTCTGGTTTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=108188047;WS=108188029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	108196712	rs3212322	CATT	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=655;SC=TTGCTGCTTTCATTATTATTA;SOR=4.047;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=108196722;WS=108196702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	108218196	rs227075	T	C	58.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=37;SC=ACAGATAAATTGAAGCAGTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=108218204;WS=108218186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	108224697	rs179108	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=318;SC=AATCCCAGCTGCTCAAGAGGC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=108224705;WS=108224687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	108225483	rs664982	C	T	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=3;PP=184;SC=GATAAAGATACGTTGACAACA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=108225491;WS=108225473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	108225661	rs664143	A	G	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=26;PP=988;SC=TGTGTATCTCATCAGGAAGTC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=108225669;WS=108225651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	108256837	rs113995	A	T	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	108345515	rs11374964	G	GA	826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=7;PP=605;SC=TTTCCTTAAAGTGTAGCCGGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=108345523;WS=108345505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	108352160	rs3901850	C	T	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=7;PP=145;SC=TTTAATATGGCAAGCATAATC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=108352168;WS=108352150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	108361578	rs11212676	G	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=11;PP=921;SC=AGCTCCAGGAGGTATGTATAC;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=108361586;WS=108361568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	108380335	rs1943382	T	C	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=55;PP=2417;SC=GTGTCACAATTTGAGTCCACT;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=75;TCR=55;TR=130;WE=108380343;WS=108380325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	108464209	rs2640738	T	C	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=26;PP=1419;SC=AGGATCTTCCTGGCCTCTTCG;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=108464217;WS=108464199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	108535792	rs2306118	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=314;SC=GCATGCGCCTCTGTGCGTTTG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=108535800;WS=108535782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	108535863	.	GT	G	1552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=8;PP=1082;SC=GATCCGAGCTGTCGCCGCCGC;SOR=1.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=108535871;WS=108535853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	108722851	rs10890899	C	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=10;PP=399;SC=TTATATGCTGCTAATTTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=108722859;WS=108722841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	109964007	rs7116424	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=33;PP=1100;SC=TGTGCAACCCAGGGAGGGGGC;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=109964015;WS=109963997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	109964079	rs7116552	C	A	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=651;SC=GGGAGGGCCGCGGTGGCCGCT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	109964089	rs11395531	T	TG	1082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=890;SC=CGGTGGCCGCTTCTCCGCGGG;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	109964257	rs7116683	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=169;SC=CCCGGGCGCCAGGCGGAGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=109964265;WS=109964247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	110023628	rs665013	C	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=673;SC=TTAAGTGTTCCGTAATAATCT;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=110023636;WS=110023618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	110033860	rs11213287	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=304;SC=TTTTTTACTCTGTAAACGTGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=110033868;WS=110033852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	110036098	rs201741309	G	A	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=59;PP=2389;SC=TCTCCTTCACGACAAAGAAAG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=129;WE=110036106;WS=110036088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	110050502	rs11213291	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	110103924	rs10450619	A	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=55;SC=AATGCAAACTATATTTCAAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=110103932;WS=110103922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	110118364	rs17110988	A	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=338;SC=ACTAAAAAAAATACCACTATC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=110118372;WS=110118354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	110126197	rs2306085	A	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=19;PP=549;SC=TGAATGACCAATCTTAAGAGT;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=110126205;WS=110126187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	110128994	rs10789756	C	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=9;PP=329;SC=AGAATCCTTTCAGTAACTTGA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=110129002;WS=110128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	110150486	rs61003001	TA	T	118.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=7;PP=91;SC=CACTTTCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=110150495;WS=110150476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	110306727	rs4754453	G	T	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	110479839	rs71960440	AT	A	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr11	110486120	rs326944	G	C	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=82;SC=TAGCAAGTAAGTAGCTAGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=110486128;WS=110486110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	110697305	rs120434	C	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=41;PP=1417;SC=GAATGCTGATCCTTAACCATG;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=110697313;WS=110697295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	110697444	rs120436	G	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=295;SC=TGTATCCACCGGTAGTCACTT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=110697452;WS=110697434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	111152263	rs5794734	ACT	A	832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=473;SC=CACTTCCAAAACTCTGCTCCT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=111152272;WS=111152253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	111156836	rs3087967	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=354;SC=TTCCAAAGATTGTTTTAGGTG;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=111156844;WS=111156826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	111179054	rs3087587	A	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=44;PP=1442;SC=CTCTCCAGGCAGCAGAGTACT;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=70;WE=111179062;WS=111179044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	111229470	rs12282082	T	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=412;SC=CACATTCTCTTTCACACACAC;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=111229478;WS=111229460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	111249785	rs11213863	C	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=326;SC=CCCCCGTGGCCCCATCACCTC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=111249793;WS=111249775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	111249819	rs10789825	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=655;SC=CCAATTCCAGACCAAGCTGTG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=111249827;WS=111249809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	111325051	rs145020303	T	C	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=28;PP=1071;SC=TCTCTGTCAGTGACAGCCAAA;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=111325059;WS=111325041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	111326284	rs7925584	T	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=1;PP=237;SC=TCAGCAGCAGTTGAAAGCACA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=111326292;WS=111326280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	111327213	rs11213913	G	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=22;PP=1039;SC=GCCCAGGGCTGAGCAGGCAAT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=111327221;WS=111327203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	111368047	rs489078	G	T	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=34;PP=1177;SC=CTCTACTAACGGCATAACTGA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=71;WE=111368055;WS=111368037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	111383789	rs11606481	C	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	111420364	rs634679	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=5;PP=654;SC=TGGATGAGCCATCCTGCGGCA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=111420372;WS=111420354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	111635566	rs1805076	C	T	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=40;PP=1319;SC=TCCCACTAGGCCAGTGAAATT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=111635574;WS=111635556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	111675869	rs145740917	A	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=13;PP=1102;SC=AGGTCAAAAGAGTGGAGCACT;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=111675877;WS=111675859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	111742145	rs10708475	CG	C	3500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=28;PP=2654;SC=GCAGCCGGGGCGCGTATCCCC;SOR=1.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=59;WE=111742153;WS=111742135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	111800488	rs5794769	A	AT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr11	111848361	rs11364849	AG	A	586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=400;SC=TAGCTTTGCTAGGCTGGCCTT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=111848369;WS=111848351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	111853106	rs11455434	G	GC	2910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=1507;SC=CGGCCAGGGAGCCTGGAACCT;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=36;WE=111853114;WS=111853096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	111889654	rs476581	C	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=331;SC=TGTTTTTTCACTGTGGCTTTT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=111889662;WS=111889644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	111916001	rs11335731	AG	A	1153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=758;SC=GGGCATCTTTAGGTTGTTTAG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=111916009;WS=111915991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	111956989	rs14396	C	A	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	111957143	rs487201	T	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=21;PP=654;SC=ATCTTCCCTGTTTTACACCTT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=111957151;WS=111957133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	112040136	rs11214106	T	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=272;SC=GAAAGCTCTATAGATAAGTGG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=112040144;WS=112040126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	112064431	rs7105056	T	C	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;SC=GTGATAGTGATGATTATTTAA;SOR=0.693;Source=Platypus;TCF=30;WE=112064439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	112065434	rs10891338	T	C	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=64;PP=1998;SC=CATTATGACCTGGATGGAACA;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=130;WE=112065442;WS=112065424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	112071570	rs7948124	AA	TT	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=1058;SC=TTGATTTTTTAAAAATCTTCC;SOR=2.387;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=112071579;WS=112071560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	112087101	rs2676377	T	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=29;PP=756;SC=TAGCACTGAGTCATCTGATAA;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=112087109;WS=112087091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	112088499	rs2217401	A	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=13;PP=824;SC=AAGCAATTTTATCCTAGTTTT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=112088507;WS=112088489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	112123095	rs2564872	A	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=40;PP=1303;SC=TTCAGAGTAGAAAGTATAGGC;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=112123103;WS=112123085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	112130987	rs2518361	G	C	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=0;PP=262;SC=CTCATTCTTTGTCTTCCTTCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=112130995;WS=112130977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	112832276	.	AG	A	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=2.265;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr11	112832307	rs11381910	G	GA	2017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=29;PP=1696;SC=ACCGCGGCAAGACATCCCTCC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=38;WE=112832315;WS=112832297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	112832339	rs11284059	GC	G	1951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=26;PP=1206;SC=TTACAATGCTGCCAAACTAAG;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=112832366;WS=112832329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	112832353	rs7105734	T	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.26;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	112832358	rs6589347	T	C	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	112832405	rs73002342	T	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	112984037	rs1245087	G	A	190.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=110;SC=CAAATTAGATGATCAGTAAGT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=112984045;WS=112984027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	113067854	rs973461	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=247;SC=TGGGGGAAACTGCCCCCATGA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=113067862;WS=113067852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	113073066	rs5794855	T	TTTTTG	885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.71;QD=44.29;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	113076982	rs1975259	G	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=154;SC=ACTTCCTCTTGGGTCTGTAAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=113076990;WS=113076972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	113085244	rs686050	C	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=37;PP=1166;SC=GTATCATGCTCCCCAGGAGTT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=113085252;WS=113085234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	113103996	rs584427	T	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=17;PP=692;SC=GGAGAGCAGTTGGTGAAGAAG;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=113104004;WS=113103986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	113113515	rs635596	G	A	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=36;PP=1359;SC=TCTGTCTGTCGTGTTTCCATA;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=113113523;WS=113113505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	113114313	rs61902540	C	G	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=29;PP=1008;SC=ATGTTCCAAGCTGGTCTTCAT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=113114321;WS=113114303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	113143557	rs2156485	C	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=550;SC=ATGCCCCCACCCCCATGGTCC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=113143565;WS=113143547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	113186879	rs7130072	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=135;SC=AATCACTTGGCTCTTAGTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=113186887;WS=113186869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	113194168	rs723077	A	C	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=620;SC=ACAAACTGCTATGAAGGTTTC;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=113194176;WS=113194158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	113195595	rs948178	A	G	215.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=176;SC=CAACAAGCAGAGGGTAGGATA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=113195603;WS=113195585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	113235419	rs2298489	A	G	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=1;PP=199;SC=GCTGATGAGTAAGTGAACAAG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=113235427;WS=113235409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	113239082	rs10891540	G	A	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=77;PP=2965;SC=CTACCATGCAGACCTTCCAGG;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=190;WE=113239090;WS=113239072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	113264272	rs17115439	T	C	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=38;PP=1648;SC=ACATCGTGTCTATCTACGGGG;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=84;WE=113264280;WS=113264262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	113264470	rs4938013	A	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=30;PP=1049;SC=CGGGCAACATACTCCTGGACA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=113264478;WS=113264460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	113264511	rs11214596	C	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=511;SC=AGGGCTCTGGCCAATCCTCCG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=113264519;WS=113264501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	113265292	rs10891546	T	C	169.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=131;SC=ATGAATAGCTTACCGAAGGTG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=113265300;WS=113265282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	113266679	rs34863235	C	T	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=343;SC=ATTTGTGGAGCCCCCACTGCG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=113266687;WS=113266669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	113266702	rs11214598	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=525;SC=CATGCCCTGTTGGGATCCTCA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=113266710;WS=113266692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	113266821	rs7118900	G	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=36;PP=1554;SC=TATCCGAGTGGCGGCAGGCAT;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=89;WE=113266829;WS=113266811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	113270015	rs4938016	G	C	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=63;PP=2082;SC=TGGGGATGACGGCACTGCGCG;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=127;WE=113270023;WS=113270005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	113270374	rs2734848	C	T	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=46;PP=1693;SC=AGAGCGGCTACGGCCCACTGC;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=113270382;WS=113270364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	113270828	rs1800497	G	A	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=48;PP=1525;SC=AGTGCTGGTCGAGGCAGGCGC;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=87;WE=113270836;WS=113270818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	113271065	rs2734847	T	G	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=107;SC=GATCACCTGATATCAAGAGTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=113271073;WS=113271055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	113281397	rs6276	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=13;NR=0;PP=329;SC=TGAGGCTGGCCGGCCTGGGCA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=113281405;WS=113281387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	113283459	rs6277	G	A	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=31;PP=1004;SC=CGGGGCTGTCGGGAGTGCTGT;SOR=1.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=51;WE=113283467;WS=113283449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	113283477	rs6275	A	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=26;PP=744;SC=TGTGGAGACCATGGTGGGACG;SOR=1.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=43;WE=113283485;WS=113283467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	113285299	rs2511521	G	A	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=13;PP=304;SC=CAGAGATCAGGAGGGTGGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=113285307;WS=113285289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	113294976	rs11608185	T	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=306;SC=AAAAACCACCTGGGGAAGCAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=113294984;WS=113294966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	113294998	rs12808482	T	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=405;SC=AGGAAACTCATTGGTAAAAGC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=113295006;WS=113294988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	113561054	rs7110736	A	G	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.22;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	113561057	rs7110738	A	G	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.16;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	113561247	rs11601435	T	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.05;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	113561256	rs11607591	G	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	113566207	rs4936279	C	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=36;PP=1147;SC=GCAGGGGCCGCCCTGCAGCCA;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=72;WE=113566215;WS=113566189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	113569931	.	CTG	C	68	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=49.94;NF=0;NR=3;PP=68;QD=30.3333333333;SC=CTTTGTCTGTCTGTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=113569940;WS=113569921;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	113570405	rs4936280	T	C	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=49;PP=1230;SC=GCCAGCACACTGCCTGAGAAA;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=113570413;WS=113570395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	113570490	rs3802856	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=472;SC=AAGTCACCACTATGGGGCTAG;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=113570498;WS=113570480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	113576932	rs7926267	A	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=17;PP=746;SC=TGGCACAGAGACGTAACCTTA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=113576940;WS=113576922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	113608164	rs3835162	GA	G	131.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=1.593;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr11	113609854	rs4351850	T	A	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=364;SC=ATTTCTAATTTTCTCATTCAA;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=113609862;WS=113609844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	113618470	rs2459977	T	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=268;SC=AAAGAATCATTTACATATATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=113618478;WS=113618460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	113618968	rs2513584	G	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=813;SC=TGTGCTGTCTGGGCTCTTTAC;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=113618976;WS=113618958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	113670052	rs2459971	T	A	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=54;PP=2143;SC=TGGGTCGAATTGTTGGAGGCT;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=120;WE=113670060;WS=113670042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	113678924	rs2513582	G	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=515;SC=GTTGGTTAAAGGCAGCAGAGA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=113678932;WS=113678914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	113680018	rs2513581	G	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=259;SC=CACAAGGAACGAAAACATCCT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=113680026;WS=113680008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	113712526	rs7112957	T	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=233;SC=AGTCTATATATAGGAAACACT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=113712534;WS=113712516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	113723144	rs17802653	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=181;SC=TGATGTGATTGACAGGGAACT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=113723152;WS=113723134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	113802601	rs1176746	A	G	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=82;PP=2965;SC=TAAGTGTGCCAGTGTGTATTT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=176;WE=113802609;WS=113802591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	113848184	rs4020460	G	GCT	1410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=1002;SC=TGGGCCACCTGCTCCGACCTT;SOR=2.448;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=23;WE=113848192;WS=113848174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	113848474	rs1176722	G	A	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=44;PP=1768;SC=TGTCTACTTTGAACTGTTCTC;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=99;WE=113848482;WS=113848464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	113849753	rs1176720	G	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=315;SC=TTCTTTCTGCGTATGCTCTAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=113849761;WS=113849749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	113852187	rs1176719	G	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=272;SC=AATTCCCTTTGTCTTCCCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=113852195;WS=113852177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	113857886	rs1150220	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=356;SC=GGCATCCCATGCCCTGCCTTA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=113857894;WS=113857876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	113860425	rs1176713	A	G	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=45;PP=2096;SC=TTTACCTGCTAGCGGTGCTGG;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=110;WE=113860433;WS=113860415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	114057944	rs682155	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=321;SC=GGCCCAGCAGAAGTTTACAAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=114057952;WS=114057934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	114120999	rs670984	C	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=371;SC=GTGCCCTCACCGCCTTCTGTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=114121007;WS=114120989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	114312380	rs17630335	T	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=8;PP=702;SC=TTAAAATAAGTTCCTAGAGGG;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=114312388;WS=114312370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	114421646	rs79339030	A	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=96;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=424;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TGGGAAATGAAGAAATAGAGG;SOR=0.418;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=21;WE=114421654;WS=114421642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr11	114421674	rs75026329	G	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.01;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr11	114421683	rs79413019	G	A	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.75;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr11	114421698	rs75909356	A	G	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=6.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.30;ReadPosRankSum=0.646;SOR=1.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr11	114421705	rs78231204	A	G	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.59;ReadPosRankSum=0.667;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,61:0.67:91
chr11	114421711	rs77069178	C	T	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=6.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.55;ReadPosRankSum=0.154;SOR=1.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,71:0.68:105
chr11	114421713	rs112529011	GT	G	2952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=97;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=2964;ReadPosRankSum=0.037;SC=AGATAGGGCAGTAGTTGAGGT;SOR=1.455;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=37;WE=114421729;WS=114421688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,72:0.68:106
chr11	114421721	rs78612878	G	A	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=97;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=16;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.449;SC=CAGTAGTTGAGGTGGGGGAGG;SOR=1.356;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=114;TCF=88;TCR=26;TR=80;WE=114421729;WS=114421688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,79:0.69:115
chr11	114421747	rs78105386	G	A	4460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.41;ReadPosRankSum=0.982;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,106:0.68:157
chr11	114421754	rs73016111	G	A	4681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.37;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,115:0.70:165
chr11	114421768	rs75860289	A	T	5273.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.20;ReadPosRankSum=1.189;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,125:0.67:187
chr11	114421769	rs76481835	C	G	5312.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.11;ReadPosRankSum=1.191;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,126:0.67:189
chr11	114421773	rs74572030	A	G	5471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.50;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,131:0.66:199
chr11	114421789	rs113431368	A	AC	6659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.063;HP=2;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=39;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GTGAGGGCTTACTGTGTGATC;SOR=1.031;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=103;WE=114421807;WS=114421779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,162:0.68:238
chr11	114421799	rs79701489	C	T	6972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=2;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.573;SC=ACTGTGTGATCTGCATCAAAG;SOR=0.965;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=219;TCF=143;TCR=76;TR=148;WE=114421807;WS=114421779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,164:0.69:237
chr11	114421817	rs73568242	G	T	7794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.417;HP=3;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.746;SC=AAGGTGATTTGCTCCTACCTT;SOR=1.189;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=276;TCF=171;TCR=105;TR=196;WE=114421825;WS=114421807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,215:0.72:298
chr11	114421857	rs78453693	T	C	12914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=2.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.75;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,320:0.76:420
chr11	114421861	rs76118887	G	A	13141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=2.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.28;ReadPosRankSum=1.503;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,329:0.76:434
chr11	114421895	rs78257939	G	A	9636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=6;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=0.863;SC=GATCAGCAGCGTTTTTTGAAG;SOR=0.624;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=493;TCF=253;TCR=240;TR=398;WE=114421935;WS=114421884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,418:0.80:520
chr11	114421909	rs79082937	T	C	17366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=2.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.21;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,428:0.82:523
chr11	114421912	rs78658939	A	G	17534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.79;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,426:0.82:519
chr11	114421927	rs78842965	G	A	9795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=210;PP=2962;ReadPosRankSum=0.808;SC=AGGACATGACGAATGTCCTAG;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=484;TCF=226;TCR=258;TR=396;WE=114421935;WS=114421884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,413:0.82:506
chr11	114421962	rs75409523	G	A	12170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=2.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.69;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,310:0.81:384
chr11	114421967	rs79109814	A	G	11702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=2.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.51;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,286:0.79:360
chr11	114422003	rs73568250	A	C	4273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.079;HP=4;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.938;SC=TATTTTATTTATAACTTGTAA;SOR=1.452;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=193;TCF=47;TCR=146;TR=151;WE=114422044;WS=114421993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,155:0.78:198
chr11	114422016	rs76270589	T	A	4701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=13.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.67;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=1.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,123:0.75:164
chr11	114422025	rs75158214	C	A	4276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.68;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,102:0.76:135
chr11	114422029	rs78778953	T	G	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.22;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,94:0.76:124
chr11	114422036	rs77481744	C	T	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.77;ReadPosRankSum=1.103;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,76:0.74:103
chr11	114422052	rs10790022	G	C	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=54;PP=1433;ReadPosRankSum=1.453;SC=GTGAGTCACTGTCTTCTTTCC;SOR=0.811;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=6;TCR=69;TR=59;WE=114422060;WS=114422042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,61:0.78:78
chr11	114422068	rs76698432	C	T	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.73;ReadPosRankSum=3.402;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,48:0.79:61
chr11	114422068	.	CTA	TTC	2247	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=150;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=41;PP=2247;QD=51.1215083303;SC=TTTCCCTCTGCTAACTAACAA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=45;WE=114422078;WS=114422058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr11	114422070	rs75429280	A	C	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.81;ReadPosRankSum=3.059;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,48:0.81:59
chr11	114550334	rs1612325	A	G	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=156;SC=GCCATGTCGTACTTATTTGAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=114550342;WS=114550324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	114569054	rs1712838	A	G	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=43;PP=1718;SC=ACCACTTGGGACACAGGAAGC;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=97;WE=114569062;WS=114569044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	115061533	rs4936322	T	C	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.23;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr11	115102224	rs11607928	A	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=12;PP=334;SC=CAAATTAAACATATGTGCTTT;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=115102232;WS=115102214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	116628057	rs61905112	G	A	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=127;SC=TGTTGCCCAGGCTGGAGTACA;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=116628065;WS=116628047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	116628401	rs2075295	T	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=8;PP=542;SC=GAAATCCTTCTTTGCATATAG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=116628409;WS=116628391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	116631707	rs3825041	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=286;SC=TCTGATGTCCTCTAGGTGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=116631715;WS=116631697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	116633825	rs918144	C	T	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=22;PP=1058;SC=GAGAAGGATCCGGGGTGTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=55;WE=116633833;WS=116633815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	116633862	rs11820589	G	A	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=36;PP=1552;SC=AGATGGATCCGGGGTGTCATG;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=116633870;WS=116633852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	116655600	rs35120633	G	A	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=53;PP=2229;SC=CTGAGCGGGGGCATTGCATTC;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=120;WE=116655608;WS=116655590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	116657590	rs140050044	C	CA	370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=323;SC=AACCCATACACAAACCACTAG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=116657598;WS=116657587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	116658031	rs12285095	T	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=459;SC=TTCACAAATCTTATCTCACTT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=116658039;WS=116658021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	116661826	rs2072560	T	C	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=64;PP=2844;SC=ACTGCTAGCCTCCATCATCTC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=75;TCR=64;TR=139;WE=116661834;WS=116661816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	116662331	rs12287066	G	T	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=16;PP=523;SC=TCTGCTGATGGATCTGCTCCA;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=116662339;WS=116662321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	116662407	rs3135506	G	C	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=836;ReadPosRankSum=0.587;SC=CTGGGTGGCCGAAAACGCTGT;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=42;WE=116662415;WS=116662397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr11	116662579	rs651821	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=18;PP=538;SC=CTTGCCATTACCTGCTCTGAG;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=116662587;WS=116662569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	116692334	rs5104	C	T	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=45;PP=2014;SC=GGCCTGCGTGCTGACCTGGGT;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=100;WE=116692342;WS=116692324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	116692694	rs5100	G	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=497;SC=ACACGTGCTAGGACAGGTGAG;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=116692702;WS=116692684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	116693464	rs5092	C	T	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=42;PP=1257;SC=CCCACATCACCGTGGCCACCT;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=116693472;WS=116693454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	116701153	rs2070668	T	G	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=1;PP=167;SC=GAGCCCGTATTAGCAGGGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=116701161;WS=116701152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	116701674	rs2070666	T	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=10;PP=257;SC=CACCCGCCCCTGCCCTGGTGA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=116701682;WS=116701664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	116703640	rs5128	G	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=15;PP=426;SC=TCCATCCTGCGAGCTCCTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=116703648;WS=116703630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	116707684	rs2070665	A	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=15;PP=1053;SC=TCTGCCCCCTACCCCTGCCCT;SOR=1.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=116707692;WS=116707674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	116718415	rs61905145	G	A	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=22;PP=810;SC=AAGGAGCCCAGGCAAAAGACA;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=116718423;WS=116718405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	116728630	rs12225230	G	C	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=32;PP=1295;SC=CAAAGATTCAGGGTCCCCAGG;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=116728638;WS=116728620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	116732512	rs2075292	G	T	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=23;PP=894;SC=AAGGGTACCAGGCTATCGAGA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=116732520;WS=116732502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	116744389	rs11216169	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=21;PP=490;SC=GACCATGAGATGAGGGGAAGG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=116744397;WS=116744379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	116766899	rs10892044	T	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=10;PP=485;SC=CATCACTAAATTCCTGGGATA;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=116766907;WS=116766889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	116824884	rs511676	T	G	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=51;PP=1588;SC=TACAGGAAGATAAACTAATGA;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=116824892;WS=116824874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	116968798	rs7128071	G	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=8;PP=890;SC=CCCGGCTGGGGGGCGCGGACC;SOR=2.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=42;WE=116968806;WS=116968788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	117015189	rs113560866	G	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=216;SC=GGGTCGGAAGGGGCTGCGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=117015197;WS=117015179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	117030581	rs1871757	T	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=73;SC=TGTTGAGAGTTCAAGCATGGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=117030589;WS=117030571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	117030624	rs35139041	AT	A	240.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=111;SC=CCAGTTAATAATTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=117030632;WS=117030614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	117032125	rs3736120	G	T	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=79;SC=TACTGTCATTGCTTGAGAATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=117032133;WS=117032115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	117034388	rs3057863	CAAAAAAA	CA,C	373.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5167,0.4833;FS=0.000;HP=18;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9,9;NR=1,1;PP=132,10;SC=GACCCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=10,10;WE=117034402;WS=117034378;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:10
chr11	117034619	rs7122944	G	T	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=53;PP=1806;SC=GTATGTAGTCGTTGGTGGGTA;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=92;WE=117034627;WS=117034609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	117034729	rs10790175	T	C	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=657;SC=TATCATACTTTCGTTGACCTC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=117034737;WS=117034719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	117042377	rs4936367	G	A	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=25;PP=789;SC=CTCAGAGATAGTGAGACTAGA;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=117042385;WS=117042367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	117052069	rs35248926	GTCTCT	G	2846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=15;PP=2077;SC=AGGGCTCATAGTCTCTGGAGC;SOR=1.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=117052081;WS=117052059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	117053165	rs7946257	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=596;SC=ATAGGGGACTATTCCCTTCTA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=117053173;WS=117053155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	117064506	rs115787357	T	G	290.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=197;ReadPosRankSum=-0.323;SC=AAAGGCTGGGTGGGACAGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=117064514;WS=117064496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr11	117064693	rs521171	C	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=43;PP=1339;SC=AGCACTCACCCTCAGGCTCCT;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=117064701;WS=117064683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	117090545	rs3882895	T	C	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=33;PP=1013;SC=TGTGCACCTATAGTCCCGGCT;SOR=1.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=52;WE=117090566;WS=117090535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	117090558	rs74830	C	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=915;SC=TCCCGGCTACCTGGGAGGCCC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=117090566;WS=117090535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	117095361	rs236919	C	T	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=27;PP=1014;SC=GCAGTTCTCCCGGGACTGTAT;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=117095369;WS=117095351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	117096652	rs2277287	G	A	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=11;PP=559;SC=CTCACCTGCAGCTGTAGATGT;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=117096660;WS=117096642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	117097952	rs2306473	C	T	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=25;PP=1238;SC=CTGCACATCGCGTGCCATGGT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=117097960;WS=117097942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	117100029	rs4938362	G	A	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=6;PP=412;SC=ATAGTCAAAAGCCCATTAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=117100037;WS=117100019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	117100594	rs500389	A	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=359;SC=GAAAAAGGATATGGAAGAGAT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=117100602;WS=117100584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	117109270	rs678837	G	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=467;SC=CTAGTAGTTAGGTTGAAAGTA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=117109278;WS=117109260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	117151014	.	AGTTT	A	1494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=1386;SC=ATTGTTTTGCAGTTTGTTTGT;SOR=2.303;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=26;WE=117151025;WS=117151004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	117152540	rs505045	G	T	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=18;PP=830;SC=GTTCATTGATGTCTTCTCCAG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=117152548;WS=117152530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	117160347	rs539765	A	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=43;PP=1785;SC=CGGAGGCAGCACCACTGACAC;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=107;WE=117160355;WS=117160337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	117163765	rs490460	C	A	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=20;PP=883;SC=CCTTGGTTTTCTTACCTCCTT;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=117163773;WS=117163755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	117252489	rs897836	T	C	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=27;PP=984;SC=AAGAAGAGCCTCCCCAGGGCC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=58;WE=117252497;WS=117252476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	117266754	rs693147	A	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=18;PP=886;SC=CCTCTCACTCATCTTTCCTTC;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=117266762;WS=117266744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	117267884	rs573455	A	G	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=36;PP=1109;SC=TTCCTTGTGCAGCAGACACGC;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=117267892;WS=117267874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	117282800	rs522885	G	T	6603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=126;PP=2965;SC=CTCTCTTCTCGTCAACACCCA;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=100;TCR=128;TR=225;WE=117282808;WS=117282790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	117303393	rs880615	C	T	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=159;SC=ATTGTGATCACTGCTCACTGC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=117303401;WS=117303383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	117303858	rs11216382	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=8;PP=464;SC=ACTCACCCAGTTGCTTGATGC;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=117303866;WS=117303848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	117306291	rs661789	G	T	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=265;SC=TGTGAGCCAGGGAAGGGGGGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=117306299;WS=117306281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	117309581	rs61905269	G	A	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=54;NR=35;PP=1360;SC=ATCTTCCCCCGCATCCAGACC;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=89;WE=117309589;WS=117309571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	117332343	rs2298766	C	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.28;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	117332352	rs588048	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.38;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	117335722	rs538847	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=26;PP=1141;SC=GATTGAAGGCTTGGACCACCA;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=117335730;WS=117335712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	117580356	rs605500	C	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	117695340	rs3824943	C	T	5700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=115;NR=74;PP=2965;SC=GCATTGCACACGCCCGGGCAC;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=115;TCR=74;TR=189;WE=117695348;WS=117695330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	117698483	rs11216567	A	G	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=107;SC=TAAATGAGGCAGTTGGACAGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=117698491;WS=117698473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	117773110	rs494457	G	C	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=186;SC=CAAGGAGGGAGAGCAAAGGGA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=117773118;WS=117773100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	117774146	rs2186627	C	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=24;PP=1168;SC=GTAGGTCCACCCTTTTTCAAC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=117774154;WS=117774136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	117774291	rs2845712	A	C	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=52;PP=2407;SC=TCTGCCTACAACCTGGGTGCT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=117774299;WS=117774281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	117776471	rs3802873	C	T	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=47;PP=1259;SC=GACCTCCAGACGTCAGTGAAG;SOR=2.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=57;WE=117776479;WS=117776461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	117781435	rs2155194	A	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=20;PP=872;SC=AACACTGGAGAGAGATATACC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=117781443;WS=117781425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	117781618	rs2155195	A	G	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=161;SC=CCCTTTCCCCATGTGACATTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=117781626;WS=117781608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	117782638	rs2277288	A	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=416;SC=CAAGTCCTCCAGCAGGCTAGA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=117782646;WS=117782628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	117784434	rs11605749	C	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=462;SC=TTGAGACACCCTATGAAGAGC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=117784442;WS=117784424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	117785260	rs4936410	T	C	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=56;PP=1333;SC=AGCTGGGTCATGGCCAGCCCC;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=99;WE=117785268;WS=117785250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	117789312	rs201746372	CGGGCTGGAGATGCCT	C	1392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=20;PP=2933;SC=CGGAGATGCCCGGGCTGGAGA;SOR=1.542;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=23;WE=117789334;WS=117789302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	117790658	rs10790220	C	G	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=24;PP=658;SC=ATGGGGCCCCCTGGCCCTGCA;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=117790666;WS=117790648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	117790674	rs12418028	A	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=19;PP=550;SC=CTGCAGGGCCAGGAACACCTT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=117790682;WS=117790664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	117799923	rs7928668	T	C	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=54;PP=1821;SC=CAGAGGTAGCTGTCCCACCTG;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=110;WE=117799931;WS=117799913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	117800083	rs10892196	T	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=20;PP=717;SC=TCCATCTTGGTCCCTGGCTTC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=117800091;WS=117800073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	117800169	rs11600129	C	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=242;SC=CCGGTTGGGACGTGTGAAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=117800177;WS=117800159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	117864063	rs3135932	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=39;PP=1279;SC=CACATATGAAAGCATCTTCAG;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=117864071;WS=117864053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	117965530	rs2276122	A	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=33;PP=1095;SC=TTTTCCTTCAATTACAGGATC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=117965538;WS=117965520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	117982495	rs1941635	T	G	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=57;PP=2965;SC=GTGGTGGGTGTGGAGGAGGCC;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=95;TCR=57;TR=152;WE=117982503;WS=117982485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	117986152	rs7925897	A	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=192;SC=AGGAAAGGATAGTCAGATAAA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=117986160;WS=117986142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	117988082	rs642215	T	C	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=29;PP=1280;SC=GCATCGTTAGTTGGGGCTATG;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=117988090;WS=117988072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	117988223	rs643014	G	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=28;PP=898;SC=TCTACCTGGGGGGTGCCAATC;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=117988231;WS=117988213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	117996119	rs7944738	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=341;SC=CATCGCCTGACCACCTGTGTT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=117996127;WS=117996109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	118209960	rs2276424	A	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=18;PP=562;SC=AGGAGAAGAGAAAACGGTCAG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=118209968;WS=118209950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	118210106	rs2276423	G	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=7;PP=442;SC=CATTCAGTGTGAGCCTCTCTA;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=118210114;WS=118210096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	118210424	.	T	TAC,TACAC	1870.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12,12;NR=8,8;PP=403,342;ReadPosRankSum=-1.162;SC=AGCTCACTGGTACACACACAC;SOR=1.249;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=20,20;WE=118210432;WS=118210414;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.55:56
chr11	118245971	.	CTG	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=-1.043;SC=CTTCTCAAAACTGTGTGTGTG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=7;WE=118245980;WS=118245961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr11	118359161	rs572126	G	A	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=85;SC=ATCTCCCGCAGTGTCCAATAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=118359169;WS=118359154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	118362414	rs562780	T	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=287;ReadPosRankSum=1.161;SC=TTCCTCTCTCTCATTCTTCAG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=118362422;WS=118362404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr11	118404804	rs6589664	G	A	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=59;PP=2086;SC=TGTCCCTCCCGTCCAACCTTC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=126;WE=118404812;WS=118404794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	118405343	rs512849	G	A	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=56;PP=1972;SC=ACACCCTCCCGTTCCTCCAAG;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=118405351;WS=118405333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	118443063	.	G	C	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5015;HP=15;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=15;MQ=56.57;NF=4;NR=0;PP=25;QD=14.9428031368;SC=CACAGGCCCCGCCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=118443071;WS=118443053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr11	118502492	rs517124	C	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=444;SC=GTGGGGGTTGCGGGGGGGCAG;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=118502500;WS=118502480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	118505676	rs58507527	GT	G	1521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=700;SC=GAGGCACCTGGTAGGCCCGCC;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=118505684;WS=118505666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	118509668	rs483598	A	G	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=33;PP=1448;SC=CCGTGCAGGAATCAGAACGCC;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=88;WE=118509676;WS=118509658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	118518964	.	GC	G	60	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=60;QD=45.0;SC=CCCCAAAACAGCACCCACCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=118518972;WS=118518954;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	118529017	rs6589669	T	G	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	118529044	rs11448549	C	CG	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=138;SC=GAAGGGTGGCCCCAGGCAGTG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=118529052;WS=118529034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	118529069	rs6589670	G	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118529078	rs6589671	G	C	345.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118529595	rs745663	A	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=56;PP=2202;SC=GGGTGCAGGGAGGGCTTGGGC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=111;WE=118529603;WS=118529585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	118530611	rs2276065	T	C	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=74;PP=2346;SC=CACAGGACTGTGTTCAGGGCG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=77;TCR=74;TR=151;WE=118530619;WS=118530601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	118622744	rs6589689	G	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.63;QD=26.24;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	118625609	rs580079	C	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=239;SC=AAAAAACATGCGTTTAAAAAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=118625617;WS=118625599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118626168	.	T	C	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=2;PP=140;SC=TCAAAGTTTATTACCACATTC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=118626176;WS=118626158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	118650388	rs61756275	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	118757201	rs3176908	C	G	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=285;SC=GGGGTGGGGACGGGCTGCTAA;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=118757209;WS=118757191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118765267	rs598207	G	C	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=82;PP=2836;SC=GGCTCCTGACGAAGCTGGGCT;SOR=1.276;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=136;WE=118765275;WS=118765257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	118768466	rs35636302	C	CT	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr11	118769442	rs7104819	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=18;PP=738;SC=ACATCTGTCCAGGGTGGCACA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=118769450;WS=118769432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	118770321	rs11217083	A	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=84;SC=GCCAGAGGTCAAAGTCTTCAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=118770329;WS=118770311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	118781601	rs11376918	C	CA	5811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=63;PP=2971;SC=GACAGGGAGACAAGACACGCA;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=77;WE=118781609;WS=118781591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	118781638	rs11376919	C	CG	3924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=59;PP=2806;SC=AGAGGCGCGCCGAGGCCAGGG;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=65;WE=118781646;WS=118781628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	118781655	rs11376920	C	CG	2742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=51;PP=2650;SC=AGGGAAGCGCCGCCGGAGCGG;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=57;WE=118781663;WS=118781645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	118842745	rs36158515	A	AG	1751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=36;PP=1574;SC=GGCGTGGCGGAGGGTGGCCTA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=38;WE=118842753;WS=118842735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	118842780	.	A	AG	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=944;SC=CCCGGGGCAGACGGCTCCCCA;SOR=3.500;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=118842788;WS=118842770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	118851138	rs4456264	C	T	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=853;SC=TAGAACATGCCCCAGAGAAGG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=118851146;WS=118851128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	118852081	rs4938606	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=459;SC=TTGGAGATGGAATGCCTTCAG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=118852089;WS=118852071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	118868842	rs58467585	A	AG	63.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=103;SC=CCGAGGGGTCAGGGTCAGAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=118868850;WS=118868832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	118889114	rs10892321	A	G	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=52;PP=1673;SC=TCCGGGGCAAAAGGCGGAGCC;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=118889122;WS=118889104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	118898435	rs56966114	AC	A	4429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=50;PP=2814;SC=AGACAACCACACCACAGTGCC;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=68;WE=118898443;WS=118898425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	118915755	rs13929	G	C	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=7;PP=594;SC=AAAGGAGCTGGATGGGGAATG;SOR=2.049;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=35;WE=118915765;WS=118915745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	118915757	rs11363127	TG	T	1449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=8;PP=835;SC=AGGAGCTGGATGGGGAATGGG;SOR=1.981;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=22;WE=118915765;WS=118915745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	118919206	rs568922	T	C	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=19;PP=1022;SC=CAAATATGAATGCTTCCAAGC;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=118919214;WS=118919196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	118920112	rs670192	A	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=18;PP=662;SC=CCTTGGGAGCACCAGTCAAGA;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=118920120;WS=118920102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	118920453	rs673768	T	C	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=55;PP=2113;SC=CACACAAGTATATTCTCTCCC;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=113;WE=118920461;WS=118920443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	118926720	rs470679	A	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=16;PP=727;SC=CCCAAGCTCAATTCCCATCAT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=118926728;WS=118926710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	118927013	rs57740718	T	TC	1707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=18;PP=1213;SC=AGCCTACTTCTCCCTTCTCCC;SOR=0.853;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=29;WE=118927021;WS=118927003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	118938882	rs670526	C	T	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=317;SC=GGAAGTCCATCTCCTAACTTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=118938890;WS=118938872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	118939939	rs5795166	T	TC	1593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=14;PP=873;SC=CTTGCCACGTTCCTACAGCTT;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=118939947;WS=118939929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	118940957	rs1784302	C	G	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=35;PP=1720;SC=TCACAGATGGCAGTGTTACAT;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=90;WE=118940965;WS=118940947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	118944675	rs3825061	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=231;SC=AGTCTGGAGGCACTTTGGGAT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=118944683;WS=118944665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118949083	rs1177563	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=377;SC=AAGACAGTTCGTGCCGTCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=118949091;WS=118949073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	118949331	rs1177562	C	T	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=16;PP=1012;SC=GTCGCTTCTGCGACGTCTTTG;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=118949339;WS=118949321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	118949799	rs1168568	G	A	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=82;PP=2965;SC=AGTGCCACACGTGGTTGATTG;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=112;TCR=82;TR=193;WE=118949807;WS=118949789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	118952173	rs15818	A	G	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=60;PP=2695;SC=CTGCAGCTCAAGTGCTCCAAT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=136;WE=118952181;WS=118952163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	118952371	rs4614	A	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=471;SC=GTGGAGGACCAAGAGAACAGA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=118952379;WS=118952361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	118958869	rs1006195	G	T	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=5;PP=335;SC=AGGTTCTGAAGTTCCTTTCTT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=118958877;WS=118958859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	118959331	rs17075	G	A	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=21;PP=1050;SC=ACTAATCCAAGTCTCTACCCG;SOR=1.196;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=61;WE=118959339;WS=118959321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	118959732	rs549893	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=462;SC=CGTAGCACAGCGCTAGGCTCA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=118959740;WS=118959722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	118963291	rs28990986	C	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=951;ReadPosRankSum=-0.912;SC=GGAAAGGTGGCAGGGAAGATT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=63;WE=118963299;WS=118963281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr11	118967758	rs643788	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=24;PP=978;SC=GAGAAGGTGATGGCACTGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=59;WE=118967766;WS=118967748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	118968959	rs10544271	TAG	T	303.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=307;SC=TACTACTGGGTAGAGAGAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=118968968;WS=118968949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	118970875	rs10892330	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118970878	rs603826	A	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118971251	rs649870	A	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=5;PP=266;SC=CACAGAGACAAAAAAGGAACA;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=118971259;WS=118971241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	118973112	rs3825060	AA	GC	8321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=77;NR=86;PP=2947;SC=TCCCGGAAACAAAGCTACGAT;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=77;TCR=88;TR=163;WE=118973121;WS=118973097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	118978411	rs7940073	G	C	87.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	118984287	rs4938630	A	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	118985151	rs595782	T	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=346;SC=CTCGAGCCAGTGTGCCTTCTC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=118985159;WS=118985141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	119003322	rs662069	C	A	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=70;PP=2750;ReadPosRankSum=1.473;SC=TCCTGCCCTCCAAGGTTCCAC;SOR=0.422;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=94;TCR=71;TR=164;WE=119003330;WS=119003312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr11	119004009	rs672189	G	T	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=21;PP=664;SC=CCTTAATTTGGGTCGGGCGCG;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=119004017;WS=119003999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	119004026	rs537153	C	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=544;SC=CGCGGTGGCTCACGCCTGTAA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=119004034;WS=119004016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	119004686	rs658922	T	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=407;SC=GTCACTTGGATTCCAGGACTT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=119004694;WS=119004676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	119005088	rs512703	C	T	5506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=100;PP=2965;SC=AGCAAGAGATCGTCTACTATG;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=72;TCR=100;TR=172;WE=119005096;WS=119005078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	119005132	rs100803	C	T	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=49;PP=1497;SC=CCTCCCCCAGCCCCTGAGCCA;SOR=1.454;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=80;WE=119005140;WS=119005122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	119028813	rs626776	C	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=315;SC=CTTAATGGTACAAGATTCTCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=119028821;WS=119028809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	119031841	rs11383101	G	GC	1641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=28;PP=1269;SC=CTGTACCCCAGCCCTGCAGCA;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=119031849;WS=119031831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	119043500	rs644252	T	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=9;PP=1060;SC=TGTGGGGCCTTTATCTCAGGA;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=119043508;WS=119043490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	119043656	rs643423	C	T	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=48;PP=1405;SC=CGCTCCCCCACCCGGGAGGCA;SOR=1.286;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=80;WE=119043664;WS=119043646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	119052826	rs4245191	C	A	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	119054488	rs10790286	C	T	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=38;PP=1895;SC=GAGCCTCTGACTGTGTCACCA;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=94;WE=119054496;WS=119054478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	119059404	rs1815811	G	A	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=33;PP=1415;SC=GCCTCGCCCCGGGGCAGCAGC;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=119059412;WS=119059394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	119060963	rs45535039	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=13;PP=564;SC=CACAGCTCTATTGAGTTCTAC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=119060971;WS=119060953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	119065484	rs60630529	A	AC	2018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=11;PP=1796;SC=CTCACTGCCCACCCTCTCTCA;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=44;WE=119065492;WS=119065474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	119065709	rs10750139	G	C	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=57;PP=1509;ReadPosRankSum=1.505;SC=CTGCACCTGCGGTGGCAAGTG;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=89;WE=119065717;WS=119065699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr11	119145705	rs3842642	G	GT	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=1124;SC=TCTGAATTTCGTTATCTTGAG;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=27;WE=119145713;WS=119145695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	119146659	rs2511854	G	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=570;SC=GCCTTCCACCGTAATACCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=119146667;WS=119146649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	119148573	rs2510152	G	T	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=58;PP=1654;SC=TGTTTCACATGATAACCATAT;SOR=1.469;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=93;WE=119148581;WS=119148563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	119149067	.	A	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr11	119155618	rs2298650	G	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=463;SC=AGCTTTAGGAGAGTTGAAAGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=119155626;WS=119155608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	119181170	rs2249466	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=36;PP=1330;SC=GAGACGGGGGTAGCGTGCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=119181178;WS=119181160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	119181674	rs2510146	G	C	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=101;PP=2965;SC=ACCATCGTTGGCCCAGCCAGT;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=96;TCR=101;TR=197;WE=119181682;WS=119181664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	119185133	rs6589731	C	T	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=141;SC=CCCAAAGCACCGAGATTACAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=119185141;WS=119185123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	119205735	rs12797083	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=307;SC=TCATTTTCCTTCCAAATTAAT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=119205743;WS=119205725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	119205830	rs12795576	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=22;PP=1154;SC=CCATAGCCCTATCATGGAGGC;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=119205838;WS=119205820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	119206375	rs2511841	G	A	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=33;PP=1546;SC=GGAGGATGACGGACGTAGTGG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=79;WE=119206383;WS=119206365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	119210583	rs1135258	G	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=145;SC=GGGCGGCAGGGTGAGAGTAGC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=119210591;WS=119210573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	119214771	rs948413	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=272;SC=GGCTGGGGGGATGGGGTGGTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=119214779;WS=119214761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	119215165	rs10790289	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=10;PP=263;SC=ATAGGGCTGGCGGTGATTACA;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=119215173;WS=119215155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	119215253	rs2509388	G	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	119215256	rs10892350	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.88;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	119216231	rs2510143	A	G	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=44;PP=1718;SC=GCTGTATTGCATGGTCTGTGG;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=97;WE=119216239;WS=119216221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	119216504	rs3814762	C	T	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=37;PP=1409;SC=GAGGGGCTCACGCCTGACTCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=85;WE=119216512;WS=119216494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	119217254	rs883247	C	T	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=252;SC=TTTCTGGAGTCCCTGTGACAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=119217262;WS=119217244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	119217311	rs883245	G	A	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=81;SC=CTCCCTGTCAGAGGGGCAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=119217319;WS=119217301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	119227844	rs11217253	G	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=3;PP=646;SC=TGGAGGAGTGGGGGGAGAGTG;SOR=4.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=27;WE=119227852;WS=119227834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	119229374	rs7937208	T	C	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=8;PP=942;SC=TGTTGAACACTAGGCAGAAAC;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=119229382;WS=119229364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	119229964	rs2241646	G	A	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=31;PP=1056;SC=AGCGCGGTGCGTATCTCTGGA;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=119229972;WS=119229954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	119252151	rs565296	C	T	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=84;NR=64;PP=2425;SC=CCCCGAATCCCCCCTCCCGGA;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=148;WE=119252159;WS=119252141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	119252199	rs670906	T	G	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=63;PP=2428;SC=CTTCTTGGAGTATGGACGAGT;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=127;WE=119252207;WS=119252189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	119252448	rs7943722	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=552;SC=AGTCGCGTCACGGCTATTGGC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=119252456;WS=119252438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	119291403	rs3138093	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=2;PP=407;SC=AACTGTGTTTTCAAAAACCAC;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=119291411;WS=119291393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	119291445	rs3138092	T	C	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=14;PP=727;SC=CGCGGTGGATTGGCTGACTTC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=119291453;WS=119291435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	119291688	rs3751026	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=21;PP=579;SC=CACACTTACCACCAGGGCTGG;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=119291696;WS=119291678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	119509625	rs1022080	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=208;SC=AGAGCAGGCCCGGGAGCTCTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=119509633;WS=119509615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	119510644	rs7940667	A	C	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=68;PP=2565;SC=GAGCACAGCAACTAGGATGAG;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=142;WE=119510652;WS=119510634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	119548052	rs10892429	G	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=23;PP=623;SC=AGAGGGAAGTGTGGGTGGGAG;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=119548060;WS=119548042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	119584506	rs4245205	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	119879327	rs17245368	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=217;SC=TCGCCAGGGACGGCCGCTCTG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=119879335;WS=119879317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	119984202	rs506127	A	G	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=42;SC=CATGCCCTGCAGATCCCAATA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=119984210;WS=119984192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	119984535	rs519672	G	C	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=129;SC=CTTTGAGGAAGATTGGGTCAA;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=119984543;WS=119984525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	119986167	rs503559	T	C	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1616;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GCGCTGGTGGTCAGGGGTGCC;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=94;WE=119986175;WS=119986157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr11	119987576	rs488222	C	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=113;SC=GAGAAGGGACCGGCACACCCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=119987584;WS=119987566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	119992871	.	T	TGTGA,TGTGTGA	119	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.4999,0.5001;HP=2;HapScore=3;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=63.02;NF=1,1;NR=7,7;PP=30,119;QD=4.125;SC=TGTGTGTGTGTGAAAGACGTG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8,8;WE=119992879;WS=119992861;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.73:11
chr11	119993897	rs66674912	CCT	C	7505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=70;PP=2967;SC=GTTTCCCCAACCTCTCAGAGA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=24;TCR=75;TR=92;WE=119993906;WS=119993887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	119999191	rs569044	A	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	120007889	rs470645	G	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=5;PP=763;SC=GAGGGGTGGGGTGAGAGAGGA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=120007897;WS=120007879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	120040442	rs2444240	T	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=556;SC=GGCAAAGGCTTGCGGGATGCG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=120040450;WS=120040432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	120117335	rs73576276	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=16;PP=401;SC=CAACCAGACCCCAAAGCTAGG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=120117343;WS=120117325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	120175749	rs7110845	A	G	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=17;PP=750;SC=GCATTTGGGCACCCTGGGCTG;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=120175757;WS=120175739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	120198093	rs1893261	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=305;SC=AAATGACCCAGTGCTGTTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=120198101;WS=120198083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	120276903	rs61900795	T	C	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=18;PP=550;SC=ATTTTAATTATAAGCATCCCT;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=120276911;WS=120276893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	120278359	rs6589812	T	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=175;SC=TTCCTGGTTTTTCTTGTAAGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=120278367;WS=120278349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	120278688	rs7937612	T	C	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	120292570	rs532006	T	A	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=378;SC=AGGTAAGGAATAGGCTATTAT;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=120292578;WS=120292560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	120300327	rs11217865	A	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=954;ReadPosRankSum=0.651;SC=ATTGTAACCAATGCCATTAGT;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=43;WE=120300335;WS=120300317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr11	120310959	rs7108596	G	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=38;PP=1048;SC=CTAAAAAATAGATTGTTACTT;SOR=2.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=120310967;WS=120310949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	120310978	rs9666435	A	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=701;SC=TTTCTGCAATATCTGATTTGT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=120310986;WS=120310968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	120312746	rs723937	G	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=465;SC=CTACTCAATGGTGACCTAGCA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=120312754;WS=120312736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	120318706	.	T	C	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=57;SC=TTATTTCTTTTAACTTACAAA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=120318714;WS=120318696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	120319064	rs2305008	A	C	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=37;PP=1262;SC=CAAGGTAAGAATGAAATAATG;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=75;WE=120319072;WS=120319054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	120328858	rs766894	T	C	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=75;PP=2965;SC=TAGAGACAGATCCACCCAACT;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=162;WE=120328866;WS=120328848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	120330149	rs2305010	G	C	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=27;SC=GAGAATGTAAGATAAATAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=120330157;WS=120330139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	120331292	rs57250811	TA	T	36.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=43;SC=ATCGTCTTTATAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=120331300;WS=120331282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	120347886	rs111312404	T	TTGTTG	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=4;PP=1083;SC=GATATTTCTTTTTTCTTTTTT;SOR=3.014;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=19;WE=120347894;WS=120347876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	120349142	rs7120040	A	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=591;SC=ACTAAGTATGACACTCATGTG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=120349150;WS=120349132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	120355791	rs9625	G	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=7;PP=281;SC=AGTTAGAGCCGCATGTCCTGG;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=120355799;WS=120355781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	120385841	rs2243746	T	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=381;SC=CCCCCTCCCCTGGCCACCCAG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=120385849;WS=120385831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	120690372	rs56326825	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	120707644	rs3934628	C	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=18;PP=684;SC=CAGGGGATGACGAGTACAGGA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=120707652;WS=120707634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	120776001	rs2156634	G	A	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=22;PP=945;SC=TGCTGCAGGAGAACCCATATT;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=120776009;WS=120775991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	120823528	rs10750178	A	G	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=19;PP=1431;SC=TTGACTGAATATGTGCGGTGA;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=120823536;WS=120823518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	120827609	rs644057	A	G	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=39;PP=1135;SC=TCATGCAGCAAGGCTCCACCA;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=120827617;WS=120827599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	120984439	rs138644808	C	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=7;PP=187;SC=TAAAGCTTTTCCTCTGTCTGT;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=120984447;WS=120984429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	120998479	.	C	T	4300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=65;PP=2779;SC=GTGCAGTGCCCGAGCTTCAGC;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=153;WE=120998487;WS=120998469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	121028690	.	C	G	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=52;PP=2412;SC=GCTTCAGCACCAAGACCTCCT;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=131;WE=121028698;WS=121028680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	121032819	rs142948530	C	T	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=6;PP=629;SC=CTGCAGTTCTCACAGTATGCA;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=121032827;WS=121032809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	121032978	rs526433	G	A	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.592;SC=GGCTGCTACAGCCACAAGAAG;SOR=0.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=80;WE=121032986;WS=121032968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr11	121178302	rs1061332	A	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=208;SC=AAAAAATAATATCCATACAGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=121178310;WS=121178292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	121340870	rs116967561	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=210;SC=CCTTGGTGCCATCAACATGCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=121340878;WS=121340860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	121367626	rs12364988	T	C	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=14;PP=897;SC=TTGAACGACATGAACCCTCTG;SOR=1.651;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=55;WE=121367634;WS=121367616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	121393212	rs630813	C	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=364;SC=CAGCTGCACTCCCCTCACACA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=121393220;WS=121393202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	121403229	rs636588	T	C	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=59;PP=2323;SC=TCATCACGGCTATTGCCCAGG;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=122;WE=121403237;WS=121403219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	121403345	rs631232	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=701;SC=TATCTCTCTATAGCACTATGT;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=121403353;WS=121403335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	121416187	rs11218325	A	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=209;SC=TTATTCACTCAGCAGTGTTGG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=121416195;WS=121416177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	121421444	rs58391387	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=22;PP=594;SC=CACGATCTCACCCAAGTCCGG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=121421452;WS=121421434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	121425955	rs78274293	A	T	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=36;PP=1213;SC=GCCTGGAGACAGTAGAAGCTT;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=121425963;WS=121425945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	121437819	rs1699107	C	G	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=44;PP=1289;SC=CTGTGTCAAACAAGGTACTTC;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=121437827;WS=121437809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	121445084	rs1792126	T	C	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=25;PP=776;SC=TAAGGGGACATCACATCCTGA;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=121445092;WS=121445074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	121447807	rs1790212	A	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=496;SC=ACCCATTTGCAGCACACTGAC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=121447815;WS=121447797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	121454149	rs73595277	C	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=11;PP=757;SC=GCGACTGTGTCTCTCTTCTCT;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=121454157;WS=121454139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	121456962	rs1699102	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=12;PP=637;SC=GCTGCCCAAACGGCACTTGCA;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=121456970;WS=121456952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	121475798	rs1784929	T	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=468;ReadPosRankSum=0.467;SC=ACTTTGTTTGTCTTTTTCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=121475806;WS=121475788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr11	121483317	rs2134607	C	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=360;SC=TAAAAAACAACCTGTTCACTG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=121483325;WS=121483307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	121483651	rs1010158	G	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=111;SC=GGTATTCTCTGGAAGCTGTTC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=121483659;WS=121483641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	121489416	rs1784933	G	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=447;SC=CTTAAATTGGGGATTTCAAGG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=121489424;WS=121489406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	121491782	rs1792120	G	A	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=29;PP=1342;SC=GTTGTATGCAGTTGCAGTCAA;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=121491798;WS=121491772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	121493072	rs11454566	T	TA	303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=4;PP=118;SC=ATAGATAGTGTAAAAAAAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=121493080;WS=121493062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	122022927	rs543412	C	T	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=20;PP=1031;SC=GCCCCAGGTCCGTGAGATTGC;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=122022935;WS=122022917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	122165766	rs532540	G	A	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=16;PP=481;SC=ATGACAGTATGGACAGCCTCA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=122165774;WS=122165756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	122172113	rs558962	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=55;SC=CCAGCCTGGGTGACAGAGAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=122172121;WS=122172103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	122172318	rs615683	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.48;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	122172321	rs693194	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	122650172	rs4935813	C	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=548;SC=CTCCCCTTGTCTCTGAGTGAA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=122650180;WS=122650162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	122709073	rs113585316	TG	T	164.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=182;SC=GTCCCCAAAATGTTCCACCAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=122709081;WS=122709063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	122709178	rs3134425	T	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=19;PP=1100;SC=TCTCCCCCTTTAAAAGAAACT;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=58;WE=122709186;WS=122709168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	122738261	rs2272094	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=481;SC=ATATGGAAGAAAGGTCAGTGG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=122738269;WS=122738251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	122775227	rs3107630	T	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=58;SC=TGTCTAGATATCGCTTCCTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=122775235;WS=122775217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	122795688	rs11218891	T	C	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=26;PP=873;SC=ATCCTGAAGATAAATGGCATC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=122795696;WS=122795678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	122795782	rs11218892	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=189;SC=AGTAATGATCGTGACTGAGTT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=122795790;WS=122795772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	122805910	rs4502006	C	A	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=4;PP=61;SC=GTTCACCTAACAACTTCCTTA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=122805918;WS=122805900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	122830214	rs7107502	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=25;PP=675;SC=GAAAAGAAACGCCAACCACCT;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=122830222;WS=122830204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	122830274	rs1057704	T	C	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=178;SC=CTGCCGTCCATGTTTGCTTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=122830282;WS=122830264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	122849816	rs7939002	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.95;NF=18;NR=1;PP=420;SC=CCGGCCAGGTGTAGGTAATTT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=122849824;WS=122849806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	123065730	rs11219061	C	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=588;SC=GGACCTCGGGCGAGCTGGGCG;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=123065738;WS=123065720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	123154834	.	CTCCTTCCTTCCTTCCT	C	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	123396674	rs35709687	G	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=115;SC=GGGAAGAAGGGGCAGTGGCAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=123396682;WS=123396664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	123455101	rs113013432	T	TG	563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=273;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=6;PP=411;SC=GAATGGAGGTTGGGGGAAGGG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=123455117;WS=123455091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	123455109	rs115338953	G	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=273;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=5;PP=227;SC=GTTGGGGGAAGGGGTGTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=123455117;WS=123455091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	123455124	rs116184013	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	123464637	rs1148101	G	C	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=86;SC=ACACCGAGGCGCCGTTCCTCA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=123464645;WS=123464627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	123504673	rs1148111	C	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=704;SC=ACAGAGCTTTCTGACTTAAAG;SOR=4.091;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=123504687;WS=123504663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	123504959	rs1148110	C	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=318;SC=CAGTGCCCAGCGTGGGAACAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=123504967;WS=123504949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	123508842	rs7112258	A	G	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=19;PP=1208;SC=TGTGAGAGCAAGCATTCTGAA;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=123508850;WS=123508832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	123513506	rs1783901	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=282;SC=GGGGACAATGCCACCGGGAGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=123513514;WS=123513496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	123596703	rs3183878	A	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=8;PP=570;SC=ATGGGGACCTAGCTAGGAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=123596711;WS=123596693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	123597804	rs679597	A	G	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=230;SC=AAGACTAAATAGAATGCCTGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=123597812;WS=123597794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	123599044	rs675172	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.72;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr11	123600475	rs1144507	A	G	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=48;NR=38;PP=1394;SC=CTCAGGCTCCACTCCTAAATG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=86;WE=123600483;WS=123600465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	123753937	rs1939927	A	G	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=28;PP=1142;SC=ATTGCAGTGCATTCTGGTAAT;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=123753945;WS=123753927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	123754844	rs10893099	T	C	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	123777049	rs10750249	G	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=328;SC=TTTTCATAGAGAGAAAACACT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=123777057;WS=123777039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	123777497	rs10750250	G	A	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=54;PP=2128;SC=GCCATGGCCTGCGATCGCTAC;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=113;WE=123777505;WS=123777487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	123777536	rs7926767	G	A	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=51;PP=2175;SC=CTGCTCTACAGGGTCATCATG;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=102;WE=123777544;WS=123777526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	123777986	rs7942047	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=47;PP=1452;SC=ACTGTGATTCTCATGTTGAAT;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=64;WE=123777994;WS=123777976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	123778031	rs7927385	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=726;SC=AATGAAGTAAGAAATGCTCTG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=123778039;WS=123778021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	123811344	rs11219362	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=243;SC=ATAGGACCCTCGAGGTAGATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=123811352;WS=123811334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	123847473	rs55944888	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=10;PP=401;SC=AGCATGCTTCACCTCCTTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=123847481;WS=123847463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	123848121	rs17686210	T	C	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=39;PP=1555;SC=TGCCATGACCTTGGGCACTGT;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=123848129;WS=123848111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	123848212	rs17759513	C	T	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=36;PP=1286;SC=GAGTCAGAGCCCACAGTTAGG;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=123848220;WS=123848202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	123848516	rs35674999	C	A	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=44;PP=1243;SC=GAAAGATGTACAAGTTCATCT;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=123848524;WS=123848506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	123886307	rs79057843	CA	TG	8326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=75;PP=2947;SC=CTCGTGACAGCATTCATCCTC;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=166;WE=123886316;WS=123886297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	123886681	rs1893766	A	G	7114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=142;PP=2965;SC=GTACACCAGCATGATGAGTGG;SOR=0.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=159;TCR=142;TR=299;WE=123886690;WS=123886671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	123886865	rs4084209	T	A	7735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=124;PP=2965;SC=TCAGCCAACGTGATGGTCATC;SOR=0.743;Source=Platypus;TCR=124;WE=123886873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	123886984	rs4936880	A	G	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=84;PP=2965;SC=TGGGAGGCGCAGAGCCTTTCA;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=150;WE=123886992;WS=123886974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	123887164	rs4936881	A	C	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=58;PP=2207;SC=CAAGGAGGTGAAGAAAGCTGT;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=112;WE=123887172;WS=123887154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	123887184	rs4936882	T	G	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=56;PP=2009;SC=TGTTGAAACTTAGAGACAAAG;SOR=1.232;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=98;WE=123887192;WS=123887174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	123887314	rs517598	T	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=240;SC=AGTGTTAAACTTTATTCCAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=123887322;WS=123887304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	123893987	rs142337884	G	A	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=29.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	123894119	rs12366219	A	G	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.73;SOR=7.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	123894136	rs28499345	A	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.30;QD=33.44;SOR=5.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	123909627	rs11219420	T	C	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.87;QD=44.63;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	123909637	rs4936889	G	T	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.05;QD=39.35;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	123909695	rs3894197	G	C	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=72;PP=2505;SC=TGTCAGTAGGGTGGCGTTGGA;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=135;WE=123909703;WS=123909685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	123988331	rs2276049	G	A	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=60;PP=2414;SC=GATCTACAAGGAGGCAATCTA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=124;WE=123988339;WS=123988321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	124007398	.	CCCTTCCTTCCTTCCTT	C	557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=561;SC=ATTCAGTTTTCCCTTCCTTCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=8;WE=124007421;WS=124007388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	124015994	rs1056615	C	T	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=67;PP=2008;SC=TCTGGCTGCACAGCAATGGTA;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=131;WE=124016002;WS=124015984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	124016366	rs2282505	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=133;SC=AGACTTGGTGCGTGTTCTCCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=124016374;WS=124016356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	124016740	rs9326269	A	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=265;SC=GTTCTTGTGTATTATAACTCT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=124016748;WS=124016730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	124029037	rs4936895	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=8;PP=548;SC=CATAGCCAAAGCACTCATCAG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=124029045;WS=124029027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	124029075	rs4935866	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=18;PP=985;SC=TGACATTGGTGTTTAGACTTT;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=124029083;WS=124029065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	124029541	rs4936896	A	G	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=63;PP=2436;SC=GCCACAGAGCATGTATCATCC;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=95;TCR=63;TR=158;WE=124029549;WS=124029531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	124056377	rs2512228	T	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=31;PP=1266;SC=CGATACACAGTCATCATGAAC;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=124056385;WS=124056367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	124056566	rs7937809	G	A	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=46;PP=1877;SC=TTAGCCCAGAGGGTGAGCTTC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=124056574;WS=124056556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	124056732	rs2512227	T	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TCTGTGCCTATGGGCCCATCA;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=54;WE=124056740;WS=124056721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr11	124056787	rs2512226	G	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=28;PP=1183;SC=GCTGGGAACCGTGGTACAAAT;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=124056795;WS=124056777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	124120302	rs2512239	A	G	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	124121199	rs4268525	G	C	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.42;QD=26.82;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	124134686	rs7931968	G	A	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=199;SC=TGCTAAATTGGGATAAATTAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=124134694;WS=124134676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	124134743	rs2466637	G	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=7;PP=530;SC=ATAAACAAGGGATCACTTTCC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=124134751;WS=124134733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	124135009	rs2512168	G	A	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=39;PP=1411;SC=CCTATGTACTGTTTCCTCAGC;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=124135017;WS=124134999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	124135438	rs2512167	G	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=18;PP=631;SC=ATCTTTAGTGGAATTAACATC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=124135446;WS=124135428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	124135481	rs2466701	C	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=9;PP=670;SC=TCAGCTCTTACATCTTCATCA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=124135489;WS=124135471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	124179656	rs4936917	G	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=133;SC=TACAACAGAAGAACATGAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=124179664;WS=124179646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	124179835	rs4936918	C	T	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=16;PP=644;SC=TGGTGTAGAACACAGAGGACA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=124179843;WS=124179825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	124180082	rs4936919	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=19;PP=1114;SC=AAGCTCATTGAGGTGTGTGTT;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=124180090;WS=124180072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	124180282	rs7107539	A	C	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=41;PP=1659;SC=GCAGTGGGCTACAGATGGCAA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=75;WE=124180290;WS=124180272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	124266912	rs28398895	A	G	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=59;PP=2597;SC=TCAACATGTAACATTCAGAGA;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=137;WE=124266920;WS=124266902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	124267177	rs61910862	T	C	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.02;QD=26.43;SOR=2.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	124267189	rs507335	T	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.46;QD=26.03;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	124440362	rs55861866	C	G	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=25;PP=1319;SC=TACATGCTGACAGTGATGGCC;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=72;WE=124440370;WS=124440352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	124440617	rs12792184	C	T	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=29;PP=1428;SC=GTCTTCTTTTCGGCTGGATTC;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=124440625;WS=124440607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	124494780	rs113773557	A	AT	259.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=159;SC=TAATAATGTGATTTTTTTATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=124494788;WS=124494770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	124739988	rs4936957	T	C	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=60;PP=2549;SC=ATTTTGACATTATGGGAACAG;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=114;WE=124739996;WS=124739978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	124740410	rs3923890	A	T	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=10;PP=729;SC=CCTGTCTTTAAGTACCTTGAC;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=124740418;WS=124740400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	124740691	rs7925879	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=479;SC=ATGGTTGGCAAGAGACTGAGG;SOR=3.383;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=124740699;WS=124740681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	124742385	rs4935898	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=18;PP=733;SC=TGGGTACTACGTGTGCCAGGC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=124742393;WS=124742375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	124746180	rs55706177	C	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=219;SC=GCGTCCCCGCCGGACCTGGAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=124746188;WS=124746170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	124746449	rs73615452	G	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	124747837	rs7933204	G	A	5260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=87;PP=2965;SC=CTGCAGAAGCGGGAATCTCCC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=175;WE=124747845;WS=124747827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	124748185	rs145185934	TCTC	T	4315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=42;PP=2347;SC=CCCATCCTATTCTCCTCAGGA;SOR=0.941;Source=Platypus;TCF=6;TR=48;WE=124748195;WS=124748175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	124750232	rs4366494	C	T	280.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=202;SC=AGAGCTGAGCCTGTGGTCAGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=124750240;WS=124750226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	124792415	rs373799782	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=545;SC=CCAGCCGGCACCTACTCTCTG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=124792423;WS=124792405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	124794712	rs74570840	C	T	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=93;PP=2965;SC=CATCGGCCAGCTGCAGGTCGC;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=173;WE=124794720;WS=124794702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	124824839	rs12272437	T	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=207;SC=ATGGTGGGGTTCCCCACCACC;SOR=3.767;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=124824847;WS=124824829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	124829914	rs7482800	T	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=384;SC=GTACCTGTTCTTTTTATTTTA;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=124829922;WS=124829904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	124856587	rs11219860	T	G	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	124856596	.	T	TGTGC	629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	124856610	rs11219863	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.74;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	124856951	rs4608089	C	T	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=220;SC=TTTGATATTTCGATTATTTTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=124856959;WS=124856941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	124857708	rs4936966	G	A	8707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=132;PP=2965;SC=AAATATCAAGGCCAGGATTTT;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=151;TCR=132;TR=283;WE=124857716;WS=124857698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr11	124862514	rs6590113	A	G	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=21;PP=1007;SC=GAGTGAGAGAAGAATTGCCTC;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=124862522;WS=124862504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	124863136	rs7951202	C	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=16;PP=507;SC=CTGGAGTGCCCTTGGTATGTT;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=124863144;WS=124863126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	124863249	rs11219864	G	C	116.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=74;SC=AAGATTGACAGGGCAATGTAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=124863257;WS=124863239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	124873610	rs12793774	T	C	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=160;SC=TTCATTCTTTTTTGATTTTAT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=124873618;WS=124873609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	124873755	rs72518768	CT	C	3046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=30;PP=2104;SC=ACTGGACCTTCTTAACAGGCT;SOR=1.048;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=51;WE=124873763;WS=124873745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	124874914	rs12286897	A	G	171.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=122;SC=GTTTGCTTGCATTTGTTTTTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=124874922;WS=124874904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	124875124	rs35971753	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=201;SC=TTATTCGATCTGCTCTGTGAG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=124875132;WS=124875114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	124908352	rs7107487	T	C	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=45;SC=AGAGCAAGAATGTTATGCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=124908360;WS=124908342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	124910335	rs4491235	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=153;SC=CTCACAGAGTGCTTGTCATAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=124910343;WS=124910325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	124933223	rs201307672	GCCT	G	5219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=52;PP=2971;SC=CAGCTCTGTAGCCTCCTCCGT;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=65;WE=124933233;WS=124933213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	124933351	rs12791554	C	T	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=695;SC=GGAGGCGTGCCGGGACCTCCT;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=124933359;WS=124933341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	124947396	rs55752830	A	G	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=39;PP=1308;SC=CGCCTTCCTCATCGCCTATGC;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=124947404;WS=124947386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	124954282	rs948270	A	G	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=47;PP=1487;SC=CCTCTGGCCTATGTGCACGTC;SOR=1.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=124954290;WS=124954272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	124954652	rs4936976	G	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=13;PP=897;SC=GATGGTTGTTGCAGACCTCAG;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=124954660;WS=124954642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	124955032	rs948268	T	C	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=52;PP=1714;SC=TCTCTGCTGATCTGGTGAGTG;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=124955040;WS=124955022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	124955977	rs3808995	C	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=29;PP=1223;SC=ATCAGCCCAGCGCTCAGTTTC;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=124955985;WS=124955967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	124958122	rs3802808	A	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=13;PP=344;SC=ACAAGCAGGGAAGGCAAACCC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=124958130;WS=124958112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	124967774	rs2186888	G	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=105;SC=AGTCTCCTCTGTACATGAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=124967782;WS=124967764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	124972208	rs14065	A	G	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=35;PP=1230;SC=GCTCCAGTGCAACACACTCCC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=124972216;WS=124972198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	124972377	rs2155663	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=5;PP=439;SC=AACCCAAAGCCTTTCTCTTTG;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=124972385;WS=124972367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	124972518	rs2155664	A	G	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	124972522	rs2155665	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.83;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	124972691	.	T	C	36	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=36;QD=23.5904041824;SC=TTCAAGAGGATGAAAACTCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=124972699;WS=124972681;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	125009529	rs11219919	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=17;PP=446;SC=CCCTTCCTCTGTCCGGGACAG;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=125009551;WS=125009519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	125009543	rs74844643	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=355;SC=GGGACAGGATGTAGGGTTTCC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=125009551;WS=125009519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	125298871	rs595849	A	G	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=36;PP=1707;SC=AGATCAGCATATGCCCAGCCC;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=97;WE=125298879;WS=125298861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	125323965	rs11220082	C	T	160.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=2;PP=129;SC=CCCTGCGTTGCTGGGGAGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=125323973;WS=125323955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	125326026	rs2241514	C	T	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=57;PP=1683;SC=CCGTCTCCCGCATAACACCTG;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=106;WE=125326034;WS=125326016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	125442503	rs369141998	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr11	125452300	rs55912941	A	AC	869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=798;SC=TGAAGCAAAGACCCTGGCAAA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=125452308;WS=125452290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	125462162	rs573173	A	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=17;PP=1050;SC=GCAGTTACCAAGGCACAGTAA;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=125462170;WS=125462152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	125467144	rs513209	C	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=29;PP=797;SC=GAAAAAAAAACCCTTAAATTC;SOR=1.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=41;WE=125467152;WS=125467124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	125482345	rs538232	G	A	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=99;SC=TACTGCAACTGTTTCAAGTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=125482353;WS=125482335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	125514573	rs521102	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=193;SC=ACCTTTTCCTGAAGAAGAATT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=125514581;WS=125514563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	125525195	rs506504	A	G	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=36;PP=1554;SC=CAGCCAGAAGATTTGGCTTCC;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=125525203;WS=125525185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	125616483	rs498803	G	T	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=36;PP=1314;SC=TTGAGTGGATGTTCATAGAAG;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=125616491;WS=125616473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	125616502	rs2553829	T	A	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=38;PP=1379;SC=AGCTTTGAGATGGGGTTTGGA;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=125616510;WS=125616492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	125617317	rs496459	A	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=25;PP=882;SC=GTAAGTATGAAGAGGACCTGT;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=125617325;WS=125617307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	125617376	rs5795459	CT	C	764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=587;SC=ATTCCTCCACCTTTCTTTCCC;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=125617384;WS=125617366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	125617606	rs537916	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=399;SC=GATAGAAATTGTTCAGTGTAG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=125617614;WS=125617596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	125617769	rs542285	C	T	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=30;PP=950;SC=TATACAGGGACGTATCAGCCA;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=58;WE=125617777;WS=125617759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	125617881	rs541350	T	C	141.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=106;SC=GAAAATTAGATGGAGGTGGTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=125617889;WS=125617871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	125647712	rs522690	T	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=777;SC=AAAAGAACACTACTGTTTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=125647720;WS=125647702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	125648216	rs517463	C	T	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=104;SC=CAGTAATGAACCCCTTATCTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=125648224;WS=125648206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	125648503	rs494361	G	A	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=52;PP=2343;SC=CCATGTTACAGTCTCACATAC;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=132;WE=125648511;WS=125648493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	125659423	rs495869	A	C	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=31;PP=1013;SC=AGGGTCAGGGAAGGTGTTGTA;SOR=1.032;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=125659431;WS=125659413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	125707761	rs11220236	A	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=18;PP=919;SC=TCCACCCTGCAGTTATGGGTC;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=125707769;WS=125707751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	125708198	rs10160391	C	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=14;PP=697;SC=TCTTCATTTTCAGGAGACAAA;SOR=1.378;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=43;WE=125708206;WS=125708188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	125763566	.	TC	T	164	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=9;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=25;MQ=58.34;NF=4;NR=0;PP=164;QD=44.0;SC=CTTTTTTTTTTCTTTTAAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=125763574;WS=125763556;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr11	125763567	rs10717222	C	T	63.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	125763610	rs35423925	A	AT	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=1.193;SC=TTGCAAGTAAATTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=9;WE=125763618;WS=125763600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr11	125766044	rs549990	C	A	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=81;PP=2879;SC=CCAGCTCCTGCTGAATTTTCT;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=152;WE=125766052;WS=125766034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	125766173	rs622756	A	C	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=34;PP=1068;SC=GTGTCATTATAAGCCATGATA;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=125766181;WS=125766163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	125766204	rs600761	G	C	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	125766207	rs471980	C	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	125776216	rs34692223	A	ATT	95	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=94;SC=GATATTCAATATTTTTTTTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=125776224;WS=125776206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	125830970	rs684535	A	T	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=46;PP=1846;SC=TACAATGTTGATCTCTGTTTC;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=106;WE=125830978;WS=125830960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	125859783	rs1939985	T	C	62.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=41;SC=GCAATAAAAATGTACTTAATA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=125859791;WS=125859773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	125864972	rs138741332	AAAC	A	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	125867053	rs11220309	G	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=404;SC=TAAATATATGGATCTAAAGTT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=125867061;WS=125867043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	126080757	rs608367	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=30;PP=1112;SC=AGCTGCAGGTTCCTCCACCTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=126080765;WS=126080747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	126081336	rs587891	T	C	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=31;PP=1528;SC=CTGGTCCCTTTGGACTCACCG;SOR=1.251;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=90;WE=126081344;WS=126081326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	126081403	rs2282580	T	C	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=56;PP=1774;SC=CGCTAATCTCTGGGCATTTAT;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=115;WE=126081411;WS=126081393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	126134698	rs638766	T	C	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=316;SC=ACATCTGTTATCCAAAAGCAG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=126134706;WS=126134688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	126138453	rs12786155	C	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	126139100	rs1786702	T	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=7;PP=535;SC=CTCAGAGGGGTTATGATTCGG;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=126139108;WS=126139090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	126139313	rs1786703	T	A	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=29;PP=979;SC=GGAAGGGGGTTAGCTTACCTA;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=126139321;WS=126139303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	126145931	rs2276025	T	C	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=17;PP=721;SC=GCCTTCCCACTCCTCACCCTC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=126145939;WS=126145921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	126146244	rs56321210	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=3;PP=308;SC=GGAGGGTTGCCGGCCATGCTG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=126146252;WS=126146234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	126160687	rs1893352	A	G	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=26;SC=CTCTCTCTCTACCCTCTGTAG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=126160695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	126161490	rs614700	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=33;PP=957;SC=CGAAGCTCTCTGCTCCTCAGC;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=126161498;WS=126161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	126162607	rs3802814	G	A	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=39;PP=1481;SC=TGGCCGCCCAGGACCTGGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=84;WE=126162615;WS=126162597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	126162843	rs8177374	C	T	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=65;PP=2437;SC=CCCCTGCTGTCGGGCCTCAGC;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=145;WE=126162851;WS=126162833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	126163124	rs609634	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=10;PP=474;SC=AGTAACTTGGCCAAGTTACTC;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=126163132;WS=126163114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	126163691	rs611953	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=683;SC=GGAGTGAGTCACAGCGCTTTG;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=126163699;WS=126163681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	126164349	rs625413	T	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=467;SC=CAGGGTTCAATGCCTTCACCT;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=126164357;WS=126164339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	126176578	rs637462	G	A	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=20;PP=815;SC=CTGAGCTCCAGTTGCAGTTCT;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=126176586;WS=126176568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	126213395	rs240536	T	C	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=46;PP=1733;SC=TTTCCTCACCTTTCCCAGAGT;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=86;WE=126213403;WS=126213385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	126294817	rs948052	G	A	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=41;PP=1286;SC=CACGCTGCTTGCCCGCAGGAC;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=75;WE=126294825;WS=126294807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	126301481	rs3802817	T	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=706;SC=TATCCCCCCATGATCTCACCC;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=126301489;WS=126301471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	126305279	rs4937132	C	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=19;PP=586;SC=GCTGCTTGAGCGGGGCTGGGT;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=126305287;WS=126305269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	126526181	rs523249	A	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=13;PP=335;SC=CATAACCTCCATGATTCAGTT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=126526189;WS=126526171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	126873592	rs494442	C	T	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=71;PP=2503;SC=TGCAAGCCGGCGGGATGCCAG;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=141;WE=126873600;WS=126873582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	126873721	rs11377295	G	GC	1558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=1262;SC=TGAGCCCCTGGCCCGCCCCCC;SOR=1.562;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=30;WE=126873729;WS=126873711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	128333503	rs2230004	T	C	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=57;PP=2302;SC=GAAACTGCCATAGCTGGATTG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=126;WE=128333511;WS=128333493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	128350071	rs61909072	C	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=7;PP=418;SC=GCCTAAGCAGCGGGAGGGCGC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=128350079;WS=128350061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	128443083	rs7935676	G	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=13;PP=447;SC=ATGCTCACAGGTTTGTGGATT;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=28;WE=128443091;WS=128443073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	128443099	rs7935393	A	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	128638216	rs35044982	TG	T	2189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=50;PP=1460;SC=CCCCACTCTCTGGGGGGGCAG;SOR=1.997;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=53;WE=128638224;WS=128638206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	128652012	rs639336	G	T	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=71;PP=2136;SC=ACCAGCTTGCGTGTTCCACTC;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=31;TCR=71;TR=102;WE=128652020;WS=128652002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	128675292	rs7113191	T	A	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=43;PP=1609;SC=GAAGAGGAGCTTGGGGCAATA;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=97;WE=128675300;WS=128675282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	128675401	rs7127621	C	T	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GATCATGAGACACAGGAGAGC;SOR=0.323;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=89;WE=128675409;WS=128675391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr11	128679200	rs73021474	G	C	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=33;PP=1182;SC=TGAGTGGGGAGTAACATGCAC;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=70;WE=128679219;WS=128679190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	128679211	rs630797	G	C	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=32;PP=1087;SC=TAACATGCACGTCTTTCCTTG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=128679219;WS=128679190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	128773413	rs4937387	T	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=36;PP=1064;SC=CTGCCTTAGATGAAGGAGAAT;SOR=0.979;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=66;WE=128773421;WS=128773403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	128774237	rs7930049	T	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	128774244	rs35311412	AT	A	1419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=674;SC=TACTGCACTGATTTTTTTTGC;SOR=0.981;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=28;WE=128774252;WS=128774227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	128781339	rs6590357	T	C	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=75;PP=2678;ReadPosRankSum=0.375;SC=TGGAGAAGAGTGGCAAGTGCA;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=151;WE=128781347;WS=128781329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr11	128781978	rs7118824	T	G	6079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=73;PP=2473;SC=GCCTCTTCCTTGTGTCTCCTC;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=133;WE=128781986;WS=128781968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	128782002	rs7118833	T	C	5728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.83;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	128782012	rs7102584	C	G	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.34;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	128786139	rs61176061	A	AGATGGATG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=232;SC=ATAGATGATTAGATGGATGGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=128786147;WS=128786132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	128786294	rs4937391	G	A	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=20;PP=1015;SC=TGTAACTTCCGTTTCCCCAGG;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=128786302;WS=128786284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	128804789	rs2155548	C	A	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=174;SC=GTCATGTAGACTATGGCTCAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=128804797;WS=128804779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	128805482	rs7947590	C	T	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=162;SC=GGCGTGATCTCGGCTCACTGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=128805490;WS=128805472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	128846547	rs665619	C	A	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=33;PP=1168;SC=ATAAAAAACACATAGTGTGAA;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=72;WE=128846555;WS=128846537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	128855751	.	GTGTATA	G	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=65.19;NF=2;NR=0;PP=49;QD=26.0;SC=GTGTGTGTGTGTGTATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=128855764;WS=128855741;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	128857882	rs57177179	TAAG	T	2843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=17;PP=1688;SC=TTTAATTAGTTAAGAAGGAGT;SOR=1.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=35;WE=128857892;WS=128857872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	128868090	rs669678	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=262;SC=AGAAAGCTTAGTACATGCATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=128868098;WS=128868089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	128868239	rs670440	T	C	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=45;PP=2125;ReadPosRankSum=2.540;SC=TTAGAAGGTGTTCCCCCAGGT;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=112;WE=128868248;WS=128868229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
chr11	128934033	rs61104154	T	TA	43.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	129061849	rs2511810	G	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=249;SC=CTGCTCCCTTGAGCTCCAAAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=129061857;WS=129061839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	129061918	.	AG	A	1105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=964;SC=GAGAAGAAAAAGGGGTGCGGG;SOR=2.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=27;WE=129061926;WS=129061908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	129735677	rs3817614	G	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=115;SC=GCCCCAGAAAGACCAGCCACT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=129735685;WS=129735667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	129743012	rs1650826	A	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=16;PP=618;SC=GCATGAGGCCAAGAGCTTAAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=129743020;WS=129743002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	129752991	rs2293664	G	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=503;SC=TCAGATGAAGGCTCCTAGAGG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=129752999;WS=129752981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	129753900	rs2303663	T	C	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=25;PP=1684;SC=CGTGTCTTCCTCAGGACAGCC;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=129753908;WS=129753890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	129754103	rs3214551	T	TG	2518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=37;PP=1674;SC=TCTGGTCACTTTCAAAAGTAA;SOR=1.963;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=39;WE=129754111;WS=129754093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	129754627	rs12574106	G	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=355;SC=GACAGCGGCAGCTTGGTTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=129754635;WS=129754617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	129754644	rs1131972	A	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=6;PP=363;SC=TCTCACCTGCAGTTTTCATAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=129754652;WS=129754634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	129755669	rs1783914	G	A	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=187;SC=CGAAGAATCTGTATTGATTAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=129755677;WS=129755659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	129758327	rs1650823	G	A	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=13;PP=1240;SC=TTGTTTTTTAGAACACAGCCT;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=129758335;WS=129758317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	129784456	rs2241575	G	A	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=15;PP=871;SC=AGCCTGAAAGGGGAAGGGGCA;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=129784464;WS=129784446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	129785594	rs3734073	G	A	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=754;SC=GACAGCAGACGGGAGGGGTGG;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=129785602;WS=129785584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	129785816	rs10561615	AAACT	A	803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=687;SC=TGCTTAAAGCAAACTAACAAT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=129785827;WS=129785806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	129793127	rs182749107	T	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=9;PP=416;SC=CCTTGGGCTGTGCCTTGGTGT;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=129793135;WS=129793117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	129793305	rs2241573	A	G	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	129794950	rs2241571	T	C	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=49;PP=1560;SC=TCCAAGGATGTGCTGCTGATG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=100;WE=129794958;WS=129794940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	129801043	rs2277033	C	T	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=22;PP=1498;SC=ACTGGGTTTCCTGTGGCAGCT;SOR=1.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=129801051;WS=129801033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	129939826	rs80070284	C	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=12;PP=537;SC=GCGAGGAGTCCGAGTGTGTGA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=129939834;WS=129939816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	129940456	rs113079288	C	T	57.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	129940728	rs73023487	CG	TC	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=40;PP=2052;SC=TCGTCCTCTTCGGGTGTCAGA;SOR=1.379;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=64;WE=129940751;WS=129940718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	129940743	rs79537552	C	T	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=39;PP=1020;SC=GTCAGAATTCCATCAGTGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=129940751;WS=129940718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	129980685	rs59834300	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=243;SC=TATTGGGGAGGATTTCTCTTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=129980693;WS=129980675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	129990587	rs747180	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=531;SC=TCTGACAAAGATTCTCTTTTC;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=129990595;WS=129990577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	129997817	rs2298586	G	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=255;SC=ACGAAATTAGGATTGGACACC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=129997825;WS=129997807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	129998900	rs651935	T	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=19;PP=874;SC=AGGCTTCCTCTGGGTGCCACA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=129998908;WS=129998890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	130011597	rs7934366	G	A	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=323;SC=CCAGCTTTCCGTACTTTTGGA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=130011605;WS=130011587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	130013148	rs149278207	CAG	C	1570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=1185;SC=ATTTGGTCCTCAGGGGATTGT;SOR=2.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=130013157;WS=130013138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	130030038	rs3740883	C	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=52;SC=CGGCCGGCTCCCCTGGCGTGT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=130030046;WS=130030028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	130059563	.	G	A	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=26;PP=1184;SC=CATGTGTCCTGGAGTCGCTCT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=130059571;WS=130059553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	130060612	rs858704	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=351;SC=GGGGGCGGGTAGGGCTGTGGG;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=130060620;WS=130060602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	130064223	rs610005	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=1022;SC=CCCTCGGGCCACAGAGAAGGG;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=130064231;WS=130064213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	130064647	rs597661	G	A	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=76;PP=2377;SC=GAGCTATGGGGCGTGTGAACG;SOR=0.982;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=137;WE=130064655;WS=130064637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	130064705	rs597576	A	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=43;PP=1214;SC=CTCCCTGTGCAGATGTGTGTG;SOR=2.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=59;WE=130064713;WS=130064695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	130064747	rs58417767	ATGTGTGTG	A	575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.641;NF=0;NR=13;PP=2082;ReadPosRankSum=1.739;SC=ATATGTGTGCATGTGTGTGTG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=13;WE=130064762;WS=130064737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr11	130066335	rs476106	C	T	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=27;PP=1236;SC=TGGAGATCAACGGGGAGAAGT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=64;WE=130066343;WS=130066325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	130066372	rs858713	G	A	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=29;PP=1496;SC=GGGGGCTGCCGGGCCCATGCT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=130066380;WS=130066362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	130066452	rs11368852	G	GC	3047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.053;HP=11;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=2026;ReadPosRankSum=-1.699;SC=CTTGTGCCCCGCCCCCCCTCC;SOR=0.285;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=66;WE=130066460;WS=130066437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr11	130068554	rs11221995	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=18;PP=479;SC=TTGGGGGCCTCGCCCCTGGAG;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=130068562;WS=130068544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	130069704	rs2276117	C	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=467;SC=GGGTCCCTCACGCCCTGGCCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=130069712;WS=130069696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	130069790	rs613501	T	G	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=27;PP=1433;SC=TGTCCCCTTGTGGTTTGATGT;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=130069798;WS=130069780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	130270855	rs59317921	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	130271647	rs747249	A	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=785;SC=GCTGGCTTAGATGGGTGACTT;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=130271655;WS=130271637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	130271678	rs747250	T	G	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=18;PP=1069;SC=ACATTCCACATGCAGCTCTCC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=130271686;WS=130271668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	130278924	rs2291344	T	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=367;SC=AGCACTTTTCTTCTTTCTTTT;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=130278932;WS=130278914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	130281488	rs2131535	G	A	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=41;PP=1100;SC=GCCTCCATCTGCCACGGGCTG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=130281496;WS=130281478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	130297948	rs7927048	C	G	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	130297957	rs7942034	T	C	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	130298117	rs10548872	GGCA	G	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=683;SC=GCGGGCCAGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=15;WE=130298127;WS=130298107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	130298447	rs903024	C	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=141;SC=TCCTCCGCCCCTGCCCGCGCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=130298455;WS=130298437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	130332338	rs11604959	A	G	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=73;PP=2965;SC=ATTCTGGGCTAGCCAAACCTC;SOR=0.955;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=107;TCR=73;TR=179;WE=130332346;WS=130332328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	130339312	rs731446	T	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=16;PP=543;SC=GATCCTGCAATCTGGAGCCCT;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=130339320;WS=130339302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	130716157	rs7943757	C	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=815;SC=GATTCTATTGCATAATCTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=130716165;WS=130716147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	130780225	rs681982	C	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=11;PP=280;SC=CCATGTTTCCCAATGGAAGAT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13;WE=130780233;WS=130780215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	131530083	rs2472253	G	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=354;SC=GTAGGACTCGGGTGGGCCAGT;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=131530091;WS=131530073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	131531000	rs2739287	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=485;SC=GTCTTCCCCCTAGATTCGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=131531008;WS=131530990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	131531015	rs2658857	T	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=315;SC=TCGGTGGAGATTCCTTTCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=131531023;WS=131531005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	132177633	rs2305271	A	C	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=38;PP=1107;SC=GGGCATCACCAGGGAGCAGTC;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=132177641;WS=132177623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	132177740	rs2305270	G	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=357;SC=ACCACCACGCGCCCTGCACGT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=132177748;WS=132177730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	132184394	rs730253	G	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=413;SC=TTCTTCCTATGAGGACACATA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=132184402;WS=132184384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	132200128	rs3837377	T	TA	1593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=1401;SC=GTGGGGTATGTAAAACTCTTC;SOR=1.565;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=35;WE=132200136;WS=132200118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	132205215	rs8894	A	G	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=68;SC=GGGGGGAAAAAAGTTTTAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=132205223;WS=132205205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	133712348	rs2257010	G	A	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=11;PP=828;SC=CCCCAGTCAGGAACACAAATC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=133712356;WS=133712338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	133712473	rs2257004	C	T	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=32;PP=1343;SC=AAAGGCCATTCGTACATTGGC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=133712481;WS=133712463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	133712594	rs2282601	C	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=32;PP=966;SC=GGTCTCTCCCCCTTCTTGACT;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=133712602;WS=133712584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	133714522	rs2282602	G	A	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=33;PP=1494;SC=GCCCCGAGAAGCCTCTTCTTC;SOR=1.122;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=88;WE=133714530;WS=133714512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	133714672	rs2282604	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=480;SC=TCCTTACCTCACTGTTCCCAC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=133714680;WS=133714662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	133715153	rs2298738	G	C	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=33;PP=1271;SC=CCCAGCCCCCGCAACTGTTAC;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=66;WE=133715161;WS=133715143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	133800773	rs12796441	C	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	133800775	rs11223628	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	133814191	rs595986	A	G	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=31;PP=961;SC=CTTTGCACTCATACCAGCCCT;SOR=1.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=133814199;WS=133814181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	133815951	rs12291005	C	G	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=25;PP=1325;SC=GTGCCCAGACCTTACCTGCAT;SOR=1.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=70;WE=133815959;WS=133815941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	134010722	rs646998	A	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=342;SC=AGACCTGGGTATACACTCTTG;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=134010730;WS=134010712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	134014673	rs3216140	C	CCT	934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=818;SC=AACACCACCCCTTTTTCCCCA;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=134014681;WS=134014663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	134016011	rs11223714	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=358;SC=TTTAATATTATACCATCAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=134016019;WS=134016001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	134018656	rs610382	T	C	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=53;PP=1863;SC=CTTCTCCTCATAGTTACAAGA;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=134018664;WS=134018646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	134018850	.	A	C	108	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=22;MQ=56.6;NF=5;NR=0;PP=108;QD=28.5542425094;SC=CCTTCACAGTAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=134018858;WS=134018840;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,5:0.56:9
chr11	134018891	.	T	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=9;PP=509;SC=ACACACACACTAATGGGATTT;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=134018899;WS=134018881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	134026944	rs35943668	G	T	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=31;PP=1774;SC=GCTTGGTCACGTGCTCAATCT;SOR=1.202;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=134026952;WS=134026934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	134031836	rs3214800	C	CAA	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=113;SC=TTCTGAAAGACAGGCCTCTCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=134031844;WS=134031826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	134038538	rs73731	C	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=28;PP=726;SC=CACATGGGCACGGGTGTAAGG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=134038546;WS=134038528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	134047243	rs2276265	T	C	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=30;PP=1315;SC=GATCGCACATTACAATGATGA;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=134047251;WS=134047233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	134054705	rs10569940	TACACACAC	T	1498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=9;PP=2356;SC=CAGGTATATATACACACACAC;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=14;WE=134054723;WS=134054695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	134054715	rs201518163	C	T	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.78;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	134055478	rs10894783	C	A	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=139;SC=CAAAATGATTCAGATGGGAGC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=134055486;WS=134055468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	134062764	rs12292394	C	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=24;PP=745;SC=GACCACCCCCCGCAACCAGGC;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=134062772;WS=134062754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	134064540	rs1125399	T	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=27;PP=1089;SC=AAAAAAAAAATGTGCAGAGAA;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=63;WE=134064548;WS=134064518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	134072804	.	T	A	556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.619;NF=8;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=0.894;SC=GAAAAAGCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=26;WE=134072812;WS=134072794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr11	134073019	rs2305379	A	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=268;SC=AATATTTGAAAATGTATTGAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=134073027;WS=134073009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	134073913	rs896409	C	T	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=54;PP=2249;SC=AAAAAGGACCCAAGGTTTTAT;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=126;WE=134073921;WS=134073903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	134074099	rs10791349	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=39;PP=1231;SC=GACCAACCAATATCCACCCGC;SOR=1.539;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=61;WE=134074107;WS=134074089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	134093257	rs75634068	A	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=347;SC=TGAAAGGGGAAGCAGAAATGC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=134093265;WS=134093247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	134105030	rs1259022	A	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=8;PP=292;SC=CCACTTTGAGAATCTTCACAG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=134105038;WS=134105020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	134128313	rs11223738	G	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=13;PP=1094;SC=TTACTCCACTGCCCTGCCCTT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=134128321;WS=134128303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	134147371	rs67473835	G	A	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=26;PP=821;SC=ACATCCCTGGGGAGGGAGGGG;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=134147379;WS=134147361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	134151975	rs472287	G	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=782;SC=CGTCCAGGCCGCTACATCTGC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=134151983;WS=134151965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	134152030	rs10791352	G	A	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=33;PP=1105;SC=CGGGGCTACAGTCCCAGAGTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=134152038;WS=134152020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	134158745	rs3824995	A	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=23;PP=721;SC=AGTATGGCTCATTCAATAAGG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=134158753;WS=134158735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	134158817	rs10894794	A	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=17;PP=607;SC=CCATGTTTACATGCCTCCTTC;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=134158825;WS=134158807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	134177205	rs12272129	G	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=763;SC=ATCAGCCGTAGATATTCATGC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=134177213;WS=134177195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	134177275	rs2510356	C	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=180;SC=ATAGAAATTACATGGTTCCCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=134177283;WS=134177265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	134180695	rs526507	G	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=267;SC=GAACCCTGGGGTTAAAATCTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=134180703;WS=134180685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	134182135	rs751719	T	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=223;SC=ATTTCCCATTTGAAGAACCCT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=134182143;WS=134182125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	134182375	rs2509062	G	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=15;PP=399;SC=CGCTCATGACGTGGCACAGGT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=134182383;WS=134182365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	134182856	rs1144216	A	G	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=570;SC=TGAGACAGTCAGCCTCCCTTC;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=134182864;WS=134182846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	134234081	rs11601964	G	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=313;SC=GACTGTGGCTGACTTCTAACT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=134234089;WS=134234071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	134234186	rs60460137	G	A	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=25.95;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	134244123	rs3741097	C	G	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=33;PP=1176;SC=TCAGCTCCACCCCTTGTGACA;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=134244131;WS=134244113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	176139	rs17852242	A	T	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-0.440;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.746;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,41:0.28:149
chr12	235022	rs12822449	C	T	4060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=81;NR=68;PP=2365;SC=GGCGCTGTGCCCCCACGCCCC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=149;WE=235030;WS=235012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	235126	rs112633842	G	GC	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-2.689;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr12	235128	rs11608642	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=2.898;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr12	235142	rs11609616	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr12	235143	rs11610983	G	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.90;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	248071	rs77474006	G	C	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;ReadPosRankSum=2.429;SC=TGGGCGCTCAGACGGTCCAGG;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TCF=93;TR=83;WE=248079;WS=248061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,84:0.38:223
chr12	248202	rs56204927	C	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=23;PP=1170;SC=GCAGAGGCTGCGGCTAGTGGG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=248210;WS=248192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	250130	rs12321262	T	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.344;NF=9;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ATCCTCTGCGTGAGGACATTC;SOR=0.132;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=12;WE=250138;WS=250120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr12	250239	rs2291928	A	G	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=36;PP=1125;ReadPosRankSum=1.039;SC=GGAAAGAGTCATGGATGGCTT;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=89;WE=250247;WS=250229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,99:0.54:182
chr12	250326	rs144089662	C	T	3167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=71;PP=2106;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TGATCTCACGCGGCTTCATCC;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=129;TCR=122;TR=149;WE=250334;WS=250316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,147:0.61:242
chr12	271022	rs12579600	G	A	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=68;SC=GGTCTCTTCTGTCTGGCTCCA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=271030;WS=271016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	271373	rs4980805	A	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=23;PP=689;SC=ACTGTGTGCCAGACACTGCAT;SOR=3.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=27;WE=271394;WS=271363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	271386	rs11307485	CT	C	742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.51;NF=1;NR=12;PP=192;SC=CACTGCATCTCTTTTTTTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=13;WE=271394;WS=271363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	274572	rs11061700	G	C	5471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=75;PP=2965;SC=TGTTCATCAGGGCATGCCTGT;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=110;TCR=75;TR=185;WE=274580;WS=274562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	274647	rs4980859	T	C	7904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=133;PP=2965;SC=CGTACACCTTTTGCAAGTCAG;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=130;TCR=133;TR=263;WE=274655;WS=274637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr12	274839	rs2291923	T	C	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=30;PP=1747;SC=TGGCTGGCTCTGGCCCTCGGC;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=274847;WS=274829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	275065	rs2291922	A	G	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=103;PP=2965;SC=GTGTAAGGACACGGGCTCCCG;SOR=1.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=48;TCR=103;TR=151;WE=275073;WS=275055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	280349	rs2291919	C	A	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CCTGGTTGCCCAGGTGAGTGA;SOR=0.553;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=109;TCR=57;TR=165;WE=280357;WS=280339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr12	283642	rs2291917	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	284058	rs216230	T	C	7440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=110;NR=138;PP=2965;SC=CCCTGGGCGGTCCCGGCTCTC;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=110;TCR=139;TR=248;WE=284066;WS=284048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr12	301843	rs646569	A	G	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=62;PP=2025;SC=AGCCATGGGTAAGATAGGGGG;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=94;WE=301851;WS=301833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	305566	rs79352163	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=0.354;SC=AATGGGGGTGCCCTGGGGTGA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=12;WE=305574;WS=305556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr12	319111	rs526690	T	C	7153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=148;PP=2965;SC=CCCAGGAGACTGCAGGAGGCC;SOR=1.069;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=112;TCR=148;TR=260;WE=319133;WS=319101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr12	319125	rs557881	A	G	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=132;PP=2965;SC=GGAGGCCCACACTCTTGCACT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=91;TCR=132;TR=223;WE=319133;WS=319101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr12	330315	rs570680	T	G	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=76;PP=2673;SC=CAACATCTGCTGCCTCCCCAC;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=70;TCR=76;TR=146;WE=330323;WS=330305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	332362	rs2289954	C	T	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=52;PP=1723;ReadPosRankSum=-0.951;SC=TGCCACTGGCCGCATAGTAGT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=105;TCR=83;TR=120;WE=332370;WS=332352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,132:0.64:206
chr12	335434	rs3782867	C	G	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=23;PP=1414;SC=CAGAACGCATCCACTGAATGG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=335442;WS=335424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	347068	rs2289957	T	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=8;PP=422;SC=CGGCCCACAGTGGGTGGGGAA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=347076;WS=347058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	351711	rs525797	T	G	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=8;PP=1330;SC=GGGGATATAGTGACAAGCCCA;SOR=3.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=50;WE=351719;WS=351701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	464254	rs3759371	T	C	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=41;PP=2965;SC=CCATGATATATCAGGATAGAA;SOR=1.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=110;TCR=41;TR=151;WE=464262;WS=464244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	495217	rs10774152	G	T	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=668;SC=TTAAAGGGGGGTTTTGCCACA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=495225;WS=495207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	496439	rs7965303	A	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=420;SC=AATCTGCCAAAACTAAAATTA;SOR=3.056;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=496447;WS=496429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	496533	rs10848877	C	T	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=109;SC=AGTAAAAAAACTTTTTTTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=496541;WS=496523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	537828	rs11062934	G	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=195;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TTAATTTGGGGTTACAATTGT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=7;WE=537849;WS=537818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	537841	rs35713455	T	TA	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=10;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=218;ReadPosRankSum=0.448;SC=ACAATTGTTTTAAAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=6;WE=537849;WS=537818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	540994	rs7310504	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=334;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AGAAAAGCTGAGTAAAATCTT;SOR=1.197;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=19;WE=541002;WS=540984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr12	619660	.	AGGGAAACG	A	416	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.25;NF=5;NR=3;PP=416;QD=59.2220764291;SC=CTGGGCTGGGAGGGAAACGGG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=8;WE=619675;WS=619650;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,8:0.31:26
chr12	619808	rs7306988	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=392;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GTATGAGAGGGAGGGGCGGGG;SOR=0.380;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=28;WE=619816;WS=619798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr12	655707	rs4980937	T	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,25:0.32:79
chr12	658788	rs4980938	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TGTGGCGGGGGCCAGAGGGAG;SOR=0.598;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=17;WE=658796;WS=658778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr12	658871	rs4980939	A	G	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=36;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CTCCCCTTCAAGGGCAGTGGG;SOR=0.677;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=298;TCF=189;TCR=109;TR=102;WE=658879;WS=658861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,110:0.35:310
chr12	660065	rs12423166	T	C	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1582;ReadPosRankSum=-1.368;SC=TCACCCTCACTCCTCCTCCTC;SOR=0.628;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=315;TCF=179;TCR=136;TR=107;WE=660073;WS=660055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,106:0.33:326
chr12	661458	rs199821226	TACACACAC	T	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.640;QD=31.44;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr12	661772	rs7314430	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=488;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TGTTCAGACCGTGCCAGCCCC;SOR=0.907;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=30;WE=661780;WS=661762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr12	662276	rs12423080	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=191;ReadPosRankSum=-0.373;SC=GTGCGTCACACGTATGATCAT;SOR=0.275;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=662284;WS=662266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr12	662873	rs148059237	C	T	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1344;ReadPosRankSum=0.900;SC=GAAGTGGTGGCGGCCGCAGGC;SOR=0.521;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=95;WE=662881;WS=662863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,100:0.60:168
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chr12	667910	rs12368256	A	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.39;ReadPosRankSum=1.871;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
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chr12	668350	rs2072385	AC	CT	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=1141;SC=GCCTCCCTCAACCCCAGCCTC;SOR=3.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=24;WE=668359;WS=668340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	670414	rs75501440	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=245;ReadPosRankSum=-0.865;SC=TCCCTGCCCCGTGGGGAGCGA;SOR=0.927;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=17;WE=670422;WS=670404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr12	719663	rs2535404	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=1.141;SC=GCCTTCTGCCCCCGTGGGTCC;SOR=0.957;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=21;WE=719671;WS=719653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr12	719681	rs2535405	G	A	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=41;PP=1233;SC=TCCCCACAGCGGCCAGCCCAG;SOR=3.486;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=719689;WS=719671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	752327	rs6489690	C	A	4539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=71;PP=2940;ReadPosRankSum=-0.790;SC=GTCCCCCTGCCGCTGCCCAAG;SOR=0.223;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=82;TCR=71;TR=152;WE=752335;WS=752317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr12	752998	rs9669247	G	A,T	2278.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=12,7;NR=39,20;PP=1044,514;SC=CCAGCTCATCGCTCAGGTCTT;SOR=2.484;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=51,27;WE=753006;WS=752988;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.66,0.34:80
chr12	772673	rs4980959	C	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=306;ReadPosRankSum=-0.862;SC=ATTCATCCCTCTGATGTGGGA;SOR=0.437;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=22;WE=772681;WS=772663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr12	862641	rs3088353	T	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=1.236;SC=CGGCCGCGGTTCCCTGCAGAC;SOR=0.260;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=862649;WS=862631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	862989	rs3168640	T	C	7198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=132;NR=124;PP=2965;SC=GCGTCATCTGTGACTCCAATG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=132;TCR=124;TR=256;WE=862997;WS=862979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr12	863517	rs3858703	G	A	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=67;PP=2123;SC=TTTATTTGACGGTCCTTTGGA;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=112;WE=863525;WS=863507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	936468	rs2158502	C	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=57;PP=1828;SC=CTGGCTTTCTCACATTCCTTT;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=105;WE=936476;WS=936458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	939302	rs10774466	A	G	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=85;PP=2663;SC=AAAATGCTGCACAGATCTACC;SOR=2.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=31;TCR=85;TR=116;WE=939310;WS=939292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	966208	rs2240284	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=329;SC=TCCTGCAGGCGAGTCAGAAAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=966216;WS=966198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	974137	rs11441896	C	CA	467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=0;PP=235;SC=TAGCTCTCCTCAAAAAAAAAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=22;WE=974145;WS=974127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	974355	rs11441897	T	TC	7737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.659;NF=39;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.484;SC=CTCCCAGTGCTCTTCCACCCC;SOR=0.568;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=238;TCF=74;TCR=164;TR=131;WE=974363;WS=974345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,241:0.60:405
chr12	974404	rs7300829	T	C	11071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;NR=194;PP=2965;SC=CCTTCCCTCCTCCGGACTGCC;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=172;TCR=194;TR=366;WE=974412;WS=974387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr12	987482	rs1012729	G	A	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=93;PP=2932;SC=CAGTGAGTCAGCCTCAAGCTC;SOR=0.813;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=183;TCF=79;TCR=104;TR=172;WE=987490;WS=987472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	987533	rs5795952	C	CT	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.018;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr12	990912	rs956868	A	C	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=88;PP=2965;SC=AGTAGCACAGACCCAAGCTAC;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=121;TCR=88;TR=209;WE=990920;WS=990902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	993930	rs7300444	C	T	14768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=269;NR=254;PP=2965;SC=AAGGACCCAACACAGCACCTC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=524;TCF=270;TCR=254;TR=523;WE=993938;WS=993920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,551:1.00:551
chr12	994487	rs7955371	G	C	8322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=115;PP=2965;SC=TCACAGCTGTGCATTCAGCTT;SOR=1.032;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=161;TCR=115;TR=276;WE=994495;WS=994477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr12	995291	rs11450919	G	GT	871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.772;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.348;NF=0;NR=22;PP=513;ReadPosRankSum=0.306;SC=AATATGATCAGTTTTTTTTCT;SOR=2.151;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=22;WE=995299;WS=995281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr12	1017197	rs4766334	C	T	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=55;PP=1989;SC=ACATGAATTACGAGGTAAGTC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=109;WE=1017205;WS=1017187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	1022679	rs6413436	A	G	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=49;PP=1536;SC=CTGACAGCTAATGATTTCTGG;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=1022687;WS=1022669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	1035947	rs6489763	C	A	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=532;SC=TGTGTAACTACGTTAACTATG;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=1035955;WS=1035937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	1040219	rs11571409	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=331;SC=AGGCCCCTTCGGATGAGAATG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=1040227;WS=1040209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	1042261	rs56170870	GA	G	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=280;ReadPosRankSum=0.593;SC=ATAAAAAGCGGAAAAAAAAAA;SOR=0.426;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=25;WE=1042269;WS=1042249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr12	1221221	rs74679668	T	TAG	361.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=410;SC=CCTGTGAACTTAGAAACTACC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=1221229;WS=1221211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	1292399	rs111929784	CTA	C	1695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.265;NF=20;NR=11;PP=1132;ReadPosRankSum=1.083;SC=ATTTAAACCTCTATTTTTTTT;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=31;WE=1292408;WS=1292389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr12	1313732	rs7977526	T	C	4111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=90;PP=2628;ReadPosRankSum=0.563;SC=TGTTTGCGAATATTGTCTTGA;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=132;TCR=141;TR=173;WE=1313740;WS=1313722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,186:0.62:300
chr12	1372114	rs2286031	A	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=297;ReadPosRankSum=-0.177;SC=AGAACATTTAATAAGCAAACA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=12;WE=1372122;WS=1372104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr12	1675972	.	G	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=874;ReadPosRankSum=-1.585;SC=ATCCCCTCGTGCCTCCTGCAG;SOR=0.700;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=73;WE=1675980;WS=1675962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,81:0.42:193
chr12	1703322	.	A	AGCC	1427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=882;SC=GCTTCTCCCCAGCCGCCGCCG;SOR=1.473;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=19;WE=1703330;WS=1703312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	1748728	rs58317077	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=16.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr12	1748766	rs6489313	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=5.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr12	1748834	rs2270036	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,43:0.26:164
chr12	1889823	rs767870	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=41;PP=1128;SC=TGTAAAGTCCGTATTTTGGCC;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=1889831;WS=1889813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	1889920	rs10848575	TT	AA	350.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.98;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	1902766	rs2058111	T	G	6398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=91;PP=2965;SC=TGCTGACTTTTTGGGATGGCT;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=122;TCR=91;TR=213;WE=1902774;WS=1902756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr12	1904726	rs3078853	G	GAC	786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=799;SC=CCCTGTGGAGGACACGGGCGG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=16;WE=1904734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	1908849	rs55971855	A	G	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1620;ReadPosRankSum=-1.461;SC=ACAGTGATGGAAGACACTTTT;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=112;WE=1908857;WS=1908839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,126:0.64:198
chr12	1919543	rs2286377	C	T	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=82;PP=2495;SC=ATGCCAGGGCCCTCACCCACC;SOR=1.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=37;TCR=82;TR=119;WE=1919551;WS=1919533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	1950011	rs58188909	A	AC	6547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=55;PP=2957;SC=CAACCCAGTCATGGGGAAGAG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=74;WE=1950019;WS=1950001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	1955664	rs7137553	G	T	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.81;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	1955668	rs7138458	C	A	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.96;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	1955890	rs7137876	T	C	7288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=149;PP=2965;SC=GGTCACCACATGGCTGTGGCA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=124;TCR=149;TR=273;WE=1955902;WS=1955880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr12	1967947	rs2286369	C	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=651;SC=CCTCATGCCCCCTTCTTTACC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=1967955;WS=1967937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	1969262	rs10848582	T	C	8253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=140;PP=2965;SC=GAGTTGCTGGTATTCATGTTC;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=294;TCF=154;TCR=140;TR=294;WE=1969270;WS=1969252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr12	1987712	rs117638123	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	1993337	rs2429184	T	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=4;PP=1071;SC=TGCTCAGCACTTCCAGGGCTG;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=1993345;WS=1993327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	1995042	rs10774003	A	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=653;SC=ATAAGCAAAAAGGGCCACAGA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=1995050;WS=1995032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	1995403	rs10735005	T	C	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=70;PP=2227;SC=ATGATATTAATGAAGTCATTC;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=142;WE=1995411;WS=1995393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	2016550	rs112521420	A	ATTGTC	700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=776;SC=CAGTGCCCCTATTATTTCCAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=2016558;WS=2016540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	2016938	rs113797488	AGCCTGGTGAGTAT	A	1088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.55;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	2019322	rs8181786	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=203;SC=ACAGACAAAAGGCACACACAT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=2019330;WS=2019312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	2022411	rs1558142	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=53;PP=1355;SC=TTCCGGCACATGGAGCCTGGT;SOR=2.271;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=2022419;WS=2022401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	2024316	rs758157	A	G	8191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=142;PP=2965;SC=ATGCATATGCATACACACACG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=298;TCF=156;TCR=142;TR=298;WE=2024324;WS=2024306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr12	2039690	rs2429172	A	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=754;ReadPosRankSum=1.759;SC=CAGAGAGCTCACTCTGCCTGG;SOR=1.666;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=37;WE=2039698;WS=2039680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr12	2055266	rs7222	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=352;ReadPosRankSum=0.373;SC=ACATACTTTTTTTTTAAAAAA;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=25;WE=2055274;WS=2055256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr12	2058245	rs2240612	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=449;ReadPosRankSum=0.099;SC=ATGACGTGCTTGCTTACCTGA;SOR=0.698;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=36;WE=2058253;WS=2058235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,39:0.34:116
chr12	2062323	rs149912567	T	TTGC	1806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.525;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,56:0.33:170
chr12	2077897	rs2470425	G	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.462;SC=AAGTTAGGGAGAGGCCACTGG;SOR=1.061;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=12;WE=2077905;WS=2077887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr12	2107301	rs11062055	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	2224228	rs2299661	C	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=286;SC=GGCCCTCTTCCCTCAGCATCT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=2224236;WS=2224223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	2659044	rs34277236	TG	T	3518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.486;NF=33;NR=42;PP=2584;ReadPosRankSum=-0.951;SC=TGCAAACTACTGCTCTTCTGT;SOR=0.803;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=233;TCF=97;TCR=136;TR=75;WE=2659052;WS=2659034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,116:0.31:370
chr12	2659082	rs11062272	G	T	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=66;PP=1915;ReadPosRankSum=0.779;SC=CTCAATGCCTGGCTCTGCTTC;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=480;TCF=262;TCR=218;TR=151;WE=2659090;WS=2659072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,159:0.31:506
chr12	2659622	rs12304811	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=1.487;SC=TGATAAATGTGACCTGGGAGA;SOR=0.815;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=13;WE=2659630;WS=2659612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr12	2659848	rs10848675	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=21;PP=625;SC=CATTTCTGAATTGCTCCACCT;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=2659856;WS=2659838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	2676683	rs2370602	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=131;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CTGCCTCCCTCTCTGCCTCCT;SOR=0.655;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=10;WE=2676691;WS=2676678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr12	2690630	rs77955861	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=1.186;SC=CATCCCCCACGGGCAGGGAAA;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=7;WE=2690638;WS=2690620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr12	2692186	rs3751254	T	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=10;PP=260;SC=GGCACGCCCCTCAGGTCCGGG;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=2692194;WS=2692176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	2706720	rs215983	G	C	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1495;ReadPosRankSum=1.478;SC=TCTGCTCTGTGTGGCTGGATC;SOR=0.515;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=157;TCF=64;TCR=93;TR=96;WE=2706728;WS=2706710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,108:0.62:175
chr12	2743650	rs59658684	A	AT	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.500;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr12	2757756	rs2239127	T	C	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=951;SC=AACTCCAGAGTCCCTGGGAGC;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=2757790;WS=2757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	2757769	rs2239128	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=718;SC=CTGGGAGCCCTGCCTGGCTCT;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=2757790;WS=2757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	2757782	rs2239129	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=21;PP=704;SC=CTGGCTCTCACTGCATGTGGC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=2757790;WS=2757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	2760708	rs216045	G	A	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=27;PP=1912;SC=CCTGCCTTCCGCCACTGCCAC;SOR=1.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=101;WE=2760716;WS=2760698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	2760970	rs1990322	G	A	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=45;PP=1233;SC=CCGGGGAATCGCAGGGCTGCC;SOR=2.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=2760978;WS=2760960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	2773855	rs7315556	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=331;SC=GAGCATTCAGGGAATGATGAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=2773863;WS=2773845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	2774668	rs2302728	C	A	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=321;SC=CATCAGTAGGCCCCAGCTGGC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=2774676;WS=2774658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	2783476	rs7136355	T	C	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=8;PP=1277;SC=AGGAATGGCATTGGACGGGGC;SOR=3.160;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=60;WE=2783484;WS=2783466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	2788879	rs1051375	G	A	16361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=250;NR=330;PP=2965;SC=ACCCCAGCACGGTCAGCACTG;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=582;TCF=251;TCR=331;TR=580;WE=2788887;WS=2788859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr12	2791130	rs10848683	C	T	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	2791130	.	CGA	TGG	936	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=13;NR=3;PP=936;QD=61.8417421789;SC=AGGCACGTTCCGATGTGTGAG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=2791140;WS=2791120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	2791132	rs10774053	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	2791205	rs10774054	A	G	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=25;PP=1402;SC=CTGCTCAGGAAAGCAAACCCC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=2791213;WS=2791195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	2795255	rs2270373	C	T	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=57;PP=2539;SC=CTCCTGGCACCCCACCAGGGT;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=139;WE=2795263;WS=2795245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
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chr12	2851180	rs55952811	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.84;MQRankSum=-1.981;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	2851185	rs12319038	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.60;QD=33.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	2851259	rs12319097	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.00;MQRankSum=-7.084;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr12	2851357	rs10774059	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQRankSum=-2.003;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr12	2851365	rs4765989	T	C	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=51;PP=904;SC=ACCGCTCGCTTTCTGGATGTG;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=88;WE=2851373;WS=2851347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	2876636	rs4313632	A	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=4.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.342;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr12	2906579	.	CTT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr12	2908330	rs56196860	C	A	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=67;PP=1751;ReadPosRankSum=1.292;SC=AGGGGGAGAACCTGGATCTGC;SOR=0.696;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=66;TCR=106;TR=107;WE=2908338;WS=2908320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,113:0.62:181
chr12	2909145	rs3021522	C	G	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=989;ReadPosRankSum=0.336;SC=AAGTCAAGTTCCACCCTGTAC;SOR=0.589;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=73;WE=2909153;WS=2909135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,79:0.35:225
chr12	2910115	rs11275794	T	TTCCTTCCTAGA	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=1825;ReadPosRankSum=0.515;SC=TTAAATGAGGTCCCTGGATTG;SOR=0.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=6;WE=2910123;WS=2910105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr12	2926543	rs2286604	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.859;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-0.526;SC=TCCAGGGACCACCTAGGGTGA;SOR=3.556;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=7;WE=2926551;WS=2926533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	2936526	rs36095731	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=0.310;SC=TCCCGGCCTGCTCCTTTTGTT;SOR=1.390;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=11;WE=2936534;WS=2936516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr12	2936630	rs12814675	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=0.352;SC=CCCAGTTCTCTTGATTTTTCA;SOR=0.446;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=9;WE=2936638;WS=2936620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	2937013	rs4765998	G	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=0.511;SC=GCTGCAGGGAGTGAAAGTCTC;SOR=0.053;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=7;WE=2937021;WS=2937007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr12	2944024	rs35645225	G	C	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=767;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GAGTGGGCCAGGGGCTGCTCG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=86;TCR=84;TR=78;WE=2944032;WS=2944014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,88:0.47:186
chr12	2966098	rs7309114	G	A	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.791;SC=AAAGGTAGGCGGCAGAGATGG;SOR=0.601;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=196;TCF=122;TCR=74;TR=83;WE=2966106;WS=2966088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,88:0.42:208
chr12	2968458	rs2215292	T	C	10649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=201;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.720;SC=GATGCTGTTTTCTCCGAGACC;SOR=0.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=364;TCF=202;TCR=162;TR=363;WE=2968466;WS=2968448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,380:1.00:381
chr12	2974633	rs116999607	G	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,73:0.32:228
chr12	2977954	rs28990703	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-1.645;SC=GACATGAAAGAGTTCATGAGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=2977962;WS=2977944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	2994727	rs7310128	A	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr12	2996174	rs2907610	A	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,49:0.27:183
chr12	2996211	rs2907609	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,33:0.25:131
chr12	2997397	rs2907608	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=1302;ReadPosRankSum=0.915;SC=CAGAGTCATCGTCTGTGAAGG;SOR=0.768;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=264;TCF=135;TCR=129;TR=90;WE=2997405;WS=2997387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,98:0.34:286
chr12	3017102	rs11062412	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=295;ReadPosRankSum=0.309;SC=TTGAGCACCCGGTGTTTTTTT;SOR=0.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=22;WE=3017110;WS=3017092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr12	3017219	rs10848733	A	G	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=91;PP=2965;SC=GTGCCTCCCAAGTGATGAAGA;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=74;TCR=91;TR=165;WE=3017227;WS=3017209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	3018675	rs11305670	AT	A	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.76;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr12	3018802	rs35490316	G	C	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1238;ReadPosRankSum=0.481;SC=CCGTGATGCTGATGGTCTTGG;SOR=0.817;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=152;TCF=73;TCR=79;TR=86;WE=3018810;WS=3018792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,90:0.57:158
chr12	3031358	rs2302283	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=13;PP=1334;SC=TGATCACATATGCCAAATCTA;SOR=2.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=65;WE=3031366;WS=3031348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	3039319	rs10848747	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=767;SC=AGAATAGTTAAGAATGTTTTA;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=3039327;WS=3039309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr12	3046966	rs3742080	A	C	207.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.83;MQRankSum=3.580;QD=15.98;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
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chr12	3049698	rs998814	T	C	4414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=79;PP=2439;ReadPosRankSum=-0.788;SC=CTTCCCAGAATGTATCCAAAC;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=293;TCF=164;TCR=129;TR=186;WE=3049706;WS=3049688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,199:0.63:315
chr12	3049938	rs1047341	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=771;ReadPosRankSum=1.639;SC=TGTCCCCCACCGACAAGTCCC;SOR=1.035;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=37;WE=3049946;WS=3049928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
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chr12	3130938	rs4759380	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=486;ReadPosRankSum=0.788;SC=CGTGGTGGGCACGCAGAGCCA;SOR=0.859;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=28;WE=3130946;WS=3130928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr12	3131189	rs79782169	C	T	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-2.150;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,65:0.34:194
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chr12	3131206	rs3741952	T	C	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TAACCCCTTCTTTCCTGCCAC;SOR=0.559;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=37;TCR=87;TR=82;WE=3131214;WS=3131179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,96:0.69:139
chr12	3131238	rs4759379	A	G	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=939;ReadPosRankSum=-0.752;SC=TGGTAGTGAGAACGGGGCGAG;SOR=0.222;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=46;WE=3131246;WS=3131228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr12	3149483	rs7294804	A	G	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1299;ReadPosRankSum=-1.511;SC=CAGCCATGGCATGCCCCTTCT;SOR=0.460;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=99;WE=3149491;WS=3149473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,109:0.59:184
chr12	3310439	rs740776	C	T	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	3310482	rs740775	C	G	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=58;PP=1911;SC=CTTACCATAGCGTGAATACCC;SOR=1.265;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=100;WE=3310490;WS=3310472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	3315433	rs2058243	A	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=933;ReadPosRankSum=0.863;SC=CTGAATGCCCACTCTGTGCAC;SOR=0.695;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=222;TCF=124;TCR=98;TR=78;WE=3315441;WS=3315423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,80:0.34:233
chr12	3387521	rs651196	C	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=5;PP=715;SC=GGGACCTGCACTGTTCCCAGG;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=3387529;WS=3387513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	3387555	rs651243	C	T	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=10;PP=1205;SC=GTGAGAGCAGCGCCAGGCTAA;SOR=2.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=3387563;WS=3387545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	3387865	rs663134	C	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=37;PP=1015;SC=GGAATATTAGCCACCTGGGTG;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=3387873;WS=3387855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	3390804	rs605613	C	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=450;SC=GAGGTAAGAGCGAGGACGAGG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=3390812;WS=3390794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	3391032	rs564247	T	G	4845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=84;PP=2965;SC=GGCCTCAGCCTCAGAGGGAAG;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=88;TCR=84;TR=172;WE=3391040;WS=3391022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	3392351	rs632887	A	G	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=78;PP=2694;SC=GCTTTGTGTCACCTGCCTGCG;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=133;WE=3392359;WS=3392341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	3409277	rs7306401	C	T	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=150;PP=2965;SC=CTGCAGGTGCCGGAGAAGGCC;SOR=1.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=81;TCR=151;TR=231;WE=3409285;WS=3409267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	3490820	rs10848860	T	C	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=27;PP=820;SC=TTGTTTCAATTAAACTTTTAA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=3490828;WS=3490810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	3600967	rs757609	T	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=472;SC=CTTTCCCCAGTTTCATCCCGC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=3600975;WS=3600957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	3749874	rs7138453	T	C	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=118;NR=110;PP=2965;SC=TTTCATTTCATGCTTGCAGTC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=118;TCR=110;TR=228;WE=3749882;WS=3749864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	3750070	rs4766151	T	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=183;SC=CAACAAAATGTGTTATGTTTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=3750078;WS=3750060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	3751046	rs7297853	T	C	7951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=146;PP=2965;SC=GCCTATTTGCTCCGATGTTTG;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=122;TCR=146;TR=268;WE=3751054;WS=3751036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr12	3753975	rs7975304	T	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=570;SC=AGGATAGTTTTTGTGTACAGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=3753983;WS=3753965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr12	3757923	rs758530	A	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=54;SC=GAGCTCCTACAGTATGCAAGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=3757931;WS=3757913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	3782456	rs55825408	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TTAAAAATACATATATCGTGA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=9;WE=3782464;WS=3782446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr12	3782480	rs56040859	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=0.034;SC=ACACAGGGCCTGGTCCCCACT;SOR=0.382;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=12;WE=3782488;WS=3782470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr12	3782647	rs36030417	A	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=484;ReadPosRankSum=0.239;SC=TCTTCTCCTCATGGGCTTCTT;SOR=0.640;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=36;WE=3782655;WS=3782637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,35:0.33:107
chr12	3782701	rs17697920	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=344;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CAAAGTTGGACAGTAAATGAG;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=27;WE=3782709;WS=3782691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr12	3782779	rs61907258	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-0.545;SC=AGGGACGCTCATGTGGAAGTG;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=3782787;WS=3782769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	3787956	rs242019	A	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=9;PP=1153;SC=GCGGGCCTTTACCTGCACTGC;SOR=2.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=3787964;WS=3787946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	3787978	.	G	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=656;ReadPosRankSum=-1.274;SC=TTCCAGTGCAGGGACCAGCAC;SOR=0.956;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=35;WE=3787986;WS=3787968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr12	3924367	rs10848940	C	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=1.823;SC=AATCCCCTCCCCCGGCTTCTG;SOR=1.721;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=11;WE=3924375;WS=3924357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr12	3948550	rs12319851	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.488;NF=20;NR=8;PP=377;ReadPosRankSum=-1.495;SC=ATGGACGCCTATCTGCGGAAA;SOR=0.384;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=28;WE=3948558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr12	3948718	rs3809251	G	A	8259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=141;NR=141;PP=2965;SC=GCGATTATAGGAGGATCATTT;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=141;TCR=141;TR=282;WE=3948726;WS=3948708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr12	3949498	rs55751831	T	A	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.102;NF=45;NR=42;PP=1175;ReadPosRankSum=1.038;SC=GGGAAGAAGATGAAAAAACCT;SOR=0.482;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=275;TCF=155;TCR=120;TR=87;WE=3949506;WS=3949488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,91:0.32:286
chr12	3950977	rs7295047	T	C	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.168;NF=42;NR=37;PP=1115;ReadPosRankSum=-1.028;SC=AGGCAGAATATTGTCCTGCCC;SOR=0.510;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=226;TCF=111;TCR=115;TR=79;WE=3950985;WS=3950967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,88:0.36:244
chr12	3951122	rs11062858	G	C	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.457;NF=34;NR=28;PP=922;ReadPosRankSum=2.245;SC=AAGCAAGTGTGAGCAGTAAGC;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=97;TCR=82;TR=62;WE=3951130;WS=3951112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,68:0.36:191
chr12	3951194	rs11062859	C	T	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.441;NF=35;NR=31;PP=835;ReadPosRankSum=-1.237;SC=CATTGGCTTCCATCCCTCCTG;SOR=0.844;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=184;TCF=96;TCR=88;TR=66;WE=3951202;WS=3951184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,69:0.36:193
chr12	3951309	rs3816506	A	G	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.684;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.301;NF=45;NR=47;PP=1345;ReadPosRankSum=0.950;SC=AGTCTGAAAGAAAAAACAGAA;SOR=0.728;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=202;TCF=107;TCR=95;TR=92;WE=3951317;WS=3951299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,101:0.47:215
chr12	3982475	rs12823996	C	T	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=37;PP=1268;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TTTTTTTTCCCGCGGGTCCCC;SOR=1.226;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=94;WE=3982483;WS=3982451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,88:0.60:147
chr12	3982657	rs4766179	A	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=638;SC=ACGCTTATCCATACGCGCGCG;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=3982665;WS=3982647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	4388084	rs3217805	C	G	3176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.871;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=2037;ReadPosRankSum=0.146;SC=TGTGTGCCACCGGTAAGATGA;SOR=0.768;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=238;TCF=120;TCR=118;TR=138;WE=4388092;WS=4388074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,148:0.58:257
chr12	4430547	rs10774222	C	T	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=0.848;SC=AAAACGGGTCCACCACCCTCT;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=74;TCR=111;TR=112;WE=4430569;WS=4430537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,114:0.59:194
chr12	4430561	rs11063080	C	G	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=3.306;SC=ACCCTCTCCCCTCCCTGCTCG;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=51;TCR=92;TR=85;WE=4430569;WS=4430537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr12	4446116	rs7296163	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=241;ReadPosRankSum=-0.806;SC=AAAATTTAGATAAATGCAGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=13;WE=4446124;WS=4446106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr12	4446330	.	C	CATTT	772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=-1.373;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr12	4461485	rs7133330	G	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1028;ReadPosRankSum=0.082;SC=TGAAAGAAGCGGATCAAAAAG;SOR=0.658;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=70;WE=4461493;WS=4461475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,83:0.60:139
chr12	4481899	rs3832879	C	CG	3503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=55;PP=2135;ReadPosRankSum=0.816;SC=AGACTCATTGCCATCCAATTC;SOR=0.845;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=163;TCF=27;TCR=136;TR=62;WE=4481907;WS=4481889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,108:0.40:273
chr12	4537658	rs2970806	G	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=26;PP=814;SC=TTCAACGTCAGACCCACCTGG;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=4537666;WS=4537648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr12	4553383	rs2241279	A	G	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=63;PP=1468;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CTCGCTCCACAGTGGAAATTT;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=62;TCR=114;TR=98;WE=4553391;WS=4553373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,104:0.56:186
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chr12	4626131	rs12831479	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.970;SC=AATTTCCTATCTTCCACCAAC;SOR=0.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=5;WE=4626139;WS=4626121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	4627414	rs35924298	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=729;ReadPosRankSum=1.809;SC=TGGTCTTCAACTGGGCTCCTG;SOR=0.970;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=46;WE=4627422;WS=4627404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr12	4655670	rs2907492	C	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr12	4657203	rs7314915	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=-0.228;SC=ATTTTCCTATATCTAGACATT;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=4;WE=4657211;WS=4657193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr12	4667887	rs71459908	A	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	4667910	rs7308641	A	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=0.406;SC=CTTGATAGACACTGGAAAGCA;SOR=0.086;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=4667918;WS=4667900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr12	4671429	rs34206253	G	T	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=1.439;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,142:0.65:218
chr12	4671490	rs740059	G	A	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1469;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GCAGTCAGGCGCGAGTACGAG;SOR=0.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=101;WE=4671498;WS=4671480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,110:0.69:160
chr12	4671611	rs7306848	CG	GA	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.146;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=341;ReadPosRankSum=-1.252;SC=CTGTGGTGCGCGGACAAGAAA;SOR=1.821;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=9;WE=4671620;WS=4671601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr12	4677255	rs2240766	T	C	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=68;PP=2093;SC=AGAGGTATCATTGCGAGGTCC;SOR=2.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=20;TCR=68;TR=88;WE=4677263;WS=4677245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	4682418	rs3815360	T	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=715;SC=GGCATTTACTTCTATATAATG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=4682426;WS=4682408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	4689963	.	AT	A	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.802;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,36:0.30:121
chr12	4725134	rs7301885	G	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=58;PP=1716;SC=TGCCAAGGCTGGAGCAGAGAG;SOR=3.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=66;WE=4725142;WS=4725124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	4736495	rs1990312	C	T	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=38;PP=1822;SC=ATCAGGTCCTCGGCCCAGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=85;WE=4736503;WS=4736485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	4736631	rs11063265	A	G	7089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=103;PP=2965;SC=TGGGAGCTTCAAATGCTGCAT;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=149;TCR=103;TR=252;WE=4736639;WS=4736621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr12	4736677	rs11063266	G	C	8920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=135;PP=2965;SC=TTTCTGCTGAGTTTTATGCCA;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=172;TCR=135;TR=307;WE=4736698;WS=4736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr12	4736690	rs10774251	A	G	9179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=139;PP=2965;SC=TTATGCCACAAGGTAAGCCCC;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=310;TCF=169;TCR=141;TR=308;WE=4736698;WS=4736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr12	4737042	rs7972737	G	A	9244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=172;PP=2965;SC=CTGTGACGCTGTGGAGATTCC;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=155;TCR=172;TR=327;WE=4737050;WS=4737032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr12	4737318	rs7960207	A	G	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=97;PP=2965;SC=CATAATCTCCATTACGAGATT;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=212;TCF=113;TCR=99;TR=210;WE=4737326;WS=4737308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr12	4737459	rs2072356	C	T	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=80;PP=2965;SC=GTGATGATCCCGAGACTCTGT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=155;WE=4737467;WS=4737449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	4737715	rs2072355	C	T	5046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=96;PP=2965;SC=TACTGAACTCCCGTTGCCAAG;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=72;TCR=96;TR=168;WE=4737723;WS=4737705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	4758188	rs714621	G	C	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=40;PP=1639;ReadPosRankSum=0.080;SC=CGAAACCGTCGTTTCTTGGTT;SOR=1.036;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=87;TCR=60;TR=102;WE=4758196;WS=4758178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,106:0.70:152
chr12	4763400	rs2302246	G	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=498;ReadPosRankSum=-0.814;SC=TATTTGTGTTGACAGTTTTAA;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=26;WE=4763408;WS=4763390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr12	4763780	rs3217056	GCA	G	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=378;ReadPosRankSum=-0.413;SC=GACATGAAGAGCACACTCATG;SOR=0.287;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=4763789;WS=4763770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	4764137	rs4147672	G	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=490;ReadPosRankSum=-1.250;SC=AATTACTAAGGTCATTTTTAG;SOR=1.028;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=38;WE=4764145;WS=4764127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,43:0.36:121
chr12	4764195	rs4147673	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=164;ReadPosRankSum=0.403;SC=CAGAATGGACCAAAGGCATCC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=14;WE=4764203;WS=4764185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
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chr12	4768437	rs7958182	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TTATCACAGACATATGTAGAA;SOR=0.379;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=17;WE=4768445;WS=4768427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr12	4768511	rs12318966	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TGACGTTTTGATTGATTGCCT;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=4768530;WS=4768501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	4768521	.	TTC	T	103	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=103;QD=76.640143618;SC=ATTGATTGCCTTCTGTTTGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=4768530;WS=4768501;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr12	4771682	rs2267549	G	A	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=982;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AAACAGGTTTGTTTGGTTATT;SOR=0.514;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=65;WE=4771690;WS=4771672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,71:0.65:110
chr12	4779087	rs1009633	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=252;SC=TACAATATCAAAATCTCCTCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=4779095;WS=4779077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	4794301	rs374564173	TA	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.068;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr12	4794351	rs2240760	A	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=433;ReadPosRankSum=-1.455;SC=GTCTTCCTGCAGTTCTCATAG;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=29;WE=4794359;WS=4794341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr12	4830000	rs10849133	T	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=0.720;SC=GAATAAACGCTACGGGGCAGT;SOR=1.139;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=23;WE=4830008;WS=4829990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr12	4835882	rs2286578	T	G	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=60;PP=1169;ReadPosRankSum=1.103;SC=GCGAGGATCTTTCTGAGGCCC;SOR=0.975;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=267;TCF=96;TCR=171;TR=90;WE=4835890;WS=4835872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,95:0.34:279
chr12	4853915	rs12312983	T	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=307;ReadPosRankSum=0.480;SC=AGAGGAGATATTGTGCATGTA;SOR=0.783;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=28;WE=4853923;WS=4853905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr12	4870363	rs2191157	G	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=52;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.399;SC=AGGAGGTGGCGGTTATGTAAT;SOR=0.984;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=189;TCF=69;TCR=120;TR=77;WE=4870371;WS=4870353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,84:0.40:210
chr12	4873163	rs1468556	G	T	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=48;PP=1307;ReadPosRankSum=0.562;SC=TCAGGGACCCGTTCCAGGCAA;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=123;TCR=120;TR=98;WE=4873171;WS=4873153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,106:0.41:260
chr12	4881766	rs2286581	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.303;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr12	4881775	rs2286582	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr12	4919267	rs758534	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GGCCGGAGGGAGAGCAACAGG;SOR=1.109;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=28;WE=4919275;WS=4919257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr12	4959874	rs10774275	T	C	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=61;PP=2920;SC=ACTAACTACATGTCCTTTTGT;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=109;TCR=61;TR=169;WE=4959882;WS=4959864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	4959904	rs34855288	G	GA	1131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,61:0.26:237
chr12	4959987	rs10774276	C	T	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=4.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.788;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,94:0.30:312
chr12	4959993	rs3168377	C	A	3243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=3.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.837;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,94:0.31:306
chr12	4960023	rs14054	C	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=677;ReadPosRankSum=-0.113;SC=AGGCATCTGGCCTGACACCGC;SOR=0.338;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=205;TCF=77;TCR=128;TR=65;WE=4960031;WS=4960013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,71:0.32:223
chr12	4960089	rs700480	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=298;ReadPosRankSum=0.569;SC=ACCAGACCCGTTGTCCCTAAA;SOR=2.093;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=16;WE=4960097;WS=4960079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr12	4960117	rs12336	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=91;ReadPosRankSum=1.546;SC=CCCAGAATGTTGGGGTGAAGC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=8;WE=4960125;WS=4960107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr12	5021228	rs1048500	T	C	3446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=76;PP=2087;ReadPosRankSum=-0.825;SC=AAACGCTGTGTATCATCTGGT;SOR=0.583;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=377;TCF=175;TCR=202;TR=149;WE=5021236;WS=5021218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,167:0.41:408
chr12	5021348	rs2227910	G	C	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.912;SC=ATTTCATCACGCTGGGCACCG;SOR=0.984;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=191;TCF=79;TCR=112;TR=79;WE=5021356;WS=5021338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,83:0.41:203
chr12	5021984	rs4766309	T	A	9645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=162;PP=2965;SC=ATTGCACCACTGCTAACCAAA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=168;TCR=163;TR=330;WE=5021992;WS=5021974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr12	5022041	rs4766310	G	A	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.804;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=58;PP=1295;ReadPosRankSum=-1.206;SC=AAAAAACAAAGGCAAGCAAAC;SOR=1.094;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=270;TCF=117;TCR=153;TR=94;WE=5022049;WS=5022031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,102:0.37:279
chr12	5154462	rs2359641	T	C	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.189;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.107;NF=73;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.330;SC=AGCCAGGGGGTGGAGGAGGCG;SOR=1.074;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=74;TCR=123;TR=195;WE=5154470;WS=5154452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr12	5603632	rs6332	G	A	18906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=345;NR=321;PP=2965;SC=CATTCCAGCCGGTGATTGCAA;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=667;TCF=346;TCR=321;TR=666;WE=5603640;WS=5603622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,697:1.00:697
chr12	5721962	rs3741837	A	G	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=38;PP=1954;SC=TTAGAACAAAAGGGAGCTCTG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=5721970;WS=5721952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	5756795	rs444834	T	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=20;PP=1188;SC=TTTACCAGCCTCTCATTATTT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=69;WE=5756803;WS=5756785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	5756824	rs367978	C	T	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=46;PP=2094;SC=GAATATAATACCCACAGTAGT;SOR=1.102;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=121;WE=5756832;WS=5756814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	5756980	rs12825437	G	A	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=995;ReadPosRankSum=0.255;SC=GGGGAGAAACGGGAGAGTAGA;SOR=1.062;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=55;WE=5756988;WS=5756970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,61:0.61:100
chr12	5757029	rs367206	C	T	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=25;PP=802;SC=TTAATTTGCTCTCATTTGCAT;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=5757037;WS=5757019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	5848963	rs57224730	ACT	A	1530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.307;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.209;NF=21;NR=8;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CTTCATCAGCACTGTCACTTT;SOR=0.280;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=84;TCF=69;TCR=15;TR=29;WE=5848985;WS=5848953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr12	5848977	rs79853037	C	T	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.059;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.175;NF=69;NR=12;PP=2962;ReadPosRankSum=0.656;SC=TCACTTTTTCCCTACATTTCT;SOR=1.454;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=132;TCF=106;TCR=26;TR=81;WE=5848985;WS=5848953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,83:0.61:136
chr12	5849004	rs79278925	C	A	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.130;NF=92;NR=37;PP=2111;ReadPosRankSum=0.577;SC=CTGTCCCCAGCGCCACTTGCC;SOR=0.996;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=216;TCF=149;TCR=67;TR=129;WE=5849012;WS=5848994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,134:0.60:223
chr12	5916350	rs2277403	G	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=616;ReadPosRankSum=0.908;SC=GGTCAGTCAAGGTATTTTAAT;SOR=0.504;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=36;WE=5916358;WS=5916340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr12	5961048	rs7485945	G	A	7427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=147;NR=114;PP=2965;SC=CACTTTTCCTGTGTCTCTAGG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=147;TCR=114;TR=261;WE=5961056;WS=5961038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr12	6030301	rs3741901	G	A	3199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=60;PP=2181;ReadPosRankSum=1.036;SC=GCATCGAGCGGTCCCAGCTCA;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=204;TCF=119;TCR=85;TR=142;WE=6030309;WS=6030291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,140:0.69:202
chr12	6031772	rs3741905	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=262;ReadPosRankSum=-0.613;SC=ACCCCACCCCCGCCCAGTACT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=15;WE=6031780;WS=6031762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr12	6032129	rs12817045	A	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	6032138	rs12817050	A	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	6054277	rs6416321	G	A	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1115;ReadPosRankSum=2.983;SC=AATCCCGAAGGGTGGGAGTTC;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=151;TCR=121;TR=88;WE=6054285;WS=6054267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,92:0.33:279
chr12	6054395	rs6489680	A	G	7973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=160;PP=2965;SC=ATGTGGACGCAGACCCCGCCG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=125;TCR=161;TR=285;WE=6054403;WS=6054385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr12	6055132	rs6489682	T	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,26:0.24:109
chr12	6062853	rs3759320	C	T	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=61;PP=1444;ReadPosRankSum=0.633;SC=TCATCTCTCTCATCCAGTAGT;SOR=0.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=52;TCR=86;TR=98;WE=6062861;WS=6062843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,103:0.70:148
chr12	6078616	rs2270239	T	G	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=82;PP=2398;SC=CAGGGTCCCATTGGGAATGTG;SOR=2.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=30;TCR=82;TR=112;WE=6078624;WS=6078606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	6085445	rs3819540	G	A	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=2.543;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,48:0.38:126
chr12	6085445	.	GTG	ATA	1114	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=19;NR=20;PP=1114;QD=29.9350737144;SC=ATAAGTTTTCGTGAGTGAACT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=39;WE=6085455;WS=6085435;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:69,39:0.36:108
chr12	6085447	rs3819539	G	A	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=2.026;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,48:0.39:122
chr12	6085513	rs216855	A	G	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=32;PP=1038;SC=AGCCGCTCTAAGTGCTGAGAA;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=6085521;WS=6085503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	6090892	rs2286937	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=389;ReadPosRankSum=-0.228;SC=AGGATAAACTGACAGCAATAA;SOR=1.119;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=77;TCF=64;TCR=13;TR=29;WE=6090900;WS=6090882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr12	6091000	rs216867	A	G	8160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=128;PP=2965;SC=CATTGGTGGCAGTTGAGGCCA;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=159;TCR=128;TR=287;WE=6091008;WS=6090990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr12	6091164	rs216868	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=569;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CAGGCTGAGGGTAGGACAAGG;SOR=0.073;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=31;WE=6091172;WS=6091154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr12	6092562	rs2192205	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AGATTACATGGGTTAGGATAG;SOR=0.333;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=14;WE=6092575;WS=6092552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr12	6092567	.	G	GGATAGATAGATA	2188	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=15;MQ=60.35;NF=0;NR=7;PP=2188;QD=313.571428571;SC=ACATGGGTTAGGATAGATAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=7;WE=6092575;WS=6092552;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:17,7:0.29:24
chr12	6094152	rs2070885	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-0.520;SC=CACCTTCAACGTGGTGCCCCC;SOR=0.787;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=5;WE=6094160;WS=6094142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr12	6094390	rs2070884	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=321;ReadPosRankSum=0.380;SC=GAGTTCTGTACGGTCATCCCA;SOR=1.247;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=21;WE=6094398;WS=6094380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr12	6094495	rs2070883	C	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.579;SC=TTAAGTCTGACCGTTGCTGGG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=6094503;WS=6094485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	6094845	rs177702	G	A	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.808;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,125:0.58:216
chr12	6094937	rs11063974	C	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=315;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CAGTCCCTGACCCAGCCCTCT;SOR=1.071;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=19;WE=6094945;WS=6094927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr12	6102907	rs10849376	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=0.451;SC=GGAATCCCAGGTCATACGAAA;SOR=0.052;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=7;WE=6102915;WS=6102897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	6105143	rs3741906	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr12	6105387	rs216902	G	A	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=31;PP=931;SC=CTGTGCACACGCCTGGACAGA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=6105395;WS=6105377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	6121078	rs216305	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.529;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.015;NF=14;NR=8;PP=458;ReadPosRankSum=1.063;SC=CAAGGAGGCCCCCTGTACATG;SOR=1.739;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=22;WE=6121086;WS=6121068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr12	6125802	rs61750603	A	T	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1146;ReadPosRankSum=0.053;SC=TGCAGCACTGACACCTGAGTG;SOR=0.835;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=160;TCF=90;TCR=70;TR=94;WE=6125810;WS=6125792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,103:0.60:173
chr12	6127943	rs216310	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.65;MQRankSum=-5.087;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,16:0.18:88
chr12	6128170	rs1800383	C	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.086;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.460;NF=29;NR=29;PP=828;ReadPosRankSum=0.244;SC=TGTGCCATGTCGGGGGGCAGA;SOR=0.397;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=58;WE=6128178;WS=6128160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,58:0.40:146
chr12	6128443	rs216311	T	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.363;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.493;NF=28;NR=36;PP=645;ReadPosRankSum=-0.864;SC=AGGAGCAGGGTGATGCGGGAG;SOR=1.071;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=64;WE=6128451;WS=6128433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,66:0.34:194
chr12	6134715	rs73051263	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.014;NF=25;NR=10;PP=453;ReadPosRankSum=1.783;SC=CCTTGGGACCGTCTGCTTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=35;WE=6134723;WS=6134705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr12	6134949	rs56121649	C	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.918;NF=9;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=-0.476;SC=TCCTTCCCACCCTGCAGCCAC;SOR=0.330;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=13;WE=6134957;WS=6134939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	6134987	rs56068059	C	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.759;NF=12;NR=4;PP=298;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CACAACCCCCCTTCCAGCCCC;SOR=0.202;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=16;WE=6134995;WS=6134977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr12	6135265	rs34877178	C	T	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.875;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.625;NF=34;NR=51;PP=1252;ReadPosRankSum=2.797;SC=GCATGCTCTCCGGCTCAGGGG;SOR=0.497;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=150;TCF=55;TCR=95;TR=85;WE=6135273;WS=6135255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,92:0.56:163
chr12	6135337	rs3858686	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.331;NF=5;NR=24;PP=546;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GAGGAGGAGCGGGACAGAGAC;SOR=0.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=29;WE=6135345;WS=6135327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr12	6138385	rs12307335	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=382;ReadPosRankSum=-0.076;SC=ATCCTAAATATATATGCACCC;SOR=1.145;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=74;TCF=62;TCR=12;TR=24;WE=6138393;WS=6138375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr12	6138410	rs11063999	T	C	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=25;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CAGGAGCACCTGGATTCATAA;SOR=0.406;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=117;TCF=83;TCR=34;TR=80;WE=6138418;WS=6138400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,83:0.68:122
chr12	6138595	rs1800380	C	T	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=1037;ReadPosRankSum=1.745;SC=GAATGATGTACCGGCCAGACT;SOR=0.491;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=63;WE=6138603;WS=6138585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,73:0.64:114
chr12	6138702	rs60831677	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=280;ReadPosRankSum=0.814;SC=GGGCAGGCTCGACAGCCAGAT;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=24;WE=6138710;WS=6138692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr12	6143984	rs216321	T	C	8331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=155;NR=139;PP=2965;SC=CTTCCGGTCCTGACAGACACT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=155;TCR=140;TR=294;WE=6143992;WS=6143974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr12	6144138	rs12810426	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=812;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GACCTGTAGCGTGGAGTGTGG;SOR=0.418;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=40;WE=6144146;WS=6144128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr12	6144164	rs499648	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	6144169	rs669667	T	G	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.51;SOR=5.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	6145529	rs216325	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=261;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CTGGGTCCCCGGCGCAGCCCC;SOR=0.349;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=22;WE=6145537;WS=6145519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr12	6153659	rs216293	G	T	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=63;PP=1765;SC=GTGAAGGAGAGAATGGACCTA;SOR=2.054;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=88;WE=6153667;WS=6153649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	6153750	rs216294	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=265;SC=GGGGACCAGCAGCTGCCTGAG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=6153758;WS=6153740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	6161963	rs10622633	G	GAGA	4079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=43.87;SOR=1.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	6172202	rs1800378	T	C	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=77;PP=2534;SC=CGTCACTGTATGCTGGATGCG;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=158;WE=6172210;WS=6172192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	6173433	rs1800377	C	T	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=40;PP=1843;ReadPosRankSum=-0.013;SC=GGGAGCTGGACGTCCTGGCCA;SOR=0.845;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=203;TCF=133;TCR=70;TR=127;WE=6173441;WS=6173423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,138:0.64:216
chr12	6174414	rs1800376	T	G	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.83;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,85:0.57:150
chr12	6174423	rs1800375	T	A	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=3.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.54;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,78:0.56:139
chr12	6180582	rs2239156	A	T	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=1014;ReadPosRankSum=0.774;SC=TTTAGAGCTCATGGTAGTTAT;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=64;WE=6180590;WS=6180572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,71:0.68:104
chr12	6181635	rs55907031	G	A	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=56;PP=1461;ReadPosRankSum=1.872;SC=CAAGACAAAGGCCTCAACATT;SOR=0.917;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=102;WE=6181643;WS=6181625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,109:0.66:164
chr12	6204902	rs5796209	CA	C	728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=632;SC=GGCTGGAGTGCAGCGGCTATT;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=6204910;WS=6204892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	6230288	rs6489694	A	G	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=13;PP=1949;SC=CACCAGGGCTAAGCTCAGCCA;SOR=3.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=63;TCR=13;TR=76;WE=6230296;WS=6230278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	6309598	rs11539945	C	T	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=14;PP=1156;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGCCAGGTCCCGCCAGTCCCA;SOR=0.450;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=78;TCR=20;TR=65;WE=6309606;WS=6309588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr12	6344600	rs2072372	C	A	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=60;PP=1933;ReadPosRankSum=0.519;SC=CGTCTTCTTACAATTTGTTTC;SOR=0.669;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=214;TCF=113;TCR=101;TR=120;WE=6344608;WS=6344590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,127:0.56:227
chr12	6345199	rs3181300	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=0.514;SC=GTTCCCCTTTCCATCCACCAG;SOR=2.093;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=9;WE=6345207;WS=6345189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	6352292	rs9668222	T	A	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=11;PP=1580;SC=TACTTTGAGTTACAGACGTAT;SOR=3.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=70;WE=6352300;WS=6352282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	6421495	rs740842	G	A	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=60;PP=1708;SC=TCAGAGCACTGCTGGCAGACT;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=100;WE=6421503;WS=6421485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	6422272	rs10849440	T	C	5260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=81;PP=2965;SC=TGGCTGTGGCTTCAGCCTTTC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=91;TCR=81;TR=172;WE=6422280;WS=6422262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	6424577	rs1003563	A	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=18;PP=1550;SC=CCTACACATCAGAGCACTGGT;SOR=2.272;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=75;WE=6424585;WS=6424567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	6427052	rs1468603	C	T	7061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=127;PP=2965;SC=TCCTGCGACACATCAATGGGC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=133;TCR=127;TR=259;WE=6427060;WS=6427042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	6428116	rs4764497	T	G	6596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=139;PP=2965;SC=GGGACGGAGATCAAATAAAGG;SOR=1.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=90;TCR=139;TR=229;WE=6428124;WS=6428106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr12	6428621	rs12828469	A	T	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.25;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	6435474	rs141921783	AAAT	A	308.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=205;SC=CAGTCTCAAAAAATAATAATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=6435484;WS=6435464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	6435571	rs10849441	A	G	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.703;QD=27.53;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,81:0.68:119
chr12	6435575	rs10849442	C	T	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.694;QD=27.07;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,83:0.69:121
chr12	6435753	rs2302350	G	A	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=779;ReadPosRankSum=-0.359;SC=AGGCTCACACGGACTACAAGG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=38;WE=6435761;WS=6435743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr12	6437171	rs3067490	T	TGG	1311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.422;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=1325;ReadPosRankSum=1.783;SC=TGTATGGTGGTGGGGTGTAGT;SOR=1.473;Source=Platypus;TR=33;WE=6437179;WS=6437161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr12	6439255	rs10849443	A	G	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=74;PP=2965;SC=AGGTGGCGCAACATTAGTGCG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=154;WE=6439263;WS=6439245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	6440009	rs1800693	T	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=869;ReadPosRankSum=-0.691;SC=ACCAGGTCACTTCTCCTCACC;SOR=0.470;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=53;WE=6440017;WS=6439999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,59:0.76:78
chr12	6442346	rs1800692	A	G	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=57;PP=2009;ReadPosRankSum=0.655;SC=GCTAAAGGAGAAGCGCCTGCA;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=112;TCR=84;TR=132;WE=6442354;WS=6442336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,139:0.67:207
chr12	6450945	rs767455	T	C	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,120:0.70:172
chr12	6457062	rs2228576	T	C	637.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=4.661;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=437;ReadPosRankSum=0.221;SC=AGAGGACAGGTGGAGGAACTG;SOR=3.014;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=23;WE=6457070;WS=6457052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
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chr12	6458274	rs3764874	G	C	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=425;ReadPosRankSum=0.007;SC=CCCAGAGAAGGCCACAGCATT;SOR=0.885;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=31;WE=6458282;WS=6458264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr12	6463862	rs11614164	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=306;ReadPosRankSum=-1.456;SC=GCTTTGCAGGGCCAGCCAGGG;SOR=0.354;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=19;WE=6463870;WS=6463852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr12	6471182	rs55773452	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=220;ReadPosRankSum=0.942;SC=AAGCGGACCCCGCGGAGAGCA;SOR=1.651;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=13;WE=6471190;WS=6471172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr12	6484709	rs10849447	T	C	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.088;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,76:0.46:165
chr12	6493911	rs2302255	C	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=605;ReadPosRankSum=0.201;SC=GCTCCAGCCCCCTCGCGGCCT;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=39;WE=6493919;WS=6493901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr12	6495275	rs2364480	C	A	6844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=132;PP=2965;SC=CCTGCAAGGCCGGGCACTTCC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=112;TCR=132;TR=244;WE=6495283;WS=6495265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	6495635	rs5796232	C	CA	2012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=20;PP=1075;SC=CTGAGGGACACGGGGGGGGCG;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=25;WE=6495643;WS=6495625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	6499533	rs2286599	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-1.354;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr12	6500105	rs12354	T	G	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=953;ReadPosRankSum=2.279;SC=CATGACTGACTGAGTCTGAGA;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=60;TCR=99;TR=68;WE=6500113;WS=6500095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,74:0.43:171
chr12	6551899	rs2886090	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CCTGTAATCCCAGCACTTTGG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=16;WE=6551907;WS=6551889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr12	6552154	rs3759341	A	G	73.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=92;ReadPosRankSum=1.282;SC=CCAGTTACTCAGGAGGCTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=6552162;WS=6552144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	6560473	rs2532502	A	G	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=75;PP=2362;SC=GAGCCTTGTCATTACAGCTGC;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=142;WE=6560481;WS=6560463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	6560489	.	G	A	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.663;SC=GCTGCCCCAGGGAGGAGGAGG;SOR=1.147;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=127;TCF=54;TCR=73;TR=67;WE=6560497;WS=6560479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr12	6560573	rs1059501	G	T	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=878;SC=GCACCTGCGGGAGCTGCACTA;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=6560581;WS=6560563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	6561603	rs151118790	CAG	C	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=414;ReadPosRankSum=2.386;SC=CTAAGCCCAACAGGGGAAAGG;SOR=0.144;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=6561612;WS=6561593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr12	6562285	rs2041384	C	T	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.00;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr12	6562293	rs2041385	C	T	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,59:0.58:101
chr12	6562538	rs2041386	C	T	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=60;PP=1241;ReadPosRankSum=0.101;SC=CGATTACAGCCACACATACTG;SOR=0.906;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=284;TCF=116;TCR=168;TR=95;WE=6562546;WS=6562528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,96:0.31:305
chr12	6562753	rs2532501	A	G	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=81;PP=2407;SC=CATGGCCAACATGCAGGTCTC;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=69;TCR=81;TR=150;WE=6562761;WS=6562743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	6562810	rs2532500	A	G	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=48;PP=2003;SC=TCCCAGGGTCACCAAGAATGA;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=6562844;WS=6562800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	6562823	rs2041387	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.842;HP=3;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=1310;ReadPosRankSum=1.228;SC=AAGAATGAGGCGCTCTGGCAC;SOR=1.531;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=34;WE=6562844;WS=6562800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr12	6562836	rs2041388	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.600;HP=3;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=1310;ReadPosRankSum=1.727;SC=TCTGGCACCCGACGCTGAACT;SOR=1.387;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=28;WE=6562844;WS=6562800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr12	6565718	rs12368360	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.257;NF=11;NR=5;PP=138;ReadPosRankSum=0.032;SC=TTAGTAGAGACGGGGTTTCTC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=16;WE=6565726;WS=6565708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr12	6565750	rs10774432	A	G	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=25.13;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	6567541	.	TAA	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr12	6567787	rs2243750	T	C	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=46;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCATGTGTAATCTTATTCCTC;SOR=0.438;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=99;WE=6567795;WS=6567777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,104:0.60:174
chr12	6567907	rs1045546	C	T	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.301;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=53;PP=1230;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GTGGTGGTGACGTGGACCCGA;SOR=0.899;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=268;TCF=131;TCR=137;TR=100;WE=6567915;WS=6567897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,112:0.39:286
chr12	6569983	rs2243977	C	T	4083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=72;PP=2507;ReadPosRankSum=-0.916;SC=ATGATTCCTGCGCACGATGAT;SOR=0.817;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=302;TCF=174;TCR=128;TR=178;WE=6569991;WS=6569973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,188:0.59:320
chr12	6570163	rs2534710	C	T	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=67;PP=1765;SC=TCTAACCACCCCCCCGCCCAG;SOR=3.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=12;TCR=67;TR=79;WE=6570171;WS=6570153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	6572048	rs1045452	A	G	7653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=0.542;SC=CAAGGGCGAAAGGAAAGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=153;TCR=136;TR=284;WE=6572056;WS=6572035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,290:0.99:292
chr12	6572191	rs12964	T	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=545;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CTCCGCTCTGTTCCCAGCCTG;SOR=0.674;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=29;WE=6572199;WS=6572181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr12	6573061	rs2534714	A	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=488;ReadPosRankSum=1.070;SC=CAGATTAGAAATAACTACAAA;SOR=0.438;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=35;WE=6573069;WS=6573051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr12	6573146	rs2534715	T	C	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=29;PP=1527;ReadPosRankSum=-2.792;SC=AGGACCCTCTTCAGGCCTGGT;SOR=0.678;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=166;TCF=113;TCR=53;TR=87;WE=6573154;WS=6573136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,96:0.55:176
chr12	6573716	rs2534716	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=409;ReadPosRankSum=0.038;SC=AACAAGAGGGTGAATTACACC;SOR=0.573;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=37;WE=6573724;WS=6573706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr12	6573749	rs2534717	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=387;ReadPosRankSum=-2.962;SC=ATTCAGGTCTCTCCATTGTTA;SOR=1.402;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=23;WE=6573757;WS=6573739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr12	6574301	rs1017101	G	T	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1705;ReadPosRankSum=-2.235;SC=CAGTATGTCTGTAGCTTTTCA;SOR=0.416;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=105;WE=6574309;WS=6574291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,110:0.68:161
chr12	6574524	.	G	GTATA	105	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=105;QD=38.6666666667;SC=AAAGAAAAAAGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=6574532;WS=6574514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr12	6575044	rs2072375	G	T	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=38;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TCTTTAGCTTGGCAGCACTGC;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=100;WE=6575052;WS=6575034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,112:0.61:184
chr12	6575191	rs2534718	A	T	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=77;PP=2943;SC=GAAACAAAGCAGCTAAGCTTC;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=158;WE=6575199;WS=6575181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	6579565	rs2534720	A	G	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=9;PP=1515;SC=CCGGTCCGGAAGCGGCGCGCG;SOR=2.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=63;WE=6579573;WS=6579555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	6579757	rs2532489	T	C	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=148;PP=2965;SC=AGACACCCGGTGAGGGACGCT;SOR=1.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=94;TCR=148;TR=242;WE=6579765;WS=6579747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	6579812	rs2072376	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=458;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TCGCGCCGACTACCCCGCGGT;SOR=0.420;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=28;WE=6579820;WS=6579802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr12	6601743	rs1001127	A	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=534;ReadPosRankSum=-1.109;SC=ATAGACAAGGAACATTACAGT;SOR=1.061;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=25;WE=6601751;WS=6601733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr12	6604415	rs11064231	T	G	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1036;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GCTGTCACTGTACCTAGCTCT;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=90;TCR=123;TR=82;WE=6604423;WS=6604405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,82:0.37:223
chr12	6619054	rs7298053	T	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=691;ReadPosRankSum=-1.140;SC=ATAGGTTCACTGATAAATGCC;SOR=0.885;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=52;WE=6619062;WS=6619044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,56:0.45:124
chr12	6619284	rs714774	C	G	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=937;ReadPosRankSum=0.959;SC=AGATACTCTGCAATTCCTGAT;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=113;TCR=114;TR=70;WE=6619292;WS=6619274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,72:0.31:236
chr12	6620495	rs7358768	G	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.017;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr12	6620500	.	G	GT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr12	6623389	rs4764605	T	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=620;ReadPosRankSum=-1.300;SC=ACAATTGGATTCAGACAGCTG;SOR=0.524;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=102;TCF=80;TCR=22;TR=42;WE=6623397;WS=6623379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr12	6626369	rs758739	G	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=177;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TTTAAGGACTGTAATGTGTCT;SOR=0.827;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=9;WE=6626377;WS=6626359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr12	6635274	rs10849482	G	A	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=977;ReadPosRankSum=1.411;SC=AGACACACTGGTGAGCATAGG;SOR=0.866;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=214;TCF=113;TCR=101;TR=73;WE=6635282;WS=6635264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,81:0.35:230
chr12	6635374	rs10849483	G	A	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=52;PP=1598;ReadPosRankSum=-3.488;SC=AAGGTATGTGGGGGTGGTTCC;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=317;TCF=174;TCR=143;TR=120;WE=6635382;WS=6635364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,125:0.37:335
chr12	6635567	rs7311174	A	T	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=75;PP=1994;ReadPosRankSum=1.301;SC=CTTGGGCAGAATTGGGCCCTT;SOR=0.833;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=382;TCF=195;TCR=187;TR=143;WE=6635575;WS=6635557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,142:0.37:386
chr12	6637845	rs2072374	T	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=837;ReadPosRankSum=0.632;SC=CCATTCCTAGTCTCCGGGACC;SOR=0.897;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=174;TCF=102;TCR=72;TR=62;WE=6637853;WS=6637835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,66:0.36:182
chr12	6637941	rs10849484	C	T	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1047;ReadPosRankSum=1.221;SC=GGCAGGTCAGCGAGATGGCGG;SOR=0.787;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=199;TCF=102;TCR=97;TR=78;WE=6637949;WS=6637931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,81:0.39:209
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chr12	6659694	rs2286726	G	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=249;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GACTTTTGTTGCTTGTCTTTC;SOR=0.121;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=15;WE=6659702;WS=6659688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr12	6660219	rs7312991	C	T	3196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,92:0.38:240
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chr12	6690309	rs201471909	C	T	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=766;ReadPosRankSum=0.479;SC=ACCTTTTCATCCTCTGAGGCA;SOR=0.444;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=63;WE=6690317;WS=6690299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,65:0.41:160
chr12	6690909	rs34863790	C	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=1283;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GCTGGGACATCTTCTTGTTTT;SOR=0.376;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=78;WE=6690917;WS=6690899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,87:0.75:116
chr12	6697353	rs12310569	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=0.532;SC=AAAAGAATCTGTTGTTTCTCA;SOR=0.070;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=9;WE=6697361;WS=6697343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr12	6711147	rs1639122	C	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=46;PP=1417;ReadPosRankSum=4.557;SC=CATCATCATCCTCCTCCTCCT;SOR=0.660;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=201;TCF=109;TCR=92;TR=106;WE=6711155;WS=6711137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,80:0.43:187
chr12	6729956	rs3741924	G	A	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1535;ReadPosRankSum=1.317;SC=CGGCGGGCACGGCAAACACCA;SOR=0.831;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=92;WE=6729964;WS=6729946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,97:0.56:172
chr12	6747578	rs1882553	G	C	6800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=118;NR=116;PP=2965;SC=CACCTACACAGAGATTCAGTG;SOR=0.826;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=237;TCF=118;TCR=119;TR=234;WE=6747586;WS=6747568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	6749093	rs2365087	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=2;PP=835;SC=GAGGCAGGAGATTCAGTGAGG;SOR=3.202;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=6749101;WS=6749087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	6756240	rs3803130	A	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=346;SC=CGAGACCAGGACAGACAGACC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=6756248;WS=6756230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	6762026	rs4764506	T	C	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=25;PP=1415;SC=GTGCCAAACTTCCCACCAGAT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=6762034;WS=6762016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	6764831	rs4764616	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=585;SC=TCAGGGAACTGTGTCCAGGGT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=6764839;WS=6764825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	6777069	.	TTGCTGC	T,TTGC	1347.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.297;NF=7,7;NR=31,31;PP=1517,101;ReadPosRankSum=1.635;SC=GTGGTGGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=1.094;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=38,38;WE=6777085;WS=6777059;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.15,0.81:53
chr12	6804902	rs10849498	A	G	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=67;PP=1979;SC=CCCCAGCCTCACCCAGTCACT;SOR=1.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=97;WE=6804910;WS=6804892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	6836852	rs7138427	A	G	5472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GAATTGGATGACGTATGGAGC;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=419;TCF=220;TCR=199;TR=245;WE=6836869;WS=6836842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,255:0.58:443
chr12	6839388	rs871366	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=1.495;SC=TTGCCATATCGCTCAGGCTGG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=6839396;WS=6839381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	6839913	rs2286730	C	T	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1637;ReadPosRankSum=0.093;SC=TGAGCAACACCTGACTGAGCT;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=99;WE=6839921;WS=6839903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,105:0.61:172
chr12	6857898	rs35247189	C	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GAGGACCGTCCGCAGGTGCAC;SOR=1.402;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=10;WE=6857906;WS=6857888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr12	6858126	rs2302371	G	A	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=789;ReadPosRankSum=-2.753;SC=GCCGCCACTCGTCATCAAACG;SOR=0.860;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=64;WE=6858134;WS=6858116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,69:0.61:114
chr12	6858971	rs7970575	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=176;ReadPosRankSum=-1.123;SC=CCACGGGAACCGGGTTAGGGG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=8;WE=6858979;WS=6858961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	6859191	rs7969956	G	A	7750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=2.324;SC=GAGGCAGAACGTGGCACACTC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=569;TCF=333;TCR=236;TR=334;WE=6859199;WS=6859181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,350:0.59:589
chr12	6859308	rs2302370	T	C	16135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=249;NR=288;PP=2965;SC=CGCTCAATCCTACCTTCTCTG;SOR=0.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=539;TCF=249;TCR=290;TR=537;WE=6859316;WS=6859298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr12	6859797	rs2302368	T	C	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=863;SC=AGCATACTGTTTCCCTCTTGC;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=6859805;WS=6859787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr12	6861043	rs2302367	T	C	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=71;PP=2965;SC=CTTTCCTAACTAACCTCCAAC;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=153;WE=6861051;WS=6861033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	6861383	rs11303348	AC	A	5440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.712;NF=30;NR=82;PP=2963;ReadPosRankSum=0.114;SC=AGCAATGGGAACCCCGATGTC;SOR=0.750;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=206;TCF=52;TCR=154;TR=112;WE=6861391;WS=6861373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,188:0.58:324
chr12	6879202	rs4764622	T	C	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1240;ReadPosRankSum=0.564;SC=TGGCAAAGTCTGGGCTCAAAG;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=84;WE=6879210;WS=6879192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,83:0.59:141
chr12	6879279	rs4764621	A	G	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=61;PP=1906;ReadPosRankSum=1.304;SC=GGGCTCTGCCAGAGCTTCCTG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=108;TCR=95;TR=130;WE=6879287;WS=6879256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,140:0.63:221
chr12	6883700	rs2365095	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=572;ReadPosRankSum=-1.030;SC=GGCTTGGCAGCCCTGCTGTGT;SOR=0.348;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=37;WE=6883708;WS=6883690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr12	6909380	rs3216776	TG	T	4838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.142;NF=33;NR=54;PP=2954;ReadPosRankSum=0.102;SC=GGGGTCTCAATGCAGATGACG;SOR=0.564;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=159;TCF=65;TCR=94;TR=87;WE=6909396;WS=6909370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,140:0.59:239
chr12	6909388	rs2365568	A	G	9373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=102;PP=2965;SC=AATGCAGATGACGTGGGAGGA;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=142;TCR=102;TR=244;WE=6909396;WS=6909370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	6909442	rs2255301	T	C	3750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=76;PP=2441;ReadPosRankSum=0.323;SC=AGCGGCGACATTGAGACCTGA;SOR=0.691;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=289;TCF=151;TCR=138;TR=154;WE=6909450;WS=6909432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,166:0.55:304
chr12	6909771	rs143423733	T	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=1.963;SC=GTGGCATTCTTATCCAGAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=6;WE=6909779;WS=6909761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	6924661	rs12313879	G	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-0.131;SC=ATAAGGTAGTGTGCCAGTTTA;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=6924669;WS=6924655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	6925294	rs11064419	T	C	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=40;PP=1579;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CCACTCGCCTTTACAGTTGAA;SOR=1.000;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=282;TCF=150;TCR=132;TR=100;WE=6925302;WS=6925284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,104:0.36:292
chr12	6925313	rs10849525	G	T	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=2.327;SC=AAAAGCTGACGGGCAGTGGCG;SOR=1.001;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=298;TCF=160;TCR=138;TR=105;WE=6925333;WS=6925303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,107:0.35:302
chr12	6925325	rs28919569	G	A	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=1.952;SC=GCAGTGGCGAGCTGTGGTGGC;SOR=0.921;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=325;TCF=185;TCR=140;TR=116;WE=6925333;WS=6925303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,119:0.37:326
chr12	6926363	rs1055141	T	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=482;ReadPosRankSum=1.623;SC=TGATGCTGAGTTTGAAACTGG;SOR=0.710;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=39;WE=6926371;WS=6926353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr12	6927470	rs12226953	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=230;ReadPosRankSum=2.361;SC=CACCCCTCCCCTCTCCCCCAA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=12;WE=6927478;WS=6927466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	6928075	rs12821756	T	C	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,90:0.37:242
chr12	6928135	rs55764611	T	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.80;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	6928136	rs2071077	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr12	6928586	rs7136817	CA	AG	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=33;PP=983;SC=AGCAGATCCCCAGCCTCTGGC;SOR=3.033;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=38;WE=6928595;WS=6928576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	6932967	rs2040353	G	C	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=908;ReadPosRankSum=-0.460;SC=ACAGGGCGAGGATTGTGGGGA;SOR=0.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=67;WE=6932975;WS=6932957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,75:0.39:190
chr12	6933223	rs11575110	C	T	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=32;PP=1448;ReadPosRankSum=1.778;SC=TGCTGCTCTGCTTCCTAGCGG;SOR=0.905;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=281;TCF=181;TCR=100;TR=101;WE=6933231;WS=6933213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,109:0.37:295
chr12	6933787	rs1051409	A	G	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=38;PP=1277;ReadPosRankSum=0.385;SC=CTTTTGAGGTACCAGCCATTG;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=308;TCF=185;TCR=123;TR=93;WE=6933795;WS=6933777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,95:0.29:323
chr12	6935787	rs2071082	A	T	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=41;PP=2065;ReadPosRankSum=3.075;SC=TCCCTGCAGCACCTTCAGGTC;SOR=0.667;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=209;TCF=142;TCR=67;TR=124;WE=6935795;WS=6935777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,135:0.59:227
chr12	6935977	rs11612427	A	G	5656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=80;PP=2965;SC=CCTGGGACAAAGACACAGGTT;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=104;TCR=80;TR=184;WE=6935985;WS=6935967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	6938023	rs57050687	C	CG	2331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=26;PP=1718;SC=GGGCGCGGCGCGCTTCGCGTG;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=38;WE=6938031;WS=6938013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	6939850	rs10744716	A	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=954;ReadPosRankSum=-1.315;SC=TGTGGGGGAAACAGCCACACG;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=117;TCR=71;TR=65;WE=6939858;WS=6939840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,69:0.33:208
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chr12	6942672	rs4963513	A	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=310;ReadPosRankSum=0.031;SC=AACAGAAGAAACTTAATGAGA;SOR=0.892;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=30;WE=6942680;WS=6942662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr12	6942823	rs4963512	A	G	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=38;PP=1246;ReadPosRankSum=1.386;SC=GATATGCCCCATGGTGGGAGG;SOR=0.956;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=262;TCF=149;TCR=113;TR=100;WE=6942831;WS=6942813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,110:0.39:283
chr12	6946545	rs4963510	C	A	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=466;ReadPosRankSum=0.161;SC=CCACCCTCCCCTTGCCTTCCT;SOR=0.619;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=26;WE=6946553;WS=6946535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr12	6948028	rs4963516	T	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr12	6948468	rs1129649	T	C	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1242;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CAGGAGTGGATAGAAGCCAAA;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=87;TCR=62;TR=88;WE=6948476;WS=6948458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,106:0.63:169
chr12	6950403	rs28395781	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.68;ReadPosRankSum=-1.237;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr12	6953100	rs45476395	T	A	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=49;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GGACCTGCCGTCAGACTTTCA;SOR=0.445;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=228;TCF=97;TCR=131;TR=89;WE=6953108;WS=6953090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,95:0.38:251
chr12	6954875	rs5443	C	T	10046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=0.553;SC=GCATCACGTCCGTGGCCTTCT;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=371;TCF=195;TCR=176;TR=368;WE=6954883;WS=6954865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,378:0.99:380
chr12	6955865	rs138991440	C	CCACA	2809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=46.83;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	6959095	rs367917525	AC	A	2345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=51;PP=2175;SC=ACATACAGAAACCCAGGACTC;SOR=2.015;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=53;WE=6959103;WS=6959085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	6965194	rs2226955	A	G	6927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=119;PP=2965;SC=TTGAAGGCGGATTTGACCTTA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=128;TCR=119;TR=247;WE=6965202;WS=6965184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	6965740	rs2238114	C	A	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=60;PP=2283;SC=GAAATGAACACGACATGGGGA;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=95;WE=6965748;WS=6965730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	6965763	rs72181812	AAG	A	2113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=36;PP=2523;SC=GCCAGAGGAGAAGAGAGAGAG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=54;WE=6965772;WS=6965753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	6965805	rs66621175	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.18;NF=40;NR=18;PP=1546;SC=TGCAGAGCCCTCTCTCTCTGC;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=6965813;WS=6965795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	6969731	rs2071059	A	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=48;PP=1263;SC=TTCTCCCTCTATCAGCCCCAA;SOR=4.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=52;WE=6969739;WS=6969721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	6979010	rs2071069	G	A	17262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=287;NR=313;PP=2965;SC=GCCCACATGGGGCAACCCCTT;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=600;TCF=287;TCR=313;TR=600;WE=6979018;WS=6978988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,637:1.00:637
chr12	7014962	rs2071071	A	G	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=50;PP=2068;SC=GGGCTGAAGGAGGGGGTTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=7014970;WS=7014952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	7015915	rs1007924	A	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=37;PP=1064;SC=GCTAGGGCACATGGCAGTCTG;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=7015923;WS=7015905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	7016449	rs3741921	C	T	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=4;PP=1215;SC=TTGGAGTGGCCCTTTGAGCTC;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=47;WE=7016457;WS=7016439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	7018949	rs2301137	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=6;PP=710;SC=CCACTCCTCCCTCTCTACCTC;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=7018957;WS=7018939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	7022085	rs1057077	T	A	12672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=197;NR=247;PP=2965;SC=GAGGCTGATGTGATTCGACAG;SOR=0.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=444;TCF=197;TCR=247;TR=444;WE=7022093;WS=7022075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr12	7023123	rs710415	A	G	5125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=89;PP=2965;SC=TATGACAGAGAACAGAGGATG;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=168;WE=7023131;WS=7023113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	7026893	rs376463507	A	AG	1742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=36;PP=1731;SC=GCAATAAGCCAGCCTGCGGCT;SOR=2.655;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=39;WE=7026901;WS=7026883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	7026932	rs2071419	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=0.060;SC=GGAGGGAGCATGCAACTCATG;SOR=1.136;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=8;WE=7026940;WS=7026922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr12	7044647	rs367827860	A	AG	2260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=9;PP=2205;SC=TATGCAAGAGAGCCCCAAATC;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=47;WE=7044655;WS=7044637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	7045891	rs66756893	ACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG	A,ACAGCAG	5227.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.125;NF=30,30;NR=66,66;PP=1885,2995;ReadPosRankSum=-1.464;SC=AGCAACAGCAACAGCAGCAGC;SOR=0.992;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=169;TCF=51;TCR=118;TR=96,96;WE=7045920;WS=7045881;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.60:179
chr12	7049999	rs2071076	C	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=8;PP=1285;SC=TGGTTTGCCCCAAACCTGCCT;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=52;WE=7050007;WS=7049989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	7053085	rs3087835	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=2;PP=1020;SC=TCACTGTGCAAAAATTATGGG;SOR=4.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=7053093;WS=7053075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	7053149	rs1044189	A	C	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=31;PP=2965;SC=GGTTTGGGCCACGCCTGGGCG;SOR=2.429;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=115;TCR=31;TR=146;WE=7053157;WS=7053139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	7053362	rs915997	A	G	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=137;PP=2965;SC=GTCAAGGCATAGGCTGCTGGC;SOR=1.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=67;TCR=138;TR=204;WE=7053370;WS=7053352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr12	7054859	rs2019743	G	A	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=14;PP=2122;SC=TTCATGCTTAGACTACCACCC;SOR=3.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=71;TCR=14;TR=85;WE=7054867;WS=7054849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	7055860	rs2301262	T	C	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=36;PP=1518;SC=TGCGGCCCTCTGCCGTGGCTT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=88;WE=7055868;WS=7055850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	7065281	rs10744724	C	T	4619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=69;PP=2914;SC=CAGACCATCTCGCCTCCTCTC;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=102;TCR=69;TR=170;WE=7065289;WS=7065271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	7065406	rs7963446	G	A	6117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=114;PP=2965;SC=GGGCCACGTGGGAGGAGAGGC;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=100;TCR=114;TR=213;WE=7065414;WS=7065396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	7065576	rs2110071	G	A	7603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=119;PP=2965;SC=CCACGCTTGCGTCCAGAACCA;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=156;TCR=119;TR=275;WE=7065584;WS=7065566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr12	7065635	rs2110072	T	C	8743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=160;PP=2965;SC=CCAGCCAGGGTTGTCTGGAGG;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=151;TCR=160;TR=311;WE=7065643;WS=7065625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr12	7069422	rs35119590	TG	T	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr12	7069425	rs28579154	G	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=19.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=2.122;SOR=2.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr12	7069426	.	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr12	7069620	rs759052	T	C	7955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=167;PP=2965;SC=TGACTGCCACTGCCCGGCATC;SOR=1.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=119;TCR=168;TR=286;WE=7069628;WS=7069610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr12	7069654	rs759053	G	A	4379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=97;PP=2965;SC=TGCCCAGCCCGATCCTCACTT;SOR=1.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=42;TCR=97;TR=139;WE=7069662;WS=7069644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	7079215	rs7301709	T	G	5709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=87;PP=2965;SC=CTGGAGGTTCTCGCAGCACCC;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=113;TCR=87;TR=200;WE=7079223;WS=7079205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	7080210	rs60117710	A	AG	8169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=64;PP=2957;SC=CGGAGGCCGTAGTTTATTGTG;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=86;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	7080212	rs17857448	T	C	8178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=64;PP=2577;SC=GAGGCCGTAGTTTATTGTGGT;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=123;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	7090659	rs60570787	A	AG	5247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=34;PP=2967;SC=AATGAGGGAGAGCTCCGCTCT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=76;WE=7090667;WS=7090649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	7170336	rs12146727	G	A	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1014;ReadPosRankSum=0.704;SC=AATGAAGAGCGTTTTACGGGG;SOR=0.573;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=232;TCF=127;TCR=105;TR=80;WE=7170344;WS=7170326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,88:0.34:257
chr12	7171338	rs16933078	T	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=7.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=1.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,28:0.29:98
chr12	7171339	.	T	TACACACACAC	936.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=6.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=1.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr12	7171507	rs11064498	A	G	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.401;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=1459;ReadPosRankSum=1.342;SC=ATGGTTTTGGATTTAACCTCA;SOR=0.521;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=285;TCF=185;TCR=100;TR=101;WE=7171515;WS=7171497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,108:0.35:305
chr12	7172665	rs112796495	C	CAAAG	2531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=1627;ReadPosRankSum=-0.088;SC=TCCCTGAAGACAAATTTTTTT;SOR=0.717;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=108;TCF=17;TCR=91;TR=35;WE=7172673;WS=7172655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,68:0.43:158
chr12	7175872	rs11838267	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=379;ReadPosRankSum=-1.652;SC=ATGATAGCCATGGGTGACTGG;SOR=0.757;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=39;WE=7175880;WS=7175862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,41:0.38:109
chr12	7178019	rs7183	G	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=1.149;SC=TGTTCCTTATGATATTCTCAT;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=7178027;WS=7178009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	7242299	rs1801046	G	A	4230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=99;PP=2689;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CTCCTCCCCTGATTTGCTCCG;SOR=0.918;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=298;TCF=142;TCR=156;TR=183;WE=7242307;WS=7242289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,193:0.62:313
chr12	7242950	rs4332595	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=0.791;SC=ATCATGCACCACAATGGCTCT;SOR=0.175;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=7242958;WS=7242940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	7244252	rs146478898	C	T	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=73;PP=1805;ReadPosRankSum=0.485;SC=AGAACAGGGCCGGCACCAGGA;SOR=0.665;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=382;TCF=198;TCR=184;TR=141;WE=7244260;WS=7244242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,149:0.37:403
chr12	7244956	rs12422724	A	T	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=5.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.154;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,109:0.30:362
chr12	7244962	rs12426834	T	G	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=4.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,111:0.31:359
chr12	7246581	rs56876910	T	TTG	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.318;NF=1;NR=17;PP=567;ReadPosRankSum=-0.395;SC=TAGCAGCAGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.465;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=18;WE=7246590;WS=7246571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
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chr12	7281317	rs10963	C	T	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=982;ReadPosRankSum=-1.472;SC=TGCAGGTAGTCCTCCATGTTC;SOR=1.095;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=68;WE=7281325;WS=7281307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,72:0.60:121
chr12	7283134	rs71445143	T	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=1.016;SC=CCTGCCCTGCTGTACCCCGCT;SOR=0.527;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=7283142;WS=7283124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	7284301	rs2167285	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.566;NF=7;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGCCCTTCCACCGCTCTCTCT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=7284309;WS=7284291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	7284340	rs113297706	C	CGCCTCCTA	677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.781;NF=9;NR=3;PP=763;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ACCTCAGCCTCGCCTCCTAGC;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=12;WE=7284348;WS=7284330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr12	7284484	rs10772466	A	C	6674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=105;PP=2965;SC=GGTTGGAGGAAAGAATGGAAA;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=126;TCR=105;TR=231;WE=7284492;WS=7284474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	7287886	rs6488452	A	C	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=34;PP=1405;ReadPosRankSum=-0.819;SC=AGGCTGGCTGACGTGTCTTCA;SOR=0.864;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=254;TCF=153;TCR=101;TR=93;WE=7287894;WS=7287876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,99:0.37:265
chr12	7287914	rs2278822	C	T	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=51;PP=1346;ReadPosRankSum=1.603;SC=TTCTCTCTGGCATATGCAGGG;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=319;TCF=177;TCR=142;TR=119;WE=7287922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,125:0.38:331
chr12	7288734	rs2278823	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=307;ReadPosRankSum=0.841;SC=ATGGCAAGAGGAGCATGGAGA;SOR=0.062;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=19;WE=7288742;WS=7288724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr12	7290391	.	T	TGA	233	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=19;MQ=64.36;NF=7;NR=0;PP=233;QD=33.7142857143;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=7290399;WS=7290381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,7:0.64:11
chr12	7293796	rs2305341	C	G	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=35;PP=2457;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TCTCTGAAGACGAATTACCTG;SOR=1.017;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=203;TCF=145;TCR=58;TR=130;WE=7293804;WS=7293786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,137:0.65:210
chr12	7302212	.	G	T	4488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.289;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=96;PP=2924;ReadPosRankSum=0.865;SC=GAGCGGGAAAGCCTGCTCCTG;SOR=0.445;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=293;TCF=135;TCR=158;TR=188;WE=7302220;WS=7302202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,196:0.64:308
chr12	7309199	rs7296261	G	A	3915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=71;PP=2586;ReadPosRankSum=-2.288;SC=GGCCTGGCTCGGGTGTGGGGC;SOR=0.692;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=265;TCF=147;TCR=118;TR=162;WE=7309207;WS=7309175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,171:0.62:278
chr12	7309471	rs1868799	C	A	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.90;SOR=1.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	7309471	.	CGG	AGC,AGG	787	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=59.89;NF=13,28;NR=29,59;PP=787,582;QD=20.0111398777;SC=CCAGACGTCCCGGAGCCCCAA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=42,87;WE=7309481;WS=7309461;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.48:88
chr12	7309473	rs1868800	G	C	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.247;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr12	7355898	rs4883087	C	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=397;SC=TTTTAAAAAACTTATTCAGAT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=7355906;WS=7355888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	7360229	rs3816424	C	G	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=49;PP=2352;SC=ACCTCTCAGTCCATCTCTCAC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=82;TCR=49;TR=131;WE=7360237;WS=7360219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	7362204	.	G	T	1651	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=69;NR=19;PP=1651;QD=19.1564910517;SC=CAGAGTTTGAGCTGAGTCGGT;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=121;TCF=102;TCR=19;TR=88;WE=7362212;WS=7362194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,88:0.73:121
chr12	7362204	rs141721291	G	GCTGAGTCGGTGGAGTAATGTGCAGAGTTTGAT	4452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=80.96;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	7463241	rs7968241	A	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=360;ReadPosRankSum=-1.237;SC=AGGTGGCCCCAGCGGTGGAGT;SOR=1.173;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=28;WE=7463249;WS=7463231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,32:0.30:107
chr12	7463491	rs7962994	C	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=493;SC=GCTGGGTGCGCTGGCTCACAC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=7463499;WS=7463481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	7470534	rs7968312	A	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=279;SC=CTTAAGATATAGGGGCAAAGT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=7470542;WS=7470524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	7470566	rs7971931	T	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=355;ReadPosRankSum=-0.881;SC=GATACCAGTTTGTAATTTTTG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=20;WE=7470574;WS=7470556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr12	7477298	rs10743732	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=292;ReadPosRankSum=-0.042;SC=ATTAATTCTCGTTATGAAGCA;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=16;WE=7477306;WS=7477288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr12	7521563	.	TGA	T	105	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=105;QD=21.8;SC=GCGACTGTCCTGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=5;WE=7521574;WS=7521553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,5:0.28:18
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chr12	7551050	rs6488269	A	C	15937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=264;NR=270;PP=2965;SC=ATTGTTTACAAACAACAGCTG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=534;TCF=264;TCR=270;TR=534;WE=7551058;WS=7551040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr12	7585247	rs58195891	T	C	3662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=84;PP=2464;ReadPosRankSum=0.326;SC=CACATATAGTTCCCCACCTTT;SOR=0.590;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=445;TCF=236;TCR=209;TR=174;WE=7585255;WS=7585237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,185:0.40:467
chr12	7592035	rs10772330	G	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.735;NF=31;NR=27;PP=915;ReadPosRankSum=1.014;SC=TCCAGGTCTGGTTTGGACTTG;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=58;WE=7592043;WS=7592023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
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chr12	7596855	rs7954905	T	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=71;PP=2137;SC=GTTCATAGTTTTCCAAAGGGG;SOR=2.442;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=95;WE=7596863;WS=7596845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	7632376	rs12304718	T	C	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=16;PP=959;ReadPosRankSum=-2.598;SC=CATTCTTTCTTTCTAATGCCA;SOR=0.768;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=58;WE=7632384;WS=7632366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr12	7638020	rs10743939	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=364;ReadPosRankSum=-1.619;SC=ATTCTGCAGCGAAACATAGAA;SOR=0.964;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=33;WE=7638028;WS=7638010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,37:0.30:123
chr12	7649484	rs4883263	T	C	7771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=128;NR=136;PP=2965;SC=CATTGCCAGATAGCAGGTTCA;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=129;TCR=137;TR=264;WE=7649492;WS=7649474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr12	7649653	rs4883264	T	C	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=57;PP=1597;ReadPosRankSum=-3.024;SC=TCCCCCATTCTCCTTGGAATC;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=313;TCF=156;TCR=157;TR=116;WE=7649661;WS=7649643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,126:0.38:336
chr12	7655137	rs3210140	A	G	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=63;PP=1768;ReadPosRankSum=-1.266;SC=AAGGGACTCAAGTTGACAAAA;SOR=0.604;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=379;TCF=187;TCR=192;TR=130;WE=7655148;WS=7655127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,143:0.35:403
chr12	7655278	rs11836971	T	A	1928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1397;ReadPosRankSum=0.603;SC=AAACTCTTCATTCTAAATTGC;SOR=0.575;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=209;TCF=120;TCR=89;TR=82;WE=7655286;WS=7655268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,88:0.39:225
chr12	7803562	rs10431308	C	A	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=12;PP=1355;SC=TCAGGAAAGACCTTTGAAGAA;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=7803570;WS=7803552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	7803646	rs10431309	G	A	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=56;PP=2746;SC=GCTCCAGTGCGTACAACATCA;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=147;WE=7803654;WS=7803636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	7805236	rs2302515	C	G	5792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=103;PP=2965;SC=TGGAGCAGCTCATGGATGGGT;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=94;TCR=103;TR=197;WE=7805244;WS=7805226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	7805467	rs2080127	C	T	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=86;PP=2366;SC=TGTCATGCCACATTTAGAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=47;TCR=86;TR=133;WE=7805475;WS=7805457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	7805508	rs112046539	CTTTT	C	2563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.94;QD=40.06;SOR=2.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	7818348	.	GACACACACACACAC	G	1026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.49;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	7842932	rs12819884	C	T	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=78;PP=2965;SC=AAATTCACCCCTGAGTCTCTA;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=104;TCR=78;TR=182;WE=7842940;WS=7842922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	7843373	rs3815479	C	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=31;PP=956;SC=AATAGAAATGCCAGACACCCA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=7843381;WS=7843363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	7847940	rs6488591	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=245;SC=TTAAATGAGACAAAATATGAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=7847948;WS=7847930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	7868777	rs34619457	A	AT	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.899;NF=2;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=1.024;SC=CAATAAACATATTTTTTTCCC;SOR=0.529;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=20;WE=7868786;WS=7868767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr12	7894192	rs12823478	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=-3.584;SC=ACTATACAATCTTATGCTGTG;SOR=0.728;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=16;WE=7894200;WS=7894182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr12	7898824	rs7134479	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	7898897	.	GA	G	1702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AAAGGACCAAGAGATGACTGC;SOR=0.756;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=33;WE=7898906;WS=7898887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr12	7899703	rs117041014	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=0.628;SC=ACAGGCGTGAGCCACCGCGCC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=11;WE=7899711;WS=7899698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr12	7917936	rs12818448	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=316;ReadPosRankSum=1.266;SC=GGAGGCCGAGGCGGGCAGATC;SOR=0.873;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=29;WE=7917944;WS=7917926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr12	7942472	rs12826131	AG	GA	5929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=76;PP=2947;SC=ATTACTATAAAGAAGTGTTAT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=119;WE=7942481;WS=7942462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	7942514	rs12816791	C	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=37;PP=1082;SC=CCCCTTTTTCCATTATAACTT;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=7942522;WS=7942504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	7942556	rs12821889	G	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=25;PP=725;SC=TATGTCCCAGGTCTCAGGAGT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=7942564;WS=7942546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	7945640	rs2889551	G	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.54;QD=31.14;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	7945670	rs4354764	G	A	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.80;QD=32.04;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	7945757	rs4438116	C	T	8240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.683;NF=183;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.978;SC=AATACCTCAGCCTCCAGCAGA;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=184;TCR=104;TR=286;WE=7945776;WS=7945747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr12	7945829	rs4242903	G	C	9551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=172;PP=2965;SC=TTTGTCCTTGGAATAAGGTGA;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=153;TCR=172;TR=325;WE=7945837;WS=7945819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr12	7945871	rs11831829	C	T	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=118;PP=2965;SC=ATGGCTAAGACCTCTGTGGAT;SOR=2.144;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=44;TCR=118;TR=162;WE=7945879;WS=7945861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	7945916	rs34261320	G	A	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=60;PP=1597;SC=TCCGTACATCGCCTCTTGCAA;SOR=6.154;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=62;WE=7945935;WS=7945906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	7945927	rs58791167	A	G	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=48;PP=1305;SC=CCTCTTGCAAATAATTTATGA;SOR=7.864;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=48;WE=7945935;WS=7945906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	7947017	rs1860931	T	C	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=1;PP=1359;SC=CTCTGTATTATGAATATTTTA;SOR=6.556;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=50;TCR=1;TR=51;WE=7947025;WS=7947009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	7947304	rs4012939	T	C	4611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=128;PP=2965;SC=ACCCCAGCCTTTACTCTTCCT;SOR=1.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=60;TCR=128;TR=188;WE=7947312;WS=7947294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	7970347	.	T	TATAGATAGATAGATAG	799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=239;SC=TATATATATATATAGATAGAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=7970355;WS=7970337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	7970721	rs10845990	T	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=737;SC=AAGCTCCTCCTGTCCTGACGT;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=7970729;WS=7970711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	7972293	rs376775106	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	7980035	rs10846003	T	C	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=70;PP=2965;SC=CCACCATGCCTGGCATTTTAA;SOR=1.405;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=130;TCR=71;TR=200;WE=7980043;WS=7980025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	7980306	rs56049529	T	TA	1824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.136;NF=24;NR=22;PP=1797;ReadPosRankSum=0.274;SC=GAGGAAAGGATAAAGAGAATG;SOR=1.496;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=46;WE=7980314;WS=7980296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr12	7984447	rs10772787	G	A	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=65;PP=1918;SC=GCTCACGCCTGTAATCCCAGC;SOR=1.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=94;WE=7984455;WS=7984437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	7985460	rs17728008	T	C	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=87;PP=2965;SC=AAACTTGTAATTGATGACTGT;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=72;TCR=87;TR=159;WE=7985468;WS=7985450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	8022415	rs150920625	T	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.596;NF=12;NR=0;PP=253;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TCAACATAACTCTGACAAACC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=12;WE=8022423;WS=8022405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr12	8043688	rs7297809	G	C	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=62;PP=2174;SC=TCACACCCAGGAGTACTTCTA;SOR=1.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=99;WE=8043696;WS=8043678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	8075685	rs741361	A	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.476;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=205;ReadPosRankSum=0.215;SC=CTAGGTTCCCAGAAGCAATTA;SOR=1.414;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=17;WE=8075693;WS=8075675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr12	8088766	rs2541281	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=277;SC=TCCAAAGTCTTACCATTACAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=8088774;WS=8088756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	8090271	rs11056574	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=1;PP=58;SC=TGAGCCAAGACAGCGCCACTG;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=8090279;WS=8090261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	8090505	rs12321738	C	G	231.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=255;ReadPosRankSum=1.497;SC=AAAAGTGTTACATAAGTATCT;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=10;WE=8090513;WS=8090495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	8090839	rs7309332	T	C	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=728;ReadPosRankSum=0.687;SC=GGAGAAAGTGTATCTTCCTTT;SOR=0.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=35;WE=8090847;WS=8090829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr12	8196445	rs2277414	T	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=76;PP=2505;SC=TTCAGTCCTTTCAGAGGCAAA;SOR=3.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=18;TCR=76;TR=94;WE=8196453;WS=8196435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	8203273	rs17801353	T	G	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=68;PP=2086;SC=TGCTTTGCTTTCCTTTGACTC;SOR=1.505;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=108;WE=8203281;WS=8203263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	8203400	rs61922169	G	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=9;PP=261;SC=GGAGACTAACGAAGACAGTGT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=8203408;WS=8203390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	8235172	rs66928724	GT	G	870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=42;PP=645;SC=TATTTCTGCCGTTTTTTTTTT;SOR=5.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=43;WE=8235180;WS=8235162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	8276432	rs7295783	C	T	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=27;PP=1835;SC=TAAGAAAGATCTGAAACAGAT;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=67;TCR=27;TR=94;WE=8276440;WS=8276422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	8278181	rs2024301	A	T	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=57;PP=1429;ReadPosRankSum=1.970;SC=ACTGCCCCTCACAAAAGTAAT;SOR=0.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=338;TCF=176;TCR=162;TR=115;WE=8278189;WS=8278171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,121:0.33:362
chr12	8286762	rs7315526	G	C	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=43;PP=1866;SC=TTTCTCTTTCGGGCCTGCACG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=8286770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	8287048	rs11043498	C	T	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=58;PP=2077;SC=TGGGACTCCTCCGGGTTTTGC;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=111;WE=8287056;WS=8287038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	8288098	rs10840746	T	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=20;NR=2;PP=544;SC=ATGTGCTCTCTCTTGGCTCTT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=8288106;WS=8288094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	8289226	rs4322490	G	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=630;SC=CGATGTCTTTGATTCTGCCCT;SOR=5.058;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=26;WE=8289234;WS=8289225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	8289300	rs4573763	T	C	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=31;PP=2301;SC=ATCCTCTCCTTTTCTTCTTGT;SOR=1.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=110;WE=8289308;WS=8289290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	8374770	rs9668474	G	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.39;QD=23.66;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	8374781	rs71265055	C	CACG	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.039;NF=2;NR=5;PP=303;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TCTGGGGTGACGTACGTGGTC;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=8374789;WS=8374760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr12	8374812	rs17855656	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.023;NF=5;NR=9;PP=191;ReadPosRankSum=1.988;SC=TGCGGCTGGCGGAGGTTGGAG;SOR=0.671;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=14;WE=8374820;WS=8374802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr12	8543143	rs4403873	T	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.24;MQRankSum=1.150;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	8543219	rs376843169	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	8543224	.	T	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	8543233	.	C	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	8543279	rs116662399	T	C	170.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.01;QD=34.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	8543285	rs117574727	G	C	170.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.01;QD=34.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	8543323	rs9706467	A	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.34;QD=23.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	8543366	rs34978072	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.98;MQRankSum=-1.611;QD=22.10;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr12	8543389	rs9706468	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.20;MQRankSum=-1.834;QD=22.29;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	8543395	rs9705548	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.04;MQRankSum=-1.645;QD=18.35;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	8608482	.	G	GTTTT	42	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=12;HapScore=2;MGOF=67;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=42;QD=29.5;SC=TTCCTCTTTTGTTTTTTTTAA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=8608490;WS=8608475;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	8608502	rs4628756	T	A	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=94;SC=ACCCCACGTATCGAAATCACT;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=8608510;WS=8608492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	8608583	rs4528410	A	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=7;PP=627;SC=TTAGTCCTATAAGAGTGTGTA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=8608591;WS=8608573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	8612336	rs10770736	G	C	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=98;PP=2807;SC=TTTTTTCTCAGGGAGAGATCA;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=182;WE=8612344;WS=8612326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	8612481	rs12300621	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	8617976	rs7302011	A	T	274.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	8617982	rs7315873	G	A	274.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.26;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	8693240	rs5014225	C	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=2.274;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr12	8693245	.	A	AC	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.244;NF=9;NR=6;PP=557;ReadPosRankSum=1.479;SC=CTGTCCCCCCACTTTTTTTTT;SOR=0.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=15;WE=8693253;WS=8693230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr12	8693333	rs4620776	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.508;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.633;NF=20;NR=24;PP=498;ReadPosRankSum=1.768;SC=TCTATGGAAGGAAAGGAAGAG;SOR=1.038;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=44;WE=8693341;WS=8693323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr12	8693419	rs145952293	T	TTCTC	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=10.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr12	8757481	rs2028373	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	8759445	rs2518144	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=366;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CTTGCAAAGCCGACTTTAATT;SOR=0.761;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=31;WE=8759453;WS=8759435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chr12	8765447	rs1345004	T	C	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=38;PP=1286;SC=TTCTCTGTCTTAGTCTGACAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=8765455;WS=8765437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	8800566	rs14541	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TAAAAGCTGGACATTGCAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=8800574;WS=8800556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	8850706	rs112263725	G	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
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chr12	8926011	rs2969089	T	C	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GTGGCATTGATCTGCTGATGA;SOR=0.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=148;TCR=110;TR=257;WE=8926019;WS=8926001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr12	8988403	rs4883188	A	C	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.03;NF=1;NR=4;PP=113;SC=AGGTCAGGAGATCGAGACCAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=8988411;WS=8988393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	8988777	rs1894814	A	G	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=7;PP=894;SC=CACTGTTTATACCCCTCTGCT;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=8988785;WS=8988767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	8989916	rs11047510	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=2;PP=730;SC=GCACTGGCCCAGATTGTCAGA;SOR=4.977;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=34;WE=8989924;WS=8989906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	8990813	rs10743504	A	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=551;SC=GAGTTTTTCTATATTAGAAAC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=8990821;WS=8990803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	8995694	rs7307991	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=738;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TGGTTGGAGCACATGCTAAAA;SOR=0.600;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=134;TCR=89;TR=66;WE=8995702;WS=8995684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,68:0.29:234
chr12	8995966	rs7136813	G	A	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=55;PP=1265;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ATGTGAGACCGGGAAACGGGG;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=99;TCR=127;TR=99;WE=8995974;WS=8995956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,104:0.44:236
chr12	9004512	rs1860927	G	A	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=82;PP=2965;SC=CTTTCAAGCCGTTCTTTGTTG;SOR=0.986;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=116;TCR=82;TR=198;WE=9004520;WS=9004502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	9004667	rs4882965	G	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=1062;ReadPosRankSum=0.618;SC=TCCCCCATAAGTTTGTCTCTA;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=60;WE=9004675;WS=9004657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr12	9004892	rs1860926	C	A	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=93;PP=2965;SC=GTGCTGATGACGCAAAAACCC;SOR=0.938;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=86;TCR=93;TR=178;WE=9004900;WS=9004882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	9007225	rs6144605	GAGTTCTTCTGAGCTTC	G	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=964;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GGTTGACGCAGAGTTCTTCTG;SOR=0.061;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=3;WE=9007248;WS=9007215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	9008318	rs1468711	G	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=0.336;SC=GAAAAAGAGCGTATTTTATAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=9008326;WS=9008308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	9013755	rs1860967	C	T	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,82:0.60:136
chr12	9016573	rs10219561	A	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=497;SC=GCCAAGCAACACAATGCATAT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=9016581;WS=9016563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	9020489	rs7308811	A	G	5880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=87;PP=2965;SC=TACCGCCTACATGCCATCTGA;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=130;TCR=87;TR=217;WE=9020497;WS=9020479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	9020912	rs1476910	A	G	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=134;PP=2965;SC=GATGTGAGCAACCGACTTCAC;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=108;TCR=134;TR=242;WE=9020920;WS=9020902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr12	9021053	rs5796325	C	CGT,CGTGT	1422.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11,11;NR=15,15;PP=859,73;ReadPosRankSum=-1.233;SC=TGTGTGTGTACGTGTGTGTGT;SOR=0.306;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=26,26;WE=9021061;WS=9021043;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.82:38
chr12	9021256	rs12816475	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr12	9021316	rs10664353	T	TAC	337.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5167;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=484;ReadPosRankSum=0.872;SC=ATGGCGTGTATACACACACAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=9021324;WS=9021306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr12	9068472	rs10771204	G	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=5;PP=963;SC=CAGAATTCAGGTTTGGGAAGA;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=9068493;WS=9068462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	9068813	rs7304121	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=29;PP=831;SC=AAACTAAAGACTGGGGGGGGA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=29;WE=9068821;WS=9068803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	9070366	rs4883198	T	A	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=64;PP=2522;SC=AAATGTCACTTTATGAACGAC;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=143;WE=9070374;WS=9070356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	9074259	rs1805741	C	T	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=75;PP=2965;SC=TGAGCTCTCCCAGTGCTACCA;SOR=1.419;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=210;TCF=135;TCR=75;TR=209;WE=9074267;WS=9074249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	9082855	rs1805778	A	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=606;SC=AATCAGATACAGAGCCAGAGT;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=9082863;WS=9082854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	9083336	rs1805777	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.37;QD=32.91;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	9086683	rs1805735	A	T	6046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.914;SC=AAAAGATAAAACTGGTTGAGT;SOR=0.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=92;TCR=109;TR=199;WE=9086691;WS=9086673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr12	9086898	rs1049925	A	G	9056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=5.221;NF=215;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=0.835;SC=GAATGCTAATACTCCAAGCAG;SOR=0.747;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=403;TCF=239;TCR=164;TR=368;WE=9086906;WS=9086888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:27,345:0.93:372
chr12	9087906	rs113120861	ATAG	A	2753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=1703;SC=TCGGTGTAAAATAGTAGTTAC;SOR=1.057;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=33;WE=9087916;WS=9087896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr12	9161648	rs3026251	T	C	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.340;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1650;ReadPosRankSum=1.461;SC=GGTGGGAAGATGGATCACCTC;SOR=0.490;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=108;WE=9161656;WS=9161638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr12	9161804	rs3741854	C	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=370;SC=AAATAGGGAACAAGGAAGGGA;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=9161812;WS=9161794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	9225335	rs376258518	G	A	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=1808;ReadPosRankSum=1.103;SC=AGTAACAGGCGGTTGTTGTTG;SOR=0.713;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=189;TCF=101;TCR=88;TR=122;WE=9225344;WS=9225324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,118:0.62:190
chr12	9246250	.	CA	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.945;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	9248233	rs226405	T	C	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	9253894	rs226397	C	T	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=58;PP=1657;SC=GAGTCCCTGCCGGCAATAATT;SOR=1.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=87;WE=9253902;WS=9253884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	9258821	rs12427063	A	G	5614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=89;PP=2965;SC=GTGAACTGGAAAATACTCCAC;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=109;TCR=90;TR=198;WE=9258829;WS=9258811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr12	9305473	rs10771357	T	C	5525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=95;PP=2965;SC=CATCGCAAGTTTGGGGCACAG;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=85;TCR=95;TR=180;WE=9305481;WS=9305463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	9307373	rs2377741	T	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=51;PP=1478;SC=GGAGCCTGGGTTTGGTAAAGA;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=9307381;WS=9307363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	9310565	rs4882981	C	T	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=38;PP=1098;SC=CTCTCTCTCTCTCTCGACAGG;SOR=2.194;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=53;WE=9310584;WS=9310555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	9310576	rs10771364	T	G	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=29;PP=821;SC=TCTCGACAGGTTCTTGCTCTG;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=9310584;WS=9310555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	9310959	rs7298673	C	T	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=563;SC=CTCCCTTCACCCCTGGGGGAT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=9310967;WS=9310949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	9311265	rs3741850	A	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=548;SC=CACAGTGTGCACCCAAGAAAG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=9311273;WS=9311255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	9313518	rs7972015	T	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr12	9315209	rs10771381	A	G	8277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=123;PP=2965;SC=CACAGGTCATAGAACTGAAAG;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=149;TCR=123;TR=272;WE=9315217;WS=9315199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr12	9316773	rs3213831	T	C	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=94;PP=2965;SC=TTGTCTCTCATTTCCACAGAT;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=71;TCR=94;TR=165;WE=9316781;WS=9316751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	9316907	rs1863839	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=518;SC=TGGAACGACACGAACACATAG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=9316915;WS=9316897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	9317885	rs2277412	G	A	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=44;PP=2208;SC=CAGCATCTTCGGACAGGCAGA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=95;WE=9317893;WS=9317875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	9334728	rs3832849	G	GAGTGAGACAAAATGGTCATA	5767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=50;PP=2971;SC=AACATGGAGAGAGTGAGACAA;SOR=1.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=11;TCR=79;TR=57;WE=9334736;WS=9334718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	9344878	rs2075394	A	G	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=30;PP=1085;ReadPosRankSum=0.211;SC=AGTGAAGGAAATTTCTTGAGC;SOR=0.900;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=211;TCF=131;TCR=80;TR=89;WE=9344886;WS=9344868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,103:0.43:237
chr12	9345273	rs10771407	A	G	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=103;PP=2965;SC=TGTGCTGAGCACCCTGGTGGT;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=97;TCR=103;TR=200;WE=9345281;WS=9345263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	9345408	rs2075395	A	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=475;ReadPosRankSum=1.064;SC=CAAAATGAATAGTTACAACGG;SOR=0.329;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=32;WE=9345416;WS=9345398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
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chr12	9349370	rs11049396	C	CT	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.184;NF=3;NR=15;PP=259;ReadPosRankSum=-1.143;SC=GACAAGAAAACTTTTTTTTTG;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=18;WE=9349378;WS=9349360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
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chr12	9451370	rs200995345	T	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=9.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.75;MQRankSum=-6.041;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,61:0.36:171
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chr12	9453726	rs61917369	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.84;MQRankSum=1.599;QD=22.84;ReadPosRankSum=1.176;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr12	9453743	rs28415351	C	A,G	790.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.24;QD=27.27;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,17,12:0.59,0.41:29
chr12	9453854	rs370590832	TC	T	1510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.861;NF=2;NR=41;PP=1415;ReadPosRankSum=2.617;SC=TGCGTGGGCCTCCCCTCCCCA;SOR=0.645;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=107;TCF=3;TCR=104;TR=43;WE=9453872;WS=9453844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,59:0.39:152
chr12	9453864	rs61917370	A	G	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.022;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-9.437;NF=49;NR=63;PP=2497;ReadPosRankSum=1.367;SC=TCCCCTCCCCAGGCCAGGGCC;SOR=0.309;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=112;WE=9453872;WS=9453844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,88:0.64:138
chr12	9455171	rs373750394	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.29;MQRankSum=1.278;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	9455342	rs80134739	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-7.817;NF=18;NR=25;PP=420;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TGCAAAACCCACCGGGCTGCT;SOR=0.935;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=43;WE=9455350;WS=9455332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,44:0.27:162
chr12	9455428	rs11050141	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=594;SC=GGTGGCTCACACCTGTAATCC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=9455436;WS=9455418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	9456640	rs201046098	C	A	494.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.92;MQRankSum=-0.298;QD=27.49;ReadPosRankSum=1.382;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr12	9456729	rs11050148	T	C	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.82;QD=29.95;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	9456838	rs10843357	G	A	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=90;PP=2627;SC=TCCACATCCAGTTTCCTTCCT;SOR=1.451;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=50;TCR=90;TR=140;WE=9456846;WS=9456828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	9458412	rs10743653	G	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.44;QD=33.58;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	9459854	rs9971685	G	C	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.305;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-3.916;NF=51;NR=70;PP=1817;ReadPosRankSum=-2.202;SC=TGTGCACTTTGCCCAAGTGGT;SOR=1.150;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=219;TCF=98;TCR=121;TR=121;WE=9459862;WS=9459844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,93:0.51:184
chr12	9459898	rs2911825	G	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.031;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.427;NF=8;NR=35;PP=793;ReadPosRankSum=-2.160;SC=TTGCGGGGGGGACCATGCAGC;SOR=1.409;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=43;WE=9459906;WS=9459888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr12	9459979	.	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.963;NF=2;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GGAGAGATGCATTATCAGTCC;SOR=2.742;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=17;WE=9459987;WS=9459969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr12	9460007	.	C	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.927;NF=0;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=1.860;SC=TCCTGGGGCCCCAAGCCAGAA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=5;WE=9460015;WS=9459997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	9462680	.	GTAA	G	831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=7.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQRankSum=-4.033;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.894;SOR=1.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr12	9462681	.	T	TGCC	1297	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=53.36;NF=1;NR=10;PP=1297;QD=124.815841491;SC=TTTCTGTGGGTAATACCTCAT;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=11;WE=9462694;WS=9462671;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr12	9462685	.	A	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQRankSum=-4.149;QD=15.63;ReadPosRankSum=1.287;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr12	9462686	.	C	CCGTTTT	834.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQRankSum=-4.149;QD=15.46;ReadPosRankSum=1.383;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr12	9462709	rs2889720	A	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=20;PP=908;SC=CCAGGCACAGAGGCGGAGGAG;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=9462717;WS=9462699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr12	9463010	rs4883234	C	G	8241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=182;PP=2965;SC=TGGAATTCACCTTCCAGAAAA;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=111;TCR=182;TR=293;WE=9463018;WS=9463000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
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chr12	9463105	rs11050177	A	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.04;QD=31.74;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr12	9463806	rs10771515	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=38;PP=1063;SC=CTGTTTCTTCTCCTCCTACGA;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=9463814;WS=9463796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	9464109	rs12824979	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=9.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=-6.528;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
chr12	9464126	rs201695391	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=-3.404;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.306;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,19:0.15:126
chr12	9464133	rs10843383	C	G	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.529;NF=45;NR=14;PP=937;ReadPosRankSum=1.609;SC=GAAATGTCCTCTGTCTTTCTC;SOR=0.468;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=145;TCF=116;TCR=29;TR=59;WE=9464141;WS=9464116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,60:0.40:149
chr12	9464178	rs112191067	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=5.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-3.825;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,68:0.17:393
chr12	9464241	rs61917427	C	A	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FS=3.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-15.286;QD=5.04;ReadPosRankSum=2.063;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:399,182:0.31:581
chr12	9464271	.	C	CGTT	2621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=8.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-17.506;QD=4.92;ReadPosRankSum=-3.973;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:437,96:0.18:533
chr12	9464748	rs10771516	G	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.921;NF=26;NR=12;PP=544;ReadPosRankSum=-1.112;SC=AGGGCTGACGGAAGGGGTAGA;SOR=0.523;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=38;WE=9464756;WS=9464738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr12	9464828	rs12581470	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.032;NF=29;NR=25;PP=673;ReadPosRankSum=1.092;SC=TCTTGTCTCCCCCCCACGTGT;SOR=0.775;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=54;WE=9464836;WS=9464818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,56:0.36:155
chr12	9465465	rs11050199	A	G	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.469;NF=57;NR=55;PP=1475;ReadPosRankSum=-3.095;SC=CTCTGTTCCTATGCAGGCAGG;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=230;TCF=113;TCR=117;TR=112;WE=9465473;WS=9465455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,134:0.54:247
chr12	9465495	rs147788242	A	AT	3040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.603;NF=14;NR=46;PP=2021;ReadPosRankSum=-1.090;SC=CACCAGAAGGATTTTGCCAGC;SOR=0.563;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=138;TCF=24;TCR=114;TR=60;WE=9465503;WS=9465485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,118:0.52:225
chr12	9549634	rs11308534	AG	A	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.705;NF=5;NR=1;PP=138;ReadPosRankSum=1.580;SC=GAGTACTGGAAGAAAAAAAAG;SOR=0.330;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=9549642;WS=9549624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr12	9555185	rs72475431	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.694;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.685;NF=13;NR=16;PP=475;ReadPosRankSum=5.207;SC=CCTTAGAGAAAAGCCCCTCTT;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=29;WE=9555209;WS=9555165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr12	9555195	rs58903301	T	TC	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=5.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQRankSum=-6.372;QD=6.25;ReadPosRankSum=2.676;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,20:0.22:92
chr12	9555201	rs199717489	C	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQRankSum=-4.588;QD=2.28;ReadPosRankSum=2.635;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,11:0.13:87
chr12	9571547	rs61916776	C	G	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=100;NR=99;PP=2965;SC=CAGAGGCTGGCGCTCCGAGCA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=199;WE=9571555;WS=9571537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	9571599	rs73242993	C	A	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-1.939;QD=6.19;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,82:0.38:218
chr12	9571670	rs77617533	T	C	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=43;PP=1280;SC=CTTCTCCAGCTCCCATCTGTC;SOR=1.963;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=68;WE=9571678;WS=9571660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	9572244	rs7305608	A	G	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=41;PP=1220;SC=CAGCTGCTCCATTCTACCCCT;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=9572252;WS=9572234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	9572788	rs145731114	C	CGCACCTGGAT	4160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=33;PP=2900;SC=GCATGACGCCCGCACCTGGAA;SOR=5.069;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=106;TCF=14;TCR=92;TR=39;WE=9572796;WS=9572778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	9572819	rs10843740	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.05;MQRankSum=0.901;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.425;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr12	9572871	rs10843741	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.773;NF=3;NR=8;PP=159;ReadPosRankSum=-0.265;SC=ACAGAGGACATTTCCCAGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=11;WE=9572879;WS=9572861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr12	9572944	rs7955974	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.366;NF=0;NR=6;PP=191;ReadPosRankSum=1.182;SC=CAGGGGACTGGAGAACCTCAC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=9572952;WS=9572934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	9573130	rs7358608	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.26;MQRankSum=-0.755;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr12	9573223	rs4763936	C	A	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.912;NF=52;NR=36;PP=2415;ReadPosRankSum=1.352;SC=AGAAACCACACCGCACAGGTT;SOR=0.739;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=150;TCF=91;TCR=59;TR=88;WE=9573232;WS=9573213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,92:0.57:161
chr12	9573224	rs7358609	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQRankSum=1.476;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,44:0.27:161
chr12	9573287	rs375873947	AAGGAAGGG	A	1911.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.42;MQRankSum=1.204;QD=23.60;ReadPosRankSum=1.706;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr12	9573291	rs67766754	AAGGG	A	269.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.42;MQRankSum=-2.044;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr12	9573304	.	AG	A	1641	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=27;MQ=59.92;NF=7;NR=47;PP=1641;QD=30.7222222222;SC=GGAGGGAGGGAGGGAGCCCCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=54;WE=9573317;WS=9573277;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,54:0.96:56
chr12	9573309	.	G	GCCC	828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.042;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.730;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr12	9573338	rs4763950	G	A	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=41;PP=1710;SC=TCAGCCACCCGCAAACCGCGT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=9573346;WS=9573328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	9574002	rs10771709	C	T	8859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=191;NR=130;PP=2965;SC=GCAGGTCTCTCTTCTGGAACG;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=192;TCR=132;TR=321;WE=9574010;WS=9573992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr12	9574042	rs7298124	C	A	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.641;NF=91;NR=77;PP=2112;ReadPosRankSum=1.824;SC=GGAGACCCCGCTGCAGATGAC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=470;TCF=252;TCR=218;TR=168;WE=9574050;WS=9574021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,175:0.35:493
chr12	9574119	rs4764050	A	G	9320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=197;PP=2965;SC=CCGAAAACTGAAGATGCAGGT;SOR=1.182;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=135;TCR=197;TR=332;WE=9574127;WS=9574109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr12	9574344	rs4237949	T	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.611;NF=15;NR=6;PP=486;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GCAGTATGAGTTATTACCCAC;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=9574352;WS=9574334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr12	9574480	rs7132464	T	C	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.56;QD=31.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	9577027	rs3825308	C	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-1.177;NF=6;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TTCTGGCTTGCGGCCCCAGGA;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=6;WE=9577035;WS=9577017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	9577310	rs7296629	A	C	4730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=107;PP=2965;SC=AAGGGGGTCCACAGTTGAGTC;SOR=1.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=59;TCR=108;TR=166;WE=9577318;WS=9577300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	9577992	rs201150453	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQRankSum=-2.862;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.774;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr12	9578197	rs76671194	A	T	10854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=4.705;NF=232;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=0.949;SC=GGGCTGCAAGAGCTGCACAGA;SOR=0.425;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=475;TCF=246;TCR=229;TR=438;WE=9578205;WS=9578187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:31,432:0.93:463
chr12	9580122	rs61914680	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-6.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.717;NF=39;NR=2;PP=580;ReadPosRankSum=0.004;SC=GTAATTACACATCTGTTTTGC;SOR=0.519;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=126;TCF=118;TCR=8;TR=41;WE=9580130;WS=9580112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr12	9580203	rs58705479	G	C	9718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=7.291;NF=237;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.293;SC=ATTGGATGTGGAATGTGGAAA;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=529;TCF=304;TCR=225;TR=407;WE=9580211;WS=9580193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,415:0.81:511
chr12	9580395	rs61914681	C	G	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.45;MQRankSum=1.780;QD=37.16;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=4.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,51:0.93:55
chr12	9581791	rs4763566	T	C	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.204;NF=18;NR=38;PP=724;ReadPosRankSum=1.827;SC=ATCAGGTTCTTGGCCTTCAAA;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=56;WE=9581799;WS=9581781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr12	9581856	rs200761361	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.33;MQRankSum=-0.959;QD=16.74;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr12	9583216	rs3864916	T	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.02;QD=45.85;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	9583221	rs3864915	G	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.38;QD=36.90;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	9583324	rs4012577	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.03;MQRankSum=-2.179;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr12	9585487	rs56309949	G	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.72;MQRankSum=-1.657;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr12	9585598	rs200479049	T	C	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.75;QD=25.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	9586005	rs201987563	G	A	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	9590052	rs149680272	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.114;NF=38;NR=21;PP=847;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TGCTGCAGGCGTTCTTCTCGC;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=59;WE=9590060;WS=9590042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr12	9590197	rs61914700	T	C	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=50;PP=1455;SC=GCTCTCCTTCTCCAACCAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=76;WE=9590205;WS=9590187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	9590505	rs201948852	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.21;MQRankSum=-2.233;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr12	9590651	.	A	ACTGAGTAAC	3141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=11.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.91;MQRankSum=-6.371;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.346;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,91:0.33:276
chr12	9707317	rs200514101	T	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.07;QD=26.81;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	9707329	rs201854834	G	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.88;QD=22.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	9751035	rs3072716	C	CAT	2332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=7;PP=1943;SC=AATGCACAGACATTAATATGG;SOR=3.442;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=42;WE=9751043;WS=9751025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	9754221	rs3072720	A	AAAAC	4892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.52;QD=43.69;SOR=2.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	9832822	rs2114872	C	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	9832882	rs2114873	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=240;SC=CCATGTAGAATTGTGAGTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=9832890;WS=9832872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	9833524	rs3764022	C	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=262;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TCCAGGTTGTCTGCATTCAAA;SOR=0.916;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=23;WE=9833532;WS=9833514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr12	9833628	rs3764021	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=271;ReadPosRankSum=1.618;SC=CTGCTTTAAGCGGTAAGTGAA;SOR=0.512;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=26;WE=9833636;WS=9833618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr12	9840773	rs7310460	T	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TTTAGACATCTGCTTTTACAT;SOR=2.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=17;WE=9840781;WS=9840763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr12	9846521	rs7968401	C	G	44.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CCCATCTCAGCCTCCTGAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=9846529;WS=9846511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	9869271	rs2268146	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=143;ReadPosRankSum=-1.010;SC=GCCTCTTCCTAAGAAGACCCC;SOR=0.541;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=16;WE=9869279;WS=9869261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr12	9885526	rs12304510	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=25;PP=896;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TTCTCAAAGGCACCCTAAATC;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=118;TCR=67;TR=68;WE=9885534;WS=9885516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,70:0.37:190
chr12	9885707	rs71045297	A	ATAAGT	3635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.328;NF=12;NR=40;PP=2647;ReadPosRankSum=0.361;SC=GAAACTTCTGATAAGTAAATT;SOR=1.000;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=173;TCF=42;TCR=131;TR=52;WE=9885715;WS=9885697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,97:0.36:266
chr12	9906067	rs1051065	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=237;SC=TAAGTGAACATGTTTCCTTAT;SOR=2.419;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=9906075;WS=9906057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	9906350	rs57931161	GA	G	98.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=106;SC=GACAAGAATTGAAAAAAAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=9906358;WS=9906340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	9980243	rs2232543	A	G	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=42;PP=1660;SC=ATTTAATTTCATTTTTTCAAT;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=9980264;WS=9980233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	9994445	rs33911869	GTGT	G	2649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=16;PP=1485;SC=ACCAAGGGAAGTGTTGTTATT;SOR=1.355;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=32;WE=9994455;WS=9994435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	10014936	rs253148	A	T	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=GATGCCTTACATAGGTCATGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=10014944;WS=10014931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	10015082	rs253147	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=6;PP=328;SC=AAAATAAAATGAAGGATGTAA;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=10015090;WS=10015072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	10015177	rs253146	A	G	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=11;PP=617;SC=TCATACCTGAAAAATAAAAAT;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=10015185;WS=10015167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	10041364	rs1797517	G	A	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1496;ReadPosRankSum=1.638;SC=GAATGTAAACGTCAGCAGTCT;SOR=0.634;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=159;TCF=104;TCR=55;TR=97;WE=10041372;WS=10041354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,106:0.60:177
chr12	10046052	rs576601	C	A	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=50;PP=2090;ReadPosRankSum=2.131;SC=CAGTTTAAAACCTGGACATTT;SOR=0.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=138;TCR=81;TR=134;WE=10046060;WS=10046042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,141:0.60:234
chr12	10051433	rs1407899	A	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=206;ReadPosRankSum=0.502;SC=GGATGAAGACAGATTTAACTG;SOR=0.929;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=16;WE=10051441;WS=10051423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	10069302	rs526680	C	T	4595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.633;SC=AACTCACCAACCATTGAATGT;SOR=0.581;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=310;TCF=195;TCR=115;TR=198;WE=10069310;WS=10069292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,204:0.64:321
chr12	10124336	rs2984956	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=248;SC=ATAGAAGTGGTTATAGACTTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=10124344;WS=10124326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	10124373	rs2961542	C	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=111;SC=GATATAGTTACTATTCAACTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=10124381;WS=10124363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10131684	rs607567	T	G	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=101;PP=2965;SC=CCCCTGTTTTTGTCAAGAGGA;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=70;TCR=101;TR=171;WE=10131692;WS=10131674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	10131939	rs536947	C	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=518;ReadPosRankSum=0.643;SC=GTGGAGTTCACGTAACTTTGA;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=85;TCR=10;TR=35;WE=10131947;WS=10131929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr12	10136672	rs2961544	G	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=606;SC=AAAGAAAACTGAAAAAGTATA;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=10136680;WS=10136662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	10137557	rs479499	A	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=29;PP=915;SC=CACTTATAAAAAAAGAATGAT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=10137565;WS=10137547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	10137645	rs588272	T	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=145;SC=CAAATACATTTAAGGAGTGTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=10137653;WS=10137635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10145952	rs17734335	C	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.623;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.14;MQRankSum=-1.027;NF=20;NR=21;PP=604;ReadPosRankSum=-1.782;SC=TCAGACTCTGCGTATAGTAGT;SOR=1.077;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=41;WE=10145960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr12	10146014	rs11447004	A	AC	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.41;MQRankSum=1.754;QD=13.51;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr12	10146236	rs617956	C	T	3727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=66;PP=2225;ReadPosRankSum=0.998;SC=GGTCAGGACTCAGATGAACTG;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=151;WE=10146244;WS=10146226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,165:0.67:246
chr12	10146470	rs542700	G	A	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=804;SC=TTTATTTGGAGAATACCTGCA;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=10146478;WS=10146460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	10147850	rs521040	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=3.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,40:0.28:144
chr12	10149406	rs581949	T	C	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=21;PP=1576;SC=AGGTTTCTCTTCCTTGCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=76;WE=10149414;WS=10149396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	10149657	rs582968	T	C	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=83;PP=2965;SC=TACATTTTCTTCACATTCAAT;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=52;TCR=83;TR=135;WE=10149665;WS=10149647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	10149851	rs583903	C	T	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=73;PP=2380;SC=TTCATTCTCACCTTGTAGGTA;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=140;WE=10149859;WS=10149841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	10151642	rs612593	T	C	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=77;PP=2965;SC=TTACCGGAGATGAGAGCTGGT;SOR=1.345;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=232;TCF=155;TCR=77;TR=230;WE=10151650;WS=10151632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr12	10151762	rs11379994	T	TC	5628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.469;NF=14;NR=76;PP=2933;ReadPosRankSum=0.917;SC=AGTTTCCAACTTTACAATTTC;SOR=0.773;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=24;TCR=135;TR=90;WE=10151770;WS=10151752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,162:0.58:277
chr12	10163375	rs1359082	C	A	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=39;PP=1338;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GAAGAAGTGACCTACGCGACA;SOR=0.391;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=170;TCF=108;TCR=62;TR=97;WE=10163383;WS=10163365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,104:0.59:176
chr12	10165469	rs476474	A	G	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=28;PP=1173;SC=GGCTGGTGACATTGGGGATGA;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=10165477;WS=10165459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	10165593	rs620449	T	G	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=37;PP=1106;SC=CGTCTGATACTTTTCTGCTGT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=10165601;WS=10165583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	10167277	rs637790	G	C	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.459;SC=GATCTCCAGTGTACTGAAGAG;SOR=1.002;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=81;TCR=94;TR=173;WE=10167285;WS=10167267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,190:0.99:192
chr12	10171111	rs77423772	G	A	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=2.401;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,83:0.55:152
chr12	10171128	rs78910408	T	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=973;ReadPosRankSum=0.324;SC=GTGAGTAAGCTCATATGAGGA;SOR=0.585;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=72;WE=10171136;WS=10171118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,84:0.55:152
chr12	10205420	rs375899502	GT	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=2.619;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr12	10206925	rs7315231	A	G	5140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=112;PP=2965;SC=GATTATTAACAGCATCCATTT;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=74;TCR=112;TR=186;WE=10206933;WS=10206915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	10215582	rs10772230	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=678;SC=GTGAGGCAAGGGGCTTTTTGG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=10215590;WS=10215572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	10217326	rs10622534	C	CTT	5616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=39;PP=2965;SC=ATTTTTGTCTCATAGGATTTT;SOR=1.016;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=65;WE=10217334;WS=10217316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	10241593	rs1352477	A	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=164;SC=GTTGCCATTTAAAAAAAGATA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=10241601;WS=10241583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	10241829	rs2277416	G	T	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=61;PP=1747;SC=GCTCTGCAGGGAACAGAAGAG;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=106;WE=10241837;WS=10241819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	10245158	rs11347002	GA	G	319.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=228;SC=AAGTAGTAATGAAATGAAATG;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=10245166;WS=10245148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	10245237	rs11444183	G	GT	57.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=96;SC=AGGAGTTGTTGTTTTCTGCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=10245245;WS=10245227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	10251256	rs10706436	GA	G	162.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=145;SC=GAATATAACTGAAAAAAAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=10251264;WS=10251246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10251287	rs6488257	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=3;PP=354;SC=TGTCACAGGGCGAGTAATTGG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=10251295;WS=10251277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	10251385	rs3816845	T	C	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=25;PP=1237;SC=GTGGTCTATTTGGACTCCAGG;SOR=1.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=10251393;WS=10251375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	10251445	rs2306894	C	G	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=48;PP=1904;SC=TGTGGCAGAGCCTTGAGAATG;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=106;WE=10251453;WS=10251435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	10271055	rs7959451	T	C	7107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=100;PP=2965;SC=CCACCCTTCCTCTTACATTGA;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=152;TCR=100;TR=251;WE=10271063;WS=10271045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr12	10275684	rs11053608	T	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.401;SC=CTTTCTCCTCTTGTCCTAGTT;SOR=0.129;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=10275692;WS=10275681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	10312648	rs13306593	C	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
chr12	10312691	rs17174597	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=2.668;SC=TTCAGAAACTTAGCTTTTGAA;SOR=1.061;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=13;WE=10312699;WS=10312681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr12	10312878	rs2634156	C	T	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=25;PP=1409;SC=AGGCAGTGACCTCACTAGCAG;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=76;WE=10312886;WS=10312868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr12	10313075	rs3736235	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=398;ReadPosRankSum=-1.183;SC=TGGGGAGTAATGTTTCTGAGT;SOR=1.048;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=41;WE=10313083;WS=10313065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,46:0.35:131
chr12	10313134	rs3736234	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=331;ReadPosRankSum=1.012;SC=AGTTAGTGTTGGATCCACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=21;WE=10313142;WS=10313124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr12	10313358	rs3736232	C	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.034;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=317;ReadPosRankSum=2.213;SC=CAATACTCCACCCCAACAAAT;SOR=0.457;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=25;WE=10313366;WS=10313348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,26:0.27:98
chr12	10313448	rs11053646	C	G	3910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=70;PP=2133;ReadPosRankSum=-2.321;SC=TCTCTTGGCTCTTTTCCCAGT;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=242;TCF=130;TCR=112;TR=157;WE=10313456;WS=10313438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,175:0.66:265
chr12	10373324	rs7301041	T	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=24;PP=758;SC=ATTAGATACCTCTTGTTTTTT;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=10373332;WS=10373314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	10460543	rs2302489	A	T	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=10;PP=1688;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TTCATTCTCTATTTTTGCTAA;SOR=2.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=61;TCR=10;TR=70;WE=10460551;WS=10460533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr12	10461883	rs10734825	A	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=8;PP=1057;SC=CTCCGTTATCAAATGAAAGAA;SOR=2.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=56;WE=10461891;WS=10461873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr12	10462052	rs10772256	T	G	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=66;PP=2211;SC=TTCGTTGATGTCTACGTTGGG;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=110;WE=10462060;WS=10462042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	10462431	rs7980604	G	A	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=381;SC=ATTTTACATTGCTCAATCTAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=10462439;WS=10462421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	10467533	rs2537752	T	A	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=215;SC=AATTGTCATGTATGTGAAACA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=10467541;WS=10467523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	10511662	rs10743886	C	T	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=82;PP=2592;SC=AATTCCAGAGCAGGGAGAAAA;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=152;WE=10511670;WS=10511652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	10525644	rs1351113	A	G	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=54;PP=2965;SC=CTTTAGTCTCAGTTGGCAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=123;TCR=54;TR=177;WE=10525652;WS=10525634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	10525740	rs1049172	C	T	9526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=158;NR=179;PP=2965;SC=TGCAGATGTACGTATTTGGAG;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=337;TCF=158;TCR=179;TR=337;WE=10525748;WS=10525730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr12	10531896	rs2255364	C	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	10531903	rs75197860	T	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	10532111	rs2255353	T	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=14;PP=477;SC=TATTAAAAGTTTGTATTGTTA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=10532119;WS=10532101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	10532326	rs2255336	T	C	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	10532434	rs2617151	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=29;PP=798;SC=GAAGCATAAAAGGTTTGGGTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=10532442;WS=10532424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	10560824	rs2617169	T	A	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=461;SC=TTATGGCTCATTGTTATAGTT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=10560832;WS=10560814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	10560957	rs2617170	T	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=33;PP=1159;SC=CAGGGAAAAATTGTTCTGCTC;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=10560965;WS=10560947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	10562025	rs1841957	C	T	7639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CTTGATGATCCGAAGAAGCAT;SOR=0.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=157;TCR=105;TR=261;WE=10562033;WS=10562015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr12	10562089	rs1841958	A	C	8511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=152;PP=2965;SC=TGAAATGGAGATTTTATTGCC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=149;TCR=153;TR=301;WE=10562097;WS=10562069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr12	10570965	rs2682495	C	G	7787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=115;PP=2965;SC=ATTATCTATACAAAGCAGACT;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=147;TCR=115;TR=262;WE=10570973;WS=10570955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr12	10571042	rs2741882	A	G	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=81;PP=2813;SC=TACCAATGTAATAACAACTGT;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=129;WE=10571050;WS=10571032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	10571091	rs2682494	T	G	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=61;PP=1974;SC=ATGGCCACAATGACGTGCTAA;SOR=2.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=80;WE=10571099;WS=10571081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	10571106	rs2682493	G	C	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=44;PP=1553;SC=TGCTAATAAAGATATGAATTA;SOR=2.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=10571114;WS=10571096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	10571158	rs10743890	C	T	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=30;PP=1396;SC=AAAATTAGTTCACATATTTGC;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=10571166;WS=10571148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	10571177	rs4394921	A	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=26;PP=1440;SC=GCAACAGTATAAACATATATG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=10571185;WS=10571167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	10571504	rs4579992	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.94;QD=41.70;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	10571514	rs4275705	C	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.81;QD=45.32;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	10571536	rs33947579	A	AT	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.58;QD=30.12;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	10571622	rs4093355	G	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	10572544	rs143188402	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	10572839	rs2253365	A	T	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=0;PP=913;SC=ATATTAGAATATTAGATCCCA;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=33;WE=10572847;WS=10572829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	10572982	rs2741881	A	G	8378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=118;PP=2965;SC=CATATATTTTATCAATCCCTT;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=167;TCR=118;TR=285;WE=10572990;WS=10572972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr12	10573094	rs2682491	C	G	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.52;QD=44.03;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr12	10573145	rs2682489	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=15.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.86;MQRankSum=-1.863;QD=21.94;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr12	10573211	rs10734829	A	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=13.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.50;MQRankSum=-0.447;QD=19.99;ReadPosRankSum=0.951;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr12	10583611	rs3003	C	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=510;SC=ATTTTTGTATCAGAGCAAATA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=10583619;WS=10583601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	10583696	rs2981593	C	T	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=35;PP=2107;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TGATGCACTGCAAACGCAAAT;SOR=1.462;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=70;TCR=36;TR=104;WE=10583704;WS=10583684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr12	10586921	.	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.76;MQRankSum=-2.382;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,2:0.04:52
chr12	10586946	rs113946028	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=12.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.50;MQRankSum=-3.832;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=3.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
chr12	10586956	rs72475445	C	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=10.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.57;MQRankSum=-2.616;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.321;SOR=2.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,24:0.23:105
chr12	10586961	rs1356930	T	C	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.020;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.270;NF=69;NR=27;PP=2962;ReadPosRankSum=1.910;SC=TCTTTCTTTATAAATATTTAT;SOR=0.148;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=148;TCF=115;TCR=33;TR=96;WE=10586969;WS=10586936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,90:0.74:122
chr12	10586978	rs144149096	A	AT	1466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.558;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.649;NF=41;NR=20;PP=1966;ReadPosRankSum=-0.917;SC=TTATGGCTGAATTTATGGCTT;SOR=1.879;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=61;WE=10586986;WS=10586968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,63:0.31:204
chr12	10587111	rs61917677	A	G	7708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=184;PP=2965;SC=ATTCGGGGAAAAATTGTTCTG;SOR=1.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=97;TCR=184;TR=281;WE=10587119;WS=10587101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr12	10587158	rs35801775	A	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.790;HP=6;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.256;NF=2;NR=40;PP=860;ReadPosRankSum=-2.225;SC=AATGATTTTTATAAAAACTGA;SOR=0.071;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=90;TCF=2;TCR=88;TR=42;WE=10587166;WS=10587148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr12	10587631	rs144960284	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.841;NF=11;NR=19;PP=449;ReadPosRankSum=1.006;SC=AATTGTTCTGCTCCAGGACTG;SOR=0.423;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=30;WE=10587639;WS=10587621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr12	10588530	rs75545535	C	G	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=29.392;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.379;NF=67;NR=43;PP=1209;ReadPosRankSum=3.178;SC=CCTTTGCTGCCGCTTTGGGTC;SOR=0.830;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=287;TCF=138;TCR=149;TR=110;WE=10588538;WS=10588520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,103:0.37:278
chr12	10588581	rs28403159	T	C	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=10.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=107.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.507;NF=1;NR=63;PP=1522;ReadPosRankSum=0.453;SC=TCTTTGTTTATTCATCTCTGC;SOR=6.750;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=160;TCF=47;TCR=113;TR=64;WE=10588589;WS=10588571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,61:0.40:151
chr12	10588647	rs28730284	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.103;NF=5;NR=22;PP=458;ReadPosRankSum=-0.346;SC=GAAGCTATAAATGGTGTATAT;SOR=0.045;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=27;WE=10588655;WS=10588637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr12	10594848	rs78547237	C	A	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.42;QD=27.85;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10599427	rs4763533	C	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=331;SC=GAGTAGTCCCCCTTCATCCAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=10599435;WS=10599417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	10602077	rs2734440	C	T	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=40;PP=1259;SC=TAAACCTATACGTATGCAACA;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=10602085;WS=10602067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	10603670	rs2253849	T	C	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=67;PP=2965;SC=TAAAATGGAGTTTTTATTGCC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=154;WE=10603678;WS=10603660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	10658942	rs7135490	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.076;NF=22;NR=24;PP=821;ReadPosRankSum=0.191;SC=CTATGCTGAACGGTGCAGCAG;SOR=0.859;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=46;WE=10658950;WS=10658932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr12	10659438	rs10772299	T	C	7190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=127;PP=2965;SC=CATGTGTAAATCAATCTTTTC;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=115;TCR=128;TR=242;WE=10659446;WS=10659428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr12	10659964	rs10772300	C	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=53;PP=1546;SC=CTGGAAGTTGCAATTTCTCTT;SOR=6.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=54;WE=10659972;WS=10659954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	10675250	rs7980396	G	C	8224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=140;NR=138;PP=2965;SC=ATGGGGCCCAGTTCTTACCAA;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=140;TCR=138;TR=278;WE=10675258;WS=10675240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr12	10746385	rs2244387	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=180;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CTCACTCTGGGCTCCAGCCTG;SOR=0.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=13;WE=10746393;WS=10746375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr12	10748314	rs2168749	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
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chr12	10759032	rs10772333	T	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=16;PP=455;SC=ATTCTTTAAATGCCTAAAACA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=10759040;WS=10759022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	10760305	rs2290718	G	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=-2.046;SC=AAGATAATAAGCCTTTAATGA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=11;WE=10760313;WS=10760295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	10760328	rs3947920	G	A	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	10760335	rs2125090	T	A	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.72;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	10760380	rs2125089	G	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=23;PP=844;SC=ATCTTGGCTAGCAAACTGACT;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=10760388;WS=10760370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	10760624	rs10845180	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CCAATTTTAGTTGCAAGTTTT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=10760632;WS=10760614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	10762069	rs7311796	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=663;SC=AGGGATGCAAGTAAGAATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=10762077;WS=10762059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	10762128	rs139454732	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=0.998;SC=ATATTCTTAATAAAAGTGATT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=10762136;WS=10762118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	10762653	rs17742055	A	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=510;ReadPosRankSum=0.172;SC=AGAAAAATTTAATTGATTCCA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=26;WE=10762661;WS=10762643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr12	10763175	.	G	A	96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=24;MQ=56.17;NF=4;NR=0;PP=96;QD=32.6928031368;SC=TGGGCTAAATGCAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=10763183;WS=10763165;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr12	10763236	rs10845182	G	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=354;SC=TTCTGATCATGACATCATTTT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=10763244;WS=10763226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	10763419	rs72054859	CTAGACATG	C	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=814;SC=AAGATCATTGCTAGACATGTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=10763434;WS=10763409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	10766244	rs10772335	A	C	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=135;PP=2965;SC=TTCCTCCTGCAGTGCAGCCCT;SOR=2.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=34;TCR=135;TR=169;WE=10766252;WS=10766234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	10772983	rs1870194	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=441;SC=CTTCCTTGACAAGGCAAATGT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=10772991;WS=10772973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	10782115	rs3759259	T	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=11;PP=810;SC=CAGAGAAAGCTGAGCAGGTCC;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=10782123;WS=10782105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	10784021	rs2168746	G	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=232;SC=TTTGGCCAATGGGGAGTTGTC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=10784029;WS=10784011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	10786757	rs5796407	T	TGAA	7225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=71;PP=2974;SC=GAGAAGAGAATGAAGAAGCCT;SOR=1.186;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=96;TCF=12;TCR=84;TR=82;WE=10786765;WS=10786747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	10786797	rs2252664	C	T	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=67;PP=1935;SC=TTCCCCTACCCGCCAGCTCTC;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=97;WE=10786805;WS=10786787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	10868267	rs368204464	G	C	3196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=78;PP=2327;ReadPosRankSum=0.745;SC=CCAGCACTTTGATACCCAACC;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=431;TCF=234;TCR=197;TR=169;WE=10868286;WS=10868257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,169:0.38:445
chr12	10870900	rs11309033	AC	A	317.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=338;SC=TCCACAGGCCACCCACCTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=10870908;WS=10870890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	10871667	rs33016	A	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=26;PP=996;SC=GCAAATATACACACACACATA;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=10871675;WS=10871657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	10958658	rs2537817	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=481;SC=TTTCATATCATGCAGGCAATT;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=10958666;WS=10958648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	10959031	rs1548803	C	T	5635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=69;PP=2965;SC=TAAAGAGAGTCAAGGGTTCAA;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=115;TCR=69;TR=184;WE=10959039;WS=10959021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr12	10962115	rs3741845	A	G	6345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=115;PP=2965;SC=GGGAACCATCACCCCCAGGTT;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=101;TCR=115;TR=216;WE=10962123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	10978402	rs597468	G	A	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=29;PP=1198;SC=GTCATTCTTCGTTTTATAATC;SOR=0.754;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=60;WE=10978410;WS=10978392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	10999708	rs1047699	T	C	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=48;PP=1349;ReadPosRankSum=0.397;SC=TCTGTCCCTCTGGAAGAATGA;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=106;WE=10999716;WS=10999698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,113:0.62:183
chr12	10999780	rs1063193	C	T	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=49;PP=1745;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GTGTCCTCGTCGGGGTGGTCG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=108;TCR=80;TR=117;WE=10999788;WS=10999770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,128:0.63:203
chr12	11000171	rs12310531	T	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.630;NF=4;NR=29;PP=542;ReadPosRankSum=-2.939;SC=AAAGTCTCATTTATTTGCTCC;SOR=0.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=116;TCF=15;TCR=101;TR=33;WE=11000179;WS=11000161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,29:0.28:104
chr12	11035274	rs28607516	G	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.00;QD=30.15;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	11035368	rs11054060	T	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=29;PP=1343;SC=CTCTCTGTCTTCACCACACGG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=11035376;WS=11035358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	11035482	rs10845228	T	C	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=41;PP=2582;SC=GATGAAAAATTGAATTTCTTT;SOR=1.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=131;WE=11035490;WS=11035472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	11035533	rs10845229	G	A	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.124;NF=140;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=1.673;SC=AAAACTGTTTGTATCTTTGGG;SOR=0.311;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=142;TCR=117;TR=257;WE=11035541;WS=11035523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,274:1.00:275
chr12	11061122	rs1015443	T	C	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=99;PP=2965;SC=GATCACTGTGTTCTGATACAG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=201;WE=11061130;WS=11061112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	11083356	rs116998526	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=17.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.83;MQRankSum=-2.372;QD=0.67;ReadPosRankSum=-4.549;SOR=1.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,35:0.13:273
chr12	11083677	rs10772391	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.41;QD=25.25;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	11084829	.	T	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=495;ReadPosRankSum=-0.993;SC=TTTCAGGAAGTGAATAAGAAG;SOR=0.463;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=41;WE=11084837;WS=11084819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr12	11091432	rs3741843	C	T	6344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=96;PP=2965;SC=CCTTTTTAACCCTCCACTTTA;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=119;TCR=97;TR=215;WE=11091440;WS=11091422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	11138683	rs10772397	C	T	7941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CCATGACAACCGGGTCATTCC;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=145;TCR=131;TR=274;WE=11138691;WS=11138673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr12	11138852	rs1376251	C	T	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=1063;ReadPosRankSum=-2.605;SC=GAGATGTTTACACAGAGAACA;SOR=1.131;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=139;TCF=80;TCR=59;TR=74;WE=11138860;WS=11138842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,80:0.53:150
chr12	11149532	rs1450839	A	G	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=31;PP=1713;ReadPosRankSum=0.886;SC=CACACAATGCACCTCTTGTGA;SOR=0.889;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=119;TCR=46;TR=115;WE=11149540;WS=11149522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,127:0.72:176
chr12	11149711	rs10845279	C	A	4628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.62;ReadPosRankSum=-1.966;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,124:0.66:188
chr12	11149720	rs10845280	A	G	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.19;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,108:0.63:171
chr12	11149769	rs10845281	T	C	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.440;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=1277;ReadPosRankSum=0.282;SC=GCAAGTAATATGAGGAAGGAG;SOR=1.048;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=71;WE=11149777;WS=11149759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,72:0.59:123
chr12	11150033	rs12226919	G	T	4537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.099;NF=103;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.285;SC=ATATACGTGTGTTTCATCACA;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=187;TCR=171;TR=198;WE=11150062;WS=11150009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,206:0.55:375
chr12	11150046	rs12226920	G	T	7431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.045;QD=20.42;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,191:0.52:364
chr12	11150054	rs79420812	C	T	7347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.048;QD=20.13;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,192:0.53:365
chr12	11150319	rs11054143	T	C	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.232;NF=44;NR=27;PP=1018;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CTCTGGAGACTGCCAGAGCAG;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=71;WE=11150327;WS=11150309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,78:0.76:102
chr12	11150540	rs34965724	CA	C	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=527;ReadPosRankSum=0.563;SC=CTCTGATATTCAAGACTTTAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=16;WE=11150559;WS=11150530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr12	11150551	rs4388985	G	A	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=26;PP=768;SC=AAGACTTTAAGTTAAATATGC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=11150559;WS=11150530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	11150579	rs1463237	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=449;SC=TCCTGAATGTCCAATAACATT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=11150587;WS=11150569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	11174181	rs79561087	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-6.959;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=1.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr12	11174186	rs79057393	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=9.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-7.200;QD=9.64;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr12	11174202	.	G	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.110;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.315;HP=7;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.836;NF=29;NR=0;PP=2410;ReadPosRankSum=0.069;SC=CCATCAGTTTGTTTTCTGCTA;SOR=3.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=100;TCF=91;TCR=9;TR=29;WE=11174231;WS=11174192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,29:0.28:104
chr12	11174213	rs114463974	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=27.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-9.997;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.296;SOR=4.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,32:0.25:128
chr12	11174219	rs79407997	C	A	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=18.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-9.601;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.625;SOR=2.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,38:0.26:146
chr12	11174223	rs74363809	G	C	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=16.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-9.552;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.667;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,41:0.26:158
chr12	11174261	rs75441696	C	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=4.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-10.640;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,73:0.24:306
chr12	11174264	rs77074409	C	A	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=3.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-10.187;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,81:0.25:319
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chr12	11174276	rs10772420	G	A	6306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-5.205;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,203:0.54:379
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chr12	11175087	rs12313469	G	A	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.008;NF=45;NR=29;PP=1107;ReadPosRankSum=2.334;SC=CATTTACTAGGGCTATGAAGC;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=105;TCR=68;TR=74;WE=11175095;WS=11175077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,80:0.43:187
chr12	11182989	rs11522329	T	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQRankSum=-13.324;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:544,96:0.15:640
chr12	11182998	rs200315131	CA	TC	10084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-17.207;NF=152;NR=120;PP=2944;ReadPosRankSum=5.059;SC=ATGCCCCTCTCATGAATCTAT;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=670;TCF=375;TCR=295;TR=272;WE=11183007;WS=11182979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,272:0.41:668
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chr12	11183046	rs201730548	C	T	8580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FS=8.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-17.290;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,229:0.36:634
chr12	11183052	rs199894662	G	A	7963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FS=12.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-15.430;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,212:0.35:614
chr12	11183066	rs138895028	A	T	6007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=27.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.211;NF=61;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.433;SC=AACTGAAAGAAAAGTCTGCTT;SOR=1.719;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=600;TCF=285;TCR=315;TR=198;WE=11183074;WS=11183025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:407,172:0.30:579
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chr12	11183121	.	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.688;ClippingRankSum=0.000;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=54.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.18;MQRankSum=-11.824;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.649;SOR=7.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:505,53:0.09:558
chr12	11183123	rs201103714	T	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=50.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQRankSum=-11.457;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.232;SOR=7.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,49:0.09:556
chr12	11183133	.	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.474;ClippingRankSum=0.000;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=41.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQRankSum=-10.656;QD=0.27;ReadPosRankSum=1.501;SOR=7.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:527,41:0.07:568
chr12	11183217	rs10772423	C	T	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.223;NF=56;NR=72;PP=1857;ReadPosRankSum=-0.690;SC=AGAAAGTAAACGGCACATAAC;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=382;TCF=168;TCR=214;TR=128;WE=11183225;WS=11183207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,126:0.32:390
chr12	11183255	rs10845293	G	A	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.954;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.478;NF=55;NR=57;PP=2033;ReadPosRankSum=-0.320;SC=AGTTTGCAAAGCTTTTATGTG;SOR=0.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=139;TCR=147;TR=112;WE=11183263;WS=11183245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,115:0.38:303
chr12	11183286	rs10845294	G	C	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.396;NF=66;NR=70;PP=2357;ReadPosRankSum=1.658;SC=CTGGGATCTTGAGATCCTTTA;SOR=0.597;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=331;TCF=170;TCR=161;TR=136;WE=11183294;WS=11183276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,141:0.41:347
chr12	11183451	rs10743938	A	T	11350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=203;NR=213;PP=2965;SC=TTCCAAGTCAAGTTTCCTTCA;SOR=0.894;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=419;TCF=204;TCR=215;TR=416;WE=11183459;WS=11183441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr12	11183484	.	CT	GA	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.746;ClippingRankSum=0.000;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=88.887;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-18.545;QD=0.10;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=6.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,25:0.07:345
chr12	11183496	rs199736450	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=107.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQRankSum=-17.462;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.070;SOR=6.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,30:0.10:306
chr12	11183506	rs115707514	T	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=98.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-17.225;QD=1.59;ReadPosRankSum=1.176;SOR=5.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,32:0.11:298
chr12	11183524	rs75159539	T	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=86.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-15.402;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=3.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,51:0.18:286
chr12	11183576	rs72475488	T	C	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.420;NF=67;NR=60;PP=1697;ReadPosRankSum=0.556;SC=CCTCTTTAAGTGAAGAAAAAT;SOR=0.921;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=316;TCF=164;TCR=152;TR=127;WE=11183584;WS=11183566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,122:0.39:316
chr12	11183642	rs73049067	A	G	4495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.422;NF=98;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.054;SC=GCTAGTAGCAAGCCAGTTGCT;SOR=0.800;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=480;TCF=239;TCR=241;TR=211;WE=11183661;WS=11183632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,216:0.43:499
chr12	11183676	rs73049072	C	T	5074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-7.213;NF=87;NR=109;PP=2607;ReadPosRankSum=0.325;SC=ACTGCCCAGACATTATAAGCA;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=482;TCF=223;TCR=259;TR=196;WE=11183684;WS=11183666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,201:0.40:498
chr12	11183697	rs73049074	C	A	4337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.828;NF=66;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.250;SC=GTAGTTCTTACTTCTACACTA;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=416;TCF=184;TCR=232;TR=158;WE=11183730;WS=11183687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,157:0.37:424
chr12	11183708	rs80125932	T	C	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-5.366;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,88:0.23:381
chr12	11183722	rs78562467	A	C	3612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.121;NF=43;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.746;SC=AAGCTGGATTAAACACAGTTG;SOR=0.757;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=328;TCF=133;TCR=195;TR=115;WE=11183730;WS=11183687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,114:0.34:331
chr12	11183752	rs72475489	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=7.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-9.929;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,53:0.25:210
chr12	11183793	.	G	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.393;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=29.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=-10.871;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.547;SOR=3.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,17:0.13:126
chr12	11183797	.	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=30.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-10.680;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.250;SOR=4.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,16:0.13:122
chr12	11183809	.	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=35.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-10.676;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.934;SOR=5.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,12:0.10:124
chr12	11183832	rs10845295	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.634;NF=25;NR=21;PP=706;ReadPosRankSum=0.489;SC=CTCTTGACCCGCTCAATGGAA;SOR=0.528;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=46;WE=11183845;WS=11183817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,51:0.39:131
chr12	11199734	rs2597984	T	C	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=57;PP=1361;SC=TTTAAAAAGCTGGCGCCTTCT;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=79;WE=11199742;WS=11199724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	11201689	rs2597986	C	T	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=10;PP=656;SC=AGTAAACCAACTCTGGACACC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=11201697;WS=11201679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	11201889	.	C	G	535	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=70;MMLQ=27;MQ=55.34;NF=10;NR=27;PP=535;QD=15.3992219607;SC=AAAAATGCAGCCTTAATAACA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=37;WE=11201897;WS=11201879;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr12	11201962	rs2597987	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=885;SC=TTTAAATGTGTAGTAACATTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=11201970;WS=11201940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	11214025	rs372278369	A	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-23.720;QD=0.38;ReadPosRankSum=-3.861;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:506,60:0.11:566
chr12	11214066	.	T	C	5705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.037;ClippingRankSum=0.000;DP=798;ExcessHet=3.0103;FS=2.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-27.784;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:621,176:0.22:797
chr12	11214074	rs200528237	T	C	5709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-28.132;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.258;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:635,184:0.22:819
chr12	11214080	.	G	A	5735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.692;ClippingRankSum=0.000;DP=824;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQRankSum=-28.236;QD=6.97;ReadPosRankSum=3.349;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:640,183:0.22:823
chr12	11214082	.	T	C	5770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.001;ClippingRankSum=0.000;DP=824;ExcessHet=3.0103;FS=2.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQRankSum=-28.235;QD=7.01;ReadPosRankSum=3.931;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:640,183:0.22:823
chr12	11214091	.	G	C	5840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.949;ClippingRankSum=0.000;DP=832;ExcessHet=3.0103;FS=2.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-28.368;QD=7.03;ReadPosRankSum=5.340;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:644,187:0.23:831
chr12	11214101	.	C	G	5622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.312;ClippingRankSum=0.000;DP=807;ExcessHet=3.0103;FS=2.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQRankSum=-28.076;QD=6.98;ReadPosRankSum=5.164;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:626,180:0.22:806
chr12	11214133	rs76020872	C	T	3889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=3.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=-25.474;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:527,134:0.20:661
chr12	11214137	rs76147157	C	T	3865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=4.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-24.943;QD=6.10;ReadPosRankSum=-2.623;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,130:0.21:634
chr12	11214153	.	C	T	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=1.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-22.888;QD=5.10;ReadPosRankSum=-3.821;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:446,84:0.16:530
chr12	11214156	.	G	T	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=0.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-22.400;QD=3.92;ReadPosRankSum=-3.745;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:432,75:0.15:507
chr12	11214161	.	TG	CA	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-21.489;QD=3.21;ReadPosRankSum=-4.074;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:403,63:0.14:466
chr12	11214167	.	G	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=1.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-20.311;QD=2.58;ReadPosRankSum=-4.944;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:364,52:0.12:416
chr12	11214212	rs2708380	A	T	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-5.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.317;NF=42;NR=50;PP=1435;ReadPosRankSum=-1.151;SC=ACAGTTTGCAAAGCTTTTATG;SOR=0.624;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=247;TCF=107;TCR=140;TR=92;WE=11214220;WS=11214202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,96:0.39:248
chr12	11214299	rs376020270	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=6.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-19.524;QD=1.40;ReadPosRankSum=-3.311;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,45:0.10:462
chr12	11214324	.	C	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.772;ClippingRankSum=0.000;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=9.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-22.923;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.328;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:508,64:0.11:572
chr12	11214326	.	G	C	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=9.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-23.228;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.376;SOR=1.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:506,66:0.12:572
chr12	11214330	.	G	A	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.508;ClippingRankSum=0.000;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=7.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-23.964;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.099;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:519,74:0.12:593
chr12	11214336	rs371367179	A	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FS=10.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-24.190;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.846;SOR=1.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:527,77:0.13:604
chr12	11214351	.	G	C	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DP=631;ExcessHet=3.0103;FS=8.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-24.400;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.619;SOR=1.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:536,89:0.14:625
chr12	11214360	rs73260771	C	T	4122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FS=2.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.877;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,211:0.40:528
chr12	11214363	.	T	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DP=617;ExcessHet=3.0103;FS=11.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-23.977;QD=3.46;ReadPosRankSum=2.969;SOR=1.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:523,89:0.15:612
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chr12	11244149	rs73064964	G	A	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.303;HP=3;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.750;NF=21;NR=46;PP=1019;ReadPosRankSum=3.670;SC=AGTTTGCAAAGCTTTTATGTG;SOR=1.427;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=206;TCF=87;TCR=119;TR=67;WE=11244157;WS=11244139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,44:0.23:189
chr12	11244166	rs35720106	G	C	3569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.349;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=10.251;NF=69;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.153;SC=TGTGGACCTTGGTGCTGGGAT;SOR=0.110;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=192;TCF=83;TCR=109;TR=137;WE=11244177;WS=11244156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,144:0.79:183
chr12	11244169	rs201144595	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=24.481;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.246;NF=14;NR=41;PP=2375;ReadPosRankSum=1.418;SC=GGACCTTGGTGCTGGGATCTT;SOR=2.312;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=193;TCF=85;TCR=108;TR=55;WE=11244177;WS=11244156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,39:0.21:183
chr12	11244190	rs202034865	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=14.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-11.330;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=1.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,27:0.14:191
chr12	11244194	rs71443637	T	C	3900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=11.134;NF=86;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=2.070;SC=TCCTTTACCATGGAGCTGCAT;SOR=0.471;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=148;WE=11244207;WS=11244180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,161:0.86:187
chr12	11244369	.	GC	AT	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-15.721;QD=3.56;ReadPosRankSum=-2.514;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,39:0.14:274
chr12	11244378	rs201455884	C	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-16.236;QD=3.93;ReadPosRankSum=-1.778;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,46:0.16:289
chr12	11244390	rs73064966	T	C	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-16.013;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,52:0.18:285
chr12	11244432	rs111982292	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-14.768;QD=4.29;ReadPosRankSum=2.295;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,53:0.21:250
chr12	11244470	rs201460452	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-12.812;QD=1.62;ReadPosRankSum=-2.530;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,25:0.14:181
chr12	11244483	rs201210705	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-11.465;QD=0.50;ReadPosRankSum=-3.362;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,13:0.08:156
chr12	11244687	rs113197337	G	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.711;NF=22;NR=10;PP=381;ReadPosRankSum=-0.171;SC=AGAGCAGTGAGAATTTGGTCA;SOR=1.085;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=32;WE=11244695;WS=11244677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,19:0.23:84
chr12	11244721	rs201281372	G	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-10.839;QD=3.83;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,20:0.16:127
chr12	11244723	rs191086711	A	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=-10.883;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,20:0.16:128
chr12	11244725	rs68157013	C	G	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=10.894;NF=62;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.529;SC=TCTCTTGAACCACTCAATGGA;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=98;WE=11244753;WS=11244711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,108:0.84:128
chr12	11244730	rs199862459	AA	GG	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQRankSum=-11.268;QD=3.07;ReadPosRankSum=1.355;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,18:0.13:135
chr12	11244744	rs201819808	GT	AC	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-11.650;QD=1.23;ReadPosRankSum=2.069;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,14:0.10:146
chr12	11244793	rs368569282	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=3.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-13.573;QD=0.98;ReadPosRankSum=-4.117;SOR=1.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,19:0.09:221
chr12	11244797	rs199777806	C	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=4.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-12.890;QD=1.47;ReadPosRankSum=-3.832;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,20:0.09:226
chr12	11244805	.	A	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=6.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-12.623;QD=2.18;ReadPosRankSum=-4.504;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,25:0.11:229
chr12	11244814	rs377076131	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-11.773;QD=1.83;ReadPosRankSum=-3.227;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,28:0.12:228
chr12	11244846	.	A	G	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-10.908;QD=6.53;ReadPosRankSum=3.318;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,38:0.22:176
chr12	11244849	.	T	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-10.908;QD=6.53;ReadPosRankSum=4.393;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,38:0.22:176
chr12	11244855	.	T	A	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-10.229;QD=7.53;ReadPosRankSum=5.209;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,38:0.24:157
chr12	11244871	.	G	A	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQRankSum=-8.823;QD=10.57;ReadPosRankSum=6.008;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,38:0.31:122
chr12	11244878	rs369719862	A	G	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.85;MQRankSum=-8.370;QD=11.70;ReadPosRankSum=5.107;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
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chr12	11285802	rs2600356	G	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=656;ReadPosRankSum=1.474;SC=AGGTATACATGTGGAAATTAT;SOR=0.400;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=105;TCF=89;TCR=16;TR=37;WE=11285810;WS=11285792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
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chr12	11286760	.	T	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.951;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=2.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQRankSum=-13.457;QD=3.21;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,71:0.25:281
chr12	11286790	rs2600355	A	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=5.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQRankSum=-2.769;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.754;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,64:0.20:315
chr12	11286797	.	A	G	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=0.000;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=9.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQRankSum=-11.782;QD=5.05;ReadPosRankSum=3.069;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,60:0.19:316
chr12	11286807	rs113282241	T	C	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=9.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQRankSum=-10.901;QD=5.07;ReadPosRankSum=1.956;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,56:0.18:306
chr12	11286820	rs111958076	A	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=10.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQRankSum=-9.320;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.089;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,54:0.18:297
chr12	11338539	rs1650016	C	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=466;SC=AAACAGTGGACGTGATCCCCA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=11338547;WS=11338529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	11338555	rs1669409	A	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=717;SC=CCCCAAATGCACCTCGTTGAG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=11338563;WS=11338545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	11338613	rs1650017	CA	GG	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=28;PP=1789;SC=AAAGGTAAAGCATTTGGTGTT;SOR=1.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=90;WE=11338622;WS=11338603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	11338781	rs1669413	C	A	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=85;PP=2883;SC=AAAAATATCCCATTGGCCACT;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=153;WE=11338789;WS=11338771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	11338957	rs5020531	A	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=42;PP=1457;SC=GGAGGTCAGGAACAGAGAAAA;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=11338965;WS=11338947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	11338983	rs1650019	T	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=39;PP=1385;SC=TAAAACTGGTTAAGCTGAGAA;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=11338991;WS=11338973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	11339020	rs35969491	T	A	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=29;PP=1180;SC=GAGTTTATCATAGAGAGTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=11339028;WS=11339010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	11418867	rs7294995	A	G	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1223;ReadPosRankSum=0.264;SC=TAAGCTGTTTATTTTATTGGT;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=74;TCR=94;TR=85;WE=11418875;WS=11418857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,87:0.49:176
chr12	11418954	rs1896551	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=34;PP=895;SC=TCATCTTCTTATTCACTTCCT;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=11418962;WS=11418944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	11421093	rs61463237	T	TGGG	3263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=42;PP=2329;SC=CTGGAGGAGGTGGACACACGG;SOR=1.319;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=47;WE=11421101;WS=11421083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	11461292	rs1052808	C	G	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=23;PP=874;SC=TTGCCTCCTGCTGGGGGTGGG;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=46;WE=11461300;WS=11461282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	11461470	rs1052807	A	G	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=54;NR=28;PP=1319;SC=GGGACTGGTTACCTCCTTGTG;SOR=1.048;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=82;WE=11461478;WS=11461460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	11461570	rs59189129	G	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQRankSum=-3.066;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr12	11461580	rs12303607	T	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQRankSum=-3.906;QD=8.26;ReadPosRankSum=-2.914;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr12	11461706	rs12308381	G	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=8.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-2.867;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.687;SOR=1.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,28:0.16:179
chr12	11461742	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=10.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-3.645;QD=0.48;ReadPosRankSum=-4.905;SOR=2.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,10:0.09:115
chr12	11461836	rs6488386	T	C	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=58;PP=1895;SC=GTGGGGGACATACGGCATTCA;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=102;WE=11461844;WS=11461826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	11462275	rs1834857	A	G	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=52;PP=2787;SC=AAGGGAGTCAAAACAGATTGA;SOR=1.123;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=84;TCR=52;TR=135;WE=11462283;WS=11462265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	11506211	rs76504934	A	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-2.288;NF=21;NR=13;PP=474;ReadPosRankSum=0.154;SC=CCTGGAGGAGATCGGGCACTT;SOR=0.538;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=34;WE=11506219;WS=11506201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr12	11506749	.	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.913;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.633;NF=5;NR=19;PP=310;ReadPosRankSum=0.299;SC=GTCCTTGTGGTTTTCCTGGAG;SOR=3.157;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=24;WE=11506757;WS=11506739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr12	11506774	rs202083397	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=30.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQRankSum=-5.172;QD=4.29;ReadPosRankSum=-3.115;SOR=3.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,14:0.17:81
chr12	11506893	rs10845341	C	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.849;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.723;NF=18;NR=30;PP=730;ReadPosRankSum=2.307;SC=GTGGGGGGCCCTGGGGCTTGT;SOR=1.413;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=48;WE=11506901;WS=11506883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr12	11546781	rs71443675	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.08;MQRankSum=0.899;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr12	11803220	rs2856305	A	C	341.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.98;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	11903726	rs199664048	CTTTTTTTTTTTTTTT	C	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=7.667;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.73;MQRankSum=0.873;QD=35.99;ReadPosRankSum=1.150;SOR=4.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr12	11904473	rs144016867	G	A	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=59;PP=1302;ReadPosRankSum=0.056;SC=CCCAACAGTCGGTTTCTTGCC;SOR=1.055;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=207;TCF=55;TCR=152;TR=77;WE=11904481;WS=11904463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,81:0.38:214
chr12	11904752	rs2856338	T	C	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=17;PP=992;SC=ATATTCATTATTGTTGCAGAT;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=11904760;WS=11904742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	11904767	rs10845410	C	T	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	11904770	rs2724599	A	T	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	12006544	rs17210957	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=0.165;SC=GACAAATCCAGGAAGTTTAAT;SOR=0.974;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=20;WE=12006552;WS=12006534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr12	12230938	rs1641721	C	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=33;PP=1012;SC=GGAAATTGAACAAAATCAGTT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=50;WE=12230946;WS=12230928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	12240199	rs879732	C	T	4782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=87;PP=2965;SC=AAATTGTTTACTCCTGGCCAC;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=166;WE=12240207;WS=12240189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	12247594	rs11054682	A	G	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=716;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TCTTTTGTACACAGCTGAAGA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=56;WE=12247602;WS=12247584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,65:0.41:159
chr12	12247616	rs11054683	T	C	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1113;ReadPosRankSum=-0.344;SC=AGATAAGGCTTTGATGGGCCA;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=96;TCR=63;TR=66;WE=12247624;WS=12247606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,73:0.43:169
chr12	12247921	.	ATT	A	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr12	12251711	rs2448031	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=0.817;SC=TAGCTGATGTCTTCCTTGCAG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=12;WE=12251719;WS=12251701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr12	12251761	rs1797646	C	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=546;ReadPosRankSum=-1.786;SC=AACCCTCCCCCAAACTAACAT;SOR=0.861;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=42;WE=12251769;WS=12251751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr12	12252078	rs1797647	T	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-1.761;SC=TCAGGAGAGGTCTCGTTCGTC;SOR=2.200;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=17;WE=12252086;WS=12252068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr12	12265118	rs55833207	CA	C	460.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=25.60;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	12278468	rs2302684	A	T	168.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=126;ReadPosRankSum=-0.489;SC=ACAGTGAAGTAGTCTGATTTT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=12278476;WS=12278458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr12	12291723	rs138757341	GAACTT	G	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=303;ReadPosRankSum=-0.271;SC=ATGTAGAAAAGAACTTAGAAC;SOR=0.509;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=12291735;WS=12291713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr12	12301898	rs2302685	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=236;ReadPosRankSum=0.466;SC=TTTACCACAACGGCTCGAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=14;WE=12301906;WS=12301888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr12	12397668	rs10219768	T	A	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	12397668	.	TTA	ATT	623	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=24;PP=623;QD=26.017995187;SC=TCAAATCGGTTTAAGTGAGCA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=26;WE=12397678;WS=12397658;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,26:0.87:30
chr12	12397670	rs10219748	A	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.28;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	12483275	rs1861676	G	A	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=78;PP=2965;SC=TTCAAAGTTAGGTTGGAGATT;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=152;WE=12483283;WS=12483265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	12483713	rs4763282	A	G	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=98;NR=96;PP=2965;SC=AGTTTCTCCAAGTGATCTGAG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=194;WE=12483721;WS=12483703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr12	12483927	rs4763818	G	A	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=87;PP=2406;SC=GAAGGCTTATGTAACTCCATG;SOR=2.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=24;TCR=87;TR=111;WE=12483935;WS=12483917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	12510097	rs10772552	C	T	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=56;PP=1563;SC=TGCGGCAAAGCCAGTGTCATC;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=7;TCR=56;TR=63;WE=12510105;WS=12510087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	12618715	rs967648	T	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=53;PP=1234;SC=CTGTAGCTGCTGCCCGGCCTG;SOR=4.294;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=58;WE=12618723;WS=12618705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr12	12814818	rs4763862	C	T	4995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=83;PP=2965;SC=GCATCAAAGACCCACGATGCC;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=75;TCR=83;TR=158;WE=12814826;WS=12814808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	12871099	rs2066827	T	G	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=70;PP=2505;ReadPosRankSum=0.032;SC=AGCCAGGATGTCAGCGGGAGC;SOR=0.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=239;TCF=114;TCR=125;TR=131;WE=12871107;WS=12871089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,143:0.57:253
chr12	12878765	rs66561220	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=239;ReadPosRankSum=0.052;SC=CGGCCCGAGGTGGGGGTTTTG;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=17;WE=12878773;WS=12878755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr12	12879057	rs34323	G	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=19;PP=692;SC=CGGGAGGGTGGAGGTGGCCCG;SOR=1.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=30;WE=12879065;WS=12879047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	12879254	rs7956514	T	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=437;ReadPosRankSum=-2.002;SC=GAGGAATATGTTAAAACAAAC;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=36;WE=12879262;WS=12879244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr12	12939892	rs4763876	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr12	12966967	rs7978823	A	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.339;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=13;PP=813;ReadPosRankSum=1.039;SC=TTTAAATCAAATACAATGGTT;SOR=1.470;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=185;TCF=127;TCR=58;TR=54;WE=12966975;WS=12966957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,56:0.28:198
chr12	12967127	rs1051374	C	T	4986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.337;SC=CCACCAAGATCCAGATTGAAG;SOR=0.753;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=365;TCF=166;TCR=199;TR=214;WE=12967135;WS=12967117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,224:0.58:385
chr12	12967264	rs3741826	C	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-5.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=405;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GATATGGTCACTAAAGGTACA;SOR=0.245;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=22;WE=12967272;WS=12967254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	12980326	rs12306594	T	A	4706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=108;PP=2940;ReadPosRankSum=-0.322;SC=ATCTTTCTTTTCTCACCAGTG;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=320;TCF=147;TCR=173;TR=197;WE=12980334;WS=12980316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,213:0.63:336
chr12	12982210	rs58862672	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=0.088;SC=AACATCTTTGTATATTTGGAG;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=12982218;WS=12982203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	13028653	rs10845659	A	G	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1773;ReadPosRankSum=-1.132;SC=TACCCCCTCCAGGCCCCCAGC;SOR=0.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=109;WE=13028661;WS=13028643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr12	13028696	rs11055120	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr12	13061294	rs2075288	C	T	10970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=205;NR=159;PP=2965;SC=TGGCCACAGCCGGGGTTGTGA;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=205;TCR=160;TR=364;WE=13061302;WS=13061284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr12	13136615	rs759601	C	G	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=65;PP=1817;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TGTGTGAGAACTCCGTGTTAA;SOR=0.630;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=329;TCF=176;TCR=153;TR=136;WE=13136623;WS=13136605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,148:0.42:352
chr12	13136729	rs2052329	G	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=834;ReadPosRankSum=-2.347;SC=GATAGTACCCGTATACCCCTT;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=55;TCR=108;TR=59;WE=13136737;WS=13136719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,61:0.37:167
chr12	13142174	rs850918	C	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=-0.358;SC=CAAAGCTGGTCCCCGAGACCA;SOR=1.251;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=16;WE=13142182;WS=13142164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr12	13153388	rs147879664	G	GGCAGCAGTGCAGCAGT	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.808;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr12	13153773	rs1291364	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr12	13211212	rs6488582	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=0;PP=958;SC=TTTGTTTTATGTACAGTGTCC;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=38;WE=13211220;WS=13211202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	13214537	rs3741818	A	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=14;PP=1243;SC=CTAATCTTGTATGCCTTTCGG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=13214545;WS=13214527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	13215685	rs2200498	C	A	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=663;SC=TGTTCAGCCCCTTGCGTCTTT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=13215693;WS=13215675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	13221606	rs1386005	T	C	8339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=148;PP=2965;SC=AGACATTAGATTTCCTTCTGC;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=140;TCR=148;TR=288;WE=13221614;WS=13221596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr12	13233605	rs113370937	G	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=396;ReadPosRankSum=0.304;SC=GAACAGAGTGGATACCCTCTC;SOR=0.662;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=30;WE=13233613;WS=13233595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr12	13248445	rs2291396	C	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=746;ReadPosRankSum=-2.635;SC=GACAACAGATCGATGAGGCAG;SOR=0.655;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=61;WE=13248453;WS=13248435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,60:0.36:166
chr12	13294280	rs7978768	C	A	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=35;PP=2558;SC=CCTCTGGTGCCTGACCATAAC;SOR=1.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=95;TCR=35;TR=130;WE=13294288;WS=13294270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	13369196	rs8885	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=550;SC=TTCTCCTCATCCATTTCTTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=13369204;WS=13369186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr12	13764774	rs1805482	G	A	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=64;PP=1762;ReadPosRankSum=-0.784;SC=ATACGTCAGCGCTGAATGGCT;SOR=0.816;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=125;WE=13764782;WS=13764764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,136:0.55:246
chr12	13768354	rs1468845	C	T	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=40;PP=2965;SC=AAAGTGAGCACGTTTTAAACT;SOR=2.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=118;TCR=40;TR=158;WE=13768362;WS=13768344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	13769603	rs76777620	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,59:0.42:139
chr12	13769664	rs1805199	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=446;ReadPosRankSum=0.121;SC=CAGTATTGTCTGAACAATCCC;SOR=0.346;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=37;WE=13769672;WS=13769654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr12	13828659	rs11055581	T	C	4255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.295;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=65;PP=2909;ReadPosRankSum=0.908;SC=TGCTCAAGAATTGTCAAAGAC;SOR=0.891;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=285;TCF=178;TCR=107;TR=182;WE=13828667;WS=13828649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,188:0.62:302
chr12	14018777	rs7301328	G	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=402;ReadPosRankSum=1.327;SC=TGCCCAGGATGGGGGTGAGAG;SOR=0.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=36;WE=14018785;WS=14018767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr12	14577892	rs2231909	A	T	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.967;SC=ATTGATGCTAATGAAGAAACT;SOR=0.793;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=60;WE=14577900;WS=14577882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr12	14579235	rs11055969	A	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=1.922;SC=GAAACTTTCTAAGCCTGTGGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=14579243;WS=14579225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr12	14587301	rs3213764	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=0.777;SC=AAGGACAACAAACCTGAGGAA;SOR=0.617;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=23;WE=14587309;WS=14587291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr12	14590981	rs10734876	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=308;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAAAA;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=14590994;WS=14590971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	14591220	rs4479040	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=276;ReadPosRankSum=0.971;SC=ATTGACTTGAGTTGTATACTC;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=17;WE=14591228;WS=14591210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr12	14628705	rs7298275	A	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=384;SC=CAGCCATTTAAGGGTCCAGAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=14628713;WS=14628695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	14628773	rs7313259	C	T	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=364;ReadPosRankSum=0.514;SC=TTTTTTAACACGTATATCTGC;SOR=0.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=27;WE=14628781;WS=14628763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr12	14634392	rs140044044	C	CAGTT	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=577;SC=ATGCATATGTCAGCTAGATTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=14634400;WS=14634382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	14656768	rs1600	G	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=17;PP=913;ReadPosRankSum=0.746;SC=TAGACCTCTGGCATGCCCTGA;SOR=0.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=54;WE=14656776;WS=14656758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,62:0.60:104
chr12	14688644	rs7957558	C	T	5217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=52;PP=2965;SC=TTATCTATGACGTTGAAGTCC;SOR=1.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=125;TCR=52;TR=177;WE=14688652;WS=14688634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	14689449	rs35754761	T	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=575;ReadPosRankSum=0.521;SC=TTGGGCGCTATATAGAAAAAG;SOR=0.646;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=44;WE=14689457;WS=14689439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr12	14694993	rs1862014	G	C	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=272;SC=CATGCCATTAGCAAAAAGTGC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=14695001;WS=14694983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	14720366	rs10846023	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	14720554	rs147342083	GGCA	G,TGCA	3472.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=2,12;NR=36,8;PP=2478,690;SC=TAACAACAGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=38,20;WE=14720567;WS=14720544;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.76,0.24:97
chr12	14720583	rs7954623	T	C	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=50;PP=1357;SC=GCAGAAGCGGTGGCGGCTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=14720591;WS=14720573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	14769468	rs1558795	G	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=403;SC=GAGTACAGAAGAGGATTAGCA;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=14769476;WS=14769458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	14774849	rs7302418	T	A	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=6;PP=1060;SC=ACTAGAGCGGTCAAGAGTAGT;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=14774857;WS=14774839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	14775214	rs2287538	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.313;SC=GTAGTAGTGATTGTCTACCAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=14775222;WS=14775204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	14781503	rs4764105	A	T	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=117;SC=TTCTCATTCTAAGGTGCCACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=14781511;WS=14781493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	14781678	rs3217210	G	GA	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.678;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.379;NF=3;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=-0.813;SC=ACACCTGGAAGAAAAAAAAAC;SOR=1.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=10;WE=14781686;WS=14781668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr12	14794062	rs10772800	G	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=32;PP=1209;SC=CTTTCCGCAGGATGATCTCCT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=73;WE=14794070;WS=14794052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	14804994	rs7313027	G	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=705;SC=TTAGGAGACAGTGTTGTGGTG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=14805002;WS=14804984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	14822855	rs7314345	G	A	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=505;SC=ACACAATGACGCTTGATTTCC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=14822863;WS=14822845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	14827463	rs3217157	AATC	A	11080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=86;PP=2967;SC=TTAGCTGTGGAATCATCTATT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=54;TCR=89;TR=135;WE=14827473;WS=14827441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	14829893	rs1420635	A	C	5197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=89;NR=97;PP=2965;SC=CATTGTCCTCAAAGTACTGGT;SOR=0.866;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=186;WE=14829901;WS=14829883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	14832830	rs11336448	CT	C	288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.21;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	14834421	rs56944147	GA	G	10673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=120;PP=2969;SC=CCTGGAATAGGAAAAAGAGAA;SOR=1.081;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=150;TCF=20;TCR=130;TR=140;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	14834427	rs58911033	G	T	10691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=121;PP=2965;SC=ATAGGAAAAAGAGAAACTAAA;SOR=1.100;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=91;TCR=122;TR=211;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	14923522	rs12818627	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=1.248;SC=GTTCTCCCCGTGCCCGCCAAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=3;WE=14923530;WS=14923512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr12	14947675	rs34868934	TA	T	746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.100;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr12	14954063	rs3834754	G	GA	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=0.100;SC=AATCAAATTTGAAAAATAAAA;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=7;WE=14954071;WS=14954053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr12	15034996	rs2430735	T	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=6;PP=1028;SC=TATGTATTTCTGTAATGCTGC;SOR=3.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=15035004;WS=15034986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	15067511	rs148149515	T	TGTGC	1187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.93;MQRankSum=0.433;QD=25.27;ReadPosRankSum=0.867;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr12	15073831	rs2445382	G	C	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=42;PP=2257;SC=CCGACTCAGGGTCTGAAGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=119;WE=15073839;WS=15073821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	15081897	rs2445371	A	C	8692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.165;SC=CCAGCTGGCAAGTCTCCTTCA;SOR=0.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=143;TCR=176;TR=316;WE=15081905;WS=15081887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,337:1.00:338
chr12	15090762	rs3748296	G	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=0.520;SC=AATCAAACTGGGTGGCTGTCT;SOR=0.527;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=11;WE=15090770;WS=15090752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	15090837	rs3748297	A	G	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=349;ReadPosRankSum=-0.814;SC=TGGTTCCCTTAAGGTAGAACA;SOR=0.645;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=28;WE=15090845;WS=15090827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr12	15091221	rs11432737	A	AT	5212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=29;PP=2957;SC=GGCAAAATGCACTTATCCAGG;SOR=1.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=86;WE=15091229;WS=15091211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	15095558	rs4703	C	G	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=42;PP=1661;SC=ACGTGCCTCGCGCCAGCATGC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=15095566;WS=15095548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	15095707	rs10772822	T	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=26;PP=782;SC=AGGAAAAACATACACTGCAAA;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=15095715;WS=15095697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	15100684	rs7979291	C	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=167;SC=ATTCCAGACCCAGCTTGGGGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=15100692;WS=15100678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	15101034	.	G	GCGCGCA	807	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=19;MQ=62.74;NF=0;NR=14;PP=807;QD=57.8571428571;SC=TTTAGTCCTTGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=14;WE=15101042;WS=15101024;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,14:0.64:22
chr12	15101036	rs10846090	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.02;MQRankSum=1.512;QD=32.71;ReadPosRankSum=1.743;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr12	15101038	rs10846091	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.57;MQRankSum=1.880;QD=29.98;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	15101072	.	T	G	215	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=9;PP=215;QD=27.7523569497;SC=ACACACACACTTAATGCCTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=15101080;WS=15101062;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	15103605	rs2430711	A	G	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=63;PP=1991;SC=GCTCATCATCATCATCCTCCT;SOR=1.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=108;WE=15103613;WS=15103595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	15131995	rs2233623	C	A	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=202;SC=GAGTTTCTCACATACAAACAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=15132003;WS=15131985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	15262179	rs1055151	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=393;ReadPosRankSum=0.338;SC=TCTCTGTGATGTTCCCTTCTC;SOR=0.747;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=33;WE=15262187;WS=15262169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr12	15273932	rs2247574	C	T	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=42;PP=2250;SC=CAACAGAAAACATTATTCTTT;SOR=1.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=127;WE=15273940;WS=15273922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	15273957	rs2247568	A	G	5889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=72;PP=2965;SC=GGGGCCATAAATTTTTATTGA;SOR=1.250;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=122;TCR=72;TR=194;WE=15273965;WS=15273947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	15652330	rs4764197	T	C	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=281;SC=AAGTGTGTGATGTTTAGAAGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=15652338;WS=15652320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	15656832	rs4764199	T	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=4;PP=612;SC=CTTTTTTATATATGATTTAGA;SOR=2.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=27;WE=15656840;WS=15656822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	15661441	rs888163	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=240;SC=TTTTTAAACCAGAATCTTTTA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=15661449;WS=15661431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	15669737	rs1050646	T	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.032;SC=ATCCTTTGGGTCCTACGGCCG;SOR=0.537;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=57;WE=15669745;WS=15669727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr12	15677992	rs960666	A	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GACACGTCAAATGTTTGCATA;SOR=0.021;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=8;WE=15678000;WS=15677982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr12	15679120	rs6488782	C	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=475;ReadPosRankSum=-1.768;SC=TGCCTCCAGGCGACATCTATA;SOR=0.914;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=35;WE=15679128;WS=15679110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr12	15679208	rs7134888	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr12	15702007	rs7132826	C	T	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1402;ReadPosRankSum=0.788;SC=CTAAAATTTACCTTATTTTCT;SOR=0.393;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=93;WE=15702015;WS=15701997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,99:0.66:150
chr12	15702202	rs10541885	AAT	A	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr12	15704425	rs1012674	G	T	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=757;ReadPosRankSum=-0.909;SC=AGCAATGAATGGTTCTGTTTG;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=49;WE=15704433;WS=15704415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr12	15710270	rs10846209	C	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=0.380;SC=GGCCTAGCTTCTTCTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=12;WE=15710278;WS=15710260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr12	15722555	rs10846212	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.552;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=0.775;SC=TGGCCTGGGGATTGCTGATCT;SOR=2.531;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=16;WE=15722563;WS=15722545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr12	15731724	rs5796639	T	TG	2434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=15;PP=1899;SC=AATAAACCAGTTGAACAATAA;SOR=2.119;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=15731732;WS=15731714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	15731744	rs1024843	C	T	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=25;PP=1587;SC=ATCCAATTCACACCACGTATG;SOR=1.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=15731752;WS=15731734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	15748020	rs1558787	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=26;PP=859;SC=TCCACGAGTGCTCAGTCTTAG;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=15748028;WS=15748010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	15803992	rs4237955	T	C	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=42;PP=1061;SC=AATGTATCCATGCTCACAGTT;SOR=1.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=15804000;WS=15803982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	15818880	rs4363660	T	A	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=9;PP=195;SC=CTATAACATATCAATTAACTC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=15818888;WS=15818870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	15822229	rs4237957	A	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=4;PP=708;SC=AAATCTAGTAACTAATATGCA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=15822237;WS=15822219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	15822244	rs4237958	T	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=7;PP=891;SC=TATGCAGATATATTATCAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=15822252;WS=15822234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	16036261	rs10734889	C	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=379;SC=TATTCCCAGCCAATTACAGAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=16036269;WS=16036251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	16055926	rs71042275	G	GT	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=145;SC=TCAATCATATGTGCAGTTAGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=16055934;WS=16055916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	16185463	rs57961487	CTT	C	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.878;NF=6;NR=2;PP=219;ReadPosRankSum=-0.611;SC=AGTTTTTCCTCTTTTTGTTTT;SOR=0.929;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=8;WE=16185472;WS=16185453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr12	16189694	rs2290979	T	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=-0.176;SC=AGTCACCAGTTCCAGAAAAGT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=25;WE=16189702;WS=16189684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr12	16347308	rs3942536	G	A	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=81;NR=78;PP=2598;SC=ATCCCAGGACGTTCAACAATG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=159;WE=16347316;WS=16347298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	16369828	rs1671511	A	T	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=50;PP=1980;SC=TATTTTTACCATCTGAGATGA;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=119;WE=16369836;WS=16369818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	16397677	rs1527014	G	A	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=15;PP=705;SC=GCAGTATTGCGGGTGGCATGT;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=16397685;WS=16397667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	16397734	rs1852450	C	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=19;PP=846;SC=GAGAGAACAACCTGCAAGTAA;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=16397754;WS=16397724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	16397746	rs1852451	C	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=18;PP=783;SC=TGCAAGTAATCGGAGATATTA;SOR=0.733;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=43;WE=16397754;WS=16397724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr12	16430284	rs1671487	G	A	5919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=78;PP=2965;SC=ACAAGCAAATGTACACCAGTT;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=126;TCR=78;TR=204;WE=16430292;WS=16430274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	16510395	rs2075239	T	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=468;SC=TAGATATGGGTACTCCCTATG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=16510403;WS=16510385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	16743165	rs2058798	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=145;SC=TTCTTGAAGCAAAACTAACAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=16743173;WS=16743155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	16747034	rs10846380	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=1;PP=682;SC=AATTAGCTGGCGTCAGGTGTT;SOR=4.479;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=28;WE=16747042;WS=16747024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	17142520	rs35949588	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=1.344;SC=GTGGCTCACGCCTGTAATCCC;SOR=0.395;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=22;WE=17142528;WS=17142510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr12	17142546	rs7955087	T	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=485;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCAGGCG;SOR=2.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=17142554;WS=17142536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	18499777	rs10770357	C	G	11145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=244;PP=2965;SC=ACAGGTGAGTCGTGGTGAGTT;SOR=1.304;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=396;TCF=152;TCR=244;TR=395;WE=18499785;WS=18499767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr12	18641326	rs7137852	T	C	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=4;PP=1642;SC=TCCGGCTGGATGTGGTTTAAA;SOR=4.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=61;TCR=4;TR=65;WE=18641334;WS=18641316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	18656174	rs11044141	G	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=5.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,61:0.17:362
chr12	18656225	rs11044142	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-2.483;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:524,95:0.15:619
chr12	18690977	rs11044171	A	G	236.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5049;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=0.603;SC=TATCTATTACAGTAGAGAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=18690985;WS=18690975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr12	18801017	rs501379	T	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=40;PP=945;SC=TTTTCACTTCTGGGCCTCTGA;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=18801025;WS=18801007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	18849256	rs149450833	CTATATATATA	CTA,C	209.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;NF=0,0;NR=8,8;PP=216,88;SC=TAAAAAGCCACTATATATATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8,8;WE=18849273;WS=18849246;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:6
chr12	18854540	.	ATCCTCCTCCTCC	A,ATCC	4585.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;QD=40.23;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,19,95:0.17,0.83:114
chr12	18872325	rs10841078	G	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=478;SC=GAACTTCCAAGTATTTTTAAA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=18872333;WS=18872315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	18889517	rs144525318	A	AAATTTGAG	3764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=8;PP=2973;SC=ATTAAAGTTAAAATTTGAGAA;SOR=3.767;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=52;WE=18889525;WS=18889507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	18890472	rs5796766	GT	G	2937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=82;PP=1979;SC=ACACACAGTGGTTTTTTTTGC;SOR=2.771;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=5;TCR=99;TR=87;WE=18890480;WS=18890462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	19282670	rs28512290	C	T	5633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=60;PP=2965;SC=CTCGCTCGTTCCCTCCTCCCT;SOR=1.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=139;TCR=60;TR=199;WE=19282678;WS=19282660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	19283135	rs61913270	C	A	4827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=124;PP=2965;SC=CCCGGCTCCCCGCAACCTGCC;SOR=2.437;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=38;TCR=125;TR=162;WE=19283143;WS=19283125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	19406863	rs6486942	C	T	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=74;PP=2965;SC=TTTCTTTTTTCCTTTTTTCAG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=133;TCR=74;TR=207;WE=19406871;WS=19406853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	19410474	rs10706958	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=2.900;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
chr12	19418588	rs6486945	G	A	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=291;SC=GTTCATTTATGTACAAGAACC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=19418596;WS=19418582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	19418874	rs7316780	C	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=20;PP=558;SC=AAAAAAGCTACCTTATAGTGA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=19418882;WS=19418864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	19428009	rs2279537	T	A	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=43;PP=1257;SC=AATATTGGTTTAAATTGTGTT;SOR=4.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=48;WE=19428017;WS=19427999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	19512563	rs11044515	G	A	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=74;PP=1979;SC=AAAATAAAGTGTGTTTCTTTC;SOR=5.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=5;TCR=74;TR=79;WE=19512571;WS=19512553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	19522484	rs113006194	A	AAAAG	1014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=948;SC=TTTAAAAAGAAAAAATCACAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=19;WE=19522492;WS=19522474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	19592600	rs143333997	GGGA	G	3326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.878;NF=11;NR=37;PP=2073;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GGCGGCGGTGGGGAGGAGGAG;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=48;WE=19592613;WS=19592590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,84:0.88:96
chr12	19626311	.	AT	A	2114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.619;QD=28.58;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,55:0.74:74
chr12	19626315	.	ATTT	A	2198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.593;QD=29.32;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,57:0.76:75
chr12	19626322	rs11044583	T	A	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.627;QD=30.16;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr12	19626326	rs12370241	T	A	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.623;QD=32.86;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr12	19646943	rs66556640	CTGGTGTATTTCA	C	1372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.766;NF=0;NR=25;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.801;SC=CTGAGAAAATCTGGTGTATTT;SOR=1.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=25;WE=19646962;WS=19646933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr12	19873411	rs4301848	G	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=2;PP=667;SC=AATTCTCGCAGGTTGTGGGAG;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=19873419;WS=19873401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	19873497	rs4369485	A	G	4877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=60;PP=2965;SC=TAAGTCCGATAACATCTGATG;SOR=1.128;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=104;TCR=60;TR=164;WE=19873505;WS=19873487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	20522124	rs144106925	CGTGT	C,CGTGTGT	1054.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.706;NF=21,21;NR=5,5;PP=285,924;ReadPosRankSum=0.927;SC=AGCGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.446;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=26,26;WE=20522135;WS=20522114;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.61:41
chr12	20522252	rs12305038	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=340;ReadPosRankSum=-0.493;SC=ACGAGTCAGGGACAAGCCCGT;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=33;WE=20522260;WS=20522242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,35:0.28:127
chr12	20709733	rs4762972	G	A	5896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=0.407;SC=AATAAAATGTGGAGCGAGGAA;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=61;TCR=135;TR=194;WE=20709741;WS=20709722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr12	20766559	rs10743380	C	T	10518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=223;PP=2965;SC=TGAATCCCGTCACTTCGCTCA;SOR=1.309;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=138;TCR=223;TR=361;WE=20766567;WS=20766543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr12	20766685	rs7308381	G	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=50;PP=1502;SC=TTTTTTAATTGTCTTCTAGGT;SOR=2.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=63;WE=20766693;WS=20766675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	20769026	rs68125264	TTAGA	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=139;SC=CACTCAAATTTTAGATAGATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=3;WE=20769037;WS=20769019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	20774464	rs10743381	A	G	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=153;PP=2965;SC=TGGTTTGTCTATTCTAATAAC;SOR=2.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=59;TCR=153;TR=212;WE=20774472;WS=20774454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	20774539	rs10734705	A	G	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=30;PP=856;SC=CTTATGTGATAATACAGATTC;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=20774547;WS=20774529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	20783099	rs7304499	A	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=817;SC=AATAATAAAAACGATGATAGT;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=20783107;WS=20783089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	20786787	rs4265636	T	C	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=68;PP=2223;SC=AAAACAGTGATCTACATTTCT;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=33;TCR=69;TR=101;WE=20786795;WS=20786777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	20786813	rs78782960	G	A	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=39;PP=1218;SC=TTTGTGGGGCGCTGGGAGACG;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=20786821;WS=20786803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	20786841	rs10743382	T	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=931;SC=ATGATGTTGGTCAGGTCGGTC;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=20786849;WS=20786831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	20787783	rs151261214	GC	G	2283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=7;PP=2193;SC=GCTTAAATGAGCCCCCTTTCC;SOR=3.943;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=59;TCR=7;TR=61;WE=20787791;WS=20787773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	20788137	rs11045352	G	A	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=29;PP=882;SC=GGCAGATCACGAGGTCAGGAG;SOR=3.202;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=20788145;WS=20788127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	20801855	rs9284155	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.45;SOR=4.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	20803323	rs9804769	A	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=221;SC=TTTCTCTTCTATTCAACTTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=20803331;WS=20803313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	20852736	rs34457843	TA	T	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.279;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr12	20870033	.	C	CT	637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=516;ReadPosRankSum=-1.092;SC=GAAATGACAGCTTTTTTTTTT;SOR=0.703;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=43;WE=20870041;WS=20870023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr12	20870265	rs2417862	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=260;ReadPosRankSum=0.325;SC=TATAAAATGATGGAGTTGTAA;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=15;WE=20870273;WS=20870255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr12	20874599	rs34902740	TA	T	336.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.500;NF=17;NR=1;PP=254;ReadPosRankSum=-0.515;SC=AAGATCCAGATAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=18;WE=20874607;WS=20874589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr12	20874996	rs67046345	C	A	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=704;ReadPosRankSum=1.868;SC=AAGTCAAATTCTTGATTTTGA;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=47;WE=20875004;WS=20874986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,55:0.87:63
chr12	20875985	rs73085073	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=569;ReadPosRankSum=0.551;SC=CCATGCGTGACACCAACTTTA;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=28;WE=20875993;WS=20875975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr12	20876227	rs12820079	G	C	3746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=102;PP=2858;ReadPosRankSum=1.036;SC=CAGAGGGACTGTCTTAGAGGT;SOR=0.938;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=55;TCR=132;TR=142;WE=20876235;WS=20876217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,144:0.75:192
chr12	20893052	rs2037154	C	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-2.391;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
chr12	20968644	.	AATATTCACTTGGTATCTG	A	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=2905;ReadPosRankSum=-0.384;SC=AACAATTAAAAATATTCACTT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=6;WE=20968676;WS=20968634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr12	20968665	rs4149158	GTTTA	G	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=964;ReadPosRankSum=0.292;SC=GGTATCTGTAGTTTAATAATG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=6;WE=20968676;WS=20968634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr12	20968828	rs10734710	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=19;PP=607;SC=AGGCCACTAACTGTCAAAAAG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=20968836;WS=20968818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	21011480	rs4149117	T	G	8308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.92;NF=153;NR=134;PP=2965;SC=TATTTTGACATCTTTACCACA;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=153;TCR=134;TR=287;WE=21011488;WS=21011470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr12	21011581	rs4149118	G	A	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;NF=29;NR=92;PP=2601;SC=TTTTATACTTGTAAGTGGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=29;TCR=92;TR=121;WE=21011589;WS=21011571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	21013948	rs3764009	C	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=9;PP=595;SC=GTTGCTCTTACAGTTATAGGT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=21013956;WS=21013938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	21014139	rs3764008	C	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=22;PP=602;SC=TATAAAGTTTCTGATATTCTT;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=21014147;WS=21014129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	21014163	rs3764007	T	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=506;SC=CAAAATTGATTTAAGAACAAA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=21014171;WS=21014153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	21015610	rs1036261	A	G	3612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=57;PP=2684;SC=AGTGTATTGTATAATATTACT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=120;WE=21015618;WS=21015600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	21015760	rs7311358	G	A	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=111;PP=2965;SC=TTGCTAAAATGTACGTGGATA;SOR=1.089;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=200;WE=21015768;WS=21015750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	21031020	rs2417938	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=303;SC=TCCATCTTGTAATATCATCGT;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=21031028;WS=21031010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	21032242	rs4149142	T	G	39.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.16;QD=13.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	21036411	rs2053098	A	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=17;PP=1084;SC=ATTACTCAGCACACTTGGGTG;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=21036419;WS=21036401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	21051489	rs4149153	C	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=398;SC=ATGTTAAATACTAAAGACTGA;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=21051497;WS=21051479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	21054369	rs3764006	G	A	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=25;PP=1175;SC=GAGCACAAGGGGCTTGTAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=65;WE=21054377;WS=21054359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	21054918	rs2082518	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=64;PP=2052;SC=TTACCTCTTATAGAAGCATTA;SOR=1.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=104;WE=21054926;WS=21054908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	21065235	rs142241896	TTTTATTTATTTATTTA	T	685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=40.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	21065365	rs10841706	C	A	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	21168758	rs34168692	T	TA	513.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5075;FS=2.722;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=0.168;SC=TTGCATATGTTAAAAAAAAAC;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=12;WE=21168766;WS=21168748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr12	21176135	rs1546308	T	C	16031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.02;NF=326;NR=235;PP=2965;SC=ACTGTGAATGTAATGGGAATG;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=563;TCF=328;TCR=235;TR=561;WE=21176143;WS=21176125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr12	21176247	rs1546307	A	G	8379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=208;PP=2965;SC=ACGAGGTACCATGATAGTGCT;SOR=2.141;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=288;TCF=80;TCR=208;TR=288;WE=21176255;WS=21176237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr12	21201663	rs11045689	G	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=14;PP=865;SC=CGCCCTACCTGCTGTTGCAAT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=21201671;WS=21201653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	21220333	rs77519820	A	G	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.588;SC=ATAAATATACAGATTAGAAAT;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=82;WE=21220341;WS=21220323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,91:0.83:109
chr12	21220349	rs1910163	A	T	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=43;PP=1510;SC=GAAATTTAACATGTAAATATT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=21220357;WS=21220339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	21317791	rs4149032	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=5.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.073;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,19:0.18:103
chr12	21317810	rs4149033	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,22:0.20:109
chr12	21317922	rs4149034	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=3.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,28:0.14:197
chr12	21327652	rs34728625	T	TA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr12	21327740	rs4149036	C	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AGGCAGTTACCTTTTGAGAAG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=7;WE=21327748;WS=21327730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr12	21329738	rs2306283	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,30:0.19:161
chr12	21331389	rs61760242	TTACTTG	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=0.073;SC=TGAATATAAATTACTTGTACT;SOR=0.052;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=5;WE=21331415;WS=21331379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr12	21331625	rs2291075	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,22:0.15:151
chr12	21391976	rs34671512	A	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.219;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr12	21447066	rs722994	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,28:0.20:139
chr12	21457434	rs11568563	T	G	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=66;PP=2358;ReadPosRankSum=-0.120;SC=GGATGGGAGTTTCACCCATTC;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=121;TCR=82;TR=163;WE=21457442;WS=21457424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,162:0.79:204
chr12	21467666	rs10841789	A	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=33;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CAAAGTCTTAATTAAGAGCCT;SOR=0.078;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=5;WE=21467674;WS=21467656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr12	21472254	rs10505872	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,63:0.15:411
chr12	21526472	rs12306121	A	G	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=50;PP=1937;ReadPosRankSum=0.983;SC=ACTATATCATACTTAAGAACA;SOR=1.010;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=83;WE=21526480;WS=21526462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,81:0.79:102
chr12	21526651	rs12319824	G	A	4596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.301;SC=AACATGAAGCGGGAAAAAAAT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=92;TCR=132;TR=176;WE=21526659;WS=21526641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,189:0.80:237
chr12	21529150	rs17680787	G	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=13;PP=920;ReadPosRankSum=-1.323;SC=AGCATATAAAGTATTTCACAC;SOR=0.763;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=52;WE=21529158;WS=21529135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,55:0.80:69
chr12	21529212	rs12305367	T	C	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.08;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,108:0.86:126
chr12	21531437	rs5484	C	T	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=37;PP=878;ReadPosRankSum=0.278;SC=CTTTTCATCTCCAGTGTGAAT;SOR=2.935;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=37;WE=21531445;WS=21531427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,37:0.82:45
chr12	21590621	rs2058464	T	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.198;NF=37;NR=8;PP=907;ReadPosRankSum=-1.399;SC=CAGAGTCCCGTTGCTCCGCCG;SOR=1.841;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=45;WE=21590629;WS=21590611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr12	21590788	rs2110165	C	A	7909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=1.928;SC=TTTCCCCGACCCCAAAGGGGA;SOR=0.523;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=424;TCF=224;TCR=200;TR=334;WE=21590796;WS=21590778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,347:0.79:442
chr12	21593404	rs4762702	G	C	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=32;PP=1005;SC=TGTATAACTTGTTAATATTAA;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=21593412;WS=21593394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	21602792	rs71537701	CTTTTTTTTTTTT	C	357.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=1262;SC=AATTTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=21602811;WS=21602782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	21605157	rs3759229	A	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-1.135;SC=AAATTAAACAATTGCTTTGTG;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=21605165;WS=21605147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr12	21608891	rs2302500	T	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=597;ReadPosRankSum=0.442;SC=TATTTCTCTATCTGGTAATTT;SOR=2.584;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=30;WE=21608899;WS=21608881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr12	21609127	rs4367993	T	C	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=67;PP=2087;ReadPosRankSum=1.593;SC=CAACGAACTGTTAGGTCACTT;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=32;TCR=68;TR=99;WE=21609135;WS=21609117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr12	21609222	rs4388943	G	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=264;ReadPosRankSum=-1.176;SC=TCAAAGCATCGAAGACTGGAT;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=14;WE=21609230;WS=21609212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr12	21609733	rs7964140	A	G	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.274;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.694;NF=61;NR=12;PP=1483;ReadPosRankSum=0.191;SC=TCAAAAGTCAATTCTCTCAAA;SOR=1.413;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=74;TCR=17;TR=73;WE=21609741;WS=21609723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,84:0.82:103
chr12	21609761	rs34335650	C	CAACT	5603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.718;NF=44;NR=30;PP=2915;ReadPosRankSum=1.884;SC=ACTGCTTTACCAAGTATATGT;SOR=1.026;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=74;WE=21609769;WS=21609751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,129:0.80:161
chr12	21609907	rs7964568	G	A	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.592;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=62;PP=1573;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TCATGAGATTGCAGCAATGTA;SOR=0.409;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=85;WE=21609915;WS=21609897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,86:0.83:103
chr12	21614141	rs151311552	CAATTT	C	751.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.517;NF=1;NR=12;PP=566;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AAAAGGAAAACAATTTAATCC;SOR=0.773;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=13;WE=21614153;WS=21614131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr12	21615664	rs3782660	T	C	892.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=0;PP=734;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TTATGAGGAATGTTGTTTAGT;SOR=2.774;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=30;WE=21615672;WS=21615663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr12	21615917	rs34595378	C	CAG	4279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.941;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.988;NF=2;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=0.139;SC=GAAGCTAGCACAGTTGTTATA;SOR=1.360;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=95;TCF=2;TCR=93;TR=69;WE=21615943;WS=21615907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,107:0.81:132
chr12	21615935	rs10841819	A	T	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.604;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.960;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr12	21621737	rs61926324	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.411;NF=3;NR=11;PP=250;ReadPosRankSum=1.776;SC=GACACCAGAAAAATCACAAGT;SOR=1.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=14;WE=21621745;WS=21621727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr12	21623122	rs13035	T	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQRankSum=-3.199;QD=1.65;ReadPosRankSum=-2.997;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,37:0.19:198
chr12	21624308	rs56736899	TA	T	1291.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=6;PP=1546;ReadPosRankSum=-1.370;SC=TTGCAATTTTTAAAAAAAAAC;SOR=0.999;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=110;TCF=94;TCR=16;TR=50;WE=21624317;WS=21624298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,61:0.73:84
chr12	21624309	rs11046076	A	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=425;ReadPosRankSum=1.405;SC=TGCAATTTTTAAAAAAAAACC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=87;TCR=10;TR=35;WE=21624317;WS=21624298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
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chr12	21626330	rs917853	C	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=4.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	21627672	rs35159698	C	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=507;ReadPosRankSum=1.002;SC=TGGATCTGCACTTTGGTGTTC;SOR=1.688;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=21;WE=21627680;WS=21627662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr12	21627745	rs2159943	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,27:0.18:148
chr12	21628320	rs10841831	C	T	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.667;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=0;PP=860;ReadPosRankSum=-0.923;SC=AAAGATAAAACATACAGACTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=54;TCR=1;TR=39;WE=21628328;WS=21628310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,43:0.73:59
chr12	21628336	rs10841832	G	A	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=3;PP=1483;ReadPosRankSum=-1.449;SC=GACTTATTAAGCATTTATCAT;SOR=1.426;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=82;TCF=77;TCR=5;TR=63;WE=21628344;WS=21628326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,66:0.79:84
chr12	21628791	rs3752648	T	C	3437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=97;PP=2797;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GTTAGATAGATATGGCATATT;SOR=0.664;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=31;TCR=124;TR=122;WE=21628799;WS=21628781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,125:0.79:158
chr12	21628812	rs10160843	G	A	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=79;PP=2402;SC=CCTGGAAGATGGTTTTCAACA;SOR=3.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=11;TCR=79;TR=90;WE=21628820;WS=21628802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	21629987	rs917854	T	C	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=33;PP=1351;SC=TGGCTGTCTATGTACAACTTT;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=21630001;WS=21629977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	21629993	rs5796903	A	AC	1160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.691;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.806;NF=5;NR=23;PP=1133;ReadPosRankSum=-1.122;SC=TCTATGTACAACTTTCAGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=28;WE=21630001;WS=21629977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr12	21639528	rs10712738	GA	G	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.312;HP=14;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=293;ReadPosRankSum=0.746;SC=ACCTAAAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=27;WE=21639537;WS=21639517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr12	21639591	rs7964104	G	C	186.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=195;SC=AACCATTCACGTTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=21639599;WS=21639581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	21644428	.	CAA	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.833;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	21644667	rs10841834	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.943;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,40:0.17:234
chr12	21654831	rs1060126	G	T	18037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=336;NR=319;PP=2965;SC=CCGAGGTGCTGTCGCCGCTGT;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=656;TCF=336;TCR=320;TR=655;WE=21654839;WS=21654821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,676:1.00:676
chr12	21657590	rs67392337	AT	A	12984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-10.677;NF=16;NR=297;PP=2951;ReadPosRankSum=0.117;SC=AAGTTACTGAATTACCTCTAG;SOR=1.599;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=321;TCF=17;TCR=304;TR=313;WE=21657598;WS=21657580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,461:1.00:463
chr12	21680609	rs7966780	C	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,20:0.16:127
chr12	21681819	rs2306178	A	G	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=5.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=0;PP=1262;ReadPosRankSum=0.258;SC=TCCTTTGTTGAGGGGTCAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=64;TCR=0;TR=49;WE=21681827;WS=21681809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
chr12	21684029	rs3765093	G	A	614.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=380;ReadPosRankSum=0.356;SC=CTATTAAAACGCAGAGTGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=24;WE=21684037;WS=21684019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr12	21692166	rs36023861	CA	C	1228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.289;NF=15;NR=11;PP=480;ReadPosRankSum=0.884;SC=ATATAGCTTTCAAAAAAAAAT;SOR=0.510;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=26;WE=21692174;WS=21692156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr12	21699491	rs3765089	C	G	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5228;FS=10.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=34;PP=773;ReadPosRankSum=1.128;SC=TTTCAGTACTCTACTATAGAA;SOR=4.103;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=35;WE=21699499;WS=21699481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr12	21711009	rs7967170	C	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=0;PP=780;SC=AAACTGAACCCATTTTCCTTT;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=21711017;WS=21710999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	21711111	rs7977474	G	C	8176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=192;NR=91;PP=2965;SC=TTTAAAGTTCGCCACATGAAC;SOR=1.553;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=192;TCR=92;TR=283;WE=21711119;WS=21711101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr12	21711381	rs7977648	C	T	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.53;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr12	21711385	rs7977846	G	C	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.21;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	21712545	rs1871136	A	G	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=28;PP=2019;SC=GAATAGTGAAACCTTAAGTGA;SOR=1.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=98;WE=21712553;WS=21712535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	21712574	rs1871137	C	T	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=53;PP=2514;SC=GAAAGCATTTCAAGCACCTAC;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=142;WE=21712582;WS=21712564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	21712728	rs111250042	GACATTCTTTGAAATT	G	2638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=35;PP=2957;SC=TTGTTTTGTTGACATTCTTTG;SOR=3.113;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=37;WE=21712750;WS=21712718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	21713308	rs4639981	T	A	15462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=331;NR=222;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CATTCACAGGTTGTGAGATTA;SOR=0.422;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=556;TCF=334;TCR=222;TR=553;WE=21713316;WS=21713298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,571:1.00:572
chr12	21713402	rs2306180	T	C	16592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=332;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.536;SC=AAAAACACCATCACTGTGATG;SOR=0.348;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=596;TCF=261;TCR=335;TR=593;WE=21713410;WS=21713392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,614:1.00:615
chr12	21715801	rs1473421	A	G	11111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=245;NR=126;PP=2965;SC=CTTCCCACAGAAGAAAGTTCT;SOR=1.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=372;TCF=246;TCR=126;TR=371;WE=21715809;WS=21715791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr12	21716055	rs1473422	A	C	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=61;PP=2199;SC=TTAATGTACAAAGGGGGCTGG;SOR=2.642;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=78;WE=21716063;WS=21716045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	21716098	rs1473423	T	C	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=42;PP=1990;SC=CAATTCTGTTTTCTCTCTACC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=21716106;WS=21716088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	21727315	rs7963756	C	A	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=94;PP=2753;SC=CTTGATTGTGCTCATGGTCCA;SOR=2.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=26;TCR=94;TR=120;WE=21727323;WS=21727305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	21733121	rs2126887	T	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=1;PP=1170;SC=TGTCTCAAATTCAATCCATTT;SOR=4.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=43;WE=21733129;WS=21733120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	21757272	rs153944	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=398;SC=TAGCCTAAATATATATTCCGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=21757280;WS=21757263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	21789968	rs1677134	G	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=320;SC=AATACAATGCGAGAAATCATA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=21789976;WS=21789958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	21791272	rs1650289	T	C	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=262;SC=TAAAATCAAGTTCCCTTTCAC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=21791280;WS=21791262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21791455	rs1427830	A	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.90;QD=26.84;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	21791565	rs1677129	A	C	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=143;SC=ATAGTTCCCCAAAAAGGCTGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=21791573;WS=21791555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	21794865	rs1626023	A	T	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=5;PP=2014;SC=ACAAGTAATTATTTCTTTTTT;SOR=4.528;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=74;TCR=6;TR=79;WE=21794877;WS=21794855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	21796814	rs4762862	G	A	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=48;PP=2965;SC=AATAACAACAGAAACACCAAA;SOR=2.121;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=138;TCR=48;TR=185;WE=21796822;WS=21796804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	21797029	rs1650294	A	G	9075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=213;PP=2965;SC=TAGAATTGGCAGTCACAGAAT;SOR=1.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=108;TCR=215;TR=321;WE=21797037;WS=21797019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr12	21799999	rs1540405	G	C	17149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=250;NR=341;PP=2965;SC=TCTAGGATGCGTCAGCTCACA;SOR=1.065;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=591;TCF=250;TCR=341;TR=591;WE=21800007;WS=21799989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
chr12	21807432	rs1677078	T	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=5;PP=1028;SC=AAACTGTGTATACATGCTGAA;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=21807440;WS=21807422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	21807640	rs1650315	G	A	5695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=119;PP=2965;SC=AACATTACACGTATATCTGCA;SOR=1.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=67;TCR=119;TR=186;WE=21807648;WS=21807630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	21807687	rs7953579	C	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=75;PP=2213;SC=TAAAATGTTACTGTTGCAATT;SOR=2.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=25;TCR=75;TR=100;WE=21807695;WS=21807677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	21958998	rs4148680	CA	C	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.842;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,72:0.19:373
chr12	21970994	.	T	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=7.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-2.641;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr12	21991197	rs61926066	T	C	959.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=793;ReadPosRankSum=2.837;SC=TTTGTCACTGTATTTGTTTTC;SOR=2.017;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=38;WE=21991205;WS=21991187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,38:0.88:43
chr12	21995136	rs61926071	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=475;ReadPosRankSum=0.494;SC=TTGGAACTTCGTGGAATGTTT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=23;WE=21995144;WS=21995133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr12	21995555	rs1643235	C	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=467;SC=TCTTCACTCACTTCCCATAGT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=21995563;WS=21995545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	21997874	rs11836934	C	T	6484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.394;SC=ACACAAAAAGCACATAGGAAA;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=125;TCR=219;TR=265;WE=21997882;WS=21997864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,274:0.76:359
chr12	22005510	rs704183	A	G	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=82;PP=2335;SC=CCTCTCGAAAATAGTAATACA;SOR=2.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=27;TCR=82;TR=109;WE=22005518;WS=22005500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	22014161	rs2418018	C	A	271.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	22014163	rs2418019	C	T	271.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	22014165	rs2418020	C	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	22017422	rs697250	A	G	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=56;PP=2324;SC=CTGCAAGTATAGCAAACAATG;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=123;WE=22017430;WS=22017412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	22017486	rs697251	C	G	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=47;PP=1662;SC=CGTCAGGTAACAGATACAATA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=22017494;WS=22017476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	22035873	rs1356368	C	T	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=136;PP=2965;SC=TTACTGAACACTTACTCACAT;SOR=2.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=35;TCR=136;TR=171;WE=22035881;WS=22035863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	22047151	rs704216	G	T	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=96;PP=2965;SC=TGGAAAAAGTGTCACACATGC;SOR=1.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=50;TCR=96;TR=146;WE=22047159;WS=22047141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	22047174	rs704217	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,14:0.13:109
chr12	22063115	rs10770865	A	G	13630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=268;NR=228;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.378;SC=CCCATAGATTAGGACACAGGA;SOR=0.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=500;TCF=272;TCR=228;TR=496;WE=22063123;WS=22063105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,514:1.00:515
chr12	22063737	rs4762719	G	T	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=43;PP=2965;SC=AGGAAACAAAGAGTATTCACA;SOR=1.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=121;TCR=43;TR=164;WE=22063757;WS=22063727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	22063749	rs4762720	T	C	6078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=0.333;SC=GTATTCACAGTCTTTACATAC;SOR=1.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=142;TCR=63;TR=202;WE=22063757;WS=22063727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr12	22063971	rs4148654	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,23:0.23:101
chr12	22065699	rs3835048	G	GAA	549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5072;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=215;SC=TCAATTCTCTGAAAAAAAGCC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=16;WE=22065707;WS=22065696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	22068849	rs3759236	G	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=310;ReadPosRankSum=-1.711;SC=ATATCTCTGTGGCAAGAAAAA;SOR=0.507;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=15;TCR=76;TR=24;WE=22068857;WS=22068839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,23:0.23:98
chr12	22078245	rs2900493	G	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=9.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.264;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr12	22078838	rs2277405	T	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-3.571;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr12	22086976	rs6487252	A	C	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=62;PP=1854;SC=GAAACCTTAAAACTTTCTAGA;SOR=4.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=68;WE=22086984;WS=22086966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	22089348	rs4586220	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=490;SC=TTGCTTGTTCGTTTCTCACAG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=22089356;WS=22089342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	22213786	rs10841930	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,30:0.16:187
chr12	22215408	rs143225178	GAATT	G	1085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=7.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.181;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.457;SOR=1.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,41:0.18:234
chr12	22354921	rs704219	A	G	7207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=160;PP=2965;SC=TGTGGTTATAAATTTTCATGT;SOR=1.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=82;TCR=161;TR=242;WE=22354929;WS=22354911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	22401911	rs4762896	C	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.533;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:581,139:0.19:720
chr12	22440281	rs2287166	A	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=3.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,65:0.18:360
chr12	22440315	rs2072542	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=2.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.706;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,37:0.19:195
chr12	22478425	rs4762904	A	G	6720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.854;SC=AGGGATAAAAATCGATTCCTT;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=119;TCR=190;TR=266;WE=22478433;WS=22478415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,280:0.86:326
chr12	22478698	rs4762905	C	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=614;ReadPosRankSum=1.390;SC=ACAATAATAACTAATAATAAA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=27;WE=22478706;WS=22478688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr12	22489150	rs3809202	A	G	10321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=191;PP=2965;SC=GGGAAGGGGGAGCTTTTCCTA;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=366;TCF=175;TCR=191;TR=366;WE=22489160;WS=22489140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr12	22602796	rs2063573	A	G	17823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=293;NR=360;PP=2965;SC=AAACCACTGCATCACCACTTA;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=653;TCF=293;TCR=360;TR=653;WE=22602804;WS=22602786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,670:1.00:670
chr12	22606738	rs12424580	G	C	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=47;PP=2965;SC=GGGCTCTAAAGAGCAATTCTC;SOR=1.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=126;TCR=48;TR=173;WE=22606746;WS=22606728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	22612291	rs148077355	CA	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.545;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr12	22625135	.	TA	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr12	22778701	rs2271098	C	G	12436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=294;NR=223;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.831;SC=CCCTTCCCGTCGCAGTTGCTC;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=660;TCF=374;TCR=286;TR=517;WE=22778709;WS=22778691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,525:0.79:665
chr12	22796994	rs11429701	A	AT	8892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=142;PP=2936;SC=TTTGAAAAATAGGGCATTTAA;SOR=2.111;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=4;TCR=144;TR=146;WE=22797002;WS=22796984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	22814036	rs4963793	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.766;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:364,64:0.15:428
chr12	23689301	rs4636755	T	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=604;SC=CAAAATGTCTTTTTGCAACTG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=23689309;WS=23689292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	23696116	rs7485662	C	T	4889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.205;SC=TTATTCCATACGTCACTTAGT;SOR=0.921;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=274;TCF=187;TCR=87;TR=207;WE=23696124;WS=23696106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,206:0.76:270
chr12	23737326	rs11046991	C	T	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=10;PP=1406;SC=TTTCTCAGATCTTTGAAAAGT;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=61;WE=23737334;WS=23737316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	23737566	rs11046992	G	A	9030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=194;PP=2965;SC=TGACAGTTACGACAGTTAACT;SOR=1.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=109;TCR=195;TR=303;WE=23737574;WS=23737556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr12	23737664	rs34653390	AGT	A	988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.56;QD=31.89;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	23757245	rs1479452	C	T	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=23;PP=1268;SC=TGCTGGCATACAATAGACATT;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=23757253;WS=23757235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	23893753	rs11047075	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=292;ReadPosRankSum=-1.194;SC=TAAGTAGCAGGCAAAGTAATG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=14;WE=23893761;WS=23893743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	23915547	rs71059921	G	GA	286.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=-2.195;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr12	23915594	rs16926713	G	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=678;ReadPosRankSum=2.026;SC=AATTTTTAATGTGAAGTTTTT;SOR=0.905;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=40;WE=23915602;WS=23915584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr12	23998888	rs7980561	T	C	14584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=303;NR=216;PP=2965;SC=GGACACAGCATCAACTTTGTT;SOR=1.048;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=519;TCF=303;TCR=216;TR=519;WE=23998896;WS=23998878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr12	24103911	rs35800209	GCA	G	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.640;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr12	24985653	rs3736212	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:444,104:0.19:548
chr12	25031449	rs6487436	A	G	11194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=229;NR=161;PP=2965;SC=CCCAAAATAAAGAGTCAGTTT;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=390;TCF=229;TCR=161;TR=390;WE=25031457;WS=25031439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr12	25047480	rs61127951	GA	G	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.969;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,18:0.23:78
chr12	25054891	rs2291894	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,19:0.15:124
chr12	25147300	rs699030	G	C	4770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=96;PP=2965;SC=TTTCTGAAGAGACTGCATTTG;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=69;TCR=96;TR=165;WE=25147308;WS=25147290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	25148755	rs864161	C	G	24460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=941;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=492;NR=412;PP=2965;SC=AGTATATCCCCAACAGGAATC;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=905;TCF=492;TCR=413;TR=904;WE=25148763;WS=25148745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,935:1.00:935
chr12	25240864	rs117544460	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=-0.682;SC=ACCTCACCCCCGTGGAAAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=25240872;WS=25240854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr12	25240964	rs866510	G	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,19:0.19:101
chr12	25241224	rs859154	G	A	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=921;SC=CAATAGGACCGATTATTGATT;SOR=4.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=34;WE=25241232;WS=25241214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	25242595	rs7969931	C	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,13:0.14:93
chr12	25242776	rs10743538	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr12	25249743	rs10842464	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=468;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACCGAAATAATTGAGATTAGA;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=22;WE=25249751;WS=25249733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr12	25249785	rs10771166	T	C	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=16;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TAGTCAGTGTTAGAATCACTC;SOR=0.039;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=65;WE=25249793;WS=25249775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,70:0.83:84
chr12	25253983	rs11047833	T	A	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=0;PP=1244;ReadPosRankSum=1.648;SC=CATGTCTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=42;TCR=0;TR=29;WE=25253992;WS=25253977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr12	25253984	rs11047834	A	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr12	25254975	rs7303889	A	C	10247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=226;PP=2965;SC=TGTTATGAAGAATGAAATGAA;SOR=1.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=341;TCF=113;TCR=228;TR=339;WE=25254983;WS=25254965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr12	25255034	rs10842467	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.183;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,35:0.20:173
chr12	25257182	rs34133737	GA	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.962;QD=2.29;ReadPosRankSum=-1.692;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr12	25261735	rs859146	G	T	7160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.124;NF=81;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CTCAGTACATGCTTCAGTAAG;SOR=0.728;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=258;TCF=83;TCR=175;TR=248;WE=25261743;WS=25261725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,262:1.00:263
chr12	25272297	rs2291364	A	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-5.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=560;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AAATGTAAATAGTACTGAATA;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=31;WE=25272305;WS=25272287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr12	25274593	rs2220195	A	G	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=1;PP=1019;SC=GTGTTTAATAAGGTTAAAGCT;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=37;WE=25274601;WS=25274583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	25276351	rs3830289	TGCTCTACC	T	1621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=4.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,62:0.16:377
chr12	25297713	rs7971062	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=-1.195;SC=TTTAATTTTGCTCCAATTTTG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=16;WE=25297721;WS=25297703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr12	25299921	rs11047863	G	A	19754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=382;NR=342;PP=2965;SC=GGAAAGTATTGCCCACAAGGG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=724;TCF=382;TCR=342;TR=724;WE=25299929;WS=25299911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,742:1.00:742
chr12	25302481	rs10842485	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=413;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CATTTTTCAATTTAAAAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=22;WE=25302489;WS=25302471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr12	25311333	rs12367971	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-1.562;SC=GGGCTGAGAAGGACATTAAAT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=3;WE=25311341;WS=25311323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	25311489	rs10842496	G	T	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=50;PP=1957;SC=TATTTCAAACGGGCTTCCTCT;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=25311497;WS=25311479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	25362777	rs1137282	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,23:0.20:114
chr12	25368462	rs4362222	C	T	15412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=311;NR=222;PP=2965;SC=GTCGGATCTCCCTCACCAATG;SOR=1.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=533;TCF=311;TCR=222;TR=533;WE=25368470;WS=25368452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr12	25380071	rs11836509	T	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr12	25388290	rs7133635	G	T	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=61;PP=1959;SC=CATCAAAGACGGTTGTAGACT;SOR=1.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=110;WE=25388298;WS=25388280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	25388316	rs7133640	G	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr12	25671759	rs1479500	T	A	4610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=69;PP=2890;ReadPosRankSum=1.027;SC=GTTGACCGAGTCCTGGGCTGT;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=133;TCR=85;TR=180;WE=25671767;WS=25671749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,196:0.83:236
chr12	25673073	.	GATATACAT	G	169	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=17;MQ=62.72;NF=1;NR=17;PP=169;QD=10.8333333333;SC=GCTGTTATGAGATATACATAT;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=18;WE=25673090;WS=25673063;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr12	25679932	rs1705419	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=426;ReadPosRankSum=0.665;SC=CTTCAGATAGGAGTGTCTTTG;SOR=0.379;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=22;WE=25679940;WS=25679922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr12	25699523	rs278990	A	G	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=81;PP=2177;ReadPosRankSum=0.052;SC=GTAACCAGGAAAGAAGTAAAT;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=128;WE=25699531;WS=25699513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,131:0.87:151
chr12	26231825	rs11048403	G	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,30:0.21:145
chr12	26231843	rs7133685	G	T	4995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=114;NR=72;PP=2962;SC=AAAAAAAGGCGCTAACCGAAA;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=114;TCR=72;TR=186;WE=26231851;WS=26231815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	26231898	rs4963952	G	A	7611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=145;PP=2965;SC=TCATGATTATGTATACAAAAA;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=277;TCF=132;TCR=145;TR=275;WE=26231906;WS=26231888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr12	26275332	rs140063083	C	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,25:0.14:180
chr12	26492555	rs34679762	A	AT	1956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=57;PP=1094;SC=CAAAAAAGGGATTTTTTTAAA;SOR=3.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=1;TCR=67;TR=58;WE=26492563;WS=26492545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	26581306	rs4963995	G	A	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=66;PP=2536;SC=TCATATGAGGGTGATTTGCTA;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=140;WE=26581314;WS=26581296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	26596618	rs2220406	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=1.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,77:0.21:366
chr12	26732987	rs2230376	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.415;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,28:0.21:136
chr12	26733062	rs2230375	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,18:0.17:108
chr12	26749831	rs2230377	G	A	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,53:0.18:294
chr12	26752897	rs12832680	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,10:0.13:75
chr12	26755546	rs3736185	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,61:0.16:370
chr12	26777379	rs2880875	T	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=751;ReadPosRankSum=0.512;SC=GTGAAAATATTTTTGTCTTCA;SOR=1.276;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=35;WE=26777387;WS=26777369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr12	26784850	rs2230372	G	A	12839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=214;NR=244;PP=2965;SC=TCACATCCTCGTGCTCGGTGG;SOR=0.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=458;TCF=214;TCR=244;TR=458;WE=26784858;WS=26784840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr12	26809177	rs2880877	C	T	3115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=30;PP=2013;ReadPosRankSum=1.579;SC=AGACATTTGACGTGGAGTTCA;SOR=0.429;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=102;TCR=34;TR=116;WE=26809185;WS=26809167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,125:0.87:144
chr12	26809316	rs2230379	G	A	8152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=0.010;SC=CCCGGTCAACGTGCATGTGGA;SOR=0.471;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=413;TCF=221;TCR=192;TR=331;WE=26809324;WS=26809306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,340:0.80:425
chr12	26810777	rs2291264	T	C	8976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=207;PP=2962;ReadPosRankSum=0.794;SC=CAATGTCATCTGAAAGGATGG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=494;TCF=225;TCR=269;TR=379;WE=26810785;WS=26810767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,401:0.77:520
chr12	26810816	rs2291263	T	G	6750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.359;SC=CTGCTTGCATTGAGACCACCC;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=357;TCF=146;TCR=211;TR=269;WE=26810824;WS=26810806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,279:0.75:371
chr12	26812245	rs2306549	G	A	6400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CTGTCAGAATGCACTGCCAAA;SOR=0.969;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=317;TCF=125;TCR=192;TR=252;WE=26812253;WS=26812235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,271:0.80:340
chr12	26816496	rs1375656	T	C	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=20;PP=2402;SC=TTGCCCAACATAAAATATTTC;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=87;TCR=20;TR=107;WE=26816504;WS=26816486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	26816831	rs2306548	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.112;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TGTTTTGCAACCTTTTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=20;WE=26816840;WS=26816821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr12	26834804	rs111626763	T	TACTC	9595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.735;NF=98;NR=40;PP=2915;ReadPosRankSum=0.137;SC=TTTAAAGAGTTACCTCCTTTC;SOR=1.014;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=200;TCF=136;TCR=64;TR=138;WE=26834812;WS=26834793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,219:0.79:277
chr12	26835085	rs10842774	T	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=617;ReadPosRankSum=-1.159;SC=CCGAACACAGTAACTCCCACA;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=28;WE=26835093;WS=26835075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr12	26835427	rs3830262	ATG	A	17831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.838;NF=141;NR=137;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TATAAGGAACATGTGTCACAC;SOR=0.510;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=365;TCF=192;TCR=173;TR=278;WE=26835436;WS=26835417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,438:0.85:514
chr12	26848410	rs1982385	A	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=454;SC=TTACCTGTGAACCATAGGCTC;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=26848418;WS=26848400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	26848663	rs3830260	A	AT	2690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=49;PP=2343;SC=AATTCAATTAATATTCTATCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=51;WE=26848671;WS=26848653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	26868322	rs1900941	T	C	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,101:0.19:543
chr12	26869233	rs7957289	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,45:0.15:304
chr12	26874138	rs11407207	G	GT	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,19:0.18:104
chr12	26875235	rs2291262	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,16:0.14:112
chr12	26875565	rs2291261	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=214;ReadPosRankSum=0.802;SC=TTTTATACATGTATCATATAT;SOR=0.199;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=63;TCF=4;TCR=59;TR=16;WE=26875573;WS=26875555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr12	26878577	rs17480784	C	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,66:0.16:425
chr12	26878766	rs17480798	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,32:0.19:171
chr12	27059224	rs1488052	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.49;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,23:0.13:175
chr12	27064232	rs3210635	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-2.747;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,46:0.14:327
chr12	27066350	rs3736227	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.001;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,65:0.16:410
chr12	27087703	rs708158	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr12	27117382	rs11048788	G	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=503;SC=GTTGCCAACTGCATATATCAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=27117390;WS=27117372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	27152666	rs7314394	T	C	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=132;PP=2965;SC=CATAAATTACTGAGCTGATCC;SOR=1.422;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=75;TCR=133;TR=206;WE=27152674;WS=27152656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	27175494	rs3963548	T	C	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=50;PP=2369;SC=TTTTGGCGTCTGTTTGCTGCG;SOR=1.282;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=140;WE=27175502;WS=27175484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	27175640	rs1872191	A	G	7761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=133;PP=2965;SC=GCAAAACTTGAAAGTGGGGAG;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=132;TCR=133;TR=264;WE=27175648;WS=27175630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr12	27179551	rs145100138	CTTATT	C	2075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=37;PP=1859;SC=AGAAATTCAGCTTATTTTATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=37;WE=27179563;WS=27179541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	27181513	rs8628	T	G	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=108;PP=2965;SC=TATGACACATTACCTTTTTAG;SOR=2.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=26;TCR=108;TR=134;WE=27181521;WS=27181503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	27234200	rs708165	T	C	11285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=197;NR=201;PP=2965;SC=GATGGGGACTTTTGGTGGCAT;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=399;TCF=197;TCR=202;TR=398;WE=27234208;WS=27234190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr12	27234999	rs708167	T	C	10116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=215;NR=139;PP=2965;SC=TCTAGAAATATCTGAAACTCT;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=215;TCR=140;TR=354;WE=27235007;WS=27234989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr12	27235381	rs708168	G	A	5831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=84;PP=2965;SC=TGGAGCTGTCGTCCTCTATGT;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=118;TCR=87;TR=202;WE=27235389;WS=27235371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	27300420	rs841618	T	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=3;PP=1246;SC=TATGCTCTCTTAATGTTCCTT;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=45;WE=27300428;WS=27300410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	27461984	rs6487599	T	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=619;SC=TTAAGGGAAGTTACTTTTCTT;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=27461992;WS=27461974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	27470682	rs2242185	C	T	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=8;PP=1208;SC=TTATTAGCAACGTGATTGTAA;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=27470690;WS=27470672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	27470866	rs6487601	G	A	11168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=209;NR=194;PP=2965;SC=CTCAAGAAACGTACAGAAAAG;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=403;TCF=209;TCR=194;TR=403;WE=27470874;WS=27470856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr12	27486168	rs62758860	GA	G	916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=612;SC=TCTCGGGCCGGAGCATCGCCT;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=15;WE=27486176;WS=27486158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	27533367	rs4964060	A	G	11866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=263;PP=2965;SC=CCACACTTCGATAAGTGAAAT;SOR=1.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=422;TCF=158;TCR=264;TR=421;WE=27533375;WS=27533357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr12	27553794	rs2927028	C	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=399;SC=GCTAGTTTTTCTTTTTCTTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=27553802;WS=27553778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	27569025	rs1256955	G	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=514;SC=TTTAAGTGGCGTTGTGGAATA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=27569033;WS=27569015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	27623433	rs35052632	G	GT	2048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=1;PP=2303;SC=TGAACAGCCAGTTGAAAGGGG;SOR=5.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=59;TCF=57;TCR=2;TR=55;WE=27623441;WS=27623423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	27623490	rs776199	A	G	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=129;NR=41;PP=2965;SC=TCTGGTGTCAATGAAGAGGAT;SOR=2.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=129;TCR=41;TR=170;WE=27623498;WS=27623480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	27625823	rs386428	A	T	13256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=214;NR=270;PP=2965;SC=ACACTGAAAAATGGGTAAGAG;SOR=0.974;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=485;TCF=214;TCR=271;TR=484;WE=27625831;WS=27625813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr12	27625879	rs381905	G	A	12384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.85;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr12	27625887	rs401739	T	C	11742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.05;SOR=1.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	27627805	rs411816	G	A	11060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=163;NR=236;PP=2965;SC=ACCCTCAAGCGTCTACATCTC;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=399;TCF=163;TCR=236;TR=399;WE=27627813;WS=27627795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr12	27647420	rs149908760	T	TTTATTA	390.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.07;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	27654898	rs61731840	C	T	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=11;PP=1090;ReadPosRankSum=1.444;SC=ATGTCCTCACCGTCACTGGAC;SOR=1.483;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=57;WE=27654906;WS=27654888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,59:0.82:72
chr12	27788021	rs2075378	G	A	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,60:0.21:282
chr12	27800503	rs7959186	T	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=462;ReadPosRankSum=-0.454;SC=AATAGGAATGTGAGGGACCAC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=20;WE=27800511;WS=27800500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr12	27800576	rs34792131	C	CT	3549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=23;PP=2217;SC=AGGATCATTCCTTTTTTTGTT;SOR=2.152;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=73;WE=27800584;WS=27800566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	27800746	rs2194816	G	T	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=129;PP=2965;SC=CAGAGAGAAGGTGAATGCCAC;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=81;TCR=129;TR=209;WE=27800754;WS=27800736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	27803097	rs367885450	CCT	C	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=2.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-3.733;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,38:0.13:284
chr12	27807906	rs7979973	G	A	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=22;PP=893;SC=TTGAATTTAAGCACCACTGAT;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=27807914;WS=27807896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	27811649	rs10771354	G	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=320;SC=TTAGATTTCCGTTATTTTAGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=27811657;WS=27811639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	27813754	rs7132997	A	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=663;SC=TGGAGAGTAAATAACTTCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=27813762;WS=27813744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	27813903	rs7133222	C	T	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=44;PP=2074;SC=TTTAAATATACGTGTGGATGT;SOR=0.978;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=111;WE=27813911;WS=27813893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	27813961	rs7133231	A	G	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=63;PP=2462;SC=GAGCTATGCCATTTTAAAAGA;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=144;WE=27813989;WS=27813951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	27813973	rs7133328	C	T	6354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	27813981	rs7133545	G	C	6339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	27814085	rs6487629	C	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=745;SC=CCTGCCCCCACGAATTCAGAA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=27814093;WS=27814075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	27817408	rs34613698	CT	C	1233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=3.024;QD=3.27;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,68:0.18:377
chr12	27820302	rs2033024	C	T	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=69;PP=2012;SC=GACTGTGTTACTGAAAAGTTA;SOR=2.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=16;TCR=69;TR=85;WE=27820310;WS=27820292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	27826780	rs2052673	T	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.889;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,60:0.29:204
chr12	27832308	rs10743607	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=535;SC=CTCTTTGTAAGTCACTGATTA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=27832316;WS=27832298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	27832347	rs11049093	C	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=715;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CTTAACAGTTCTAGAACCAAG;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=38;WE=27832355;WS=27832337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr12	27841925	rs35617482	C	CT	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.140;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr12	27845924	rs3764010	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=2.544;SOR=2.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,13:0.16:82
chr12	27849795	rs929948	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,73:0.25:293
chr12	27849796	rs929949	A	G	9551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=132;PP=2962;SC=TTGGGGATCCAACAAGCAAAT;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=142;TCR=132;TR=271;WE=27849804;WS=27849785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr12	27850113	rs12819160	A	T	4026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=68;PP=2556;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TGGAAACTGAAGATTGTGTGT;SOR=0.603;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=157;WE=27850121;WS=27850103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,169:0.80:212
chr12	27863693	rs17552080	C	T	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=3;PP=1847;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CGGTGCCAGCCCAGGGAGCCT;SOR=1.387;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=94;TCF=91;TCR=3;TR=78;WE=27863701;WS=27863689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,81:0.82:99
chr12	27867706	rs11049106	C	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,59:0.23:254
chr12	27944858	rs2288232	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=37;PP=961;ReadPosRankSum=1.272;SC=CCAGGTAGGTGGTCTGCCCAT;SOR=0.269;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=44;WE=27944866;WS=27944848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,46:0.85:54
chr12	28111319	rs34525777	C	CA	301.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TTAGCCTTGGCAAAAAAAAAA;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=12;WE=28111327;WS=28111309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr12	28114897	rs377014358	CT	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.001;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr12	28122893	rs6246	A	G	6422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.663;SC=TTTGCGAACCAGGCCCTTTCG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=352;TCF=151;TCR=201;TR=265;WE=28122901;WS=28122883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,274:0.75:364
chr12	28336969	rs71438734	T	TAAATGCAAAAGGAAATGAA	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.826;NF=0;NR=5;PP=429;ReadPosRankSum=-1.102;SC=AATGAAAAAATAAATGCAAAA;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=5;WE=28336977;WS=28336959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr12	28457618	rs6487674	A	C	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=73;PP=1903;ReadPosRankSum=0.478;SC=ACTTCACTGAAGTTGCTGATG;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=136;WE=28457626;WS=28457608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr12	28544464	rs3741760	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=34;PP=779;ReadPosRankSum=-0.405;SC=GAGAAAAAATGTGCTTATGTA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=38;WE=28544472;WS=28544454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr12	28605426	rs10771427	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=887;ReadPosRankSum=0.150;SC=AAAAGAAGCAGTGAAGGATGC;SOR=1.078;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=53;WE=28605434;WS=28605416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,57:0.85:67
chr12	28724216	rs6487691	T	C	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=54;PP=1837;ReadPosRankSum=1.896;SC=TACTACTGTATATCCTTCTTG;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=115;WE=28724224;WS=28724206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,122:0.70:175
chr12	28726042	rs6487692	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=761;ReadPosRankSum=1.425;SC=TAAAAAAAGGCTTTAGCACCG;SOR=0.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=46;WE=28726050;WS=28726032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr12	29444284	rs7972032	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=2.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,32:0.14:224
chr12	29446477	rs10679359	T	TA	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=6.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.385;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,21:0.21:102
chr12	29462224	rs6487807	C	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=3.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,53:0.26:206
chr12	29485449	rs10743656	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=6.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.649;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,21:0.20:107
chr12	29486745	rs1052583	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=5.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=1.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,22:0.19:116
chr12	29496103	rs372266940	T	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=3.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,58:0.19:308
chr12	29501941	rs3764952	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr12	29509450	rs1035606	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr12	29520017	rs12831751	A	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.546;NF=0;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.916;SC=TATGTAGAATAATTTCCGATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=29520025;WS=29520007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr12	29521193	rs12831730	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,32:0.20:160
chr12	29580751	rs7301354	A	G	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.397;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=94;PP=2451;ReadPosRankSum=1.031;SC=ATTGAAGTAAAATTGTGCGAG;SOR=1.627;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=138;TCF=22;TCR=116;TR=108;WE=29580759;WS=29580741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,104:0.75:138
chr12	29586810	rs148996239	CA	C	1106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=465;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TTAACATGTCCAAAAAAAAAA;SOR=0.559;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=34;WE=29586818;WS=29586798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,51:0.85:60
chr12	29586867	rs79588258	TA	T	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=353;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GCTGGCTGATTAAAAAAAAAT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=27;WE=29586875;WS=29586857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr12	29593768	rs66808023	GA	G	80.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=12.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,8:0.13:63
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chr12	29598292	rs7967676	G	A	7654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=2.016;SC=AGCGGTCCAGGACTCATGAAA;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=419;TCF=203;TCR=216;TR=316;WE=29598300;WS=29598282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,333:0.75:442
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chr12	29607931	rs2060570	T	C	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=74;PP=2247;SC=TAGTGGGCACTAAAGCAGCCA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=20;TCR=76;TR=93;WE=29607939;WS=29607921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr12	29608449	rs1369904	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=151;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TTTAATTCCTTAAAGATTTGT;SOR=0.307;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=12;WE=29608457;WS=29608439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr12	29608473	rs35198374	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=503;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GTCAATTTCCATCTTTACATA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=23;WE=29608481;WS=29608463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr12	29614709	rs73278740	A	G	10857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=245;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=0.286;SC=GATTTCAGCAATGGTTTCTCC;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=588;TCF=331;TCR=257;TR=431;WE=29614717;WS=29614699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,450:0.73:617
chr12	29617550	rs11050243	G	A	6756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=1.563;SC=CTCCAGAGGAGAGCTTAGTTG;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=167;TCR=201;TR=271;WE=29617558;WS=29617540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,286:0.74:386
chr12	29617736	rs3741751	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=415;ReadPosRankSum=-1.584;SC=TCTGCACTTACATACATAAAC;SOR=0.342;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=24;WE=29617744;WS=29617726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr12	29625040	rs11614232	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=449;ReadPosRankSum=-2.360;SC=ATAATATTGACTCCCAAAACT;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=20;WE=29625048;WS=29625030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr12	29625929	rs7306407	T	C	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1159;ReadPosRankSum=1.288;SC=GAAACAAGATTAAACAGATAG;SOR=0.445;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=76;WE=29625937;WS=29625919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,82:0.71:116
chr12	29626054	rs11453988	A	AT	1268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.635;NF=4;NR=22;PP=949;ReadPosRankSum=-1.186;SC=AGAAAAAAAAATTAATTGAAA;SOR=0.405;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=26;WE=29626062;WS=29626044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr12	29626201	rs7138552	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.842;SC=CTTGTATATCCGTTAATATCC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=29626209;WS=29626191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	29628016	rs2043623	G	A	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=47;PP=1643;SC=TGGTAAATCTGGCCTTGAAGC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=29628024;WS=29628006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	29630081	rs7975356	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,104:0.24:425
chr12	29639186	rs3847680	T	C	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,84:0.21:394
chr12	29642542	rs967182	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=2.437;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,31:0.25:125
chr12	29642573	rs967181	A	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,35:0.25:139
chr12	29648275	rs10843438	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=2.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,75:0.27:282
chr12	29650702	rs822879	C	T	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=101;PP=2893;SC=CGCCCTTTATCCCCTCCTGCG;SOR=3.572;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=16;TCR=101;TR=117;WE=29650710;WS=29650692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	29721945	rs2254945	C	T	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1123;ReadPosRankSum=2.643;SC=GTGAGAGCTGCCCCTCACAGC;SOR=1.122;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=71;WE=29721953;WS=29721935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,78:0.76:102
chr12	29725237	rs16934474	C	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=0.030;SC=TTTCATGAACCTGTATTTGAA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=29725245;WS=29725227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	29813709	.	G	GTA	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=32;QD=18.5;SC=TATTTCAAAAGTATATATATA;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=29813717;WS=29813699;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr12	29813972	rs76327711	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,8:0.15:52
chr12	29920745	rs35316467	G	GTA	2369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=5;PP=2404;ReadPosRankSum=1.581;SC=ATATTTACATGTATATATATG;SOR=2.330;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=88;TCR=7;TR=72;WE=29920753;WS=29920735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,69:0.74:93
chr12	29920790	rs148049141	C	CACAT	8625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.335;NF=85;NR=53;PP=2968;ReadPosRankSum=-1.534;SC=TACATACACACATTCATATTC;SOR=0.909;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=190;TCF=111;TCR=79;TR=138;WE=29920800;WS=29920780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,211:0.76:276
chr12	29921074	rs302316	A	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=-1.291;SC=CACAAGGAACACAGACGGAAT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=17;WE=29921082;WS=29921064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr12	29936613	rs184221	T	G	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=42;PP=1500;SC=CGGCCGGCGCTAGCCCGCAGC;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=82;WE=29936621;WS=29936589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	30787228	rs10843797	C	T	5334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.121;SC=CCTCTGTGAACCCATTAATTA;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=59;TCR=200;TR=198;WE=30787236;WS=30787218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,205:0.77:266
chr12	30809492	rs7974489	G	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=131;SC=TCCAAAAATTGAAGTGATTAT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=30809500;WS=30809482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	30814043	rs67741303	CTATTA	C	1091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.657;NF=13;NR=5;PP=832;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TTAAATGCTACTATTATATCA;SOR=1.022;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=18;WE=30814055;WS=30814033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr12	30814259	rs10771753	C	T	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=60;PP=1685;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CCCCGCTTTACAAAAGTTAGC;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=110;WE=30814267;WS=30814249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,117:0.75:157
chr12	30815157	rs2118780	A	T	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=2;PP=1313;SC=AATGTTGTTAAGCAGCACATG;SOR=5.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=50;TCR=2;TR=52;WE=30815165;WS=30815147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	30818081	rs10843807	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.965;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=406;ReadPosRankSum=0.933;SC=AGGTCAATTTATCCAAAAAAC;SOR=0.180;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=19;WE=30818089;WS=30818071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr12	30818406	rs10843808	T	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TATTACCTTATATCAGTTTGA;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=30818414;WS=30818396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	30822240	rs7955420	C	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-0.364;QD=18.94;ReadPosRankSum=-2.053;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr12	30823971	rs1054426	A	G	8947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=201;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.946;SC=ATGCTTGCTGAAGAACACGGG;SOR=0.575;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=455;TCF=194;TCR=261;TR=353;WE=30823979;WS=30823961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,375:0.77:488
chr12	30827086	rs2289301	G	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=2.248;SC=AAATATAGTCGCTTATTCAAA;SOR=2.258;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=13;WE=30827094;WS=30827076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr12	30841200	rs6487931	C	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=674;ReadPosRankSum=1.431;SC=GCAGACCAAACATTCAAATTT;SOR=1.426;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=38;WE=30841208;WS=30841190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr12	30866888	rs2099028	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.188;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=711;ReadPosRankSum=0.425;SC=AGTCTAATTCTATATTGCTTT;SOR=2.712;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=28;WE=30866896;WS=30866878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr12	30868002	rs13656	C	T	7415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=0.360;SC=GTCTGGGAAACACATTCGTCT;SOR=0.689;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=420;TCF=213;TCR=207;TR=318;WE=30868010;WS=30867992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,333:0.75:443
chr12	30878859	rs7304879	G	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=352;ReadPosRankSum=0.418;SC=CCAGTCAGAAGCCCCATGAAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=16;WE=30878867;WS=30878849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr12	30881809	rs2304630	T	C	6216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.027;SC=TCGCTCTGCATGGAAGGTGTC;SOR=0.575;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=328;TCF=139;TCR=189;TR=263;WE=30881817;WS=30881799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,267:0.80:333
chr12	30948848	rs256653	G	C	7220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=151;NR=100;PP=2965;SC=TCCTTCCCCTGCCCCCATTCC;SOR=0.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=151;TCR=100;TR=251;WE=30948856;WS=30948838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr12	30949206	rs256654	A	G	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=115;PP=2965;SC=CATCCTCTCGATGGCCGCGCC;SOR=2.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=31;TCR=116;TR=146;WE=30949214;WS=30949196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	31107131	rs7485934	A	G	6148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.547;SC=ACGATCAACCATGGGTGAATT;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=353;TCF=130;TCR=223;TR=251;WE=31107139;WS=31107121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,262:0.71:368
chr12	31131712	rs35097	T	C	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=67;PP=2065;SC=TCCCCCTACATATCTGCATCC;SOR=2.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=18;TCR=67;TR=85;WE=31131720;WS=31131702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	31132479	rs35096	A	C	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=56;PP=2965;SC=GCTGATGGGGACTTCGCTCCT;SOR=1.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=150;TCR=56;TR=206;WE=31132487;WS=31132469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	31135418	rs2075332	C	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,33:0.22:151
chr12	31135478	rs35089	T	C	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=84;PP=2630;SC=TCAAGTGCTGTGGAAGCAACA;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=90;TCR=84;TR=174;WE=31135486;WS=31135468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	31135579	rs2075333	T	C	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.398;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=80;PP=2282;ReadPosRankSum=-0.626;SC=ACAGTGGTGGTGCGCTGCGGC;SOR=0.525;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=152;WE=31135587;WS=31135569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr12	31135905	rs888473	A	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=4;PP=375;SC=TCCTCTGGCCAGTCCTCAGCC;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=31135913;WS=31135895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	31135925	rs75495170	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr12	31144735	rs61916754	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,39:0.19:205
chr12	31144884	rs35076	A	G	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:500,131:0.21:631
chr12	31237026	rs28559720	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=2.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-16.879;QD=0.22;ReadPosRankSum=3.123;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,43:0.12:367
chr12	31237372	rs3930906	A	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=-2.506;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
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chr12	31237700	rs3881296	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-6.874;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,9:0.08:113
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chr12	31269189	rs25559	C	CATCAT	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=7.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-9.412;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.148;SOR=2.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,9:0.10:90
chr12	31270171	rs7301557	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-9.132;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,16:0.10:157
chr12	31285101	rs2933405	A	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=7;PP=1402;SC=TCTCTATTCTATTATTTTAAG;SOR=3.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=56;WE=31285109;WS=31285091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	31285169	rs2287449	A	T	7407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=162;NR=107;PP=2965;SC=ACAAAATTTGATCAACTTACC;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=162;TCR=107;TR=269;WE=31285177;WS=31285159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr12	31286189	rs3844571	T	C	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.98;QD=27.28;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr12	31288884	rs4931444	G	T	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=59;PP=2965;SC=ACAGAACAACGCACCTCTACA;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=120;TCR=59;TR=179;WE=31288892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr12	31297722	rs55758709	C	T	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.51;QD=30.75;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	31297871	rs12309295	G	C	9474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=177;NR=152;PP=2965;SC=TCAGATTTCAGTAGAAGGACG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=177;TCR=152;TR=329;WE=31297879;WS=31297852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr12	31298250	rs115596083	A	G	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.18;QD=22.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	31300754	rs116358569	T	C	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=79;PP=2965;SC=GACTGATGCATGATTTCTAAG;SOR=1.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=147;TCR=79;TR=226;WE=31300762;WS=31300744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	31300891	rs56144986	C	A	13366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=300;NR=197;PP=2965;SC=GAGTAATGCACAGTAACAACC;SOR=1.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=497;TCF=300;TCR=197;TR=497;WE=31300899;WS=31300881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr12	31301888	rs11051274	T	C	7335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=155;PP=2965;SC=AGGTACATTATTGGGATCCGA;SOR=1.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=85;TCR=155;TR=240;WE=31301896;WS=31301878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr12	31476680	.	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.580;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=681;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CAATTCGCCCACAGTCCTCAC;SOR=2.885;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=37;WE=31476688;WS=31476670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr12	31539303	rs708200	G	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=41;PP=1191;SC=ACAACTTTTGGTCTTTCAAAA;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=31539311;WS=31539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	31545103	rs708218	T	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=429;SC=AATATATATATCCTTATCACT;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=31545111;WS=31545093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	31545381	rs792874	A	G	7554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=137;PP=2965;SC=CTATGTCTAAAAAAAACACTA;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=121;TCR=138;TR=258;WE=31545389;WS=31545371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr12	31551350	rs1798769	C	T	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=53;PP=1610;SC=GACAGGGTTCCCGCTCAGCCC;SOR=2.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=74;WE=31551358;WS=31551340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	31568221	rs793159	C	T	4300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=34;PP=2965;SC=CAGCCATAATCATTTGAGCAA;SOR=2.120;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=107;TCR=34;TR=141;WE=31568229;WS=31568211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	31577378	rs34764768	A	AT	4336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.605;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=41;PP=1397;ReadPosRankSum=-0.203;SC=AAAAGAGCCTATTTTTTTTTA;SOR=1.680;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=170;TCF=100;TCR=70;TR=116;WE=31577395;WS=31577368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,192:0.94:204
chr12	31586007	rs2682695	C	T	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=21;PP=1659;SC=CATTAAGAATCTACACAATGA;SOR=1.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=84;WE=31586015;WS=31585997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	31814741	rs7959989	G	C	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=3;PP=989;SC=CTCTTCCTCAGAATTCTCAGT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=31814749;WS=31814731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	31850220	rs2388926	C	T	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=0;PP=1405;SC=ATTGGTTATCCGCTAGGTTTT;SOR=7.864;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=50;TCR=0;TR=50;WE=31850228;WS=31850210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	31908050	rs6488005	A	C	24076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=918;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.023;NF=447;NR=432;PP=2965;ReadPosRankSum=0.158;SC=CCAAGCCCATAGATAGATCAG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=881;TCF=448;TCR=433;TR=879;WE=31908058;WS=31908039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,916:1.00:918
chr12	32134240	rs2388982	C	T	13425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.01;MQRankSum=0.532;NF=288;NR=260;PP=2962;ReadPosRankSum=0.128;SC=TTACCCAAAACGTATGGTTGA;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=705;TCF=364;TCR=341;TR=548;WE=32134248;WS=32134230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,572:0.78:732
chr12	32134638	rs2166807	T	C	15841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=272;NR=241;PP=2965;SC=AGTCAGCTTCTAAATTCTGTA;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=514;TCF=272;TCR=242;TR=513;WE=32134646;WS=32134628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr12	32134926	rs3207618	G	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,87:0.22:404
chr12	32134943	rs10771894	A	G	6386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GCCTTTTAACAGTCCCATTAG;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=315;TCF=128;TCR=187;TR=250;WE=32134951;WS=32134933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,264:0.80:329
chr12	32135441	rs3759301	T	C	13606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=264;NR=207;PP=2965;SC=AATGCCAGACTCATCTCATGA;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=475;TCF=265;TCR=210;TR=471;WE=32135449;WS=32135431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr12	32137447	rs3759300	C	T	5420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.382;SC=AAGGAGTACCCCAGTGTCAGT;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=150;TCR=139;TR=220;WE=32137455;WS=32137437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,231:0.75:306
chr12	32137512	rs3759299	C	G	6167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.801;SC=GAGCAGTGTTCTCCTTTGGAT;SOR=0.617;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=286;TCF=148;TCR=138;TR=229;WE=32137520;WS=32137502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,248:0.81:307
chr12	32138924	rs7302975	T	C	6485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=134;PP=2965;SC=GTGTCTACAATATTGTAAAGA;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=85;TCR=134;TR=219;WE=32138932;WS=32138914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr12	32138974	rs35804480	CT	C	2873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=71;PP=2888;SC=CTCATGCTGTCTTGGGCTGCT;SOR=5.447;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=0;TCR=74;TR=71;WE=32138982;WS=32138964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	32140098	rs3213955	A	G	299.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5214;FS=8.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=228;ReadPosRankSum=-0.448;SC=TTCAGCTTACATGATTTTCCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12;WE=32140106;WS=32140088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr12	32260549	.	CAAG	C	2854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=2.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.665;QD=6.70;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,94:0.22:426
chr12	32552769	rs2651369	C	G	4762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.337;SC=GGGTGGCGATCCGGCGGAAGT;SOR=0.483;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=269;TCF=159;TCR=110;TR=194;WE=32552777;WS=32552759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,202:0.71:283
chr12	32735236	rs904582	C	T	5910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.732;SC=CCACAACAGACAGCTGTGATG;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=343;TCF=146;TCR=197;TR=253;WE=32735244;WS=32735226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,260:0.74:353
chr12	32753219	rs10844251	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.441;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=1.068;SC=GTGTGGTTTTCTAAAGCCAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=32753227;WS=32753209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	32755058	rs4931641	T	A	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=2.646;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr12	32764184	rs10844253	G	A	8425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=1.186;SC=TAGCTGCTCGGAACACTTCAG;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=480;TCF=231;TCR=249;TR=362;WE=32764192;WS=32764174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,375:0.75:503
chr12	32777362	rs11052110	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=259;ReadPosRankSum=0.244;SC=TTAGTTCTGCGCAAGACAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=20;WE=32777370;WS=32777352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr12	32777416	rs10700807	C	CT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	32778039	rs7970584	A	G	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=923;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AACCTCTTTCATATCTTTGCA;SOR=0.980;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=53;WE=32778047;WS=32778029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr12	32854200	rs11052192	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=104;ReadPosRankSum=0.015;SC=ACAAGAGCGAAACTCCGTCTC;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=32854218;WS=32854193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	32854366	rs10844308	A	C	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=56;PP=2101;ReadPosRankSum=-0.254;SC=GAAAGAGCTCAGTGCTAGAAA;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=195;TCF=119;TCR=76;TR=148;WE=32854374;WS=32854356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,151:0.77:197
chr12	32854602	rs9737752	G	A	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=23;PP=626;SC=CTGTAGCATAGTTAGAAGTCC;SOR=3.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=32854610;WS=32854592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	32859691	rs11052194	G	T	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1402;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TTACAAAGCAGCTAGCTCTAT;SOR=0.267;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=91;WE=32859699;WS=32859681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,98:0.74:132
chr12	32859757	rs10844309	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.912;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=586;ReadPosRankSum=-1.647;SC=AGGTAACCAACAGGAAACCAA;SOR=0.118;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=38;WE=32859765;WS=32859747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,44:0.86:51
chr12	32860302	rs2272238	G	A	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1144;ReadPosRankSum=-2.277;SC=TTTTTCCAGGGGTGGAAGCAG;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=72;WE=32860310;WS=32860292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,78:0.79:99
chr12	32863824	rs11052197	T	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.266;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=14;PP=1267;ReadPosRankSum=0.129;SC=TACTTCATAGTTCATTGAAAT;SOR=1.372;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=65;WE=32863832;WS=32863814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,65:0.79:82
chr12	32866027	.	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=335;ReadPosRankSum=2.442;SC=TAATGTCTTTATTTTTATTTT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=14;WE=32866035;WS=32866026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr12	32866399	rs7971495	G	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.30;ReadPosRankSum=1.663;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr12	32866403	rs7958074	T	C	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.04;ReadPosRankSum=1.074;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr12	32871481	rs10844314	G	A	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=5;PP=1191;ReadPosRankSum=1.612;SC=AAGTGGGATTGTAGATGAGGG;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=66;TCR=6;TR=59;WE=32871489;WS=32871471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,60:0.83:72
chr12	32875406	rs10844318	A	G	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=944;ReadPosRankSum=-1.070;SC=AGTTGAAAACAAGAATAAATG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=64;WE=32875414;WS=32875396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,70:0.83:84
chr12	32884187	rs138148657	AAAAAGCATTTTTCATG	A	1429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.693;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.075;NF=17;NR=8;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.342;SC=ATTTGAAATTAAAAAGCATTT;SOR=1.321;Source=Platypus;TR=25;WE=32884210;WS=32884177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr12	32884741	rs144761384	A	AAAAAAAC	1929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=1204;ReadPosRankSum=0.370;SC=ATGACTTAAAAAAAAAACAAA;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=27;WE=32884749;WS=32884731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr12	32890161	rs7302970	C	T	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=1196;ReadPosRankSum=0.167;SC=CAGAATATTACTCAGTCCTAG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=59;WE=32890169;WS=32890151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,64:0.82:78
chr12	32890685	rs2177704	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.789;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,20:0.19:103
chr12	32890912	rs4506737	T	A	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=65;PP=1720;ReadPosRankSum=0.773;SC=CTGCATGCCTTGTTCTCTGGT;SOR=0.519;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=98;WE=32890920;WS=32890902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,110:0.78:141
chr12	32893426	rs148634653	C	T	4394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CATATTTTCTCATTGTCAGAA;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=96;TCR=173;TR=180;WE=32893434;WS=32893416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,186:0.66:280
chr12	32896365	rs1059422	GA	CT	4909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=2944;ReadPosRankSum=0.274;SC=GTAATACTGAGACTTTGTTGA;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=133;TCF=79;TCR=54;TR=102;WE=32896374;WS=32896355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,119:0.80:149
chr12	32897557	rs11052213	G	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.362;NF=28;NR=1;PP=492;ReadPosRankSum=-1.278;SC=TGAGGCAGGAGAATTGCTTGA;SOR=1.127;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=29;WE=32897565;WS=32897547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr12	32897586	rs10844336	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.625;QD=17.81;ReadPosRankSum=-2.525;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr12	32897647	.	C	CA	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=4.588;QD=1.24;ReadPosRankSum=-2.139;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,32:0.17:185
chr12	32908237	rs11539445	C	A	10034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=212;PP=2962;ReadPosRankSum=0.696;SC=GCGGAAGTGACCCCCCACTGC;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=546;TCF=277;TCR=269;TR=427;WE=32908245;WS=32908227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,432:0.78:554
chr12	32908518	rs11539444	G	A	13345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=325;NR=247;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.215;SC=AATGAAACAGGCCCAGCAGCG;SOR=0.881;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=753;TCF=416;TCR=337;TR=572;WE=32908526;WS=32908506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,581:0.76:765
chr12	32949029	rs149968852	A	AG	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.915;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,9:0.13:68
chr12	32955642	rs12299276	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=1.471;SC=ATTCAGGCTGGAGTGCAGTGG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=32955655;WS=32955632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	32955647	rs7975824	C	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=256;ReadPosRankSum=0.718;SC=GGCTGGAGTGCAGTGGTGTGA;SOR=0.148;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=32955655;WS=32955632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	32974245	rs10772008	C	T	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=1.901;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=10;PP=999;ReadPosRankSum=2.380;SC=GGTATGTCTACAATATCATTA;SOR=1.405;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=51;WE=32974253;WS=32974235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,54:0.87:62
chr12	32977103	rs200009796	G	GA	11481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.806;NF=47;NR=173;PP=2979;ReadPosRankSum=0.602;SC=GTTTCTATCAGAAAAAACAAA;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=356;TCF=79;TCR=277;TR=220;WE=32977117;WS=32977093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,435:0.76:575
chr12	33021934	rs1046116	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,43:0.21:207
chr12	33049781	rs187291890	G	A	235.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.915;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr12	33535510	rs74075211	T	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=316;ReadPosRankSum=0.221;SC=AAAGCATAAATAAAACTGCAG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=33535518;WS=33535500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr12	33576990	rs7980799	A	C	4689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.035;SC=TGATTGATATAAAAGTTCTAG;SOR=0.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=70;TCR=149;TR=176;WE=33576998;WS=33576980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,183:0.81:226
chr12	34175508	rs12367881	T	C	4235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.95;NF=102;NR=31;PP=2908;SC=AGGAGTAGGTTCTTGGGCAGT;SOR=1.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=102;TCR=31;TR=133;WE=34175516;WS=34175498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	38711020	rs11183276	T	C	156.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGTTCCTGTCTCTGAGATCTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=38711028;WS=38711010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	38712142	rs6582584	C	G	13858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=249;NR=256;PP=2965;SC=TGGATCTTTGCATGGTCTGAA;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=505;TCF=249;TCR=256;TR=505;WE=38712150;WS=38712132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr12	38717898	rs147846597	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-5.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=669;ReadPosRankSum=0.504;SC=GCAATGGCGCGATCTTGGCTC;SOR=0.467;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=31;WE=38717906;WS=38717888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr12	39087687	rs826877	A	C	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=71;PP=2213;SC=AGGGTAAATAAATTTAACAAA;SOR=1.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=105;WE=39087695;WS=39087677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	39117384	rs844115	C	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.898;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=603;ReadPosRankSum=0.334;SC=GTTAAAGTTACAATTTGCCCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=25;WE=39117392;WS=39117375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr12	39124173	rs5797589	G	GA	1969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=37;PP=1301;SC=AAAATTAAAGGAAAAAAGTAC;SOR=1.574;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=39;WE=39124181;WS=39124163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	39154733	rs862332	T	A	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=46;PP=1227;ReadPosRankSum=0.737;SC=CTTAGTAAGATCAAAATAATG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=64;WE=39154741;WS=39154723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
chr12	40037727	rs10735878	A	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=32;PP=927;SC=CTGGTAAGTCATTCCAATTGC;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=40037735;WS=40037717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	40077028	rs10047563	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=250;SC=ATACACACACATCTATATATT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=40077036;WS=40077018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	40345185	rs11446411	G	GA	774.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.454;QD=19.36;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,35:0.88:40
chr12	40442111	rs10878036	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=0.578;SC=CATATATGGGCTTGGTTTTCT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=40442119;WS=40442101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	40619082	rs2256408	G	A	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=50;PP=1589;SC=TACTCCGAGCGCGGTAATCAC;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=40619090;WS=40619072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	40619301	rs2723273	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=683;SC=CTAAAAAGGAGAGGGGGTGCT;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=40619309;WS=40619291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	40619542	rs2256286	A	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=45;PP=1338;SC=GGTTATTCCCAAAATTTGGCT;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=40619550;WS=40619532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	40619621	.	A	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=40;ReadPosRankSum=-0.761;SC=AAACGGGATGAAGAGCCCCAG;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=7;WE=40619629;WS=40619611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	40626230	rs1352879	T	C	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=94;PP=2965;SC=GAGTATTTATTTGTACACATG;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=65;TCR=94;TR=159;WE=40626238;WS=40626220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	40626285	rs1352878	C	T	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=43;PP=1292;SC=AAGGCTACTCCTGTGGAATTC;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=62;WE=40626293;WS=40626275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	40631791	rs10878245	T	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=17;PP=1017;SC=CTTGCTGATATTGGATGAAGA;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=40631799;WS=40631781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	40643893	.	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.379;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=173;ReadPosRankSum=0.638;SC=AGGATACTTTCAAGGAAACTA;SOR=0.238;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=12;WE=40643901;WS=40643883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr12	40645257	rs7955902	C	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.154;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr12	40653510	rs28903073	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=41;ReadPosRankSum=-0.102;SC=ACTAGTTTCTGTCGACTAAAT;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=5;WE=40653518;WS=40653500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr12	40657537	rs10784461	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=268;SC=CAGTCTGTTCAACTCAAATGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=40657545;WS=40657527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	40657771	rs10784462	C	G	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=14;PP=368;SC=GAACTAGGGGCGCTTTTTCAG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=40657779;WS=40657761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	40681142	rs138343113	C	CT	2996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=14;PP=2530;SC=TGGTGTATCTCTTATTTTCAG;SOR=2.414;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=58;WE=40681150;WS=40681132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	40702846	rs7305344	A	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=577;SC=ATTTTTTTTTAAAAAAGGATT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=40702854;WS=40702836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	40703087	rs10650388	C	CGT	222.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=330;ReadPosRankSum=0.967;SC=TGTCTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=40703095;WS=40703077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr12	40708922	rs1427266	C	T	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=1;PP=435;SC=TCTTCACCTGCAAAATGAGGA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=40708930;WS=40708912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	40709185	rs721713	A	G	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=94;PP=2665;SC=GCATTTTAGAATTTGGGTTTA;SOR=1.517;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=51;TCR=94;TR=145;WE=40709193;WS=40709175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	40713759	rs1896252	T	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=259;SC=AAAATAAATTTTAGTGATTAT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=40713767;WS=40713749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	40713834	rs1427263	C	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=7;PP=397;SC=ACCCTAAGGGCATTATTTCGC;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=40713842;WS=40713824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	40713873	rs11176013	A	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=11;PP=446;SC=TTCTTTCAAAAAAAAGGAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=40713881;WS=40713863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	40713901	rs11564148	T	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=-1.198;SC=GAACTACATGTCACAGTATTT;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=10;WE=40713909;WS=40713891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr12	40714009	rs11564205	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.90;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	40714785	rs10878368	A	T	4991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=74;PP=2965;SC=TTGCTCAACAAGGTTGGGTGT;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=182;WE=40714793;WS=40714775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	40715013	rs7307276	T	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=510;SC=TGAAGACTTATTAGATTTTTA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=40715021;WS=40715003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	40716015	rs7137665	C	T	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=33;PP=1547;SC=TTTTCAATTGCAACACTAAAG;SOR=0.884;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=75;WE=40716023;WS=40716005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	40716037	.	T	TA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=6.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-2.900;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr12	40716260	rs10878371	T	C	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=59;PP=1363;SC=TTAATGATGGTGAAGAACATC;SOR=1.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=87;WE=40716268;WS=40716250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	40742254	rs10878405	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.867;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=1.790;SC=CTATGGTTGAGAAATTAATTA;SOR=1.368;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=14;WE=40742262;WS=40742244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr12	40753044	rs111612315	C	CT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5823;FS=9.622;HP=14;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=1.602;SC=AGTGTGTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=40753052;WS=40753034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	40753303	rs3789330	A	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=215;SC=TTTTTTCCTTATAATCATTAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=40753311;WS=40753293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	40757114	rs10626458	A	ACATG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=683;SC=TAGTGTTTTTACATTAAGAAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12;WE=40757122;WS=40757104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	40757186	rs11317573	AT	A	1388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=12;PP=646;SC=ATGACTTTCTATTTTTTTTTC;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=34;WE=40757194;WS=40757176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	40758652	rs3761863	T	C	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=33;PP=2012;SC=AGGGAGGTAATGGTAAAAGAA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=83;TCR=34;TR=116;WE=40758660;WS=40758642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	40761007	rs3789328	A	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=281;SC=TTGGTAGTTTATAGTGTAAAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=40761015;WS=40760997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	40761358	rs4768238	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=331;SC=ATCTAAGTCAACTAAAAATAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=40761366;WS=40761348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr12	40787385	rs7968721	C	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=311;SC=TCTGTAGATCCAACATTTTTC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=40787393;WS=40787375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	40793993	rs1820544	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-1.804;SC=AAAATATAATCTCTCTTATTA;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=9;WE=40794001;WS=40793983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr12	40799969	rs10784595	C	T	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,62:0.45:139
chr12	40799975	rs10784596	G	C	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=0.754;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr12	40802150	rs1019709	G	A	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=73;PP=2320;SC=GGATGCTGGAGGTTCAAAGTC;SOR=1.406;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=120;WE=40802158;WS=40802140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	40805948	rs10878538	G	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=431;ReadPosRankSum=2.492;SC=AGAACGCTGGGATGCTGGGAA;SOR=1.244;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=29;WE=40805956;WS=40805938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr12	40808832	rs994798	A	G	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=790;ReadPosRankSum=1.363;SC=AGTGACAATTATTTTATATTC;SOR=0.465;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=54;WE=40808840;WS=40808822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr12	40812123	rs10878551	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=1.097;SC=TGCTACTTCTCTTTGGATACT;SOR=0.283;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=3;WE=40812131;WS=40812113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	40815548	rs6581732	T	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=4;PP=160;SC=GATAGAATTGTATTTGAGGAG;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=40815556;WS=40815538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	40815624	rs145863953	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr12	40820208	rs11176575	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=440;ReadPosRankSum=-0.933;SC=TTATTTTGTAGCACTGTAACA;SOR=0.671;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=26;WE=40820216;WS=40820198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr12	40821176	rs7955308	G	A	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=50;PP=2965;SC=ATTTCTCCAGGAACACAAAGA;SOR=1.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=117;TCR=50;TR=166;WE=40821184;WS=40821166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	40821867	rs7958987	G	A	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=967;ReadPosRankSum=0.047;SC=GCCAGGAGAAGTCCGAGAAGG;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=96;TCR=98;TR=85;WE=40821875;WS=40821857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,98:0.45:218
chr12	40822012	rs7960062	C	T	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=234;SC=AAATAAAAAGCAATCTCACTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=40822020;WS=40822002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	40825487	rs2114567	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=735;ReadPosRankSum=0.516;SC=AGACAGGAACGTGCTTAAATA;SOR=0.766;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=58;WE=40825495;WS=40825477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr12	40827479	rs2162470	T	C	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=18;PP=1070;SC=TTCACTTGGGTGAAGAACTGA;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=40827487;WS=40827469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	40830583	rs11564168	T	C	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.222;NF=25;NR=48;PP=1293;ReadPosRankSum=1.208;SC=TACTTCCTTCTCAGTTTCGCT;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=73;WE=40830591;WS=40830573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,74:0.55:134
chr12	40830599	rs66908734	CGTGTGTGT	C	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=54;PP=1139;ReadPosRankSum=-1.955;SC=TCGCTATAGTCGTGTGTGTGT;SOR=0.301;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=75;TCF=1;TCR=74;TR=54;WE=40830630;WS=40830589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr12	40830617	.	TG	T	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.174;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQRankSum=-2.473;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.978;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr12	40830620	.	GTGT	G	622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.00;MQRankSum=-2.473;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.921;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr12	40832126	rs10878584	C	T	6732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=132;PP=2965;SC=GTTACATAAACGACGAGGTCA;SOR=1.102;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=97;TCR=132;TR=229;WE=40832134;WS=40832116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	40832161	rs11176635	T	C	4663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=94;PP=2965;SC=CTCATCCATATTGATGACAAT;SOR=1.315;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=155;WE=40832169;WS=40832151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	40834376	rs10878592	C	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=8;PP=883;SC=TTATTTCCAGCGTCTGTCGGG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=40834384;WS=40834366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	40834955	rs10784618	C	A	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=135;PP=2965;SC=ACTGTCCATGCTCTTTTGGTG;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=116;TCR=135;TR=250;WE=40834963;WS=40834945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr12	40835596	rs4768263	T	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=795;ReadPosRankSum=1.230;SC=ATTATTTTGTTCTTCTTTACA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=31;WE=40835604;WS=40835586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr12	40835734	rs7966110	C	G	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=115;PP=2965;SC=TCTGCCACATCTATGGGGAAG;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=120;TCR=115;TR=235;WE=40835742;WS=40835724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
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chr12	40838216	rs10784621	T	C	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=86;PP=2652;SC=TACCATGATGTGTGCATTGAA;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=161;WE=40838224;WS=40838206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	40839467	rs7972395	A	G	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=69;PP=1993;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CTTTAAGAATATGCATAAAGT;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=102;WE=40839475;WS=40839457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr12	40839521	rs1346307	T	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=39;PP=1189;SC=TTGTTTCTCCTAATTTCGTGT;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=40839529;WS=40839511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	40840325	rs10878597	T	C	7371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=148;NR=109;PP=2965;SC=TGCTCCTTACTTGGATGAGAA;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=148;TCR=109;TR=257;WE=40840333;WS=40840315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr12	40841781	rs1820547	A	G	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=2;PP=56;SC=CACTGCACCTAGCCACAACAC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=40841789;WS=40841779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	40841938	rs11176682	G	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=204;ReadPosRankSum=0.457;SC=AAAAATTCCTGTCAATAACAG;SOR=0.293;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=21;WE=40841946;WS=40841928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr12	40842167	rs6581750	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=AATATCATTTCATTATATTCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=40842175;WS=40842157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	40843998	rs79352206	T	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=485;ReadPosRankSum=-0.826;SC=ATAGATATGGTTAACCTCATC;SOR=1.206;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=27;WE=40844006;WS=40843988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr12	40844667	rs10784623	A	C	183.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=148;SC=CGGACCATCCAAACAGTTTCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=40844675;WS=40844657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	40852398	rs1035811	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.67;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	40857126	rs144249723	TAAGTA	T	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.389;NF=6;NR=0;PP=174;ReadPosRankSum=-0.127;SC=ATAACGAGATTAAGTAAAGAA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=40857138;WS=40857116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr12	40857214	rs10878623	T	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=25.99;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	40857943	rs2933353	A	C	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=23;PP=1123;SC=GTATCTGGAGAAACCCCTGCA;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=40857951;WS=40857933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	40858122	rs12228358	G	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr12	40858454	rs1492332	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=-1.280;SC=GTAGTAATCGGCCATGCAGAT;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=40858462;WS=40858444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr12	40859036	rs2131202	C	T	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=85;PP=2965;SC=GATGTCATTCCGAGGCTGTGG;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=88;TCR=85;TR=173;WE=40859044;WS=40859026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	40859551	rs2131203	T	A	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=214;SC=CATTGTAACCTTTTATGTAGA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=40859559;WS=40859541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	40868767	rs1444222	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=565;ReadPosRankSum=0.107;SC=AAGTGTCAGAACAAAGGGAAA;SOR=1.645;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=33;WE=40868775;WS=40868757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr12	40868879	rs60890556	C	CA	3964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.913;NF=26;NR=39;PP=2590;ReadPosRankSum=-1.199;SC=GAGCCTGAACCATTGTTGTTG;SOR=0.922;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=130;TCF=43;TCR=87;TR=65;WE=40868887;WS=40868869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,126:0.55:229
chr12	40894745	rs111256342	A	ACTGAGAATAC	3579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=16;PP=2957;SC=TGTCCTCCTGACAGGAAGATT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=34;WE=40894753;WS=40894735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	40894964	rs719228	G	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=343;ReadPosRankSum=0.060;SC=GCTACGACTGGGGTGGCTCCT;SOR=0.818;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=27;WE=40894972;WS=40894954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr12	40895026	rs719227	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-1.156;SC=TGCAGGTTGGCAGGGAAGTCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=7;WE=40895034;WS=40895016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr12	40911882	rs7300780	G	A	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=997;ReadPosRankSum=0.612;SC=GAGTGGCACTGCTGGAACTGA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=107;TCR=123;TR=91;WE=40911890;WS=40911872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,98:0.41:240
chr12	40912112	.	T	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=574;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TTTTCCATTGTGTTACAAGTC;SOR=0.805;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=43;WE=40912120;WS=40912102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr12	40913955	rs35115017	CA	C	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=0.623;SC=TATAGTATTTCAAGGAAACAG;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=40913963;WS=40913945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	40920110	rs2933351	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=373;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CGGGGCCACCTGAGCAGGATT;SOR=0.519;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=38;WE=40920118;WS=40920100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr12	40924191	rs12813020	T	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-3.274;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr12	40925050	rs111332615	C	T	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1221;ReadPosRankSum=1.228;SC=ACTACCCGAGCAGGACCACCA;SOR=0.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=86;WE=40925058;WS=40925040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,86:0.71:121
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chr12	40930709	rs7971316	G	C	2748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=61;PP=1824;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CTTCCCTACTGTATTTGTTCC;SOR=0.696;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=321;TCF=169;TCR=152;TR=130;WE=40930717;WS=40930699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,139:0.40:344
chr12	40933367	rs17128443	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.767;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.434;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr12	40942463	rs78586058	GTTT	G	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=21.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=-1.048;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=2.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr12	40952895	rs11613339	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=-1.497;SC=TTGTGTGTCTGTAATTCACAA;SOR=0.569;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=13;WE=40952903;WS=40952885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr12	40952934	rs1352938	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.370;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=292;ReadPosRankSum=-0.369;SC=TGCAGCACTGACCCAGAAAGT;SOR=0.270;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=28;WE=40952942;WS=40952924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
chr12	40955544	rs17128462	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TGCCATTTTTTATTCTGTGTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=40955552;WS=40955534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	41318265	rs7299744	C	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=172;SC=CTGTATCTCACGAATGAGTTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=41318273;WS=41318255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	41330611	rs935105	T	C	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=49;PP=2037;SC=AACACATCAATGACACAGAGG;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=129;WE=41330619;WS=41330601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	41331612	rs1442193	T	C	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=118;SC=ATGTTGGTTGTTTACTGATTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=41331620;WS=41331602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	41333049	rs74449088	T	TA	747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=951;SC=CATTAACTATTAAGGAGAATA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=21;WE=41333057;WS=41333039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	41333391	rs34686634	AT	A	268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=216;SC=TTTGCTCTGAATTTTTTTTTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=41333399;WS=41333381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	41337435	rs1056019	C	T	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=40;PP=2026;SC=TGGAAATCAACAACATTACAA;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=86;TCR=41;TR=126;WE=41337443;WS=41337425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	41374697	rs10784981	C	A	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=17;PP=645;SC=TCATTACCCACATTTTCATTT;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=41374705;WS=41374687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	41387106	rs7309797	A	G	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=2.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	41387110	rs278911	C	G	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=2.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	41421642	rs12367345	A	G	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.101;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=31;PP=2190;ReadPosRankSum=1.556;SC=CTGATTGCATATTACTACTTT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=110;WE=41421650;WS=41421632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr12	41582590	rs10879830	G	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.873;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=435;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CTGCCCGCCGGCTCCGCAGCC;SOR=1.014;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=17;WE=41582611;WS=41582580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	41582603	rs10879831	G	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.606;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=435;ReadPosRankSum=3.471;SC=CCGCAGCCGCGGGGGCTGCGC;SOR=1.839;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=13;WE=41582611;WS=41582580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr12	41585373	rs78251066	C	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=312;ReadPosRankSum=-0.329;SC=ATGCATTACTCGTTACTTATA;SOR=0.527;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=32;WE=41585381;WS=41585363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr12	41946315	rs11301675	TA	T	85.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=59;SC=ATAATATTGGTAAAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=41946323;WS=41946310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	41946453	rs285585	T	C	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=29;PP=1422;SC=GTGTTGTTCTTTCAGGAGGTC;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=41946461;WS=41946443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	41949370	rs285580	T	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=655;SC=AGAGAAATATTATGTATACTG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=41949378;WS=41949360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	41957568	rs157971	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=412;SC=ATCATTATCACGGTTATCTCT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=41957576;WS=41957558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	42499538	rs61942483	TT	AC	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=320;ReadPosRankSum=-0.562;SC=TCAATTTAGTTTTTAATAAAA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=8;WE=42499547;WS=42499533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	42499690	rs79044728	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-14.526;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,36:0.09:398
chr12	42499692	rs77044712	A	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-14.526;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,36:0.09:398
chr12	42499694	.	A	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-14.155;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,38:0.09:401
chr12	42499701	rs74583427	C	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-13.759;QD=1.36;ReadPosRankSum=2.438;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,40:0.10:401
chr12	42499711	rs76555438	C	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-13.313;QD=1.57;ReadPosRankSum=2.894;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,44:0.11:397
chr12	42499714	rs78536827	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-13.241;QD=1.66;ReadPosRankSum=3.111;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,44:0.11:393
chr12	42499730	rs77940338	G	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=1.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-12.418;QD=2.50;ReadPosRankSum=2.987;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,44:0.13:349
chr12	42499738	.	TC	CT	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.652;ClippingRankSum=0.000;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-12.065;QD=2.78;ReadPosRankSum=2.336;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,44:0.13:331
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chr12	42513127	rs7977365	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=1.126;SC=AGGATCACTTGAAACCAAGAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=42513135;WS=42513117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	42538320	rs112525075	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=6.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-3.417;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=1.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr12	42538334	rs181558534	C	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=10.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-3.422;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=2.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr12	42538340	.	C	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.158;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=10.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-3.300;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=2.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr12	42538349	.	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.115;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=9.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-2.122;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=2.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr12	42538352	.	C	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.158;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-2.205;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.315;SOR=2.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr12	42538356	.	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.381;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-2.037;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=2.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr12	42538366	.	A	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-2.238;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.468;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr12	42538367	.	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.746;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-2.238;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.442;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr12	42538371	.	G	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-2.400;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.918;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
chr12	42538383	.	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-2.384;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,3:0.14:22
chr12	42538386	.	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-2.384;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,3:0.14:22
chr12	42538395	.	C	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-2.240;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.848;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
chr12	42538406	.	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-1.833;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.363;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr12	42538412	.	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,2:0.17:12
chr12	42554505	rs1059360	A	G	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1005;ReadPosRankSum=0.375;SC=GATCTGCAGAAGCAGCACTAG;SOR=0.493;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=175;TCF=109;TCR=66;TR=78;WE=42554513;WS=42554495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,93:0.46:201
chr12	42606135	rs10880269	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=1.937;SC=TCATCATATTCATTTTAATGT;SOR=1.828;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=16;WE=42606143;WS=42606125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr12	42629550	rs7960176	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr12	42707437	rs3761677	C	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGTAAGCAAGCACTATAAACC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=42707445;WS=42707428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	42717961	rs3747557	G	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.074;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=51;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.700;SC=TTCTTTTTTTGTTGTTTGAGA;SOR=1.340;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=17;TCR=85;TR=60;WE=42717969;WS=42717950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr12	42729891	rs7296357	T	G	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=806;ReadPosRankSum=0.311;SC=ACCAGTGTAGTTTACAAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=48;WE=42729899;WS=42729881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr12	42778922	rs1669906	G	A	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=81;PP=2472;SC=ACCACAGTTAGCAGTAGACCT;SOR=1.335;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=47;TCR=81;TR=128;WE=42778930;WS=42778912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	42781178	rs2243465	A	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=1.139;SC=TATGACCCCCACATTAATTCC;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=42781186;WS=42781168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr12	42787579	rs1376931	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-0.425;SC=GTTTATTCCTATACTTCAAAA;SOR=0.155;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=9;WE=42787587;WS=42787569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	42839836	rs1669885	A	C	10941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=180;NR=199;PP=2965;SC=GGACCCAACCAAGTACCAGAA;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=180;TCR=200;TR=379;WE=42839844;WS=42839826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr12	42853058	rs68074167	GT	G	1110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=530;ReadPosRankSum=0.258;SC=AATGTTTTTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=32;WE=42853066;WS=42853048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr12	42853520	rs1043652	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=1.316;SC=AGCACTTTAAACTATTTTCAC;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=42853528;WS=42853510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	42854205	rs3747562	A	G	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.15;ReadPosRankSum=-2.873;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr12	42854208	rs3747563	A	G	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.23;ReadPosRankSum=-1.923;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr12	42859961	rs12230583	A	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=556;ReadPosRankSum=-0.549;SC=ACTAATGGCTAGGTGACAGGG;SOR=0.478;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=37;WE=42859969;WS=42859951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr12	42862750	rs2708062	T	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=468;SC=TGCTACCTCTTTTAGTGATTA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=42862758;WS=42862740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	43769718	rs7972295	A	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=711;SC=AACAACATCTAGTTTAGGTCC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=43769726;WS=43769708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	43817445	rs6582463	C	T	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=244;SC=AACAGAGACACAGTAAGCAGA;SOR=4.615;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=43817453;WS=43817435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	43819298	rs10785430	G	A	9326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=188;NR=125;PP=2965;SC=CATGTTAACAGACAAGAGTGC;SOR=1.039;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=314;TCF=189;TCR=125;TR=313;WE=43819306;WS=43819288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr12	43823316	rs12308771	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=8;PP=846;SC=CATCAAAATACCTGAGAATAA;SOR=2.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=41;WE=43823324;WS=43823306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	43824011	rs202030722	A	AT	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=0.464;SC=AACAAATTCTATTTTTTTGCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=43824019;WS=43824009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	43824042	rs10880489	G	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=454;SC=ACATACACGTGTTTAAGGCAT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=43824050;WS=43824032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	43824316	rs11182071	A	G	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=66;PP=1971;SC=TTGTTTCCCAAAAGTTACACA;SOR=2.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=84;WE=43824324;WS=43824306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	43833927	rs61925145	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AACAATACAGAAAACACTTGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=43833935;WS=43833917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	43846272	rs7307955	C	T	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.290;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=47;PP=2485;ReadPosRankSum=1.262;SC=TGTGTTCTTACGTCTCAGAAA;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=133;WE=43846280;WS=43846262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr12	43847941	rs6582464	C	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=537;SC=TAAAGATCAACAGAAGAACAA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=43847949;WS=43847931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	43860526	rs11182088	A	G	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	43886199	rs71091159	G	GAAAAA	982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.80;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	43945603	rs275602	A	C	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=56;PP=2809;SC=GCCCCCACTTAGCCGCTGAAG;SOR=1.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=104;TCR=56;TR=160;WE=43945611;WS=43945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	44164689	rs1461567	G	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=18;PP=850;SC=GATTAATGTCGTCATGGCAGG;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=44164697;WS=44164679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	44196407	rs10880568	T	C	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=84;SC=AAAAATGTGGTAACATAGAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=44196415;WS=44196397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	44338153	rs6582491	T	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=19;PP=599;SC=GGGGTAGGTTTTCTTTCCCCT;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=44338161;WS=44338143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	44770301	rs73090683	A	G	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.294;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=22;PP=1224;ReadPosRankSum=1.029;SC=AAGTGCTTATAAAAAGTCAAT;SOR=1.006;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=85;TCR=38;TR=74;WE=44770309;WS=44770291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,83:0.61:137
chr12	44782385	.	T	G	4190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=105;PP=2871;ReadPosRankSum=1.052;SC=AGCTCACAGTTGAACGAATCT;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=283;TCF=115;TCR=168;TR=170;WE=44782393;WS=44782375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,182:0.60:305
chr12	44926334	rs2270479	T	A	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=24;PP=1647;SC=AGAGAAGTTCTTAAATTCTAG;SOR=1.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=86;WE=44926342;WS=44926324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	45004824	rs2305448	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=-0.453;SC=TACACCTTCAGTCTTGGTTAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=13;WE=45004832;WS=45004814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr12	45170006	rs4768572	T	C	4620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=81;PP=2762;SC=ACTCCGCAGGTATCTTTTTTT;SOR=0.938;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=74;TCR=81;TR=155;WE=45170014;WS=45169996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	45209723	rs34034808	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=379;ReadPosRankSum=0.519;SC=ATATTCATTTAACCACATATA;SOR=0.471;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=24;WE=45209731;WS=45209713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr12	45269284	rs7295923	C	T	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CCGCCGAGAGCCTTACCTGAG;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=80;WE=45269292;WS=45269274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,87:0.73:120
chr12	45278173	rs2135546	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=534;ReadPosRankSum=1.749;SC=ACAATTCCATTTGGAAACATC;SOR=0.779;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=38;WE=45278181;WS=45278163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr12	45307633	rs374144	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=1.106;SC=ATAATAATAATGTCTAAAAGG;SOR=0.361;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=14;WE=45307641;WS=45307623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr12	45410075	rs1224442	A	G	6642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=114;PP=2965;SC=CCATTCAGACAGCCCCAGTAA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=123;TCR=115;TR=237;WE=45410083;WS=45410065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	45417666	rs2731038	T	C	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=53;PP=1455;SC=AGAGGCAGCATGCTCTCTTCT;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=92;WE=45417674;WS=45417656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	45417722	rs34073769	A	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=171;ReadPosRankSum=1.976;SC=TAGCTTTAGAAAGAAGTCAGT;SOR=0.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=16;WE=45417730;WS=45417712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr12	45444238	rs11182810	T	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=329;ReadPosRankSum=-1.610;SC=CCGCCGGCGCTCCCAGATCCC;SOR=1.002;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=22;WE=45444246;WS=45444228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
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chr12	45664213	rs10748415	G	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=12;PP=966;SC=ATATTGGCCTGTTGTATTTAT;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=45664221;WS=45664203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr12	45751145	rs145896287	C	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=523;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TTCTCCTGGCCGCAGTTGTAG;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=38;WE=45751153;WS=45751135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr12	46215163	rs2059404	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=0.502;SC=AGAATTTATTGCATTTTATTG;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=46215171;WS=46215153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	46254499	rs10577231	CAT	C	857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=739;ReadPosRankSum=1.417;SC=TGTATAACAACATAATCAAAT;SOR=0.818;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=18;WE=46254508;WS=46254489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr12	46287170	rs138252675	TTC	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,17:0.16:109
chr12	46321514	rs7315731	A	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=723;ReadPosRankSum=0.039;SC=AATATTATTGAAATCTTCATT;SOR=0.883;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=48;WE=46321522;WS=46321504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr12	46322449	rs10880868	C	T	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=57;PP=1471;ReadPosRankSum=0.406;SC=GGGCATCACACCCAGAATTGT;SOR=0.857;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=252;TCF=115;TCR=137;TR=102;WE=46322457;WS=46322439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,105:0.41:256
chr12	46367903	rs10880879	T	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=402;ReadPosRankSum=0.941;SC=TATGTTTATATTATACTGTAG;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=29;WE=46367911;WS=46367893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr12	46367939	rs11183268	G	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=638;ReadPosRankSum=0.555;SC=ACAGCATTATGTCTAAAAACT;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=47;WE=46367947;WS=46367929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,50:0.42:119
chr12	46385848	rs12828693	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=602;ReadPosRankSum=0.979;SC=TTCTCGCAGACTACGTTGCGG;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=49;WE=46385856;WS=46385838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,53:0.37:142
chr12	46633328	rs7959095	G	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.67;MQRankSum=1.207;NF=5;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=0.332;SC=GTTTCACCATGTTGGTCAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=46633336;WS=46633318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	47159123	rs4768756	A	G	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=14;PP=700;SC=ATACTTTTACAGAGAACCACT;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=47159131;WS=47159113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	47159196	rs2430921	A	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr12	47162211	rs2465583	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=908;ReadPosRankSum=0.242;SC=AAACACAGGGCAAGGTCAATG;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=70;WE=47162219;WS=47162201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,77:0.60:129
chr12	47162889	rs2465582	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=265;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GTGGCTCCCAATGTCAGTTAG;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=12;WE=47162897;WS=47162887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	47162938	rs2216433	T	G	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=7;PP=1248;SC=CCAGAGCCTCTCAGGGATAAA;SOR=3.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=60;WE=47162946;WS=47162928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	47163306	rs180403	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.57;ReadPosRankSum=0.751;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	47168898	rs180414	G	A	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=85;PP=2965;SC=CCATGAGAAGGGGGATGTCTA;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=183;WE=47168906;WS=47168888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	47170621	rs12316767	C	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=441;ReadPosRankSum=-1.178;SC=AAAATCATACCTACCCAGGTC;SOR=0.194;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=34;WE=47170629;WS=47170611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr12	47170887	rs180419	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CTATATTGCTCATCATGAAGA;SOR=0.709;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=15;WE=47170895;WS=47170877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr12	47170910	rs2430922	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TATTTAGTACATAAACTTATA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=47170918;WS=47170900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	47173662	rs180426	A	G	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=48;PP=1491;ReadPosRankSum=0.194;SC=GTGAGAGACAAGGATATTAGA;SOR=0.689;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=219;TCF=121;TCR=98;TR=110;WE=47173670;WS=47173652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,121:0.51:238
chr12	47173830	rs2287471	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=88;ReadPosRankSum=0.930;SC=TGGAAAATGTGACAGCTTAAT;SOR=1.131;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=12;WE=47173838;WS=47173820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr12	47178307	rs180430	A	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=716;ReadPosRankSum=0.027;SC=GGATCCATTGAAAAGTATATC;SOR=0.862;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=51;WE=47178315;WS=47178297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr12	47581629	rs832733	T	C	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=31;PP=1611;SC=CATTTCCACCTAGACGGGCCT;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=47581637;WS=47581619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr12	47757917	rs77921585	C	T	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=704;ReadPosRankSum=0.475;SC=TGCAAAAATACTGGAGCTTGC;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=98;TCR=75;TR=61;WE=47757925;WS=47757907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,72:0.38:191
chr12	47758032	rs215383	A	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=47;PP=1345;SC=CAGACTGCAGATGACCAGGGT;SOR=2.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=59;WE=47758040;WS=47758022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	47761212	rs58616	G	A	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=56;PP=2088;ReadPosRankSum=0.828;SC=TTCAAGGTTAGTACCCTGATA;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=141;TCR=92;TR=139;WE=47761220;WS=47761202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,158:0.61:258
chr12	47761313	rs11419253	A	AT	2266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.43;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,103:0.84:123
chr12	48081539	rs7136422	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.295;SC=GCATTTAATTCCCAATTCCTA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=8;WE=48081547;WS=48081529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr12	48081637	rs7136561	C	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=29;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.626;SC=ATACATTGTACGTTGGAATAG;SOR=1.049;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=270;TCF=170;TCR=100;TR=87;WE=48081645;WS=48081627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,88:0.31:287
chr12	48104746	rs1235152	G	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=15;PP=409;SC=CCCACTTCACGCTGCCTCTCC;SOR=2.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=48104754;WS=48104736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	48106488	rs1234820	G	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=524;ReadPosRankSum=0.016;SC=CCATGCCAAGGCTTCCCCCTT;SOR=1.236;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=27;WE=48106496;WS=48106478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr12	48110325	rs1235153	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=281;SC=CCCCAAACACAGGGCAGCGAC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=48110333;WS=48110315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	48110608	rs2524318	A	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.21;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	48110608	.	ACATCG	GCATCA,GCATCG	111	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=13;MQ=60.0;NF=7,13;NR=0,1;PP=111,88;QD=23.4954106946;SC=AAAAGTCGAGACATCGAAAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7,14;WE=48110621;WS=48110598;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:14
chr12	48110613	rs2524317	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.135;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	48131728	rs2072117	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=272;ReadPosRankSum=1.372;SC=CACATGGCAAGTGCCTAGGAT;SOR=0.402;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=20;WE=48131736;WS=48131718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr12	48132451	rs2072116	T	C	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=43;PP=1847;SC=TAGTAGTGAATGCCTGCTCTC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=108;WE=48132459;WS=48132441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	48132889	rs2074535	G	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=11.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr12	48134214	rs10875687	G	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=976;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TCAGGGTAAGGGAAGCAGCCA;SOR=0.751;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=197;TCF=92;TCR=105;TR=84;WE=48134222;WS=48134204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,83:0.40:209
chr12	48134360	rs10875688	G	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.370;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=681;ReadPosRankSum=0.295;SC=AAGCAAAGAGGGGGGCTTAGG;SOR=0.407;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=133;TCF=77;TCR=56;TR=56;WE=48134368;WS=48134350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,58:0.43:136
chr12	48134381	rs35703007	CG	C	1420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.423;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.225;NF=12;NR=26;PP=879;ReadPosRankSum=1.281;SC=AAAAGGTAGCCGGGGGGACTC;SOR=0.340;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=38;WE=48134389;WS=48134371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,60:0.41:148
chr12	48134695	rs2074533	T	C	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=54;PP=1550;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CTGCCTCCCATACCTGGTGGA;SOR=0.673;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=350;TCF=196;TCR=154;TR=124;WE=48134703;WS=48134685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,135:0.36:371
chr12	48141798	rs56199059	T	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=511;ReadPosRankSum=-0.927;SC=AGATTTTCTCTCAACCCCACG;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=33;WE=48141806;WS=48141788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr12	48142366	.	C	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1031;ReadPosRankSum=0.464;SC=TGCCACTACTCCCCACTCCCA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=83;WE=48142374;WS=48142356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,84:0.63:133
chr12	48142418	rs757281	C	G	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=41;PP=1533;SC=CATTTTTCTCCATTAGCCAGC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=48142426;WS=48142408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	48143095	rs149061709	G	GCTCTGGT	9449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=40;PP=2549;SC=CAGGCCCTCTGCTCTGGTCCC;SOR=1.560;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=74;WE=48143108;WS=48143085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	48143360	rs757280	T	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	48144243	rs757279	A	C	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=22;PP=779;SC=CACACTGTGAACTGTGGGCCC;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=48144251;WS=48144233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	48144925	rs2016123	T	C	5732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=96;PP=2965;SC=TCATGAGTTCTCACGGGCTCG;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=190;WE=48144933;WS=48144915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	48145368	rs2072115	A	G	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=611;ReadPosRankSum=0.221;SC=GGAACTATGCATTAGAAAGGC;SOR=0.840;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=54;WE=48145376;WS=48145358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,58:0.39:148
chr12	48164758	rs2544025	G	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=635;ReadPosRankSum=1.281;SC=ATGCACTCCGGACCACGGGGC;SOR=0.340;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=30;WE=48164766;WS=48164748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr12	48178127	rs3192737	A	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.848;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=993;ReadPosRankSum=-1.146;SC=TCCTCCACTTAGGGTCGGCTC;SOR=1.067;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=56;WE=48178135;WS=48178117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr12	48178465	rs3815138	T	C	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=52;PP=1407;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GAACACAACATGGGAGAACTG;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=107;TCR=90;TR=111;WE=48178473;WS=48178455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,115:0.55:211
chr12	48181778	rs6580637	T	C	5838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=1.861;SC=AGAGTAAGTGTCAGGAGGAGG;SOR=0.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=113;TCR=81;TR=192;WE=48181786;WS=48181768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr12	48185167	rs11832133	G	C	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1572;ReadPosRankSum=-1.380;SC=GGAGCCCAGAGAGCAGGGCCG;SOR=0.623;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=173;TCF=82;TCR=91;TR=102;WE=48185185;WS=48185157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,120:0.63:191
chr12	48185448	rs73107974	C	T	3462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=64;PP=1976;ReadPosRankSum=1.159;SC=CAGAGTGGACCGACTGCAGCT;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=136;TCR=105;TR=145;WE=48185456;WS=48185438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,158:0.61:259
chr12	48272895	rs2228570	A	G	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=45;PP=1156;SC=CATTGCCTCCATCCCTGTAAG;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=48272903;WS=48272885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	48358279	rs11609253	C	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.913;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=380;ReadPosRankSum=2.298;SC=GCCCAGACAACTTTTCTTCTA;SOR=2.400;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=19;WE=48358287;WS=48358269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr12	48360947	.	T	TA	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.945;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,39:0.21:185
chr12	48373181	rs12368284	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=420;ReadPosRankSum=2.081;SC=TCCAGGGGGCAGGAACGGACT;SOR=0.478;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=40;WE=48373189;WS=48373171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,44:0.40:109
chr12	48373718	rs11443755	A	AC	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=464;ReadPosRankSum=-0.454;SC=ATCCCAGAACACCCCCGCCAT;SOR=0.249;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=15;WE=48373726;WS=48373708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr12	48374513	rs1635554	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.765;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=544;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CCAGAAGAGCAGGAGACTCTG;SOR=0.415;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=43;WE=48374521;WS=48374503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,45:0.46:97
chr12	48376213	rs12811832	G	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=796;ReadPosRankSum=1.299;SC=ATAAGGGAACGGAAGCGATCA;SOR=0.634;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=57;WE=48376221;WS=48376203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,62:0.39:157
chr12	48376969	rs11168338	C	A	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1423;ReadPosRankSum=-0.848;SC=ATATCACAGACCCCTGAACAA;SOR=0.671;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=329;TCF=167;TCR=162;TR=110;WE=48376977;WS=48376959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,112:0.33:335
chr12	48377970	rs1635550	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=693;ReadPosRankSum=-2.301;SC=TTTTCTTCCCACTTGCAGTCC;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=150;TCF=83;TCR=67;TR=62;WE=48377978;WS=48377949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,67:0.41:163
chr12	48383235	rs1635537	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=340;ReadPosRankSum=0.068;SC=TCCCCAGGAAACTTTGCCTGG;SOR=0.084;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=19;WE=48383243;WS=48383225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr12	48386553	rs1635534	A	G	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=24;PP=1794;SC=TTAAGGGATAACAATACTCCC;SOR=1.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=84;WE=48386561;WS=48386543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	48386577	rs1793915	G	T	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=35;PP=2212;ReadPosRankSum=-1.103;SC=GCCTCACAGGGTTGTTTCGAG;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=111;WE=48386585;WS=48386567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr12	48387052	rs1793912	A	C	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	48387052	.	AATGGG	CATGGC,CATGGG	372	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=17,26;NR=2,3;PP=372,148;QD=22.3930460454;SC=AGTGTGATAAAATGGGTATCT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=19,29;WE=48387065;WS=48387042;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.66:29
chr12	48387057	rs1793911	G	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.652;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr12	48388102	rs55921916	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=702;ReadPosRankSum=0.723;SC=GGCTACTGGCGTTTCATCTCA;SOR=0.583;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=54;WE=48388110;WS=48388092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,62:0.67:93
chr12	48389023	rs10875716	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=626;ReadPosRankSum=-0.467;SC=CATTTGTCTACTCGTGTATAC;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=46;WE=48389031;WS=48389013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,48:0.39:122
chr12	48389232	rs55698101	G	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=666;ReadPosRankSum=-0.977;SC=AAGGTGCAGAGATCATAGTGG;SOR=1.435;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=34;WE=48389240;WS=48389222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr12	48389643	rs1034762	A	C	6780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=140;PP=2965;SC=GGCAAAAAGAATTGCAGATAC;SOR=1.222;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=96;TCR=141;TR=236;WE=48389651;WS=48389633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	48392433	rs1793958	A	G	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=43;PP=1262;SC=GGTGACCCAGACTTTGTTATT;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=50;WE=48392441;WS=48392423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	48398002	rs3803184	G	C	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=62;PP=1790;ReadPosRankSum=0.335;SC=AGGCAGGCAGGGGCGGGGGAA;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=106;WE=48398010;WS=48397992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr12	48398080	rs3803183	T	A	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	48413789	rs113940474	A	ATATTGT	4773.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=2954;ReadPosRankSum=0.547;SC=AATTTGACAGATAAATTCCCT;SOR=0.881;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=53;WE=48413797;WS=48413779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,113:0.55:206
chr12	48413875	rs17122567	G	A	4827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.872;NF=95;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=1.228;SC=AGCTACCACCGTCATGGTTTG;SOR=0.824;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=368;TCF=181;TCR=187;TR=201;WE=48413883;WS=48413865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,226:0.57:396
chr12	48413944	rs7299135	C	T	3931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=3.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.946;QD=19.56;ReadPosRankSum=-1.062;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,105:0.52:201
chr12	48413950	rs28459711	A	C	3765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.947;QD=20.47;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,96:0.52:184
chr12	48413979	rs7299364	G	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.000;NF=17;NR=38;PP=1023;ReadPosRankSum=1.399;SC=GCTGTCTCAGGGTGGTTTTAA;SOR=0.882;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=39;TCR=91;TR=55;WE=48413987;WS=48413969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr12	48441748	rs12297820	G	A	5686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.302;SC=ACCTATACCCGATATCAAACT;SOR=0.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=475;TCF=258;TCR=217;TR=259;WE=48441756;WS=48441738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,273:0.54:502
chr12	48441920	rs113645512	G	GT	650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.883;NF=0;NR=27;PP=867;ReadPosRankSum=0.982;SC=CGGTTTATCAGTTTTTCCCTT;SOR=1.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=27;WE=48441928;WS=48441910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr12	48468652	rs4258439	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=514;ReadPosRankSum=1.315;SC=GCATGTAAACAGAATCCTAGC;SOR=1.542;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=22;WE=48468660;WS=48468642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr12	48512285	rs4760682	C	A	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.324;SC=GGTAGAGATACAAGTAAGCAA;SOR=0.528;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=83;WE=48512293;WS=48512275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,96:0.57:167
chr12	48512521	rs11168415	A	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.260;SC=GGCCTCACAGACACGCCCTTC;SOR=0.283;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=48512529;WS=48512511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	48519093	.	AT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr12	48526659	rs2228501	G	A	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.364;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=28;PP=1390;ReadPosRankSum=1.992;SC=AGGGAGGCACGGTGATTGGAA;SOR=0.417;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=144;TCF=103;TCR=41;TR=87;WE=48526667;WS=48526649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,90:0.60:150
chr12	48526892	rs41291961	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.465;SC=ACGTGCACGCGTGTACACACA;SOR=0.806;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=66;WE=48526900;WS=48526882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
chr12	48526969	rs55682541	T	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=517;ReadPosRankSum=0.198;SC=AAATAGGCAGTCTTTGCCCTC;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=23;WE=48526977;WS=48526959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr12	48527059	rs2269933	G	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=620;ReadPosRankSum=2.079;SC=CATGCCAGGTGCCTCACCCAG;SOR=0.634;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=45;WE=48527067;WS=48527049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr12	48534814	rs34700912	A	AG	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=655;ReadPosRankSum=0.415;SC=CAGTAGGAACAGCAGGAATTA;SOR=2.187;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=16;WE=48534822;WS=48534804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr12	48537624	rs4075913	A	G	9294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.89;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr12	48537624	.	ATGAAG	GTGAAC,GTGAAG	2003	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=59,122;NR=66,121;PP=2003,1388;QD=16.4517429989;SC=TTGTTCCTAAATGAAGAAGAA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=243;TCF=122;TCR=121;TR=125,243;WE=48537637;WS=48537614;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.51:243
chr12	48537629	rs4075914	G	C	2965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,135:0.56:241
chr12	48539482	rs8716	T	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=364;ReadPosRankSum=1.021;SC=CCGGGGAAGCTGCCGTCTAAA;SOR=0.541;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=30;WE=48539490;WS=48539472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr12	48543584	rs3936179	G	C	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1752;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CCAGGGCATTGACAGAGGCCC;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=103;WE=48543592;WS=48543574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,109:0.55:198
chr12	48545245	rs56288528	A	G	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=450;ReadPosRankSum=1.093;SC=TATTATGTCAATGTCCAAACC;SOR=0.446;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=25;WE=48545253;WS=48545235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr12	48545553	rs10783230	G	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=783;ReadPosRankSum=-1.952;SC=ATCTTAACACGGTTTTTCCTT;SOR=1.107;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=20;TCR=60;TR=45;WE=48545561;WS=48545543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr12	48547128	rs11168428	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=329;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CAAGGACTCTCCTGTCAATAC;SOR=2.303;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=19;WE=48547136;WS=48547118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr12	48578325	rs10783231	A	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,42:0.41:103
chr12	48578631	rs7486941	G	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=335;ReadPosRankSum=-1.024;SC=ACTCCCTCGAGGAAGGATTTG;SOR=1.755;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=22;WE=48578639;WS=48578621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr12	48596118	rs78137938	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=308;ReadPosRankSum=0.258;SC=TCAGGGCCTTCCTGCTAGACA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=17;WE=48596126;WS=48596108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr12	48596254	rs11830378	A	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=842;ReadPosRankSum=1.064;SC=GGAGGGAGAAAGGTTTGTCTT;SOR=0.460;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=62;WE=48596262;WS=48596244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr12	48596484	rs75413005	A	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.919;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=829;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AAGATTGCCCACAGACTAAAC;SOR=0.753;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=52;WE=48596492;WS=48596474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr12	48596546	rs75531856	C	T	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=934;ReadPosRankSum=-0.103;SC=ACAGAAGAAGCTTTCTATGTG;SOR=0.458;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=59;WE=48596567;WS=48596536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr12	48596579	rs17224674	C	T	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1451;ReadPosRankSum=1.268;SC=GAAGGGCTCTCGGAATGAAAT;SOR=0.544;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=93;WE=48596587;WS=48596569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,98:0.71:138
chr12	48596641	rs75539159	A	G	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=58;PP=1889;ReadPosRankSum=0.387;SC=CAGTTCCCACAAGCCTGACAC;SOR=0.464;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=199;TCF=120;TCR=79;TR=136;WE=48596649;WS=48596631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,140:0.68:205
chr12	48596890	rs17823193	G	A	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.151;SC=GGCCGAGGAAGAAGTACATGG;SOR=0.907;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=73;WE=48596898;WS=48596880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,85:0.69:123
chr12	48597064	rs17224828	A	G	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=644;ReadPosRankSum=0.640;SC=CTATGCTGCCATTCCTTAGCA;SOR=0.619;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=50;WE=48597072;WS=48597054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr12	48597094	.	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr12	48597094	.	GGA	AGG	1239	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=25;MQ=59.93;NF=20;NR=19;PP=1239;QD=33.1402019195;SC=TGTTTGAGGAGGAAAGATGAT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=39;WE=48597104;WS=48597084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,39:0.55:71
chr12	48597096	rs78254156	A	G	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr12	48722899	rs192752762	GG	TT	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=485;ReadPosRankSum=0.366;SC=GGTGACTGTTGGGGGTGGACA;SOR=0.257;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=11;WE=48722908;WS=48722898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr12	48723324	rs2732441	C	G	1682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=52;PP=1111;ReadPosRankSum=1.659;SC=GAAGGAGCTCCGAAACGCCGG;SOR=0.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=277;TCF=130;TCR=147;TR=96;WE=48723332;WS=48723314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,101:0.34:298
chr12	48736985	rs2732481	T	G	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=38;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.006;SC=TGGGGCACGCTGCCGTTTCCT;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=121;TCR=100;TR=84;WE=48736993;WS=48736973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,88:0.37:237
chr12	48737245	rs2732484	A	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,34:0.26:130
chr12	48738236	rs2634676	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-1.025;SC=ACATCATTCTATTACACTCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=48738244;WS=48738226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	48738555	rs34591795	GA	G	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=14;PP=286;SC=CTATATTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=48738563;WS=48738545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	48740855	.	A	G	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=56;QD=18.1542425094;SC=CCTTTCTTGTAGGTCCATTTA;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=48740863;WS=48740845;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	48741219	rs901962	A	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=18;PP=483;SC=AAGGGTCACAACTTCTGTATC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=48741227;WS=48741209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	48877056	rs7972785	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=345;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AGCTCCAGAGTCCTTGGTTTC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=27;WE=48877064;WS=48877046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr12	48879951	rs11168599	T	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=725;ReadPosRankSum=-0.218;SC=ATATCATTCTTTCTTTGCAGC;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=56;WE=48879959;WS=48879941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,59:0.48:124
chr12	48880381	rs2731091	A	G	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=54;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.412;SC=TCCAAGAAACATCTTGTCTTC;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=117;TCR=89;TR=125;WE=48880389;WS=48880371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,141:0.61:231
chr12	48880550	rs2731092	T	C	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1141;ReadPosRankSum=-1.509;SC=TGGCATGAGGTGGGAGGTGGG;SOR=0.694;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=55;TCR=90;TR=82;WE=48880558;WS=48880540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,90:0.56:161
chr12	48883012	rs2705127	T	C	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=913;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TATGTGGTTGTATGAAATGCT;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=48;WE=48883020;WS=48883002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,51:0.77:66
chr12	48884535	rs2731102	G	C	3490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=70;PP=2353;ReadPosRankSum=0.695;SC=AGCTAATACAGTGCAGGTCTG;SOR=0.822;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=280;TCF=147;TCR=133;TR=156;WE=48884543;WS=48884525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,163:0.55:295
chr12	48884756	rs2731103	C	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=323;ReadPosRankSum=-0.723;SC=CAAAGTCTCACCCTAGGATCT;SOR=2.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=16;WE=48884764;WS=48884746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr12	48888594	rs11458	C	T	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=46;PP=1188;ReadPosRankSum=-1.295;SC=CATAAGGCCTCCAGATTCCTT;SOR=0.579;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=306;TCF=170;TCR=136;TR=99;WE=48888602;WS=48888584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,104:0.32:324
chr12	48888689	rs9268	C	G	5958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=119;PP=2965;SC=AGACACAGCTCTTCAGTCAAT;SOR=1.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=79;TCR=119;TR=198;WE=48888697;WS=48888679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	48888763	rs2705132	A	G	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=55;PP=1470;SC=CTTCCGCCAGATGCTTTACCC;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=70;WE=48888771;WS=48888753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	48919556	rs2731073	A	G	6876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=127;PP=2965;SC=GCTGCTGCTCATGATCAGGGC;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=125;TCR=127;TR=252;WE=48919564;WS=48919546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr12	48919659	rs4075258	TG	CA	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.272;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=2550;ReadPosRankSum=0.139;SC=CCCAAGATGCTGGAGAACCTC;SOR=0.939;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=190;TCF=86;TCR=104;TR=68;WE=48919668;WS=48919649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,81:0.40:203
chr12	48919796	rs12425460	C	T	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1083;ReadPosRankSum=-1.042;SC=TGCCATCTGCCGCCCACTACT;SOR=0.973;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=79;WE=48919813;WS=48919786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,81:0.41:196
chr12	48920073	rs61941963	G	A	4043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=88;PP=2647;ReadPosRankSum=1.810;SC=TCCTACACCCGTATAATCTCT;SOR=0.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=323;TCF=164;TCR=159;TR=181;WE=48920081;WS=48920063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,187:0.56:336
chr12	48953504	rs11168637	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=0.930;SC=AAGGACTGACGCAGCCTGACA;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=7;WE=48953512;WS=48953500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr12	48954040	rs1807757	A	G	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=822;ReadPosRankSum=0.722;SC=GTTTCAGGCCATGTGTCATCC;SOR=0.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=64;WE=48954048;WS=48954030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,67:0.44:152
chr12	48954225	rs7312017	G	C	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1419;ReadPosRankSum=-1.521;SC=TGCTCTTATTGACCTGTTCTG;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=142;TCR=128;TR=96;WE=48954233;WS=48954215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,102:0.37:279
chr12	49164825	rs9804777	T	C	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=591;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CACTCATTTCTTGCCACGCCT;SOR=1.267;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=31;WE=49164833;WS=49164815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr12	49167143	rs3729969	T	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=348;ReadPosRankSum=0.022;SC=CCCACAGGGGTGTTGTGGCAT;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=22;WE=49167151;WS=49167133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr12	49167202	rs3729980	A	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=797;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AGTGACCTAGAAAGGTGAGGG;SOR=0.451;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=52;WE=49167210;WS=49167192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr12	49167683	rs3730074	C	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=823;ReadPosRankSum=1.888;SC=AATGTCTGTGCCAGGACAGCC;SOR=0.433;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=44;WE=49167691;WS=49167673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr12	49168128	rs3730072	G	C	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=25;PP=1184;ReadPosRankSum=-1.220;SC=TACTCCCAGTGTCCAGGACAG;SOR=0.949;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=76;WE=49168136;WS=49168118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,81:0.67:121
chr12	49168848	rs3730070	G	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=584;ReadPosRankSum=-0.409;SC=CTGAGGGAGAGGAGGCTGAGC;SOR=0.894;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=46;WE=49168856;WS=49168838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr12	49176872	rs3730308	G	T	6855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.091;SC=CAGCAGGATCGCCCACTCCTG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=519;TCF=289;TCR=230;TR=303;WE=49176880;WS=49176862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,309:0.58:535
chr12	49212806	rs12369114	C	T	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.934;NF=49;NR=50;PP=1387;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GGTGACACCTCCTCTCCCTTC;SOR=0.709;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=99;WE=49212814;WS=49212796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,102:0.54:189
chr12	49212874	rs68162448	AG	A	1334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=870;ReadPosRankSum=0.167;SC=CAGGGTTTGTAGGGGGGCGCT;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=34;WE=49212882;WS=49212864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr12	49218171	rs2070615	A	G	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=51;PP=1469;ReadPosRankSum=1.967;SC=GAGTTGGGCCATGAGTCAGTA;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=112;TCR=93;TR=116;WE=49218179;WS=49218161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,125:0.60:210
chr12	49219138	rs11168751	C	G	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=1866;ReadPosRankSum=1.953;SC=GTATGTGGAGCGCATTGACTC;SOR=0.410;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=182;TCF=107;TCR=75;TR=117;WE=49219146;WS=49219128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,122:0.62:196
chr12	49221622	rs1045340	G	A	4507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=127;PP=2751;ReadPosRankSum=-0.133;SC=AGGACTCAGAGCACAACCACA;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=536;TCF=246;TCR=290;TR=231;WE=49221630;WS=49221612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,237:0.42:562
chr12	49230035	rs1057908	T	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=314;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CCTGACGCTGTATAGGTGTTG;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=31;WE=49230043;WS=49230025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr12	49255798	rs1565933	G	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=-0.904;SC=TTACCTTCTTGAGTGCGCTGT;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=45;WE=49255806;WS=49255788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,50:0.28:177
chr12	49259194	rs2453489	T	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=453;SC=ATCTGATGGGTCCTCTGGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=49259202;WS=49259184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	49298059	rs3809147	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=154;ReadPosRankSum=-1.938;SC=TTTCTTCTAAGCTCTGTAACG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=10;WE=49298067;WS=49298049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	49298340	rs3825184	C	T	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=439;ReadPosRankSum=0.284;SC=TCATCCTGACCTCCCCTCCTC;SOR=0.619;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=27;WE=49298348;WS=49298330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr12	49308284	rs10747556	A	G	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=48;PP=1304;ReadPosRankSum=1.158;SC=CTGCAGAGGCACCGGCTCAGT;SOR=0.669;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=195;TCF=103;TCR=92;TR=95;WE=49308292;WS=49308274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,94:0.47:202
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chr12	49312432	rs10783294	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=0.180;SC=CTCAGTTGGTCAAGTAGATTT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=49312440;WS=49312431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	49312593	rs10875893	A	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=438;ReadPosRankSum=-0.089;SC=AGGCCCAAAGAACTCAGGCCC;SOR=0.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=36;WE=49312601;WS=49312583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr12	49314862	rs10875894	C	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=396;ReadPosRankSum=0.477;SC=AGGAGCTCACCAAGGTAAAGC;SOR=0.522;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=27;WE=49314870;WS=49314852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr12	49314994	rs4760600	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=564;ReadPosRankSum=0.348;SC=TGGAAAAGGTACAACAAAGTG;SOR=0.777;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=38;WE=49315002;WS=49314984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,42:0.36:118
chr12	49318546	rs2293449	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GCAGCCTAGCGTTCCCCTTAC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=49318554;WS=49318536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	49319036	rs12829682	A	C	15387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=248;NR=299;PP=2965;SC=ATTACCACCCAACAAGGCTCG;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=547;TCF=248;TCR=299;TR=547;WE=49319044;WS=49319026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr12	49319270	rs2272312	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=69;ReadPosRankSum=1.611;SC=TGGCGGCAGCCAGGACAGCGT;SOR=0.963;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=49319278;WS=49319260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	49325142	rs11168794	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=158;ReadPosRankSum=-0.160;SC=AGTAGGAGAAGGTGGTAGTAG;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=9;WE=49325150;WS=49325132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr12	49332092	rs1054376	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=1.645;SC=GGGGCAGTCCGGCTTGACTAA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=49332100;WS=49332082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	49332366	rs4760666	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.971;NF=18;NR=15;PP=300;ReadPosRankSum=-0.154;SC=CTTGTGGGGACAGGGAAAGGA;SOR=0.572;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=33;WE=49332374;WS=49332356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr12	49332451	rs148694584	T	TGA	2441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.453;NF=5;NR=37;PP=1570;ReadPosRankSum=-0.651;SC=ACCCAGAGGGTGAGAGAGAGA;SOR=0.843;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=10;TCR=60;TR=42;WE=49332459;WS=49332441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,75:0.66:113
chr12	49333896	rs5798094	G	GA	1428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=2.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.562;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,75:0.30:251
chr12	49334044	rs708242	G	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=37;PP=1099;SC=TAATCGTTAAGCTAGCAGCCT;SOR=5.943;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=38;WE=49334052;WS=49334034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	49334762	rs12122	G	C	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=25;PP=1909;SC=CGATCTCCCCGAGTTTCAGCT;SOR=1.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=90;WE=49334770;WS=49334752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	49334982	rs10747557	G	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=371;ReadPosRankSum=-1.775;SC=CTAGACAAAGGAAATGTAAAA;SOR=0.588;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=16;WE=49334990;WS=49334972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr12	49359989	rs1051886	G	A	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=74;PP=1598;ReadPosRankSum=-1.720;SC=GGAGCACGTTGTGCCCACGGC;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=318;TCF=134;TCR=184;TR=123;WE=49359997;WS=49359979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,132:0.39:342
chr12	49362779	rs833834	T	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=15;PP=1192;SC=GGAGAGAGGTTGGGGAGTGAT;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=49362787;WS=49362769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	49364391	rs833843	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=0.335;SC=CAGGAATAGGGCGGCTCGCTT;SOR=0.458;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=14;WE=49364399;WS=49364381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr12	49390677	rs10783299	T	C	4121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=100;PP=2858;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GTTTCCAACCTCGGGCAGGGT;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=116;TCR=167;TR=171;WE=49390685;WS=49390667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,182:0.61:299
chr12	49398862	rs2293445	G	A	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1383;ReadPosRankSum=1.248;SC=CCAGAAACCCGCCATCCCTTT;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=101;WE=49398870;WS=49398852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,118:0.60:198
chr12	49416046	rs34546217	TC	T	2683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.259;NF=16;NR=34;PP=1824;ReadPosRankSum=0.443;SC=AATCCCTCCTTCCTCGTCATC;SOR=0.367;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=50;WE=49416054;WS=49416036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,84:0.66:127
chr12	49424616	rs11614738	G	A	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=1692;ReadPosRankSum=-0.354;SC=TGCACAGCTGGGGGACAGGGT;SOR=0.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=111;TCR=91;TR=108;WE=49424624;WS=49424606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,122:0.55:220
chr12	49425978	rs3741622	T	C	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=59;PP=1529;ReadPosRankSum=0.940;SC=TGGGAGGTTGTGGCCCTGTAT;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=111;WE=49425986;WS=49425968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,110:0.58:191
chr12	49427652	rs3782357	C	T	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1573;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CAGCTGAGTGCTGTTGCTGTT;SOR=0.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=97;WE=49427660;WS=49427642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,99:0.63:158
chr12	49434074	rs10747559	C	A	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.34;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr12	49435305	.	TGGCTCTCA	T	2567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.482;NF=11;NR=26;PP=2939;ReadPosRankSum=-1.682;SC=CTTGTTGATCTGGCTCTCAGC;SOR=0.832;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=128;TCF=34;TCR=94;TR=37;WE=49435320;WS=49435295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,75:0.33:227
chr12	49436724	rs12580349	A	G	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.353;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=1185;ReadPosRankSum=2.076;SC=CCACAGGTCTACAAATGATCA;SOR=0.756;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=67;WE=49436732;WS=49436714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,66:0.58:114
chr12	49439659	rs833818	C	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=13;PP=1119;SC=AGATGATGTCCGACGTCTGGT;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=49439667;WS=49439649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	49442356	rs5798089	C	CA	2102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.655;NF=35;NR=10;PP=1610;ReadPosRankSum=0.166;SC=TGGGTATCCCCAAAGTAGGTC;SOR=0.886;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=45;WE=49442364;WS=49442346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,77:0.60:128
chr12	49442489	.	TCTGCA	T	2927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.755;NF=8;NR=39;PP=2167;ReadPosRankSum=0.556;SC=ACCACGGTATTCTGCATGGTG;SOR=0.626;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=142;TCF=18;TCR=124;TR=47;WE=49442501;WS=49442479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,83:0.35:238
chr12	49442813	rs2304275	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=461;ReadPosRankSum=-0.457;SC=TAGGCAAGCATGCAAGGGACT;SOR=1.547;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=28;WE=49442821;WS=49442803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr12	49444545	rs2241726	G	A	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.716;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=30;PP=1416;ReadPosRankSum=1.369;SC=CAGCTGTGATGATGGGTGAGA;SOR=0.995;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=160;TCF=105;TCR=55;TR=95;WE=49444553;WS=49444535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,101:0.59:170
chr12	49463352	rs71080168	CT	C	6917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=6.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.07;ReadPosRankSum=1.904;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,165:0.69:238
chr12	49463353	.	TC	CT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.01;NF=69;NR=31;PP=2944;QD=20;SC=CACCACCAACTCTTCCAATCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=132;TCR=59;TR=100;WE=49463381;WS=49463343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:91,100:0.52:191
chr12	49463356	.	TCCAATCCTCCACTCTTCC	TTCCTCCACTCTTCC,T	7021.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.307;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=2927;ReadPosRankSum=1.328;SC=CACCAACTCTTCCAATCCTCC;SOR=1.558;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=73;WE=49463381;WS=49463343;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.67:257
chr12	49463361	rs200055056	TCCTCCACTCTTCC	T	6959.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=18.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.128;QD=24.42;ReadPosRankSum=0.841;SOR=1.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,175:0.61:285
chr12	49494862	rs35472356	C	CA	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=1.146;SC=GCCCTCCTTTCAAATTAAGTC;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=49494870;WS=49494852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr12	49497643	rs2047101	T	A	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=1113;ReadPosRankSum=1.556;SC=CAGGGCAGTGTGGGAACATTG;SOR=0.775;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=73;WE=49497651;WS=49497633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,82:0.63:131
chr12	49498130	rs10783302	G	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=17;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.112;SC=TCAAACTTCCGTTAACTAAAC;SOR=1.188;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=64;WE=49498138;WS=49498120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,68:0.75:91
chr12	49498751	rs2279596	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.510;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=351;ReadPosRankSum=0.805;SC=TCCTGAGGGCGCCTGTGGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=18;WE=49498759;WS=49498741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr12	49500398	rs10783304	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=11;PP=885;ReadPosRankSum=0.227;SC=ATGACACAGAGCCTGTGCCCG;SOR=1.207;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=50;WE=49500406;WS=49500388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,56:0.61:92
chr12	49500509	rs10747561	C	T	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=81;PP=2197;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GACATTGTTACGCCCATTTTG;SOR=0.672;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=282;TCF=146;TCR=136;TR=161;WE=49500517;WS=49500499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,169:0.57:299
chr12	49521672	rs2753	G	A	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=23;PP=1113;ReadPosRankSum=0.907;SC=AAGCTTTAACGTCTGTCAGTT;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=96;TCR=42;TR=74;WE=49521680;WS=49521662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,85:0.56:153
chr12	49522578	rs1057725	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.683;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.251;NF=18;NR=1;PP=351;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CCTGGGGTGCTGGGTAAATGG;SOR=3.705;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=19;WE=49522586;WS=49522568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr12	49522605	rs1057548	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.107;NF=27;NR=7;PP=595;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CCAGCTTGGACTTCTTGCCAT;SOR=1.751;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=34;WE=49522613;WS=49522595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr12	49522786	rs1865157	C	A	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=699;ReadPosRankSum=0.044;SC=ATTTCTATTTCAACTTTTTAG;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=42;WE=49522805;WS=49522776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr12	49523523	rs34070757	GAT	G	3029.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.547;NF=4;NR=44;PP=2008;ReadPosRankSum=1.862;SC=AAGGAAAAAAGATATCACAAT;SOR=0.748;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=9;TCR=69;TR=48;WE=49523532;WS=49523513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,78:0.63:123
chr12	49525008	rs2241727	G	C	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=41;PP=1136;ReadPosRankSum=1.763;SC=GCTGTATACAGGGCCCCAGCG;SOR=0.707;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=94;WE=49525016;WS=49524998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,99:0.56:178
chr12	49579696	rs697624	C	G	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=1497;ReadPosRankSum=-0.790;SC=CCATGAGCAGCGAGGTGAACC;SOR=0.921;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=88;WE=49579704;WS=49579686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,91:0.70:130
chr12	49580180	rs1056875	T	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-4.626;NF=24;NR=13;PP=504;ReadPosRankSum=1.834;SC=CAGCATCTTCTTTGCCTGTGA;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=37;WE=49580188;WS=49580170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr12	49580752	rs34741313	AC	A	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=242;ReadPosRankSum=0.619;SC=CCAGCACGATACAAAGATTAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=49580760;WS=49580742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr12	49667103	rs9668136	A	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=26;PP=745;SC=ATAAAATTGAAGTTTCCATTT;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=49667111;WS=49667093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	49689597	rs7488343	G	C	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=27;SC=GGCTGCTCTTGCCTCCCCTCG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=49689605;WS=49689587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	49690337	rs2070760	T	C	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=53;PP=1511;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TCAGGGGCGGTTTCTGAGGTT;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=73;TCR=93;TR=96;WE=49690345;WS=49690327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,104:0.58:179
chr12	49691250	rs73112143	A	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=905;ReadPosRankSum=1.255;SC=GACAGCTAAAAGAGGAGATGG;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=45;WE=49691258;WS=49691240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr12	49691567	rs2236746	T	C	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1322;ReadPosRankSum=0.545;SC=CCTCGGGCTCTTGCTCTGGCT;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=71;WE=49691575;WS=49691557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,73:0.65:112
chr12	49721122	rs73309977	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=543;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GGGTGAGATGCGACTCTCCTG;SOR=0.452;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=38;WE=49721130;WS=49721112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr12	49723581	rs11835303	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=290;ReadPosRankSum=-0.078;SC=GTGGGACTCAGGCTGGTCTTT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=16;WE=49723589;WS=49723571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr12	49723963	rs4243545	A	G	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.531;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;ReadPosRankSum=0.432;SC=TGAGACAGGAAGTAGAGGGGC;SOR=0.342;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=55;WE=49723971;WS=49723953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr12	49724955	rs3088008	A	C	4815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TGGTGGAAGTATAGGACCCCA;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=406;TCF=242;TCR=164;TR=214;WE=49724963;WS=49724945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,218:0.52:419
chr12	49726717	rs56911877	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr12	49730135	rs146137821	G	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=339;ReadPosRankSum=2.073;SC=GCGCGCCGTCGGGACCAGGGC;SOR=0.438;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=33;WE=49730143;WS=49730125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr12	49856194	rs57841760	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.743;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=663;ReadPosRankSum=-1.176;SC=CTGTGACCCCCGAAGCTCCAG;SOR=2.008;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=37;WE=49856202;WS=49856184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,37:0.59:63
chr12	49883371	rs2272478	A	G	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.771;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=690;ReadPosRankSum=0.993;SC=TCCTGACTTAATTTTAAAAAT;SOR=1.581;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=44;WE=49883379;WS=49883361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr12	49884269	rs74089525	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GGAGGGGTCTAAGTAGGCAGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=49884277;WS=49884259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr12	49916373	rs74089551	A	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=-1.056;SC=AAAATGAATGAATTTATTCGA;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=49916381;WS=49916371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr12	49916459	rs12309053	A	T	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=999;ReadPosRankSum=0.336;SC=ATGATTGTTTAATCTGTATAG;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=63;WE=49916467;WS=49916449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr12	49934565	rs7132792	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=470;ReadPosRankSum=0.238;SC=CTTAACACACGCAGGATTCCT;SOR=0.193;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=26;WE=49934573;WS=49934555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr12	49937654	rs11337899	GC	G	2353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=18;PP=1434;SC=AAGAGTGGCTGCCCCCCCAGC;SOR=1.936;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=51;WE=49937662;WS=49937644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	49937813	rs1150057	A	G	3617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=84;PP=2400;ReadPosRankSum=0.671;SC=ATGTCATCGCAGCGCTGCCCT;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=285;TCF=142;TCR=143;TR=170;WE=49937821;WS=49937803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,175:0.60:294
chr12	49943840	rs2278070	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=473;ReadPosRankSum=-0.867;SC=AACCCCCCCACCCCCGCACCT;SOR=0.957;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=32;WE=49943848;WS=49943830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr12	49948105	rs3815832	A	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=748;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GCTGACCTCTACTTCCTCTCC;SOR=1.159;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=41;WE=49948113;WS=49948095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr12	49950408	rs56743994	G	A	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1549;ReadPosRankSum=-0.911;SC=GGTGTCGTGCGGGCAGGGGAG;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=89;WE=49950416;WS=49950398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,94:0.61:155
chr12	49951232	rs2241418	T	C	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=73;PP=2113;ReadPosRankSum=-0.646;SC=ACAGGGAGGGTCCGTGCCCTC;SOR=0.835;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=201;TCF=87;TCR=114;TR=125;WE=49951240;WS=49951222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,125:0.62:203
chr12	49951377	rs59261129	C	T	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=62;PP=2212;ReadPosRankSum=0.439;SC=GCCCCACCCTCGTCCGGGGCC;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=123;TCR=92;TR=146;WE=49951399;WS=49951367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,156:0.68:230
chr12	49952394	rs13906	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=-1.582;SC=GGAAACAGGCCGGAGAGGGCC;SOR=0.112;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=49952402;WS=49952384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
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chr12	49957103	rs57965817	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=336;ReadPosRankSum=0.305;SC=CAATGTGCACACGTGTGCATG;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=16;WE=49957111;WS=49957093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr12	49960551	rs13066	C	A	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=1692;ReadPosRankSum=0.809;SC=TCCAAACCACCGGGCTAGGAG;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=112;TCR=129;TR=122;WE=49960559;WS=49960541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,124:0.50:250
chr12	49993678	rs52824916	C	T	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=58;PP=2094;ReadPosRankSum=1.346;SC=AGATTGGGTCCGGCTTGGGGC;SOR=0.524;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=218;TCF=124;TCR=94;TR=128;WE=49993686;WS=49993668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,135:0.58:234
chr12	49999119	rs11169088	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=271;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CCCAGTCTCCGCATCAGATCC;SOR=0.671;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=22;WE=49999127;WS=49999109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr12	50038292	rs4073998	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=683;ReadPosRankSum=-1.707;SC=GCTGTTGGACGCAGCCTGGGT;SOR=0.968;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=48;WE=50038300;WS=50038282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr12	50040811	rs3841320	A	AG	3317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.699;NF=11;NR=55;PP=2308;ReadPosRankSum=0.036;SC=AAGAATGTGGAGGGGAAGGAA;SOR=0.620;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=129;TCF=15;TCR=114;TR=66;WE=50040819;WS=50040801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,123:0.59:210
chr12	50040968	rs143718193	T	TC	925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.962;NF=18;NR=9;PP=964;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GTCTGTCCACTCCAAGTTTTC;SOR=0.530;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=27;WE=50040976;WS=50040958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr12	50043884	rs61512987	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=0.301;SC=CGGGGGAACACTCCATGCTCC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=50043892;WS=50043874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr12	50047182	rs4641552	C	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=0.235;SC=GAACCCTAGTCAAGACCTGAG;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=17;WE=50047190;WS=50047172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr12	50146950	rs1012874	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=525;ReadPosRankSum=0.428;SC=AGGGACCCTGTTCCTCTCTTT;SOR=1.270;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=26;WE=50146958;WS=50146940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr12	50149347	rs17123927	A	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=450;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TTTGAACCCAATAAAGGTCTC;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=26;WE=50149355;WS=50149337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr12	50149544	rs74087188	T	C	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,101:0.53:192
chr12	50149604	rs77056500	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=1.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr12	50152193	rs4563	G	A	5401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=1.376;SC=TCATGGGCACGGCAATGATCT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=379;TCF=166;TCR=213;TR=232;WE=50152201;WS=50152183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,241:0.62:390
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chr12	50156640	rs10506287	T	C	3245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=38;PP=2274;ReadPosRankSum=-1.556;SC=ATTGGGTGATTTTTCTCCATT;SOR=0.903;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=204;TCF=138;TCR=66;TR=126;WE=50156648;WS=50156630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,133:0.62:214
chr12	50174299	rs61402274	A	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=15.75;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr12	50188391	rs12314502	C	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.748;NF=4;NR=0;PP=301;ReadPosRankSum=-0.177;SC=GTCACTGACCCCCCCACCAGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=50188403;WS=50188381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	50188395	rs60633549	CA	C	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.531;NF=7;NR=2;PP=315;ReadPosRankSum=-1.077;SC=CTGACCCCCCCACCAGCTGCT;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=50188403;WS=50188381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	50188434	rs2603105	T	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.115;NF=20;NR=10;PP=481;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TTTTGACCTCTGGGAAGCCCC;SOR=0.396;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=30;WE=50188442;WS=50188424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr12	50189807	rs2720298	C	A	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1122;ReadPosRankSum=3.461;SC=CATAGGGGTACGATTCTGGGA;SOR=0.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=83;TCR=58;TR=81;WE=50189815;WS=50189797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,94:0.58:161
chr12	50189834	rs2603104	T	G	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=947;ReadPosRankSum=-0.837;SC=GACTGGGGGGTACTCCAGGGC;SOR=0.683;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=62;WE=50189842;WS=50189824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,73:0.60:122
chr12	50192009	rs1075366	T	C	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=11;PP=992;ReadPosRankSum=0.310;SC=ATCTGCTTTTTTTGGCATTCG;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=55;WE=50192017;WS=50191999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,59:0.56:106
chr12	50197880	rs7953534	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=307;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CAGGGAATGAGGAGGAAGTGA;SOR=0.509;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=22;WE=50197888;WS=50197870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
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chr12	50283465	rs643971	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=24;PP=704;SC=CCTGGCCCCAGTCTGGTGCCC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=50283473;WS=50283455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr12	50291798	rs149184489	T	C	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=29;PP=1226;ReadPosRankSum=0.204;SC=ACGAACTTTCTGGTCATCCCA;SOR=0.420;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=129;TCF=88;TCR=41;TR=84;WE=50291806;WS=50291788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,92:0.66:140
chr12	50293989	.	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=487;ReadPosRankSum=-0.142;SC=CAGGGGTCTGCGCCCAGGGGA;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=45;WE=50293997;WS=50293979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,45:0.37:122
chr12	50297670	rs706795	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=0.060;SC=GCGTGGGTTCTAGCAACATCC;SOR=0.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=50297678;WS=50297660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	50304588	rs487165	A	T	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=62;PP=1872;ReadPosRankSum=2.861;SC=AGGCATCGGCATTCTGAGTCG;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=121;TCR=102;TR=133;WE=50304596;WS=50304578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,140:0.59:236
chr12	50304949	rs450798	G	A	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=879;ReadPosRankSum=1.079;SC=TTTCCCCAGGGTCTCACGGGT;SOR=1.129;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=52;WE=50304957;WS=50304939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,56:0.72:78
chr12	50305007	rs394119	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=251;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TCCGTTTCTCCACCAGATGGA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=18;WE=50305015;WS=50304997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr12	50344976	rs3741559	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=477;ReadPosRankSum=1.269;SC=TCAATGCTGTGAGTAGCCACA;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=40;WE=50344984;WS=50344966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,49:0.40:124
chr12	50345079	rs3782319	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=1.339;SC=GAGAGAGATGGAGACAGAGGC;SOR=0.247;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=15;WE=50345087;WS=50345069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr12	50348078	rs426496	T	C	3650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=52;PP=2353;ReadPosRankSum=1.440;SC=TAGGCTTCTCTGTGGCCCTGG;SOR=0.797;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=254;TCF=164;TCR=90;TR=156;WE=50348086;WS=50348068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,157:0.61:259
chr12	50348359	rs12372344	T	C	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=39;PP=2254;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GGACAAGGACTTCCTGCCCTG;SOR=1.128;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=199;TCF=126;TCR=73;TR=116;WE=50348367;WS=50348349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,125:0.60:210
chr12	50348674	rs402813	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=1.481;SC=TCAGTTTCCACGTCTGTGAAT;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=7;WE=50348682;WS=50348664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	50349090	rs410837	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=1;PP=442;SC=CGGGGAGGAGAGGTGCGGCCG;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=50349098;WS=50349080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	50349143	rs403201	C	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=564;ReadPosRankSum=0.939;SC=GTGCCGGTGCCGGCGCGGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=41;WE=50349151;WS=50349133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr12	50349411	rs457487	C	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=160;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GCGGCCTCTACGGCCCCGACG;SOR=0.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=13;WE=50349419;WS=50349401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr12	50349765	rs467323	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=144;ReadPosRankSum=-0.095;SC=TTGGGGGTTCCGGGAATGATG;SOR=0.207;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=8;WE=50349773;WS=50349755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	50356174	rs139560378	TGGG	T,TGG	897.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;NF=2,2;NR=12,12;PP=80,193;SC=GTGAGTGCCCTGGGGGGGGGG;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14,14;WE=50356184;WS=50356164;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.72,0.28:25
chr12	50358054	rs3736309	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=494;ReadPosRankSum=-1.768;SC=CTGTGGGTCTAGAGCTTGGGG;SOR=1.167;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=105;TCF=27;TCR=78;TR=34;WE=50358062;WS=50358044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr12	50358073	rs296753	C	G	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=55;PP=1693;SC=GGGTGGGCCACGGAGTGGTGG;SOR=2.391;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=72;WE=50358081;WS=50358063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	50368013	rs296748	C	T	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=31;PP=1544;SC=TGTCACCCCCCTCCAGCTGAG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=50368021;WS=50368003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	50386015	rs296737	C	T	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;PP=2965;SC=CACACACACACGCACCTGCCT;SOR=1.440;Source=Platypus;TCF=71;WE=50386023;WS=50386005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr12	50393372	rs378943	G	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=8;PP=690;SC=TTTTACACAGGCCAGTTTAGT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=50393380;WS=50393362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	50452708	rs653576	C	G	6959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=116;PP=2965;SC=TCCTGGGCTCCCTGGCTGTGC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=138;TCR=117;TR=253;WE=50452716;WS=50452698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	50467644	rs706792	G	T	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=64;PP=2965;SC=GGTGCTGTGGGCGGTGGCCTT;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=97;TCR=64;TR=161;WE=50467652;WS=50467634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	50467769	rs706793	G	A	11386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=216;NR=189;PP=2965;SC=TGGCCTTCCCGGCAGTCACCC;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=406;TCF=217;TCR=189;TR=405;WE=50467777;WS=50467759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr12	50468041	rs145561284	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=543;ReadPosRankSum=0.651;SC=AGTGGAGCCCCATGCCTGCCA;SOR=0.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=32;WE=50468049;WS=50468031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr12	50473660	rs404751	A	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=17;PP=1505;SC=CACTCAACTGAGACCTCTCAC;SOR=2.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=50473668;WS=50473650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	50482211	rs646782	T	C	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=42;PP=1464;SC=TGAGTTTTTTTCCATTGTTGT;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=50482219;WS=50482201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	50498139	rs836178	T	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=18;PP=1030;SC=AGATGAGAAGTGGGGCTCCCT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=50498147;WS=50498129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	50503082	rs836179	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.284;SC=AGAAACTCACAGCCATCCTTC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=5;WE=50503090;WS=50503072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr12	50503269	rs836180	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=857;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GTGAATTCATCCACTGCCTGC;SOR=0.455;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=131;TCF=59;TCR=72;TR=64;WE=50503277;WS=50503259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,66:0.49:136
chr12	50526814	rs2242507	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=786;ReadPosRankSum=1.599;SC=AAAGAGTGGAGAGTACAGGGT;SOR=1.199;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=50;WE=50526822;WS=50526804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr12	50529936	rs7136570	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=-0.787;SC=ATTATTCTCTAAGAATCTTAC;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=16;WE=50529944;WS=50529926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr12	50535955	rs10747571	C	T	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1392;ReadPosRankSum=0.889;SC=TCTGAGGCTACGGAAGTCAAG;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=88;TCR=88;TR=96;WE=50535963;WS=50535945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,104:0.56:186
chr12	50537060	rs2277355	C	G	2188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=52;PP=1354;ReadPosRankSum=-1.097;SC=ACTAGCTGAGCGACAAGGTAT;SOR=0.578;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=95;WE=50537068;WS=50537050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,103:0.53:196
chr12	50537815	rs7302981	A	G	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1211;ReadPosRankSum=0.704;SC=ATGCCAATACAGAGTGCACAG;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=46;TCR=80;TR=84;WE=50537823;WS=50537805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,89:0.67:133
chr12	50538625	rs2008537	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.861;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	50547715	.	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=202;ReadPosRankSum=0.130;SC=CCAGCCTGGGCGACAAGAGCA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=19;WE=50547723;WS=50547705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr12	50548085	.	C	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.726;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=603;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GCAGTGAGATCGCGCCACTAC;SOR=0.397;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=47;WE=50548093;WS=50548075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr12	50642304	rs140512210	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TAAAATCCACGAGGCGCCCAA;SOR=0.806;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=40;WE=50642322;WS=50642294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,43:0.42:102
chr12	50642314	rs3815671	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=1911;ReadPosRankSum=1.723;SC=GAGGCGCCCAATAAAATTATT;SOR=0.674;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=70;TCR=29;TR=59;WE=50642322;WS=50642294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr12	50744094	rs7296277	G	A	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=17;PP=1151;SC=AAAACTAGACGTAAATAATTA;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=50744102;WS=50744084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	50744119	rs7296291	G	A	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=26;PP=1505;SC=TACCTGGCATGCTGGATCAGC;SOR=1.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=50744127;WS=50744109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	50744171	rs7312252	T	C	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=60;PP=2520;SC=CCAACTGAACTGTGTCCATAT;SOR=0.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=150;WE=50744179;WS=50744161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	50744753	rs10506292	T	C	5407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=96;PP=2965;SC=TTGCCAATCTTTTCTTAGCAA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=75;TCR=96;TR=171;WE=50744761;WS=50744743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	50746348	rs7304951	A	G	4661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=81;PP=2965;SC=TGAGGGGTGAAAGGGATCCCC;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=160;WE=50746356;WS=50746338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	50746917	rs10876023	A	G	5992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=112;PP=2965;SC=GGCCTGCTGAAGGGTTAGAGT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=108;TCR=112;TR=220;WE=50746925;WS=50746907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	50747005	rs10876024	T	C	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=27.20;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	50749221	rs4435082	G	C	8197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	50749227	rs4625558	T	G	8358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	50750040	rs7964439	C	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=19;PP=515;SC=TACTGAAGAACAAAACATAAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=50750048;WS=50750030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	50754563	rs12303082	T	G	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=41;PP=2143;SC=TGTTTCTTCTTTTCGTCGAGG;SOR=1.266;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=119;WE=50754571;WS=50754553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	50824232	rs11612002	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=596;ReadPosRankSum=1.765;SC=TATCACCTCTACTAACATGCT;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=40;WE=50824240;WS=50824222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr12	50829263	rs113327207	T	TTATTC	225.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=270;SC=ACTATTTTGTTTTTTCAGAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=50829271;WS=50829261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	50898784	.	T	TGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-2.090;SOR=2.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
chr12	51019633	rs34609458	TC	T	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=186;ReadPosRankSum=0.769;SC=AACCATACATTCCCCCCCCCA;SOR=0.352;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=15;WE=51019641;WS=51019623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr12	51034721	rs2731436	C	T	835.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.163;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=549;ReadPosRankSum=-1.214;SC=TAATACTTGTCTTTTTTTTCC;SOR=1.591;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=46;WE=51034729;WS=51034710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,38:0.88:43
chr12	51076844	rs2731447	C	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=547;SC=ATAAATATTACATACTTAGAC;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=51076852;WS=51076834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	51089572	rs2684890	G	A	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=16;PP=1501;SC=TTATTGTGGTGTATTACATAT;SOR=2.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=71;WE=51089580;WS=51089562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	51089616	rs2684891	T	C	5249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=53;PP=2965;SC=AACTTCATCCTTTTTGAATTT;SOR=1.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=123;TCR=53;TR=176;WE=51089624;WS=51089606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	51135167	rs1975351	A	G	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=16;PP=1449;SC=GTATATGTCCAAGCCACATTT;SOR=2.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=75;WE=51135175;WS=51135157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	51135275	rs1866422	T	C	6525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=96;PP=2965;SC=ACCACCCAATTGATATTGAGA;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=127;TCR=97;TR=223;WE=51135283;WS=51135265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	51182122	rs10747592	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=0.460;SC=TGTGCCATCACATCCGGCTAA;SOR=0.682;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=24;WE=51182130;WS=51182112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr12	51203226	rs4986837	GT	G	521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=4;PP=342;SC=TAGAGTTCTGGTTTTTTTTAC;SOR=1.828;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=15;WE=51203234;WS=51203216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	51203371	rs1129406	C	T	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.40;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,82:0.54:151
chr12	51203376	rs4986838	T	C	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.41;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr12	51207704	rs829112	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.561;NF=6;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=0.270;SC=TACCTGTTTTAGTAAATAGTG;SOR=0.446;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=7;WE=51207712;WS=51207694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr12	51236802	rs10876100	T	C	6037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.215;SC=CTCTCACTTATACTCAGACCA;SOR=0.577;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=434;TCF=226;TCR=208;TR=261;WE=51236810;WS=51236792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,277:0.60:459
chr12	51236931	rs829121	G	A	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=80;PP=2399;SC=GGCGCATGCAGAGGGCAGTAC;SOR=2.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=25;TCR=80;TR=105;WE=51236939;WS=51236908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	51237816	rs861204	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=449;ReadPosRankSum=-0.502;SC=CACTAAAGACGCTAGGTACGT;SOR=0.835;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=39;WE=51237824;WS=51237806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,45:0.39:114
chr12	51319346	rs2359005	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=261;ReadPosRankSum=-1.232;SC=GAGGAGGACTAGTTAGTAGCA;SOR=1.022;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=18;WE=51319354;WS=51319336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr12	51354625	rs67646958	G	A	361.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=419;ReadPosRankSum=0.522;SC=ATCACCATGTGTGGCTAATTT;SOR=1.230;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=23;WE=51354640;WS=51354615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr12	51354692	rs141832341	G	GT	1323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=1954;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CAAACTCCTGGTCTCACACGA;SOR=0.693;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=21;WE=51354704;WS=51354682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr12	51354694	rs79907213	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.25;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr12	51354694	.	CTC	TTT	1935	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=59.59;NF=21;NR=9;PP=1935;QD=66.2822624954;SC=AACTCCTGGTCTCACACGATG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=30;WE=51354704;WS=51354682;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr12	51354696	rs79534240	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.41;ReadPosRankSum=-1.487;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr12	51354803	rs12306808	C	T	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=71;PP=1908;ReadPosRankSum=-2.676;SC=AGCTAAAGTACAGAAGAGATC;SOR=0.586;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=233;TCF=123;TCR=110;TR=139;WE=51354811;WS=51354793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,148:0.60:248
chr12	51382232	rs161044	T	C	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=63;PP=2091;SC=AAAGACAAAATATGGTCATCA;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=114;WE=51382240;WS=51382222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	51386527	.	A	AAAG	756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.53;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=2.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr12	51386548	rs224568	A	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=658;ReadPosRankSum=0.473;SC=AGAAGAAGTAACAAAAGGGTT;SOR=0.741;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=38;WE=51386556;WS=51386538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr12	51386839	rs224569	C	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=453;SC=TGCTGTGCTGCGCACTGTGCC;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=51386847;WS=51386829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	51386868	rs224570	T	C	183.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.28;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
chr12	51386872	rs1632791	C	T	183.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.28;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
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chr12	51399050	rs224589	T	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=25;PP=1482;SC=GATGTGAGAGTGTATTATGTG;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=74;WE=51399058;WS=51399037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	51399997	rs224590	A	G	127.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	51400084	rs140582579	AAAAC	A	475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=322;SC=CTCCGTCTCAAAAACAAACAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=51400095;WS=51400074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	51402905	rs445520	T	G	6560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=83;PP=2965;SC=CTTACTCAAATAATCGACCGT;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=131;TCR=84;TR=214;WE=51402913;WS=51402895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	51404467	rs427020	C	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.509;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=614;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TAACACAAAGCGGTAAATTAC;SOR=1.127;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=48;WE=51404475;WS=51404457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,49:0.36:135
chr12	51404679	rs370462	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=0.855;SC=AATTAGGTAACCTTGAAAATA;SOR=0.743;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=14;WE=51404687;WS=51404669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr12	51442209	rs150511470	G	A	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=50;PP=999;ReadPosRankSum=-0.889;SC=TGGACATTTTGTCACCCGGAG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=51;TCR=111;TR=73;WE=51442217;WS=51442199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,76:0.46:165
chr12	51442944	rs12379	G	A	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=71;PP=2173;ReadPosRankSum=-0.065;SC=CCGCTTCTATGTCCTGTACAC;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=287;TCF=155;TCR=132;TR=156;WE=51442952;WS=51442934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,169:0.55:306
chr12	51447506	rs7971308	A	G	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.372;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=25;PP=1811;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TGGATTGTCTATTGTATTAAC;SOR=0.410;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=167;TCF=129;TCR=38;TR=102;WE=51447514;WS=51447496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,111:0.63:175
chr12	51453366	rs3190077	A	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CATGGCACACATGTGGGAACT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=6;WE=51453374;WS=51453356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr12	51461425	rs4768956	C	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=15;PP=1017;SC=CCCTGGTGTACATATACTATC;SOR=1.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=51;WE=51461433;WS=51461415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	51461793	rs2029146	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=611;ReadPosRankSum=-1.227;SC=AGACATGAGCGGCATGCACCT;SOR=1.183;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=38;WE=51461801;WS=51461783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr12	51467596	rs11169696	A	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=16;PP=963;SC=ATCCCAGAACACTTAGGCACC;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=51467604;WS=51467586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	51502791	rs7134695	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=20;ReadPosRankSum=-1.331;SC=AGACTTTTTGCGTGTGTGTGA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=4;WE=51502799;WS=51502781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr12	51504799	rs7978782	T	C	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=78;PP=2656;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TTGAACAATTTTGAGGGCCAC;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=123;WE=51504807;WS=51504789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr12	51504894	rs11308041	GT	G	103.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5541;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=104;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AAATTTCTTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=11;WE=51504903;WS=51504884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr12	51511244	rs10876138	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	51512637	rs3839987	CT	C	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=1.052;SC=AACTGCAATGCTTTGGAAAGC;SOR=0.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=10;WE=51512645;WS=51512627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr12	51518787	rs3751275	C	G	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1408;ReadPosRankSum=-0.801;SC=GATAACTTCTCCAGCATCAAA;SOR=1.088;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=88;WE=51518795;WS=51518777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,96:0.62:155
chr12	51519106	rs17122760	A	G	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.605;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=887;ReadPosRankSum=0.076;SC=CAACATCCACATTATATAAGG;SOR=0.204;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=56;WE=51519114;WS=51519096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,62:0.71:87
chr12	51632507	rs7979728	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=545;ReadPosRankSum=0.354;SC=GCGGGACCGCGCGGACCCTCC;SOR=1.302;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=33;WE=51632515;WS=51632497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr12	51636259	rs1049467	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.988;NF=7;NR=16;PP=491;ReadPosRankSum=-0.192;SC=AAGGCCACCTCTGTGCCGGGA;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=23;WE=51636267;WS=51636249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr12	51663215	rs2114876	T	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.04;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	51681846	rs4611251	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=6;PP=501;SC=TTTTAATGTACAAAAAAATAG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=51681854;WS=51681836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	51681903	rs7954976	T	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=13;PP=829;SC=TCCGAGGAGTTAGCTGAGATA;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=51681911;WS=51681893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	51685831	rs3210837	T	C	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=71;PP=2965;SC=ACTTGGCCCTTTCAGTGGTAG;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=68;TCR=71;TR=138;WE=51685839;WS=51685821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	51686204	rs7306505	T	C	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=84;PP=2083;SC=TTACGATGCATGTAATAAAAA;SOR=1.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=133;WE=51686212;WS=51686194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	51686285	rs7135343	A	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=496;SC=GTGAAATGAAAAAAGGCCAAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=51686293;WS=51686275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	51691149	rs3782469	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=29;PP=799;SC=TCAGGAGATCAAGACCATCCT;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=51691157;WS=51691139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	51707801	rs143416791	CTTATTTAT	C	257	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=1258;ReadPosRankSum=1.150;SC=AAGGGCTGTACTTATTTATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=6;WE=51707816;WS=51707791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr12	51722311	rs7138439	C	T	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=21;PP=1456;SC=GCAAGTCCTACTGCAGATCTA;SOR=1.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=51722319;WS=51722301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	51733951	rs12816187	A	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=0.058;SC=TTCTCTCTTTATATGGCCGCA;SOR=0.283;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=12;WE=51733959;WS=51733941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr12	51735022	rs934089	A	T	4534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=62;PP=2727;SC=AATGTAGGCAACTTACTCTTG;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=156;WE=51735030;WS=51735012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	51740388	rs907354	C	A	6421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=96;PP=2965;SC=AGGGTTGCGACTGGACCATAT;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=121;TCR=96;TR=216;WE=51740396;WS=51740378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	51748326	rs2288369	G	A	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=731;ReadPosRankSum=0.711;SC=ACCTCTTAACGGTGCTACCAG;SOR=1.007;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=55;WE=51748334;WS=51748316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,57:0.37:156
chr12	51748395	rs7971653	G	A	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.166;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=42;PP=1255;ReadPosRankSum=1.503;SC=GGCACAAAGAGGACACTTCCC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=61;WE=51748403;WS=51748385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr12	51752085	rs5798170	GT	G	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	51752897	rs907347	G	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=595;ReadPosRankSum=0.884;SC=AAACCTCTCCGAGAACCATTT;SOR=0.550;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=45;WE=51752905;WS=51752887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,52:0.42:123
chr12	51754629	rs2241545	A	G	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=1207;ReadPosRankSum=0.870;SC=GGATCTGGAGAGACAGAGGGA;SOR=0.623;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=77;WE=51754637;WS=51754619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,78:0.60:130
chr12	51796889	rs376258966	ATTAGGTAATAGGTATAAACTGCTCAGAACAGTGCTCAGAACATAATAAATGC	A	949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=7.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.33;ReadPosRankSum=1.040;SOR=1.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr12	51846090	rs1995691	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=1.152;SC=GGGTAGGCAAGTGTGTACCCT;SOR=1.911;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=16;WE=51846098;WS=51846080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr12	51851126	rs4512904	G	A	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=22;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GTGAGTGCCTGCTTTCCAGAC;SOR=0.558;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=111;TCF=83;TCR=28;TR=81;WE=51851134;WS=51851116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,88:0.72:123
chr12	51852511	rs6580835	C	T	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=1429;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TTGCTGGAATCTGGGTAAGGT;SOR=1.037;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=56;TCR=85;TR=86;WE=51852519;WS=51852501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,97:0.63:153
chr12	51854857	.	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	51855984	rs2271149	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=-1.923;SC=TCAGATCCCCGTGACAGAGAT;SOR=2.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=12;WE=51855992;WS=51855974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr12	51863643	rs4491281	T	C	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=45;PP=1031;SC=CCAGGTCCACTGTGGGGGAAA;SOR=2.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=51863651;WS=51863633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	51864979	rs2292217	T	C	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=39;PP=1715;ReadPosRankSum=0.788;SC=TTCCAGTGCTTGTTTAGATGA;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=196;TCF=133;TCR=63;TR=117;WE=51864987;WS=51864969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,120:0.60:200
chr12	51869098	rs868884	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=685;ReadPosRankSum=0.496;SC=GGAGAACTCCGGATGTCCTGA;SOR=0.538;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=32;WE=51869106;WS=51869088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr12	51874054	rs4761970	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=0.810;SC=TTGGGAAAAACTGGAGCAAAT;SOR=1.501;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=19;WE=51874062;WS=51874044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr12	51879826	rs10783445	G	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=469;SC=ACCTTGTCATGTAGAAAAGCA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=51879834;WS=51879816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	51888998	rs2102376	G	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-1.981;SC=TAAGTGTACAGTTGAGTGGCA;SOR=0.836;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=5;WE=51889006;WS=51888988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	51890721	rs10783448	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-5.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=521;ReadPosRankSum=0.386;SC=TTTAAGTCCAGGAAGGAAATT;SOR=0.019;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=33;WE=51890729;WS=51890711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr12	51898014	rs3896351	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=645;ReadPosRankSum=-1.324;SC=AGAGCTAAATATTCAGCCTCC;SOR=0.931;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=42;WE=51898022;WS=51898004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr12	51898108	rs3858636	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=-1.561;SC=CAGGTTATGGGAATCACAAGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=51898116;WS=51898098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr12	51901390	rs7305599	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=0.491;SC=GTGCATTGGAAGGCATCCAGC;SOR=0.116;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=16;WE=51901398;WS=51901380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr12	52080965	rs4761829	C	T	10431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=155;PP=2965;SC=TTTTACGGGACCCATGGAACT;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=353;TCF=198;TCR=155;TR=353;WE=52080973;WS=52080955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr12	52096453	rs34363760	C	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=0.308;SC=TATTTATTATCTCCAAGGTCA;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=16;WE=52096461;WS=52096443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr12	52099153	rs2291265	C	T	5616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=59;PP=2965;SC=GTTTTCAGCCCGGTTCATTTG;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=118;TCR=59;TR=176;WE=52099161;WS=52099143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	52100566	rs10783474	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=635;SC=ATGTGTATATGTATATTATAC;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=52100574;WS=52100556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	52156255	rs303767	A	C	6257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=1.336;SC=TCTACTATTTATTTTTCTTAC;SOR=1.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=150;TCR=86;TR=234;WE=52156263;WS=52156244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,237:0.99:239
chr12	52159438	rs56879517	G	GT	820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	52163789	rs303808	G	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=578;SC=GATGAGGAGCGGATGGGCTGG;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=52163797;WS=52163779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	52173781	rs76315468	G	GTTC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=248;SC=TGGAGCCACAGTTCTTGGGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=52173789;WS=52173771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	52184271	rs303815	T	C	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=49;PP=1772;SC=CACAGAAACCTATTCCCCGCC;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=97;WE=52184279;WS=52184261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	52200028	rs303828	C	A	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=22;PP=1595;SC=GGGTGTCTCCCATCTCAATAA;SOR=1.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=85;WE=52200036;WS=52200018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	52200742	rs60637	C	A	11006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=191;NR=182;PP=2965;SC=TGCCCAAGCCCAATACCATTG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=373;TCF=191;TCR=182;TR=373;WE=52200750;WS=52200732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr12	52204246	rs172559	T	C	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=111;PP=2954;SC=TAAGTGGCAATGCTTTGCCAA;SOR=1.623;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=57;TCR=111;TR=168;WE=52204254;WS=52204236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	52215102	rs303819	T	G	8405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=148;NR=154;PP=2965;SC=CCTTTGGGAGTCTCCCCCGAC;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=149;TCR=155;TR=302;WE=52215110;WS=52215092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr12	52225638	rs633370	T	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=633;ReadPosRankSum=-0.455;SC=TATATATACATTTTTGAGACA;SOR=0.885;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=43;WE=52225646;WS=52225628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr12	52284233	rs706832	T	C	10791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=239;NR=130;PP=2965;SC=CTGGCCTCCCTGATTCCACCT;SOR=1.452;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=371;TCF=240;TCR=131;TR=369;WE=52284241;WS=52284218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr12	52307145	rs2071218	C	T	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=54;PP=1202;ReadPosRankSum=1.495;SC=GTACGTCCAGCTGCCCTAGCA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=279;TCF=131;TCR=148;TR=101;WE=52307153;WS=52307135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,109:0.36:300
chr12	52307308	rs2071219	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GAGCTGACCTAGTGGAAGCTG;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=6;WE=52307316;WS=52307305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	52345497	rs10540557	TGCG	T	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=8;PP=618;SC=GCTGCTGGGCTGCGGCGGCGG;SOR=1.284;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=14;WE=52345507;WS=52345487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	52369300	rs2242106	C	T	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=1544;ReadPosRankSum=-1.861;SC=TGAGTGCATGCCCTTGTTGGG;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=68;TCR=103;TR=100;WE=52369308;WS=52369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,109:0.58:188
chr12	52369956	rs3214829	G	GA	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=218;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CATCTAGGCAGCAAGACTAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=52369964;WS=52369946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	52381026	rs2252518	C	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=755;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CCCCGGTGCGCATAGCACGGG;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=37;WE=52381034;WS=52381016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr12	52404618	rs1298913	T	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=314;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CTATGGGACTTCTACACCTTT;SOR=1.106;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=19;WE=52404626;WS=52404608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr12	52408422	rs1283166	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GACCCTTTGCAGAGGCCACCA;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=52408430;WS=52408412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	52448157	rs2701124	G	A	4873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.099;SC=CACCGAGTCCGGGACCCCGTG;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=603;TCF=340;TCR=263;TR=227;WE=52448165;WS=52448147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,236:0.38:613
chr12	52448409	rs61751612	C	T	4506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.093;SC=CTGCCTCTGCCTCCTTCAAGT;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=120;TCR=175;TR=189;WE=52448417;WS=52448399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,195:0.64:305
chr12	52450561	rs45451695	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=308;ReadPosRankSum=0.887;SC=GAAAGAAAAGCGACTCCCTCC;SOR=1.926;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=20;WE=52450569;WS=52450551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr12	52452825	rs45491997	T	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=325;ReadPosRankSum=-0.247;SC=AGCCTGGGCTTGAGCTGCAGA;SOR=0.111;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=20;WE=52452833;WS=52452815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr12	52467674	rs143921343	TGGGGAGTTCAAGGTAAGGGTGTC	T	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=6.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-1.645;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.006;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,62:0.26:234
chr12	52470455	.	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=2.132;SC=TTTCCTTGCCATGCTTGGATG;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=12;WE=52470463;WS=52470448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr12	52473649	rs77130816	C	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=392;ReadPosRankSum=-0.346;SC=CCGGAGCCCCCCGAGGGGCCG;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=31;WE=52473657;WS=52473639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr12	52565322	rs3741737	G	T	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=GGGAACATAAGGGGTAGGGGA;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=189;WE=52565330;WS=52565312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	52566047	rs3741736	G	A	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=732;ReadPosRankSum=-0.860;SC=CCAGCTTGACGTTCATCAGCT;SOR=0.602;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=51;WE=52566055;WS=52566037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,57:0.51:112
chr12	52574780	rs4762060	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=-1.157;SC=TCAGCTGGATATGGTGGGGGC;SOR=0.283;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=18;WE=52574788;WS=52574770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr12	52600033	rs10747632	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=415;ReadPosRankSum=0.440;SC=CGAGGGGACGTGAAGTAAGTG;SOR=0.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=43;WE=52600041;WS=52600023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,51:0.35:145
chr12	52602013	rs1902767	C	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=758;ReadPosRankSum=0.549;SC=TTGGCGCCTCCGTAATCTCCC;SOR=0.567;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=165;TCF=102;TCR=63;TR=54;WE=52602021;WS=52602003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,54:0.31:173
chr12	52627007	rs7308751	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=811;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GGATAAAAGGCGCGGAGTGTC;SOR=0.587;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=82;TCR=28;TR=55;WE=52627015;WS=52626997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,55:0.50:111
chr12	52627215	rs7308888	A	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.818;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=42;PP=980;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TCGGCGCCTCACGGCCGCGCG;SOR=0.968;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=164;TCF=64;TCR=100;TR=63;WE=52627223;WS=52627205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,68:0.40:172
chr12	52631313	rs6580870	A	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.917;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=795;ReadPosRankSum=-0.452;SC=GAAATTAACCACCGCACAGCT;SOR=1.040;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=195;TCF=116;TCR=79;TR=71;WE=52631321;WS=52631303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,82:0.38:215
chr12	52631394	rs10637094	C	CAT	3782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.373;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=39;PP=2036;ReadPosRankSum=0.875;SC=TGTCTGAAAACATGGGACAAA;SOR=0.432;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=137;TCF=19;TCR=118;TR=49;WE=52631417;WS=52631384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,101:0.42:239
chr12	52631510	.	A	ATGTG	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.64;ReadPosRankSum=1.981;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	52632573	rs7300317	A	G	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.343;SC=AGGACCATGGAGCTGGGTGAC;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=335;TCF=150;TCR=185;TR=108;WE=52632581;WS=52632563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,115:0.33:350
chr12	52632640	rs73105199	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=487;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CCCCGCCTCTGTGTCAGTCCA;SOR=0.702;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=40;WE=52632648;WS=52632630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,42:0.30:140
chr12	52635360	rs999665	G	A	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=45;PP=1151;ReadPosRankSum=1.223;SC=AGGTCAAGGCGCAGTATGAGG;SOR=0.750;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=268;TCF=138;TCR=130;TR=99;WE=52635368;WS=52635350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,107:0.37:287
chr12	52635443	rs2243588	T	C	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=958;ReadPosRankSum=-1.130;SC=CAGGGGCGTATTTCCTCCTGC;SOR=0.525;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=187;TCF=73;TCR=114;TR=66;WE=52635451;WS=52635433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,72:0.36:200
chr12	52635560	rs999666	A	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=1.591;SC=TGTGGTGCTCAGCCCTGGAGA;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=14;WE=52635568;WS=52635550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr12	52639302	rs2608009	G	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=498;ReadPosRankSum=-1.347;SC=CTGCAGCGGGGCAAGCAGGAT;SOR=0.777;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=39;WE=52639310;WS=52639292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr12	52645754	rs1894035	T	C	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=58;PP=2177;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TAAGAAAAAGTTTGCCTGCCC;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=195;TCR=136;TR=143;WE=52645762;WS=52645744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,146:0.42:350
chr12	52647197	rs11612499	A	T	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=885;ReadPosRankSum=0.088;SC=ATGATTGTGCAGGTTGTGCAG;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=51;TCR=103;TR=61;WE=52647205;WS=52647187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,61:0.39:156
chr12	52649887	rs2168762	T	C	6006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=134;PP=2965;SC=CTCCCACTGTTGGCTTCCATG;SOR=1.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=88;TCR=134;TR=222;WE=52649895;WS=52649877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr12	52649954	rs2242139	T	C	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=78;PP=1910;SC=AGGTTGCTCTTGCAGCACTCA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=28;TCR=78;TR=106;WE=52649962;WS=52649944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	52660904	rs2857686	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=529;ReadPosRankSum=-0.274;SC=GACTTATGGCCTAACCTTTGT;SOR=0.882;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=39;WE=52660912;WS=52660894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,40:0.37:107
chr12	52661192	rs1870222	A	G	7375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=90;PP=2965;SC=CCTTAGCGATAACCGCTGCAA;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=71;TCR=91;TR=160;WE=52661200;WS=52661182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	52661209	rs1870223	T	C	6888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=84;PP=2391;SC=GCAAGCTGGTTGAGCTGGAGG;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=56;TCR=84;TR=139;WE=52661217;WS=52661199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	52661302	rs1870224	C	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=28;PP=835;SC=CTTCTTGCCACCTTCTAGATG;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=52661310;WS=52661292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	52679937	rs3660	C	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=4;PP=691;SC=TTTCAAAGTGCAGGAGAAGTA;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=52679945;WS=52679927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	52680008	rs3657	T	C	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=17;PP=1299;SC=GCAGGAAAGATGCCTGGGGCC;SOR=2.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=52680027;WS=52679998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	52681416	rs7300801	T	C	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=36;PP=2501;SC=CCGTCAGCCTTTGGATCATGC;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=110;WE=52681424;WS=52681406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	52681437	rs3187034	A	G	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.88;QD=28.28;SOR=1.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	52681533	rs7300941	T	C	6833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=134;PP=2965;SC=GCTCATGAGGTTCAGGGTGGG;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=114;TCR=135;TR=248;WE=52681541;WS=52681523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr12	52681714	rs6580872	T	C	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.97;NF=115;NR=53;PP=2965;SC=TTAATAGATATCTCACATCCC;SOR=1.471;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=116;TCR=53;TR=168;WE=52681722;WS=52681704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	52681733	rs7954186	A	C	6534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=79;PP=2965;SC=CCTCCCACTGACACGTCTAGC;SOR=1.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=140;TCR=79;TR=218;WE=52681741;WS=52681723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr12	52681925	rs6580873	A	C	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=106;PP=2678;SC=CTGGAGAATGAGGATCTCCTG;SOR=1.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=53;TCR=108;TR=159;WE=52681933;WS=52681915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	52681968	rs6580874	T	C	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.01;QD=33.71;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	52682141	rs12812669	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.93;MQRankSum=1.276;NF=19;NR=6;PP=438;ReadPosRankSum=0.597;SC=CCCTGAGCCCGCACCTCCTCA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=25;WE=52682149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr12	52695630	rs1894033	C	T	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=46;PP=2384;ReadPosRankSum=3.014;SC=GAACGCCTGACGCCCCGACCA;SOR=0.663;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=227;TCF=156;TCR=71;TR=143;WE=52695638;WS=52695620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,147:0.63:235
chr12	52695754	rs74651927	C	T	5230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.174;NF=99;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TCTCGGCCTGCGGGCCCCGGC;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=159;TCR=219;TR=237;WE=52695762;WS=52695744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,241:0.62:386
chr12	52695787	rs112261068	C	T	3054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.263;NF=40;NR=92;PP=2052;ReadPosRankSum=0.633;SC=GCATCACCGCCGCCCCCTACC;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=67;TCR=152;TR=132;WE=52695795;WS=52695777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,132:0.60:219
chr12	52699548	rs2032360	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-15.711;QD=0.53;ReadPosRankSum=-2.119;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,38:0.14:270
chr12	52700100	rs11612715	C	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=23;PP=654;SC=CCCAGCCCTGCCAGGGTTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=52700108;WS=52700090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	52708420	rs2857671	G	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.065;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=731;ReadPosRankSum=2.117;SC=GCCACTTAATGCCTCCCCTGG;SOR=1.033;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=52708428;WS=52708410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr12	52708565	rs2857670	A	G	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=65;PP=2441;SC=ACACGCAGAGATCCCCGCACA;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=146;WE=52708573;WS=52708555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	52708730	rs113407094	A	AGGTGT	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=543;SC=TCTATTCTGAAGGAGGGAACC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=52708738;WS=52708720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	52708978	rs3825221	T	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=433;SC=GACCAACCTATCCTCTTTACT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=52708986;WS=52708968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	52709032	rs3741721	T	C	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=16;PP=1491;SC=TCTGCATATATTCATAGTCAA;SOR=2.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=52709040;WS=52709022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	52709880	rs2852468	A	G	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.30;QD=44.50;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	52709883	rs2248473	T	C	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.30;QD=44.50;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	52710246	rs2270267	T	C	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=23;PP=2036;SC=GGCCGGGCTCTGGTACCTGGC;SOR=2.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=97;WE=52710254;WS=52710236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	52710309	rs2257286	G	A	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=80;PP=2965;SC=GGTTCAGCTCGTTGATCTCCT;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=127;TCR=80;TR=207;WE=52710331;WS=52710299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	52710715	rs2857669	G	A	12575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=44.28;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr12	52710721	rs2852464	G	C	12554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=43.59;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr12	52710897	rs2852463	TG	CA	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=76;PP=2947;SC=TCATCGGGAGTGAACTTCTCA;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=109;WE=52710906;WS=52710887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	52710913	rs2852462	A	G	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=65;PP=1898;SC=TCTCATGTTTAGAGAAACAAA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=91;WE=52710921;WS=52710903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	52711450	rs2248619	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=338;SC=CCCACCATGGTTGAGAGCCCC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=52711458;WS=52711440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	52711549	rs2857667	G	A	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=22;PP=1009;SC=GGAGGTAGGCGCAGTCCACAT;SOR=0.925;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=57;WE=52711557;WS=52711539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	52711624	rs2857666	C	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=29;PP=1485;SC=ACCTGGCTGCCATGTGGCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=52711632;WS=52711614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	52711776	rs2852459	G	A	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=55;PP=1849;SC=AGGGAGAACAGGACCTTGTCT;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=104;WE=52711784;WS=52711766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	52713088	rs2857663	G	A	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1046;ReadPosRankSum=1.618;SC=CAGCACTCGCGGTTTTGGTAG;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=71;WE=52713096;WS=52713078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,75:0.56:133
chr12	52713199	rs11290512	CA	C	1818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=1409;SC=CATCAGAGGACAAAGAGGGGT;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=35;WE=52713207;WS=52713189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	52755097	rs1791627	A	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=851;SC=CACTCAGCTCAGCTTTCTCTA;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=52755105;WS=52755087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	52774235	rs951773	A	G	5745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=84;PP=2965;SC=TGGTACTCGCACAGCTGCCGC;SOR=0.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=122;TCR=84;TR=206;WE=52774243;WS=52774225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	52776679	rs1732297	A	G	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=420;SC=CACTGTCTTGATGTGAGTAGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=52776687;WS=52776675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	52778772	rs1732303	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=6;PP=599;SC=AGCACTCTAGCGCATTTTGGC;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=52778780;WS=52778762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	52788928	rs2658658	G	A	5225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=96;PP=2965;SC=GAGGACAGGCGTGCTGACCCC;SOR=1.064;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=176;WE=52788936;WS=52788918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	52789509	rs1732264	T	C	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=10;PP=636;SC=CCCCCAAGACTCCAGAGCCAG;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=52789517;WS=52789499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	52789597	rs1732265	A	G	5747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=44.56;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	52789605	rs1732266	T	A	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=44.02;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	52789691	rs34479712	A	C	4098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=48;PP=1779;SC=TTTTCAATGAATGTGGGTAGG;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=83;WE=52789701;WS=52789681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	52789693	rs11304728	GT	G	4089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=48;PP=2772;SC=TTCAATGAATGTGGGTAGGGG;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=52789701;WS=52789681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	52790899	rs1791635	T	C	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=108;PP=2965;SC=AGTTCAGGTGTTCTCTGGTTC;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=65;TCR=108;TR=173;WE=52790907;WS=52790889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	52790940	rs2249384	C	T	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=75;PP=2100;SC=TACCTTCTTCCGCTTCTGGGC;SOR=2.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=22;TCR=75;TR=97;WE=52790948;WS=52790930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	52818504	rs298104	T	G	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=88;PP=2630;ReadPosRankSum=0.491;SC=CTGCTGCCGCTTCCATAGCCA;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=285;TCF=151;TCR=134;TR=183;WE=52818512;WS=52818494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,192:0.64:302
chr12	52818677	rs2669873	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=630;ReadPosRankSum=0.855;SC=TTCCAATGTCCCCTGCTTAGT;SOR=0.927;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=35;WE=52818685;WS=52818667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr12	52822258	rs401926	A	G	4862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.003;SC=GCAAGCTGGAACACTGTAAGG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=426;TCF=222;TCR=204;TR=219;WE=52822266;WS=52822246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,225:0.51:437
chr12	52824352	rs395623	G	A	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=27;PP=1231;ReadPosRankSum=0.805;SC=ACTCAGCCTCGGCCCGGCTGC;SOR=0.541;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=86;TCR=41;TR=82;WE=52824360;WS=52824342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,86:0.66:130
chr12	52824562	rs443084	T	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=888;ReadPosRankSum=1.432;SC=TAACTACCCATCTAGGTCAGG;SOR=1.886;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=50;WE=52824570;WS=52824552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr12	52825363	rs1798640	G	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.504;SC=TGATCTCCTCGGGCAGAGATT;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=70;WE=52825371;WS=52825353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,73:0.53:138
chr12	52827534	rs67876	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=343;ReadPosRankSum=-0.202;SC=ATGGGATGGCCCTTCCAAGAG;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=28;WE=52827542;WS=52827524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr12	52827818	rs298109	T	C	3791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=79;PP=1974;ReadPosRankSum=0.818;SC=ACTCCAAACCTGTTGCTGGCC;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=150;TCR=136;TR=165;WE=52827826;WS=52827808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,183:0.59:311
chr12	52841765	rs388626	G	A	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.274;NF=55;NR=62;PP=1827;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CAGCAATGGCGGCCTGTAGGT;SOR=0.522;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=199;TCF=91;TCR=108;TR=117;WE=52841773;WS=52841755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,123:0.58:212
chr12	52842736	rs437014	T	C	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=7.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.982;NF=0;NR=47;PP=1117;ReadPosRankSum=0.544;SC=CCTGCTGTGATCTGCAGCTCC;SOR=4.092;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=97;TCF=7;TCR=90;TR=47;WE=52842744;WS=52842726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr12	52844016	rs4024141	T	C	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=6.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.266;NF=12;NR=49;PP=1431;ReadPosRankSum=1.535;SC=AAATTTGCCATTTCTTTAATC;SOR=0.650;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=105;TCF=17;TCR=88;TR=61;WE=52844024;WS=52844006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
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chr12	52844336	rs147485252	G	A	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=9.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.53;MQRankSum=1.594;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,81:0.29:284
chr12	52844477	rs5798212	G	GC	1911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.863;NF=4;NR=36;PP=1562;ReadPosRankSum=-1.275;SC=CAGTTTCCTGGAGGTCTGGGA;SOR=0.580;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=9;TCR=79;TR=40;WE=52844485;WS=52844467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,59:0.49:121
chr12	52845801	rs428894	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.707;NF=14;NR=8;PP=292;ReadPosRankSum=-0.697;SC=CCTGGCTGAGTTGGCACTGAA;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=22;WE=52845809;WS=52845791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr12	52862767	rs2567	G	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.12;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr12	52862770	rs1053796	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.69;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=2.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr12	52862783	rs2568	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.24;ReadPosRankSum=1.220;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr12	52863038	rs410562	G	A	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.208;NF=75;NR=55;PP=1788;ReadPosRankSum=3.529;SC=TGCCGACACCGCTGGCACCGC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=137;TCR=101;TR=130;WE=52863046;WS=52863028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,131:0.54:242
chr12	52863213	rs412533	C	T	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.624;NF=62;NR=69;PP=1763;ReadPosRankSum=1.383;SC=ACTTGTCCAACGCCTTCGCCA;SOR=0.883;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=224;TCF=109;TCR=115;TR=131;WE=52863221;WS=52863203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,136:0.59:230
chr12	52863621	rs382367	T	G	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.408;NF=68;NR=67;PP=2298;ReadPosRankSum=0.256;SC=CATCCTTGAGTGCCATCTCCC;SOR=0.662;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=228;TCF=111;TCR=117;TR=135;WE=52863629;WS=52863611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,142:0.59:240
chr12	52863709	rs452600	C	T	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1447;ReadPosRankSum=0.699;SC=AACTTCTTGTCTGCTCCTCCG;SOR=0.167;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=89;WE=52863717;WS=52863699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,92:0.69:133
chr12	52863732	rs434339	C	T	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=41;PP=986;ReadPosRankSum=-0.582;SC=GGAGGCTGGCCCTTGTTTAGT;SOR=0.396;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=55;WE=52863740;WS=52863722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,60:0.73:82
chr12	52864240	rs415580	G	T	8476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.766;SC=ACTGCCTGATGGGTCTAGCAA;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=660;TCF=364;TCR=296;TR=382;WE=52864248;WS=52864217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,398:0.58:685
chr12	52864843	rs604303	G	A	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.046;NF=76;NR=31;PP=1856;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GATGTCCCCAGTGAAGTCTGC;SOR=1.398;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=191;TCF=127;TCR=64;TR=107;WE=52864851;WS=52864833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,108:0.55:197
chr12	52865439	rs28499430	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.767;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.396;NF=20;NR=2;PP=405;ReadPosRankSum=-1.913;SC=TTTGAACCCCCGGCTTCATCT;SOR=2.698;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=22;WE=52865447;WS=52865429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
chr12	52865548	rs28759265	G	C	3660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-15.243;NF=114;NR=89;PP=2716;ReadPosRankSum=0.929;SC=ACACATATGAGCCAGTGGGTA;SOR=0.806;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=433;TCF=233;TCR=200;TR=203;WE=52865556;WS=52865538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,195:0.45:437
chr12	52865592	rs644414	A	T	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-16.841;NF=72;NR=82;PP=1964;ReadPosRankSum=-2.612;SC=GGATTCAACAATTTCCTGAAT;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=153;TCR=180;TR=154;WE=52865600;WS=52865582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,141:0.43:331
chr12	52865687	rs391567	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.577;NF=5;NR=24;PP=567;ReadPosRankSum=1.423;SC=TTCTTTAATCCCCCCATCCTC;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=29;WE=52865695;WS=52865677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr12	52865918	rs425073	G	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=6.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-7.055;QD=0.28;ReadPosRankSum=-3.021;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,13:0.12:112
chr12	52866060	rs11608915	C	T	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.17;QD=25.82;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	52881376	rs1053857	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.63;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr12	52881380	rs1053854	A	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.29;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr12	52881428	rs28667515	A	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=618;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CAGGAGAGGAAAGGCAACCTG;SOR=0.325;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=35;WE=52881436;WS=52881418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr12	52882410	rs144849815	T	TGAA	1852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=35;PP=1725;SC=TATTTCCTAGTGAAGGGGCCA;SOR=4.125;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=35;WE=52882418;WS=52882400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	52884283	rs298119	A	G	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-2.120;NF=54;NR=25;PP=1217;ReadPosRankSum=-1.392;SC=TGTCCCCAGTAAAGTCTGCAG;SOR=0.558;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=90;TCR=40;TR=79;WE=52884291;WS=52884273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,92:0.62:149
chr12	52884557	rs298120	T	C	10942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=828;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-18.086;NF=247;NR=241;PP=2962;ReadPosRankSum=1.728;SC=TCACTTCCGATATTTACAGAG;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=814;TCF=414;TCR=400;TR=488;WE=52884565;WS=52884547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,495:0.60:828
chr12	52885019	rs298121	C	T	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.542;NF=89;NR=100;PP=2801;ReadPosRankSum=5.103;SC=GAAAAGCAGCCTGGGATTCAA;SOR=0.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=384;TCF=184;TCR=200;TR=189;WE=52885027;WS=52885009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,185:0.47:393
chr12	52885201	rs298122	C	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.590;NF=40;NR=17;PP=887;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TTCATTTCCACGGACATGGGT;SOR=1.204;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=57;WE=52885209;WS=52885191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,62:0.54:114
chr12	52886478	rs376545	T	C	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-11.197;NF=55;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=0.628;SC=TCTTGATCTGTTCACGCTCCT;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=101;WE=52886498;WS=52886468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,101:0.55:184
chr12	52886490	rs711317	A	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-10.804;NF=54;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=0.615;SC=CACGCTCCTCAGCCCGCACCC;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=101;WE=52886498;WS=52886468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,103:0.56:183
chr12	52942362	rs622446	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=747;ReadPosRankSum=1.112;SC=TCTGATGCGGGAGATGGTTGG;SOR=0.287;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=60;TCR=9;TR=41;WE=52942370;WS=52942352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr12	52942998	rs635206	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=213;SC=TTGAGGGGGGCTAACAGAGCA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=52943006;WS=52942988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	52944060	rs10747643	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=376;ReadPosRankSum=1.547;SC=TGCTGAACCCTTGCAGTAATA;SOR=0.470;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=25;WE=52944068;WS=52944050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr12	52946498	rs665470	C	T	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=48;PP=1980;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TTCTGGATCTCGGGGTCCAGC;SOR=0.795;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=288;TCF=184;TCR=104;TR=139;WE=52946506;WS=52946488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,149:0.49:302
chr12	52946543	rs665522	C	T	5043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.117;SC=CTCTCATTGACGGTAACCTGG;SOR=0.570;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=416;TCF=228;TCR=188;TR=227;WE=52946559;WS=52946530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,236:0.55:433
chr12	52946890	rs628819	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=-1.216;SC=GCTCAGATGCAGGAGGGAGGA;SOR=0.337;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=19;WE=52946898;WS=52946880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr12	52963227	rs73107552	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=0.206;SC=ACATGTTCCATGTCCAGTGGG;SOR=0.551;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=52963235;WS=52963217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	52963779	rs73107558	A	G	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=944;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CTGGTTTCCCAGAGATAGGAA;SOR=0.585;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=65;WE=52963787;WS=52963769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,66:0.42:156
chr12	52964706	rs56182525	A	G	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=45;PP=896;ReadPosRankSum=0.360;SC=CCCTGGCCCAATAGGCTGCTA;SOR=1.015;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=143;TCF=35;TCR=108;TR=57;WE=52964714;WS=52964696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,62:0.40:156
chr12	52964934	rs669865	T	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CGTGGGCAAGTCCACTATTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=52964942;WS=52964931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	52964978	rs73107567	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.97;ReadPosRankSum=1.754;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	52964981	rs73107568	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.78;ReadPosRankSum=1.501;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	52965173	rs670741	T	G	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=891;ReadPosRankSum=0.964;SC=GGAACTTGATTTCTTTGTCCA;SOR=0.600;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=149;TCF=81;TCR=68;TR=67;WE=52965181;WS=52965163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,71:0.45:159
chr12	52965722	rs673363	T	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,59:0.34:176
chr12	52965761	rs673449	C	T	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=730;ReadPosRankSum=0.943;SC=TCTCTGCTGTCGTGCGCCGGT;SOR=0.983;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=71;WE=52965769;WS=52965751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,79:0.36:219
chr12	52965782	rs673476	T	C	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.003;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=849;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TAATCTCCACTTCATATCTGC;SOR=0.816;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=197;TCF=105;TCR=92;TR=74;WE=52965790;WS=52965772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,81:0.39:210
chr12	52966137	rs685720	T	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.751;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=490;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CTGACCCTGGTGCATACTCCC;SOR=0.297;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=35;WE=52966145;WS=52966127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr12	52967117	rs73107581	C	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=810;ReadPosRankSum=-2.667;SC=GCGAACTTGTCGTTCAGCACC;SOR=0.558;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=181;TCF=127;TCR=54;TR=67;WE=52967125;WS=52967107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,75:0.39:194
chr12	52967436	rs11836189	G	A	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1499;ReadPosRankSum=-1.787;SC=CAAAGCCAGCGCCAGCCCCTC;SOR=0.583;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=289;TCF=144;TCR=145;TR=123;WE=52967444;WS=52967426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,131:0.43:307
chr12	52981627	rs7310138	A	T	3190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.234;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=69;PP=2036;ReadPosRankSum=0.145;SC=CCGTCTCCAGATCGGCACACT;SOR=0.814;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=379;TCF=197;TCR=182;TR=153;WE=52981635;WS=52981617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,163:0.41:396
chr12	52981676	rs7310156	A	C	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=76;PP=1534;ReadPosRankSum=1.125;SC=GTCAGAGCCCAGTTCTGAGAT;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=135;TCR=165;TR=139;WE=52981684;WS=52981666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,147:0.47:312
chr12	52985313	rs73320351	G	A	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.994;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=37;PP=1900;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TACTGGGCACGGACCTCGGCA;SOR=0.949;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=166;TCF=107;TCR=59;TR=113;WE=52985321;WS=52985303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,119:0.69:172
chr12	52986132	rs617820	T	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=530;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GCCAGAAACCTCTTGTTAAAG;SOR=0.615;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=44;WE=52986140;WS=52986122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,46:0.38:121
chr12	52995242	rs117967907	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr12	53002956	rs591636	T	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=444;ReadPosRankSum=0.366;SC=CTCAGGGGGCTGGGCGGTGGA;SOR=0.669;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=29;WE=53002964;WS=53002946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr12	53004654	rs595624	C	G	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=798;ReadPosRankSum=0.253;SC=CCCTGAGTTCCTCCCTGGGCC;SOR=0.715;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=76;TCR=98;TR=66;WE=53004662;WS=53004644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,74:0.38:193
chr12	53043636	rs632952	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=434;ReadPosRankSum=0.578;SC=TGGCTGCTTAGACACAATGGG;SOR=0.304;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=28;WE=53043644;WS=53043626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr12	53043663	rs150989489	A	C	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=822;ReadPosRankSum=-0.244;SC=AAGCACTCCTATCCCCACCCC;SOR=0.218;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=117;TCF=87;TCR=30;TR=56;WE=53043671;WS=53043653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
chr12	53045615	.	A	ACCTCCAAAGCCGCTGCCG	1514	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=63.7;NF=7;NR=14;PP=1514;QD=76.8571428571;SC=AGCCGCTGCCACCTCCAAAGC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=21;WE=53045634;WS=53045605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:55,21:0.28:76
chr12	53045623	.	A	AGCC	1426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=8.885;QD=14.41;ReadPosRankSum=-2.483;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
chr12	53045626	.	T	C	1525	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=63.2;NF=19;NR=13;PP=1525;QD=48.7428503921;SC=CCTCCAAAGCTGCTGCCGCCT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=32;WE=53045634;WS=53045605;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:60,32:0.35:92
chr12	53045626	.	T	TGCCGCCTCCAAAGCC	1703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.67;MQRankSum=9.267;QD=16.07;ReadPosRankSum=-2.213;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr12	53069014	rs14024	T	C	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=977;ReadPosRankSum=2.999;SC=AGAAACAAACTTCACGCTGGA;SOR=0.606;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=61;WE=53069022;WS=53069004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr12	53070121	rs698170	T	G	2825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1883;ReadPosRankSum=-0.226;SC=GGGCCAGCTTTGTGTTCATCA;SOR=0.705;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=198;TCF=116;TCR=82;TR=115;WE=53070129;WS=53070100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,123:0.58:213
chr12	53071338	rs626480	A	G	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=48;PP=2101;SC=AAGCAGTCAGAAAATAAAAGA;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=90;WE=53071346;WS=53071328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	53084872	rs643027	C	T	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=931;ReadPosRankSum=-1.378;SC=GAGAGGGGATCAGGAAGGGCG;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=56;WE=53084880;WS=53084862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr12	53085089	rs636127	T	C	2603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=55;PP=1829;SC=CCTCCACTCCTGCCTCGTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=92;WE=53085097;WS=53085079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	53085262	rs2684339	C	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=644;ReadPosRankSum=2.721;SC=TCAGAGGGACCGGGCAAGGCC;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=51;WE=53085270;WS=53085252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr12	53088484	rs10783528	C	T	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1137;ReadPosRankSum=0.009;SC=CGCACTGCATCGATGATGCTG;SOR=0.533;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=77;WE=53088492;WS=53088474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,81:0.55:146
chr12	53089460	rs5798218	GACCC	G	1716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=7;PP=1058;SC=TCCCTAGTGGGACCCTAGTGT;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=53089471;WS=53089450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	53090068	rs588706	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=511;ReadPosRankSum=-0.075;SC=CCACCCTGCCGTTGTCACAGA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=33;WE=53090076;WS=53090058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr12	53091730	rs12426129	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.129;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.625;SC=CAGAGCAGCTCCCCCATAAGT;SOR=1.558;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=12;WE=53091738;WS=53091720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr12	53096913	rs1625862	G	A	7298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=134;NR=134;PP=2965;SC=CACCAGCCCCGGTGCTGCCAA;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=136;TCR=134;TR=268;WE=53096921;WS=53096903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr12	53097263	rs73094689	C	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=196;ReadPosRankSum=-1.841;SC=AAGAGCCTGGCAGGAAGGAGG;SOR=0.283;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=15;WE=53097271;WS=53097253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr12	53162528	rs2280480	G	A	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=45;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GCTTGAGCTCGTGGTCTGGGA;SOR=0.586;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=105;WE=53162536;WS=53162518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,114:0.60:189
chr12	53162773	rs1464423	A	G	4457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.239;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=1.243;SC=CTCCATAGCCACTGCTGCTGC;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=215;TCF=124;TCR=91;TR=205;WE=53162782;WS=53162762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,185:0.95:195
chr12	53164848	rs7313832	G	A	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=656;ReadPosRankSum=1.375;SC=CCAGCTTGACGTTCATCAGCT;SOR=0.634;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=57;WE=53164856;WS=53164838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,64:0.38:167
chr12	53165621	rs12828901	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=5;PP=701;ReadPosRankSum=1.358;SC=GGCCCAGAAGACCTCTGGGAT;SOR=1.112;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=37;WE=53165629;WS=53165617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr12	53165940	rs6580904	C	T	9117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=143;PP=2965;SC=TCATACTGGGCGCGGACCTCG;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=168;TCR=143;TR=311;WE=53165948;WS=53165930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr12	53166192	rs6580905	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=332;ReadPosRankSum=0.370;SC=CAGCCTAAAGGATGTTAGACA;SOR=1.238;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=17;WE=53166200;WS=53166182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr12	53167313	rs7399317	T	C	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=9;PP=1084;SC=ACTCTCTCCATGGGGGCAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=51;WE=53167321;WS=53167303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	53167395	rs11170271	C	T	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=944;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TCATTCTCTGCGGCAGTGCGT;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=66;WE=53167403;WS=53167385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,75:0.47:161
chr12	53171001	rs11170272	G	A	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.815;NF=39;NR=40;PP=898;ReadPosRankSum=-0.677;SC=TGCTGCTGCCGGAGACCACAG;SOR=0.803;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=214;TCF=115;TCR=99;TR=79;WE=53171009;WS=53170991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,89:0.38:236
chr12	53184491	rs11170279	A	G	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=691;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AAAGCCAATCACTTCCCTCTC;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=48;WE=53184499;WS=53184481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr12	53185492	rs61929765	C	T	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=33;PP=1441;ReadPosRankSum=-1.078;SC=TTGACACCCTCGATCTCTGCC;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=180;TCF=115;TCR=65;TR=96;WE=53185500;WS=53185482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,104:0.53:195
chr12	53186088	rs3887954	G	C	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,76:0.47:161
chr12	53186122	rs4432093	G	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=873;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GGTCCAGGGAGCGATTATTGT;SOR=0.724;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=170;TCF=93;TCR=77;TR=73;WE=53186130;WS=53186112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,77:0.42:184
chr12	53187150	rs4919750	C	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=775;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TCTTTACTATCTCCCTGTTAG;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=37;TCR=93;TR=50;WE=53187158;WS=53187140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,51:0.38:136
chr12	53216184	rs4415849	A	G	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=33;PP=1106;SC=CAGAAAGGCCAGGAGAGCAGT;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=53216192;WS=53216174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	53216989	rs17688627	G	A	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=73;PP=1712;ReadPosRankSum=0.829;SC=ACGCTGCTCCGCTTCCGCAAT;SOR=0.518;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=215;TCF=85;TCR=130;TR=126;WE=53216997;WS=53216979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,133:0.59:225
chr12	53217056	rs10876353	G	A	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=58;PP=1689;SC=AGCACCCTCCGGGGTCATCCC;SOR=3.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=67;WE=53217064;WS=53217046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	53217701	rs10876354	C	A	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=22;PP=1279;SC=CCTCCCCCTGCAGCCTCTGGA;SOR=1.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=53217709;WS=53217691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	53227803	rs2638497	A	G	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=86;PP=2965;SC=AGCCCGCCCCAACAAGGCCCC;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=110;TCR=86;TR=194;WE=53227811;WS=53227793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	53241626	rs11170287	A	G	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=12;PP=1446;ReadPosRankSum=0.547;SC=CTCCTGGCTGACAGACCCAAA;SOR=1.064;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=107;TCR=23;TR=73;WE=53241634;WS=53241616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,73:0.57:129
chr12	53242440	rs2013335	A	G	10651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=190;NR=201;PP=2965;SC=TGGGGTCAGCAGATTCTGGTT;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=393;TCF=190;TCR=203;TR=391;WE=53242448;WS=53242430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr12	53294381	rs8608	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=278;ReadPosRankSum=0.583;SC=CCTCTTCATATAGCTGCCTGA;SOR=0.201;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=53294389;WS=53294371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr12	53294821	rs4351899	T	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=229;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CCCAAATGTTTACATAAATGA;SOR=0.483;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=17;WE=53294829;WS=53294811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr12	53295917	rs2035875	A	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=639;ReadPosRankSum=-0.870;SC=AGTCTGGAGGAAAGCAAGCAG;SOR=0.585;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=42;WE=53295925;WS=53295907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chr12	53298769	rs1065306	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.170;NF=11;NR=17;PP=521;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TGGACATGGTAGAGGCAGGAG;SOR=1.382;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=28;WE=53298777;WS=53298759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr12	53298835	rs2070910	T	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-1.754;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	53343461	rs17120866	A	AC	6440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.611;NF=27;NR=97;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TTCCATAACCACCCAACCCCT;SOR=0.725;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=218;TCF=45;TCR=173;TR=124;WE=53343469;WS=53343451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,225:0.66:340
chr12	53400440	rs61927957	T	G	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=126;PP=2965;SC=TTACTGCCTCTGGATGTTTGG;SOR=1.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=58;TCR=126;TR=184;WE=53400448;WS=53400430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	53416119	rs7975725	T	C	6474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=114;PP=2965;SC=CCACCTGGGGTTGAATTGGAG;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=220;TCF=105;TCR=115;TR=219;WE=53416127;WS=53416109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	53416251	rs10506315	C	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=741;SC=AGATAACTTACGGTTTTTGTT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=53416259;WS=53416241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	53421746	rs59856997	CT	C	3482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.264;NF=15;NR=60;PP=1393;ReadPosRankSum=-1.432;SC=GTAACTTTGCCTTTTTTTTTT;SOR=0.254;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=89;TCF=15;TCR=74;TR=75;WE=53421764;WS=53421736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr12	53432088	rs7968918	T	C	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=5;PP=1229;SC=TGTTTCTTGGTTGTTTTCTCC;SOR=3.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=48;WE=53432096;WS=53432078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	53432107	rs55927246	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=6.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=1.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr12	53433089	rs1548204	C	A	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=50;PP=2965;SC=GTGGTCCAGGCGACGGAGGGA;SOR=1.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=104;TCR=50;TR=154;WE=53433097;WS=53433079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	53433486	rs8916	C	T	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=46;PP=1300;SC=ATCCAGCTTCCGTAAGTGTTG;SOR=3.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=53;WE=53433494;WS=53433476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	53433709	rs1356993	C	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=440;SC=GTTCTCATCCCTTCTGCAAGG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=53433717;WS=53433703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	53433788	rs1356994	A	G	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=28;PP=1498;SC=CTCCTCTCCAATGGACAATGC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=53433796;WS=53433778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr12	53448320	rs11170386	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr12	53449735	rs2364153	T	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=633;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TGAGAGTCCTTTGCTGTCAGC;SOR=1.621;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=29;WE=53449743;WS=53449725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr12	53451952	rs2280446	C	T	3744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;NF=83;ReadPosRankSum=0.577;SC=TGTAACGGCACAGTCACCAAT;SOR=0.725;Source=Platypus;TCF=139;WE=53451960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,170:0.59:289
chr12	53452263	rs66607805	CCAGGTGGCAGG	C	5449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=47;PP=2989;SC=GGGCTGGAGTCCAGGTGGCAG;SOR=0.742;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=66;WE=53452281;WS=53452253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	53453433	rs11558984	G	A	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.243;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.247;SC=TGGCTACCGCGCCCCAGGCTA;SOR=0.844;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=188;TCF=100;TCR=88;TR=84;WE=53453441;WS=53453423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,88:0.45:197
chr12	53454176	rs73099914	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=219;ReadPosRankSum=0.780;SC=CCCACCTCTCCCCTTCACTGC;SOR=0.872;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=24;WE=53454184;WS=53454166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr12	53459881	rs10876402	T	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=0.651;SC=AGTTAAGGTGTTATGGGAAGT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=53459889;WS=53459871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	53590347	rs11574538	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=404;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CTCAGATCCCCGCCCCACCTC;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=24;WE=53590355;WS=53590337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr12	53605496	rs61754163	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.432;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr12	53647373	rs10876422	T	C	8872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=135;PP=2965;SC=CGTGCTGCTGTTGGGCACCAT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=167;TCR=135;TR=302;WE=53647381;WS=53647363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr12	53662624	rs6580942	C	A	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=28;PP=1929;SC=TTGCTGCCCGCCTTGAAGGTG;SOR=1.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=94;WE=53662632;WS=53662614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	53662735	rs4758965	C	T	8547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.055;SC=CTCTGAGTAACCCTATTTCTA;SOR=0.327;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=164;TCR=124;TR=287;WE=53662743;WS=53662725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,312:1.00:313
chr12	53664148	rs4758963	G	A	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=42;PP=1945;SC=CCAACCTTCCGCTTCCTTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=113;WE=53664156;WS=53664138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	53664308	rs146243389	GTTTGGGGTTGCTCCACTGCCCTCAAACAGC	G	2685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=44.76;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	53666713	rs4759086	A	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=218;SC=GAAGGGCCTCACCAGCACCCT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=53666721;WS=53666703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	53670545	rs1318648	C	A	13669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=250;NR=227;PP=2965;SC=TGGAGCTGAGCCCCGAGGAGA;SOR=0.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=478;TCF=251;TCR=227;TR=477;WE=53670553;WS=53670535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr12	53671549	rs2272313	A	G	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=42;PP=1795;SC=GAGGAAGGGAAGTTCTCTCCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=53671557;WS=53671539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	53677072	rs1609473	T	G	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.136;SC=AGGGCCCTCTTGGAATGGACA;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=99;TCR=86;TR=181;WE=53677080;WS=53677062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,190:0.99:192
chr12	53677089	rs4454760	G	A	5584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=89;PP=2965;SC=GACAGGCTATGTGAGAGGGCT;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=106;TCR=89;TR=194;WE=53677097;WS=53677079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	53680102	rs61740151	C	T	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=56;PP=1533;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GTCCTGAAGCCGCTGAGCGCC;SOR=0.665;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=277;TCF=146;TCR=131;TR=112;WE=53680110;WS=53680092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,120:0.41:294
chr12	53681883	rs1110719	A	T	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=19;PP=1084;SC=CTGAGCCTAAAGACGGATGCC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=53681891;WS=53681873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	53682267	rs3080422	CAA	C	7683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=68;PP=2950;SC=GAAGGAAGAACAAAGAGAATG;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=22;TCR=70;TR=89;WE=53682276;WS=53682257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	53682326	rs1110720	G	A	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=62;PP=2104;SC=CCCCAGGTGGGAAGACTCCAG;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=66;TCR=62;TR=128;WE=53682334;WS=53682316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	53682986	rs3214023	C	T	4249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=97;PP=2833;ReadPosRankSum=1.971;SC=TGGCCTTGTGCCTGGGCCACC;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=481;TCF=256;TCR=225;TR=202;WE=53682994;WS=53682976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,211:0.42:499
chr12	53686703	rs1056685	G	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=50;PP=1525;SC=CTGGCTGTGCGTGGAAACCTG;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=53686711;WS=53686693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	53689190	rs1870240	C	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=640;SC=TGAACTCACACAACAGTCTCT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=24;WE=53689198;WS=53689180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	53690188	rs59765323	CT	C	863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.364;NF=0;NR=22;PP=314;ReadPosRankSum=1.399;SC=TGAGGATACCCTTTTTTTTTT;SOR=0.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=22;WE=53690207;WS=53690178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr12	53691962	rs2694861	C	A	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=39;PP=1188;SC=CACCTCTTGACCCTATCTCCA;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=53691970;WS=53691952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	53692955	rs1020745	G	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=20;PP=1483;SC=ACAAACTGTAGTTAGTCGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=76;WE=53692963;WS=53692945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	53693277	rs56249432	TG	T	822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=24;PP=743;SC=GGTGATGAGATGGGGGGTGTG;SOR=3.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=24;WE=53693285;WS=53693267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	53693532	rs1534284	AA	GC	5386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=18;PP=2947;SC=ATGGGACACCAATTCCTGCGC;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=92;TCR=19;TR=106;WE=53693541;WS=53693522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	53700848	rs1534282	C	T	6391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=134;PP=2965;SC=AGCGGCTTCACTGGCGGTCAC;SOR=1.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=89;TCR=136;TR=223;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	53700860	rs711316	A	G	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=112;PP=2965;SC=GGCGGTCACCACACCCGAGAG;SOR=1.184;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=76;TCR=112;TR=187;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	53702371	rs4759287	T	C	4930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.690;SC=ACTGGTCCCCTGCCAGCTCAC;SOR=0.316;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=79;TCR=95;TR=173;WE=53702379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr12	53703021	rs1546808	G	A	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=83;PP=2589;SC=CACCTCCTCGGAACCAGGGAA;SOR=1.558;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=45;TCR=83;TR=128;WE=53703029;WS=53703011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	53708011	rs7953255	G	C	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=39;PP=1985;SC=CCTTTCAGACGTCCTCACCAC;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=105;WE=53708019;WS=53708001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	53709708	rs7960963	G	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=392;SC=GCACTCTACGGGCTGTCCTTT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=53709716;WS=53709698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	53714290	rs4759232	T	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=3;PP=613;SC=TAAAGGGGTGTTGACTCATTT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=53714298;WS=53714280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	53714496	rs4759231	A	G	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=78;PP=2932;SC=AAAAGTGAGGAGTGTGACGGT;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=82;TCR=78;TR=160;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	53714509	rs7298879	T	G	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=75;PP=2614;SC=GTGACGGTGATTCAGTCTCTT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=145;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	53714993	rs4759020	C	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=387;SC=GCCCTTCTAGCCTCCTGCCGG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=53715001;WS=53714989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	53722098	rs7138938	A	G	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;NR=74;PP=2965;SC=CTGGTTCTCCATGGGTGCGCT;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=115;TCR=74;TR=189;WE=53722106;WS=53722088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	53722128	rs7139272	G	A	7516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=103;PP=2965;SC=TCAGGTGGTCGCTTCGGGTAA;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=151;TCR=103;TR=254;WE=53722136;WS=53722118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr12	53729491	.	T	G	175	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=14;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=16;MQ=57.16;NF=0;NR=11;PP=175;QD=19.0701102316;SC=AGCCGGGGGGTGGGGGGGGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=11;WE=53729499;WS=53729481;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,11:0.48:23
chr12	53775742	rs3832826	CAA	C	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=318;ReadPosRankSum=1.087;SC=TCCCCAAAGACAAAGGAGTTT;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=9;WE=53775751;WS=53775732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	53777171	rs3741651	A	G	7584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=0.692;SC=CACAAGCCCAAACAATCACCT;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=573;TCF=303;TCR=270;TR=327;WE=53777179;WS=53777161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,335:0.56:596
chr12	53817916	rs2272002	T	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=432;ReadPosRankSum=-0.031;SC=ATGGCAGGGCTCAGGTTCCAG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=23;WE=53817924;WS=53817906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr12	53819467	rs2071558	C	T	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.660;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=24;PP=1579;ReadPosRankSum=0.961;SC=ACAGTGTCCCCAGCAGGTAAT;SOR=1.082;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=168;TCF=116;TCR=52;TR=89;WE=53819475;WS=53819457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,94:0.53:177
chr12	53822670	rs3741664	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=278;ReadPosRankSum=0.302;SC=TTCTCTCTGCGTTTCCCCAGG;SOR=0.388;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=22;WE=53822678;WS=53822660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr12	53823175	rs373716383	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr12	53824143	rs11170555	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=0.953;SC=TCTCTGCCAGAGTGTCTGTCT;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=14;WE=53824151;WS=53824133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr12	53825325	rs10876455	T	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=925;ReadPosRankSum=0.862;SC=CTGTCTTGTCTGCCTCATCAC;SOR=0.301;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=65;WE=53825333;WS=53825315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,67:0.68:99
chr12	53836696	rs35565249	GTC	G	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.335;NF=1;NR=19;PP=766;ReadPosRankSum=-0.202;SC=TTGAGATGGAGTCTCTGTTGC;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=20;WE=53836705;WS=53836686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr12	53839770	rs113942405	T	TCTTTCCC	1744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.422;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr12	53877562	rs784565	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=15;SC=AGGGCCATAACAGATCTCAGT;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=53877570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr12	53946410	rs33921258	G	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1365;ReadPosRankSum=-1.313;SC=GGTGGTCCTCGTTTGTAAATC;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=95;WE=53946418;WS=53946400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,100:0.52:193
chr12	53946595	rs3741652	C	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=527;SC=GGTGCTAGAACGCAGGGAGAA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=53946603;WS=53946585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	54059281	rs71455254	G	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.444;SC=TATCTAAGATGGGCTCAGGGA;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=89;WE=54059289;WS=54059271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,95:0.61:156
chr12	54066271	rs10876480	C	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=4;PP=190;SC=CTCCTCTCCCCCAGCCTTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=54066279;WS=54066261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	54067827	rs12422531	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.502;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	54069803	rs916134	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=6;PP=966;SC=GCGCGTGCGCAGCGCACAGAG;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=54069811;WS=54069793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	54070062	rs4020138	C	CTG	4048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=59;PP=2957;SC=GGAGCGCCGACTGCAGAAATG;SOR=1.942;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=62;WE=54070070;WS=54070052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	54108228	rs2277368	G	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=931;SC=GAGATCATCCGCTGTCCTGCC;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=54108236;WS=54108218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	54109733	rs3741658	A	G	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1546;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CTGCTGCTGCACTGGCCAACT;SOR=0.640;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=180;TCF=93;TCR=87;TR=103;WE=54109741;WS=54109723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,107:0.58:186
chr12	54118274	rs77808076	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=604;ReadPosRankSum=0.347;SC=ATTCTCTATCCGCTGAGCGCT;SOR=0.972;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=78;TCF=64;TCR=14;TR=32;WE=54118282;WS=54118264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr12	54339052	rs4759058	C	A	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=69;NR=75;PP=2467;SC=CACCCACCCGCTGCTTGCCCC;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=144;WE=54339060;WS=54339042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	54348554	.	CGGGAT	C	451	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=11;NR=0;PP=451;QD=43.3636363636;SC=AGTTAGAGTGCGGGATGGGAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=54348586;WS=54348550;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	54348571	.	G	GA	381	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=10;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=21;MQ=61.64;NF=13;NR=0;PP=381;QD=30.0;SC=GGATGGTGGGGGGGGGGGATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=54348586;WS=54348550;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	54348578	.	G	A	403	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=10;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=61.34;NF=16;NR=0;PP=403;QD=27.3607007842;SC=GGGGGGGGGGGATCGGTTGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=54348586;WS=54348550;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	54349365	rs10876524	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=27;PP=713;SC=CAAACCCGACCTCTTACCAGG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=54349373;WS=54349355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	54367061	rs4759315	T	G	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=62;PP=2706;SC=ACTTCTGCTCTCCGTCGCGCA;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=86;TCR=62;TR=148;WE=54367069;WS=54367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	54394497	rs2241820	C	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=572;ReadPosRankSum=1.793;SC=AGGAGAAGGCCGACCTGGACC;SOR=0.576;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=44;WE=54394505;WS=54394487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr12	54405179	rs375330102	AC	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	54405190	rs4142680	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=10;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=0.445;SC=CCCCCCCCCCCTTAGCAACTC;SOR=0.211;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=54405198;WS=54405169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr12	54448575	rs144938914	TG	T	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=218;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GGGGTGAGGGTGGGGGGCGGG;SOR=0.458;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=54448583;WS=54448565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	54496006	rs12308675	T	C	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=696;SC=AGCCTTGTTTTCTCTAGATCA;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=54496014;WS=54496004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	54496166	rs3195797	G	T	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=108;PP=2965;SC=TCAACCTTTCGCTGTCAACGG;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=103;TCR=108;TR=211;WE=54496174;WS=54496156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	54496219	rs1133773	A	G	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=72;PP=2220;SC=TGTTCATGGTACTGAAGAACA;SOR=1.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=117;WE=54496227;WS=54496209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	54575458	rs971	T	C	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=50;PP=1647;SC=CAGCTAAAGGTAACTGTTCTA;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=80;WE=54575466;WS=54575448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	54575800	rs2233921	C	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TTGCTCCAGTCCAGGAGATGT;SOR=0.165;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=54575808;WS=54575790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr12	54651471	rs1140681	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=472;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TAAGGCCACCAGGTCCCTGCA;SOR=0.093;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=29;WE=54651479;WS=54651461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr12	54676967	.	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=663;ReadPosRankSum=0.730;SC=CGGGAGTGGCAGCTATGACAG;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=49;WE=54676975;WS=54676957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,50:0.42:119
chr12	54677980	rs7967622	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=312;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TTTTATTATCCCAAATATGAA;SOR=1.588;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=15;WE=54677988;WS=54677970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr12	54687232	rs10506328	A	C	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=586;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TCTCTCAGGAACAAGCTGGAT;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=42;WE=54687240;WS=54687222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,45:0.43:105
chr12	54764618	rs2706248	T	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=5;PP=903;SC=TGGGGAAAACTCTGAAGAAGG;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=54764626;WS=54764613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	54764962	rs2244933	G	T	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=29;PP=1066;SC=ACATTCCCAGGTACAATATGA;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=54764970;WS=54764952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	54765005	rs3830651	TCTAA	T	1978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=1500;SC=GTGGGTTCTTTCTAACTAAGC;SOR=1.280;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=28;WE=54765016;WS=54764995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	54767613	rs2706258	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=3;PP=811;SC=ATCACTGTGCCTGGCTCCAGG;SOR=4.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=54767621;WS=54767603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	54767981	rs3832831	C	CAG	600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=565;SC=GATCTCCCCACAGAGCTCCCT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=54767989;WS=54767971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	54772755	rs2706256	C	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	54796757	rs7306692	C	T	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=68;PP=2341;ReadPosRankSum=-1.346;SC=TTACCGTCAGCCCTACTTACC;SOR=0.876;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=282;TCF=157;TCR=125;TR=162;WE=54796765;WS=54796747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,180:0.60:302
chr12	54797571	rs12426629	C	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=484;ReadPosRankSum=-0.003;SC=AACCTGAAGCCAGGGACATAT;SOR=0.450;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=43;WE=54797579;WS=54797561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,47:0.38:125
chr12	54799450	rs1249378	A	G	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=76;PP=2727;SC=CCACTCACCCATCCCCATTGA;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=163;WE=54799458;WS=54799440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	54805753	rs1922254	G	T	6805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=76;NR=55;PP=2154;SC=CTGACCCTGTGGGGGGGAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=131;WE=54805773;WS=54805743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	54805765	rs1249181	C	T	7114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	54905815	rs2458409	C	G	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=101;PP=2965;SC=AGGGCTCCCTCTACATCACCC;SOR=1.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=67;TCR=101;TR=168;WE=54905823;WS=54905805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	54910837	rs1691630	G	A	3600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=83;PP=2232;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GTGTAGCTACGTGGCACTCAC;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=279;TCF=130;TCR=149;TR=154;WE=54910845;WS=54910827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,166:0.55:300
chr12	54911768	rs1795838	C	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=37;PP=820;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AGGATGATCCCTAGTGATTTT;SOR=1.414;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=42;WE=54911776;WS=54911758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr12	54920566	rs12369172	T	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=35;PP=912;SC=TGCCTTACTTTGTGTTGGCAC;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=54920574;WS=54920556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	54920591	rs12367426	G	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=24;PP=662;SC=TCCTTTACACGGTAGGACCTC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=54920599;WS=54920581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	54925750	rs10747697	A	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=9;PP=519;SC=GAAGAGGGAGAGTAATTTGGC;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=54925758;WS=54925740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	54925871	rs59947538	CTT	C	306.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.717;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr12	54932788	rs4758966	T	C	4685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=77;NR=80;PP=2823;SC=GGTGTGAGAATAGGGAATGGA;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=157;WE=54932796;WS=54932778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	54955324	rs10747699	T	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=4;PP=445;SC=CTGGGGCTCCTGGGGTCAGGA;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=54955332;WS=54955314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	54955461	rs9668037	A	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=36;PP=1441;SC=GGAGGAGGGAAAGGACAGGTT;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=74;WE=54955469;WS=54955451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	54955545	rs3036634	C	CGT	1127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.853;NF=1;NR=20;PP=650;ReadPosRankSum=-1.146;SC=ATGTTTTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.121;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=21;WE=54955553;WS=54955535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,41:0.89:46
chr12	54955647	rs1552957	G	T	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=6;PP=168;SC=CCCCACCTTTGTAAAAATTGC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=54955655;WS=54955637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	54969998	rs1249949	A	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=38;PP=1240;SC=GGGGAGGCAGACTGCTTCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=54970006;WS=54969988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	54970454	rs1249950	T	C	5532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=95;PP=2965;SC=TTCAGGAGAATAAGCAGAAAT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=101;TCR=95;TR=196;WE=54970462;WS=54970444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr12	54971347	rs1249951	C	G	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=39;PP=1114;SC=AAAGGAGGTACCTTCTCAGAA;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=54971355;WS=54971337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	54974803	rs8407	C	T	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=92;PP=2965;SC=TACTGCCTCTCTCGTGAGTTT;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=75;TCR=92;TR=167;WE=54974811;WS=54974793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	54975837	rs1249958	T	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=34;PP=1462;SC=CTCCTGGGTTTCTGTGCTCTC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=54975845;WS=54975827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	54977925	rs2292490	T	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=241;SC=CTGCCTTCAGTACTGAGGACA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=54977933;WS=54977923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	54978225	rs1976821	T	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=32;PP=799;SC=AAAAATGCCATGTTAATGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=52;WE=54978233;WS=54978215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	55002065	rs1716356	G	A	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=20;PP=1154;SC=TTAGGGCCTCGTGACATCATT;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=65;WE=55002073;WS=55002055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	55002409	rs11170988	G	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=615;SC=ATACCTGCCCGGGGGCTTGCC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=55002417;WS=55002399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	55004150	rs937308	C	A	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=50;PP=1630;SC=AGAGAGGTGGCGGCTAGGCTG;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=55004158;WS=55004140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	55028808	rs11832807	C	A	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=6;PP=177;SC=TCAACAAGGGCTAGGTTGGGC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=55028816;WS=55028798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	55039662	rs76825081	A	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=0.440;SC=AGCATCCCTCAAGCTTTTTCC;SOR=0.382;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=55039670;WS=55039652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	55039817	rs5798318	TG	T	1610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.618;NF=6;NR=23;PP=935;ReadPosRankSum=-2.712;SC=CCCCCTAGTGTGGGGAGGTTT;SOR=0.721;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=29;WE=55039825;WS=55039807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,58:0.54:107
chr12	55041079	rs903768	T	A	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=60;PP=1712;SC=AATCTCTGCTTCACAAGGGGC;SOR=2.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=81;WE=55041087;WS=55041069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	55042118	rs78394705	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.028;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,61:0.50:121
chr12	55248206	rs2306851	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	55249002	rs7133564	A	G	6709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=135;PP=2965;SC=TTCCAGCCTCATGTCAAACAG;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=101;TCR=135;TR=236;WE=55249010;WS=55248992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	55250612	rs1349910	A	G	18110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=354;NR=314;PP=2965;SC=CAACCACTGCAACCACTGCTG;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=671;TCF=356;TCR=315;TR=668;WE=55250620;WS=55250602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,701:1.00:701
chr12	55252202	rs1948139	C	T	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=160;SC=GGCTATGGGGCGGTTGTCCAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=55252210;WS=55252192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	55367178	rs3741673	C	T	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=56;PP=2154;ReadPosRankSum=0.271;SC=TCCATCTTCCCGTCTCTGAGT;SOR=0.628;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=232;TCF=146;TCR=86;TR=146;WE=55367186;WS=55367168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,150:0.62:242
chr12	55368245	rs4758993	G	A	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=910;ReadPosRankSum=0.322;SC=GCAGGGCGGCGGCAGCCTCCT;SOR=0.598;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=66;WE=55368253;WS=55368235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,68:0.47:146
chr12	55368368	rs4758994	G	A	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=781;ReadPosRankSum=0.193;SC=AGACTTCAGGGCCTCCCGTAA;SOR=0.585;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=52;WE=55368376;WS=55368358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,59:0.58:101
chr12	55368441	rs4759131	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=474;ReadPosRankSum=0.753;SC=TCAGAAACCATCATGATGCTC;SOR=0.349;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=29;WE=55368449;WS=55368431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr12	55421250	rs2656804	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=275;ReadPosRankSum=0.212;SC=CAGAGAATGACGTGGAGACAT;SOR=0.784;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=18;WE=55421258;WS=55421240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr12	55421299	rs2243885	C	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=1.464;SC=GATTCAATGACCTTAAAGGAT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=55421307;WS=55421289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr12	55523414	rs11171309	A	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=0.967;SC=ACTTAAAGAAATAAGAAATGC;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=55523422;WS=55523408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	55523586	rs58036029	AT	A	1998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.968;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.788;NF=13;NR=35;PP=1454;ReadPosRankSum=0.605;SC=TCATTTGTATATTTTGCCCTG;SOR=0.431;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=141;TCF=53;TCR=88;TR=48;WE=55523594;WS=55523576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,83:0.39:214
chr12	55523685	rs12303066	C	T	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.03;MQRankSum=1.241;NF=71;NR=52;PP=1703;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CTTCAGGGTACGCCCAGAGCT;SOR=0.827;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=314;TCF=174;TCR=140;TR=123;WE=55523693;WS=55523675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,128:0.40:323
chr12	55523860	rs7305779	A	C	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=54;PP=1608;ReadPosRankSum=0.260;SC=TCTGTTATTGAACCCAAGGCT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=135;TCR=138;TR=107;WE=55523868;WS=55523850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,113:0.40:286
chr12	55524172	rs7306491	G	A	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TGTGATTCTCGCCCACTTCAG;SOR=0.907;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=256;TCF=115;TCR=141;TR=88;WE=55524180;WS=55524162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,92:0.34:267
chr12	55524314	rs7137261	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=499;ReadPosRankSum=-0.067;SC=TAAAGATACATTCTACTGAGG;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=34;WE=55524322;WS=55524304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr12	55641031	rs7302063	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.172;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr12	55641075	rs7301705	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=426;ReadPosRankSum=0.667;SC=ATCAACTATGAGAAACCATAC;SOR=1.237;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=29;WE=55641083;WS=55641065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,34:0.34:100
chr12	55641255	rs4522268	C	T	3446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=94;PP=2295;ReadPosRankSum=0.531;SC=TTTCTTCCTCCGAAATTTCTC;SOR=0.695;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=437;TCF=202;TCR=235;TR=169;WE=55641263;WS=55641245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,179:0.38:469
chr12	55641295	rs4388990	A	G	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=82;PP=2262;ReadPosRankSum=-0.409;SC=ACAACTGTCTACATTCCCAAA;SOR=0.848;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=357;TCF=163;TCR=194;TR=143;WE=55641303;WS=55641285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,151:0.40:377
chr12	55641328	rs6581025	G	A	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=70;PP=1791;ReadPosRankSum=-0.085;SC=ATGGCAACAGGTGATAAGACC;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=305;TCF=134;TCR=171;TR=123;WE=55641336;WS=55641318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,132:0.41:322
chr12	55688267	rs7308594	G	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=47;PP=1529;ReadPosRankSum=-1.388;SC=TACAGCTACCGTATGTCATGG;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=122;TCR=116;TR=97;WE=55688275;WS=55688257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,102:0.41:251
chr12	55714406	rs5798345	C	CA	1333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=1039;ReadPosRankSum=1.049;SC=ACAGAAATAACAGAGTTTATT;SOR=0.906;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=30;WE=55714414;WS=55714396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,48:0.31:156
chr12	55714772	rs7132431	G	A	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1093;ReadPosRankSum=1.135;SC=CCTCTGCATTGCTTGAGTATC;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=87;WE=55714780;WS=55714762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,93:0.45:208
chr12	55714876	rs7132347	C	G	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=948;ReadPosRankSum=0.512;SC=TTTAAAGCTTCATTACTGTAG;SOR=0.660;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=171;TCF=83;TCR=88;TR=58;WE=55714884;WS=55714866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,61:0.33:183
chr12	55715119	rs7132916	G	A	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=74;PP=2093;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CATGGTTGTTGTCTCCATCTC;SOR=0.864;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=406;TCF=224;TCR=182;TR=168;WE=55715127;WS=55715109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,177:0.41:434
chr12	55758832	rs7962135	T	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=739;SC=GGTGTCATAGTTTTCTGGTTT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=55758840;WS=55758822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	55759878	rs10876751	A	G	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=34;PP=1019;SC=AAGCTGAATGAAAAACTCTCT;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=55759886;WS=55759868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	55794264	rs7967395	A	G	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=715;SC=ACGTATTGACATTCACTCTTC;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=55794272;WS=55794254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	55794976	rs7971073	A	G	10016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=191;PP=2965;SC=CATCCTTAAAACAATTCTGAA;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=145;TCR=191;TR=336;WE=55794984;WS=55794966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr12	55805499	rs61956295	G	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.98;MQRankSum=-0.914;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr12	55805647	rs12825123	A	G	7055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.653;NF=175;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.180;SC=ATTCCTCTGCAATCTCTTGGC;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=546;TCF=292;TCR=254;TR=325;WE=55805655;WS=55805637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,333:0.59:565
chr12	55805787	rs7300096	C	A	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=6.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.73;MQRankSum=-0.951;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,79:0.43:185
chr12	55806134	rs12833263	T	C	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.373;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.902;NF=75;NR=76;PP=2470;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CTTCAGGAGATTCGCCTTCTT;SOR=0.723;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=273;TCF=143;TCR=130;TR=151;WE=55806142;WS=55806124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,165:0.56:294
chr12	55806238	rs7300594	A	G	3865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.458;NF=107;NR=77;PP=2700;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GTGGCTTCTCAGACTCCTTCA;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=430;TCF=247;TCR=183;TR=184;WE=55806246;WS=55806228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,193:0.43:449
chr12	55806437	rs114890660	T	C	5419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.797;NF=114;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TAGTTCACTGTTTGGAGTATT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=413;TCF=203;TCR=210;TR=222;WE=55806445;WS=55806427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,234:0.56:416
chr12	55807293	rs3887805	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.89;QD=28.33;SOR=8.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	55807588	rs12826694	C	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.540;NF=102;NR=78;PP=2250;ReadPosRankSum=0.212;SC=AGGGCTGCACCACTCCTGTAC;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=554;TCF=317;TCR=237;TR=180;WE=55807605;WS=55807578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,136:0.35:388
chr12	55808469	rs7132076	C	G	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=50;PP=2062;SC=TGCACTGCTTCTCGTTCATAT;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=115;WE=55808477;WS=55808459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	55819933	rs10876774	T	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=195;ReadPosRankSum=1.461;SC=CAATAGTATTTGAAAAAAAAA;SOR=1.355;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=12;WE=55819942;WS=55819923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr12	55820121	rs6581046	C	T	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=60;PP=1570;ReadPosRankSum=-2.960;SC=TTTTCTCGTTCCTATTTCTTA;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=152;TCR=147;TR=120;WE=55820129;WS=55820111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,132:0.41:322
chr12	55820958	rs57387180	CA	C	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=138;ReadPosRankSum=1.116;SC=AGATTTCCCACAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=14;WE=55820966;WS=55820948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr12	55863381	rs10747756	A	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=726;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TTGTAGGATAAGAGAAATGTC;SOR=0.730;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=50;WE=55863389;WS=55863371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,52:0.37:139
chr12	55863398	rs12313730	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=585;ReadPosRankSum=0.368;SC=TGTCACAAATGAAATGATCAA;SOR=0.686;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=44;WE=55863406;WS=55863388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr12	55886294	rs7133698	G	A	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=937;ReadPosRankSum=0.506;SC=GACCATTATCGCCCTCACCAT;SOR=0.571;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=77;WE=55886302;WS=55886284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,88:0.49:178
chr12	55944926	rs7313959	G	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=3;PP=978;SC=TGTTCATTAAGATAAGCTTTA;SOR=5.084;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=55944934;WS=55944916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	55945119	rs7313899	A	G	13846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=266;NR=214;PP=2965;SC=CATGCTAAGTATCCTAGGAAA;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=481;TCF=267;TCR=214;TR=480;WE=55945127;WS=55945109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr12	56079084	rs3852533	C	G	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=51;PP=1291;ReadPosRankSum=0.917;SC=TATAAGGACACCAGGCCAGAC;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=48;TCR=91;TR=77;WE=56079092;WS=56079074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,83:0.56:147
chr12	56080148	rs3782239	T	C	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=906;ReadPosRankSum=0.874;SC=GATGGAAAGATTGAGGAAGGA;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=53;WE=56080156;WS=56080138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
chr12	56080164	rs7306191	T	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.997;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=699;ReadPosRankSum=-0.456;SC=AAGGACAGGATCCCCTATCTC;SOR=0.290;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=41;WE=56080172;WS=56080154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr12	56082785	rs3782240	C	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=644;ReadPosRankSum=1.355;SC=TCAGCTCAACCCTGCTGAGAC;SOR=0.489;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=32;WE=56082793;WS=56082775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr12	56088206	rs7953669	T	C	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=73;PP=2164;ReadPosRankSum=1.381;SC=CACCTCACCCTTCCGGCCCCG;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=139;TCR=131;TR=151;WE=56088214;WS=56088196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,159:0.56:284
chr12	56088773	rs2293410	C	T	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=54;PP=1311;ReadPosRankSum=1.747;SC=TCAGACCCCACTCCTGCTAAG;SOR=0.459;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=196;TCF=85;TCR=111;TR=103;WE=56088781;WS=56088763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,110:0.54:202
chr12	56089357	rs1800974	C	T	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=951;ReadPosRankSum=2.743;SC=GAAGCGGGCGCGGACCAGCTG;SOR=0.404;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=90;TCR=49;TR=80;WE=56089365;WS=56089347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,86:0.58:149
chr12	56089554	rs2293411	T	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=415;ReadPosRankSum=1.148;SC=CTGCTGCTTATTAGCCATGTG;SOR=1.059;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=24;WE=56089562;WS=56089544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr12	56090038	rs7974721	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=-1.697;SC=CAGCTCCTCCCCCTGGGCTAA;SOR=0.317;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=12;WE=56090046;WS=56090028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr12	56091617	rs2293412	A	G	5189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.209;SC=CTAGAGAACCAGCTGTCAGCC;SOR=0.854;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=361;TCF=198;TCR=163;TR=222;WE=56091625;WS=56091607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,237:0.62:384
chr12	56091976	.	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=0.995;SC=GCCACTCCCTGCAGATATTAC;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=12;WE=56091984;WS=56091966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	56093817	rs11171660	T	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=855;ReadPosRankSum=-0.218;SC=ACATCCAGAGTAGGGGCCACA;SOR=0.883;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=53;WE=56093825;WS=56093807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr12	56094622	.	C	T	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=796;ReadPosRankSum=1.457;SC=CATCCCCAACCCTGTCTCTGA;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=46;WE=56094630;WS=56094612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr12	56096600	rs149446335	AAC	A	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,15:0.16:95
chr12	56096816	rs2293413	T	C	3888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=107;PP=2312;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TCCCCCACTCTGTTCATGCAG;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=124;TCR=172;TR=186;WE=56096824;WS=56096806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,191:0.62:309
chr12	56115585	rs3138142	C	T	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.945;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=1137;ReadPosRankSum=0.348;SC=TGGGTCCCATCGGGGTCACCC;SOR=1.178;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=70;WE=56115593;WS=56115575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,74:0.65:114
chr12	56115778	rs3138141	C	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=0.087;SC=GCAGCCCACTCAACAAACGTG;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=10;WE=56115786;WS=56115768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr12	56182846	rs3741504	G	C	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=70;PP=1817;ReadPosRankSum=-1.204;SC=TACTTCCATCGAGCCTACATT;SOR=0.824;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=292;TCF=117;TCR=175;TR=115;WE=56182867;WS=56182836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,123:0.40:311
chr12	56213297	rs56108400	G	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=448;ReadPosRankSum=1.358;SC=TGGGGGAAATGAGATATGCTG;SOR=0.872;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=25;WE=56213305;WS=56213287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr12	56236043	rs2291268	G	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=543;SC=ATGGTTTAGGGTCAGGAGGAG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=56236051;WS=56236033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	56236318	rs7310325	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=227;SC=AGGAGGGACCTGATATGGAAG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=56236326;WS=56236308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	56236531	rs7294345	A	G	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=47;PP=2050;SC=GACTTACCACAGGCGCCACCT;SOR=1.027;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=124;WE=56236539;WS=56236521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	56295544	rs147424544	GAAGT	G	2102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=6;PP=1919;SC=GCAGGAGGTGGAAGTAAGCCA;SOR=3.398;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=39;WE=56295555;WS=56295534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	56295734	rs7302270	A	G	5355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=97;PP=2965;SC=GCTCTTTGCTAGGCTGGCTGA;SOR=0.972;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=84;TCR=97;TR=181;WE=56295742;WS=56295724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	56298115	rs61956424	T	C	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	56298120	rs61956425	A	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.69;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	56326493	rs57799285	GCA	G	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=1.981;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr12	56330572	rs7297871	G	A	8912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=155;PP=2965;SC=GCAAGGTCTCGGCTCTCTACC;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=155;TCR=155;TR=310;WE=56330580;WS=56330562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr12	56335107	rs1136082	A	G	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=106;PP=2965;SC=AGCAGGGGCAAAGGTGAGGAG;SOR=1.301;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=71;TCR=106;TR=177;WE=56335115;WS=56335097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	56348028	rs1052206	G	A	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=25;PP=1189;SC=GGAGGGGGCTGTTCTCACCAA;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=75;WE=56348036;WS=56348018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	56364321	rs2069408	A	G	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=18;PP=1176;SC=TTATCCCCCCAGTGCATTACC;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=56364329;WS=56364311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	56374695	rs773109	G	A	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=83;PP=2965;SC=AATCAATTCCGATGGTGGAGA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=149;WE=56374703;WS=56374685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	56379427	rs1873914	G	C	6546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=102;PP=2965;SC=CTGATTCAGTGTATTCTTTCA;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=118;TCR=102;TR=220;WE=56379435;WS=56379417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	56384687	rs705698	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=484;SC=CAGAGGACATTCATTGTCTCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=56384695;WS=56384677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	56398454	rs773115	G	C	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=87;PP=2488;SC=CTGTCCAGTCGGCCATCACAG;SOR=1.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=144;WE=56398462;WS=56398444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	56417403	rs2658479	T	C	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=31;PP=1444;SC=AGGATATGAATGGGAAATGGT;SOR=1.103;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=90;WE=56417411;WS=56417393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	56426577	rs1619653	A	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=46;PP=1397;SC=AGTATCTCCCACACTGAGGGA;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=66;WE=56426585;WS=56426567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	56428344	rs2452822	G	C	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=58;PP=2965;SC=CTGAGTTCCTGTTCTCCACAG;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=115;TCR=58;TR=172;WE=56428352;WS=56428334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	56436472	rs705706	T	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=28;PP=793;SC=GGCTCTGTTCTTTGGAGCCTC;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=56436480;WS=56436462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	56488913	rs705708	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=12;PP=821;SC=GCCATGTCTTGGGATCAGCTC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=56488921;WS=56488903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	56493822	rs2292238	A	C	10482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=188;NR=171;PP=2965;SC=GGGTAAGACAACTTCTAATTA;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=359;TCF=188;TCR=171;TR=359;WE=56493830;WS=56493812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr12	56494991	rs2271189	G	A	5947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=102;PP=2965;SC=CAATGTGTAGGAGCCGGAGCA;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=104;TCR=102;TR=205;WE=56494999;WS=56494981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	56500502	.	TA	T	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr12	56525230	rs73125289	G	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=480;ReadPosRankSum=1.763;SC=CTTTTCTGGGGAAAGGCTTTG;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=43;WE=56525238;WS=56525220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,44:0.33:132
chr12	56564056	rs60041436	CTTTT	C	2083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=1615;SC=GTGTCTAACACTTTTCTTTTT;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=36;WE=56564067;WS=56564046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	56575742	rs773644	T	G	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=49;PP=2843;SC=GGGTAGACTGTTCCTGGCATT;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=128;WE=56575750;WS=56575732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	56601237	rs703823	A	G	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=34;PP=996;SC=CCACCCAAACACATAAGACAT;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=56601245;WS=56601227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	56604416	rs10532115	GAT	G	2609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=1748;SC=GCCTGGATATGATATAACTCT;SOR=2.187;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=37;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	56604420	rs79677444	T	C	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=1116;SC=GGATATGATATAACTCTACAA;SOR=2.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	56607927	rs4759218	C	T	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=82;PP=2501;SC=ACACTCATTGCCAAGATCCAT;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=126;WE=56607935;WS=56607917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	56625045	rs1274497	T	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=45;PP=1948;SC=GCCCCTAAGCTATTCCCCTCA;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=107;WE=56625053;WS=56625035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	56629276	rs901073	A	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=8;PP=621;SC=GGCTTGCCACAATCCATGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=56629284;WS=56629274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	56631410	.	G	A	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=62;PP=1608;ReadPosRankSum=-1.303;SC=CCCTGCCTACGCCCCATGTGC;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=114;TCR=114;TR=124;WE=56631418;WS=56631400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,131:0.54:243
chr12	56647911	rs808919	G	C	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=61;PP=2315;SC=CGCCATTGGTGGAGACTGCAG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=86;TCR=61;TR=146;WE=56647919;WS=56647901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	56649601	rs1274490	A	G	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=10;PP=678;SC=CATGGTGCAGAGCACTGCGCC;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=56649609;WS=56649591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	56650742	rs1274491	C	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=4;PP=395;SC=ACCCTTAACCCCCACCTTTAA;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=56650750;WS=56650732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	56703722	rs34026747	G	A	5233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TCCTTACCTCGTCTGTCCCTA;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=372;TCF=199;TCR=173;TR=228;WE=56703730;WS=56703712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,243:0.60:402
chr12	56717466	rs773665	C	T	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1212;SC=CGTCTTCAAACTGGGATTCCT;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=56717474;WS=56717456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	56722060	rs1918496	T	G	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.271;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=80;PP=2897;ReadPosRankSum=0.265;SC=TCAATCTCTATTATGTGATTC;SOR=0.640;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=157;WE=56722068;WS=56722050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,170:0.98:173
chr12	56726518	rs2643626	G	A	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=20;PP=1444;SC=CTGGCTATCTGCAAAGCAGCT;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=76;WE=56726526;WS=56726508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	56737402	rs11575244	A	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=1.172;SC=ATGGCAGGAAAGGCCTGGGAA;SOR=0.916;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=15;WE=56737410;WS=56737392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr12	56814256	rs10631263	G	GGAT	1081.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=809;ReadPosRankSum=1.347;SC=ATGACGATAAGGATAAGGAGG;SOR=1.627;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=20;WE=56814264;WS=56814246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr12	56814563	rs66491720	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=802;ReadPosRankSum=-0.600;SC=AGCCTCCAGGGCTCTTCTCCT;SOR=0.622;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=56;WE=56814571;WS=56814553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,61:0.54:112
chr12	56814653	rs2291739	G	A	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=45;PP=2217;SC=CCATAGGAGCGGGATAGAAAA;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=105;WE=56814661;WS=56814643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	56815281	rs2291738	T	C	7913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=0.279;SC=AGGACATCTATAAAAAGCAAG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=148;TCR=155;TR=300;WE=56815289;WS=56815270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,302:0.99:304
chr12	56818982	rs12824030	G	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=50;PP=1542;SC=GCTAAAGAGGGCTTTCCCCAT;SOR=2.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=66;WE=56818990;WS=56818972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	56822641	rs774028	G	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=264;SC=CTAGCTCACTGTATCTCCAGT;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=56822649;WS=56822631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	56826061	rs774040	G	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=15;PP=774;SC=GCCTTCCCCAGATAATGCAGC;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=56826069;WS=56826051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	56827694	rs2279665	C	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=41;PP=1289;SC=AATAGCGGATCAGATCCTTCA;SOR=3.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=56827702;WS=56827684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	56827974	rs2638312	C	T	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=62;PP=1961;SC=GACCAACCAACAGAGAAGGAA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=123;WE=56827982;WS=56827964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	56845296	rs2643622	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.79;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	56845296	.	TAGCAACG	CAGCAACA,CAGCAACG	144	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=5,12;NR=9,20;PP=144,123;QD=14.1048482044;SC=GGGGACAGAGTAGCAACGCTG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=14,32;WE=56845311;WS=56845286;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:32
chr12	56845303	rs2088155	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr12	56845358	rs7953824	T	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-0.494;SC=ACTTGATATCTACAATAAACT;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=56845366;WS=56845348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	56862886	rs2657881	T	C	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=42;PP=2207;SC=AGAGATGATATGGGTGTCAAA;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=123;WE=56862894;WS=56862876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	56869577	rs5798384	C	CT	1920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=44;PP=2060;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GCTTTCCTCTCTGAGGCCAGC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=10;TCR=69;TR=50;WE=56869585;WS=56869567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
chr12	56869949	rs34325581	C	CT	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=168;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CTTTCTCTTTCTTTTTTTTGA;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=14;WE=56869957;WS=56869939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	56869971	rs79174190	TTTGTCACCC	T	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=2187;SC=ACAGTCTTGCTTTGTCACCCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=56869987;WS=56869961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	56871314	rs11171862	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=-2.382;SC=TGTGCCTCATGTGCCTTCTGG;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=17;WE=56871322;WS=56871304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr12	56872770	.	GAAA	G	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	56915782	rs808929	G	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=622;SC=TCTCTCTCTCGCTCGTTCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=31;WE=56915790;WS=56915772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	56933651	rs2657902	G	A	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=51;PP=1302;ReadPosRankSum=2.058;SC=CTGAGAGGCCGGATGCTTCAT;SOR=0.940;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=89;WE=56933659;WS=56933641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,99:0.54:182
chr12	56933722	rs2657903	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=648;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GCTTTTAACCGTGTGCTCCCT;SOR=2.093;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=32;WE=56933730;WS=56933712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr12	56956213	rs3759091	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=1;PP=842;SC=ATATGTGTCATTGGCTCAGCA;SOR=4.351;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=56956221;WS=56956203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	56982290	rs2470385	C	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=133;SC=ATACGAAGAACGTAGGAAGGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=56982298;WS=56982280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	56992377	rs7970523	A	C	4189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=78;PP=2695;ReadPosRankSum=0.885;SC=GAGATGCCACAAGGTGACTCC;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=170;TCR=132;TR=177;WE=56992393;WS=56992367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,189:0.58:324
chr12	56992820	.	C	G	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=44;PP=1767;ReadPosRankSum=-0.150;SC=ACAATGATGGCTCCATCTCAG;SOR=1.074;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=219;TCF=131;TCR=88;TR=118;WE=56992828;WS=56992810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,123:0.54:229
chr12	57000640	.	CT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	57065713	rs2958154	C	T	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=62;PP=1961;SC=TCTCACCTTTCTCATTTCTTT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=57065721;WS=57065703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	57106660	rs4788	A	T	10302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.180;NF=183;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=1.355;SC=TGACCAATTCAATGTCCTTAA;SOR=0.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=358;TCF=183;TCR=175;TR=356;WE=57106668;WS=57106650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,385:1.00:386
chr12	57106810	rs898609	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=578;ReadPosRankSum=0.659;SC=AATGCTATACGGCGAGAGTTA;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=13;TCR=62;TR=33;WE=57106818;WS=57106800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr12	57108203	rs4902	A	G	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=36;PP=1358;ReadPosRankSum=1.218;SC=GTTCTTCATCAATTTCAGCTG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=149;TCR=85;TR=98;WE=57108211;WS=57108193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,102:0.41:250
chr12	57109792	rs2958149	A	G	5441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=91;PP=2965;SC=AATCAGAGGCAGCAGCTCATC;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=97;TCR=91;TR=188;WE=57109800;WS=57109782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	57109931	rs2926747	A	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=594;ReadPosRankSum=1.783;SC=ACTGGTGGGGAGGGTGCTGCA;SOR=0.928;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=45;WE=57109939;WS=57109921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr12	57110442	rs76076193	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=434;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GGCCCTTTTCGGGGGATGGAG;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=27;WE=57110450;WS=57110432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr12	57112637	rs11171951	G	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.474;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=697;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GGGAAGGGCAGATTCACCACT;SOR=0.583;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=51;WE=57112645;WS=57112627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,58:0.38:151
chr12	57112765	.	G	A	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.661;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1419;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CGTCGTGGCTGGTGAGTCTTT;SOR=0.829;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=85;WE=57112773;WS=57112755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,92:0.53:172
chr12	57114100	rs2926743	A	G	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=110;PP=2965;SC=AGATAATGAAAAAGAGGTAGC;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=90;TCR=110;TR=200;WE=57114108;WS=57114090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr12	57114307	rs2958127	A	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=591;ReadPosRankSum=1.421;SC=AATGGTCTTCACTGTAGGGTC;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=52;WE=57114315;WS=57114297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,55:0.35:158
chr12	57114869	rs17118953	T	C	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=1819;ReadPosRankSum=0.815;SC=GCAGAACTCTTCTGAACTGAG;SOR=0.737;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=214;TCF=110;TCR=104;TR=125;WE=57114877;WS=57114859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,138:0.60:230
chr12	57132186	rs56401813	AT	A	1485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.141;NF=5;NR=23;PP=850;ReadPosRankSum=-0.003;SC=AAAACCCTGTATTTAAAGTGA;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=28;WE=57132194;WS=57132176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr12	57133140	rs1131514	T	G	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=561;ReadPosRankSum=-1.022;SC=TAGGCACAGATATGCGACCTG;SOR=0.484;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=43;WE=57133148;WS=57133130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr12	57137828	rs1026565	T	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=275;ReadPosRankSum=1.278;SC=CTTAAAGTGCTTGGAGACTTT;SOR=0.483;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=20;WE=57137836;WS=57137818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr12	57140461	.	A	C	433	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=25;MQ=59.66;NF=24;NR=6;PP=433;QD=15.5923737516;SC=CACACACACAAATTAATGAGA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=75;TCR=16;TR=30;WE=57140469;WS=57140451;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr12	57140506	.	G	A	1430	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=73;NR=34;PP=1430;QD=13.6894505846;SC=ATAGTTAATAGTAGTCAGAGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=289;TCF=198;TCR=91;TR=107;WE=57140514;WS=57140496;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:182,107:0.37:289
chr12	57168020	rs57682836	G	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=489;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TTGTTCCTTGGTGTCTCCTGG;SOR=0.606;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=26;WE=57168028;WS=57168010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr12	57317903	rs7314055	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=288;ReadPosRankSum=0.311;SC=TCCGAATTCCATCCAAGTTCC;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=20;WE=57317911;WS=57317893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr12	57323388	rs7970701	C	G	2608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=76;PP=1892;ReadPosRankSum=0.685;SC=ACAATCATCACGGAGAGTCAC;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=58;TCR=126;TR=110;WE=57323396;WS=57323378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,114:0.59:194
chr12	57346805	rs901068	T	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=689;ReadPosRankSum=0.992;SC=GGGGAAAAACTTCGGGGGTCT;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=48;WE=57346813;WS=57346795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr12	57349039	rs746049	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=652;ReadPosRankSum=-0.398;SC=AATAAAGTGAGGGCAGACTGA;SOR=1.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=33;WE=57349047;WS=57349029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
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chr12	57423932	rs56270558	C	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=424;ReadPosRankSum=0.651;SC=TTCTAAGGCACGCTCAAGTTT;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=21;WE=57423940;WS=57423922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr12	57424253	rs55981065	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-1.611;SC=GCCGGGGCTGGAGGACCATTG;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=11;WE=57424261;WS=57424243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr12	57430435	rs4143085	C	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=392;ReadPosRankSum=-0.938;SC=ACACATGGACCGGCTGATACA;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=22;WE=57430443;WS=57430425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr12	57430534	rs150719590	CCT	C	7078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.911;NF=52;NR=63;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.261;SC=TGTGAGGAAACCTCTCTTCCA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=100;TCR=121;TR=115;WE=57430543;WS=57430524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,189:0.58:325
chr12	57435122	rs697222	G	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CTGTTTCTCCGTCTCAGTCCT;SOR=0.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=76;WE=57435130;WS=57435112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,84:0.58:145
chr12	57442139	rs2270737	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=0.620;SC=TGGGAATAAGAGGCACAGTTT;SOR=0.370;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=16;WE=57442147;WS=57442129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr12	57442181	rs2270736	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=0.760;SC=GGGGCCAGTAACTGTTTGAGG;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=9;WE=57442189;WS=57442171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	57462954	rs73116501	C	T	2327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1555;ReadPosRankSum=-1.543;SC=TTAATAGTTACTATAAAACGC;SOR=0.534;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=104;WE=57462962;WS=57462944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,105:0.62:169
chr12	57464381	rs34762603	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=504;ReadPosRankSum=0.643;SC=TGACTTCTCAGTCTCACTAAT;SOR=0.200;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=25;WE=57464389;WS=57464371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr12	57492745	rs3024974	G	A	5598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.247;SC=CCTCCTTCCTGCAGATAAGCA;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=387;TCF=201;TCR=186;TR=241;WE=57492753;WS=57492735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,263:0.63:418
chr12	57492996	rs841718	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=329;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AGGATGACACGCGGGCAGGGA;SOR=0.793;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=19;WE=57493004;WS=57492992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr12	57493541	rs3024972	T	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=605;ReadPosRankSum=-0.688;SC=CTGGCTGGGGTGGCCTCACCA;SOR=0.360;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=35;WE=57493549;WS=57493531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr12	57502182	rs324011	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.921;SC=TCCTAGGGACCGTCCCCACCA;SOR=2.204;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=57502190;WS=57502172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	57559809	rs1800174	G	A	3811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=77;PP=2693;ReadPosRankSum=0.126;SC=ATACTGGAGCGGGCAGGAAGC;SOR=0.739;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=278;TCF=139;TCR=139;TR=148;WE=57559828;WS=57559799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,156:0.55:283
chr12	57561379	rs1800175	G	T	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=51;PP=1245;ReadPosRankSum=0.092;SC=TCCAGGGAAGGCAAAGGGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=15;TCR=70;TR=60;WE=57561387;WS=57561369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
chr12	57561451	rs1800176	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=0.770;SC=TGGGAGAAAACAGGAGAAGTC;SOR=0.425;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=17;WE=57561459;WS=57561441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr12	57567180	rs1800177	G	T	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1089;ReadPosRankSum=0.490;SC=AATGTGGGCAGGAGGAGACCG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=78;WE=57567188;WS=57567170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,88:0.68:130
chr12	57567762	rs1800194	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=37;PP=780;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GCGAGCTCTGCGGTGAGGCCT;SOR=0.517;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=44;WE=57567770;WS=57567752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
chr12	57569513	rs1800180	G	A	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.719;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=68;PP=2106;ReadPosRankSum=1.091;SC=AGGTGTGGTGGGGCAGGCCGA;SOR=0.399;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=178;TCF=63;TCR=115;TR=110;WE=57569521;WS=57569503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,112:0.62:182
chr12	57569744	.	C	A	4700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.474;SC=TCCGGCGCATCGATCTTCACA;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=658;TCF=311;TCR=347;TR=244;WE=57569752;WS=57569734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,247:0.36:683
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chr12	57579727	rs1800182	A	T	3020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=90;PP=2172;ReadPosRankSum=-1.482;SC=AGGAAGTGGGACATGGGGCGG;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=205;TCF=54;TCR=151;TR=121;WE=57579735;WS=57579717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,125:0.60:210
chr12	57581028	rs6581127	C	G	5164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=48;PP=2965;SC=CCTGACAAATCGCTGCTCCTG;SOR=2.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=129;TCR=48;TR=176;WE=57581036;WS=57581018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	57585144	rs1800139	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=696;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TCGGGCTGGCCGTGTATGGGG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=52;WE=57585152;WS=57585134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,58:0.32:184
chr12	57587839	rs1800187	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=352;ReadPosRankSum=0.781;SC=TCCTCCCCATCGCTCACTGCA;SOR=0.929;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=28;WE=57587847;WS=57587829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr12	57588977	rs1799739	CG	C	10107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=2.227;NF=72;NR=130;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.013;SC=CTGCAGACGACGGCGAACCAT;SOR=0.900;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=369;TCF=117;TCR=252;TR=202;WE=57588985;WS=57588967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,320:0.55:582
chr12	57589659	rs1800154	C	T	4314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=80;PP=2705;ReadPosRankSum=-0.825;SC=ACCCGACCTGCGGCCCCAGTG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=298;TCF=160;TCR=138;TR=180;WE=57589667;WS=57589639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,190:0.61:309
chr12	57589784	rs7397167	A	C	9221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=1.185;SC=TGCACCAGCCAAGGTGGGCCC;SOR=0.246;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=313;TCF=156;TCR=157;TR=311;WE=57589792;WS=57589774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,331:1.00:332
chr12	57589865	rs1800189	C	T	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=54;PP=1716;ReadPosRankSum=0.664;SC=TCCGCCCCTCCGCAGAGCACA;SOR=0.669;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=266;TCF=136;TCR=130;TR=117;WE=57589873;WS=57589855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,122:0.44:278
chr12	57590735	rs7308552	T	C	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=12;PP=1445;SC=CCCTGCCACATGCCCAGCCCA;SOR=3.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=66;WE=57590743;WS=57590725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	57590758	rs1800191	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=8;PP=932;ReadPosRankSum=-0.429;SC=GCTCCCTGTGCCTGCAGTGCC;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=77;TCR=16;TR=52;WE=57590766;WS=57590748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr12	57590797	rs1800156	C	T	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=40;PP=1718;ReadPosRankSum=0.762;SC=GGCTGAAGGACGACGGCCGGA;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=130;TCR=71;TR=115;WE=57590805;WS=57590787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,116:0.57:204
chr12	57590869	rs7308698	T	C	10964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=201;NR=164;PP=2965;SC=GCATCAACACTCATGGCAGCT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=204;TCR=166;TR=365;WE=57590877;WS=57590859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr12	57591226	rs1800165	T	C	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=65;PP=2082;ReadPosRankSum=-3.720;SC=ACAGCCTCCCTTGCAAGTCTC;SOR=0.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=224;TCF=99;TCR=125;TR=112;WE=57591234;WS=57591216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,114:0.49:232
chr12	57591458	rs1800166	C	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=742;ReadPosRankSum=-1.191;SC=GTGAGGCGGGCGGCCCTCGGC;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=57;WE=57591466;WS=57591448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,59:0.45:132
chr12	57592557	rs1800168	C	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=564;ReadPosRankSum=2.468;SC=ACATAAAAAGCGGAGGATATG;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=38;WE=57592565;WS=57592547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr12	57593101	rs1140648	G	A	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=83;PP=1952;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ACAAGACCACGGGCACCAACA;SOR=0.710;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=345;TCF=145;TCR=200;TR=140;WE=57593109;WS=57593091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,148:0.41:363
chr12	57593894	rs1800159	A	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=404;SC=CTCTGTCCTAATGTCCTCATG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=57593902;WS=57593884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	57595066	rs9669595	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=624;ReadPosRankSum=0.508;SC=TATATTGGGTGTAACTTGCTT;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=35;WE=57595074;WS=57595056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr12	57602815	rs7956957	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=243;ReadPosRankSum=1.144;SC=CTTTCCACCCCGAGCCTGGGT;SOR=0.551;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=20;WE=57602823;WS=57602805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr12	57603417	rs1800162	A	G	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=22;PP=1126;ReadPosRankSum=0.254;SC=TGTCGTGGACAGCATGGCCAG;SOR=0.603;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=122;TCF=88;TCR=34;TR=75;WE=57603425;WS=57603407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,75:0.62:121
chr12	57604802	rs1800164	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=384;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AGCCAGGCCCAAGCTGCTGGC;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=22;WE=57604810;WS=57604792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr12	57605168	rs10783814	T	C	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=100;PP=2965;SC=TCCACCCAGCTGGGCCCCTGC;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=100;TCR=100;TR=200;WE=57605176;WS=57605158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr12	57606386	rs7304504	A	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=35;PP=982;SC=GCCCCCTGCCAGTGAAGTCCT;SOR=5.283;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=57606394;WS=57606376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	57610616	.	GCCGCCGCTC	G	174.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=34.97;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	57614958	rs7134826	G	T	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=61;PP=2619;SC=AGGCTGTCCTGTCCACCCCAC;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=146;WE=57614966;WS=57614948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	57618619	rs61736007	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=410;ReadPosRankSum=-0.910;SC=GGATGGCGGGGGACAACCCCA;SOR=1.250;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=29;WE=57618627;WS=57618609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr12	57619209	rs7979061	C	G	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=66;PP=2736;SC=CGGCGGGGCCCGGGCTTGGGG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=134;WE=57619217;WS=57619199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	57619362	rs10783816	G	A	6514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=2.202;SC=TGTACGACCCGTCGCAGGTGT;SOR=0.520;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=465;TCF=269;TCR=196;TR=292;WE=57619370;WS=57619352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,304:0.62:489
chr12	57637854	rs150268069	T	A	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=40;PP=1879;ReadPosRankSum=1.341;SC=TGGGATTGGGTTGGGGCAACA;SOR=0.531;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=116;WE=57637862;WS=57637844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,119:0.79:151
chr12	57639190	rs7139342	C	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=257;SC=GGTCTCCCTCCGTCACCCAGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=57639198;WS=57639180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	57649840	rs4075325	C	T	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=86;PP=2965;SC=GGTTTCCATGCTTCAGTCCAC;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=112;TCR=86;TR=198;WE=57649848;WS=57649830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	57652963	rs6581131	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=292;SC=CTCAAGCTACGTCTTGCCAGG;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=57652971;WS=57652953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	57693060	rs4760126	G	A	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=26;PP=1229;SC=CAGTAAGGCTGGCAGGTGCCA;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=57693068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	57704005	rs57612216	GA	G	2857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.910;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.400;NF=25;NR=45;PP=1058;ReadPosRankSum=1.090;SC=GTCTCTAAAGGAAAAAAAAAA;SOR=1.238;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=70;WE=57704014;WS=57703995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,123:0.97:127
chr12	57829129	rs560048	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=369;SC=CCAGGTGTCCCGACAACCCCC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=57829137;WS=57829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	57843014	rs776037	C	T	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=18;PP=1460;SC=GTTGGTAGAACTGACAGTCAG;SOR=2.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=73;WE=57843022;WS=57843004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	57843711	rs2229357	G	A	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=66;PP=2223;SC=CCCACGGCCCGGCGCCCCCTG;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=107;WE=57843719;WS=57843701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	57848639	rs3809114	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=8;PP=592;SC=CCTAGCCCCAGTGCTAGAAAT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=57848647;WS=57848629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	57848708	rs3809113	C	G	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=34;PP=1330;SC=CACTGGAACTCACAGCTGCCT;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=57848716;WS=57848698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	57857354	rs10876987	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=391;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GGGTGGGGGATACCAGGGATG;SOR=1.460;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=24;WE=57857362;WS=57857344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr12	57858414	rs3817475	A	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=714;ReadPosRankSum=-0.703;SC=ATGGAGAGACATGCCCCTTTA;SOR=0.458;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=159;TCF=108;TCR=51;TR=56;WE=57858422;WS=57858404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,58:0.35:168
chr12	57858835	rs3817474	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=440;ReadPosRankSum=1.240;SC=CCTCCAAATAGCCCAATCCTT;SOR=0.604;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=42;WE=57858843;WS=57858825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,43:0.33:131
chr12	57859431	rs2228225	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=855;ReadPosRankSum=-0.062;SC=AGTGCCGGGAGGAACCCTTGG;SOR=0.507;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=198;TCF=112;TCR=86;TR=69;WE=57859439;WS=57859421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,73:0.35:211
chr12	57859932	rs2292657	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=471;ReadPosRankSum=0.659;SC=AGGTGGAGTCGTGGAAGAGGA;SOR=0.235;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=81;TCF=71;TCR=10;TR=31;WE=57859940;WS=57859922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr12	57865321	rs2228224	G	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.278;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=926;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TTTCTGGGGGGTTCCCAGGTT;SOR=0.722;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=70;WE=57865329;WS=57865311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,72:0.38:192
chr12	57865821	rs2228226	G	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.965;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=922;ReadPosRankSum=3.157;SC=TGGGGAAACAGAATTCCTCAA;SOR=1.169;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=112;TCF=32;TCR=80;TR=47;WE=57865829;WS=57865811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr12	57865928	rs474058	A	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=515;SC=CTGCAGTCCCATGCACAAGAT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=57865936;WS=57865918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	57869241	rs527226	T	C	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=41;PP=2489;SC=GCTCCCGGACTCTCCCTCCCC;SOR=1.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=79;TCR=41;TR=120;WE=57869249;WS=57869231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	57869447	rs2277318	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GAGAAATCTGTATCCCTAGCT;SOR=0.459;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=35;WE=57869455;WS=57869437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr12	57869476	rs2277317	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr12	57869486	rs2277316	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr12	57869500	rs524522	A	C	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=27;SC=CGGCCCAGGCAAGGGCTCTCC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=57869508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	57869530	rs3216740	CA	C	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.179;NF=10;NR=7;PP=492;ReadPosRankSum=0.395;SC=ACCCTGCCCCCAACTGCTCCT;SOR=0.994;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=17;WE=57869538;WS=57869520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr12	57869582	rs2277315	T	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.717;NF=31;NR=18;PP=709;ReadPosRankSum=-0.346;SC=TCCCGGCCGGTCGGAGCCTCC;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=49;WE=57869593;WS=57869572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,52:0.41:127
chr12	57870121	rs486699	A	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=18;PP=1461;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GCCCGCACCCATCCTGCGCCT;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=67;WE=57870129;WS=57870111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr12	57870155	rs11544238	A	C	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=775;ReadPosRankSum=0.085;SC=ACCCAGCCTGAGGAGGGCGCT;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=59;WE=57870163;WS=57870145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,58:0.48:122
chr12	57870463	rs10706671	AG	A	2239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.754;NF=0;NR=51;PP=1842;ReadPosRankSum=0.390;SC=GGGATCTGTAAGTCACCCTCG;SOR=1.306;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=116;TCF=4;TCR=112;TR=51;WE=57870471;WS=57870453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,70:0.40:176
chr12	57870648	rs512490	A	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=9;PP=672;SC=GAAATGGGAGATTCACATGGG;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=57870656;WS=57870638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	57871555	rs3825080	A	G	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	57882764	.	CTT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr12	57883801	rs899653	G	A	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=54;PP=1723;SC=TGGTGTAGGGGTTACAGAATG;SOR=1.538;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=87;WE=57883809;WS=57883791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	57891804	rs537161	T	C	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=9;PP=1427;SC=CCTGTGGGTTTGTGTGCAGAA;SOR=2.904;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=62;WE=57891812;WS=57891794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	57905687	rs1284467	A	G	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=92;PP=2965;SC=ATTCAGCCTTAGTGTTGAAAC;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=198;WE=57905695;WS=57905677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	57920262	rs2127318	T	G	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=15;PP=1265;SC=CTTTGAGGGTTTTCTGGGTTG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=49;WE=57920270;WS=57920252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	57932038	.	G	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr12	57940728	.	G	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.423;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GCAGGCGGGAGGGGTCGCGGG;SOR=0.232;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=14;WE=57940736;WS=57940718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr12	57940749	rs775325	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	57958313	rs775322	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=926;ReadPosRankSum=0.836;SC=GTCCCAGTGGATGAGGGTGTG;SOR=0.731;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=64;WE=57958321;WS=57958303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,66:0.62:107
chr12	57968738	rs11172254	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GCTAAAGGTCGTTTGGAAAAT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=57968746;WS=57968732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	57969558	rs192960012	C	T	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=77;PP=1968;ReadPosRankSum=0.856;SC=CTTCTTATACCTCCATCCCAC;SOR=1.394;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=215;TCF=93;TCR=122;TR=122;WE=57969566;WS=57969548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,129:0.57:228
chr12	57975155	rs775246	A	C	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=27;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GGGCAAATGCAGGGTCATAGC;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=129;TCR=59;TR=87;WE=57975163;WS=57975145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,89:0.45:199
chr12	57975570	rs775247	A	G	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=407;SC=CAGCTCTATCACTGAGGATGA;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=57975578;WS=57975560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	57975910	rs775248	C	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.368;SC=ACCTGTAGTCCTAGCTACTTG;SOR=0.160;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=6;WE=57975918;WS=57975900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr12	57976829	rs189141503	T	C	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.395;SC=GTAACCATGATGACAGGAATA;SOR=0.822;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=79;WE=57976837;WS=57976819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,81:0.59:138
chr12	57977003	rs775249	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=716;ReadPosRankSum=-1.532;SC=TTTCAGGTAGCGTCAGGCTGC;SOR=0.602;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=122;TCF=36;TCR=86;TR=53;WE=57977011;WS=57976993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr12	57977040	rs775250	C	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=310;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CAGGTTGCTTCCCTTCTTGCT;SOR=0.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=22;WE=57977048;WS=57977030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr12	57979190	rs1678536	C	G	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=58;PP=1832;ReadPosRankSum=1.785;SC=AGGCTTGACCCTGAGGGGTCT;SOR=0.623;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=185;TCF=96;TCR=89;TR=128;WE=57979198;WS=57979180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,138:0.70:198
chr12	57985204	rs11537654	C	T	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=107;PP=2755;ReadPosRankSum=0.598;SC=TCCGGGCGGCCGACCCGCTGG;SOR=0.788;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=338;TCF=161;TCR=177;TR=198;WE=57985212;WS=57985194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,214:0.60:359
chr12	57994743	rs775235	T	G	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=80;PP=2965;SC=CTCCTGCTCTTGTGGGCTCCT;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=155;WE=57994751;WS=57994733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	57995089	rs812873	T	C	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=70;PP=2965;SC=AGTATGATGCTAAGAAGAAAG;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=160;WE=57995097;WS=57995079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	58000378	rs703834	G	A	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=70;PP=2965;SC=GGAGGGGCAAGTTGTTTCTAT;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=164;WE=58000386;WS=58000368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	58002573	rs112034303	C	T	3795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=104;PP=2537;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TGTTCCATTTCCACTGAGGGA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=485;TCF=214;TCR=271;TR=186;WE=58002581;WS=58002563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,193:0.38:506
chr12	58002599	rs2306390	C	T	6067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.641;SC=CAACCCCTCGCTCACGGAGCC;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=170;TCR=235;TR=256;WE=58002607;WS=58002588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,259:0.63:413
chr12	58003922	rs10437954	G	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=337;SC=GCAACTCCCCGGACGCGCGCA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=58003930;WS=58003912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	58004070	rs113892147	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
chr12	58008952	rs703833	C	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=8;PP=1394;SC=GGCAACTGGCCGAGGAGGCCT;SOR=3.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=54;WE=58008960;WS=58008942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	58009202	rs2277322	T	C	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=61;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GCTGACCCCATGGTTGGTTGG;SOR=0.933;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=158;TCF=61;TCR=97;TR=96;WE=58009210;WS=58009192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,92:0.60:154
chr12	58009372	rs2277323	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=863;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GAGGGCTGCTGTCTTCCCGAG;SOR=0.878;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=173;TCF=101;TCR=72;TR=71;WE=58009380;WS=58009362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,74:0.41:180
chr12	58010163	rs1564374	A	G	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=59;PP=2599;SC=GGAAGAATTCAGCTTGGAGAT;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=87;TCR=59;TR=146;WE=58010171;WS=58010153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	58017701	rs7314152	T	G	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.849;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1678;ReadPosRankSum=-1.872;SC=CCCAAGGTAATGAGCAGAGGA;SOR=0.509;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=108;WE=58017709;WS=58017691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,113:0.53:215
chr12	58018979	rs1871417	C	T	3557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=-0.849;NF=78;NR=73;PP=2193;ReadPosRankSum=0.476;SC=GGGCATGTTGCATGGTGACAC;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=136;TCR=128;TR=151;WE=58018987;WS=58018969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,161:0.58:279
chr12	58019472	rs774895	T	G	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;NF=52;NR=74;PP=2257;SC=GGGGAGCCTGTTAAGGGGCAG;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=126;WE=58019480;WS=58019462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	58022074	rs12322482	G	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=794;ReadPosRankSum=-2.585;SC=TGGTTGGGGAGGCTGCAGAAA;SOR=0.981;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=58;WE=58022082;WS=58022064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr12	58023012	rs35287199	CTG	C	588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=336;ReadPosRankSum=-1.331;SC=AGTGCCTACTCTGTGTCCCAC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=10;WE=58023021;WS=58023002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr12	58023981	rs715930	C	A	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=76;PP=1935;ReadPosRankSum=-1.192;SC=TGTAAGTGACCAGTTGTAGTT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=362;TCF=170;TCR=192;TR=142;WE=58023989;WS=58023971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,145:0.38:383
chr12	58025813	rs774896	G	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=0.325;SC=GCAAGAGGTAGCCGGAGGCCG;SOR=0.950;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=17;WE=58025821;WS=58025803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr12	58026021	rs2258877	A	G	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1448;ReadPosRankSum=-1.710;SC=GGCTCCCAAGAGCGCTCTCCA;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=241;TCF=137;TCR=104;TR=100;WE=58026029;WS=58026011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,105:0.41:256
chr12	58026159	rs774897	A	T	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1317;ReadPosRankSum=-2.167;SC=CGGTTTCCTCACACACCCGAG;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=203;TCF=81;TCR=122;TR=92;WE=58026167;WS=58026149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,99:0.45:220
chr12	58089413	rs3825078	A	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=662;ReadPosRankSum=0.136;SC=CTCCTTACTGAAAGTCTGGAG;SOR=0.857;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=186;TCF=101;TCR=85;TR=60;WE=58089421;WS=58089403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,65:0.33:199
chr12	58090232	rs72303843	AGTCGG	A	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-2.170;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr12	58090246	rs11172303	C	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=10.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr12	58090301	rs12426511	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=22;PP=554;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATTTCCAGCCGGGCGCAGTGG;SOR=0.473;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=24;WE=58090309;WS=58090291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr12	58110062	.	T	TG	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=15;MQ=58.84;NF=5;NR=0;PP=40;QD=10.8;SC=ACTGGTGGGGTGGGGGGGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=5;WE=58110070;WS=58110052;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,5:0.25:20
chr12	58120276	rs12318065	C	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	58124534	rs2301551	C	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=331;ReadPosRankSum=0.040;SC=TTCCCCAGCCCTGGCCCCTCT;SOR=1.148;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=27;WE=58124542;WS=58124524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr12	58124803	rs238523	C	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=32;PP=894;SC=AAGCAGTCAACATGGTACAGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=58124811;WS=58124793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	58125438	rs12307841	T	C	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1331;ReadPosRankSum=-1.690;SC=GGAATGGTTATTGGAATCAGT;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=87;TCR=128;TR=90;WE=58125446;WS=58125428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,98:0.41:237
chr12	58127766	rs238526	T	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=6;PP=542;SC=GTAGCCTCCTTAGGGCCTCCC;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=58127774;WS=58127756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	58127967	rs12422249	G	A	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1220;ReadPosRankSum=1.268;SC=CTTGCGGGGAGTGAGGGAGCA;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=92;WE=58127975;WS=58127957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,99:0.43:230
chr12	58129302	rs149789274	A	AC	136	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5857;FS=3.010;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=0.282;SC=CAGCTTTCCAACCCCCCCCCA;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=58129310;WS=58129292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	58135659	rs238530	T	C	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=56;PP=2663;SC=TGCTAGTCCCTGATACACCCA;SOR=1.074;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=93;TCR=56;TR=149;WE=58135667;WS=58135649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	58142854	rs2069506	C	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=8;PP=959;ReadPosRankSum=2.765;SC=AAAACTACAGCCCATCTACCA;SOR=0.604;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=95;TCF=81;TCR=14;TR=49;WE=58142862;WS=58142844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,49:0.51:96
chr12	58144665	rs2069502	C	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=950;ReadPosRankSum=-0.847;SC=CACTCTCCTACTCCCAACCAG;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=58;WE=58144673;WS=58144655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,61:0.60:102
chr12	58149446	rs1689582	C	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=29;PP=1008;SC=CCTTCGCTGGCTGCTCCACCC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=58149454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	58150989	rs35101706	CCA	C	2942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=53;PP=2517;SC=CCGCCAGTTACCACAGTCTCC;SOR=4.375;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=54;WE=58150998;WS=58150979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	58157988	rs4646536	A	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=892;ReadPosRankSum=1.196;SC=AATGGAGACAACAAGATGAGG;SOR=0.912;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=45;WE=58157996;WS=58157978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr12	58163304	rs3216815	CT	C	8344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.27;MQRankSum=2.892;NF=48;NR=104;PP=2963;ReadPosRankSum=0.560;SC=TGAAGGGCCCCTGAGTAGGCC;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=85;TCR=185;TR=152;WE=58163312;WS=58163294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,244:0.57:429
chr12	58165085	rs10877013	C	T	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=905;ReadPosRankSum=0.246;SC=TTGGTCACACCATTGCAGAAG;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=66;WE=58165093;WS=58165075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,69:0.55:125
chr12	58174306	rs923829	T	C	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=48;PP=1005;ReadPosRankSum=0.540;SC=GAAAGGAGCATGGGACAGAGA;SOR=0.964;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=78;WE=58174314;WS=58174296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,81:0.53:153
chr12	58176614	rs10747783	T	C	2994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=48;PP=2153;ReadPosRankSum=-0.868;SC=TGCGCGTGTTTCTGGTCGCGC;SOR=0.683;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=215;TCF=136;TCR=79;TR=127;WE=58176622;WS=58176604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,131:0.57:230
chr12	58177379	rs5798416	CT	C	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=4.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=2.257;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.140;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr12	58177437	rs2014886	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.939;NF=2;NR=27;PP=571;ReadPosRankSum=-1.251;SC=CGTGCAATGGCACGATGTTGG;SOR=2.419;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=29;WE=58177445;WS=58177427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr12	58177943	rs1599932	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=-2.003;SC=GTAGGCAGTTGTAACACAGTG;SOR=0.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=17;WE=58177951;WS=58177933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr12	58196447	rs10783847	G	A	4051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=113;PP=2895;ReadPosRankSum=1.636;SC=AACACCTTCAGGATGTAGCTC;SOR=0.882;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=267;TCF=85;TCR=182;TR=163;WE=58196455;WS=58196437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,169:0.61:279
chr12	58196528	rs10783848	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=33;PP=670;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TAAGGCAGAAGCCTGAGAGTT;SOR=0.866;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=35;WE=58196536;WS=58196518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr12	58203264	rs12582311	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=386;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TTTGCAGTCCATGTACGTAAG;SOR=0.262;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=26;WE=58203272;WS=58203254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr12	58203354	rs3825079	C	T	2846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=52;PP=1714;ReadPosRankSum=2.306;SC=ATTATTTGAACAGTATTGCAC;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=140;TCR=99;TR=127;WE=58203362;WS=58203344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,138:0.54:254
chr12	58204283	rs2172521	T	C	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=58;PP=1896;SC=ACTCCTATTTTAGCACGGCCC;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=91;WE=58204291;WS=58204273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	58208164	rs1021469	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=543;ReadPosRankSum=0.930;SC=CAGCCACAGGGTTAACGTGGC;SOR=1.102;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=32;WE=58208172;WS=58208154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr12	58217927	rs78073833	C	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=970;ReadPosRankSum=1.540;SC=TCCTGTATAACCCTAGGGACC;SOR=0.918;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=71;WE=58217935;WS=58217917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,75:0.37:203
chr12	58335626	rs3751325	A	T	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=64;PP=2300;SC=CTTCTTCACCAGCAACCAGAA;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=78;TCR=65;TR=142;WE=58335634;WS=58335616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	58350631	rs10122	C	T	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=69;PP=2008;SC=GATATGCTCACAGAGACTTTG;SOR=1.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=107;WE=58350639;WS=58350621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	59197223	rs1148531	A	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=173;SC=CCTTGGTGCCAGATTTCCATG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=59197231;WS=59197213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	59199648	rs1497232	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=563;SC=TCAGAGGGGCACCTTAAGTTT;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=59199656;WS=59199638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	59307848	rs72005968	CA	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr12	60127590	rs2706309	A	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=491;ReadPosRankSum=1.835;SC=CTGAGCAACAAAACAACTCTT;SOR=0.936;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=46;WE=60127598;WS=60127580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,46:0.41:113
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chr12	60161941	rs35166468	G	GA	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=438;ReadPosRankSum=0.128;SC=ATGAATCTGGGAAAAGGAGAT;SOR=0.667;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=14;WE=60161949;WS=60161931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr12	60173356	rs3763980	A	T	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=56;PP=1106;ReadPosRankSum=0.800;SC=AAGGCAGAAGACCAGAGAATC;SOR=0.854;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=317;TCF=143;TCR=174;TR=99;WE=60173364;WS=60173346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,105:0.32:333
chr12	62261077	rs34255534	G	GA,GAA	1221.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.41;QD=25.99;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,34,13:0.72,0.28:47
chr12	62698540	.	A	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=-0.755;SC=AACAGCAGACAATAGAAACAG;SOR=1.325;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=16;WE=62698548;WS=62698530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr12	62705960	rs17120331	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	62708442	rs10877825	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	62717783	rs139681009	CT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	62778065	rs2044846	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr12	62783843	rs17097891	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.148;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=-0.740;SC=AAAATAAACACATAAGGTACT;SOR=0.223;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=22;WE=62783851;WS=62783833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr12	62785524	rs1532435	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTGGTGTATATCCTAACATTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=62785532;WS=62785514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	62810962	rs10459254	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=1002;ReadPosRankSum=1.138;SC=CTGGAGGAAAGAAAAAATGAT;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=63;WE=62810970;WS=62810951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr12	62861111	rs6581450	T	C	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=50;PP=1422;ReadPosRankSum=0.613;SC=AAGCTTCAGGTGACGTCAGGA;SOR=0.561;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=106;WE=62861119;WS=62861101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,121:0.67:180
chr12	62883990	rs11393430	C	CT	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=527;ReadPosRankSum=-0.680;SC=AAGAGTTACACTATTGAGGGA;SOR=0.200;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=14;WE=62883998;WS=62883980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr12	62888729	rs7135893	C	T	191.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6512;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TGTATACCTTCTCTTATTTAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=62888737;WS=62888719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr12	62892905	rs4025987	C	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=813;ReadPosRankSum=-2.405;SC=GGCCTTTGCTCAGATGATCAA;SOR=1.277;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=41;WE=62892913;WS=62892895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr12	62902420	rs7294404	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=1.030;SC=TTGTTCTATCCTTTCTTGAAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=62902428;WS=62902410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr12	62926398	rs7957417	G	A	5040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.325;SC=CAACACAGTCGACAGAACAGC;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=126;TCR=187;TR=214;WE=62926406;WS=62926388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,220:0.67:326
chr12	62928633	rs10219555	G	A	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.318;NF=51;NR=31;PP=1116;ReadPosRankSum=-3.425;SC=AGTTAGTAGGGCTGTTTGGGA;SOR=0.959;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=145;TCF=88;TCR=57;TR=82;WE=62928641;WS=62928623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr12	62928747	rs11364534	TA	T	2079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=43;PP=1110;SC=CTGTGTCAGTTAAAAAAAACA;SOR=1.379;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=49;WE=62928755;WS=62928737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	62931846	rs147032464	ATTTGT	A	1399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=987;ReadPosRankSum=0.041;SC=TTGTAAAGTTATTTGTTTTGA;SOR=1.055;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=22;WE=62931858;WS=62931836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr12	62986435	.	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,65:0.21:306
chr12	62986620	rs12357	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=485;ReadPosRankSum=-0.573;SC=TCTTACTGCAGATAATTCTTG;SOR=3.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=22;WE=62986628;WS=62986610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr12	62997180	rs10877887	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AGCGGCTCTCTCCGCAGGACA;SOR=0.799;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=62997188;WS=62997170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	63087901	rs2270482	C	T	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=55;PP=1430;ReadPosRankSum=0.218;SC=CACTGACTACCTCTTCCTTTA;SOR=0.510;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=150;TCF=56;TCR=94;TR=92;WE=63087909;WS=63087891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,98:0.63:156
chr12	63114116	.	G	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=859;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CACGTATTTAGAGAAACAAAA;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=51;TCR=92;TR=67;WE=63114124;WS=63114106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,65:0.46:142
chr12	63328557	rs772580	G	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=-0.543;SC=AGCAGGAGGCGGCGGGGGCCG;SOR=0.407;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=26;WE=63328565;WS=63328547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr12	63359011	rs699595	A	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=614;SC=TGAAAAAAAAAAATCAAACCT;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=63359019;WS=63359001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	63359168	rs699596	G	A	3070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.418;NF=67;NR=65;PP=2055;ReadPosRankSum=1.973;SC=ACCTCATGCCGGAAAATTGGT;SOR=0.588;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=217;TCF=119;TCR=98;TR=132;WE=63359176;WS=63359158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,136:0.60:227
chr12	63359409	rs699597	C	A	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=1122;ReadPosRankSum=0.110;SC=GAAAGGAAAGCCAAGATGACA;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=63;WE=63359417;WS=63359399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,66:0.61:108
chr12	63359549	rs143590555	ACTGCTG	A,ACTG	4467.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=24,24;NR=44,44;PP=1802,1410;SC=TACTAAGGGTACTGCTGCTGC;SOR=0.869;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=68,68;WE=63359562;WS=63359539;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.46:109
chr12	63543549	.	TTTTCTC	T	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=-0.431;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	63543576	.	TCTCA	T	365	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=19;MQ=58.56;NF=16;NR=1;PP=365;QD=21.6470588235;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=17;WE=63543588;WS=63543566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:36,17:0.32:53
chr12	63544209	rs1042615	A	G	8152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=141;PP=2965;SC=AGGCCGACGCAAACATGCCGA;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=138;TCR=141;TR=279;WE=63544217;WS=63544199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr12	63964640	.	GA	G	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=1.020;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.719;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,22:0.23:94
chr12	64011062	rs4105524	A	G	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.267;NF=54;NR=54;PP=1371;ReadPosRankSum=1.172;SC=AAAAAAACCAACTTTATGAAC;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=155;TCR=150;TR=108;WE=64011070;WS=64011052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,110:0.35:315
chr12	64061745	rs11175110	C	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.274;NF=9;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=0.430;SC=TACTAGGCACCCACAAACCCT;SOR=2.219;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=10;WE=64061753;WS=64061735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr12	64078548	rs61935227	G	A	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=4.607;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQRankSum=0.075;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.099;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,40:0.27:150
chr12	64078557	rs61935228	C	T	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.92;MQRankSum=0.078;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,43:0.27:158
chr12	64078612	rs61935229	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.073;NF=38;NR=27;PP=763;ReadPosRankSum=-1.346;SC=TGGTATCGCGGCATGTGGAAT;SOR=0.729;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=196;TCF=109;TCR=87;TR=65;WE=64078620;WS=64078602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,62:0.32:194
chr12	64118558	rs3864455	A	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.680;NF=32;NR=7;PP=586;ReadPosRankSum=1.705;SC=CTCATCAGTTAATTCTGGTAG;SOR=1.058;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=104;TCF=80;TCR=24;TR=39;WE=64118566;WS=64118548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,40:0.37:108
chr12	64383670	rs3741607	T	C	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=1010;ReadPosRankSum=0.708;SC=GTGGTAATTCTGTGTTTCTTC;SOR=0.571;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=184;TCF=116;TCR=68;TR=76;WE=64383678;WS=64383660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,83:0.43:194
chr12	64472803	rs789710	A	T	6433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=118;PP=2965;SC=CCACAGAATCAGTGAAGTCCA;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=94;TCR=119;TR=212;WE=64472811;WS=64472793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr12	64474003	rs56996618	A	G	403.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=331;ReadPosRankSum=-0.523;SC=AGCCTGGGTGACAAGAATGAA;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=18;WE=64474011;WS=64473993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr12	64474023	rs59896917	CA	C	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=0.654;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.643;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr12	64485593	rs5798729	A	ACC	1572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=1392;SC=GAATTGTAAGACTATGATCTA;SOR=4.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=29;WE=64485601;WS=64485583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	64581477	.	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,35:0.15:233
chr12	64587633	rs699638	C	A	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TAACCTTTGGCTCCAGGTTTC;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=73;WE=64587641;WS=64587623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr12	64609562	rs2335390	C	T	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=32;PP=1287;SC=AGAAGTCTGCCATCTCCATCC;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=74;WE=64609570;WS=64609552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	64661209	rs1657057	AT	CC	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=7;PP=194;SC=GCATTTTCAGATCTCCAATCT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=64661218;WS=64661199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	64669018	rs5798743	AT	A	84.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=86;SC=ATAATATATAATAGTCATGTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=64669026;WS=64669008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	64669090	rs1002392	C	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=474;SC=GCTGAAAGACCAGAAGTATCT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=64669098;WS=64669080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	64669270	rs10878132	C	G	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=16;PP=467;SC=GAGACAAGGTCTCATGCTGCC;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=64669278;WS=64669260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	64671412	rs10624687	C	CTA	1516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=1225;ReadPosRankSum=1.812;SC=GCCAGGGCCCCTATATATATA;SOR=0.927;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=30;WE=64671420;WS=64671402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,50:0.78:64
chr12	64679694	.	CA	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=10.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.174;SOR=1.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,24:0.23:105
chr12	64697635	rs10878142	T	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=354;SC=ATGATTACTGTCAGGTTTGTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=64697643;WS=64697625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	64712511	rs7955105	A	G	6280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=97;PP=2965;SC=ACTCATTTCCATTCCCATTGC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=134;TCR=97;TR=231;WE=64712519;WS=64712501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	64803798	rs11175383	A	C	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.488;SC=CCAGAAAACTACAAGTATAAC;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=62;WE=64803806;WS=64803788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,65:0.55:119
chr12	64818598	rs61931552	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-0.569;SC=ATTAATCCATGTTACTTATTG;SOR=0.430;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=29;WE=64818606;WS=64818588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr12	64821982	rs56063305	TA	T	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=2.227;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr12	64827444	rs61931555	T	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=697;ReadPosRankSum=0.813;SC=TGTACATCTATATGACCAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=38;WE=64827452;WS=64827434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr12	64833249	rs10878172	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CACCATTTTGAAATTATGAGT;SOR=0.117;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=5;WE=64833257;WS=64833239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr12	64838715	.	T	C	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=15;MQ=58.2;NF=5;NR=0;PP=54;QD=17.7542425094;SC=ATCACACCACTGTACTCCAGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=64838723;WS=64838714;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,5:0.56:9
chr12	64838922	rs6581565	G	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=957;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GTAGGTATTTGTGAAGCTCAC;SOR=0.766;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=223;TCF=102;TCR=121;TR=72;WE=64838930;WS=64838912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,82:0.35:237
chr12	64858100	rs57810028	A	AT	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=303;ReadPosRankSum=1.203;SC=CCAATCAATGATTTTTTTTTT;SOR=1.230;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=26;WE=64858108;WS=64858090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,38:0.93:41
chr12	64875787	rs7486100	T	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=152;ReadPosRankSum=-0.586;SC=AGATTTATATTCATAGCTATA;SOR=1.516;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=13;WE=64875795;WS=64875777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr12	64879436	rs41292023	G	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=1.718;SC=CTTTCCAAGTGATTTTGTGGT;SOR=0.086;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=64879444;WS=64879426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	64891392	rs146676333	G	GGTT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr12	65004316	rs3741747	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=0.778;SC=TGCCCGGGGCTGCGCGCCGGG;SOR=3.121;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=13;WE=65004324;WS=65004306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr12	65004387	rs3741748	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.420;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,57:0.34:170
chr12	65081940	.	T	C	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=46;PP=2056;ReadPosRankSum=0.028;SC=GATATGCTTCTTCCCTAAAGT;SOR=0.534;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=249;TCF=164;TCR=85;TR=131;WE=65081948;WS=65081930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,140:0.54:261
chr12	65134536	rs1690277	C	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=0.266;SC=TGGATTACTACAGTAGATAAT;SOR=0.193;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=12;WE=65134544;WS=65134526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr12	65146532	rs1147096	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.281;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=297;ReadPosRankSum=1.350;SC=TTTTCTTTAGCGGTGTCTGTA;SOR=1.420;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=24;WE=65146540;WS=65146522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr12	65146676	rs1147095	T	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=270;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AAAGAGAGTCTTGTATGATTC;SOR=1.220;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=19;WE=65146684;WS=65146666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr12	65150485	rs2620733	C	T	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=638;ReadPosRankSum=0.064;SC=TGCTCTTGTCCTAGCTCTTCC;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=102;TCR=98;TR=60;WE=65150493;WS=65150475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,67:0.30:223
chr12	65222347	rs1144426	C	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=195;ReadPosRankSum=1.503;SC=TTCTTTAGAGCCTCTGGAATG;SOR=1.165;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=14;WE=65222355;WS=65222337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr12	65224174	rs61730726	A	G	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=38;PP=1405;ReadPosRankSum=0.265;SC=TGACCTTGGCAGATCATTATT;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=100;WE=65224182;WS=65224164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,107:0.56:190
chr12	65232699	rs3741740	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=369;ReadPosRankSum=0.441;SC=TGTGCTCTAACGTGTAAAGCA;SOR=0.036;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=27;WE=65232707;WS=65232689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr12	65270436	rs7311657	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=193;ReadPosRankSum=1.245;SC=CCAGCTCTAGACTGCAGACGC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=10;WE=65270444;WS=65270426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr12	65460368	rs3782498	A	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=993;SC=AACTTATTCTAATCAAACATT;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=65460376;WS=65460358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	65462429	rs72205564	ATGTGTGTGTG	A,ATG	1838.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5424,0.4576;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19,19;NR=8,8;PP=1057,7;SC=CCAAAAAACCATGTGTGTGTG;SOR=2.409;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=27,27;WE=65462448;WS=65462419;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:44
chr12	65477613	rs150722125	TTTC	T	1188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	65514266	rs7301320	T	C	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=88;PP=2752;SC=TTCTCTGTTGTGCTTTTCTGA;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=181;WE=65514274;WS=65514256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	65609707	rs34604927	G	GT	222.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=2;PP=241;SC=ATTATTTGGTGTTTTTTTTCT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=65609715;WS=65609697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	65633880	rs34562240	GTGAT	G	4140.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=34;PP=2972;SC=ATTATGTCAAGTGATTGATTC;SOR=1.167;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=66;WE=65633891;WS=65633870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	65856899	rs61921506	C	T	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=8;PP=1146;SC=CTGCTTTGTACATGCTTTTCC;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=65856907;WS=65856889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	65881702	rs11175783	C	T	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.41;SOR=1.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	66346121	rs1480469	A	G	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=22;PP=729;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TCTACCTTGCATCCTGTTTTC;SOR=0.973;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=213;TCF=135;TCR=78;TR=72;WE=66346129;WS=66346111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,81:0.35:231
chr12	66517828	rs2464304	T	A	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=30;PP=883;SC=AACTATTAACTCCATGTATGA;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=66517836;WS=66517818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	66531694	rs1185629	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=4;PP=843;SC=CTTTTTTCTCATTAAATTTTT;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=66531702;WS=66531684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	66533329	rs11176056	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-1.086;SC=TTTCCAGGCCAGCGTGTAGGG;SOR=0.818;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=10;WE=66533337;WS=66533319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr12	66546100	rs8793	A	G	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.247;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=37;PP=1101;ReadPosRankSum=1.453;SC=TCTGTTTAAAATCAACGCAAA;SOR=0.954;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=237;TCF=133;TCR=104;TR=94;WE=66546108;WS=66546090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,102:0.39:263
chr12	66605228	rs1152888	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=10;PP=817;SC=TTCCTAAGGAATACTGCTTAA;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=66605236;WS=66605218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	66696255	rs3741605	T	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=548;ReadPosRankSum=0.817;SC=TCAGGTTTTATGTACGCTGGC;SOR=0.463;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=90;TCF=74;TCR=16;TR=40;WE=66696263;WS=66696245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr12	66696410	rs3741604	C	T	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=65;PP=1704;ReadPosRankSum=0.063;SC=CGTACCTGCGCCAACTTCAGG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=162;TCR=155;TR=132;WE=66696418;WS=66696400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,143:0.43:336
chr12	66698438	rs2118139	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=1.827;SC=TAAGTTTGATGAAACTTTGAG;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=9;WE=66698446;WS=66698428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr12	66698461	rs2118140	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=397;ReadPosRankSum=-1.074;SC=AACGGTTTCTAAATAATCTCC;SOR=0.258;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=52;TCR=3;TR=20;WE=66698469;WS=66698451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr12	66698895	rs4430553	T	C	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=-0.673;SC=GAGTTGTTCCTAGACAATGAG;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=47;WE=66698903;WS=66698885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,51:0.39:130
chr12	66698954	rs1971302	C	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=1.778;SC=TTATCATCAACTTTCAGTGTA;SOR=0.351;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=18;WE=66698962;WS=66698944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr12	66704225	rs75770066	A	G	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.219;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=1155;ReadPosRankSum=0.819;SC=GCCTGTGAAGATTTTGAACAA;SOR=0.755;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=244;TCF=127;TCR=117;TR=82;WE=66704233;WS=66704215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,91:0.35:262
chr12	66704273	rs199672632	AG	A	4217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=51;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.751;SC=ACCTTTACTGAGCAAAGTCAA;SOR=0.613;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=195;TCF=51;TCR=144;TR=66;WE=66704284;WS=66704263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,116:0.38:306
chr12	66704276	rs141956990	A	C	4226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=0.135;SC=TTTACTGAGCAAAGTCAACTA;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=299;TCF=158;TCR=141;TR=105;WE=66704284;WS=66704263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,116:0.37:315
chr12	66716618	.	GT	G	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-1.696;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,16:0.17:93
chr12	66717692	rs7969887	T	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=202;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GTCTGAGTAGTAGTTAATGTT;SOR=0.126;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=10;WE=66717700;WS=66717682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr12	66717716	rs7957877	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=286;ReadPosRankSum=1.110;SC=ACAAGTGAAACGGAGACTTTC;SOR=0.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=18;WE=66717724;WS=66717706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr12	66725160	rs1185244	C	T	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=60;PP=1834;ReadPosRankSum=-1.811;SC=GCAGATTTTCCGTCCCCACGG;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=118;TCR=95;TR=133;WE=66725168;WS=66725150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,144:0.62:232
chr12	66725202	rs1168312	C	T	3445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=68;PP=2081;ReadPosRankSum=-1.101;SC=GGACCCAGCACACCGTCAGCA;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=271;TCF=146;TCR=125;TR=152;WE=66725210;WS=66725192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,163:0.55:294
chr12	66731864	rs1168329	C	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=313;ReadPosRankSum=-1.236;SC=TCAAGCCCACCGATAATCAAG;SOR=0.963;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=22;WE=66731872;WS=66731854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr12	66770869	rs149294743	G	C	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=56;PP=2019;ReadPosRankSum=0.373;SC=GCTTTTAAATGAACTGGTGTG;SOR=0.827;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=229;TCF=130;TCR=99;TR=137;WE=66770877;WS=66770859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,150:0.60:249
chr12	66771121	.	T	C	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=16;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=20;MQ=54.16;NF=0;NR=3;PP=48;QD=27.5904041824;SC=TTTTTTTTTTTTTTTGAGACG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=66771129;WS=66771098;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr12	66786073	rs7970076	A	G	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=39;PP=2154;SC=TCTGGGGGACAAAGTAAAGAC;SOR=1.441;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=124;WE=66786081;WS=66786063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	66786091	rs13277	G	C	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=61;PP=2965;SC=GACATACCTTGAGTTCCATAG;SOR=1.128;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=101;TCR=61;TR=162;WE=66786099;WS=66786081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	66786341	rs7970771	G	A	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;SC=AATATACCAAGATACTCCGTG;SOR=1.355;Source=Platypus;TCF=38;WE=66786349;WS=66786331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	66786644	rs2270594	G	A	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=43;PP=1212;SC=TCCCTGTATGGTACTGAATAT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=66786652;WS=66786634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	66814466	rs7397861	C	G	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;PP=1590;ReadPosRankSum=0.046;SC=TTAAGAGAGGCCTTAAAATGA;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=111;TCR=88;TR=103;WE=66814474;WS=66814456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,110:0.52:213
chr12	66814487	rs7397862	C	A	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1411;ReadPosRankSum=0.287;SC=ATCAGAAAATCCATTTTCCTT;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=102;WE=66814495;WS=66814477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,111:0.51:216
chr12	66826527	rs143524823	GAAGT	G	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=382;SC=TGTAGGAACTGAAGTAAGATG;SOR=1.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=66826538;WS=66826517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	66826555	rs6581694	A	G	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=102;SC=TTAAAATCCTAGTAAATTAAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=66826563;WS=66826545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	66849408	rs1038923	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=343;SC=GCCACACTTGTCAACCAGTAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=66849416;WS=66849398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	66856975	.	AAAAT	A	296	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=296;QD=81.25;SC=TCATTTACTTAAAATAAAAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=66856992;WS=66856965;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,4:0.31:13
chr12	66856984	.	G	A	290	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=8;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=29;MQ=58.9;NF=0;NR=3;PP=290;QD=108.257070849;SC=TAAAATAAAAGAAAAGAAAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=3;WE=66856992;WS=66856965;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,3:0.23:13
chr12	66859221	rs12820901	T	C	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=942;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GAACAAATTTTAGAAAACAAA;SOR=0.413;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=61;WE=66859229;WS=66859211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,62:0.65:95
chr12	66909389	rs12316942	C	T	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=38;PP=1747;SC=CCCTCAGGACCCCAACATACC;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=93;WE=66909397;WS=66909379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	66911771	rs11838180	G	T	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CAAAGAAAAGGAACAGAGCTT;SOR=0.645;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=87;WE=66911779;WS=66911761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,89:0.51:174
chr12	66932832	rs66522623	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=475;ReadPosRankSum=0.485;SC=GTATCCCCTATGGATAAGGGG;SOR=1.100;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=28;WE=66932840;WS=66932822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr12	66933149	rs10219689	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=-2.029;SC=TCCTAGGAGACGGTGGGCCCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=5;WE=66933157;WS=66933139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	67701103	rs812325	G	A	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=28;PP=2186;SC=GTGTTATTTGGAGTGGTTTAA;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=78;TCR=28;TR=106;WE=67701111;WS=67701093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	67706466	rs1060350	G	A	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=70;PP=2687;SC=TAGCAGCACTGCTAACCATTC;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=152;WE=67706474;WS=67706456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	68045403	rs10878641	G	A	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=43;PP=1359;SC=TGTAAACTTCGGTATGCTGTT;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=68045411;WS=68045393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	68052178	rs3741644	G	T	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=52;PP=1668;SC=GAGAGTGGGGGAACGCGCTGA;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=95;WE=68052186;WS=68052168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	68552041	rs2234686	TA	T	269.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5692;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=277;ReadPosRankSum=0.921;SC=ACCTGCATTCTAAAAAAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=20;WE=68552050;WS=68552030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr12	68595719	rs10748100	T	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=-0.415;SC=AATCTGCAGATAAAGTACAGA;SOR=1.118;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=18;WE=68595727;WS=68595709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr12	68595787	rs10748101	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=23;ReadPosRankSum=-1.118;SC=ATAAGGATTTAGAATTCTTAC;SOR=0.774;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=4;WE=68595795;WS=68595777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr12	68646521	rs2227491	T	C	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=764;ReadPosRankSum=-1.364;SC=CACACGGCCCTGTTCGTCACA;SOR=0.676;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=211;TCF=112;TCR=99;TR=79;WE=68646529;WS=68646511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,90:0.38:239
chr12	68690765	.	TA	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,12:0.19:62
chr12	68690827	.	A	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=60;ReadPosRankSum=-0.586;SC=TCTCAATTATATACTAAACTG;SOR=2.930;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=8;WE=68690835;WS=68690817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr12	69050346	rs368220197	CA	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.241;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	69113032	rs11177338	A	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=13;PP=838;ReadPosRankSum=0.917;SC=CATTTGTTCCATAAGTTATCT;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=77;TCR=21;TR=59;WE=69113040;WS=69113022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr12	69141678	rs57821268	T	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.454;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr12	69202164	rs937283	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=253;ReadPosRankSum=0.358;SC=GAGTGGAATGATCCCCGAGGC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=19;WE=69202172;WS=69202154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr12	69202326	rs2870820	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=667;ReadPosRankSum=2.748;SC=ACGGTGTCCCCTCTATCGCTG;SOR=0.798;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=45;WE=69202334;WS=69202316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr12	69207162	rs1470383	G	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=235;SC=ATTGGATACTGTCTGTGATCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=69207170;WS=69207152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr12	69265578	rs2228654	A	G	8310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=129;PP=2965;SC=CGATGCTGTAATAACAGTCAG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=157;TCR=129;TR=286;WE=69265586;WS=69265568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr12	69279736	rs2701085	A	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=486;SC=GAACTCTGGTAAGACTAGGAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=69279744;WS=69279726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	69633379	rs2305642	A	G	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=753;ReadPosRankSum=0.882;SC=CGCGGCGGGCAGACCTGCAGG;SOR=0.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=95;TCR=50;TR=62;WE=69633400;WS=69633369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,63:0.42:149
chr12	69645864	rs490872	A	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=20;PP=598;SC=TCTTTTTTTCAGGGGGAGACA;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=69645872;WS=69645854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	69646914	rs2305641	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr12	69652336	rs5798930	G	GT	1262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=26.87;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	69653146	rs2231700	T	C	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=454;ReadPosRankSum=-1.518;SC=TGCTATACACTGTTGTGACTA;SOR=0.600;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=114;TCF=83;TCR=31;TR=40;WE=69653154;WS=69653136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,48:0.39:123
chr12	69667075	rs1463335	T	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=0.507;SC=AATTTCAGGTTGTGGCATTCA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=35;WE=69667083;WS=69667065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr12	69744104	rs686407	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=0.460;SC=AGAATTGAGACTCAATACAAA;SOR=1.432;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=25;WE=69744112;WS=69744094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr12	69753595	rs622656	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=361;ReadPosRankSum=-0.732;SC=GAGGAGTTGACGGTTACTCAC;SOR=2.400;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=69753603;WS=69753588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr12	69753830	rs623853	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.875;SC=CCCCTCTTCCGGGGTGGCTCT;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=43;TCR=87;TR=66;WE=69753838;WS=69753820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,68:0.49:140
chr12	69753847	rs554591	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.349;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=37;PP=854;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CTCTCCCGCCTCGGTTCCTCC;SOR=1.326;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=49;WE=69753855;WS=69753837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr12	69756762	rs10784775	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=465;SC=ACAACCTGTAGTTTTTTTTTT;SOR=2.948;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=18;WE=69756770;WS=69756752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	69759551	rs11286051	AT	A	1763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=811;SC=ATAATTTACTATTTTTTTTCT;SOR=0.886;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=36;WE=69759559;WS=69759541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	69764388	rs2291005	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=0.524;SC=TTTGACATGTATATACTTATT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=69764396;WS=69764378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	69967862	rs547497	G	A	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=988;ReadPosRankSum=-0.178;SC=CATTGGAGGCGAGGGTTTCTA;SOR=0.660;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=158;TCF=90;TCR=68;TR=64;WE=69967870;WS=69967852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,70:0.42:168
chr12	69968829	rs61759370	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=1.250;SC=TAACTCCTTTTATAGACTGAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=69968837;WS=69968819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	69978633	.	GAAAAA	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr12	69979363	rs78079911	C	T	4079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.056;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=101;PP=2389;ReadPosRankSum=-1.472;SC=CTTGCCACCCCACTGCTTCCT;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=112;TCR=163;TR=168;WE=69979371;WS=69979353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,185:0.63:294
chr12	69980028	rs485288	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr12	69980141	rs484319	G	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.908;SC=CTTGTTCTAAGCATTGTTTTA;SOR=0.361;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=16;WE=69980149;WS=69980131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr12	69981862	rs530701	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=358;ReadPosRankSum=0.097;SC=TACTTCCTCTGTCTTTACTAT;SOR=0.701;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=27;WE=69981870;WS=69981852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr12	69987494	rs710773	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=1.729;SC=TAGAATTTCAGCAGTTATTCT;SOR=0.776;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=12;WE=69987502;WS=69987484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr12	69991627	rs710765	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=0.367;SC=ATGGTTCTTACAGAAATCTTA;SOR=0.675;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=15;WE=69991635;WS=69991617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr12	69991733	rs56100203	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=631;ReadPosRankSum=0.520;SC=ATTTTATTGGAATTTTAATCT;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=98;TCR=55;TR=51;WE=69991741;WS=69991723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,57:0.35:164
chr12	69992230	rs143109784	G	GT	1010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.629;NF=4;NR=23;PP=792;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CTTTGTGGCCGTTGTTAAAAG;SOR=0.857;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=14;TCR=78;TR=27;WE=69992238;WS=69992220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,43:0.31:140
chr12	69992301	rs17225328	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=-0.135;SC=ATAACCGTATAAAAGACTCTT;SOR=1.034;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=20;WE=69992309;WS=69992291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
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chr12	70065072	rs3847773	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AGCCTCCCCAAGTAGCTAGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=70065080;WS=70065062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr12	70072479	rs3741755	C	G	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=13;PP=1104;ReadPosRankSum=0.114;SC=TTCTTGGTCTCTAATTAGCGT;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=76;TCR=20;TR=59;WE=70072487;WS=70072469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr12	70078172	rs710714	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=0.160;SC=TTATTGCCCTCGAGCCAAAGG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=70078180;WS=70078164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	70078387	rs11177791	T	C	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=993;ReadPosRankSum=1.163;SC=TGCCAGTTCTTTCTGAAAGAG;SOR=0.521;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=218;TCF=120;TCR=98;TR=77;WE=70078395;WS=70078377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,83:0.36:231
chr12	70078575	rs12425422	T	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=459;ReadPosRankSum=-1.192;SC=TCCCTGTCAATTGGGAAAATC;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=22;WE=70078583;WS=70078565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr12	70088132	rs1158868	C	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=681;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CTGCAATCTGCGTGTGACCTA;SOR=0.663;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=63;WE=70088140;WS=70088122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,67:0.33:201
chr12	70091432	rs775429	T	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=338;SC=AGTACCTGTATACCAAACTTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=70091440;WS=70091422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	70149518	rs76006484	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=315;ReadPosRankSum=0.219;SC=AAGTTTTACTATTTTTAGAAA;SOR=0.098;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=18;WE=70149526;WS=70149508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr12	70188142	rs17107111	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TTGCTTCAATTGTAAACATTT;SOR=0.503;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=12;WE=70188150;WS=70188132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr12	70190408	rs17120917	A	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=499;ReadPosRankSum=1.250;SC=ACGAATTATCAATAAAAATGA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=37;WE=70190416;WS=70190398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr12	70195293	rs10879014	T	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=454;SC=AGTGGAACTTTGGAGAAGAAT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=70195301;WS=70195283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	70272783	rs75388650	C	T	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.639;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=802;ReadPosRankSum=0.651;SC=GAAACAAAAACGCAATGTATG;SOR=0.902;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=127;TCR=64;TR=65;WE=70272791;WS=70272773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,69:0.33:211
chr12	70272919	.	CCTCCTCG	C	1983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=8.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,62:0.25:248
chr12	70272928	.	C	CGGCGGG	2175.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=8.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,62:0.27:231
chr12	70272929	.	T	TG	2190.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,50:0.23:218
chr12	70272930	.	C	CA	2190.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.265;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,52:0.24:218
chr12	70273171	rs7970982	C	T	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=83;PP=1768;ReadPosRankSum=1.225;SC=TGGACCAATCCGTGTCCTCCC;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=405;TCF=192;TCR=213;TR=155;WE=70273179;WS=70273161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,166:0.39:425
chr12	70273276	rs116814265	G	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=397;ReadPosRankSum=-1.276;SC=TTTGCGGAAAGCCTCGGAGCA;SOR=1.053;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=24;WE=70273284;WS=70273266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr12	70273303	rs1240286	C	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=40;PP=1137;SC=CTCTGGCAGGCACCTAGAGAG;SOR=4.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=70273311;WS=70273293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	70274160	rs1240287	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=431;SC=GAGCAGCCCTGCAAAAGTTTC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=70274168;WS=70274150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	70280797	rs1612447	T	C	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=34;PP=1093;SC=AAGACAGTGCTAAATCTCAGT;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=70280805;WS=70280787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	70280913	rs376613022	TA	T	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=212;ReadPosRankSum=-2.515;SC=AACAAATAAATAGTTGGAATA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=70280921;WS=70280903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	70321450	rs1239822	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=9;PP=319;SC=AACCAATTTTCTCTCTCTTTT;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=70321458;WS=70321440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr12	70351684	rs10879065	C	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=674;ReadPosRankSum=0.117;SC=AACCAAAGGGCTGGAAAGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=59;WE=70351692;WS=70351674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,64:0.34:190
chr12	70351905	rs2307086	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=296;ReadPosRankSum=1.100;SC=AGCAACACCCATCAAAAGCTG;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=21;WE=70351913;WS=70351895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr12	70352021	rs2307087	C	T	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=57;PP=1644;ReadPosRankSum=-0.419;SC=CTTTTATTCACTATTTAGGGA;SOR=0.685;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=277;TCF=145;TCR=132;TR=121;WE=70352029;WS=70352011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,129:0.43:299
chr12	70352198	rs35912210	CT	C	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=11;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.810;NF=5;NR=19;PP=236;ReadPosRankSum=0.149;SC=ATTAATCTTCCTTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=24;WE=70352206;WS=70352188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr12	70736113	rs17108008	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TATTCTACTCAGTCAGCATGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=70736121;WS=70736103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	70737853	rs3215328	AT	A	879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.668;NF=12;NR=6;PP=667;ReadPosRankSum=-1.056;SC=GCAACTATATATTAGGATTTG;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=18;WE=70737861;WS=70737843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr12	70740194	rs3817487	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=373;ReadPosRankSum=-0.100;SC=AATACATCCAGTTCCAGTAAT;SOR=0.143;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=21;WE=70740202;WS=70740184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr12	70794186	rs710651	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=537;ReadPosRankSum=-1.476;SC=CTGTTATATCGTAGATTATGC;SOR=0.871;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=28;WE=70794194;WS=70794176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr12	70915347	rs369876	A	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=91;PP=2965;SC=ATAATTGTTTACGCTGTTTAT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=175;WE=70915355;WS=70915337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	70928724	rs582954	A	G	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=39;PP=1368;SC=GCCAGTAATGATCACACTTTA;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=70928732;WS=70928714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	70930061	rs2278346	T	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=1.051;SC=CAGAAAAAGATACTAACACAA;SOR=0.120;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=70930069;WS=70930051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr12	70932572	rs17226374	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=319;ReadPosRankSum=-1.912;SC=CTATTTCTTATTAAAGGCATT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=6;WE=70932581;WS=70932564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	70932573	rs11332712	TA	T	304.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=321;ReadPosRankSum=-1.992;SC=TATTTCTTATTAAAGGCATTC;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=6;WE=70932581;WS=70932564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	70933687	rs919595	A	G	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=0.573;SC=CCATCTTTCAACAAATTATAC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=107;TCR=98;TR=202;WE=70933695;WS=70933677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
chr12	70938176	rs4761221	G	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=633;SC=CTTCTAGAGAGGTTGTACAAT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=70938184;WS=70938166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	70938279	rs10531402	AGAG	A	4805.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.494;NF=36;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.477;SC=TCTCCCCATTAGAGGCTCTTG;SOR=0.997;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=76;WE=70938289;WS=70938269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,123:0.58:213
chr12	70965764	rs1561799	G	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TTTTAATGGTGACTTCATAGT;SOR=0.666;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=195;TCF=105;TCR=90;TR=78;WE=70965772;WS=70965754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,84:0.41:205
chr12	70970449	.	C	G	145	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=19;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=15;MQ=58.26;NF=2;NR=6;PP=145;QD=22.4714015684;SC=AGGTGGGGGGCGGGGGGGGGG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=8;WE=70970457;WS=70970439;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr12	70970464	.	A	G	70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.9999;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=16;MQ=56.19;NF=0;NR=4;PP=70;QD=26.1928031368;SC=GGGGGGGGGAAGGGGGATTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=70970472;WS=70970454;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,4:0.33:12
chr12	70984042	rs1465933	G	A	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=63;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TCAAAAAGGAGATATTACAGA;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=54;TCR=105;TR=94;WE=70984050;WS=70984032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,96:0.58:165
chr12	70989977	rs11178317	T	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=483;ReadPosRankSum=-0.324;SC=CCTGTATCTTTTGGTTATTTT;SOR=0.800;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=30;WE=70989985;WS=70989967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr12	70990136	rs6581949	A	C	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	71002865	rs2717430	T	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.183;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=796;ReadPosRankSum=0.242;SC=GCAAGACCACTGTTCTCTCTT;SOR=0.646;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=215;TCF=118;TCR=97;TR=63;WE=71002873;WS=71002855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,64:0.28:229
chr12	71002893	rs2252784	C	T	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=833;ReadPosRankSum=-0.193;SC=AGAAATAATCCTGAAGTTATA;SOR=0.774;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=215;TCF=109;TCR=106;TR=63;WE=71002901;WS=71002883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,65:0.28:230
chr12	71003360	rs2717431	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=372;ReadPosRankSum=0.913;SC=CTTTGACAGCTGGATAAGCTG;SOR=0.497;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=70;TCR=8;TR=25;WE=71003368;WS=71003350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr12	71003424	rs7961490	G	A	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=847;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GGCAGAAGAAGAAATTTTGCC;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=224;TCF=132;TCR=92;TR=77;WE=71003432;WS=71003414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,81:0.34:237
chr12	71078135	rs7958846	G	C	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=43;PP=1298;SC=AAATAGCTGGGCTAGTACAAA;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=71078143;WS=71078125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	71139664	rs3803036	T	C	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=50;PP=1926;SC=GGTGGTAGCTTTGATCTCAGG;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=105;WE=71139672;WS=71139654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	71158270	rs3751287	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.90;ReadPosRankSum=1.064;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr12	71509607	rs71931636	ACTCT	A	2132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=1310;SC=CAGAGTGTACACTCTCTCTCT;SOR=0.733;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=25;WE=71509618;WS=71509597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	71509652	rs34349223	T	A	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=32;PP=1215;SC=CAGCAAGAAGTAGTTCAACTG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=71509660;WS=71509642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	71509793	rs36021752	A	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=15;PP=300;SC=TTTTGTTATGACAGTCCAAGC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=71509801;WS=71509783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	71509814	rs141855745	G	GTTCCCTGTATAATTTT	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=2900;SC=TAATATAGGAGTTCATTGTTT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=71509822;WS=71509804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	71519096	rs1051344	G	C	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=84;PP=2965;SC=CTGACGATAGGTTGATGCATC;SOR=1.240;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=136;TCR=84;TR=219;WE=71519104;WS=71519086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr12	71523134	rs1051334	A	C	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=25.90;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	71523199	rs143821581	TAA	T	731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.433;NF=2;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=2.360;SC=ACAGGTCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=16;WE=71523209;WS=71523189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr12	71526414	rs2270588	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=312;SC=GTAGGGACTTTAATTGTGAAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=71526422;WS=71526404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	71526709	rs3816942	C	T	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=646;SC=GGTTATTATGCTAAAATACCA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=71526717;WS=71526699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	71531663	rs2270585	A	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=78;SC=TTTAAGGAAGATGTTAAAAAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=71531671;WS=71531658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	71532099	rs2270584	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=40;PP=1114;ReadPosRankSum=1.480;SC=CTCTACAGCTGGGATTATATC;SOR=4.752;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=43;WE=71532107;WS=71532089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr12	71533534	rs3763978	C	G	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=50;PP=1963;SC=ACCGCAGCATCCCAGGAAGCC;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=104;WE=71533542;WS=71533524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	71898516	rs79673104	T	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=449;ReadPosRankSum=-0.905;SC=GGCACATTCTTGTGTTTGTCT;SOR=0.365;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=44;WE=71898524;WS=71898506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,50:0.39:128
chr12	71947173	rs1148985	G	A	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=37;PP=1076;SC=ACATTTTAAGGGAGGAAAACC;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=38;WE=71947181;WS=71947163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	71955394	rs1280603	T	C	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=1;PP=147;SC=TTTTTTATCCTCTAGAGAGTA;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=71955402;WS=71955384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	71960208	rs1797372	G	A	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=16;PP=973;SC=ATCCCATCCAGTTTGTTGGGA;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=71960216;WS=71960198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	71960329	rs1797373	G	A	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=33;PP=1354;SC=AATATTATAGGTTGAAGTGCT;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=71960337;WS=71960319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	71960533	rs1797374	G	A	9302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=138;PP=2965;SC=TGCCATTAGAGCTTGATCAGT;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=170;TCR=138;TR=308;WE=71960541;WS=71960523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr12	71960584	rs1726469	T	C	10791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=173;PP=2965;SC=GTGTGATGCCTGAATGAAAGA;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=195;TCR=173;TR=368;WE=71960592;WS=71960574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr12	72004884	.	G	GA	78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=0.9999;HP=16;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=18;MQ=53.83;NF=1;NR=1;PP=78;QD=40.5;SC=GGCTCTAAGAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=2;WE=72004892;WS=72004874;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,2:0.18:11
chr12	72013832	rs1298463	A	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=41;PP=1789;SC=ATGCAACAAGAGCTTCCAGCA;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=72013840;WS=72013822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	72019989	rs55719302	T	TAC	1653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.93;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,63:0.80:79
chr12	72022556	rs1148996	C	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=306;SC=ACTGTATTGTCTAAAAACCCA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=72022564;WS=72022546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	72023336	.	T	TACACAC,TACAC	43	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2,2;NR=0,0;PP=43,39;QD=23.0;SC=AGAGATACAGTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2,2;WE=72023344;WS=72023326;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:3
chr12	72026872	rs1011331	T	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=609;SC=TCAAACACCGTGGCTTTTGAG;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=72026880;WS=72026862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	72028607	.	TA	T	217	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=3;NR=14;PP=217;QD=13.0588235294;SC=TGAAGCTTGCTAAAAAAAAAA;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=17;WE=72028615;WS=72028597;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,17:0.85:20
chr12	72030252	rs1149006	T	C	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=14;PP=1441;SC=AAAAGTAGCATTAAATTTTTG;SOR=2.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=53;TCR=14;TR=67;WE=72030260;WS=72030242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr12	72666485	rs74594364	A	G	959.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.53;ReadPosRankSum=2.111;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,25:0.93:27
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chr12	72666499	rs79761722	A	G	1505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.02;ReadPosRankSum=1.963;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr12	74932159	rs590352	G	C	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=56;PP=1783;SC=ATCAGCAGCTGCAGCGCTCAC;SOR=1.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=74932167;WS=74932149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	75687185	rs7967562	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=1.174;SC=TAGAAAGCATGTAAGAAATAA;SOR=0.346;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=14;WE=75687193;WS=75687175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr12	75692755	rs7296952	A	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=0.187;SC=TACTGGAAAAATAGAATGAAA;SOR=0.160;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=6;WE=75692763;WS=75692745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	75693520	rs11180451	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=-0.508;SC=ATTTAAATGACACAAACCTAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=3;WE=75693539;WS=75693510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	75693531	rs61932923	A	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=-0.163;SC=ACAAACCTATATAATCTCATT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=75693539;WS=75693510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	75693751	rs7301532	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	75715330	rs10879901	C	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=0.024;SC=TTGGTGCTGGCAAATTTTCAG;SOR=0.871;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=17;WE=75715338;WS=75715320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr12	75785468	rs4393363	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.582;NF=1;NR=14;PP=475;ReadPosRankSum=0.186;SC=AATATCAAGGGTAAAGAAAAT;SOR=1.927;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=15;WE=75785489;WS=75785458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr12	75785481	rs5799221	T	TA	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.191;HP=6;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.796;NF=0;NR=9;PP=484;ReadPosRankSum=-0.329;SC=AAGAAAATGTTAAAAAATTTA;SOR=2.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=9;WE=75785489;WS=75785458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr12	75824460	rs12833944	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=0.153;SC=GAAGAAATTTTATGTAATTTT;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=18;WE=75824468;WS=75824450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr12	75895619	rs2306391	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=-0.705;SC=ATAAAAAATATATCAGTTAAA;SOR=2.956;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=15;WE=75895627;WS=75895609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr12	75900382	rs11540407	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	75900588	rs2070162	A	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=613;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CTCCTTGCTAACAGTTTTATC;SOR=0.488;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=122;TCF=77;TCR=45;TR=51;WE=75900596;WS=75900578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,54:0.40:134
chr12	75900702	rs2704766	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,59:0.36:164
chr12	76424937	rs71716769	TTGC	T	2782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.750;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-4.495;NF=21;NR=68;PP=2985;ReadPosRankSum=1.473;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=1.378;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=121;TCF=26;TCR=95;TR=89;WE=76424947;WS=76424921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,96:0.94:102
chr12	76442907	rs11180815	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=0.175;SC=GGAGAGAAACTTGATATTCAA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=10;WE=76442915;WS=76442904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	76444510	rs4831914	G	A	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=450;ReadPosRankSum=0.759;SC=AAGACTCTTAGAGGCTGGGTG;SOR=1.148;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=28;WE=76444518;WS=76444500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr12	76447792	rs35076461	AT	A	1107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=606;SC=CTAAATGATAATTTTTTTTTC;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=31;WE=76447800;WS=76447782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	76449900	rs1059143	T	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=22;PP=1450;SC=TTTCTTCATCTTTTTTCTCAT;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=68;WE=76449908;WS=76449890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	76450465	rs113043714	TA	T	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
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chr12	76453966	rs4663	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=270;ReadPosRankSum=1.443;SC=TTTCAAGATCGTGAACTTCCT;SOR=0.363;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=15;WE=76453974;WS=76453956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr12	76461137	rs10785227	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr12	76462612	rs10880034	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr12	76762923	rs10656017	A	AAAT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=597;SC=ACCAAATTTTAGTTGGTTGCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=76762931;WS=76762913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	76763092	.	G	GA	114	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=15;MQ=57.54;NF=0;NR=9;PP=114;QD=13.2222222222;SC=CTACATAAATGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=76763100;WS=76763082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,9:0.75:12
chr12	76767065	rs71311107	A	AT	1172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.302;NF=19;NR=7;PP=483;ReadPosRankSum=-0.655;SC=TTTAAATGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.631;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=26;WE=76767073;WS=76767055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr12	76769209	rs7299563	G	A	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=221;SC=TATGGCTCACGATAAACAGTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=76769217;WS=76769199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	76779841	rs3759141	A	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.473;SC=AAATGTTCAGAAATAAGAAAG;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=76779849;WS=76779831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	76786349	rs4761423	G	A	5401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=57;PP=2965;SC=CTCAGCGGCAGTATCTACTTA;SOR=1.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=117;TCR=57;TR=174;WE=76786357;WS=76786339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	77158419	rs1017784	T	C	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=7;PP=551;SC=GGGCCTGGTGTGGTTTTTGAA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=77158427;WS=77158409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	77191444	rs116419514	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=-3.291;SC=GTTTATGGGCCGGTTGCGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=9;WE=77191452;WS=77191434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr12	77199250	rs140164197	AACTTG	A	1413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.689;NF=1;NR=21;PP=993;ReadPosRankSum=0.993;SC=TAATTATTAGAACTTGACTTT;SOR=0.130;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=22;WE=77199262;WS=77199240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr12	77202798	rs10778920	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.49;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	77214681	rs1477748	G	A	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=115;SC=TGATCAAATAGATATAGACTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=77214689;WS=77214673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	77214788	rs2306142	G	A	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=7;PP=1266;SC=TTAGATGACTGGAGGAGTAGT;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=60;WE=77214796;WS=77214778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	77235768	rs33996476	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=1.620;SC=GCACATCTCAACTTTTTATTT;SOR=0.333;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=13;WE=77235776;WS=77235758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr12	77236968	rs1979743	G	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=518;SC=CTTTTGATTCGGAGGTGCCGT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=77236976;WS=77236958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	77239420	rs143729859	AAAAT	A	1795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=1229;SC=ATATTTTGAGAAAATAAATAG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=26;WE=77239431;WS=77239410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	77254207	rs35557984	GA	G	3454.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=2.012;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,160:0.63:254
chr12	77254208	rs201242706	A	G	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1885;ReadPosRankSum=-1.066;SC=TGAAAAGAGGAAAAAAAAAGT;SOR=0.722;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=251;TCF=131;TCR=120;TR=91;WE=77254216;WS=77254197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,88:0.35:250
chr12	77256477	rs2047226	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=634;SC=GAATCAAAAATAAGAAGTAAT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=77256485;WS=77256467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	77256681	rs2047227	T	G	8822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=157;PP=2965;SC=GCTGTGAAATTGAAGTAAATA;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=137;TCR=157;TR=294;WE=77256689;WS=77256671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr12	77424135	rs10862960	C	T	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,103:0.41:251
chr12	77426776	rs753266	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.317;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=0.412;SC=TTTAGTCAAAGTTAACACTAG;SOR=1.835;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=13;WE=77426784;WS=77426766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr12	77438607	rs2242383	T	C	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=97;PP=2965;SC=AGCATCAAAGTATATGATTTT;SOR=2.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=23;TCR=97;TR=120;WE=77438615;WS=77438597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	77449790	rs310791	A	G	5000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=85;PP=2965;SC=CTGTCAACAAACTTAACTGGA;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=163;WE=77449798;WS=77449780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	77966154	rs4761386	G	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=300;SC=CTGTTTCACGGAAATCAACCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=77966162;WS=77966144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	78225110	rs12227066	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=153;ReadPosRankSum=1.683;SC=ATTATATTATTAGCTTTTTAA;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=12;WE=78225118;WS=78225100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr12	78225374	rs10735309	A	G	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=93;PP=2965;SC=TTTGGAACTTACTGAAACAGA;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=96;TCR=95;TR=188;WE=78225382;WS=78225364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	78334053	rs1731740	G	C	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=90;PP=2965;SC=TATTGTCTCTGTTTTCCCTCA;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=143;TCR=91;TR=232;WE=78334061;WS=78334043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
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chr12	78510415	rs11835006	T	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=532;ReadPosRankSum=0.227;SC=TCCCAAAATGTGAAATAAGTG;SOR=0.883;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=30;WE=78510423;WS=78510405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr12	78511755	rs300442	T	C	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=735;ReadPosRankSum=-0.416;SC=CCTTAATTCATACTTTATAAA;SOR=0.374;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=48;WE=78511763;WS=78511745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr12	78513833	rs55670442	T	TATATA	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.054;NF=0;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=0.115;SC=ATGTATAAGGTATATATATAT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=78513841;WS=78513823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	78516235	.	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.946;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,17:0.20:87
chr12	78530979	rs1852464	G	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=46;PP=1412;ReadPosRankSum=0.749;SC=ATTTGTCTCAGTTTAACCTTC;SOR=0.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=94;WE=78530987;WS=78530969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,99:0.62:160
chr12	78531156	rs2290103	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=429;ReadPosRankSum=0.377;SC=GTAAGCGTTGAGGGGGATTAA;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=29;WE=78531164;WS=78531146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr12	78531207	rs300462	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-2.219;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	78534233	rs1726427	A	G	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=-0.673;SC=GTTGTGTAGCAAAATAACGGC;SOR=0.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=24;WE=78534241;WS=78534223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr12	78537016	rs451753	A	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=-1.082;SC=GCTAGATCTAACCCATTTGTC;SOR=0.352;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=15;WE=78537024;WS=78537006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr12	78537138	rs10661027	C	CGGT	1555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.219;NF=3;NR=15;PP=774;ReadPosRankSum=-0.907;SC=AGGCCAAGCGCGGTGGCTCAT;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=18;WE=78537146;WS=78537128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr12	78540174	rs34144410	TA	T	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=0.789;SC=CATTCAGAGGTAAAAAAAAAA;SOR=0.646;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=7;WE=78540182;WS=78540164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr12	78542594	rs444864	T	G	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=845;ReadPosRankSum=-1.389;SC=TACTTGCCTATTCCATTGATT;SOR=0.641;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=28;WE=78542610;WS=78542584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr12	78542602	rs3214877	A	AT	1516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=859;ReadPosRankSum=-1.107;SC=TATTCCATTGATTTTTTTAAT;SOR=0.622;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=17;WE=78542610;WS=78542584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr12	78542699	rs366527	T	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-1.809;SC=TTTCAGCAAATGTAAGTCACT;SOR=0.180;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=14;WE=78542707;WS=78542689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr12	78562687	rs1726431	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=37;PP=1081;SC=AATATAATAGACATCTATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=78562695;WS=78562677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	78569059	rs2442134	G	A	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=17;PP=1190;SC=TTCATGAGCCGATGTGATACT;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=78569067;WS=78569049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	78571186	rs1020461	T	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=329;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CTGTACCAATTATTTTCAGAT;SOR=2.170;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=13;WE=78571194;WS=78571176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	78582362	rs300513	T	C	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=6;PP=1058;SC=TCTGTTTTGATTTTATTTTTT;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=78582370;WS=78582352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	78582566	rs400289	A	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=39;PP=1125;SC=AGGTAAAAGCAATAATGAAAA;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=78582574;WS=78582556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	78590946	rs300498	A	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=440;SC=GAGGACAAAGAGTGCTATTCC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=78590954;WS=78590936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	78590983	rs300497	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TCCTATTAGTATAAATTTATC;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=10;WE=78590991;WS=78590973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr12	78591249	rs981213	C	A	345.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=0.737;SC=CTTCTTGTACCTGTATGCATT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=78591257;WS=78591239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr12	78592992	rs11272983	ATGGGAACATTATTAC	A	1170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.934;NF=3;NR=13;PP=2930;ReadPosRankSum=-0.742;SC=ACCAATTGAAATGGGAACATT;SOR=0.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=16;WE=78593014;WS=78592982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr12	78598891	rs9971904	G	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=72;PP=1798;ReadPosRankSum=0.635;SC=AGCACATTCCGCAAACTGACA;SOR=0.860;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=67;TCR=101;TR=119;WE=78598899;WS=78598881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,124:0.68:183
chr12	79611374	rs2037743	C	T	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=651;ReadPosRankSum=-0.920;SC=TGCCAAGCAACGCCACAGAGC;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=193;TCF=91;TCR=102;TR=59;WE=79611382;WS=79611364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,60:0.30:199
chr12	79611536	rs2400390	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=0.291;SC=GGAAAGAAAGTAGAACTCCGT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=79611544;WS=79611526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	79685913	rs2272500	C	A	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=57;PP=1390;ReadPosRankSum=0.511;SC=ATAACCAGGTCTGAAGTGGAG;SOR=1.079;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=121;TCF=32;TCR=89;TR=75;WE=79685921;WS=79685903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,77:0.62:124
chr12	79747487	rs1732664	T	C	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=51;PP=1518;SC=ACTCCCCACTTCTTAATTGAT;SOR=4.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=57;WE=79747495;WS=79747477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	80014907	rs2307223	A	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr12	80014927	rs114414439	T	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=948;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TGTTGTGTAATTGCATCTTCT;SOR=0.371;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=48;WE=80014935;WS=80014917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr12	80169497	rs5799439	TA	T	68.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=0.674;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr12	80175764	rs2111687	G	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=224;SC=ACAGGTTCGTGAGTAAAGCAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=80175772;WS=80175754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	80189344	rs17299883	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=204;ReadPosRankSum=-1.628;SC=AAGAAATTATTAGTATGTATT;SOR=0.191;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=15;WE=80189352;WS=80189334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	80201271	rs34190005	TTA	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=209;SC=AGTACTAAGATTATATACCCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=80201280;WS=80201261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	80216060	rs3849223	C	A	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=38;PP=1165;SC=TATATAAAGACGTTGGATAAC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=80216068;WS=80216050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	80613570	.	CT	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr12	80626970	rs1451105	T	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=437;SC=GTCATAGCTTTGGGAAAATTT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=80626978;WS=80626960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	80632596	rs143126749	TTG	T	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.008;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,16:0.18:90
chr12	80645734	rs11438265	A	AT	524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=584;SC=CAAGTATGCAATTTTTTTGCA;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=20;WE=80645742;WS=80645724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	80645799	rs2100258	A	T	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.97;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	80647155	rs10862083	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.900;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=-1.808;SC=ATGCGTAGGTATTCAACAGAA;SOR=0.100;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=9;WE=80647163;WS=80647145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr12	80648399	rs7295623	C	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=17;PP=579;SC=TTTCTTTAGACTGGGGAGAAA;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=80648407;WS=80648389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	80650276	rs147846753	T	TCAAA	557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=620;SC=TTTCTTTACATCAAACAAACA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=80650284;WS=80650266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	80655692	rs10778721	G	A	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=18;PP=1733;SC=AATATCTGAAGGTTATGAACA;SOR=2.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=77;WE=80655700;WS=80655682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	80660499	rs7313132	T	C	93.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=5;PP=90;SC=TATTTCTTATTGTCTTTACTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=80660507;WS=80660489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	80661187	.	A	AT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.431;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	80661189	rs11114377	T	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=-0.385;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.105;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr12	80663825	.	GA	G	251	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5025;HP=13;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=15;MQ=60.96;NF=18;NR=6;PP=251;QD=10.6666666667;SC=GAAATTCAGGGAAAAAAAAAA;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=24;WE=80663846;WS=80663815;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr12	80663952	rs11114378	G	A	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.127;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1378;ReadPosRankSum=-2.032;SC=CTTAAAAGATGTTTTCCTGAA;SOR=0.757;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=165;TCF=86;TCR=79;TR=96;WE=80663960;WS=80663942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,108:0.56:193
chr12	80665397	rs4483657	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=587;ReadPosRankSum=-2.784;SC=ACAAAAAGTTAAGGACATTTT;SOR=0.569;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=96;TCF=70;TCR=26;TR=40;WE=80665405;WS=80665387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
chr12	80672064	rs1376384	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=556;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TGGTAAGGAGATCCATTTATT;SOR=0.783;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=44;WE=80672072;WS=80672054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,46:0.35:130
chr12	80704706	rs11114394	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	80707153	rs1037335	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=0.262;SC=CAGTGTTAAGCTGATAATATC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=80707161;WS=80707151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	80707210	rs56658695	A	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=185;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TTTAAATCATAATCAGTATCT;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=11;WE=80707218;WS=80707200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr12	80712307	rs7963215	A	C	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	80712420	rs10778725	G	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=31;PP=1074;SC=TCTGTTTGCCGAGAAGCAGTG;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=80712428;WS=80712410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	80722385	rs71094975	C	CT	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.360;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
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chr12	80747242	rs7297767	A	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=667;ReadPosRankSum=0.427;SC=AGTTGGAACTATTCTTCACAG;SOR=1.038;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=152;TCF=57;TCR=95;TR=50;WE=80747250;WS=80747232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,55:0.33:165
chr12	80749392	rs6539501	A	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=-2.875;SC=TCTGAGAAAAACAATAGACTT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=80749400;WS=80749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	80750741	rs5799468	G	GA	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.224;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=2.016;SC=AAGGATCTAGGAAAAAAATCT;SOR=2.212;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=22;WE=80750749;WS=80750731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr12	80752660	rs2034528	A	G	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=104;SC=TGAAAACCTTATTATGCCAAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=80752668;WS=80752650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	80760032	rs4842349	G	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=920;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TTGTGTTGCTGATGTGTATAC;SOR=0.779;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=58;WE=80760040;WS=80760022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,61:0.73:83
chr12	80760470	rs34113015	GT	G	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=17;PP=501;SC=ATTAGTATCTGTTTTTTCACT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=80760478;WS=80760460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	80761430	rs1551118	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr12	80761465	rs2717482	G	A	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=26;PP=1091;SC=ATAACCATACGGGCTTTCACA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=80761473;WS=80761455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	80762163	rs57527553	T	TCC	1397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.118;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=4.528;NF=6;NR=49;PP=932;ReadPosRankSum=0.406;SC=TTGGAAAATGTCCCCCCCCAC;SOR=1.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=18;TCR=147;TR=55;WE=80762171;WS=80762152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,63:0.27:230
chr12	80762246	rs10778730	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.999;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.480;NF=2;NR=21;PP=395;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GTTACATTTTGAAGTATCTGA;SOR=2.018;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=23;WE=80762254;WS=80762236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr12	80765683	rs5799469	TGAA	TAA,T	157.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TATTTTTCTATGAAGGCTTTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=80765695;WS=80765673;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:10
chr12	80765685	rs201680829	AAG	A	154.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=-1.542;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	80765687	.	G	A	216	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=216;QD=62.6928031368;SC=TTTCTATGAAGGCTTTGTGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=80765695;WS=80765673;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr12	80765741	rs1037336	C	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=13;PP=814;SC=TTTTCTAGTACAAGAGAACAT;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=80765749;WS=80765731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	80765800	rs1551122	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=267;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TCTTTCTAGAATGAAGGGATT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=25;WE=80765808;WS=80765786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,26:0.27:96
chr12	80765933	.	C	G	135	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=135;QD=28.2952020912;SC=AATTCAATTCCTATGATGCAA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=6;WE=80765953;WS=80765923;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	80765945	.	G	A	135	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=135;QD=56.5904041824;SC=ATGATGCAAAGAGAGAAACAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=3;WE=80765953;WS=80765923;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr12	80771067	rs73141186	A	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=-0.014;SC=TTGTAAGCCAACAAACTGCCA;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=30;WE=80771075;WS=80771057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr12	80771813	rs2717477	G	A	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=942;ReadPosRankSum=-0.027;SC=TAGACTGTACGTGCCAGTGGA;SOR=0.850;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=162;TCF=69;TCR=93;TR=73;WE=80771821;WS=80771803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,80:0.47:172
chr12	80816492	rs4482093	C	T	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=52;PP=1989;SC=TCTCTGGAATCGAGTTGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=80816500;WS=80816482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	80818876	rs10746164	A	G	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=38;PP=1382;SC=GGGACTGAAAAGAAGCCATCC;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=69;WE=80818884;WS=80818866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	80818964	rs10746165	G	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=408;SC=AGAGAGAAATGGTTGTATTTA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=80818972;WS=80818954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	80821391	rs61127339	C	CT	1083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=600;ReadPosRankSum=0.507;SC=TATTTCACTCCTTTTTTTTTG;SOR=0.884;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=36;WE=80821399;WS=80821381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,46:0.90:51
chr12	80821446	rs7294514	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=684;SC=TGTGCCACTTTGTTAATGTAG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=80821454;WS=80821436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	80828629	rs4128302	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	80828679	rs4128303	C	G	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=1;PP=200;SC=GCTTTTTAAACTTTGGAAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=80828687;WS=80828669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	80838012	rs10746166	T	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=7;PP=458;SC=TTGAGTAATATGGGCTCATTA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=80838020;WS=80838002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	80849328	rs4482094	G	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=33;PP=1160;SC=TTCAGTTGTAGCAGCTGAAAC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=72;WE=80849336;WS=80849318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	80855597	rs4499068	T	C	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=39;PP=2027;SC=TAATCCTAAATGGAGAAAAGT;SOR=1.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=79;TCR=39;TR=118;WE=80855605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	80855803	rs7137294	G	A	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=91;PP=2811;SC=AGGTCAGTGCGTGCAGTGCGC;SOR=1.078;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=159;WE=80855811;WS=80855793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	80862722	rs11614073	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTAAAAGACTCTAAGATTGAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=80862730;WS=80862712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr12	80878174	rs7311413	T	A	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=14;PP=1485;SC=ATATTTTTAATTTCCCCCTTT;SOR=2.139;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=65;WE=80878189;WS=80878164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	80878181	rs56351124	C	CT	3165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=35;NR=16;PP=2025;SC=TAATTTCCCCCTTTTCTTTTC;SOR=1.997;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=51;WE=80878189;WS=80878164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	80889165	rs145970310	T	TTTG	995.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=889;SC=AAAACAATGTTTTGTTGTTGT;SOR=2.833;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=17;WE=80889173;WS=80889155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	80889829	rs10778752	T	A	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=34;PP=1196;SC=TCAACCCACGTTGGAGAAAGT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=80889837;WS=80889819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	80890325	rs56929349	T	TG	4545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.45;NF=5;NR=59;PP=2934;SC=GCTTTTGTTTTCTTTGTTTGT;SOR=1.250;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=64;WE=80890333;WS=80890315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	80899901	rs11114486	C	A	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=33;PP=1098;SC=TGGAATCATACAAAAATATAC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=80899909;WS=80899891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	80900397	rs12824064	C	G	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=50;PP=2046;SC=CTAGTACACTCAAAGGTGAAG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=114;WE=80900405;WS=80900387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	80933465	rs2222752	G	A	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=111;SC=ATGATAAATAGTAAAATCGAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=80933473;WS=80933460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	80933734	.	A	G	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=27;QD=15.4428031368;SC=GTATGTAAACAAAAAACACTA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=80933742;WS=80933724;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr12	80935300	rs11114502	A	T	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=903;SC=AGGGTAACTGATGATTTTTGT;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=80935308;WS=80935290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	81009907	.	CAT	C	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=65;QD=37.5;SC=TAGATACATGCATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=2;WE=81009916;WS=81009897;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr12	81062958	rs11114558	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=791;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TGTTGTTTTACGATTGTGTTA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=44;WE=81062966;WS=81062948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr12	81063264	rs1163041	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.707;SC=AAGGGGGGGACGAGAGAACAT;SOR=0.486;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=25;TCR=86;TR=59;WE=81063272;WS=81063254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr12	81066851	rs950124	A	G	236.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=195;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AGAAGAAACTATTAGAATTTA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=81066859;WS=81066841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	81110765	rs1163261	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=282;ReadPosRankSum=1.136;SC=GGATTTGCCCATCGGCGGAGG;SOR=0.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=20;WE=81110773;WS=81110755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr12	81226432	rs12297928	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.63;ReadPosRankSum=-1.556;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr12	81226436	rs12311734	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.94;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	81329536	rs2682818	A	C	6089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=113;PP=2965;SC=CACAGGGTAAACCTGCTTGTC;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=107;TCR=113;TR=220;WE=81329544;WS=81329526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	81533078	rs2107415	G	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=412;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TCTTGCTTATGGTAATATGCT;SOR=0.247;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=28;WE=81533086;WS=81533068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr12	81624720	rs1950100	T	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=322;SC=AGGGGTTATATTTCAATGTAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=81624728;WS=81624710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	81655692	.	CT	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.269;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr12	81676690	rs117109468	T	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.567;SC=TTGAGCTAAGTGAAGGTTTAC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=8;WE=81676698;WS=81676680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr12	81688958	rs1882188	C	G	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=151;SC=CCCTAGAGGACATAGATGCAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=81688978;WS=81688948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr12	81695836	rs10862288	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	81696399	rs1921053	G	A	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=69;PP=2747;SC=GTGGAAAAACGGATCAGATGG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=78;TCR=69;TR=147;WE=81696407;WS=81696389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	81746835	rs2060206	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=1;PP=474;ReadPosRankSum=0.483;SC=CTAGTAATTACATTTTTAGTA;SOR=0.582;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=64;TCF=59;TCR=5;TR=25;WE=81746843;WS=81746825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr12	81751813	rs11835074	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=0.286;SC=AAAAATGAAACTATGTATTTA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=4;WE=81751821;WS=81751803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	81762478	rs10506275	G	C	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=592;ReadPosRankSum=0.763;SC=AAATATTCATGTGATTTTACC;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=80;TCR=31;TR=45;WE=81762486;WS=81762468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr12	81769581	rs10862301	C	T	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.232;SC=GAACCTGCCGCAGGATAGCTT;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=252;TCF=130;TCR=122;TR=95;WE=81769589;WS=81769571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,98:0.36:270
chr12	81833745	rs2272083	G	T	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1356;ReadPosRankSum=-2.330;SC=AAGTGTGGCAGGTTACCTCCT;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=126;TCR=119;TR=102;WE=81833753;WS=81833735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,112:0.42:267
chr12	82617279	rs7304928	G	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=1.740;SC=ATGAAAGCTTGTTTGAAGGAA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=82617287;WS=82617269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr12	82617343	.	C	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.975;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.074;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=383;ReadPosRankSum=-1.795;SC=CCAAATTAAACAGAACTCTTA;SOR=1.427;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=24;WE=82617351;WS=82617333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr12	82747128	rs17774157	A	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=662;ReadPosRankSum=-0.846;SC=CATTAGCAACAAACAGTAGAT;SOR=0.761;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=39;WE=82747136;WS=82747118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr12	82751955	rs6539662	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TTATATCCTAAAACTTAGCAA;SOR=1.661;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=15;WE=82751963;WS=82751945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr12	82752543	rs112592060	T	G	4713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=83;PP=2258;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GAAGTCAGCGTCGGAGACGGA;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=75;TCR=126;TR=134;WE=82752551;WS=82752533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,134:0.66:203
chr12	82752559	rs113882703	T	G	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=62;PP=1677;ReadPosRankSum=-0.207;SC=ACGGAGGCCCTGCCCTCAGAG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=58;TCR=100;TR=97;WE=82752567;WS=82752549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,98:0.61:160
chr12	82752633	rs4882530	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=0.559;SC=GGGCGGGAAGGGAGGCGGAGG;SOR=0.275;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=22;WE=82752641;WS=82752623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr12	82783668	rs10778908	C	T	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=33;PP=1342;SC=CAGAGCTGATCAGCAGTATTG;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=83;WE=82783676;WS=82783658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	82792666	rs10506872	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=612;ReadPosRankSum=1.051;SC=CTTCAAATACCAATACTCATG;SOR=0.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=38;WE=82792674;WS=82792656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr12	82792787	rs4296098	C	A	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=34;PP=1618;SC=AAGGAAAGTGCAAAATAAAGT;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=84;WE=82792795;WS=82792777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	82792942	rs10506873	A	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=829;ReadPosRankSum=-1.287;SC=ATTCTCAGCCACATCAAGAAG;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=58;WE=82792950;WS=82792932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,64:0.57:112
chr12	82824891	rs73153530	T	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TTTTGTGCATTGGAAATTATA;SOR=0.481;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=82824901;WS=82824881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr12	82828426	rs10683876	T	TATAAG	4148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=21;PP=2974;SC=TTATAAATCTTATAAGACTCA;SOR=1.721;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=51;WE=82828434;WS=82828416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	82832418	rs2717448	G	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=437;SC=ACAGTCACGTGTGGTTCCAAC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=82832426;WS=82832408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	82850427	rs2731290	A	G	93.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	83324499	rs10746259	G	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=448;SC=CTTTGTTTCGGGCCACATCAT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=83324507;WS=83324489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	83358930	rs2403023	A	G	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=58;PP=1655;SC=ACCTCTTTCCATATTTGAAAA;SOR=1.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=84;WE=83358938;WS=83358920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	83424455	rs11115554	A	T	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=7.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr12	83525962	rs7970515	T	C	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=31;PP=1118;ReadPosRankSum=1.651;SC=GGCCTCCTAATTGTTTTCCTT;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=79;WE=83525970;WS=83525952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,87:0.61:143
chr12	85261005	rs79714331	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=429;ReadPosRankSum=-1.585;SC=AAAATGAGACTCTATTCAGAG;SOR=0.903;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=30;WE=85261013;WS=85260995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr12	85438499	rs3765044	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr12	85439774	rs2305102	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=354;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TTCTTTAATCATTGGTACTCA;SOR=0.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=30;WE=85439782;WS=85439764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr12	85449465	rs7974418	T	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=1.447;SC=AAGCATTTGTTGCCTATCAAA;SOR=0.743;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=22;WE=85449473;WS=85449455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr12	85451017	rs6539881	G	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GCTCTTTAAAGTATAACTTTT;SOR=0.648;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=13;WE=85451025;WS=85451007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr12	85466723	rs17012533	G	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=888;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TGTTGACAATGCAGGGTTCTG;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=73;WE=85466731;WS=85466713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,88:0.45:194
chr12	85492094	rs34798402	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=0.520;SC=GTCTGGAAGACTGTATGACAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=85492102;WS=85492084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	85531790	rs168615	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CTTAAAATACATTAAGTGTAC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=85531798;WS=85531780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	85554331	rs2404773	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr12	85638645	rs5799725	GA	G	782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=285;ReadPosRankSum=1.605;SC=TGTGAACAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.717;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=28;WE=85638653;WS=85638635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr12	86229843	rs1349061	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=401;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CCACAAAACACATACTTTCAC;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=18;WE=86229851;WS=86229833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr12	86229880	rs144771248	GAC	G	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.484;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,12:0.14:84
chr12	86268015	rs2234762	C	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=0.462;SC=AATGTCTGTACAATCAATGAC;SOR=0.582;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=8;WE=86268023;WS=86268005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	86270609	rs112838319	G	GA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=2.380;SC=TTTCCTTTTTGAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=4;WE=86270617;WS=86270599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr12	86270629	rs35124959	GT	G	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=0.094;SC=ATTTCTTTTAGTTAAAAGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=86270637;WS=86270619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	86272378	rs58553548	A	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=386;ReadPosRankSum=0.308;SC=TAATATGATTATAGTTACACT;SOR=0.492;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=25;WE=86272386;WS=86272368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr12	88177722	rs1796320	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=701;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TTGTTTCCACGGCAGTTTGCT;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=41;WE=88177730;WS=88177712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,42:0.42:101
chr12	88177791	rs1675574	C	T	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=36;PP=1134;ReadPosRankSum=1.050;SC=TGCAGGAAGGCGCAGTGCGGC;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=226;TCF=136;TCR=90;TR=94;WE=88177799;WS=88177781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,102:0.43:238
chr12	88178271	rs112316052	TGCC	T	3160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.656;NF=6;NR=41;PP=1833;ReadPosRankSum=0.239;SC=AGGCCGCTGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.686;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=132;TCF=8;TCR=124;TR=47;WE=88178281;WS=88178261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,86:0.47:184
chr12	88379566	rs10858676	A	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=354;SC=CAAGCTGTCAAGAAATTCCAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=88379574;WS=88379565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	88380094	rs10777084	T	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=329;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CTTACCTCTCTGCATTCCAGA;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=25;WE=88380102;WS=88380084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr12	88381506	rs11104705	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=0.321;SC=TAATTCTTAGTTCTGAATAAT;SOR=1.314;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=9;WE=88381514;WS=88381496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr12	88389467	rs55922307	G	GT	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=338;ReadPosRankSum=0.093;SC=GTTTCCTTTTGTTTTTTCTTC;SOR=0.874;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=12;WE=88389475;WS=88389457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr12	88453608	rs2471512	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=426;SC=GGATCTACTTCCAGTTTTTCC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=88453616;WS=88453598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	88454594	rs11405846	T	TA	1202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=15;PP=633;SC=ATGATCACATTAAAAAAAATT;SOR=1.312;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=26;WE=88454602;WS=88454584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	88473049	rs2468245	C	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=43;PP=1293;SC=TAAAGGAAAACTGACATTTTA;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=88473057;WS=88473039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	88478316	rs11356711	TA	T	431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=455;SC=AGCATTTGCTTAAAAAAACTA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=17;WE=88478324;WS=88478306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	88483272	rs10717563	TA	T	4237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=107;PP=2581;SC=TGCCTGATATTAAAAAAAATA;SOR=1.884;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=131;TCF=8;TCR=123;TR=113;WE=88483280;WS=88483262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	88496838	rs2471532	C	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=545;SC=TTTTTCTGGTCAAGCACTAGC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=88496846;WS=88496828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	88505078	rs2468255	T	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=1037;ReadPosRankSum=2.841;SC=AAACAACATTTGATCCTTCTG;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=57;WE=88505086;WS=88505068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr12	88522823	rs71082425	A	AC	4480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=48;PP=2340;SC=CTAAAAGACAAAGTTATTTCA;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=54;WE=88522831;WS=88522813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	88522936	rs79458642	C	CTTA	385.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=241;SC=CGTATTCATACTTATATACAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=88522944;WS=88522926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	88525014	rs113132803	A	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=-0.804;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.227;SOR=1.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	88546982	rs2468229	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=0.712;SC=AGATATTAATATCTTTAATGG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=88546990;WS=88546972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	88547277	rs2468230	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=27;PP=847;SC=ACCCAATACATACAGAAGCAG;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=88547285;WS=88547267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	88582871	.	AT	A	24	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9996;HP=16;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=24;QD=13.5;SC=AGCTTACTTAATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=88582879;WS=88582861;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr12	88891089	rs147512667	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=-0.267;SC=ACTTATATAGCAGAAAAGAAC;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=88891097;WS=88891079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr12	88900246	rs10506953	G	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-1.860;SC=ATCTTTTATGGCAATAACTCC;SOR=0.132;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=88900254;WS=88900236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	88910307	rs2291557	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=0.148;SC=AAATAGTCTTCAGACTTAACT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=88910315;WS=88910297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	88926072	rs4842477	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GAAAAAAAAGCCTGCAAGTCA;SOR=0.191;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=9;WE=88926080;WS=88926062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	88926290	rs11428619	C	CA	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=2.257;NF=3;NR=24;PP=290;ReadPosRankSum=0.484;SC=CCTACAGAGACAAAAAAAAAA;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=27;WE=88926298;WS=88926280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr12	89743223	rs704075	G	A	7172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=118;PP=2965;SC=TGTCATAGGCGTCGTTCATCG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=249;TCF=130;TCR=119;TR=248;WE=89743231;WS=89743213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr12	89744773	rs770087	A	C	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=905;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CAATGCAGGGAGAACTCGGCT;SOR=0.850;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=52;TCR=95;TR=71;WE=89744781;WS=89744763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,79:0.50:159
chr12	89745477	rs2279574	C	A	4781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=116;PP=2927;ReadPosRankSum=0.777;SC=AGCCCGAGCACCGACTCGCCG;SOR=0.623;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=472;TCF=243;TCR=229;TR=228;WE=89745485;WS=89745467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,238:0.48:496
chr12	89853408	rs4842658	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=16;PP=488;SC=AAAAAAACCCGACTTACTGTG;SOR=2.226;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=89853416;WS=89853398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	89853694	rs7953615	G	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=11;PP=403;SC=GATCATTTTGGTAAGGTTGAA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=89853702;WS=89853684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	89860689	.	C	CA	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=352;ReadPosRankSum=1.982;SC=GTTAGTCCTCCATAATAAGAC;SOR=0.741;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=10;WE=89860697;WS=89860679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr12	89861265	rs9308287	C	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=4;PP=1197;SC=CTTCATGGTACTAATTAAAAT;SOR=4.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=46;WE=89861273;WS=89861255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	89864432	rs10777167	T	A	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=129;SC=ATCACATAGCTCTAAGCTTCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=89864440;WS=89864422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	89866054	rs59139895	TAGAAAGAAGA	T	9084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=87;PP=2981;SC=GGTGAAAATCTAGAAAGAAGA;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=38;TCR=100;TR=120;WE=89866071;WS=89866044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	89916811	rs2230283	C	T	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=77;PP=2965;SC=TGCTCAGGTACCTCTGCACAT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=107;TCR=77;TR=184;WE=89916819;WS=89916801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	89917518	rs2230281	A	G	7161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=103;PP=2965;SC=GGGCTCCCCTATCTGCATATA;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=137;TCR=103;TR=239;WE=89917526;WS=89917508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr12	89995053	.	TA	T	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.316;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,19:0.20:97
chr12	90015270	rs17381270	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=0.699;SC=CTTACATATAGTCTGATCATT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=90015278;WS=90015261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	90028901	rs1050395	T	C	7569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=808;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=0.787;SC=TAAACTGTTTTTCCTTACTCC;SOR=0.613;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=750;TCF=388;TCR=362;TR=332;WE=90028909;WS=90028887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:441,354:0.45:795
chr12	91334194	rs4520662	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=543;SC=AGTAGACTCCTTGAATAGGAA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=91334202;WS=91334184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	91365503	.	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=-1.366;SC=TTTCCCTACACGAATAAAAAA;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=9;WE=91365511;WS=91365493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
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chr12	92816525	rs73222027	G	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=2.312;SC=CATTTTCTTGGTTTGAATTCT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=92816533;WS=92816515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	92818482	rs12580153	C	T	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=46;PP=1276;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TCCTTTCATTCCTCTATTTAC;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=103;TCR=89;TR=99;WE=92818490;WS=92818472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,111:0.53:210
chr12	92818786	rs1515565	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TTTTGTCCAAAAATTTTAAAT;SOR=0.577;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=21;WE=92818794;WS=92818776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr12	92821674	rs61935211	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=0.610;SC=GGGCGACAGAACGAGACTCCG;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=92821682;WS=92821664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	92821860	rs11284604	CT	C	2943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.353;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.254;NF=12;NR=34;PP=1705;ReadPosRankSum=1.759;SC=TAATTAACCCCTGTTACTTAC;SOR=0.412;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=46;WE=92821868;WS=92821850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,89:0.50:177
chr12	93100366	rs17020629	G	A	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1152;ReadPosRankSum=0.325;SC=CAACTCATACGTCTTCTGGAA;SOR=0.557;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=152;TCF=85;TCR=67;TR=77;WE=93100374;WS=93100356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,82:0.51:162
chr12	93147907	rs9669519	A	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=677;ReadPosRankSum=-1.428;SC=TCCACGTGCCAGAGCTGCTAG;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=38;WE=93147915;WS=93147897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr12	93150102	rs924326	T	C	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=502;ReadPosRankSum=0.944;SC=AAAGAACACATGGCAGAAAAC;SOR=0.722;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=45;WE=93150110;WS=93150092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr12	93155399	rs372330753	GAAGAAAGAAAGA	G	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.53;MQRankSum=1.733;QD=24.63;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr12	93155535	rs1504907	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=4.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,59:0.51:116
chr12	93163775	rs113934851	AT	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr12	93192869	.	G	GA	120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=17;MQ=60.24;NF=1;NR=9;PP=120;QD=13.2;SC=AAGCCTGAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=10;WE=93192877;WS=93192859;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,10:0.30:33
chr12	93196422	rs10745623	T	G	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=53;PP=1747;SC=TTCAGGATTTTTTTTTCTTCC;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=92;WE=93196430;WS=93196412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	93206878	rs3925797	G	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=841;SC=ATCTGTAACAGCATTTACAAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=93206886;WS=93206868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	93236402	rs7300619	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=18;PP=452;SC=ACTAAATTGTCTAAAAGATAA;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=93236410;WS=93236392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	93247775	rs3065021	G	GATA	1203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=945;SC=AAAAGGAAAAGATAATACTGT;SOR=2.147;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=18;WE=93247783;WS=93247765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	93251311	rs114169104	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr12	93289284	rs56326442	GA	G	301.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr12	93397725	rs17020888	T	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=443;ReadPosRankSum=-1.265;SC=ATTATACCTCTTACGTCTCCC;SOR=1.148;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=22;WE=93397733;WS=93397715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr12	93609340	rs7305552	A	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=428;SC=TTCCCAATTCAACAGTTGGGG;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=93609348;WS=93609330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	93721664	.	T	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=326;ReadPosRankSum=0.338;SC=GAGCTTTTCATGATTCTTAAT;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=21;WE=93721672;WS=93721654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr12	93721949	rs11380531	A	AC	768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=20;PP=820;SC=TGAAGTCCTAACCCCAGTACT;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=21;WE=93721957;WS=93721939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	93862989	rs4761720	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GGTATGCTTAGAAGCAGATTC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=16;WE=93862997;WS=93862979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr12	93863162	rs4761721	C	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.18;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr12	93863170	rs4761722	C	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.44;ReadPosRankSum=0.924;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	93864474	rs1552861	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=1.475;SC=TCCTACTTGTAAGTTAGAACA;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=8;WE=93864482;WS=93864464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	93881574	rs139138639	C	CT	212.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=8;PP=127;SC=CTATGTTGTACTTTTTTTTTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=93881582;WS=93881564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr12	94253033	rs10859603	T	A	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=19;PP=1655;SC=AATTGTTTTTTAAAAAGCTAT;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=78;WE=94253041;WS=94253023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	94543506	rs2230754	C	T	7794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.925;NF=185;NR=212;PP=2962;ReadPosRankSum=1.273;SC=CCTACAACTACACGAGCGGCG;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=859;TCF=401;TCR=458;TR=397;WE=94543514;WS=94543496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:472,406:0.46:878
chr12	94562802	rs2361358	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=249;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TAGTCTAAGAGAATATATGTG;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=14;WE=94562810;WS=94562792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr12	94562875	rs2361359	C	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=831;ReadPosRankSum=0.932;SC=ATAATGAGAACTATTGTTGTT;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=85;TCR=24;TR=45;WE=94562883;WS=94562865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr12	94563134	rs3214968	A	AT	833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=1.774;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr12	94575157	rs3794220	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=24;SC=AGCGAGATTCCGTCTCAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=94575170;WS=94575147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	94603249	rs2610671	G	A	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=16;PP=1855;SC=CACTGTACAAGGTCTGGCATT;SOR=2.706;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=85;WE=94603257;WS=94603239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	94603300	rs2305971	C	T	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=50;PP=1644;ReadPosRankSum=1.579;SC=AACTAATGCACGTATGGGGTC;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=225;TCF=134;TCR=91;TR=121;WE=94603308;WS=94603290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,128:0.54:238
chr12	94620264	.	AT	A	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	94621058	rs2291333	T	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=521;ReadPosRankSum=2.341;SC=TGTCTTTGAATGACCATGACC;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=53;WE=94621066;WS=94621048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr12	94621138	rs2291332	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-0.729;SC=TCCCTTTTGTGTCTTTGGTTT;SOR=2.780;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=13;WE=94621146;WS=94621128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr12	94634187	rs66824619	T	C	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=517;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TGAAATTCATTTGCTGTCACC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=52;TCR=4;TR=27;WE=94634195;WS=94634177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr12	94637557	rs864106	C	T	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=85;SC=AAAAGATTCCCAAAATTGTCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=94637565;WS=94637547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	94645255	rs2230757	A	G	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=72;PP=1951;ReadPosRankSum=0.502;SC=TTCCTTCCACATGGTATTTTC;SOR=0.679;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=304;TCF=164;TCR=140;TR=154;WE=94645263;WS=94645245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,163:0.51:319
chr12	94648103	rs11107483	C	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=305;ReadPosRankSum=-0.099;SC=GCAGGTTTGGCCCATGTAGCC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=14;WE=94648111;WS=94648093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	94648493	rs7980141	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=730;ReadPosRankSum=-0.365;SC=AACTGTAAAGATTGCTATTTG;SOR=0.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=55;WE=94648501;WS=94648483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr12	94649103	rs865569	T	C	7976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=154;PP=2965;SC=TTCCGAAGGTTGAGTCTTGAA;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=126;TCR=154;TR=280;WE=94649111;WS=94649093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr12	94653227	rs2306664	T	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=730;ReadPosRankSum=0.575;SC=CTATCATCTCTATTATTATTA;SOR=0.987;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=46;WE=94653235;WS=94653217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr12	94671565	rs832507	A	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=19;PP=2375;SC=CGATACTATCATCAAGCCTTT;SOR=3.084;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=103;TCR=19;TR=121;WE=94671573;WS=94671555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	94671592	rs1880936	C	T	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=24;PP=1226;ReadPosRankSum=0.523;SC=AGCCTGGCCCCGTGCTAAGCC;SOR=0.849;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=196;TCF=140;TCR=56;TR=89;WE=94671600;WS=94671582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,97:0.47:208
chr12	94671743	rs832506	G	C	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=118;PP=2965;SC=CTGAGCCCTAGGCAAATCAGA;SOR=1.500;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=66;TCR=118;TR=184;WE=94671751;WS=94671733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr12	94671922	rs11341959	CA	C	9789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=155;PP=2983;SC=TCCTTAAAACCAAAAAAAACA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=221;TCF=60;TCR=161;TR=207;WE=94671930;WS=94671900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
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chr12	94688232	rs1880934	C	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.920;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
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chr12	94698880	rs3803071	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=201;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TTACCACTCACAGCATCAGGT;SOR=0.260;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=12;WE=94698888;WS=94698870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	94729577	rs4761605	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=0.275;SC=CTTCAAGAAACTAGGTTGTGT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=19;WE=94729585;WS=94729567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr12	94761701	rs12426243	T	C	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=79;PP=2137;ReadPosRankSum=1.049;SC=AATCTGCTAATCTGTTCTCGA;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=286;TCF=123;TCR=163;TR=135;WE=94761709;WS=94761691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,148:0.49:305
chr12	94769758	rs4761611	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-0.307;SC=CTTTTTCCAAACGTTCTGCCC;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=29;WE=94769766;WS=94769748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr12	94972290	rs2270893	C	T	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=942;ReadPosRankSum=0.476;SC=GCAGCTGGTCCTCCAGTCGCT;SOR=0.509;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=76;TCR=91;TR=72;WE=94972298;WS=94972280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,78:0.42:186
chr12	94975799	rs3747553	G	A	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=71;PP=2087;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TATTGAAAACGAACACAGGTG;SOR=0.630;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=150;TCR=154;TR=140;WE=94975807;WS=94975789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,144:0.45:319
chr12	94976084	rs3747552	T	C	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=69;PP=1591;ReadPosRankSum=1.342;SC=GCTGCTTGTCTGCGTTGTTCA;SOR=0.695;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=281;TCF=147;TCR=134;TR=133;WE=94976092;WS=94976074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,135:0.46:291
chr12	94976383	rs3747550	T	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=373;ReadPosRankSum=0.200;SC=ACAGAATCTATGCACATACAA;SOR=0.082;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=18;WE=94976391;WS=94976373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr12	95044161	rs1274523	A	C	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=39;PP=2054;SC=CGGCCGGGGTACGAGTAGGTC;SOR=1.150;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=105;WE=95044169;WS=95044151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr12	95322133	rs2033092	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=241;ReadPosRankSum=0.178;SC=TCACATACATCGCATTATCTA;SOR=0.807;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=17;WE=95322141;WS=95322123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr12	95390810	rs7973115	G	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CTAAAATTCTGTGATTTATGT;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=95390818;WS=95390800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	95396669	rs6538588	A	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=34;PP=963;SC=AAATAAAGTGAGAGTAACAAC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=95396677;WS=95396659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	95397552	rs835044	T	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=45;PP=1271;ReadPosRankSum=0.186;SC=CAGAAGGTTCTCACGCGAACG;SOR=5.421;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=47;WE=95397560;WS=95397542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr12	95434116	rs249141	T	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=0.949;SC=GATTTGTCATTTGAATGACAC;SOR=0.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=95434124;WS=95434107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	95475444	rs143543201	G	GAT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.995;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr12	95488339	rs55905327	GA	G	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=7.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.947;QD=3.01;ReadPosRankSum=1.333;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr12	95500693	rs370928013	CAAAACAA	C	2471.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.89;MQRankSum=0.000;QD=25.22;ReadPosRankSum=3.620;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr12	95500700	rs10694512	A	AAAC	820.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.96;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.712;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,26:0.27:95
chr12	95500727	rs7138545	C	G	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.608;NF=78;NR=47;PP=2024;ReadPosRankSum=-2.858;SC=CAGATGCACACACCTTCATTC;SOR=0.904;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=295;TCF=180;TCR=115;TR=125;WE=95500735;WS=95500717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,113:0.38:296
chr12	95502064	rs55931865	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=277;ReadPosRankSum=1.559;SC=TGATAAACAGATACAGATGGT;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=95502072;WS=95502054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
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chr12	95531442	rs11829776	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=268;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CAGCAATTCTTTGTTGTTCAG;SOR=0.725;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=14;WE=95531450;WS=95531432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
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chr12	95639261	rs7979908	G	A	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AAACTCTTTTGGGAAAAACTG;SOR=0.624;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=169;TCF=102;TCR=67;TR=81;WE=95639269;WS=95639251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,84:0.46:181
chr12	95645575	rs56075446	G	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=297;ReadPosRankSum=1.461;SC=TATTATAACAGATAATTCAGT;SOR=0.191;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=21;WE=95645583;WS=95645565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr12	95651093	rs3751272	T	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GAATTTGTTTTGCTATCAATT;SOR=0.375;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=95651101;WS=95651083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	95651888	rs6538624	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=0.098;SC=TATTATTTTTTGGCTGACTAA;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=8;WE=95651896;WS=95651878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr12	95656936	rs12305760	A	G	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=82;PP=1824;ReadPosRankSum=0.283;SC=TGTGCTCTCCATTGTAAAGGC;SOR=1.176;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=220;TCF=79;TCR=141;TR=120;WE=95656944;WS=95656926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,122:0.54:228
chr12	95668437	rs3816838	G	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=690;ReadPosRankSum=0.698;SC=TAAAGATTAGGGAATGTGATA;SOR=0.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=87;TCR=20;TR=48;WE=95668445;WS=95668427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,49:0.45:108
chr12	95676053	rs3215007	T	TG	593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.148;NF=10;NR=6;PP=533;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GACCAATATTTTTATTGATCT;SOR=0.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=16;WE=95676061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr12	95694394	rs14121	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=438;ReadPosRankSum=0.377;SC=ACTTTTGGTGGTGAGGAGGAA;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=27;WE=95694402;WS=95694384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr12	95702385	rs11107973	T	C	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=64;PP=1114;ReadPosRankSum=0.039;SC=TTTTTTGGTATGTGTGCCTAC;SOR=1.221;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=181;TCF=63;TCR=118;TR=93;WE=95702393;WS=95702375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,98:0.52:189
chr12	95876908	rs55909014	G	A	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=18;PP=1890;ReadPosRankSum=-0.655;SC=ATTGAATAGAGCAAATACTTG;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=212;TCF=174;TCR=38;TR=103;WE=95876916;WS=95876898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,106:0.48:222
chr12	95878579	rs111254343	A	AT	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.829;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.210;NF=7;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TGTGCAAATAATTTTTTTTTA;SOR=1.031;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=20;WE=95878587;WS=95878569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,41:0.41:99
chr12	95878751	rs301036	T	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=426;SC=ATCATTTCTGTAACAAGCCAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=95878759;WS=95878741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	95889033	rs68079125	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=-0.203;SC=CTCATTTCATTAGGAAAGGTG;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=20;WE=95889041;WS=95889023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr12	95889923	rs17024311	A	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=747;ReadPosRankSum=1.237;SC=TGAGCACTTTAAGGTCTTTTA;SOR=0.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=53;WE=95889931;WS=95889913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr12	95890064	rs139217604	T	TTTTG	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-0.647;SC=AAGGTTGTTTTTTTGTTTGTT;SOR=0.074;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=4;WE=95890072;WS=95890054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	95897997	rs2769469	T	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=22;PP=751;SC=TTGTCGAGTGTTTTCTTTGGG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=95898005;WS=95897987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	95906603	rs3794261	C	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=776;ReadPosRankSum=0.353;SC=CAATTGAAACCTTTGGTAGTA;SOR=0.645;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=55;WE=95906611;WS=95906593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr12	95927762	rs3812813	T	C	11771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=229;PP=2965;SC=TCTCCAGTTGTGTTATCATTC;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=420;TCF=190;TCR=230;TR=419;WE=95927770;WS=95927752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr12	96077486	rs148907075	C	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,56:0.59:95
chr12	96184102	rs11108265	G	A	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=44;PP=1324;SC=GGGAGGAGCCGGGAGCAGCCG;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=57;WE=96184110;WS=96184092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr12	96260947	rs7960706	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=376;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GTTTTGAATGAAAGACAAGTC;SOR=0.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=25;WE=96260955;WS=96260937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
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chr12	96346717	rs59309593	C	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TAAAAAAAATCATCGTTCCAT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=96346725;WS=96346707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
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chr12	96356280	rs5800239	A	AC	1104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.542;NF=2;NR=21;PP=789;ReadPosRankSum=0.520;SC=CTCACCCCAGACCAAGAGCTG;SOR=0.853;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=23;WE=96356288;WS=96356270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
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chr12	96359426	rs4762658	C	G	4219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=91;PP=2865;ReadPosRankSum=-1.024;SC=ACAAAAGCTCCCATTCTAGAG;SOR=0.671;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=423;TCF=236;TCR=187;TR=201;WE=96359434;WS=96359416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,211:0.48:438
chr12	96360350	rs1025606	A	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=0.458;SC=TGAGGCCTAAATCCCTTTTCC;SOR=0.854;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=29;WE=96360358;WS=96360340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr12	96367900	rs2230885	G	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=4;PP=750;ReadPosRankSum=0.063;SC=AGAACTGAATGATACAATGGA;SOR=1.559;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=40;WE=96367908;WS=96367890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
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chr12	96372026	rs11454735	A	AT	35.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5433;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=0.319;SC=GAAGCAGGTCATTTTTTTTCC;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=96372034;WS=96372016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	96374554	rs6538693	G	A	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	96374563	rs6538694	T	C	10104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr12	96374614	rs7297245	C	T	5793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=108;PP=2965;SC=CCTCCAGAAACTGTCTCTCCC;SOR=0.977;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=92;TCR=108;TR=200;WE=96374622;WS=96374604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	96374672	rs6538695	T	C	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=62;PP=1949;SC=TTGAAGATAATGTTTGCTGGT;SOR=1.462;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=102;WE=96374691;WS=96374662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	96374683	rs6538696	C	T	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=501;ReadPosRankSum=1.208;SC=GTTTGCTGGTCACTTCAAGTA;SOR=0.879;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=36;WE=96374691;WS=96374662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr12	96374750	rs2270318	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-1.271;SC=TACAAATGTGGGGTGGAGGGA;SOR=0.307;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=12;WE=96374758;WS=96374740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr12	96379806	rs3213737	G	A	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=59;PP=1787;ReadPosRankSum=0.570;SC=CACAAAACACGTAACCAAATA;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=135;TCR=117;TR=129;WE=96379814;WS=96379796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,137:0.52:263
chr12	96380975	rs11108364	A	G	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=44;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.056;SC=TCTGCGTCCCATTGATGAGTG;SOR=0.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=208;TCF=105;TCR=103;TR=90;WE=96380983;WS=96380965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,93:0.42:220
chr12	96381788	rs4762262	C	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=44;ReadPosRankSum=0.560;SC=TACAGGCATCCGCCACCATGC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=96381796;WS=96381778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr12	96384345	rs17676826	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=349;ReadPosRankSum=1.038;SC=AGTTCAAGAGTACTGCATTCT;SOR=2.093;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=17;WE=96384353;WS=96384335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
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chr12	96411397	rs12049939	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr12	96415888	rs11108379	G	A	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.023;NF=71;NR=52;PP=1620;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GTAGTTTACCGCCAATGAAAA;SOR=0.761;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=253;TCF=143;TCR=110;TR=123;WE=96415896;WS=96415878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,132:0.49:268
chr12	96641016	rs35332676	C	T	4010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.844;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=83;PP=2604;ReadPosRankSum=0.986;SC=CTGGAGGAGCCGCCCGAAGAC;SOR=0.513;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=283;TCF=133;TCR=150;TR=165;WE=96641024;WS=96641006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,177:0.59:301
chr12	96653501	rs4762144	C	T	5884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=92;PP=2965;SC=GTTTGCTTTACTTCCCAGACA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=118;TCR=92;TR=210;WE=96653509;WS=96653491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	96653535	rs144750378	G	A	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=52;PP=1434;ReadPosRankSum=1.405;SC=TTCTGACTCCGAGTCCACTGC;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=98;TCR=101;TR=103;WE=96653543;WS=96653512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,104:0.51:204
chr12	96694162	rs10777781	G	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	96883245	rs3825265	G	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=338;SC=GAGCATCATTGTTTTCTGGAC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=96883253;WS=96883239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	96894453	rs7959697	A	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GGAAGCAATAATTTTAACTGT;SOR=0.197;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=6;WE=96894461;WS=96894444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr12	96912598	rs11108564	G	A	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=3;PP=671;SC=TTTTTGGTTTGAGTAATCAGC;SOR=3.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=30;WE=96912606;WS=96912588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	96927498	rs2160500	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	96927778	rs5800251	GT	G	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.178;NF=13;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=-1.132;SC=TATCCTCCTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=27;WE=96927786;WS=96927768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr12	96927817	rs2111146	C	T	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.007;NF=47;NR=29;PP=960;ReadPosRankSum=-0.146;SC=TACTAATTAACGTGTGGGATA;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=95;TCR=61;TR=76;WE=96927825;WS=96927807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,77:0.50:153
chr12	96927972	rs2160501	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.173;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=1523;ReadPosRankSum=0.378;SC=AGGACAGTCAACTCAAATTTA;SOR=0.393;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=46;WE=96927994;WS=96927962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr12	96927986	rs2160502	A	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr12	96929200	rs11453356	A	AT	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=184;ReadPosRankSum=0.180;SC=CATTTGTGTCATTTTTTTAGC;SOR=0.434;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=10;WE=96929208;WS=96929190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr12	96948405	rs11832238	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=498;ReadPosRankSum=-1.137;SC=CTATTTTTGTGTGTTTTGATA;SOR=0.158;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=37;WE=96948413;WS=96948395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr12	96958190	rs3825266	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.948;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=318;ReadPosRankSum=0.189;SC=TATTTAAAAAATATTTCCTCT;SOR=1.675;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=17;WE=96958198;WS=96958180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr12	96974367	rs17323927	G	A	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=58;PP=1871;ReadPosRankSum=-0.521;SC=CATTTTTCTCGTCGGCAGGTC;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=274;TCF=165;TCR=109;TR=143;WE=96974375;WS=96974357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,147:0.52:284
chr12	96988037	rs815896	C	G	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=34;PP=2733;SC=CACCTATGTTCAATCTGAGTA;SOR=1.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=90;TCR=34;TR=123;WE=96988045;WS=96988027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	96992404	rs141243872	T	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=277;ReadPosRankSum=-1.524;SC=ACAAAAATCATTGTGATTCTA;SOR=0.223;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=24;WE=96992412;WS=96992394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr12	96992494	rs815890	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=0.127;SC=ATACTGCGAGCTTTGAAAGTA;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=22;WE=96992502;WS=96992484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr12	97020673	rs10507074	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=281;ReadPosRankSum=0.119;SC=AAAAATTTCATCTTATGGTAG;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=21;WE=97020681;WS=97020663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr12	97024016	rs35205059	TG	T	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=281;ReadPosRankSum=0.404;SC=TTTTAGGTAATGAAATTAAGA;SOR=0.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=97024024;WS=97024006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr12	97043961	rs11108616	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=1.257;SC=TTTTAGTTGTGACTTTGAGAT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=12;WE=97043969;WS=97043951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr12	97045481	rs74447642	C	T	2411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.833;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=62;PP=1357;ReadPosRankSum=1.469;SC=CTTGATAAAACATTTCCTATT;SOR=0.539;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=236;TCF=93;TCR=143;TR=105;WE=97045489;WS=97045471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,119:0.46:257
chr12	97045672	.	GT	G	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5338;HP=12;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=28;QD=12.3333333333;SC=AGTAGAAACTGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=97045680;WS=97045662;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr12	97051632	rs10710617	AT	A	652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=6;PP=389;SC=GAAATTACACATTTTTTTTTT;SOR=2.387;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=97051640;WS=97051622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	97051927	.	G	GA	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.429;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr12	97079041	rs7974435	C	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	97079041	.	CCG	GCA	1255	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=23;PP=1255;QD=54.5194947859;SC=GGAAGGATCCCCGTACTAGCT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=97079051;WS=97079031;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	97079043	rs7974634	G	A	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	97085107	rs4762319	A	C	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.43;SOR=2.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	97098415	rs10860069	C	T	83.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=82;SC=AATTACTTTTCCAATAAAAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=97098423;WS=97098405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	97098549	rs11108643	T	C	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=10;PP=881;SC=TCAGGAAAACTTCTTACCAGT;SOR=1.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=42;WE=97098557;WS=97098539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	97102578	rs7968231	G	A	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=40;PP=1599;SC=ACCAAACTTGGAAGGTAATTG;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=97102586;WS=97102568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	97102700	rs10581594	TTATA	T	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=431;ReadPosRankSum=0.291;SC=TTCTCTATGCTTATATAATGA;SOR=0.560;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=10;WE=97102711;WS=97102690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr12	97136218	rs7978894	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=-0.947;SC=ATTGTTTAGGTCACTGAAAAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=7;WE=97136226;WS=97136208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr12	97136239	rs1990828	G	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=7;PP=513;SC=AAAGATGACAGTGAGTTTTTA;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=97136247;WS=97136229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	97136268	.	G	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr12	97136445	rs7979135	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.169;SC=ATATATTTTATTATGTTAATG;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=97136453;WS=97136435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	97147503	rs1420649	G	C	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=28;PP=1396;ReadPosRankSum=0.080;SC=CTTCCCCACCGAACTGTTTTT;SOR=0.525;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=180;TCF=126;TCR=54;TR=88;WE=97147511;WS=97147493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,91:0.47:194
chr12	97151077	rs1019336	C	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=1.173;SC=AGCTCTCTTCCAGAACTTCCA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=97151085;WS=97151067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	97158126	rs10860094	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr12	97158772	rs58414715	C	CT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=0.598;SC=TATGAATTCACTTTTTTCACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=97158780;WS=97158762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	97205762	.	T	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.023;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=822;ReadPosRankSum=1.000;SC=TAGAGGAATATTATATTGCAG;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=25;TCR=70;TR=45;WE=97205770;WS=97205752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr12	97254620	rs1420653	G	A	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=67;PP=2441;SC=TCTCACTGCCGTCTATATTCA;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=148;WE=97254628;WS=97254610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	97303522	rs11108735	A	G	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=650;ReadPosRankSum=0.781;SC=GTTTTAAACTATTTGTAGGCG;SOR=0.562;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=46;WE=97303530;WS=97303512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr12	97303682	rs34499067	TA	T	406.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr12	97303744	rs61407297	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=0.471;SC=ACCACTGTCAATGAAACTTTT;SOR=1.148;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=13;WE=97303752;WS=97303734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr12	97311376	rs11333833	CT	C	119.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.30;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	97311541	rs4762339	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=1.932;SC=AAAATCTTCATGAAAAAATGG;SOR=0.180;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=19;WE=97311549;WS=97311531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr12	97311584	rs56818741	T	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CTTACCAAGCTTTTATTTTTG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=97311592;WS=97311574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	97328714	rs1610921	TGCTTATAA	T	787.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.045;NF=15;NR=1;PP=1706;ReadPosRankSum=-0.209;SC=TCCTTATGAATGCTTATAATT;SOR=1.005;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=16;WE=97328729;WS=97328704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr12	97331219	rs67367047	GT	G	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.015;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr12	97337199	rs249579	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=166;ReadPosRankSum=-0.400;SC=ATTGCGGGGTGTATCTGAGAA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=10;WE=97337207;WS=97337196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr12	97339388	rs249589	G	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=713;SC=TTTCAAGTTTGCACATGCCAA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=97339396;WS=97339378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	97345955	rs2304697	A	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=452;SC=GAGTAAAAGGATGATGGGATT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=97345963;WS=97345945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	97639049	rs1012314	T	C	8867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=190;NR=118;PP=2965;SC=TAATGCAGTCTCTCCATTTGT;SOR=1.210;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=191;TCR=119;TR=308;WE=97639057;WS=97639038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr12	97639144	rs1012315	A	G	4774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.988;SC=AAAAAAACTGATTATAGAAGC;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=395;TCF=184;TCR=211;TR=212;WE=97639152;WS=97639134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,224:0.54:416
chr12	97639191	rs74823066	G	A	3316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=91;PP=2246;ReadPosRankSum=0.451;SC=TTCCATCTTGGACATTGGATT;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=284;TCF=108;TCR=176;TR=146;WE=97639199;WS=97639181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,152:0.52:295
chr12	98332667	rs1349300	C	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=773;SC=TTTTTTAAAACACAACTTATA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=98332675;WS=98332657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	98332704	rs1349299	C	G	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=23;PP=1860;SC=AACTCCTTTGCTCAATATTTA;SOR=2.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=69;TCR=23;TR=92;WE=98332712;WS=98332694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	98332904	rs3072891	TCA	T	2172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=40;PP=1857;SC=TTTCTTAGCCTCAGTTTTCTC;SOR=3.745;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=40;WE=98332913;WS=98332894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	98389341	rs1477006	A	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=178;ReadPosRankSum=1.915;SC=CAAGACCCAAAGCAAAAGTTT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=10;WE=98389349;WS=98389331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	98849074	rs117051519	T	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=1083;ReadPosRankSum=-1.365;SC=GGAGCCGCTGTGTGTGAGGAT;SOR=1.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=70;WE=98849082;WS=98849064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,73:0.58:125
chr12	98849314	rs12827746	A	T	4194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=75;PP=2737;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TCTGATATTAAGCCATGACAA;SOR=0.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=382;TCF=225;TCR=157;TR=189;WE=98849322;WS=98849304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,195:0.48:403
chr12	98887013	rs17028385	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=0.773;SC=TCTTTCCCGCATTGCCACTTT;SOR=0.425;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=98887021;WS=98887009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	98897473	rs249820	A	G	3077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=72;PP=1961;ReadPosRankSum=1.743;SC=TGTCTTCAAAATGGTGACTTT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=164;TCR=156;TR=150;WE=98897481;WS=98897463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,157:0.47:337
chr12	98897645	rs2289377	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=291;ReadPosRankSum=0.874;SC=GTGGCGCCCCGCCAGATTACA;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=21;WE=98897653;WS=98897635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr12	98925650	rs3213901	G	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=0.074;SC=CAAATGTATGGAATTTTTTCA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=26;WE=98925658;WS=98925640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr12	98931528	rs12825374	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=202;ReadPosRankSum=0.837;SC=GTGTAGCCTGTGATTACAGCA;SOR=1.143;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=16;WE=98931536;WS=98931518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr12	98938416	.	G	GTT	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5001;HP=13;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=44;QD=10.0;SC=AAATTTACATGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=98938424;WS=98938406;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	98940228	rs34449077	A	AT	2016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=958;ReadPosRankSum=0.733;SC=GGAATTAGGTATTCAGATACA;SOR=0.808;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=28;WE=98940236;WS=98940218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,69:0.55:125
chr12	98985056	rs934930	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CCATGTCAACTTAGCTAGGCT;SOR=0.828;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=22;WE=98985064;WS=98985046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr12	98992264	rs117230192	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=0.674;SC=CAACACAACAGCAATTCACAT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=98992272;WS=98992254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	99007356	rs1048908	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=206;ReadPosRankSum=1.187;SC=ATCTCAATAATGTCAAACTAA;SOR=0.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=20;WE=99007364;WS=99007346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr12	99007623	rs1048906	C	T	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1707;ReadPosRankSum=-1.200;SC=GCTCTGTCACCTTCTAAGCTT;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=220;TCF=114;TCR=106;TR=109;WE=99007631;WS=99007613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,116:0.50:232
chr12	99020688	rs148210292	TGACA	T	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=302;ReadPosRankSum=-2.838;SC=AGAATCAGACTGACAAAGATA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=99020699;WS=99020678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
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chr12	99056125	rs10745833	T	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CTATTTGTTTTAAAAAAAATT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=99056133;WS=99056121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr12	99059900	rs11109564	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
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chr12	99166805	rs2287574	G	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=367;ReadPosRankSum=0.967;SC=CTGTTGAAAGGGGGTGGGTAC;SOR=1.190;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=25;WE=99166813;WS=99166795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr12	99175091	.	AAC	A	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.915;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.301;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,21:0.20:107
chr12	99175840	rs7954506	A	G	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=700;ReadPosRankSum=1.655;SC=ACCAGCAGTCAGTTTACTTCA;SOR=0.665;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=54;WE=99175848;WS=99175830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr12	99447139	rs3794799	C	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.194;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=373;ReadPosRankSum=-0.209;SC=TGTGTCCCAACAACAGAATGC;SOR=0.163;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=30;WE=99447147;WS=99447129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr12	99478626	rs3803094	C	T	1861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1130;ReadPosRankSum=0.938;SC=GTACTAAATACAAATACTCCT;SOR=0.507;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=203;TCF=122;TCR=81;TR=93;WE=99478634;WS=99478616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,95:0.46:208
chr12	99478889	rs7970088	G	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=659;SC=GAGAAAACCAGTGAGTGACCT;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=99478897;WS=99478879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	99638276	rs2712643	C	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=0.180;SC=ATGAAGGGAGCAAATATTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=99638284;WS=99638266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	99639930	rs923724	G	C	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=8;PP=1739;ReadPosRankSum=1.353;SC=TTTCATTCCAGTTGGAGCCGT;SOR=0.482;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=81;TCR=17;TR=52;WE=99639962;WS=99639920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr12	99639944	rs35408837	CT	C	1625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.854;HP=10;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.840;NF=31;NR=19;PP=1762;ReadPosRankSum=1.056;SC=GAGCCGTATGCTTTTTTTTTT;SOR=0.381;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=50;WE=99639962;WS=99639920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,80:0.60:133
chr12	99640557	rs1552759	T	C	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=937;ReadPosRankSum=-0.877;SC=ACTCACAGGCTGGAGAGGATC;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=70;TCR=93;TR=81;WE=99640565;WS=99640547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,86:0.50:172
chr12	100041939	rs34319076	AT	A	1874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.765;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=1979;ReadPosRankSum=1.068;SC=AACTGTCTTGATTTAAAGGAA;SOR=1.083;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=33;WE=100041950;WS=100041929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr12	100041942	rs79915291	T	A	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.597;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=1993;ReadPosRankSum=1.331;SC=TGTCTTGATTTAAAGGAAGAC;SOR=1.045;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=47;WE=100041950;WS=100041929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,51:0.45:113
chr12	100042040	rs11109968	C	G	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1289;ReadPosRankSum=0.752;SC=GAAGCTGCAGCGGCAACTGTA;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=105;TCR=76;TR=84;WE=100042048;WS=100042030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,91:0.48:191
chr12	100042163	rs11109969	A	G	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=64;PP=2090;ReadPosRankSum=0.112;SC=AATGGTAACAATGGGCATCGT;SOR=0.641;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=286;TCF=153;TCR=133;TR=135;WE=100042171;WS=100042153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,137:0.46:295
chr12	100219207	rs7138513	A	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=649;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CAGTGAAGCCAGATCTTGCCT;SOR=0.732;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=51;WE=100219215;WS=100219197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,60:0.53:114
chr12	100480150	.	AG	A	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-1.808;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr12	100552560	rs192532603	G	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1120;ReadPosRankSum=0.964;SC=CTCTTCCTGTGAGCAGTCTCC;SOR=0.470;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=70;WE=100552568;WS=100552550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,71:0.53:135
chr12	100806715	rs11568535	G	T	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.406;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=873;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GTCCCAGGAAGAAGGAAGGAC;SOR=0.948;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=121;TCF=41;TCR=80;TR=59;WE=100806723;WS=100806705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,60:0.47:128
chr12	100813487	rs7967828	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CTAGAGCATCACCTTCCAAAT;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=12;WE=100813495;WS=100813477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr12	100930213	rs17030285	C	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.800;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,75:0.41:183
chr12	101012490	rs7961640	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=829;SC=AATATAAACCGGTACTATTCT;SOR=4.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=101012498;WS=101012480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	101017445	rs1469385	T	C	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=62;PP=2965;SC=GTTTGCCACATTAGAACAAAA;SOR=1.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=103;TCR=63;TR=164;WE=101017453;WS=101017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	101018014	rs1045602	T	C	4891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TGAAACATAATCATATTTCTT;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=391;TCF=181;TCR=210;TR=205;WE=101018022;WS=101018004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,212:0.53:402
chr12	101111183	rs12310954	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.691;SC=CAGCCGCGGAGCGCCCGGGCG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=101111191;WS=101111173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	101133912	rs4764751	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=365;ReadPosRankSum=0.119;SC=TTGGAGATTCGGGACTGGGTG;SOR=0.437;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=19;WE=101133920;WS=101133902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr12	101365007	rs10778090	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AGGTCCATGCATTCTAAGTTC;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=14;WE=101365015;WS=101364997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr12	101365297	rs11110605	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=1.012;SC=CATTAGAGGAGGGAATCTTTC;SOR=2.566;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=13;WE=101365305;WS=101365287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr12	101368417	rs10778094	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=5.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=524;ReadPosRankSum=0.055;SC=AGAAATATCAATGGAAACTGT;SOR=0.788;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=23;WE=101368425;WS=101368407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr12	101433990	rs665071	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.070;SC=TCTTCACAAGAGGAAACTCAT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=101433998;WS=101433980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	101510371	rs349661	T	G	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=26;PP=1585;SC=ACAATTGCAGTGACGTCTGGG;SOR=1.395;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=101510379;WS=101510361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	101550961	.	AAC	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr12	101552075	rs2671444	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=306;ReadPosRankSum=1.388;SC=TGGTTAGTATGTATCTGGGGT;SOR=0.721;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=28;WE=101552083;WS=101552065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr12	101560328	rs164365	C	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=669;ReadPosRankSum=1.088;SC=CTGTGGTTGTCATCAAATTTG;SOR=1.698;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=116;TCF=83;TCR=33;TR=47;WE=101560336;WS=101560318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr12	101581317	rs35400143	CAA	C	4109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.005;NF=10;NR=50;PP=2097;ReadPosRankSum=-0.922;SC=AACAAACCAGCAAAAGACAAC;SOR=0.564;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=132;TCF=15;TCR=117;TR=60;WE=101581326;WS=101581307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,107:0.50:213
chr12	101584210	rs1069475	T	C	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=888;ReadPosRankSum=0.341;SC=CAACTGATGGTTATTAATGAT;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=86;TCR=33;TR=57;WE=101584218;WS=101584200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr12	101587518	rs1709189	C	T	3433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=85;PP=2358;ReadPosRankSum=0.984;SC=ATGATCCCAACTTGAAAAACA;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=169;TCR=186;TR=160;WE=101587526;WS=101587508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,168:0.45:376
chr12	101683929	rs703715	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=344;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CTGATAAAAACGCACTTTTCA;SOR=1.435;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=20;WE=101683937;WS=101683919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr12	101687043	rs2290720	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=497;ReadPosRankSum=1.154;SC=TTACTAAGTTCGGAGTATTTT;SOR=1.040;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=34;WE=101687051;WS=101687033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr12	101701930	rs7975348	T	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.396;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=13;PP=954;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AAATACTGACTGGTCTTCTCC;SOR=1.498;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=57;WE=101701938;WS=101701920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr12	101705433	rs17031260	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.53;MQRankSum=3.134;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	101715202	rs55721648	C	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=0.626;SC=AGTTATTACTCTGTGTACATA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=7;WE=101715210;WS=101715192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	101728166	rs2002895	A	G	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=695;ReadPosRankSum=-0.309;SC=AATTTGGTATATGTATTTGGT;SOR=0.903;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=43;WE=101728174;WS=101728156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr12	101732655	rs56265469	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,44:0.39:114
chr12	101734277	rs7963896	T	C	2024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=18;PP=1392;ReadPosRankSum=-1.021;SC=ATGTTCCTTATATATCCGTTT;SOR=1.163;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=166;TCF=124;TCR=42;TR=86;WE=101734285;WS=101734267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,90:0.53:170
chr12	101734452	rs7977402	C	T	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=90;PP=2063;ReadPosRankSum=0.325;SC=GGTTTAATTGCGAGCAGCAAT;SOR=1.170;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=291;TCF=103;TCR=188;TR=130;WE=101734460;WS=101734442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,133:0.45:296
chr12	101736381	rs2270861	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=0.161;SC=TGTACTATTCATTTTTACTCC;SOR=0.507;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=17;WE=101736389;WS=101736371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr12	101750814	rs10082778	T	A	10481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=167;NR=201;PP=2965;SC=CACTTCCTCCTATATGTTTTA;SOR=0.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=167;TCR=201;TR=368;WE=101750822;WS=101750804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr12	101755683	rs7313312	T	C	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=45;PP=1923;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CTAGATCTTATGTTTTCCTAG;SOR=0.910;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=236;TCF=153;TCR=83;TR=135;WE=101755691;WS=101755673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,137:0.55:250
chr12	101757530	rs2305862	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=33;PP=699;ReadPosRankSum=0.895;SC=AGGTAAGGACGTAAATGCAAT;SOR=1.246;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=7;TCR=59;TR=36;WE=101757538;WS=101757520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr12	101761516	rs2305859	T	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.031;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=0.297;SC=TAAAAATGTTTTATCATTTCT;SOR=0.027;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=12;WE=101761524;WS=101761506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr12	101761867	rs1457564	G	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=590;ReadPosRankSum=0.320;SC=TGATTGAGGTGTTTTTGTTTG;SOR=1.460;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=31;WE=101761875;WS=101761857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr12	101779964	rs4764794	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.022;NF=10;NR=21;PP=438;ReadPosRankSum=1.243;SC=GAAATTACAGTAGGTTGTCTG;SOR=0.973;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=31;WE=101779972;WS=101779954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr12	101790373	rs73159756	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=-0.957;SC=AAATTGAAAATATTTAATTTC;SOR=0.208;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=12;WE=101790381;WS=101790363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr12	101870804	rs7979430	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.774;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr12	101871130	.	T	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=0.632;SC=AAGGTACTACTGGCAACCAGT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=6;WE=101871138;WS=101871120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	101871237	rs76202035	T	C	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=729;ReadPosRankSum=-0.200;SC=AGTGTCAAGATTGAGAAACCC;SOR=0.878;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=48;WE=101871245;WS=101871227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr12	101880128	rs61748064	A	G	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.975;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=1106;ReadPosRankSum=-1.125;SC=TTAGGCAGGAAGAAGCTCCGA;SOR=0.957;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=201;TCF=122;TCR=79;TR=80;WE=101880136;WS=101880118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,86:0.40:216
chr12	101988774	rs1697477	G	T	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.761;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1011;ReadPosRankSum=0.531;SC=ACCATCTCTCGCCTGCCTGTG;SOR=0.893;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=138;TCF=78;TCR=60;TR=74;WE=101988782;WS=101988764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,81:0.53:153
chr12	102046303	.	CCT	C	110	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=17;MQ=59.94;NF=6;NR=0;PP=110;QD=19.3333333333;SC=GGCTTCTCATCCTCTCTCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=6;WE=102046312;WS=102046293;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr12	102046394	rs1997205	C	T	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=29;PP=2543;SC=GTCTTTTCAGCTTGGGTCATA;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=118;WE=102046402;WS=102046384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	102046595	rs1997204	T	C	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=105;PP=2693;SC=TGCATAGTTGTGTTCTTTTTT;SOR=1.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=45;TCR=105;TR=150;WE=102046603;WS=102046585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	102054812	rs10778135	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=242;SC=ATTCAGTAAACATGGGAAAGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=102054820;WS=102054802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	102057166	rs2254631	T	C	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=17;PP=1010;SC=AGCTGTGTAGTAAATAGTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=102057174;WS=102057156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	102060672	rs7307993	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.46;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	102060672	.	TACAC	CACAC,CACAT	371	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0,0;NR=19,13;PP=6,371;QD=2.14585329196;SC=ATCACATACATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=19,13;WE=102060684;WS=102060656;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.86:22
chr12	102060676	rs7136919	C	T	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.77;ReadPosRankSum=1.740;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr12	102061793	rs147564199	GTTAATGCT	G	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=2686;SC=TTGATATTTTGTTAATGCTTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=102061808;WS=102061783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	102063901	rs58177042	C	CCACACACA	348.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=4;PP=621;SC=TGTGTGGAAACCACACACACA;SOR=0.693;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=11;WE=102063909;WS=102063891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	102064118	rs7139095	T	C	9490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=176;NR=158;PP=2965;SC=AGATTCGCATTCCAAGACACC;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=176;TCR=159;TR=334;WE=102064126;WS=102064108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr12	102110335	rs2041150	T	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GTTCTGTAACTTTTTTAACTT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=102110343;WS=102110325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	102111173	rs1544921	G	C	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=60;PP=1726;ReadPosRankSum=1.809;SC=TTACCACAACGTAAGTCCACC;SOR=0.764;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=241;TCF=122;TCR=119;TR=117;WE=102111181;WS=102111163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,126:0.47:266
chr12	102116792	rs3764973	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr12	102117589	rs11082	C	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr12	102120196	rs147572553	TTGAC	T	2452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.638;NF=11;NR=26;PP=1684;ReadPosRankSum=-1.896;SC=CACAAGCATATTGACTGACTA;SOR=0.799;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=88;TCF=19;TCR=69;TR=37;WE=102120207;WS=102120186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,66:0.43:153
chr12	102120289	rs7965541	C	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.384;NF=8;NR=26;PP=594;ReadPosRankSum=-0.932;SC=AGTATACCATCAATAAGGTTA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=34;WE=102120297;WS=102120279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr12	102120364	rs222508	A	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=16;PP=401;SC=TGAAGCCCCCATTGTATCATC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=102120372;WS=102120354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	102150878	rs3736475	G	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=0.921;SC=AACACTGCCTGCACTGTTAGG;SOR=0.307;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=102150886;WS=102150868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	102154900	rs759935	A	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=16;PP=797;ReadPosRankSum=1.061;SC=AAGACAATACAACACCTGCAA;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=59;WE=102154908;WS=102154890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr12	102158763	rs10778148	T	C	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=56;PP=1366;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CCTTCTGGGCTGTAGAATTCA;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=269;TCF=143;TCR=126;TR=115;WE=102158771;WS=102158753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,123:0.43:285
chr12	102165024	.	C	CT	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5470;HP=16;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=16;MQ=54.57;NF=0;NR=2;PP=25;QD=14.0;SC=TTAATCTTTCCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=102165032;WS=102165014;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr12	102182181	rs2108694	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=11.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr12	102224491	rs76300806	AGCC	A	798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.129;NF=3;NR=18;PP=800;ReadPosRankSum=0.238;SC=GAGGAGCCTGAGCCGCCGCCG;SOR=0.034;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=21;WE=102224501;WS=102224481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr12	102295218	rs7295569	TC	CT	4886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=68;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.613;SC=TCAGGTATAATCTGGAGCTTT;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=81;TCR=125;TR=113;WE=102295227;WS=102295208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,127:0.58:220
chr12	102308095	rs7955730	C	T	4251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=104;PP=2674;ReadPosRankSum=0.938;SC=AGATCACTGCCGTTCCTTAGA;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=388;TCF=188;TCR=200;TR=199;WE=102308103;WS=102308085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,206:0.51:404
chr12	102412951	rs11615247	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=-1.807;SC=TCTTTGGGTACAAAAAAGAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=102412959;WS=102412950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	102433811	rs4237982	T	C	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=50;PP=1256;SC=GGGTCTATCATGTTACTTAAA;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=88;WE=102433819;WS=102433801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	102468734	.	TA	T	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=6.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.773;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=1.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr12	102470381	rs139489080	G	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=1.746;SC=GAAAATATTTGGAAAACAAAT;SOR=0.460;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=13;WE=102470389;WS=102470375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr12	102517753	rs2036772	T	C	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=54;PP=1970;ReadPosRankSum=-1.891;SC=CTGAGAGAACTACTCTATGTG;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=294;TCF=176;TCR=118;TR=130;WE=102517761;WS=102517743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,138:0.44:314
chr12	102576307	.	CT	C	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.962;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr12	102872155	.	C	CT	248	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5328;HP=12;HapScore=3;MGOF=16;MMLQ=16;MQ=59.32;NF=18;NR=3;PP=248;QD=12.380952381;SC=TTTAAAAGTTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=21;WE=102872163;WS=102872145;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr12	103234479	rs798709	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=352;ReadPosRankSum=-0.602;SC=AAGCCTCTGTATGTGTGTATG;SOR=0.146;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=19;WE=103234487;WS=103234469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr12	103237468	rs772897	G	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=654;ReadPosRankSum=0.042;SC=CCACGTAATAGAGGGGCTGGA;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=52;WE=103237476;WS=103237458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,60:0.44:136
chr12	103237958	rs10860930	AA	CG	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=505;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GCCATCATCAAATCATAGCTG;SOR=0.139;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=12;WE=103237967;WS=103237957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr12	103248924	rs1126758	C	T	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TCTGCAGGAACTGAGAAACGT;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=95;TCR=55;TR=74;WE=103248932;WS=103248914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr12	103298517	rs1522307	A	G	8895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=122;PP=2965;SC=TAAAGGTCTCATCCGTATTTT;SOR=1.182;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=324;TCF=202;TCR=122;TR=322;WE=103298525;WS=103298507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr12	103306550	rs17842947	A	G	9326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=0.589;SC=TCCAAGACAAACATGATTGTA;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=187;TCR=123;TR=308;WE=103306558;WS=103306540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,331:0.99:333
chr12	103310715	rs1522295	T	C	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=22;PP=1434;SC=ACTTCCTGGATATTCTCATCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=73;WE=103310723;WS=103310705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	103310787	rs1522296	G	A	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=69;PP=2965;SC=AGCAGTCTTCGGATCTCTTTC;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=168;WE=103310795;WS=103310777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	103352171	rs369257660	CGCA	C	590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.469;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr12	103558147	.	T	C	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=620;ReadPosRankSum=-0.963;SC=AAATTATACATTTATATATGA;SOR=0.693;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=34;WE=103558155;WS=103558137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr12	103558235	rs11111476	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=913;ReadPosRankSum=2.837;SC=GAGCAAATAGGTGCTGGACGA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=145;TCF=88;TCR=57;TR=63;WE=103558243;WS=103558225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,64:0.43:148
chr12	103561786	rs3061447	C	CTA	1356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=901;SC=TTAATTGTGTCTGTTAATATG;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=19;WE=103561794;WS=103561776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	103561973	rs145528404	ACCAATCCAT	A	3987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.714;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.401;NF=4;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TTCTGCTTACACCAATCCATC;SOR=0.965;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=164;TCF=11;TCR=153;TR=63;WE=103561989;WS=103561963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,108:0.43:249
chr12	103872172	rs10778257	T	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=59;PP=1842;SC=AGAATTCTTCTTCCCTTTGTT;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=112;WE=103872180;WS=103872162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	103988117	rs703596	C	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=401;ReadPosRankSum=-1.377;SC=ATTCTACCACCTAGAGTAACT;SOR=1.140;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=26;WE=103988125;WS=103988107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr12	103988311	rs703597	T	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=648;ReadPosRankSum=-2.114;SC=ATGCTTGGACTTTGAGACTTG;SOR=0.909;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=45;WE=103988319;WS=103988301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr12	104015999	rs703612	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=62;PP=1882;SC=AAAAAAGAAATTTCAGCAGAA;SOR=2.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=82;WE=104016007;WS=104015989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	104032074	rs1582876	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=1.054;SC=CTTCTATGCCATCCCAATTCT;SOR=0.160;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=10;WE=104032082;WS=104032064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	104042736	rs697199	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=1.926;SC=GTCATGCAGGTGAGAGGGAAA;SOR=1.292;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=13;WE=104042744;WS=104042726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	104044241	rs12829198	G	A	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.585;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=16;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.400;SC=CTCATTTGGCGTTTTCTTTCT;SOR=1.148;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=125;TCF=92;TCR=33;TR=69;WE=104044249;WS=104044231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,75:0.56:135
chr12	104048454	rs1609860	C	A	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=68;PP=1799;ReadPosRankSum=0.821;SC=AAGTTAGAACCCACATTTGAG;SOR=0.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=133;TCR=132;TR=135;WE=104048462;WS=104048444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,145:0.52:281
chr12	104048592	rs831425	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=31;PP=870;SC=GCTAGGATCCCGAGCAGAGAG;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=104048600;WS=104048582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	104053955	rs11111705	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=350;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GGTGAACGTTAGCTATTTGGA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=16;WE=104053963;WS=104053946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr12	104067812	rs11614418	C	T	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=56;PP=1385;ReadPosRankSum=-0.978;SC=GTGGGCCCTACGTGCAGTTCT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=119;TCR=114;TR=113;WE=104067820;WS=104067802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,122:0.49:250
chr12	104071158	rs72177976	TTCTC	T	1467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=1059;ReadPosRankSum=1.455;SC=TGTCTGGAAATTCTCTCTTAT;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=25;WE=104071169;WS=104071148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr12	104081793	rs697206	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=507;ReadPosRankSum=0.714;SC=ACGCATTCACATCAGCATCAG;SOR=0.542;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=30;WE=104081801;WS=104081783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr12	104086631	rs703651	C	T	2935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=67;PP=1828;ReadPosRankSum=1.576;SC=ATGGGGACAACGCAGCCACAA;SOR=0.691;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=296;TCF=153;TCR=143;TR=136;WE=104086639;WS=104086621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,143:0.46:311
chr12	104099544	rs11111718	C	A	6740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=143;PP=2965;SC=TACTGCAGCACCATTGGGAAA;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=93;TCR=143;TR=236;WE=104099552;WS=104099534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	104100617	rs697212	C	T	4849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.296;SC=GCCAGCCCTGCCCAGGGAATG;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=514;TCF=268;TCR=246;TR=231;WE=104100625;WS=104100607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,240:0.46:527
chr12	104111687	rs703653	C	A	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=44;PP=1318;SC=CCCCACTTCTCGGGGATGCAG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=104111695;WS=104111677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	104124061	rs4981042	A	G	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=43;PP=1344;SC=TTATGTTTTCAGCCTGGAGTG;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=104124069;WS=104124051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	104129471	rs1946820	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.289;SC=CATTCATAGCGGGCTCATTTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=104129479;WS=104129461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	104131352	.	T	TTC	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=54.63;NF=4;NR=1;PP=70;QD=14.6;SC=GATTGACTGTTTCTCTCTCTC;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=104131360;WS=104131342;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,5:0.71:7
chr12	104133305	rs151040830	CTGTGTGTGTGTGTG	C,CTGTG	814.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;NF=0,0;NR=12,12;PP=223,413;SC=ATTATCAGACCTGTGTGTGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=12,12;WE=104133328;WS=104133295;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.79,0.21:19
chr12	104133355	rs4981029	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=45.24;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	104140517	rs2056128	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=386;ReadPosRankSum=-1.916;SC=AAATAGCAGCATGGTGTGGGA;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=25;WE=104140525;WS=104140507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr12	104146813	rs34738204	A	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=225;ReadPosRankSum=-1.011;SC=AACATATGCTAGTTTTATAGT;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=12;WE=104146821;WS=104146807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	104146964	rs35756765	C	A	3108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=50;PP=1930;ReadPosRankSum=-0.160;SC=ACCTGGTGGGCTGACCTGGGC;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=230;TCF=144;TCR=86;TR=130;WE=104146972;WS=104146954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,140:0.57:244
chr12	104147171	rs3751200	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.363;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=713;ReadPosRankSum=0.695;SC=GACAGAGTCTGCAGGGGCGGA;SOR=1.187;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=112;TCF=25;TCR=87;TR=45;WE=104147179;WS=104147161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,47:0.41:116
chr12	104147207	rs3751198	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=660;ReadPosRankSum=-0.149;SC=TAAGATGGGGAAGACTTGAGC;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=30;WE=104147215;WS=104147197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr12	104149022	rs11111748	G	A	12149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=255;NR=179;PP=2965;SC=CATTAACCAAGTGATGCCACA;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=434;TCF=255;TCR=179;TR=434;WE=104149030;WS=104149012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr12	104149251	rs7296626	C	T	12601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=230;NR=211;PP=2965;SC=GAAAGGTAACCGCCCCAGCTA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=441;TCF=230;TCR=211;TR=441;WE=104149260;WS=104149241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr12	104149520	rs7313163	T	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=0.589;SC=CTGCTTGGTTTGCCTCAGGCA;SOR=0.179;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=33;WE=104149528;WS=104149510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr12	104190523	rs12425205	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-5.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=-0.953;SC=CATCTTTCTTGTAATGTTCAA;SOR=0.076;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=15;WE=104190531;WS=104190513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr12	104208868	rs10861107	C	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.027;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=53;PP=1043;ReadPosRankSum=0.134;SC=CATCTGGATTCAACAAGTTGC;SOR=1.126;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=30;TCR=85;TR=70;WE=104208876;WS=104208858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,69:0.60:115
chr12	104237882	rs2576974	G	A	7645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=113;PP=2965;SC=TTTCAGCATTGTTTTGTGTCT;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=147;TCR=114;TR=259;WE=104237904;WS=104237872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr12	104237896	rs7966100	G	A	3499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.03;MQRankSum=0.968;NF=80;NR=71;PP=2388;ReadPosRankSum=0.279;SC=TGTGTCTTCCGTTGTATCTTT;SOR=0.559;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=295;TCF=164;TCR=131;TR=151;WE=104237904;WS=104237872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,161:0.52:310
chr12	104260287	rs10778292	T	C	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=59;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.227;SC=AGTTCTCCAATAGCATTCTGT;SOR=0.853;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=195;TCF=87;TCR=108;TR=102;WE=104260295;WS=104260277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,109:0.53:207
chr12	104309712	rs2583273	C	T	6826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=145;PP=2965;SC=CAGCCACCGACCCCCACTGCT;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=87;TCR=145;TR=232;WE=104309720;WS=104309702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	104324148	rs2722187	G	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=8;PP=719;SC=CCCGCCCGCGGGAAGTGGGGG;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=104324156;WS=104324138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	104325649	rs2722188	T	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=5.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TTATAGAAGATACTTTCAGTT;SOR=0.283;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=22;WE=104325657;WS=104325639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr12	104335750	rs58392270	TAA	T	5804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=78;PP=2966;SC=ATTTGTGGAGTAAAACCAGAT;SOR=1.592;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=5;TCR=79;TR=83;WE=104335759;WS=104335735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	104359931	rs4135039	T	A	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=57;PP=1555;SC=GTCTTTTAAATCCCGGCCGGA;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=104359939;WS=104359921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	104359982	rs4135040	C	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=845;SC=GTGGCCTGGTCGGCCTTTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=104359990;WS=104359972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	104373728	rs151041931	G	GA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=25.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=-4.007;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.233;SOR=2.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr12	104461711	.	CT	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.525;QD=0.24;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,23:0.14:164
chr12	104476264	rs2253274	T	C	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.85;SOR=1.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr12	104618454	rs6539128	A	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=0;PP=1068;SC=GAGCCACCGCACCTATAGCTG;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=45;TCR=0;TR=45;WE=104618462;WS=104618444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	104645363	rs7960443	G	A	7618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=127;PP=2965;SC=TCACCAGCACGGCCACTGCAG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=130;TCR=127;TR=257;WE=104645371;WS=104645353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr12	104645405	rs7975161	T	C	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=98;PP=2821;SC=CCTATATAGATGGTCACTCTG;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=170;WE=104645413;WS=104645395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	104651594	rs7297584	A	G	131.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=121;SC=TTGACAATTGAATAGAATCAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=104651602;WS=104651586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	104684773	rs11111981	A	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=1;PP=598;SC=TTCTTTAGAGATGGAGGTCTC;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=104684781;WS=104684763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	104698582	rs11111987	A	G	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=1.313;SC=ATGTTAACCAAATGGGTGAGG;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=102;TCR=83;TR=182;WE=104698590;WS=104698572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr12	104703957	rs35882028	T	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	104703957	.	TCT	AGA	914	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=58.28;NF=1;NR=11;PP=914;QD=81.4556562385;SC=GGAGTCTCACTCTGTGAGACT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=104703980;WS=104703947;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	104703958	rs34794131	C	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	104703959	rs34873076	T	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.93;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	104703965	rs66665385	ACTCCCAGG	A	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=2442;SC=ACTCTGTGAGACTCCCAGGCT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=104703980;WS=104703947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	104703991	rs10861190	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	104707151	rs5018287	A	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=30;PP=861;SC=TCCCCTGGCAATAATCTAACT;SOR=1.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=104707159;WS=104707141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	104707180	rs6539137	A	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=448;SC=AAGCCTAATTAAAAAAATCAA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=104707188;WS=104707170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	104721575	rs7962256	G	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-2.531;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
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chr12	104995800	rs5800627	A	AT	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.688;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
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chr12	105431835	rs10861315	T	G	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=1091;ReadPosRankSum=-1.278;SC=GTGAGCCACCTCACCTGGCCC;SOR=0.523;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=69;WE=105431843;WS=105431825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,74:0.63:117
chr12	105432040	rs11112328	A	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-1.601;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr12	105433463	rs4964120	C	T	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=23;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.866;SC=ACAGGATCTGCAGTGAATCAA;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=135;TCR=52;TR=80;WE=105433471;WS=105433453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,86:0.44:197
chr12	105433523	rs4964317	T	A	3976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=85;PP=2585;ReadPosRankSum=0.935;SC=TAGGAGTGGATCCAGTGAAAC;SOR=0.860;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=440;TCF=237;TCR=203;TR=192;WE=105433531;WS=105433513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,199:0.44:454
chr12	105433607	rs4964318	G	A	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=61;PP=1450;ReadPosRankSum=1.197;SC=GGAATAAAACGGGAATTAAAA;SOR=0.600;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=256;TCF=97;TCR=159;TR=101;WE=105433615;WS=105433597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,107:0.40:265
chr12	105433702	rs7315784	A	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.100;NF=0;NR=23;PP=470;ReadPosRankSum=1.661;SC=AGGTCAGGAGATCGAGACCCG;SOR=1.281;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=23;WE=105433710;WS=105433692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr12	105434467	rs11112330	C	T	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.811;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=55;PP=1526;ReadPosRankSum=1.232;SC=CAGTCAAGGGCGTGACCTGAG;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=228;TCF=124;TCR=104;TR=114;WE=105434475;WS=105434457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,123:0.50:246
chr12	105434533	rs10861316	C	A	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TAGCCCAGAACCCAGTTTTCC;SOR=0.870;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=94;WE=105434541;WS=105434523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,99:0.41:244
chr12	105440421	rs10861324	T	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=520;ReadPosRankSum=0.711;SC=ATAAATATATTTCACTTTTTT;SOR=0.357;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=32;WE=105440429;WS=105440411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr12	105443966	rs7485673	T	C	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=-0.485;SC=CTTATAGAGATCATGGTCCAG;SOR=0.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=12;WE=105443974;WS=105443956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr12	105445798	rs61938827	C	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=0.510;SC=CCAGCCTGGCCAACGTAGTGA;SOR=0.622;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=12;WE=105445806;WS=105445788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr12	105446092	rs140372840	AT	A	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.674;NF=1;NR=19;PP=632;ReadPosRankSum=-1.340;SC=AGTATTACTGATTTTAAAAAA;SOR=1.316;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=20;WE=105446100;WS=105446082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr12	105446552	rs56188643	T	C	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=30;PP=1305;ReadPosRankSum=1.024;SC=TAAAAATCCATGACCAGTGAT;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=211;TCF=141;TCR=70;TR=94;WE=105446560;WS=105446542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,97:0.45:217
chr12	105446719	rs56118650	G	T	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.071;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=67;PP=1581;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TCTGAGAGAAGTATATTAATA;SOR=0.474;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=210;TCF=75;TCR=135;TR=110;WE=105446727;WS=105446709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,113:0.53:215
chr12	105455651	rs6539183	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=23;PP=667;SC=GGAAAAATACAGATTAAAAGC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=105455659;WS=105455641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	105456866	rs12372293	G	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.162;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=33;PP=676;ReadPosRankSum=1.057;SC=GTATGTATAAGCATCATTCTC;SOR=2.910;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=36;WE=105456874;WS=105456856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr12	105477951	rs11112362	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=4;PP=573;SC=AGACAATGGCCTGCGTGCCAG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=105477959;WS=105477941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	105478327	rs7303961	C	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=8;PP=281;SC=GACTGCCTGGCTCGCGGCTCG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=105478335;WS=105478317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	105504764	rs1196839	G	A	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=564;SC=TTTAACTTTGGAACTTTATTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=105504772;WS=105504754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	105504787	rs1196838	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=238;ReadPosRankSum=0.873;SC=AGGAAGTCCAGACATTCCAGA;SOR=0.622;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=16;WE=105504795;WS=105504777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr12	105508241	rs61418036	ACAT	A	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=-1.122;SC=AACTTTAAAAACATCATTTAG;SOR=0.048;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=105508251;WS=105508231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	105509160	rs1196801	G	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=110;SC=AGGTAAAAAAGCTGAGGAAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=105509168;WS=105509150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	105509351	.	G	GA	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr12	105514480	rs1196837	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=246;ReadPosRankSum=0.230;SC=ACTCTTAAAGAGGCGTGTGTG;SOR=0.191;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=13;WE=105514492;WS=105514470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr12	105514483	.	CGT	C	137	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=137;QD=72.5;SC=CTTAAAGAGGCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=2;WE=105514492;WS=105514470;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,2:0.13:15
chr12	105514786	rs1196836	G	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=509;ReadPosRankSum=-1.562;SC=TACTAATTCAGTAATCAGCCC;SOR=1.375;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=30;WE=105514794;WS=105514776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr12	105527385	rs1211276	G	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=296;SC=CAGTACCTGGGATGTTTGTTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=105527393;WS=105527375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	105527467	rs1196815	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=474;ReadPosRankSum=0.698;SC=ACTGCTGCAGGGAAATAATGT;SOR=0.483;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=36;WE=105527475;WS=105527457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr12	105534025	rs1196808	G	A	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=14;PP=1278;SC=AATTTTGCCTGAAATTTTTAA;SOR=2.439;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=65;WE=105534033;WS=105534015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	105534603	rs151106726	TAATC	T	1060.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.254;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=1072;ReadPosRankSum=1.111;SC=ATGGAAAAGATAATCAAGAAG;SOR=0.056;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=53;TCF=50;TCR=3;TR=25;WE=105534614;WS=105534593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr12	105536430	rs5800652	C	CTA	384.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=42.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	105538417	rs148267591	AGTT	A	797.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.432;NF=31;NR=5;PP=1217;ReadPosRankSum=0.076;SC=TTCAAGGACAAGTTGTTGTTT;SOR=1.029;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=36;WE=105538427;WS=105538407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr12	105538665	rs139265089	G	GT	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.095;NF=1;NR=25;PP=408;ReadPosRankSum=0.350;SC=AGTATAAAATGTTTTTTTTAG;SOR=0.481;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=3;TCR=82;TR=26;WE=105538673;WS=105538655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,43:0.41:104
chr12	105538758	rs11112386	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CTTATTTTTTAAGAAATTATT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=105538766;WS=105538748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr12	105540322	rs199922129	A	AT	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=2.938;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.005;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
chr12	105543326	rs1196802	T	G	287.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=238;SC=CAGTAAAATTTATTTGAATTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=105543334;WS=105543317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	105546172	rs1663564	G	A	9345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.770;SC=AAAACTTGGAGTAACACCTGA;SOR=0.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=186;TCR=146;TR=331;WE=105546180;WS=105546162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,348:1.00:349
chr12	105568122	rs935241	G	A	4978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=53;PP=2965;SC=CTCTATGTTCGTTTGGATTTC;SOR=1.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=114;TCR=54;TR=167;WE=105568136;WS=105568112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	105568176	rs935240	G	A	8034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=161;NR=126;PP=2965;SC=CATATTTTCCGTCATTGGTTA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=161;TCR=127;TR=287;WE=105568184;WS=105568166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr12	105568359	rs11112396	T	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TGCCTTCCGCTGAGTCTCCTT;SOR=0.287;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=17;WE=105568367;WS=105568349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr12	105568381	rs11112397	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=1.213;SC=CTTCTCAAACTCAGGCATGTC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=7;WE=105568389;WS=105568371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr12	105570041	rs10861360	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CTGTCCTGACCTCTGTTGCCA;SOR=1.565;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=13;WE=105570049;WS=105570031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr12	105582245	rs1196852	A	G	7706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=150;PP=2965;SC=AGCATTTTCCACTCAGGATCT;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=117;TCR=150;TR=267;WE=105582253;WS=105582235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr12	105591569	rs12303948	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=735;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TGGTGATCTGGAAGCAGTAGC;SOR=0.701;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=94;TCR=49;TR=52;WE=105591577;WS=105591559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,48:0.34:140
chr12	105593363	.	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CCCAGCACTACTAAGAAGCCA;SOR=0.873;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=22;WE=105593371;WS=105593353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr12	105629865	rs1196785	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=2.140;SC=GAGCACTCCCCGGCTCTGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=8;WE=105629873;WS=105629855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr12	106461760	rs3741884	G	A	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1050;ReadPosRankSum=1.894;SC=AAAAAGAATCGGGCATTATGT;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=93;TCR=103;TR=82;WE=106461768;WS=106461750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,87:0.41:210
chr12	106461857	rs3741885	G	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=225;ReadPosRankSum=1.699;SC=CTGGAGACCTGGTCCAGCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=16;WE=106461865;WS=106461847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr12	106464785	rs4964437	G	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=26;PP=779;SC=ACCCCCAGCAGCCCCAGGAAC;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=106464793;WS=106464775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	106466490	rs73193828	A	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=836;ReadPosRankSum=0.904;SC=ACACATTGGGAAAGCTGCTCA;SOR=0.827;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=49;WE=106466498;WS=106466480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr12	106480450	rs2251027	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TAATAGGAAAAAAATCATGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=106480458;WS=106480444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	106500158	rs35769739	GT	G	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=4;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=1270;ReadPosRankSum=0.538;SC=TGATATGGGGGTTAAAAAAAA;SOR=0.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=18;TCR=75;TR=52;WE=106500169;WS=106500148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,37:0.34:109
chr12	106500408	rs1427785	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.321;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	106641489	rs368519473	GGGC	G	932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=42.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	106647783	rs2704898	T	G	4436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=63;PP=2965;SC=AAATCAGACATCTCAGTCCGA;SOR=0.857;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=86;TCR=63;TR=147;WE=106647791;WS=106647773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	106704974	rs4964460	G	A	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=80;PP=2754;SC=GCAGAGCTTTGCAAGTGACTC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=153;WE=106704982;WS=106704964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	106706035	rs7138696	A	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.342;NF=10;NR=0;PP=187;ReadPosRankSum=0.445;SC=TTTAGTTTCCATTTTTTTTTT;SOR=0.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=10;WE=106706043;WS=106706025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr12	106708277	.	CT	C	1162.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=836;ReadPosRankSum=-1.219;SC=AAGAGGTAACCTGGGGGCATT;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=2;TCR=70;TR=34;WE=106708286;WS=106708267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr12	106708278	rs2253838	T	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=862;ReadPosRankSum=1.322;SC=AGAGGTAACCTGGGGGCATTT;SOR=0.637;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=98;TCF=29;TCR=69;TR=49;WE=106708286;WS=106708267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr12	106708354	.	T	A	237	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=68;MMLQ=17;MQ=56.03;NF=1;NR=4;PP=237;QD=54.3542425094;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=5;WE=106708364;WS=106708344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,5:0.31:16
chr12	106708356	.	A	T	350	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=68;MMLQ=18;MQ=55.57;NF=1;NR=4;PP=350;QD=76.9542425094;SC=TGTGTGTGTGAGAGAGAGAGA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=106708364;WS=106708344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	106717224	rs12424952	C	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=319;ReadPosRankSum=0.747;SC=GAACATAGATCATTGTTAGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=17;WE=106717232;WS=106717214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr12	106717526	rs144794557	A	AAAT	122	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=30.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	106723190	rs11112940	A	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=615;ReadPosRankSum=-2.127;SC=AGCCTGTGAGAGTGAAGTCTC;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=35;WE=106723198;WS=106723180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr12	106730031	rs34332844	AG	A	1986.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=34;PP=2228;ReadPosRankSum=0.207;SC=TCTTGTATTAAGGCTCTGCAT;SOR=1.479;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=99;TCF=8;TCR=91;TR=36;WE=106730042;WS=106730021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,55:0.39:141
chr12	106730034	rs10717199	C	T	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.867;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=2242;ReadPosRankSum=0.056;SC=TGTATTAAGGCTCTGCATGTG;SOR=1.456;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=123;TCF=39;TCR=84;TR=44;WE=106730042;WS=106730021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
chr12	106763013	rs7134881	C	T	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=888;ReadPosRankSum=0.442;SC=TTATGATCTTCGAAGAAGTAT;SOR=0.645;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=103;TCF=74;TCR=29;TR=54;WE=106763021;WS=106763003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr12	106763268	rs7135054	A	G	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=56;PP=1819;ReadPosRankSum=3.032;SC=TTCAATGTGGACCATAATTCT;SOR=0.601;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=109;TCR=100;TR=114;WE=106763276;WS=106763258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,119:0.54:219
chr12	106773676	rs7310703	A	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=0.701;SC=TTTTTAAAGTACTTATTAGAA;SOR=0.069;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=13;WE=106773684;WS=106773666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr12	106890135	rs2288270	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TGAGGAGCACATCTATACCTC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=106890143;WS=106890125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr12	106895255	rs144578311	C	CA	1202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.012;NF=4;NR=21;PP=757;ReadPosRankSum=2.524;SC=ATAATGCAGTCAAGTCCACCT;SOR=0.390;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=25;WE=106895277;WS=106895245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr12	107364873	rs10778520	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=626;ReadPosRankSum=-0.810;SC=ATGATATTTTCTCTCATTAGG;SOR=0.786;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=65;TCR=37;TR=43;WE=107364881;WS=107364863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr12	107395106	rs8192440	A	G	5903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.20;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,242:0.99:244
chr12	107712880	rs10082935	C	T	10617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=201;NR=177;PP=2965;SC=CTGGCCGCCTCTAGCTGACTC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=201;TCR=177;TR=378;WE=107712888;WS=107712870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr12	107713511	rs961498	G	C	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=72;PP=1849;ReadPosRankSum=-0.380;SC=AGTGGCCCTGGGTCAGGCTCG;SOR=0.542;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=117;WE=107713519;WS=107713501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr12	107713696	rs111260184	G	A	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=48;PP=2965;SC=AGTCCCGCCGGCAGCCGCCGC;SOR=1.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=109;TCR=48;TR=156;WE=107713704;WS=107713686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	107714310	rs11383016	T	TC	1377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=7;PP=1295;SC=TGCTCCCACTTCCCCACTCCC;SOR=3.365;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=33;WE=107714318;WS=107714300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	107914141	.	C	T	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=24;QD=19.5904041824;SC=CCTACATTGGCTTTCTTTGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=3;WE=107914149;WS=107914131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr12	108003911	rs4964599	T	C	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=33;PP=2753;SC=CGGAGTTTGCTCCTGTGCCCC;SOR=2.111;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=96;TCR=33;TR=128;WE=108003919;WS=108003901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	108042960	rs17039588	C	G	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1411;ReadPosRankSum=1.625;SC=GCTGTTGACACTGTTCTCTGT;SOR=0.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=72;WE=108042968;WS=108042950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr12	108045292	rs2241186	T	C	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1152;SC=TCTTTGTCCTTTTCCTCTAGT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=108045300;WS=108045282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	108045336	rs2241185	T	C	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=22;PP=2032;SC=GTCCCCTACCTGTGACACTGC;SOR=2.175;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=77;TCR=23;TR=99;WE=108045344;WS=108045326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	108045392	rs2241184	T	C	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=75;PP=2965;SC=TAGTTCCTTATTGTTACCTCC;SOR=1.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=141;TCR=75;TR=215;WE=108045400;WS=108045382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	108086896	rs2287215	A	C	4435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=95;PP=2910;SC=TCCCTTATTAAAAGATTTTCT;SOR=1.427;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=58;TCR=95;TR=153;WE=108086904;WS=108086886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	108098587	rs2287217	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=48;PP=1259;SC=AAATTCCATAGTAGAGAGAAT;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=59;WE=108098595;WS=108098577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	108104317	rs74977517	C	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=18;PP=471;SC=TGCACACCTCCCCCTGCCCCT;SOR=2.124;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=26;WE=108104325;WS=108104307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	108136893	rs35788707	CTCTT	C	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=1124;SC=GGATTCTTAACTCTTTCTTCT;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=108136904;WS=108136883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	108600237	rs1106752	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=554;ReadPosRankSum=-0.214;SC=TCAGATTCCCACCTGTGGTAT;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=36;WE=108600245;WS=108600227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr12	108675046	rs11614838	T	C	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=895;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GTCCCAGCCCTCTGCAGCATG;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=64;WE=108675054;WS=108675036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,70:0.47:148
chr12	108686008	rs1057401	C	G	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=47;PP=1942;ReadPosRankSum=2.999;SC=GCAGTTTGCACACGATGGTGA;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=143;TCR=101;TR=113;WE=108686016;WS=108685998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,122:0.46:264
chr12	108913292	.	GA	G	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr12	108917520	rs34982944	G	GA	399.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=344;ReadPosRankSum=0.244;SC=GTTAAAAGGTGAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=23;WE=108917528;WS=108917510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr12	108918146	rs2303633	C	T	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=23;PP=1436;SC=TCCTGGTCTCCGGCTTCTCTG;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=108918154;WS=108918136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	108923950	rs1549096	A	G	10161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CTTTCTCATCATCCTCATCTG;SOR=0.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=188;TCR=190;TR=377;WE=108923958;WS=108923940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,394:1.00:395
chr12	108929095	.	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=373;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GGTGCACAGCTGACAAGCACT;SOR=0.452;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=24;WE=108929103;WS=108929085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr12	108932053	rs2287551	C	T	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=734;SC=ATTGCCAGCACGACCAAGTGA;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=108932061;WS=108932043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	108932916	rs7133076	C	T	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=46;PP=1282;SC=GGAAGCACAACACATCTGCAA;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=108932924;WS=108932906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	108936484	rs888555	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=17;PP=903;SC=TACTTTCATAGCTTGTAAAAC;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=108936492;WS=108936474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	108936516	rs888556	T	G	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.19;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	108936519	rs888557	C	T	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	108941679	rs12579216	G	A	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=70;PP=2965;SC=AATCCTTCACGGCTTTCTCAA;SOR=1.050;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=109;TCR=70;TR=179;WE=108941687;WS=108941669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	108942770	rs147236609	GT	G	2622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=17;PP=1314;SC=AACGTTCCAGGTTTTCTACAA;SOR=1.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=35;WE=108942783;WS=108942760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	108942775	rs3214424	C	G	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=18;PP=1102;SC=TCCAGGTTTTCTACAAGGAGC;SOR=1.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=57;WE=108942783;WS=108942760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	108943028	rs2052423	G	A	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=52;PP=1463;SC=TTAAAACACCGTCATCAAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=80;WE=108943036;WS=108943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	108954502	rs1160332	G	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=10;PP=1683;SC=GTCACGAAAAGCGGGTTTGCA;SOR=3.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=68;WE=108954510;WS=108954492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	108954823	rs1063936	C	T	11535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=197;NR=201;PP=2965;SC=ATAACACCTTCCTCCTTGTCC;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=398;TCF=197;TCR=201;TR=398;WE=108954831;WS=108954813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr12	108954862	rs2072579	G	C	11788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=197;NR=200;PP=2965;SC=CCTCCTCTCCGTCAGCCTTGG;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=397;TCF=197;TCR=200;TR=397;WE=108954870;WS=108954852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr12	108956417	rs10778647	TT	GG	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=20;PP=2947;SC=GGCTGGGGCTTTCCGTCTGAG;SOR=2.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=78;TCR=21;TR=95;WE=108956426;WS=108956407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	108956526	rs60547936	A	AG	11177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=116;PP=2975;SC=GGGACAAAAGAGGGACGCGCG;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=33;TCR=123;TR=147;WE=108956534;WS=108956516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr12	108956610	rs2287556	C	G	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=70;PP=2035;SC=TGGGAGCTGTCCCCTCCCACG;SOR=2.526;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=19;TCR=70;TR=89;WE=108956618;WS=108956600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	108960906	rs10861945	G	T	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=0;PP=468;SC=TTTTTTATTGGCTGGCCCTCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=108960914;WS=108960896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	108961228	rs876161	A	G	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;SC=CCCTAAGAGAATCATGCCAGA;SOR=3.202;Source=Platypus;TCF=14;WE=108961236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	108961293	rs888546	C	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=920;ReadPosRankSum=1.601;SC=ATTTCTAAACCTCACAAATAT;SOR=0.317;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=37;WE=108961301;WS=108961283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr12	108961354	rs888547	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=19;PP=1410;SC=ATGAGGAAGCTAAGGCTTGGG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=108961362;WS=108961344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	108961383	rs888548	A	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=24;PP=1536;SC=CCCACATCACATGGCTAATAA;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=83;WE=108961391;WS=108961373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	108985945	rs7975237	A	G	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=140;PP=2965;SC=CCCCAGGGTTATGGGCTGGGG;SOR=1.392;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=82;TCR=140;TR=222;WE=108985953;WS=108985935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr12	108985976	rs112073168	G	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=59;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GTGGGGCTGAGGGCCGGGGTC;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=38;TCR=104;TR=81;WE=108985984;WS=108985966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,83:0.58:142
chr12	108986112	rs10861953	G	C	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=29;PP=1427;SC=CAGACCCCAGGAGCAGCAACA;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=108986120;WS=108986102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	109025432	rs8179115	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.082;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=460;ReadPosRankSum=0.720;SC=CCCCCCTCCCTACCCTCCACC;SOR=2.232;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=22;WE=109025440;WS=109025431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr12	109095137	rs3741782	A	G	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1042;ReadPosRankSum=-2.041;SC=AGAATTATGCACCAAACTGAA;SOR=0.507;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=196;TCF=85;TCR=111;TR=89;WE=109095145;WS=109095127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,95:0.46:205
chr12	109182049	rs3741778	T	C	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=61;PP=1357;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CAATCTCCTGTGTCCGCTGCT;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=101;TCR=124;TR=112;WE=109182057;WS=109182039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,120:0.52:231
chr12	109183144	rs60314156	C	CT	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=418;ReadPosRankSum=0.728;SC=AGGGGAGGCTCTCATTTCACT;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=11;WE=109183152;WS=109183134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	109194449	rs3217206	TC	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=0.574;SC=CCCGTTAGGATCCCCCCTCCC;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=109194457;WS=109194439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr12	109200267	rs79637528	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=0.922;SC=AAACAGAACACGGCTTGGCAA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=11;WE=109200275;WS=109200257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	109205189	rs11114060	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TGGTCCAGGACGGGCTGTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=15;WE=109205197;WS=109205179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr12	109211031	rs12316621	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=677;ReadPosRankSum=0.354;SC=GTGTTCTACCTTTCCCTCTGG;SOR=0.733;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=40;WE=109211039;WS=109211021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr12	109217007	rs34849596	G	GT	1412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.933;NF=6;NR=13;PP=724;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AAGCTCCAATGTAAGAGTATC;SOR=0.874;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=19;WE=109217015;WS=109216997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr12	109219982	rs12320461	A	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TTTCCTTTGGAAAAAAAAAGG;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=67;WE=109219990;WS=109219971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,71:0.41:172
chr12	109221013	rs10861970	C	A	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=911;ReadPosRankSum=-1.648;SC=TGGCAGGAAACCAGTAATCAG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=65;WE=109221021;WS=109221003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,73:0.57:129
chr12	109270506	rs7136681	A	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=532;ReadPosRankSum=0.040;SC=CTCATCTAGCACACAGACACC;SOR=0.505;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=102;TCF=82;TCR=20;TR=42;WE=109270514;WS=109270496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr12	109278747	rs2111902	T	G	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=50;PP=1773;ReadPosRankSum=-0.376;SC=GGTGATGATGTTGTGCCTCAA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=163;TCR=116;TR=122;WE=109278755;WS=109278737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,128:0.44:292
chr12	109281310	rs7980427	G	A	3901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=92;PP=2516;ReadPosRankSum=-1.352;SC=TCCTAATCTCGGGCTACAACC;SOR=0.842;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=339;TCF=162;TCR=177;TR=174;WE=109281318;WS=109281300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,183:0.51:361
chr12	109293109	rs11420034	G	GA	2680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=1021;ReadPosRankSum=0.165;SC=ATGGCAGCAGGAAAAAAAAAT;SOR=0.821;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=176;TCF=59;TCR=117;TR=72;WE=109293117;WS=109293099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,131:0.48:275
chr12	109293320	rs3918347	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=389;ReadPosRankSum=-0.548;SC=TTTTCAGGGAACAGTCATGTC;SOR=0.317;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=18;WE=109293328;WS=109293310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr12	109330915	rs10861986	G	A	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=14;PP=2407;SC=GATGATGTTCGAACTACTGAA;SOR=3.486;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=88;TCR=14;TR=101;WE=109330923;WS=109330905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	109331162	rs3918305	C	T	5941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=138;PP=2965;SC=TACAGATGCACGGGAGATGGG;SOR=1.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=70;TCR=138;TR=208;WE=109331170;WS=109331152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	109354632	rs36181716	T	C	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=14;PP=2020;SC=TAACTCCTGATCCAGACCATG;SOR=3.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=71;TCR=14;TR=85;WE=109354640;WS=109354622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	109354843	rs36139385	G	A	7825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=152;PP=2965;SC=AGGAAGACACGGAATCACAAG;SOR=1.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=108;TCR=152;TR=260;WE=109354851;WS=109354833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr12	109371381	rs149284306	C	A	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=845;ReadPosRankSum=2.333;SC=CCCTCTCTACCCATTGCCAAG;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=50;TCR=87;TR=62;WE=109371389;WS=109371371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,65:0.46:142
chr12	109371442	rs36182807	G	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=334;ReadPosRankSum=-1.009;SC=TTAAAACCATGCATTACCATT;SOR=0.283;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=19;WE=109371450;WS=109371432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr12	109458559	.	A	AC	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr12	109490426	rs3217401	CCGG	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,6:0.10:58
chr12	109511144	rs7967182	T	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=447;ReadPosRankSum=-0.482;SC=TATTTTTTCTTAAGAGGTAGT;SOR=1.466;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=24;WE=109511152;WS=109511134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr12	109511256	rs7967322	T	C	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.170;SC=CACCTCACCCTACATCCAATC;SOR=0.555;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=212;TCF=124;TCR=88;TR=101;WE=109511264;WS=109511246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,109:0.49:223
chr12	109520769	rs16939904	A	G	5035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.636;SC=TACAAGTACCACCTCCTTGGA;SOR=0.974;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=512;TCF=233;TCR=279;TR=236;WE=109520777;WS=109520759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,247:0.47:526
chr12	109520876	rs59162254	G	A	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=57;PP=1138;ReadPosRankSum=-0.902;SC=AGGTGTGTGCGCGCGAGGAGC;SOR=0.523;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=155;TCF=27;TCR=128;TR=70;WE=109520884;WS=109520866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,70:0.44:158
chr12	109522684	rs78073059	A	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=373;ReadPosRankSum=1.393;SC=GTTAACTTTCAAGGTAATCAA;SOR=1.220;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=19;WE=109522692;WS=109522674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr12	109528018	rs76283368	C	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.945;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=466;ReadPosRankSum=0.836;SC=TGCTCCTGTGCAGAGGAAACA;SOR=1.342;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=34;WE=109528026;WS=109528008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr12	109530278	rs145676752	G	GCA	1495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.186;NF=15;NR=22;PP=651;ReadPosRankSum=0.070;SC=AGCCCTCAATGCACACACACA;SOR=0.554;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=37;WE=109530289;WS=109530268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,59:0.39:150
chr12	109541171	rs2569987	T	C	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=465;ReadPosRankSum=-0.676;SC=TGGATTTAGCTCCTGTTGCTG;SOR=1.819;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=30;WE=109541179;WS=109541161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr12	109547568	.	CAA	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=15.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=2.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr12	109577735	rs2878960	C	T	10536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=191;PP=2965;SC=ACTACTCCTCCGACGAGGACT;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=167;TCR=191;TR=358;WE=109577743;WS=109577725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr12	109605898	rs34285	C	T	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=69;PP=2116;SC=CCCTCGCCTCCTTCCCCTGTG;SOR=1.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=106;WE=109605906;WS=109605888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	109617865	rs11065772	T	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=32;PP=698;SC=TGATTGCTGATGTTAATCTGC;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=109617873;WS=109617855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	109625976	.	CTCCTTCCT	C	1491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;NF=2;NR=30;PP=1700;SC=TCGTCAGTATCTCCTTCCTTC;SOR=4.112;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=111;TCF=10;TCR=101;TR=32;WE=109625995;WS=109625966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	109629457	rs7135947	C	T	7135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=137;NR=108;PP=2965;SC=CCATCCGAGGCGACTTTAGGA;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=139;TCR=108;TR=245;WE=109629465;WS=109629447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr12	109635031	rs2268393	A	G	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=83;PP=2376;SC=AAAACACAGCACTGGCCTGTG;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=31;TCR=83;TR=114;WE=109635039;WS=109635021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	109635076	rs2268392	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=43;PP=995;SC=GGTGCCTTTCTGGTAAATTCT;SOR=3.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=109635084;WS=109635066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	109637188	rs7299171	G	C	7012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=150;NR=96;PP=2965;SC=CTCCCTACCCGACTCCTCCTC;SOR=1.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=150;TCR=96;TR=246;WE=109637196;WS=109637178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr12	109670468	rs3742027	T	C	5076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TGCCATCACCTTACAGGATGA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=434;TCF=221;TCR=213;TR=229;WE=109670476;WS=109670458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,240:0.52:459
chr12	109671701	rs7974040	C	T	4477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TGGGCCGTGGCCCCCAGGCTT;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=427;TCF=179;TCR=248;TR=208;WE=109671709;WS=109671691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,215:0.49:443
chr12	109671738	rs34708647	C	A	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=82;PP=1919;ReadPosRankSum=-0.243;SC=GCTTCTCCCTCTCAGAGCCTC;SOR=0.854;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=276;TCF=98;TCR=178;TR=122;WE=109671746;WS=109671728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,126:0.44:287
chr12	109675029	rs2241220	T	C	3608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=77;PP=2505;ReadPosRankSum=-0.192;SC=AGCTGGAACTTAACCGGATGC;SOR=0.554;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=351;TCF=203;TCR=148;TR=176;WE=109675037;WS=109675019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,181:0.49:371
chr12	109685545	rs2284689	A	G	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=45;PP=1237;SC=AATTTTGCTCATGGTTAATTT;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=109685553;WS=109685535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	109691991	rs2075259	A	G	12396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=242;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=1.301;SC=ACCACAGACTAAGTCAGAGAC;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=426;TCF=244;TCR=182;TR=422;WE=109691999;WS=109691981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,451:1.00:453
chr12	109693982	rs3742023	C	T	8813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=133;PP=2965;SC=TCTTTGACCACGGCAGTTTCA;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=307;TCF=173;TCR=134;TR=306;WE=109693990;WS=109693972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	109696838	rs2075260	G	A	14527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=282;NR=240;PP=2965;SC=CGCCCAGGCCGTCAAGGACTT;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=524;TCF=282;TCR=242;TR=522;WE=109696846;WS=109696828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr12	109697796	rs2075261	A	G	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=83;PP=2965;SC=CCGAGGTAAGAGTCTGATGAG;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=169;WE=109697804;WS=109697786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	109701959	rs35795929	CA	C	488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.181;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.657;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr12	109704177	rs2075262	G	A	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=56;PP=1546;SC=ACCGTGGCCCGCCCAGCCACT;SOR=2.439;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=109704185;WS=109704167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	109717697	rs10774641	A	G	7141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=118;PP=2965;SC=AGTGTGTCCAAGCTGAATCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=128;TCR=119;TR=246;WE=109717705;WS=109717687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	109723077	rs10774643	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.48;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	109723079	rs10774644	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.48;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr12	109723233	rs17177336	G	A	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=49;PP=1584;ReadPosRankSum=-3.399;SC=GGGAGGAGCCGCTCATCTTGT;SOR=0.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=275;TCF=154;TCR=121;TR=117;WE=109723241;WS=109723223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,121:0.43:282
chr12	109725601	rs66482033	G	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=294;ReadPosRankSum=-1.218;SC=GCCAGCCCAAGGCAGGGTGTC;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=17;WE=109725609;WS=109725591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr12	109834444	rs201206533	CAA	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-2.450;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	109872909	rs34725387	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=480;ReadPosRankSum=0.339;SC=ATTTAGTAAACATCAACTAGG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=43;WE=109872917;WS=109872899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr12	109883374	rs3825393	T	C	5988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=124;NR=92;PP=2965;SC=GACACTGGACTGGAAGAACAA;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=124;TCR=92;TR=216;WE=109883382;WS=109883364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	109907664	rs79210497	A	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=752;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TTTGCTTCCAATGTGGACAAC;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=42;WE=109907672;WS=109907654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr12	109924382	.	TAACAAAAA	T	631	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=15;MQ=57.37;NF=0;NR=4;PP=631;QD=172.194152858;SC=CAGCTCAAGGTAACAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=4;WE=109924397;WS=109924372;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,4:0.24:17
chr12	109926207	rs200794116	A	AT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=1.116;SC=ATTCCCTGTTATTTAACTCCT;SOR=0.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=4;WE=109926215;WS=109926203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	109927687	rs2241214	A	T	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=790;ReadPosRankSum=0.438;SC=ACATTATGGCAAGAGACTTTT;SOR=0.604;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=54;WE=109927695;WS=109927677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,57:0.59:97
chr12	109936024	rs111609815	G	A	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=60;PP=2176;ReadPosRankSum=-2.475;SC=TTAACGGTCTGCTATTCTTTG;SOR=0.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=288;TCF=166;TCR=122;TR=149;WE=109936032;WS=109936014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,156:0.51:304
chr12	109936056	rs61748069	T	C	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.236;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=70;PP=2156;ReadPosRankSum=-1.874;SC=TGTTTTAGAATCCCATGACAT;SOR=0.445;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=313;TCF=180;TCR=133;TR=151;WE=109936064;WS=109936046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,164:0.49:335
chr12	109937534	rs7298565	G	A	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=29;PP=1106;ReadPosRankSum=0.515;SC=TGCTACTGTCGGAAGTATGTG;SOR=0.875;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=109;TCR=63;TR=81;WE=109937542;WS=109937524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,85:0.46:185
chr12	109971481	rs12303137	C	G	2411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=62;PP=1671;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CAGCTGGACCCCTCAGAGCCA;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=124;TCR=144;TR=116;WE=109971489;WS=109971471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,121:0.43:283
chr12	109994870	rs9593	A	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=818;ReadPosRankSum=0.415;SC=GTCATTTTTCATGTATATTTT;SOR=0.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=55;WE=109994878;WS=109994860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr12	109995097	rs888192	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=0.932;SC=TCTTGCACTTAATGGATGGCA;SOR=0.963;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=15;WE=109995105;WS=109995087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr12	110002819	rs10850380	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=276;ReadPosRankSum=-2.408;SC=GAGGGAGAGTAACTAGCCCCA;SOR=0.343;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=15;WE=110002827;WS=110002809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr12	110004960	rs874170	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr12	110011229	rs10774774	GC	TT	2994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=2365;ReadPosRankSum=0.687;SC=CGAAGCACCCGCGCAGGCCAA;SOR=0.748;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=102;TCR=75;TR=74;WE=110011238;WS=110011219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,81:0.40:201
chr12	110012467	rs3759387	G	T	111.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5242;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GTTGACTCCTGCATTGCCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=110012475;WS=110012464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	110012510	rs66616264	C	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=176;ReadPosRankSum=0.279;SC=CGGTAACTACCTTTTTTGTTA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=12;WE=110012518;WS=110012500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	110012766	rs61940512	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=576;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CTAATTTTGTAAGAAGGTAAA;SOR=1.255;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=35;WE=110012774;WS=110012756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr12	110014055	rs3752662	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=524;ReadPosRankSum=0.571;SC=AGCTATTTCCCGGGTGTTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=27;WE=110014063;WS=110014045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr12	110016947	rs7296044	T	A	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	110016952	rs10774779	T	A	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	110221631	rs10774894	G	C	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=75;PP=1998;ReadPosRankSum=1.470;SC=GGTGGAGAGAGAGCGTGCGTA;SOR=0.900;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=201;TCF=71;TCR=130;TR=112;WE=110221639;WS=110221621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,122:0.56:219
chr12	110226379	rs3742037	G	A	3716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=76;PP=2290;ReadPosRankSum=1.515;SC=CGCCCATGCCGATGGTCAGCT;SOR=0.877;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=408;TCF=216;TCR=192;TR=175;WE=110226387;WS=110226369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,187:0.43:433
chr12	110230712	rs56186049	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=1.428;SC=AGCCCTCCAGGGTATCAGGAC;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=19;WE=110230720;WS=110230702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr12	110231717	rs10850750	C	G	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=13.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=-1.670;SOR=1.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,99:0.41:243
chr12	110240838	rs3825394	T	G	6208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=96;PP=2965;SC=ATGAACTCCCTCATGTTGCCG;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=137;TCR=96;TR=233;WE=110240846;WS=110240828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	110293678	rs3782893	G	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=442;SC=CAGGAACATGGGCGCCCCAGA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=110293686;WS=110293668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	110296095	rs4766488	G	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=417;SC=CTGGGCCCTAGGTGGATTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=110296103;WS=110296085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	110318261	rs71458309	G	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CGTCAGCGCCGGGGCCGTCAC;SOR=0.412;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=16;WE=110318269;WS=110318251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr12	110418635	rs7960775	A	G	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=2;PP=956;SC=ATTAAAAGCCATATGTATAGC;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=46;WE=110418643;WS=110418625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	110454085	.	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.503;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr12	110573340	rs12300649	G	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-0.303;SC=AGACGTTCACGTTCCTTTTGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=110573348;WS=110573330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	110729807	rs35235621	G	A	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=917;ReadPosRankSum=-2.414;SC=ACATTCTAACGTGCCATTTCT;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=203;TCF=108;TCR=95;TR=86;WE=110729815;WS=110729797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,91:0.42:217
chr12	110783241	rs1860561	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=618;ReadPosRankSum=0.560;SC=CCAGGGCACCGGGGAATTGTG;SOR=1.038;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=28;WE=110783249;WS=110783231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr12	110784578	rs3026489	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=464;ReadPosRankSum=-0.590;SC=ATAAAAAAAATAGTTGAGCCA;SOR=0.881;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=28;WE=110784586;WS=110784568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr12	110905869	rs7958683	G	A	8608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=225;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.708;SC=AGGGTTCCCAGTACACACACC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=733;TCF=427;TCR=306;TR=389;WE=110905886;WS=110905859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,404:0.53:763
chr12	110939421	rs6606687	T	C	6439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.374;SC=TGTTCTGCATTCGAGAGGCCA;SOR=0.961;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=543;TCF=308;TCR=235;TR=280;WE=110939429;WS=110939411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,290:0.52:556
chr12	110944299	rs61942603	G	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.366;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.213;NF=11;NR=2;PP=168;ReadPosRankSum=-1.020;SC=GGCCAAGTCTGTTCATTTATG;SOR=1.552;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=13;WE=110944307;WS=110944289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr12	110974890	rs10849900	T	C	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=52;PP=1059;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TGATGTCATCTGGCTTTCCAC;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=68;TCR=91;TR=90;WE=110974898;WS=110974880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,96:0.56:171
chr12	111160513	.	GA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.614;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,12:0.19:62
chr12	111290871	rs886132	G	C	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=42;PP=1546;SC=ACAGATCTGTGCTCACCCATT;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=111290879;WS=111290861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	111296332	rs4766432	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=347;SC=GTGCCTGGAGTGCTCCGTCAA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=111296340;WS=111296325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	111342278	rs147402383	C	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=152;ReadPosRankSum=-1.211;SC=GCCCAGATCCCGCACCTCCTG;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=10;WE=111342286;WS=111342276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr12	111375170	rs1056618	A	G	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.66;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr12	111375170	.	AGC	GGT	1374	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=29;NR=19;PP=1374;QD=29.7389140596;SC=TCCCCCGCCAAGCCTGCCAGA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=48;WE=111375180;WS=111375160;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr12	111375172	rs1056620	C	T	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.02;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,60:0.57:106
chr12	111651626	rs112572659	A	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr12	111651876	rs73197969	T	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=295;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ATCCTGTCTTTTCTCAGCTTT;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=16;WE=111651884;WS=111651866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr12	111651949	rs3825398	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=7;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.297;NF=9;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=-0.968;SC=AAAAAAAGAAGAAAAATCTTT;SOR=1.675;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=14;WE=111651957;WS=111651939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	111701486	rs56249976	GA	G	1740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.591;NF=20;NR=30;PP=594;ReadPosRankSum=0.942;SC=TTTTCTTGTGGAAAAAAAAAA;SOR=0.591;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=50;WE=111701494;WS=111701476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,90:0.52:173
chr12	111733292	rs73199852	G	A	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=60;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CACGGCTTGGGGTCTGCCACA;SOR=0.950;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=194;TCF=77;TCR=117;TR=95;WE=111733300;WS=111733282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,102:0.49:210
chr12	111742222	rs1362006	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=455;ReadPosRankSum=0.197;SC=TGGTTGATTGTGTGCATCCAT;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=47;WE=111742230;WS=111742212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,52:0.43:122
chr12	111747809	rs201270698	C	CGTCT	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=500;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TCGTCTTCCCCGTCTGTCTGT;SOR=0.968;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=11;WE=111747817;WS=111747799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr12	111748524	rs66783848	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=461;ReadPosRankSum=-0.301;SC=CTGGCCACCACGCCAGGTCCA;SOR=1.061;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=26;WE=111748532;WS=111748514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr12	111758620	rs4766505	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=9.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.259;SOR=3.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr12	111758629	rs150114230	G	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=9.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=1.336;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	111779430	rs111900331	A	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr12	111785586	rs3803167	T	C	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=66;PP=1713;ReadPosRankSum=2.286;SC=TGGAGGAGGATGCTGAGGAAG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=126;TCR=126;TR=132;WE=111785594;WS=111785576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,136:0.49:275
chr12	111786082	rs6490073	G	C	9651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=163;NR=164;PP=2965;SC=CATTTACCGAGTAGAGCGGGC;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=328;TCF=163;TCR=165;TR=327;WE=111786090;WS=111786072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr12	111799524	rs11576045	C	CTGT	588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=558;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CGGTGTGCGGCTTTTTCTCCG;SOR=2.564;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=16;WE=111799532;WS=111799514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr12	111799681	rs874286	T	C	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=66;PP=2236;ReadPosRankSum=1.523;SC=GCCCCAGGCCTAGGGGCCAAG;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=156;TCR=123;TR=148;WE=111799689;WS=111799671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,156:0.53:293
chr12	111800258	rs3809272	G	A	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=19;PP=1352;ReadPosRankSum=0.088;SC=TGCACGTGACGTTCCCCTCAA;SOR=0.646;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=128;TCR=41;TR=82;WE=111800266;WS=111800248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,82:0.49:167
chr12	111800826	rs139032867	TGCCACCCCC	T	1531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.991;NF=16;NR=11;PP=2971;ReadPosRankSum=0.276;SC=GGCAGGGCCATGCCACCCCCG;SOR=1.166;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=27;WE=111800842;WS=111800816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr12	111856738	rs7973120	T	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=197;SC=GCCTTCACCCTGGGGAGAGCG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=111856746;WS=111856728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	111884608	rs3184504	T	C	10652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=208;NR=168;PP=2965;SC=GGAGGTCCGGTGGTGCACACG;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=376;TCF=208;TCR=168;TR=376;WE=111884616;WS=111884598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr12	111885351	rs111340708	ATGGGG	A	2135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=42.71;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	111894072	rs2073950	C	T	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=38;PP=966;SC=TGCAAAGCGACAGGAAAGAAT;SOR=4.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=111894080;WS=111894062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	111895203	rs2301622	C	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=26;PP=940;SC=CAACCGATGTCTGACAACCTC;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=111895211;WS=111895193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr12	112036753	rs10560189	GGCT	G	758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.399;NF=4;NR=10;PP=530;ReadPosRankSum=-0.114;SC=CGCGGGCGGCGGCTGCTGCTG;SOR=0.874;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=14;WE=112036763;WS=112036743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr12	112098285	rs1419586	T	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-5.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=1.015;SC=AAGCCCTGTCTCTTAAAATAA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=14;WE=112098293;WS=112098275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr12	112119387	rs368877992	CA	C	52.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	112191139	rs7956676	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=0.056;SC=GCTGCAGGGCAGGAAGGGGTG;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=112191147;WS=112191129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	112230036	rs4646777	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GGCTCCAGCCGATCCTGTCGC;SOR=1.828;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=17;WE=112230044;WS=112230026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr12	112235783	rs4646778	C	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=354;ReadPosRankSum=-1.119;SC=GACCTTGGTCCATTTCCCAGT;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=22;WE=112235796;WS=112235773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr12	112241472	rs111627571	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=0.247;SC=CCCCAGATGTGGAGGTTGCAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=7;WE=112241480;WS=112241468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	112241552	rs2106696	T	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.313;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr12	112280773	rs3213628	G	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.168;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=0.871;SC=TCCGACTCCCGCCAGCTTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=19;WE=112280781;WS=112280763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr12	112321322	rs75803132	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=150;ReadPosRankSum=-0.242;SC=TGAGCCTGTCATGGGGTGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=13;WE=112321330;WS=112321312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	112338539	rs3742000	T	C	5455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.212;SC=ATATCCTTGCTGTCCTTCTAG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=556;TCF=277;TCR=279;TR=258;WE=112338547;WS=112338529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,272:0.46:587
chr12	112338734	rs3832867	T	TA	7897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.043;NF=51;NR=77;PP=2933;ReadPosRankSum=0.063;SC=ACAAGAGTGTTACAATTCAAT;SOR=0.662;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=313;TCF=117;TCR=196;TR=128;WE=112338742;WS=112338724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,253:0.49:515
chr12	112338985	rs147114007	C	CACTT	4972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.128;NF=18;NR=40;PP=2853;ReadPosRankSum=0.898;SC=TGCACAATGGCACTTACTGTG;SOR=0.733;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=193;TCF=51;TCR=142;TR=58;WE=112338993;WS=112338975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,128:0.44:289
chr12	112339015	rs12321677	G	A	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.108;NF=54;NR=54;PP=1466;ReadPosRankSum=-0.988;SC=AAGTCTGCCTGAATTCCGCCT;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=131;TCR=128;TR=108;WE=112339023;WS=112339005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,132:0.45:292
chr12	112375990	rs3752630	A	C	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=1067;ReadPosRankSum=1.054;SC=GCCATTTGACAAACTCGACAA;SOR=0.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=39;TCR=83;TR=65;WE=112375998;WS=112375980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,68:0.52:130
chr12	112416586	rs11066112	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=529;ReadPosRankSum=0.830;SC=CTTCCAGCCTCCAGAACTGTA;SOR=0.829;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=31;WE=112416594;WS=112416576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr12	112416794	rs111436404	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=-1.909;SC=TAAGACCTTATACCTGTCACA;SOR=0.752;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=8;WE=112416802;WS=112416784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr12	112429469	rs12423126	C	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=5;PP=851;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TAAACAAATACGTCTCCACTT;SOR=0.944;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=41;WE=112429477;WS=112429459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr12	112459849	rs80350869	C	T	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=12;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.306;SC=AACCATTACACGGCCAAGAAA;SOR=1.157;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=148;TCF=118;TCR=30;TR=71;WE=112459857;WS=112459839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,74:0.47:156
chr12	112471090	rs12298022	G	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=43;PP=1036;ReadPosRankSum=2.614;SC=AGTGCAATTAGATGTGTTTCA;SOR=0.466;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=157;TCF=58;TCR=99;TR=71;WE=112471098;WS=112471080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,75:0.46:164
chr12	112506856	rs7958564	G	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=515;ReadPosRankSum=1.868;SC=TTCTATTTAAGTGAGAATTAA;SOR=0.655;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=32;WE=112506864;WS=112506846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr12	112638688	rs35054697	CGT	C	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.28;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
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chr12	112667675	rs1005902	T	G	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=81;PP=2660;SC=ATCAGTGCTCTAGACAGAACC;SOR=1.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=141;WE=112667683;WS=112667665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr12	113319600	rs2240194	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=943;ReadPosRankSum=1.692;SC=TGGATTCAAACGGCTTGGCTG;SOR=0.874;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=152;TCF=91;TCR=61;TR=65;WE=113319608;WS=113319590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,69:0.43:159
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chr12	113325460	rs7979186	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=210;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AGGTACTTGGTCCAGTGATAA;SOR=0.078;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=12;WE=113325468;WS=113325450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	113325629	rs4141253	T	C	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.768;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=66;PP=1840;ReadPosRankSum=1.269;SC=AGGACAAATTTGGCCACAATG;SOR=0.835;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=341;TCF=188;TCR=153;TR=150;WE=113325637;WS=113325619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,159:0.43:368
chr12	113328981	rs3741982	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=0.810;SC=ATGTGGGTCTGGAGTCTCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=9;WE=113328989;WS=113328971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr12	113348870	rs1131454	G	A	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=2247;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GTTGACTGGCGGCTATAAACC;SOR=0.703;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=305;TCF=158;TCR=147;TR=151;WE=113348878;WS=113348860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,156:0.50:311
chr12	113357193	rs10774671	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=491;ReadPosRankSum=1.109;SC=CACCCTTTCAGGCTGAAAGCA;SOR=1.026;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=35;WE=113357201;WS=113357183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr12	113357209	rs1131476	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=664;ReadPosRankSum=0.143;SC=AAGCAACAGTGCAGACGATGA;SOR=1.211;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=51;WE=113357217;WS=113357199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr12	113357237	rs1051042	G	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=793;ReadPosRankSum=0.480;SC=GATCCCAGGAGGTATCAGAAA;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=72;WE=113357245;WS=113357227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,77:0.41:189
chr12	113357442	rs2660	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=626;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GATCCAGAGAGGACAAAGCTC;SOR=0.733;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=40;WE=113357450;WS=113357432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr12	113369644	rs7968145	C	T	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=26;PP=1424;SC=ACAGGCTCCTCAATATGAGAG;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=79;WE=113369652;WS=113369634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	113369715	rs11352835	TA	T	1748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.099;NF=7;NR=24;PP=1120;ReadPosRankSum=0.121;SC=GAAGGAACTATACCAATAATT;SOR=0.508;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=31;WE=113369723;WS=113369705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,53:0.46:115
chr12	113369759	rs7967461	G	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=453;ReadPosRankSum=-1.339;SC=ACAGACAAGAGGAGCCTCATT;SOR=0.763;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=39;WE=113369767;WS=113369749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr12	113376320	rs3815178	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=327;ReadPosRankSum=0.530;SC=TCCCCTTGCACCTGCGCCGGG;SOR=0.446;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=11;WE=113376339;WS=113376310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr12	113376331	rs1859331	C	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=5;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=327;ReadPosRankSum=1.179;SC=CTGCGCCGGGCGGCCATGGAC;SOR=0.412;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=12;WE=113376339;WS=113376310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr12	113376388	rs1859330	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=0.727;SC=GTGGCCAGAAGGCTGCAGCCG;SOR=0.604;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=23;WE=113376396;WS=113376378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr12	113376452	rs1859329	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.837;NF=25;NR=12;PP=565;ReadPosRankSum=0.153;SC=TGGCCGCTGCCCTGAGGGAGC;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=37;WE=113376460;WS=113376442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,46:0.48:96
chr12	113376543	rs3038120	C	CCAAAGGG	2925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.901;NF=7;NR=27;PP=1927;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CTTTATGTGTCCAAAGGGGAG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=20;TCR=74;TR=34;WE=113376552;WS=113376533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,77:0.46:168
chr12	113385918	rs7961861	C	T	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.158;SC=AGTGAGGGGGCCCCAGGACCC;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=50;TCR=88;TR=67;WE=113385926;WS=113385908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,70:0.49:144
chr12	113386624	rs7965570	C	T	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=12;PP=1345;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GATGCAGAAACCACTGCGCCT;SOR=0.821;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=150;TCF=121;TCR=29;TR=76;WE=113386632;WS=113386614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,78:0.51:153
chr12	113386779	rs2285933	C	G	5673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.855;SC=GAGCAGGGAGCAAACCTCCCT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=243;TR=260;WE=113386787;WS=113386769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,265:0.49:542
chr12	113386950	rs2285932	T	C	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.501;NF=46;NR=48;PP=1117;ReadPosRankSum=0.345;SC=AAAAGGCCATTGACATCATCT;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=199;TCF=92;TCR=107;TR=94;WE=113386958;WS=113386928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,99:0.47:209
chr12	113387034	rs3214199	A	AG	1236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.393;NF=2;NR=27;PP=736;ReadPosRankSum=1.618;SC=GTGGAGACACAGGGGGGACCC;SOR=0.404;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=29;WE=113387042;WS=113387024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr12	113403684	rs2240188	C	T	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=49;PP=1781;ReadPosRankSum=0.257;SC=CCGAGCCCAGCTGGAGGCATG;SOR=0.597;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=235;TCF=140;TCR=95;TR=115;WE=113403692;WS=113403674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,121:0.49:247
chr12	113405181	rs1557866	A	C	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=10;PP=1407;ReadPosRankSum=-1.386;SC=CACTGGGACAACATGGGAGCC;SOR=0.313;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=127;TCF=112;TCR=15;TR=70;WE=113405189;WS=113405171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,69:0.54:127
chr12	113416653	rs2384075	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=0.627;SC=CAGCAAGGCCGAGCTACTGGG;SOR=1.755;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=13;WE=113416661;WS=113416643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr12	113424893	rs2072138	C	G	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=1459;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CCGATGGTACCCTTGTCCTCT;SOR=0.546;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=206;TCF=116;TCR=90;TR=104;WE=113424901;WS=113424883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,110:0.50:221
chr12	113425154	rs1293767	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.726;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=306;ReadPosRankSum=-0.962;SC=GCCAAAGAAGCGGGTGCCAGA;SOR=0.311;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=28;WE=113425162;WS=113425144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr12	113435293	rs1293756	C	A	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=49;PP=1688;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CTAGATCCCCCAATGAGCTGC;SOR=0.673;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=255;TCF=157;TCR=98;TR=125;WE=113435301;WS=113435283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,134:0.49:272
chr12	113435450	rs1293755	A	T	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=66;PP=1687;ReadPosRankSum=0.021;SC=TCAGAACCGTACTGGAGCTGA;SOR=0.432;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=274;TCF=118;TCR=156;TR=127;WE=113435458;WS=113435440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,137:0.48:288
chr12	113440921	rs2072137	T	C	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=79;PP=2119;ReadPosRankSum=-2.453;SC=AGCACTGGCCTTTCTCATGTC;SOR=0.645;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=272;TCF=112;TCR=160;TR=138;WE=113440929;WS=113440911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,145:0.51:287
chr12	113444418	rs929291	T	C	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=53;PP=1442;ReadPosRankSum=1.135;SC=AAGGACAGTCTTTGTTCTGAC;SOR=0.865;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=214;TCF=107;TCR=107;TR=100;WE=113444426;WS=113444408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,106:0.46:230
chr12	113448288	rs15895	A	G	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1845;ReadPosRankSum=1.365;SC=AGAAACTTCTAGAGATCATCT;SOR=0.623;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=221;TCF=136;TCR=85;TR=110;WE=113448296;WS=113448278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,113:0.49:231
chr12	113496313	rs1732785	C	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=732;ReadPosRankSum=0.379;SC=TACCTTGCAGCGTAGGATGCT;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=60;WE=113496321;WS=113496303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr12	113530845	rs3217697	C	CAG	1593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=1066;ReadPosRankSum=1.126;SC=CTGCAGTTGGCAGAGAGGTAC;SOR=0.926;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=26;WE=113530853;WS=113530835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr12	113530899	rs1628639	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=515;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GACAGAAGGCAAGCCAGGTCC;SOR=0.834;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=38;WE=113530907;WS=113530889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr12	113531295	rs1625170	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.49;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr12	113531305	rs1674095	A	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.42;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=2.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr12	113531711	rs73205298	C	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=573;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CCCTGGCCAACCCTTGCCAGC;SOR=1.382;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=28;WE=113531719;WS=113531701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr12	113532544	rs12422420	T	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=431;ReadPosRankSum=0.365;SC=GCTGACCCAGTAGGTGCCCTG;SOR=0.606;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=32;WE=113532552;WS=113532534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr12	113532885	rs12426056	C	T	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.950;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=39;PP=1694;ReadPosRankSum=-1.246;SC=AGGCCATCTACGGGGAGAAGA;SOR=1.038;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=257;TCF=162;TCR=95;TR=122;WE=113532893;WS=113532875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,126:0.48:264
chr12	113533050	rs2243397	C	T	5683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=2.000;SC=GCCCCCACACCCCTCCAACTC;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=518;TCF=261;TCR=257;TR=267;WE=113533058;WS=113533040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,268:0.52:512
chr12	113533124	rs2243396	C	T	5732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CTGTCCCTCTCTGCAGGGCCC;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=550;TCF=273;TCR=277;TR=259;WE=113533132;WS=113533110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,274:0.48:568
chr12	113537773	rs12422659	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=366;ReadPosRankSum=0.599;SC=TCCCTCGCTCCTGCTGCTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=26;WE=113537781;WS=113537763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr12	113538033	rs10507237	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=382;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GATAATGGACTGGAAACAGGA;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=24;WE=113538041;WS=113538023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr12	113538415	rs73207006	A	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TTACCTTCTGAGGTACAGGAG;SOR=0.476;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=18;WE=113538423;WS=113538405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr12	113539822	rs1674101	A	G	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.81;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	113539822	.	AACACAGC	GACACAGC,GACACAGT	945	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=66,33;NR=52,25;PP=945,784;QD=8.30314586904;SC=CGGCTGAGGGAACACAGCTTC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=118,58;WE=113539837;WS=113539812;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:119
chr12	113539829	rs73207007	C	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,61:0.50:122
chr12	113540717	rs12425097	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GCCTTTGCTCATGACACCTGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=113540725;WS=113540715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	113540992	rs118133147	T	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr12	113541904	rs12427427	C	A	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=980;ReadPosRankSum=1.093;SC=GGGTGGGAGGCGATCAGGGGG;SOR=0.583;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=149;TCF=85;TCR=64;TR=65;WE=113541912;WS=113541894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,74:0.44:167
chr12	113541940	rs1613480	C	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=1180;ReadPosRankSum=2.596;SC=GGACGCCCCCCGCTCCCCATC;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=97;TCR=71;TR=82;WE=113541948;WS=113541930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,89:0.48:184
chr12	113542098	rs12423570	A	G	3221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=84;PP=2153;ReadPosRankSum=1.463;SC=GGATGGAGTGACACATCTGGG;SOR=0.810;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=335;TCF=166;TCR=169;TR=157;WE=113542106;WS=113542088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,162:0.45:360
chr12	113544874	rs2468355	C	T	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=64;PP=2052;ReadPosRankSum=0.154;SC=GCTGAGAAGCCAGATGTGGCC;SOR=1.119;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=369;TCF=203;TCR=166;TR=160;WE=113544882;WS=113544864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,163:0.43:381
chr12	113545393	rs736285	A	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=11;PP=776;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GTGCCACTGCACTCCAGCCTG;SOR=0.948;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=100;TCF=76;TCR=24;TR=54;WE=113545401;WS=113545383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr12	113545576	rs115519676	A	C	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=0.343;SC=CAGTCCTACCATGGTACTCTC;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=33;TCR=102;TR=64;WE=113545586;WS=113545566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,71:0.50:143
chr12	113545578	rs139292837	G	GC	2675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=44;PP=2933;ReadPosRankSum=0.386;SC=GTCCTACCATGGTACTCTCAT;SOR=0.831;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=104;TCF=5;TCR=99;TR=46;WE=113545586;WS=113545566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr12	113545610	rs3888859	C	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=39;PP=887;ReadPosRankSum=0.488;SC=AGTTGTTGCCCTTTGCAAATG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=2;TCR=79;TR=40;WE=113545618;WS=113545600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr12	113546160	rs7971164	G	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=-0.123;SC=AGCCACACCGGCTGGCCGAGG;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=11;WE=113546168;WS=113546150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr12	113553408	rs1284878	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr12	113553481	rs1284879	C	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=736;ReadPosRankSum=-1.326;SC=GTCCAGAAAGCGCCCAGCCAG;SOR=0.770;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=116;TCF=71;TCR=45;TR=57;WE=113553489;WS=113553471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr12	113553674	rs146632065	AG	A	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.622;NF=10;NR=8;PP=507;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TCCGTGAGGCAGGGGGAGGCC;SOR=0.535;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=18;WE=113553682;WS=113553664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr12	113554946	rs34456143	G	A	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=53;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TCTGCTGGAGGGTCTTTGGAG;SOR=0.619;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=269;TCF=156;TCR=113;TR=120;WE=113554954;WS=113554936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,129:0.44:291
chr12	113559447	rs73207027	A	G	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=94;PP=2483;ReadPosRankSum=0.666;SC=TCAATCCCTGAAGGGCACAGG;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=150;TCR=188;TR=167;WE=113559455;WS=113559437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,169:0.49:347
chr12	113566050	rs60280118	GAC	G	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.179;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr12	113706847	rs7306525	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=0.984;SC=CAGGAGAAAGCGGTATTCCTA;SOR=0.821;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=12;WE=113706855;WS=113706837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr12	113754487	rs78925531	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=316;ReadPosRankSum=-1.704;SC=GGGTGGTGAGGTGTGCCTGCG;SOR=1.106;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=19;WE=113754495;WS=113754477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr12	113796566	rs7965471	A	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=26;PP=1076;SC=CGCGATGGGCAGGTCCCTCCA;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=113796574;WS=113796556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	113825679	rs12425042	C	T	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=58;PP=1248;ReadPosRankSum=-2.142;SC=CCAGGCCCTGCGTCAGCGCTC;SOR=1.126;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=149;TCF=35;TCR=114;TR=72;WE=113825687;WS=113825669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,74:0.47:156
chr12	113826442	rs78927955	C	G	4258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=110;PP=2556;ReadPosRankSum=0.565;SC=AGTTCTGTCCCTGCTCTGCTG;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=423;TCF=198;TCR=225;TR=205;WE=113826450;WS=113826432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,212:0.48:440
chr12	113836715	rs73194896	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.261;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr12	113836721	rs73194898	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr12	114362621	rs1458713	A	G	3703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=103;PP=2427;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AGGCAAGGGCACCTGTCAAAC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=403;TCF=174;TCR=229;TR=181;WE=114362629;WS=114362611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,190:0.45:423
chr12	114377899	rs7299217	G	C	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=77;PP=2385;SC=TCCTGCAGCTGGGCCGCCAGG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=163;WE=114377907;WS=114377889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	114383873	.	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TACGTATACAGGGCCTGAAGA;SOR=1.981;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=16;WE=114383881;WS=114383863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr12	114384426	rs11066842	G	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=-2.538;SC=CAGGTAGAACGTGGCCACTCT;SOR=0.051;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=20;WE=114384434;WS=114384416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr12	114793240	rs883079	C	T	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=15;PP=1341;SC=AAATCTTGTCCGTGGGGTTCT;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=114793248;WS=114793230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	114793285	rs201961625	CCT	C	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,18:0.15:124
chr12	114823187	rs2277377	G	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=491;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CGGGCAGGAAGGCTGGTGGAG;SOR=0.449;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=30;WE=114823195;WS=114823177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr12	114832510	rs2236017	C	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=8;PP=826;ReadPosRankSum=-0.111;SC=AAAGAGCAGACGGCCCCAGGC;SOR=1.006;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=90;TCF=71;TCR=19;TR=46;WE=114832518;WS=114832500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr12	115110241	.	GTT	G	231.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	115118997	rs515746	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=471;ReadPosRankSum=1.276;SC=TAAACCACCCGTAATCTTGGG;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=24;WE=115119005;WS=115118987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr12	116403920	rs3088260	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=650;ReadPosRankSum=0.198;SC=TTTGAGCCTGGGGACACGATG;SOR=1.043;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=41;WE=116403928;WS=116403910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr12	116408538	rs2304460	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=589;ReadPosRankSum=0.922;SC=TGTTCAGTGCAGTACTTCGGC;SOR=0.892;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=36;WE=116408546;WS=116408528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr12	116412921	rs1992068	AT	TC	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=20;PP=1668;SC=GTTAATGACAATAGCTGAGCC;SOR=1.942;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=65;TCR=22;TR=83;WE=116412940;WS=116412911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	116420448	rs56159580	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.694;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AAAATAAATATAAATTACACG;SOR=2.948;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=17;WE=116420456;WS=116420438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr12	116429689	rs1865787	A	G	3727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=88;PP=2342;ReadPosRankSum=0.453;SC=GCGCTGTTCAACGTCACGGGT;SOR=0.748;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=331;TCF=165;TCR=166;TR=167;WE=116429697;WS=116429679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,179:0.51:353
chr12	116446445	rs3741768	C	T	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=932;ReadPosRankSum=-0.892;SC=GAGTAGACAACTGCTGGAGTT;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=69;WE=116446453;WS=116446435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,77:0.51:151
chr12	116586414	rs113328518	CTATA	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=190;ReadPosRankSum=0.524;SC=ATGGAGATATCTATATATATA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=116586425;WS=116586404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	116714815	.	A	AC	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr12	117013730	rs7303998	G	C	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.424;SC=TCGCCGCCGCGGCCCAGATCC;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=142;TCR=62;TR=201;WE=117013738;WS=117013717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr12	117014131	rs55717114	G	GA	3637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.143;NF=14;NR=67;PP=2105;ReadPosRankSum=-0.934;SC=TGTAAAACCAGAAAAAATGCA;SOR=0.723;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=172;TCF=25;TCR=147;TR=81;WE=117014139;WS=117014121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,149:0.53:282
chr12	117014174	rs139308338	GA	G	1593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.044;NF=4;NR=57;PP=766;ReadPosRankSum=2.329;SC=CCTTACCAAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.875;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=111;TCF=6;TCR=105;TR=61;WE=117014182;WS=117014164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr12	117186316	rs1532395	A	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=563;SC=CCACCCCCAGAAATTCTATTC;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=117186324;WS=117186306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	117217141	rs4767452	T	C	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=62;PP=1720;SC=TCATCCTGGCTGTCAAGTCCA;SOR=1.074;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=108;WE=117217149;WS=117217131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	117286981	rs4767461	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=13;PP=1035;SC=TTTGGAGTCGCATTGTCTCCC;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=117286989;WS=117286971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	117287112	rs73220476	C	T	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=51;PP=1858;ReadPosRankSum=0.753;SC=GATTGCTGTCCCCGCAGCACG;SOR=0.768;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=246;TCF=147;TCR=99;TR=133;WE=117287120;WS=117287102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,145:0.55:264
chr12	117289613	rs903775	G	C	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=26.65;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	117290601	rs903772	T	C	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=73;PP=1773;SC=TCAGCCTCCCTGTAGCCATCT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=108;WE=117290609;WS=117290591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	117349014	rs11068230	C	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=18;PP=586;SC=GCTGGCCCAGCGTCTCCTGGA;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=117349022;WS=117349004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	117383320	rs4076700	G	A	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=57;PP=1830;SC=CACATGTTACGAACCAACTGG;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=45;TCR=57;TR=102;WE=117383328;WS=117383310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	117402755	rs6490101	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=123;SC=TCCCTCCATATGTACACGTGG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=117402763;WS=117402745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	117423264	rs7131746	G	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=45;PP=1274;SC=TGGGTCTAATGTAAGCACGTA;SOR=1.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=117423272;WS=117423254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	117465857	rs4529958	T	C	3769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=49;PP=2235;SC=TCCGCGCCTATGAGTTTGCGG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=135;WE=117465865;WS=117465847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	117593216	rs4767506	C	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=5;PP=458;SC=CAGCCACAGCCTTGGGAGGCC;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=117593224;WS=117593206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	117593387	rs79478437	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.856;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr12	117593391	rs4767507	A	G	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.95;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	117595930	rs2279765	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TCTTTTTTGCGGCGAGGGATT;SOR=0.511;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=25;WE=117595938;WS=117595920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr12	117595978	rs2279766	A	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=585;SC=CAAAGGACCAAAAGGGGTGGC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=117595986;WS=117595968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	117603561	rs4767511	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=164;SC=TCAGCTCAACGAAGAGATACA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=117603569;WS=117603551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	117611934	rs57632063	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=262;ReadPosRankSum=0.318;SC=AGAGCGAGACCCTGTCTCTAA;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=14;WE=117611942;WS=117611928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr12	117612357	rs3817015	T	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=275;ReadPosRankSum=0.154;SC=TTATCACTTTTTCATGACATA;SOR=0.741;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=15;WE=117612365;WS=117612347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr12	117624418	rs4767516	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=603;ReadPosRankSum=-1.232;SC=ATTATGAGTATTGATGCAACT;SOR=1.291;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=33;WE=117624426;WS=117624408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr12	117636032	rs11068409	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GATTACAGGCGTGAGCCATCG;SOR=0.794;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=10;WE=117636040;WS=117636022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr12	117636074	rs112407951	A	AT	547.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr12	117636075	rs59514465	A	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr12	117660467	rs816363	C	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=415;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AGTAGGATGTCCAAGTGTGCA;SOR=1.547;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=21;WE=117660475;WS=117660457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr12	117662712	rs2293046	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=254;ReadPosRankSum=-0.167;SC=TTTCTGAGGCGGTGATGCCGT;SOR=2.187;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=15;WE=117662720;WS=117662702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr12	117665544	rs904658	A	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=762;ReadPosRankSum=0.547;SC=AAATAAAAGTAACAGTTGGCA;SOR=0.297;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=90;TCF=21;TCR=69;TR=43;WE=117665552;WS=117665534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
chr12	117669914	rs3741475	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	117672339	rs1875140	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=310;ReadPosRankSum=-1.934;SC=TGCAGCTCCCTAGAGCAGGGA;SOR=0.250;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=17;WE=117672347;WS=117672329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr12	117681353	rs34385734	A	ACCAT	1004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;MQRankSum=0.408;QD=40.19;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr12	117685138	rs2291908	T	C	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=723;ReadPosRankSum=0.491;SC=TGTAGGTCCATGAGATCCAGA;SOR=0.654;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=65;WE=117685146;WS=117685128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,69:0.46:149
chr12	117685270	rs1047735	G	A	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=724;ReadPosRankSum=1.938;SC=TGTCCACAGCGTGTCCGAAGG;SOR=0.727;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=58;WE=117685278;WS=117685260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,70:0.49:143
chr12	117691727	rs2682822	T	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=0.859;SC=CAACTTACCCTTGTCCACCAC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=9;WE=117691735;WS=117691717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr12	117693817	rs11068428	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=994;ReadPosRankSum=0.310;SC=CCTTTACGGGGAAAGAAACGC;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=67;TCR=71;TR=68;WE=117693825;WS=117693807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr12	117696164	rs1093329	G	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.759;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=374;ReadPosRankSum=-1.570;SC=AGTTACCCTCGGGGGTGGCGG;SOR=1.214;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=26;WE=117696172;WS=117696154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr12	117696816	rs9658432	A	G	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=67;PP=2060;ReadPosRankSum=0.565;SC=TTGAACAGGTAAAAGCTCATC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=157;TCR=144;TR=138;WE=117696824;WS=117696806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,148:0.46:321
chr12	117768105	.	GCA	G	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.213;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.315;NF=7;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-0.511;SC=ACACAAGCATGCACACACACA;SOR=0.013;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=8;WE=117768116;WS=117768095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr12	117905636	rs36058871	T	TA	233.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.789;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr12	117965085	.	GAC	G	77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=16;MQ=59.59;NF=0;NR=8;PP=77;QD=10.375;SC=CCATAACCTCGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=8;WE=117965094;WS=117965075;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr12	117993064	rs7955803	C	T	5563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=93;PP=2965;SC=TGATGTCACACGGAACGGACT;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=97;TCR=93;TR=190;WE=117993072;WS=117993054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	118017201	rs4767569	C	T	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=53;PP=1353;SC=CAGATAATAACAGTATTGACC;SOR=6.556;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=54;WE=118017209;WS=118017191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	118020115	rs11068551	G	A	10866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=213;NR=172;PP=2965;SC=TGGAGTTGCCGAGATCTCTGC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=385;TCF=213;TCR=172;TR=385;WE=118020123;WS=118020105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr12	118199286	rs617641	C	G	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.486;SC=CCGTCTCTGTCGTGGGCCACT;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=83;TCR=68;TR=86;WE=118199294;WS=118199276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,92:0.56:165
chr12	118455759	rs2393374	T	G	5024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.384;SC=TGGAAATCCTTTACCCATTGA;SOR=0.785;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=535;TCF=265;TCR=270;TR=246;WE=118455767;WS=118455749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,256:0.45:569
chr12	118464688	rs5745870	A	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=527;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CCCTCTGTCTACACAGAGCAC;SOR=0.892;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=29;WE=118464696;WS=118464678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr12	118464872	rs5745871	A	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=559;ReadPosRankSum=-0.940;SC=AGGTGGCCCCAGGAGTTCAGG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=56;WE=118464880;WS=118464862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr12	118467369	rs4766894	T	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=214;ReadPosRankSum=0.687;SC=TTCCTTTTTGTCTACCCTATA;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=11;WE=118467377;WS=118467359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr12	118467457	rs11331177	AG	A	1963.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.008;NF=25;NR=18;PP=1512;ReadPosRankSum=0.190;SC=TCTAGTGAGCAGGCTGAGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=43;WE=118467465;WS=118467447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,64:0.50:127
chr12	118467553	rs4767654	A	G	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.026;NF=51;NR=56;PP=1412;ReadPosRankSum=-1.297;SC=GACCTAACTCATTTGATTTTG;SOR=0.845;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=217;TCF=107;TCR=110;TR=107;WE=118467561;WS=118467543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,113:0.49:230
chr12	118473054	rs9788041	T	C	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=53;PP=1056;ReadPosRankSum=-2.236;SC=ACAAGCCTTCTGGAGAGAAGC;SOR=0.884;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=89;WE=118473062;WS=118473044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,100:0.49:204
chr12	118500063	rs139226769	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=0.408;SC=TGCCTGAAAGACCCCATTTCT;SOR=0.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=19;WE=118500071;WS=118500053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr12	118506186	rs67405503	A	T	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=17;PP=1194;ReadPosRankSum=2.170;SC=GCTTACCTTGAAGATCCTGGA;SOR=0.937;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=151;TCF=113;TCR=38;TR=76;WE=118506194;WS=118506176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,77:0.51:152
chr12	118506327	rs72125532	TTCCTCC	T,TTCC	5041.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=6,6;NR=76,76;PP=1748,1795;SC=CTGCAGCATCTTCCTCCTCCT;SOR=1.455;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=129;TCF=7;TCR=122;TR=82,82;WE=118506343;WS=118506317;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.38:133
chr12	118508659	rs12809627	T	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=599;ReadPosRankSum=0.215;SC=ATCTGGAAAATGGAGATGTCA;SOR=0.510;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=34;WE=118508667;WS=118508649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr12	118508796	rs7135008	A	G	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.291;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=73;PP=2272;ReadPosRankSum=-0.421;SC=GGAAGGGAACAAAACAGAAGT;SOR=0.937;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=401;TCF=217;TCR=184;TR=171;WE=118508804;WS=118508786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,174:0.41:429
chr12	118509086	rs7135400	A	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=5;PP=743;SC=GGTGGGAGCAAGGCAGGGGCC;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=118509094;WS=118509076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	118509124	rs11613924	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=537;ReadPosRankSum=1.575;SC=ACCTTTTCAAAAGTCTGGAAG;SOR=0.582;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=60;TCR=6;TR=27;WE=118509132;WS=118509114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr12	118509148	rs7308222	C	T	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=3.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	118509157	rs7296643	T	C	5240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=2.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	118509191	rs7307331	G	A	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=176;NR=77;PP=2965;SC=GGGCTATAATGCAACAGAAGC;SOR=1.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=176;TCR=78;TR=253;WE=118509199;WS=118509181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr12	118509347	rs9669474	T	C	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=77;PP=1526;ReadPosRankSum=1.787;SC=TCCCTTTCTCTGCGTGGATCC;SOR=0.595;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=244;TCF=92;TCR=152;TR=127;WE=118509355;WS=118509337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,141:0.54:263
chr12	118511880	rs141835961	T	TTTTTGTTTTG	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.956;NF=0;NR=4;PP=844;ReadPosRankSum=0.929;SC=CTGCAGTAGTTTTTTGTTTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=4;WE=118511888;WS=118511870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	118520170	rs7488309	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=899;ReadPosRankSum=0.187;SC=CCCTGGCTGCGTAGAGGGTGC;SOR=0.554;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=103;TCF=29;TCR=74;TR=52;WE=118520178;WS=118520160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,55:0.50:109
chr12	118520240	rs6490164	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=0.604;SC=GCCGCCTGGGGATGACAGGGG;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=17;WE=118520248;WS=118520230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr12	118589069	rs2249624	G	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=21;PP=660;SC=ACACACATAGGCACACACATG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=118589077;WS=118589059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	118589092	rs140297022	GCGCACA	GCA,G	269.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=2,2;NR=7,7;PP=275,55;SC=GTGCGCGCGCGCGCACACACA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9,9;WE=118589105;WS=118589082;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr12	118650917	rs353886	C	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=13;PP=372;SC=TAAAAAAATGCTTTGGAATAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=19;WE=118650925;WS=118650907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	118681158	rs708862	T	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=13;PP=751;SC=AAATAGATAATAGAAAAAAAA;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=118681166;WS=118681148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	118682751	rs428073	C	T	4880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=101;PP=2930;SC=CACCACCTCACTGGTGTGAGC;SOR=1.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=69;TCR=103;TR=170;WE=118682759;WS=118682741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	118828755	rs492939	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=158;ReadPosRankSum=1.517;SC=CAAAAGTCACGTGGGTCTGAT;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=11;WE=118828763;WS=118828745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	119563064	rs7311828	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=892;ReadPosRankSum=-1.599;SC=GAGATGGAGAACTTCGGGAGG;SOR=0.281;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=84;TCF=71;TCR=13;TR=46;WE=119563072;WS=119563054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr12	119563084	rs7296134	C	G	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=31;PP=2652;SC=GGATGGTGACCAGTGCAAAGG;SOR=2.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=105;TCR=31;TR=135;WE=119563102;WS=119563074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	119563128	rs34183325	C	T	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=66;PP=2420;ReadPosRankSum=0.433;SC=ATCTCTCACTCTCCCTTTTTT;SOR=0.582;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=316;TCF=191;TCR=125;TR=162;WE=119563136;WS=119563118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,168:0.51:330
chr12	119563288	rs34186549	A	AC	1889.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.124;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.775;NF=2;NR=43;PP=1456;ReadPosRankSum=0.344;SC=AGAGCAGGTAACCCCTTGCCC;SOR=0.311;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=112;TCF=3;TCR=109;TR=45;WE=119563296;WS=119563278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr12	119563325	rs12422371	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.321;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=560;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CAGCCACAGCCGAGCCCAGGC;SOR=0.390;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=37;WE=119563333;WS=119563315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr12	119568421	rs7298308	C	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=243;ReadPosRankSum=-0.036;SC=GTTGGTCCTGCATACATCTCC;SOR=0.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=14;WE=119568429;WS=119568411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	119568670	rs7298583	C	A	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=961;ReadPosRankSum=1.456;SC=CCTCTGCCAGCCTTGGCCACG;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=69;WE=119568678;WS=119568660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,79:0.49:161
chr12	119568691	rs4298970	A	G	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=67;PP=2397;SC=ACACTTGGGGAATGTGGAGGC;SOR=1.016;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=123;WE=119568699;WS=119568681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	119568721	rs11064675	T	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=502;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GGGCAGTGTATGGTACACTTT;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=45;WE=119568729;WS=119568711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr12	119591176	rs34002484	A	AC	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=218;ReadPosRankSum=-0.038;SC=ATTATTAACCACCGGTGGGGA;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=119591184;WS=119591166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	119722133	rs200971796	AC	A	91.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=195;ReadPosRankSum=0.487;SC=TATGCATATAACAGGATGCTA;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=4;WE=119722143;WS=119722123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr12	119722135	rs116014361	A	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=203;ReadPosRankSum=0.567;SC=TGCATATAACAGGATGCTAAA;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=4;WE=119722143;WS=119722123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr12	119866533	rs1064319	A	G	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=74;PP=1855;ReadPosRankSum=1.453;SC=GGACAAGGAAATAATAAACCT;SOR=1.047;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=237;TCF=104;TCR=133;TR=126;WE=119866541;WS=119866523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,138:0.53:258
chr12	119871387	rs1716471	A	G	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=84;PP=2275;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TCCAAGTGGCACAAACTCCCT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=331;TCF=165;TCR=166;TR=164;WE=119871395;WS=119871377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,173:0.49:356
chr12	119871493	rs1716470	G	A	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=655;ReadPosRankSum=-0.839;SC=CCCTCCTGTTGGAGACTAGCT;SOR=0.812;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=36;WE=119871501;WS=119871483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr12	119871533	rs1727388	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=0.304;SC=TTACTGTCTCTTGGATTTTTG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=13;WE=119871541;WS=119871523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr12	119957861	rs708884	T	C	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=47;PP=1461;ReadPosRankSum=0.892;SC=TCCTCCCACATGTAGTTACTG;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=255;TCF=152;TCR=103;TR=119;WE=119957869;WS=119957851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,126:0.47:266
chr12	119958068	rs573590	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=415;ReadPosRankSum=1.110;SC=ACTGCAGGGATGCTCCTCCCC;SOR=2.093;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=27;WE=119958076;WS=119958058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr12	119960612	rs708887	G	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=309;ReadPosRankSum=0.849;SC=AGAGTTCTGTGACTGGTGCCT;SOR=0.784;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=17;WE=119960620;WS=119960602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr12	119966318	rs12823464	C	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=475;ReadPosRankSum=-0.032;SC=AGAAAAGCCTCATGAAGGAAA;SOR=0.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=29;WE=119966326;WS=119966308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr12	119978404	rs708889	A	G	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=42;PP=1450;ReadPosRankSum=-0.242;SC=GATTGCCACTATGTCTGCCTC;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=105;TCR=73;TR=103;WE=119978412;WS=119978394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,111:0.58:190
chr12	120067561	rs2301653	T	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=17;PP=993;SC=GCTACAACGATGGAGACTACG;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=120067569;WS=120067551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	120067727	rs2301654	C	T	6043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=96;PP=2965;SC=CTTTCTCGAACGCCCGTTGGA;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=115;TCR=97;TR=210;WE=120067735;WS=120067717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr12	120067864	rs2893805	G	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=63;PP=2007;SC=CTTCTAGTGCGGGAGTGGGTG;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=94;WE=120067872;WS=120067854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	120078577	rs2301655	T	C	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=67;PP=2053;SC=CCAAAGGAGTTTCTAAGGAAT;SOR=1.266;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=111;WE=120078585;WS=120078567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	120126074	rs10669112	A	AAGG	3955.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.945;NF=4;NR=41;PP=2034;ReadPosRankSum=-3.061;SC=GGAGTGAAATAAGGAGGAGTG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=10;TCR=103;TR=45;WE=120126082;WS=120126064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,102:0.53:191
chr12	120135717	rs278126	G	T	3187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=68;PP=1979;ReadPosRankSum=-0.063;SC=GAAGGAACATGCGGCCGGCCC;SOR=0.614;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=254;TCF=128;TCR=126;TR=141;WE=120135725;WS=120135707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,148:0.55:267
chr12	120146301	rs188358766	A	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5579;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TTTTTTTTTTAAATTTTTGAG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=120146309;WS=120146278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr12	120150196	rs804667	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=593;ReadPosRankSum=0.258;SC=GGATTTCCCCCGTTCCCACTG;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=44;WE=120150204;WS=120150186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr12	120156141	rs278102	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=475;ReadPosRankSum=-2.014;SC=GCACGATGGCGGACATGGCGA;SOR=0.694;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=35;WE=120156149;WS=120156131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,44:0.38:115
chr12	120158203	rs7299963	C	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=897;ReadPosRankSum=0.685;SC=TTCCTATGATCATATATCACA;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=86;TCR=37;TR=65;WE=120158211;WS=120158193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,71:0.53:133
chr12	120171995	rs278109	T	C	9367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=214;NR=109;PP=2965;SC=TGTCCAGCATTCTCTGCAGCT;SOR=1.624;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=215;TCR=111;TR=323;WE=120172003;WS=120171985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr12	120172173	rs11064891	G	A	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=96;PP=2395;ReadPosRankSum=-1.632;SC=CTGCAAATCAGTAGCACTGAT;SOR=0.498;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=307;TCF=124;TCR=183;TR=167;WE=120172181;WS=120172163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,179:0.53:337
chr12	120189879	rs904655	A	G	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=1.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr12	120189888	rs904654	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=4.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr12	120190059	rs147146275	CAG	C	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr12	120195354	rs34851548	TG	T	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.617;NF=1;NR=21;PP=577;ReadPosRankSum=0.031;SC=GCCTTCCTGGTGGGGGTGGTG;SOR=0.828;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=22;WE=120195362;WS=120195344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr12	120220282	rs440299	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=219;ReadPosRankSum=-0.616;SC=AGGTCCAAGCAAGCCGAGATG;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=16;WE=120220290;WS=120220272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	120220589	rs385959	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=0.442;SC=TGGTTGCCGACTCCGGTTTCC;SOR=0.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=11;WE=120220597;WS=120220579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr12	120270528	rs4767849	T	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=562;ReadPosRankSum=1.043;SC=GGACCAAGAATACTTTTTAGT;SOR=1.190;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=67;TCR=14;TR=34;WE=120270536;WS=120270518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,35:0.41:86
chr12	120313953	rs36054900	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=890;ReadPosRankSum=0.055;SC=ATTCCGCGCTCCATATTTGAA;SOR=0.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=64;WE=120313961;WS=120313943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr12	120541570	rs17499109	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=609;ReadPosRankSum=1.243;SC=GGCACCGGTCGCTCAACTGTG;SOR=0.170;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=35;WE=120541578;WS=120541560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr12	120541597	rs73217390	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=806;ReadPosRankSum=1.603;SC=GGTCAGTGGCGCGGGTTGGGT;SOR=0.893;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=70;TCR=26;TR=53;WE=120541605;WS=120541583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr12	120567406	rs2240312	C	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=295;ReadPosRankSum=0.992;SC=ACACTGACCCCCCCTGCTCCT;SOR=0.484;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=23;WE=120567414;WS=120567396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr12	120575549	rs3864938	A	C	10228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=2.108;SC=TCCAGCAGATACTCGATGATG;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=180;TCR=178;TR=356;WE=120575557;WS=120575539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,370:0.99:372
chr12	120588842	rs3932409	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr12	120588852	rs4503602	A	G	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.90;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr12	120589160	rs2286046	A	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=40;PP=1319;SC=TGGCTGGCACAAGGGGTGGCA;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=74;WE=120589168;WS=120589150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	120591251	rs10735071	C	T	11481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=240;PP=2965;SC=GTCAACCCTACAGGCTGCATC;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=169;TCR=241;TR=409;WE=120591259;WS=120591241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr12	120606163	rs6490286	T	C	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=76;PP=2329;SC=AGAGCTGATCTACTCCATCCT;SOR=2.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=28;TCR=76;TR=104;WE=120606171;WS=120606153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	120637199	rs1045110	G	A	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.903;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.983;NF=84;NR=52;PP=1924;ReadPosRankSum=2.323;SC=CAGCCTTCCCGCGAAGGGACA;SOR=0.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TCR=110;TR=136;WE=120637207;WS=120637189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,142:0.49:291
chr12	120661977	rs4767884	T	C	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=18;PP=1091;SC=AATCGGGAGCTGCTGGGCTGC;SOR=1.539;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=61;WE=120661985;WS=120661967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	120720038	rs7960743	T	C	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=33;PP=1445;ReadPosRankSum=0.846;SC=CACTGCCGCCTGGCCCCTCCA;SOR=0.599;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=128;TCR=59;TR=102;WE=120720046;WS=120720028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,106:0.55:192
chr12	120720246	rs61140476	T	C	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.831;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=840;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CATTCTTCCCTGGGCTGGTGA;SOR=1.016;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=145;TCF=61;TCR=84;TR=62;WE=120720254;WS=120720236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,68:0.44:154
chr12	120741313	.	G	GA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=3.382;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr12	120741382	rs61748115	G	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.978;NF=56;NR=39;PP=1402;ReadPosRankSum=-0.867;SC=TGAGCTTTGCGTTGACTTTCA;SOR=1.211;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=226;TCF=124;TCR=102;TR=95;WE=120741390;WS=120741372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,85:0.39:216
chr12	120750239	rs2261612	A	G	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=34;PP=1947;SC=CTGTTCAGTCAGCGTCTTCCT;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=110;WE=120750247;WS=120750229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	120750517	rs16950058	A	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=722;ReadPosRankSum=-2.517;SC=GTGTAAAAGAAGCCGACTCCC;SOR=0.655;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=50;WE=120750525;WS=120750507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,58:0.37:158
chr12	120762837	rs5634	A	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=577;ReadPosRankSum=-0.604;SC=TGGCCTGGTCATAGCAGTTGT;SOR=1.129;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=42;WE=120762845;WS=120762827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,48:0.40:121
chr12	120783527	rs1076205	G	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=761;ReadPosRankSum=1.728;SC=GAAGTGAGGCGCTGACCTCTC;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=62;WE=120783535;WS=120783517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr12	120783561	rs1076206	T	C	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=43;PP=1306;SC=ATCGCCCCCCTACTGCAGGTC;SOR=1.451;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=68;WE=120783569;WS=120783551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	120791042	rs1007469	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=7;PP=493;SC=ACCCTGAGAAGTCAGACTGCC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=120791050;WS=120791032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	120794653	rs1179441	T	C	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=25;PP=2965;SC=CCCCTGCTAGTCCTGGGAGCA;SOR=2.956;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=108;TCR=25;TR=133;WE=120794661;WS=120794643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	120796703	rs1179445	T	A	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=5;PP=1144;SC=ACGCAGATCCTGGGGGATAGG;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=120796711;WS=120796693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	120800823	rs757123	A	G	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=53;PP=2199;SC=CCCCAGCAGCAAGCGCCCCCA;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=130;WE=120800831;WS=120800813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	120801064	rs34243955	GC	G	164.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=83;ReadPosRankSum=0.282;SC=CTCTTTAAAGGCCCCCCCCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=120801072;WS=120801054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr12	120806129	rs111293994	C	CT	2545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.709;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.12;MQRankSum=0.389;QD=33.94;ReadPosRankSum=1.617;SOR=2.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr12	120876426	.	A	T	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-6.282;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=74;PP=1585;ReadPosRankSum=-0.736;SC=AGGCGTGTACAGCTTGTTTAT;SOR=0.483;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=177;TCF=31;TCR=146;TR=92;WE=120876434;WS=120876416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,97:0.51:189
chr12	120882835	rs3858722	TAC	T	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=0.380;SC=AATATGACAGTACAAAAGTAA;SOR=0.072;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=120882844;WS=120882825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	120884328	rs2235217	C	T	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=84;PP=2355;ReadPosRankSum=-2.462;SC=CCCCTCTGGGCGGGCGCCAGG;SOR=0.744;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=320;TCF=163;TCR=157;TR=166;WE=120884336;WS=120884318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,167:0.53:316
chr12	120897652	rs28390349	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=1;PP=1260;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAAAC;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=44;TCR=1;TR=45;WE=120897660;WS=120897642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	120907271	rs11548262	G	T	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=67;PP=2164;ReadPosRankSum=0.603;SC=AGGCCGTGCCGGTTCTTGAGC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=187;TCR=124;TR=167;WE=120907279;WS=120907261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,174:0.54:321
chr12	120934407	rs1563333	C	T	6389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=1.180;SC=GGGGTTCCTTCCCCCCGATCC;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=489;TCF=209;TCR=280;TR=280;WE=120934415;WS=120934397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,290:0.57:509
chr12	120941927	rs7136951	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=106;ReadPosRankSum=-0.707;SC=AGAACATGCCCCTCACTTCTT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=8;WE=120941935;WS=120941917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr12	120942911	rs4766966	G	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=0.432;SC=CCTCTTGTTTGTTCTCACTTG;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=16;WE=120942919;WS=120942901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr12	120947788	rs4766968	G	C	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=29;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.376;SC=TTTCCTGAGAGTCATACAAGC;SOR=0.382;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=190;TCF=142;TCR=48;TR=102;WE=120947796;WS=120947778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,105:0.51:205
chr12	120947948	rs500003	G	A	10086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=143;NR=197;PP=2965;SC=AGTGAGTTCCGGGTCTCAGTG;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=341;TCF=143;TCR=198;TR=340;WE=120947956;WS=120947938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr12	120954490	rs3742049	C	T	4946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TACTCTTTGGCAATTTCTTCC;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=488;TCF=249;TCR=239;TR=225;WE=120954498;WS=120954480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,239:0.47:507
chr12	120966659	rs55848094	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=3;PP=884;ReadPosRankSum=-1.455;SC=GAACTAATTGGATGTTAAATC;SOR=2.509;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=101;TCF=91;TCR=10;TR=45;WE=120966667;WS=120966649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,45:0.44:102
chr12	120966921	rs3742052	A	G	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=55;PP=1352;ReadPosRankSum=0.429;SC=AGCTCCATAGAGCACAGCTCC;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=18;TCR=101;TR=65;WE=120966929;WS=120966911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,64:0.53:120
chr12	120990582	rs12309824	A	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.180;SC=GGCTTTTTTTAAGCTATTGTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=120990590;WS=120990572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	120992401	rs3213565	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=516;ReadPosRankSum=0.780;SC=TGCAGTGCCTCATGAACCAGG;SOR=0.498;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=29;WE=120992409;WS=120992391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr12	120994932	rs7956998	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=0;PP=1331;SC=ATGTACCTACGTTGTAAACAA;SOR=7.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=50;TCR=0;TR=50;WE=120994940;WS=120994922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	120995332	rs2292681	G	A	3533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=74;PP=2375;ReadPosRankSum=1.340;SC=TGCTACATATGAGTGTCCATG;SOR=0.710;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=355;TCF=195;TCR=160;TR=159;WE=120995340;WS=120995322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,171:0.44:387
chr12	120998443	rs603574	A	G	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=870;ReadPosRankSum=0.116;SC=CCCCAGAGAAAAGGCTGTATT;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=52;WE=120998451;WS=120998433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr12	120998481	rs787949	G	A	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=44;PP=2125;SC=CTACACCATCGTGAGCTTTGA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=117;WE=120998489;WS=120998471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	121004590	rs546417	C	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=-0.324;QD=11.18;ReadPosRankSum=-1.712;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr12	121008958	rs2280168	G	A	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=45;PP=1519;ReadPosRankSum=0.542;SC=CCCTTGGAACGTGACGAATAT;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=250;TCF=147;TCR=103;TR=112;WE=121008966;WS=121008948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,105:0.44:239
chr12	121009198	rs651627	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CATTCTAATACGGCTGGACAA;SOR=0.324;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=13;WE=121009206;WS=121009188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr12	121012456	rs11611781	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TGGCTGGGCACGGTGTCTCAT;SOR=1.051;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=121012464;WS=121012446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	121017171	rs7174	A	G	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=45;PP=2312;SC=TCCTCCTCTAATAAGCAGCTT;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=123;WE=121017179;WS=121017161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	121017243	rs509445	A	C	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=54;PP=1689;ReadPosRankSum=-1.395;SC=CAGGGATGAAAGATATCTTTG;SOR=0.581;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=256;TCF=152;TCR=104;TR=126;WE=121017251;WS=121017233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,129:0.50:260
chr12	121017439	rs563920	A	G	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=98;PP=2965;SC=CTTGTGAAAGATCTCGACCTT;SOR=1.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=59;TCR=98;TR=157;WE=121017447;WS=121017429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	121017474	rs3833953	GT	G	2218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.28;MQRankSum=1.512;NF=23;NR=32;PP=2086;ReadPosRankSum=0.241;SC=GTAGGGGGAAGTGTCTTGTTA;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=45;TCR=57;TR=55;WE=121017482;WS=121017464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr12	121019323	rs591992	T	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=530;SC=CTGTCAGCTCTCTCAAGCCCC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=121019331;WS=121019313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	121093629	rs112935060	CGTGCGT	C	3261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.589;NF=68;NR=36;PP=2979;ReadPosRankSum=1.267;SC=CCAGTGCGTGCGTGCGTGTGT;SOR=0.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=104;WE=121093644;WS=121093611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,108:0.90:120
chr12	121094110	rs569499	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=299;SC=CCGCTGAACTTGGCTTCACAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=121094118;WS=121094100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	121097622	rs529584	G	A	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=42;PP=2308;SC=CCCAGGTTAGGTATTTTGTGA;SOR=1.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=79;TCR=42;TR=121;WE=121097630;WS=121097612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	121131891	rs2393749	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=459;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CTTTTGTCCTCAGCCTCAGAC;SOR=0.853;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=46;WE=121131899;WS=121131881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr12	121132100	rs7964786	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=140;ReadPosRankSum=0.696;SC=TGCTGCTTGACCAGTAGGACA;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=12;WE=121132108;WS=121132090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr12	121133037	rs504403	G	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=436;ReadPosRankSum=0.812;SC=TTGAGCTGATGACTATTTTGG;SOR=0.862;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=27;WE=121133045;WS=121133027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr12	121151062	rs3833788	CTCTCTTG	C	3990.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.266;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.803;NF=34;NR=28;PP=2973;ReadPosRankSum=0.824;SC=GTTGGTTTCTCTCTCTTGTTT;SOR=0.950;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=62;WE=121151076;WS=121151052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,105:0.48:217
chr12	121157535	rs56179458	GC	AA	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=296;ReadPosRankSum=1.091;SC=CAGCTGGGGGGCCTCTGTGGT;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=8;WE=121157544;WS=121157525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	121157851	rs3752531	A	G	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=60;PP=1312;ReadPosRankSum=0.620;SC=GCAAGAGTAGATAGGGGAGGT;SOR=0.422;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=148;TCF=37;TCR=111;TR=84;WE=121157859;WS=121157841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,87:0.57:153
chr12	121163518	rs2239760	C	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=173;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GCGTCGGTTCCTCGCCTTGGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=9;WE=121163526;WS=121163508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr12	121174899	rs3914	T	C	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1076;ReadPosRankSum=1.361;SC=AGATCAGCCGTGGCTGCGCCT;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=93;WE=121174907;WS=121174889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,101:0.57:177
chr12	121175984	rs555404	T	C	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=959;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CCTGAGCTTCTGAGGGAGGTG;SOR=1.050;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=73;WE=121175992;WS=121175974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,81:0.52:156
chr12	121176083	rs1799958	G	A	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1481;ReadPosRankSum=-0.257;SC=CTCCTTTCAGGGCATCAGTGC;SOR=0.961;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=220;TCF=120;TCR=100;TR=102;WE=121176091;WS=121176073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,103:0.45:228
chr12	121176679	rs3915	C	T	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=70;PP=1824;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TGACCTGGCGCGCTGCCATGC;SOR=0.604;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=112;TCR=128;TR=131;WE=121176687;WS=121176669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,132:0.53:248
chr12	121177272	rs3916	G	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=300;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GACTGCCCCAGGACTGCGGGA;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=20;WE=121177280;WS=121177262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr12	121220375	rs2393717	G	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=587;SC=TGTAGTGATGGTTGTACAGCT;SOR=4.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=121220383;WS=121220371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	121221628	rs7137504	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=386;SC=AACTTCATTCCGCCAAACACT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=121221636;WS=121221618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	121222411	rs3213570	C	G	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=60;PP=2004;SC=AAGAGAAAAACAGACAGATTA;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=101;WE=121222419;WS=121222401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	121222556	rs3213567	T	C	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=182;SC=CCAACGAGATTATGAGCTCCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=121222564;WS=121222546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	121248584	rs674021	G	A	4608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=60;PP=2917;SC=CCTCCAACTTGTATCAACCCC;SOR=1.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=99;TCR=60;TR=159;WE=121248592;WS=121248566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	121341762	rs7966446	C	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=17;PP=655;SC=CGGCCGGGGTCCGGTGCTTGC;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=34;WE=121341770;WS=121341752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	121341849	rs2686458	A	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=338;SC=CGGGCTCCGAAGCGGCCCCGC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=121341857;WS=121341839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	121416622	rs1169289	C	G	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1645;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CGGCCCTGCTCGAGTCAGGGC;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=149;TCR=128;TR=119;WE=121416630;WS=121416612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,125:0.43:292
chr12	121416650	rs1169288	A	C	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=49;PP=1637;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AGAGGCACTGATCCAGGCACT;SOR=0.727;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=249;TCF=131;TCR=118;TR=112;WE=121416658;WS=121416640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,114:0.43:265
chr12	121416988	rs2244608	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=-1.659;SC=TTGAGTCCCCATGACCTTCAG;SOR=0.184;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=121416996;WS=121416978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	121426594	rs1169294	G	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=7;PP=929;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TATGGGGAGAGACAGCCCTTG;SOR=1.052;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=79;TCR=12;TR=49;WE=121426602;WS=121426584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr12	121431300	rs1169301	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=334;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CAGTACCCCACTCACGGCTTT;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=22;WE=121431308;WS=121431290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr12	121432302	rs1169302	T	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=485;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CTCTTTGCACTTCAGTTTGGT;SOR=0.443;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=33;WE=121432310;WS=121432292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr12	121434630	rs55853809	C	CTCATTCAT	1695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GCCACTGGGACTCATTCATTC;SOR=0.922;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=24;WE=121434638;WS=121434620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr12	121434833	rs2259852	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=507;ReadPosRankSum=1.041;SC=AGGGTAAGGGGGACTGATGTT;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=29;WE=121434841;WS=121434823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr12	121435342	rs2259820	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=17;PP=1049;ReadPosRankSum=0.928;SC=CCTGACCACCCTGCAGCCCGT;SOR=1.295;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=136;TCF=95;TCR=41;TR=66;WE=121435350;WS=121435332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
chr12	121435427	rs2464196	G	A	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=58;PP=1879;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GTGACCCAGAGCCCCTTCATG;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=301;TCF=175;TCR=126;TR=142;WE=121435435;WS=121435417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,146:0.46:315
chr12	121435475	rs2464195	G	A	3994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=82;PP=2563;ReadPosRankSum=-1.559;SC=CACGGTGAGCGCCCTGTGCCC;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=385;TCF=215;TCR=170;TR=185;WE=121435483;WS=121435465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,191:0.47:405
chr12	121435587	rs2259816	G	T	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=93;PP=2573;ReadPosRankSum=1.627;SC=GGACAAGTGTGTTTCCGTGAT;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=150;TCR=184;TR=169;WE=121435595;WS=121435577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,175:0.49:354
chr12	121437221	rs1169304	T	C	3872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=112;PP=2251;ReadPosRankSum=0.282;SC=GGCCCTCCCTTGGCCTGTGAC;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=384;TCF=160;TCR=224;TR=188;WE=121437229;WS=121437211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,195:0.50:391
chr12	121437382	rs1169305	A	G	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=66;PP=2023;SC=GGACCCTGCCAGCATCCAGCA;SOR=1.169;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=112;WE=121437390;WS=121437372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	121438844	rs735396	T	C	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.978;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=25;PP=1589;ReadPosRankSum=0.148;SC=GGTGGGTGGCTAGCAGCCTTG;SOR=1.099;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=161;TCF=112;TCR=49;TR=89;WE=121438852;WS=121438834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,91:0.54:168
chr12	121439433	rs1169310	G	A	3344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=53;PP=2347;ReadPosRankSum=-0.463;SC=GAGAGGCCCTGGATCAGCGTG;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=292;TCF=194;TCR=98;TR=148;WE=121439441;WS=121439423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,155:0.51:306
chr12	121450165	rs2264750	C	T	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=981;ReadPosRankSum=1.885;SC=TGACGTGGGCCAATGGGAGGA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=87;TCR=40;TR=65;WE=121450173;WS=121450155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,66:0.50:133
chr12	121450354	rs2264778	C	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.91;MQRankSum=-0.926;NF=11;NR=30;PP=667;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CAGATAGATGCACTTTTAAGA;SOR=1.426;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=41;WE=121450362;WS=121450344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr12	121450384	rs2254971	G	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.980;NF=4;NR=20;PP=317;ReadPosRankSum=0.011;SC=GGCCGGGCGCGGTGGCTCACG;SOR=1.688;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=24;WE=121450392;WS=121450374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr12	121454257	rs2258227	T	A	6019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.266;SC=AATCGCTCACTGTGCCACTGG;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=583;TCF=289;TCR=294;TR=287;WE=121454265;WS=121454247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,289:0.48:600
chr12	121454313	rs2258287	C	A	5436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.826;SC=AGAACACCGCCGTTATCAAGC;SOR=0.913;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=518;TCF=229;TCR=289;TR=255;WE=121454321;WS=121454303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,257:0.48:534
chr12	121458400	rs12819210	C	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=996;ReadPosRankSum=-2.616;SC=CTTTCTTCTTCGAGAGGATGA;SOR=0.564;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=69;WE=121458408;WS=121458390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
chr12	121471337	rs3213545	G	A	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=39;PP=1142;ReadPosRankSum=-1.891;SC=TGGTGAAGACGAGAGCATCGG;SOR=0.376;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=206;TCF=129;TCR=77;TR=93;WE=121471345;WS=121471327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,101:0.46:220
chr12	121613060	rs3751147	G	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.066;NF=8;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GCTGCAGTGAGTGGTAATCCT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=9;WE=121613068;WS=121613050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr12	121613090	rs3751146	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.020;NF=10;NR=2;PP=225;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CTCCAGCCTGGGTGACAGCGT;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=12;WE=121613098;WS=121613080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr12	121614934	rs7132846	C	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=501;ReadPosRankSum=-0.448;SC=AGTAAACTCTCCCACTCTGTT;SOR=0.559;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=33;WE=121614942;WS=121614924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr12	121615131	rs2230911	C	G	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=703;ReadPosRankSum=1.744;SC=CTCATCGACACTTACTCCAGT;SOR=0.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=50;WE=121615139;WS=121615121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,53:0.46:116
chr12	121618278	rs112146943	CT	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=1.442;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.771;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr12	121622239	rs3751144	C	T	3352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=70;PP=2035;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GGGATAGCCCCGTCTGGTGCC;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=156;TCR=149;TR=142;WE=121622247;WS=121622229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,156:0.48:326
chr12	121622304	rs3751143	A	C	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.234;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=72;PP=1633;ReadPosRankSum=-1.985;SC=TGCCTGGAGGAGCTGTGCTGC;SOR=0.708;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=264;TCF=138;TCR=126;TR=140;WE=121622312;WS=121622294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,150:0.52:287
chr12	121622419	rs3751142	G	T	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=64;PP=1670;ReadPosRankSum=-1.909;SC=AGCCCTTGCTGGCGCTGGATG;SOR=0.925;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=232;TCF=113;TCR=119;TR=118;WE=121622427;WS=121622409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,122:0.51:241
chr12	121622520	rs1653624	A	T	6656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=108;PP=2965;SC=GACTTTGCCAACCTGCCCAGC;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=118;TCR=108;TR=226;WE=121622528;WS=121622510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	121622641	rs28969479	G	A	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=803;ReadPosRankSum=0.865;SC=TAATCCCAGCGCTTTGGGAGG;SOR=0.910;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=46;WE=121622649;WS=121622631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr12	121647955	.	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=107;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GACTGGGAGCGGGCGGCGCGG;SOR=0.802;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=8;WE=121647963;WS=121647945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr12	121659684	rs7298368	C	T	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=33;PP=1425;ReadPosRankSum=-0.901;SC=GTCCTCTGAGCGTGGCTTGCC;SOR=0.971;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=228;TCF=150;TCR=78;TR=105;WE=121659705;WS=121659674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,108:0.46:237
chr12	121659999	rs1629287	G	A	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=116;PP=2755;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TGGGGAGGGCGGCCCCTGAGC;SOR=0.661;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=363;TCF=111;TCR=252;TR=169;WE=121660007;WS=121659989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,172:0.46:371
chr12	121660787	rs25643	T	C	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=35;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TCAACGGGTCTGTCAAGACGT;SOR=0.832;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=175;TCF=100;TCR=75;TR=87;WE=121660795;WS=121660777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,90:0.48:186
chr12	121666476	rs3815989	C	T	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=48;PP=1716;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TGGCTCTTCTCTCTTCTCTGA;SOR=0.536;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=221;TCF=132;TCR=89;TR=111;WE=121666484;WS=121666466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,113:0.50:228
chr12	121666646	rs25644	A	G	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CGCAGGACACAGTTTCCAGGA;SOR=0.917;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=246;TCF=114;TCR=132;TR=113;WE=121666654;WS=121666636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,116:0.45:258
chr12	121670193	rs5801428	CT	C	3405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.610;NF=26;NR=40;PP=2266;ReadPosRankSum=0.278;SC=CCATCTCCCCCTGATCCATCC;SOR=0.614;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=66;WE=121670201;WS=121670183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,107:0.47:228
chr12	121678327	.	CT	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr12	121682051	rs2686340	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=59;ReadPosRankSum=0.423;SC=CCATGGGCCCTGTGACAGAGC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=121682059;WS=121682041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	121690305	rs112943694	T	TCTGGTGATCCGC	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=1199;ReadPosRankSum=0.981;SC=ACTCCTAACCTCTGCCTCAGC;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=2;WE=121690313;WS=121690295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr12	121690548	rs2686344	T	C	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.72;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr12	121690555	rs2686345	T	C	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.31;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr12	121690587	rs1560568	G	A	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=407;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GTTTTCCTTTGGGGAACCACC;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=32;WE=121690595;WS=121690577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr12	121691096	rs1132780	G	A	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=840;ReadPosRankSum=-1.079;SC=AAGATCTTGCGGGTCTCAGAG;SOR=0.317;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=56;WE=121691104;WS=121691086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr12	121764799	rs4980993	A	C	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=32;PP=1636;SC=GTCGAGCAGAACTGTCCAACA;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=121764807;WS=121764789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	121768248	rs2280067	C	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=361;SC=TAATTAAAGTCATATGAAACT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=121768256;WS=121768238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	121773552	rs3751162	T	C	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=29;PP=870;SC=ATCAATGTATTTTAAACGCTG;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=121773560;WS=121773542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	121785795	rs1169961	C	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=-1.263;SC=TCACTCCAAACATGCAAATAA;SOR=0.304;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=25;WE=121785803;WS=121785785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr12	121789927	rs1799525	C	A	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=5;PP=927;ReadPosRankSum=-0.940;SC=AGCCAGCGGGCGCCTCTCACC;SOR=0.993;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=83;TCR=10;TR=48;WE=121789935;WS=121789917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr12	121853164	rs11065565	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=14;PP=382;SC=TGGCTCACACTTGTAATCTGA;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=121853172;WS=121853154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	121870922	rs12427382	G	A	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=44;PP=2023;SC=CCTCTTTGGAGGCTCATTCAT;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=107;WE=121870930;WS=121870912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	121871006	rs11065575	A	C	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=54;PP=1679;SC=CTTCCAACAAAGAAGCTAGAA;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=100;WE=121871014;WS=121870996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	121878659	rs1064951	C	T	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=139;NR=87;PP=2965;SC=GATCCCGCATCTGGGCATCCT;SOR=1.131;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=140;TCR=87;TR=226;WE=121878667;WS=121878649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr12	121879111	rs2288154	G	C	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=38;PP=1141;SC=GCTCTTAACTGTCCCCACCTA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=121879119;WS=121879101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	121880520	rs3751131	G	A	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=64;PP=2248;SC=AGCGGGAGTGGTCGCTCTCCC;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=123;WE=121880528;WS=121880510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	121881848	rs10849885	G	A	7072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=170;NR=71;PP=2965;SC=GGGGCTTCTCGTATTTCCGCT;SOR=1.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=173;TCR=71;TR=241;WE=121881856;WS=121881838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	121882098	rs3817551	T	G	17836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=319;NR=314;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.175;SC=AAAGAGAGAATGAACAGACCA;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=636;TCF=320;TCR=316;TR=633;WE=121882106;WS=121882088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,650:1.00:652
chr12	121905127	.	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GCTCGGGCTCGGGCTCCCGCT;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=24;WE=121905135;WS=121905117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr12	122064773	rs141919534	CCCGCCA	C	12227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.68;QD=43.83;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr12	122097043	.	GCA	G	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=8.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.60;MQRankSum=4.942;QD=4.81;ReadPosRankSum=-2.211;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr12	122186268	rs28651018	C	T	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=56;PP=2471;SC=AGGCGGAGCTCGTTCAGCAGA;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=145;WE=122186276;WS=122186258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	122186317	rs28655666	G	A	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=94;NR=85;PP=2965;SC=CGTCTTCTTCGACATGGAGGC;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=94;TCR=85;TR=179;WE=122186325;WS=122186307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	122217856	rs59641582	G	GGT	2614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=21;PP=1631;SC=GGTTCCCCCAGGTGTCTCCCA;SOR=0.865;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=35;WE=122217864;WS=122217846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	122231368	rs2707067	C	A	3910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=75;NR=65;PP=2269;SC=AGGGGCGTCCCTCGCCCCCAC;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=140;WE=122231376;WS=122231358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	122231573	rs2707066	C	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=670;SC=GGCGGCGCGCCGGGCACTAGC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=122231581;WS=122231563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	122243905	rs1168666	C	T	12159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=216;NR=221;PP=2965;SC=ACCTGGGCATCGCCAAGGTGG;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=437;TCF=216;TCR=221;TR=437;WE=122243913;WS=122243895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr12	122248582	rs895952	C	G	16439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=277;NR=302;PP=2965;SC=CAACACCCCTCCCAGACTCCG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=580;TCF=277;TCR=303;TR=579;WE=122248590;WS=122248572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,603:1.00:603
chr12	122261456	rs3741593	G	A	10098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=186;NR=149;PP=2965;SC=TGCCACCTGCGGGCTCGCCCG;SOR=0.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=187;TCR=151;TR=335;WE=122261464;WS=122261446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr12	122281575	rs1795963	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=414;ReadPosRankSum=-0.365;SC=TGCAGAGCTCATACTCCCCCC;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=30;WE=122281583;WS=122281565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr12	122284715	rs2247291	T	C	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=39;PP=2701;SC=TTTGCAGAGATCGTCCCTGGC;SOR=1.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=95;TCR=39;TR=134;WE=122284723;WS=122284705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	122287132	rs3832816	CT	C	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=420;SC=AAGAGAGACTCTTTTTTTTGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=19;WE=122287140;WS=122287122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	122295335	rs1154510	T	C	9309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=1.654;SC=TAGAATGACGTGGCCTGAATC;SOR=0.965;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=348;TCF=158;TCR=190;TR=345;WE=122295343;WS=122295325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,362:0.99:364
chr12	122296784	rs3741591	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=271;ReadPosRankSum=-0.277;SC=AGTGCTGGGCCGGAGTATTTA;SOR=0.425;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=19;WE=122296792;WS=122296774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr12	122326812	rs2230681	T	C	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=105;NR=81;PP=2965;SC=CAGGCCGGCGTCGTGACTGTC;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=186;WE=122326820;WS=122326802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	122348746	rs4069666	A	G	6716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.029;NF=177;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.179;SC=TATTTTGCAAATATCACCCCT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=628;TCF=354;TCR=274;TR=316;WE=122348754;WS=122348736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,322:0.52:624
chr12	122348938	rs142734893	T	TTTTTG	737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.868;NF=0;NR=16;PP=804;ReadPosRankSum=2.914;SC=CTGTGTAGTTTTTTTGTTTTG;SOR=2.437;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=16;WE=122348946;WS=122348928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr12	122353796	rs14259	A	G	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=682;ReadPosRankSum=1.855;SC=CGCAGGGGGGAAAAACACCAG;SOR=0.944;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=138;TCF=78;TCR=60;TR=52;WE=122353804;WS=122353786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
chr12	122359172	rs6486782	T	C	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=767;ReadPosRankSum=0.802;SC=AGCTGGTTATTATGGTCAAAA;SOR=0.562;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=59;WE=122359180;WS=122359162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,60:0.50:120
chr12	122359397	rs142042908	G	GGAGGAGGAGGAGAAA	6384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.87;QD=50.27;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	122361929	rs34885077	CT	C	1058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=932;SC=TCCCCCAGTGCTTTTGAGAGT;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=25;WE=122361937;WS=122361919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	122369762	rs7313748	C	T	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TCATCTACAACGTGTTCAGGA;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=96;TCR=93;TR=91;WE=122369770;WS=122369752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,97:0.48:203
chr12	122386807	rs76025563	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.06;ReadPosRankSum=0.244;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr12	122389248	rs1185260	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=415;SC=ATTTCCCAAGACAGCAAGTTC;SOR=4.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=122389256;WS=122389238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	122391963	rs1154513	A	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=10;PP=1150;SC=AAAATATCGTATTGATAAATG;SOR=2.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=122391971;WS=122391953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	122394921	rs11043271	A	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=354;ReadPosRankSum=1.584;SC=ATTAGGTATTATATAGATGCT;SOR=0.752;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=18;WE=122394929;WS=122394911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr12	122396395	rs17852561	C	T	3437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=81;PP=2192;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TGAGAAGGGGCTTGGAGTCCA;SOR=0.599;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=357;TCF=164;TCR=193;TR=154;WE=122396403;WS=122396385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,168:0.45:375
chr12	122405912	rs1169081	G	T	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=79;PP=2688;ReadPosRankSum=0.248;SC=TCCTTTCTAGGTGGGACTTCA;SOR=0.599;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=406;TCF=236;TCR=170;TR=184;WE=122405920;WS=122405902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,189:0.45:418
chr12	122409664	rs658957	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=452;SC=ATCTTTGTGATATGGTTTGGC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=122409672;WS=122409654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	122439369	rs1182927	T	C	7363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=107;PP=2965;SC=GCCTCAAGAGTTAAACAATCA;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=152;TCR=108;TR=258;WE=122439377;WS=122439359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	122468756	rs59397548	A	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=792;ReadPosRankSum=0.961;SC=GGGGAGGGAGATTGTCCACTG;SOR=0.241;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=50;WE=122468764;WS=122468746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr12	122481879	rs34821485	A	C	5802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.755;SC=CCAGAGCCCAACTCGGCTGTG;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=552;TCF=225;TCR=327;TR=269;WE=122481887;WS=122481869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,279:0.49:567
chr12	122492598	rs2280573	A	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=396;SC=TGTAGCCTTCAAAGACCACTG;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=122492606;WS=122492588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	122611620	rs75503016	A	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=205;SC=CAGTATCCCCACCATGCCCTG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=122611628;WS=122611619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	122611641	rs78324047	C	T	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=325;SC=CCCTGTGTGGCTCTGAAGAAA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=122611649;WS=122611631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	122612325	rs7488393	G	A	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=8;PP=1814;SC=GAAGGAAAGGGTACCTGGGAA;SOR=3.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=72;TCR=8;TR=79;WE=122612333;WS=122612315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	122612350	rs7486198	G	T	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=29;PP=2903;SC=GTCTGCCCTAGGGGAGGGGTG;SOR=2.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=109;TCR=29;TR=138;WE=122612358;WS=122612340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	122612598	rs7484733	T	C	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=63;PP=1953;SC=GCTGGTCCTGTAGGAGAGGCT;SOR=2.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=83;WE=122612606;WS=122612588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	122612625	rs10847611	C	G	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.33;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	122612635	rs6489238	G	A	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.62;SOR=2.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	122613540	rs6489244	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=5;PP=836;SC=TGGGACGTACTTTCTGAGTGA;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=35;WE=122613548;WS=122613530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	122613599	rs10847853	A	G	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.102;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=39;PP=2094;ReadPosRankSum=1.438;SC=AGGCCTGATTATAGTGCCGGA;SOR=1.024;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=114;WE=122613607;WS=122613589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr12	122614060	rs7487608	G	T	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=49;PP=1666;ReadPosRankSum=1.481;SC=CTCCCTGAGAGTTCTGTATAT;SOR=0.654;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=285;TCF=171;TCR=114;TR=119;WE=122614068;WS=122614050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,126:0.42:302
chr12	122614209	rs5801481	CT	C	9196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=147;PP=2951;SC=AGGACCCCCACTTTGACATGA;SOR=1.196;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=182;TCF=24;TCR=158;TR=170;WE=122614217;WS=122614199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr12	122614387	rs7487292	T	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=518;ReadPosRankSum=2.387;SC=TCACTTCCACTGAGCACCCCT;SOR=0.726;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=36;WE=122614395;WS=122614377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr12	122615515	rs4758654	C	G	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=44;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.417;SC=ACGGTTGCCTCCATCTCCCCC;SOR=0.870;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=128;TCF=32;TCR=96;TR=57;WE=122615523;WS=122615505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,59:0.44:134
chr12	122658383	rs6489173	A	G	5578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=75;PP=2965;SC=AATCTCTAGGACACTCACATC;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=188;WE=122658391;WS=122658373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	122668965	rs10847623	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=443;SC=CTAAACTCTATCCCTAATCGT;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=122668973;WS=122668955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	122674032	rs10847725	C	T	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=79;PP=2846;SC=TTCTCAGAGCCGAGATCAATT;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=91;TCR=79;TR=170;WE=122674040;WS=122674022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	122674758	rs4758651	G	A	5828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=0.477;SC=GGACCCTCCGGCACCTGCGAC;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=578;TCF=298;TCR=280;TR=276;WE=122674766;WS=122674748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:313,283:0.47:596
chr12	122676013	rs11060167	A	C	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=636;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CCCGGAACCCAGGCCCGAAGG;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=54;WE=122676021;WS=122676003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr12	122684966	rs11060679	G	C	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=28;PP=1997;SC=CATGGGAGCCGCACTCCCTGG;SOR=1.288;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=73;WE=122684974;WS=122684956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	122689109	rs372784600	C	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=514;ReadPosRankSum=-2.049;SC=TCGCTTCGACCCCGCCGCCGC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=43;WE=122689117;WS=122689099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr12	122689161	rs12827843	C	G	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,61:0.36:171
chr12	122689181	rs7136356	C	G	5845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.93;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	122689244	rs12828049	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=374;ReadPosRankSum=0.740;SC=CAGATTCTTTCACCGCCTCTG;SOR=0.944;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=37;WE=122689252;WS=122689234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr12	122691738	rs4758675	C	A	10766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=170;NR=184;PP=2965;SC=GTGCCTGAGGCGGCTGGGGCT;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=173;TCR=185;TR=354;WE=122691746;WS=122691728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr12	122694418	rs7964780	A	G	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=950;ReadPosRankSum=0.099;SC=GAAAGTCCACACAATTAAGTA;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=59;WE=122694426;WS=122694408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,63:0.54:116
chr12	122701001	rs2271411	T	A	4759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=2.478;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.88;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,196:0.94:208
chr12	122703014	rs7963565	C	T	6178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=145;PP=2965;SC=AATAGGCAAGCAAAAAACGTA;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=67;TCR=145;TR=212;WE=122703022;WS=122703004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr12	122720310	rs2271408	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=615;ReadPosRankSum=1.319;SC=TAAGCTGAGACGAGGTGGAGA;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=87;TCR=32;TR=48;WE=122720318;WS=122720300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,50:0.41:123
chr12	122723317	rs143384399	TACACACAC	T,TAC,TACACACACACACACACAC	1488.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=41,41;PP=2988,150;ReadPosRankSum=1.735;SC=TACATATACATACACACACAC;SOR=3.109;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=1;TCR=76;TR=41,41;WE=122723332;WS=122723307;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.20,0.77:40
chr12	122727095	rs61954367	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=454;ReadPosRankSum=0.140;SC=GCAGGGAAGATAGTTTATTTA;SOR=1.038;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=22;WE=122727103;WS=122727085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr12	122729336	rs7953290	A	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GGGAATAAGCACCTGTGTGCA;SOR=1.371;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=18;WE=122729344;WS=122729326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr12	122751021	rs35037730	G	A	4220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=119;PP=2912;ReadPosRankSum=1.311;SC=GAGGACCACGGACGCAGTCAC;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=331;TCF=123;TCR=208;TR=188;WE=122751029;WS=122751011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,192:0.55:350
chr12	122760929	.	C	CCACACA,CCACACACACACACACACA	2590.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14,14;NR=25,25;PP=422,918;ReadPosRankSum=1.494;SC=TAGTGGGAAACCACACACACA;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=39,39;WE=122760937;WS=122760919;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.92:61
chr12	122762604	rs2271409	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr12	122763790	rs5801472	T	TA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	122804034	rs3825097	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=-0.547;SC=ATCAGTCACAATCCAGTGCTG;SOR=0.352;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=13;WE=122804042;WS=122804024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr12	122812503	rs1129167	G	C	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=8;PP=1633;SC=CTTTGGCTTTGTCGGCTTGCT;SOR=3.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=122812511;WS=122812493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	122817507	rs7956480	A	G	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=38;PP=1703;SC=ACCTAAGGTCAGCACTCTTTT;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=99;WE=122817515;WS=122817497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	122838956	rs4997380	A	G	1429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	122864789	.	CAAA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,3:0.14:21
chr12	122964708	rs10846978	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=12;PP=766;SC=TCACATCACATGATAATTTAA;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=122964716;WS=122964698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	122966016	rs57144421	T	TA	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr12	122966373	rs4758692	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=743;SC=AATTAATGTATATTACCTAGG;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=122966381;WS=122966371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	122968149	rs11354559	GA	G	1350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=46;PP=1005;ReadPosRankSum=0.904;SC=TATTTAAGCAGAAAAAAAGAC;SOR=0.741;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=94;TCF=3;TCR=91;TR=46;WE=122968157;WS=122968139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr12	122983460	rs7314638	A	G	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=50;PP=2009;SC=TAACAATGCAAATCATAAAAT;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=105;WE=122983468;WS=122983450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	122991478	rs9988963	C	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=25;PP=684;SC=GTCCTGTTAACAAACACTGAA;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=122991486;WS=122991468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	122993011	rs10773230	C	T	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=839;SC=GAAGAGAATACAAAAATGGAT;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=122993019;WS=122993001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	122995468	rs10709275	GA	G	598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=671;SC=GGTGATGTGGGACCTGCAGTC;SOR=2.584;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=16;WE=122995476;WS=122995458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	122999358	rs11322682	CA	C	868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.245;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=363;ReadPosRankSum=1.552;SC=ATTTAAGACTCAAAAAAAAAA;SOR=0.477;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=122999367;WS=122999348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr12	122999535	rs6489056	C	T	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=4;PP=999;SC=CACAAATATGCCACCATATTA;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=122999543;WS=122999525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	123001737	rs57311174	G	A	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=17;PP=1882;SC=CTCTCTGAGGGTCCTATTAAA;SOR=2.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=83;WE=123001745;WS=123001727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	123003317	rs11058562	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=449;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TTTTTGGGTGTTGCTGGGTCA;SOR=1.230;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=24;WE=123003325;WS=123003307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr12	123023074	.	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-2.166;SC=AAACTCTAGCAAACTATTACT;SOR=0.169;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=123023082;WS=123023064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	123028096	rs61956128	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=361;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TGACTTGTATTATTTTGTAGA;SOR=1.031;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=25;WE=123028104;WS=123028086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr12	123030788	rs7968222	G	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=610;ReadPosRankSum=-0.678;SC=TGACAGTTAAGAACCTTATTG;SOR=0.618;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=45;WE=123030796;WS=123030778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr12	123031330	rs78620163	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=-1.178;SC=TATCTTGTGTACTGTGCTTTT;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=28;WE=123031338;WS=123031320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr12	123071366	rs202051366	T	TTTTA	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.17;QD=29.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	123079020	rs10847242	T	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=469;ReadPosRankSum=0.423;SC=GATTATTTTATGAGGTCCATA;SOR=1.058;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=25;WE=123079028;WS=123079010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr12	123079035	rs4319547	A	G	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=28;PP=774;SC=TCCATAGACCACTATTTTCTT;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=123079043;WS=123079025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	123087442	rs7307735	A	G	6948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=99;PP=2965;SC=AAGGTAATGGATTAAAACATT;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=130;TCR=99;TR=229;WE=123087450;WS=123087432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	123097528	rs10744294	C	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=229;ReadPosRankSum=0.906;SC=ACACACAGTGCGTTCCGTAAC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=12;WE=123097536;WS=123097518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	123100188	rs34023619	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr12	123102921	rs11837038	T	G	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=36;PP=1460;ReadPosRankSum=-0.983;SC=TGGCAGCGTGTGATACAGATA;SOR=0.775;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=255;TCF=159;TCR=96;TR=106;WE=123102929;WS=123102911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,110:0.43:257
chr12	123103016	rs7301589	G	T	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.63;QD=26.76;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	123103115	rs376934174	CA	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr12	123105143	rs2270775	C	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1212;ReadPosRankSum=-1.514;SC=AGAAAAGACACCAGCAAATTA;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=84;WE=123105151;WS=123105133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,89:0.51:174
chr12	123106893	.	G	A	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=29;QD=21.2570708491;SC=TTGGGCTTCCGATTGTCAGAA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=123106901;WS=123106892;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr12	123110654	rs3803005	T	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=452;SC=TATGTAGATTTGTATCACTTC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=123110662;WS=123110644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	123186596	rs76850512	C	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-6.306;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,11:0.16:68
chr12	123186880	rs28682471	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=144.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.60;MQRankSum=-12.112;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=5.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:308,61:0.17:369
chr12	123200069	.	AG	GC	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=10.090;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.74;MQRankSum=-5.698;QD=7.36;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr12	123200099	rs61955034	T	C	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=27;PP=2251;SC=TTCCAGGAAATCTTAGGCCGA;SOR=2.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=73;TCR=27;TR=100;WE=123200107;WS=123200089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	123200247	rs56308926	G	C	5022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=105;PP=2965;SC=CGGAGTTGGCGATTAACGCCT;SOR=1.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=91;TCR=106;TR=196;WE=123200255;WS=123200237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	123200334	rs116821988	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=81.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.36;MQRankSum=-9.320;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.813;SOR=6.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,30:0.13:227
chr12	123200527	rs118091133	T	C	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.75;QD=28.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	123200693	rs17884481	A	G	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=67;PP=2965;SC=AGGGGCAGGAAGAACTCCAGG;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=106;TCR=68;TR=173;WE=123200701;WS=123200683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	123200768	rs1798192	T	G	8429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=136;PP=2965;SC=ACATTTGCAGTGCCATTCTGG;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=152;TCR=136;TR=287;WE=123200776;WS=123200758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr12	123200937	rs1696352	T	G	11934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=226;NR=180;PP=2965;SC=CCGTGAGGAATATGATGCTGC;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=407;TCF=227;TCR=180;TR=406;WE=123200945;WS=123200927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr12	123201291	rs3825156	A	G	6209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=130;PP=2965;SC=TCATGAGTGCAGCTAGTGAGT;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=98;TCR=130;TR=228;WE=123201299;WS=123201281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	123201445	.	TAA	T	47	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;FR=1.0000;HP=18;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=20;MQ=57.88;NF=0;NR=4;PP=47;QD=12.5;SC=ACGAAATCTCTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=123201454;WS=123201435;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,4:0.57:7
chr12	123265952	rs1798563	A	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=615;ReadPosRankSum=-1.175;SC=ATTAGATTTGACCGGGCACGG;SOR=0.677;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=86;TCF=17;TCR=69;TR=38;WE=123265960;WS=123265942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr12	123281967	rs10744394	G	A	6581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=134;PP=2965;SC=ATCCTTCTCTGTCACATAAGA;SOR=1.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=99;TCR=134;TR=233;WE=123281975;WS=123281957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	123297718	rs4759391	T	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=206;ReadPosRankSum=-1.299;SC=AGCCTGGGCGTCAGAGCAAGA;SOR=1.127;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=14;WE=123297726;WS=123297708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr12	123297902	rs55716280	C	T	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1111;ReadPosRankSum=-1.694;SC=CAGATGGTGACGGACCTGGAG;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=72;WE=123297910;WS=123297892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,71:0.61:116
chr12	123307754	rs7954285	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	123307754	.	CA	TG	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=2;PP=62;QD=16.4954106946;SC=GTGATCCGCCCACCCTGGCCT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=123307763;WS=123307744;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	123307755	rs2604851	A	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.23;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	123319647	rs112066678	A	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr12	123320194	.	AGCGGGCGGCGGGCG	A	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=-0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.524;QD=19.52;ReadPosRankSum=2.748;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr12	123333065	rs2135014	C	T	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=85;PP=2339;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TCTGGTCCTACGCCATTGGGC;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=178;TCR=164;TR=175;WE=123333073;WS=123333055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,190:0.52:362
chr12	123335325	rs77455920	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=1.613;QD=12.26;ReadPosRankSum=1.220;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr12	123335483	rs2271048	A	G	5379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.62;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	123335483	.	AGCCAG	GGCCAA,GGCCAG	1098	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=25,71;NR=28,78;PP=592,1098;QD=12.1786391483;SC=ATGGCTACATAGCCAGTTCCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=53,149;WE=123335496;WS=123335473;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.36:149
chr12	123335488	rs2271049	G	A	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,63:0.42:150
chr12	123335527	rs2271050	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CCGCGTCTCACGCCCAGGCGT;SOR=0.235;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=27;WE=123335535;WS=123335517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr12	123339344	rs2292136	A	C,G	1761.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=26,18;NR=6,3;PP=1521,858;SC=GCCCGGTCTCAGGTGATCTCT;SOR=2.917;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=32,21;WE=123339366;WS=123339334;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.38:55
chr12	123339358	rs2292137	C	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=858;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GATCTCTGATCTGTGAGTTTG;SOR=0.375;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=34;WE=123339366;WS=123339334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr12	123339712	rs2292138	A	G	3417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=86;PP=2390;ReadPosRankSum=0.563;SC=CCCTTTGAGGACCCCAGGCAC;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=335;TCF=144;TCR=191;TR=153;WE=123339720;WS=123339702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,160:0.46:348
chr12	123340453	rs11418615	G	GC	1420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.699;NF=6;NR=19;PP=914;ReadPosRankSum=0.344;SC=AGCTGGAGGTGCGGGGTGGGG;SOR=0.576;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=25;WE=123340461;WS=123340443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chr12	123341289	rs897386	A	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.10;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	123341297	rs897385	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.65;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr12	123341833	rs7138398	G	C	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=69;PP=1834;ReadPosRankSum=1.453;SC=CTGTCTCCGTGATCTGCCTGT;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=291;TCF=138;TCR=153;TR=127;WE=123341841;WS=123341823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,133:0.44:305
chr12	123341863	rs2343109	G	C	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=61;PP=1186;ReadPosRankSum=-1.985;SC=TTCATGTAAAGGGGATCATAC;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=92;TCR=137;TR=103;WE=123341871;WS=123341853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,111:0.46:243
chr12	123342597	rs200827046	TCCTTGG	T	3148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=2215;ReadPosRankSum=1.280;SC=CTGGGGCACATCCTTGGCCTT;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=67;WE=123342610;WS=123342587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,79:0.64:123
chr12	123342628	rs34131980	CCTCTT	C	1947.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1326;ReadPosRankSum=0.072;SC=TCTAACCTGTCCTCTTCACCC;SOR=0.745;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=66;WE=123342640;WS=123342618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,56:0.33:169
chr12	123342885	rs12313006	C	T	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=45;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.465;SC=CAGTTCTCCTCGTGCTTGCAG;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=97;WE=123342893;WS=123342875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,100:0.41:245
chr12	123343571	rs2343110	T	G	5383.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.404;NF=49;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=1.373;SC=AGCCTGTCGGTGGGGGGGGCT;SOR=0.685;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=244;TCF=115;TCR=129;TR=109;WE=123343580;WS=123343561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,142:0.51:276
chr12	123343572	rs5801491	G	GGC	5374.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.403;NF=14;NR=55;PP=2980;ReadPosRankSum=1.476;SC=GCCTGTCGGTGGGGGGGGCTC;SOR=0.656;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=156;TCF=26;TCR=130;TR=69;WE=123343580;WS=123343561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,139:0.51:270
chr12	123344021	rs2271051	G	A	5273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.467;SC=GCTGGGGGCCGTGGTCGACAA;SOR=0.838;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=429;TCF=163;TCR=266;TR=228;WE=123344029;WS=123344011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,241:0.53:452
chr12	123344910	rs937765	A	C	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=53;PP=2648;SC=CTTGAGGGCCACTTTCCACCT;SOR=1.123;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=88;TCR=53;TR=140;WE=123344918;WS=123344900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	123345347	rs7306948	G	A	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=79;PP=2965;SC=CTTGCACGCCGACAGCAGCAC;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=169;WE=123345368;WS=123345337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	123345360	rs7298176	T	C	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=79;PP=2965;SC=AGCAGCACACTGGGCTCTGGG;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=92;TCR=79;TR=171;WE=123345368;WS=123345337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	123345736	rs10847910	C	G	13826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=204;PP=2965;SC=AGATGGAGACCCAGGTAGGCG;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=368;TCF=164;TCR=204;TR=368;WE=123345744;WS=123345726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr12	123345756	rs3215148	G	GC	4096.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.135;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.662;NF=14;NR=66;PP=2633;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GCCCATGGCTGCCCCGTGACC;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=34;TCR=153;TR=80;WE=123345764;WS=123345746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,155:0.52:296
chr12	123352179	rs3825143	C	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=37;PP=747;ReadPosRankSum=-0.859;SC=AACCTGGTTACAGGGACAGCC;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=61;WE=123352187;WS=123352169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr12	123353252	.	C	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=475;ReadPosRankSum=0.361;SC=ACAAGTGCACCAAGCCAGTGC;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=27;WE=123353260;WS=123353242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr12	123425575	rs4148866	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=986;ReadPosRankSum=0.436;SC=CCTGTCCCACCGATACCCGAC;SOR=0.469;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=172;TCF=76;TCR=96;TR=75;WE=123425583;WS=123425565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,80:0.43:186
chr12	123433137	rs10848106	T	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=6;PP=669;SC=GCTGCCAGGGTGCACAGTCCC;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=123433145;WS=123433127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	123434524	rs11060942	G	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=56;PP=1368;ReadPosRankSum=1.247;SC=GACCACACCCGGCTGCCCCCT;SOR=0.575;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=36;TCR=104;TR=76;WE=123434532;WS=123434514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,78:0.55:143
chr12	123460823	rs883563	A	G	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=24;PP=1513;SC=CTGCTGCCCCACTCCCTCCTC;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=88;WE=123460831;WS=123460813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	123460962	rs884956	T	C	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1266;ReadPosRankSum=-2.314;SC=CATCTAGGGGTTCTCATCCCA;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=89;TCR=95;TR=87;WE=123460970;WS=123460952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,91:0.47:195
chr12	123461117	rs117913606	G	A	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=740;ReadPosRankSum=-1.500;SC=CCTGTCTGGCGTTCTGGGCTT;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=49;WE=123461125;WS=123461107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr12	123461284	rs36004829	G	A	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.940;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CCTACCACCCGGCACGGCCTG;SOR=0.806;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=239;TCF=127;TCR=112;TR=101;WE=123461292;WS=123461274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,106:0.41:257
chr12	123463199	rs184338017	G	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=521;ReadPosRankSum=0.013;SC=TGGGCTGCCTGCCCGGGCTGC;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=29;WE=123463207;WS=123463189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr12	123466111	rs55742290	C	T	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=874;ReadPosRankSum=0.329;SC=CCCTCCTGGCCTTCCAGCCTC;SOR=0.709;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=62;WE=123466119;WS=123466101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,66:0.43:153
chr12	123471402	rs2049506	T	C	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=50;PP=1678;SC=CGTCTCATGGTCACCCCTTCC;SOR=1.166;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=86;WE=123471410;WS=123471392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	123473254	rs1463877	T	C	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=21;PP=2200;SC=TCCTGGGAGGTCCCAGGCCCC;SOR=2.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=74;TCR=21;TR=95;WE=123473262;WS=123473244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	123476586	rs7135296	G	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=671;ReadPosRankSum=0.554;SC=GGCAGGGGTCGGGCCAAGCCT;SOR=1.140;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=36;WE=123476594;WS=123476576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr12	123477311	rs937564	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=156;SC=GGTTGTCTGCTGAAAGTTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=123477319;WS=123477301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	123480034	rs61751326	G	A	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1300;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CCTCAGTGCCGTTGCTGCGGG;SOR=0.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=202;TCF=111;TCR=91;TR=106;WE=123480042;WS=123480024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,107:0.53:203
chr12	123485188	rs883263	A	G	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.38;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	123485188	.	AGACAG	GGACAA,GGACAG	1426	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=43,67;NR=27,58;PP=1426,856;QD=21.1352553552;SC=GCCTCTCCCCAGACAGTACCC;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=70,125;WE=123485201;WS=123485178;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.56:125
chr12	123485193	rs11061275	G	A	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=10.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,84:0.60:140
chr12	123492112	rs3897102	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=1.564;SC=CACTTCCCACCCCTGGCTTTG;SOR=0.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=123492120;WS=123492102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	123645803	rs1051431	G	A	13806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=248;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.103;SC=TACACTGTTCGTAGCTAACTG;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=497;TCF=248;TCR=249;TR=494;WE=123645811;WS=123645793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,510:1.00:511
chr12	123647725	rs1727296	G	C	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=83;PP=2567;SC=CCTTCTATATGTATCAGCATA;SOR=2.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=21;TCR=83;TR=104;WE=123647733;WS=123647715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	123651162	rs1716167	A	G	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=19;PP=1289;SC=CTAAGAAAACATAACATCCCT;SOR=1.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=123651170;WS=123651152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	123664514	rs1727301	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.457;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=434;ReadPosRankSum=0.080;SC=CAAGCAATTTGTTCTCAGTTG;SOR=0.510;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=39;WE=123664522;WS=123664504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr12	123665695	rs1727306	A	G	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	123682630	rs72059632	C	CA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	123694574	rs148423862	C	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.589;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=779;ReadPosRankSum=1.084;SC=TAAGCCACCGCGCCCGGCCAC;SOR=1.043;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=85;TCR=33;TR=56;WE=123694582;WS=123694564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,59:0.49:121
chr12	123694724	rs2682434	C	T	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=78;PP=2149;SC=TGTGCACAAACACACAGAATA;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=52;TCR=78;TR=130;WE=123694732;WS=123694714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	123699200	rs77954523	GTTT	G	1480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=1219;SC=TAGGCAAGTTGTTTTTTAAAA;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=123699210;WS=123699191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	123699520	rs1727322	A	G	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=74;PP=2098;SC=GCCAGGCGTGATAGCTCACGC;SOR=2.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=18;TCR=74;TR=92;WE=123699528;WS=123699510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr12	123707527	rs34047404	GTA	G	2533.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=37;PP=2900;ReadPosRankSum=0.028;SC=GTGTGTGTGTGTATATGTACG;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=110;WE=123707537;WS=123707515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,82:0.91:90
chr12	123707552	rs36043549	TA	T	6379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=70;PP=2979;SC=TATATGTATATAAAAAAAGGA;SOR=1.539;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=186;TCF=89;TCR=97;TR=147;WE=123707561;WS=123707542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	123710835	rs1626703	A	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=178;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AAATAATTACACTTAGCAGTT;SOR=0.724;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=16;WE=123710843;WS=123710825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr12	123714736	rs57676984	T	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=1.165;SC=TGACACTATTTGGATAAGTTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=123714744;WS=123714726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr12	123715113	rs941306	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=223;SC=AAAAAGCCACCAAAGCTAGCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=123715121;WS=123715103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	123738494	rs2280424	C	T	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=966;ReadPosRankSum=-1.024;SC=CCTCAGGCATCGTTGTAAAGG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=69;WE=123738502;WS=123738484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,81:0.51:158
chr12	123738678	rs1568427	A	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=0.666;SC=TCCCTGAGCCATTCCTCCCTA;SOR=0.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=123738686;WS=123738668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	123746357	rs4759416	C	G	12469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=244;NR=183;PP=2965;SC=ATGCCTGAAACAGAGGCAGAG;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=429;TCF=245;TCR=184;TR=427;WE=123746365;WS=123746347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr12	123746510	rs4759417	C	T	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=105;PP=2916;SC=CCCTGAAGGACGCTAACAATC;SOR=3.173;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=22;TCR=105;TR=127;WE=123746518;WS=123746500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	123746531	rs4759418	C	G	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-5.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=741;ReadPosRankSum=1.295;SC=CCATCCCTCTCTAAAGCCCTT;SOR=1.377;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=81;TCF=4;TCR=77;TR=37;WE=123746539;WS=123746521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr12	123751726	rs2271976	A	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=499;ReadPosRankSum=-0.604;SC=ACCCCCATTGACATACCTGGG;SOR=0.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=28;WE=123751734;WS=123751716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr12	123755970	rs145237336	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=0.659;SC=AATCATGGCGGCGGCAGCGCT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=123755978;WS=123755960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	123782817	rs67382382	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.178;QD=8.51;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr12	123787505	rs58537268	C	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=565;ReadPosRankSum=-1.559;SC=AACTGGTTACCTAGTCTGGTC;SOR=0.639;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=33;WE=123787513;WS=123787495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr12	123787558	rs60755632	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=4.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=0.418;SC=CTCTACACAAAAAGCCTAACC;SOR=1.536;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=14;WE=123787566;WS=123787548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr12	123789056	rs76576325	T	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GTGCTGAGATTACAGGTGTGA;SOR=0.027;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=123789064;WS=123789046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	123794022	rs6488867	T	C	5958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=126;PP=2965;SC=CTTCACAACATTTTCTAAACT;SOR=1.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=72;TCR=126;TR=198;WE=123794030;WS=123794012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	123794104	rs3825141	G	T	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=968;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TCACTTTTCCGCACTTTTTCA;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=63;WE=123794112;WS=123794094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,68:0.56:121
chr12	123794450	rs2277343	A	T	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr12	123795580	rs76466196	C	T	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=31;PP=1791;ReadPosRankSum=0.617;SC=GTTATATGCCCACACAAAGCT;SOR=0.851;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=248;TCF=172;TCR=76;TR=110;WE=123795588;WS=123795570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,114:0.45:255
chr12	123795759	rs80336138	G	C	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=76;PP=1814;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TATGTTGTAAGTAGTATCATG;SOR=1.230;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=190;TCF=43;TCR=147;TR=93;WE=123795767;WS=123795749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,91:0.47:192
chr12	123798270	rs63621660	CA	C	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=0.929;SC=TTCCATACTGCAAAAAAAAAT;SOR=0.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=123798278;WS=123798260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr12	123798352	rs74690356	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.361;SC=ATAAAAACTACTGGCTGGGTG;SOR=0.836;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=7;WE=123798360;WS=123798342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	123799938	rs61751327	C	T	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1314;ReadPosRankSum=1.703;SC=CAAAGTTGAACCTGCTCAGAT;SOR=0.900;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=204;TCF=132;TCR=72;TR=89;WE=123799946;WS=123799928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,101:0.46:219
chr12	123799974	rs6488868	A	G	7937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=112;PP=2965;SC=CCCTTCTATCACCATGTGTAA;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=174;TCR=113;TR=284;WE=123799982;WS=123799964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr12	123801672	rs10846515	T	G	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=61;PP=2965;SC=GGCGTGAGCCTCTGTGCCCGG;SOR=1.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=125;TCR=61;TR=186;WE=123801680;WS=123801662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	123801940	rs57416942	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=578;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TCACTTTTGCATAAGAACAAG;SOR=0.719;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=33;WE=123801948;WS=123801930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr12	123804390	rs80058611	T	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=7.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=0;PP=688;ReadPosRankSum=0.344;SC=TTCTAAAGCTTAATCTAAATA;SOR=1.705;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=62;TCR=1;TR=31;WE=123804398;WS=123804380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr12	123810662	rs111400678	A	AC	2122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=5.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.312;QD=13.87;ReadPosRankSum=-3.799;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,83:0.54:153
chr12	123810873	rs61388686	G	A	4024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=96;PP=2660;ReadPosRankSum=1.066;SC=GCTCTCTGGCGATGACCCACT;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=371;TCF=162;TCR=209;TR=174;WE=123810881;WS=123810863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,187:0.47:394
chr12	123812207	rs7959415	C	T	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=48;PP=2179;ReadPosRankSum=2.303;SC=GAATAACACACTTCTTAGATT;SOR=0.520;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=266;TCF=177;TCR=89;TR=129;WE=123812215;WS=123812197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,135:0.49:276
chr12	123812611	rs10846517	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.419;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=-1.226;SC=TCACATTAGTATTAAGTAAGA;SOR=0.061;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=123812619;WS=123812601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr12	123812629	rs28419092	G	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.292;SC=AGAATCTCCAGTCTTTCAAGA;SOR=0.082;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=123812637;WS=123812619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	123813493	rs7301163	C	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=372;ReadPosRankSum=-0.449;SC=TTTCTCTCTGCAACATTCATC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=19;WE=123813501;WS=123813483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr12	123815668	rs6488869	A	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=416;ReadPosRankSum=0.677;SC=CACCATGACGACCGGCTGATT;SOR=0.275;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=19;WE=123815676;WS=123815658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr12	123816007	rs11282939	T	TATGTTG	965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.608;NF=0;NR=20;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GGAGTAGGAATATGTTATGTT;SOR=1.796;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=0;TCR=57;TR=20;WE=123816015;WS=123815997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr12	123821234	rs7486223	T	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-5.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=279;ReadPosRankSum=1.608;SC=GACAATGAGGTCCTACTCTGT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=16;WE=123821242;WS=123821224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr12	123825339	rs7312145	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=0.210;SC=CACTCCATCAATCTGCAAGTT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=123825347;WS=123825329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	123825389	rs7315453	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=-0.332;SC=TCCAGCGAGGTTTAAGCATAT;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=10;WE=123825397;WS=123825379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr12	123832710	rs11325003	TA	T	4845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.019;NF=11;NR=103;PP=2963;ReadPosRankSum=0.415;SC=AGACAAAAAATAAAAGGACAG;SOR=0.856;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=238;TCF=31;TCR=207;TR=114;WE=123832718;WS=123832698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,185:0.50:368
chr12	123832746	rs10846523	G	A	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=78;PP=1819;ReadPosRankSum=0.823;SC=CAAGGACAAGGTTTGCATTTA;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=223;TCF=74;TCR=149;TR=115;WE=123832754;WS=123832736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,122:0.51:238
chr12	123875394	rs28660993	C	T	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=59;PP=1470;ReadPosRankSum=-1.335;SC=AGCCTCTGTCCTCTGCAAGAA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=72;TCR=114;TR=96;WE=123875402;WS=123875384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,99:0.51:195
chr12	123950408	rs28728202	A	G	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=50;PP=1766;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CCGTGATCAAAGCTTACCGAG;SOR=0.374;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=106;WE=123950416;WS=123950398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,112:0.57:197
chr12	123969828	rs11522343	A	G	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=1171;ReadPosRankSum=0.064;SC=AAAGGGCCACATAGACCATTA;SOR=1.116;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=158;TCF=59;TCR=99;TR=75;WE=123969836;WS=123969818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,83:0.48:174
chr12	123983941	rs9697264	G	A	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=59;PP=2965;SC=GAGGGTGGACGCAGGTCAGGG;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=109;TCR=59;TR=168;WE=123983949;WS=123983931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	123997770	rs78426500	T	G	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=36;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TATGTGTGTGTCGTGTGTGTT;SOR=0.600;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=208;TCF=136;TCR=72;TR=98;WE=123997778;WS=123997760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,110:0.48:227
chr12	124008073	rs2292500	A	G	7234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=123;PP=2965;SC=CCTCTGAGAAATTGACATCCT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=132;TCR=123;TR=255;WE=124008081;WS=124008063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr12	124017850	rs28492040	G	C	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=65;PP=1981;ReadPosRankSum=-0.742;SC=GGATCTCCAGGACGCGCACGA;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=159;TCR=137;TR=140;WE=124017858;WS=124017840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,152:0.49:313
chr12	124069111	rs71088937	GGGC	G	1401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=1001;SC=GAAGGCAGCGGGGCGGCGGCG;SOR=2.235;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=21;WE=124069121;WS=124069101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	124069213	rs786446	T	C	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=55;PP=2717;SC=TGCTGGTGCTTCTGGCCGCTC;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=144;WE=124069221;WS=124069203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	124074831	.	CAAA	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr12	124081094	rs16917551	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=496;ReadPosRankSum=-0.149;SC=ATTTATGATGCCTATGTCTTT;SOR=1.375;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=34;WE=124081102;WS=124081084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr12	124086620	rs786427	G	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=9;PP=900;SC=CTGGAGCTGCGGGAAGCGGAA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=124086628;WS=124086610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	124086998	rs786428	C	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=552;SC=AGAGGGGCCGCGACCCACCCC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=124087006;WS=124086988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	124090453	rs786436	A	G	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=81;NR=55;PP=2254;SC=TCCTTTAACCAGTGCTTTGCA;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=81;TCR=55;TR=136;WE=124090461;WS=124090443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	124090605	rs4047521	ACT	A	7044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=78;PP=2969;SC=GGAAACCAAAACTCTCTGTTT;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=103;WE=124090614;WS=124090595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	124097547	rs57153600	CAT	C	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=1.442;SC=GGCAGCAGCACATGTTGATAT;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=124097556;WS=124097537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	124099704	rs35708602	G	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=518;ReadPosRankSum=0.475;SC=AGTGGCCAATGACTCTAAGCC;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=29;WE=124099712;WS=124099694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr12	124099925	rs3748269	T	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=430;ReadPosRankSum=0.729;SC=GGTCCCCAAATGCCCCATTCT;SOR=0.400;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=35;WE=124099933;WS=124099915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr12	124101041	rs56675602	T	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.079;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=15;PP=892;ReadPosRankSum=-2.164;SC=TCAGAATGCTTTTTTCTCATT;SOR=1.131;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=142;TCF=95;TCR=47;TR=62;WE=124101049;WS=124101031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,70:0.46:152
chr12	124101347	rs6488883	G	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=-0.476;SC=AGGCCTTGCCGTGCTCCATGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=13;WE=124101355;WS=124101337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr12	124102433	rs113768780	CGTTTTCAGATAGAATGCCTA	C	1453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.439;NF=0;NR=15;PP=2967;ReadPosRankSum=1.353;SC=AGCTGCCGTCCGTTTTCAGAT;SOR=0.762;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=15;WE=124102460;WS=124102423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,42:0.33:127
chr12	124102801	rs113971302	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.884;NF=6;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TCAGGTGATCCGCCCACCTCG;SOR=3.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=6;WE=124102809;WS=124102792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	124102871	rs68163141	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=404;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CCTGGTGGGCTTTAAGGCTGT;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=25;WE=124102879;WS=124102861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr12	124102889	rs7139162	C	G	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr12	124102893	rs71458808	G	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.861;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,36:0.40:91
chr12	124102920	rs34514002	T	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=634;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GTCTCCTGTGTGGTAGCATGC;SOR=0.884;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=55;WE=124102928;WS=124102910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,58:0.43:135
chr12	124103060	rs12829500	A	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.613;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=673;ReadPosRankSum=0.207;SC=AACATACTTTACAGAGCATGT;SOR=0.256;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=34;WE=124103068;WS=124103050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr12	124104049	rs15587	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=653;ReadPosRankSum=0.556;SC=AATTGAGAGGAAAGCAGTTTC;SOR=0.577;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=46;WE=124104057;WS=124104039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,57:0.53:108
chr12	124104460	rs7302183	C	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GGTTTCACTACAACACTATTG;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=124104468;WS=124104453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	124104551	rs10773019	A	G	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=20;PP=1470;ReadPosRankSum=0.820;SC=GAACTTCTTAATGACACAAGA;SOR=0.691;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=148;TCF=114;TCR=34;TR=83;WE=124104559;WS=124104541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,85:0.55:155
chr12	124104686	rs3204541	G	A	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=92;PP=2413;ReadPosRankSum=0.314;SC=GATGACTGCTGATTCCAGTGC;SOR=0.630;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=362;TCF=168;TCR=194;TR=177;WE=124104694;WS=124104676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,190:0.49:387
chr12	124110934	rs3704	G	T	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.166;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=931;ReadPosRankSum=-1.528;SC=AGCATGGGGTGGGGGAGGTGA;SOR=0.350;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=117;TCF=90;TCR=27;TR=62;WE=124110942;WS=124110924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,64:0.54:118
chr12	124111723	rs7298287	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=145;ReadPosRankSum=0.948;SC=GAGAAAGCTTTGTCAAAGGGG;SOR=3.706;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=12;WE=124111731;WS=124111713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr12	124116833	rs7300147	G	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	124117089	rs10773020	T	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=1.234;SC=AAGCAAACAATTTAAAAAATA;SOR=1.371;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=11;WE=124117097;WS=124117079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr12	124124445	rs11572934	C	CGTGT	8211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=64;PP=2980;SC=TGCGTGCGTGCGTGTATGTGT;SOR=0.725;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=98;TCF=19;TCR=79;TR=83;WE=124124453;WS=124124435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	124130128	rs2292702	T	C	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=1077;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TTGTGATTGCTTTTGCTCTTC;SOR=0.864;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=162;TCF=68;TCR=94;TR=77;WE=124130136;WS=124130118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,86:0.48:178
chr12	124139597	rs4930737	A	G	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=979;ReadPosRankSum=0.765;SC=GAAGGAGTCAATTTCATTTTT;SOR=0.917;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=42;TCR=78;TR=62;WE=124139605;WS=124139587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,66:0.51:129
chr12	124144395	rs1051793	A	G	5965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.723;SC=TCCCACCCCCAGTTCATGTTG;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=588;TCF=308;TCR=280;TR=293;WE=124144403;WS=124144385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,304:0.50:607
chr12	124158080	rs7978447	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=361;ReadPosRankSum=-1.913;SC=GCTGATGTGTACTTTTATTGT;SOR=0.179;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=24;WE=124158088;WS=124158070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr12	124171323	rs7297576	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=230;ReadPosRankSum=1.350;SC=TAGCATTCGCTACGCTTGCCA;SOR=1.569;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=14;WE=124171331;WS=124171313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr12	124171538	rs149430216	C	G	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=81;PP=2026;ReadPosRankSum=-1.039;SC=TGCAGTCCCCCCTTGCCAACA;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=398;TCF=206;TCR=192;TR=165;WE=124171546;WS=124171523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,174:0.42:415
chr12	124171640	rs3748271	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=446;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TGGTGGGGCCATACTCTAGTA;SOR=0.202;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=85;TCF=12;TCR=73;TR=31;WE=124171648;WS=124171630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,33:0.38:88
chr12	124171658	rs7309528	C	T	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=38;PP=778;ReadPosRankSum=-1.397;SC=GTAGGCCCTGCAACGCGGTCA;SOR=1.692;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=39;WE=124171666;WS=124171648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr12	124172555	rs7298831	A	T	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1418;ReadPosRankSum=-0.157;SC=ATTGTGTTTTAGCAGATAACT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=106;TCR=60;TR=90;WE=124172563;WS=124172545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,97:0.56:173
chr12	124172643	rs144567556	C	T	3700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=95;PP=2332;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TGGATACTGACGCAAAAGACT;SOR=0.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=420;TCF=212;TCR=208;TR=188;WE=124172651;WS=124172633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,191:0.44:436
chr12	124172731	rs7313032	G	A	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=944;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GCAGGTAATCGTTGCAATATT;SOR=0.511;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=126;TCF=36;TCR=90;TR=67;WE=124172739;WS=124172721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,67:0.63:106
chr12	124172746	rs7302449	T	C	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=37.85;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	124172778	rs7302458	T	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=23;PP=386;ReadPosRankSum=-1.072;SC=TTTTTTTTTTTATGAGACGGA;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=24;WE=124172786;WS=124172768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	124174937	rs11057329	A	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=221;ReadPosRankSum=-0.902;SC=AAAGCGGGTCAACTAGTCGGT;SOR=0.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=14;WE=124174945;WS=124174927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr12	124177016	rs35946281	C	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=266;ReadPosRankSum=0.293;SC=TTTCTTCCTCCGTTATAATTA;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=16;WE=124177024;WS=124177006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr12	124177289	rs7137946	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=42;PP=1012;SC=TGTTACACTTTGACGTCATTT;SOR=2.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=124177297;WS=124177279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	124179417	rs7966867	T	C	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=64;PP=2209;SC=GATCAACCCCTAGAATTGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=116;WE=124179425;WS=124179407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	124179620	rs12828633	G	A	72.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	124179739	rs12831081	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=274;ReadPosRankSum=0.940;SC=AATGGTGCACATTATATTTTA;SOR=0.135;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=25;WE=124179747;WS=124179729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr12	124180011	rs11834492	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-1.140;SC=CTCTGTTGCCTAGTCTGGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=124180019;WS=124180001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	124181049	rs7298440	C	T	4364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=115;PP=2647;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TCGGGTAATCCGGTTTGGTCA;SOR=0.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=425;TCF=183;TCR=242;TR=195;WE=124181070;WS=124181039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,211:0.47:448
chr12	124181820	rs7979528	A	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=567;ReadPosRankSum=-0.558;SC=TGAATATCAAAGACAGCATGA;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=35;WE=124181828;WS=124181810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr12	124191225	rs143704990	A	C	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=60;PP=2167;ReadPosRankSum=1.035;SC=TCTTGGTGGAATAGAACTGAA;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=141;TCR=102;TR=141;WE=124191233;WS=124191215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,145:0.57:253
chr12	124197099	rs1139320	C	T	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=19;PP=1106;ReadPosRankSum=0.662;SC=CCTCCGGGCGCGGGTCGGCCC;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=96;TCR=35;TR=70;WE=124197107;WS=124197089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr12	124197280	rs66647364	A	C	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1149;ReadPosRankSum=1.506;SC=TGGCGCCCCCAATCCCGCGCA;SOR=0.938;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=73;WE=124197288;WS=124197270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,74:0.46:161
chr12	124206896	.	A	G	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=971;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TTATTTTCACAGTGTATTTGG;SOR=0.613;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=70;WE=124206904;WS=124206886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,70:0.53:133
chr12	124207098	rs7301641	T	C	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=657;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TTCTCAAAACTATGGAAGATG;SOR=0.415;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=41;WE=124207106;WS=124207088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr12	124209332	rs1139789	T	C	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,88:0.40:221
chr12	124209352	rs11837144	C	T	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=644;ReadPosRankSum=-1.440;SC=CTGAACAGCTCGTGAGGAAAT;SOR=0.501;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=143;TCF=53;TCR=90;TR=55;WE=124209360;WS=124209342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,59:0.38:156
chr12	124210782	rs1399961	T	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,71:0.43:165
chr12	124218359	rs10744159	T	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=202;ReadPosRankSum=-1.110;SC=AAATAAGGAGTATTGACTGTA;SOR=2.058;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=14;WE=124218367;WS=124218349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr12	124220055	rs2271660	T	C	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=45;PP=1220;ReadPosRankSum=1.354;SC=GATGTGAGACTGTGTTCAACT;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=255;TCF=150;TCR=105;TR=111;WE=124220063;WS=124220045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,120:0.44:273
chr12	124220354	rs2333838	A	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=1.036;SC=ACTTGTTAGGAACCTGAGTAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=124220362;WS=124220344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	124229429	rs7135542	T	C	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=1334;ReadPosRankSum=0.086;SC=TTTGTTACAGTGACAGCGTCG;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=124;TCR=115;TR=120;WE=124229437;WS=124229419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,133:0.51:261
chr12	124242458	rs370511382	CT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.486;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	124258887	rs7131750	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.751;SC=CACAAATAGGTAGCGGGCAGC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=4;WE=124258895;WS=124258877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr12	124265687	rs11057353	T	C	3433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=69;PP=2372;ReadPosRankSum=1.153;SC=GGGAGTCACATCTGGAGAAGT;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=329;TCF=182;TCR=147;TR=158;WE=124265695;WS=124265677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,166:0.47:352
chr12	124267638	rs11057354	A	G	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=47;PP=2060;SC=CTGACTGATCACTTTTATTTT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=119;WE=124267646;WS=124267628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	124267703	rs11057355	T	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=696;ReadPosRankSum=-0.982;SC=GAGAGGTGTCTGACCTGGCAG;SOR=0.612;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=61;WE=124267711;WS=124267693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,67:0.50:135
chr12	124268458	rs7303002	A	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.099;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=476;ReadPosRankSum=-1.076;SC=CCACCCTAATAATGAGAGTTC;SOR=0.262;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=28;WE=124268466;WS=124268448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr12	124274474	rs10846559	A	G	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,78:0.43:180
chr12	124274758	rs35056478	C	CT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.856;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr12	124319864	rs4930730	T	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=407;ReadPosRankSum=-1.925;SC=GTTGATTTGGTTCTGTCTCAT;SOR=1.133;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=31;WE=124319872;WS=124319854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr12	124325977	rs4930729	T	G	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=65;PP=2331;SC=TCGGAAGATCTTGCGGGCTGA;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=145;WE=124325985;WS=124325967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	124330440	rs4930728	G	A	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.086;NF=83;NR=81;PP=2345;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GGGGTCACTGGCATTTCAAAA;SOR=0.529;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=355;TCF=171;TCR=184;TR=164;WE=124330448;WS=124330430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,173:0.46:375
chr12	124332702	rs10846561	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=346;ReadPosRankSum=0.323;SC=AAAGCAGGACATGGCATTTCA;SOR=0.880;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=20;WE=124332710;WS=124332692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr12	124333519	rs7960854	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=488;ReadPosRankSum=0.874;SC=GTTTCTGGGCCGTTGACACTC;SOR=0.788;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=24;WE=124333527;WS=124333509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr12	124363724	rs72053758	GTGTC	G	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=1011;SC=TGCGCTCTGTGTGTCTGTCTG;SOR=4.174;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=20;WE=124363735;WS=124363714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	124364419	rs77170243	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AGCTGAGCATCGCGCGGGTGC;SOR=1.204;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=11;WE=124364427;WS=124364409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr12	124366150	rs34756279	CT	C	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr12	124409781	.	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr12	124416054	rs61953572	T	C	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;ReadPosRankSum=-2.081;SC=ATTAGTTTGATTGGGGTTTTA;SOR=0.865;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=90;WE=124416062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,96:0.51:188
chr12	124780201	rs114786346	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=-0.983;SC=GCGCTCTCTCTCCCAAACGGG;SOR=0.665;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=23;WE=124780209;WS=124780191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr12	124780303	rs11057567	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.816;SC=GCCCCGCAACCACGAAGGTGG;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6;WE=124780311;WS=124780293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	124799387	rs904647	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=720;SC=ATGGGTCCATGGAGTGCCCTT;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=124799395;WS=124799377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	124810174	rs10846657	G	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=23;PP=805;SC=CTGTGAGCCCGGCAGCCCCTG;SOR=0.909;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=124810182;WS=124810164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	124810968	rs1006100	C	T	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=37;PP=1089;SC=AAGACAGCACCGACGCTACGG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=124810976;WS=124810958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	124824721	rs143952466	C	CGCCGCTGCT	4531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=23;PP=2979;SC=CCCCCACCCCCGCCGCTGCTG;SOR=0.735;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=40;WE=124824729;WS=124824711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	124825433	.	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.174;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=275;ReadPosRankSum=0.163;SC=ACTCCCTCCTCGGCTCCCAGC;SOR=2.494;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=16;WE=124825455;WS=124825423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr12	124825447	rs1702334	A	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=507;SC=TCCCAGCACCAGCCATGGAAC;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=124825455;WS=124825423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	124829234	rs1263992	C	T	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=45;PP=1848;ReadPosRankSum=0.892;SC=CCTCATAGGTCAGGGGGCTCT;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=111;WE=124829242;WS=124829224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,117:0.98:120
chr12	124829255	rs1244085	A	G	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=2374;ReadPosRankSum=-1.667;SC=GCCGCGGCTTACCCAGCTCAG;SOR=1.043;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=124;WE=124829263;WS=124829245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr12	124832474	rs1244065	G	A	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=57;PP=1937;SC=AGGAGAGGGTGAGGCCATCAT;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=110;WE=124832482;WS=124832464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	124832492	rs1244064	C	G	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=56;PP=1949;SC=CATTCCGTGGCTCCCTGAGCC;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=109;WE=124832500;WS=124832482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	124832606	rs1244063	A	G	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=32;PP=1459;SC=CGCTACCTCCAGATGGAGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=80;WE=124832614;WS=124832596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	124838772	rs1244082	C	G	9137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=168;PP=2965;SC=GGGCTGAGGGCGTGTCTGTGG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=329;TCF=161;TCR=168;TR=329;WE=124838780;WS=124838762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr12	124838897	rs1244081	A	G	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=80;PP=2796;SC=TGAGGGAGACAGCTGTGAAGA;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=140;WE=124838905;WS=124838887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	124839867	rs870050	A	G	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=20;PP=1361;SC=CTGAGTGGAGATGACCCAGGC;SOR=1.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=124839875;WS=124839857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	124848137	rs1794956	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	124856618	rs7961196	A	G	3308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=77;PP=2249;ReadPosRankSum=0.030;SC=CACTGCAGGTAGCACTGGAGT;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=398;TCF=203;TCR=195;TR=157;WE=124856626;WS=124856608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,165:0.39:420
chr12	124856660	rs3741513	T	A	4564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=104;PP=2877;ReadPosRankSum=-0.597;SC=AGCTCTTGGCTGTGGTGGCCC;SOR=0.871;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=298;TCF=136;TCR=162;TR=186;WE=124856668;WS=124856650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,202:0.63:319
chr12	124857033	rs7978237	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=251;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GGTGGGTGGCCCTGGGGGTGG;SOR=0.725;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=18;WE=124857041;WS=124857023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr12	124857199	rs1109271	G	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=0.751;SC=AGGGTCTGGCGGGGCCTCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=29;WE=124857207;WS=124857189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr12	124857234	rs1702329	C	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=560;SC=CCTGACCCTCCGGATGAGGCC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=124857242;WS=124857224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	124859045	rs2695993	A	G	8873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=144;NR=178;PP=2965;SC=GAAGTGAGGCAGCACCAAGTA;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=144;TCR=178;TR=322;WE=124859053;WS=124859035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr12	124873079	rs7960906	T	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=625;ReadPosRankSum=0.951;SC=GGAGAGGGCATGGGGGAAAGG;SOR=0.914;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=36;WE=124873087;WS=124873069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr12	124885249	rs2293514	C	T	6888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=128;PP=2965;SC=GATAGGATGGCTTCACCCGAG;SOR=0.939;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=112;TCR=128;TR=240;WE=124885257;WS=124885231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr12	124885290	rs2293513	T	C	5109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=108;PP=2884;SC=TGGAGGAGACTGTTTCTTTAG;SOR=1.282;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=72;TCR=108;TR=180;WE=124885298;WS=124885280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	124887058	rs35831183	G	GGCT	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=1.295;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.109;NF=4;NR=18;PP=1042;ReadPosRankSum=1.712;SC=GCGGGGCATGGGCTGCTGCTG;SOR=1.034;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=22;WE=124887066;WS=124887048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr12	124922325	rs1702322	C	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=497;SC=TTCCTCCTTTCCTGGCCGGCC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=124922333;WS=124922323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	124934459	rs1147284	C	G	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=89;PP=2894;SC=GCTGGCCACTCGCCACTACAG;SOR=1.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=51;TCR=89;TR=140;WE=124934467;WS=124934449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	124968349	rs747443	T	C	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=98;PP=2965;SC=CAACGTCACATAGGAGATTGC;SOR=1.395;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=61;TCR=98;TR=159;WE=124968366;WS=124968339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
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chr12	124979833	rs872224	C	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=36;PP=1110;SC=CTCCCAGGCCCCAATAAGCTT;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=124979841;WS=124979823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr12	125324570	.	C	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=20;MQ=50.49;NF=122;NR=91;PP=2965;QD=20;SC=CCCAACGGCACACATGGGCCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=218;TCF=126;TCR=92;TR=213;WE=125324578;WS=125324560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,213:0.98:218
chr12	125324731	.	A	AT	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.812;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
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chr12	125398039	rs1071862	G	C	10701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.294;NF=191;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CACTGGGCTCGACCTCAAGGG;SOR=0.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=192;TCR=186;TR=376;WE=125398047;WS=125398029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,391:1.00:392
chr12	125400206	rs6488957	A	G	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=85;SC=TAGAATCCCAACCTTATTTCA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=125400214;WS=125400196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	125432444	rs117271296	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=812;ReadPosRankSum=-0.240;SC=CTGCAGGGGAGGGAAGGAGGA;SOR=0.528;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=56;WE=125432452;WS=125432434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr12	125434434	rs4562928	C	G	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=2;PP=941;ReadPosRankSum=1.590;SC=ATGTTTTAAGCCTCCCTGTGT;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=35;WE=125434442;WS=125434424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr12	125434500	rs117759835	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.339;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=816;ReadPosRankSum=1.096;SC=GACCCCTCCTGCCCACTGCGA;SOR=0.394;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=144;TCF=99;TCR=45;TR=62;WE=125434508;WS=125434490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr12	125434580	rs4447263	C	T	11360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=220;NR=186;PP=2965;SC=CAGACAGCTCCGGTATGAGGC;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=406;TCF=220;TCR=186;TR=406;WE=125434588;WS=125434570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr12	125435388	rs10773125	C	T	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=56;PP=1690;SC=AGGGAAGAACCCATGCCCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=85;WE=125435396;WS=125435378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	125436850	rs4375522	G	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=0;PP=806;SC=ACAGCTGAGAGGGAACAAGCC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=30;WE=125436858;WS=125436840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	125436897	rs4502074	A	G	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=26;PP=1674;SC=CCTGCCCCTCACCAGGTGCCC;SOR=1.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=90;WE=125436905;WS=125436887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	125437019	rs4429156	T	C	9690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=152;PP=2965;SC=CCCCCAGGCCTGCCGTCACGA;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=188;TCR=152;TR=339;WE=125437027;WS=125437009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr12	125437142	rs6488959	C	T	6632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=140;PP=2965;SC=AGAGTGAGGTCGGTGGTGGCA;SOR=1.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=93;TCR=140;TR=232;WE=125437150;WS=125437132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	125437236	rs6488960	A	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=870;SC=GCTTGTCTCAACCCCTCCCCA;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=125437244;WS=125437226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	125438414	rs12367953	A	G	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=13;PP=1189;SC=GCGTGCCGGCACGGGGCCGTA;SOR=2.372;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=63;WE=125438422;WS=125438404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	125438516	rs4516060	T	C	11098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr12	125438523	rs4258464	C	T	11491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.72;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr12	125438549	rs4606565	A	G	8465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=139;PP=2965;SC=GCGCCTGGGGAACGAAGAGGG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=164;TCR=139;TR=303;WE=125438557;WS=125438539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr12	125453232	rs10773130	A	G	3807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.07;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,128:0.98:131
chr12	125453235	rs11057940	C	A	5880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	125453542	rs11614657	G	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=538;ReadPosRankSum=0.742;SC=CAGTGACCGTGGCCCCAGGAC;SOR=1.802;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=31;WE=125453550;WS=125453532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr12	125456004	rs4542508	C	A	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=34;PP=1083;SC=CCAGCCTAAGCCCCAAGGGCC;SOR=1.134;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=125456012;WS=125455994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	125456911	rs6488966	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=1;PP=686;SC=TAAGTAACTCACCCAAAGTCA;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=125456919;WS=125456910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	125465023	rs4072887	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=-0.751;SC=ATCACAAACACGGGGTGGCGA;SOR=0.511;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=11;WE=125465031;WS=125465013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr12	125465269	rs376470858	ACTC	A	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.892;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,11:0.11:101
chr12	125466987	rs11057949	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=335;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CAGAGGACCCCATAACCTGTG;SOR=1.426;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=16;WE=125466995;WS=125466977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr12	125467158	rs11558556	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=733;ReadPosRankSum=-1.703;SC=GCTTCTGTAGCATCTCTGCTC;SOR=0.587;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=59;WE=125467166;WS=125467148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,64:0.45:143
chr12	125467238	rs12424339	G	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=1.470;SC=AAGTGAGACTGTAATAAAATT;SOR=0.315;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=33;WE=125467246;WS=125467228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr12	125478381	.	C	CCTG	1307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.867;NF=7;NR=5;PP=470;ReadPosRankSum=0.308;SC=GGGCCGGGCTCCTGCTGCTGC;SOR=0.702;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=12;WE=125478389;WS=125478371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr12	125497313	rs11057985	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=347;ReadPosRankSum=-0.810;SC=TATGAGTGAACATTTTTTATT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=21;WE=125497321;WS=125497303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr12	125509502	rs7303493	C	T	7720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=117;PP=2965;SC=CTGGCCCCTGCGTAACGAGCC;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=149;TCR=117;TR=265;WE=125509510;WS=125509492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr12	125562809	rs7303092	G	A	6639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=136;PP=2965;SC=CACATCTTCCGGGGCTGGGGC;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=101;TCR=136;TR=237;WE=125562817;WS=125562799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	125562966	rs4765025	T	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=0.730;SC=GACATGGTCATGGCAGAGTAG;SOR=0.255;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=8;WE=125562974;WS=125562956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr12	125587478	rs60237232	GA	G	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.311;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr12	125619308	rs2291248	C	T	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=1516;ReadPosRankSum=3.037;SC=TCCAGAGCTGCGGTGTGGCCC;SOR=0.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=221;TCF=121;TCR=100;TR=105;WE=125619316;WS=125619298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,106:0.47:226
chr12	125810958	rs551601	T	C	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=114;SC=GTTGAAAAAGTCACTTGCCCT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=125810966;WS=125810952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	125811056	rs550677	A	G	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=59.97;NF=52;NR=9;PP=1267;SC=CAACCTGTATAGTAAACATCG;SOR=3.150;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=61;WE=125811064;WS=125811046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	125833964	rs7971264	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=552;ReadPosRankSum=0.843;SC=TCTCAGAACACGGTTTTATTC;SOR=0.980;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=32;WE=125833972;WS=125833954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr12	125834095	rs1491893	C	A	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=80;PP=2332;ReadPosRankSum=-1.535;SC=CAGAGGAGTCCTTTTTCCTTA;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=300;TCF=156;TCR=144;TR=172;WE=125834103;WS=125834085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,179:0.57:312
chr12	125834395	rs3803155	T	C	17467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=274;NR=359;PP=2965;ReadPosRankSum=0.400;SC=GGGATGACAGTGACCTTACGG;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=635;TCF=275;TCR=360;TR=633;WE=125834403;WS=125834385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,663:1.00:665
chr12	125899979	rs379676	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=314;ReadPosRankSum=-0.678;SC=ATGTTACAGATGCTTTCCCAG;SOR=0.186;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=22;WE=125899987;WS=125899969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr12	126003934	rs964998	T	C	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=20;PP=1955;SC=TCTTGACATTTTGCTGAGTCT;SOR=2.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=92;WE=126003942;WS=126003924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	126068417	rs6489006	T	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.230;NF=52;NR=4;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TTTTGAACACTGCCATTCTCA;SOR=0.918;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=85;TCR=8;TR=56;WE=126068425;WS=126068407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr12	126128476	rs11610291	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GTGCCTACAAATTACCTTTTG;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=10;WE=126128484;WS=126128470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr12	126128871	rs12305906	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=0.870;SC=TGTCCTGGAGTCCAGATCTTT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=13;WE=126128879;WS=126128861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	126135195	rs3803152	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=592;ReadPosRankSum=0.363;SC=TTAACAATGAAGACTTTGTTC;SOR=1.096;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=43;WE=126135203;WS=126135185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr12	126932624	rs758564	G	A	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=60;NR=54;PP=1913;SC=AGTGGCTATCGGGGCAGACAA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=114;WE=126932632;WS=126932614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	126932764	rs758565	C	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=205;SC=GCATCAGAAACCCACCCTCTT;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=126932772;WS=126932754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	126947430	rs1019149	G	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=36;PP=1149;SC=GCCTAGAAAGGTACAGGCCCT;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=60;WE=126947438;WS=126947420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	127229327	rs10773323	T	A	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=36;PP=2965;SC=AAAGGAAGAATCAACACTTTC;SOR=2.176;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=121;TCR=36;TR=157;WE=127229335;WS=127229317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	128108780	rs3803151	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.25;QD=27.32;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	128899673	rs11059681	A	G	5476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=79;PP=2965;SC=TGGGATGACCACGGCGCCGGG;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=182;WE=128899681;WS=128899663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	129028708	rs11610490	G	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	129028712	rs12812251	G	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	129153986	rs4272850	G	A	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=59;PP=1523;ReadPosRankSum=-0.612;SC=GAACACCGCCGTACTCACAGG;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=132;TCR=123;TR=123;WE=129153994;WS=129153976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,129:0.48:268
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chr12	129181719	rs7954114	A	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=476;ReadPosRankSum=2.052;SC=AGGGGATAACATCTGGAAACA;SOR=0.400;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=37;WE=129181727;WS=129181709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr12	129181810	rs885546	A	G	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=58;PP=2384;SC=CAGAGAAGACAATAACCGTGC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=138;WE=129181818;WS=129181800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	129181834	rs902060	A	G	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=58;PP=2460;SC=ATGACAAAGTATCGGTGACAG;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=76;TCR=58;TR=134;WE=129181842;WS=129181824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	129189556	rs902061	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=0.100;SC=CCCTGTTTCATTGGGCGTCCT;SOR=0.512;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=9;WE=129189564;WS=129189546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr12	129189591	rs4533104	A	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=13;PP=1166;SC=TCTAAGGGAAAAGGCATCCCC;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=129189599;WS=129189581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	129189941	rs12424159	G	A	3094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=73;PP=1982;ReadPosRankSum=-0.678;SC=CAGCCCCGGCGGGGACTATGA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=284;TCF=138;TCR=146;TR=140;WE=129189949;WS=129189931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,147:0.49:298
chr12	129190021	rs11059841	A	G	7040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=119;PP=2965;SC=GCACAGGCCAAGATGGGCACC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=118;TCR=119;TR=236;WE=129190029;WS=129190011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr12	129190474	rs3812792	G	A	3976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.790;SC=TGGGGGATGCGCCGCCGCCCC;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=369;TCF=181;TCR=188;TR=185;WE=129190488;WS=129190464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,191:0.50:383
chr12	129190480	rs7316019	G	A	4018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.365;HP=6;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=1.826;SC=ATGCGCCGCCGCCCCAGGACG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=187;TCR=190;TR=186;WE=129190488;WS=129190464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,196:0.50:392
chr12	129283711	rs2291350	G	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=1;PP=744;SC=GGCCATCCACGTGAAAACACC;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=129283719;WS=129283701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	129293267	rs7311875	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=0.995;SC=GCGTGTGAGCACTATATTCTG;SOR=0.420;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=129293275;WS=129293257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	129293346	rs11059924	C	T	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=614;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CAGCAAAGGCCGAGCACATGA;SOR=0.850;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=82;TCF=66;TCR=16;TR=39;WE=129293354;WS=129293336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr12	129298468	rs10688448	C	CAATA	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=770;SC=AATTATTCCTCAATAAAGAGT;SOR=3.500;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=16;WE=129298476;WS=129298458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	129298727	.	A	AGACCTGAGCGCCGTATGATG	7311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;QD=38.08;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	129298759	.	C	T	1610	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=15;MQ=55.04;NF=72;NR=39;PP=1610;QD=14.8177586716;SC=ACCTGACCGCCGTATGATGGA;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=322;TCF=171;TCR=151;TR=111;WE=129298767;WS=129298749;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:211,111:0.34:322
chr12	129298775	.	C	CCACCGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGAG	10228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.43;QD=50.14;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	129298819	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=17;MQ=54.96;NF=137;NR=102;PP=2962;QD=20;SC=ACCTGACCGCCGTATGATGGA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=355;TCF=185;TCR=170;TR=239;WE=129298827;WS=129298805;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:116,239:0.67:355
chr12	129298819	.	C	CGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGACCGCT,CGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGACCGCCATATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGACCGCT	7730.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.03;QD=72.93;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,66,40:0.62,0.38:106
chr12	129299675	rs2306683	C	G	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=64;PP=1930;SC=GGATGAAAACCATATACGGTC;SOR=2.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=88;WE=129299683;WS=129299665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	129338293	rs10847702	A	T	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.30;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	129348666	rs715805	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=504;ReadPosRankSum=0.047;SC=GATGCCAGCTCGGCTGGGGCA;SOR=0.910;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=38;WE=129348674;WS=129348656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr12	129348782	rs75617033	G	A	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.08;MQRankSum=1.008;NF=23;NR=27;PP=697;ReadPosRankSum=-0.562;SC=GAGGCTTCCGGGCTGAAGATG;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=50;WE=129348790;WS=129348772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,64:0.50:127
chr12	129348798	rs5801826	C	CT	2094.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.009;NF=4;NR=25;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.603;SC=AGATGAGAAGCTGAGTGTGGG;SOR=0.723;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=29;WE=129348806;WS=129348788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr12	129348899	rs715804	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=0.562;SC=AGAGGGCCCCGGAAATCCAGA;SOR=0.395;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=12;WE=129348907;WS=129348889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr12	129373073	rs7300146	A	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=269;ReadPosRankSum=0.038;SC=TACAGCAACAAACAGCTCCGG;SOR=1.781;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=16;WE=129373081;WS=129373063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr12	129373100	rs12309809	G	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=422;ReadPosRankSum=0.197;SC=GGGAACTTCAGTGTTTAAGAT;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=25;WE=129373108;WS=129373090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr12	129383717	rs66757130	GTTTC	G	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=474;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CCAAAGAGCTGTTTCATAGTT;SOR=0.124;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=129383731;WS=129383707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr12	129383723	rs188637203	T	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=492;ReadPosRankSum=-0.784;SC=AGCTGTTTCATAGTTCTTTTA;SOR=0.165;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=129383731;WS=129383707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr12	129410738	rs141839609	CAAT	C	282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=295;SC=GACTCTGTCTCAATAATAATA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=129410748;WS=129410728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	129410789	rs12425716	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=380;ReadPosRankSum=-0.307;SC=ATAAGAGTAGGAGAAGCTGGC;SOR=0.493;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=24;WE=129410797;WS=129410779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr12	129559228	rs140762080	G	A	4309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=99;PP=2769;ReadPosRankSum=-1.170;SC=CCATTCCTGCGAGGGTTTTTT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=354;TCF=175;TCR=179;TR=194;WE=129559251;WS=129559218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,201:0.55:367
chr12	129822051	rs11060257	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.674;NF=11;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=-0.778;SC=AACTTTGTGGTTTCGTTTCTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=11;WE=129822059;WS=129822041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr12	130015535	rs71082733	G	GA	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr12	130521234	rs34472041	C	CAAA	173.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.77;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	130521306	rs600949	G	C	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=46;PP=2191;SC=TGCAAACAAAGAGTGAGAAAC;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=130;WE=130521314;WS=130521296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	130647709	rs10848026	G	C	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1789;ReadPosRankSum=0.758;SC=TCGCGCCGCTGGTGGAGTACG;SOR=0.496;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=252;TCF=145;TCR=107;TR=123;WE=130647717;WS=130647699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,127:0.46:276
chr12	130838987	rs2173082	C	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=35;PP=2048;SC=TTGGCATCAGCTCTTTATTTT;SOR=1.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=108;WE=130838995;WS=130838977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	130839645	rs1874521	A	C	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=47;PP=1543;SC=GGCAGAAAGTAACTTTCTCCT;SOR=2.338;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=130839653;WS=130839635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	130847389	rs2242363	A	G	4428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=79;PP=2965;SC=AAGGTTAGTCACCTGTGGGGT;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=158;WE=130847397;WS=130847379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	130916685	rs7966010	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=674;SC=GGGTTTGTAATCTGAGCAGAT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=130916693;WS=130916675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	130921471	rs2292663	T	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=656;ReadPosRankSum=-0.047;SC=CCTGTGGCTGTGGCAGGATGC;SOR=0.579;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=33;WE=130921479;WS=130921461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr12	130935710	rs2398519	C	G	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=48;PP=2882;SC=GCACAGGCAGCCCCGGCAGCC;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=95;TCR=49;TR=142;WE=130935718;WS=130935700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	130941150	rs2277361	G	C	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=43;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GGTCAATCTTGCCAGCGTGCT;SOR=0.522;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=231;TCF=145;TCR=86;TR=111;WE=130941158;WS=130941140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,120:0.49:244
chr12	130941338	rs1356081	G	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=47;PP=995;ReadPosRankSum=0.961;SC=GTGTGCACATGTGCACTGTGT;SOR=0.497;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=137;TCF=34;TCR=103;TR=65;WE=130941346;WS=130941328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,69:0.50:138
chr12	131276448	rs4759786	G	T	5872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=121;PP=2965;SC=ATGGTTGCTAGGACAATGTTG;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=91;TCR=121;TR=212;WE=131276456;WS=131276438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr12	131280714	rs10848205	T	C	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=86;PP=2138;ReadPosRankSum=2.637;SC=TAATTTCATATTGCCACATTA;SOR=1.040;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=197;TCF=45;TCR=152;TR=108;WE=131280722;WS=131280704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,113:0.55:206
chr12	131280752	rs34749116	G	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-6.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.087;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=533;ReadPosRankSum=0.477;SC=AAAATAAAACGACCTGGCCAG;SOR=0.215;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=31;WE=131280760;WS=131280742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr12	131285663	rs1881060	T	C	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=28;PP=2094;SC=ACATGACTGATATCTCTCTTG;SOR=1.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=101;WE=131285671;WS=131285653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	131296880	rs7961690	G	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=325;ReadPosRankSum=-1.689;SC=TGCCTGGGATGGGCTTCAGAA;SOR=0.906;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=25;WE=131296888;WS=131296870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr12	131296908	rs9668291	C	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.535;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr12	131297348	rs4759794	T	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.674;SC=TTTTGAATATTAATTAGTACT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=131297356;WS=131297347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr12	131306314	rs17564	C	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=859;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TTTATCAATACTGTTTCTAAT;SOR=0.515;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=56;WE=131306322;WS=131306304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr12	131323708	rs10848214	T	G	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=31;PP=1037;SC=CGGCCGGGCCTCGGGCTCTCC;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=131323716;WS=131323698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	131356731	rs116897340	T	C	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=58;PP=1367;ReadPosRankSum=1.678;SC=GGCGGCGGGATAGGGGTCGGA;SOR=0.809;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=173;TCF=70;TCR=103;TR=95;WE=131356739;WS=131356721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,91:0.53:171
chr12	131358552	rs7136324	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=0.483;SC=GCCACTATGCCTGACTAATTT;SOR=1.802;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=131358560;WS=131358542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	131358701	rs59236418	A	AT	769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.811;NF=0;NR=13;PP=361;ReadPosRankSum=2.458;SC=GCCTATCTGGATTTTTTAAGA;SOR=0.687;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=13;WE=131358709;WS=131358691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr12	131359298	rs7958223	C	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=1.929;SC=ATTAAAACTTCCTGAGTTATT;SOR=0.327;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=27;WE=131359306;WS=131359288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr12	131360360	rs73461299	G	T	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=62;PP=1846;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CAGATTGTTCGGTTTGGCTTG;SOR=0.664;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=273;TCF=143;TCR=130;TR=136;WE=131360368;WS=131360350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,148:0.50:297
chr12	131438971	rs56090874	G	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=2.434;SC=AGACCCTCAGGAATTTCACTT;SOR=1.226;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=14;WE=131438979;WS=131438961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr12	131439237	rs7350616	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=289;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TCTGAGCACCGCTCTCCCCCT;SOR=0.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=131439247;WS=131439227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	131439239	rs10848261	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=498;ReadPosRankSum=0.423;SC=TGAGCACCGCTCTCCCCCTGC;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=131439247;WS=131439227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	131453378	rs7309920	T	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=3;PP=1350;SC=GGCTGGGGGATGTGAGGTCCG;SOR=4.575;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=52;WE=131453386;WS=131453368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	131466562	rs4759534	T	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=43;PP=1377;SC=TGGAGCTGTATACGCGGGACA;SOR=1.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=131466570;WS=131466552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	131471608	rs1547577	T	C	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=31;PP=2029;SC=ATTCCCACAGTACTCAGAATG;SOR=1.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=67;TCR=31;TR=98;WE=131471616;WS=131471598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	131485025	rs4759822	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGTGGCTCATACCTATAATCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=131485033;WS=131485015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	131488566	rs10773836	C	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.70;QD=28.83;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	131490483	rs35387826	G	A	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=36;PP=1407;ReadPosRankSum=-1.495;SC=GGCCTGGAGCGCTGACAGCGC;SOR=0.967;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=250;TCF=156;TCR=94;TR=104;WE=131490491;WS=131490473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,109:0.42:260
chr12	131498946	rs1212936	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=589;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CTGAGGAATGCTGGGTTGTCT;SOR=0.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=37;WE=131498954;WS=131498936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr12	131555329	rs10744491	C	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.237;NF=30;NR=19;PP=641;ReadPosRankSum=1.667;SC=GCTGATTGGACTGTGGAGTAC;SOR=0.452;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=49;WE=131555337;WS=131555319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr12	131569105	rs11061318	C	T	5751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.381;SC=GGGGTCTGGTCGAACCACGGC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=541;TCF=282;TCR=259;TR=258;WE=131569113;WS=131569095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,277:0.49:560
chr12	131590404	rs4759544	G	A	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1363;ReadPosRankSum=0.156;SC=GCCTCGAGCCGGGCACGGTGA;SOR=0.678;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=198;TCF=99;TCR=99;TR=96;WE=131590412;WS=131590394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,105:0.49:215
chr12	131593506	rs11061329	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GACAGGATGAGACAGGTGGAA;SOR=0.922;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=21;WE=131593514;WS=131593496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr12	131602811	rs7961434	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=434;ReadPosRankSum=1.847;SC=CATAGTTCCCCCTCTGTATAC;SOR=1.151;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=24;WE=131602819;WS=131602801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr12	131620588	rs868158	A	G	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=58;PP=2019;ReadPosRankSum=-1.547;SC=CCAGGTTGACAGCCAAGGCAG;SOR=0.522;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=145;TCR=97;TR=142;WE=131620596;WS=131620578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,148:0.59:250
chr12	131620738	rs2280683	A	G	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=864;ReadPosRankSum=0.091;SC=GCGGGGAGGCAGGGCCGCCAG;SOR=0.341;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=53;WE=131620746;WS=131620728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr12	131622735	rs7302341	T	C	4575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=133;PP=2612;ReadPosRankSum=1.024;SC=CGAGCAGCTCTGCCCGCACCT;SOR=0.935;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=479;TCF=215;TCR=264;TR=231;WE=131622743;WS=131622725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,235:0.47:496
chr12	131622833	rs2277337	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=573;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CAGGCTCGGTTGTCAGCAGGA;SOR=0.895;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=110;TCF=28;TCR=82;TR=46;WE=131622841;WS=131622823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,48:0.42:115
chr12	131623850	rs35160436	A	AC	932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.250;NF=3;NR=29;PP=823;ReadPosRankSum=-0.968;SC=CTCAGAACACACCCCCCCAAA;SOR=0.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=6;TCR=61;TR=32;WE=131623858;WS=131623840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr12	131687263	rs61937058	C	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1162;ReadPosRankSum=-1.092;SC=GCATGGACACCCCCAGAAGCA;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=180;TCF=116;TCR=64;TR=81;WE=131687271;WS=131687253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,82:0.45:182
chr12	131687287	rs7486559	G	C	8189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=36.24;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	131687287	.	GCG	CCC,CCG	1561	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=16;MQ=59.74;NF=67,132;NR=43,83;PP=1561,1240;QD=14.6769806806;SC=CCTCCTCCCCGCGACGTGACG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=133;TCR=84;TR=110,215;WE=131687297;WS=131687277;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.51:217
chr12	131687289	rs12816480	G	C	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.332;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,120:0.53:227
chr12	131692116	rs11061381	T	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=6.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.486;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.061;NF=27;NR=0;PP=536;ReadPosRankSum=2.656;SC=CTGGGAGGGGTGGCCCATGGC;SOR=2.742;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=75;TCR=5;TR=27;WE=131692124;WS=131692106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr12	132209932	rs138640311	ATG	A	3422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.707;NF=34;NR=28;PP=2523;ReadPosRankSum=-0.500;SC=TGACGTGAATATGTGTGTTTT;SOR=0.910;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=62;WE=132209941;WS=132209922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,99:0.53:186
chr12	132237750	rs1051219	C	T	4542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=99;PP=2766;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CCGGAATCGACGTGACTACTT;SOR=0.662;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=385;TCF=195;TCR=190;TR=205;WE=132237758;WS=132237740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,216:0.54:403
chr12	132237848	rs1982528	T	C	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	132240010	rs34541796	G	A	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.877;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=53;PP=1277;ReadPosRankSum=-0.745;SC=GAAAGAAGGGGGCGATAGCAT;SOR=0.403;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=166;TCF=54;TCR=112;TR=83;WE=132240018;WS=132240000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
chr12	132240937	rs3217666	C	CAT	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=200;ReadPosRankSum=-0.869;SC=TCCAGTGAAACATATACCGTA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=4;WE=132240945;WS=132240927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr12	132241229	rs7136191	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=244;SC=ACATTCCACCATAAGTTGGCA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=132241237;WS=132241219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	132250712	rs1051233	G	C	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=774;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GGGAAAAGCTGGCCCAGGCGT;SOR=0.769;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=66;WE=132250720;WS=132250702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,74:0.54:138
chr12	132262911	rs75324057	A	T	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=56;PP=1312;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TGGTACCCTCATGACCCCCAT;SOR=0.107;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=122;TCF=19;TCR=103;TR=72;WE=132262919;WS=132262901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,71:0.58:123
chr12	132269830	rs66665803	G	GA	4678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=96;PP=2974;SC=AAAGGTCTGGGAAAAAATCAA;SOR=2.012;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=129;TCF=8;TCR=121;TR=104;WE=132269838;WS=132269820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	132271113	rs7136643	T	C	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=42;PP=1783;SC=CTGGGGCCAGTAGGAAGCGGA;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=100;WE=132271121;WS=132271103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	132283436	.	GA	G	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.991;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	132283582	rs117785622	G	T	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TCTGCATTAGGGGAGTCTCTC;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=110;TCR=113;TR=105;WE=132283590;WS=132283572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,110:0.47:235
chr12	132313098	.	G	GGCTGCCGCT	771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.50;QD=45.40;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	132323082	rs7971187	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	132323089	rs7965611	C	G	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=102;SC=CCCACCCTTGCGGATGCTCGG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=132323097;WS=132323073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	132323294	rs4964884	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.453;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr12	132325239	rs6598163	G	A	8767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=818;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.417;SC=GGCGGGCAGCGCCGCCGACAT;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=783;TCF=414;TCR=369;TR=403;WE=132325247;WS=132325229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,415:0.51:816
chr12	132326051	rs4964929	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=268;ReadPosRankSum=-1.651;SC=CCCTCTGGCGCAGCCGGCATC;SOR=0.544;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=17;WE=132326059;WS=132326041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr12	132335592	rs11835665	G	A	4409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=99;PP=2559;ReadPosRankSum=1.223;SC=CTCACAGGCCGATGGATCTGT;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=353;TCF=171;TCR=182;TR=190;WE=132335600;WS=132335582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,208:0.54:382
chr12	132395052	rs7295593	G	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=9;PP=627;SC=AGCAGGCTTGGGATGGGGATG;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=132395060;WS=132395043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	132396343	rs11615995	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=853;SC=GAGCGGAGCACAGGAAGAAAG;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=132396351;WS=132396333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	132396496	rs138390533	G	A	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=62;PP=2069;ReadPosRankSum=1.632;SC=GTCCCTGGGCGAGATGCAGCA;SOR=0.901;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=305;TCF=164;TCR=141;TR=142;WE=132396504;WS=132396486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,146:0.46:318
chr12	132396603	rs11616018	C	T	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=121;PP=2965;SC=GTGACACAGACGACTTCGTCA;SOR=1.138;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=89;TCR=122;TR=210;WE=132396611;WS=132396593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	132398255	rs68126752	AC	A	128.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.782;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr12	132398256	rs4964880	C	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr12	132401566	rs11546871	C	T	7241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=26.72;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	132401642	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=15;MQ=49.42;NF=25;NR=46;PP=2962;QD=20;SC=GGCTGTGGGATGGGGGTCGGA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=71;WE=132401657;WS=132401632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,71:0.82:87
chr12	132401649	.	CG	C	630	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=15;MQ=44.32;NF=0;NR=31;PP=630;QD=21.9042225764;SC=GGATGGGGGTCGGAGGCTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=31;WE=132401657;WS=132401632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr12	132401866	.	C	T	115	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=48.16;NF=5;NR=0;PP=115;QD=29.9542425094;SC=GCTCGGAGGCCGTGGGATGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=132401874;WS=132401856;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr12	132402020	rs4964918	T	C	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,62:0.44:141
chr12	132403161	rs11609348	A	G	6966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=120;NR=122;PP=2965;SC=CGACCCCATTACTGCGAACCT;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=120;TCR=122;TR=242;WE=132403169;WS=132403151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr12	132403323	rs113517126	C	A	227.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	132403325	.	G	GGT	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	132404212	rs7299195	A	G	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=60;PP=1800;SC=GTGACAGGGTAACAGGGAGGC;SOR=2.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=75;WE=132404220;WS=132404202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	132406275	rs7311029	A	C	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=18;PP=2890;SC=CTGCTTAGGGAAGGTCAGCAG;SOR=3.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=99;TCR=18;TR=117;WE=132406283;WS=132406265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	132417451	rs113696185	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=532;ReadPosRankSum=1.014;SC=AAGAAAAGAGGTTGAATTGAC;SOR=0.946;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=42;WE=132417459;WS=132417441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr12	132427909	rs7961398	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=409;SC=CTTTCCCTGCACAGGTTCCTG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=132427917;WS=132427899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	132445675	rs61745448	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.159;NF=46;NR=37;PP=1138;ReadPosRankSum=0.150;SC=AGGGGGCTTCGTGGATGCCAG;SOR=0.756;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=83;WE=132445683;WS=132445665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,64:0.60:106
chr12	132534800	rs147640934	C	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=218;ReadPosRankSum=-1.129;SC=CCCAGTGAGCCCTGTGTCCCA;SOR=1.017;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=16;WE=132534808;WS=132534790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr12	132547093	.	ACAG	A	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,8:0.11:70
chr12	132549293	rs77075957	G	A	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=52;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CTGCGCCCCCGCAGCCAACAG;SOR=0.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=236;TCF=132;TCR=104;TR=124;WE=132549301;WS=132549283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,131:0.53:248
chr12	132552040	rs11246912	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=1.318;SC=AGGTACCGGGGCTAGGGGATT;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=12;WE=132552048;WS=132552030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr12	132626668	rs1133690	T	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=39;PP=2220;SC=ACATACCTGCTGGGCCAGCTC;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=115;WE=132626676;WS=132626658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	132633458	.	GCTCAC	ACTCAC,ACTCAT	804	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=58.91;NF=57,22;NR=61,31;PP=804,650;QD=7.10823061481;SC=CCGCCGCCTCGCTCACACCAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=118,53;WE=132633471;WS=132633448;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:119
chr12	132633506	.	CT	AC	631	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=28;MQ=48.83;NF=2;NR=21;PP=631;QD=29.7594728201;SC=CGCCTCACTCCTACCACACCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=132633515;WS=132633496;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr12	132635521	rs7397057	T	C	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=45;PP=1219;ReadPosRankSum=-1.942;SC=TCTGTCTGTCTGCAGGGGGGG;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=109;TCR=79;TR=107;WE=132635529;WS=132635511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,113:0.58:195
chr12	132635779	rs12818246	C	T	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=49;PP=2965;SC=GCTCCATCCGCTGCTCCTTCC;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=107;TCR=49;TR=156;WE=132635795;WS=132635769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	132682481	rs12308155	T	G	12472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr12	132682484	rs12306514	A	G	7116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,279:0.99:281
chr12	132683632	rs4074045	A	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=3;PP=833;SC=AGCAGGCTGGACCCGTGCCTC;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=132683640;WS=132683622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	132683690	rs4074046	G	A	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=14;PP=1761;SC=CCCCTTGGGAGCTGCATGGGT;SOR=2.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=75;WE=132683698;WS=132683680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	132683862	rs6598205	G	A	5849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=113;PP=2965;SC=CCGAGGGTGCGGCCCCAGGGA;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=86;TCR=114;TR=199;WE=132683870;WS=132683852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	132683961	rs6598206	T	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=35;PP=868;SC=CCGGGTGGGCTGCCTGGGAAG;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=132683969;WS=132683951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	132685566	rs7953158	C	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=1;PP=726;SC=GCTACCTCTCCGTGTGCATGT;SOR=3.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=132685574;WS=132685562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	132685826	rs11246988	T	C	5992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.229;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.487;SC=CAGAAGTAGGTGAGAGGGTAC;SOR=1.099;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=89;TCR=129;TR=217;WE=132685845;WS=132685816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr12	132685837	rs10794457	A	G	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=107;PP=2964;SC=GAGAGGGTACATGGGTGTCAC;SOR=1.485;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=67;TCR=107;TR=174;WE=132685845;WS=132685816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	132685899	rs11246989	G	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=40;PP=1218;SC=GGGACCAAGTGCCCTCACAGG;SOR=2.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=53;WE=132685907;WS=132685889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	132685940	rs61329617	A	AGGCCCCATCC	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	132685953	rs59310537	T	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=86;SC=CCCCATCCAGTTGGGACCCCC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=132685966;WS=132685930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	132685958	rs35906641	A	ACC	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=111;SC=TCCAGTTGGGACCCCCCAGCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=132685966;WS=132685930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	132688137	rs7486927	A	G	11332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.008;SC=TGCGCTTGGCATAGTAGTCAA;SOR=0.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=416;TCF=209;TCR=207;TR=415;WE=132688145;WS=132688127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,438:1.00:439
chr12	132688279	rs10902510	A	G	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=51;PP=1542;SC=TCCCAACGGAAGCGGGCAGCC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=66;WE=132688287;WS=132688269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	132837574	.	C	T	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=51;PP=1920;ReadPosRankSum=1.593;SC=AAGAAGCCGACGACTGGGGCG;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=318;TCF=198;TCR=120;TR=141;WE=132837582;WS=132837564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,151:0.44:342
chr12	132839265	rs28431148	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=460;ReadPosRankSum=0.438;SC=GGGACCCCGGAAGCCATAGCT;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=21;WE=132839273;WS=132839255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr12	132852957	rs28561974	C	A	6461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.570;SC=GGCTCGCCGCCTATCTCCACG;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=624;TCF=357;TCR=267;TR=310;WE=132852965;WS=132852947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,311:0.49:636
chr12	132862976	rs28503969	G	A	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=1076;ReadPosRankSum=0.161;SC=CCTGGCCCAGGCCTCCTGGCC;SOR=0.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=57;TCR=99;TR=76;WE=132862984;WS=132862966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,82:0.49:166
chr12	132911861	rs28672358	G	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=80;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GTGTGTGCCTGTGTGTGTGCC;SOR=0.511;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=9;WE=132911869;WS=132911851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr12	132911948	rs28722154	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr12	132912181	rs71453143	CGTGT	C	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.507;NF=7;NR=5;PP=547;ReadPosRankSum=1.506;SC=TGTGTGTGTGCGTGTGTGCCT;SOR=0.818;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=12;WE=132912192;WS=132912171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr12	133031898	rs10870487	A	G	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=17;PP=830;ReadPosRankSum=1.052;SC=CAGTAGCTCCAACCTCACAGC;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=94;TCR=33;TR=62;WE=133031906;WS=133031888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr12	133032047	.	T	TGTGTGTGCGTGTTGAC	3164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=9.123;NF=5;NR=34;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.557;SC=TGTGGACATATGTGTGTGCAT;SOR=0.828;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=140;TCF=11;TCR=129;TR=39;WE=133032055;WS=133032033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,83:0.42:199
chr12	133032110	rs9706362	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.911;NF=2;NR=27;PP=413;ReadPosRankSum=1.867;SC=CTTGTGTGTGTGTGCATGTGT;SOR=2.000;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=29;WE=133032118;WS=133032100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr12	133032132	rs113386371	C	CGT	528.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.772;NF=0;NR=21;PP=562;ReadPosRankSum=0.271;SC=TGCATGTGAACGTGTGTGTGA;SOR=0.094;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=21;WE=133032140;WS=133032122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr12	133067343	.	A	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.46;QD=26.85;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	133067473	rs28435470	G	A	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	133104461	rs4883566	A	G	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=10;PP=1298;SC=TGAGGGCTGCAGGGCAGCTGT;SOR=2.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=66;WE=133104469;WS=133104451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	133146416	rs7312710	A	G	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=13;PP=1464;SC=GCCCAGACATAGCCTGGGCAC;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=133146424;WS=133146406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	133146457	rs3751316	G	A	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=45;PP=2458;SC=CTGGGCCACAGGAGGGGCAGG;SOR=1.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=83;TCR=45;TR=127;WE=133146465;WS=133146447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	133147142	rs3751313	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=296;ReadPosRankSum=0.879;SC=TGTCTCGGCCACAATCTCGCC;SOR=0.660;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=25;WE=133147150;WS=133147132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,35:0.36:97
chr12	133147165	rs3833800	T	TG	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.338;NF=2;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=0.283;SC=GGGCAGGGGTTGGGGGGTGCG;SOR=0.784;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=11;WE=133147173;WS=133147155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr12	133147182	rs3751312	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.393;NF=3;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=0.012;SC=TGCGGGGACACGGCCACCGGG;SOR=0.793;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=12;WE=133147190;WS=133147172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr12	133148970	rs34140384	C	T	3737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;ReadPosRankSum=-1.170;SC=TCGCTGTGCACGCAGGTCCTG;SOR=0.558;Source=Platypus;TCF=158;WE=133148978;WS=133148960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,174:0.47:367
chr12	133153281	rs10870473	A	T	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=11;PP=1376;SC=TGCTCCCCTTACTGGACTGGC;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=133153289;WS=133153271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	133157835	rs140655645	ACCT	A	938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=1128;ReadPosRankSum=-1.397;SC=TCCAAGTCAAACCTCCTCCGA;SOR=0.427;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=15;WE=133157859;WS=133157825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr12	133157851	rs3751307	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=1122;ReadPosRankSum=-1.344;SC=TCCGAATTGTGGGGTAGATTC;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=28;WE=133157859;WS=133157825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr12	133158280	rs3751306	G	T	3719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=69;PP=2157;ReadPosRankSum=1.346;SC=GGTGGGAGCCGCAGCCCACGC;SOR=0.604;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=162;TCR=122;TR=158;WE=133158288;WS=133158270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,173:0.56:308
chr12	133158449	rs199976653	GC	G	879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.134;NF=0;NR=23;PP=789;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CCCGATGCCCGCGCCCCTCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=0;TCR=50;TR=23;WE=133158457;WS=133158438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr12	133158632	rs3751304	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=305;ReadPosRankSum=-0.218;SC=TCATGCTCCCCGGCCTCTGCC;SOR=0.795;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=20;WE=133158640;WS=133158622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr12	133159004	rs7308900	C	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.930;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	133159662	rs12831275	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=304;ReadPosRankSum=1.661;SC=AGCTGGGCCGGTCCGGGGCCC;SOR=1.678;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=21;WE=133159670;WS=133159652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr12	133159733	rs11550079	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=-0.759;SC=AAGGAGGAGGCCGCCAAGATG;SOR=0.534;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=25;WE=133159741;WS=133159723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr12	133160238	rs7966712	G	C	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	133181399	rs11146963	T	C	7849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.731;SC=TCGTGTCTCCTGCATGGCTCC;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=294;TCF=153;TCR=141;TR=292;WE=133181407;WS=133181389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,302:0.99:304
chr12	133181425	rs11146964	A	G	7695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=0.475;SC=GCCCTGAAACACCACTCACCA;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=142;TCR=143;TR=282;WE=133181433;WS=133181415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr12	133182818	rs12819734	G	A	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TAGCAGCAGCGTCCACCCCGG;SOR=0.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=62;TCR=85;TR=78;WE=133182826;WS=133182808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,82:0.54:153
chr12	133195367	rs7314492	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.874;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=223;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CCCTCAGCCCTGCAGCGCCTT;SOR=0.145;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=15;WE=133195375;WS=133195357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr12	133195579	rs200710959	CGCGGGGCGCGGGGT	C	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=2728;SC=TCGTGTGGTGCGCGGGGCGCG;SOR=2.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=15;WE=133195600;WS=133195569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	133195625	rs11146976	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	133196596	rs7964634	T	C	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=62;PP=1857;SC=GCCTGAGGACTGGGCGCTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=133196604;WS=133196586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	133196733	rs7955816	C	T	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=29;PP=1298;SC=ATCCTTTTCCCCTGACCAGAG;SOR=0.729;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=55;WE=133196741;WS=133196723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	133196773	rs7964872	T	G	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=15;PP=1576;SC=AGTGACAAGATCTGGGGAGGG;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=133196781;WS=133196763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	133197018	rs6560891	G	A	7843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=141;PP=2965;SC=CTCGCCTCCTGCCGCCTCCTC;SOR=0.873;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=129;TCR=141;TR=270;WE=133197026;WS=133197008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr12	133197494	.	TG	CC	647	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=29;MQ=54.3;NF=12;NR=2;PP=647;QD=50.033419633;SC=CGTGTGCCCTTGTGACCCCCT;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=14;WE=133197515;WS=133197484;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:21,14:0.40:35
chr12	133197507	.	C	T	186	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=56.75;NF=10;NR=2;PP=186;QD=18.3976010456;SC=GACCCCCTTCCCTGGCCTGGG;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=12;WE=133197515;WS=133197484;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:31,12:0.28:43
chr12	133198021	rs4883632	C	T	18312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=308;NR=340;PP=2965;SC=CCCCATCAGACGCCGTCAGAC;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=648;TCF=308;TCR=340;TR=648;WE=133198029;WS=133198011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,678:1.00:678
chr12	133201440	.	GAGGAGGCCA	G	2976	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=13;NR=49;PP=2976;QD=20;SC=TCCACTCAGAGAGGAGGCCAA;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=158;TCF=29;TCR=129;TR=62;WE=133201460;WS=133201430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:96,62:0.39:158
chr12	133201441	rs199947622	AGGAG	A	4972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,136:0.48:284
chr12	133201447	rs375041812	CCAAGG	C	4983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=-0.782;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,136:0.48:282
chr12	133201452	.	G	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=49;NR=49;PP=2962;QD=20;SC=GGAGGCCAAGGAGGCCAGGCT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=120;TCR=119;TR=98;WE=133201460;WS=133201430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:141,98:0.41:239
chr12	133201947	rs4883544	T	C	13094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=255;NR=235;PP=2965;SC=GGCCGAGCTGTGCAACTCCCT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=490;TCF=255;TCR=235;TR=490;WE=133201966;WS=133201937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr12	133202004	rs4883543	C	T	4808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.234;SC=TGCCTCCTTCCGCTAGAACGA;SOR=0.544;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=420;TCF=187;TCR=233;TR=223;WE=133202012;WS=133201994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,225:0.53:426
chr12	133208886	rs5745023	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=0.926;SC=CTCACACGCACGCTGGCACTC;SOR=0.368;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=133208894;WS=133208876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	133208979	rs5745022	T	C	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=18;PP=1336;SC=GAAACATCTCTGAGAGCTCAG;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=70;WE=133208987;WS=133208969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	133210985	rs5745005	C	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=41;PP=1105;SC=TGAGACAACGCGGCTGTGTTT;SOR=3.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=133210993;WS=133210975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	133212382	rs5744993	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TGCTGCTCACGGCCAGGCCCG;SOR=0.420;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=13;WE=133212390;WS=133212372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr12	133212582	rs5744990	G	A	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=67;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GAAATTGTCAGAGAATGGAAG;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=137;TCR=140;TR=134;WE=133212590;WS=133212572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,148:0.49:302
chr12	133212692	rs4883625	T	C	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=65;PP=1614;SC=TGTATCTATCTGTACCCTCCA;SOR=2.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=86;WE=133212700;WS=133212682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	133212737	rs4883624	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=0.353;SC=TTCATTCAGACCACATCATCC;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=13;WE=133212745;WS=133212727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr12	133214517	rs5744975	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr12	133214522	rs5744974	G	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=5;PP=398;SC=CCCAGGAGGAGAGCTGGCACC;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=133214530;WS=133214507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	133214768	rs5744970	A	G	7169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=165;PP=2965;SC=CGCCACAGTCATGGAGAGCCA;SOR=1.521;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=89;TCR=165;TR=254;WE=133214776;WS=133214758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr12	133218724	rs5744951	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GCAGAAACACCAGCCAGGTCT;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=9;WE=133218732;WS=133218714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr12	133219831	rs5744944	T	C	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=31;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CAAAGACGGATGCCCTGCGCT;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=127;TCR=61;TR=94;WE=133219839;WS=133219821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,101:0.50:203
chr12	133219989	rs5744941	A	T	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=2423;ReadPosRankSum=1.593;SC=GGTGCAGGCCATACCTGGTTC;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=191;TCR=169;TR=151;WE=133219997;WS=133219979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,161:0.43:376
chr12	133220230	rs5744939	T	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=720;ReadPosRankSum=1.058;SC=GGGATGTGGCTGTGCCCCTGC;SOR=0.307;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=6;TCR=65;TR=37;WE=133220238;WS=133220220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr12	133220321	rs4883614	T	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=12;PP=780;SC=ACGAGTCCACTGTCGCTGCTG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=133220329;WS=133220317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	133220526	rs5744934	T	C	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=87;PP=2655;ReadPosRankSum=-1.885;SC=CTCATAGAGATTGTAGACCAT;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=131;TCR=141;TR=169;WE=133220534;WS=133220516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,182:0.63:288
chr12	133220652	rs5744932	A	AG	2212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=39;PP=1790;SC=TCGGAGTCCTAGACTTCTGGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=39;WE=133220660;WS=133220642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	133220670	rs10870483	G	A	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=794;SC=GGTGCCCCTAGCGACGGGGTA;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=133220678;WS=133220660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	133225446	rs4883538	G	T	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=31;PP=1044;ReadPosRankSum=0.215;SC=CTGGAGGCCAGGCTAGATCAT;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=175;TCF=113;TCR=62;TR=83;WE=133225454;WS=133225436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,88:0.48:185
chr12	133225713	rs5744903	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=245;ReadPosRankSum=-0.181;SC=AACCCACAGACGGGGCCACCT;SOR=0.709;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=13;WE=133225721;WS=133225703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr12	133226159	rs4883613	T	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=33;PP=883;SC=ATGCCCGCCATGACTTTCTCA;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=133226167;WS=133226149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	133226196	rs4883537	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=336;ReadPosRankSum=0.292;SC=GGGTCAGGACGCATCTCGGGC;SOR=0.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=19;WE=133226204;WS=133226186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr12	133233705	rs5744889	T	C	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.113;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1219;ReadPosRankSum=-1.221;SC=AGCCCAGCCTTGGGGCCCCAC;SOR=1.463;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=71;WE=133233713;WS=133233693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,77:0.95:81
chr12	133234389	rs5744884	CAT	C	2070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.372;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=1644;ReadPosRankSum=0.464;SC=CCAACTCAGACATATTCTGCT;SOR=1.493;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=39;WE=133234398;WS=133234379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr12	133234741	rs10649524	C	CGTGT	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=206;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GTAACACGTGCGTATGTGTAA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=133234749;WS=133234731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	133236000	rs5744857	C	T	4497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=94;PP=2754;ReadPosRankSum=0.354;SC=TGCTGATGGACGTAGACTTCT;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=432;TCF=235;TCR=197;TR=205;WE=133236008;WS=133235990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,220:0.48:459
chr12	133238076	rs5744844	T	C	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=36;PP=1099;ReadPosRankSum=0.956;SC=TCTCAATCCATGTCCTTTCTA;SOR=0.537;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=180;TCF=116;TCR=64;TR=94;WE=133238084;WS=133238066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,101:0.51:197
chr12	133240782	rs4883592	A	G	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.417;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=433;ReadPosRankSum=-0.417;SC=TTTCCTTTTCACCCAGTGTGT;SOR=0.208;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=30;WE=133240790;WS=133240772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr12	133241144	rs5744832	C	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=798;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AGGAGAGATGCGACAGGGACA;SOR=0.503;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=39;WE=133241152;WS=133241134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr12	133242140	rs4883586	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=609;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TCAAATCTATAGAAAACCTAA;SOR=0.340;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=36;WE=133242148;WS=133242130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr12	133245149	rs5744798	A	G	3696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=86;PP=2368;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GCTTCCCACCAAGTGGAGAAA;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=169;TCR=177;TR=169;WE=133245157;WS=133245139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,182:0.49:370
chr12	133249139	rs5744780	T	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=18;PP=1031;ReadPosRankSum=0.464;SC=GGGCTTTATTTCAGCCCCTGC;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=123;TCR=41;TR=73;WE=133249147;WS=133249129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,81:0.47:174
chr12	133250017	rs5744776	C	A	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=892;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GGAGACACAGCCTGCTGGGTG;SOR=0.816;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=134;TCF=78;TCR=56;TR=60;WE=133250025;WS=133250007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,66:0.45:147
chr12	133250118	rs4883555	C	T	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=43;PP=1571;ReadPosRankSum=0.240;SC=CATCTGGATGCGTGCACACGG;SOR=0.664;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=215;TCF=131;TCR=84;TR=107;WE=133250126;WS=133250108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,112:0.50:226
chr12	133252556	rs4883545	T	C	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=21;PP=786;SC=AAGACGGTCATACCCTGAGAA;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=133252564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	133252796	rs4077170	C	G	4455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=83;PP=2822;SC=TAGCCCTAGCCAAGTTCATTA;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=153;WE=133252804;WS=133252786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	133253310	rs5744757	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=-0.194;SC=ACCCACCCCCAGCCTGCTCTA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=18;WE=133253318;WS=133253300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr12	133253995	rs5744751	G	A	3806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=84;PP=2431;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TACCGGAAAAGCATTTCCTCG;SOR=0.687;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=386;TCF=192;TCR=194;TR=176;WE=133254003;WS=133253980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,186:0.46:402
chr12	133254083	rs5744750	T	C	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=68;PP=2156;ReadPosRankSum=-0.940;SC=AAGTCTATTCTTCTGTGGATT;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=119;TCR=138;TR=127;WE=133254091;WS=133254073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,131:0.49:266
chr12	133257887	rs5744733	C	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.026;NF=5;NR=36;PP=764;ReadPosRankSum=-1.477;SC=AAGGGAACCCCGTGCTTAATT;SOR=0.811;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=41;WE=133257895;WS=133257877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr12	133257929	rs370784976	CT	C,CTT	576.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.37;QD=23.07;SOR=6.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,14:0.44,0.56:25
chr12	133263743	rs111877885	A	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=349;SC=GGCTGCGGGAACCGGGCCTCC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=133263751;WS=133263733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	133263825	rs2075784	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=385;ReadPosRankSum=0.300;SC=AGAGCCTCAGGAGGGCGCCCC;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=31;WE=133263833;WS=133263815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr12	133264332	rs11538534	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	133272380	rs10781627	G	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GGAAGCAGGGGTTAGGACCTG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=11;WE=133272388;WS=133272370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr12	133272470	rs74727297	G	T	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1185;ReadPosRankSum=0.308;SC=GGGGCCTCAGGTTCTTCTTCA;SOR=0.508;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=175;TCF=114;TCR=61;TR=86;WE=133272478;WS=133272460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,89:0.49:182
chr12	133277983	rs7958567	T	C	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=30;PP=1036;SC=CAGCCTCTGCTAACATTACTT;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=133277991;WS=133277973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	133281462	rs10007	G	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.607;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=2513;ReadPosRankSum=-0.471;SC=AAAGGCAGTCGCTGCCTTCAG;SOR=0.536;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=74;WE=133281484;WS=133281452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,76:0.47:161
chr12	133281476	rs7979132	G	A	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.612;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=2513;ReadPosRankSum=-0.004;SC=CCTTCAGGTGGTGCTGCCCCA;SOR=0.530;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=75;WE=133281484;WS=133281452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr12	133287459	rs7486453	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=2.423;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	133287721	rs7973452	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=210;ReadPosRankSum=-1.641;SC=GTTGGGATCGAGATCGGGACC;SOR=0.604;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=18;WE=133287729;WS=133287711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr12	133294231	rs11147013	G	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=878;ReadPosRankSum=1.396;SC=CCTGGCCACCGGGAGGTCACA;SOR=0.935;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=100;TCF=26;TCR=74;TR=48;WE=133294239;WS=133294221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr12	133295130	.	GT	G	173	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=28;MQ=46.2;NF=5;NR=0;PP=173;QD=39.8;SC=CTGGGTGGGGGTGTCCTGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=133295138;WS=133295123;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,5:0.50:10
chr12	133304126	rs35235926	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.725;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=675;ReadPosRankSum=0.380;SC=AGGCACATGCGCCCGGGCGGA;SOR=1.227;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=41;WE=133304134;WS=133304116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr12	133310659	.	TAA	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.605;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr12	133349620	rs3741483	C	G	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=29;PP=1744;SC=AAACATCGACCACACAATCAA;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=94;WE=133349628;WS=133349610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	133349893	rs3741484	A	G	708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=28.35;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	133353168	.	C	T	281	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=55.58;NF=10;NR=2;PP=281;QD=26.3142677123;SC=GCCCCTCCAGCTCCTTCCTCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=133353176;WS=133353166;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	133354453	rs900443	C	T	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.951;NF=54;NR=86;PP=1943;ReadPosRankSum=1.820;SC=TATGACGTGCCGGGCGCAGGG;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=296;TCF=113;TCR=183;TR=140;WE=133354478;WS=133354443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,145:0.48:303
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chr12	133354485	rs900445	G	A	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.033;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=1221;ReadPosRankSum=-1.543;SC=TCCCGGCCCCGTGCATGTCCT;SOR=0.323;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=185;TCF=62;TCR=123;TR=90;WE=133354493;WS=133354475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,96:0.51:190
chr12	133357645	rs35956026	CA	C	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=382;ReadPosRankSum=0.220;SC=GAATCTGTGACAAAAACAGAA;SOR=1.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=14;WE=133357653;WS=133357635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr12	133360530	rs11147073	T	C	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=0;PP=1264;SC=TCTGTAACCATTCCACCAAAG;SOR=7.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=46;TCR=0;TR=46;WE=133360538;WS=133360520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	133363006	rs12823938	G	A	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=40;PP=1712;ReadPosRankSum=2.382;SC=CCTTGGCCGCGAGGGCCTCCT;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=145;TCR=80;TR=115;WE=133363014;WS=133362996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,118:0.50:234
chr12	133363376	rs7976379	G	T	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=97;PP=2965;SC=TGCAACGACTGTGGAAGGGAA;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=83;TCR=98;TR=179;WE=133363384;WS=133363358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	133372395	rs4758905	A	C	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=30;PP=1323;ReadPosRankSum=1.513;SC=CATTCCTGCAAGGAGGGTTCT;SOR=0.514;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=210;TCF=153;TCR=57;TR=105;WE=133372403;WS=133372385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,106:0.50:210
chr12	133373375	rs2242292	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=596;ReadPosRankSum=-0.541;SC=AGAAACCCACCGCCCTGGCAT;SOR=0.865;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=34;WE=133373383;WS=133373365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr12	133378610	rs75002364	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.436;SC=GGGGGAGTCCGCAGCTCCGCG;SOR=0.105;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=14;WE=133378618;WS=133378600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr12	133383923	rs10781653	T	C	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=44;PP=1573;SC=CCTCATTTTCTTTCACACTCC;SOR=1.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=80;WE=133383931;WS=133383913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	133384864	rs3741486	G	A	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=83;PP=2364;ReadPosRankSum=0.720;SC=ATCGGGAGCCGGGACATTTCC;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=290;TCF=143;TCR=147;TR=160;WE=133384872;WS=133384854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,167:0.54:310
chr12	133389998	rs7134809	T	C	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=922;ReadPosRankSum=0.919;SC=GGGGAGAATCTGTAGAGCCTG;SOR=0.742;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=85;WE=133390006;WS=133389988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,89:0.46:194
chr12	133393086	rs113953669	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=397;ReadPosRankSum=-0.474;SC=TGAGCGACGCGGACGTGGAGG;SOR=0.402;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=27;WE=133393094;WS=133393076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr12	133398395	rs11147096	A	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.417;NF=29;NR=0;PP=480;ReadPosRankSum=-2.582;SC=AGCCGAGATCACGCCACTGCA;SOR=3.967;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=29;WE=133398403;WS=133398385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr12	133398439	rs66472368	CA	C	1848.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.954;HP=20;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.535;NF=48;NR=15;PP=2138;ReadPosRankSum=2.270;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=2.503;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=218;TCF=139;TCR=79;TR=63;WE=133398468;WS=133398428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,79:0.88:90
chr12	133398451	rs7298097	A	C	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=8.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.655;QD=17.23;ReadPosRankSum=3.743;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,136:0.81:167
chr12	133417982	rs375411000	T	TAA	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.080;NF=19;NR=0;PP=698;ReadPosRankSum=0.714;SC=ACTCAGAGGGTAAAGCTCCAC;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=19;WE=133417990;WS=133417972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr12	133418069	rs1045979	C	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=687;ReadPosRankSum=-1.285;SC=CCTTGACGTGCTTGTCTCTGT;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=53;WE=133418077;WS=133418059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,55:0.42:131
chr12	133420533	rs150643970	CA	C	454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr12	133423695	rs2306537	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=695;ReadPosRankSum=0.379;SC=TTCCATGTCAAACCTCTGGTT;SOR=0.569;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=50;WE=133423703;WS=133423685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr12	133423866	rs10747087	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=283;SC=AGGGCTGCACGTTCACGGCCT;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=133423874;WS=133423856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	133428131	rs2306540	C	T	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=75;PP=1916;ReadPosRankSum=0.996;SC=ACCCTAAGGCCAACACCGCTT;SOR=0.839;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=465;TCF=250;TCR=215;TR=171;WE=133428139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,179:0.37:485
chr12	133428242	rs2306541	G	A	2905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.250;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=82;PP=2024;ReadPosRankSum=-1.170;SC=CTCGCGCTCCGCTCTCCGGTC;SOR=1.091;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=199;TCF=71;TCR=128;TR=120;WE=133428250;WS=133428232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,124:0.60:208
chr12	133433173	rs2062163	T	C	4186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=64;PP=2575;SC=TGATTTTATTTCTGGCATCCA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=136;WE=133433181;WS=133433163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr12	133435716	rs35011845	T	G	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=69;PP=1841;ReadPosRankSum=0.756;SC=CCATCTTGTCTGGCTTCCCAG;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=322;TCF=158;TCR=164;TR=133;WE=133435724;WS=133435706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,140:0.41:341
chr12	133435861	rs75449706	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=410;ReadPosRankSum=-0.042;SC=AGGAAATACACGCAGGTTCAG;SOR=1.375;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=21;WE=133435869;WS=133435851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr12	133438274	rs2306542	C	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=0.225;SC=CAGGAGAGAACCATGCCTGTA;SOR=1.863;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=15;WE=133438282;WS=133438264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr12	133439115	rs9943858	G	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=867;SC=ACTTGAGCCCGGGAGTTCGAG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=133439123;WS=133439105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	133447195	rs12821502	G	A	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=22;PP=1292;ReadPosRankSum=0.716;SC=GCAGTGAGCTGAGATCGCGCC;SOR=0.561;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=147;TCF=110;TCR=37;TR=80;WE=133447203;WS=133447185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr12	133447242	rs12832244	T	C	3532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.459;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=64;PP=2350;ReadPosRankSum=-0.188;SC=CGAGACTCCATCTCAAAACAC;SOR=0.558;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=307;TCF=194;TCR=113;TR=163;WE=133447250;WS=133447232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,171:0.53:323
chr12	133454390	.	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-0.460;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr12	133682655	rs710945	A	G	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.556;NF=56;NR=54;PP=1507;ReadPosRankSum=2.208;SC=CTCGACATCAAAGAATTCACA;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=277;TCF=137;TCR=140;TR=110;WE=133682663;WS=133682645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,115:0.41:283
chr12	133683280	rs905225	A	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.511;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=64;PP=1293;ReadPosRankSum=2.214;SC=GGAATTTTTTAAAAAGAAGTA;SOR=2.636;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=159;TCF=24;TCR=135;TR=72;WE=133683288;WS=133683270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr12	133696743	rs144074942	G	GAAC	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=218;ReadPosRankSum=-2.997;SC=AGTATTTACAGAAAATGTTAT;SOR=0.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=133696751;WS=133696733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr12	133696785	rs11147239	C	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.785;NF=9;NR=5;PP=188;ReadPosRankSum=1.345;SC=AACCTTAAATCGTTCTTTTAG;SOR=0.375;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=14;WE=133696793;WS=133696775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr12	133697760	rs7953400	C	T	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=616;ReadPosRankSum=1.950;SC=GTATCACATTCATGACTTTCA;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=43;WE=133697768;WS=133697750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr12	133721407	rs12310822	C	A	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=907;ReadPosRankSum=-2.304;SC=GAGGCTAATACAAGAAAAAGA;SOR=0.883;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=162;TCF=103;TCR=59;TR=67;WE=133721415;WS=133721397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,76:0.43:178
chr12	133732512	rs11147259	A	G	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=818;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CACCTTATTCAGTTTGCAAGA;SOR=0.826;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=58;WE=133732520;WS=133732502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,65:0.45:144
chr12	133732624	rs3763151	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=492;ReadPosRankSum=-2.090;SC=GAGAGAAACCCTATGAATGTA;SOR=0.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=26;WE=133732632;WS=133732614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr12	133761207	rs137892024	ATTTG	A	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=1.228;QD=21.05;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr12	133767966	rs11147291	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=150;ReadPosRankSum=0.581;SC=GTTTTCAATACAATTTTTGTT;SOR=0.112;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=11;WE=133767974;WS=133767956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr12	133768273	rs10870589	G	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=268;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AAACTGGAGGGCTTCTATGAA;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=17;WE=133768281;WS=133768263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr12	133770306	rs7960924	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=1.440;SC=AACTTCCATTCGGAAGATTGA;SOR=1.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=5;WE=133770314;WS=133770296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	133778684	rs7963812	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CTAGTATACCGCAATCATGTG;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=12;WE=133778692;WS=133778674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr12	133778796	rs7975069	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=637;ReadPosRankSum=-2.309;SC=CTGGGAAGTACGGCAAAAAGC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=53;WE=133778804;WS=133778786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr12	133787329	rs138369699	A	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=777;ReadPosRankSum=-0.347;SC=AAGGCAGCTCAGTCTTTACTG;SOR=1.302;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=52;WE=133787340;WS=133787319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr12	133795418	rs142613020	C	G	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=51;PP=1722;ReadPosRankSum=0.076;SC=GTTGACCAGGCAGACCATCCA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=111;TCR=98;TR=108;WE=133795426;WS=133795408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,117:0.51:229
chr12	133795885	rs144454089	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=-0.116;SC=GGAGGGCAGGGCCTGGCTCAG;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=18;WE=133795893;WS=133795875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr12	133795960	rs36140725	A	G	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=584;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AGGGCTGGAAAAGAGACAGTG;SOR=0.582;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=36;WE=133795968;WS=133795950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr12	133796033	rs36130280	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TGTGCTTTCTCCCTCATCAGG;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=34;WE=133796041;WS=133796023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr12	133797649	rs147515371	T	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=13;PP=1408;SC=TGTAGGCTTGTGGGGACTGTT;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=133797657;WS=133797639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	19600475	rs9511168	C	A	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=26;PP=1285;SC=CTGGTCTTGTCGCATCTTCTC;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=19600483;WS=19600465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	19601129	rs35887366	TA	T	2453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=59;PP=1455;SC=TCAACACCTGTAAAAAAAATA;SOR=1.688;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=4;TCR=67;TR=63;WE=19601137;WS=19601119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	19601182	rs2039524	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=961;SC=TATTTGGCTTCTAGTAAAAAT;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=19601190;WS=19601172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	19606506	rs12865916	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	19751032	rs36216109	G	T	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=50;PP=2589;SC=GTTGCTTGCTGAAAGGTACAA;SOR=1.386;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=95;TCR=50;TR=145;WE=19751040;WS=19751022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr13	19752625	rs605109	A	G	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=28;PP=733;SC=TACAAAGTACATGCTGTTCAA;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=19752633;WS=19752615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	19756026	rs783595	C	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=280;SC=TTGGTCCGGACGTCCTGGGAG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=19756034;WS=19756016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	19761246	.	A	AT	618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=461;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TATAATTGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=24;WE=19761254;WS=19761236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr13	19775652	rs66950030	CA	C	146.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.14;MQRankSum=-1.036;QD=14.65;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr13	19775755	rs115152530	A	G	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=28;PP=1440;SC=TTTTTTCTGGATAGCCAGGAA;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=84;WE=19775763;WS=19775745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	19775867	rs114445450	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.07;QD=43.06;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	19775875	rs138429293	T	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.83;QD=44.58;SOR=6.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	19778557	rs61946465	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.37;MQRankSum=1.335;QD=23.77;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr13	19778703	.	A	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.188;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.45;MQRankSum=-1.720;QD=26.49;ReadPosRankSum=0.701;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr13	19778705	.	C	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.92;MQRankSum=-1.777;QD=30.27;ReadPosRankSum=0.663;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr13	19778748	.	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.13;MQRankSum=-2.100;QD=4.20;ReadPosRankSum=-1.884;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr13	19782646	rs9512066	G	A	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=83;PP=2915;SC=TGCTCCACAGGGACCCATATC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=85;TCR=84;TR=168;WE=19782654;WS=19782636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr13	19933372	rs4771142	G	A	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=23;PP=1277;SC=AGTTCTGAGCGAGGGAGAAAT;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=19933380;WS=19933362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	19941233	rs3002090	C	A	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=31;PP=1137;SC=CCTAGTGATCCTACTGAATTA;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=19941241;WS=19941223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	19949111	rs71197092	TC	T	73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.57;QD=18.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	19949155	rs34247662	T	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=1.648;NF=14;NR=6;PP=439;ReadPosRankSum=-1.157;SC=CAAATAAAAGTCATGTGCCCA;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=19949163;WS=19949145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr13	19949218	rs35633897	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.42;QD=43.27;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	19949227	rs34936230	C	T	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.75;QD=44.27;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	19949262	rs34280326	G	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.37;QD=27.24;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	19949287	rs34088473	G	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.26;QD=26.99;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	19962055	rs9512903	G	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=570;SC=GTTTGTTCATGAAGATGAAGG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=19962063;WS=19962045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	20000630	rs2497218	T	C	5316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.748;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=1.661;SC=TTAATTAATATTTTGTCTGTT;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=80;TCR=103;TR=182;WE=20000638;WS=20000620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr13	20000702	rs4408395	G	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=50;PP=1515;SC=CCTAGATAACGATAACAAAAG;SOR=3.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=56;WE=20000710;WS=20000692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	20004762	rs7139692	T	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=40;PP=1002;SC=CTTAACATCATGGATTAAAAA;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=20004770;WS=20004752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	20004798	rs2497068	C	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=688;SC=AAGCTAACAACGTATCAATAG;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=20004806;WS=20004788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	20012206	rs186171901	G	C	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=75;NR=46;PP=2199;SC=CATCATAAGAGAAAGTTTGTA;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=121;WE=20012214;WS=20012196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr13	20038584	rs7339103	A	G	4626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=63;PP=2767;SC=TTTGTCAGATAAAGACCCTTA;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=88;TCR=63;TR=151;WE=20038592;WS=20038574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr13	20039289	rs2497079	A	T	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=9;PP=1465;SC=TATATTCTCAAGAATAAAGAA;SOR=3.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=63;WE=20039297;WS=20039279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	20041323	rs2497251	G	T	141.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.534;NF=6;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AATGCTAAAAGTAATGAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=20041331;WS=20041313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr13	20041563	rs2492391	C	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=318;SC=CCACAAACTACTGACTCATCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=20041571;WS=20041553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr13	20067081	rs76668072	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=7.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQRankSum=-5.806;QD=5.87;ReadPosRankSum=2.238;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,35:0.37:94
chr13	20067140	rs76824079	T	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQRankSum=-3.480;QD=5.62;ReadPosRankSum=-1.508;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr13	20067145	rs112509877	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.89;MQRankSum=-3.344;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.340;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr13	20067148	rs77396540	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.06;MQRankSum=-3.324;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.739;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr13	20224202	rs75390100	G	T	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=10;PP=839;SC=AGAAAAAAATGATGTTTCTGA;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=20224210;WS=20224192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	20233804	.	CA	C	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.659;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr13	20240743	rs9508812	T	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=794;SC=GACTGTGCCATAGTTAAGTCA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=20240751;WS=20240733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	20247171	rs4769866	A	G	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=436;SC=CTCCAGCCTGAGTGACAGAAT;SOR=3.767;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=20247179;WS=20247161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	20247194	.	CA	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.459;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr13	20247226	rs10706287	CG	C	1903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=27;PP=1743;SC=GGAACCTATACGGTTTTTTTT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=49;WE=20247258;WS=20247205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	20247238	rs10531847	GTT	G	1825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=38.04;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	20251791	rs2290810	T	C	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=8;PP=1057;SC=TCAGGAAGAATTGACTAGAAA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=20251799;WS=20251781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	20252093	rs9508836	G	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=272;SC=GTAGTGCTGCGTGCTGATTAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=20252101;WS=20252083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	20277188	rs140475170	CA	C	277.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.54;MQRankSum=-1.886;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.224;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr13	20277413	rs75085951	T	C	3894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=15.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.68;MQRankSum=-6.087;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.652;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,204:0.52:393
chr13	20325625	rs2340650	C	G	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=67;PP=2147;SC=AACATTAAAACATACAGAAAT;SOR=1.187;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=117;WE=20325633;WS=20325615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	20356941	rs9508887	T	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=34;PP=964;SC=CCTAGATTTATAGACAGTGTG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=20356949;WS=20356931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	20398669	rs9508907	T	C	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=35;PP=1397;SC=ATATAATCTGTGTTCTGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=20398677;WS=20398659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	20398742	rs9508908	C	T	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=39;PP=1726;SC=CTATTGTTGACGTGCATTTCA;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=89;WE=20398750;WS=20398732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	20426381	rs56100501	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=596;SC=ATGGTTTTTGCATTTTACTAC;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=20426389;WS=20426371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	20600927	rs138849093	T	TA	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=916;SC=TTTGGACAGTTAAAAAAACTT;SOR=2.670;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=32;WE=20600935;WS=20600917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	20601532	rs148238464	G	GCTTTAT	625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=526;SC=AATATAATATGCTTTATTTTA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=20601540;WS=20601522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	20608318	rs259806	T	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=220;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=129;SC=GATTTAACTTTGCTTCTGTAA;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=20608326;WS=20608308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	20608354	rs11272380	T	TTTTCTTGAGGTG	1759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=2967;SC=TTCTTAAGCTTGTCGTCATAT;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=20608362;WS=20608344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	20608465	rs79833154	T	C	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=35;PP=1034;SC=TAGTTACATATTGCGAATACT;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=66;WE=20608473;WS=20608455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	20608560	rs1543536	A	G	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=233;SC=TTGCATATACAGTGTTGTTCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=20608568;WS=20608550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	20610839	rs144794743	GT	G	928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=814;SC=GTTTTCATGTGTTTTTTTGTT;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=29;WE=20610847;WS=20610829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	20633470	.	T	TA	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5103;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=47;QD=14.0;SC=AACTGGGAATTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=20633478;WS=20633460;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr13	20638490	rs259785	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=117;SC=TGTCCCCATGTATGAATGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=20638498;WS=20638480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	20716533	rs968566	G	T	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=57;PP=1841;SC=AGGGCTAGCAGTTTGAAGTCC;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=92;WE=20716541;WS=20716523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	20762956	rs3751385	A	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=15;PP=1576;SC=GGGAAATGCTAGCGACTGAGC;SOR=2.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=75;WE=20762964;WS=20762946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	20978504	rs4638418	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=262;SC=GCAATAAACCCTCAATGAACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=20978512;WS=20978494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	20978664	rs3737036	T	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=266;SC=AGATCAAGGGTAAAGATTCCA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=20978672;WS=20978654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	21005941	rs4578496	A	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=364;SC=AGTGGGCCACATAGGTTATTA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=21005949;WS=21005931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	21005987	rs4614565	C	T	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=9;PP=988;SC=AGGAGAGAAGCCTGTCATCGT;SOR=2.348;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=47;WE=21005995;WS=21005977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	21006475	rs7983215	T	C	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=49;PP=1480;SC=AAGGAGATGATCCTGGGTTTG;SOR=1.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=72;WE=21006483;WS=21006465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	21063524	rs14236	A	G	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=34;PP=1620;SC=TGTGCATGGCACCCTCTACTG;SOR=1.289;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=94;WE=21063532;WS=21063514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	21148408	rs4326897	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=301;SC=ATAGTGAGCCGTGATTGTGCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=21148416;WS=21148398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	21156999	rs9509289	G	A	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=10;PP=1226;SC=CAATAGATGAGTTATAGAGGC;SOR=2.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=21157007;WS=21156989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	21157257	rs35700311	GA	G	691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=782;SC=TAGTGTTAAAGATTATAACCA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=21157265;WS=21157247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	21200036	rs76756031	C	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=175;SC=CTTAATTGGTCAAAGCATTAA;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=21200044;WS=21200026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	21205124	rs35290473	TG	T	6644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=80;PP=2951;SC=CATATTACAGTGGTAGTAACC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=20;TCR=83;TR=99;WE=21205132;WS=21205114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr13	21205140	rs1329519	A	T	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=72;PP=2523;ReadPosRankSum=0.317;SC=TAACCTTCAGATATTCCATTT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=68;TCR=73;TR=139;WE=21205148;WS=21205130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr13	21205192	rs9509307	G	A	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=53;PP=1598;SC=AAAAAGGACAGTAGAGTGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=21205200;WS=21205182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	21311977	rs732414	G	A	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=38;PP=1290;SC=TAGCATTTTAGAACTGGCATA;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=21311985;WS=21311967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	21331904	rs6490614	A	C	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=133;SC=TAAGCCCCCCAGCCAACTGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=21331912;WS=21331894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	21370398	.	GA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr13	21374333	rs9579954	A	G	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=55;NR=37;PP=1414;SC=GGAGCTGCACAGTGTCATTTG;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=92;WE=21374341;WS=21374323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	21396511	rs73167445	C	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=540;SC=TGAGGTAAGACAAAAATTCAC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=21396519;WS=21396501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	21401400	rs7322678	T	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=31;PP=872;SC=ACAGGAGCCATCTAGAAAGAA;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=21401408;WS=21401390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	21416945	rs2762995	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=1;PP=465;SC=TATGTTTTATGAAAGCTGCAG;SOR=4.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=21416953;WS=21416935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	21436847	.	T	A	5690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.383;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=0.533;SC=TCCCCCTCCATGTACTTACTT;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=119;TCR=78;TR=195;WE=21436855;WS=21436837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,214:0.99:217
chr13	21476997	rs7326480	A	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=442;SC=CGCTGTCGACACCGGCGTCGC;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=21477005;WS=21476987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	21555544	rs870846	CT	GA	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	21555554	rs870848	G	A	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.29;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	21562832	rs2770928	C	T	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=31;PP=1330;SC=GAGGTGCTGCCCAATTCATAC;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=21562840;WS=21562822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	21562948	rs558614	G	A	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=36;PP=1137;SC=CTGGTGGGCCGCGGGACCGGC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=21562956;WS=21562938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	21620085	rs7317471	T	C	6093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=99;PP=2965;SC=TGGATGGCTGTTTTAACCCCT;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=99;TCR=99;TR=198;WE=21620093;WS=21620075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr13	21714920	rs2281914	G	A	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=90;PP=2965;SC=GGTGTTTTTGGTCTCGGGGAG;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=87;TCR=90;TR=177;WE=21714928;WS=21714910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr13	21720956	rs4620	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=0;PP=405;SC=TGGATGCAACCTTGAAAGAAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=21720964;WS=21720946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	21721220	rs3742222	G	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=390;SC=AATTTTGGAAGTGTGTTATAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=21721228;WS=21721210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	21729064	rs9552370	A	G	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=261;SC=AACACTAATAATCCTTAAAGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=21729072;WS=21729054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	21732094	rs4770121	C	T	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=31;PP=1623;SC=TAGTTACTTCCGGAGGTGTAG;SOR=1.030;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=82;WE=21732102;WS=21732084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	21736133	rs4561294	C	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=410;SC=CTTTATGGTACAGAAGTCCCA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=21736141;WS=21736123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	21746453	rs2026600	T	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=13;PP=608;SC=CTAAAACAAATGCTATAAAAT;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=21746461;WS=21746443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	21751005	rs9550717	G	C	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=13;PP=1259;SC=CTCCAGGTCCGGCCGCGCCAG;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=58;WE=21751013;WS=21750995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	21949361	rs1061232	T	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=28;PP=972;SC=CAGTCCAACTTATTCACAACA;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=21949369;WS=21949351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	21950934	rs9580093	A	G	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=10;PP=268;SC=TACTAATATTATAACAATAAA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=21950942;WS=21950924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	21951016	rs9509669	A	G	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=113;SC=TTTTAAAAGGAAGAATCTTAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=21951024;WS=21951006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	21988038	rs200743145	A	ACTT	354.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.42;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	21988040	rs201913324	A	ACTGT	354.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=59.12;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	21988041	rs138667845	A	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=57.36;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	22033162	rs9509740	C	G	7922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.40;SOR=1.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr13	22083998	.	A	C	83	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=83;QD=29.4428031368;SC=TTTAGTTCTCAGAGATAAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=22084006;WS=22083988;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	22088677	rs73156604	T	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=14;PP=368;SC=AAATATTAACTTCTTTTTTTT;SOR=1.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=22088685;WS=22088667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	22096843	rs1200028	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=531;SC=TTAGAATATATAGAGACATTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=22096851;WS=22096833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	22113669	rs34005684	C	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=496;SC=GATCTCCTGACCTCGTGATCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=22113677;WS=22113667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	22140911	rs66467009	TA	T	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.880;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr13	22178258	rs9509812	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=212;SC=AGGCCGCCACCCGCGCGCAGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=22178266;WS=22178248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	22178308	rs2761924	G	A	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=97;SC=GCGCAGCTAGGCGGCGCTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=22178316;WS=22178298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	22275583	rs9509842	G	A	8712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=183;PP=2965;SC=GACAAAGACAGTTTCTTCACT;SOR=1.310;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=305;TCF=122;TCR=183;TR=305;WE=22275591;WS=22275573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr13	23251016	rs35856253	CT	C	481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=503;SC=AATCCCAGCACTTTTGGGAGG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=23251024;WS=23251006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	23253313	rs9506904	T	C	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=27;PP=2150;ReadPosRankSum=0.184;SC=GTGAGAAGACTATGCACGGTA;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=77;TCR=27;TR=103;WE=23253321;WS=23253303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr13	23253392	rs113127095	G	A	6713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=125;NR=116;PP=2965;SC=ACTGCTCCCCGTTTAAAACAC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=125;TCR=116;TR=241;WE=23253400;WS=23253382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr13	23808623	rs143561165	C	CTATT	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=523;SC=TTTAAATACACTAGGAGAAAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=23808631;WS=23808613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	23808732	.	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr13	23808782	rs1800350	T	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	23824783	rs1800351	T	G	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=48;PP=2818;SC=CATCTCTGCTTCTACAATCAA;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=95;TCR=48;TR=143;WE=23824791;WS=23824773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr13	23853734	rs141669762	GTTGCATTTTCTCCA	G	1002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=2967;SC=GTTTGAATGTGTTGCATTTTC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=23853755;WS=23853724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	23894744	rs1536725	T	G	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.11;SOR=1.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	23894746	rs1536726	T	G	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	23894748	rs1536727	T	G	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=1.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	23894750	rs1536728	T	G	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=1.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	23894752	rs1536729	T	G	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=1.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	23898454	rs9510700	C	T	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=27;PP=1130;SC=GGATTTGCTGCTGACCAGGGT;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=23898462;WS=23898444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	23898509	rs1800353	T	C	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=41;PP=1274;SC=CCAACCAGCTTGTGCTTGATG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=92;WE=23898517;WS=23898499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr13	23898664	rs1800354	A	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	23907677	rs2737701	C	T	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=57;PP=2699;SC=ATGATGATGACTGTGTCCATT;SOR=1.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=88;TCR=57;TR=145;WE=23907698;WS=23907667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr13	23908034	rs2737700	A	G	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=0.975;SC=GAATACAGCCAGCTTTCATTA;SOR=0.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=110;TCR=82;TR=192;WE=23908042;WS=23908024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr13	24234369	rs3751366	G	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	24234375	rs3751365	A	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.40;ReadPosRankSum=1.709;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr13	24234517	rs3751364	A	G	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=59;PP=2376;SC=CTCTGCGGTCACAGGACATTC;SOR=0.838;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=80;TCR=59;TR=138;WE=24234525;WS=24234507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	24242801	rs7329483	A	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=17;PP=1031;SC=CCCCATCAAAAACTTTAAGTT;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=24242809;WS=24242791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	24243200	rs3751363	T	C	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=39;PP=999;SC=AGGAGAGTGGTGCTGTCATCC;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=24243208;WS=24243190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	24410278	rs7982516	G	A	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=35;PP=2199;SC=TACTAACAGAGGGTGAGTTCT;SOR=1.449;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=108;WE=24410286;WS=24410268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr13	24411772	rs7333040	T	C	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=42;PP=2258;SC=TCCATCATGCTAGGAGTTAGC;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=108;WE=24411780;WS=24411762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr13	24436230	rs1886972	C	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TAAAATATGTCGACTCCTCAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=24436238;WS=24436220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	24449166	rs10595689	AACAC	A	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=6;PP=324;SC=GTTTCTTCAAAACACACACAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=24449177;WS=24449156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	24465743	rs3864971	A	G	7488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.91;MQRankSum=-2.708;QD=27.04;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr13	24797913	rs1220546	C	T	8430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=158;PP=2965;SC=CGGCCCATGACGCACGGGTAC;SOR=1.057;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=122;TCR=158;TR=279;WE=24797921;WS=24797903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr13	24798120	rs1220547	T	C	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=75;PP=2628;SC=GCCTGAGACTTCAGGCACACA;SOR=1.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=123;WE=24798128;WS=24798110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr13	24845130	rs376881335	CCT	C	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=-1.030;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr13	24845159	.	A	ACT	468	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=19;MQ=61.53;NF=0;NR=14;PP=468;QD=33.9285714286;SC=ACTCTCTCTCACTCTCTCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=14;WE=24845167;WS=24845149;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr13	24845179	rs12868188	A	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.03;MQRankSum=0.241;QD=12.97;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr13	24845181	rs12872112	T	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=-0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr13	24853007	.	T	TTTCC	446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=538;SC=ACATGCTGTTTTTCTTTCCTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=24853015;WS=24852997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	24860240	rs9507300	A	G	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=83;SC=TGCCACCAGCATATCCAAGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=24860248;WS=24860235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	24868752	rs34017703	TA	T	1685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=11;PP=1491;SC=AAACAGTGGCTAATGACGTAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=36;WE=24868760;WS=24868742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	24869025	rs7993660	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=36;PP=1061;SC=AAAGCACCCCACATGATCCCA;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=24869033;WS=24869015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	24869048	rs9553233	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=24;PP=727;SC=CCACTCGCCCTTCCCGCACCT;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=24869070;WS=24869038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	24869062	rs9553234	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=583;SC=CGCACCTTTGATCTGGTGCAG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=24869070;WS=24869038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	24895559	rs3751357	A	G	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.19;QD=29.05;SOR=2.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	24895684	rs2862239	A	G	11170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.005;NF=195;NR=199;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TTTTCTCCAGAAATGTTCAGG;SOR=0.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=396;TCF=196;TCR=200;TR=394;WE=24895692;WS=24895674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,403:1.00:404
chr13	25008588	rs1372085	A	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=11;PP=637;SC=CCAGTGTTGTATGCACACTAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=25008596;WS=25008578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	25008630	rs1822135	A	G	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=20;PP=1087;SC=CAGAAAGCACAGGATACTGTC;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=25008638;WS=25008620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	25008903	rs9318536	G	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.64;QD=29.51;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	25009099	rs9511259	A	C	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=30;PP=1090;SC=CAATAGGGTGAAGAAGGTGGG;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=25009107;WS=25009089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	25016230	rs9511267	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.6748;FS=10.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.172;NF=2;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=-1.017;SC=GAGCTTGTGCCGTGGGCCACA;SOR=3.383;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=14;WE=25016238;WS=25016220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr13	25016687	rs4770683	C	T	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=19;PP=1192;SC=TGTGGAAATACAAATAAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=25016706;WS=25016677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	25016870	rs3816221	C	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.391;NF=4;NR=7;PP=76;ReadPosRankSum=0.997;SC=ATTTCTATTTCGCTATGTCAG;SOR=0.387;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=11;WE=25016878;WS=25016860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr13	25016924	rs112553634	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.893;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr13	25020757	rs9511273	T	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=451;SC=GAGCATTATATATGGAAATAT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=25020765;WS=25020747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	25020782	rs9318553	C	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=11;PP=627;SC=TCATAACTTTCAAACAATGGG;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=25020790;WS=25020772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	25020863	rs9318554	G	A	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=27;PP=937;SC=ACCATTGTACGAAATTCTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=25020871;WS=25020853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	25020910	rs9507346	G	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=20;PP=593;SC=CTGAAATGGGGAAAAAAATAA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=25020918;WS=25020900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	25021144	rs78060735	GTCT	G	2646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=17;PP=1966;SC=CAAACTCTGCGTCTTCTTACC;SOR=1.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=36;WE=25021162;WS=25021134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	25021154	rs61947037	C	T	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=19;PP=1198;SC=GTCTTCTTACCTGTGTGCAGT;SOR=1.498;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=59;WE=25021162;WS=25021134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	25021200	rs9318558	A	C	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.73;QD=42.83;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	25021200	.	AG	CA,CG	1909	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=28;MQ=43.91;NF=7,51;NR=1,36;PP=180,1909;QD=29.1834843578;SC=TCGATCATTGAGAAACAAGGA;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=8,87;WE=25021219;WS=25021190;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.09:89
chr13	25021211	rs7333856	C	T	3125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.486;NF=40;NR=40;PP=1685;ReadPosRankSum=3.441;SC=GAAACAAGGACGGCACCTGGG;SOR=0.401;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=80;WE=25021219;WS=25021190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,80:0.88:91
chr13	25021245	rs7334587	A	G	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.132;NF=35;NR=43;PP=1194;ReadPosRankSum=1.006;SC=GGCCTCGGGCACATCTGGATT;SOR=0.734;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=78;WE=25021253;WS=25021235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,79:0.73:108
chr13	25021263	rs77269056	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=7.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.97;MQRankSum=0.530;QD=4.07;ReadPosRankSum=2.291;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr13	25021323	rs73172125	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-5.031;NF=9;NR=14;PP=218;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TTGGTCTTCTATCTATTTATA;SOR=0.291;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=23;WE=25021331;WS=25021313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr13	25027744	rs4770684	A	G	7184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=135;PP=2965;SC=CTCTGCTGCCATGGTATTGCT;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=133;TCR=136;TR=267;WE=25027752;WS=25027734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr13	25029218	rs2275660	C	T	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=27;PP=1241;SC=GCATGCAAGGCGATTTGCTTG;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=25029226;WS=25029208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	25043029	rs4770694	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	25043033	rs4770695	C	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	25049812	rs8001930	T	C	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=224;SC=TATTCCTTCTTCAAGCCTTCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=25049820;WS=25049802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	25052261	rs4770696	C	T	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=32;PP=1704;SC=AGGCTGTTTGCGAAACTCCAT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=89;WE=25052269;WS=25052251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	25052420	rs17080653	T	A	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=25;NR=53;PP=1594;SC=TTGTACTACATGCGAAAGGAA;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=25052428;WS=25052410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	25059023	rs4769362	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=362;SC=TGGTTGTTTCCGGAAACACAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=25059031;WS=25059013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	25065008	rs1361577	A	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=38;PP=1050;SC=ATCACCACATATCAAAATTAA;SOR=4.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=41;WE=25065016;WS=25064998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	25068620	rs2862906	G	C	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	25068934	rs4770700	G	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=259;SC=AAATAAAGCAGTAGGTCCTTG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=25068942;WS=25068924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	25072200	rs1965154	T	C	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=58;PP=1678;SC=TTCATTGAAATGAGTTATGAA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=123;WE=25072208;WS=25072190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr13	25075859	rs1539096	C	T	6536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	25075864	rs35200240	T	C	6537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	25077802	rs141289254	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=312;SC=TAACGAAAAGGAAAACTTTCC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=25077810;WS=25077792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	25169975	.	A	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.65;QD=24.84;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	25170030	.	C	CTAATCTTCAATGTCT	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.78;QD=39.68;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	25263299	rs2070810	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=1;PP=497;SC=ATACCAGGGCGTAACTGCCAG;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=25263307;WS=25263289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	25264369	rs735770	T	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=272;SC=GTGAGAGTGATCAGGAAGTTC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=25264377;WS=25264359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	25264666	rs7996324	G	T	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=49;PP=2075;SC=GCTGGCTCTGGGGTCTTTCCC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=107;WE=25264674;WS=25264656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	25264715	rs7996486	G	A	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.50;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	25264723	rs7997850	C	T	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.07;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr13	25265008	rs7986008	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=488;SC=TGCTTGGCCTTGGGAATGTGG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=25265016;WS=25264998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	25265103	rs7981616	A	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=18;PP=1122;SC=GGAATAAAGCATCTACTTCCC;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=25265111;WS=25265093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	25265139	rs2071490	T	C	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=31;PP=1850;SC=CCGGCATGGTTATCAACACGG;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=92;WE=25265147;WS=25265129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	25266886	rs963985	C	T	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GACGGCCAGCCCAACCCACAG;SOR=0.354;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=49;WE=25266894;WS=25266876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr13	25266932	rs963984	C	A	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=34;PP=1642;ReadPosRankSum=0.260;SC=CAGACCAAGTCTTTGACCAAA;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=95;WE=25266940;WS=25266922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr13	25267088	rs963983	C	T	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=69;PP=2211;SC=TAGTCACTTGCTGAGGTCTGA;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=111;WE=25267096;WS=25267078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	25268417	rs9553420	G	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=265;SC=AGGTGGCACTGTTGTTTACAC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=25268425;WS=25268407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	25268445	rs9553421	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=6;PP=393;SC=ACGGTCTTGCGGCCCTCCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=25268453;WS=25268435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	25268767	rs118100366	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.89;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	25268776	rs2289898	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	25338586	rs9578783	A	G	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=89;SC=TGGTGTCACCAGAAACTGCGT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=25338594;WS=25338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	25363776	rs6490979	C	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=431;SC=TGATTTTTGTCTAGAGAACAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=25363784;WS=25363766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	25374707	rs45466293	G	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=19;PP=578;SC=TCCTTCAGAGGTTATTACAAT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=25374715;WS=25374697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	25404743	rs4769382	T	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=435;SC=AGAAGGTAATTTATTTATTAT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=25404751;WS=25404733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	25425723	rs2305369	T	A	1748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	25428002	rs3783082	C	A	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=23;PP=1628;SC=GAATTAATAACTTAGATAACA;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=84;WE=25428010;WS=25427992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	25428365	rs7987497	G	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=42;PP=1085;ReadPosRankSum=0.158;SC=CTCTTTGAACGTTATTTTCAC;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=45;WE=25428373;WS=25428355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr13	25448120	rs8001764	G	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=238;SC=GGTTGATTCCGTATCTTGGCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=25448128;WS=25448110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	25457207	rs9318911	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=495;SC=TTTTAGAATCTAATCTTTTCC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=25457215;WS=25457197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	25457537	rs141987132	TA	T	663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.910;HP=10;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=481;ReadPosRankSum=0.925;SC=TATGATTTCTTAAAAAAAAAA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=28;WE=25457545;WS=25457527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr13	25458232	rs34991318	AGTT	A	4892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=53;PP=2969;SC=CTGTTTAAAAAGTTGTTACAG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=71;WE=25458242;WS=25458222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	25458650	rs1530876	G	A	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=46;PP=1264;SC=CCTGACGAAAGTATGGCTAAT;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=25458658;WS=25458640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	25460428	rs9511502	A	G	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=60;PP=2296;SC=AAAGTGTAACAGAGCTGGATG;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=129;WE=25460436;WS=25460418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	25466774	rs9318917	T	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=2;PP=697;SC=CCCGCCTCCCTGCCTACCGCA;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=28;WE=25466782;WS=25466764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	25466955	rs3742165	T	C	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=68;PP=2123;SC=ACCATTTGGTTTCCTTTCTTT;SOR=1.335;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=121;WE=25466963;WS=25466945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr13	25482092	rs2122883	T	A	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=23;PP=1448;SC=AAGAAAGTGTTCAATAATAAA;SOR=1.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=25482100;WS=25482082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	25487103	rs35498994	T	C	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=53;PP=1744;SC=GGATTGGTCATCCACTGGGTT;SOR=1.090;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=93;WE=25487111;WS=25487093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	25802491	rs4770813	A	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=1;PP=691;SC=CTTGGTCCCCATCCTCAGGGA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=25802499;WS=25802481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	25825889	rs4312169	T	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=9;PP=488;SC=TTCGATCAAATTGATGGTACA;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=25825897;WS=25825879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	25831888	rs7995033	T	C	6266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=94;PP=2965;SC=GCCAAGAAGATTGCAGCATCC;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=123;TCR=94;TR=217;WE=25831896;WS=25831878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr13	25839869	.	CAA	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr13	25848404	rs4387458	A	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=268;SC=CTTACATGCAACATTCTCAAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=25848412;WS=25848394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	25876011	rs11556093	G	A	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=117;PP=2965;SC=CGGAACGGGAGCGTCTAGGTA;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=125;TCR=117;TR=241;WE=25876019;WS=25876001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr13	25884235	rs145138765	C	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=345;SC=GGCTGGAGTGCAGTGGCACCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=25884243;WS=25884225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	25886932	rs4341628	A	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=842;SC=TGAACTTTTAAGGATCCTTAT;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=25886940;WS=25886922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	25893363	rs59567333	GTTTATA	G	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=896;SC=ATGCTTAACAGTTTATATTTA;SOR=3.528;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=16;WE=25893376;WS=25893353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	25901781	rs7997070	A	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=454;SC=GAAAACTACTATAATCCATAA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=25901789;WS=25901771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	26273385	rs6491088	G	C	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=66;PP=2765;SC=ACGTGGCCCTGATCATCGATG;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=83;TCR=66;TR=149;WE=26273393;WS=26273375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr13	26273538	rs2296003	C	T	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=41;PP=1145;SC=GTATCCCGTGCTTATACAAAA;SOR=4.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=26273546;WS=26273528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	26445247	rs145017510	GGT	G	2354.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.25;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr13	26501227	rs1185907	C	T	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=58;PP=2215;SC=TTCATTCATTCACCTTCTTCC;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=140;WE=26501235;WS=26501217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	26535625	rs9511998	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=450;SC=TTGTTTTTGTGTTGTGAAATA;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=26535633;WS=26535615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	26586775	rs2274135	C	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=24;PP=667;SC=GTACCGCGGGCGGGGGCTGAT;SOR=1.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=37;WE=26586783;WS=26586765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	26624935	rs111516934	C	T	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	26974562	rs998692	G	A	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=40;PP=2291;SC=AAGCAATACCGTCATGTTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=86;TCR=40;TR=125;WE=26974570;WS=26974552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr13	27246216	rs1276045	T	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=395;SC=GGTTGAGATATTGGATATAGT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=27246224;WS=27246206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	27250945	rs3794413	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=532;SC=AAATGCATCAATAGCTTCGGG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=27250953;WS=27250935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	27259893	.	G	T	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=950;ReadPosRankSum=-0.676;SC=GGGGAATGACGTGGCCACGAT;SOR=0.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=65;WE=27259901;WS=27259883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr13	27334084	rs9581737	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=395;SC=CCTGCTCAGATACCAGTACCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=27334092;WS=27334074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	27643597	rs9512534	C	T	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	27829310	rs3094293	G	A	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=31;PP=1657;SC=AGAATACTTTGCAGTTACTTA;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=27829318;WS=27829300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	27997985	rs33932496	GC	G	5851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=92;PP=2957;SC=TCTCAAAAGTGCTTCTCAGGT;SOR=1.340;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=3;TCR=93;TR=95;WE=27997993;WS=27997975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr13	28009920	rs1218825	G	C	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=39;PP=1314;SC=CATTTTTGCTGAAAGCACGAA;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=28009928;WS=28009910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	28133956	rs373436911	TA	T	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.572;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.536;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr13	28141663	.	C	G	274.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=225;SC=CATATAGAAACAGTAAAACTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=28141671;WS=28141657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	28197436	rs7097	C	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=699;SC=TATTCTCTTCCTGATGGTGCA;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=28197444;WS=28197426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	28239940	rs11029	G	C	6125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=111;NR=99;PP=2965;SC=AGGAACCAGCGAAGAGCCAGG;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=111;TCR=99;TR=210;WE=28239948;WS=28239930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr13	28239970	rs14105	G	A	6791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=120;NR=119;PP=2965;SC=AAGAAAACCCGAAGAAACACA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=120;TCR=120;TR=239;WE=28239978;WS=28239960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr13	28367061	rs1231058	A	G	5735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=71;PP=2965;SC=CGCTGCCTCTACTCAAGGCTT;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=118;TCR=71;TR=189;WE=28367069;WS=28367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr13	28494661	.	C	T	5142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=90;NR=94;PP=2823;SC=AAAGCTCACGCGTGGAAAGGC;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=91;TCR=94;TR=184;WE=28494669;WS=28494651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr13	28589267	rs4073630	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=550;SC=CTGATTTCAACCAAATTACAG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=28589275;WS=28589257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	28589495	rs9579142	C	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=29;PP=840;SC=GTGCCAGACACTGTTGCAGGC;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=28589517;WS=28589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	28589509	rs9579143	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=26;PP=713;SC=TGCAGGCACACGGGCTGCGGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=28589517;WS=28589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	28589662	rs4497507	C	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=1;PP=526;SC=AGGGGTGGGGCGGCACCGAGA;SOR=4.003;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=22;WE=28589670;WS=28589652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	28602226	rs201497852	AAGAG	A,AAG	1072.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.80;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,7,27:0.19,0.75:36
chr13	28607916	rs2491222	T	A	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=566;SC=CCTTGAAACATGGCAAACAGT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=28607924;WS=28607912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	28607989	rs2491223	T	G	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=21;PP=1869;SC=CCCATTTTTGTGCATCTTTGT;SOR=1.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=87;WE=28607997;WS=28607979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	28609825	rs2491227	A	G	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=85;PP=2616;SC=AAAAAAAAATAGCAAAGAATT;SOR=2.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=24;TCR=86;TR=109;WE=28609833;WS=28609803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	28609846	rs2491228	A	T	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=73;PP=2039;SC=TAGACAGGTGAGCTGTCATCA;SOR=3.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=12;TCR=73;TR=85;WE=28609854;WS=28609836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	28609991	rs2491229	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	28609997	rs2491230	T	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.11;SOR=3.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	28610183	rs2491231	A	G	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=41;PP=1212;SC=AGGTTTCCCTATAGAAAAGAA;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=28610191;WS=28610173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	28622356	rs2153000	G	A	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=33;PP=1831;SC=TCTCAAGGGCGACAAGCAAGG;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=97;WE=28622364;WS=28622346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	28624294	rs1933437	G	A	6522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=105;PP=2965;SC=CCTTATGTCCGTCCCAAATAA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=112;TCR=105;TR=217;WE=28624302;WS=28624284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr13	28636084	rs7338903	G	A	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=54;PP=1696;SC=TCCCTGGGGCGTCGACCAGCA;SOR=0.987;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=101;WE=28636092;WS=28636074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	28644510	rs2387350	C	A	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=381;SC=AGATGTGAGGCCATAATATAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=28644518;WS=28644500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	28647489	rs199898517	GAA	G,GA	583.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=8.609;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.537;QD=15.78;ReadPosRankSum=2.090;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,20,12:0.54,0.32:37
chr13	28835527	rs5802469	T	TC	945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=494;SC=TATACTTATTTTGTTTCATAG;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=28835535;WS=28835517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	28882948	rs9579177	G	A	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=34;PP=1147;SC=GGTCTATCGGGGTGCACTAGG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=28882956;WS=28882938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	28883061	rs7993418	G	A	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=14;PP=570;SC=AAGCATTTACGTATCTAATGA;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=28883069;WS=28883051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	28885760	rs140861115	G	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=10;PP=590;SC=ATTAAACTTCGGAGCTGAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=28885768;WS=28885750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	28886113	rs7328692	A	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=541;SC=TTTTGATGTAAATAAATTTAG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=28886121;WS=28886103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	28893484	rs2296188	T	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=318;SC=AAAGGCTGTCTAACCAAAGGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=28893492;WS=28893474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	28942677	.	TATG	T	69	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=4;NR=2;PP=69;QD=13.0;SC=AAATGGTAGCTATGATGATGA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=6;WE=28942687;WS=28942667;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,6:0.20:30
chr13	28958955	rs3751395	C	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=2;PP=693;SC=GGTGACGGGACTGTTAAGGGA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=28;WE=28958963;WS=28958945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	28970917	rs7990486	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=368;SC=GAAATAACTCCTTACGAGATC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=28970925;WS=28970907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	28980036	rs55955231	T	TA	1820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.368;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.497;NF=6;NR=51;PP=584;ReadPosRankSum=0.160;SC=TCACACCTATTAAAAAAAAAA;SOR=0.458;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=57;WE=28980051;WS=28980026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,86:0.86:100
chr13	28980150	rs5802481	A	AG	842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=24;PP=1003;SC=TTTATGTGTGATCTTCTTTTC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=28980158;WS=28980140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	29041007	rs3751398	A	T	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=18;PP=1010;SC=TGCAAAGCAAAAGCAAACAGA;SOR=1.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=53;WE=29041015;WS=29040997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	29041776	rs677228	T	C	303.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=160;SC=ATTTTTAAAATGTATTATTTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=29041784;WS=29041766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	29041794	rs677186	T	C	274.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=187;SC=TTGTAAATTGTCTTCTTACCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=29041802;WS=29041784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	29041826	rs589809	G	A	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=51;SC=ATCTTTCCATGAAGGTGAGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=29041834;WS=29041816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	29069032	rs56051053	C	A	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=66;PP=2023;SC=CCGCGGCCAACGACCCGGCCG;SOR=1.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=110;WE=29069040;WS=29069022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr13	29275102	rs947027	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	29278063	rs34444192	T	TA	1711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=13;PP=1076;SC=ATAAAATGATTAAAAATAATG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=29;WE=29278071;WS=29278053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	29278264	rs34310301	G	GA	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.965;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr13	29675131	rs3829381	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=530;SC=GGCAGGGTGGGGTGCCTTCAC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=29675139;WS=29675121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	29855822	rs3751335	C	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=17;PP=883;SC=ATAATTAACACGCTGTCTGCC;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=29855830;WS=29855812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	29898768	rs928661	A	C	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=60;PP=2831;SC=AAAGATGCTCAGAAAGATCAA;SOR=1.231;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=105;TCR=60;TR=165;WE=29898776;WS=29898758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr13	29898881	rs928660	A	G	6343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.35;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,207:0.99:209
chr13	29898889	rs928659	G	C	8611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr13	30014373	rs7337496	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=31;PP=860;SC=TTCACGTCTCCGTTGTTATAA;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=30014381;WS=30014363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	30071310	rs2258198	G	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=15;PP=597;SC=GATCACAGCTGCCCAGGCTGT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=30071318;WS=30071300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	30088607	rs41318021	G	A	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=29;PP=1637;SC=CCGGGGGGCGGGGCTGTGCGT;SOR=1.389;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=86;WE=30088615;WS=30088597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	30090404	rs2989592	T	C	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=53;PP=1854;SC=AGGAGGTGGCTTCAATCCATG;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=30090412;WS=30090394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	30091516	rs2490267	T	C	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=71;PP=2176;ReadPosRankSum=-0.337;SC=GCATCCACTGTTCTCCCCTAA;SOR=1.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=31;TCR=71;TR=101;WE=30091524;WS=30091506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr13	30091714	rs2482089	G	A	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=42;PP=1854;SC=TCTTACCTATGAGGCTGGTTG;SOR=1.089;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=108;WE=30091722;WS=30091704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	30091819	rs2482090	G	C	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr13	30098215	rs2776957	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=350;SC=CAAGCATTGGCTTGTTTGCCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	30098226	rs2776958	A	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=0;PP=388;SC=TTGTTTGCCCAGGGTGCAGGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	30109939	rs2274837	G	A	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=26;PP=1658;SC=CACGAGCTCCGGACCCCTGGG;SOR=1.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=83;WE=30109947;WS=30109929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	30346392	rs140223719	CTATAT	C	2610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=33;PP=1851;SC=TAAGGTACTACTATATTGTTT;SOR=1.812;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=34;WE=30346404;WS=30346382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	30351248	rs35681461	T	TA	3249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=25;PP=2326;SC=AGGTAGGGCATAAGAATCAAC;SOR=1.511;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=55;WE=30351256;WS=30351238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	30524703	rs55708888	C	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=690;SC=TAAAAGATTACGTGATTTTGT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=30524711;WS=30524693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	30805627	rs202087	A	G	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=40;PP=1153;SC=TTCAAAAGACAAATTAAATGA;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=55;WE=30805635;WS=30805617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	30814787	rs3803272	C	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=30;PP=844;SC=TTTTTTTTTACTTATGAAATT;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=30814795;WS=30814777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	30815010	rs9550538	G	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=714;SC=TCAGATTAATGAATAACAAGA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=30815018;WS=30815000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	31035973	.	TTGATTAAAGGGTAGACACTGCCACC	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=1473;SC=TGTAGAGACTTTGATTAAAGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=31036005;WS=31035963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	31036681	rs1929606	A	G	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=72;PP=2334;SC=TTACCTTTTCATATTTTTCCT;SOR=1.017;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=135;WE=31036689;WS=31036671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr13	31231513	rs7983138	C	T	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=6;PP=1052;SC=CTCCTTTGGTCGGTATTCAAT;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=31231521;WS=31231503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	31231806	rs7984952	T	C	7296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=96;PP=2965;SC=CCAGTATCTTTAACATCGTGT;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=138;TCR=96;TR=234;WE=31231814;WS=31231796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr13	31232302	.	T	G	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=45;PP=1854;ReadPosRankSum=1.135;SC=CAGTAGAAATTGAGAAGGACG;SOR=0.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=97;WE=31232310;WS=31232292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr13	31233063	rs3742302	G	A	7585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=134;PP=2965;SC=GATATTGCCAGTGAGTCTGCA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=133;TCR=134;TR=267;WE=31233071;WS=31233053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr13	31287978	.	G	GGT,GGTGT	3977.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.271;NF=5,5;NR=42,42;PP=239,1606;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CATCAGTGCTGGTGTGTGTGT;SOR=0.745;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=7;TCR=71;TR=47,47;WE=31287986;WS=31287968;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.21,0.78:100
chr13	31287995	rs58228189	G	A	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.264;NF=13;NR=49;PP=1318;ReadPosRankSum=-1.604;SC=GTGTGTGTGCGCGCACACGCG;SOR=0.950;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=62;WE=31288003;WS=31287985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr13	31309830	rs4769055	C	A	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=37;PP=1143;SC=AAGCCCTTCACTCAGGGAAGA;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=31309838;WS=31309820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	31326441	rs4769874	G	A	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=155;SC=TGCAGAGCGCGTGTGATAATG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=31326449;WS=31326431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	31480827	rs9531945	A	G	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=28;PP=1183;SC=CGTGGTGGCCAGGCCCGGGGA;SOR=0.807;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=65;WE=31480835;WS=31480817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	31531195	rs6560988	T	C	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=46;PP=1321;SC=CTTTTTTTCCTGGGTCATGTG;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=31531203;WS=31531185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	31722620	.	TAAA	T	122.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.397;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr13	31725260	rs11556147	A	G	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=34;PP=1132;SC=ATTCTGCACAAAAATGTTCCA;SOR=1.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=31725268;WS=31725250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	31725617	rs2146895	C	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=0;PP=621;SC=CAACCGTTTCCTGTTAACATC;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=31725625;WS=31725607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	31725732	rs4941772	A	C	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=57;PP=2720;SC=CTGAGTTCCAATGTATGACTT;SOR=1.186;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=88;TCR=57;TR=145;WE=31725740;WS=31725722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr13	31728657	rs4943165	T	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.60;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	31728666	rs2274018	G	A	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.60;SOR=4.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	31729729	rs1047086	A	G	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=33;PP=1105;SC=TGAAGGGGTCATTGAATGCTC;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=68;WE=31729737;WS=31729719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	31789169	rs35344913	CT	C	361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.882;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr13	31796969	rs2147515	G	C	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=32;PP=1913;SC=TCCAAGCTCCGTTTTTCAAAT;SOR=1.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=101;WE=31796977;WS=31796949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	31821256	rs9542307	C	G	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=56;PP=1757;SC=TTTAACTCACCTGTGAATTAC;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=108;WE=31821264;WS=31821246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	31821992	rs4943266	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=326;SC=TTTTGGTCAGTTTTTCTGTAA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=31822000;WS=31821982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	31835268	rs34409451	AC	A	1359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=1131;SC=GTGTGCATCAACTTTAATTTC;SOR=1.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=27;WE=31835276;WS=31835258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	31891561	rs1041074	T	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=0;PP=766;SC=TTTATTTATTTTATAAGTCAC;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=31891569;WS=31891551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	32340193	rs35564049	T	TA	809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.359;NF=3;NR=12;PP=346;ReadPosRankSum=1.518;SC=CATATTTATTTAAAAAAAATC;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=32340201;WS=32340183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr13	32360547	rs7325513	A	G	6043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=99;PP=2965;SC=CGATAACGGAACTATCACCTC;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=109;TCR=99;TR=208;WE=32360555;WS=32360537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr13	32360691	rs140904878	T	TAA	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5139;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=318;ReadPosRankSum=0.360;SC=CATCTAATGGTAAAAAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=24;WE=32360699;WS=32360681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr13	32363217	rs45505793	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=9;PP=634;SC=TATTAAAACGTTTCATCTCAA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=32363225;WS=32363207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	32363245	rs200939717	T	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=15;PP=777;SC=AAACCTATCGTGTGTATTTTC;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=32363253;WS=32363235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	32376215	.	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=317;SC=TTGACTGCAAAGTGTTATTTG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=32376223;WS=32376205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	32606069	rs424118	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=205;SC=TGGAGACAGAAAATCTCAACT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=32606077;WS=32606059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	32606087	rs433551	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=6;PP=161;SC=ACTGGACACATATGTTTGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=32606095;WS=32606077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	32660137	rs423932	T	G	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=80;PP=2707;SC=AATACTTGAGTCCTACCCAGG;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=142;WE=32660145;WS=32660127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	32676114	rs364995	A	G	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=62;PP=2634;SC=AGCCATTGACAAAATCTCTGC;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=153;WE=32676122;WS=32676104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr13	32698544	rs629265	T	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=326;SC=TACTTTTAGATAATATTTATT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=32698552;WS=32698534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	32710892	.	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr13	32723799	rs204558	C	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=383;SC=ACCACCTGTTCGCTTGGTGCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=32723807;WS=32723789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	32731667	rs11409421	T	TA	130.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=74;SC=TAAAGATAGTTAAAAAAAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=32731675;WS=32731657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	32747468	rs2073998	C	T	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=51;SC=TTTGTTATTTCGCTGAATACA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=32747476;WS=32747458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	32758834	rs798971	A	G	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=90;PP=2923;SC=GACAGGTAGGATCAGAATTCT;SOR=1.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=69;TCR=90;TR=159;WE=32758842;WS=32758824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr13	32776253	rs2520704	A	T	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=55;PP=1537;SC=ATTACCTAATAGCTGTTTATT;SOR=2.365;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=73;WE=32776261;WS=32776243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	32776306	rs2762035	A	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=29;PP=697;SC=GTGGCTATGAAGAGTGAGAAA;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=32776326;WS=32776296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	32776318	rs2762036	T	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=836;SC=AGTGAGAAAGTAACTATATAA;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=32776326;WS=32776296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	32776603	rs2428249	T	C	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=31;PP=1202;SC=GCGTGTCACTTGCCCTCTTGT;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=32776611;WS=32776593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	32785086	rs798981	G	A	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=94;PP=2965;SC=AGCAGACAGAGCCCGTGAACC;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=92;TCR=94;TR=186;WE=32785094;WS=32785076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr13	32786416	rs798983	T	A	9438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=165;NR=161;PP=2965;SC=TTTTCTTCCATTCCCATCTAC;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=165;TCR=162;TR=326;WE=32786424;WS=32786406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr13	32786614	rs798984	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=323;SC=CATAAATTTTACACGTACATA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=32786622;WS=32786604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	32798225	rs9533917	A	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=375;SC=TGCCAGCGAGACCCTGTCCCT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=32798243;WS=32798215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	32798235	rs5802638	T	TA	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=514;SC=ACCCTGTCCCTAAAAAAAATT;SOR=3.912;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=21;WE=32798243;WS=32798215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	32814024	.	CT	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,12:0.16:77
chr13	32823882	rs2806630	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=579;SC=TTGAGTCCATGTGGCTGGGTC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=32823890;WS=32823872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	32825913	rs2806632	A	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=14;PP=1406;SC=CATTCTGTCTATACGTTAAGT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=62;WE=32825921;WS=32825903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	32825941	rs2806633	C	A	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=45;PP=2268;SC=CCCTGTATGGCTAGTGGCTAG;SOR=1.274;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=123;WE=32825949;WS=32825931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	32826186	rs2806634	G	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=717;SC=GGATTCAACTGTGAATGACAA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=32826194;WS=32826176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	32828553	rs2157961	A	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=34;PP=1070;SC=TCTCTGTAAAAATAATCCCCG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=32828561;WS=32828543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	32832149	rs2520686	T	C	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=36;PP=1155;SC=TGCTAGTAGATGTTTTGCATC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=76;WE=32832157;WS=32832139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	32832350	rs2806636	A	G	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=183;SC=AAGTTGCATGATTATATCTCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=32832358;WS=32832340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	32834538	rs5802640	C	CTATCT	1344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=14;PP=961;SC=TCCTTTATTCCTAACAGAAAG;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=32834546;WS=32834528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	32849316	rs71436473	C	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=484;SC=GAGATCGAGACCATCCTGGCT;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=19;WE=32849324;WS=32849306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	32849345	rs183269	A	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=250;SC=GAAACCCCGTATCTATTAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=32849369;WS=32849335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	32852585	rs11617081	C	T	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=39;PP=2087;SC=CTATGTCTTTCCCTCTCTTTC;SOR=1.311;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=117;WE=32852593;WS=32852575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr13	32866221	rs6561216	A	G	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.61;NF=1;NR=3;PP=101;SC=CCAGGTTCAAACGATTCTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=32866229;WS=32866211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	32882912	rs34528008	G	GT	2225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.391;NF=21;NR=27;PP=674;ReadPosRankSum=1.392;SC=AGAGAAATATGTTTTTTTTTA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=48;WE=32882920;WS=32882902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,87:0.95:92
chr13	32883052	rs206103	G	A	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=33;PP=933;SC=TCTACCCTTGGGGTTTCAAGG;SOR=2.208;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=46;WE=32883060;WS=32883042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	32884653	rs206110	G	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=237;SC=CACCTGGCACGGGGGATGCCA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=32884661;WS=32884643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	32884771	rs206111	T	C	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=43;PP=2207;ReadPosRankSum=1.705;SC=ACTCTTTTTATTTACCTTGTT;SOR=0.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=85;TCR=45;TR=126;WE=32884779;WS=32884761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr13	32885654	rs445909	T	C	5127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.09;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	32885658	rs371193	G	A	5009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	32905265	rs206073	G	A	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=121;SC=CCGTGATCTCGGTTTACCGCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=32905273;WS=32905255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	32912299	rs543304	T	C	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=19;PP=578;SC=ATGATTCTGTTGTTTCAATGT;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=32912307;WS=32912289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	32913055	rs206075	A	G	4838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=79;PP=2965;SC=AACCTACTCTATTGGGTTTTC;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=155;WE=32913063;WS=32913045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr13	32915005	rs206076	G	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=30;PP=1195;SC=GAACCAAAGTGTCACTTGTTG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=32915013;WS=32914995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	32920844	rs206080	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	32929387	rs169547	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=28;PP=1149;SC=AATCAAGCAGTAGCTGTAACT;SOR=0.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=32929395;WS=32929377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	33052294	rs380627	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=30;PP=840;SC=TCAATCTCAACGAAGAACTTG;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=33052302;WS=33052284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	33101731	rs391612	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=791;SC=AGAAATAAACTATCAGAAATA;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=33101739;WS=33101721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	33222831	rs2301389	G	A	156.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=116;SC=TACCATTTATGTTTGTTAAGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=33222839;WS=33222821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	33232334	rs7335546	G	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=233;SC=TTTTCATTTAGCGTTCATAAT;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=33232342;WS=33232324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	33232435	rs2301393	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=9;PP=479;SC=AGAGCCCACAATTCAATAGGT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=33232443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	33253136	rs11355777	GA	G	375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=317;SC=TTCATAGGGGGAAAAAAAACC;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=15;WE=33253144;WS=33253126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	33268573	rs561056	T	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=58;SC=GGATTCCTTGTTTAGAAAACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=33268581;WS=33268563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	33309563	rs17516382	C	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=385;SC=ATAATACTTCCATTTGACTGC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=33309571;WS=33309553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	33315186	rs2320469	C	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	33315189	rs2320470	G	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	33315206	rs733487	G	A	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	33320054	rs4942867	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=766;SC=AATTAGATGTACAGAAGATTT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=33320062;WS=33320044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	33332648	rs3752474	G	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=9;PP=816;SC=AAGTATCTGTGTTTTTAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=33332656;WS=33332638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	33333876	rs7988089	A	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=462;SC=CTTATTTTAGAGTGATTATTG;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=33333884;WS=33333866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	33344241	rs112309957	AT	A	825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=9;PP=417;SC=ATAAATTGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.542;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=23;WE=33344249;WS=33344231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	33349341	rs3492	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	33590851	rs2772364	T	C	6685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=96;PP=2965;SC=CCATCTGGGATACGTTCACCC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=118;TCR=96;TR=214;WE=33590859;WS=33590841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr13	33627829	rs570875	T	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=22;PP=1453;SC=TATAATCTGATTTGGGGATTC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=73;WE=33627837;WS=33627819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	33635835	rs649964	T	C	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=66;PP=2007;SC=TAATATCCAATGGAATCGATG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=116;WE=33635843;WS=33635825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	33679940	rs9568847	T	C	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=41;PP=937;SC=TGGGCCCCGATGACCAGTGAA;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=33679948;WS=33679930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	33701347	rs2764617	C	T	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=428;SC=GTAGGGTCCACTGCATCGAGG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=33701355;WS=33701337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	33703656	rs495680	T	C	9748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=164;PP=2965;SC=GGGAGTGAAATTCATGCATAC;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=342;TCF=178;TCR=164;TR=342;WE=33703664;WS=33703646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr13	33713038	rs2858805	C	G	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=42;PP=1908;SC=GGGAGGGTAGCGGTGTTGTCA;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=107;WE=33713046;WS=33713028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	33739629	rs797232	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=260;SC=AGACCTTCAAGGTCTGTAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=33739637;WS=33739619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	33741559	rs797229	C	T	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=16;PP=1159;SC=GCAAAAAGGCCGAGGGAAAAA;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=33741567;WS=33741549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	35252882	rs9572094	T	C	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=68;PP=2965;SC=GATGAGAAATTTACCTCTCCC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=159;WE=35252890;WS=35252872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr13	35618991	rs7996448	A	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=541;SC=AGAGAGAGATAACAATGATAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=35618999;WS=35618981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	35806549	rs9565113	T	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.52;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	35806751	.	T	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=459;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GAGCTATTGATAGAAGGTATG;SOR=0.449;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=32;WE=35806759;WS=35806741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr13	35926497	rs9565205	A	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=229;SC=AATAATTCATAGGTTAATTAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=35926505;WS=35926487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	36141009	rs9544667	G	A	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=17;PP=1114;SC=CATTTTGTGTGTACAAATTTT;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=36141017;WS=36140999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	36224051	rs200267946	TACTGGG	T	323.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=254;SC=TAAAAAAGTGTACTGGGACTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=36224064;WS=36224041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	36225929	rs7991019	T	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=42;PP=1676;SC=TTCTCTCTTTTTTTAATCTTT;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=99;WE=36225937;WS=36225919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	36239030	.	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=304;SC=AACAGCATGTATAATAGATTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=36239038;WS=36239020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	36367476	.	T	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=896;ReadPosRankSum=-1.666;SC=TTAAAAAAAGTTATAGGTGGA;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=62;WE=36367484;WS=36367457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,71:0.47:150
chr13	36367641	rs1926459	G	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.38;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	36382312	rs4421866	C	T	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=29;PP=1964;SC=AAAAATAATTCCGTTAAGACA;SOR=1.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=72;TCR=29;TR=101;WE=36382320;WS=36382302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	36397031	rs3751346	C	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=540;SC=AGAACAGAAGCTGAAGCAGCA;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=36397039;WS=36397021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	36401746	rs9574698	A	G	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=26;PP=2340;SC=ATCAATAAAGACTTACTTTCT;SOR=1.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=81;TCR=26;TR=107;WE=36401754;WS=36401736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr13	36401909	rs9574699	T	C	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=73;PP=2309;SC=AAGGAAAAGTTATCTTCATCA;SOR=1.534;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=115;WE=36401917;WS=36401899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	36402325	rs2296644	T	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=20;PP=831;SC=TTGGGAGTGATCTTTGTGTTT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=36402333;WS=36402315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	36402475	rs2296646	G	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=394;SC=TTTTTAAAATGAAACTTAACT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=36402483;WS=36402465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	36428595	rs1926466	C	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=613;SC=TGCACCAAGGCTGAGACAGGT;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=36428603;WS=36428585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	36521433	rs1936004	T	G	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=27;PP=2097;SC=CTTGGCCTGGTGCAGCTCATT;SOR=1.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=71;TCR=27;TR=98;WE=36521441;WS=36521423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	36521460	rs1936003	A	G	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=41;PP=2805;SC=AGCTGCCTCAAATTTCCCCTG;SOR=1.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=133;WE=36521468;WS=36521450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	36700356	rs55712539	T	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.03;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
chr13	36747798	rs1410633	C	G	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=295;SC=AGGTCCCCCTCTAAGTGGCAC;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=36747806;WS=36747788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	36801596	rs45549236	C	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=301;SC=ATATTCCAACCAGTTTATTGT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=36801604;WS=36801586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	36818057	rs55981518	C	T	5851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=107;NR=90;PP=2965;SC=AAACTGCCCTCGTAGACCTAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=107;TCR=91;TR=197;WE=36818065;WS=36818047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr13	36855284	rs67248236	G	A	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=19;PP=715;SC=CTTTAAACACGAGGACAAAAG;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=36855292;WS=36855274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	36939688	rs3736919	C	T	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=78;SC=CTATAAACCGCCTATTGATAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=36939696;WS=36939678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	36939758	rs3736920	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=717;SC=TGAAATATTTATCCAACTTTA;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=36939766;WS=36939748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	36940028	rs1041140	G	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=41;PP=1131;SC=TACAGAGCCAGTCACCAAATC;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=36940036;WS=36940018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	36940123	rs1041139	T	C	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=157;SC=CCTGGATTCCTGCAGTAGCTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=36940131;WS=36940113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	36942533	rs1056850	G	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=22;PP=573;SC=AATAAAATACGCTCCAAAATT;SOR=5.058;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=36942541;WS=36942523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	37007040	rs4245378	A	G	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=173;SC=CCCAATAATTACTGGGAAGAT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=37007048;WS=37007030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	37007501	rs9576049	G	T	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=152;SC=AAAGTTGATTGATTTATTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=37007509;WS=37007491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	37014366	rs2282411	G	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=57;PP=1514;SC=GCCAAGGAGCGTAAAAATCAA;SOR=3.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=9;TCR=57;TR=66;WE=37014374;WS=37014356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	37401917	rs11285105	GT	G	2600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=51;PP=1735;SC=CATCTACATGGTTTTTTATCT;SOR=1.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=56;WE=37401925;WS=37401907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	37439964	rs3748305	C	A	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=31;PP=914;SC=ATGATTCCACCAGGAAACTTA;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=37439972;WS=37439954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	37453293	rs10658358	C	CCTCT	880.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=7.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.558;QD=38.30;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr13	37526560	rs6563506	G	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=13;PP=563;SC=GGCTTGATGAGGGGAGCAAGG;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=37526568;WS=37526550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	37546280	rs9576146	G	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=335;SC=TAAAAAAGTTGACATTAAAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=37546288;WS=37546270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	37569200	rs2323165	A	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=13;PP=459;SC=ATTAAAAATCACTTTTGAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=37569208;WS=37569190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	37580139	rs1127446	G	A	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=34;PP=1347;SC=TGGCTAGCCAGTTCATTGCAG;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=82;WE=37580147;WS=37580129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr13	37581051	rs9576154	T	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=7;PP=1343;SC=AAGTCTAAGCTAATAGCATGT;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=57;TCR=7;TR=64;WE=37581059;WS=37581041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	37583831	rs9469	G	A	4990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=68;PP=2837;SC=AGTGGTTGGCGTGCCTCTCTT;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=103;TCR=68;TR=171;WE=37583839;WS=37583821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr13	37584838	rs7317750	G	A	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=30;PP=1040;SC=AAAGTTTGAAGGCTACCAGGG;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=37584846;WS=37584828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	37598113	rs4943441	A	G	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=4;PP=1121;SC=AAGCTGTCTTAAGAAACACTA;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=37598121;WS=37598103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	37600284	rs9576155	G	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=205;SC=TATCCTATAAGGGTGAAAAAT;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=37600292;WS=37600274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	37621528	rs1199983	A	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=439;SC=CAGAGCTCTGAGTCAGCTACA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=37621536;WS=37621518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	37625601	rs1543738	T	C	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=17;PP=628;SC=AACACAAATTTGAACATACTG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=37625609;WS=37625591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	37625770	rs5802853	A	AG	310.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=527;SC=GGCTATTAAGAGAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=37625778;WS=37625760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	37679268	rs9576175	G	T	10421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=189;NR=178;PP=2965;SC=TCACTGCTACGTCCTCGCCGT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=367;TCF=189;TCR=178;TR=367;WE=37679276;WS=37679258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr13	38154959	rs9576307	G	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=38;PP=838;SC=CTGAGGCCACGGGAACAGCTT;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=39;WE=38154967;WS=38154949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	38156706	rs2274082	T	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=509;SC=ACATTGAAGTTTCTCCCGGTA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=38156714;WS=38156696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	38164445	rs1006416	G	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=642;SC=AAGTTAATAAGTCAGTTAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=38164453;WS=38164435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	38166357	rs9603229	T	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=262;SC=GATACATTTTTACATAAATTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=38166365;WS=38166347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	38237872	rs2985171	A	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=57;PP=1816;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CTGTACTGGAAAAAACAGAGA;SOR=0.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=102;WE=38237880;WS=38237862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr13	38266000	rs7329237	G	T	275.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=226;SC=CTTTGGGGGTGAGGTTCTTGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=38266008;WS=38265990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	38320594	.	TAA	T,TA	83.79	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5150,0.4850;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=1,1;NR=14,14;PP=215,6;ReadPosRankSum=0.330;SC=AGGAGGCACCTAAAAAAAAAA;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=15,15;WE=38320603;WS=38320584;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.33:12
chr13	38924083	rs2231330	A	T	7903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=156;NR=104;PP=2965;SC=ACCGACTGCCATAATTCCTGG;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=156;TCR=105;TR=260;WE=38924091;WS=38924073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr13	38924263	rs2231332	T	C	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=120;PP=2965;SC=TGATCCGAGCTTTTCCAACAA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=94;TCR=121;TR=213;WE=38924271;WS=38924253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr13	38930893	rs2481880	C	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=270;SC=TCAAAAAATACGAGAAACACT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=38930901;WS=38930883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	38931144	rs9548318	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=300;SC=CCACATTTCATTGATTTAAAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=38931152;WS=38931134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	38931650	rs34489703	G	GTT	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;QD=30.43;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	38932648	.	C	T	53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=26;MQ=62.65;NF=1;NR=3;PP=53;QD=21.9428031368;SC=AAAATTGTTTCTTGTAGGCTT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=38932656;WS=38932638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	38934077	rs61947646	T	G	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=133;SC=AGTTTTAAAATTAGGCATGCT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=38934085;WS=38934067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	39262057	rs1868464	G	A	5424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=86;PP=2965;SC=TCGTGGAAGAGCTGCTGGGGA;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=92;TCR=86;TR=178;WE=39262065;WS=39262047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr13	39263714	rs2496423	T	C	13168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=242;NR=207;PP=2965;SC=AGTGACTCAGTCCCCCACAGA;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=451;TCF=243;TCR=208;TR=449;WE=39263722;WS=39263704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr13	39264690	rs2496425	T	C	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=66;PP=2965;SC=CCAGAAATCTTTGTAGGTGAA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=147;WE=39264698;WS=39264680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr13	39338612	rs2442370	T	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=260;SC=TTATTTCTGTTTTAAAATTTT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=39338620;WS=39338602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	39422845	rs61948021	T	G	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=213;SC=CAATGATAATTGAAATCATAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=39422853;WS=39422835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	39542531	rs7323023	A	C	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=19;PP=1506;SC=ACTGCACAACACTTACCTTGG;SOR=1.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=72;WE=39542539;WS=39542521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	39546530	rs8000175	C	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=560;SC=CAGGTCTCTGCGGGTACTCAG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=39546538;WS=39546520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	39613187	rs45604133	A	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=519;SC=ATGCTTAAAAATAAGCCCTGT;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=39613195;WS=39613177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	40229724	rs7327779	A	G	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=70;PP=2361;SC=CACGCTTCTGAGAGCCCAAGC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=144;WE=40229732;WS=40229714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr13	40229842	rs67765306	A	AG	1570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=1018;SC=AGGTGGCAGCAGGGGGCGGGA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=28;WE=40229850;WS=40229832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	40229891	rs3812882	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=22;PP=684;SC=GGAAGTGGTCGCAGTGTCTGC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=40229899;WS=40229881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	40229957	rs3812883	T	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.29;NF=11;NR=12;PP=352;SC=GGCGACGACCTGCAACCCGCT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=40229965;WS=40229947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	40230043	rs3812884	C	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=294;SC=GGGCCGGAGTCACAGGTTCCT;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=40230051;WS=40230033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	40230066	rs117960821	C	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=316;SC=GGGGCTGAGCCGGGCCAGGGG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=40230074;WS=40230056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	40230122	rs3812885	A	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=439;SC=TCCCGGCAGCAGAGGGACCGC;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=40230130;WS=40230112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	40230216	rs3812886	G	A	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=29;PP=1239;SC=CTCCGGAAAAGCGAAGGGGTT;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=40230237;WS=40230206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	40230229	rs3812887	C	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=34;PP=1615;SC=AAGGGGTTTCCTGGGTGTTCT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=82;WE=40230237;WS=40230206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	40230294	rs3812888	T	C	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=49;PP=1893;SC=TGAACGGTGGTGCCTCGAGAA;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=113;WE=40230302;WS=40230284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	40233404	rs7330515	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=278;SC=TTAATGAAAATAAATCATTTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=40233412;WS=40233394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	40233691	rs7330016	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=189;SC=CTTACTATTACGCCTGGCTCT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=40233699;WS=40233681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	40238162	rs4636783	C	G	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=9;PP=910;SC=TTATTGACAGCATACCTAGAA;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=40238183;WS=40238152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	40238175	rs67976778	C	T	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=13;PP=928;SC=ACCTAGAAAGCAATAAGACAG;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=40238183;WS=40238152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	40238387	rs4566029	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=610;SC=AACAGACTGATTCACCTTCTA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=40238395;WS=40238377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	40239139	rs7991151	G	A	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=98;SC=GATCTCATTTGTTTTAAGTCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=40239147;WS=40239129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	40252190	rs4941939	C	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=48;SC=TACAGTTAGACCACATTTTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=40252198;WS=40252180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	40253901	rs4941940	A	G	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=229;SC=GTGAAGTTATACTCTGACAGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=40253909;WS=40253891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	40293288	rs5803008	AT	A	1218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=3;PP=706;SC=TAACTTTTACATTTTTTTTTA;SOR=3.958;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=37;WE=40293296;WS=40293278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	40297684	rs7985075	C	T	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=61;PP=1757;SC=TAGCTGTGTTCTCCTGGGAAA;SOR=1.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=88;WE=40297692;WS=40297674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr13	40298805	rs9532421	C	T	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=232;SC=TATCTCTTGACATGCTGTATT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=40298813;WS=40298795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	40325310	rs4245396	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=700;SC=AATTTTTACTCTATAATTTGA;SOR=5.283;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=40325318;WS=40325300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	41185309	rs7331212	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=20;PP=922;SC=AGAACAATGAGTTTTGTTCTA;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=41185317;WS=41185299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	41515371	rs7987185	C	T	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=119;PP=2965;SC=ATGAAGATAGCGATGGATCTG;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=69;TCR=119;TR=188;WE=41515379;WS=41515361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr13	41705495	rs584594	A	G	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=75;PP=2965;SC=CAGACAGCTAAAGTGGTGACA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=179;WE=41705503;WS=41705485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr13	41706800	rs9566703	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=115;SC=ACCCCGCAGAACCGCCTCCCG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=41706808;WS=41706790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	41767338	rs2039134	A	G	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.23;QD=43.50;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	41767341	rs2039135	A	G	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.16;QD=44.99;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	41797601	rs2026469	A	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=465;SC=TTTCTAAAAGACATATATACA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=41797609;WS=41797591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	41807950	rs3751344	T	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CAGACACTCATATAGGACTAT;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=53;WE=41807958;WS=41807940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr13	41814709	rs71957887	TGAA	T	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.63;NF=0;NR=10;PP=442;SC=CGAGGGCCTCTGAAGAAGAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=41814719;WS=41814699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	41828514	rs73179143	A	G	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=17;PP=1958;SC=CTCATTCTGCAGCAAATTACA;SOR=2.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=81;TCR=17;TR=97;WE=41828522;WS=41828504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	41834744	rs2297555	C	T	6735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=92;PP=2965;SC=TTCGGTTTTCCTCATTCACAG;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=130;TCR=92;TR=222;WE=41834752;WS=41834734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr13	41835076	rs3215932	T	TA	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=266;SC=ACACAGTCTTTAAAAAAAAAT;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=19;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	41835089	rs1332940	T	G	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=574;SC=AAAAAAATCATCTCTAAAGAT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	41837220	rs3818721	C	T	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=130;SC=ATTTCAAGCACGTTAGAGAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=41837228;WS=41837212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	41893105	rs2065498	T	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=20;PP=552;SC=CTAATTCAAATTAAATTTGTA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=41893113;WS=41893095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	41902939	rs3812896	T	C	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=19;PP=707;SC=ATGCAGAAAATTGGTGTTATT;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=41902947;WS=41902929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	41948051	rs9525478	G	C	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=35;PP=1074;SC=ACAAATTTAAGTTATGTTCAA;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=41948059;WS=41948041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	41949804	rs6560982	G	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=45;PP=1295;SC=CTTTTCCAGGGTGCATTTTAA;SOR=7.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=45;WE=41949812;WS=41949794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	42042873	rs150442518	ACT	A	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,29:0.15:192
chr13	42043086	rs2324791	C	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=382;SC=TCATCCTAAGCCTTCTATAGG;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=42043094;WS=42043076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	42044508	rs396963	A	G	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=43;PP=1913;SC=TGGGAAGCCCAGCATTGAGTT;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=111;WE=42044516;WS=42044498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr13	42185696	rs3814782	T	C	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=74;PP=2919;SC=GGTCTAAATGTGATGGGAGCA;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=110;TCR=74;TR=183;WE=42185704;WS=42185686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr13	42189232	rs3862741	C	G	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=50;PP=1705;SC=TAAAAATGAACAATTGAGACA;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=102;WE=42189240;WS=42189222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr13	42266925	rs79145203	A	G	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=39;PP=1836;SC=AGGGATGGGCATGCATGCATC;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=110;WE=42266933;WS=42266915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr13	42275473	rs7322461	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=5;PP=374;SC=ATTTTAATCCATCTTTTAAAA;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=42275481;WS=42275463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	42390740	rs78527162	G	C	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=13;PP=1536;SC=TAAAATACCAGCTTAAAAAAT;SOR=2.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=71;WE=42390748;WS=42390730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	42390761	rs75585975	T	C	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=21;PP=2066;SC=AGATTTTAAGTACTGAATTCT;SOR=2.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=74;TCR=21;TR=95;WE=42390769;WS=42390751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	42393618	rs2274812	A	G	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=174;SC=GGGCTATCATACTGTTAATAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=42393626;WS=42393608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	42439498	rs76291279	G	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=255;SC=ATATACAATAGATTATTGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=42439506;WS=42439488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	42465490	rs7332372	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=5;PP=1153;SC=CCATGTCTTACACAATAAAAT;SOR=4.047;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=49;WE=42465498;WS=42465480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	42481712	rs2003064	C	T	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=50;PP=1946;SC=TAGAGTGTGACAGAACTTGCC;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=124;WE=42481720;WS=42481702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr13	42486399	rs2875457	C	T	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=157;SC=ATATATATAACGTATATAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=42486407;WS=42486389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	42701717	rs605371	A	G	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=55;PP=1794;SC=AAGGTAACTCACGAGAATACT;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=42701725;WS=42701707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	42701739	rs670676	A	T	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=52;PP=1629;SC=GTTTCAAGCAATTGAGGCTAT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=42701747;WS=42701729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr13	42701803	rs957255	G	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=713;SC=GAAGCGCACTGTAGCATTATG;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=42701811;WS=42701793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	42703682	rs3742261	T	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=35;PP=1645;SC=TTTTTTTCATTAACAGTCTCT;SOR=0.999;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=88;WE=42703690;WS=42703672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	42748118	rs140630635	T	TGC	2104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=9;PP=1207;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTTTAT;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=25;WE=42748126;WS=42748108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr13	42748136	rs9590674	T	C	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=21;PP=1319;SC=TATGAGATGCTAACAGTTAGT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=42748144;WS=42748126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	42761399	rs17598471	A	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TTAAATCGAGAGAAAAATTAC;SOR=1.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=59;WE=42761407;WS=42761389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr13	42763533	rs55656510	A	T	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=217;SC=CAGATTGGACACACTTTTTAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=42763541;WS=42763523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	42764439	rs1170119	T	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=377;SC=TCTGGAATTTTGTTTGGCATA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=42764447;WS=42764429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	42764564	rs7324235	C	G	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=93;NR=76;PP=2622;SC=CAGTTCACCCCTGTGAACCAG;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=93;TCR=76;TR=169;WE=42764572;WS=42764554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr13	42773629	rs4942097	A	G	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	42780398	rs9594704	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=385;SC=ATATTTTGCATTGGGTAAGTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=42780406;WS=42780388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	42783012	rs168329	G	A	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=237;SC=TTAAATATATGTAGATATATA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=42783020;WS=42783005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	42794004	rs347382	G	A	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=90;PP=2965;SC=CATGGAGGTCGTGAAAATGTT;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=73;TCR=90;TR=163;WE=42794012;WS=42793994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr13	42882762	rs238314	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=433;SC=ACACTTTTGCATATAATTGTG;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=42882770;WS=42882752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	43155168	rs2277438	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=181;SC=AGACTCTTGCGAGTATGAATT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=43155176;WS=43155158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	43155443	rs2277439	G	A	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=47;PP=1573;SC=AGTCCACATCGAGGCTGATAA;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=89;WE=43155451;WS=43155433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	43360772	rs57301416	T	TA	264.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.645;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr13	43462434	rs61389340	T	TTCAGG	4023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=2912;ReadPosRankSum=-1.471;SC=TAAATATGAGTTCAGGAATCA;SOR=1.110;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=75;WE=43462442;WS=43462424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,146:0.99:148
chr13	43463299	rs1323864	T	C	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	43474281	rs57225522	A	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=438;SC=TATATGTAGCAGTTGGCATAC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=43474289;WS=43474279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	43474371	rs4942174	C	T	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=25;PP=1949;SC=TATCGTAATGCTTTCCTAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=98;WE=43474379;WS=43474361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	43491778	.	G	GAA	68	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=18;HapScore=3;MGOF=33;MMLQ=17;MQ=55.63;NF=4;NR=1;PP=68;QD=14.2;SC=GGTACAAAGAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=5;WE=43491786;WS=43491768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,5:0.19:26
chr13	43639845	rs3783044	A	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=24;PP=864;SC=TAGCTGTAGGACTGGGTGTTG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=43639853;WS=43639835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	43652764	.	A	G	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=44;PP=1529;SC=TCATCCTACTATAAAGGAGGA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=87;WE=43652772;WS=43652754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	43681427	rs1047775	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	43788031	rs1044753	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=654;SC=ACAAAGGTTGCGTGCTGGACC;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=43788039;WS=43788021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	43788158	rs703207	G	A	5725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=0.744;SC=AAGGCACACAGCTTCCATCTT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=121;TCR=74;TR=194;WE=43788166;WS=43788148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr13	43798348	rs2289774	T	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=1012;SC=TGCTGTCTAATCCCAGTGACT;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=43798356;WS=43798338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	43839494	rs4306408	G	A	6780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=110;PP=2965;SC=TTCAACCAACGTCAAGCAAGA;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=134;TCR=110;TR=244;WE=43839502;WS=43839484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr13	43930337	rs2281713	A	G	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=52;PP=1649;SC=CAATGGCCACAGTTTTGGTCC;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=99;WE=43930345;WS=43930327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	43935405	rs1535580	C	T	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=20;PP=1547;SC=TTCTCATAGGCGTTACTTACT;SOR=1.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=78;WE=43935413;WS=43935395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	43986771	rs2296041	G	A	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=175;SC=TTTAAAAACAGGTAGCACAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=43986779;WS=43986761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	44411421	rs79782223	C	T	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=41;PP=2644;SC=CAATGTTACTCTTGCATTCCA;SOR=1.464;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=89;TCR=41;TR=129;WE=44411429;WS=44411411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr13	44433700	rs1562216	G	A	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=80;SC=AAGGTAATAGGACAGCTATGG;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=44433708;WS=44433690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	44443039	rs4942252	C	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	44457925	rs3764147	A	G	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=33;PP=1897;SC=TTCCAATGACATCTGGATTAT;SOR=1.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=77;TCR=34;TR=110;WE=44457933;WS=44457915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr13	44948295	rs201663302	T	TG	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	44948302	rs199705926	GA	G	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.67;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	44964723	rs2281848	C	T	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=28;PP=773;SC=AGGTGACCTGCAGCCTCCTTT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=44964731;WS=44964713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	44969907	rs1467624	G	A	4579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=56;PP=2883;SC=GATTTGACTCGTAATTCTAAC;SOR=1.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=157;WE=44969915;WS=44969897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr13	45010283	rs1555781	T	G	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=46;PP=1372;SC=TATCTTAAGCTTCCAAGATAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=69;WE=45010291;WS=45010273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	45010616	rs7997320	G	A	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=18;PP=1811;SC=TAAATTTAAAGAAACTATCTT;SOR=2.359;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=82;WE=45010624;WS=45010606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	45090478	rs1336163	A	C	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=70;PP=2134;ReadPosRankSum=-1.545;SC=ATTCTGAAGAACCTGCTTTTT;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=118;WE=45090486;WS=45090468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr13	45090580	rs1336164	C	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=344;SC=GGGACTTCGGCATAAAGGCTT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=45090588;WS=45090570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	45517486	.	AAC	A	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=182;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CCTTAAAACAAACACACACAC;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=6;WE=45517495;WS=45517476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr13	45556056	rs148833607	T	TCATGTTTAACATAAAACATAAAA	321.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=0;PP=477;SC=TTTGCTATATTCATGTTTAAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=1;WE=45556064;WS=45556046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	45563464	rs1140993	G	C	4405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=107;NR=49;PP=2965;SC=AGAACATCCAGCTGTCCCGCG;SOR=1.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=107;TCR=50;TR=156;WE=45563472;WS=45563454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	45912634	rs9595305	T	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=9;PP=498;SC=CCCTAAGAATTTTTTACATAT;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=45912642;WS=45912624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	45914957	rs2234216	T	C	5536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=121;PP=2965;SC=ACCGTGCGCCTGGCGCCGCCA;SOR=1.279;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=78;TCR=122;TR=199;WE=45914965;WS=45914947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr13	45982934	rs6561227	G	A	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=236;SC=TGAAAAATCTGTCATGCTATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=45982942;WS=45982928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	45985705	rs4941527	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=413;SC=TATTTGGAGAGTGCTATCACC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=45985713;WS=45985695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	46039407	rs11619408	G	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=655;SC=CGGGCGCCCCGGCAGGACCCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=46039415;WS=46039397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	46060467	rs374009383	CG	C	1438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=1030;SC=AGACGGGAGACGGGAGACGGG;SOR=3.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=46060481;WS=46060457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	46060473	rs113621277	AC	A	1519.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=1301;SC=GAGACGGGAGACGGGAGAGGG;SOR=3.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=46060481;WS=46060457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	46066163	rs3014948	T	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=3;PP=788;SC=CCAACCATTTTCCGTTCTTCA;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=46066171;WS=46066153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	46077301	rs3014959	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=236;SC=ATATATATATGTACTTTGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=46077309;WS=46077291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	46077381	rs3014960	G	A	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=14;PP=880;SC=TTATACAGCAGATTGCACAGA;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=46077389;WS=46077371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	46085699	rs2985969	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=240;SC=ATGTTTCCAGGGATGACTGCA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=46085707;WS=46085689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	46085864	rs2985970	A	G	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=46;PP=2286;SC=GTTTTGTCAAATGCCACAGGC;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=70;TCR=46;TR=116;WE=46085872;WS=46085854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr13	46093284	rs3818456	C	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=33;PP=1143;SC=CCTTAGATTTCCTTTTGAATT;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=46093292;WS=46093274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	46098994	rs3014966	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=353;SC=CATTGTGTTTTAATAGGTTTA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=46099002;WS=46098984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	46099243	rs2985984	A	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=42;PP=1290;SC=GTTTGCATTTATATAGTCCTT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=46099251;WS=46099233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	46103935	rs2274285	A	G	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=49;PP=2965;SC=GCAAAGGTCAATGACCTTGCG;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=100;TCR=49;TR=148;WE=46103943;WS=46103925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr13	46104130	rs2274286	G	C	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=56;PP=1670;SC=TTTTCCTTTTGCTGTAGACAT;SOR=2.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=68;WE=46104138;WS=46104120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	46105021	rs66498730	AT	A	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=1190;SC=AATTTAAAAAATATTACCTTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=27;WE=46105029;WS=46105011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	46108643	rs3014901	T	C	156.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=170;ReadPosRankSum=0.887;SC=TTTTTTTTTTTCCATTCTAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=46108651;WS=46108633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr13	46108853	rs3014902	TG	CA	7694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=79;PP=2947;SC=CTTCTGCTGTTGGTTTCTAAA;SOR=1.070;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=147;WE=46108862;WS=46108843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr13	46148943	rs140782618	TG	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-1.443;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr13	46276503	rs872556	G	C	6970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=98;PP=2965;SC=CATGAGCCCTGAAAAACACCA;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=132;TCR=100;TR=230;WE=46276511;WS=46276493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr13	46276766	rs17068928	C	T	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=721;SC=TCTACACGTTCTTTCAGACTC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=46276774;WS=46276756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	46277016	rs755428	A	G	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=0.537;SC=GAAGGATGTAACCTATCAGTG;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=95;TCR=97;TR=190;WE=46277024;WS=46277006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chr13	46287153	rs9316154	A	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=395;SC=TGACAAGGATAGGCCACATTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=46287161;WS=46287148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	46550061	rs11428563	G	GT	155.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=62.13;NF=0;NR=5;PP=181;SC=TTTTATCTGTGATAGGGTCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=46550069;WS=46550051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	46627677	rs1049669	T	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=679;SC=TAAAAATAATTTGATACAATG;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=46627685;WS=46627667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	46708291	rs4941543	T	C	6158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=123;NR=83;PP=2965;SC=GAACTTTTCTTTGCTTCCCTC;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=123;TCR=83;TR=206;WE=46708299;WS=46708281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr13	46728771	rs4258501	T	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=17;NR=2;PP=474;SC=GTCTCCCTTCTTTGCTGCTCA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=46728779;WS=46728761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	46728924	rs2296122	C	T	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=76;PP=2819;SC=ATTATGGTAACGGTGGGAAGA;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=88;TCR=77;TR=164;WE=46728932;WS=46728914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr13	46802668	rs625052	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=1;PP=21;SC=TGCTGATAGACGCCTTCATGA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=46802676;WS=46802658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	46836201	rs2764598	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=337;SC=AGAGAAAATCAATCCTTTCAT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=46836209;WS=46836191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	46840835	rs41284165	T	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=7;PP=749;SC=AATTGTATAATACCTTTTAAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=46840843;WS=46840825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	46840996	rs41284167	A	C	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=32;PP=1115;SC=AGAGATAATTATTTGAATAAT;SOR=1.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=46841004;WS=46840986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	46844627	rs17067933	C	A	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=40;PP=2617;SC=AAAGCCATCACTGAAGGCTAC;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=121;WE=46844635;WS=46844617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	46919095	rs10682466	T	TTG	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.53;NF=1;NR=5;PP=229;SC=GAAAAGGATGTTGTTTTGCAG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=46919103;WS=46919085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	46919708	.	C	G	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=766;ReadPosRankSum=-1.448;SC=TCAAGTGTCCCGGCACCTGCT;SOR=0.892;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=59;WE=46919716;WS=46919698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,64:0.59:108
chr13	46924597	rs2025412	A	G	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=8;PP=186;SC=GACTTGTTTCATGATGATAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=46924605;WS=46924587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	46928845	rs4942515	C	T	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=28;PP=2081;SC=GTAAATCCCACGGCACTCTTG;SOR=1.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=108;WE=46928853;WS=46928835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	46930536	rs181977	C	A	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=87;PP=2965;SC=GTCATCACATCATAAGCAGGC;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=92;TCR=87;TR=179;WE=46930544;WS=46930526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr13	46937193	rs259699	T	C	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=17;PP=1274;SC=TTAGTGTGTGTATGCGGATGG;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=66;WE=46937201;WS=46937183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	46942081	rs2476664	A	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=5;PP=1258;SC=TTCCACTGGGAGTCTTGGAAT;SOR=4.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=48;WE=46942089;WS=46942071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	46946157	rs1408184	C	T	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=87;PP=2965;SC=GCCAAAATCCCAGGGCTTGTG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=184;WE=46946165;WS=46946147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr13	47224514	rs41284183	G	A	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=38;PP=1052;SC=ATCAAATTCAGTGAAAGAAAT;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=47224522;WS=47224504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	47256071	.	T	TTGTGTGTG	214	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=214;QD=108.5;SC=GGGTCGATCTTTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2;WE=47256079;WS=47256061;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,2:0.17:12
chr13	47260054	rs842381	T	C	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=43;PP=2587;ReadPosRankSum=-0.913;SC=AGTAGATCTTTCCTTGGTAAA;SOR=0.583;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=137;TCF=94;TCR=43;TR=133;WE=47260062;WS=47260044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr13	47261970	rs842375	T	C	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=15;PP=1359;SC=ATATGATTGCTATTAATTTCT;SOR=1.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=66;WE=47261978;WS=47261960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	47273458	rs706621	G	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=35;PP=1920;SC=AACCCTGTGTGTTTTGTCCAC;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=96;WE=47273466;WS=47273448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	47279375	rs11483731	C	CT	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=14;PP=407;SC=CACTTTGTATCTTTTTTTTTC;SOR=0.818;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=27;WE=47279383;WS=47279365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	47279454	rs842387	A	G	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=35;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.476;SC=GGCTGCTGGTAGATTCACCAG;SOR=0.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=85;WE=47279462;WS=47279444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr13	47279680	rs3832915	A	AT	1048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.380;NF=1;NR=23;PP=679;ReadPosRankSum=1.129;SC=GATTCTGTAGATTTTTTTACC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=24;WE=47279688;WS=47279670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr13	47297352	rs7319836	G	A	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=59;PP=2282;SC=CCTTTGTATTGTAGTGTTTCT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=79;TCR=59;TR=138;WE=47297360;WS=47297342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr13	47302934	rs3742273	T	A	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=24;PP=1561;SC=TTACTCACAGTTACCTCAGTG;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=79;WE=47302942;WS=47302924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	47308109	rs2298086	A	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	47315984	rs3742274	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=23;PP=544;SC=GTCCGCATAATGTCTGCACGT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=47315992;WS=47315974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	47358540	rs8192889	T	C	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=62;PP=2019;SC=ATGTGCACCATTAATACTGGG;SOR=1.679;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=94;WE=47358548;WS=47358530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	48523567	rs17425881	T	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=173;SC=TCCATGGAAATGTGAACTTTT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=48523575;WS=48523557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	48547467	rs7320366	A	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=9;PP=631;SC=GCTTCAGGAGACTCAGCAGCA;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=48547475;WS=48547457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	48563008	rs6561424	G	A	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=175;SC=CTTAAAAAATGTGACTTACGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=48563016;WS=48562998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	48563246	rs6561425	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=324;SC=GTCCAAAAATAAGGCATTCTC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=48563254;WS=48563236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	48571213	rs8001509	C	T	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=83;PP=2752;SC=GTCACTCTTGCTAACTACTTG;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=60;TCR=83;TR=143;WE=48571221;WS=48571203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	48575207	rs11316376	GA	G	4225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=43;PP=2825;SC=AGGGCACCCAGAAAAATGTCA;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=76;WE=48575215;WS=48575197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr13	48575292	rs9567972	C	T	6751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=26.17;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr13	48653864	rs5803423	CAA	CA,C	477.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085,0.4915;FS=5.006;HP=14;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14,14;NR=5,5;PP=237,9;ReadPosRankSum=-1.559;SC=CTCAAATTTACAAAAAAAAAA;SOR=1.739;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=19,19;WE=48653873;WS=48653854;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:24
chr13	48669064	rs3809330	C	T	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=23;PP=1918;SC=CCAGCTCCAGCCCGGCTCTCA;SOR=2.400;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=97;WE=48669072;WS=48669054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	48878271	rs2854351	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=11;PP=304;SC=TCGGCGGGGATCCGTCCTCGC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=48878279;WS=48878261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	48878292	rs2252544	G	A	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=247;SC=CAGGGGCCGGGTCCCGGCGGG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=48878300;WS=48878282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	48919358	rs198617	T	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=21;PP=674;SC=TTTTATTAGGTTTACACTCTG;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=48919366;WS=48919348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	48921884	rs198616	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=8;PP=493;SC=AAAAGAAGATAAATAAAGCAT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=48921892;WS=48921874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	48947469	rs185587	G	T	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=6;PP=436;SC=CTTGGGAGATGGAAAACATTT;SOR=1.536;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=26;WE=48947477;WS=48947459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	48953655	.	C	CA	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.9958;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=39;QD=10.75;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=4;WE=48953663;WS=48953645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,4:0.40:10
chr13	48955676	rs2804086	T	A	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=78;SC=CTCAAGAACATATAGGGAATT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=48955684;WS=48955666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	49033747	rs198580	G	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=686;SC=TAATTAGAGCGATTTCATGAT;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=49033755;WS=49033737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	49051012	rs3020646	C	T	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=113;PP=2965;SC=TTCCAGTAGCCGAGATGGTCA;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=70;TCR=114;TR=183;WE=49051020;WS=49051002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr13	49107241	rs7997110	T	C	10319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=220;PP=2965;SC=GGCGCCGCGATGAGTTGGCGC;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=158;TCR=220;TR=378;WE=49107249;WS=49107231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr13	49684436	.	CAA	C	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=8.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.217;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr13	49752915	rs1407826	A	G	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=140;SC=CTGTCACCCAAGCTGCTGCAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=49752923;WS=49752905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	49794650	rs9568169	C	A	8935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=130;PP=2965;SC=ACGTGGTGACCGTGATGCTGA;SOR=1.017;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=320;TCF=190;TCR=130;TR=318;WE=49794658;WS=49794640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr13	49840024	rs6561512	A	G	4817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=61;PP=2930;SC=GGATTACTGGAAGCAGCTAAG;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=102;TCR=61;TR=163;WE=49840032;WS=49840014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr13	49852430	rs2274149	T	G	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=21;PP=1991;SC=AAAAATACATTGCAAAGTGTC;SOR=2.277;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=89;WE=49852438;WS=49852420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	49865748	rs6561514	A	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=21;PP=968;SC=CTCTTACAACATGTAAGGCTG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=49865756;WS=49865738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	49885216	rs912547	A	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=63;PP=1848;SC=CCTCACCCACACTACTCGCGT;SOR=2.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=83;WE=49885224;WS=49885206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	49906202	rs199498743	G	A	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=96;PP=2965;SC=AAGTTGTGACGGTCCAGGATC;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=101;TCR=96;TR=197;WE=49906210;WS=49906192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr13	49918212	rs73485435	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=19;PP=756;SC=TGGTTGAATGCGACTGATTTC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=49918220;WS=49918202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	49951027	rs111664849	G	GTAGATAGATAGA	1806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.17;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	49951083	rs55902900	T	C	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=47;PP=2321;SC=ACCACTGACATCCTTTTACAG;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=119;WE=49951091;WS=49951073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr13	49951142	rs8002829	T	C	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=70;PP=2965;SC=TCAGTGTCACTAGCAGGCCAC;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=162;WE=49951150;WS=49951132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr13	49951193	rs8002858	T	C	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=70;PP=2432;SC=CTGCTTCTGTTGGGGGTTCTT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=146;WE=49951201;WS=49951183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr13	49951310	rs8002153	G	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=976;SC=GAATAAAAATGTTTAGGCCAT;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=49951318;WS=49951300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	50007393	rs7998660	C	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=14;PP=737;SC=GTATGTTGAGCATAGTCTACA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=50007401;WS=50007383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	50008112	rs3764091	G	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=6;PP=1413;SC=CTTTTAGTTCGCACCTTTACT;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=60;WE=50008120;WS=50008102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	50008301	rs3764090	A	G	7850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=158;PP=2965;SC=TACGTTCTGAACAGCAACTTA;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=117;TCR=158;TR=274;WE=50008309;WS=50008291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr13	50035151	rs721457	G	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=225;SC=GATTAAATGAGATAAAATATG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=50035159;WS=50035141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	50035208	rs2077848	G	A	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=13;PP=710;SC=AGGTAATGGTGATGCTGTTTT;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=50035216;WS=50035198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	50038080	rs12429813	G	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=312;SC=CTGCCTCTGGGATAAGTCATC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=50038088;WS=50038070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	50050620	rs7998427	A	G	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=4;PP=1252;SC=AGAACAACAGAAAATAAGGAA;SOR=4.534;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=47;WE=50050628;WS=50050610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	50054308	rs4142285	G	A	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=32;PP=2037;SC=CTCTTGACTTGACTTGCTGCT;SOR=1.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=100;WE=50054316;WS=50054298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr13	50054346	rs7996852	G	T	5271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=68;PP=2965;SC=TCCATTGCCTGCCTTTTAGAA;SOR=1.221;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=110;TCR=68;TR=178;WE=50054354;WS=50054336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr13	50057097	rs2057413	G	A	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=38;PP=1162;SC=GGAGCTTACTGTGTAAGTAAC;SOR=1.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=50057105;WS=50057087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	50057633	rs11619265	A	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=23;PP=813;SC=CAAGAATTCAATATCATTCAG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=50057641;WS=50057623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	50080847	rs2031532	A	G	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=80;PP=2591;SC=ATAATGTCCTATACTTTGCAC;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=148;WE=50080862;WS=50080837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr13	50087142	rs2247119	T	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=9;PP=867;SC=TTCTGACATGTAGCTTTCAAT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=50087150;WS=50087132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	50087464	.	ATT	A	61.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr13	50092127	rs66480424	TACTC	T	1783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=1478;SC=AACAGGTACTTACTCAGTAAA;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=50092138;WS=50092117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	50095127	rs3765526	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=16;PP=520;SC=GTAAACATTTATGTAACATAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=50095135;WS=50095117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	50096127	rs2274277	C	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=435;SC=TGTAGTCAAACAGTAATCTTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=50096135;WS=50096117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	50098407	rs144805189	TAAAAC	T	387.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=8;PP=435;SC=GATCTAGATTTAAAACAAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=50098419;WS=50098397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	50100090	rs7322908	T	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=326;SC=GGATCATCTGTGGTCAGCAGT;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=50100098;WS=50100080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	50100320	rs7321952	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=39.81;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	50100389	rs7323493	T	C	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.298;NF=30;NR=11;PP=769;ReadPosRankSum=0.905;SC=GCTGCTGCTGTTGCCATCTAA;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=41;WE=50100397;WS=50100379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr13	50100627	rs10546233	GTT	G	1426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=559;SC=GAGCAGCATAGTTTTGAGAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=50100655;WS=50100617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	50100637	rs371713260	ATATT	A	1202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=622;SC=GTTTTGAGAAATATTTATCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=50100655;WS=50100617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	50100647	rs61960012	C	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=13;PP=331;SC=ATATTTATCACGATATTGAAA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=50100655;WS=50100617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	50100667	rs6561533	G	A	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=10;PP=241;SC=ACAATATACTGTACAGGTGAT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=50100675;WS=50100657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	50102810	rs1046295	G	A	5669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=78;PP=2965;SC=AGGGATTACCGTTTCCTAAGC;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=113;TCR=78;TR=191;WE=50102818;WS=50102800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr13	50108252	rs7317982	T	C	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=21;PP=1140;SC=CCAGCAGCCTTGCGCTTCAGT;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=50108260;WS=50108242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	50115669	rs1536195	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=468;SC=CACAATACTACTTTTAAAGAT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=50115677;WS=50115659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	50121211	rs1570883	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=4;PP=398;SC=ATCTGAAGATGTGTACAGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=21;WE=50121219;WS=50121201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	50121511	rs1570884	A	G	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=53;PP=1452;SC=TTAACCTTCAATATCAATTGC;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=50121519;WS=50121501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	50123622	rs3751384	G	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=20;PP=1505;SC=ACGAGACGGCGGGAGTGGCAA;SOR=1.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=81;WE=50123630;WS=50123612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	50126382	rs2274278	G	A	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=33;PP=1139;SC=TTGTTTCCCAGGCCCAGCTGA;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=50126390;WS=50126372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	50129615	rs2274284	A	G	5018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=63;PP=2965;SC=ATTGAAAAAGAAGGTAGAAAG;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=105;TCR=63;TR=168;WE=50129623;WS=50129605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr13	50134358	rs12146924	T	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=24;PP=558;SC=TAAGTAACCATGGACAGAGTA;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=50134366;WS=50134348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	50141345	rs4942848	G	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=27;PP=1271;SC=GAAGACACACGCCTTCCGAAT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=50141353;WS=50141335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	50205025	rs3803185	T	C	7304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=138;PP=2965;SC=CCAGGACCACTGCTGGGAGCT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=127;TCR=138;TR=265;WE=50205033;WS=50205015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr13	50242696	rs7999786	C	T	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.01;QD=23.42;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	50244041	rs9535292	T	C	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=78;PP=2228;SC=AGGATGGCACTGTAGACACAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=136;WE=50244049;WS=50244031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr13	50260905	rs6561552	T	C	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=38;PP=1154;SC=CAACTCAATTTACATTTTTCA;SOR=4.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=50260913;WS=50260895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	50296026	rs9535310	T	C	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=27;PP=1779;SC=GTCCCCTGTATATGAATTCCT;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=90;WE=50296034;WS=50296016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	50296115	rs1127021	C	T	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=66;PP=2285;SC=CCATAGGCGGCGGGGGATCCT;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=134;WE=50296123;WS=50296105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	50299677	rs2273817	T	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=37;PP=1155;SC=GACACATAACTACCACTTAAA;SOR=1.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=56;WE=50299685;WS=50299667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	50306823	rs11342957	GA	G	1043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.518;NF=2;NR=39;PP=513;ReadPosRankSum=0.251;SC=TTTCAGAAATGAAAAAAAAAA;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=41;WE=50306832;WS=50306812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,51:0.91:56
chr13	50464697	rs34893433	T	TG	820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=928;SC=CCTGGGTTACTGCGGCCACCG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=50464705;WS=50464687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	50467124	rs7316930	T	C	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=81;PP=2084;SC=TCCAGAACCATGGCAAGAAAC;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=37;TCR=81;TR=118;WE=50467132;WS=50467114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr13	51397440	rs9563002	C	A	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=73;PP=2550;SC=ACTCCCGATGCCTTTAACACT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=152;WE=51397448;WS=51397430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	51484356	rs2274069	C	T	117.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=4;PP=60;SC=CCGCCCCCCACCCCGGTGGCT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=51484364;WS=51484346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	51530414	rs1328360	A	T	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=324;SC=AACTTGAGACATGCAGTCTTC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=51530422;WS=51530404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	51600806	rs77187004	C	T	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=63;PP=2965;SC=TTTCTGATCTCAGAGCTGAGC;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=109;TCR=63;TR=172;WE=51600814;WS=51600796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr13	51796468	rs7320388	T	C	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=112;SC=CCGGGCGCGGTCGGGAGAGGG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=51796476;WS=51796458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	51929375	rs9596506	T	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=48;PP=1176;SC=GTCAACATTATGTAAAAGAAT;SOR=1.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=51929383;WS=51929365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	51953840	rs3818360	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=385;SC=GTAACACAATCGTATTTATGT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=51953848;WS=51953830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	51956122	rs9526753	T	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=358;SC=CAGGCGTGAGTCACTGCGCCC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=51956130;WS=51956112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	52277693	rs9535738	G	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=295;SC=TTCACTTAAAGAATTTATTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=52277701;WS=52277683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	52293532	rs912097	T	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=393;SC=TAACTGTTGTTCTCTTTGATT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=52293540;WS=52293522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	52333955	rs147876825	TTTAACCCAAATCA	T	3977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=2967;SC=AAACGGTTGTTTTAACCCAAA;SOR=1.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=46;WE=52333975;WS=52333945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	52342206	rs1058142	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=385;SC=GCCTCGCTGTGAGGCACAACG;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=52342214;WS=52342196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	52345637	rs2296028	G	C	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.726;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=1436;ReadPosRankSum=1.200;SC=CCTGTCTGACGTGGAAATGAC;SOR=1.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=66;WE=52345645;WS=52345627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr13	52373814	rs9535761	G	C	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=49;PP=1885;SC=CTAGAAAGAGGAGACCCACAG;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=102;WE=52373822;WS=52373804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	52391341	rs975504	C	T	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=47;PP=1582;SC=GGGGTGTTGGCAGGGAGAGAG;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=81;WE=52391349;WS=52391331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	52425587	rs36141261	A	AT	1936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=4.569;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=19.97;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,86:0.89:97
chr13	52482399	rs35577493	CAG	C	1838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=1445;SC=CATTTGAAGGCAGACTCAACC;SOR=4.125;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=31;WE=52482408;WS=52482389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	52511362	rs9535795	C	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=20;PP=1697;SC=ACCTGGGAGACAGAAGCCTTT;SOR=1.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=82;WE=52511370;WS=52511352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	52511606	rs2282057	G	A	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=87;SC=CTGCAGCCACGCTCACTCTGA;SOR=1.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=145;WE=52511614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr13	52515354	rs1801249	A	G	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=52;PP=1843;SC=GGTCTGGGGGACTGCATCTAT;SOR=1.042;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=96;WE=52515362;WS=52515344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	52520704	rs2296246	C	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=29;PP=768;SC=CAGGGGGGCACTGGACACAAC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=52520712;WS=52520694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	52523808	rs732774	C	T	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=43;PP=2823;SC=AGGAAAGTATCTCTGAACAAC;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=100;TCR=43;TR=142;WE=52523816;WS=52523798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr13	52524488	rs1061472	T	C	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=79;PP=2575;SC=AGGGACCACCTTGACGATATC;SOR=1.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=35;TCR=79;TR=114;WE=52524496;WS=52524478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	52524560	rs9526811	C	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=899;SC=ACTTATCACTCACATGGCCAC;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=52524568;WS=52524550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	52542796	rs2147363	T	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=395;SC=GGCCTCTAGGTTGACACAGTC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=52542804;WS=52542786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	52544805	rs1801244	C	G	6453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=108;PP=2965;SC=ACTTCCTGCACAGATGTAGGT;SOR=0.782;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=108;TCR=108;TR=216;WE=52544813;WS=52544795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr13	52544978	rs3742288	T	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=540;SC=GAGGGTTCATTGTCCCGGCTC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=52544986;WS=52544968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	52548140	rs1801243	A	C	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=64;PP=2769;SC=CTAATTACAGAGGGATTATAA;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=96;TCR=65;TR=160;WE=52548148;WS=52548130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr13	52585548	rs2277448	G	T	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=72;PP=2102;SC=GAGGAGAGCGGGGTGTTAAAG;SOR=1.317;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=116;WE=52585556;WS=52585538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	52585591	rs148013251	T	TCGGCG	2190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=38;PP=2158;SC=TGTGAGGGCATCGGCGCGGCT;SOR=2.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=38;WE=52585599;WS=52585581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	52602919	rs3825528	A	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=21;PP=1446;SC=CTTGGTATACATGAGAGAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=52602927;WS=52602909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	52603194	rs3742289	G	T	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=75;PP=2965;SC=GAAAAGCTGGGCCTTGCAGAT;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=143;WE=52603202;WS=52603184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	52603775	rs3742291	C	T	5194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=98;NR=77;PP=2965;SC=AACTGTGGCACTGGAAGAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=98;TCR=77;TR=175;WE=52603783;WS=52603765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr13	52657287	rs9563091	A	G	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.79;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	52657689	rs12585654	T	G	892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=377;SC=TTTTTTTTTTTTGAGATGGAG;SOR=5.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=31;WE=52657697;WS=52657679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	52663491	rs9535861	A	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=1138;ReadPosRankSum=1.222;SC=AAACTTGAACAAATCTTAGGC;SOR=0.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=63;WE=52663499;WS=52663481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr13	52684801	rs71665641	TAC	T	1556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=32;PP=1482;SC=ATAGAAATTATACACACACAC;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=32;WE=52684810;WS=52684791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	52701490	rs3076657	A	ACTT	4108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=15;PP=2678;SC=AGAAATTTGAACTTAACTTTA;SOR=2.356;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=52;WE=52701498;WS=52701480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	52701637	rs1886544	T	G	6940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=129;PP=2965;SC=ATGGGCTGAGTTTCCTGGAAT;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=105;TCR=129;TR=234;WE=52701645;WS=52701627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr13	52701782	rs1886543	T	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=328;SC=AATAACTTTCTTTGTGGCCAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=52701790;WS=52701772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	52707240	rs3368	C	G	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=76;PP=2965;SC=CTGAGTGAAGCCTCTCCTCAG;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=164;WE=52707248;WS=52707230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr13	52707751	.	T	TCACACACA,TCACACA	390.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6,6;NR=0,0;PP=60,107;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CTAATTTAAATCACACACACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6,6;WE=52707759;WS=52707741;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.83:12
chr13	52709742	rs2408611	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=326;SC=ACAATGTGACGTACTTAGTGC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=52709750;WS=52709740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	52710044	rs2296350	T	C	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=38;PP=1144;SC=AAAAAAGATTTTTCAGCATGT;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=52710066;WS=52710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	52710058	rs2296349	T	G	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=34;PP=1040;SC=AGCATGTACTTTCCAGATCAT;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=52710066;WS=52710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	52717950	rs3783242	C	T	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=2;PP=94;SC=GGAGTATCTCCGATAATCATT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=52717958;WS=52717940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	52718050	rs3837575	C	CT	1094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=11;PP=669;SC=AAAATTCTTACTTTTTTTCTT;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=23;WE=52718058;WS=52718040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	52952928	rs113543720	CA	C	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=21;PP=426;SC=TGGAAAGCTGCAAAAAAAAAC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=21;WE=52952936;WS=52952918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	52971893	rs3803264	G	A	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=88;PP=2965;SC=CATCCACTACGATGTTGGGCT;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=168;WE=52971901;WS=52971883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr13	52989863	rs1056335	C	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=666;SC=TGTGAAGTTCCAATAAATTCT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=52989871;WS=52989853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	53009048	rs11148252	C	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=17;PP=446;SC=CTTTAAATGACTCAGTCAGAT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=53009056;WS=53009038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	53010353	rs150816705	A	AACACACAC	130	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	53029770	rs72440971	CGCGGTGGCGGTGGCGGTG	C	3604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=45;PP=2990;SC=AGGTGAAGGCCGCGGTGGCGG;SOR=2.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=5;TCR=81;TR=48;WE=53029795;WS=53029760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	53030565	rs9536079	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=507;SC=AACCAGCTTTGGAAGTAAACT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=53030573;WS=53030555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	53035783	rs7337054	T	C	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=87;PP=2965;SC=TCAGTAGAACTTCTGCCAATG;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=177;WE=53035795;WS=53035773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr13	53035925	rs7335867	A	G	5783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=81;PP=2965;SC=ATCTGAAGTTATAGCCAGGCC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=98;TCR=81;TR=179;WE=53035933;WS=53035915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr13	53036398	rs3803262	A	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=431;SC=TATGCCATTAAAGTAAGATTA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=53036406;WS=53036388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	53240884	rs9316580	G	C	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=145;SC=ATTATTTTGTGTAGGTTTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=53240892;WS=53240874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	53254082	rs4539485	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=198;SC=TGTTGATTAATTACTTCTGCC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=53254090;WS=53254072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	53254296	rs7986540	A	G	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=116;SC=CCTTTGTAAGAATATAAACTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=53254304;WS=53254286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	53602970	rs2298229	A	G	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=58;PP=2815;SC=TAAGAGGACAAGATGAGGCCC;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=91;TCR=59;TR=149;WE=53602978;WS=53602960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr13	60240961	rs9538494	C	T	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=83;PP=2258;SC=ACCCTTCTGTCAACTGCACTT;SOR=1.424;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=130;WE=60240969;WS=60240951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr13	60385060	rs10665848	A	ATTAC	1055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=663;SC=ATTGCTTGCTAAAAAAATTTT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=60385068;WS=60385050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	60582651	rs339540	C	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=290;SC=CATTTAAAAACAGATTTTATA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=60582659;WS=60582641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	60590299	rs2762134	C	T	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	60590307	rs12429010	C	T	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	60971593	rs9538679	G	A	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=2;PP=41;SC=CGGGGCCCCAGGGAGGTTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=60971601;WS=60971583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	61058724	rs7329723	G	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=156;SC=CACCCTCTCTGAAAGCCTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=61058732;WS=61058714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	61109375	rs41293436	A	C	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=58;PP=1940;SC=TGGGTACGTGATACATATTCT;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=95;WE=61109383;WS=61109365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	61986918	rs3812872	C	A	7225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=120;PP=2965;SC=TCAGATAAACCACACCATCTA;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=123;TCR=121;TR=243;WE=61986926;WS=61986908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr13	61988107	rs4281600	T	G	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=82;PP=2648;SC=ATGCTGGAGTTGGGGGAGGGA;SOR=1.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=133;WE=61988115;WS=61988097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr13	61988153	rs3812873	C	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=41;PP=1209;SC=AATAGGGGTCCGAGAGAGAAA;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=61988161;WS=61988143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	67800935	rs9571740	G	A	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=83;PP=2965;SC=GGGTCCCATTGTCCCTGGCAG;SOR=0.815;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=186;WE=67800943;WS=67800925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr13	67802339	rs8000556	A	T	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=65;PP=2268;SC=TGCTGCTGGAAACTTTCACCA;SOR=1.129;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=112;WE=67802347;WS=67802329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr13	70281723	rs79899610	T	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=545;SC=TAAATTCTTATCCTTGAAGTG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=70281731;WS=70281713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	70293715	rs11336815	TA	T	1187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=36;PP=1338;SC=GAATACAACCTAAAAACACAA;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=36;WE=70293723;WS=70293705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	70314807	rs7331253	A	T	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=115;SC=ATGAAAAAAAATTAAAAATTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=70314815;WS=70314797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	70535355	rs9592668	T	A	531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=494;SC=GAATTTTTTTTAAAAAAGCGT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=70535363;WS=70535345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	72038653	rs915052	C	A	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=293;SC=ATTTCATTAGCTCTTAAATAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=72038661;WS=72038643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	72440658	.	TGCCGCC	T	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=1;PP=312;SC=CCGCCTCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=72440671;WS=72440648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	72440704	.	GGCC	G	61	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=61.07;NF=2;NR=1;PP=61;QD=24.6666666667;SC=AGGTGACTGTGGCCGCCGCCG;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=72440714;WS=72440694;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr13	73301480	rs9652239	G	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=425;SC=ACGCAGCGGCGGAGACAACTC;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=73301488;WS=73301470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	73301655	rs1465897	A	C	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=87;NR=78;PP=2965;SC=GCGCAACGGAAACTCACCGTC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=165;WE=73301663;WS=73301645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr13	73301728	rs1465896	T	C	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=58;PP=1653;SC=CCAGCACCGCTGCTACTCGCC;SOR=1.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=73301736;WS=73301718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	73302157	rs11350390	CT	C	8002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=105;PP=2965;SC=TAGGTACGCTCTTTGTGGTCC;SOR=0.785;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=36;TCR=112;TR=139;WE=73302168;WS=73302147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr13	73302481	rs4885034	G	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=21;PP=607;SC=AGGTCTTGGCGAAAGGAGGAT;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=73302489;WS=73302471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	73309347	rs9543106	C	T	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=49;PP=1284;SC=ATAGCACTTGCATACTGTTGT;SOR=3.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=56;WE=73309355;WS=73309337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	73317585	rs9600019	C	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=246;SC=AATAAGTTTCCACTTTCTTAA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=73317593;WS=73317575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	73320856	rs41286054	A	G	6267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=97;PP=2965;SC=AAGATGAGGAAGATAAAGAGA;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=111;TCR=97;TR=208;WE=73320864;WS=73320846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr13	73329358	rs10887	G	A	8412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=156;PP=2965;SC=TCCATAGAATGCCTCTGTCAG;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=293;TCF=137;TCR=156;TR=292;WE=73329366;WS=73329348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr13	73343039	rs2196979	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=15;PP=542;SC=CTTCAGCATACGTCAGAGATG;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=73343047;WS=73343029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	73349359	rs7332388	G	C	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=24;PP=2329;SC=CATTCGTTCTGTCTCTTCTTC;SOR=2.411;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=83;TCR=25;TR=107;WE=73349367;WS=73349349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	73369642	rs1372000	A	G	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=29;PP=928;SC=AGAGCAATATATTAAATTAAA;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=73369650;WS=73369632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	73636910	rs113148226	A	AGT	2270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5345;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.684;NF=0;NR=48;PP=1820;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CAATAGATGTAGTGTGTGTGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=2;TCR=69;TR=48;WE=73636919;WS=73636900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,70:0.92:76
chr13	73638125	rs4885061	G	T	107.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=3;PP=83;SC=TGTCAACTTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=73638133;WS=73638115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	73650112	rs9573097	C	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.84;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	74289799	rs6562780	A	T	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=941;SC=TGCTACCACTATCTTGGGCAG;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=74289807;WS=74289789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	74339104	rs3764134	G	T	5222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=82;PP=2965;SC=TCATTCGATTGCCCCGGACCC;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=178;WE=74339112;WS=74339094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr13	74518210	rs9573330	G	A	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=2692;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TTGATATTCTGAGAATAGAAG;SOR=0.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=73;TCR=79;TR=151;WE=74518218;WS=74518200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr13	74569006	rs1886514	G	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=13;PP=614;SC=ATATGCACATGTAAGTACTGA;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=74569014;WS=74568996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	74569304	rs1886515	T	C	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=209;SC=CTCGTGATCATAGAGCTGAGG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=74569312;WS=74569294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	74988714	rs1931954	C	T	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=875;ReadPosRankSum=0.499;SC=CCCACCCTGCCGCAGCAGCCA;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=74988722;WS=74988704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr13	75860804	rs534538	C	A	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=521;SC=TGTGACTAGGCGCTCAGCACC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=75860812;WS=75860794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	75866284	rs9600455	G	A	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=11;PP=470;SC=ATCAGGTAGCGTGTTTTTAAG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=75866292;WS=75866274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	75873787	rs2297207	G	A	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=60;PP=1768;SC=GCAATTCAGTGACCTCCAAGA;SOR=1.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=92;WE=75873795;WS=75873777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	75876389	rs2297208	G	A	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=16;PP=1812;SC=CTAAATCCACGAGAATCGCAT;SOR=2.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=81;WE=75876397;WS=75876379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	75880667	rs2297209	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=395;SC=AACTTTAGACGTTTGATTGTA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=75880675;WS=75880657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	75884216	rs1062087	C	T	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=43;PP=1301;SC=GACAGGAATACAACCAGCGGT;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=75884224;WS=75884206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	75887127	rs2274757	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=276;SC=TCACAAGTTCTGTCACGGGCA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=75887135;WS=75887117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	75894015	rs2274758	T	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=529;SC=TTCCCTACTATATAGCCCTCA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=75894023;WS=75894005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	75898596	rs2297210	C	A	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=368;SC=AATCTTCATTCACTATGAAAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=75898604;WS=75898586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	75901749	rs2297206	G	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=339;SC=AATCTTCTTAGTTAAAATAAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=75901757;WS=75901739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	75910909	rs693134	C	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=600;SC=AAAAAAGATCCTTTTGTTAAA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=75910917;WS=75910899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	75910950	rs9573525	T	G	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.97;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	75915215	rs80163254	T	C	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.23;SOR=2.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	75915215	.	TAT	CCA	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=51;NR=18;PP=2937;QD=20;SC=TTAACAAAATTATTAAACAAC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=69;WE=75915225;WS=75915205;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,69:0.86:80
chr13	75915216	rs80143047	A	C	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=2.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	75915217	rs76964739	T	A	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=2.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	75915250	rs35018625	T	TA	5235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=41;PP=2965;SC=AAGTAGGAAATATCTTCTCAC;SOR=1.237;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=80;WE=75915258;WS=75915240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr13	75915859	rs9888477	C	A	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=621;SC=TTCCTGCCTACAAGAAACCTT;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=75915867;WS=75915849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	75923536	rs3831188	T	TA	244.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=284;SC=GCTGACTAAATAAAAATAATA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=75923544;WS=75923526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	75936519	rs7983969	C	G	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=46;PP=1961;SC=CGCGCTGCTCCCCTTGGATCT;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=75936527;WS=75936509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	75936636	rs17254379	G	A	5123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=75;PP=2965;SC=ACAGGACTTCGAACTTCTGAG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=101;TCR=75;TR=175;WE=75936644;WS=75936626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr13	76055397	rs9573565	C	T	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=8;PP=886;SC=CTCCGAGCCCCTGTCTTGCCT;SOR=2.891;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=43;WE=76055405;WS=76055387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	76055820	rs7327548	G	C	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=84;PP=2411;SC=TTGGCTTCCCGGGGCCGGGCT;SOR=0.899;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=161;WE=76055828;WS=76055810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr13	76101863	rs1408042	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=442;SC=CTGGAGGACATTGTGCAAAGT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=76101871;WS=76101853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	76124151	rs8192738	C	T	8389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.563;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=1.490;SC=CGCTCGGGACCTCGGAGTCTT;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=135;TCR=156;TR=291;WE=76124159;WS=76124141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,317:1.00:318
chr13	76135028	rs4884008	T	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=612;SC=GTAATTGTTATGTAAAATAGA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=76135036;WS=76135018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	76140814	rs56945758	CT	C	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=237;ReadPosRankSum=1.374;SC=ACACTGTTGACTTTTTTTTTT;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=17;WE=76140822;WS=76140804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr13	76169234	rs7330411	G	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=482;SC=AAATTAACTGGTTGCCTATAA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=76169242;WS=76169224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	76287432	rs3837544	ATG	A	1808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=1260;SC=AAGCAAAGATATGTGTGTGTG;SOR=1.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=27;WE=76287441;WS=76287422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	76335196	rs10594987	GAT	G	614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=16;PP=740;SC=CAGTTTGTTAGATATATATAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=76335205;WS=76335186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	76370755	rs11351364	AT	A	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr13	76378459	rs625033	T	C	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=71;PP=2965;SC=AATTTACATTTAAGATGCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=100;TCR=71;TR=170;WE=76378467;WS=76378449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr13	76409436	rs2273997	A	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=33;PP=910;SC=CTTCAAATCTATCTGTAACAA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=41;WE=76409444;WS=76409426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	76410725	rs2273996	A	G	278.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=1.457;SC=TAAAAGGTTAACACGCAGATC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=76410733;WS=76410715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr13	76417101	rs920701	C	T	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=787;SC=TGGCTTCAGACAATATTCCAG;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=76417109;WS=76417091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	76419421	rs3832886	AT	A	808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=794;SC=AAAGGAGGTTATTTAATGAGA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=76419429;WS=76419411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	76423248	rs7986131	T	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=21;PP=1077;SC=ATTGGGAACATGACCTCTTCA;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=70;WE=76423256;WS=76423238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	76429619	rs4885354	C	A	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=110;SC=TGTATTCGTCCATCTGTGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=76429627;WS=76429609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	76445155	rs9544057	G	C	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=31;PP=1578;SC=TTAAAAACGGGCAGTTTTTAA;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=73;WE=76445163;WS=76445145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	76445189	rs9600566	A	G	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=39;PP=1856;SC=TTCTTTTTAGATGATTATCCC;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=100;WE=76445197;WS=76445179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	76445316	rs9600567	C	T	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=2107;ReadPosRankSum=-1.284;SC=ACTCCTGCTCCTTCTCTGAAT;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=110;WE=76445324;WS=76445306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr13	76445382	.	ATC	A	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr13	76457148	rs7987971	A	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=4;PP=672;SC=GGTATTCAATAATGCTGGTTC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=76457156;WS=76457138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	76457183	rs9530477	T	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=6;PP=1056;SC=TTCTTTCCCCTAGCTTTGTAT;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=76457191;WS=76457173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	77522925	rs588702	T	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=763;SC=GGGAATGAATTATGACAAGTT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=77522933;WS=77522915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	77527764	rs17385627	T	A	6055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=106;PP=2965;SC=CCAGCACTGTTTGGGGTCAGC;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=107;TCR=107;TR=213;WE=77527772;WS=77527754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr13	77566090	rs77416795	C	T	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=48;PP=1776;SC=AGGTGTCATGCGCCGGAACCT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=99;WE=77566098;WS=77566080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	77569901	rs605153	G	A	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=8;PP=1283;SC=GGATATGACAGTAGCAGCATG;SOR=2.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=77569909;WS=77569891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	77630994	rs1340531	T	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=505;SC=TCCACATGAATGAGAAGGGAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=77631002;WS=77630989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	77632470	rs2285386	C	T	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=53;PP=1803;SC=GCAGACAGTGCTCTTCGTTTT;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=77632478;WS=77632460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	77725106	rs9574006	C	A	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=61;PP=1712;SC=ATTATAGAAACCAAATACCAT;SOR=2.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=85;WE=77725114;WS=77725096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	77732333	rs3861128	G	A	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=161;SC=TTTCAGATAGGCCTTTACGGA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=77732341;WS=77732323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	77739291	rs9318468	A	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=10;PP=420;SC=CCACTGCACCAGGCCCCAATT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=77739299;WS=77739281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	77751892	rs4885445	C	T	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=37;PP=2630;SC=CATCATCAACCAACACCTCTA;SOR=1.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=98;TCR=38;TR=134;WE=77751900;WS=77751882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	78142653	rs11325667	GA	G	239.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=190;SC=GACTTTTGCAGAAAAAAAAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=78142661;WS=78142643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	78146301	rs678047	C	T	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=44;PP=1545;SC=ACAATGCCTCCTCGAGCACAG;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=78146309;WS=78146291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	78177082	rs7490669	T	A	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=101;SC=TTTTTATACTTAAAGCCAATT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=78177090;WS=78177072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	78178451	rs6563011	C	T	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=3;PP=796;SC=TAGTGCTATACTTTAACATCA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=78178459;WS=78178441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	78183087	rs9593240	A	C	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=106;SC=TTATCTCAAAACTCAGTAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=78183095;WS=78183079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	78183167	rs912293	G	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=384;SC=TTTTATTTATGATGTTTTTTG;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=78183175;WS=78183157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	78191824	rs4142585	G	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=12;PP=640;SC=TAATGTACTTGGGTCAGAAAG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=78191832;WS=78191814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	78192207	rs9574090	T	C	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=45;PP=1062;SC=TAAATGACCTTGACTATCTTG;SOR=2.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=78192215;WS=78192197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	78211386	.	CAT	C	162	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=19;MQ=61.53;NF=0;NR=4;PP=162;QD=42.75;SC=CACACACACACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=78211395;WS=78211376;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr13	78216873	rs1053985	A	G	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=20;PP=793;SC=TGGAAAATCTACAAGCGGGTG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=78216881;WS=78216863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	78272267	rs201380414	T	TGG	545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=426;SC=CGCCCCCCGCTGGCCTGCAGC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=78272284;WS=78272257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	78272276	rs71102772	G	GC	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=317;SC=CTGGCCTGCAGCCTTTGGGTC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=78272284;WS=78272257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	78477674	rs5348	A	G	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=52;PP=1800;SC=TGATTCCCACAGAGGCTTTCT;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=107;WE=78477682;WS=78477664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr13	79175496	rs36032170	C	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=855;SC=GAAAGCCCCCCAAAAATGCCT;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=79175504;WS=79175486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	79176483	rs371388366	CTGG	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,8:0.10:80
chr13	79177291	rs9601093	G	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=588;SC=TTTCGGAGACGGGGAGGGGCG;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=79177299;WS=79177281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	79194750	rs35712557	TGA	T	4190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=30;PP=2610;SC=ACATTCTGGATGAGAGAGAAA;SOR=1.352;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=55;WE=79194759;WS=79194740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	79209382	rs9805409	A	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=411;SC=AATAAAAGTGACTTGTAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=79209390;WS=79209372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	79216178	rs9601108	G	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=112;SC=TTTACTCTAAGAAGTCTGGGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=79216186;WS=79216168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	79216418	rs7327732	A	G	222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=188;SC=ATCCTTTTTCATATTGTTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=11;WE=79216426;WS=79216408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	79916792	rs374223990	T	TA	1008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=6;PP=624;SC=ACAATGAAATTAAATACCTGA;SOR=1.681;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=79916800;WS=79916782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	79918323	rs2274555	T	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=263;SC=TAGCATAAGATTAAGTTCACT;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=79918331;WS=79918313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	79928477	rs9574411	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=3;PP=525;SC=TCATATTTCTATGTAAAATAT;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=79928485;WS=79928467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	79932617	rs7994560	A	G	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=72;SC=TCCTGACCCTAACCAAATACA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=79932625;WS=79932607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	79939606	rs7319252	C	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=0;PP=518;SC=AAATAAATCACCATTCCTTAT;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=79939614;WS=79939596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	79939921	rs11279869	TAAGAGA	T	774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=649;SC=TTAATATTGATAAGAGAAAAA;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=79939934;WS=79939911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	79946163	rs7325232	G	C	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=89;SC=TGCCTGTAATGCCAGCACTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=79946171;WS=79946153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	80910786	rs4728	C	A	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.20;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	80910792	rs700397	T	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.78;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	83597934	rs2639486	A	T	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=3;PP=45;SC=ACTGTGAACTAATTGAAGTAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=83597942;WS=83597924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	86369120	rs3825413	C	T	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=82;PP=2730;SC=TCTGGGTTAGCAAATCAAGAT;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=73;TCR=82;TR=155;WE=86369128;WS=86369110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr13	88325723	rs61959133	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=2.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	92100920	.	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=-1.073;SC=TCACATAGTCCTTTGTGTGCA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=9;WE=92100928;WS=92100910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr13	92408505	rs3783054	T	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=3;PP=314;SC=TGGCCTTTATTGTGGATGTTT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=92408513;WS=92408495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	92560425	rs1854735	G	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=232;SC=CTAAAATATTGTAACACACTT;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=92560433;WS=92560415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	92796964	rs12429836	G	A	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=150;SC=ACTTGACTTGGTGTCTACACC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=92796972;WS=92796954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	93142312	rs2149060	T	A	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=11;PP=717;SC=TTGTGCATTTTAAAAAATTTA;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=93142320;WS=93142302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	93142362	rs722178	C	T	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=29;PP=1281;SC=CATTGTTTCCCGAAAACTCCA;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=93142370;WS=93142352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	95090692	rs1540979	T	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=314;SC=TAGCAGTCCTTTTGCATGGGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=95090700;WS=95090682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	95096505	rs7339198	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=215;SC=CAAGTATTCCGAAATCTGAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=95096513;WS=95096495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	95097956	rs755684	C	T	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=71;NR=83;PP=2631;SC=AGTAGAGCCTCCCAGGCTCAT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=71;TCR=83;TR=154;WE=95097964;WS=95097946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr13	95254382	rs9556404	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=14;PP=413;SC=CCGCCGGCTGAGTCCGCCGGC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=95254390;WS=95254372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	95264604	rs9524559	C	T	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=49;PP=1421;SC=ACCCAGATGCCGAAGGGAATC;SOR=1.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=71;WE=95264612;WS=95264594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	95275576	rs4296139	C	G	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=55;PP=1784;SC=GAAAGAAAATCGTTTATTCTG;SOR=1.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=86;WE=95275584;WS=95275566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	95279505	rs9524568	T	A	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=40;PP=1154;SC=TTTTTTTTCATACATTTAGTA;SOR=2.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=95279513;WS=95279495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	95363884	rs9556411	G	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	95364337	rs2253604	T	G	5366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=94;NR=98;PP=2965;SC=GCCCGCCGCCTCCCGGGCCCT;SOR=0.849;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=94;TCR=99;TR=192;WE=95364345;WS=95364327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr13	95673791	rs3742106	A	C	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=62;PP=2965;SC=AAACTAGTGGAAAATGCCTTC;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=156;WE=95673799;WS=95673781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr13	95673939	rs9524765	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.154;SC=AAGTATACCTAGAAAAAAAAA;SOR=0.836;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=57;WE=95673948;WS=95673928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,37:0.93:40
chr13	95705307	rs7324065	C	T	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=21;PP=1730;SC=TATACACATACTGAGGCTAAC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=85;WE=95705315;WS=95705297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	95714976	rs1751034	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=12;PP=1072;SC=TGATTGACATCTTCTTCCTTA;SOR=2.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=95714984;WS=95714966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	95715146	.	AAAAAAG	A	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.41;ReadPosRankSum=2.653;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr13	95726541	rs1189466	A	G	9394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=172;NR=165;PP=2965;SC=GACGGACGGCAAACCAGCGGG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=173;TCR=165;TR=337;WE=95726549;WS=95726531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr13	95727780	rs1678339	T	C	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=60;PP=1946;SC=GAGAAGATGATAAGTGGGAAA;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=95;WE=95727788;WS=95727770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	95735604	rs1189437	G	T	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=49;PP=1466;SC=AAAAATACTTGCATGAGTTGT;SOR=2.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=67;WE=95735612;WS=95735594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	95815755	rs11568647	TG	T	1363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=0;PP=1317;SC=GTAAACGAAGTGAGGATTAGA;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=30;WE=95815763;WS=95815745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	95829870	rs1751005	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=729;SC=GACACCAGAGTAGGATGAGCT;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=95829878;WS=95829860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	95858686	rs3818493	G	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=396;SC=TTATGAGAGAGTTAAATGTCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=95858694;WS=95858676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	95858704	rs3818494	G	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=528;SC=TCATTACACTGGAACATAGTG;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=95858712;WS=95858694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	95858978	rs2274405	T	C	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=85;PP=2687;SC=CACTGAAAAATGAAGCCAAAT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=96;TCR=85;TR=181;WE=95858986;WS=95858968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr13	95858996	rs2274406	T	C	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=85;PP=2965;SC=AATTCATCCCTCTGAGGCAGG;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=82;TCR=85;TR=167;WE=95859004;WS=95858986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr13	95859974	rs2274408	T	C	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=123;SC=TGTGAAAACATAGTAAAACTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=95859982;WS=95859964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	95860197	rs11568683	C	T	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=45;PP=1444;SC=GAACCAGACACGGGAGATGAG;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=95860205;WS=95860187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	95860288	rs2274410	C	A	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=531;SC=AGCGCTTTTGCTTCCGACAAC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=95860296;WS=95860278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	95861804	rs899494	A	G	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=67;PP=2128;SC=CAGTCACTGCAATCGCCTGCA;SOR=1.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=97;WE=95861812;WS=95861794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	95861981	rs1678403	C	G	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=53;SC=TGGGTTTACACCTGCTAAAGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=95861989;WS=95861971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	95862860	rs3046400	AGAGT	A	2179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=12;PP=1504;SC=CAGTGTGAACAGAGTGAGCCC;SOR=1.390;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=28;WE=95862871;WS=95862850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	95862896	rs899496	A	G	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=31;PP=2117;SC=ATAAAAGGGGAAAGAGGGGTG;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=97;WE=95862904;WS=95862886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	95863143	rs899497	A	G	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=39;PP=1152;SC=GACCAGATCTAAGCACAAGCA;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=95863151;WS=95863133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	95921534	rs3047283	TACA	T	4936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=41;PP=2789;SC=ATACAGAGCCTACAACCTGTC;SOR=0.884;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=59;WE=95921544;WS=95921524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	95921689	.	ATATATAT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.524;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr13	96485417	rs3099359	A	G	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=481;SC=GCAGAGTCCTACTAAGTACTG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=96485425;WS=96485407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	96505952	rs3099360	T	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=31;PP=738;SC=ATGTTGTTTATGTAGTTTTAG;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=96505960;WS=96505942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	96513187	rs34859372	T	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=15;PP=429;SC=TATGGAAACATTGTATGCCTA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=96513195;WS=96513177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	96529725	rs4773930	A	G	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=70;SC=CTGTAGAATGAATAAATTCTA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=96529733;WS=96529715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	96540141	rs9525075	T	C	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	96540141	.	TTT	CTC	961	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=20;NR=10;PP=961;QD=33.8155958287;SC=TTCACTCAGATTTACCTTTCT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=30;WE=96540151;WS=96540131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr13	96540143	rs9525076	T	C	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	96578189	rs7985727	G	A	87.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	96579462	rs9525086	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=12;PP=454;SC=ATAGGATTATTTTACCTGATG;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=96579470;WS=96579452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	96638636	rs816142	A	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=17;PP=566;SC=AATTTAATGGAATCATAAACT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=96638644;WS=96638626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	96641695	rs555120	T	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=9;PP=833;SC=AATTGAAAAGTACTTAAAAGT;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=96641703;WS=96641685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	97484830	rs9516771	A	G	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=30;PP=1647;SC=GCCACTTGGAAAACCTCTCTT;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=76;WE=97484838;WS=97484820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	98634737	rs182994654	AT	A	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,25:0.18:141
chr13	98829176	rs628778	T	C	6469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=114;PP=2965;SC=CCATGTCCTCTGGCCCCACAG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=111;TCR=114;TR=225;WE=98829184;WS=98829166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr13	99061556	rs5806061	C	CT	1015.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=498;ReadPosRankSum=0.279;SC=AAAAAAATTACTTTTTTTTTC;SOR=0.460;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=24;WE=99061564;WS=99061546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,41:0.91:45
chr13	99090166	rs59023150	TG	T	983.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=615;SC=CCCTGATTCTTGGCACTCATC;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=99090176;WS=99090156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	99090168	rs1969794	G	T	992.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=405;SC=CTGATTCTTGGCACTCATCAG;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=99090176;WS=99090156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	99093094	rs2146998	T	C	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=22;PP=622;SC=AGTGGAGGTATGCAGGGGCAG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=99093102;WS=99093084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	99098318	rs2274053	C	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=13;PP=717;SC=GGCAGGTGCCCGCTGTGCTTC;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=99098326;WS=99098308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	99098470	rs2274054	C	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=505;SC=GTAAGTGTCTCGCACAGGGCA;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25;WE=99098478;WS=99098460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	99098882	rs2281766	A	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=27;PP=1939;SC=GCAGAAGCTGACCCCGAAAAG;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=90;WE=99098890;WS=99098872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	99100547	rs12261	T	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=25;PP=980;SC=ACGTGTTGAGTCACAAAGAGT;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=99100555;WS=99100537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	99112468	rs112280830	T	TGCCTGAC	1581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=1616;SC=CGCAAGGTGGTGCTGACAGCC;SOR=2.985;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=22;WE=99112476;WS=99112458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	99112680	rs4771305	C	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=30;PP=814;SC=AAGGCCTCTTCGGGATGTCTT;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=99112688;WS=99112670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	99112754	rs4772083	TT	GC	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=722;SC=TGGCAATAATTTAATAAACCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=99112763;WS=99112744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	99115927	rs2296149	A	G	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NR=36;PP=1474;SC=TGCTTGGGTCACTCAGGGGCC;SOR=0.823;Source=Platypus;TCR=36;WE=99115935;WS=99115917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr13	99127052	rs9582232	C	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=373;SC=TGAGGCACGGCGCCGCCCTCA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=99127060;WS=99127042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	99127252	rs9513430	C	G	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=34;PP=1205;SC=AAAGCCAAGGCGGCCCTGGGC;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=72;WE=99127260;WS=99127241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	99127496	rs2274055	C	T	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=23;PP=712;SC=AAACGGATGTCCTCTTACCTT;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=99127504;WS=99127486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	99134626	.	A	T	50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=50;QD=28.2570708491;SC=ATCCAGGAAAATTTTTTTTAA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=99134634;WS=99134616;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	99354931	rs1768042	C	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=49;SC=CTCTGGAGGCCGGGCACAGTA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=99354939;WS=99354921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	99356612	rs1339067	A	G	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=39;PP=1420;SC=CGTCAGTTACAGCAGTGACTG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=99356620;WS=99356602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	99361959	rs2297319	G	A	4734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=62;PP=2965;SC=TCTCAAAGACGACTCTGATCC;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=155;WE=99361967;WS=99361949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr13	99363919	rs6145194	GGTTTT	G	970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=889;SC=AATTGCTTTTGGTTTTGTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=16;WE=99363931;WS=99363909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	99404743	rs4646208	T	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=604;SC=GTCGCCCCGCTTCCCGCCGCC;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=99404751;WS=99404733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	99404761	rs4646207	C	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=11;PP=886;SC=GCCGCGTACCCTTCGCGCCTC;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=99404769;WS=99404751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	99447005	rs812808	T	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=42;PP=1034;SC=GGGCAGATCTTGAGGACAGAA;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=78;WE=99447013;WS=99446982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	99448441	rs9554522	T	A	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=21;PP=1432;SC=AGAAAAATAATGTTTAAAAAT;SOR=1.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=99448449;WS=99448431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	99448608	rs9554523	C	A	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=58;PP=1711;SC=TTCCACTGTGCCAGACTGAAG;SOR=1.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=89;WE=99448616;WS=99448598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	99448623	rs9554524	A	G	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=53;PP=1535;SC=CTGAAGGACGATAATGGAGGG;SOR=1.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=79;WE=99448631;WS=99448613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	99449579	rs1289314	T	C	5938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=89;PP=2965;SC=CAGCATCTCCTTCCCGAATGA;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=109;TCR=90;TR=198;WE=99449587;WS=99449569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr13	99449755	rs1289315	G	A	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=70;PP=1888;SC=TAGACAAAGAGCAAAGATTTT;SOR=2.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=98;WE=99449763;WS=99449745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr13	99457552	rs7990741	T	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=880;SC=ACATTTTATTTGTAAATATAA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=99457560;WS=99457542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	99459891	rs9557078	A	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=18;PP=1397;SC=CATTGCTATGAAACTTATCCA;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=99459899;WS=99459881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	99461532	rs371432796	GTTTTT	G	3201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=30;SC=CTTTATTATAGTTTTTTTTTT;SOR=1.091;Source=Platypus;TR=50;WS=99461522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	99462593	rs2282134	C	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=30;PP=859;SC=TTATGGGGAACGTGACATGGC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=99462601;WS=99462583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	99482030	rs9517459	G	C	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=49;PP=1616;SC=ACACAAACATGAGCAAATCAA;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=99482038;WS=99482020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	99483856	rs2296986	C	T	6474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=97;PP=2965;SC=CCTTCAATTCCGGGGGAAGAA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=121;TCR=97;TR=218;WE=99483864;WS=99483846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr13	99497760	rs2183093	G	T	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=619;SC=GAATGTGGACGCTTGATCAAT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=99497768;WS=99497750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	99534048	rs6491461	G	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=24;PP=1164;SC=TTTCTTAAATGTAATGTTCAG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=99534056;WS=99534038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	99537431	rs2026024	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=26;PP=782;SC=AAAACCGTCTGATTTTTAAGA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=99537439;WS=99537421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	99538711	rs6491465	C	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=5;PP=980;SC=CTTGAATTTTCCTTTACCAGG;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=99538719;WS=99538701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	99667982	rs4772168	T	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=40;PP=931;SC=TCACCGGTACTGGAACAGAAG;SOR=3.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=99667990;WS=99667972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	99738554	rs117633128	G	A	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1404;ReadPosRankSum=1.415;SC=CTCAGCGCCCGGGTGAACTTC;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=89;WE=99738562;WS=99738544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr13	99853443	rs7338947	T	G	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=47;PP=1502;SC=CCCCAGGTGCTCTGCCCAGGA;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=99853451;WS=99853433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	99970429	rs56695114	CT	C	888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=546;SC=TCTCACCATTCTTTTTTTTTG;SOR=2.115;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=27;WE=99970437;WS=99970419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	99992487	rs1927725	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=586;SC=CCGTGTGCAGTGTCTGGAGGC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=99992495;WS=99992477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	100181915	rs4772217	A	G	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=119;SC=TGCTTTGACTATATAAATTAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=100181923;WS=100181905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	100201640	rs3803255	A	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	100517028	rs12430038	G	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=24;PP=1423;SC=TCCCTCTGACGCACGCGTTTC;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=100517036;WS=100517018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	100517195	rs3831038	CTG	C	4350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=35.09;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr13	100518400	rs2390354	T	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=258;SC=CCAGGGAGGTTTAGATATCTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=100518408;WS=100518396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	100518580	rs3783185	A	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=41;PP=1325;SC=TCTCCAAGCCATAGATCTGGT;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=84;WE=100518588;WS=100518570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	100622667	.	T	TGGC	1297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.754;QD=30.18;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr13	100633996	.	G	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr13	100921056	rs4306370	A	G	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=52;PP=1575;SC=CCTAAGAAACATTTATAAAGC;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=93;WE=100921064;WS=100921046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	100945533	rs9300598	G	A	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=63;PP=2035;SC=TTGAAATTCTGTGAAGGCTAT;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=117;WE=100945541;WS=100945523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr13	100945603	rs8002928	A	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=38;PP=1039;SC=TTCCAGAAAGATTTTAGAAAT;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=100945611;WS=100945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	101020695	rs9518061	A	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=15;PP=1258;SC=ATATAAAATTATTAACTCTTT;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=101020703;WS=101020685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	101264908	.	TACACACACACACAC	T	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=3000;SC=GATCATGTAATACACACACAC;SOR=3.442;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=101264929;WS=101264898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	101286924	rs1890861	T	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=325;SC=AAACCATACATAACAAAGAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=101286932;WS=101286914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	101287340	rs946837	C	T	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=96;PP=2965;SC=CAGTACCCAACGCTGGGGAGG;SOR=1.509;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=54;TCR=96;TR=150;WE=101287348;WS=101287330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr13	101287365	rs946838	T	C	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=74;PP=1837;SC=GGACACGCTCTGCGACCACGA;SOR=1.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=106;WE=101287373;WS=101287355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr13	101288992	rs3803256	C	T	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=50;PP=1611;SC=TTACGGCCTGCCAGTCAAAAG;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=101289000;WS=101288982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	101289998	rs7985718	C	A	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=55;PP=1917;SC=CTGATTTTCACATAAAAGTGT;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=97;WE=101290006;WS=101289988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	101294428	rs9585476	C	G	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=8;PP=1338;SC=AAAGGACACACAGAAAAAGCA;SOR=3.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=53;WE=101294436;WS=101294418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	101316313	rs1298168	C	T	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=417;SC=GCCACGCTGGCCTTCTCTGCA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=101316321;WS=101316303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	101316378	rs1283208	A	G	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=14;PP=1013;SC=CACTGACTAGACTCCTGAATG;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=101316386;WS=101316368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	101318136	rs945962	C	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=300;SC=ACACTGACCACTCCCCAAGAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=101318144;WS=101318126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	101321067	rs2791680	T	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=32;PP=727;SC=AAAACAACACTGTATAAATAT;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=101321075;WS=101321057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	101322622	rs1283201	G	C	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=44;PP=1102;SC=ACCATTCCATGGTGATGCTGT;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=76;WE=101322630;WS=101322612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	101720300	rs1289556	T	G	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=88;PP=2965;SC=TGTTCCATATTATTTGAAAGT;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=63;TCR=88;TR=151;WE=101720308;WS=101720290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr13	101721029	rs11616341	T	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=773;SC=TAAAAAGTATTCAACTAACAT;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=30;WE=101721037;WS=101721019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	101727043	rs34229756	C	CAG	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=38;PP=1024;ReadPosRankSum=3.192;SC=AGCGGGGAGACAGAGAGAGAG;SOR=1.547;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=4;TCR=78;TR=40;WE=101727052;WS=101727029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr13	101727071	rs112963196	CAG	C	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.574;QD=23.16;ReadPosRankSum=1.177;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr13	101736075	rs686141	A	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=15;PP=987;SC=GGCGAGGCGGAAGATGAAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=55;WE=101736083;WS=101736065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	101747878	rs609246	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=334;SC=AAGCCTTATACTGACAAACAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=101747900;WS=101747868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	101747892	rs8000023	A	G	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=319;SC=CAAACACACCATTCTTCAGAA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=101747900;WS=101747868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	101753023	rs113145864	C	CTG	1781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=6;PP=1184;SC=CCTTGACCTCCAGTTTCAAGT;SOR=2.362;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=101753033;WS=101753013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	101753025	rs57703343	GT	G	1781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=6;PP=941;SC=TTGACCTCCAGTTTCAAGTAA;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=101753033;WS=101753013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	101795160	rs660622	C	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=105;SC=TATTCCGCACCTGAGAAAATG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=101795168;WS=101795150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	101795317	rs673213	A	C	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=13;PP=887;SC=AAATCATTTTATTTTCATTAT;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=101795325;WS=101795307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	101795422	rs661585	A	G	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=61;PP=2377;SC=TCGAAACAGCAGATCTTACTT;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=137;WE=101795430;WS=101795412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr13	101844246	rs5806198	G	GA	1761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=16;PP=526;SC=AGATATAATTGAAAAAAAAAT;SOR=1.539;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=35;WE=101844254;WS=101844236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	101844479	rs979680	T	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=37;PP=1147;SC=CATGTGATGTTTGAAGACTTT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=101844487;WS=101844469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	101890040	rs9518352	A	G	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=136;SC=TGTTAAAATAATGTGACAGGT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=101890048;WS=101890030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	102106276	rs2297700	G	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=791;SC=GGGCCGAGTCGGAGCGACGCT;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=102106284;WS=102106266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	102344867	rs981073	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=573;SC=TAGTGTGCTCACCTCCTTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=102344875;WS=102344857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	102366742	rs2281990	C	T	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=7;PP=1319;SC=GAGATGGAAACCTTTAGTTAT;SOR=3.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=55;WE=102366750;WS=102366732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	102368056	rs1436266	G	T	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=58;PP=1662;SC=CATTAGAACAGATAAATGCGA;SOR=2.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=82;WE=102368064;WS=102368046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	102619987	rs7993843	G	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=6;PP=263;SC=TCTTTAGATAGCTTACACGTT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=102619995;WS=102619977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	102620137	rs11069471	T	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	103257064	rs35697719	CAT	C	782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=0;PP=894;SC=TATACACACACATATATATGT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=20;WE=103257073;WS=103257060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	103271206	rs4576935	G	A	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=39;PP=1213;SC=GGTAAACTTCGTGTATTTTAT;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=103271214;WS=103271196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	103275137	.	T	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr13	103275386	rs2230854	T	C	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=83;PP=2185;SC=TTGTGACCAGTGGAGGTATCC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=140;WE=103275394;WS=103275376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr13	103275495	rs17507043	C	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=460;SC=AGCTAGAGATCGTAGCTAAAG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=103275503;WS=103275485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	103282279	rs660832	A	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=708;SC=AGTAAAATGTATGGTACATAG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=103282287;WS=103282269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	103282299	rs660811	C	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=18;PP=899;SC=GTAGACTTTCCTTGTTTCCTT;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=103282307;WS=103282289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	103289338	rs2274463	C	T	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=221;SC=CCAACCAAACCAAGTCGCTAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=103289346;WS=103289328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	103290535	rs613926	G	C	5808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=74;PP=2965;SC=ACCTTCCCCCGCTCTTTTAAA;SOR=1.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=124;TCR=74;TR=198;WE=103290543;WS=103290525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr13	103290574	rs614290	G	A	8621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=158;NR=147;PP=2965;SC=GACACTTACCGATTCTTTTTT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=158;TCR=147;TR=305;WE=103290582;WS=103290564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr13	103292810	rs634293	G	A	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=70;PP=1935;SC=TTTATCTGTAGCATGTATTTC;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=102;WE=103292818;WS=103292800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	103295485	rs3831118	A	AT	1458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=1461;SC=CATGGGAATTATCCCTAAGTG;SOR=4.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=103295493;WS=103295475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	103295551	rs144831383	CTTCT	C	7542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=56;PP=2979;SC=TAAAGCTTTGCTTCTTTCTTT;SOR=1.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=94;WE=103295562;WS=103295541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr13	103296819	rs35462812	C	CAT	220.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=245;SC=AGTTTGAAAACAGAATTGCTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=103296827;WS=103296809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	103297435	rs10713633	CT	C	2208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.440;NF=9;NR=74;PP=1288;ReadPosRankSum=1.668;SC=AAAAAAGGGCCTTTTTTTTTT;SOR=1.091;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=10;TCR=96;TR=83;WE=103297444;WS=103297425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,104:0.95:109
chr13	103301537	rs664660	G	T	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=45;PP=1340;SC=ACTGCCCATCGTATACACTGT;SOR=1.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=103301545;WS=103301527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	103301619	rs3215841	G	GT	598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=897;SC=TTTGGCTGAAGTATTTCTTCC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=103301627;WS=103301609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	103307218	rs673424	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=433;SC=TCAGATTTTGCGCTTACCTTG;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=103307226;WS=103307208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	103307322	rs677248	A	G	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=24;PP=1309;SC=AGCCCAAGCAATAGACCTGTT;SOR=1.516;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=69;WE=103307330;WS=103307312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	103307360	rs677179	G	A	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=36;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TGTTTCACGTGAGGCCTTTGT;SOR=0.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=96;WE=103307368;WS=103307350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr13	103307483	rs672129	G	A	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=53;PP=1626;SC=ATGAGTCAGTGTGGAGATAGG;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=83;WE=103307491;WS=103307473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr13	103315948	rs9585959	G	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=261;SC=AAGACAAATAGTCTTTTTAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=103315956;WS=103315938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	103316113	rs7334625	G	A	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=27;PP=913;SC=TGTTCATTCTGATATATCTTA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=103316121;WS=103316103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	103328579	rs665479	G	T	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=81;SC=TTAATTTTATGGTTAAAGCTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=103328587;WS=103328569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	103328619	rs584710	C	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=203;SC=ATTTTATAAACAAGCTTTATC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=103328627;WS=103328609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	103330718	rs3806	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=143;SC=TAGTGAATGGGTATAAAAACA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=103330726;WS=103330708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	103339365	rs660207	A	G	6559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=93;PP=2965;SC=TGGAAATTCAATTCCTCGGCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=128;TCR=93;TR=221;WE=103339373;WS=103339355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr13	103346806	rs2390760	C	G	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=31;PP=873;SC=AGTCCTTCCCCCCGGCGCCCA;SOR=0.831;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=56;WE=103346814;WS=103346796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	103384824	rs9300756	G	A	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=24;PP=1388;SC=TGATCTTTACGTTTGGGAGAA;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=103384832;WS=103384814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	103385015	rs6491707	A	G	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=72;PP=2965;SC=CTTTAGAGATAGAAGATGCGG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=151;WE=103385023;WS=103385005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr13	103385299	rs7335290	A	C	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=56;PP=2197;SC=ACTTCGGAAGAAATTCCAGAA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=111;WE=103385307;WS=103385289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	103385798	rs7983175	T	C	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=73;PP=2926;SC=TCCTTTTGAATTTGCAGGGGT;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=143;WE=103385806;WS=103385788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	103386116	rs7982465	C	G	5895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=108;PP=2965;SC=TTCTTCTGACCTGACTCGTGA;SOR=0.858;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=212;TCF=104;TCR=108;TR=211;WE=103386124;WS=103386106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr13	103386283	rs7982670	A	G	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=110;PP=2965;SC=TTGAGGGTACATGGAGAGTTC;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=113;TCR=110;TR=223;WE=103386291;WS=103386273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr13	103388220	rs9300758	A	G	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=72;PP=2429;SC=AATGAAGCAGATTTCCTCGGA;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=139;WE=103388228;WS=103388210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr13	103388370	rs9518825	C	T	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=49;PP=2173;SC=AGTATTCTACCTTCCCTGCCT;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=108;WE=103388378;WS=103388360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	103395819	rs1375720	C	T	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=42;PP=1544;SC=GTAAACTGCCCACTGATTTTA;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=77;WE=103395827;WS=103395809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	103397937	rs9300759	T	G	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=126;PP=2965;SC=CATTTGGGATTCACTAAAGTT;SOR=0.959;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=104;TCR=126;TR=230;WE=103397945;WS=103397927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr13	103418728	rs8054	A	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=701;SC=CTGTATGTGTACTCAAGATAA;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=103418736;WS=103418718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	103420671	rs5806323	T	TA	1462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=461;SC=TCTAGAAAAATAAAAAAATCA;SOR=1.244;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=17;WE=103420688;WS=103420661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	103420680	rs1470654	C	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=428;SC=ATAAAAAAATCATCAGTTCTT;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=103420688;WS=103420661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	103422491	.	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=-0.373;SC=ATATGACACAAAAACTATGAA;SOR=0.260;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=103422499;WS=103422481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr13	103445609	rs11441956	G	GT	475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=384;SC=CCCTGATAGTGTATAATTTGT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=103445617;WS=103445599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	103449202	rs1047740	T	C	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=21;PP=917;SC=TGGAATTTAATTTCCACCTTC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=103449210;WS=103449192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	103473497	rs9557936	T	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=583;SC=GTATGTCAATTTATCAGTACC;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=103473505;WS=103473487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	103474031	rs2148449	C	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.263;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=17;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AACATTGAGACAGGCTGTATT;SOR=1.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=75;WE=103474039;WS=103474021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr13	103484060	rs2181676	G	A	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=57;PP=1700;SC=AAGCATTGACGTGTTTTAGAA;SOR=1.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=87;WE=103484068;WS=103484046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	103484124	rs2146992	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=685;SC=TCACGCCTGTAATCCTAGCAC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=103484132;WS=103484114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	103491172	rs2281886	G	A	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=51;PP=1421;SC=TAGGTTGCAAGTAACAGAAAC;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=103491180;WS=103491162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	103491223	rs7337774	C	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=628;SC=TAAGGACACACGGCTGTCTTT;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=103491231;WS=103491213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	103504331	rs41548912	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=516;SC=CCATGAGAGCTAAATGTTTTT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=103504339;WS=103504321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	103506509	rs1535729	A	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=354;SC=AGCCCCGCCAAGGTTCCTTCC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=103506517;WS=103506499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	103511428	rs3918332	G	A	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=48;PP=1390;SC=GCTAGCAAATGTGTCTCCTGA;SOR=1.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=103511436;WS=103511418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	103514091	rs7982448	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	103518769	rs6491716	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=27;PP=823;SC=TACCACCTTCTTCAGACCCCT;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=103518777;WS=103518759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	103527849	rs9514066	G	C	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=101;PP=2965;SC=TAAGGCAAAAGGAAAAACCCA;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=95;TCR=102;TR=196;WE=103527857;WS=103527839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr13	103527930	rs9514067	G	C	4975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=81;PP=2733;SC=AGATTCTAAAGGAAAGAATAC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=163;WE=103527938;WS=103527920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	103528002	rs17655	G	C	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=68;PP=2882;SC=TTCAAGTGAAGATGCTGAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=142;WE=103528010;WS=103527992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr13	103698363	rs2301157	A	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=499;SC=ATGAATTCCAATGAAATTCCA;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=103698371;WS=103698353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	103698630	rs279940	C	T	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=65;PP=1807;SC=AATACACAGACAGTTAAGTAA;SOR=2.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=22;TCR=65;TR=87;WE=103698638;WS=103698620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	103703579	rs8000956	T	C	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=39;PP=2444;SC=AGATTAAAATTCCCAATGTGA;SOR=1.553;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=117;WE=103703587;WS=103703569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr13	103704880	rs56059950	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=605;SC=AGTAATCATATAATGAGAATG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=103704888;WS=103704871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	103705044	rs188096	A	C	8703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=149;NR=145;PP=2965;SC=ACAACGAGAGAAACCAGAGAT;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=149;TCR=146;TR=294;WE=103705052;WS=103705034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr13	106119446	rs2391191	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=33;PP=1094;SC=GGTTTTCAAAGGAGCATTCTT;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=106119454;WS=106119436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	107145463	rs7995379	G	C	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=82;PP=2965;SC=GCCCGTAGTCGCCGCTGACCT;SOR=1.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=143;TCR=82;TR=224;WE=107145471;WS=107145453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr13	107145610	rs41275060	C	T	7845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=142;PP=2965;SC=TGTGCTGCGGCGAGTGCTTCC;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=126;TCR=143;TR=268;WE=107145618;WS=107145600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr13	108183631	rs912446	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=340;SC=CCTCATGAATAGCTTGGGCCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=108183639;WS=108183621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	108955464	rs1224145	C	G	92.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	108959080	rs11381410	A	AT	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5028;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=263;ReadPosRankSum=1.689;SC=CTATGTTAACATTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=17;WE=108959088;WS=108959070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr13	109282072	rs927855	T	G	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=15;PP=1310;SC=CATGCAATAGTGCATCCTGAG;SOR=2.457;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=63;WE=109282080;WS=109282062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	109459020	rs9301323	G	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=19;PP=871;SC=ATGTCTCTTCGCTGCAGTTAC;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=109459028;WS=109459010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	109472601	rs2146327	G	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=601;SC=CCGGCTGTTAGTTGGACAGCA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=109472609;WS=109472591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	109472849	rs9521065	A	G	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=48;PP=1655;SC=CACAGCTACAAAGTGAGAGCT;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=109472857;WS=109472839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	109472933	rs9514924	T	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=22;PP=629;SC=TACGATGATATAGGCGATGTG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=109472941;WS=109472923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	109496928	rs7989802	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=35;PP=1047;SC=AAAACAAATGCGCACTAATTT;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=109496936;WS=109496918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	109508011	rs423376	A	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=36;PP=802;SC=AGCTTCTGGTAGTGGTGATAG;SOR=5.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=37;WE=109508019;WS=109508001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	109518578	rs9559428	T	C	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=35;PP=1112;SC=AGCTTCCAATTTATTCTTCCA;SOR=1.340;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=109518586;WS=109518568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	109518676	rs112184150	C	CAGTA	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=193;SC=CTAAAAAAAACAGGCAAACTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=109518684;WS=109518666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	109535317	rs196141	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=455;SC=TCACTTCTGTATCTTGGACAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=109535325;WS=109535315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	109538659	rs148087685	TA	T	3037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=20;PP=2199;SC=TTTTTAAAGTTAATGATTCCC;SOR=1.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=54;WE=109538667;WS=109538649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	109538698	rs196136	C	T	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=43;PP=2023;SC=TGAAAAAATACCTCTTCATTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=126;WE=109538706;WS=109538688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr13	109661359	rs3825491	C	G	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.370;SC=AGCATATTCTCCTGGTAACCA;SOR=1.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=71;TCR=107;TR=176;WE=109661381;WS=109661349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,187:0.99:189
chr13	109680620	rs10574005	GTATAA	G	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	109772728	rs141602625	G	A	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=46;PP=1895;SC=ATGGGAGTCCGAAAAGTGTTT;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=107;WE=109772736;WS=109772718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	109779906	rs3815983	C	T	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=71;PP=2119;SC=AAGGTCAGCCCTGGGGAGGGA;SOR=1.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=102;WE=109779914;WS=109779896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	109793474	rs28705148	T	C	7468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr13	109793720	rs7986595	A	C	6434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=133;NR=96;PP=2965;SC=TCAGGGAAGCAGAAGGTAAGC;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=133;TCR=96;TR=229;WE=109793728;WS=109793710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr13	110807474	rs615742	T	C	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=19;PP=1475;SC=GGCCAGGCTTTGAGGCATGCT;SOR=1.936;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=73;WE=110807482;WS=110807464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	110807496	rs616089	T	C	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=31;PP=2083;SC=TGGAAGGGGATGGTTGGAGGA;SOR=1.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=83;TCR=31;TR=114;WE=110807504;WS=110807486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr13	110817171	rs1816884	G	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=6;PP=445;SC=GCCCCTCTGGGCTCCCCATAC;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=110817179;WS=110817161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	110818598	rs3742207	T	G	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=126;PP=2965;SC=CCGGGACGCCTTGATCGCCTT;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=92;TCR=126;TR=217;WE=110818606;WS=110818588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr13	110821844	.	A	AACACACACAC	352.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.7075;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=423;SC=GTGGGAGTGTAACACACACAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=110821852;WS=110821834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	110838703	rs2305080	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=0;PP=447;SC=TACAACTTCATGCTGCATCAC;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=110838711;WS=110838693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	110839428	rs9521638	A	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=16;PP=1055;SC=CTCATTTCTCAATGCTTTGCA;SOR=1.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=59;WE=110839436;WS=110839418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	110839550	rs536174	T	G	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=39;PP=1390;SC=GCTCTCCCTGTCATGCCGGGC;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=110839558;WS=110839540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	110843985	rs1373744	T	C	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=20;PP=732;SC=ATTTATGGATTTGAAAAAGCA;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=110843993;WS=110843975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	110845314	rs685884	G	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=33;PP=1044;SC=AGAAGTCTCCGCAGTGCACTG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=66;WE=110845322;WS=110845304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	110850770	rs683309	T	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=289;SC=GGCACCCTGGTGTCTGCTTGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=110850778;WS=110850760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	110855829	.	TC	T	260	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=8;HapScore=3;MGOF=23;MMLQ=20;MQ=57.89;NF=4;NR=5;PP=260;QD=31.7777777778;SC=CTCTCCTTCCTCCCCCCAGTG;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=110855846;WS=110855819;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr13	110855838	.	TGCTCTCACAGACCCAGGGTCCTCTCCTTCCTCCCCCAGC	T	2234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=40.63;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	110855869	.	T	TC	844	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=60.07;NF=8;NR=14;PP=844;QD=39.5454545455;SC=CTCTCCTTCCTCCCCCAGCGC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=22;WE=110855885;WS=110855859;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr13	110855877	.	C	T	958	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=60.06;NF=16;NR=15;PP=958;QD=32.0248778241;SC=CCTCCCCCAGCGCTCTCACAG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=110855885;WS=110855859;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,31:1.00:31
chr13	110856085	rs648263	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=553;SC=TCTCTCTTTAATATCTCTCAT;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=110856093;WS=110856075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	110857823	rs482757	C	T	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=88;PP=2965;SC=CTTGTAAAAACCACAGAGAAA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=86;TCR=88;TR=174;WE=110857831;WS=110857813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr13	110857895	rs677877	A	G	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=63;PP=2059;SC=CCTGTAGAATAAAGATGTAAA;SOR=1.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=99;WE=110857903;WS=110857885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	110859690	rs598819	A	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=13;PP=1291;SC=TTTTCTCTTTATCTTTTGGAA;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=110859698;WS=110859680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	110859743	rs598893	C	T	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=64;PP=2681;SC=ATGAAGCCCACTCATACCTTT;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=148;WE=110859751;WS=110859733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr13	110866065	rs3737328	C	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=591;SC=AAAAGGTGCCCGGCTCTGGAA;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=110866073;WS=110866055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	110866265	rs9521650	G	A	8464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=142;NR=170;PP=2965;SC=TCCCACAGCCGTGCTTACCTT;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=142;TCR=170;TR=312;WE=110866273;WS=110866255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr13	110959356	rs9515185	C	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=5;PP=143;SC=AGCAGCCAGACGCTGAGCCGG;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=110959364;WS=110959346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	111077197	rs4238272	G	A	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=61;PP=2229;SC=CCGGAGTAACGGGACCCAAGG;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=118;WE=111077205;WS=111077187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	111077400	rs58151684	AT	A	1641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=1292;SC=TAGGCAATACATTTTGTGACT;SOR=1.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=33;WE=111077408;WS=111077390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	111077450	rs7326522	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=21;PP=549;SC=TTTTGTTTATGACATAAAACA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=111077458;WS=111077440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	111091157	.	C	CCTCCACA	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;QD=36.68;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	111091995	rs7991229	T	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=469;SC=TTGTTGCTATTCTTCAAAATC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=111092003;WS=111091985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	111098110	rs7489705	C	T	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=21;PP=1154;SC=ATAATAATGCCATTGCAGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=111098118;WS=111098100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	111098226	rs4103	C	T	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=38;PP=1233;SC=CCCGGGGACCCAAGGTGAGCC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=111098234;WS=111098216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	111098338	rs7988186	A	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=412;SC=CCTAAAAAGTACAAGATCCCC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=111098346;WS=111098328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	111099057	rs45612833	G	A	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=399;SC=GACGGTCCACGCTCGGGTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=111099065;WS=111099047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	111099122	rs7326449	G	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=15;PP=868;SC=CTCACATCCTGTTTTTCTCTT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=111099130;WS=111099112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	111099338	rs35275552	T	TA	454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	111101931	rs56676181	C	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	111101952	rs75082326	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	111102042	rs76425569	G	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	111102126	rs74941798	C	T	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=26;PP=913;SC=GCCTCTCCATCGGAGATGGAG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=111102134;WS=111102116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	111102183	rs34734302	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=17;PP=535;SC=AAGCACCTGCACTCAGGTCCT;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=111102191;WS=111102173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	111109157	rs28502737	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	111109576	.	G	C	608	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=26;MQ=44.51;NF=24;NR=6;PP=608;QD=21.4257070849;SC=CCGTGGGGCTGATGCCCTGCG;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=111109584;WS=111109566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr13	111109618	.	G	C	1994	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=19;MQ=54.96;NF=62;NR=30;PP=1994;QD=22.0518610059;SC=CCGTGGGGCTGATGCCCTGCG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=92;WE=111109626;WS=111109608;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr13	111109859	rs9515218	A	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=34;PP=1209;SC=GGTGAAATCCATCCCCCACTC;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=111109867;WS=111109849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr13	111109882	rs9555703	A	G	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=28;SC=GTGTTTGGACATGAAAATGAG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=111109890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	111109960	rs9515219	T	C	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=36;PP=1545;SC=ATGGAGCCAGTGGTGCTGTCT;SOR=0.936;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=91;WE=111109968;WS=111109950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	111110303	rs7319009	T	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=659;SC=CCTGACCCTTTCCAGTCACCT;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=111110311;WS=111110293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	111110418	rs7325055	G	C	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=106;NR=83;PP=2965;SC=AGAACATGGGGAGCACTTCCT;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=189;WE=111110426;WS=111110408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr13	111110666	rs7326779	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.89;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	111110674	rs7325334	C	G	360.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	111111023	rs9521781	T	C	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=1;PP=789;SC=AAGCACCAAGTGTGCCACCCA;SOR=4.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=30;WE=111111031;WS=111111013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	111111043	rs9521782	G	A	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=9;PP=1044;SC=AGCTCTCCCCGCTGCCTGATA;SOR=2.564;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=50;WE=111111051;WS=111111033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	111111173	rs7990214	G	A	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=145;NR=144;PP=2965;SC=AAGGTCTTCCGGGACTGCCAG;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=145;TCR=144;TR=289;WE=111111181;WS=111111163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr13	111111235	rs7990383	G	A	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=78;PP=2213;SC=AAAGGGGACAGAGGAGACCCC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=124;WE=111111243;WS=111111225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr13	111114751	rs7992330	G	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=21;PP=621;SC=CACAAACTGCGGCAGCTCCGT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=111114759;WS=111114741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	111115467	rs9521786	G	A	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=38;PP=1121;SC=TCACAGCTCTGGAGGCTGAAA;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	111115480	rs9515223	C	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=31;PP=819;SC=GGCTGAAAGCCGACATCAAGG;SOR=4.921;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=33;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	111117745	rs3803236	C	T	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=14;PP=746;SC=ACTGAATTTTCACACAGGGTG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=111117753;WS=111117735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	111118221	rs1983932	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=385;SC=TCCCTGCCCATTTCAAAGCCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=111118229;WS=111118211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	111118546	rs1927350	T	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=911;SC=TGGCACAACATAGTGGCCTGG;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=111118554;WS=111118536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	111118574	rs1927351	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.23;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	111118580	rs1927352	G	A	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	111118615	rs1927353	A	T	274.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=197;SC=ATTTAACCAAACCCCTCTTGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=111118623;WS=111118605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	111119296	rs3803232	A	G	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=36;PP=1848;SC=CGGTTTGCACAGCTCGTGCTT;SOR=1.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=105;WE=111119304;WS=111119286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	111120684	rs34167123	AT	A	6273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=88;PP=2951;SC=CCATCCATGGATTTCAACACC;SOR=0.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=12;TCR=91;TR=100;WE=111120692;WS=111120674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr13	111121444	rs9559813	C	A	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=16;PP=848;SC=GGCTGATATTCCCCCCAGCCT;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=111121452;WS=111121434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	111121483	rs9559814	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=28;PP=1180;SC=TGAGATCCACATTAAGTCAGA;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=111121491;WS=111121473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	111121717	rs9515229	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=264;SC=TTCCAGCGGGAACCTGTGTGT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=111121725;WS=111121707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	111130226	rs9559818	G	A	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=6;PP=723;SC=GTGTTTTCCTGATTCTCTAGA;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=111130234;WS=111130216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	111130519	rs2281974	C	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=283;SC=AAGGTAAGACCCCAGCCCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=111130527;WS=111130509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	111132820	rs1475438	G	A	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=42;PP=1159;SC=TCTGCTGGGCGCCTCTGTGGG;SOR=1.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=111132828;WS=111132810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	111137167	rs1983930	T	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=5;PP=608;SC=CGTGCAGCCCTATGGCTCAGG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=111137175;WS=111137157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	111137240	rs2296853	A	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=26;PP=1270;SC=ACAGCACTCTATTCCCTTCCA;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=111137248;WS=111137230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	111137891	rs11619327	A	G	175.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=22;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=110;SC=AAAAAAAAAAAAAGATTCACA;SOR=2.833;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=111137899;WS=111137881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	111153934	rs378601	G	A	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	111154058	rs439831	T	A	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.297;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.06;ReadPosRankSum=1.904;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr13	111154061	rs409858	T	C	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	111154159	rs388222	C	T	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=33;PP=908;SC=ATCTGTGCTTCGACATCTCTA;SOR=1.162;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=57;WE=111154167;WS=111154149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	111155363	rs406174	G	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=3;PP=1061;SC=CCATGCCACAGACTTGCCAGA;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=111155371;WS=111155353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	111155428	rs401316	C	T	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=45;PP=2750;SC=GGCCTTGGGGCCCTGTTTAAA;SOR=1.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=97;TCR=45;TR=142;WE=111155436;WS=111155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	111155773	rs438758	T	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=61;PP=1539;SC=CTGGACCCACTGGGGCGGTGG;SOR=2.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=24;TCR=61;TR=85;WE=111155781;WS=111155763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr13	111156499	rs4771683	C	T	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=58;PP=2247;SC=TTGCAGGTTTCCGTGGGGCTC;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=132;WE=111156507;WS=111156489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr13	111156773	rs4771684	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=483;SC=CTACACTCCTATGCCCAGCAG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=111156781;WS=111156763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	111158874	rs445348	A	G	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=114;NR=110;PP=2965;SC=CCATGTGCCCAGTGGGCATGA;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=114;TCR=110;TR=224;WE=111158882;WS=111158864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr13	111164614	rs422733	T	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.08;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	111164628	rs3074455	TAA	T	508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;QD=33.92;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	111277810	rs330561	C	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.846;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=528;ReadPosRankSum=1.587;SC=ACAGAGACGGCGGGGTGGAGA;SOR=3.897;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22;WE=111277818;WS=111277800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr13	111293585	rs10709696	TG	T	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=142;SC=GCTCTTCTGTTGGCTGTGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=111293593;WS=111293575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	111294920	rs11414164	G	GC	4782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.11;MQRankSum=0.185;NF=23;NR=67;PP=2871;ReadPosRankSum=0.379;SC=GATTGTGGATGCCCCCTCCCC;SOR=1.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=28;TCR=78;TR=90;WE=111294929;WS=111294910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr13	111315249	rs7989346	G	A	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=9;PP=1099;SC=AGACAGGCCAGAAGACAAAGG;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=111315257;WS=111315239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	111315299	rs4622384	T	C	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=48;PP=1979;ReadPosRankSum=0.012;SC=TCCGTGGGTGTGCCTGTTTTC;SOR=0.430;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=131;WE=111315307;WS=111315289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr13	111315405	rs7993933	G	A	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=63;NR=68;PP=2340;SC=AGCCTATTAAGGGCAAACAGC;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=131;WE=111315413;WS=111315395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr13	111315489	rs2296659	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=31;PP=938;SC=CAGCAGATGCACCAAGAGGGA;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=111315497;WS=111315479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	111315506	rs376834	A	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=720;SC=GGGAGACAACAATTATAAAAG;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=111315514;WS=111315496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	111319754	rs4628819	T	C	7596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=133;PP=2965;SC=CAATTTCGTTTTCATGATGTG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=254;TCF=121;TCR=133;TR=254;WE=111319762;WS=111319744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr13	111319884	rs9521884	G	A	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=49;PP=1334;SC=TTCTAACCTCGTCTATTTATT;SOR=3.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=59;WE=111319892;WS=111319874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	111329610	.	AGA	GGG	195	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=56.6;NF=1;NR=9;PP=195;QD=24.8467874862;SC=CCCCCACCACAGAGACCCAGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=111329620;WS=111329600;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,10:0.77:13
chr13	111340342	rs2304767	G	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=27;PP=840;SC=AAAGACTGGCGAGGGAAGCGG;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=111340350;WS=111340332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	111358488	rs3818496	G	A	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=21;PP=683;SC=GCCACGCCGGGTACGCTGCCG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=111358496;WS=111358478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	111364877	rs144160325	A	AGGG	179.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=25.68;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	111365104	rs12875067	A	G	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=53;PP=2450;SC=GGTGTCCATGACACAGGGCGG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=127;WE=111365112;WS=111365094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr13	111368164	rs7338333	T	G	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=49;PP=1690;SC=GTGTCGCCCCTGCCCCTCTCC;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=95;WE=111368172;WS=111368154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	111368316	rs9555726	C	T	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=26;PP=828;SC=GGCCGCATCTCTGCTGACCCG;SOR=1.157;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=111368324;WS=111368306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	111955465	rs1555751	T	C	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=486;SC=CTATAAGGGATGTCCTCAGTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=111955473;WS=111955455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	111980478	rs2479955	A	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=15;PP=954;SC=AGCGGAGAGCAGAGTGGCTTT;SOR=1.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=57;WE=111980486;WS=111980468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	111980537	rs1359428	C	T	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=35;PP=1307;SC=CAGTGTGTGACGTTCCTCTGT;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=87;WE=111980545;WS=111980527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr13	112297403	rs8000950	C	T	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=28;PP=1913;SC=TCGTCCCCTACTGGGGCCAGC;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=101;WE=112297411;WS=112297393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	112324912	rs1105513	T	G	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=23;PP=575;SC=GATTTGCACTTTGATAACTTA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=23;WE=112324920;WS=112324902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	112723232	rs1056121	G	C	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	113030748	rs148208558	T	C	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=43;PP=1746;SC=CCTCCTGCTGTGCTGTTGGCA;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=107;WE=113030756;WS=113030738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr13	113158861	.	C	CAT	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=41;QD=10.0;SC=CATACATACACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=5;WE=113158870;WS=113158851;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr13	113159187	rs7320173	G	A	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=33;PP=878;SC=ACCAATTTCTGTGCAGGTCAA;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=113159195;WS=113159177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	113181415	rs9603905	G	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=445;SC=TAAAACGACTGCCCAAATCTA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=113181423;WS=113181405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	113333684	rs7338610	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=7;PP=727;SC=CATCCTGGGACCTTGTTAGGA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=113333692;WS=113333674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	113439586	rs11616475	G	T	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=76;PP=2436;SC=CTTGGCTTGGGTCTGAGTGTC;SOR=1.135;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=137;WE=113439594;WS=113439576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr13	113512004	rs7325522	C	G	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=211;SC=TCGTAAATTACCTCTAAGTAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=113512012;WS=113511994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	113525952	rs1765767	A	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=4;PP=593;SC=GTGTTGGCACACAAGAAAAAT;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=113525960;WS=113525942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	113534907	rs9577174	T	C	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=29;PP=2046;SC=AGAGCAGCGATGGGCCCCTCC;SOR=1.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=77;TCR=29;TR=106;WE=113534915;WS=113534897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr13	113534984	rs9577395	C	G	9326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=154;PP=2965;SC=GGCTGCTGGACGCCGCCCGTG;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=181;TCR=154;TR=334;WE=113534992;WS=113534974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr13	113563351	rs2993328	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=449;SC=GCTTATGTTTATCCATGCTGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=113563359;WS=113563341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	113639869	rs3011543	A	G	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=2.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	113639872	rs3011542	A	G	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=3.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	113656216	rs7986677	C	T	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=23;PP=825;SC=CTGACTCGCACTGGGCAGCAT;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=113656224;WS=113656206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	113717022	rs7982214	G	A	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=22;PP=797;SC=CCGTGTGCTGGACTCAGCCAT;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=113717030;WS=113717012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	113732707	rs145119738	C	T	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=101;PP=2965;SC=AACTCCAGCTCCGAGGGCGGT;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=189;WE=113732715;WS=113732697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr13	113740602	rs2873281	G	A	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=102;PP=2965;SC=CGCCGCCTCCGTGGAATACAC;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=86;TCR=102;TR=187;WE=113740610;WS=113740592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr13	113740706	rs1745949	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=638;SC=GTCCCTAGATAAGCCCACTCC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=113740714;WS=113740696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	113741590	rs9604022	G	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=14;PP=1027;SC=TGCAGGGCTCGTTCAGCGTCT;SOR=1.938;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=53;WE=113741598;WS=113741580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	113742595	rs9324220	C	T	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=21;PP=1137;SC=CGTGTTTCCTCGGGGGCCTGA;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=113742603;WS=113742585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	113742805	rs7986589	C	G	6985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=103;PP=2965;SC=CACAGTCCCCCCATGCGCAAG;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=157;TCR=103;TR=260;WE=113742813;WS=113742795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr13	113748690	rs7327099	C	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=6;PP=705;SC=TTTATGAACCCGGGAAGATGA;SOR=2.694;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=113748698;WS=113748680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	113783990	rs3211736	C	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=21;PP=523;SC=TCGCTGGCCCCGCTGCTCCGT;SOR=1.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=31;WE=113783998;WS=113783980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	113792754	rs2251102	T	C	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=296;SC=ATTTTTAAATTTCTTTTTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=113792762;WS=113792744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	113792893	rs2026160	C	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=308;SC=CTTTTGTTCTCATTTTACTCA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=113792901;WS=113792883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	113801737	rs5960	C	T	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=47;PP=2124;SC=GTGGTGGAACCATTCTGAGCG;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=120;WE=113801745;WS=113801727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr13	113801843	rs2031184	A	G	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=66;PP=2224;SC=GGCCGTGGTGAGGGGCACCGT;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=111;WE=113801851;WS=113801833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	113812962	rs2273971	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=8;PP=516;SC=CTGTCCCAGCGCTCCGGGTGG;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=113812970;WS=113812952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	113818708	rs3024731	A	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=7;PP=654;SC=ACACACCAGAACTCTTGTGTG;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=113818716;WS=113818698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	113818817	.	TC	CC	636	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=11;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=19;MQ=59.63;NF=14,9;NR=18,30;PP=25,636;QD=1.8678503921;SC=TTTTTTTTTTTCCTTTTCAGC;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=32,39;WE=113818825;WS=113818807;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr13	113818817	.	TC	TCC	636	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=11;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=19;MQ=59.63;NF=14,9;NR=18,30;PP=25,636;QD=1.8678503921;SC=TTTTTTTTTTTCCTTTTCAGC;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=32,39;WE=113818825;WS=113818807;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr13	113818817	rs45606038	T	C,TC	1992.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.47;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,18,51:0.26,0.73:70
chr13	113818900	rs564081	A	G	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=44;PP=1200;SC=AATCCTACACATGCAGCTGTG;SOR=1.574;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=64;WE=113818908;WS=113818890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	113833499	rs486407	G	A	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=188;SC=GTGTTCTAAAGGAGTAAAAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=113833507;WS=113833489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	113852425	rs546686	C	T	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=25;PP=1797;SC=GCTTCAAGCACAAGATAATGC;SOR=1.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=93;WE=113852433;WS=113852415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	113854560	rs3751411	G	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=312;SC=ACCACAGTGTGCGTACATAGT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=113854568;WS=113854557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	113854600	rs3751412	T	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=612;SC=TGAAATTACATAAATCATAAA;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=113854608;WS=113854590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	113854715	rs3751413	C	T	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=55;PP=2947;SC=TCTGCAGACACCTGTGTGCAC;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=100;TCR=55;TR=155;WE=113854723;WS=113854705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr13	113862801	rs9549692	G	A	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=23;PP=1297;SC=CCGAACGGAAGAAGGGTGGCG;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=71;WE=113862809;WS=113862791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	113888201	rs2146408	T	C	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=75;PP=2598;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TAACTCTGCTTGTTTCTTAGG;SOR=0.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=156;WE=113888209;WS=113888191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr13	113889474	rs2287250	C	T	7887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=137;PP=2965;SC=GTACCGTTTGCTCGCTGAGCG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=133;TCR=137;TR=270;WE=113889482;WS=113889464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr13	113891075	rs2287253	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=12;PP=701;SC=CCCATCTTTTGCAGAGAACCA;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=113891083;WS=113891065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	113899004	rs3932499	C	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=58.91;NF=1;NR=8;PP=195;SC=AAATACAAAACATTAGCCAGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=113899012;WS=113898994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	113900197	rs2302756	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=349;SC=AAAATTACACGGTTTATTTTG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=113900205;WS=113900187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	113917767	rs4907602	T	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=6;PP=897;SC=TTTAATGCCATTGTAATTAGG;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=113917775;WS=113917757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	113951722	rs7983578	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=4;PP=70;SC=GCCCCCGCTCCCCGCACCGTA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=113951730;WS=113951712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	113965176	rs9577503	C	A	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=40;PP=1327;SC=CAGCTTCAGCCGGGGAGGTAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=113965184;WS=113965166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	113978969	rs912010	G	A	1873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=36;PP=1096;SC=TGGCAGGCAGGCAGACAGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=113978977;WS=113978959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr13	113999051	rs4406954	C	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	114083421	rs148154052	A	AAG	2912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.28;QD=37.83;SOR=1.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	114088341	rs59659705	T	TG	285.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=312;SC=GCCACTCAAGTCCTGCAGCAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=114088349;WS=114088331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	114174889	rs113656124	T	G	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=20;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TGGATACTTTTGAGTTGTCGT;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=64;WE=114174897;WS=114174879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr13	114265305	rs4150729	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=2;PP=262;SC=TTGTTGCTTTCCGCAGGCCGG;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=114265313;WS=114265295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	114312354	rs9285616	T	G	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=18;PP=818;SC=GTACCCCACCTGGACAGGGTG;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=114312362;WS=114312344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	114312605	rs58459344	G	GA	502.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=338;SC=GGCCAGGGCCGTTTATCAGCG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=114312614;WS=114312595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	114312606	rs58758822	T	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=195;SC=GCCAGGGCCGTTTATCAGCGC;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=114312614;WS=114312595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	114322289	rs9796035	A	G	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=49;PP=1888;SC=TCAGGGTCCTAGGGAAAGGGG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=114322297;WS=114322279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	114323997	rs9796234	T	C	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=75;PP=2965;SC=CGTCTCACTTTTCAGGGTGCT;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=102;TCR=75;TR=177;WE=114324005;WS=114323987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr13	114498034	rs9577895	G	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=526;SC=AAGAAGCCCCGACCTCGAGCT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=114498042;WS=114498024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	114498362	rs28653123	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=542;SC=CTCCTCTCAGTAAGTCTCATT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=114498370;WS=114498352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	114502416	rs7400029	T	C	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=40;PP=1030;SC=CTGAGATTCATGTGGGTTTTG;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=114502424;WS=114502406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	114503915	rs9577890	CA	TG	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=40;PP=2878;SC=CCCATATCTACACCTGCGGGA;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=74;WE=114503924;WS=114503905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	114503989	.	TA	CG	298	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=54.69;NF=0;NR=7;PP=298;QD=50.2096964089;SC=TGGGGACCCCTATATCTACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=114503998;WS=114503979;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	114507836	rs7323732	A	G	11213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.58;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr13	114507840	rs7332019	G	A	11375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=1.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr13	114514918	rs34217684	T	A	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.528;HP=10;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=500;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TTTTTTTTTTTAAAAAAAAGG;SOR=2.030;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=28;WE=114514926;WS=114514908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr13	114537517	rs8191974	C	T	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.926;SC=GGCCAGGGGCCGCCTACCTCA;SOR=1.392;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=56;WE=114537525;WS=114537507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr13	114620051	rs11259844	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=348;SC=CAAAATGAGACGTCTAGCGGG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=114620059;WS=114620041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	114623880	rs7399982	G	A	13222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=231;NR=226;PP=2965;SC=CGTGTATTCAGTGCTGCTTCA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=457;TCF=231;TCR=226;TR=457;WE=114623888;WS=114623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr13	114751040	rs71449038	G	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=4;PP=910;SC=GCAATCTCCCGCCCACTACAC;SOR=3.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=114751048;WS=114751030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	114751359	rs10781677	A	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=26;PP=732;SC=CCCCACCCACAGTACACATCC;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=114751367;WS=114751349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	115010254	rs3211416	C	T	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=32;PP=2238;SC=TGAAGTGTTACAACCCACAGC;SOR=1.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=82;TCR=33;TR=114;WE=115010262;WS=115010244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	19685583	.	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.91;MQRankSum=-0.967;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	20201561	rs4497603	C	T	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=1.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.583;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,80:0.25:321
chr14	20201972	rs4391979	A	C	7945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=155;PP=2965;SC=ATGAGAATCAACAGAATTAGG;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=108;TCR=155;TR=263;WE=20201980;WS=20201962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr14	20202040	rs8011997	T	A	7285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=36.43;SOR=1.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	20202040	.	TTCATA	ATCATA,ATCATG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=59.88;NF=131,43;NR=59,9;PP=2962,933;QD=20;SC=TACTTGCTTATTCATAATGCA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=132;TCR=59;TR=190,52;WE=20202053;WS=20202030;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:191
chr14	20202045	rs8006842	A	G	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=12.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-2.192;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,64:0.29:218
chr14	20202389	rs4641652	G	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=3.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,48:0.24:197
chr14	20202554	rs4393497	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=20;ReadPosRankSum=0.312;SC=TATCATGTATATTATAAAGTA;SOR=0.089;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=5;WE=20202562;WS=20202544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr14	20215501	rs12432072	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.895;SC=TATACTATATGTATATAGTGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=5;WE=20215509;WS=20215491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr14	20215561	rs71313488	T	TTCTC	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-6.760;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,20:0.23:87
chr14	20215989	rs17210864	A	G	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-1.497;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,110:0.24:460
chr14	20216298	rs12896533	T	C	14810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=254;NR=254;PP=2965;SC=GAACAAGGTCTTCTCTACCTG;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=509;TCF=255;TCR=254;TR=508;WE=20216306;WS=20216288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr14	20216560	rs12435367	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=5.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=1.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,22:0.22:102
chr14	20228220	rs76101288	A	G	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=15.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FS=62.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-26.932;QD=2.63;ReadPosRankSum=-4.548;SOR=9.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:662,91:0.12:753
chr14	20228227	rs61976670	G	A	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FS=77.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-27.320;QD=3.24;ReadPosRankSum=-3.774;SOR=9.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:655,116:0.15:771
chr14	20228250	rs61976671	C	A	4249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=855;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=113.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-27.433;NF=299;NR=18;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.313;SC=AAGATGATTGCAGACTTTGTT;SOR=6.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=947;TCF=605;TCR=342;TR=317;WE=20228258;WS=20228240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:640,213:0.25:853
chr14	20228424	rs200661363	G	A	6665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=858;ExcessHet=3.0103;FS=113.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.87;MQRankSum=-24.364;QD=7.79;ReadPosRankSum=-2.129;SOR=6.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:566,290:0.34:856
chr14	20228527	.	C	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=63.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQRankSum=-6.643;QD=0.12;ReadPosRankSum=3.628;SOR=6.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,28:0.10:286
chr14	20265369	rs2489769	C	G	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.663;NF=40;NR=60;PP=1952;ReadPosRankSum=1.828;SC=TTATACCCTTCGAAACCAGGA;SOR=1.192;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=100;WE=20265377;WS=20265359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,100:0.75:133
chr14	20295510	rs7145672	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.871;NF=24;NR=2;PP=494;ReadPosRankSum=1.045;SC=TGAAGTACTGCATGTGCCAAA;SOR=0.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=26;WE=20295518;WS=20295500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr14	20295763	rs11621854	C	T	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.599;NF=40;NR=70;PP=1877;ReadPosRankSum=0.546;SC=TAAAGTCAGACCCTGGGCTCA;SOR=0.525;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=204;TCF=70;TCR=134;TR=110;WE=20295771;WS=20295753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,112:0.54:208
chr14	20295778	rs11621883	CC	AG	3036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=5;HapScore=2;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.153;NF=15;NR=55;PP=2944;ReadPosRankSum=1.064;SC=GGCTCACAGCCCCCCTCTATT;SOR=0.959;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=147;TCF=37;TCR=110;TR=70;WE=20295787;WS=20295768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,79:0.52:152
chr14	20295834	rs2801164	T	C	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.178;NF=31;NR=30;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TACTCCTTCATTGTGGCTCCC;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=61;WE=20295842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr14	20296004	rs2318279	C	T	6794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-13.072;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,184:0.42:433
chr14	20296010	rs17114261	G	C	6765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=2.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-12.787;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,180:0.42:425
chr14	20296658	rs10140079	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.792;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GGGAACTGAAAAAAGAAATTA;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=20296666;WS=20296648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	20345346	rs12883767	A	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,46:0.21:215
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chr14	20404767	rs2792145	A	G	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=55;PP=980;ReadPosRankSum=0.279;SC=ACTAGGGATCATTACGAAGGA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=101;TCR=165;TR=89;WE=20404775;WS=20404757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,97:0.34:284
chr14	20404874	rs2792144	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
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chr14	20470317	rs12893791	A	G	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=28;PP=1769;ReadPosRankSum=0.697;SC=GTAGAGCCAGATCAAATGGAT;SOR=0.598;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=156;TCF=116;TCR=40;TR=103;WE=20470325;WS=20470307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,110:0.65:170
chr14	20470399	rs7493807	G	A	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=51;PP=1582;ReadPosRankSum=0.814;SC=TTGAAGCAGGGCTATTTGTAC;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=387;TCF=238;TCR=149;TR=133;WE=20470407;WS=20470389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,148:0.36:411
chr14	20470737	rs12587697	G	A	5245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.804;NF=115;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GTCATGAGTCGGGGGTTATGC;SOR=0.583;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=362;TCF=183;TCR=179;TR=223;WE=20470745;WS=20470727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,232:0.61:380
chr14	20470852	rs34315947	CT	C	5057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.693;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.039;NF=32;NR=103;PP=2489;ReadPosRankSum=0.080;SC=AGGTGGAAAACTTTTTTTTGT;SOR=0.607;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=232;TCF=50;TCR=182;TR=135;WE=20470860;WS=20470842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,223:0.65:342
chr14	20470903	rs12586792	T	C	5432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.167;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.962;NF=101;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GCTGACACTTTTGTCATTGAA;SOR=0.666;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=315;TCF=155;TCR=160;TR=214;WE=20470911;WS=20470893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,232:0.69:338
chr14	20482471	rs12590785	C	T	7291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=146;NR=101;PP=2965;SC=CTGCTTTCATCTCCTCATTTC;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=146;TCR=101;TR=247;WE=20482479;WS=20482461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr14	20482919	rs17308108	A	C	3401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.320;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=74;PP=1975;ReadPosRankSum=0.096;SC=AGCCAGCACCAGCCTGATGCA;SOR=0.454;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=236;TCF=110;TCR=126;TR=147;WE=20482927;WS=20482909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,154:0.62:247
chr14	20501962	rs2775261	G	C	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=105;SC=AAACAAGAGAGTGTCTCTTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=20501970;WS=20501952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	20502921	rs2775236	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=682;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TTTCCATATCGTCAACTTTAT;SOR=0.432;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=37;TCR=104;TR=47;WE=20502929;WS=20502911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,53:0.35:152
chr14	20528207	rs1958715	G	A	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=802;ReadPosRankSum=3.380;SC=TGAGTAAATGGATCTTAAAAA;SOR=0.294;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=46;WE=20528215;WS=20528197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr14	20528321	rs1958716	A	G	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=65;PP=2691;ReadPosRankSum=1.942;SC=TGCTACTGTGATGGGAAACAT;SOR=0.644;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=289;TCF=181;TCR=108;TR=165;WE=20528329;WS=20528311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,181:0.60:304
chr14	20528359	rs1959630	G	T	16969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=38.39;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr14	20528359	.	GTCA	TTCA,TTCG	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=24;MQ=60.2;NF=224,132;NR=167,95;PP=2120,2944;QD=5.51092381726;SC=TGACATGTAGGTCAACCCTTC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=229;TCR=172;TR=391,227;WE=20528370;WS=20528349;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:401
chr14	20528362	rs1958717	A	G	6067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.397;QD=13.28;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,281:0.61:457
chr14	20528448	rs112192573	TCATAGATTTGCTCACTGAC	T	9285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.091;NF=24;NR=89;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CCCAAGATGATCATAGATTTG;SOR=0.788;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=252;TCF=50;TCR=202;TR=113;WE=20528474;WS=20528438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,240:0.56:426
chr14	20528505	rs2775253	T	A	6111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.459;NF=71;NR=103;PP=2655;ReadPosRankSum=0.765;SC=GTGACCCAGATGTTCTTCATG;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=118;TCR=172;TR=174;WE=20528513;WS=20528495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,174:0.59:296
chr14	20528528	rs2775254	G	A	5933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=4;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.400;NF=74;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CTTCTTTGGGGGTGCTGAGAT;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=118;TCR=147;TR=164;WE=20528536;WS=20528518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,166:0.61:273
chr14	20529019	rs1959629	C	T	3602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=52;PP=1456;ReadPosRankSum=0.104;SC=AAACTCTTGCCGTATTTTATA;SOR=0.557;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=95;WE=20529027;WS=20529009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,102:0.61:168
chr14	20529043	rs1959628	C	G	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=1160;ReadPosRankSum=0.120;SC=TTATCACACCCTTACTGAATC;SOR=0.535;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=80;WE=20529051;WS=20529033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,87:0.63:138
chr14	20529177	rs1959627	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TTAAATGCTACGATAAGATAG;SOR=1.554;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=17;WE=20529185;WS=20529167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr14	20529214	rs34006121	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-0.802;SC=ATAATGCATCATTTCACTTTT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5;WE=20529222;WS=20529204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	20642034	rs7143334	A	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.470;NF=19;NR=29;PP=797;ReadPosRankSum=0.256;SC=AATCATCACTACCTTATTGTG;SOR=0.319;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=48;WE=20642042;WS=20642024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr14	20665790	rs4981822	T	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CCCATGTACATCCTGCTCGCC;SOR=0.520;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=283;TCF=170;TCR=113;TR=97;WE=20665798;WS=20665780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,100:0.34:296
chr14	20665840	rs4981088	G	A	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=4.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,94:0.29:322
chr14	20665887	rs4981823	G	C	7886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=135;PP=2965;SC=AGATCATCTCGTTCTCTGGCT;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=128;TCR=135;TR=262;WE=20665895;WS=20665877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr14	20666175	rs55781225	C	CA	15717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.110;NF=58;NR=210;PP=2975;ReadPosRankSum=0.302;SC=CTCTCACTTGCAAAAAAGGCC;SOR=0.871;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=311;TCF=64;TCR=247;TR=268;WE=20666183;WS=20666165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,521:1.00:523
chr14	20666556	rs2318886	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AAGGTCCTTGCGTAATTAATC;SOR=1.085;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=13;WE=20666564;WS=20666546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr14	20666623	rs2318887	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.150;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	20691888	rs10140652	C	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=281;ReadPosRankSum=-0.213;SC=ATTATTCATTCTTTGGTTACT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=78;TCR=37;TR=31;WE=20691896;WS=20691878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr14	20691962	rs9323693	C	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,56:0.26:214
chr14	20692188	rs12891553	T	C	6910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.171;SC=CTCTCTGAGATTAAAACCATC;SOR=0.463;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=457;TCF=218;TCR=239;TR=288;WE=20692196;WS=20692178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,300:0.63:478
chr14	20692291	rs34693535	C	T	5298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.272;SC=ATGATCGGTACCTGGCCATCT;SOR=0.902;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=331;TCF=162;TCR=169;TR=218;WE=20692299;WS=20692281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,221:0.64:344
chr14	20692453	rs17211285	G	T	3380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=73;PP=2132;ReadPosRankSum=-0.684;SC=TTGACCACTTGGTGTGTGACC;SOR=0.568;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=214;TCF=95;TCR=119;TR=135;WE=20692461;WS=20692443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,144:0.65:222
chr14	20692574	rs17277221	T	C	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2795;ReadPosRankSum=-0.449;SC=CTTGGGATCTTACACTCTGGT;SOR=0.854;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=267;TCF=142;TCR=125;TR=165;WE=20692582;WS=20692564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,170:0.62:275
chr14	20692595	rs61993884	G	C	3753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=70;PP=2662;ReadPosRankSum=0.221;SC=CATCAGAGCTGTGCTTTGTAT;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=140;TCR=119;TR=152;WE=20692603;WS=20692585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,158:0.60:264
chr14	20692643	rs17277228	T	C	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=69;PP=2416;ReadPosRankSum=0.024;SC=TTTCTCCACATGTGGGTCCCA;SOR=0.905;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=244;TCF=132;TCR=112;TR=156;WE=20692651;WS=20692633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,162:0.64:254
chr14	20692999	rs11851950	T	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=0.401;SC=GCAGTTAAATTCAGCTCATTA;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=11;WE=20693007;WS=20692989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	20697589	rs61993889	C	T	3995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=63;PP=2776;ReadPosRankSum=1.436;SC=TCTACTGTGACGCAGTTTGTG;SOR=1.055;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=230;TCF=140;TCR=90;TR=168;WE=20697597;WS=20697579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,171:0.72:238
chr14	20698068	rs4981844	G	T	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=1637;ReadPosRankSum=-1.055;SC=ACCTTTCTGTGGTCCCAACAT;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=319;TCF=160;TCR=159;TR=125;WE=20698076;WS=20698058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,126:0.39:324
chr14	20698239	rs1953558	T	C	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,71:0.25:282
chr14	20698298	rs1953559	T	G	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=6.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=32;PP=1593;ReadPosRankSum=0.287;SC=CACACTTGGTTGTTGTGTCTC;SOR=1.083;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=283;TCF=172;TCR=111;TR=91;WE=20698306;WS=20698288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,97:0.32:301
chr14	20698504	rs1953560	G	A	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=61;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CAGAGATCATGAATAGGGTTT;SOR=0.935;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=257;TCF=74;TCR=183;TR=81;WE=20698512;WS=20698494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,86:0.33:264
chr14	20760066	rs1953549	T	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.885;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr14	20763388	rs61995497	C	G	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=607;ReadPosRankSum=0.581;SC=CACTGACAATCTCCTCAACTG;SOR=0.317;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=31;WE=20763396;WS=20763378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr14	20763446	rs1953551	T	C	5483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=128;NR=63;PP=2965;SC=AAGGGTAAAATGGGGGAAATC;SOR=1.518;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=129;TCR=64;TR=191;WE=20763454;WS=20763436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr14	20763716	rs72671250	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=326;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GTAAGAAGCTGGAAACTAGTC;SOR=2.303;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=17;WE=20763724;WS=20763706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr14	20763824	.	TA	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=2.467;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr14	20764585	rs1953552	A	C	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=872;ReadPosRankSum=-3.448;SC=GATTGCTAGAAGCTTTTCTGT;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=81;TCR=116;TR=81;WE=20764593;WS=20764575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,84:0.40:208
chr14	20767618	rs2318864	G	A	8003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=145;NR=131;PP=2965;SC=CTGCAAATAGGAAGGGCACAT;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=145;TCR=131;TR=276;WE=20767626;WS=20767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr14	20767706	rs945459	C	T	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=83;PP=2690;SC=TTTTACCTTTCTAAGTTTTTT;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=44;TCR=83;TR=127;WE=20767714;WS=20767696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	20769870	rs3825766	G	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=5;PP=388;SC=CTGAGAAGTAGTATTACGTTG;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=20769878;WS=20769860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	20770036	rs3742945	T	C	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=57;PP=2179;SC=CATCTCCTTCTGCACATCCTG;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=136;WE=20770044;WS=20770026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	20784117	rs12889262	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.831;NF=9;NR=9;PP=588;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TTACTTTTATACAGAAGAGAG;SOR=0.443;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=18;WE=20784132;WS=20784107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr14	20784121	rs74717577	AAGAG	A	952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.939;NF=0;NR=15;PP=1175;ReadPosRankSum=0.800;SC=TTTTATACAGAAGAGAGAGAG;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=15;WE=20784132;WS=20784107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr14	20784718	rs1132644	G	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=-2.208;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr14	20788652	rs11292211	TA	T	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=408;ReadPosRankSum=0.573;SC=TTATTGGCTATAAAAAAACAA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=18;WE=20788660;WS=20788642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr14	20815013	rs1713430	C	T	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=60;PP=1920;ReadPosRankSum=1.735;SC=TCTCTCTCTCCCTTTCTAGGC;SOR=0.803;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=229;TCF=128;TCR=101;TR=140;WE=20815021;WS=20815001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,132:0.59:225
chr14	20820537	rs1760919	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=352;ReadPosRankSum=0.141;SC=CGAAAGAAACACATCTTCTTT;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=25;WE=20820545;WS=20820527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr14	20823052	rs3093926	G	A	3579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=45;PP=2243;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CAGCATGGACGAGCTCTCATG;SOR=0.753;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=196;TCF=127;TCR=69;TR=135;WE=20823060;WS=20823042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,152:0.70:218
chr14	20824181	rs3093930	T	C	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=68;PP=1134;ReadPosRankSum=-2.055;SC=ATGAAAGTTATGAGTTCAAAG;SOR=0.589;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=278;TCF=99;TCR=179;TR=107;WE=20824189;WS=20824171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,112:0.38:292
chr14	20825013	rs878157	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=274;ReadPosRankSum=-1.705;SC=CTTTAAATTCCTAAAGATACC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=13;WE=20825021;WS=20825003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr14	20825321	rs10625811	T	TTTCAC	3733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.955;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.921;NF=5;NR=50;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GAGACAGGAGTATGTCTGTGA;SOR=1.103;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=11;TCR=96;TR=55;WE=20825331;WS=20825310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,95:0.58:163
chr14	20825323	rs200223594	T	G	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=0.115;SC=GACAGGAGTATGTCTGTGATC;SOR=1.134;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=136;TCF=44;TCR=92;TR=64;WE=20825331;WS=20825310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,87:0.56:155
chr14	20825362	rs3093939	G	A	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=41;PP=1139;ReadPosRankSum=0.100;SC=GTTTTTTTCCGATGAGAAAAG;SOR=1.183;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=88;TCF=21;TCR=67;TR=51;WE=20825370;WS=20825352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr14	20836923	rs10531088	GCACA	G	786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.994;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.335;NF=13;NR=7;PP=452;ReadPosRankSum=0.377;SC=GCAGGCGCACGCACACACACA;SOR=1.931;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=20;WE=20836936;WS=20836913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr14	20837033	rs2104978	T	C	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.395;NF=40;NR=42;PP=965;ReadPosRankSum=0.785;SC=AGGTAGCACATGGAGGGCTGT;SOR=0.751;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=82;WE=20837041;WS=20837023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,84:0.61:137
chr14	20843852	rs74336549	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=366;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GACGAGGTGGGGAGTGTTGTC;SOR=0.436;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=26;WE=20843860;WS=20843842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr14	20844383	rs2228042	C	T	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=3.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,126:0.62:204
chr14	20845521	rs2229101	A	C	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=56;PP=2304;ReadPosRankSum=-1.761;SC=AGAGGGACTGAAGGGAGCATT;SOR=0.864;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=257;TCF=153;TCR=104;TR=142;WE=20845529;WS=20845511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,148:0.54:274
chr14	20846521	rs2297615	A	T	6796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=1.369;SC=CCCCAAGAGCAACACTGGACC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=446;TCF=221;TCR=225;TR=289;WE=20846529;WS=20846511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,303:0.65:463
chr14	20846950	rs8022805	C	T	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=14;PP=1045;ReadPosRankSum=0.762;SC=GGCTAGCAGCCGGCAGTCTGG;SOR=1.101;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=103;TCF=76;TCR=27;TR=63;WE=20846958;WS=20846940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr14	20848718	rs142580077	ACAATAGTAAGTCT	A	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=1063;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGGTGTGTCTACAATAGTAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=20848738;WS=20848708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	20849169	rs2228039	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=801;ReadPosRankSum=0.351;SC=GGTTGGTAAGGAACTTCGAAA;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=59;WE=20849177;WS=20849159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr14	20849854	rs12433941	G	A	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1327;ReadPosRankSum=-2.928;SC=AACTGTCCTCGTGTGAGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=85;WE=20849862;WS=20849844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,92:0.68:136
chr14	20849940	rs12436041	G	A	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=1247;ReadPosRankSum=0.243;SC=CTCAAATAGCGGAAACTGGAG;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=78;WE=20849948;WS=20849930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,88:0.72:122
chr14	20850093	rs1713456	C	T	3697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=40;PP=2348;ReadPosRankSum=-0.916;SC=CTGGACGAGGCAGGCAAACGG;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=236;TCF=168;TCR=68;TR=144;WE=20850101;WS=20850083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,157:0.61:257
chr14	20852029	rs1760904	A	G	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=64;PP=2433;ReadPosRankSum=-0.423;SC=AAGACTAATGATGCCACCTTG;SOR=0.659;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=266;TCF=133;TCR=133;TR=142;WE=20852037;WS=20852019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,150:0.54:279
chr14	20852267	rs2228041	C	T	2890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=66;PP=1831;ReadPosRankSum=1.233;SC=CAGCATCAGCCGTTGCACTGT;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=85;TCR=108;TR=118;WE=20852275;WS=20852257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,124:0.62:200
chr14	20852817	rs1760903	G	A	4894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.953;SC=GAGATCCGACGTGCGGCCTCT;SOR=0.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=122;TCR=146;TR=198;WE=20852825;WS=20852807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,214:0.74:290
chr14	20854734	rs945011	A	G	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	20856327	rs76575764	C	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=690;ReadPosRankSum=0.749;SC=GTTTGGTGACCAGTTAAGTCA;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=45;WE=20856335;WS=20856317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,51:0.78:65
chr14	20857600	rs111751048	A	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=34;PP=891;ReadPosRankSum=0.222;SC=GGACTCTCACAGAGGGGTACA;SOR=1.087;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=39;WE=20857608;WS=20857590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr14	20858944	rs4981171	T	C	5314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.088;SC=TCATGTTATGTGGTTGCACAG;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=378;TCF=169;TCR=209;TR=238;WE=20858952;WS=20858934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,245:0.62:392
chr14	20859013	rs872072	G	A	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=105;PP=2959;ReadPosRankSum=-0.594;SC=ACTGTGTATTGTCTGTGCCTT;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=101;TCR=157;TR=172;WE=20859021;WS=20859003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,172:0.65:264
chr14	20859084	rs872073	T	C	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=69;PP=2664;ReadPosRankSum=1.519;SC=ATGGTGGGTGTTGAGTGTCTG;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=231;TCF=127;TCR=104;TR=148;WE=20859092;WS=20859074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,151:0.64:237
chr14	20864049	rs2228026	A	G	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.819;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=59;PP=1674;ReadPosRankSum=-1.360;SC=CGAGGGCATCAATGGCATCAT;SOR=0.877;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=106;WE=20864057;WS=20864039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,111:0.66:168
chr14	20864720	rs77610051	G	A	1591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-5.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=6;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.284;SC=AAGCAGCAGTGGCCTCTCCAC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=80;TCR=9;TR=58;WE=20864728;WS=20864710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr14	20864995	rs75786003	T	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=31;PP=1317;ReadPosRankSum=0.653;SC=GAAGGATCACTTGAGCCCAGA;SOR=0.800;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=32;WE=20865016;WS=20864985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr14	20865008	rs4982042	C	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=1214;ReadPosRankSum=0.844;SC=AGCCCAGAACCCAGGAATTAG;SOR=0.843;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=23;WE=20865016;WS=20864985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr14	20869019	.	A	AAATCGTTTTCAGT	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=782;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CTTATAAATCAAATACAACAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=20869027;WS=20869009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr14	20871973	rs2228035	T	C	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=51;PP=2315;ReadPosRankSum=0.288;SC=CTGGGCAAATTTGTCCGTCAT;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=230;TCF=144;TCR=86;TR=141;WE=20871981;WS=20871963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,150:0.63:237
chr14	20876253	rs1760897	A	G	4956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TTTAGACTAGAGAGGGTGGCC;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=166;TCR=150;TR=204;WE=20876261;WS=20876243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,214:0.65:330
chr14	20896857	rs7140768	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=318;ReadPosRankSum=0.894;SC=ATTTCCTCAACGGAGATCATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=15;WE=20896865;WS=20896852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr14	20897064	rs7145318	C	T	3925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=80;PP=2628;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TGCTGCACAGCGGGCAGTGTC;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=125;TCR=119;TR=165;WE=20897072;WS=20897054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,170:0.68:249
chr14	20897676	rs1953225	T	C	4311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=92;PP=2929;ReadPosRankSum=-1.714;SC=GACATTGAGCTCAGGGTTGTA;SOR=0.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=136;TCR=147;TR=180;WE=20897684;WS=20897666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,189:0.63:299
chr14	20903096	.	C	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.045;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=605;ReadPosRankSum=0.445;SC=CAAAGGCCACCCCAGGGAAAT;SOR=0.287;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=114;TCF=89;TCR=25;TR=42;WE=20903104;WS=20903086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr14	20903349	rs1713408	T	C	9429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=161;NR=172;PP=2965;SC=ACATCTTCCCTGGCATTTCCA;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=333;TCF=161;TCR=172;TR=333;WE=20903357;WS=20903339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr14	20903778	rs8017682	G	A	7839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=141;PP=2965;SC=GGAAAGGGAAGGTTCCTTGGG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=124;TCR=142;TR=264;WE=20903786;WS=20903768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr14	20903906	rs8017603	C	T	4695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=91;PP=2965;SC=AAGGCAGTCCCTCTGGACGGG;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=160;WE=20903914;WS=20903896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	20916249	rs2275008	T	C	9810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=178;NR=164;PP=2965;SC=TCTGTCCCAGTTTTTTACTGC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=342;TCF=178;TCR=164;TR=342;WE=20916257;WS=20916239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr14	20916958	rs938883	T	C	3428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.253;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=72;PP=2358;ReadPosRankSum=1.319;SC=GCAGCTCAACTAGCTTCTTGC;SOR=0.939;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=196;TCF=95;TCR=101;TR=134;WE=20916966;WS=20916948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,141:0.68:208
chr14	20916987	rs938882	G	A	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1904;ReadPosRankSum=0.887;SC=GGGAATAAGCGTACGAGGCAC;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=109;WE=20916995;WS=20916977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,113:0.72:156
chr14	20917442	rs938881	A	T	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=81;PP=2785;SC=GTGATGAGGAAGTCCATGAAA;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=76;TCR=81;TR=157;WE=20917450;WS=20917432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	20919551	.	C	T	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=2;PP=21;QD=13.9428031368;SC=CCGCAACTTCCGCCTCCTGGG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=20919559;WS=20919541;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	20919623	rs3120067	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=1;PP=24;SC=TGCCACCACATCAAATTAATT;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=20919631;WS=20919613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	20919667	rs3120066	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=1;PP=21;SC=GGTTTTGCCACGTTGGCCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=20919675;WS=20919657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	20919712	rs3120065	C	T	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=53;SC=ATGATCCACCCGCCTCGACCT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=20919720;WS=20919702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	20920043	rs1320150	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=251;SC=CATCTTTGTTCCTGACATTCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=20920051;WS=20920033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	20920250	rs2275007	T	C	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	20920340	rs2275006	A	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=19;PP=605;SC=TTATAATCCTAGAGATTGGAA;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=20920348;WS=20920330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	20920360	rs3215948	A	AG	971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=897;SC=AAAAAACAATAGTGGGGGACA;SOR=1.101;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=20;WE=20920368;WS=20920350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	20920749	rs1878703	C	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=26;PP=786;SC=CACATTTTCACATCTACTCTT;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=20920771;WS=20920739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	20920763	rs7151461	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=1.876;SC=TACTCTTTCCGGCTTCTATAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=20920771;WS=20920739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr14	20925154	rs1130409	T	G	7022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=132;PP=2965;SC=CTATAGGCGATGAGGAGCATG;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=104;TCR=132;TR=236;WE=20925162;WS=20925144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr14	20940449	rs117497269	A	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=304;ReadPosRankSum=-0.161;SC=ATTCACCTTGATATTTTTTCT;SOR=1.244;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=20;WE=20940457;WS=20940439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr14	20940735	rs17885917	A	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=462;ReadPosRankSum=-2.284;SC=TTGACCTAGCATTTCACTGAA;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=46;WE=20940743;WS=20940725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,49:0.37:132
chr14	20940798	rs17886095	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=91;ReadPosRankSum=-0.226;SC=AGTGACTTTAGGAGATGCCTC;SOR=0.471;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=11;WE=20940806;WS=20940788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr14	20978531	rs2319198	G	A	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=24;PP=1904;SC=GGAGACCCCAGATACAATGCT;SOR=2.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=68;TCR=24;TR=92;WE=20978539;WS=20978521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	21024605	rs8014474	G	A	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=46;PP=2924;SC=CTCAGAGAACGCTCTGCTAGG;SOR=1.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=109;TCR=46;TR=154;WE=21024627;WS=21024595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	21024619	rs1243647	A	G	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=59;PP=2965;SC=TGCTAGGGCGATATGACAAAG;SOR=1.533;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=119;TCR=59;TR=177;WE=21024627;WS=21024595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr14	21024786	rs12590446	A	G	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=124;PP=2965;SC=TGGTATTTCAAATGCTTCTGT;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=100;TCR=124;TR=224;WE=21024794;WS=21024776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr14	21058337	rs4981259	C	T	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	21058425	rs3827902	G	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=703;ReadPosRankSum=2.286;SC=TCAGACTCGGGAGCTGATCTT;SOR=0.456;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=49;WE=21058433;WS=21058415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr14	21109141	rs17277522	C	T	7121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=124;NR=118;PP=2965;SC=GGCCTTCTGACGGCCTGAAGC;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=243;TCF=124;TCR=119;TR=242;WE=21109149;WS=21109131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr14	21109170	rs11628297	T	A	7553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=125;PP=2965;SC=TGCTCAGGACTGCCAGCACAA;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=138;TCR=125;TR=262;WE=21109178;WS=21109160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr14	21109255	rs45592635	T	C	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.455;SC=GTCAGTCTCCTCCAGCTTCTT;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=243;TCF=117;TCR=126;TR=89;WE=21109263;WS=21109245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,93:0.36:261
chr14	21162053	rs11701	T	G	9034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=179;PP=2965;SC=TACATGGAGGTTCCCCCTGGC;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=140;TCR=179;TR=319;WE=21162061;WS=21162043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr14	21167576	rs3748338	A	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=808;ReadPosRankSum=0.865;SC=TTTGCTGCTGACCCTGCTGGG;SOR=0.748;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=52;WE=21167584;WS=21167566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr14	21215600	rs17211691	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=3.361;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr14	21215728	rs10135976	G	C	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=41;PP=2255;SC=GCAGGTGGACGTGGTGACTGA;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=118;WE=21215736;WS=21215718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	21215997	rs11847654	C	T	3299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=73;PP=1999;ReadPosRankSum=1.404;SC=AGAAGGGGAGCGACCGATATA;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=139;TCR=142;TR=147;WE=21216005;WS=21215987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,157:0.53:296
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chr14	21238798	rs3827907	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-2.796;SC=ATTCAGTGCTTTCTAAGTAGC;SOR=0.200;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=8;WE=21238806;WS=21238788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr14	21250366	rs7156801	T	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=29;PP=637;SC=ATTGCATCCATGTTTTCTTTT;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=21250374;WS=21250356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	21360216	rs2073342	C	G	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1363;ReadPosRankSum=0.623;SC=TCAAACTGCACGTATGCAGAC;SOR=0.631;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=268;TCF=132;TCR=136;TR=92;WE=21360224;WS=21360206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,96:0.34:284
chr14	21387994	rs10459477	A	G	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.164;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1368;ReadPosRankSum=0.069;SC=TGGAAAAACCAAAATACTTTT;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=316;TCF=187;TCR=129;TR=107;WE=21388002;WS=21387984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,115:0.35:325
chr14	21388266	rs3748340	G	C	4373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.588;NF=115;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.494;SC=AGTTCACCTGGATACCATCAT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=500;TCF=279;TCR=221;TR=203;WE=21388274;WS=21388256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,214:0.41:528
chr14	21388302	rs3748341	G	A	4177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.100;NF=103;NR=101;PP=2678;ReadPosRankSum=2.574;SC=AGCACTCCTCGTCATCACTCA;SOR=0.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=537;TCF=268;TCR=269;TR=204;WE=21388310;WS=21388292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,213:0.38:566
chr14	21424365	rs8013670	A	G	7634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.659;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.248;NF=161;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.245;SC=ATCAACGACGAGACCCTCCAC;SOR=0.349;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=460;TCF=258;TCR=202;TR=307;WE=21424373;WS=21424355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,319:0.67:479
chr14	21424507	rs10145713	G	A	5316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=-0.739;NF=82;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TTGGGTATCAGCATCTGTCCT;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=340;TCF=122;TCR=218;TR=218;WE=21424515;WS=21424497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,231:0.64:359
chr14	21458131	rs2741733	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=9;PP=526;SC=ACAGGCACCTGTATTTCCGTT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=21458139;WS=21458121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	21458351	rs148961245	T	TTG	12425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.157;NF=83;NR=80;PP=2968;ReadPosRankSum=-2.097;SC=CAACTTTCCTTTCTGCCAGGA;SOR=0.715;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=263;TCF=127;TCR=136;TR=163;WE=21458359;WS=21458341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,303:0.69:437
chr14	21458619	rs17092373	A	C	4215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=89;PP=2898;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TCTTTGGCCCATAGGGAGCGC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=118;TCR=130;TR=169;WE=21458627;WS=21458609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,178:0.68:261
chr14	21458812	rs71642264	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=-1.740;SC=GGTTAGAAATGAAGAGTAAGA;SOR=0.472;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=25;WE=21458820;WS=21458802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr14	21460160	rs2741737	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=263;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TTGTCGTCTCCCTTGAGCTTT;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=13;WE=21460168;WS=21460150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr14	21460441	rs2297720	A	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=610;ReadPosRankSum=-0.755;SC=ACAATTACACAATCAATTTAG;SOR=0.625;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=44;WE=21460449;WS=21460431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr14	21460480	rs2297719	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=361;ReadPosRankSum=0.441;SC=CTGACCTTAAAAGGATCAATT;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=20;WE=21460488;WS=21460470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr14	21460578	rs2297718	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=0.546;SC=CCCTTTTGTATTGGGGAGTGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=21460586;WS=21460568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr14	21463430	rs2741739	G	T	4887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=97;PP=2965;SC=CACCCATATGGCACCAATTAC;SOR=1.152;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=67;TCR=97;TR=164;WE=21463438;WS=21463420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	21463474	rs2783801	G	A	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=60;PP=1803;SC=AGACTGTCATGTATTGACAAG;SOR=1.449;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=94;WE=21463482;WS=21463464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	21464858	rs139452603	G	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1029;ReadPosRankSum=0.119;SC=CTCACAGCCCGCCGGCACGGC;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=230;TCF=133;TCR=97;TR=83;WE=21464866;WS=21464848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,87:0.35:249
chr14	21467913	rs2234632	T	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=44;PP=1725;SC=CATCACCGGCTAGTCCTCAGA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=93;WE=21467921;WS=21467903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	21468156	rs2149666	T	G	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=30;PP=2257;SC=TGACAGCTCTTGTGTGGGATG;SOR=1.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=97;WE=21468164;WS=21468146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	21469151	rs2234636	T	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.974;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=504;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GGGCTTCTTTTTTGTCTTCTT;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=32;WE=21469159;WS=21469141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr14	21486054	rs1243444	T	C	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=59;PP=2332;ReadPosRankSum=0.729;SC=ATTGGGCAGATAGCGGTGAGT;SOR=0.510;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=125;WE=21486062;WS=21486044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,129:0.63:204
chr14	21486137	rs1243445	G	C	9833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=182;NR=163;PP=2965;SC=CTCTTGTCCCGATACTCACTG;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=182;TCR=163;TR=345;WE=21486145;WS=21486127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr14	21486442	rs1243446	A	G	14848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=272;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.359;SC=ACACACATAAATGAGCCATGC;SOR=0.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=507;TCF=272;TCR=235;TR=506;WE=21486450;WS=21486432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,536:1.00:537
chr14	21488046	rs1243448	G	C	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=65;PP=2351;SC=TGCTGCTCCCGTCGACTCTTC;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=100;WE=21488054;WS=21488036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	21490125	rs1243449	A	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=23;PP=894;SC=CTCCCAGAATAACCACTGCCC;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=21490133;WS=21490115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	21500395	rs1243462	A	G	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=29;PP=1833;SC=GAGGCAGCACAGGAGGGTGGG;SOR=1.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=94;WE=21500403;WS=21500385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	21500411	rs3818613	C	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.263;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=537;ReadPosRankSum=-0.322;SC=GTGGGTTCTCCACCACACACC;SOR=0.307;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=43;WE=21500419;WS=21500401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,44:0.32:139
chr14	21500426	rs1754340	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=503;ReadPosRankSum=2.108;SC=CACACCCTTCGCTCTGCTTAG;SOR=0.375;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=162;TCF=108;TCR=54;TR=47;WE=21500434;WS=21500416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,48:0.28:171
chr14	21500455	rs3818615	T	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.927;NF=45;NR=24;PP=896;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CTACCAGCCATCAGTTAGCAT;SOR=0.838;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=222;TCF=138;TCR=84;TR=69;WE=21500463;WS=21500445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,72:0.30:238
chr14	21500541	rs35274235	T	TA	3944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.534;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.033;NF=16;NR=75;PP=2963;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GATGTGGAGGTAAAAGTATCT;SOR=1.001;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=147;TCF=29;TCR=118;TR=91;WE=21500549;WS=21500531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,145:0.66:221
chr14	21500597	rs3818616	C	T	5344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=104;PP=2965;SC=TCCACCCCCACCCCTCAAAAG;SOR=1.294;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=69;TCR=104;TR=173;WE=21500605;WS=21500587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr14	21501049	rs1952525	G	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=116;ReadPosRankSum=0.116;SC=TACAGAGGGGGCTCGTGTGCC;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=13;WE=21501057;WS=21501039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr14	21501095	rs3748346	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=364;ReadPosRankSum=0.827;SC=ACATCTTACATACTCAGATGT;SOR=0.922;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=26;WE=21501103;WS=21501085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr14	21501195	rs3748348	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=0.305;SC=GGATTTGGGAGGAGCTTCTGG;SOR=0.579;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=25;WE=21501203;WS=21501185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr14	21502345	rs8007176	A	G	5038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.063;SC=TCAATGCTTAAGGTATAGAAG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=284;TCF=117;TCR=167;TR=200;WE=21502353;WS=21502335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,216:0.70:307
chr14	21503743	rs1243463	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=3;PP=1369;SC=CCTTTGCTGGGCAGCAGAAAA;SOR=4.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=51;WE=21503751;WS=21503733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	21504447	rs1243464	A	G	6240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=146;PP=2965;SC=AAAAAGTGTGATCCCTTCTTT;SOR=1.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=67;TCR=146;TR=213;WE=21504455;WS=21504437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr14	21511458	rs1263872	G	C	16740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=330;PP=2965;ReadPosRankSum=1.684;SC=GAGCCACGGGGCCGTGTCCCT;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=578;TCF=247;TCR=331;TR=576;WE=21511466;WS=21511448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,605:1.00:606
chr14	21511497	rs1243469	C	T	13530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=272;PP=2965;ReadPosRankSum=1.073;SC=CTCAGGGAAGCATCCGAACTG;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=489;TCF=216;TCR=273;TR=486;WE=21511505;WS=21511487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,504:1.00:505
chr14	21526044	rs12435011	T	C	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=19;PP=2141;SC=CTGTCTCCCTTAAGAGAGATG;SOR=2.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=93;WE=21526052;WS=21526034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	21526079	rs12437266	C	T	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=40;PP=2965;SC=AGGATGCTGCCCCCTGCTGCT;SOR=2.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=113;TCR=41;TR=151;WE=21526087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	21542037	rs4982405	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=664;ReadPosRankSum=-0.163;SC=ACTGCCCTCTCCTGCTGGTTT;SOR=0.559;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=147;TCF=92;TCR=55;TR=54;WE=21542045;WS=21542027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,54:0.35:153
chr14	21542753	rs1243472	G	A	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=834;ReadPosRankSum=0.771;SC=GACACCGGGCGTGGATGCACC;SOR=0.998;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=64;WE=21542761;WS=21542743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,74:0.54:136
chr14	21544056	rs7140850	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-0.293;SC=AGACTTCAAGCCATTGACCTT;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=21544064;WS=21544046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	21544842	rs11483416	T	TG	953.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.238;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.164;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,45:0.29:156
chr14	21547204	rs74415238	C	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=838;ReadPosRankSum=2.650;SC=CTTACTCAGCCTGGGAGTGTG;SOR=0.270;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=50;WE=21547212;WS=21547194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr14	21549335	rs61978202	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=372;ReadPosRankSum=1.679;SC=ATGGCATGGGGCAAGATACTA;SOR=2.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=18;WE=21549343;WS=21549325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr14	21549602	rs61978203	C	T	5556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TGTCACTGGGCATCCTTCGTG;SOR=0.785;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=430;TCF=247;TCR=183;TR=253;WE=21549610;WS=21549592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,264:0.59:445
chr14	21549814	rs61741563	G	A	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;PP=2013;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CCCTGGACCTGGGCAGCCCAG;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=217;TCF=115;TCR=102;TR=127;WE=21549822;WS=21549804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,133:0.59:225
chr14	21549893	rs7143633	G	C	8238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=150;PP=2965;SC=CCAGCAACACGTGGGAGAGGA;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=287;TCF=137;TCR=150;TR=286;WE=21549901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr14	21550499	rs61746329	G	T	5497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.382;SC=CTGAGCTGACGCCTGAACTTC;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=394;TCF=181;TCR=213;TR=228;WE=21550507;WS=21550489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,241:0.58:414
chr14	21551058	rs1958395	G	A	5271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=68;PP=2965;SC=GTCTGGCTGCGCTCAGTCCCT;SOR=1.097;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=113;TCR=68;TR=181;WE=21551077;WS=21551048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr14	21551069	rs1958396	T	C	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=116;NR=74;PP=2965;SC=CTCAGTCCCTTAAGCAAGGTA;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=117;TCR=74;TR=190;WE=21551077;WS=21551048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr14	21553004	rs749731	C	T	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=973;ReadPosRankSum=0.955;SC=TCTTTCTCTTCGAGCATCTCC;SOR=1.051;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=68;WE=21553012;WS=21552994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,78:0.66:118
chr14	21553057	rs943992	T	C	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=943;ReadPosRankSum=0.117;SC=GGGTCAGAGATGTTTGTTTAC;SOR=0.666;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=80;WE=21553065;WS=21553047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,87:0.67:129
chr14	21553823	rs59867141	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=309;ReadPosRankSum=0.217;SC=TCTGTCTTCACCCGCTGCCCT;SOR=1.270;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=16;WE=21553831;WS=21553813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr14	21555066	.	GA	G	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr14	21555087	rs145744937	AAATC	A	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.442;NF=14;NR=28;PP=1262;ReadPosRankSum=0.212;SC=AAAAAGAAAAAAATCAACCAT;SOR=0.604;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=42;WE=21555098;WS=21555077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,31:0.26:120
chr14	21556963	rs35186993	A	AT	864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.858;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,42:0.23:185
chr14	21557021	rs74584322	G	A	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.06;MQRankSum=-1.640;NF=55;NR=58;PP=1587;ReadPosRankSum=0.783;SC=ACCCCACCACGCCTCTGTGAC;SOR=0.606;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=113;WE=21557029;WS=21557011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,123:0.73:168
chr14	21557109	rs61978230	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=476;ReadPosRankSum=0.494;SC=TCCTGTCCCCGGCTACTTGGG;SOR=1.075;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=28;WE=21557117;WS=21557099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr14	21562560	rs7149011	T	C	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=97;PP=2965;SC=CGTATAGGATTCATCCCCTTG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=102;TCR=98;TR=198;WE=21562568;WS=21562550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr14	21570273	rs745696	T	C	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=65;PP=1827;ReadPosRankSum=0.886;SC=CACCCCGCCTTTGGAAGGTGA;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=380;TCF=197;TCR=183;TR=139;WE=21570281;WS=21570263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,144:0.36:399
chr14	21570614	rs4982408	A	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=812;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TGGGTTTCATAGTGGTGGTGG;SOR=0.634;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=206;TCF=126;TCR=80;TR=70;WE=21570622;WS=21570604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,75:0.34:218
chr14	21571119	rs12432043	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GGGTAAGAGGAAACTGGGAAT;SOR=2.219;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=7;WE=21571127;WS=21571109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr14	21571208	rs12880628	G	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=366;ReadPosRankSum=-1.158;SC=AAACAGGATAGAAAATTGGGC;SOR=0.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=35;WE=21571216;WS=21571198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,36:0.36:100
chr14	21623010	rs8007993	T	C	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=40;PP=2230;SC=TTCACAGGGGTGGGCATGGGA;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=118;WE=21623018;WS=21623000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	21623290	rs7145814	T	C	7503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=126;PP=2965;SC=AAGAGGCAGATGGCAGTGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=122;TCR=126;TR=248;WE=21623298;WS=21623280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr14	21623489	rs45462402	C	T	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=64;PP=1878;ReadPosRankSum=0.642;SC=GGATGGGTGGCCCATCACAGA;SOR=0.485;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=194;TCF=85;TCR=109;TR=120;WE=21623497;WS=21623479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,129:0.61:210
chr14	21623648	rs7161544	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=528;ReadPosRankSum=-1.078;SC=AGAGCAGGGGGTTACAAATAG;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=41;WE=21623656;WS=21623638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,42:0.27:156
chr14	21623836	rs4982419	G	A	7117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=117;PP=2965;SC=AAGAAGGAGAGGCTCTTCAGG;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=125;TCR=117;TR=239;WE=21623844;WS=21623826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr14	21624197	rs10135366	T	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=39;PP=1145;SC=AGAGGATCTTTTCTCCTTGGT;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=21624205;WS=21624187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	21699069	rs8016099	A	C	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=46;PP=1198;ReadPosRankSum=0.898;SC=GAAAGAGAAGATGCCCACTGA;SOR=0.789;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=341;TCF=179;TCR=162;TR=101;WE=21699077;WS=21699059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,110:0.31:360
chr14	21702445	rs3215705	TA	T	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=764;ReadPosRankSum=0.157;SC=TATTCCTTGATAAAACATTCT;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=1;TCR=76;TR=26;WE=21702453;WS=21702435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
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chr14	21770681	rs17792599	A	G	3534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=72;PP=2134;ReadPosRankSum=-1.828;SC=CAGCCCCTCCATCGTTTAAGG;SOR=0.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=135;TCR=110;TR=158;WE=21770689;WS=21770671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,165:0.64:256
chr14	21785790	rs3748357	G	A	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=50;PP=2002;SC=GCTGAAACTGGATAATAAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=121;WE=21785798;WS=21785780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr14	21794177	rs181758389	G	A	3470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=87;PP=2268;ReadPosRankSum=0.350;SC=GACCAGGCTCGATTCCCAGTG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=434;TCF=210;TCR=224;TR=168;WE=21794185;WS=21794167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,177:0.39:451
chr14	21813285	rs34116882	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,79:0.34:234
chr14	21825924	rs3762156	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	21826718	rs3762157	T	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=625;SC=TGGGCAGGATTTGCAGGTTTG;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=21826726;WS=21826708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	21828520	rs927412	T	A	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=22;PP=1359;SC=AGAAGCTGAGTGAAATGAAGT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=73;WE=21828528;WS=21828510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	21829129	rs3762158	C	G	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=38;PP=1731;SC=GTTTTACAATCCCCTAAGCAA;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=82;WE=21829137;WS=21829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	21829404	rs1543494	T	C	9346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.68;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr14	21829404	.	TC	CC,CT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=18;MQ=59.11;NF=118,28;NR=161,40;PP=2962,907;QD=20;SC=TATAGACATTTCTTTTTCAGG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=297;TCF=120;TCR=177;TR=279,68;WE=21829413;WS=21829391;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.94:297
chr14	21829405	rs200042620	C	T	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,84:0.29:289
chr14	21830635	rs1983768	C	T	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=104;SC=TTTTTAATAACGAAGTATCCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=21830643;WS=21830625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	21831052	rs10138699	T	C	5626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.920;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.104;NF=116;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=0.400;SC=CCCGAATATGTGGTTCCTTAG;SOR=0.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=119;TCR=78;TR=193;WE=21831060;WS=21831042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chr14	21831112	rs10146717	G	A	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=139;NR=106;PP=2965;SC=GAGCTCTGGAGTGGGATAAAA;SOR=0.847;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=139;TCR=107;TR=245;WE=21831126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr14	21831692	rs10139379	T	A	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=108;SC=GAAGACACATTATTTAAAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=21831700;WS=21831682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	21833147	rs2295866	G	A	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=33;PP=1585;SC=AATGTGGAGAGGTGTGAGACA;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=79;WE=21833155;WS=21833137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	21833262	rs139418140	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=381;ReadPosRankSum=0.470;SC=TTGCTATTGATTACTAGGGAG;SOR=0.865;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=30;WE=21833270;WS=21833252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr14	21834815	.	C	CTTTT	144	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=11;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=16;MQ=57.88;NF=0;NR=5;PP=144;QD=30.6;SC=AGTCCACTCACTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=21834823;WS=21834805;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,5:0.62:8
chr14	21836400	rs8008670	T	C	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=585;SC=TACACAACTTTCAAACCTCCT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=21836408;WS=21836390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	21838160	rs2181125	A	G	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=47;PP=1367;SC=TTATTTAGCAAACTATCACTG;SOR=3.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=53;WE=21838168;WS=21838150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	21838781	rs4982445	C	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=308;SC=CTACTTTTTACTTTTAAAGAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=21838789;WS=21838771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	21859079	rs35057134	GA	G	8358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=72;PP=2965;SC=TGTGGGAATAGAGTGGTAATG;SOR=1.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=128;WE=21859087;WS=21859069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	21859536	rs3762159	T	C	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=12;PP=1586;SC=GAAACGATGATACAGTATGTC;SOR=2.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=70;WE=21859544;WS=21859526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	21860360	rs1998332	G	A	8040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=146;NR=135;PP=2965;SC=CCAAGTTAGGGTAAAACTCCC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=281;WE=21860368;WS=21860350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr14	21861211	rs7152833	C	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=3;PP=414;SC=CCCGGATATACTGTTACACTG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=21861219;WS=21861201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	21864124	rs10134108	C	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=19;PP=596;SC=AGGATGAAGACCTAGCCACAC;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=21864132;WS=21864114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	21869705	rs113076568	C	CT	1149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.840;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.502;NF=2;NR=36;PP=583;ReadPosRankSum=0.896;SC=GTAAAGCTGACTTTTTTTTTT;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=38;WE=21869713;WS=21869695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,49:0.91:54
chr14	21871653	rs8022395	C	T	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=71;PP=2965;SC=CTAGGCAGCGCACCATCTGAG;SOR=1.196;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=118;TCR=71;TR=189;WE=21871661;WS=21871643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr14	21874068	rs7155123	G	C	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=68;PP=1993;SC=AAACATGAAGGACTTCTGGGG;SOR=3.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=14;TCR=68;TR=82;WE=21874076;WS=21874058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	21883665	rs34695967	A	AAAAT	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=155;ReadPosRankSum=-1.424;SC=CTCTATTTCAAAAATAAATAA;SOR=0.368;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=4;WE=21883673;WS=21883655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr14	21899631	rs10467770	C	T	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=51;PP=2145;SC=GAATTCCCCACATCACCACCT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=109;WE=21899639;WS=21899621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	21930596	rs10143000	G	A	4756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=116;PP=2965;SC=GACATAAATCGTATCATCAGT;SOR=2.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=44;TCR=116;TR=160;WE=21930604;WS=21930586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	21950836	rs6571850	T	G	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=79;PP=2399;SC=AATATTTGCTTCAGTTTTAGT;SOR=2.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=32;TCR=79;TR=111;WE=21950844;WS=21950826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	21955930	rs1061031	G	A	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=185;SC=TCTATTCCCTGCTACACTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=21955938;WS=21955920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	21960408	rs3737050	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=2;PP=932;SC=GTCTTTCCTAAGAGTATGGGG;SOR=4.615;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=36;WE=21960416;WS=21960398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	21960816	rs1060722	T	C	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=20;PP=1444;SC=ACTCCACCCTTTCATCCTATG;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=21960824;WS=21960806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	21960969	rs7617	G	A	9834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=157;PP=2965;SC=TGACCTCCCGGGGGCTCCAAC;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=187;TCR=157;TR=344;WE=21960977;WS=21960959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr14	21991626	rs1263810	C	G	4169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=96;PP=2676;ReadPosRankSum=0.837;SC=GGGAAACTCCCTGCCCCGGAG;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=253;TCF=121;TCR=132;TR=180;WE=21991634;WS=21991616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,188:0.72:262
chr14	21993498	rs1263811	G	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.214;NF=37;NR=29;PP=697;ReadPosRankSum=0.549;SC=AAATGCCCTGGAGACTCCTCT;SOR=0.680;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=177;TCF=91;TCR=86;TR=66;WE=21993513;WS=21993488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,76:0.41:186
chr14	22037876	rs80231832	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=361;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GTTACCGAAGCCTAAACATTA;SOR=0.073;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=24;WE=22037884;WS=22037866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr14	22037905	rs8009501	G	A	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=11;PP=1090;SC=TCTAATTGTGGCAGCTTCCCT;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=54;WE=22037913;WS=22037895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	22038162	rs17197261	A	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=648;ReadPosRankSum=-1.149;SC=AAGTTGAAAAAGCCCGGCGCC;SOR=0.588;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=189;TCF=110;TCR=79;TR=63;WE=22038170;WS=22038152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,62:0.32:196
chr14	22038450	rs11626669	G	A	5932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=102;PP=2965;SC=CAAGCAAGGCGCTCAGCTTAG;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=94;TCR=103;TR=196;WE=22038458;WS=22038440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr14	22038659	rs17792778	T	C	6223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=114;PP=2965;SC=GAGGAGATGCTCATATCAATG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=223;TCF=109;TCR=114;TR=222;WE=22038667;WS=22038649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	22038915	rs4982462	A	G	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=106;PP=2965;SC=CAAAACAAGAATTAACATAGA;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=51;TCR=106;TR=157;WE=22038923;WS=22038905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	22070707	rs12432738	G	A	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.580;NF=40;NR=46;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.231;SC=TGGCAGGAGTGAAGTTTAAAA;SOR=0.516;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=141;TCF=63;TCR=78;TR=86;WE=22070715;WS=22070697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,94:0.62:152
chr14	22133416	rs12717305	A	G	5349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.867;SC=TAACGCTTTCAGGGAACATTC;SOR=0.624;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=371;TCF=203;TCR=168;TR=239;WE=22133424;WS=22133406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,247:0.63:391
chr14	22133648	rs2874103	G	A	13075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=213;NR=242;PP=2965;SC=GCTGATCATTGTGGCGTATGA;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=456;TCF=213;TCR=243;TR=455;WE=22133656;WS=22133638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr14	22133997	rs970382	A	G	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=84;PP=2965;SC=GAAGGGCGCCAGAAAGCCCTG;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=152;WE=22134005;WS=22133987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	22134018	rs61732411	C	T	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1497;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TCTACCTGCTCGGCCCACTTC;SOR=0.436;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=89;WE=22134026;WS=22134008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,95:0.71:133
chr14	22167296	rs6572018	G	C	6209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=122;PP=2965;SC=TTGGAGGCACGAACAAGATAT;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=94;TCR=122;TR=216;WE=22167304;WS=22167286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr14	22192106	rs926027	A	G	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=11;PP=1381;SC=GACCCCCCCAATCCCGCCCGC;SOR=2.910;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=57;WE=22192114;WS=22192096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	22237127	rs760008	C	T	4594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=60;PP=2850;SC=CAAACTATTCCCCAGCATACT;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=152;WE=22237135;WS=22237117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	22279809	rs2856411	A	C	6659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=136;NR=81;PP=2965;SC=GGGTACAGCTAAGATCACGTC;SOR=1.184;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=136;TCR=81;TR=217;WE=22279817;WS=22279799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	22293510	rs2178782	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=558;ReadPosRankSum=1.209;SC=TTTGCATTCGTCCCGCCTGCA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=26;WE=22293518;WS=22293500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr14	22293554	rs35339724	G	GC	2893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=14;PP=2072;SC=ACATAGCGAAGCTGGTCTCTG;SOR=1.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=46;WE=22293562;WS=22293544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	22337119	rs909075	G	C	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=1221;ReadPosRankSum=0.727;SC=GGGTAACAGAGTATATTAGTG;SOR=0.984;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=64;WE=22337127;WS=22337109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,64:0.71:90
chr14	22337181	rs909076	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=639;ReadPosRankSum=0.609;SC=GGTTTCCTCTCGTTACTATGA;SOR=0.665;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=33;WE=22337189;WS=22337171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr14	22337393	rs876093	G	A	4499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=0.184;SC=ACTTGGAAAAGGACCTCAGCT;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=291;TCF=161;TCR=130;TR=184;WE=22337401;WS=22337383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,199:0.64:312
chr14	22392250	rs17182937	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr14	22392283	rs28501628	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TAAAGAAGAAGATTTTTTTTT;SOR=0.684;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=16;WE=22392291;WS=22392273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr14	22392304	rs34365759	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.633;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr14	22392366	rs12437316	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.298;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=440;ReadPosRankSum=-1.302;SC=TGGCTAGGTACGGGTGGCCCA;SOR=0.871;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=41;WE=22392374;WS=22392356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,43:0.29:146
chr14	22392499	rs12435124	T	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=399;ReadPosRankSum=0.529;SC=TATCCTTAAATCTTCAAATTC;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=32;WE=22392507;WS=22392489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,35:0.30:115
chr14	22392626	rs10140810	A	C	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=607;ReadPosRankSum=0.530;SC=ACCAGTGATCAAAGTTATGGT;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=167;TCF=97;TCR=70;TR=51;WE=22392634;WS=22392616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,54:0.30:178
chr14	22392703	rs8021861	G	C	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1237;ReadPosRankSum=1.080;SC=GTCTTATGACGAGCAAAATGC;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=323;TCF=184;TCR=139;TR=95;WE=22392711;WS=22392687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,100:0.29:344
chr14	22392807	rs8008040	T	C	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=992;ReadPosRankSum=1.138;SC=CAGCAATGTATTTCTGTGCAA;SOR=0.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=247;TCF=108;TCR=139;TR=78;WE=22392815;WS=22392797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,84:0.31:267
chr14	22409517	.	ATCTCTC	A	187	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=26;MQ=59.89;NF=9;NR=1;PP=187;QD=19.2;SC=GGCTAAACAGATCTCTCTCTC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=10;WE=22409547;WS=22409507;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr14	22409571	rs2178779	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr14	22433866	rs17182972	C	T	3381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=70;PP=1954;ReadPosRankSum=0.398;SC=TGGGTAGAAACATGAGTGGTT;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=107;TCR=101;TR=143;WE=22433874;WS=22433856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,151:0.68:223
chr14	22446888	rs2075483	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=527;ReadPosRankSum=2.128;SC=CCGCCCAGCTCAAGGTCCTGC;SOR=1.533;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=102;TCF=78;TCR=24;TR=35;WE=22446896;WS=22446878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,34:0.32:105
chr14	22447248	rs2075484	A	G	5049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,148:0.27:540
chr14	22447251	rs2075485	G	A	5082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:393,152:0.28:545
chr14	22466017	rs2280763	T	C	3381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=75;PP=2177;ReadPosRankSum=0.498;SC=CAAGACCAAATTTTAGAGCCC;SOR=0.999;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=101;TCR=113;TR=140;WE=22466025;WS=22466007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,148:0.66:223
chr14	22470693	rs5807105	T	TA	9160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=77;PP=2957;SC=TATGATGTGATAGGACAGAAA;SOR=1.087;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=133;WE=22470701;WS=22470683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr14	22470913	rs34215246	CT	C	918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=526;SC=CTCACATTTTCTTTTTTTTTA;SOR=2.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=27;WE=22470921;WS=22470903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	22471333	rs3811327	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=270;ReadPosRankSum=0.443;SC=CTCTGCTTAACACGTGAGTCA;SOR=0.551;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=17;WE=22471341;WS=22471323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr14	22509188	rs4982545	T	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=27;PP=1372;SC=GTAGCAGTCTTAACTGCAGTT;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=22509196;WS=22509178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	22520684	rs2072611	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	22520692	rs2072612	G	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.95;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	22521012	rs2072613	C	G	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=43;PP=2045;SC=GTCTATTGCTCTTTTTCTGAA;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=108;WE=22521020;WS=22521002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	22521051	rs2072614	G	A	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=56;PP=2021;SC=AGGAGGTGACGCAGATTCCTG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=116;WE=22521059;WS=22521041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	22533887	rs3811312	C	T	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=16;PP=1767;SC=AAGAGGTGTCCTTTCTGACTG;SOR=2.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=77;WE=22533895;WS=22533877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	22534497	rs3811306	T	G	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=65;PP=2875;SC=GAGGCTGAATTTAAGAAGAAT;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=91;TCR=65;TR=156;WE=22534505;WS=22534487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	22539108	rs2272547	C	T	3100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.71;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr14	22539116	rs2272548	G	A	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.23;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,82:0.72:114
chr14	22565073	rs12897143	G	A	2971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.787;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=69;PP=1829;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GGATCAGATGGTTTAATTCCA;SOR=0.390;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=177;TCF=68;TCR=109;TR=119;WE=22565081;WS=22565063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,129:0.68:191
chr14	22573582	rs2075498	A	C	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=84;PP=2965;SC=ATTTTGGCTGAAAAACGTTTT;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=124;TCR=85;TR=208;WE=22573590;WS=22573562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
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chr14	22580570	rs1040301	C	G	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=46;PP=2149;SC=ATGGATAAAGCTTGAGGGAGA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=85;WE=22580578;WS=22580560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	22580762	rs11628824	G	A	6614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.349;SC=AAGAAGGAGAGGACTTCACCA;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=422;TCF=213;TCR=209;TR=274;WE=22580770;WS=22580752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,286:0.64:446
chr14	22591821	rs8018887	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=257;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GTCTTTATAATTAACAGCAAT;SOR=3.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=14;WE=22591829;WS=22591811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr14	22600490	rs8014493	C	T	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=30;PP=1121;ReadPosRankSum=-2.025;SC=TAGAATAGAGCTCTCAGCTTC;SOR=0.953;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=263;TCF=162;TCR=101;TR=87;WE=22600498;WS=22600480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,93:0.34:275
chr14	22600863	rs3811291	G	A	4035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=77;PP=2755;ReadPosRankSum=2.043;SC=AGACCTAACAGAGGCCACCCA;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=244;TCF=134;TCR=110;TR=166;WE=22600871;WS=22600853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,174:0.67:259
chr14	22690209	rs2272551	A	C	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=1142;ReadPosRankSum=-1.993;SC=ACAAGCAGGAACCTGGGGAAG;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=68;WE=22690217;WS=22690199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr14	22694777	rs2242544	A	G	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=59;PP=1776;ReadPosRankSum=0.827;SC=AGAACACTAAAAGGGTAAAGT;SOR=0.839;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=67;TCR=87;TR=103;WE=22694785;WS=22694767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,109:0.66:164
chr14	22694926	rs2075496	C	T	2494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1588;ReadPosRankSum=0.830;SC=AGGGAGACACCGTAACTCTCA;SOR=0.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=107;WE=22694934;WS=22694916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,110:0.61:180
chr14	22695084	rs4982579	C	T	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=61;PP=2082;ReadPosRankSum=0.530;SC=AAAGAACTTTCCAGCATCCTG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=129;TCR=113;TR=131;WE=22695092;WS=22695074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,138:0.54:257
chr14	22695128	rs12889091	A	G	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.404;SC=AGACTCGGCCATCTACCTCTG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=90;TCR=103;TR=110;WE=22695136;WS=22695118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,115:0.57:203
chr14	22783027	rs66584005	TACA	T	6995.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.690;NF=47;NR=61;PP=2968;ReadPosRankSum=1.176;SC=CTCCAAAAGATACAACAACTC;SOR=0.758;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=204;TCF=92;TCR=112;TR=108;WE=22783037;WS=22783017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,179:0.59:305
chr14	22924194	rs2242545	G	A	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=32;PP=1566;ReadPosRankSum=0.505;SC=TAGGGTTGCCGTAAAGGGAAA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=107;TCR=52;TR=99;WE=22924202;WS=22924184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,100:0.61:163
chr14	22924531	rs760020	C	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=0.618;SC=CAGAAAGCTACCCTCCTCAAC;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=17;WE=22924539;WS=22924521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr14	22930038	rs1882705	C	T	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1376;ReadPosRankSum=0.952;SC=TAGCAATCGCCCCCTCTCAAC;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=91;WE=22930046;WS=22930028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr14	22942890	rs2254272	G	T	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=913;ReadPosRankSum=0.561;SC=TGTTGCCACCGCTGGAGCAGC;SOR=0.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=63;WE=22942898;WS=22942880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,73:0.74:99
chr14	22947814	rs227858	G	A	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=16;PP=1545;SC=CTCCCAGCCCGTGATGGAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=75;WE=22947822;WS=22947804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	22948471	rs227859	T	C	12348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=222;NR=213;PP=2965;SC=CAAGGGGAGTTTGGGCAACTG;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=435;TCF=222;TCR=213;TR=435;WE=22948479;WS=22948461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr14	22952088	rs227861	G	A	7151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=128;PP=2965;SC=GGGAAGGGGGGATTCAAACAC;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=122;TCR=128;TR=250;WE=22952096;WS=22952078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr14	22957488	rs1483971	G	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.436;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,40:0.25:158
chr14	22958350	rs3833810	ATGCC	A	958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=904;ReadPosRankSum=2.039;SC=GGGAAAGGAGATGCCTGCCTG;SOR=1.075;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=20;WE=22958361;WS=22958340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr14	22961854	rs17255862	A	G	4419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=79;PP=2938;ReadPosRankSum=0.670;SC=ATGGAAACAAACTGGTCTTTG;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=286;TCF=160;TCR=126;TR=184;WE=22961862;WS=22961844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,196:0.64:308
chr14	22963632	rs11372266	G	GC	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=702;SC=TCTGGCCAGAGCCAGCTGCCC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=22963640;WS=22963622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	22964840	rs137998884	T	TG	3042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=17;PP=2456;SC=CCTGCCATGCTGGAGGTGGCT;SOR=2.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=58;WE=22964848;WS=22964830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	22965118	rs11334443	TC	T	966.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=818;SC=GTTGATGAATTCCTGGCAATC;SOR=3.180;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=22965126;WS=22965108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	22965144	rs11334442	AC	A	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=581;SC=GATTAGGTCAACGAAGAAGTA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=22965152;WS=22965134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	22968959	rs76182103	C	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=185;ReadPosRankSum=-1.059;SC=GAATTGTATCCATCATTAGCA;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=12;WE=22968967;WS=22968949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr14	22972622	rs226990	A	G	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=10;PP=1479;SC=CAGCCCGATTAAAAGTTTTCA;SOR=2.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=55;WE=22972630;WS=22972612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	22972742	rs2170810	G	A	9624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.225;NF=178;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.327;SC=GTGTGGCTCTGGCAACACAGG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=180;TCR=164;TR=341;WE=22972750;WS=22972732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,365:0.99:367
chr14	22972783	rs5807141	AC	A	11442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=159;PP=2951;SC=GGACAACTTTACCAAGTAAAA;SOR=0.913;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=31;TCR=161;TR=190;WE=22972791;WS=22972773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr14	22972815	rs2170811	C	T	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=126;PP=2965;SC=TGGATGTTTCCAAGTGAAGTG;SOR=1.265;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=76;TCR=126;TR=202;WE=22972823;WS=22972805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr14	22972844	rs5020726	A	G	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=88;PP=2549;SC=CACTCTGTTCATTTTTTGTTT;SOR=1.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=38;TCR=88;TR=126;WE=22972852;WS=22972834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	22973923	rs4343183	T	C	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=181;SC=GAGGTCAAGGTTACAGTGAGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=22973931;WS=22973921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	22973960	rs4343184	T	C	302.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.64;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	22973960	.	TGGAC	CGGAA,CGGAC	146	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=3,9;NR=0,0;PP=14,146;QD=22.4892916207;SC=CACTCCAGCCTGGACAACAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=3,9;WE=22973972;WS=22973950;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.33:9
chr14	22973964	rs4536381	C	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	22974041	rs4343185	T	G	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=52;PP=2965;SC=AGGAAGGAGATGAAGAAAATT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=117;TCR=52;TR=169;WE=22974049;WS=22974031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr14	22974150	rs11324184	TC	T	10328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=151;PP=2966;SC=TCACCGTTATTCCCCTGTAAG;SOR=0.959;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=19;TCR=159;TR=168;WE=22974158;WS=22974140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr14	22974256	rs3811207	A	C	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=35;PP=1071;SC=CATGTGTTAAACTGATAAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=22974264;WS=22974246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	22975700	rs969914	T	G	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=109;PP=2965;SC=AAGTATATCTTTTCTCATTTC;SOR=1.092;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=81;TCR=111;TR=190;WE=22975708;WS=22975690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	22975728	rs3794450	G	A	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=67;PP=1894;SC=TGTTATGTCCGTAAATCATAT;SOR=1.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=102;WE=22975736;WS=22975718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	22975755	rs3794451	T	C	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=34;PP=932;SC=GTTCTTCTTATGCACACACAC;SOR=3.026;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=40;WE=22975764;WS=22975745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	22975756	rs112338851	G	GCACACACACA,GCACACACACACACA	1420.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=0,0;NR=18,18;PP=127,469;SC=TTCTTCTTATGCACACACACA;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=18,18;WE=22975764;WS=22975745;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.63,0.37:19
chr14	22976559	rs1872160	A	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=1022;SC=ATGTATCCCCAAATCTCCTTT;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=22976567;WS=22976549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	22976790	rs170543	C	T	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=469;SC=AGTTTTGCTCCTTGTTGCGCA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=22976798;WS=22976780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	22978335	rs226997	C	T	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=35;PP=1631;SC=TGAATTATGGCGGTGCTACAA;SOR=1.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=97;WE=22978343;WS=22978325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	22978451	rs11443893	G	GC	3551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=43;PP=2653;SC=GGAAGCGACAGCACCCTTAGG;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=58;WE=22978459;WS=22978441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	22978577	rs226999	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=432;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TCAGGGGAGGAGAAACATGCT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=22978585;WS=22978567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr14	22982069	rs11444527	A	AG	317.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=332;SC=TCTCCCCTCCAGGCTGGAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=22982077;WS=22982059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	22984499	rs227027	C	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=404;SC=GCCTATTGTCCGGTTGTTACA;SOR=3.477;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=18;WE=22984508;WS=22984489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	22984500	rs144430862	G	GGTT	1465.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=616;SC=CCTATTGTCCGGTTGTTACAG;SOR=3.407;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=16;WE=22984508;WS=22984489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	22985463	rs227029	G	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=43;PP=1250;SC=CTTTAAAATGGGATATGAGTG;SOR=4.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=47;WE=22985471;WS=22985453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	22985487	rs11453171	A	AC	1445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.28;NF=0;NR=30;PP=1360;SC=GTATGCACACAGCATGCCCAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=30;WE=22985495;WS=22985477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	22988022	rs227009	C	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=29;PP=887;SC=GAGGTGTGGACGGGAAGAAAC;SOR=2.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=41;WE=22988030;WS=22988012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	22988748	rs227010	G	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=554;SC=CTTGCCGCCCGGGAGGTGCAG;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=22988756;WS=22988738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	22989292	rs3811199	A	T	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=8;PP=1124;SC=GCCATGATTCATGCTGTGGTG;SOR=2.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=22989300;WS=22989282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	22990844	rs11624650	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=766;SC=ATTGTAAAGACGAAGGAGGGT;SOR=3.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=34;WE=22990852;WS=22990834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	22990930	rs11380759	A	AT	4949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=24;PP=2966;SC=GGCCTAATTCAAAAGGAAGCA;SOR=2.010;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=82;WE=22990938;WS=22990920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	22993278	rs5807151	A	AG	3162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=22;PP=2361;SC=AGGTTTGTGTAGGCGACCTCG;SOR=1.916;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=56;WE=22993286;WS=22993268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	22994810	rs33919257	T	TC	246.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=244;SC=AGGACCCCAGTCCTAGGTAGA;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=22994818;WS=22994800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	22998590	rs5807161	AG	A	4879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=61;PP=2950;SC=CCAACCAGGCAGGGAACTGCT;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=73;WE=22998598;WS=22998580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	22998619	rs5807162	AC	A	3527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=49;PP=2254;SC=TGGGAAGGGAACCCACCTTAT;SOR=1.112;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=57;WE=22998627;WS=22998609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	22999179	rs11412657	T	TC	4382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=22;PP=2449;SC=AAAGGGGGAATCCAGCCAGAG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=22999187;WS=22999169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	22999202	rs11412658	A	AG	6236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=36;PP=2965;SC=CCCATGAGGGAGATAGCTGCA;SOR=1.366;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=78;WE=22999219;WS=22999192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr14	23000185	rs227004	C	T	6108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=123;PP=2965;SC=GCCTGCTCTTCTCTGGCTGTT;SOR=1.184;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=85;TCR=123;TR=208;WE=23000193;WS=23000175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr14	23000281	.	C	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.945;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=430;ReadPosRankSum=-1.374;SC=TTCTTAATATCAAAAAAAACT;SOR=4.362;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=20;WE=23000289;WS=23000271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr14	23002265	rs11289756	GC	G	1521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.25;NF=38;NR=1;PP=1561;SC=GGGTCCAATGGCCCTCTTTGG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=39;WE=23002273;WS=23002255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	23005041	rs5807163	A	AG	11710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=87;PP=2957;SC=TGGCAATCCTAGCTATGGCCC;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=76;TCR=89;TR=160;WE=23005049;WS=23005031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr14	23006663	rs11396434	G	GC	2528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=44;PP=2119;SC=AATGGCCACAGCACCCCCATC;SOR=1.946;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=46;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	23006674	rs1154157	G	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.283;NF=12;NR=38;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.359;SC=CACCCCCATCGCTACCCTGTG;SOR=0.832;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=50;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr14	23009291	rs1263637	G	C	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=79;PP=2699;SC=ACACAGAAAGGCCCTACTCTG;SOR=1.203;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=56;TCR=79;TR=135;WE=23009299;WS=23009281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	23011096	rs1263639	T	A	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=11;PP=1132;SC=CCAGCCAGGCTTGCCCTGCCC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=23011104;WS=23011086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	23012873	rs56158321	C	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	23012926	rs11627600	T	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=17;PP=1612;SC=GATTATCCTGTTCTCCTGCCT;SOR=1.911;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=66;WE=23012934;WS=23012916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	23013878	rs56031439	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=4;PP=524;SC=GCTATGGTGCCGCAGACCTCC;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=23013886;WS=23013868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	23014062	rs1263641	G	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1436;ReadPosRankSum=2.335;SC=CCCATGCCCAGAGTTTCCTGA;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=23014070;WS=23014052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr14	23014106	rs7153643	C	G	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=34;PP=1118;SC=CCCAGAGTGACTGTCACTAAT;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=23014114;WS=23014096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	23020688	rs11462449	G	GC	10051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=80;PP=2957;SC=CCCCGGCAATGCACCAACTGG;SOR=0.994;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=152;WE=23020696;WS=23020664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr14	23020820	rs5807168	G	GC	12776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=120;PP=2957;SC=GGCTGCTGCAGCTCCGCTGGC;SOR=0.868;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=171;TCF=42;TCR=129;TR=160;WE=23020833;WS=23020810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr14	23020825	rs3699	G	C	13003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=125;PP=2965;SC=CTGCAGCTCCGCTGGCTGTGC;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=101;TCR=127;TR=225;WE=23020833;WS=23020810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr14	23020919	rs3700	C	T	7763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=122;NR=118;PP=2965;SC=CTCTAGGTCCCGGAGAATGTT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=123;TCR=119;TR=240;WE=23020927;WS=23020909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr14	23020970	rs3702	G	T	6992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=125;PP=2965;SC=CATAAAGAAAGACATAGTATT;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=128;TCR=125;TR=253;WE=23020978;WS=23020960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr14	23025758	rs10873025	G	A	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=2;PP=84;SC=CTGGGAGGGAGGGAGGTGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=23025766;WS=23025751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	23025815	rs60338447	AC	A	122.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=8.451;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=0.366;SC=TCTCTGAGGGACCCCCCCCCA;SOR=3.897;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=23025823;WS=23025805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr14	23025932	rs12888861	A	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=341;ReadPosRankSum=-0.533;SC=AGGAATCTGCAGGTCTCAGGG;SOR=0.228;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=26;WE=23025940;WS=23025922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr14	23026369	rs33982989	C	CG	778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=860;SC=GGCTGGAGTCCGGATCCACCA;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=23026377;WS=23026359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	23027743	rs4982639	G	C	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1212;ReadPosRankSum=2.385;SC=GCCAGAACACGCCACGTCACT;SOR=1.002;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=21;TCR=69;TR=59;WE=23027751;WS=23027733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr14	23044002	rs7621	G	T	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=30;PP=1999;SC=ATGAGAATGAGTCAGCCAACA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=101;WE=23044010;WS=23043992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	23058084	rs1051101	A	G	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=129;PP=2965;SC=AAGGTACTCCAGTCCGCGCCC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=58;TCR=129;TR=187;WE=23058092;WS=23058074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	23067042	rs114422910	A	G	7034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.167;SC=CAAGGGCCCCACTAGCTGAAA;SOR=0.647;Source=Platypus;TCF=262;WE=23067050;WS=23067032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,323:0.62:523
chr14	23072194	rs8023110	G	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=186;ReadPosRankSum=0.599;SC=AGTTGGGGAGGGTTCGGGAAT;SOR=0.635;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=14;WE=23072202;WS=23072184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr14	23074881	rs17120310	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=551;ReadPosRankSum=-1.026;SC=AATACAGGCCTGAAAATGAGA;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=37;WE=23074889;WS=23074871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr14	23078969	rs140776429	C	CT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=0.365;SC=TTTGGAATATCTTTTTTTTTT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=5;WE=23078977;WS=23078959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr14	23079730	rs1242933	A	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=1.248;SC=CAGGAATAAAAGGCCATCCCA;SOR=0.430;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=12;WE=23079738;WS=23079720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr14	23102626	rs11846290	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=296;ReadPosRankSum=-0.654;SC=AGACTATTCAGAATTCCTTAG;SOR=0.697;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=21;WE=23102634;WS=23102616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr14	23102784	rs1753429	A	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=3.169;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,58:0.33:175
chr14	23102882	rs1681596	C	A	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,41:0.27:154
chr14	23102896	rs1681597	A	G	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=1160;ReadPosRankSum=-1.393;SC=GCTCAGAACCAAAGGGATCTT;SOR=0.571;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=39;WE=23102904;WS=23102872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,43:0.30:144
chr14	23102969	rs1753430	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=456;ReadPosRankSum=-1.082;SC=ATGCCACTAGGAATGATGACT;SOR=0.619;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=43;WE=23102977;WS=23102959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,48:0.32:150
chr14	23103040	rs3829405	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=783;ReadPosRankSum=-0.441;SC=AGAAGGAATGCGCACTATGGT;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=175;TCF=107;TCR=68;TR=61;WE=23103048;WS=23103030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,65:0.35:188
chr14	23103282	rs3751481	T	C	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=64;PP=1612;ReadPosRankSum=0.184;SC=CCCAAGAGAATACAACGGTCC;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=406;TCF=211;TCR=195;TR=132;WE=23103290;WS=23103272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,143:0.34:426
chr14	23103347	rs3751482	T	C	3947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,114:0.34:340
chr14	23103354	rs3751483	AC	GT	3972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=2.550;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,110:0.34:320
chr14	23103743	rs56305436	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GCTCAATTCTCCTAACAGAAC;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=18;WE=23103751;WS=23103733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr14	23235686	.	T	G	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=927;ReadPosRankSum=0.196;SC=CTAACCCAGCTCTTCAACTTC;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=159;TCR=97;TR=83;WE=23235705;WS=23235676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,85:0.32:268
chr14	23235697	rs1957373	C	T	9474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=108;PP=2962;SC=CTTCAACTTCCTTTCAATCTC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=172;TCR=108;TR=280;WE=23235705;WS=23235676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr14	23235808	rs1957374	G	A	12664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=236;NR=211;PP=2965;SC=CGCCTGATCTGCGGCTACAAT;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=447;TCF=236;TCR=211;TR=447;WE=23235816;WS=23235798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr14	23236524	rs8572	C	T	8814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=0.818;SC=CTATTCCCAGCAGCCCCGTGC;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=180;TCR=142;TR=320;WE=23236532;WS=23236514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,338:0.99:340
chr14	23239512	rs2075846	A	G	9525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=180;NR=155;PP=2965;SC=TTCCTTCCTTATTTCATCCAG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=180;TCR=156;TR=335;WE=23239520;WS=23239502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr14	23239880	rs1957502	G	A	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=8;PP=832;SC=GTGAACTGGGGTTGGAGGGTA;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=23239888;WS=23239870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	23242828	rs1061040	T	C	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=78;PP=2840;SC=TTTAGTTAGATTTGGGATCCC;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=72;TCR=78;TR=150;WE=23242836;WS=23242818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	23244929	rs3751485	A	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-5.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=575;ReadPosRankSum=-0.116;SC=ACAAGAAGAAAGAGGTTGTGG;SOR=0.327;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=30;WE=23244937;WS=23244919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr14	23245301	rs3850290	T	C	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=48;PP=2317;SC=CTAAATGAACTCCTTTCAAGG;SOR=0.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=87;WE=23245309;WS=23245291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr14	23249292	rs11568429	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=506;ReadPosRankSum=0.816;SC=TTGGTGACTTACCCTTACCAC;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=26;TCR=89;TR=36;WE=23249300;WS=23249282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,37:0.30:123
chr14	23282110	rs8018462	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=-1.964;SC=CCCACTTACAAATGCAGGCAG;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=14;WE=23282118;WS=23282100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr14	23282449	rs1805059	C	T	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=59;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.416;SC=CAAAGATGCCCGAGCCGATCA;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=376;TCF=175;TCR=201;TR=112;WE=23282457;WS=23282439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,118:0.31:382
chr14	23282699	rs3829407	A	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=258;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GCAATTACATAGAACCTCTAC;SOR=1.514;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=18;WE=23282707;WS=23282689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr14	23282750	rs7157654	A	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=0.075;SC=TCACCAACCAATGCGGAGACC;SOR=0.446;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=7;WE=23282758;WS=23282740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr14	23286528	rs150800938	TTTTTA	T,TTTTTATTTTA	706.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=1,1;NR=4,4;PP=192,420;SC=TATTTCGGTATTTTTATTTTA;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=5,5;WE=23286540;WS=23286518;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.72,0.28:18
chr14	23291924	rs11625306	C	T	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=84;PP=1938;ReadPosRankSum=-1.352;SC=ACAACTGCCTCCGGCCCCGAG;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=22;TCR=121;TR=99;WE=23291932;WS=23291914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,95:0.68:139
chr14	23299135	rs1135641	G	T	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=49;PP=1909;ReadPosRankSum=1.224;SC=GCTGCTTTAGGGACTGTTCTC;SOR=0.698;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=195;TCF=120;TCR=75;TR=125;WE=23299143;WS=23299125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,135:0.64:210
chr14	23299286	rs4982685	T	C	7079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=103;PP=2965;SC=CACTGCAGCGTAGCCGCTTGG;SOR=0.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=126;TCR=103;TR=226;WE=23299294;WS=23299276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr14	23300095	rs9646148	T	G	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=134;NR=73;PP=2965;SC=TAGTAGCAAATCCAGGACTAG;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=134;TCR=73;TR=207;WE=23300103;WS=23300085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr14	23302585	rs12050397	T	A	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=27;PP=1249;SC=GGTGATGCAGTCCATCTCTAA;SOR=0.980;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=66;WE=23302593;WS=23302575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	23303228	rs76083086	G	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-0.241;SC=ACATTTTGCTGTCTCCCTCTG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=23303236;WS=23303218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	23306048	rs1042703	C	T	10061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=1.477;SC=CCCAAGACCCCCCCGTTGTCT;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=367;TCF=218;TCR=149;TR=364;WE=23306068;WS=23306038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,372:1.00:373
chr14	23311042	rs17879412	CT	C	2245.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=17;PP=1802;SC=CACAGCAAGTCTTACCCAACA;SOR=1.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=40;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	23311044	rs57542488	T	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=17;PP=1200;SC=CAGCAAGTCTTACCCAACACT;SOR=1.201;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=43;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	23312594	rs1042704	G	A	5183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=2.022;SC=TGTGCTGCCCGATGATGACCG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=203;TCR=176;TR=231;WE=23312602;WS=23312584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,241:0.62:391
chr14	23312718	rs2236303	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=645;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TTGCAGTCTCCGCACCGCCCC;SOR=0.707;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=42;WE=23312726;WS=23312708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,40:0.39:102
chr14	23312863	rs2236304	C	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=614;ReadPosRankSum=1.330;SC=ATCTGTCTGTCCTTCCGTCCC;SOR=0.766;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=80;TCR=12;TR=32;WE=23312871;WS=23312856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr14	23313182	rs2236308	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=384;ReadPosRankSum=0.222;SC=AGGCAGGTGGATCACCTGAGG;SOR=0.151;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=21;WE=23313190;WS=23313172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr14	23314675	rs911912	C	T	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=50;PP=1618;SC=TGGAAAACAACGGCGATGATA;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=71;WE=23314683;WS=23314665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	23341666	rs8011536	G	C	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=765;ReadPosRankSum=-1.017;SC=CCTGCCGCCAGCCCCAGCACT;SOR=0.944;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=157;TCF=27;TCR=130;TR=45;WE=23341674;WS=23341656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,43:0.28:153
chr14	23346279	rs142153001	G	A	4670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.667;SC=CGTCTCCGCCGCTGGGGCTTG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=145;TCR=168;TR=199;WE=23346287;WS=23346269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,203:0.64:316
chr14	23352464	rs72363604	TGCACAC	T	4320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.711;NF=18;NR=55;PP=2987;ReadPosRankSum=0.384;SC=GCTGCTGGGCTGCACACGCAC;SOR=0.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=212;TCF=57;TCR=155;TR=73;WE=23352477;WS=23352454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,122:0.41:299
chr14	23354066	rs8014119	G	C	3545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=67;PP=2527;ReadPosRankSum=0.344;SC=TCATCCTCTGGCTCGTCTGAC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=130;TCR=107;TR=148;WE=23354074;WS=23354056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,155:0.62:251
chr14	23354582	rs150780091	G	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=40;PP=881;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GGCAGGTGATGAAGCTGGGAG;SOR=0.939;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=49;WE=23354590;WS=23354572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr14	23371055	rs1127066	G	C	5958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.114;SC=TGGAGAGCTGGAAACACTGGG;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=367;TCF=215;TCR=152;TR=242;WE=23371063;WS=23371045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,252:0.65:386
chr14	23395328	rs148313519	C	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=511;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CTTTAGAACCCTCCTACCACT;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=38;WE=23395336;WS=23395318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr14	23456315	rs1043675	T	C	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=7;PP=999;SC=GAGGCAAATTTGCTTTCTCAG;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=23456323;WS=23456305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	23459156	rs11624528	G	A	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=60;PP=2965;SC=TCCCTCCACAGCCTAAGAAGG;SOR=1.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=110;TCR=60;TR=169;WE=23459164;WS=23459146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr14	23467664	rs3829409	G	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=599;ReadPosRankSum=-0.346;SC=CGCCTCGCTGGCAGCCAGCGT;SOR=1.088;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=33;WE=23467672;WS=23467654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr14	23496860	.	GA	G	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.062;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,16:0.20:82
chr14	23504021	rs11543947	G	A	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FS=0.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:688,167:0.20:855
chr14	23504238	rs4144360	G	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=34;PP=912;SC=CAAAAAGAAGGGCCAGATGCG;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=23504246;WS=23504228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	23511357	rs4981456	G	C	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=3;PP=894;SC=CAGCTTCTCTGTAGCGTCCCT;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=23511365;WS=23511347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	23512343	rs57362684	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,29:0.21:140
chr14	23512466	rs72684308	T	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=314;ReadPosRankSum=2.641;SC=CTGGCTTCATTTATTGCAAGT;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=23512474;WS=23512456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr14	23518592	rs11626296	C	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6272;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=154;ReadPosRankSum=-0.728;SC=ATAGAGCCAGCCCATAGGTCC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=23518600;WS=23518582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr14	23518791	rs2295689	A	G	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.64;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr14	23518918	rs11623976	T	C	6965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.211;SC=CAACTTCATCTCTGTCCAGGG;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=354;TCF=195;TCR=159;TR=278;WE=23518926;WS=23518908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,288:0.79:364
chr14	23523244	rs11625828	C	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,24:0.23:104
chr14	23524137	rs11418548	T	TG	2554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.571;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.435;NF=26;NR=59;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GAACAACCGATGGGGGGGGAT;SOR=1.248;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=85;WE=23524145;WS=23524127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,94:0.97:97
chr14	23530908	rs56402910	C	T	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=52;PP=1683;SC=GATGGCCGGGCGCGGTGGCTC;SOR=1.099;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=91;WE=23530916;WS=23530898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	23532865	rs57315948	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,29:0.24:123
chr14	23548783	rs148403158	A	AGAACGT	3054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=6.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=4.809;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,92:0.24:391
chr14	23549319	rs1885097	A	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-2.607;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,51:0.20:261
chr14	23549379	rs941719	C	G	7066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;NR=120;PP=2965;SC=ATGAGGACAGCGGGGGCTGGG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=122;TCR=120;TR=242;WE=23549387;WS=23549369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr14	23549785	rs3811182	T	C	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.416;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:553,106:0.16:659
chr14	23550126	rs4982727	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.167;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=243;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CAATGATATATACTTTCAGCA;SOR=0.064;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=77;TCF=7;TCR=70;TR=20;WE=23550134;WS=23550116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr14	23550887	rs717984	C	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,75:0.20:380
chr14	23559973	rs8020434	T	C	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=6;PP=148;SC=GTTGGAAGGCTTTTTTCTAAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=23559981;WS=23559963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	23571671	rs4444236	A	T	13245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=204;NR=249;PP=2965;SC=CCTTGTCACTAGTTGCCTTGT;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=454;TCF=204;TCR=250;TR=453;WE=23571679;WS=23571661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr14	23572776	rs148655160	T	TAAAAC,TAAAACAAAAC	3610.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=30,30;NR=6,6;PP=283,1384;SC=AAAAGCAAAATAAAACAAAAC;SOR=2.995;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=36,36;WE=23572784;WS=23572766;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.22:73
chr14	23573521	rs17198981	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,31:0.20:157
chr14	23574095	.	GGCA	G	2740	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=60.41;NF=7;NR=48;PP=2740;QD=20;SC=GACTAGTGGCGGCAGCAGCAG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=12;TCR=79;TR=55;WE=23574105;WS=23574085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:36,55:0.60:91
chr14	23574112	rs57331962	CA	C	4984.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;QD=40.20;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr14	23624583	rs8011016	C	T	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=44;PP=1426;SC=CCCCTCCTCCCTTCCTGGCTC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=23624591;WS=23624573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	23652004	rs1884545	G	A	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:892,209:0.19:1101
chr14	23727902	rs10547691	CTTT	C,CT	8183.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=33.116;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.00;ReadPosRankSum=4.031;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:29,122,190:0.36,0.56:341
chr14	23727919	rs8015556	T	C	13438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=51.227;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.42;ReadPosRankSum=5.004;SOR=1.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,355:0.96:369
chr14	23729188	rs2144038	T	C	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.239;SC=TATTATTTTCTCTCTTACTTT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=52;TCR=137;TR=178;WE=23729196;WS=23729178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,186:0.95:195
chr14	23729750	rs2064483	G	A	27141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=975;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=612;NR=354;PP=2965;SC=CCTACTGGGAGTCTTAGCAAC;SOR=1.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=968;TCF=612;TCR=356;TR=966;WE=23729758;WS=23729740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,972:1.00:972
chr14	23731855	rs139713000	C	CT	31345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1816;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=533;PP=2986;ReadPosRankSum=1.464;SC=AGAGCCGCCTCTTTTTTTTTC;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=1180;TCF=401;TCR=779;TR=819;WE=23731866;WS=23731844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,1466:0.88:1673
chr14	23732091	rs11625337	AT	GC	79652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3081;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1637;NR=1224;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CAAGGCAGGCATACCATTGAT;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=2968;TCF=1693;TCR=1275;TR=2861;WE=23732100;WS=23732081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,2969:1.00:2979
chr14	23732300	rs34260336	G	GT	4811.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=6.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.16;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,228:0.86:265
chr14	23733725	rs3811180	C	T	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=27;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.485;SC=ATGCCCACTGCAGTAGAACAA;SOR=1.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=135;TCR=28;TR=158;WE=23733733;WS=23733715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,163:0.98:167
chr14	23733978	rs59984693	GT	G	6718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.415;NF=4;NR=184;PP=2986;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CATTTCACTTGTTTTTTTTTC;SOR=0.582;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=218;TCF=7;TCR=211;TR=188;WE=23733987;WS=23733967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,262:0.98:268
chr14	23734032	rs11628689	T	A	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=42.22;SOR=3.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	23734037	rs5807215	T	A	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=46.06;SOR=3.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	23738920	.	CA	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.191;QD=0.56;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,15:0.18:85
chr14	23744800	rs148005528	ACAT	A	10651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=142;PP=2993;ReadPosRankSum=0.883;SC=TTGTATGATCACATCATCATC;SOR=0.482;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=393;TCF=195;TCR=198;TR=300;WE=23744813;WS=23744790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,412:0.95:434
chr14	23745533	rs10131813	C	T	42570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=1545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=698;NR=833;PP=2965;SC=GGTTTAGAGGCGGCAGTAGCT;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1541;TCF=703;TCR=838;TR=1531;WE=23745541;WS=23745523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1536:1.00:1536
chr14	23777374	rs910332	A	G	25967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=912;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=273;NR=619;PP=2965;SC=CTGGAGACGCAGCTGGCTGAC;SOR=1.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=893;TCF=273;TCR=620;TR=892;WE=23777382;WS=23777364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,910:1.00:910
chr14	23789096	rs10640563	C	CTT	34390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.189;NF=51;NR=659;PP=2930;ReadPosRankSum=-0.575;SC=TAATGAGTCACTTGATTTTTT;SOR=1.737;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=796;TCF=57;TCR=739;TR=710;WE=23789105;WS=23789086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1197:1.00:1199
chr14	23792019	rs8020117	T	C	7968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=20;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TTCAATTTATTGAATATTTAG;SOR=3.545;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=259;TCF=239;TCR=20;TR=256;WE=23792027;WS=23792009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr14	23792416	rs45508899	A	C	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=92;PP=2879;ReadPosRankSum=-1.577;SC=AGGTAATGGAATGATCAGTAA;SOR=0.917;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=115;TCF=19;TCR=96;TR=111;WE=23792424;WS=23792406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,116:0.97:119
chr14	23826819	rs2231810	C	T	47173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1165;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.63;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:50,1111:0.96:1161
chr14	23826822	rs2231809	C	T	47240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.20;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:52,1123:0.96:1175
chr14	23828250	rs34060515	TC	T	10328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.275;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.021;NF=16;NR=250;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TTCTGCCCCTTCCCCGGACCC;SOR=0.476;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=317;TCF=20;TCR=297;TR=266;WE=23828258;WS=23828240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,323:0.96:338
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chr14	23829164	rs2231805	G	A	40872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=911;NR=556;PP=2965;ReadPosRankSum=1.386;SC=GGGGCAACCCGGGTCAGAGGG;SOR=0.534;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=1532;TCF=954;TCR=578;TR=1467;WE=23829183;WS=23829154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:60,1463:0.96:1523
chr14	23830042	rs2231798	T	C	32062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.03;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:29,772:0.96:801
chr14	23830048	rs2231797	T	G	31463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=761;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.51;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:27,731:0.96:758
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chr14	23842017	rs7145531	C	T	28126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=499;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.354;SC=TGTTTTTTAACCTCAAGTCAC;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=708;TCF=523;TCR=185;TR=672;WE=23842025;WS=23842007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:33,665:0.95:698
chr14	23842040	rs7145551	C	T	37216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1091;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=709;NR=333;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CCTAAAAAGACAGTGGAAATA;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1097;TCF=743;TCR=354;TR=1042;WE=23842048;WS=23842030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:50,1039:0.95:1089
chr14	23845244	rs3811178	G	A	5671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=0.239;SC=TTTGGGGAAAGCCTGCACTTC;SOR=1.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=25;TCR=178;TR=194;WE=23845252;WS=23845234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,200:0.96:208
chr14	23848311	rs723840	C	T	58999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1228;NR=1000;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CCTCCCGGGACGGAGCTGCCA;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=2314;TCF=1275;TCR=1039;TR=2228;WE=23848319;WS=23848301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:84,2241:0.96:2325
chr14	23851400	rs453361	C	T	3879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=91;PP=2841;ReadPosRankSum=0.428;SC=CCCAGGGATCCTGTGGTCCCA;SOR=0.979;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=39;TCR=96;TR=129;WE=23851408;WS=23851390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,134:0.97:138
chr14	23851874	rs178636	A	G	26927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=968;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=261;NR=670;PP=2965;ReadPosRankSum=0.109;SC=AGGCACCCATACCTCATGCAT;SOR=0.421;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=958;TCF=266;TCR=692;TR=931;WE=23851882;WS=23851864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:25,938:0.97:963
chr14	23854155	rs8004990	G	A	12665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=293;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=1.137;SC=CCTTCTCCTCGGCGTTTCTGC;SOR=0.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=453;TCF=302;TCR=151;TR=441;WE=23854163;WS=23854145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,457:0.97:469
chr14	23854324	rs178638	A	G	11037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=303;PP=2965;ReadPosRankSum=0.228;SC=TTTCTCCAGAAAGAATTAAAG;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=456;TCF=135;TCR=321;TR=429;WE=23854332;WS=23854314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,429:0.95:451
chr14	23854352	rs178639	A	T	4668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=5.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.04;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,203:0.87:233
chr14	23855320	rs382872	G	A	113385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.737;NF=2262;NR=2061;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.179;SC=GGACCGCATCGTCCAGCTGGA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=4526;TCF=2367;TCR=2159;TR=4323;WE=23855349;WS=23855310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:197,4370:0.96:4567
chr14	23855426	rs45520434	C	T	45819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1805;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.305;NF=554;NR=1161;PP=2965;ReadPosRankSum=1.231;SC=TGCAGTAACCCAGGGGCAGGA;SOR=0.701;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1801;TCF=580;TCR=1221;TR=1715;WE=23855434;WS=23855416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:81,1719:0.95:1800
chr14	23855478	rs396024	C	G	24424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=242;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.349;SC=CTTCTCCAGGCCACATGGAGG;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TCF=252;WE=23855486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:34,796:0.96:830
chr14	23855569	rs178640	A	G	23220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=940;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-5.847;NF=525;NR=410;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.436;SC=GGGCCTCGGCAGCCATGCGGT;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=983;TCF=555;TCR=428;TR=935;WE=23855577;WS=23855559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:41,897:0.96:938
chr14	23856896	rs178642	A	G	86186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1801;NR=1404;PP=2965;ReadPosRankSum=0.671;SC=CTCAAAGCCTATGTTCCCCCT;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=3360;TCF=1888;TCR=1472;TR=3205;WE=23856908;WS=23856886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:142,3210:0.96:3352
chr14	23858232	rs451794	C	T	22179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.272;NF=395;NR=462;PP=2965;ReadPosRankSum=1.510;SC=CATGCCGGGCCGACTGCAGTG;SOR=0.474;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=896;TCF=416;TCR=480;TR=857;WE=23858240;WS=23858222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:31,853:0.96:884
chr14	23858271	rs368353621	AGG	A	20749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=15.290;HP=14;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.166;NF=56;NR=313;PP=2988;ReadPosRankSum=-0.140;SC=TCGCCTGGGGAGGGGGGGGGG;SOR=0.753;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=436;TCF=63;TCR=373;TR=369;WE=23858281;WS=23858261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,538:0.98:551
chr14	23861811	rs365990	A	G	41651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1766;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.481;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=884;NR=886;PP=2965;ReadPosRankSum=1.405;SC=AAGGGCCAGCACCTGCTCATC;SOR=0.674;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=1921;TCF=919;TCR=1002;TR=1770;WE=23861819;WS=23861801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:74,1680:0.96:1754
chr14	23865885	rs452036	G	A	96383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3921;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.194;NF=1766;NR=1967;PP=2965;ReadPosRankSum=0.276;SC=CAACCACCCAGTGGGGCTCTA;SOR=0.583;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=3890;TCF=1839;TCR=2051;TR=3733;WE=23865899;WS=23865875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:144,3756:0.96:3900
chr14	23866713	rs412768	A	G	13443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=373;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=2.071;SC=GGGCTGGGCCATTCCACCAGG;SOR=1.166;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=546;TCF=388;TCR=158;TR=523;WE=23866721;WS=23866703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,523:0.96:545
chr14	23872666	rs434273	T	C	32239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=604;NR=737;PP=2965;ReadPosRankSum=1.365;SC=CTGAGGTGGGTGGAGGGGAGG;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1418;TCF=634;TCR=784;TR=1341;WE=23872674;WS=23872656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:58,1349:0.96:1407
chr14	23873092	rs388914	G	A	20786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=289;NR=501;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.192;SC=AAATGTAAACGACCTCTTTGG;SOR=0.493;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=833;TCF=302;TCR=531;TR=790;WE=23873100;WS=23873082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:43,787:0.95:830
chr14	23874117	rs440466	T	C	87173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.216;NF=1453;NR=2027;PP=2965;ReadPosRankSum=1.755;SC=CTTCCCAGCCTGGCCATCAGA;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=3646;TCF=1524;TCR=2122;TR=3480;WE=23874133;WS=23874107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:157,3479:0.96:3636
chr14	23874523	rs2277474	C	T	49975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1992;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.566;NF=1076;NR=824;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CGGCCACCACCTCGGCATTGT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TR=1900;WE=23874531;WS=23874513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:76,1897:0.96:1973
chr14	23881920	rs12147570	G	T	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=31;PP=2965;SC=GGTCCTCAGGGCAGTGAAGAA;SOR=2.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=124;TCR=31;TR=155;WE=23881928;WS=23881910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	23882144	rs2284651	T	C	25335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=978;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=388;NR=584;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GGACAGGGCATGGGAACAAAG;SOR=1.163;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=976;TCF=389;TCR=587;TR=972;WE=23882158;WS=23882134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,974:1.00:976
chr14	23882186	rs7149517	T	G	15462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=358;PP=2965;SC=GGGGCCTGCTTTGTGGGCAGG;SOR=1.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=537;TCF=178;TCR=359;TR=536;WE=23882194;WS=23882176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr14	23883184	rs3729833	C	T	52168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=1811;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=925;NR=882;PP=2965;SC=CCTATGCCTCCCCTGGGCCTA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1811;TCF=926;TCR=885;TR=1807;WE=23883204;WS=23883174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1801:1.00:1801
chr14	23885997	rs3729828	G	A	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=177;NR=21;PP=2965;SC=TGAACAAAACGGACAAAGCGG;SOR=4.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=177;TCR=21;TR=198;WE=23886005;WS=23885993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	23886264	rs3729825	C	T	75088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=2637;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1342;NR=1289;PP=2965;SC=TGGAGGGACACGCCTCTTTGC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=2636;TCF=1345;TCR=1291;TR=2631;WE=23886272;WS=23886254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2619:1.00:2619
chr14	23887645	rs7159367	T	C	17117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=295;NR=341;PP=2965;SC=AGGAGGTGGGTTCAGCTTTCT;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=641;TCF=297;TCR=344;TR=636;WE=23887653;WS=23887635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,646:1.00:646
chr14	23888323	rs34598192	T	TG	82820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2046;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.055;NF=524;NR=583;PP=2936;ReadPosRankSum=1.721;SC=AGGGAAGTGATTTGATGCAAG;SOR=0.404;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1135;TCF=546;TCR=589;TR=1107;WE=23888331;WS=23888312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2040:1.00:2041
chr14	23888665	rs2277475	A	T	18633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=431;NR=256;PP=2965;ReadPosRankSum=0.698;SC=TGTGGTGGGAACCATGGAGCC;SOR=1.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=691;TCF=433;TCR=258;TR=687;WE=23888673;WS=23888653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,685:1.00:687
chr14	23892645	.	A	AACAC,AACACACAC	4192.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=5.941;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-0.506;QD=42.35;ReadPosRankSum=1.634;SOR=3.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,23,74:0.23,0.75:99
chr14	23892888	rs7157716	A	G	44805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1619;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=588;NR=1019;PP=2965;ReadPosRankSum=0.824;SC=TCAGCTTGGCAATGATCTCAT;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1613;TCF=590;TCR=1023;TR=1607;WE=23892896;WS=23892878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1610:1.00:1612
chr14	23899027	rs735711	C	T	15067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=371;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=1.637;SC=GCTGCTTCAGCTTGAACTTCA;SOR=1.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=528;TCF=371;TCR=157;TR=527;WE=23899035;WS=23899017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,527:1.00:528
chr14	23924704	rs2331984	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	23924744	.	T	TAA	416	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=15;HapScore=2;MGOF=94;MMLQ=17;MQ=54.39;NF=15;NR=16;PP=416;QD=13.5161290323;SC=AGACTTCATCTAAAAAAAAAA;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=31;WE=23924752;WS=23924734;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,31:0.69:45
chr14	23924767	rs60519724	AT	A	3690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=58;PP=2979;SC=AAAGCTGAGAATTTTTTTAAA;SOR=0.962;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=109;WE=23924775;WS=23924754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	23924818	rs8005802	C	A	19009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=257;NR=183;PP=2965;SC=GAAGATTAGACAAAAATATCA;SOR=0.896;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=450;TCF=257;TCR=193;TR=440;WE=23924852;WS=23924808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr14	23924830	rs10131038	A	G	19728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;MQRankSum=0.187;QD=42.34;ReadPosRankSum=2.090;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,464:1.00:466
chr14	23938813	rs8015781	A	G	36786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=1268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=822;NR=428;PP=2965;SC=GGAAGTGAGAAAGCCCTTATT;SOR=1.546;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1253;TCF=824;TCR=429;TR=1250;WE=23938821;WS=23938803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1266:1.00:1266
chr14	23939927	rs5807217	GT	G	1198.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=4;PP=717;ReadPosRankSum=0.198;SC=GAAGTGGAAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=82;TCR=6;TR=61;WE=23939948;WS=23939926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,60:0.88:68
chr14	23940081	rs1028587	A	G	59607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.01;QD=45.54;SOR=1.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1309:1.00:1309
chr14	23940086	rs1028588	A	G	62763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1364;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.01;QD=46.15;SOR=1.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1360:1.00:1360
chr14	23940089	rs3215682	AC	A	63204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=1420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=475;NR=437;PP=2957;SC=TAATCTAATCACTTGTTTTAT;SOR=1.603;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=922;TCF=481;TCR=441;TR=912;WE=23940097;WS=23940071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1416:1.00:1416
chr14	23944505	rs2236260	G	A	82112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1918;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=1.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1912:1.00:1912
chr14	23944514	rs2236261	C	A	78323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1727;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.51;SOR=1.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1721:1.00:1721
chr14	23945366	rs2295706	A	G	82374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=2899;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1380;NR=1491;PP=2965;SC=ATTATGGTATAAACTTTGGCT;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=2878;TCF=1385;TCR=1493;TR=2871;WE=23945374;WS=23945356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2889:1.00:2889
chr14	23947374	rs1956950	G	A	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=151;PP=2965;SC=AATTGATTTTGCTTATGAATT;SOR=5.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=11;TCR=151;TR=162;WE=23947382;WS=23947364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	23991105	rs223122	G	A	11091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=287;NR=89;PP=2965;SC=AGCTCCCACCGAACACCCCTT;SOR=2.296;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=376;TCF=287;TCR=89;TR=376;WE=23991113;WS=23991095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr14	23999306	rs3742488	G	A	32448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=1187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=747;NR=414;PP=2965;SC=AGGAGGACTGGGGGGAAGGGA;SOR=1.423;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1169;TCF=753;TCR=416;TR=1161;WE=23999314;WS=23999296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1177:1.00:1177
chr14	24000990	.	CT	C	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=841;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=4.137;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,94:0.19:490
chr14	24031694	rs58786222	AC	A	4308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.014;SC=TCCTCAGTGTACCCCCAATGA;SOR=0.937;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=17;TCR=74;TR=81;WE=24031702;WS=24031684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr14	24033070	rs2281680	C	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=29;PP=856;SC=GCTCTCCTGGCAGGAGAAAGA;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=24033078;WS=24033060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	24408879	rs72692108	A	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=5.747;NF=2;NR=30;PP=848;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GAGTCTGAAAACAGAGTCAGT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=32;WE=24408887;WS=24408869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr14	24429093	rs11158474	A	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.61;QD=24.93;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	24429249	rs3742491	G	A	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=35;PP=963;SC=CGGGGGGGGCGCCTTGGAACA;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=24429257;WS=24429239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	24429298	rs3742492	C	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.89;NF=2;NR=23;PP=596;SC=GAATGCATTTCTCAAGGGCAG;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=24429306;WS=24429288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	24429334	rs3742493	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=172;SC=TCTTTGCCACGTGCCACACAC;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=24429342;WS=24429324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	24435144	rs76754832	C	T	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=2.716;NF=33;NR=53;PP=1563;ReadPosRankSum=0.163;SC=TTTCCAGAGGCGGCTCAGTGG;SOR=1.251;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=86;WE=24435152;WS=24435134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr14	24435308	rs138982419	C	A	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=4;PP=221;SC=CAAGTCCCTGCCCACAAAATA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=24435316;WS=24435298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	24435694	.	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.12;MQRankSum=1.638;QD=9.15;ReadPosRankSum=-2.594;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr14	24435699	.	C	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.999;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.21;MQRankSum=1.284;QD=9.58;ReadPosRankSum=-2.601;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr14	24458162	rs2273946	G	C	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=47;PP=1668;SC=GATCCATGCAGATGGCCAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=24458170;WS=24458152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	24458211	rs2273947	A	T	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=31;PP=872;SC=GTCGGTGCGGATGGCCAGCTC;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=24458219;WS=24458201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	24459407	rs61732730	G	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=47;PP=1520;SC=CTTCGCCATCGCCCGGCGTTT;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=88;WE=24459422;WS=24459397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	24470218	rs148108526	C	T	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=49;PP=2098;SC=ACTGGGAAGACGGTCAGCTCT;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=24470226;WS=24470208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	24476433	rs148889809	C	G	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=26.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	24516261	.	T	TA	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=49;QD=18.3333333333;SC=CTCTGGACTTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=24516269;WS=24516251;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,3:0.50:6
chr14	24517602	rs62000821	A	T	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=38;PP=1166;SC=AACCCTTTTGATTGCCCTTTC;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=24517610;WS=24517592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	24518043	rs75573922	CCC	TTG	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.43;QD=43.30;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	24519959	rs6573541	T	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=17;PP=1223;SC=CCTGAAAAGTTATCTGATAAT;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=24519967;WS=24519949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	24522829	rs7160909	C	T	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=24;PP=1020;SC=TCCCATTTGACCCTGACCCTG;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=60;WE=24522837;WS=24522819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	24533539	rs10146906	C	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=15;PP=590;SC=CCGAAGGGTCCTGGAGGAAAG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=24533547;WS=24533529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	24542458	rs3742497	T	A	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=203;SC=CTGGAGATGGTGTCCCAGAGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=24542466;WS=24542448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	24543873	rs2025256	G	A	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=49;PP=1968;SC=AAAGTAAGAAGACACAGACAG;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=116;WE=24543881;WS=24543863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	24544248	rs2073350	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=0;PP=360;SC=TCCGGGCAGGCTGAGGATGTC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=24544256;WS=24544238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	24545375	rs2070341	C	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=6;PP=523;SC=TTGACTTCACCGCCTCCAATG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=24545383;WS=24545365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	24563212	rs4982856	T	C	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	24563339	rs4982857	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=14;PP=335;SC=AATGGGAGAGATGGGTTTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=24563347;WS=24563329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	24567304	rs2759409	C	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=313;SC=GGTGGGGAAACATAAGGCCAA;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=24567312;WS=24567294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	24567498	rs3021119	A	C	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=54;PP=2434;SC=GACACGGTACAACTCCCGCCT;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=128;WE=24567506;WS=24567488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	24614361	rs7146672	T	G	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=45;PP=1777;SC=TCCACACTTATGGACTGTGAG;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=24614369;WS=24614351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	24620821	rs149481717	A	T	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1624;ReadPosRankSum=0.592;SC=CCCTTCCGCCAGCGCCTCTGG;SOR=0.263;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=77;WE=24620829;WS=24620811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr14	24646406	rs10690822	G	GGAA	1986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=8;PP=1345;SC=TGATCGCAGAGGAAGAAGCTA;SOR=1.414;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=24;WE=24646414;WS=24646396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	24679877	rs2295322	C	T	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=27;PP=1139;SC=ACATCATCTCCAAAGCCCATA;SOR=0.979;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=72;WE=24679885;WS=24679867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	24702987	rs11158615	A	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=44;PP=1294;SC=GGCCATCTGAATTAGTGAGAT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=24702995;WS=24702977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	24718379	rs41294726	TCTCCGGGAGCCCTGGACTCCCC	T	764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=2967;SC=ACTGACTCCCTCTCCGGGAGC;SOR=4.407;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=14;WE=24718408;WS=24718370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	24718515	rs2229463	G	A	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=64;PP=2399;SC=CTCCTGGCACGGGGCTAAGCT;SOR=0.803;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=143;WE=24718523;WS=24718505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr14	24739055	rs2295313	T	G	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=433;SC=ACCAGCTCAGTGGACCCATCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=24739063;WS=24739054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	24761690	rs1051883	C	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=339;SC=GATGCCTACTCTAGCCAACCA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=24761698;WS=24761680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	24765622	rs2295307	G	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=299;SC=GGGGGAGGCCGGAGGGAAAAG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=24765630;WS=24765612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	24765684	rs2295306	G	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=403;SC=AGTGAGTGAGGGAACATGGGT;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=24765692;WS=24765674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	24769849	rs113258190	A	AGAG,AGAGGAG	1398.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5749;FS=4.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=1018;ReadPosRankSum=1.635;SC=GGAGTGCTGCAGAGGAGGAGG;SOR=1.367;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=16;WE=24769857;WS=24769839;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.79:34
chr14	24771137	rs4247000	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=425;SC=CTGGATTTTGGGAAAGCCGCT;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=24771145;WS=24771127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	24771256	rs4247001	T	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=21;PP=958;SC=TTTGCGCTCATCTCTGCAATG;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=51;WE=24771264;WS=24771246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	24772822	rs4982894	G	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=495;SC=CTGCTTTCATGGAGCTAACAT;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=24772830;WS=24772812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	24772922	rs4982895	C	T	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=41;PP=1875;SC=TCATCATATTCTGTCTTCTCC;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=107;WE=24772930;WS=24772912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	24791136	rs4981504	A	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=209;SC=TTGTGAAAACAAAGACGCTTG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=24791144;WS=24791126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	24793600	rs1884366	G	A	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=46;PP=1548;SC=CTGGGGGCCTGAAGGGAGACA;SOR=1.522;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=24793608;WS=24793590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	24795115	rs11622527	G	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=11;PP=540;SC=TGGGAGGGTGGGTGAAAGCAC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=28;WE=24795123;WS=24795105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	24795231	rs67156008	CCA	C	3836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=25;PP=2489;SC=CATCCCTTCTCCACCATATGA;SOR=1.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=52;WE=24795245;WS=24795221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	24795237	rs55970272	T	C	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=27;PP=1626;SC=TTCTCCACCATATGACCTCAG;SOR=1.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=79;WE=24795245;WS=24795221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	24795258	rs11622863	C	T	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=40;PP=2136;SC=GGCCTGCGGCCCCCCCAGCCC;SOR=1.282;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=107;WE=24795266;WS=24795248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	24800879	rs3181256	G	A	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=2;PP=111;SC=ATACAAAAGAGGAAACAGGTC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=24800887;WS=24800869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	24801623	rs118074190	C	G	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=139;SC=CTGCGCCCAGCGTTGCACCTT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=24801643;WS=24801613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	24801635	rs1950502	A	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=200;SC=TTGCACCTTGACTTGGAGTCA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=24801643;WS=24801613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	24801956	rs2332322	G	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=20;PP=713;SC=AGGGATCGAAGCCCGGGCCGT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=24801964;WS=24801946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	24802263	rs8003158	A	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=14;PP=438;SC=AGGAAAAGCCAGCAGCCCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=24802271;WS=24802253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	24803956	rs1124644	A	C	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=86;SC=TCACCCGCTCAAAGCCGCTAC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=24803964;WS=24803946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	24806229	rs724165	G	A	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=54;PP=1820;SC=CCAAGTTTTCGCTGGCAAGGG;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=104;WE=24806237;WS=24806219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	24806800	rs1950501	G	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=18;PP=707;SC=CAAAGGTCAAGGCATAAAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=24806808;WS=24806790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	24808168	rs3181248	G	A	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=22;PP=1611;SC=GGGCCTGGCTGGAGCAGCTCT;SOR=1.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=24808176;WS=24808158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	24834971	rs55726184	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=19;PP=596;SC=GGAGGCAGCGGAGCTGAGACC;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=24834979;WS=24834961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	24835017	rs11362560	CG	C	367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=147;SC=GAACCAAGGACGGGGGGGCTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=24835025;WS=24835007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	24839083	rs2229309	G	C	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=35;PP=1584;SC=GAAGCAGGGGGCCAGGGTGGG;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=24839091;WS=24839073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	24841095	.	C	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	24843620	rs2295298	T	C	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=15;PP=623;SC=TGGTACTGACTGGCTCCAACT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=24843628;WS=24843610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	24843699	rs12890614	C	T	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=20;PP=654;SC=GAGGGGAGGGCAGGCAGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=24843707;WS=24843689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	24844947	.	T	G	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=65;QD=16.6285354245;SC=GGATACCTCCTGGGGGGCGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=6;WE=24844955;WS=24844937;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,6:0.46:13
chr14	24845154	rs12880769	C	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=400;SC=CCCGAGGGCTCCCTGCCTCAT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=24845162;WS=24845144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	24845841	rs7149586	T	C	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.089;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1854;ReadPosRankSum=-0.717;SC=CTCCTCTTTCTCCCTGGGGCT;SOR=0.309;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=95;WE=24845849;WS=24845831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr14	24846757	rs2243891	A	G	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=25;PP=1331;SC=CTAGATTAAGACCTGCCTGGA;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=24846765;WS=24846747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	24882373	rs3818251	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=455;SC=GGCATGGGAGGGATTAGGGCT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=24882381;WS=24882363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	24882440	rs4982909	G	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=5;PP=740;SC=GGGTCTCAGCGCCATGGAGAA;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=24882448;WS=24882430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	24882805	rs10146609	T	C	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TTAATACATATATGAAAGCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=24882813;WS=24882795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	24883887	rs8017377	G	A	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=8;PP=373;SC=GAGTGATGACGCTGACTCTGG;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=23;WE=24883895;WS=24883877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	24887462	rs3814811	T	C	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=22;PP=847;SC=GGCATCTCTATCTGAAGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=24887470;WS=24887452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	24898558	rs2273632	C	T	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=11;PP=844;SC=AGCTTCAGGGCAGCCCTGCTG;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=24898566;WS=24898548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	24898693	rs2273631	C	T	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	24898696	rs2273630	T	C	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.45;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	24898751	rs2273629	G	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=686;SC=GCATCTTTCCGTTTGTTGGAA;SOR=2.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=24898759;WS=24898741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	24898780	rs5025771	C	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=419;SC=TACTCCACCACGGGTACCCTC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=24898788;WS=24898770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	24900209	rs1956905	C	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=285;SC=AGAGCAGGGCCGAGGAGAGCA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=24900217;WS=24900199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	24901249	rs3742520	A	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=21;PP=836;SC=GAGGGAGGGAAACAGGGTGGT;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=24901257;WS=24901239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	24901276	rs7151995	G	T	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=16;PP=636;SC=GAGATGGATTGGGGGTGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=24901284;WS=24901266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	24901844	rs2255591	A	G	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=35;PP=1912;ReadPosRankSum=-1.261;SC=CTAAGGGCCTAGGAGAGGGAG;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=83;WE=24901852;WS=24901833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr14	24905533	rs2277488	G	A	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=36;PP=1772;SC=TACTGGTCTCGGTTGTCTGGG;SOR=1.222;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=99;WE=24905541;WS=24905523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	24905548	rs2277489	G	A	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=43;PP=1987;SC=TCTGGGAGGTGGGCAAGGGCC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=111;WE=24905556;WS=24905538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	24909281	rs1043839	C	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=13;PP=740;SC=GCCCTTGCCACGACCTACTTA;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=24909289;WS=24909271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	24909362	rs1043831	T	C	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=32;PP=1029;SC=CAGTGTTCGCTGTGGGATCAC;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=24909370;WS=24909352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	24909475	rs3211056	C	G	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=37;PP=1626;SC=GGGCAGCACCCAAGGTCTGGG;SOR=0.995;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=99;WE=24909483;WS=24909465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	24909731	rs2273628	C	T	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=43;PP=1876;SC=TACAGGGGTCCTCTCAGCCTT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=61;TCR=43;TR=104;WE=24909739;WS=24909721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	24910210	rs712487	C	A	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=39;PP=1328;SC=TCCCCTTGGCCTCACCTTCTC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=24910218;WS=24910200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	24910317	rs10668100	C	CTT	883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=17;PP=901;SC=TGGAGGAACTCTGGTTGCAGG;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=24910325;WS=24910307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	24910846	rs11628143	C	T	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=43;SC=GTTCCCCTGGCGAATATAAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=24910854;WS=24910836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	24910876	rs11158703	G	A	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=134;SC=TTTGGGGGGCGTACCTACACC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=24910884;WS=24910866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	24910973	rs11625819	TT	GA	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.168;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=704;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CGGCTGCCGATTACCTCTTTT;SOR=1.108;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=34;WE=24910982;WS=24910963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr14	24911116	rs11158704	C	T	452.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CCCTGAATTTCGGCTTAAGAG;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=24911124;WS=24911106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr14	24911169	rs11158705	C	T	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=7;PP=403;SC=CATTCATTTCCTGGGCATCCT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=24911177;WS=24911159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	24911764	rs1956903	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=9;PP=556;SC=CTGACACCAGGCTTCTCCCCA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=24911772;WS=24911754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	24911852	rs12897925	C	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=3;PP=904;SC=GCTAGGAGGCCAAGGCCAGGT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=45;WE=24911860;WS=24911842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	24970942	rs4600392	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=16;PP=607;SC=CTCCCAACCAAGTAAAGGGGT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=24970950;WS=24970932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	24975435	rs5249	G	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=995;ReadPosRankSum=1.122;SC=AGTTGAATTGGGATGGGAAGG;SOR=0.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=57;WE=24975443;WS=24975425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr14	24975509	rs1885108	T	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;SC=AATGAAGGACTGTCAGTCCTC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=24975517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	25045589	rs12878578	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=115;SC=CTGCTCAGGAAGTTTGCCCAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=25045597;WS=25045579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	25078914	rs1957526	A	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=207;SC=GGTACAGTAAACTCAGAGACC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=25078922;WS=25078904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	25102160	rs8192917	C	T	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=28;PP=1266;SC=GAAGTCGTCTCGTATCAGGAA;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=25102168;WS=25102150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	25287095	rs854398	T	C	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=185;SC=ATGAATGAGATGACAAGACAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=25287103;WS=25287085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	25347877	rs74347688	C	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.54;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	26939474	rs1245213	T	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	28102476	rs35170395	CTA	C	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=312;SC=CCATACATCTCTATATATATG;SOR=3.056;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=7;WE=28102485;WS=28102466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	28733843	rs10135219	A	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr14	28733847	rs10145670	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=1.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr14	28733956	rs10145770	G	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CACTGTGACAGCCCACCTCGC;SOR=0.639;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=147;TCF=92;TCR=55;TR=77;WE=28733964;WS=28733946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,83:0.53:156
chr14	29242271	rs35069942	AT	A	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-1.771;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr14	29261375	rs187150624	T	C	2473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=54;PP=1642;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GTCTAAACTATTAGACAGGTT;SOR=0.509;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=202;TCF=93;TCR=109;TR=107;WE=29261383;WS=29261365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,114:0.52:218
chr14	30047580	rs2273815	C	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=24;PP=676;SC=AAAAAAATTACCAGTAAAAAT;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=30047588;WS=30047570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	30063202	rs2273814	A	G	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=21;PP=1646;SC=GAGACAAATTATAAATGATTT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=75;WE=30063210;WS=30063192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	30098349	rs1191601	T	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=13;PP=604;SC=GTAAGAGATGTAATAGCAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=30098357;WS=30098339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	30102025	rs1209180	T	C	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=19;PP=1087;SC=TACATTCCCATGAAAAAGCAA;SOR=1.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=66;WE=30102033;WS=30102015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	30103441	rs1191599	T	C	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=265;SC=TTTCCTAACTTCGTTGCTTGC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=30103449;WS=30103431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	31085880	.	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=2.207;SC=GAATATAAAGGAATATTATAG;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=9;WE=31085888;WS=31085870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr14	31344039	rs11555426	A	G	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1259;ReadPosRankSum=1.051;SC=GCGCCCGGGGATCCGAAGGGT;SOR=0.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=114;TCF=87;TCR=27;TR=71;WE=31344047;WS=31344029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,71:0.63:113
chr14	31348876	rs7140538	G	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
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chr14	31354296	rs28362773	T	G	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;PP=1393;ReadPosRankSum=0.594;SC=TGCATGGAAGTGGGAATCAGT;SOR=0.604;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=197;TCF=99;TCR=98;TR=97;WE=31354304;WS=31354286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,107:0.50:213
chr14	31355096	rs1045644	C	G	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1453;ReadPosRankSum=-0.930;SC=AAGCTGTGCACTCATGAACAA;SOR=0.676;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=234;TCF=132;TCR=102;TR=100;WE=31355104;WS=31355086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,109:0.43:252
chr14	31355169	rs146166304	C	T	3655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=75;PP=2285;ReadPosRankSum=0.885;SC=ATGGCTCCAGCAGTGTTGGAG;SOR=0.499;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=281;TCF=154;TCR=127;TR=156;WE=31355177;WS=31355159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,167:0.55:305
chr14	31355527	rs17097458	C	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=571;ReadPosRankSum=-1.487;SC=AGGTAAGGTCCTTGTTCTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=39;WE=31355535;WS=31355517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr14	31380215	rs3830860	TA	T	1898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=21;PP=1018;SC=TCCATTCACTTAAAAAAAATA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=45;WE=31380223;WS=31380205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	31381351	rs2273171	T	C	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=103;PP=2965;SC=ATACTTGGGATTCCATGTCTT;SOR=1.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=182;WE=31381359;WS=31381341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr14	31404277	rs9322868	T	C	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=18;PP=1449;SC=TGCCACCATATATTTATACAC;SOR=1.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=31404285;WS=31404267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	31424661	rs2378813	A	G	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	31483761	rs179724	G	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	31535603	rs6571386	G	C	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=78;PP=2668;SC=TTTGTTATTAGTGAGTCTCAG;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=143;WE=31535624;WS=31535593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	31538939	rs7150619	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=296;ReadPosRankSum=-2.486;SC=TTAATATTCTATATTTCTAGG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=18;WE=31538947;WS=31538929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr14	31538984	rs7155228	C	G	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=23;PP=1426;SC=CTAGAACTTACGCATGTCATT;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=31538992;WS=31538974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	31549745	rs11621299	T	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=740;ReadPosRankSum=-1.928;SC=CAGTGTCTTTTTTCTAACCCT;SOR=0.805;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=51;WE=31549753;WS=31549735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,52:0.42:123
chr14	31582380	rs1315794	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=13;PP=568;SC=AGTAAACTGAAGCTGTTCATC;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=31582388;WS=31582370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	31582526	rs2273483	T	C	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=916;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CAACTATATATAGAATACGCA;SOR=0.663;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=69;WE=31582534;WS=31582516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,74:0.48:154
chr14	31583512	rs61976859	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.402;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=1.167;SC=TTTTCCTTTTCTTTATCAGAA;SOR=0.197;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=12;WE=31583520;WS=31583502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr14	31597685	rs7157007	C	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=0;PP=788;SC=TATTCCTGAACTGCTAAATTT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=31597693;WS=31597675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	31610939	rs12888959	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=253;ReadPosRankSum=2.506;SC=ACATGTATAATATGTTACTTT;SOR=0.324;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=17;WE=31610947;WS=31610929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr14	31647241	rs2274201	G	A	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=35;PP=1577;ReadPosRankSum=0.756;SC=CACACTGTTCGGCTAAGTCTC;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=138;TCR=71;TR=103;WE=31647249;WS=31647231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,112:0.50:224
chr14	31647448	rs34666986	G	A	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=1113;ReadPosRankSum=0.983;SC=GTAAGAAAGTGCGAGGAGGAC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=43;TCR=86;TR=72;WE=31647456;WS=31647438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,78:0.56:140
chr14	31793053	rs57656564	GAT	G	821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=20;PP=1000;SC=TCAACTGAAAGATATATATAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=21;WE=31793062;WS=31793043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	31795361	rs3736917	A	G	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=14;PP=1156;SC=ATAATGTCCAATACTTACCAG;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=31795369;WS=31795351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	31806781	rs200544620	C	T	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=47;PP=1341;ReadPosRankSum=-1.715;SC=CAAGCCAGTACTGCTCTTCTC;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=101;WE=31806789;WS=31806771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,120:0.56:213
chr14	31806943	rs4595710	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=731;SC=GGACACAATTTATAAATACAT;SOR=3.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=28;WE=31806951;WS=31806933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	31809486	rs8012940	C	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=438;SC=TTTGCTTATACTGGTATCAAA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=31809494;WS=31809476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	31809568	rs11408327	G	GA	3754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=23;PP=2593;SC=AGATGCAGAGGAAACAAACAT;SOR=1.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=62;WE=31809576;WS=31809558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	31819047	rs3736918	C	T	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.94;NF=74;NR=61;PP=2610;SC=TCATCTACCACTTGGGCTAAT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=135;WE=31819055;WS=31819037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	31819913	rs7158257	A	G	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=45;PP=1499;SC=AGCTGTTCCAATATAAGAAGC;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=92;WE=31819921;WS=31819903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr14	31819966	rs10602248	TTTTG	T	729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=1126;SC=GTAGGTAAGTTTTTGTTTGTT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=14;WE=31819977;WS=31819956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	31828076	rs942907	A	C	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=44;PP=1809;SC=ATTGAATCTAATCAAGAGTAA;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=31828084;WS=31828066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	31841162	rs5025288	T	C	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=63;PP=1633;SC=TAATCAACCATGAAAGGCACA;SOR=1.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=31841170;WS=31841152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	31849524	rs4981841	T	A	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=721;SC=AAAGGCTTTTTAAGGTGACTA;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=31849532;WS=31849518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	31849863	.	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=248;ReadPosRankSum=0.078;SC=ACAATATCTTGAAAAATTAAT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=13;WE=31849871;WS=31849853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr14	31858025	rs3887865	C	T	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=19;PP=1573;SC=AAGAGTTAGACTGAGATACTG;SOR=1.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=78;WE=31858033;WS=31858015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	31864300	rs7142126	T	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=569;SC=GAGATAGTCCTAGCTGACTAC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=31864308;WS=31864290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	31864485	rs7141532	G	C	6474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=112;PP=2965;SC=CTGTGACAAGGTGCAGCGGCA;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=110;TCR=112;TR=222;WE=31864493;WS=31864475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr14	31922408	rs34278949	G	A	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=25;PP=2008;SC=GCCTCCCAACGTGTTGGGATT;SOR=2.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=77;TCR=25;TR=102;WE=31922416;WS=31922398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	32019884	rs76342166	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=0.131;SC=TTTGGCGAAAGGAAAACAGGG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=8;WE=32019892;WS=32019874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr14	32032129	rs10143899	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=10;PP=272;SC=GCTCATTTTTCCCCATTTTTA;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=32032137;WS=32032119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	32032214	rs10144137	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	32034147	rs3759779	A	T	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=2;PP=100;SC=ATTACATGAAAATATTAAAAG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=32034155;WS=32034137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	32142544	.	A	AT	31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=12;HapScore=2;MGOF=72;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=31;QD=18.5;SC=AAAAGAGAGGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=32142552;WS=32142534;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr14	32296018	rs1540425	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=771;SC=TTAGTCCTGTACAGAAGTCTT;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=32296026;WS=32296008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	32315901	rs8006872	A	G	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=968;SC=GGAGTCTCACACCTGTAATCC;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=32315909;WS=32315891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	32328508	rs4981131	G	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TCTAAGGAAAGAATGTCTTCA;SOR=1.562;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=10;WE=32328516;WS=32328498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr14	32414145	rs1278926	C	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=849;SC=CTGCTGGGACCGACTGCAGCT;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=32414153;WS=32414135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	32414386	rs1278927	C	A	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=52;PP=1586;SC=TTAATAGGGTCAAAGGAGGGT;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=87;WE=32414394;WS=32414376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	32414463	rs1278928	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=470;SC=TGGGCAGGCATCCATTATGTG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=32414471;WS=32414453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	32419235	rs1278941	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=487;ReadPosRankSum=1.175;SC=CAGCCTGCCCAGGTTTATTAA;SOR=0.196;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=38;WE=32419243;WS=32419225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr14	32419331	rs1278942	C	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1255;ReadPosRankSum=-0.444;SC=TAAGAGCATACTCCCTGAAGA;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=203;TCF=108;TCR=95;TR=88;WE=32419339;WS=32419321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,91:0.41:223
chr14	32419398	rs2236532	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=735;ReadPosRankSum=0.758;SC=CTGAGCAATAGGAATTTCTTC;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=47;WE=32419406;WS=32419388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,52:0.39:132
chr14	32419548	rs1278943	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr14	32438484	rs1952966	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.065;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=524;ReadPosRankSum=1.262;SC=GAAGCAATACGAAAAGGATAG;SOR=0.469;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=41;WE=32438492;WS=32438474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr14	32563640	rs8004384	A	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=14;PP=379;SC=GCTTGTTGTTACTTTTTTAAA;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=32563648;WS=32563630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	33015014	rs7150894	G	A	3167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.161;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=67;PP=1910;ReadPosRankSum=-0.210;SC=ACTCTCCCACGCAGCCTACAT;SOR=0.531;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=286;TCF=142;TCR=144;TR=142;WE=33015033;WS=33015004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,152:0.50:307
chr14	33046388	rs1950703	A	G	7466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=99;PP=2965;SC=AAACTACAGAAAATTGGACTC;SOR=0.947;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=139;TCR=99;TR=238;WE=33046396;WS=33046378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr14	33046471	rs768787	T	G	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=104;PP=2965;SC=GTGTTGTTCTTGCTGTCAATA;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=67;TCR=104;TR=171;WE=33046479;WS=33046461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr14	33147414	rs1950697	C	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=349;SC=AAAAGGAGCACTATAATGATG;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=33147422;WS=33147404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	33165084	rs3742927	A	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=110;SC=CTCTTCTCTTATTGTAGATAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=33165092;WS=33165074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	33165182	rs3742929	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=11;PP=621;SC=CTACATTTTGCGCCTTATCTT;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=33165190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	33242863	rs2273163	T	C	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=72;PP=2670;SC=ACTCATAGATTGGTTTCTCTC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=95;TCR=72;TR=167;WE=33242871;WS=33242853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	33408360	.	ACGGCCC	A	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.472;NF=5;NR=5;PP=355;ReadPosRankSum=0.052;SC=GGCCACGGCCACGGCCCCGGC;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=10;WE=33408373;WS=33408350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr14	33525317	rs35719018	G	GA	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.69;MQRankSum=1.139;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	34243477	rs8019077	T	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=9;PP=583;SC=GCATTTCTCATAAGAAATGCT;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=34243485;WS=34243467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	34263034	rs36025922	TAAA	T	1336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.371;QD=37.13;ReadPosRankSum=0.289;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr14	34395148	rs3832940	GA	G	2605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=1773;ReadPosRankSum=0.882;SC=GGACAGAAAGGAGAATAAAGA;SOR=0.519;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=102;TCF=27;TCR=75;TR=47;WE=34395156;WS=34395138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,78:0.47:167
chr14	34396100	rs10137361	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=-1.837;SC=TTTAAAACTACATAAAATTGA;SOR=1.051;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=10;WE=34396108;WS=34396090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr14	34396358	.	G	GATTT	115	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=115;QD=40.0;SC=AGTCTACCCTGATTTATTTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=34396366;WS=34396348;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,3:0.43:7
chr14	34993863	rs61981524	A	G	1636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;QD=40.92;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr14	35050586	rs4403967	G	T	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=145;SC=TCTTGATCTCGTGACCTCGTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=35050594;WS=35050576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	35062166	rs12435717	T	C	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=129;SC=ACTACTGCTCTATATTAAGAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=35062174;WS=35062156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	35062312	rs12432539	C	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=25;PP=779;SC=GGTTATGATACTCCAAAAGAA;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=35062320;WS=35062302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	35075022	rs7151774	G	T	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=69;PP=2057;SC=AAGCTAAGGGGATCCAGAATG;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=121;WE=35075030;WS=35075012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	35099099	rs11847568	A	G	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=29;PP=1364;SC=GAGCGAAAGGAAGGCAGAACT;SOR=1.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=71;WE=35099107;WS=35099089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	35099391	rs201601692	A	AGCGGG	173.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=1;PP=73;SC=GGCGGCCAGGAGCGGGGCGGG;SOR=1.609;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=35099399;WS=35099381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	35182348	rs35515423	GA	G	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=10.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=2.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr14	35182406	rs35219728	GATA	G	1108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.096;NF=15;NR=15;PP=1033;ReadPosRankSum=0.361;SC=GACTGACTATGATAATAATAA;SOR=0.346;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=30;WE=35182416;WS=35182396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr14	35183548	rs10149653	C	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TCCCCGCCCCCCAAAATCCAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=35183556;WS=35183538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	35183888	rs117211470	C	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=1.711;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	35252202	.	T	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-2.748;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	35343629	rs2145031	A	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.340;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr14	35465784	rs2273158	T	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=296;ReadPosRankSum=-1.233;SC=TCTTACAGTATCTAAACACTA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=14;WE=35465792;WS=35465774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr14	35468893	rs12433712	T	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=450;ReadPosRankSum=-0.084;SC=AGGCACAGTTTAGTTTAGTTT;SOR=0.732;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=31;WE=35468901;WS=35468883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr14	35469991	rs8017191	G	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=6.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=550;ReadPosRankSum=0.047;SC=ATAGACTTACGAGTCTGTAGT;SOR=1.795;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=54;TCR=1;TR=27;WE=35469999;WS=35469981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr14	35470019	rs8018114	T	C	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=3;PP=615;ReadPosRankSum=0.750;SC=TGCATGTTAATTGGAAGACTA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=78;TCR=6;TR=36;WE=35470027;WS=35470009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr14	35470049	rs8017225	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=24;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.137;SC=ATGACTGAATGTTGTACATTC;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=169;TCF=119;TCR=50;TR=79;WE=35470057;WS=35470039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,84:0.48:174
chr14	35476673	rs28456062	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=245;SC=ATATAAAAATGTAAAGCCTGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=35476681;WS=35476663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	35477785	rs1712351	G	A	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=107;SC=TATATGTATAGTTTGTTATAT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=35477793;WS=35477775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	35482797	rs2383692	A	G	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=734;ReadPosRankSum=-1.288;SC=ATATGTTTCAATAGTGAGCCT;SOR=0.269;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=44;WE=35482805;WS=35482787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr14	35482953	rs77255477	C	T	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=604;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TTCAGATCTGCTGGAAATTTG;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=34;WE=35482961;WS=35482943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr14	35488309	rs17102982	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=231;ReadPosRankSum=1.254;SC=TTCCTCAGGCAAAAATGTTCT;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=15;WE=35488317;WS=35488299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr14	35497274	rs369411374	CT	C	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=8.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.004;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,29:0.23:125
chr14	35515606	rs4007475	TGG	T	1016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=616;SC=AGGCGGGCGCTGGGCGGGTGA;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=35515615;WS=35515596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	35566040	rs75741665	A	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	35576458	rs10132769	A	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=554;ReadPosRankSum=0.971;SC=ACTACAGTTTACATTTTAGTG;SOR=1.380;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=29;WE=35576466;WS=35576448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr14	35591174	rs1056879	T	C	4342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=92;PP=2718;ReadPosRankSum=1.532;SC=ATGGCCGACTTCCGCGCAGCA;SOR=0.732;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=401;TCF=204;TCR=197;TR=193;WE=35591182;WS=35591164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,210:0.50:420
chr14	35591316	rs28365850	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=420;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GGCTAAAGAGGCAAAAACAAT;SOR=0.504;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=28;WE=35591324;WS=35591306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr14	35592538	rs941653	C	G	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=694;ReadPosRankSum=-0.764;SC=ACTCTTATGTCTCGCTGTTTC;SOR=0.553;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=40;WE=35592546;WS=35592528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr14	35596092	rs10147080	C	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AGGATAATTACAAGTTTGTAA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=35596100;WS=35596082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr14	35649748	.	G	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr14	35649770	.	T	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr14	35761675	rs1048990	C	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=634;ReadPosRankSum=1.152;SC=AGTAGTGCTTCTACCAACATG;SOR=0.375;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=37;WE=35761683;WS=35761665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr14	35782253	rs4665	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=416;ReadPosRankSum=-1.361;SC=GGACATTTGAACAGACAGTGG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=30;WE=35782261;WS=35782243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr14	35871217	rs8904	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr14	35871407	rs1022714	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=96;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=15;PP=434;SC=ACAGGCTGAGAGAGTTTGCCT;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=27;WE=35871415;WS=35871397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	35871441	rs70937092	A	AGTAAGCTATTAAAAAAAGG	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=6;PP=1009;SC=TTAAAAAAAGAGGGGGGGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=11;WE=35871449;WS=35871431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	35871960	rs2233419	G	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=1002;ReadPosRankSum=-1.088;SC=AGTGCGTCGGGGGCAGGAAGC;SOR=0.933;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=68;WE=35871968;WS=35871947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,74:0.56:131
chr14	35872094	rs2233417	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=-0.722;SC=AAAAGTATAACCACCTGTTTC;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=12;WE=35872102;WS=35872084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr14	35872792	rs2233415	A	G	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=39;PP=2288;SC=AGGTGAGGGTAAATAGTGCTC;SOR=1.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=119;WE=35872800;WS=35872782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	35872926	rs1050851	G	A	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=54;PP=1709;SC=AGTTGAGGAAGGCCAGGTCTC;SOR=1.996;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=35872934;WS=35872916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	35873567	rs2233411	A	T	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=21;PP=1877;SC=TCCCACCCCCAGGCCGCGCGC;SOR=1.995;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=94;WE=35873575;WS=35873557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	36004075	rs1958260	A	G	5394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=115;NR=68;PP=2965;SC=GCACCCACGGACTGCGCGTCT;SOR=1.074;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=115;TCR=68;TR=183;WE=36004083;WS=36004065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	36121087	rs35892589	CA	C	227.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=GATCTGTAAGCAAAAAAAAAT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=36121095;WS=36121077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	36231816	rs11847872	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=12;PP=517;SC=AGACAATTCAGAGATCTTTAG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=36231824;WS=36231806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	36240374	.	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-0.674;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr14	36334030	rs12890607	G	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=7;PP=275;SC=AATTTAGGATGCCAAAGCATT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=36334038;WS=36334020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	36400983	rs1168980	T	G	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1381;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AGTAATTAGTTTGCGTGTGTG;SOR=0.594;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=191;TCF=95;TCR=96;TR=104;WE=36400991;WS=36400973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,111:0.53:211
chr14	36768276	rs4900833	T	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=24;PP=972;SC=ATGACAAGGATGAGAGGAGTT;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=36768284;WS=36768266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	36769898	rs2296387	T	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.335;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	36781037	rs7154340	C	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=409;SC=CATCTAACCACAAGTATGAAG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=36781045;WS=36781027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	36789729	rs3168891	T	G	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=40;PP=1311;SC=AGAGGTTGGGTCTGCATCTTC;SOR=0.878;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=81;WE=36789737;WS=36789719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	36789775	rs2899849	A	T	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=33;PP=953;SC=CGGGCGATTAAGCTCCGTGGC;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=36789783;WS=36789765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	36789795	rs11558802	G	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=23;PP=670;SC=CAGCAGCCATGATATCTTCTC;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=36789803;WS=36789785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	36840650	rs3742592	A	T	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=126;NR=113;PP=2965;SC=CCAACCTACAACCCAGGGTCT;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=126;TCR=113;TR=239;WE=36840658;WS=36840640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr14	36944188	rs1012914	G	A	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=52;PP=1610;SC=CTATTTCTGCGTAACAAATTA;SOR=1.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=36944196;WS=36944178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	36947081	rs12435251	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCCCCTCCTCCATCTATAAAA;SOR=1.287;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=21;WE=36947089;WS=36947071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr14	36988928	rs149047715	A	AAG	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=1149;ReadPosRankSum=1.184;SC=TTAGGTCTCAAAGAGAGAGAG;SOR=0.878;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=29;WE=36988936;WS=36988918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr14	37051427	rs11624339	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	37051634	rs35669843	G	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=575;SC=GGCAGGCTGGGAACGGAGGGG;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=37051642;WS=37051624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	37153163	rs1884217	A	G	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TGAGATAGGGACCCAGCATTT;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=65;WE=37153171;WS=37153153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
chr14	37153185	rs10132292	T	A	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=678;ReadPosRankSum=-0.299;SC=AAAAAATAAATTATTTGGAAT;SOR=0.529;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=45;WE=37153193;WS=37153175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr14	37344229	rs5807914	A	AG	5031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=53;PP=2936;SC=GATAAAGAAAATCCAATAAAC;SOR=1.016;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=67;WE=37344237;WS=37344219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	37344275	rs712384	C	T	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=53;PP=1594;SC=TCCTTGATCCCGTCGATTTCT;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=82;WE=37344283;WS=37344265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	37344347	rs2021404	C	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=524;SC=TAGTAATAGGCTAGTGGCAAA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=37344355;WS=37344337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	37641880	rs1403	C	A	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=67;NR=75;PP=2391;SC=GGCGCCCACGCCCTTCTCTAT;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=142;WE=37641888;WS=37641870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	37838604	rs35277854	C	CA	207.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-2.335;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr14	38016044	rs10151200	C	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=187;SC=CTTTATCAGCCAGGACATTCT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=38016052;WS=38016034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	38061742	rs7144658	C	T	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=1.230;SC=GGCATGCCGGCTACTGCGCCG;SOR=0.356;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=103;TCR=68;TR=169;WE=38061750;WS=38061732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr14	38064009	rs762083	G	C	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=6;PP=1989;SC=CCCCCGGCCCGCCTGCCTGCC;SOR=4.205;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=66;TCR=6;TR=72;WE=38064017;WS=38063999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	38064215	rs79519281	G	C	7083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=145;PP=2965;SC=ATCCAGCCCTGTGCGAAGCGA;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=89;TCR=145;TR=234;WE=38064223;WS=38064205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr14	38205027	rs1570399	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=203;SC=TTCTCTTTGGTTCTTTTGTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=38205035;WS=38205017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	38206818	rs4901157	G	A	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=427;SC=TAGCTTATCAGATAGTATCTG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=38206826;WS=38206808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	38207008	rs11439106	A	AT	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=228;SC=TAATCACCTTATTTTTTTTTA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=38207026;WS=38206998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	38207018	rs17107021	A	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=330;SC=ATTTTTTTTTAAAAGCATCTA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=38207026;WS=38206998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	38218343	rs12586727	A	G	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=927;ReadPosRankSum=-0.070;SC=AGATGCGAGCATACCTGTAAA;SOR=0.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=174;TCF=85;TCR=89;TR=74;WE=38218351;WS=38218333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,80:0.42:191
chr14	38218872	rs17768594	T	G	92.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=37;SC=TAGGATATCCTCCTTTAACAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=38218880;WS=38218862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	38222291	rs4901176	G	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=16;PP=1116;SC=TGTACCTCCCGCTGTCCCTAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=38222299;WS=38222281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	38259876	rs12590844	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=0.011;SC=TTTACCTATGGTTATTTTAGA;SOR=0.551;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=38259884;WS=38259866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	38260034	rs17107106	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=463;ReadPosRankSum=0.015;SC=CTGTCATTTCTCTAGAAAGGT;SOR=1.151;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=35;WE=38260042;WS=38260024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr14	38260089	rs7153624	C	T	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=15;PP=430;SC=TGTAAAAAATCGAAAACCTGA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=38260097;WS=38260079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	38265344	rs1951639	T	A	65.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr14	38266074	rs9805910	C	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1016;ReadPosRankSum=-1.394;SC=AGGTCTTGGACGGAATCAGCT;SOR=0.805;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=81;WE=38266082;WS=38266064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,88:0.45:196
chr14	38276433	rs66496750	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TTTTTGGGAGGCATAGATTTG;SOR=0.074;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=38276441;WS=38276432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	38276503	.	T	TTC	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-1.979;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr14	38295646	rs10483494	T	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=322;SC=CTTTTTAAAGTGACTTATGGA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=38295654;WS=38295636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	38310606	rs10151474	G	A	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=145;SC=TTTCTGTATAGTAAGTTGCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=38310614;WS=38310596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	38678356	rs12437095	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=355;ReadPosRankSum=1.843;SC=TCCTCTCCACGGTCGCCTGTG;SOR=0.665;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=31;WE=38678364;WS=38678346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr14	38678492	rs12434340	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=1.173;SC=TGGGCGGCTGTGGGCTGCAGG;SOR=0.169;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=10;WE=38678500;WS=38678482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr14	38679473	rs2228497	C	T	3911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=88;PP=2517;ReadPosRankSum=0.543;SC=TGCAGCTGGTCAACGTGTTTG;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=396;TCF=207;TCR=189;TR=185;WE=38679481;WS=38679463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,192:0.45:423
chr14	39502539	rs11418467	G	GA	785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=689;SC=ACTCCTAGAGGAAAAAAGATA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=39502547;WS=39502529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	39502626	rs11283010	A	AAATAGAAC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=208;SC=AAATCATTTGAAATGCCTATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=39502634;WS=39502616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	39511952	rs3837584	CT	C	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=-0.871;SC=AGTAAAAAGACTTTACATGCA;SOR=0.357;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=7;WE=39511960;WS=39511942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr14	39512122	rs4902326	T	A	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=441;SC=GGAAAAATAATCTACTCAATA;SOR=1.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=25;WE=39512130;WS=39512112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	39514231	rs1884384	T	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GCGAATACATTAATAGGTTGA;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=39514239;WS=39514221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	39517691	rs4902344	T	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=77;SC=GGTGGCACACTCCTGTAGTCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=39517699;WS=39517681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	39543508	rs12164875	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=204;ReadPosRankSum=-1.046;SC=ATGTGTTGCCTTGAAGTAGTG;SOR=0.148;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=12;WE=39543516;WS=39543498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr14	39543814	rs147995893	T	TAAG	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=734;SC=CAAAATGATCTAAGGACTAAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=15;WE=39543822;WS=39543804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	39554891	.	T	TACAC	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.33;MQRankSum=2.109;QD=9.62;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	39554893	rs8009506	T	C	436.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.74;MQRankSum=0.875;QD=20.79;ReadPosRankSum=1.602;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr14	39556185	rs8018720	G	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=688;ReadPosRankSum=2.219;SC=GCTTGAGTAAGTGGTACTTTA;SOR=0.861;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=44;WE=39556193;WS=39556175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr14	39565403	rs3818163	T	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.940;SC=GTTCAAAATATGAATGTTCTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=39565411;WS=39565393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	39583481	rs2277458	A	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=525;ReadPosRankSum=0.226;SC=GTCTATTAGTACGCCTGCGCT;SOR=0.308;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=31;WE=39583489;WS=39583471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr14	39587348	rs10136536	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=0.250;SC=CTGTTCTTAGACTGTAGCTGG;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=12;WE=39587356;WS=39587338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr14	39594378	rs10131369	T	G	57.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TATTTAATCCTTACTACAACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=39594386;WS=39594368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr14	39603093	rs45622837	G	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-1.192;SC=AACTTCCTGGGCTCCAGCAAT;SOR=0.141;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=39603101;WS=39603083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	39605542	rs9322993	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=611;SC=TTTAACCAGTTTCTTATTGAT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=39605550;WS=39605532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	39620788	rs8003485	A	T	125.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=0;PP=97;SC=AATTACTGAAAATGAATGTAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=39620796;WS=39620778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	39620884	.	TA	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.857;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr14	39620936	rs8003807	C	T	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=35;PP=1433;SC=GTAAGAAAGGCGAATTCAACT;SOR=0.852;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=90;WE=39620944;WS=39620926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	39623533	rs12147991	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=356;ReadPosRankSum=1.186;SC=CCAAAGTCAATGTACCTAGCA;SOR=1.593;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=23;WE=39623541;WS=39623523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr14	39627695	rs9322994	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=157;ReadPosRankSum=-1.594;SC=AATGCCAGAACAGCACTGAAC;SOR=1.212;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=15;WE=39627703;WS=39627685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr14	39627747	rs761804	A	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=451;SC=TTTGAGACAGATTCTGGCTCT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=39627755;WS=39627737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	39644498	rs1061583	G	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=658;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CGGTCGCCGTGAGAACTTTGC;SOR=0.476;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=49;WE=39644506;WS=39644488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr14	39645458	rs2273592	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AGTGTTTGTCGTCTTTGTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=39645466;WS=39645448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	39645863	rs2252040	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=263;SC=AAATATAAATGTTTATTAACA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=39645871;WS=39645853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	39645921	.	G	GC	33	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=8;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=33;QD=25.0;SC=GCCACTCCCTGCCCCCCCCAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=39645929;WS=39645911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr14	39650234	rs2180792	A	T	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=68;PP=2522;ReadPosRankSum=-0.706;SC=AGAATGTAAAACCCTTTCTCC;SOR=0.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=138;WE=39650242;WS=39650224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr14	39650924	rs13021	A	G	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1441;ReadPosRankSum=-0.110;SC=AAAAGGTGGTAGTAGTAGAGA;SOR=0.366;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=162;TCF=104;TCR=58;TR=84;WE=39650932;WS=39650914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,94:0.52:180
chr14	39651193	rs532	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=151;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CTTTTTGGAAAATACAGACTG;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=10;WE=39651201;WS=39651183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr14	39703324	rs7141840	A	G	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.457;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=1671;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TTAGCATGGCAAAATTTGGCG;SOR=0.514;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=236;TCF=135;TCR=101;TR=122;WE=39703332;WS=39703314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,131:0.52:254
chr14	39703498	rs7143646	T	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=589;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TAAAATCTTATTGTGGTCACG;SOR=0.836;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=36;WE=39703506;WS=39703488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,44:0.40:111
chr14	39716201	rs11845046	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=310;ReadPosRankSum=1.646;SC=GTGAAAATATATATCCTTATG;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=21;WE=39716209;WS=39716191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr14	39716808	rs3825549	T	C	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=928;ReadPosRankSum=0.317;SC=TTTTCCCAATTCCATATCATC;SOR=0.512;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=50;WE=39716816;WS=39716798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr14	39722023	rs10134365	G	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=596;ReadPosRankSum=-2.905;SC=ATCTTCTAAAGATAGTGATGA;SOR=0.927;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=46;WE=39722031;WS=39722013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr14	39734473	rs17693279	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-1.036;SC=ATGTCAAAACGGGATCACAGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=39734481;WS=39734463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	39736680	rs7140561	T	C	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=31;PP=1476;SC=GAGCCCGGGGTTACCCCTCAA;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=39736688;WS=39736670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	39748480	rs7158558	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=5;PP=299;SC=GACGTTAAATGAATTGATTTA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=39748488;WS=39748470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	39760393	rs2274399	A	G	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.792;SC=ACTATTTGAAAAAAATGTGAA;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=39760401;WS=39760383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	39763006	rs956109	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr14	39763111	rs956108	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=436;ReadPosRankSum=1.727;SC=CACTTATGGAGCTAAAGTGTT;SOR=0.220;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=36;WE=39763119;WS=39763101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr14	39772870	rs183296565	T	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=1.469;SC=TCATCATCAATTGCTTTTTCC;SOR=0.818;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=8;WE=39772878;WS=39772860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	39773639	rs2274398	G	T	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr14	39818028	rs1140952	A	G	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=53;PP=1578;SC=TCTTGCTCCAATCAGAGGTCC;SOR=1.845;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=78;WE=39818036;WS=39818018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	39818145	rs1060878	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.966;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=128;ReadPosRankSum=0.307;SC=TTTTCCACCAGGGGATTTCCC;SOR=0.518;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=14;WE=39818153;WS=39818135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr14	39818222	rs7156249	G	T	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=255;SC=TCAATATGTGGTTTATTAATC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=39818230;WS=39818212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	39856043	rs10146207	G	C	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=25;PP=1694;SC=TCAGCAACTCGTCTCTCTTCT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=85;WE=39856051;WS=39856033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	39870296	rs10146622	T	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=591;SC=CTTGATACTATAAAGGTCAGT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=39870304;WS=39870286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	39871017	rs7156962	T	C	5972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=110;PP=2965;SC=AGGACAGCCATTTCAGTTGCC;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=86;TCR=110;TR=196;WE=39871025;WS=39871007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr14	39871168	rs7157316	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=574;SC=AATTTTGAGATCTATTTTTCC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=39871176;WS=39871158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	39871742	rs7158282	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=610;SC=TTAAAATGATTTGCTAAATAA;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=39871750;WS=39871732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	39901157	rs61999077	C	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=54;PP=1738;ReadPosRankSum=1.664;SC=CGCTGGGCAGCGACGCAGCGC;SOR=0.572;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=198;TCF=97;TCR=101;TR=111;WE=39901165;WS=39901147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,116:0.55:212
chr14	42355771	rs721222	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=361;SC=AATTAAATCACTGGATGCTAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=42355779;WS=42355761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	42355811	rs77016987	T	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=340;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CGTTACAGGCTCTTAAACCTG;SOR=1.569;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=24;WE=42355819;WS=42355801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr14	42360633	rs6572117	T	C	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.846;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TCATGCAGTCTCAGTTTTTGG;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=149;WE=42360641;WS=42360623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr14	42997963	rs9323070	A	G	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=386;ReadPosRankSum=-3.309;SC=CACTTTTCCTATGCATTATTT;SOR=0.916;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=33;WE=42997971;WS=42997953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr14	42998026	rs10148466	T	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=469;SC=AACTGCTCATTGTTTTCTTAC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=42998034;WS=42998016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	44973638	rs412408	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=293;ReadPosRankSum=1.153;SC=AGCTACTTCCCGCTGCCCACC;SOR=0.770;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=19;WE=44973646;WS=44973628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr14	44974922	rs3825632	A	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=203;ReadPosRankSum=-1.221;SC=GAGGCTGAACATCAGCAAGGG;SOR=0.625;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=13;WE=44974930;WS=44974912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr14	44975147	rs11623175	A	G	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=753;ReadPosRankSum=0.246;SC=GCAGAATTTCAGCCAGAAGCT;SOR=0.705;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=56;WE=44975155;WS=44975137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,59:0.47:126
chr14	44975511	rs45478391	G	A	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=1044;ReadPosRankSum=0.254;SC=TAAAAGTACCGGGGGACCTTT;SOR=0.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=61;WE=44975519;WS=44975501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr14	44976241	rs11629125	T	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CACGCTGAGATAGGCTGATTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=44976249;WS=44976231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	45602733	rs78116598	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=-0.243;SC=ATTTTAAAAATTGTATAGAAA;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=14;WE=45602741;WS=45602723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr14	45673260	rs11626440	A	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TGAAAATACAAACACTGTCTG;SOR=0.845;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=22;WE=45673268;WS=45673250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr14	47120621	.	C	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CTGTCAGCCCCAGCACAGGAC;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=69;WE=47120629;WS=47120611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,70:0.53:131
chr14	47310983	rs11844549	T	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=507;SC=TTATCCCCAGTGCTTAAAAAA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=47310991;WS=47310973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	47341055	rs1491910	C	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=18;PP=559;SC=AGTTTAACTTCTCAAAAGCTT;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=47341063;WS=47341045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	47341131	rs2933208	C	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=202;SC=TGGGAAGATTCCTTGAGACCA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=47341139;WS=47341121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	47528470	rs8009302	T	C	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=65;PP=2606;SC=TCTCAGACTTTGTAGAGCTTC;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=93;TCR=65;TR=157;WE=47528478;WS=47528460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	47528551	rs10144183	T	A	4511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=81;PP=2643;SC=TTGGAAGAAGTCAATATATTT;SOR=1.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=69;TCR=81;TR=150;WE=47528559;WS=47528541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	47530841	rs7147260	A	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.70;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	47530845	rs7147741	G	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	47582348	rs8006750	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=0.035;SC=ATCCACTGACTCCACAGAAAT;SOR=1.426;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=9;WE=47582356;WS=47582338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr14	47613364	rs72680210	G	T	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=31;PP=955;ReadPosRankSum=0.519;SC=CAGCTATACCGAACAGGAGGA;SOR=0.774;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=191;TCF=111;TCR=80;TR=79;WE=47613372;WS=47613354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,92:0.44:208
chr14	47687187	rs8011854	A	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=309;SC=GAAATCCATAATAGGCTTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=47687195;WS=47687177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	47770841	rs2275504	C	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=27;PP=736;SC=AAAAGCAATTCTTATTAGACT;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=47770849;WS=47770831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	47812374	rs7161720	T	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	50044392	rs2883438	T	C	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=31;PP=1378;SC=ACCCTGTTGTTAATACCTCTG;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=75;WE=50044400;WS=50044382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	50065359	rs2281837	C	G	12669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=236;NR=214;PP=2965;SC=GACGTGCGCCCGCAACGCGTA;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=451;TCF=236;TCR=215;TR=450;WE=50065367;WS=50065349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr14	50065444	rs12884574	G	A	3555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=96;PP=2354;ReadPosRankSum=1.649;SC=GCGCTCGGGGGAAAAGACGTT;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=379;TCF=178;TCR=201;TR=180;WE=50065452;WS=50065429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,180:0.46:394
chr14	50065717	rs2281836	G	C	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=41;PP=1809;SC=CCAGCTTGACGTGGTTGTGGC;SOR=0.870;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=97;WE=50065725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	50068299	rs11625804	C	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=489;ReadPosRankSum=0.420;SC=GATTCCTGCTCTCATGGAGTT;SOR=0.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=37;WE=50068307;WS=50068289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr14	50069282	rs2354444	A	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-1.296;SC=TGAAGTACAGAGGCATAGTCA;SOR=0.132;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=12;WE=50069290;WS=50069272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr14	50070384	rs7146398	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.157;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	50074014	rs2354445	G	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=152;ReadPosRankSum=1.144;SC=GTAAATCATTGTATCACATTC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=50074022;WS=50074004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	50074122	rs17121605	T	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=677;ReadPosRankSum=-1.543;SC=ATTCAGGCCATTTCCAGCAGT;SOR=0.701;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=54;WE=50074130;WS=50074112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
chr14	50074520	rs7148147	C	T	2767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=56;PP=1776;ReadPosRankSum=0.180;SC=GAAGTCACTTCGGAGTTTGGA;SOR=0.594;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=223;TCF=112;TCR=111;TR=120;WE=50074528;WS=50074510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,127:0.55:232
chr14	50080871	rs6572592	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=439;SC=TATACTAATCGCTTAATAATT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=50080879;WS=50080861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	50087753	rs7519	T	C	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=555;ReadPosRankSum=-2.057;SC=GCGGCGCCGATGCTCGAGCTG;SOR=0.566;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=55;WE=50087761;WS=50087743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,64:0.64:100
chr14	50092471	rs9989177	T	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=631;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GTTTAAGTTATCTTTTTCCTC;SOR=0.546;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=37;WE=50092479;WS=50092461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr14	50094913	rs2985696	C	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=213;SC=CTAATAAGTCCCACTTGACAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=50094921;WS=50094903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	50100386	rs2985687	T	C	5901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=99;PP=2965;SC=ACTCCTCGCGTGTTTCCACAC;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=117;TCR=100;TR=216;WE=50100394;WS=50100376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr14	50100683	rs2985686	C	G	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=28;PP=1056;SC=CTCCGTCCTCCGCGCGACTCC;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=59;WE=50100691;WS=50100673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	50101370	rs2985685	G	A	6797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=107;PP=2965;SC=CCAGGGCCGTGGCGTCCAGCA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=121;TCR=107;TR=228;WE=50101378;WS=50101360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr14	50101682	rs2985684	C	G	10057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=204;NR=156;PP=2965;SC=CCACCCCGCGCTCACGCTCTA;SOR=0.978;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=362;TCF=205;TCR=157;TR=360;WE=50101690;WS=50101672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr14	50110319	rs3218801	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=-0.370;SC=ACATAAGATATAGAGTTAAGC;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=8;WE=50110327;WS=50110309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	50113915	rs7155238	T	G	99.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACTGTAGACATTTTCAAAAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=50113923;WS=50113905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr14	50114117	rs3218792	CT	C	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=6.539;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=0.219;SC=AATGCTCAGACTTTTTTTTAA;SOR=2.786;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=50114125;WS=50114107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr14	50120858	rs3212323	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=196;ReadPosRankSum=-1.297;SC=TTGCAAAAATCTGAACAAAAC;SOR=0.604;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=17;WE=50120866;WS=50120848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr14	50122280	rs10678863	C	CAG	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATTGCTAACTCTGTTTTTTTT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=50122288;WS=50122270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr14	50131728	rs35615446	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=5.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=-1.873;SC=AGAAGTTACATTGAGAACCCA;SOR=0.082;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=50131736;WS=50131718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr14	50131846	rs3218791	G	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=223;ReadPosRankSum=-1.761;SC=GGTCTAGTTGGACTGTTCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=21;WE=50131854;WS=50131836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr14	50131932	rs3218795	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=0.056;SC=ATGAAAACCGTTGACAAAAAA;SOR=0.061;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=50131940;WS=50131922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	50133033	rs3218797	T	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=2.002;SC=AAAAGTTTGATGCTTATTAAG;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=24;WE=50133041;WS=50133023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr14	50133218	rs12432319	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.541;SC=ATTTGGGGTATACATTTCAGC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=50133226;WS=50133208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	50175792	rs11157703	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=274;SC=TAGTATTTTATTAGCAATTTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=50175800;WS=50175782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	50192609	rs10147220	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=1.645;SC=TCTGTTGCCCAGGCTGGAGTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=50192617;WS=50192599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	50195679	rs4301946	A	G	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=83;PP=2857;SC=CCGCGCATACATGTGCAGTTC;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=166;WE=50195687;WS=50195669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	50196373	rs34410594	T	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=405;ReadPosRankSum=-0.015;SC=ATTTTTTTCCTTCAGATCGTA;SOR=1.371;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=26;WE=50196381;WS=50196363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr14	50199337	rs60013005	A	AT	150.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5966;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=97;SC=GTGAGGGCAGATTTTTTTTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=50199345;WS=50199327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	50199375	rs10146753	A	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=394;ReadPosRankSum=-1.370;SC=AAAACCTTTTATTTTGATTAA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=20;WE=50199383;WS=50199365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr14	50206702	rs4898631	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=94;SC=AAGTTCAATCGTGTCTCTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=50206710;WS=50206692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	50241205	rs66520673	TAGA	T	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.631;NF=8;NR=3;PP=391;ReadPosRankSum=-0.333;SC=AGGATATAAGTAGAAGAAGAA;SOR=0.484;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=11;WE=50241215;WS=50241195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr14	50241258	rs4499141	A	C	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=47;PP=2715;SC=ACTTACATACATTTAATTTAT;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=139;WE=50241266;WS=50241248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	50244835	rs4900949	C	T	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=25;PP=1043;SC=CTAAGATAAACTGCTTGTATC;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=50244843;WS=50244825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	50245374	rs6572613	C	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=49;SC=TTTCCAAGGACTCTAGAACTC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=50245382;WS=50245364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50247290	rs4900952	G	T	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=635;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TAATTGCAGGGGGGGGAAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=33;WE=50247298;WS=50247280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr14	50251369	rs10143621	A	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=17;PP=787;SC=TCCTTTTTACATTCAGAAGAT;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=50251377;WS=50251359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	50251888	rs8009346	C	T	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=33;PP=1826;SC=ACTAAATAGACGTTACAAAAC;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=97;WE=50251896;WS=50251878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	50280577	rs3126194	T	C	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=141;SC=ACACTTCAGCTTCCCAAAGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=50280585;WS=50280567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	50280688	rs3126195	T	A	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=16;PP=834;SC=GAATTCTGAATAGAAAGAAAT;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=50280696;WS=50280678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	50298153	rs11365862	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	50298962	rs3100906	T	A	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=50;PP=1447;SC=GCTTCCAAGCTTGGTTTTATT;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=84;WE=50298970;WS=50298952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	50299051	.	CTT	C	37.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr14	50300310	rs3100904	A	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=17;PP=504;SC=AAGTGCTTACAAAATAATGTT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=50300318;WS=50300300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	50319327	rs3126160	T	C	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=70;PP=2965;SC=TAAGGAAACATATCAAGCTGG;SOR=1.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=121;TCR=70;TR=191;WE=50319335;WS=50319317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr14	50319499	rs3100887	G	T	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=92;PP=2938;SC=ACTACCGCAAGTTCCTCTACT;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=62;TCR=92;TR=154;WE=50319507;WS=50319485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	50477643	rs4900978	G	C	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=23;PP=1126;SC=CACATGCCATGTCACTTACTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=50477651;WS=50477633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	50550242	rs2355666	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=93;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AGGCTGTTCCCGTGACAAGAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=6;WE=50550250;WS=50550232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	50555664	rs2883738	G	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=0.247;SC=CCCAAATTCCGATGTTGAAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=50555672;WS=50555654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	50579480	rs79235752	AC	A	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.246;NF=1;NR=7;PP=257;ReadPosRankSum=-1.690;SC=AATAATATGAACTGACCTGTG;SOR=0.813;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=8;WE=50579488;WS=50579470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	50583083	rs11157729	G	T	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=41;PP=1510;ReadPosRankSum=1.251;SC=CAGCGCGTGGGCCCCGTCGCC;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=209;TCF=121;TCR=88;TR=100;WE=50583091;WS=50583073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,112:0.51:221
chr14	50585248	rs2227276	C	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=829;ReadPosRankSum=0.012;SC=AGCATCGACGCGGTACCCTTG;SOR=0.917;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=83;TCR=58;TR=62;WE=50585256;WS=50585238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,67:0.42:159
chr14	50600995	rs28565912	A	T	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=77;SC=ATATATAGTAAGTATATATTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=50601003;WS=50600985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50611845	rs2064667	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=174;ReadPosRankSum=-0.770;SC=ATGCTAATTTCATCATCCCCG;SOR=0.735;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=18;WE=50611853;WS=50611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr14	50612401	rs1014879	T	C	110.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AAAAAGACAATTAACCCAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=50612422;WS=50612391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	50612414	rs726797	C	T	97.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=0.674;SC=ACCCAAAAGACAGATGAACAC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=50612422;WS=50612391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	50623657	rs3736759	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=384;ReadPosRankSum=-1.257;SC=CACATAAAATGTGTGTGTGTG;SOR=0.573;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=25;WE=50623665;WS=50623647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr14	50623679	rs3736760	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr14	50623683	rs3736761	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.859;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr14	50626836	rs4900992	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GCTTATTCAACAGCTAGCAAC;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=50626844;WS=50626826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr14	50641347	rs10782418	T	G	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=784;ReadPosRankSum=1.995;SC=AACAGAAACGTCTACTAAAAA;SOR=0.500;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=31;TCR=70;TR=50;WE=50641355;WS=50641337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,53:0.49:108
chr14	50649088	rs2024811	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=269;ReadPosRankSum=0.906;SC=TTTATGGAAACGGGGTCTCAC;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=17;WE=50649096;WS=50649078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr14	50670965	rs1075537	G	C	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=12;PP=623;SC=TCATACAGTGGTTGAGTGACT;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=50670973;WS=50670955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	50682137	rs117294554	C	G	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=800;ReadPosRankSum=1.114;SC=GGAAGAGAACCATGCTTTACA;SOR=0.875;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=134;TCF=74;TCR=60;TR=59;WE=50682145;WS=50682127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,66:0.44:151
chr14	50697878	rs2273326	C	T	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=4.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=2.007;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,115:0.56:204
chr14	50704331	rs4901000	C	T	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.057;SC=AAGCTACAAGCGCTACCAGTC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=230;TCF=132;TCR=98;TR=106;WE=50704339;WS=50704321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,114:0.45:252
chr14	50732042	rs12432673	G	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=954;ReadPosRankSum=0.161;SC=CATAGGTCAGGACTGTATTTA;SOR=0.723;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=67;WE=50732050;WS=50732032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,76:0.55:138
chr14	50745123	rs10658363	A	ATTACTT	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTCTCTCAGAATTACATTAGA;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=50745131;WS=50745113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr14	50750577	rs12433038	A	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=740;ReadPosRankSum=-0.469;SC=AGAAAAGACAAGGATGGCTTA;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=78;TCF=68;TCR=10;TR=38;WE=50750585;WS=50750567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr14	50769717	rs2297995	G	A	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=54;PP=1355;ReadPosRankSum=1.241;SC=CGCCACCAACGATGACTATAT;SOR=0.515;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=174;TCF=75;TCR=99;TR=99;WE=50769725;WS=50769707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,107:0.58:184
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chr14	50788213	rs2275592	C	T	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=40;PP=1189;ReadPosRankSum=-2.440;SC=CAAATGATGCCGTTTGGAAAA;SOR=0.778;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=245;TCF=141;TCR=104;TR=97;WE=50788221;WS=50788203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,102:0.39:260
chr14	50789078	rs11357954	GT	G	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.09;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	50789101	rs10685266	A	AATAC	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=451;ReadPosRankSum=0.737;SC=GGATCTCACTAATTTATCTTC;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=11;WE=50789109;WS=50789091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr14	50789578	rs8017316	G	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=201;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TCCTGTGTTTGATATTTATTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=50789586;WS=50789568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	50792273	rs8003113	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.306;SC=AGTAAATTGAATTTATTTTTA;SOR=0.321;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=12;WE=50792281;WS=50792263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr14	50798743	rs4901016	G	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=169;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CATGCAGGCTGGAAACCCTGG;SOR=0.399;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=18;WE=50798751;WS=50798733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr14	50799126	rs7161563	G	C	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.428;SC=GTCAGCCTTTGAGTAGGGTCC;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=70;TCR=95;TR=74;WE=50799134;WS=50799116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,76:0.44:174
chr14	50799338	rs7141289	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.027;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=404;ReadPosRankSum=-2.451;SC=ATTAAATAAATAGTTTCTAGA;SOR=0.302;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=31;WE=50799346;WS=50799328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr14	50801102	rs7141402	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=-1.219;SC=ACTGACCTCAGGTGATCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=12;WE=50801110;WS=50801092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr14	50802727	rs7148089	A	C	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1074;ReadPosRankSum=-1.129;SC=TCCATAGCTTAAATATTTCTC;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=186;TCF=119;TCR=67;TR=73;WE=50802735;WS=50802717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,80:0.40:198
chr14	50802840	rs7148292	A	G	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=71;PP=1857;ReadPosRankSum=1.891;SC=GATGAGGCCAACTGGTTGCCT;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=108;TCR=149;TR=122;WE=50802848;WS=50802830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,124:0.46:268
chr14	50808802	rs7142237	G	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=204;ReadPosRankSum=1.043;SC=GTTGTATCAAGAACTTTTTCA;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=17;WE=50808810;WS=50808792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr14	50824839	rs11157737	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=601;ReadPosRankSum=0.901;SC=TCTTCTTCCAGTGCACACAAA;SOR=0.438;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=46;WE=50824847;WS=50824829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr14	50824954	rs11157738	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr14	50825033	rs11570816	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=61;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CCGGATTGCTTCCAGTGAAAT;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=5;WE=50825041;WS=50825023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr14	50828838	rs10137638	A	G	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.30;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	50844367	rs59930863	G	GA	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=733;ReadPosRankSum=1.284;SC=GGGGTGGGAGGAGCCCAGGGA;SOR=1.279;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=16;WE=50844375;WS=50844357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr14	50844856	rs1890978	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=277;ReadPosRankSum=0.803;SC=TAGGAAAAGCAACTCAGTTCC;SOR=0.852;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=24;WE=50844864;WS=50844846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr14	50845231	rs7151046	C	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	50857189	rs2015870	C	A	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=634;ReadPosRankSum=1.822;SC=TACAATTATTCTATTGTATTA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=47;WE=50857197;WS=50857179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr14	50863716	rs10136595	C	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=276;SC=CCCGGCCGCCCTCCCGGCTGC;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=50863724;WS=50863708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	50877491	rs1265878	C	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=318;SC=AGATGAGATGCGATCTCTCAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=50877499;WS=50877481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	50883083	rs142392887	C	T	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TGGTTTTTCTCCAGAATCACT;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=88;WE=50883091;WS=50883073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,87:0.49:179
chr14	50929508	rs11624731	C	A	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=83;PP=2565;SC=TGCTAAAAGACAACAAAATGA;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=121;WE=50929516;WS=50929498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	50942047	rs12717408	C	T	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=AAAAAATTTACTGGCACTTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=50942055;WS=50942037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr14	50971446	rs7146431	C	T	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=17;PP=935;SC=AAGACTTCTTCTGGGAAGAAG;SOR=1.217;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=53;WE=50971454;WS=50971436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	51057727	rs1060197	G	A	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=68;PP=1772;ReadPosRankSum=0.440;SC=GTGGATCTGAGCGAGAGACCA;SOR=0.885;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=229;TCF=107;TCR=122;TR=124;WE=51057735;WS=51057717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,132:0.54:243
chr14	51058234	rs2934684	G	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=25;PP=1165;ReadPosRankSum=1.408;SC=TATCAATAATGTACTCTTCTT;SOR=0.899;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=186;TCF=122;TCR=64;TR=78;WE=51058242;WS=51058224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,78:0.40:193
chr14	51060452	rs2291672	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	51062236	rs3834518	TTC	T	917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=876;ReadPosRankSum=0.486;SC=GGTGCTAAAGTTCTCTCTCTC;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=22;WE=51062245;WS=51062226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr14	51062455	rs10131107	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=481;ReadPosRankSum=0.416;SC=ATTTCATTGAGAAACCATTTT;SOR=0.751;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=27;WE=51062463;WS=51062445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr14	51087263	rs11157759	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.599;SC=ATTCTGTGGCATGGAGGACTG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=51087271;WS=51087253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr14	51096610	rs3080579	G	GTTCTT	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.225;NF=5;NR=2;PP=261;ReadPosRankSum=0.032;SC=TATCTGTTCTGAAATGCTCAC;SOR=1.371;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=7;WE=51096618;WS=51096600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr14	51097536	rs2934692	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=8;PP=335;SC=GCAAATTTCAGCTTTGTAAAT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=51097544;WS=51097526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	51107452	rs871643	T	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=832;ReadPosRankSum=2.725;SC=CAAATTTGTGTTGTAAATGTA;SOR=0.419;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=50;WE=51107460;WS=51107442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,52:0.54:97
chr14	51107737	rs4075253	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=2.944;SC=TACACCACCTGAAAGGTAATG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=51107745;WS=51107727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	51196142	rs2984274	T	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=232;SC=TGTGTGCCATTAGATTTAGGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=51196150;WS=51196132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	51202311	rs2295847	G	C	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.483;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=40;PP=1054;ReadPosRankSum=0.799;SC=TCTAATTCTTGTTCAAGGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=88;TCF=22;TCR=66;TR=50;WE=51202319;WS=51202301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr14	51206021	rs3015485	A	G	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=80;PP=2965;SC=AGCTTCTCCAATTACCTTCTC;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=169;WE=51206029;WS=51206011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	51208236	rs76858548	T	TGTA	2432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=5;PP=1707;SC=ATAACCAAGTTGTCCTAAGAT;SOR=2.790;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=37;WE=51208244;WS=51208226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	51223106	rs2295846	G	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=67;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TGCTCTCTTCGTGAAGACTAC;SOR=0.446;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=51223114;WS=51223096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr14	51223789	rs2073347	C	T	7454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=139;NR=106;PP=2965;SC=AACATTCAGCCCCTCATTTTC;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=245;WE=51223797;WS=51223779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr14	51224374	rs12882191	T	G	5979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=94;PP=2965;SC=CTGTAAAAACTGCTCTGTTTG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=115;TCR=94;TR=209;WE=51224382;WS=51224364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	51224417	rs2236316	G	C	2882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=52;PP=2114;ReadPosRankSum=-0.702;SC=TCAGTAGCTGGCTCATCCAAA;SOR=0.778;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=223;TCF=119;TCR=104;TR=121;WE=51224425;WS=51224407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,126:0.53:238
chr14	51224658	rs2073348	T	A	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=1138;ReadPosRankSum=-2.328;SC=TCTGAAGCATTGAGAGAGGAG;SOR=0.794;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=61;WE=51224666;WS=51224648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr14	51225097	rs41299191	T	C	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=665;ReadPosRankSum=-1.293;SC=AGAAGTTGTTTTCTCTCTCTT;SOR=0.697;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=45;WE=51225105;WS=51225087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr14	51225132	rs2073349	G	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=707;ReadPosRankSum=0.827;SC=GCAGCTCCTGGGCTTCCGCAC;SOR=0.688;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=45;WE=51225140;WS=51225122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,48:0.46:105
chr14	51228655	rs12883882	C	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=592;ReadPosRankSum=-0.685;SC=ACTCATTGATCCTGCAGCAGG;SOR=1.501;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=29;WE=51228663;WS=51228645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr14	51228682	rs6572694	G	A	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=662;SC=CAATAACACAGTGTGGCATCT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=51228690;WS=51228672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	51230431	rs150650334	CTT	C	411.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.612;QD=29.41;ReadPosRankSum=0.915;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr14	51230445	rs117261593	T	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.738;QD=22.70;ReadPosRankSum=2.340;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr14	51237701	rs17793018	A	G	2740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=72;PP=1805;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CCACCTGATCAACTCGTTCCC;SOR=0.819;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=281;TCF=138;TCR=143;TR=136;WE=51237709;WS=51237691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,139:0.47:296
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chr14	51245666	rs7143959	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.468;SC=AGTGTATCCATCTAGATGAGT;SOR=0.404;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=12;WE=51245674;WS=51245656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr14	51289874	rs1547077	G	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	51290141	rs9672090	A	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=49;PP=1304;SC=GTGATCGTCCATACGGCAGAT;SOR=2.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=51290149;WS=51290131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	51297448	rs201889202	G	GC	90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	51324884	rs2027343	A	G	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.341;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.881;NF=29;NR=41;PP=2685;ReadPosRankSum=-0.464;SC=ACAGCATCAGATTTCTGAAAA;SOR=0.418;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=123;TCF=47;TCR=76;TR=70;WE=51324903;WS=51324874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,76:0.57:133
chr14	51324894	rs72242050	AAG	A	1678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.362;NF=4;NR=28;PP=2695;ReadPosRankSum=0.668;SC=ATTTCTGAAAAAGAGAGGAAA;SOR=0.582;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=69;TCF=6;TCR=63;TR=32;WE=51324903;WS=51324874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr14	51338875	rs11850408	A	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=447;SC=GTGGCGGCGTATCGGGACACG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=51338883;WS=51338865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	51347023	rs12889998	T	C	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=123;SC=CTTTTTGTGGTGTTAGATTTT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=51347031;WS=51347013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	51347107	rs2185300	G	A	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=12;PP=755;SC=GGAGACTTTCGGCCTTTGGAA;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=51347115;WS=51347097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	51353493	rs7158183	T	C	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=87;SC=TTTGAACATATAGACACCAAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=51353501;WS=51353483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	51355517	rs10144606	C	A	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=51;PP=2745;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TTACTGATTTCTTTCTTTCTT;SOR=0.875;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=140;WE=51355525;WS=51355503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,132:0.96:137
chr14	51368495	rs17123103	G	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=345;SC=CTATATAACAGATGGCATAGC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=51368503;WS=51368485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	51368610	rs28564871	A	G	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=27;PP=1121;SC=AGACAAAATAATCTTTCCTAA;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=51368618;WS=51368600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	51368756	rs28485307	T	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=441;SC=AGAATATTGTTCTGCGCTTCT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=51368764;WS=51368746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	51370784	rs4901064	G	C	5720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=79;PP=2965;SC=TCTTTCTGTCGCTTGCAGCTC;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=192;WE=51370792;WS=51370774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	51371121	rs4901065	C	T	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	51371130	rs11157780	C	T	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=1.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	51371150	rs11157781	C	T	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=38;PP=1078;SC=GTATATTGTTCTAATGTAAAA;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=51371158;WS=51371140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	51372098	rs3216001	CA	C	2655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=1799;SC=TTTCTAGAGACAATTCTAGAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=44;WE=51372111;WS=51372088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	51372103	rs1042266	C	G	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=10;PP=1391;SC=AGAGACAATTCTAGAGTTCAA;SOR=2.904;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=60;WE=51372111;WS=51372088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	51372333	rs1959527	A	G	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=76;PP=2238;SC=GCTTTATAATAAACATCAGCC;SOR=1.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=46;TCR=76;TR=122;WE=51372341;WS=51372323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	51375699	rs11414268	T	TA	1713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=877;SC=GGGTGGGTGATAAAAAAAGGC;SOR=1.034;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=31;WE=51375707;WS=51375689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	51375797	rs8004768	T	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=325;SC=ATTCAAAGACTTCATTATAGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=51375805;WS=51375787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	51375826	rs8004788	T	C	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=150;SC=TGAGTATATATAACTTTTAAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=51375834;WS=51375816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	51378590	rs11356035	CT	C	5194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=55;PP=2951;SC=CTGGGGCAGCCTTTGGGGAAG;SOR=1.209;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=110;WE=51378598;WS=51378570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr14	51381286	rs4901066	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=381;SC=CAGCATGGAGTCCTGTGTGAC;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=51381294;WS=51381276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	51382358	rs1890701	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=593;SC=GTTAGCTCTATGGAGGTGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=27;WE=51382366;WS=51382348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	51383432	rs2075643	G	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=45;PP=1372;SC=CAGGGTGAGTGTCATTCAGCT;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=51383440;WS=51383422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	51446216	rs2275462	T	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=708;ReadPosRankSum=0.120;SC=TTTTTCTATTTAAGTCGAGGA;SOR=0.455;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=56;WE=51446224;WS=51446206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr14	51475794	rs2297889	A	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=11;PP=959;SC=ATGCAAGGACATACCTTTCAC;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=51475802;WS=51475784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	51491956	rs11848681	T	C	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=48;PP=2163;SC=CCGGCGGGTTTCCTTGCGTCC;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=118;WE=51491964;WS=51491946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	51492135	rs11268748	C	CCACACAGGTGTTTT	1738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=2900;SC=ACCAACAAGGCCAGCGAGACT;SOR=2.554;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=12;WE=51492143;WS=51492125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	51710508	rs35110538	T	TA	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.550;NF=6;NR=2;PP=331;ReadPosRankSum=0.583;SC=TTAAATTTTTTATCCCAAGAT;SOR=0.338;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=8;WE=51710516;WS=51710498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr14	51710551	rs10131881	A	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.631;NF=19;NR=5;PP=398;ReadPosRankSum=0.229;SC=AACTTTTTTTAAAAAAAAATC;SOR=0.478;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=24;WE=51710559;WS=51710541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr14	51710732	rs45564035	G	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=773;ReadPosRankSum=0.716;SC=TGCTGTTTGGGTTGATATATT;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=47;WE=51710740;WS=51710722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr14	51716161	rs59489282	GT	G	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=-0.146;SC=CAGATTTTTAGTTTTTTTTTT;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=17;WE=51716169;WS=51716151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr14	51716188	rs7161242	T	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=288;ReadPosRankSum=-0.845;SC=GATTTTAGACTTGCCATAACT;SOR=0.631;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=27;WE=51716196;WS=51716178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr14	51716467	rs7160810	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GACCACAGCCGTACCCATACC;SOR=0.850;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=11;WE=51716475;WS=51716457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr14	51720906	rs11157811	T	G	44.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr14	52165083	rs6572784	T	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=242;SC=TGATTTTCATTTTTAGTGTAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=52165091;WS=52165073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	52169450	.	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TTTCTTTTTAATATTTTGTAC;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=52169458;WS=52169440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	52182081	rs731715	T	A	6234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=99;PP=2965;SC=GCTTGCCTTCTGCCCGGAAGC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=117;TCR=99;TR=216;WE=52182089;WS=52182071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	52186966	rs2277495	G	A	10378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=199;NR=163;PP=2965;SC=CCCGGGACACGGGGCCAGAAG;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=199;TCR=163;TR=362;WE=52186974;WS=52186956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr14	52294397	rs6572795	G	A	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=7;PP=726;SC=ATTACACGCAGTGGAAAAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=52294405;WS=52294387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	52383228	rs11322270	GA	G	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.651;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr14	52418655	rs3825601	G	A	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1036;ReadPosRankSum=-0.696;SC=TCATCTGTGCGTTCCCAACAC;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=101;TCR=67;TR=78;WE=52418663;WS=52418645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,85:0.47:182
chr14	52465460	rs1151570	G	A	122.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATGTTTTTATGATGTGCTTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=52465468;WS=52465450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	52474721	rs1476284	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=-2.104;SC=AAAGAATAGCCATGTAGCCTG;SOR=0.725;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=34;WE=52474729;WS=52474711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr14	52477867	rs10146989	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=2.593;SC=GCAGGGGAAAGCAAAGCCCAA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=52477875;WS=52477857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	52478315	rs1051069	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=495;ReadPosRankSum=-0.347;SC=GTTCCAGACCAGCACGGCTGA;SOR=0.466;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=38;WE=52478323;WS=52478305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr14	52481917	rs946615	C	T	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=56;PP=1389;ReadPosRankSum=-0.391;SC=ACTGGTCATCCCGGGGGGTGC;SOR=0.984;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=97;WE=52481925;WS=52481907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,103:0.53:194
chr14	52486961	rs77091361	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-2.041;SC=ACAATCTGTGCGACTGCATGG;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=10;WE=52486969;WS=52486951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr14	52495354	rs74049344	T	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.095;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=582;ReadPosRankSum=1.212;SC=AGCCTCTGAATAGCAGAAGTC;SOR=1.091;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=35;WE=52495362;WS=52495344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr14	52495375	rs7144352	C	T	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=78;NR=43;PP=1941;SC=AAAACACTGACAGATTAAAGA;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=121;WE=52495383;WS=52495365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	52496387	rs2273430	C	A	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=52;PP=1664;SC=GCAAGGATTCCCCGGAGTGGG;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=102;WE=52496395;WS=52496377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	52496407	rs2273431	C	T	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=53;PP=1780;SC=GGTCTGAATCCTCTGCATGAG;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=99;WE=52496415;WS=52496397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	52505771	rs2029978	TT	AG	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=1164;SC=TTTTCTGCAGTTTTTTTCATC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=52505780;WS=52505761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	52507491	rs117965887	C	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=567;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TGGGTCAAGTCCCTCAGCAGT;SOR=0.990;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=42;WE=52507499;WS=52507481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr14	52509788	rs3818187	A	G	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=132;SC=CCGGCATAACATTCAACCCAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=52509796;WS=52509778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	52520368	rs2101919	C	T	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=84;PP=2864;SC=TGTAGTGTGACCTGAAGCAGG;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=64;TCR=84;TR=148;WE=52520376;WS=52520358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	52520746	rs35657569	G	T	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=922;ReadPosRankSum=0.002;SC=ACCCTCTAAAGGCTTTGTATC;SOR=0.564;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=63;WE=52520754;WS=52520736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,69:0.50:139
chr14	52520853	rs904059	A	G	5291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=89;PP=2965;SC=CATTCACATCATAGTAATCCA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=96;TCR=89;TR=185;WE=52520861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr14	52534997	rs7151874	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=350;SC=CCTTCCCCACTGGCCAGGGAG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=52535005;WS=52534987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	52535387	rs984051	A	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=9;PP=1202;SC=GGGCTCCAGGAGTGGGGTCTG;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=52535395;WS=52535377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	52535415	rs984050	G	A	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=28;PP=1714;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CCCTCTGGAGGCAGGGTTTCC;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=98;WE=52535423;WS=52535405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr14	52535648	rs3920038	G	T	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=72;PP=1975;SC=CATTAGCAACGGCAGCAGCAG;SOR=1.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=104;WE=52535656;WS=52535638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	52536512	rs1497082	T	C	6168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=95;PP=2965;SC=GACCATGAAATACTACTGTGT;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=121;TCR=95;TR=216;WE=52536520;WS=52536502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	52781195	rs1254598	G	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=14;PP=742;SC=GGAACGCTCCGGCTCTCAGAC;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=37;WE=52781203;WS=52781185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	52793786	rs45622535	A	G	92.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TAAGGAAGAAAGGTAAGATTC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=52793794;WS=52793776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr14	52794234	rs708502	T	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=36;PP=1074;SC=AAATTGTTCCTTGGAGAAATG;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=52794242;WS=52794224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	53098902	rs762063	G	A	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=67;PP=2316;SC=CCAGACTGTCGTCGTGGGCTC;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=131;WE=53098910;WS=53098892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	53100760	rs11157925	A	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=775;SC=AAGGTGATTTAGTGGTAATAT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=53100768;WS=53100750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	53110384	rs4898762	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=301;SC=GAAACCATCTTAGATAAATTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=53110392;WS=53110374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	53130507	rs17125636	T	C	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=71;PP=2406;SC=ACAACGCAAATAAGTAATTTA;SOR=1.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=121;WE=53130515;WS=53130497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	53133036	rs12885338	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=4;PP=728;SC=TGATTTTGTTTATAAAGAGAA;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=31;WE=53133044;WS=53133026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	53217384	rs71720974	CT	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.931;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.968;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr14	53250293	rs2296494	G	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=0.452;SC=TGGGCTTACAGGCAATTATTT;SOR=0.375;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=13;WE=53250301;WS=53250283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr14	53325090	rs6572868	C	T	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=24;PP=2061;SC=AAACAGTATTCCTATTCACAC;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=77;TCR=24;TR=101;WE=53325098;WS=53325080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	53326454	rs3818453	C	A	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=72;PP=2156;SC=AAGAAAAGAACGGTTAAAAAC;SOR=1.549;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=109;WE=53326462;WS=53326444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	53345266	rs2357946	G	C	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=131;NR=80;PP=2965;SC=ACCCTTTACCGGAATAAGTCC;SOR=1.184;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=132;TCR=80;TR=211;WE=53345274;WS=53345256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr14	53345378	rs2357947	G	A	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=77;PP=2271;SC=TGGCCTGCTCGTAAAGCTGAT;SOR=1.431;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=124;WE=53345386;WS=53345368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	53348540	rs62003529	T	G	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=837;ReadPosRankSum=1.659;SC=GTAAAGAACATCAGTGCCTAT;SOR=0.736;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=56;WE=53348548;WS=53348530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr14	53386172	rs5808695	A	ATAAT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTTAACAGCAATAATTAACTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=53386180;WS=53386162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr14	53513478	rs10599915	AAG	A	5245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=30;PP=2969;SC=CATGTCCTTCAAGAGAGTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=88;WE=53513487;WS=53513468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	53518551	rs78491021	AT	A	519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=276;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TATTCCTGACATATACCATAC;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=8;WE=53518559;WS=53518541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr14	53522324	rs5808701	T	TA	1954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=9;PP=1853;SC=CCCCCAAACTTATGTCTAGGA;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=43;WE=53522332;WS=53522314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	53525392	rs915436	C	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=30;PP=854;SC=GAAGTGTTATCTTTCAACAAA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=38;WE=53525400;WS=53525382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	53529669	rs4898778	A	T	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=45;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.726;SC=ACCGTCGTTTAGTTATATAGA;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=119;TCR=45;TR=163;WE=53529677;WS=53529659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr14	53539471	rs875663	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=800;ReadPosRankSum=1.107;SC=AGTCTCTGTTACAGGAAAGTA;SOR=1.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=41;WE=53539479;WS=53539461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr14	53619463	rs2358188	G	A	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=42;PP=1609;SC=GCTGCGGCGGGTGCAGCGACA;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=53619471;WS=53619453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	53619480	rs140904345	T	TGCCGCC	1972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.261;NF=13;NR=29;PP=1839;ReadPosRankSum=1.254;SC=GACAAGGAGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.818;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=42;WE=53619488;WS=53619470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr14	53619544	rs2358189	G	A	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=63;PP=2148;SC=CGGCGGAGCTGAAGTCATAGT;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=132;WE=53619552;WS=53619534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	54417522	rs17563	A	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	54418986	rs2761880	T	C	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=61;PP=1928;SC=AAAGAATAAATAAACACCAAT;SOR=2.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=76;WE=54418994;WS=54418976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	54863577	rs2235961	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=334;ReadPosRankSum=-1.511;SC=CTAGGAACCAGTCAGCGATTA;SOR=0.390;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=25;WE=54863585;WS=54863567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr14	54869027	.	C	CGT	77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=77;QD=20.25;SC=CATGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=54869035;WS=54869017;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr14	54875514	rs2179896	A	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=161;ReadPosRankSum=-0.992;SC=ACAGGTAGGTATAATATCACG;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=14;WE=54875522;WS=54875504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr14	54879473	rs2268332	G	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1021;ReadPosRankSum=1.108;SC=GCAACAGAGAGCCAGCCATGG;SOR=0.831;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=77;WE=54879481;WS=54879463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr14	54997792	rs74537102	G	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=223;ReadPosRankSum=-1.577;SC=AATTTTGAAAGCATTACCTTT;SOR=0.278;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=24;WE=54997800;WS=54997782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr14	55034793	rs368799723	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=462;ReadPosRankSum=-0.204;SC=CCGACTGCGCCGAGCTGCACG;SOR=0.523;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=28;WE=55034801;WS=55034783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr14	55154053	rs11626473	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=25;PP=1057;SC=CTTGGCATCTCGGGGAGGACC;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=55154061;WS=55154043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	55168673	rs1022754	A	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=346;SC=AAATATAGCCAGACTATGTAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=55168681;WS=55168663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	55218161	rs2295820	A	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.142;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=0.767;SC=CTTGTTATTTAATTACAGAAT;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=14;WE=55218169;WS=55218151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr14	55218435	rs2295822	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=0.381;SC=TGCTTCTTTGAAAGCTGATGC;SOR=0.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=10;WE=55218443;WS=55218425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr14	55221345	rs911612	G	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=2;PP=105;SC=TGACGGCACCGGTGGCAGACT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=55221353;WS=55221342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	55221543	rs11627203	T	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.892;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=700;ReadPosRankSum=0.524;SC=TGCAGAGCTCTTTTGTTCAGT;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=45;WE=55221551;WS=55221533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr14	55227103	rs12879706	C	T	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,66:0.44:149
chr14	55231155	rs75520101	T	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=399;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CTAATTCATCTTTTCTTTTTA;SOR=0.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=30;WE=55231163;WS=55231145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr14	55326331	rs55934565	T	C	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=785;ReadPosRankSum=0.836;SC=CCTGATGAGATAGATTCTCAG;SOR=1.390;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=47;WE=55326339;WS=55326321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr14	55434186	rs117021459	C	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=-0.527;SC=AAAAAGTTTTCAAAAGTTAGT;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=14;WE=55434194;WS=55434176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr14	55480102	.	TAAAC	T	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=305;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TTTCATGAGATAAACAAAGGT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=55480113;WS=55480100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	55493350	rs1187878	T	C	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=12;PP=1817;SC=GAGTCATTTTTAGCTGACTGC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=65;TCR=12;TR=77;WE=55493358;WS=55493340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	55493408	rs1201378	T	C	6982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=94;PP=2965;SC=ACCTAAAACGTTGTTTCTCAA;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=148;TCR=94;TR=242;WE=55493416;WS=55493398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr14	55649899	.	C	A	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=63;PP=1516;ReadPosRankSum=0.215;SC=CAATTGGTCTCCCTATCTATA;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=217;TCF=90;TCR=127;TR=109;WE=55649907;WS=55649889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,111:0.48:229
chr14	55902542	rs7149317	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=204;ReadPosRankSum=0.232;SC=CTAATTATTGGAAGGAATACT;SOR=1.286;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=15;WE=55902550;WS=55902532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr14	55907025	rs8020152	T	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=412;ReadPosRankSum=1.628;SC=ATGGTCGCTATGAGTTTTAAG;SOR=0.557;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=34;WE=55907033;WS=55907015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr14	55907172	rs8019270	C	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr14	56100160	rs10135907	G	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=442;SC=AGACTTTTGTGTTTTTACATT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=56100168;WS=56100150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	56108033	rs2341890	G	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=410;SC=CTCTGAAACAGTGTTTCTGTA;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=26;WE=56108041;WS=56108023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	56126456	rs7160678	C	A	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=28;PP=1234;SC=TTTATAAAGTCGTAACTATTT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=56126464;WS=56126446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	56142480	rs3736877	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=304;SC=TTCATTCTTCAGTCCTAGAGG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=56142488;WS=56142470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	56167983	.	AT	A	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr14	56755425	rs34574403	C	CA	201.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=61.53;NF=0;NR=9;PP=168;SC=TTAATTGGAGCAAAAAAAAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=56755433;WS=56755415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	56763886	rs1152466	G	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1021;ReadPosRankSum=1.551;SC=ATTGACTGACGCCCTTGACAG;SOR=0.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=102;TCR=112;TR=88;WE=56763894;WS=56763876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,94:0.42:223
chr14	56958173	rs1889382	C	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=208;SC=CCCTCAGGCCCATGTCTGTTC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=56958181;WS=56958163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	56958247	rs12893562	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=382;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GAGAAATACTCCAAATGAATT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=27;WE=56958255;WS=56958237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr14	56958328	rs12894026	G	A	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=526;ReadPosRankSum=1.320;SC=CAGTTTCAGCGCCACATCGGG;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=41;WE=56958336;WS=56958318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr14	57046829	rs2275025	C	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=687;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CTGTCCCTCTCCCCTGGTCCC;SOR=0.325;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=47;WE=57046837;WS=57046819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr14	57052511	rs3737171	G	T	5889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=87;PP=2965;SC=CTTTGTTCACGCTGGTGGCTA;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=109;TCR=87;TR=196;WE=57052519;WS=57052501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr14	57070501	rs10782433	A	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=26;PP=1530;SC=TTTTTGTTGGAAAAGAAGATT;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=83;WE=57070509;WS=57070491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	57072203	rs3818777	T	A	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=79;SC=GAATGCTTGGTTTTAATATAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=57072211;WS=57072193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	57085217	.	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=191;ReadPosRankSum=1.337;SC=GCACACACAACTAGGTGCATG;SOR=0.704;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=15;WE=57085225;WS=57085207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr14	57092038	rs2274706	A	G	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=13;PP=1042;SC=ATTACTTGATAAACTTGATTC;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=57092046;WS=57092028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	57099859	rs1041316	G	A	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=57;PP=1645;SC=CTTACAAAAAGTATCTATAAC;SOR=1.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=82;WE=57099867;WS=57099849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	57101682	rs913742	A	G	7248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=118;PP=2965;SC=TGACTATTCTACATTTTTGTG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=131;TCR=118;TR=249;WE=57101690;WS=57101672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr14	57116979	rs1958530	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=25;SC=TTCGGCCTGAAGAGCCAGTGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=57116987;WS=57116969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	57196766	rs10151357	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=353;ReadPosRankSum=0.334;SC=TTTTTTTCCACTGGGGAAAAT;SOR=0.107;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=23;WE=57196774;WS=57196756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr14	57699613	.	CCA	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	57755564	rs35759976	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=-0.449;SC=GAATTCTAAAGCCCCTGCTCC;SOR=0.633;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=22;WE=57755572;WS=57755554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr14	57863385	rs12894584	C	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=314;ReadPosRankSum=-0.621;SC=AAAATGCTTACCAATGGTTGG;SOR=0.201;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=18;WE=57863393;WS=57863375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr14	57866623	rs2152360	A	G	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	57876265	rs11620639	G	A	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=101;PP=2965;SC=ACTATCATCCGCACAGAATCG;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=83;TCR=101;TR=184;WE=57876273;WS=57876255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	57938124	rs1152531	C	T	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=44;PP=1596;SC=CTGTCCTGGTCCTCACCAGTG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=87;WE=57938132;WS=57938114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	57938260	rs1152530	T	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=15;PP=437;SC=CCAGGGACAGTAGTTATTCAC;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=57938268;WS=57938250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	57945689	rs1152525	G	A	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=16;PP=1335;SC=TTTGGCCCACGGCACAGCGAT;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=57945697;WS=57945679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	57948380	rs1152522	T	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=442;SC=TAGTACCTGCTATGAAAGACA;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=57948388;WS=57948370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	57957654	rs1203339	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	57957664	rs1203338	T	A	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	58036494	rs2297113	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=0.596;SC=GGCAAAACCCGAGGCCACTTA;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=58036502;WS=58036484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	58038544	rs725048	T	G	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=811;ReadPosRankSum=0.261;SC=ACATCGTACTTTCTTACTTTA;SOR=0.293;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=77;TCF=62;TCR=15;TR=44;WE=58038552;WS=58038534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr14	58047889	rs17093366	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=305;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CAAGGAGTTATGAAAAAGGCA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=18;WE=58047897;WS=58047879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr14	58056257	rs1190313	G	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=731;ReadPosRankSum=1.166;SC=GAATACAAATGTGAGGAAAGC;SOR=0.441;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=46;WE=58056265;WS=58056247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr14	58060586	rs180872	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CATTCTGTGACAATGGCGAGA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=58060606;WS=58060576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr14	58060598	rs238377	C	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-0.783;SC=ATGGCGAGATCTTTCTATTTA;SOR=0.765;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=58060606;WS=58060576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	58471349	rs17807721	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=1.264;SC=AGGACTAACGGCCTGATAGCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=58471357;WS=58471342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	58471699	rs727203	T	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=776;ReadPosRankSum=0.892;SC=GTGTGCTTTATTAAGTAAATT;SOR=0.806;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=38;WE=58471707;WS=58471689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr14	58478873	rs3837616	GA	G	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.339;SC=TTCTCACTAGGAAAAAAATAA;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=58478881;WS=58478863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr14	58599674	rs149751032	GGT	G	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,7:0.16:45
chr14	58600107	.	T	TA	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5549;HP=12;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=1;NR=6;PP=76;QD=11.7142857143;SC=CCTATTTTTTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=58600115;WS=58600097;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,7:0.78:9
chr14	58605072	rs61741193	C	G	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=63;PP=1685;ReadPosRankSum=2.409;SC=TCACCTGAGTCTCTTCATTGT;SOR=0.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=257;TCF=117;TCR=140;TR=119;WE=58605080;WS=58605062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,129:0.46:278
chr14	58674823	rs34557633	CA	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.968;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr14	58678057	rs17832891	G	A	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=68;PP=1820;ReadPosRankSum=2.073;SC=CTCTTCTGACGCTTGGAATTA;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=148;TCR=148;TR=136;WE=58678065;WS=58678047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,156:0.46:336
chr14	58690427	rs34387083	TA	T	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr14	58770392	rs186646250	C	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=719;ReadPosRankSum=-0.017;SC=AAGGGTCCCTCCAGACCAGCA;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=47;WE=58770400;WS=58770382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr14	58794930	rs75887271	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=175;ReadPosRankSum=-1.193;SC=AATAGGAATCAATCTGTTCTT;SOR=1.136;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=13;WE=58794938;WS=58794920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr14	58831142	rs1051858	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=20;PP=1106;SC=AATGGAAAAAACAGAAGAAGT;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=58831150;WS=58831132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	58863048	.	CA	C	1723.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.00;MQRankSum=11.205;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,85:0.48:178
chr14	58863049	.	AGGGCAC	GGGGCAC	2971	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=63.76;NF=11,37;NR=32,29;PP=2971,2962;QD=20;SC=GCTGAGGAGCAGGGCACGCAG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=43,66;WE=58863062;WS=58863039;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:91,66:0.42:157
chr14	58863049	.	AGGGCAC	A	2971	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=63.76;NF=11,37;NR=32,29;PP=2971,2962;QD=20;SC=GCTGAGGAGCAGGGCACGCAG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=43,66;WE=58863062;WS=58863039;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr14	58863050	.	GGGCAC	G	1711.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.98;MQRankSum=11.395;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,86:0.46:186
chr14	58869510	rs7153357	T	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=16;PP=428;SC=TTGTGAGTTATGACAGCTTAT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=58869518;WS=58869500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	58917225	rs1748970	C	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=1;PP=615;SC=AAAGTATAGGCAAGAGTAATA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=58917233;WS=58917215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	58917454	rs1748971	G	A	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=79;PP=2335;SC=TGGAAGTGTCGTGTCACAGAG;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=48;TCR=79;TR=127;WE=58917462;WS=58917444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	58920240	rs1748975	A	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=587;SC=GAGTTTTGTTAAGATTTTTCA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=58920248;WS=58920230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	58923395	rs1743721	G	A	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=21;PP=1609;SC=ATCTTCTGTAGCGTTGAAACT;SOR=1.775;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=78;WE=58923403;WS=58923385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	58926527	rs1748980	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=46;SC=TATTTGTAGACATTTTAAGTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=58926535;WS=58926517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	58932772	rs1743716	A	G	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=70;PP=2003;SC=AATATGTGGGATGGATTTTAT;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=103;WE=58932780;WS=58932762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	58934371	rs1632390	G	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=0;PP=716;SC=TGAGAATATAGCCATTAAGAT;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=58934379;WS=58934361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	58937416	rs1748986	T	C	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=97;PP=2965;SC=GAAGCATCTCTTCCTCCTGTG;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=85;TCR=97;TR=182;WE=58937424;WS=58937406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	58953617	rs1743702	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=314;SC=TACTTAACCCTGCCATCAATT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=58953625;WS=58953607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	58953746	rs1617510	C	G	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=47;PP=2331;SC=CACCCCACTGCCTACCCCACA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=122;WE=58953754;WS=58953736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	58954588	rs5808973	T	TA	1744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.291;NF=29;NR=19;PP=961;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TCTGTCCTTTTAAAAAAAAAC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=48;WE=58954596;WS=58954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,63:0.95:66
chr14	59105188	rs2003021	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr14	59112732	rs17832998	C	T	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=41;PP=1354;ReadPosRankSum=0.652;SC=CAAGAACATGCTCGGTGTTCC;SOR=0.763;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=91;WE=59112740;WS=59112722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,102:0.51:199
chr14	59730422	rs67718668	AAGG	A	1481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.222;NF=0;NR=30;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GGAGCCAGAGAAGGAGAAGAG;SOR=0.943;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=30;WE=59730432;WS=59730412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr14	59730453	rs1253006	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=466;ReadPosRankSum=1.161;SC=GAATGAGTTGGTTTGGTTTGA;SOR=1.469;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=27;WE=59730461;WS=59730443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr14	59787325	.	GT	G	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.614;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr14	59789586	rs8021976	A	G	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=61;PP=2965;SC=GCACTTAAGCATGGTGCATTT;SOR=1.333;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=117;TCR=61;TR=178;WE=59789594;WS=59789576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	59789727	rs8022614	G	A	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.863;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=63;PP=1584;ReadPosRankSum=2.534;SC=GCTGTATAAAGGCGTTAATGA;SOR=1.217;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=207;TCF=91;TCR=116;TR=103;WE=59789735;WS=59789717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,107:0.50:215
chr14	59797115	rs941883	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=239;ReadPosRankSum=0.652;SC=CCTAATAAAGATCCTCATAAT;SOR=0.610;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=13;WE=59797123;WS=59797105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	59797235	rs941884	A	G	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=854;ReadPosRankSum=-1.056;SC=ATGAGCTACAACAGAAACTGG;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=59;WE=59797243;WS=59797225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,66:0.44:149
chr14	59798473	rs2146012	C	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=527;ReadPosRankSum=1.272;SC=AAATAACCATCCCTGTTCTTT;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=24;WE=59798481;WS=59798463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr14	59814502	rs941886	C	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=21;PP=529;SC=AACTTAATGACCTTATTCTCT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=59814510;WS=59814492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	59834048	rs10130669	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=1.267;SC=ACAAAACTTACGTTTGACTCA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=59834056;WS=59834038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	59978366	rs10635523	A	ATG	6477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=45;PP=2957;SC=TTCCACCCTGATGCGTGCATG;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=75;WE=59978374;WS=59978356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	60004844	rs4261431	C	T	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=30;PP=1126;SC=TGCCACAAATCCACTGATCTC;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=71;WE=60004852;WS=60004834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	60031996	rs1980580	G	A	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=60;PP=1859;SC=GCTTCTCCCTGGGAGGAAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=97;WE=60032004;WS=60031986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	60032046	rs1980579	A	G	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=957;SC=TAAGAAAGGAATAGTCTGTGT;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=60032054;WS=60032036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	60034840	rs982862	G	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	60039374	rs12886261	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=208;ReadPosRankSum=2.235;SC=ACTTCATTCTGTTATAAGATC;SOR=0.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=18;WE=60039382;WS=60039364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr14	60041749	rs35273647	G	GA	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=0.438;SC=TGATTGTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=60041757;WS=60041739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr14	60043323	rs6573272	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=1.175;SC=TCCAGCGCCCGAGGGGCGTCT;SOR=0.883;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=13;WE=60043331;WS=60043313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr14	60043422	rs4898996	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=12;PP=372;SC=GGGAGGGGCCAGTGGAGACGG;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=60043430;WS=60043412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	60063472	rs6573275	A	G	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1625;ReadPosRankSum=2.096;SC=TTTACTCAGCATGCCTCTTAG;SOR=0.253;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=101;WE=60063480;WS=60063462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr14	60071972	rs1950787	T	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=363;ReadPosRankSum=-0.538;SC=CTTCTGACTCTAGAATATAAT;SOR=0.746;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=20;WE=60071980;WS=60071962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr14	60072023	rs1950786	G	A	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=27;PP=1643;SC=GCAGTTTACAGTATTACACCT;SOR=1.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=89;WE=60072031;WS=60072013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	60073935	rs1956372	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=1.263;SC=TGCATCTGTGAGCTGAAATAC;SOR=0.648;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=10;WE=60073943;WS=60073925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr14	60076783	rs1998111	G	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.111;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=797;ReadPosRankSum=-0.097;SC=TTCAGACAAAGAGAAGATAGA;SOR=0.608;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=54;WE=60076791;WS=60076773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,58:0.44:133
chr14	60394828	rs9323357	G	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=318;ReadPosRankSum=-0.533;SC=TAGTGACTTTGGGAAGCAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=20;WE=60394836;WS=60394818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr14	60405385	rs34650525	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AGGATTATCAGTTCAGTTCTT;SOR=0.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=60405393;WS=60405375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	60426771	rs150683	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=0.473;SC=TGATCTGAAATGGAGAGAATC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=60426779;WS=60426761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	60444652	rs219328	A	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=441;SC=GAGTTTGTTAATTATTAAACT;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=60444660;WS=60444642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	60451770	rs219341	G	A	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=2;PP=202;SC=ACTTCAGTTTGATGTAGAATG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=60451778;WS=60451760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	60451816	rs219342	G	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=381;SC=ATTTTATTTTGCTTCAGAGTC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=60451824;WS=60451806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	60468661	rs219369	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=733;SC=CCTTTTTTCACTGTATTTTTT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=60468669;WS=60468651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	60483598	rs219388	C	T	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=181;SC=ATACAACTTACCTAAATATAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=60483606;WS=60483588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	60484931	rs219391	C	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=110;SC=TTCAGCCGATCATTTAACCAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=60484939;WS=60484921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	60485240	rs219392	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=8;PP=216;SC=GGTTTCCAATGCAAATTATTC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=60485248;WS=60485230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	60498876	rs219409	C	T	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=140;SC=TAGTTTTATGCTTCTGTATGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=60498884;WS=60498866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	60519920	rs95425	C	T	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=72;PP=2209;SC=CAAAGAAAAACTCGGTAATAA;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=114;WE=60519928;WS=60519910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	60574539	rs12465	A	G	6195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.260;SC=GAACACTTTTATACCAGTTAG;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=117;TCR=89;TR=204;WE=60574547;WS=60574529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr14	60581673	rs35459418	CT	C	1412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.289;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;MQRankSum=0.437;QD=22.42;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,60:0.95:63
chr14	60581863	rs219314	G	A	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=83;PP=2965;SC=CCAGTGGTCCGGAAAAACATT;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=99;TCR=83;TR=182;WE=60581871;WS=60581853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr14	60581935	rs150687	C	T	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.923;SC=TAGAAACTAGCTTGCTTCATC;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=210;WE=60581943;WS=60581924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr14	60582053	rs150688	G	A	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=54;PP=2150;SC=AATTCAAAGCGTATATATCAT;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=105;WE=60582061;WS=60582043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	60864406	rs111689247	TA	T	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	60864583	rs1254293	G	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=709;ReadPosRankSum=-0.529;SC=GAAACAGAAGGGTCGCGGCTT;SOR=0.492;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=53;WE=60864591;WS=60864573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,55:0.42:132
chr14	60900113	rs1254316	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=298;ReadPosRankSum=1.494;SC=CCCCTCATTCCGAAAACACTT;SOR=1.143;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=24;WE=60900121;WS=60900103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr14	60903757	rs1254319	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=0.297;SC=GGCTTCTCAAGTAAGTTTCCT;SOR=0.358;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=18;WE=60903765;WS=60903747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr14	60921673	rs1262175	T	C	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=236;SC=ACTCAAAGTTTCACAGCAGAA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=60921681;WS=60921663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	60923783	rs11625921	C	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=523;SC=TCATTTTCTACTGACTTCCCA;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=60923791;WS=60923773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	60928201	rs1956549	G	A	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=20;PP=862;SC=AGAGATTAAAGCATTTTCTTA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=43;WE=60928209;WS=60928191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr14	60933539	rs1126103	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=221;ReadPosRankSum=0.138;SC=GTATTGTTTTTACTTACACCA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=11;WE=60933547;WS=60933529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr14	60935281	rs12878738	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
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chr14	60945203	rs11158285	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=2.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=214;ReadPosRankSum=-0.699;SC=AAAGAGAAACGAATCTTTCTC;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=12;WE=60945211;WS=60945193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr14	60975956	rs1956558	T	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=18;PP=920;SC=GTCGGGGTCGTCCGCTCCCGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=60975964;WS=60975946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	60976537	rs33912345	C	A	4495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=96;PP=2805;ReadPosRankSum=-0.276;SC=GCGCACGCGGCACCTGCTACG;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=420;TCF=216;TCR=204;TR=196;WE=60976545;WS=60976527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,213:0.48:446
chr14	60978071	rs1061108	C	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=52;PP=1581;SC=TCCAGCGCCACAGAAGCCAGG;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=60978079;WS=60978061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	61118783	rs4899014	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=708;SC=CCTCGGAGGCCGTGACTGGGC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=61118791;WS=61118773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	61124940	rs10143202	A	G	5947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=105;NR=103;PP=2965;SC=ATTCATGGACATATTTAAAGG;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=105;TCR=103;TR=208;WE=61124948;WS=61124930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr14	61180657	rs3742636	T	G	3910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=52;PP=2938;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GGCCAGTGGATGCAGGCCACT;SOR=0.960;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=134;WE=61180665;WS=61180647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr14	61278684	rs2020892	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=-1.619;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr14	61285352	rs973063	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=-1.754;SC=TGAAATGCTTATGGAAAAGAC;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=61285360;WS=61285342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	61445967	rs7142228	A	G	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=50;PP=2856;SC=TGTTTGAAAGACAGCTGATGA;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=88;TCR=50;TR=138;WE=61445975;WS=61445957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr14	61448510	rs2296924	A	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=677;SC=GGGAGGGAAAATAATAAACAT;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=61448518;WS=61448500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	61449167	rs2296923	T	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=671;SC=GGAATTTCTTTACGAAATTTT;SOR=1.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=30;WE=61449175;WS=61449157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	61449328	rs976272	T	A	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=51;NR=57;PP=1751;SC=AGCTTATGTTTTGGCTAATAC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=108;WE=61449337;WS=61449318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	61451329	rs2182985	G	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=534;SC=ACATAATTCTGCTACTCAGAG;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=61451337;WS=61451319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	61451589	rs2149303	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=571;SC=ACATATAGAACTGGATGTCTC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=61451597;WS=61451579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	61453739	rs33922839	C	CT	2929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=20;PP=2006;SC=ATCTGTTTCTCTTCTTTTTTC;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=45;WE=61453747;WS=61453729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	61497147	rs1465146	A	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=395;SC=TAGGAACACTATTTATTCTTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=61497155;WS=61497137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	61497285	rs1465145	T	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=24;PP=670;SC=TGTATTAATTTGATAAATATG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=61497293;WS=61497275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	61509924	rs2296921	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=12;PP=415;SC=TAGAGAAAGGTTTCCAGGTAA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=61509932;WS=61509914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	61643045	rs4902033	C	A	8517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.686;SC=AATTTCCCCCCTCAATACACA;SOR=0.279;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=142;TCR=154;TR=294;WE=61643053;WS=61643035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,314:1.00:315
chr14	61747644	rs3196765	A	G	5914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=97;PP=2965;SC=CCGAGCAGTTACCGGTGCCCG;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=187;WE=61747652;WS=61747634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr14	61789318	rs1886466	C	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=291;SC=TCTTCGTCCACGTGGCCGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=61789326;WS=61789308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	61915751	rs2296273	G	A	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=10;PP=1249;SC=AAGGATGGGCGCACCAGCTGC;SOR=2.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=61915759;WS=61915741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	61952429	rs1536016	T	C	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=118;PP=2965;SC=CCTCTCCTGGTATGATCCATC;SOR=1.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=72;TCR=118;TR=190;WE=61952437;WS=61952419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	61995673	.	C	T	68	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=61;MMLQ=19;MQ=53.52;NF=5;NR=0;PP=68;QD=20.5542425094;SC=GAAGCTCATGCGGCCGCATGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=61995681;WS=61995663;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr14	61995691	.	C	CGTGTGTGTGT	512	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.9998;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=47.67;NF=2;NR=0;PP=512;QD=257.5;SC=TGTGGCCGCACGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=2;WE=61995699;WS=61995681;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr14	61997226	rs1088680	C	T	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=45;PP=1816;SC=AGGCAGAGAACGAAGATGACC;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=114;WE=61997234;WS=61997216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	61997393	rs1088679	T	C	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=28;PP=848;SC=TTTTCAGTACTTCCCACCAGT;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=61997401;WS=61997383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	62037297	rs798792	C	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=255;SC=TCCTGAACAGCATCCAGTTTG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=62037305;WS=62037287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	62205175	rs10138153	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=542;SC=TTCAAACACTTATTTGAACCA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=62205183;WS=62205165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	62208005	rs4902080	T	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=851;SC=AACTTTCTGATATATATGCCC;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=29;WE=62208013;WS=62207995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	62212675	rs4902082	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=322;SC=GGCGCGGTGGCTCACACCTGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=62212683;WS=62212665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	62213848	rs2057482	T	C	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.221;NF=31;NR=58;PP=1869;ReadPosRankSum=-1.696;SC=TGGTGGCTCATTACCTAAAGC;SOR=1.330;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=89;WE=62213856;WS=62213838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr14	62213929	rs5809121	A	AT	574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=663;SC=GGTTAGTTCAATTTTGATCCC;SOR=3.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=16;WE=62213937;WS=62213919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	62233806	rs1254677	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=374;SC=CAAGTACCATATTTTTATAAT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=62233814;WS=62233796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	62462766	rs8019076	T	C	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=15;PP=1006;SC=TCTCAGGATGTTCAGAACTTC;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=62462774;WS=62462756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	62546001	rs1892051	C	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=1.625;SC=TGCATGCTCACAGGAAAGGAT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=8;WE=62546009;WS=62545991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr14	62550877	rs2353778	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=169;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GTAGTGCAGCGTGGGCCAATG;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=15;WE=62550885;WS=62550867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr14	63174616	rs7161127	T	C	6462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=103;PP=2965;SC=AATCTGTTTTTCTTAGTGGGT;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=123;TCR=103;TR=226;WE=63174624;WS=63174606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr14	63174960	rs4902176	C	T	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1098;ReadPosRankSum=1.602;SC=GTGATGGAGGCTCCATTCTGT;SOR=0.626;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=73;WE=63174968;WS=63174950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,77:0.56:138
chr14	63179333	rs12435381	C	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1229;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TCCTGGACTCCGTGAAAACTC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=94;TCR=60;TR=82;WE=63179341;WS=63179323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,92:0.51:179
chr14	63468298	rs41285468	A	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=248;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TCAACACCAAAACAACAGTAT;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=14;WE=63468306;WS=63468288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr14	63784407	rs11382440	A	AG	6347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=50;PP=2936;SC=GGTGATCCGAAGCCCCTGCAG;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=93;WE=63784415;WS=63784397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr14	64009489	rs1271563	T	G	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	64009521	rs1255720	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=264;ReadPosRankSum=2.016;SC=GGAAGAATCCAAAGATGATCT;SOR=0.875;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=26;WE=64009529;WS=64009511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr14	64375985	rs2275018	G	T	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=47;PP=1467;SC=ACAGAAACTGGGGAAACCTTA;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=87;WE=64375993;WS=64375975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	64408852	rs33976862	G	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=-1.131;SC=CAATTATCCTGCACTTTCATG;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=17;WE=64408860;WS=64408842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr14	64421392	rs1255874	G	A	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=12;PP=1697;SC=GGGGTGTTACGTTCTTTTTAA;SOR=2.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=62;TCR=12;TR=73;WE=64421400;WS=64421382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	64423187	rs2792201	C	A	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=57;PP=2084;SC=CAACTCTCTTCAGCTGATGTG;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=129;WE=64423195;WS=64423177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	64423316	rs34939365	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=169;ReadPosRankSum=-0.789;SC=TATCATTTAAGTATACAAATT;SOR=1.473;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=11;WE=64423324;WS=64423306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr14	64428154	rs1255884	A	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=403;ReadPosRankSum=1.446;SC=CCTGTGAACCAAATGGCAGAG;SOR=3.190;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=26;WE=64428162;WS=64428144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr14	64430770	rs34753731	G	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=0.473;SC=AGAGTTGAGCGTAAGTATGTT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=64430778;WS=64430760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr14	64457079	rs1255907	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=1.210;SC=TTAATGTTTAGCATATAATCA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=64457087;WS=64457069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	64462007	rs1255912	A	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=0.393;SC=TAGGATGAAAACTGTTCTGAA;SOR=1.292;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=14;WE=64462015;WS=64461997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
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chr14	64469828	rs17751301	C	T	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.406;SC=AGATGCTGAACGGGGTGATGA;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=104;TCR=86;TR=91;WE=64469836;WS=64469818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,99:0.46:213
chr14	64470137	rs34215796	C	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=713;ReadPosRankSum=-1.602;SC=CTTCCTATGTCTTTCTGCTTC;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=41;WE=64470145;WS=64470127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr14	64476680	rs7146588	T	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.349;SC=TTTTCTATTCTTAGTCTTGAA;SOR=1.445;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=64476688;WS=64476670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	64491695	rs4902264	T	C	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=114;PP=2965;SC=TGGAAAGGAATGGAAGAACCA;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=125;TCR=114;TR=239;WE=64491703;WS=64491685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr14	64494278	rs10151127	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=665;SC=GCTCATAGAACTAAAGAAGAA;SOR=3.193;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=64494286;WS=64494268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	64496749	rs4027402	C	T	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=71;PP=2028;SC=GATCAAATAGCGGTTGAGGAA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=116;WE=64496757;WS=64496739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	64496872	rs3866737	G	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=190;SC=AGAAATTCCAGTGGTATTCAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=64496880;WS=64496862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	64497930	rs4027404	G	A	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=38;PP=2016;SC=TGTCTCAACAGCATTCTCAAA;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=111;WE=64497938;WS=64497920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	64498037	rs4027405	G	A	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=67;PP=2239;SC=GGAATCAGCTGCAGTGGAAAA;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=122;WE=64498045;WS=64498027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	64501192	rs9783605	G	A	279.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=260;SC=TTTTTCTTTAGTAAATGTCAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=64501200;WS=64501182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	64519035	rs1890908	A	G	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=98;PP=2965;SC=CTATGAGGGCAGTGATTTAAA;SOR=1.018;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=75;TCR=98;TR=173;WE=64519043;WS=64519025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr14	64519455	rs3829767	A	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=30;PP=1209;SC=GGAACACAAGATAAAGTTTTG;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=64519463;WS=64519445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	64520416	rs10138253	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=293;SC=TGGGTGCGGGGGCTCACGCCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=64520424;WS=64520406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	64522550	rs10676670	T	TAATAA	221.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=44.36;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	64522674	rs8010911	G	C	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=55;PP=2625;SC=TGTCTTGAATGATGCTTATGA;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=144;WE=64522682;WS=64522664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	64522843	rs8010699	A	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=57;PP=1964;SC=ACAGTAGCACACATCCAGGAC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=64522851;WS=64522833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	64523094	rs7153376	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=133;SC=TTTTTTCTCTGTCATTAACAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=64523102;WS=64523084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	64532107	rs1255972	A	G	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=0;PP=623;SC=CAGGAAAACCATAATAGTATG;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=64532115;WS=64532097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	64537295	rs1255965	T	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=380;SC=AAAAATTATGTCTACTTCAGG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=64537303;WS=64537285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	64537657	rs1255964	G	A	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=30;PP=773;SC=TATTAAGGACGTGTGCTTGAC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=64537665;WS=64537647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	64542872	rs1255960	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=345;SC=ATGACTATCAGGAGGAAAATA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=64542880;WS=64542862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	64551688	rs1255953	C	T	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=41;PP=1588;SC=CTTACAGACACGTGGGCTCCT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=91;WE=64551696;WS=64551678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	64564527	rs8007972	C	T	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=229;SC=GGAGCTATACCGTACCAGAGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=64564535;WS=64564517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	64565582	rs9323444	T	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=31;PP=947;SC=TAGAACCAGATCTCTAAAAGA;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=64565590;WS=64565572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	64604595	rs12881815	G	A	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1194;ReadPosRankSum=0.253;SC=GAGCTGTCCTGAATTAGAGGG;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=80;TCR=76;TR=88;WE=64604603;WS=64604585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,91:0.55:165
chr14	64606654	rs17825431	G	C	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=1348;ReadPosRankSum=0.438;SC=CTTTGCTCCTGTTAGTTATAA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=96;TCR=61;TR=85;WE=64606662;WS=64606644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,98:0.56:176
chr14	64606869	rs77408788	A	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.838;SC=GGTTGATGTGATAGTCTTCGT;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=64606877;WS=64606859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr14	64612845	rs11629287	C	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=1981;ReadPosRankSum=1.196;SC=AAATACAGATCTTGAACAACT;SOR=0.883;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=55;WE=64612866;WS=64612835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
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chr14	64637147	rs7161192	C	A	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=46;PP=1219;ReadPosRankSum=-1.444;SC=GCTTCAGCCTCTACCAAACCA;SOR=0.635;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=98;WE=64637155;WS=64637137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,118:0.53:223
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chr14	64674981	rs1152595	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=347;ReadPosRankSum=0.818;SC=GCTGTGGGCATCCACACTGCT;SOR=0.249;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=17;WE=64674989;WS=64674971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr14	64679747	rs8022694	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TGCCTAGAAATGGCACCTGGG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=64679755;WS=64679737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr14	64680848	rs1152591	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=415;ReadPosRankSum=-0.865;SC=CAGACTTCTCATGCTCTTCTA;SOR=0.579;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=34;WE=64680856;WS=64680838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr14	64686207	rs915057	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=313;ReadPosRankSum=-1.302;SC=AGCAGATCCCATGTATTCGTG;SOR=0.301;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=17;WE=64686215;WS=64686197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr14	64688175	rs1152588	G	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=338;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CTCGTATTCAGTGGGTAAGGC;SOR=0.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=26;WE=64688183;WS=64688165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr14	64691853	rs12434245	C	T	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=878;ReadPosRankSum=1.190;SC=AAGGTCCTTGCAAAAATCTGG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=69;WE=64691861;WS=64691843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,75:0.43:176
chr14	64694158	rs28440970	T	C	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=14;PP=1118;ReadPosRankSum=-0.954;SC=TCTTTAAAATTATTTTTTTCA;SOR=0.784;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=58;WE=64694166;WS=64694148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr14	64694195	rs928554	C	T	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=37;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CAGAGGGAAACTGAAGTGAAA;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=175;TCF=110;TCR=65;TR=95;WE=64694203;WS=64694185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,103:0.55:187
chr14	64746933	rs34967796	G	GA	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GGCTTTCTAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=64746941;WS=64746923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	64805001	rs1256120	A	G	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1255;ReadPosRankSum=-0.159;SC=CCAGCTCGGCAGGGCCTGAAA;SOR=0.615;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=90;TCR=92;TR=91;WE=64805009;WS=64804991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,100:0.51:198
chr14	64814311	rs1256112	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=340;ReadPosRankSum=0.507;SC=ACTGAGCTGTCTCTGAAGTTT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=26;WE=64814319;WS=64814301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr14	64855041	rs1076991	T	C	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=647;ReadPosRankSum=0.013;SC=TGTGATCCCCTGGCCAGTCCC;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=61;WE=64855049;WS=64855031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,64:0.41:156
chr14	64882380	rs1950902	A	G	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1222;ReadPosRankSum=2.346;SC=AATGCTGGGAAACTTGCTAGA;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=73;WE=64882388;WS=64882370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,74:0.50:149
chr14	64902493	rs3818240	T	C	3833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=104;PP=2599;ReadPosRankSum=0.701;SC=TCCATGTTGGTATTTTACCAG;SOR=0.493;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=293;TCF=96;TCR=197;TR=160;WE=64902501;WS=64902483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,169:0.56:303
chr14	64905976	rs45618332	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=558;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TCTCATACGACTGATACTGCC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=35;WE=64905984;WS=64905966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr14	64908845	rs2236225	G	A	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1551;ReadPosRankSum=3.362;SC=ATTGCAGACCGGATCGCACTC;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=123;TCR=115;TR=96;WE=64908853;WS=64908835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,101:0.42:243
chr14	64909151	rs2236224	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=452;ReadPosRankSum=0.918;SC=TCTGATTATCGGCAGTGTGCT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=25;WE=64909159;WS=64909141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr14	64911627	rs1256143	T	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=725;SC=AGGGAAGATGTACCTCACAAA;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=27;WE=64911635;WS=64911617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	64926433	rs75480958	GTGCT	G	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=176;SC=AAACATTTCAGTGCTTGCTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=64926444;WS=64926423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	64935720	rs1256149	C	T	5880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=116;PP=2965;SC=AGCAATAGCACAACTTCTGGA;SOR=1.104;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=85;TCR=116;TR=201;WE=64935728;WS=64935710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr14	64936287	.	T	G	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=906;ReadPosRankSum=-1.793;SC=GAAACACTCTTAATTGAAACA;SOR=0.779;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=57;WE=64936295;WS=64936277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,63:0.54:117
chr14	64947181	rs8003790	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=379;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AGATTATGGTCGGTAAGAATT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=32;WE=64947189;WS=64947171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
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chr14	64953591	rs10143839	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=398;ReadPosRankSum=0.058;SC=AAAAATGCCACGCAAATTTTC;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=10;WE=64953599;WS=64953570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr14	64988114	rs10624421	C	CAA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=888;SC=ATTGTAATAGCAGTCATGCAA;SOR=5.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=18;WE=64988122;WS=64988104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	64988279	rs28626711	A	G	2979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=59;PP=1809;ReadPosRankSum=0.879;SC=ACCAAAGAGAATGGGGTTTTC;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=284;TCF=158;TCR=126;TR=130;WE=64988287;WS=64988261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,143:0.47:303
chr14	64988924	rs10133411	T	C	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=58;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TAGATGAGCATGTGCTAACCT;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=206;TCF=92;TCR=114;TR=104;WE=64988932;WS=64988914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,112:0.51:219
chr14	65008251	rs1063391	C	T	8217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=155;NR=140;PP=2965;SC=CGGCCGGCGACACCCACCTGG;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=155;TCR=140;TR=295;WE=65008259;WS=65008241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr14	65009534	rs35270454	C	CT	1340.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.62;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,57:0.92:62
chr14	65016702	rs7156953	T	G	4611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=66;PP=2965;SC=CCGTATGGCTTCCAGGGCGAG;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=90;TCR=66;TR=156;WE=65016710;WS=65016692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	65019485	rs117676270	T	C	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=790;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TCAGTATTTCTGAGTAACCCG;SOR=1.078;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=55;WE=65019493;WS=65019475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr14	65028728	rs2038271	C	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr14	65031534	rs6573560	C	T	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1432;ReadPosRankSum=-0.444;SC=TTTGCAGAAACTGATGGTCCA;SOR=0.620;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=254;TCF=144;TCR=110;TR=113;WE=65031542;WS=65031524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,123:0.45:275
chr14	65031572	rs4902293	A	G	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.602;SC=TAACTTCCCAATCATGCCAGA;SOR=0.710;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=239;TCF=114;TCR=125;TR=105;WE=65031580;WS=65031562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,113:0.43:260
chr14	65032226	rs8007313	C	T	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=98;PP=2965;SC=CATACATACACATATCCATAC;SOR=1.060;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=74;TCR=98;TR=171;WE=65032234;WS=65032216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	65068221	rs11158545	C	A	5286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.577;NF=88;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=2.572;SC=TTCGAATCCACCATTTCTGCG;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=177;WE=65068229;WS=65068211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr14	65068330	rs372346293	CTG	C	927.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQRankSum=-3.240;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.326;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,31:0.22:141
chr14	65068333	.	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.135;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQRankSum=-3.421;QD=7.24;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,31:0.22:141
chr14	65068336	rs369006858	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-3.031;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,32:0.22:145
chr14	65068341	rs377267839	TTCTC	T	951.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-3.629;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,32:0.22:146
chr14	65068346	.	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.048;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-4.112;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,31:0.22:142
chr14	65216120	rs57421986	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=3.260;SC=GCAGGCTCTGCGCCTTGACGC;SOR=0.752;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=31;WE=65216128;WS=65216110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr14	65230317	rs94789	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TTTATAAGAGCGCGGAGACTC;SOR=1.058;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=17;WE=65230325;WS=65230307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr14	65230358	rs94788	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=529;ReadPosRankSum=-2.161;SC=TCTCAAATCACGCAGGAAGTT;SOR=0.883;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=39;WE=65230366;WS=65230348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr14	65236278	rs229598	A	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=312;ReadPosRankSum=0.468;SC=GAGACGGAGGAGCTCGCCTCC;SOR=0.449;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=19;WE=65236286;WS=65236268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr14	65241228	rs229592	A	G	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=44;PP=1326;ReadPosRankSum=2.734;SC=TCAGCATCACAATGGCGCCCT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=127;TCR=95;TR=103;WE=65241236;WS=65241218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,115:0.47:245
chr14	65242044	rs184528	C	T	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CGATCTCCGCCGCCTCCACCA;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=63;TCR=102;TR=77;WE=65242052;WS=65242034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,80:0.46:173
chr14	65289978	rs179338	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=351;SC=GCAGAACGCCATGTCATCTGC;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=65289986;WS=65289968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	65407000	rs2071566	C	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.742;NF=23;NR=32;PP=595;ReadPosRankSum=-2.046;SC=CCTACCGACCCACCTACCCAT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=55;WE=65407008;WS=65406990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,56:0.36:154
chr14	65410200	rs3831077	CT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=0.148;SC=ACTGTACCATCTCCTATATTA;SOR=0.039;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=65410208;WS=65410190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
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chr14	65419293	rs45454295	A	G	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=43;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TCAACACCTGAAGAAAGGAAG;SOR=0.601;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=115;TCR=89;TR=99;WE=65419301;WS=65419283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,107:0.48:224
chr14	65419473	rs59000318	C	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=-0.373;SC=TTGAAAGGGGCTTTCCTCCCT;SOR=0.188;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=15;WE=65419481;WS=65419463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr14	65453493	rs3215788	TG	T	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.545;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=249;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CTCTGCCCAATGGGGGGCGGC;SOR=0.086;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=11;WE=65453501;WS=65453492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	65470831	rs12587546	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=306;ReadPosRankSum=1.096;SC=TGCAGAACCCATCTTACAGTA;SOR=0.414;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=28;WE=65470839;WS=65470821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr14	65544367	rs762810	C	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=447;ReadPosRankSum=-0.853;SC=AGCACCTGAGCCCCAAGAAGG;SOR=0.715;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=29;WE=65544375;WS=65544357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr14	65550816	rs7159443	T	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=150;ReadPosRankSum=0.024;SC=ATTACCAGGGTAAGGCAGAGC;SOR=0.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=18;WE=65550824;WS=65550806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr14	65568215	rs2781373	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-1.116;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,88:0.56:157
chr14	65801811	rs12881755	A	G	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=47;PP=1743;SC=AATGTAGGTAAGAAAGGTGCT;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=97;WE=65801819;WS=65801801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	65878807	rs1953416	C	T	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=91;PP=2965;SC=CTGTCGCAGCCGCGGGTCGGG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=104;TCR=91;TR=195;WE=65878815;WS=65878797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr14	66028446	rs2229677	A	G	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=59;PP=2327;SC=GCTTAAAACAACAGAATGAAG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=132;WE=66028454;WS=66028436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	66028505	rs3825639	T	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=53;PP=1333;SC=AAATACTGAATGAAGAATGAT;SOR=1.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=66028513;WS=66028495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	66082573	rs8012278	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=481;SC=ATTTGGTACTACTTTTGTGCT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=66082581;WS=66082563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	66209190	rs1054218	C	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=661;SC=CAAACCATTTCAGCCAAACTG;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=66209198;WS=66209180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	66455502	.	A	G	34	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=15;MQ=57.15;NF=0;NR=3;PP=34;QD=22.9237375157;SC=TAGAAAAATAATAAAGGCGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=66455510;WS=66455492;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	66480197	rs3888365	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.872;NF=33;NR=19;PP=680;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AAACTCCACAGTCTCTCCATC;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=87;TCR=53;TR=52;WE=66480205;WS=66480187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,54:0.36:149
chr14	66480247	rs1807442	CA	TC	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.282;NF=41;NR=34;PP=2527;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TATTCTTCTTCATGGCAGTGT;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=106;TCR=92;TR=75;WE=66480256;WS=66480237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,77:0.37:207
chr14	66480351	rs111248515	T	C	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=892;ReadPosRankSum=0.684;SC=AAAACCTTCGTTGCGATGACC;SOR=0.970;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=127;TCF=56;TCR=71;TR=60;WE=66480359;WS=66480341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr14	67790332	.	AAT	A	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=63;QD=22.6666666667;SC=CCCTTAATCTAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=3;WE=67790341;WS=67790322;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr14	67819567	rs10718799	CA	C	264.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr14	67831730	.	G	A	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=767;ReadPosRankSum=1.154;SC=AAAAAGGTAAGTGAGAAAAAT;SOR=1.315;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=51;WE=67831738;WS=67831720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
chr14	67912792	rs3742855	A	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=530;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GAATATACAAACTCTCCCAGC;SOR=0.671;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=30;WE=67912800;WS=67912782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr14	68022410	rs3742868	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=508;ReadPosRankSum=0.649;SC=CTGACACTCTCGAGCCACTTG;SOR=0.353;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=34;WE=68022418;WS=68022400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr14	68029313	rs2236235	G	A	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=794;ReadPosRankSum=1.263;SC=GGCACCCCGCGGGACAGCATC;SOR=0.843;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=62;WE=68029321;WS=68029303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,68:0.44:154
chr14	68036853	rs2273593	G	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CCAGGGAGCTGAGCCCAGCAC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=68036861;WS=68036843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	68038697	rs2236234	C	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=232;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TGAACATGGGCGTCCCCACTT;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=12;WE=68038705;WS=68038687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr14	68038729	rs2236233	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=611;SC=GTGACCCCCCAGCAGCTCCAC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=68038737;WS=68038719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	68038779	rs2236232	T	G	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=18;PP=1242;SC=GGTGGTCAAGTCTCAGCAGCT;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=68038787;WS=68038769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	68039027	rs2236231	A	G	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=943;ReadPosRankSum=1.717;SC=GCAGGGTGGAAGCAGAATGCA;SOR=1.369;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=88;TCF=22;TCR=66;TR=47;WE=68039035;WS=68039017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr14	68040925	rs3742873	G	A	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=41;PP=1128;ReadPosRankSum=0.045;SC=TTCTCCCAGCGTGCTGCCCCA;SOR=0.487;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=214;TCF=128;TCR=86;TR=98;WE=68040933;WS=68040915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,103:0.46:226
chr14	68041061	rs61534804	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=872;ReadPosRankSum=0.969;SC=GCAGGCCACCGGGCCTCCAGC;SOR=0.399;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=126;TCF=41;TCR=85;TR=60;WE=68041069;WS=68041051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr14	68041124	rs1555400	G	C	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=933;SC=GACCAAGGTAGAGGGTGGGGC;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=68041132;WS=68041114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	68042255	rs4902490	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=471;ReadPosRankSum=-1.415;SC=CTGCCACTCTATGTCCTGATG;SOR=0.554;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=37;WE=68042263;WS=68042245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr14	68042496	rs4902491	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=2;PP=700;SC=AGACTCCCTCATCCCCCACTG;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=68042504;WS=68042486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	68042574	rs11158685	A	G	3924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=49;PP=2367;SC=CGGGATGCGCACATAGAGGAA;SOR=1.294;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=140;WE=68042582;WS=68042564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	68043180	rs45515191	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=812;ReadPosRankSum=1.263;SC=CTGCCTATGAGCAGCTCATTG;SOR=0.340;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=120;TCF=77;TCR=43;TR=62;WE=68043188;WS=68043170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,67:0.53:127
chr14	68044005	rs4902492	C	T	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=32;PP=1332;SC=TCTCTGGTTCCGTGCTTTGGG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=68044017;WS=68043995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	68045840	rs10635755	C	CTTCT	7390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.225;NF=20;NR=53;PP=2918;ReadPosRankSum=1.629;SC=TCCCCTCTTCCGTCTTTTTAG;SOR=0.418;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=73;WE=68045848;WS=68045830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr14	68045935	rs6573781	G	A	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=44;PP=1342;SC=CCAGGCCATCGCGCATGGAAG;SOR=1.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=67;WE=68045943;WS=68045925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	68046602	rs6573782	C	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=626;ReadPosRankSum=-0.496;SC=AGGTGACAGCCTCCCACTAAG;SOR=0.195;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=32;WE=68046610;WS=68046592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr14	68053149	rs749271	A	G	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.611;SC=AGCAGTCCTCAAGGCAGGGCA;SOR=1.031;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=63;WE=68053157;WS=68053139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,68:0.63:108
chr14	68053802	rs734028	T	C	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=1467;ReadPosRankSum=0.885;SC=TTGCAGAAGCTACCTTCATCA;SOR=0.478;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=182;TCF=104;TCR=78;TR=87;WE=68053810;WS=68053792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,92:0.48:193
chr14	68053977	rs6573783	A	C	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=85;PP=2965;SC=CGATTCCCCAACACCACTAGT;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=83;TCR=86;TR=168;WE=68053985;WS=68053967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	68066971	rs12587848	G	C	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,68:0.42:163
chr14	68066979	rs7154825	C	T	4815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=88;PP=1635;SC=CCGGCCCTGGCCGTCTCGCCC;SOR=1.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=48;TCR=88;TR=136;WE=68066987;WS=68066961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	68113293	rs742869	G	A	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=44;PP=2394;ReadPosRankSum=0.891;SC=ACCCACGGACGCACATGATAA;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=93;TCR=45;TR=136;WE=68113301;WS=68113283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr14	68115001	rs3742879	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=0.728;SC=ATCATTGCAGAGTTTGTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=68115009;WS=68114991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	68191368	rs61991867	G	A	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=642;SC=TCCCACTGGGGCCTCTGTCCA;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=68191376;WS=68191358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	68192653	rs7156725	G	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=522;SC=CTATCAAAATGTTACCCCAAC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=68192661;WS=68192643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	68196636	rs718212	C	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=430;SC=GGTGAAATCTCTTTCCCATTC;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=68196644;WS=68196626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	68200383	rs61991869	C	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=452;ReadPosRankSum=0.799;SC=CATTTAGAAACATTCTGAGAA;SOR=0.460;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=35;WE=68200391;WS=68200373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr14	68234539	rs3742883	T	C	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=114;PP=2965;SC=AGGGCTTTCATTCTTGGAGCT;SOR=1.333;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=74;TCR=114;TR=188;WE=68234547;WS=68234529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	68236522	rs2295111	G	A	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=720;SC=TTTATACATGGTATTAACTAC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=68236530;WS=68236512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	68242898	rs12886915	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-1.136;SC=TTCTCACTGGGAAGGGGAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=5;WE=68242906;WS=68242888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	68244202	.	C	T	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=29;QD=15.9428031368;SC=CTCAGGTATGCCTTCCCAACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=68244210;WS=68244199;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr14	68246855	rs2295106	T	A	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=327;ReadPosRankSum=2.019;SC=GTTATTTTTTTAAAAAGTGAA;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=26;WE=68246863;WS=68246845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr14	68246876	rs2295107	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.870;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=448;ReadPosRankSum=0.569;SC=CATTGATATGCAGAAAGGGGC;SOR=1.136;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=36;WE=68246884;WS=68246866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,37:0.33:111
chr14	68248281	rs2235962	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=1.962;SC=AGGCAGCAAGCGTGGGACCAG;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=9;WE=68248289;WS=68248271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
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chr14	68257485	rs7143196	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=963;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TGAACGTGAACAGCACCTGTC;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=73;WE=68257493;WS=68257475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,75:0.51:146
chr14	68264867	rs12891164	A	G	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1285;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GCTTCTCAGGAGGGCTGCGGC;SOR=0.805;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=80;WE=68264875;WS=68264857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,83:0.52:159
chr14	68265484	rs7160083	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=1.282;SC=TGAGGTTACAGTGAGAAGAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=68265492;WS=68265474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	68269039	.	T	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=468;ReadPosRankSum=-1.526;SC=TGAGAGTTAATTAATTCAGGA;SOR=1.167;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=29;WE=68269047;WS=68269029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr14	68272021	rs35512910	C	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=579;ReadPosRankSum=0.774;SC=ACAGCCTGGGCCCTATGTTGA;SOR=0.625;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=54;WE=68272029;WS=68272011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr14	68273430	rs181576	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=-1.108;SC=GAAACCAAGAACTCTTCTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=23;WE=68273438;WS=68273420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr14	68274020	rs181572	C	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=206;ReadPosRankSum=1.259;SC=ATTAGATGTCCTGAGCCACAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=16;WE=68274028;WS=68274010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr14	68280848	rs181563	A	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.305;SC=TTTGTCATCCAAGACAGATTT;SOR=0.093;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=68280856;WS=68280838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr14	68290372	rs17783124	T	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.101;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=543;ReadPosRankSum=0.763;SC=TTTTTATTGATAAGTTTTATG;SOR=0.401;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=35;WE=68290380;WS=68290362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr14	68290426	rs28604984	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=126;ReadPosRankSum=-0.778;SC=ACTTGAAATATGAAAATGTAG;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=10;WE=68290434;WS=68290416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr14	68290464	rs28623567	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.143;SC=AAATGATGGTGCTTTTCCATA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=68290472;WS=68290454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr14	68301767	rs34564590	G	GA	1074.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.884;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=545;ReadPosRankSum=-0.298;SC=TATAGAGGTTGAAAAAAAACT;SOR=1.371;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=29;WE=68301775;WS=68301757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr14	68331437	rs961700	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=363;ReadPosRankSum=-0.558;SC=TTCTCAACTAGAAGTTTCTCA;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=20;WE=68331445;WS=68331427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr14	68331675	.	A	T	301	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=18;MQ=51.62;NF=9;NR=11;PP=301;QD=16.7885606274;SC=TTTATCTAAAAAACTTTTTTT;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=20;WE=68331683;WS=68331665;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,20:0.77:26
chr14	68773296	rs3837659	AC	A	9486.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=90;PP=2951;SC=ATATCTTTTGACCAATTTGCA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=31;TCR=92;TR=120;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr14	68773298	rs60593979	C	G	9495.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=90;PP=2965;SC=ATCTTTTGACCAATTTGCATT;SOR=0.712;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=197;TCF=98;TCR=99;TR=185;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr14	68773353	rs2180770	G	A	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=89;PP=2837;SC=TGATCCTCTGGCCTAATAAAC;SOR=1.172;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=66;TCR=89;TR=155;WE=68773361;WS=68773343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	68773469	rs3784104	A	G	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=571;SC=ATGAACTTGCATGGCCGAAGT;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=68773477;WS=68773459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	68935789	rs2525505	T	C	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=37;PP=1393;SC=GCTCAGGATATACATCTGTCC;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=77;WE=68935797;WS=68935779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	68963746	rs765899	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=482;SC=CCCATAACTTCAATAAACAAC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=68963754;WS=68963736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	69012355	rs2525529	C	G	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=63;PP=2005;SC=AGAACGGGGACAGGGCATGCC;SOR=1.309;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=106;WE=69012363;WS=69012345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	69117387	rs8021657	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=581;ReadPosRankSum=-0.334;SC=CAAAACAACTAGTTTCTCAGA;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=46;WE=69117395;WS=69117377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,50:0.56:90
chr14	69117512	rs8023214	T	C	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=544;ReadPosRankSum=-1.878;SC=TTGGCACATTTGCATATCTGG;SOR=0.638;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=48;WE=69117520;WS=69117502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr14	69262441	rs3742887	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
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chr14	69328441	rs393673	A	G	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=40;PP=2235;SC=AGGGTCTCTCAGTTGTCTGGG;SOR=1.558;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=129;WE=69328449;WS=69328431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	69328594	rs412638	G	A	5568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=101;PP=2965;SC=TATGCCAACAGTAGCAATTAC;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=189;WE=69328602;WS=69328584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	69328613	rs440689	C	T	5159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=87;PP=2965;SC=ACAAAAATGACGTCATGATCA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=168;WE=69328630;WS=69328603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr14	69329116	rs424806	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=266;SC=CAAAAATAGGTTCTCTTATTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=69329124;WS=69329106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	69329149	rs1742501	C	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=433;SC=CAAAGGATCCCGAAGGCCTTC;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=69329157;WS=69329139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	69521345	rs61741172	G	A	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.949;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=1518;ReadPosRankSum=1.454;SC=CTGCCTCCCCGGTCACCAAGG;SOR=0.937;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=67;WE=69521353;WS=69521335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr14	69798284	rs1147461	G	A	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=71;PP=2211;SC=TTCTGCTCCCGGGGGTGGGGC;SOR=1.249;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=121;WE=69798292;WS=69798274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	69818891	rs76571673	G	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=627;SC=CATGACGGTAGCCCTGGGGCC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=69818899;WS=69818881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	69921479	rs2232057	A	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=554;SC=CTACACTGTTATTGTTGTTGT;SOR=1.209;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=30;WE=69921502;WS=69921469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	69921674	rs2232058	T	C	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=37;PP=876;SC=AAATTTCTCATGGTCCTTAAT;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=69921682;WS=69921664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	69988954	rs10146531	T	G	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=79;PP=2965;SC=GATCTCAGGGTTCCTTTGCTG;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=192;WE=69988962;WS=69988944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr14	69992873	rs8004574	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=587;SC=GACACCATTGACTTTGGGGTC;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=69992881;WS=69992863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	69994473	rs1885400	C	G	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=26;PP=2095;SC=AGTCGGAACCCCACCCTTCCT;SOR=2.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=84;TCR=26;TR=109;WE=69994481;WS=69994463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	70037611	rs7494244	A	T	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=97;PP=2965;SC=AAAACTATCAAAACTGGTGAG;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=178;WE=70037619;WS=70037601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr14	70245877	rs113692047	TA	T	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.456;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.565;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr14	70346313	rs142897673	G	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=177;SC=GGCCCCGAGCGAAGGAAGGAA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=70346321;WS=70346303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	70346689	rs56307916	C	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=621;SC=ACCACTCTCCCTTTCTTGACC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=70346697;WS=70346679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	70490264	rs2281663	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=186;SC=ATACTCATCTATTCATCAATT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=70490272;WS=70490254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	70496919	.	CT	C	205	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=17;HapScore=4;MGOF=22;MMLQ=15;MQ=59.04;NF=3;NR=17;PP=205;QD=10.4;SC=TGCCCCCGACCTTTTTTTTTT;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=20;WE=70496944;WS=70496909;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,20:0.38:52
chr14	70530706	rs150956	C	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=459;SC=AGTCAGCCAGCAGACAAAAAC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=70530714;WS=70530696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	70634087	rs2114024	A	G	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=100;PP=2965;SC=GGTAGAAGGCACGGCTCTTCT;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=201;WE=70634095;WS=70634077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr14	70697154	rs41350744	G	A	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=77;PP=2965;SC=TTCCGGGGCCGAAGACACGTG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=94;TCR=77;TR=171;WE=70697162;WS=70697144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	70712880	rs2296918	A	C	6137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-2.053;NF=138;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.403;SC=TAGCAGTAGGAACTGTCACTA;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=238;TCF=139;TCR=99;TR=237;WE=70712888;WS=70712870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr14	70713156	rs11629177	G	A	15627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-1.133;NF=273;NR=278;PP=2965;ReadPosRankSum=1.180;SC=TTCCCACAGCGCTTTAGCATA;SOR=0.256;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=552;TCF=273;TCR=279;TR=551;WE=70713164;WS=70713146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,570:1.00:571
chr14	70714162	rs4899340	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.75;QD=40.38;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	70714172	rs4899341	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.09;QD=40.36;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	70793004	rs4749	A	G	210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=19.16;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	70795756	rs7157430	G	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	70795769	rs56128802	T	A	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	70795772	rs10648369	T	TAC	396.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=39.67;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	70924462	rs3751523	A	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=18;SC=AGAAGCTCTTAGTTTCTAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=70924470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	70924501	rs8010994	C	G	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.14;QD=44.28;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	70924507	rs3751524	A	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.01;QD=41.89;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	70925257	rs12436346	A	G	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.68;QD=33.04;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	70936840	rs111562158	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=-16.558;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,103:0.31:330
chr14	70937494	rs8015742	T	G	6260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=115;PP=2965;SC=AGCCTCCAGGTGTTTGATTTC;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=104;TCR=115;TR=218;WE=70937502;WS=70937484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	71109153	rs4902834	C	G	6899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=113;PP=2965;SC=GGACTCGCGCCCGGCCTCCCC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=130;TCR=114;TR=242;WE=71109161;WS=71109143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr14	71197755	rs1476610	T	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=813;SC=TGACCTAGAATGCCATGATCC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=71197763;WS=71197745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	71202650	rs4141095	C	T	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=57;PP=2678;SC=ACCAGGACAGCTGGTGAAAGG;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=93;TCR=58;TR=150;WE=71202658;WS=71202640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	71208996	rs4899368	A	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=330;SC=TCAGTCCCGGACTCCCTCAAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=71209004;WS=71208990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	71209025	rs4902843	C	A	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=3;PP=735;SC=CACACGAGTTCTTTGCCCTGC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=71209033;WS=71209015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	71215729	rs10129495	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=22;PP=720;SC=AGTCTGAATAGAACATGTGAA;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=71215737;WS=71215719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	71216863	rs10630067	C	CAT	3990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=42;PP=2411;SC=TGCAATAGCTCGAGTCTTTTC;SOR=1.364;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=48;WE=71216871;WS=71216853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	71227913	rs3814872	A	C	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=81;PP=2505;SC=GGCAAGGAAAAGAATACAGAA;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=63;TCR=81;TR=144;WE=71227921;WS=71227903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	71228000	rs11621281	G	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=38;PP=1003;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TCTCCTGTGGGCTCCAGCATT;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=41;WE=71228008;WS=71227990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr14	71275773	rs3832971	GCCT	G	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.253;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=0.990;SC=CGCCGCCGCCGCCTCCTCCTC;SOR=2.560;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCF=6;TR=10;WE=71275786;WS=71275763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr14	71374702	rs2526882	G	A	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=898;ReadPosRankSum=0.232;SC=TGCTGGGCCTGCCCTTCACCC;SOR=0.574;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=76;WE=71374710;WS=71374692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,83:0.51:163
chr14	71444788	rs3814871	G	A	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=63;PP=1855;ReadPosRankSum=0.231;SC=GCCGGCATAGGGACTATGTTT;SOR=0.900;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=269;TCF=133;TCR=136;TR=119;WE=71444796;WS=71444778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,125:0.44:283
chr14	71445413	rs4391999	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=-1.693;SC=CTGCTTTTTCATACTATTAAT;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=71445421;WS=71445403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr14	71455540	rs3829954	A	G	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=55;PP=1353;ReadPosRankSum=-0.239;SC=TCTTTCCTATACATTTAAGCC;SOR=0.587;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=148;TCF=35;TCR=113;TR=74;WE=71455548;WS=71455530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,80:0.49:163
chr14	71462759	rs56021283	T	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TAGGAGCACTTTTTACATAGG;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=16;WE=71462767;WS=71462749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr14	71485692	rs1859914	A	T	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=492;SC=CTTATACTTAAGATATACTTA;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=71485700;WS=71485682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	71495288	rs34488204	C	T	30.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	71500626	rs11461235	G	GT	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TGTATTTTCTGTTTTTTTTTC;SOR=0.859;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8;WE=71500634;WS=71500616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr14	71513930	rs3217014	TG	T	44.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	71568683	rs34093157	T	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.632;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CCTTTAAAAATTTATATATTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=13;WE=71568691;WS=71568673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr14	71568997	.	A	AT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.394;SOR=0.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr14	72040525	rs6574016	G	A	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=394;SC=TGGTATTCCAGTACTTTTTCC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=72040533;WS=72040515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	72055468	rs1859643	A	C	5396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=78;PP=2965;SC=CTGGAGACTCATCTATTTTTC;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=172;WE=72055476;WS=72055458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr14	72117156	rs8017465	T	C	3624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=63;PP=2399;SC=TTGAAGAATTTCTTCAACTAT;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=124;WE=72117164;WS=72117146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	72138326	.	A	G	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.286;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=824;ReadPosRankSum=0.806;SC=CAGCCTCAAAATCTTCTATGA;SOR=0.458;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=59;WE=72138334;WS=72138316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
chr14	72201985	rs2097887	C	A	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.947;SC=TTTCTTCTCTCCTTTCCAGTC;SOR=0.696;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=217;TCF=114;TCR=103;TR=102;WE=72201993;WS=72201975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,116:0.49:236
chr14	72457218	rs1476745	C	G	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=811;ReadPosRankSum=0.538;SC=CTGCTCACAGCTGCACAGGGA;SOR=0.540;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=95;TCR=27;TR=50;WE=72457226;WS=72457208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,53:0.40:134
chr14	72932330	.	G	GTGGA	815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.447;NF=12;NR=2;PP=530;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GGGTGGATGGGTGGATGGATG;SOR=0.943;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=14;WE=72932338;WS=72932320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr14	72936954	rs8012037	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GGATAAGTTTTGTCTTCATAA;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=72936962;WS=72936944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	72939404	.	C	CG	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CTGAGGTTTTCGGGGGGGGAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=7;WE=72939412;WS=72939394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr14	72939495	rs10131300	C	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.142;NF=29;NR=11;PP=646;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TAGCCCCTAGCAACAGGAGCA;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=94;TCF=67;TCR=27;TR=40;WE=72939503;WS=72939485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
chr14	72945012	rs2302143	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=249;ReadPosRankSum=-1.104;SC=CAGACATTGTTTGAAAATGTC;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=18;WE=72945020;WS=72945002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr14	73007198	rs113373446	GA	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr14	73029178	rs2074647	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=658;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CCTCCTGACCGTTCCTACCGC;SOR=0.556;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=57;WE=73029186;WS=73029168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,68:0.52:132
chr14	73029609	rs17780615	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=1.245;SC=GCACATCCAGCATTTGCATCA;SOR=0.358;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=21;WE=73029617;WS=73029599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr14	73079138	.	CT	C	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.786;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.657;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,51:0.65:78
chr14	73079291	rs10649920	G	GAA	2252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.08;MQRankSum=1.062;NF=4;NR=30;PP=1358;ReadPosRankSum=0.207;SC=GGGAAGGGAGGAAACAGTGCA;SOR=1.013;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=83;TCF=13;TCR=70;TR=34;WE=73079299;WS=73079281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr14	73181428	rs4903049	T	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=715;SC=TGTTCACAACTCCAAGAGGTG;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=73181436;WS=73181418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	73198506	rs6574094	T	C	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=71;NR=66;PP=1980;SC=CCAGCAGGTGTGGGAATACCT;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=137;WE=73198514;WS=73198496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr14	73220153	rs3742835	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.333;SC=TGACTAACCCCGTCATTCACA;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=12;WE=73220161;WS=73220143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr14	73240486	rs8015749	A	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=217;SC=GTTAACCTATATTATAGCATA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=73240494;WS=73240476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	73358945	rs11158986	A	C	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=64;PP=2336;SC=GGGGAAACTGAAAATCAGTTG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=133;WE=73358953;WS=73358935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	73360819	rs5809598	T	TTGTC	11587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=99;PP=2965;SC=TAACAGAATATTGTCTCAGAG;SOR=0.982;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=153;TCF=33;TCR=120;TR=129;WE=73360827;WS=73360809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr14	73360949	rs2215901	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=38;PP=1077;SC=AGTTATTAGGAGAGCTGTCAA;SOR=4.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=41;WE=73360957;WS=73360939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	73404752	rs2302588	G	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=638;ReadPosRankSum=-2.513;SC=AGAACCCTTGGTTCAGACTCC;SOR=0.948;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=43;WE=73404760;WS=73404742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr14	73404795	rs2302587	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=524;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GTGCCGCTCTGGGGAGCCACT;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=30;WE=73404803;WS=73404785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr14	73408355	rs3742832	G	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=796;SC=TTTAGTGCCTGTTTCCTTCAT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=73408377;WS=73408348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	73408369	rs3832967	A	AT	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=434;ReadPosRankSum=1.155;SC=CCTTCATTACATCCTATGGAA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=12;WE=73408377;WS=73408348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr14	73409613	rs2333012	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=419;ReadPosRankSum=0.384;SC=AGAGATGGGCGTCAGCGGGGC;SOR=0.193;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=30;WE=73409621;WS=73409603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr14	73409683	rs2240980	C	G	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=54;PP=1787;ReadPosRankSum=-1.278;SC=ATCCATGCCCCCACCCTCTGT;SOR=0.624;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=130;TCR=95;TR=128;WE=73409691;WS=73409673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,136:0.57:240
chr14	73412739	rs2246976	C	T	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.04;MQRankSum=-0.869;NF=39;NR=65;PP=1418;ReadPosRankSum=-1.009;SC=CCGGAAGGTACGTTGCCCATC;SOR=0.955;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=229;TCF=95;TCR=134;TR=104;WE=73412747;WS=73412729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,107:0.43:246
chr14	73412780	rs72472806	GGGTAGTT	G	2968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.866;NF=3;NR=45;PP=2853;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TTGACCCTGGGGGTAGTTGGC;SOR=0.476;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=89;TCF=3;TCR=86;TR=48;WE=73412794;WS=73412768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,76:0.58:131
chr14	73413965	rs2243443	G	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.985;SC=CTGGGTATCTGTGGGCTTCAT;SOR=0.665;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=9;WE=73413973;WS=73413955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
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chr14	73422350	rs2806034	T	G	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=57;PP=1383;ReadPosRankSum=-1.113;SC=CAGTGACCTCTGTGCGGATCC;SOR=0.763;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=141;TCR=136;TR=113;WE=73422358;WS=73422340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,116:0.40:290
chr14	73440864	rs12931	C	T	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=61;PP=1754;ReadPosRankSum=-2.600;SC=GAGCAATGAGCGTTCCACCTT;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=265;TCF=139;TCR=126;TR=133;WE=73440872;WS=73440854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,147:0.51:290
chr14	73441036	rs2286835	C	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=-0.906;SC=CTGCAAGGGTCTGTGCTGTGG;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=17;WE=73441044;WS=73441026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr14	73448583	rs2286838	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=193;ReadPosRankSum=1.647;SC=GGATCTCACCGCTGAAGCGGT;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=15;WE=73448591;WS=73448573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr14	73459917	rs2333016	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=639;ReadPosRankSum=0.502;SC=CTAGTAGCTGCTCCAAAGCAC;SOR=1.064;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=40;WE=73459925;WS=73459907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr14	73465003	rs997667	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=1.493;SC=ATTTTCTAATAAAGTCTTCTT;SOR=0.368;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=19;WE=73465011;WS=73464993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr14	73465027	.	C	CA	45	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=15;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=16;MQ=60.83;NF=0;NR=2;PP=45;QD=24.0;SC=TTGTTACCTGCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=2;WE=73465035;WS=73465017;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,2:0.22:9
chr14	73491307	rs3742828	C	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=484;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GAAGACTGCACGAAACTTCCA;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=23;WE=73491315;WS=73491297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr14	73554890	rs80292384	T	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=785;ReadPosRankSum=0.436;SC=TGTCGTGTTATCTTTTCTAGG;SOR=0.111;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=39;WE=73554898;WS=73554880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr14	73574767	rs362433	G	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=-1.163;SC=TGTTTTCGTTGGGAGAAAAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=73574775;WS=73574757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	73581011	rs362414	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.012;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=0.072;SC=CTCATAGTTCACCCCAGAGCA;SOR=1.006;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=15;WE=73581019;WS=73581001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr14	73716633	rs2293793	T	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=652;ReadPosRankSum=-0.324;SC=AAGCCTTGGGTCTTGGGGAGG;SOR=1.047;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=43;WE=73716641;WS=73716623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr14	73727509	rs177389	T	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=307;ReadPosRankSum=-1.142;SC=ACCGGGGGCATGCCCAGGTCA;SOR=0.566;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=27;WE=73727517;WS=73727499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr14	73730290	rs177385	C	A	5384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=80;PP=2965;SC=GAACACACTGCTTAGGGTGGT;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=113;TCR=80;TR=193;WE=73730298;WS=73730280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr14	73730695	rs1145948	A	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.422;NF=61;NR=40;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGTGTGTGACAGCCCCCCGAC;SOR=0.718;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=257;TCF=144;TCR=113;TR=101;WE=73730703;WS=73730685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,107:0.45:239
chr14	73743205	rs11625196	G	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=0.077;SC=CTAATCAGGAGACAAAGTCTG;SOR=0.175;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=73743213;WS=73743195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	73957981	rs150704374	G	GC	4248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.27;NF=11;NR=51;PP=2784;SC=GGCGGTGGCGGCGTCCCGGAC;SOR=1.290;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=62;WE=73957989;WS=73957971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	74004639	.	CTG	C	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,31:0.15:201
chr14	74004709	.	C	CCCA	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=433;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CTCCTCCCGCCCCACCACCAC;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=16;WE=74004717;WS=74004699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr14	74205925	.	CCTG	C	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr14	74340797	rs11159042	A	T	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1111;ReadPosRankSum=1.392;SC=TCGTTGATGGAGGAGGTATTG;SOR=0.715;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=211;TCF=113;TCR=98;TR=88;WE=74340805;WS=74340787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,97:0.42:232
chr14	74340927	rs75892130	A	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=461;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GGTGATATATATATGAACATA;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=28;WE=74340935;WS=74340917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr14	74349227	rs8005140	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=-0.852;SC=TTTTTGAGACGGAGTCTTGCT;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=16;WE=74349235;WS=74349217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
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chr14	74371467	rs35370876	TA	T	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.282;NF=6;NR=1;PP=214;ReadPosRankSum=0.887;SC=GCTATAGTTTTAACAAAGTCT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=74371475;WS=74371466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr14	74404756	rs28927675	T	C	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=2073;ReadPosRankSum=0.124;SC=AGACTTCTTTTTGTGTATCTC;SOR=0.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=124;TCR=124;TR=133;WE=74404764;WS=74404746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,136:0.53:256
chr14	74409032	rs740506	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=179;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TGTATTTCAGGCCGCAGCCCT;SOR=0.420;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=12;WE=74409040;WS=74409022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr14	74413129	rs7146634	C	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=776;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GACACCATCTCCCTTTCTGCT;SOR=0.982;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=55;WE=74413137;WS=74413119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,63:0.39:161
chr14	74413420	rs7148485	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=0.076;SC=TGGGGAGAATTTGGGGTCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=74413428;WS=74413410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr14	74416600	rs11621743	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=329;ReadPosRankSum=2.733;SC=GCCCCTGCTGTCTGTCTCCAA;SOR=0.722;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=25;WE=74416608;WS=74416590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr14	74422329	rs2302118	G	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=582;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TTCACATTCAGTCCGAGGAAG;SOR=0.511;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=41;WE=74422337;WS=74422319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr14	74422386	rs75531541	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=296;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TTTATATTTTCCTACCAGAGA;SOR=0.387;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=16;WE=74422394;WS=74422376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr14	74424938	rs3180946	T	C	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1351;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CTTGGGTTCATATTACCCTAG;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=86;WE=74424946;WS=74424928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,89:0.56:158
chr14	74425056	rs3764859	C	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.459;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=475;ReadPosRankSum=2.365;SC=CTCTGGTTTTCGATTTAAGCT;SOR=1.473;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=25;WE=74425064;WS=74425046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr14	74428286	rs7141392	A	G	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1763;ReadPosRankSum=-0.613;SC=AAGGATTCAGATACTATGGGG;SOR=0.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=85;WE=74428294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr14	74428445	rs8500	G	A	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=49;PP=1377;ReadPosRankSum=0.235;SC=TTCAGGTTCCGTGAGCCACCT;SOR=0.376;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=219;TCF=124;TCR=95;TR=101;WE=74428453;WS=74428435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,108:0.47:230
chr14	74433859	rs3742813	T	C	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=1043;ReadPosRankSum=1.862;SC=TTTGCAGGCTTCCCACTACTC;SOR=0.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=63;WE=74433867;WS=74433849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,63:0.50:125
chr14	74439495	rs11623794	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=408;ReadPosRankSum=-1.792;SC=TAATCACCCCGACAAAGCACC;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=25;WE=74439503;WS=74439485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr14	74441537	rs2074933	T	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=617;ReadPosRankSum=0.829;SC=ATCTTTTCCTTCATAGAATGG;SOR=0.685;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=43;WE=74441545;WS=74441527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr14	74441684	rs2074932	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=540;ReadPosRankSum=-1.138;SC=CCAAATCCCAGGTAACTGTAA;SOR=0.607;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=37;WE=74441692;WS=74441674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr14	74443828	rs141812276	GT	G	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,20:0.17:121
chr14	74449664	rs12431489	A	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=541;ReadPosRankSum=-0.833;SC=AAAAACTCATAAAGTATTCAT;SOR=0.611;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=38;WE=74449672;WS=74449654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr14	74453706	rs199818408	AT	A	2076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=2340;ReadPosRankSum=0.452;SC=CCCTGAAGTTATCCCAAATGA;SOR=0.706;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=90;TCF=19;TCR=71;TR=37;WE=74453719;WS=74453696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,59:0.42:140
chr14	74453711	rs111623005	A	C	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=2348;ReadPosRankSum=0.596;SC=AAGTTATCCCAAATGATCCTA;SOR=0.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=50;WE=74453719;WS=74453696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,59:0.42:141
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chr14	74489735	rs3784039	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=446;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GATACTTCACGGATACTGGCA;SOR=0.766;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=31;WE=74489743;WS=74489725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,34:0.40:85
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chr14	74538706	rs4646861	A	G	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=708;ReadPosRankSum=0.200;SC=AATAGAAATTAATGCAAGAAT;SOR=0.846;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=42;WE=74538714;WS=74538696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr14	74550908	rs2074939	A	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=381;ReadPosRankSum=0.557;SC=TGGGCATGGGACAGGGCCGCA;SOR=0.775;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=26;WE=74550916;WS=74550898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr14	74665543	rs10145171	G	A	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.296;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=599;ReadPosRankSum=-0.021;SC=AAATCAATCTGCATTTTTAAA;SOR=1.405;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=35;WE=74665551;WS=74665533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr14	74711883	rs35435463	C	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=4.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,71:0.47:150
chr14	74726515	rs11383441	G	GC	1158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=896;SC=TTGGGGTCCTGCCCTGCGGTG;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=74726523;WS=74726505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	74753278	rs929449	T	C	11406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=215;PP=2965;SC=CCCTGGCCGCTGGCAGAGGAG;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=412;TCF=197;TCR=215;TR=410;WE=74753286;WS=74753268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr14	74759006	rs3742801	C	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=684;ReadPosRankSum=-0.449;SC=AAGCCCCACTCGCTCTCGCCC;SOR=0.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=52;WE=74759014;WS=74758996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr14	74759301	rs4148078	G	T	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1452;ReadPosRankSum=1.865;SC=ACAGGTCGATGAGCTGGGTGA;SOR=0.758;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=236;TCF=126;TCR=110;TR=107;WE=74759309;WS=74759291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,114:0.44:259
chr14	74759477	rs4148077	C	T	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=88;PP=2572;ReadPosRankSum=0.694;SC=CTAAGCTCTGCGGGACTCAGG;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=320;TCF=162;TCR=158;TR=174;WE=74759485;WS=74759467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,178:0.55:326
chr14	74766352	rs2301345	A	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=537;ReadPosRankSum=-0.500;SC=CTGGGGATCAAGCCAACCTGG;SOR=0.502;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=34;WE=74766360;WS=74766342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr14	74824206	.	G	C	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,89:0.27:333
chr14	74874540	rs11621669	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=493;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CCTGGGCCCCAGGTGCTCTTA;SOR=0.502;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=32;WE=74874548;WS=74874530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr14	74874707	rs2884545	A	G	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=1168;ReadPosRankSum=0.132;SC=AAAACAGTGGAGTTTGGTGAC;SOR=0.571;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=163;TCF=74;TCR=89;TR=79;WE=74874715;WS=74874697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,83:0.47:175
chr14	74876181	rs12590672	T	G	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;ReadPosRankSum=0.685;SC=CTGTGAAGCTTGTCTCACAGC;SOR=0.433;SbPval=0.42;Source=Platypus;TCF=62;TR=68;WE=74876189;WS=74876171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,70:0.45:157
chr14	74876355	rs61734850	G	C	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=588;ReadPosRankSum=-0.008;SC=GGCAGGACCAGCTGGGTGGGG;SOR=0.707;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=46;WE=74876363;WS=74876345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr14	74876501	rs4026651	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=0.240;SC=GCAGTCCTCAGAGCCTGTCAG;SOR=0.515;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=9;WE=74876509;WS=74876491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr14	74943295	rs8021664	T	C	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1097;ReadPosRankSum=-1.470;SC=CATGGGAACATCTGCAGAAAG;SOR=0.875;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=75;WE=74943303;WS=74943285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,79:0.51:155
chr14	74969167	rs2286412	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TAGTTTATGACGGAGTTGTTA;SOR=1.581;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=11;WE=74969175;WS=74969157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr14	74970448	rs5809669	G	GC	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=311;SC=AGCCTGGAAGGCCCTCCTGGG;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=74970456;WS=74970438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	74972942	rs2286411	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=365;ReadPosRankSum=0.406;SC=GGCAGCCCGTGCCCCCTGCCC;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=28;WE=74972950;WS=74972932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr14	74973579	rs45537036	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.290;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr14	74973581	rs60130392	T	C	388.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
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chr14	74976986	rs7160756	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=515;ReadPosRankSum=1.480;SC=GGCAGGCTCCAAGCATCTCAG;SOR=0.191;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=32;WE=74976994;WS=74976976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
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chr14	74983841	rs2302114	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.342;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
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chr14	74991959	rs862030	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=343;ReadPosRankSum=1.376;SC=GAGGTGGGGTTGTGGCCCCTT;SOR=0.242;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=31;WE=74991967;WS=74991949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr14	74992800	rs699374	A	G	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=798;ReadPosRankSum=-0.771;SC=CAGGTGCATGAGTGACACTGG;SOR=0.888;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=53;WE=74992808;WS=74992790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr14	74992861	rs699375	A	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CCTCTGCCGTACCTGTGATGT;SOR=2.033;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=17;WE=74992869;WS=74992851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr14	74999108	rs862025	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=73;ReadPosRankSum=0.459;SC=CCACCCCCACCCCATCCCTGC;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=10;WE=74999116;WS=74999098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr14	75002607	rs3742794	G	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.575;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=404;ReadPosRankSum=2.041;SC=CTTGAGCCCAGCCCTGGCCCT;SOR=1.219;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=27;WE=75002615;WS=75002597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr14	75002775	rs4899522	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=602;ReadPosRankSum=-0.733;SC=GCTGGGAAGCGGGTGCAGTCT;SOR=0.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=46;WE=75002783;WS=75002765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr14	75016482	rs2196861	T	C	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=20;PP=1475;SC=GCCTCTGACATCCTGGAGGGG;SOR=1.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=72;WE=75016490;WS=75016472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	75017650	rs934999	G	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=16;PP=1337;SC=AAATGGGAGAGTCTGCAGACA;SOR=2.015;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=67;WE=75017658;WS=75017640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	75018086	rs55971017	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GAGCCAGGGAAGCAGGGCCCC;SOR=0.905;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=13;WE=75018094;WS=75018076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr14	75019157	rs11622992	T	C	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=1290;ReadPosRankSum=1.152;SC=GCTCTGTGGCTGGTGACCACC;SOR=0.577;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=236;TCF=111;TCR=125;TR=119;WE=75019165;WS=75019147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,123:0.51:239
chr14	75070493	rs3742793	G	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=973;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CCACCTTCTAGAGGCAGGGCC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=38;TCR=79;TR=60;WE=75070506;WS=75070483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,68:0.53:128
chr14	75139936	rs11844127	C	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=-1.471;SC=TAAAGAAAAACAAAGAAATTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=75139944;WS=75139926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	75151047	rs9671386	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=1.776;SC=AGTTCCTGGAGGGAGTTGAAA;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=75151055;WS=75151037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	75159007	rs2270424	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=384;ReadPosRankSum=-0.985;SC=GGGTGCAATCGACTGCCAAAG;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=27;WE=75159015;WS=75158997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr14	75179734	rs2270425	C	G	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=31;PP=1285;ReadPosRankSum=1.566;SC=CTCCCACCAACAGACCCCAGA;SOR=0.722;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=171;TCF=115;TCR=56;TR=91;WE=75179742;WS=75179724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,98:0.53:186
chr14	75182937	rs2287400	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.210;SC=CACCATAGCAGTGACCATGTT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=75182945;WS=75182927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	75200653	rs3784021	C	T	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=681;ReadPosRankSum=-1.233;SC=ATTGTTATAGCCTGCCCTTCG;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=132;TCF=87;TCR=45;TR=55;WE=75200661;WS=75200643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,61:0.43:142
chr14	75200697	rs3825708	G	A	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TTCTCAGACTGGTCAGTCGTT;SOR=0.673;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=258;TCF=148;TCR=110;TR=112;WE=75200705;WS=75200687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,125:0.45:278
chr14	75245368	rs57404741	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=-0.302;SC=CACCTCCTCTCCCACCTGAGG;SOR=1.489;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=15;WE=75245376;WS=75245358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr14	75248669	rs2287401	G	T	4890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TTCCACAAGGGATACCTCCTC;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=427;TCF=211;TCR=216;TR=227;WE=75248677;WS=75248659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,235:0.53:446
chr14	75278302	rs8022046	G	A	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=376;ReadPosRankSum=-1.366;SC=TTGCTGAAGCGCTTCCTATTA;SOR=0.665;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=25;WE=75278310;WS=75278292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr14	75279395	rs2302834	T	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=789;ReadPosRankSum=-0.697;SC=GCCACCAGCCTCCTCCAGCTC;SOR=0.657;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=63;WE=75279413;WS=75279385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,70:0.52:134
chr14	75321714	rs61978928	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	75355767	rs57898381	TA	T	189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=169;SC=GTTCGCCTGTTAAAAGGAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=75355775;WS=75355757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	75359670	rs2230237	G	A	6650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=120;NR=120;PP=2965;SC=CGCCCTCACAGCCTCCTTCTG;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=121;TCR=121;TR=240;WE=75359678;WS=75359660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr14	75359730	rs3742788	C	T	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GAGAACATCTCGTCTAATATG;SOR=1.181;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=68;WE=75359738;WS=75359720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,71:0.47:151
chr14	75361177	rs2070599	C	G	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=115;PP=2965;SC=ACTTGCCCCACTCCTTATCTA;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=87;TCR=115;TR=202;WE=75361185;WS=75361161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr14	75367740	rs1799900	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=522;SC=GGGTTGGCTTGATATTTCAAT;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=23;WE=75367748;WS=75367730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	75367807	rs20578	C	T	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=662;ReadPosRankSum=0.738;SC=ATATGGATGGCGGTACCTTCA;SOR=0.982;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=48;WE=75367815;WS=75367797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr14	75373245	rs3742784	A	G	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=762;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CTGTGTGACTAAGAGGACTAG;SOR=1.578;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=46;WE=75373253;WS=75373235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr14	75373475	rs10134885	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=218;ReadPosRankSum=2.110;SC=GATGGGTAGATGGTTCAAGCT;SOR=0.338;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=13;WE=75373483;WS=75373465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr14	75373626	rs78810423	C	CTGAT	1832.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.131;SC=CCAAAGCCCGCTGATAGAGGG;SOR=1.019;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=27;WE=75373634;WS=75373616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr14	75374013	rs4899538	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=1.121;SC=TGTTGCCCCTACTGCCCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=9;WE=75374021;WS=75374003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	75378296	rs3081755	GTGTGTA	G	1884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=1540;SC=ATGTGTGTTTGTGTGTATGTG;SOR=3.109;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=26;WE=75378309;WS=75378286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	75378331	rs759057	T	C	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=20;PP=1502;SC=TGTGTGTGTGTGCATGCATGT;SOR=1.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=75378339;WS=75378321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	75378347	rs3213717	C	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.281;NF=49;NR=19;PP=984;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CATGTGTGTCCATCTGGAAAG;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=68;WE=75378355;WS=75378337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,72:0.65:110
chr14	75386530	rs60425478	T	TGG	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=-1.009;SC=GGCCTTTGGGTGGGGGGGGTC;SOR=0.576;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=11;WE=75386538;WS=75386520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr14	75412908	rs8005277	A	G	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=21;PP=1648;SC=GGGACCCCGCACACTCACAGG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=88;WE=75412916;WS=75412898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	75415194	rs2159907	G	C	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=40;PP=2408;SC=CTACCCACCCGACCCCGGAGA;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=120;WE=75415202;WS=75415184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	75416000	rs2268614	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=818;ReadPosRankSum=-1.945;SC=ATCTTCTTCCCTCTCCAGGTA;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=55;WE=75416008;WS=75415987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr14	75470446	rs175041	C	A	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=57;PP=1617;SC=GTCACAGGCACATAAGGGAAC;SOR=1.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=82;WE=75470454;WS=75470436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	75485406	rs175052	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=350;SC=GAAACTTCCAGTGCAGATTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=75485414;WS=75485396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	75485489	rs175053	A	G	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=27;PP=1506;SC=AGAAAGAGAAAATAAACTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=75485497;WS=75485479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	75489632	rs175057	C	T	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=73;PP=2965;SC=GAAAAGAAAACGGAACAACGA;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=110;TCR=73;TR=183;WE=75489640;WS=75489622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	75497130	rs175070	C	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=2;PP=854;SC=CCTGGCACACCGCAGGTAAAT;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=36;WE=75497138;WS=75497120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	75505016	rs175075	A	G	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=56;PP=2965;SC=CAGCTGGTTAATCATTCAGGC;SOR=1.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=105;TCR=56;TR=161;WE=75505024;WS=75505006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr14	75506549	.	CATATATATATATATATAT	C,CAT,CATATAT	1454.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;NF=9,9;NR=8,8;PP=84,517;SC=AGAGTTAGGCCATATATATAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=17,17;WE=75506574;WS=75506539;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.42,0.58:36
chr14	75513828	rs175080	G	A	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=106;PP=2965;SC=TCTCAAACTAGGCATCTGTTG;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=103;TCR=106;TR=209;WE=75513836;WS=75513818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr14	75513883	rs175081	T	C	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=83;PP=2965;SC=TTCTCTGAGTTAAGGATGTGG;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=186;WE=75513891;WS=75513873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr14	75535927	rs175499	G	A	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=51;PP=1573;SC=GGCCCGCCCAGCGCAGCCGAG;SOR=1.119;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=88;WE=75535935;WS=75535917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	75551254	rs175487	C	T	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=12;PP=1182;SC=GGGGGCTCTACAGGCTCAGGA;SOR=2.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=75551262;WS=75551244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	75551442	rs175486	A	C	6526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=116;PP=2965;SC=CTAGTCACAGAAGTAGTTCAG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=98;TCR=116;TR=214;WE=75551450;WS=75551432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr14	75553655	rs175485	T	C	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=11;PP=1213;SC=TTCAGTACTTTGTGTTTTGTT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=75553663;WS=75553645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	75572559	rs119077	T	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=375;SC=CGGAAATAAATACCTTGATAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=75572567;WS=75572549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	75580152	rs175464	G	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=47;PP=1343;SC=GGAAATGGGCGACATCGGATC;SOR=1.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=75580160;WS=75580142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	75587351	rs175454	T	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.85;SOR=2.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	75590846	rs175449	A	T	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=85;PP=2965;SC=CCAGAATAACAATCTCATTCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=92;TCR=85;TR=177;WE=75590854;WS=75590836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr14	75601782	rs175444	G	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=51;PP=1541;SC=GGCAGGGGAGGTGGGTAAAGG;SOR=2.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=71;WE=75601790;WS=75601772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	75735859	rs4903300	G	A	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=47;PP=2643;SC=AGTACTAGTAGCAAAGGAACT;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=88;TCR=47;TR=135;WE=75735867;WS=75735849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	75745551	rs2239615	T	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=5;PP=1044;SC=GCAGCGAGCATCTGAGAAGCC;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=75745559;WS=75745541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	75745626	rs7101	C	T	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=56;PP=2808;SC=CAGCTCTGCTCCACAGCGCCC;SOR=1.363;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=157;WE=75745634;WS=75745616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	75746690	rs1046117	C	T	6890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=107;PP=2965;SC=TCGTCTCCTCCGTGGCCCCAT;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=126;TCR=107;TR=233;WE=75746698;WS=75746680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	75747407	rs3216792	AG	A	6997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=98;PP=2966;SC=TTAAAACTTAAGGGGAAAGTT;SOR=0.913;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=26;TCR=103;TR=123;WE=75747415;WS=75747397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	75758885	rs3742769	A	G	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;ReadPosRankSum=1.218;SC=AAGTTTGAGCATCCCTTGCTC;SOR=0.645;Source=Platypus;TCF=103;WE=75758893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,99:0.46:213
chr14	75904660	rs3625	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=10;PP=1128;SC=TTCGGTGACCACAGGCTCCCT;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=75904668;WS=75904650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	75989286	rs175722	G	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CACCCATTCTGCCAAAGCCCC;SOR=2.448;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=13;WE=75989294;WS=75989276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr14	76091197	rs117232115	T	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=0.394;SC=CAAATGTGCATGTAAAGCTGT;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=21;WE=76091205;WS=76091187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr14	76129287	rs2302592	C	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=290;ReadPosRankSum=-0.373;SC=AGGTTGAGCACTGTTTAGGAA;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=13;WE=76129295;WS=76129277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr14	76149830	rs1477464	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=285;ReadPosRankSum=-2.630;SC=CTGCCATTGCTTTTCCTGGAG;SOR=0.685;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=64;TCR=17;TR=25;WE=76149838;WS=76149820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr14	76156609	rs2303345	C	T	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=83;PP=2205;ReadPosRankSum=-0.439;SC=GGATTCAAGGCTTTTCACATC;SOR=0.606;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=405;TCF=211;TCR=194;TR=164;WE=76156617;WS=76156599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,171:0.39:435
chr14	76173860	rs1005224	T	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TCATGTGGAGTGTAGGAATGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=76173868;WS=76173859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	76175565	rs1981898	C	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=593;ReadPosRankSum=-1.560;SC=TAAAAGAAGGCTACCTATTTA;SOR=1.284;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=40;WE=76175573;WS=76175555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr14	76175594	rs1981899	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=1.036;SC=TGCTTTGACAGATATTATTGT;SOR=1.440;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=23;WE=76175602;WS=76175584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr14	76175666	rs8007792	C	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.035;SC=GTTTTTTTCACATGTATCCTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=76175674;WS=76175656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	76186376	rs2241442	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=1.189;SC=GGTCTGAAAGACATAACTTTT;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=13;WE=76186384;WS=76186366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr14	76198818	rs5809726	CT	C	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=2.393;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr14	76201482	rs2288141	G	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=597;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GGTGCAGCCAGACCTGCTAAT;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=48;WE=76201490;WS=76201472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr14	76203747	rs967889	A	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=298;SC=GTGTGAAAGAAAATAAATGTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=76203755;WS=76203738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr14	76238003	rs17783198	G	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=615;ReadPosRankSum=0.010;SC=AAGGCCACTTGGAGAGAAGCA;SOR=0.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=40;WE=76238011;WS=76237993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr14	76238203	rs45480992	G	C	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.069;NF=11;NR=33;PP=863;ReadPosRankSum=-2.031;SC=AGATGGTAAGGCTTTTCTTAC;SOR=1.123;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=44;WE=76238211;WS=76238193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr14	76242089	rs1035614	A	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=0.109;SC=CTCTGGCATCACCATCCCTTA;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=76242097;WS=76242079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr14	76287061	rs12206	T	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=526;ReadPosRankSum=-0.575;SC=ACGTAGCTTCTGGCAATAATG;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=52;WE=76287069;WS=76287051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,54:0.46:118
chr14	76352929	rs1882827	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=308;ReadPosRankSum=0.058;SC=AGCTAAATCTCATTTGTCAGT;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=15;WE=76352937;WS=76352922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr14	76368544	rs1133834	T	C	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=587;ReadPosRankSum=-0.196;SC=CCTGCAGCCTTTGTGCCCATC;SOR=0.532;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=49;WE=76368552;WS=76368534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,63:0.53:119
chr14	76370358	rs8015239	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=304;ReadPosRankSum=2.237;SC=CGCTATAACTACTGTAACTAC;SOR=0.943;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=20;WE=76370366;WS=76370348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr14	76420881	.	A	AT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,19:0.15:124
chr14	76429868	rs3917200	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=2.903;SC=TCCTGTCTGAAGAGAGCAGAG;SOR=1.129;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=21;WE=76429876;WS=76429858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr14	76432117	rs3917188	GC	G	1692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.991;NF=5;NR=30;PP=1186;ReadPosRankSum=-1.593;SC=GCAAGGGTGAGCCAGGGCCTC;SOR=0.283;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=73;TCF=5;TCR=68;TR=35;WE=76432125;WS=76432107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr14	76432136	rs3917187	T	C	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=745;ReadPosRankSum=0.755;SC=TCTGCTCCTATAGGGACTCAT;SOR=1.113;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=41;WE=76432144;WS=76432126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr14	76488551	rs2058941	A	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=227;SC=CTGAGGTCGCACCACTGCACT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=76488559;WS=76488541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	76524970	rs59989662	CT	C	610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.818;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr14	76525515	rs2302856	A	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=0.406;SC=CGGCACACCCAGTGGCCTAAT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=4;WE=76525523;WS=76525505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr14	76525553	rs2302857	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.496;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=323;ReadPosRankSum=-0.111;SC=ACAGAGAAAAACAGGTTCAGG;SOR=0.269;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=23;WE=76525561;WS=76525543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr14	76542856	rs7140892	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=416;ReadPosRankSum=-1.166;SC=AGTTAGATTTATACTCCAGGT;SOR=0.307;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=26;WE=76542864;WS=76542846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr14	76543004	rs17783366	G	A	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=939;ReadPosRankSum=0.254;SC=GCATCACAGAGATTTGGGGCT;SOR=0.557;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=197;TCF=97;TCR=100;TR=83;WE=76543012;WS=76542994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,92:0.43:213
chr14	76548619	.	C	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=498;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GACAGTGTTGCCTCTGCCTCT;SOR=0.346;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=35;WE=76548627;WS=76548609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr14	76548783	rs137916626	GGACCTT	G	1036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=677;ReadPosRankSum=-1.559;SC=CATCTATAGTGGACCTTGATG;SOR=1.724;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=14;WE=76548796;WS=76548773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr14	76549091	rs78384178	C	T	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.420;SC=GGCTTCAATCCGTAGAGATTT;SOR=0.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=77;WE=76549099;WS=76549081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,83:0.48:172
chr14	76549377	rs7161722	G	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=184;SC=CCCAGCATGTGGGAAGCATAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=76549385;WS=76549367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	76549752	rs8536	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=582;ReadPosRankSum=0.170;SC=AGCTACAGTTGAGGGAAAAGG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=36;WE=76549760;WS=76549742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
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chr14	76638466	rs3783997	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-1.198;SC=CACATTAACTATCTGAATTTT;SOR=1.130;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=22;WE=76638474;WS=76638456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
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chr14	76948262	rs11480158	C	CT	1473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=1317;ReadPosRankSum=1.169;SC=GAGCAAGGCCCTGAAGGACCC;SOR=0.595;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=33;WE=76948270;WS=76948252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr14	76948862	rs10134248	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=313;ReadPosRankSum=-1.439;SC=CCAACTTTGCTTCCTGACCCA;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=20;WE=76948870;WS=76948852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr14	76957745	rs2361292	G	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
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chr14	76964926	rs10139705	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=0.991;SC=GTCCCAGAGGCGGGGGTTTCT;SOR=0.250;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=17;WE=76964934;WS=76964916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr14	77229539	rs2270324	G	A	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=41;PP=1179;SC=GGCCAAGAGTGAAGCCACACT;SOR=1.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=77229547;WS=77229529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	77236147	rs7142166	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=258;ReadPosRankSum=1.076;SC=AAGAGTCTTCGAATGAGTGGG;SOR=0.293;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=13;WE=77236155;WS=77236137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr14	77236380	rs3815550	C	T	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TGCAGCGCTACATCAGAGAGC;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=176;TCF=68;TCR=108;TR=80;WE=77236388;WS=77236370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,84:0.45:185
chr14	77245286	rs2242621	C	T	3448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=76;PP=2059;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CTTCCTCCCACAGGCCCTCGG;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=336;TCF=188;TCR=148;TR=169;WE=77245294;WS=77245276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,176:0.49:357
chr14	77245644	rs17104866	G	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=477;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TCTGCTGATGGTGGGAAGGCC;SOR=0.303;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=30;WE=77245652;WS=77245634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr14	77269788	rs2075773	A	C	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=470;ReadPosRankSum=-1.530;SC=GCAGAAGCGGAAACGTAGCAG;SOR=0.756;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=30;WE=77269796;WS=77269778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr14	77276622	rs57335731	A	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.686;SC=AAATTAGCCAAGTACGGTGGC;SOR=0.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=8;WE=77276630;WS=77276612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
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chr14	77293072	rs72737548	C	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=384;ReadPosRankSum=-0.102;SC=CAGCCTGAGACAGAAGGTGAA;SOR=0.908;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=22;WE=77293080;WS=77293062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr14	77294876	rs17104907	T	C	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=853;ReadPosRankSum=1.368;SC=GCGGATGGCCTGTGGAGGAAA;SOR=0.522;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=67;WE=77294884;WS=77294866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,67:0.47:142
chr14	77302449	rs3742752	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=274;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CCTAGCCTGCATCTCCACGCC;SOR=0.465;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=22;WE=77302457;WS=77302439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr14	77305508	rs11628619	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=-0.239;SC=TGTACATGTATCTTTTAGGCA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=8;WE=77305516;WS=77305498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	77305833	rs12893724	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=486;SC=AATTATATTACCTCAGATGGT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=77305841;WS=77305823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	77311296	rs12896621	A	G	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=52;PP=1679;SC=GGGAAGAATCACTTGGCAGAG;SOR=1.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=78;WE=77311304;WS=77311286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr14	77319773	rs372697027	GGTGTGT	G,GGTGTGTGTGTGT	927.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.471;NF=0,0;NR=24,24;PP=188,1640;ReadPosRankSum=-1.263;SC=AGCTGGAAAGGGTGTGTGTGT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=24,24;WE=77319788;WS=77319763;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.19:27
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chr14	77332367	rs1882844	C	T	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=29;PP=1571;SC=GCTTGAACCCCACTGGGACAA;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=95;WE=77332375;WS=77332357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr14	77336428	rs11625243	G	A	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=38;PP=1522;SC=CCATGAGGCTGTACGGGTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=77336436;WS=77336418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	77492891	rs879027	G	A	4814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.108;SC=GCTTCAATTCGTAGTCCATGC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=482;TCF=235;TCR=247;TR=236;WE=77492899;WS=77492881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,237:0.48:493
chr14	77493647	rs61991619	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=301;ReadPosRankSum=-1.410;SC=GTTCCACCGCAGCGGCGGCGG;SOR=0.558;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=20;WE=77493655;WS=77493637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr14	77493761	rs200317113	TTGCTGC	T	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.619;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=1186;ReadPosRankSum=0.773;SC=TGAGCTGTTGTTGCTGCTGCT;SOR=1.270;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=21;WE=77493774;WS=77493751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr14	77493788	rs28692724	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=1.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=915;ReadPosRankSum=0.442;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGTTGCT;SOR=0.340;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=25;WE=77493801;WS=77493778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr14	77493791	rs377151545	CTGT	C	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=3.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=767;ReadPosRankSum=0.333;SC=GCTGCTGCTGCTGTTGCTGCT;SOR=0.293;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=22;WE=77493801;WS=77493778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr14	77493875	rs71428775	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.259;NF=22;NR=1;PP=487;ReadPosRankSum=-1.767;SC=CCGCCGCCGCTTCCTTAGCCG;SOR=3.215;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=23;WE=77493883;WS=77493865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr14	77600344	rs7141511	G	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=169;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CCAGGCCACCGGCATAACTGC;SOR=0.269;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=16;WE=77600352;WS=77600334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr14	77685357	rs6574361	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.349;SC=AGACAGGGTCGAACTTTCACA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=10;WE=77685365;WS=77685347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	77686303	rs2287377	A	C	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=19;PP=1006;SC=GCAGCTGAGAACTTTTCTCTC;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=77686311;WS=77686293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	77697967	rs375566	A	G	5976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=88;PP=2965;SC=GGGACGACGCACGCATCTACA;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=117;TCR=88;TR=205;WE=77697975;WS=77697957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr14	77699933	rs17750404	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=444;ReadPosRankSum=-0.624;SC=ACATGGGCAGCGTTTTGCTGA;SOR=1.105;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=28;WE=77699941;WS=77699923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr14	77703057	rs403291	A	G	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=48;PP=1553;SC=TGGGGTTTGCACCCAGGAATA;SOR=1.008;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=77703065;WS=77703047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	77704974	rs8010477	G	C	6373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=83;PP=2965;SC=CCAAAAGACTGAGGTGTCTGG;SOR=1.240;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=139;TCR=83;TR=220;WE=77704982;WS=77704964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr14	77705726	rs4899646	C	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=733;ReadPosRankSum=1.109;SC=CCCCACAGGCCGACTCAGCAC;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=54;WE=77705734;WS=77705716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr14	77709120	rs2287380	A	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=1;PP=982;SC=GTTGCATGCAAGTCTGGGCCC;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=77709128;WS=77709110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	77709450	rs409109	T	G	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=35;PP=981;SC=GATCAAGGAATAATTCAGGCG;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=77709458;WS=77709440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	77718386	.	TGTGCATGCGTGCATGCATGCGTGCATGCCTTGC	T	1959	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=1959;QD=495.5;SC=TGGAGCCCAGTGTGCATGCGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=77718426;WS=77718376;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr14	77733117	rs28909968	CT	C	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.140;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.779;NF=3;NR=23;PP=614;ReadPosRankSum=0.575;SC=GCTCCTGGGCCTTTTTTCCTC;SOR=0.413;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=26;WE=77733125;WS=77733107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr14	77735762	rs45608147	C	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=0.219;SC=GGCGGGGGTGCCAAGCCAGGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=77735770;WS=77735752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	77737088	rs4903565	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=539;ReadPosRankSum=3.537;SC=CCAGCGCCCCGGCAGCGGCCA;SOR=0.432;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=44;WE=77737096;WS=77737078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr14	77745193	rs3209079	A	C	5959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=102;PP=2965;SC=CGCCTCCTCGAAGCAGGACCT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=100;TCR=102;TR=202;WE=77745201;WS=77745183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr14	77746112	rs11625197	T	C	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=934;ReadPosRankSum=-1.616;SC=TCCCCAGGGGTGCAGGTGCCC;SOR=0.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=71;WE=77746120;WS=77746102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,73:0.51:144
chr14	77750057	rs2216089	T	G	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=4;PP=637;SC=AATGGATCTGTAGCATGGCAT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=77750065;WS=77750047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	77751925	rs2270419	C	T	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;NR=91;PP=2965;SC=TTCCAAATTTCCTGTTTACGA;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=115;TCR=92;TR=206;WE=77751933;WS=77751915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr14	77755221	rs2287387	T	G	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=68;PP=2215;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CTCACCAGGCTAGTATTAATC;SOR=0.363;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=124;WE=77755229;WS=77755211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr14	77762648	rs79509556	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=404;ReadPosRankSum=0.018;SC=GAGGGGTGAGCTGGCACAGTG;SOR=0.202;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=29;WE=77762656;WS=77762638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr14	77787088	rs2270421	C	T	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=186;SC=GCCGCCCCGCCAAGGAGTCAC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=77787096;WS=77787078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	77790872	rs8016187	T	A	5806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=135;NR=70;PP=2965;SC=AATCCACCCCTTTAGGTTTCC;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=135;TCR=70;TR=205;WE=77790880;WS=77790862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr14	77793207	rs7975	G	A	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=85;PP=2932;SC=CATCGACTACGAGACGGTGCC;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=157;WE=77793215;WS=77793197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	77794283	rs1046428	T	C	5875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=93;PP=2965;SC=CTAGAGGAGATGCGTCCCACT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=109;TCR=93;TR=201;WE=77794291;WS=77794273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr14	77795311	rs5809824	CT	C	999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=3;PP=947;SC=CCTCAGGGCCCTTGGTTGAAG;SOR=3.334;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=25;WE=77795319;WS=77795301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	77795638	rs2270423	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=309;SC=AGCCTCCCAGGCTGCTTTGGG;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=77795646;WS=77795628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	77796641	rs731346	G	A	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=88;PP=2965;SC=AACCCACCGGGACCTCTTTCA;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=179;WE=77796649;WS=77796631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr14	77812646	rs76071665	T	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=213;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TGTGTCCACATTCTGGTGCCT;SOR=0.420;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=14;WE=77812654;WS=77812636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr14	77880493	rs8005759	C	T	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.40;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	77914752	rs2091916	A	G	4102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=51;PP=2843;SC=AACAAATGAGAACTGAAGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=135;WE=77914760;WS=77914742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	77919587	rs2364158	T	C	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=54;PP=2965;SC=GTAGAGCCTTTATCAGTGATA;SOR=1.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=116;TCR=54;TR=170;WE=77919595;WS=77919577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	77926011	rs1061629	C	T	4782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=50;PP=2965;SC=AACACTGTTCCTGGCAGTGCA;SOR=1.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=108;TCR=50;TR=158;WE=77926019;WS=77926001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	77928476	rs12436593	C	T	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=26;PP=1345;SC=AAGGAGTGGACTAATGACATT;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=83;WE=77928484;WS=77928466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	77928525	rs1061638	A	G	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=44;PP=1792;SC=CAGGAGTACAATACAAAGGAC;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=108;WE=77928533;WS=77928515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	77928735	rs11159262	A	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=266;SC=ATATGGTGCCATTGGAAACTT;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=77928743;WS=77928725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	77930752	rs11624314	G	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=2;PP=761;SC=TGAACATACTGTATTCTATAG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=77930760;WS=77930742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	77932017	rs7146595	A	C	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=64;PP=2104;SC=AGAGGTAAGTAAGTCTTGTCC;SOR=1.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=90;WE=77932025;WS=77932007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	77932111	rs7146784	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=315;SC=GGTACTCACAAACTCACAACT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=77932119;WS=77932101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	77934394	rs28378084	C	T	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.33;QD=26.16;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	77934758	rs4903584	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=13;PP=594;SC=GATTGGGTACATTGTAGTATA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=77934766;WS=77934748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	77935239	rs5809831	T	TG	523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=545;SC=TTAGTAGAGATGGAGTTTCAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=77935247;WS=77935229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	77935520	rs7250	G	A	5236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=104;PP=2965;SC=AAGAGCGGACGCGACAGGGCT;SOR=1.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=72;TCR=104;TR=176;WE=77935528;WS=77935510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr14	77951124	rs3742728	C	T	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=69;SC=GGAGGGGTGGCGTTGCCTGGG;SOR=1.266;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=115;WE=77951132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	77984573	rs926114	C	T	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=42;PP=1404;SC=TACAGAGGACCTGCTGTCCTC;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=77984581;WS=77984563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	77987958	rs2072672	C	A	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=36;PP=1033;SC=ACAAAATAATCCTAAGTAAAA;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=77987966;WS=77987948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	78018246	rs11159275	T	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=355;SC=GAAAATTCCATAGAAAGTGAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=78018254;WS=78018243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	78018614	rs2178876	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=29;PP=824;SC=TTGCATTCACCGGCAATGTCA;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=78018622;WS=78018604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr14	78028803	rs2364602	A	G	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=53;PP=2123;SC=GTGATGCATGATTCAGTTCAT;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=128;WE=78028811;WS=78028793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr14	78036658	rs76545605	C	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=688;ReadPosRankSum=0.043;SC=TTTTAGCTCACTCTGACTGCT;SOR=0.555;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=60;TCR=8;TR=38;WE=78036666;WS=78036648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr14	78036899	rs11344772	AG	A	1175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.539;NF=3;NR=29;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.527;SC=CCTGAATTTAAGAATTACTCA;SOR=0.442;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=69;TCF=4;TCR=65;TR=32;WE=78036907;WS=78036889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr14	78036935	rs4903606	A	G	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=38;PP=1032;SC=AAATCATAGTATATGTGTTGT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=39;WE=78036943;WS=78036925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	78140329	rs6493	G	A	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=859;ReadPosRankSum=-1.377;SC=TCTTCAAGTAGCTGGCACACA;SOR=0.635;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=50;WE=78140337;WS=78140319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,51:0.39:131
chr14	78140355	rs6494	T	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=729;ReadPosRankSum=-0.406;SC=CAGTCCTCCATAGAACAAGGC;SOR=0.699;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=45;WE=78140363;WS=78140345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,46:0.38:121
chr14	78141858	rs3783981	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=0.180;SC=ACTATAATTTATTAAAATTCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=78141866;WS=78141852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	78170896	rs8021036	C	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=46;PP=1319;SC=AACCTCCAAACACATTTCTTG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=78170904;WS=78170886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	78174473	rs11159286	A	C	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=26;PP=1125;SC=CTCAGCAGCGAGAGGTGCTGC;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=78174481;WS=78174463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	78176851	rs1076496	A	G	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=791;ReadPosRankSum=-1.055;SC=ACCGGGAAACACACTGGATTG;SOR=0.325;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=52;WE=78176859;WS=78176841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr14	78177115	rs76566741	T	C	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.312;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=56;PP=2128;ReadPosRankSum=0.302;SC=ACCCTGTCTTTCTACAGTCTA;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=115;TCR=96;TR=121;WE=78177123;WS=78177105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,124:0.57:219
chr14	78183706	rs176959	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=-0.997;SC=GAGGAGAAAACGAAAGAACAA;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=9;WE=78183714;WS=78183697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	78184566	rs176960	C	A	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=57;PP=2466;SC=CCTCAAACTGCACTGGTCCTT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=123;WE=78184574;WS=78184556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	78184661	rs17825620	T	G	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,93:0.49:191
chr14	78186969	rs45465691	C	G	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.958;SC=GCATTTACATCCAAATGTAAA;SOR=1.137;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=56;WE=78186977;WS=78186959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr14	78187316	rs176965	A	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GATGATACATAATCAAGCTGG;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=78187324;WS=78187306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	78189136	rs72687205	G	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr14	78189697	rs11626900	T	C	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,69:0.59:116
chr14	78197365	rs114763	C	T	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-6.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.797;NF=47;NR=4;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.313;SC=CAGCTCTTCTCTCCCTGGCTT;SOR=0.301;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=78;TCR=6;TR=51;WE=78197373;WS=78197355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr14	78199019	rs12587825	T	A	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=436;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TTAATTTTATTTTTTTCGAGC;SOR=0.929;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=34;WE=78199027;WS=78199009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr14	78200392	rs10134425	G	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TGTTTAGGGTGAGTATATAAA;SOR=1.154;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=18;WE=78200400;WS=78200382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr14	78221501	.	ACT	A	166.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	78221502	.	C	CAA	142	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=142;QD=88.5;SC=ATTTAAAAAACTCTTATGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=78221512;WS=78221492;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr14	78221503	.	TC	GA	123	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=123;QD=88.2339374311;SC=TTTAAAAAACTCTTATGTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=78221512;WS=78221492;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr14	78221504	.	C	CAAGA	166.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	78226850	rs1477264	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr14	78234796	rs8015313	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.07;MQRankSum=-0.589;NF=2;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTTTTACAGGCATGATCAACC;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=78234804;WS=78234786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	78285461	rs3214433	GT	G	2330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1582;SC=GCTACGGTAGGTTTTTCCCTT;SOR=1.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=43;WE=78285469;WS=78285451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr14	78353368	rs17826188	T	C	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=821;ReadPosRankSum=0.102;SC=CTGGCCCATCTTCCTGGCTCC;SOR=0.624;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=77;TCR=43;TR=59;WE=78353376;WS=78353358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
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chr14	78366933	rs3837641	G	GAAC	6616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.340;NF=37;NR=39;PP=2489;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GCGTCTCAAGGAACAACAACA;SOR=0.937;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=236;TCF=89;TCR=147;TR=76;WE=78366943;WS=78366923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,174:0.48:362
chr14	78366967	rs734654	A	G	5892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.04;MQRankSum=1.348;NF=125;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.575;SC=AATGGGACAGAAAGTTGTAAG;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=468;TCF=257;TCR=211;TR=225;WE=78366975;WS=78366957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,280:0.53:533
chr14	78374172	rs34272020	C	T	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=37;PP=1031;ReadPosRankSum=-2.347;SC=GGGACCTGTCCACGGAGCGGG;SOR=0.422;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=173;TCF=104;TCR=69;TR=87;WE=78374180;WS=78374162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,91:0.51:180
chr14	78744823	rs10134857	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=0;PP=485;SC=GGGTGAAGGTGGAACTAAGTG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=78744831;WS=78744813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	78748366	rs10147289	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=568;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TTTGAGTTTGCAGGGTTCCAA;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=49;WE=78748374;WS=78748356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,50:0.42:120
chr14	78766814	rs4903742	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=0.112;SC=AAGCTTCCACATTGTATGTTT;SOR=0.141;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=78766822;WS=78766804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	79176133	rs12147248	G	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=279;SC=AATGGCTGTTGTAAAATTATG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=79176141;WS=79176123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	79181046	rs1465481	A	T	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=58;PP=2939;SC=TAGGTTTCTTACATTTGGTTA;SOR=1.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=99;TCR=58;TR=157;WE=79181054;WS=79181036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	79276733	rs4133797	C	A	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=288;SC=AAAAAAAAAACAAAACTGACT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=79276741;WS=79276723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	79423631	rs35008707	C	T	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TCAATGACAACGAGTGGCACA;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=172;TCF=80;TCR=92;TR=87;WE=79423639;WS=79423621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,93:0.51:183
chr14	79454519	rs154325	G	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=384;ReadPosRankSum=-0.851;SC=GGAACTTTGTGAAGATGTTTG;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=26;WE=79454527;WS=79454509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr14	80290425	rs932265	A	G	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=478;SC=CCCCAGCTTCAGGTGTTGTGT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=80290433;WS=80290415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	80669580	rs225014	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.913;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr14	80993188	rs76278870	T	C	179.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=-0.765;SC=ACTTAAAGACTAAAAAAGTAT;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=80993196;WS=80993178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr14	80993330	.	GA	GAA,G	116	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5014,0.4986;HP=12;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=16;MQ=60.45;NF=2,2;NR=7,7;PP=116,15;QD=13.5555555556;SC=AGGAATCCTGGAAAAAAAAAA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=9,9;WE=80993338;WS=80993320;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.60:15
chr14	81025522	rs1530771	C	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.279;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=730;ReadPosRankSum=-0.962;SC=ATGTAGTTTTCGAAATGATTT;SOR=1.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=44;WE=81025530;WS=81025512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr14	81251932	rs370664380	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=0.081;SC=AAATAAAAGTTACTGTAAAAT;SOR=0.148;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=12;WE=81251940;WS=81251922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr14	81259078	rs4523859	G	A	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=10;PP=967;ReadPosRankSum=1.797;SC=ATTGAAAACCGTTCCTTAGGA;SOR=1.340;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=52;WE=81259086;WS=81259068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr14	81297385	rs7156572	G	A	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=657;SC=TGCTCACACTGGAGTTCATAA;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=81297393;WS=81297375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	81297635	rs116610923	A	G	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1114;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TTCCCGCTCAACCCCTTAAAA;SOR=0.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=79;TCR=105;TR=78;WE=81297643;WS=81297625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,82:0.41:199
chr14	81307218	rs7142753	T	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=175;SC=TGGATATGAGTTACACAAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=81307226;WS=81307208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	81360893	rs34375242	C	CA	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr14	81360958	rs2288347	C	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=419;ReadPosRankSum=-3.239;SC=ATTGGAAAGACGTTGTCTACT;SOR=0.929;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=35;WE=81360966;WS=81360948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr14	81371088	rs8016507	A	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=491;ReadPosRankSum=-1.500;SC=AAGTTCAAGCATTAGTCATTT;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=34;WE=81371096;WS=81371078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr14	81574687	rs3837640	T	TTCTC	708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=3;PP=469;SC=ACCTAATTCATTCTCTCTCTC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=81574695;WS=81574677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	81574845	.	T	TTTTTTTCTTTTTAC	249	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=12;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=21;MQ=62.2;NF=10;NR=10;PP=249;QD=12.7;SC=TTTCTTTTTTTTTTTTTGGAA;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=20;WE=81574853;WS=81574835;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,20:0.57:35
chr14	81574959	rs3783942	A	G	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.92;QD=25.68;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	81575005	rs3783941	C	A	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=34;PP=1043;SC=GAAGGCCCCACGCTCCAGTAT;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=81575013;WS=81574995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	81606214	rs186091357	A	G	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=978;ReadPosRankSum=0.943;SC=ATCAGAGGGTAAGTGGCAGGG;SOR=0.522;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=68;WE=81606222;WS=81606204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,75:0.58:130
chr14	81610583	rs1991517	G	C	5347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TTACCCACGAGATGAGGCAGG;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=88;TCR=88;TR=175;WE=81610591;WS=81610573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr14	81667852	rs8019633	A	T	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=678;SC=AACTTCAAGTAGTTAATATAG;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=81667860;WS=81667842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	81676360	rs201118427	C	CT	300.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr14	81676361	.	A	AC	301.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr14	81676362	rs199721074	G	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr14	81676370	rs368782223	CTTTATCATACA	C	299.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr14	81676382	rs372189020	GAATGGTCCCACAAGAAATAT	G	301.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr14	81686922	.	CA	C	610.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.76;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr14	81686938	rs145594822	A	AT	698.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=864;ReadPosRankSum=0.178;SC=AAAAAAAACTATAACACCCGG;SOR=0.352;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=25;WE=81686946;WS=81686928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr14	81728194	rs17111619	C	A	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=47;PP=978;ReadPosRankSum=0.009;SC=ATCTTCACCACCCTCTTTGAT;SOR=0.853;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=200;TCF=96;TCR=104;TR=82;WE=81728202;WS=81728184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,93:0.44:209
chr14	81737076	rs2241621	A	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=0.220;SC=TCTTCTACAGAGATAGATCTC;SOR=0.625;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=27;WE=81737084;WS=81737066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr14	81743718	rs34323725	C	T	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.290;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=1074;ReadPosRankSum=0.501;SC=CCCATGGAAACGGCACTCATG;SOR=1.382;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=192;TCF=84;TCR=108;TR=67;WE=81743726;WS=81743708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,68:0.35:197
chr14	81744736	rs3813535	A	G	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=52;PP=2209;SC=CTCCAAGGTGAAGCCTCAGTT;SOR=0.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=110;WE=81744744;WS=81744726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	85995608	rs12590399	T	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.778;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr14	85995614	rs12587861	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=1.608;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr14	86088056	rs10141266	T	C	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=43;PP=1602;SC=AGGGCGTAACTGTACTCTACC;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=97;WE=86088064;WS=86088046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	87386566	rs61981246	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TAAATGCTCAATAATGCAATT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=87386574;WS=87386556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	87386811	.	CT	C	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=0.9997;HP=19;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=14.5;SC=ATTGAATTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=2;WE=87386819;WS=87386801;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,2:0.29:7
chr14	88400353	rs412915	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=575;ReadPosRankSum=-0.568;SC=CCTGGAAAAACGTTCACAGAG;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=43;WE=88400361;WS=88400343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr14	88400449	rs413750	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.05;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	88400449	.	TG	CA,CG	152	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0,0;NR=7,16;PP=94,152;QD=21.066839266;SC=TATCTATTACTGCAGAAATAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7,16;WE=88400458;WS=88400439;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:16
chr14	88400450	rs432946	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.578;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	88400486	rs1042029	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TTAAAGAGGCATTTTTAAAAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=88400494;WS=88400476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	88401213	rs421262	T	C	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=60;PP=1708;SC=ATGCCAGAGGTGAAATGACCC;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=88401221;WS=88401203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	88406120	rs45626938	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.889;SOR=1.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr14	88406127	rs45567441	G	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr14	88406404	rs417276	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=161;SC=GTGGGGTTCTTGAGTGGCATC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=88406412;WS=88406394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	88407716	rs34752717	T	TA	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.044;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr14	88407734	rs448805	G	C	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=24;PP=1323;SC=AAAAAAGTCAGTTACCTAAAT;SOR=1.199;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=65;WE=88407742;WS=88407724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	88407875	rs421466	T	A	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=62;PP=2129;SC=TCTCTATGTATACATCACACT;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=110;WE=88407896;WS=88407865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	88407888	rs398607	A	G	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=729;ReadPosRankSum=1.131;SC=ATCACACTTTATAGTCAGATT;SOR=0.509;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=58;WE=88407896;WS=88407865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr14	88407917	rs12432149	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=550;ReadPosRankSum=2.093;SC=AAAATAAAACGGTTGATTAGT;SOR=0.886;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=37;WE=88407925;WS=88407907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr14	88411803	rs444902	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=4;PP=393;SC=GTTCTTGAAATAGGAGGACCA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=88411811;WS=88411793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	88411837	rs366615	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=222;ReadPosRankSum=1.110;SC=ACTTCAAAATGTACCTGACAA;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=14;WE=88411845;WS=88411827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr14	88411947	rs367327	T	C	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=43;PP=1307;SC=CGGCAGCCCATGTAATGGGTC;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=93;WE=88411955;WS=88411937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	88414211	rs398076	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=422;ReadPosRankSum=0.329;SC=AACTGCCATCGCTGTCAAGGA;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=30;WE=88414219;WS=88414201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr14	88414283	rs398343	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=19;PP=541;SC=CATGTGGACAGAATAGCTTTA;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=88414291;WS=88414273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	88416390	rs440426	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=261;SC=CTATTTATCAAGAGAAACACC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=88416398;WS=88416380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	88416441	rs451073	C	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=51;SC=TAGGAAAACACTGTTCAAGCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=88416449;WS=88416431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	88417095	rs11300320	GA	G	914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=338;ReadPosRankSum=-1.561;SC=TTATGACTCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.289;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=22;WE=88417104;WS=88417085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr14	88417161	rs431748	C	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=16;PP=424;SC=AAAAGTTCAACAGTTAATGCC;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=88417169;WS=88417151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	88417244	rs443019	C	T	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=120;SC=GACTTTTTTACAATATAATAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=88417252;WS=88417234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	88429690	rs17687109	A	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=441;ReadPosRankSum=1.108;SC=CCAATAGTAAAGAAGTGAGTT;SOR=0.281;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=33;WE=88429698;WS=88429680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr14	88431704	rs17760463	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=0.135;SC=AATATTCTTATAAAACACTGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=88431712;WS=88431694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	88434893	rs17687364	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=607;ReadPosRankSum=0.126;SC=ACTTATATACGTATAGATTTG;SOR=0.347;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=43;WE=88434901;WS=88434883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr14	88442582	rs76114917	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=370;ReadPosRankSum=-0.914;SC=TCAGGTAAGTGAATACAGGAG;SOR=0.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=22;WE=88442590;WS=88442572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr14	88442646	rs76521220	A	G	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=909;ReadPosRankSum=-0.226;SC=AAAGATAGTCAATACACAGAG;SOR=0.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=94;TCR=44;TR=69;WE=88442654;WS=88442636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,73:0.49:148
chr14	88442712	rs34362748	C	T	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=64;PP=1714;ReadPosRankSum=2.758;SC=CCTATAACATCAACCACCTTG;SOR=0.472;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=289;TCF=160;TCR=129;TR=133;WE=88442720;WS=88442702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,139:0.46:301
chr14	88448486	rs17797987	A	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TTTCTGTGTTAGGAACCATAA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=88448494;WS=88448476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	88448525	rs45568734	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=71;ReadPosRankSum=1.468;SC=GTTAAAAACAAAAAGATACTA;SOR=1.262;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=7;WE=88448533;WS=88448515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr14	88448643	rs79515863	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr14	88448695	rs17797993	C	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr14	88450639	rs17798011	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=0.703;SC=TAGCCTCATGGCATAAAATGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=88450647;WS=88450629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	88450770	rs1805078	G	A	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=918;ReadPosRankSum=0.671;SC=TCATGGTAACGCTTGGCGCCC;SOR=1.016;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=68;WE=88450778;WS=88450760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,71:0.55:129
chr14	88450928	rs77468347	C	T	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=201;ReadPosRankSum=1.338;SC=ACGGTGCTGGCGCTATTGAAA;SOR=0.257;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=13;WE=88450936;WS=88450918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
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chr14	88454910	rs2289511	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AAGAAATCCAGTCATGAATAT;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=19;WE=88454918;WS=88454900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr14	88454937	rs74689143	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ACAGTGTTCACGCACACCACC;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=11;WE=88454945;WS=88454927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr14	88458573	rs78557856	A	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=642;ReadPosRankSum=-2.052;SC=TCCGAGTTCAACCTTAACATT;SOR=1.612;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=36;WE=88458581;WS=88458563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr14	88458745	rs78187751	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=746;ReadPosRankSum=1.137;SC=CTTGAGGCACCAGTCCTGCCT;SOR=1.151;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=47;WE=88458753;WS=88458735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr14	88459434	rs111976362	G	T	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,63:0.47:133
chr14	88459448	rs111887056	C	G	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=1831;ReadPosRankSum=2.582;SC=GCCGAACCCGCGGCCGCAGTC;SOR=0.812;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=83;TCR=54;TR=62;WE=88459456;WS=88459424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,65:0.46:142
chr14	88459467	rs112992946	C	G	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.484;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=25;PP=938;ReadPosRankSum=1.195;SC=TCATAGCTTTCGCTCGGCGTT;SOR=0.972;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=163;TCF=99;TCR=64;TR=75;WE=88459475;WS=88459457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,84:0.48:176
chr14	88459656	rs76999174	A	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=728;ReadPosRankSum=-0.995;SC=GAGTGTTGAGAAAAGAAGCAG;SOR=0.829;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=44;WE=88459664;WS=88459646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,48:0.48:99
chr14	88477413	rs6574978	C	T	6892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=96;PP=2965;SC=TTGATTATACCTGGAATAAAG;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=131;TCR=96;TR=227;WE=88477421;WS=88477403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr14	88477882	rs3742704	A	C	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=73;PP=2316;ReadPosRankSum=2.064;SC=ACTTGTCAGCATCACAGTTAC;SOR=0.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=130;TCR=148;TR=139;WE=88477890;WS=88477872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,150:0.51:295
chr14	88651826	rs144490234	A	AAC	1279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.971;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.739;NF=13;NR=13;PP=959;ReadPosRankSum=-1.087;SC=GAATATTAAAAACACACACAC;SOR=0.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=26;WE=88651835;WS=88651816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr14	88651962	rs17762463	C	T	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=65;PP=2747;SC=TCCAACTCAGCGTGCTGCTGG;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=149;WE=88651970;WS=88651952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	88658764	rs12898054	G	C	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=52;PP=1594;SC=TCTAGGAAGAGCAAAGGAGAA;SOR=1.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=91;WE=88658772;WS=88658754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	88729931	rs761971	G	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GAAGAAGAGAGTTTGTTTATA;SOR=0.874;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=16;WE=88729939;WS=88729921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr14	88737193	rs1298237	T	C	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1201;ReadPosRankSum=1.186;SC=ACATGGACCCTTGCTAACAAT;SOR=0.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=157;TCF=70;TCR=87;TR=81;WE=88737201;WS=88737183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,87:0.51:170
chr14	88790152	rs742887	C	A	270.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=-1.344;SC=CTCTTCTCACCGCTCTCACCC;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=13;WE=88790160;WS=88790142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr14	88792816	rs3742690	T	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=35;PP=1048;SC=AAGATGCCGCTCCAAGCGGTT;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=88792824;WS=88792806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	88792884	rs3742689	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=121;ReadPosRankSum=1.609;SC=GGGTTAAGTCTGGTGGAAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=88792892;WS=88792874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr14	88852031	rs709886	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=413;SC=ACGGCCTGGCAACGGTTTCCC;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=88852039;WS=88852021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	88852166	rs4904448	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.955;NF=25;NR=27;PP=676;ReadPosRankSum=0.635;SC=ACTAAGCATGGATGGCAGCCG;SOR=0.735;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=52;WE=88852174;WS=88852156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,54:0.49:111
chr14	88852279	rs5810413	TG	T	679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=696;SC=GGCCGCCCCTTGGGGCGCTTC;SOR=2.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=19;WE=88852287;WS=88852269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	88857706	rs75595762	T	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=335;ReadPosRankSum=-2.300;SC=AATTTATGATTTTTTTTTCTT;SOR=1.143;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=22;WE=88857714;WS=88857696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr14	88862529	rs3179969	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TCCAGTAAGCGTGAGTACCAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=7;WE=88862537;WS=88862519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	88894210	rs2295135	T	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=1.650;SC=TGGTTATAGCTCTCTCTGAAT;SOR=0.197;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=88894218;WS=88894200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	88895669	rs386579	T	G	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.50;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	88895941	rs61975260	C	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	88934651	rs366476	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=-1.550;SC=GTGTTCCCCTGGGGAGACAGA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=88934659;WS=88934641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr14	88935925	rs2297129	A	G	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=39;PP=1382;ReadPosRankSum=1.361;SC=TCTCTTGCCCAGTAAGGAGGT;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=133;TCR=80;TR=105;WE=88935933;WS=88935915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,105:0.48:218
chr14	88936254	rs2297128	A	G	3077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=58;PP=2068;ReadPosRankSum=-1.623;SC=CTTAAGAGAAATAAGTACCTA;SOR=0.624;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=262;TCF=132;TCR=130;TR=128;WE=88936262;WS=88936244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,135:0.49:273
chr14	88936500	.	AAG	A	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.178;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=490;ReadPosRankSum=-1.054;SC=AAAAAGTAAAAAGTAAAAAAG;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=12;WE=88936509;WS=88936490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	88938652	rs2274736	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.146;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=531;ReadPosRankSum=-0.831;SC=CTCCACTCTCACATCATCATA;SOR=0.525;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=48;WE=88938660;WS=88938642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,59:0.42:140
chr14	88945591	rs879932	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.043;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=612;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CACGTGCAGGAGGCGCCCGGG;SOR=1.143;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=38;WE=88945599;WS=88945581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr14	88946622	rs2401751	G	A	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1268;ReadPosRankSum=1.541;SC=CGACCGTTGAGGTCAATCTGG;SOR=0.579;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=83;WE=88946630;WS=88946612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,84:0.50:167
chr14	88967280	rs45446997	T	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=630;ReadPosRankSum=-0.947;SC=CTGCTAGAGTTCCCTGGACTG;SOR=0.513;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=41;WE=88967288;WS=88967270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr14	88967336	rs816069	C	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=0.800;SC=AGTAACTATTCAGGAAGACAA;SOR=1.398;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=14;WE=88967344;WS=88967326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr14	88970925	rs1998670	C	T	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=72;PP=1633;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TAATGACTCTCGTCACTATCA;SOR=0.494;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=226;TCF=91;TCR=135;TR=125;WE=88970933;WS=88970915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,135:0.55:246
chr14	88971758	rs2274735	T	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TATTTAAATTTCATTGCAAAA;SOR=2.780;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=6;WE=88971766;WS=88971748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr14	88974131	rs34965888	GAT	G	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AAGCCCCTTAGATAACAGAAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=88974140;WS=88974121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	88974417	rs10143744	T	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=1.359;SC=CTCATTGAGATACAATGCATT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=88974425;WS=88974407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	88983670	rs10150986	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.924;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=875;ReadPosRankSum=-0.950;SC=GACTTCAGTCGCACTAATCCC;SOR=0.258;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=22;WE=88983681;WS=88983660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr14	88983673	rs4904452	C	A	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.362;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=1181;ReadPosRankSum=1.353;SC=TTCAGTCGCACTAATCCCTGA;SOR=2.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=23;WE=88983681;WS=88983660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr14	89016855	rs2896079	G	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-1.681;SC=ATCCTCTCCGGATGGGACGAA;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=15;WE=89016863;WS=89016845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr14	89037482	rs10682918	C	CAT	1685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=374;SC=AGATTCATAACTTTTTTTTTT;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=89037490;WS=89037472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	89042180	rs1469602	T	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=17;PP=640;SC=CTTAACTCTTTTAGACCTTCT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=89042188;WS=89042170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	89063167	rs2297124	A	G	7888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=129;PP=2965;SC=GTAATGTTTCAAGTTGTACTG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=146;TCR=129;TR=275;WE=89063175;WS=89063157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr14	89082396	rs61173654	A	AT	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.175;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=350;ReadPosRankSum=0.196;SC=TGACTAGCTGATTTCATAAAC;SOR=0.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=12;WE=89082404;WS=89082386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr14	89087801	rs941668	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-0.308;SC=AAATTTTTCTATGACTACAGG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=89087809;WS=89087791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr14	89088266	rs4635267	C	T	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=30;PP=1263;ReadPosRankSum=0.494;SC=TACATAAATACGTGATTCTTA;SOR=0.581;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=115;TCR=55;TR=88;WE=89088274;WS=89088256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,95:0.50:189
chr14	89088357	rs56144430	G	A	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=66;PP=1641;ReadPosRankSum=-1.319;SC=CCTTTAACCAGTCCTTCCCTA;SOR=0.867;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=275;TCF=134;TCR=141;TR=123;WE=89088365;WS=89088347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,127:0.44:291
chr14	89088388	rs2983488	G	C	4867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=115;PP=2965;SC=CCTCCCCCTTGTCCGCCTCCA;SOR=1.362;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=73;TCR=115;TR=185;WE=89088396;WS=89088369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr14	89094243	rs1144916	G	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=735;SC=ATATTCATCTGTGAAACATGG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=89094251;WS=89094233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	89105287	rs1152383	T	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=8;PP=215;SC=GTTTGAAAATTTTAAGATGTA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=89105295;WS=89105277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	89151392	rs17204164	C	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=251;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CACTTTTATCCACTTCTAGTA;SOR=0.352;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=21;WE=89151400;WS=89151382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr14	89153514	rs117398977	T	C	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=45;PP=1568;ReadPosRankSum=-1.721;SC=TAATGAGCAATTAATCTTTTT;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=222;TCF=127;TCR=95;TR=108;WE=89153522;WS=89153504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,120:0.49:243
chr14	89205265	rs17188228	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=207;ReadPosRankSum=0.303;SC=ATCACAGTAATTGGTTTAAAA;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=19;WE=89205273;WS=89205255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr14	89258877	rs61982739	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=0.332;SC=GCTCCCGCTCGGGCCCGCGGC;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=89258885;WS=89258867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	89305986	rs138047926	TA	T	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=195;ReadPosRankSum=-1.624;SC=ATAAGAGGAATATATATGCCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=89305994;WS=89305976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr14	89307320	rs17700296	T	C	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=868;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TTGATCAGACTGTATGAGAGT;SOR=0.516;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=77;WE=89307328;WS=89307310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,84:0.46:184
chr14	89591829	rs17777553	G	T	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=44;PP=1321;SC=CAAGGAATAAGTATTGAGTAT;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=89591837;WS=89591819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	89647259	rs140257053	G	GGCAGAGAACATGCATGGA	1819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=12;PP=2973;SC=AGAGACAGAGGGCAGAGACAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=12;WE=89647267;WS=89647249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	89647275	.	AAC	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-0.354;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr14	89647297	rs34338248	T	TAC	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=4.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.833;NF=0;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=0.362;SC=CACGTGCACATACACACACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=89647305;WS=89647287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr14	89747473	rs7147341	T	C	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=64;PP=1549;SC=TGACACCCTTTGAAAATGCAT;SOR=1.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=89747481;WS=89747463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	89867978	rs12147030	T	C	11014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=211;NR=172;PP=2965;SC=CCCTCTACTATAGCCACGATT;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=383;TCF=211;TCR=172;TR=383;WE=89867986;WS=89867968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr14	89878865	rs3742676	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-0.479;SC=AAATGATGAGCTGGCGAGGCC;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=23;WE=89878873;WS=89878855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr14	90095445	rs100016	T	C	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=62;PP=2111;ReadPosRankSum=1.710;SC=CAGTGTGAGATGGATCATCTC;SOR=0.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=136;WE=90095453;WS=90095435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr14	90263500	rs9026	T	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=389;ReadPosRankSum=0.708;SC=ATCACAAGTCTGTAGCATGAC;SOR=1.026;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=24;WE=90263508;WS=90263490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr14	90263525	rs1555616	C	A	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=27;PP=2180;SC=TTAGTAGAGTCGAGTCTGCTG;SOR=2.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=80;TCR=27;TR=107;WE=90263533;WS=90263515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	90303065	rs8021113	T	C	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	90303113	rs8019848	A	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=299;SC=CTGTAATCCCAGCACTTTGGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=90303121;WS=90303103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	90303383	rs8020323	A	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	90303435	rs12437204	T	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.77;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	90303445	rs12437206	T	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	90451303	rs1296406	A	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=93;SC=TCTTGTAGGCATTCCATCATT;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=90451311;WS=90451293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	90456188	rs2401863	G	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=437;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CTACTATTGCGTAGAAATTTG;SOR=1.122;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=28;WE=90456196;WS=90456178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr14	90459675	rs146145253	C	G	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=991;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GGATTATGATCAATTTTATTT;SOR=0.887;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=57;WE=90459683;WS=90459665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,59:0.56:105
chr14	90499389	.	GT	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=2.441;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr14	90650684	rs35931687	C	T	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.296;SC=ACAGCCTGGCCGGCTGGAAGC;SOR=1.316;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=147;TCF=87;TCR=60;TR=74;WE=90650692;WS=90650674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr14	90651357	rs12147332	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GAAGCCAGGAGTGGATGCTGG;SOR=0.532;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=10;WE=90651365;WS=90651347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr14	90722824	rs2277516	G	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=166;ReadPosRankSum=-0.230;SC=AGCACAACTTGGTCAGCGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=90722832;WS=90722814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr14	90723000	rs2277515	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=1.838;SC=GGGTCTCAGCAGCCTGAGGCG;SOR=1.067;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=30;WE=90723008;WS=90722990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr14	90723059	rs2277514	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=222;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TCTTCTCCTTTTGCCGGCCTG;SOR=1.061;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=16;WE=90723067;WS=90723049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr14	90723109	rs6575119	T	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=16;PP=476;SC=ACCGCGCTCATGTCCACCGCG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=90723117;WS=90723099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	90723152	rs3825662	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TTGCCCGGGGATCCTGGGGCC;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=90723160;WS=90723142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	90726676	rs11844225	G	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=41;PP=935;ReadPosRankSum=1.112;SC=CTCTAGCTTTGTGATTCATTT;SOR=0.507;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=75;WE=90726684;WS=90726666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,82:0.56:146
chr14	90729931	rs8022531	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=201;ReadPosRankSum=-1.284;SC=GGCTGCTTTGTAAATCTAGCG;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=90729939;WS=90729921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr14	90729984	rs8015510	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=25;ReadPosRankSum=1.345;SC=CTGCTTTTTTCCCTTGGCATT;SOR=0.818;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=3;WE=90729992;WS=90729974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr14	90730071	rs4811	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.011;NF=7;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TGGAAGAGATCATTGATGACA;SOR=0.663;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=90730079;WS=90730061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr14	90730265	rs2282030	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.217;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=463;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TTCCTGTCCCGTGGAAGTAGA;SOR=0.116;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=34;WE=90730273;WS=90730255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr14	90731687	rs34260220	GA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=2.895;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	90734826	rs11624246	A	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=36;PP=1168;SC=CTTGAGAATGAGCAATCTCAG;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=90734834;WS=90734816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	90740324	rs34512486	ATCT	A	10100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=108;PP=2969;SC=AAAGTTTACAATCTTCTTAAT;SOR=0.924;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=159;TCF=37;TCR=122;TR=142;WE=90740334;WS=90740314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr14	90740588	rs10140761	G	C	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=31;PP=1197;SC=TCCGTGTGGGGTGTATGTGCA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=90740596;WS=90740578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	90744672	rs10184	G	A	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=42;PP=2447;SC=CCGTTTTCCCGCTGCTCTCTA;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=128;WE=90744680;WS=90744662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr14	90745422	rs3737035	T	C	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=63;PP=2963;SC=CCAAGGGCAATTCTGAAGTGC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=152;WE=90745430;WS=90745412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	90756503	rs3742672	G	A	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=397;SC=TTACAATCCCGTTTATAAACA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=90756511;WS=90756493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	90767607	rs3825661	C	T	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=61;PP=2601;SC=GCAGATCTTTCACGCTGTCGG;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=91;TCR=61;TR=152;WE=90767615;WS=90767597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	90767746	rs3742669	C	A	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=70;PP=2224;SC=GGGGAAGAAGCCTGGTTGATA;SOR=1.144;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=121;WE=90767767;WS=90767736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	90767759	rs3742668	G	A	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=63;PP=1963;SC=GGTTGATACCGTTAAAGGGAA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=107;WE=90767767;WS=90767736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	90767856	rs3742667	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=568;SC=CTGTGATACATGTCTTGATTT;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=90767864;WS=90767846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	90769539	rs2149647	C	T	4731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=97;PP=2965;SC=ACAATGCTTACTGATTTTCTT;SOR=1.357;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=61;TCR=97;TR=158;WE=90769547;WS=90769529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	90770210	rs4904670	C	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=330;SC=AATTGCTGCACAGTCCATCAG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=90770218;WS=90770200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	90863452	.	G	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=351;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CGGCGGCATAGCGCACAGCGC;SOR=2.387;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=23;WE=90863460;WS=90863442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr14	90863489	rs12886342	G	A	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=15;PP=1417;SC=CAGCAGCAGCGGCATCGGAGG;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=90863497;WS=90863479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	90865283	rs2300497	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CACTTAAGAGTATAAACTTCA;SOR=1.127;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=13;WE=90865291;WS=90865273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr14	90865462	rs2300498	C	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=554;ReadPosRankSum=2.416;SC=TTACTGCCTCCAACGAAGTGT;SOR=0.800;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=43;WE=90865470;WS=90865452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
chr14	90866280	rs3729783	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=-1.803;SC=TGACCGTGCTACAGGTTTCAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=90866288;WS=90866270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	91007618	rs1294572	T	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=419;SC=GGCCTCAGTGTGGCAGATTCA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=91007626;WS=91007608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	91007944	rs145392805	CAG	C	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=2.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,26:0.13:201
chr14	91068663	rs61987022	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=-1.456;SC=ATGGACTGTCGTCCAAATATA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=13;WE=91068671;WS=91068653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr14	91084338	rs754247	C	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.29;ReadPosRankSum=-1.594;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr14	91110582	rs3830889	TACATAC	T	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=1475;ReadPosRankSum=0.804;SC=AAAAAGGTTTTACATACACAC;SOR=0.512;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=10;WE=91110595;WS=91110572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr14	91113471	rs2277512	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=382;ReadPosRankSum=-1.826;SC=CTAAGGGCCCGTATTTATTTA;SOR=0.546;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=34;WE=91113479;WS=91113461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr14	91113537	rs1286422	A	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=353;SC=CATGTAAACCATTTCCCTCTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=91113545;WS=91113527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	91121273	rs3742661	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=785;ReadPosRankSum=1.725;SC=TGGGAATCCCGCAGGGTAGAC;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=60;WE=91121281;WS=91121263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr14	91123575	rs3742660	T	C	6596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.551;SC=TGGCATCGTCTGGCTTCAGGC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=132;TCR=108;TR=238;WE=91123583;WS=91123565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,253:0.99:255
chr14	91142779	rs1077697	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.600;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=412;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TAGAGGGGGGCCCAGGACCAG;SOR=0.432;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=27;WE=91142787;WS=91142769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr14	91156151	rs942738	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=222;ReadPosRankSum=1.777;SC=ATCACATTGTGCTAAGCACTA;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=15;WE=91156159;WS=91156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr14	91161862	rs10146731	C	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=2.151;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,85:0.41:207
chr14	91162063	rs12893100	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=159;ReadPosRankSum=0.168;SC=CATGCCTAGCCATCTTTGGTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=91162071;WS=91162053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr14	91165572	rs1749699	G	A	8227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=143;NR=149;PP=2965;SC=GTCCCTCTGTGATCAAACCAA;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=143;TCR=149;TR=292;WE=91165580;WS=91165562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr14	91165606	rs1742100	G	A	6877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=133;PP=2965;SC=ATGGGAAGAAGGCCAGAGCTC;SOR=1.151;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=92;TCR=134;TR=225;WE=91165614;WS=91165596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr14	91196317	rs10135495	T	C	87.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=1.282;SC=GTAGTTCATATTTAAAATTCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=91196325;WS=91196312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr14	91282452	rs2401918	T	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.49;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr14	91282470	rs943700	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=479;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CCGTTCCCGCGGAGGCCGCGG;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=36;WE=91282478;WS=91282460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr14	91360733	rs77438853	G	GT	2904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.933;NF=29;NR=24;PP=2079;ReadPosRankSum=0.996;SC=ACTGAATTACGTAAGAGATCC;SOR=0.705;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=53;WE=91360741;WS=91360723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,92:0.54:170
chr14	91365646	rs61587732	GAA	G	672.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=19.79;ReadPosRankSum=2.141;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr14	91365649	rs117599685	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=7.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=18.94;ReadPosRankSum=4.470;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr14	91467567	rs1286147	A	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=0.383;SC=CTCCTGGGGGATTCTTGTGTA;SOR=0.764;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=33;WE=91467575;WS=91467557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,34:0.37:93
chr14	91592748	rs57615276	C	CTTCTT	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=1549;SC=ATGTCTGTGCCTTCTTATAAT;SOR=3.611;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=26;WE=91592756;WS=91592738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	91642234	rs2295528	A	G	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.040;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=37;PP=1643;ReadPosRankSum=0.093;SC=TTCTAATTGGATGCTCCCTGC;SOR=0.913;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=219;TCF=139;TCR=80;TR=108;WE=91642242;WS=91642224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,112:0.49:228
chr14	91655551	rs2273482	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=0.538;SC=TTTCCCCAAACGGGCTTTGTG;SOR=0.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=14;WE=91655559;WS=91655541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr14	91662615	rs2295527	A	G	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=805;ReadPosRankSum=-0.424;SC=ATGTTGTTCAACAACAGTAAT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=44;WE=91662623;WS=91662605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr14	91662832	rs2295525	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=155;ReadPosRankSum=-0.044;SC=CGTATGTCGCATCCCAGTTTA;SOR=1.345;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=12;WE=91662840;WS=91662822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
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chr14	91717214	rs11852149	C	T	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=76;PP=1997;ReadPosRankSum=1.775;SC=AAGTTGTGGCCGACCCAAGGT;SOR=0.827;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=254;TCF=125;TCR=129;TR=141;WE=91717222;WS=91717204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,143:0.57:253
chr14	91739081	rs941920	A	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=547;ReadPosRankSum=-0.943;SC=GGCCCGGCCGAGGTGGGGAGC;SOR=0.954;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=38;WE=91739089;WS=91739071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr14	91744233	rs17796691	G	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=766;ReadPosRankSum=-0.740;SC=AGAGGGAAGAGAGACGGGCCA;SOR=0.490;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=52;WE=91744241;WS=91744223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr14	91751788	rs11341843	TC	T	2241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.564;NF=12;NR=32;PP=1325;ReadPosRankSum=1.813;SC=ATCCTGAGGCTCCCCCTAAAA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=31;TCR=82;TR=44;WE=91751796;WS=91751778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,88:0.45:194
chr14	91773494	rs1970911	G	A	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,103:0.59:175
chr14	91773568	rs1970912	T	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=653;ReadPosRankSum=-0.349;SC=ACTCCTTCTTTAGCTACAGGT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=44;WE=91773576;WS=91773558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr14	91776434	rs2277507	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=387;ReadPosRankSum=1.312;SC=CCCGGGCCACGGCTGCCTCCG;SOR=0.498;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=27;WE=91776442;WS=91776424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr14	91883267	rs1285844	A	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=384;ReadPosRankSum=1.037;SC=CAGAGACTGGACGGGTCAGTG;SOR=1.491;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=18;WE=91883275;WS=91883257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr14	91883499	rs1742546	G	A	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,91:0.51:179
chr14	91883967	rs3742654	G	T	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1226;ReadPosRankSum=0.457;SC=GGAGCCAGGCGCACTCACCCA;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=94;TCR=72;TR=86;WE=91883975;WS=91883957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,91:0.52:176
chr14	91925027	rs10135595	G	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.078;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=444;ReadPosRankSum=1.121;SC=ACTGCGCTTTGTTGTGGATTT;SOR=0.561;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=39;WE=91925035;WS=91925017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr14	91927717	rs8006817	G	A	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=946;ReadPosRankSum=2.516;SC=TGGGAGTCAAGAATGTACCTT;SOR=0.518;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=62;WE=91927725;WS=91927707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,66:0.58:114
chr14	91928992	rs5020186	T	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=208;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CTGTTCCTTGTCAAGCCAAAT;SOR=0.287;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=16;WE=91929000;WS=91928982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr14	91929281	.	CTTAAT	C	90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=61.78;NF=0;NR=3;PP=90;QD=39.6666666667;SC=CAAGATGAGGCTTAATTTAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=91929293;WS=91929271;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,3:0.75:4
chr14	91937143	rs10873409	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=221;ReadPosRankSum=0.762;SC=ATACCAACATGTCAATATACA;SOR=0.499;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=20;WE=91937151;WS=91937133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr14	91941909	rs71989693	TAAAAC	T	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ACTTCAGAATTAAAACAAAAC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=2;WE=91941921;WS=91941900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr14	91942318	rs139615837	C	CA	964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.881;NF=4;NR=21;PP=680;ReadPosRankSum=-0.839;SC=GCCCTGCAGACAAAAAACATT;SOR=0.830;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=25;WE=91942326;WS=91942308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr14	91942342	rs10145724	T	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=0.595;SC=TTTTCCTGTATTTATAAAAAT;SOR=0.596;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=28;WE=91942350;WS=91942332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr14	91942407	rs10145809	T	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=0.144;SC=TGAAAAAACTTCAATGTAAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=13;WE=91942415;WS=91942397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr14	91948643	rs6575195	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=305;ReadPosRankSum=0.511;SC=ACCTATAATGGTCATTTTCAA;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=16;WE=91948651;WS=91948633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr14	92040589	rs34650717	TC	T	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=503;ReadPosRankSum=-0.726;SC=CTCGGGCGCCTCCGCCCCGCG;SOR=1.828;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=16;WE=92040597;WS=92040579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr14	92041075	rs1704614	C	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GCAGTGCCTACAGAGATCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=10;WE=92041083;WS=92041065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr14	92058445	rs1285637	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=1.251;SC=TGAAGAAGTGGAATTCCTGAG;SOR=0.422;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=24;WE=92058453;WS=92058435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr14	92074545	rs1743159	T	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=0.682;SC=AGCTTCACCTTCTCATTTAAC;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=92074553;WS=92074535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	92084004	rs1620238	C	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=559;ReadPosRankSum=0.189;SC=CATCAAAAGTCACTTCAGCTG;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=33;WE=92084012;WS=92083994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr14	92088016	rs1296082	G	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=790;ReadPosRankSum=-3.562;SC=TGTATTTCACGATGTTGAGGG;SOR=0.438;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=43;WE=92088024;WS=92088006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr14	92102759	rs17127484	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=212;ReadPosRankSum=0.175;SC=AAATAAATGCATATCACTACC;SOR=0.241;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=22;WE=92102767;WS=92102749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr14	92126456	rs200431786	TCTCTCA	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=176;ReadPosRankSum=2.289;SC=TCTCTCTCTCTCTCTCACACA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=13;WE=92126469;WS=92126446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr14	92140428	rs1285655	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.697;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=0.675;SC=CTTTCAGTCTGTAGAATTGCC;SOR=1.284;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=27;WE=92140436;WS=92140418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr14	92159558	rs72629402	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr14	92174343	rs4605095	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=1.201;SC=ATTGTGAGTGCCTCAAGGGTC;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=92174351;WS=92174333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	92185731	rs17783516	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=419;ReadPosRankSum=-2.767;SC=CCAGACCCAGGGGTAAAAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=28;WE=92185739;WS=92185721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr14	92264080	rs71120197	TA	T	226.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=11.847;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.422;SOR=2.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr14	92268615	rs2402073	T	G	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=62;PP=2549;SC=ATACAGTCTCTTCACTTCTGA;SOR=1.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=96;TCR=62;TR=158;WE=92268623;WS=92268605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr14	92280037	rs10134181	T	C	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=15;PP=965;SC=GAAGTCAAAATAAAACTCACA;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=92280045;WS=92280027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	92343764	rs2430341	C	T	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=26;PP=1272;SC=GCATACAGCACGTTCCTAGGA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=92343772;WS=92343754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	92344244	rs2430342	T	C	3736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.91;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,99:0.45:221
chr14	92344249	rs10147178	T	G	3761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.42;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,99:0.46:216
chr14	92344300	rs2498847	A	G	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=794;ReadPosRankSum=-1.940;SC=AGAACATTAGAACATTCTCCA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=50;WE=92344308;WS=92344290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr14	92347680	rs2430347	A	G	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=67;PP=2487;SC=GGATGGGGTCAATGCATTTGA;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=144;WE=92347688;WS=92347670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	92403660	rs2474028	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=218;SC=ACACCTAGGGTGGTCCCAACT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=92403668;WS=92403650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	92441066	rs1051340	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=0.040;SC=CTGGTAACACCGCCCTGATCG;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=6;WE=92441074;WS=92441056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	92460098	rs2273185	C	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=437;ReadPosRankSum=-0.177;SC=AAAGACTCTACAAGTAACTGT;SOR=0.482;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=36;WE=92460106;WS=92460088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr14	92473943	rs3818095	T	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=304;ReadPosRankSum=0.219;SC=TTAGTTTACTTAGTAGAATGT;SOR=1.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=17;WE=92473951;WS=92473933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr14	92477168	rs2277526	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.106;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=721;ReadPosRankSum=-1.516;SC=TCTGAACTTTACCCAGGTACT;SOR=0.187;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=36;WE=92477176;WS=92477158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr14	92491853	rs2295171	T	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr14	92537163	rs3092822	T	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=364;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TTACTTAAGATTCTTAATATG;SOR=1.061;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=24;WE=92537171;WS=92537153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr14	92537223	rs7158733	G	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=808;ReadPosRankSum=0.976;SC=CATGGAGCTCGTATGTCAGAT;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=92;TCR=55;TR=68;WE=92537231;WS=92537213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr14	92537353	.	C	CG	557.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.93;MQRankSum=2.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr14	92537354	.	CC	GC	2694	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=17;MQ=63.11;NF=0,2;NR=17,12;PP=2694,147;QD=20;SC=GATAGGTCCCCCTGCTGCTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=17,14;WE=92537362;WS=92537344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr14	92537354	.	CC	CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC	1596.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.27;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;NF=0,2;NR=17,12;PP=2694,147;SC=GATAGGTCCCCCTGCTGCTGC;SOR=2.007;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=17,14;WE=92537362;WS=92537344;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.55,0.45:44
chr14	92546144	rs2003721	T	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=58;SC=TGCAATGGCGTTATCTCAGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=92546152;WS=92546134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	92547145	rs761551	G	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=2.021;SC=CTCCCAAACTGCTAGCATCAC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=14;WE=92547153;WS=92547135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr14	92547176	rs761552	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=300;ReadPosRankSum=0.556;SC=CACCGTGCCCGTCCTATTTGC;SOR=0.243;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=25;WE=92547184;WS=92547166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr14	92547425	rs761553	C	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.08;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr14	92548785	rs1048755	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=975;ReadPosRankSum=1.527;SC=GCTTCTAACACTCGTTCCAGG;SOR=1.219;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=160;TCF=67;TCR=93;TR=58;WE=92548793;WS=92548775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,62:0.36:174
chr14	92548896	rs10146519	A	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-4.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=253;ReadPosRankSum=0.934;SC=AAAGGCTTTAAGTAAGTCAAA;SOR=0.118;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=18;WE=92548904;WS=92548886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr14	92549586	rs16999141	G	A	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=59;PP=1814;SC=CACCCTTAACGACAAATATAG;SOR=1.312;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=95;WE=92549594;WS=92549576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	92549604	rs146481848	TA	T	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.510;QD=2.02;ReadPosRankSum=-2.662;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr14	92549632	rs12590497	C	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=33;PP=708;ReadPosRankSum=-1.149;SC=ATCAACCTAACCAGTTAGTAA;SOR=2.120;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=39;WE=92549640;WS=92549622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr14	92555199	rs8003041	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=229;ReadPosRankSum=1.422;SC=TAGTGTATATTATAGGTAATA;SOR=0.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=14;WE=92555207;WS=92555189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr14	92559678	rs4904834	G	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=218;ReadPosRankSum=-1.486;SC=AAAGAAAACAGACAATATTAA;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=12;WE=92559686;WS=92559668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	92560008	rs1997920	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=0.040;SC=TATTCAAAATGTATTTCTCTT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=92560016;WS=92559998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	92562277	rs17847278	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=0.123;SC=CAGAACGAGACTCTGTCTCAA;SOR=0.384;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=13;WE=92562296;WS=92562267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr14	92562568	rs12147767	T	C	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=752;ReadPosRankSum=1.851;SC=TTTAAAACAATATCTTGTGCA;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=44;WE=92562576;WS=92562558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr14	92562986	.	G	A	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=21;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=17;MQ=54.48;NF=5;NR=0;PP=41;QD=15.1542425094;SC=AAAAAAAAAAGAAATGTGACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=5;WE=92562994;WS=92562976;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,5:0.26:19
chr14	92563254	.	AT	A	90.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.085;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	92582472	rs13350	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=1.253;SC=AGACATTTCAGATTCTTCATG;SOR=0.842;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=10;WE=92582480;WS=92582462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	92584021	rs36078150	C	CTTTT	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.998;NF=0;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=0.899;SC=AATACAACTGCTTTGTTTTTT;SOR=0.754;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=92584029;WS=92584011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	92584064	rs12882784	A	G	41.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr14	92585332	rs10649809	G	GAA	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-2.410;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr14	92588002	rs3818263	T	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=868;ReadPosRankSum=0.431;SC=CCTCAGCGCCTACAGCGACCC;SOR=0.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=67;WE=92588010;WS=92587992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
chr14	92588155	rs10603293	ATTTT	A,ATT	1177.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.774;QD=27.39;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,28,7:0.65,0.16:43
chr14	92588219	rs7148709	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.144;NF=1;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=0.113;SC=GCTCCAGACAGACGAGGCGTG;SOR=1.426;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=16;WE=92588227;WS=92588209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr14	92597228	rs3759722	C	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAATTTTAATCAATTTGTTTA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=9;WE=92597236;WS=92597218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr14	92609334	rs35609412	T	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=749;ReadPosRankSum=0.845;SC=TTGTCATCTTTCCCCCCATGT;SOR=0.608;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=68;TCR=16;TR=42;WE=92609342;WS=92609324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr14	92622679	rs45600140	T	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GTAATTGATATGAAATTGCAT;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=92622687;WS=92622669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	92627340	rs2295724	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=0.566;SC=TGTCAAAGGACTTCAGGGAAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=92627348;WS=92627335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	92627668	rs2025071	T	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=355;ReadPosRankSum=0.118;SC=GTAATTCTTGTTTGGTATTTT;SOR=3.258;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=20;WE=92627676;WS=92627658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr14	92792255	rs941646	G	A	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=100;PP=2965;SC=TGCCAGACACGTGGAGAAATA;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=72;TCR=100;TR=172;WE=92792263;WS=92792245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr14	92792432	rs941645	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=630;SC=GTTTATGGACTTGAGTGGGAA;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=92792440;WS=92792422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	92905817	rs4900122	A	G	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=72;PP=2301;SC=ATAAATGCCAAGCCAAGAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=92905825;WS=92905807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	92909073	rs941650	T	C	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	92911579	rs78521571	GG	AT	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=1911;ReadPosRankSum=-1.471;SC=AATTGGCTCTGGGTGCCTGGG;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=142;TCF=95;TCR=47;TR=62;WE=92911588;WS=92911569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,69:0.43:159
chr14	92915666	.	A	C	138	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=53;MMLQ=28;MQ=58.8;NF=0;NR=6;PP=138;QD=28.7952020912;SC=ACACACACACACCCTCTCACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=92915674;WS=92915656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	92920371	rs7144273	C	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=789;ReadPosRankSum=1.147;SC=AGTTTGGACCCAGGACCCGAC;SOR=0.918;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=64;WE=92920379;WS=92920358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,66:0.37:179
chr14	92922667	rs56007403	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=581;ReadPosRankSum=0.495;SC=GAGCAGGGTGCGTGTGAGGGA;SOR=1.536;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=14;WE=92922689;WS=92922657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr14	92922681	rs7156906	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.585;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=581;ReadPosRankSum=1.078;SC=TGAGGGACCCAGCGTATAGCA;SOR=1.981;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=16;WE=92922689;WS=92922657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr14	92922713	rs7158400	T	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=596;ReadPosRankSum=0.796;SC=CTTTATCACATGCCTTGGTGT;SOR=0.899;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=34;WE=92922721;WS=92922703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr14	92950061	rs75541565	C	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=387;ReadPosRankSum=2.549;SC=TCTTCTCCTCCTCATTCCCAG;SOR=1.882;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=29;WE=92950069;WS=92950051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr14	92958502	rs34605132	TG	T	1008.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=853;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TCAGGGCACGTGTGTTTGATT;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=23;WE=92958510;WS=92958492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr14	92959216	rs11623883	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.885;SC=AGCCTTGATCGAGGGACAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=35;WE=92959236;WS=92959206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr14	92959228	rs78254567	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr14	92959282	rs79685763	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr14	92960025	rs4904942	T	C	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=43;PP=1312;SC=ACACTGGCGTTCTCCTCTCCC;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=92960033;WS=92960015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	92981606	rs55930890	C	G	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=53;PP=1760;SC=TGGGGAAGAGCCCCCCAACCC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=100;WE=92981614;WS=92981596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	93118038	rs3829947	A	G	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=69;PP=2835;SC=CCCACAGCCCATGACGCAAAC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=103;TCR=69;TR=172;WE=93118046;WS=93118028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr14	93118229	rs117068593	C	T	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=58;PP=1783;SC=GGCCCCACGCCGCCCACCACC;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=91;WE=93118237;WS=93118219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	93125415	rs2295991	G	C	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=9;PP=1369;SC=GGGGCCAGGGGATGGGGATGG;SOR=2.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=51;TCR=9;TR=60;WE=93125423;WS=93125405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	93154537	rs71698059	TGGC	T	3394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.611;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=43;PP=1981;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TGGACGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=1.072;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=130;TCF=18;TCR=112;TR=47;WE=93154550;WS=93154527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,89:0.54:165
chr14	93170741	rs2250672	T	C	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=812;ReadPosRankSum=1.366;SC=TGGTGAACCGTGTCAACTCTG;SOR=0.708;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=67;WE=93170749;WS=93170731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr14	93170901	rs2402189	A	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;ReadPosRankSum=0.473;SC=AGAAGTGAAAATGCCCACTTG;SOR=0.777;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=53;WE=93170909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,57:0.58:99
chr14	93170993	rs9791	C	T	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=46;PP=1820;ReadPosRankSum=0.143;SC=ACCTGTGAAGCGGATACGGCT;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=236;TCF=146;TCR=90;TR=124;WE=93171001;WS=93170983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,132:0.53:248
chr14	93178191	rs1951708	A	G	10705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=193;PP=2965;SC=CCACGTCCGAATCTTCCATCC;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=166;TCR=193;TR=359;WE=93178199;WS=93178181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr14	93182466	rs1242119	G	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=869;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TGTAGTATCCGTAAACAGACA;SOR=0.358;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=63;WE=93182474;WS=93182456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,68:0.52:131
chr14	93198972	rs12885208	A	T	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=9;PP=900;SC=CTTAACAAAAAAAAGATTAGT;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=93198980;WS=93198962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	93199203	rs1613441	T	A	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=61;PP=1885;SC=CAACAAGAACTGATAAACATT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=93199211;WS=93199193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	93389403	rs7159323	A	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=2.546;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr14	93407301	rs13316	C	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=23;PP=635;SC=CAGCCCAGACCCCAGCGCGGA;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=93407309;WS=93407291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	93483066	rs143456829	G	A	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=827;ReadPosRankSum=1.363;SC=CATTCTGGTCGGCTTCAAGGA;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=54;WE=93483074;WS=93483056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,56:0.50:113
chr14	93532665	rs370298561	ATG	A	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.580;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr14	93649501	rs1046099	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=-1.267;SC=TGCTCTACTCATTGCCATATC;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=8;WE=93649509;WS=93649491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
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chr14	93681725	rs1263395	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=259;ReadPosRankSum=0.243;SC=ACTGGGCTCTGTGGTTATAAA;SOR=1.927;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=16;WE=93681733;WS=93681715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr14	93693422	rs2905	C	T	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1235;ReadPosRankSum=-1.153;SC=AATGAAAATGCGCTTCCCATT;SOR=0.665;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=86;TCR=119;TR=90;WE=93693430;WS=93693412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,100:0.45:222
chr14	93714720	rs117053891	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=0.782;SC=AAAGCACATACGACGAAAAGG;SOR=0.610;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=13;WE=93714728;WS=93714710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr14	93717733	rs17749274	G	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=2.011;SC=CATATACAGAGAGGCTCAAAC;SOR=0.760;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=9;WE=93717741;WS=93717723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr14	93720181	rs8012209	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.005;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TGTAGTACTATAATACTACTA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=13;WE=93720189;WS=93720171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr14	93762162	rs2273639	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=68;ReadPosRankSum=0.921;SC=ACAAACCAGACTTAAGATTTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=93762170;WS=93762152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	93799221	rs2273640	G	A	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.135;NF=24;NR=32;PP=645;ReadPosRankSum=0.458;SC=CGTCGCCTCCGCCGCCGCCGC;SOR=0.525;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=56;WE=93799229;WS=93799211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,59:0.44:133
chr14	93799284	rs146686071	ACCG	A	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=60.39;MQRankSum=1.561;NF=2;NR=11;PP=466;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TCCTCCTCCCACCGCCGCCGC;SOR=0.542;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=13;WE=93799294;WS=93799274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr14	93943998	rs61992606	G	A	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=831;ReadPosRankSum=0.326;SC=TGATATCAACGTTGGCTACCT;SOR=0.808;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=174;TCF=89;TCR=85;TR=72;WE=93944008;WS=93943988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,80:0.41:193
chr14	93953904	rs61992611	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.230;QD=6.99;ReadPosRankSum=2.089;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	93953907	rs33942732	A	AT	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.625;QD=21.64;ReadPosRankSum=1.088;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr14	93954192	rs12884458	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CATGTGAGAACGTCATCATCA;SOR=0.784;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;WE=93954200;WS=93954182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr14	93962691	rs8006093	G	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=180;SC=TCTTATATATGTATATCAAAG;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=93962699;WS=93962681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	93963402	rs6575337	A	G	96.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ACTCACCTCAATCCCTCCATT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=93963410;WS=93963392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr14	93994870	rs17094893	A	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=226;ReadPosRankSum=-1.727;SC=ACCCAGGAACAGGAGAGTTCA;SOR=1.567;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=20;WE=93994878;WS=93994860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr14	93994954	rs28420706	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=423;ReadPosRankSum=0.362;SC=AACCACCCCCGTTGTATCTCT;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=37;WE=93994962;WS=93994944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr14	93998806	rs942068	C	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=5;PP=653;SC=ACAGAGTGAGCCACTGTCTCA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=93998814;WS=93998796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	94007075	rs1951716	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=399;ReadPosRankSum=0.021;SC=GGCAGCTGGGCCTCTCCTCTT;SOR=0.810;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=34;WE=94007083;WS=94007065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr14	94008753	rs12893237	A	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=15;PP=826;SC=TAATGCACCTATAATAATTTT;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=94008761;WS=94008743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	94088587	rs4905081	G	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=1203;ReadPosRankSum=0.858;SC=TTCTCCCTCCGTCCCCAGCCA;SOR=0.928;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=73;TCR=48;TR=73;WE=94088595;WS=94088577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,74:0.58:128
chr14	94097287	rs2148563	G	A	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=75;PP=1794;ReadPosRankSum=1.490;SC=TTTCATCTATGCATTTATTTT;SOR=0.805;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=218;TCF=79;TCR=139;TR=113;WE=94097295;WS=94097277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,123:0.52:235
chr14	94103602	rs4905082	G	A	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=51;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.396;SC=ACGTGCCAACGTGCCTAAACC;SOR=0.454;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=207;TCF=89;TCR=118;TR=97;WE=94103610;WS=94103592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,110:0.49:224
chr14	94109829	rs943318	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=0.510;SC=AAAAACAGCCGTGTGTGTAGT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=94109837;WS=94109819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	94129223	.	A	AAC	121	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=61.43;NF=0;NR=4;PP=121;QD=31.0;SC=AAACACTTTAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=94129231;WS=94129213;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	94152768	rs2296686	C	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=604;ReadPosRankSum=-0.837;SC=GCTGGGCAGACAGTCACAGAC;SOR=0.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=29;WE=94152776;WS=94152758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
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chr14	94160611	rs960888	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=483;ReadPosRankSum=0.149;SC=GGTCTTCTGCGGCTGCAAACT;SOR=0.721;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=40;WE=94160619;WS=94160601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
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chr14	94192137	rs10873436	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=229;ReadPosRankSum=2.251;SC=CTGGCCCCACCGGCTGGCAGC;SOR=1.751;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=12;WE=94192145;WS=94192127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr14	94245452	rs34914817	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	94245649	rs4905087	A	G	8660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr14	94245652	rs4900195	C	T	8897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr14	94391699	rs10141024	G	A	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=71;PP=2223;SC=GGAGAAAAGGGCGAGCACAGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=134;WE=94391721;WS=94391689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	94400431	rs11625548	T	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=519;SC=CACATCTGCCTCGCTCCCGCT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=94400439;WS=94400421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	94405871	rs10873442	G	C	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=90;PP=2913;SC=CGCGCTCGGGGGCCAGCGGCG;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=179;WE=94405879;WS=94405861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr14	94406096	rs7155320	A	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=187;SC=CCAGCAGGAGAGCTCGGGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=94406104;WS=94406086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	94410447	rs10134105	T	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=700;SC=CTTAGACACCTTGAAGCCTCA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=94410455;WS=94410437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	94417421	rs7147919	G	A	6490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=122;PP=2965;SC=TGCCGTAGGCGTTCTTGGATT;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=101;TCR=122;TR=223;WE=94417429;WS=94417411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr14	94417541	rs4277287	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=37;PP=1093;SC=TGGTGTCTGCATTGTGCTGCA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=94417549;WS=94417531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	94417586	rs4483793	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=327;SC=TCTTGCGCTCGCAGGCTGTGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=94417594;WS=94417576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	94419888	rs4243701	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=438;SC=CATGTAGGAGAAAGATACTCA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=94419896;WS=94419878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	94464432	rs733166	A	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=750;ReadPosRankSum=2.589;SC=ATCCTGCCTGACTCACGGGTC;SOR=0.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=51;WE=94464440;WS=94464422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,62:0.48:128
chr14	94465789	rs8013933	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=0.166;SC=CCTAAGTCTATGGCCAACTGA;SOR=1.236;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=5;WE=94465797;WS=94465784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	94466081	rs4905137	C	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=-1.591;SC=ACTGCGACACCGTGTGTGGCC;SOR=0.069;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=19;WE=94466089;WS=94466071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr14	94582130	rs3833507	T	TGGCCATGGC	2357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=1819;SC=CCTGCAGTTGTGGCTGTGCCC;SOR=3.365;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=24;WE=94582138;WS=94582120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	94594768	rs958187	T	G	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=24;PP=2811;SC=TCACGGAACTTCAGGGTGAGA;SOR=2.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=94;TCR=25;TR=118;WE=94594776;WS=94594758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	94642417	rs34520961	A	G	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1294;ReadPosRankSum=1.006;SC=AAAGATTGACAGTCGATGAAG;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=83;TCR=61;TR=92;WE=94642425;WS=94642407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,96:0.63:153
chr14	94700138	rs4905172	C	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=531;SC=TTATTACATTCGTTTAAAATG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=94700146;WS=94700128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	94776221	rs2228541	A	C	7913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=138;PP=2965;SC=GGGAGCTCCGAGTCATGAAGG;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=140;TCR=138;TR=277;WE=94776229;WS=94776211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr14	94776401	rs11160168	T	C	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=26;PP=803;SC=TTCCAGGTGATCTCACGGGCC;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=94776409;WS=94776391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	94776441	rs11160169	C	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=17;PP=431;SC=TGGCCTTCTGCATGCTTGGAA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=94776449;WS=94776431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	94830555	rs3819333	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=1.206;SC=GATGTGAGGTCCACCCTCCCC;SOR=0.141;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=94830563;WS=94830545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	94832647	rs149961411	AG	A	1350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.559;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.118;NF=15;NR=19;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TGGCCTGCTGAGGGCTTGGAG;SOR=0.914;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=34;WE=94832655;WS=94832637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr14	94832796	rs4592582	G	A	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1605;ReadPosRankSum=1.199;SC=CGCTTGTTGGGGTGACTAAGA;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=127;TCR=95;TR=108;WE=94832804;WS=94832786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,108:0.47:228
chr14	94833033	rs1956172	T	C	4815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=95;PP=2965;SC=CAGAGAATGGTATTGTCCTGC;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=62;TCR=95;TR=157;WE=94833041;WS=94833023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
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chr14	94909630	rs3818257	C	T	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=48;PP=1509;SC=CTCTGTCTGTCGGCAGCCTGA;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=78;WE=94909638;WS=94909620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr14	94915172	rs17825331	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=409;ReadPosRankSum=-1.438;SC=ATGATTCTCTATTGCTCATAC;SOR=1.371;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=23;WE=94915180;WS=94915162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr14	94929367	rs2295652	G	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=1.224;SC=ACAGAAAGAGGGATGTGGTTT;SOR=0.259;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=20;WE=94929375;WS=94929357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr14	94929541	rs2224418	G	A	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=47;PP=1525;SC=AGTAAGAGGGGCCATCCTTCG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=94929549;WS=94929531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	94929660	rs11624364	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.799;SC=AAACATCAGTGGCCCTAGTGG;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=94929668;WS=94929650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	94930980	rs11628686	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=542;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AAATAAGAGCATGTGATTAAT;SOR=1.230;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=14;WE=94930992;WS=94930970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr14	94930984	rs13379439	G	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=394;ReadPosRankSum=0.754;SC=AAGAGCATGTGATTAATTCTG;SOR=0.787;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=12;WE=94930992;WS=94930970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr14	94931016	rs8020984	T	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=15;PP=901;SC=AGCTTGGACTTTTTTGCAAAT;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=94931024;WS=94931006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	94931105	rs11628722	A	G	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=61;PP=2781;SC=TTTGTCAAAGACATTTTGGAT;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=144;WE=94931113;WS=94931095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	94933473	rs28618118	C	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=144;ReadPosRankSum=-0.448;SC=GCTCCACTTTCTCAGTGTTCT;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=14;WE=94933481;WS=94933463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr14	94933640	rs28583900	A	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=445;ReadPosRankSum=-1.268;SC=TCATGGGGACATGCACAGTGA;SOR=0.612;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=38;WE=94933648;WS=94933630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr14	94933695	rs17090921	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TGTATATTCAGGGTGAAAGGG;SOR=0.950;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=41;WE=94933717;WS=94933685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr14	94933709	rs6575433	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=1745;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GAAAGGGCTTCTCCCACTTGG;SOR=0.554;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=55;WE=94933717;WS=94933685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,60:0.61:99
chr14	94936110	rs45438398	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=597;ReadPosRankSum=0.591;SC=GGCATTGGCCGGGGACACACA;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=42;WE=94936118;WS=94936100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,44:0.38:116
chr14	94942578	rs143584404	C	T	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=65;PP=1572;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TCCTCTCCCTCCAGCTGATCT;SOR=1.103;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=236;TCF=102;TCR=134;TR=107;WE=94942586;WS=94942568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,114:0.46:246
chr14	94942663	rs11850199	C	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=574;ReadPosRankSum=-1.404;SC=GCTAGACATGCAAATGATATA;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=35;WE=94942671;WS=94942653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr14	94964789	rs12433651	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=549;ReadPosRankSum=0.313;SC=AGAAAAAAAGAACATGATAAC;SOR=0.239;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=35;WE=94964797;WS=94964779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr14	95028020	rs910352	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=422;ReadPosRankSum=2.323;SC=AGAAAGGCCCCGACTTAGGGT;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=30;WE=95028028;WS=95028010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,33:0.35:95
chr14	95029852	rs5508	G	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=659;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TCCTCCTGCTGGTTGGACTAC;SOR=0.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=81;TCR=17;TR=40;WE=95029860;WS=95029842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr14	95053890	rs6115	G	A	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1398;ReadPosRankSum=1.330;SC=CCCAGCCAGAGCATCTTCTTC;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=94;TCR=86;TR=96;WE=95053898;WS=95053880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,102:0.53:194
chr14	95054176	rs6112	T	C	4762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.596;SC=ACACTTTCCCTACCAACTTTA;SOR=0.795;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=411;TCF=205;TCR=206;TR=206;WE=95054184;WS=95054166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,220:0.50:437
chr14	95057270	rs6107	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=386;ReadPosRankSum=0.160;SC=GCTTCCCAAGGTCTATTCTGT;SOR=1.851;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=26;WE=95057278;WS=95057260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr14	95058360	rs6109	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=0.706;SC=ACCTGCCCCTAGTGGCCTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=95058368;WS=95058350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr14	95058462	rs6116	A	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=679;ReadPosRankSum=-1.118;SC=CGGGGACAATATTCACTTTCA;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=44;WE=95058470;WS=95058452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr14	95058631	rs6108	A	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=451;ReadPosRankSum=-0.468;SC=AAGGGGGCTAAGCTATGGCCC;SOR=0.479;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=28;WE=95058639;WS=95058621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr14	95078677	rs1884082	G	T	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=991;ReadPosRankSum=-0.515;SC=TCCCAAGCAGGGGGAGGAGTT;SOR=0.569;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=72;WE=95078685;WS=95078667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,76:0.58:131
chr14	95080803	rs4934	G	A	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=852;ReadPosRankSum=-1.232;SC=ACCTCTCCTGGCTCTGGGGCT;SOR=1.119;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=63;WE=95080811;WS=95080793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,65:0.54:121
chr14	95081744	rs2896288	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TCCAGGGCGCGTAGGAGCTAG;SOR=0.716;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=16;WE=95081752;WS=95081734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr14	95085465	rs8004988	C	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=336;ReadPosRankSum=0.496;SC=TCCACTGCTGCGGAAGCAGGG;SOR=1.675;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=16;WE=95085473;WS=95085455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr14	95088626	rs9323910	G	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=391;ReadPosRankSum=1.112;SC=GTGGGAGGCAGGTAGGTACTG;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=30;WE=95088634;WS=95088616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr14	95109739	rs17091191	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=412;ReadPosRankSum=0.218;SC=CAAGCTGCTAGAAGGGTAACC;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=21;WE=95109747;WS=95109729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr14	95235325	.	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=3.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.433;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,35:0.23:150
chr14	95566103	rs35300142	AC	A	1485.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;QD=31.61;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	95566105	rs367764979	ACAC	A	1436.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=28.17;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	95574594	.	GT	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-2.203;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr14	95581961	rs11624081	G	A	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=77;PP=2965;SC=CTTAAACTGTGCAACATTCCC;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=130;TCR=77;TR=207;WE=95581969;WS=95581951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr14	95682152	rs71651240	CTGTGTGTGTGTGTG	CTGTGTGTG,C	237.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0,0;NR=9,9;PP=500,750;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=9,9;WE=95682173;WS=95682142;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:6
chr14	95688959	rs945456	C	G	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=768;ReadPosRankSum=-1.083;SC=TGGGGAGCCTCTGTGCTGGGA;SOR=0.577;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=58;WE=95688967;WS=95688949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,60:0.62:96
chr14	95696275	rs72710126	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=651;ReadPosRankSum=0.762;SC=CCGGCAGGGGGAGGCACTTAT;SOR=0.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=37;WE=95696283;WS=95696265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr14	95786169	.	C	CGGCGGGCGCGGAGAGCCTGGCT	1194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=6.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.461;QD=23.43;ReadPosRankSum=-1.504;SOR=0.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr14	95875342	rs3742345	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.349;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	95884323	rs12434757	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=263;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CACACAGCACGCCCTCCGGAA;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=17;WE=95884331;WS=95884313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr14	95898487	rs1187747	G	A	974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,57:0.39:146
chr14	95898607	rs17092197	A	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=769;ReadPosRankSum=-1.787;SC=GAGCCAGCAGATGATTCGATT;SOR=1.171;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=45;WE=95898615;WS=95898597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr14	95898675	rs8015054	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=0.564;SC=AAAGGCCGTGGCCAAGGCCGG;SOR=2.059;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=17;WE=95898683;WS=95898665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr14	95903027	rs729667	G	C	125.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5339;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=0.674;SC=GTTTAAAAGCGATTATCTATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=95903035;WS=95903017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	95903307	rs76499929	TAGA	T	910.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=651;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CTTCTTCCTGTAGAAGATTTG;SOR=1.508;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=16;WE=95903317;WS=95903297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr14	95905840	rs17092236	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=1.489;SC=CGGCCCCTGGCTCCACACTGG;SOR=0.066;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=14;WE=95905848;WS=95905835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr14	95906023	rs17828632	G	A	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=48;PP=1960;ReadPosRankSum=0.671;SC=CCTGCACCACGGCAGCACCCT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=134;TCR=97;TR=115;WE=95906031;WS=95906013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,118:0.49:243
chr14	95906321	rs9671369	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=847;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CAGCTTTTGCGTGGTCACAAC;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=60;WE=95906329;WS=95906311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr14	95906441	rs910791	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=36;PP=988;SC=AGCCCAGGGCATCCTGAGTGC;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=95906449;WS=95906431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	95906476	rs910790	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr14	95910969	rs36019358	CAG	C	3749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.266;NF=8;NR=47;PP=2202;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GCAGGCTCTGCAGAGACACAG;SOR=0.683;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=128;TCF=17;TCR=111;TR=55;WE=95910978;WS=95910959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,103:0.44:233
chr14	95911060	rs8007261	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.980;NF=16;NR=29;PP=630;ReadPosRankSum=1.365;SC=CTCTTCGTCTCGGCCAGCTCA;SOR=1.195;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=45;WE=95911068;WS=95911050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr14	95912388	rs61749972	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.213;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=578;ReadPosRankSum=-0.263;SC=CTGCAGCATCGTCAGCAGCTC;SOR=0.630;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=45;WE=95912396;WS=95912378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr14	95916566	rs10148435	G	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=0.374;SC=GCCTTCTCCTGTTTCAGTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=6;WE=95916574;WS=95916556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	95918466	rs7144636	A	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.90;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr14	95918473	rs7144641	A	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.14;ReadPosRankSum=1.012;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr14	95918513	rs6575514	G	A	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.552;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=802;ReadPosRankSum=0.148;SC=AAGCAAGCCCGCCTTCTGGAG;SOR=0.293;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=62;WE=95918521;WS=95918503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,67:0.56:120
chr14	95918548	rs11362194	AC	A	2441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.552;NF=29;NR=27;PP=1901;ReadPosRankSum=-1.261;SC=GTTCCAGCACACCCTGAGTCC;SOR=1.023;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=56;WE=95918556;WS=95918538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,86:0.46:188
chr14	95918625	rs4905318	T	C	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.509;NF=55;NR=55;PP=1247;ReadPosRankSum=0.493;SC=TATCAGAGAGTGGCTTCAGGT;SOR=0.779;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=234;TCF=120;TCR=114;TR=110;WE=95918633;WS=95918615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,119:0.47:253
chr14	95918741	rs4905319	G	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.69;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr14	95918745	rs4905320	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.90;ReadPosRankSum=0.262;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr14	95918759	rs4905321	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=1504;ReadPosRankSum=0.651;SC=AGGTGAGGCTCCTCAACAGGA;SOR=1.445;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=19;WE=95918767;WS=95918731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr14	95921741	rs4905324	C	T	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=36;PP=1705;SC=GTGCCACCAGCTCGTCCTCGG;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=104;WE=95921749;WS=95921731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	95923470	rs146162422	ACTGTC	A	4756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=44;PP=2957;SC=ACCCTCTGTGACTGTCCCTAG;SOR=1.322;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=82;WE=95923482;WS=95923460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	95923670	rs2024863	A	C	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=89;PP=2913;SC=GCAGATCTACACGCTTCTGTG;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=69;TCR=89;TR=158;WE=95923678;WS=95923660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	95932223	rs12434921	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=485;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GGGTGGATACATGGATGGGTG;SOR=0.784;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=31;WE=95932231;WS=95932213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr14	95932628	rs4900270	T	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=620;ReadPosRankSum=-1.712;SC=ACCTGCCTCCTGGGTCGGGGG;SOR=0.536;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=50;WE=95932636;WS=95932618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr14	95999820	rs3825546	T	C	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=104;PP=2965;SC=GTGGCAACAGTGACCAGAAAC;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=126;TCR=104;TR=230;WE=95999828;WS=95999810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	96103031	rs7144328	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-1.885;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr14	96103099	rs4905366	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=-0.865;SC=TCACCTCACCATCTGCTCAGG;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=18;WE=96103107;WS=96103089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr14	96103184	rs7144361	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.195;NF=18;NR=13;PP=405;ReadPosRankSum=1.219;SC=AAACACGCTCCGGGTGGTGCC;SOR=0.668;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=31;WE=96103192;WS=96103174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr14	96103269	rs11160283	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=577;ReadPosRankSum=2.022;SC=TCTACTACACGCCCAGCCCTG;SOR=0.633;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=37;WE=96103277;WS=96103259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr14	96129023	rs71415006	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=1.493;SC=ATTATTGTTCCGCATTCACAG;SOR=0.269;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=11;WE=96129031;WS=96129013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	96129955	rs8015466	A	C	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=917;ReadPosRankSum=0.671;SC=GTGTGGAGCCAAAGAGGGGAC;SOR=0.665;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=60;WE=96129963;WS=96129945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,61:0.38:161
chr14	96131432	rs1743491	A	G	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=35;PP=1075;SC=TGGAGGTGATATGCTTGAGAT;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=96131440;WS=96131422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	96134421	.	T	G	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=875;ReadPosRankSum=0.960;SC=GATGTTAGAATGAAGCTATTA;SOR=0.263;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=59;WE=96134429;WS=96134411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,61:0.59:103
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chr14	96135857	rs1748965	C	T	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=23;PP=1122;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TGAGCCACCACGCCCGGTCAC;SOR=0.626;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=94;TCR=43;TR=71;WE=96135865;WS=96135847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr14	96136794	rs2249778	A	G	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.465;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1281;ReadPosRankSum=-1.642;SC=CAACAGATTTACATCCCAGAC;SOR=0.646;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=214;TCF=118;TCR=96;TR=93;WE=96136802;WS=96136784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,95:0.42:228
chr14	96137935	rs911678	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=10;PP=245;SC=TTTGTTTTGAGATGAATTTTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=96137943;WS=96137925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	96157187	rs1064017	G	A	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.758;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=52;PP=1613;ReadPosRankSum=0.759;SC=GCTCTACCCCGGGAGGAAGTA;SOR=0.544;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=238;TCF=118;TCR=120;TR=107;WE=96157195;WS=96157177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,115:0.45:254
chr14	96157331	rs2075770	G	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.414;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=241;ReadPosRankSum=-1.431;SC=TGGCCCCCTTGGGGTTCTTGT;SOR=0.240;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=18;WE=96157339;WS=96157321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr14	96157482	rs1743530	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	96157679	rs34993719	T	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=382;ReadPosRankSum=-2.144;SC=GGCTGGTATGTTGGGGCCCTG;SOR=0.705;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=27;WE=96157687;WS=96157669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr14	96157698	rs1748958	A	G	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=21;PP=856;SC=TGTGCGTCTCAGTGTAGGGAT;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=96157706;WS=96157688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	96556828	rs2369421	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=349;ReadPosRankSum=0.899;SC=GGCCAGACGCCGCTGTAGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=19;WE=96556836;WS=96556818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr14	96556914	rs2093722	T	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TCCAAGCCAATGCTGTCCTTC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=100;TCR=62;TR=80;WE=96556922;WS=96556904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,82:0.47:173
chr14	96557121	rs10148419	T	C	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1103;ReadPosRankSum=1.082;SC=GCTTGGAGGCTGGCCAGACCA;SOR=1.143;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=78;WE=96557129;WS=96557111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,80:0.58:138
chr14	96671139	rs1799722	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=460;ReadPosRankSum=0.105;SC=GATGACATCACTACCCAGCCC;SOR=0.594;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=37;WE=96671147;WS=96671129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr14	96671222	rs5223	G	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr14	96703347	rs2069577	C	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=14;PP=936;SC=CTGGAGAATGCGTGTATTTTG;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=96703355;WS=96703337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	96707457	rs5224	A	G	7319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=1.497;SC=AGATCCAGACAGAGAGGAGGG;SOR=0.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=126;TCR=133;TR=258;WE=96707465;WS=96707447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,269:1.00:270
chr14	96730142	rs2071084	A	G	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=59;PP=2503;SC=GAGTGCTGCCAACATTTATCA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=125;WE=96730150;WS=96730132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	96734584	rs11160324	T	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTCATCTGACTCCAACACCAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=96734592;WS=96734576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	96742603	rs12893091	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=864;ReadPosRankSum=-0.383;SC=AGCTGAAATGGAGGCGTGAGG;SOR=1.294;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=56;WE=96742611;WS=96742593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr14	96757361	rs10454690	T	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=372;SC=TTAAAACAAATTCTACAAATT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=96757369;WS=96757351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	96758160	rs2275022	C	T	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=145;SC=AAATATATATCTTACAATACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=96758168;WS=96758150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	96761514	rs45468796	T	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=793;ReadPosRankSum=0.179;SC=ACTGAAAATGTAATGTGCATG;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=49;WE=96761522;WS=96761504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,53:0.54:99
chr14	96761557	rs1770547	A	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=860;SC=TTCTTAGCAAACATTTAAATC;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=96761565;WS=96761547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	96768514	rs3215949	G	GA	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr14	96771959	rs2289622	A	G	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=45;PP=2086;SC=GGGAGGGACTATTCCAAAATC;SOR=1.125;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=117;WE=96771967;WS=96771949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	96777408	rs3759602	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=352;ReadPosRankSum=0.751;SC=AATGTAAACATGTCACGACAT;SOR=1.257;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=27;WE=96777416;WS=96777398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr14	96777468	rs3759601	G	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.836;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=1077;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GACCTTCTTTGAAAGGCTCCA;SOR=1.215;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=66;WE=96777476;WS=96777458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,70:0.42:167
chr14	96781912	rs9323945	T	C	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=57;PP=2112;SC=ATCACTCCATTCACTATGCCT;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=104;WE=96781920;WS=96781902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr14	96783727	rs17094017	A	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=0.319;SC=TCATGAAAATATTTTATATAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=10;WE=96783735;WS=96783717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr14	96790337	rs34296665	T	TA	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.326;HP=9;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=334;ReadPosRankSum=1.994;SC=GGAACGATCCTAAAAAAAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=23;WE=96790345;WS=96790327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr14	96795997	rs17094019	G	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CACCATTTAAGATTATTAGTG;SOR=0.616;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=11;WE=96796005;WS=96795987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr14	96797724	rs1822372	G	A	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=40;PP=2580;SC=TAAGGTGATCGTGTGAGCAAG;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=91;TCR=41;TR=130;WE=96797732;WS=96797714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	96813703	rs4905483	A	T	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=26;PP=735;SC=CAGGTTCATTATGAATCACAA;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=96813711;WS=96813693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	96829290	rs12434329	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=777;ReadPosRankSum=-1.595;SC=TCTTCTTGATGGACTCCGAAA;SOR=0.812;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=168;TCF=87;TCR=81;TR=55;WE=96829298;WS=96829280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,62:0.35:179
chr14	96852071	rs1545280	T	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=474;ReadPosRankSum=-0.968;SC=AATGTTGATATAAAGCTTAAA;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=30;WE=96852079;WS=96852061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr14	96858667	rs3742473	A	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=690;ReadPosRankSum=0.478;SC=CGGTCCGCAAACCCAGCGAGG;SOR=1.501;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=32;WE=96858675;WS=96858657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr14	96864309	rs8019939	A	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=204;SC=CCTTGGTGGCACCCAGCAAGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=96864317;WS=96864299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	96871104	rs2275554	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=367;ReadPosRankSum=-1.550;SC=GCCATCTCTCGAGAAGACCTT;SOR=0.921;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=33;WE=96871112;WS=96871094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr14	96871337	rs8009774	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	96871338	rs8009775	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	96909025	rs12431832	A	G	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1003;ReadPosRankSum=-1.293;SC=ATAGCCATCCACATATAACTG;SOR=1.019;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=160;TCF=115;TCR=45;TR=71;WE=96909033;WS=96909015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,70:0.43:164
chr14	96922752	rs2369679	C	G	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=91;PP=2938;SC=AATTGGCCAACTACTACAAAC;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=77;TCR=91;TR=168;WE=96922760;WS=96922737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr14	96998621	rs10533972	TTG	T	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.122;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	97321689	rs2230532	C	T	7678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=147;PP=2965;SC=CACACAATGGCGTGGGTATGT;SOR=0.986;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=272;TCF=123;TCR=149;TR=270;WE=97321697;WS=97321679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr14	97411799	rs149838636	A	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGATTGCAAGAATTGTCATTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=97411807;WS=97411789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	98217929	rs12893126	T	C	140.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=2;PP=157;SC=TGAGGGGGACTGAGAGGAACG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=98217937;WS=98217919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	98435696	rs2124843	T	C	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=105;PP=2965;SC=AATATGGCTGTAAAGCTCGGT;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=122;TCR=105;TR=226;WE=98435704;WS=98435686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr14	98444253	rs8015127	C	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=19;PP=1172;SC=CTGTAGGGACCATTTCCCACC;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=61;WE=98444261;WS=98444243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	98444369	rs8016584	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=43;PP=1433;SC=ACCAAGCTGGTTTCCTCTCCG;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=98444377;WS=98444359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	99182535	rs17097718	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=-0.943;SC=CTGGATGCATCGGAAAGAGCC;SOR=0.596;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=14;WE=99182543;WS=99182525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr14	99642360	rs1152783	C	G	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=640;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CCACGGCCTCCGGCCCGAGCG;SOR=0.598;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=50;WE=99642368;WS=99642350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,61:0.65:94
chr14	99642647	rs2487507	T	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=721;ReadPosRankSum=0.093;SC=GGGATCCCAGTGCCCTGCCTG;SOR=0.985;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=35;WE=99642655;WS=99642637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr14	99871812	rs1262304	T	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=810;ReadPosRankSum=0.747;SC=ATTTAGACACTAAATAGCTGA;SOR=1.282;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=48;WE=99871820;WS=99871802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,52:0.54:97
chr14	99876505	rs1047351	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.763;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr14	99924979	rs67963270	TAA	T	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=411;ReadPosRankSum=0.312;SC=TTGTAACATTTAAAGTCAGGT;SOR=0.668;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=12;WE=99924988;WS=99924969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
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chr14	100046271	rs34139518	T	TC	3692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=2796;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TCTGGCTCAGTCCAAGACTTT;SOR=0.716;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=176;TCF=89;TCR=87;TR=76;WE=100046279;WS=100046261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,124:0.50:249
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chr14	100069742	rs8007401	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=9;PP=659;SC=GCCCGCTCAGGCTGGCCTGGC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=100069750;WS=100069732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	100119238	rs3825570	G	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.788;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=781;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GGGCCTGGGTGGGGGCAGGCA;SOR=1.876;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=86;TCF=20;TCR=66;TR=43;WE=100119246;WS=100119228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr14	100125721	rs7145262	C	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=829;ReadPosRankSum=1.887;SC=TGAGCCCTGGCTCAGGGCGAC;SOR=0.458;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=21;WE=100125739;WS=100125711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr14	100125731	rs11621678	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=789;ReadPosRankSum=-1.384;SC=CTCAGGGCGACCCCGAGCCGC;SOR=0.749;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=25;WE=100125739;WS=100125711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr14	100126173	rs56204154	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	100135306	rs12436072	G	A	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=864;ReadPosRankSum=-0.946;SC=CCCAGGGCCAGGGTGGGGCCC;SOR=0.431;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=110;TCF=30;TCR=80;TR=51;WE=100135314;WS=100135296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,54:0.46:118
chr14	100141689	rs7158073	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.339;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=612;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GAGGTGTTCGTGGGCGGACGC;SOR=1.010;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=55;WE=100141697;WS=100141679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,55:0.44:125
chr14	100150933	.	C	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=1.284;SC=CTGGGGACAGCGTCTAAGCCG;SOR=0.616;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=9;WE=100150941;WS=100150923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	100150975	rs61984440	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=0.024;SC=CCTCGCCTAGTGCGCGCGGCC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=11;WE=100150983;WS=100150965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr14	100166300	rs943881	T	C	8361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=176;NR=222;PP=2965;SC=CATCAAGCAGTCGCTCCCCAC;SOR=1.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=399;TCF=176;TCR=223;TR=398;WE=100166308;WS=100166290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr14	100166489	rs943880	G	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=31;PP=718;SC=AGGCAGTAGGGGCTGCCGAAG;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=100166497;WS=100166479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	100172899	rs2273839	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=4;PP=231;SC=TCTGCACAGTATCCTCTCTGT;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=100172907;WS=100172889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	100174178	.	G	A	150	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=1;NR=7;PP=150;QD=23.0964015684;SC=ATTGCCTAAAGTAAAGGCTTA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=100174186;WS=100174168;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	100184589	rs7151522	A	G	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=632;SC=GCCTTGGCACATGCTGTTCCC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=100184597;WS=100184579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	100189423	rs12896665	A	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=41;PP=1209;SC=CCGATTTTGTATCTGCTGCCA;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=100189431;WS=100189413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	100192685	rs141174869	G	GGGGCTGCT	390.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=381;SC=CCCCTGCTCTGGGGCTGCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=100192693;WS=100192675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	100317272	rs34803725	C	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=937;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TGCAAGAAGACGACATCCAGC;SOR=0.476;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=62;WE=100317280;WS=100317262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,69:0.49:141
chr14	100344698	rs1191118	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=0.812;SC=TGATCTCCGTTGCTAGGCCTG;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=100344706;WS=100344688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr14	100352056	.	A	C	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.259;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=179;ReadPosRankSum=0.652;SC=TGAGACTGTTAGCTGAGGAGT;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=9;WE=100352064;WS=100352048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr14	100352375	rs746698	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=717;ReadPosRankSum=-2.539;SC=TCTCCAGCAACTTCTAAACAT;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=46;WE=100352383;WS=100352365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,51:0.45:114
chr14	100363336	rs17652784	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GTATTTGTCATGGAATATTTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=100363344;WS=100363326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	100363671	rs2273707	GA	CG	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.644;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=393;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CTCAGAAGGCGAAGGTAGGAG;SOR=2.494;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=11;WE=100363680;WS=100363661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr14	100375707	rs34198557	C	T	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=64;PP=1585;ReadPosRankSum=0.451;SC=GTGTTTGCTGCGGATTTCCAC;SOR=0.581;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=302;TCF=133;TCR=169;TR=118;WE=100375715;WS=100375697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,123:0.39:312
chr14	100376502	rs10140426	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=0.688;SC=GTTATTAGTACAAATGAAAGG;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=100376510;WS=100376492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr14	100380948	rs2250718	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=32;PP=1379;SC=TGCCTCAAAATCTCAGTTCTT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=77;WE=100380956;WS=100380938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	100383963	rs3818279	C	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=191;ReadPosRankSum=1.180;SC=AGCAGGAAAACATTTTTCTCT;SOR=2.165;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=11;WE=100383971;WS=100383953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	100384232	rs2273704	A	C	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=37;PP=931;SC=CTTATGGAAAAGAGGCCTGTT;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=100384240;WS=100384222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	100387242	rs34263849	A	AT	7763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.254;NF=14;NR=121;PP=2979;ReadPosRankSum=-1.160;SC=TCACTACTTTATTTTTTTAAT;SOR=0.826;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=166;TCF=16;TCR=150;TR=135;WE=100387250;WS=100387232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,268:0.99:271
chr14	100402326	rs3215696	ATTG	A	955.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=584;ReadPosRankSum=-0.699;SC=CAAAATGTGTATTGTTAACAT;SOR=0.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=15;WE=100402336;WS=100402316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr14	100404067	rs2295788	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=-1.197;SC=TCTGTACCCAACGGGGCACAG;SOR=1.002;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=13;WE=100404075;WS=100404057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr14	100404351	rs2295787	T	C	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=81;PP=2495;SC=TCTTGTCAGATTGCTCGGCTG;SOR=2.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=27;TCR=81;TR=108;WE=100404359;WS=100404341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	100405757	rs2236282	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=208;ReadPosRankSum=0.225;SC=GGGCTGTGAGCGACTGCTGCC;SOR=0.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=13;WE=100405765;WS=100405747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr14	100438325	.	C	CCCG	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	100563682	rs140837823	TG	T	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-0.916;SC=TACCTGATATTGCTTTTCCCT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=100563690;WS=100563674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	100563762	rs11846716	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=0.460;SC=GCAGCGCCCTCGAGCTCACTT;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=15;WE=100563770;WS=100563752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr14	100599164	rs941897	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=-1.395;SC=TGAGATGAGCGCATCGCCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=19;WE=100599172;WS=100599154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr14	100607360	rs1951486	T	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=426;ReadPosRankSum=-2.098;SC=GGGCGTTAAATCCTTCTCAGG;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=22;WE=100607368;WS=100607350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr14	100615665	rs4905936	T	C	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=822;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TGCGGGCGGGTGTGCAGAAGA;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=69;WE=100615673;WS=100615655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,74:0.45:163
chr14	100625902	rs7157599	C	T	7435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=0.451;SC=CTCGAAGTCGCTGCGGCTCGC;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=126;TCR=159;TR=281;WE=100625910;WS=100625891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,284:0.99:286
chr14	100625964	rs61165113	G	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=456;ReadPosRankSum=0.911;SC=GGCCGGCTCGGCTCTGCTGCA;SOR=0.467;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=31;TCR=78;TR=44;WE=100625972;WS=100625954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr14	100740904	rs4905942	G	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=1.000;SC=CATCCTTTCTGCTTCATGGAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=100740912;WS=100740894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	100759738	rs3809409	A	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=356;ReadPosRankSum=-1.313;SC=GTCCAGTGAGAGGCAGGCAGG;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=39;WE=100759746;WS=100759728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr14	100772672	rs11557209	G	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr14	100774203	rs72631832	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=775;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GAGACCCAAACCCTAGGTCTG;SOR=0.816;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=57;WE=100774211;WS=100774193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,56:0.39:143
chr14	100792220	rs7155877	C	T	10568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=0.170;SC=CACCTGTCCACGGCCAGGAGA;SOR=0.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=385;TCF=221;TCR=164;TR=382;WE=100792228;WS=100792210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,397:1.00:398
chr14	100792482	rs1951519	C	A	5539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=107;PP=2965;SC=CTGAAGCCCACTTCTCCTGCA;SOR=1.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=79;TCR=107;TR=186;WE=100792490;WS=100792472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr14	100795139	rs35007880	G	T	7860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=113;PP=2965;SC=CAGCAGCGGCGGCTTTCGGCC;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=153;TCR=114;TR=266;WE=100795147;WS=100795129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr14	100795978	rs139864899	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=1.147;SC=GGTCTGCTCACATAGCCGGTC;SOR=0.269;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=19;WE=100795986;WS=100795968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr14	100801423	rs2234532	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=473;SC=ATGTCCTGAGTGGCTCCTTCC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=100801431;WS=100801413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	100803364	rs2234530	A	G	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=23;PP=2001;ReadPosRankSum=0.946;SC=TGGGTGGCAGAAGGCGGCTGT;SOR=1.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=92;WE=100803372;WS=100803354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr14	100803655	rs2234528	C	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=35;PP=985;SC=ATTCTGGACCCGGGAAAGGCC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=36;WE=100803663;WS=100803645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	100808493	rs5810992	G	GA	2489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=21;PP=827;SC=AGGAAAAAAAGAAAAAAAATT;SOR=1.531;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=47;WE=100808501;WS=100808483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	100808510	rs1373	T	A	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=39;PP=2004;SC=AATTCAAAATTTTACCTAAAT;SOR=1.277;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=111;WE=100808518;WS=100808500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	100808845	rs9453	G	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=402;SC=GTGGAGTGCAGCAGGGCTGGT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=100808853;WS=100808835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	100813077	rs941923	T	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=21;PP=2030;SC=GCAGTGGGCCTCTTACCAATG;SOR=2.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=90;WE=100813085;WS=100813067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	100820980	rs1009812	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=540;SC=TTTGGAAATGGAAAATATAGA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=100820988;WS=100820970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	100826773	rs2234524	C	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=349;SC=TCAGTCTTACCACAGCTGGCC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=100826781;WS=100826763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	100827065	.	T	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=94;ReadPosRankSum=0.900;SC=ATTACTGAAATGAAGATGAAA;SOR=1.276;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=9;WE=100827073;WS=100827055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr14	100832282	rs2146105	C	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=11;PP=953;SC=AGTGACCTTGCGCACTTACAG;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=100832290;WS=100832272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	100832391	rs724391	T	C	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=49;PP=1764;SC=GCCAAGGGAGTGTCACAGTTT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=100832399;WS=100832381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	100834566	rs189239760	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=0.431;SC=ATAAAAAAGTCAAGCAAACAG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=100834574;WS=100834562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	100847523	rs2181170	T	C	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=82;PP=2869;SC=GAGAAGCGATTGGGGATCTTG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=86;TCR=82;TR=167;WE=100847531;WS=100847513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr14	100847707	rs2273800	A	G	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=94;PP=2965;SC=TCATCTTTCCATGCTCAAAGT;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=93;TCR=94;TR=186;WE=100847715;WS=100847697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr14	100847930	rs3742387	A	G	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=81;PP=2965;SC=TTATTCAGCCATATTTGAATA;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=166;WE=100847938;WS=100847920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr14	101005435	rs146033303	G	T	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1084;ReadPosRankSum=2.582;SC=GGGGGGCCGCGGGCCTGGTTT;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=81;WE=101005443;WS=101005425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,92:0.52:178
chr14	101007072	rs6575788	C	G	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=31;PP=888;SC=CCCTCTCTGGCCTCCACACTC;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=101007080;WS=101007062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	101034190	rs61993005	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=607;ReadPosRankSum=1.799;SC=GCCTTCCCCAGCGCCCTCACC;SOR=0.996;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=40;WE=101034203;WS=101034180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr14	101034419	rs58030748	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=2.486;SC=CGTCCCCAGCTTCCAGTCCCG;SOR=0.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=14;WE=101034427;WS=101034409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr14	101036052	rs7141087	T	C	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=53;PP=1699;ReadPosRankSum=0.474;SC=AATCCAAGTGTTCCTCCATCC;SOR=0.529;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=223;TCF=129;TCR=94;TR=118;WE=101036069;WS=101036042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,132:0.55:240
chr14	101053513	.	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.931;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=-1.572;SC=GGGACCGCCCCAGGCGTGGGT;SOR=2.303;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10;WE=101053521;WS=101053503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr14	101053685	.	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.680;SC=CCCCTCCCCTCCGAGGCCGAG;SOR=1.270;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=10;WE=101053693;WS=101053675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr14	101138230	rs8011237	A	C	6519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=98;PP=2965;SC=CTCTCCTAGAACTTTCTGTCG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=125;TCR=98;TR=223;WE=101138238;WS=101138220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr14	101138506	rs73358743	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=0.222;SC=CCCCCTCACTCGAGACCACTC;SOR=0.148;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=101138514;WS=101138496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr14	101194944	rs10151914	T	G	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=139;SC=TGGGGCGAGCTGGGGAGATGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=101194952;WS=101194934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr14	101200445	rs17577779	T	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=357;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TGTTGTAGCCTAGCCCCTGAG;SOR=1.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=18;WE=101200453;WS=101200435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr14	101200645	rs1802710	T	C	5329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=133;PP=2952;ReadPosRankSum=2.608;SC=GCACTGACATTGGGGGCGACT;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=430;TCF=201;TCR=229;TR=243;WE=101200653;WS=101200635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,255:0.57:448
chr14	101311729	rs56363527	C	T	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=33;PP=1925;ReadPosRankSum=0.702;SC=TGTCCTCATCCGCCCTCCTCC;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=101;WE=101311737;WS=101311719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr14	101341035	rs112035429	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	101348572	rs112608318	C	T	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1201;ReadPosRankSum=2.746;SC=CACTCGAAGGCCTCTTGCTCC;SOR=0.563;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=87;WE=101348580;WS=101348562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,93:0.62:150
chr14	101349017	rs6575805	A	G	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GGGAGAGCGCAAACGGCTGGT;SOR=0.702;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=83;WE=101349025;WS=101349007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,87:0.45:193
chr14	101350298	rs3825569	T	C	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=951;ReadPosRankSum=-0.335;SC=ACTCAAACACTTCGGACATGG;SOR=0.448;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=58;WE=101350306;WS=101350288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,59:0.44:133
chr14	101377736	rs9324026	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TGATGGGGAAACAGGCACAGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=101377744;WS=101377726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	101403072	rs1956732	T	C	228.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.14;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	101403075	rs1956731	C	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	101406011	rs1951026	G	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=24;PP=818;SC=ATGAGTCTAGGACCTTGTTCA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=101406030;WS=101406001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	101406022	rs1951025	T	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=1.850;SC=ACCTTGTTCATGGGCCTTTTG;SOR=1.795;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=14;WE=101406030;WS=101406001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr14	101409763	rs35829821	A	G	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=793;ReadPosRankSum=0.955;SC=GAAGGTATACATGAATGAAGA;SOR=0.577;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=168;TCF=93;TCR=75;TR=67;WE=101409771;WS=101409753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,76:0.41:185
chr14	101411953	rs12433065	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr14	101412173	rs11847325	G	C	307.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=237;SC=TTTTAGTAAAGAAGTATATGG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=101412181;WS=101412163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	101418192	rs10713875	TG	T	2048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=22;PP=1247;SC=GGCCCAAGCTTGGGACCAATG;SOR=1.034;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=101418200;WS=101418182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	101420572	rs8015089	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=133;SC=TATCAAAGTGGCAGATTATAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=101420580;WS=101420564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	101423634	rs12887775	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=0.850;SC=TATTTAAGAATATATAAGGAT;SOR=0.221;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=23;WE=101423642;WS=101423624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr14	101429287	rs34448411	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.064;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=-0.924;SC=ATACTGTTCTGTGGAATTTGT;SOR=0.116;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=7;WE=101429295;WS=101429277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	101429459	rs72700530	G	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=506;ReadPosRankSum=0.563;SC=CTGAGACTCTGAGGTTAGTAC;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=34;WE=101429467;WS=101429449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr14	101429568	rs16791	G	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=21;PP=581;SC=TAGTTCATGAGTTTTGATTGT;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=101429576;WS=101429558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	101429659	rs17172	G	A	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=74;SC=ATTATGAAATGTGAGGTGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=101429667;WS=101429649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	101431194	rs4547276	A	G	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=68;PP=2344;SC=GTCTGTTAGAAAAGATACATG;SOR=1.089;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=116;WE=101431202;WS=101431184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	101431216	rs34144313	C	G	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=756;ReadPosRankSum=0.321;SC=CCCATTCTCTCTGTTTCAAAT;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=48;WE=101431224;WS=101431206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr14	101432440	rs111435301	C	CAGA	8387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=63;PP=2965;SC=AGGTCCATCACAGAAGTAGAG;SOR=0.828;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=94;TCF=18;TCR=76;TR=76;WE=101432448;WS=101432430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	101433378	rs11433801	C	CA	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=9;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.031;NF=10;NR=12;PP=282;ReadPosRankSum=-0.363;SC=AAATGAATAGCAAAAAAAAAG;SOR=1.284;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=22;WE=101433386;WS=101433368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr14	101433552	rs2145502	C	T	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=944;ReadPosRankSum=1.561;SC=GTTCACTTCACTGTATTATTA;SOR=0.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=43;WE=101433560;WS=101433542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr14	101434356	rs4143956	A	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=217;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TTCAAGAATCATATTCTTTTT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=10;WE=101434364;WS=101434346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr14	101435167	rs34991312	A	C	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	101435371	rs12432302	A	G	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=34;PP=1160;SC=AGAAAAGAAAACCAGTTCTTT;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=101435379;WS=101435361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	101435515	rs35820579	T	C	31.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	101436159	rs34955121	GT	G	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=205;ReadPosRankSum=1.447;SC=GTATTTCTTTGTTAATACATT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=7;WE=101436167;WS=101436149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr14	101436435	rs61991083	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=214;ReadPosRankSum=0.207;SC=AATAAATGAATGTATAAATGA;SOR=0.257;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=16;WE=101436443;WS=101436425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr14	101439870	rs1956727	G	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=879;SC=GACTGATGTGGATTTCTTATT;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=101439878;WS=101439860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	101439916	rs1956726	T	G	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=30;PP=2027;SC=GTATTAGTGTTAAATCAAAGA;SOR=1.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=95;WE=101439924;WS=101439906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	101441309	rs33946843	AGATT	A	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TTGATTCCATAGATTGATATT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=101441320;WS=101441299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	101442218	rs12893444	A	G	7716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=1.457;SC=TACATGTCTGAAATTCTGAGG;SOR=0.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=139;TCR=126;TR=261;WE=101442226;WS=101442208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr14	101442793	rs12895798	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=394;ReadPosRankSum=-0.627;SC=TAGAAATGAATTGAGGAAAAG;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=31;WE=101442801;WS=101442783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr14	101447373	rs34158896	T	C	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1193;ReadPosRankSum=0.876;SC=GGCGTATGAGTCATCTACAGT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=113;TCR=92;TR=85;WE=101447381;WS=101447363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,90:0.41:220
chr14	101447517	rs10131435	A	G	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=39;PP=1021;SC=ATACATTTTCATTCTATTTTT;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=101447525;WS=101447507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	101452574	rs4906029	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=271;ReadPosRankSum=0.881;SC=GTTTTGATTCTATTTTTATAA;SOR=0.083;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=17;WE=101452582;WS=101452564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr14	101453344	rs3742401	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=387;ReadPosRankSum=-2.986;SC=TAAATTTAAAGACAACATAGA;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=29;WE=101453352;WS=101453334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr14	101454403	rs35097045	G	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=254;ReadPosRankSum=1.072;SC=AAAGCTCTTGGATTTTTAAAA;SOR=1.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=15;WE=101454411;WS=101454393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr14	101459660	rs12880424	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=264;ReadPosRankSum=0.628;SC=TAATAGAAATCTAATCTATTC;SOR=0.725;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=19;WE=101459668;WS=101459650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr14	101495787	rs4906031	G	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=345;SC=GTGAAGGCTTGAAGAGCTTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=101495795;WS=101495786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	101531854	rs61992671	A	G	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=47;PP=2077;SC=CTGGTCCACTAGCCGTCCGTA;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=98;WE=101531862;WS=101531844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	102198525	rs140695303	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=179;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CACCTAGGAGGTGGGAGATAT;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=10;WE=102198533;WS=102198521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr14	102322900	rs34486272	A	AC	764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=0;PP=901;SC=TGTTTACCCCACCCATCTCCT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=102322908;WS=102322894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	102349542	rs1741126	G	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.463;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr14	102359489	rs2720219	A	G	3108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=74;PP=1899;ReadPosRankSum=0.250;SC=TTGGCATTTGATCAGGATTGA;SOR=0.665;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=272;TCF=134;TCR=138;TR=144;WE=102359497;WS=102359479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,152:0.51:300
chr14	102359568	rs2749902	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=549;ReadPosRankSum=-0.762;SC=TAACTTTGGTAACAAACTTCT;SOR=1.992;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=28;WE=102359576;WS=102359558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr14	102360916	rs2251246	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=820;ReadPosRankSum=0.616;SC=TGATGCTAGCGCGTCTTGTAA;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=59;WE=102360924;WS=102360906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr14	102446161	rs3818188	G	A	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=59;PP=1891;ReadPosRankSum=1.217;SC=TCAGCCTGCCGATTCATCCAA;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=156;TCR=140;TR=124;WE=102446169;WS=102446151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,133:0.42:317
chr14	102482399	rs17541158	C	T	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=70;PP=1848;ReadPosRankSum=1.436;SC=CCATGCAGATCGAGCAGCTGG;SOR=0.553;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=324;TCF=153;TCR=171;TR=138;WE=102482407;WS=102482389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,148:0.43:341
chr14	102496394	rs3830916	AGT	A	987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.253;NF=19;NR=6;PP=869;ReadPosRankSum=-1.328;SC=AGGGAGAGAGAGTGTGTGTGT;SOR=0.433;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=25;WE=102496403;WS=102496384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr14	102507065	rs17541540	G	C	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GGGTTTTGCTGCTTAAAGGGA;SOR=0.726;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=60;TCR=83;TR=78;WE=102507076;WS=102507055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,91:0.55:165
chr14	102548224	rs2298877	T	C	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=59;PP=1996;SC=GGTAATACTCTTGGTTTCTAT;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=102548232;WS=102548214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	102548384	rs6575895	C	T	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=10;PP=1039;SC=ACTGAAAGTTCACCATTTTCT;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=102548392;WS=102548374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	102549262	rs10782495	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=2;PP=299;SC=AGCCACACACAACATAGTTTT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=102549270;WS=102549252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	102550569	rs3742429	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=0;PP=362;SC=ATTTAGTAGAGATGGGGTTTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=102550577;WS=102550559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	102550803	rs4947	G	A	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=50;PP=1964;SC=ACAATTTGATGTTGTTCTTTT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=109;WE=102550811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	102551795	rs35308930	T	TTAA	2801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=2924;ReadPosRankSum=2.152;SC=AAAAATTGACTTAATACATTC;SOR=0.751;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=58;WE=102551803;WS=102551785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr14	102552773	rs8004640	A	G	19984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr14	102552773	.	AAT	GAG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=170;NR=236;PP=2947;QD=20;SC=GGCAACACGAAATTCCATCGC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=417;TCF=174;TCR=243;TR=406;WE=102552783;WS=102552763;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,406:0.97:417
chr14	102552775	rs3736807	T	G	19984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=1.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr14	102568296	rs10873531	G	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=25;PP=1242;SC=CCAGTGACGCGGTGACAGGGA;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=102568304;WS=102568286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	102568367	rs8005905	T	A	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=38;PP=1425;SC=CCAGACACCATCAGATGCCAG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=102568375;WS=102568357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	102808554	rs34220197	CGTGGA	C	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=687;SC=CGGTCGTCACCGTGGAGCCAG;SOR=3.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=12;WE=102808570;WS=102808544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	102808562	rs56144634	C	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=11;PP=347;SC=ACCGTGGAGCCAGAGCCCTCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=102808570;WS=102808544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	102815042	rs7011	C	T	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=67;PP=2530;SC=GGCCACCGTGCGCTTCAGGAG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=145;WE=102815050;WS=102815032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	102891646	rs4906197	A	G	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.393;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=1247;ReadPosRankSum=-0.554;SC=AAGGGACGCCACCATATCTTC;SOR=1.235;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=65;WE=102891654;WS=102891636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr14	102894593	rs1309353	G	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=22;PP=1236;SC=ACAGGCCACAGTTGCTGGTTT;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=102894601;WS=102894583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	102901201	rs10149146	A	G	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=120;PP=2965;SC=AGAGCAGGACATCCTAACCAG;SOR=0.849;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=226;TCF=105;TCR=121;TR=225;WE=102901209;WS=102901191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	102904551	rs142320181	CCCCGCTCCCTGCT	C	1390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=2973;SC=AGGTTCGCCTCCCCGCTCCCT;SOR=2.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=15;WE=102904571;WS=102904541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	102918686	rs1190554	T	C	8826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=189;NR=127;PP=2965;SC=GCAGGCGGCTTGGTGCAGACA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=190;TCR=127;TR=316;WE=102918694;WS=102918676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr14	102919047	rs2295976	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=335;SC=CAAAACTGCCCGGCCTGTGTC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=102919055;WS=102919037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	102964359	rs146599191	C	CGCCCAAGCTCCCAGCTCCATCTGT	1416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=762;SC=CCCAGACCTGCGCCCAAGCTC;SOR=3.816;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=5;WE=102964367;WS=102964349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	102964654	rs2403058	A	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=785;SC=CAGGGGCTTCAGAGTGACTCC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=102964662;WS=102964644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	103005891	rs12895058	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=692;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CCCTGGAGCGCGAGTGACAAG;SOR=0.407;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=48;WE=103005899;WS=103005881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr14	103006047	rs12879262	G	C	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=814;ReadPosRankSum=-0.242;SC=AGGGTCTGCGGTTTGAAGCCC;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=57;WE=103006055;WS=103006037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr14	103059220	rs1057881	G	A	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	103388999	rs2295828	T	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.33;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr14	103389003	rs2295829	G	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.44;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr14	103390383	rs1190226	T	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=282;ReadPosRankSum=2.110;SC=CTTCAGGGACTGCTGTGCCTT;SOR=1.364;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=24;WE=103390391;WS=103390373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr14	103397055	rs1190233	G	C	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=987;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CTCTCCACCCGCTCTGGCCCC;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=61;WE=103397063;WS=103397045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr14	103406368	rs2269317	C	T	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=59;PP=1798;ReadPosRankSum=-0.426;SC=ACTCCCGGTGCAGAGGAAGGC;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=125;WE=103406376;WS=103406358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,126:0.54:232
chr14	103412101	rs10138676	C	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1442;ReadPosRankSum=0.467;SC=TCAGTACAGCCGACCGTGAAC;SOR=0.708;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=106;WE=103412109;WS=103412091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,112:0.48:233
chr14	103412268	rs2403107	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=111;ReadPosRankSum=-0.518;SC=GGATTGAGTCTGCAAGGATTT;SOR=1.051;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=10;WE=103412276;WS=103412258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr14	103413941	rs8007924	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=355;SC=AGGCTGGAGGTTGAGACCCTA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=103413949;WS=103413931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	103416096	rs12590961	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=642;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CTGCCCAAACGCAGACCTGAG;SOR=1.023;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=51;WE=103416104;WS=103416086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr14	103434530	rs2093414	T	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.21;SOR=4.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	103440282	rs1018550	G	T	6924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=152;NR=77;PP=2965;SC=TTCCATCATCGGCATGAACGT;SOR=1.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=152;TCR=77;TR=229;WE=103440290;WS=103440272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr14	103440473	rs8009219	G	C	4993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=111;PP=2965;SC=GCTGTCGCTCGAGCCTGTTTG;SOR=1.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=50;TCR=111;TR=161;WE=103440481;WS=103440463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	103440618	.	T	TACAC	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	103449863	rs36061149	C	CA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=-0.457;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr14	103453067	rs35202201	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=346;ReadPosRankSum=0.454;SC=CTGTGTGACATTCAGCTGGCA;SOR=2.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=15;WE=103453075;WS=103453057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr14	103523587	.	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=500;ReadPosRankSum=-2.008;SC=CGCCCTCGGGGGCTCGGCGGC;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13;WE=103523606;WS=103523577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr14	103523598	rs34302315	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=193;ReadPosRankSum=0.998;SC=GCTCGGCGGCTGCGAGCCCCG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=103523606;WS=103523577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr14	103566785	rs2297067	C	T	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1311;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GGGCCTGTTCCGGCGAAGCTC;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=226;TCF=119;TCR=107;TR=110;WE=103566793;WS=103566775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,122:0.48:252
chr14	103566835	rs2297066	C	G	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CCCTGAATGACGGCCCAGCTA;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=84;WE=103566843;WS=103566825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,90:0.51:177
chr14	103567020	rs61418148	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=1.744;SC=TCAGCTGAGGTTTCCGGAAAG;SOR=1.085;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=15;WE=103567028;WS=103567010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr14	103568614	rs10131298	T	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=862;ReadPosRankSum=-1.789;SC=GTGTGCCTGCTTTACGACGGG;SOR=0.744;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=149;TCF=81;TCR=68;TR=69;WE=103568622;WS=103568604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,73:0.46:160
chr14	103568729	rs10142200	A	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=998;ReadPosRankSum=2.773;SC=CGGAGGAGGAAGCCCACCCTT;SOR=0.461;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=74;WE=103568737;WS=103568719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,81:0.46:178
chr14	103568981	rs77071436	A	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=526;ReadPosRankSum=-0.430;SC=CCGGCTTCCCAGCGTGGGAGG;SOR=0.885;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=41;WE=103568989;WS=103568971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,40:0.36:110
chr14	103570134	.	C	CGTGTGT	153	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=15;MQ=59.41;NF=4;NR=4;PP=153;QD=19.5;SC=GGCGCGCGCGCGTGTGTGTGT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=8;WE=103570142;WS=103570124;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	103574714	rs10144543	C	T	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=25;PP=2414;SC=TTGGGGCAGGCGGTGGCTCTG;SOR=2.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=97;TCR=25;TR=122;WE=103574722;WS=103574704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	103576415	rs729184	A	G	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=44;PP=1615;SC=CTGGGCCGCCAGCGGAACCAG;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=102;WE=103576423;WS=103576405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	103576803	rs11355422	CG	C	788.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.002;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=401;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GCCTATCGGGCGGGGGGGGGC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=29;WE=103576811;WS=103576793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr14	103589193	rs116958646	T	G	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1033;ReadPosRankSum=0.490;SC=GTCAGCCACTTCACCTTTCCG;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=77;WE=103589201;WS=103589170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,91:0.53:171
chr14	103593950	rs1132339	C	G	8222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=156;PP=2965;SC=GCTCTGGGTGCAGAACCTCTA;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=134;TCR=157;TR=289;WE=103593958;WS=103593940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr14	103595997	rs2234130	G	C	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=40;PP=1924;SC=CAGAGACCAAGGCTGAGGGCC;SOR=1.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=111;WE=103596005;WS=103595987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	103596488	rs2234131	G	A	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=51;PP=1736;SC=CAGGGCACACGTACCGCCCGT;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=91;WE=103596496;WS=103596478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	103596609	rs2234133	T	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=33;PP=1045;SC=TGCCCCCTTGTCCAGGCGAGC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=66;WE=103596617;WS=103596599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	103597565	rs749206	G	A	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=32;PP=914;SC=GTGGAGGGAGGAGGAGCTGCT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=103597573;WS=103597555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	103599938	rs2234143	C	T	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=53;PP=1692;SC=AGATAGGCCGCTGGTGCCTCT;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=103599946;WS=103599928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	103602278	rs710100	A	G	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=70;PP=2064;SC=CACCGCCAGCATTAGACGTCA;SOR=1.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=41;TCR=70;TR=111;WE=103602286;WS=103602268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr14	103804417	rs2274191	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=0.365;SC=ATCACTTCATCTTACTCTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=9;WE=103804425;WS=103804407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr14	103805947	rs34222936	ATTG	A	839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.064;NF=9;NR=5;PP=504;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CATAAAAAAGATTGTTAACAC;SOR=1.338;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=14;WE=103805957;WS=103805937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr14	103806219	rs3783393	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=269;ReadPosRankSum=-0.830;SC=TTTTGGAGACGGAGTCTCATT;SOR=0.443;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=16;WE=103806227;WS=103806209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr14	103852607	rs12436956	G	T	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=13;PP=1174;SC=GTTCGCGGGCGGGTCTGCGAA;SOR=1.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=45;WE=103852615;WS=103852597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	103852725	rs3825566	C	T	6403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=126;NR=100;PP=2965;SC=ATTGTGCAAACGTGTGTGTCA;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=126;TCR=100;TR=226;WE=103852733;WS=103852715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr14	103928657	rs4906326	T	A	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=9;PP=715;SC=TGAGTATTCATTATGTGTGAA;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=103928665;WS=103928647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	103931879	rs1116095	A	G	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=26;PP=1867;SC=TTTTGTCTTGATGTTTTCCCT;SOR=1.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=91;WE=103931887;WS=103931869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	103932888	rs1951393	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=854;SC=AAGCACAAGTCATATGAACAG;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=103932896;WS=103932878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	103933556	rs8010247	A	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=967;ReadPosRankSum=-0.686;SC=GAGCTGAAATACCCTGTATGT;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=48;WE=103933564;WS=103933546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr14	103934488	rs10137161	T	C	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=78;PP=2934;SC=AGAAGTGTTTTTTCAAGCCAA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=77;TCR=78;TR=155;WE=103934496;WS=103934478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	103946636	rs8014010	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=515;SC=TAAAAGACTGACATTCCTATT;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=103946644;WS=103946626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	103986255	rs1803283	C	T	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=34;PP=1523;SC=CCAGCCGCTGCTCCATCTCGA;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=90;WE=103986263;WS=103986245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	103987078	rs2071408	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=43;PP=1258;SC=AACACGGGGCGGGCGGGGGAA;SOR=3.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=49;WE=103987086;WS=103987068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	103987482	.	CCCT	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCCGGCCCCTCCCTCCTCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=4;WE=103987492;WS=103987472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr14	103988180	rs1136165	G	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=14;PP=762;SC=TCTCGATGGCGCGGCGCTCCC;SOR=1.345;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=47;WE=103988188;WS=103988170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	103995489	rs2765038	C	G	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	103996396	rs2765037	G	A	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=29;PP=1415;SC=CAATGGTGGCGGTGCGTGTGC;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=80;WE=103996404;WS=103996386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	103996733	rs2756138	C	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=730;SC=CCTACAGACACATGTGGCTCC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=103996741;WS=103996723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	104000802	rs11350625	AG	A	1203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=1083;SC=CTCAGACCCTAGGGTGGGAGT;SOR=4.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=27;WE=104000810;WS=104000799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	104001517	rs2756119	G	A	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=58;PP=2620;SC=AGGAGGGAGGGGGGCATTGAC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=121;WE=104001525;WS=104001507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	104027557	rs11625397	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=170;ReadPosRankSum=1.436;SC=TGATAACTTACTACAGCACAA;SOR=0.793;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=11;WE=104027565;WS=104027547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr14	104029246	rs2274269	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr14	104029378	rs2274268	C	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=226;ReadPosRankSum=0.074;SC=CTTTCTCCCCCCTCTCTGCCG;SOR=1.054;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=23;WE=104029386;WS=104029368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr14	104029792	rs2296483	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=1.821;SC=CTTACCGTGCGTTTTTTTTCG;SOR=0.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=20;WE=104029800;WS=104029782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr14	104129352	rs7150141	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=148;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TTATGTATCTGTATAAACTAT;SOR=1.355;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=11;WE=104129360;WS=104129342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
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chr14	104136469	rs11333716	CT	C	5973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=58;PP=2965;SC=TAAATGTACTCTTATTTGGTT;SOR=1.296;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=102;WE=104136477;WS=104136459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr14	104136633	rs12590968	G	C	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=460;ReadPosRankSum=0.890;SC=ACAAAAGAAGGGGGCAGTCGT;SOR=0.440;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=36;WE=104136641;WS=104136623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr14	104139570	rs11160757	G	T	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=77;PP=2525;SC=GAGTGCTTTCGTCCCAAGTCC;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=135;WE=104139578;WS=104139560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr14	104143928	rs4906357	A	C	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=83;PP=2547;SC=TTTTACATGAATTTTATTGAA;SOR=1.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=121;WE=104143936;WS=104143918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	104151400	rs35011804	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=0.418;SC=GGGGCGCAGGCCCTGCCGTCT;SOR=2.584;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=20;WE=104151408;WS=104151390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr14	104165753	rs861539	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=703;ReadPosRankSum=0.461;SC=CTCACGCAGCGTGGCCCCCAG;SOR=0.654;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=43;WE=104165761;WS=104165743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,44:0.47:93
chr14	104165927	rs1799796	T	C	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=62;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TGGGGACAGCTGTCATTGTCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=232;TCF=99;TCR=133;TR=107;WE=104165935;WS=104165917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,112:0.46:241
chr14	104167075	rs861537	C	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=37;PP=1167;SC=GTGAGTCCCACGGCCTGCAGC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=104167083;WS=104167065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	104167545	rs709399	G	A	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.709;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=80;PP=2615;ReadPosRankSum=0.457;SC=CAGTGACCCCGACCTGGCCCC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=143;WE=104167553;WS=104167535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr14	104167564	rs861536	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=910;ReadPosRankSum=0.744;SC=CCGCTCCAGGATGGGACTGCC;SOR=0.469;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=58;WE=104167572;WS=104167554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,60:0.54:111
chr14	104172807	rs861531	C	A	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.913;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=1290;ReadPosRankSum=1.149;SC=CATCTCTCCTCCTCACAGCTC;SOR=0.967;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=216;TCF=86;TCR=130;TR=92;WE=104172815;WS=104172797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,95:0.41:229
chr14	104177190	.	AAC	A,AACAC	171.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8,8;NR=1,1;PP=145,254;ReadPosRankSum=0.370;SC=TGTAGTTAAGAACACACACAC;SOR=1.022;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=9,9;WE=104177201;WS=104177180;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.80:10
chr14	104178186	rs3212038	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=-2.187;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	104193099	rs2295151	C	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=737;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GACCAAGCTGCGTTTTAACGC;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=51;WE=104193107;WS=104193089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr14	104194196	rs1535100	C	G	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=65;PP=2489;SC=AGTGCGCCCTCGTGTCCCTCA;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=135;WE=104194204;WS=104194186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	104194278	rs1535099	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=436;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TGCACAGTCCCGCGCGCTCCG;SOR=1.351;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=30;WE=104194286;WS=104194268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr14	104195610	rs2295148	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=0.733;SC=ATCAGGCAGCTGCCCTGAGGA;SOR=0.148;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=10;WE=104195618;WS=104195600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr14	104199356	rs2295146	C	T	2626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=1689;ReadPosRankSum=-0.285;SC=GGACCAGTAACTCTACGTGGG;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=238;TCF=129;TCR=109;TR=118;WE=104199364;WS=104199346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,128:0.50:257
chr14	104199580	rs8548	A	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GTGTATTGTCAATACTTAATT;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=104199588;WS=104199570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	104202304	rs2295145	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=1.334;SC=AGAGACACGGGCAGCTAGTTT;SOR=0.061;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=12;WE=104202312;WS=104202294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr14	104202643	rs182697405	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-5.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=41;PP=823;ReadPosRankSum=0.956;SC=AGGCTGCTCTCAGCAGGCCCC;SOR=1.244;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=7;TCR=82;TR=44;WE=104202651;WS=104202633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr14	104203938	rs8004408	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=300;ReadPosRankSum=0.092;SC=CAAACAGAAAGCTGTGCTGAA;SOR=0.407;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=17;WE=104203946;WS=104203928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr14	104209184	rs117222583	G	A	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=53;PP=1092;ReadPosRankSum=1.312;SC=CAGAACTTACGTAAAACTTTT;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=201;TCF=76;TCR=125;TR=84;WE=104209192;WS=104209174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,94:0.44:212
chr14	104212949	rs2295141	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=394;ReadPosRankSum=-0.273;SC=AGTCCTAAGCTTAGTGCAAGA;SOR=1.162;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=25;WE=104212957;WS=104212939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr14	104216293	rs2295140	C	T	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=913;ReadPosRankSum=-1.488;SC=AAAATACAACCTTTATGATTT;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=38;TCR=93;TR=59;WE=104216301;WS=104216283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,60:0.44:137
chr14	104245194	rs188207787	G	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=969;ReadPosRankSum=-0.557;SC=ACCAAAAGGCGTATTAGAAAA;SOR=0.571;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=175;TCF=68;TCR=107;TR=69;WE=104245202;WS=104245184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,77:0.41:190
chr14	104251006	rs4900594	C	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr14	104251276	rs3742369	T	C	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=623;ReadPosRankSum=-0.128;SC=ACATCTTTTTTACTCCAGAAT;SOR=0.640;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=48;WE=104251284;WS=104251266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,53:0.51:103
chr14	104261002	.	TA	T	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chr14	104378852	rs8095	G	A	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=23;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CCAGGTAGCAGTGCATCTCAC;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=101;TCR=46;TR=71;WE=104378860;WS=104378842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,79:0.51:156
chr14	104394835	rs9324065	T	C	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=48;PP=1980;SC=TGCCGACGCCTGGGCCTTGAG;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=123;WE=104394843;WS=104394825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	104394850	rs9324066	C	T	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=54;PP=2350;SC=CTTGAGGATGCTGCGGAAGCT;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=82;TCR=54;TR=136;WE=104394858;WS=104394840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr14	104407788	rs78523783	A	G	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1508;ReadPosRankSum=0.801;SC=AAGAACTTCAAGTTGTCTTTG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=102;TCR=71;TR=94;WE=104407796;WS=104407778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,96:0.51:188
chr14	104429302	rs140667603	A	AGTGT,AGT	201.80	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5,5;NR=2,2;PP=120,154;SC=TTTGTATTTGAGTGTGTGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=7,7;WE=104429310;WS=104429292;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:6
chr14	104429453	rs6576013	A	G	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	104436931	rs11851097	C	T	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=77;PP=2420;SC=TCCGCAAACTCTTAAGAACAA;SOR=1.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=127;WE=104436939;WS=104436921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	104441925	rs10147923	C	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=495;SC=TTATAGTGAGCGTACTCTTGT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=104441933;WS=104441915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	104452405	rs10143030	C	G	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=15;PP=1272;SC=AGCACGTGTTCAGACATTGCT;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=104452413;WS=104452395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	104452640	rs10143389	G	A	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=80;PP=2588;SC=TTGATGACTTGGATATGAAGG;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=122;WE=104452648;WS=104452630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	104457646	rs183442454	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=337;ReadPosRankSum=0.205;SC=TATGAAAGATGGTATTCTCCA;SOR=0.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=27;WE=104457654;WS=104457636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr14	104465037	rs10133836	T	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=43;PP=1847;SC=TGAGTTGGGCTTCTAAAACCA;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=95;WE=104465045;WS=104465027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	104470686	rs28391043	G	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=39;PP=1052;SC=ATTCACTTTGGTCATTGTCAA;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=43;WE=104470717;WS=104470676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	104470698	rs151098927	GTTTATTTATTTA	G	448.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.254;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=2995;ReadPosRankSum=0.759;SC=CATTGTCAAAGTTTATTTATT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=11;WE=104470717;WS=104470676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr14	104471857	rs12147828	C	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=27;PP=869;SC=CTCACTTTCCCGCTAACTCTG;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=104471865;WS=104471847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	104473253	rs4900607	A	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=344;SC=TACCACAAACATATGAGGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=104473261;WS=104473243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	104475034	rs4906401	A	G	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=160;SC=TATTTCCCCTATGTATACTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=104475042;WS=104475024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	104481016	rs7150795	G	A	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=4;PP=1245;SC=CTGCTCTGATGACATATGTAC;SOR=4.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=51;WE=104481024;WS=104481006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	104481083	rs11160779	T	C	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=62;PP=2965;SC=ATATGAAGAATTGAAGACTAG;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=110;TCR=62;TR=172;WE=104481091;WS=104481073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	104481200	rs59025288	A	AT	6985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.183;NF=24;NR=111;PP=2454;ReadPosRankSum=-1.004;SC=TTTCCTGGATATTTTTTTTCC;SOR=1.083;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=153;TCF=24;TCR=129;TR=135;WE=104481208;WS=104481190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,249:0.99:251
chr14	104491086	rs72042212	TACACACACACAC	T	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=7;PP=2236;SC=ACAGGAAGTTTACACACACAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=104491105;WS=104491076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	104497543	rs10135507	C	T	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=89;PP=2761;ReadPosRankSum=-0.716;SC=AGAAATATCTCATCCGGATTT;SOR=0.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=72;TCR=90;TR=161;WE=104497551;WS=104497533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr14	104498472	rs4906405	G	A	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=493;SC=CTGCTTTTCTGTTTATAGATC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=104498480;WS=104498462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	104498530	.	ATCTTT	A	119	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=26;MQ=62.65;NF=0;NR=3;PP=119;QD=43.3333333333;SC=GGAATGTGTTATCTTTTCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=104498542;WS=104498520;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr14	104500427	rs10150865	A	G	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=96;PP=2965;SC=GATCCTGTTTATTCCTTGTCC;SOR=1.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=169;WE=104500435;WS=104500417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr14	104500530	rs10151066	C	T	62.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	104559623	rs941952	T	C	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=37;PP=1584;SC=CATCCTGACCTACGTCCTTGC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=93;WE=104559631;WS=104559613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	104561998	rs1770983	T	C	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=107;PP=2965;SC=GCCCAGGTAATCCCAGGGGCC;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=210;TCF=103;TCR=107;TR=209;WE=104562006;WS=104561988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr14	104563874	rs7156718	C	T	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=54;NR=29;PP=1360;SC=TCAGCTACTCCGTGGCCTCTC;SOR=1.099;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=83;WE=104563882;WS=104563864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	104569801	rs8012482	C	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	104570904	rs1744299	T	C	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=42;PP=1262;SC=CCACCCCTCATGGGCTGGGGG;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=104570912;WS=104570894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	104571826	rs1744300	A	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=33;PP=956;SC=GCAGCTGGGGACTGTGCACCC;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=104571834;WS=104571816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	104573690	rs1744301	A	G	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=45;PP=1507;SC=CAGGTAATGGAGCTAGGGCTG;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=83;WE=104573698;WS=104573680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	104573792	.	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=0.707;SC=AGGTGGAGGACACCTGCTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=12;WE=104573800;WS=104573782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr14	104575466	rs1771012	C	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=3;PP=703;SC=GGCCGGTCCCCGTCCCTGTGC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=104575474;WS=104575456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	104639644	rs11622217	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=1101;ReadPosRankSum=0.494;SC=CTGAAGACGCCGCTGCCTCTG;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=66;WE=104639652;WS=104639634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,73:0.60:122
chr14	104640011	rs2275593	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-1.066;SC=GGCCCCTGGCTACACCATCAT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=8;WE=104640019;WS=104640001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr14	104641612	rs4906422	T	C	4972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CCTCCAAGGGTCCCCGAGACG;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=501;TCF=260;TCR=241;TR=234;WE=104641620;WS=104641602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,245:0.47:522
chr14	104641792	rs2487305	C	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.268;SC=CCAGGAAGGCCGTGGGCACCC;SOR=1.009;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=160;TCF=66;TCR=94;TR=66;WE=104641800;WS=104641782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,67:0.39:170
chr14	104642341	rs2487304	A	G	9199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=156;PP=2965;SC=GGTCCCGGCCAGTCAGCATCA;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=320;TCF=164;TCR=156;TR=319;WE=104642349;WS=104642331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr14	104642422	rs3742947	A	G	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=58;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TGGAGGGGGCAGCCTGGGCCG;SOR=0.592;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=236;TCF=107;TCR=129;TR=111;WE=104642430;WS=104642412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,125:0.48:263
chr14	104643409	rs2487303	A	G	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	104643421	rs2487302	T	C	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=67;PP=2285;SC=CACACCGTCTTGCCGGACACG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=147;WE=104643429;WS=104643399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	104643721	rs2487301	C	A	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=721;ReadPosRankSum=1.247;SC=GCCCTGTGGCCGGTCCCAGAG;SOR=0.420;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=51;WE=104643732;WS=104643711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr14	104643859	rs2487300	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=572;ReadPosRankSum=1.141;SC=CCCCGGGCCGAGGTGGCTCCT;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=34;WE=104643867;WS=104643849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr14	104644099	rs2497297	T	C	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=51;PP=1624;SC=GTGGCAGCAGTGGCTATGAGA;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=109;WE=104644107;WS=104644089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	104645755	rs35751202	G	GC	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=0.135;SC=ACCCAGCCCGGCCCACCGTGT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=104645763;WS=104645745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	104647224	rs884996	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	104710505	rs7142555	T	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=241;SC=CATCTCTCAATAGTACTGCTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=104710513;WS=104710495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	104710651	rs7141507	C	T	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=34;PP=1833;SC=CGGCTGGCTCCTGGCCTCGAC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=104710659;WS=104710641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	104940930	rs28453989	C	T	6666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=118;PP=2965;SC=CCTCACTCTCCCCTTAGAGCG;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=109;TCR=118;TR=227;WE=104940938;WS=104940920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr14	104940967	rs28699424	G	A	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=95;PP=2965;SC=AATTAAGCTGGGGGCAAATGG;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=71;TCR=95;TR=166;WE=104940975;WS=104940957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	104941016	rs28715110	G	A	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=58;PP=1651;SC=GAGGATGGGGGACTGCCCGGG;SOR=2.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=79;WE=104941024;WS=104941006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	105055291	rs3840008	TG	T	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=258;ReadPosRankSum=-1.985;SC=AGATCGGACATGGGGGGCACA;SOR=0.976;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=11;WE=105055312;WS=105055281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr14	105055304	rs11160811	A	G	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	105055359	rs3803318	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=204;SC=GTTGGGTCCATGTGAGATTTT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=105055367;WS=105055349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	105057948	rs3803317	C	T	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=35;PP=1129;SC=TTGACACCCCCGATGGGCACC;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=65;WE=105057956;WS=105057938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	105059573	rs28656783	C	T	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=539;SC=CCCCCGCCCCCGCCCCACACC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=105059581;WS=105059563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	105060024	rs12879330	A	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	105060029	rs12880651	T	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	105063253	rs11629201	C	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=5;PP=521;SC=GGGAAGATCACCCACAGCAGG;SOR=2.636;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=105063261;WS=105063243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	105070791	rs3803313	G	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=7;PP=529;SC=GTCCCTTGCAGAGGAAGAAGA;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=105070799;WS=105070781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	105150273	rs7153053	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=428;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GGTTGGGGTGCGGGTGGGTCT;SOR=0.502;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=28;WE=105150281;WS=105150263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr14	105150580	rs34369401	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-0.430;SC=GGAGGGACAGCTCGAGGGCTC;SOR=1.473;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=11;WE=105150588;WS=105150570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr14	105167807	rs4983530	C	T	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=30;PP=1547;SC=GCGCGGACCCCGAGCTGTGCA;SOR=1.265;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=95;WE=105167815;WS=105167797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	105170163	rs7145815	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=916;ReadPosRankSum=-0.208;SC=AGTGCAGCAGGGCAGGGTCAG;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=29;WE=105170183;WS=105170153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr14	105170175	rs7146817	T	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=916;ReadPosRankSum=0.059;SC=CAGGGTCAGGTGCTCTGGGTG;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=32;WE=105170183;WS=105170153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr14	105170222	rs7145851	G	A	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr14	105173862	.	ACCCCACCCCCAC	A	1253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=2985;ReadPosRankSum=3.380;SC=GCAGGCGTCCACCCCACCCCC;SOR=0.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=0;TCR=49;TR=18;WE=105173881;WS=105173852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr14	105177351	rs3840006	CA	C	2311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=46;PP=2293;ReadPosRankSum=0.232;SC=CTACGTAAGTCAGGGGCAGCT;SOR=0.712;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=128;TCF=31;TCR=97;TR=58;WE=105177359;WS=105177341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,91:0.45:204
chr14	105178089	rs4983531	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.70;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr14	105178098	rs4983532	G	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr14	105179043	rs4497619	G	C	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=11;PP=747;SC=CCTGCTCCTTGTCAGAGACCA;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=105179051;WS=105179033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	105179081	rs10144190	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=495;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CCCTGTGGCCGTCACCCTCCC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=28;WE=105179089;WS=105179071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr14	105179194	rs10133301	T	C	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=97;NR=70;PP=2387;SC=GGGCACTGGATGAGCTGTTTG;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=97;TCR=70;TR=167;WE=105179202;WS=105179184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr14	105180484	rs9672043	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=12;PP=911;SC=GAGGCTGCACCTGGGCTGGCT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=105180492;WS=105180474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	105180565	rs4983535	T	C	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=62;NR=51;PP=2045;SC=CTGCAGGAGATCCCGTGGGCA;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=113;WE=105180573;WS=105180555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	105180706	rs1128840	A	C,G	5718.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=69,53;NR=47,49;PP=1757,1390;SC=AGGGTGGTCCACGGCCCCTGG;SOR=0.923;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=218;TCF=122;TCR=96;TR=116,102;WE=105180714;WS=105180696;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.56,0.44:239
chr14	105185083	rs138798126	TAC	T	1219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=572;ReadPosRankSum=-1.496;SC=CCTGATATTGTACCCAGCAAA;SOR=0.518;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=15;WE=105185092;WS=105185073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr14	105240503	rs200775205	CACACCCCATCACACTGCCCCACACCAT	C	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.06;MQRankSum=3.945;QD=10.22;ReadPosRankSum=-2.191;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr14	105258892	rs2494748	CA	TG	15626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=191;NR=124;PP=2947;SC=CTACTACCCCCATCTCTCCCT;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=195;TCR=128;TR=315;WE=105258901;WS=105258882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr14	105267579	rs12878684	A	G	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=107;NR=76;PP=2965;SC=GCCGCCTGAGACAGCAGCGCG;SOR=1.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=108;TCR=76;TR=183;WE=105267587;WS=105267569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr14	105268228	rs4983387	G	A	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=73;PP=2965;SC=CTCACTGTCCGAACAGGAGGA;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=162;WE=105268236;WS=105268218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	105309252	rs12895703	T	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=7.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.54;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=1.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr14	105309256	rs12894371	A	T	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=8.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.14;ReadPosRankSum=0.537;SOR=1.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr14	105309608	rs12878750	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=1.254;SC=TGATGGTCTGCGGGTGTGAGC;SOR=0.392;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=105309616;WS=105309598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	105344111	rs78118267	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.08;ReadPosRankSum=1.701;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr14	105344157	rs75824199	G	A	93.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	105344293	rs61995995	C	T	5182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=53;PP=1594;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TCATCCGCTTCGGCTACGATA;SOR=0.623;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=258;TCF=150;TCR=108;TR=131;WE=105344301;WS=105344283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,141:0.52:272
chr14	105344318	rs2304758	G	A	5164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=58;PP=1515;ReadPosRankSum=1.123;SC=GCCCCTGAGCGTCCCTCCTCC;SOR=0.581;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=143;TCR=112;TR=130;WE=105344326;WS=105344308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,141:0.51:276
chr14	105344347	rs2304757	C	G	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1324;ReadPosRankSum=0.428;SC=TTCTCAGTCCCCAGGACCACA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=98;TCR=94;TR=99;WE=105344355;WS=105344337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,106:0.51:207
chr14	105344419	rs34009344	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=492;ReadPosRankSum=-1.191;SC=ACAGAGCACCAAGGATGACCC;SOR=0.892;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=27;WE=105344427;WS=105344409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr14	105344603	rs41310934	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=223;ReadPosRankSum=0.248;SC=AGTCCTGGCCCGACCTTGGGA;SOR=2.133;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=105344611;WS=105344593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr14	105344761	rs41317300	C	T	2897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=66;PP=1862;ReadPosRankSum=0.437;SC=GCTCTGTGTTCGCCTTAACAC;SOR=0.638;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=265;TCF=142;TCR=123;TR=136;WE=105344769;WS=105344751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,138:0.50:276
chr14	105344872	rs61995998	C	T	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=656;ReadPosRankSum=1.470;SC=GGCTCAGCCACGAGGGCTCAG;SOR=1.168;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=42;WE=105344880;WS=105344862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr14	105349220	rs2028415	T	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=371;ReadPosRankSum=1.373;SC=CAGAGGGTGGTGTGTGAAGGG;SOR=0.560;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=21;WE=105349228;WS=105349210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr14	105349388	rs2028414	A	C	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=969;ReadPosRankSum=0.382;SC=CCAAGGGACCAGTGCAGCAGG;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=90;WE=105349396;WS=105349378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,96:0.55:175
chr14	105349877	rs10145119	C	T	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr14	105349886	rs10145122	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.29;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr14	105349891	rs10145270	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=6.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr14	105349897	rs10145031	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.95;ReadPosRankSum=-2.548;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr14	105350133	rs144916387	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=391;ReadPosRankSum=-1.033;SC=TCCTTTCTCTCGGCCTGACAA;SOR=0.935;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=25;WE=105350141;WS=105350123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr14	105350355	rs2841236	A	G	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=66;PP=1852;ReadPosRankSum=1.554;SC=ACGAGGACACACCCCGAAAGA;SOR=0.586;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=311;TCF=157;TCR=154;TR=137;WE=105350363;WS=105350345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,141:0.44:321
chr14	105350799	rs9788593	C	T	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=850;ReadPosRankSum=-1.473;SC=AGGAGGAGGACGACAGCCTCA;SOR=0.871;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=69;WE=105350807;WS=105350789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
chr14	105350868	rs9788594	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,44:0.38:117
chr14	105351637	rs2582549	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=370;ReadPosRankSum=-1.699;SC=GGGGGTGGCCAGTGTCAGTGG;SOR=1.112;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=24;WE=105351645;WS=105351627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr14	105351673	rs894038	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=505;ReadPosRankSum=3.001;SC=GCTTCTCTGACCCTCGGTGCC;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=36;WE=105351681;WS=105351663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr14	105352255	rs2251389	T	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=1072;ReadPosRankSum=-1.801;SC=CGGCAGGCCCTGGGTGGCGCG;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=62;WE=105352263;WS=105352245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,64:0.55:117
chr14	105354293	rs2582548	A	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=1.904;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,51:0.46:112
chr14	105356137	rs2919629	G	C	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=54;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GTGCCAGTGCGTTTTCTTGAG;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=152;TCF=42;TCR=110;TR=77;WE=105356145;WS=105356127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,82:0.53:155
chr14	105356241	rs61996002	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.023;SC=ATGGATGGACAAATGGATGGA;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=3;WE=105356249;WS=105356231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	105359306	rs3742939	G	C	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-2.012;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,75:0.51:147
chr14	105359827	rs2247712	T	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.171;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=500;ReadPosRankSum=-2.423;SC=AGCCTCTGCCTGGGGCCCACG;SOR=0.143;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=38;WE=105359835;WS=105359817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr14	105360746	rs2841244	T	C	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.149;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;ReadPosRankSum=-1.926;SC=CCCCTTGGCCTGCCCCCAGCC;SOR=1.083;Source=Platypus;TCF=47;WE=105360754;WS=105360736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,73:0.49:150
chr14	105363157	rs7152667	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCTGCACATAGGACAGACCA;SOR=0.148;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=14;WE=105363165;WS=105363147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr14	105363202	rs10147348	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr14	105393707	rs879448	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=-1.304;SC=AGGGAAGCCTCCCTGGGCTGC;SOR=1.885;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=13;WE=105393715;WS=105393697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr14	105398787	rs2582533	G	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=223;ReadPosRankSum=-0.971;SC=CACCTCAGGAGGGAGGGGCTG;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=15;WE=105398795;WS=105398777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr14	105404384	rs1048257	T	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=509;ReadPosRankSum=2.272;SC=TCTCTTGTACTGATGAGCCAT;SOR=0.489;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=45;WE=105404392;WS=105404374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr14	105405599	rs3742935	G	C	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=851;ReadPosRankSum=-0.146;SC=CTGGGGGCAGGGAAGGAGAAC;SOR=0.751;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=60;WE=105405607;WS=105405580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,68:0.46:147
chr14	105405942	rs28454709	G	A	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=46;PP=1340;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CAGCAGTGGAGAGGTGCAGCT;SOR=0.743;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=90;TCR=85;TR=92;WE=105405950;WS=105405932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,100:0.53:188
chr14	105406238	rs2819419	A	C	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1954;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TCCTGCGAGTACTTGGTCATG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=99;TCR=93;TR=109;WE=105406246;WS=105406228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,114:0.57:200
chr14	105406372	rs61421370	C	T	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=2037;ReadPosRankSum=2.372;SC=TGGGACATCCCCGAGCCCACA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=122;WE=105406380;WS=105406362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,131:0.56:236
chr14	105407031	rs11623422	A	G	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CTGGGCCCTGAGACACACAGG;SOR=0.631;Source=Platypus;TCF=80;WE=105407039;WS=105407021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,111:0.54:206
chr14	105407208	rs11851053	T	C	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1208;ReadPosRankSum=1.466;SC=TAGGAAAAGATACCTGACCAA;SOR=0.473;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=79;WE=105407216;WS=105407191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,83:0.47:176
chr14	105407798	rs4465542	T	C	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=64;PP=1452;ReadPosRankSum=-1.473;SC=ATGGGAAATGTGGAAGTCTTC;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=105;TCR=123;TR=119;WE=105407806;WS=105407788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,133:0.55:243
chr14	105408182	rs9672139	T	G	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.150;SC=ACCTCGGGCATGTGGCCTTCT;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=59;WE=105408190;WS=105408172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,62:0.46:136
chr14	105408315	rs28600075	T	C	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=67;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CCTCCATCTTTGGCGCAGACA;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=153;TCR=138;TR=142;WE=105408323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,145:0.48:301
chr14	105408811	rs2819421	A	G	4715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.561;NF=70;NR=50;PP=1852;ReadPosRankSum=-0.831;SC=CTCCACCTTCAGCGCAGACAC;SOR=1.064;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=246;TCF=134;TCR=112;TR=120;WE=105408819;WS=105408801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,124:0.48:256
chr14	105408955	rs2819422	A	G	3418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.320;NF=59;NR=79;PP=2208;ReadPosRankSum=0.658;SC=CTCCAGCCGCACACTGTCCAG;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=268;TCF=120;TCR=148;TR=138;WE=105408976;WS=105408945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,152:0.53:285
chr14	105409907	rs10141053	T	C	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.068;NF=52;NR=46;PP=1056;ReadPosRankSum=0.371;SC=TTGGCCGTCATGTCCTTGTCG;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=215;TCF=119;TCR=96;TR=98;WE=105409915;WS=105409897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,106:0.46:230
chr14	105410183	rs10438246	T	C	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=707;ReadPosRankSum=0.608;SC=AGGAGTTTCATGTCCACCTGG;SOR=0.741;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=62;WE=105410191;WS=105410173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,71:0.60:118
chr14	105410411	rs11160825	C	T	3235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.658;NF=78;NR=61;PP=2019;ReadPosRankSum=-1.183;SC=ACATCCTTGTCGGCCAGGGAC;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=265;TCF=142;TCR=123;TR=139;WE=105410419;WS=105410401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,148:0.54:275
chr14	105410775	rs2819424	A	G	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.551;NF=95;NR=70;PP=2187;ReadPosRankSum=2.395;SC=GGAGACTCACATCGGCTTCCA;SOR=0.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=306;TCF=167;TCR=139;TR=165;WE=105410783;WS=105410765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,173:0.53:329
chr14	105410827	rs28380382	C	T	4553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=95;PP=2809;ReadPosRankSum=-1.081;SC=CATGGACTTCCCTGGGGCCGA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=180;TCR=163;TR=201;WE=105410835;WS=105410817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,210:0.58:365
chr14	105411153	rs34499888	G	A	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=936;ReadPosRankSum=0.233;SC=CCTCGGGCACGGGGCCCTCCA;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=56;WE=105411161;WS=105411143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr14	105411700	rs4264326	A	G	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1345;ReadPosRankSum=0.592;SC=CTCCAGGTCCACAGAAGGGAG;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=168;TCF=89;TCR=79;TR=89;WE=105411708;WS=105411690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,93:0.54:172
chr14	105411781	rs10438247	G	A	2998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.294;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=62;PP=2133;ReadPosRankSum=0.680;SC=CTCCGCCTTCGGCGCAGACAC;SOR=0.573;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=231;TCF=124;TCR=107;TR=124;WE=105411789;WS=105411771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,133:0.54:246
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chr14	105412009	rs28714612	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-9.906;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,19:0.18:107
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chr14	105412541	rs12433837	CA	TG	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.722;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.859;NF=4;NR=23;PP=2186;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GGGCCCTTGACATCTATCTGG;SOR=2.166;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=27;WE=105412569;WS=105412531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,23:0.23:99
chr14	105412554	rs12436986	T	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQRankSum=-8.514;QD=8.17;ReadPosRankSum=-1.973;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr14	105412561	rs3000771	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-7.882;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr14	105413204	rs2582514	G	T	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.561;NF=44;NR=40;PP=1311;ReadPosRankSum=0.964;SC=GGCTGAATGCGGATGTCAGTG;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=84;WE=105413212;WS=105413194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,85:0.55:155
chr14	105413223	rs55797226	A	G	3241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.660;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.026;NF=46;NR=39;PP=1145;ReadPosRankSum=0.741;SC=TGGTCTTAAGATCCCCTTGCA;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=85;WE=105413231;WS=105413213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,89:0.55:161
chr14	105413790	rs11848564	G	A	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=53;PP=1715;ReadPosRankSum=0.642;SC=ACGCCTCGATGGACTCGCCTG;SOR=0.889;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=289;TCF=155;TCR=134;TR=122;WE=105413798;WS=105413780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,132:0.43:304
chr14	105414238	rs60754080	C	A	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.426;NF=39;NR=29;PP=2714;ReadPosRankSum=1.343;SC=GGAGAGGCTCCCGTCGGCCTC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=101;TCR=75;TR=68;WE=105414260;WS=105414228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,70:0.38:183
chr14	105414252	rs60106058	C	T	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.115;NF=52;NR=37;PP=2714;ReadPosRankSum=-1.396;SC=CGGCCTCCACCTTCGGCGCAG;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=203;TCF=115;TCR=88;TR=89;WE=105414260;WS=105414228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,91:0.43:211
chr14	105414280	rs2819429	T	G	7243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=108;PP=2965;SC=CACCGAGGCCTCGATGGACTT;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=154;TCR=109;TR=261;WE=105414288;WS=105414270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr14	105414629	rs72702027	G	A	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=978;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GGGCCCTCTGGGAGTTTCACA;SOR=0.950;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=59;WE=105414640;WS=105414619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
chr14	105414790	rs2582513	A	G	4682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=62;PP=2135;ReadPosRankSum=-1.811;SC=GGACTTGCCAAGGGCAGACAC;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=132;TCR=118;TR=133;WE=105414798;WS=105414780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,134:0.50:270
chr14	105414810	rs10145032	C	G	4502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.411;NF=67;NR=54;PP=1968;ReadPosRankSum=1.873;SC=CCCCAAACGACAGCATCTTGA;SOR=0.826;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=230;TCF=122;TCR=108;TR=121;WE=105414818;WS=105414800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,126:0.50:252
chr14	105415200	rs10145566	G	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.538;NF=11;NR=20;ReadPosRankSum=0.755;SC=CAGTGGTCTTGAGGTCCCCCT;SOR=0.580;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=31;WE=105415208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,53:0.39:137
chr14	105415229	rs10134675	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-7.012;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,34:0.24:143
chr14	105415352	rs12890949	G	C	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=79;PP=2323;SC=TTGGTAGTCAGGTCCTTGTTG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=156;WE=105415360;WS=105415342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr14	105415745	rs117379881	C	G	3416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-6.806;QD=15.75;ReadPosRankSum=2.630;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,92:0.42:217
chr14	105415748	rs118171013	G	A	3445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=-6.699;QD=15.81;ReadPosRankSum=2.033;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,94:0.43:218
chr14	105416010	rs2582511	T	C	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.84;MQRankSum=-1.334;NF=32;NR=39;PP=919;ReadPosRankSum=-0.565;SC=CCTTAACATCTGTCTGGGGGC;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=71;WE=105416018;WS=105416000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,77:0.53:146
chr14	105416220	rs2819435	T	A	8634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=142;PP=2965;SC=GGAGGCTCACTTCGGCCTCCA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=168;TCR=142;TR=310;WE=105416228;WS=105416210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr14	105417894	rs2819440	C	G	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=57;PP=1951;SC=CCGGGGCCTGCATGTCCACCT;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=115;WE=105417902;WS=105417884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	105418170	rs200879546	G	C	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.441;NF=47;NR=29;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CAGTGGTCTTGAGGTCCCCCT;SOR=0.847;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=157;TCF=92;TCR=65;TR=76;WE=105418178;WS=105418160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,85:0.49:172
chr14	105418194	rs78447535	A	G	3938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.609;NF=61;NR=41;PP=1750;ReadPosRankSum=0.221;SC=TGGAGGGGAGACTCACGTCGG;SOR=0.806;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=191;TCF=109;TCR=82;TR=102;WE=105418202;WS=105418184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,115:0.55:211
chr14	105420927	rs879210	A	G	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1524;ReadPosRankSum=0.368;SC=GTGCGTCCCTAGGTTCGTAGG;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=104;TCR=113;TR=100;WE=105420935;WS=105420917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,106:0.46:228
chr14	105421050	rs879209	T	G	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.895;SC=TCCCCACCCTTGGTTTGGAGA;SOR=0.433;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=77;WE=105421058;WS=105421040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,83:0.60:139
chr14	105421236	rs66540327	CAGCCAGCAGGGTAGTGA	C	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=2763;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CTCCCAGGCTCAGCCAGCAGG;SOR=0.782;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=7;WE=105421273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr14	105452035	rs10150682	A	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=274;SC=GCGGGTCCTGAACGGCGGGGG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=105452043;WS=105452025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	105452221	.	T	TGCGGGGCCCGGGCCCGGGCCCAGGACAC	470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.054;QD=24.78;ReadPosRankSum=1.558;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr14	105457771	rs2247140	A	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=460;ReadPosRankSum=1.061;SC=GCCGTGCCTCATGATCTCCTC;SOR=1.172;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=37;WE=105457779;WS=105457761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr14	105461067	rs894039	C	T	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=919;ReadPosRankSum=0.723;SC=CAAGCTCAAACTGACACTCTT;SOR=0.795;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=67;WE=105461075;WS=105461057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,70:0.47:148
chr14	105478102	rs3803294	G	A	5210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.868;SC=AGCGGCACAGGTTGGGCTCCA;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=437;TCF=238;TCR=199;TR=231;WE=105478110;WS=105478092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,249:0.54:462
chr14	105518336	rs3803322	G	T	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=59;PP=1606;ReadPosRankSum=0.617;SC=TGTACACCACGACCAGGACTA;SOR=0.640;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=266;TCF=137;TCR=129;TR=128;WE=105518344;WS=105518326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,138:0.47:294
chr14	105523663	rs7147439	G	A	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=47;PP=1232;SC=ATCAGATTGAGTCACAAGTTA;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=105523671;WS=105523653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	105609335	rs10149229	A	G	4147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=105;PP=2777;ReadPosRankSum=0.594;SC=CCGGCCGCTCAATGGGGTTGC;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=454;TCF=215;TCR=239;TR=204;WE=105609343;WS=105609325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,210:0.44:473
chr14	105611282	rs2272591	A	G	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=638;ReadPosRankSum=-1.823;SC=CCACCTCCACAGCACTGGCCC;SOR=0.747;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=55;WE=105611290;WS=105611272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,65:0.42:153
chr14	105614032	rs2242636	C	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr14	105615026	rs2242634	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=197;ReadPosRankSum=0.686;SC=TCAGGGTGATAAGGGGCCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=11;WE=105615034;WS=105615016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr14	105617042	rs1057744	C	T	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1168;ReadPosRankSum=0.162;SC=CTGGCACACTCGTCTCGTTCC;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=217;TCF=126;TCR=91;TR=92;WE=105617050;WS=105617032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,95:0.41:232
chr14	105617467	rs116916276	G	A	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.526;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr14	105617550	rs3830678	C	CGCAGCCCCA	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.701;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.106;NF=4;NR=6;PP=2133;ReadPosRankSum=1.236;SC=CAGCAGCCCCCGCAGCCCCAG;SOR=1.231;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=10;WE=105617558;WS=105617540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	105618670	rs2238287	T	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=31;PP=764;SC=TGAGCTGTGGTGCCTGAAAGG;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=105618678;WS=105618660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	105622056	rs2816679	A	G	6563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=124;PP=2965;SC=CCCTCCACGCAGCCCAGCGGC;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=92;TCR=124;TR=216;WE=105622064;WS=105622046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr14	105643619	rs10139596	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=2.333;SC=AAGGACACACGGGCAGCTGAG;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=17;WE=105643627;WS=105643609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr14	105643652	rs10139450	A	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr14	105644151	rs1882848	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=323;ReadPosRankSum=-0.883;SC=CACAGACCCATTGCACCCACT;SOR=0.975;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=22;WE=105644159;WS=105644141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr14	105647562	rs67388067	GGCGGGGGCCGCGAGCTCT	G	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=629;ReadPosRankSum=-1.668;SC=CGCCCGGACAGGCGGGGGCCG;SOR=0.850;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=2;WE=105647587;WS=105647552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	105860985	rs149437508	C	T	3836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=86;PP=2547;ReadPosRankSum=0.287;SC=TCTGCATCTTCGGACACTCCA;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=353;TCF=184;TCR=169;TR=173;WE=105860993;WS=105860975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,182:0.49:372
chr14	105905126	rs4983620	C	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=40;PP=1098;SC=GTGGGGGCTACGCCAGCTCCT;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=105905134;WS=105905116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	105911639	rs6576102	G	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=3;PP=1189;SC=CCCGAGGGGTGGTGTGGTTAC;SOR=4.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=48;WE=105911647;WS=105911629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	105916420	rs4983409	C	T	8819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=184;NR=129;PP=2965;SC=AAATGGAGAACCCGGAAATGG;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=185;TCR=129;TR=313;WE=105916428;WS=105916410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr14	105924538	rs7492915	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=696;SC=CCCCGCACCCGGGGAGGAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=105924546;WS=105924528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	105924786	rs4074001	G	A	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=62;PP=1859;SC=GGTGGGTGTTGGGGACGTGAC;SOR=2.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=86;WE=105924794;WS=105924776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	105929443	rs7143366	C	T	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=7;PP=2153;SC=GCCTTCTGGCCGCAGCCCTGC;SOR=3.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=80;TCR=7;TR=87;WE=105929451;WS=105929433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	105930923	rs11845995	G	A	5664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=83;PP=2965;SC=GGGGACACCCGCCCTGCCTGC;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=108;TCR=83;TR=191;WE=105930931;WS=105930913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr14	105931315	rs67940422	GTCC	G	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=-1.368;SC=GGAGCCCCACGTCCTCCTCGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=3;WE=105931325;WS=105931305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	105931585	rs4983339	A	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.03;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr14	105935721	rs10150545	A	G	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=17;PP=1364;SC=CCATTGTCCCAAGGTGGCTGA;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=105935729;WS=105935711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	105935824	rs13707	G	A	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=121;NR=101;PP=2965;SC=CCACGGACAGGCCAGGCACAT;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=121;TCR=101;TR=222;WE=105935832;WS=105935814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr14	105936064	rs10150915	A	G	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=132;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=585;SC=GGTCCGTGTAACTCACTGGGG;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=105936072;WS=105936054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	105936100	rs144496498	A	ACCTTGGCTGGTGGCC	2784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=8;PP=2900;SC=CAGGCACAGCACCTCCCAGCG;SOR=2.448;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=22;WE=105936108;WS=105936090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	105945891	rs11849001	C	T	6739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=101;NR=144;PP=2965;SC=TCCACTGTTCCCCCGACCCAC;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=101;TCR=144;TR=245;WE=105945913;WS=105945881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr14	105953474	rs7160858	G	T	175.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=2;PP=125;SC=CGAGGGGCGGGGTCTCCAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=105953482;WS=105953464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	105953595	rs7140395	T	C	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=25;PP=1043;SC=CCCGGAGCCGTCATGCCCAAG;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=62;WE=105953603;WS=105953585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	105954705	rs55633823	C	T	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=59;PP=1224;ReadPosRankSum=2.166;SC=CCCTGCTACGCAGCCATGTTT;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=85;TCR=114;TR=103;WE=105954713;WS=105954695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,108:0.51:212
chr14	105960352	rs368147486	T	TG	58.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	105962234	rs7494350	T	C	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=51;PP=2168;SC=GAGCGGGAGCTGCCCAAAACC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=129;WE=105962242;WS=105962224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	105962369	rs7494717	A	G	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=66;PP=1878;SC=ACTGGGCAGCACCCTTGGATC;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=96;WE=105962377;WS=105962359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	105963944	rs4983426	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr14	105963944	.	CT	TC	124	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=124;QD=44.3669687156;SC=TCTGGGGAGGCTCACTGCTGC;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=4;WE=105963953;WS=105963934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr14	105963945	rs4983427	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.339;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr14	105996049	rs10569304	TGCC	T	1827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.01;MQRankSum=1.656;NF=3;NR=30;PP=1282;ReadPosRankSum=0.143;SC=CGCAACTCGGTGCCGCCGCCG;SOR=0.766;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=100;TCF=5;TCR=95;TR=33;WE=105996059;WS=105996039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr14	106054428	rs9972103	C	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.20;QD=33.75;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	106054456	rs61984162	A	G	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=16;PP=1144;SC=TCCTGGCTGGAATTCGTGTAG;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=106054464;WS=106054446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	106066454	rs4983454	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.58;QD=28.84;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	106067618	rs12884681	G	A	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=25;PP=892;SC=TCTTGCCCCCGCGTCCTGGCC;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=106067626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	106091329	rs8015545	G	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.908;NF=7;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=-0.964;SC=TCCTGGTGCAGGACGGTGAGG;SOR=0.132;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=18;WE=106091337;WS=106091319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr14	106091504	rs1042306	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.244;NF=20;NR=17;PP=522;ReadPosRankSum=1.170;SC=AGATCATGAGAGTGTCCTTGG;SOR=0.430;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=37;WE=106091512;WS=106091494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr14	106091555	rs35035896	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;ReadPosRankSum=-2.023;SC=CCCCCAGGAACTCAGGTGCTG;SOR=0.534;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=42;WE=106091563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr14	106091743	rs35171885	CA	C	2110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.111;NF=8;NR=33;PP=1491;ReadPosRankSum=-1.159;SC=GGGAGTTACTCAGATCTGGGA;SOR=0.688;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=19;TCR=72;TR=41;WE=106091751;WS=106091733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,64:0.45:141
chr14	106110137	rs8009156	C	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=5;PP=185;SC=TGCACCTCCACGCCGTCCACG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=106110145;WS=106110127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	106110330	rs8014709	T	C	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=18;PP=861;SC=CCAGCTGGGGTCTGTCCCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=106110338;WS=106110320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	106173790	rs17349690	A	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-5.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=33.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.443;NF=47;NR=34;PP=900;ReadPosRankSum=3.429;SC=GAACCAGCACATCCTTGGGGC;SOR=0.060;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=153;TCF=64;TCR=89;TR=81;WE=106173798;WS=106173780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,80:0.58:137
chr14	106173808	rs371291470	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=6.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=58.957;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.890;NF=0;NR=37;PP=738;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GGCTGAAGCCGCGTGCCAGGC;SOR=6.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=37;WE=106173816;WS=106173798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,30:0.29:103
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chr14	106188230	rs1134590	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.623;NF=15;ReadPosRankSum=0.945;SC=TCTGCTCCCACTCGGCCCTGG;SOR=0.841;Source=Platypus;TCF=43;WE=106188238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr14	106188309	rs11624581	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.115;NF=8;NR=10;PP=295;ReadPosRankSum=1.909;SC=CGTGCTGTGCCGGGCGTCCGG;SOR=0.653;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=18;WE=106188317;WS=106188299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr14	106208082	rs11621259	G	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.86;QD=43.24;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	106208086	rs1045853	A	C	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.18;QD=42.16;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	106209340	rs11552998	T	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=13;PP=505;SC=AGCCCAGGGCTGCTGTGCCCC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=106209348;WS=106209330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	106236128	rs12890621	T	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=8;PP=496;SC=CGTGCTGTTGTACTGCTCCTC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=106236136;WS=106236122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	106236451	rs12895160	T	G	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.22;QD=42.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	106236458	rs11628528	C	T	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.37;QD=44.04;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	106237105	rs2753552	A	G	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.93;NF=46;NR=80;PP=2384;SC=GAGAGAAGGTATCTGAGCTGA;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=46;TCR=80;TR=126;WE=106237113;WS=106237095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	106237642	rs2983777	T	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=11;PP=437;SC=TCACCGGTTCTGGGAAGTAGT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=106237650;WS=106237632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	106237811	rs11621054	C	T	183.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5727;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=58.02;MQRankSum=2.362;NF=3;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=0.207;SC=AGAGGCCCCTCGGTTCTTGTC;SOR=1.402;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=106237819;WS=106237801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr14	106303325	rs3764172	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=300;ReadPosRankSum=1.595;SC=AGAAGACTGGATTCTGTGGCG;SOR=0.673;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=22;WE=106303333;WS=106303315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr14	106303699	rs10139433	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=250;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CCCTGGACCAGCTCTGGCATG;SOR=0.039;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=14;WE=106303707;WS=106303689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr14	106303846	rs1005582	C	T	5387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=83;PP=2965;SC=GTGGACAGGGCGGTCCACAGG;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=110;TCR=83;TR=193;WE=106303854;WS=106303836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr14	106303948	rs1005581	A	G	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=71;PP=2170;SC=GGGGAGGAACAGGGGCTGAGT;SOR=1.266;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=117;WE=106303956;WS=106303938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	106304899	rs762807	G	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=0.497;SC=ACAGATAATGGGAGACACGTG;SOR=0.553;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=17;WE=106304907;WS=106304889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr14	106306841	rs709589	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.314;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=331;ReadPosRankSum=0.643;SC=GTGGTGCTCCCGGGCTGTGGA;SOR=1.169;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=29;WE=106306849;WS=106306831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr14	106307054	rs2753491	C	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=8;PP=220;SC=AGGCTGTCAGCCTCTGGCCAC;SOR=1.473;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=13;WE=106307062;WS=106307044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	106307418	rs2753492	G	A	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.146;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1535;ReadPosRankSum=0.896;SC=GGACCTTCCCGGCCACCTCCC;SOR=0.737;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=230;TCF=118;TCR=112;TR=113;WE=106307426;WS=106307408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,124:0.50:246
chr14	106308199	rs77773513	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=624;ReadPosRankSum=0.920;SC=GTCCGGGGCCCATCCACATAA;SOR=0.620;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=37;WE=106308207;WS=106308189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr14	106311030	rs12589570	GT	AC	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=9;PP=808;SC=GGTCCGTTCAGTGTCCCTCTC;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=25;WE=106311039;WS=106311020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	106311374	rs2856940	A	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	106318248	rs1059713	A	T	5792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=103;PP=2965;SC=ACCCGGAGGCAGCGCCCCTTT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=204;WE=106318256;WS=106318238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr14	106318440	rs2256589	T	C	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.56;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	106318450	rs2753504	G	A	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	106321119	.	G	A	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1183;ReadPosRankSum=0.577;SC=CATCCTCGCAGATGCTGGCCT;SOR=0.624;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=109;TCR=94;TR=92;WE=106321127;WS=106321109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,99:0.45:219
chr14	106321590	rs12365	C	A	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=24;PP=1527;SC=CTCACCGGGGCCACACATGGA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=79;WE=106321598;WS=106321580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	106329435	rs1950943	T	G	6120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=48;PP=2519;ReadPosRankSum=1.494;SC=GTGGTCCCTTTGCCCCAGACG;SOR=0.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=130;WE=106329443;WS=106329425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
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chr14	106330370	rs2857384	G	A	13571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=248;NR=241;PP=2965;SC=TTTCCCCCCAGAAATGCAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=491;TCF=249;TCR=242;TR=489;WE=106330378;WS=106330360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr14	106346740	rs2244932	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.979;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CCCGGCCCCCATCCTCACCAT;SOR=0.039;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=7;WE=106346748;WS=106346730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr14	106347467	rs2516984	A	C	8262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=147;PP=2965;SC=GGGGCCTTCCATTGCTGGGCT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=149;TCR=147;TR=296;WE=106347475;WS=106347457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr14	106357524	rs184678416	G	C	3248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=56;PP=2182;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GCTGACTTGGGACGGGGTTTC;SOR=0.416;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=261;TCF=165;TCR=96;TR=141;WE=106357532;WS=106357514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,149:0.54:276
chr14	106359259	rs2857366	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr14	106361418	rs2753533	T	C	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=50;PP=2118;SC=CGATCAAAATTGTAACATGGC;SOR=0.953;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=126;WE=106361426;WS=106361408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	106361561	rs61993631	GC	AT	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.73;QD=44.27;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	106361564	rs61993633	A	T	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.62;QD=47.54;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	106369534	rs2516960	A	G	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=62;PP=1580;ReadPosRankSum=0.423;SC=GTGGCCAGAGACCTTTCCCAC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=83;TCR=129;TR=101;WE=106369542;WS=106369524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,110:0.48:228
chr14	106370437	rs79874727	G	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=243;ReadPosRankSum=0.452;SC=GGGGAAACCCGGGATGTCCGG;SOR=0.558;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=18;WE=106370445;WS=106370427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr14	106370603	rs2857350	G	C	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=363;ReadPosRankSum=-1.280;SC=AAACCTACCGGCAGGCCTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=30;WE=106370611;WS=106370593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr14	106380174	rs2157630	C	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;QD=25.30;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	106385198	rs79497195	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=0.040;SC=CCTGGTCCCCGTCCTCACCAT;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=106385206;WS=106385188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	106385245	rs2857332	C	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=126;ReadPosRankSum=0.312;SC=TGTGCTCTGGCTGCTGGGGGT;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=12;WE=106385253;WS=106385235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr14	106385332	rs2250700	G	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr14	106388588	rs2516944	A	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=-0.485;SC=GACAACCCCAAATTCAGACCT;SOR=0.616;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=9;WE=106388596;WS=106388578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr14	106436780	rs67875134	A	G	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=72;PP=2179;SC=TCCATCTTGCATATAAACGTT;SOR=1.210;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=124;WE=106436788;WS=106436770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	106437077	rs112830936	C	T	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=46;PP=2176;ReadPosRankSum=0.431;SC=TTCAAAAACACACCGGCCTGA;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=183;TCF=65;TCR=118;TR=75;WE=106437088;WS=106437067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,84:0.43:197
chr14	106437080	rs72715495	C	T	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=0.168;SC=AAAAACACACCGGCCTGAATG;SOR=0.950;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=175;TCF=62;TCR=113;TR=101;WE=106437088;WS=106437067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,106:0.56:189
chr14	106452628	rs7144717	T	G	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=18;PP=1911;SC=CCTCCTCCCTTGGGTTTCTGA;SOR=2.331;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=80;WE=106452636;WS=106452618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	106452766	rs112806369	T	A	11130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=202;NR=188;PP=2965;SC=ATGGTGACCCTGCCCTGAAAC;SOR=0.774;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=416;TCF=219;TCR=197;TR=390;WE=106452774;WS=106452756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr14	106471268	rs1143505	A	G	12634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;MQRankSum=6.298;QD=44.49;ReadPosRankSum=1.396;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,282:0.99:284
chr14	106471273	rs77346190	C	T	12776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=4.430;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;MQRankSum=4.694;QD=43.46;ReadPosRankSum=0.701;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr14	106471353	rs34069216	C	T	13241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=246;NR=218;PP=2965;SC=CCCTGGAACTCCTGTGAATAT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=471;TCF=251;TCR=220;TR=464;WE=106471361;WS=106471343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr14	106471388	rs34874585	C	A	15548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=241;NR=248;PP=2965;SC=GCCAGCGTTGCTCCATCCCAT;SOR=0.753;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=509;TCF=261;TCR=248;TR=489;WE=106471396;WS=106471378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr14	106471410	rs200773107	T	C	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FS=7.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-5.287;QD=2.18;ReadPosRankSum=-6.980;SOR=1.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:479,60:0.11:539
chr14	106471417	rs201932522	G	A	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=11.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-6.869;QD=2.79;ReadPosRankSum=-4.607;SOR=1.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:463,67:0.13:530
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chr14	106471580	rs56320742	GC	TT	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=48;PP=2947;SC=GTGGATGGAAGCCCCCTTGAC;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=87;WE=106471603;WS=106471570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	106471595	rs34652473	T	C	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=46;PP=1963;SC=CTTGACTGGCTTCGATCCCTT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=106471603;WS=106471570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	106471689	rs56372013	A	C	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=46;PP=1291;SC=CATGGTGAGGAGTTGTGCTCT;SOR=0.992;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=86;WE=106471697;WS=106471679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	106478137	rs147818197	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.70;MQRankSum=1.551;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
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chr14	106478334	rs78574933	T	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=24.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr14	106478401	rs78225485	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.70;QD=26.16;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	106494269	rs12895651	T	C	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=69;PP=2937;SC=TTATCATCATTCCAATAAATG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=149;WE=106494277;WS=106494259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	106494503	rs17705658	G	A	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1515;ReadPosRankSum=0.900;SC=TGTTTCACCCGTGAAGGAGTC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=141;TCR=115;TR=113;WE=106494511;WS=106494493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,119:0.43:277
chr14	106518415	rs188349361	C	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=22.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQRankSum=-2.520;QD=0.35;ReadPosRankSum=1.957;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,25:0.14:184
chr14	106518418	rs113047412	A	G	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.355;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.442;NF=52;NR=19;PP=985;ReadPosRankSum=-0.356;SC=AGTAATACACAGCCGTGTCCT;SOR=1.312;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=193;TCF=127;TCR=66;TR=71;WE=106518426;WS=106518405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,71:0.38:189
chr14	106518848	rs2073679	T	C	4078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.477;NF=72;NR=106;PP=2860;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TCAGCCCCAATTCCATGGTGA;SOR=0.860;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=352;TCF=152;TCR=200;TR=178;WE=106518856;WS=106518838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,186:0.50:374
chr14	106578952	rs11160922	A	T	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=17;PP=1245;SC=TGATTCATTCAACAATCCCTG;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=106578960;WS=106578942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	106586259	rs11625174	T	G	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.319;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1212;ReadPosRankSum=0.460;SC=GGATAGTATGTGTCACCAGCA;SOR=0.653;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=240;TCF=133;TCR=107;TR=92;WE=106586267;WS=106586249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,96:0.38:256
chr14	106667902	rs58794564	A	AC	11980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=130;PP=2936;SC=ACACAGAGACACCTGGTCAGA;SOR=0.711;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=198;TCF=59;TCR=139;TR=188;WE=106667910;WS=106667892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr14	106691778	rs4470054	T	A	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=7.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-19.955;QD=4.05;ReadPosRankSum=5.577;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:457,88:0.16:545
chr14	106691796	.	GTAA	G	1555.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=575;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-20.342;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.938;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:497,74:0.13:571
chr14	106691800	.	C	G	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-20.464;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.887;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:498,74:0.13:572
chr14	106725517	rs140098248	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=20.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQRankSum=-4.785;QD=0.86;ReadPosRankSum=-2.551;SOR=1.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,33:0.09:383
chr14	106725521	rs143792912	A	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=21.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQRankSum=-4.608;QD=1.20;ReadPosRankSum=-2.246;SOR=1.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,35:0.09:388
chr14	106725523	rs146848049	C	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=17.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQRankSum=-4.985;QD=1.68;ReadPosRankSum=-2.360;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,38:0.10:397
chr14	106725538	rs71416657	G	T	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=4.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-5.730;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,54:0.12:434
chr14	106725545	rs184685096	GT	AA	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-7.063;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,60:0.13:449
chr14	106725558	.	C	A	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-8.466;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:393,67:0.15:460
chr14	106725574	rs12433829	T	C	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-13.730;QD=3.68;ReadPosRankSum=4.197;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,70:0.15:453
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chr14	106725647	.	A	ATG	707.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=13.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-10.023;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.396;SOR=1.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,35:0.14:257
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chr14	106733463	rs116472681	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=14.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-3.635;QD=2.47;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,13:0.13:99
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chr14	106733532	rs116710349	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.716;NF=13;NR=13;PP=678;ReadPosRankSum=-1.551;SC=GGATTCTCTTGCCTGTAGCTG;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=26;WE=106733540;WS=106733510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr14	106733555	rs8013154	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-3.483;NF=14;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=0.046;SC=GCCACCAAGAAGAGGATCCTC;SOR=0.869;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=29;WE=106733563;WS=106733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,34:0.30:114
chr14	106733593	rs4511432	G	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.575;NF=12;NR=15;PP=265;ReadPosRankSum=0.581;SC=GAGGTGCTGCGCTCTGGGGGC;SOR=1.112;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=27;WE=106733601;WS=106733583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr14	106733638	rs8013719	G	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-3.281;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr14	106733653	rs114563889	A	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-3.859;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr14	106733679	rs116541104	G	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-3.549;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr14	106733682	rs114939362	G	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-3.549;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr14	106758201	rs2073677	G	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=-0.336;SC=TACTCTATGGGGTGCACTCAG;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=15;WE=106758209;WS=106758191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr14	106780634	rs34629512	G	A	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1360;ReadPosRankSum=0.733;SC=GTTGTAGTAGGTGCTCCCACT;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=88;WE=106780642;WS=106780624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,89:0.60:149
chr14	106780817	rs8009554	A	C	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=63;PP=1999;SC=GGACAGGACCACTGTGAACAG;SOR=2.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=86;WE=106780825;WS=106780807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	106791006	rs10148365	C	T	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.285;NF=97;NR=57;PP=2316;ReadPosRankSum=0.106;SC=CACTGTGTCTCTCGCACAGTA;SOR=0.491;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=241;TCF=156;TCR=85;TR=154;WE=106791014;WS=106790996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,155:0.63:245
chr14	106791119	rs4502119	A	G	4042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.806;NF=93;NR=98;PP=2579;ReadPosRankSum=0.551;SC=CGGAGTCTGCATAGTATTTAT;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=413;TCF=202;TCR=211;TR=191;WE=106791132;WS=106791109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,198:0.46:431
chr14	106791200	rs8017285	GC	AG	4467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.614;NF=48;NR=64;PP=2944;ReadPosRankSum=0.915;SC=CCCAGTGCATGCCATAGCTAC;SOR=0.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=248;TCF=111;TCR=137;TR=112;WE=106791209;WS=106791179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,117:0.48:243
chr14	106805278	rs61739320	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.247;NF=5;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=0.274;SC=ACTGGTTCTTAGACGTGTCTA;SOR=0.188;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=8;WE=106805286;WS=106805268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr14	106805386	rs199616126	G	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=7.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-9.355;QD=0.59;ReadPosRankSum=-1.363;SOR=2.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,9:0.09:101
chr14	106805402	rs117757529	T	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=8.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-6.972;QD=0.39;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=1.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,12:0.12:104
chr14	106805439	rs142283571	T	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=25.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=-4.875;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.015;SOR=2.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,18:0.23:78
chr14	106805440	rs6576153	A	G	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=37;PP=751;SC=CAGAGACAGTACAGGTGAGGG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=77;WE=106805448;WS=106805429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	106805508	rs4462488	G	A	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=36;PP=1098;SC=TGCACCTGGGGCAGGACCCCT;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=106805516;WS=106805498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr14	106815868	rs111734923	C	A	5617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=7.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-4.997;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,153:0.43:354
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chr14	106866565	rs58308167	C	A	11119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.260;NF=232;NR=233;PP=2962;ReadPosRankSum=0.204;SC=CCCACTCCAGCCCCTTCCCTG;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=692;TCF=339;TCR=353;TR=465;WE=106866573;WS=106866555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,493:0.67:732
chr14	106866588	rs73379082	T	C	4334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.137;NF=102;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=2.572;SC=GCCTGGCGGATCCAGCTCATC;SOR=0.614;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=566;TCF=261;TCR=305;TR=209;WE=106866596;WS=106866578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,220:0.37:593
chr14	106866654	rs111799426	T	C	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-10.469;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,112:0.29:388
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chr14	106866810	rs73379088	C	T	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=3.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-4.165;QD=4.92;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,136:0.29:469
chr14	106866822	rs113233536	C	G	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=4.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-6.529;QD=5.10;ReadPosRankSum=0.639;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,127:0.29:434
chr14	106866865	rs201138265	G	C	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-7.367;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,68:0.26:260
chr14	106866869	rs201249856	G	A	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-7.311;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,65:0.27:245
chr14	106866891	rs200498236	G	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=4.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-8.242;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,35:0.23:153
chr14	106866893	rs201066866	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=3.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-8.747;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,30:0.21:143
chr14	106877300	rs17112731	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=315;ReadPosRankSum=0.960;SC=CAGGAAAGTTCTTAGTAATTG;SOR=0.941;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=16;WE=106877308;WS=106877290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr14	106877390	rs11847522	C	G	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.155;NF=49;NR=33;PP=1205;ReadPosRankSum=0.737;SC=TAGAACCACACACAATAAAGA;SOR=0.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=82;WE=106877399;WS=106877380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,110:0.60:182
chr14	106877445	rs60581578	C	T	7817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=51;PP=1861;SC=AGGAGGGAGACGACTGAGAAG;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=95;WE=106877455;WS=106877435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr14	106877447	rs57593057	A	ATGATCT	7912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=49;PP=2957;SC=GAGGGAGACGACTGAGAAGAT;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=66;WE=106877455;WS=106877435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	106877519	rs11847538	A	G	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.285;NF=18;NR=26;PP=729;ReadPosRankSum=1.717;SC=TGAGCTCCGCACGCCCCCTGC;SOR=1.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=44;WE=106877527;WS=106877509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr14	106877535	rs73367258	C	G	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.512;NF=16;NR=24;PP=589;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CCTGCTGGCCCTGAGCTGCAC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=40;WE=106877543;WS=106877525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr14	106877551	rs8020298	A	C	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.30;QD=38.44;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	106877551	.	ACCGC	CCCGC,CCGGT	1198	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=24;MQ=58.42;NF=23,7;NR=34,16;PP=1198,957;QD=21.6275651324;SC=TGCACCTGCGACCGCCCCCTC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=57,23;WE=106877563;WS=106877540;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.92:62
chr14	106877553	rs376141717	C	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-1.369;QD=19.57;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=1.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr14	106877555	rs369946732	C	T	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-0.971;QD=18.72;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=1.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr14	106877583	rs34443934	T	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.216;NF=8;NR=8;PP=225;ReadPosRankSum=-2.692;SC=AGGGAGGTTTTTGTCTGGGCT;SOR=0.772;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=16;WE=106877591;WS=106877573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr14	106877618	rs11847658	G	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.109;NF=10;NR=3;PP=239;ReadPosRankSum=-1.944;SC=CTCACTGTGTGTCTCGCACAG;SOR=1.883;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=13;WE=106877626;WS=106877608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr14	106877637	rs11847603	A	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.606;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.981;NF=18;NR=5;PP=381;ReadPosRankSum=-0.620;SC=AGTAATACACAGCCGTGTCTG;SOR=1.739;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=23;WE=106877645;WS=106877627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr14	106877700	rs11847691	G	T	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.403;NF=54;NR=23;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.373;SC=ACGTGTCTACGGATATGGTGA;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=76;TCR=33;TR=77;WE=106877708;WS=106877690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,80:0.71:113
chr14	106877753	rs35281264	A	G	4496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.711;NF=107;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.811;SC=CTCCCACTATAATAGATACTC;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=152;TCR=118;TR=189;WE=106877761;WS=106877743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,199:0.70:285
chr14	106877796	rs34195693	G	C	4453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.129;NF=87;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.958;SC=CTGGGGGCTGGCGGATCCAGC;SOR=0.842;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=279;TCF=133;TCR=146;TR=189;WE=106877804;WS=106877786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,200:0.68:296
chr14	106877816	.	AACT	A	2970	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=27;MQ=54.79;NF=11;NR=80;PP=2970;QD=20;SC=CCCCAGTAGTAACTACTACTG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=159;TCF=22;TCR=137;TR=91;WE=106877857;WS=106877806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:68,91:0.57:159
chr14	106877818	rs367947132	CTA	C	6639.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.16;MQRankSum=-6.900;QD=25.06;ReadPosRankSum=2.420;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,170:0.64:265
chr14	106877821	rs371574132	CT	C	6642.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=2.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQRankSum=-6.867;QD=25.16;ReadPosRankSum=2.279;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,170:0.64:264
chr14	106877822	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=28;MQ=55.36;NF=52;NR=80;PP=2962;QD=20;SC=TAGTAACTACTACTGCTGATG;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=232;TCF=101;TCR=131;TR=132;WE=106877857;WS=106877806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:100,132:0.57:232
chr14	106877836	rs143740707	C	T	5692.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQRankSum=-6.728;QD=26.36;ReadPosRankSum=0.407;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,144:0.67:216
chr14	106877836	.	CC	TA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=27;MQ=54.26;NF=49;NR=80;PP=2944;QD=20;SC=GCTGATGGAGCCACCAGAGAC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=201;TCF=82;TCR=119;TR=129;WE=106877857;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:72,129:0.64:201
chr14	106877837	rs145759866	C	A	5692.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=3.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQRankSum=-6.885;QD=26.73;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,141:0.66:213
chr14	106877849	rs113422537	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=13.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.31;MQRankSum=-7.181;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=1.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,31:0.17:178
chr14	106877912	rs74093494	G	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-8.685;NF=6;NR=16;PP=364;ReadPosRankSum=0.766;SC=TGCAGCTGCAGCTGGGACAGG;SOR=2.203;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=22;WE=106877920;WS=106877902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,14:0.17:84
chr14	106877992	rs149478092	C	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=5.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-9.026;QD=1.85;ReadPosRankSum=-3.827;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,9:0.11:83
chr14	106877997	rs146167539	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=7.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQRankSum=-8.347;QD=1.57;ReadPosRankSum=-3.096;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,9:0.11:81
chr14	106877998	rs200498092	A	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-8.185;QD=1.63;ReadPosRankSum=-3.225;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,9:0.12:78
chr14	106878001	rs139240393	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-7.960;QD=2.45;ReadPosRankSum=-2.543;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,8:0.11:75
chr14	106878020	rs113892460	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-7.254;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,13:0.16:82
chr14	106878038	rs113208890	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-5.892;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,14:0.20:69
chr14	106878056	rs4774113	T	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.279;NF=5;NR=7;PP=868;ReadPosRankSum=3.555;SC=GGTGCTTCATTTTCTTGCACA;SOR=0.492;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=12;WE=106878079;WS=106878046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr14	106878067	rs4774114	T	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-5.067;QD=6.92;ReadPosRankSum=3.234;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr14	106878071	rs4774115	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-4.957;QD=7.24;ReadPosRankSum=2.976;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr14	106878131	rs34777410	G	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.451;NF=3;NR=7;PP=160;ReadPosRankSum=0.282;SC=GGAAATGTGTGGTGGCTTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=10;WE=106878139;WS=106878121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr14	106878169	rs35934377	G	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.60;ReadPosRankSum=0.566;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	106878179	rs34552883	G	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.819;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	106922048	rs140769652	A	AT	675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=1586;ReadPosRankSum=3.043;SC=TGGAAATTGCATATTTAGGCT;SOR=1.308;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=25;WE=106922060;WS=106922042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr14	106922052	rs10782500	T	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=799;ReadPosRankSum=-2.957;SC=AATTGCATATTTAGGCTATTT;SOR=0.343;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=42;TCR=0;TR=15;WE=106922060;WS=106922042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr14	106922090	rs115402676	T	C	2493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.02;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr14	106922091	rs116801123	G	A	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.12;ReadPosRankSum=-1.508;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr14	106922093	rs113887627	T	C	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.68;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,61:0.60:102
chr14	106922094	rs369957951	T	A	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,34:0.33:103
chr14	106922099	rs150390470	C	CA	2602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.910;NF=39;NR=7;PP=2933;ReadPosRankSum=0.346;SC=TTGATTGAGCCAGCTCCTTGG;SOR=0.855;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=92;TCF=74;TCR=18;TR=46;WE=106922107;WS=106922080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,64:0.56:115
chr14	106922368	rs6576168	C	T	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=112;PP=2965;SC=AGTAAAAACACAGGACTCATA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=44;TCR=112;TR=156;WE=106922376;WS=106922358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	106922411	rs8016915	A	C	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=39;PP=953;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TTTATTACAGAAAAATGATAC;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=43;WE=106922419;WS=106922401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr14	106922435	rs8018413	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=635;ReadPosRankSum=1.155;SC=TTAAAATAAGTAAAGACAAAA;SOR=1.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=26;WE=106922443;WS=106922425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr14	106926107	rs7401587	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.528;NF=21;NR=5;PP=423;ReadPosRankSum=0.141;SC=GTGTCTTGAGTGGCCTCTGCA;SOR=0.968;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=26;WE=106926115;WS=106926097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr14	106926145	rs7401516	C	G	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=2;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.124;NF=37;NR=13;PP=2213;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CTTCCTGCAGCGAGGTTTTTG;SOR=1.066;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=50;WE=106926154;WS=106926135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr14	106926146	rs61999675	G	A	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=1;HapScore=3;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=6.062;NF=26;NR=11;PP=1201;ReadPosRankSum=1.525;SC=TTCCTGCAGCGAGGTTTTTGT;SOR=0.406;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=37;WE=106926154;WS=106926135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr14	106926167	rs7401540	G	A	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.67;MQRankSum=-5.420;QD=26.37;ReadPosRankSum=-2.251;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,86:0.63:136
chr14	106926176	rs7401517	C	T	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.462;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.003;NF=76;NR=26;PP=1952;ReadPosRankSum=-2.107;SC=CGCTGACTTCCCCTCACTGTG;SOR=1.112;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=152;TCF=110;TCR=42;TR=102;WE=106926184;WS=106926170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,106:0.66:161
chr14	106926223	rs2467912	T	C	4970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.632;NF=135;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=0.692;SC=GTGTCCTCAGTTCTCAGACTG;SOR=1.225;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=282;TCF=192;TCR=90;TR=191;WE=106926231;WS=106926213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,199:0.67:298
chr14	106926287	rs2467911	G	A	9365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=2.244;SC=TGGTGAATCGGCCCTTCACAG;SOR=0.566;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=630;TCF=361;TCR=269;TR=412;WE=106926295;WS=106926262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,426:0.66:647
chr14	106926311	rs4977158	T	G	5046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.600;SC=CTGCATAGTATGTGCTACCAC;SOR=0.553;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=748;TCF=403;TCR=345;TR=269;WE=106926325;WS=106926301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:500,274:0.35:774
chr14	106926388	rs2467910	T	C	9548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=217;PP=2962;ReadPosRankSum=1.631;SC=CAGTGCATGGTATAATCATCA;SOR=0.731;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=622;TCF=290;TCR=332;TR=401;WE=106926396;WS=106926378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,415:0.65:643
chr14	106937467	.	G	GC	244.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=239;SC=ACTTTGAGAGGCAAGGTGGGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=106937475;WS=106937457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	106940552	rs4977154	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=4.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.47;MQRankSum=-0.885;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,17:0.19:91
chr14	106963326	rs12884037	G	A	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=873;ReadPosRankSum=-0.102;SC=CTTACCTGTGGCTGCTGCCAC;SOR=0.842;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=64;WE=106963334;WS=106963316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr14	106967052	rs11848941	C	A	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.839;NF=47;NR=15;PP=928;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CTGTGTCTCTCGCACAGTAAT;SOR=1.442;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=158;TCF=107;TCR=51;TR=62;WE=106967060;WS=106967042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,67:0.41:165
chr14	107013129	rs2073674	A	C	10141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=183;PP=2965;SC=GCCTGGCGGAACCAGCTCATA;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=172;TCR=183;TR=355;WE=107013137;WS=107013119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr14	107034659	.	A	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-4.346;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr14	107034665	.	TCA	T	600.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-4.728;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr14	107034668	.	T	TCC	558.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.473;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-4.728;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr14	107034679	rs370585113	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-3.861;QD=8.20;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr14	107034681	.	G	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-3.898;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.751;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr14	107034705	rs200210193	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-2.899;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr14	107034705	.	GGG	AGT	720	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=28;MQ=59.57;NF=11;NR=6;PP=720;QD=45.498110286;SC=AGACGGGCTCGGGGCTGGTTT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=17;WE=107034715;WS=107034695;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:51,17:0.25:68
chr14	107034707	rs201053767	G	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-2.382;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.396;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr14	107034789	rs72686840	G	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,40:0.21:193
chr14	107034807	rs72686841	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=3.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,44:0.20:218
chr14	107034822	rs199503234	C	G	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,52:0.22:235
chr14	107034846	rs199610746	TC	GT	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-3.633;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,73:0.23:312
chr14	107034854	rs201350766	C	A	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-3.610;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,73:0.24:309
chr14	107034863	rs199809351	C	T	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=2.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-3.670;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,73:0.23:317
chr14	107034869	rs200774123	AG	CA	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=2.234;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-3.575;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,76:0.24:317
chr14	107034873	rs199524561	GA	CC	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-3.519;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,81:0.25:330
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chr14	107082879	rs59681319	C	CG	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.34;QD=47.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr14	107082889	rs4043174	A	ATTT	791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.07;QD=43.99;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	107082897	rs2337902	T	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.16;QD=43.86;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr14	107113855	rs111637096	A	G	4223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FS=2.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-8.379;QD=7.11;ReadPosRankSum=2.639;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:459,135:0.23:594
chr14	107113858	rs111853090	A	G	4292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=2.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-8.100;QD=7.20;ReadPosRankSum=2.346;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:459,137:0.23:596
chr14	107113968	rs113324720	C	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=4.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=2.669;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.902;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,64:0.23:283
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chr14	107170077	rs11845244	C	T	7211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=634;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.987;NF=97;NR=110;PP=2638;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GGGATGATCCCTCCCATCCAC;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=616;TCF=299;TCR=317;TR=207;WE=107170085;WS=107170067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:419,212:0.34:631
chr14	107170128	rs11558005	C	T	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.985;NF=61;NR=82;PP=1756;ReadPosRankSum=-0.617;SC=CAGCTGATAGCATAGCTGCTG;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=420;TCF=183;TCR=237;TR=143;WE=107170136;WS=107170118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,145:0.34:431
chr14	107170207	rs11845287	C	T	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.702;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=2549;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CAGCCCCAGACTGCACCAGCT;SOR=0.456;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=218;TCF=91;TCR=127;TR=83;WE=107170227;WS=107170197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,90:0.39:233
chr14	107170219	rs2187989	C	G	3176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=42;PP=2549;ReadPosRankSum=0.248;SC=GCACCAGCTGCACCTGGGACT;SOR=0.438;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=211;TCF=93;TCR=118;TR=79;WE=107170227;WS=107170197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,87:0.38:228
chr14	107170398	rs4448834	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=965;ReadPosRankSum=0.321;SC=GGGGCTTCTTCAGAGGAGGAA;SOR=1.306;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=65;WE=107170418;WS=107170388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,67:0.71:95
chr14	107170410	rs10220412	G	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr14	107178795	rs10144331	A	G	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=22;PP=2160;SC=TTGTACAGGAAGCGCCCTGGG;SOR=1.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=92;WE=107178803;WS=107178785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	107178832	rs10144402	A	G	5968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=61;PP=2965;SC=TCCGTGCACAATAATACGTGG;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=118;TCR=61;TR=179;WE=107178840;WS=107178822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr14	107178941	rs10133751	T	A	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=74;PP=1566;ReadPosRankSum=0.325;SC=TGTGCTGTAGTATTTATCATC;SOR=0.838;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=430;TCF=210;TCR=220;TR=136;WE=107178949;WS=107178931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,147:0.33:451
chr14	107178965	rs2073669	A	C	5861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=1.376;SC=CCAATCAATGAGTGCAAGCCA;SOR=0.755;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=384;TCF=180;TCR=204;TR=247;WE=107178973;WS=107178955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,265:0.66:403
chr14	107179017	rs61732209	A	G	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=968;ReadPosRankSum=-1.118;SC=CAGCTCACACACATTCCACTA;SOR=0.837;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=266;TCF=115;TCR=151;TR=79;WE=107179025;WS=107179007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,85:0.30:283
chr14	107179106	rs10144703	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.347;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=692;ReadPosRankSum=0.275;SC=ACCAGACTCCCTCAAGGTGAC;SOR=1.399;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=45;WE=107179114;WS=107179096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,43:0.29:149
chr14	107179268	rs10144801	A	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=929;ReadPosRankSum=0.490;SC=TCCATGGTGGAGAGCAGGATT;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=243;TCF=98;TCR=145;TR=73;WE=107179276;WS=107179258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,78:0.31:251
chr14	107198866	rs1987970	T	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=9;PP=864;SC=CCGCCCCCTGTTGGCCCCACG;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=107198874;WS=107198856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	107211211	rs2073668	G	A	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.227;NF=68;NR=57;PP=2011;ReadPosRankSum=1.828;SC=AGCCTCCCCCGGACTCCACCA;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=231;TCF=127;TCR=104;TR=125;WE=107211219;WS=107211195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,125:0.53:234
chr14	107259782	rs201707042	A	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=8.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-8.075;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,22:0.17:132
chr14	107259787	rs199655081	A	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=6.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-8.075;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.816;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,23:0.18:128
chr14	107259850	.	G	A	196	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=26;MQ=58.69;NF=7;NR=11;PP=196;QD=12.8206229193;SC=GTTTAAGTGGGGAGGCCCCCA;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=18;WE=107259858;WS=107259840;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:37,18:0.33:55
chr14	107259865	.	A	C	198	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MMLQ=26;MQ=58.84;NF=6;NR=10;PP=198;QD=14.5482007842;SC=CCCCCACTTGAATTTGCATAG;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=16;WE=107259873;WS=107259855;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr14	107259887	.	G	A	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=28;MQ=58.89;NF=0;NR=6;PP=59;QD=15.6285354245;SC=TGCCGCCCTGGCCTGAAGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=6;WE=107259895;WS=107259877;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,6:0.32:19
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chr15	20448056	rs8024950	A	G	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.98;QD=28.80;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr15	20450435	rs67775629	AC	A	19124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=6.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.968;NF=11;NR=437;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AAGAGGTTGGACGTTCTCTTT;SOR=1.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=517;TCF=14;TCR=503;TR=448;WE=20450443;WS=20450425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,522:0.89:585
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chr15	20456640	rs8041606	A	C	17659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-1.307;NF=396;NR=275;PP=2965;ReadPosRankSum=1.339;SC=CCTGGTGGTCAATGAGGAGGA;SOR=0.503;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=726;TCF=432;TCR=294;TR=671;WE=20456648;WS=20456630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:45,680:0.94:725
chr15	20456740	rs2954579	A	G	34170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.390;NF=661;NR=641;PP=2965;ReadPosRankSum=0.949;SC=CTCTTTCACCAGCGCCTGGCT;SOR=0.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1306;TCF=663;TCR=643;TR=1302;WE=20456748;WS=20456730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1296:1.00:1297
chr15	20457155	rs11856094	A	C	19986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.58;MQRankSum=-7.107;QD=40.46;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:26,468:0.95:494
chr15	20457155	.	ACC	CCT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=42.93;NF=398;NR=144;PP=2947;QD=20;SC=GCCAGCATTTACCGCCCACTC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=607;TCF=448;TCR=159;TR=542;WE=20457165;WS=20457154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:65,542:0.89:607
chr15	20457157	rs11854770	C	T	19986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=3.453;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.87;MQRankSum=-7.014;QD=38.96;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:26,487:0.95:513
chr15	20457291	rs6599891	T	C	71318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.692;NF=1519;NR=1269;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.076;SC=TGGGCTTGTGTAAGCATCATT;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=2795;TCF=1523;TCR=1272;TR=2788;WE=20457299;WS=20457281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2518:1.00:2520
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chr15	20476985	rs75913568	C	T	128630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=6068;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.383;NF=3017;NR=2296;PP=2965;ReadPosRankSum=0.482;SC=TCAGGGGAACCGTAAATGCCT;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6017;TCF=3415;TCR=2602;TR=5313;WE=20477002;WS=20476967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:700,5342:0.88:6042
chr15	20482082	.	C	T	41740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DP=1939;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.211;NF=715;NR=1008;PP=2965;ReadPosRankSum=0.335;SC=CAGCTCCAGCCGCACTTGTTC;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1920;TCF=798;TCR=1122;TR=1723;WE=20482090;WS=20482066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,1735:0.90:1929
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chr15	20588571	rs113432051	T	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=8.239;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.58;MQRankSum=-0.180;QD=35.44;ReadPosRankSum=0.534;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr15	20588693	rs74318793	C	T	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=31;PP=1018;SC=CCAAAAACAACATCTGGACAT;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=20588701;WS=20588683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	20614087	rs57902346	G	A	12025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=362;PP=2965;ReadPosRankSum=0.182;SC=ATCTGAGAAGGTTCTTTTGTG;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=458;TCF=65;TCR=393;TR=421;WE=20614095;WS=20614077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:37,427:0.92:464
chr15	20874897	rs7497658	A	G	55244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.041;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-2.166;NF=1205;NR=1117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.981;SC=CCTATTCTGCATATGGTGGTG;SOR=0.555;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=2507;TCF=1308;TCR=1199;TR=2322;WE=20874935;WS=20874887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:188,2335:0.93:2523
chr15	20874927	rs62000629	T	A	45044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.048;NF=873;NR=1047;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.525;SC=GCAGTTCCAATAAATTCAGCA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=2318;TCF=1058;TCR=1260;TR=1920;WE=20874935;WS=20874887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,1928:0.83:2329
chr15	20876515	rs6422240	A	G	48032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-5.322;NF=933;NR=1014;PP=2965;ReadPosRankSum=0.494;SC=CAGCAAAGGTACTCCATGAGA;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=2133;TCF=1026;TCR=1107;TR=1947;WE=20876523;WS=20876505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:184,1953:0.91:2137
chr15	21145489	rs61998326	A	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.189;NF=5;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=0.328;SC=CGAGGCTGGAATAGTGCAACT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=21145511;WS=21145479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	21145503	rs74912473	G	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.62;QD=31.68;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	22319148	rs71455753	C	G	60903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.558;NF=1251;NR=995;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.378;SC=AGCATAGGAACAAAGGATAAA;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=2370;TCF=1317;TCR=1053;TR=2246;WE=22319163;WS=22319138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:118,2272:0.95:2390
chr15	22319565	rs4779265	G	A	62281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.688;NF=905;NR=1461;PP=2965;ReadPosRankSum=0.934;SC=TTTAGTTGCAGTAACATAACA;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=2506;TCF=964;TCR=1542;TR=2366;WE=22319573;WS=22319555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:134,2395:0.95:2529
chr15	22332751	rs930109	T	C	58609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=2051;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1084;NR=948;PP=2965;SC=TGAGATGTTTTTGCTGACAGT;SOR=0.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=2035;TCF=1087;TCR=948;TR=2032;WE=22332759;WS=22332741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2048:1.00:2048
chr15	22333041	rs112228926	G	A	34447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1670;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.497;NF=774;NR=662;PP=2962;ReadPosRankSum=0.549;SC=TCTCTTGTCTGCTTCTTGGTC;SOR=0.615;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1656;TCF=898;TCR=758;TR=1436;WE=22333049;WS=22333031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,1442:0.87:1661
chr15	22344871	rs28571003	A	G	45582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2124;ExcessHet=3.0103;FS=0.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQRankSum=-5.773;QD=21.56;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,1882:0.89:2114
chr15	22344879	rs1366870	C	G	75503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1955;ExcessHet=3.0103;FS=2.368;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.35;MQRankSum=-9.837;QD=38.76;ReadPosRankSum=1.207;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:143,1805:0.93:1948
chr15	22344951	rs1366871	T	C	14644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=17.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=84.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.05;MQRankSum=-20.765;QD=24.74;ReadPosRankSum=0.339;SOR=4.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,472:0.80:592
chr15	22345038	rs1429471	T	C	3941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=54.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQRankSum=-15.799;QD=10.35;ReadPosRankSum=-2.910;SOR=1.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,158:0.41:381
chr15	22345097	rs12440831	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FS=17.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.03;MQRankSum=7.707;QD=0.34;ReadPosRankSum=-2.319;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:598,77:0.11:675
chr15	22345178	rs61690271	C	A	17721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.395;NF=437;NR=543;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AGGTTATAGACCATTACTTTT;SOR=0.511;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1098;TCF=483;TCR=615;TR=980;WE=22345186;WS=22345168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,713:0.88:811
chr15	22369248	rs491208	T	C	102753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3810;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.39;MQRankSum=-23.675;QD=27.01;ReadPosRankSum=3.066;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:171,3633:0.96:3804
chr15	22369426	rs4087943	G	A	126151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=5181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.262;NF=2123;NR=2732;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TTCCCTTTACGTAATCCCATT;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=5143;TCF=2246;TCR=2897;TR=4855;WE=22369434;WS=22369410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:282,4870:0.95:5152
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chr15	22382739	rs2671839	A	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.94;QD=33.82;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	22382821	rs12438969	G	C	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=0.118;QD=18.77;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,76:0.47:160
chr15	22382828	rs62006709	C	A	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQRankSum=0.094;QD=17.95;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,91:0.51:179
chr15	22383064	rs12441468	C	A	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-4.299;QD=21.19;ReadPosRankSum=2.383;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr15	22383064	.	CTA	ATG	1432	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=57.8;NF=27;NR=12;PP=1432;QD=38.0889198683;SC=GGTGGAGCTTCTAATGGTCTT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=39;WE=22383074;WS=22383054;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:38,39:0.51:77
chr15	22383066	rs559754	A	G	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-4.604;QD=19.42;ReadPosRankSum=2.498;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr15	22413700	rs267612	A	G	21636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.41;MQRankSum=-16.702;QD=30.69;ReadPosRankSum=0.161;SOR=1.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:39,666:0.94:705
chr15	22413940	rs7167256	T	C	43465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.622;NF=594;NR=1018;PP=2965;ReadPosRankSum=0.806;SC=ATTATCCAGGTGGTCCTCATC;SOR=0.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1657;TCF=612;TCR=1045;TR=1612;WE=22413948;WS=22413930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:39,1595:0.98:1634
chr15	22414262	rs1429510	C	T	151826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=5847;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-8.207;NF=2504;NR=3232;PP=2965;ReadPosRankSum=1.057;SC=CTTTCCCAGCCGACAAGGTGG;SOR=0.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TR=5736;WE=22414270;WS=22414252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:155,5683:0.97:5838
chr15	22414393	rs113528096	CA	C	689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FS=3.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-4.345;QD=1.46;ReadPosRankSum=-1.297;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,93:0.20:473
chr15	22466002	rs4779314	C	T	41533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.421;NF=1076;NR=413;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.436;SC=GCCAGTACAGCTGCTTCCTCC;SOR=0.448;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=1527;TCF=1106;TCR=421;TR=1489;WE=22466010;WS=22465992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:38,1495:0.98:1533
chr15	22466126	rs1985064	A	C	148248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=5526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.264;NF=2986;NR=2319;PP=2965;ReadPosRankSum=0.529;SC=GCTGTGCTCGAAGATGTGTCC;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=5459;TCF=3066;TCR=2393;TR=5305;WE=22466134;WS=22466103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:141,5350:0.97:5491
chr15	22482858	rs1807224	A	G	114392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=4297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.769;NF=2568;NR=1662;PP=2965;ReadPosRankSum=0.442;SC=ATACACGGCCATGTCCTCAGA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=4246;TCF=2577;TCR=1669;TR=4230;WE=22482866;WS=22482848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,4271:1.00:4279
chr15	22483277	rs753259	A	G	14486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=344;PP=2965;ReadPosRankSum=0.187;SC=ACGGTGAGGCACTGAGCTCTA;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=500;TCF=154;TCR=346;TR=497;WE=22483285;WS=22483267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,506:0.99:509
chr15	22848150	rs372317024	CA	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr15	22926229	rs2289824	G	A	24946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=543;NR=351;PP=2965;SC=TTTTCTTAGTGTAAAAACAAT;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=894;TCF=543;TCR=351;TR=894;WE=22926237;WS=22926219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,901:1.00:901
chr15	22926307	rs7403459	A	G	39976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=741;NR=777;PP=2965;ReadPosRankSum=0.521;SC=TCAAGGGTGCACCTGCCCTGT;SOR=0.511;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1527;TCF=745;TCR=782;TR=1518;WE=22926315;WS=22926297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,1518:1.00:1523
chr15	22928537	rs79791617	G	C	17310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=405;PP=2965;SC=TCTGGGGGGGGTGTAACACCG;SOR=1.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=573;TCF=167;TCR=406;TR=572;WE=22928545;WS=22928527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr15	22929905	rs2305094	CA	GG	19837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=431;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.506;SC=GGTGAGCACCCACCTCGCGCA;SOR=0.919;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=684;TCF=240;TCR=444;TR=669;WE=22929927;WS=22929895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,748:1.00:751
chr15	22933510	rs369138050	TA	T	5741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=61.08;SOR=2.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	22933528	rs2084063	G	A	9980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=227;NR=93;PP=2965;SC=GCACGTTGGTGCATTTTGGGA;SOR=2.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=227;TCR=93;TR=320;WE=22933536;WS=22933518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr15	22933691	rs1109036	G	A	42567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=1536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=780;NR=712;PP=2965;SC=AGGTTGATGGGCCAAGCAGCC;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1493;TCF=781;TCR=712;TR=1492;WE=22933699;WS=22933681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1515:1.00:1515
chr15	22939192	rs11633474	G	A	27701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=1027;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=600;NR=427;PP=2965;SC=AGGTGGTTCCGCTATTTGGGG;SOR=1.080;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1030;TCF=603;TCR=427;TR=1027;WE=22939200;WS=22939182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1023:1.00:1023
chr15	22940670	rs3751566	C	T	13703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=351;NR=97;PP=2965;SC=TGAGCTGCCCCAGTGCTGTGG;SOR=2.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=448;TCF=351;TCR=97;TR=448;WE=22940678;WS=22940660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr15	22945314	rs8029108	C	T	3656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=104;PP=2965;SC=TTAAGTACATCTCATTTATGT;SOR=3.893;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=14;TCR=105;TR=118;WE=22945322;WS=22945304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	22945350	rs141360543	T	TA	1062.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=698;SC=GGCCTCCTTTTTAAAAAAAAT;SOR=3.086;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=36;WE=22945359;WS=22945340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	22945351	rs185003380	T	A	1429.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=38;PP=983;SC=GCCTCCTTTTTAAAAAAAATC;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=44;WE=22945359;WS=22945340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	22955013	rs2289816	T	G	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=17;PP=2965;SC=GCCCCCAGAGTAATTTGTATT;SOR=3.583;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=136;TCR=17;TR=152;WE=22955021;WS=22955003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	22955307	rs3217548	AC	A	8699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=190;PP=2951;SC=CCCCGCCTGCACCCTCTCCCT;SOR=2.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=5;TCR=201;TR=195;WE=22955315;WS=22955297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr15	22999940	rs11307802	TG	T	2859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=4;PP=2204;SC=AACAGCCACCTGGCTGCCCGG;SOR=3.316;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=53;WE=22999948;WS=22999931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	23006910	rs28572108	C	A	9177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=284;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TTCTTAAACACAGAATGCAAA;SOR=1.631;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=364;TCF=55;TCR=309;TR=331;WE=23006918;WS=23006900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:33,334:0.91:367
chr15	23019676	rs35568106	CA	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr15	23052632	rs11263683	T	C	12924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=263;NR=206;PP=2965;SC=CAGCCTGAGTTGTCACACTCT;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=469;TCF=263;TCR=206;TR=469;WE=23052640;WS=23052622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr15	23059394	rs1991922	C	T	42437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=1571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=762;NR=790;PP=2965;SC=CTTCAATACACCCATCATGGA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1555;TCF=763;TCR=792;TR=1552;WE=23059402;WS=23059384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1568:1.00:1568
chr15	23131745	rs7181884	G	A	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.29;QD=29.55;SOR=2.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	23132075	rs56264744	G	GA	2933.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.6364;FS=2.470;HP=10;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.011;NF=12;NR=103;PP=1769;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CACTTTAACTGAAAAAAAAAA;SOR=0.955;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=19;TCR=151;TR=115;WE=23132083;WS=23132065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,128:0.74:172
chr15	23138992	rs202076313	G	A	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=32.12;SOR=6.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	23182267	rs12050782	G	A	38249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.944;NF=543;NR=808;PP=2965;ReadPosRankSum=2.413;SC=AAATGGAAAAGTCATCATATG;SOR=1.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1355;TCF=544;TCR=811;TR=1351;WE=23182275;WS=23182257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1335:1.00:1337
chr15	23200698	rs58552405	A	T	6024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.93;QD=29.68;SOR=2.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr15	23685004	rs34879341	G	GCAT	21648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=186;PP=2957;SC=TCCTTCTCTCGCATCTCCTCC;SOR=1.091;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=271;TCF=47;TCR=224;TR=230;WE=23685012;WS=23684994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr15	23685541	rs375981990	CT	C	71823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=2001;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=150;NR=1080;PP=2977;SC=CCCACATCTTCTTCTTCCTGC;SOR=1.095;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=1278;TCF=154;TCR=1124;TR=1230;WE=23685551;WS=23685531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1919:1.00:1919
chr15	23686228	.	G	GTCTCCTCCTCTTCCCGCATCT	8997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=1.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-0.862;QD=37.03;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,229:0.94:243
chr15	23686687	rs113964342	T	G	6115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.796;SC=CTTCTCCTCCTGCTCCCGCAT;SOR=0.444;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=290;TCF=173;TCR=117;TR=262;WE=23686695;WS=23686663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,273:0.91:301
chr15	23687812	rs2344891	T	G	7691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=247;PP=2962;ReadPosRankSum=0.355;SC=GGTCTCATTTTTTTTTCTTTT;SOR=2.295;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=285;TCF=26;TCR=259;TR=273;WE=23687826;WS=23687801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,247:0.99:249
chr15	23687818	rs72495057	CT	C	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=3.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,36:0.26:141
chr15	23807195	rs142074537	G	A	59573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1173;NR=1190;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.564;SC=CTGGACACTCGCGTTTAATTT;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=2542;TCF=1262;TCR=1280;TR=2363;WE=23807203;WS=23807185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:176,2403:0.93:2579
chr15	23811592	rs2239669	C	T	25472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1061;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.030;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=515;NR=453;PP=2965;ReadPosRankSum=0.080;SC=CATCTGCCCCCGAGGCTCCTC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1054;TCF=557;TCR=497;TR=968;WE=23811600;WS=23811582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:85,972:0.92:1057
chr15	23889033	rs9785	G	T	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=11;PP=2418;SC=AAATCCAAACGTACACTCGTG;SOR=3.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=81;TCR=11;TR=92;WE=23889041;WS=23889023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	24922208	rs12905237	C	G	7013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2153;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1820,321:0.15:2141
chr15	24922230	rs3742950	C	G	7331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2017,359:0.15:2376
chr15	24923390	rs60574723	C	T	4726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2201;ExcessHet=3.0103;FS=0.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.394;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1778,411:0.19:2189
chr15	25212955	rs71127031	GA	G	45	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	25219512	rs705	T	C	34933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1806;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=846;NR=625;PP=2962;ReadPosRankSum=2.119;SC=TAGGAGAACCTGCGTCATACC;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1782;TCF=1032;TCR=750;TR=1471;WE=25219520;WS=25219502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,1487:0.83:1797
chr15	25226960	.	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,8:0.12:65
chr15	25231988	rs59131251	C	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=5.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,39:0.19:202
chr15	25307562	rs7402542	A	G	61741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.597;NF=1371;NR=976;PP=2965;ReadPosRankSum=1.207;SC=CGTTCTCATCAGAACTGAGGT;SOR=1.094;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=2357;TCF=1378;TCR=979;TR=2347;WE=25307610;WS=25307552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,2383:1.00:2387
chr15	25310440	rs6576402	A	G	7331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=194;PP=2965;SC=TACACAGGTCAGAGAGTCATA;SOR=3.047;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=42;TCR=195;TR=236;WE=25310448;WS=25310430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr15	25321029	rs4906699	C	T	18951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=972;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=415;NR=380;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.855;SC=TATTGGTTTTCCAAAGGCACC;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=945;TCF=493;TCR=452;TR=795;WE=25321037;WS=25321019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,817:0.84:968
chr15	25324141	rs4344720	C	T	4767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.296;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=10;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TCCCTTCATACGGTATGTGTT;SOR=0.170;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=201;TCF=190;TCR=11;TR=167;WE=25324149;WS=25324131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,170:0.84:203
chr15	25326425	rs1972694	A	T	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=901;ExcessHet=3.0103;FS=3.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.878;QD=1.50;ReadPosRankSum=3.161;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:752,144:0.16:896
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chr15	25415759	rs2714734	G	A	5019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=38;PP=2965;SC=GCCAGCCCCCGGTGCGCTGAA;SOR=2.261;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=124;TCR=38;TR=162;WE=25415767;WS=25415749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr15	25415809	rs2739838	C	T	9755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.97;NF=237;NR=102;PP=2965;SC=CTGCACTGAGCTGTGGTGAGC;SOR=1.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=239;TCR=102;TR=339;WE=25415817;WS=25415799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr15	25415825	rs1883009	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=4.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-3.463;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:372,62:0.14:434
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chr15	25616729	rs147145506	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-0.727;QD=2.12;ReadPosRankSum=1.398;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,81:0.17:463
chr15	25620975	rs71418040	TATC	T	2635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.067;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,92:0.19:483
chr15	25650695	rs35086186	C	CA	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=3.274;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,33:0.16:210
chr15	25652101	rs8032479	C	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=6;PP=2563;SC=AATTACATAACAACTAAAAAC;SOR=4.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=83;TCR=6;TR=89;WE=25652109;WS=25652092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	25925094	rs3816800	C	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:472,93:0.16:565
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chr15	25925933	rs901003	C	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.459;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,20:0.17:116
chr15	25926186	rs2076743	G	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.474;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:562,128:0.19:690
chr15	25926325	rs35849027	T	TAAC	744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=4.973;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,29:0.20:144
chr15	25937004	rs2066705	C	T	34987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=450;NR=768;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.347;SC=AATCAATGTGCTAGATTTTCT;SOR=1.163;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1219;TCF=451;TCR=768;TR=1218;WE=25937012;WS=25936994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1240:1.00:1241
chr15	25937033	rs4906745	T	G	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:622,121:0.16:743
chr15	25953068	rs2291355	G	A	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=16;PP=2299;ReadPosRankSum=-1.609;SC=CCCCTCCAGGGCCGTCCCTGC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=112;TCR=20;TR=109;WE=25953076;WS=25953058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,111:0.85:131
chr15	25961964	rs10873607	A	G	40482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=1510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=715;NR=785;PP=2965;SC=CAGACAGCTCAGGCGAGAGGT;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1502;TCF=716;TCR=786;TR=1500;WE=25961978;WS=25961954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1505:1.00:1505
chr15	25963599	rs8024374	A	G	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=184;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.971;SC=TGGGCGGAGCAGAAAGAAACC;SOR=2.166;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=218;TCF=33;TCR=185;TR=217;WE=25963607;WS=25963589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr15	25967085	rs1564828	T	C	40016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=1522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=631;NR=855;PP=2965;SC=ACAGGATGAATGACCGTGAGG;SOR=1.044;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1488;TCF=632;TCR=856;TR=1486;WE=25967093;WS=25967075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1511:1.00:1511
chr15	25981190	rs7173593	A	G	18722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=338;NR=342;PP=2965;ReadPosRankSum=1.539;SC=GCAGGCAGACACACGATACTC;SOR=0.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=681;TCF=338;TCR=343;TR=680;WE=25981198;WS=25981180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,695:1.00:696
chr15	25981367	rs7177724	C	T	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=105;PP=2951;SC=TTTTCTGTCTCGCATCCGCGG;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=34;TCR=106;TR=139;WE=25981375;WS=25981357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr15	26026139	rs8038726	A	G	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=12;PP=1653;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TAATGCCTGCAAGGCCCTGGA;SOR=0.281;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=112;TCF=99;TCR=13;TR=93;WE=26026147;WS=26026129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,96:0.84:114
chr15	26260456	rs370137954	CT	C	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,41:0.35:116
chr15	26828651	rs72702138	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,42:0.17:242
chr15	26828671	.	G	A	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=100;PP=2305;ReadPosRankSum=0.755;SC=CCCAAAGTACGCCTGGCTAAA;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=27;TCR=127;TR=121;WE=26828679;WS=26828661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,124:0.79:156
chr15	26866738	rs45542840	C	T	4171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.642;SC=GGTGTATTTCCTCCACGACCA;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=49;TCR=134;TR=152;WE=26866746;WS=26866728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,157:0.84:188
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chr15	27018797	rs20318	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:388,75:0.16:463
chr15	27018937	rs20317	G	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,75:0.16:481
chr15	27019040	rs4906901	C	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.96;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	27019049	.	C	CT	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=1.527;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr15	27061564	.	GA	G	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=0.810;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,22:0.21:106
chr15	27184435	rs12910925	C	T	52943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1952;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1001;NR=922;PP=2965;ReadPosRankSum=0.783;SC=GAGGTCTCCTCGTGCCTCCCA;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1926;TCF=1002;TCR=924;TR=1923;WE=27184443;WS=27184425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1938:1.00:1940
chr15	27184482	rs34560927	C	T	49156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1852;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=832;NR=994;PP=2965;ReadPosRankSum=0.302;SC=ACTGGGGCATCGCCAATGAAA;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1830;TCF=833;TCR=997;TR=1826;WE=27184490;WS=27184471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1818:1.00:1820
chr15	27184517	rs17647384	G	A	34360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=1249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=476;NR=757;PP=2965;SC=AAGAACAGGCGACACCTCTCT;SOR=1.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1233;TCF=476;TCR=757;TR=1233;WE=27184525;WS=27184507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1244:1.00:1244
chr15	27188353	rs140684	C	A	10659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.942;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=0.139;SC=CCCTGCCTGACCCCCGCAGGG;SOR=1.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=385;TCF=268;TCR=117;TR=380;WE=27188361;WS=27188343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,377:0.99:379
chr15	27188459	rs140685	C	T	34441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=1254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=655;NR=584;PP=2965;SC=GGTTCATAGCCGTGTGCTATG;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1239;TCF=655;TCR=584;TR=1239;WE=27188467;WS=27188449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1249:1.00:1249
chr15	27222015	rs140670	T	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.233;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,24:0.16:152
chr15	27222098	rs140671	C	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:596,128:0.18:724
chr15	27271789	rs35270520	G	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:982,180:0.15:1162
chr15	27516740	rs76888516	GAGTC	G	21423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.206;NF=117;NR=465;PP=2980;ReadPosRankSum=0.464;SC=ATGCAACCTAGAGTCAGTCAG;SOR=0.606;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=840;TCF=174;TCR=666;TR=582;WE=27516765;WS=27516730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,962:0.81:1194
chr15	27772676	rs140679	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2010;ExcessHet=3.0103;FS=0.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1763,237:0.12:2000
chr15	27772892	rs2303879	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=4.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=1.095;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,55:0.14:391
chr15	27890491	rs1871017	G	T	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.603;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,179:0.28:637
chr15	27890571	rs5811500	GT	G	1321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.745;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,46:0.25:184
chr15	27890589	rs1871018	A	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,38:0.24:159
chr15	28096453	rs8025804	A	G	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=23;PP=2077;SC=AATCTGATACACACTAACTGT;SOR=2.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=81;TCR=23;TR=104;WE=28096461;WS=28096443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	28096538	rs1800419	A	G	8457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=123;PP=2965;SC=CTCCCAGGCAAGCACCGAAGG;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=166;TCR=124;TR=289;WE=28096546;WS=28096528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr15	28116173	rs12594397	C	T	5466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=154;NR=24;PP=2965;SC=TGCTCACTTTCGTCCTCTACA;SOR=3.548;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=154;TCR=24;TR=178;WE=28116181;WS=28116163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	28116275	rs7175046	G	C	31195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=676;NR=488;PP=2965;ReadPosRankSum=0.627;SC=AAGTTGAGCCGTCGACATGGA;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1168;TCF=678;TCR=490;TR=1164;WE=28116283;WS=28116264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1134:1.00:1137
chr15	28116934	.	CT	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.098;QD=1.21;ReadPosRankSum=-1.650;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr15	28171147	rs2594928	T	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=1;PP=952;SC=ATTACAACCTTCATTGTTTTC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=28171155;WS=28171137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	28195534	rs11632387	C	T	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=31;PP=2965;SC=AGGCCTGAGGCGTAATTAAAA;SOR=2.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=143;TCR=31;TR=174;WE=28195542;WS=28195524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	28196821	rs7173419	T	C	10090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TCTCTGGCCTTCCACCAGCCC;SOR=1.168;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=336;TCF=251;TCR=85;TR=333;WE=28196829;WS=28196811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,344:1.00:345
chr15	28200408	rs7170989	T	C	10896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=268;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.120;SC=TCACGCTGCGTGGTGAGATCG;SOR=1.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=410;TCF=141;TCR=269;TR=408;WE=28200416;WS=28200398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,415:1.00:417
chr15	28211758	rs4778218	A	G	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=23;PP=2252;SC=GATACTTCCTAATAAGAACTT;SOR=2.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=97;WE=28211766;WS=28211748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	28211921	rs1800411	G	A	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=106;PP=2965;SC=GGAGAACAAGGCAAATCCCAA;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=65;TCR=106;TR=171;WE=28211929;WS=28211911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr15	28228644	rs12910433	G	A	18616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=292;NR=366;PP=2965;SC=CACAAATGGAGGAAAATGAAA;SOR=0.963;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=660;TCF=292;TCR=368;TR=658;WE=28228652;WS=28228634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,673:1.00:673
chr15	28230097	rs1900758	C	T	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=3;PP=2256;SC=TGGGCTCAACCGCCCCCACCT;SOR=5.598;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=80;TCR=3;TR=82;WE=28230105;WS=28230091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	28231793	rs10852218	T	C	24185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=909;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=563;NR=324;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AGATCATCTATGGGGAAAAGA;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=892;TCF=565;TCR=327;TR=887;WE=28231801;WS=28231783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,898:1.00:901
chr15	28235773	rs1800404	C	T	18817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=256;NR=400;PP=2965;SC=CCAGCATGGCCGCCAGAGTTC;SOR=1.289;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=656;TCF=256;TCR=400;TR=656;WE=28235781;WS=28235763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,669:1.00:669
chr15	28267533	rs113044747	G	GTGGGTGAGAA	1085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,25:0.23:107
chr15	28356859	rs1129038	C	T	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=39;PP=2965;SC=CAGCAGCGAGCGCTCTGCTGC;SOR=2.205;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=164;TCF=125;TCR=39;TR=163;WE=28356867;WS=28356849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr15	28357230	rs4778245	T	C	8439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=188;PP=2965;SC=CGGCTGCAGTTTACTTTACTG;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=99;TCR=188;TR=287;WE=28357238;WS=28357220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr15	28359744	rs7495441	G	A	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=10;PP=1609;SC=CAACAGAGACGGATGACCACC;SOR=3.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=68;WE=28359752;WS=28359734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	28360081	rs7497014	T	C	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=63;PP=1534;SC=TGCAAGTGCATGGCACACACC;SOR=2.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=79;WE=28360089;WS=28360071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	28360888	rs5811542	C	CT	5245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=124;PP=2965;SC=CTAAAAGCCTCTAACTCTTCA;SOR=4.484;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=3;TCR=132;TR=127;WE=28360896;WS=28360878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	28361764	rs4778247	C	T	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=5;PP=1339;SC=AACTCAAGAGCAGGCACAGGC;SOR=4.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=52;TCR=5;TR=56;WE=28361772;WS=28361757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	28362459	rs7495875	G	A	17045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=234;NR=373;PP=2965;SC=AGACCCTGCCGTCTGGGGCGC;SOR=1.268;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=607;TCF=234;TCR=373;TR=607;WE=28362467;WS=28362449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,619:1.00:619
chr15	28375872	rs6416603	A	G	4392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=131;PP=2965;SC=TTAGTGCAACATAAAATCATA;SOR=4.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=13;TCR=131;TR=144;WE=28375880;WS=28375862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	28377196	rs10627923	C	CCT	29464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=225;NR=172;PP=2976;SC=CCTGGGGGCCCGACTGCGGTG;SOR=1.530;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=428;TCF=238;TCR=190;TR=397;WE=28377204;WS=28377186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,663:1.00:663
chr15	28377772	rs8025035	C	T	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=121;NR=16;PP=2965;SC=ATGCAGCCTCCGGCCTCTGCA;SOR=3.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=121;TCR=16;TR=137;WE=28377780;WS=28377762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	28378122	rs4778141	T	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=71;PP=1934;SC=AACTCAAAAGTTCACCACTTC;SOR=6.439;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=2;TCR=72;TR=73;WE=28378130;WS=28378112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	28386626	rs11636232	C	T	26868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=969;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=602;NR=363;PP=2965;SC=CTCCGATTAACTGCACGGGTC;SOR=1.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=965;TCF=602;TCR=363;TR=965;WE=28386634;WS=28386616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,965:1.00:965
chr15	28388213	rs369443373	TA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=6.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.717;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.401;SOR=1.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,23:0.14:163
chr15	28414665	rs7494786	T	C	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=10;PP=1833;SC=TAAGAATATGTGATAAGGCCT;SOR=3.285;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=69;TCR=10;TR=78;WE=28414673;WS=28414655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	28441817	rs2525936	G	T	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.472;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.603;NF=9;NR=94;PP=1534;ReadPosRankSum=0.968;SC=GTAGTTATTTGTTTTTTACAA;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=10;TCR=100;TR=103;WE=28441825;WS=28441806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,81:0.93:87
chr15	28502279	rs11631797	A	G	30430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=1033;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=501;NR=512;PP=2965;SC=AGTCCGCGGAACCATCCATCC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1020;TCF=504;TCR=516;TR=1013;WE=28502287;WS=28502269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1027:1.00:1027
chr15	28517258	.	C	G	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.178;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=16.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.37;MQRankSum=-6.836;QD=23.41;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=4.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr15	28517261	rs374453464	G	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=16.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQRankSum=-6.934;QD=23.10;ReadPosRankSum=0.017;SOR=4.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr15	28517282	.	TG	GC	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.953;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=10.713;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQRankSum=-6.299;QD=23.87;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=2.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,61:0.60:102
chr15	28517287	.	T	A	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.605;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=5.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.41;MQRankSum=-5.779;QD=25.31;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,70:0.62:113
chr15	28517291	.	T	C	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=4.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQRankSum=-5.694;QD=24.91;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
chr15	28517295	.	A	G	3669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.736;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=-5.622;QD=26.59;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,85:0.62:138
chr15	28517303	.	T	G	4004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=-5.414;QD=24.42;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,98:0.60:164
chr15	28517305	.	T	A	4103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.72;MQRankSum=-5.396;QD=24.43;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,99:0.59:168
chr15	28517310	rs199951842	G	A	4290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-5.090;QD=22.82;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,115:0.61:188
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chr15	28518259	rs372722574	T	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.594;NF=1;NR=9;PP=478;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AAGGATGTATTTTTAATATTT;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=10;WE=28518294;WS=28518249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr15	29385204	rs4779761	A	G	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=15;PP=1696;SC=TCCTTGTGCTATGGCCAGGCA;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=76;WE=29385212;WS=29385194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr15	29415560	rs3751562	G	A	12022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=224;NR=199;PP=2965;SC=GGTCCAGAACGTCAGCGCCGA;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=423;TCF=224;TCR=199;TR=423;WE=29415568;WS=29415542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr15	29415698	rs3751563	A	G	5391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=93;PP=2965;SC=AAACCCTGGCATCCGCATAGG;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=96;TCR=93;TR=189;WE=29415706;WS=29415688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr15	29417099	rs12438521	G	C	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=87;PP=2749;SC=GACACCCACCGAGCGGCAGAT;SOR=1.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=41;TCR=87;TR=128;WE=29417107;WS=29417089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr15	29418520	rs2256273	C	T	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=11;PP=610;SC=GCGGGACACACGCCCGGGACC;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=29418528;WS=29418510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	29418573	rs2672680	AT	GC	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=11;PP=1603;SC=CTGGAGACACATGGCCAGGGG;SOR=1.453;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=46;WE=29418582;WS=29418563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	29418745	rs968476	G	T	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=43;PP=1276;SC=GGGGACGCTGGCGTGGGACAG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=29418753;WS=29418735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	29444130	rs59230279	GC	G	2007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=40;PP=1673;SC=CCCAGAATGAGCCGAGGTCGA;SOR=2.917;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=41;WE=29444138;WS=29444120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	29544523	rs11071669	A	C	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=35;PP=2965;SC=CTCTTGTACAAAATCAAATCC;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=107;TCR=36;TR=142;WE=29544531;WS=29544513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	29544656	rs4583203	T	C	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=107;NR=141;PP=2965;SC=TTACACACACTGCAGAAAGCA;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=107;TCR=141;TR=248;WE=29544664;WS=29544646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr15	29561530	.	A	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,105:0.28:370
chr15	29862654	rs111717681	C	G	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=172;SC=AGCGCCTAGCCCCCCCGGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=29862662;WS=29862651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	30008856	rs7166878	C	A	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=50;PP=2358;SC=TCTGAGAATGCGCTGGCTTTG;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=124;WE=30008864;WS=30008846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	30008889	rs2229518	G	A	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=57;PP=2673;SC=GATGGCTGGCGGCAATGTGTG;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=132;WE=30008897;WS=30008879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	30011427	rs11073215	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=217;SC=TATTAAACTACGATTTAATAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=30011435;WS=30011417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	30018553	rs4073316	A	T	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=52;PP=2965;SC=TTTACTGAACAAGTCAAAAAA;SOR=1.499;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=161;WE=30018561;WS=30018543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr15	30064495	rs1383315	C	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=538;SC=AATTTCTCTTCAGATCAATGA;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=30064503;WS=30064485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	30069920	rs34542662	AT	A	824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=917;SC=CAAATGTACTATTCTTTTGAC;SOR=4.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=23;WE=30069928;WS=30069910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	30070198	rs1904812	A	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=20;PP=612;SC=TTTGGTAGTTATTTTATTTTC;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=30070206;WS=30070188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	30336850	rs7173045	G	T	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=21;PP=2965;SC=GACAGGTGGAGGCGGCCGCGT;SOR=3.372;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=118;TCR=21;TR=138;WE=30336858;WS=30336840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	30337377	rs10775120	G	C	6764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=106;PP=2965;SC=GTCGACCCCAGTCCGGACCCC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=121;TCR=106;TR=227;WE=30337385;WS=30337367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr15	30664453	rs149526715	C	T	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.36;QD=26.02;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	30700263	rs2564642	T	C	3787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=110;PP=2965;SC=TGCCCTCTCCTTCTCTGCCCC;SOR=3.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=16;TCR=110;TR=126;WE=30700271;WS=30700253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	30700278	rs62016505	C	T	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.24;QD=31.47;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	31042778	rs12902692	C	T	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=73;PP=2872;SC=ACCTCCTTGTCCCCCACACCA;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=83;TCR=73;TR=156;WE=31042786;WS=31042768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr15	31048088	rs61998400	T	C	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=16;PP=813;SC=AGCTCTGTGGTACTTCCAACT;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=46;WE=31048096;WS=31048078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	31048241	rs11633095	A	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=29;PP=993;SC=CACCTCACCCACTGCTGGGTC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=31048249;WS=31048231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	31060115	rs4779494	T	C	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=66;PP=2965;SC=AACCACTTCCTTTGCTCATCC;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=91;TCR=66;TR=157;WE=31060123;WS=31060105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr15	31212684	rs10163148	G	C	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=11;PP=1891;SC=TTTGTCACTTGTTATTATTGT;SOR=3.287;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=75;WE=31212692;WS=31212674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	31214649	rs1474382	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=978;SC=ATTTACATGTAATTAGAACAT;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=31214657;WS=31214639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	31218164	rs2959037	T	C	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=78;PP=1956;SC=GGCTTTCTCTTGTGGCACCCA;SOR=1.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=37;TCR=78;TR=115;WE=31218172;WS=31218154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr15	31220709	.	T	TTGTGTGTGTG,TTGTGTG	733.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.4960,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5,5;NR=4,4;PP=16,141;ReadPosRankSum=-1.568;SC=AAAACAGATTTTGTGTGTGTG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=9,9;WE=31220717;WS=31220699;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.88:17
chr15	31223026	rs3794596	C	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=208;SC=GGCCTGTCCCCTGCGACTGGC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=31223034;WS=31223016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	31233220	rs2955792	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=464;SC=CAATTAGAGACGACAGAAAGT;SOR=4.294;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=18;WE=31233228;WS=31233210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	31234064	rs6493352	C	T	9306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.547;SC=TCCAGAGACACGTGGCAGAAT;SOR=0.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=162;TCR=161;TR=322;WE=31234072;WS=31234054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,334:1.00:335
chr15	31283136	rs3743231	A	C	8938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=178;PP=2965;SC=GACACATGCGAAAGACACACA;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=132;TCR=179;TR=310;WE=31283144;WS=31283126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr15	31283844	rs28564430	T	C	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=26;PP=817;SC=CGGGCGGGGATACGGCGCAGC;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=31283852;WS=31283834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	31283867	rs2303407	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=558;SC=CCGCCCGAGCGGGGAGGGGCC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=31283875;WS=31283857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	31294343	rs12898290	A	T	12838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=206;NR=229;PP=2965;SC=ACTGCTCTTTATGCTCAGCTT;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=206;TCR=229;TR=435;WE=31294351;WS=31294333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr15	31294714	rs3784589	C	A	7127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=122;PP=2965;SC=GAAATAGTTTCTTCTTTTTTA;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=119;TCR=122;TR=241;WE=31294722;WS=31294704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr15	31330280	rs2288242	A	G	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=90;PP=2965;SC=TGCCATCCTCATTTTCCTTGG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=103;TCR=90;TR=193;WE=31330288;WS=31330270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr15	31339151	rs11636121	A	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=2;PP=706;SC=GGGGAGCTGGAGAATGCCGTG;SOR=4.091;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=26;WE=31339159;WS=31339141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	31341461	rs10851487	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=674;SC=CTGCCATTAAGTACGGACCTC;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=31341469;WS=31341451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	31341516	rs2288241	C	T	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=36;PP=1687;SC=ACAATATGCACCAGTGACAAA;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=94;WE=31341524;WS=31341506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr15	31342744	rs1035705	C	T	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=107;PP=2965;SC=TCTCCTTCTCCGTGGCTTTGC;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=64;TCR=107;TR=171;WE=31342752;WS=31342734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	31357138	rs919001	A	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.339;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=8;PP=1232;ReadPosRankSum=0.138;SC=GCAAGGATTGATATTTTCAAT;SOR=2.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=55;WE=31357146;WS=31357128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr15	31359457	rs3784599	T	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=66;PP=1978;SC=TCATGAAATTTAGGGACACTT;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=85;WE=31359465;WS=31359447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	31362352	rs2241493	C	T	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=66;PP=2068;SC=CACCTGTTTGCTTTCCTCTTC;SOR=1.315;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=108;WE=31362360;WS=31362342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	31368915	rs2241497	C	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=0;PP=813;SC=GTGGTGGACACAAACTCTTTT;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=28;WE=31368923;WS=31368906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	31369123	rs4779816	A	G	6822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=119;PP=2965;SC=AGAGTCTTTCATGCTAGGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=123;TCR=119;TR=242;WE=31369131;WS=31369113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr15	31369223	rs4779817	C	T	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=144;PP=2965;SC=TGGACCAATACATTCCCAAGC;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=118;TCR=145;TR=262;WE=31369231;WS=31369213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr15	31369258	rs4779818	C	T	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=103;PP=2965;SC=ATTCTTATACCTTTATAAAAC;SOR=1.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=57;TCR=103;TR=160;WE=31369266;WS=31369248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	31373727	rs4779504	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=31;PP=1013;SC=TGCCCTCCCTTTGTTCCAGTC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=31373735;WS=31373717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	31521505	rs3835087	CGG	C,CG	1758.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.891;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.86;SOR=2.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,17,50:0.25,0.74:68
chr15	31619607	rs11537749	G	A	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=31;PP=1014;SC=TCTTCGTGGTGGCGCGGATCC;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=31619615;WS=31619597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	31776004	rs2338682	C	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=15;PP=462;SC=TGCGGCCAGGCACTGGTCCGC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=31776012;WS=31775994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	31776021	rs2338681	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=6;PP=236;SC=CCGCTGGCGCTCGCACGCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=31776029;WS=31776011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	31776210	rs199744400	TGGC	T	7564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=37;PP=2989;SC=CGCTTGGCCGTGGCGGCGGCG;SOR=2.344;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=167;TCF=112;TCR=55;TR=116;WE=31776223;WS=31776200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr15	31793930	rs7164569	A	G	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.926;SC=CCATGGACACAAGGGCAGAGA;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=117;TCR=91;TR=206;WE=31793938;WS=31793920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr15	32393660	rs151204095	A	AAG	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=676;SC=TTAGGAAAAAAAACCAAAAAA;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=32393671;WS=32393650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	32393663	rs28650375	C	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=357;SC=GGAAAAAAAACCAAAAAAACA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=32393671;WS=32393650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	32926076	rs11632524	C	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	32971934	rs7177843	C	T	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=63;PP=2965;SC=AATTGAATTGCACTGCAATGA;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=113;TCR=63;TR=176;WE=32971942;WS=32971924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	32984196	rs6494593	A	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=370;SC=AGTCTGTAGCAATTCTAGCAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=32984204;WS=32984186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	33010412	rs2293582	G	A	7745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=154;NR=121;PP=2965;SC=AGGGAAGAGGGCCGCAAACCA;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=154;TCR=121;TR=275;WE=33010420;WS=33010402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr15	33010736	rs2293581	G	A	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=70;PP=2492;SC=GAGCGCAGGAGCATCCGGACC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=60;TCR=70;TR=130;WE=33010744;WS=33010726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	33096560	rs16959042	A	T	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=30;PP=1072;SC=ATGATTAAAAATTTTTTCTTC;SOR=1.514;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=48;WE=33096568;WS=33096550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	33096641	rs59832910	G	C	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	33261232	rs2930131	G	A	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	33446258	rs28377066	G	A	8425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.03;MQRankSum=0.120;NF=145;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=0.908;SC=GCTCCAGCCCGCTCGGCGGCC;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=146;TCR=163;TR=306;WE=33446266;WS=33446248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,313:0.99:315
chr15	33446311	rs28507600	G	C	6419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=127;PP=2965;SC=CTGCAGTCAGGGGGCAGCACT;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=107;TCR=127;TR=234;WE=33446319;WS=33446301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr15	33757840	rs2596163	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=5;PP=478;SC=GAAATGATGCGATCTCAGGTT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=33757848;WS=33757830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	33765761	rs2245508	A	G	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=52;PP=1600;SC=TGTCCGCCCTACACCTTCTTC;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=33765769;WS=33765751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	33795710	rs2572204	A	G	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=21;PP=1712;SC=ACCTTTTTGCATTCCTATTCA;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=90;WE=33795718;WS=33795700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	33795775	rs41279198	G	A	6942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=93;PP=2965;SC=ATGTTGTTGCGTGACTGATCT;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=144;TCR=93;TR=237;WE=33795783;WS=33795759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr15	33795950	rs3751634	G	A	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=75;PP=2197;SC=GTGAGTACCCGAATTGTGTCC;SOR=3.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=16;TCR=75;TR=91;WE=33795958;WS=33795940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	33840414	rs1435100	A	G	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	33842222	rs1865496	C	G	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=207;SC=AGCAAGCCAGCAGCCTGGTGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=33842230;WS=33842212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	33855345	rs2304379	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=232;SC=ATTTTGTGATGGATTGTACAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=33855353;WS=33855335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	33872177	rs674155	C	T	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=39;PP=2117;SC=TGGTTTTTAGCGGAAACAATC;SOR=1.317;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=119;WE=33872185;WS=33872167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	33873657	rs668570	C	T	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=46;PP=2965;SC=GCATAAGGGACTGTGCTTTCT;SOR=1.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=106;TCR=46;TR=152;WE=33873665;WS=33873647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	33876449	rs10431811	G	A	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=5;PP=1522;SC=AAAAAAGAAAGAATTGTGTCA;SOR=4.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=57;TCR=5;TR=61;WE=33876457;WS=33876439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	33876517	rs2643364	A	G	6826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=71;PP=2965;SC=AGCAAGTGAAATATTCGACAG;SOR=1.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=161;TCR=72;TR=229;WE=33876525;WS=33876507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	33876543	rs624954	C	T	9064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=198;NR=125;PP=2965;SC=CAAGTTCTCACGCCCATCATT;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=199;TCR=126;TR=323;WE=33876551;WS=33876533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr15	33920662	rs35706688	T	C	6872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=144;NR=85;PP=2965;SC=ACTTGCTCCTTTTCCTTTAGG;SOR=1.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=144;TCR=86;TR=229;WE=33920674;WS=33920652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr15	33923314	rs1495279	A	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=28;PP=1473;SC=GGCTAAATGAATGGCTCTTGT;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=33923322;WS=33923304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	33925364	rs2291732	G	A	4505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=97;PP=2965;SC=GATCATCCACGTGCCGTTTTG;SOR=1.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=49;TCR=97;TR=146;WE=33925372;WS=33925354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr15	33954652	rs4780144	C	T	7427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=129;PP=2965;SC=CAGGAATATCCGCCTCTTCCC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=127;TCR=129;TR=256;WE=33954660;WS=33954642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr15	33990250	rs1111611	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=42;PP=1201;SC=GCAGGAGCACGAGGTGACTTG;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=33990258;WS=33990240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	34038511	rs3812937	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=561;SC=CCAGTGGGCAAGTGCCTCAGG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=34038519;WS=34038501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	34047402	rs11857419	A	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=685;SC=TCATGAAATAACCCAAAAGAA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=34047410;WS=34047392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	34060740	rs2278317	C	T	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=7;PP=1523;SC=TAGTGCATCTCCCTAGAATGC;SOR=3.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=58;TCR=7;TR=65;WE=34060748;WS=34060730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	34064043	rs1429754	T	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=699;SC=TCTGCCCAGATGACACTGCCA;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=34064051;WS=34064033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	34065658	rs3086242	A	AT	1336.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.593;NF=21;NR=11;PP=478;ReadPosRankSum=-1.223;SC=ATGCTCATGCATTTTTTTTTT;SOR=0.724;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=32;WE=34065666;WS=34065648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,58:0.87:67
chr15	34080588	rs55650127	C	T	14726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=248;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TCATCCTGGACGAGTTCGCGG;SOR=0.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=533;TCF=284;TCR=249;TR=531;WE=34080596;WS=34080578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,545:1.00:546
chr15	34103272	rs4780181	C	G	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=62;PP=1875;SC=GAACTCACACCGGCTTTCCTT;SOR=1.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=101;WE=34103280;WS=34103262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	34111876	.	A	AAAATAAAT,AAAAT	1402.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.28;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=6,6;NR=2,2;PP=70,273;SC=CTCTGTCTCAAAAATAAATAA;SOR=4.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=8,8;WE=34111884;WS=34111866;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:22
chr15	34112825	rs1036005	C	T	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=39;PP=2398;SC=ATGTTCCTGGCTTTACACAAC;SOR=1.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=124;WE=34112833;WS=34112815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	34112865	rs1036006	G	A	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=89;PP=2965;SC=TGTGAATTACGTCCTGTCCCC;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=126;TCR=90;TR=215;WE=34112873;WS=34112855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr15	34112906	rs1036007	C	A	7533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=140;NR=127;PP=2965;SC=TATTAGATTTCCCTTTAATTT;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=140;TCR=127;TR=267;WE=34112914;WS=34112896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr15	34113054	rs3815965	G	A	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=52;PP=1676;SC=CACCCTCCAAGGCCAATAGGC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=81;WE=34113062;WS=34113044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	34113454	rs35254800	AT	A	2646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=30;PP=1191;SC=TTTCCCTGTGATTTTTTTTCC;SOR=1.237;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=53;WE=34113462;WS=34113444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	34113536	rs2288614	A	G	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=54;PP=2796;SC=GTGGTGCTGCAGAGATGGTCC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=97;TCR=54;TR=151;WE=34113544;WS=34113526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	34115088	rs8032198	C	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=485;SC=ATTCCATAAGCAGAGCGTCCA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=34115096;WS=34115078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	34117948	.	C	T	413	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=20;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=16;MQ=55.57;NF=0;NR=16;PP=413;QD=27.9857007842;SC=TTTTTTTTTTCCCCATACAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=16;WE=34117956;WS=34117938;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,16:0.73:22
chr15	34118994	rs4041449	C	CAG	6965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=98;PP=2930;SC=ACACAGCACTCGGGCAAAACT;SOR=1.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=9;TCR=102;TR=107;WE=34119002;WS=34118984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	34129357	rs7182398	C	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=44;PP=1244;SC=CCTGGTCTGACGGACGAAGCC;SOR=3.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=34129365;WS=34129347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	34135826	rs2303868	G	A	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=38;PP=1140;SC=TACTAAGTATGCTATGTGTAG;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=34135834;WS=34135816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	34136971	rs7181900	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=631;SC=ACTATTTGTATAGCACATGCT;SOR=4.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=23;WE=34136979;WS=34136961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	34137292	rs12899715	C	G	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=35;PP=947;SC=TGGATCTAATCTCACTCCTTG;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=34137300;WS=34137282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	34140735	rs2278314	A	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=13;PP=338;SC=TTTGATTTCTAGGACTTTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=34140743;WS=34140725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	34146783	rs2303308	G	A	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=105;PP=2965;SC=ACGTGCTGGGGGAACACTTAT;SOR=1.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=47;TCR=105;TR=152;WE=34146791;WS=34146773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	34146886	rs713201	T	C	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=39;PP=2123;SC=TCAGTGTGTCTCCCAAAATAA;SOR=1.002;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=99;WE=34146894;WS=34146876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	34146922	rs713203	C	T	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=148;NR=69;PP=2965;SC=AATGAGCACACTATGAGGCAA;SOR=1.506;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=150;TCR=70;TR=217;WE=34146930;WS=34146912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr15	34151668	rs7180084	G	C	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=17;PP=2248;SC=TTCCCCTCTCGTGGCTTAGGG;SOR=2.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=82;TCR=17;TR=98;WE=34151676;WS=34151658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	34152697	.	CT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.603;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr15	34152777	rs2303310	T	A	8533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=2.116;SC=TTGCTTTGTCTTTGTATTTAA;SOR=0.170;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=321;TCF=188;TCR=133;TR=312;WE=34152785;WS=34152767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,328:0.99:330
chr15	34156284	rs11072759	C	G	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=56;PP=2161;SC=TTAATCCATGCGAATGAACTT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=123;WE=34156292;WS=34156274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr15	34156312	rs11072760	T	C	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=55;PP=1905;SC=GACCAGAGTATCTAATACTAT;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=34156320;WS=34156302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	34168207	rs11295548	GA	G	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=5.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.906;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,38:0.15:247
chr15	34380216	rs377063587	TA	T	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.155;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr15	34437863	rs4780222	A	G	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=128;SC=TTAAAAAAAAATCAAATAACT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=34437871;WS=34437853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	34441102	rs6495551	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=500;SC=CAGTTGACCACAGTAAACAAA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=34441110;WS=34441092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	34517466	rs60202027	T	A	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=1.713;SC=TAATGAGACCTGAGCCCTCAG;SOR=0.341;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=111;TCR=130;TR=239;WE=34517474;WS=34517456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,262:1.00:263
chr15	34517929	rs17236763	T	C	8058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=169;PP=2965;SC=TAGGTGGAGTTAACGTAGATA;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=109;TCR=170;TR=277;WE=34517937;WS=34517919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr15	34520863	rs17236784	A	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=55;PP=1546;ReadPosRankSum=-1.103;SC=TGATGGTAGGAAATTGGAGTT;SOR=0.732;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=77;WE=34520871;WS=34520853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr15	34521253	rs7167503	A	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	34528475	rs17817800	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=476;SC=TTTTGAAGCAGTAATGGGTTA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=34528483;WS=34528465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	34529776	rs17817806	A	G	7689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=1.078;SC=TACACATGTGAAAAATTAGAG;SOR=0.389;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=118;TCR=159;TR=276;WE=34529784;WS=34529766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,286:1.00:287
chr15	34532726	rs60604568	C	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=0;PP=622;SC=AAAAAGTGTCCTTTCAAAGGT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=34532734;WS=34532716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	34537435	rs4371122	C	T	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=15;PP=1373;SC=AATAAACATGCATTATTTATC;SOR=1.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=74;WE=34537443;WS=34537425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	34537742	rs76107221	C	A	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=22;PP=925;SC=ACAGCACTCACAGGTAAACTC;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=34537750;WS=34537732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	34542872	rs17236798	C	G	9663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.858;SC=TAGTACCAATCGGAATAGACT;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=340;TCF=169;TCR=171;TR=337;WE=34542880;WS=34542862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,355:0.99:357
chr15	34543298	rs11382535	G	GA	1785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.349;NF=4;NR=57;PP=815;ReadPosRankSum=-1.417;SC=GCAGCAGTATGAAAAAAAAAA;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=6;TCR=88;TR=61;WE=34543306;WS=34543288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,76:0.93:82
chr15	34544351	rs2290941	C	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=19;PP=1856;SC=AAAAACTTGTCCAATAACTCC;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=67;TCR=19;TR=86;WE=34544359;WS=34544341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	34544468	rs2290940	C	T	9519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=176;NR=146;PP=2965;SC=AAAATTGACTCGAGTTACAGA;SOR=0.815;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=177;TCR=146;TR=322;WE=34544476;WS=34544458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr15	34547757	rs11421665	G	GA	424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=436;SC=AGTAAAAGGTGAAAGTGTTAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=34547765;WS=34547747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	34628570	rs347836	C	G	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=2;PP=2158;SC=GGATAAAGAACCCAGTAATGA;SOR=6.385;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=75;TCR=2;TR=76;WE=34628578;WS=34628560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	34634324	rs422388	C	G	12274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=218;NR=211;PP=2965;SC=TCCAGGAACACAGAATGTATG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=432;TCF=218;TCR=214;TR=429;WE=34634346;WS=34634314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr15	34635029	rs2615357	G	T	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=5;PP=1430;SC=ATTACAGGCGGGAGCCACTGC;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=56;TCR=5;TR=61;WE=34635037;WS=34635019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	34635863	rs73376010	G	C	8127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=156;PP=2965;SC=AAGATTTAAAGTTAGGTCCCT;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=120;TCR=156;TR=276;WE=34635871;WS=34635853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr15	34638030	rs8031961	C	T	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=24;PP=1663;SC=CCTCACCCCACTTTTCCCTCT;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=67;TCR=24;TR=91;WE=34638038;WS=34638020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	34638198	rs12595504	A	G	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=101;PP=2965;SC=AGACAGCCACAGTTAGTGCCC;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=98;TCR=101;TR=199;WE=34638206;WS=34638188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr15	34638342	rs12592913	G	T	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=40;PP=1057;SC=CCCCGTCAAAGGTATCACACT;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=34638350;WS=34638332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	34640054	rs150911418	AAAAAAT	A	1099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=0;PP=503;SC=ACTCCATCTCAAAAAATAAAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=9;WE=34640067;WS=34640044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	34640218	rs374230	C	T	18539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=688;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=389;NR=265;PP=2965;SC=AGTGCCGCCCCGTCTCCATCC;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=657;TCF=391;TCR=266;TR=654;WE=34640226;WS=34640208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,679:1.00:679
chr15	34640378	rs430083	T	C	15625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=334;PP=2965;SC=TGACAGGGGATGGGGGCCCTT;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=572;TCF=235;TCR=337;TR=568;WE=34640386;WS=34640368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr15	34640959	rs371061	G	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=806;SC=AGTTTAGGCTGTTTAGGACTA;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=34640967;WS=34640949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	34643103	rs347796	A	G	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=101;PP=2965;SC=CCGCAGAGAGACTTGTGTGGG;SOR=1.447;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=60;TCR=101;TR=161;WE=34643111;WS=34643093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	34653914	rs35483472	T	C	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=27;PP=752;SC=CTTTTCTTTTTTTTTTTGACG;SOR=3.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=31;WE=34653922;WS=34653904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	34654339	rs10626628	T	TTCTC,TTCTCTC	10962.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=42.49;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,56,198:0.22,0.77:258
chr15	34655092	rs2339434	T	C	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=54;PP=1315;SC=GCTCCTTCCCTGGCTCCCACA;SOR=1.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=34655100;WS=34655082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	34656524	rs6495665	T	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=524;SC=TTGGGAAGGATACAAAGAGGA;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=34656532;WS=34656514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	34657589	rs4984237	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=355;SC=ATCAGGGCACATTACTTAGAG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=34657597;WS=34657579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	34673722	rs76522922	C	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.27;QD=23.56;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	34782792	rs2655313	C	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=17;PP=722;SC=AGTCTTGAGCCGCTTAGGGGC;SOR=0.968;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=38;WE=34782800;WS=34782782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	35046816	rs2277558	T	A	1964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=61;PP=1736;SC=AGCAATTTTTTAAAAAATCCT;SOR=2.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=75;WE=35046824;WS=35046806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	35149008	rs8035240	C	T	6634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=123;NR=101;PP=2965;SC=TGGTCTCTTCCGGGGCAGATG;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=123;TCR=101;TR=224;WE=35149016;WS=35148998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr15	35185808	rs71929696	GCA	G	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.002;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	35185812	rs6495722	A	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr15	35185814	rs370012565	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.388;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr15	35196492	rs12898639	C	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=132;SC=ATAAAAGTTACTTAAATTATG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=35196500;WS=35196482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	35207397	rs2044920	C	G	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=45;PP=1251;SC=AGGAAAAAAACATCCATATTT;SOR=3.912;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=50;WE=35207418;WS=35207387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	35207430	rs2044921	C	T	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=18;PP=450;SC=TTTTTTGAGACGGAGTCTCAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=35207438;WS=35207420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	35230934	rs10701045	A	ATAGT	3239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=18;PP=1656;SC=AAAAAAGAAGATACCAGAAAG;SOR=0.840;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=35230942;WS=35230924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	35252767	rs11636350	G	A	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=742;SC=AACCCTATGGGATTTGATACC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=35252775;WS=35252757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	35256624	rs9920529	C	G	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=38;PP=1200;SC=TATCTGAAGGCACTACACAGG;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=35256632;WS=35256614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	35261649	rs7164169	A	G	10522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=0.116;SC=CCTCCTCCGGACTCCTAAATC;SOR=1.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=375;TCF=227;TCR=148;TR=374;WE=35261684;WS=35261639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,388:0.99:390
chr15	35261952	rs7164070	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=284;SC=ATATCCTCAGCCTTCAGAGTC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=35261960;WS=35261942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	35664406	rs141638132	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr15	35834547	rs1020307	T	C	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=31;PP=2530;SC=GGTATACCTGTACAATGTAAT;SOR=1.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=90;TCR=31;TR=121;WE=35834555;WS=35834537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	36218918	rs375003791	AAATT	A	794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.53;QD=37.84;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	36871957	rs3743337	C	T	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=673;SC=GGCGAGGACCCGGGCCTGTGC;SOR=2.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=36871965;WS=36871947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	36937405	rs11073191	G	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	36937606	rs11073192	A	C	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=94;SC=TGTTTTAAGTATTTTATTCAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=36937614;WS=36937596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	36946153	rs10220771	G	A	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=18;PP=1128;SC=TTTCCCTTCAGTGCTTTCCTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=36946161;WS=36946143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	36946441	rs10220785	C	T	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=176;SC=ACAATTATAACTACCTTTGGA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=36946449;WS=36946431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	36949952	rs6495863	T	A	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=201;SC=AATTGACTTATTCTTCAGTGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=36949960;WS=36949942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	36984409	rs3743338	T	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=37;PP=1341;SC=AGGTGCGCAATTGACGAGCTT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=36984417;WS=36984399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	36989469	rs2381887	G	A	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=31;PP=1250;SC=TGGTATTAGCGTTTTCCTGCT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=36989477;WS=36989459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	37026600	rs5811935	A	AT	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.46;QD=23.87;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	37110637	rs1194621	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=11;PP=345;SC=ACCACTGCCGTCGGCTCCGGC;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=37110645;WS=37110627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	37173379	rs16964235	T	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=576;SC=AGTCATAGAGTTCTCACCCCC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=37173387;WS=37173369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	37187197	.	A	AT	70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=26;MQ=64.19;NF=1;NR=2;PP=70;QD=31.6666666667;SC=TCAAAGAGGAATTTTTTCCCC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=3;WE=37187205;WS=37187187;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr15	38230565	rs59125264	TG	T	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=413;SC=CTTGAACCACTGGAGTGCTGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=38230573;WS=38230555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	38233223	rs1021796	T	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=264;SC=TTAATTCCTCTATCAGGAGAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=38233231;WS=38233213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	38233869	rs2937991	T	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=20;PP=822;SC=TTTGATTTCCTAGGTAATGAA;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=38233877;WS=38233859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	38258772	rs2959336	A	C	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=14;PP=923;SC=AGGCTACAGCAAGAAACCTCA;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=38258780;WS=38258762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	38590722	rs8040553	T	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=335;SC=TAAAAAAAATTAACTTCTGGT;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=38590730;WS=38590712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	38590771	rs8036280	A	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=9;PP=495;SC=AGACAAAAAGAGTACAAATGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=38590779;WS=38590761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	38590854	rs8034630	G	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=16;PP=441;SC=AAGGATTTTTGAAGTGATGAA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=38590862;WS=38590844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	38614525	rs7182445	G	A	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=31;PP=1035;SC=TTGATGACAAGAAGTTTGGTC;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=38614533;WS=38614515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	38617113	rs1879938	C	T	176.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	38617115	rs1879937	C	G	176.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	38631840	rs7163339	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=505;SC=TATATACTTATTGACTTGCTA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=38631848;WS=38631830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	38631930	rs7180446	C	A	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=29;PP=1444;SC=GAGGGTTGTTCCCAATAGGCA;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=38631938;WS=38631920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	38632148	rs7181472	A	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=477;SC=GTAGAAATTGAATGATGTCAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=38632156;WS=38632138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	38641773	rs61670754	G	GTT	1328.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.82;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	38641774	.	A	T	540	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=19;PP=540;QD=28.7385606274;SC=TAATTAATAGATAGGTAAAGT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=20;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr15	38641774	rs34352434	A	AAAT	1328.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.82;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	38641776	.	A	AAATTAGT	1165	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=17;PP=1165;QD=74.4117647059;SC=ATTAATAGATAGGTAAAGTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr15	38641777	.	G	A	482	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=17;PP=482;QD=28.7095118082;SC=TTAATAGATAGGTAAAGTTTT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=18;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr15	38641777	rs59928364	G	GTA	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	38643574	rs3751526	T	C	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=53;PP=2547;SC=AAGAAAATGTTAGGGGAAAAT;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=128;WE=38643582;WS=38643564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	38792430	rs56254815	A	G	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=57;PP=1841;SC=CCTTCATTTTACTCTCTAGCT;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=38792438;WS=38792420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	38798246	rs4465567	T	C	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=28;PP=817;SC=AGTTTGTTTTTAAAAGTCACA;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=35;WE=38798254;WS=38798236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	38804020	rs11413668	T	TA	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=359;SC=GAGTCTCCCTTACGCTGGTTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=38804028;WS=38804010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	38804104	rs6495977	C	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=81;SC=GTGGATTCCACATCTGGGAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=38804112;WS=38804094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	38990803	rs12595568	T	G	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=169;SC=GTGTGGTGTGTAAGATGTTGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=38990811;WS=38990793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	40030440	rs1906163	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=651;SC=ATATACTCAAGGAAATTCACA;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=40030448;WS=40030430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	40030457	rs34646792	GA	G	418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=275;SC=CACAGTTCAGGAAAAAAAAAA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=40030465;WS=40030447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	40056219	rs34937456	G	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.26;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	40056223	rs62004778	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	40062825	rs1565560	C	A	301.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.12;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr15	40062838	rs7179838	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	40062855	rs1565561	C	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=305;SC=AAAATACTGTCTTTTTTTAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=40062863;WS=40062845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	40062884	rs7180846	T	C	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=144;SC=TTCTAGAATATTTTGACACTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=40062892;WS=40062874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	40226495	rs566792	T	C	5506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=86;PP=2965;SC=TGGAGGCCATTTACGGCGCGG;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=89;TCR=86;TR=175;WE=40226503;WS=40226485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr15	40248122	rs8030025	G	A	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=205;SC=CAATATATTAGGTGTATTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=40248130;WS=40248112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	40254155	rs510949	A	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=463;SC=AGTTAATCACAAAGGAATGGG;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=40254163;WS=40254145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	40265799	rs2307105	A	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=31;PP=1693;SC=TCAGATTCTGAAGGACAAGAT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=97;WE=40265807;WS=40265789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	40269052	rs34298786	G	A	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=42;PP=1213;SC=TCCTGTAAGCGCACGGCGCGG;SOR=1.127;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=74;WE=40269060;WS=40269042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	40269102	rs149792847	A	AT	785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=26.19;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	40270214	rs7174071	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=352;SC=GTATTTAAAAATGTCCATGTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=40270222;WS=40270204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	40282625	rs4144472	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=33;PP=1035;SC=GACTCAGATGTCTTGATAATC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=40282633;WS=40282615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	40284523	rs7178419	C	T	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=860;SC=AGGTTTTATTCTACGGCAGAT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=40284531;WS=40284513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	40284802	rs11070241	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=161;SC=TGTGGCCATACGTGACTTATG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=40284810;WS=40284798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	40285120	rs11633992	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=26;PP=758;SC=AGCATTTGGGATTTAGTCCCG;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=40285128;WS=40285110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	40291140	rs2412457	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=73;SC=CTTAAAATGTCATTAGACTTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=40291148;WS=40291130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	40293036	rs72248603	AAAT	A	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=578;SC=AAAGCAGAAAAAATAATGACC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=40293046;WS=40293026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	40300092	rs2279581	T	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=307;SC=CAGGTCAAATTTGTCTTTCAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=40300100;WS=40300084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	40300443	rs2279579	T	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=31;PP=884;SC=CTATATTTCTTCACCAAGTGT;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=40300451;WS=40300433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	40313083	rs12916520	G	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=307;SC=ACTGTAACCGGTCTGTTTCTG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=40313091;WS=40313073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	40313141	rs3207297	C	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=9;PP=432;SC=TAAGTGTTGGCCAGATGTCTA;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=40313149;WS=40313131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	40314967	rs8030856	C	G	219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=10;PP=218;SC=GACGGAGTCTCGCTGTCTCCC;SOR=3.258;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=40314975;WS=40314957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	40322552	rs2250402	G	T	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=20;PP=668;SC=AAACTCTCTTGGTCTCAGGTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=40322560;WS=40322542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	40324837	rs2291621	C	T	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=29;PP=1281;SC=AGCCCTTTTACAGCACAATAG;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=40324845;WS=40324827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	40328575	rs7535	G	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=35;PP=1405;SC=GCTGTTGTTGGTGCTGTTGCT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=40328583;WS=40328565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	40328665	rs8208	G	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=27;PP=1108;SC=CTCTTCTTCAGCCCATCCATG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=40328673;WS=40328655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	40329033	rs2291619	A	G	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=8;PP=888;SC=CGGTATTAGCATTGAAATTCA;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=40329041;WS=40329023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	40330564	rs7321	C	T	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1371;ReadPosRankSum=-1.181;SC=CCACAGTACCCTTCTTTGGAA;SOR=0.418;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=76;WE=40330572;WS=40330554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr15	40330629	rs8041057	C	T	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1896;ReadPosRankSum=1.672;SC=TGAACACGGCCGCGTACGTGG;SOR=0.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=108;WE=40330637;WS=40330619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr15	40330693	rs937215	C	T	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=40;PP=1153;SC=GATGACCTAACCCAGCCCCGC;SOR=1.340;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=68;WE=40330701;WS=40330683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	40453307	rs2277559	A	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=11;PP=680;SC=GGAGTCGTGTACGTGCCTTGG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=40453315;WS=40453297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	40457129	rs3214012	A	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	40457431	rs17668261	A	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=24;PP=827;SC=ACCTGTCGTCATTCATCCTAA;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=40457439;WS=40457421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	40462780	rs1801389	G	A	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=43;PP=1445;SC=AAGGTGGGAAGGAGAGTAATA;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=40462788;WS=40462770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	40477831	rs1801376	G	A	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=30;PP=974;SC=GAGACTGCACGACAGCCAGTT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=40477839;WS=40477821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	40494952	rs2412482	A	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=26;PP=677;SC=TTTATTCAAAACCACAAAAGC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=40494960;WS=40494942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	40556685	rs7162809	A	G	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=81;PP=2804;SC=ATTTTATAAAAACACACCCCC;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=164;WE=40556693;WS=40556675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	40556713	rs12902461	T	C	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=72;PP=2605;SC=GCCTGCTCCATAGGGGACTTG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=139;WE=40556721;WS=40556703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr15	40558744	rs748556	G	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=33;PP=1001;SC=AGTGGGTGTAGGGACACAGGC;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=40558752;WS=40558734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	40565055	rs2253603	G	A	3807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=60;PP=2323;SC=TCAGGCCCCCGCCTGCCCCCA;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=129;WE=40565063;WS=40565045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	40573716	rs4924446	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=7;PP=359;SC=ACCGAGACAGACAGAGCGTTG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=40573724;WS=40573706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	40582128	rs71927133	AAGAGAGAGAGAGAG	A	753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;QD=37.69;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	40582163	rs62021885	A	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=2.955;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr15	40582165	rs62021886	A	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.15;QD=42.30;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	40582167	rs62021887	A	T	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;QD=42.36;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	40582169	rs8036867	A	T	1538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.15;QD=41.59;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40582713	rs34370826	TAG	T	647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=524;SC=GATCCATTTGTAGAGAGGCCC;SOR=4.174;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=12;WE=40582722;WS=40582703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	40583093	rs2412506	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	40583458	rs936209	A	G	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=33;PP=1251;SC=CACCGCCACGAGCCTTACCTC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=69;WE=40583466;WS=40583448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	40583876	rs9972418	T	G	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=55;PP=2014;SC=GGCTGGGCTGTCAGGTGCTCT;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=95;WE=40583884;WS=40583866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	40593939	rs2305647	C	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=411;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GTAGGGGATACAGACAAACCT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=40593947;WS=40593929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr15	40595414	rs1869902	G	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=13;PP=737;SC=CTTCCCACCCGCACAGGGACC;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=40595422;WS=40595404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	40595627	rs1869901	G	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=14;PP=516;SC=GGTCAAGAATGAGCAATAGGG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=40595635;WS=40595617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	40632302	rs12440659	G	C	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=70;PP=2387;SC=ACCCAAGGAAGAGATCCCAGA;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=127;WE=40632310;WS=40632292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	40645311	rs369426346	GGTGT	G	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=45.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	40645345	rs61508200	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=45.25;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	40645345	.	TGT	CGC	250	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=24;MQ=61.53;NF=11;NR=2;PP=250;QD=23.3436826817;SC=TGTGTGTGTGTGTGCGCGCGC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=13;WE=40645355;WS=40645335;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr15	40645347	rs11853293	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.00;QD=42.42;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	40646520	rs71132169	CT	C	2083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=33;PP=834;SC=AAAGCTGCTTCTTTTTTTTCC;SOR=0.948;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=38;WE=40646528;WS=40646510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	40648372	.	T	C	1096	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=28;MQ=57.74;NF=6;NR=43;PP=1096;QD=23.0769635214;SC=CCCACCATGGTCCAGGGCCCT;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=49;WE=40648380;WS=40648362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:30,49:0.62:79
chr15	40655845	rs1898883	C	G	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=45;PP=2223;SC=CAAGGCTGTGCCCCCTGAGGC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=112;WE=40655853;WS=40655835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	40655873	rs1898882	G	C	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=45;PP=2240;SC=GAGAGAAGCTGCTCCCTCCAC;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=108;WE=40655881;WS=40655863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	40659476	rs35043215	G	A	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=49;PP=2100;SC=CTGGGACCTGGGCAGAACAAG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=40659484;WS=40659466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	40699940	rs2289331	T	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=19;PP=609;SC=AGTTGGGAGGTCCGGGCAGTC;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=40699948;WS=40699930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	40700006	rs3214685	G	GTT	516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=349;SC=AGCTCACACAGTTCTGGTAAA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=40700014;WS=40699996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	40700022	rs10518693	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=194;SC=GTAAATGAAGCCTCTCTAAGA;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=40700030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	40703339	rs8034416	C	T	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=103;SC=ACTTTACCGACACCCTGGTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=40703347;WS=40703329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	40703609	rs4924466	A	G	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=14;PP=665;SC=CATTATCAGGATAATGGAGCA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=40703617;WS=40703599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	40705105	rs2289330	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=6;PP=558;SC=TAGGAAGGTGAGTGCCTTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=40705113;WS=40705095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40705159	rs2289329	T	C	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=11;PP=743;SC=GGCTAATCTGTAACCAGGACC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=40705167;WS=40705149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	40708422	rs11070270	A	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=1101;ReadPosRankSum=1.743;SC=GGGGCAGTGGACCAGCTGCTG;SOR=0.677;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=58;WE=40708430;WS=40708412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr15	40711270	rs2075625	C	G	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=6;PP=878;SC=AGGAGGCGGACGTTGCAGTGA;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=40711278;WS=40711260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40712737	rs11790	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=18;PP=432;SC=GTCCTATTCCTGTCCTCCAGC;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=30;WE=40712745;WS=40712727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40716253	rs2304645	G	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=7;PP=691;SC=CCACCACCCAGCCACTCTCAG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=40716261;WS=40716243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40751555	rs3803357	C	A	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=57;PP=2364;SC=GCCATCTCATCAGCCCCTGAG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=124;WE=40751563;WS=40751545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	40820805	rs7164166	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	40824710	rs8029208	T	C	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=76;SC=TTCACAGCTGTTCACCATGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=40824718;WS=40824700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	40827030	rs12916323	C	G	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=16;PP=1279;SC=ATTAGTGTTTCAACATGTATA;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=40827038;WS=40827020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	40856989	rs3803354	C	T	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=84;PP=2714;SC=TGGCCCCTTACCCCAGGGCAG;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=68;TCR=84;TR=152;WE=40856997;WS=40856979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	40862191	rs141235042	G	GGTTTTGTTTTGTTTTGTTTT	739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=1220;SC=AAAGGGGCCGGGTTTTGTTTT;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=4;WE=40862199;WS=40862181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	40898643	rs7177192	G	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=244;SC=GGGAATGAAAGAGTTCAGGTA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=40898651;WS=40898633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	40913840	rs2412541	G	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=15;PP=594;SC=CAGTAATTATGCTAAAATGTA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=40913848;WS=40913830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	40914177	rs11858113	T	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=23;PP=888;SC=GGTGAAAATATGGATTTGACT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=40914185;WS=40914167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	40914772	rs11855334	C	T	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=69;PP=2312;SC=GCCACACTGTCGTCATTGGAT;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=125;WE=40914780;WS=40914762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	40915045	rs8041534	T	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=14;PP=668;SC=TTGATAAGACTATTGTATTTT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=40915053;WS=40915035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40915190	rs8040502	A	G	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=29;PP=1180;SC=ATATACATGTAGGCAGGATGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=40915198;WS=40915180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	40915894	rs11070285	T	C	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=86;PP=2926;SC=TCCTGCCAAATGAAATAGCTA;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=100;TCR=86;TR=186;WE=40915902;WS=40915884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr15	40921669	.	C	T	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5001;HP=20;HapScore=2;MGOF=60;MMLQ=15;MQ=52.26;NF=0;NR=5;PP=27;QD=12.3542425094;SC=AGAGAGTTTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=40921677;WS=40921659;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	40937727	rs6492959	C	T	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=224;SC=TAGACAATTACATGGAATTAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=40937735;WS=40937717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	40947023	rs10444817	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=3;PP=157;SC=GCCAAGACTGCGCCATTGCAC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=40947031;WS=40947013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	40949526	rs2412544	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=12;PP=478;SC=CATAATTTCACTGGATTTTTT;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=28;WE=40949534;WS=40949516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	40998305	rs45592734	T	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=316;SC=TTATATATATTTTTTTGCCAT;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=40998313;WS=40998295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	41030579	rs34355108	C	CA	426.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.544;NF=11;NR=3;PP=275;ReadPosRankSum=-1.310;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAG;SOR=1.230;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=14;WE=41030587;WS=41030569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr15	41030865	rs2304582	C	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=235;SC=TGCATTGTCCCCTATCCCTGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=41030873;WS=41030855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	41036448	rs4923884	G	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=42;PP=1120;SC=TTCCAAGCTAGTATGTTACAG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=64;WE=41036456;WS=41036438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	41047024	rs7169010	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=162;SC=GCAGGCAGGCGGGCGGGCGGG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=41047032;WS=41047014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	41060084	rs76352578	A	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=454;ReadPosRankSum=1.022;SC=AAAAAAAAAAATTTATTGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=27;WE=41060092;WS=41060074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr15	41063244	rs1866170	C	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=317;SC=TGGGCAAAGCCGGGGTGACTG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=41063252;WS=41063234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	41065890	rs2289219	C	T	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=1265;ReadPosRankSum=0.817;SC=GCTCCGAGACCTGAGCGCCCA;SOR=1.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=67;WE=41065898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr15	41066625	rs117485355	C	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=31;PP=1008;SC=AGGTTGAGAACCTCACCATAC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=41066633;WS=41066615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	41099899	rs142730574	T	TGGGGC	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=8;PP=963;SC=AGTGGGCGTGTGGGGCGGGGC;SOR=1.371;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=19;WE=41099907;WS=41099889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	41101124	rs3743033	C	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=287;SC=CTTCATTTGGCTTGAATAAGG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=41101132;WS=41101115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	41101145	rs3743034	C	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=373;SC=TACTGGAAACCGAGGAATTGC;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=41101153;WS=41101135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	41104787	.	GAA	G	227	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=9;HapScore=2;MGOF=56;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=2;PP=227;QD=29.25;SC=AAGAAAGAAAGAAAAAATTAT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=41104796;WS=41104777;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr15	41104817	.	A	G	443	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=22;NR=5;PP=443;QD=17.6952300943;SC=AGAAAAGAAAAGGTTGAGAAA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=41104825;WS=41104807;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr15	41104874	rs17657877	G	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=17;PP=875;SC=TCTCGGCCTTGCTGATGGCAT;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=41104882;WS=41104864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	41105658	rs3736286	G	A	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=25;PP=774;SC=TCCCGTCTCCGCCTCATTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=41105666;WS=41105648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	41105926	rs690347	T	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=15;PP=682;SC=TGAAGAAGCTTCCCTGGATGA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=37;WE=41105934;WS=41105916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	41136885	rs11549914	C	T	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=30;PP=1846;SC=CCCTGGGCTGCCCGCGGGAGC;SOR=1.298;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=88;WE=41136893;WS=41136875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	41146581	rs3736287	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=14;PP=596;SC=CTGACCTCCCTTCCACCCGTC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=41146589;WS=41146571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	41148199	rs659232	C	T	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=91;PP=2965;SC=GTGGTTGTTACGGCAACAAGA;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=179;WE=41148207;WS=41148189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	41149161	rs690458	G	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=17;PP=618;SC=ACCACACCACGCGGCCCCTCT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=41149169;WS=41149151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	41165739	rs1814692	A	C	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1936;ReadPosRankSum=-1.061;SC=TAGCCCCCCGACACATGGAAT;SOR=0.435;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=96;WE=41165747;WS=41165729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr15	41193274	rs9806730	T	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=26;PP=732;SC=GCTTTAGATGTGGAAGGGCTT;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=41193282;WS=41193264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	41193316	rs9806683	C	T	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=14;PP=437;SC=GCTGGCTTCCCTTGCAGAGAG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=41193324;WS=41193306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	41224124	rs3212278	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=242;SC=CAGACCTCCTGTCTCTTCCCA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=41224132;WS=41224114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	41246237	rs3033592	A	ATC	173.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=118;SC=GACCACTGACATGTCAGTGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=41246245;WS=41246227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	41315591	rs72527311	A	AAT	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=1057;SC=TTTAAAAAGTAAGTCTAGACT;SOR=3.841;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=41315599;WS=41315581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	41339481	rs11070320	C	T	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=214;SC=TTATTCTTAACAAAAGAAAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=41339489;WS=41339471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	41346092	rs2899010	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=519;SC=TTGGTGCCTATTGAGGCTTAA;SOR=3.180;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=41346100;WS=41346082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	41350768	rs67053863	CGT	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr15	41476101	rs521088	T	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=174;SC=AAGCCATCTGTATGGCCTTAA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=41476109;WS=41476091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	41476209	rs522063	T	C	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=16;PP=862;SC=GAAACCACAGTCTTTCTGATA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=41476217;WS=41476199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	41476875	.	T	C	129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=59.35;NF=0;NR=7;PP=129;QD=23.3958875067;SC=TTTTTTGAGATGGAGTCTCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=41476883;WS=41476865;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	41483631	rs11371504	T	TA	1606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=1281;SC=GGACATCCTTTACACCCACCT;SOR=3.675;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=28;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	41483636	rs2412609	C	T	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=3;PP=903;SC=TCCTTTACACCCACCTGAATT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	41507865	rs113857856	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=2;PP=422;SC=ACCTGGGCGATAGAGCAAGAC;SOR=2.531;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=22;WE=41507873;WS=41507855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	41507883	rs113812559	C	CA	614.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.9982;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.449;NF=11;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=0.233;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.465;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=19;WE=41507891;WS=41507873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,31:0.89:35
chr15	41509288	rs7173086	T	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=795;SC=AAATTATTCCTTCTTACCTAA;SOR=4.021;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=41509296;WS=41509278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	41555249	rs7175912	T	C	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=137;SC=CCTTTTTTGGTCGTGTGACTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=41555257;WS=41555239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	41556395	rs72739605	G	A	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=45;PP=1581;SC=GAGAGAGATCGAGACTGAAAT;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=41556403;WS=41556385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	41605653	rs8032846	G	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=58;SC=AAAAAGCCTGGCTTCTTAATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=41605661;WS=41605643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	41750096	rs11313160	TC	T	292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=126;SC=CTCGTCGTTGTCCCCCCCCCG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=41750104;WS=41750086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	41766824	.	G	C	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=47;PP=1680;SC=TTAGGTCGCTGAGATTACGGG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=98;WE=41766832;WS=41766814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	41766966	rs167581	G	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=245;SC=GGGGGCTGCTGTTCTCTCTGT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=41766974;WS=41766956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	41794878	rs144418122	C	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=284;SC=GGGTCCTCCTCCTGGCGGCAT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=41794886;WS=41794868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	41810439	rs932959	G	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=161;SC=ACATACATAAGGTGTGTGGAT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=41810447;WS=41810429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	41813279	rs3743031	C	T	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=46;PP=2149;SC=ACCGAGGGACCCTGCTGCTTC;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=121;WE=41813287;WS=41813269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	41815516	rs8027526	G	C	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=29;PP=1073;SC=GACAGGCGCTGCATGTCCTGG;SOR=1.033;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=41815524;WS=41815506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	41815649	rs2297377	A	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=17;PP=456;SC=ACAGCCCAAAAGAGCACATTT;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=41815657;WS=41815639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	41819322	rs2297380	C	T	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=35;PP=1655;SC=AAGACAAGGCCCAGCTAGGCT;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=82;WE=41819330;WS=41819312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	41819998	rs11070334	G	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=196;SC=CCATGCCCAGGAACAGGAATA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=41820006;WS=41819988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	41827243	rs7181115	A	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=378;SC=ATAGACCCAAACTTTCCTCAG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=41827251;WS=41827233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	41827655	rs2297381	C	T	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=145;SC=AAAAATGACCCTATGATTGTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=41827663;WS=41827645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	41829230	rs721772	A	G	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=33;PP=1101;SC=TTCTTCACCAACTGCACTGCT;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=62;WE=41829238;WS=41829220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	41857216	rs11639399	G	A	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=612;SC=CTGAGTCCCCGTCCACAGCAC;SOR=3.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=41857224;WS=41857209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	41860411	rs7171675	G	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=266;SC=CTCTTTGGCTGCAGCCCCAGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=41860419;WS=41860409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	41860490	rs12148316	T	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=7.211;NF=33;NR=13;PP=841;ReadPosRankSum=-1.803;SC=GAAGAAGTGATCCCCGAGGCC;SOR=0.334;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=41860498;WS=41860480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr15	41862897	.	G	GGAGA	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=25.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-4.931;QD=1.35;ReadPosRankSum=-2.751;SOR=4.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,11:0.11:99
chr15	41862900	.	A	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.694;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=19.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-5.513;QD=0.72;ReadPosRankSum=-2.947;SOR=4.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,9:0.09:99
chr15	41862901	.	T	TG	63.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=19.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-5.513;QD=0.64;ReadPosRankSum=-3.062;SOR=4.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,9:0.09:99
chr15	41862903	.	T	TTCAGTGCGG	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.754;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=19.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-5.544;QD=0.67;ReadPosRankSum=-3.748;SOR=4.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,9:0.09:100
chr15	41863181	rs8024626	G	A	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=44;PP=2060;SC=TGGGAGGAAGGTTGGCAGGGA;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=41863189;WS=41863171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	41865525	rs62001448	G	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=30.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-4.745;QD=2.92;ReadPosRankSum=-6.811;SOR=1.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,74:0.21:348
chr15	41991315	rs2178004	A	T	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=94;NR=87;PP=2940;SC=AGATTTGAAGACTTTGCGGCA;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=94;TCR=87;TR=181;WE=41991323;WS=41991305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr15	42026764	rs1918314	C	T	5554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=94;NR=99;PP=2965;SC=TCACCTGTGACTTGGAGGATG;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=94;TCR=99;TR=193;WE=42026772;WS=42026754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr15	42032383	rs17677991	C	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=30;PP=877;SC=GGCGTTTGTCCCAGCAAAACG;SOR=2.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=42032391;WS=42032373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	42041712	rs2695163	G	A	6693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=114;NR=110;PP=2965;SC=TTCAGATGAAGAGAGAATCTC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=114;TCR=111;TR=224;WE=42041720;WS=42041702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr15	42046568	rs2695164	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=346;SC=AGGGGAACAAACATTTGAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=42046576;WS=42046558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	42059521	rs2605570	A	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=27;PP=737;SC=GAGGGGAAATAGATCTCACCT;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=42059529;WS=42059511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	42092326	rs62002090	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=205;SC=GTTATCTACCCCACCTCCCAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=42092334;WS=42092316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	42109223	rs1197689	T	C	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=49;PP=1755;SC=TCACTGCTGTTAAGTTTGCAG;SOR=1.099;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=90;WE=42109231;WS=42109213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	42109975	rs2303518	T	G	7668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=140;NR=134;PP=2965;SC=TTCCTTCATCTCCCTACGGGG;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=275;TCF=141;TCR=134;TR=274;WE=42109983;WS=42109965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr15	42111753	rs3034891	G	GC	5541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=62;PP=2988;SC=GGCGGGGGGGGGGCAGGAGAC;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=101;WE=42111761;WS=42111743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr15	42114414	rs2303517	C	T	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=32;PP=1505;SC=CTCCCCTCCCCACACCCAGAC;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=88;WE=42114422;WS=42114404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	42115426	rs1197688	A	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=37;PP=1196;SC=ACAGGGTGAGAAGCCTGATGG;SOR=1.281;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=42115434;WS=42115416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	42115747	rs3959569	G	C	9360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=166;PP=2965;SC=GCTGATGGCCGTCCGTCTCGG;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=165;TCR=167;TR=329;WE=42115755;WS=42115737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr15	42116903	rs28401754	T	C	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=69;PP=2220;SC=TTGGGCAGCATAGGTGAGGGG;SOR=1.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=104;WE=42116911;WS=42116893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	42127443	rs2241523	G	C	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=673;SC=TGGGGTGGTCGTGGCCCTGGA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=42127451;WS=42127433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	42127734	rs2241522	A	G	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=1141;ReadPosRankSum=0.789;SC=ACTGGATGGCAGCTTTCCCCA;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=64;WE=42127742;WS=42127724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr15	42128568	rs2303516	C	G	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=40;PP=2965;SC=TGCACCAGGGCCCCTGATCCC;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=97;TCR=41;TR=136;WE=42128576;WS=42128558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	42128855	rs7166139	T	C	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=44;PP=1451;SC=CTGAAAAGTCTCTAAGTCTGA;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=61;WE=42128863;WS=42128845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	42129158	rs890505	G	A	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=31;PP=1581;SC=TGCCCAGGCCGCCTGGGGAGA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=42129166;WS=42129148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	42129176	rs890504	T	C	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=33;PP=1913;SC=AGAGGCCCTGTCAAGGTCCAG;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=91;WE=42129184;WS=42129166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	42129373	rs11547012	C	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.772;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=50;PP=1496;ReadPosRankSum=-0.856;SC=TGGTGAACACCACCAAGCACG;SOR=2.114;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=67;WE=42129381;WS=42129363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr15	42132200	rs2077543	C	G	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=13;PP=972;SC=ATGGAGATATCATGTCTCCTC;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=42132208;WS=42132190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	42133502	rs11635415	T	C	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=205;SC=GGAGGCGGTCTGGGGTCCCCG;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=42133510;WS=42133492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	42133885	rs1648837	TG	CA	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=43;PP=2947;SC=CTCGGGGGACTGTGGTGGGGG;SOR=1.148;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=68;WE=42133894;WS=42133875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	42134301	rs1648835	A	C	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=19;PP=1149;SC=CCCTCCCATAACTCTATGGCT;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=42134309;WS=42134291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	42134371	rs1648834	G	C	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=70;PP=2965;SC=TCTTAGGTCTGCATTCTTTGT;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=92;TCR=71;TR=162;WE=42134379;WS=42134361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr15	42134523	rs1648833	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=871;SC=GGGGCTGGGACCCAGGCCACA;SOR=2.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=42134531;WS=42134513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	42134652	rs1672464	G	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=436;SC=CTGTGGAGACGGTGGCGGGGC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=42134660;WS=42134642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	42134839	rs1672465	T	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=34;PP=826;SC=ACAACCAGGGTGCGGGGCTGG;SOR=1.316;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=42134847;WS=42134829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	42134930	rs1648832	G	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=244;SC=TTGCGCTCGAGGGGGCACGAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=42134938;WS=42134920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	42135988	rs1672466	C	T	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=34;PP=1055;SC=TGCAGCTGGACGGAGACCTGC;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=42135996;WS=42135978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	42136977	rs2305654	C	A	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=286;SC=CTAGAAAGCCCGGGGCACGTG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=42136985;WS=42136967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	42137282	rs1648829	G	A	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=47;PP=2698;SC=CGGGGGCTGCGGCCTGGGGGC;SOR=1.162;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=78;TCR=47;TR=124;WE=42137290;WS=42137272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	42137576	rs1648828	C	T	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	42137581	rs1648827	A	C	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=2.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	42137773	rs4924580	G	A	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=12;PP=1305;SC=ACCCTGGGTCGGGGTGGGGGT;SOR=2.468;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=57;WE=42137781;WS=42137763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	42138321	rs1197670	A	G	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=33;PP=2201;SC=GGGGGTTCACACCTCTTCCCC;SOR=1.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=100;WE=42138329;WS=42138311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	42139038	rs890508	G	A	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.908;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.613;SC=TTCCAGGTTGGGAAGGGTGGG;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=83;WE=42139046;WS=42139028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr15	42139390	rs3214531	GT	G	523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=2;PP=315;SC=GGTGTGGAGAGTTTTTTTCCA;SOR=2.531;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=12;WE=42139398;WS=42139380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	42143145	rs58422701	C	CCA	8651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.139;NF=50;NR=98;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.130;SC=AGCCTGGCACCCACAGTCACA;SOR=0.851;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=161;TCF=51;TCR=110;TR=148;WE=42143154;WS=42143135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,324:0.99:328
chr15	42143533	rs1197665	T	G	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=67;PP=1978;SC=GCCCTGCAAGTTCCCGCGGCA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=114;WE=42143541;WS=42143523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	42144332	rs1197662	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=470;SC=ACTGCATGCTTCAGGGAGACC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=42144340;WS=42144322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	42144967	.	TG	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.279;QD=0.46;ReadPosRankSum=1.619;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,21:0.14:145
chr15	42146189	rs62002122	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=396;SC=GATAGGTCCCCTCAGCCACCG;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=42146197;WS=42146181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	42147206	rs1648826	T	C	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=46;PP=1291;SC=CAGGGTCACTTGAGATGGTAT;SOR=1.218;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=79;WE=42147214;WS=42147196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	42147639	rs2305655	A	C	6177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.211;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=62;PP=2438;ReadPosRankSum=-1.112;SC=GTGGGAAGAGAGCGACAGTCT;SOR=0.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=140;WE=42147647;WS=42147629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
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chr15	42149472	rs1456235	T	C	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=1276;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TTCCACATCTTGGGCAAGGCA;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=42149480;WS=42149462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr15	42149506	rs12442525	G	C	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.877;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=40;PP=1711;ReadPosRankSum=-0.530;SC=ACAAAGGCCTGGGCCTGGCCC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=102;WE=42149514;WS=42149496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr15	42155812	rs2278966	G	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=3;PP=1015;SC=GGCCAGTGAGGGGGGAGACGC;SOR=4.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=41;WE=42155820;WS=42155802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	42156321	rs1197657	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=240;SC=CCCCGGAGCATGAGGAACTGC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=42156329;WS=42156311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	42159623	rs8032462	T	C	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=14;PP=1629;SC=ACCCCAGCCTTGCAGGCTCAT;SOR=2.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=75;WE=42159631;WS=42159613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	42166500	rs12593397	C	T	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=16;PP=840;SC=CTTGTGCTTGCGGTGAAGGCT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=42166508;WS=42166490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	42170499	rs1201690	T	G	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	42170506	rs747780	C	T	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	42171537	rs1197683	A	G	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=43;PP=1694;SC=AGGGCGTGGCAGGTGTCCTCT;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=100;WE=42171545;WS=42171527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	42171877	rs1197685	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=493;SC=AGTCAGGCCCAGGCTGGGCAC;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=42171885;WS=42171867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	42175104	rs1197691	G	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=5;PP=194;SC=GAGAAAACTGGCAGGCCAACA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=42175112;WS=42175103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	42175507	rs1197692	T	C	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=41;PP=2558;SC=GTCCCCCACCTTGCTGTGTTT;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=121;WE=42175515;WS=42175497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	42178155	rs1210795	T	C	6065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=112;PP=2965;SC=GGCTGCCTTGTGCTGGAAGCG;SOR=0.913;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=101;TCR=112;TR=213;WE=42178163;WS=42178145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr15	42185439	rs1672459	C	G	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=29;PP=1604;ReadPosRankSum=-0.643;SC=AGCTGGGGGCCTGGTATGGGT;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=82;WE=42185447;WS=42185429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr15	42187661	rs1704380	T	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=34;PP=1088;SC=TCCTTTCCCATTCTCCATCAT;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=42187669;WS=42187651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	42245811	.	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.728;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr15	42245818	.	C	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.379;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.41;ReadPosRankSum=-1.592;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr15	42287578	rs1668586	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	42289522	rs1704357	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	42292532	rs1668557	T	C	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=85;SC=ACTACCCACCTGCAACTTGGT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=42292540;WS=42292522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	42297092	rs2598464	G	A	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=49;PP=1834;SC=GAAGCTACTTGATGGCCAGGA;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=108;WE=42297100;WS=42297082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	42298133	rs1704366	A	G	184.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=149;SC=GGAATCAGCAACAGCTATGAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=42298141;WS=42298123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	42302590	rs1668568	A	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=10;PP=244;SC=AGATAAAGAAATATTCCTGGC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=42302598;WS=42302580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	42305769	rs75965569	G	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42305770	rs76383211	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42305773	rs62004282	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42305852	rs10625152	A	AGAG	2407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=15;PP=1473;SC=TCCGGTAAGCAGAGAAGGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=28;WE=42305860;WS=42305842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	42305998	rs1668565	T	C	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=28;PP=820;SC=CAAGCATTACTCCAAGGCCAT;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=47;WE=42306006;WS=42305988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	42306015	rs1668564	G	A	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=19;PP=520;SC=CCATTGCCCCGGGGGAGACTT;SOR=1.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=30;WE=42306023;WS=42306005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	42311454	rs2724935	T	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=146;SC=CTCAGCCTCCTCATTGGAGCT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=42311462;WS=42311444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	42360950	rs750051	C	T	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=35;PP=1739;SC=CTCTAGAGTCCGGTGCTTCAG;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=97;WE=42360958;WS=42360940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	42361022	rs750052	C	T	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=51;PP=1852;SC=GTCACTGAGCCGCAGCAGGCG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=109;WE=42361030;WS=42361012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	42361178	rs2412656	G	A	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=449;SC=GCAGGACGCCGGGGCTTCTAC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=42361186;WS=42361168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	42362089	rs113792982	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=5;PP=323;SC=CCTGGGTGCTTGGGAGGGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=42362097;WS=42362079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	42362365	rs78952694	C	T	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=4;PP=109;SC=CCAGCCCACACCAGCTGCTTC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=42362373;WS=42362355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	42362821	rs2459692	C	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=307;SC=TTCGGGACCCCGGCGGTGTGG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=16;WE=42362829;WS=42362811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	42363012	rs17690899	G	C	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=33;PP=1219;SC=GATGAAGTAGGCGGCGTCCAC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=42363020;WS=42363002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	42363043	rs74678783	T	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=25;PP=810;SC=CGGGGCTCCTTGGGGGTCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=42363051;WS=42363033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	42363078	rs77186114	T	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=17;PP=501;SC=GTCAAGCTGGTAGTCTGGTGG;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=42363086;WS=42363068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	42363163	rs76192742	T	C	181.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=146;SC=GGGTCACTCCTTAAATGCCAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=42363171;WS=42363153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	42363395	rs78165678	C	T	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=14;PP=568;SC=GTTGGGGCTGCGCTGGTGGAG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=42363403;WS=42363385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	42363480	rs17747505	G	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=24;PP=984;SC=GCCTCCAGCCGCGAGGAGGTC;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=59;WE=42363488;WS=42363470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	42363769	rs1668589	A	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=23;PP=682;SC=ACCAAAAGAGATCAGCCTCAG;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=42363777;WS=42363759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	42363852	rs141784593	AT	A	271.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=202;SC=CCTACAATGCATCCCCCCCGC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=42363860;WS=42363842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	42363917	rs74547767	C	T	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=230;SC=GGACCCATGTCCATTCAGACA;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=42363925;WS=42363907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	42364143	rs74724325	G	A	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=60;PP=1912;SC=AGGAGTGTGAGGGGAGTGGAT;SOR=1.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=42364151;WS=42364133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	42364329	rs1712401	A	C	113.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=2;PP=147;SC=GCACAGAGAGATGCCCTGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=42364337;WS=42364319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	42364437	rs77172212	G	T	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=10;PP=607;SC=GGTTTGGGGGGTGGAGTATGT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=42364445;WS=42364427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	42374611	rs79419176	C	G	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=44;PP=1255;SC=ATCATTCATTCATTCATTCAT;SOR=1.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=42374619;WS=42374601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	42375683	rs78313382	A	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=367;SC=TCCCAGCCCAAGGGGCCCCAC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=42375691;WS=42375673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	42377366	rs75621794	C	T	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=40;PP=1506;SC=CAAAGGCAAACGCTTCCTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=87;WE=42377374;WS=42377356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr15	42377640	rs151065238	T	TCAGA	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.54;NF=5;NR=5;PP=629;SC=GGCCATTTCCTCAGAGCCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=10;WE=42377648;WS=42377630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	42377744	rs605253	C	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=19;PP=593;SC=AATCAGAGAGCATGAGCAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=42377752;WS=42377734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	42378650	rs77332371	A	G	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=20;PP=517;SC=TCATTATGCCACCACACGTCT;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=27;WE=42378658;WS=42378640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	42378672	rs148178869	TAA	T	505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=242;SC=CGCTTCAAAATAAAAAAAAAA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=42378681;WS=42378662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	42379431	rs78042001	C	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=301;SC=CATGCTCTACCCCAGGAACCC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=42379439;WS=42379421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	42379594	rs4924619	G	A	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=57;PP=2029;SC=TTCCAGGTGCGGTCGACAGCT;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=126;WE=42379602;WS=42379584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	42379939	rs79813811	C	G	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.17;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,121:0.98:123
chr15	42386480	rs75615772	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=16;PP=975;SC=CACTCTGCATCCCAAATCTCA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=42386488;WS=42386470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	42386630	rs75734921	G	T	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1550;ReadPosRankSum=-0.991;SC=GGGTGGCCAGGTGGTCCCCCA;SOR=0.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=91;WE=42386638;WS=42386620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr15	42433802	rs2280248	A	G	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=20;PP=923;SC=CTGGCTTCTCAGTGCCCTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=42433810;WS=42433792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	42436599	rs636535	T	C	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=49;SC=GAGCCAGAGGTGCAGGCAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=42436607;WS=42436589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	42447632	rs147272656	ACT	A	2064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.429;NF=9;NR=17;PP=1107;ReadPosRankSum=-1.155;SC=ACACACACACACTCTCTGTTA;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=26;WE=42447641;WS=42447620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr15	42453851	rs148082104	GA	G	1499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=10;PP=857;SC=ACAAAGCCCAGATGCCACACA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=42453859;WS=42453841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	42503953	rs367909084	GA	G	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr15	42519136	rs1678988	T	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=19;PP=621;SC=GTACAACATTTATACACATTA;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=42519144;WS=42519126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	42520134	.	C	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=707;SC=GGACTGTATACCTGCTATCAG;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=32;WE=42520142;WS=42520124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	42520760	rs1678987	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=324;SC=TTAAAAACCACAGATCCTTCT;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=42520768;WS=42520750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	42520829	rs1712417	T	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=16;PP=1153;SC=ACTTTCTATGTCCACCCATGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=42520837;WS=42520819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	42523341	rs56119841	T	TC	3261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=23;PP=1927;SC=GAAACCCATCTCAAGGGGAGA;SOR=1.192;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=43;WE=42523349;WS=42523331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	42524065	rs1630294	T	C	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=27;PP=1309;SC=CAGGCGTCAATTGCTGAGAGG;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=42524073;WS=42524055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	42524165	rs1712420	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=27;PP=795;SC=GTTAAAGTTGCTAGAAGTCTA;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=42524173;WS=42524155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	42528676	rs1679012	C	T	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=30;PP=933;SC=AGGCCAGATGCCAATACTAGA;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=42528684;WS=42528666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	42531768	rs11070363	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=2;PP=127;SC=CTGAATTGCACAGGAACAATT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=42531776;WS=42531758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	42553218	rs5812215	AT	A	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=32.93;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42560312	rs2412681	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=422;SC=ATATCCTATTCATTTCGTACC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=42560320;WS=42560302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	42564369	rs4244587	CA	TG	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=7;PP=473;SC=CTTCAATTACCAAAGCATCAT;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=42564378;WS=42564359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42564902	rs7181758	A	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=85;SC=CTATTTCTTCAATTTTAACCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=42564910;WS=42564893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	42568547	rs8043515	C	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=9;PP=305;SC=TTTATTTAGTCTTGAAGATGA;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=42568555;WS=42568537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	42568630	rs8023678	G	A	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=6;PP=132;SC=AAATATAGTAGCTAGATCAAA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=42568638;WS=42568620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	42570201	rs12916523	A	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=92;SC=GCTTTCTAACATATTCCCTCT;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=42570209;WS=42570191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	42570433	rs8024390	C	T	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=47;SC=TCAAGAAAGACAAGATGTCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=42570441;WS=42570423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	42570718	rs8024732	A	G	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=69;PP=2587;SC=TCCACCTATCAGGCATTATTG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=150;WE=42570726;WS=42570708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	42573067	rs8037020	C	T	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=207;SC=TACTGTAGATCAGTTTCTCTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=42573075;WS=42573057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	42575963	rs2412689	A	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=50;PP=1953;SC=CTCAGCAGATAAGGCACAACT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=42575971;WS=42575953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	42579822	rs11070371	T	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=3;PP=446;SC=CTAATTATTGTAATTGGTGCA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=42579830;WS=42579812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42579948	rs8037627	T	C	4034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=53;PP=2062;SC=TTAAAATTAATGAAGAGACTC;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=136;WE=42579956;WS=42579938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	42580106	rs8036596	A	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=716;SC=TGCACTTCTTATTTTGGCTGC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=42580114;WS=42580096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	42584909	rs4923939	C	T	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=30;PP=1510;SC=CAGCTTGTTTCTCTCTTCCTG;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=75;WE=42584917;WS=42584899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	42589987	rs4924651	T	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.92;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	42589996	rs4924652	C	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	42590034	rs72029141	TATTCATTC	T	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=600;SC=TTCATTCATTTATTCATTCAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=42590049;WS=42590024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	42603083	rs2412694	C	T	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=37;PP=1097;SC=TGTTCTGTTACATATCCAATG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=42603091;WS=42603073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	42606094	rs7173358	A	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=58;SC=AGGCTGCAGTAAGCACTGTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=42606102;WS=42606084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	42606153	rs141877658	A	AAACAACAACAAC	616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=1766;SC=CTATCTCTAAAAACAACAGCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=42606169;WS=42606143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	42606161	rs11637731	G	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;QD=37.08;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	42619508	rs1659215	C	T	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=22;PP=1001;SC=ACAATGCATCCTACTGTGAGG;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=42619516;WS=42619498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	42704105	rs3098423	C	T	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=38;PP=1456;SC=ATCAGTCATGCTCCTCCTCCA;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=42704113;WS=42704095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	42758159	rs2244773	T	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=7;PP=215;SC=ACATTTGCTTTTGACGGATTA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=42758167;WS=42758149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	42764519	rs7177521	G	C	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=49;PP=2049;SC=CAACGTCACAGCTGCAATGAG;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=118;WE=42764527;WS=42764509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	42805000	rs4573906	G	A	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=3;PP=164;SC=CTCCTGCCTCGGCCTCCCAAA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=42805008;WS=42804990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	42820451	rs9302112	C	T	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=13;PP=781;SC=ACTCCTGACTCTTATATAGAA;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=41;WE=42820459;WS=42820441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	42851464	rs11070374	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=216;SC=GCTGGGATTACAGGAGTGAGC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=42851472;WS=42851454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	42930891	rs1197550	A	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=8;PP=570;SC=TTTCTACTTAACTCTAGTTTT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=42930899;WS=42930881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	43025476	.	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.840;QD=1.38;ReadPosRankSum=2.043;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr15	43086737	rs16957167	G	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=321;SC=AGGCTTTCCCGGATGTCTTAG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=43086745;WS=43086727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	43109385	rs7182753	C	T	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=35;PP=1024;SC=GGAAGAAACACGTCCTTTATT;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=43109393;WS=43109375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	43170690	rs10650948	T	TAC	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CCGATATGTATACACACACAC;SOR=0.144;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=6;WE=43170698;WS=43170680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr15	43170793	rs6493068	A	G	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=31;PP=1077;SC=CAGGATATCCAGCTGCTCTCC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=43170801;WS=43170783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	43170823	rs16957250	C	T	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=32;PP=996;SC=CATTGCAATACACTGATATGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=43170831;WS=43170813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	43280889	.	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=357;SC=CACTAATACACTGAAATACTA;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=43280897;WS=43280879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	43330175	rs7166596	A	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=396;SC=TTCTCACGTGAAAAATGGAAG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=43330183;WS=43330165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	43351802	.	AG	A	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=15;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=18;MQ=58.68;NF=2;NR=0;PP=38;QD=20.5;SC=AAAAAAAAAAAGAAAAACTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=2;WE=43351810;WS=43351792;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr15	43352415	.	C	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=662;SC=GAGCTCTAATCGCGTGTTGAC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=43352423;WS=43352405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	43527236	rs579178	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=287;SC=CAAGTACCAAATCCCAGGGAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=43527244;WS=43527226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	43531411	rs28756768	G	C	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=37;PP=1226;SC=GCCTCCATATGCAGGGGGCAG;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=43531419;WS=43531401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	43545728	rs555001	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=460;SC=CTCTGCTGACGTAGACGGGGC;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=43545736;WS=43545718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	43558823	rs473016	A	C	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=233;SC=GTTAGCAAGCAGCTGTGTGCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=43558831;WS=43558813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	43571390	rs567357	C	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	43579566	rs513970	A	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=16;PP=940;SC=GGATGGCCACACTGCCCTTCC;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=43579574;WS=43579556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	43585520	rs538238	T	C	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=3;PP=147;SC=GCATGAGGGGTCTGGGGCTCC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=43585528;WS=43585510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	43784000	rs555252	C	T	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=27;PP=1323;SC=ACCAACAAACCTTAATACAAA;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=51;WE=43784008;WS=43783990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	43927623	rs375933133	CA	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.923;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr15	44002670	rs373529135	TTG	T	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQRankSum=-0.839;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr15	44028569	rs56181031	G	C	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.11;QD=26.54;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	44038899	rs2411284	C	T	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	44053617	rs8040336	C	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=6;PP=314;SC=ATTTTGACTTCTAAGATGGAA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=44053625;WS=44053607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	44061802	rs1053492	C	T	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=23;PP=1568;SC=GGTGTGGTCACTGTAAGAACC;SOR=1.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=44061810;WS=44061792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	44062874	rs7181912	A	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.98;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	44068160	rs3844075	C	G	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=33;PP=1534;SC=AGGGTGGAGACCTCTTAAGCA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=44068168;WS=44068150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	44084705	rs4644832	G	A	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=99;PP=2965;SC=CGCGCTCTGTGGCCACCCTCA;SOR=1.456;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=56;TCR=99;TR=155;WE=44084713;WS=44084695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	44090854	rs654276	T	C	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=4;PP=147;SC=TGAGAGGGGGTTGGGACAGGC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=44090862;WS=44090844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	44091351	rs656473	A	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=22;PP=641;SC=AGTGTGTGTGAGAGAAATGGC;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=44091359;WS=44091341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	44119446	rs557886	C	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=409;SC=AGGTTCTTATCAATAACCCGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=44119454;WS=44119436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	44120559	rs678084	T	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=23;PP=696;SC=TACCACACCATCCCTGGTAAG;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=44120567;WS=44120549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	44778936	rs2453275	T	A	406.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.05;MQRankSum=-0.171;QD=21.41;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr15	44852433	.	CT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	45047134	rs2470911	G	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=75;PP=2773;SC=CGATCCAGGCGACTATGTTGA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=159;WE=45047142;WS=45047124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr15	45047573	rs3100139	C	T	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=124;SC=CATTTCTTCACGGTGGGTGAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=45047581;WS=45047563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	45048757	rs3759881	T	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=168;SC=ATATATTATCTACACACTAAA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=45048765;WS=45048747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	45059390	rs6493127	C	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=472;SC=GTTTACCCCCCTTTCTCCCAT;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=45059398;WS=45059380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	45060014	rs3100143	A	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=542;SC=TTAAAGAGGTATTGAAATATT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=45060022;WS=45060004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	45250755	rs373082	CA	TG	373.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=56.28;NF=0;NR=9;PP=452;SC=CAGCCAAATCCAGCTAATCTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=45250764;WS=45250745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	45353230	rs2854446	C	T	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=31;PP=1671;SC=TGCTCCCACCCTCGGACATGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=84;WE=45353238;WS=45353220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	45357410	rs2854437	T	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=57.53;NF=16;NR=6;PP=483;SC=GCATATATAATACTATTGTTA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=45357418;WS=45357400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	45361011	rs28662287	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.50;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	45361241	rs55713047	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=56.28;NF=3;NR=12;PP=303;SC=CCATCCAGGCGGGCATCTACG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=45361249;WS=45361231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	45387550	rs199138	A	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=6;PP=819;SC=TGGAGCCAGGAGCTTTCTCTC;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=45387558;WS=45387540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	45388382	rs2554451	C	T	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=13;PP=335;SC=TCTGAGCAAGCGGGGCTCCTG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=45388390;WS=45388372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	45391566	rs269869	A	T	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=12;PP=818;SC=AGGAGAAACCATCCCCAGAAC;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=45391574;WS=45391556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	45392075	rs269868	G	A	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=40;PP=1310;SC=CGAGGGTGGCGAGGCAAAGCC;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=45392083;WS=45392065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	45398965	rs269862	G	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=11;PP=572;SC=CAAATAGCCAGCCCCTCAGGC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=45398973;WS=45398955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	45399467	rs190599	A	G	7039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=89;PP=2965;SC=GACAGCACCAAGTGATTCCCC;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=133;TCR=89;TR=222;WE=45399475;WS=45399457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr15	45400164	rs269861	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=62.13;NF=9;NR=0;PP=184;SC=CAAGGGCTCATAGGGGCTGTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=45400172;WS=45400158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	45400358	rs269860	C	G	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=63;PP=2180;SC=CCAGGAGCCCCCCAAGGAGCA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=128;WE=45400366;WS=45400348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	45404066	rs2001616	G	A	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=53;PP=2313;SC=GTCGAACACGGGGTCTCCAGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=139;WE=45404074;WS=45404056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	45404979	rs182090	T	G	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=44;PP=1427;SC=CCCAAACCTCTCCCTAAGCCT;SOR=1.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=45404987;WS=45404969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	45405463	rs269856	G	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	45406718	rs187290	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=105;SC=CAAAGAGACGCCAAGGACGCG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=45406726;WS=45406709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	45408414	rs2576090	C	G	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=63;PP=2051;SC=AGCCCGTGTCCGTCTGCTCGT;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=113;WE=45408422;WS=45408404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	45408691	rs2576091	C	G	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	45408699	rs2252371	C	T	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.36;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	45408710	rs2554459	A	G	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=36;PP=1692;SC=GCCTCACCCCACAGGGACCCC;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=99;WE=45408718;WS=45408681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	45408933	rs2576092	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=269;SC=CTATGGTAAGTGCTGGAGGGA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=45408941;WS=45408923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	45409271	rs955152	C	T	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=653;SC=CACAGCGGGTCCCCCCACTCC;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=45409279;WS=45409261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	45424286	rs1706810	C	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=382;SC=TCTGGGCTCCCCCAAGGACAG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=45424294;WS=45424276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	45433646	rs1648283	T	G	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=52;PP=1761;SC=GTGGTGGGTCTGGAGCCTCGT;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=104;WE=45433654;WS=45433636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	45439910	rs938129	A	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=35;PP=998;SC=TCTGTTGGAGATGGGGAAGCC;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=45439918;WS=45439900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	45444518	rs1706804	A	G	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=0.881;SC=CGGGCATCACAGACACCACCC;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=120;TCR=84;TR=202;WE=45444526;WS=45444508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr15	45445499	rs1648304	G	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=403;SC=CTCTGGCCAGGGTCCTCGATC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=45445507;WS=45445489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	45445692	rs1648303	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	45445746	.	A	G	103	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=148;MMLQ=24;MQ=59.45;NF=0;NR=10;PP=103;QD=13.7771212547;SC=GTGTGTGTGTATAATGGGGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=45445754;WS=45445736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	45446084	rs11306605	CA	C	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr15	45446156	rs2458236	C	T	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=35;PP=1288;SC=CAGGTCTGAGCTCCCCCAGAA;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=77;WE=45446164;WS=45446146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	45454720	rs1706811	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.79;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	45467540	rs1632144	C	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=18;PP=797;SC=TCACCTTCCGCGGTGGCCCCA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=45467548;WS=45467530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	45544319	rs2899376	T	G	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=87;SC=CTCCTCTACATTGAGGGCAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=45544327;WS=45544309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	45545378	rs17215668	GC	G	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=7;PP=607;SC=TTCAGGCTTGGCCCTGAATTT;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=45545386;WS=45545368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	45545478	rs11854484	C	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=22;PP=871;SC=ACAGTGAACCCGGGGCTGGAG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=45545486;WS=45545468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	45554267	rs1060896	C	A	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=37;PP=1296;SC=CACACGCCAGCTTGTTCAAGA;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=80;WE=45554275;WS=45554257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	45556829	rs11631021	A	G	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=2;PP=116;SC=ACTCACATTGAAATAATATTC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=45556837;WS=45556819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	45557456	rs11632419	C	A	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=727;SC=AGATCAGCGCCCCTGTATACC;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=45557476;WS=45557446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	45557468	rs2271438	A	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=25;PP=648;SC=CTGTATACCAATTTGACCCTA;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=45557476;WS=45557446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	45560076	rs74966124	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=220;SC=CTTCAAGTCTCCCTGAGGGGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=45560084;WS=45560066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	45561868	rs2413769	C	A	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=190;SC=ACTACAAAGCCAGCAGAACAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=45561876;WS=45561858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	48443699	rs2470103	T	C	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=77;PP=2357;SC=TCCAAAGCCTTGATTTATTCC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=160;WE=48443707;WS=48443689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr15	48450517	rs3736482	T	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=516;SC=AACTCTCTGATATTTTAATTA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=48450525;WS=48450507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	48460786	rs11070626	T	C	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=272;SC=CCCCTGCCTATATGAAGATTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=48460794;WS=48460776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	48460927	rs8023906	C	T	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=57;PP=2196;SC=TTTTCTCCAGCGCCCGAATTC;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=135;WE=48460935;WS=48460917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	48520699	rs1484547	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	48538979	rs35669481	A	AAAC	290.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=220;SC=TGTCTCAAACAAACAACAACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=48538987;WS=48538969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	48539026	rs11636073	A	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=5;PP=411;SC=CAGGGGGAAAAAATGTAGTTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=48539034;WS=48539016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	48539043	rs8028035	G	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=9;PP=546;SC=GTTGAAAGCCGTTTGCTTATG;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=48539051;WS=48539033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	48541700	rs2279365	G	A	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=19;PP=1493;SC=TTCAAGCTTCGAGGCTATAAC;SOR=1.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=73;WE=48541708;WS=48541690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	48561834	rs1484551	A	G	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=23;PP=1060;SC=GATTGCCCACATTTTTATGTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=68;WE=48561842;WS=48561824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	48580713	rs1552311	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	48623248	rs66822811	TCGGGCGCGGTGTCTTGCCCACAGCTTGGGGAGCGGCCC	T	368.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=1221;SC=TGAAAGGAAATCGGGCGCGGT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=48623293;WS=48623238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	48755168	rs9806595	T	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=381;SC=TTTTTTTCCCTGTAAAGATAA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=48755176;WS=48755158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	48763008	rs75227249	A	T	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=12;PP=304;SC=TCTAAAAAAAACCTGCCAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=48763016;WS=48762998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	48763063	.	T	TCCC	88.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	48763065	.	A	ATGCTATCC	88.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	48763067	.	A	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	48779200	rs72132658	AATAAC	A	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=6;PP=456;SC=AATAAAATAAAATAACATAAC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=48779213;WS=48779190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	48779231	rs72158035	GTAAAA	G	1122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=43.18;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	48779402	rs11853943	C	T	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=54;PP=2463;SC=TGATGTCTGTCGGGAAAATAA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=131;WE=48779410;WS=48779392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	48789634	rs140605	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=269;SC=ATAAAATAAATACTGAATGAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=48789642;WS=48789624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	48797124	rs35464791	T	A	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=55;SC=ATTCTTTATATCTTATCTGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=48797132;WS=48797114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	48797307	rs25458	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=25;PP=779;SC=CGCAACGCCCATTCATGCAGA;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=48797315;WS=48797297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	48797424	rs8037304	C	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=181;SC=ATGTTTTAACCCTTGAAAATG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=48797432;WS=48797414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	48805637	rs2306352	G	A	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=19;PP=841;SC=CCACGGGACTGTATTAGTCTC;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=48805645;WS=48805627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	48807637	rs4775765	C	T	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=26;PP=1062;SC=CTCACACCGGCAACTCCCAGG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=48807645;WS=48807627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	48813107	rs2413907	G	T	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=36;PP=986;SC=ACTTCACACTGGGGCTACGGC;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=48813115;WS=48813097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	48903126	rs1018148	A	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=472;SC=GGTCCCTCACAAACTTTGCTA;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=48903134;WS=48903116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	49048705	rs16961560	G	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=864;SC=ATATTTTCAAGCTCACTCTTC;SOR=2.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=49048713;WS=49048695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	49090134	rs75503597	C	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=14;PP=665;SC=AAAGTGACTTCAGGTGCTTAC;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=49090142;WS=49090124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	49098016	rs1426200	C	A	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=200;SC=GGTGATTCACCGAAAATAGCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=49098024;WS=49098006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	49148192	rs16961728	T	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=31;PP=1364;SC=AGTAAGCCATTTGTTCCGTGG;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=49148200;WS=49148182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	49149828	rs4774526	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=105;SC=CAAATAAATACATACAGATAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=49149836;WS=49149818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	49421868	rs507054	T	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=4;PP=132;SC=TGCTTGGCAATGATATAAAGT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=49421876;WS=49421858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	49423098	rs2289390	C	T	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	49437119	rs201599444	T	TA	101.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=97;SC=AGCATATCATTAAAAAAATTA;SOR=3.258;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=49437127;WS=49437109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	49461248	rs577659	C	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=19;PP=640;SC=CACTCTTTGGCTATGCTTTAT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=49461256;WS=49461238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	49574345	rs141619801	G	A	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=7;PP=168;SC=ACATGGAGAAGAAGGCCCTGA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=49574353;WS=49574335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	49620971	rs5812480	AT	A	64.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr15	49716845	rs16962440	T	C	291.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=279;SC=TTTCAGGTGATATGTTTTCTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=49716853;WS=49716835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	49800394	rs58845336	G	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=922;SC=GCAGTATACAGAAACTTTACT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=49800402;WS=49800384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	49867122	rs12901416	A	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=260;SC=ATCCAGAAAAACATTTTTGTA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=49867130;WS=49867112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	49867148	rs12902794	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=3;PP=278;SC=CTTATCTCTATTGAAAAATTA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=49867156;WS=49867138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	49867323	rs12902107	G	A	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=8;PP=313;SC=AAAAAAACAAGAGAGAGATGC;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=49867331;WS=49867313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	50152583	rs4774549	G	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=31;PP=942;SC=CAAAAGCATAGCCAGACCTTC;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=50152591;WS=50152573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	50189794	.	C	T	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=31;PP=811;SC=CTTTTATTTACGGAAAACTTA;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=50189802;WS=50189784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	50193553	rs2009833	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=133;SC=AGAGAATATGGCATAAGACCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=50193561;WS=50193543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	50311135	rs12591825	C	A	6347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=117;PP=2965;SC=TACCAGAGTACTTCCTGTCAT;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=102;TCR=117;TR=219;WE=50311156;WS=50311125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr15	50311148	rs11070741	A	G	6259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=114;PP=2965;SC=CCTGTCATTAAACCCTCAGCT;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=97;TCR=115;TR=211;WE=50311156;WS=50311125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr15	50474766	rs1648348	A	C	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=93;PP=2965;SC=CAGCTACGGGAAGCGGCGGCC;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=94;TCR=93;TR=186;WE=50474774;WS=50474756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	50489677	rs1863511	A	T	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=21;PP=1273;SC=TTGTTTTGATATTTTTCTTAT;SOR=1.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=50489685;WS=50489667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	50521265	rs5812509	T	TA	7051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=80;PP=2936;SC=GATCTGTACCTAACCCATAGA;SOR=0.734;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=107;TCF=21;TCR=86;TR=101;WE=50521273;WS=50521255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr15	50570999	rs11372405	G	GT	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.589;NF=0;NR=20;PP=253;ReadPosRankSum=-0.639;SC=AAAGAAGAGGGTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=20;WE=50571007;WS=50570989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr15	50581634	rs34330339	T	TA	369.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.109;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr15	50581869	rs374196509	GA	G	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=7.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=0.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr15	50601811	rs11636564	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=3;PP=815;SC=ATAAACACAATACTGACTACA;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=50601819;WS=50601801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	50754339	rs3098169	G	A	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=6;PP=254;SC=ATTATTATTCGTCTGCGTTTT;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=50754347;WS=50754329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	50773755	rs3131561	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=18;PP=589;SC=ACCATGAGCAGCAATCTCCTC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=50773763;WS=50773745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	50781963	rs3098176	T	A	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	50787955	rs17645290	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=4;PP=173;SC=TGTTTCTAAATCTGGCAAGTG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=50787963;WS=50787945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	50821945	rs3098200	G	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=16;PP=1160;SC=AGATAATTCTGGAGTTTTCTT;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=50821953;WS=50821935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	50822215	rs141101722	A	ATT	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=458;SC=TTTAAAAGTAATTTCTTGACT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=50822223;WS=50822205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	50831175	rs3101860	T	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=497;SC=AGTCAACAAATCCAGAAGACA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=50831183;WS=50831165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	50833113	rs2003359	A	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=211;SC=GAGCCACCGCACTCAGTCTAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=50833121;WS=50833112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	50836243	rs3109878	T	G	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=3;PP=115;SC=AAAAAAAGGATGCCAGGCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=50836251;WS=50836233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	50867082	rs473357	G	A	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=32;PP=1764;SC=TATCTTCTTTGTAAATACTTG;SOR=1.212;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=91;WE=50867090;WS=50867072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	50873262	rs2414060	A	G	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=133;SC=TTTATTTATTATAACTGTATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=50873270;WS=50873252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	50878478	rs539383	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=105;SC=CAGAATTTTCGTCTTCTGACT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=50878486;WS=50878468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	50878509	rs1395297	T	C	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=156;SC=TCACTGCTCATGTGTTTGACA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=50878517;WS=50878499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	50878574	rs3109894	G	A	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=20;PP=941;SC=CTATTCATATGGTCAAAATAC;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=50878582;WS=50878564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	50882045	rs113973270	T	TTTTTTTG	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=282;SC=AGGTTACAGTTTTTTTTGTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=50882053;WS=50882035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	50885976	rs567109	G	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=16;PP=469;SC=AGAAAATCAAGGAAGAGCTAT;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=50885984;WS=50885966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	50888619	rs675011	A	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=278;SC=ACAACTTAAAAATAGTAATTC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=50888627;WS=50888609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	50897213	.	T	C	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=35;PP=1298;SC=CAAAGTTCCATTTTGCTCCAA;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=50897221;WS=50897203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	50899211	rs12439744	C	T	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=299;SC=ACAAAGTATACAGCATACTCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=50899219;WS=50899201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	50899309	rs11633404	C	A	1037.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=798;ReadPosRankSum=0.841;SC=ACACACACACCCCCCTACGTA;SOR=1.154;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=50;WE=50899317;WS=50899297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,45:0.92:49
chr15	50901929	rs35281039	TA	T	895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.532;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.390;NF=24;NR=11;PP=426;ReadPosRankSum=2.098;SC=TTCCTAAAATTAAAAAAAAAA;SOR=0.237;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=35;WE=50901938;WS=50901919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,45:0.92:49
chr15	50903600	rs4775894	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=424;SC=ATTAATACTTCCTACTTTTTA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=50903608;WS=50903590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	50911865	rs34352984	AT	A	145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.82;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	50916575	rs137968959	GATTTAC	G	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=197;SC=AAGTCCTTAGGATTTACATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=50916588;WS=50916565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	50924995	rs2292175	G	A	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=202;SC=TATTTCACCAGTTTAGAATGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=50925003;WS=50924985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	50926523	rs140773609	AAAAT	A	339.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=246;SC=CTCCGTATCAAAAATAAATAA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=50926534;WS=50926513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	50941108	rs2063011	C	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=52;PP=1463;SC=GAGATTAAAACACCCTTCAAA;SOR=2.062;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=72;WE=50941116;WS=50941098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	50941131	rs2063010	A	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=844;ReadPosRankSum=1.248;SC=ATTAGAGTTAATGAAAAAATG;SOR=1.034;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=46;WE=50941139;WS=50941121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr15	50950141	rs17645826	T	C	322.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=216;SC=TCAGTAGATATTATAGTTCAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=50950160;WS=50950131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	50950152	rs72740459	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=158;SC=TATAGTTCACGTATACCTTGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=50950160;WS=50950131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	51029111	.	G	T	61	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=15;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=51.07;NF=0;NR=3;PP=61;QD=31.9237375157;SC=GAGGTTTTTTGTTTTTTTTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=51029119;WS=51029101;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	51040798	rs8035452	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=283;SC=ACTCAGCCTCTAAACCACACA;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=51040806;WS=51040788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	51057868	rs3896609	C	A	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	51217361	rs2306331	T	C	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=65;PP=1874;SC=GATTTTCCCCTGCGAAATGAT;SOR=0.926;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=63;TCR=65;TR=127;WE=51217369;WS=51217351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	51217475	rs2306332	G	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=425;SC=AGAAGTTTATGCTAGAAAATT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=51217483;WS=51217465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	51233812	rs2291107	T	C	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=20;PP=1363;SC=CTTTTGAAATTTGCTGTGTAT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=51233820;WS=51233802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	51240398	rs144809125	ATGCAGTGACTT	A	1248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=2973;SC=ATAGTTAGTTATGCAGTGACT;SOR=1.942;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=51240416;WS=51240388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	51276128	rs2306335	A	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=310;SC=TATTAGTTCCAGGCTTGAATT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=51276136;WS=51276118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	51293164	rs3840015	G	GT	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=721;SC=TTTGAAATTTGTTGTTTAGAA;SOR=4.615;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=51293172;WS=51293154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	51294832	rs3825798	G	A	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=39;PP=1194;SC=TACTGTATCAGTGTCAAAAGG;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=57;WE=51294840;WS=51294822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	51350655	rs76241791	AT	A	748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=978;SC=GGTAAAAAAAATATATATAAA;SOR=1.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=51350663;WS=51350645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	51386892	rs201887319	CCGGGCGGCG	C	144.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=1335;SC=CGGCTGGAGCCCGGGCGGCGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=51386908;WS=51386882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	51502844	rs4646	A	C	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=78;PP=2965;SC=AGCAGATGACAAATAGCACCT;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=75;TCR=78;TR=153;WE=51502852;WS=51502834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	51502986	rs10046	G	A	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=52;PP=2375;SC=GCTCCAGAGTGGGTACTGACC;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=116;WE=51502994;WS=51502976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	51503727	rs12591172	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=46;SC=CAGCTGTCTTGTCCACATTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=51503735;WS=51503717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	51503881	rs28757202	T	A	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	51503897	rs28757201	G	A	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	51504811	rs1065779	A	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=420;SC=TCCATCTGTGATTGGTATTAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=51504819;WS=51504801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	51507508	rs2289105	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=24;PP=729;SC=CACTCAAGGATCAACAACCTC;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=51507516;WS=51507498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	51507782	rs2289106	T	G	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=24;PP=1719;SC=ATTACAGAACTGCTAGAGAAA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=70;TCR=25;TR=93;WE=51507790;WS=51507772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	51510702	rs1143704	T	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=375;SC=ACCAATCCAATTGTACTCATA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=51510710;WS=51510692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	51510868	rs4324076	A	C	4766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr15	51519869	rs149494347	C	CAATAAATAAATAAATA	97.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=912;SC=GAGCCTGTCTCAATAAATAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=51519877;WS=51519859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	51519945	rs28892005	A	AAAG	2304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=8;PP=1644;SC=CATAGACAAAAAAGATTGTAG;SOR=2.093;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=36;WE=51519953;WS=51519935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	51520206	rs1065778	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=26;PP=757;SC=GACTAGGAGGTAGCTCTCTTA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=51520214;WS=51520196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	51529112	rs700518	T	C	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	51529265	rs3759811	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=332;SC=TGCAACTGTTTTGTGTTACTC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=51529273;WS=51529255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	51529349	rs10550124	GAAACA	G	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	51534547	rs727479	C	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=18;PP=541;SC=GGGGGCATGGCGGAAACAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=51534555;WS=51534537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	51689624	rs1147142	A	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=16;PP=719;SC=TCCCCCTTCTACCTCTTGCCT;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=51689632;WS=51689614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	51791559	rs12102203	A	G	7479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=104;PP=2965;SC=TCTGCATTAGAACTATCAGCT;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=139;TCR=104;TR=243;WE=51791567;WS=51791549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr15	51839312	rs72283649	TGATGCCAG	T	939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=1335;SC=TCAGGCAGCTTGATGCCAGAG;SOR=4.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=51839327;WS=51839302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	51914778	rs6493514	T	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=37;PP=1141;SC=GCGCGGGAGGTGCGACAAGCT;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=51914786;WS=51914768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	51981595	rs201709954	GGGGT	G	1157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=23;PP=845;SC=CATATGCATGGGGGTGTGTGT;SOR=2.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=23;WE=51981606;WS=51981585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	51991454	rs2622774	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=661;SC=AAACATTTTTCGTAAAAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=51991462;WS=51991444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	52017345	rs2414116	A	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=299;SC=GAGACACAGAATTACATATAA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=52017353;WS=52017335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	52043327	rs12903500	C	T	3384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=20;PP=2109;SC=TTGGGCTCTCCAGCCCCTCAC;SOR=2.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=82;TCR=20;TR=102;WE=52043335;WS=52043317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	52060657	rs61348403	C	CT	815.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5247;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.521;NF=7;NR=27;PP=379;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GAGGTTCTCTCTTTTTTTTTT;SOR=0.746;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=34;WE=52060665;WS=52060647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr15	52155314	rs2570251	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=505;SC=CTTCCACCCTTTCCTCCACTT;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=52155322;WS=52155304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	52185937	rs2959307	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=454;SC=ACTCCGGCCTGGGCGAAAGTG;SOR=4.294;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=52185945;WS=52185927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	52185961	rs11370809	C	CA	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=1.033;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.090;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr15	52186158	rs2959285	A	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=566;SC=TGTGCTAATCAGAGTGGTTTT;SOR=2.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=52186166;WS=52186148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	52192262	rs113447185	A	AGTTAT	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=753;SC=ACATTAAGGCAGTTAATTAAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=52192270;WS=52192256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	52239380	rs2414122	C	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=250;SC=ATTTCAGTGACGTGTGTAGAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=52239388;WS=52239377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	52246665	rs2959293	G	A	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=12;PP=664;SC=CCCTTCAGGCGTTTTGTGCTC;SOR=1.292;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=52246673;WS=52246655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	52250789	rs2593187	T	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=82;SC=ATAAAATTCTTTCCTAATAGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=52250797;WS=52250779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	52252799	rs2258248	C	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=27;PP=1533;SC=AACTTTATGCCTGGCCTTGAA;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=78;WE=52252807;WS=52252789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	52257874	rs2241503	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=510;SC=AGATGGGAATAAAGACTAAAT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=52257882;WS=52257864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	52404862	rs2231292	A	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=52;PP=1334;SC=GGCCAGCAACAGCTCGGTGCG;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=78;WE=52404870;WS=52404852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	52405006	.	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=427;SC=CTGCCGTGCCCCGCCCCGGCC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=52405014;WS=52404996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	52415086	rs142280018	T	TACACAC,TACAC	328.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=0,0;NR=7,7;PP=67,163;SC=TATGTGTGTGTACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7,7;WE=52415094;WS=52415076;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr15	52418040	rs73402857	A	G	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=30;SC=ATACTGGTCCACAGGAAGCTC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=52418048;WS=52418030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	52420982	rs2414134	T	A	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=46;PP=1310;SC=GCCAATTAAATCACATTCAAT;SOR=2.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=52420990;WS=52420972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	52421000	rs2414135	A	G	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=33;PP=993;SC=AATAAATGATAATTATTACTG;SOR=2.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=52421008;WS=52420990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	52433397	rs17612637	C	T	5894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=124;NR=79;PP=2965;SC=TAGCAACAGACTTCTTTTTGG;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=124;TCR=80;TR=203;WE=52433405;WS=52433387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr15	52446200	rs6493537	G	A	6249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.283;SC=CTTTGTTCCCGTGGCCTTTGA;SOR=0.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=101;TCR=116;TR=216;WE=52446208;WS=52446190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr15	52446260	rs35581121	C	T	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=59;PP=1592;SC=CCACCCGCTCCGCCACCTGGT;SOR=2.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=76;WE=52446268;WS=52446250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	52472120	rs114984699	T	C	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=67;PP=1859;SC=AGAGCGGGAATGCGCTGAGCC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=122;WE=52472128;WS=52472110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	52486337	rs79610645	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=284;SC=AAAACACAGCTATCTCTAGTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=52486345;WS=52486327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	52497993	rs77561658	G	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=388;SC=ATATTTTTTGGTCATCCATTC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=52498001;WS=52497983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	52500672	rs62016466	G	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=548;SC=GAGGATAGAGGCTCTATTGAG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=52500680;WS=52500662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	52504142	rs2278295	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=395;SC=CCTAAGGAACTTGTGACTAGG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=52504150;WS=52504132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	52505467	rs75728881	C	T	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=63;PP=2046;SC=GTCCTGAGGACGAGTGCACAT;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=116;WE=52505475;WS=52505457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	52513210	rs17541016	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=587;SC=TTCCCATATCTTTCAACTAGC;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=52513218;WS=52513200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	52515678	rs4405492	G	T	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=691;SC=TGAATTTGACGCCACTGACAA;SOR=2.133;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=52515686;WS=52515668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	52521553	rs56090415	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=19;PP=545;SC=TGAGCATGGTGGCTGAAACCT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=52521561;WS=52521543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	52527951	rs55753304	T	C	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=63;PP=1897;SC=TTCTGAAGCTTTGCCAATTTC;SOR=2.359;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=83;WE=52527959;WS=52527941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	52531941	rs11635028	A	G	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=49;PP=2306;SC=TGATCTTCCAACTTTTTCTGC;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=125;WE=52531949;WS=52531931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	52539673	rs10163109	C	T	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=21;PP=1350;SC=CAACTGTGGTCCGGAAATGCT;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=52539681;WS=52539663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	52548784	.	A	ACACACACACACGCGCGCG,ACACACACACACACGCGCGCG	2193.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.46;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=2998;SC=ACACACACACACGCGCGCGCG;SOR=4.407;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=21;WE=52548792;WS=52548774;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.46:13
chr15	52553007	rs4497629	C	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=9;PP=1228;SC=AAAAACCATGCGGCTCTCAAC;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=52553015;WS=52552997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	52556429	rs4776032	A	G	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=46;PP=1555;SC=TGATCTGCACATTGCCCAGAT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=96;WE=52556437;WS=52556419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	52561891	.	A	AT	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr15	52569261	rs16964849	C	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=33;PP=1256;SC=TACAGAGCCCCGGTCCAATAT;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=52569269;WS=52569251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	52575170	rs3751624	C	T	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=46;PP=1452;SC=AGGAAGGTTTCTTTCTGTGCA;SOR=1.233;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=79;WE=52575178;WS=52575160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	52615712	rs2290334	T	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=1052;SC=ATTGAACAGATACCAAAAGAC;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=52615720;WS=52615702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	52628489	rs8035295	T	C	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=144;SC=TTTTCCTCATTTAAAAATGTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=52628497;WS=52628479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	52640990	.	T	TA	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5005;HP=13;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=15;MQ=59.68;NF=3;NR=1;PP=75;QD=20.0;SC=AAGTATTTACTAAAAAAAAAA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=52640998;WS=52640980;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chr15	52643564	rs1058219	G	A	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=53;PP=1926;SC=ATGAGGACACGGTAGGCAGGT;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=52643572;WS=52643554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	52667450	rs3816449	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=8;PP=736;SC=AGATGTGAAATTTGGTTAATG;SOR=1.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=35;WE=52667458;WS=52667440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	52667552	rs2414145	G	A	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	52671707	.	T	A	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr15	52675261	rs4774621	T	C	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=35;PP=1998;SC=TATGTACTTTTTCACTGGGTG;SOR=1.463;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=78;TCR=36;TR=113;WE=52675269;WS=52675251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	52681573	rs1724623	A	G	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=850;SC=ATATTCATGGAAAAAAGGAAG;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=52681581;WS=52681563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	52684004	rs1669872	C	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=323;SC=GAAAGCATAACCCCTACTTGT;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=52684012;WS=52683994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	52689526	rs2924130	T	C	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=78;PP=2189;SC=CGCGGGCATTTGTGGCCTGCA;SOR=1.246;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=132;WE=52689534;WS=52689516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr15	52689631	rs1724577	T	G	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=36;PP=1344;SC=CACCCATGAGTTCACAGAAGA;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=74;WE=52689639;WS=52689621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	52702400	rs10518689	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=372;SC=TTCAGTCCAAGTGTGGTTGGA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=52702408;WS=52702390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	52702699	rs72623980	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=13;PP=368;SC=GAAAATAAGATTTTAGAAGTG;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=21;WE=52702707;WS=52702689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	52708534	rs11856752	T	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=26;PP=700;SC=GTAACTGCCATTGCTGCCTAT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=52708542;WS=52708524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	52725334	rs11853875	C	T	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=9;PP=598;SC=ACTCCCTTCACTTTATGCCAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=52725342;WS=52725324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	52892477	rs35694811	CT	C	371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=235;SC=AGCCACAATACTTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=13;WE=52892485;WS=52892467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	52893146	rs17708301	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	52901283	rs61731670	TT	CC	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=27;PP=774;SC=ATTGAGGAAGTTGATAAACTA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=49;WE=52901292;WS=52901273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	53994493	rs6416452	A	G	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=58;PP=1870;SC=GACCATGTGGATAGAGTAATG;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=53994501;WS=53994483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	53998314	rs690235	G	T	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=718;SC=ATTCTAACTAGAGAGAGATGG;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=53998322;WS=53998304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	54008845	rs690346	T	C	6020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=111;PP=2965;SC=GCCTTCTCCATGCACTGTCCA;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=97;TCR=111;TR=208;WE=54008853;WS=54008835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr15	54306925	rs12437941	G	A	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=117;PP=2965;SC=TTTGAATGGAGGTGTTCAGGG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=115;TCR=117;TR=232;WE=54306933;WS=54306915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr15	54435446	rs1897069	G	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=362;SC=GCTTACCTTAGCTATACTTGC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=54435454;WS=54435436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	54556332	rs76795278	T	C	7003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.940;SC=TAATGGCATTTCCATTCACAT;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=148;TCR=98;TR=245;WE=54556340;WS=54556322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr15	54557520	rs117555253	G	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=13;PP=699;SC=TGAGGACTCTGTATGTTAAAA;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=54557528;WS=54557510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	54557674	rs117887090	A	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=34;PP=1018;SC=TGAATCCAGTATGGGATGAGA;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=54557682;WS=54557664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	54624313	rs11856987	T	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=33;PP=1227;SC=GTATAGGGTATGTACAAATTT;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=54624321;WS=54624303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	54685463	rs489526	G	A	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=45;PP=1275;SC=ATATACTGACGACAATAATAA;SOR=4.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=49;WE=54685471;WS=54685453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	54792428	rs8025195	A	G	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=37;PP=1074;SC=CACATTGCTTACTTTTAACCT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=54792436;WS=54792418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	54841696	rs10468008	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=202;SC=CTTTATAATAGACCAATTAAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=54841704;WS=54841686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	54841874	rs9302181	A	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=24;PP=972;SC=ATCTTGGACAATTATCCAAAC;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=54841882;WS=54841864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	54847509	rs8039515	G	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=4;PP=1200;SC=AATGCATTCAGGTGCAGAAGA;SOR=4.450;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=49;WE=54847517;WS=54847499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	54847677	rs11639005	C	T	6115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=104;PP=2965;SC=CAAGACAATGCGCTATAATGG;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=101;TCR=105;TR=205;WE=54847685;WS=54847667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr15	54847786	rs11639014	A	G	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=81;PP=2758;SC=CCCTGATCTTAGCCATGTATC;SOR=1.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=138;WE=54847794;WS=54847776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	54859964	.	C	G	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=30;PP=2124;SC=ATACTTCTCTCTAAATGCCTC;SOR=1.570;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=105;WE=54859972;WS=54859954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	54914716	rs2681964	C	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=397;SC=AAAAACTGCACAATTATTTTA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=54914724;WS=54914706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	54915975	rs2414332	A	T	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=127;NR=35;PP=2965;SC=CTAAAATGTGATATTTCCTTT;SOR=2.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=129;TCR=35;TR=162;WE=54915990;WS=54915965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	54918911	rs11856235	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=0;PP=983;SC=ATATCCTATTTGCCAACATAA;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=35;WE=54918919;WS=54918903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	54918943	rs11852743	G	A	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=6;PP=1836;SC=AATGTATACAGTTTTCAGCAG;SOR=3.884;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=68;TCR=7;TR=74;WE=54918951;WS=54918933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	54919047	rs1520411	A	G	11610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=238;NR=155;PP=2965;SC=AGGAAAATCGACCAGGGGCTT;SOR=1.097;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=395;TCF=239;TCR=156;TR=393;WE=54919055;WS=54919037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr15	55710369	rs6493785	T	A	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=14;PP=834;SC=ATTAAATTTTTTTTTTTTCAG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=55710377;WS=55710359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	55759193	rs600753	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=747;SC=TTTTTTTCTTTCTTCTTTAAT;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=55759201;WS=55759183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	55840995	rs2617227	A	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=299;SC=ATGAATGATTAAAAGTACAAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=55841003;WS=55840985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	55841032	rs12917202	A	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=9;PP=737;SC=AAAACTTATGACCAAGTTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=55841040;WS=55841022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	55880931	rs189288408	C	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=13;PP=704;SC=AAGGGCATCTCCGAACTTCGT;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=36;WE=55880939;WS=55880921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	55881107	rs1992237	C	T	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	55881111	rs1992236	A	G	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	55929338	rs77282637	T	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=175;SC=ATCGTACTTTTCACCCTTCAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=55929346;WS=55929328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	55929650	rs139160305	G	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=148;SC=ACCTCCATAAGAAATCACAGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=55929658;WS=55929640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	55933199	rs1550326	G	T	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=35;PP=1561;SC=ACAGAGGATAGAAATTAAGCC;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=96;WE=55933220;WS=55933189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	55974742	.	T	TTTTATTTA	405.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=40.57;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	56122741	rs17238461	A	C	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=84;PP=2270;SC=GCTTTTCAGGAGTACCCCACT;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=64;TCR=84;TR=148;WE=56122749;WS=56122731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	56130286	rs11071227	A	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=4;PP=170;SC=AATAAAATACATACTAATAAA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=56130294;WS=56130276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	56130633	rs62046644	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=509;SC=AGGAATGTATTAAGTGTACGT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=56130641;WS=56130623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	56130692	rs62046645	T	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=26;PP=1065;SC=TTTTAACTGATCAAAATTCAC;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=60;WE=56130700;WS=56130682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	56139153	rs2288346	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=4;PP=213;SC=GTATTTATTATAAACATGACT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=56139161;WS=56139143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	56144848	rs62043760	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=493;SC=CCCAAGCAACCACTCATCTGC;SOR=2.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=28;WE=56144856;WS=56144838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	56152598	rs4774228	A	G	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=23;PP=1194;SC=ATCTAAGAGCATCTTACTGAG;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=56152606;WS=56152588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	56152729	rs2303579	T	C	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=47;PP=2211;SC=GAAGGCCTGGTTGCTATACAT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=107;WE=56152737;WS=56152719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	56152872	rs2303580	C	T	4930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=76;PP=2941;SC=GGAAGACTCTCGGTTGTCAAC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=89;TCR=76;TR=165;WE=56152880;WS=56152862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	56207983	rs7174459	C	T	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=83;PP=2965;SC=TCTTCTGTAACGAGCCCTTCC;SOR=0.805;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=96;TCR=83;TR=178;WE=56207991;WS=56207973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	56258809	rs6493829	A	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	56285625	rs62045233	C	A	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=1;PP=76;SC=AGCCTCCGGTCGTGGCCGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=56285633;WS=56285615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	56297909	rs3959682	C	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.15;QD=29.71;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	56297947	rs62046378	C	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.90;QD=31.41;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	56386577	rs7170589	T	G	5323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=91;PP=2965;SC=CGACCAAAATTAGTGTCATGA;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=179;WE=56386585;WS=56386567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr15	56387859	rs3803459	T	C	7704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=118;NR=134;PP=2965;SC=CACTGCCTTGTTTCTGCCCTT;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=118;TCR=135;TR=252;WE=56387867;WS=56387849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr15	56387931	rs11071247	C	T	7643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=123;NR=116;PP=2965;SC=CCTGGGTCTCCTGCAATGTAG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=124;TCR=116;TR=239;WE=56387941;WS=56387921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr15	56388033	rs12439907	T	C	7581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.567;SC=TGGTGAAAGTTAAGTTCTGAG;SOR=0.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=141;TCR=109;TR=249;WE=56388041;WS=56388023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,275:1.00:276
chr15	56390186	rs4363812	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=491;SC=TTGTGGCTACTCTTATACCTG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=56390194;WS=56390182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	56434956	rs1550586	A	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=618;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TCAGCATGCCATATTACACAT;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=56434964;WS=56434946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr15	56471449	rs11637789	T	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=443;ReadPosRankSum=-0.570;SC=AGGATTTTAATATTAGTTATT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=56471457;WS=56471439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr15	56535174	rs2460649	A	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=315;SC=ACCTCCAGAGATCCTACAAAT;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=56535182;WS=56535164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	56657581	rs2682033	A	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=218;SC=GCGGGAGGCAACCGGGATGTG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=56657589;WS=56657571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	56665527	.	A	G	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=1;PP=84;SC=AGAATGCCATATGTATATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=56665535;WS=56665517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	56680944	rs1477589	T	C	291.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=242;SC=GGAAAAAATGTTAGGTGAAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=56680952;WS=56680934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	56686299	rs72742631	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=6;PP=341;SC=TAATGGTCTGTCTTACAATTG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=56686307;WS=56686289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	56721264	rs795787	G	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=11;PP=500;SC=GTGGTAACATGCAAAAAATCT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=56721272;WS=56721254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	56721406	rs808730	C	T	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=18;PP=572;SC=GAGAAAAATACTTTGTGGGTT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=56721414;WS=56721396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	56726205	rs137878743	TTATA	T	1251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=1363;SC=GTCAGAAAATTTATATATATA;SOR=5.421;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=26;WE=56726216;WS=56726195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	56756285	rs1715919	T	G	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=29;PP=1245;SC=TCTGAGAAATTGCTTGCGCTG;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=56756293;WS=56756275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	56923714	rs8043381	G	A	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=85;PP=2965;SC=TTTCTTTTTCGTCTTCCAGGT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=108;TCR=85;TR=193;WE=56923722;WS=56923704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr15	56946296	rs8028457	C	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=174;SC=AAAACAACAACATACTTTAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=56946304;WS=56946286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	56959028	rs28620278	C	T	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=28;PP=1351;SC=TTGGATTTGACTGTATTAGGT;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=56959036;WS=56959018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	56981703	rs1871861	T	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.29;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	57210562	rs213150	C	A	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=73;PP=2253;SC=ACGGTACCTGCCACCCCGCTC;SOR=0.857;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=142;WE=57210570;WS=57210552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr15	57458784	rs3794617	C	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=171;SC=TAATTTGTAACTAAGTGTTGT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=57458792;WS=57458774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	57523563	rs3838866	AT	A	1098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=39;PP=903;SC=TTATTTAGGCATTTTTTTTGG;SOR=4.125;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=40;WE=57523571;WS=57523553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	57731335	rs1280395	A	C	5887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=88;PP=2965;SC=CAGAATTAATACAGATGACAG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=95;TCR=89;TR=182;WE=57731343;WS=57731325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr15	57743933	rs1280406	A	G	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=212;SC=TAATCACTGAATAAATTCCTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=57743941;WS=57743923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	57744311	rs1018269	T	A	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=9;PP=459;SC=CAGTGGAGGCTCTTTAAAATC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=57744319;WS=57744301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	57744582	rs1018268	A	G	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=206;SC=CAGCCTTCCAAATATTTATAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=57744590;WS=57744572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	57745903	rs34169027	C	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=20;PP=828;SC=GAAGATGGAACGGGAGCAGCA;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=57745911;WS=57745893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	57746071	rs2271405	T	C	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=106;SC=CCTGGAAAGATGGAGTGGCTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=57746079;WS=57746061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	57817050	rs10518925	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=383;SC=TCGTGAGACAGCTTTGGTGCT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=57817058;WS=57817040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	57836823	rs8029295	G	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=671;SC=ACTGCAGTGCGGAGGCCCCAG;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=57836831;WS=57836813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	57838258	rs2635390	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=301;SC=TCAGCCCACATTCTCTCCCGG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=57838266;WS=57838248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	57884181	rs1690328	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	57884219	rs2453089	A	G	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=11;PP=388;SC=CCCGCTACCGACCGCCGCTGC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=57884227;WS=57884209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	57896366	rs2172611	A	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=228;SC=GTGTTCCCCAATGGAAGTAGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=57896374;WS=57896356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	57896658	rs2453091	C	A	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=22;PP=639;SC=GGTGTCTGCACCTCTGTTGAG;SOR=1.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=57896666;WS=57896648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	57910164	rs937254	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=451;SC=CAGTGGGCCCGTTATTACAAC;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=57910172;WS=57910154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	57910444	rs935548	A	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=49;PP=1486;SC=CATGCAAGAGAATGGAGTTGG;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=71;WE=57910452;WS=57910434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	57913969	.	T	G	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=877;ReadPosRankSum=1.546;SC=CAGTGGCTAGTGCCTAAAGAT;SOR=1.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=38;WE=57913977;WS=57913959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr15	57914094	rs2934439	G	T	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=83;SC=AAGAATAATCGTATTCATATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=57914102;WS=57914084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	57917821	rs2470360	C	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=496;SC=GCCCTTCTCTCTGGATCATGC;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=57917829;WS=57917811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	57918069	rs2069133	A	G	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=44;PP=1293;SC=CAGCCTTGGCATCAGATTCCA;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=57918077;WS=57918059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	57918090	rs2958059	A	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=39;PP=1161;SC=TTGGCCTGCAAGTACTCATCT;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=57918098;WS=57918080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	57924586	rs2733593	T	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=744;SC=TGCCAATTCCTCTGGGCCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=57924594;WS=57924576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	57967219	rs1991252	T	C	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=67;PP=2343;SC=AGGCCAAGACTGAAGTGGAAA;SOR=0.819;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=91;TCR=67;TR=157;WE=57967227;WS=57967209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	57967285	rs5812908	AT	A	1986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=53;PP=949;SC=GAATTTCCTGATTTTTTTTTT;SOR=1.700;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=57;WE=57967294;WS=57967275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	57976523	rs6493944	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=2;PP=662;SC=CATTTTCTAGAGTTGTCTTAC;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=57976531;WS=57976513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	57976583	rs2554032	A	C	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=28;PP=1663;SC=CCTGACCTGCATTTTCTCATT;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=57976591;WS=57976573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	58000981	rs1062707	C	T	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=46;PP=2148;SC=TGAAAGCTGCCATTGCAGAAT;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=119;WE=58000989;WS=58000971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	58247563	rs4646640	C	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=12;PP=385;SC=TTATCACCTGCGAACAGCAAG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=58247571;WS=58247553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	58253062	rs3784263	C	T	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=73;PP=2232;SC=GAAAACATAGCACTGTGAGTT;SOR=1.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=120;WE=58253070;WS=58253052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr15	58253106	rs3784262	T	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=48;PP=1270;SC=CTGACTGGCATGGTATTTCTT;SOR=1.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=75;WE=58253114;WS=58253096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	58253269	rs3784260	T	G	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=24;PP=1360;SC=AAGGAGATACTTGTTTATTTC;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=58253277;WS=58253259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	58256127	rs4646626	C	T	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=18;PP=742;SC=CTCCCCACTACGCGCCTCTTG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=58256135;WS=58256117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	58256296	rs4646625	C	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=320;SC=ATGTTCTCACCGCTTTGCCTG;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=58256304;WS=58256286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	58257847	rs3784259	C	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=14;PP=848;SC=GCTAGTGTCCCATCAAAAGTG;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=58257855;WS=58257837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	58459075	rs16939839	T	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=473;SC=CTGCTTCACATACCTTAATTT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=58459083;WS=58459065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	58465171	rs2292712	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=8;PP=641;SC=GTAGTTCTCTGCCTAGAAGAC;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=58465179;WS=58465161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	58465483	rs2292713	C	T	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=118;SC=TAGGCACAGGCGAGAAAAAGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=58465491;WS=58465473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	58467095	rs2280195	G	A	5260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.873;SC=ACACTAATGTGCCAGAGCTTT;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=114;TCR=78;TR=191;WE=58467103;WS=58467085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr15	58471368	rs2249783	C	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=28;PP=1171;SC=TCTTTGCCATCTTTGACTCCA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=58471376;WS=58471358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	58471556	rs2271678	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=21;PP=490;SC=TAAGTAACAGTGGTGGGGAAG;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=32;WE=58471564;WS=58471546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	58471626	rs17821117	G	A	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=170;SC=TGGAGATCCAGGGAAGTTCAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=58471634;WS=58471616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	58476281	rs1867380	A	G	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=65;PP=2513;SC=AGTCTTTAAGACAGAACAATC;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=129;WE=58476289;WS=58476271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	58723597	rs36041167	G	A	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GGGGGAAGAAGTGTGTTTACT;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=59;WE=58723605;WS=58723587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr15	58729144	rs17190517	C	T	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=42;PP=1222;SC=TCCCATAGAACGGTGTTGATA;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=58729152;WS=58729134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	58833938	rs6076	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=7;PP=506;SC=AAGGGTGAGCGGGGAGAAAGG;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=58833946;WS=58833928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	58837910	rs2414592	T	C	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=25;PP=1275;SC=TCCTTGCTCCTGCGTAACCCT;SOR=1.248;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=76;WE=58837918;WS=58837900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	58837933	rs6080	C	A	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=32;PP=1525;SC=CCCCTGCTTTCCCATTAGGGC;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=84;WE=58837941;WS=58837923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	58840450	rs1007543	A	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=15;PP=1090;SC=CTCCTGTGGGATGAGAACCAA;SOR=1.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=58840458;WS=58840440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	58853079	rs3829462	C	A	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=20;PP=1444;SC=ATTACCAGTTCAAGATCCAGT;SOR=1.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=75;WE=58853087;WS=58853069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	58853109	rs3829461	A	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=71;NR=41;PP=1751;SC=AAACTGAGACACCAATACAAA;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=112;WE=58853117;WS=58853099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr15	58853212	rs71964604	GAC	G	4454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=41;PP=2561;SC=CTAGGGTGATGACACACTTAT;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=49;WE=58853226;WS=58853202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	58853218	rs55913623	C	T	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=43;PP=1604;SC=TGATGACACACTTATTTTTCT;SOR=1.081;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=83;WE=58853226;WS=58853202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	58853307	rs4774305	C	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=28;PP=776;SC=AAACCAAAAACTATCTGAGAC;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=58853315;WS=58853297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	58853363	rs1869129	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=329;SC=AAAGACATTACCGTGACACAG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=58853371;WS=58853353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	58857230	rs4775080	G	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=0;PP=589;SC=ACCCTCTTCCGTCACCCCCTG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=58857238;WS=58857220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	58857255	rs4775081	A	G	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=7;PP=914;SC=TCACTGCCAGATGCCGGCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=58857263;WS=58857245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	58891949	rs35772938	GA	G	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.814;NF=5;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=1.941;SC=TTTTTCCACTGAAAAAAAAAA;SOR=0.481;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=19;WE=58891957;WS=58891939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr15	58902769	rs12439189	A	C	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=40;PP=1199;SC=ATATAAGTTGAAGATCAGATT;SOR=1.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=58902777;WS=58902759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	58968396	rs151105466	C	T	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=54;PP=2461;SC=GAATTTACAGCTTTCTTCCAT;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=135;WE=58968404;WS=58968386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	58983318	rs7179724	G	C	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=56;PP=2311;SC=GTAGGTGCTGGTCACAATGCG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=125;WE=58983326;WS=58983308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	58983425	rs7161889	G	C	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=52;PP=2033;SC=CAAACTTTACGTTGCTCTCCT;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=58983433;WS=58983415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	58983588	rs7163162	T	A	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=48;PP=1894;SC=CTTCTTCCACTCTTGCTCCAC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=114;WE=58983596;WS=58983578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	58985164	rs4774310	T	G	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.342;SC=TTCCCGAGGGTTGGGGATGAT;SOR=0.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=116;TCR=96;TR=210;WE=58985172;WS=58985154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr15	59175965	rs77145198	A	G	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=40;PP=1202;SC=GTTCAACCACATGTCGCTCCT;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=59175973;WS=59175955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	59176071	rs112196913	C	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=199;SC=CTGAGGCAGGCGGATCACCTG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=59176079;WS=59176061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	59179264	rs2124203	G	A	7207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=132;NR=125;PP=2965;SC=CAGGGGGAGCGCCTCTCACAC;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=133;TCR=125;TR=257;WE=59179272;WS=59179254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr15	59185454	rs200414428	C	CA	3278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.847;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.11;MQRankSum=0.204;NF=23;NR=24;PP=2016;ReadPosRankSum=1.733;SC=AAGTAGTATACAACCATCCTG;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=47;WE=59185462;WS=59185444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr15	59185929	rs4238332	T	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=52;SC=ACAAAGCTTATATCTGGATTA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=59185937;WS=59185919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	59347757	rs1446238	G	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=159;SC=TTTTAATTACGATTATTTCTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=59347765;WS=59347747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	59347929	rs1446239	C	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=16;PP=583;SC=GCCAGGGTTCCAGTTCTCATG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=59347937;WS=59347919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	59358845	rs62002543	A	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=414;SC=CATTATTTACAGAGATTTGAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=59358853;WS=59358835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	59358862	rs62002544	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=0;PP=510;SC=TGAAATTACCGAACATTTCTT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=59358870;WS=59358852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	59368167	rs7178935	G	A	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=21;PP=1277;SC=CATTGCCAGTGGACCTGAGCA;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=59368175;WS=59368157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	59368510	rs4775115	T	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=299;SC=GTTCTTAAATTTTTAGTATTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=59368518;WS=59368500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	59376531	rs12915899	T	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=178;SC=TTGTGATTGATTGCTTTGCAG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=59376539;WS=59376521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	59381769	rs2289895	A	T	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=742;SC=TGAGCAGTTGAATTGAAAACA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=59381777;WS=59381759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	59383413	.	A	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=314;SC=TGTAATATATACCTTTTTTGA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=59383421;WS=59383403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	59406581	rs8039514	T	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=8;PP=1273;SC=TTTAAGCCAGTTGGCTCTGCA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=56;WE=59406589;WS=59406571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	59415934	rs3830310	CAT	C	338.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=63.17;NF=0;NR=9;PP=294;SC=ATATTAATAACATGTGGGAGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=59415943;WS=59415924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	59429111	rs11539756	G	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=276;SC=TGCAGAGGGCGGGTCCTCCCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=59429119;WS=59429101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	59470548	rs140986420	G	T	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=7;PP=793;SC=GCTGGCGGGGGCCCCGCGGGA;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=59470556;WS=59470538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	59494673	rs2306787	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=16;PP=436;SC=GCCTGCCTTTCTAGAGGATGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=59494681;WS=59494663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	59499179	rs3809530	G	A	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=26;PP=1335;SC=CAGCCAGAGAGTGAGCTCGGT;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=59499187;WS=59499169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	59499228	rs3809529	C	T	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=47;PP=1874;SC=GCCCTGTGTCCGCGTCAAGCA;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=116;WE=59499236;WS=59499218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	59499274	rs3809528	C	A	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=51;PP=1647;SC=GGCTCTTCACCCCCGTGAGCA;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=107;WE=59499282;WS=59499264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	59500114	.	A	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.504;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=13.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-10.964;QD=2.22;ReadPosRankSum=-4.286;SOR=2.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,15:0.12:122
chr15	59500116	rs3825937	T	C	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=11.114;NF=63;NR=41;PP=1969;ReadPosRankSum=3.762;SC=TCCACCATAATTAAGGGCCTC;SOR=0.090;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=104;WE=59500124;WS=59500106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,110:0.88:125
chr15	59500119	.	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.353;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=11.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-10.243;QD=4.06;ReadPosRankSum=-3.855;SOR=2.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,18:0.14:131
chr15	59500123	.	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=9.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-9.295;QD=4.15;ReadPosRankSum=-3.851;SOR=1.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,23:0.16:143
chr15	59500128	.	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=5.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-8.921;QD=4.02;ReadPosRankSum=-3.161;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,27:0.17:158
chr15	59500155	.	G	A	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.684;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=4.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-8.860;QD=3.96;ReadPosRankSum=-1.884;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,67:0.29:234
chr15	59500166	rs200464088	A	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=3.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-9.285;QD=3.35;ReadPosRankSum=2.004;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,67:0.27:252
chr15	59500178	rs79607288	A	G	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=3.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-9.734;QD=7.88;ReadPosRankSum=5.410;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,67:0.25:272
chr15	59500180	rs77368390	C	G	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=2.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-9.908;QD=7.58;ReadPosRankSum=5.839;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,67:0.24:280
chr15	59500186	rs77894854	T	C	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-10.183;QD=7.16;ReadPosRankSum=6.163;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,67:0.23:293
chr15	59500222	.	A	G	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-10.244;QD=4.07;ReadPosRankSum=-5.477;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,58:0.19:304
chr15	59500230	.	AT	CC	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=9.587;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-9.016;QD=3.85;ReadPosRankSum=-5.049;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,37:0.13:278
chr15	59500238	.	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=7.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-8.504;QD=2.28;ReadPosRankSum=-6.058;SOR=1.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,29:0.11:255
chr15	59500240	.	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=6.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-8.618;QD=2.01;ReadPosRankSum=-6.195;SOR=1.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,28:0.11:252
chr15	59501034	.	A	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=17.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-2.229;SOR=3.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,17:0.20:84
chr15	59510045	rs144686965	T	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=13;PP=971;SC=TTACTCTTTATAGCTAAGATA;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=59510053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	59515434	rs2306779	C	T	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=23;PP=748;SC=TGGTCACCAGCTTTAAAAGCA;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=41;WE=59515442;WS=59515424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	59524056	rs7165587	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=567;SC=TACGCCAAACTTTCTCTAAGG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=59524064;WS=59524046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	59528994	rs11356613	AT	A	163.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=124;SC=GCAGAAAAGAATTTTTTTTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=59529002;WS=59528984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	59548475	rs4508371	C	T	9469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=157;NR=174;PP=2965;SC=TAAGGATCTTCTTCATACCTG;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=157;TCR=174;TR=331;WE=59548483;WS=59548465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr15	59664607	rs7175010	C	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=2;PP=134;SC=CCCCTGGCCCCGGCAGCGCGC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=59664615;WS=59664597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	59750930	rs11071448	G	A	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=60;PP=1813;SC=TTACATTATCGGAGAATGGTT;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=97;WE=59750938;WS=59750920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	59750960	rs7359171	A	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=48;PP=1461;SC=GGCAAGAGAAACACTATTGTG;SOR=2.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=59750968;WS=59750950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	59752053	rs3803445	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=481;SC=TGTATTTCCAGACTTCTCTGG;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=59752061;WS=59752043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	59784334	rs4291860	C	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=161;SC=TTAAGTGTGCCTTAGGTGACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=59784342;WS=59784326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	59784493	rs4296198	C	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=25;PP=1196;SC=AGATTCGTGCCCGGGACAACA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=59784501;WS=59784483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	59784648	rs4417505	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=29;PP=989;SC=AAACTCCATTATAGTGGGGAA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=59784656;WS=59784638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	59799278	rs4278683	T	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=228;SC=GGAATTCATTTGAACCTCTGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=59799286;WS=59799268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	59911892	rs3743119	G	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=700;SC=TGCTATTAGAGTGTGGGTAAG;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=59911900;WS=59911882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	59931429	rs2306354	G	C	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	59931556	rs8033208	G	C	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=5;PP=116;SC=GAGATACAAAGATGCTTAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=59931564;WS=59931546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	59944203	rs11637071	A	G	50.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	59944300	rs4774340	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=605;ReadPosRankSum=-0.788;SC=CTGGGTCAAATAGTCCAAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=27;WE=59944308;WS=59944290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr15	59960155	rs6151570	G	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=436;SC=AGGAACTCTGGGTTCACCCTG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=59960163;WS=59960145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	59960941	rs6151566	CCT	C	365.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=1;PP=401;SC=ATGGCTTCTTCCTCTTTTTCT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=59960950;WS=59960931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	59960980	rs6151565	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=291;SC=CACGCGCGCGCGCGCACAGTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=59960988;WS=59960970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	59961646	rs2307273	T	C	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=171;SC=TACAAAATAATAGTTGAAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=59961654;WS=59961636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	59964798	rs4774342	C	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=331;SC=AATTAGCTCACAATTCTGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=59964806;WS=59964788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	59972372	rs6151510	A	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	59981242	rs2306358	C	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=589;SC=CCCCGGACGTCGTGGGCACGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=59981250;WS=59981232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	59981515	rs3087328	A	G	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=44;PP=1643;SC=TGACCCGGACACAGTGAGAAG;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=93;WE=59981523;WS=59981505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	59981590	rs754641	G	A	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=30;PP=943;SC=GAGGCGGCGGGGGCGTGGCGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=59981598;WS=59981580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	59981719	rs754642	C	T	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=107;SC=TGTGGGCGGACCCGTCGCGTC;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=59981727;WS=59981709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	60678298	rs11855679	T	A	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=40;PP=1600;SC=GGAAAAAAAGTACAACAAAAA;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=60678306;WS=60678288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	60678328	rs11858864	C	T	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=45;PP=1734;SC=AAGAGGCTCTCCTTTACTCTG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=60678336;WS=60678318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	60678350	rs7182242	T	C	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=45;PP=1821;SC=AGCACAGCGATTCATTATGCT;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=100;WE=60678358;WS=60678340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	60689877	rs12904258	A	G	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=309;SC=AGGGCTTCTTAGAGAAGCCCG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=60689885;WS=60689867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	60689927	rs12904756	G	C	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=16;PP=567;SC=CCGGCCCGAGGGCCGGTGGCC;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=60689935;WS=60689917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	60690089	rs12904657	A	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	60720488	rs59228235	T	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=203;SC=TACAACTTTATCCTTCCTATG;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=60720496;WS=60720478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	60724118	rs12437617	C	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=265;SC=AGCAAAATGCCTAAAAAATAC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=60724126;WS=60724108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	60724317	rs60675189	T	TA	124	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=98;SC=ATACAAAAAATCTGAAACTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=60724325;WS=60724307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	60734697	rs1063100	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	60740915	rs1901993	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=594;SC=ATCAATAGATCGAAAAAATGA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=60740923;WS=60740905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	60742063	rs1869484	G	T	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	60748810	rs7163427	T	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	60771289	rs3743267	A	G	8402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=168;PP=2965;SC=GCGCGCCCAAAAAAGACCATA;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=132;TCR=168;TR=300;WE=60771297;WS=60771279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr15	60771438	rs11389291	G	GC	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=681;SC=GCAGCGAAGTGCGAGACTGGG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=60771446;WS=60771428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	60789798	rs11071539	G	T	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=60;PP=2536;SC=AGGCTCTTAAGGTAGACACCT;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=140;WE=60789806;WS=60789788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	60797607	rs7171309	T	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=17;PP=1604;SC=CCTGATGACATTCATTCTTTA;SOR=2.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=60797615;WS=60797597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	60824108	rs10851682	T	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=48;PP=1351;SC=CTTATAAAAGTGTTCCCTGAT;SOR=1.577;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=60824116;WS=60824098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	61521579	.	AAA	GAG	69	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=86;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=69;QD=40.8226249541;SC=GCAGGAGGGAAAAAGCAGGCG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=61521589;WS=61521569;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	62167825	rs147997994	T	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=GATTTGAACATTATTCAATTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=62167833;WS=62167815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	62211450	rs963024	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=445;SC=CCATTTCTTGGTACACTGAAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=62211458;WS=62211440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	62217544	rs139958799	G	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=50;SC=TATGTGACTAGCATAATGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=62217552;WS=62217534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	62221592	rs28411984	A	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=322;SC=ATGTTTAAATATAAAAGACTA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=62221600;WS=62221582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	62228696	rs11071641	G	C	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=102;SC=TACTGAATTAGTTCATACCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=62228704;WS=62228689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	62239304	rs7166891	A	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	62239697	rs7172145	C	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=105;SC=AAAATTAGCACGTTCCCCTTC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=62239705;WS=62239687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	62243090	rs10639244	A	AATAT	48.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.70;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr15	62244281	rs17238252	C	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=412;SC=GGAAGAAATTCACACAATGTT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=62244289;WS=62244271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	62255172	rs17304010	A	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=265;SC=TCAACTCCCAATGGATAAATA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=62255180;WS=62255162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	62259637	rs3784634	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=11;PP=412;SC=AAGGGGCTTCCTTTTGGATCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=62259645;WS=62259627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	62259772	rs3784633	C	T	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=83;SC=ATTGTCATAGCTATTAAATAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=62259780;WS=62259762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	62265507	rs11071645	G	A	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=170;SC=AAGAGACTCAGAGTCACACTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=62265515;WS=62265497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	62270765	rs3784632	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=21;PP=996;SC=ATATATACACGTATATTACAC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=62270773;WS=62270755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	62315831	rs75618462	G	A	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=72;SC=AGCCAATAGTGTCTTTATTTA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=62315839;WS=62315821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	62456358	rs8040712	A	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=29;PP=1025;SC=GCGCCTCCGAACAGGCTCTCC;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=62456366;WS=62456348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	62534764	rs2414766	A	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	62535030	rs1996469	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=11;PP=467;SC=AAGCCTGGGCGCTCCTGGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=62535043;WS=62535020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	62539151	rs7402021	T	C	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=1;PP=990;SC=CATCCACCTCTCTGGCATTCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=44;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	62539153	rs59880159	T	TGG	2480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=1;PP=1623;SC=TCCACCTCTCTGGCATTCTAA;SOR=4.534;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=34;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	62539162	rs2955803	A	C	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=11;PP=1925;SC=CTGGCATTCTAAGCCATCCCC;SOR=4.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=64;TCR=11;TR=75;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	62539185	rs2945418	T	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.183;NF=81;NR=24;PP=2011;ReadPosRankSum=0.140;SC=AGCCCTCTGATGCCAGTCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=82;TCR=24;TR=105;WE=62539206;WS=62539175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr15	62539781	rs2611797	A	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	62936830	rs11852582	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=47;PP=1265;SC=CTCTCCTGTGCACCTTGCGGA;SOR=3.180;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=62936838;WS=62936820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	62939440	rs938979	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=4;PP=473;SC=ATTATTATCGTGAACATCAGG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=62939448;WS=62939430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	62944448	rs10775179	G	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=311;SC=TTAACACGCCGAGTTCTGCCT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=62944456;WS=62944438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	62967342	rs1878785	A	G	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=33;PP=1658;SC=CACCACATACAGTAACTACCT;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=89;WE=62967350;WS=62967332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	62967395	rs1878784	C	T	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=48;PP=1856;SC=TAACTGGTCCCGACCACTGTC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=109;WE=62967403;WS=62967385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	62967554	rs1878783	T	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=29;PP=646;SC=GTGTTCACCTTGGCCCCTTCT;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=62967562;WS=62967544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	62979016	rs12917611	A	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=236;SC=GCAGAGGGCAAGGAGAGCACT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=62979024;WS=62979006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	62989775	rs8034474	T	C	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=12;PP=1089;SC=GTGCCTCTTTTAGTTGGCCTT;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=62989797;WS=62989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	62989789	rs11629976	A	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=20;PP=1164;ReadPosRankSum=1.611;SC=TGGCCTTCACAGCATAAAGCA;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=66;WE=62989797;WS=62989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr15	62991210	rs9630428	C	T	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=569;SC=TGAGTCTTTGCCTCTCAGTTG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=62991218;WS=62991200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	62994428	rs12594220	G	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=160;SC=CAATCACTCAGGTTCTGATGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=62994436;WS=62994418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	63009733	rs938983	A	G	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=27;PP=1336;SC=ATGCATGTATATTGCATATGC;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=71;WE=63009741;WS=63009723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	63009804	rs1320191	C	T	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=41;PP=1944;SC=CAGCGGCAGCCACACAGACCA;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=63009812;WS=63009794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	63014548	rs10775181	A	G	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=37;PP=1319;SC=TCATCTCTCTATAGCCTGGAA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=81;WE=63014556;WS=63014538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	63030398	rs12900862	T	C	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=53;PP=1938;SC=TGCTTCTCTCTCTCCACGAAT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=120;WE=63030406;WS=63030388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	63040516	.	CA	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=11.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=2.270;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	63044379	rs7171264	A	G	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=14;PP=1669;SC=AATCCAAATAAAGGAGAAAAT;SOR=2.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=71;WE=63044387;WS=63044369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	63044637	rs7176359	A	G	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=57;PP=1642;ReadPosRankSum=0.772;SC=GTAAGGGGCTAGTCCCGATGC;SOR=0.921;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=80;WE=63044645;WS=63044627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr15	63047778	rs8033767	C	T	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=53;PP=2184;SC=CAGCCTTGTGCAATGCCTGCC;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=129;WE=63047786;WS=63047768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	63054439	rs2030040	C	G	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=19;PP=852;SC=GTCTTCGACCCTGACTTTGAT;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=63054447;WS=63054429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	63055658	rs10152548	T	A	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=243;SC=GAGGTGACTGTGTCAGGGAGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=63055666;WS=63055648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	63075920	rs202118499	CTGTGTGTG	CTG,C	1052.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=7,7;NR=7,7;PP=93,562;SC=GCGTTTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.329;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=14,14;WE=63075935;WS=63075910;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:26
chr15	63089272	rs57355661	G	C	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=113;SC=ATGAGAGTCCGTTGGTAAAGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=63089280;WS=63089262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	63340647	rs4374117	A	G	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=25;PP=839;SC=GGGCGCCGCCATCGCACAGAG;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=63340655;WS=63340637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	63349096	rs4775613	G	A	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	63351687	rs4775614	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=7;PP=753;SC=AAGCCTCACAAGCCACAGCAG;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=63351695;WS=63351677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	63351840	rs1071646	C	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=42;PP=1266;SC=TGAAAGAGGCCAAGCACATTG;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=63351848;WS=63351830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	63353760	rs4774472	C	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=3;PP=888;SC=TCCTGGAAAACCTAAACATTT;SOR=4.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=63353768;WS=63353750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	63363401	rs201620283	C	CATTTT	789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=1060;SC=CACATTCTTTCGTTTTGTTTT;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=63363409;WS=63363391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	63413997	rs8182083	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=5;PP=347;SC=CCGCCCCCTGCCCTTCCCTCC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=63414005;WS=63413987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	63414083	rs34317102	A	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=28;PP=975;SC=GTACCGGCTCATGTCAGCAGT;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=63414091;WS=63414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	63433766	rs2729835	G	A	6381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=111;PP=2965;SC=GTTGTGGAAAGGAAACAAACG;SOR=0.851;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=106;TCR=111;TR=217;WE=63433774;WS=63433756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr15	63434110	rs8468	C	T	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=368;SC=TAGAGTATAACTGAATGCAGA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=63434118;WS=63434100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	63547859	rs3784673	G	C	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=58;PP=1611;SC=CTGTCTGCAAGGCAGCTGAGC;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=91;WE=63547867;WS=63547849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	63570441	rs11359006	GA	G	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr15	63837058	rs62011333	G	A	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=28;PP=779;SC=GACATTGTGGGGACCATCAAA;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=63837066;WS=63837048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	63848805	rs3751043	C	G	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=21;PP=715;SC=TTTATTCTTTCACCTGTGGTG;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=63848813;WS=63848795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	63901113	rs1131647	A	G	267.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=230;SC=GAAAAATAAAAACATCTAATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=63901121;WS=63901111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	63908587	rs62012820	G	T	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=15;PP=1026;SC=TGTGCATATAGGACGTCAACA;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=63908595;WS=63908577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	63922752	rs10851731	T	A	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=90;PP=2893;SC=CCACATCTTCTATGATTACTC;SOR=0.953;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=82;TCR=90;TR=171;WE=63922760;WS=63922742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	63925061	rs62012830	T	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=303;SC=AAAAAATCACTCTTGAATTTG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=63925069;WS=63925051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	63927155	rs17766325	T	G	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=29;PP=769;SC=AATCTGCCATTTTTGGTATTA;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=63927163;WS=63927145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	63930902	rs149825836	T	G	5578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.062;SC=ATCTTCATCTTTACTGACCTC;SOR=0.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=100;TCR=92;TR=191;WE=63930910;WS=63930892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr15	63937209	rs2229749	C	G	7560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TTGATTCCTGCTCCCACCATC;SOR=0.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=142;TCR=108;TR=249;WE=63937217;WS=63937199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr15	63941906	rs138962471	G	GT	1921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=11;PP=1367;SC=TCAGCTAGACGTAAGTGCAGT;SOR=1.938;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=30;WE=63941914;WS=63941896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	63946203	rs17185876	G	A	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=205;SC=GTATGTGTACGTGTGAAAGAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=63946211;WS=63946195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	63953153	rs2272209	A	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	63954029	rs2228511	C	T	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=58;PP=2965;SC=ACAGGTAGTACGGATTTCCAC;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=155;WE=63954037;WS=63954019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr15	63958105	rs10152174	A	G	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=43;PP=2438;SC=AAGTACAGAAACTGGAATTTC;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=128;WE=63958113;WS=63958095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	63958762	rs1815130	T	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=274;SC=CCTAGTATTGTCCAAGTTTAA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=63958770;WS=63958752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	63988357	rs2255243	C	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=3;PP=860;SC=CTCTCCCTTGCCTCCTGTGTG;SOR=3.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=63988365;WS=63988347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	64011104	rs7176133	T	C	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=33;PP=1028;SC=AATCTGAAAATAAAAATGATG;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=64011112;WS=64011094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	64015330	rs62012365	G	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=840;SC=ATATATTTGCGAGCATTATGA;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=64015338;WS=64015320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	64019758	rs113752258	T	TA	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=239;SC=TTAGGATAGATAGACTCCAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=64019766;WS=64019748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	64020073	rs9920746	C	T	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=19;PP=548;SC=GGGACAATTGCTTCAAATGAA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=64020081;WS=64020063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	64050300	rs12912999	G	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=2;PP=464;SC=AAAATACTCAGTATTATTTAA;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=64050308;WS=64050290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	64050467	rs61751110	A	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=42;PP=1663;SC=TGCTCCCCCAAACATAAACCT;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=64050475;WS=64050457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	64215375	rs4776669	G	C	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=109;PP=2965;SC=ATCCCAGGTCGACCCGAGCCA;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=92;TCR=110;TR=201;WE=64215383;WS=64215365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr15	64283625	rs7168753	T	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=245;SC=CCTCGTTTCATGAGCCTGTTT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=64283633;WS=64283615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	64365340	rs4622459	C	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=603;SC=GAACTTAAACCTGTTTTTGGC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=64365348;WS=64365330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	64367775	rs332234	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=236;SC=AAAACATTAATGCATTCTAAG;SOR=1.426;Source=Platypus;TCF=7;TR=17;WE=64367783;WS=64367765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	64385851	rs332259	T	C	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=4;PP=1245;SC=TACCATAAACTTCTAGCGCTT;SOR=3.139;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=49;WE=64385859;WS=64385841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	64385935	rs34730124	C	T	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=78;PP=2965;SC=CTCTGCTCAGCGTCCAGGAGA;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=203;WE=64385943;WS=64385925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr15	64410484	rs2290117	G	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=30;PP=833;SC=TTTAGATATTGAGGACTGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=64410492;WS=64410474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	64418221	rs2290119	C	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=717;SC=GGATGACTTTCAAGATACCAT;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=64418229;WS=64418211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	64418397	rs1130603	G	A	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=39;PP=1406;SC=TTGTCCCTCCGCCCCCGGAGA;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=64418405;WS=64418387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	64418483	rs2290121	C	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=734;SC=AAAATTCACTCACTGTTCAGT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=64418491;WS=64418473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	64419304	.	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr15	64428657	rs2290122	G	A	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=74;PP=2440;SC=TGCTTGTTTTGGGAGTACTCT;SOR=1.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=59;TCR=74;TR=133;WE=64428665;WS=64428647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	64445681	rs34975001	GC	G	787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;QD=35.81;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	64448365	rs2253557	C	T	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=695;SC=AAGGTGGAAGCAGGAGGGCAT;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=64448373;WS=64448355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	64496941	.	T	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=27;PP=1226;SC=AAACCTACTTTGGTCTGTATC;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=64496949;WS=64496931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	64675313	rs11635527	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=189;SC=ATGAATTGCTCGAACTTAGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=64675321;WS=64675303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	64693149	rs11380356	G	GT	598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=26.03;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	64706259	rs2046356	G	A	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=20;PP=1516;SC=ACCAATTGTTGCATCCTTTTG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=64706267;WS=64706249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	64710827	rs4776494	T	C	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=18;PP=844;SC=TCAGCACCAGTTGCGAATCCA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=64710835;WS=64710817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	64717845	rs11453373	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=3.051;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,12:0.18:66
chr15	64737103	rs7167394	G	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=80;SC=ATGGAAAGTAGTATCATCAGA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=64737111;WS=64737097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	64737225	rs7167612	G	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	64742670	rs7172012	T	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=232;SC=CTCAGAGCTTTGAGTTCCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=64742678;WS=64742660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	64915106	rs525878	C	T	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=85;PP=2965;SC=TCTCATCTCCCTGTGAGCAGA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=155;WE=64915114;WS=64915096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr15	65033311	rs6494489	C	T	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=19;PP=798;SC=GGAGGAACTACGGCCCTTCAG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=65033319;WS=65033301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	65040928	rs12911708	C	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=729;SC=CACGTTAAATCGGCCTGTCAT;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=65040936;WS=65040918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	65041622	rs6494493	C	A	3771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=65;PP=2214;SC=TGTTCTCCACCTACTCACGTT;SOR=0.960;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=127;WE=65041630;WS=65041612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	65054533	rs72744744	C	T	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=9;PP=1066;SC=GCCTTGTGCCCCACTAGCTAT;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=65054541;WS=65054523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	65054562	rs57945504	T	TG	3687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=21;PP=2696;SC=TGGGGATGGGTGCTGGAGCAG;SOR=1.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	65054571	rs71133474	A	AG	4103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=23;PP=2936;SC=GTGCTGGAGCAGGCCCAGCCA;SOR=1.919;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=71;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	65116328	rs12899195	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=8;PP=495;SC=CGCGCAGAGGAAAGCAGCGCG;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=65116336;WS=65116318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	65116595	rs55675018	G	A	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=594;SC=GGATTCATGAGACGTAATGGG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=65116603;WS=65116585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	65208227	rs1471834	G	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=24;PP=736;SC=AGGGAGGCTCGGGCTCTGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=65208235;WS=65208217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	65209718	rs34503100	G	GTGTC	2717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=1537;SC=CTGTGTGTACGTGTCTGTCTG;SOR=0.793;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=25;WE=65209726;WS=65209708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	65209818	rs2056496	A	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=528;SC=GCAGACATTCAGGTGCAGAGT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=65209826;WS=65209808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	65209880	rs2056497	A	C	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=151;SC=ATTCTGTTTTACTCCTGTACA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=65209888;WS=65209870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr15	65235861	rs35136467	TC	T	1739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=34.79;SOR=3.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	65236875	rs2414865	T	C	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.070;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=946;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TGGCAGTGGCTGTCCGCAGCA;SOR=0.311;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=62;WE=65236883;WS=65236865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr15	65242260	rs67821096	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=23;PP=704;SC=GCAGCAGGGCCCTCCAAGGGC;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=65242268;WS=65242250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	65268769	.	T	TA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr15	65268979	rs4776255	C	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=281;SC=GACTCAAACACTGACATTTCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=65268987;WS=65268969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	65275609	rs111408068	T	TATAA	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=40.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	65298672	rs4776660	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=367;SC=GGAACAGACCGTAAACATGAC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=65298680;WS=65298662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	65308981	rs12912782	T	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=854;SC=CAACTTTTCTTTATGTTCAAA;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=65308989;WS=65308971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	65344035	rs2946676	G	A	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=332;SC=TCACTTAGGGGTCATTGCTGT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=65344043;WS=65344025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	65350743	rs2232759	C	G	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=48;PP=2337;SC=CTGGAGATAACGGCCAAGCAG;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=123;WE=65350751;WS=65350733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	65350968	rs2232758	T	A	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=52;PP=1559;SC=GGGGTGAAGGTGAGAAGCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=78;WE=65350976;WS=65350958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	65351484	rs7175752	C	G	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	65357434	rs2232754	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=362;SC=GTCATCCTGGCGGCTTCTCCC;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=65357442;WS=65357424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	65357491	rs2232753	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=13;PP=743;SC=CCCACGGGGTGGGTCCCAGGA;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=65357499;WS=65357481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	65369951	rs2919359	A	G	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=82;PP=2965;SC=TCGGCGGCGAATTCCAGAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=98;TCR=82;TR=180;WE=65369959;WS=65369941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	65370353	rs2919360	T	C	6713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=128;PP=2965;SC=TGGTGCGCGGTGACACCGTCT;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=102;TCR=128;TR=230;WE=65370361;WS=65370343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr15	65370652	rs12901617	T	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=563;SC=ACACCCAGGTTTGGTGCCTTC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=65370660;WS=65370642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	65411709	rs61751112	C	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=28;PP=1243;SC=GCCAGCCCCTCTGACCTGATC;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=65411717;WS=65411699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	65449169	rs2946670	C	T	7284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=117;PP=2965;SC=GAACAAAATACTCAACTGCTT;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=131;TCR=117;TR=248;WE=65449177;WS=65449159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr15	65477364	.	AC	A	5182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.004;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.410;NF=22;NR=101;PP=2114;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TGGCCAGTCCACCCCCCCCCC;SOR=0.319;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=149;TCF=31;TCR=118;TR=123;WE=65477382;WS=65477353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,194:0.98:198
chr15	65489128	rs938952	C	T	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=63;PP=2382;SC=ACCACTCCACCCTGGCGCTGG;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=128;WE=65489136;WS=65489118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	65489688	rs2679117	T	C	10044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=0.336;SC=CCCCACTGTCTGCCGATGAGT;SOR=0.282;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=347;TCF=185;TCR=162;TR=346;WE=65489696;WS=65489678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,381:1.00:382
chr15	65490901	rs2679118	T	C	6361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=125;NR=83;PP=2965;SC=GTGATGGGCTTTTTCCGACGA;SOR=1.018;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=125;TCR=83;TR=208;WE=65490909;WS=65490891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr15	65494212	rs2073711	A	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=444;SC=AGGCTTACCTATGACAATCAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=65494220;WS=65494202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	65495820	rs2072048	A	G	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	65495827	rs2073707	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	65496475	rs2585035	T	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=1;PP=470;SC=GATAATATAGTGCCATGTGGG;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=65496483;WS=65496465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	65496587	rs2585034	C	T	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=39;PP=2113;SC=ACCAGCCCTACCCCAAAGAAT;SOR=1.197;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=118;WE=65496595;WS=65496577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	65497849	rs2681038	A	G	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=34;PP=976;SC=CTCTTGAGGGAACTCTGTCAG;SOR=1.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=65497857;WS=65497839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	65621138	rs11853777	G	A	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=24;PP=1356;SC=GGATAGAAATGCTGGGGAGCC;SOR=1.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=79;WE=65621146;WS=65621128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	65621441	rs12907128	C	A	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	65621857	rs509652	T	C	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=38;PP=1774;SC=CATTTAGGGCTAGAATGCCAG;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=65621865;WS=65621847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	65623124	rs3058049	C	CTCTA	969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=716;SC=CCAGTGGAAGCTCTATCTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=14;WE=65623132;WS=65623114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	65624228	rs686739	G	C	5809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=85;PP=2965;SC=TCCAGGCCCCGCTTTCCCTGC;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=113;TCR=85;TR=198;WE=65624236;WS=65624218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr15	65667724	rs666623	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=285;SC=ATGCCAGTTCAGCAGAGTGGC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=65667732;WS=65667714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	65782451	rs60062953	A	AT	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=782;SC=AAGATTTAGAACTGTGCACTT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=65782459;WS=65782441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	65792839	rs11071846	G	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=2;PP=939;SC=CTTTGTTGGTGGGTAAACTGA;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=65792847;WS=65792829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	65804213	rs352478	C	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=200;SC=ACATATTTAACATAGGCAGAC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=65804221;WS=65804203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	65804537	rs352477	A	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=178;SC=GTCACTGATTAATTTATTCAT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=65804545;WS=65804527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	65822777	rs452306	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=383;SC=AGGCCCGCTGCTGGCGCCGCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=65822785;WS=65822769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	65822823	rs422390	C	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=7;PP=1341;SC=GCGCGGCCCGCGAGCGTGGGG;SOR=3.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=65822831;WS=65822813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	65903584	rs141391585	G	C	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=50;PP=1487;SC=GGTCCTTGGAGAGCTTCAGGG;SOR=3.021;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=60;WE=65903592;WS=65903574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	65994733	rs17810074	C	T	6027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=90;PP=2965;SC=GACAGACTTTCACATAAGCTG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=120;TCR=90;TR=209;WE=65994741;WS=65994723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr15	66257236	rs36088570	C	CA	328.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=244;SC=CGCCCATTCCCAGCTCATACC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=66257244;WS=66257226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	66257408	rs333550	T	C	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=16;PP=629;SC=GCAGTCACAGTGCTGTGAGCA;SOR=0.729;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=43;WE=66257416;WS=66257398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	66274690	rs551474	T	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=29;PP=912;SC=GGGTGCCAGGTGCGCAGAGCT;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=66274698;WS=66274680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	66411441	rs16949528	C	T	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=45;PP=2010;SC=GAAGTCTCCGCTCTCATAGTA;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=126;WE=66411449;WS=66411431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	66587581	rs80126717	G	A	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=48;PP=1391;SC=TATTTTGTCAGAAGGGACTTT;SOR=2.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=63;WE=66587589;WS=66587571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	66612965	rs17851970	T	C	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=66;PP=2353;SC=TGTATCCAAATGGACATTTTG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=148;WE=66612973;WS=66612955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	66644263	rs62627278	T	TA	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=51;SC=AGGCGTGAGCTACCACGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=66644271;WS=66644253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	66644521	rs9806123	C	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=33;PP=1449;SC=TGGAGGTACACGAACAGGTGC;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=78;WE=66644529;WS=66644511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	66679601	rs112542693	G	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=524;SC=TTGGTCCTGCGCAGCGGGCGC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=66679609;WS=66679591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	66735551	rs6494573	C	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=11;PP=577;SC=CAGCCACAGCCGAAAGTTATC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=66735559;WS=66735541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	66745890	rs7169326	G	A	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=29;PP=1113;SC=CAGTGAGTAGGTGATTCCTGG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=66745898;WS=66745880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	66784141	rs1127016	A	G	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=174;SC=TAGATCCTGTATATTCCTTTG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=66784149;WS=66784131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	66792087	rs112095287	C	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=507;SC=ACCAGCCGGGCACGGTGGCTC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=66792095;WS=66792077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	66793480	rs11071895	C	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=11;PP=548;SC=AGCCTGTATTCCAACAAAAGA;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=66793488;WS=66793470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	66794352	rs74956204	G	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=26.31;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	66795980	rs8043062	A	G	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=34;PP=997;SC=TGGTATGGTGAGGCAAACAAC;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=66795988;WS=66795970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	66806308	rs4238406	C	T	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=22;PP=1020;SC=TAATGTTGCTCGATACCTGTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=66806316;WS=66806298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	66806517	rs4420479	G	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=55;SC=AATCAGCATCGGTGAAAATGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=66806525;WS=66806507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	66816183	rs6494579	C	G	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=174;SC=CTCAAAACTTCTTCAGATGTT;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=66816191;WS=66816173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	66820455	rs8033122	T	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	66821174	rs6494580	G	C	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=34;PP=2240;SC=TTCTCTGAAGGTTGCTTCTTT;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=74;TCR=34;TR=108;WE=66821182;WS=66821164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	66821250	rs11071896	A	G	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=78;PP=2678;SC=CAAAGTTCGGAGTGATCTTGA;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=148;WE=66821258;WS=66821240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	66976158	rs2439420	C	T	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=82;SC=AGCTCTGTCCCAGCCCCGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=66976166;WS=66976148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	66976250	rs2439421	G	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=6;PP=436;SC=TTATTTGCAAGAGTGTGGGAA;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=66976258;WS=66976240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	67003841	rs2245159	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=298;SC=CCCAAGCCTGCGGCTTTAACT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=67003849;WS=67003831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	67008737	rs2278604	C	A	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=47;PP=2560;SC=CAACTAAGTTCTCTTTTTCTT;SOR=1.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=140;WE=67008745;WS=67008727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	67234251	rs266383	A	G	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=96;PP=2965;SC=TTCACCCAGAACAGTTTCTCC;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=84;TCR=96;TR=180;WE=67234259;WS=67234241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	67391394	rs5813427	GT	G	3535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=49;PP=2359;SC=CCTTTCTGTGGTTGCCGCCCT;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=57;WE=67391402;WS=67391384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	67391497	rs1866319	C	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=19;PP=508;SC=CTCTTGTTCACAGTCACAGGG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=67391505;WS=67391487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	67430223	rs1866318	T	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=4;PP=377;SC=TTGGATTTCTTCTGTCTGGGT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=67430231;WS=67430213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	67457335	rs1065080	A	G	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.21;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	67457485	rs2289261	G	C	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=27;PP=1785;SC=ACCTCTCCCCGGCTCCCCATC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=67457493;WS=67457475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	67501782	rs28693872	T	C	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=56;PP=2263;SC=GGAAAAAAGATCCAAGAAAAA;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=126;WE=67501790;WS=67501772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr15	67501977	rs28418884	C	T	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=223;SC=TTATTTGTTACCAAAGTTCTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=67501985;WS=67501967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	67519143	rs62014641	C	G	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=57;SC=ATAATAATCACATATTAAATC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=67519151;WS=67519133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	67555487	rs62014646	G	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=11;PP=584;SC=TTTAAATGTTGTAAACCAGAA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=67555495;WS=67555477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	67652178	.	A	C	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=66;PP=2583;SC=CTCATTCTTCATTGTAGGGGA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=137;WE=67652186;WS=67652168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	67692502	rs7495023	T	C	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=94;PP=2965;SC=AAATACAGCGTTGGCTCTTTA;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=105;TCR=94;TR=199;WE=67692510;WS=67692492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr15	67768151	rs3985641	G	C	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=30;PP=1185;SC=TGGCTATGATGTTGAGGTATG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=67768159;WS=67768141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	67782440	rs10574862	AGGAAAT	A	2754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=2018;SC=CAATAAGCTAAGGAAATAGAC;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=37;WE=67782453;WS=67782430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	67872983	rs7172298	T	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=207;SC=TCAAGGCTGATATGTATATAC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=67872991;WS=67872973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	67879418	rs28730805	G	A	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=268;SC=TTTAGACTGGGTGCTGAGAAG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=67879426;WS=67879408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	67885058	rs28637534	T	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=294;SC=TTATTGCTTTTGATTACTAAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=67885066;WS=67885048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	67923500	rs71400373	A	G	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=169;SC=AAGAAGAGAAAATTTCTTTCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=67923508;WS=67923490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	67951228	rs5813451	GA	G	2839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=85;PP=1697;SC=AACTTCTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=2.812;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=98;TCF=2;TCR=96;TR=86;WE=67951236;WS=67951218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	67962763	rs35395156	A	G	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=12;PP=464;SC=TTTAGCAAACAAAGACCTGTG;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=67962771;WS=67962753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	67984705	rs4343227	G	A	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=37;PP=2575;SC=ATTTCGGATTGAGCAGATGAT;SOR=1.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=95;TCR=37;TR=132;WE=67984713;WS=67984695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	67985931	rs8034680	T	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=534;SC=GCAAAAATAATGTTTAAAACC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=67985939;WS=67985921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	68041070	rs8037011	A	G	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=467;SC=GCTCTGAGCTATGTTACGTGA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=68041078;WS=68041060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	68121483	rs7183168	A	C	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=26;PP=1260;SC=GCAGGGCGCCACCCTAATCGC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=68121491;WS=68121473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	68124853	rs12901293	G	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.119;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=768;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GTGGGAGTTGGGGGTAGGGGT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=38;WE=68124861;WS=68124843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr15	68346549	rs11855475	T	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=467;SC=GGGCGGAGGCTAGAGGCGGGC;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=68346557;WS=68346539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	68349893	rs1489598	A	G	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=6;PP=143;SC=AAGAGAAACCATAATTATAAA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=68349901;WS=68349883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	68445912	rs11633620	T	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=12;PP=562;SC=TGTTTTCTACTTCTTTTTTTT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=68445920;WS=68445902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	68492028	rs11071986	G	A	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=81;PP=2562;SC=CTCTGCACACGGCCCAGAGGG;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=147;WE=68492036;WS=68492018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	68510770	rs8025947	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=11;PP=1029;SC=TCAGTTTACTAGGAGATAAAG;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=68510778;WS=68510760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	68522090	rs144971454	GGCGGAGCGGA	G	144	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=832;SC=CCCGGGGCGGGGCGGAGCGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=68522107;WS=68522080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	68583175	rs6494729	T	C	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=81;PP=2965;SC=TGGCTGTCAATTCCAATACTC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=96;TCR=81;TR=177;WE=68583183;WS=68583165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr15	68603625	rs898591	C	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=23;PP=982;SC=AGGCCATCACCACCTCGTCCG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=68603633;WS=68603615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	68605169	rs4777035	G	A	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=16;PP=640;SC=CGAGCTGTTGGGCTTGACCTC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=68605177;WS=68605159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	68608187	rs34136572	T	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=732;SC=GTTGGGGAGCTGCTGGCTGGG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=68608195;WS=68608177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	68609833	rs1516871	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=313;SC=TATGAAAGCCTGGACCACAGC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=68609841;WS=68609823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	68612385	rs35808090	C	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=596;SC=ACCTCAGCCTCCCAAAGTGCT;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=68612393;WS=68612375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	68618961	rs2271722	T	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=25;PP=1079;SC=CTATAGGAGCTTGGGCTCTGC;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=68618969;WS=68618951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	68624175	rs7167822	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=632;SC=TTGCTCCATCCGCTTCCCCAG;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=68624183;WS=68624165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	68624290	rs2292745	G	A	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=67;PP=2657;SC=CCACCACCACGTCATTGTAGG;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=155;WE=68624298;WS=68624280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	68624396	rs7168069	A	C	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=55;PP=1425;SC=ATAAACAAACAGGTTCTGCAA;SOR=1.557;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=84;WE=68624404;WS=68624386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	68624641	rs6494733	A	C	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=121;NR=85;PP=2965;SC=GGTTGGGGGCACCTGAGAAGC;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=121;TCR=85;TR=206;WE=68624649;WS=68624631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr15	68628143	rs2306023	C	T	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=69;PP=2280;SC=CCACGTACACCCGCCCCTGCC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=68628151;WS=68628110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	68631740	rs2125998	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=283;SC=GAATATACACAGCAGGCCCCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=68631748;WS=68631732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	68641362	rs61119953	AG	A	616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=455;SC=CTCTCTTTCGAGGGGGGGCTC;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=17;WE=68641370;WS=68641352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	68649587	rs12907890	G	A	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=70;PP=2487;SC=ACCTGTAGTCGTTGAGGTGAA;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=136;WE=68649595;WS=68649577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	68656864	rs2306013	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=5;PP=244;SC=CCGGAATGGCATAAGCAGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=68656872;WS=68656854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	68656960	rs2306012	A	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=23;PP=798;SC=CAGGATGGACATGAGGGTGTG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=68656968;WS=68656950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	68724262	rs2305078	G	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	68987315	rs11072043	A	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=548;SC=TGTGGCCCAGACTGACTTGGC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=68987323;WS=68987305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	68987341	rs7359311	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=5;PP=924;SC=AGGGCCCAAAAACAAAAATAA;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=68987349;WS=68987331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	69003871	rs3736272	G	T	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=11;PP=962;SC=CCATGCATCTGCCCTCGCAGG;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=69003879;WS=69003861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	69007656	rs1542746	T	G	4819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=94;PP=2965;SC=CCTAGGTAAGTGGCCCCGAGG;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=68;TCR=94;TR=162;WE=69007664;WS=69007646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr15	69011389	rs1491640	A	C	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.66;SOR=2.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	69011394	rs1491639	C	T	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.39;SOR=2.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	69094079	rs12904108	A	T	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=24;PP=986;SC=TTCCTATTAAACTGTAGCACT;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=69094087;WS=69094069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	69094158	rs10689979	T	TCA	2988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=1743;SC=ACCAACTGAGTCACACCAGAG;SOR=0.971;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=36;WE=69094166;WS=69094148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	69112946	rs4777089	C	A	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.006;HP=8;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=372;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CGCCCCCCCCCAAAAAAAGTG;SOR=1.739;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=16;WE=69112954;WS=69112936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr15	69112971	rs35802209	G	GCA	1179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.953;NF=12;NR=10;PP=934;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CCCCCAGCGCGCACACACACA;SOR=1.022;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=22;WE=69112979;WS=69112961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr15	69320454	rs145922407	A	AC	1207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.755;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.323;NF=17;NR=9;PP=745;ReadPosRankSum=0.634;SC=TCTGTGGTGCACCCCCCCACC;SOR=1.775;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=26;WE=69320462;WS=69320444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr15	69325581	rs311893	C	T	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=116;PP=2965;SC=CCAAGGGCTGCGGCCAGTGCC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=122;TCR=116;TR=238;WE=69325589;WS=69325571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr15	69327825	rs311889	C	T	5044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=96;PP=2808;SC=TCGTGCACACCGTGGCTCACA;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=73;TCR=96;TR=169;WE=69327833;WS=69327815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	69329624	rs2246273	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=330;SC=GAGCAGCTGGATACCCTGTCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=69329632;WS=69329614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	69347593	rs311905	G	A	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=13;PP=843;SC=AAGCCCCAGGGTAAGGTAGTG;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=69347601;WS=69347583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	69349087	rs311906	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=12;PP=340;SC=TCTGCTTCATTGCATTAGTAT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=69349095;WS=69349077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	69553728	rs8023271	C	A	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=40;PP=1034;SC=CCCTGATAGTCCCTTAAAATT;SOR=2.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=52;WE=69553736;WS=69553718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	69561518	rs3865014	G	A	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=100;NR=91;PP=2965;SC=TGAGTCCCCAGTCTTCAAAGA;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=191;WE=69561526;WS=69561508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr15	69676892	.	A	G	270	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=46.59;NF=13;NR=1;PP=270;QD=21.7693723248;SC=CGTGTTCATCATGGAGGGTGA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=69676912;WS=69676882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	69676904	.	C	T	458	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=4;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=49.86;NF=18;NR=3;PP=458;QD=23.4652958356;SC=GGAGGGTGAGCGGGCCCTCCG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=69676912;WS=69676882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	69676944	.	T	C	1103	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=57.46;NF=39;NR=20;PP=1103;QD=19.2842578398;SC=GCGGGTCCTCTGTGTTCATGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=69676952;WS=69676934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	69683945	rs2242464	C	G	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=53;PP=2902;SC=AACCTGGACACTCTTGGACCT;SOR=1.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=148;WE=69683953;WS=69683935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	69684376	rs7183388	G	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.280;NF=28;NR=21;PP=878;ReadPosRankSum=-0.807;SC=AGCCCGGGCAGTGGAGCCAAG;SOR=0.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=49;WE=69684397;WS=69684366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr15	69684389	rs11634798	A	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.19;NF=29;NR=24;PP=839;SC=GAGCCAAGAAAAAAAAGAAAT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=69684397;WS=69684366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	69684477	rs58280155	T	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=29;PP=815;SC=GCTGGTTTTATTTTATTTTTT;SOR=1.262;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=49;WE=69684489;WS=69684467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	69684481	rs112633523	AT	A	991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=381;SC=GTTTTATTTTATTTTTTTTTG;SOR=1.552;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=21;WE=69684489;WS=69684467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	69684507	rs11634850	A	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.21;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	69684513	.	C	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	69709686	rs3759825	G	A	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=39;PP=1941;SC=GCAAAAGGTCGAACTTTCTTC;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=113;WE=69709694;WS=69709676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	69728949	rs3825858	A	G	5436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=83;PP=2965;SC=CACCTTTGCCATCATGCGAAA;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=111;TCR=83;TR=194;WE=69728957;WS=69728939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr15	69732483	rs4776448	G	A	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=83;PP=2510;SC=AGTTAGGTTCGATATTTTGAA;SOR=1.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=122;WE=69732491;WS=69732473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	69732736	rs937724	C	T	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=48;PP=1739;SC=CTATTGTTACCGAACCTAAAA;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=69732744;WS=69732726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	69740350	rs13613	A	G	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=508;SC=CTTGTATAGTATATGTTTTGC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=69740358;WS=69740340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	69747675	rs1463911	A	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	69754221	rs8041861	T	C	9693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=1.790;SC=CAATGATGAATGGAACCAGAA;SOR=0.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=373;TCF=180;TCR=193;TR=372;WE=69754229;WS=69754211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,386:1.00:387
chr15	70350457	rs2291982	C	G	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=33;PP=1447;SC=CCCCCTCCCCCCAATCAGATT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=91;WE=70350465;WS=70350447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	70351788	rs2133977	T	C	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=107;PP=2965;SC=CACTCTTGTCTCCATCACTGT;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=116;TCR=108;TR=223;WE=70351796;WS=70351778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	70352968	rs2228176	C	G	4986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=65;PP=2939;SC=GGAGGCTTTCCGAGGGTGACA;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=109;TCR=65;TR=174;WE=70352976;WS=70352958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr15	70353075	rs3825968	C	A	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=99;PP=2965;SC=GCAGGTGACACGGAGGTCAGG;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=89;TCR=99;TR=188;WE=70353083;WS=70353065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr15	70368571	rs3830411	A	ATGC	3336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=48;PP=2774;SC=GCAAGTGGAAATGCAAACTCC;SOR=2.743;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=50;WE=70368579;WS=70368561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	70371571	rs12901770	A	T	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=137;SC=AATGCCACACAGATGCAGAAC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=70371579;WS=70371564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	70388449	rs71149952	AG	A	1968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.72;NF=33;NR=7;PP=1473;SC=GGAGCCGCGCAGGGGACCCAC;SOR=2.381;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=40;WE=70388457;WS=70388439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	70991925	rs4776525	G	C	10774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=187;NR=216;PP=2965;SC=CAAGGATTGAGGTCACTTTTT;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=406;TCF=187;TCR=219;TR=403;WE=70991933;WS=70991915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr15	70992005	rs1424400	A	G	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.512;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=86;PP=2061;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GCATGCTACAAAAAGGAAAAA;SOR=0.070;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=144;TCF=47;TCR=97;TR=132;WE=70992018;WS=70991995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,131:0.96:137
chr15	70994283	rs6494889	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	71175296	rs1528828	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=926;SC=ACCTTATAGGATTTTATCTTT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=71175304;WS=71175286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	71184278	rs2959174	G	T	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=15;PP=1329;SC=AGCTCTCCTCGCGTGTCCAGG;SOR=1.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=66;WE=71184286;WS=71184268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	71184495	rs2955035	A	G	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=77;PP=2917;ReadPosRankSum=-1.102;SC=CGGCGCGGCAACCCCGCACGA;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=144;WE=71184503;WS=71184485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr15	71185793	rs2955036	T	C	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=76;SC=AACAAGATCATTTACCAGAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=71185801;WS=71185783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	71185837	rs2955037	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=312;SC=TTTTTTTGTTGTATTTCTGTT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=71185845;WS=71185827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	71185853	.	CTT	C	223	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=10;NR=2;PP=223;QD=19.0833333333;SC=CTGTTTGTACCTTTTTTTTTT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=71185862;WS=71185843;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr15	71186811	rs1881568	C	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=0;PP=892;SC=AAGATTATTTCCCCATAATGT;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=71186819;WS=71186801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	71186863	rs113843622	G	C	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=25;PP=2084;SC=TTTAATTTTTGAGATTTTGAG;SOR=2.184;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=93;WE=71186871;WS=71186853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	71403406	rs6494895	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=266;SC=CTGTGAGTATTATCATTTGCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=71403414;WS=71403396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	71404745	rs57841474	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=55;SC=ACATGACAGAAGAGTTATGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=71404753;WS=71404735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	71535458	rs12440013	G	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=594;SC=AACCCATACCGGGCCTGGAAA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=71535466;WS=71535448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	71548937	rs4777350	T	C	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=32;PP=2500;SC=GCATATTTAATATCTGCTTTA;SOR=2.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=93;TCR=32;TR=125;WE=71548945;WS=71548927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr15	71704320	rs8040015	C	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=294;SC=GATGGGGCTGCTTGGTCAGCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=71704328;WS=71704310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	72023422	rs2277540	C	T	4839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=70;PP=2819;SC=GGTGTGCATACGTGCCAAGTG;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=166;WE=72023430;WS=72023412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	72037610	rs2291994	G	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=29;PP=1079;SC=GCCTATTACCGGGTCACTTCA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=72037618;WS=72037600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	72050163	rs2625533	C	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=783;SC=AGCATTCCATCCTCCTTTCCA;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=72050171;WS=72050153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	72105928	rs11351249	AC	A	4792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=56;PP=2969;SC=TTGGCGGTGGACCCCCACGGA;SOR=1.012;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=92;WE=72105936;WS=72105918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	72186286	rs2128112	A	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=52;SC=ATAATCCTGAACCTACGCATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=72186294;WS=72186276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	72191073	rs2415128	T	C	6777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=111;PP=2965;SC=CCTCCAAGGATCTGGGTCTCT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=120;TCR=111;TR=231;WE=72191081;WS=72191063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr15	72191266	rs2415129	C	T	4330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=73;PP=2783;SC=ATCCTCCCATCCTGAAGGGTC;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=143;WE=72191274;WS=72191256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	72300031	rs3759820	A	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=217;SC=TCTTTTGGAAATGCTATTTAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=72300039;WS=72300026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	72302894	rs2957742	G	C	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=164;SC=ATGTATAAATGCAAATTAGAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=72302902;WS=72302884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	72431883	rs7175792	G	C	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=184;SC=GCATTTTACAGTCAGGTATTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=72431891;WS=72431873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	72432583	rs930871	A	G	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=50;PP=1665;SC=AGATCTCATTACCACACTTGC;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=86;WE=72432591;WS=72432573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	72454729	rs897731	C	G	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=73;PP=2650;SC=CTGAAGAAAGCGGCAATACGG;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=132;WE=72454737;WS=72454719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	72457551	rs2959944	A	G	290.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=213;SC=GGCAGGTTTAAGAGATGCCCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=72457559;WS=72457541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	72460339	rs8025939	T	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=28;PP=723;SC=AAACAGTCCATTCCCCAGCGT;SOR=4.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=31;WE=72460347;WS=72460329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	72462165	rs11072348	A	C	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=18;PP=902;SC=GTGTGTATCTATGACTGGGAA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=42;WE=72462173;WS=72462155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	72462831	rs7182776	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=393;SC=GGAGCCGTCTTATACCAGGAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=72462839;WS=72462821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	72533967	.	C	T	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=605;SC=ATCAGTGGAACTGTATTTCAA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=72533975;WS=72533957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	72543656	rs2959904	T	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=452;SC=AGCTATCCTTTCTGAACAAGC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=72543664;WS=72543646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	72545876	rs1426166	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=17;PP=581;SC=CGTTATCTCCTTGGAGAGGTG;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=72545884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	72546765	rs2912227	A	G	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=44;PP=1670;SC=TGGGCAGGCAAAGGAGAGGGG;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=94;WE=72546773;WS=72546755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	72556799	rs11072352	G	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=8;PP=783;SC=TTTTGGAAGGGGGCATTCCAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=72556807;WS=72556789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	72557955	rs1426170	T	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=322;SC=GTCTTAGCTATAGCCTTACAC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=72557963;WS=72557945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	72559326	rs62022788	T	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=145;SC=TTTGTGAGAGTCTCAGTCTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=72559334;WS=72559316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	72637795	rs4777502	T	C	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=66;PP=2687;SC=ACCTCAGCAATTCACAGCGGA;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=152;WE=72637803;WS=72637785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr15	72638892	rs1800431	T	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=9;PP=292;SC=GGTTCCACTATGTAGAAATCC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=72638900;WS=72638882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	72643444	rs117160567	A	C	5434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=1.660;SC=ATTGACCCATAAACTTGGTCT;SOR=1.150;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=116;TCR=74;TR=186;WE=72643452;WS=72643434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
chr15	72859047	.	A	AT	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=30;QD=22.0;SC=CTATTGATAGATTTTTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=72859055;WS=72859037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr15	72879653	rs139334001	A	ATTG	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=669;SC=TCTTAACTATATTGTACTTTT;SOR=1.445;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=13;WE=72879661;WS=72879643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	72968748	.	GT	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=9.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.492;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr15	72987588	rs4777527	G	T	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	73002035	rs8033604	G	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=10;PP=667;SC=AAAATATGCTGCCTAGCTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=73002043;WS=73002025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	73021855	rs6495015	T	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=0;PP=512;SC=CCTCCCAAAGTGCTGGGATTA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=73021863;WS=73021845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	73023937	rs12914333	T	C	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=85;PP=2864;SC=TGGCACCCTTTGATTGGAAGA;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=76;TCR=85;TR=161;WE=73023945;WS=73023927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	73024181	rs9806635	G	A	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=647;SC=TAGAGATCCTGTAGGAATCTG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=73024189;WS=73024171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	73027478	rs2277598	T	C	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=21;PP=789;SC=CTGGAAGATATAGAAAATGCC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=73027486;WS=73027468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	73028375	rs12324395	G	A	272.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=242;SC=ATCAAGCCCAGATCATCCAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=73028383;WS=73028365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	73044575	rs9460	G	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=199;SC=ACCTGATACAGTTTAATCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=73044583;WS=73044565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	73067234	rs11634630	T	C	4979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=85;PP=2631;ReadPosRankSum=-1.140;SC=GGAACTCTGATGCAACCTGGG;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=90;TCR=86;TR=174;WE=73067242;WS=73067224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr15	73408756	rs143744012	CTA	C	96.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=63;SC=AGTGAGATGACTATATTTATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=73408765;WS=73408746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	73409213	rs3840037	A	AT	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.72;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr15	73418741	.	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
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chr15	73545732	rs2623989	T	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.05;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr15	73551250	rs2251205	A	G	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=47;PP=1426;SC=CTGGAACACAATAGATACTAG;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=73551258;WS=73551240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	73564881	rs1131854	C	T	4754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=76;PP=2535;SC=AGCCTCCCTCCGAAGCCAATG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=154;WE=73564889;WS=73564871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr15	73566942	rs497539	G	A	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=59;PP=2965;SC=GGGGGTTTTAGTTTTTTTCCT;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=108;TCR=59;TR=167;WE=73566950;WS=73566932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	73595089	rs3833036	T	TA	5639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=68;PP=2936;SC=TCTTGGAACTTACCCTTGAAA;SOR=1.231;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=78;TCF=9;TCR=69;TR=76;WE=73595097;WS=73595079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	73614834	rs529004	T	C	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=33;PP=1178;SC=ATAGATTGGATGGCAGTTTGG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=70;WE=73614842;WS=73614824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	73615878	rs117819825	C	T	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=41;PP=1445;SC=AGGATGAAGACGGTGTGTCCA;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=73615886;WS=73615868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	73616635	rs481579	T	C	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=42;PP=1087;SC=ATGCACAGCCTGCCCAGGCCA;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=73616643;WS=73616625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	73660505	rs143090627	C	T	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=87;NR=79;PP=2747;SC=GCCCCCGGCCCCCTCCTCCTC;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=166;WE=73660513;WS=73660485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr15	73735523	rs72741460	G	A	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=34;PP=1404;SC=TGGTGAGGCAGGACATGGCGG;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=73735531;WS=73735513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	73848808	rs922687	A	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=655;SC=CCTTTGTTCAATTCTTTGTTT;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=73848816;WS=73848798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	73982965	rs6495076	G	A	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=0;PP=965;SC=TTTATCAGGAGCCCACTTTTC;SOR=5.838;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=36;WE=73982973;WS=73982955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	74000839	rs2291011	G	A	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=55;PP=1901;SC=ATGTGTGTGCGTGCGCATGCA;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=108;WE=74000847;WS=74000829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	74033033	rs11858458	A	G	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=28;PP=825;SC=GGGTCCCTGCATCAGCCAGGT;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=74033041;WS=74033023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	74043163	rs72743326	C	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=4;PP=744;SC=AGCAGATTTGCGGAAAGGAGA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=74043171;WS=74043153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	74173668	rs7496005	A	G	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=30;PP=1685;SC=AGTCCAGAACATATTATTTAA;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=93;WE=74173676;WS=74173658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	74176453	rs66619071	GA	G	3324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=34;PP=2519;SC=ATCAGAAGGGGAAAAGCCACC;SOR=1.279;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=67;WE=74176461;WS=74176443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	74178605	rs2278864	G	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=522;SC=ATCATGGGGGGGCTGGAGAGC;SOR=2.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=74178613;WS=74178595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	74181255	rs7170803	A	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=3;PP=567;SC=AGCAGGCTGTACTACTTGAGA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=74181263;WS=74181245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	74219582	rs3825942	G	A	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=36;PP=1594;SC=CGGCACGGGGGCTCCGCCTCC;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=91;WE=74219590;WS=74219572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	74234171	rs8042181	A	G	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=390;SC=ATTCCAATGCAGAATGGAGTC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=74234179;WS=74234161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	74238734	rs2304720	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=20;PP=483;SC=CAACCCCCCCTCATCTCCCCC;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=43;WE=74238742;WS=74238723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	74239613	rs74026313	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=411;SC=AAGGAGTTGGGGAGGCAAAGA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=74239621;WS=74239603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	74336633	rs5742915	T	C	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=57;PP=2564;ReadPosRankSum=0.229;SC=GCCTGAAGCCTTCTTCAGCAT;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=127;WE=74336641;WS=74336622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr15	74356031	rs2636839	C	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQRankSum=-0.269;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.608;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,19:0.20:97
chr15	74467856	rs1052622	G	A	6810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=139;PP=2965;SC=TCAAGGGTACGCCGCTGAGCC;SOR=1.216;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=92;TCR=140;TR=231;WE=74467864;WS=74467846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr15	74472522	rs145614612	C	T	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=60;PP=2862;SC=CGAGCCCTGCCGCGGCTGGCC;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=91;TCR=60;TR=150;WE=74472530;WS=74472512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	74472716	rs351242	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=774;SC=TCCCCTGCAGGCAGCACATGG;SOR=2.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=74472724;WS=74472706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	74477239	rs351237	G	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=6;PP=997;SC=CCTCCCTCCAGGCCCAGGGCC;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=74477247;WS=74477229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	74483415	rs351228	T	C	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=33;PP=1351;SC=ACAAGGATTCTGGGGAGCAGG;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=74483423;WS=74483405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	74486444	rs974456	C	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=28;PP=672;SC=TTCCCCTTCTCGAGCCCTGCA;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=74486452;WS=74486434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	74489883	rs351218	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=350;SC=CACTCATGTGACATCTTGGGG;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=74489891;WS=74489873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	74500105	rs12915846	G	A	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=55;PP=1741;SC=ATGCGGGCCCGTGAGCTTGGG;SOR=1.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=74500113;WS=74500095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	74528985	rs351175	T	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=6;PP=480;SC=CAGGACTGATTCCTGATCACC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=74528993;WS=74528975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	74558927	rs440793	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=8;PP=735;SC=CCCTACTCTCAACAATGTCTC;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=74558935;WS=74558917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	74560566	rs1038436	C	T	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=18;PP=1290;SC=ATTATCAGCTCGGAGCCCCAG;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=74560574;WS=74560556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	74572242	rs351165	T	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=6;PP=446;SC=CAAATATCTGTGTATGCCTTG;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=74572250;WS=74572232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	74572917	rs351164	A	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=13;PP=1150;SC=GAAAGCAGGCAGCGGGAGACA;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=74572925;WS=74572907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	74588024	rs1484212	T	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=714;SC=GGGGTGTAGATGGTGTGCTTA;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=74588032;WS=74588014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	74611182	rs751528	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	74611189	rs751527	T	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	74659535	rs12442401	A	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.73;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	74659609	rs28681535	G	T	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=33;PP=2230;SC=GGCTACCCAGGCCCCTCCTCC;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=110;WE=74659617;WS=74659599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	74710593	rs28362912	C	T	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=53;PP=2420;SC=CCCTCCATACCCCCTCCCCCA;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=139;WE=74710601;WS=74710583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr15	75117912	rs79217743	G	T	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=29;PP=829;SC=GGGATTCTGAGGAGGCAGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=75117920;WS=75117902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	75130093	rs12898397	T	C	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=70;NR=68;PP=2551;SC=TGTGCCCACCTTGACCTGCTC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=138;WE=75130101;WS=75130083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	75130573	rs2290572	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=13;PP=699;SC=GGGTGGCCAGAGGCCCTGTGG;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=34;WE=75130581;WS=75130563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	75131661	rs4886615	A	G	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=51;PP=1694;SC=GTGATAAGGCAGCTGCTGAAT;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=92;WE=75131669;WS=75131651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	75131959	rs936227	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	75132490	rs12908814	C	G	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=30;PP=1783;ReadPosRankSum=-0.945;SC=ATACTCCAGTCTCTGCAGGTC;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=93;WE=75132498;WS=75132480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr15	75135447	rs2290574	T	C	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=50;PP=1702;SC=GCCCCGCCATTCCGGCCGCCT;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=75135455;WS=75135437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	75140854	rs3765066	G	A	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=104;SC=GGGCACTGGCGGGGCTCTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=75140862;WS=75140846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	75183935	rs11638130	G	A	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=36;PP=1078;SC=AGGACAGAGTGCGGTGCAGAG;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=75183943;WS=75183925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	75185670	rs7495739	A	G	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=72;PP=2827;SC=AGGTGGACACAGTTATATTCC;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=158;WE=75185678;WS=75185660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr15	75189930	rs1130741	A	G	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=91;NR=71;PP=2863;SC=AGGGGACAGTAATAGCCAGCA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=162;WE=75189938;WS=75189920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr15	75230502	rs6495131	A	G	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=25;SC=GGGCGGGAGGAGCCACCGCGC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=75230510;WS=75230492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	75310075	rs12593566	C	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=24;PP=1263;SC=GAACTAACCCCTTCTGACCTC;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=75310083;WS=75310065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	75336729	rs2304899	A	G	7346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=126;PP=2965;SC=TCTGCCAGATATGGAAGAGCC;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=128;TCR=127;TR=253;WE=75336737;WS=75336719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr15	75498548	rs1466663	A	G	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=78;PP=2965;SC=GCCCCATGGCAGGTACTCCTA;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=167;WE=75498556;WS=75498538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr15	75499619	rs11072531	T	C	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=92;PP=2965;SC=TGCCACAGCCTGGTGCCTTCC;SOR=0.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=174;WE=75499627;WS=75499609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr15	75503147	rs3743211	G	A	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=36;PP=1436;SC=GTGGCCAGAGGTGAGCCAGAG;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=91;WE=75503155;WS=75503137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	75518255	rs111662828	G	A	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=142;SC=AACCCCAGCTGGAGGATGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=75518263;WS=75518245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	75518872	rs60708820	A	G	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=493;SC=CCATTCTGGCAGTCAGTGGCT;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=75518880;WS=75518862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	75518922	.	G	C	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=7;PP=1046;SC=TCAGGGGGCTGGGCAGCCTTG;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=75518930;WS=75518912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	75521833	rs6495165	G	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=17;PP=1332;SC=TCCCCCTGGGGAGGTGAAAAG;SOR=1.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=57;WE=75521841;WS=75521823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	75643759	rs7182283	G	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	75650836	rs1128933	G	A	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=71;PP=2629;SC=GGCAGCCAACGTCCAGCACAA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=155;WE=75650844;WS=75650826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	75650972	rs3809549	G	A	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=52;PP=1997;SC=ATGGGACAGGGGTGGACATAC;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=106;WE=75650980;WS=75650962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	75651022	rs149997575	C	CCCACATGCTGCCCAGCCCATA	5562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=30;PP=1763;SC=CTCCACCATCCCCACATGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=41;WE=75651030;WS=75651012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	75653378	rs7174408	T	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=17;PP=1092;SC=AGCCAAGGCCTGGCCTGACCT;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=75653386;WS=75653368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	75664570	rs4886696	AA	TT	1740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.45;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	75967814	rs1127646	A	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=143;SC=AGACAGCACCAGGCATGGAAG;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=75967822;WS=75967804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	75970070	rs8023621	C	T	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=33;PP=1583;SC=GTGGCTGGGGCGCTGGGGACA;SOR=0.972;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=75970078;WS=75970060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	75977920	rs62027240	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=12;PP=553;SC=AGCTCTGCACAGGGTCCAGGC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=75977928;WS=75977910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	75979782	rs8030131	G	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=23;PP=1057;SC=CCATGGTGTCGCGGGGGCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=75979790;WS=75979772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	75980112	rs4414463	A	G	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=63;PP=2820;SC=AGCCACGGTCAGCCCCTGAGT;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=98;TCR=63;TR=161;WE=75980120;WS=75980102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr15	75980195	rs143544297	C	T	7638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=140;PP=2965;SC=GGCTCATCTACGGCCACGATA;SOR=0.817;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=128;TCR=142;TR=268;WE=75980203;WS=75980185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr15	75981507	rs12900539	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=15;PP=464;SC=CCTGTGCAGGACCACCGCGGT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=75981515;WS=75981497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	75982428	rs7182906	C	T	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=22;PP=1129;SC=CTGCATCCAGCCCCCCGAGAA;SOR=1.162;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=61;WE=75982436;WS=75982418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	76017452	rs55905564	C	T	6112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=140;NR=74;PP=2965;SC=CTTACAGGTCCGGGGCCCGCC;SOR=1.485;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=141;TCR=74;TR=214;WE=76017460;WS=76017442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr15	76075437	rs62028907	G	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=461;SC=AAGACGCTACGGGAGCAGGGT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=76075445;WS=76075427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	76084875	rs12708521	C	T	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=52;PP=2411;SC=TGGTCTTGGGCGTGAGACCAA;SOR=1.037;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=86;TCR=52;TR=136;WE=76084883;WS=76084865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr15	76136194	rs2047866	C	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=774;SC=CACGGTGAGGCGCCCGGCCGC;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=76136202;WS=76136184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	76175828	rs1868020	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=247;SC=TTTTTTATAGGGACGAGATCT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=76175836;WS=76175818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	76182949	rs335713	C	T	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=489;SC=TTTAAAATAGCGTCTACTTTC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=76182957;WS=76182939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	76189563	.	A	ATTTAT	400.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.07;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	76189624	rs335692	A	G	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	76191644	rs28607641	A	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	76191802	rs335689	G	A	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=36;PP=1503;SC=ATGGCTAAATGTGTTGACTGT;SOR=0.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=95;WE=76191810;WS=76191792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	76191852	rs335688	T	C	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=46;PP=1716;SC=AAAATCTTTCTAACATGCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=103;WE=76191860;WS=76191842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	76191966	rs335687	T	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=362;SC=TTACAGCCTTTGCATTTTGCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=76191974;WS=76191956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	76196825	rs373567025	T	C	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=19;PP=973;SC=TGCGTTTGCGTCCTCAGCGTG;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=76196836;WS=76196815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	76197071	rs3073843	A	ATCT	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=706;SC=TTAAAGGAACATCTCGTTCCG;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=76197079;WS=76197061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr15	76248427	rs10711025	GT	G	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=204;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TAGAAAGAAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.906;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=16;WE=76248435;WS=76248417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr15	76298132	rs4886755	A	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=7;PP=777;SC=CATTGTTGTCATTTTCATTTT;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=40;WE=76298140;WS=76298122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	76510073	rs1533600	G	A	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=51;SC=CTTGTGCAAAGTATCAATTAC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=76510081;WS=76510063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	76518346	rs11281932	C	CCCTTA	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=552;SC=ATTTTAACTTCCAATATATTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=76518354;WS=76518336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	76584686	rs3215000	T	TA	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=796;SC=ATTGGCTACATAAACAGTCTG;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=19;WE=76584694;WS=76584676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	76630303	rs4636879	T	C	8291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;NR=169;PP=2965;SC=AGCGGGACTATGTCAGGTGAG;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=134;TCR=170;TR=303;WE=76630311;WS=76630293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr15	76632907	rs7180257	A	G	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=86;PP=2646;SC=GACGGTGAGCAGCCGCTGGGC;SOR=1.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=60;TCR=87;TR=145;WE=76632915;WS=76632897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	76673627	rs17460201	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=390;SC=TTATTCCTTATGCCCCAATTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=76673635;WS=76673617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	76957958	rs280021	A	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=85;SC=ACATCACTAAAAGTTTTTCTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=76957966;WS=76957948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	77064389	rs66496622	TGAA	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=361;SC=CTATTAACTATGAAGAAGAAG;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=77064399;WS=77064379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	77085740	rs3102707	C	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=243;SC=TCACTGGAAACAACAAGGCAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=77085748;WS=77085730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	77148073	.	C	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=17;PP=1275;SC=CCACTTCACACCAGTCGGAAT;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=77148081;WS=77148063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	77231158	rs4886841	C	T	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=67;PP=2027;SC=TAACTTTGGGCAAGTTATTAA;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=115;WE=77231166;WS=77231148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	77241568	rs1711018	T	C	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=35;PP=878;SC=CTTTAATCTCTGAGCCTGTCT;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=54;WE=77241576;WS=77241558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	77308255	rs78138579	C	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=9;PP=693;SC=ATCCTGGAGCCTGCAGCCTCT;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=77308263;WS=77308245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	77308387	rs7173067	G	A	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=36;PP=1243;SC=ATAAGGACAGGAGAAGGGTTC;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=77;WE=77308395;WS=77308377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	77310636	rs3812911	G	C	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=38;PP=1400;SC=GAAGCAGGTGGCTTCCGCTCG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=77310644;WS=77310626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	77322029	rs3935339	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=376;SC=CAATCATGGGCGCGGCGCTCT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=77322037;WS=77322019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	77323009	rs2469237	T	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=32;PP=891;SC=GGGGCCCAAGTGAGGCAGTTG;SOR=1.054;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=77323017;WS=77322999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	77324880	rs4078354	A	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=41;PP=1745;SC=GGTTGTGGGGAGTTGGGTCCC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=97;WE=77324888;WS=77324870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	77328108	rs11373069	G	GA	927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=11;PP=932;SC=AGTGTCCCCAGAAGGGGAGGG;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=23;WE=77328116;WS=77328098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	77344793	rs11737	T	A	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=55;PP=2151;SC=GCTTCTTCACTACTAGAGCCT;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=108;WE=77344801;WS=77344783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	77363451	rs11072641	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=271;SC=CCCCAGCAAGTGCCTCGCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=77363459;WS=77363441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	77406396	rs3743479	C	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=357;SC=TAGAGGTTTGCCTTTCTTCTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=77406404;WS=77406386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	77450964	rs12909704	C	T	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=36;PP=1780;SC=AGTGCAGCCCCTGCCATCTTG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=95;WE=77450972;WS=77450954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	77764227	rs34188762	AT	A	105.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=4;PP=72;SC=ATGCTATTGGATTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=77764235;WS=77764217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	78189084	rs4243062	T	C	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=75;NR=73;PP=2526;SC=CGGCTAGAAATCTCCGTGGAC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=148;WE=78189092;WS=78189074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	78189206	rs4886959	C	T	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;SC=CCAGGAACACCGCCTGGGCCT;SOR=1.666;Source=Platypus;WE=78189214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	78189268	rs11630652	A	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=15;PP=493;SC=AAGACCTCAGAGTCAATGGCC;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=78189276;WS=78189258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	78189293	.	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.037;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.775;NF=10;NR=7;PP=234;ReadPosRankSum=0.023;SC=GCAGGGGCTGCGGGAAGCTTT;SOR=0.526;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=17;WE=78189301;WS=78189283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr15	78189370	rs4441238	A	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=13;PP=727;SC=ATGCCTATGGACATTATGAAG;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=78189378;WS=78189360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	78196212	rs7178928	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=276;SC=CAGGGCCAGGAAGGAAGGGGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=78196220;WS=78196202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	78207762	rs57642131	C	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.18;QD=45.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	78207864	rs66955965	C	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=9;PP=562;SC=CAAGGGGCAACACCAGCTCTT;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=78207872;WS=78207854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	78207914	rs67793790	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=12;PP=754;SC=GGTGATCAGCTCCCACCCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=36;WE=78207922;WS=78207904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	78207974	rs71400903	T	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.710;NF=15;NR=20;PP=710;ReadPosRankSum=1.124;SC=AGATGTTGCATGCCCTACCTT;SOR=1.382;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=35;WE=78207982;WS=78207964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr15	78208021	rs58158543	T	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=26;PP=1295;SC=TGATGACATCTTCCATCTCCT;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=78208029;WS=78208011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	78208141	rs58331113	C	T	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=34;PP=1264;SC=TGCAGCTCCCCGTGCCCATGC;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=71;WE=78208149;WS=78208131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	78208236	rs76380402	A	G	345.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.80;QD=38.42;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	78208239	rs74587726	T	C	320.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.90;QD=40.10;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	78211339	rs71400918	T	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.61;QD=43.31;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	78211344	rs144363575	CA	TG	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.19;QD=46.24;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	78211411	.	GCCTCCTGCTCTCGGAGCATCT	G	2432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=20;PP=2967;SC=CACCCTCTGCGCCTCCTGCTC;SOR=0.726;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=25;WE=78211439;WS=78211401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	78211471	rs67630434	C	T	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.98;QD=25.15;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	78232240	rs12907147	G	C	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=42;PP=1381;SC=GTGGGTCCAGGGTGGCCCTGG;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=78232248;WS=78232230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	78268603	rs28360704	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.24;QD=25.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	78269731	rs11852862	G	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.29;QD=43.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	78269737	rs11852790	AC	TT	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.59;QD=43.66;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	78269747	rs11852867	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.00;QD=43.43;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	78269760	rs71402931	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.75;QD=43.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	78269762	rs78023616	CA	TG	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.75;QD=43.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	78269793	rs67603081	CT	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=84;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=167;SC=CCAGGGTGCCCTTGGGCAGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=78269810;WS=78269783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	78269798	rs142983118	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	78269801	rs140951103	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.44;QD=40.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	78269802	rs143146370	T	TG	277.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=84;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=194;SC=CCTTGGGCAGTGGGACAGAGG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=78269810;WS=78269783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	78272330	rs56081051	C	T	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.52;MQRankSum=-0.952;QD=25.36;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr15	78272478	rs58205250	G	A	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=26;PP=619;SC=GGGTGGGACCGCTGTGGGGAG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=78272486;WS=78272468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	78276594	rs72732526	AC	CA	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=8;PP=1413;SC=ACCCACTAAAACTCCACACTC;SOR=1.880;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=39;WE=78276603;WS=78276584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	78276660	rs12916320	A	G	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=35;PP=1473;SC=AAGGGGGTGTATGAGAACCAG;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=78276668;WS=78276650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	78369815	rs9047	G	A	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=60;PP=2085;SC=GGCGCGCGTCGAACACGAACC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=131;WE=78369823;WS=78369805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	78369959	rs113518553	G	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=545;SC=CGCCGCCGCCGCCGCCCTCCT;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=78369967;WS=78369949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	78390414	rs2289524	T	C	6242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=148;PP=2965;SC=TTCAAAGAGATGCTGACTGCT;SOR=1.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=75;TCR=148;TR=223;WE=78390422;WS=78390404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	78390909	rs12593575	C	T	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=69;PP=2234;SC=TGTGAGTCCCCGGAACCTCTC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=130;WE=78390917;WS=78390899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr15	78401540	.	AC	CC	112	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000,1.0000;HP=7;HapScore=4;MGOF=36;MMLQ=12;MQ=66.83;NF=4,5;NR=0,0;PP=37,112;QD=25.2114401178;SC=ATGTTCCCCCACCGCATATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4,5;WE=78401548;WS=78401530;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,5:1.00:5
chr15	78401540	.	AC	ACC	112	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000,1.0000;HP=7;HapScore=4;MGOF=36;MMLQ=12;MQ=66.83;NF=4,5;NR=0,0;PP=37,112;QD=25.2114401178;SC=ATGTTCCCCCACCGCATATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4,5;WE=78401548;WS=78401530;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	78403004	rs1992469	A	G	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=24;PP=1319;SC=TCACCTGGGAACTTGCTCGAA;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=78403012;WS=78402994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	78403179	rs2867986	C	G	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=34;PP=1161;SC=AGCCAGACAACGGGGAGACAG;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=78403187;WS=78403169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	78423479	rs8040395	T	C	5194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=116;NR=66;PP=2872;SC=GCGGGGCCTGTGTTGGGGGCC;SOR=1.282;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=116;TCR=66;TR=182;WE=78423487;WS=78423469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	78454050	rs61752770	T	A	8230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=138;PP=2965;SC=CTTACACCGATGTAAATATTG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=282;TCF=144;TCR=138;TR=282;WE=78454058;WS=78454040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr15	78504780	rs10706612	GA	G	1106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=9;PP=594;SC=CCAGCAGAATGAAAAAAACCC;SOR=1.347;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=21;WE=78504788;WS=78504770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	78556571	rs62007805	G	A	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=4;PP=213;SC=CGGACCCACGGAAGGGCAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=78556579;WS=78556561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	78556589	rs12898295	C	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=3;PP=229;SC=AGGGGGCGGCCTCGGGGCGGC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=78556597;WS=78556579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	78556967	.	A	AGCG	169.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=1.383;SC=GGGAGCTACAAGCGGCGGCGG;SOR=0.707;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=78556975;WS=78556965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr15	78557005	rs28484827	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=356;SC=GTGACGCGCGAGCGGGCGGCG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=78557013;WS=78556995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	78557086	rs66489434	GC	G	5638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.183;QD=29.68;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=1.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr15	78557720	rs62007832	C	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=452;SC=GGACAAACGCCGTGCCTCTCT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=78557728;WS=78557718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	78558509	rs2037347	G	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=8;PP=889;SC=CATTCATTGTGGTCCGCTTCT;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=78558517;WS=78558499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	78565478	rs7163689	C	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=7;PP=404;SC=TCTTGAAGATCTATATAATGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=78565486;WS=78565468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	78572359	rs9806426	C	G	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=49;PP=2596;SC=CTGCCTTCCTCCTTCCTAATT;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=134;WE=78572367;WS=78572349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	78581892	rs1879153	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=447;SC=AATGGCATTTCAATGAAAGAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=78581900;WS=78581882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	78581938	rs16969675	C	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=801;SC=CCCAGTTTGTCAAAATAAGAT;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=78581946;WS=78581928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	78587111	rs138711577	TTTG	T	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=0;PP=630;SC=TGTTCAGGTTTTTGTTGTTGT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=78587121;WS=78587101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	78587910	rs1040262	A	G	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=39;PP=1613;SC=TTTAGGAGCCAGGCAAGAATG;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=100;WE=78587918;WS=78587900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	78758677	rs2958720	G	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=26;PP=987;SC=GCTCTCTCCAGTTAAAGTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=78758685;WS=78758667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	78758853	rs2938672	A	C	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=126;SC=TTTTTCTTAAAGTTTATTAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=78758861;WS=78758843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	78777312	rs9788758	G	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=37;PP=1098;SC=AATTATTGTTGGCTTTTCTGT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=78777320;WS=78777302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	78780104	rs2230940	T	C	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	78786410	rs4887060	A	C	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=27;PP=1057;SC=TGAGAATGCAAACAAAGTATT;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=78786418;WS=78786400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	78789488	rs13180	C	T	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=37;PP=1963;SC=CTGTTTTGGCCGAAAGTTATG;SOR=1.238;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=105;WE=78789496;WS=78789478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	78807231	rs148681032	C	CCTCT	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=69.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	78807252	rs59105191	A	C	285.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	78807254	rs146986269	A	C	284.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	78825917	rs3885951	A	G	5260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=90;PP=2965;SC=AACCGGGTGGAAACACTTACA;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=93;TCR=90;TR=183;WE=78825925;WS=78825907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr15	78834689	rs2292117	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=10;SC=AGCAATTATCATCACCAGGTT;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=78834697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	78836631	rs67437837	CTGA	C	1628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=25;PP=1397;SC=AATAGCATAACTGATGATACA;SOR=2.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=26;WE=78836641;WS=78836621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	78841220	rs8053	T	C	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.27;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	78857939	rs55853698	T	G	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=24;PP=932;SC=GAGCGGCCCCTCTGCTGCGTC;SOR=0.986;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=58;WE=78857947;WS=78857929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	78857986	rs55781567	C	G	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=39;PP=1566;SC=ACTCAGTGCTCCATTCCCCAA;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=92;WE=78857994;WS=78857976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	78879242	rs555018	G	A	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=6;PP=129;SC=AGTGCCTATTGTGTGCCAGAC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=78879250;WS=78879232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	78880481	rs647041	T	C	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=52;SC=TGAGAACCACTACACAAGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=78880489;WS=78880474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	78882925	rs16969968	G	A	5633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.248;SC=AGCTGCGCTCGATTCTATTCG;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=86;TCR=108;TR=191;WE=78882933;WS=78882915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,210:0.99:213
chr15	78894339	rs1051730	G	A	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=61;PP=2514;SC=TGTCGTGTTTGTAGCCTGGGG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=129;WE=78894347;WS=78894329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	78909452	rs3743075	T	C	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=26;PP=902;SC=AGGGGTTCCATTTCAGCTTGT;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=78909460;WS=78909442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	78909480	rs3743074	G	A	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=22;PP=758;SC=CCAGATCTCGGGGAAGGAAGC;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=78909488;WS=78909470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	78909539	rs3743073	G	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=14;PP=428;SC=TTTACTTCCCGTGGCACCACC;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=78909547;WS=78909529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	78911181	rs8040868	T	C	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=42;PP=1357;SC=ACACGTTGGCTACAGGCCGGA;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=78911189;WS=78911171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	78911261	rs2869547	T	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=391;SC=CTGGCCACTGTGGGAAGCAGC;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=78911269;WS=78911251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	78913067	rs66793222	ACAGCAG	ACAG,A	2359.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.48;NF=7,7;NR=18,18;PP=1242,53;SC=GGCAGCAGAGACAGCAGCAGC;SOR=0.804;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=25,25;WE=78913080;WS=78913057;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:55
chr15	78917399	rs1948	A	G	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=46;PP=1934;SC=GGGCCTCATCAGCCACAACCC;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=118;WE=78917407;WS=78917389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	79044330	rs11632672	A	G	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=97;SC=CCCATGTTCCAGAACACACAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=79044338;WS=79044320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	79045521	rs12917502	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.209;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.04;MQRankSum=-1.756;QD=29.90;ReadPosRankSum=1.314;SOR=1.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr15	79054900	rs7495616	C	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=23;PP=733;SC=ACCACAGGGGCCTGAGCACTG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=79054940;WS=79054890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	79054911	rs11852980	A	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.34;QD=41.91;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	79054919	rs11853054	G	A	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.43;QD=43.58;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	79054932	rs11072801	G	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.31;QD=31.74;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	79056526	rs3830240	TC	T	38.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	79057093	rs6495267	G	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=5;PP=126;SC=TCCCATCCCCGCCAGGCCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=79057101;WS=79057083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	79058572	rs1809421	T	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	79058923	rs1809422	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=6;PP=140;SC=TGGCAGGCACGGGGCTACCCG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=79058931;WS=79058913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	79058951	rs28699256	T	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.27;QD=22.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	79063474	rs1809409	A	T	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=183;SC=AAGCCCCTGCAGGTGGGGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=79063482;WS=79063464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	79064080	rs11635931	G	A	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=23;PP=784;SC=CCGGGTCCTCGCTCCGCAGTG;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=79064088;WS=79064070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	79064143	rs11635870	C	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=22;PP=759;SC=CGCGTGCGCCCGCTGGGATCA;SOR=1.096;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=38;WE=79064151;WS=79064133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	79065380	rs7177201	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=351;SC=GAAGGGGCCATCAGGTGAAGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=79065388;WS=79065372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	79065562	rs8036224	A	G	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.82;QD=26.91;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	79069121	rs11854507	A	G	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=34;PP=1103;SC=TGCCGTCCACAGCTGCATCCA;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=79069129;WS=79069111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	79083376	rs2277546	C	A	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=325;SC=CAGGCCAAGGCGGCCTTCACT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=79083384;WS=79083366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	79083591	rs2277545	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=16;PP=448;SC=GGGGGTCAGGTTGTCACGAGG;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=79083599;WS=79083581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	79089007	rs3743057	T	C	6295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=114;NR=119;PP=2965;SC=CATCAGCTACTACCAGGGTCT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=114;TCR=119;TR=233;WE=79089015;WS=79088997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr15	79089111	rs3825807	A	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=702;SC=TCCCGTCGAGACTCCAGCTCT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=79089119;WS=79089101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	79092481	rs3971703	G	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.53;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	79092750	rs7173267	G	C	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=45;PP=2169;SC=GCTCGTAGAAGGCGGGCGCGT;SOR=1.366;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=91;TCR=45;TR=136;WE=79092758;WS=79092740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	79217690	rs2044226	G	C	4982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=70;PP=2676;SC=AGTAGATGCCGGTTCTATACA;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=167;WE=79217698;WS=79217680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	79231518	rs11638844	A	G	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.148;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-6.746;NF=42;NR=28;PP=1295;ReadPosRankSum=-1.258;SC=ACTTCTCTGTAAAAAGAAAAA;SOR=0.613;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=70;WE=79231531;WS=79231508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr15	79231523	rs35398112	G	GA	2061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.322;NF=16;NR=25;PP=618;ReadPosRankSum=-2.224;SC=TCTGTAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.484;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=41;WE=79231531;WS=79231508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,83:0.93:89
chr15	79231616	rs10400902	A	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=35;PP=981;SC=CGAAAACTGGACTAAATTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=79231624;WS=79231606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	79237157	rs142529123	C	T	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=37;PP=1972;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GAGCCCAGTGCGCCCCTGGCC;SOR=0.555;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=116;WE=79237165;WS=79237147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr15	79237180	rs1036937	C	A	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=64;PP=2699;SC=GTTCTCCCAGCGTCCACTCTA;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=91;TCR=64;TR=155;WE=79237188;WS=79237170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr15	79237247	rs1036938	C	G	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=97;PP=2965;SC=GGAGTTCACGCACAGTTCGGC;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=98;TCR=97;TR=195;WE=79237255;WS=79237237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr15	79237324	rs1036939	C	A	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=46;PP=1437;SC=TGGCCCACATCGCAGCGCTGG;SOR=1.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=79237332;WS=79237314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	79237403	rs67943698	GGA	G	578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=14;PP=595;SC=GCGCGGGGGGGGAGCGGCACG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=79237412;WS=79237393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	79254480	rs4778732	T	A	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=15;PP=1121;SC=TGGGCTGGGCTCAGCTTCAGG;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=79254488;WS=79254470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	79264097	rs4238514	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=525;SC=AGCTGGGCTCGAGAGAATTCT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=79264105;WS=79264091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	79277247	rs4778750	A	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=44;PP=2250;SC=TCAGCCCAGTACTTTGCCCAC;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=115;WE=79277255;WS=79277237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	79277608	rs4778751	G	A	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=50;PP=1488;SC=ATGATAAATGGTCACTATTTG;SOR=1.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=75;WE=79277616;WS=79277598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	79288011	rs6495359	A	C	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=18;PP=771;SC=GATGCCTGTGATGGGTCAGGG;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=79288019;WS=79288001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	79291262	rs12914556	C	T	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=53;PP=1645;SC=TCTGGCTGAGCTGGGGTGAGT;SOR=1.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=79291270;WS=79291252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	79324419	rs2304991	A	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=483;SC=CATCCCCCACACCTGCCTCCC;SOR=4.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=79324427;WS=79324409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	79327686	rs736554	C	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=477;SC=GAAAACTGCACCGGCAGGATG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=79327694;WS=79327676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	79502096	rs12903401	G	C	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=16;PP=1431;SC=TTTACATCTTGTCCTGCAAAG;SOR=1.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=69;WE=79502104;WS=79502086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	79586361	rs8038778	T	C	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=50;PP=2279;SC=CCCGTTTGCCTCAACTGAAGA;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=114;WE=79586369;WS=79586351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	79606137	rs3825933	G	A	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=21;PP=1335;SC=ACTGCTATGTGGAGGACCCCC;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=70;WE=79606145;WS=79606127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	79606408	rs3784544	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=229;SC=CTTCATTGGCCTCTGTCTAGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=79606416;WS=79606398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	79614206	rs906440	T	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=569;SC=GCACAGACTCTTAGTTAGCAT;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=79614214;WS=79614196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	79614224	rs8037898	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=795;SC=CATTCAGTGGATATCACCTAG;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=79614232;WS=79614214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	79614418	rs906439	A	G	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=101;PP=2965;SC=GGGCCCGAGCAGAAGACCTTA;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=179;WE=79614426;WS=79614408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr15	79750307	rs1004724	T	C	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=27;PP=1407;SC=TTGGCGAAATTGAACGGAAGC;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=73;WE=79750315;WS=79750297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	80365745	rs2866367	T	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=142;SC=AATTGTAGTGTATTTCAGTAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=80365753;WS=80365735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	80367831	rs2469600	G	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=316;SC=AGAGTGGAAAGTAGTTTTCTA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=80367839;WS=80367821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	80405098	rs12594035	C	G	5840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=86;PP=2965;SC=CCTCATGTCTCTTTATTACCC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=117;TCR=86;TR=203;WE=80405106;WS=80405088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr15	80413935	rs934003	C	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=154;SC=CAACATACTACATATTAAAAG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=80413943;WS=80413925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	80414173	rs1522636	C	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=338;SC=GTAAGATGTACTCTCTGAATT;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=80414181;WS=80414163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	80450328	rs1370276	T	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=394;SC=CTTCAATAGATAGGCTTTCTG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=80450336;WS=80450318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	80450389	rs1370275	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=18;PP=958;SC=TGACGGTGTCGTCTTCCTCCT;SOR=1.421;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=54;WE=80450397;WS=80450379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	80452075	rs1370274	T	C	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=65;PP=2965;SC=ACGTGATCTTTTTTCTCCCTG;SOR=1.097;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=108;TCR=65;TR=173;WE=80452083;WS=80452065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr15	80452268	rs1370273	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=712;SC=AGCAGGGGAGGTGAAGGCTGT;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=80452276;WS=80452258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	80452886	rs733679	T	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=44;PP=1428;SC=TCTGCATCTGTGTGGAGGGTC;SOR=1.233;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=80452894;WS=80452876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	80454745	rs2114716	T	C	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=66;PP=2181;SC=AGCATATTTGTCTCAGGAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=35;TCR=67;TR=101;WE=80454753;WS=80454735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	80460524	rs1545119	A	G	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=29;PP=1781;SC=CCTTGCTGGTACCCAGCTCTC;SOR=1.321;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=87;WE=80460532;WS=80460514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	80460586	rs199501793	T	G	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.45;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr15	80464669	rs7180031	A	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=388;SC=GAAGCTGAAGATCTGGTGCAG;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=80464677;WS=80464659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	80465248	rs58363292	GA	G	1819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.46;NF=37;NR=4;PP=1805;SC=GATCTTTGTGGAGATGGCAGT;SOR=3.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=41;WE=80465256;WS=80465238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	80470040	rs2162550	G	A	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=66;PP=1920;SC=GGGTCAGCCTGTGGGCCTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=100;WE=80470048;WS=80470030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	80472431	rs2043691	C	A	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=38;PP=1976;SC=CTAAGCCTGCCGCTGCTCATT;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=102;WE=80472439;WS=80472421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	80736696	.	GGTGTGT	G,GGT	1443.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=2,2;NR=21,21;PP=157,755;SC=GTGTGTACGTGGTGTGTGTGT;SOR=1.209;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=23,23;WE=80736709;WS=80736686;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.22,0.78:36
chr15	80762526	rs5814026	TC	T	4616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.14;QD=31.41;SOR=1.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	80806183	rs11072922	T	C	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=14;PP=1146;SC=ATCTACTTGATGGCAGCACCA;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=80806191;WS=80806173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	80866609	rs117299940	A	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=649;SC=CTCCAGCCCAATGGACTTGGG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=80866617;WS=80866599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	80886191	rs8033706	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=284;SC=GGCGCATCATTGCTCCACTCT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=80886199;WS=80886181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	80987812	rs62007944	T	C	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=39;PP=1436;SC=TCTCGCTGGGTGAGCTGTGCT;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=102;WE=80987820;WS=80987802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	81179926	rs2271159	G	T	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=18;PP=822;SC=AGCAGGGAGGGACCCTCCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=81179934;WS=81179916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	81212608	rs1553647	G	A	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=137;PP=2965;SC=ACTCCTACCCGGGGTACATCC;SOR=1.299;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=83;TCR=138;TR=220;WE=81212616;WS=81212598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr15	81217848	rs2271163	C	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=501;SC=GGTTTCTGTTCAGTCAATGCC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=81217856;WS=81217838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	81234741	rs1553646	C	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=406;SC=CTGTGTCCTGCGGCTGCTGGC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=81234749;WS=81234731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	81271557	rs8039607	C	A	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=42;PP=1918;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CACTGCTGCCCCATCACAGGT;SOR=0.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=111;WE=81271565;WS=81271547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr15	81281900	rs56314660	G	A	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=56;PP=2896;SC=GAGCCGGGAGGGTGTGCGCGC;SOR=1.157;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=91;TCR=56;TR=145;WE=81281908;WS=81281890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	81430287	rs60867938	C	CA	110.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=141;SC=TATAAATTATCAAAAAACTGA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=81430295;WS=81430277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	81430343	rs12438947	T	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=6;PP=544;SC=ATAGAATGATTCTAATACAGA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=81430351;WS=81430333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	81480893	rs74639442	T	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	81480896	rs78380152	G	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	81489339	rs4346163	G	A	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=156;SC=AGAACTGAGCGTCCATTTCTC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=81489347;WS=81489329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	81518209	rs980618	G	A	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=172;SC=CACTGGAACTGTAACAATGAG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=81518217;WS=81518199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	81578139	rs4072111	C	T	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=93;PP=2965;SC=CGGTCCAGTCCCCATCATTGT;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=113;TCR=94;TR=206;WE=81578147;WS=81578129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr15	81582406	rs11632576	G	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=20;PP=651;SC=AGCTCAGACAGTATAATAGTG;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=81582414;WS=81582396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	81582868	rs8031107	G	A	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=52;PP=1832;SC=AGAGGCATCAGTGGAGTCTGG;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=95;WE=81582876;WS=81582858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	81584389	rs4072680	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=546;SC=AGAGGGAGGACGGAGCTGAGG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=81584397;WS=81584379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	81584925	rs61752774	C	T	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=35;PP=1605;SC=GCAGTTGGCACGGGCGGCCCA;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=91;WE=81584933;WS=81584915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr15	81600995	rs4238526	A	G	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=28;PP=1175;SC=ATGAAATCTTACAGCTGGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=81601003;WS=81600985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	81610592	rs4503751	A	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=3;PP=408;SC=GCTTATGCAGATGTGTGTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=81610600;WS=81610582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	81610902	rs4617815	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=271;SC=GTCACTGCCATTGGGGTGCCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=81610910;WS=81610892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	81631900	rs34384568	G	T	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=70;PP=2336;SC=AGTTGCCAGGGTTGCATATGC;SOR=1.277;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=120;WE=81631908;WS=81631890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	81637357	rs147678536	GGA	G	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.056;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr15	81638646	rs35379895	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=505;SC=CCCTGGTGTTGGGAGGAGGTA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=81638654;WS=81638636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	81654757	rs5814058	T	TG	1416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=1241;SC=CCTTTAATTATGATTATGGCT;SOR=1.730;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=28;WE=81654765;WS=81654747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	82335444	rs11073028	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	82336551	rs61752329	C	T	7533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=1.323;SC=GCGCCTCAATCTCCTCTCGAG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=143;TCR=121;TR=262;WE=82336559;WS=82336541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,285:0.99:287
chr15	82387862	rs3087595	G	C	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=67;PP=2024;SC=ATGCCATCGAGGAACTGAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=62;TCR=67;TR=129;WE=82387870;WS=82387852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr15	82387951	rs1969090	G	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=27;PP=713;SC=GTCCAATGAAGCACTGACATT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=82387959;WS=82387941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	82431219	rs2457497	A	G	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=26;PP=640;SC=TCATGGATCAATCATATGGCT;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=82431227;WS=82431209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	82443939	rs4725	G	A	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=33;PP=1734;SC=GTCCATAGCAGTCAGTGAGTG;SOR=1.191;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=87;WE=82443947;WS=82443929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	82444437	rs905450	A	G	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=67;PP=2631;SC=GAGTATTTTCACCCTCATTCA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=145;WE=82444445;WS=82444427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr15	82450268	rs9944185	C	A	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=852;SC=GACAATGGCTCTGGCTACTGA;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=82450276;WS=82450258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	82512429	rs2292189	C	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=575;SC=CTCTTGGCTCCTCTCCTTTTG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=82512437;WS=82512419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	82517458	rs62012011	A	G	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.10;QD=25.27;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	82530630	rs1972460	A	G	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=15;PP=934;SC=AGATTTAATCAGATGCAAACA;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=82530638;WS=82530620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	82544927	rs3902959	C	T	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=8;PP=1266;SC=GAATAAAATACGTGGAATATA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=55;WE=82544935;WS=82544917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	82545214	rs4344697	A	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=25;PP=685;SC=ACTTATATTTAATTTGTTATT;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=31;WE=82545222;WS=82545204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	82558034	rs3858954	G	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=49.58;NF=5;NR=10;PP=392;SC=GAGTCTTAAAGCCAAGCAAGA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=82558042;WS=82558024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	82563991	rs16973457	C	T	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=26;PP=1673;SC=CGCCATGTGCCAGAAGAATAT;SOR=1.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=82563999;WS=82563981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	82575493	rs142677476	TAATA	T	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=519;SC=ATTTATGATATAATAAATCAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=82575504;WS=82575483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	83215134	rs62009918	C	T	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=7;PP=780;SC=TGTGAACCACCGCGCCCAGCC;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=83215142;WS=83215124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	83221392	rs3850610	C	A	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=61;PP=1811;SC=GGAAAAATCGCATTAATATCC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=105;WE=83221400;WS=83221382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	83222444	rs11390316	G	GT	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=1469;SC=CTGATCTCCGGTGTAAGCTCC;SOR=2.554;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=32;WE=83222452;WS=83222434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	83224696	rs1145171	C	T	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=40;PP=1450;SC=GGTCCCAGGACGGCCACACAG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=83224704;WS=83224686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	83240293	rs783544	A	C	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=74;PP=2318;SC=CTGTTTTGGAAAGGAGCACAG;SOR=1.482;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=120;WE=83240301;WS=83240283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	83241984	rs11336258	AT	A	512.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.695;QD=14.22;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr15	83330807	.	G	T	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=130;SC=ATGGCTTCCAGACCCACCCAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=83330815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	83331155	rs2278355	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=161;SC=AGACTGTTCCCGGTTTCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=83331163;WS=83331145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	83334128	.	AACACACACACACACACACACACACACACACAC	AAC,A	257	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5001,0.4999;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=16;MQ=60.71;NF=3,3;NR=3,3;PP=257,30;QD=43.3333333333;SC=TGCCCCCACCAACACACACAC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=6,6;WE=83334167;WS=83334118;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.43:14
chr15	83334419	rs7494860	T	C	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=45;PP=1035;SC=TGATTCTGGTTGGGACTTCCC;SOR=2.457;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=59;WE=83334427;WS=83334409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	83346680	.	C	A	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=31;PP=916;SC=AAGGGGGTGACAACTCCACCC;SOR=3.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=37;WE=83346688;WS=83346670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	83378248	rs78366152	G	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	83433778	rs8036185	A	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=399;SC=TCCCCTCCCCATTAGGCTCCT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=83433786;WS=83433768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	83438317	.	C	CA	91	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=12;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=17;MQ=60.9;NF=6;NR=0;PP=91;QD=16.1666666667;SC=GGACTCATCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=83438325;WS=83438308;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,6:0.55:11
chr15	83455137	rs11259947	A	G	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.00;SOR=1.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	83481880	rs35270670	A	G	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.53;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	83521036	rs1256429	C	T	5974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.765;SC=AAAGCAGGGACGCCAGCTTAA;SOR=0.309;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=211;WE=83521044;WS=83521026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr15	83528056	rs55861392	G	GT	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=4;PP=58;SC=ACAAGTTTTTGTTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=83528064;WS=83528046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	83680287	rs4842860	A	G	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=65;PP=2177;SC=ATCTCGGCGCAAAGAAGCCGA;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=130;WE=83680295;WS=83680277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr15	83680329	rs17361375	G	A	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=46;PP=1453;SC=GTTGCCCGAAGGTGCCTCAGC;SOR=1.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=83680337;WS=83680319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	83680426	rs12906626	C	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=277;SC=AGCGGCCCCACCGCCCGGCGC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=83680434;WS=83680416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	83735449	rs66531444	AGCCCG	A	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=390;SC=GGGATCTCCCAGCCCGGCCCG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=8;WE=83735461;WS=83735439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	83735926	rs8040457	C	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=258;SC=CGGTTGCCCACGTTATGGACA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=83735934;WS=83735916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	83781474	rs1075619	T	C	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=12;PP=982;SC=AGGGAATGCATTCAATAGTCA;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=83781482;WS=83781464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	83793622	rs17507693	A	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=857;SC=TTTTTCCATCAGACTTCTTAG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=83793630;WS=83793612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	83808103	rs8043224	T	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=13;PP=352;SC=TATCCACACCTAGATAGTACA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=83808111;WS=83808093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	83832698	rs12440562	T	G	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=32;PP=1878;SC=TCCATAACAATGTAGCATAGC;SOR=1.314;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=94;WE=83832706;WS=83832688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	83838062	rs75386403	A	AAAG	1458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=789;SC=GCAAATAAGAAAAGAAGTCGC;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=83838070;WS=83838052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	83838099	rs11259967	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=355;SC=CCCGGGAGGCGGAGCTTGCAG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=83838107;WS=83838089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	83937081	rs11854520	C	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=41;PP=1193;SC=TTCGGCAGCACTTATTGAGCA;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=83937089;WS=83937071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	83952138	rs113930428	A	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=413;SC=GAGACCCCGCAGCGGCCTCCT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=83952146;WS=83952128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	83953236	rs113285762	T	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	84257351	rs7182482	G	A	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=9;PP=1175;SC=AAGGCAGAGAGGATGTGTGTT;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=53;WE=84257359;WS=84257341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	84373319	rs3079595	C	CAG	1253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=1075;SC=GGTCAGGAAACTGTCTCTAAA;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=84373327;WS=84373309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	84473531	rs7179507	G	A	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=14;PP=375;SC=CTCTAAAACTGATGGTCTCTT;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=84473539;WS=84473521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	84694079	rs118099557	A	T	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=41;PP=1925;SC=ACAAAAGCCAATGGAACTGTG;SOR=1.074;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=105;WE=84694087;WS=84694069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	84749820	rs139071720	TTTA	T	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=1061;SC=CCTCCCAGCGTTTATTATTAT;SOR=3.797;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=25;WE=84749830;WS=84749810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	84753177	rs12437525	A	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=115;SC=AATTGCTGGCAAGAAAAACAG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=84753185;WS=84753167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	84950209	rs10152249	T	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.92;QD=25.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	85149771	rs2271433	G	T	3781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=61;PP=2208;SC=TGTAGCTGTCGTTGCTTCCCT;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=122;WE=85149779;WS=85149761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	85159397	rs10083683	C	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=423;SC=GAACCTGGGACGCAGAGGTTG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=85159405;WS=85159387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	85163998	rs2044502	G	C	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=76;PP=2965;SC=CAGGGACACAGCCCAGGTGAG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=154;WE=85164006;WS=85163988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	85175102	rs2121452	G	A	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=31;PP=2185;SC=TTTAGAGTGCGGTTGCAAAGC;SOR=1.512;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=107;WE=85175113;WS=85175092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	85188994	rs2271432	T	C	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=108;PP=2965;SC=CCAGCCGGCCTGAAGCACAGC;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=106;TCR=109;TR=214;WE=85189002;WS=85188984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr15	85191274	rs7169629	C	G	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=44;PP=1403;SC=GCTTGGGACTCCACTTCCCAT;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=85191282;WS=85191264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	85198362	rs1107179	G	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=5;PP=747;SC=ACCAGGCATTGTATGTAAAGA;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=85198370;WS=85198352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	85200754	rs2292462	G	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=427;SC=TGGTGGCAAAGCCTGCTCCCT;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=85200762;WS=85200744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	85235757	rs12900890	C	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=17;PP=440;SC=CTCCAACAAACTCTAAAATTC;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=85235765;WS=85235747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	85259053	rs6496355	C	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=645;SC=GCCCCGCCCCCGGTAGGCCCT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=85259061;WS=85259043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	85333953	rs2241645	A	G	6056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=84;PP=2965;SC=AGGTATGCCAAATGCTGCTGC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=116;TCR=84;TR=200;WE=85333961;WS=85333943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr15	85341859	rs8182086	G	A	8248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=145;PP=2965;SC=GAGCTGTCAAGCCTCCAGTCT;SOR=0.870;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=131;TCR=146;TR=276;WE=85341867;WS=85341849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr15	85360004	rs55736017	A	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=383;SC=AATCTATGCTAGTTACTGGGG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=85360012;WS=85359994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	85360101	rs11857356	T	C	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=15;PP=954;SC=GGCTTGTCTATGTGCTGGGCC;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=85360109;WS=85360091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	85370597	rs891286	C	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=298;SC=CGGGGTGCTGCAGCTCTGGCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=85370605;WS=85370587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	85382193	rs1896864	C	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=27;PP=1221;SC=GTAACCCAGTCTCCTGCTTCT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=85382201;WS=85382183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	85383839	rs3803406	G	A	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=41;PP=2305;SC=GGGCGCCTGGGGAGAGTCCCA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=110;WE=85383847;WS=85383829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	85401259	rs306197	C	T	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=35;PP=1404;SC=GAGGTTTCCCCTGAGGGGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=73;WE=85401267;WS=85401249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	85401419	rs167379	T	C	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=53;PP=2721;SC=CTCTGACAGGTCTCCCGGCAG;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=85;TCR=53;TR=138;WE=85401427;WS=85401409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	85401843	.	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=16;PP=481;SC=AGAAAGCACACTGCTGCTGCT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=85401851;WS=85401833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	85403340	rs2289140	C	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=37;PP=994;SC=GGTGGTCCTACCCCTGCCATC;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=85403348;WS=85403330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	85407564	rs2289138	A	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=323;SC=GCTGAGAATTACATTCTTGGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=85407572;WS=85407554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	85438397	rs8187753	A	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=5;PP=225;SC=GGGAGGGCCCATGAGCTGAGG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=85438405;WS=85438387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	85447220	rs1545470	C	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=4;PP=501;SC=GCTGTTTCTCCTCCTCCCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=85447228;WS=85447210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	85448684	rs2290270	G	C	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=363;SC=TCTGGGCAGGGCAATGCCCCC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=85448692;WS=85448674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	85451818	rs149982746	G	GC	541.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GCCAGGTGGTGCCCCCCCCCG;SOR=0.504;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=15;WE=85451826;WS=85451808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr15	85467207	rs3825875	T	C	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=107;NR=65;PP=2697;SC=ACATCTTTCCTGTTTGCAGAC;SOR=1.100;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=107;TCR=65;TR=172;WE=85467215;WS=85467197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr15	85469711	rs2343674	G	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=405;SC=TAGGATTACAGGCATGAGCCA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=85469719;WS=85469701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	85478153	rs7163966	G	T	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=5;PP=863;SC=AGGATTTCCCGCTCTGAAATG;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=85478161;WS=85478143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	85478410	rs2242048	A	G	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=53;PP=2073;SC=TGGACATCCAAGGGCTCAGCT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=115;WE=85478418;WS=85478400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	85478729	rs2242046	G	A	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=71;PP=2093;SC=GTGGGTCGGCGACAGGAAGCA;SOR=1.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=116;WE=85478737;WS=85478719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	85487960	rs11479919	GC	G	10918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=136;PP=2966;SC=CGGGGGCCCTGCCCCACCCAC;SOR=0.783;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=201;TCF=50;TCR=151;TR=177;WE=85487968;WS=85487950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr15	85488298	rs62021453	G	A	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=15;PP=1140;SC=GCACAGCCTGGTGGTGGCCCG;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=85488306;WS=85488288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	85488572	rs8025045	T	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=33;PP=933;SC=TTGGGAAGGGTTCATGGAGTG;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=85488580;WS=85488562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	85619248	rs11631548	C	T	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=42;PP=1317;SC=GTCAGGCATGCCCCTTTGTAG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=85619256;WS=85619238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	85632728	rs61246885	AT	A	741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=345;ReadPosRankSum=0.368;SC=CTCCAATATGATTTTTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=22;WE=85632736;WS=85632718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr15	85633845	rs17540307	A	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=6;PP=428;SC=GGATTAAGTGACTTGCTGAGG;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=85633853;WS=85633835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	85656568	rs2304422	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=13;PP=1352;SC=AGGTGCCCAGAGTTGTGCATG;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=85656576;WS=85656558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	85664280	rs142004997	CTCTT	C	797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=622;SC=GTTGATCCCTCTCTTTCTTTT;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=85664291;WS=85664270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	86029097	rs11856869	C	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=574;SC=AACCATATGTCCATGAATATA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=86029105;WS=86029087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	86098507	rs7180143	G	T	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=404;SC=CATTAAGGTTGGACACTATTA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=86098515;WS=86098497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	86098647	rs7164821	T	C	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=44;PP=1864;SC=CTTTCCTCTATTTTTAAAGCT;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=103;WE=86098655;WS=86098637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	86122654	rs2061821	T	C	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=44;PP=1418;SC=GACTTGGTCATGGAGCCAGGC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=86122662;WS=86122644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	86122779	rs2061822	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=33;PP=1046;SC=TGCCACTGTTTGGAAGAATGT;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=86122787;WS=86122769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	86122916	rs2061823	T	C	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=34;PP=1614;SC=GTGCCCCTGCTGCCAGTTCCC;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=94;WE=86122924;WS=86122906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr15	86123019	rs2061824	C	T	3574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=59;PP=2155;SC=TTCACGAAGTCGTGAGGAGAG;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=120;WE=86123027;WS=86123009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	86123833	rs4075256	T	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=25;PP=1515;SC=GACAGGGCAGTAGGCCTGTCC;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=86123841;WS=86123823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	86123924	rs4075255	C	T	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=33;PP=1560;SC=ATGAGGGTCCCGCCCCTCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=86123932;WS=86123914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	86123988	rs4075254	G	A	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=40;PP=1581;SC=CCTGCAAAGTGTGGGTAAGGC;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=88;WE=86123996;WS=86123978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	86124419	rs4843073	C	T	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=39;PP=1980;SC=ACAACAGCTCCGCTCTGTTGC;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=107;WE=86124427;WS=86124409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	86124483	rs4843074	C	G	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=58;PP=2422;SC=CTGCAGTCAGCCTTCTCCTCT;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=140;WE=86124491;WS=86124473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	86124555	rs4843075	G	A	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=66;PP=2778;SC=GGTGAGTGGAGATGTGACGGT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=139;WE=86124563;WS=86124545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	86124616	rs61731243	A	G	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=59;PP=2900;SC=CCCAGAAGAGAGAATATATCA;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=145;WE=86124624;WS=86124606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	86124946	rs7162168	T	C	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=76;PP=2501;SC=AGGGAAGTCATGCGAGCCCCG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=154;WE=86124954;WS=86124936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	86124968	rs11633087	G	A	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=63;PP=2650;SC=CTTCAGGCAGGGAAAGGAGCA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=77;TCR=63;TR=140;WE=86124976;WS=86124958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	86125031	rs7178065	G	A	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=59;PP=2328;SC=TGCCTAAGGGGGCAGACTTGA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=126;WE=86125039;WS=86125021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	86129201	rs931082	T	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=329;SC=ATAAATGTGTTTATGTTGCTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=86129209;WS=86129191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	86182856	rs35727345	C	CT	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=406;SC=ATGTAATTACCGAATTTTGTT;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=86182864;WS=86182846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	86213172	rs338523	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=200;SC=TTTGCTTACTACTTCTTTGAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=86213180;WS=86213162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	86253768	rs8037947	T	A	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=13;PP=1363;SC=TCAGGGCTTGTCAGAGGTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=65;WE=86253776;WS=86253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	86253911	rs8038249	T	G	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=81;PP=2588;SC=ATTCCCTTTCTGACTTTCTGG;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=69;TCR=82;TR=150;WE=86253919;WS=86253901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr15	86260700	rs3765096	C	T	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=81;PP=2626;SC=TTACCTAGAACATAAGTCTTA;SOR=1.171;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=141;WE=86260708;WS=86260690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	86261128	rs79813743	C	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=232;SC=TGAATATCCCCTGTATTCATG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=86261136;WS=86261118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	86278174	rs2241267	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=1;PP=288;SC=ACTTGTTTTCCCCTCATTGAA;SOR=2.531;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=86278182;WS=86278164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	86278479	rs16943741	A	G	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=118;SC=ACCGCTCCCAATCAGCAAATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=86278487;WS=86278469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	86284817	rs13511	T	C	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=54;PP=1684;SC=AGCAGAAATATAGAGCCTGTT;SOR=1.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=79;WE=86284825;WS=86284807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	86287910	rs11073517	C	T	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=27;PP=770;SC=TTCTGCTGACCCTCTTCCTCT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=86287918;WS=86287900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	86368835	rs4627292	A	G	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=3;PP=86;SC=TCTCTCTACTAGGAGACTGCC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=86368843;WS=86368825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	86368898	rs4414449	G	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	86368959	rs4577031	A	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	86369050	rs72757332	C	T	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=45;SC=CTGCCCTGCTCATGGCTGGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=86369058;WS=86369040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	86800209	rs1353578	C	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=34;PP=1131;SC=TCCCGGTCCCCGGGTGCATCA;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=86800217;WS=86800199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	86806029	rs1566088	C	T	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=58;PP=2264;SC=TGGAAACAGACGTGAACAAGC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=129;WE=86806037;WS=86806019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	86807761	rs10520618	A	G	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=79;PP=2965;SC=ATTCTTCTGAAAGTGAAATCC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=92;TCR=79;TR=171;WE=86807769;WS=86807751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr15	86808167	rs7168350	G	C	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=203;SC=CTATAGGAAAGAGAGCATTAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=86808175;WS=86808157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	86809807	rs8041327	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TGATGAAAATCCAGGTTAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=86809815;WS=86809797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	86814654	rs11852354	T	G	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=416;SC=ATATTTATGATTGCATTTAGG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=86814662;WS=86814644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	86814866	rs11858435	A	G	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=65;PP=2222;SC=AGCCCACCCTATATTCTGTGA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=120;WE=86814874;WS=86814856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	86940622	rs4362360	T	C	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=69;NR=41;PP=1840;SC=AGGTGATCACTGCTCGAGTTC;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=110;WE=86940630;WS=86940608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	87097468	rs9788743	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=303;SC=TTAGGGTTAATAAATGATTTA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=87097476;WS=87097458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	87099537	rs752270	T	C	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=1908;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AGCATTTATCTTGTGAAATTT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=92;WE=87099545;WS=87099527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr15	87217613	rs8028043	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=510;SC=CTCCTGGCTCAAGCTGCAACT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=87217621;WS=87217603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	87531281	rs1006030	A	C	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	88423463	rs1560975	C	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=5;PP=518;SC=TCTTATGAGCCCTCCCCCAAT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=88423471;WS=88423453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	88428702	rs2117655	C	A	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=82;SC=TAGAACAATACGGGAGAGTTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=88428710;WS=88428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	88669382	rs3825882	G	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=7;PP=1040;SC=ATCAGTACCAGTTAGACCCCA;SOR=2.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=88669390;WS=88669372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	88679785	rs1863480	G	A	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=24;PP=823;SC=TGATAACAGCGTTGTCACCCT;SOR=1.157;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=88679793;WS=88679775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	88680684	rs1128994	G	A	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=13;PP=641;SC=AGCCATCAGCGTTGATGCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=88680692;WS=88680674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	88690736	rs66493620	CCTT	C	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.913;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr15	89056040	rs13835	C	A	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=178;SC=ACCCTCACTCCTCTCTCTGGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=89056048;WS=89056030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	89071124	rs34611303	A	AAAC	751.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.6748;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.34;MQRankSum=0.459;NF=0;NR=14;PP=681;ReadPosRankSum=-0.434;SC=AATTTTCCAAAAACAACAACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=14;WE=89071132;WS=89071114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr15	89155270	rs12908122	A	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=292;SC=TCACCACCCTAAACACCCATC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=89155278;WS=89155260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	89169858	rs8027765	A	G	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=76;PP=2820;SC=CTACCATGGCAATGTCCTCTA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=166;WE=89169866;WS=89169848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	89172352	rs3826040	C	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=625;SC=GCTGCCTCCCCCCACAGGGAT;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=89172360;WS=89172342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	89172558	rs3743475	G	C	6284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=119;PP=2965;SC=CCCGGGATACGACCTATGTCC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=98;TCR=119;TR=217;WE=89172566;WS=89172548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr15	89173136	rs3826039	A	C	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=187;SC=TATGGTGTACAGTTGAGGTTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=89173144;WS=89173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	89173657	rs3826038	A	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=6;PP=162;SC=CCAGAGGAGTAGGGGTCATCT;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=89173665;WS=89173647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	89193584	rs8041679	G	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=436;SC=GGCTGGGGCAGTCACAGCTGG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=89193592;WS=89193574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	89195526	rs1137166	A	G	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=53;PP=1467;SC=AGCGCCTCCTACACAAGAGCA;SOR=2.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=89195534;WS=89195516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	89385151	rs2293087	T	G	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=51;PP=1521;SC=AAGGCCACCTTCCCCTCCCCA;SOR=3.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=60;WE=89385159;WS=89385141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	89386543	rs11324188	AG	A	2581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.52;QD=31.11;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	89386652	rs34949187	G	A	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=71;PP=2889;SC=GAGTGCCGGCGGCTGGGTGCC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=85;TCR=71;TR=156;WE=89386660;WS=89386642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	89386888	rs140556803	C	T	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=55;PP=1550;SC=AGGTGGGGCACGGCTGGTGGT;SOR=1.337;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=93;WE=89386896;WS=89386878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	89390434	rs12911138	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=273;SC=GCTGCACACCGTGGGTCCCTG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=89390442;WS=89390424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	89391160	rs2272023	C	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=19;PP=1370;SC=TTGTGAGCCCCCGGACCCCAT;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=89391168;WS=89391150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	89392745	rs1568116	T	C	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=29;PP=1935;SC=CTCACAATGCTACGCTGGCCA;SOR=1.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=95;WE=89392753;WS=89392735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	89398105	rs2351491	C	T	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=44;PP=2834;SC=CTTGGCCTCCCACTGGCGCAG;SOR=1.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=94;TCR=44;TR=138;WE=89398113;WS=89398095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	89398330	rs3743399	G	A	6885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=135;PP=2965;SC=CATCAGCCTCGGAAGAGCCGT;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=101;TCR=135;TR=236;WE=89398338;WS=89398320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr15	89398605	rs938608	G	T	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=60;PP=2055;SC=GAGTGGCCCAGCACTCCTACG;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=115;WE=89398613;WS=89398595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	89398631	rs938609	T	A	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=52;PP=1782;SC=TGAACTGCCCTCTGGAGCTGA;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=102;WE=89398639;WS=89398621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	89400339	rs2882676	A	C	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=30;PP=1516;SC=GATGTCAGTGAACTTCCTTCA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=89400347;WS=89400329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	89401109	rs4932439	A	G	5125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=74;PP=2965;SC=ACAACCAGGTATTAGTGGAGA;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=105;TCR=74;TR=179;WE=89401117;WS=89401099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr15	89401615	rs3825994	T	G	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=54;PP=1900;SC=GTTTCCCCACTGTCTCTCTTG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=112;WE=89401623;WS=89401605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr15	89402051	rs1042630	A	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=35;PP=1564;SC=AGCTGGGGACATTAGTGGAGC;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=89;WE=89402059;WS=89402041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	89402239	rs1042631	T	C	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=103;PP=2965;SC=AAGCTAACCTTGAGAGATCCT;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=127;TCR=103;TR=230;WE=89402247;WS=89402229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr15	89402596	rs698621	T	G	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.157;SC=CAACAGATGCTTCCATCCCAG;SOR=0.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=185;WE=89402604;WS=89402586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,196:0.99:197
chr15	89417238	rs1126823	A	G	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=55;PP=1605;SC=GAGGAGCCTCAGATCACCTGC;SOR=1.485;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=89417246;WS=89417228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	89417629	rs2280465	G	A	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=27;PP=968;SC=TCTCCCTTTCGTCCTAGCCAC;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=89417637;WS=89417619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	89421327	rs2280463	A	G	5249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=88;PP=2965;SC=AGCGGACGCTACCATCTGCCA;SOR=0.805;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=88;TCR=88;TR=175;WE=89421335;WS=89421317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	89421405	rs7182726	G	A	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=85;PP=2824;SC=CCACCTTGGCGATCGTGGCAT;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=157;WE=89421413;WS=89421395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr15	89444760	rs2015495	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=468;SC=CCCAGCCCCATATCCCAAGAA;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=89444768;WS=89444750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	89450546	rs1878327	C	T	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=88;PP=2965;SC=CACGCACAGACGAGGCGGCGA;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=89;TCR=89;TR=177;WE=89450554;WS=89450536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	89450587	rs1878326	G	T	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=83;PP=2502;SC=CCATTCTCCAGGCCCAGTGGC;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=149;WE=89450595;WS=89450577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	89456306	rs35936125	C	G	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=85;SC=AGCAGGGCCGCATCCCCCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=89456314;WS=89456296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	89456356	rs3743387	G	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=111;SC=CCTCTGCCCAGCCCGGTCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=89456364;WS=89456346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	89456544	rs4945	G	T	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=83;SC=AGGCGGGGGCGCGGCATGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=89456552;WS=89456534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	89734466	rs2239287	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=22;PP=683;SC=GAATTTTCCTGGTGGAAGCTC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=89734474;WS=89734456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	89758552	rs4932483	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=547;SC=CAGAGACCTGACCTCCTGCCA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=89758560;WS=89758542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	89817689	rs11073853	G	C	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=151;SC=ACTGGTAGAGGATACTTTTTC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=89817697;WS=89817679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	89838236	rs7183618	G	A	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=56;PP=1927;SC=CTCTGCAGAAGGTACAGCAGC;SOR=1.015;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=89838244;WS=89838226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	90029795	.	CAGAGAG	C	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=9.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.539;QD=15.48;ReadPosRankSum=1.939;SOR=1.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr15	90118767	rs56144360	G	A	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=31;PP=2453;SC=AGGGACTAAGGGACGGTGGCG;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=88;TCR=31;TR=119;WE=90118775;WS=90118757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	90128799	rs893724	T	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=339;SC=TCTACCTCTATTAATGATCAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=90128807;WS=90128789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	90128910	rs893723	T	C	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=47;PP=2330;SC=GACAATAATATTCTCAACTAA;SOR=1.298;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=84;TCR=47;TR=131;WE=90128918;WS=90128900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	90129188	rs1540504	T	C	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=26;PP=797;SC=GCTCCTAAACTAGTAACTAAC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=90129196;WS=90129178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	90129227	rs1540503	A	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=386;SC=CAGTCTTTTCAAGCATCGGGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=90129235;WS=90129217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	90135196	rs8041127	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=699;SC=CAGTCAGTCCAGGGGAGGAGC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=90135204;WS=90135186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	90135432	rs34494298	A	G	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=60;PP=1761;SC=TATCTCTTGAATATTGATTAT;SOR=1.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=91;WE=90135440;WS=90135422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	90138670	rs8042146	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=17;PP=645;SC=ATACCATGTGCCGTTCCTTAA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=90138678;WS=90138660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	90144851	rs4932233	T	C	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=27;PP=961;SC=TCAAAACCTATGTATGGTGTT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=90144859;WS=90144841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	90144894	rs4932234	T	C	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=17;PP=1186;SC=AGGACTACTTTTTAGGCTGGG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=90144902;WS=90144884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	90144944	rs4244876	G	A	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=29;PP=1760;SC=TAACTGTTCCGTATTCGATCA;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=90;WE=90144952;WS=90144934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	90159575	rs56036125	T	C	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=28;PP=1713;SC=CCCTTGGCCTTACTGCTGCTT;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=90159583;WS=90159565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	90161355	rs2289486	G	A	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=40;PP=2039;SC=GTGGTATGGAGTAATCCTTGT;SOR=1.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=90161363;WS=90161345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	90168108	rs894157	C	T	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=54;PP=2038;SC=GATGCCTTCCCGTGACGTGCA;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=110;WE=90168116;WS=90168098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	90168693	rs1866928	T	A	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=40;PP=1534;SC=ACTGCTTGAGTCAGAGGGCAA;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=83;WE=90168701;WS=90168683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	90169331	rs55653159	A	G	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=71;PP=2471;SC=TTCCTGTGACAGACTGTCTGA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=140;WE=90169339;WS=90169321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	90170237	rs3743372	C	T	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=21;PP=724;SC=TCCTTTCAGTCGCGCTTTCTC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=90170245;WS=90170227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	90172600	rs74251725	G	A	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=317;SC=GGGCCGGGCTGCTCACCTCGA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=90172608;WS=90172590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	90172834	rs72750748	T	G	6045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=104;PP=2965;SC=GGCTCAGCCCTCATCATGACC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=109;TCR=104;TR=213;WE=90172842;WS=90172824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr15	90176432	rs3803531	T	G	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=28;PP=944;SC=TCCTCTGGAATGCCGCGATCT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=90176440;WS=90176422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	90177157	rs894156	C	T	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=59;PP=1725;SC=ACGGGGCTACCGCGAGCCTGC;SOR=1.454;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=90177165;WS=90177147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	90188514	rs894159	A	G	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=25;PP=1547;SC=GCTGGCCCAGAACCGTGGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=80;WE=90188522;WS=90188504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	90191827	rs8037349	T	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=21;PP=1252;SC=CCGCTCGCCGTCTCTTCGGGT;SOR=1.367;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=73;WE=90191835;WS=90191817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	90192905	rs4932240	T	C	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=7;PP=1244;ReadPosRankSum=1.286;SC=AGGTAAGCACTCCACTCCAAA;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=52;WE=90192913;WS=90192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr15	90195765	rs11630003	AA	GG	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=2947;ReadPosRankSum=0.933;SC=GCAAGAGGACAAGGCAGAAAT;SOR=0.509;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=82;WE=90195774;WS=90195755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr15	90195967	rs8179066	C	G	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=56;PP=1899;SC=CCTCCTGCCCCGCATCCTCGG;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=106;WE=90195975;WS=90195957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	90196008	rs8179065	C	T	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=51;PP=1549;SC=AAGTGTCGGTCACGGCCCAGA;SOR=1.202;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=88;WE=90196016;WS=90195998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	90208310	rs1052700	A	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=448;SC=CTGGGAGCCTAGATCATCAGA;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=90208318;WS=90208300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	90211047	rs894162	A	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=26;PP=748;SC=GGCAGCAGATAGCTGGCTCAA;SOR=3.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=29;WE=90211055;WS=90211037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	90213134	rs2304794	T	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=418;SC=CAGTGGCTGGTTGAGCCACCT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=90213142;WS=90213124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	90213229	rs6496589	G	C	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=19;PP=1339;SC=TCCTTGTCTGGAGGGAGGAGG;SOR=1.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=64;WE=90213237;WS=90213219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	90214948	rs1077903	C	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=714;SC=TGCCCTCTTTCGCCCTTGTCT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=90214956;WS=90214938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	90233969	rs8029037	G	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=315;SC=CGCTGAGGGGGAGGGGCTGAG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=90233977;WS=90233959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	90248819	rs17238056	A	T	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=768;SC=ATAAGGAAGGACTTTACCTAG;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=90248827;WS=90248809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	90258144	rs17238390	C	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=354;SC=AGAAGACAGGCCATTTCTCAG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=90258152;WS=90258134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	90273040	rs16943559	C	G	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=26;PP=960;SC=AAGCTCAGGACTTGCAGACAT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=90273048;WS=90273030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	90273070	rs12148067	A	G	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=24;PP=773;SC=CAGCTTAGCTAAGAGCATGTG;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=90273078;WS=90273060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	90274639	rs5814401	T	TG	2403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=20;PP=1295;SC=GTGCAGAGTCTGGGGGAACCG;SOR=0.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=35;WE=90274647;WS=90274629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	90293776	rs2305441	A	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=15;PP=542;SC=CCTGCCCTTCAGGGCACGCCG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=90293784;WS=90293766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	90293794	rs2305440	G	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=13;PP=578;SC=CCGCCTCGGCGAACAGCGCAG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=90293802;WS=90293784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	90294306	rs6496598	C	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=13;PP=518;SC=GCGGGGCTCGCCACGGGGCTG;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=90294314;WS=90294296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	90308026	rs35308090	G	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=23;SC=TGCTTTTTTTGGTAGAGACAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=90308034;WS=90308016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	90308061	rs34284515	T	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=21;SC=GCCTAGGATGTTCTCGAACTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=90308069;WS=90308051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	90308110	rs34936212	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=25;SC=CCAAAGTGCTAGGATTACAGG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=90308118;WS=90308100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	90308166	rs72754547	A	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	90320134	rs199821487	AGGGCAGGGGCAG	A	808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=7;PP=1120;SC=GGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC;SOR=1.127;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=15;WE=90320153;WS=90320124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	90328551	rs10584	G	C	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=21;PP=1741;SC=CACCTTGCATGGGGGCCGGGT;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=86;WE=90328559;WS=90328541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	90328774	rs71464487	A	AAC	2774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1993;SC=CTGGGTCCCTAACAGCCTTGA;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=43;WE=90328782;WS=90328764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	90333851	rs17239917	G	A	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=56;PP=1656;ReadPosRankSum=0.216;SC=TGGGTAGGGAGCCATGATTAT;SOR=1.603;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=84;WE=90333859;WS=90333841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr15	90344352	rs8192297	T	C	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=31;PP=1372;SC=CTCTTACATCTATCAGCCAGT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=90344360;WS=90344342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	90346861	rs2305443	C	T	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=54;PP=2104;SC=CCGTGCCCCACGAGGAGCGGG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=123;WE=90346869;WS=90346851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr15	90349558	rs25653	C	T	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=87;PP=2965;SC=CAGCGTCACCCGGTAGGAATC;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=168;WE=90349566;WS=90349548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr15	90455940	rs1256836	G	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=10;PP=292;SC=AGCCGGGGCAGGGGAGGCCGA;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=17;WE=90455948;WS=90455930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	90634684	rs11316815	CG	C	1759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=9;PP=1378;SC=ACCAGGACAACGGGGGGGTCC;SOR=3.037;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=48;WE=90634692;WS=90634674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	90634941	rs10852126	A	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=42;PP=1232;SC=CTCTCCTCCCAGCCAGGCCCG;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=48;WE=90634949;WS=90634931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	90765094	rs8027952	G	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=21;PP=614;SC=TTCCCATCCCGCCAAGGAGTA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=90765102;WS=90765084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	90766754	rs908048	A	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=358;SC=ATGGCTCAGCATGTGCCTAAG;SOR=3.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=90766762;WS=90766744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	90768156	rs1040083	A	G	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=28;PP=1384;SC=CCTGCCTGCCACCCCGAGGTG;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=80;WE=90768164;WS=90768146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	90768959	rs908044	A	C	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=32;PP=1493;ReadPosRankSum=1.415;SC=CAGCCTGTACAGGAGCTGTGG;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=95;WE=90768967;WS=90768949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr15	90771750	rs3751655	T	G	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=73;PP=2703;SC=CCCCCCGGGGTCCCGAGTCTT;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=72;TCR=74;TR=145;WE=90771758;WS=90771740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	90775643	rs4451921	G	A	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=64;PP=2036;SC=GCTGCTCATTGTCAACCAGGT;SOR=0.983;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=120;WE=90775651;WS=90775633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	90776984	rs8025610	G	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	90784053	rs12901778	A	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=1;PP=386;SC=CTCAAAAAAAAAAATAAATAA;SOR=3.912;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=90784061;WS=90784043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	90784207	rs7166441	A	G	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=75;PP=2965;SC=GGACTGGGGCAGGCAAACCAT;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=93;TCR=75;TR=168;WE=90784215;WS=90784197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr15	90784250	rs7171194	T	C	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=96;NR=81;PP=2754;SC=AAGGATCTCATGGCAGAAGGG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=177;WE=90784258;WS=90784240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr15	90784930	rs10152994	C	A	5008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.555;SC=TGGGCCAGGGCCTGACTTGGA;SOR=0.280;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=167;WE=90784938;WS=90784920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr15	90785060	rs10153004	C	T	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=74;PP=2965;SC=TCAGCCCTCACAGGGGTCCGA;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=173;WE=90785068;WS=90785050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr15	90794757	rs4357917	T	G	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=92;PP=2965;SC=CTCCCACTCTTCCTGATTTAT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=195;WE=90794765;WS=90794747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr15	90801059	rs55674131	A	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=298;SC=GCCCAGGGAAACTCAGCCTTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=90801067;WS=90801049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	90802227	rs67188155	G	T	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=38;PP=1130;SC=TCCTTTAGATGAAGAATGTGG;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=90802235;WS=90802217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	90805084	rs12592600	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=313;SC=ATGTGGGGCTAGCCAAAGATG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=90805092;WS=90805077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	90809633	rs9635390	G	A	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=75;PP=2634;SC=CAGATACGGTGAGACTCAGGA;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=156;WE=90809641;WS=90809623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr15	90818400	rs4533265	A	T	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=21;PP=1096;SC=CTGCCGCTGGATCCTGACCCT;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=62;WE=90818408;WS=90818390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	90902336	rs11630434	C	T	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=245;SC=CTCGCTCTGTCGCCCAGGCCG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=90902344;WS=90902326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	90903311	rs2589957	A	G	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=29;PP=1857;SC=AATCAGGACAATTCTGAAACA;SOR=1.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=96;WE=90903319;WS=90903301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	90903502	rs11854320	G	A	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=42;PP=1767;SC=GGATGGATATGTAGGAGAGAA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=90903510;WS=90903492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	90905980	rs71461870	TACACACACAC	T	258.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=2526;SC=GATCTAAAAATACACACACAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=90905997;WS=90905970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	90931457	rs2589941	C	T	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=21;PP=1315;SC=GCTGACGGCACGGGGCGGGGC;SOR=1.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=68;WE=90931465;WS=90931447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	90969335	rs2256388	G	T	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=40;PP=1635;SC=TCTCTCCTTTGGTGCAGGTGG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=90969343;WS=90969325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	90982482	rs7177137	A	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=481;SC=TCTATTTTATACTTCATGCTG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=90982490;WS=90982472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	90982756	rs6496675	C	T	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=29;PP=805;SC=GAAAAAAATACGAATAACTTG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=90982764;WS=90982746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	91009484	rs2074585	G	A	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=63;PP=2693;SC=TCTGGTAACAGTTCTTTCCCG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=135;WE=91009492;WS=91009474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	91010776	rs1505936	T	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=954;ReadPosRankSum=2.284;SC=GGGATGAACCTCCAAATTTTG;SOR=0.415;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=49;WE=91010784;WS=91010766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr15	91017232	rs1145325	G	A	5500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.367;NF=93;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.759;SC=GGCCATTAGGGGCAATTTTGC;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=93;TCR=94;TR=187;WE=91017240;WS=91017222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,204:0.99:206
chr15	91017274	rs10657378	T	TTTC	5883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=66;PP=2971;SC=AACAGAGAAATTTCTTCTTTT;SOR=1.000;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=24;TCR=76;TR=85;WE=91017282;WS=91017264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	91026477	rs8040585	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.41;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	91030640	rs3833031	GTGC	G	1830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=1099;SC=GGTACTGTTTGTGCTGCTGCT;SOR=2.531;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=22;WE=91030650;WS=91030630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	91034559	rs6496679	C	G	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=20;PP=1272;SC=TTTTTCCCATCCGTAGGAAGC;SOR=1.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=91034567;WS=91034549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	91043192	rs138128890	A	ATGTTT	864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=2;PP=539;SC=AACTGTCAAAATGTTTTGTTT;SOR=2.419;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=91043200;WS=91043182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	91141810	rs7180867	A	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=398;SC=AGATCCTAACATGAGTGTCTT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=91141818;WS=91141800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	91181567	rs6496717	C	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=404;SC=CACAGAACACCGCGGTGAGGA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=91181575;WS=91181557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	91358271	rs10685387	G	GGAA	2395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=9;PP=1911;SC=CAGGTTGAGAGGAAGGTCATT;SOR=2.437;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=36;WE=91358279;WS=91358261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	91419432	rs11372849	T	TC	1899.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=16;PP=1305;SC=GTCCCCCGCCTCCCGGGGACT;SOR=1.238;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=33;WE=91419440;WS=91419422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	91420940	rs2071410	C	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=30;PP=895;SC=GCCACTTTCCCACTGTGGATC;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=91420948;WS=91420930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	91420973	rs1573643	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=528;SC=GGCTGTTCCATGGAGGGTTCC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=91420981;WS=91420963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	91421283	rs1573644	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=359;SC=GGTGCAGGGCTGGGTGTGCTC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=91421291;WS=91421273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	91422543	rs8039305	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=2;PP=538;SC=AGCTGGGACCTGGGGTTCTTG;SOR=2.910;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=29;WE=91422551;WS=91422533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	91423543	rs6224	G	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=610;SC=CAGCGCCGCCGCCTCTCACAG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=91423551;WS=91423533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	91424574	rs6226	G	C	11802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=228;NR=184;PP=2965;SC=GCCCTCCAGGGTTCGCCCCCC;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=415;TCF=228;TCR=187;TR=412;WE=91424582;WS=91424557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr15	91425232	rs6227	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=6;PP=173;SC=GTGGAGACTGCTTCCCATCCT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=91425240;WS=91425222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	91428521	rs11330240	CT	C	4434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=52;PP=2957;SC=TGGGTGCTGGCTGTATCTGCC;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=76;WE=91428529;WS=91428511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	91428955	rs1894400	C	T	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=181;SC=AACCTTGATGCAGCTTCCTCT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=91428963;WS=91428945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	91430436	rs2071383	T	C	7550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=130;PP=2965;SC=GTGACAAGGCTAAGGACAAGT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=120;TCR=131;TR=250;WE=91430444;WS=91430426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr15	91437388	rs2521501	A	T	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=48;PP=1413;SC=CCCACCAGGCAGAATAAGAAT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=91437396;WS=91437378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	91524841	rs7172758	G	T	5948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=91;PP=2965;SC=GTGGTCTAATGCTTCCATACA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=197;TCF=105;TCR=92;TR=196;WE=91524849;WS=91524831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr15	91543761	rs11073964	C	T	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=59;PP=2272;SC=TAAGCACCACCGAAGACGTAA;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=131;WE=91543769;WS=91543751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr15	91546497	rs4244883	T	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=470;SC=AGAGTATACATTTGGTTCTAA;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=91546505;WS=91546487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	91549511	rs59910084	TGGGGCCCACAGCCTGGTATAAGCAG	T	1725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=4;PP=2966;SC=CTCTCAGAGCTGGGGCCCACA;SOR=2.362;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=15;WE=91549543;WS=91549501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	91550953	rs3743447	C	G	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=15;PP=1207;SC=CCCACAGAGACCAATCTGTAG;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=91550961;WS=91550943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	91560133	rs67954926	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=435;SC=ATGAAAGGCAGACGTGCCCCT;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=91560141;WS=91560123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	91560860	rs7179329	G	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=271;SC=TCCGTCTCCCGCCGCAAAAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=91560868;WS=91560850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	92293726	rs141383883	T	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=10;PP=349;SC=GCATTGGTGGTAGTGCTGGAG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=92293734;WS=92293716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	92638099	rs77903937	A	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=22;PP=1224;SC=TTTTTTCTTCATCTTCCTTCA;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=92638107;WS=92638089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	92647645	rs1517618	G	C	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=97;PP=2965;SC=CGCACTCAGAGCCCGCCATGG;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=185;WE=92647653;WS=92647635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr15	92647834	rs917355	A	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=394;SC=GGGGTGATGAATGAAGGGGTG;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=92647842;WS=92647824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	92663630	rs6496893	A	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=17;PP=1348;SC=AGGAGCAGGGAGCTATAAGAT;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=92663638;WS=92663620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	92714879	rs2240589	C	T	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=10;PP=1083;SC=CACTTTATTGCTTTGACTGCC;SOR=2.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=92714887;WS=92714869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	92715131	rs2270061	A	T	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=42;PP=1165;SC=AGAACAGCCCACCACCACCCA;SOR=3.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=92715139;WS=92715121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	92715167	rs2270060	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=27;PP=720;SC=TCACTTAGCGCGCTCCTCCCT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=92715175;WS=92715157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	92937268	rs3743365	G	T	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.53;SOR=2.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	92937276	rs3743364	C	T	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	92977670	rs2242113	T	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=726;SC=GCAAATTGCTTCTCTTCGTCA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=92977678;WS=92977660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	92987938	rs2305561	C	G	4885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=88;PP=2805;ReadPosRankSum=0.339;SC=CCATGAACCCCTCGGTCATCC;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=164;WE=92987946;WS=92987928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr15	92988165	rs11637874	C	T	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=32;PP=895;SC=CGCGGGTGAGCGGCCTCCCTA;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=92988173;WS=92988155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	93198513	rs503112	C	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=12;PP=642;SC=CCCTGTCGGCCGGCGGGGGAA;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=93198521;WS=93198503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	93198671	rs501381	A	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=21;PP=855;SC=AGGCGTCGCCACTGCTGTTGG;SOR=0.922;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=44;WE=93198691;WS=93198661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	93198678	rs68056278	TTGGAGC	T	2000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=17;PP=1395;SC=GCCACTGCTGTTGGAGCTGGA;SOR=0.976;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=24;WE=93198691;WS=93198661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	93198784	rs2438194	A	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=445;SC=GGTTCGGGCCACGGCGCGGAG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=93198792;WS=93198774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	93306602	.	TG	CA	63	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=63;QD=58.2339374311;SC=AGGGTTTCACTGTGTTAGCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=93306611;WS=93306599;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	93338884	.	G	A	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=18;PP=905;SC=AGCATGGATGGCAAACAAGGG;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=93338892;WS=93338874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	93482939	.	A	G	6694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=103;PP=2965;SC=AGAGCGGCTAAAAACGTTAGG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=115;TCR=103;TR=218;WE=93482947;WS=93482929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr15	93487854	rs1320819	G	C	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=117;SC=CTAGACACGTGCTAGGTTTAT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=93487862;WS=93487844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	93496874	rs1371390	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=503;SC=TTAAAGCCTTCAGTAGATCAT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=93496882;WS=93496864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	93510603	rs4777755	A	G	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=16;PP=882;SC=AGGGGAGAGAAAATGGCTACC;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=51;WE=93510611;WS=93510593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	93515798	.	G	GAGGGTCTTAATTTTTACTTGCATGCCTTTA	321.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	93521604	rs11074121	A	G	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=48;PP=1668;SC=GAATTGGTCAAAAGAAGCAGG;SOR=1.122;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=93521612;WS=93521594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	93521651	rs11074122	T	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=34;PP=1018;SC=GCTTTAGGGTTGGGGGCCAGG;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=93521659;WS=93521641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	93522312	rs2272461	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=352;SC=CTCTTTTTTTGGGGGGGTTGG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=93522320;WS=93522302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	93543956	rs12591124	G	A	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=541;SC=TCTGAAATGTGTTTGGTTTAC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=93543964;WS=93543946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	93552330	rs12915582	C	T	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=30;PP=1527;SC=ACAAGACTTACTTTCTGCAGA;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=85;WE=93552338;WS=93552320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	93563164	.	C	CAA	205.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.70;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	93563661	rs964034	G	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=262;SC=GTTTTGTTTTGTGGGTCATAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=93563669;WS=93563651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	93567527	rs12905032	CC	TT	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=18;PP=2426;SC=TGAGGAAGAGCCAAGTGGGTA;SOR=1.488;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=69;WE=93567536;WS=93567517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	93567864	rs12906163	A	C	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=84;PP=2353;SC=CCTGGATCATAGGTCTCCTTT;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=64;TCR=85;TR=148;WE=93567872;WS=93567854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	93588336	rs4238485	A	C	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=70;PP=2965;SC=CCCGAGTCCTATCATACAGGT;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=169;WE=93588344;WS=93588326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr15	93595855	rs1997382	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=305;SC=GAGCCACCCATGCCACACACA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=93595863;WS=93595845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	93609460	rs11074135	A	T	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=18;PP=1254;SC=CGCTGCGCAGAAACTTCCTGG;SOR=1.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=64;WE=93609468;WS=93609450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	93609617	rs4778090	A	G	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=953;ReadPosRankSum=0.376;SC=GCGTGACTCCAGGTGGGGGAA;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=49;WE=93609625;WS=93609607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr15	93616283	rs112633977	A	AAGG	3676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=32;PP=2047;SC=TTCAGAAAAAAAGAAGAAAAT;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=40;WE=93616291;WS=93616273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	93616933	rs55816698	C	G	8997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=157;PP=2965;SC=CTCTGCATCTCAGCTACTAAC;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=301;TCF=144;TCR=157;TR=301;WE=93616941;WS=93616923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr15	93616975	rs4598860	A	G	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=108;PP=2965;SC=TCGTGGCCCCAGGCCACCCAT;SOR=0.977;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=90;TCR=108;TR=198;WE=93616983;WS=93616965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr15	93632123	rs8038770	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	94857347	rs294553	T	A	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=4;PP=189;SC=GGATGACACCTCTGCATCCAC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=94857355;WS=94857337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	94857890	rs294552	G	A	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=272;SC=CTTAGCCACAGGATCGATTAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=94857898;WS=94857880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	94858686	rs1655455	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=595;SC=CTCCAAAATCGAGAAGTATTT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=94858694;WS=94858676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	94859051	rs294550	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=456;SC=ACCTTACTATCCTTCTTTATT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=94859059;WS=94859041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	94859068	rs294549	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=315;SC=TATTATTAGGTTAATGATACG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=94859076;WS=94859058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	94927493	rs3217405	AT	A	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=729;SC=GTATCCTTTCATTTTTATAGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=21;WE=94927501;WS=94927483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	94942497	rs2289009	T	C	275.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=195;SC=ATAGAGTATGTATACTGGTAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=94942505;WS=94942487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	94945324	rs6497203	G	A	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=492;SC=ATATTACAGCGTAGGTGATTA;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=94945332;WS=94945314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	94945704	rs7180682	A	G	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=58;PP=2746;SC=ACACATTGCAATTTCATTCAG;SOR=1.106;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=155;WE=94945712;WS=94945694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	94945719	rs7178698	G	T	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=70;PP=2965;SC=ATTCAGCACCGCAAAGAGGAA;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=112;TCR=71;TR=182;WE=94945727;WS=94945709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr15	97940925	rs7166971	G	C	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=43;PP=2053;SC=TTCCCAACACGATGAATTGAT;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=97940933;WS=97940915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	98504100	rs4965046	G	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=11;PP=461;SC=GGATGGGCGGGGAGGCTGGGT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=98504108;WS=98504090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	98504326	rs12101554	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	98512622	rs5814833	CT	C	946.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.770;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=744;ReadPosRankSum=-0.438;SC=AAGCAAAGCTCTTTTTTAAAA;SOR=1.456;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=33;WE=98512636;WS=98512612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,47:0.87:54
chr15	98513845	rs2130882	T	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=11;PP=999;SC=AGATGTGGTATCAGAGGAAGA;SOR=1.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=98513853;WS=98513835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	98514282	rs62023730	A	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=23;PP=1507;ReadPosRankSum=0.529;SC=GCATATAACCATCATATAATT;SOR=0.899;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=89;WE=98514290;WS=98514272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
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chr15	98995081	rs12101356	A	G	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.228;NF=62;NR=46;PP=2264;ReadPosRankSum=1.466;SC=GGAGACATCGAGCAGCTAACC;SOR=0.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=108;WE=98995089;WS=98995071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr15	99023968	rs4528551	T	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=48;PP=1571;SC=TAATGGCGTTTAGAATGAAAA;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=93;WE=99023976;WS=99023958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	99456253	rs2272037	T	C	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=17;PP=822;SC=GAACTTTCTCTGAACTTAATT;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=99456261;WS=99456243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	99456553	rs951715	G	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=344;SC=ACACTTCTTCGCAAGCTCACT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=99456561;WS=99456543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	99467934	rs1464430	A	C	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=470;SC=TGGAGGGAGAAGAAACGTGGT;SOR=1.501;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=99467942;WS=99467924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	99477911	rs2715449	T	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=5;PP=472;SC=AAAGTTGACATCAAGCCATGC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=99477919;WS=99477901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	99478493	rs10400894	T	C	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=2;PP=153;SC=AACACAGGCATCAGCAAGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=99478513;WS=99478483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	99478505	rs34389972	A	AC	425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=465;SC=AGCAAGGGCCACCTGACCCTC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=99478513;WS=99478483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	99492045	rs2684789	G	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=27;PP=763;SC=CTGGTCCTGCGCCTCCCTTGC;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=99492053;WS=99492035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	99492061	rs17847195	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=22;PP=656;SC=CTTGCCAGGCGTGGCTAAGAG;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=99492069;WS=99492051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	99500256	rs2593053	G	A	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=20;PP=1421;SC=GCGCCCTCCCGGTTTGGACCC;SOR=1.771;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=73;WE=99500264;WS=99500246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	99511793	rs1521484	C	G	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=40;PP=1694;SC=TCCAGCATTTCCTGGATGATG;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=84;WE=99511812;WS=99511783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	99511804	rs5814919	A	AC	4239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=38;PP=2646;SC=CTGGATGATGACTCTCAAGGC;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=99511812;WS=99511783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	99514431	rs199848298	GGGGGGGGGT	G	566.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.42;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr15	99544429	rs2593051	G	A	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=31;PP=1584;SC=GAGAGTCCGCGGCTTCATTCT;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=86;WE=99544437;WS=99544419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	99645813	rs1044356	G	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=130;SC=TGCTGGGCCGGCTGCAGGCCG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=99645821;WS=99645803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	99645862	rs11014	A	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	99646107	rs60530833	A	AG	1438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=596;SC=CGCAGGAGGCAAGGCGCTGCG;SOR=1.121;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=99646115;WS=99646097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	99646218	rs112065296	C	A	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=53;SC=GCGGCAGGTCCGTGCGCGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=99646226;WS=99646208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	99667414	rs75546487	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=10;PP=472;SC=CTCTGGAACCTGCTACCCTAA;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=99667422;WS=99667404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	99667524	rs260090	G	C	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=25;PP=1087;SC=CTACCTTATTGAGGCCAAGAG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=99667532;WS=99667514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	99670265	rs3743244	C	T	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=76;PP=2965;SC=AAGGACTCACCGAAGGAGAAG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=94;TCR=76;TR=170;WE=99670273;WS=99670255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	99670518	rs1670227	T	C	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=102;PP=2965;SC=AGCAGTTCACTCAGTCTCCAG;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=121;TCR=104;TR=223;WE=99670526;WS=99670508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr15	99670989	rs3743248	T	C	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=99;PP=2965;SC=CCAAGCAGCCTCAGGAGAACA;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=146;TCR=100;TR=245;WE=99670997;WS=99670979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr15	99671760	rs260087	T	C	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=41;PP=1788;SC=GCATTCGCTTTAGGCGTTGGG;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=87;WE=99671768;WS=99671750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	99671795	rs5030699	C	T	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1461;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TACATCCCTTCAGGCGAGAGC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=83;WE=99671803;WS=99671785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr15	99672599	rs7167599	G	C	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=80;PP=2965;SC=ACTGTGCACGGAGAGGGCTCA;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=71;TCR=80;TR=151;WE=99672607;WS=99672589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr15	99678145	rs260089	G	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=15;PP=496;SC=TTTTCTAGGCGGAGGTGATTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=99678153;WS=99678135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	99679489	rs34077294	GAGAT	G	5154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=39;PP=2682;SC=GAAAGGGAATGAGATAGAGAA;SOR=0.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=49;WE=99679500;WS=99679479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	99679655	rs181987	C	A	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=46;PP=2457;SC=TCGCTGAGAGCAGGAAACTAA;SOR=1.210;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=88;TCR=46;TR=134;WE=99679663;WS=99679645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	99679830	rs260118	A	G	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=74;PP=2389;SC=ACTCTCTGTGACTATCTGTAT;SOR=1.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=109;WE=99679838;WS=99679820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	99715352	rs2602016	A	G	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=68;PP=2561;SC=TCAGGATGATAAGATGTGCCT;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=140;WE=99715360;WS=99715342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	99798934	rs7162949	G	A	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=30;PP=1286;SC=CCTGTGGCTTGTATTCACTTT;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=99798942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	99799750	rs1976589	T	C	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=71;PP=2414;SC=ACAGAATCTCTGTGTGCTTTG;SOR=0.915;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=62;TCR=71;TR=133;WE=99799758;WS=99799740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr15	100230908	rs325385	T	C	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=82;SC=AAGCCAGGCATAGAAAGATAG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=100230916;WS=100230898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	100243487	rs34131461	GT	G	1632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=12;PP=1079;SC=GTCCAAATATGTTTTTTCTAA;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=100243495;WS=100243477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	100246834	rs325409	T	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=260;SC=GAAAATGACATTCATATGAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=100246842;WS=100246824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	100246936	rs325408	T	C	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	100246942	rs325407	G	A	5401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	100252709	rs3138597	CCAGCAG	C	3135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=41;PP=2596;SC=CATCGGGCTTCCAGCAGCAGC;SOR=1.002;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=76;TCF=12;TCR=64;TR=52;WE=100252725;WS=100252699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	100252805	rs325400	G	T	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=34;PP=1366;SC=AGGAAATGGGGCGCTCCCCTG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=68;WE=100252813;WS=100252795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	100256618	rs325380	A	C	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=40;PP=2151;SC=CAAATGGTGAAGACAATGCTA;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=119;WE=100256626;WS=100256608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	100269309	rs6598263	T	G	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=11;PP=1229;SC=AAGCTGGGCCTAGTCTTTAAA;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=100269317;WS=100269299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	100269680	rs2061007	G	C	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=85;PP=2965;SC=TGACTGCACTGCACGCTCAAT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=98;TCR=86;TR=183;WE=100269688;WS=100269670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr15	100269796	rs6598264	A	G	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=60;PP=2325;SC=CTGTGGTCTCAGAAGACGGGC;SOR=0.978;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=110;WE=100269804;WS=100269786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	100331253	rs1060457	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.95;NF=37;NR=30;PP=1199;SC=GGCCCTAGTTGTGCCTCCTCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=67;WE=100331261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	100331819	rs2958994	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.087;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.82;MQRankSum=-0.320;QD=23.98;ReadPosRankSum=1.491;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr15	100332799	rs11639102	A	C	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.09;QD=43.55;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	100332807	rs11633999	C	T	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.69;QD=43.17;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	100339897	rs12910401	T	C	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.16;MQRankSum=-0.316;QD=24.65;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr15	100339938	rs12905599	C	T	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.429;NF=33;NR=33;PP=1039;ReadPosRankSum=-1.681;SC=GTGGTGCATGCGCAGCATCTC;SOR=0.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=66;WE=100339946;WS=100339928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr15	100341157	rs12916271	T	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=18;PP=1124;SC=ACCTGCATCCTCAGTGCCACA;SOR=1.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=100341165;WS=100341147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	100345136	rs202231117	TA	T	1890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.18;MQRankSum=-2.734;QD=24.24;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr15	100514561	rs2581340	G	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=1;PP=693;SC=GGGTGGGTGGGTTTCAGACCT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=100514569;WS=100514551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	100514614	rs2573652	T	C	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=20;PP=2061;SC=GTGTCACGAGTTCGGCGGTGG;SOR=2.535;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=76;TCR=20;TR=96;WE=100514622;WS=100514604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	100516472	rs11634977	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=436;SC=TGAGGTCAAGGGACTGGGATG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=100516480;WS=100516462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	100533218	rs7175995	C	T	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=9;PP=696;SC=CCCTGCACTGCGGCACGGAGA;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=100533226;WS=100533208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	100537494	rs12900132	C	T	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=14;PP=954;SC=GACCTGGGGGCGAGCGAGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=100537502;WS=100537484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	100603776	rs6598297	T	A	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=24;PP=1821;SC=AACACAGGCGTGAAACCAGCC;SOR=1.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=70;TCR=25;TR=93;WE=100603784;WS=100603766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	100649465	rs142688382	C	CCAGCTCCTCTAAACACGCGGCA	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	100649473	rs75158695	C	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.68;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	100649512	rs35121839	A	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	100672237	rs12907333	T	G	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=56;PP=2045;SC=TTCCTCTGCCTGAAGCGGGCT;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=115;WE=100672245;WS=100672227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	100692845	rs28567966	A	G	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=33;PP=1581;SC=GGTGGCATTCATGCCAAACAG;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=97;WE=100692853;WS=100692835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	100693032	rs372937234	CT	C	1478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=23.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	100739405	rs12148118	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=770;SC=GGGTCCTTTATTGCAGATGCA;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=100739413;WS=100739395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	100801698	rs4965613	G	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=11;PP=788;SC=TCACAAACACGGCAGCATCCA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=100801706;WS=100801688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	100801965	rs6598316	G	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=447;SC=GATGACTCACGGCCCTCGAAG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=100801973;WS=100801955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	100802495	rs4965296	G	A	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.52;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	100802499	rs4965297	A	G	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	100889496	rs2289584	T	G	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=38;PP=1325;SC=GACAGCTCGATTCTGATGGGC;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=71;WE=100889504;WS=100889486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	100942962	rs2439928	T	C	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=18;PP=1124;SC=CTCTCAGCCCTGAGGCCGTTC;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=59;WE=100942970;WS=100942952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	100996076	rs11323964	AT	A	7167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.28;NF=37;NR=80;PP=2969;SC=ATTAAGAGCAATAATATTTGG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=37;TCR=81;TR=117;WE=100996084;WS=100996066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr15	101019529	rs2654574	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=9;PP=430;SC=AGGGATGACACAGTAGTGAAC;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=101019537;WS=101019519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	101019819	rs2587763	G	T	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=164;SC=ATTGACCTTTGCCATATTCTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=101019827;WS=101019809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	101020129	rs2587764	T	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=307;SC=CCTAAAGGAATTCACAGACAA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=101020137;WS=101020119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	101041896	rs1354332	T	C	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=40;PP=2489;SC=CAAATACACGTCTGATAATCA;SOR=1.397;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=117;WE=101041904;WS=101041886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr15	101109358	rs28438569	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	101109677	rs8451	C	A	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=95;NR=104;PP=2965;SC=GAACCAGAGGCCTTGATGGAG;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=95;TCR=104;TR=199;WE=101109685;WS=101109667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr15	101109794	rs12157	C	G	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=61;PP=2015;SC=CTAAACACTGCTCTGTGGATT;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=114;WE=101109802;WS=101109784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	101109818	rs12460	G	A	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=53;PP=1890;SC=CGTCAGAATCGTCAGAGCTGT;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=101109826;WS=101109808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	101109893	rs6598356	C	A	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=34;PP=1596;SC=TGGTGTGAGCCCCCTTGGACA;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=101109901;WS=101109883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	101110265	rs2411836	T	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=10;PP=350;SC=CATTTTCATGTGTGTGATGGT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=101110273;WS=101110255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	101110302	rs2411837	C	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=12;PP=344;SC=CTGAGTCAAGCTTTCAGTGGC;SOR=1.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=101110310;WS=101110292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	101110356	rs2411838	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.32;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	101110372	rs3084804	AAC	A	392.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=190;SC=TACAAAAATAAACAGTTTTAC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=101110381;WS=101110362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	101112342	rs1493652	T	C	289.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=271;SC=TATATATAAATTCATAGTGTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=101112350;WS=101112332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	101113748	rs2062816	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=340;SC=GGATAACATACAGCTTAAATT;SOR=2.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=101113756;WS=101113738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	101113862	rs12719734	C	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=20;PP=1355;SC=TTACCTTTCACTTCACTTGCT;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=101113870;WS=101113852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	101113950	rs12592868	A	G	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=44;PP=2451;SC=CATGATCTGGACTAGTGATAA;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=78;TCR=45;TR=122;WE=101113958;WS=101113940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	101114418	rs8039437	G	A	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=39;PP=1135;SC=AAATGGTGTCGAAATGAGTCA;SOR=2.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=101114426;WS=101114408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	101115448	rs4965678	C	A	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=79;SC=ATATGTGGCACACCGAGAAGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=101115456;WS=101115438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	101120963	rs11247226	T	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=29;PP=791;SC=AGATAAAAGATGTAATCATGG;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=101120971;WS=101120953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	101152745	rs4965683	A	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=559;SC=TACTCAACATATTATTCTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=101152753;WS=101152735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	101527635	rs7176015	G	A	7044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=116;PP=2965;SC=TAACATTTCAGCCCACACTGC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=127;TCR=117;TR=243;WE=101527643;WS=101527625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr15	101529118	rs4357923	C	T	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=382;SC=GCTCTCAAATCACCTCTGTGA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=101529126;WS=101529108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	101529594	rs2412000	G	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=659;SC=GCAGTTATCCGGGAAAAACAG;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=101529602;WS=101529584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	101550861	rs11300776	CT	C	201.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.81;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr15	101561980	rs146724273	CGTGTGTGTGTGT	C	458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=41.70;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	101562793	rs11247253	G	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=35;PP=950;SC=CGGCTGGCTCGAGAGCCAAGG;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=101562801;WS=101562783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	101566118	rs4427776	C	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=10;PP=1080;SC=TCTGTCCTGTCCCTTGTTCCA;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=101566126;WS=101566108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	101567354	rs72766813	G	A	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=11;PP=1196;SC=TGTCTTTCACGAGTTCTCCAG;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=55;WE=101567362;WS=101567344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	101569467	rs11639307	T	C	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=50;PP=1373;SC=CGCCAGGCTGTGCAGGTTGCT;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=87;WE=101569475;WS=101569457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	101591857	rs10710683	CG	C	2716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=26;PP=1653;SC=GAGTGCTGCTCGGGGGGCCCT;SOR=1.429;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=52;WE=101591865;WS=101591847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	101593641	rs11631875	G	A	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	101598200	rs11857803	G	A	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=55;PP=2139;SC=CTCAGCGACCGCTGGCCCTGT;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=138;WE=101598208;WS=101598190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr15	101598314	rs11853661	C	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=35;PP=1049;SC=AGGAGTACACCGTGGTGTTTT;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=101598322;WS=101598304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	101601367	rs148929418	C	CACTT	5348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=32;PP=2660;SC=CAGTTTCTGCCACTTACAGGA;SOR=0.798;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=47;WE=101601375;WS=101601357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	101607513	rs2925201	T	C	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=50;PP=1545;SC=GTCTACATGGTTGCAGTGATG;SOR=1.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=101607521;WS=101607503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	101791695	.	CAGG	C	146.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.37;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	101791700	.	T	G	155.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	101826919	rs28698071	G	A	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=80;SC=CATTACATAAGAGAGCTCCAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=101826927;WS=101826909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	101827759	rs35525027	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=454;SC=ATGGTGCATATGTGCCACATT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=101827767;WS=101827749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	101827855	rs61752834	C	T	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=26;PP=1383;SC=TATGTAATTCCCATACCTTAG;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=101827863;WS=101827845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	101832387	rs8028930	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=181;SC=AAGCAAAAAGAACCCTTTTCT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=101832395;WS=101832377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	101862690	rs36022203	G	T	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.704;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=34;PP=2095;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CAGCGCCACCGCCCTGACATT;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=72;TCR=35;TR=105;WE=101862698;WS=101862680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr15	101862970	rs1871975	T	C	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=30;PP=868;SC=CAGAGGCCGCTTGTACCTGGT;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=101862978;WS=101862960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	101871941	rs34318939	G	GA	2757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=31;PP=1990;SC=CCAGGCAAGAGAGACACACAA;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=41;WE=101871949;WS=101871931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	101887767	rs2949	C	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=133;SC=TGCACGCACACGCATTCATGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=101887775;WS=101887757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	101887794	rs1030	T	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=265;SC=TCAACAACTGTTTGTGAGCCA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=101887802;WS=101887784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	101888081	rs875293	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=242;SC=GAGGAAGCGCCCGGGGTTGAC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=101888089;WS=101888071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	101905084	rs4965833	G	A	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=201;SC=CCAAGTTGGAGGACTCGCACT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=101905092;WS=101905074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	101905327	rs11247286	C	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=27;PP=778;SC=GGACCCCTACCTCACACCATA;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=101905335;WS=101905317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	101906205	rs8029952	T	C	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=202;SC=GACGTTTACATGACATCGTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=101906213;WS=101906195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	101906263	rs8034182	T	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=617;SC=ATTAAAATGGTGAATTTTCTG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=101906271;WS=101906253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	101910511	rs2073591	A	C	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=25;PP=1267;SC=GTGAGCCCAGACCCCATCCCC;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=74;WE=101910519;WS=101910501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	101910550	rs20543	G	A	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=41;PP=1680;SC=CTCTTTGCCAGAAGTTGAGAC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=106;WE=101910558;WS=101910540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	101929632	rs33912717	AT	A	1970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.874;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=815;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CAATCTAAACATTTTTTTTTT;SOR=0.850;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=53;WE=101929642;WS=101929622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,91:0.94:97
chr15	101929825	rs6598460	G	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=415;SC=AACTCACTCTGTGGAGAAGGC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=101929833;WS=101929815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	101968084	rs2277585	C	T	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=651;SC=CAGGCTGCCACGCCCGGCCTT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=101968092;WS=101968074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	101970308	rs2643354	G	A	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=51;PP=1655;SC=GAAATGGCATGTGACAGCTCT;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=100;WE=101970316;WS=101970298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	102003442	rs12907397	C	T	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=35;PP=1062;SC=ATGGGAGAGACGAGAGAGGCA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=102003450;WS=102003432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	102029475	rs201114579	C	CG	149.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=167;SC=TTCCCACGCGCGCGCGGGGCC;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=102029483;WS=102029465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	102029519	rs186935141	C	A	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=285;SC=GAGGCGCCCCCCTCGCGCGCG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=102029527;WS=102029509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	102029597	rs1135910	C	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=12;PP=509;SC=AGTTGAGGTACCCGTGCGCCG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=102029605;WS=102029587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	102029685	rs199543153	G	GGC	1915.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=1004;SC=GCGCGGCGGGGGCGGAGCAGG;SOR=1.280;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=21;WE=102029693;WS=102029675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	102191869	rs672314	G	A	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=21;PP=1313;SC=ATAACTACATGTATTTACTAG;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=102191877;WS=102191859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	102192034	rs507903	A	G	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=83;PP=2774;SC=AGAAAACCTTATTTTGTGTGG;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=161;WE=102192042;WS=102192024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	102192502	rs1127963	G	A	5754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=85;PP=2965;SC=AGAACTGCGAGAGGAAGAGCA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=184;WE=102192510;WS=102192492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr15	102192540	rs675436	T	G	7066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr15	102192548	rs2939587	A	C	6686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr15	102196186	rs572705	C	T	5854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=78;PP=2965;SC=CAGGAATCTACAGCCATGCTT;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=123;TCR=78;TR=201;WE=102196194;WS=102196176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr15	102211654	rs606511	T	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	102287886	rs375110977	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.34;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	102311914	.	T	G	83	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=49.87;NF=6;NR=1;PP=83;QD=16.8244589353;SC=CCATAACTTTTTTTCCTTTTT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=7;WE=102311922;WS=102311904;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,7:0.32:22
chr15	102312009	rs111745531	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.64;MQRankSum=-4.100;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.995;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr15	102312240	rs59860046	GA	G	1905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.57;QD=34.65;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	102312315	rs57638732	GA	G	2825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.30;QD=36.70;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	102313716	rs352719	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=19;PP=771;SC=TTCCTCCTGGAGCTCTCTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=102313724;WS=102313706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	102313869	rs72761685	G	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=9;PP=449;SC=AGTTTGCCAGGTTGTCCCCCT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=102313877;WS=102313859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	81639	rs118023239	C	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.01;QD=25.53;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	97354	rs8466	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-4.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=0.299;SC=CAGGACACACAACTCATACTG;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=7;WE=97362;WS=97350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr16	97610	rs798675	G	A	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1079;ReadPosRankSum=-1.065;SC=GCTACTCATGGCTGTCAAAAG;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=103;TCR=124;TR=87;WE=97618;WS=97600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,95:0.39:246
chr16	97707	rs148403942	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=243;ReadPosRankSum=0.056;SC=CATGGTGAAACCCCATCTCTA;SOR=1.125;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=15;WE=97715;WS=97697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr16	103423	rs2541593	C	A	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=14;PP=1281;SC=AGTCGGAGGACGCGGAAGGCC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=103431;WS=103413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	103449	rs11376822	C	CG	3480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=26;PP=2482;SC=GAGTCGCCCGCGCCCAGCGCC;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=103457;WS=103439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	103517	rs183360	A	C	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=88;PP=2902;SC=GTGTTGCAGGAGAAGCGGTGG;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=192;WE=103525;WS=103507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	103923	rs2562145	C	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=949;ReadPosRankSum=-0.598;SC=AGACGGAGGCCGCGGGTGGGC;SOR=0.419;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=64;WE=103931;WS=103913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr16	105320	rs216596	A	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.26;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	105320	.	ATAACG	GTAACA,GTAACG	244	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=13,19;NR=1,2;PP=244,75;QD=21.2477053473;SC=TTGGGAAACCATAACGTACAG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=14,21;WE=105333;WS=105310;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:21
chr16	105325	rs2858042	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr16	105444	rs2541594	C	T	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1468;ReadPosRankSum=-1.367;SC=CACTTCTGCCCTTGGTCTTTT;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=100;WE=105452;WS=105434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,104:0.60:172
chr16	106777	rs216597	G	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=464;SC=GCAGAGGGCAGCTGGAGGGGC;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=106785;WS=106767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	106952	rs11435836	G	GC	635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=756;SC=GATGGCCACTGCACTTCCTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=106960;WS=106942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	107162	rs10266	C	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=768;ReadPosRankSum=-0.976;SC=ACAGGACAACCCTCTTCATCA;SOR=0.879;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=58;WE=107170;WS=107152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,62:0.44:141
chr16	107275	rs1045001	T	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=20;PP=578;SC=TGCCCAACAGTAACTGTCAGC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=107283;WS=107265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	108585	rs216598	T	C	6387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=108;NR=125;PP=2965;SC=TGATGAACCCTGAGATGTGGG;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=108;TCR=125;TR=233;WE=108593;WS=108575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr16	108796	rs34941405	T	TG	2560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=31;PP=1481;SC=GCAGTGGGGCTGGCAGGCCCC;SOR=0.898;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=37;WE=108804;WS=108786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	109671	rs216599	A	G	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=79;PP=2784;SC=GAGAAGGCACACCCTAGGGCG;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=78;TCR=79;TR=157;WE=109679;WS=109661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	110165	rs216600	T	C	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=50;PP=2716;SC=TGGCATTCTCTCCCACATGAC;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=141;WE=110173;WS=110155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	110925	rs2562146	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=433;ReadPosRankSum=0.446;SC=AATCAGATGATGGTCTACGGG;SOR=0.532;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=24;WE=110933;WS=110915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr16	112151	rs216602	A	G	45.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	112513	rs216604	T	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=14;PP=1380;SC=TCTCTGCCCCTCTTCCCTGCC;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=112521;WS=112503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	113883	rs10659183	G	GCC	6125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=56;PP=2967;SC=GGGGCAGCATGCTGCCCCCAG;SOR=1.129;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=99;TCF=30;TCR=69;TR=84;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	113886	rs11285099	GC	G	6139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=56;PP=2969;SC=GCAGCATGCTGCCCCCAGGCC;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=80;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	113924	rs216605	A	G	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=845;ReadPosRankSum=1.422;SC=CCAGGGTCTGAGTGGGCAAGG;SOR=0.722;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=58;WE=113932;WS=113914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,61:0.37:166
chr16	113970	rs2157115	T	C	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=55;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.854;SC=AGCCACCCCCTGAACTGTTAG;SOR=0.657;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=108;WE=113978;WS=113960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,113:0.65:173
chr16	114535	rs2562147	A	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=821;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GAGAGCGGTCAGTATCCAGAA;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=47;WE=114543;WS=114525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr16	115041	rs2288490	C	T	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=60;PP=1625;ReadPosRankSum=0.165;SC=GGCAGGCCTGCGGGGCATGGT;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=253;TCF=134;TCR=119;TR=130;WE=115049;WS=115031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,133:0.51:262
chr16	115072	rs6600227	A	C	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=64;PP=1285;ReadPosRankSum=0.108;SC=ATAATGACAAAGCTGACATCT;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=110;TCR=127;TR=120;WE=115080;WS=115062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,124:0.50:249
chr16	128179	rs2562162	T	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=7;PP=299;SC=ACTGCCCCCCTTCTCCCGGCT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=128187;WS=128169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	136888	rs743725	T	C	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=49;PP=1167;SC=GATGGGTGGGTGTGAGCCCAA;SOR=1.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=136896;WS=136878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	138772	rs57321480	A	AG	5807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=49;PP=2957;SC=ATGCTCCGACAGCTGGCCAGC;SOR=0.952;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=83;WE=138780;WS=138762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	142825	rs2541618	T	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=583;SC=GGCAGGTGGGTCAGGACAGTG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=142833;WS=142815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	148352	rs2541616	G	A	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=65;PP=2083;SC=ACCCTGCACCGGGTATGCACC;SOR=1.530;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=105;WE=148360;WS=148342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	160668	rs808892	T	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=39;PP=1275;SC=GCCTCAGCCTTCCAAGTAGCT;SOR=2.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=160676;WS=160658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	188303	.	AGAGGAGGACGGAGCCGGAGGCGGAGGGGGCCT	A	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=3.389;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr16	203132	rs2541598	C	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.29;QD=38.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	203135	rs2858919	T	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.90;QD=47.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	213329	rs2885589	A	G	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	216190	rs11431675	C	CG	3754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=44;PP=2692;SC=TGCGGATCCCCGGGCTCTGGG;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=64;WE=216198;WS=216180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	223706	rs2541640	A	G	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=118;PP=2965;SC=CTGAGTGGGCAGCAGCCTGTG;SOR=3.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=21;TCR=118;TR=139;WE=223714;WS=223696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	223735	rs2685121	A	G	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.253;NF=5;NR=77;PP=2111;ReadPosRankSum=1.930;SC=GGTTCTCTCTATCCCGGAATG;SOR=3.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=5;TCR=78;TR=82;WE=223743;WS=223725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr16	230578	rs11863726	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=651;ReadPosRankSum=0.430;SC=AGGCCCTGGAAAGGTGCGGCA;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=40;WE=230586;WS=230568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr16	231167	rs3929997	C	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=48;PP=984;ReadPosRankSum=1.403;SC=AGTAAAGCCTCTCCCAGGAGC;SOR=0.876;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=57;TCR=124;TR=69;WE=231175;WS=231157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,70:0.37:187
chr16	240280	rs1211375	A	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=25;PP=979;SC=TCCATCAGTTAATCTCCAATG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=240288;WS=240270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	284556	rs7191945	G	C	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.78;SOR=4.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	284833	rs7202423	T	G	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=37;PP=1178;SC=AGCGGCGCGGTCGGGTGAGAG;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=284841;WS=284823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	304514	rs3213508	C	T	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.494;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=62;PP=1603;ReadPosRankSum=-1.225;SC=ATGAGGATAACGTGAAAAGCG;SOR=0.973;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=68;TCR=105;TR=100;WE=304522;WS=304504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,115:0.60:193
chr16	309720	rs56337617	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=0.126;SC=GAACCCATCTCGTCATCCTTC;SOR=0.340;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=13;WE=309728;WS=309710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	310243	rs56284809	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=16.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.693;SOR=3.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr16	311970	.	CTCTCTTCCTGGGCCTTGTGTCATTGCAGCCCCAGGCTCAGGTCCT	C	1206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.443;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr16	311992	.	A	C	293	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=28;MQ=59.57;NF=13;NR=1;PP=293;QD=23.4122294677;SC=GCCTTGTGTCATTGCAGCCCC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=14;WE=312000;WS=311982;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr16	312253	rs10903013	A	G	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;ReadPosRankSum=-0.094;SC=ATCCCTGGCCAGCCTCACTCG;SOR=0.746;Source=Platypus;TCF=52;WE=312261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
chr16	313202	rs2239738	C	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=840;ReadPosRankSum=-0.280;SC=AGAGCCTCCACTGGGTGCCTG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=52;WE=313210;WS=313192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr16	313406	rs7189326	A	G	2774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=73;PP=1759;ReadPosRankSum=-1.739;SC=CCTGAGGTACAGGGTTTCCCC;SOR=0.840;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=212;TCF=91;TCR=121;TR=125;WE=313414;WS=313396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,131:0.60:220
chr16	313848	rs12325227	C	T	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=48;PP=1640;ReadPosRankSum=0.521;SC=GCAGACGGGGCTGCGGCCCAG;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=160;TCF=77;TCR=83;TR=89;WE=313856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,87:0.55:159
chr16	314519	.	AGACATAGAGCTCCAGGCACGGTCACTCTGACAGCAGTGTCCT	A	1255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.905;NF=6;NR=1;PP=2954;ReadPosRankSum=1.303;SC=GGCCCCTAGCAGACATAGAGC;SOR=0.791;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=7;WE=314568;WS=314509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr16	320759	rs9806942	C	T	3408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=67;PP=2091;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ACGGCATCCACCAGGGTGGGG;SOR=0.753;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=229;TCF=121;TCR=108;TR=147;WE=320767;WS=320749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,154:0.63:243
chr16	322934	rs9940585	C	T	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=30;PP=1309;SC=CCCCGGGCTGCGGAGGGGAGA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=322942;WS=322924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	324030	rs112344350	T	TG	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr16	324052	rs2685126	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.567;QD=4.97;ReadPosRankSum=2.106;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr16	325574	.	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=0.877;SC=GGGATGCCCCGGATCCGGGAG;SOR=0.922;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=24;WE=325582;WS=325564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr16	325683	rs200964940	C	CG	284.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=288;SC=GGGGAGACCCCGGAGACCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	325695	rs201791993	A	AG	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=108;SC=GAGACCCCCAAGGGCCCCAGG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	325732	rs202190256	A	AG	494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=6;PP=370;SC=GGCCTCGCAGACCTCCGCCCC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=325740;WS=325722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	325771	rs111978133	GT	G	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=708;SC=GCGCCCCCGTGTCCCCATGCT;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=325779;WS=325761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	325943	.	A	AG	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=145;SC=GGGATGACCGACGTCCCGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=325951;WS=325933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	330661	.	C	CG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	330678	rs368146102	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	332558	.	CG	GG	691	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=13;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=17;MQ=59.67;NF=17,0;NR=7,9;PP=691,251;QD=29.375;SC=GGGAACGGGGCGGGGGGGGGA;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=24,9;WE=332566;WS=332548;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
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chr16	336916	rs1048786	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.691;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=559;ReadPosRankSum=1.451;SC=CACGGAGGAGCCCCCGGAGGA;SOR=0.961;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=41;WE=336924;WS=336906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,42:0.40:104
chr16	338332	rs11374767	A	AC	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=730;ReadPosRankSum=-0.684;SC=GCGTGTCCACACCCCATCCCG;SOR=0.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=23;WE=338340;WS=338322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr16	339672	rs412243	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=246;ReadPosRankSum=1.074;SC=TCCCTCCTGCTGGCCTCAGGC;SOR=0.513;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=28;WE=339680;WS=339662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr16	341079	rs12925669	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=-0.305;SC=AGCTGCTTCTGAGCGTGGTAC;SOR=0.563;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=17;WE=341087;WS=341069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr16	354287	rs62032881	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-1.593;SC=AGCGCGACACCGACGCGGCCC;SOR=0.255;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=11;WE=354295;WS=354277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr16	354493	rs62032882	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.539;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=910;ReadPosRankSum=-0.107;SC=ACAGGCTAAACATTTCTTTGT;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=120;TCR=135;TR=89;WE=354501;WS=354483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,94:0.35:270
chr16	359953	rs2301522	A	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
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chr16	397044	rs758033	G	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=799;ReadPosRankSum=-1.669;SC=TCTGCGTCAAGGAACAATGAG;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=55;TCR=93;TR=60;WE=397052;WS=397034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,63:0.41:154
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chr16	419092	rs3830160	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
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chr16	419283	rs11434190	A	AG	2961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=47;PP=2269;SC=AGGGGGGCCCAGGCAACTGCC;SOR=1.501;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=54;WE=419291;WS=419273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	419308	rs151184794	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.207;NF=5;NR=16;PP=411;ReadPosRankSum=-0.574;SC=CCTCCCCCCCGGAGGCTCCAT;SOR=0.643;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=21;WE=419316;WS=419298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr16	420140	rs3194151	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=438;ReadPosRankSum=-1.705;SC=CGCAGGTAGTGGCCGGGCAGG;SOR=0.937;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=31;WE=420148;WS=420130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,32:0.29:109
chr16	420179	rs11557300	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=208;ReadPosRankSum=0.185;SC=CGCAGCTGCAGCCGCTTCCAG;SOR=0.495;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=16;WE=420187;WS=420169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr16	424420	rs3743888	C	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=0.728;SC=AAAACCCCGACGCGGAGGCTG;SOR=0.199;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=6;WE=424428;WS=424410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr16	425298	rs11648905	G	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=460;ReadPosRankSum=-1.058;SC=AGGCCGGGGCGGGGGGCTGGC;SOR=0.552;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=38;WE=425306;WS=425288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr16	426432	rs2071915	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=8.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,46:0.34:137
chr16	426476	rs2071916	T	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,41:0.34:120
chr16	427013	rs763140	G	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=554;ReadPosRankSum=0.295;SC=GCAGAGCCGGGCTGCCCCCCA;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=106;TCF=82;TCR=24;TR=36;WE=427021;WS=427003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,36:0.33:108
chr16	427349	rs763142	C	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AGGTTCTCTGCCTCCATCCCG;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=5;WE=427357;WS=427340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr16	427479	rs11248931	T	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,42:0.37:115
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chr16	427657	rs11641693	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=429;ReadPosRankSum=0.506;SC=GCAGGCGGGCGGGCAGCCACC;SOR=0.805;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=31;WE=427665;WS=427647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
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chr16	427925	rs61261356	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=151;ReadPosRankSum=1.542;SC=GTCCCCCAGATGGAAAGGGCT;SOR=1.204;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=13;WE=427933;WS=427915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	447348	rs7189866	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=0.497;SC=GGGGACGCGGAGGGGAGGAAG;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=447356;WS=447338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr16	449162	rs7185254	T	C	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=628;ReadPosRankSum=0.818;SC=CCTGTGGGGATGGGGTTGGGG;SOR=0.798;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=38;WE=449170;WS=449152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr16	449178	rs2363759	T	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGGGGATCCTTCTCGGCCTT;SOR=0.614;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=37;WE=449186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr16	449345	rs763151	G	C	4471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=84;PP=2879;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CACGTTTACTGTCTGCGGCTC;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=303;TCF=167;TCR=136;TR=184;WE=449353;WS=449335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,197:0.60:327
chr16	449659	rs14293	G	A	4115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=107;PP=2745;ReadPosRankSum=-1.474;SC=TCCGCGCCTCGAGGGCCATGA;SOR=1.083;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=300;TCF=127;TCR=173;TR=179;WE=449667;WS=449649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,186:0.60:311
chr16	449977	rs62030825	G	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.31;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr16	449979	rs62030826	AC	GT	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.32;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr16	450140	rs35963490	C	CAG	6721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=62;PP=2927;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CAGAGGGCAACGGGAGCAGCA;SOR=0.832;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=29;TCR=110;TR=79;WE=450148;WS=450130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,167:0.64:259
chr16	450165	rs448063	T	C	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=69;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GTCCCTGGGATTCCTCAGGGT;SOR=0.854;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=213;TCF=102;TCR=111;TR=124;WE=450173;WS=450155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,155:0.62:249
chr16	450309	rs5841	C	T	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.895;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=626;ReadPosRankSum=0.365;SC=GCTGGGCAGACGGGGGCCAGC;SOR=1.402;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=35;WE=450317;WS=450299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr16	455646	rs873477	A	G	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=940;ReadPosRankSum=-0.769;SC=AGGCAGACAGATCCCGTTTGT;SOR=0.725;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=61;WE=455654;WS=455636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,64:0.60:106
chr16	456239	rs11391097	G	GC	2870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=19;PP=2386;SC=TGGGCCTTCAGCCTGGACTGG;SOR=1.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=456247;WS=456229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	456291	rs11391098	G	GC	6255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=66;PP=2572;SC=CTGGGCAGATGCCCCGGGAGT;SOR=0.745;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=87;WE=456301;WS=456281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	456416	rs3743890	T	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=424;ReadPosRankSum=0.702;SC=GCCTCTCCCATGGTCCCCTGT;SOR=0.653;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=39;WE=456424;WS=456406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,41:0.32:127
chr16	456483	rs3785290	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=103;ReadPosRankSum=-0.175;SC=CCAGAGGCTATGGGGATGTTG;SOR=0.577;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=13;WE=456491;WS=456473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr16	460578	.	CT	C	150	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5003;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=61.34;NF=2;NR=3;PP=150;QD=36.2;SC=GGGCCTCCCCCTGACGGCCGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=460586;WS=460575;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,5:0.83:6
chr16	461697	rs4984667	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-5.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=410;ReadPosRankSum=-0.373;SC=CCTCCCGGCCCCTGCGCCAGC;SOR=0.246;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=22;WE=461705;WS=461687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr16	476096	rs1883371	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	476796	rs116962191	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.395;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=195;ReadPosRankSum=-1.893;SC=TGGGACCGGTCGACGCTGCCC;SOR=2.270;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=15;WE=476804;WS=476786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr16	532248	rs9935319	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.562;SC=GTAGAGACAAATTTCACTTTG;SOR=0.346;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=7;WE=532256;WS=532238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr16	532279	rs12917958	C	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=0.923;SC=TGGTCTTGAGCTCCTGGGTTC;SOR=0.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=8;WE=532287;WS=532269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr16	539088	rs3830847	T	TAA	576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.622;NF=0;NR=19;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CGTGCATTGGTGAGAGAACTT;SOR=1.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=19;WE=539101;WS=539078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr16	539093	rs74390230	G	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.677;NF=1;NR=15;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.907;SC=ATTGGTGAGAGAACTTGCTTT;SOR=0.922;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=16;WE=539101;WS=539078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr16	570454	rs11863276	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.042;NF=21;NR=5;PP=469;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TTGCTGTGCCTTCAGGACAAC;SOR=1.375;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=26;WE=570462;WS=570444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
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chr16	601494	rs147001521	C	T	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=75;PP=2190;ReadPosRankSum=-0.886;SC=TTCAGATCCTCACCCCTGTGG;SOR=0.663;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=255;TCF=121;TCR=134;TR=145;WE=601502;WS=601484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,147:0.56:264
chr16	602046	rs7196821	T	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	602313	rs9930550	C	A	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=29;PP=1345;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GCTCGGACGCCGTGGACAGCC;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=185;TCR=80;TR=97;WE=602321;WS=602303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,107:0.38:279
chr16	602799	rs116628166	C	T	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=26;PP=1088;ReadPosRankSum=-2.120;SC=GGGAGGGTGGCGTGGGGCAGG;SOR=0.870;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=86;WE=602807;WS=602776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,77:0.63:123
chr16	603471	rs11248937	A	G	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.603;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1424;ReadPosRankSum=-0.661;SC=ACAGCCCCCCACTCACGCCAG;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=87;WE=603479;WS=603461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr16	679814	rs12447874	T	C	5695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=90;PP=2965;SC=AAGCCCCTCCTTGGCAGCTCC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=106;TCR=90;TR=196;WE=679822;WS=679804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr16	684607	.	C	T	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1290;ReadPosRankSum=-1.945;SC=TTAGTTTTTCCGGAAGATCAG;SOR=0.614;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=354;TCF=193;TCR=161;TR=109;WE=684615;WS=684597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,119:0.31:380
chr16	703774	.	G	A	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=1073;ReadPosRankSum=0.857;SC=CCTTCTCTGCGGGGTTGGCAA;SOR=1.213;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=74;WE=703782;WS=703764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,83:0.47:177
chr16	712127	rs10903018	A	G	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=38;PP=1891;SC=CTGGGGCAGAAGCCTCATCTG;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=85;WE=712135;WS=712117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	766001	rs1076939	T	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=695;ReadPosRankSum=1.275;SC=GGCGGTCTGGTTGGGACAGGG;SOR=0.622;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=154;TCF=79;TCR=75;TR=57;WE=766016;WS=765991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,55:0.35:157
chr16	781757	rs72773426	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=-2.415;SC=GCCAACCTCCCGAGCAGGGCC;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=20;WE=781765;WS=781747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr16	813650	rs3765319	G	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=722;ReadPosRankSum=-0.779;SC=AGGAGGCTGCGCCCCTGGACG;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=52;WE=813658;WS=813640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr16	813783	.	C	A	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5103;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=57;QD=18.3542425094;SC=CCAGCATCCCCTCCCCCTTCC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=813791;WS=813773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,5:0.83:6
chr16	814295	rs7185150	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	814494	rs7185523	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=338;ReadPosRankSum=2.564;SC=CCCATCCCCCAGGGCAGCGCT;SOR=0.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=27;WE=814502;WS=814484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr16	815370	rs7197395	T	C	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=8.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.47;ReadPosRankSum=1.116;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr16	815379	rs7197402	T	C	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=6.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.36;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr16	815628	rs1737340	A	G	7567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=2.321;SC=GTGAGACCCCAATCCCCAGCC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=147;TCR=134;TR=280;WE=815636;WS=815618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,292:0.99:294
chr16	816294	rs3765322	T	G	3443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.168;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=66;PP=2297;ReadPosRankSum=2.323;SC=CCCCAGCCCCTCTGGGAGTGA;SOR=0.717;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=252;TCF=132;TCR=120;TR=153;WE=816302;WS=816284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,162:0.61:267
chr16	817481	rs142937997	C	T	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.088;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=376;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GTATGGCGAGCGGGAGGAGGG;SOR=1.175;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=33;WE=817489;WS=817471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr16	820603	rs143870933	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,59:0.38:154
chr16	828844	rs1737342	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=0.046;SC=GCAGAAGGGCATGGGCCGCAC;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=12;WE=828852;WS=828834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr16	829955	rs3765329	G	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5955;FS=2.632;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=0.076;SC=CTGGCGGCCAGCCCCAGACCC;SOR=0.991;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=829963;WS=829952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	830829	.	A	C	1717	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=16;MQ=56.9;NF=48;NR=54;PP=1717;QD=17.174227574;SC=GGGTAGGTGAAAGCTGTGTGC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=103;TCR=115;TR=102;WE=830837;WS=830819;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:116,102:0.47:218
chr16	833291	rs35339491	C	G	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=37;PP=1274;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GGACACAGATCCACCATGTGT;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=88;TCR=65;TR=87;WE=833299;WS=833281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,97:0.56:174
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chr16	839262	rs569951	A	G	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=73;PP=2497;SC=TGAACTTCAGATCGGAGGAGA;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=145;WE=839282;WS=839252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	839949	rs11425062	C	CT	7058.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.832;NF=56;NR=59;PP=2964;ReadPosRankSum=1.269;SC=CTTGCTTCCCCTCCTGCTTTT;SOR=0.835;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=212;TCF=88;TCR=124;TR=115;WE=839958;WS=839939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,222:0.60:369
chr16	839996	rs4984925	T	C	7076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.028;NF=137;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.555;SC=GCCCCCAATTTCCCTTTGCAG;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=468;TCF=245;TCR=223;TR=260;WE=840004;WS=839986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,320:0.60:537
chr16	840307	rs3765262	C	A	2839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.166;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=51;PP=1779;ReadPosRankSum=0.392;SC=GGTGGCGGGGCCGCCTGAGCC;SOR=0.838;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=120;WE=840315;WS=840297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,126:0.63:201
chr16	840378	rs3765263	A	G	4426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=1.556;SC=GAGGCCCAGAAGCTTTCAGAC;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=311;TCF=175;TCR=136;TR=188;WE=840386;WS=840368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,194:0.62:315
chr16	840597	rs3765265	C	T	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=670;ReadPosRankSum=-0.611;SC=ACGGTCAAGACGCCTCCAGTC;SOR=0.390;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=43;WE=840605;WS=840587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr16	845901	rs2982244	T	C	10095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=179;NR=157;PP=2965;SC=GAGCACACATTTGTACAGCCT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=337;TCF=180;TCR=157;TR=336;WE=845909;WS=845891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr16	846631	rs117572388	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=413;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TGTGGCTTTTGGGGTTTGCGG;SOR=0.491;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=28;WE=846639;WS=846621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr16	855342	rs614048	A	G	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.945;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=633;ReadPosRankSum=1.159;SC=AGTGCAGGGGATGGCCCTGCT;SOR=1.375;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=34;WE=855350;WS=855332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr16	997352	rs12446579	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=585;ReadPosRankSum=0.114;SC=GGCTACGCAGAGGCAGGTGGT;SOR=0.742;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=41;WE=997360;WS=997342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr16	997473	rs12447306	T	C	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=4.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,56:0.30:189
chr16	997496	rs12445470	C	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.239;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=475;ReadPosRankSum=-1.014;SC=CCAGCGTCCCCTCCAGCCCTG;SOR=0.904;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=41;WE=997504;WS=997486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,45:0.29:156
chr16	997520	rs12447329	T	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.220;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,34:0.26:129
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chr16	1004694	rs3751666	A	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
chr16	1004743	rs3751665	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=5;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=342;ReadPosRankSum=0.813;SC=GCTCAGAATGCGGGGCGAGGC;SOR=0.474;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=14;WE=1004765;WS=1004733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr16	1004757	rs113750251	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.194;HP=5;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=342;ReadPosRankSum=-0.229;SC=GCGAGGCAGGCGGGAAGGGGA;SOR=0.301;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=10;WE=1004765;WS=1004733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr16	1014070	rs113896668	C	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.959;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,32:0.31:103
chr16	1014119	rs11862542	A	G	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=33;PP=1113;SC=CATGGCCGATAAATACTTTGT;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=65;WE=1014127;WS=1014109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	1020874	rs111980103	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.889;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=44;PP=1054;ReadPosRankSum=0.895;SC=GCCTGCGGGGCCACGCCCCGG;SOR=0.482;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=214;TCF=99;TCR=115;TR=88;WE=1020882;WS=1020864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,89:0.41:219
chr16	1032410	.	G	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=0.230;SC=GACTGCGAGCGGGGGCCTGGA;SOR=1.329;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=9;WE=1032418;WS=1032400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	1034834	rs237674	T	C	10478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=207;NR=171;PP=2965;SC=ACTTCAGCAATGTGGACATCT;SOR=0.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=207;TCR=172;TR=378;WE=1034842;WS=1034824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr16	1034954	rs11542178	T	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=700;ReadPosRankSum=0.404;SC=GCCAGGCCTATGGGGGCGCCT;SOR=0.902;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=140;TCF=43;TCR=97;TR=53;WE=1034962;WS=1034944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,54:0.38:144
chr16	1035422	rs11542180	G	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=109;ReadPosRankSum=1.021;SC=CAGGCGTCAGGGGGCAGCCTT;SOR=0.779;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=13;WE=1035430;WS=1035412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr16	1035456	rs11866418	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=0.722;SC=GTGTGTGACCAGGGCGGGAGG;SOR=0.096;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=1035464;WS=1035446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	1115493	rs200810931	G	GT	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.485;NF=4;NR=10;PP=448;ReadPosRankSum=-2.094;SC=GTGAGTGCAGGTTGGGGATGG;SOR=0.770;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=14;WE=1115501;WS=1115483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr16	1115578	rs137879771	A	C	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr16	1115904	rs66626263	G	A	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=75;PP=2965;SC=CTGCCGGGCCGGAGGCGCCTG;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=119;TCR=75;TR=193;WE=1115912;WS=1115894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr16	1116169	rs7189857	A	G	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=41;PP=1411;SC=CTGGAGTTGCAGGTGAGGCCA;SOR=0.954;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=73;WE=1116177;WS=1116159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	1116220	rs34024516	T	TG	2156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=21;PP=1590;SC=CGGGCCGCCCTGGGGGACGCT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=42;WE=1116228;WS=1116210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	1116243	rs35432067	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.726;NF=15;NR=8;PP=294;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GGTTTGACTTCTGGGGCTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=23;WE=1116251;WS=1116233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr16	1116445	rs530518	A	G	4743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=76;PP=2965;SC=GTTCGGGTCGAGGTCTGCAGC;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=159;WE=1116453;WS=1116435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	1129872	rs169068	C	T	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=65;PP=1411;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GCCACGGAGCCGCGTCCAGAC;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=77;TCR=154;TR=97;WE=1129880;WS=1129862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,102:0.42:245
chr16	1129912	rs642249	A	G	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=89;PP=2675;SC=AGGCCACGCCACCCGCGCACC;SOR=1.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=35;TCR=89;TR=124;WE=1129920;WS=1129902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	1131181	rs12599155	C	T	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=48;PP=945;ReadPosRankSum=0.968;SC=GGCACCTTGGCCTTGCTCTGA;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=217;TCF=70;TCR=147;TR=68;WE=1131189;WS=1131171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,72:0.32:225
chr16	1204051	rs147910127	CGGCGGGGGGCGGGGGGCGGGG	C	1535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.413;NF=3;NR=15;PP=2984;ReadPosRankSum=2.280;SC=CCTTCCCGGCCGGCGGGGGGC;SOR=0.439;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=18;WE=1204079;WS=1204041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr16	1244859	.	C	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.731;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=690;ReadPosRankSum=2.079;SC=TCCTGGACACCCCCACGCGCG;SOR=1.251;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=42;WE=1244867;WS=1244849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr16	1244877	rs9936834	G	A	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=1.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	1244877	.	GTGGCGGGGCT	ATGGCGGGGCA,ATGGCGGGGCT	1148	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=12;MQ=59.85;NF=20,63;NR=14,32;PP=430,1148;QD=14.2196433783;SC=GCGCACACCCGTGGCGGGGCT;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=34,95;WE=1244895;WS=1244867;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.35:97
chr16	1244887	rs3751661	T	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=2.308;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,41:0.33:124
chr16	1250559	rs8044363	T	C	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.439;NF=33;NR=65;PP=958;ReadPosRankSum=-0.526;SC=ACGCCTGGATTGCCATCTTCC;SOR=0.947;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=294;TCF=112;TCR=182;TR=98;WE=1250567;WS=1250549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,100:0.33:305
chr16	1252259	rs9934839	A	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=851;ReadPosRankSum=1.851;SC=CCAGCCTCAGACTGGCCACAG;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=230;TCF=114;TCR=116;TR=72;WE=1252267;WS=1252249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,76:0.32:234
chr16	1252369	rs61734410	C	T	3295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=67;PP=2123;ReadPosRankSum=0.198;SC=GCCGGTGGACCGCCAGGCACC;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=120;TCR=101;TR=145;WE=1252377;WS=1252359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,144:0.64:224
chr16	1252441	rs4984636	T	C	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.164;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=781;ReadPosRankSum=0.096;SC=CCGCATGTGGTCGGGGAGCAT;SOR=0.397;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=220;TCF=99;TCR=121;TR=74;WE=1252449;WS=1252431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,77:0.34:226
chr16	1255030	rs2974835	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=598;SC=GGTGGGAGCCACGGGTGGGGG;SOR=3.912;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=21;WE=1255048;WS=1255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	1255040	rs56412134	GC	G	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.980;HP=4;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.293;NF=12;NR=0;PP=340;ReadPosRankSum=-1.223;SC=ACGGGTGGGGGCCCCAGATCA;SOR=1.835;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=12;WE=1255048;WS=1255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr16	1255058	rs8052049	T	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.351;NF=13;NR=3;PP=242;ReadPosRankSum=0.228;SC=TCAGTGCCGGTGAGGGGTGGG;SOR=0.787;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=16;WE=1255066;WS=1255048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr16	1257731	rs12930875	G	A	4406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=77;PP=2781;ReadPosRankSum=-1.510;SC=CCCCACTCACGGGGCCCCTCA;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=188;TCR=139;TR=181;WE=1257739;WS=1257721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,201:0.57:352
chr16	1275135	rs9938123	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	1292148	rs147278526	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=4.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.71;MQRankSum=0.536;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.303;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr16	1323667	rs182106504	G	A	2889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=1578;ReadPosRankSum=-0.426;SC=AGGATCCAGGGCACATAGGTC;SOR=0.639;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=202;TCF=103;TCR=99;TR=120;WE=1323675;WS=1323657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,136:0.60:228
chr16	1323781	rs1610294	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=395;ReadPosRankSum=0.719;SC=ACCAGGGGGCTGCCTGAGTCA;SOR=0.525;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=39;WE=1323789;WS=1323771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
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chr16	1364365	rs4610	A	G	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GCGCCATTCCAGGAAAGAAAG;SOR=0.608;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=72;WE=1364373;WS=1364355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,76:0.68:111
chr16	1370303	rs909916	T	C	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.54;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,61:0.70:87
chr16	1370309	rs909917	C	G	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.43;ReadPosRankSum=0.346;SOR=1.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr16	1370597	rs4017786	G	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GGGAGTGGAGGACACAGGCTC;SOR=0.889;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=54;WE=1370605;WS=1370587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr16	1370614	rs8063770	C	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=836;ReadPosRankSum=0.219;SC=GCTCACCCTACGGACAGCCAG;SOR=0.935;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=40;WE=1370622;WS=1370604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr16	1370630	rs8043720	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.24;MQRankSum=0.686;NF=5;NR=25;PP=594;ReadPosRankSum=0.712;SC=GCCAGGGTCCACGCCTCTGTG;SOR=1.356;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=30;WE=1370638;WS=1370620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr16	1374656	rs761060	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.551;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=398;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TGGTCTGCCCAGCTGGCTCCG;SOR=1.688;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=24;WE=1374664;WS=1374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr16	1374818	rs8063	A	G	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=69;PP=1861;ReadPosRankSum=0.105;SC=GGCATCGTCAAAAGGAAGGGA;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=397;TCF=205;TCR=192;TR=147;WE=1374826;WS=1374808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,153:0.38:407
chr16	1388888	rs7197416	C	T	3480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=53;PP=2236;ReadPosRankSum=-0.369;SC=TGAGCTGACCCGGCTCTTTCT;SOR=0.454;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=194;TCF=125;TCR=69;TR=141;WE=1388896;WS=1388878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,149:0.73:204
chr16	1389153	rs7202563	C	A	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=1267;ReadPosRankSum=-0.249;SC=TCACCCTGGGCCCCACACACA;SOR=0.801;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=99;WE=1389161;WS=1389129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,104:0.63:166
chr16	1393020	rs2235632	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=593;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GCCGTGCTGTGAGTGGGTGGA;SOR=0.926;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=41;WE=1393028;WS=1393010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr16	1394430	rs12597545	C	T	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=1193;ReadPosRankSum=-1.797;SC=CTTCCTCTTCCCTGCAATCCA;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=72;WE=1394438;WS=1394420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr16	1394507	rs1132356	A	C	2895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=57;PP=2076;ReadPosRankSum=-1.751;SC=ATCCTGAATGACAAGAGTCCC;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=246;TCF=139;TCR=107;TR=133;WE=1394515;WS=1394497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,135:0.53:254
chr16	1394551	rs11248872	A	G	2755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=54;PP=1940;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GACCCTGGCCATGAGGGGTAC;SOR=1.017;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=244;TCF=134;TCR=110;TR=129;WE=1394559;WS=1394541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,132:0.53:249
chr16	1396788	rs3215518	TGCAGGTGGGGCCAGCGGG	T	1267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.395;NF=10;NR=4;PP=2954;ReadPosRankSum=1.001;SC=CAGGCCATTCTGCAGGTGGGG;SOR=0.965;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=14;WE=1396813;WS=1396778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr16	1397518	rs34339539	G	GC	1793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.716;NF=21;NR=29;PP=1722;ReadPosRankSum=0.342;SC=GCACCCAGGGGCCCCTCCTGA;SOR=0.547;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=50;WE=1397526;WS=1397508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr16	1397815	rs1132358	C	T	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=61;PP=2072;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TCCCCCTGGACGCCAACGGTG;SOR=0.604;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=235;TCF=131;TCR=104;TR=132;WE=1397823;WS=1397805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,137:0.56:244
chr16	1398077	rs34766513	C	CCT	12111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.924;NF=50;NR=115;PP=2927;ReadPosRankSum=1.070;SC=GCGAGACTCCCGACTGGCCTC;SOR=0.716;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=322;TCF=91;TCR=231;TR=165;WE=1398085;WS=1398067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,307:0.61:504
chr16	1400693	rs2294605	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=521;ReadPosRankSum=1.546;SC=CTGAACTGTTCCCCTGTCCGT;SOR=0.195;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=31;WE=1400701;WS=1400683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr16	1407792	rs4984644	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=147;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GGGATGACAGTCATGAGCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=12;WE=1407800;WS=1407782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr16	1407809	rs4984820	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=-0.866;SC=CCACCGCGCCTGGCCTCGACT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=13;WE=1407817;WS=1407799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr16	1417408	rs4984823	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=6.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr16	1419947	rs11248874	A	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=856;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTGCAGTCCAACCTGGGCGAC;SOR=0.875;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=51;WE=1419955;WS=1419937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr16	1420086	rs62011307	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=559;ReadPosRankSum=0.151;SC=GGGAGCCCCACGGAGGCTTCA;SOR=0.806;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=158;TCF=83;TCR=75;TR=57;WE=1420094;WS=1420076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,64:0.37:171
chr16	1433766	rs12918814	T	C	2922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=67;PP=1775;ReadPosRankSum=-1.790;SC=CGGGTCCTGATGGTGCTGGGG;SOR=0.775;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=204;TCF=101;TCR=103;TR=127;WE=1433774;WS=1433756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,136:0.61:222
chr16	1447278	.	A	G	167	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=9;PP=167;QD=18.3428375043;SC=CGTGCTTCACACTGGGGCAGG;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=11;WE=1447286;WS=1447268;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	1447319	.	G	A	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=42;QD=19.1928031368;SC=AGGTGTCAGGGGGACACAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=1447327;WS=1447309;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr16	1451519	rs761068	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=11;PP=601;SC=CTGTTCTCGCGCTGTGCCCGC;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=1451527;WS=1451509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	1455900	rs8044833	C	T	4957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.320;SC=CCTCAGGAAGCTCTCACCTGA;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=344;TCF=194;TCR=150;TR=220;WE=1455908;WS=1455890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,227:0.63:360
chr16	1458381	rs1609562	G	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	1458561	rs2179534	T	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=668;ReadPosRankSum=-1.207;SC=TGGGGAGCCATAGGATGAGGA;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=46;WE=1458569;WS=1458551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr16	1464636	rs111437424	A	C	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=54;PP=1249;ReadPosRankSum=-1.462;SC=TCGGCTTCTCAGTCTGCGGGG;SOR=0.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=75;TCR=78;TR=104;WE=1464644;WS=1464626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,111:0.68:163
chr16	1486352	rs909974	T	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=7;PP=1541;SC=TCTGTCACGATACCAGGGGAT;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=59;WE=1486360;WS=1486342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	1486462	rs35583599	C	T	13155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=270;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=1.324;SC=TTGCCTTCGGCGGAAATCCTG;SOR=0.340;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=480;TCF=272;TCR=208;TR=477;WE=1486470;WS=1486452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,505:1.00:506
chr16	1486875	rs3751894	C	T	5118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=110;PP=2965;SC=GATGGAAAGACGGACACGGGG;SOR=1.496;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=66;TCR=110;TR=175;WE=1486883;WS=1486865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	1486926	rs3751895	C	G	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=50;PP=1486;SC=ACTTCCAGCTCTGAGACATTT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=1486934;WS=1486916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	1487975	rs4984839	A	G	4368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=60;PP=2742;SC=ACAGGTGGGCACGGGGAGGCC;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=90;TCR=60;TR=150;WE=1487983;WS=1487965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	1488015	rs4984840	A	G	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=138;NR=110;PP=2965;SC=TGTGCGTGGGAGACCCCGTTG;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=140;TCR=110;TR=248;WE=1488023;WS=1488005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr16	1488039	rs4984841	C	T	8803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=164;NR=144;PP=2965;SC=ACATGTTGCGCTACCCCCTCA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=165;TCR=144;TR=308;WE=1488047;WS=1488029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr16	1488141	rs12925639	C	T	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=88;PP=2826;SC=CGGCCAGCTCCCCAGCCCGGC;SOR=1.172;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=153;WE=1488149;WS=1488131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	1488173	.	C	T	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=1008;ReadPosRankSum=0.877;SC=CGCCCCTTGGCGTCCCTAGGG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=63;WE=1488181;WS=1488163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr16	1488224	rs4984843	T	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=31;PP=1061;SC=CCTGCCCACCTCTCAGCCCTG;SOR=1.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=51;WE=1488232;WS=1488214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	1488646	rs8054054	A	G	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=103;NR=87;PP=2965;SC=CCAGTAGGACACGGTTCAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=103;TCR=87;TR=190;WE=1488654;WS=1488636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr16	1489234	rs45514093	G	A	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=94;SC=CTGTCCCCAAGCCCTGAGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=1489242;WS=1489224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	1492245	rs36105643	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-1.133;SC=GGGGCATGTGCGGCTGAGGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=1492253;WS=1492243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	1492307	rs35956274	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=237;ReadPosRankSum=-0.667;SC=ACACAGATACATGGTGAACGG;SOR=0.180;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=18;WE=1492315;WS=1492297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr16	1492413	rs71380262	T	C	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=833;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GTACCTGCATTCTGGCCACCT;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=57;WE=1492421;WS=1492403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr16	1492660	rs760993	T	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=8;PP=542;SC=AACAGAGGAATGGGAAACACA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=1492668;WS=1492650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	1493030	rs1883480	C	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=1239;ReadPosRankSum=0.024;SC=GCAGCCTCGGCGGGCTGGGGG;SOR=0.617;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=37;WE=1493045;WS=1493020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr16	1493037	rs79206326	G	T	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=1844;ReadPosRankSum=0.399;SC=CGGCGGGCTGGGGGTCTGGCC;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=60;WE=1493045;WS=1493020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr16	1493098	rs760994	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=1.575;SC=TCTGAAGGCCGCCCAGGCACG;SOR=0.365;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=18;WE=1493106;WS=1493088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr16	1493130	rs760995	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=271;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CCTTTTCTAGCTGGACCTGGA;SOR=0.819;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=17;WE=1493138;WS=1493120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr16	1493372	rs145232343	C	T	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TGGAGTCCACCCAGCTCCGGC;SOR=0.933;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=73;WE=1493380;WS=1493362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,72:0.58:124
chr16	1493491	rs12929054	T	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=261;ReadPosRankSum=0.607;SC=GACCTGTGGGTGGGGGAGCCG;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=15;WE=1493499;WS=1493481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr16	1493759	rs12596752	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.013;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr16	1493909	rs34470360	C	T	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.861;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1578;ReadPosRankSum=1.225;SC=CTCAAGGGCTCGGGGCTGGCC;SOR=0.535;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=103;WE=1493917;WS=1493899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,107:0.65:165
chr16	1494075	rs35836184	A	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;ReadPosRankSum=0.857;SC=AGCTTACGGGAACAAGGCCCC;SOR=0.671;Source=Platypus;TCF=46;TR=57;WE=1494083;WS=1494065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr16	1494371	rs35254247	CT	C	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.926;NF=0;NR=17;PP=539;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TAGCTTGGGCCTTGGGGCCTC;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=17;WE=1494379;WS=1494361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr16	1496613	rs11860968	T	C	3549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=72;PP=2491;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CCAGTGCCCATTATGGGCAGG;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=235;TCF=124;TCR=111;TR=148;WE=1496621;WS=1496603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,155:0.62:248
chr16	1497125	rs28666958	A	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=1178;ReadPosRankSum=1.693;SC=CCGCCCACACAGCAGAGGCAG;SOR=0.803;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=47;WE=1497145;WS=1497115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr16	1497137	rs12599176	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=944;ReadPosRankSum=0.791;SC=CAGAGGCAGGCGGGACCCTCA;SOR=0.701;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=23;WE=1497145;WS=1497115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr16	1497640	rs35021217	G	A	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=52;PP=1556;ReadPosRankSum=0.474;SC=CCAATGGCCCGGAGCCTGGCA;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=104;WE=1497648;WS=1497630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,115:0.56:205
chr16	1498197	rs2235578	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=268;ReadPosRankSum=0.425;SC=GCGTCCACACAGCCCTCCATG;SOR=1.445;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=19;WE=1498205;WS=1498187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr16	1498270	rs35462840	A	G	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=984;ReadPosRankSum=0.219;SC=CAGCTTCCCCATCCTGCAAAC;SOR=0.973;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=75;WE=1498278;WS=1498260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,82:0.60:137
chr16	1498510	rs35308339	T	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr16	1498520	rs12597739	A	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.75;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	1498572	rs17135338	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=344;ReadPosRankSum=0.418;SC=GTGAAGCCGCTGGACAGGAAA;SOR=0.356;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=20;WE=1498580;WS=1498562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr16	1498775	rs35915213	C	T	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.031;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=43;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GCCCTGCGGGCGGGGCGGGAA;SOR=0.972;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=78;WE=1498783;WS=1498765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,84:0.59:143
chr16	1498951	rs12932780	C	T	2460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=29;PP=1488;ReadPosRankSum=-1.219;SC=GGTGAGGCTTCGAGGCCCTGG;SOR=1.212;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=91;WE=1498959;WS=1498941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,102:0.63:161
chr16	1499377	rs742408	C	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.728;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,58:0.40:145
chr16	1499408	rs115335595	G	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=728;ReadPosRankSum=0.877;SC=AGGAGGCCCTGCCCAGGCCCA;SOR=0.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=66;WE=1499416;WS=1499398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr16	1500501	rs117461525	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=616;ReadPosRankSum=1.337;SC=CACTCACCGCCGCCCCCGTGA;SOR=0.342;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=38;WE=1500509;WS=1500491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr16	1502857	rs12926089	C	T	11338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=1.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.14;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,299:0.66:451
chr16	1502864	rs12926669	A	G	10941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.49;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,271:0.66:413
chr16	1503879	rs2235579	T	A	13706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=259;PP=2965;SC=CATTGAACACTGCTCCAAGCA;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=476;TCF=215;TCR=261;TR=474;WE=1503887;WS=1503869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr16	1504437	rs12935737	C	T	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1384;ReadPosRankSum=0.910;SC=CGATGAAGACCGGGATCTCGT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=99;TCR=68;TR=95;WE=1504445;WS=1504427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,105:0.57:183
chr16	1504633	rs4265806	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.517;SC=ACTGGGTGTTCTGAGCAGGCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=8;WE=1504641;WS=1504623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	1505558	rs12921745	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=0.504;SC=GACCAAGGGCGAACTGGGCAG;SOR=0.022;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=12;WE=1505566;WS=1505548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	1505599	rs7190701	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.319;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=264;ReadPosRankSum=0.758;SC=TGGGCAGGACCAAGGCCTGAC;SOR=1.795;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=15;WE=1505607;WS=1505589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
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chr16	1506011	rs34252668	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=298;ReadPosRankSum=-1.449;SC=GTGACTCCAAGCCTCTGCCAC;SOR=0.420;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=16;WE=1506019;WS=1506005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr16	1506034	rs35286517	C	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=464;ReadPosRankSum=0.518;SC=TCAGCGGGCACTGGGCCTACA;SOR=0.502;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=22;WE=1506042;WS=1506024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr16	1506318	rs35331938	A	G	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=755;ReadPosRankSum=0.084;SC=CTTTCAGGACAACCGAGTCAG;SOR=0.454;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=37;WE=1506326;WS=1506308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr16	1507238	rs12933110	A	G	4394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=79;PP=2867;ReadPosRankSum=-0.391;SC=GCCCACCCACACAAGATTTCA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=207;TCR=137;TR=201;WE=1507246;WS=1507228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,213:0.59:361
chr16	1507778	rs9922189	T	C	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-2.272;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:465,219:0.32:684
chr16	1507842	rs8061743	CG	TC	3066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.457;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=63;PP=2944;ReadPosRankSum=0.410;SC=CACACAGCCCCGATCAGGCAG;SOR=1.021;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=290;TCF=95;TCR=195;TR=85;WE=1507851;WS=1507832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,90:0.30:300
chr16	1508988	rs35341445	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=160;ReadPosRankSum=0.118;SC=CTGCACACAGTGCCACCAGTA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=9;WE=1508996;WS=1508983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr16	1509123	rs12923538	G	A	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1172;ReadPosRankSum=1.329;SC=GCCGCACCACGTGGGGGATCT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=80;WE=1509131;WS=1509113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,85:0.61:140
chr16	1509206	rs377199728	C	T	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.482;SC=AGGGGAAGCACGGCTGAGTGG;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=86;WE=1509214;WS=1509196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,91:0.58:156
chr16	1510538	rs35280276	A	G	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=65;PP=1658;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TCTGGGGCTCATCAAGGAGGG;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=214;TCF=98;TCR=116;TR=118;WE=1510546;WS=1510528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,124:0.55:225
chr16	1510567	rs2072950	T	G	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1227;ReadPosRankSum=0.163;SC=TTCCCCGTCATGACCACCCAG;SOR=0.704;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=65;TCR=80;TR=80;WE=1510575;WS=1510557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,84:0.55:154
chr16	1510634	rs34682071	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=752;ReadPosRankSum=1.891;SC=CTGCTGGGTGGAGCCATGATG;SOR=1.036;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=38;WE=1510642;WS=1510624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr16	1510707	rs35436553	C	G	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=13;PP=1014;ReadPosRankSum=0.056;SC=CCAGCCTGGCCGGGCCGCCTC;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=74;TCR=20;TR=61;WE=1510715;WS=1510697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr16	1511372	rs12926202	C	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=199;SC=GGCCCCGCACCGTGGGGCCCT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=1511380;WS=1511362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	1511552	rs2744994	G	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=618;ReadPosRankSum=0.752;SC=GGAGTGGGCTGGCAGGGGGCA;SOR=0.460;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=43;WE=1511560;WS=1511542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr16	1511758	rs11248878	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=387;ReadPosRankSum=-1.260;SC=ACACGAGGCCATTATCATCCC;SOR=0.960;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=25;WE=1511766;WS=1511748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr16	1511811	rs12926972	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=1.670;SC=GCACATGGGGCGCGGTGGCTG;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=1511819;WS=1511801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	1515415	rs12927645	G	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=543;ReadPosRankSum=0.161;SC=TCCCGCCGCCGCACCCTGGCC;SOR=0.263;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=36;WE=1515423;WS=1515405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr16	1515503	rs2744997	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGGCTGGGACGGGCCTCCCTG;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=14;WE=1515511;WS=1515493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr16	1524261	rs28550432	G	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=548;ReadPosRankSum=-1.090;SC=AACTCGGTGCGAAGGGAGACT;SOR=0.601;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=36;WE=1524269;WS=1524251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr16	1524774	rs150643839	G	GGCGC	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=303;ReadPosRankSum=-1.786;SC=GGCTCACGAGGGCGCGGGCTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=8;WE=1524782;WS=1524764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr16	1524850	rs3751884	A	G	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=747;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GCGCAGCCCCAGGCCCAGCCC;SOR=0.957;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=47;WE=1524858;WS=1524840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr16	1536372	rs28444604	G	A	4124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.652;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=76;PP=2667;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GGATGGATCCGGGCAGCAGGG;SOR=0.728;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=247;TCF=131;TCR=116;TR=172;WE=1536380;WS=1536362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,179:0.69:259
chr16	1536535	rs2745098	C	T	5979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=110;PP=2965;SC=GACCACGTTCCTGGTGGAGGC;SOR=1.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=86;TCR=110;TR=196;WE=1536543;WS=1536525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr16	1536677	rs12928073	C	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=637;SC=CCACTCCCGGCTGCCACCCTT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=1536685;WS=1536667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr16	1537451	rs28473314	C	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr16	1537455	rs2667673	T	C	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.11;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	1537588	rs12932893	C	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=-0.882;SC=GGGCCACGGGCAGCCGCCCCT;SOR=1.105;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=16;WE=1537596;WS=1537578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr16	1537839	rs2745101	G	A	7974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=111;PP=2965;SC=GCCTGTGACCGGTTGACTGCC;SOR=1.068;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=278;TCF=167;TCR=111;TR=277;WE=1537847;WS=1537829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr16	1538363	rs1040499	C	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=54;PP=2717;SC=CCCGACAGGCCCACAGCACTC;SOR=1.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=95;TCR=54;TR=149;WE=1538371;WS=1538353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	1538433	rs2745102	A	G	6756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=121;NR=118;PP=2965;SC=GACTGCCACAAGGTGGACCTG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=121;TCR=119;TR=239;WE=1538441;WS=1538423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr16	1538464	rs2745103	C	T	6516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=105;NR=124;PP=2965;SC=GTTTCCACTCCCCATGACACT;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=105;TCR=125;TR=229;WE=1538472;WS=1538454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr16	1538560	rs34993742	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=332;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CACATGTTATGAGGCTTGTGT;SOR=0.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=24;WE=1538568;WS=1538550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr16	1538692	rs2667675	A	C	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=48;PP=2732;ReadPosRankSum=1.756;SC=ATGTTTACCAATCTGCTTCTG;SOR=0.509;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=135;WE=1538700;WS=1538682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr16	1544301	rs2667660	GA	CG	17147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=139;PP=2947;ReadPosRankSum=1.554;SC=AGCACCCTCAGAGGTTCGACT;SOR=0.391;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=357;TCF=207;TCR=150;TR=341;WE=1544310;WS=1544291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,384:1.00:385
chr16	1545448	rs2235624	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr16	1547220	rs2235630	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=227;ReadPosRankSum=-1.205;SC=TCCCCTTGCCCGGTCCTGTCC;SOR=0.582;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=12;WE=1547228;WS=1547210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr16	1550371	rs144483656	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr16	1552570	rs58893598	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GGGTGGCTCCGGCCCTGTGAG;SOR=0.916;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=20;WE=1552578;WS=1552560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr16	1555589	rs2248128	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=424;ReadPosRankSum=-1.694;SC=AGCAAGACCCAGCGGCTCTCC;SOR=0.784;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=31;WE=1555597;WS=1555579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr16	1557090	rs11248882	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=369;ReadPosRankSum=1.781;SC=GGCCTGTGCTAACCATGGATC;SOR=0.492;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=26;WE=1557098;WS=1557080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr16	1557268	rs3736721	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=317;ReadPosRankSum=-1.645;SC=GTGGGGACGGCGTCGGGACCC;SOR=0.723;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=21;WE=1557276;WS=1557258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr16	1557794	rs12927760	A	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=384;SC=TGTGTGTGTGAGAGATGTGTC;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=1557802;WS=1557784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	1559838	rs3180228	T	C	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=879;ReadPosRankSum=-1.495;SC=CAGACGTGGCTGAGAAAGACC;SOR=0.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=234;TCF=125;TCR=109;TR=82;WE=1559846;WS=1559828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,86:0.34:250
chr16	1568402	rs2076434	A	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=593;ReadPosRankSum=1.778;SC=AGCCCTGAACACCTACTGCTA;SOR=0.781;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=50;WE=1568410;WS=1568392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,54:0.35:154
chr16	1570857	rs932391	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=335;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GGCCGGGAACTGAAGTGCGCC;SOR=1.501;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=24;WE=1570865;WS=1570847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr16	1573754	rs78028801	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=773;ReadPosRankSum=0.452;SC=GGCCCGAGCACGGAGGCCTCG;SOR=0.896;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=171;TCF=110;TCR=61;TR=57;WE=1573762;WS=1573744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,60:0.34:176
chr16	1573810	rs2745176	A	G	8141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=161;NR=141;PP=2965;SC=CCAGGTCCCCACCGGTGGCCA;SOR=0.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=304;TCF=163;TCR=141;TR=302;WE=1573818;WS=1573800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr16	1574863	rs2235640	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=860;ReadPosRankSum=-0.860;SC=AGTGCAGCGCGGCGTCCATCT;SOR=1.320;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=159;TCF=56;TCR=103;TR=54;WE=1574871;WS=1574853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,56:0.35:160
chr16	1578252	rs68112448	C	G	3471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.658;QD=20.79;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,100:0.60:167
chr16	1578304	rs147916170	CCA	C	4445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.081;QD=22.34;ReadPosRankSum=1.938;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,122:0.61:199
chr16	1578316	.	GCACGCATGCACGCACGTGTGCACACA	G	1091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.805;QD=18.82;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr16	1578434	rs149176109	G	GCA	1784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=19;PP=1905;SC=ACACACAGATGCACACACACA;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=36;WE=1578442;WS=1578424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	1584446	rs1057612	G	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=1186;ReadPosRankSum=-0.035;SC=AGGACCCGGGGAGGGCCGAGC;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=66;WE=1584454;WS=1584436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
chr16	1584618	rs2076438	T	C	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=43;PP=1101;SC=ACATGGGAGATGTTAGGCGCG;SOR=1.340;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=1584626;WS=1584608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	1591962	rs2076443	G	A	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=982;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TGGTGGCCACGGCCGCGCTCA;SOR=0.386;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=244;TCF=153;TCR=91;TR=81;WE=1591970;WS=1591952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,85:0.32:262
chr16	1592087	rs2076444	T	C	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=10.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,99:0.38:263
chr16	1605051	rs9932984	A	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=45;PP=1288;SC=GCGCTCCATCAACGCACACCT;SOR=2.265;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=60;WE=1605059;WS=1605041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	1608082	rs2076436	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=408;ReadPosRankSum=-0.017;SC=ACACCATCTGAGGGATGTGGT;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=35;WE=1608090;WS=1608072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr16	1608177	rs2235641	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=210;ReadPosRankSum=1.531;SC=TTCATATGTAAAGCTGAAGCC;SOR=0.619;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=16;WE=1608185;WS=1608167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr16	1614097	rs8048410	A	G	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=68;PP=2631;SC=GCCGGGGCTCACTCTGGTCCC;SOR=0.882;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=89;TCR=68;TR=156;WE=1614105;WS=1614087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	1634385	rs34762152	C	T	2589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=56;PP=1443;ReadPosRankSum=1.122;SC=ACGGAGATGACGCTGTTCACT;SOR=0.538;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=111;WE=1634393;WS=1634375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,122:0.60:203
chr16	1639793	rs12447357	C	G	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=1044;ReadPosRankSum=-1.269;SC=TGGGGACAAACGTGGGGTCAC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=70;WE=1639801;WS=1639783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,78:0.58:135
chr16	1642423	rs2273679	C	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=1074;ReadPosRankSum=1.399;SC=CCACCTCCCCCGATGTAAACA;SOR=0.842;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=55;WE=1642431;WS=1642413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr16	1642700	.	C	T	85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=26;MQ=55.83;NF=1;NR=8;PP=85;QD=13.3079125052;SC=CCCGGCAGAGCGACTGGTGGA;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=9;WE=1642708;WS=1642690;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr16	1652614	rs2236269	T	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=618;SC=GAGAGGCAAATTCCCACAGTT;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=1652622;WS=1652604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	1656765	rs2859310	A	G	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr16	1657012	rs7192480	C	T	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=870;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TATACACACACACACCCATAG;SOR=0.359;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=176;TCF=110;TCR=66;TR=74;WE=1657020;WS=1656994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,78:0.43:180
chr16	1657034	rs34935994	CAT	C	5371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.799;NF=39;NR=51;PP=2982;ReadPosRankSum=-0.716;SC=CACACACACACATGTGCACAC;SOR=0.943;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=156;TCF=60;TCR=96;TR=90;WE=1657043;WS=1657024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,145:0.59:247
chr16	1657284	rs1894649	C	G	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=36;PP=987;SC=ACTCAGGCCTCCTCAGCGCTG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=42;WE=1657292;WS=1657274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	1657350	rs743963	A	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=283;SC=TAAAACAAACAATATGACTGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=1657358;WS=1657340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	1660170	.	G	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.860;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=11;PP=1091;ReadPosRankSum=1.215;SC=ACCCTACAAAGCCTCGCCCTC;SOR=0.607;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=78;TCR=18;TR=60;WE=1660178;WS=1660160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,60:0.61:99
chr16	1660274	rs1057983	A	G	12285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TTGATGCAACACGACCCTCAG;SOR=0.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=450;TCF=253;TCR=197;TR=448;WE=1660282;WS=1660264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,471:1.00:472
chr16	1664931	rs7201813	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,56:0.40:139
chr16	1670791	rs74702118	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=1.599;SC=GTGACAGGACAGTGTGCGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=1670799;WS=1670781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	1682281	rs3169425	A	G	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1079;ReadPosRankSum=1.821;SC=GCAAGCCAGCAAGCATGGTGA;SOR=0.502;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=270;TCF=132;TCR=138;TR=95;WE=1682289;WS=1682271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,103:0.36:290
chr16	1691106	rs2072986	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=394;ReadPosRankSum=0.360;SC=CTAACTACATTGTGGTCTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=24;WE=1691114;WS=1691096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr16	1691250	rs79201173	A	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=739;ReadPosRankSum=-2.443;SC=ATTCTCTAAAATACAGAAGCT;SOR=0.571;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=49;WE=1691269;WS=1691240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,50:0.36:140
chr16	1695395	rs9928010	G	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=296;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CACCATGTTGGCCAGGCTGGT;SOR=0.174;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=20;WE=1695403;WS=1695385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr16	1703187	rs139053812	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=382;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GCAGAGGGGTCCCAACTGCTT;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=27;WE=1703195;WS=1703177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr16	1716010	rs8058190	A	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.102;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=203;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CCCTGCGGCCACATCCTGCTG;SOR=0.105;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=17;WE=1716018;WS=1716000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
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chr16	1733351	rs12719794	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr16	1814019	rs2974846	G	C	138.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TGAAGTGGCTGTGCCGCCAGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=1814027;WS=1814009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr16	1814391	rs2294618	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=-0.786;SC=CAGGCCGCGATCCCCTGACCT;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=26;WE=1814399;WS=1814381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,31:0.38:82
chr16	1815337	rs2917508	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=0.124;SC=AGTCAAGTGAGGCCCTGGGCC;SOR=0.255;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=7;WE=1815345;WS=1815327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr16	1815946	rs2575371	C	T	5258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.917;SC=GCTGACGGGCCGTCCCTCTCC;SOR=0.942;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=407;TCF=245;TCR=162;TR=230;WE=1815954;WS=1815936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,242:0.56:432
chr16	1816684	rs368939432	C	T	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.05;MQRankSum=0.842;NF=66;NR=52;PP=1877;ReadPosRankSum=0.195;SC=GAGGGAGGGTCCTGGGTGAGC;SOR=0.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=118;WE=1816692;WS=1816674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,124:0.59:210
chr16	1817431	rs2575369	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.264;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=-0.099;SC=GACTCAGGCTCGAACAGGCGC;SOR=0.061;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=9;WE=1817439;WS=1817421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	1817529	rs368330137	C	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=580;ReadPosRankSum=0.039;SC=CCTCTCCTCTCCCCAGCCCTG;SOR=1.001;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=38;WE=1817537;WS=1817519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr16	1817754	rs2076427	A	G	3567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.293;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=35;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GCCACGCCAGATGGGGTGGTG;SOR=0.996;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=88;WE=1817776;WS=1817744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,95:0.68:139
chr16	1817768	rs2076428	T	G	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.850;SC=GGTGGTGGGGTGCTCAAGGCC;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=96;WE=1817776;WS=1817744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,104:0.73:143
chr16	1817935	rs2076429	A	C	3529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.408;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=92;PP=2593;ReadPosRankSum=-1.627;SC=TGGCCTGCACACCTGCAGGGG;SOR=1.035;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=237;TCF=102;TCR=135;TR=151;WE=1817943;WS=1817925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,158:0.63:249
chr16	1818152	rs2076430	C	T	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,156:0.63:248
chr16	1818152	.	CT	TC	2156	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=85;NR=56;PP=2156;QD=15.6699849281;SC=GCCTCTCCCACTCTCCACCTG;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=227;TCF=140;TCR=87;TR=141;WE=1818161;WS=1818142;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:86,141:0.62:227
chr16	1818153	rs2437734	T	C	9605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.67;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr16	1818503	rs2076431	G	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.386;SC=CCCTGAATGGGAGTGTGCTGG;SOR=0.524;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=61;WE=1818511;WS=1818493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr16	1818680	rs2072989	G	C	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;PP=1358;ReadPosRankSum=0.272;SC=GAGCCTGGCCGTCACTCTGCT;SOR=0.939;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=87;WE=1818688;WS=1818670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,92:0.63:147
chr16	1820992	rs11890	T	A	4378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.457;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GCCCCTGCCATACCTGTGCGG;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=285;TCF=125;TCR=160;TR=174;WE=1821000;WS=1820982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,186:0.63:295
chr16	1822159	rs2269123	T	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=296;ReadPosRankSum=2.459;SC=AAAGACGGTTTCTTTCATCAA;SOR=0.470;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=23;WE=1822167;WS=1822149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr16	1822797	rs34595082	C	CACCT	1041.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=786;ReadPosRankSum=0.653;SC=GGGGTGCACGCACCTGCGCCG;SOR=0.730;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=16;WE=1822805;WS=1822787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr16	1823024	rs11552431	G	T	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=44;PP=1200;ReadPosRankSum=3.081;SC=ACCGCGTAGAGCTGGGAGTCG;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=269;TCF=142;TCR=127;TR=96;WE=1823032;WS=1823014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,99:0.35:284
chr16	1823444	rs761065	C	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=510;ReadPosRankSum=0.597;SC=CGGAGCAGGTCCTGAAGCGCC;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=42;WE=1823452;WS=1823434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr16	1824115	rs2076433	G	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.799;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr16	1825768	rs2745169	A	C	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=0.344;SC=TGCTCACATGAGGTTCTAAAA;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=116;TCR=122;TR=143;WE=1825782;WS=1825758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,151:0.60:251
chr16	1825774	rs13339350	T	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CATGAGGTTCTAAAAGGCTTC;SOR=0.681;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=116;TCR=122;TR=95;WE=1825782;WS=1825758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,100:0.40:252
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chr16	1826377	rs2235636	A	G	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=42;PP=1250;SC=ACCTCAGGGGAAGGGTGGGTG;SOR=3.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=48;WE=1826385;WS=1826367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr16	1836796	rs2235648	C	A	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1557;ReadPosRankSum=2.248;SC=GCCCCAGTATCCCCCGCATGC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=105;WE=1836804;WS=1836786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,112:0.65:172
chr16	1836981	rs373228494	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=657;ReadPosRankSum=0.385;SC=GCGCGTCCGCCGTCCTGGTGA;SOR=0.848;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=42;WE=1836989;WS=1836971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr16	1837900	rs344358	T	C	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=51;PP=2096;SC=GTGTCCCTGCTGGTGCGCCTG;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=109;WE=1837908;WS=1837890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	1838037	rs2272977	C	G	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=994;ReadPosRankSum=-1.785;SC=GCGGCTTCACCTGCCCACACT;SOR=0.614;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=257;TCF=132;TCR=125;TR=92;WE=1838045;WS=1838027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,96:0.35:272
chr16	1838479	rs28534374	A	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=0.191;SC=ATCCCCTCTAAGGCCACGGGT;SOR=0.055;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=1838487;WS=1838471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	1838640	rs344359	T	C	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=106;NR=64;PP=2571;SC=AGGAGTTCCCTGGGAGCCCCG;SOR=1.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=106;TCR=64;TR=170;WE=1838648;WS=1838630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	1838703	rs11540961	G	A	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=56;PP=1679;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CGACGCCCGCGTGCCTCCCCT;SOR=0.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=101;TCR=92;TR=115;WE=1838711;WS=1838693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,125:0.58:216
chr16	1838836	rs1065656	C	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=619;ReadPosRankSum=1.779;SC=CAGCGTCAGCCGGAGAGCTTC;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=36;WE=1838844;WS=1838826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr16	1842209	rs3751893	A	G	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=77;PP=2543;ReadPosRankSum=-1.014;SC=CCGGGACTCCATCAGGCAGGC;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=150;WE=1842217;WS=1842199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr16	1843672	rs3817902	T	C	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=712;ReadPosRankSum=-1.113;SC=CAGGGCAGGCTGCAGGCAGGC;SOR=0.786;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=62;WE=1843680;WS=1843662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr16	1844781	rs2256923	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=379;ReadPosRankSum=0.546;SC=GGGCACAGCCAGGGCTCGGGG;SOR=0.465;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=25;WE=1844789;WS=1844771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr16	1859150	rs1057071	G	A	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.20;SOR=2.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	1859153	rs1057070	T	C	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=6.392;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.17;ReadPosRankSum=1.619;SOR=2.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr16	1859432	rs1628812	G	C	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=67;PP=1651;SC=CACGCCCACCGGAGGAGCCAG;SOR=1.515;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=108;WE=1859440;WS=1859422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	1859476	rs1629513	G	A	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=3.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	1859482	rs1629534	A	C	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=2.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	1859730	rs2745199	G	A	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=18;PP=1883;SC=AGGGGCCCGCGCCCACCACCT;SOR=2.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=71;TCR=18;TR=89;WE=1859738;WS=1859720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	1859850	rs1742442	A	G	6807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=114;NR=123;PP=2965;SC=AGAGAAACGCACCACTTTATC;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=114;TCR=124;TR=237;WE=1859858;WS=1859840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr16	1870037	rs144480059	TGGGCTGCCTGCTGAGCTGAGG	T	1712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.51;MQRankSum=5.269;QD=21.68;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr16	1872160	rs238680	G	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=754;ReadPosRankSum=2.658;SC=GTGAGTCCCGGGTCTTTCTCA;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=41;WE=1872168;WS=1872150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr16	1872479	rs238679	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=386;ReadPosRankSum=-0.320;SC=GGCCGCTGACATGGCCCGTCC;SOR=0.250;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=24;WE=1872487;WS=1872469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr16	1873087	rs104843	C	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=504;ReadPosRankSum=1.280;SC=AGGCCCTCCACGACAGGACGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=21;WE=1873095;WS=1873077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr16	1876804	rs12920937	G	T	4012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=72;PP=2273;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GGGCCGGGCTGGACTGCCGAG;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=258;TCF=153;TCR=105;TR=172;WE=1876812;WS=1876794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,183:0.66:276
chr16	1876949	rs7188401	G	C	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=754;ReadPosRankSum=-0.805;SC=AACTTGTTTTGTCCGCGAGCC;SOR=0.829;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=33;TCR=80;TR=49;WE=1876957;WS=1876939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr16	1877698	rs3743852	C	G	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1263;ReadPosRankSum=1.040;SC=ACGGCGAACTCAGACAGGAGG;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=92;TCR=98;TR=87;WE=1877706;WS=1877688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,94:0.47:201
chr16	1877913	rs13166	C	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=791;ReadPosRankSum=-0.025;SC=TGAGTTATTTCTTAACAAGTT;SOR=0.753;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=61;WE=1877921;WS=1877903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,64:0.36:176
chr16	1884501	rs171162	A	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=1.815;SC=ATAAACTTCCATTAGAGCTGT;SOR=0.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=7;WE=1884509;WS=1884491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr16	1894912	rs9806826	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=1.203;SC=CCAGAACATTCGTTTCTTTAT;SOR=1.115;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=27;WE=1894920;WS=1894902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr16	1902889	rs1617255	T	C	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.7505;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=75;SC=TCAAAGTTCATTGTAAGTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=1902909;WS=1902885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	1902901	rs7187251	A	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=0.328;SC=GTAAGTTTTTAAAAAAGTTAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=1902909;WS=1902885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	1902941	rs116991085	T	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=0.996;SC=TAATTTGAATTAAATCCAGGC;SOR=0.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=6;WE=1902949;WS=1902931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	1904239	rs10500322	T	A	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=579;ReadPosRankSum=1.926;SC=TTCACCTATATGTAGAAGTTC;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=39;WE=1904247;WS=1904229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr16	1907652	rs428123	G	A	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=12;PP=1327;SC=CCAGCTGATCGTGACCACTCC;SOR=2.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=62;WE=1907660;WS=1907642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	1907701	rs408286	AG	CA	6321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=39;PP=2947;SC=CTCCCCTGCCAGATTGCACTT;SOR=1.237;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=112;WE=1907710;WS=1907691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	1907946	rs411193	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=436;SC=ATTGCAAAAACACAAGAAAGT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=1907954;WS=1907936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	1910219	rs391288	A	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=81;SC=AAAGCCATTTATCATGTGACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=1910227;WS=1910209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	1910373	rs433268	C	G	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=39;PP=2226;SC=TGATCATTCTCGCACAATCTC;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=115;WE=1910381;WS=1910363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	1912021	rs1657125	T	G	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=957;ReadPosRankSum=-1.182;SC=AGAAAGAGACTTGATGTAATC;SOR=0.906;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=223;TCF=135;TCR=88;TR=77;WE=1912029;WS=1912011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,85:0.35:245
chr16	1912139	rs380846	T	C	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=89;PP=2792;SC=CCAATGCTTTTATTTTTCAAA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=132;WE=1912147;WS=1912129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	1912205	rs1657126	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-1.390;SC=AAAAGTTTCATTTCAATTATA;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=10;WE=1912213;WS=1912195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr16	1915886	rs58422887	T	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=-0.625;SC=CAGATGTACTTGATAAATTTA;SOR=0.392;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=8;WE=1915894;WS=1915876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr16	1917998	rs1742444	T	C	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=871;SC=AATGAGTATCTATATACTTGC;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=1918006;WS=1917988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	1918094	rs78268797	T	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=638;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AATCACCACATTATTGAAACC;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=57;WE=1918102;WS=1918084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,61:0.35:173
chr16	1918125	rs1742446	T	G	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=81;PP=2650;SC=GCCATATTTGTCTGCAGATCT;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=74;TCR=81;TR=155;WE=1918133;WS=1918115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	1961674	rs337285	G	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=2.747;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,41:0.28:147
chr16	1962046	rs1742399	CG	TA	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.728;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=2715;ReadPosRankSum=1.731;SC=AGCGTCTGGGCGTAGTCGGAG;SOR=0.750;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=92;WE=1962055;WS=1962036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,101:0.44:228
chr16	1962132	rs8055325	G	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=932;ReadPosRankSum=1.395;SC=GCGGCGGGGGGCCTCTCGCGT;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=189;TCF=88;TCR=101;TR=79;WE=1962140;WS=1962122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,86:0.43:200
chr16	1968338	rs199930198	T	TC	531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=112;SC=GTCGCGCCGCTCCAGGCCCGG;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=1968346;WS=1968328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	1990994	rs13331553	T	C	4961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.977;SC=CCCACACGCCTATTTCCCAAG;SOR=0.764;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=722;TCF=365;TCR=357;TR=249;WE=1991002;WS=1990984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:494,264:0.35:758
chr16	1991014	rs111845910	G	A	4788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.663;SC=GCTGACCGCCGACATAAGAGG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=718;TCF=350;TCR=368;TR=249;WE=1991022;WS=1991004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:488,264:0.35:752
chr16	1991121	rs200840284	C	T	5141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.135;SC=GTGGCAGCTCCCTGGCAGAGG;SOR=0.567;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=325;TCF=129;TCR=196;TR=213;WE=1991129;WS=1991111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,223:0.65:342
chr16	1994743	rs2754179	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=9.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr16	1994749	rs2531332	A	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=8.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.185;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr16	1994931	rs61276345	C	CAAGAG	1683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.889;NF=2;NR=25;PP=1442;ReadPosRankSum=-0.234;SC=GCCTTAGTCACTCTGGCCAGA;SOR=1.004;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=5;TCR=83;TR=27;WE=1994939;WS=1994921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
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chr16	1994992	rs60819893	G	GC	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=584;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CGGCCCTACTGCCCCCCTAAG;SOR=0.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=13;WE=1995000;WS=1994970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr16	1995997	rs113439442	C	T	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=56;PP=1242;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TGGCTGGGGGCCCTAGCAGAA;SOR=0.868;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=182;TCF=50;TCR=132;TR=75;WE=1996005;WS=1995987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,75:0.40:186
chr16	1996075	rs1003904	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=373;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TGACTATCACGCCGCCCCTAC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=21;WE=1996083;WS=1996065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr16	1996535	rs35725974	C	CA	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.826;NF=9;NR=3;PP=366;ReadPosRankSum=-0.226;SC=ATGCCCCCTACATGTATACCA;SOR=0.287;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=12;WE=1996543;WS=1996525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr16	1997113	rs45467097	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,63:0.29:214
chr16	2004718	rs2815301	T	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=43;PP=1426;SC=CAGCTGCCAGTTCCCAGATTA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=83;WE=2004726;WS=2004708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	2011126	rs758335	A	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=4;PP=793;SC=CCGATGAGGCATTTGAGTCTG;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=2011134;WS=2011116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	2014031	rs6366	C	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=731;SC=TCAGTTCTTTCGAAATGAATT;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=2014039;WS=2014021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	2014283	rs2286466	A	G	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=25;PP=1699;SC=GTACCTTAATAGGCAGGGAGA;SOR=1.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=82;WE=2014291;WS=2014273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	2014424	rs403609	C	G	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1266;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CCCAGGGGCCCGACCCCGAGC;SOR=0.461;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=54;TCR=71;TR=83;WE=2014432;WS=2014414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,85:0.63:134
chr16	2015432	rs1054002	C	T	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.037;SC=ACGCCTGACACCGACGTCGCC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=104;TCR=176;TR=86;WE=2015440;WS=2015422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,93:0.32:295
chr16	2015477	rs1054003	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.598;NF=5;NR=22;PP=355;ReadPosRankSum=0.957;SC=GGCTGTCCCACGTCTTTCAAA;SOR=0.174;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=97;TCF=11;TCR=86;TR=27;WE=2015485;WS=2015467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr16	2022074	rs28396225	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,63:0.43:145
chr16	2024131	rs3743851	T	C	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GGAAGGGCAGTGGGGCGGGCA;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=135;TCR=79;TR=86;WE=2024139;WS=2024121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,87:0.39:223
chr16	2025206	rs8053843	A	C	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=3.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.931;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,79:0.34:229
chr16	2025411	rs12925447	G	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=426;ReadPosRankSum=1.042;SC=AGTCCCCAGGGCTGTACTTTC;SOR=0.457;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=37;WE=2025419;WS=2025401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,43:0.37:115
chr16	2025602	rs2230086	A	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=471;ReadPosRankSum=-0.038;SC=GGCCCTGGGCAGGAGCTGACC;SOR=0.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=46;WE=2025610;WS=2025592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
chr16	2025765	rs12927588	A	G	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=1714;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CCCTCCTCTTACACAGGTCCT;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=176;TCR=167;TR=121;WE=2025773;WS=2025755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,124:0.35:357
chr16	2025958	rs35795901	G	A	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=63;PP=1787;ReadPosRankSum=0.804;SC=CGGGTGAGTGGGGCCAGCCCA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=348;TCF=184;TCR=164;TR=132;WE=2025966;WS=2025948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,146:0.40:366
chr16	2026177	rs36118556	T	C	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=899;ReadPosRankSum=0.227;SC=AGTAGGCCCATGGACCAGCCT;SOR=0.605;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=211;TCF=94;TCR=117;TR=86;WE=2026185;WS=2026167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,95:0.43:223
chr16	2026292	rs17604	T	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,72:0.45:161
chr16	2026378	rs35958398	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=177;ReadPosRankSum=0.311;SC=TGCCAGCAGGGCTGCCGCTCA;SOR=2.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=11;WE=2026386;WS=2026368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	2026891	rs17605	T	C	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=1013;ReadPosRankSum=0.724;SC=AGCCTTGCTGTCCAAGAACAC;SOR=0.587;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=263;TCF=154;TCR=109;TR=82;WE=2026899;WS=2026881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,81:0.31:265
chr16	2026986	rs67220861	G	A	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1517;ReadPosRankSum=0.471;SC=CACTGGGGTGGGGGTGTGGCC;SOR=0.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=308;TCF=156;TCR=152;TR=113;WE=2026994;WS=2026976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,114:0.36:319
chr16	2027291	rs66471978	T	C	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=73;PP=1226;ReadPosRankSum=0.178;SC=TCAAGGTAAGTGGCGCTCCAG;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=329;TCF=141;TCR=188;TR=126;WE=2027299;WS=2027281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,129:0.38:337
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chr16	2027955	rs11859495	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=182;ReadPosRankSum=-1.327;SC=TCCCCTCCCCACAGGCAGCAA;SOR=0.498;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=14;WE=2027963;WS=2027945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr16	2028402	rs8460	A	C	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=690;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TCTTGAGGCGAGAGGCCCCCG;SOR=0.583;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=56;WE=2028410;WS=2028392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,60:0.47:127
chr16	2028677	rs34968293	A	G	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=847;ReadPosRankSum=-0.379;SC=ATAAAGGCGCACTGCCCTAGC;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=135;TCR=129;TR=85;WE=2028685;WS=2028667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,92:0.35:263
chr16	2028832	rs35637038	T	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=43;ReadPosRankSum=1.209;SC=GCACTGGAGCTGATGGTCTCG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=5;WE=2028840;WS=2028822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr16	2029152	rs12927376	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=0.230;SC=TGACGGTGCAGCAGCGGCTCT;SOR=0.818;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=10;WE=2029160;WS=2029142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	2029412	rs12928922	C	A	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1209;ReadPosRankSum=-1.244;SC=CTGCCCACGCCCGCTCCCGCG;SOR=0.643;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=311;TCF=173;TCR=138;TR=109;WE=2029420;WS=2029402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,121:0.36:332
chr16	2029723	rs12929367	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=1.932;SC=GCCCGCGGTGCTTCTGGCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=7;WE=2029731;WS=2029713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr16	2029788	rs12933767	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=184;ReadPosRankSum=0.493;SC=GTTAGGCGCATACCGCTGCTC;SOR=0.405;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=14;WE=2029796;WS=2029778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr16	2034661	rs2075812	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.183;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=457;ReadPosRankSum=1.710;SC=CGGAGTCCAGTGGGCCACCGG;SOR=1.413;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=29;WE=2034669;WS=2034651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr16	2035907	rs36041021	T	C	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=51;PP=1584;ReadPosRankSum=1.443;SC=CCGGGCATGCTTCACACAGTG;SOR=0.819;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=294;TCF=165;TCR=129;TR=119;WE=2035915;WS=2035897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,128:0.41:311
chr16	2035999	rs1802834	C	T	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1327;ReadPosRankSum=0.926;SC=AGCGCTGGCGCGACGGCTGGA;SOR=0.979;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=249;TCF=120;TCR=129;TR=105;WE=2036007;WS=2035989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,112:0.42:265
chr16	2048826	rs2240691	C	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.925;NF=27;NR=16;PP=541;ReadPosRankSum=1.226;SC=GGACTAGGTACGCCCGTGGGG;SOR=1.042;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=43;WE=2048834;WS=2048816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,43:0.35:123
chr16	2049640	rs2286469	A	G	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	2050346	rs3743846	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=670;ReadPosRankSum=1.073;SC=GGCTGCCCGCACCCGCCCACC;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=123;TCR=80;TR=60;WE=2050354;WS=2050336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,61:0.29:210
chr16	2050941	rs8046471	A	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=948;ReadPosRankSum=1.472;SC=AACAAACAAAAAAAAAGAGCT;SOR=1.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=2050960;WS=2050931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	2050951	rs8050923	TA	CG	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=357;ReadPosRankSum=-1.366;SC=AAAAAAGAGCTAGCCACTGAC;SOR=0.576;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=10;WE=2050960;WS=2050931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr16	2051428	rs72766631	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=730;ReadPosRankSum=-1.908;SC=AGAAAAGAGAGAGAAACTTGT;SOR=1.162;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=91;TCR=18;TR=42;WE=2051436;WS=2051418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,40:0.37:108
chr16	2052340	rs61746612	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1229;ReadPosRankSum=-0.427;SC=TGCGGAAGGCGTGGGTGAACT;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=117;TCR=107;TR=91;WE=2052348;WS=2052330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,94:0.40:235
chr16	2053742	rs72766632	A	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.875;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=266;ReadPosRankSum=-0.097;SC=AGAGCCAAAAACCAGAGGGGT;SOR=1.238;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=19;WE=2053750;WS=2053732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr16	2053794	rs17653536	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=-0.220;SC=GGGATGCAACGGAGGCTCAGA;SOR=0.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=12;WE=2053802;WS=2053784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr16	2059621	rs11366527	GC	G	6122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=89;PP=2974;SC=GGTCGCAGCGGCCCCAGCGCC;SOR=0.798;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=17;TCR=91;TR=106;WE=2059629;WS=2059611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	2059674	rs71384660	T	C	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=72;PP=2306;SC=GCTCCCGCCTTCCCGCTCAGG;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=122;WE=2059682;WS=2059664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	2059698	rs71384661	T	G	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=45.50;SOR=1.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	2059708	rs71384662	T	G	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=45.90;SOR=2.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	2059710	rs71384663	T	G	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=45.25;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	2059736	rs71148116	CG	C	1623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.08;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	2059762	rs71148117	GC	G	1174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=114;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=709;SC=CCGGGATCCGGCCCCCCTCTC;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=2059770;WS=2059752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	2059778	rs71148118	GT	G	1125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=119;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=656;SC=CTCTCGGCCGGTCGTGGCGCC;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=2059798;WS=2059768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	2059782	rs71384664	T	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.94;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	2059790	rs968417	A	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	2059939	rs968418	A	C	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=15;PP=2965;SC=CCGCTCTACCATGAGCCGACC;SOR=3.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=122;TCR=15;TR=137;WE=2059947;WS=2059929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	2059955	rs62038790	A	G	8124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=44;PP=2965;SC=CGACCGCTCGAAGGTCCGCGC;SOR=2.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=149;TCR=44;TR=192;WE=2059963;WS=2059945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr16	2070200	rs11248906	G	C	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=20;PP=812;SC=GGAGCTGTGGGAGACGCGACG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=2070208;WS=2070190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	2070327	rs3217040	G	GA	1231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=11;PP=1230;SC=CGTGAGAGGGGAGAGGCCTGG;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=27;WE=2070335;WS=2070317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	2070433	rs12921264	G	A	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=50;PP=2965;SC=CCTGCTCCGCGCCCAGAAGAG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=112;TCR=51;TR=162;WE=2070455;WS=2070423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	2070568	rs2286472	A	C	9606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.03;MQRankSum=0.112;NF=160;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.322;SC=CCAGCGGTGGACCCCGCAGCA;SOR=0.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=161;TCR=181;TR=340;WE=2070576;WS=2070558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,359:0.99:361
chr16	2076931	rs113304510	C	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	2077309	.	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=4;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-1.447;SC=GCCCGAGGGGGCTCCCGCGGG;SOR=1.532;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=9;WE=2077323;WS=2077299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	2083358	rs11544570	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=9;PP=493;SC=CTGTCATGGCACGCTCCGGGA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=2083366;WS=2083348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	2088222	.	CAG	C	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=56.57;NF=2;NR=2;PP=58;QD=16.25;SC=GAGACAGAGACAGAGAGAGAG;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=4;WE=2088231;WS=2088212;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr16	2088378	rs200451810	CAT	C	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.683;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr16	2088401	.	A	AC	423	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=9;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=15;MQ=60.83;NF=1;NR=25;PP=423;QD=16.8076923077;SC=AATACCAGAGACCCCCCCCCT;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=26;WE=2088424;WS=2088391;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr16	2088407	.	CCCCTTCCCCT	C	299	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=8;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.99;NF=1;NR=24;PP=299;QD=12.52;SC=AGAGACCCCCCCCCTTCCCCT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=25;WE=2088424;WS=2088391;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,25:0.93:27
chr16	2110571	rs2074968	C	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=680;ReadPosRankSum=1.146;SC=GGGCACTGCGCGCTCAGGCGT;SOR=0.641;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=36;WE=2110579;WS=2110561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr16	2111779	rs17135764	T	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=6;PP=1063;SC=GGGCTGAGGGTGTCTCCATGC;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=2111787;WS=2111769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	2120402	rs7187438	T	C	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=13;PP=1596;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GGGTGCTGTCTTAGGACTGCG;SOR=1.340;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=127;TCF=99;TCR=28;TR=78;WE=2120410;WS=2120392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,84:0.63:134
chr16	2133901	rs30259	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=0.300;SC=GTGCCTGCACCCTGGGAACTG;SOR=0.877;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=2133909;WS=2133891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	2137840	.	TG	T	3696.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=2954;ReadPosRankSum=1.689;SC=TGTGCGGGGATGACCCTTTCT;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=55;WE=2137850;WS=2137830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,92:0.61:150
chr16	2137842	.	A	C	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=31;PP=2962;ReadPosRankSum=1.444;SC=TGCGGGGATGACCCTTTCTCT;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=93;TCR=51;TR=87;WE=2137850;WS=2137830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,94:0.62:152
chr16	2138218	rs1800718	A	C	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=93;PP=2481;ReadPosRankSum=1.258;SC=CCCCCTGCCTACGTCCCCAGA;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=551;TCF=278;TCR=273;TR=191;WE=2138226;WS=2138208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,194:0.36:545
chr16	2138269	rs1748	T	C	4267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=108;PP=2845;ReadPosRankSum=1.442;SC=ACCCCACCGATATCTACCCCT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=650;TCF=319;TCR=331;TR=216;WE=2138277;WS=2138259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,226:0.34:658
chr16	2138584	rs1051771	G	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.459;NF=23;NR=37;PP=612;ReadPosRankSum=-0.716;SC=TCATCTCCTCGGTGGAGGACT;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=71;TCR=116;TR=60;WE=2138592;WS=2138574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,62:0.32:192
chr16	2138670	rs36032671	TAA	T	1010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.365;NF=2;NR=15;PP=551;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GTGAAATAAATAAAGTCCTGA;SOR=0.701;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=17;WE=2138679;WS=2138660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
chr16	2141454	.	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=107;ReadPosRankSum=2.082;SC=AGAGGCCCGCGCTGAGGCGGC;SOR=1.845;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=10;WE=2141462;WS=2141444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr16	2201270	rs36234	G	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-2.128;SC=GTTGCAGCTCGTTAGTTACTG;SOR=1.061;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=14;WE=2201278;WS=2201260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr16	2203456	rs26931	T	C	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=80;PP=2965;SC=GAGGAAGCCGTCCAGTCCCTA;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=173;WE=2203464;WS=2203446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	2223860	.	T	TC	360	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=15;MQ=53.29;NF=13;NR=0;PP=360;QD=32.6035200362;SC=CCGCCGTGGCTCCCGCCCACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=13;WE=2223880;WS=2223849;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:35,13:0.27:48
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chr16	2236611	rs25848	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=-0.153;SC=CCCAGAAACCCAGCCCTGCTG;SOR=0.105;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=12;WE=2236619;WS=2236601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr16	2237549	.	C	T	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5002;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=30;QD=21.5904041824;SC=TTTCCAGGTACCCCAGCAGTC;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=2237557;WS=2237539;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	2239402	rs27381	C	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1105;ReadPosRankSum=1.303;SC=CGCTGCCCCGCCCCCGCTCGG;SOR=0.884;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=215;TCF=103;TCR=112;TR=88;WE=2239410;WS=2239392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,90:0.40:225
chr16	2255804	rs3214648	TG	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr16	2255807	rs112805476	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=848;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GCGGAGGTGGGGGGGGGACGG;SOR=0.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=40;WE=2255815;WS=2255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,40:0.82:49
chr16	2256047	rs3217423	AC	A	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.394;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=993;ReadPosRankSum=0.671;SC=CTGACCTTTGACCCCTGCCGT;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=31;WE=2256055;WS=2256037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr16	2256326	rs27699	C	T	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1514;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GGCCTCAGGGCTACCTTCCCG;SOR=0.803;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=352;TCF=178;TCR=174;TR=123;WE=2256334;WS=2256316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,128:0.35:371
chr16	2256461	rs26863	C	G	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=52;PP=1570;ReadPosRankSum=-1.238;SC=GGGTCGACCTCAGCACAGCCA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=185;TCR=153;TR=116;WE=2256469;WS=2256451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,120:0.33:366
chr16	2257105	rs26862	C	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.340;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=697;ReadPosRankSum=0.713;SC=GCCTGCACCCCAACCAGGTGA;SOR=0.357;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=199;TCF=130;TCR=69;TR=69;WE=2257113;WS=2257095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,76:0.36:212
chr16	2259865	rs25852	C	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=4.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=434;ReadPosRankSum=-0.044;SC=CCTGAAACCACAGCTCCAGCC;SOR=2.189;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=19;WE=2259873;WS=2259855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr16	2260567	rs26857	C	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=587;ReadPosRankSum=0.538;SC=CCAGCCACAACCCCCACAGCG;SOR=0.630;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=49;WE=2260575;WS=2260557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,54:0.39:139
chr16	2260585	.	CCAG	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=1.759;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,9:0.09:102
chr16	2260612	rs26856	T	C	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=57;PP=2319;SC=AGGAGCAGGCTCACGGCTCTC;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=108;WE=2260620;WS=2260602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	2260935	rs26855	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=214;ReadPosRankSum=0.344;SC=CTGACCCTGCGCCTCCCCCTC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=18;WE=2260943;WS=2260925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr16	2264766	rs112351847	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr16	2282256	rs26839	G	A	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=59;PP=2913;SC=GGCAGCCCCCGCCAGCAGGGG;SOR=1.228;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=99;TCR=59;TR=158;WE=2282264;WS=2282246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	2287026	rs117794268	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=414;ReadPosRankSum=0.568;SC=CCGCACCCGCCGCTCCTCCCC;SOR=1.007;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=38;WE=2287034;WS=2287016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
chr16	2317777	rs11646649	C	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.14;QD=41.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	2317777	.	CT	GG	209	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=57.77;NF=4;NR=3;PP=209;QD=37.4954106946;SC=GCGCTCCCCGCTGGTCTGAGT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=2317786;WS=2317767;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr16	2317778	rs11642797	T	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.14;QD=41.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	2318170	rs143373048	TA	T	15180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=188;PP=2951;SC=AGCGATGACGTAAACGCCTGG;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=54;TCR=198;TR=239;WE=2318178;WS=2318160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr16	2320810	rs72766672	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=86;SC=AGCGGAGGGTCACCTGCTGAG;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=2320818;WS=2320800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	2320828	rs4488445	C	T	362.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=389;SC=GAGCTGGGCACGGGCTTCTCG;SOR=2.093;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=2320846;WS=2320818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	2358313	rs323074	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=0.580;SC=GCGCTGTATGCGGATGCTGCT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=8;WE=2358321;WS=2358303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr16	2367509	rs323066	G	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=591;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CGAGAGGAGTGGGACATTGAC;SOR=0.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=40;WE=2367517;WS=2367499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
chr16	2373786	rs323060	C	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=484;SC=GCTGTCACAGCCGAGAACTCA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=2373794;WS=2373776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	2375961	rs46725	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=529;SC=CCTGCCCAGCCGCGTGGAGGC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=2375969;WS=2375951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	2479712	rs13337091	A	C	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=140;SC=AGCCCCTCGGAGCCTTCCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=2479720;WS=2479702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	2485620	rs146413013	ACACACACACATATATATG	A	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.25;QD=39.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	2485665	rs147350588	CACATATATATATATATAT	C	368.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=40.97;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	2485896	rs12928789	A	G	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=56;PP=1580;ReadPosRankSum=0.106;SC=CCCCACCTGCATGTTGGCGCT;SOR=0.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=93;WE=2485904;WS=2485886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr16	2486998	rs12921396	A	T	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=35;NR=6;PP=914;SC=GGAGGGCTCTACTCTCCTGAA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=2487020;WS=2486988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	2487012	rs34456414	C	CT	2234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=9;PP=1807;SC=TCCTGAAACACAGCTGCTTTG;SOR=2.480;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=40;WE=2487020;WS=2486988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	2488211	rs12926008	T	C	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=64;PP=1787;SC=CAGAAGGGGGTGTCCAAGGCC;SOR=1.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=98;WE=2488219;WS=2488195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	2489533	rs28647184	T	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=7;PP=372;SC=CTTGGATGCGTTTCTGTCCAC;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=2489541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	2498828	rs28417759	A	G	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=57;PP=2965;SC=AGTGGGCTCCACCCTGAGACC;SOR=1.471;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=123;TCR=58;TR=180;WE=2498836;WS=2498818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	2498849	rs28670436	G	A	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=168;NR=109;PP=2965;SC=CCTTCTCGGCGTTGCAGGTTT;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=168;TCR=109;TR=277;WE=2498857;WS=2498839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr16	2499011	rs8060813	T	C	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.52;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr16	2499786	.	G	GTCCCCTCCA	3340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=31;PP=2300;SC=CATCCCCTCCGTCCCCTCCAT;SOR=1.010;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=57;WE=2499803;WS=2499776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	2510603	rs4786284	C	T	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=26;PP=1446;SC=GGCCGTGCGACGGCTGCCCGT;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=2510611;WS=2510593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	2512523	rs3810794	G	A	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=767;ReadPosRankSum=0.853;SC=AGGAGCTCTCGGCAGGTCAGT;SOR=1.185;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=53;WE=2512531;WS=2512513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr16	2514098	rs371052068	G	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=832;ReadPosRankSum=-0.243;SC=GAGCCTCGCCGTCCTGTGGGG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=58;WE=2514106;WS=2514088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,60:0.36:165
chr16	2747857	rs3094475	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=184;ReadPosRankSum=-1.720;SC=AGCGTGGATTCTTTGGTTTAG;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=14;WE=2747865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr16	2752494	rs140133666	G	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=611;ReadPosRankSum=-0.305;SC=GTGCTGGGCCGGCCCTGGCCT;SOR=0.552;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=104;TCF=23;TCR=81;TR=40;WE=2752502;WS=2752484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,49:0.43:114
chr16	2802684	rs2240146	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	2808363	rs3094778	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=519;SC=CAGAGCGAGACTCTTATTTTT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=2808371;WS=2808353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	2810623	rs2285879	T	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=450;SC=TTTTCCTGCATTTCTCTCCTA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=2810631;WS=2810613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	2812890	rs2240141	A	G	6859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=104;PP=2965;SC=CATGCCCTAAACAAAAGTCAC;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=123;TCR=104;TR=227;WE=2812898;WS=2812880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr16	2814162	rs3094775	G	A	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=71;PP=2962;SC=CCCCGCCAAGGGAAAGAAGTG;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=2814170;WS=2814152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	2815237	rs3094773	A	C	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=81;PP=2965;SC=AGCCAAGACAAGAACCCCACT;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=99;TCR=81;TR=180;WE=2815245;WS=2815227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	2818161	rs2301802	T	C	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=81;PP=2965;SC=GCTCCTCCTCTTCTTCATCAT;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=67;TCR=81;TR=147;WE=2818169;WS=2818151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	2818704	rs3094792	T	G	7335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=149;NR=114;PP=2965;SC=GGAAGGAGACTACCCAGCTTC;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=149;TCR=115;TR=263;WE=2818712;WS=2818694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr16	2821525	rs4036	G	A	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=76;PP=1858;ReadPosRankSum=1.773;SC=GGGTTCCCTCGTTGAACATGC;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=75;TCR=114;TR=125;WE=2821533;WS=2821509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,136:0.66:207
chr16	2821573	rs8017	C	T	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=68;PP=2071;SC=TGTGTTTCTGCTCTTGGCCAT;SOR=1.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=103;WE=2821581;WS=2821563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	2825594	rs3094774	A	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=31;PP=884;SC=GAGGCCCTACATGGGGCAAGT;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=2825602;WS=2825584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	2834826	rs12931183	A	G	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1050;ReadPosRankSum=0.164;SC=GAGGAGCCTAAGTCCCAGCCC;SOR=0.542;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=77;WE=2834834;WS=2834816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,87:0.67:129
chr16	2835189	rs12599918	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=756;ReadPosRankSum=0.758;SC=GAAGAGGAGGGACCTCTGAGA;SOR=1.200;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=53;WE=2835197;WS=2835179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,60:0.48:126
chr16	2836027	rs7195287	T	G	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=2145;ReadPosRankSum=0.148;SC=CAGGTGTTGGTGGGGAGACAC;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=110;WE=2836035;WS=2836017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,110:0.64:171
chr16	2836271	rs11643898	C	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CTTATTTAACCCTCCCCAGAG;SOR=0.269;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=32;WE=2836279;WS=2836261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr16	2837592	rs34341809	T	G	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.642;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=1326;ReadPosRankSum=0.781;SC=GGGCTTAAAGTGCCAGGAGAG;SOR=0.303;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=41;WE=2837611;WS=2837582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr16	2837603	rs11076829	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.585;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=1326;ReadPosRankSum=1.389;SC=GCCAGGAGAGCGCGAGGCTCA;SOR=0.202;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=35;WE=2837611;WS=2837582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr16	2854907	rs2015682	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=373;ReadPosRankSum=-1.229;SC=ACCCATGCTGCTCCCCAGGGT;SOR=0.243;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=101;TCF=75;TCR=26;TR=33;WE=2854915;WS=2854897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,34:0.33:102
chr16	2867450	rs71386691	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=0.252;SC=AGGCGGCGCCGTTATCAGGTA;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=12;WE=2867458;WS=2867440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	2868641	rs2074907	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=123;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CCAGCCCTCCATCCAGGGCCC;SOR=0.503;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=13;WE=2868649;WS=2868631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr16	2871121	rs11076844	T	C	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=52;PP=1395;ReadPosRankSum=1.190;SC=GTGAGTGTCCTTGCCACCACT;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=81;WE=2871129;WS=2871111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,89:0.62:144
chr16	2871555	rs10641	G	A	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1579;ReadPosRankSum=0.120;SC=CCTCCTGGCCGCTACTCTTTT;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=95;WE=2871563;WS=2871545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr16	2880614	rs2190809	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.683;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=365;ReadPosRankSum=0.026;SC=CCTGGAGGGGTGGGGTCCCCT;SOR=1.302;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=24;WE=2880622;WS=2880604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr16	2880870	rs2240614	G	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.347;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=1.220;SC=CTCAGGGCAGGGGGTAAGCAC;SOR=3.056;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=15;WE=2880878;WS=2880860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr16	2882197	rs12373	G	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=-0.783;SC=AGGCCATCTGGGTGGTGGTGG;SOR=0.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=14;WE=2882205;WS=2882187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr16	2903047	rs1054912	G	C	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=4;PP=1210;SC=AGATCCAGATGTGGATCTGGC;SOR=3.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=47;WE=2903055;WS=2903037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	2903068	rs113609771	A	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.418;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=1549;ReadPosRankSum=1.295;SC=CGCCTTTCAGATCCGAGCCCC;SOR=1.172;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=69;TCF=63;TCR=6;TR=31;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr16	2903081	rs3743944	G	A	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=5;PP=1549;ReadPosRankSum=1.008;SC=CGAGCCCCGCGTCCCGCTGCG;SOR=0.622;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=93;TCR=10;TR=44;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr16	2903850	rs112285893	G	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=403;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GGGGTGGGGGGCTCGAGGGAG;SOR=0.777;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=30;WE=2903858;WS=2903840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr16	2906934	rs732532	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.338;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=0.976;SC=AGTGAGGAAGGCCCCCAACAC;SOR=0.371;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=28;WE=2906942;WS=2906924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr16	2949248	rs7281	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr16	2972698	rs35374464	C	G	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;ReadPosRankSum=0.916;SC=CCAAAGCATCCTGATCAGGAG;SOR=0.676;Source=Platypus;TCF=100;WE=2972706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,73:0.35:206
chr16	2973088	rs36122103	G	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=326;ReadPosRankSum=1.156;SC=TTTATAGTTTGTTTTGTGTGT;SOR=0.523;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=29;WE=2973096;WS=2973078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,31:0.26:118
chr16	2973249	rs11642228	T	A	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=349;SC=GAGGCTGTTTTTGTTTATTTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=2973257;WS=2973239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	3016885	rs58462745	A	G	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=79;PP=2965;SC=GGTCCTCAGGATGCTGACTGC;SOR=0.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=178;WE=3016893;WS=3016875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	3017124	rs11641195	C	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=400;ReadPosRankSum=-1.686;SC=CTGCTCCGCGCCTTCGATGGC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=30;WE=3017132;WS=3017114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr16	3021116	rs4786365	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=461;ReadPosRankSum=1.386;SC=CCCTTGAGGATGTGACTGAAA;SOR=0.428;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=154;TCF=109;TCR=45;TR=45;WE=3021124;WS=3021106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,49:0.30:166
chr16	3024188	rs2074528	T	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.670;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr16	3063264	rs2227269	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=409;ReadPosRankSum=0.974;SC=ACAAGCCTTCCCCCTCCTGCT;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=40;WE=3063272;WS=3063254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,41:0.31:134
chr16	3065596	rs2257295	T	C	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.854;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.315;NF=31;NR=26;PP=709;ReadPosRankSum=-1.208;SC=TCCCGGATGATGGCATGCGCC;SOR=0.591;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=57;WE=3065604;WS=3065586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,59:0.36:163
chr16	3071420	rs2232798	T	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.040;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr16	3073240	rs10508	G	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CTACCTGAGTGGGGGCAGGGC;SOR=0.455;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=19;WE=3073248;WS=3073230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr16	3074426	rs56708449	G	C	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=70;PP=1164;ReadPosRankSum=-1.344;SC=TGGCTGGGACGGGGCGGGCAG;SOR=0.812;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=345;TCF=143;TCR=202;TR=114;WE=3074434;WS=3074416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,123:0.34:362
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chr16	3078544	rs2079244	T	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=-0.888;SC=GGGACTTCTGTACCCGGGCGG;SOR=0.450;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=10;WE=3078552;WS=3078534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr16	3078616	rs5815143	CATT	C	1211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=2.220;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr16	3097074	rs909408	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=173;ReadPosRankSum=-2.597;SC=AGAGGGAAGCCGGGCCCGGAC;SOR=0.524;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=15;WE=3097082;WS=3097064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr16	3097568	rs3743937	C	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=337;ReadPosRankSum=1.786;SC=CCCCACCCCTCCCCAGCCCTG;SOR=0.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=26;WE=3097576;WS=3097558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr16	3097596	rs3743936	T	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=177;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ACCCAGCCTGTCCACCGCCCA;SOR=0.760;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=14;WE=3097604;WS=3097586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	3117937	rs2239303	G	A	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=58;PP=2425;SC=ACTGATGTGGGGTGCAGAGGA;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=137;WE=3117945;WS=3117927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	3118865	rs12934561	T	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=490;SC=GGGCTGTGGTTGGGAAACCAA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=3118873;WS=3118858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	3119020	rs371244098	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=10.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.40;MQRankSum=-1.153;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr16	3119167	rs34184287	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.01;MQRankSum=-4.018;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr16	3119297	rs71818662	C	CG	4806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.925;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.394;NF=0;NR=71;PP=2972;ReadPosRankSum=2.662;SC=CGGAGCCCCACGGGGGGACAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=204;TCF=19;TCR=185;TR=71;WE=3119312;WS=3119287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,132:0.42:316
chr16	3119304	rs2981599	A	G	4910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.715;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-15.308;NF=38;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=1.587;SC=CCACGGGGGGACAAGGAGGAG;SOR=1.080;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=289;TCF=123;TCR=166;TR=109;WE=3119312;WS=3119287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,132:0.41:324
chr16	3131566	rs2741927	G	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=464;SC=CTGAGAGGCCGGGGTGTGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=3131574;WS=3131556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	3131663	rs4247354	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=32.74;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	3131937	rs191732434	A	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.69;QD=48.16;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	3131940	rs58826170	C	CGG	885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.54;QD=46.62;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	3141713	rs12935803	G	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=441;ReadPosRankSum=0.596;SC=AAAACTACAGGGTAGAGAAGT;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=39;WE=3141721;WS=3141703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,41:0.33:126
chr16	3142463	rs3810807	A	G	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GGGGAAAGTGAAGTTTCCAGA;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TCR=91;TR=81;WE=3142471;WS=3142453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,86:0.41:212
chr16	3165425	rs909410	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=316;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TTCAGGGGACACTCAGGAGTC;SOR=0.992;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=30;WE=3165433;WS=3165415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,32:0.34:95
chr16	3166587	rs224178	A	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=786;ReadPosRankSum=0.646;SC=GGTGTTAGGGAGAGGTCCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=38;WE=3166595;WS=3166577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr16	3166618	rs4785928	C	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr16	3168836	rs224181	T	G	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.208;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=50;PP=1766;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CCATCAGTTTTGGGGAGATGC;SOR=0.851;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=197;TCF=108;TCR=89;TR=117;WE=3168844;WS=3168826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,121:0.59:205
chr16	3170188	rs12032	C	T	6094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.650;SC=GCCCGTTGTGCGGCAAGAGCT;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=404;TCF=183;TCR=221;TR=250;WE=3170196;WS=3170178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,270:0.64:424
chr16	3191356	rs2735537	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TGAGCAGCTGGCTTGGCCGGA;SOR=0.487;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=27;WE=3191364;WS=3191346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr16	3197623	rs2735507	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=0.053;SC=GTCAAGTCCACGACCTTGAAC;SOR=0.495;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=12;WE=3197631;WS=3197613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr16	3199118	rs2238385	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-5.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=361;ReadPosRankSum=0.226;SC=ATTCTGATCACCTCCTATGAA;SOR=0.148;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=67;TCF=7;TCR=60;TR=25;WE=3199126;WS=3199108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr16	3199713	rs2735514	C	T	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1193;ReadPosRankSum=1.603;SC=GGCGGGTGTGCGAGCAGGAGG;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=118;TCR=130;TR=106;WE=3199721;WS=3199703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,109:0.43:254
chr16	3254470	rs1834026	T	C	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=76;PP=2349;ReadPosRankSum=-1.133;SC=TGCTTCTCCTTCACCACCGTC;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=452;TCF=242;TCR=210;TR=164;WE=3254478;WS=3254458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,171:0.36:470
chr16	3254972	rs2075851	T	C	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.907;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=1109;ReadPosRankSum=-0.292;SC=CCACCTGTGGTTCTCACCTGG;SOR=0.450;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=206;TCF=94;TCR=112;TR=71;WE=3254980;WS=3254962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,77:0.35:219
chr16	3266071	rs2550401	A	G	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=82;PP=2268;ReadPosRankSum=1.153;SC=GCCAACTCGAATGCTCTGCTG;SOR=0.519;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=438;TCF=245;TCR=193;TR=174;WE=3266079;WS=3266061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,177:0.39:458
chr16	3266552	rs2741916	G	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=577;ReadPosRankSum=0.484;SC=TTCAATAATGGTATAGGCTTA;SOR=0.351;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=47;WE=3266560;WS=3266542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr16	3282988	rs45532536	G	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=116;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TCCCCATACCGCGAGGCCAGG;SOR=1.473;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=10;WE=3282996;WS=3282978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr16	3293888	rs1231122	C	T	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=56;PP=2841;SC=CAATCAGCTCCGGAACTACGG;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=149;WE=3293896;WS=3293878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	3293922	rs1231123	A	T	6653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=99;PP=2965;SC=AGGGAAAAAAATCCTGAGCAT;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=128;TCR=99;TR=226;WE=3293930;WS=3293912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr16	3294678	rs1231124	G	A	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=350;SC=ATTCTCCACAGGGCACACCTA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=3294686;WS=3294668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	3405875	rs1009429	T	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=438;SC=CCAACAGCTTTTTCTTGACTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=3405883;WS=3405865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	3405986	rs1218762	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.803;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
chr16	3405994	rs1228348	A	G	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=28;PP=1191;SC=TGGGCATATCAGACCATCCCC;SOR=1.940;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=80;TCR=28;TR=108;WE=3406002;WS=3405976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	3406387	rs1218763	C	G	6889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=147;NR=92;PP=2965;SC=TGATTGCCTGCCTGGGTGGCT;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=147;TCR=92;TR=239;WE=3406395;WS=3406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr16	3406516	rs11643487	A	G	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=56;PP=1378;ReadPosRankSum=1.523;SC=GTGGCGACACAAGTCTCAACC;SOR=0.901;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=292;TCF=137;TCR=155;TR=101;WE=3406524;WS=3406506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,106:0.35:307
chr16	3406626	rs11648783	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.040;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=522;ReadPosRankSum=0.319;SC=CTGAAAATCCGCTCTGCAGAG;SOR=1.119;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=49;WE=3406634;WS=3406616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,49:0.28:178
chr16	3434699	rs27230	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.073;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=404;ReadPosRankSum=0.620;SC=ATTTCCTCATAAAAGATACAA;SOR=0.455;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=31;WE=3434707;WS=3434689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,35:0.30:117
chr16	3434966	rs27231	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=299;ReadPosRankSum=-0.973;SC=ATAGGTCAATTAGATCTGTCA;SOR=0.687;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=21;WE=3434974;WS=3434956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr16	3438865	rs11643983	G	A	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=731;ReadPosRankSum=0.479;SC=GGGAGAAACTGCTGGATGGTT;SOR=0.754;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=54;WE=3438873;WS=3438855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,61:0.59:104
chr16	3440390	rs4786412	C	T	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.00;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,77:0.74:104
chr16	3440394	rs27237	A	G	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.55;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	3441697	rs7204842	A	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	3444157	rs12448573	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=0.368;SC=CCCCAGCTATTTGGGAGGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=7;WE=3444165;WS=3444147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr16	3445239	rs1149492	A	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=433;ReadPosRankSum=-1.139;SC=GAGAAATTATATCAACCTCTA;SOR=0.199;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=114;TCF=46;TCR=68;TR=39;WE=3445247;WS=3445229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,41:0.33:123
chr16	3447282	rs27241	C	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=13.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=1.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,48:0.26:183
chr16	3452193	rs37811	T	G	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=61;PP=2622;SC=CCCAAGAGGCTCTCTCCCAGC;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=125;WE=3452201;WS=3452183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	3455079	rs37813	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=878;SC=GCTTGTACTTTAGATCCTCAA;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=3455087;WS=3455069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	3458219	rs37819	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=105;SC=AAGTTGCCAGCGGAGGGCCAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=3458227;WS=3458209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	3487556	rs40534	A	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.737;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TAAAAACAAAAGAAAGCAAAA;SOR=1.287;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=22;WE=3487564;WS=3487546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr16	3487576	rs37825	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=0.881;SC=ACATAGACAATATCTTCAAGG;SOR=0.839;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=16;WE=3487584;WS=3487566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr16	3490922	rs2270494	G	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=382;ReadPosRankSum=1.035;SC=GATCCTCAAAGAGTATTGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=21;WE=3490930;WS=3490912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr16	3493240	rs3816916	A	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=585;ReadPosRankSum=-1.339;SC=TAAAGGGACCAATTCCGCTGC;SOR=0.916;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=38;WE=3493248;WS=3493230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,39:0.36:108
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chr16	3493301	rs7500590	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=584;ReadPosRankSum=-1.373;SC=GAACCCCCCCTTAAAAACCTA;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=12;WE=3493309;WS=3493278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
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chr16	3534892	rs13740	G	A	10991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=212;NR=165;PP=2965;SC=CCCACCCTTCGGCCGCCCGCA;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=212;TCR=166;TR=377;WE=3534900;WS=3534882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr16	3535116	rs4785936	T	C	5637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=105;PP=2965;SC=GCCACAAAAGTGGAAGGCCCT;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=96;TCR=105;TR=201;WE=3535124;WS=3535106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr16	3535540	rs2240075	G	A	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=97;PP=2965;SC=CGCATGCACCGTCCCCAGGGC;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=98;TCR=98;TR=193;WE=3535548;WS=3535530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	3545364	rs56205903	A	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=633;ReadPosRankSum=0.016;SC=ACTCCTCCCCACAGCCCGGCA;SOR=0.949;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=55;WE=3545372;WS=3545354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,58:0.40:145
chr16	3580565	rs79684678	T	C	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=71;PP=1750;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GTGTTCCTGCTAGGTAACGAT;SOR=0.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=399;TCF=183;TCR=216;TR=135;WE=3580573;WS=3580555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,147:0.35:423
chr16	3582969	rs3751836	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,25:0.23:111
chr16	3591754	rs76430099	C	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.129;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=-0.851;SC=ACAGGCCCCCCAGAAGTCGGC;SOR=2.303;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=6;WE=3591762;WS=3591744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	3592165	rs79724354	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=279;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GTTCTAAGGGTGAGCAGGAAG;SOR=0.718;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=21;WE=3592173;WS=3592155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr16	3592345	rs76537717	G	C	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=881;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GGAAGCAACAGTGCATTGTCT;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=55;TCR=83;TR=60;WE=3592353;WS=3592335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,63:0.43:146
chr16	3593560	rs56108616	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CACCTCCCTCCGCATACTCCG;SOR=0.376;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=15;WE=3593568;WS=3593550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr16	3594162	rs60164526	GA	G	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.791;QD=6.62;ReadPosRankSum=-1.358;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	3594296	rs35402060	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=900;ReadPosRankSum=0.084;SC=CCACCGCACACGCTCCGTCAT;SOR=0.819;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=240;TCF=126;TCR=114;TR=80;WE=3594304;WS=3594286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,86:0.33:258
chr16	3599529	rs78572434	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=0.590;SC=GGGCCACTGCGGGCAGCAGCT;SOR=0.973;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=11;WE=3599537;WS=3599519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr16	3602227	rs56070390	AG	A	4565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=52;PP=2815;SC=TTCTGCTTCAAGGGCATCTGC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=3602235;WS=3602217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	3607443	rs78163348	A	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=492;ReadPosRankSum=-0.329;SC=TATTATGTCCAGATGCTACCC;SOR=0.610;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=11;WE=3607464;WS=3607433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr16	3607456	rs75141376	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=492;ReadPosRankSum=-1.010;SC=TGCTACCCAGGGGCTGAATCA;SOR=0.627;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=15;WE=3607464;WS=3607433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr16	3613004	rs8044546	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=1.761;SC=CTGCCCTGGTATCCACCTGAG;SOR=0.699;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=28;WE=3613012;WS=3612994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr16	3613150	rs8044743	A	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=367;ReadPosRankSum=-2.005;SC=GCGCGGGACCAGTCAGCCTGG;SOR=1.075;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=29;WE=3613158;WS=3613140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr16	3613207	rs9940099	G	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=629;ReadPosRankSum=0.881;SC=GGGCCAGCTCGGTGTGCTGCA;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=83;TCR=67;TR=49;WE=3613215;WS=3613197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,51:0.32:157
chr16	3613904	rs117213971	C	G	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=805;ReadPosRankSum=0.100;SC=CCCCGTCCTGCTGCGCCACAG;SOR=0.666;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=193;TCF=101;TCR=92;TR=67;WE=3613912;WS=3613894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,69:0.34:200
chr16	3613928	rs45483498	A	G	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=780;ReadPosRankSum=-1.991;SC=GCCTAGCGCCATCCCCGTGAG;SOR=0.522;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=218;TCF=118;TCR=100;TR=74;WE=3613936;WS=3613918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,79:0.35:227
chr16	3627017	rs56093151	G	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=209;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CCAGGAGACAGCTTCTTGGAG;SOR=0.439;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=16;WE=3627025;WS=3627007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
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chr16	3627407	rs139221594	G	GT	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=138;ReadPosRankSum=3.066;SC=GTGGCTCCGGGTCCTCACCTC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=3627415;WS=3627397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr16	3640784	rs78637028	GC	AT	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.713;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=2143;ReadPosRankSum=0.092;SC=ATGGCCAAGCGCCTCCTCTGG;SOR=0.615;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=63;WE=3640793;WS=3640774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,72:0.45:159
chr16	3644404	rs75762935	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr16	3645583	rs112226642	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=471;ReadPosRankSum=0.054;SC=GACCAGAGAGCGCGGGCCAGA;SOR=0.705;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=33;WE=3645591;WS=3645573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr16	3645607	rs77985244	A	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=684;ReadPosRankSum=0.137;SC=AGTTCTTACCAAGGTGCGGCC;SOR=0.502;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=144;TCF=100;TCR=44;TR=52;WE=3645615;WS=3645597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,55:0.35:155
chr16	3647692	rs74319927	A	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.451;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=625;ReadPosRankSum=1.596;SC=TGCGACTTTTATTCTCTAGAG;SOR=0.677;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=188;TCF=103;TCR=85;TR=54;WE=3647700;WS=3647682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,60:0.30:200
chr16	3647787	rs76350200	A	G	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=71;PP=1496;ReadPosRankSum=0.735;SC=CACTCTTCTGATCACACAAAC;SOR=0.844;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=393;TCF=194;TCR=199;TR=132;WE=3647795;WS=3647777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,140:0.34:408
chr16	3648075	rs59622164	G	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=492;ReadPosRankSum=-1.453;SC=CACTGGTCTGGAGAGGGCTGG;SOR=0.407;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=35;WE=3648083;WS=3648065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
chr16	3650970	rs80116508	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CTTCCTTTTCGTCGACTTACC;SOR=1.038;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=3650978;WS=3650960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	3650987	rs113490934	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=1.762;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	3650991	rs112511042	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=1.777;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	3651271	rs111705152	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=136;ReadPosRankSum=-0.398;SC=CAGGTCAACACAGACGTGCTG;SOR=0.430;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=13;WE=3651279;WS=3651261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr16	3656625	rs79842542	G	A	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TGTGCTGTGCGGGGTTTGGAG;SOR=0.720;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=262;TCF=123;TCR=139;TR=80;WE=3656633;WS=3656615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,90:0.32:278
chr16	3656680	rs74640850	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=658;ReadPosRankSum=0.728;SC=GAGGCTGGGAGTCGCTGTTGG;SOR=0.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=52;TCR=107;TR=51;WE=3656688;WS=3656670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,56:0.34:165
chr16	3705359	rs8176922	C	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=713;ReadPosRankSum=0.020;SC=GTCTCTGTGCCCTGTGCTCTC;SOR=1.349;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=79;TCF=68;TCR=11;TR=38;WE=3705367;WS=3705349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr16	3707091	rs8176938	C	G	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=32;PP=1142;ReadPosRankSum=-1.325;SC=ACCTGGATGTCCAAGAGAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=241;TCF=139;TCR=102;TR=83;WE=3707099;WS=3707081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,91:0.35:262
chr16	3707409	rs1799892	G	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=486;ReadPosRankSum=0.050;SC=CTCATAGGTCGGGCTTCAGAA;SOR=0.960;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=34;WE=3707417;WS=3707399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr16	3707747	rs1053874	G	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=860;ReadPosRankSum=0.172;SC=ATGCTGCTCCGAGGCGCCGTT;SOR=0.956;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=189;TCF=121;TCR=68;TR=64;WE=3707755;WS=3707737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,67:0.34:199
chr16	3708170	rs2791	C	T	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=1482;ReadPosRankSum=-1.394;SC=CTCATTCAAGCGGCCCACCAT;SOR=0.688;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=341;TCF=190;TCR=151;TR=126;WE=3708178;WS=3708160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,129:0.37:351
chr16	3708282	.	A	AT	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.219;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr16	3708316	rs117036567	C	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.967;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=347;ReadPosRankSum=0.384;SC=CTCACTGTTGCCGAGGCTGGA;SOR=0.114;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=21;WE=3708324;WS=3708306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
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chr16	3724352	rs11541712	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,61:0.37:167
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chr16	3767473	rs737260	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.821;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr16	3808052	.	T	TA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.586;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr16	3808744	rs55712423	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TATATTAGGAGAACAATCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=3808752;WS=3808734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr16	4016377	rs61731445	T	C	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=89;PP=2664;ReadPosRankSum=0.146;SC=CAGCATGTTGTTGTTGAAGTC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCR=267;TR=182;WE=4016385;WS=4016367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,182:0.32:565
chr16	4016676	rs2230742	A	G	7289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=127;PP=2965;SC=CTCCGCTGTCATGGTTCTTGG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=132;TCR=127;TR=259;WE=4016684;WS=4016666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr16	4027423	rs2072346	C	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=773;SC=CCAGGCCCTACGCAACCTCGG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=4027431;WS=4027413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	4027605	rs2240735	C	T	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=41;PP=1040;ReadPosRankSum=-1.331;SC=CGGCAATCAGCGCGGCCGAGC;SOR=0.460;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=146;TCF=71;TCR=75;TR=87;WE=4027613;WS=4027595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,99:0.61:163
chr16	4027688	rs2531990	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=550;ReadPosRankSum=1.288;SC=ACCCCTGCTATACCCGGCCGC;SOR=1.106;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=32;WE=4027696;WS=4027678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr16	4027749	rs2601774	A	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=375;SC=ACTGAGTCTCACTCTGTCGCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=4027757;WS=4027739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	4038906	rs2072342	C	T	2411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=36;PP=1654;ReadPosRankSum=3.112;SC=TGTTCCCATCCCTTGGTAAAG;SOR=0.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=216;TCF=144;TCR=72;TR=105;WE=4038914;WS=4038896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,110:0.48:228
chr16	4039141	rs2072341	A	G	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=66;PP=1870;ReadPosRankSum=0.831;SC=CCAGCACCATAACTGTGCCAA;SOR=0.427;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=184;TCF=75;TCR=109;TR=119;WE=4039149;WS=4039131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,135:0.67:203
chr16	4042449	rs2239307	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=0.227;SC=CCCCGACCTCCGCTGCGGGGC;SOR=0.086;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=11;WE=4042457;WS=4042439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	4042470	rs2239308	T	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=247;SC=GCTGCTGCACTGGGCGTGGGA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=4042478;WS=4042460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	4043241	rs7202049	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-0.323;SC=ACCCTCCCTCGAGCTCCCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=7;WE=4043249;WS=4043231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	4043292	rs2239309	C	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=575;ReadPosRankSum=-2.002;SC=GTGCGGAGTGCTGTTACCCAA;SOR=0.381;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=39;WE=4043300;WS=4043282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr16	4043603	.	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-1.027;SC=TCTGCCGTCACGCAGCATGGT;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=4043611;WS=4043593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr16	4057603	rs3730119	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=305;ReadPosRankSum=1.311;SC=TGAAAGCACCGTCTGTTGAAA;SOR=0.389;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=30;WE=4057611;WS=4057593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr16	4164337	rs887248	C	T	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=54;PP=1777;ReadPosRankSum=-0.563;SC=ACTTTTTCTTCCTGTTCTTGG;SOR=0.795;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=280;TCF=145;TCR=135;TR=123;WE=4164345;WS=4164327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,126:0.43:293
chr16	4164364	rs2230738	C	T	3684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=82;PP=2333;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AGGTGGCATGCCTCTTGACAG;SOR=0.609;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=282;TCF=146;TCR=136;TR=158;WE=4164372;WS=4164354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,168:0.57:294
chr16	4165432	rs2530898	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=234;SC=GCTGGTGGGGTGGGGAAGCCA;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=4165440;WS=4165422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	4242093	rs8051399	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=440;ReadPosRankSum=-0.484;SC=AAACCAGGACCTCTCAGACAG;SOR=1.460;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=22;WE=4242101;WS=4242083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr16	4245393	rs11076822	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=267;ReadPosRankSum=0.113;SC=GAGATGAGGTTTCACTATGTT;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=4245401;WS=4245391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	4245426	rs11076823	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=350;ReadPosRankSum=1.697;SC=CTTGAACCTCCGGCCTCAAGG;SOR=0.287;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=17;WE=4245434;WS=4245416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr16	4245693	rs10852643	A	G	5421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=108;PP=2965;SC=GTGAGAAGGAACGGGCGCTGT;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=77;TCR=108;TR=185;WE=4245701;WS=4245683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr16	4253034	rs17136872	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=1.511;SC=CACAAGTCCTTGCACACATCA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=7;WE=4253042;WS=4253024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	4253130	rs56280975	CG	TA	3377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.244;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,94:0.38:247
chr16	4254479	rs4644864	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=1088;ReadPosRankSum=0.806;SC=GAGTCTGCCCGGGCCCTGGTG;SOR=0.449;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=119;TCF=89;TCR=30;TR=63;WE=4254487;WS=4254469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr16	4254725	rs8054937	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=572;ReadPosRankSum=1.290;SC=GCTGGGCCTCAAGCAGGGGCT;SOR=0.471;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=129;TCF=32;TCR=97;TR=40;WE=4254733;WS=4254715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,44:0.32:136
chr16	4254758	rs62039298	A	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=351;ReadPosRankSum=0.326;SC=GCCAAGTTACACTGGACTGAG;SOR=0.966;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=74;TCF=5;TCR=69;TR=23;WE=4254766;WS=4254748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr16	4256705	rs13334805	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=7.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.933;SOR=1.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,20:0.20:99
chr16	4256755	rs58255304	TC	T	1167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.648;QD=5.67;ReadPosRankSum=-1.821;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,56:0.27:206
chr16	4257060	rs13334970	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=613;ReadPosRankSum=0.752;SC=GCAGATCCCCGCCTTCCTGGG;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=42;WE=4257068;WS=4257050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr16	4257281	rs9922726	A	C	4148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=5.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,120:0.34:352
chr16	4257286	rs9924822	T	C	4092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=4.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,115:0.33:345
chr16	4257816	rs189982570	C	T	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1422;ReadPosRankSum=-1.431;SC=CCCCAGGCCCCGCAGCGTCCC;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=93;WE=4257824;WS=4257806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr16	4258173	rs889807	T	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=511;SC=CAAGAGTCTATAATAACCTAG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=4258181;WS=4258163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	4310468	rs251732	C	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=696;ReadPosRankSum=1.374;SC=GGGTCCGCAGCTGCTGCTGTT;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=54;WE=4310476;WS=4310458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,57:0.37:156
chr16	4385078	.	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.654;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,79:0.19:422
chr16	4386814	rs669561	T	C	12113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=249;NR=186;PP=2965;SC=GCACCCACTATGTGGACAAGC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=436;TCF=250;TCR=186;TR=435;WE=4386822;WS=4386804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr16	4410867	rs140995663	TCACTGCTGGCCCCACCTCTCCA	T	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.388;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=4.490;NF=5;NR=1;PP=409;ReadPosRankSum=-1.365;SC=CCGCCACTCCTCACTGCTGGC;SOR=1.781;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=6;WE=4410896;WS=4410857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr16	4414186	.	CA	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.759;SOR=1.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr16	4414727	rs2277852	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=399;ReadPosRankSum=-2.625;SC=TGAGGCCCAGGCCCCCCGACT;SOR=0.496;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=36;WE=4414735;WS=4414717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,43:0.41:105
chr16	4414987	rs2277851	G	A	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GGATGGGGGCGAGGAAGCAAG;SOR=0.800;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=291;TCF=160;TCR=131;TR=106;WE=4414995;WS=4414977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,106:0.36:294
chr16	4415410	rs3747575	G	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=419;ReadPosRankSum=0.106;SC=GGCCCTGTTCGAGTTCCTCCT;SOR=0.500;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=41;WE=4415418;WS=4415400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr16	4415455	rs3747576	C	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=549;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GGACTCCAGGCTGTGGATGTG;SOR=0.776;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=45;WE=4415463;WS=4415445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,46:0.30:155
chr16	4431202	rs758044	A	G	14805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=277;NR=256;PP=2965;SC=TGGACCTGACAGCCAACAGGC;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=535;TCF=278;TCR=257;TR=533;WE=4431210;WS=4431192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr16	4431767	rs148092711	C	T	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=83;PP=2109;ReadPosRankSum=1.992;SC=GGCAGCTGCCCGCAACCCCTT;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=527;TCF=271;TCR=256;TR=177;WE=4431775;WS=4431757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,188:0.34:552
chr16	4432029	rs3810818	A	C	5734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=112;PP=2965;SC=AGCCCCACAGAGCCGGCCACT;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=90;TCR=112;TR=202;WE=4432037;WS=4432019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr16	4445327	rs3747579	C	T	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=110;NR=78;PP=2965;SC=GTCAAAGATCCGCAGCTGCTT;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=110;TCR=78;TR=188;WE=4445335;WS=4445317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	4455675	rs3747580	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr16	4475868	rs2304631	A	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-1.511;SC=GCAGGCGCAGAGTCCCCGGGC;SOR=1.162;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=4;WE=4475876;WS=4475858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
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chr16	4484613	rs4785964	A	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=831;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TGCCCATATGAATAGGTCTCA;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=20;TCR=85;TR=44;WE=4484621;WS=4484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
chr16	4493012	rs138078370	T	TA	4681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.174;NF=34;NR=50;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TTCTTGTTTTTATCAGGAAAC;SOR=0.835;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=235;TCF=69;TCR=166;TR=84;WE=4493020;WS=4493002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,160:0.39:407
chr16	4494549	rs12446640	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GTTGGCCAGGATGGTCTCGAT;SOR=0.048;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=10;WE=4494557;WS=4494539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	4496973	rs2304633	T	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=301;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TTCTTGGGGGTACAGCCAGAG;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=27;WE=4496981;WS=4496963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr16	4497122	rs35692056	G	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=185;ReadPosRankSum=1.235;SC=ACCAGCATGTGGGGGGGCACT;SOR=0.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=16;WE=4497130;WS=4497112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr16	4500544	rs2304634	C	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.653;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=905;ReadPosRankSum=1.777;SC=GGCCTCAGAGCCCCCCAGGGT;SOR=0.465;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=241;TCF=133;TCR=108;TR=85;WE=4500552;WS=4500534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,82:0.34:241
chr16	4505606	.	C	T	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=55;PP=1505;ReadPosRankSum=0.647;SC=GCCAGGGCACCTGGGAGACGG;SOR=0.424;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=157;TCF=68;TCR=89;TR=104;WE=4505614;WS=4505596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,112:0.67:168
chr16	4516092	rs3747584	T	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=396;ReadPosRankSum=-0.080;SC=CCGCGGTCTGTTACACCAACG;SOR=1.845;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=20;WE=4516100;WS=4516082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr16	4519548	rs62039231	A	G	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.953;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=856;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GGAGTGCTCCACCACAGCAAG;SOR=0.403;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=103;TCF=25;TCR=78;TR=51;WE=4519556;WS=4519538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr16	4524060	rs3761680	C	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=519;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GGCGCCCTGGCTCTGCAAGGG;SOR=0.566;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=40;WE=4524068;WS=4524050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,43:0.36:119
chr16	4556857	rs199951294	G	C	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=515;ReadPosRankSum=0.191;SC=AAGCTGGGAAGGGCTAATTGA;SOR=0.603;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=41;WE=4556865;WS=4556847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr16	4562351	rs8129	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr16	4562470	rs1861653	G	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=40;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.446;SC=ATGGTGGCACGGCTCCCAGCC;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=155;TCR=102;TR=102;WE=4562478;WS=4562460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,101:0.39:256
chr16	4562512	rs7665	A	G	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1362;ReadPosRankSum=-0.154;SC=ACCACTGAGCACAGGGAGCAA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=157;TCR=140;TR=110;WE=4562520;WS=4562502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,112:0.36:310
chr16	4621725	rs35531180	GA	G	2047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=45;PP=2021;SC=CTGGGGGTTGGAGCAATGAGG;SOR=4.575;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=46;WE=4621733;WS=4621715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	4625126	rs9673241	G	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=639;ReadPosRankSum=-0.703;SC=ACTGAGAGTGGGAGGCGGGGC;SOR=0.317;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=134;TCF=90;TCR=44;TR=50;WE=4625134;WS=4625116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,58:0.41:143
chr16	4641814	rs5815211	AG	A	2224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=45;PP=1721;SC=CCCTCCTGGTAGGGGTCCTGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=45;WE=4641822;WS=4641804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	4649955	rs11076843	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.22;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	4649965	rs7403819	T	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	4660289	.	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=502;ReadPosRankSum=-0.040;SC=AGAGGCCAGCGCCCCCCAGGT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=44;WE=4660297;WS=4660279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr16	4660342	rs841184	C	T	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=33;PP=1391;SC=GCAGGACCCACGGAGCCGGGA;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=4660350;WS=4660332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	4664412	rs138923012	T	TG	251.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=108;SC=ACAAAAGGGGTGGGGGGGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=5;WE=4664420;WS=4664402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	4664833	rs860889	T	G	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=109;PP=2965;SC=GCCTCCCTCCTCCGCCCGCGC;SOR=1.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=71;TCR=110;TR=180;WE=4664841;WS=4664823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	4674954	rs3747587	C	G	8022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=125;PP=2965;SC=CCGGCAGCGCCGCGCACCATG;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=172;TCR=126;TR=297;WE=4674962;WS=4674944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr16	4675116	rs1386092	G	T	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=90;PP=2475;SC=CGGGCGCGGGGGCGGGGACTC;SOR=2.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=35;TCR=90;TR=125;WE=4675124;WS=4675106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr16	4721583	rs1160869	ACAT	A	1194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.094;NF=3;NR=28;PP=1086;ReadPosRankSum=-0.786;SC=CCGCTAGACAACATCATTTTT;SOR=0.564;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=105;TCF=4;TCR=101;TR=31;WE=4721593;WS=4721573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,35:0.32:110
chr16	4736080	rs144808025	TTCTGGCTGCGC	T	1394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.817;NF=11;NR=6;PP=2935;ReadPosRankSum=-1.153;SC=CCGCGTTGAATTCTGGCTGCG;SOR=0.767;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=17;WE=4736098;WS=4736070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr16	4736316	rs841225	C	T	2806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=67;PP=1592;ReadPosRankSum=-0.441;SC=TACGTGACCTCCCAGACGCGC;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=93;TCR=111;TR=122;WE=4736324;WS=4736306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,134:0.60:225
chr16	4747136	rs841215	G	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=874;ReadPosRankSum=2.577;SC=GCCTCTCCCGGCCAGGCTCAG;SOR=0.826;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=55;WE=4747144;WS=4747126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr16	4748825	rs841214	C	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=23;PP=1542;ReadPosRankSum=0.430;SC=TGGCGAGCTCCTGCATCTCAG;SOR=0.504;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=81;WE=4748833;WS=4748815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,86:0.71:121
chr16	4751045	rs863980	C	T	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=1879;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TCAGTTGCAGCGCGGGGAGGC;SOR=0.467;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=171;TCF=86;TCR=85;TR=114;WE=4751053;WS=4751035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,116:0.66:176
chr16	4752134	rs841210	A	G	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TGCTCTCCACATCCCGCTCAT;SOR=0.384;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=84;WE=4752142;WS=4752124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,88:0.63:140
chr16	4776805	rs12931781	G	A	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=785;ReadPosRankSum=0.356;SC=CAGAACGTGCGTTACGGCCTC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=43;TCR=79;TR=54;WE=4776813;WS=4776795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr16	4786456	rs859314	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=451;ReadPosRankSum=1.207;SC=CACCCTGTGTACCCCACAGAG;SOR=0.534;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=24;WE=4786464;WS=4786446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr16	4787987	rs859310	G	A	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=973;ReadPosRankSum=-1.075;SC=GTGTGTGTGCGATGTTAGTCT;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=69;WE=4787995;WS=4787977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
chr16	4790273	rs859305	G	A	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1725;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GCTCTGGTGAGGTCAGCGCTC;SOR=0.606;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=102;WE=4790281;WS=4790263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,108:0.57:188
chr16	4794873	rs2075469	C	T	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=854;ReadPosRankSum=0.890;SC=ATCCTCAGACCGCATGGTGCC;SOR=0.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=56;WE=4794881;WS=4794863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,61:0.73:84
chr16	4796393	rs737700	A	G	3812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=78;PP=2456;ReadPosRankSum=-1.069;SC=TCAAGGAAGCAGGGCTCCCAG;SOR=0.661;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=255;TCF=136;TCR=119;TR=170;WE=4796401;WS=4796383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,177:0.67:265
chr16	4796595	rs759988	T	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=686;ReadPosRankSum=1.602;SC=TGGTGGATCCTGATGGGGAGG;SOR=0.519;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=117;TCF=40;TCR=77;TR=57;WE=4796603;WS=4796585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,59:0.49:120
chr16	4796871	rs2341988	A	G	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=48;PP=2638;SC=AGCCCCAACAAGAGTTGGAAC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=82;TCR=48;TR=130;WE=4796879;WS=4796852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	4797226	rs759989	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=260;ReadPosRankSum=0.620;SC=GCTGCCTGAATTGCATTCTTG;SOR=1.938;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=14;WE=4797234;WS=4797216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	4797457	rs17853375	C	T	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.097;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=63;PP=2155;ReadPosRankSum=-1.939;SC=GCTCAGGCCCCTGAAGACACA;SOR=0.529;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=229;TCF=113;TCR=116;TR=133;WE=4797465;WS=4797447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,139:0.57:243
chr16	4801723	rs921863	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr16	4802370	rs3747601	C	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=433;ReadPosRankSum=0.119;SC=AGTTTCAGGCCTGGTGATCAG;SOR=0.732;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=39;WE=4802378;WS=4802360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr16	4802386	rs3747602	G	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=524;ReadPosRankSum=-0.045;SC=ATCAGGCTTTGGCACCGGGGC;SOR=0.770;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=40;WE=4802394;WS=4802376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr16	4812209	rs12599765	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=537;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TAACAAGGAAGTGTGACACAC;SOR=1.067;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=42;WE=4812217;WS=4812199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr16	4812816	rs2290561	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=846;ReadPosRankSum=0.213;SC=AAAAATCCCCGCAGGGCCCCA;SOR=0.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=66;WE=4812824;WS=4812806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,69:0.41:169
chr16	4815425	rs4786548	T	C	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=7;PP=1227;SC=GGCTGAGAAATCTTTTGCAGT;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=52;WE=4815433;WS=4815415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	4815501	rs12928542	G	C	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=131;NR=79;PP=2965;SC=CAAGGAATCTGCAGCTGCAGA;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=131;TCR=79;TR=210;WE=4815509;WS=4815491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	4815602	rs12919587	T	C	8747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	4815608	rs4786549	A	G	8581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.41;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
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chr16	4847619	.	T	TGGGGTACACCAGACCCCAAGACTGGGGCGCTCTGAGGGCGTGGCAGGGCCCTCAGAACCCCTGCCCACTGTG	1295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=10.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.02;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr16	4848494	rs8053790	C	G	128.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=1.242;SC=GGCACCCCTCCGCGTCCATCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=4848502;WS=4848486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	4848807	rs3214843	TAA	T	2972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.130;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.943;NF=0;NR=48;PP=1811;ReadPosRankSum=-0.364;SC=AGGGACCTGTTAAAGACAGGT;SOR=1.633;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=76;TCF=4;TCR=72;TR=48;WE=4848816;WS=4848797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,75:0.70:107
chr16	4851862	rs75558393	G	A	123.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=1.465;SC=GCTTGGTTGAGGGGGAAAGGG;SOR=1.108;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=4851870;WS=4851852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr16	4852106	.	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=720;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CTTCGGCTCCCAGATTGGATG;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=113;TCR=61;TR=55;WE=4852114;WS=4852096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,57:0.30:188
chr16	4861709	rs2085329	G	C	5633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=69;PP=2965;SC=GGCCTGTCACGTGGGCCAGGG;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=123;TCR=69;TR=191;WE=4861717;WS=4861699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	4896089	.	A	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=464;ReadPosRankSum=2.200;SC=TTAACTCAATACTAGAAACTG;SOR=0.740;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=96;TCF=73;TCR=23;TR=34;WE=4896097;WS=4896079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr16	4933939	rs2037912	G	C	11561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=205;NR=204;PP=2965;SC=TGCAGGTTTTGCCTCTCCAGC;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=409;TCF=205;TCR=204;TR=409;WE=4933947;WS=4933924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr16	4934549	rs1049208	G	A	19508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=227;NR=218;PP=2965;SC=CGGCAAAGGCGCTCGCCTCGG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=445;TCF=227;TCR=218;TR=445;WE=4934557;WS=4934539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr16	4934564	rs1049207	C	G	20136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=230;NR=219;PP=2965;SC=CCTCGGCCCGCAGGCCTGGCT;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=449;TCF=230;TCR=219;TR=449;WE=4934572;WS=4934554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr16	4938160	rs2734742	T	G	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=43;PP=2022;SC=TCACGTGGCTTCTCCTTCCAT;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=109;WE=4938168;WS=4938150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	4938280	rs2075637	T	C	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=50;PP=1623;SC=GACAGACATGTTCCTGTACCC;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=4938288;WS=4938270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	4938321	rs2075636	A	T	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=35;PP=1070;SC=GCCCTGTGCCATGTGCTGGTT;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=4938329;WS=4938311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	4939225	.	G	GTT	84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=58.59;NF=0;NR=3;PP=84;QD=35.0;SC=GCAAAAGGCAGTTTTTTTGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=4939233;WS=4939215;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	4940387	rs11644917	G	A	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	4940809	rs2471844	A	G	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=76;PP=2657;SC=CCAGGTCCGGACAGTGCTCCT;SOR=1.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=130;WE=4940817;WS=4940799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	4940989	rs2471843	A	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.08;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	4940994	rs760118	A	G	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.69;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	4942099	rs1049205	C	T	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=64;PP=2300;SC=GTCCTCCACCCGGGTCCTCAG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=130;WE=4942107;WS=4942089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	4944518	rs1876363	C	G	6406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=110;PP=2965;SC=TCACAAAACACACGGCCGGAG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=118;TCR=110;TR=228;WE=4944526;WS=4944508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr16	4945221	rs12709119	A	G	6844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=102;PP=2965;SC=TTACCCCAAAAACTTTGTAGT;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=135;TCR=102;TR=237;WE=4945229;WS=4945211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	4947534	rs8051246	T	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=103;SC=ATCAGAAGCATGGGTGCTGGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=4947542;WS=4947524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	4948936	rs12443906	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=6;PP=796;SC=GGGGTCTGCCCGAGCTCCAGG;SOR=2.833;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=38;WE=4948944;WS=4948926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	4952598	rs2048098	C	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=30;PP=852;SC=GGCCCCCCACCCAGACCCCGG;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=41;WE=4952606;WS=4952588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	4961003	rs8057613	A	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=42;PP=1107;SC=GGTGGGGGCTATGTCCCCACC;SOR=2.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=53;WE=4961011;WS=4960993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	5037498	.	T	TGGA	509.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.68;MQRankSum=-0.739;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.429;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr16	5037499	.	G	GGA	386.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=1.528;QD=4.96;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,24:0.31:78
chr16	5040717	rs3743845	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=344;ReadPosRankSum=0.688;SC=TAGGGGAGGGCAGGGTGCCCC;SOR=0.361;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=24;WE=5040725;WS=5040707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
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chr16	5056122	rs2302555	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=0.125;SC=CTGGGATTCCCGGAGTGGGGC;SOR=1.938;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=13;WE=5056130;WS=5056112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr16	5061085	rs2908669	A	C	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=20;PP=1696;SC=GGCAGGGCTGATGTGTTTCAG;SOR=1.893;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=77;WE=5061093;WS=5061075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	5064917	rs2012649	C	T	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=600;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TCAGCGCCGCCACCTCGTCCT;SOR=0.545;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=170;TCF=80;TCR=90;TR=61;WE=5064925;WS=5064907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,69:0.37:187
chr16	5075542	rs887854	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=607;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GAGGCTCCCCGTTCATCTCCT;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=48;WE=5075550;WS=5075532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr16	5075633	rs7188856	G	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=769;ReadPosRankSum=-1.374;SC=GTTTGCTGCAGTGCTGATCAG;SOR=0.698;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=66;WE=5075641;WS=5075623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,74:0.47:156
chr16	5077395	rs71402581	TGGGAGGA	T	1260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=7.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.01;ReadPosRankSum=0.059;SOR=1.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr16	5077794	rs2937112	G	T	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=29;PP=1118;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GGAGCAGTGGGGGCTGCCGGG;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=83;WE=5077802;WS=5077784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,93:0.68:137
chr16	5078841	rs1995278	T	C	6308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=138;NR=83;PP=2965;SC=GGGGCAGACCTGGACTTCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=138;TCR=84;TR=221;WE=5078849;WS=5078831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr16	5080523	rs2102065	C	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=554;ReadPosRankSum=1.893;SC=GGCTGATCACCGCCCCTTGGG;SOR=0.763;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=44;WE=5080531;WS=5080513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,48:0.32:151
chr16	5083483	rs2972272	T	C	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=47;PP=1300;ReadPosRankSum=0.003;SC=AGCCGCCGGGTCCACCGGGCT;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=70;WE=5083491;WS=5083473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,73:0.65:112
chr16	5094570	rs8055684	G	A	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=52;PP=1433;SC=TCAGCCAGACGCGGTGGCTCA;SOR=1.485;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=5094578;WS=5094560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	5122072	rs112683515	G	GGTCT	2286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.425;NF=17;NR=24;PP=1761;ReadPosRankSum=2.137;SC=AGTGGCCAAGGGTCTGGGAGG;SOR=0.708;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=117;TCF=33;TCR=84;TR=41;WE=5122080;WS=5122062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,65:0.33:195
chr16	5122191	rs34061670	C	CG	2252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=43;PP=1888;SC=ATTAGACGAGCGGTTCTGCCC;SOR=1.999;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=44;WE=5122199;WS=5122181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	5123270	rs62036244	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=506;ReadPosRankSum=-1.738;SC=GTGTATCAGCCTCTGCCTCCC;SOR=0.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=25;WE=5123278;WS=5123260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr16	5125365	rs4786590	C	T	6247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=132;NR=77;PP=2965;SC=GGTTTCCTCCCCTTCAAGTCT;SOR=1.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=132;TCR=77;TR=209;WE=5125373;WS=5125355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr16	5127335	rs11076869	T	A	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=47;PP=2707;SC=CTCAGGGAGCTCAAACTCTCC;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=98;TCR=47;TR=145;WE=5127343;WS=5127325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	5517175	.	T	TTC	186	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=17;MQ=58.87;NF=13;NR=4;PP=186;QD=11.2352941176;SC=TCAATGTTTCTTCTCTCTCTC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=17;WE=5517183;WS=5517165;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,17:0.61:28
chr16	5649140	rs71404537	T	TTAGGAAA	3189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=3.085;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,93:0.30:314
chr16	5649187	rs17138179	A	G	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=755;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TGAGAGCTGTATTCTGTCCTC;SOR=0.881;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=162;TCF=59;TCR=103;TR=51;WE=5649195;WS=5649177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,56:0.32:174
chr16	6704474	rs11640601	A	G	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=1.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	6704474	.	AAAGAAC	GAAGAAG,GAAGTAG	1057	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=41,16;NR=14,6;PP=1057,100;QD=20.1903249975;SC=ATGACTCGAGAAAGAACTATT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=55,22;WE=6704488;WS=6704464;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.65:85
chr16	6704478	rs35760157	A	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr16	6704480	rs11645523	C	G	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=1.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	6704555	rs12921150	CT	AA	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=2286;ReadPosRankSum=0.369;SC=GACCATAAGTCTGACTCCTGT;SOR=0.651;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=233;TCF=133;TCR=100;TR=71;WE=6704564;WS=6704545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,81:0.33:249
chr16	6704749	rs2058527	T	G	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=105;PP=2965;SC=ATGATGGTTTTTAGGTGATTC;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=63;TCR=105;TR=168;WE=6704757;WS=6704739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	7102036	rs35212568	CT	C	5723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=54;PP=2966;SC=GACTTTTCCCCTTCATTTTCT;SOR=1.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=99;WE=7102044;WS=7102026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	7645808	rs12935264	C	G	150.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=162;SC=ACTGGCCTTACTTTTTTTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=7645816;WS=7645797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr16	7703785	rs3217052	G	GCT	3321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=1577;ReadPosRankSum=0.877;SC=GACAGCCTGTGCTCTCTCTCT;SOR=0.648;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=44;WE=7703796;WS=7703775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,112:0.66:170
chr16	7704032	rs2302216	T	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=144;SC=GAGCGCATGATGGTCTTGACT;SOR=1.981;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=11;WE=7704040;WS=7704022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	7715108	rs8064206	T	C	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=92;PP=2366;SC=TGGTTTGTCTTGCAGGACAGA;SOR=1.349;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=56;TCR=92;TR=148;WE=7715116;WS=7715098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	7721778	rs2286541	C	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=-0.089;SC=GGTGGCTATCCCTGTATCTAT;SOR=0.126;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=11;WE=7721786;WS=7721768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	7726691	rs2191134	A	G	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=145;SC=TTTGGGTAACAGCTGCTCTGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=7726699;WS=7726681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	7758948	rs2270127	G	C	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=7;PP=1024;SC=GCTTCTCACTGGAAGATGAGT;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=46;WE=7758956;WS=7758938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	7759164	rs7196923	T	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=63;PP=1944;SC=GTCCTCACTTTCTCCTGCCTC;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=25;TCR=63;TR=88;WE=7759172;WS=7759154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	8619750	rs7198383	C	T	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.596;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=31;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.083;SC=GCCCCTCCCTCCCCTCCACGA;SOR=0.780;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=88;WE=8619758;WS=8619740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr16	8620096	rs9922116	T	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=910;SC=GCCACGCTGCTCAGCGTCCAG;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=8620104;WS=8620086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	8728953	rs1731044	C	T	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=38;PP=1633;SC=AGGTCTTGTCCGCTTCCTGTG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=91;WE=8728961;WS=8728943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	8729124	rs2302607	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=357;ReadPosRankSum=0.757;SC=CACGGGGCTCGCTAGCATCAT;SOR=0.688;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=31;WE=8729132;WS=8729114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr16	8729254	rs3108687	C	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=32;PP=950;SC=GGCAGAGGCACTGGAAATTGG;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=8729262;WS=8729244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	8729275	rs1641040	T	C	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=727;SC=ATGTTAGCTGTTGTTGATTTT;SOR=2.226;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=28;WE=8729283;WS=8729265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	8729323	rs1731043	A	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=282;SC=CTCTCCATTTATTCTCAGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=8729331;WS=8729313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	8732733	rs1362345	C	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=267;SC=CGCACTGTCTCTCCCCATCAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=8732741;WS=8732723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	8732882	rs5815485	CA	C	5308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=73;PP=2975;SC=TCTCTCTAGGCAAAAAACATG;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=33;TCR=80;TR=103;WE=8732890;WS=8732872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	8733071	rs1641048	A	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=41;PP=1109;SC=TGTTTAGCAGATAGGACAGAC;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=8733079;WS=8733061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	8734803	.	G	A	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=28;MQ=63.51;NF=3;NR=0;PP=34;QD=22.9237375157;SC=GGATGGATGGGTGGGTGGATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=8734811;WS=8734793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr16	8734830	.	G	GCTGGCTGT	493	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=67.11;NF=8;NR=4;PP=493;QD=41.75;SC=TGGCTGGCTGGCTGGCTGGCT;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=12;WE=8734838;WS=8734820;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,12:0.71:17
chr16	8735120	rs8062990	T	C	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=45;PP=1773;SC=GCTCTGTGGTTTTGACAGAGC;SOR=1.488;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=8735128;WS=8735110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	8735200	rs8045911	G	A	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=37;PP=1446;SC=ATGAGCACCAGCTGTCATTCT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=79;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	8735212	rs1629322	T	C	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=40;PP=1468;SC=TGTCATTCTCTGAGCGCCTGC;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=91;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	8735245	rs1641055	C	T	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=66;PP=2532;SC=ACCTCACGTTCATTTTCTTCT;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=154;WE=8735253;WS=8735235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	8735355	rs1641056	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=43;PP=1273;SC=GTAGGGGCATAGACCCGAGTT;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=8735363;WS=8735345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	8736028	rs1614616	T	C	7336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=122;PP=2965;SC=AATTTCTGACTTGTACGATCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=125;TCR=122;TR=247;WE=8736036;WS=8736018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	8736150	rs1615559	A	C	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=41;PP=2665;SC=CCGGGAGTTCAGTTTTAGAAG;SOR=1.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=119;WE=8736158;WS=8736140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	8736246	rs1731007	G	A	10368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=202;NR=156;PP=2965;SC=CTCTCTGTGCGGATTGCTCTG;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=202;TCR=156;TR=358;WE=8736254;WS=8736236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr16	8736499	rs1618219	C	T	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=52;PP=1429;SC=GTGTCCTTGTCAGTGTCATTA;SOR=4.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=59;WE=8736507;WS=8736489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	8738350	rs11645418	C	T	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=46;PP=2409;SC=GCAAGGTGGGCAGAAACAGCA;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=137;WE=8738358;WS=8738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	8738398	rs1641065	A	G	6774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=99;PP=2965;SC=TGTGCGTCCGACTGGCTGGTT;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=131;TCR=99;TR=230;WE=8738406;WS=8738388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr16	8738427	rs1641066	T	C	7873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=142;NR=124;PP=2965;SC=CAACTTCACATTGAGACACTT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=142;TCR=124;TR=266;WE=8738435;WS=8738417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr16	8738499	rs1731000	G	A	6089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GGAGCAGCTCGCAGATGGCAA;SOR=0.326;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=100;TCR=116;TR=215;WE=8738507;WS=8738489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,229:1.00:230
chr16	8738579	rs1641067	A	G	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=54;PP=1630;SC=GCCTCCAGCAACTGGTAGGTC;SOR=3.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=64;WE=8738587;WS=8738569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	8738622	rs9933132	C	T	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=835;SC=GGTTGCTTTACTGTGAAGCGG;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=8738630;WS=8738612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	8739954	rs1641070	G	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=6;PP=615;SC=TCTTTTCTCTGTTTGCTGCAG;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=8739962;WS=8739944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	8740015	rs1730994	A	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=26;PP=1350;SC=TCGCCTCCACAAGGCGCGGCG;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=8740023;WS=8740005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	8740418	rs1641072	T	C	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.223;SC=GCCATCATATTGCCGCTCGGC;SOR=0.525;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=94;TCR=104;TR=195;WE=8740426;WS=8740408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr16	8740503	rs1730992	G	A	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=64;PP=2304;SC=TGAGAAGGAAGAGGCAGGAGC;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=115;WE=8740511;WS=8740493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	8740653	rs1641073	C	T	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=32;PP=1014;SC=AGTGATCTTCCTCAGAGGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=8740661;WS=8740643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	8839954	rs1731017	A	G	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=37;PP=1155;SC=CCTAGATCTCAGGTGAGTTGA;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=8839962;WS=8839944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	8840025	rs2103340	C	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=312;SC=AAAAGCACAGCCAAGCTTAGG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=8840033;WS=8840015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	8841794	rs753071	T	G	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=212;SC=TGGAATAGTTTCCTGCCAACT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=8841802;WS=8841784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	8841895	rs368721800	A	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=566;ReadPosRankSum=0.546;SC=TTGGGAAAACATGAAAGATTT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=38;WE=8841903;WS=8841885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr16	8841960	rs1641010	T	C	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=57;PP=1898;SC=TGTTCTTGCCTGCAGGAGTTA;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=132;WE=8841968;WS=8841950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	8842128	rs1641011	T	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=351;SC=TTTTTCTCATTTCCTTTGTGA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=8842136;WS=8842118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	8851767	rs12930438	C	T	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=88;PP=2808;SC=TTCATTCATTCCATAAATATG;SOR=1.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=47;TCR=88;TR=135;WE=8851775;WS=8851757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	8858580	rs2302608	T	A	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=51;PP=2523;SC=CTCACGGCTATTTCCCTCCCC;SOR=1.349;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=92;TCR=51;TR=142;WE=8858588;WS=8858570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	8858700	rs112675542	GCA	G	871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,47:0.24:194
chr16	8862212	rs8049072	C	T	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=138;SC=ACATATTGTCCCACTGATTGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=8862220;WS=8862202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	8862506	rs1273406	C	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=283;SC=ATATACACCTCCTATGCACCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=8862514;WS=8862498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	8862592	rs1273407	T	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=20;PP=1644;SC=CTGACAGCCTTGCGCTGAAAT;SOR=2.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=77;WE=8862600;WS=8862582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	8873332	rs12447235	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=417;ReadPosRankSum=1.526;SC=TCCTCCCACTACAGGCCCGGT;SOR=0.146;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=23;WE=8873340;WS=8873322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr16	8873456	rs1079348	T	C	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=54;PP=1845;SC=AGGTAAGGGGTCAGGAGTGGC;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=8873464;WS=8873446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	8873493	rs1079349	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=405;ReadPosRankSum=1.089;SC=CATCCAGTATCTCCTGCTGTA;SOR=1.045;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=32;WE=8873501;WS=8873483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr16	8873572	rs41305755	G	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.37;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	8873576	rs45545237	C	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.37;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	8895909	rs2304471	C	A	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=746;ReadPosRankSum=-0.575;SC=ATTTTCTTGGCCTTTGCTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=212;TCF=113;TCR=99;TR=63;WE=8895917;WS=8895899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,71:0.31:229
chr16	8896066	rs2304470	G	C	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=58;PP=2190;SC=TGTACCCGTTGACAGCCCTTC;SOR=1.109;Source=Platypus;TCR=58;WE=8896074;WS=8896056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	8900436	rs17566708	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=0.205;SC=GCCTGAGAGCCGAGCTTGGAA;SOR=3.056;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=18;WE=8900444;WS=8900426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr16	8904877	rs34742119	T	TATG	1892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=1668;SC=GCTGTTTATCTATGTTGCCCA;SOR=4.565;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=32;WE=8904885;WS=8904867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	8907145	rs9924186	G	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=291;ReadPosRankSum=1.854;SC=TCAGACCCCCGACGCCTCTGT;SOR=0.722;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=19;WE=8907153;WS=8907135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr16	8948974	rs6898	T	C	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=8;PP=1049;SC=GCCTCCTCCCTGCAAAGTCTC;SOR=2.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=8948982;WS=8948964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	8949187	rs2231709	C	T	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=1002;ReadPosRankSum=1.374;SC=TTCCACACTACGGGGGCATAA;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=49;TCR=81;TR=70;WE=8949195;WS=8949177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,75:0.55:137
chr16	8949220	rs2231708	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=871;ReadPosRankSum=0.399;SC=GGGCTCACACCGGGACACAGC;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=52;WE=8949228;WS=8949210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr16	8952248	rs988065	A	G	4814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=97;NR=72;PP=2948;SC=CATCAGCTGGAGTAATGAAGC;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=98;TCR=72;TR=169;WE=8952256;WS=8952238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	8955280	rs75831927	C	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=784;ReadPosRankSum=-0.315;SC=TTTGCCCCCCCAGTCCCCTCA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=54;WE=8955288;WS=8955270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,53:0.76:70
chr16	8988386	rs71155414	CG	CGG,C	168.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=9,9;NR=0,0;PP=22,134;SC=CACCAGCCCCCGGGGGGGGGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9,9;WE=8988394;WS=8988376;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.62:8
chr16	8988777	rs2304467	C	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=251;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CGTCACGTGGCAGCCGCCAAA;SOR=0.713;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=20;WE=8988785;WS=8988767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr16	8989403	rs1677473	A	G	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=49;PP=2965;SC=TAAAAACACAAATCAAGCTAC;SOR=1.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=100;TCR=49;TR=148;WE=8989411;WS=8989393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	8992342	rs2304465	G	A	4910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.759;SC=CCAAAACCCCGAGCCTTCTCT;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=403;TCF=211;TCR=192;TR=211;WE=8992350;WS=8992332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,227:0.53:432
chr16	8992828	rs2289109	G	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=233;ReadPosRankSum=-0.797;SC=ATGTGGTCAAGATGTGAGTGG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=15;WE=8992836;WS=8992818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr16	8992868	rs2437724	AC	CA	5007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=24;PP=2947;SC=CAAGAAATGGACTGTCAGGTG;SOR=2.324;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=82;TCR=24;TR=99;WE=8992877;WS=8992847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	8994563	rs2447919	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=710;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CTTCCATGTACTTAAGTATTT;SOR=1.228;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=39;WE=8994571;WS=8994553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr16	8995177	rs199579856	GAAA	G	428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=35.73;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr16	8995927	rs2304466	G	A	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=556;ReadPosRankSum=0.625;SC=CAGGCGTCTCGTGGGCACTTA;SOR=0.924;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=39;WE=8995935;WS=8995917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr16	8996377	rs2447918	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=1.250;SC=AATAAAAACACGCTCATATTT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=8996385;WS=8996367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	8998571	rs2437727	G	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=-1.892;SC=AGGCTGAGGCGGGCCGATCAC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=8998579;WS=8998561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	9004564	rs2447916	C	A	10342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=232;NR=110;PP=2965;SC=TAAAGAAGAACGCTACAACAG;SOR=1.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=342;TCF=232;TCR=110;TR=342;WE=9004572;WS=9004554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr16	9010260	rs138207509	ATTTTCTGAATTAGGTC	A	952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=2963;ReadPosRankSum=2.355;SC=AAAGATGGGCATTTTCTGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=12;WE=9010283;WS=9010250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr16	9010446	rs57510291	A	AC	3217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=42;PP=986;SC=CTCCATTTAAAGCTCAACTTT;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=46;WE=9010454;WS=9010436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	9014350	rs1677470	T	C	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=51;PP=1596;SC=AGAACACACATTTTATTCCCA;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=9014358;WS=9014340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	9014385	rs7189170	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.803;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=-2.473;SC=TTAGTGCCCTGTACTTAATAG;SOR=1.218;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=20;WE=9014393;WS=9014375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr16	9014434	rs2447912	T	G	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=412;SC=TCCCAACTTTTTTGCTAATTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=9014442;WS=9014424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	9015252	rs30761	A	T	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.30;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	9015252	.	ATTTCAT	TTTTCAC,TTTTCAT	219	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4,9;NR=11,25;PP=210,219;QD=17.5645249908;SC=CCCATTTATGATTTCATTGCT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=15,34;WE=9015266;WS=9015242;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:34
chr16	9015258	rs9940652	T	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr16	9017061	rs139138924	T	TACAACGATGTGGGGGTTTGTAGTTGCATCATTTAA	4030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=91.61;SOR=4.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	9030444	rs1382390	C	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=46;PP=1572;SC=ACTCACCTTCCAGCCCAAGCC;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=9030452;WS=9030434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr16	10524656	rs56252625	GGAC	G	2155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.285;NF=6;NR=32;PP=1582;ReadPosRankSum=-1.343;SC=GTCATAACTAGGACGACTGAA;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=16;TCR=88;TR=38;WE=10524666;WS=10524646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,60:0.38:157
chr16	10532211	rs1532824	A	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=1.198;SC=AAGCAATCCTACCACCTCAGT;SOR=0.269;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=10532219;WS=10532201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr16	10566146	rs4453490	G	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.885;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr16	10567984	rs62027485	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTTAGCTCATGTGCAGATTCA;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=17;WE=10567992;WS=10567974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr16	10625605	rs149380057	GATGAATGA	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=505;ReadPosRankSum=0.047;SC=GATTTATGTTGATGAATGAAT;SOR=2.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=2;WE=10625620;WS=10625595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr16	10625997	rs7194566	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=600;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CAGGGAGCGCGTTAGAAATGC;SOR=0.711;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=51;WE=10626005;WS=10625987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,50:0.33:151
chr16	10626059	rs35914943	AG	A	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=227;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GTCTGGGGTGAGGGGGGGGGC;SOR=0.639;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=20;WE=10626067;WS=10626049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr16	10626189	rs2047923	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	10631912	rs2279868	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=356;ReadPosRankSum=0.044;SC=TGGCCTGGACCGCCTGCAGCG;SOR=0.439;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=34;WE=10631920;WS=10631902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr16	10631985	rs1504884	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr16	10769943	rs78451460	G	A	5849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GAGGTGCTCCGCCTCCTCCCG;SOR=0.557;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=435;TCF=228;TCR=207;TR=272;WE=10769951;WS=10769933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,275:0.62:442
chr16	10769958	rs2719710	T	C	5711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.317;SC=CTCCCGCAGCTGGATGGAGTT;SOR=0.579;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=431;TCF=226;TCR=205;TR=263;WE=10769966;WS=10769948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,272:0.61:444
chr16	10770075	rs2719711	A	G	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=48;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.318;SC=GCAGTCCTGGAAGACCTCAGA;SOR=1.382;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=116;TCF=30;TCR=86;TR=59;WE=10770083;WS=10770065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,64:0.51:125
chr16	10770091	rs2719712	T	C	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=38;PP=622;ReadPosRankSum=0.563;SC=TCAGAATCTGTGGTTTCTCCG;SOR=1.085;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=90;TCF=17;TCR=73;TR=44;WE=10770099;WS=10770081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr16	10775822	rs10221070	G	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=348;ReadPosRankSum=0.841;SC=GACACGCCAGGGATGGGGAGG;SOR=0.984;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=24;WE=10775830;WS=10775812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr16	10775855	rs12918646	G	A	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=30;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CTTACGTGCCGTCAATTTTCT;SOR=0.580;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=83;WE=10775863;WS=10775845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,89:0.67:132
chr16	10776063	rs10221071	G	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=188;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CCACACAGCAGGTGTGTGTTG;SOR=0.738;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=14;WE=10776071;WS=10776053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr16	10783088	.	TA	T	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=2.002;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr16	10784013	rs17604545	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=191;ReadPosRankSum=0.785;SC=ATGTGACCTCACTACTGGGCA;SOR=0.096;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=16;WE=10784021;WS=10784003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr16	10788106	rs2251984	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=4;PP=904;SC=CAAGGGAAGCAGAATGAGCGT;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=42;WE=10788114;WS=10788096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	10788129	rs2251985	G	T	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=9;PP=1430;SC=AGTATCCCCAGGACACAGCCA;SOR=3.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=56;TCR=9;TR=65;WE=10788137;WS=10788119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	10788406	rs9922129	G	T	3740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=82;PP=2267;ReadPosRankSum=2.653;SC=GCCCACAGCCGGGAGGCCTCG;SOR=0.695;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=253;TCF=112;TCR=141;TR=150;WE=10788414;WS=10788396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,165:0.60:275
chr16	10855521	.	CTT	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-0.629;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr16	10855739	rs1084544	G	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=48;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.219;SC=AGTGTGGGGCGGCACCTCACT;SOR=1.313;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=107;TCF=29;TCR=78;TR=62;WE=10855747;WS=10855729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,64:0.58:111
chr16	10861914	rs2233541	T	C	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=51;PP=1090;ReadPosRankSum=-1.734;SC=GAGTACTAAATGCAGATGCCT;SOR=0.925;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=153;TCF=63;TCR=90;TR=84;WE=10861922;WS=10861904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,91:0.55:164
chr16	10862964	rs11716	A	G	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=53;PP=1669;ReadPosRankSum=1.566;SC=AGTTCCTGAAACGAGAGAATG;SOR=0.560;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=111;WE=10862972;WS=10862954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,121:0.61:197
chr16	10864350	rs9925173	T	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=-0.990;SC=AGGACGGTTCTACCCATTTCA;SOR=1.148;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=26;WE=10864358;WS=10864340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
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chr16	10992715	rs6498121	T	G	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=44;PP=1846;SC=CCAAGGTGGGTACAATAGAGA;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=86;WE=10992723;WS=10992705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	10995145	rs45513895	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=546;ReadPosRankSum=0.165;SC=TCCCCATTTGTGACTCGGCCT;SOR=1.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=26;WE=10995153;WS=10995143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr16	10995850	rs6498124	G	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=3;PP=630;SC=TCCCAGGAAGGCCCCTCCAAG;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=10995858;WS=10995840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	10995933	rs8046121	A	G	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=28;PP=2335;SC=TCTCCTAGTGAGACCAGTGAG;SOR=1.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=74;TCR=28;TR=101;WE=10995941;WS=10995923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	10996332	rs6498125	C	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=161;SC=CATGGAGCCCCTTCTCTGTGC;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=10996340;WS=10996330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	11001743	rs2229320	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1500;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GGCTGCAGCCGGGGACACTGC;SOR=0.597;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=167;TCF=89;TCR=78;TR=93;WE=11001751;WS=11001733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,101:0.55:182
chr16	11002133	rs4781018	C	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=37;PP=1079;SC=AGAATGGATTCTCTCCATTTT;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=11002141;WS=11002123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	11002904	rs2228238	G	A	5143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=1.486;SC=TGAGCGACACGGTGGCGCTGT;SOR=1.447;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=118;TCR=60;TR=177;WE=11002912;WS=11002894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr16	11002927	rs7197779	A	G	6941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=0.339;SC=GAGTCCCTGCAGCAGCATGGG;SOR=0.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=253;TCF=156;TCR=97;TR=252;WE=11002935;WS=11002917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr16	11003157	rs45481191	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=321;ReadPosRankSum=-0.678;SC=TCTGGGACACCCCATGCCCTC;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=18;WE=11003165;WS=11003147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr16	11004150	rs4781019	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=428;ReadPosRankSum=0.186;SC=TGTGGGTCTGCGCAAGGTTTC;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=40;WE=11004158;WS=11004140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,43:0.35:123
chr16	11010150	rs6498130	G	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=0.265;SC=GGCTGAGGAGGCCCTCACTGG;SOR=1.072;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=22;WE=11010158;WS=11010140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr16	11015906	rs6498134	A	G	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=12;PP=1680;SC=ATAAATATTGATTCCTTCCCC;SOR=2.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=62;TCR=12;TR=74;WE=11015914;WS=11015896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	11017058	rs4781024	G	A	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=71;PP=2619;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CCTCTAACCTGGCTCTGAGTC;SOR=0.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=281;TCF=166;TCR=115;TR=174;WE=11017080;WS=11017048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,190:0.62:304
chr16	11056378	rs16957839	C	T	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=45;PP=1021;ReadPosRankSum=0.722;SC=CGGGCCGTTACGTGTGCGTTC;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=84;WE=11056386;WS=11056368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,93:0.54:172
chr16	11063011	rs2302558	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=305;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TTTTTTTCTCCCTCTAGATTA;SOR=3.126;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=15;WE=11063019;WS=11063001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr16	11070973	rs16957855	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TTGAGACTAACTCAAATATGT;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=11070981;WS=11070965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	11136048	rs2302557	C	G	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=52;PP=1982;SC=GGATAGGCAGCAGTCTTGGGT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=116;WE=11136056;WS=11136038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	11137978	rs8052325	A	G	4135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=98;PP=2652;ReadPosRankSum=-0.677;SC=TATTGTAGAAACAGAAGTGTG;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=268;TCF=114;TCR=154;TR=172;WE=11137986;WS=11137968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,183:0.64:284
chr16	11154577	.	A	AT	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.4999;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=25;QD=11.3333333333;SC=TCCCCCTTTGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=11154585;WS=11154567;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	11154770	rs2286973	G	A	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1237;ReadPosRankSum=0.454;SC=CCATCCGGGTGTTCTTCATGC;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=89;WE=11154778;WS=11154760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,97:0.64:152
chr16	11250413	rs7189563	C	A	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=16;PP=1582;SC=ACCCGCCTTCCTCCTGCTGCC;SOR=2.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=75;WE=11250421;WS=11250403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	11349403	rs27829	A	C	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=35;PP=848;SC=AGAGACAAAGAGGTGAGCTGG;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=11349411;WS=11349393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	11350059	rs27831	T	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=13;PP=426;SC=GCTCGCTCTGTTCGGCGCCCG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=11350067;WS=11350049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	11367143	rs438289	G	A	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=26;PP=1348;SC=GTTGCGGGTCGGGAGGGTGTC;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	11367154	rs429744	C	T	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=26;PP=1322;SC=GGAGGGTGTCCGCTTGGGCTC;SOR=1.091;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=72;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	11369855	rs2070923	G	T	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.263;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.62;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr16	11439639	rs918737	T	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	11439679	rs918738	C	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=262;ReadPosRankSum=1.608;SC=GAGAAGTTGCCGAGGCCAGAT;SOR=0.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=22;WE=11439687;WS=11439669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr16	11439733	rs918739	G	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=13;PP=393;SC=GGCGGGTCTGGCCCTCCTCCG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=11439741;WS=11439723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	11444403	rs2032929	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=510;SC=GCCGAGATTGTGCCACTGCAC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=11444411;WS=11444393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	11444430	rs2032930	T	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=4;PP=770;SC=CTGGGCGACATAGCAAGACTC;SOR=2.985;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=30;WE=11444438;WS=11444420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	11444454	rs57767216	GA	G	1315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=590;ReadPosRankSum=-0.131;SC=CTCAAAAGAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.794;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=39;WE=11444477;WS=11444444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,59:0.95:62
chr16	11444469	rs2032931	C	T	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=28;PP=1507;SC=AAAAAAAGAACATTACTATGG;SOR=1.367;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=80;WE=11444477;WS=11444444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	11537347	.	A	AAGAGAGAG,AAGAGAGAGAGAGAG	3031.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.34;QD=104.54;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,14:0.52,0.48:29
chr16	11537471	rs12925081	C	T	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=-1.155;NF=29;NR=53;PP=1368;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GGAAGAAGACCCGGATGGGGT;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=51;TCR=94;TR=82;WE=11537479;WS=11537461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,94:0.58:163
chr16	11540596	rs4359463	A	C	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=52;PP=1752;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TGCCCCAGACACACTCACGTA;SOR=0.672;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=99;WE=11540604;WS=11540586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,102:0.54:188
chr16	11540712	rs4500747	T	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=704;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GCCTATCAGCTGTGAAGGTCT;SOR=0.540;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=49;WE=11540720;WS=11540702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr16	11541685	rs4296278	A	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=581;ReadPosRankSum=0.937;SC=AGGTCAGCAGAGATTCTCCAG;SOR=0.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=27;WE=11541693;WS=11541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr16	11541896	rs4238608	G	A	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1347;ReadPosRankSum=1.689;SC=GCACCAATCCGCACAGCCGTG;SOR=0.855;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=96;WE=11541904;WS=11541886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,103:0.60:172
chr16	11542894	rs4467099	C	T	3606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=69;PP=2189;ReadPosRankSum=-1.083;SC=TGCACTGCTGCGTTCCAGGCT;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=136;TCR=109;TR=154;WE=11542902;WS=11542884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,164:0.64:255
chr16	11544673	rs12932948	G	A	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=968;ReadPosRankSum=0.928;SC=CAGGTTCAAGGCTCCTGCAAG;SOR=0.567;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=69;WE=11544681;WS=11544663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,77:0.68:113
chr16	11544741	rs6498192	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=449;ReadPosRankSum=-2.082;SC=GCAGGCAGCTGGAGGTCCCGA;SOR=0.860;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=33;WE=11544749;WS=11544731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr16	11544824	rs6498194	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=0.490;SC=TTTCTAGGACGTTGGTAATGT;SOR=0.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=11544832;WS=11544814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	11647492	rs4280262	T	C	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,97:0.27:354
chr16	11650325	rs3743582	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,29:0.19:151
chr16	11690308	rs113749419	A	AGAGGAGGAG	1125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.964;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.518;NF=1;NR=7;PP=1249;ReadPosRankSum=0.099;SC=AAATCCCAATAGAGGAGGAGG;SOR=0.398;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=8;WE=11690316;WS=11690298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,31:0.58:53
chr16	11769948	rs1050068	C	T	5479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=75;PP=2965;SC=CCACCACGGGCGTGGTCACAG;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=188;WE=11769956;WS=11769938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	11769963	rs1050069	C	T	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=80;PP=2965;SC=TCACAGTCATCGTCATCCTCA;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=121;TCR=80;TR=201;WE=11769971;WS=11769953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	11773662	rs3190321	C	G	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=53;PP=1753;SC=GTGATGGGGACGTCTTCGGGG;SOR=1.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=11773670;WS=11773652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	11773743	rs7188511	G	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=468;SC=CCAACACAATGAGTCCAAAAG;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=11773751;WS=11773733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	11797365	rs71406275	TAC	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.678;NF=5;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=0.580;SC=AGGCTTTTGATACACACACAC;SOR=0.382;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=11797374;WS=11797355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	11815336	rs116983106	C	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=1.232;SC=GAAAAGGAATCAAGCAAATTA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=10;WE=11815344;WS=11815326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	11824056	rs11639945	T	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=14;PP=493;SC=GACCTTCAAATAGTTATATAC;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=11824064;WS=11824046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	11828018	rs4780398	A	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=377;SC=ATTTAAAAATAGAATGATTCC;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=11828026;WS=11828008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	11859034	rs75779711	C	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GAAAGATTATCAAAAAAAATA;SOR=0.582;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=4;WE=11859042;WS=11859024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
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chr16	11969724	rs33657	G	C	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=67;PP=1689;ReadPosRankSum=1.628;SC=GATCTTGTTTGACAAAACGGG;SOR=0.549;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=175;TCR=189;TR=131;WE=11969732;WS=11969714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,135:0.36:380
chr16	11981487	rs3752426	G	A	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.723;NF=77;NR=49;PP=1867;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AACTCTTGTGGCCAGGGGCAT;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=117;TCR=77;TR=126;WE=11981495;WS=11981477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,132:0.65:203
chr16	12009150	rs28653099	C	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=117;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CAGGGCCGCGCGCCCCCGGAC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=12009158;WS=12009140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	12009279	rs424518	A	G	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=105;NR=70;PP=2965;SC=GGCGCCGCCAACTGGGGGTGG;SOR=1.110;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=105;TCR=70;TR=175;WE=12009287;WS=12009269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	12009304	rs11544193	C	A	3734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=73;PP=2263;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GCTGCCGGGCCCCGCAGGAAG;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=263;TCF=148;TCR=115;TR=169;WE=12009312;WS=12009294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,177:0.65:273
chr16	12009614	rs435108	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=773;ReadPosRankSum=-0.159;SC=ACAGAGAGCGGGAAATGGAGG;SOR=0.435;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=44;WE=12009622;WS=12009604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr16	12009781	rs434762	G	A	6910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.675;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCTCAAC;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=487;TCF=242;TCR=245;TR=307;WE=12009789;WS=12009771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,324:0.64:510
chr16	12021298	.	GTTCCACCTCAGCGGCCCTCCGCCTCTTGGGTTCGGGTGGTGA	G	568.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-1.065;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,34:0.31:109
chr16	12021332	rs256390	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.687;NF=31;NR=32;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.764;SC=TCTTGGGTTCGGGTGGTGATT;SOR=0.777;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=63;WE=12021369;WS=12021322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr16	12031390	rs677507	C	T	6970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=86;PP=2965;SC=AAAGTTAGTACACTCACCCAA;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=157;TCR=86;TR=243;WE=12031398;WS=12031380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr16	12031448	rs636664	T	C	8221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=153;PP=2965;SC=TTCTCGGAAATGCAATAATGA;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=143;TCR=153;TR=296;WE=12031456;WS=12031438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr16	12059032	rs3743591	A	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=0.417;SC=AGACACAGACAGCCCCCGTAA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=6;WE=12059046;WS=12059023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr16	12059038	rs11570139	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=669;ReadPosRankSum=-0.146;SC=AGACAGCCCCCGTAAGAACCC;SOR=0.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=16;WE=12059046;WS=12059023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr16	12059937	rs3916675	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.020;NF=5;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=-0.832;SC=CACTGCACTCTAGCCTGGGCA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=12059945;WS=12059927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr16	12060163	rs373496	A	G	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=91;PP=2690;SC=AGGAAGATAAACTCTGAACCA;SOR=1.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=144;WE=12060171;WS=12060153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	12061626	rs2017662	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=848;ReadPosRankSum=-1.112;SC=TTGTCACCACGAAAACGAATG;SOR=0.521;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=59;WE=12061634;WS=12061616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr16	12136954	rs1703492	A	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=462;ReadPosRankSum=0.296;SC=CGGGATGCGAACTGGGATGGG;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=31;WE=12136962;WS=12136944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr16	12142130	rs56363861	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.501;NF=10;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=-1.551;SC=GATCAACGTGCCTCCTCTTCT;SOR=0.144;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=11;WE=12142138;WS=12142120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr16	12142172	rs3826097	T	G	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-1.196;QD=14.10;ReadPosRankSum=-2.015;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr16	12142175	rs3826098	C	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-1.260;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr16	12154875	rs3894905	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=-0.626;SC=ATTTCGGAACGTGGAGCAGAT;SOR=0.507;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=14;WE=12154883;WS=12154865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	12162969	rs1641843	A	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=984;ReadPosRankSum=-1.258;SC=ACGTTCTCCCAGATCCTGGAC;SOR=0.696;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=214;TCF=103;TCR=111;TR=74;WE=12162977;WS=12162959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,80:0.35:231
chr16	12181510	rs11648468	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=-1.463;SC=CGTCATTATGCGAGATGCCTC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=17;WE=12181518;WS=12181500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr16	12181702	rs11648228	G	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=2.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,87:0.29:305
chr16	12183500	rs12596549	C	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=163;ReadPosRankSum=-1.552;SC=GCTGGCATTGCGCTGCCAGAA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=12;WE=12183508;WS=12183490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	12223637	rs62038898	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=0.718;SC=TGAGGGATGGAGAGGTAAGCA;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=9;WE=12223645;WS=12223627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	12296803	rs1701115	G	T	7527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=171;NR=96;PP=2965;SC=CTGGTGGCGTGGGAGGTGACA;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=171;TCR=96;TR=267;WE=12296811;WS=12296793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr16	12297234	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=23;MQ=56.2;NF=211;NR=158;PP=2962;QD=20;SC=GGAGGTGACAACTCTGAAGTT;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=953;TCF=492;TCR=461;TR=369;WE=12297255;WS=12297224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:584,369:0.39:953
chr16	12297247	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=56.73;NF=237;NR=182;PP=2962;QD=20;SC=CTGAAGTTGTATAGTGTGGCC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=992;TCF=509;TCR=483;TR=419;WE=12297255;WS=12297224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:573,419:0.42:992
chr16	12297247	.	A	ATAGTGTGGCCCTGATGTCAGATGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACGTCTCTGAAGTTGTGTAGTGAGGCCTTGCTGTCAGGTGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACAGCTCTGAAGTTGTGTAGTGTGACCCTGGTGTCAGGTGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACAGCTCTGAAGTTGTG	33008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=6.061;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;MQRankSum=-0.173;QD=134.18;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,241:0.98:246
chr16	12297313	.	T	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=19;MQ=55.29;NF=138;NR=219;PP=2962;QD=20;SC=TTGTGTAGTGTGGCCTTGCTG;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=843;TCF=388;TCR=455;TR=357;WE=12297321;WS=12297303;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:486,357:0.42:843
chr16	12297562	rs1701113	G	A	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=56;PP=1533;SC=TTTGCTGTAAGACAACCATCC;SOR=3.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=67;WE=12297570;WS=12297552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	12371915	rs12448443	T	C	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=65;PP=1993;SC=GGAGTCTGTGTGTCTTTGTTT;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=126;WE=12371923;WS=12371905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	12449855	rs7190509	T	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=634;SC=ATTGAGCTTATGGGTGGATTG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=12449863;WS=12449845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	12449925	rs11075062	C	G	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=38;PP=1811;SC=AGATGTTTTGCTGACAGGTGT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=99;WE=12449933;WS=12449915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	12450163	rs4781211	C	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=651;SC=CCCTGTGTGTCTGTCAAGCCT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=12450171;WS=12450153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	12618465	rs11075087	G	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=174;ReadPosRankSum=0.070;SC=TTGGTTGCCTGGATGGCGCTG;SOR=0.340;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=18;WE=12618473;WS=12618455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr16	12621176	rs2269446	C	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=140;ReadPosRankSum=-0.049;SC=AGACTGCTGTCTCAGCTGGAA;SOR=0.984;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=14;WE=12621184;WS=12621166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr16	12662216	rs17822014	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=2;PP=841;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CATTTCTTCAGGTGGCACCAG;SOR=0.203;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=62;TCF=60;TCR=2;TR=39;WE=12662224;WS=12662209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr16	12758966	rs1713480	T	C	5203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	12759027	rs1713479	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=47;PP=1316;SC=TAGGTAACCTAGGGTCTCCAG;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=64;WE=12759035;WS=12759017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	13002359	rs9938751	T	C	6744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.653;SC=CTGCTGTTTATGGAGGCACAG;SOR=0.274;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=118;TCR=124;TR=241;WE=13002367;WS=13002349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr16	13297242	rs13331224	C	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=530;ReadPosRankSum=0.809;SC=TCTGTGTCTTCACTTCCAGAT;SOR=0.998;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=31;WE=13297250;WS=13297232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr16	13307325	rs140527178	TTG	T	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
chr16	14014278	rs1799798	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=12.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=320;ReadPosRankSum=2.424;SC=AGTGTTGAGGGCCTCCTGAGC;SOR=3.855;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=16;WE=14014286;WS=14014268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr16	14026007	rs254942	G	A	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=21;PP=906;SC=TTAACTTTTCGTATTAGGTTG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=14026015;WS=14025997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	14031520	rs31869	G	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=153;SC=TCAAATATTTGTTATTTGAGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=14031528;WS=14031510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	14334526	rs45520934	C	T	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1507;ReadPosRankSum=-1.334;SC=GCATTCCATTCCAGTTTCTGT;SOR=0.604;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=90;WE=14334534;WS=14334516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,95:0.59:162
chr16	14530726	rs113631743	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=327;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GGCCTGTGACGGCTGCAGACG;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=23;WE=14530734;WS=14530716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr16	14675943	rs72787692	C	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr16	14678349	rs374880534	A	AC	3102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.799;NF=7;NR=69;PP=1828;ReadPosRankSum=2.001;SC=AGATTCACTGACCCCCCCAAA;SOR=0.801;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=154;TCF=12;TCR=142;TR=76;WE=14678357;WS=14678339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,128:0.57:224
chr16	14700254	rs4782156	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.52;QD=26.25;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	14742400	rs11546303	T	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=678;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AATCAGCAGATGGGAGGGGGA;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=80;TCR=101;TR=60;WE=14742408;WS=14742390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,64:0.32:199
chr16	14772624	.	CA	C	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=2.059;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr16	15068908	rs28418438	C	G	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.401;NF=3;NR=23;PP=486;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TTCGGCAGCCCGCGGCGCCGC;SOR=0.828;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=26;WE=15068916;WS=15068898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr16	15082175	.	CGTT	C	2968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.560;NF=12;NR=38;PP=1800;ReadPosRankSum=-1.601;SC=CCACAGTACTCGTTGTAGATG;SOR=0.717;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=176;TCF=50;TCR=126;TR=50;WE=15082185;WS=15082165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,87:0.33:267
chr16	15083569	.	C	CGCA	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.077;NF=1;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-0.521;SC=ACGCACGCGGCGCAGCAGCCC;SOR=0.871;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=3;WE=15083577;WS=15083559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr16	15090146	rs190341017	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.282;NF=15;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=0.209;SC=AAATACGTACGTATTGTATGC;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=19;WE=15090154;WS=15090136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,22:0.28:80
chr16	15090275	rs11279533	ATATTATATG	A	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.38;MQRankSum=-0.523;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr16	15091589	rs11421981	C	CT	488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.624;HP=14;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-3.548;NF=17;NR=12;PP=311;ReadPosRankSum=1.136;SC=AAATTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.725;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=29;WE=15091597;WS=15091578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr16	15092116	rs6498535	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.640;NF=23;NR=2;PP=479;ReadPosRankSum=0.435;SC=TTATAGGCAACATGGTCATGT;SOR=0.077;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=25;WE=15092124;WS=15092106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr16	15100202	rs71271216	A	G	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=4.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.87;MQRankSum=-4.874;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.557;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr16	15110077	rs4262938	C	T	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=4.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQRankSum=-2.944;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.930;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,112:0.55:203
chr16	15116521	rs4985160	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-11.474;QD=1.16;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,60:0.16:369
chr16	15116625	rs1058637	G	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-5.528;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,21:0.17:124
chr16	15120411	rs62039476	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=9.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.03;MQRankSum=-4.727;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.428;SOR=2.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,10:0.12:82
chr16	15129940	rs3198697	C	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=678;ReadPosRankSum=0.496;SC=CAGTCAGTCACATTGAAGACT;SOR=0.936;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=128;TCF=83;TCR=45;TR=49;WE=15129948;WS=15129930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,50:0.36:139
chr16	15135071	rs7498279	G	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=560;SC=GGAGCTCCTCGATGCAGAAAG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=15135079;WS=15135061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	15135269	rs9926473	T	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=289;SC=TCCTTCCTGGTAGACGAGGGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=15135277;WS=15135264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	15155898	rs2966157	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.808;SC=AAAGCCAGTGTAGTGGCACAC;SOR=0.392;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=15155906;WS=15155888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	15159022	.	CA	C	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-2.698;QD=3.30;ReadPosRankSum=2.081;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr16	15168760	rs4985147	T	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=198;ReadPosRankSum=1.455;SC=AAAAATTCAATGTCAAAGTGG;SOR=1.577;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=17;WE=15168768;WS=15168750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr16	15173746	rs2941253	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GAGTCACCACGCCTGGCCAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=15173754;WS=15173736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	15178499	rs76732059	G	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-13.614;NF=78;NR=69;PP=1792;ReadPosRankSum=0.239;SC=GTATACTCACGATGGTACATA;SOR=0.716;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=415;TCF=232;TCR=183;TR=147;WE=15178507;WS=15178489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,128:0.32:406
chr16	15178612	rs373009083	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-15.632;NF=24;NR=54;PP=912;ReadPosRankSum=-4.032;SC=AACTGAAGGGCGACACGCTTG;SOR=0.807;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=271;TCF=101;TCR=170;TR=78;WE=15178620;WS=15178602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,66:0.24:273
chr16	15178688	rs8061051	C	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.309;NF=1;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=-0.851;SC=TTTGGGAGGCCGAGGTGGGTG;SOR=0.784;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=16;WE=15178696;WS=15178678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr16	15187912	rs11075256	G	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.387;NF=16;NR=9;PP=277;ReadPosRankSum=-1.611;SC=CACGCCATGAGCTTTGTCCCA;SOR=0.454;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=25;WE=15187920;WS=15187902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr16	15493046	rs153001	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=189;SC=AATGAGGCACGTAAACTACAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=15493054;WS=15493038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	15501658	.	CT	C	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.095;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,22:0.22:99
chr16	15596142	rs12448500	G	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=19;PP=926;SC=TAGCCAGGATGTGAAGCCTGT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=15596150;WS=15596132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	15680642	rs2071332	C	T	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=934;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GGGGCTGGCACTGATCAAGGA;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=68;WE=15680650;WS=15680632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,74:0.61:122
chr16	15695059	rs2071331	A	G	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=49;PP=1481;SC=ACATGTGCACACCGTCGCCAG;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=75;WE=15695067;WS=15695049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	15696480	rs71293163	A	AAGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG	1826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=62.99;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	15705605	rs7185421	A	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=36;PP=1102;SC=CAAAGCAAATAGTTTATTTAT;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=58;WE=15705613;WS=15705595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	15718591	rs2071333	G	A	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=7;PP=972;SC=CCTATTACATGTAACCACCCC;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=15718599;WS=15718581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr16	15771601	rs6498567	T	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=11;PP=788;SC=TGTGCTACTGTGTCTAGCCTT;SOR=1.911;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=40;WE=15771609;WS=15771591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	15781054	rs8044738	A	G	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=54;PP=2130;ReadPosRankSum=0.989;SC=CCCATTCTGCAGGTAAAGAGC;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=75;TCR=55;TR=127;WE=15781062;WS=15781044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
chr16	15781092	rs55734390	G	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=542;ReadPosRankSum=-0.776;SC=AAGGGACTTGGCCCACTCTGT;SOR=0.808;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=45;WE=15781100;WS=15781082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,48:0.34:140
chr16	15811023	rs1050163	C	T	9269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=1.831;SC=CCTGCTCCTCCAGCTGTGCAA;SOR=0.313;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=174;TCR=169;TR=340;WE=15811031;WS=15811013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,358:1.00:359
chr16	15811062	rs1050162	C	T	8316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.460;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=1.714;SC=CGATGGTGGACTTGAACTTGG;SOR=0.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=142;TCR=161;TR=300;WE=15811070;WS=15811052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,314:1.00:315
chr16	15813211	rs11646134	G	T	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=51;PP=1363;SC=GAAAGGCCAAGCCCCACCAAG;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=15813219;WS=15813201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	15813633	rs17284411	G	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=25;PP=664;SC=CTGCTGCCCAGTTCAGCTTTG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=15813641;WS=15813623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	15813945	rs2075512	C	T	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=14;PP=1772;SC=CTGCTGACTTCGGTGGCCTGA;SOR=2.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=71;WE=15813953;WS=15813935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	15818141	rs2075511	A	C	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=56;PP=1949;SC=GTTTATCATAAGCGGCCGCCT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=120;WE=15818149;WS=15818131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	15818310	rs11130	G	A	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=28;PP=830;SC=GGGACCATGAGTGGCCCCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=15818318;WS=15818300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	15820596	.	G	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.377;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=1.901;SC=CTAGAGGAAAGGACTTGCCTT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=15820604;WS=15820593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	15820735	rs113154524	C	T	3111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=50;PP=2023;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CATTGAGCTCCGCCCGGGCCC;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=117;TCR=76;TR=128;WE=15820743;WS=15820725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,133:0.66:203
chr16	15838940	rs2384934	G	C	3210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=63;PP=2003;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GAGTGAAGAAGCAGGGCTGGG;SOR=0.520;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=215;TCF=120;TCR=95;TR=139;WE=15838948;WS=15838930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,148:0.65:229
chr16	15843899	rs6498570	G	A	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=51;PP=2120;SC=TGGGGTCCTCGGGGTAGGTGG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=73;TCR=51;TR=123;WE=15843907;WS=15843889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	15843965	rs79295535	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=520;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TGGCTTCTGGGAGCCCCAGGG;SOR=0.624;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=136;TCF=77;TCR=59;TR=41;WE=15843973;WS=15843955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,43:0.29:150
chr16	15869801	rs2072619	T	C	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=11;PP=1036;SC=TGAAGAACTGTTCATATGTCA;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=15869809;WS=15869791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	15872609	rs2075514	A	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=866;ReadPosRankSum=-1.056;SC=AGGGGTACCCATTTGGCCCAG;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=198;TCF=137;TCR=61;TR=75;WE=15872617;WS=15872599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,83:0.38:217
chr16	15872748	rs11644832	G	T	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=54;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.375;SC=AACTTCAGCCGTTAACCCCAT;SOR=0.733;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=243;TCF=94;TCR=149;TR=85;WE=15872756;WS=15872738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,93:0.36:261
chr16	15872807	rs11645883	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=270;ReadPosRankSum=-1.135;SC=GAGGTGGGGCGGGGAGATTCT;SOR=0.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=22;WE=15872815;WS=15872797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr16	15876471	rs2075513	T	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=659;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TAGACCCTGATGCTAATGTTC;SOR=0.331;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=117;TCF=37;TCR=80;TR=55;WE=15876479;WS=15876461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr16	15892476	rs373361662	A	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.175;SOR=2.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr16	15973654	rs8045082	G	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=11;PP=989;SC=TTAAAAAAATGTCTTACATTG;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=15973662;WS=15973644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	15982258	rs3213476	A	G	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.993;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=39;PP=2477;ReadPosRankSum=1.645;SC=CGCACGGGCCAAGACAGCAGC;SOR=1.191;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=251;TCF=179;TCR=72;TR=157;WE=15982266;WS=15982248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,160:0.62:257
chr16	16108282	rs4148337	T	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=7;PP=492;SC=CCAGCCTGGGTGACAAGAGTG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=16108290;WS=16108272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	16110244	rs185005	C	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=4.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	16110253	rs246215	T	C	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr16	16130524	rs246232	C	G	3993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.45;ReadPosRankSum=-2.448;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,99:0.66:151
chr16	16138322	rs246221	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=564;ReadPosRankSum=0.484;SC=CGGTGAAGGTTGTGTACTCCT;SOR=1.387;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=34;WE=16138330;WS=16138312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr16	16139714	rs35587	T	C	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1614;ReadPosRankSum=-1.330;SC=AGTTCGTGAATGACACGAAGG;SOR=0.642;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=104;TCR=89;TR=123;WE=16139722;WS=16139704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,132:0.64:206
chr16	16139878	rs35588	A	G	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=1181;ReadPosRankSum=1.084;SC=AAGGTAGGGGACGCTGTGCCA;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=70;WE=16139886;WS=16139868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
chr16	16149901	rs3765129	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=527;ReadPosRankSum=0.803;SC=GAGTGATGGGCTGATCCCAGG;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=30;WE=16149909;WS=16149891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr16	16161928	rs4148348	G	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=8;PP=1091;ReadPosRankSum=0.230;SC=GAGGGCCCAAGCGCGTCTCCA;SOR=1.883;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=58;WE=16161936;WS=16161918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
chr16	16161976	rs35604	G	A	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=138;NR=86;PP=2965;SC=ACTCTCACTCGGGGCACAGCA;SOR=1.164;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=138;TCR=87;TR=224;WE=16161984;WS=16161966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr16	16162019	rs35605	T	C	9729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=190;NR=143;PP=2965;SC=GCAGGTGGCCTTGTGCACATT;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=190;TCR=145;TR=333;WE=16162027;WS=16162009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr16	16184232	rs2074087	C	G	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=28;PP=1777;SC=CATGTGCACTCACGTGGCCGG;SOR=1.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=85;WE=16184240;WS=16184222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	16200756	rs11075296	C	T	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1102;SC=TAAGTGATGACAGTGGCTGGA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=16200764;WS=16200746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	16205141	rs4780592	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.79;ReadPosRankSum=1.058;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr16	16205141	.	ACA	GCG	751	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=16;NR=6;PP=751;QD=36.5667215846;SC=GCTGGGTGGCACAGTGCTGGT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=22;WE=16205151;WS=16205131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr16	16205143	rs4780593	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.37;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr16	16205161	rs4238623	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=5;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=954;ReadPosRankSum=1.225;SC=TGAAGCCCCCGACCTTGTGGG;SOR=0.467;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=23;WE=16205175;WS=16205151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr16	16205167	rs111263400	G	GTGGGGC	924.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.084;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=973;ReadPosRankSum=0.529;SC=CCCCGACCTTGTGGGGCTGGG;SOR=0.176;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=12;WE=16205175;WS=16205151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr16	16205449	rs3851716	G	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=659;SC=GGTTGGTGCCGCTGTCTCCCA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=16205457;WS=16205439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	16219596	rs113369901	G	GAA,GAAAAAAAA	2574.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24,24;NR=19,19;PP=140,595;SC=TATCTCAGTGGAAAAAAAGAA;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=43,43;WE=16219604;WS=16219586;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:66
chr16	16230290	rs212087	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=275;ReadPosRankSum=0.454;SC=CCATGTCAGCGTGACACAGGT;SOR=0.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=26;WE=16230298;WS=16230280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr16	16232201	rs45587033	GT	G	3174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.939;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.165;NF=21;NR=59;PP=1826;ReadPosRankSum=-1.270;SC=CTATCTCCTGGTTTTTTTCTT;SOR=0.444;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=138;TCF=48;TCR=90;TR=80;WE=16232209;WS=16232191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,138:0.64:216
chr16	16244129	rs212097	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=372;ReadPosRankSum=-0.163;SC=GAGAGGCTCTTTGGACACCAG;SOR=0.528;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=31;WE=16244137;WS=16244119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
chr16	16248681	rs2066738	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=694;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GGTCAGAGCCGGGTCCCACCA;SOR=0.640;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=41;WE=16248689;WS=16248671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr16	16251435	rs3896244	G	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=10;PP=975;SC=CTGTGGAGGTGGCTGGTGCCC;SOR=2.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=16251443;WS=16251425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	16253283	rs56822940	GC	G	2659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=19;PP=1306;SC=GGGACCCATTGCCCCCCCCCA;SOR=2.329;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=64;WE=16253300;WS=16253273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	16253570	rs2238470	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=238;ReadPosRankSum=-0.509;SC=AGGAATGGGACAGTCTGAGGA;SOR=0.299;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=16;WE=16253578;WS=16253560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	16255195	rs3851721	T	G	275.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	16255205	rs2376957	C	T	275.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	16255240	rs3213470	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.099;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=422;ReadPosRankSum=0.549;SC=GCAGGGGTCCGACAGTCTCTG;SOR=2.019;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=21;WE=16255248;WS=16255230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr16	16263837	rs7201980	T	C	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=85;SC=CAGACCTCACTGGTTCTCCCG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=16263845;WS=16263827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	16267079	rs11866320	A	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=652;SC=TTTGGTGGGAAGACTTGGGCC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=16267087;WS=16267069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	16271357	rs6416668	T	C	8059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=161;NR=127;PP=2965;SC=AGAAGACACATGAGGGCCCCC;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=161;TCR=127;TR=288;WE=16271365;WS=16271347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr16	16272670	rs7500834	T	C	5912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=104;PP=2965;SC=CCTGGAGTAGTCCACCAGGCC;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=102;TCR=104;TR=205;WE=16272678;WS=16272660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr16	16278948	rs41278182	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=431;ReadPosRankSum=1.544;SC=GCCTCTGCATCGGAGAGGCCC;SOR=1.314;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=23;WE=16278956;WS=16278938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr16	16280921	rs8056103	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=598;SC=CATTATGGGCTGGGGTGGCCC;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=30;WE=16280929;WS=16280911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	16283973	rs55707615	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=0.339;SC=CCCCACCCCCGCACTCCTTCC;SOR=0.425;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=11;WE=16283981;WS=16283963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr16	16284265	rs2239322	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=2.610;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr16	16284272	rs7193932	C	T	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.87;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	16286586	rs76470239	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=541;ReadPosRankSum=1.246;SC=AAGCCAGACCCGTGGGCTCGC;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=27;WE=16286594;WS=16286576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr16	16286614	rs6498618	G	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=297;ReadPosRankSum=-0.727;SC=TCTCCCCTCCGCATCTCCCAC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=22;WE=16286622;WS=16286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr16	16291816	rs58394656	G	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
chr16	16291858	rs12929920	G	C	3451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.357;NF=101;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=1.016;SC=TTCAAATCCCGTCTTCCTCCT;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=160;TCR=91;TR=158;WE=16291879;WS=16291848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,153:0.65:235
chr16	16291871	rs9940089	G	C	4083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.356;NF=118;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=1.389;SC=TTCCTCCTCTGGCATACCTGC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=299;TCF=182;TCR=117;TR=190;WE=16291879;WS=16291848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,186:0.65:286
chr16	16306169	.	AT	A	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.26;MQRankSum=-3.136;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.985;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr16	17190040	rs3889206	G	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.712;NF=37;NR=9;PP=861;ReadPosRankSum=0.198;SC=TTGAAAATCCGTCAGAATAAT;SOR=0.346;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=70;TCF=59;TCR=11;TR=46;WE=17190048;WS=17190030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
chr16	17221423	rs4782034	C	T	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=332;SC=TCCAAGTCCTCTTCTCCTCCA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=17221431;WS=17221413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	17221755	rs3812961	T	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.233;SC=GGGCCCAAGGTGTGTAGGATC;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=17221763;WS=17221745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	17228368	rs12708815	G	A	7332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=103;PP=2965;SC=GGGACGTCTCGGCCCGTCGAA;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=151;TCR=103;TR=254;WE=17228376;WS=17228358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	17292074	rs28709752	G	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.767;SOR=0.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr16	17294295	rs11075341	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=309;ReadPosRankSum=-1.636;SC=GACGGACAGACCCCGAAGAAA;SOR=0.723;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=20;WE=17294303;WS=17294285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr16	17432427	rs4782002	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=850;ReadPosRankSum=0.092;SC=CTGTTCTCTGTCGGGAATGGT;SOR=0.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=82;TCR=82;TR=66;WE=17432435;WS=17432417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,71:0.38:186
chr16	17564658	rs117041807	G	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,12:0.17:70
chr16	18593648	.	G	GA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.13;MQRankSum=-2.449;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr16	18797713	.	C	CA	2021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=1199;ReadPosRankSum=1.895;SC=GCAGGGCCTGCATATCAACTG;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=30;WE=18797721;WS=18797703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,63:0.65:97
chr16	18823192	rs2291662	A	G	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=97;PP=2554;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TTGCACCGCTATGAAGCAACA;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=285;TCF=126;TCR=159;TR=172;WE=18823200;WS=18823182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,178:0.61:290
chr16	18823379	rs2606556	T	C	4534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=78;PP=2631;SC=CAAGATTTTTTTGGATCAGCT;SOR=1.017;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=72;TCR=78;TR=149;WE=18823387;WS=18823369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	18839362	rs12445870	T	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=918;ReadPosRankSum=0.923;SC=CCTGAACTGTTGCAATAGAAG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=74;WE=18839370;WS=18839352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,82:0.53:154
chr16	18839496	rs12448649	G	C	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=711;ReadPosRankSum=0.196;SC=TGCCACTGTTGAGAGAAAAAG;SOR=0.241;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=47;WE=18839504;WS=18839486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr16	18846429	rs56079655	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=928;ReadPosRankSum=1.357;SC=TCATTTCAGTGGCAGTGATGA;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=52;TCR=121;TR=63;WE=18846437;WS=18846419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,64:0.36:180
chr16	18849858	rs35168818	C	T	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=1416;ReadPosRankSum=-2.014;SC=AATGTAAAGTCTACTTTTATA;SOR=0.902;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=76;WE=18849866;WS=18849848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,78:0.55:142
chr16	18858727	rs2650615	A	C	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1326;ReadPosRankSum=0.751;SC=TATACTTTGAAACAAAGTGGC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=109;TCR=54;TR=89;WE=18858735;WS=18858717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,96:0.55:174
chr16	18860472	rs12931729	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=224;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CTTAAAAACTTTGACCTCACT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=18860480;WS=18860462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr16	18861335	rs2650613	A	G	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=942;ReadPosRankSum=0.838;SC=GCTCACCAGCATGCTTCACGA;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=68;WE=18861343;WS=18861325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,72:0.57:127
chr16	18865324	rs59703706	ATAGGAGG	AAGGAGG,A	552.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=955;ReadPosRankSum=0.788;SC=ATGCTCAAGCATAGGAGGCTC;SOR=1.159;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=12;WE=18865340;WS=18865314;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.41:39
chr16	18865326	rs58740437	AGGAGGC	A	551.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.552;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr16	18865332	.	C	A	963	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=12;PP=963;QD=83.1476010456;SC=GCATAGGAGGCTCCTACTGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=12;WE=18865340;WS=18865314;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,12:0.41:29
chr16	19041491	rs4381586	T	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=218;SC=ACTACTCTTCTGGTTCCCTGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=19041499;WS=19041481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	19041595	rs28583298	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=496;ReadPosRankSum=0.972;SC=ACCATTGATGGGGTGAAATTT;SOR=0.516;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=35;WE=19041603;WS=19041585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr16	19049378	rs8043993	A	G	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=757;ReadPosRankSum=-1.591;SC=AGGTAAATTAACTTGTACTCT;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=80;TCR=112;TR=59;WE=19049386;WS=19049368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,69:0.33:210
chr16	19051520	rs11074355	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=237;SC=TTGTTTGCCCAACACACATAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=19051528;WS=19051510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	19056769	rs12051270	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=337;ReadPosRankSum=0.262;SC=AAGTAAGTGCGAGGGGTGCCC;SOR=0.752;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=29;WE=19056777;WS=19056759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr16	19062903	rs181329575	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=182;ReadPosRankSum=1.242;SC=CCTCTGGAAAGGTTAGAGTGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=10;WE=19062911;WS=19062893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr16	19067801	rs147244100	G	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=1.465;SC=TGGGTGTACAGGGGCGGGACA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=19067809;WS=19067797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	19067933	rs17854511	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=569;ReadPosRankSum=0.951;SC=TCCCCAAGACGGTGAGCACCT;SOR=0.460;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=150;TCF=90;TCR=60;TR=50;WE=19067941;WS=19067923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,51:0.33:155
chr16	19073321	rs182558478	C	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=467;ReadPosRankSum=0.502;SC=GTTTACCTAACCCAGCCCTTA;SOR=1.329;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=27;WE=19073329;WS=19073311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr16	19079095	rs4531717	T	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=29;PP=827;SC=CCTGCGCCGGTCTAGCGAGCT;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=19079103;WS=19079085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	19080184	rs4630530	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-1.518;SC=GAAGCCAGTGCCACTTGCCAC;SOR=0.871;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=9;WE=19080192;WS=19080174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr16	19080227	rs75015998	C	CTG	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=756;SC=AAAAAACAAACAAATTAAAAA;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=19080235;WS=19080203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	19083221	rs4782202	A	G	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=47;PP=2787;SC=TTACCTGATCATAACGAAGAA;SOR=1.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=114;TCR=47;TR=159;WE=19083229;WS=19083211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	19085298	rs11074359	C	T	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=74;PP=2779;SC=TTGATGGTTACGTTCAGGGTC;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=160;WE=19085306;WS=19085288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	19183957	.	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr16	19222713	rs229018	T	G	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=62;PP=2965;SC=TGGATTTGTTTCTGGTGCTGT;SOR=1.185;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=107;TCR=62;TR=169;WE=19222721;WS=19222703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	19222946	rs10716359	AT	A	178.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=10.792;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=1.448;SOR=4.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr16	19278429	.	T	TAA	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5009;HP=16;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=15;MQ=57.24;NF=0;NR=2;PP=29;QD=16.0;SC=TTCATTTGTTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=2;WE=19278437;WS=19278419;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,2:0.25:8
chr16	19333111	rs8049175	T	C	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=42;PP=2553;SC=GGCCAAATATTATTCAGGGTG;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=119;WE=19333119;WS=19333101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	19333153	rs8047832	A	C	4966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=81;PP=2909;SC=ACATTTGAATAGGTAGACTGA;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=105;TCR=81;TR=186;WE=19333161;WS=19333143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr16	19333241	rs6497343	G	C	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=70;PP=2228;SC=AAGGCTGACCGTCCCCTGAAT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=109;WE=19333249;WS=19333231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	19455284	rs8052298	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.037;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	19455318	rs144130376	AATGGATGG	A	1724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=9;PP=1732;SC=TACATGATTGAATGGATGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=21;WE=19455333;WS=19455308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	19455468	rs72785308	G	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=875;ReadPosRankSum=0.145;SC=CCCGTGGGCAGTCTTTGGGGA;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=58;WE=19455476;WS=19455458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr16	19455615	rs4782247	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=394;SC=GGAAAAAACTGAAATCACTGG;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=19455623;WS=19455605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	19460842	rs6497373	A	G	5312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=97;PP=2965;SC=AATCGGCAATATCTCCTTCCT;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=190;WE=19460850;WS=19460832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	19468459	rs11644237	C	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=223;ReadPosRankSum=-1.182;SC=CACCTATAATCCTACGGCTTT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=19468467;WS=19468449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr16	19471665	rs6497375	T	C	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=50;PP=1541;ReadPosRankSum=-0.173;SC=AGGTATGGACTAAAGGCTTTT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=110;TCR=111;TR=99;WE=19471673;WS=19471655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,114:0.45:252
chr16	19471700	rs9921076	C	A	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,104:0.50:209
chr16	19481220	rs10570246	CT	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=7.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.297;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr16	19481234	rs4444328	T	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=8.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=2.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	19492898	rs7185836	A	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=519;ReadPosRankSum=-0.423;SC=AGGGGTGATAACCCATCCAGC;SOR=0.502;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=21;WE=19492906;WS=19492888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr16	19503598	rs1475962	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=596;ReadPosRankSum=0.170;SC=CCTTTTTAAACGCTGTATAAA;SOR=0.662;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=59;WE=19503606;WS=19503588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,65:0.34:193
chr16	19503770	rs1967950	T	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.29;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	19503770	.	TATT	GATG,GATT	67	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0,0;NR=4,11;PP=34,67;QD=21.8669687156;SC=TTATGATGATTATTATTATTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4,11;WE=19503781;WS=19503760;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.36:11
chr16	19503773	rs1967951	T	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	19505406	rs1475964	T	C	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=0.111;SC=GGGGATAATTTGGTTTTACTG;SOR=0.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=5;WE=19505414;WS=19505396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	19505730	rs2245423	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=353;ReadPosRankSum=1.196;SC=GGACACGAGCTTGCCTCCATG;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=20;WE=19505738;WS=19505720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr16	19505751	rs2856608	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=1.244;SC=TAAAAAGCGCGTCAGAGAACT;SOR=0.990;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=14;WE=19505759;WS=19505741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	19508573	rs2187659	A	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr16	19508583	rs2187660	C	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=7.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.94;ReadPosRankSum=2.059;SOR=2.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr16	19509246	rs140646091	G	A	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1601;ReadPosRankSum=1.449;SC=ACCTAGACTTGCGATCTAGAA;SOR=0.626;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=180;TCF=105;TCR=75;TR=107;WE=19509254;WS=19509236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,116:0.59:195
chr16	19509305	rs72785332	C	G	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1615;ReadPosRankSum=-1.920;SC=TTTTGGTAACCAGACACCAAT;SOR=0.633;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=103;TCR=99;TR=109;WE=19509313;WS=19509295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,117:0.54:217
chr16	19509333	rs2245086	C	T	5062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=92;PP=2965;SC=GGGGAGGAGACGAAAATGGAA;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=174;WE=19509341;WS=19509323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr16	19522394	rs12923369	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TTTTTCGACCATAGCAAAGTC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=12;WE=19522402;WS=19522384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr16	19547747	rs226891	C	G	6931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=98;PP=2965;SC=GAGGTAGTATCAACAGAATTG;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=123;TCR=98;TR=221;WE=19547755;WS=19547737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr16	19548030	rs11645625	T	A	4444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=88;PP=2953;ReadPosRankSum=0.026;SC=TATTCCCACTTTTGTTACCGA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=141;TCR=132;TR=183;WE=19548038;WS=19548020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,193:0.67:290
chr16	19553183	rs17325092	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=237;ReadPosRankSum=-0.086;SC=AGGTTTAGCATGTTACAATAA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=26;WE=19553191;WS=19553173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr16	19553950	rs72767539	A	C	3383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=52;PP=2441;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TAGGTTTCACAAATTCTGCCA;SOR=0.649;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=223;TCF=144;TCR=79;TR=142;WE=19553958;WS=19553940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,145:0.63:231
chr16	19556229	rs11641635	A	G	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1307;ReadPosRankSum=-0.039;SC=AGGTAAATACATGGATCCTGA;SOR=0.478;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=163;TCF=74;TCR=89;TR=100;WE=19556237;WS=19556219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,112:0.63:177
chr16	19559389	rs7205256	G	C	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=78;PP=2211;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GATTAGATTTGAGAGGGAAAA;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=186;TCF=76;TCR=110;TR=131;WE=19559397;WS=19559379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,136:0.70:194
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chr16	19580699	rs121235	A	G	4960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=0.256;SC=GTTTCACTGGAGAGAGTTGTG;SOR=0.570;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=215;TCF=108;TCR=107;TR=125;WE=19580719;WS=19580689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,130:0.59:220
chr16	19580711	rs8062210	G	C	4896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.281;SC=AGAGTTGTGGGAGTTCCGTTT;SOR=0.697;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=207;TCF=108;TCR=99;TR=121;WE=19580719;WS=19580689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,124:0.59:211
chr16	19584332	rs371889	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=-2.139;SC=CCTTGAGACAAATCTCTTTTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=19584340;WS=19584322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr16	19592990	rs5816059	T	TC	1518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.330;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=1490;ReadPosRankSum=0.185;SC=GCTCTAGTGATCCCCCACCCC;SOR=1.339;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=43;WE=19592998;WS=19592980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,61:0.53:116
chr16	19598562	rs111461972	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CCAACACTGGGGATTACAATT;SOR=0.526;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=14;WE=19598570;WS=19598552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr16	19598717	rs226856	T	C	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=562;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TTTGGGAGGCTGAGGTGGGCG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=41;WE=19598725;WS=19598707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr16	19619602	rs11291600	CT	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr16	19710702	rs9935063	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=364;ReadPosRankSum=0.333;SC=CAGCAAATACATGGCAGAGCT;SOR=1.209;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=21;WE=19710710;WS=19710693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr16	19716505	rs739565	A	G	4451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=89;PP=2719;ReadPosRankSum=-0.866;SC=CCAACACTGGAGATGATGGAG;SOR=0.659;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=308;TCF=155;TCR=153;TR=185;WE=19716513;WS=19716495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,204:0.61:337
chr16	19721731	rs720175	A	G	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=655;ReadPosRankSum=-0.868;SC=GGGCCTGGACATACTTGGTTC;SOR=0.827;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=58;WE=19721739;WS=19721721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,69:0.67:103
chr16	19721755	rs720174	C	T	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,68:0.68:100
chr16	19721806	rs720173	C	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=574;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GCCACCTCCTCGCAGAGCCCT;SOR=0.569;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=44;WE=19721814;WS=19721796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr16	19799962	rs4782283	T	A	136.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=126;SC=CTGTTTTTTTTAAAAAAATCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=19799970;WS=19799961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	19800133	rs6497404	G	A	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1359;ReadPosRankSum=0.963;SC=ATTCTCATGGGCATATAACCA;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=76;WE=19800141;WS=19800123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,79:0.63:126
chr16	19800213	rs7191155	T	C	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=1436;ReadPosRankSum=0.103;SC=GAAGCAGCCCTCTACATTCAA;SOR=0.796;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=89;WE=19800221;WS=19800203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,99:0.68:146
chr16	19868687	rs2729	G	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	19871982	rs11865578	G	A	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=55;PP=1356;ReadPosRankSum=0.513;SC=TACCTAGATGGGTCGAATAAT;SOR=0.590;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=40;TCR=91;TR=81;WE=19871990;WS=19871972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,89:0.64:138
chr16	19883082	rs172907	A	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=499;ReadPosRankSum=2.350;SC=GAAGAAGAGTATCTTTTGAGA;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=26;WE=19883090;WS=19883072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr16	19883364	rs61742688	G	A	4406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=85;PP=2756;ReadPosRankSum=1.153;SC=AGGTGGGGTCGTTCCAGGCAT;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=181;WE=19883372;WS=19883354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,194:0.65:298
chr16	19884285	rs2240047	C	T	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=156;SC=CAAGCGCACACGGCACCTTTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=19884293;WS=19884275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	20043330	rs2147865	T	C	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=743;ReadPosRankSum=1.093;SC=ACATGATGTGTACCAGCCAGC;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=59;WE=20043338;WS=20043320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,66:0.37:179
chr16	20052123	rs1379575	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=654;ReadPosRankSum=-0.081;SC=GAACTTTTTTGATTGCAATGG;SOR=0.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=87;TCR=92;TR=60;WE=20052131;WS=20052113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,63:0.33:190
chr16	20084743	rs34142406	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.217;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=-1.358;SC=GGGAGGACGGGGGATTCTGGG;SOR=1.002;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=24;WE=20084751;WS=20084733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr16	20322425	rs11647569	T	C	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=233;SC=CTAACCTAGCTTGGCCTTGAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=20322447;WS=20322415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	20322439	rs11642182	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=306;SC=CCTTGATTCTATTAATACCAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=20322447;WS=20322415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	20328685	rs1129818	T	C	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=60;PP=1531;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TGGAATCACGTTGATTTGAGC;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=41;TCR=88;TR=88;WE=20328693;WS=20328675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,86:0.66:130
chr16	20334580	.	C	CATGGA	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=0.501;SC=TGGTTAAGGCCATGGATGCTG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=20334588;WS=20334570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	20334679	rs4411505	C	T	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=805;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GTGCCCCTAACTGGGGTAATT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=45;WE=20334687;WS=20334669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr16	20334807	rs368914613	AC	A	2343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=15.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=2.946;QD=11.43;ReadPosRankSum=3.013;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,121:0.59:205
chr16	20334932	rs4393582	G	A	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=55;PP=1564;SC=TTTATAAACTGGGAAATTTCA;SOR=8.121;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=55;WE=20334940;WS=20334922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	20339131	rs4643330	T	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=472;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TCTTCATAATTAATCAATGAA;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=31;WE=20339139;WS=20339121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr16	20352526	rs141912637	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=507;ReadPosRankSum=1.448;SC=CCAACATGGTGCCCACGTAGA;SOR=1.055;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=42;WE=20352534;WS=20352516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,46:0.35:131
chr16	20355651	rs8054296	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=183;SC=GTGGCCGGGCGCATTAGCTCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=20355659;WS=20355641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	20360101	rs7193058	G	A	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=45;PP=1991;SC=GGTGCGCCTGGCACGGATCCG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=105;WE=20360109;WS=20360091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	20370810	rs9652588	C	T	3612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,99:0.36:274
chr16	20370816	rs9652589	C	T	3573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,102:0.36:281
chr16	20370981	rs9929710	A	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=-1.126;SC=TTGTGGTTGTAATAGTCAAGC;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=11;WE=20370989;WS=20370971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr16	20376734	rs8052918	A	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=727;ReadPosRankSum=1.114;SC=CCTCTTGGAGATACTTACAGA;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=125;TCF=92;TCR=33;TR=49;WE=20376742;WS=20376724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,50:0.38:133
chr16	20376755	rs8054266	T	C	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=23;PP=895;ReadPosRankSum=-1.474;SC=ACATCACAAATACGTCCTTTT;SOR=0.487;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=160;TCF=108;TCR=52;TR=64;WE=20376763;WS=20376745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,71:0.41:174
chr16	20386115	rs4522429	T	C	7265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=119;PP=2965;SC=ACCAGAGACCTCTCACTAGCA;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=253;TCF=134;TCR=119;TR=253;WE=20386123;WS=20386105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr16	20396058	rs149811393	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=710;ReadPosRankSum=0.756;SC=GAAGCTCCTTCTCTATGGTAA;SOR=0.671;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=48;WE=20396066;WS=20396048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,51:0.40:126
chr16	20448688	rs368308586	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.772;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.411;NF=4;NR=19;PP=472;ReadPosRankSum=-1.506;SC=ATCAGGGGAGAGGTAACCAGT;SOR=1.893;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=23;WE=20448696;WS=20448678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr16	20488803	rs1634306	T	A	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.22;QD=27.00;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	20492000	rs146233716	A	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.22;QD=29.99;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	20498079	rs2072080	T	G	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=60;PP=1648;SC=TTCCTATGATTATATGAGATT;SOR=3.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=70;WE=20498087;WS=20498069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	20551855	rs28750179	A	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=0;PP=363;SC=GTCAGCCACCATGTCCGGCCC;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=20551863;WS=20551845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	20552075	rs16970280	G	T	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=96;PP=2965;SC=GCGAGGCCAGGATCACAAATG;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=78;TCR=96;TR=174;WE=20552083;WS=20552065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr16	20570661	rs62035059	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.00;MQRankSum=-3.263;QD=27.93;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr16	20647921	rs62033279	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr16	20749461	rs9788809	T	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=8;PP=392;SC=CGTACTATAATGTATCTAATA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=20749469;WS=20749451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	20753123	rs234271	T	C	8409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=131;PP=2965;SC=TCCTCGTCTATCGCCGGCGCG;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=165;TCR=131;TR=296;WE=20753131;WS=20753113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr16	20792188	rs5715	T	C	7053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=137;PP=2965;SC=AGGTATACTTTCACAAAAGTG;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=99;TCR=137;TR=236;WE=20792196;WS=20792178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr16	20796508	rs8058758	T	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=52;PP=1586;SC=ACAGTCTCCTTATGATTATTT;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=20796516;WS=20796498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	20810067	rs3213646	T	C	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=55;PP=2297;SC=CTTTTGCATATAGATAGGTGA;SOR=1.008;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=101;WE=20810075;WS=20810057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	20810730	rs7198770	A	G	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=54;PP=1233;ReadPosRankSum=0.849;SC=TTTCCTTAGTACTAAAGAAAT;SOR=0.604;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=207;TCF=67;TCR=140;TR=83;WE=20810738;WS=20810720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,85:0.40:214
chr16	20810831	rs140059522	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=-0.242;SC=ATAAACTGGTCTTGGAAGTGG;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=10;WE=20810839;WS=20810821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	20811681	rs2301771	C	T	11322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=220;NR=168;PP=2965;SC=TTAACAGCTGCTTTCTTTTAC;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=388;TCF=220;TCR=168;TR=388;WE=20811689;WS=20811671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr16	20827647	rs5816137	AT	A	543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=1.041;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr16	20855309	rs9929443	A	G	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=43;PP=1376;SC=TGGCCATAGAATCCTTGGATG;SOR=1.439;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=20855317;WS=20855299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	20860897	rs6654	C	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=384;SC=CAGCAGACAGCTTTATGGAAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=20860905;WS=20860887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	20873767	rs7187522	T	G	5800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=107;PP=2965;SC=CCTGCACCCCTCCTGCTATGT;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=97;TCR=108;TR=204;WE=20873775;WS=20873757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr16	20956098	.	GAC	G	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=76;QD=40.0;SC=AGTAGCACAGGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=2;WE=20956107;WS=20956088;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr16	20986506	rs3115438	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=385;SC=GGTATAACCACGCTCATTCGG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=20986514;WS=20986496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	20999439	rs76361354	A	G	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=32;PP=689;ReadPosRankSum=-2.392;SC=ATATTCTCACACTGTCTGTGA;SOR=0.365;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=94;TCF=25;TCR=69;TR=46;WE=20999447;WS=20999429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr16	20999464	rs4783517	C	A	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=48;PP=1392;SC=AGGATGCACACGAGGTGGCTT;SOR=3.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=20999472;WS=20999454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	21008690	rs3115446	T	C	7879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.055;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.681;SC=TTGTGTCTTTTTTGTCAAACC;SOR=0.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=141;TCR=133;TR=273;WE=21008698;WS=21008680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr16	21030897	rs3095922	T	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=9;PP=1032;SC=GTTTAGAACATGTAATTCCAA;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=21030905;WS=21030887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	21035826	rs330135	G	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=209;SC=GTTGCCTCCAGGGACTATGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=21035834;WS=21035818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	21116051	rs11074481	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=114;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TGAGTGACAGTGACATTTGTT;SOR=1.835;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=12;WE=21116059;WS=21116041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr16	21132298	rs13330317	T	C	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=580;ReadPosRankSum=0.741;SC=TTTAATGGAGTACTTAGAACC;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=36;WE=21132306;WS=21132288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr16	21136477	rs7191215	A	G	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=35;PP=1947;SC=AAAGGTCCAAATGCAGGTCCC;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=106;WE=21136485;WS=21136467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	21145648	rs11074483	C	T	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.167;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=1090;ReadPosRankSum=-1.363;SC=CCTCGTTCCACTTCTTGGCGC;SOR=0.450;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=197;TCF=123;TCR=74;TR=82;WE=21145656;WS=21145638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,84:0.41:206
chr16	21147885	rs3743698	T	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.702;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=906;ReadPosRankSum=2.197;SC=GGATCATGGGTTCAACTGTCC;SOR=0.422;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=164;TCF=59;TCR=105;TR=64;WE=21147893;WS=21147875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,72:0.40:180
chr16	21147999	rs730260	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=404;ReadPosRankSum=-2.270;SC=TCATGGCAAGAAGATCACTGG;SOR=1.084;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=24;WE=21148007;WS=21147989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr16	21151913	rs72780891	G	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=548;ReadPosRankSum=1.690;SC=ATCTCCTGCTGTAACATGACA;SOR=0.810;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=49;WE=21151921;WS=21151903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,51:0.35:144
chr16	21152073	rs7202719	CA	TG	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.922;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=1236;ReadPosRankSum=1.762;SC=TTTGGTTCTCCAGAGAGGTGC;SOR=0.346;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=33;WE=21152082;WS=21152063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr16	21152481	rs8061542	G	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=0.210;SC=TTTTTTTTTTGATTAAAGTGA;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=21152489;WS=21152471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	21156829	rs6497538	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=0.434;SC=AGTGCCTTATGCTATGTTTCT;SOR=0.950;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=18;WE=21156837;WS=21156819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr16	21161526	.	A	G	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=162;MMLQ=27;MQ=52.93;NF=3;NR=1;PP=27;QD=15.4428031368;SC=AGCCTGGGCAACAAAGAGCAA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=21161534;WS=21161516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	21190853	rs1063087	A	C	5532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=119;PP=2965;SC=AGTCTGCAGAATTCGAGGGGC;SOR=1.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=69;TCR=119;TR=188;WE=21190861;WS=21190843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	21209981	rs62033379	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=0.437;SC=GAGACTTAGTCTTTTATTCTT;SOR=0.330;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=21209989;WS=21209971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr16	21210006	rs7189430	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=-1.356;SC=TGTTTAGACTCACCACGGGTA;SOR=1.051;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=10;WE=21210014;WS=21209996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr16	21210312	rs16971210	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=0.707;SC=CCTTTGCAGGCGAGGTTATGC;SOR=1.516;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=7;WE=21210320;WS=21210302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr16	21215672	rs2075526	A	G	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=41;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CCTTCTGTCCAGGAGATATAA;SOR=0.459;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=81;WE=21215680;WS=21215662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,94:0.66:143
chr16	21221324	rs13331814	T	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=3.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=204;ReadPosRankSum=1.023;SC=GGGAGTTGGATGCCGTTGCTG;SOR=0.098;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=12;WE=21221332;WS=21221314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr16	21222596	rs2075519	C	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=665;ReadPosRankSum=-1.279;SC=GTTTTCTCTGCTAAGAAGACT;SOR=1.051;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=46;WE=21222604;WS=21222586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr16	21222672	rs2075520	C	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=726;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TATGGAGTTCCCTGAAGTCAC;SOR=0.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=60;WE=21222680;WS=21222662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,66:0.39:169
chr16	21222941	rs2075521	C	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=577;ReadPosRankSum=-1.212;SC=AAGCCAGCCGCATCCACACCC;SOR=1.236;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=30;WE=21222949;WS=21222931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr16	21272591	rs14122	G	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=242;ReadPosRankSum=0.250;SC=ACTTGAACACGGTGGTCTTCT;SOR=1.277;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=22;WE=21272599;WS=21272581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr16	21279144	rs78459225	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=352;ReadPosRankSum=0.013;SC=AGGGAAAGTTGAACTACTCTG;SOR=0.128;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=23;WE=21279152;WS=21279134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr16	21289023	rs2075628	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=0.549;SC=CCCTCTTCCAGCCCCCGCATC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=8;WE=21289031;WS=21289013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	21388110	rs2686119	T	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.741;NF=21;NR=29;PP=696;ReadPosRankSum=1.101;SC=CTCCCTGGAGTGCTACCTGCA;SOR=1.712;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=50;WE=21388118;WS=21388100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr16	21388252	.	G	A	32.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.83;MQRankSum=-0.967;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr16	21397273	rs369341030	CTG	C	1158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.40;MQRankSum=-5.344;QD=16.79;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr16	21531111	rs7197243	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.319;NF=5;NR=12;PP=300;ReadPosRankSum=0.768;SC=ACCCAGGGACTACGACCTCCC;SOR=0.665;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=17;WE=21531119;WS=21531101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr16	21531494	rs42138	T	C	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=86;NR=77;PP=2840;SC=ATGCCCGAGCTCATGATGGCG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=163;WE=21531502;WS=21531484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	21559162	.	CA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-3.408;QD=0.19;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,27:0.15:182
chr16	21608472	rs194548	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GCTGTCCCCAGTGGGCAATCT;SOR=0.184;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=9;WE=21608480;WS=21608462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	21652720	rs1055740	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	21653102	.	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.960;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr16	21658266	rs3091404	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=431;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TGAGCCACCACGCCCAGCCAG;SOR=1.162;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=30;WE=21658274;WS=21658256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr16	21689791	rs215894	T	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.537;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr16	21696040	rs199850780	CCTTATTATT	CATTATT,C	487.82	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=828;ReadPosRankSum=2.466;SC=TGAGGAATCCCCTTATTATTA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=21696056;WS=21696030;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:21
chr16	21696083	rs201146251	ATTATTT	A	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	21730449	rs215901	C	T	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=25;PP=1281;SC=ATTCTCTTCTCGCAGGCTCTG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=21730457;WS=21730439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	21732575	rs35864988	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=2.064;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	21732836	rs8060224	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.625;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=479;ReadPosRankSum=2.137;SC=GAAAATGTCAATAATACTGAG;SOR=1.329;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=33;WE=21732844;WS=21732826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr16	21739430	rs4408531	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=352;ReadPosRankSum=-0.066;SC=AAATGATCTGTCTGCCTCGGC;SOR=1.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=19;WE=21739438;WS=21739420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr16	21747556	rs56065183	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.554;NF=19;NR=3;PP=344;ReadPosRankSum=1.233;SC=ATTATTATTCCTCTTCTTTCA;SOR=1.124;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=22;WE=21747564;WS=21747546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr16	21747738	rs17251310	A	G	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=50;PP=1196;ReadPosRankSum=-1.507;SC=TATCTGAGCCATTGCTGACAT;SOR=0.797;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=85;WE=21747746;WS=21747728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,89:0.59:152
chr16	21771908	.	A	G	90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=45.29;NF=2;NR=6;PP=90;QD=15.5964015684;SC=GCTGGCCAACATGTGTAGAGA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=8;WE=21771916;WS=21771898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr16	21821976	.	C	CA	74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=12;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=16;MQ=47.96;NF=7;NR=0;PP=74;QD=11.8571428571;SC=CAAGTGGATACAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=21821994;WS=21821966;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,7:0.58:12
chr16	21821986	.	A	AAC	124	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=10;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=16;MQ=47.96;NF=7;NR=0;PP=124;QD=19.0;SC=CAAAAAAAAAAATGCAATGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=21821994;WS=21821966;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	21970546	rs2967178	T	C	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=23;PP=1305;SC=GCATGAGATGTTGTTTTTAGC;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=21970554;WS=21970536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	21992122	rs2965803	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=248;SC=GTATTATTCTTATGTTTGGTG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=21992130;WS=21992112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	22012146	rs143239876	AATG	A,AATGATG	348.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=8.129;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.577;NF=6,6;NR=1,1;PP=262,193;ReadPosRankSum=1.451;SC=CTCCTTCTCAAATGATGATGA;SOR=3.590;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7,7;WE=22012156;WS=22012136;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.31,0.62:13
chr16	22018845	rs35256986	T	C	6627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.073;SC=TCTTAATGTGTTTCTGTCTCT;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=422;TCF=256;TCR=166;TR=277;WE=22018853;WS=22018835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,292:0.66:445
chr16	22108072	.	A	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=233;ReadPosRankSum=-0.539;SC=TCTCAAAAAAAAATTAAACAT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=16;WE=22108080;WS=22108062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr16	22128052	rs11649656	TT	GC	10125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=76;PP=2947;SC=GACCTGGGATTTCCACTTCTC;SOR=1.148;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=216;TCF=130;TCR=86;TR=204;WE=22128061;WS=22128042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	22137705	rs146599411	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=29;ReadPosRankSum=0.133;SC=CGTTGCTGGACGATAGATATT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=4;WE=22137713;WS=22137695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr16	22144318	rs1105929	C	T	4022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=77;PP=2488;ReadPosRankSum=-0.316;SC=ATGGACACCACACCCCCTGCC;SOR=0.816;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=284;TCF=156;TCR=128;TR=176;WE=22144327;WS=22144308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,183:0.61:299
chr16	22144578	rs1105928	A	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=415;ReadPosRankSum=0.662;SC=GTGATGGTTGAACAACAATGT;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=19;WE=22144586;WS=22144568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr16	22149612	rs112136401	C	CTG	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=459;ReadPosRankSum=-0.892;SC=GTCCCTCCTGCTGTGTGTGTG;SOR=0.818;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=13;WE=22149621;WS=22149602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr16	22154250	rs183879293	T	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.774;NF=1;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=0.544;SC=GGTGGGTGGATCACTTGAGGT;SOR=0.793;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=22154258;WS=22154240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr16	22161136	rs1991020	T	C	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=58;PP=2007;SC=TGCAGAGAGCTTTCAGTCATG;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=22161144;WS=22161126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	22161286	rs10521117	A	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=7;PP=187;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CCTTGACGCAAAACAAATACC;SOR=0.175;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=22161294;WS=22161276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr16	22178256	rs6497575	G	A	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1444;ReadPosRankSum=2.002;SC=GCCCTGTACCGTGCCTTCGAA;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=166;TCF=97;TCR=69;TR=106;WE=22178264;WS=22178246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,114:0.64:178
chr16	22178492	rs8060335	T	G	169.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	22192896	rs9930499	G	A	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=82;PP=2138;ReadPosRankSum=0.350;SC=AGGCACGGATGAACTGGGTCC;SOR=0.594;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=221;TCF=93;TCR=128;TR=144;WE=22192904;WS=22192880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,157:0.65:241
chr16	22193666	rs5816171	A	AT	652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=4.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=2.112;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.624;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr16	22237118	rs9935059	A	G	3587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=66;PP=2037;ReadPosRankSum=0.095;SC=CGAGCTGGCCATGATGGTGAT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=135;TCR=103;TR=154;WE=22237126;WS=22237108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,168:0.66:255
chr16	22237273	rs17841292	C	G	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.119;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=52;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CAGCGGGTCCCCGGCAAACTC;SOR=0.421;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=91;WE=22237281;WS=22237263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,93:0.62:149
chr16	22256193	rs4783451	T	C	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=44;PP=839;ReadPosRankSum=0.753;SC=TGCTAATGCGTGCTTAAGGCC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=9;TCR=65;TR=50;WE=22256201;WS=22256183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr16	22261900	rs2303187	G	A	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1281;ReadPosRankSum=0.770;SC=GGCATGTAAGGGGAGCACCTC;SOR=0.979;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=94;WE=22261908;WS=22261890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,101:0.63:161
chr16	22262514	rs2303186	C	A	3262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=59;PP=1970;ReadPosRankSum=0.178;SC=AGTGGAAGGGCGCCTCCAACT;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=117;TCR=83;TR=140;WE=22262522;WS=22262504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,149:0.69:216
chr16	22269867	rs4783453	A	G	7592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=131;PP=2965;SC=GGGAGCCCCCAAGTAAGGACC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=140;TCR=131;TR=271;WE=22269878;WS=22269857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
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chr16	22328251	rs118147553	G	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=475;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CCTCACTTGGGTGGCTGGTGA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=26;WE=22328259;WS=22328241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
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chr16	22579696	.	T	C	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=28;MQ=53.14;NF=4;NR=0;PP=40;QD=18.6928031368;SC=GGATCTGCTGTCCCTGCTGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=22579704;WS=22579688;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,4:0.31:13
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chr16	22579730	rs372533285	ATG	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-1.324;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr16	22580611	rs200617466	T	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.90;MQRankSum=0.385;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr16	22826339	rs208951	A	G	8184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=124;PP=2965;SC=TTATCCGAGTACACCCGGACG;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=155;TCR=124;TR=279;WE=22826347;WS=22826329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr16	22926511	rs35682499	A	G	4338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=106;PP=2941;ReadPosRankSum=0.251;SC=TGGACGTGTCATGGAACGCCA;SOR=0.454;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=315;TCF=132;TCR=183;TR=192;WE=22926519;WS=22926501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,198:0.60:330
chr16	22926956	rs8063925	G	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=0.663;SC=CAGACCCTCTGATCTCCCTCC;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=9;WE=22926964;WS=22926946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	23079353	rs8047644	T	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=615;SC=TAAAACACTTTGATTGCAGAA;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=23079361;WS=23079343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	23085441	rs13338545	T	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=269;SC=AGAAAACACATACTTATTTAA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=23085449;WS=23085431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	23098422	rs13339649	A	G	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=44;PP=2965;SC=CCTTTCTACTATTGGGTGGCA;SOR=1.947;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=122;TCR=44;TR=165;WE=23098430;WS=23098412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	23099227	rs3812995	C	T	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=47;PP=1331;SC=CTTTTTTTCTCGATCTCTTAA;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=55;WE=23099235;WS=23099217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	23117028	rs17797005	T	C	45.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GAAGCCCAAATGGAAAAATTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=23117036;WS=23117018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	23117706	rs17740615	C	T	8454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=170;NR=126;PP=2965;SC=TGGAAACATCCGATTTTCTCA;SOR=0.939;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=170;TCR=127;TR=296;WE=23117714;WS=23117696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr16	23197545	rs5731	C	G	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=983;ReadPosRankSum=-0.918;SC=CTTTGCCCCTCCAGCACGCCC;SOR=0.614;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=202;TCF=126;TCR=76;TR=76;WE=23197553;WS=23197535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,76:0.36:209
chr16	23197562	rs5732	A	G	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.625;SC=GCCCGTCCTCAGAGTCCCGTC;SOR=0.574;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=277;TCF=167;TCR=110;TR=101;WE=23197570;WS=23197552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,102:0.36:286
chr16	23200761	rs5734	T	C	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=20;PP=1292;SC=AGTCCCTGTATGGCTTTCCAG;SOR=1.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=74;WE=23200769;WS=23200751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	23200848	rs5735	T	C	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=66;PP=2630;SC=CCCACCGGATTCCGCTGCTGA;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=148;WE=23200856;WS=23200838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	23200923	rs5737	C	T	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1168;ReadPosRankSum=0.235;SC=GGAAAGTCGGCGGTAGCATCA;SOR=0.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=69;TCR=68;TR=75;WE=23200931;WS=23200913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,78:0.55:142
chr16	23201098	rs6497657	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.697;SC=CTGGAAGAAATACACCCAGCT;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=23201106;WS=23201088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	23221183	rs5740	A	G	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=67;PP=1590;ReadPosRankSum=-0.498;SC=ACAGATTGGCAGGGGCACCCA;SOR=0.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=320;TCF=143;TCR=177;TR=120;WE=23221191;WS=23221173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,121:0.37:329
chr16	23221238	rs4281710	A	G	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=713;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GTTATATCTAAGCTGGGGTGT;SOR=0.606;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=159;TCF=65;TCR=94;TR=55;WE=23221246;WS=23221228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,56:0.34:166
chr16	23379377	rs3214467	A	AG	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=468;ReadPosRankSum=1.113;SC=GGTGGGACTGAGGGGGGACCA;SOR=1.445;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=17;WE=23379385;WS=23379367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr16	23382909	rs34622290	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.932;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CCTTCCTTTTGGCTGGAATCC;SOR=0.551;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=7;WE=23382917;WS=23382899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	23382967	rs13306634	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=566;ReadPosRankSum=0.093;SC=TCTGGCGCCCCCTCTGGCGCC;SOR=0.342;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=31;WE=23382975;WS=23382957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr16	23382982	rs3214466	CT	C	1392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=1136;ReadPosRankSum=2.117;SC=GGCGCCCCCCCTGGCACCTGC;SOR=0.571;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=27;WE=23382990;WS=23382972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr16	23383247	rs2303157	G	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=41;PP=1019;ReadPosRankSum=0.902;SC=GCCCCTGTCCGGGTTTATGGG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=52;WE=23383255;WS=23383237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr16	23388415	rs250570	G	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=850;ReadPosRankSum=0.142;SC=CCAGCCAGAGGCTCAGCAGGG;SOR=0.858;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=47;WE=23388423;WS=23388405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr16	23389880	.	C	A	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=4;PP=682;ReadPosRankSum=0.991;SC=CCACTACGACCTTCCTCCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=65;TCF=56;TCR=9;TR=40;WE=23389888;WS=23389870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr16	23400494	rs250586	C	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=754;SC=CTGAATACGACACAGAGAAGC;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=31;WE=23400502;WS=23400484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	23486197	rs11074559	A	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.84;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	23489711	rs1135045	C	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=14;PP=1334;SC=GCTGGCTGTGCTGAGAGGAGG;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=23489719;WS=23489701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	23490353	rs4968008	T	G	7934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=134;NR=149;PP=2965;SC=AGCAACTTACTGAAGGTCATG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=134;TCR=150;TR=283;WE=23490361;WS=23490331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr16	23506940	rs722069	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=4;PP=342;SC=CCCTAAAACAGTCTTGAGAGA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=23506948;WS=23506930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	23521643	rs1071685	G	C	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	23521750	rs2285522	T	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=37;PP=886;SC=GCCCCGACGCTGCGGCCGCGG;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=23521758;WS=23521740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	23521780	rs2285521	C	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=22;PP=603;SC=CCTCTTCAGCCGCTGTAGCGT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=23521788;WS=23521770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	23533008	rs11074565	G	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=16;PP=1347;SC=TTGTCCTTTTGTGACTGACAT;SOR=1.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=23533016;WS=23532998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	23533111	rs62031460	C	T	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1038;ReadPosRankSum=0.753;SC=TAAAAACACTCACTTGACCAT;SOR=0.582;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=72;WE=23533119;WS=23533101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,79:0.57:138
chr16	23535680	rs1468138	A	C	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=26;PP=2134;SC=CACTGCCCGAAACATCCTCTC;SOR=1.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=99;WE=23535688;WS=23535670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	23536366	rs6497670	T	C	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=704;SC=TAATTCTATATTGTATTCACT;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=23536374;WS=23536356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	23536531	rs75133940	C	T	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=36;PP=1224;ReadPosRankSum=-2.214;SC=ATGAGGGGCTCCAGGGAACAA;SOR=0.852;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=85;WE=23536539;WS=23536521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,93:0.62:151
chr16	23536684	rs6497671	T	C	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=59;PP=2392;SC=AAGCTCATACTAGATCTTTCT;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=121;WE=23536692;WS=23536674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	23540798	rs2072062	C	T	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=60;PP=2965;SC=GTGTGGAACCCTGAGCTCAGC;SOR=1.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=116;TCR=60;TR=175;WE=23540806;WS=23540788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	23541223	rs2072061	G	A	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=40;PP=1232;SC=TGCAGTCTGCGGAAGAAATCA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=23541231;WS=23541213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	23546561	rs2073951	G	C	3431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=61;PP=2022;SC=TCCAGCCATAGACCAGGTCCT;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=115;WE=23546569;WS=23546551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	23555726	rs2369009	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=6;PP=884;SC=AGATGCCTGACCCACAGAAAC;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=23555734;WS=23555716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	23557718	rs7196534	T	C	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=64;PP=2259;SC=AGCTCAGAGATCTTGGGCAAG;SOR=1.227;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=109;WE=23557726;WS=23557708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	23557790	rs4968019	T	C	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=47;PP=1087;SC=AACTTTCTCATGAGGATCATC;SOR=1.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=67;WE=23557798;WS=23557780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	23563501	rs7187920	C	T	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=40;PP=2153;SC=CAATATTCTCCGCTGCCCCAG;SOR=1.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=118;WE=23563509;WS=23563491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	23606895	rs240744	G	T	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=76;PP=2965;SC=ATCCTTATTGGTCAAAGGTCA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=97;TCR=76;TR=173;WE=23606903;WS=23606885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	23625463	rs249936	A	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=22;PP=613;SC=ACAAACCAGTATTCAGAAAAT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=23625471;WS=23625453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	23646857	rs45494092	A	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=709;ReadPosRankSum=-0.820;SC=ATTTGCTGGTAAGTTATTGTA;SOR=0.364;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=43;WE=23646865;WS=23646847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr16	23652561	.	G	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=0.530;SC=CTGGGCCGGGGAGGCGCCCCA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=9;WE=23652569;WS=23652551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr16	23677006	rs35586	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=353;ReadPosRankSum=0.331;SC=TATTACCTCCAGAAACTGTGG;SOR=1.002;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=24;WE=23677014;WS=23676996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr16	23677111	rs35585	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=374;ReadPosRankSum=0.159;SC=ATTTTCCATCGCAAAAGTAAT;SOR=0.898;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=27;WE=23677119;WS=23677101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr16	23692405	rs40076	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=1.156;SC=TCTCTGGACCAACCTGGTCTC;SOR=0.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=22;WE=23692413;WS=23692395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr16	23701538	rs27770	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,33:0.27:121
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chr16	23712183	rs26763	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-1.561;SC=AGGGGGCAAAATCAGAGCTGG;SOR=0.780;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=9;WE=23712191;WS=23712176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr16	23712448	rs26762	G	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=623;ReadPosRankSum=-1.349;SC=GGGGATAAAGGGCCCTTCACT;SOR=0.781;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=41;WE=23712456;WS=23712438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr16	23717833	rs36047689	G	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=594;ReadPosRankSum=1.209;SC=TCTTGCAGGAGTGGGGGTTTC;SOR=2.368;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=35;WE=23717841;WS=23717823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr16	23720652	rs73550213	C	T	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=792;ReadPosRankSum=0.360;SC=AAAGGAATTCCGACAAAGCAC;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=57;WE=23720660;WS=23720642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,63:0.43:147
chr16	23721601	rs4967959	T	G	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=57;PP=2181;SC=ACCAATGGGTTCTTGCCCCCT;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=121;WE=23721609;WS=23721591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	23722042	rs3899652	T	C	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=34;PP=1453;SC=CCCCATTTTATAGATGAGGAT;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=60;WE=23722050;WS=23722032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	23724753	rs3809682	G	A	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=71;PP=1994;SC=TGGAGAACTTGCCACGTGCCG;SOR=2.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=22;TCR=71;TR=93;WE=23724761;WS=23724743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	23768380	rs5816221	T	TG	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=578;ReadPosRankSum=-1.423;SC=GGAAAATTATTGGGGGATATG;SOR=1.085;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=18;WE=23768388;WS=23768370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr16	23768802	rs80950	T	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=778;ReadPosRankSum=1.720;SC=GTTGGGAGCATGGAGAGCTGA;SOR=1.169;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=40;WE=23768810;WS=23768792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr16	23848762	rs3729883	G	A	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=25;PP=955;SC=CTATTTGTGGGAAGAGAGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=23848770;WS=23848752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	24046655	rs11643225	G	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=1.488;SC=AAACAGGAAGGGCTCAGCGGT;SOR=0.148;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=11;WE=24046663;WS=24046645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	24047003	rs28710126	G	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=354;ReadPosRankSum=0.138;SC=GTGTGGCACTGCTTCTGCCCC;SOR=0.446;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=19;WE=24047011;WS=24046993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr16	24104188	rs3729896	C	T	4879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.353;SC=AACTGATTCCCGATCCCAAAA;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=378;TCF=197;TCR=181;TR=213;WE=24104202;WS=24104178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,222:0.56:396
chr16	24104328	rs880824	A	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=66;PP=1948;ReadPosRankSum=1.693;SC=TGCCACCTGAAATCAGGGAGT;SOR=2.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=79;WE=24104336;WS=24104318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr16	24105669	rs7196765	G	A	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=90;PP=2745;SC=TCCATCAAACGCGGGGTCAAG;SOR=1.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=56;TCR=90;TR=146;WE=24105677;WS=24105654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	24135112	rs1013316	T	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=5;PP=964;SC=TACAAGATCGTCCTCAAACCC;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=24135120;WS=24135102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	24231248	rs3729908	C	T	2268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=33;PP=1519;ReadPosRankSum=-0.477;SC=TTTCTTCTTACGCTGTGTTAA;SOR=0.766;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=254;TCF=173;TCR=81;TR=108;WE=24231256;WS=24231238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,112:0.42:264
chr16	24357998	rs5816249	T	TG	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=577;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GGACCCAGGCTGGCCCCCAGA;SOR=1.270;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=17;WE=24358006;WS=24357988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr16	24557619	rs3214553	C	CT	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.054;NF=0;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.654;SC=TCAAAATAGACTTTTTTTAGT;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=24557627;WS=24557609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	24564879	rs72133882	GTA	G	1017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=766;SC=GCTTACAAAGGTATATATATA;SOR=1.382;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=16;WE=24564888;WS=24564869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	24567320	rs7202501	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=220;ReadPosRankSum=-0.188;SC=TTTCTTGGTTAATACTGCCTT;SOR=1.158;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=14;WE=24567328;WS=24567310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr16	24570757	rs3815906	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=2.012;SC=CATTATGTTATAGTAGAACAT;SOR=1.347;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=8;WE=24570765;WS=24570747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr16	24572884	rs34473709	CTT	C	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=251;ReadPosRankSum=-0.855;SC=TTCGTAAACACTTTGAGTTCC;SOR=0.156;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=8;WE=24572893;WS=24572874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	24574645	rs139004713	AT	A	3249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=71;PP=1887;SC=TTAATTTGGGATTTTTTTTAC;SOR=1.059;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=7;TCR=80;TR=77;WE=24574661;WS=24574634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	24578330	rs7194163	G	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=2.241;SC=TACTAATGTTGCTACACTAGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=24578338;WS=24578327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr16	24579397	rs7201851	T	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=451;SC=AGTGTAAATTTTATTGTGTAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=24579405;WS=24579387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	24582299	rs7196736	C	G	3603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=2326;ReadPosRankSum=0.984;SC=ATGACAATACCGCGCCAGCTG;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=108;TCR=115;TR=151;WE=24582307;WS=24582289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,160:0.68:234
chr16	24583406	rs7593	A	G	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=100;NR=91;PP=2965;SC=TGGAGAAAGCAAAAGAGAGCC;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=191;WE=24583414;WS=24583396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	24741005	.	TCGGCGGCGG	T	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.16;MQRankSum=2.989;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr16	24741686	rs7202252	T	C	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=52;PP=1748;SC=CCGATTCGCCTTTTCTGGGTT;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=24741694;WS=24741676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	24762182	rs34485608	T	TA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-1.828;SC=AACATAGAATTAAAAAAAAAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=24762190;WS=24762172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr16	24807165	rs1030211	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=636;ReadPosRankSum=-0.609;SC=AGGTCTTCCAGTTCCAAACCC;SOR=0.713;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=41;WE=24807173;WS=24807150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr16	24873908	rs140369052	T	TC	789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.406;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr16	24881152	rs11866271	A	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=651;SC=GGAGCATGGAAATAATTGGGG;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=24881160;WS=24881142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	24886886	rs60449337	TG	T,TGG	1122.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.42;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,22,8:0.73,0.27:30
chr16	24886893	rs34534629	G	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.68;ReadPosRankSum=0.806;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr16	24888593	rs8052587	A	G	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=53;PP=1627;ReadPosRankSum=-1.063;SC=ACATGTATGCAGGTGCCATCT;SOR=0.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=95;TCR=94;TR=108;WE=24888601;WS=24888583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,115:0.57:201
chr16	24888646	rs11074656	T	C	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1170;ReadPosRankSum=0.687;SC=CTGGCCATAGTTGGGCTACTG;SOR=0.569;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=84;TCR=94;TR=79;WE=24888654;WS=24888636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,83:0.43:193
chr16	24895361	rs72770465	C	T	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=96;PP=2610;ReadPosRankSum=3.233;SC=CCTCCGTGCTCATCCCACCAG;SOR=0.572;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=306;TCF=141;TCR=165;TR=182;WE=24895369;WS=24895351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,186:0.59:314
chr16	24902194	rs274081	T	C	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=86;PP=2965;SC=TTCTAGGTTTTGCCGCGGTTG;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=106;TCR=86;TR=191;WE=24902202;WS=24902184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr16	24918048	rs17772929	C	T	12168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=217;PP=2965;SC=GTTCGGACATCGCGTATCCCA;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=433;TCF=216;TCR=217;TR=433;WE=24918056;WS=24918038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr16	24919245	rs113206122	C	CAGGGA	3831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=23;PP=2704;SC=AGTAAATGTTCAGATGATGCT;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=41;WE=24919253;WS=24919235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	24921854	rs201159355	A	AT,ATT	1423.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.000;QD=24.98;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,12,40:0.21,0.70:57
chr16	24923012	rs112544021	CT	C	34.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	24950806	rs142115593	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=805;ReadPosRankSum=0.906;SC=GCGGGCACCACGGTGCTGCCA;SOR=0.993;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=50;WE=24950814;WS=24950796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr16	25043277	rs11074669	G	A	4814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=96;PP=2654;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CGACGAGGGCGTGGGCTGCAC;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=347;TCF=184;TCR=163;TR=202;WE=25043285;WS=25043267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,224:0.61:369
chr16	25043569	rs7498149	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,24:0.23:106
chr16	25066321	rs67051289	A	AG	272.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.65;QD=30.30;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	25066332	rs12924642	A	C	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.40;QD=28.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	25137289	rs7189229	G	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=5;PP=268;SC=CTTCAGAACTGCCATCAGCAG;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=25137297;WS=25137279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	25137385	rs11861481	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=12.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQRankSum=-1.271;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.165;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,24:0.17:139
chr16	25137449	rs7188975	A	T	2805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=2.486;NF=69;NR=59;PP=1573;ReadPosRankSum=-2.177;SC=TGGGAGGAGGAAAGTGTTAGG;SOR=0.704;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=183;TCF=101;TCR=82;TR=128;WE=25137457;WS=25137439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,135:0.70:194
chr16	25163017	rs139504024	G	GGTGTGTGT	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.11;MQRankSum=0.999;QD=29.31;ReadPosRankSum=2.264;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr16	25180610	rs6497812	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=12;PP=396;SC=CTTTGCAGATGTGATCATGGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=25180618;WS=25180600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	25182032	rs9630611	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=625;ReadPosRankSum=0.697;SC=TTGCACATTTTAGAAAGAACG;SOR=0.873;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=45;WE=25182040;WS=25182022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,46:0.33:138
chr16	25704145	rs2943336	A	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=14;PP=578;SC=GGAGGCGCCCAGGACGCCTGG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=25704153;WS=25704135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr16	27215267	rs877585	G	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=9;PP=1012;SC=GCGCTTTAGCGGTTCTTGGCG;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=27215275;WS=27215257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	27215380	rs908382	A	C	5044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=92;NR=92;PP=2706;SC=GCCGCAAGGCAGGCTGGAAAC;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=92;TCR=92;TR=184;WE=27215388;WS=27215370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	27222618	rs62028352	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=1.151;SC=CCAGGCGAGGCGATACCTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=18;WE=27222626;WS=27222608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr16	27227168	rs11645703	T	G	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=26;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GGGTGACGGGTGCTGCAGCTG;SOR=0.548;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=139;TCF=97;TCR=42;TR=82;WE=27227176;WS=27227158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,89:0.61:147
chr16	27244548	rs28456036	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=536;ReadPosRankSum=-0.385;SC=AGTCTGGCAGAGGCACAGTAA;SOR=0.486;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=29;WE=27244556;WS=27244538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr16	27246617	rs17856580	T	C	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=68;PP=2063;ReadPosRankSum=-0.199;SC=TACGGTGGCATTGCCTGGAAA;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=194;TCF=96;TCR=98;TR=132;WE=27246625;WS=27246607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,141:0.68:208
chr16	27253059	rs28363677	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=463;SC=ACTTAGTGACGAACCGTCCTC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=27253067;WS=27253049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	27364158	rs3024610	C	T	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=408;SC=ATACACCTGCCGTGGTGTATC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=27364166;WS=27364148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	27367334	rs4787423	C	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=872;SC=CAATAATACGCATTTACTGAG;SOR=1.931;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=46;WE=27367342;WS=27367324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	27370932	rs138640688	AGTG	A	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=591;SC=TCTGGAATCTAGTGGTGTTGG;SOR=2.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=27370942;WS=27370922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	27371158	rs3024660	C	T	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=51;PP=1691;SC=GTGTAACAAACGACCCCGAAA;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=104;WE=27371166;WS=27371148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	27414378	rs6498021	T	G	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1418;ReadPosRankSum=-2.191;SC=TTCAAAACAATGGCTGGTGTG;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=89;WE=27414386;WS=27414368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,96:0.64:149
chr16	27494877	rs4787963	A	C	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.609;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=964;ReadPosRankSum=0.801;SC=TCTCCATGATATAAGGAGAGC;SOR=0.412;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=177;TCF=72;TCR=105;TR=69;WE=27494885;WS=27494867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,68:0.37:182
chr16	27510117	rs11452553	C	CA	731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=519;ReadPosRankSum=0.098;SC=CTTGGCTCCACAGTCGATTCC;SOR=0.804;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=15;WE=27510125;WS=27510107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr16	27561584	rs4787969	G	A	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=90;PP=2965;SC=CCTAGGCCATGAACCCCTGGA;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=76;TCR=91;TR=166;WE=27561592;WS=27561574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	27629661	rs4787980	G	C	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=5;PP=975;SC=CTCTCAGCCTGCTGCGCCGGT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=27629669;WS=27629651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	27642249	rs233453	A	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=10;PP=818;SC=TGCCACAACCACGCTGTAGTC;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=27642257;WS=27642239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	27666204	rs233470	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=562;SC=TAATCCCAGCACTTTGGGAGG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=27666212;WS=27666194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	27711038	.	G	C	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=27;QD=15.4428031368;SC=ATGGCCTCCAGGGCGCTTTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=27711046;WS=27711028;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,4:0.40:10
chr16	27752314	rs5816442	T	TC	318.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=376;SC=GCCAGTTAGCTCCTGGACCTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=27752322;WS=27752304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	27772901	rs4787984	G	A	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=100;NR=101;PP=2965;SC=CGACTCCCGGGCCCTGGACAA;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=201;WE=27772909;WS=27772891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	27777831	rs8043555	A	G	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=71;PP=2137;SC=TCAGTCCAGCATCAGGGAAGC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=122;WE=27777839;WS=27777821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	27856156	.	T	C	79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=17;MQ=56.33;NF=4;NR=1;PP=79;QD=22.7542425094;SC=CCTCCAACTCTCCCCATTTCT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=27856164;WS=27856146;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,5:0.56:9
chr16	27974418	rs2051742	T	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=5;PP=796;SC=GCCACCAAGGTAGGAAAGATG;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=27974426;WS=27974408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	27974487	rs2051743	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=70;NR=44;PP=1670;SC=CTTTCTCCGATGCCGGGGCCA;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=27974495;WS=27974477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	28143489	rs9930464	C	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=5;PP=319;SC=CACAGCTTTTCATCATAAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=28143497;WS=28143479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	28157351	rs28379290	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=CATGGCTGTCTCTTAGGCCAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=28157359;WS=28157341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	28167914	rs10445001	C	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=22;PP=626;SC=TTAAGTAATTCTCCTTCAAAA;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=28167922;WS=28167904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	28181306	rs28479048	A	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=39;PP=1172;SC=CATTAAAGCTATGAAGCATCT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=28181314;WS=28181296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	28506109	rs74949322	C	T	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=52;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TCCCTGGGGCCTCACTTCCGG;SOR=1.821;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=87;TCF=9;TCR=78;TR=56;WE=28506117;WS=28506099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr16	28506872	rs149271	A	G	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=49;PP=1676;SC=TGAACAGAGAAGAGAGGCTGA;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=28506880;WS=28506862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	28507397	rs148114931	TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC	T	836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=4;PP=994;SC=GCGGGGAGGCTGGGACAGCCT;SOR=2.636;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=13;WE=28507431;WS=28507387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	28507644	rs180743	C	G	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=56;PP=1816;SC=CCCCAAACAGCCCCAGGTCCT;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=93;WE=28507652;WS=28507634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	28508048	rs180744	A	G	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=62;PP=2687;SC=CCAAAGGCCAAGGACCTGAGC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=137;WE=28508056;WS=28508038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	28508069	rs151174	C	T	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=70;PP=2624;SC=TGATGGGGGGCGCCCAGACCC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=153;WE=28508077;WS=28508059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	28508447	rs40831	A	G	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=53;PP=1922;SC=AGGGAGAGGCATCTGTCTCAG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=112;WE=28508455;WS=28508437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	28508716	rs40832	T	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=32;PP=1619;SC=TTGGAAGGGGTGCTTGGGCAA;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=89;WE=28508724;WS=28508706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	28510393	rs40834	C	T	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.960;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=47;PP=1387;ReadPosRankSum=-1.080;SC=ACCTCTGGAGCTGCATCCAGG;SOR=2.225;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=63;WE=28510401;WS=28510383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr16	28511206	rs147413292	C	G	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.549;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,77:0.45:173
chr16	28513403	rs181206	A	G	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=42;PP=1693;SC=CCCTCCCAGCAGGGCATGGAA;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=104;WE=28513411;WS=28513393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	28513530	rs181207	C	T	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	28596523	.	C	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	28600091	rs62034359	C	T	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	28600201	rs112479807	G	GT	356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=280;SC=CAGATTTCTAGTTTCACCATG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=28600209;WS=28600191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	28603393	rs27742	T	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=40.27;NF=4;NR=1;PP=86;SC=GCCATCTTCTTCGCATAGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=28603401;WS=28603383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	28603655	rs1059491	T	G	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=76;PP=2965;SC=GGTCATAGGGTTCTTCTTCAT;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=179;WE=28603663;WS=28603645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr16	28604686	rs3743963	A	G	7502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=155;NR=99;PP=2965;SC=GCGGGCAGGGAGTGCCGACAC;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=155;TCR=99;TR=254;WE=28604694;WS=28604676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	28607070	rs4149406	A	G	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=57.23;NF=23;NR=46;PP=1463;SC=GGGGACTGCCACCTGGGAGAG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=69;WE=28607078;WS=28607060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	28617485	rs1801030	C	T	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.69;QD=29.03;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	28617514	rs9282861	C	T	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.84;QD=27.90;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	28617552	rs3176926	C	G	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=38;PP=1502;SC=TCTCCCTTTTCGGGTTCTGAG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=28617560;WS=28617542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	28617574	rs4149394	C	T	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=46;PP=1645;SC=AGCAGAGGGCCCCTCAGTGGA;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=88;WE=28617582;WS=28617564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	28617595	rs4149393	A	G	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=50;PP=1725;SC=GGCTCGGATTACTGATTCAGG;SOR=1.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=86;WE=28617603;WS=28617585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	28618065	rs3020806	A	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.30;QD=44.19;SOR=4.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	28618068	rs74752114	G	A	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.56;QD=45.10;SOR=4.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	28618071	rs3020805	C	G	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.81;QD=43.89;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	28618237	rs9282862	TA	CG	20311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=204;NR=200;PP=2947;SC=CACCACCCCTTAGCTCCACAC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=413;TCF=207;TCR=206;TR=404;WE=28618246;WS=28618227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr16	28618446	rs2925623	T	C	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=58;PP=2475;SC=ACACAGCCTGTCCCAGGCCAG;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=119;WE=28618454;WS=28618436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	28618545	rs2925624	G	T	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=52;PP=2389;SC=CAAGTCAGGAGCTGAACCCTG;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=28618553;WS=28618535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	28618636	rs3020804	A	G	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=52;PP=1692;SC=GTCACACCCCAATCTGGAGCA;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=42;TCR=52;TR=94;WE=28618644;WS=28618626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	28619911	rs1126447	T	C	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.28;QD=43.02;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	28619920	rs1126446	A	G	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.43;QD=44.04;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	28621311	rs2077412	T	C	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=28;PP=978;SC=ATTGTGGGTGTTGTGTGGGGA;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=28621319;WS=28621301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	28631314	.	TTG	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr16	28634425	rs56148728	C	T	5034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=46.349;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=0.564;SC=TGGTCCCACCCCCCAGGTTCC;SOR=0.524;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=271;TCF=147;TCR=124;TR=203;WE=28634441;WS=28634415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,218:0.84:261
chr16	28734477	rs202014506	G	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.14;MQRankSum=-1.092;QD=9.44;ReadPosRankSum=2.226;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,46:0.39:119
chr16	28835680	rs149808056	T	TG	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.142;NF=2;NR=4;PP=167;ReadPosRankSum=0.185;SC=TCGCTGGAGGTGGGGGTTCGG;SOR=0.148;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=6;WE=28835688;WS=28835670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr16	28837203	rs62036622	T	G	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=618;ReadPosRankSum=-0.873;SC=AGTTGCAGAGTAGGAGGAGAA;SOR=0.984;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=38;WE=28837211;WS=28837193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr16	28837515	rs8049439	T	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=625;ReadPosRankSum=2.660;SC=TTGCCTTCACTTTTCTTGAAA;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=40;WE=28837523;WS=28837505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr16	28838073	rs12448482	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=494;ReadPosRankSum=-0.169;SC=CGTACTCTGGACTTCTTAAAC;SOR=0.963;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=26;WE=28838081;WS=28838063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr16	28838347	rs199899114	CAG	C	2831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.673;NF=5;NR=46;PP=1892;ReadPosRankSum=1.411;SC=GCTGGACAGACAGAATGGGTT;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=171;TCF=18;TCR=153;TR=51;WE=28838356;WS=28838337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,84:0.30:282
chr16	28842311	rs4344749	A	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=23;PP=913;SC=CAAAGGCACAACGGCCTCTGA;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=28842319;WS=28842301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	28844068	rs7498491	T	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=298;ReadPosRankSum=-0.925;SC=CCTCTGTTCTTTTGGCACTGT;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=22;WE=28844076;WS=28844058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr16	28844284	rs62036626	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=631;ReadPosRankSum=-1.172;SC=AAAGGACTAGATAGGAGTCAA;SOR=1.075;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=40;WE=28844292;WS=28844274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr16	28844365	rs62036657	G	A	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GACTGTGTGTGTTTCTCTCTT;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=79;WE=28844373;WS=28844355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,86:0.66:131
chr16	28846840	rs56404918	T	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=841;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TGCTGGCCTGTGTGGCACTCA;SOR=1.067;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=46;WE=28846848;WS=28846830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr16	28846866	rs55719896	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=673;ReadPosRankSum=-2.006;SC=CCCCTCCCCAGCAGCATCAGG;SOR=0.188;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=34;WE=28846874;WS=28846856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr16	28847149	rs55830740	G	C	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=66;PP=1772;ReadPosRankSum=1.367;SC=CCATCCCATTGCCAAGTCCCT;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=186;TCF=66;TCR=120;TR=101;WE=28847157;WS=28847139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,112:0.57:196
chr16	28847246	rs12928404	T	C	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=1334;ReadPosRankSum=1.034;SC=CTTTTTTGTTTTCCACAGGCC;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=70;WE=28847254;WS=28847236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr16	28854550	rs76081634	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=718;ReadPosRankSum=0.765;SC=CTCGGAGGTTAAGAGTCATGG;SOR=0.681;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=37;WE=28854558;WS=28854540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr16	28855522	rs61737565	G	C	4826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=1.463;SC=CTTCAGCCAGGCCCTGCTCTC;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=167;TCR=144;TR=199;WE=28855530;WS=28855512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,211:0.61:346
chr16	28855727	rs4788099	A	G	4179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.801;NF=91;NR=97;PP=2772;ReadPosRankSum=0.256;SC=GTGGGAACAGACAGAGTCCTC;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=299;TCF=142;TCR=157;TR=188;WE=28855735;WS=28855717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,195:0.61:318
chr16	28856776	.	C	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=719;ReadPosRankSum=0.806;SC=ACTTCTTGAACTTAGCCCCAC;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=51;WE=28856784;WS=28856766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr16	28857645	rs7187776	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=562;ReadPosRankSum=-1.397;SC=GCACAGAAGAAGAAGGGCGCC;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=35;WE=28857653;WS=28857628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr16	28875122	rs7198606	T	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=667;ReadPosRankSum=2.366;SC=CTCTATGGTCTCTTCCTTCAG;SOR=0.329;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=36;WE=28875130;WS=28875112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr16	28875204	rs11864750	A	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=810;ReadPosRankSum=0.412;SC=GTGGGGGCGCAGGGAGCGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=16;WE=28875230;WS=28875194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr16	28875214	rs138146565	AGCCGCCGCC	A	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.400;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=2558;ReadPosRankSum=-0.279;SC=AGGGAGCGGGAGCCGCCGCCG;SOR=1.535;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=28875230;WS=28875194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr16	28883241	rs7498665	A	G	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=50;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GGGACCCCCAACAGGGACAGT;SOR=1.635;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=95;TCF=16;TCR=79;TR=58;WE=28883249;WS=28883231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,48:0.57:84
chr16	28883327	rs28433345	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TGAGTGTGCATGTCTCCAGGC;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=28883335;WS=28883317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr16	28883841	rs62037369	C	T	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=65;PP=2551;ReadPosRankSum=-1.906;SC=TCACCTCCCCCATCCCGCCCT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=159;TCR=109;TR=163;WE=28883849;WS=28883831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,174:0.61:284
chr16	28890131	rs62037371	C	A	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=88;PP=2417;ReadPosRankSum=1.948;SC=CTTGGAAGAGCGGCTGGTAAT;SOR=0.673;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=247;TCF=95;TCR=152;TR=145;WE=28890139;WS=28890121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,155:0.60:259
chr16	28893724	rs5816477	ACT	A	808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=513;ReadPosRankSum=0.864;SC=CAACTCCATAACTCTGCCTCC;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=13;WE=28893733;WS=28893714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr16	28896015	rs11642449	C	T	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=47;PP=1114;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGGGGTGGGACGTGGGGAGGA;SOR=0.947;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=37;TCR=75;TR=69;WE=28896023;WS=28896005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,72:0.62:117
chr16	28898793	rs6565259	T	C	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=57;PP=2161;ReadPosRankSum=1.299;SC=TGGCCACCACTGGTGTGGGCA;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=243;TCF=155;TCR=88;TR=155;WE=28898814;WS=28898783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,157:0.64:247
chr16	28903763	rs200957871	CTG	C	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.98;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	28903764	.	TGTAA	T	246	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=246;QD=72.25;SC=TGAGAAAGGCTGTAACCTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=28903777;WS=28903754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,4:0.33:12
chr16	28903767	rs200961662	AAC	A	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	28903769	.	C	A	254	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=4;PP=254;QD=48.1285354245;SC=AAGGCTGTAACCTTGGCTCCT;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=6;WE=28903777;WS=28903754;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,6:0.35:17
chr16	28906084	rs9931989	G	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=802;ReadPosRankSum=0.853;SC=GGTGGAAGGAGGGTATGACAG;SOR=0.534;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=159;TCF=93;TCR=66;TR=65;WE=28906092;WS=28906074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,62:0.39:161
chr16	28913787	rs7189927	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CCCATGCAGGTGCTGAGAGGG;SOR=0.922;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=12;WE=28913795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr16	28915433	rs2071342	A	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.242;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=364;ReadPosRankSum=0.344;SC=CGTGCCTGGGAGATGCACCTG;SOR=3.538;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=73;TCF=62;TCR=11;TR=21;WE=28915441;WS=28915423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr16	28915527	rs10499	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1399;ReadPosRankSum=1.293;SC=AAGGAAGTGAGCATCCTTTTG;SOR=0.840;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=340;TCF=183;TCR=157;TR=108;WE=28915535;WS=28915517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,109:0.31:353
chr16	28917298	rs145495208	G	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=699;ReadPosRankSum=1.618;SC=GGCCGACAGGGGCCCTGGGCC;SOR=0.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=66;TCR=80;TR=48;WE=28917306;WS=28917288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,51:0.32:157
chr16	28922149	rs11646653	C	T	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.822;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,101:0.41:245
chr16	28925978	rs3924376	T	C	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=826;ReadPosRankSum=-0.866;SC=CAGCGCCCCCTGGCCGTGCCC;SOR=0.553;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=247;TCF=145;TCR=102;TR=79;WE=28925986;WS=28925968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,78:0.31:248
chr16	28944396	rs2904880	C	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=500;ReadPosRankSum=-1.888;SC=GCCTCCGTGTCTCCCACCGAG;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=86;TCR=87;TR=49;WE=28944404;WS=28944386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,55:0.30:186
chr16	28944700	rs35979293	G	T	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=887;ReadPosRankSum=0.869;SC=ACGATCGCCCGGCCAGAGATA;SOR=0.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=80;WE=28944708;WS=28944690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,86:0.37:232
chr16	28962755	rs12449272	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CGGCGGAAGGGCCAAGGGCTT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=28962763;WS=28962745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr16	28993049	rs6565300	A	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;ReadPosRankSum=0.329;SC=AATTCGGTCGATACTGTCCCC;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=49;TR=41;WE=28993057;WS=28993039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,43:0.31:138
chr16	28993649	rs11301233	AC	A	2136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.276;NF=24;NR=36;PP=1432;ReadPosRankSum=0.872;SC=ACAGGGACAAACCCCCCATTC;SOR=0.625;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=60;WE=28993657;WS=28993639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,94:0.38:245
chr16	28995145	rs4788114	C	T	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.519;SC=CCCCCTCCTTCTTGTCCGAGT;SOR=0.810;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=145;TCF=91;TCR=54;TR=84;WE=28995153;WS=28995135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,87:0.56:156
chr16	28995757	rs7140	C	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=552;ReadPosRankSum=-0.813;SC=CAGACACTACCTGGGTAGCTC;SOR=0.636;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=44;WE=28995765;WS=28995747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr16	29001460	rs9929088	A	C	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.002;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=31;PP=1060;ReadPosRankSum=1.227;SC=TACCTGCTGAACCCCGTCAGC;SOR=1.028;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=276;TCF=159;TCR=117;TR=83;WE=29001468;WS=29001450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,89:0.31:286
chr16	29097369	rs252274	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.173;NF=22;NR=2;PP=474;ReadPosRankSum=0.949;SC=ATTGGTCAGGCTGGTCTCGAA;SOR=0.321;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=24;WE=29097377;WS=29097362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr16	29097556	rs61151630	C	CAT	3081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.59;QD=42.80;SOR=4.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	29102189	rs56374327	C	CT	881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.22;QD=30.40;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	29102219	.	A	G	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=48.45;NF=2;NR=3;PP=25;QD=11.9542425094;SC=TTTTATTTTCATTTACTGACT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=5;WE=29102227;WS=29102209;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr16	29113263	rs149472124	C	T	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-5.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.403;NF=33;NR=3;PP=678;ReadPosRankSum=-1.698;SC=CAGAGTCACTCCAGCATGTTA;SOR=0.236;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=61;TCR=4;TR=36;WE=29113271;WS=29113253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr16	29113497	rs11366120	AT	A	5115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.403;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-2.839;NF=10;NR=139;PP=2692;ReadPosRankSum=0.726;SC=GAGGAGGTGGATTTTTTTTTT;SOR=1.060;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=186;TCF=10;TCR=176;TR=149;WE=29113505;WS=29113475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,209:0.96:218
chr16	29141436	rs1646128	G	A	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=25;PP=851;SC=CCTCCCCAGAGTGTCTACCGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=29141444;WS=29141426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	29142059	rs1642020	G	C	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=15;PP=702;SC=CTGGCGGGGAGAGCCAGGAGA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=29142067;WS=29142049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	29142163	rs1646127	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.23;MQRankSum=0.586;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=1.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr16	29142189	rs1642021	A	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.36;QD=28.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	29142204	rs1642022	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.84;QD=24.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	29150636	rs34323521	A	AC	72.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-1.282;SC=ACCAAGGGTGACCCCCCACAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=2;WE=29150644;WS=29150626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr16	29150785	rs1646119	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-1.659;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
chr16	29332380	rs257878	T	C	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.107;NF=55;NR=52;PP=1606;ReadPosRankSum=1.605;SC=GAGCTTCTCGTGGAGAATGCC;SOR=0.307;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=107;WE=29332388;WS=29332370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr16	29337658	rs2934463	T	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.494;NF=32;NR=15;PP=754;ReadPosRankSum=0.254;SC=CACACCTGTTTCCTCCACAGA;SOR=0.516;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=47;WE=29337666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr16	29340099	rs28598582	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.555;NF=5;NR=9;PP=136;ReadPosRankSum=0.338;SC=GTGCACATAGTGGGCCTGCAG;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=14;WE=29340107;WS=29340089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	29342500	rs9745636	T	A	2813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.710;NF=49;NR=39;PP=1151;ReadPosRankSum=1.142;SC=GTTTGCTGTGTCTGCGGGTGT;SOR=0.607;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=88;WE=29342508;WS=29342490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr16	29342517	rs9745637	T	G	2907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-9.507;NF=50;NR=47;PP=1296;ReadPosRankSum=0.090;SC=GTGTCTTGGTTTGTTTCTACT;SOR=0.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=209;TCF=107;TCR=102;TR=97;WE=29342525;WS=29342507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,84:0.43:196
chr16	29342546	rs9745639	T	C	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.303;NF=50;NR=56;PP=1314;ReadPosRankSum=-3.525;SC=TTCCTCCTCTTGTTCTTTGTA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=108;TCR=120;TR=106;WE=29342554;WS=29342536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,88:0.41:213
chr16	29376400	.	CTG	C	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQRankSum=-4.174;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr16	29624247	rs28455095	C	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.174;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-7.062;NF=12;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=0.356;SC=GAAGTGTAAACGAATGAATGA;SOR=1.590;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=16;WE=29624255;WS=29624237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr16	29644794	rs11150561	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.909;NF=8;NR=27;PP=480;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TCACTCCACTATAAATACACC;SOR=1.173;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=104;TCF=31;TCR=73;TR=35;WE=29644802;WS=29644784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,23:0.23:99
chr16	29645078	rs12597368	C	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.977;NF=33;NR=8;PP=546;ReadPosRankSum=0.138;SC=TGCACTCCAGCCTGTGTGACA;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=79;TCR=19;TR=41;WE=29645086;WS=29645068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr16	29645104	rs35388990	CA	C	880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-2.270;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,61:0.56:108
chr16	29647700	rs200123374	C	T	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.13;MQRankSum=-0.349;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	29705854	rs9936468	C	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=289;SC=CCGCAGTCCCCCCCCTGGGAC;SOR=2.494;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=13;WE=29705862;WS=29705852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	29708350	rs9932770	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=706;SC=GGCTGACTTCACTCTGAAGGT;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=29708358;WS=29708340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	29790669	rs235634	T	A	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	29790678	rs183527	T	G	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	29790767	rs235635	A	G	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=28;PP=1248;SC=AACAGGGGTGATGCAGAGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=63;WE=29790775;WS=29790757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	29790864	rs235636	G	A	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=42;PP=1573;SC=AGAGTATGGAGGTGGTGGTGG;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=94;WE=29790872;WS=29790854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	29791561	rs235637	T	G	7839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=131;PP=2965;SC=GAAGAAGCTGTTATTTGTGAC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=149;TCR=131;TR=280;WE=29791569;WS=29791551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr16	29791721	rs235638	G	C	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.06;NF=61;NR=112;PP=2965;SC=GTTTACCCCAGTAGCTGCAGC;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=61;TCR=112;TR=173;WE=29791729;WS=29791711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	29791818	rs35586094	TA	T	348.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.54;NF=2;NR=10;PP=282;SC=AATGGCTCAATAAAAAAAATA;SOR=2.985;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=12;WE=29791826;WS=29791808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	29809634	rs5816499	TACACAC	TAC,T	329.80	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4,4;NR=6,6;PP=334,100;ReadPosRankSum=-1.426;SC=CTCCACCCCTTACACACACAC;SOR=0.223;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=10,10;WE=29809647;WS=29809624;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.91:11
chr16	29811319	rs235648	C	T	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=88;PP=2835;SC=AAGAGGAGATCGGGAGCCCTG;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=43;TCR=88;TR=131;WE=29811327;WS=29811309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	29814234	rs2450399	G	A	6601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=115;PP=2965;SC=TGAAGACAGTGGAAGAGAAGG;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=114;TCR=115;TR=229;WE=29814242;WS=29814224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr16	29817998	rs111993640	C	T	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=11;PP=1195;SC=CGCTGAGCCCCGGGGGCCCCG;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=29818006;WS=29817988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	29821744	rs2516825	G	A	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=111;PP=2965;SC=CTCCTCTTCTGTCAGACCTGA;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=104;TCR=111;TR=215;WE=29821752;WS=29821734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr16	29822841	rs11150572	A	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=0;PP=320;SC=CCCCAGCCGCATCCCTCCCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=29822849;WS=29822831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	29823202	rs12923293	A	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=17;PP=429;SC=CTGCTCGTAGAGACGCCTCCA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=29823210;WS=29823192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	29825126	rs11150573	T	C	6164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=110;PP=2965;SC=CAGCTCCCAGTTGGCAGGTCC;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=95;TCR=110;TR=205;WE=29825134;WS=29825116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	29876417	.	C	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=-2.181;SC=GCCCCGTCTGCCCTGGCCGCA;SOR=1.292;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=16;WE=29876425;WS=29876407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr16	29906546	rs4787484	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=0.300;SC=CAGTATGGCCCCTGCCCTTCC;SOR=0.426;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=16;WE=29906554;WS=29906536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr16	29907027	rs71389435	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=7;PP=937;ReadPosRankSum=0.220;SC=CAGTCACATGCTTTGGTCCAG;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=70;TCR=11;TR=54;WE=29907035;WS=29907017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr16	29907298	rs34549819	G	GT	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=680;ReadPosRankSum=-0.395;SC=TTTTTGTTTTGTTTGAGACAG;SOR=0.795;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=19;WE=29907306;WS=29907288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr16	29908433	rs11649499	C	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=15;PP=462;SC=CGTGGGGTCCCGATCAGATCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=29908441;WS=29908423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	29910518	rs11344	C	G	133.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=1.150;SC=CAGAATTGGGCTAGGGGTCGC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=29910526;WS=29910508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr16	29912802	rs140411458	G	GGGT	2457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=7.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.078;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,68:0.33:209
chr16	29918034	rs1129700	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=729;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGGGTTGGGATGGGTGGAGAA;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=45;WE=29918042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,46:0.79:58
chr16	29923510	rs4548895	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=0.934;SC=AGCTCCGCCAGCCTCTCTGCC;SOR=1.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=17;WE=29923518;WS=29923500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr16	29934754	rs12596042	T	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=9;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=586;ReadPosRankSum=1.028;SC=TAAAAAAAAATTTTTGTAGAG;SOR=1.142;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=30;WE=29934762;WS=29934743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr16	29937081	rs5816505	G	GA	1447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.007;NF=20;NR=11;PP=1200;ReadPosRankSum=0.282;SC=GGGGTCTGGGGTGGGGGCACG;SOR=0.924;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=31;WE=29937089;WS=29937071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr16	29982961	rs9932702	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.82;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr16	29993108	rs11642046	C	G	4407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.352;SC=TGGGCCCAGGCGTTAGGCCAT;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=141;TCR=159;TR=185;WE=29993116;WS=29993098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,192:0.61:314
chr16	29994736	rs3814884	T	A	3648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-8.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.638;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=30;PP=2688;ReadPosRankSum=0.418;SC=AGTGCAGCACTCCTCTGAGTC;SOR=0.341;Source=Platypus;TCF=158;TR=124;WE=29994744;WS=29994726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,137:0.63:219
chr16	29994922	rs3814883	C	T	16121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=331;NR=364;PP=2962;ReadPosRankSum=1.563;SC=CCACCTCTTCCGCCCGCCGCC;SOR=0.543;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=1112;TCF=514;TCR=598;TR=695;WE=29994930;WS=29994908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:439,723:0.62:1162
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chr16	30000901	rs3814881	G	A	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=31;PP=1236;ReadPosRankSum=-1.353;SC=CCCTTGATCCGTCCACTGCAT;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=79;WE=30000909;WS=30000891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,81:0.61:133
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chr16	30093779	rs2278557	C	G	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=51;PP=1975;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TGCTTGAGTTCCAACCCCACT;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=202;TCF=122;TCR=80;TR=124;WE=30093787;WS=30093769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,130:0.61:213
chr16	30096468	rs34627357	T	TG	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
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chr16	30098189	rs3833842	GTGA	G	2618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.847;NF=3;NR=34;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.896;SC=AACAGTGGTGGTGATGATGAT;SOR=0.390;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=8;TCR=73;TR=37;WE=30098199;WS=30098179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,69:0.61:114
chr16	30119525	rs8061772	C	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=399;SC=GTGGTGGTCACGGCCTCACCT;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=30119533;WS=30119515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr16	30134272	.	A	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.472;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=634;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CCGCGTCTCCACGTCCCGGAA;SOR=0.925;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=126;TCF=87;TCR=39;TR=42;WE=30134280;WS=30134262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,42:0.33:128
chr16	30134312	rs36084237	C	G	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=57;PP=2050;ReadPosRankSum=1.906;SC=TCCTCTCCCGCGAAGCCCCCT;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=128;TCR=98;TR=133;WE=30134320;WS=30134292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,140:0.60:232
chr16	30134679	rs61764202	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GTCACGTGACCCGCCCCGCGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=7;WE=30134687;WS=30134669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr16	30198151	rs1132812	A	G	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=546;ReadPosRankSum=0.268;SC=GGGAGATCCCAGATGGGGGCC;SOR=0.827;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=38;WE=30198159;WS=30198141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr16	30366039	rs35480350	G	A	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=64;PP=1594;ReadPosRankSum=-1.418;SC=CTGAGGAAAGGATGCAGAGGA;SOR=1.128;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=158;TCF=59;TCR=99;TR=95;WE=30366047;WS=30366029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,97:0.58:166
chr16	30376486	rs8049108	T	C	4534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.288;SC=ACTGCCAGGCTTTGGCTCTGA;SOR=0.564;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=149;TCR=155;TR=184;WE=30376494;WS=30376476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,201:0.61:330
chr16	30376959	rs11646130	T	C	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.559;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=1649;ReadPosRankSum=-1.542;SC=AGCAATAGTGTAAAACCTGCA;SOR=0.229;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=158;TCF=49;TCR=109;TR=97;WE=30376967;WS=30376949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,102:0.62:164
chr16	30380486	rs4238961	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=-0.792;SC=ATCGTTTTCGTTTCGCCCTCC;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=10;WE=30380494;WS=30380476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	30381303	rs12930787	C	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr16	30386262	rs8046445	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=435;ReadPosRankSum=-0.430;SC=GTAGCTGGTTCCCAGTCCAAC;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=34;WE=30386270;WS=30386252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr16	30390314	rs12447833	T	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=532;ReadPosRankSum=0.235;SC=TTGGAGGCTCTGATACTGTCC;SOR=0.392;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=37;WE=30390322;WS=30390304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr16	30393660	rs4787643	G	A	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=83;PP=2011;ReadPosRankSum=0.353;SC=GGTTGGGGAGGGCAGCAAAAC;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=397;TCF=179;TCR=218;TR=147;WE=30393668;WS=30393650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,156:0.38:410
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chr16	30407269	rs13333093	C	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=633;ReadPosRankSum=-1.157;SC=TGTGGCCGGCCGAGATCCTGG;SOR=0.652;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=51;WE=30407277;WS=30407259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,51:0.34:149
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chr16	30522152	rs3087443	G	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=795;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GGGCCATGAGGCTGCTCCTCA;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=156;TCF=103;TCR=53;TR=58;WE=30522160;WS=30522142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,62:0.37:167
chr16	30536672	rs3751847	A	G	10246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=178;PP=2965;SC=CGCAGATGCCACAGATGTTAG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=365;TCF=187;TCR=178;TR=365;WE=30536680;WS=30536662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr16	30536918	rs10871453	C	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=606;ReadPosRankSum=0.339;SC=GACTCTTTTCCTCGGGGTTCA;SOR=0.714;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=169;TCF=91;TCR=78;TR=50;WE=30536926;WS=30536908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,54:0.30:181
chr16	30538259	rs3794703	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	30566747	rs17850402	G	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=840;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GCGCCTGTGGGCTGCCATCTC;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=199;TCF=90;TCR=109;TR=70;WE=30566755;WS=30566737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,72:0.35:205
chr16	30666367	rs3747481	C	T	4942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.527;SC=CGACCACGGCCGCGGCGGCAC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=139;TCR=160;TR=194;WE=30666375;WS=30666357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,198:0.64:307
chr16	30671532	rs35629860	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=522;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CCCTAGAGGGGTTGGGAGCTT;SOR=0.960;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=36;WE=30671540;WS=30671522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr16	30672719	rs885107	T	C	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=915;ReadPosRankSum=2.210;SC=AGCATAAAGGTCTTCTGCGTG;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=60;WE=30672727;WS=30672709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr16	30718873	rs72793372	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.286;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	30724070	rs4889500	G	T	4882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=84;PP=2965;SC=AGTTGAAACGGTGGTGCCCCA;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=168;WE=30724078;WS=30724060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	30724221	rs4889501	C	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.13;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	30732406	rs1470129	C	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=32;PP=2149;SC=GCTGGGGACACGGGTCTAGTA;SOR=1.248;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=84;WE=30732414;WS=30732396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	30734963	rs4889502	C	A	5569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=49;PP=2965;SC=TGCCATCCTCCCTCCCTGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=145;TCR=50;TR=194;WE=30734971;WS=30734953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	30751085	.	C	T	57.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=1.150;SC=GGCTTTCCACCGTGGCCACTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=30751093;WS=30751075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	30762640	rs4889504	C	T	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=62;PP=1965;SC=GCAGACGACCCCCCACCTCCT;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=103;WE=30762648;WS=30762630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	30766247	rs9941201	G	A	4992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=69;PP=2965;SC=TGGCAAATCAGTGCAACTTGG;SOR=1.117;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=104;TCR=69;TR=173;WE=30766255;WS=30766237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	30768492	rs71820772	GCTCTGGC	G	1360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=1042;SC=GCTCCTCTGGGCTCTGGCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=30768506;WS=30768482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	30770267	rs7188077	C	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=845;SC=GTCCTGATGTCATCCAAACCC;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=30770275;WS=30770257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	30770950	rs62622830	T	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=615;ReadPosRankSum=-2.699;SC=GGGTAAAGTTTCCAGAATGTT;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=53;WE=30770958;WS=30770940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,64:0.36:176
chr16	30772004	rs35446957	GAA	G	3150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.185;HP=9;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.404;NF=10;NR=42;PP=1806;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TATAGTAAAAGAAAAAGAGTA;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=16;TCR=66;TR=52;WE=30772013;WS=30771994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,86:0.61:141
chr16	30772040	rs4889505	A	G	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.08;NF=54;NR=66;PP=2228;SC=TATCATGACAAGGCTGTGACA;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=120;WE=30772048;WS=30772030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	30773822	rs1550477	T	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=1;PP=903;SC=CTCCTCCCGTTTGACGCCCCT;SOR=4.021;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=36;WE=30773830;WS=30773812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	30779716	rs7195142	A	G	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=83;PP=2965;SC=CGGGAGCTTCAGGAACGGGAA;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=148;WE=30779724;WS=30779706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	30780828	rs4889506	A	G	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=83;PP=2768;SC=TGCAGAAGCTAGAGGAGAAGG;SOR=0.978;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=155;WE=30780836;WS=30780818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
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chr16	30832701	rs8045550	A	C	10658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.399;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=1.616;SC=TGGGCGGGGGAAGAGTGAAGG;SOR=0.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=363;TCF=167;TCR=196;TR=362;WE=30832709;WS=30832691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,373:1.00:374
chr16	30833272	rs8046609	A	G	16130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=318;NR=261;PP=2965;SC=AACCGACAGCAACATGGGAGC;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=582;TCF=320;TCR=262;TR=579;WE=30833280;WS=30833262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr16	30833321	rs8046001	C	T	6187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.864;SC=GATACTCCTCCGGACTCTGGG;SOR=0.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=494;TCF=231;TCR=263;TR=272;WE=30833329;WS=30833311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,287:0.56:512
chr16	30833425	rs4889510	G	C	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=71;PP=2085;SC=CTCCCGTGTTGCAGGGGCTGC;SOR=4.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=9;TCR=71;TR=80;WE=30833433;WS=30833415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	30886643	rs897984	T	C	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=40;PP=947;ReadPosRankSum=-0.484;SC=ACTGCTGAGGTTGCCCGAGGT;SOR=0.860;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=190;TCF=80;TCR=110;TR=67;WE=30886651;WS=30886633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,68:0.35:196
chr16	30936081	rs35675346	G	A	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=52;PP=2039;ReadPosRankSum=1.336;SC=CGGAAAGGGGGAATCTGGGGT;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=118;TCR=74;TR=135;WE=30936089;WS=30936071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,146:0.69:211
chr16	30938811	rs12930545	A	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.985;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=432;ReadPosRankSum=0.725;SC=GGTGGGGCAGATTGTCAGGGA;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=33;WE=30938819;WS=30938801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr16	30964940	rs9926903	A	G	13454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=244;NR=220;PP=2965;SC=CACCGTCCCAAGCTGAGCCAG;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=466;TCF=244;TCR=222;TR=464;WE=30964948;WS=30964930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr16	30965549	.	AT	A	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.230;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	30975312	rs370118124	CA	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr16	30977799	rs11150601	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=1.318;SC=AGAGGAGACAGGTGATGGAGG;SOR=0.157;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=13;WE=30977807;WS=30977789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr16	30980902	rs897986	T	C	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.858;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1092;ReadPosRankSum=-1.885;SC=CTGTTAGTCCTCATTTGTCTT;SOR=1.035;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=205;TCF=97;TCR=108;TR=77;WE=30980910;WS=30980892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,83:0.38:217
chr16	30999142	rs9938550	A	G	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=43;PP=1526;ReadPosRankSum=1.772;SC=GCAGCGGGCAACCCTGATGGG;SOR=0.699;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=343;TCF=207;TCR=136;TR=114;WE=30999150;WS=30999132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,120:0.34:349
chr16	30999462	rs2305880	T	C	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=993;ReadPosRankSum=-1.142;SC=GCCGGACCCGTACCATTCTCT;SOR=0.483;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=164;TCF=72;TCR=92;TR=69;WE=30999470;WS=30999452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,69:0.40:174
chr16	31004169	rs17855121	T	C	5207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=101;PP=2887;ReadPosRankSum=0.125;SC=CCCCAATGGATGACGCCAAGA;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=379;TCF=228;TCR=151;TR=247;WE=31004177;WS=31004159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,259:0.65:396
chr16	31004812	rs12445568	T	C	4454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=114;PP=2478;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TGATCTAGGGTGACGAGGGAG;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=322;TCF=134;TCR=188;TR=197;WE=31004820;WS=31004802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,211:0.61:344
chr16	31004926	rs7194921	C	T	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=39;PP=1048;SC=GCACATTATTCACCTGCTCTT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=31004934;WS=31004916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	31012813	rs61239537	G	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.285;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=-0.400;SC=GGGTGCTGGGGCTGGGGCTGG;SOR=0.169;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=13;WE=31012821;WS=31012803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	31044683	rs58726213	A	G	5191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.564;SC=CGTACAAATGACGTATTCCTA;SOR=0.432;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=349;TCF=210;TCR=139;TR=218;WE=31044691;WS=31044673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,231:0.63:366
chr16	31044897	rs12445650	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=827;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TGCGGGAGCTGGAGCGGGGAA;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=37;WE=31044905;WS=31044887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr16	31049155	rs55979739	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=236;ReadPosRankSum=-0.278;SC=ATAAGAGCTCATGCTATTTGC;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=16;WE=31049163;WS=31049145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
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chr16	31050033	rs732172	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.59;ReadPosRankSum=-1.741;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
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chr16	31092075	rs7196726	G	A	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1269;ReadPosRankSum=0.673;SC=CATAGTGGAGGCTGGGTTCCT;SOR=0.520;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=78;WE=31092083;WS=31092065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,84:0.67:125
chr16	31095171	rs11865038	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=658;ReadPosRankSum=0.509;SC=CTCATCCTCACGGCTTTGGTC;SOR=0.708;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=53;WE=31095190;WS=31095161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr16	31095204	rs11864806	G	C	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=710;ReadPosRankSum=2.652;SC=CCCATTCCTCGAAGGAACAGG;SOR=0.724;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=45;WE=31095212;WS=31095194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr16	31095251	rs11864839	G	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=480;ReadPosRankSum=-0.394;SC=AGAATACTGAGGCTCAAAGCG;SOR=1.036;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=42;WE=31095259;WS=31095241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,48:0.49:97
chr16	31096164	rs7199949	G	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=538;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TGGTGGTCAGGATAGGGCAGG;SOR=0.455;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=38;WE=31096172;WS=31096154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr16	31097574	rs4889535	G	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=10;PP=537;SC=CTGATTGCAGGTCTTTCCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=31097582;WS=31097564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	31121889	.	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.796;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=1.524;SC=GCTGGGGATCCGGGTCAAGGG;SOR=0.416;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=19;WE=31121897;WS=31121879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr16	31122229	rs1549296	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=269;SC=TTCTTTGTCACAGGGGCTGCC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=31122237;WS=31122219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	31122571	rs889555	C	T	4150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=78;PP=2499;ReadPosRankSum=1.454;SC=GGCTTGGGGGCGGACAGGAAC;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=263;TCF=144;TCR=119;TR=177;WE=31122579;WS=31122561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,186:0.67:276
chr16	31129265	.	T	G	90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=15;MQ=59.22;NF=0;NR=9;PP=90;QD=13.8634680608;SC=GGCCAGGGGGTGGGGCGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=31129273;WS=31129255;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,9:0.41:22
chr16	31131614	rs4527034	A	G	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=65;PP=2880;SC=GCGTGGGTGCAGGGAGTTGGC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=147;WE=31131622;WS=31131604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr16	31138445	rs72785553	G	A	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=982;ReadPosRankSum=2.277;SC=CAGGTCCCCCGTCTCCCCTTG;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=74;WE=31138453;WS=31138435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,79:0.37:211
chr16	31141826	rs1549295	A	G	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=81;PP=2965;SC=CGGAGAAGCCACTGTCTGACC;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=178;WE=31141834;WS=31141816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr16	31141880	rs1549294	A	G	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=84;PP=2965;SC=GGGTGCTGCTAGAGATCCTGC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=186;WE=31141888;WS=31141870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr16	31142271	rs17855606	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=0.540;SC=GTGTCAGTATATGGACTGGTA;SOR=0.875;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=20;WE=31142279;WS=31142261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr16	31142381	rs2855479	A	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=11;PP=827;SC=GGGCTTCCCTACCCCTCCCCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=31142389;WS=31142371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	31143993	rs45619735	C	T	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=48;PP=1438;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CACCCAGCGTCCCACCTCACC;SOR=0.415;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=223;TCF=101;TCR=122;TR=96;WE=31144001;WS=31143983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,97:0.42:229
chr16	31151521	rs8047469	A	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.20;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	31151947	.	G	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.875;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=891;ReadPosRankSum=1.687;SC=GGCCAGGGGGGGCCTGAGTCC;SOR=0.455;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=151;TCF=61;TCR=90;TR=58;WE=31151964;WS=31151937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,61:0.38:161
chr16	31152697	rs150305650	T	TAAAC,TAAACAAAC	1620.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;QD=50.65;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,20:0.38,0.62:32
chr16	31152717	rs889547	T	C	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=39.56;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	31153105	rs1549300	A	G	6580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=112;PP=2965;SC=CAGGGCCCCAATCCCAGGCTA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=114;TCR=112;TR=226;WE=31153113;WS=31153095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr16	31153780	rs889546	G	A	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=9;PP=765;SC=CGCGTTCCGCGGGCCCCGCCC;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=31153788;WS=31153770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	31154146	rs1549299	G	A	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=50;PP=1431;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GCGAAGCCGCGCTCAGGTTCA;SOR=0.810;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=246;TCF=136;TCR=110;TR=116;WE=31154154;WS=31154136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,118:0.47:250
chr16	31154358	rs78924645	G	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=742;ReadPosRankSum=1.240;SC=TCCCGCACACGTGGCTGGAAA;SOR=0.492;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=61;WE=31154366;WS=31154348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,75:0.70:107
chr16	31191482	rs929867	A	G	9035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=165;NR=141;PP=2965;SC=AGGCGTCGGTACTCAGCGGTG;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=165;TCR=141;TR=306;WE=31191490;WS=31191472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr16	31193942	rs741810	C	A	3114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=65;PP=1709;ReadPosRankSum=0.670;SC=ACACTTCAGGCTATGGCCAGA;SOR=0.485;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=205;TCF=97;TCR=108;TR=130;WE=31193950;WS=31193932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,143:0.65:220
chr16	31195279	rs1052352	C	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=765;ReadPosRankSum=-0.979;SC=AGTCCTCCTACCCTGGCTATG;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=40;TCR=97;TR=52;WE=31195287;WS=31195269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,53:0.38:138
chr16	31196141	rs71771375	GTCTTTTTACTT	G	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=2554;ReadPosRankSum=0.778;SC=TTTCCTAGCTGTCTTTTTACT;SOR=1.230;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=31196159;WS=31196131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	31230463	rs7186832	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-0.306;SC=CATGCATGCGCAAGGAGAAGA;SOR=0.504;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=22;WE=31230471;WS=31230453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr16	31271545	rs11865830	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	31273129	rs3764327	T	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1008;ReadPosRankSum=1.401;SC=GTGAGACCCTTAGATGGAGCC;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=70;WE=31273137;WS=31273119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,76:0.39:195
chr16	31283164	rs35314490	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=797;ReadPosRankSum=0.026;SC=CGCCCCCTCCGCAGTTCTCTT;SOR=0.455;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=65;WE=31283172;WS=31283154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,70:0.54:130
chr16	31283323	rs35472514	C	G	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=801;ReadPosRankSum=-1.516;SC=TGTAAGCTTCCCCTTTTCCCT;SOR=0.330;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=50;WE=31283331;WS=31283313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr16	31288121	rs9939679	A	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=1.047;SC=AAGAAGAGATAGGAGAGATGT;SOR=0.602;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=21;WE=31288129;WS=31288111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr16	31335906	rs41476751	T	C	4711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CCCCTGGGTCTTCCAAGCATG;SOR=0.837;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=330;TCF=145;TCR=185;TR=201;WE=31335914;WS=31335896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,203:0.60:338
chr16	31336719	rs1143682	G	A	3528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=80;PP=2152;ReadPosRankSum=2.825;SC=AGGTGTCCACGCTCCAGGTAG;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=445;TCF=239;TCR=206;TR=176;WE=31336727;WS=31336709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,189:0.40:474
chr16	31336888	rs1143683	C	T	4213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=104;PP=2899;ReadPosRankSum=0.478;SC=GTGTCTGGGGCCTTGAAGAGC;SOR=0.809;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=307;TCF=145;TCR=162;TR=192;WE=31336896;WS=31336878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,194:0.61:318
chr16	31339625	rs28372932	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=0.093;SC=CTGTGTGCATGAGTCTGTGCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=14;WE=31339633;WS=31339615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr16	31342608	rs7188189	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=29;PP=714;SC=TGCTCCCCGCTGCTCCCCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=31342616;WS=31342598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	31343005	rs1143678	C	T	5164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.558;SC=TGAAGGGGGTCCCCCGGGGGC;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=368;TCF=196;TCR=172;TR=226;WE=31343017;WS=31342995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,244:0.62:391
chr16	31343181	.	C	CGTGTGTGCGA	679	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=679;QD=141.2;SC=TGTGTATGTGCGTGTGTGCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=5;WE=31343189;WS=31343171;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr16	31368835	rs11574636	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.391;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=-1.050;SC=GACGCTGCTGCCCGCACATCC;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=31368843;WS=31368825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	31371193	rs4264407	C	G	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=98;PP=2965;SC=GTGGGTGCTTCGATCCTGGTG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=198;WE=31371201;WS=31371183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr16	31372290	rs11150617	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=0.931;SC=TGTGATCATGTTGATCTTGTG;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=31372298;WS=31372280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	31374535	rs2230429	C	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.196;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=491;ReadPosRankSum=-1.128;SC=CAGGGCCACCCCTGGGGTCGC;SOR=0.497;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=47;WE=31374543;WS=31374525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,50:0.32:156
chr16	31380596	rs12930249	C	T	179.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	31380610	rs34126382	AC	A	200.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=25.09;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	31384422	rs148124533	AAAG	A	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=337;SC=TCTTAAAAAAAAAGAAGAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=31384432;WS=31384412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	31384554	rs2070896	T	C	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=52;PP=2079;SC=TCTCCTTTCCTTCACCTGATA;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=122;WE=31384562;WS=31384544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	31392189	rs11150620	G	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=9;PP=1086;SC=GAGGATGGGAGTGCTCTGACA;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=31392197;WS=31392179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	31404467	rs8050328	T	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=3;PP=712;SC=CCCTGCAGGTTGTGGAGGGGG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=31404475;WS=31404457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	31404571	rs8050500	T	C	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=100;NR=71;PP=2965;SC=TGTGCCCCTCTTCCTGCTGTG;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=100;TCR=71;TR=171;WE=31404579;WS=31404561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	31405463	rs112895789	A	G	1153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	31409017	.	T	G	118	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=15;MQ=58.92;NF=0;NR=14;PP=118;QD=10.9122294677;SC=CACGGGGGGGTGGGGTGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=14;WE=31409025;WS=31409007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:34,14:0.29:48
chr16	31418975	rs45625038	C	T	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=78;PP=2116;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TGGCATCATCCGCTACGCTAT;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=106;TCR=132;TR=143;WE=31418983;WS=31418965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,153:0.61:251
chr16	31422429	rs12444660	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=531;SC=CCCTCTGCTCTGTGGATGTGG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=31422437;WS=31422419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	31435366	rs116943658	GA	AG	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=23;NR=41;PP=2947;SC=GGGCACCCCCGAAGCTCTGAG;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=64;WE=31435375;WS=31435356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	31439239	.	G	GCCC	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	31439243	.	GACC	G	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.27;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	31439248	.	C	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	31439253	.	C	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	31439256	.	CA	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.97;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	31439685	.	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=524;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TGTCCTCGCTCCCTTTCCTGG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=41;WE=31439693;WS=31439675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr16	31470540	rs3813002	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=758;SC=TCGGAGGCCCTGGCCCACCTG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=31470548;WS=31470534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	31471378	rs9926717	A	G	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=47;PP=1525;SC=CTTGCTCTCTAGACCCGGGCA;SOR=1.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=31471386;WS=31471368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	31503751	rs4536493	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=27;PP=757;SC=TGTCTGCCCCAAGACCTTGGC;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=31503759;WS=31503741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	31519048	rs11861164	A	G	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=19;PP=1272;SC=GCAGGGCTGAAAGCAGCAATA;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=31519056;WS=31519038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	31539386	rs8050390	G	A	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=17;PP=1234;SC=TTAAGGGGAGGAAGTGGGTTG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=31539394;WS=31539376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	31575186	rs7192364	C	T	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=31;PP=1544;SC=CCTTTCCTGCCCAAACTCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=84;WE=31575194;WS=31575176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	31580272	rs4889673	C	T	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=26;PP=1462;SC=GCCATGGCGCCTTCCATAGTA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=31580280;WS=31580262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	31580530	rs4889548	A	C	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=51;PP=1851;SC=CTGACGTTGAACCATTTGACA;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=95;WE=31580538;WS=31580520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	31613625	rs34368131	GT	G	7733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=80;PP=2957;SC=TGAAGAATAAGTAAAACATTT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=117;WE=31613633;WS=31613615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	31724836	rs2884713	T	C	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=38;PP=1254;SC=GAGGTTAGCTTCGGGGTCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=31724844;WS=31724826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	31734197	rs34186495	G	GA	1076.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.331;NF=1;NR=29;PP=602;ReadPosRankSum=-1.645;SC=CTGTTTCCAGGAAAAAAAAAT;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=30;WE=31734205;WS=31734187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr16	31745039	rs11859426	C	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.282;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=471;ReadPosRankSum=0.648;SC=TAATACTTGTCAAAATGTCTC;SOR=0.137;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=21;WE=31745047;WS=31745029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr16	31765220	rs11861974	G	A	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.254;SC=GGGAAAGTGAGGGTAAGTGTG;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=71;WE=31765228;WS=31765199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,75:0.45:165
chr16	31770696	rs34487972	G	GA	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.095;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=315;ReadPosRankSum=0.911;SC=ATCCTATGGTGAAAAAAATCA;SOR=0.267;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=16;WE=31770704;WS=31770686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr16	31770723	rs12921028	T	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=436;ReadPosRankSum=1.176;SC=TAATCTCTGCTTGAGAAAAAG;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=33;WE=31770731;WS=31770713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,41:0.35:116
chr16	31804933	rs8056595	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.610;NF=17;NR=5;PP=451;ReadPosRankSum=0.030;SC=GACAAGTGGGGTTCACCTGAA;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=22;WE=31804941;WS=31804923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr16	31926619	rs3850114	G	A	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=58;PP=2091;SC=GAGAAACCCTGTAAATGGAAA;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=105;WE=31926627;WS=31926609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	31987859	rs370699866	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=8.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.58;MQRankSum=-0.442;QD=2.75;ReadPosRankSum=1.374;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr16	32486756	rs28495417	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.638;NF=7;NR=5;PP=183;ReadPosRankSum=0.041;SC=GGGAGACAGGACACCTACCAC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=12;WE=32486764;WS=32486746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	32487933	rs28612238	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CAGAGTAGAGGTTACACTTCC;SOR=0.602;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=10;WE=32487941;WS=32487923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	32889182	.	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.842;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.34;MQRankSum=-1.819;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr16	32889242	.	CCA	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr16	32893876	rs375167306	T	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=7.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.34;MQRankSum=4.235;QD=6.24;ReadPosRankSum=-3.190;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,49:0.37:132
chr16	32893880	rs149083075	G	A	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=11.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQRankSum=-4.557;QD=13.47;ReadPosRankSum=3.097;SOR=1.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,96:0.61:158
chr16	32893986	rs201105490	G	A	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.551;NF=42;NR=54;PP=1334;ReadPosRankSum=4.131;SC=GGCCACATGTGGCCCAGGGCA;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=99;TCR=125;TR=96;WE=32893994;WS=32893976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,100:0.49:205
chr16	32896606	rs139370574	GC	AT	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-9.150;NF=50;NR=37;PP=2153;ReadPosRankSum=0.291;SC=CGTTGCCCAGGCCCACGGCGA;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=230;TCF=126;TCR=104;TR=87;WE=32896615;WS=32896596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,80:0.40:201
chr16	32896672	.	G	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.23;MQRankSum=-7.247;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr16	32896688	.	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.05;MQRankSum=-5.911;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=1.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr16	32936832	.	A	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=14.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQRankSum=-4.058;QD=32.06;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=3.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr16	32936837	.	G	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=17.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.35;MQRankSum=-3.896;QD=30.64;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=3.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr16	32945402	rs57620987	A	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-0.981;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr16	32956889	.	A	T	131	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=41.72;NF=7;NR=0;PP=131;QD=23.6816017925;SC=AGAGAGAGGCACCCCTTGCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=7;WE=32956897;WS=32956879;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	32957041	rs62046846	C	T	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=3.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.34;MQRankSum=-9.547;QD=17.71;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,66:0.49:136
chr16	32957041	.	CGT	TGC	2289	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=19;MQ=41.14;NF=37;NR=42;PP=2289;QD=29.6514920869;SC=TAAGTGATGCCGTGGGCTGGG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=174;TCF=83;TCR=91;TR=79;WE=32957051;WS=32957031;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:95,79:0.45:174
chr16	32957043	rs62046847	T	C	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.34;MQRankSum=-9.432;QD=18.97;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr16	33372666	rs4985326	C	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQRankSum=-12.282;QD=11.65;ReadPosRankSum=3.740;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,59:0.32:186
chr16	33372673	rs4985325	T	C	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-13.407;QD=10.88;ReadPosRankSum=3.423;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,67:0.31:217
chr16	33372677	rs4985324	C	T	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQRankSum=-14.173;QD=10.13;ReadPosRankSum=3.685;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,70:0.30:235
chr16	33372694	rs4985323	T	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.630;NF=48;NR=33;PP=1030;ReadPosRankSum=1.416;SC=TTCTCTGAGATTTCTGCCCAG;SOR=0.745;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=255;TCF=153;TCR=102;TR=81;WE=33372702;WS=33372684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,83:0.31:272
chr16	33380000	rs4536488	G	A	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=6.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-3.820;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,75:0.19:395
chr16	33380074	rs28591591	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=1.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQRankSum=-6.984;QD=1.63;ReadPosRankSum=-2.263;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,72:0.17:425
chr16	33380234	rs57545706	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.522;NF=3;NR=16;PP=258;ReadPosRankSum=1.198;SC=TGTGGCAGCCCCAACTTTGGG;SOR=1.101;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=19;WE=33380242;WS=33380224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr16	33380263	rs57312786	C	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.538;NF=1;NR=10;PP=138;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GAACCATCAGCTTTGGGGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=11;WE=33380271;WS=33380253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr16	33390329	rs12232434	G	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-3.469;QD=0.18;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,23:0.12:195
chr16	33390399	rs4086208	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=2.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-12.457;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,94:0.28:340
chr16	33391213	rs4082382	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQRankSum=0.122;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr16	33391222	rs4082381	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQRankSum=-0.975;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.587;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr16	33391256	rs7193840	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.90;MQRankSum=-1.402;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr16	33391348	rs7188099	G	A	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.00;MQRankSum=-0.785;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.578;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,40:0.27:147
chr16	33391395	rs7188064	G	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.428;NF=31;NR=33;PP=796;ReadPosRankSum=-1.197;SC=CATCCAGCTGGGCTTTGTTGA;SOR=0.724;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=214;TCF=111;TCR=103;TR=64;WE=33391403;WS=33391385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,63:0.29:221
chr16	33391415	rs357994	A	C	4272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.842;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-2.181;NF=93;NR=78;PP=2695;ReadPosRankSum=-2.157;SC=AGAATCGATTATTCCCACCCA;SOR=0.475;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=215;TCF=112;TCR=103;TR=171;WE=33391423;WS=33391405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,180:0.79:227
chr16	33392008	rs56739713	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=3.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQRankSum=1.481;QD=0.34;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,31:0.12:252
chr16	33392148	rs200774570	T	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=40.702;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-17.449;NF=11;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-8.749;SC=AGATCAGGCATGTCAGGGTGG;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=534;TCF=149;TCR=385;TR=206;WE=33392156;WS=33392138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,77:0.19:416
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chr16	33392215	rs11150709	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.764;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.96;MQRankSum=-1.767;NF=4;NR=29;PP=603;ReadPosRankSum=-1.305;SC=AATACTTGGGGGGCTGGGTAC;SOR=1.521;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=86;TCF=16;TCR=70;TR=33;WE=33392223;WS=33392205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
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chr16	33408733	rs8058447	GC	AT	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQRankSum=-3.504;QD=8.34;ReadPosRankSum=1.999;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,63:0.26:246
chr16	33408793	rs58465568	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.048;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.570;NF=5;NR=19;PP=324;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GCTTGGCACAGGGAGGGCTGC;SOR=0.137;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=24;WE=33408801;WS=33408783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr16	33410561	rs2632816	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.067;NF=24;NR=4;PP=565;ReadPosRankSum=0.877;SC=CCACCTGCCTTGGCCTCCCAA;SOR=0.686;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=28;WE=33410569;WS=33410551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr16	33410688	rs56055507	C	T	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=5.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=41.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.252;NF=218;NR=25;PP=2962;ReadPosRankSum=-8.281;SC=GAGCAAGAGGCTGACATTATA;SOR=3.080;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=676;TCF=454;TCR=222;TR=243;WE=33410696;WS=33410678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:430,143:0.25:573
chr16	33410777	rs74905055	G	T	22935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-12.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1706;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.268;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-29.067;NF=662;NR=651;PP=2962;ReadPosRankSum=9.107;SC=ATAAATGACCGAAGGGGACAG;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=1893;TCF=915;TCR=978;TR=1313;WE=33410785;WS=33410767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:585,1121:0.66:1706
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chr16	33424917	rs1906318	A	C	8294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.396;NF=181;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=2.792;SC=TCAGCCAGCAACTTGTGCCTC;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=555;TCF=272;TCR=283;TR=367;WE=33424925;WS=33424907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,357:0.64:555
chr16	33424950	rs2927971	C	T	7436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.342;NF=166;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.382;SC=GCTGCACGGCCTCAGGTCAAG;SOR=0.568;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=505;TCF=248;TCR=257;TR=328;WE=33424958;WS=33424940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,304:0.62:489
chr16	33500743	rs3888934	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.190;NF=13;NR=0;PP=194;ReadPosRankSum=-1.959;SC=CACAGAGCCTTAGGCACCAAA;SOR=0.385;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=13;WE=33500751;WS=33500740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
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chr16	33500900	rs4079165	C	T	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=2.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-14.968;QD=7.38;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,107:0.23:457
chr16	33500908	rs3888935	C	A	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=2.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-14.626;QD=7.43;ReadPosRankSum=2.079;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,107:0.24:454
chr16	33500915	rs4079164	T	A	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-13.929;QD=7.63;ReadPosRankSum=3.044;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:340,109:0.24:449
chr16	33500973	rs58427145	CAG	C	2887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.786;NF=2;NR=58;PP=2382;ReadPosRankSum=1.219;SC=CTGTACATGACAGGGGGGGAA;SOR=0.780;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=189;TCF=13;TCR=176;TR=60;WE=33500985;WS=33500963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,89:0.34:265
chr16	33500977	.	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-4.015;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,43:0.16:263
chr16	33530740	rs200449516	TA	T	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-0.242;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	33534128	rs4247491	G	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.003;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.093;NF=27;NR=15;PP=423;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GAACAGGACTGGACTCTGATT;SOR=0.281;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=151;TCF=109;TCR=42;TR=42;WE=33534136;WS=33534118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,31:0.22:143
chr16	33534161	rs4247492	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=8.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-13.712;QD=0.53;ReadPosRankSum=1.195;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,25:0.12:203
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chr16	33534198	rs146867572	C	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=15.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-14.754;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,30:0.12:251
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chr16	33534278	rs10445205	A	G	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.788;NF=22;NR=50;PP=1195;ReadPosRankSum=0.358;SC=GATGAAATGCATGTAATTAAG;SOR=0.351;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=133;TCF=35;TCR=98;TR=72;WE=33534286;WS=33534268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
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chr16	33534352	rs78884180	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-5.423;QD=4.70;ReadPosRankSum=2.301;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr16	33534354	rs74594913	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQRankSum=-5.234;QD=5.13;ReadPosRankSum=2.210;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr16	33534369	rs74800708	C	CAA	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.036;NF=0;NR=5;PP=151;ReadPosRankSum=1.401;SC=GCAGATCATACGAGGTCAGGT;SOR=1.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=5;WE=33534377;WS=33534359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr16	33539512	rs78972024	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.581;NF=42;NR=12;PP=811;ReadPosRankSum=0.834;SC=TAGACAACTGCTAAGTTTTAG;SOR=0.118;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=126;TCF=103;TCR=23;TR=54;WE=33539520;WS=33539502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr16	33539535	rs55950724	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=7.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.79;MQRankSum=-6.579;QD=4.95;ReadPosRankSum=-3.921;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,46:0.30:152
chr16	33539541	rs80334711	A	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=9.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.90;MQRankSum=-5.226;QD=2.96;ReadPosRankSum=3.403;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,43:0.24:176
chr16	33539648	rs56161129	C	A	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.573;NF=39;NR=80;PP=2238;ReadPosRankSum=0.399;SC=CGGTCTGTAGCGACTCCTACA;SOR=0.525;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=258;TCF=105;TCR=153;TR=119;WE=33539670;WS=33539624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,75:0.35:216
chr16	33539747	rs56272308	G	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-6.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.637;NF=1;NR=26;PP=467;ReadPosRankSum=-0.434;SC=CCCTCCAAAAGAAATGGTAAA;SOR=0.660;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=27;WE=33539755;WS=33539737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr16	33629620	rs2005870	C	T	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.244;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=945;ReadPosRankSum=-0.839;SC=AGAAGAGCCCCAGCCCTGGGA;SOR=0.341;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=154;TCF=131;TCR=23;TR=60;WE=33629628;WS=33629610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,65:0.39:166
chr16	33629637	rs2005869	T	G	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.817;NF=62;NR=17;PP=1346;ReadPosRankSum=-1.434;SC=GGGATTCCCATGTGTTTCTAC;SOR=0.824;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=210;TCF=162;TCR=48;TR=79;WE=33629645;WS=33629627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,84:0.38:223
chr16	33629700	rs2019670	G	A	4634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.330;NF=137;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.470;SC=GGGCTGAGCTGGGTTTTCCTT;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=588;TCF=340;TCR=248;TR=236;WE=33629708;WS=33629690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,246:0.40:613
chr16	33629801	rs143663742	A	T	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.647;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.397;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:545,113:0.17:658
chr16	33629846	rs28494899	T	A	4329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.237;NF=81;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.764;SC=GTGCAGCTGGTGGAGTCTGGG;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=448;TCF=203;TCR=245;TR=186;WE=33629854;WS=33629836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,196:0.43:454
chr16	33629950	rs4077614	G	T	4667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.315;NF=117;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.391;SC=GGTCCGCCAAGCTCCAGGGAA;SOR=0.565;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=533;TCF=282;TCR=251;TR=230;WE=33629958;WS=33629940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,227:0.43:530
chr16	33629973	rs2002923	G	A	4999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.982;NF=115;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GGCTGGTGTGGGTCTCACGTA;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=567;TCF=283;TCR=284;TR=241;WE=33629981;WS=33629963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,243:0.43:569
chr16	33630022	rs2075113	A	T	4389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.853;NF=97;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.525;SC=CGCAGACTCCATGAAGGGCCA;SOR=0.534;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=480;TCF=219;TCR=261;TR=202;WE=33630037;WS=33630012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,210:0.42:498
chr16	33630336	rs492688	A	G	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-7.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.424;NF=76;NR=25;PP=1566;ReadPosRankSum=0.543;SC=CTGTACTTACATTTAATGTCT;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=201;TCF=153;TCR=48;TR=101;WE=33630344;WS=33630326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,102:0.50:204
chr16	33630533	rs2110374	A	C	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.475;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=109;PP=2050;ReadPosRankSum=0.292;SC=TCAGGGCAGGAGTCTCTGTGG;SOR=0.485;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=343;TCF=113;TCR=230;TR=169;WE=33630541;WS=33630523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,173:0.50:346
chr16	33722317	rs145730942	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.569;NF=13;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=1.641;SC=AAAGAGGCTCGAGCAGCTTTC;SOR=0.596;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=25;WE=33722325;WS=33722307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
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chr16	33961614	.	C	T	4864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=13.914;NF=131;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.540;SC=TTCGGGGTCCCGATGGCGGGA;SOR=0.648;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=667;TCF=341;TCR=326;TR=253;WE=33961636;WS=33961597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,257:0.38:682
chr16	33961628	rs72797455	A	G	8265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.550;HP=3;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-21.406;NF=103;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=3.373;SC=GGCGGGACCCAGGCTCGTGAG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=633;TCF=305;TCR=328;TR=220;WE=33961636;WS=33961597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,229:0.37:615
chr16	33961658	rs78363140	AG	GA	6576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-19.466;NF=82;NR=134;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.430;SC=GGTGGGTGCCAGGGGCCGTCC;SOR=0.821;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=526;TCF=215;TCR=311;TR=216;WE=33961680;WS=33961647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,182:0.37:491
chr16	33961671	.	C	A	4176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=2.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-14.815;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,114:0.27:418
chr16	33961672	rs72797457	T	G	4089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=-17.390;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.094;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,113:0.29:389
chr16	33961689	rs75866886	G	A	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=6.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=-12.316;QD=9.42;ReadPosRankSum=-2.535;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,89:0.26:338
chr16	33961690	rs75534331	C	G	3100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=5.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQRankSum=-12.298;QD=9.23;ReadPosRankSum=-2.656;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,88:0.26:336
chr16	33961702	rs79080425	C	A	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=23.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-12.690;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,57:0.21:278
chr16	33961705	rs72797458	A	G	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=11.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQRankSum=-15.349;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=1.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,73:0.29:250
chr16	33961713	.	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQRankSum=-7.310;QD=0.23;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,17:0.08:221
chr16	33961718	.	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-7.067;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.476;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,16:0.08:209
chr16	33961725	rs76585222	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.63;MQRankSum=-6.736;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,18:0.10:179
chr16	33961748	.	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.947;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=9.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQRankSum=-5.642;QD=0.62;ReadPosRankSum=-3.008;SOR=2.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,13:0.11:120
chr16	33961749	rs200716657	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=6.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQRankSum=-6.173;QD=0.31;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,11:0.09:117
chr16	33961752	rs77324679	TT	CG	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.315;NF=5;NR=30;PP=1390;ReadPosRankSum=-2.099;SC=GTGGCCCGGCTTTGCCTGAGG;SOR=1.132;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=111;TCF=19;TCR=92;TR=35;WE=33961761;WS=33961742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,27:0.25:110
chr16	33961768	rs115947274	T	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=12.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-8.565;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.444;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,9:0.12:75
chr16	33961772	rs77705528	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=17.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-6.095;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.181;SOR=0.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,12:0.16:75
chr16	33961779	rs74332681	C	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=18.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.38;MQRankSum=-4.880;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr16	33961794	rs78260690	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQRankSum=-3.690;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,8:0.13:63
chr16	33961855	rs72797460	T	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-4.816;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,3:0.12:25
chr16	33961902	.	C	A	87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=52;MMLQ=28;MQ=49.57;NF=3;NR=6;PP=87;QD=13.5301347275;SC=TGGTGGCCCCCTCTGGGACCA;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=9;WE=33961910;WS=33961892;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,9:0.29:31
chr16	33962277	.	GT	CC	468	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=16;MQ=53.89;NF=10;NR=8;PP=468;QD=28.9704374923;SC=CGGTCTGCCTGTTCGCACGTG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=18;WE=33962286;WS=33962267;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:49,18:0.27:67
chr16	33962298	.	T	G	166	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=16;MQ=53.86;NF=11;NR=8;PP=166;QD=10.5669059235;SC=GGCGCGAAGGTTCGGGAGTGG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=19;WE=33962306;WS=33962288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:43,19:0.31:62
chr16	33965407	rs140145020	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-2.354;QD=22.07;ReadPosRankSum=-1.153;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr16	33965407	.	TG	CA	354	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=108;MMLQ=24;MQ=57.43;NF=7;NR=4;PP=354;QD=37.0425340784;SC=GGAGCGCCCTTGCCAAATCCA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=11;WE=33965416;WS=33965399;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,11:0.26:43
chr16	33965408	rs146483430	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=0.775;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.450;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr16	33965436	.	G	C	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQRankSum=-5.666;QD=5.84;ReadPosRankSum=-2.127;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr16	33965443	.	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-5.361;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,10:0.17:59
chr16	33965445	.	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-4.997;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.030;SOR=1.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr16	33965456	rs79575365	T	C	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-3.800;QD=18.23;ReadPosRankSum=1.434;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr16	33965459	rs112675472	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-5.118;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.926;SOR=1.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,11:0.15:73
chr16	33965460	rs112558134	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=10.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-0.592;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr16	33965474	.	C	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=9.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQRankSum=-6.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.497;SOR=2.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,14:0.15:91
chr16	33965482	rs370138825	GA	G	558.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQRankSum=-2.471;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,20:0.21:97
chr16	33965484	.	G	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.50;MQRankSum=-6.698;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.588;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,17:0.17:100
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chr16	33965493	.	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQRankSum=-1.650;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,21:0.19:113
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chr16	33965563	.	C	T	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-6.988;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.807;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,54:0.22:250
chr16	33965582	rs199951204	C	T	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=0.152;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,80:0.27:301
chr16	33965589	rs62030476	G	A	4521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-4.672;QD=15.12;ReadPosRankSum=1.570;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,151:0.51:299
chr16	33965618	.	C	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-8.500;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,31:0.10:300
chr16	33965627	.	T	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=1.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-2.889;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,61:0.23:263
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chr16	33965655	rs113687113	C	A	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=3.826;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,57:0.33:175
chr16	33965665	rs74016532	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-6.596;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,20:0.10:203
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chr16	33965669	.	C	G	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=3.615;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,49:0.26:191
chr16	33965672	.	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.159;QD=4.87;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,35:0.19:186
chr16	33965681	.	G	GA	1502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=4.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=3.673;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,42:0.26:163
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chr16	33965688	.	G	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.774;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,32:0.22:143
chr16	33965690	rs74964080	C	T	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.795;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,31:0.23:133
chr16	33965707	rs442576	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.347;QD=0.37;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,8:0.09:92
chr16	33965708	.	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=6.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,18:0.20:89
chr16	33965711	rs76711006	G	A	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=741;ReadPosRankSum=-0.923;SC=CTCTGCCGCCGTGCCCGCCCC;SOR=0.412;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=88;TCF=25;TCR=63;TR=47;WE=33965719;WS=33965698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr16	33965727	.	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.670;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr16	33965731	.	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr16	33965735	.	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr16	33965741	rs111610856	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-2.014;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr16	34318731	rs6563853	T	G	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=63;PP=2260;SC=CATGCACATGTAGGAATGGGA;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=104;WE=34318739;WS=34318721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	34681938	rs237988	C	T	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=23;PP=822;SC=ATGAGTTCTTCCATGTTTAGA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=34681946;WS=34681928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	34682019	rs237989	G	A	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=28;PP=939;SC=AGTATGAGTGGTTTCATGGTT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=34682027;WS=34682009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	46565019	rs1436436	T	G	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=27;PP=788;SC=GTCGTACCTTTTTACAGGATT;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=46565027;WS=46565009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	46602819	rs12934443	C	T	4206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=82;PP=2645;ReadPosRankSum=-1.701;SC=AGCCAGAGCTCCTCCTCATGG;SOR=0.523;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=247;TCF=134;TCR=113;TR=175;WE=46602827;WS=46602809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,188:0.71:266
chr16	46637746	rs4967259	T	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=676;SC=CTACTGCTGATGAAAGGCAGG;SOR=2.147;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=27;WE=46637754;WS=46637736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	46642114	.	GGT	GGTGT,G	38.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.054;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=109;ReadPosRankSum=-0.957;SC=AGTGAGTGTGGGTGTGTGTGT;SOR=0.052;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=6;WE=46642123;WS=46642104;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.22:18
chr16	46642456	rs8052092	A	G	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=124;SC=CACACAACATAGAGACCTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=46642464;WS=46642446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	46651417	rs34949348	TA	T	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=477;SC=ACATGGCAATTAGATGTGAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=46651425;WS=46651407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	46655210	rs6598679	A	G	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=80;NR=54;PP=2077;SC=CGCCCAGCCCATGCGCTCCGG;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=80;TCR=54;TR=134;WE=46655218;WS=46655200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr16	46696284	rs168745	G	A	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=59;PP=2210;SC=TCAGAGGTTCGTGATTCTCTT;SOR=0.993;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=111;WE=46696292;WS=46696274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	46697098	rs2304492	A	G	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=34;PP=850;ReadPosRankSum=0.066;SC=AAACATTTTAAGTTACCTTAA;SOR=0.535;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=44;WE=46697106;WS=46697088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,46:0.85:54
chr16	46705502	rs36310	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=4;PP=537;SC=TTTAATTCAGTTGCAATTCCT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=46705510;WS=46705492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	46714529	rs700582	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=4;PP=1148;SC=ACACTTTTATACATTCTACAA;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=46714537;WS=46714519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	46715191	rs700581	G	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=720;SC=TTGTTAAGAAGTTACCCTTAA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=46715199;WS=46715181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	46723598	rs33994299	T	C	5410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.954;SC=ACGGGAATTGTTCGCTTTAGT;SOR=0.764;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=319;TCF=152;TCR=167;TR=226;WE=46723606;WS=46723588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,235:0.69:339
chr16	46743675	rs4141491	G	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=54;PP=1615;SC=CTGAGTCAGTGGAACAGATTA;SOR=2.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=46743683;WS=46743665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	46755213	rs194055	C	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=924;SC=ACATGAATGGCTCAGGGCAGC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=46755221;WS=46755203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	46764482	rs36460	A	C	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=14;PP=1195;SC=TAAGCCCCCCAACCAAGGCAG;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=46764490;WS=46764472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	46766712	rs72816891	C	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=379;ReadPosRankSum=2.918;SC=GACACCAGGGCAGGAGCTGAC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=20;WE=46766720;WS=46766702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr16	46773752	rs28185	G	T	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=58;SC=CAACCCCGAGGTGTTCAAGGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=46773760;WS=46773751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	46773999	rs28407821	C	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=581;ReadPosRankSum=0.007;SC=TCAGACTGCACCCCACTGGTG;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=34;WE=46774007;WS=46773989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr16	48135029	.	G	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=288;ReadPosRankSum=-1.936;SC=TTAAGTCAGAGACGGTGCCAT;SOR=0.197;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=15;WE=48135037;WS=48135019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr16	48226479	rs12443685	C	T	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=42;PP=2147;SC=TCCTCGTGACCTTGGTGAAAA;SOR=1.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=118;WE=48226487;WS=48226469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	49412531	rs27813	A	G	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1275;ReadPosRankSum=0.538;SC=GGCCCCGGCCACCAGAATCCT;SOR=0.470;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=94;WE=49412539;WS=49412521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,103:0.71:145
chr16	49432926	rs4785287	C	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=563;ReadPosRankSum=0.975;SC=CTGGGAGAGACAGCCCCTTGC;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=28;WE=49432934;WS=49432916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr16	49557441	rs2287313	A	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=343;ReadPosRankSum=1.247;SC=CCAGCATAAGACTCCACCAGC;SOR=0.323;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=22;WE=49557449;WS=49557431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr16	49557482	rs2287314	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.285;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=486;ReadPosRankSum=0.582;SC=TCGGTGCTGACGGGGGAACCG;SOR=0.345;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=40;WE=49557490;WS=49557472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,42:0.40:106
chr16	49670390	rs3803667	A	G	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AGGCCGCCCCACAGATGTCAC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=339;TCF=151;TCR=188;TR=103;WE=49670398;WS=49670380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,105:0.30:355
chr16	49672520	rs3803665	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-1.512;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,37:0.23:158
chr16	49856691	rs8060387	G	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=406;SC=AGGCTAGTAAGCATGTGCAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=49856699;WS=49856681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	50059168	rs186131518	G	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr16	50059279	rs9934704	C	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=11;PP=325;SC=GGCCCGTCCCCCGTCTCCCCT;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=50059287;WS=50059269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	50059314	rs9924833	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=284;SC=GCTCCGGAGGAGCCGGCGTCG;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=50059322;WS=50059304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	50059500	rs7194313	C	T	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=16;PP=944;SC=TTTCTTTTCACTGGCAGACAC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=50059508;WS=50059490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	50067905	rs9302745	G	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=404;SC=CTTGTGATCCGACCGCCTCGG;SOR=3.383;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=50067913;WS=50067895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	50069312	rs2041918	C	G	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=31;PP=1188;SC=AAAATTCTGTCTTTTCATTTT;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=75;WE=50069320;WS=50069302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	50100253	rs4389139	T	A	8959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=180;NR=137;PP=2965;SC=GCGCGCCTTCTGACCCTTTTC;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=181;TCR=137;TR=317;WE=50100267;WS=50100243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr16	50102618	rs60730387	G	GAAAT	3610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=1;PP=2918;SC=GCTAAAAATAGAAATGTGAGA;SOR=5.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=66;TCR=1;TR=63;WE=50102626;WS=50102608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	50106594	rs2287197	T	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=31;PP=1281;SC=TAAGTAGGTTTCCTACCAATG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=50106602;WS=50106584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	50109478	rs12931497	G	A	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=52;PP=2269;SC=TTTTTGCCTCGTAGCATATTG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=129;WE=50109486;WS=50109468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	50112971	rs66756058	GT	G	191.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=140;SC=TAATACAGCTGTTTTTTTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=50112979;WS=50112961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	50117828	rs5816672	CT	C	219.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.791;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr16	50118245	rs877639	G	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=39;PP=1161;SC=GCATGGGAAAGGCTTAAGCAA;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=50118253;WS=50118235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	50120122	rs2287196	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=46;SC=CACTTCCTTTCCAGAATGAAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=50120130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	50251590	rs3887556	G	A	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=19;PP=477;SC=AGAATTTAGCGTTTATACAAC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=50251598;WS=50251580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	50251671	rs10530119	G	GTCTCTCTCTCTCTCTCTC	306.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.35;QD=43.82;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	50261735	rs4624170	C	T	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=70;PP=2965;SC=TTATAACTCACGTGACTTGTG;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=111;TCR=70;TR=181;WE=50261743;WS=50261725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	50326661	rs8051594	A	G	9042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=171;PP=2965;SC=TGCAGGATGCATCCCGGGACC;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=332;TCF=161;TCR=171;TR=331;WE=50326669;WS=50326651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr16	50327439	rs2302712	A	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=713;ReadPosRankSum=1.934;SC=TGTGATTAGCATATCCCGGGG;SOR=0.999;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=56;WE=50327447;WS=50327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,60:0.62:97
chr16	50327456	rs2302713	C	T	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.32;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr16	50327462	rs2302714	G	A	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.80;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,46:0.69:67
chr16	50328421	rs2302716	T	C	266.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=171;ReadPosRankSum=-0.235;SC=CTATGGAGGCTGAGGAAGGAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=50328429;WS=50328411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr16	50328526	rs2302717	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,22:0.24:90
chr16	50334840	rs3833062	AG	A	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.789;NF=3;NR=12;PP=370;ReadPosRankSum=1.617;SC=CTGTGGATGGAGGGTTCTGCG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=15;WE=50334848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr16	50335150	rs35262781	TG	T	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=0.804;SC=AGGCCGCAGCTGGGGGGGACC;SOR=0.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=7;WE=50335158;WS=50335140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr16	50338723	rs9924714	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,30:0.27:112
chr16	50339289	rs12444679	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=0.793;SC=CTCAGTGGGACCCACCCATTC;SOR=1.676;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=18;WE=50339297;WS=50339279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr16	50339668	rs56135636	G	A	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=39;PP=1419;ReadPosRankSum=0.296;SC=CCATCTCACCGCAGCTGCCCC;SOR=0.715;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=96;WE=50339676;WS=50339658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,101:0.67:151
chr16	50342658	rs17289102	C	T	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=893;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TGACCCTGGCCGTCCTGACCA;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=61;WE=50342666;WS=50342648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr16	50342847	rs2302681	C	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=19;PP=591;SC=CCCCTTTGTACACTCAGGGCT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=50342855;WS=50342837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr16	50346114	rs67323835	AGGGGCT	A	1295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=3.896;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,41:0.25:162
chr16	50346748	rs3214383	T	TCC	1386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=1;PP=1333;SC=TTGCCACTCTTCCTGTCCCCT;SOR=5.549;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=29;WE=50346756;WS=50346738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr16	50348813	rs3841348	AGTT	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CCTTCACTCTAGTTGTTTTGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=50348823;WS=50348803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr16	50354039	rs55820113	CAAAA	C	1934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=771;ReadPosRankSum=1.463;SC=GAAAACAAAACAAAAAAACTG;SOR=0.340;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=24;WE=50354050;WS=50354029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,48:0.79:61
chr16	50355741	rs9922362	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=223;ReadPosRankSum=-0.694;SC=GCACTGATATGCATTTATGGT;SOR=0.207;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=15;WE=50355749;WS=50355731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr16	50355996	rs7184802	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=-0.254;SC=ACATGAAGGCGAATATCAAGG;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=8;WE=50356004;WS=50355986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	50359901	rs8046783	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.690;SC=TACTTCATTGGCTGGTTTGCA;SOR=1.426;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=8;WE=50359909;WS=50359891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr16	50367633	rs56370009	T	TA	72	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=2;PP=37;SC=TAATACTAAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=50367641;WS=50367623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	50402240	rs62029995	C	G	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.286;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=623;ReadPosRankSum=-0.242;SC=GAAAGGAAAGCGCGTCGATTA;SOR=1.122;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=40;WE=50402248;WS=50402230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,47:0.63:75
chr16	50402478	.	CG	C	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=6;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=-1.260;SC=CGCGGCCGCACGGGGGGCAGC;SOR=1.206;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=3;WE=50402493;WS=50402468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	50402485	rs112456327	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.98;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	50642201	rs933566	G	C	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.839;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=1902;ReadPosRankSum=-1.052;SC=CTGTCTTCTTGTAGGAGCTCG;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=81;TCR=84;TR=116;WE=50642209;WS=50642191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,127:0.70:181
chr16	50731096	rs5743266	G	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=4.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=337;ReadPosRankSum=0.497;SC=GGCTTTTGGCGTTCTGCACAA;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=16;WE=50731104;WS=50731086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr16	50733374	rs2076753	G	T	315.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=203;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GAGAAGTCCCGCACTGACCTT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=50733382;WS=50733364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
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chr16	50733969	rs2111235	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=464;SC=AACTTGGTCCATGGGATTTCC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=50733977;WS=50733959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	50743919	rs34133110	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=494;ReadPosRankSum=0.734;SC=CCCAGGTTTTCAAACTCAGGT;SOR=0.488;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=45;TCR=83;TR=43;WE=50743927;WS=50743909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,45:0.32:140
chr16	50744624	rs2066842	C	T	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=41;PP=1100;ReadPosRankSum=0.744;SC=CATGGCTGGACCCCCGCAGAA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=82;WE=50744632;WS=50744614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,89:0.65:136
chr16	50745199	rs2066843	C	T	5146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TGAGGAAGCGCCATCATGAGC;SOR=0.480;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=146;TCR=113;TR=200;WE=50745207;WS=50745189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,216:0.78:277
chr16	50745583	rs1861759	T	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=565;ReadPosRankSum=1.522;SC=TCCTGGTGCGTGCCAAAGGTG;SOR=0.550;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=49;WE=50745591;WS=50745573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,57:0.43:133
chr16	50756540	rs2066845	G	C	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=69;PP=1754;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CAGATTCTGGGGCAACAGAGT;SOR=0.739;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=138;WE=50756548;WS=50756530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,141:0.68:208
chr16	50759267	rs138198313	AC	A	214.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	50759269	rs4990643	T	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=0.187;SC=CACAACGTACTTTATCTGTTC;SOR=0.193;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=5;WE=50759277;WS=50759257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	50759547	rs1077861	A	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=515;SC=GCATTTCTGAATAAGATCTGG;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=50759555;WS=50759537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr16	50815432	rs1420871	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTCTTGCCAACGCTCATTAAG;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=50815440;WS=50815422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr16	50827518	rs2066852	C	T	3694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=87;PP=2191;ReadPosRankSum=-1.069;SC=AATGCTACGACGATCCGGACA;SOR=0.866;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=229;TCF=102;TCR=127;TR=154;WE=50827526;WS=50827508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,166:0.68:244
chr16	50827601	rs2302759	A	G	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=50;PP=1605;SC=CTTAATGGATAAACTTTTGTT;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=50827609;WS=50827591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	50841386	rs74753645	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=710;ReadPosRankSum=-1.516;SC=AGAGGCTTCCCGCCCCCTCAC;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=51;WE=50841394;WS=50841376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr16	50841484	rs1054987	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=290;ReadPosRankSum=-1.194;SC=TTCCCCCACTGCAATACCCTG;SOR=0.748;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=29;WE=50841492;WS=50841474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr16	51171175	rs4614723	C	T	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=57;PP=2183;SC=AGCCCACTAACAGGTGAGCTG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=131;WE=51171183;WS=51171165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	51173559	rs1965024	G	A	5501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=86;PP=2965;SC=TCGACATCTCGAGGGGCAAAG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=101;TCR=86;TR=187;WE=51173567;WS=51173549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	51175655	.	CGCT	C	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.414;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.589;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,10:0.12:82
chr16	51177113	rs4399530	A	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=417;SC=TGTCCTGAACATTTTATTATA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=51177121;WS=51177103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	51177327	rs34204387	G	GAA	1049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=29.16;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	52061047	rs12149256	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,32:0.26:121
chr16	52085593	rs1582317	A	G	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=25;PP=1649;ReadPosRankSum=-1.455;SC=TATGGGGAGAAAATTAATATC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=87;WE=52085601;WS=52085583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,89:0.77:115
chr16	52107849	rs33338	C	A	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=49;PP=1484;SC=TGAGGCTTGACTGCAAGGATT;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=52107857;WS=52107839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	52473263	rs9925256	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=328;ReadPosRankSum=0.803;SC=GAGAGGCGACAGGGGAGTGCT;SOR=0.404;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=95;TCF=26;TCR=69;TR=31;WE=52473271;WS=52473253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr16	52479771	rs2075236	A	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=159;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CTGGGTTTTTAAATTCCATTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=52479779;WS=52479761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	52502318	rs2287144	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=388;ReadPosRankSum=-0.884;SC=CTTGTGCCACATAAGAGAGAG;SOR=0.483;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=91;TCF=71;TCR=20;TR=33;WE=52502326;WS=52502308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,35:0.37:95
chr16	52502571	rs9928698	A	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr16	52837310	rs4784258	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=376;ReadPosRankSum=-1.139;SC=TGTTTTGTTTCGTTTTTTAAT;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=52837330;WS=52837300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr16	52837322	rs4784259	A	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.576;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=376;ReadPosRankSum=-0.573;SC=TTTTTTAATTATAGACCCCTA;SOR=1.445;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=52837330;WS=52837300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	52992947	rs9933492	T	C	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=37;PP=1975;SC=TTCTGATTCCTTTCCGCTTGT;SOR=1.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=111;WE=52992955;WS=52992937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	52993016	rs9931362	A	C	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=67;NR=73;PP=2385;SC=TTTAGGCTCCATCCCCCTCCT;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=140;WE=52993024;WS=52993006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	53035592	rs12149531	A	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=447;SC=GCACATTCCTAGCCCCCAGCC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=53035600;WS=53035582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	53037529	rs6499205	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=210;SC=TGGTGAGATGTAGTTTCATGG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=53037537;WS=53037519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	53076131	rs62049054	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,27:0.23:117
chr16	53191470	rs12597487	T	C	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=68;PP=1852;ReadPosRankSum=-1.461;SC=AGCTCTTTGCTTTTATTTTGG;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=165;TCF=61;TCR=104;TR=105;WE=53191478;WS=53191460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,115:0.64:180
chr16	53256494	rs12597253	T	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=1.383;SC=ACAATCTTAATTTAATCAAAT;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=53256502;WS=53256484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr16	53272216	rs8049913	A	C	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=511;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TAGAAAAAAAACCCAATGTAT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=29;WE=53272224;WS=53272206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr16	53279123	.	TA	T	35	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=35;QD=42.015449935;SC=CACACACACATAACATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=53279131;WS=53279113;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	53283966	rs8052283	G	A	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=1103;ReadPosRankSum=0.310;SC=GGAATCCTCAGAATGATCTTC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=62;WE=53283974;WS=53283956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,65:0.70:93
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chr16	53308315	rs57281432	A	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GCCTCCTGAGAGGCTCGCACT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=53308323;WS=53308305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	53319390	rs112281896	T	TAATGA	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=227;SC=GATTAAAAAATAATGAAATCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=53319398;WS=53319380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr16	53321734	rs3815548	T	C	177.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5727;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=0.431;SC=TGCTGTGTCTTGGGCTCTTCT;SOR=1.863;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=53321742;WS=53321724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr16	53325691	rs1894903	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=544;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TAAATTGCACGTACTTCTGTA;SOR=1.041;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=30;WE=53325699;WS=53325681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr16	53326860	rs2287078	G	A	5138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.390;SC=GACAAATTCAGCAGATACAAC;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=152;TCR=147;TR=209;WE=53326868;WS=53326850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,226:0.70:324
chr16	53327041	rs7188463	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=0.339;SC=GGGTACAATTATCACGCTTTG;SOR=0.141;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=13;WE=53327049;WS=53327031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	53338409	rs56028815	GTTC	G	1539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=2.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=2.229;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,48:0.25:194
chr16	53340080	rs3760010	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=275;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GAATAATTATGTAAAATCCTT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=17;WE=53340088;WS=53340070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr16	53341748	rs6499548	T	G	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=70;PP=2860;ReadPosRankSum=-0.762;SC=AATACAGCGATCCCAGTGTAC;SOR=0.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=152;WE=53341756;WS=53341738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr16	53342860	rs12596466	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=382;ReadPosRankSum=1.478;SC=ATTTATTTTTCCTTTGTTGGA;SOR=1.708;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=18;WE=53342868;WS=53342850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr16	53348157	rs62049810	T	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-0.385;SC=ATGATATTTTTAGTCCAAAAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=53348165;WS=53348155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	53348207	rs8055218	T	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=-0.924;SC=ACTAACACTTTCATATATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=53348215;WS=53348197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	53349000	rs12596829	G	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=424;ReadPosRankSum=0.217;SC=ATTTTTATGAGTTGTCAGATC;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=25;WE=53349008;WS=53348990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr16	53352329	rs16952168	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=1.087;SC=TTTCATTATGTGGTGGTGTTT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=53352337;WS=53352319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	53358439	rs3743771	A	G	4239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=75;PP=2798;ReadPosRankSum=-1.217;SC=TTCTCCTTCCACATCCTCTAC;SOR=0.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=146;TCR=107;TR=177;WE=53358447;WS=53358429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,189:0.70:271
chr16	53404203	rs10775327	C	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=31;PP=831;SC=GGAACTTTTACCTGACTAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=53404211;WS=53404193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	53699003	rs4133017	G	A	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=736;SC=TTTTAGTGGCGCAGAGACCAC;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=53699011;WS=53698993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	53860481	rs3826169	G	A	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=687;ReadPosRankSum=1.121;SC=AGATACACACGCATATACATG;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=53860489;WS=53860471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr16	53913911	.	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.217;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	54018921	rs16952730	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,40:0.25:163
chr16	54318102	rs8050831	C	T	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=6;PP=967;SC=TGCTCGGCGTCCTCTCCTTTC;SOR=3.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=43;WE=54318110;WS=54318092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	54318528	rs1450355	A	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=273;SC=GAGCGGGTGCAGGCGGGGGCC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=54318536;WS=54318518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	54319571	rs1868692	A	G	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=40;PP=1196;SC=AGGGAGCGCGAGTGAGCCCCA;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=54319579;WS=54319561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	54319994	rs1868691	G	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=595;SC=GGAGAGGGGGGCCGACCCCCG;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=54320002;WS=54319984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	54691273	rs4784409	C	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=-0.510;SC=AGAGGGAAACCATTACCAACA;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=21;WE=54691281;WS=54691263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr16	55359126	rs31078	A	T	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=34;PP=1151;SC=GCCTCTGATCATCCTCCTCTT;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=55359134;WS=55359116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	55359141	rs31079	T	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=27;PP=987;SC=CCTCTTGTGTTCTGGGGGAAG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=55359149;WS=55359131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	55360208	rs31081	G	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=6;PP=541;SC=GGTGGGGGGGGGGTCTCTGAC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=55360216;WS=55360198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	55361493	rs31082	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.801;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,16:0.17:93
chr16	55362502	rs31085	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=-1.344;SC=ATTACACTGAGGATGCCCTGA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=55362510;WS=55362492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr16	55362542	rs31086	C	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr16	55363238	rs31087	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr16	55513331	rs2287073	G	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=368;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CAGGCGGCGAGGCGGCCACAC;SOR=0.113;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=18;WE=55513339;WS=55513321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr16	55515593	rs1030870	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5221;FS=5.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=586;ReadPosRankSum=1.133;SC=GTGTTGTCCAGAGGCAATGCA;SOR=3.690;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=24;WE=55515601;WS=55515583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr16	55515621	rs1030869	T	C	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=807;ReadPosRankSum=0.633;SC=CTTAAGAAGATAACTCTGGAC;SOR=0.941;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=46;WE=55515629;WS=55515611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr16	55516708	rs857403	T	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=207;SC=CCTGGCTTATTTCCTGTCTGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=55516716;WS=55516698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	55516767	rs1030868	G	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=7.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=3;PP=816;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GCTTTGGTCAGTACTGTGCCA;SOR=3.031;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=37;WE=55516775;WS=55516757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,40:0.87:46
chr16	55519535	rs1132896	G	C	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=58;PP=2108;ReadPosRankSum=-1.195;SC=TGAAGTATGGGAACGCCGATG;SOR=0.600;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=115;TCR=90;TR=131;WE=55519543;WS=55519525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,135:0.63:213
chr16	55522679	rs3214373	CA	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.771;QD=1.27;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr16	55523705	rs243849	T	C	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=88;PP=2239;SC=ACTACGATGATGACCGCAAGT;SOR=1.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=40;TCR=88;TR=128;WE=55523713;WS=55523695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	55525913	rs243846	G	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=35;PP=1050;SC=GAGGAGGGGGGAGGTCATGTA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=53;WE=55525921;WS=55525903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	55527026	rs11640428	A	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=258;ReadPosRankSum=-1.784;SC=AGTGGGGAGAACCTCTGGAGC;SOR=0.507;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16;WE=55527034;WS=55527016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr16	55527113	rs2287074	G	A	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=858;ReadPosRankSum=-1.954;SC=CCACCCCCACGCTGGGCCCTG;SOR=1.045;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=64;WE=55527121;WS=55527103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,71:0.68:105
chr16	55527298	rs243843	G	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=610;SC=TGAAGACTCCGCCAAATGCTT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=55527306;WS=55527288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	55530762	rs171498	G	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	55530772	rs243838	T	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.05;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	55532458	rs2287076	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=291;ReadPosRankSum=0.264;SC=GTTCAGAGGTTGGTGGGCTCT;SOR=2.124;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=18;WE=55532466;WS=55532448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr16	55536622	rs243835	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CTGGGTGCTCCCATCCAGGCC;SOR=0.713;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=12;WE=55536630;WS=55536612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr16	55536687	rs243834	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=264;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CTGTTTCTTTACAGATACAAT;SOR=0.653;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=24;WE=55536695;WS=55536677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,29:0.28:103
chr16	55536727	rs14070	C	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.286;SC=ATCCTGGCTTCCCCAAGCTCA;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=71;WE=55536735;WS=55536717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,78:0.65:120
chr16	55539191	rs243832	C	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-0.403;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chr16	55543073	rs17302903	G	C	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=14;PP=931;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GCTTCGGCCGGGTTCTACGCC;SOR=1.128;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=62;WE=55543081;WS=55543063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,70:0.61:115
chr16	55543322	rs2241147	G	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=494;ReadPosRankSum=1.722;SC=GTCAGAGGGGGGTCCAGGTAA;SOR=1.466;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=30;WE=55543330;WS=55543312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr16	55562257	rs837549	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=806;SC=TTAATTAACAGAGCTAATTAC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=55562265;WS=55562253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	55562466	rs837550	G	A	4488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=101;PP=2835;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TACCTTCTATGGTATCTCGAA;SOR=0.514;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=244;TCF=105;TCR=139;TR=180;WE=55562474;WS=55562456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,196:0.72:272
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chr16	55579899	rs2397722	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=386;SC=CAATCTATAAGTATTTTCCCC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=55579907;WS=55579889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	55583149	rs2160277	T	A	687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=6;PP=465;SC=CTTTTTTTTTTAAAAAAAATG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=55583157;WS=55583139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	55583448	rs9934904	A	T	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=72;SC=GTCAGAGTTGAGAATTTATCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=55583456;WS=55583438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	55601388	rs1502003	A	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=761;ReadPosRankSum=1.010;SC=CTATCAAAGAATGGCTGCAGT;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=70;TCR=108;TR=58;WE=55601396;WS=55601378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,63:0.33:193
chr16	55617127	rs12934747	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.210;SC=ATTTTTAAAACAAAAATGATA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=55617135;WS=55617117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr16	55728081	rs28613651	T	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=38;PP=1178;SC=TGACTCTTGTTGGGTGGCAGA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=55728089;WS=55728071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	55729124	rs2279805	T	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=501;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CTATAGCCAGTCCAGCAGTCA;SOR=0.574;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=32;WE=55729132;WS=55729114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr16	55730124	rs5568	A	C	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.47;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,74:0.79:94
chr16	55731835	rs5569	G	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.091;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,21:0.24:88
chr16	55731946	rs998424	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=403;ReadPosRankSum=2.422;SC=AGGTGAGTAGGGGCTGGGCTC;SOR=0.498;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=128;TCF=62;TCR=66;TR=36;WE=55731954;WS=55731936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr16	55735912	rs2242447	C	T	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=64;PP=2084;SC=CCCTGCTGTGCACTGCCCAAG;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=125;WE=55735920;WS=55735902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	55806311	rs28538364	G	T	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=72;PP=2686;SC=CGGGGAACTGGGGTCACCTGG;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=142;WE=55806319;WS=55806301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	55806409	rs28366434	T	C	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=52;PP=2089;SC=GGAGGGTCAGTGGGAGGAGAA;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=76;TCR=52;TR=128;WE=55806417;WS=55806399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	55806532	rs143032941	C	CAATACCT	6272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=62;PP=2957;SC=CTTCTGATTACAGTCTCAGGA;SOR=1.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=6;TCR=74;TR=67;WE=55806540;WS=55806522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr16	55807252	rs62030211	G	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.36;QD=43.31;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	55807256	rs60044394	A	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.36;QD=43.31;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	55813552	rs28666799	C	T	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=18;PP=731;SC=TTGCCCCACTCACCCAGCTCA;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=55813560;WS=55813542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	55813600	rs28538101	T	C	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=23;PP=1131;SC=CATCCTCTGCTTTTGTCTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=55813608;WS=55813590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	55813644	rs28418425	C	T	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=32;PP=1233;SC=ACAGGGAGACCTCAAAGAGGT;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=77;WE=55813652;WS=55813634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	55813712	rs28613114	G	T	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=34;PP=924;SC=AAGTTCCAATGAACTGTGAGT;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=55813720;WS=55813702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	55813750	rs28594163	G	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=505;SC=GGTGGTTATAGTAACTCCTGT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=55813758;WS=55813740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	55844609	rs2244613	G	T	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	55844617	rs2244614	G	A	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.61;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	55844926	rs112236246	A	AC	998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.264;HP=13;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=476;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCAACTGCTAAAAAAAAAAAA;SOR=0.956;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=37;WE=55844935;WS=55844914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,50:0.82:61
chr16	55845084	.	T	TG	935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=1011;SC=ATGAATCAAATGGGCTTATAT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=25;WE=55845092;WS=55845074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	55847045	rs3859092	A	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	55847051	rs3859093	C	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	55850708	rs2302719	T	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=209;SC=TACCCCTCTCTGGGCCTCAGA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=55850716;WS=55850698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	55854246	.	G	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.42;MQRankSum=-0.605;QD=18.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	55854259	rs2307237	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.51;MQRankSum=-0.615;QD=18.14;ReadPosRankSum=0.664;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr16	55854452	rs2307233	G	A	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=8.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQRankSum=2.561;QD=22.76;ReadPosRankSum=4.588;SOR=0.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
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chr16	55854514	rs8192940	G	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=355;SC=TCCAGTAGTGGGCTGACCCTC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=55854522;WS=55854504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	55855150	rs3217164	TG	T	3912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=25;PP=2755;SC=GATGCTGGGCTGTGAGTAGGG;SOR=1.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=62;WE=55855158;WS=55855140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	55857396	rs150951789	A	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.060;NF=40;NR=11;PP=982;ReadPosRankSum=0.738;SC=CTGGCATGACAAGAGCTGGGT;SOR=0.522;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=90;TCF=73;TCR=17;TR=51;WE=55857404;WS=55857386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chr16	55862571	rs79647997	A	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-2.460;QD=2.86;ReadPosRankSum=-3.699;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr16	55862583	rs77360769	G	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-2.309;QD=10.54;ReadPosRankSum=-2.582;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr16	55862590	rs79821028	G	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-2.655;QD=10.56;ReadPosRankSum=-3.237;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,45:0.35:130
chr16	55862605	rs3848300	G	A	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=67;PP=2965;SC=GGATCAGCCCGTCAGGGGACT;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=127;TCR=67;TR=194;WE=55862613;WS=55862595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	55862647	rs62028646	A	G	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-4.468;NF=87;NR=58;PP=2045;ReadPosRankSum=0.446;SC=ACTTTGAGGTAAACATCCCCA;SOR=0.715;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=352;TCF=202;TCR=150;TR=145;WE=55862655;WS=55862637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,158:0.42:377
chr16	55862691	rs62028647	G	A	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-4.951;NF=91;NR=74;PP=2140;ReadPosRankSum=-1.233;SC=AGGAGGGTACGAGGTGGCATT;SOR=0.707;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=401;TCF=217;TCR=184;TR=165;WE=55862699;WS=55862681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,182:0.42:435
chr16	55862717	rs76828834	T	C	4389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-6.156;QD=13.34;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,122:0.37:329
chr16	55862720	rs74019278	T	C	4291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-6.330;QD=13.76;ReadPosRankSum=-1.784;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,119:0.38:312
chr16	55862762	rs3826194	C	G	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-10.418;NF=46;NR=35;PP=1382;ReadPosRankSum=0.888;SC=GTCCAAGAGGCGGCTTGGCAA;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=220;TCF=121;TCR=99;TR=81;WE=55862770;WS=55862752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,76:0.34:221
chr16	55862791	rs114632091	T	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.640;NF=51;NR=36;PP=1260;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CCCAGGAAAATGGCCACAGGC;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=215;TCF=122;TCR=93;TR=87;WE=55862799;WS=55862781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,79:0.39:205
chr16	55862824	rs3826192	C	T	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.265;NF=87;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.649;SC=TCTAAGCTGACGAACTTCCCC;SOR=0.540;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=337;TCF=193;TCR=144;TR=155;WE=55862844;WS=55862814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,148:0.45:327
chr16	55862836	rs3826191	G	A	3480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.822;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-9.777;NF=95;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=0.708;SC=AACTTCCCCAGCACTTTGCCA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=401;TCF=221;TCR=180;TR=177;WE=55862844;WS=55862814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,172:0.44:394
chr16	55862883	rs3826190	C	A	4180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.078;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.425;NF=97;NR=124;PP=2629;ReadPosRankSum=2.555;SC=GGACGGATGCCCTGCTGGACA;SOR=0.879;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=551;TCF=269;TCR=282;TR=221;WE=55862891;WS=55862873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,220:0.40:554
chr16	55862901	rs3826189	T	G	3607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.223;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.769;NF=78;NR=118;PP=2574;ReadPosRankSum=1.511;SC=ACATGGAGAATAAATCAGGAT;SOR=1.090;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=517;TCF=239;TCR=278;TR=196;WE=55862909;WS=55862891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,189:0.37:514
chr16	55862955	.	G	C	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.212;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=21.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-12.148;QD=6.46;ReadPosRankSum=-4.111;SOR=1.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,67:0.23:296
chr16	55862958	rs3826188	GC	AG	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=25.377;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-12.307;QD=6.91;ReadPosRankSum=-3.731;SOR=2.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,56:0.21:269
chr16	55862961	rs3826187	T	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=22.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-12.348;QD=6.51;ReadPosRankSum=-3.617;SOR=2.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,50:0.20:253
chr16	55866894	rs56278207	T	TA	8904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=59;PP=2966;SC=GTGCCCCGCATTTTGATTTCA;SOR=1.079;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=106;WE=55866902;WS=55866884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	55883618	rs2160276	T	C	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=64;PP=1557;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TGACAAAAGCTGGCTTCGTGT;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=123;WE=55883626;WS=55883608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,133:0.76:174
chr16	55883761	rs7186875	A	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=179;ReadPosRankSum=-1.984;SC=CCACCTATCAAGTCTTGGATG;SOR=1.127;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=13;WE=55883769;WS=55883751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr16	55905636	rs3859108	A	G	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=81;PP=2834;ReadPosRankSum=0.561;SC=CCTTGAGCATATGTTGATCTA;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=172;WE=55905644;WS=55905626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr16	55905676	rs72810507	C	T	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1307;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CTGGAGGCACCTTGGAGAAGG;SOR=0.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=86;WE=55905684;WS=55905666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,91:0.66:137
chr16	55909163	rs7194945	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.249;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=261;ReadPosRankSum=1.601;SC=CTGTGAACATTGACGGCGGCT;SOR=1.380;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=25;WE=55909171;WS=55909153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr16	56226638	rs149880726	G	GCA	98.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr16	56227909	rs76026714	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GGGAAGGTGGGAGTGGGAGAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=5;WE=56227917;WS=56227899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr16	56227965	rs59779556	T	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=671;ReadPosRankSum=-0.373;SC=AAATCTTGGATGTGTAACAGG;SOR=1.670;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=32;WE=56227973;WS=56227955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr16	56228066	rs1190761	A	G	3919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=57;PP=2331;SC=TCTTATTTTTATTCGAGAGCT;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=131;WE=56228074;WS=56228056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	56362725	rs2241952	T	C	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=119;PP=2965;SC=AGCGGGCGCATGGCCTGGAGC;SOR=1.357;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=72;TCR=119;TR=191;WE=56362733;WS=56362715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	56368495	rs4784656	T	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=8;PP=837;SC=CCCCACTCCCTATGGCCTGGA;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=56368503;WS=56368485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	56377748	rs1799917	A	G	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,107:0.26:417
chr16	56396486	rs4924	C	T	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=4.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.280;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,62:0.25:246
chr16	56401294	rs2241957	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=0.085;SC=AAGACCACTGTCGGGACCACA;SOR=0.090;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=7;WE=56401302;WS=56401284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr16	56436824	rs2440472	A	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=266;ReadPosRankSum=0.645;SC=ACATTCTGACATACTCTGGGA;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=30;WE=56436832;WS=56436814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,30:0.29:103
chr16	56441862	rs2920704	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr16	56442066	rs4238787	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-2.265;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr16	56459332	.	T	TCGCTGCCGCTGC	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=-1.740;SC=GGCTCTGGCGTCGCTGCCGCT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=56459340;WS=56459322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	56468561	rs8056687	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=0.589;SC=AGTTTTACAACAAACCCAAAA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=6;WE=56468569;WS=56468551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr16	56501806	rs2288055	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr16	56545175	rs11373	T	C	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,91:0.28:322
chr16	56548501	rs4784677	C	T	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=76;PP=2415;SC=CTGGTTAATGCTGAGAAGAGA;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=124;WE=56548509;WS=56548491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	56599221	rs182221	C	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=33;PP=885;SC=CTGGCCACCTCTGGGGCAGCT;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=56599229;WS=56599211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	56601720	rs666636	A	G	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	56601720	.	ATT	GTC	1579	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=33;NR=46;PP=1579;QD=20.6641503147;SC=TGTAAAACATATTGGAAGAGT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=79;WE=56601730;WS=56601710;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr16	56601722	rs666647	T	C	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.21;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	56623191	rs7195310	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.6291;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=-0.320;SC=AGTGCGCGCACAGCGGCGGCG;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=56623199;WS=56623181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr16	56624079	rs11644094	A	G	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=673;ReadPosRankSum=-2.704;SC=GAAGACTCCAATGGCAGCTGG;SOR=0.482;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=42;WE=56624087;WS=56624069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr16	56660906	rs708274	G	T	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.944;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,95:0.31:311
chr16	56667282	rs1827210	C	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1184;ReadPosRankSum=1.264;SC=GGCTCCTGCACGTGCAAAGAG;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=70;WE=56667290;WS=56667272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,78:0.75:104
chr16	56667614	rs2270836	C	T	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=755;ReadPosRankSum=1.258;SC=TGGGGCAGGGCGGTGCCCGGT;SOR=0.437;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=48;WE=56667622;WS=56667604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,53:0.71:75
chr16	56667854	rs2270837	A	G	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.636;NF=34;NR=55;PP=1305;ReadPosRankSum=0.038;SC=TTCTTTTTATATTAAATATGT;SOR=0.540;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=89;WE=56667862;WS=56667844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,89:0.70:127
chr16	56673227	rs11640851	C	A	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=778;ReadPosRankSum=1.043;SC=TGCAAATGCACCTCCTGCAAG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=50;WE=56673235;WS=56673217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr16	56673249	rs11647171	T	C	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=954;ReadPosRankSum=0.191;SC=AGAGTGAGTGTGGGGCCATCT;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=67;WE=56673257;WS=56673239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,68:0.63:108
chr16	56673290	rs7190725	G	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=564;ReadPosRankSum=0.713;SC=CAAGTCAGAGGCAGGAAACCA;SOR=0.744;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=158;TCF=92;TCR=66;TR=50;WE=56673298;WS=56673280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,57:0.33:172
chr16	56673410	rs8049883	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=464;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CCCAAGTTTCGTTCTTAAAAT;SOR=0.257;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=36;WE=56673418;WS=56673400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr16	56673436	rs58069153	A	AAG	2215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=39;PP=1956;SC=AACTGAGGCCAAGAGTGCACC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=41;WE=56673444;WS=56673426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	56673828	rs8052394	A	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.333;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=8;PP=655;ReadPosRankSum=-1.463;SC=TGCATCTGCAAAGGGGCATCA;SOR=1.107;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=161;TCF=119;TCR=42;TR=47;WE=56673836;WS=56673818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,55:0.32:173
chr16	56683626	rs7189840	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-1.542;SC=CAAGAGAGCTGGTATGTGTGA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=56683634;WS=56683616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr16	56686002	rs2070838	G	C	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.01;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	56686005	rs4619400	T	A	5468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.96;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	56686030	rs964372	C	G	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=52;PP=1626;SC=TTTCCTCTTGCCCAAGCTCCT;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=87;WE=56686038;WS=56686020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	56686380	rs2013775	T	C	7383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=162;NR=103;PP=2965;SC=GGAGCTCTGATGGCTGGCCCT;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=162;TCR=103;TR=265;WE=56686388;WS=56686370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr16	56686471	rs964374	G	T	9629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=162;NR=180;PP=2965;SC=TGCCTTTTTCGCTTCCTTGCA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=162;TCR=180;TR=342;WE=56686479;WS=56686461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr16	56693261	rs2291957	G	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.085;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=570;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGAGACTGGGGTGGGGGATC;SOR=4.199;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=27;WE=56693269;WS=56693251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr16	56701348	rs111359735	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,31:0.23:136
chr16	56702000	rs904770	T	C	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=87;PP=2953;SC=CCAGCGGCTGTTTTTATAGTC;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=59;TCR=87;TR=146;WE=56702008;WS=56701990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	56709728	rs8046181	GA	CG	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	56710986	rs71994372	CTGCAAATGCAGAGAG	C	1103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.972;NF=9;NR=6;PP=2930;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GCACCAGCTCCTGCAAATGCA;SOR=0.719;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=15;WE=56711008;WS=56710976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr16	56716347	rs34713543	C	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,46:0.27:171
chr16	56852822	rs1561139	G	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=199;ReadPosRankSum=1.035;SC=ATCAAATAGGGTAATAGAATT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=56852830;WS=56852812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	56855496	rs2118017	C	G	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=22;PP=867;SC=TCGCAGAGCTCGATGATAAGG;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=56855504;WS=56855486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	56864398	rs1561140	C	T	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=39;PP=1453;ReadPosRankSum=-1.047;SC=AGCAGTCAGCCTTTCCTTGTT;SOR=0.622;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=101;TCR=66;TR=101;WE=56864406;WS=56864388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,109:0.62:177
chr16	56864618	rs4461062	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TGAGGTGGCACGCCCAGGGGC;SOR=0.091;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=15;WE=56864626;WS=56864608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr16	56868700	rs1347591	A	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=663;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GGTGAGTTAAATGCATCCTTA;SOR=0.477;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=39;WE=56868708;WS=56868690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr16	56904587	rs1529927	C	G	5952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=111;NR=100;PP=2965;SC=CGCATCATTGCCGTGGTCTCG;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=111;TCR=100;TR=211;WE=56904595;WS=56904577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	56904752	rs71152213	C	CT	48.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	56914025	rs71387142	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=463;ReadPosRankSum=1.051;SC=GGGTGAGTGCGGCATCTGGTG;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=45;WE=56914033;WS=56914015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,47:0.29:162
chr16	56917953	rs2304483	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=358;ReadPosRankSum=0.398;SC=CTGGTGCCCTTGGCCCAGGGT;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=36;WE=56917961;WS=56917943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr16	56918159	rs71387143	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=130;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CTCCCCCAGGGTAGCCATGCA;SOR=0.369;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=15;WE=56918167;WS=56918149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr16	56921040	rs8056861	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,34:0.27:127
chr16	56926176	rs12443855	G	A	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=404;SC=TTCTTGTGACGGTGGTGCCTG;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=56926184;WS=56926166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	56926828	rs2278489	T	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=5;PP=1235;SC=GATGCGCGGCTGCTGGCTCTG;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=56926836;WS=56926818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	56933315	rs9922270	T	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=695;SC=GCATGAGAATTGCTTGAACCT;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=56933323;WS=56933305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	56936319	rs12708965	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-1.812;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,47:0.25:186
chr16	56938134	rs17367381	C	T	655.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5042;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=493;ReadPosRankSum=-1.196;SC=CTCCATTACTCTGAGGGTCCC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=23;WE=56938142;WS=56938124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr16	56938244	rs12708966	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=422;ReadPosRankSum=1.354;SC=GGCCATAGACGTGGTGAAGGA;SOR=1.040;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=40;WE=56938252;WS=56938234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,42:0.27:157
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chr16	56966011	rs37025	G	A	5962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=70;PP=2965;SC=CCGCAGAGCCGGGCGCGGGGC;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=128;TCR=70;TR=198;WE=56966019;WS=56966001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	56966071	rs37024	T	G	9296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=0.802;SC=AGACGTGAACTGTCGTTGCAG;SOR=0.335;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=198;TCR=142;TR=339;WE=56966079;WS=56966061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,360:1.00:361
chr16	56968889	rs1820787	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.316;NF=19;NR=8;PP=255;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CTCCCACAGTGCTTGGATTAC;SOR=0.869;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=27;WE=56968897;WS=56968879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,29:0.27:107
chr16	56969148	rs2217332	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,65:0.25:257
chr16	56973335	rs2133783	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=6.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-1.670;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr16	56994394	rs61631085	GT	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=2.642;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr16	56994894	rs4783961	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=746;ReadPosRankSum=1.172;SC=GTGCAAACTCGGGACTAGGGC;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=211;TCF=104;TCR=107;TR=60;WE=56994916;WS=56994884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,68:0.29:232
chr16	56995038	rs4783962	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=290;ReadPosRankSum=-1.425;SC=CAGCACTTGGTCATCTGGTCA;SOR=0.195;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=17;WE=56995046;WS=56995028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr16	57003723	rs891141	G	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=11;PP=1108;SC=GTTTGCAGGGGTGGGGACCCC;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=57003731;WS=57003713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	57003977	rs891142	T	C	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	57003980	rs891143	T	C	5365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=1.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	57007446	rs11076176	T	G	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=42;PP=1362;SC=GCTGGGCTGCTAGGGGATCCA;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=57007454;WS=57007436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	57015091	rs5880	G	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.496;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,29:0.23:127
chr16	57015463	rs7195984	G	A	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=16;PP=1403;SC=CTATGAGACAGAAGCACTGGC;SOR=1.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=57015471;WS=57015453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	57015545	rs1800774	C	T	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=67;PP=2806;SC=ATTATCATCGCTTTTTTATTT;SOR=0.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=154;WE=57015553;WS=57015535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	57016092	rs5882	G	A	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=46;PP=1729;SC=CTCCGAGTCCGTCCAGAGCTT;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=99;WE=57016100;WS=57016082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	57017319	rs1800777	G	A	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1087;ReadPosRankSum=2.093;SC=ATTATCACTCGAGATGTGAGT;SOR=0.555;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=310;TCF=146;TCR=164;TR=94;WE=57017327;WS=57017309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,103:0.31:335
chr16	57017474	rs289741	G	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=36;PP=1440;SC=AGCCCAGCTCGCCCCTCTCTC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=57017482;WS=57017464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	57017762	rs289742	C	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=409;SC=CCAAGAGCTGCGGAGTCCTTC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=57017770;WS=57017752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	57056064	rs4784750	G	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=553;ReadPosRankSum=0.124;SC=CCCTTGCTGGGTATCTCCCTG;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=46;WE=57056072;WS=57056054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,50:0.35:144
chr16	57056295	rs149634155	AGGAGGCTGT	A	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.114;NF=0;NR=9;PP=2468;ReadPosRankSum=1.282;SC=TCCAAGCTGGAGGAGGCTGTG;SOR=0.831;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=9;WE=57056311;WS=57056285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr16	57057619	rs1684575	G	T	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=1020;ReadPosRankSum=2.064;SC=GTGGACTGGAGTTCCCCAAAG;SOR=0.474;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=73;WE=57057627;WS=57057609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,77:0.75:102
chr16	57057654	rs1672865	A	G	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CTCAGCCCAGATCCCCAGACC;SOR=0.440;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=93;WE=57057662;WS=57057644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,98:0.74:132
chr16	57057679	rs12445252	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.146;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=550;ReadPosRankSum=0.887;SC=TCCTCCACCCCTTCCTTTGCT;SOR=1.160;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=38;WE=57057687;WS=57057669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,41:0.30:137
chr16	57059427	rs74439742	C	T	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1530;ReadPosRankSum=0.542;SC=TTAGACACTCCGGAGGGGGCC;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=95;TCR=71;TR=107;WE=57059435;WS=57059417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,116:0.63:183
chr16	57062177	rs1684576	T	A	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,101:0.73:139
chr16	57065121	rs16965220	C	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=-1.732;SC=CAGGATTCATCAAGCAAAGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=57065129;WS=57065111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	57065199	rs72780004	G	A	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=498;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CCTGTCAATTGCAAAATCAGC;SOR=1.757;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=31;WE=57065207;WS=57065189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
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chr16	57068048	rs4784753	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=378;ReadPosRankSum=-0.791;SC=GCTGTTTGCCCTGAGCCCTTC;SOR=0.720;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=35;WE=57068056;WS=57068038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,37:0.28:131
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chr16	57071113	.	TA	CG	452	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=25;NR=9;PP=452;QD=14.8667022018;SC=ACAGCCTCAGTAACAACGGGC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=34;WE=57071122;WS=57071103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,34:0.69:49
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chr16	57071232	rs1684580	C	G	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=1115;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CCCATCCCCCCCCCCATCATG;SOR=0.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=80;WE=57071240;WS=57071216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,87:0.65:133
chr16	57071335	rs1651670	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=500;ReadPosRankSum=-1.498;SC=CGTTACAGCCGGCACCCCTCT;SOR=0.321;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=28;WE=57071343;WS=57071325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr16	57071375	rs1672866	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=112;ReadPosRankSum=0.333;SC=AGGCTGCTCATGGTTTATACC;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=57071383;WS=57071365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	57073683	rs864750	G	C	3257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=51;PP=2021;ReadPosRankSum=1.062;SC=CCCCTCTTTTGTCTTCACAGC;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=117;TCR=74;TR=133;WE=57073691;WS=57073673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,145:0.69:211
chr16	57074451	rs289726	T	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=830;ReadPosRankSum=0.265;SC=CAAGGTCTGATTGACTCTAGG;SOR=0.802;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=45;WE=57074459;WS=57074441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr16	57075781	rs289727	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=334;ReadPosRankSum=-0.779;SC=GGCCTGGCAGCCCAGGGCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=18;WE=57075789;WS=57075771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr16	57076115	rs158482	T	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=363;SC=CAATGTAAGTTCTCGGTGAAG;SOR=2.448;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=57076123;WS=57076105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	57095842	rs142124514	AAAAG	A	1068.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.900;NF=3;NR=16;PP=835;ReadPosRankSum=0.515;SC=ATTTAAGAAAAAAAGAAAGAA;SOR=0.836;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=19;WE=57095853;WS=57095832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr16	57103579	rs289710	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=5.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr16	57103854	rs289711	T	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	57111232	rs11864231	C	T	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,92:0.23:398
chr16	57111364	rs34702866	G	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr16	57111825	rs27392	T	C	4789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.550;SC=GCAGGCCCAGTACTCAATGCT;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=150;TCR=123;TR=191;WE=57111833;WS=57111815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,207:0.71:291
chr16	57113229	rs42221	A	G	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=50;PP=1634;ReadPosRankSum=1.565;SC=CTGCCTGCCTAGGGGACCAGT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=75;WE=57113237;WS=57113219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr16	57113341	rs75003587	A	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=692;ReadPosRankSum=1.002;SC=TCAAGAAAGGAAGTCTTTCCT;SOR=0.778;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=40;WE=57113349;WS=57113331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,41:0.34:120
chr16	57114924	rs154045	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=238;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CACGACTGGCACCCTGCTTTC;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=20;WE=57114932;WS=57114914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr16	57114982	rs154044	C	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=642;ReadPosRankSum=0.395;SC=GCTCTCCTGCCGCTGACTTTG;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=43;WE=57114990;WS=57114972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr16	57115274	rs154043	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=414;SC=TCAGCCTTCCTGCTGCACCTG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=57115282;WS=57115264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	57116287	rs27195	A	G	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=41;PP=2568;SC=ACAGATGGCAAAGATGGGAGG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=123;WE=57116307;WS=57116277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	57116514	rs27194	T	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=319;SC=ACTGGGATAATTGACTCAGGA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=57116522;WS=57116504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	57144920	rs8053682	TG	AC	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=32;PP=1098;ReadPosRankSum=-1.291;SC=GGATCCAGGATGTCTGATGGA;SOR=0.487;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=38;WE=57144929;WS=57144910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,44:0.90:49
chr16	57155457	rs4783976	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=159;SC=GTGGACATCCTGGGAGGCTCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=57155465;WS=57155447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	57159248	rs4784771	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,36:0.27:131
chr16	57159402	rs4784772	A	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.440;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	57171233	rs2305693	C	G	5897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=147;PP=2965;SC=CCAGGAAACACGCACGTCCTC;SOR=2.451;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=44;TCR=147;TR=191;WE=57171241;WS=57171223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	57197745	rs62037356	G	T	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=53;PP=2965;SC=TATAAACTCTGGCCTGGTAAT;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=121;TCR=54;TR=174;WE=57197753;WS=57197735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	57242093	rs148079684	T	TTTTTG	142.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=202;SC=CACCTTTTGTTTTTTGTTTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=57242101;WS=57242083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	57255363	rs7206038	T	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=39;PP=1149;SC=ATGGGAGCAGTGGCAGTTTGC;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=57255371;WS=57255353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	57261146	rs11643790	A	C	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=13;PP=1146;SC=CATCATCCAGAAAGCTTAGAA;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=57261154;WS=57261136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	57392733	rs4359426	A	C	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=67;PP=2965;SC=CAGAGCATGGATCGCCTACAG;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=90;TCR=67;TR=157;WE=57392741;WS=57392723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	57394393	rs41398344	T	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,65:0.27:241
chr16	57481238	rs11862474	C	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	57481305	rs178602	T	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	57486583	rs62037143	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	57486613	rs686402	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AATGTCTTCCCAGCATGTGCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=57486621;WS=57486603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr16	57490400	rs62037144	G	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,19:0.18:103
chr16	57494178	rs223868	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=26;PP=791;SC=TCCAAAAACCTCACTTCTTTA;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=57494186;WS=57494168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	57495026	rs223870	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=5;PP=386;SC=TGAGATGCTGTTCCTGGGAGC;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=57495034;WS=57495016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	57496494	rs178601	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=286;SC=GACGCTCGGCAGTTCTGGCCT;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=57496502;WS=57496484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	57496841	rs142861649	TGCCCCCCTGCACCAGGGCTTTAGCTTTGGGA	T	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=9.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.559;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr16	57496927	rs62037145	T	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=2.039;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,44:0.26:170
chr16	57496931	rs223837	G	C	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.850;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,48:0.26:185
chr16	57497439	rs62037146	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=6.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.665;SOR=1.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,21:0.17:122
chr16	57499841	rs223839	A	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=691;ReadPosRankSum=-2.048;SC=GCTAAACTCCATGTCTGCTTC;SOR=0.588;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=41;WE=57499849;WS=57499831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr16	57499902	rs4937	T	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=14;PP=869;SC=ATTCCTCAGTTCTTCATGATG;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=57499910;WS=57499892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	57503213	rs601194	C	T	3850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=81;PP=2423;ReadPosRankSum=0.938;SC=CCGGTCAGTGCGGGAGAGCAT;SOR=0.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=124;TCR=119;TR=163;WE=57503221;WS=57503203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,171:0.67:256
chr16	57503330	rs2161647	C	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=454;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CTGCCTTAATCTGATCCCTAG;SOR=0.873;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=43;WE=57503338;WS=57503320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,43:0.34:125
chr16	57503360	rs170365	C	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=362;ReadPosRankSum=-1.876;SC=TTCTGGATTCCTCTTGGGCAT;SOR=1.367;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=27;WE=57503368;WS=57503350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr16	57503773	rs223874	G	A	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=69;PP=1985;SC=GCTTTAGACCGTTTTTCCAGA;SOR=4.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=7;TCR=69;TR=76;WE=57503781;WS=57503763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	57507777	rs11458669	T	TC	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.015;HP=12;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.224;NF=8;NR=9;PP=445;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CGTTCCCCCCTCCCCCCGTAC;SOR=0.527;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=17;WE=57507785;WS=57507767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr16	57508960	rs477025	T	C	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,78:0.63:123
chr16	57509164	rs223877	A	G	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=36;PP=1067;SC=ATGCAGCTCCAGAGCCCGGTA;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=57509172;WS=57509154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	57509956	rs2074545	G	C	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=530;ReadPosRankSum=0.412;SC=GCCTGCCACAGGGGGCGGTGC;SOR=1.426;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=34;WE=57509964;WS=57509946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr16	57551966	rs28649020	A	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=5.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=166;ReadPosRankSum=0.073;SC=TGGCCACTCCACTCCTTGCCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=11;WE=57551974;WS=57551956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr16	57552088	rs28756858	T	C	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=2.590;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,109:0.26:421
chr16	57555076	rs28446687	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr16	57562423	rs8045906	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.154;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,25:0.22:113
chr16	57562804	rs12935069	G	A	8571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=148;PP=2965;SC=TCCGACCACCGGCGCATGGTC;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=303;TCF=155;TCR=148;TR=303;WE=57562812;WS=57562794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr16	57562973	rs79928291	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GCGGCGTGGGCGGCAAGGAGT;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=5;WE=57562981;WS=57562963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr16	57563111	rs4784815	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GCGGGCCCTGAGCTCGAACTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=3;WE=57563119;WS=57563101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr16	57625470	rs11646739	C	T	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=373;SC=TGATCATTCCCATAGCAACCA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=57625478;WS=57625460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	57697532	rs10852554	T	G	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=61;PP=1946;ReadPosRankSum=-0.233;SC=AAGCAGAGATTCGGCCTCGTC;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=104;WE=57697540;WS=57697522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr16	57697568	rs10852555	C	A	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=953;ReadPosRankSum=-0.357;SC=CCCCCGAGCCCGGCCCAGCCC;SOR=1.656;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=49;WE=57697576;WS=57697558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr16	57702473	rs7205731	T	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=147;SC=CTCAGCACCTTCTCTAGCCCT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=57702481;WS=57702463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	57708297	rs4784841	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr16	57708416	rs8051879	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=436;ReadPosRankSum=0.398;SC=TAAAGCCCTGCGCTCTCAGGC;SOR=0.983;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=41;WE=57708424;WS=57708406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,45:0.33:135
chr16	57708483	rs4784842	T	C	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1243;ReadPosRankSum=0.734;SC=CTGAAAAGGCTTCCATTCCCA;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=74;WE=57708491;WS=57708473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,81:0.70:116
chr16	57708642	rs4784003	T	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=273;SC=ACACAAGTAATCCTAGCACTT;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=57708650;WS=57708632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	57710093	rs12596635	C	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=16;PP=787;SC=ACCCTCCCCCCATCCCTGGCC;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=57710101;WS=57710083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	57735900	rs7196016	G	C	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,89:0.21:427
chr16	57752516	rs62039922	G	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr16	57760824	rs2967125	C	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.828;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,63:0.27:234
chr16	57760906	rs2923145	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=141;ReadPosRankSum=-1.842;SC=GTTTTTGAGATAGGGTCTCGC;SOR=0.411;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=12;WE=57760914;WS=57760896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr16	57762401	rs2923147	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,21:0.24:88
chr16	57771126	rs1061546	G	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=680;ReadPosRankSum=-1.364;SC=TATTTTGTGGGTGGGGCTTCA;SOR=0.917;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=37;WE=57771134;WS=57771116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,40:0.82:49
chr16	57771337	rs58845971	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.707;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=588;ReadPosRankSum=0.251;SC=ACCATTATGTAAATCATGACT;SOR=2.448;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=30;WE=57771345;WS=57771327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr16	57778488	rs2967152	A	G	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=64;PP=2083;SC=CTGCAGTTGTACTGCTTCCTC;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=118;WE=57778496;WS=57778478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	57778550	rs2967153	C	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=29;PP=824;SC=AGCACTAACCCGGCAGTGTGG;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=57778558;WS=57778540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	57786517	rs2965797	C	T	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=74;PP=2272;SC=CCGTCAGGTACGCAGGCTGTG;SOR=1.479;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=115;WE=57786525;WS=57786507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	57786711	rs2965798	C	T	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=40;PP=1828;SC=TCAACCCAGACGGCTGCTGCC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=97;WE=57786719;WS=57786701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	57794888	rs2965799	A	T	8165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=145;NR=137;PP=2965;SC=GGCACCCACCAGATCAGGCCT;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=145;TCR=137;TR=282;WE=57794899;WS=57794878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr16	57795394	rs2967172	G	A	10875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=214;PP=2965;ReadPosRankSum=2.041;SC=GCCCACTGCCGTCTGGGCACA;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=177;TCR=217;TR=390;WE=57795402;WS=57795384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,408:1.00:410
chr16	57797913	rs11649013	C	T	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=54;PP=2965;SC=AGGGCTAACACAGATAACTAC;SOR=1.820;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=130;TCR=54;TR=183;WE=57797921;WS=57797903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr16	57803911	rs3803590	A	G	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=91;PP=2916;SC=GGTGCGGGAGAGAGAGGGGCA;SOR=1.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=48;TCR=91;TR=139;WE=57803919;WS=57803901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	57805048	rs2967166	A	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=355;SC=CTTATGGGCTAGCCCTGCCCC;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=57805056;WS=57805038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	57805078	rs2965790	C	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=6;PP=497;SC=GGGCCTTGGGCTGAGGCACAG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=57805086;WS=57805068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	57805176	rs2967165	A	G	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=31;PP=1764;SC=GGCGCCGACTAAGCCGCTCCT;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=86;WE=57805184;WS=57805166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	57806030	rs2965789	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=404;SC=AGGGTGGGATATGCGGGCTCA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=57806038;WS=57806021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	57822653	rs58082302	G	A	4816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=111;PP=2952;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GAATCCTCACGTGAAGGAGAC;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=130;TCR=159;TR=200;WE=57822661;WS=57822643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,214:0.70:304
chr16	57937856	rs413562	G	C	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=55;PP=1363;SC=AGGTCTGTCCGGCGGTGGCGG;SOR=1.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=83;WE=57937864;WS=57937846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	57937895	rs437920	G	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=29;PP=839;SC=TCTGGGGGAAGGGTTATGGGA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=57937903;WS=57937885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	57946973	rs434961	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,15:0.20:76
chr16	57949251	rs483053	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=355;ReadPosRankSum=0.931;SC=TGAAATCCCAGTGGGACACCA;SOR=0.553;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=31;WE=57949259;WS=57949241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr16	57949274	rs142218852	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=327;ReadPosRankSum=0.306;SC=GGGGTAAAACGGATGACTCCA;SOR=0.565;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=24;WE=57949282;WS=57949264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr16	57950057	rs376270	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,37:0.23:161
chr16	57950178	rs440565	G	C	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=696;ReadPosRankSum=0.317;SC=ACCCCACCCTGAAACGAGCAT;SOR=0.622;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=82;TCR=100;TR=56;WE=57950186;WS=57950168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,57:0.29:197
chr16	57951421	rs691490	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.54;MQRankSum=1.327;NF=0;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CATCAGCCAGGCAAGGCTCTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=57951429;WS=57951411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	57954268	rs166000	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=377;ReadPosRankSum=-0.068;SC=ATCCAGGTAGACCCCCTCCAG;SOR=0.546;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=37;WE=57954276;WS=57954258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,39:0.29:133
chr16	57973989	rs2303779	G	A	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=35;PP=2765;SC=CCAAGAGGGGGCCTCGCAGGA;SOR=2.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=103;TCR=35;TR=138;WE=57973997;WS=57973979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	57974240	rs2303778	G	A	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=88;PP=2827;SC=GACCCGGGGCGGGGTGGGGAG;SOR=1.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=45;TCR=88;TR=133;WE=57974248;WS=57974230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr16	57984483	rs152143	G	A	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=20;PP=556;SC=TGGGATGTGCGGGAGAGTGGG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=57984491;WS=57984473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	57991123	rs34759686	GC	G	1457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=13;PP=1025;SC=GACCCTAACTGCCCCCCTGTG;SOR=1.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=57991131;WS=57991113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	57991317	rs503686	C	T	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=40;PP=1165;SC=AATCCTGCCACGGCCTCTTCA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=57991325;WS=57991307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	57992119	rs399634	T	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=244;SC=CCTCCCCCGCTGACTGTGAAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=57992127;WS=57992117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	57996837	.	C	G	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CCCACAGCCCCTCTCCAACCC;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=39;WE=57996845;WS=57996827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,39:0.30:129
chr16	57996932	rs17821448	G	A	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=80;PP=2686;SC=CCTTCTCTACGCCCTTCATGA;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=160;WE=57996940;WS=57996922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	57996960	rs13336595	C	T	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=69;PP=2231;SC=CAGTACCCTGCGGCTGGGACT;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=127;WE=57996968;WS=57996950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	57998345	rs3859043	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=11;PP=733;SC=GGGGAGAATGCGGGCCCCCCT;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=57998353;WS=57998335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	58012003	rs62041774	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=1.968;SC=AGGAAAGAGGGAGACAGATGC;SOR=0.935;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=16;WE=58012011;WS=58011993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr16	58018319	rs148766858	A	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=496;ReadPosRankSum=-0.428;SC=ACCAGCCCCAAGCACCTCTGG;SOR=0.848;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=33;WE=58018327;WS=58018309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr16	58019065	rs35768173	TG	T	1743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=14;PP=952;SC=GGGCTTGTCCTGGGGGGGGGC;SOR=1.206;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=25;WE=58019078;WS=58019055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	58019070	rs2304485	G	T	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=14;PP=698;SC=TGTCCTGGGGGGGGGCGGATG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=39;WE=58019078;WS=58019055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	58019253	rs2304486	G	C	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=43;PP=1901;SC=GGGGTTGAGGGGGGAGGAGAC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=112;WE=58019261;WS=58019243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	58019396	rs9934227	G	A	6926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=123;NR=118;PP=2965;SC=TACTGCCTCAGCCAGAACCCC;SOR=0.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=125;TCR=119;TR=241;WE=58019404;WS=58019386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr16	58021395	rs2241771	A	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=87;PP=2029;SC=CTGGCCAGACAGAGGACTTAT;SOR=2.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=24;TCR=87;TR=111;WE=58021403;WS=58021385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	58030401	rs3743555	T	C	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=8;PP=1393;SC=GTCAGGCTGGTAGGGGCCACA;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=61;WE=58030409;WS=58030391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	58030634	rs3743556	C	T	7566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=146;NR=135;PP=2965;SC=ACTTGTAGGGCTTCTCGCCTG;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=146;TCR=135;TR=281;WE=58030642;WS=58030624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr16	58035652	rs12599089	A	T	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=290;SC=CCTCCCCCCCACCCCAGACAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=58035660;WS=58035642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	58036347	rs3743560	G	A	5015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=60;PP=2965;SC=ATGCTAACAGGATAAATGTAC;SOR=1.447;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=118;TCR=60;TR=178;WE=58036355;WS=58036337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	58051178	rs4784022	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=299;SC=TGCTCGGCTGCGCAGATGGCT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=58051186;WS=58051168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	58053161	rs3743562	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=408;SC=TTATTAACAACACAGATCTTT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=58053169;WS=58053151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	58074393	.	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=328;ReadPosRankSum=-0.972;SC=GATTGGGTCCTGGGACTGGCC;SOR=0.852;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=19;WE=58074401;WS=58074389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr16	58075613	rs200591280	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.613;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=743;ReadPosRankSum=-2.018;SC=GCCCCGGCCTCCCCAGCCACC;SOR=0.457;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=172;TCF=82;TCR=90;TR=59;WE=58075621;WS=58075603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,63:0.34:183
chr16	58150725	.	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=254;ReadPosRankSum=-0.477;SC=TCTATGACGTACTGCCTCCCT;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=18;WE=58150733;WS=58150715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr16	58200464	rs112507755	ACT	A	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,15:0.10:145
chr16	58296542	rs9923694	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	58296545	rs3815802	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	58313566	rs6499945	T	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	58313578	rs71155257	CT	C	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.890;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr16	58318604	rs3815803	T	C	4436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=76;PP=2747;SC=CTCAGGACACTCATCGTCATG;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=82;TCR=76;TR=158;WE=58318612;WS=58318594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr16	58318721	rs11313996	AT	A	324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=20;PP=251;SC=GAGAGTGAGAATTTTTTTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=20;WE=58318729;WS=58318711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	58320211	rs4784916	T	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=633;SC=AGCTCATATTTCCTGTGTTAA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=58320219;WS=58320201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	58327646	rs2288012	A	G	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=28;PP=1997;SC=TGGTGGAAGAATAGAGAAGGC;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=78;TCR=28;TR=106;WE=58327654;WS=58327636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	58528812	rs34720527	G	A	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=37;PP=1682;ReadPosRankSum=-1.065;SC=GGCCCCACGGGCTCCCCAGAC;SOR=0.992;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=156;TCF=99;TCR=57;TR=107;WE=58528820;WS=58528802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,102:0.68:149
chr16	58533932	rs982697	A	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=1;PP=302;SC=AGCAGCCAATATGGGAGCTGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=58533940;WS=58533922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	58534889	.	T	C	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=705;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CCTTATTTTGTAGGTGGGGGA;SOR=1.352;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=42;WE=58534897;WS=58534879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr16	58537897	rs2427787	G	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=29;PP=880;SC=GGCCCTGTCAGCCCCACTCAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=58537905;WS=58537887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	58538662	rs9928398	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=0.139;SC=TCCCTGCTCTCGCTTCTCCTC;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=14;WE=58538670;WS=58538652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr16	58540058	rs200871998	GTGTC	G	99.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr16	58540060	rs72499708	GTC	G	332.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=1.409;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	58540531	rs2271948	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=19;PP=607;SC=AAGGGGGGGAACTTCTGCAGA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=58540539;WS=58540521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	58540722	rs184288349	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=209;ReadPosRankSum=1.192;SC=AGTGGGGCAAGGGCCACTCTG;SOR=0.352;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=17;WE=58540730;WS=58540712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr16	58540875	rs17821543	G	A	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=56;PP=1851;ReadPosRankSum=0.013;SC=TTGGGAACGTGGTGAACCAGG;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=77;TCR=70;TR=119;WE=58540883;WS=58540865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,129:0.81:160
chr16	58542901	rs867583	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,38:0.22:170
chr16	58544640	rs12597973	C	G	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.49;ReadPosRankSum=-1.045;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr16	58545426	rs42945	A	G	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=46;PP=2185;SC=GCACCCACTCAGAGAGCAGCG;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=128;WE=58545434;WS=58545416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	58549932	rs4784046	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	58550300	rs77328516	A	AAC	12812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=91;PP=2967;SC=CTGCTGCAAGAAGTTTCCCCG;SOR=0.765;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=145;TCF=48;TCR=97;TR=138;WE=58550313;WS=58550290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr16	58552228	rs2280397	G	A	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=30;PP=1432;SC=AGTTGACTTTGTAGACTGGGT;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=58552236;WS=58552218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	58552921	rs3607	G	A	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=83;PP=2528;SC=AGTTGTTGGAGCTGACAAGTT;SOR=1.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=39;TCR=83;TR=122;WE=58552929;WS=58552911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	58552959	rs3169293	A	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=947;ReadPosRankSum=0.616;SC=CTGAAGGAACAGCAATAAGAA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=56;WE=58552967;WS=58552949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,61:0.74:82
chr16	58554780	rs17821549	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=502;ReadPosRankSum=0.639;SC=TCAGGAAGAGCTGAAAGGATT;SOR=1.115;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=30;WE=58554788;WS=58554770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr16	58557209	rs71155275	G	GA	749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.387;NF=10;NR=9;PP=339;ReadPosRankSum=-1.131;SC=GCATAAAGAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.430;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=19;WE=58557217;WS=58557199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr16	58561966	rs35432891	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=290;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GCAGTAAGCCGAGACTGCACC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=19;WE=58561974;WS=58561956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr16	58571185	rs2244453	C	T	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=46;PP=1312;SC=TACAGACATACGCATGTATAG;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=58571193;WS=58571175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	58573571	rs59302179	T	A	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr16	58573946	rs246195	C	T	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=149;SC=TAGAGGTCTACTAGTATGTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=58573954;WS=58573936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	58575489	rs11540994	G	A	7775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=139;NR=128;PP=2965;SC=CAAACTCTTCGTAAACAGCCA;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=267;TCF=139;TCR=128;TR=267;WE=58575497;WS=58575479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr16	58576498	.	T	G	449	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=16;MQ=57.51;NF=0;NR=29;PP=449;QD=16.6817659499;SC=GGTGGGGGGGTGGGGGGAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=29;WE=58576506;WS=58576488;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:29,29:0.50:58
chr16	58577421	rs41260	C	T	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=42;PP=2173;SC=TAAGTGGTAACGCCCAGTGCC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=106;WE=58577429;WS=58577411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	58580213	rs2241570	T	C	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=59;PP=2965;SC=CTTGACTAATTAGCACACTTA;SOR=1.172;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=92;TCR=59;TR=151;WE=58580221;WS=58580203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	58581721	rs1428092	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.921;SC=AGTAGAATTACTCTGTATATC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=58581729;WS=58581711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	58587737	rs11866002	C	T	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=92;PP=2965;SC=AAGCCAAATGCTGACAATACT;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=178;WE=58587745;WS=58587727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	58589112	rs1568399	G	A	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.742;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=27;PP=1943;ReadPosRankSum=1.168;SC=CCCTGTCTGCGGGGTCAGGGA;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=94;WE=58589120;WS=58589102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr16	58593763	.	T	C	3897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.403;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=78;PP=2625;ReadPosRankSum=0.417;SC=TTATAACAAGTCGTTATGCTC;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=272;TCF=149;TCR=123;TR=169;WE=58593771;WS=58593753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,176:0.62:284
chr16	58594340	rs71739184	AT	A	335.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=272;ReadPosRankSum=0.180;SC=AACCGATCTGATTTTTTTTTT;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=25;WE=58594349;WS=58594330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr16	58608436	rs8054895	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=318;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CTTTCACTGAACCTCTTCTTC;SOR=0.096;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=25;WE=58608444;WS=58608426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr16	58612510	rs35176616	T	TA	194.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=160;SC=TTCAGAGATGTAAAAAAAAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=10;WE=58612518;WS=58612502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	58614743	rs59119976	G	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=225;ReadPosRankSum=0.443;SC=CTAGGCTATTGTCAATCTTAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=13;WE=58614751;WS=58614733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr16	58616898	rs144285925	T	TA	2583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.930;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.322;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,114:0.71:161
chr16	58621010	rs35860581	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=0.238;SC=TTTCAGATTATCTTACTCTCT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=58621018;WS=58621000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	58622596	rs34716647	TC	T	2673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=4;PP=2251;SC=CCAGCTACAATCACTTCCGGA;SOR=4.909;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=49;WE=58622612;WS=58622586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	58622604	rs34161389	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.722;NF=39;NR=7;PP=912;ReadPosRankSum=0.283;SC=AATCACTTCCGGATGCTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=46;WE=58622612;WS=58622586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr16	58622842	rs34014750	G	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr16	58703966	rs9923128	A	G	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=92;NR=68;PP=2499;SC=ACAAAGCCACATTCCAATCCA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=160;WE=58703974;WS=58703956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	58704861	rs9806843	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=468;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TCTCTCCTGCATGTTTTGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=28;WE=58704869;WS=58704851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
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chr16	58713621	rs11641633	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=497;ReadPosRankSum=0.271;SC=TACTAGAATAGATTAGTCATG;SOR=0.903;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=152;TCF=93;TCR=59;TR=45;WE=58713629;WS=58713611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,49:0.30:161
chr16	58743454	rs30842	A	C	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1290;ReadPosRankSum=1.307;SC=GTCAGCCATGACTTTCACTTC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=80;WE=58743462;WS=58743444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,87:0.62:140
chr16	58750604	rs1058192	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.933;NF=20;NR=1;PP=388;ReadPosRankSum=1.183;SC=ATTGGCAGAGGCAAACATTAA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=21;WE=58750612;WS=58750594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr16	58757668	rs14221	A	C	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1365;ReadPosRankSum=1.305;SC=CGCTAGGCAGAACGTAAGGCT;SOR=0.425;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=80;WE=58757676;WS=58757658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,88:0.72:122
chr16	58757683	rs257636	A	G	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.071;SC=AAGGCTTTCCATTATCATCCC;SOR=0.308;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=76;WE=58757691;WS=58757673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,85:0.78:109
chr16	58767916	rs3217426	AGT	A	2095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.853;NF=10;NR=18;PP=1170;ReadPosRankSum=0.238;SC=GTGGCAGAAAAGTGTGTGTGT;SOR=1.253;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=28;WE=58767927;WS=58767906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,64:0.74:86
chr16	64982033	rs2280394	C	T	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1329;ReadPosRankSum=0.278;SC=GGTAAGCATTCGTTAAGTCCA;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=90;WE=64982041;WS=64982023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,94:0.72:130
chr16	64982471	rs60503515	AAAGAG	A	519.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=590;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AATGTCTGAGAAAGAGTATTG;SOR=0.831;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=8;WE=64982485;WS=64982461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr16	64982477	rs57831187	T	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=590;ReadPosRankSum=0.130;SC=TGAGAAAGAGTATTGGTCCTA;SOR=0.871;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=15;WE=64982485;WS=64982461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr16	65005395	rs3785315	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=-0.017;SC=ATTATAAAGATTAGTGAAAAT;SOR=0.484;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=17;WE=65005403;WS=65005385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr16	65005462	rs12597529	G	A	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=67;PP=2965;SC=CTCTGAATGCGTAGGAACCTT;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=113;TCR=67;TR=180;WE=65005470;WS=65005452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	65016087	rs35213	A	C	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=38;PP=1823;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TCTTCTACTGAGATCTTGACG;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=96;WE=65016095;WS=65016077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr16	65016285	rs35212	C	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=35;PP=1092;SC=TTTATAGGGACGAGTGAATAT;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=65016293;WS=65016275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	65022234	rs1130821	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=423;ReadPosRankSum=-2.220;SC=CTGACACAGACATCTGGTATA;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=34;WE=65022242;WS=65022224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,34:0.30:112
chr16	65025658	rs35196	T	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=15;PP=1132;SC=GAAAGCCAAGTCCACCTACTT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=65025666;WS=65025648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	65025849	rs35194	A	G	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=39;PP=1452;SC=CTGGACAGGTAAGCAGGCAAC;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=65025857;WS=65025839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	65032846	rs7190608	G	A	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr16	65155772	rs146530985	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,59:0.30:196
chr16	65397282	rs3913028	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr16	65397291	rs58616603	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr16	66420885	rs1130844	C	T	3180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=72;PP=2088;ReadPosRankSum=1.421;SC=AGGACACTGGCGAAAACCTGG;SOR=0.918;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=183;TCF=84;TCR=99;TR=129;WE=66420893;WS=66420875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,139:0.69:201
chr16	66432423	rs1049970	T	C	5225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=98;NR=87;PP=2965;SC=TTCAAATTCATCTTGAATACT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=185;WE=66432431;WS=66432413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	66434571	rs6499082	G	C	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=2;PP=1259;SC=AGCAGCCCAGGGAGCACGCAG;SOR=4.977;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=47;TCR=2;TR=49;WE=66434579;WS=66434561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	66436460	rs113672170	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=0;PP=208;SC=GAGGGCGTGGGGGTGGGGTTG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=66436468;WS=66436450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	66437131	rs1063438	A	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=824;SC=GGCCAGTCAGACGCCAGGCAC;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=66437139;WS=66437121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	66582052	rs80350844	G	A	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1037;ReadPosRankSum=0.685;SC=GCACCCGCTGGCATATCCTTC;SOR=0.647;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=246;TCF=113;TCR=133;TR=89;WE=66582060;WS=66582042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,92:0.36:256
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chr16	66646591	rs3743719	C	T	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=74;PP=2072;SC=TCCACCCCTGCGCCTCACAGG;SOR=1.397;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=117;WE=66646599;WS=66646581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	66651118	.	T	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.694;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=528;ReadPosRankSum=1.577;SC=AAAACAAACATAGACAACAAA;SOR=1.014;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=127;TCF=90;TCR=37;TR=38;WE=66651126;WS=66651108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,40:0.29:139
chr16	66759682	rs2305311	C	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=258;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TCCATCCTTGCAGCACTACTC;SOR=1.051;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=19;WE=66759690;WS=66759672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr16	66761507	rs78261156	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=255;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CTCCACCTTATAGACTCAGCC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=16;WE=66761515;WS=66761497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr16	66762847	rs12599882	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=888;ReadPosRankSum=-1.001;SC=GCAAGCTCTTTGTGACTTCCC;SOR=1.230;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=19;WE=66762868;WS=66762837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr16	66762860	rs58727720	A	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=887;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GACTTCCCACATGCAGACACC;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=23;WE=66762868;WS=66762837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr16	66776657	rs4407052	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=393;ReadPosRankSum=1.148;SC=GGAAGATCTTGAAGGTGACAG;SOR=0.646;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=24;WE=66776665;WS=66776647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr16	66785604	rs9929143	C	A	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=63;PP=1619;ReadPosRankSum=-1.786;SC=CGCCGCCCGCCGACCTTGCCG;SOR=1.222;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=10;TCR=77;TR=71;WE=66785612;WS=66785594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,72:0.81:89
chr16	66811035	rs71671589	GA	G	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=177;ReadPosRankSum=-1.811;SC=ATAACTGGAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=16;WE=66811043;WS=66811025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr16	66812653	rs363161	T	A	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=559;ReadPosRankSum=0.099;SC=TCCTTCCACCTGTGAGAAACT;SOR=1.949;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=25;WE=66812661;WS=66812643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr16	66812797	rs363162	C	T	6104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.449;SC=CCACAGTCTTCGTCACAACCA;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=380;TCF=208;TCR=172;TR=254;WE=66812805;WS=66812787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,271:0.66:409
chr16	66842794	rs363169	A	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=-0.595;SC=CGTTATCTTTAATATCATCAC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=8;WE=66842802;WS=66842784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	66844736	rs138689562	AC	A	1251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=1076;ReadPosRankSum=0.309;SC=TTAAATTGTTACCATGAACAA;SOR=0.382;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=29;WE=66844744;WS=66844726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr16	66847658	rs16957014	A	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=490;ReadPosRankSum=0.090;SC=CCAAAGTTTTAGCAGCAATGT;SOR=0.916;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=33;WE=66847666;WS=66847648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr16	66851224	rs9889170	T	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=357;ReadPosRankSum=2.315;SC=ACCATACAACTCCATAAGGAA;SOR=0.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=24;WE=66851240;WS=66851214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr16	66861470	rs11372346	C	CA	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.566;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr16	66861836	rs7195853	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=449;ReadPosRankSum=-2.019;SC=CATTTCTCTCGCCTCAGCCTC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=24;WE=66861844;WS=66861826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr16	66885652	rs151460	A	G	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.576;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CCCCTGACCCAAGCAGCCCGA;SOR=1.083;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=72;WE=66885660;WS=66885642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,81:0.66:123
chr16	66886450	rs149116525	GAAGA	G	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.97;ReadPosRankSum=0.366;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	66886479	rs368431732	GAAAAGAAAAGAAAAAA	G	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.24;MQRankSum=1.254;QD=25.76;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr16	66886581	rs7187695	A	G	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.173;NF=55;NR=24;PP=1330;ReadPosRankSum=1.661;SC=TGGGAGGTCTATGCTGATTCC;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=79;WE=66886589;WS=66886571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,77:0.69:111
chr16	66920452	rs11861556	G	A	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=68;PP=2161;ReadPosRankSum=-0.412;SC=GTTTTCAGCTGATAGGATCTA;SOR=0.530;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=112;TCR=96;TR=145;WE=66920460;WS=66920442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,160:0.70:227
chr16	66942206	rs77463171	C	T	637.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=335;ReadPosRankSum=0.911;SC=TCTGTCCTGTCCCCTGCTGGA;SOR=0.379;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=21;WE=66942214;WS=66942196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
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chr16	66946894	rs150509525	CGT	C	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.408;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.394;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
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chr16	67116355	rs79440925	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CTGGCTTTGTGTTTATTAAAT;SOR=0.602;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=8;WE=67116363;WS=67116345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
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chr16	67178973	rs61023332	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr16	67180113	rs76171566	G	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.993;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,51:0.26:195
chr16	67180171	rs7184692	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=5.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-2.332;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,40:0.25:162
chr16	67190027	rs13312733	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,27:0.20:138
chr16	67197776	rs5817616	C	CG	573.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.501;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=497;ReadPosRankSum=1.748;SC=TGAGAGGGAACGGGGGGGGTG;SOR=2.147;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=23;WE=67197784;WS=67197766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr16	67207933	rs2233455	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,21:0.16:135
chr16	67210903	rs144066300	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,41:0.25:163
chr16	67212812	rs56149159	A	AC	1184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.485;NF=3;NR=24;PP=985;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GGTAAAAATCACTCTTGCCCA;SOR=0.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=85;TCF=13;TCR=72;TR=27;WE=67212820;WS=67212802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,44:0.32:139
chr16	67213923	rs13339140	C	T	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.418;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,71:0.26:273
chr16	67213950	rs61733768	G	A	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1021;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TGACCTGATGGATGAACTGTC;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=287;TCF=144;TCR=143;TR=85;WE=67213958;WS=67213940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,85:0.29:298
chr16	67214346	rs7186508	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr16	67218375	rs16957210	T	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr16	67219107	rs9939768	G	C	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,133:0.30:449
chr16	67220457	rs868213	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-0.223;SC=TGCCTCAGCAAACCTCCTCAA;SOR=0.264;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=15;WE=67220465;WS=67220447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr16	67221050	rs9924876	A	G	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=73;PP=2678;SC=GCCTGGAGATAGGTGGCCTGG;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=138;WE=67221058;WS=67221040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr16	67229793	.	ACAG	A	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=6.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.528;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.456;SOR=1.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,18:0.14:131
chr16	67233243	rs75193761	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-1.752;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,56:0.27:205
chr16	67233266	rs12923138	A	C	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=91;PP=2965;SC=GATTGCCATCAAGATGCGTGA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=99;TCR=92;TR=190;WE=67233274;WS=67233256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr16	67234134	rs8058861	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,36:0.24:148
chr16	67234741	rs73586989	A	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.135;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=491;ReadPosRankSum=0.088;SC=GTCCAGATGCAGGGAGCAGGG;SOR=0.508;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=47;WE=67234749;WS=67234731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,50:0.30:169
chr16	67237343	rs13336793	A	G	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,69:0.30:232
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chr16	67241754	rs56234712	T	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,47:0.30:155
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chr16	67270831	rs3057565	AGATCCACCCTTTCCCAT	ACTTTCCCAT,A	494.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=2964;ReadPosRankSum=0.927;SC=CATGCCTAGTAGATCCACCCT;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=8;WE=67270862;WS=67270821;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.34:41
chr16	67270841	rs374748862	TTTCCCATCTACAGA	T	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=7.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.612;SOR=2.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
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chr16	67271858	rs3852700	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	67289564	rs145956003	GCAT	G	1179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=940;ReadPosRankSum=1.169;SC=AGTGCGGTGGGCATCATCCCT;SOR=0.599;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=23;WE=67289574;WS=67289554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr16	67289841	rs9940665	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
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chr16	67316600	rs7200919	G	A	8359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=152;NR=145;PP=2965;SC=TGAGCCCCCAGTCCATAGCAG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=297;TCF=152;TCR=145;TR=297;WE=67316608;WS=67316590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr16	67318242	rs8044843	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
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chr16	67320223	rs3868142	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,52:0.23:228
chr16	67322118	rs17680862	G	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,76:0.24:315
chr16	67324827	rs8053912	A	G	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,48:0.38:125
chr16	67324957	rs27860	T	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=33;PP=758;SC=AGATGCAGAGTGGGGACTTCT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=67324965;WS=67324947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	67328453	rs3868143	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TTTTTGAGGATAACACCAACC;SOR=0.848;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=14;WE=67328461;WS=67328443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr16	67338497	rs10852437	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=124;ReadPosRankSum=0.290;SC=GAAGAGTACTATCTTGAGAAT;SOR=0.553;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=15;WE=67338505;WS=67338487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr16	67399045	rs114825216	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=151;ReadPosRankSum=-2.465;SC=GTGACTGTTTTAAAATAGACT;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=9;WE=67399053;WS=67399035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	67410583	rs7205526	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,26:0.23:115
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chr16	67440389	rs8059722	T	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr16	67472376	.	GCA	G	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr16	67572934	rs150369207	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,28:0.27:105
chr16	67579659	rs75099993	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.574;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=529;ReadPosRankSum=0.706;SC=AAGGGACGGGCTGCGGGCCCT;SOR=0.773;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=42;WE=67579667;WS=67579649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,45:0.32:140
chr16	67654512	rs115868653	C	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=234;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TTCAGTGCCCCAAAGCTAAGC;SOR=0.616;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=19;WE=67654520;WS=67654502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr16	67654677	rs143837268	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=2.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,67:0.27:246
chr16	67670472	.	GTA	G	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=58.09;NF=4;NR=2;PP=60;QD=11.0;SC=GAAAGAAAGTGTATATATATA;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6;WE=67670481;WS=67670462;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr16	67679348	rs73597578	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=309;ReadPosRankSum=-1.627;SC=TCGCTGGCCGCAGATAAGCCC;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=19;WE=67679356;WS=67679338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr16	67679879	rs73597580	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=393;ReadPosRankSum=1.502;SC=CCATGAGGGCGGGGCTGGGGG;SOR=0.812;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=36;WE=67679887;WS=67679869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,42:0.30:140
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chr16	67683626	rs73597582	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=-1.608;SC=AATGGAGCAGGCTGACGAGGC;SOR=1.302;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=7;WE=67683634;WS=67683616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	67691477	rs72556537	A	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.840;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,50:0.27:186
chr16	67691645	rs67114979	G	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=6.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.854;SOR=1.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,44:0.25:175
chr16	67691668	rs6979	A	G	5118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=82;PP=2965;SC=CACTCACCTGACAGCTTGGAC;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=91;TCR=82;TR=172;WE=67691676;WS=67691658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	67699948	rs7187476	T	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,53:0.28:188
chr16	67841129	rs7199443	T	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.443;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,32:0.22:147
chr16	67861134	rs2292316	C	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=490;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CCTGTTGGCCCTCATGTCTCC;SOR=0.523;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=113;TCF=85;TCR=28;TR=45;WE=67861142;WS=67861124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,45:0.39:116
chr16	67863451	rs3743733	T	C	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=34;PP=1090;SC=TCACAGGGATTCCAGGCCTGA;SOR=1.532;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=53;WE=67863459;WS=67863441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	67876823	rs377516180	ACAG	A	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=369;ReadPosRankSum=-1.228;SC=AGCAGCAGCAACAGCAGCAGC;SOR=0.821;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=12;WE=67876836;WS=67876813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chr16	67902326	rs2271294	A	T	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.482;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,70:0.28:251
chr16	67911517	rs8060686	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=5.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.799;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,39:0.23:171
chr16	67920049	rs73594554	G	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.616;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=24;PP=694;ReadPosRankSum=0.256;SC=CACAGGCTCCGAAACCAACCA;SOR=0.702;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=171;TCF=88;TCR=83;TR=61;WE=67920057;WS=67920039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,68:0.36:187
chr16	67964203	rs1134760	T	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=0.400;SC=CTGCTGCAGATGTGCTGGTGT;SOR=0.548;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=38;WE=67964211;WS=67964193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,40:0.31:127
chr16	67969930	rs20549	A	G	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=640;ReadPosRankSum=0.007;SC=CCCGTAGATAACGCGTGTAGC;SOR=0.396;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=159;TCF=105;TCR=54;TR=54;WE=67969938;WS=67969920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,63:0.36:176
chr16	67979541	rs76074266	C	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=354;ReadPosRankSum=2.048;SC=ACCTTGCCTCCGGGAAATGAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=18;WE=67979549;WS=67979531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr16	67991881	.	G	A	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=53;PP=1606;ReadPosRankSum=0.273;SC=CGCAGGAAGAGGATAACCCCA;SOR=0.455;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=77;TCR=77;TR=109;WE=67991889;WS=67991871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,114:0.70:164
chr16	67997920	rs3785100	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=597;ReadPosRankSum=1.272;SC=CACAGCACCTTCGGCTGCCAT;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=167;TCF=69;TCR=98;TR=51;WE=67997928;WS=67997910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,57:0.30:188
chr16	68013471	rs255049	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr16	68024995	rs255052	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.188;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,14:0.17:82
chr16	68025801	rs255051	G	C	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=59;PP=2328;SC=GTAGAAGGTAGGTAAGATGGA;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=156;WE=68025809;WS=68025791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr16	68055495	rs13816	G	C	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=715;ReadPosRankSum=-1.006;SC=AGGTTGCTTGGGGCAAAGGCT;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=152;TCR=105;TR=74;WE=68055503;WS=68055485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,82:0.30:277
chr16	68057096	rs237831	T	C	4745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=84;PP=2856;SC=ACCGGCCGCGTTAGAGCCATG;SOR=1.133;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=152;WE=68057104;WS=68057086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	68088485	rs11555011	A	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,51:0.34:150
chr16	68100461	rs2285912	C	T	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=69;PP=2605;SC=TGTGGTCCTCCTCCTCAGCTA;SOR=0.930;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=135;WE=68100469;WS=68100451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	68119555	rs3743735	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,11:0.16:68
chr16	68160289	rs3815173	T	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=0.812;SC=AAAGAAGCCATTTGAATCATT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=3;WE=68160297;WS=68160288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr16	68172416	rs12596883	A	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.762;SOR=1.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr16	68224582	rs7199588	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=0.698;SC=CCTCAGCTTACGCTGTAGTTG;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=9;WE=68224590;WS=68224572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr16	68286427	rs17688076	C	A	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=815;ReadPosRankSum=-1.754;SC=AACCCTCTTCCCACAGGAGAT;SOR=1.017;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=209;TCF=136;TCR=73;TR=70;WE=68286435;WS=68286417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,72:0.33:221
chr16	68286578	rs11368218	GA	G	1025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.157;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.07;MQRankSum=1.474;NF=3;NR=36;PP=1154;ReadPosRankSum=1.613;SC=CACAGTTCTAGAAAACTAATA;SOR=1.493;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=116;TCF=5;TCR=111;TR=39;WE=68286586;WS=68286568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,46:0.32:144
chr16	68288983	rs2290700	T	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=27;ReadPosRankSum=-1.874;SC=TGGGATGGGGTTTCTGCCGGA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=6;WE=68288991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr16	68289059	rs2290699	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr16	68289313	rs8062085	C	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=2.628;SC=CCCTCCCTGACGTCTCGGGAG;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=7;WE=68289321;WS=68289303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr16	68293320	rs3743739	T	C	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=67;PP=1790;ReadPosRankSum=-0.616;SC=GCCTCTATGGTACTGGCGTCC;SOR=0.676;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=381;TCF=198;TCR=183;TR=128;WE=68293328;WS=68293310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,135:0.34:397
chr16	68325665	.	G	GGTGTGTGTGTGTGT,GGT	716	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=15;MQ=58.16;NF=0,0;NR=11,11;PP=716,94;QD=65.3636363636;SC=GGGCATATAGGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=11,11;WE=68325673;WS=68325655;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.25:44
chr16	68335392	rs11350	T	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.045;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=349;ReadPosRankSum=0.500;SC=GAAAGGTCTGTTTTTGTTCCC;SOR=3.029;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=18;WE=68335400;WS=68335382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr16	68344363	rs8063446	A	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.853;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,57:0.27:210
chr16	68344696	rs3803650	C	T	4748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=109;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.271;SC=TCTCTCCAAACCCTCCGACGT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=166;TCR=177;TR=209;WE=68344704;WS=68344686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,221:0.61:360
chr16	68344945	rs3743741	G	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=736;ReadPosRankSum=0.068;SC=CCCGCCCCGCGTGCTGGCCGC;SOR=0.411;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=45;WE=68344953;WS=68344935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr16	68345036	rs3743742	G	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=0.842;SC=AGGTGGGGTCGCTTTGGGGTT;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=7;WE=68345044;WS=68345026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr16	68356187	rs7203220	A	C	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=97;SC=ACTGCAGCCTAGACTTCTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=68356195;WS=68356177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	68356419	rs4783618	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CTTGTTTACCATGTGTATATC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=68356427;WS=68356409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr16	68363181	rs1111571	G	A	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=43;PP=1208;SC=TAGCATAGAAGTGGGACCTCT;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=68363189;WS=68363171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	68381516	rs7190134	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=253;ReadPosRankSum=0.273;SC=ACAACTAATAGCGTGGTGTTC;SOR=0.579;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=16;WE=68381524;WS=68381506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr16	68382447	rs2863975	T	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GTCCTCCACATGCAACCTTAC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=68382455;WS=68382437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr16	68386480	.	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.415;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=299;ReadPosRankSum=0.683;SC=AGATGCTTGCCTTTTAAAAAA;SOR=1.644;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=21;WE=68386488;WS=68386470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr16	68387341	rs79543001	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=194;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CTTGCTGCCACGCTTCCCTGT;SOR=0.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=21;WE=68387349;WS=68387331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr16	68387457	rs61746794	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,54:0.30:183
chr16	68387496	rs1868159	A	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.477;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,23:0.24:95
chr16	68391189	rs7192234	C	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=479;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GGCTTTCTAGCGGGGAAGGCT;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=25;TCR=79;TR=35;WE=68391197;WS=68391179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr16	68395675	rs56899435	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=0.897;SC=GTCCACACATGCAGGAGGCAG;SOR=0.352;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=26;WE=68395683;WS=68395665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr16	68397775	rs3743743	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=0.754;SC=GTCGTCTGTGCGGGGAGGGAG;SOR=0.821;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=37;WE=68397783;WS=68397765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,39:0.34:114
chr16	68397909	rs1465470	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=0.873;SC=GTGGGATCTCAGTCCCATTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=68397917;WS=68397899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr16	68398862	rs73615919	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,64:0.25:256
chr16	68573945	rs1182968	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=589;SC=GTGGTGCGATCTTGTGGGAGG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=68573953;WS=68573935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	68591156	rs1728784	T	A	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=14;PP=1083;SC=GGCTCAAGCGTTCTGCCGGCC;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=68591164;WS=68591146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	68591230	rs1728785	A	C	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=63;PP=2751;SC=GCATTTTATTATTAATACGGC;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=154;WE=68591238;WS=68591220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	68591350	rs1645929	A	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=33;PP=859;SC=GATCTCTAGGATACATAGCTA;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=68591358;WS=68591340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	68598007	rs1177648	A	G	10130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=178;NR=165;PP=2965;SC=CTCTCACTCAAGATGAAAGCA;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=343;TCF=178;TCR=165;TR=343;WE=68598015;WS=68597997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr16	68679770	rs2236393	G	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	68710165	rs3118229	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=411;ReadPosRankSum=0.449;SC=AAGCCAAGTCTCCCTTCTGCA;SOR=0.487;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=19;WE=68710173;WS=68710155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr16	68711999	rs1952048	A	G	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=1178;ReadPosRankSum=-0.418;SC=TGTCCCAGCTATTTGCACATC;SOR=1.080;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=70;WE=68712007;WS=68711989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,77:0.72:107
chr16	68712217	rs2296410	T	C	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=839;ReadPosRankSum=0.771;SC=CATTGGTGGCTCCAGGGACCC;SOR=0.540;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=41;WE=68712225;WS=68712207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr16	68713730	rs2296409	G	A	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=41;PP=1698;ReadPosRankSum=0.472;SC=TGACAGCCACGGATGAGGATG;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=119;TCR=64;TR=114;WE=68713738;WS=68713712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,127:0.63:201
chr16	68713823	rs2296408	C	A	5056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.747;SC=TCATGTTCACCATTCACCGGA;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=142;TCR=155;TR=201;WE=68713831;WS=68713813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,223:0.69:325
chr16	68716066	rs1886698	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5565;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=129;ReadPosRankSum=0.406;SC=TGTATACCCTGAAACCCCGCA;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=68716074;WS=68716056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr16	68716179	rs1886697	T	C	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=937;ReadPosRankSum=0.094;SC=TCTGCTCTGATAGTGCTGTGC;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=53;WE=68716187;WS=68716169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,58:0.76:76
chr16	68718367	rs4783661	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.910;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=560;ReadPosRankSum=1.536;SC=GGCAGCACTGTTGCTAGTGAG;SOR=2.546;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=24;WE=68718375;WS=68718357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr16	68718750	rs2281850	A	G	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TGGGCTCAGTAAGCAGCACGT;SOR=0.478;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=56;WE=68718758;WS=68718740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
chr16	68719113	rs34494880	G	A	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=764;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TCCAGCTACCGCATCCTGAGA;SOR=0.477;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=52;WE=68719121;WS=68719103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,61:0.73:84
chr16	68721340	rs2296406	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=698;ReadPosRankSum=0.425;SC=AGAGCTGGGCGGTAAACAGGA;SOR=0.314;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=38;WE=68721348;WS=68721330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr16	68721470	rs2296405	T	C	3431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=73;PP=1996;ReadPosRankSum=-0.562;SC=TTGATGTCAATGACCATGGCC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=137;TCR=117;TR=160;WE=68721478;WS=68721460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,164:0.63:261
chr16	68721533	rs1126933	G	C	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=76;PP=1814;ReadPosRankSum=2.530;SC=CTGTGCGCCAGGTGCTGAACA;SOR=0.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=103;TCR=120;TR=143;WE=68721541;WS=68721523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,143:0.63:227
chr16	68725783	rs2274239	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=360;ReadPosRankSum=-1.098;SC=GACCCTGGAAGGGAGGTTTCA;SOR=0.364;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=23;WE=68725791;WS=68725773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr16	68729112	rs8060790	A	G	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=22;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GTCTTGGCCCACTGTGTGGTT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=78;TCR=32;TR=76;WE=68729120;WS=68729102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,85:0.71:120
chr16	68729785	rs17715450	C	A	6230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.879;SC=GTACCGTCCTCGGCCAGCCAA;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=370;TCF=202;TCR=168;TR=256;WE=68729793;WS=68729775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,279:0.70:396
chr16	68771372	rs3743674	C	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.646;QD=15.35;ReadPosRankSum=2.611;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
chr16	68771418	rs147838237	C	CGCCCCAGCCCCGT	1470.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.257;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.823;NF=2;NR=8;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GCAAGCTCCGCGCCCCAGCCC;SOR=1.227;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=10;WE=68771426;WS=68771408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr16	68771547	rs3743675	G	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	68857441	rs1801552	T	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=310;ReadPosRankSum=-0.471;SC=AAGGGGCCGCTGGCGTCTGTA;SOR=0.649;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=32;WE=68857449;WS=68857431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,37:0.29:128
chr16	69194486	rs77742534	A	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.36;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,42:0.81:52
chr16	69377553	rs153060	A	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=974;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CCTATGAGAGAGACAATTTTA;SOR=0.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=48;WE=69377561;WS=69377543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr16	69395434	rs251796	A	G	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=33;PP=934;SC=AAACAAATTCACCCTGGATTG;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=69395442;WS=69395424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr16	69481876	rs35119053	AT	A	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr16	69599803	rs8048032	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=8;PP=301;SC=GGGGGCCGCCACGGCTCTTCC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=69599811;WS=69599793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	69600312	.	GGGGAGACA	G	754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.56;ReadPosRankSum=-1.895;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr16	69600335	rs142292515	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.40;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr16	69602279	rs373230835	GTATATATA	G	392.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=106;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=69602294;WS=69602267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	69687457	rs8055148	T	G	97.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TGAATTAGATTCATCCCAAAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=69687465;WS=69687447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr16	69704090	rs144073736	T	TA	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.758;QD=7.48;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr16	69704122	rs72523664	C	CTG	1653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=903;SC=TAATAAATCACTTTTTATTTC;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=69704130;WS=69704112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	69704204	rs3217435	CT	C	327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=231;SC=AAAATTTAAGCTTTTTTTATA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=69704212;WS=69704194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	69719009	rs72783121	G	A	138.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=6.021;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=-0.619;SC=ATAAATATGTGTTTAACTTTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=69719017;WS=69718999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	69745145	rs1800566	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr16	69752373	rs689453	C	T	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=990;ReadPosRankSum=-1.977;SC=CTGCAGCAGCCTCCTTCATGG;SOR=1.035;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=60;WE=69752381;WS=69752363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,65:0.62:105
chr16	69752464	rs689452	C	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=381;SC=AAAGCACACACGGAAAACCCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=69752472;WS=69752454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	69783599	rs11646303	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TTTTTTTTTTGGCCGGGCACG;SOR=1.002;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=69783607;WS=69783577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	69873992	rs2291959	T	G	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=33;PP=1640;ReadPosRankSum=1.331;SC=GGGTGCATTCTCTTTAGCCCA;SOR=0.435;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=95;WE=69874000;WS=69873982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr16	69876164	rs9940315	A	G	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=29;PP=760;SC=AGTAGTTAAGAAAGCTAATAG;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=69876172;WS=69876154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	69942608	rs5817677	AG	A	6537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=80;PP=2966;SC=CCTTTCTAACAGGGGCCTATG;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=28;TCR=84;TR=105;WE=69942616;WS=69942598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr16	69959223	rs2270838	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-1.832;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,48:0.31:157
chr16	69963355	rs1566452	G	A	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=60;PP=2259;SC=TGGCAGAGAAGAGACAGGACA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=131;WE=69963363;WS=69963345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	69965024	rs2270840	A	T	5924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=84;PP=2965;SC=GAGAAATCGCATGAACCCCTG;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=103;TCR=84;TR=187;WE=69965032;WS=69965014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	69965281	rs8052727	T	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.789;SC=TCTAGGAAGCTAGTTTTCATT;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=55;WE=69965289;WS=69965271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr16	69965396	rs368331143	CT	C	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,35:0.31:112
chr16	69965592	rs2291961	A	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=12;PP=1369;SC=CCAGGGCGTGAGTCTTGGTGA;SOR=2.345;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=54;WE=69965600;WS=69965582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	69967093	rs2102066	G	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=21;PP=564;SC=CCTCTGCGTCGACGGACTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=69967101;WS=69967083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	69967732	rs8047818	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=432;SC=AGGTTAGCCCGGGTGCTTGTC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=69967740;WS=69967722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	69967897	rs2270841	T	C	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=77;PP=2965;SC=TCCTGTCTCATGAGGTGCTCA;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=112;TCR=77;TR=189;WE=69967905;WS=69967887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	69970000	rs2270842	T	G	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=49;PP=1532;SC=CTGAGCTCTTTTCCAGCCTCT;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=58;WE=69970008;WS=69969990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	69970329	rs1983016	A	G	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=105;PP=2965;SC=TCCGGGTCACAGAGGAGAACA;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=74;TCR=105;TR=179;WE=69970337;WS=69970319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr16	69973622	rs10712484	GC	G	3412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=7;PP=2951;SC=GGCCTGACTGGCAGCCCCTGA;SOR=4.664;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=70;TCR=8;TR=77;WE=69973630;WS=69973612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr16	69988473	rs80122082	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.33;MQRankSum=-0.406;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.587;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
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chr16	70068086	rs34921671	G	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.007;NF=32;NR=9;PP=805;ReadPosRankSum=0.065;SC=GATTACAAAGGTATTGGCCCA;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=41;WE=70068094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr16	70076912	rs58544385	GA	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQRankSum=-1.684;QD=13.13;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr16	70161263	rs2549532	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=5.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=37.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.853;NF=13;NR=5;PP=290;ReadPosRankSum=0.610;SC=CAAACTCTACTATCAGTTAGA;SOR=5.133;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=18;WE=70161271;WS=70161253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr16	70162581	rs71151174	TC	T	721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.276;NF=23;NR=0;PP=788;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TGAGTGGCAGTCCCAGGATTC;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=23;WE=70162589;WS=70162571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr16	70165439	rs62050965	C	T	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=208;SC=ATTTCTAGAGCATGTTACAGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=70165447;WS=70165429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	70170004	.	C	A	120	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=5;HapScore=4;MGOF=35;MMLQ=16;MQ=40.74;NF=7;NR=0;PP=120;QD=22.110173221;SC=AAGAGGTTTTCTGAAAGGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=70170024;WS=70169994;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	70177577	rs2303198	G	A	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQRankSum=-5.842;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,71:0.62:115
chr16	70177618	rs7191901	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.452;NF=12;NR=39;PP=864;ReadPosRankSum=3.738;SC=CCTTAGGGGTGCTGTAGCAGA;SOR=1.181;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=51;WE=70177626;WS=70177608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr16	70177648	rs2303200	G	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=47;PP=1411;SC=GCGCTTCTCCGGGAACCATAA;SOR=4.317;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=54;WE=70177656;WS=70177638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	70181537	rs145995386	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQRankSum=-1.221;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr16	70182325	rs55843501	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=6.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.473;NF=23;NR=4;PP=511;ReadPosRankSum=1.316;SC=CCTTGACAAGTAATGTGAGTG;SOR=2.617;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=27;WE=70182333;WS=70182315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr16	70182489	rs377430768	ACTTCC	A	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.302;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.177;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr16	70187164	rs2287979	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=546;ReadPosRankSum=1.352;SC=TCAAGGATGAGACATCCTGGG;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=25;WE=70187172;WS=70187154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr16	70211226	rs150357848	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.65;MQRankSum=-6.234;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr16	70211290	rs76842247	T	C	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.31;MQRankSum=-9.323;QD=12.62;ReadPosRankSum=3.036;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,99:0.66:151
chr16	70211370	rs144090331	C	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.32;MQRankSum=-4.605;QD=7.75;ReadPosRankSum=-2.061;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr16	70211380	rs200721332	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQRankSum=-3.412;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr16	70219659	rs371530724	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=17.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.41;MQRankSum=2.546;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.800;SOR=4.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr16	70219914	rs200703987	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.80;MQRankSum=-4.458;QD=20.80;ReadPosRankSum=0.507;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr16	70285901	rs4985407	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.293;SC=TGGGCTGTCGAGAGAGCGGCG;SOR=1.911;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=70285909;WS=70285891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr16	70287177	rs4081753	A	G	9132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=171;NR=156;PP=2965;SC=TGACCTGGGGAACTTGACACA;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=328;TCF=172;TCR=156;TR=327;WE=70287185;WS=70287167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr16	70292798	rs34846578	CAG	C	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.998;NF=4;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=-1.489;SC=TCTGATACAACAGAGTGAGAG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=70292807;WS=70292794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	70303580	rs2070203	G	A	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=1595;ReadPosRankSum=0.358;SC=TGGTCCGAGCGTGGTCAGCCA;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=93;TCR=68;TR=110;WE=70303588;WS=70303570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,115:0.68:170
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chr16	70502610	rs12446395	C	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=269;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TGGAGTCTGGCTGCTGGAGTG;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=14;WE=70502618;WS=70502600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr16	70506907	rs7192865	T	C	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=49;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TGTGGGACCCTGAGACGCTGC;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=98;WE=70506915;WS=70506895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,111:0.63:176
chr16	70513384	rs11075764	C	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=157;ReadPosRankSum=0.969;SC=TAACCAGGGGCTATATCTGTA;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=13;WE=70513392;WS=70513374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr16	70514828	rs7919	A	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	70515355	rs11054	C	T	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=48;PP=1324;ReadPosRankSum=2.033;SC=AGGCAATGAGCGACCTCAGCT;SOR=0.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=106;WE=70515363;WS=70515345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,116:0.67:174
chr16	70515600	rs6416698	T	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.110;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=902;ReadPosRankSum=0.975;SC=GTCCTGGGGGTGGTGGCATGA;SOR=0.431;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=49;WE=70515608;WS=70515590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr16	70516109	rs12447090	G	A	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=49;PP=1509;ReadPosRankSum=2.160;SC=TGGTCACCATGGGCCTCATAA;SOR=0.594;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=103;WE=70516117;WS=70516099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,118:0.72:165
chr16	70530359	rs2303793	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.928;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=185;ReadPosRankSum=0.791;SC=TGCATAGAGGAATTGACAGTG;SOR=1.938;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=13;WE=70530367;WS=70530349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr16	70531366	rs2303792	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-1.465;SC=GGTACACTGGCCCTAGCTCTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=70531374;WS=70531356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	70531754	rs2303791	T	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=0.518;SC=GCAGGACCAATAAATATGACA;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=9;WE=70531762;WS=70531744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr16	70546234	rs3762171	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=504;ReadPosRankSum=-2.649;SC=ACCTGGGGCAGATCACCTTCC;SOR=0.618;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=41;WE=70546242;WS=70546224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,42:0.36:117
chr16	70548219	rs74324138	A	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,13:0.15:84
chr16	70548297	rs3931036	G	A	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=32;PP=1052;SC=GTAGCGATGAGTATGTGCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=70548305;WS=70548287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	70553382	rs7204583	G	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TCCAAGGACTGTTTGAAAACC;SOR=1.547;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=4;WE=70553390;WS=70553379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr16	70560361	rs8051506	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	70569215	rs33910368	A	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,27:0.22:122
chr16	70575852	rs11645437	A	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=-0.586;SC=AAGCAGTTAGAGGTAGAAGTT;SOR=0.005;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=5;WE=70575860;WS=70575842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr16	70601254	rs7197262	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TGGGCAGAGAGGTGAGGCCTG;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=15;WE=70601262;WS=70601244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr16	70602221	rs12909	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-2.583;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,44:0.24:180
chr16	70693872	.	CT	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.092;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,18:0.21:86
chr16	70708093	rs67662127	CAGTCTCAACAGCTATAGT	C	324.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=1;PP=781;SC=GCCTTCAGGCCAGTCTCAACA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=70708118;WS=70708083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	70714811	.	C	CGG	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.939;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=15.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.906;SOR=4.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr16	70726795	rs2278983	C	A	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=45;PP=1822;SC=CGCTGCTCTGCGGCAGGAGCA;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=106;WE=70726803;WS=70726785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	70726940	rs2278984	G	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=445;ReadPosRankSum=0.432;SC=AGCCCACACTGCCTGCCTCCG;SOR=1.839;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=22;WE=70726948;WS=70726930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr16	70732483	rs7201952	G	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=6;PP=641;SC=GCTCACACAGGGTGTGCCCCC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=70732491;WS=70732473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	70732761	rs9673700	G	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=331;SC=GACCTGGAAGGCTCTGTGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=70732769;WS=70732751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	70789384	.	T	C	117.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=0.792;SC=TTAGATGCTCTGGAATCAGAC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=70789392;WS=70789374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr16	70796515	rs2305689	G	A	6259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=79;PP=2486;SC=ACATCTGGAGGGCAGAGAAGC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=146;WE=70796523;WS=70796505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	70796535	rs2305690	C	T	5378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=65;PP=1864;SC=CAGGGGTGCCCGTGAGTGCTC;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=109;WE=70796543;WS=70796525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	70816893	rs1875941	C	T	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=7;PP=655;SC=GCAGTGGCAGCAGCAGTGGCA;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=70816901;WS=70816883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	70818759	rs2271047	A	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=34;PP=966;SC=AGGCACAGACAGGGGAGGGAC;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=70818767;WS=70818749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	70845162	.	AAAC	A	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.732;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr16	70935224	rs75445533	A	T	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=137;SC=ATAGGTAAACACATGTCATGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=70935232;WS=70935214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	70954915	rs1798531	G	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.24;QD=30.34;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	70972595	rs79004160	T	C	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=81;PP=2965;SC=GGCATCATATTCTTCCTCATC;SOR=1.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=112;TCR=81;TR=193;WE=70972603;WS=70972585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	70972784	rs1615602	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=376;SC=CTCATCCCTGATTGCAGGGGT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=70972792;WS=70972774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	70993881	rs76128005	CT	GA	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQRankSum=-2.429;QD=14.89;ReadPosRankSum=-3.067;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	70996115	rs77561642	GA	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=16.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQRankSum=-3.031;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr16	71025394	rs149427312	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.44;MQRankSum=-4.292;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,46:0.52:89
chr16	71026137	rs145870479	TA	T	698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.97;QD=36.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	71100838	rs74361942	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.53;MQRankSum=-3.552;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,28:0.25:111
chr16	71220913	.	GT	G	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=-1.922;SC=ATACAGGAAGGTTTAGAAAAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=71220921;WS=71220903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	71319539	rs3826247	C	T	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=81;PP=2922;SC=TGATTTTCCCCGCTTTATTAG;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=166;WE=71319547;WS=71319529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	71319646	rs3096380	G	A	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=57;PP=2704;SC=AATGCATTAAGTTCAGTGTGG;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=131;WE=71319654;WS=71319636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	71406024	rs7203012	C	T	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=744;ReadPosRankSum=1.262;SC=CTATTTAGTGCTGAGATTGAT;SOR=0.475;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=47;WE=71406032;WS=71406014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr16	71408475	rs12444419	T	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr16	71408527	rs8046337	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=0.559;SC=TCAGAGCATCAGCACAACTTG;SOR=0.760;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=13;WE=71408535;WS=71408517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr16	71411446	rs12445308	G	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.88;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	71416431	rs12919213	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=318;SC=ATGAGATCACTGTCGAGATAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=71416439;WS=71416421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	71417783	rs35885273	C	T	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1342;ReadPosRankSum=-1.470;SC=ACGTGTCACCCGTCCTCCTTC;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=86;WE=71417791;WS=71417773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,93:0.72:130
chr16	71418291	rs41280904	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=447;ReadPosRankSum=-1.520;SC=GGTAAAACTTTGCTTTCCTTC;SOR=0.884;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=47;WE=71418299;WS=71418281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,49:0.31:158
chr16	71418562	rs367842304	CCACA	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	71418572	rs111526151	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	71419595	rs4327058	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=42;PP=1285;SC=CCCAGGGCACAGGAGAGGCTT;SOR=2.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=71419603;WS=71419585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	71423487	rs34538886	C	T	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=1243;ReadPosRankSum=0.225;SC=CTTTAACCTCCATCTGTCTGA;SOR=0.548;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=70;WE=71423495;WS=71423477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,73:0.65:112
chr16	71465613	rs7203200	T	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=471;ReadPosRankSum=1.304;SC=AGAGCCTCACTGGCAAGCCCT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=29;WE=71465621;WS=71465603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr16	71466088	rs4620964	A	G	12639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=241;PP=2965;ReadPosRankSum=0.136;SC=TGATGTAGCCAGAGCCACACG;SOR=0.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=451;TCF=208;TCR=243;TR=448;WE=71466096;WS=71466078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,472:1.00:473
chr16	71483497	rs72795864	C	G	4274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=84;PP=2797;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TTTCCCCAATCCTGTACACCC;SOR=0.775;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=265;TCF=136;TCR=129;TR=164;WE=71483505;WS=71483487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,181:0.62:290
chr16	71484621	rs66920642	CA	C	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=1.189;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.587;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr16	71487206	rs2070832	T	C	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=29;PP=1058;SC=CCCAGCTCACTTCCTCCCTCC;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=71487214;WS=71487196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	71487952	rs11641967	G	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=305;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TACCCAGGGAGGCCACATTCC;SOR=0.988;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=79;TCR=16;TR=26;WE=71487960;WS=71487942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,27:0.25:108
chr16	71509588	rs2288487	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-2.694;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,18:0.20:89
chr16	71509634	rs2288488	G	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=6.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.017;SOR=1.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr16	71509685	rs2288489	C	G	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=35;PP=1806;SC=CGGAACTACTCGTGAAACTAT;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=87;WE=71509693;WS=71509675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	71509796	rs8050871	C	G	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=52;PP=2300;SC=ACTCCTCACACTGATAGGGTC;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=116;WE=71509804;WS=71509786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	71603912	rs172650	C	A	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=844;SC=TTAAAAATAGCCCCCTCATTG;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=71603920;WS=71603902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	71607384	rs2432520	T	G	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=38;PP=1939;SC=CAGAAACAAGTAAAAAGGGAT;SOR=0.947;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=91;WE=71607392;WS=71607374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	71610276	rs74344827	G	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=90;PP=2965;SC=AGAATTGAGGGGAGGTTGCCT;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=68;TCR=91;TR=157;WE=71610284;WS=71610266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	71660115	rs4788820	G	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	71660404	rs61753635	G	A	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=31;PP=1414;SC=GGCCCCCGCCGGGACACACAC;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=71660412;WS=71660394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	71668800	rs7206470	G	A	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=35;PP=1013;SC=GAAGTTTCCAGTGCTGGAAAA;SOR=2.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=71668808;WS=71668790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	71678679	rs7204608	G	C	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=34;PP=1339;SC=TGCAGTGTCAGGGAATGTGGT;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=86;WE=71678687;WS=71678669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	71683718	rs61733127	A	G	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.404;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GCTCTGCGCTAATGTGCACAG;SOR=0.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=91;TCR=69;TR=158;WE=71683726;WS=71683708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr16	71690657	.	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	71701248	rs1423983	G	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=30;PP=928;SC=TAAGGGGGGAGCATACAAACA;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=71701256;WS=71701238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	71703436	rs2032918	T	G	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=41;PP=1061;SC=TAGGTGCTCATTGAATGCTGC;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=71703444;WS=71703426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	71712869	.	C	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,33:0.23:141
chr16	71715915	rs11439127	G	GA	136.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	71718366	rs7195059	C	T	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	71736702	rs10626314	G	GTATTTT	148.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.64;QD=24.80;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	71757939	rs7201649	C	G	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=83;SC=AAGCAGCTGCCGGCGCCGAGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=71757947;WS=71757929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	71772795	rs904764	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=8;PP=407;SC=AAAAAAAAAAGCCAGCCAATC;SOR=2.049;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=34;WE=71772803;WS=71772784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	71779310	rs74980679	G	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=5;PP=413;SC=ACTCAGCTAAGAGACAAGCTG;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=71779318;WS=71779303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	71784000	rs2270829	A	T	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=13;PP=512;SC=CTAGAGTGTTAGAAATAAAGA;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=71784008;WS=71783990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	71790166	rs8053186	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=313;SC=CAGATGTGCTGACGTCCTTGC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=71790174;WS=71790156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	71792696	rs12919271	C	A	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=45;PP=2311;SC=CTGAGAAAGGCTCTCAGTTTG;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=82;TCR=45;TR=127;WE=71792704;WS=71792686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	71795577	.	CA	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr16	71799347	rs12149092	A	G	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=7;PP=894;SC=ACTTAAAGATATTAAATTCAT;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=39;WE=71799355;WS=71799337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr16	71804956	rs9635524	C	G	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=53;PP=2619;SC=ACAGCAGAAACGCGACTCCAC;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=85;TCR=53;TR=138;WE=71804964;WS=71804946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	71805160	rs4788443	G	A	343.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=285;ReadPosRankSum=0.504;SC=TGCTGCCTATGAAAAAAAAAA;SOR=0.352;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=31;WE=71805168;WS=71805149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr16	71807232	rs113235758	C	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr16	71879868	rs4788563	A	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=458;SC=GGGCGGGACGAGCTTGACGCC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=71879876;WS=71879858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	71901648	rs17357420	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=325;SC=TTTTTCTGGATAAACACATGC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=71901656;WS=71901638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	71917058	rs2288029	G	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=60;PP=1870;SC=CACAGACTTTGGCAAGAAAAA;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=104;WE=71917066;WS=71917048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	71928693	rs71386939	C	T	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=14;PP=904;SC=CCCGCCCCGCCTCTCAAAGTG;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=71928701;WS=71928683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	71928850	rs11075908	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=798;SC=TACTGAATTATACCACACAGA;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=71928858;WS=71928840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	71955426	rs56089063	C	CAT	1422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=539;SC=ACAAAAAAAACATTCTTTGCA;SOR=1.022;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=12;WE=71955434;WS=71955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	71958052	rs7197486	A	G	7790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=151;PP=2965;SC=CATGCGTCACATAACCCACAG;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=128;TCR=151;TR=279;WE=71958060;WS=71958042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr16	71963924	rs34029919	C	T	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=17;PP=1438;SC=AGTGATATAACAGCATGCTAG;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=70;WE=71963932;WS=71963914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	71967783	rs12445641	C	T	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=12;PP=1543;ReadPosRankSum=1.645;SC=GACCACAGCACACGGAGAAGG;SOR=1.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=70;WE=71967791;WS=71967773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr16	71967927	rs17358402	C	T	7136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=122;PP=2965;SC=GGGGCTATGACGCAGCAGGTT;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=122;TCR=122;TR=244;WE=71967935;WS=71967917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr16	71968091	rs12149307	A	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=40;PP=940;SC=CAGTTTCCCCAGCGCCCCTGC;SOR=1.888;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=59;WE=71968099;WS=71968081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	71968147	rs12149325	G	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=442;SC=AATGCTTGTTGATGTGAGAAC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=71968155;WS=71968137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	71969497	rs11865456	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=357;SC=GTGTGATGAACGCAGCTGATG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=71969505;WS=71969487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	71971091	rs7191848	T	C	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=9;PP=1145;SC=CCCGAGTAGCTGGGACCACAG;SOR=2.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=71971099;WS=71971081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	71981374	rs8050058	T	G	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=26;PP=1728;SC=ATTAGGTAGTTGTTAGAACTA;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=80;WE=71981382;WS=71981364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	71981414	rs149635567	C	CTTTG	6373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=41;PP=2965;SC=CCAAGATCCTCTTTGTTGTTC;SOR=0.949;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=68;WE=71981422;WS=71981404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	71981630	rs9934803	T	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=782;SC=TAATTTCACATTAATTTTTGC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=71981638;WS=71981620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	71981652	rs9934812	T	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=586;SC=CAATGATGGGTACCAGGAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=71981660;WS=71981642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	71983929	rs35377660	A	T	4235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=87;NR=56;PP=2412;SC=GAAGCACAAAAGTTGAGGGAA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=143;WE=71983937;WS=71983919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	71986764	rs11648353	G	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	71986946	rs7204708	A	G	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=37;PP=1303;SC=TGACAGCAGTATGGATGCTGA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=79;WE=71986954;WS=71986936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	71987044	rs35601686	CAA	C	2100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=1080;SC=AAAATAATCGCAAAGTCATTC;SOR=1.067;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=71987053;WS=71987034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	71987960	rs34041171	A	AC	381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=27.27;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	71988106	rs9921412	C	T	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=37;PP=1613;SC=AGCCGTTGGACCCTTGTAAAC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=85;WE=71988114;WS=71988096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	72007399	rs9925415	C	T	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=48;PP=1658;SC=GGATTCAGCACCCACGTGTAC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=86;WE=72007407;WS=72007389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	72011040	rs3929023	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=8;PP=443;SC=TGAGCCTGACAGTTTGAGGCT;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=72011048;WS=72011030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	72011181	rs1559401	G	T	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=41;PP=2241;SC=TCAGGTGGAAGTGAGTGCAGT;SOR=1.205;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=118;WE=72011201;WS=72011171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	72011193	rs1559400	A	C	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=48;PP=2234;SC=GAGTGCAGTTAGGCTGATACT;SOR=1.054;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=78;TCR=49;TR=126;WE=72011201;WS=72011171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	72011261	rs1559399	A	G	4186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=68;PP=2880;SC=CTCACTATCAAGGATTTCTCC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=75;TCR=68;TR=143;WE=72011269;WS=72011251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	72012072	rs8053841	C	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=800;SC=TAACATAATTCCCTTTAAGTT;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=72012080;WS=72012062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	72012396	rs2113217	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	72012398	rs2878405	A	G	63.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	72012400	rs62053844	A	G	63.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	72012402	rs62053845	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	72012404	rs62053846	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	72012406	rs370830204	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	72013797	rs7185272	G	C	6157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=106;NR=104;PP=2965;SC=CAGCGGTAAAGTTGATATGTT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=106;TCR=104;TR=210;WE=72013805;WS=72013787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	72018099	rs12443563	C	T	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=22;PP=571;SC=CAAAATTACTCATACAAAATT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=72018107;WS=72018089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	72020134	rs12708923	T	C	6855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=116;PP=2965;SC=CCAGATGCCTTCTGCAATGAC;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=119;TCR=117;TR=234;WE=72020142;WS=72020124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr16	72020294	rs4788590	G	A	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=40;PP=1403;SC=GTTCAGATGCGGCTGATGTTA;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=72020302;WS=72020284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	72020323	rs4788591	A	G	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=38;PP=1139;SC=GTGATACTTGATAGTACTGAA;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=72020331;WS=72020313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	72027191	rs7191148	T	A	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=80;PP=2439;SC=GGGAATTATTTCCATTTCTTT;SOR=1.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=130;WE=72027199;WS=72027181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	72033801	rs72787027	G	T	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=55;PP=1411;ReadPosRankSum=-0.994;SC=ATGTGGTGCTGGGCTGTTTAG;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=93;WE=72033809;WS=72033791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,105:0.77:137
chr16	72042682	rs3213422	A	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr16	72042825	rs3213423	T	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=1.521;SC=GTTTCCGGGGTCTCCTGCAAA;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=7;WE=72042833;WS=72042815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	72050885	rs11075914	G	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=694;SC=CTATGGTGCCGTCTCACTCTG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=72050893;WS=72050875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	72054984	rs1862752	G	T	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1124;ReadPosRankSum=1.267;SC=GCACAGGAAAGGGTGTGCGGG;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=74;WE=72054992;WS=72054974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,78:0.65:120
chr16	72057282	rs2288002	A	G	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=55;PP=1918;SC=TCGTGATGGGAATCATCATTC;SOR=1.222;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=98;WE=72057290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	72088467	rs5472	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.15;MQRankSum=-0.718;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,14:0.19:75
chr16	72088652	rs9927981	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-0.047;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,26:0.21:121
chr16	72088675	rs4788458	T	C	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=55;PP=1382;SC=TAAATTATAGTGAACCAAAGG;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=75;WE=72088683;WS=72088665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	72092017	rs2070938	A	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=58.88;NF=15;NR=0;PP=380;SC=ATTGTTTAAAAATAATACAGT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=72092025;WS=72092014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	72107692	rs146688744	CGT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.532;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr16	72110948	rs12646	C	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQRankSum=-0.462;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.312;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,33:0.18:180
chr16	72123992	rs7191127	G	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=230;ReadPosRankSum=-1.407;SC=TCTTACACGGGATGGTAGCAG;SOR=0.972;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=21;WE=72124000;WS=72123982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr16	72124157	rs7190995	A	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.578;NF=22;NR=25;PP=583;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CCTGTGGGAAATTACTTGACC;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=47;WE=72124165;WS=72124147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,43:0.29:148
chr16	72124219	rs7192730	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=546;ReadPosRankSum=0.857;SC=TATCCCACTATTGCGAGCACT;SOR=1.103;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=29;WE=72124227;WS=72124197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr16	72124495	rs2303285	A	C	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.106;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=507;ReadPosRankSum=-1.160;SC=ATAAAAACCAATTATTTTAGA;SOR=0.352;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=111;TCF=80;TCR=31;TR=39;WE=72124503;WS=72124485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,39:0.34:114
chr16	72130203	rs1050361	C	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,24:0.24:102
chr16	72130815	rs1050362	C	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
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chr16	72133211	rs2072141	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
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chr16	72135319	rs8043606	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=167;ReadPosRankSum=0.489;SC=CGGGGTGAAGTCTGCTCTCCC;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=18;WE=72135327;WS=72135309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr16	72137561	rs2240243	G	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,62:0.28:220
chr16	72139184	rs2074626	C	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=547;ReadPosRankSum=1.511;SC=ACGCGCCTGCCCTGGCTGTGC;SOR=1.386;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=139;TCF=51;TCR=88;TR=40;WE=72139192;WS=72139174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,39:0.28:140
chr16	72139396	rs150617	T	C	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=30;PP=1566;SC=ATTTTTCCCTTCCTGTATGTC;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=75;WE=72139404;WS=72139386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	72139537	rs42544	T	C	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=64;PP=1917;SC=AGAGAAGACATGGGAGGCAAG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=127;WE=72139545;WS=72139527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	72142072	rs8051882	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=0.660;SC=GGGATGTGCTCAGTGGGCCTG;SOR=1.230;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=9;WE=72142080;WS=72142062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	72142895	rs9926156	G	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=335;ReadPosRankSum=-0.570;SC=CCTTCACTGCGTTCTGGCATG;SOR=0.653;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=26;WE=72142903;WS=72142885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr16	72146441	rs7940	C	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=42;PP=1281;SC=ATTGGGTCCTCAGCCTTCTGG;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=72146449;WS=72146431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	72146570	rs6680	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr16	72153125	rs4788459	C	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=512;ReadPosRankSum=0.751;SC=AGGCTGGGACCGTGATATACT;SOR=0.655;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=33;WE=72153133;WS=72153115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr16	72156674	rs72787077	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=236;ReadPosRankSum=-1.320;SC=GATGCAGATTCGAGACCTGGG;SOR=0.387;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=12;WE=72156682;WS=72156664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr16	72156842	rs16973716	T	G	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	72157000	rs12935266	C	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=372;SC=CTGCATCCCACGTCCCCCACG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=72157008;WS=72156990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	72158920	rs3812987	C	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=148;ReadPosRankSum=0.186;SC=CTTCCTGGGCCTTGGGATACG;SOR=0.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=14;WE=72158928;WS=72158910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr16	72158950	rs3812986	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=767;SC=TATTTTCTTCTCAGTGGCCAG;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=72158958;WS=72158940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	72162855	rs6499562	G	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=14;PP=500;SC=TGTCCCTCCCGTCTTTCCTAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=72162863;WS=72162845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	72162966	rs34832584	G	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.234;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=811;ReadPosRankSum=1.105;SC=CCCACTCACCGTCTTGTCTTT;SOR=1.662;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=40;WE=72162974;WS=72162956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr16	72184566	rs35370634	C	T	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=635;ReadPosRankSum=-2.176;SC=TCTAGTAACTCGATGTTGCTC;SOR=0.267;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=44;WE=72184574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,53:0.87:61
chr16	72198642	rs3852785	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=-2.208;SC=AGGGGTGAGCGGCTGCTGCCA;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=12;WE=72198650;WS=72198632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr16	72827758	rs699444	T	C	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=47;PP=1982;SC=CAGGCCGATCTCCGCTGTCAC;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=92;WE=72827766;WS=72827748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	72829426	rs62639997	C	T	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.263;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=1351;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GTGAGGGCATCGGGGTACTGC;SOR=0.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=73;WE=72829434;WS=72829416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,79:0.83:95
chr16	72831357	rs372909378	CTTG	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.592;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,7:0.13:52
chr16	72832135	rs740178	T	A	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=53;PP=1864;SC=TATGGTCCTCTGCCAGAGTGG;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=95;WE=72832143;WS=72832125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	72984668	rs2228200	C	T	8033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.986;SC=ACTCGTCCTCCGACAGGCTGC;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=282;TCF=145;TCR=137;TR=280;WE=72984676;WS=72984658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
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chr16	72991660	rs10852515	C	G	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=76;PP=2845;SC=TTGGTTTGGTCGGCGAGGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=128;WE=72991668;WS=72991650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr16	74490789	rs12446054	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=0.389;SC=TACATACTAGGAAACTTGATC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=74490797;WS=74490779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	74493752	rs71158515	C	CT	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=283;ReadPosRankSum=-0.293;SC=ACAGTTTCTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=25;WE=74493760;WS=74493742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr16	74501856	rs6564117	C	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
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chr16	74503860	rs2303278	T	A	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=53;PP=2105;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GAAAGTGGAATGAAACAACTA;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=193;TCF=116;TCR=77;TR=131;WE=74503868;WS=74503850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,145:0.67:215
chr16	74504005	rs2303279	T	C	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=64;PP=1616;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TCAGAAGTTTTGTGGCAACTT;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=115;WE=74504013;WS=74503995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,127:0.73:175
chr16	74504052	rs3217262	C	CTCT	2501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=38;PP=2026;ReadPosRankSum=-2.392;SC=TTTCATATAGCTCTCACAAGC;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=3;TCR=67;TR=40;WE=74504060;WS=74504042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,62:0.67:92
chr16	74504097	rs12716764	G	C	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=46;PP=1385;SC=TGACCCACACGTGAGACATCA;SOR=4.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=49;WE=74504105;WS=74504087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	74537591	rs4887772	C	T	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=567;ReadPosRankSum=-1.458;SC=GGTGATCCACCAAGCAGGAAA;SOR=0.549;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=201;TCF=99;TCR=102;TR=60;WE=74537599;WS=74537581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,64:0.30:216
chr16	74662597	rs11149759	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=0.831;SC=GTATCTCACACTCCAAAACTC;SOR=0.909;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=7;WE=74662605;WS=74662587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
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chr16	74666634	rs4072450	G	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.814;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=0.835;SC=ATTCAAACTAGTTTTTCAAGT;SOR=2.564;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=8;WE=74666642;WS=74666624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr16	74706298	rs4888274	A	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=480;ReadPosRankSum=1.127;SC=CACTCCTTGCACCCATAGATA;SOR=0.415;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=32;WE=74706306;WS=74706288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr16	74712905	rs6564158	A	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
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chr16	74760292	rs11295057	CT	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=161;ReadPosRankSum=0.850;SC=GTACAGCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.148;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=13;WE=74760300;WS=74760282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	74908439	rs2870148	C	T	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=37;PP=979;SC=GTCTTCCTCTCAAGACTCTAG;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=74908447;WS=74908429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	74920090	rs9936830	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-2.825;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr16	74920191	rs14308	G	A	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1150;ReadPosRankSum=0.721;SC=CATGCTGGTCGCGTTCTCGCT;SOR=0.930;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=83;WE=74920199;WS=74920181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,87:0.73:120
chr16	74920374	rs4888305	C	T	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=263;SC=TAAGACAGCACGTGGCCAATG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=74920382;WS=74920364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	74921661	rs9940014	A	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=635;ReadPosRankSum=-0.800;SC=AGGCTACAGAAGGGAAGAGAA;SOR=1.013;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=46;WE=74921669;WS=74921651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,57:0.72:79
chr16	74926520	rs11149776	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=491;ReadPosRankSum=0.655;SC=CCCAAATCAACGACTCCCAGT;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=27;WE=74926528;WS=74926510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr16	74927507	rs10718591	CA	C	1577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.109;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,87:0.81:107
chr16	74938083	rs9930498	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTGATACCAAAAGGAGAAGAC;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=9;WE=74938091;WS=74938073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	74943890	.	A	G	698	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=18;MQ=53.43;NF=4;NR=27;PP=698;QD=23.6377810499;SC=TTTTGAGACAAAGTCTCTCTT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=74943898;WS=74943880;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr16	74943928	rs12324959	C	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.370;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-0.842;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	74985516	rs3743921	T	A	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=971;ReadPosRankSum=-1.092;SC=CTTAAGGCAGTGAAGAGGAAG;SOR=1.068;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=69;WE=74985524;WS=74985506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,79:0.66:119
chr16	74999617	rs4888324	A	C	8378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.74;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,206:0.68:302
chr16	74999625	rs4887796	A	T	8407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.86;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,215:0.69:313
chr16	75034133	rs6564195	A	G	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GCCAAGGGATAAATGGGATAC;SOR=0.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=130;TCR=88;TR=216;WE=75034141;WS=75034123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,229:0.99:231
chr16	75138927	rs2287989	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=-1.035;SC=GGCAGAGGCCATCAGACAGGT;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=17;WE=75138935;WS=75138917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr16	75148604	rs755099	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=376;ReadPosRankSum=1.030;SC=GCGTACAGAAGGCAGCCTCAG;SOR=0.678;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=34;WE=75148612;WS=75148594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,36:0.36:99
chr16	75148984	rs143145471	GC	G	629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=676;ReadPosRankSum=-0.525;SC=GAGGCAGGCAGCCCACGGGCG;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=19;WE=75148992;WS=75148974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr16	75186727	rs11859007	G	A	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=33;PP=1823;SC=GTCTCTAGGGGTTTCTAAACA;SOR=1.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=98;WE=75186735;WS=75186717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	75200378	rs9929570	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=318;SC=CCCGCCCACCTAGCCTCCCAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=75200386;WS=75200368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	75200407	rs11865310	G	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	75200416	rs7200789	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.16;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	75200595	rs71380707	CAT	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,10:0.18:55
chr16	75202998	rs12716783	A	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=353;SC=GTTTGAAAGGAAACATTTGCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=75203006;WS=75202988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr16	75240935	rs57900557	G	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=95;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CTGGCCTCGGGGCTGGGAGTG;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=10;WE=75240943;WS=75240925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
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chr16	75285164	rs1862738	A	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=256;ReadPosRankSum=0.227;SC=CCGCCAACGCACCCGAGGCGC;SOR=0.569;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=14;WE=75285172;WS=75285154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr16	75300708	rs11149811	C	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=-0.080;SC=GTCCAGAGCACTGTCCCGGAG;SOR=0.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=22;WE=75300716;WS=75300698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
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chr16	75339131	rs7192981	T	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=937;SC=CTGATCTCTATATTAACAGTT;SOR=2.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=39;WE=75339139;WS=75339121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr16	75445906	rs247435	C	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=218;SC=ATATTGTTTACAGATACTTTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=75445914;WS=75445896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	75448273	rs8056236	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-1.206;SC=TACCTATTAACATTTTCTTTA;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=75448281;WS=75448271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr16	75467076	rs3833048	G	GC	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=301;ReadPosRankSum=-0.635;SC=GAGAACAGGAGCCCCCCTGGA;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=75467084;WS=75467066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr16	75498252	rs150429885	C	CT	2975.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;ReadPosRankSum=-0.965;SC=CGGAGGACAGCGCCCACGCCG;SOR=0.770;Source=Platypus;TCF=14;WE=75498261;WS=75498242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,75:0.61:123
chr16	75498253	rs34904236	G	T	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;ReadPosRankSum=-1.089;SC=GGAGGACAGCGCCCACGCCGC;SOR=0.770;Source=Platypus;TCF=47;WE=75498261;WS=75498242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,75:0.61:123
chr16	75563330	rs3826107	G	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,74:0.27:276
chr16	75563746	rs8048818	T	G	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-4.516;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:341,129:0.27:470
chr16	75564287	rs3784932	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr16	75565420	rs2641806	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=0.720;SC=GATGGAGCCCAAGAAGCAGAG;SOR=0.180;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=75565428;WS=75565410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr16	75575410	rs7202717	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.692;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,29:0.21:135
chr16	75579233	rs2738801	A	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.674;NF=16;NR=6;PP=243;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GAGCTGGACAATGAGAAGCGC;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=22;WE=75579241;WS=75579223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr16	75579924	rs8055668	A	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.782;NF=24;NR=21;PP=484;ReadPosRankSum=0.613;SC=CACTTCTGTAAATACACAATG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=45;WE=75579932;WS=75579914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,47:0.27:171
chr16	75590113	rs3743602	C	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.655;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,30:0.23:130
chr16	75634014	rs7206481	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=86;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CTCAGAAAGAATGTTCCCTGA;SOR=0.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=12;WE=75634022;WS=75634004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
chr16	75654748	rs9921233	A	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.260;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,11:0.15:71
chr16	75665019	rs7189895	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-1.765;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,23:0.21:109
chr16	75703213	.	T	TA	163	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=0.9994;HP=15;HapScore=3;MGOF=26;MMLQ=16;MQ=57.99;NF=3;NR=8;PP=163;QD=15.0909090909;SC=AGACCTTTCCTAAAAAAAAAA;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=11;WE=75703221;WS=75703203;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,11:0.42:26
chr16	75730037	rs5817959	T	TA	2618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=51;PP=2512;SC=CAGAAGCTGTTGGGGAATTTT;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=54;WE=75730045;WS=75730027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	75794598	.	T	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=1.198;SC=AGGTCGTATCTTTTTCCTTAT;SOR=0.031;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=6;WE=75794606;WS=75794588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr16	75794714	.	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=5.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=3.210;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=1.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,19:0.17:115
chr16	75794738	rs7205764	T	C	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=85;PP=2965;SC=CAGGATCTCATTCCCATCACC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=90;TCR=85;TR=175;WE=75794746;WS=75794728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	76311602	rs59314262	G	GT	6073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=47;PP=2957;SC=CGCTACTTCTGTATCTACTCA;SOR=0.718;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=73;WE=76311610;WS=76311592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	76482001	rs35363016	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,46:0.29:161
chr16	76482546	rs56137120	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=315;SC=GTATTTGAAACGGAATGCGTA;SOR=4.977;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=76482554;WS=76482536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	76482605	.	CT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr16	76482910	rs3947083	G	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=16;PP=413;SC=TAATCTCCCAGAGGAAAATAC;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=76482918;WS=76482900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	76486581	rs28584228	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=-2.320;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,32:0.22:147
chr16	76496025	rs57292037	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-1.106;SC=GCCAGGCTCTATGAGCAACTG;SOR=2.303;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=10;WE=76496033;WS=76496015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr16	76523711	.	A	C	255	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=17;MQ=59.79;NF=0;NR=24;PP=255;QD=12.0738005228;SC=GGCCACTATTAACCGTGCAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=24;WE=76523719;WS=76523701;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr16	76523792	rs7201030	A	G	422.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=1.028;SC=TAAGTAAACCATGGTGTCTGT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=17;WE=76523800;WS=76523782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr16	76532392	rs12932943	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.235;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=517;ReadPosRankSum=1.296;SC=TAGTTCAGAACATCTTGGTTT;SOR=0.113;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=27;WE=76532400;WS=76532382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr16	76532583	rs12933808	A	G	5681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=110;PP=2965;SC=CTGCTCTGCCAGGGAGACAGT;SOR=0.998;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=203;TCF=90;TCR=113;TR=200;WE=76532591;WS=76532573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr16	76555015	rs11353699	CT	C	1507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.994;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;MQRankSum=0.260;QD=22.50;SOR=1.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr16	76569754	rs6564348	A	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=453;SC=GTTCTTTTCTATGCAGCTATT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=76569762;WS=76569744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	76587202	rs7202925	T	G	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=24;PP=1333;SC=TGGACCAGGATACTGCACTGG;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=76587210;WS=76587192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	76587331	rs7184958	T	C	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=42;PP=1356;SC=GACACGTGACTGAGTCCAGCT;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=84;WE=76587339;WS=76587321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	76587647	rs4243123	G	C	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=12;PP=1266;SC=ATAATTCTCTGTGGTTTAAAA;SOR=2.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=76587655;WS=76587637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	76592313	rs7196722	T	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=179;SC=TTATGATGACTTATTAAGCAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=76592321;WS=76592311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	76902847	rs7500280	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.968;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr16	76902850	rs7499278	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.600;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr16	77227180	rs2241416	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.6748;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=269;ReadPosRankSum=0.533;SC=AGATCATTGCGGGGTCCTAGG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=14;WE=77227188;WS=77227170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr16	77228629	rs2232503	A	G	8032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=134;PP=2965;SC=CCCAGGAGCGAAATGTGCTGG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=145;TCR=134;TR=279;WE=77228637;WS=77228616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr16	77228866	rs2232504	T	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,60:0.30:199
chr16	77228971	rs2232506	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=249;ReadPosRankSum=1.434;SC=TGCAGGCTGTCGGGGCGCCGG;SOR=0.648;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=26;WE=77228979;WS=77228961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,27:0.26:102
chr16	77229657	rs2303259	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr16	77231935	rs2232509	C	T	57.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=1.150;SC=CATGCAGCTGCACTGGGGTAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=77231943;WS=77231925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	77233394	rs4888607	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=31;PP=997;SC=GCCAGAAGCTACTGAGGAGGC;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=77233402;WS=77233384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	77240217	rs9928151	G	C	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=115;SC=AAACCTGTCTGTCATTCCATC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=77240225;WS=77240207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	77240623	rs72798552	C	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=1.426;SC=ACTCCCTCCCCCCACACACCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=77240631;WS=77240613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	77242035	rs9933799	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CAGACACAGTGCTTCTCCGTC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=77242043;WS=77242025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	77242083	rs9934426	C	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=326;SC=CTCTGGCTCACTCTTTCTTCC;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=77242091;WS=77242073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	77242233	rs68164273	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=504;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TAATGAATCCACCTCCTCATC;SOR=0.906;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=41;WE=77242241;WS=77242223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,43:0.33:131
chr16	77242284	rs1424146	G	A	6296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=92;PP=2965;SC=GAAGATGACTGTGCAATGTCA;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=130;TCR=93;TR=222;WE=77242292;WS=77242274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr16	77242513	rs2343035	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=614;SC=GCACAGGCTGCTCCCTGGCCT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=77242521;WS=77242503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	77245239	rs746036	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=497;ReadPosRankSum=1.620;SC=CACTGACTGGCCCAGAGTCCA;SOR=0.492;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=152;TCF=61;TCR=91;TR=48;WE=77245247;WS=77245229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,52:0.32:163
chr16	77246218	rs13331769	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=114;ReadPosRankSum=0.623;SC=GTGGAGCGGCGGCTGCACTCG;SOR=0.859;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=9;WE=77246226;WS=77246208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr16	77246517	rs62049594	C	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=412;ReadPosRankSum=-0.088;SC=CCGGAGCGCCCCCGAGGTCGG;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=33;WE=77246525;WS=77246507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr16	77246795	rs2278049	C	G	5109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=112;NR=75;PP=2965;SC=AGGAGGATCCCGAGCCGCCGG;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=112;TCR=75;TR=187;WE=77246803;WS=77246785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	77246847	rs2278048	T	G	7882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=140;NR=143;PP=2965;SC=GACCCGCCCGTTCCCGACCTT;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=141;TCR=144;TR=283;WE=77246855;WS=77246837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr16	77246953	rs2278047	G	C	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=81;PP=2602;SC=GGCGGGGCGTGCTGGGATCTC;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=145;WE=77246961;WS=77246943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	77246988	rs7203616	T	G	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=55;PP=1639;SC=GCCGGACCCCTCCCACCAGTC;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=80;WE=77246996;WS=77246978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	77281779	rs35625788	GTC	G	397.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=209;SC=CTGGCTTGAGGTCTCTCATCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=77281788;WS=77281769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	77325325	rs35478105	G	T	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=897;ReadPosRankSum=-0.642;SC=AGCCCTTCTCGCTGCACTTCA;SOR=0.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=60;WE=77325333;WS=77325315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr16	77327018	rs35296483	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,31:0.25:122
chr16	77327226	rs4888618	C	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=32;PP=863;SC=AAAAAAACAACACACTAAATA;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=77327234;WS=77327216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	77328895	rs12935229	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,33:0.23:141
chr16	77328990	rs12935394	C	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,36:0.28:129
chr16	77353973	rs9930984	G	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=2.227;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,21:0.21:102
chr16	77356115	rs74643232	G	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TTGCTCTTTCGCTCCATGCCA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=4;WE=77356123;WS=77356105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr16	77359919	rs11640912	A	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,56:0.27:207
chr16	77360019	rs62044892	G	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=156;ReadPosRankSum=0.201;SC=GAGAGGCAATGAAGATGAGCA;SOR=0.733;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=11;WE=77360027;WS=77360009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr16	77389956	rs8059275	A	G	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=47;PP=1709;SC=TCCCTTCTCCATCGTGAATCA;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=111;WE=77389964;WS=77389946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	77393207	rs2650907	G	C	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=18;PP=1405;SC=GTTCAAAGAGGCACTTACTTG;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=77393215;WS=77393197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	77393446	rs4548892	G	C	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	77395948	rs1909802	C	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=269;SC=TAGAAAGTTTCCATACTGTGT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=77395956;WS=77395938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	77396290	rs7192938	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr16	77397899	rs1948718	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=223;ReadPosRankSum=-1.065;SC=TATGTACATATAAATACAATT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=11;WE=77397907;WS=77397889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
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chr16	77769647	rs186305	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=7;PP=600;SC=AAATAGAAGTCCAGTAAGTAT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=77769655;WS=77769637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	77769679	rs17716789	C	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=651;ReadPosRankSum=0.800;SC=ATAAATAGTTCCAAAATTAGA;SOR=1.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=39;WE=77769687;WS=77769669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr16	77775459	rs11648791	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=13;PP=939;SC=TAATTTGTCTGTTTTGTTTTC;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=77775467;WS=77775449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	77918801	rs1864228	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.299;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr16	78062159	rs2075738	C	T	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=47;PP=1332;SC=TTCTGGGGGACGTCTTTTTAA;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=78062167;WS=78062149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	78062190	rs2735403	T	C	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=35;PP=1079;SC=GACAAATCAATAATGTGGCCA;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=78062198;WS=78062180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	78062219	rs2204891	C	T	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=25;PP=688;SC=GCCCCAATGCCGGGAGATGAT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=78062227;WS=78062209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	78063000	rs7197560	T	C	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=24;PP=1188;SC=ACTTAAGCTATTATGATCCTA;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=78063008;WS=78062990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	78063064	rs7190832	G	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=39;PP=1287;SC=TTGTTCAAGAGATACACAGCT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=79;WE=78063072;WS=78063054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	78063143	rs7192416	C	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=34;PP=982;SC=TCCAGTGCTACGGCCTAAAAC;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=78063151;WS=78063133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	78085754	rs2344923	C	A	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=12;PP=1152;SC=GAGCCACCCCCCCTGGCCAAC;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=78085762;WS=78085744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	78142209	rs4887937	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.34;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	78143607	rs2287972	C	T	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=20;PP=1594;SC=GGGCTCCTTCCCTTCCTGACC;SOR=1.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=73;WE=78143615;WS=78143597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	78148794	rs1469117	T	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=359;SC=AATGGGGTTTTCCTAAAGTAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=78148802;WS=78148784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	78198192	rs2303191	T	C	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=83;PP=2546;SC=AATGGGTAAGTGCTTGACTGT;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=155;WE=78198200;WS=78198182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	78312497	rs8050128	C	A	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=17;PP=804;SC=TTGTATCTTACAGAAAACAAA;SOR=1.055;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=42;WE=78312505;WS=78312487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	78420775	rs11545029	G	A	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=58;PP=2150;SC=CAAGGTAGAAGCAATGACCCT;SOR=0.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=128;WE=78420783;WS=78420765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	78790765	rs7199110	C	T	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=17;PP=1049;SC=GACATCAGAGCATGTGACTTA;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=78790773;WS=78790755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	79245465	rs384216	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=9;PP=484;SC=ATCACTCCTTTTCTTAAAATT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=79245473;WS=79245455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	79245820	rs383362	G	T	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=40;PP=1560;SC=AATAAGAGCAGTCACAACAGA;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=89;WE=79245828;WS=79245810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	79245956	rs2288034	C	G	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	79245961	rs2288033	T	C	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	79246078	rs2288032	G	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=7;PP=175;SC=CACTGCAGCCGGGGGCTGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=79246086;WS=79246068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	79619727	rs60080524	GAAA	G	523.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.72;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr16	79628536	rs66467731	AT	A	244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=15;PP=262;SC=TCCTCATATGATTTTTTTTTT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=79628545;WS=79628526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	79633805	rs5818251	TGCC	T	971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1;NR=15;PP=788;SC=GCCATTCTCCTGCCGCCGCCG;SOR=2.124;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=16;WE=79633818;WS=79633795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	80574886	rs9922406	T	C	5468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=85;PP=2965;SC=CCACTTCCTTTTTTGTCTCCT;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=187;WE=80574894;WS=80574876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	80577098	rs8049769	G	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=7;PP=908;SC=TAGGTATCTTGCTAAACATTA;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=80577106;WS=80577088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	80581547	rs6564762	C	T	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=14;PP=1293;SC=CTGAGCATTGCACCCTTAGTA;SOR=2.505;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=65;WE=80581555;WS=80581537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	80581580	rs6564763	A	C	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=35;PP=2303;SC=TTAGGATGCAAAATAAAACTG;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=82;TCR=35;TR=117;WE=80581588;WS=80581570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	80581631	rs6564764	G	A	5980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=91;PP=2965;SC=TGCTTGCTACGTTTCCATTTT;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=113;TCR=91;TR=204;WE=80581639;WS=80581621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	80654526	rs4888101	T	G	207.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=-0.765;SC=AGACCTCGAGTATTGCACAGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=80654534;WS=80654516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr16	80654633	rs4889169	G	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=848;ReadPosRankSum=-0.757;SC=CAGGACCCCAGGGTGTGTGAA;SOR=1.084;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=53;WE=80654641;WS=80654623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,57:0.61:94
chr16	80704886	rs7195952	T	C	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=41;PP=1234;SC=CTCAGGATTTTGTCTCCTGGG;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=83;WE=80704894;WS=80704876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	80718879	rs8049284	A	G	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=48;PP=1606;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GACATGTGCAACCCATTGAAT;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=98;WE=80718887;WS=80718869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,102:0.68:151
chr16	80719086	rs8047798	G	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=-0.249;SC=AACTCAGTTCGAGGCAACAAG;SOR=0.451;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=34;WE=80719094;WS=80719076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr16	81015560	rs2549822	C	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=28;PP=720;SC=TAAATACTGCCACAGACATGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=81015568;WS=81015550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	81022203	rs34522854	TA	T	1438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=765;SC=GCACGTTTCCTAAAAAAAACA;SOR=1.179;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=34;WE=81022211;WS=81022193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	81022232	rs2549833	T	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=640;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AATTTAAGTCTCCATACGATT;SOR=1.367;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=30;WE=81022240;WS=81022222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr16	81025372	rs2244452	A	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=353;SC=TGTGGTCTTCATCCGAAAACA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=81025380;WS=81025362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	81025490	rs2113196	A	C	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=57;PP=2785;SC=ATCAAAAACAAAGAAAATGTC;SOR=1.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=95;TCR=57;TR=152;WE=81025498;WS=81025480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	81025506	rs2113197	T	A	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=68;PP=2951;SC=ATGTCACAGATAACAGGAGCC;SOR=0.972;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=163;WE=81025514;WS=81025496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	81050965	rs935939	A	T	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=29;PP=925;SC=AAGTTTGGGAAGTTTTTCAGA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=61;WE=81050973;WS=81050955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	81051327	rs935940	C	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=832;ReadPosRankSum=-1.070;SC=ATTGTAGCTCCCTTGATTTTT;SOR=1.108;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=81051335;WS=81051317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr16	81053682	rs10602593	CT	C	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=4.715;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=0.938;SC=GAAATTAAGCCTTTTTTTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=15;WE=81053702;WS=81053672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr16	81061827	rs2549887	G	A	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=49;PP=2732;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GGCTGAGAGGGAAGAACCCCT;SOR=0.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=101;TCR=50;TR=149;WE=81061835;WS=81061817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr16	81062030	rs2549888	G	T	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=48;PP=1727;SC=GCTCTCTCTTGCATCTTCTGC;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=81062038;WS=81062020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	81062151	rs35608064	CTT	C	9128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.10;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	81062157	rs114305409	T	C	9684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=67;PP=2965;SC=TTCCCTTTTTTTTTTTTTTAA;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=125;TCR=75;TR=181;WE=81062179;WS=81062141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr16	81062171	rs2602428	C	T	10644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=93;PP=2965;SC=TTTTTAATTTCAGGTATTGCA;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=145;TCR=93;TR=238;WE=81062179;WS=81062141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr16	81069449	rs2602430	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	81077915	rs2257378	T	C	7749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.057;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.391;NF=130;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.143;SC=ATCTGCCTGCTCAGACATTGG;SOR=0.269;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=131;TCR=125;TR=255;WE=81077923;WS=81077905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,278:1.00:279
chr16	81094760	rs804884	A	G	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=23;PP=1287;SC=GTTCTACCGCAACCGCTCAGA;SOR=1.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=81094768;WS=81094750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	81095363	rs804885	C	T	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=110;PP=2965;SC=CTGGGATGGACAGCCCTCTGT;SOR=1.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=66;TCR=110;TR=176;WE=81095371;WS=81095353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	81118289	rs7187102	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=238;SC=TCCTGTCATACAGCTATGATT;SOR=2.049;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=15;WE=81118297;WS=81118279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	81118316	.	CT	C	62	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=19;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=17;MQ=55.7;NF=0;NR=5;PP=62;QD=13.0;SC=TTCCAAATTTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=81118324;WS=81118306;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
chr16	81121145	rs7200400	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=55;SC=ACAAACAAATTACTATTCAAT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=81121153;WS=81121135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	81129822	rs8052579	G	A	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=81;SC=CGCGGCGGGTGACGGGACCGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=81129830;WS=81129812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	81142257	rs1869348	T	C	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=75;PP=2348;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CAATGCAGGATCCAATGAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=201;TCF=96;TCR=105;TR=141;WE=81142265;WS=81142247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,154:0.71:218
chr16	81142358	rs4520846	C	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=559;ReadPosRankSum=2.610;SC=ACTTCCCCTACTGGGAACCCT;SOR=1.055;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=27;WE=81142366;WS=81142348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr16	81145630	rs8053975	C	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=583;SC=ACAGCAAAGACACCCTGTACT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=81145638;WS=81145620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	81145664	rs8054611	A	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=8;PP=1091;SC=ACCTTCCTTGAGTTCCCAGGG;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	81145675	rs8059153	T	C	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=10;PP=1227;SC=GTTCCCAGGGTCTCCCTAACC;SOR=2.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	81145737	rs8059318	T	G	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=57;PP=2810;SC=GCAGAGACCCTCCCCGAACTT;SOR=1.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=101;TCR=57;TR=158;WE=81145745;WS=81145727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	81145755	rs11647962	A	T	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=49;PP=1800;ReadPosRankSum=0.245;SC=CTTTTCCCAAAGCAGATACTT;SOR=0.659;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=183;TCF=113;TCR=70;TR=120;WE=81145763;WS=81145745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,133:0.64:207
chr16	81145807	rs8054182	C	G	6895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=103;PP=2965;SC=GGATGACAATCATAAAGCCTG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=122;TCR=105;TR=224;WE=81145815;WS=81145797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr16	81150935	rs118049419	C	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr16	81150938	rs6564824	G	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=3;PP=570;SC=AGAGGGGCCAGTGTGGGGAGC;SOR=3.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=34;WE=81150946;WS=81150925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	81151122	rs4889238	A	C	7908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=141;PP=2965;SC=ACGTCTCTTTACTCATGCGCT;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=139;TCR=141;TR=279;WE=81151130;WS=81151112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr16	81151163	rs8053191	C	T	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=74;PP=1955;ReadPosRankSum=-0.030;SC=AAGTTGCGGCCGTGACTGCCC;SOR=0.427;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=190;TCF=80;TCR=110;TR=135;WE=81151178;WS=81151153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,141:0.70:202
chr16	81151200	rs4889239	A	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.222;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=366;ReadPosRankSum=0.118;SC=CTCCCTCCCCATCCCGGAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=26;WE=81151208;WS=81151190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr16	81157324	rs4889241	G	A	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=34;PP=1311;SC=GTAGACAGTGGACTCCACAAA;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=81157332;WS=81157314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	81157353	rs16954698	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr16	81157385	rs8050204	G	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=763;ReadPosRankSum=0.225;SC=AGATAGCGGAGAATTCTGCAG;SOR=0.516;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=53;WE=81157393;WS=81157375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,63:0.72:88
chr16	81157577	rs76970623	T	G	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=-0.060;SC=TGTGATATGGTGGCACCCCTC;SOR=0.264;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=12;WE=81157585;WS=81157567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr16	81161473	rs145602984	G	GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC	3728.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.457;SC=CCTGGCTCTGGTACTGCCATT;SOR=0.863;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=24;WE=81161481;WS=81161463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr16	81161552	rs16954717	C	T	3864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.041;NF=84;NR=81;PP=2264;ReadPosRankSum=1.421;SC=GAATATGGTGCACGGCATCCG;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=132;TCR=124;TR=165;WE=81161560;WS=81161542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,174:0.63:275
chr16	81161569	rs75417926	T	G	6741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=2.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.869;QD=27.18;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,167:0.67:248
chr16	81161571	rs80097269	T	C	6741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=1.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.863;QD=26.75;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,170:0.67:252
chr16	81161578	rs7206183	G	A	9876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=39.51;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr16	81161608	rs16954722	T	C	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.660;NF=68;NR=80;PP=1853;ReadPosRankSum=0.478;SC=AGAGCTTTCCTGGACCCTCAC;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=97;TCR=116;TR=148;WE=81161616;WS=81161598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,163:0.70:232
chr16	81161712	rs113658800	TA	T	1514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.759;NF=2;NR=21;PP=1472;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCAATCAAAATAATCTTAACA;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=23;WE=81161730;WS=81161702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr16	81161722	rs71183779	A	C	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=2;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TAATCTTAACACATTCCAAGC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=30;WE=81161730;WS=81161702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr16	81161737	rs2084959	C	T	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=28;PP=792;SC=CCAAGCTCCCCGGCCTGAGGC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=81161745;WS=81161727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	81161764	rs16954729	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=-1.702;SC=GAAATTCAGCGTACCCATTAT;SOR=0.148;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=15;WE=81161772;WS=81161754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr16	81164274	rs11150345	C	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=18;PP=424;SC=ACAGTCCCTGCTCAGGCAGGA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=81164282;WS=81164264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	81164289	rs34186266	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=0.063;SC=GCAGGATCCACGACTCCCACC;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=81164297;WS=81164279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	81167314	rs3826050	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=460;ReadPosRankSum=-1.006;SC=GTCTGTGGAGGGAAGGACACC;SOR=1.445;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=20;WE=81167322;WS=81167304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr16	81167342	rs11150346	T	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=498;SC=CCCCTACGTGTGCAGAGGAGG;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=81167350;WS=81167332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	81173030	rs4889243	A	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=239;SC=ATAAAGGAATAAAAGCCCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=81173038;WS=81173020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	81173136	rs12918619	T	C	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=31;PP=1450;SC=GTGACGAACATGCTCTCCACG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=96;WE=81173144;WS=81173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	81173193	rs4889244	C	T	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=47;PP=2058;SC=CTGGCCCTCCCGTAGTGCAGG;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=121;WE=81173201;WS=81173183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	81180988	rs7194136	C	G	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,37:0.26:144
chr16	81183266	rs8044870	A	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=4;PP=407;SC=CCAGCCACTAACCCTGACCTC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=81183274;WS=81183256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	81185326	rs11649028	G	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=16;PP=1001;SC=CCTGGGTGGCGGAACAAGACC;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=81185334;WS=81185316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	81185416	rs8061038	A	G	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=78;PP=2923;SC=GAAACACCTTATCGAGGACGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=162;WE=81185424;WS=81185406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	81190294	rs4889251	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=497;SC=CAGGTGATCCGTCCACCTTGG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=81190316;WS=81190284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	81190308	rs4889252	G	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=541;SC=ACCTTGGCCTGCCAAAGTGCT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=81190316;WS=81190284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	81190328	rs4889253	G	A	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=731;SC=TGGGATTACAGGCGTGAGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=81190336;WS=81190318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	81190601	rs1453325	T	C	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=90;PP=2708;SC=TGGTGGATGTTGATGGCATTG;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=176;WE=81190621;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	81190613	rs1453324	A	G	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.426;SC=ATGGCATTGGACATCACCAGG;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=77;TCR=84;TR=159;WE=81190621;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr16	81190708	rs1453323	A	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=759;SC=CAACCCATAAAGGGGCTGTCA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=81190716;WS=81190698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	81193156	rs10871403	C	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,33:0.23:143
chr16	81193321	rs72628271	C	T	4817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.668;SC=AGGTCCCTGCCGGGGGCTGGC;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=120;TCR=157;TR=197;WE=81193329;WS=81193311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,206:0.71:290
chr16	81193433	rs734823	G	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr16	81194382	rs2317117	T	C	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=84;NR=57;PP=2304;SC=GTGCAATGTCTGGTCTCCAGT;SOR=1.060;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=141;WE=81194390;WS=81194372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	81197117	rs4889255	A	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=19;PP=1096;SC=GCTTGAGCCCAGGAGGCAGAA;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=81197125;WS=81197107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	81198441	rs7191852	T	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=228;SC=GAGGGAGCCCTCACACCTCCT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=81198449;WS=81198431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	81199429	rs12925622	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.495;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,37:0.21:180
chr16	81199520	rs12931217	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=2.234;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,22:0.23:94
chr16	81199538	rs12931227	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.130;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
chr16	81199544	rs12925771	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=5.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.663;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr16	81199554	rs12926898	CA	TG	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=6.240;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=1.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,16:0.22:74
chr16	81199572	rs12927442	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr16	81201448	rs11313252	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GATGGGGGGGGAAAGTTCCAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=81201456;WS=81201447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	81201507	rs34188236	C	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=-0.236;SC=AGGTCTGCATCTGGCCTGGAC;SOR=0.525;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=15;WE=81201515;WS=81201497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
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chr16	81208175	rs11150361	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.823;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,46:0.18:254
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chr16	81209207	rs2317114	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TGCCACCACCTACCTTAGCCA;SOR=1.308;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=15;WE=81209215;WS=81209197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr16	81211496	rs9935113	C	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=645;ReadPosRankSum=-0.988;SC=AGAACGGTGCCCTCCTCTGGG;SOR=0.568;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=50;WE=81211504;WS=81211486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr16	81211548	rs9934605	G	A	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=874;ReadPosRankSum=0.529;SC=GCACAGTGCTGATCACATAGG;SOR=0.705;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=65;WE=81211556;WS=81211538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,71:0.72:98
chr16	81211720	rs9925522	A	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=423;ReadPosRankSum=0.094;SC=AACTTCAGACATCTCTGGATC;SOR=2.910;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=22;WE=81211728;WS=81211710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr16	81213142	rs4889260	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr16	81213378	rs4889261	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr16	81213422	rs4889262	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.568;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr16	81219187	rs13339342	C	T	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.870;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=16;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.045;SC=AACAGCCAGGCGCAGGGTGAC;SOR=1.581;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=72;TCR=24;TR=72;WE=81219195;WS=81219177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,79:0.76:104
chr16	81219329	rs9319563	G	T	7183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=125;NR=134;PP=2965;SC=CAGACACTATGATCCATCAGG;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=125;TCR=134;TR=259;WE=81219337;WS=81219319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr16	81219396	rs9674042	T	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-2.007;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,34:0.29:116
chr16	81222672	rs4889271	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=1.325;SC=TGGGGTGCTGTTGGCATTCCC;SOR=1.440;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=11;WE=81222680;WS=81222662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	81224234	rs12716909	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=353;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CATCTTTTCCTTGTGAGGTTA;SOR=0.340;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=26;WE=81224242;WS=81224224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr16	81224423	rs11647179	G	A	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=76;PP=2427;SC=CACCAGGGGCGTCAGCCTGTC;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=128;WE=81224431;WS=81224413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	81224495	rs72823811	G	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=621;ReadPosRankSum=1.629;SC=GATTAAAAGTGAGTCATCTTG;SOR=0.180;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=28;WE=81224503;WS=81224485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr16	81228814	rs72823822	G	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=482;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GAAGGAGCTTGGTTCTTGTCC;SOR=1.739;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=27;WE=81228822;WS=81228804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr16	81232275	rs7205673	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=1.427;SC=ACCTTCAACCGGAACAGCCAG;SOR=0.836;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=14;WE=81232283;WS=81232265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr16	81232564	rs7194871	T	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=497;ReadPosRankSum=-1.454;SC=CCCATCAGTTTCTGGGTTTCT;SOR=1.016;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=43;WE=81232572;WS=81232554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,48:0.32:148
chr16	81232743	rs9924038	G	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=611;ReadPosRankSum=0.733;SC=GCAGCTCAGAGTCAGTCTCTG;SOR=1.194;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=39;WE=81232751;WS=81232733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr16	81241098	rs11150369	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,22:0.17:127
chr16	81241100	rs11150370	G	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-1.591;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,25:0.20:128
chr16	81242085	rs7499175	C	T	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=32;PP=1243;ReadPosRankSum=-2.702;SC=TCAAGCAAGTCGGGGACTCAC;SOR=0.969;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=93;WE=81242093;WS=81242075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,105:0.72:145
chr16	81242102	rs6420424	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=2.356;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,40:0.25:158
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chr16	81242151	rs5818326	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=-1.649;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,36:0.24:150
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chr16	81248935	rs8044334	T	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-0.723;SC=GCAGGGGTGATAAATTGAATA;SOR=0.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=11;WE=81248943;WS=81248925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr16	81249954	rs7191351	T	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,41:0.25:162
chr16	81253526	rs141224532	A	ATTATT	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=0.873;SC=TTAGACATGAATTATTTAATC;SOR=0.023;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=3;WE=81253534;WS=81253524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr16	81253637	rs9924275	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=1.854;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,15:0.13:114
chr16	81253642	rs62052455	AG	TC	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=7.090;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.066;SOR=1.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,19:0.15:126
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chr16	81253759	rs9924371	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,50:0.23:219
chr16	81253917	rs9924530	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=530;ReadPosRankSum=1.085;SC=CTCTGGCTTAACAGTGGTGGC;SOR=0.843;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=38;WE=81253925;WS=81253907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,39:0.30:128
chr16	81254023	rs35807120	T	TA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=3.038;SC=TCTTGGGACTTTCATATGCGG;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=4;WE=81254031;WS=81254013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr16	81301460	rs34500060	G	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=212;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TGTGGTCTTGGGGGGGCAGCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=81301468;WS=81301453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	81301694	rs12934922	A	T	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=56;PP=1253;ReadPosRankSum=1.278;SC=ACATCCGGAGAATGAGCTGGG;SOR=0.944;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=84;WE=81301702;WS=81301684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,94:0.65:145
chr16	81303759	rs4889294	T	C	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=25;PP=1254;ReadPosRankSum=0.496;SC=TGTGTCCTTTTTCAGACTTAT;SOR=0.424;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=107;TCF=74;TCR=33;TR=76;WE=81303767;WS=81303749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr16	81314381	rs7188650	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=3.090;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=1.630;SC=TCAAGCATTTTAAAAAATATA;SOR=2.093;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=81314389;WS=81314371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	81319384	rs191514674	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.204;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=774;ReadPosRankSum=0.523;SC=AAGTAAGGATGTTCAGCTGGG;SOR=2.517;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=37;WE=81319392;WS=81319374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr16	81320830	rs8048342	A	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=11;PP=613;SC=ATCTTCATGCACTCCTATTTG;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=81320838;WS=81320820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	81398520	rs4889313	G	A	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=40;PP=1577;SC=TTTAATATCTGTTCACCTGAC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=89;WE=81398528;WS=81398510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	81529174	rs2925994	A	G	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=81;PP=2406;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GCTGCTGGCCACAGGCCAGTG;SOR=0.682;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=224;TCF=106;TCR=118;TR=151;WE=81529182;WS=81529164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,159:0.67:238
chr16	81704014	rs12920501	C	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.619;SC=CTCGGACACACTGGACCTCAG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=81704022;WS=81704004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	81704033	rs8044418	C	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-1.358;SC=AGCAACACTGCTGTTTCCTCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=81704041;WS=81704023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr16	81726584	rs11642818	A	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr16	81726863	rs2288011	C	G	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=726;ReadPosRankSum=-0.397;SC=CCTCCGTGGCCCATGCATTCT;SOR=0.566;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=209;TCF=114;TCR=95;TR=61;WE=81726871;WS=81726853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,65:0.30:220
chr16	81730381	rs9933631	C	A	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=15;PP=666;SC=CGGAGTTTCCCGGCTAACACA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=81730389;WS=81730371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	81730396	rs151182692	T	TA	891.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=1;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=777;ReadPosRankSum=1.422;SC=AACACAGTGCTGATCATGAAG;SOR=0.447;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=13;WE=81730405;WS=81730386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr16	81730397	rs370207043	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=1;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=785;ReadPosRankSum=-0.062;SC=ACACAGTGCTGATCATGAAGG;SOR=0.447;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=18;WE=81730405;WS=81730386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
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chr16	81736324	rs4888167	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=145;ReadPosRankSum=0.080;SC=GTGGGTTGGTCCTCTCTGTTG;SOR=0.614;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=15;WE=81736332;WS=81736314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
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chr16	81819820	rs4294811	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGTGTGGCCCGTCCTCTGGGG;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=14;WE=81819828;WS=81819810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr16	81887921	rs80212463	G	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.706;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr16	81887957	rs4072830	A	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.715;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GGAAGGAAGGAGCCAGGCTGT;SOR=1.395;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=11;WE=81887965;WS=81887947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr16	81891998	rs4341734	G	C	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.462;NF=49;NR=41;PP=1451;ReadPosRankSum=-1.246;SC=CGTAGTTGCTGATTCCTTTAT;SOR=0.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=76;TCR=62;TR=90;WE=81892006;WS=81891988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,109:0.71:154
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chr16	81892043	rs67392656	GAAAA	G	1188.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.237;NF=4;NR=60;PP=1214;ReadPosRankSum=1.554;SC=CTACAGGGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.724;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=73;TCF=6;TCR=67;TR=64;WE=81892056;WS=81892027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,36:0.27:131
chr16	81892048	rs5016604	A	C	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,80:0.62:128
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chr16	81902797	rs12445580	A	G	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1586;ReadPosRankSum=-0.336;SC=AGGTGACAGAACTGGGTCTCC;SOR=0.718;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=93;TCR=53;TR=94;WE=81902805;WS=81902787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,102:0.64:160
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chr16	81904374	rs146168517	A	AT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=1.150;SC=CATTTCTGAAACAAAAATTAT;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=81904383;WS=81904364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	81904375	rs35039495	C	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=0.319;SC=ATTTCTGAAACAAAAATTATT;SOR=0.446;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=81904383;WS=81904364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	81904433	rs34761601	TG	T	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.925;NF=8;NR=4;PP=577;ReadPosRankSum=-1.438;SC=AAAAATCATGTGGTCACTTTT;SOR=1.833;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=12;WE=81904455;WS=81904423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	81904447	rs62046684	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=-0.671;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.368;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr16	81904674	rs7192509	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=312;ReadPosRankSum=-1.176;SC=ATGAGAATGATGAAAGCATAC;SOR=1.255;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=22;WE=81904682;WS=81904664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr16	81904711	rs7192535	T	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=0.132;SC=ATTGGCAAAATTCTTTAACCA;SOR=3.877;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=10;WE=81904719;WS=81904701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	81914604	rs41309274	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=-0.046;SC=TGCCGGACCTCGGTGCCTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=22;WE=81914612;WS=81914594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,25:0.32:79
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chr16	81917099	rs6564928	G	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=0.122;SC=AACGATTGCAGTCTGCCAGAT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=81917107;WS=81917089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr16	81931362	rs8053636	T	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=411;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GTTGGCCAGGTTGGTCTTGAA;SOR=2.917;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=18;WE=81931370;WS=81931352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr16	81931403	rs8049305	A	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=684;ReadPosRankSum=-1.693;SC=TCCCGCCTCAACCTCCCAAAG;SOR=1.578;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=31;WE=81931411;WS=81931393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr16	81939150	rs4435248	G	C	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.628;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=1012;ReadPosRankSum=2.506;SC=CTGCGGCCACGCCCCTTGCAG;SOR=2.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=44;WE=81939158;WS=81939140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr16	81941319	rs1143689	C	T	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=38;PP=1561;SC=GCGCCATTGCCGATGCCAAGC;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=93;WE=81941327;WS=81941309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	81941444	rs71400183	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=59;ReadPosRankSum=-0.066;SC=AGCCAGTCCCCGGGACCTCCT;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=8;WE=81941452;WS=81941434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr16	81946423	rs4243222	C	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=-1.566;SC=CCTGCAGTGCCCTGCCCCCCC;SOR=0.530;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=28;WE=81946431;WS=81946413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr16	81946471	rs4243223	G	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=282;ReadPosRankSum=-0.894;SC=AGCAAAAGCCGCTGCGAGAAT;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=15;WE=81946479;WS=81946461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr16	81953081	rs12448130	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=564;SC=GTGTTCTTCCTGCTCCAGGGC;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=81953089;WS=81953071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	81953368	rs12448152	A	G	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=35;PP=924;SC=TTCACCATGTATCTGATACTG;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=81953376;WS=81953358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	81954789	rs12446127	C	G	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,106:0.68:157
chr16	81956927	rs4485360	C	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=393;SC=TTGGGGCCTTCGATCCTTTGC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=81956935;WS=81956917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	81956999	rs41311272	A	G	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=685;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CTGCTCCCCAATGAGAAGAAC;SOR=0.929;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=39;WE=81957007;WS=81956989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr16	81962071	rs4366702	A	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=251;ReadPosRankSum=0.697;SC=TTCCACAGGCAGTATCTCTGC;SOR=0.063;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=16;WE=81962079;WS=81962061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr16	81964977	rs7187863	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=1.957;SC=CGTCCCCATCAGTGCTAACCG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=5;WE=81964985;WS=81964967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr16	81973474	rs4405546	C	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=762;SC=TGTGGCCTCTCATGAGCTTTG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=81973482;WS=81973464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	81973805	rs12923387	A	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=225;SC=CTTGGAGAGCAGGTGTACAGC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=81973815;WS=81973795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	81973807	rs141767011	G	GTGCA	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=529;SC=TGGAGAGCAGGTGTACAGCCT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=81973815;WS=81973795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	82124776	rs2955154	G	T	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=45;PP=1385;SC=TCAGTTAAAGGGGTGAAAACA;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=82124784;WS=82124766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	82131623	rs8191243	C	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=387;SC=CAAGCGCCTGCTCCCTGACTT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=82131631;WS=82131613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	82182286	rs3751863	C	G	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=648;ReadPosRankSum=0.590;SC=CTCCAGATGCCCTGCTGACTT;SOR=1.052;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=40;WE=82182294;WS=82182276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr16	82182354	rs3751865	G	A	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=34;PP=1736;ReadPosRankSum=-0.175;SC=GGGGCTTTAAGAACATCTTCT;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=97;TCR=51;TR=99;WE=82182362;WS=82182344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,101:0.66:153
chr16	82182568	rs16956524	C	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=607;ReadPosRankSum=-0.388;SC=AAAAAGATTACGAAAAAGAAA;SOR=0.346;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=33;WE=82182576;WS=82182558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr16	82182832	rs11859599	C	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=732;ReadPosRankSum=1.201;SC=AGCTGCCGTGCACTGTGGGGT;SOR=2.682;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=31;WE=82182840;WS=82182822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr16	82182866	rs16956533	C	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=10;PP=958;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CTGGGAGAGCCAATGAATGCT;SOR=1.476;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=53;WE=82182874;WS=82182856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
chr16	82183136	rs140235657	ACT	A	790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=851;ReadPosRankSum=0.349;SC=TTGATAAGGGACTCTCTGTAA;SOR=0.957;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=14;WE=82183152;WS=82183126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr16	82183144	rs74398860	T	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=781;ReadPosRankSum=0.349;SC=GGACTCTCTGTAATACTTGAT;SOR=0.957;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=15;WE=82183152;WS=82183126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
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chr16	82203768	rs2303261	G	T	7391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=3.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.54;ReadPosRankSum=2.105;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,191:0.58:328
chr16	82672920	rs12444222	G	A	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=20;PP=1590;SC=GGGTCAGCCCGGGGTCATTTG;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=77;WE=82672928;WS=82672910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	82673047	rs4782724	C	T	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=95;PP=2965;SC=TGGGCGTGACCCACCTGCAGC;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=185;WE=82673055;WS=82673037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	82882118	rs1585533	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=452;ReadPosRankSum=0.201;SC=TTTTTAAATTATTACTTTGTC;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=21;WE=82882126;WS=82882113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr16	82882283	rs9935254	C	G	4242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.952;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=83;PP=2761;ReadPosRankSum=2.032;SC=GCCCTTTACTCATCTGTCTCC;SOR=0.507;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=248;TCF=126;TCR=122;TR=173;WE=82882291;WS=82882273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,185:0.69:267
chr16	82917768	rs929847	G	C	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=611;ReadPosRankSum=-2.459;SC=TCCTTATGCTGTTTCTTTCCA;SOR=0.750;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=42;WE=82917776;WS=82917758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,55:0.86:64
chr16	82917852	rs929848	T	C	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TGGGCTCCCATGAGAAGGAAA;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=83;WE=82917860;WS=82917842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,92:0.81:113
chr16	83065664	rs6565105	G	A	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=54;PP=2518;SC=ATGAGGTCTCGAGCCCATACT;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=138;WE=83065672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	83065904	rs7197530	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=53;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GGGTCTTTAATTTATTATGTT;SOR=0.758;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=7;WE=83065912;WS=83065894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr16	83065965	rs2228685	T	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=6;PP=139;SC=AATCCAACTCTAAAAATGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=83065973;WS=83065955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	83159350	rs7196370	A	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=8;PP=828;SC=GTTGAAATTAAGCAGGAAGAT;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=83159358;WS=83159340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	83159498	rs55740221	G	A	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1795;ReadPosRankSum=1.827;SC=AGGTCTACGCGTACCACTGGG;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=112;WE=83159506;WS=83159488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,121:0.72:169
chr16	83214480	rs7188594	C	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=775;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TACAGAGAACCCACAATCCTA;SOR=0.678;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=56;WE=83214488;WS=83214470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,58:0.59:98
chr16	83251210	rs4572385	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=188;SC=ACCCGGGACTGCATGGCTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=83251218;WS=83251200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	83520078	rs2306907	G	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=11;PP=837;ReadPosRankSum=-1.588;SC=TCTTGCCCCGGTAGGCACCAC;SOR=0.944;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=49;WE=83520086;WS=83520068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr16	83658649	rs11639522	C	G	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=49;PP=2900;SC=TATTTAAGCACAAAAATGGAC;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=137;WE=83658657;WS=83658639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	83753815	rs72797298	T	C	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.107;NF=43;NR=46;PP=1239;ReadPosRankSum=-1.497;SC=CACACACTTGTGCATGTACAC;SOR=0.896;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=89;WE=83753823;WS=83753805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,97:0.66:148
chr16	83753910	rs142886033	TCATGCACACA	T	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.173;NF=3;NR=18;PP=2981;ReadPosRankSum=-1.980;SC=ATACATGCACTCATGCACACA;SOR=0.836;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=21;WE=83753927;WS=83753900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr16	83775093	rs138398661	G	GTATA	225.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.566;NF=1;NR=5;PP=298;ReadPosRankSum=1.465;SC=ATGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=83775101;WS=83775083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr16	83781604	rs16961631	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=0.598;SC=TTTGGATTTTTGTTACCTAGG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=8;WE=83781612;WS=83781594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr16	83816828	rs153654	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
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chr16	83828488	rs74786055	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=514;ReadPosRankSum=-0.077;SC=ATCCTTAAGGAAAAAAAAAAT;SOR=1.542;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=22;WE=83828496;WS=83828477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
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chr16	83828683	rs11311412	GA	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.425;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,34:0.14:250
chr16	83842792	rs8053753	G	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr16	83873259	rs435383	G	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=52;SC=AGGAACAGAGGACTCATTTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=83873267;WS=83873249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	83873285	rs435367	G	A	167.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=84;SC=GTGTGTGTGTGTGCTCCTGTG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=83873293;WS=83873275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	83873300	rs146203605	T	TTG	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr16	83873312	rs367415	C	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	83886468	rs150603407	GTGCACACA	G	6113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=40;PP=2977;SC=GCACACACACGTGCACACATG;SOR=1.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=92;WE=83886483;WS=83886458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	83933296	rs446036	T	C	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=31;PP=929;SC=CCGCCGTCGATCCCCCGGCAG;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=83933304;WS=83933286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	83982460	rs4782863	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=390;ReadPosRankSum=0.233;SC=GGATCACGTCACAAGCTCTCA;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=23;WE=83982468;WS=83982455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr16	83982960	rs4782864	C	T	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=32;PP=1141;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TTGAGCACTCCAGGGTGGGGG;SOR=0.599;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=82;WE=83982968;WS=83982950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,91:0.73:125
chr16	83983071	rs4782865	C	T	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=50;PP=1272;ReadPosRankSum=-1.158;SC=AAGTGGAGACCGAGAGGCTGC;SOR=0.990;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=97;WE=83983079;WS=83983061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,113:0.73:155
chr16	83983755	rs2245008	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=2;PP=681;ReadPosRankSum=-0.494;SC=CATGGCCCCAGCTGTGCCTAA;SOR=1.306;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=31;WE=83983763;WS=83983745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr16	83983775	rs12933677	T	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=1016;ReadPosRankSum=1.801;SC=ACCTCTTCCCTAAGCCTTTTT;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=63;TCR=12;TR=44;WE=83983783;WS=83983765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr16	83983867	rs2457543	C	T	6604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.485;NF=93;NR=77;PP=2416;ReadPosRankSum=2.988;SC=GGCAGATACGCACACACAGAC;SOR=0.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=288;TCF=157;TCR=131;TR=170;WE=83983875;WS=83983857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,177:0.58:307
chr16	83983882	.	GCATACATACCAGCACACACGTACACACACATGCACACGTGAGCACATGTGCACACATGCA	G	4453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=1.686;QD=16.81;ReadPosRankSum=6.229;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,119:0.45:265
chr16	83983892	.	CA	TG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=58.05;NF=74;NR=68;PP=2944;QD=20;SC=GCATACATACCAGCACACACG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=137;TCR=129;TR=142;WE=83983901;WS=83983882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:124,142:0.53:266
chr16	83983920	.	G	A	1492	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=28;MQ=57.01;NF=46;NR=49;PP=1492;QD=16.0712759215;SC=ACATGCACACGTGAGCACATG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=185;TCF=91;TCR=94;TR=95;WE=83983928;WS=83983910;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:90,95:0.51:185
chr16	83984576	.	T	C	838	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=40.77;NF=9;NR=3;PP=838;QD=72.7309343789;SC=ACATACATACTGGCACACACG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=12;WE=83984587;WS=83984566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,12:0.32:38
chr16	83984578	.	GCA	G	849	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=41.34;NF=7;NR=4;PP=849;QD=79.3636363636;SC=ATACATACTGGCACACACGTA;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=11;WE=83984587;WS=83984566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,11:0.35:31
chr16	83984706	rs147293432	CCT	C	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,23:0.12:189
chr16	83984776	rs28555129	A	C	2567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=65;PP=1784;ReadPosRankSum=-2.378;SC=TCTACCAGGAACCAGCCCCAG;SOR=1.386;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=106;WE=83984789;WS=83984766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,110:0.77:142
chr16	83984844	rs2244899	A	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.33;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=1.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
chr16	83984850	rs2244898	C	G	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=5.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.75;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr16	83986885	rs7203516	C	G	7991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.64;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,199:0.66:300
chr16	83986888	rs7203864	G	A	8035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,203:0.65:311
chr16	83992785	rs2665296	G	A	4881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=51;PP=2965;SC=TGAATGCGCCGCATCTAGATC;SOR=1.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=110;TCR=51;TR=161;WE=83992793;WS=83992775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	83994569	rs2136662	G	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=791;ReadPosRankSum=0.027;SC=TGGACCAAAGGGTTCCTTTCC;SOR=0.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=52;WE=83994577;WS=83994559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr16	83998995	rs150791768	G	A	4685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.995;SC=GTCTGCCCTGGAGGCCGCCAC;SOR=0.831;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=257;TCF=126;TCR=131;TR=191;WE=83999003;WS=83998985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,199:0.75:267
chr16	83999261	rs35132222	C	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.809;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,59:0.23:259
chr16	84027225	.	CTGTGTGTG	C	201.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=9.700;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr16	84035954	rs201479853	G	A	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1339;ReadPosRankSum=0.365;SC=GGGACTGACAGCCTCCCAGAG;SOR=0.481;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=87;WE=84035962;WS=84035944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,95:0.70:135
chr16	84043296	rs113690446	G	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=1.120;SC=ATCTTTATGAGGAAAAGAAAT;SOR=2.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=10;WE=84043304;WS=84043286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	84043380	rs7196330	A	G	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=23;PP=1330;ReadPosRankSum=-0.889;SC=GCCCGGCACTAGCTGCCCATC;SOR=0.810;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=76;WE=84043388;WS=84043370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,77:0.65:119
chr16	84046412	rs11149615	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.68;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	84046432	rs11864037	A	G	404.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=303;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CCGGGCTCCTATCCTGGCTCA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=14;WE=84046440;WS=84046422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr16	84046499	rs11864095	C	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=714;ReadPosRankSum=1.071;SC=AGGTTTCTCACCTGCAGGATG;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=42;WE=84046507;WS=84046489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,45:0.82:55
chr16	84046715	rs11864146	A	G	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.112;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=1059;ReadPosRankSum=0.281;SC=AGCAACAAAAAGGTCCCGGGA;SOR=1.074;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=62;WE=84046723;WS=84046705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,64:0.74:86
chr16	84046813	rs138662310	C	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	84063320	rs143276186	A	AAGGAAG	1792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=30;PP=2169;SC=GGAAATGGAAAAGGATGCTGG;SOR=2.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=32;WE=84063328;WS=84063310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	84065710	rs907043	A	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.93;NF=4;NR=19;PP=489;SC=CTGCCTCACCATCCTCATCTG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=84065718;WS=84065700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	84075563	rs1105355	C	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=4;PP=297;SC=ACTCACTTCCCGGGGACTTAC;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=84075571;WS=84075553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	84088047	rs11607	C	T	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,29:0.23:127
chr16	84088968	rs8053890	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=396;ReadPosRankSum=-0.839;SC=CTCCTCTTGGTAGCTATAAAC;SOR=0.654;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=31;WE=84088976;WS=84088958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,32:0.30:106
chr16	84089207	rs6563996	G	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=0.193;SC=GGGCCTTCTGGGCTGAGGGCT;SOR=0.657;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=10;WE=84089215;WS=84089197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr16	84089536	rs11415464	T	TG	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=-1.788;SC=GCCCGCCTCCTGGGGAGGGAG;SOR=0.307;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=84089544;WS=84089532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	84089767	rs17849043	C	T	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-2.380;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr16	84093062	rs2280024	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,48:0.33:145
chr16	84093152	rs2280023	T	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=-0.206;SC=ACAGAGCCCCTGTGCTCTATT;SOR=1.345;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=7;WE=84093160;WS=84093142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr16	84094450	.	CT	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=3.045;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr16	84101240	rs3835163	C	CACATTTT	831.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,25:0.25:99
chr16	84102135	rs870584	G	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.213;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=426;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CACAGGGCCGGCTCTGCAAGA;SOR=0.352;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=37;WE=84102143;WS=84102125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr16	84115279	rs3826139	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=-0.511;SC=AGGCTTGTATTTTGTGCAGAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=4;WE=84115287;WS=84115269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr16	84115483	rs3743631	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=558;ReadPosRankSum=0.490;SC=TCATACTGGCGGGATTCACCA;SOR=0.813;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=165;TCF=86;TCR=79;TR=49;WE=84115491;WS=84115473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,52:0.29:177
chr16	84115561	rs3743632	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=354;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TAAAAGAATGGAAATTGGACC;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=38;WE=84115569;WS=84115551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,40:0.30:132
chr16	84132533	rs4782584	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.206;NF=10;NR=0;PP=148;ReadPosRankSum=-1.269;SC=CCAGGAAAATGTTCACAATTA;SOR=0.481;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=10;WE=84132541;WS=84132523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	84132628	rs10690442	G	GAC	6880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=43;PP=2246;SC=AAACAGCAGAGAGAAATTTGC;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=81;WE=84132636;WS=84132618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr16	84135453	rs1049884	A	T	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=46;PP=1080;ReadPosRankSum=0.470;SC=TTCTTGATTAAAAGTGAATTT;SOR=0.504;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=66;WE=84135461;WS=84135443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,70:0.83:84
chr16	84135493	rs907045	A	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=749;SC=CAACATTACTAATCAGCCATC;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=84135501;WS=84135483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr16	84182715	rs61743547	C	T	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=45;PP=1417;ReadPosRankSum=0.024;SC=ACTTCGCACACCCAAGAGAAG;SOR=0.653;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=97;WE=84182723;WS=84182705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,108:0.68:158
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chr16	84208446	rs111554344	AT	A	1718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.274;NF=0;NR=40;PP=2428;ReadPosRankSum=-0.670;SC=AAAGCATTGAATTCCCCCATA;SOR=1.089;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=113;TCF=5;TCR=108;TR=40;WE=84208454;WS=84208432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,50:0.32:154
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chr16	84209634	rs2288019	C	G	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=924;ReadPosRankSum=-0.193;SC=TGGAAAACCTCCCCACAGACA;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=224;TCF=105;TCR=119;TR=70;WE=84209642;WS=84209624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,72:0.30:241
chr16	84209738	rs2288020	T	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.921;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=433;ReadPosRankSum=2.111;SC=AAGAGGGACTTGGAAATCCGA;SOR=1.224;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=39;WE=84209746;WS=84209728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,42:0.35:121
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chr16	84211483	rs8692	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
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chr16	84213434	rs2230129	A	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-1.325;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,45:0.23:193
chr16	84213541	rs3217259	A	AC	940.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=2.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,51:0.21:243
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chr16	84213965	rs2278043	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=380;ReadPosRankSum=0.954;SC=GGCCCGAGAAGGAAGGGGGAT;SOR=0.892;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=31;WE=84213973;WS=84213955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,33:0.31:107
chr16	84214837	rs2303234	G	C	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=3.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.136;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,74:0.27:272
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chr16	84215314	rs3815814	T	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,53:0.26:205
chr16	84215390	rs2230127	T	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,72:0.27:267
chr16	84215692	rs2303237	C	T	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.975;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:341,115:0.25:456
chr16	84217062	rs4782591	C	T	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=110;PP=2965;SC=CCGATACCGGCACCCTCCGCG;SOR=1.460;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=176;TCF=64;TCR=112;TR=174;WE=84217070;WS=84217052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	84218565	rs2230126	T	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=6.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,34:0.28:123
chr16	84224967	rs8044695	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr16	84225327	rs8049081	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.103;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr16	84227905	rs13333300	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=528;ReadPosRankSum=1.122;SC=GGGTGGCGATGGAGCCTGCTG;SOR=0.552;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=37;WE=84227913;WS=84227895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,42:0.35:119
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chr16	84230103	rs2303241	C	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.215;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr16	84230376	rs2303242	T	C	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,65:0.39:166
chr16	84270381	rs244811	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=525;ReadPosRankSum=0.009;SC=TGACACACAGGCTGACGGCTG;SOR=0.702;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=38;WE=84270389;WS=84270371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,40:0.30:132
chr16	84270728	rs150663937	C	T	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=961;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CTCACGATCACCCCGAAGGCG;SOR=0.927;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=289;TCF=155;TCR=134;TR=86;WE=84270736;WS=84270718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,84:0.29:288
chr16	84271193	rs11647665	C	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,41:0.26:159
chr16	84328752	rs369797	G	T	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	84328756	rs401782	G	C	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	84328826	rs429725	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=14;PP=384;SC=TGCTCCCCCAAAACGTGGCAA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=84328834;WS=84328816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	84351828	rs187372	G	A	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=845;ReadPosRankSum=0.808;SC=AAGCCTGGGCGTTTCTCAGCT;SOR=1.002;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=51;WE=84351836;WS=84351818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr16	84357925	rs244786	G	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=4;PP=469;SC=AGTGAGATGGGGAGACTGAAA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=84357933;WS=84357915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	84358121	rs244787	A	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=13;PP=327;SC=AGGCAGTGAAAGTTTCTTATG;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=84358129;WS=84358111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	84402133	rs13330390	G	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=10;PP=858;SC=CCTGGTAACCGGGTCCGGCCC;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=84402141;WS=84402123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	84402275	rs62048787	G	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=50;PP=1333;SC=TCTCGGGCGGGGGCCGCCAGT;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=84402283;WS=84402265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	84402381	rs72804627	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.174;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr16	84431973	rs12148971	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=105;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GATCATGACACTGCACTCCAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=84431981;WS=84431963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	84438512	rs11149650	G	A	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=35;PP=1817;SC=GACCAGAGTCGTCTTTTCTGC;SOR=1.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=100;WE=84438520;WS=84438502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	84441926	rs117495988	T	C	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=31;PP=1287;ReadPosRankSum=-1.001;SC=CTGAGACCCCTGTCACACAAA;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=88;TCR=44;TR=92;WE=84441934;WS=84441916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,97:0.67:145
chr16	84441989	rs9935544	C	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,91:0.31:298
chr16	84444113	rs2291006	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=53;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TAGCCTGCCACGCCCTGTCCC;SOR=0.027;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=84444121;WS=84444109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	84444349	rs247818	A	C	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=72;PP=2246;SC=GCTGACCAAGATGGTTCCTCC;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=127;WE=84444357;WS=84444339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	84473004	rs3085208	C	CTT	2316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.434;NF=15;NR=21;PP=1511;ReadPosRankSum=0.913;SC=GGCAACTTCTCTTCTATAAAC;SOR=0.845;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=36;WE=84473012;WS=84472994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr16	84473137	rs247904	G	C	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=1044;ReadPosRankSum=-1.267;SC=CGAGGTGAGTGCCAAAGGAAT;SOR=0.791;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=60;WE=84473145;WS=84473127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,66:0.72:92
chr16	84473192	rs931077	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.74;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr16	84473195	rs247903	T	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.32;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr16	84481995	rs247891	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=205;SC=GTCCAGCACCTGTGAACAGCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=84482003;WS=84481985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	84485573	rs247885	C	A	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=48;PP=2772;SC=TGACGTTTCTCGGTCTTGTGG;SOR=1.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=108;TCR=48;TR=156;WE=84485581;WS=84485563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	84485749	rs12149888	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=339;ReadPosRankSum=1.330;SC=CCATCCTTTACGATGGGGGGC;SOR=0.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=30;WE=84485757;WS=84485739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,30:0.26:114
chr16	84486700	rs193704	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.252;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=432;ReadPosRankSum=0.881;SC=GAGGGGTGGGGACGCGGGCCT;SOR=0.124;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=28;WE=84486708;WS=84486690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,33:0.87:38
chr16	84486867	rs2435172	A	G	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=58;PP=2323;SC=CTTGGCTGGCAGTGGGGCTGG;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=114;WE=84486875;WS=84486857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	84488676	rs113623854	A	AGG	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.086;QD=13.22;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr16	84493032	rs3743654	C	T	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=55;PP=2320;SC=TCTCTTTACCCACCTGCGGGG;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=118;WE=84493040;WS=84493022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	84493144	rs410388	C	G	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=73;PP=2509;SC=TGTTGCACTGCAGTGAGACTG;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=136;WE=84493152;WS=84493134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	84493927	rs35858301	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=397;SC=GGCGGAGCCTGGAGCCTGTTT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=84493935;WS=84493917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	84493954	.	G	GA	1585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=8;PP=558;SC=GCGCAACGTTGGGGGGGGTCC;SOR=1.347;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=84493962;WS=84493944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	84494020	rs393515	G	T	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=25;PP=931;SC=TTGGCCTTACGGGGTGGTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=84494028;WS=84494010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	84494275	rs2241640	C	T	6197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=87;PP=2965;SC=GGGTAGAGCCCGTTGACAAAG;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=124;TCR=87;TR=209;WE=84494283;WS=84494265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	84495761	rs34205686	G	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GGGAACGACAGGTGACCTCGA;SOR=1.329;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=9;WE=84495769;WS=84495751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	84497212	rs1560247	C	T	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=49;PP=2233;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TGTTTTCTCCCTTGGCAGATT;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=120;TCR=70;TR=134;WE=84497220;WS=84497202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,139:0.69:202
chr16	84513463	rs899250	T	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=310;ReadPosRankSum=0.283;SC=GCTGCAGGCGTTGCCCTCTAC;SOR=1.911;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=17;WE=84513471;WS=84513453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr16	84514341	rs444170	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,29:0.21:138
chr16	84516309	rs433293	G	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.509;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,76:0.31:247
chr16	84520223	rs431629	A	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=-0.209;SC=AAGGTTCAGGACACCAAGTCT;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=13;WE=84520231;WS=84520213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr16	84520325	rs431389	T	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,37:0.23:160
chr16	84520396	rs422145	A	G	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=72;PP=2823;SC=AAGAGCAGGCACCAGCGGTGC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=159;WE=84520404;WS=84520386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	84520537	rs431818	T	C	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=61;PP=2192;SC=GAGCACAGGATGAGAAAGCCC;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=131;WE=84520545;WS=84520527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr16	84520780	rs378384	G	C	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=158;SC=ACTGAGCACAGAAAACAGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=84520788;WS=84520770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	84522897	rs436278	G	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
chr16	84528235	rs62050761	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=358;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TTTCCAGTGTTGTCTTCCCTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=17;WE=84528243;WS=84528225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr16	84528293	rs2082037	C	T	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=854;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TTTTTCTTCACGGGACATGAG;SOR=0.579;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=50;WE=84528301;WS=84528283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr16	84528317	rs2435171	G	C	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=41;PP=1957;SC=TCACAACCTGGTAAAAATGAG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=104;WE=84528325;WS=84528307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	84531780	rs501782	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr16	84600347	rs247860	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=1.688;SC=CATGGCTTCTTTTCTCCCTGG;SOR=0.437;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=6;WE=84600355;WS=84600337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	84623989	rs2288584	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=0.045;SC=ACCGGTGCAGTTCCCTGGGAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=6;WE=84623997;WS=84623979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	84690467	rs72797510	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=0.875;SC=AATGTGTCTTCTCTGTCCAGG;SOR=0.347;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=15;WE=84690475;WS=84690457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr16	84691044	rs3751762	C	T	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.02;MQRankSum=-0.717;NF=79;NR=72;PP=1926;ReadPosRankSum=1.072;SC=GCACGACCTCCTGCAGGCCGC;SOR=0.658;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=439;TCF=233;TCR=206;TR=151;WE=84691052;WS=84691034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,160:0.34:467
chr16	84691433	rs72797514	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=290;ReadPosRankSum=1.683;SC=ACCACTGTGTCGCGGTGCTGG;SOR=0.889;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=29;WE=84691441;WS=84691423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr16	84774022	rs12448489	G	A	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=634;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TTGGCCATACGTGCTGGGTGG;SOR=0.608;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=48;WE=84774030;WS=84774012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr16	84774120	rs4510001	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=218;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TGTATTTAATTGCTGAATCAC;SOR=0.579;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=19;WE=84774128;WS=84774110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr16	84778222	rs3751759	G	A	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.569;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=47;PP=1854;ReadPosRankSum=1.258;SC=TTAACTAATAGTTTTCTTTCT;SOR=0.971;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=182;TCF=106;TCR=76;TR=121;WE=84778230;WS=84778212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,128:0.67:190
chr16	84778762	rs4553618	C	T	3339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.246;NF=57;NR=86;PP=2193;ReadPosRankSum=0.267;SC=TTGTGCCTGACAGTCCTTTCC;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=208;TCF=86;TCR=122;TR=143;WE=84778770;WS=84778752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,149:0.67:222
chr16	84779248	rs7185949	T	G	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.261;NF=45;NR=45;PP=1337;ReadPosRankSum=-3.366;SC=TTGTTCCGGTTTCAGAGGATC;SOR=0.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=90;WE=84779256;WS=84779238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,102:0.65:156
chr16	84792371	rs71386866	C	G	4336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=69;PP=2413;SC=CGTTGCAACCCCGTGGGCTGA;SOR=0.834;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=141;WE=84792379;WS=84792361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	84793261	rs3764333	A	G	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=466;SC=TGGAGCATTGATGATCTGTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=84793269;WS=84793251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	84796603	rs12932018	A	G	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=9;PP=1342;ReadPosRankSum=-1.324;SC=AGGGTCGACAAGAAGATGCTG;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=81;TCR=13;TR=63;WE=84796611;WS=84796593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr16	84796864	rs35594082	A	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=498;ReadPosRankSum=0.112;SC=GGTAAATTACAGTTTATCCCG;SOR=0.730;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=29;WE=84796872;WS=84796854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,29:0.78:37
chr16	84797637	rs3213810	T	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=473;ReadPosRankSum=1.017;SC=GTGCCTTTTTTTTTTTTGCTG;SOR=0.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=32;WE=84797645;WS=84797621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr16	84808824	rs774298	C	G	6408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=77;PP=2965;SC=CCTATCGGCTCTTTGCAGGTG;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=136;TCR=78;TR=212;WE=84808832;WS=84808814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr16	84808900	rs774299	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,65:0.24:276
chr16	84808969	rs2303232	G	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,21:0.22:97
chr16	84808984	rs774300	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
chr16	84872051	rs1546124	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=96;ReadPosRankSum=-0.789;SC=AGCTCTGCCCGAGGAGCCCAG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=8;WE=84872059;WS=84872041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr16	84876693	rs12599235	T	C	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=753;ReadPosRankSum=-2.834;SC=CCTTTCATGTTTTCCTGTTTG;SOR=0.822;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=50;WE=84876701;WS=84876683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,59:0.66:90
chr16	84876879	rs12596928	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCAGCACTGCGCTGCATTGCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=84876887;WS=84876869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	84879324	rs12051168	T	C	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=952;ReadPosRankSum=-0.473;SC=GGGGCGTTGCTGTATTTATGG;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=58;WE=84879332;WS=84879314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,63:0.70:90
chr16	84882911	rs4783086	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=7;PP=405;SC=CCCTCCCTCCTACCTGCCCGT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=84882919;WS=84882901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	84882974	rs4783087	C	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=820;ReadPosRankSum=1.527;SC=ACTGAGTGAGCGGTTTCTGCC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=42;WE=84882982;WS=84882964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr16	84883102	rs8061351	C	T	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=37;PP=1304;SC=GCTCGGGGCCCATGTGCACGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=84;WE=84883110;WS=84883092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	84883195	rs140532417	A	ATTG	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=896;SC=CCCCTGGGGGATTGTCAAATC;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=18;WE=84883203;WS=84883185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	84884072	rs4782673	T	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.640;SOR=1.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,13:0.16:83
chr16	84884116	rs4783090	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,35:0.25:140
chr16	84888295	rs4782674	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=247;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GGCCTCACGTCGTGGTTCCCT;SOR=0.686;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=18;WE=84888303;WS=84888285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr16	84888310	rs4782675	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=381;ReadPosRankSum=-1.164;SC=TTCCCTCTGACGGTTGTTTTT;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=27;WE=84888318;WS=84888300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,28:0.37:76
chr16	84888519	rs72337724	TAAAG	T	2651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=38;PP=1644;ReadPosRankSum=1.403;SC=ACAGGGGAATTAAAGAAGTCA;SOR=0.552;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=134;TCF=14;TCR=120;TR=41;WE=84888530;WS=84888509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,74:0.35:213
chr16	84888541	rs2646127	T	C	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=6.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,61:0.37:164
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chr16	84906098	rs721005	C	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.474;SOR=1.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,30:0.25:118
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chr16	84907670	rs2934486	G	C	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=742;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TTTATCATGCGTGTGAACATT;SOR=0.507;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=127;TCF=43;TCR=84;TR=55;WE=84907678;WS=84907660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,58:0.44:131
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chr16	85009970	rs7195377	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,27:0.29:94
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chr16	85023855	rs931713	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,42:0.28:152
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chr16	85105643	rs12597135	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=0.664;SC=TCCAAAAATACTCTGAAAAGG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=85105651;WS=85105633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr16	85106500	rs7184546	C	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,47:0.29:161
chr16	85109328	rs16975200	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr16	85112002	rs2291967	T	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.312;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,49:0.20:245
chr16	85112097	rs12932461	C	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=213;ReadPosRankSum=1.312;SC=AGACGCCCAGCCCACAGCCCC;SOR=0.423;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=24;WE=85112105;WS=85112087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr16	85120500	rs7206590	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr16	85120609	rs2291962	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr16	85139173	rs8050910	G	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=231;ReadPosRankSum=1.371;SC=CTTGCTAATTGGGTCATCAAA;SOR=0.572;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=24;WE=85139181;WS=85139163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr16	85141292	rs17200798	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.424;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,39:0.29:135
chr16	85141556	rs67587184	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=1.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,68:0.25:271
chr16	85141661	rs17200833	G	A	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=793;ReadPosRankSum=1.924;SC=TCTGTGCCCCGTAGAGCTTCA;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=227;TCF=108;TCR=119;TR=67;WE=85141669;WS=85141651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,70:0.28:247
chr16	85145800	rs60296580	C	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr16	85145977	rs9931038	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.143;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,42:0.30:139
chr16	85146039	rs9940839	G	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GAGGAGCCGGGCAGGGCTGGG;SOR=0.926;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=14;WE=85146047;WS=85146029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr16	85691294	rs7404958	A	G	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=37;PP=1077;SC=CTGTTTGCCCAACATCCTGCC;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=66;WE=85691302;WS=85691284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	85699527	rs7195186	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=742;SC=CGTGCTGGACACTCAGCCTGT;SOR=2.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=85699535;WS=85699517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	85704584	rs2303202	A	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	85706047	rs9940601	A	C	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.767;SC=GGTCTCAGAAAGGGAGCGGCT;SOR=0.867;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=83;WE=85706055;WS=85706037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,87:0.75:116
chr16	85711860	rs1053328	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=20;PP=1031;SC=GCTGGAGGTTCGTGCGGAGTT;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=85711868;WS=85711850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	85720945	rs3815796	C	T	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=4;PP=1089;SC=CAGTAGATAACGGAACAGAGG;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=45;WE=85720953;WS=85720935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	85721297	rs9930592	T	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=34;PP=1030;SC=CCAAATGCAATTAATAAAAAC;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=85721305;WS=85721287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	85743732	rs2305357	C	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=142;SC=CGGGCCCCCACAGCCGACCCG;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=85743740;WS=85743722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	85775064	rs388855	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=635;SC=AGCTCCAGCCAGGATTCAGGT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=85775072;WS=85775054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	85775175	rs446444	G	A	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=43;PP=1892;SC=GAACTCCCACGTGGAGAGTTT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=106;WE=85775183;WS=85775165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	85813175	rs188950055	C	T	85.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GAACATTCTGCCCCCTTTCAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=85813183;WS=85813165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr16	85813231	rs8587	A	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=205;SC=CACAGGCTACAAGATATTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=85813239;WS=85813221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	85813526	rs301163	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=265;SC=CGGGCGGCTTGTAACAGCATC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=85813534;WS=85813516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	85813880	rs301164	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=297;SC=GGTATCATGCTTCTGGAGAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=85813888;WS=85813870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	85813963	rs301165	C	T	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=31;PP=1616;SC=CCAGCCCGCGCGGCAGCATGG;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=92;WE=85813971;WS=85813953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	85814899	rs3081701	T	TAGTC	9947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=69;PP=2957;SC=GTCAAAGAAATAGGCTACCAC;SOR=0.731;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=28;TCR=75;TR=91;WE=85814907;WS=85814889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr16	85814995	rs301166	A	G	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=79;PP=2511;SC=AAAGACTGGCAGAGCCAACAG;SOR=1.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=125;WE=85815003;WS=85814985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	85815074	rs301167	C	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=430;SC=TCTTGCTCTGCTGCCCTAGCT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=85815082;WS=85815064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	85838166	rs2599089	G	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=51.84;NF=10;NR=1;PP=225;SC=GTTTCACCATGTTAGCCAGGA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=85838174;WS=85838156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	85838195	rs2733964	A	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=56.55;NF=16;NR=7;PP=384;SC=ATCTCCTGACATCGTGATCCG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=85838203;WS=85838185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	85838503	rs2599090	T	C	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=9;PP=713;SC=GACTCTCAACTTACATGGATT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=85838511;WS=85838493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	85838532	rs2733965	A	G	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=15;PP=870;SC=TTTATTCAATATGTTTTTCAG;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=49;WE=85838540;WS=85838522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	85838653	rs2599091	T	C	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=34;PP=1340;SC=CCAGAAGGCATTGAAGGAGAA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=85838661;WS=85838643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	85838804	rs11419687	G	GA	1885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=1224;SC=ACTGTCTAGAGGCAGTCTTGC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=29;WE=85838812;WS=85838794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	85839140	rs2599092	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=673;SC=CATTTTCTTCTTTCCTTGCCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=85839148;WS=85839130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	85839186	rs2733966	C	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=16;PP=1096;SC=TGTGCACGTACGTGCGTGAAC;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=85839194;WS=85839176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	85839211	rs2075532	G	C	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=31;PP=1631;SC=TGTGGCCTGGGTTGGTGTATC;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=85839219;WS=85839201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	85839543	rs2641797	C	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=26;PP=727;SC=GGTGGGCTGTCGGGGACCTCC;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=85839551;WS=85839533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	85839977	rs2075553	G	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=7;PP=725;SC=AGGCATTTTTGCATTCTGAAT;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=85839985;WS=85839967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	85840035	rs5818557	CA	C	5093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=38;PP=2957;SC=GGGTTAATAACAGACCCGAAT;SOR=1.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=81;WE=85840043;WS=85840025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	85942496	rs305079	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=-1.570;SC=CCAACAAAGATTCATGGGAAG;SOR=0.129;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=11;WE=85942504;WS=85942486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	85945076	rs2292980	T	C	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=40;PP=2027;SC=ACTAACTTAATGTTTCCTTAA;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=121;WE=85945084;WS=85945066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	85945231	rs8052064	C	T	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.667;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.839;SC=AGATGGAGTGCGGTCGCTCTG;SOR=1.059;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=73;WE=85945239;WS=85945221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,81:0.68:119
chr16	86369306	rs3828516	C	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=279;ReadPosRankSum=-0.393;SC=ACGCAGCACCCGCAGTCTCCA;SOR=1.508;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=16;WE=86369314;WS=86369296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr16	86369414	.	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=0.658;SC=TGGAAGCTTCCTGAGGACAGG;SOR=0.668;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=18;WE=86369422;WS=86369404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr16	86565826	rs3751803	C	G	5468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=88;PP=2965;SC=CGGGCGTCCCCGGGGAGGTTC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=99;TCR=88;TR=187;WE=86565834;WS=86565816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr16	86574726	rs1025057	C	G	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=68;PP=2965;SC=CCAGCAGAGACAGCATCATAA;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=94;TCR=68;TR=162;WE=86574734;WS=86574716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	86574818	rs17192954	C	G	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=92;PP=2965;SC=GAGATAAAAACCACAAATGCA;SOR=0.814;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=190;TCF=91;TCR=99;TR=182;WE=86574826;WS=86574808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr16	86575460	rs3213418	C	G	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=112;PP=2965;SC=AAAGGGGCTGCTGGGAATGCC;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=70;TCR=112;TR=182;WE=86575468;WS=86575450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr16	86585905	rs8046613	C	A	3987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=82;PP=2426;SC=CGCCCTGTTTCCAATGCAATC;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=131;WE=86585913;WS=86585895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	86588655	rs2354022	G	C	6911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr16	87339278	rs11646030	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=3;PP=235;SC=CAGGTGGACGTCACCATGCCA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=87339286;WS=87339268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	87349333	rs6540037	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=8;PP=570;SC=CCCCACAGGGATATGTTGGGG;SOR=1.751;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=31;WE=87349341;WS=87349323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	87349489	rs7193801	A	G	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1219;ReadPosRankSum=1.090;SC=GGGATGCTAGAGCACAGGCCT;SOR=0.346;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=69;WE=87349497;WS=87349479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr16	87349529	rs7198660	T	C	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	87349533	rs2277850	A	G	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.75;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	87350997	rs4843592	A	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=37;PP=1122;SC=GAGCCCAACAACGCCCGCGCG;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=87351005;WS=87350987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	87365222	rs2318446	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=478;ReadPosRankSum=0.120;SC=AGCCACATCCACTGTTCATCA;SOR=1.802;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=22;WE=87365230;WS=87365212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr16	87376605	rs2303763	C	T	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,101:0.62:164
chr16	87376623	rs4843237	C	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=72;PP=2218;SC=CATCCCCCACCCCAGGCAGGT;SOR=1.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=130;WE=87376631;WS=87376613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	87377455	rs2303764	G	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=489;ReadPosRankSum=-1.705;SC=GCACTGCAATGGCACAGAGAA;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=30;WE=87377463;WS=87377445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr16	87416903	rs8058715	A	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	87426028	rs8043569	T	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=17;PP=643;SC=CCCAGATCCCTGCACCATGCC;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=48;WE=87426036;WS=87426018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	87436382	rs8044820	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=263;SC=ATCAAAGGAAGTGTCCTGTGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=87436390;WS=87436372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	87436720	rs1054521	G	T	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=89;PP=2965;SC=AAAAAATGCAGCTCTTCTAGA;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=173;WE=87436728;WS=87436710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	87436764	rs1054528	A	G	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=61;PP=1741;SC=AAAAAAAGGGATGTTACCAAC;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=93;WE=87436772;WS=87436754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	87445270	rs3748399	T	C	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=41;PP=1035;ReadPosRankSum=-0.292;SC=ACACCCCTGCTGTCCCTGCCA;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=88;WE=87445278;WS=87445260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,93:0.65:142
chr16	87445363	rs1050846	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=407;ReadPosRankSum=0.043;SC=TGTAAGGGGCGTGCACGACGG;SOR=0.926;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=31;WE=87445371;WS=87445353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,32:0.29:109
chr16	87445839	rs3748400	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-3.519;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,29:0.25:114
chr16	87446053	rs2042395	G	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=506;ReadPosRankSum=0.185;SC=TCCCCGTGGCGGCCGTGCTGG;SOR=0.938;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=36;WE=87446061;WS=87446043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,36:0.28:129
chr16	87446862	rs34970062	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CAGCCCGCCCCGTGCCCCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=87446870;WS=87446852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	87452546	rs4240794	C	A	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=61;PP=1810;SC=AATTTACAGACAATGAAAATA;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=86;WE=87452554;WS=87452536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	87452584	rs8046992	C	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.352;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTTTTGAGACGGTGTTTTGC;SOR=2.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=12;WE=87452592;WS=87452574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr16	87453342	.	GT	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	87493737	rs11648852	T	C	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1432;ReadPosRankSum=1.094;SC=CTTGGAGTGATCTGAGGGAAC;SOR=0.626;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=95;WE=87493745;WS=87493727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,109:0.73:150
chr16	87637893	.	C	CCTG	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-1.935;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr16	87677791	rs918367	A	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=1064;ReadPosRankSum=1.179;SC=TGGCTGCTTCAACCCTGTCCG;SOR=1.002;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=55;WE=87677799;WS=87677781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr16	87678144	rs918368	T	C	5767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.141;SC=CGCTGCTGAGTGGGCTGAAGC;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=342;TCF=168;TCR=174;TR=245;WE=87678152;WS=87678134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,259:0.71:364
chr16	87678165	rs3751725	G	A	5388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.315;SC=TGCGCAAGTCGGAGTCCAAGA;SOR=0.868;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=318;TCF=157;TCR=161;TR=213;WE=87678173;WS=87678155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,228:0.67:341
chr16	87742092	rs2290018	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=397;ReadPosRankSum=0.407;SC=CAGAATGAACGCACATACACG;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=42;WE=87742104;WS=87742082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,46:0.32:145
chr16	87748198	rs2081981	G	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=2.123;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,40:0.26:156
chr16	87760337	rs67926154	A	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=1;PP=319;SC=TTCCCGGTCCAACGCCTTGCC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=87760345;WS=87760327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	87764267	rs9934565	A	T	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=689;ReadPosRankSum=0.591;SC=TGAAATAAACAAAAAGACACT;SOR=0.651;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=210;TCF=93;TCR=117;TR=61;WE=87764275;WS=87764257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,65:0.29:224
chr16	87870312	rs12444670	C	T	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=56;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TGTGGACGGCCGTGGTGGCCA;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=28;TCR=76;TR=77;WE=87870332;WS=87870302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,81:0.74:109
chr16	87870379	rs16943320	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=430;ReadPosRankSum=1.477;SC=TTTGTTTTAAAGGAGAAACCT;SOR=2.909;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=22;WE=87870387;WS=87870369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr16	87871714	rs2287121	T	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=328;ReadPosRankSum=0.201;SC=GCCTCTCAGTTCCCCCAACCA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=18;WE=87871722;WS=87871704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr16	87873247	rs750950	A	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=328;ReadPosRankSum=1.001;SC=TCCGGTCTGGAAGGGACGGGC;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=15;WE=87873255;WS=87873237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr16	87885302	rs33975475	G	A	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=1025;ReadPosRankSum=0.232;SC=TCGAGGGGCCGCCGGTGGGGC;SOR=0.987;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=71;WE=87885310;WS=87885292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,74:0.77:96
chr16	87935958	.	CA	C	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=12.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-3.828;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=1.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,35:0.23:149
chr16	87960560	rs12922226	A	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=138;ReadPosRankSum=0.406;SC=CACTGCAGGGAGAGAGACGGA;SOR=1.215;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=14;WE=87960568;WS=87960550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr16	88008712	rs71156278	C	CT	799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=630;ReadPosRankSum=0.534;SC=GGCCACTCTCCGTGCTCTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=16;WE=88008720;WS=88008702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr16	88012150	rs8052854	T	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	88017809	rs3815820	C	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.995;NF=35;NR=42;PP=1038;ReadPosRankSum=2.174;SC=CCATCCAGGTCCCCATGGTGG;SOR=0.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=77;WE=88017817;WS=88017799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,80:0.58:139
chr16	88052161	rs7499814	C	A	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=40;PP=1385;SC=AGATGGCGCTCACGCTGCTGG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=83;WE=88052169;WS=88052151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	88066717	rs74992447	C	T	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=22;PP=1215;SC=CCCCACAGAGCCGATGATGAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=88066725;WS=88066707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	88105725	rs8050209	G	A	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=36;PP=1285;SC=ACCCCGCGGCGGCGGGCGTGG;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=71;WE=88105733;WS=88105715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	88123598	rs8063486	C	G	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=62;PP=2639;SC=TGTCTTCTCTCTCAGGCGGCA;SOR=0.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=146;WE=88123606;WS=88123588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	88123697	rs8063654	C	A	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=47;PP=1888;SC=GAGGCCCAGACCTGAGACCCC;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=91;WE=88123705;WS=88123687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	88124525	rs28650772	A	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.24;MQRankSum=0.000;QD=23.05;ReadPosRankSum=-1.365;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr16	88134285	rs11860533	A	G	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=11;PP=1151;SC=AGTGGGTTAGAAAACACCCGC;SOR=2.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=51;WE=88134293;WS=88134275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	88134304	rs148125839	G	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.072;NF=36;NR=18;PP=773;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GCTCACCCTTGCAAAGCCGCA;SOR=0.614;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=54;WE=88134312;WS=88134294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,52:0.84:62
chr16	88494947	rs11648572	T	C	11242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=222;NR=174;PP=2965;SC=TGCCCTCTCTTCCCCTGGAGC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=396;TCF=222;TCR=174;TR=396;WE=88494955;WS=88494937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr16	88494976	rs11640794	A	C	14327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=281;NR=232;PP=2965;SC=CGGCCCCGAGACCCTTCTCTG;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=513;TCF=281;TCR=232;TR=513;WE=88494984;WS=88494966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr16	88495407	rs7199961	G	C	5653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=116;NR=87;PP=2965;SC=CCCGCGGGGGGCCCCGAGTGG;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=116;TCR=87;TR=203;WE=88495415;WS=88495397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr16	88495575	rs181785233	C	T	6114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.060;SC=TTCGGGGTGGCCCAGCCCCAG;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=353;TCF=191;TCR=162;TR=261;WE=88495583;WS=88495565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,266:0.73:363
chr16	88495654	rs12927001	A	G	10377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GCGAGTCCCCACTGCCGTCAC;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=206;TCR=160;TR=364;WE=88495662;WS=88495644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,381:0.99:383
chr16	88496008	rs12918876	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,52:0.23:226
chr16	88496785	.	GGGCGGC	G	1096.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=857;ReadPosRankSum=0.588;SC=GGTCGGGGTCGGGCGGCGGCG;SOR=0.527;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=18;WE=88496798;WS=88496775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr16	88497031	rs9924504	T	C	6657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=116;NR=106;PP=2965;SC=AGGAGCTCATTCTGAAGATCG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=223;TCF=116;TCR=107;TR=222;WE=88497039;WS=88497021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr16	88497394	rs111557381	T	C	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=-1.243;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,72:0.66:109
chr16	88497400	rs9938800	G	A	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.83;SOR=1.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	88497446	rs7197071	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=568;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GGGAGGCCCCAAGTGTGCTGA;SOR=0.601;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=193;TCF=126;TCR=67;TR=58;WE=88497454;WS=88497431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,66:0.33:203
chr16	88498221	rs4782300	C	T	13219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=253;NR=201;PP=2965;SC=GCATCGCCACCGACCTTGGAG;SOR=0.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=455;TCF=253;TCR=202;TR=454;WE=88498229;WS=88498211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr16	88498297	rs12445417	T	G	15780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=282;NR=291;PP=2965;SC=GCAGCCTGTCTGCGAACAGGG;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=574;TCF=282;TCR=292;TR=573;WE=88498305;WS=88498287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr16	88499539	rs9931465	C	G	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=82;PP=2808;SC=TATCCAACACCCACCCTAGCA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=160;WE=88499547;WS=88499529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	88502482	rs3812953	C	T	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=82;PP=2851;SC=CAGGCGGTCGCTTGACTAGAA;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=144;WE=88502490;WS=88502472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	88502505	rs1983014	A	G	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;SC=AGGAACCCGCATGTCTACGGG;SOR=1.232;Source=Platypus;TCF=42;WE=88502513;WS=88502495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	88504868	rs904783	A	G	5864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=81;PP=2965;SC=GCCCCGAGGCACCTTCCACAA;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=131;TCR=81;TR=212;WE=88504876;WS=88504858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	88505635	rs4782301	A	G	8471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CTGCCGAGCCACACACCCACC;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=311;TCF=153;TCR=158;TR=307;WE=88505643;WS=88505625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr16	88505734	rs4782362	C	T	4421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=100;PP=2965;SC=AAGATGCTTCCGAGTAATTTC;SOR=1.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=46;TCR=100;TR=146;WE=88505742;WS=88505724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	88535242	rs55823018	C	T	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=74;SC=CCAGGGGCTGCCCTTGACCTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=88535250;WS=88535232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	88535341	rs56292801	G	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=563;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GCCTTTTAGGGGCCTCGCTGT;SOR=0.160;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=37;WE=88535349;WS=88535331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr16	88535407	rs35613341	C	G	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.930;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1482;ReadPosRankSum=-0.877;SC=ACCGTCAGAGCCCAGACCCAC;SOR=0.499;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=101;WE=88535415;WS=88535397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,110:0.67:164
chr16	88535591	rs36024491	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5776;FS=8.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=589;ReadPosRankSum=-0.317;SC=TGCCCCCCACCGCTCCACCCT;SOR=3.391;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=25;WE=88535599;WS=88535581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr16	88552370	rs3751673	A	G	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=46;PP=1449;ReadPosRankSum=-0.300;SC=CATGGAGGCCAGAGAGGAGGT;SOR=0.669;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=152;TCF=84;TCR=68;TR=104;WE=88552378;WS=88552360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,111:0.69:162
chr16	88555301	rs34251187	C	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr16	88593165	rs7187787	C	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=0.063;SC=CTCACGGGAACCCCCAGGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=7;WE=88593173;WS=88593155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	88593208	rs138875144	CCCT	C	392.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.85;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr16	88593209	rs199766456	CCT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr16	88593218	rs59292167	C	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.07;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	88593483	rs72807428	C	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=0.075;SC=GGCAGACACTCTACTGGGACC;SOR=1.259;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=7;WE=88593491;WS=88593473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr16	88598704	rs149234542	C	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=114;ReadPosRankSum=1.034;SC=CCCAGTCCCGCAGGCCGCCCG;SOR=0.170;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=11;WE=88598712;WS=88598694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr16	88599695	rs67712719	GGA	G	3748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	88599697	.	AG	CC	2132	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=16;MQ=59.66;NF=27;NR=31;PP=2132;QD=37.6804806011;SC=GCCAGAGCGGAGCCTCTGGCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=58;WE=88599712;WS=88599687;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,58:0.92:63
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chr16	88599700	rs67322929	CT	C	3748.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.17;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr16	88653142	rs61338857	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=1.022;SC=GGCCCCACCTTCTGGGGCTGT;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=8;WE=88653150;WS=88653132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
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chr16	88666035	rs6500481	G	A	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=229;SC=CTCCCCAGAAGGACAACTGTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=88666043;WS=88666025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	88675177	rs9932685	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GCCTGCTCTTAGATGTAGTTT;SOR=0.144;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=10;WE=88675185;WS=88675172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr16	88675194	rs9932692	A	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=1;PP=978;SC=GTTTGTGAACAGATTTCCTAA;SOR=6.316;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=42;TCR=1;TR=43;WE=88675202;WS=88675184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr16	88688832	rs3751675	A	G	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=965;ReadPosRankSum=0.972;SC=GGGTGTCAGCACCTTGGAGCC;SOR=1.110;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=57;WE=88688840;WS=88688822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,62:0.79:78
chr16	88694618	rs58149571	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=-1.345;SC=GGGACGGAGCCTGAGTGAGGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=4;WE=88694626;WS=88694608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr16	88695300	rs4782387	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=0.193;SC=GGCAGAGGGACGGGAGCCTGG;SOR=0.283;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=20;WE=88695308;WS=88695290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr16	88695332	rs4782306	G	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=664;SC=AGCTGGGTCTGAGACCCCATT;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=25;WE=88695340;WS=88695322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	88705804	rs2254073	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=281;SC=TGGGCCTTGGTGGTTCTCACC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=88705812;WS=88705794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	88709712	rs7195830	A	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	88709737	rs1049255	C	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GTGCACCTGGCGGGAGGGCAG;SOR=0.960;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=22;WE=88709745;WS=88709727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr16	88709828	rs1049254	A	G	640.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=746;ReadPosRankSum=0.208;SC=CCCCGCCGCCACCGCAGCCTC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=26;WE=88709836;WS=88709815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,28:0.93:30
chr16	88712733	.	C	CGGACCGGGGCTGCAAAGTCTCAGCACAAGGCAGACCCAGGGGACGTGCGT	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=22.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.254;SOR=4.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr16	88712767	rs12933505	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr16	88712780	rs12933512	A	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.914;SOR=1.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr16	88712782	rs12709103	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.091;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr16	88713236	rs4673	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,74:0.26:282
chr16	88713473	rs4782308	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,34:0.23:146
chr16	88716534	rs3812948	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=349;SC=GAGTGGTGGCAGCGGGCCCCT;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=88716542;WS=88716532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr16	88719877	rs12926212	C	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,41:0.27:152
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chr16	88723538	rs9302778	TGG	T,TGGGG	699.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.459;NF=12,12;NR=3,3;PP=52,269;ReadPosRankSum=-1.393;SC=TTTGTAGAGATGGGGGGGGGT;SOR=1.270;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=15,15;WE=88723547;WS=88723528;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.95:20
chr16	88723629	rs6500486	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.560;QD=16.59;ReadPosRankSum=-2.432;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,64:0.78:82
chr16	88724347	rs2279258	G	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=399;ReadPosRankSum=2.236;SC=GCCTGCAGCCGCGGCTGCCCC;SOR=1.120;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=31;WE=88724355;WS=88724337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,30:0.28:109
chr16	88729008	rs7205116	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=7;PP=845;ReadPosRankSum=-0.432;SC=GGGGAGCAGTGGCGCGATTTC;SOR=1.054;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=46;WE=88729016;WS=88728998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr16	88729573	rs3794625	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=909;ReadPosRankSum=0.393;SC=TCACGCGCTACCACAGGATTG;SOR=0.558;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=289;TCF=126;TCR=163;TR=87;WE=88729581;WS=88729563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,93:0.29:318
chr16	88729670	rs7193657	G	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=40;PP=852;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GACGGGATCGGACGATGGGTT;SOR=1.182;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=51;WE=88729678;WS=88729660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,54:0.79:68
chr16	88752693	rs11076698	T	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.377;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,34:0.26:132
chr16	88762932	.	C	CT	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.092;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr16	88762943	rs1132579	A	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=2.335;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,22:0.23:95
chr16	88772491	rs7194105	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=89;ReadPosRankSum=0.033;SC=CCCAGTCCGGAGCTGCACCGG;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=7;WE=88772499;WS=88772481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	88772815	rs880233	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-2.173;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr16	88773753	rs6500490	C	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=1.221;SC=TGGGGTCCCTCGTGCCCCTGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=5;WE=88773761;WS=88773743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	88776623	.	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=6.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.062;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,40:0.23:172
chr16	88778427	rs11361741	GC	G	1044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.507;NF=14;NR=12;PP=778;ReadPosRankSum=0.311;SC=CTGATGGTGAGCGGGGGCCCA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=26;WE=88778435;WS=88778417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,37:0.31:119
chr16	88779323	rs12148926	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.941;NF=3;NR=8;PP=270;ReadPosRankSum=-1.852;SC=GGTGAGGCCCCGAGAGCCCCC;SOR=0.818;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=11;WE=88779336;WS=88779313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr16	88779328	rs67815044	GC	G	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.936;NF=0;NR=5;PP=279;ReadPosRankSum=-2.388;SC=GGCCCCGAGAGCCCCCCTTCC;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=5;WE=88779336;WS=88779313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	88779616	.	CCT	C	86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=24;MQ=48.45;NF=2;NR=0;PP=86;QD=60.0;SC=CACTCATACCCCTGAGAGCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=2;WE=88779625;WS=88779606;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr16	88779952	rs74757912	C	CCT	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=226;ReadPosRankSum=0.731;SC=AGTCCTGCGGCCTCGGATGGT;SOR=1.312;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=8;WE=88779960;WS=88779942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr16	88780023	rs1317756	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=260;ReadPosRankSum=-0.955;SC=TTCGGGCCTTGACCTGGACCA;SOR=1.145;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=23;WE=88780031;WS=88780013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr16	88780472	rs7205626	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=6.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.080;SOR=1.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,18:0.20:90
chr16	88780518	rs3826076	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,42:0.26:160
chr16	88780634	rs11278302	AGGTGTG	A	1577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=1326;ReadPosRankSum=2.414;SC=CACTGTGTACAGGTGTGGGTG;SOR=0.583;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=111;TCF=10;TCR=101;TR=30;WE=88780647;WS=88780624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,47:0.28:166
chr16	88780685	rs7191439	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=347;ReadPosRankSum=-1.807;SC=GTGTGCTGTGCGCGGGTGTGT;SOR=0.917;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=28;WE=88780693;WS=88780675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr16	88780923	rs8050715	C	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,41:0.23:178
chr16	88781125	rs8043637	T	C	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=710;ReadPosRankSum=1.521;SC=CCCAGCGCTGTGGCCAGGGGG;SOR=0.909;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=65;WE=88781133;WS=88781115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,65:0.33:196
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chr16	88781614	rs1058158	G	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,32:0.28:113
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chr16	88782676	rs2290902	A	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=-1.387;SC=GGAAGAGATTAGGGATGACCC;SOR=1.236;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=20;WE=88782684;WS=88782666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,23:0.28:83
chr16	88783100	rs1803382	T	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,74:0.26:290
chr16	88783374	rs8044367	A	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,47:0.24:193
chr16	88783521	rs6500491	T	C	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:393,178:0.31:571
chr16	88783738	rs4782432	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=0.192;SC=AGTATGGCACAGCGGTAGTAA;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=5;WE=88783746;WS=88783728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr16	88784114	rs11641326	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=256;ReadPosRankSum=0.462;SC=TAAGAGACAGTCCATAGAATT;SOR=1.032;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=18;WE=88784122;WS=88784104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
chr16	88786375	rs141011459	C	T	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1122;ReadPosRankSum=0.071;SC=CATCCTGGGGCGGGATGGCCA;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=342;TCF=164;TCR=178;TR=106;WE=88786383;WS=88786365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,115:0.33:352
chr16	88786967	rs4401037	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.592;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.308;NF=20;NR=21;PP=605;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TCAGCCTGGGCCCAGTACCCG;SOR=0.207;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=41;WE=88786975;WS=88786957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,42:0.39:109
chr16	88787607	rs150376294	CCTT	C	2082.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=3.652;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,65:0.28:235
chr16	88787673	rs35159887	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=3.078;QD=4.66;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,75:0.30:250
chr16	88787704	rs8043924	G	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.055;QD=4.76;ReadPosRankSum=-2.017;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,62:0.30:204
chr16	88787727	rs77170706	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.149;NF=23;NR=26;PP=472;ReadPosRankSum=-1.934;SC=ATGTGGTCTTCGGTGGTGGCC;SOR=0.612;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=168;TCF=75;TCR=93;TR=49;WE=88787735;WS=88787717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,54:0.31:177
chr16	88787781	rs78574543	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,38:0.28:134
chr16	88788477	rs9935872	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=1.270;SC=GCAGGCGCCTACAGGGAGACC;SOR=0.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=11;WE=88788485;WS=88788467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	88788903	rs4238687	T	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=3.258;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,28:0.24:119
chr16	88791458	rs11645197	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr16	88792047	rs4782430	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr16	88792097	rs4782429	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-2.316;SC=AAGCCCCTGTAGGGAGGCGGG;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=16;WE=88792105;WS=88792087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr16	88793068	rs143054492	T	TCAGCGGGGC	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,22:0.15:146
chr16	88793090	rs4516218	A	G	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.897;QD=5.90;ReadPosRankSum=-2.048;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,40:0.19:206
chr16	88793103	rs4424896	C	G	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.659;QD=5.39;ReadPosRankSum=-2.187;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,50:0.22:225
chr16	88793910	rs2242171	C	T	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	88802832	rs114153706	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.324;NF=1;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=1.765;SC=CGGCAGAGAGGGCTGCACAGC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=10;WE=88802840;WS=88802822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr16	88803124	rs13333358	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.653;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr16	88803195	rs4782410	T	C	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=26;PP=1263;SC=TCTGCAGGCCTCCCCACCCTG;SOR=1.031;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=68;WE=88803203;WS=88803183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	88803925	rs66881450	G	GC	1560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.850;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.343;NF=23;NR=12;PP=1115;ReadPosRankSum=1.060;SC=CCTCCGCCCCGCCCCCCGCAC;SOR=1.835;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=35;WE=88803933;WS=88803915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr16	88803982	rs6500493	C	G	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=42;PP=1993;SC=CGCCGCAGGACGGAGCTCTGG;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=105;WE=88803990;WS=88803972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	88804576	rs72813506	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,41:0.20:205
chr16	88804618	rs8060643	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=371;ReadPosRankSum=0.424;SC=AAAAGGGGCTGTGTGGCAAGC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=38;WE=88804626;WS=88804608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,42:0.29:147
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chr16	88805183	rs7185630	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,49:0.27:180
chr16	88805231	rs12443723	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=2.041;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,12:0.17:72
chr16	88805236	rs7185664	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.633;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,12:0.18:65
chr16	88807878	rs2242164	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=288;ReadPosRankSum=-0.957;SC=TGACGCAGCTGCCCTCACCAG;SOR=0.425;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=24;WE=88807886;WS=88807868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr16	88807896	rs7404939	G	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=808;ReadPosRankSum=1.682;SC=CAGCTCCCGTGGATGTGGGCT;SOR=0.964;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=55;WE=88807904;WS=88807886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr16	88808743	rs6500495	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=338;ReadPosRankSum=-0.005;SC=GCGGGGCACAATATGCAGGCA;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=37;WE=88808751;WS=88808733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,42:0.29:146
chr16	88808862	rs7201439	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=96;ReadPosRankSum=0.610;SC=AGGCTGGTCCCGGGGACGGGG;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=11;WE=88808870;WS=88808852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr16	88809773	rs8048714	G	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=593;ReadPosRankSum=0.866;SC=ACCCCGGCACGTGCTGGCAGG;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=89;TCR=108;TR=57;WE=88809781;WS=88809763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,61:0.31:199
chr16	88810129	rs8053135	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=567;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CTGACCGTGAAGCAGCCCTCA;SOR=0.841;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=35;WE=88810137;WS=88810119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr16	88851310	rs2911442	A	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=1.475;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,18:0.35:51
chr16	88870099	rs865103	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=2.010;SOR=1.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr16	88872145	rs507329	T	C	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=59;PP=1912;SC=TTTTGAGGAGTGCAATGTTGG;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=118;WE=88872153;WS=88872135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	88872229	rs480727	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,27:0.21:131
chr16	88872511	rs510862	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,49:0.22:218
chr16	88874632	rs572275	C	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=627;ReadPosRankSum=0.536;SC=CCGCGGACCTCGCCCACATCA;SOR=0.754;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=91;TCR=92;TR=56;WE=88874640;WS=88874622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,58:0.30:191
chr16	88874778	rs15829	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=39;ReadPosRankSum=-1.405;SC=TACACTTTGGCCTTCCTTTCC;SOR=0.473;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=6;WE=88874786;WS=88874768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr16	88876666	rs8191489	C	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,40:0.27:148
chr16	88880811	rs11076715	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CAGGGCCAACCGGAGATTCTA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=5;WE=88880819;WS=88880801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr16	88880965	rs11076716	C	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=1.302;SC=AAAGAACATGCAGTTATTCAA;SOR=0.160;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=14;WE=88880973;WS=88880955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr16	88884466	rs2303271	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=493;ReadPosRankSum=0.925;SC=GGACCAAGGCCTCCTGGTGCT;SOR=0.808;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=165;TCF=89;TCR=76;TR=49;WE=88884474;WS=88884456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,53:0.30:175
chr16	88884670	.	GC	TA	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=403;ReadPosRankSum=0.527;SC=ATGTGCTCAAGCCTGCAGCGG;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=88884679;WS=88884660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr16	88893013	rs3859024	C	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=220;ReadPosRankSum=-0.531;SC=TGTCCAGAACCAGGAGGGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=15;WE=88893021;WS=88893003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr16	88901850	rs11076721	T	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=1.707;SC=TTCACGGAGTTCATTAAATCA;SOR=0.495;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=6;WE=88901858;WS=88901840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr16	88902183	rs1064315	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=360;ReadPosRankSum=-2.449;SC=AGACGGGTGCGTGCGTGGCGT;SOR=0.510;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=27;WE=88902191;WS=88902173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,29:0.25:117
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chr16	88902518	.	A	G	218	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=14;NR=4;PP=218;QD=14.0428451415;SC=AGGTTGATGCATTCCTGTCCC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=18;WE=88902526;WS=88902508;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
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chr16	88907283	rs8054994	G	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.519;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
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chr16	88921634	rs34150867	C	G	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=724;ReadPosRankSum=0.480;SC=CCCCGCCTCACCCCTCTGTCC;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=50;WE=88921642;WS=88921624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,56:0.65:86
chr16	88921748	rs147521990	AAAG	A	1194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.078;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,39:0.23:169
chr16	88922989	.	A	AC	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5064;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=61.78;NF=0;NR=3;PP=62;QD=29.0;SC=GCACGGGGATACCCCCCGTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=88922997;WS=88922979;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr16	88927221	rs3826061	T	C	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=7;PP=1331;SC=CTGGAGAAGGTCCCGAGCATC;SOR=3.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=53;WE=88927229;WS=88927211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	88931363	rs141563331	A	AGGGAG	4121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.38;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	88931914	rs889753	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=11;PP=1087;SC=CGCCAGACCCTCTGGTAGAGA;SOR=2.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=88931922;WS=88931904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	88932375	rs79912986	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=0.833;SC=CCTGAGCCGGGCAGGCAGCCT;SOR=0.404;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=33;WE=88932383;WS=88932365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,39:0.75:52
chr16	88946955	rs564705	A	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=558;SC=GTCCTGCCCTAAGTGTGAACC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=88946963;WS=88946945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	88948971	.	GGCATGGCTGTGGGCGTGGCTGTGTGT	G	687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.37;QD=40.45;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	89160158	rs76688594	G	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	89160452	rs9938075	A	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=238;SC=GGCCGGGCGCAGAGCTCTCGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=89160460;WS=89160442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	89167066	rs57558972	C	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=781;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TTGCCTTTCTCCAGCTCGGCC;SOR=1.371;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=12;WE=89167083;WS=89167056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr16	89167075	rs11273288	C	CCCCAGGAGGCTCCCGGGAG	1254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TCCAGCTCGGCCGCCTGTCAG;SOR=1.501;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=8;WE=89167083;WS=89167056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr16	89167094	rs7188200	T	C	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=538;ReadPosRankSum=-0.141;SC=AGTGCAATGCTGCCCCATGTG;SOR=0.781;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=44;WE=89167102;WS=89167084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr16	89167140	rs7201122	G	C	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=33;PP=1463;ReadPosRankSum=-1.297;SC=GCGCCTTGGCGTCCTGCCGGC;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=97;TCR=47;TR=100;WE=89167148;WS=89167130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,114:0.70:162
chr16	89167395	rs6500526	C	T	5179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.04;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,135:0.57:235
chr16	89167404	rs7193255	T	C	5177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.96;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,138:0.56:247
chr16	89167431	rs6500527	G	C	3235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CCCAGTGGGCGTCATGGATGA;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=240;TCF=126;TCR=114;TR=138;WE=89167451;WS=89167421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,144:0.56:255
chr16	89167443	rs6500528	T	C	2985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.696;SC=CATGGATGAGTGGCGGTGTGG;SOR=0.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=113;TCR=118;TR=135;WE=89167451;WS=89167421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,142:0.57:247
chr16	89167458	rs6500529	C	A	3100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=64;PP=1944;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GTGTGGCAGTCCCCCTCTACA;SOR=0.629;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=227;TCF=118;TCR=109;TR=137;WE=89167466;WS=89167448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,145:0.59:245
chr16	89167792	rs8060043	C	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=40;PP=918;ReadPosRankSum=-1.815;SC=TTTCGGTGACCGCACAGCACT;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=48;WE=89167800;WS=89167782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,45:0.80:56
chr16	89167828	rs61729367	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=-2.546;SC=GCCAGAAGCACATCTTTTCAT;SOR=0.560;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=17;WE=89167836;WS=89167818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr16	89168981	rs4782457	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=414;ReadPosRankSum=1.117;SC=AGTCTTGCTCTTGCTCTCAGC;SOR=0.643;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=21;WE=89168989;WS=89168971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr16	89169205	rs4782456	C	G	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.533;NF=29;NR=41;PP=2869;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CACCCTCAGACTAGGCGCCTT;SOR=0.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=70;WE=89169228;WS=89169195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,78:0.64:121
chr16	89169219	rs10578141	CCT	C	2626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.436;NF=4;NR=36;PP=2870;ReadPosRankSum=-1.162;SC=GCGCCTTTCCCCTGTCGGGGC;SOR=0.506;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=40;WE=89169228;WS=89169195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,67:0.67:100
chr16	89169312	rs4782455	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=299;ReadPosRankSum=1.408;SC=AGACTAGGCATCTTTTCCTGG;SOR=1.270;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=15;WE=89169320;WS=89169302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr16	89178457	.	G	GTGCCTGCTCATCTTCCCACCGAGTGCTTCCTTTCCTCCGCCGCCGTGGGTCTC	1375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=50.95;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	89178773	rs4782449	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=248;ReadPosRankSum=1.529;SC=TTTCCTTTCAATGTTCCCTCT;SOR=0.257;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=14;WE=89178781;WS=89178763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr16	89180664	rs9940965	C	G	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=733;ReadPosRankSum=-1.176;SC=CAAGGGCCGCCTCCTGAGGGG;SOR=0.337;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=53;WE=89180672;WS=89180654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,56:0.76:74
chr16	89180883	rs3743979	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=774;ReadPosRankSum=-0.571;SC=GACCACTGCCGTGCGCCTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=41;WE=89180891;WS=89180873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr16	89180935	rs3743980	G	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=-1.812;SC=CTTCCACTGTGCTCTGAGCCC;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=9;WE=89180943;WS=89180925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	89187378	rs3743983	G	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=488;ReadPosRankSum=-1.777;SC=AGGCCCCCCAGGGTGGTTACA;SOR=1.479;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=30;WE=89187386;WS=89187368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr16	89188672	rs8058601	C	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.129;NF=19;NR=10;PP=407;ReadPosRankSum=0.474;SC=GGCCTGGGCCCCCCGCAGTGG;SOR=0.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=29;WE=89188680;WS=89188662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr16	89199651	rs12447947	G	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=20;PP=951;SC=CATTCACCCTGGATGGCTGGT;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=89199659;WS=89199641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	89212200	rs4302032	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=345;SC=AGCCAGCACCAGGACGAGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=89212208;WS=89212190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	89238190	rs12927793	G	A	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=49;PP=2448;SC=GCCTGGACGCGCTTCTTCGGG;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=90;TCR=49;TR=139;WE=89238198;WS=89238180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	89258037	rs34314447	C	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,61:0.25:240
chr16	89267769	rs34679577	GC	G	414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=31.90;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	89287613	rs10586525	CAG	C	1277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=858;SC=TCCTGATACACAGTGTGTGTA;SOR=1.473;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=89287622;WS=89287603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	89288418	rs9931258	A	G	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=18;PP=1024;SC=TCCTGCTAGGATGGAATGACT;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=89288426;WS=89288408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	89291210	rs113560259	G	GGTGA	2095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=1292;SC=AGTTCTCCAAGGTAAGTGTGA;SOR=2.348;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=33;WE=89291218;WS=89291199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	89291309	rs28533907	A	T	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=96;SC=GTGTCAAGTTAAGCGGCTGTG;SOR=1.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=89291317;WS=89291299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	89291945	rs11464538	A	AT	5074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=30;PP=777;SC=TTTTTAGGTCATTCTTCTTTC;SOR=1.129;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=59;WE=89291959;WS=89291935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	89291948	rs12926996	C	T	5228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.47;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	89291951	rs12926997	C	T	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	89293271	rs28417933	A	C	8331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=154;NR=133;PP=2965;SC=ACCTTGTTCAAAATTGGAGAG;SOR=0.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=288;TCF=154;TCR=134;TR=287;WE=89293279;WS=89293261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr16	89293614	rs4785626	A	G	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=60;PP=2913;ReadPosRankSum=-0.630;SC=ACCCTGGGGAAAAGCCCTGTG;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=139;WE=89293622;WS=89293604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr16	89294381	rs28415940	T	C	6164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=103;PP=2965;SC=AAGCCCTTTATATGTACGGTA;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=107;TCR=103;TR=210;WE=89294389;WS=89294371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	89294439	rs9921361	G	T	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=101;PP=2965;SC=AGCACATTCAGATTCACACTG;SOR=0.853;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=97;TCR=102;TR=198;WE=89294447;WS=89294429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	89294511	rs28638280	C	T	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=82;PP=2950;SC=CGAGCCTAACCGAGCACATAC;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=77;TCR=82;TR=159;WE=89294519;WS=89294501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	89294697	rs60437616	C	T	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=35;PP=1685;SC=GAAGGACTCACACAGGAGAGA;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=89294705;WS=89294687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	89299054	rs71158785	T	TA	950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=35.21;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	89299200	rs61078268	C	A	14389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=179;NR=143;PP=2965;SC=TGCATATGCACATCAACTCAC;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=179;TCR=143;TR=322;WE=89299208;WS=89299190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr16	89299227	rs62068537	C	T	15529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=183;NR=179;PP=2965;SC=TGCAACTCAACTCACACCGTA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=363;TCF=184;TCR=179;TR=362;WE=89299235;WS=89299217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr16	89299280	rs62068538	T	A	9430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=173;PP=2965;SC=CAACTCGCACTGCGTATGCAA;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=139;TCR=173;TR=312;WE=89299288;WS=89299270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr16	89299888	.	T	TCG	6358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.67;QD=46.76;SOR=1.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	89299890	.	A	ACTGCGTGTGCAACTCAACTCG	9131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.81;QD=59.68;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	89299899	rs34175485	A	G	9333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;QD=39.38;SOR=1.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr16	89300015	rs62068548	A	G	9514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=170;PP=2965;SC=CTCATACTGCATATGCAACTC;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=341;TCF=171;TCR=170;TR=341;WE=89300023;WS=89300005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr16	89300147	rs62068549	A	G	9597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.261;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.038;NF=157;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=1.351;SC=CTCGCACTGCATATGCAACTC;SOR=0.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=333;TCF=157;TCR=176;TR=332;WE=89300155;WS=89300137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,355:1.00:356
chr16	89345122	rs3102367	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=-2.377;SC=GGAGACACAGGGGGTGGCTCT;SOR=1.003;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=10;WE=89345130;WS=89345112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr16	89345408	rs3096305	G	A	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,59:0.27:218
chr16	89345822	rs199558535	G	C	34.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.20;MQRankSum=0.967;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr16	89350038	rs2279348	G	A	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=53;PP=1222;ReadPosRankSum=0.675;SC=CTCCCGGTGCGCCTCCTCGGG;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=282;TCF=122;TCR=160;TR=91;WE=89350046;WS=89350028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,94:0.32:292
chr16	89350178	rs2279349	G	A	5205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=91;NR=85;PP=2965;SC=TATGCTTTTCGGTCTGCTCTT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=176;WE=89350186;WS=89350168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	89371827	rs3114912	G	A	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=46;PP=1327;SC=TGTTTCATATGCCAGGAGAAG;SOR=1.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=89371847;WS=89371817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	89371839	rs2277908	G	A	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=39;PP=1153;SC=CAGGAGAAGCGCATCTCTTAT;SOR=2.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=89371847;WS=89371817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	89379936	rs3102350	T	C	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=41;PP=1654;SC=ACTGCAGAGTTGTGGGCTCCA;SOR=0.921;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=99;WE=89379944;WS=89379926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	89389645	rs3114900	G	C	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	89574166	rs3809641	C	G	3165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=82;PP=2182;ReadPosRankSum=-2.170;SC=AGTCCGAAGGCACAGGACGGA;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=73;TCR=112;TR=134;WE=89574174;WS=89574156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,139:0.73:190
chr16	89576879	rs5818722	GT	G	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	89577046	rs3922633	C	T	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.148;SC=TGCACACTTACCGCCTCAGCT;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=81;WE=89577054;WS=89577036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,86:0.75:114
chr16	89590060	rs28643511	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=105;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CGCGATCACGGCTCACTGCAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=89590068;WS=89590050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr16	89590168	rs113476208	T	TATCTC	2547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=2338;ReadPosRankSum=0.293;SC=GGTTTCCTCTTAGGTGGGAAC;SOR=0.865;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=41;WE=89590176;WS=89590158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,61:0.64:96
chr16	89590243	rs3803680	G	A	4964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.096;NF=123;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.061;SC=ACAGCACAGCGTTAGTCTTTG;SOR=0.459;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=288;TCF=178;TCR=110;TR=205;WE=89590251;WS=89590233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,213:0.72:297
chr16	89592690	rs3935626	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-0.911;SC=AGGGTTGCTCGTCTGTCCCTG;SOR=0.061;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=7;WE=89592698;WS=89592680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr16	89596106	rs3803676	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=1.283;SC=TAGCCTGAAGCCACAATTAGA;SOR=0.346;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=23;WE=89596114;WS=89596096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr16	89597057	rs4785690	G	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=561;ReadPosRankSum=0.276;SC=TCCTGACTTCGCCCAGCTCCT;SOR=0.657;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=35;WE=89597065;WS=89597047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr16	89597221	rs4785691	A	G	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=654;ReadPosRankSum=1.230;SC=CTGAAGGTGAAAGCAGCGTGG;SOR=0.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=47;WE=89597229;WS=89597211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,54:0.76:71
chr16	89598760	rs463701	A	G	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=631;ReadPosRankSum=0.502;SC=TAGGGAATGGAGCTGGTAGCT;SOR=0.521;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=32;WE=89598768;WS=89598750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr16	89612260	rs34306835	A	AT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTTCTTTTTAATTTTTCTTTC;SOR=3.258;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=2;WE=89612268;WS=89612250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	89612979	rs35936864	AC	A	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=9.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=2.069;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr16	89613037	rs462464	G	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=5.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,54:0.30:182
chr16	89613123	rs2292954	A	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=1.592;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,86:0.24:352
chr16	89613233	rs461405	A	C	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=1.348;SC=CACCTGCGCAAACAGCATCGA;SOR=0.493;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=15;WE=89613241;WS=89613223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr16	89615453	rs4325552	A	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-2.064;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr16	89615765	rs2019604	T	G	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=676;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CAGGGGAGATTTAATGCAAAC;SOR=0.345;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=180;TCF=71;TCR=109;TR=58;WE=89615773;WS=89615755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,63:0.32:196
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chr16	89620148	rs730264	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=322;ReadPosRankSum=0.131;SC=GGGGCCCAGCACTGCTCTGCG;SOR=0.275;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=29;WE=89620156;WS=89620138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr16	89620328	rs12960	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=1.212;SC=GGCATCGGGCGGCGCCCCTTC;SOR=1.845;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=14;WE=89620336;WS=89620318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr16	89627460	rs2280370	T	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-1.847;QD=2.45;ReadPosRankSum=-2.126;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr16	89628870	rs885268	C	G	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=818;ReadPosRankSum=1.501;SC=ATCTGAGATGCGGGTGATGGG;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=123;TCR=104;TR=72;WE=89628878;WS=89628860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,79:0.32:246
chr16	89629218	rs258327	A	G	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=11;PP=620;SC=GAGGTCCTCCAGGTTCTCCTG;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=89629226;WS=89629208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	89645437	rs369230	G	T	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=51;PP=1461;SC=GGTGGCTCACGCCTGTAATCG;SOR=1.997;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=71;WE=89645445;WS=89645427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	89649675	rs455868	G	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=210;SC=AGGGTCCGGGGCCGTTTGAGC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=89649683;WS=89649665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	89650371	rs408800	T	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=9;PP=839;SC=CTGGGGCCTCTGGTCCCCCAC;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=89650379;WS=89650361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	89653032	rs452176	G	A	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=31;PP=1974;SC=CCTGGTAGGTGTTCAGAGCCA;SOR=1.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=103;WE=89653040;WS=89653022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	89653999	rs140664874	TTGAG	T	6280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=66;PP=2947;SC=GAGTGAGCGTTTGAGTGAACC;SOR=1.203;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=4;TCR=72;TR=70;WE=89654010;WS=89653989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	89654123	rs76691791	AG	GT	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.07;ReadPosRankSum=-1.892;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	89654130	rs71374184	C	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.53;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr16	89656163	rs397564	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=-1.051;SC=TCGGTTCCCCACCTCTGGCAG;SOR=0.892;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=7;WE=89656171;WS=89656153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr16	89656251	rs464349	T	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=512;ReadPosRankSum=-0.598;SC=AAGTGGCCCCTGTTGCAGCCA;SOR=0.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=51;WE=89656259;WS=89656241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,57:0.38:151
chr16	89662422	rs461227	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=-0.957;SC=TCTACCAGGCAAGACACACAT;SOR=1.136;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=16;WE=89662430;WS=89662412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr16	89662990	rs694285	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=180;ReadPosRankSum=2.655;SC=GAAGCCTGGGTGTCCCTGCCG;SOR=0.566;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=21;WE=89662998;WS=89662980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr16	89663072	rs659974	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=-1.931;SC=GAATGGGTCCGTACAGCCTCT;SOR=1.781;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=10;WE=89663080;WS=89663062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr16	89696999	.	C	T	38	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=16;MQ=58.1;NF=2;NR=3;PP=38;QD=14.5542425094;SC=CTGGGGGAGCCGGGGCTGGGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=89697007;WS=89696989;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,5:0.56:9
chr16	89702728	rs200540665	G	A	3688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=66;PP=2395;ReadPosRankSum=0.534;SC=TGCGGAGGACGCTGGAGCAGA;SOR=0.409;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=234;TCF=141;TCR=93;TR=156;WE=89702736;WS=89702718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,162:0.66:244
chr16	89703424	rs445537	A	G	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=26;PP=815;SC=GCATCTCCTCACGTGGGACCT;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=89703432;WS=89703414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	89703519	rs461115	C	T	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=799;ReadPosRankSum=-1.048;SC=CTTCCAGCCACGAAGGATGAT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=38;WE=89703527;WS=89703509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,40:0.82:49
chr16	89712889	rs460879	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=284;ReadPosRankSum=0.872;SC=TCCCACAGCACCAGAGCGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=16;WE=89712897;WS=89712879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr16	89713174	rs460984	C	T	5256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.478;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.429;SC=CCCATGGGGCCCCACTCAGCT;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=308;TCF=150;TCR=158;TR=230;WE=89713182;WS=89713164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,232:0.73:318
chr16	89715813	rs201479143	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,50:0.27:187
chr16	89717781	rs141950187	AAAAC	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.530;NF=14;NR=1;PP=645;ReadPosRankSum=0.286;SC=TCCGTCTCAAAAAACAAACAA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=89717792;WS=89717778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr16	89720409	rs258338	T	A	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=62;PP=1907;SC=ACTCACTAGGTTCCTTCTAGA;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=108;WE=89720417;WS=89720399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	89724144	.	C	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.319;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=319;ReadPosRankSum=-0.388;SC=ACGGGATGCTCTCGCGAGAGG;SOR=0.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=29;WE=89724152;WS=89724134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
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chr16	89754255	rs258324	T	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=51;PP=1426;SC=GGAAAGGGAGTTTGAGACTAG;SOR=2.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=89754263;WS=89754245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr16	89760492	rs465507	C	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=462;ReadPosRankSum=1.192;SC=TTCCAGGCCACCACAGGCTCT;SOR=0.957;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=23;WE=89760500;WS=89760482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr16	89760552	rs460057	T	C	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=74;NR=45;PP=1778;SC=AGGAGCCGGCTGTATTGAGGT;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=119;WE=89760560;WS=89760542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	89760652	rs2162943	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.624;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,45:0.24:189
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chr16	89763045	rs460367	C	T	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=9;PP=894;SC=GCCGCCTGGGCGGGCTGTCCA;SOR=2.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=43;WE=89763053;WS=89763035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr16	89763263	rs462769	T	C	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1103;ReadPosRankSum=0.103;SC=GCAGATTGGCTCCAGCAGAGC;SOR=0.530;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=74;WE=89763271;WS=89763253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr16	89763359	rs3803690	G	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-1.741;SC=GGACCCCCAAGTCCTGAGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=16;WE=89763367;WS=89763349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr16	89774411	rs11860230	T	C	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=35;NR=50;PP=1740;SC=AACAGAAGGATACCCCCGGCC;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=89774419;WS=89774401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	89774640	rs117316142	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=529;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GAGAGGCTGAGCTAAGCGAAG;SOR=0.321;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=24;WE=89774648;WS=89774635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr16	89775429	.	C	CCCCG	113	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=62.5;NF=0;NR=3;PP=113;QD=46.3333333333;SC=ACCCCTTATACCCCGCCCACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=89775437;WS=89775419;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,3:0.38:8
chr16	89775437	rs76084865	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.83;MQRankSum=1.834;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr16	89778202	rs376041423	G	GC	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	89778219	rs28588261	A	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.15;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	89778224	rs7206836	G	C	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.54;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	89782989	rs7206570	A	G	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=32;PP=1247;SC=CAGGCTGGGGAATGGGAGCAG;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=67;WE=89782997;WS=89782979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr16	89784206	rs189355544	C	G	6748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=2.052;SC=CTCACCGGCTCCCTAGGGAGC;SOR=0.480;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=374;TCF=180;TCR=194;TR=267;WE=89784214;WS=89784196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,270:0.71:379
chr16	89784521	rs10468304	T	A	12237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=204;NR=246;PP=2965;SC=CTGTGATCCTTTGTGCAGCGG;SOR=0.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=450;TCF=204;TCR=246;TR=450;WE=89784529;WS=89784511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr16	89787040	rs4785589	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=1.121;SC=CCGGGAACCGCGGCCCGGGAT;SOR=0.064;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=11;WE=89787048;WS=89787031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr16	89787083	rs149705807	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=280;ReadPosRankSum=-1.454;SC=GTCTCCAGCCCGAGCCGGCCC;SOR=0.228;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=17;WE=89787091;WS=89787073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
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chr16	89790167	rs4785590	G	C	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=602;ReadPosRankSum=0.695;SC=GCTCCTCAGTGGGGCAGGGTT;SOR=0.998;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=55;WE=89790175;WS=89790157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,59:0.79:75
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chr16	89804335	rs17233826	CT	C	1203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FS=2.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,82:0.21:391
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chr16	89806347	rs7195906	A	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=496;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CATTTGCAAGATGCCTCTGAA;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=43;WE=89806355;WS=89806337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr16	89811196	rs9923733	T	C	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=48;ReadPosRankSum=1.655;SC=TCCCCAGTAGTTGGGATTACA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=89811204;WS=89811187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr16	89815217	rs1800345	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=169;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GCACAGCGTACACTCTGCTCC;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=12;WE=89815225;WS=89815207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr16	89818491	rs3743860	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=264;ReadPosRankSum=-0.078;SC=AATATCTTAATAGCACGCGGC;SOR=1.174;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=21;WE=89818499;WS=89818481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr16	89829201	rs9806894	G	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=1.242;SC=ACCATGACCAGCTAAGTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=89829209;WS=89829191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	89836323	rs7195066	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=529;ReadPosRankSum=1.451;SC=AAGGCCAGCACCAGGTGCAGG;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=50;WE=89836331;WS=89836313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,55:0.31:180
chr16	89836507	rs7200990	T	C	5116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TGAAGACGAATTGAGAAGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=91;TCR=79;TR=168;WE=89836515;WS=89836497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,186:0.99:188
chr16	89836865	rs886951	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	89836872	rs886950	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-1.278;SC=CGCATGCTCCTGCGGAGACGA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=89836880;WS=89836864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	89838078	rs1800340	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=303;ReadPosRankSum=1.075;SC=CTGAGCCCCTACACCTACCAT;SOR=0.795;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=27;WE=89838086;WS=89838068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,29:0.27:107
chr16	89842029	rs3785275	C	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=1.984;SC=ACCCAAAGCACCGGCTTGAGC;SOR=0.523;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=8;WE=89842037;WS=89842019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr16	89845194	rs1800337	A	G	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=493;ReadPosRankSum=0.615;SC=TCCCCTTCTAACCGTTGCTGC;SOR=0.786;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=38;WE=89845202;WS=89845184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,40:0.31:130
chr16	89849583	rs2239360	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CCACAATTCACTTCCAACATC;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=89849591;WS=89849573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr16	89857622	rs1057042	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=0.838;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr16	89857700	rs8049660	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=1.196;SC=CAAAGCTGACAGCAAGGTTGC;SOR=0.308;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=18;WE=89857708;WS=89857690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr16	89857964	rs1800330	T	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-1.164;SC=AACCATGACATAGTCACAGCA;SOR=0.678;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=9;WE=89857972;WS=89857954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr16	89858505	rs6500452	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,69:0.28:248
chr16	89858525	rs1800287	C	G	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=665;ReadPosRankSum=-1.497;SC=AACCAATGTGCGACAGATGAC;SOR=1.000;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=192;TCF=83;TCR=109;TR=55;WE=89858533;WS=89858515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,61:0.29:214
chr16	89859008	rs3856	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=509;ReadPosRankSum=1.855;SC=AAAAGTTGTGGGTTTTTGTTA;SOR=0.892;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=10;WE=89859023;WS=89858998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr16	89859015	rs35617323	GT	G	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=7;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=495;ReadPosRankSum=2.274;SC=GTGGGTTTTTGTTAAGGACCA;SOR=1.291;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=8;WE=89859023;WS=89858998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr16	89866043	rs7190823	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,59:0.28:208
chr16	89866160	rs7186192	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=0.575;SC=ACGGCACTTCAGGAGGCCGAG;SOR=0.073;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=15;WE=89866168;WS=89866150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
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chr16	89902482	rs12598477	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=1.107;SC=GTTTAGGAGGTTAAGGCAGGA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=6;WE=89902490;WS=89902472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr16	89911877	.	G	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=546;ReadPosRankSum=1.662;SC=TTGTTTCAGGGAGGCAGGGTG;SOR=0.520;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=130;TCF=75;TCR=55;TR=42;WE=89911885;WS=89911867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,43:0.32:134
chr16	89912063	rs13331995	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.082;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr16	89922735	rs116983808	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GGAAGGTGGCGTCTCCCTGAG;SOR=0.048;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=89922743;WS=89922725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	89925556	rs7200842	G	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=900;ReadPosRankSum=1.519;SC=GCAGGGCCGCGTCTGGTGTGT;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=240;TCF=133;TCR=107;TR=83;WE=89925564;WS=89925546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,87:0.35:251
chr16	89929729	.	GGATGGCTGATGGACAA	G	533	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=533;QD=558.0;SC=ACATGGGGATGGATGGCTGAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=1;WE=89929752;WS=89929719;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,1:0.08:12
chr16	89958399	rs2966255	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.335;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=226;ReadPosRankSum=1.062;SC=TTTCTCTCTATGGGGCCCTCC;SOR=4.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=89958407;WS=89958389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	89960329	.	G	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr16	89960330	.	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr16	89973777	.	CTCCCAGT	C	1030	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=18;MQ=55.73;NF=0;NR=17;PP=1030;QD=62.1176470588;SC=CACCTCCCTCCTCCCAGTTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=17;WE=89973804;WS=89973767;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,17:0.39:44
chr16	89973796	.	A	G	1021	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=21;MQ=53.55;NF=1;NR=16;PP=1021;QD=62.1041889734;SC=CCCAGCTCCCAGCTCCCACCT;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=17;WE=89973804;WS=89973767;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,17:0.49:35
chr16	89981303	.	G	T	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=28;MQ=58.07;NF=5;NR=1;PP=27;QD=10.2952020912;SC=ACATTTGTGTGTGTGTGCCTG;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=6;WE=89981311;WS=89981293;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr16	89981345	.	T	TTG	459	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=26;MQ=59.62;NF=15;NR=3;PP=459;QD=26.1111111111;SC=GGGTGCACATTTGTGTGTGTG;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=18;WE=89981354;WS=89981335;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr16	90000925	rs4396536	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=369;ReadPosRankSum=0.130;SC=TTCTCAAGACTCTGTCCAGAG;SOR=0.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=29;WE=90000933;WS=90000915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,29:0.26:110
chr16	90002290	rs1135425	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=89;ReadPosRankSum=-1.363;SC=GGAGCCATCTTGCTGCCGACA;SOR=2.187;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=8;WE=90002298;WS=90002280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr16	90004868	rs56378598	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,24:0.22:108
chr16	90015027	rs77901106	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr16	90020861	rs7195043	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TTCTTCCTGCCGCGTCCTGCG;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=9;WE=90020869;WS=90020851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr16	90027626	rs8063761	A	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=0.274;SC=TGCCTGCTTGATATCTTTAGG;SOR=0.346;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=8;WE=90027634;WS=90027616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr16	90028106	rs8048449	T	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=212;ReadPosRankSum=0.647;SC=GTGGGGTTTTTGTGAGGCAGG;SOR=0.241;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=12;WE=90028114;WS=90028096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr16	90030355	rs13330431	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=11.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr16	90030770	rs56219904	A	G	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CTGAGGGGGGATTGGCAGGAG;SOR=0.731;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=79;WE=90030778;WS=90030760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,83:0.61:135
chr16	90037828	rs4785755	G	A	4023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=74;PP=2759;ReadPosRankSum=0.447;SC=CAGCATTTCTGTGTACATGTC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=151;TCR=112;TR=173;WE=90037836;WS=90037818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,178:0.65:275
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chr16	90085787	rs11076656	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GGGCGACGGCGGCGTCGCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=90085795;WS=90085777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr16	90093969	rs3743829	T	C	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1233;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TGCCAAATGTTCCTGGGAGCA;SOR=0.929;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=75;WE=90093977;WS=90093959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,78:0.67:116
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chr16	90094195	rs3743827	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=452;ReadPosRankSum=0.663;SC=CAGGGTGCCTACGCCGAGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=24;WE=90094203;WS=90094185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr16	90095277	rs7191175	T	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=402;ReadPosRankSum=-0.040;SC=TGAAAGAGTCTCATGACCTGA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=20;WE=90095285;WS=90095267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr16	90095484	rs3785184	C	T	4174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=87;PP=2166;ReadPosRankSum=1.254;SC=AGCTGCTGCCCGTCTCCCTGT;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=98;TCR=120;TR=159;WE=90095492;WS=90095474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,177:0.73:241
chr16	90095597	rs71137702	T	TGGGGCAGCCTACGGGGCAGGCTGC	1258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=4.992;NF=8;NR=14;PP=1528;ReadPosRankSum=0.264;SC=GGGCAGGCTATGGGGCAGCCT;SOR=0.807;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=22;WE=90095605;WS=90095587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr16	90097544	rs4608335	C	T	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=28;PP=1664;ReadPosRankSum=-1.239;SC=ATTCTGTCTCCGGAGCTTCCT;SOR=0.898;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=138;TCF=97;TCR=41;TR=99;WE=90097552;WS=90097534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,110:0.72:152
chr16	90097748	rs2302513	C	T	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=60;PP=1796;ReadPosRankSum=-2.103;SC=AGCTGGACCGCGAGCGGGAGG;SOR=0.856;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=165;TCF=79;TCR=86;TR=113;WE=90097756;WS=90097738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,124:0.70:178
chr16	90099061	rs4324129	C	T	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=11;PP=1195;ReadPosRankSum=0.609;SC=ACCAGGTGTGCACAGGTACGG;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=73;TCR=16;TR=63;WE=90099069;WS=90099051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,60:0.69:87
chr16	90099348	rs3785182	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.366;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=413;ReadPosRankSum=-1.221;SC=TGTGGCGGGGGCACCTGGAGG;SOR=2.387;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=21;WE=90099356;WS=90099338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr16	90108832	rs2241035	C	T	5378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.939;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.856;SC=CCCGTTGCCTCGGCCAAAAGA;SOR=0.546;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=350;TCF=176;TCR=174;TR=233;WE=90108840;WS=90108822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,248:0.67:371
chr16	90109519	rs2241032	G	A	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=13;PP=1035;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TGATGCTCACGCTGCCCCTCC;SOR=1.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=59;WE=90109527;WS=90109509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr16	90109711	rs3743825	A	G	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=94;PP=2965;SC=TCGGACAGACACTGGGCCAGG;SOR=1.353;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=59;TCR=94;TR=153;WE=90109719;WS=90109701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	90109756	rs3833069	G	GC	1377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=1199;SC=CGACGTAGCTGCCCCCCTGGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=35;WE=90109764;WS=90109746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	90110027	rs3743824	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=11;PP=1043;SC=CACAGTCGGCGGCACCTTCTC;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=90110035;WS=90110017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	90110289	rs1048148	C	A	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.06;NF=81;NR=85;PP=2965;SC=CGTGCGGGAACGGGCAGGCAG;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=166;WE=90110297;WS=90110279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	90110857	rs62054627	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=646;ReadPosRankSum=-0.788;SC=CCTGGCCTGCAGATCCCAGTG;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=33;WE=90110865;WS=90110847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr16	90110950	rs1048149	C	T	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=64;PP=2420;SC=CCTCTTCCTCCAGTAGCCCTC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=145;WE=90110958;WS=90110940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	90111042	rs1048150	G	A	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=1060;ReadPosRankSum=-1.195;SC=CTGGGGAGAGGATGAGGCTGC;SOR=0.348;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=73;WE=90111050;WS=90111032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,75:0.77:97
chr16	90128224	rs2077426	C	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr16	90133064	rs12444840	A	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=290;ReadPosRankSum=-0.742;SC=AAAAAGTCTGAAAATACTGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=14;WE=90133072;WS=90133060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr16	90133137	rs16966444	G	T	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=28;PP=2439;SC=AATGATGATGGCAGACACTGC;SOR=2.087;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=90;TCR=28;TR=118;WE=90133145;WS=90133127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	90141288	.	TA	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.191;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,15:0.18:85
chr16	90141355	rs12925933	A	C	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.685;NF=35;NR=25;PP=783;ReadPosRankSum=-1.055;SC=CTTCATCGGAATCTTCTGTGT;SOR=0.659;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=179;TCF=97;TCR=82;TR=60;WE=90141363;WS=90141345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,55:0.31:176
chr16	90141477	rs7196459	T	G	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=66;PP=2239;SC=AGAGCTGGGATGAGGAACAAA;SOR=1.502;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=90141485;WS=90141467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	90142087	rs35256427	G	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.264;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.729;NF=44;NR=25;PP=928;ReadPosRankSum=0.079;SC=CAGAGCAGTCGCTGATGCTAG;SOR=0.233;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=191;TCF=142;TCR=49;TR=69;WE=90142095;WS=90142077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,72:0.36:202
chr16	90161065	rs8051193	A	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.25;MQRankSum=-3.814;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr16	90161164	rs8049480	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=12.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQRankSum=-7.647;QD=11.50;ReadPosRankSum=1.312;SOR=1.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr16	90161168	rs191288996	T	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=7.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.03;MQRankSum=-7.913;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.295;SOR=1.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr16	90161231	rs8055916	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=1;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-5.108;NF=10;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=0.032;SC=CCGGGTGTCTTCTCAAGGTGA;SOR=0.931;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=27;WE=90161239;WS=90161221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr16	90161292	rs6500468	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.833;NF=2;NR=7;PP=111;ReadPosRankSum=1.083;SC=TGGCTATTGCGTTTCCTGAGA;SOR=0.506;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=9;WE=90161300;WS=90161282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr17	6115	rs61739713	G	C	11101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=197;NR=211;PP=2965;SC=TGTACTTGAGGGAGATGAGGA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=409;TCF=197;TCR=212;TR=408;WE=6123;WS=6105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr17	6157	rs2294076	A	G	6767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=138;PP=2965;SC=ACTTGTCTTCAGTCTTGTCCA;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=85;TCR=139;TR=222;WE=6165;WS=6147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	11743	rs34663111	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=240;SC=CAAGCCCCCAAGCTGGAGTTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=11751;WS=11733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	11830	rs62054999	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=6;PP=961;SC=GGGTGGGAGTAGGGGTTGGGG;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=11838;WS=11820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	13905	rs6565705	G	A	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=57;PP=2965;SC=GGGCAGGCCTGGGTGGAACCC;SOR=1.079;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=146;WE=13913;WS=13895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	14008	rs2294075	G	C	6883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=119;PP=2965;SC=GGGCAGAGAAGAGCAAACGGT;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=117;TCR=119;TR=236;WE=14016;WS=13998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	69293	rs146351269	G	GTTTCT	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	69298	rs62057059	A	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	69368	rs62059560	G	C	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=103;NR=48;PP=2965;SC=CCAGGCTGGAGTGCACCGTGC;SOR=1.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=104;TCR=48;TR=151;WE=69376;WS=69354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	69631	rs62059561	C	T	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=59;PP=1636;SC=TACCACGTGGCGTAGCAGCTC;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=72;WE=69639;WS=69621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	131516	rs12942829	C	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=7;PP=867;SC=GAGGGCATATCCAGCCCACTC;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=131524;WS=131506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	181474	rs12953074	T	C	12522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.54;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr17	181479	rs12947988	C	A	12200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr17	182990	.	A	C	687	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=15;MQ=50.21;NF=7;NR=29;PP=687;QD=20.0492003485;SC=GACACAGAGAAGGCCATTAGA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=182998;WS=182980;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	260101	rs188378590	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=327;SC=GCGGAAGCGTCCTGACTGCGC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=260109;WS=260091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	260142	rs7503725	G	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=4;PP=592;SC=CCATGGAGACGCGTGGCCCTG;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=260150;WS=260132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	260182	rs7502594	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=11;PP=1137;SC=GAGTCGCCGATTAGTCGGCAT;SOR=2.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=55;WE=260190;WS=260172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	263292	rs187527105	G	A	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=43.05;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	263292	.	GAC	AAG	874	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=26;MQ=49.27;NF=12;NR=27;PP=874;QD=23.7812275606;SC=CCCCGACCCCGACGCCCTCAA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=39;WE=263302;WS=263282;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr17	263294	rs35229416	C	G	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=43.05;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	263322	rs200728381	G	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.930;HP=4;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-2.899;NF=6;NR=17;PP=541;ReadPosRankSum=2.340;SC=CCCCGACCCCGAGGCCCTCAA;SOR=1.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=23;WE=263330;WS=263312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,20:0.65:31
chr17	293138	rs8069166	G	A	7200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=91;PP=2965;SC=GGCGTGGCTCGAAGCGCACCT;SOR=1.165;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=158;TCR=92;TR=245;WE=293146;WS=293127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr17	293274	rs76404864	A	G	10075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=200;PP=2965;SC=GTACTTGACCAAGGAGGTGTA;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=155;TCR=200;TR=355;WE=293282;WS=293264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr17	295777	rs9902142	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=554;SC=CGGGCCATTTCTTTTATTTTT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=295785;WS=295767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	422896	rs2034087	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=5;PP=297;SC=TGAAGTGCACGTGCCCGGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=422904;WS=422886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	423051	rs2034088	T	C	4978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=113;NR=69;PP=2712;SC=GTGGACCAAATGTCCCGGCAC;SOR=1.081;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=114;TCR=69;TR=182;WE=423059;WS=423041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	424880	rs16953156	G	A	18008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=298;NR=345;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CTTTGACAACGATCTTGGTGT;SOR=0.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=644;TCF=298;TCR=346;TR=643;WE=424893;WS=424870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,668:1.00:669
chr17	440108	rs11653961	A	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=2;PP=1192;SC=GTGTGTGGGGAGGTGTCGGTA;SOR=5.590;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=47;TCR=2;TR=48;WE=440116;WS=440106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	463843	rs741677	A	G	3624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=64;PP=2051;SC=ACAAGTCAGCATGGAATTTCT;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=126;WE=463851;WS=463833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	465993	rs36070043	G	GA	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.747;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr17	504978	rs10521105	C	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=920;SC=GCAAGCAGACCGATTTTCAGA;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=504986;WS=504968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	505162	rs4968055	A	G	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=99;PP=2965;SC=GAGAAAGAGAAGTGTTTTCTG;SOR=1.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=74;TCR=99;TR=173;WE=505170;WS=505152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	505250	rs4968092	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=30;PP=891;SC=GCTATCTGATAAAGAAGAACT;SOR=4.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=505258;WS=505240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	600502	rs2657633	C	T	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=14;PP=1351;SC=AGGGACAGCACGTGGCTGCTG;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=600510;WS=600492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	602469	rs2543781	G	C	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=0;PP=1252;SC=TGGCAAACTTGAGATTTCAGT;SOR=7.614;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=44;TCR=0;TR=44;WE=602477;WS=602459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	602753	.	TA	T	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=10.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr17	617869	rs11558129	G	A	9660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=202;NR=150;PP=2965;SC=TTACCTGCTCGATGGCCAGCT;SOR=0.996;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=353;TCF=203;TCR=150;TR=352;WE=617877;WS=617859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr17	636320	rs111405529	T	TCTC	11745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=69;PP=2969;SC=CGCGCGCTGTTCTCTCCGCCC;SOR=1.196;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=129;WE=636328;WS=636310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	643741	rs71357104	G	A	6697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=104;PP=2965;SC=TTCGTCATCCGCAGAGGCTCC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=122;TCR=106;TR=225;WE=643749;WS=643731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	648186	rs7813	G	A	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=31;PP=2070;SC=TTTAAGAAGCGCTGCTCGTGT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=105;WE=648194;WS=648176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	648498	rs2740349	C	T	6122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=102;PP=2965;SC=GGAAGCCAATCACGACAGCTA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=105;TCR=102;TR=207;WE=648506;WS=648488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	649067	rs1062923	A	G	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=79;PP=2559;SC=GGCTGATACAATCTCACACAG;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=130;WE=649075;WS=649057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	649547	rs910925	G	C	8433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=157;NR=121;PP=2965;SC=GAGAATCTGGGCCAGGAACTT;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=279;TCF=157;TCR=122;TR=278;WE=649555;WS=649537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr17	649935	rs2740348	G	C	11006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=176;PP=2965;SC=AAGTCTGGCTGTCGGAAGAGG;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=372;TCF=196;TCR=176;TR=371;WE=649943;WS=649925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr17	650518	rs35696687	G	A	18250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=331;NR=327;PP=2965;ReadPosRankSum=1.477;SC=CCTGGGGGTCGTCCTCTGTCA;SOR=0.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=660;TCF=333;TCR=327;TR=658;WE=650526;WS=650508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,677:1.00:678
chr17	655293	rs1884726	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=7;PP=751;SC=GTGCGCGACAGGAGGAGACGC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=655301;WS=655283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	673895	rs2644706	C	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=19;PP=527;SC=CTAGTCCACACTTTCCTGTGT;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=21;WE=673903;WS=673885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	686296	rs34512506	GT	G	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=353;ReadPosRankSum=1.255;SC=ATAGTTACCTGTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=22;WE=686316;WS=686286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr17	704480	rs570710	C	A	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=367;SC=CCTGAAGAGCCGGCGTTTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=704488;WS=704470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	706862	rs598974	G	C	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=33;PP=2108;SC=GCCAGGATCAGTCCTGTGCCA;SOR=1.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=108;WE=706870;WS=706852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	708223	rs2295477	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=299;SC=AGAGAGAAGCGGCAGGGACAG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=708231;WS=708213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	722478	rs78598486	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=328;SC=GAGCTGCCATGCCCGGCCTGA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=722486;WS=722468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	725433	rs503779	C	T	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=605;SC=GCAGGAGAATCGCTTGAACCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=725441;WS=725423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	725727	rs61197180	G	A	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=63;PP=1927;SC=GACCCGCTGCGTCACGCTGCT;SOR=1.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=93;WE=725735;WS=725717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	909451	rs2586306	A	T	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=872;SC=TCCCTGTCCTAGGCCTCGTCC;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=909459;WS=909441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	910401	rs2586305	G	A	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=17;PP=1622;SC=CGGTGCCAGGGTACCTGCGCC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=72;WE=910409;WS=910391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	910636	rs2586304	A	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=42;PP=1185;SC=CGCTGTGGGAACTCCTGAAGG;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=910644;WS=910626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	915368	rs333652	A	G	7921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=142;NR=129;PP=2965;SC=AGGGCAGAGAAAGAGGCCACC;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=142;TCR=129;TR=271;WE=915376;WS=915358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	934771	.	G	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	934772	.	C	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.19;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr17	953456	rs2257540	C	T	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=109;PP=2965;SC=CCTGAACCTCCGAAGCTGGGA;SOR=2.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=38;TCR=109;TR=147;WE=953464;WS=953446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	1083083	rs62070499	A	G	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	1173790	rs2063188	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	1174094	rs3951819	A	G	11683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=231;NR=185;PP=2965;SC=AGCGCATCCTAGACTACAACG;SOR=0.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=416;TCF=231;TCR=185;TR=416;WE=1174102;WS=1174084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr17	1183354	rs6502774	T	C	12085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=1.461;SC=TCCGCCGCATTCCTGGACCTG;SOR=0.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=440;TCF=260;TCR=180;TR=437;WE=1183362;WS=1183344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,446:1.00:447
chr17	1183464	rs6502776	A	G	13815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=257;NR=249;PP=2965;SC=GGAGCAGAACAGCCAGGGCCT;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=507;TCF=257;TCR=250;TR=506;WE=1183472;WS=1183454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr17	1268444	rs35058521	GA	G	3626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=113;PP=2979;SC=AAGCTACTGCGAAAAAAACAT;SOR=4.108;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=138;TCF=3;TCR=135;TR=116;WE=1268452;WS=1268434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	1359363	rs2229075	T	G	12348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=253;PP=2965;ReadPosRankSum=0.835;SC=CGACTCAACCTCCCCCAGTAC;SOR=0.461;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=493;TCF=234;TCR=259;TR=483;WE=1359371;WS=1359352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,477:0.99:480
chr17	1370459	rs2302459	T	C	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=16;PP=1781;SC=GTGAGGTGCCTGGGCTCTGCC;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=83;WE=1370467;WS=1370449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	1370720	rs2302457	C	T	6646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=133;PP=2965;SC=CCTGGGTGCCCACACAGCCCC;SOR=0.956;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=255;TCF=122;TCR=133;TR=249;WE=1370728;WS=1370710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr17	1371088	rs8069059	T	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=2;PP=388;SC=CCTCCCCATCTACCTCCCCCA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=1371096;WS=1371078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	1371123	rs8072859	T	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=7;PP=908;SC=TCCCCATCCATGAAAAGGCAC;SOR=2.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=44;WE=1371131;WS=1371113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	1371473	rs8079811	C	G	4782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=100;PP=2965;SC=GGCTCCGCCCCTGCCCTGACC;SOR=1.060;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=77;TCR=100;TR=175;WE=1371481;WS=1371463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	1371818	rs8080389	C	T	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=103;PP=2965;SC=GTGAGGAGAGCGTCATGGTGG;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=75;TCR=104;TR=178;WE=1371826;WS=1371808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	1372987	rs9303175	T	G	8758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=182;PP=2965;SC=TGCTACTGCATCCTTTGGATA;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=124;TCR=182;TR=305;WE=1372995;WS=1372977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr17	1373518	rs9905106	T	C	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	1373612	rs8081370	C	T	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	1377878	rs2286871	T	C	5410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.47;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	1377884	rs2286872	C	T	5733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.47;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	1381005	rs2286876	T	C	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=41;PP=1308;SC=TCACAGGGAGTCTCCACAGAG;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=52;WE=1381013;WS=1380995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	1384066	rs4790518	A	G	11324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=224;NR=213;PP=2965;SC=TCTCCTCCTCACCCCCCTCCA;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=439;TCF=225;TCR=214;TR=437;WE=1384074;WS=1384056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr17	1387334	.	CA	C	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=2.203;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr17	1412455	rs5818804	GC	G	1239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=1155;SC=GGAACGGTCTGCCAGACCCAG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=1412463;WS=1412445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	1437278	rs2270228	C	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=9;PP=1194;SC=CTGTAGCAGACACTGACGTGT;SOR=2.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=1437286;WS=1437268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	1456507	rs9895971	G	A	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=109;PP=2965;SC=ACGTAATCCAGCTGCCAGTAA;SOR=1.272;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=73;TCR=109;TR=182;WE=1456515;WS=1456497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	1489088	rs4790208	C	G	7435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=113;PP=2965;SC=GCTCCGGGAGCAGCTGGAGTG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=148;TCR=114;TR=260;WE=1489096;WS=1489078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	1490379	rs143498029	A	ACACTGCGTTTCCCG	1812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=1685;SC=TGCATTTCCCACACTGCGTTT;SOR=2.093;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=30;WE=1490387;WS=1490369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	1490409	rs8078582	T	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=179;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=351;SC=CATTTCCCACTAAGCGTGACT;SOR=3.026;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=1490417;WS=1490399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	1493972	rs7210368	T	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=537;SC=GGCAGACAGCTCCTGGGATGC;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=1493980;WS=1493964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	1493999	rs7406591	G	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=3;PP=885;SC=TCCATGGCCCGGCTGGCCCGG;SOR=4.021;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=1494007;WS=1493989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	1494027	rs4790668	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=9;PP=1459;SC=TAACACATTCTGGCCGGTGGC;SOR=3.327;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=63;WE=1494035;WS=1494017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	1494567	rs12953268	G	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=29;PP=1835;SC=GGGTACCTGCGGCATCCGGCT;SOR=1.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=98;WE=1494575;WS=1494557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	1516267	.	A	G	220	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=14;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=57.02;NF=11;NR=0;PP=220;QD=23.1610193225;SC=CTCCGTCTCAAAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=1516275;WS=1516264;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,11:0.69:16
chr17	1516480	rs7219369	T	C	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=110;PP=2965;SC=TTAAAAAATCTGTACTCACTG;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=111;TCR=110;TR=220;WE=1516488;WS=1516470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	1530897	rs5018812	T	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=516;SC=TCTGATACCCTAGAGGCACTG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=1530905;WS=1530887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	1538546	rs4790250	C	T	8753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=165;PP=2965;SC=ACTGTCCGGCCACCAAGTGGG;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=313;TCF=147;TCR=166;TR=312;WE=1538554;WS=1538536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr17	1538628	rs3744644	C	G	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=94;PP=2965;SC=CTTCTGCTTCCTCTGGGCCTG;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=130;TCR=94;TR=223;WE=1538636;WS=1538618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	1542153	rs2272012	G	A	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=63;PP=2927;SC=AGCAGGCAAGGCCCAGGAAGA;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=99;TCR=64;TR=162;WE=1542161;WS=1542143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	1542190	rs2272011	G	A	5757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=111;NR=87;PP=2965;SC=AAGGCTGCCCGCGATGAGGGC;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=111;TCR=87;TR=198;WE=1542198;WS=1542180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	1550106	rs2293067	C	T	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=36;PP=2055;SC=AGCAGGGTGACGGGCAGAGAA;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=77;WE=1550114;WS=1550096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	1565211	rs118000367	T	C	15008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=285;NR=259;PP=2965;SC=TGAGGTCGGATTGGGGGATGA;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=544;TCF=285;TCR=259;TR=544;WE=1565219;WS=1565201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr17	1579782	.	A	C	7019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=136;PP=2965;SC=CACCCAGCCCAGCCTACTCTG;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=118;TCR=137;TR=254;WE=1579790;WS=1579772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr17	1611433	rs4790809	A	G	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=74;PP=2712;SC=GCAAGCAGGCAGAGTTCAGTT;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=71;TCR=75;TR=145;WE=1611441;WS=1611423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	1611545	rs4790810	A	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=36;PP=1068;SC=GGTCAGAGGAACCCCATGACC;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=1611553;WS=1611535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	1657988	rs189673650	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	1674429	rs8074840	T	C	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=1.654;SC=ACACGGTCACTGCCCCCCAGA;SOR=0.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=109;TCR=148;TR=256;WE=1674437;WS=1674419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,265:1.00:266
chr17	1675127	rs4274474	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=534;SC=TGCTTGTCGTCGAGTCTCATA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=1675146;WS=1675123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	1675138	rs4274475	C	T	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=575;SC=GAGTCTCATACGCTAACCTCT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=1675146;WS=1675123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	1675451	rs5008943	T	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=40;PP=1154;SC=TACTCTGTAGTCCTAACTGGA;SOR=4.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=1675459;WS=1675441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	1678256	rs2269344	G	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=6;PP=1018;SC=TCCCTTGAGTGGGGCAATTTT;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=1678264;WS=1678246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	1679793	rs2071021	A	G	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=14;PP=1849;SC=TGGGCTCTGAAGGACTAACCA;SOR=2.955;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=74;WE=1679813;WS=1679783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	1679805	rs2071022	A	G	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=23;PP=1851;SC=GACTAACCACATGCTTTCTCA;SOR=2.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=75;TCR=23;TR=98;WE=1679813;WS=1679783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	1680002	rs6828	T	C	8387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=161;PP=2965;SC=AGCTGAGTTATGAAGGCGAAG;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=138;TCR=161;TR=299;WE=1680010;WS=1679992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr17	1684772	rs7224977	T	C	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=48;PP=1531;SC=TTCACTGATTTGTGAGGCAAA;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=95;WE=1684780;WS=1684762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	1686410	rs9902398	T	C	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=43;PP=1811;SC=CTCCACCACGTAGAGACTCCT;SOR=1.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=84;WE=1686418;WS=1686400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	1686563	rs11078639	C	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=724;SC=GTTTACAGAGCGGGGGGTAAC;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=1686571;WS=1686553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	1687796	rs3815612	A	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=34;PP=986;SC=TGCCAGGGTCAGTTATCAACA;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=1687804;WS=1687786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	1690303	rs34115092	AAG	A	1687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=36;PP=1701;SC=TATTGAAAGCAAGAGAGAGTC;SOR=5.186;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=36;WE=1690312;WS=1690287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	1690752	rs11549830	G	A	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=40;PP=1639;SC=TTTCTAATCCGCTGTGACGCC;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=98;WE=1690760;WS=1690742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	1704296	rs7224496	C	A	4751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=104;PP=2965;SC=TGTCTGTGCTCTGTTAATGTC;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=62;TCR=104;TR=166;WE=1704304;WS=1704286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	1707762	rs8067685	A	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=489;SC=ATGAGCGCCCAGTCCGACTTT;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=1707770;WS=1707752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	1715435	rs7503422	G	A	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=70;PP=2020;SC=AGGAAACAAAGTAAGCAGAAA;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=112;WE=1715443;WS=1715425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	1731268	rs8067660	T	C	9445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=188;PP=2965;SC=ATGATTTCCATTCATCCACAG;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=138;TCR=188;TR=326;WE=1731276;WS=1731258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr17	1733399	rs5030749	A	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=50;PP=1701;SC=TGGTCGGCCAACTGAGCGAGG;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=1733407;WS=1733389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	1748028	rs4790827	A	G	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=86;PP=2757;ReadPosRankSum=-0.748;SC=GAATGGGAACAAATTTAGGAA;SOR=0.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=133;WE=1748036;WS=1748018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr17	1761351	.	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.157;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=9.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.82;MQRankSum=-1.220;QD=1.04;ReadPosRankSum=2.021;SOR=2.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,12:0.10:125
chr17	1761353	.	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=9.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.91;MQRankSum=-1.292;QD=0.88;ReadPosRankSum=2.241;SOR=2.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,12:0.09:127
chr17	1761358	.	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=14.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.60;MQRankSum=-1.452;QD=0.56;ReadPosRankSum=2.864;SOR=3.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,12:0.09:140
chr17	1761365	.	C	CA	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=16.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.12;MQRankSum=-2.103;QD=1.19;ReadPosRankSum=2.133;SOR=3.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,14:0.09:149
chr17	1761367	.	G	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=19.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.89;MQRankSum=-2.388;QD=1.14;ReadPosRankSum=2.315;SOR=3.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,15:0.10:153
chr17	1761373	.	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.762;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=22.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.49;MQRankSum=-2.183;QD=1.15;ReadPosRankSum=2.552;SOR=4.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,15:0.09:162
chr17	1761377	.	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=27.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.37;MQRankSum=-2.530;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.388;SOR=4.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,17:0.10:166
chr17	1761383	rs375054050	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=21.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.31;MQRankSum=-2.951;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.641;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,18:0.11:170
chr17	1761391	.	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=18.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQRankSum=-2.999;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=2.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,21:0.12:181
chr17	1761401	.	G	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=26.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.25;MQRankSum=-3.351;QD=2.49;ReadPosRankSum=-2.712;SOR=2.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,27:0.13:201
chr17	1761404	.	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=23.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQRankSum=-3.015;QD=2.41;ReadPosRankSum=-2.327;SOR=2.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,26:0.13:204
chr17	1761423	.	T	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.656;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=14.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.23;MQRankSum=-4.631;QD=3.47;ReadPosRankSum=-2.149;SOR=1.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,34:0.14:237
chr17	1761425	.	C	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;ClippingRankSum=0.000;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=12.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.44;MQRankSum=-4.609;QD=3.52;ReadPosRankSum=-2.107;SOR=1.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,35:0.15:240
chr17	1761428	.	G	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=12.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.22;MQRankSum=-4.945;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.378;SOR=1.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,35:0.14:250
chr17	1761431	rs3809874	T	C	8130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=120;PP=2965;SC=TTTCCTAGGTTCCACATCAAG;SOR=1.215;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=165;TCR=121;TR=282;WE=1761439;WS=1761421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	1761436	.	A	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=13.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQRankSum=-5.152;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.408;SOR=1.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,36:0.13:277
chr17	1761445	.	CGG	TGA	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=7.456;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.60;MQRankSum=-5.842;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.560;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,41:0.14:293
chr17	1761446	rs11656253	G	A	6282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.931;NF=141;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.586;SC=ATCAAGTGTCGGATCCCATTC;SOR=0.389;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=323;TCF=172;TCR=151;TR=271;WE=1761454;WS=1761436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,245:0.84:290
chr17	1761457	.	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=2.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.11;MQRankSum=-6.464;QD=3.31;ReadPosRankSum=2.058;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,45:0.14:315
chr17	1761482	.	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.73;MQRankSum=-5.456;QD=0.19;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,39:0.13:296
chr17	1782952	rs5030755	A	G	12504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=257;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CTTGATGGACACATCCGGGAA;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=453;TCF=196;TCR=257;TR=451;WE=1782960;WS=1782942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,464:1.00:465
chr17	1839674	rs9902457	G	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=9;PP=601;SC=GCAGCCGAAGGCTCTACCAGC;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=1839682;WS=1839664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	1840468	rs9903800	C	T	7593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=131;PP=2965;SC=GGTCGTGGAACGCCTTGTGGT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=142;TCR=131;TR=273;WE=1840476;WS=1840458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr17	1933241	rs35350758	AG	A	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=0;PP=939;SC=ACTAAGTCGCAGGGCAAGGGC;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=23;WE=1933249;WS=1933231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	1933381	rs2273981	G	A	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=124;PP=2965;SC=GCCCCCGCTGGCCGATCGGCG;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=138;TCR=124;TR=262;WE=1933389;WS=1933371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr17	2091765	rs903160	C	T	14916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=300;NR=236;PP=2965;SC=CCCAGAGCTGCGGCTTGTTCC;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=537;TCF=300;TCR=237;TR=536;WE=2091773;WS=2091755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,553:1.00:553
chr17	2092006	rs903161	A	T	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=69;PP=1969;SC=GTGTTTGATAAGATGATAAGG;SOR=5.447;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=4;TCR=69;TR=73;WE=2092014;WS=2091996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	2186100	rs749240	C	T	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CTTTCCGCCACTGGTCAGGGC;SOR=0.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=111;TCR=90;TR=200;WE=2186108;WS=2186090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr17	2276432	rs2302470	C	T	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=155;PP=2965;SC=CCAGGGGACGCCAGGGAGGGG;SOR=2.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=48;TCR=156;TR=203;WE=2276440;WS=2276422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	2297571	.	GCA	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.252;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,14:0.15:93
chr17	2371000	rs10163513	G	A	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=20;PP=2393;SC=GATTACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=2.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=84;TCR=20;TR=104;WE=2371008;WS=2370990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	2595215	rs5818873	GC	G	1358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=31;PP=837;SC=AAGGGATCAGGCCCCCCCGTG;SOR=2.687;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=31;WE=2595223;WS=2595205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	2595964	rs2302199	G	A	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=43;PP=1906;SC=GCTGGCTGCTGGCGAAGCAGT;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=100;WE=2595972;WS=2595954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	2597711	rs72194150	TGCAGCAGGGAC	T	4547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=59;PP=2974;ReadPosRankSum=0.201;SC=AGTGGGAGCCTGCAGCAGGGA;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=42;TCR=90;TR=87;WE=2597742;WS=2597701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr17	2597734	rs60218044	A	G	5115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=1.277;SC=CAGCGGGGACACAGCGGGGAC;SOR=0.854;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=220;TCF=125;TCR=95;TR=199;WE=2597742;WS=2597701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,199:0.99:201
chr17	2597969	rs2277663	C	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=648;ReadPosRankSum=1.591;SC=ACTGCCCCACCCGGCCCCCGG;SOR=2.225;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=29;WE=2597977;WS=2597959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr17	2598627	rs1003398	T	C	16802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=293;PP=2965;SC=TCCATCCCAGTCCCACAGCTC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=293;WE=2598635;WS=2598617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,592:1.00:592
chr17	2699935	rs123059	T	C	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=57;PP=1656;SC=TTAAGTGCATTGGCGGCCGTG;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=117;WE=2699943;WS=2699925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	2703721	rs72122107	GGGCTGTCCCGGGGACTCCTCCA	G	7584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=37;PP=2925;SC=CTGGTGGTTTGGGCTGTCCCG;SOR=1.555;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=2703750;WS=2703711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	2868935	rs12950923	T	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=25;PP=797;SC=GGGTCATCCTTAGGTAGGGCT;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=2868943;WS=2868925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	2883588	rs17762452	C	A	8098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=156;NR=138;PP=2965;SC=CAGGTCCAAACTGAAGACGGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=156;TCR=138;TR=294;WE=2883596;WS=2883578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr17	2921210	rs56791699	C	CGT	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=426;ReadPosRankSum=0.190;SC=CCTCTGTGACCGTGTGTGTGT;SOR=0.307;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=12;WE=2921219;WS=2921200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr17	2921251	rs8064800	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=21;PP=1307;SC=GTATGTGTGCACGCATACGTG;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=75;WE=2921259;WS=2921241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	2923597	rs2304981	C	A	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=1;PP=707;SC=CTGTGACTGGCCTGAGTCTCC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=2923605;WS=2923587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	2923767	rs2304982	A	G	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.485;SC=AATTTCATCGACAGCCTCCAG;SOR=0.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=165;TCR=118;TR=281;WE=2923775;WS=2923757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,289:1.00:290
chr17	2924011	rs4790416	T	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=40;PP=1124;SC=AGGAGATGGCTCTGCCTTCAG;SOR=6.138;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=41;WE=2924019;WS=2924001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	2929286	rs4072679	A	C	6530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.205;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.641;SC=CTCACTCCTCATTTCCATTCC;SOR=1.083;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=142;TCR=82;TR=222;WE=2929294;WS=2929276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr17	2929392	rs55904912	G	A	7041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=110;NR=135;PP=2965;SC=CCAGCTCTCCGGAAATCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=110;TCR=136;TR=245;WE=2929400;WS=2929382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	2929674	rs12941934	T	C	6617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=102;PP=2965;SC=AAAACGGCCGTGCCATCTCCC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=131;TCR=102;TR=233;WE=2929682;WS=2929664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	2930223	rs4790114	T	C	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=86;NR=42;PP=2299;SC=TCGCTCACCCTGCCTCTCTCC;SOR=1.455;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=128;WE=2930231;WS=2930213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	2930339	rs4790115	G	A	7680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CTGCCACCCCGATCATCATGA;SOR=0.243;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=289;TCF=146;TCR=143;TR=288;WE=2930347;WS=2930329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr17	2935577	rs4239038	T	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=9;PP=603;SC=GGGAAGTGCTTGTTCCTGGGG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=2935599;WS=2935567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	2935591	rs4239039	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=11;PP=638;SC=CCTGGGGTCCTGAATCCCTTC;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=2935599;WS=2935567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	2966032	rs202049082	C	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.76;QD=31.21;SOR=4.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	3100827	rs2241093	T	C	10875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=208;NR=163;PP=2965;SC=AGAAAGAAAATCAATCCTTTA;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=371;TCF=208;TCR=163;TR=371;WE=3100835;WS=3100817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr17	3101076	rs2241092	G	C	5498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=77;PP=2965;SC=ATCTCTTGGGGAGCAAGTTCA;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=102;TCR=77;TR=179;WE=3101084;WS=3101066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	3101578	rs2241091	G	T	11931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=178;NR=231;PP=2965;SC=TACAACGATGGGCATGTATTT;SOR=1.020;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=409;TCF=178;TCR=231;TR=409;WE=3101586;WS=3101568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr17	3101691	rs12150427	G	T	7441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=146;PP=2965;SC=TGAGAAATTGGGATATGAAGG;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=109;TCR=146;TR=255;WE=3101699;WS=3101681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	3119008	rs4325604	T	C	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=85;PP=2965;SC=CATCCTCTTCTTGTTCATTTA;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=83;TCR=85;TR=167;WE=3119016;WS=3118998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	3181384	rs769434	C	T	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=75;PP=2965;SC=AAACTCCAACCCCTTTATCCT;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=110;TCR=75;TR=185;WE=3181392;WS=3181374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	3182309	rs2014057	G	T	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=58;PP=1724;SC=TCAAAGCCCCGTGGCGAGTCC;SOR=3.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=70;WE=3182317;WS=3182299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	3195503	rs703903	C	T	6530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=86;PP=2965;SC=GGCCAGGAATCGGTCATAGGC;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=139;TCR=86;TR=225;WE=3195511;WS=3195493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	3214181	rs231678	T	G	9670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=171;PP=2965;SC=GCTCTCCTGCTCCAGTGTTCA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=168;TCR=171;TR=339;WE=3214189;WS=3214171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr17	3301549	rs150988	G	A	7633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=138;NR=174;PP=2965;SC=GGAGATGGGAGTCCAGTCGAA;SOR=1.213;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=138;TCR=174;TR=312;WE=3301557;WS=3301539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	3324086	rs227788	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.60;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	3337057	rs769431	A	G	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.40;QD=28.22;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	3343519	rs17822627	T	C	9003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=180;NR=137;PP=2965;SC=AAGTTTTTTGTTCAGAAACAG;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=180;TCR=137;TR=317;WE=3343527;WS=3343509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr17	3349634	rs34586104	C	CTT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=322;SC=ATTATTAAAACCAGTTCTTTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=3349642;WS=3349624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	3352294	rs1488689	A	G	16837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=267;NR=324;PP=2965;SC=AGGTTCAGGTATTCTTAATTG;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=592;TCF=268;TCR=324;TR=591;WE=3352302;WS=3352284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,617:1.00:617
chr17	3352331	rs1488690	C	T	13003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=267;PP=2965;SC=CCCGAACTCACTGGACAAGAA;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=449;TCF=182;TCR=267;TR=449;WE=3352339;WS=3352321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr17	3352455	rs34414986	C	CAA	900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=28;PP=733;SC=TGTAATAGTGCAAAAAAAAAG;SOR=4.977;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=29;WE=3352463;WS=3352444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	3352494	rs35147573	C	CA	311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=16;PP=358;SC=TTCTTAATTACAAAAAAAATT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=16;WE=3352502;WS=3352484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	3417123	rs906418	C	T	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=8;PP=1616;SC=CCGGACTCCACCATCCCTCAA;SOR=3.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=59;TCR=8;TR=67;WE=3417131;WS=3417113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	3418119	rs10579788	AGTT	A	2199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=38;PP=1772;SC=GTCACACCAAAGTTGTTGGAG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=38;WE=3418129;WS=3418109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	3419689	rs8081785	CA	TG	5250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=16;PP=2947;SC=ATCCTGTCACCATCCTGCCCC;SOR=2.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=86;TCR=17;TR=97;WE=3419698;WS=3419679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	3424183	rs8079980	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=7;PP=516;SC=AATTGTTGCCAAGGCCGCCAT;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=3424191;WS=3424173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	3424507	rs925101	T	C	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=26;PP=555;SC=CACTGGATCCTGCCTCCTCCA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=3424515;WS=3424497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	3427442	rs62069862	A	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=9;PP=1884;SC=CCCCATCTGAAAAATGGCCAT;SOR=3.471;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=72;WE=3427450;WS=3427432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	3430271	rs11657715	A	G	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=42;PP=1331;SC=GGCCCTCAGCAGGGGAGCTGA;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=3430279;WS=3430261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	3435935	rs454738	C	A	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=9;PP=1784;SC=TGCCTCCCCACGCCCCATGGC;SOR=3.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=63;TCR=9;TR=72;WE=3435943;WS=3435925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	3436080	rs395357	C	T	13340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=240;NR=237;PP=2965;SC=AGTCATTCTGCGTCTTGAAGT;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=477;TCF=240;TCR=237;TR=477;WE=3436088;WS=3436070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr17	3446885	rs322937	T	C	17330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=302;NR=314;PP=2965;SC=TTCAGCCGCCTCTTTTTCCTC;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=618;TCF=304;TCR=314;TR=616;WE=3446893;WS=3446875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,630:1.00:630
chr17	3457954	rs11453205	T	TG	1423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=833;ReadPosRankSum=-1.006;SC=AAGGGCTCCCTGGGGGGGTGC;SOR=1.143;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=30;WE=3457962;WS=3457944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr17	3458072	rs322965	T	C	5763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=120;NR=90;PP=2965;SC=TCTGGCAGGATGGCAGGGTTC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=120;TCR=91;TR=210;WE=3458080;WS=3458062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	3475018	rs224547	A	G	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=103;PP=2962;SC=AGCCCAAGAAACCCACCCATC;SOR=3.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=19;TCR=103;TR=122;WE=3475026;WS=3475008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	3475367	rs224548	T	G	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=28;PP=1930;SC=TGTCCACAGGTGAGCCCCAAA;SOR=1.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=95;WE=3475375;WS=3475357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	3475405	rs224549	C	T	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=68;PP=2965;SC=CAGGTGGAGCCTGGGCATTAC;SOR=1.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=179;WE=3475413;WS=3475395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	3475564	rs224550	C	T	4897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=110;PP=2965;SC=ACACCAAGGGCAGAGGAGCTG;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=68;TCR=110;TR=178;WE=3475572;WS=3475554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	3476826	rs11441416	G	GC	57.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	3476832	rs2456855	A	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	3480396	rs8078936	C	T	12803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=247;NR=193;PP=2965;SC=CCTGCCCTCCCCCAGCGCTGA;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=443;TCF=247;TCR=196;TR=440;WE=3480404;WS=3480386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr17	3480447	rs8065080	T	C	13041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=236;NR=251;PP=2965;SC=AAGAAGACGATGTAGACAAAC;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=489;TCF=236;TCR=253;TR=487;WE=3480455;WS=3480437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr17	3492002	rs161390	A	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	3492319	rs7220415	C	A	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=927;SC=GTGGCTCATGCCTGTAATCCC;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=3492327;WS=3492309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	3493200	rs222747	C	G	16642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=300;NR=293;PP=2965;SC=TGGCCCCCAGCATCAGAATCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=595;TCF=301;TCR=294;TR=593;WE=3493208;WS=3493190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,622:1.00:622
chr17	3493533	rs161387	A	G	7673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=131;PP=2965;SC=GGTCTGCCACACTGTCTCCCT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=141;TCR=131;TR=271;WE=3493541;WS=3493523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	3513719	rs465563	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=638;SC=GTTCTTGGCCGAGATGGGACC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=3513727;WS=3513709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	3514028	rs224496	G	C	7256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=124;PP=2965;SC=CCACGCCCCAGTCCTGGAGCT;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=118;TCR=124;TR=242;WE=3514036;WS=3514018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	3552372	rs161351	G	C	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=34;PP=785;SC=GTGTCTTTTGGGGATGAGTAT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=3552380;WS=3552362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	3553526	rs161350	A	G	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=67;PP=2229;SC=GAGGCACATCAAGATGGGCTG;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=133;WE=3553534;WS=3553516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	3558417	rs459613	C	G	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=121;PP=2965;SC=TCAGGGTGTGCGGGCCTCACG;SOR=1.099;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=84;TCR=122;TR=205;WE=3558425;WS=3558407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr17	3558698	rs467277	G	A	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=1072;SC=TAGGAGCAGGGCGTTCCAGCA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=3558706;WS=3558688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	3561396	rs161400	C	T	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=71;PP=2765;SC=GTGGGAGTGACCACGTGGCTG;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=82;TCR=71;TR=152;WE=3561404;WS=3561386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	3563963	rs2873624	C	G	7638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=128;PP=2965;SC=GGACTGGGCACCAAGCTTGCA;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=136;TCR=128;TR=264;WE=3563971;WS=3563953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	3566857	rs11541134	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=248;SC=GAGAGAAAGCCGGTCCCAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=3566865;WS=3566853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	3567461	rs2235107	G	A	6854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=103;PP=2965;SC=CCCAAACCTTGTTTCTCCTCC;SOR=1.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=152;TCR=103;TR=255;WE=3567469;WS=3567451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	3568012	rs8278	A	G	8403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=140;PP=2965;SC=TCTGGGAAGGATCCTGGTCGA;SOR=0.775;Source=Platypus;TCF=154;TR=293;WE=3568020;WS=3568002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr17	3577273	rs160587	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=49;PP=1511;SC=AAGTCTGAAAAGAGCTACAGT;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=3577281;WS=3577263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	3593074	rs220486	A	G	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=168;SC=GCGCCCCAGCACCACCCACCG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=3593082;WS=3593064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	3594276	rs3215407	TG	T	8235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=95;PP=2969;SC=TGCCGCTGGTTGGGGGTCACA;SOR=1.016;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=51;TCR=99;TR=142;WE=3594284;WS=3594266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr17	3599044	rs2293880	C	T	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=7;PP=1971;SC=CTCACAGACCCCCAGCTACCG;SOR=3.581;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=66;TCR=8;TR=73;WE=3599052;WS=3599034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	3626816	rs16953429	G	A	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=30;PP=1426;SC=CGGCCCAAGCGAAGCTCCAGC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=3626824;WS=3626806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	3634629	rs78134599	CTTTTTTTTTTTT	C	1773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;QD=38.56;SOR=4.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	3635645	rs170209	A	G	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=19;PP=1767;SC=AGAGCGAATCAGTCCAAACCG;SOR=2.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=71;TCR=19;TR=90;WE=3635653;WS=3635635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	3635768	rs3744678	A	C	8244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=151;NR=145;PP=2965;SC=AGGCTGTTAAAAGAGCAGATG;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=151;TCR=145;TR=296;WE=3635776;WS=3635758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	3638037	rs184335	C	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1047;SC=AGTGAGGGGGCCACCACAGAA;SOR=3.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=45;WE=3638045;WS=3638027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	3638344	rs9674606	G	A	5791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=138;PP=2965;SC=TGGTGCTGTGGTGCAATGATC;SOR=2.144;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=51;TCR=139;TR=189;WE=3638352;WS=3638334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	3646977	rs10642081	C	CTT	449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=15;PP=241;SC=AACAATAATGCTTTTTTTCTT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=15;WE=3647007;WS=3646967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	3649214	rs1183610	G	A	7622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=153;PP=2965;SC=GAAGTGCCTCGCGGAGGCCTG;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=108;TCR=153;TR=261;WE=3649222;WS=3649204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	3657159	rs2272606	C	T	18298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=208;NR=201;PP=2965;SC=ATGTTTGTACCGTGGAGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=411;TCF=208;TCR=203;TR=409;WE=3657167;WS=3657149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr17	3657175	rs220479	T	C	17801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=193;NR=208;PP=2965;SC=GCCCCCGCGATGTAGGAGAGG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=193;TCR=208;TR=401;WE=3657183;WS=3657165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr17	3658358	rs3833165	A	AGGCCCCGCCCTCATCAGGT	1346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=89.78;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	3664477	rs10687117	A	AATT	9419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=92;PP=2969;SC=ATTTTCTTTAAAAACACACAT;SOR=1.089;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=12;TCR=97;TR=103;WE=3664485;WS=3664467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	3665116	rs8080482	A	G	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=21;PP=1478;SC=CGGGAACAGCATGGCAGTCAG;SOR=2.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=82;WE=3665124;WS=3665106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	3665160	rs220471	C	G	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=103;NR=64;PP=2961;SC=ACCACGAGGGCTAGCACCAGC;SOR=1.083;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=103;TCR=64;TR=167;WE=3665168;WS=3665150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	3687533	rs55722017	A	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=253;SC=CCGCCTGGGCAACAGAGCAAG;SOR=2.584;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=3687541;WS=3687523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	3717896	rs9897428	A	T	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=103;SC=AGGGCCTGACAATCAGGCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=3717904;WS=3717886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	3728903	rs12940049	T	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=580;SC=AATCGCTATATCCACACTAAC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=3728911;WS=3728893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	3775768	rs72825472	T	C	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=61;PP=2965;SC=GGTGGGGTCCTCAGAGGGCAA;SOR=1.369;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=113;TCR=61;TR=174;WE=3775776;WS=3775758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	3775848	rs7214723	T	C	9110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=174;NR=142;PP=2965;SC=GACAACTCACTCCTCAGGAAA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=174;TCR=143;TR=316;WE=3775856;WS=3775838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr17	3775916	rs7214864	T	C	6816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=125;PP=2965;SC=CGTCGATGAATGGGCACTGTG;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=111;TCR=126;TR=236;WE=3775924;WS=3775906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr17	3776867	rs9904678	C	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=77;PP=2140;SC=CTCTGTCATGCACTCACTCGA;SOR=3.189;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=15;TCR=78;TR=92;WE=3776875;WS=3776857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	3786804	rs737361	C	G	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=87;PP=2771;SC=AATGTCACTACTGTGCAGCCA;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=168;WE=3786812;WS=3786794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	3786994	rs72825475	A	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=6;PP=963;SC=TTCCCCTCAGAGGAATCCAGT;SOR=3.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=38;WE=3787002;WS=3786984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	3801080	rs711174	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=558;SC=CCTCACGCTGCACCCAGTCAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=3801088;WS=3801070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	3818620	rs10852862	T	C	12927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=238;NR=217;PP=2965;SC=ATGTGGGCACTCAGCACCAGG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=455;TCF=238;TCR=217;TR=455;WE=3818636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr17	3818788	rs2875751	G	A	7700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=132;PP=2965;SC=GGACAGGTCCGGAGATGCCCA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=127;TCR=133;TR=258;WE=3818796;WS=3818778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	3818830	rs2325788	A	G	7708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=130;PP=2965;SC=GACCAGAACCAATCTCTGTCC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=266;TCF=136;TCR=130;TR=265;WE=3818838;WS=3818820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr17	3819002	rs11078475	T	C	5515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=89;PP=2965;SC=GGGTGTGGGGTATGGCCTCTG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=179;WE=3819010;WS=3818992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	3822926	rs56307755	C	T	11353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=192;NR=225;PP=2965;SC=GTCCCACCCTCCTGGTCCTCC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=420;TCF=194;TCR=226;TR=417;WE=3822940;WS=3822916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr17	3833492	.	G	A	703	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=19;MQ=56.44;NF=33;NR=1;PP=703;QD=21.6991533102;SC=CAGGCCCTGCGCCCAGCCCAC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=34;WE=3833500;WS=3833490;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr17	3833540	.	C	T	2248	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=59.28;NF=87;NR=13;PP=2248;QD=22.8277121255;SC=ACTGGAACCCCCAGCCCTCAG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=87;TCR=13;TR=100;WE=3833548;WS=3833530;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	3867582	.	C	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=-0.094;SC=TGCGCCGCCTCCATGCCGCCC;SOR=1.176;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=20;WE=3867590;WS=3867572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,24:0.29:82
chr17	3867597	rs148555138	G	A	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	3921118	rs118017571	C	T	9541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=158;PP=2965;SC=GGTCCGAGGTCGGGTGACATA;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=176;TCR=158;TR=333;WE=3921126;WS=3921108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr17	3928080	rs16953649	G	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=0;PP=627;SC=TAAGGCCCACGCGTTTCTAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=3928088;WS=3928070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	3985832	rs2727061	A	G	8729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.185;SC=TATTCAGAAAATCTAGTCCAT;SOR=0.311;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=144;TCR=164;TR=308;WE=3985840;WS=3985822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr17	3989669	rs4790166	G	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=6;PP=779;SC=TTCCCACAGCGGCAATCCCTT;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=3989677;WS=3989659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	3989968	rs2727060	C	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=701;SC=AGACAAAAAACATCAGAGAGC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=3989976;WS=3989958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	3994170	rs2727075	T	C	5948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=143;PP=2965;SC=TTGAAACTTCTCAAGGGTCTA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=49;TCR=143;TR=192;WE=3994178;WS=3994160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	4005770	rs1869493	T	C	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=139;PP=2965;SC=GAAACTAGCATGCCTATCTGT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=124;TCR=139;TR=263;WE=4005778;WS=4005760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	4007875	rs9907500	C	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=286;SC=AATGGTTTTACGATTTGTCCA;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=4007883;WS=4007865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	4027036	rs11078481	C	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=55;SC=CACCACCGTACTGGGGATGAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=4027044;WS=4027032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	4027392	rs7208760	G	C	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=31;PP=994;SC=TCAAGTAAACGAGGGCAGTTT;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=4027400;WS=4027382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	4045809	rs4239043	T	C	7754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=1.870;SC=CCCTGCCCCATCCCCGCAGTC;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=270;TCF=189;TCR=81;TR=268;WE=4045817;WS=4045799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,278:1.00:279
chr17	4046101	rs1454121	A	G	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=107;PP=2965;SC=CGTGCCCGAGACCGCGGCCCA;SOR=1.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=74;TCR=107;TR=181;WE=4046109;WS=4046091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	4046270	rs1454122	T	C	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=48;PP=1271;SC=CGACAGCAGCTGGCGGGCGGG;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=4046278;WS=4046260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	4071245	rs16953763	C	T	4805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=106;PP=2965;SC=GGAGCGCCAACGACAGACTCT;SOR=1.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=55;TCR=106;TR=161;WE=4071253;WS=4071235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	4071302	rs4790583	G	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=46;PP=1386;SC=GGCAGCCAAGGCGCCCGCAAT;SOR=3.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=54;WE=4071310;WS=4071292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	4071326	rs4790178	C	G	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=874;SC=ACTCTGGCAACTCTGCCAACT;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=4071334;WS=4071316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	4074261	rs897030	A	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=780;SC=GCTGGCAGGAAATCTGTTCAC;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=4074269;WS=4074251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	4077485	rs4790585	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=617;SC=TGGGAGCATAGGAGCTTCACA;SOR=4.003;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=4077493;WS=4077475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	4088291	rs2020118	C	T	5276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=95;PP=2965;SC=GGAGCTCTGCCGTGAGGTTGG;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=89;TCR=95;TR=184;WE=4088299;WS=4088281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	4098573	rs5818941	A	AT	4416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=41;PP=2081;ReadPosRankSum=1.201;SC=TCAATGACACATTTTTTTTTA;SOR=0.703;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=106;TCR=59;TR=117;WE=4098581;WS=4098563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,172:0.91:188
chr17	4166804	rs2325881	C	T	11124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=260;NR=158;PP=2965;SC=AGGAGACCCACGCTCTTCCGC;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=418;TCF=260;TCR=158;TR=418;WE=4166812;WS=4166794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr17	4192401	.	TACACAC	T,TAC	1186.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=19,19;NR=1,1;PP=712,217;SC=TGGGAAGAGATACACACACAC;SOR=5.421;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=20,20;WE=4192414;WS=4192391;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.73:30
chr17	4337283	rs35751906	G	A	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=18;PP=1643;SC=GGATGTCAGCGGAGTGCCCTG;SOR=2.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=74;WE=4337291;WS=4337273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	4337412	rs3809853	C	G	11407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=217;NR=202;PP=2965;SC=CTGCCGCCGTCCTCTGCTACA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=419;TCF=217;TCR=202;TR=419;WE=4337420;WS=4337402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr17	4350182	rs2047233	T	C	4114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=43;PP=2884;SC=CCCTGCCCCTTTGTTGCAGTG;SOR=1.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=96;TCR=43;TR=138;WE=4350190;WS=4350172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	4350367	rs2047232	A	G	5914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=92;PP=2741;SC=CATTAGGGGGACGGGGGGTGG;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=49;TCR=93;TR=141;WE=4350382;WS=4350357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	4350373	rs3055435	GGT	G	4716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=79;PP=2973;SC=GGGGACGGGGGGTGGTGGTCA;SOR=1.835;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=3;TCR=85;TR=82;WE=4350382;WS=4350357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	4350407	rs2047231	G	C	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=54;PP=1253;SC=TTGGACATGTGGGGCCTCATA;SOR=3.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=65;WE=4350415;WS=4350397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	4351396	rs6502786	C	T	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=2;PP=1094;SC=CCCGGGGGTCCCTTGGGCTGT;SOR=4.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=44;WE=4351404;WS=4351386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	4351640	rs884250	G	A	13900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=251;NR=250;PP=2965;SC=AGAAAAGCCCGTTTGTCTGCC;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=502;TCF=251;TCR=251;TR=501;WE=4351648;WS=4351630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
chr17	4352539	rs7224464	C	T	8383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=164;NR=137;PP=2965;SC=GCTGGAGTTTCGTGTGGTCGA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=301;TCF=164;TCR=137;TR=301;WE=4352547;WS=4352529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	4402803	rs184566	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=837;SC=GCTTTTGGTCTCAGGCCTGCT;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=4402811;WS=4402793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	4436005	rs9892232	T	C	5916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=142;PP=2965;SC=AGGGGTCTGGTGGGAAGAGAG;SOR=1.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=81;TCR=143;TR=223;WE=4436013;WS=4435995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	4437214	rs4790202	C	T	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=71;PP=2164;SC=ACAGGGGTGCCTGGGGAGGGC;SOR=1.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=105;WE=4437222;WS=4437204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	4439313	rs1077200	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=11;PP=989;SC=GCCCGGGGCCAGGGCCAAGCG;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=4439321;WS=4439303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	4439497	rs12945732	A	G	13596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.25;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr17	4439501	rs1076071	C	G	14538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.45;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr17	4439512	rs11658114	A	G	15150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=209;NR=157;PP=2965;SC=AGGCTGGGGGACTGCAGGAGG;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=370;TCF=212;TCR=158;TR=366;WE=4439520;WS=4439487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr17	4439727	rs146210718	T	TGG	3069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=58;PP=1291;SC=CAGCAGTGAGTGGGGGGGAGG;SOR=2.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=6;TCR=71;TR=63;WE=4439735;WS=4439711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	4439795	rs12945562	C	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	4448853	rs2306267	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=10;PP=445;SC=TGGTGCAGCTCGCTGCTCAGT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=4448861;WS=4448843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	4455500	rs7206974	T	C	14732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=257;NR=285;PP=2965;SC=CTTCCTTGAGTGCCAGGCGGA;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=542;TCF=257;TCR=285;TR=542;WE=4455508;WS=4455490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,560:1.00:560
chr17	4458598	rs3809849	G	C	10967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=250;PP=2965;SC=GACATCGGCTGGGCGGGATCC;SOR=1.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=414;TCF=164;TCR=250;TR=414;WE=4458606;WS=4458588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr17	4461748	rs7215121	G	A	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=67;PP=2661;SC=CACTGCTCTCGGGGCTCACAG;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=117;WE=4461756;WS=4461738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	4463699	rs7216284	G	A	12022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=223;NR=205;PP=2965;SC=TGGTGCCTCCGGGGGTTTAGA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=428;TCF=223;TCR=205;TR=428;WE=4463707;WS=4463689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr17	4463796	rs7216474	G	A	5788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=140;PP=2965;SC=GATAGACCACGGGCTCTTCTG;SOR=1.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=65;TCR=140;TR=205;WE=4463804;WS=4463786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	4497084	rs9908079	G	T	7347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=104;PP=2965;SC=CTGGGGCCAGGGTTTGTTACT;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=166;TCR=104;TR=270;WE=4497092;WS=4497074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr17	4498611	rs12103697	G	A	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=59;PP=1757;SC=AGCAGGAAACGGCGGCCGGCA;SOR=1.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=87;WE=4498619;WS=4498601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	4498682	rs4790655	C	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=585;SC=CCAGACGGGGCTTGGGTGGGT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=4498690;WS=4498672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	4500072	rs9906333	A	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=144;SC=TGGTGGTGCCAGGACAGCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=4500080;WS=4500062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	4513974	rs111699059	A	AAAAG	9548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.374;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=61;PP=2988;ReadPosRankSum=-0.434;SC=CCTGTCTCAAAAAAGAAAGAA;SOR=1.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=92;WE=4513982;WS=4513964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,210:0.99:213
chr17	4535385	rs2619112	A	G	15943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=270;NR=276;PP=2965;SC=GTCAGTGCCTACCAAGCACGC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=546;TCF=270;TCR=276;TR=546;WE=4535393;WS=4535375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr17	4535413	rs6502804	T	C	13367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=242;NR=240;PP=2965;SC=GTGGTCCACCTGCACACAGAC;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=482;TCF=242;TCR=240;TR=482;WE=4535421;WS=4535403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr17	4541744	rs899452	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=488;SC=CAACCATGCCTCCTTGACTCC;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=4541752;WS=4541734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	4542963	rs11568141	C	T	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=74;PP=2136;SC=CCGGTGGGGCCTGGCGGGAGG;SOR=5.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=4;TCR=74;TR=78;WE=4542971;WS=4542953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	4544729	rs9906597	A	G	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=64;PP=2916;SC=GCCAGAGGCCAACGGGGGCGC;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=106;TCR=64;TR=170;WE=4544737;WS=4544719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	4544978	rs369435246	G	GAGA	4643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=63;PP=2975;SC=CCTTCTGGTGGAGAAGGGTGG;SOR=2.049;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=4;TCR=74;TR=67;WE=4544986;WS=4544968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	4545581	rs2255888	C	T	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=102;PP=2965;SC=CTCCCTGTTGCCTGCAGAATA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=104;TCR=102;TR=206;WE=4545589;WS=4545571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	4575283	rs3862485	A	G	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=47;PP=2025;SC=GCCCGGGTTCAGGTTCGGGTT;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=112;WE=4575291;WS=4575273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	4577112	rs11658808	G	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=66;PP=2073;SC=TAGAAAATGGGGATCATAAAA;SOR=1.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=96;WE=4577120;WS=4577102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	4578007	rs4790673	C	G	19470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=335;NR=344;PP=2965;SC=AGGCAAACAACAAGGCAAGAC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=682;TCF=335;TCR=347;TR=679;WE=4578015;WS=4577989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,710:1.00:710
chr17	4579638	rs8071990	G	A	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=74;PP=2897;SC=CTAACTAGCAGCCCTGGTCCC;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=138;WE=4579646;WS=4579628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	4580137	rs6502806	A	G	6998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=131;PP=2965;SC=GGAAGAGGCCAGTGAGCCAGC;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=257;TCF=126;TCR=131;TR=256;WE=4580145;WS=4580127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	4580224	rs11078530	C	T	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=85;PP=2283;SC=CCTGTAGACACAAGAAGCAAA;SOR=2.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=32;TCR=85;TR=117;WE=4580232;WS=4580214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	4586253	rs34352526	GA	G	3445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=53;PP=2050;SC=TGGGTCTAAAGAAAAAAATAA;SOR=0.709;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=74;WE=4586261;WS=4586243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	4594847	rs7226084	T	C	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=47;PP=1363;SC=TGAAGTCACATCTCCTCTGAG;SOR=3.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=53;WE=4594855;WS=4594837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	4620497	rs7208257	C	T	9942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=207;NR=142;PP=2965;SC=AAGTCTTCTCCTTCCTCCGCC;SOR=1.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=207;TCR=142;TR=349;WE=4620505;WS=4620487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr17	4622071	rs2036656	C	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=81;PP=2219;SC=CCTGAGCCATCTCCACCTTTT;SOR=1.436;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=162;TCF=44;TCR=118;TR=125;WE=4622085;WS=4622061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	4622638	rs1045280	C	T	17014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=308;NR=318;PP=2965;SC=CACTGCTCAGCGACAACCGGG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=627;TCF=308;TCR=319;TR=626;WE=4622646;WS=4622628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,637:1.00:637
chr17	4637886	rs1051009	G	A	10364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=225;NR=140;PP=2965;SC=ACCCTCACAAGCTTCCATTCT;SOR=1.212;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=365;TCF=225;TCR=140;TR=365;WE=4637894;WS=4637876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr17	4638010	rs3744700	T	G	14135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=269;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.894;SC=TGGGGGATGATAGCTTGAACT;SOR=0.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=499;TCF=230;TCR=269;TR=497;WE=4638018;WS=4637990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,512:1.00:513
chr17	4638484	rs1876444	T	C	5914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=0.051;SC=GGCACAGGACTGGCACTGTGG;SOR=1.158;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=127;TCR=76;TR=203;WE=4638492;WS=4638474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr17	4638563	rs2277680	G	A	7968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=131;PP=2965;SC=CTCAGGCCCAGCTGCCAGACT;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=283;TCF=151;TCR=132;TR=282;WE=4638571;WS=4638553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr17	4638737	rs1050998	A	G	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=84;PP=2965;SC=GGCCTGAGAAATTGGGGGGCT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=84;TCR=85;TR=167;WE=4638745;WS=4638727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	4641755	rs1050997	C	T	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=64;PP=2091;SC=CCTTGTTGCCCCCACACACGC;SOR=0.985;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=123;WE=4641763;WS=4641745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	4642069	rs2250333	A	G	7711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=184;NR=77;PP=2965;SC=AGAGGCAGGTAAAATTACCTC;SOR=1.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=184;TCR=77;TR=261;WE=4642077;WS=4642059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	4644491	rs9903643	A	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=19;PP=537;SC=CTCCCTTCGGAAGCCCTCCCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=4644499;WS=4644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	4645324	rs3826517	T	C	9063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=138;NR=207;PP=2965;SC=GAACCTGCCATGTGTGTCACA;SOR=1.195;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=346;TCF=138;TCR=208;TR=345;WE=4645332;WS=4645314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr17	4646480	rs12451720	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=1;PP=935;SC=GCTGTAGTGTCCCGTGATCAC;SOR=4.615;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=40;WE=4646488;WS=4646470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	4646533	rs369534237	C	CA,CAA	1756.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=9.353;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.42;ReadPosRankSum=0.151;SOR=2.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,27,42:0.36,0.56:75
chr17	4647002	rs8082690	A	G	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=47;PP=2544;SC=GAAGGAAGAAAGAGATGGGTC;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=84;TCR=47;TR=131;WE=4647010;WS=4646992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	4649030	.	G	GCCCCTGGGAGCCCCGA	1363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQ=61.53;NF=8;NR=1;PP=1004;SC=CCCTGACCGCGCCCCTGGGAG;SOR=3.500;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=9;WE=4649038;WS=4649020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	4684095	rs13520	G	A	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=74;PP=2368;SC=TACTGTGTCCGGGGATTGCAG;SOR=1.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=141;WE=4684103;WS=4684085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	4686340	rs3853643	TT	GG	14589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;NR=163;PP=2947;SC=CAGGTGAAATTTCTTGCGGTG;SOR=1.138;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=301;TCF=127;TCR=174;TR=285;WE=4686349;WS=4686330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr17	4688996	rs2279962	A	C	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=54;PP=1872;SC=CGGGCCCCCCATTCACCAAGC;SOR=1.354;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=87;WE=4689004;WS=4688986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	4693054	rs12951761	G	A	17517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=287;NR=344;PP=2965;SC=TCGCCCGCAGGTTCCTGACTC;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=631;TCF=287;TCR=344;TR=631;WE=4693062;WS=4693044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,651:1.00:651
chr17	4693170	rs34850425	T	C	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=81;PP=2134;SC=TGGTCGCTGGTGGCCATGGCG;SOR=2.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=35;TCR=81;TR=116;WE=4693178;WS=4693160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	4693342	rs35910358	C	A	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=51;PP=2316;SC=GAGGCCCGGACGCGGGCGTGC;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=85;TCR=51;TR=135;WE=4693350;WS=4693332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	4693508	rs34421346	G	C	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=75;PP=2610;SC=GGCCGCGCTGGTCCGGGCCGC;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=140;WE=4693516;WS=4693498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	4699552	rs3169950	G	A	8628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=0.715;SC=GGCCGGAGGCGTTCACTCCAG;SOR=0.370;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=311;TCF=182;TCR=129;TR=310;WE=4699560;WS=4699542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr17	4699947	rs2241933	T	G	7108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=146;NR=106;PP=2965;SC=TTTGTATTTTTGGAACTAGGT;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=146;TCR=106;TR=252;WE=4699955;WS=4699937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	4710957	rs3867173	G	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=1;PP=795;SC=CGGTCAGGAGGCCGTGGGGGA;SOR=4.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=4710965;WS=4710949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	4712314	rs3786043	G	A	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=55;PP=2904;SC=CTTTTCCTCCGAGCCCCATCT;SOR=1.324;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=94;TCR=55;TR=149;WE=4712322;WS=4712304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	4712757	rs2286671	G	A	7395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=125;PP=2965;SC=AAAGCCAGGTGTCTCCTCCGG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=137;TCR=125;TR=261;WE=4712765;WS=4712747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	4714021	rs3081314	G	GGAAA	6739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=46.80;SOR=1.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	4718776	rs1132448	G	A	6061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=98;PP=2965;SC=ACCAGGAGGAGGGTGTCCGTG;SOR=0.803;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=215;WE=4718784;WS=4718766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	4720469	rs1052748	C	T	22926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=430;NR=434;PP=2965;SC=AAGACTCCCACATACCCCTAC;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=868;TCF=431;TCR=437;TR=864;WE=4720477;WS=4720459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,886:1.00:886
chr17	4722299	rs2326097	T	C	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=13;PP=1332;SC=GTAGGAAGAGTTTCTGGAGTG;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=4722307;WS=4722293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	4722606	rs3764899	G	A	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=81;PP=2896;SC=GCTGAGGCTCGTGTAGGGGTG;SOR=1.186;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=58;TCR=82;TR=139;WE=4722614;WS=4722596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	4722785	rs1052751	G	A	13684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=268;NR=241;PP=2965;SC=TGGCCGTGCTGATCGAGGACA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=510;TCF=268;TCR=242;TR=509;WE=4722793;WS=4722775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr17	4724936	rs4790233	T	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	4724942	rs4790234	A	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	4725920	rs2875840	T	C	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=7;PP=1945;SC=CTGGCGTCCATGCCCCCGCCC;SOR=4.357;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=75;TCR=7;TR=82;WE=4725928;WS=4725910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	4758174	rs73341669	C	A	7462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=153;PP=2965;SC=GAGTAAGAAGCGCTGAGAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=116;TCR=153;TR=269;WE=4758182;WS=4758164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr17	4758244	rs12602414	A	G	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=53;PP=1475;SC=GCTCCCGCCTATAGTCCCAGC;SOR=2.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=70;WE=4758252;WS=4758234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	4778487	rs8078776	G	A	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=93;PP=2965;SC=AACTGAAGACGGATGAGATGA;SOR=1.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=50;TCR=93;TR=143;WE=4778495;WS=4778477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	4795307	rs2586532	C	T	7673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=171;NR=101;PP=2965;SC=TAACCCTGGACGTATTCACTA;SOR=1.283;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=171;TCR=101;TR=272;WE=4795315;WS=4795297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	4795619	rs36079581	TG	T	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=16;PP=1138;SC=CCTACCCGCCTGGGGGTGGGA;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=32;WE=4795627;WS=4795609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	4796274	rs11556634	T	C	10256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.133;SC=TGCCGTCCAGTCTCCTCCAAA;SOR=0.377;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=383;TCF=199;TCR=184;TR=380;WE=4796294;WS=4796263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,383:0.99:386
chr17	4796286	rs11556635	C	T	11327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=205;NR=203;PP=2965;ReadPosRankSum=0.312;SC=TCCTCCAAACCGGACAGCTCC;SOR=0.229;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=205;TCR=205;TR=408;WE=4796294;WS=4796263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,421:1.00:422
chr17	4796656	rs2302320	T	C	7492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=127;PP=2965;SC=CCTGCTGGGGTGTCCCGGCAC;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=273;TCF=146;TCR=127;TR=273;WE=4796664;WS=4796646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr17	4797718	rs2286668	C	T	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=21;PP=1509;SC=AGCTGGACAGCGGGGGTGCCA;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=69;WE=4797726;WS=4797708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	4799236	rs2270158	C	T	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=60;PP=2965;SC=TGACAGACCACGGGGAGGCGC;SOR=1.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=148;WE=4799244;WS=4799226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	4800290	rs2302317	C	T	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=7;PP=1599;SC=GAGGACTTCCCAGCTGGCCCC;SOR=3.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=58;WE=4800312;WS=4800288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	4800304	rs2302316	G	A	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=8;PP=1895;SC=TGGCCCCCAGGGGGCGAGTGG;SOR=4.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=64;TCR=8;TR=71;WE=4800312;WS=4800288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	4801887	rs12936083	A	G	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=378;SC=ACGCCAGGGAACGGGCACACA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=4801895;WS=4801877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	4801970	rs12940036	G	A	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=22;PP=1339;SC=GGTGGCGGCAGCCTACTTTTT;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=4801978;WS=4801960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	4802329	rs33978919	G	A	11241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=208;NR=189;PP=2965;SC=TCGTGCTCTCGGCCACGAAGT;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=397;TCF=208;TCR=189;TR=397;WE=4802337;WS=4802319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr17	4803711	rs35400274	G	A	8904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=178;NR=141;PP=2965;SC=AGGGAGCATGGCTATGCCTGT;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=178;TCR=141;TR=319;WE=4803719;WS=4803701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	4804073	rs12942540	G	C	6148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=143;NR=84;PP=2965;SC=ACCCCCGCGGGGGCTCCGGCT;SOR=1.319;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=227;TCF=143;TCR=84;TR=227;WE=4804081;WS=4804063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	4804902	rs33970119	G	A	6733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.963;SC=CCACCTCTTCGGCATTGTACG;SOR=0.513;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=92;TCR=146;TR=236;WE=4804910;WS=4804892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr17	4837210	.	A	G	418	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=28;MMLQ=15;MQ=55.69;NF=15;NR=12;PP=418;QD=16.7693041684;SC=CGACCACCCCAGAGCCCACCT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=4837218;WS=4837194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	4837243	rs41466145	C	T	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.942;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=-0.133;NF=54;NR=17;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CCAGCCCGACCACCCCGGAGC;SOR=1.592;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=71;WE=4837251;WS=4837233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr17	4837952	rs199616811	A	AG	565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=529;SC=ACAGGGTGATAGGGAGGGGTC;SOR=2.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=13;WE=4837960;WS=4837942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	4906146	rs146311497	GCC	G	1302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=32;PP=628;SC=AGGTGGGATCGCCCCCCCCCC;SOR=3.383;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=33;WE=4906165;WS=4906136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	4923757	rs28600139	G	A	5816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.045;SC=GATGGGAAGCGAGTTTACTTT;SOR=1.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=132;TCR=65;TR=194;WE=4923765;WS=4923747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
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chr17	4936178	rs60480329	A	G	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=11;PP=1734;SC=TGCCTGGGCCACAAGTAGTCA;SOR=3.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=71;TCR=11;TR=82;WE=4936186;WS=4936171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr17	5036383	rs76207017	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=5.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.953;NF=2;NR=28;PP=509;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TCTCAGAGGGCGGGTGGCACA;SOR=1.110;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=91;TCF=11;TCR=80;TR=30;WE=5036391;WS=5036373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr17	5042894	rs8073787	T	C	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=51;PP=1667;SC=TGATTTTGAATGGAGCTGCTG;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=96;WE=5042902;WS=5042884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	5045283	rs140256080	T	C	9964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=228;NR=128;PP=2965;SC=TTGGTTCTCATATTGTTTGTT;SOR=1.420;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=230;TCR=129;TR=356;WE=5045291;WS=5045273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr17	5048207	rs2304447	A	G	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=110;PP=2965;SC=AAATGTTCTGACCACAAATAC;SOR=4.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=13;TCR=111;TR=123;WE=5048215;WS=5048197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr17	5066305	rs2307138	A	T	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=130;PP=2965;SC=AAAGGGTAAGAATTTAGGGCC;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=91;TCR=130;TR=221;WE=5066313;WS=5066295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	5084763	rs1689965	G	A	12116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=186;NR=234;PP=2965;SC=GTTTTCTCACGTTCTTCAAGT;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=420;TCF=186;TCR=234;TR=420;WE=5084771;WS=5084753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr17	5085893	rs4115657	C	T	14265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=224;PP=2965;SC=CCCTAAGCTCCTCATCCTGGC;SOR=0.895;Source=Platypus;TCF=224;WE=5085901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr17	5087602	rs2641232	C	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=33;PP=909;SC=TTCTATAATTCCTAAAATACA;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=33;WE=5087610;WS=5087592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	5118423	rs79013928	C	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=557;SC=TAATTGGAAGCATTTCCTTTC;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=5118431;WS=5118413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	5124462	rs2439945	C	T	4923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=60;PP=2965;SC=TGTGAAGTCTCGCCAGCTCTA;SOR=1.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=110;TCR=60;TR=170;WE=5124470;WS=5124452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	5126674	rs2641256	A	G	12204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=163;NR=104;PP=2965;SC=TGAGGCCCAGACCCACAGAGA;SOR=1.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=163;TCR=104;TR=267;WE=5126682;WS=5126664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	5126689	rs2585271	G	A	12432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=159;NR=124;PP=2965;SC=CAGAGACAACGATGATGGCCA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=159;TCR=124;TR=283;WE=5126697;WS=5126679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr17	5126876	rs2641255	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=12;PP=280;SC=CTCACTCTGTCGCCCAGGCTG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=5126884;WS=5126866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	5185664	rs11538946	T	C	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=65;PP=2965;SC=CTTAGCGGTTTCTCTCTGGGC;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=94;TCR=66;TR=159;WE=5185681;WS=5185654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	5249998	rs11871517	G	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=13;PP=879;SC=AAATTTTTTTGAGGCATAGCC;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=5250006;WS=5249988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	5268337	rs57839578	A	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=0;PP=820;ReadPosRankSum=0.579;SC=ATTTTTTTTTAAAATTCTGGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=32;WE=5268345;WS=5268327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr17	5268356	rs58953748	TAA	T	1056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.539;NF=32;NR=3;PP=377;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GAGTTAGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.990;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=35;WE=5268366;WS=5268346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chr17	5283617	rs11868032	A	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=15;PP=734;SC=ACTGGGGCCCAGAGGGAGTTT;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=5283625;WS=5283607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	5284480	rs3026109	T	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=6;PP=1188;SC=TGGCTTTTCATACCCAGTTCA;SOR=3.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=50;WE=5284488;WS=5284479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	5284543	rs56804522	TAA	T	5789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=31;PP=2950;SC=GCCCTATAGATAAAGAGATTG;SOR=2.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=95;WE=5284552;WS=5284533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	5284698	rs1143206	A	G	9436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=144;NR=170;PP=2965;SC=CCGTTGAACAACTAATGTTTG;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=146;TCR=172;TR=314;WE=5284706;WS=5284688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	5284719	rs1065482	T	C	9674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=180;PP=2965;SC=AAGAGAAGAATAAAGCTCAGA;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=327;TCF=147;TCR=180;TR=327;WE=5284727;WS=5284709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr17	5284770	rs1065483	G	A	8064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=159;PP=2965;SC=AAGTCCAGAGGGATTTTGTAA;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=111;TCR=159;TR=270;WE=5284778;WS=5284760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	5286431	rs201548868	G	T	9070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=123;PP=2965;SC=AGTTAGAGCGGATCCGGCAAG;SOR=1.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=198;TCR=124;TR=321;WE=5286439;WS=5286421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr17	5289580	rs11209	A	G	10331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=155;NR=199;PP=2965;SC=TTTCCCTTATATGTTCACCCC;SOR=1.063;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=155;TCR=200;TR=354;WE=5289588;WS=5289570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr17	5289676	rs1806222	C	T	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=58;PP=1494;SC=AATGTTGAAACATCTAAGAAC;SOR=4.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=63;WE=5289684;WS=5289666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	5289865	rs67634045	CAT	C	1884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=2;PP=1849;SC=ATCCTCCCACCATAGTCATTT;SOR=5.283;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=39;WE=5289874;WS=5289855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	5290033	rs1071705	T	C	10886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=195;NR=179;PP=2965;SC=CTTACTCCTCTTTCAGGATGG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=374;TCF=195;TCR=179;TR=374;WE=5290041;WS=5290023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr17	5290681	rs739767	A	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=14;PP=1761;SC=TGACTAGGTAACTAAATGTTA;SOR=2.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=62;TCR=14;TR=76;WE=5290689;WS=5290671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	5290703	rs739768	G	A	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=30;PP=2233;SC=ACAGCCCACTGACCTGTTCAT;SOR=1.870;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=83;TCR=30;TR=112;WE=5290711;WS=5290693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	5290824	rs748486	C	A	8145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=146;PP=2965;SC=TGAGGTCCACCCCTTGATGCT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=143;TCR=146;TR=289;WE=5290832;WS=5290814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr17	5291276	rs142820374	AAAAT	A	1331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=1176;SC=AAAACAACTGAAAATAAATAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=25;WE=5291287;WS=5291266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	5294976	rs14231	T	A	4992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=89;PP=2965;SC=GAATTGGAGCTGGCTGCCTGG;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=168;WE=5294984;WS=5294966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	5298320	rs1806240	C	T	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=80;PP=2111;SC=GAAGACATTACATAAATGAAA;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=33;TCR=80;TR=113;WE=5298328;WS=5298310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	5298396	rs2309372	G	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=653;SC=TGAGGTTCTTGTCTGAAAACA;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=5298404;WS=5298386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	5302778	rs12602074	T	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=1;PP=1296;SC=TGATTTTCTCTATCATTTTTC;SOR=6.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=45;TCR=1;TR=46;WE=5302786;WS=5302768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	5308603	rs3026133	G	A	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=103;PP=2962;SC=AATGTTGACAGTATGCATGCT;SOR=1.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=50;TCR=103;TR=153;WE=5308611;WS=5308593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	5312271	rs929262	A	G	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=73;PP=2127;SC=AAACAAAAACAACAAAAAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=119;WE=5312279;WS=5312261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	5314263	rs1806255	G	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=45;PP=1309;SC=AAGTAGTCTAGTTCATTTATT;SOR=5.590;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=48;WE=5314271;WS=5314253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	5320044	rs1806265	T	A	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=49;PP=1379;SC=TAATTTTAATTTAAATATAGG;SOR=1.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=5320052;WS=5320034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	5320082	rs35036161	C	CT	1206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=1019;SC=CACAGTAATACTTAGTTTACT;SOR=2.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=25;WE=5320090;WS=5320072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	5323269	rs1058115	C	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=11;PP=1295;SC=ATCTAATTGCCTATTGGACAC;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=60;WE=5323277;WS=5323259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	5323631	rs9908179	A	G	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=51;PP=1566;SC=GGGTTTGTGCAGTGGTCTACC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=5323639;WS=5323621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	5326162	rs2189336	G	A	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=60;PP=1936;ReadPosRankSum=-0.597;SC=AACCCCTAGTGGTAGTCCTTC;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=109;WE=5326170;WS=5326152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr17	5328659	.	CT	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr17	5329821	rs77921709	T	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=465;SC=CATCAGAGCCTTTAGGGCCCT;SOR=4.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=5329829;WS=5329811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	5331621	rs192925573	G	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=36;PP=974;SC=CTATAAACAGGTAAATGTTTA;SOR=2.560;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=46;WE=5331629;WS=5331611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	5334678	rs11650692	G	A	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	5338059	rs34312464	T	TA	522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=529;SC=GTGCTGGGATTATAGGCGTGA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=5338067;WS=5338049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	5353854	rs62072697	C	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=162;SC=AAAACCATGGCGATGTACATT;SOR=3.912;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=5353862;WS=5353844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	5358671	rs11867311	C	T	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=37;PP=1129;SC=TCACCATTAACTTCCACAATT;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=5358679;WS=5358661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	5372259	rs28372907	G	A	7075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=123;NR=133;PP=2965;SC=GGAGCACACCGCCCCTTCCTC;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=124;TCR=134;TR=256;WE=5372267;WS=5372249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr17	5388568	rs16710	T	TCAAC	2225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=1403;SC=TTAAAGCAAATCAAGAAACAA;SOR=1.007;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=23;WE=5388576;WS=5388558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	5392161	rs929261	C	T	6769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	5392791	rs74577983	A	G	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=66;PP=1893;ReadPosRankSum=2.300;SC=AACGACTGAAAATATCTTAAT;SOR=1.308;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=79;WE=5392799;WS=5392781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr17	5405341	rs3809845	G	C	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=47;PP=1446;SC=GCCCCGGGGTGAACCAAGGCC;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=5405349;WS=5405331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	5445153	rs199628010	C	T	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=22;PP=1853;SC=CCTCCACCTCCCCCTGCCCAC;SOR=2.128;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=67;TCR=22;TR=89;WE=5445161;WS=5445143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	5998691	rs41314095	C	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=32;PP=892;SC=AGGCAGGCACCAGGTACCACA;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=5998699;WS=5998681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	6014176	rs2302837	A	G	6707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=133;PP=2965;SC=CCGGGAACACATGGGCACGGC;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=97;TCR=133;TR=230;WE=6014184;WS=6014166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	6021541	rs2302838	C	T	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=1168;ReadPosRankSum=2.872;SC=GGGTGGGAGGCTTGTCAGTAC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=53;WE=6021549;WS=6021531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr17	6331817	rs62619924	C	T	8212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=154;PP=2965;SC=ATGGGGTAGACCCCCGTGTGC;SOR=0.987;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=133;TCR=154;TR=287;WE=6331825;WS=6331807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr17	6350727	rs12947546	C	T	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=53;PP=2492;SC=TGAGCCACCGCGCCCGGCCTA;SOR=1.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=135;WE=6350735;WS=6350717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	6352863	rs34107703	C	T	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=54;PP=1477;SC=GCCTCAGTCTCCCTCATCTCA;SOR=2.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=14;TCR=54;TR=68;WE=6352871;WS=6352853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	6353679	rs7218283	A	C	7065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=100;PP=2965;SC=CTCTGTCTTGAAGGAAACAAG;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=141;TCR=100;TR=241;WE=6353687;WS=6353669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	6364753	rs11654099	A	G	7301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=108;PP=2965;SC=GCACCAGCCCATCGGAGAAGA;SOR=0.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=152;TCR=108;TR=260;WE=6364761;WS=6364743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr17	6371738	rs35021251	A	G	3983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=88;PP=2685;SC=AGTGCCCACCAGCTTGTGGCC;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=52;TCR=88;TR=140;WE=6371746;WS=6371728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	6373737	rs11654175	C	T	7238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=144;PP=2965;SC=GACTGTGGGTCGGAGAGGAAG;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=129;TCR=144;TR=273;WE=6373745;WS=6373727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	6374779	rs9902425	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=23;PP=665;SC=CTTGGAGGAGTCAGCCCCGGC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=6374787;WS=6374769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	6377668	rs11078632	C	A	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=9;PP=995;SC=CTGTCCCCGACTTCACTCTCC;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=40;WE=6377676;WS=6377658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	6381939	rs938288	G	A	9113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=166;PP=2965;SC=GCTCGATGACGGTGGCGACAG;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=324;TCF=158;TCR=166;TR=323;WE=6381947;WS=6381929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr17	6387482	rs11656015	G	C	5143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=53;PP=2965;SC=GAGGGCTCTTGCTAAAATCCT;SOR=1.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=124;TCR=53;TR=176;WE=6387490;WS=6387472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	6406731	rs3809836	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=244;SC=GCAGGCAAGATGGCAGGGATC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=6406739;WS=6406721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	6441164	rs165106	T	C	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=4;PP=697;SC=TCTTGGCACATCCACAGGATG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=6441172;WS=6441154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	6483046	rs3744720	T	C	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=33;PP=2168;SC=GTGACACAAATGGCCTCGCCT;SOR=1.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=90;TCR=34;TR=123;WE=6483054;WS=6483036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	6493056	rs367918	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=527;SC=TCTAAAATTTTGCAATTTGGT;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=6493064;WS=6493046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	6493198	rs1443417	T	C	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=63;PP=2235;SC=GATGCTGTGCTGCATACCCGG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=74;TCR=63;TR=137;WE=6493206;WS=6493188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	6493391	rs2278646	C	T	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=28;PP=856;SC=TGTTAATTTACCCTCATGGTT;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=6493399;WS=6493381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	6503518	rs2289640	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=1;PP=727;SC=CCCCTTGTCCCTTTATCTCTA;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=6503526;WS=6503515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	6511781	rs4796519	A	G	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=89;PP=2930;SC=TTAGCCATGCAGCACTGAAAT;SOR=1.128;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=73;TCR=89;TR=161;WE=6511789;WS=6511771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	6513329	rs2304977	G	A	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=14;PP=1856;SC=AGGAGACGCTGGTGGGGATGT;SOR=2.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=70;TCR=14;TR=83;WE=6513337;WS=6513319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	6515387	rs2289642	A	G	14226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=276;PP=2965;ReadPosRankSum=0.454;SC=TCCTTCTTCCAGAACTATATC;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=506;TCF=228;TCR=278;TR=503;WE=6515395;WS=6515377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,529:1.00:531
chr17	6515454	rs2289643	C	T	6982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=152;PP=2965;SC=AGCTCCGTATCGGGCTGATAC;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=78;TCR=152;TR=230;WE=6515462;WS=6515444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	6524298	rs9889363	T	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=28;PP=808;SC=ACAGTTTCTTTTCCAGGAGAG;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=6524306;WS=6524288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	6524358	rs8074991	G	A	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=211;SC=AGTTTATCTCGCAAAAGTATG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=6524366;WS=6524348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	6531648	rs2072149	A	G	6260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=93;PP=2965;SC=CTTTGGCACCAGAGCTGGAGA;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=130;TCR=93;TR=223;WE=6531656;WS=6531638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	6555546	rs56268735	C	CG	17030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=173;PP=2974;SC=CCCGACCCCGCGGCCAAGCCG;SOR=0.718;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=252;TCF=69;TCR=183;TR=241;WE=6555563;WS=6555536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr17	6558645	rs8077691	G	A	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=312;SC=GTGTGTGTGTGTGTGCATGTC;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=6558653;WS=6558639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	6558768	rs8078913	C	T	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=35;PP=1698;SC=ATTCCTTCTTCCTGCGTGTTT;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=93;WE=6558776;WS=6558758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	6562141	rs17842437	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	6662948	.	GGT	G	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr17	6733672	rs8078571	T	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=73;PP=1872;SC=GGAACTTGGGTGGAGGTTGTA;SOR=1.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=106;WE=6733680;WS=6733662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	6899559	rs312467	C	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=44;PP=1451;SC=AGCTGCGGCCCGCGCGGGGCG;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=78;WE=6899567;WS=6899549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	6900383	rs312468	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=440;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GCACAAGGTCTCGGGAACTGC;SOR=2.114;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=6900391;WS=6900373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr17	6902179	rs312470	G	A	6553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=116;PP=2965;SC=CTAGACCTCGGAGTGAAATAA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=120;TCR=116;TR=236;WE=6902187;WS=6902169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	6904934	rs434473	A	G	6339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=68;PP=2965;SC=CAGCCTCCCAACCCCAGCTCT;SOR=1.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=147;TCR=68;TR=215;WE=6904942;WS=6904924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	6906085	rs11571338	C	CT	335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=255;SC=ATACAGGGAACTTGGCAGAGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=6906093;WS=6906075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	6909378	rs5819132	C	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.03;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	6909379	rs3934010	C	G	984.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.03;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	6915401	rs2271316	C	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=18;PP=1224;SC=AAACCATGCCCGATCCCCAAA;SOR=1.949;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=70;WE=6915409;WS=6915391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	6919093	rs14309	T	C	7514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=172;NR=119;PP=2965;SC=CTTCTGACAGTGCGAAGTGGA;SOR=1.080;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=173;TCR=119;TR=291;WE=6919101;WS=6919083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	6927350	rs312461	A	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=20;PP=1420;SC=GAAGCTGCGCATGTCTCCCTT;SOR=1.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=70;WE=6927358;WS=6927340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	6928019	rs146207245	C	CCAG	5815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.424;NF=21;NR=50;PP=2991;ReadPosRankSum=-0.049;SC=GACGAGGCCTCCAGCAGCAGC;SOR=0.869;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=126;TCF=33;TCR=93;TR=71;WE=6928027;WS=6928009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,146:0.92:158
chr17	6929924	rs379478	T	C	11547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=230;NR=173;PP=2965;SC=TTGCCAGTCATCGTACAGTGC;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=403;TCF=230;TCR=173;TR=403;WE=6929932;WS=6929914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr17	6933217	rs421264	T	G	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=53;PP=1573;SC=GTGTGGAGGCTGCAGGGAGAA;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=73;WE=6933225;WS=6933207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	6979179	rs364569	A	G	14348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=277;NR=231;PP=2965;SC=CCCAGTTGACAGGGCAGCAGG;SOR=0.827;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=509;TCF=278;TCR=231;TR=508;WE=6979187;WS=6979169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,538:1.00:538
chr17	6979218	rs3830425	AATAGG	A	17770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=178;PP=2971;SC=ATTGGGGAGAAATAGGATAGG;SOR=0.723;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=278;TCF=87;TCR=191;TR=253;WE=6979230;WS=6979208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr17	6981353	rs732828	G	C	13842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=290;PP=2965;ReadPosRankSum=-3.371;SC=CCAGCAGCAGGAGGCCGAGGC;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=531;TCF=238;TCR=293;TR=525;WE=6981361;WS=6981340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,513:0.99:519
chr17	6981397	rs90951	A	G	8542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=194;PP=2965;SC=GGCCCAGAGCAGAGACGCTGC;SOR=1.479;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=106;TCR=194;TR=300;WE=6981405;WS=6981387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr17	7080111	.	T	TCACACA	3151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,70:0.95:74
chr17	7096707	rs3215125	TC	T	1761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=5;PP=1893;SC=TACACACCGATCCCCCAGGAG;SOR=4.294;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=52;WE=7096715;WS=7096705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	7111624	rs178471	T	C	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=37;PP=1005;SC=CTGGCCGCCCTGGCCGCCGCC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=7111632;WS=7111614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	7121785	rs2521985	T	C	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=35;PP=1426;SC=AAATGATCTCTGGGCTCCCAA;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=70;WE=7121793;WS=7121775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	7123240	rs139223575	T	TGGGCGTGCAGGACGC	7890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=43;PP=2900;SC=CGCCAGGACGTGGGCGTGCAG;SOR=1.026;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=55;WE=7123248;WS=7123230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	7124768	.	T	C	220	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=123;MMLQ=27;MQ=63.75;NF=12;NR=1;PP=220;QD=19.5977855806;SC=CTGCCCTAGGTCAGGAACTGC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=7124776;WS=7124763;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	7127718	rs17671352	T	C	7875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.569;SC=AGCTGGTAAGTGGCCAGGGGT;SOR=1.233;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=122;TCR=174;TR=292;WE=7127726;WS=7127708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,300:0.99:302
chr17	7129840	rs35594616	T	C	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=94;PP=2965;SC=GGGCAGGGTATTGGTAGGAGA;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=60;TCR=94;TR=154;WE=7129848;WS=7129830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	7129974	rs2074222	A	G	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	7132556	rs222837	C	T	9776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=173;PP=2965;SC=GCTCATTGCTCTGGCCAACAA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=170;TCR=175;TR=342;WE=7132564;WS=7132546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr17	7133162	rs222836	G	A	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=87;PP=2965;SC=AGTCCCCCAGGCTGGTACTCT;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=163;WE=7133170;WS=7133152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	7134129	rs222835	A	G	15821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=307;NR=283;PP=2965;SC=GCCAAGCGACAAGGTAGAGGT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=590;TCF=307;TCR=283;TR=590;WE=7134137;WS=7134119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr17	7141140	rs77234976	C	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=52;PP=1595;SC=CTCCCCCTTCCGCCCCGCGAG;SOR=2.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=66;WE=7141148;WS=7141130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	7145492	rs58574748	C	CA	8095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=87;NR=47;PP=2936;SC=CTGCCTGTCCCGATCCAAGGC;SOR=1.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=134;WE=7145500;WS=7145482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	7150552	rs2074217	A	G	5930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=83;PP=2965;SC=ACCCAGAGCTAGCCCCTACTT;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=115;TCR=83;TR=198;WE=7150560;WS=7150542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	7154534	rs414206	G	A	12836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=182;NR=286;PP=2965;SC=TGCCTCCGCAGAAGGTAAATG;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=468;TCF=182;TCR=286;TR=468;WE=7154542;WS=7154524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr17	7154582	rs3744399	T	C	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=140;PP=2965;SC=GCCACGAACGTGCGCAGCCCC;SOR=3.070;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=31;TCR=140;TR=171;WE=7154590;WS=7154572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	7156186	rs2074218	A	G	12532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=243;NR=185;PP=2965;SC=CCTACCCTGGATAGGGCACCT;SOR=0.988;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=429;TCF=244;TCR=185;TR=428;WE=7156194;WS=7156176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,453:1.00:453
chr17	7156447	rs2074219	A	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=39;PP=1079;SC=TTGGATATGGATCTTTCAGGA;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=40;WE=7156455;WS=7156437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	7158203	rs402514	T	G	12342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=265;PP=2965;SC=TACCCTAGAATAAACATCTGG;SOR=1.215;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=471;TCF=167;TCR=304;TR=432;WE=7158211;WS=7158193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr17	7161767	.	C	CA	28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;FR=0.9998;HP=16;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=49.89;NF=1;NR=1;PP=28;QD=15.5;SC=GACCCTGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=2;WE=7161775;WS=7161757;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,2:0.29:7
chr17	7163739	rs4562	A	G	11553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=211;NR=179;PP=2965;SC=AGAGCGGGGTACACGGTACCC;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=391;TCF=212;TCR=179;TR=390;WE=7163747;WS=7163729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr17	7165395	rs56219105	CG	C	3846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=81;PP=2973;SC=GGGCGCCGGGCGGGGAGACCC;SOR=1.919;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=5;TCR=90;TR=86;WE=7165403;WS=7165385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	7185092	rs5418	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=4;PP=734;SC=TGCTCTCCGGGTCCTTGGCTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=7185100;WS=7185083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	7185788	rs222848	T	C	8838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=1.114;SC=CCCCCCCTCCTCCAGCTCAGG;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=320;TCF=168;TCR=152;TR=317;WE=7185796;WS=7185767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr17	7185861	rs222849	T	C	6866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=134;PP=2965;SC=CCCCTCACACTACCTTCCTGC;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=106;TCR=134;TR=240;WE=7185869;WS=7185851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	7187123	rs5435	T	C	8639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=123;PP=2965;SC=GCCTGGCCAATGCTGCTGCCT;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=183;TCR=123;TR=306;WE=7187131;WS=7187113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr17	7192091	rs222842	C	T	4603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=91;NR=73;PP=2818;SC=TGGGTGTCCTCTGAGTTGAGT;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=164;WE=7192099;WS=7192081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	7192198	rs222841	T	G	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=67;PP=1945;SC=GTTCTTTTTGTTTTTGAGACA;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=108;WE=7192206;WS=7192188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	7193055	rs3833134	GA	G	5421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=48;PP=2553;SC=CTAAGGCAAGGAACAAGGCTC;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=61;WE=7193068;WS=7193045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	7193060	rs55781423	A	G	5430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=48;PP=1787;SC=GCAAGGAACAAGGCTCTGAGG;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=103;WE=7193068;WS=7193045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	7193448	rs222838	A	G	7409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=139;PP=2965;SC=CTGGAGCCAGATTATCCACAG;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=126;TCR=139;TR=265;WE=7193456;WS=7193438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	7194010	rs2521992	C	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=34;PP=961;SC=GTGGAATGTGCTTGCACCCAT;SOR=5.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=35;WE=7194018;WS=7194000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	7197794	rs222859	C	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=11;PP=291;SC=CGCTGTAGCCCCCGCTGCCGC;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=7197802;WS=7197784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	7213560	rs72840907	C	G	5329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=103;PP=2965;SC=TTTCAGGTCACCTTGCTGCTT;SOR=1.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=70;TCR=103;TR=173;WE=7213568;WS=7213550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	7213694	rs4796399	C	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=571;SC=AACATTCTTGCTAGCACTTCC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=7213702;WS=7213684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	7214824	rs11658072	C	T	12877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=223;NR=226;PP=2965;SC=CTCCCTGCTTCTGTGCTCAGC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=449;TCF=223;TCR=226;TR=449;WE=7214832;WS=7214814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr17	7217463	rs2292064	T	C	6681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=119;NR=105;PP=2965;SC=CAGCTGATGTTAGGGTGGTCA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=119;TCR=105;TR=224;WE=7217471;WS=7217453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	7220697	rs62059198	G	T	14620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=277;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TACCTGGGAGGAGAACTGGGT;SOR=0.286;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=527;TCF=282;TCR=245;TR=521;WE=7220711;WS=7220687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,555:1.00:556
chr17	7221385	rs1127440	G	A	9865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=175;PP=2965;SC=GGGACTCACCGGGAAGCAGCA;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=156;TCR=175;TR=331;WE=7221393;WS=7221375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr17	7221544	rs7222233	T	C	5930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=86;PP=2965;SC=AGGGTGAGGGTGGGGGAGTAG;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=117;TCR=86;TR=203;WE=7221552;WS=7221534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr17	7221707	rs7216490	G	T	14850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=272;NR=247;PP=2965;ReadPosRankSum=2.062;SC=GACAGAGCTTGGTCAGACCCC;SOR=0.337;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=520;TCF=273;TCR=247;TR=519;WE=7221715;WS=7221697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,541:1.00:542
chr17	7224319	rs3809811	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=43;PP=1360;ReadPosRankSum=1.480;SC=TTTGCACAGATCCTGAGTGTG;SOR=1.508;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=55;WE=7224327;WS=7224309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr17	7225149	rs3809814	C	G	14856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=272;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=1.711;SC=TCGTGATGGGCCTCGCAGCCC;SOR=0.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=513;TCF=273;TCR=240;TR=511;WE=7225157;WS=7225139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,531:1.00:532
chr17	7225425	rs2062771	T	C	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=99;PP=2413;SC=GAAATGGGGATGCCAACGCCC;SOR=2.488;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=30;TCR=100;TR=129;WE=7225433;WS=7225415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	7226957	rs35776863	G	A	21355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=790;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=385;NR=365;PP=2965;ReadPosRankSum=0.421;SC=ACACACAGACGGCCCTCACCA;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=754;TCF=388;TCR=366;TR=750;WE=7226965;WS=7226947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,784:1.00:786
chr17	7228469	.	GCC	G	95	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5310;HP=17;HapScore=4;MGOF=47;MMLQ=15;MQ=57.82;NF=0;NR=8;PP=95;QD=12.5;SC=TCCTTGCCCCGCCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=7228478;WS=7228457;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,8:0.80:10
chr17	7245371	rs4796407	A	G	7170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=147;PP=2965;SC=TGGGTCCACCAGAGCCCATGA;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=94;TCR=147;TR=240;WE=7245379;WS=7245361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	7245674	rs8069505	G	A	10508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=216;NR=142;PP=2965;SC=AAGGATTGTCGGGGTGGTGGC;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=217;TCR=143;TR=358;WE=7245682;WS=7245664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr17	7246940	rs3809829	T	G	6925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=1.345;SC=CCTCGAGGCTTGGGGGTCTCC;SOR=0.247;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=125;TCR=104;TR=228;WE=7246948;WS=7246930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr17	7251134	rs113180181	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=442;SC=CACCTCTGCACGGGCCCCCAT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=7251142;WS=7251124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	7251605	rs2292066	G	C	8592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=164;NR=128;PP=2965;SC=GGAAGACTGCGTGCTTCTCCC;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=165;TCR=128;TR=292;WE=7251613;WS=7251595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	7253659	rs2292068	T	C	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=7;PP=130;SC=CAGAAGCCTGTGCTGTGGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=7253667;WS=7253649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	7254602	rs66687178	T	G	12344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=257;NR=204;PP=2965;SC=CGGCCTTTCCTCCCTCCCCCA;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=462;TCF=257;TCR=205;TR=461;WE=7254610;WS=7254592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr17	7259073	rs6503016	C	T	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=16;PP=1232;SC=GACAGGAGGGCTGATCAGGGA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=7259081;WS=7259063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	7286326	rs1554948	T	A	8918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.196;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GGCCCATCCTTGAGGAGCTTA;SOR=0.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=325;TCF=158;TCR=167;TR=321;WE=7286334;WS=7286316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,339:0.99:342
chr17	7292107	rs6503018	G	A	7110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=107;PP=2965;SC=TCTGTCACAGGTGGAGCTGAG;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=136;TCR=108;TR=243;WE=7292115;WS=7292097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr17	7293715	rs3744549	C	T	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=136;NR=73;PP=2965;SC=TAACTGGTGACGGCAGAGGGC;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=136;TCR=73;TR=209;WE=7293723;WS=7293705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	7297452	rs4613118	A	G	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=110;NR=86;PP=2965;SC=GGGGTTTTCGAGATGATGGTG;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=111;TCR=86;TR=196;WE=7297460;WS=7297442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr17	7307287	rs9900153	T	C	11817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=235;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.682;SC=ACGCCCCAAGTACAGTCCCAT;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=427;TCF=236;TCR=191;TR=424;WE=7307295;WS=7307269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,437:1.00:439
chr17	7317647	rs60631713	A	AC	6571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=51;PP=2976;SC=CCACCTGCCCACCCCTCCCCA;SOR=1.254;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=109;WE=7317655;WS=7317633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	7318396	rs2241233	C	T	7112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.592;SC=GAGAGGACAGCGCTGAAGCTG;SOR=0.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=104;TCR=127;TR=230;WE=7318404;WS=7318386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr17	7318559	rs6503019	G	A	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=37;PP=1128;SC=TGGCAAGGAGGGATGGGCTTC;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=7318567;WS=7318549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	7320142	rs3752031	C	T	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=4;PP=1099;SC=CTTGCTGTCCCCCTGTCTCTC;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=7320150;WS=7320138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	7321067	rs62061175	C	T	101.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=124;SC=CTCCCACCGCCACCAGCCACA;SOR=3.611;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=7321075;WS=7321057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	7352163	rs17806566	T	C	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=99;PP=2965;SC=TCTTACTCTTTATCCTTAATC;SOR=1.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=43;TCR=99;TR=142;WE=7352171;WS=7352153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	7358803	rs7214344	G	A	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=53;PP=1642;SC=ACCCACATAAGAGGGAGAGGG;SOR=1.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=90;WE=7358811;WS=7358793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	7399243	rs3216887	CCTTT	C	14566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=123;PP=2977;SC=CAGTTGTTGGCCTTTCTTTCT;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=64;TCR=138;TR=178;WE=7399254;WS=7399233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr17	7400137	rs9898024	T	C	15447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=300;NR=245;PP=2965;SC=TGGCCTAGAGTTGTATGCGGA;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=546;TCF=300;TCR=246;TR=545;WE=7400145;WS=7400127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr17	7400815	rs2228128	T	C	10558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=212;PP=2965;SC=TGGTGGACAATGAGCTGCCTG;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=382;TCF=170;TCR=212;TR=382;WE=7400823;WS=7400805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr17	7403942	rs12936464	A	C	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=30;NR=1;PP=839;SC=TGTCTGCCTTACTCTTTGTCT;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=7403950;WS=7403932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	7404107	rs7217707	T	C	13936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=272;NR=214;PP=2965;SC=GTACCCACAGTACCCATCCCG;SOR=0.913;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=488;TCF=273;TCR=215;TR=486;WE=7404115;WS=7404097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr17	7404209	rs6503030	G	A	9346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=144;NR=186;PP=2965;SC=GAATTTGGACGTGGGAGCCAG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=145;TCR=187;TR=330;WE=7404217;WS=7404199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr17	7406343	rs9890028	T	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=348;SC=ACCACTGTACTTGGTCGGCTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=7406351;WS=7406340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	7413038	rs2269459	A	G	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=69;PP=1998;SC=TGCAATCAACATTGAGGGGCG;SOR=1.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=107;WE=7413046;WS=7413028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	7413057	rs7213878	C	T	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=48;PP=1288;SC=CGGCCAGGCGCGGTGGCTCAC;SOR=2.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=7413065;WS=7413047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	7413120	rs7218412	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=56.56;NF=1;NR=13;PP=354;SC=ACCTGAGCTCAGGAGTTCGAG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=7413128;WS=7413110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	7416683	rs9894023	A	G	47651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1872;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=953;NR=859;PP=2965;ReadPosRankSum=0.935;SC=CCAGCTACTCACCGACATCTC;SOR=0.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1825;TCF=958;TCR=867;TR=1812;WE=7416691;WS=7416673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,1851:1.00:1855
chr17	7417086	rs4344809	G	A	21909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=416;NR=388;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.610;SC=CTACAGCCCAGCCTCACCCAA;SOR=0.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=809;TCF=416;TCR=393;TR=804;WE=7417094;WS=7417076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,817:1.00:818
chr17	7452977	rs9899183	C	T	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=31;PP=862;SC=TGCATGGGTGCGTGTCTGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=7452985;WS=7452967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	7460559	rs4968189	T	G	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=83;PP=2965;SC=AGGTGTCTGGTCTGTTGGCCC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=171;WE=7460567;WS=7460549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	7462969	rs3803800	A	G	6433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=117;PP=2965;SC=GCCTGGGAGAATGGGGAGAGA;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=108;TCR=117;TR=225;WE=7462989;WS=7462959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	7468216	rs4968212	T	C	15002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=285;NR=235;PP=2965;SC=CTCTCTCCCTTCTCCGACTCC;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=521;TCF=285;TCR=236;TR=520;WE=7468224;WS=7468206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr17	7470285	rs58837213	CA	C	9752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=121;PP=2951;SC=AACTCCGTACCAAAGGGTTAT;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=72;TCR=126;TR=187;WE=7470293;WS=7470275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr17	7474277	rs4968213	C	T	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=36;PP=1011;SC=GGCCACCTCCCCTAGCTCTGA;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=7474285;WS=7474267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	7477938	rs1057086	G	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=553;SC=GCATCTACGCGTATGGTTTTG;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=7477946;WS=7477928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	7480547	rs2270341	T	A	7842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=173;PP=2965;SC=AGGGGAACCATATACTGGATT;SOR=1.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=96;TCR=173;TR=268;WE=7480555;WS=7480537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	7481473	.	C	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-2.372;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,16:0.12:137
chr17	7490379	rs2302661	G	C	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=32;PP=2258;SC=GGGGCAGGGTGGGGGGGAAGA;SOR=2.324;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=116;WE=7490387;WS=7490369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	7499382	rs858526	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=34;PP=899;SC=GACCCTTTGCATAACTTAAAT;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=34;WE=7499390;WS=7499372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	7504858	rs17643401	G	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=49;PP=1419;SC=GAGGAAACCAGTGGGAAAGTC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=7504866;WS=7504848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	7529902	rs13894	G	A	6074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=117;PP=2965;SC=ACGGCCAGGCGGAATTGGGAG;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=96;TCR=117;TR=213;WE=7529910;WS=7529892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	7533901	rs9913778	C	T	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.59;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	7536690	rs35338190	C	CT	4482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=92;PP=2969;SC=TAAGAACCCCCTTTGAAAGTT;SOR=2.320;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=6;TCR=99;TR=98;WE=7536698;WS=7536680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	7557419	rs1642763	A	G	17562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=324;NR=290;PP=2965;SC=GCCGCCCTGGACGCTATTACG;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=615;TCF=324;TCR=291;TR=614;WE=7557427;WS=7557402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,645:1.00:645
chr17	7557630	rs36041343	C	T	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=67;PP=1909;SC=GGGACACCACCTGCAGACAAT;SOR=3.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=9;TCR=68;TR=76;WE=7557638;WS=7557620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	7559037	rs55831773	C	T	12134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=229;NR=192;PP=2965;SC=CTGCACTGCTCCTCCGGCCCA;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=423;TCF=230;TCR=193;TR=421;WE=7559045;WS=7559027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr17	7569698	rs8073498	A	C	6440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=132;PP=2965;SC=AGGGTAGGGAACATGTCTGCC;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=87;TCR=132;TR=219;WE=7569706;WS=7569688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	7577407	rs12951053	A	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=3;PP=949;SC=AGTAGTATGGAAGAAATCGGT;SOR=3.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=7577415;WS=7577401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	7577427	rs12947788	G	A	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=8;PP=1304;SC=TAAGAGGTGGGCCCAGGGGTC;SOR=3.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=7577435;WS=7577417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	7577678	.	CTTT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.732;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr17	7578115	rs1625895	T	C	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=78;NR=25;PP=1928;SC=ACTGCTCACCTGGAGGGCCAC;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=78;TCR=25;TR=103;WE=7578123;WS=7578105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	7578239	.	C	A	10150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=0.894;SC=TCCAAATACTCCACACGCAAA;SOR=0.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=372;TCF=203;TCR=169;TR=371;WE=7578247;WS=7578229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,385:0.99:387
chr17	7578645	rs2909430	C	T	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=25;PP=733;SC=AACAAACATGCGTAAGCACCT;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=7578653;WS=7578635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	7579643	rs146534833	CCCCCAGCCCTCCAGGT	C	10923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=61.52;NF=23;NR=106;PP=2983;SC=GCCCCCCAGCCCCCCAGCCCT;SOR=0.751;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=29;TCR=141;TR=129;WE=7579666;WS=7579633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	7580500	rs12944939	C	T	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=4;PP=870;SC=GTGATCGGCCCGCCTCAGCCT;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=7580508;WS=7580490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	7592168	rs2287499	C	G	13149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=278;PP=2965;SC=CCAGGAGCTACGGGAGGGGGA;SOR=1.345;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=450;TCF=169;TCR=281;TR=447;WE=7592176;WS=7592158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr17	7592560	rs2287498	C	T	16459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=252;NR=324;PP=2965;SC=ACTACAGCTTCTCCCAGCTGC;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=577;TCF=253;TCR=324;TR=576;WE=7592568;WS=7592550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,598:1.00:598
chr17	7592780	rs2287497	G	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=41;PP=1476;SC=ATTTTATCTAGCAGTTTGTGT;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=7592788;WS=7592770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	7606722	rs7640	C	G	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.839;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=109;PP=2143;ReadPosRankSum=-1.187;SC=TGTGGGGGGGCGCCAGACTCC;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=92;TCR=113;TR=198;WE=7606730;WS=7606704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,185:0.97:190
chr17	7637938	rs144934136	A	G	8038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=139;PP=2965;SC=CAGCTGGTGAAGAAGGGAGTG;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=138;TCR=139;TR=277;WE=7637946;WS=7637928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	7660622	rs62062621	C	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	7673928	rs9909288	C	G	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=79;PP=2965;SC=ACATAGTACCCTACAAGGATA;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=95;TCR=79;TR=174;WE=7673936;WS=7673918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	7674850	rs7212989	C	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=603;SC=GTCATGGTTGCGTGCTTCATT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=7674858;WS=7674840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	7677927	rs4791759	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=3;PP=327;SC=CATGTTAGACAGTCTGGGGAT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=7677935;WS=7677922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	7681412	rs7359662	C	G	8483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=137;PP=2965;SC=ATGACTGTGTCATCCGCCAGA;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=161;TCR=137;TR=298;WE=7681420;WS=7681402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr17	7682605	rs17806045	C	T	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=23;PP=940;SC=GCATCAACATCGAGGTGCTGT;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=7682613;WS=7682595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	7700712	rs1565817	C	T	16094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=283;NR=294;PP=2965;SC=AGTTCCCTGCCCACAGAGTCT;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=578;TCF=284;TCR=294;TR=577;WE=7700720;WS=7700702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr17	7701525	rs35295135	G	A	5704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=59;PP=2965;SC=CATGCTCCTGGTGGGTATCGG;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=139;TCR=60;TR=197;WE=7701533;WS=7701515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	7701869	rs201371626	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.505;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=-0.751;SC=TTCCCTCCCCCGGCCAGATAT;SOR=0.570;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=29;WE=7701877;WS=7701859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,30:0.28:106
chr17	7702357	rs12949280	C	T	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=17;PP=2265;SC=CCACCTGACCCGCTGCCCCCG;SOR=2.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=77;TCR=17;TR=94;WE=7702365;WS=7702347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	7705089	rs4791834	C	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=61;PP=2670;SC=CGCCTCTCATCTCTCATCGCA;SOR=0.951;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=119;WE=7705097;WS=7705079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	7708096	rs9889268	G	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=1;PP=776;SC=CCCTGGGGGCGGAGGTTGCAG;SOR=5.058;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=31;WE=7708104;WS=7708086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	7708163	rs367854692	CA	C	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.604;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr17	7720091	rs11078708	G	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=647;SC=CTTTCACTCTGCTCGCCACTT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=7720099;WS=7720081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	7721231	rs9916791	T	C	12307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=270;NR=183;PP=2965;SC=ACCTCTCCCGTAGTGTTCCTT;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=453;TCF=270;TCR=183;TR=453;WE=7721239;WS=7721221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr17	7726665	rs55758061	C	CAGAG,CAG	1589.90	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25,25;NR=3,3;PP=940,69;ReadPosRankSum=-0.644;SC=GAGAAAAATACAGAGAGAGAG;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=28,28;WE=7726673;WS=7726655;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.93:43
chr17	7733555	rs7405476	A	G	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=3;PP=2063;SC=TGTACATGGCAGTGCTAGTGG;SOR=5.443;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=86;TCR=3;TR=89;WE=7733563;WS=7733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	7733833	rs34121753	A	G	5862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=138;PP=2965;SC=AGGGGTCCTCATCCCAGCCCT;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=65;TCR=138;TR=202;WE=7733841;WS=7733823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	7750177	rs61462443	T	TACCACC	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.10;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	7751858	.	TCAC	T	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=3.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.127;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,10:0.18:57
chr17	7754993	rs12939056	G	A	6874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGGAGCTGCTGAAGCTGCCCG;SOR=0.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=109;TCR=127;TR=232;WE=7755001;WS=7754983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
chr17	7788409	rs201772788	C	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=10;PP=242;SC=CAGGTAAGCGCCCGCCCCGAC;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=7788417;WS=7788399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	7811876	.	CA	C	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,43:0.29:149
chr17	7811998	rs4239111	T	C	7268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=117;PP=2965;SC=TGATGGTTCCTTTTCCTTCAT;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=131;TCR=117;TR=248;WE=7812006;WS=7811988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr17	7948175	rs6503070	C	T	6960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=150;NR=101;PP=2965;SC=GGCAGGAGGACGCCTTCTTCG;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=150;TCR=101;TR=251;WE=7948183;WS=7948165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	7950377	rs11541083	C	T	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=89;PP=2965;SC=GGATGCAGATCTGGGGTGCAG;SOR=1.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=137;WE=7950385;WS=7950367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	7950888	.	C	G	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=48;PP=1918;SC=GCAGGTATACCCTCCTCACTG;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=104;WE=7950896;WS=7950878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	7950952	rs9898751	C	A	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=83;PP=2965;SC=TCACCTGCTCCGCCAAGCATG;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=100;TCR=83;TR=183;WE=7950960;WS=7950942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	7951819	rs4792147	A	G	10700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=198;NR=198;PP=2965;SC=GAGCGGAACCAGGGCCTGGTG;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=397;TCF=199;TCR=198;TR=396;WE=7951827;WS=7951809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr17	7960380	rs8072641	T	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=6;PP=961;SC=ACGGTCTCCTTGAACCCAGGT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=7960388;WS=7960370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	7960625	rs9896256	C	T	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=79;PP=2965;SC=AGAGCAATATCGTCCTTGGTT;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=120;TCR=79;TR=199;WE=7960633;WS=7960615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	7961129	rs7214975	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=473;SC=CAGGAACCACGAGCGCATGGT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=7961137;WS=7961119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	7977105	rs12937410	A	G	6619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=152;PP=2965;SC=CCCAGGCGACATCAGTCGTGC;SOR=1.570;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=81;TCR=152;TR=233;WE=7977113;WS=7977095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	7979463	rs2289586	A	G	14289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=277;NR=220;PP=2965;ReadPosRankSum=1.081;SC=TGTCCACCCTAAGAGCCACCC;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=498;TCF=277;TCR=221;TR=497;WE=7979471;WS=7979441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,518:1.00:519
chr17	7983799	rs2304907	A	G	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=114;PP=2965;SC=ATGTCTCAAGATCTTTGCATC;SOR=1.079;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=91;TCR=114;TR=205;WE=7983807;WS=7983789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	7983969	rs2304908	G	C	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=26;PP=1571;SC=CACTCACACGGACTCACATGG;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=7983977;WS=7983959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	7990567	.	C	CACACACAG	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=2.456;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr17	7990577	rs7504003	G	C	2942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.78;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	7991330	rs9909784	T	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	7991628	rs9903712	C	A	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	8015579	rs894505	G	C	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=45;PP=1353;SC=ATCACTGTGTGCCCCTCTGCC;SOR=2.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=8015587;WS=8015569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	8027593	rs3027279	G	T	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=46;PP=1273;SC=AAACTGGCCTGGGAGTGCGGG;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=8027601;WS=8027583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	8045006	.	TCCCTTGAACTTGAGCTCAATTCTTTTTTCTCC	T	4161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=44.27;SOR=2.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	8046772	rs2585405	C	G	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=70;NR=77;PP=2791;SC=GGACTCGGGGCGAGGGCGGGC;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=70;TCR=77;TR=147;WE=8046780;WS=8046762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	8047831	rs55844333	C	T	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=33;PP=2377;SC=CTGGAGACAGCACCTCTGCCT;SOR=1.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=92;TCR=33;TR=125;WE=8047839;WS=8047821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	8048010	rs2289591	C	A	15486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=284;NR=276;PP=2965;SC=GACCCACCCCCCAACAATCCA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=560;TCF=284;TCR=276;TR=560;WE=8048018;WS=8048000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,587:1.00:587
chr17	8048169	rs2253820	T	C	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=100;PP=2638;SC=CTTCCTTCTGTGTGTGCAGGG;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=72;TCR=100;TR=172;WE=8048177;WS=8048159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	8048283	rs2735611	G	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=565;SC=CTGGGGCTAGGCCAGGCAGGT;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=8048291;WS=8048273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	8051639	rs10462024	A	G	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=87;PP=2562;SC=TCAGCCCTCCACTCTGCCTGG;SOR=2.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=23;TCR=87;TR=110;WE=8051647;WS=8051629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	8052415	rs56408410	G	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=7;PP=285;SC=GCTGAGGCAGGAGAATCGCTT;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=8052423;WS=8052405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	8053085	rs3027178	T	G	8443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=152;PP=2965;SC=GGTTCTGAAGTGTGTACTCAG;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=118;TCR=153;TR=270;WE=8053093;WS=8053075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	8064081	rs144670087	A	AG	2000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=9;PP=798;SC=GATCCAGGGGAGTGGGGGCTG;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=8064091;WS=8064071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	8064083	rs1061032	T	G	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=9;PP=735;SC=TCCAGGGGAGTGGGGGCTGAA;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=36;WE=8064091;WS=8064071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	8064779	rs75664430	C	G	4083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=28;PP=2965;SC=CGGCCATTCTCACCCTACTCA;SOR=2.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=108;TCR=28;TR=136;WE=8064787;WS=8064769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	8076741	rs72479723	A	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=2;PP=743;SC=GCTAATCAGCATAACACAAAT;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=8076749;WS=8076731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	8076911	rs11655582	A	G	12933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.60;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr17	8076917	rs56346215	A	C	13053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr17	8092694	rs8531	T	G	7946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=152;PP=2965;SC=CGGGGTCGATTGGGGGAATGG;SOR=0.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=274;TCF=122;TCR=152;TR=272;WE=8092702;WS=8092684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr17	8108331	rs1059476	A	G	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=106;PP=2965;SC=CTGGGCTCCCATGGGCACGGA;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=127;TCR=106;TR=233;WE=8108339;WS=8108321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	8132763	rs3826543	T	C	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=76;PP=1931;SC=GGCAGGGGAATGCTAAATAAA;SOR=1.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=112;WE=8132771;WS=8132753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	8135061	rs3027238	T	C	10827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=215;NR=177;PP=2965;SC=CCAGGAGCTATGAGTCGGTAC;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=217;TCR=177;TR=392;WE=8135069;WS=8135051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr17	8137737	rs4792621	G	A	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=50;PP=2112;SC=ATGACAAAAAGGGAAATCACC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=61;TCR=50;TR=111;WE=8137745;WS=8137727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	8138643	rs12603646	A	C	4203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=99;PP=2965;SC=AGAGATGAAGACCCCAACTCA;SOR=1.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=44;TCR=99;TR=143;WE=8138651;WS=8138633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	8139327	rs4791626	A	G	14938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=284;NR=254;PP=2965;SC=CCTCTTTGAAAACCCACATTT;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=539;TCF=285;TCR=254;TR=538;WE=8139347;WS=8139317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr17	8139339	rs66582670	T	C	15127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=289;NR=272;PP=2965;SC=CCCACATTTCTGGCCCCTCAA;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=563;TCF=290;TCR=273;TR=561;WE=8139347;WS=8139317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr17	8139463	rs74506939	G	A	12664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=234;NR=204;PP=2965;SC=GTGGCTTGGGGTCAGCCTCTA;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=438;TCF=234;TCR=204;TR=438;WE=8139471;WS=8139453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr17	8141324	rs11655903	T	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=2;PP=623;SC=ACAGCGCCCCTGCCATGCCTA;SOR=2.910;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=8141332;WS=8141314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	8141707	rs6503093	T	C	9067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=159;NR=154;PP=2965;SC=ACCTTCCACTTACCTCACAGC;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=159;TCR=154;TR=313;WE=8141715;WS=8141697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	8157310	rs9891699	C	T	17455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=327;NR=263;PP=2965;SC=GGGGGCAGCCCCTGGACACAC;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=591;TCF=327;TCR=264;TR=590;WE=8157318;WS=8157289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr17	8158273	rs6503094	A	G	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=46;PP=2965;ReadPosRankSum=0.360;SC=AGACAGCAGTAGGCAGGATCC;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=116;TCR=47;TR=160;WE=8158281;WS=8158263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr17	8159232	rs7221716	A	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=66;PP=2057;SC=CCAATAGGTGAGGAGAAATGG;SOR=1.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=102;WE=8159240;WS=8159222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	8167600	rs11078738	T	C	6825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=137;NR=97;PP=2965;SC=CCGACACCCCTGCCAACCCCT;SOR=0.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=139;TCR=97;TR=234;WE=8167608;WS=8167590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	8167962	rs78296773	G	T	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=30;PP=845;SC=TCCTTCCTCCGCTCAGCCTCT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=8167970;WS=8167952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	8168224	rs9902252	T	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=16;PP=1698;SC=TGGACCGCTCTGTGGGAGGCC;SOR=2.331;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=79;WE=8168232;WS=8168214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	8168805	rs9897842	A	G	8937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=128;PP=2965;SC=TGGGAGCCCCAGGGAGGGGAG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=196;TCR=128;TR=323;WE=8168813;WS=8168795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr17	8169006	rs11655563	T	C	5437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=121;PP=2965;SC=GTGATCTTTGTTTGGCTCCTG;SOR=1.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=65;TCR=121;TR=186;WE=8169014;WS=8168996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	8172506	rs62637606	T	G	10636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=181;NR=194;PP=2965;SC=CCCCCTCCATTTGATACTCTG;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=375;TCF=181;TCR=194;TR=375;WE=8172514;WS=8172496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr17	8193473	rs11245	G	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=131;SC=TGGGTCTCTCGATTCCCTTTG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=8193481;WS=8193463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	8194319	rs6503098	T	C	8275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=152;PP=2965;SC=AGGAAGAGCGTTGTCAACCAG;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=131;TCR=152;TR=283;WE=8194327;WS=8194309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr17	8215534	rs3744651	C	T	27822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1075;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=542;NR=554;PP=2965;ReadPosRankSum=0.315;SC=CAATGTGCACCCCCATCTTCT;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1102;TCF=545;TCR=557;TR=1096;WE=8215542;WS=8215524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1053:1.00:1055
chr17	8216468	rs871841	T	C	23870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=892;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=427;NR=472;PP=2965;SC=CTCCTGCCACTCCTCAAGCCT;SOR=0.882;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=904;TCF=428;TCR=476;TR=899;WE=8216476;WS=8216453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,887:1.00:887
chr17	8216737	rs2302867	A	G	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=32;PP=1436;SC=TATAGTAACCATCCCTGCTGG;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=82;WE=8216745;WS=8216727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	8219478	rs2270445	A	G	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=42;PP=888;SC=TACCTGTCCCAGCTGCGGCCG;SOR=1.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=8219486;WS=8219467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	8224133	rs3744646	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=7;PP=608;SC=CCCCACCTCATTGGAGCCTCT;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=8224141;WS=8224123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	8224276	rs3744647	T	C	6821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=146;NR=87;PP=2965;SC=GGCTGTTGGATCTTCTTCAGG;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=146;TCR=87;TR=233;WE=8224284;WS=8224266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	8243661	rs12601097	G	A	8681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=153;NR=167;PP=2965;SC=ACTATTGGTCGTGGCCTTCTC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=153;TCR=167;TR=320;WE=8243669;WS=8243651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	8243785	rs12936935	A	G	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=65;PP=1995;SC=CTGCACTTTTACAAATCCAGG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=105;WE=8243793;WS=8243775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	8296440	rs12601265	G	A	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=24;PP=1396;SC=CTCCAGGCAGGGGAGGAGGCG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=8296448;WS=8296430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	8339103	rs8065181	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=9;PP=486;SC=CCCCCTGTGACACCAGCCCCG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=8339111;WS=8339093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	8339307	rs8064417	G	A	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=59;PP=2086;SC=TGGCCGGGCCGGCGGAGGGGA;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=121;WE=8339315;WS=8339297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	8349984	rs369297844	T	TC	632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=667;SC=TTCCTTGGGTTCCCCCCCACC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=23;WE=8349992;WS=8349974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	8363624	rs3817003	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=462;SC=GTGACATGACGTCTGTTGTTG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=8363632;WS=8363614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	8383253	rs4791316	G	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=289;SC=GTCCTCCCAGGCTCTGAATGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=8383261;WS=8383249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	8383894	rs6503120	A	G	5168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=104;PP=2965;SC=AGCACAGCACAGGAGCCTCAG;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=85;TCR=105;TR=189;WE=8383902;WS=8383884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	8384875	rs904417	T	G	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=35;PP=1062;SC=AATTAAACTGTCAAGAAAATC;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=8384883;WS=8384865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	8387438	rs113838551	G	GATGA	7235.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=35;PP=2918;SC=TGAACAAATGGATAAGTAACA;SOR=1.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=86;WE=8387446;WS=8387428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	8390733	rs3826463	A	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=23;PP=1204;SC=CAGAGACTCCATGGGTGAAGG;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=8390741;WS=8390723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	8395894	rs904416	T	C	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=112;PP=2965;SC=TCTTCCACCATGTGGCTGATT;SOR=0.874;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=213;TCF=92;TCR=121;TR=204;WE=8395902;WS=8395884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	8411812	rs11658073	C	T	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=4;PP=1049;SC=GTTCTGATTACAGTAAAAGCT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=46;WE=8411820;WS=8411802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	8412133	rs9889907	A	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=46;PP=1296;SC=ACTGTACACAATCACATGCTG;SOR=2.998;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=56;WE=8412141;WS=8412123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	8413314	rs36135285	CCA	C	5340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=83;PP=2969;SC=CGAGATTTGACCACACATTCA;SOR=1.498;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=7;TCR=88;TR=90;WE=8413323;WS=8413304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	8413380	rs11650834	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=30;PP=756;SC=TTTTTGACACGGAGTCTCGCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=8413388;WS=8413370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr17	8478605	rs268460	C	T	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=25;PP=715;SC=ATGTGTTCCACAGGGAATTTG;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=8478613;WS=8478595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr17	8647958	rs117415797	G	A	9508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=188;PP=2965;SC=CCAGGCAGCTGACTCTTCACA;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=341;TCF=153;TCR=188;TR=341;WE=8647966;WS=8647948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr17	8725214	rs56322041	A	AG	12578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=172;PP=2936;SC=AGTGGCCCGCAGGAAACGGTG;SOR=1.153;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=29;TCR=177;TR=200;WE=8725222;WS=8725204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr17	8726160	rs2074258	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=6;PP=656;SC=GGGGATCAAGAGCAGCCTTGG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=8726168;WS=8726150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	8736394	rs12945801	T	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=63;PP=1499;SC=GCCTGGGTCTTGGCCCAGCGC;SOR=3.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=76;WE=8736402;WS=8736384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	8738575	rs1005898	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=483;SC=AAGGGGCTGCAGGCAGGGCCA;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=8738583;WS=8738565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	8739821	rs12948724	G	C	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=34;PP=2582;SC=AGCCACAACAGTTTTAGGAGG;SOR=1.964;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=96;TCR=34;TR=129;WE=8739829;WS=8739811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	8742830	rs9910718	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=0;PP=351;SC=CCCTTGCCCCCTGAGCTCCAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=8742838;WS=8742826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	8742862	rs9910741	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=11;PP=707;SC=TTCCTGTATGCGCGTGTATTG;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=8742870;WS=8742852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	8743118	rs16957654	G	A	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=107;PP=2965;SC=CTGAGCCTCAGGAGGTGCCCG;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=61;TCR=107;TR=168;WE=8743126;WS=8743108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	8743174	rs28704961	G	A	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=47;PP=1298;SC=GCCAGGGCTGGAATATAGCCT;SOR=4.450;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=51;WE=8743182;WS=8743164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	8753004	rs7218411	G	T	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=31;PP=2385;SC=ATGTGCAGGGGGTCCTGCCAG;SOR=2.021;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=86;TCR=31;TR=116;WE=8753012;WS=8752994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	8784149	rs4791764	T	C	11596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=231;NR=177;PP=2965;SC=GCCCCCATCCTTCCAGCTCCT;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=408;TCF=231;TCR=177;TR=408;WE=8784157;WS=8784139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr17	8784361	rs4791765	A	G	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=92;PP=2660;SC=GGTCAGCCCCAAATCCCTGGC;SOR=2.500;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=28;TCR=92;TR=120;WE=8784369;WS=8784351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	8784900	rs376963225	C	CAGTA	6497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=23;PP=2715;SC=ATGCACGCTCCAGTAAGTCTC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=111;TCF=80;TCR=31;TR=89;WE=8784913;WS=8784890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	8785087	rs9903447	A	C	29343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,664:1.00:664
chr17	8785092	rs9902600	C	T	29520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,670:1.00:670
chr17	8790074	rs11078770	G	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=27;PP=774;SC=GGGGAGGGCCGGTGCCCAGCC;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=8790082;WS=8790064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	8792003	rs9915880	C	T	8840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=151;PP=2965;SC=GGGCCGGCCCCGAGGCCTGGG;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=155;TCR=152;TR=306;WE=8792011;WS=8791993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr17	8792029	rs381309	A	G	9362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=163;NR=155;PP=2965;SC=GCAAGGGACAAGGTGGAGTCA;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=164;TCR=156;TR=318;WE=8792037;WS=8792019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr17	8792093	rs16957702	G	A	8993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=165;NR=155;PP=2965;SC=CACAGTGCCCGTCAGTTTCCA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=166;TCR=155;TR=320;WE=8792101;WS=8792083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	8792171	rs11650737	T	C	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=109;PP=2965;SC=CTGGCTGGAGTAGCTCCTGTT;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=83;TCR=109;TR=192;WE=8792179;WS=8792161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	8792326	rs11654380	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=714;SC=AGCACTGCCCCCTTGCTCTGC;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=8792334;WS=8792316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	8792371	rs11654094	G	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=7;PP=598;SC=CTTTGGGGACGGGGTGGGAGC;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=28;WE=8792379;WS=8792361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	8792514	rs394811	G	A	5638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=72;PP=2965;SC=TGGGGATGGTGTGGAGCTTCC;SOR=1.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=127;TCR=72;TR=199;WE=8792522;WS=8792504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	8793905	rs365024	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=245;SC=ACACCCTCTATGAGGTCAGCC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=8793913;WS=8793895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	8794002	rs364676	T	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=20;PP=890;SC=AGGGAGAGGGTGCTACCTCCT;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=63;WE=8794022;WS=8793992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	8794014	rs381198	A	G	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=22;PP=1065;SC=CTACCTCCTCAGAGAGGTGCT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=73;WE=8794022;WS=8793992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	8809025	rs61753147	G	A	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=54;PP=1814;ReadPosRankSum=0.854;SC=CCAGCGGGGTGAGCAGGTCGT;SOR=0.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=115;WE=8809033;WS=8809015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr17	8812683	rs181534	T	C	93.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=106;SC=CTCAGCTCACTGCAACCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=8812691;WS=8812673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	9086338	rs11078789	G	T	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=1.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	9153861	rs8974	G	C	6285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=58;PP=2965;SC=TCTGTCATTGGCAGGTGTCAC;SOR=2.025;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=151;TCR=58;TR=209;WE=9153869;WS=9153851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	9154078	rs17743659	G	C	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=101;PP=2965;SC=CCTTCAGTTTGTACGAAGTGG;SOR=2.887;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=24;TCR=102;TR=125;WE=9154086;WS=9154068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	9154118	rs17675967	C	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=43;PP=1202;SC=TGGGGCGCCGCTGCTGCTACA;SOR=4.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=46;WE=9154126;WS=9154108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	9395033	rs6503214	A	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=589;SC=TGTAACAATCATTGACATTAA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=9395041;WS=9395023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	9395231	rs9893664	G	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=34;PP=1022;SC=CAAGGCCTGCGTCCTGTTCTG;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=9395239;WS=9395221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	9408290	.	C	CAAAAAAAAAA	51.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.79;QD=51.19;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr17	9408594	rs2249929	A	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=1018;SC=CAATTCAAACACAATTTATTG;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=9408602;WS=9408584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	9408609	rs2125348	A	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=508;SC=TTATTGCATCATTAGTTTATG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=9408617;WS=9408599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	9471711	rs1133295	T	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=24;PP=961;SC=TCACCTTTTCTTTCATATTGA;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=9471719;WS=9471701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	9479048	rs7210038	T	C	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=41;PP=1903;SC=TTGCCTGCTCTCCGGAAGCCC;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=105;WE=9479056;WS=9479038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	9479098	rs7224817	C	A	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	9479364	rs6503230	T	C	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=44;PP=1251;SC=TTAAAATTGTTAAATAGAAAC;SOR=5.464;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=46;WE=9479372;WS=9479354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	9488986	.	T	TCA	61	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=61;QD=13.4;SC=CAAGACTCTGTCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=9488994;WS=9488983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr17	9515777	rs6503235	G	A	8009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=165;PP=2965;SC=TGATGCTGTCGAGGATATTGT;SOR=1.265;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=109;TCR=165;TR=274;WE=9515785;WS=9515767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	9729413	rs115829319	G	A	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=27;PP=1851;SC=CAGGGCCTGGGAGAGGAAGCG;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=92;WE=9729421;WS=9729403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	9764613	rs2280493	A	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=43;PP=1231;SC=GAAAATATCTATCCCTTCTCA;SOR=1.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=9764621;WS=9764603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	9801299	.	ATG	A	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=6;NR=1;PP=117;QD=17.8571428571;SC=CCTGGGGTGGATGTGTGTGTG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=7;WE=9801310;WS=9801298;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,7:0.21:33
chr17	9821614	rs61532416	G	GA	2685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.16;NF=0;NR=54;PP=2285;SC=TTTACTTCCTGAAATCCTGCT;SOR=8.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=0;TCR=66;TR=54;WE=9821626;WS=9821604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	9821618	rs55976773	T	G	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=53;PP=1496;SC=CTTCCTGAAATCCTGCTCCGC;SOR=8.222;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=53;WE=9821626;WS=9821604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	9830171	rs56199323	C	T	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=68;PP=2031;ReadPosRankSum=1.957;SC=AGGGGCACCCCCACTTCCCCA;SOR=1.329;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=88;WE=9830179;WS=9830161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr17	9846521	rs17339499	G	C	7927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=167;NR=123;PP=2965;SC=ACCCAGCCACGGTGCCGTTGC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=168;TCR=123;TR=290;WE=9846529;WS=9846511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr17	9846631	rs8066006	G	A	6844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=134;PP=2965;SC=GAGGGAGGACGGCTCCTAGAT;SOR=1.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=93;TCR=134;TR=227;WE=9846639;WS=9846621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	9846724	rs733804	C	A	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=37;PP=1001;SC=CTGGTGCCCCCACTCCCAACA;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=9846732;WS=9846714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	9850440	rs62064532	C	T	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=71;PP=2122;SC=GCTCCAGGGGCCAGCATTTCA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=29;TCR=71;TR=100;WE=9850448;WS=9850430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	10205067	rs2008528	C	T	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=98;NR=114;PP=2965;SC=CCTCTCAGTCCGATTATGAGG;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=212;WE=10205075;WS=10205057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	10214628	rs2074867	C	T	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=138;PP=2965;SC=CAGGGATGGGCGATTCATTCA;SOR=1.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=78;TCR=138;TR=216;WE=10214636;WS=10214618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	10216442	rs4239113	C	A	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.300;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TGTCCTCGGGCCCCCTCTGCT;SOR=0.452;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=99;TCR=79;TR=177;WE=10216450;WS=10216432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr17	10216510	rs4791401	G	A	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=87;PP=2965;SC=GCTGAATGGCGTCCGTCTCGT;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=175;WE=10216518;WS=10216500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	10219366	rs2240577	C	T	5873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=112;PP=2965;SC=AAAGTCAACACGAATGGGAAG;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=92;TCR=112;TR=204;WE=10219374;WS=10219356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	10219470	rs2240578	A	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=831;SC=AACAAAAAAAAGTTCAGTTTC;SOR=3.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=10219478;WS=10219460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	10222061	rs2074872	G	A	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=15;PP=1686;SC=GCAGGTGGCCGTCGGCTGCCT;SOR=2.570;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=79;WE=10222069;WS=10222051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	10223714	rs2074877	T	C	7643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=143;NR=125;PP=2965;SC=TCTAGATCCATAATGGATTCC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=143;TCR=125;TR=268;WE=10223722;WS=10223704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr17	10227708	rs3826442	C	T	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=34;PP=898;SC=CACACATGCACGCACATGTGC;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=34;WE=10227716;WS=10227698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	10231498	rs2277645	A	C	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=62;PP=1782;SC=CTGCACCCCCAACCTGTCCCC;SOR=3.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=11;TCR=62;TR=73;WE=10231506;WS=10231488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	10235360	rs8064714	G	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=759;SC=GATCAGCTAAGAAGCAGCCCA;SOR=4.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=10235368;WS=10235350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	10236443	.	T	C	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TTCCTGCAAATCCGGATGCCC;SOR=0.624;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=153;TCF=82;TCR=71;TR=76;WE=10236451;WS=10236433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr17	10236465	rs2240579	G	A	5930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=80;PP=2682;SC=CGAGGACCCCGTTACAGCGCA;SOR=0.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=153;WE=10236473;WS=10236455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	10243589	rs4445936	C	A	9909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=161;NR=181;PP=2965;SC=CATTTAGCAACTGCCATTTCA;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=161;TCR=181;TR=342;WE=10243597;WS=10243579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr17	10243717	rs3760423	G	A	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=46;PP=1315;SC=CTCCGGAGTCGCCTGGAGACA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=59;WE=10243725;WS=10243707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	10247544	rs12453187	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=942;SC=CTGGCATGTACGCTCGGTGAG;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=10247552;WS=10247534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	10249888	rs34168540	G	GA	2933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=9;PP=2818;SC=CTCTTAATGTGAAAGCTGATT;SOR=3.467;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=67;WE=10249896;WS=10249878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	10254197	rs2108568	A	G	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=71;PP=2219;SC=TGGGTGGGTGAAGACTATGGG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=95;WE=10254205;WS=10254187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	10258153	rs3214260	GT	G	8096.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=59;PP=2988;SC=ACTCTGGGTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=110;WE=10258163;WS=10258143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	10258155	rs5010940	T	C	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=58;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.032;SC=TCTGGGTTGTTTTTTTTTTCC;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=104;TCR=68;TR=149;WE=10258163;WS=10258143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr17	10317831	rs4791406	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=20;SC=TCGAGTTTGAAAAAAGTATCA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WS=10317821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	10317842	rs4791407	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=565;SC=AAAAGTATCAATGCTTCTGAG;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=10317850;WS=10317821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	10317940	rs4791408	A	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=145;SC=AATTGCAGATAGACAGTGATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=10317948;WS=10317930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	10318636	rs8068729	A	G	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=47;PP=2248;SC=CATTCCTCACAGTTTTGGCAT;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=124;WE=10318644;WS=10318626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	10319148	rs7216301	A	G	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.10;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	10346781	rs3744554	T	C	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=55;PP=2597;SC=GCCCGTTCCTTGGCCTCCTCC;SOR=1.213;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=102;TCR=55;TR=157;WE=10346789;WS=10346771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	10348354	rs2277649	T	C	7160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=113;PP=2965;SC=CTCAGCCTCATCCAGACGGAG;SOR=0.863;Source=Platypus;TCF=115;WE=10348362;WS=10348344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	10348705	rs3833153	A	AGAAGC	2798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.381;NF=5;NR=49;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GAAAGAGAAGAGAAGCACATT;SOR=1.212;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=54;WE=10348718;WS=10348695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr17	10355763	rs917361	T	C	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=89;PP=2965;SC=TTTGTAGCTGTATTGCAAGGG;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=65;TCR=89;TR=154;WE=10355771;WS=10355753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	10356816	rs3744557	C	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=624;SC=CAAGTAAGTACATTGAGGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=22;WE=10356824;WS=10356806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	10357281	rs3826444	T	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=38;PP=1012;SC=AGGTGGAAATTTCAGTGACTA;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=10357289;WS=10357271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	10359782	rs970292	A	G	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=64;PP=2965;SC=ATTTATCTGTAATTCAAGAAT;SOR=1.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=137;TCR=64;TR=201;WE=10359790;WS=10359772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	10362746	rs2058099	A	G	7123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.093;NF=103;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.197;SC=GAACTACAGAACAAGATAAAT;SOR=1.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=104;TCR=141;TR=243;WE=10362754;WS=10362734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr17	10363410	rs3744561	A	G	10893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.94;NF=218;NR=178;PP=2965;SC=CACCCACTGCATTGTACACCT;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=396;TCF=218;TCR=178;TR=396;WE=10363418;WS=10363400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr17	10364191	rs1029665	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=0;PP=773;SC=AAGTTCACTATGTCAGCTTTG;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=10364199;WS=10364181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	10399897	rs3744563	A	G	12494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=192;NR=250;PP=2965;SC=ACATTAGTAGAGTAATGGAAG;SOR=0.994;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=442;TCF=192;TCR=250;TR=442;WE=10399905;WS=10399887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr17	10400963	rs723903	C	G	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=27;PP=2879;SC=TGAGAACAGCCCTCAGATGGT;SOR=2.885;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=114;TCR=27;TR=139;WE=10400971;WS=10400953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	10404118	rs72816758	A	G	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=85;PP=2894;SC=AGTTGGACCAAAGAAAGTTTC;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=65;TCR=87;TR=150;WE=10404126;WS=10404108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	10411335	rs68047947	G	GT	781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	10411370	rs4791995	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=23;PP=510;SC=GTTTCACTCTTGGTTGCCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=10411378;WS=10411360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	10411397	rs4791996	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.59;QD=22.27;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	10411632	rs35152572	A	G	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=6;PP=1152;SC=TCTGGCCTCTAGTTATGTTTT;SOR=3.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=46;WE=10411640;WS=10411622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	10415840	rs2007027	A	G	10209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=161;PP=2965;SC=CATCTGAAGTAAAGCCCAGAA;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=190;TCR=161;TR=351;WE=10415848;WS=10415830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr17	10424897	.	CAT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=149;ReadPosRankSum=0.076;SC=TTATTGATGTCATATATATAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=5;WE=10424906;WS=10424887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr17	10426343	rs7223755	C	T	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=337;SC=ACAGCTTGTTCACTACAAGAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=10426351;WS=10426333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	10435325	rs11379780	G	GA	966.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=1023;SC=ACATGCAGATGAAAAAATTCT;SOR=5.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=31;WE=10435333;WS=10435315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	10439862	rs376346567	C	T	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=44;PP=1932;SC=AAAGGGCAGACACTGTCTGGA;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=107;WE=10439870;WS=10439852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	10532884	rs12940161	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=2;PP=519;SC=CAGTCCCTGGGGGGGGGCTCC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=10532892;WS=10532874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	10533595	rs3216886	C	CT	4832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=64;PP=2969;SC=GGGGTTCCTCCTGCACACACC;SOR=0.838;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=25;TCR=67;TR=89;WE=10533603;WS=10533585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	10536018	rs2285479	G	A	9357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=167;PP=2965;SC=CCTTCTCGGCGATCTTTCTAT;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=320;TCF=153;TCR=167;TR=319;WE=10536026;WS=10536008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr17	10536184	rs2285478	A	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=37;PP=1069;SC=CAAAACTTCAATGGAATAGTC;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=10536192;WS=10536174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	10541515	rs2285477	C	T	5571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=97;PP=2965;SC=TTCCTCAGCGCGGCCACCATG;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=93;TCR=97;TR=190;WE=10541523;WS=10541505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	10542471	rs2285475	T	G	6568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=114;PP=2965;SC=CCAGGTCTACTCGGAGCTTCT;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=115;TCR=114;TR=229;WE=10542479;WS=10542461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	10542765	rs2285474	A	G	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=46;PP=1589;SC=CATCTAACCCAGAGAGTTCCT;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=10542773;WS=10542755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	10542803	rs2285473	T	C	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=38;PP=1521;SC=TAAGAAGAATTCGCAAGCAAT;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=75;WE=10542811;WS=10542793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	10542886	rs2285472	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=24;PP=1085;SC=CCTTGTTCTCTGTGGCATGCT;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=55;WE=10542894;WS=10542876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	10543183	rs2285471	A	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=857;SC=CCAGTATTTCACTATATATGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=10543191;WS=10543173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	10543218	rs2285470	A	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=14;PP=644;SC=CATTTCAACTAAAAAGCAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=10543226;WS=10543208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	10543281	rs138188093	TAA	T	725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.459;QD=29.03;ReadPosRankSum=1.218;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr17	10543463	rs2285469	T	C	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=55;PP=2965;SC=TCTCAGTCTCTGCACTCTTGA;SOR=1.361;Source=Platypus;TCR=55;TR=159;WE=10543471;WS=10543453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	10544018	rs876660	T	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=62;PP=1433;SC=ATTGTAGACATGGAAATCATC;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=12;TCR=62;TR=74;WE=10544026;WS=10544008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	10544416	rs876657	G	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=547;SC=GTTTAAAATCGCCATAGAGAA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=10544424;WS=10544406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	10544696	rs3216884	GA	G	2082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=56;PP=1104;SC=TTTCCTAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=58;WE=10544704;WS=10544686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	10545432	rs3216883	C	CAGTA	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=453;SC=CACTTCACCTCAGTGACAGTA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=10545440;WS=10545431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	10546130	rs2285468	T	G	9402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=163;NR=154;PP=2965;SC=ACGGTGGGGATGGAACTGGAT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=163;TCR=154;TR=317;WE=10546138;WS=10546120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr17	10549184	rs2239933	G	A	9892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=194;NR=152;PP=2965;SC=AGGGCAGCACGTCAGTCAGTT;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=194;TCR=153;TR=346;WE=10549192;WS=10549174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr17	10550845	rs142213434	TTTTTG	T	958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=908;SC=CCCCCTAAAATTTTTGTTTTG;SOR=2.925;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=21;WE=10550857;WS=10550835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	10553046	rs1989810	A	G	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=49;PP=1545;SC=CAAGTCTGTTAGTATAAACAG;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=10553054;WS=10553036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	10555028	rs2285466	G	A	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=73;PP=1953;SC=GTATGTATGTGCATATGGAAA;SOR=1.652;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=117;TCF=36;TCR=81;TR=109;WE=10555036;WS=10555018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	10555049	rs138453847	TTTA	T	1104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.09;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	10595388	rs2520178	A	G	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=131;PP=2965;SC=AGGTGTTTTGAAAGCAGATGG;SOR=1.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=67;TCR=132;TR=198;WE=10595396;WS=10595378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	10633245	rs202312	T	C	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=36;PP=1366;SC=CGGTCCGCCTTCCTCCTTGCG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=82;WE=10633253;WS=10633235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	10633321	.	C	CG	1732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=839;SC=CGTCGCTCCGCCCGGGGGCGG;SOR=1.364;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=10633329;WS=10633311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	11511412	rs4792156	A	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=5;PP=653;SC=GAATTGGAACACCTGCCTTTC;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=11511420;WS=11511402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	11513661	rs2191072	C	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=15;PP=1027;SC=ATTTTCACGCCTCAGGGTTTT;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=11513669;WS=11513651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	11522764	rs10852799	G	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=10;PP=826;SC=TATTATCCTCGTGAAAAATAT;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=11522772;WS=11522754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	11523082	rs9892256	A	G	4379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=100;PP=2965;SC=TTCCTGGGACAACTGCACGTG;SOR=1.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=50;TCR=100;TR=150;WE=11523090;WS=11523072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	11555990	rs4792159	T	C	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=175;SC=CACTCGCAAGTATTAAATCCC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=11555998;WS=11555980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	11583089	rs8071438	T	C	7159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=169;NR=79;PP=2965;SC=CCAACCTGGATGCGTTTATAA;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=169;TCR=80;TR=248;WE=11583097;WS=11583079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	11604598	rs7214186	T	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=414;SC=TCCTCCATGGTTGGGGCTGTC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=11604606;WS=11604588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	11622494	rs12945437	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=1105;SC=TTGCCCGCTAAAGAGTCCTCC;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=11622502;WS=11622486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	11648332	rs3744578	C	T	10176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=191;PP=2965;SC=GAGACCCCAACTTCGAAGCTT;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=172;TCR=192;TR=362;WE=11648340;WS=11648322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr17	11648444	rs3744580	T	C	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=83;PP=2671;SC=ATCTCTTACTTATTGTCCAGG;SOR=1.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=34;TCR=83;TR=117;WE=11648452;WS=11648434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	11660722	rs11078030	G	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=392;SC=CCATTTACCCGCTCACATCTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=11660730;WS=11660712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	11701224	rs77238283	C	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=663;SC=GCTCCGGCTTCTGCCTTAAAA;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=11701232;WS=11701214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	11757556	rs12449553	C	G	9814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=179;PP=2965;SC=TGCAAGACCCCGAGTTCAATC;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=174;TCR=179;TR=353;WE=11757564;WS=11757546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr17	11778577	rs11396360	G	GC	4121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=73;PP=2936;SC=CAGATTTTAAGCCCAGTGAAT;SOR=1.812;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=9;TCR=79;TR=82;WE=11778585;WS=11778567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	11786951	rs8070256	T	C	5085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=80;PP=2965;SC=CCTGAAAACGTTGGAAGACAG;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=165;WE=11786959;WS=11786941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	11787936	rs11868929	A	G	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=86;PP=2965;SC=TGGGTAAGACAGATAAACCAG;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=64;TCR=86;TR=150;WE=11787944;WS=11787926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	11787975	rs11078042	T	C	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=62;PP=2120;SC=TGAGGGACAGTTGAGGTTGGA;SOR=1.499;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=98;WE=11787983;WS=11787965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	11806266	rs3815269	T	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=239;SC=AGCATAGGCATGGGGCAAGGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=11806274;WS=11806256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	11827353	rs2286300	T	C	6596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=105;PP=2965;SC=CTTCTCCCCATCTGTCCTTTC;SOR=1.475;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=58;TCR=105;TR=163;WE=11827361;WS=11827343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	11827368	rs2286301	T	G	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=80;PP=2459;SC=CCTTTCACACTCTTGTCCCCT;SOR=1.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=37;TCR=80;TR=117;WE=11827376;WS=11827358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	11894428	rs139692409	G	A	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=59;PP=2098;SC=TTGGCAGCTTGGAGATTCCAT;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=102;WE=11894436;WS=11894418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	12620761	rs12944823	A	G	9271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=170;PP=2965;SC=GAAATCAGACACCAAGAGATG;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=152;TCR=170;TR=322;WE=12620769;WS=12620751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr17	12620897	rs12602716	G	A	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=34;PP=931;SC=TCTAGGCCACGTAGATACCCA;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=12620905;WS=12620887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	12647490	rs12709295	T	C	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=116;NR=71;PP=2965;SC=TTTCCTCATCTTCTTTGCAGT;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=117;TCR=72;TR=187;WE=12647498;WS=12647480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	12664177	rs16946572	T	C	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=37;PP=1279;SC=TCTCGCACATTTTTAGAGCTG;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=12664185;WS=12664167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	12799985	rs2302068	G	A	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=90;PP=2652;SC=TTTTCTGTGGGGTAATGACCC;SOR=2.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=26;TCR=90;TR=116;WE=12799993;WS=12799975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	12820421	rs35221864	T	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=638;SC=GGACACTCCATCTATATAAAA;SOR=3.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=12820429;WS=12820411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	12820632	rs12451747	A	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=552;SC=CAGAGAAGCCAGTAGCATGGC;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=12820640;WS=12820622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	12832063	rs1317990	G	T	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=227;SC=AGCAGTTGACGCATGGAAATA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=12832071;WS=12832055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	12852392	rs2072255	G	A	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=65;PP=2965;SC=GGCAGTTGCGGGGTCTCTGCG;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=95;TCR=65;TR=160;WE=12852400;WS=12852382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	12852459	rs2072254	A	G	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=72;PP=2650;SC=GTTGGTAGGGACTCTTCCGAG;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=144;WE=12852467;WS=12852449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	12855719	rs2072253	G	A	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=36;PP=2965;SC=GTCAGTTACAGTGGTTGGTAT;SOR=2.422;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=120;TCR=36;TR=155;WE=12855727;WS=12855709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	12897293	rs9915058	A	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=634;SC=TAGCCAGCACAATCTCCCCTG;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=24;WE=12897301;WS=12897283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	13446837	rs73294029	G	A	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=169;SC=CATTATGGCTGTTTTTAAATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=13446845;WS=13446827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	13446924	rs9913045	G	A	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=17;PP=990;SC=GACAAAAACCGCGATTACTTT;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=13446932;WS=13446906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	13972811	rs6502330	G	A	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=630;SC=GCCGGAAGTGGCGGCCCGGAA;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=13972819;WS=13972801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	13977813	rs143814384	C	CTTTA	3144.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=42;PP=2296;SC=TACTTTCTGCCTTTTTCTCTG;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=44;WE=13977821;WS=13977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	13980350	rs2072279	G	A	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=115;PP=2965;SC=ATTTTGGCTCGACTATCCAAA;SOR=1.919;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=50;TCR=115;TR=165;WE=13980358;WS=13980340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	14005373	rs1017076	C	T	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=31;PP=1858;SC=TTTTGTCGTTCTGGCCTTTAC;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=93;WE=14005394;WS=14005363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	14005386	rs2108683	T	C	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=42;PP=2169;ReadPosRankSum=0.380;SC=GCCTTTACAGTTGGGACTCCT;SOR=0.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=70;TCR=42;TR=112;WE=14005394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr17	14005439	rs2159132	G	A	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=60;PP=2442;SC=TCGCAGCTCTGGTTGTAAGTA;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=127;WE=14005447;WS=14005429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	14063389	rs7212977	G	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=25;PP=694;SC=AAGAAACAAAGTGATATGGAA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=14063397;WS=14063379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	14095309	rs2230354	A	G	6238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=83;PP=2965;SC=TTTCCAGCCCATTGCTAGCTG;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=157;TCR=83;TR=239;WE=14095317;WS=14095299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	14095566	rs151441	T	C	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=6.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=84.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-10.046;NF=93;NR=74;PP=2844;ReadPosRankSum=1.155;SC=TGGAGTCTCATATGAGCACAC;SOR=1.706;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=414;TCF=166;TCR=248;TR=167;WE=14095574;WS=14095556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,74:0.25:294
chr17	14095639	rs373313742	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=42.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.33;MQRankSum=-1.828;QD=2.06;ReadPosRankSum=-4.747;SOR=2.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,57:0.19:299
chr17	14095682	rs2158978	T	C	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=121;PP=2965;SC=GACTGAAATTTTGTGGACGCA;SOR=0.904;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=81;TCR=123;TR=202;WE=14095690;WS=14095672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	14139191	rs148329066	C	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.42;QD=30.67;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	14139565	rs4791563	T	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=10;PP=628;SC=ACGCTTTCAGTTCCAGGGTTA;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=14139573;WS=14139555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	14139774	rs4791564	C	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.75;QD=28.85;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	14139891	rs62052131	A	C	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=70;PP=1958;SC=CACCTCACCAAGTGTCTGTGC;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=124;WE=14139899;WS=14139881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	14140103	rs4792453	A	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=19;PP=515;SC=CACTCCCTCCATTCCTGAAGC;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=14140111;WS=14140093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	14673431	rs72815721	C	A	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=27;PP=1729;SC=ACAGCTGGGCCAGTGACAGAG;SOR=1.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=90;WE=14673439;WS=14673421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	15134175	rs13422	T	G	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=64;PP=2965;SC=CTGCTTTCTGTTTTCCCTTCC;SOR=1.159;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=108;TCR=64;TR=171;WE=15134183;WS=15134165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	15142755	rs3744333	G	A	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.91;NF=123;NR=82;PP=2965;SC=GATGCACCCCGCTTCCACATG;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=123;TCR=82;TR=205;WE=15142763;WS=15142745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	15154966	rs66507245	T	A	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=67;PP=2163;SC=TGGGGGCCACTTGTGTGTGGA;SOR=1.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=110;WE=15154974;WS=15154956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	15155057	rs3826362	C	T	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=31;PP=881;SC=AGCCTTCTCTCGGGCACCAAA;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=15155065;WS=15155047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	15162389	rs231020	T	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=1112;ReadPosRankSum=0.084;SC=GACAAGCTCATGGAGCACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=60;WE=15162397;WS=15162379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr17	15207364	rs13961	T	G	7608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CATACTCGAGTGTGGCTTTGA;SOR=0.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=151;TCR=113;TR=262;WE=15207372;WS=15207354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr17	15217389	rs230897	G	A	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=31;PP=2965;SC=CAGCCGTGGCGTGTGCCTGAC;SOR=2.761;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=155;TCF=124;TCR=31;TR=154;WE=15217397;WS=15217379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	15217437	rs230898	C	G	9917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=130;PP=2965;SC=GCGGAAGTAGCCGACACCGTC;SOR=1.323;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=353;TCF=223;TCR=130;TR=352;WE=15217445;WS=15217427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr17	15222535	rs11387328	C	CA	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=618;SC=AACAATGTAACAAACATCAAT;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=15222543;WS=15222525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	15231266	rs230901	A	G	15356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=322;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=0.658;SC=ACATACATTTACAACTAAGCT;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=548;TCF=322;TCR=226;TR=546;WE=15231274;WS=15231256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,560:1.00:561
chr17	15342590	rs10707095	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=7.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,16:0.15:105
chr17	15343524	rs71150251	C	CCTT	12085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=72;PP=2967;SC=CCCAACCCTACCTTCTTTCTT;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=41;TCR=82;TR=109;WE=15343532;WS=15343514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr17	15406123	rs71974269	CCTCT	C	1764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=41.04;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	15492409	rs151442	T	C	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.33;MQRankSum=-2.553;QD=31.90;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=3.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr17	15492426	rs28445278	C	T	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=14.373;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.97;MQRankSum=0.356;QD=28.40;ReadPosRankSum=1.140;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,76:0.95:80
chr17	15584256	rs181088462	C	T	5603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.09;QD=27.60;SOR=1.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	15604395	rs77257979	TG	CA	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=4;PP=2947;SC=TATGTTGAAGTGGTTTTTAGA;SOR=5.136;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=56;TCR=6;TR=57;WE=15604404;WS=15604385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	15604444	rs4792655	A	G	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=60;PP=2965;SC=AGGTCTCATCATTACTGCTTT;SOR=1.729;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=129;TCR=60;TR=189;WE=15604452;WS=15604434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	15607777	rs62071718	A	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=41;PP=2353;SC=GACGGGCCCGAGCCGCATACT;SOR=1.196;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=119;WE=15607785;WS=15607767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	15620481	rs2530064	C	T	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.208;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.89;MQRankSum=-1.984;QD=27.85;ReadPosRankSum=2.214;SOR=2.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,121:0.98:123
chr17	15620647	rs61435333	G	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.64;QD=27.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	15620679	rs58734516	G	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.82;QD=26.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	15640647	rs199719997	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.64;MQRankSum=0.524;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr17	15640815	rs201215351	A	G	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.85;QD=22.91;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	15643382	rs11429009	A	AC	9242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;MQRankSum=-0.617;QD=22.65;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:21,387:0.95:408
chr17	15644392	rs7222367	T	C	3574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=46;PP=2667;SC=GTGGCCTCAGTCCTCCTAGGT;SOR=1.397;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=128;WE=15644400;WS=15644382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	15668330	rs2955833	G	C	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=86;PP=2965;SC=TGCTTTTGGGGTGGAATTCCT;SOR=0.796;Source=Platypus;TCF=87;WE=15668338;WS=15668320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	15668720	rs935147	C	G	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.04;QD=29.10;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	15668775	rs1814454	A	G	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=54;PP=2683;SC=TCTCTCATTCACTAGAACCAC;SOR=1.279;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=96;TCR=54;TR=149;WE=15668783;WS=15668765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	15690210	rs376068178	AC	A	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.26;QD=29.87;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	15884227	rs2286796	A	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=6;PP=642;SC=CTGAAGACAAAGACAAAAAAC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=15884235;WS=15884217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	15884561	rs10491104	C	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=39;PP=1041;SC=CAAATTGCACCGAGAAGAACT;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=40;WE=15884569;WS=15884551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	15903602	rs758853	C	A	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=19;PP=523;SC=GCGCGGTAGCCTTTGTGAGCG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=15903610;WS=15903592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	15905190	rs3760298	A	G	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.07;NF=108;NR=32;PP=2965;SC=TGCATCTACTATATGTTTCAT;SOR=2.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=108;TCR=32;TR=140;WE=15905198;WS=15905180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	15909728	rs3760297	A	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=228;SC=CCATCTCAACAGAAGGAAGAA;SOR=3.767;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=15909736;WS=15909718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	15928584	rs2301652	T	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=35;PP=1033;SC=CAGCAGATGGTCCTAGATCCT;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=15928592;WS=15928574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	15928600	rs2301651	G	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=851;SC=ATCCTCCTTGGTCCCCAGTCT;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=15928608;WS=15928590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	15930087	rs35168566	G	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=795;SC=GATTTGTGAAGTGGTATGTAG;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=30;WE=15930095;WS=15930077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	15943910	rs1075901	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=33;PP=940;SC=TTTTTATTTTTCATGATCTCA;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=15943918;WS=15943900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	15950198	rs1079533	G	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=2;PP=1040;SC=TTACAGGAGAGGCAACACTGG;SOR=5.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=15950206;WS=15950188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	15961951	rs2157991	A	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=41;PP=1164;SC=AACTAATCCCAGGAAAAGTTT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=15961959;WS=15961941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	15961993	rs2157990	T	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=506;SC=CCTGTAGCATTTTTTCAATTC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=15962001;WS=15961983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	15964636	.	T	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-2.076;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr17	15968143	rs2285583	T	C	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=22;PP=2326;SC=AATGTAAACATGATGGTTCTA;SOR=2.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=91;TCR=22;TR=113;WE=15968151;WS=15968133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	15973844	rs12942295	A	T	6579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=140;PP=2965;SC=TGTGCCCTAAAGGGAAAGAAA;SOR=1.245;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=90;TCR=140;TR=230;WE=15973852;WS=15973834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	15977005	rs11078330	A	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=730;SC=CTTAACCTACAATAAAATATG;SOR=4.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=15977013;WS=15976995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	16004537	rs62073621	G	A	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=834;SC=GAGTAAGCACGGGGAGGACTT;SOR=3.500;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=16004545;WS=16004527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	16005187	rs2285580	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=596;SC=AGAAACCATGTTTGAAAGTAG;SOR=4.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=16005195;WS=16005177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	16041578	.	TA	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr17	16041636	rs2875265	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=547;SC=TGGTGGCTCATGCCTGTAATC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=16041644;WS=16041626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	16046845	rs2285579	A	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=631;SC=TACATACAAAAAAACCCTTAG;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=16046853;WS=16046835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	16049626	rs11078333	A	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.39;QD=24.61;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	16052606	rs71299857	C	CATATAT	232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.79;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	16185248	rs3785626	T	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=528;SC=ATGCAACCTGTAAGACCCATC;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=16185256;WS=16185238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	16221271	rs56228407	A	AC	1883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=35;PP=1401;SC=CCTGCCCCAGACCCCTGTCTC;SOR=2.342;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=35;WE=16221279;WS=16221261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	16221319	rs9890539	T	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=620;SC=TAACTGAAGGTTTTTCACAGT;SOR=4.255;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=16221327;WS=16221309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	16229232	rs15739	A	G	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=61;PP=2124;SC=GGGTTTTCAGATCCAAGGAAC;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=115;WE=16229240;WS=16229222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	16246016	rs7477	A	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=654;SC=GACCCTAGTCAACGGAACCAG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=16246024;WS=16246006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	16248083	rs9907546	T	A	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=2.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	16251859	rs2286666	A	G	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=28;PP=1636;SC=GCATGCTAACAGTTGGGTGGG;SOR=1.496;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=95;WE=16251867;WS=16251849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	16256240	rs3095172	C	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=650;SC=AGGCTCAGAGCTGAAAGGCGC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=16256248;WS=16256234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	16323589	rs4273076	C	A	11901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.153;NF=126;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.072;SC=GGATCCAAGGCTAGGCATCCT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=128;TCR=169;TR=294;WE=16323597;WS=16323579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,311:1.00:312
chr17	16323608	rs68189233	ATAGT	A	9969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.215;NF=13;NR=117;PP=2957;ReadPosRankSum=0.061;SC=CTGTGAGCTGATAGTTAGGTG;SOR=1.265;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=145;TCF=13;TCR=132;TR=130;WE=16323619;WS=16323598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr17	16325968	rs8121	A	G	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=90;PP=2965;SC=TTAAGGACGGAGTCAATGCCT;SOR=1.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=150;TCR=90;TR=240;WE=16325976;WS=16325958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	16326005	rs1129235	A	C	9377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=204;NR=127;PP=2965;SC=GCAGATCGACAGGGACTCTGG;SOR=1.149;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=332;TCF=204;TCR=128;TR=331;WE=16326013;WS=16325995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr17	16326253	rs7225104	G	T	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=59;PP=1772;SC=AGTAAGGCCTGGTTCAAGGTC;SOR=1.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=89;WE=16326261;WS=16326243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	16331820	rs4792742	T	C	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=78;PP=2421;SC=GAAGTCGGGATCTGTGTACAG;SOR=2.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=22;TCR=78;TR=100;WE=16331828;WS=16331810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	16335191	rs34786363	C	A	12859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=258;NR=218;PP=2965;SC=GCCCCCTCCCCCTTCCCCACG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=479;TCF=259;TCR=220;TR=476;WE=16335199;WS=16335181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr17	16336828	rs7213055	G	A	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=62;PP=2965;SC=CTTGCCTTGTGTGCCTTTGCC;SOR=1.411;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=123;TCR=62;TR=184;WE=16336836;WS=16336818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	16336992	rs14039	C	G	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=89;PP=2696;SC=ATGGCAGCCCCGATGAGCGCT;SOR=1.339;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=58;TCR=91;TR=147;WE=16337000;WS=16336982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	16340316	rs7214366	A	C	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=34;PP=1069;SC=TTCACTAACTAACTCTTCTGG;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=16340324;WS=16340306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	16340405	rs7215836	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=277;SC=GGTCTGTGTATGGGACTAGGT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=16340413;WS=16340395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	16342813	rs4072454	T	C	9176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=165;PP=2965;SC=GGAAGACTTATTCGACTGTCC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=153;TCR=165;TR=318;WE=16342821;WS=16342803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr17	16344314	rs55710649	A	ACT	12404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=76;PP=2957;SC=TCATTAATTGACTGTCATCAG;SOR=1.162;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=138;WE=16344322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	16344600	rs4617905	TG	CC	14421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=128;PP=2947;SC=GGTGAACCTATGGTTTTCTGA;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=171;TCR=131;TR=297;WE=16344609;WS=16344590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr17	16344875	rs9251	C	T	275.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=258;SC=TCATTACATTCTTGAGTTTTT;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=16344883;WS=16344865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	16346932	rs4792745	G	T	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=48;PP=2375;SC=CAGTCTCCTTGCCCTCATGGT;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=132;WE=16346940;WS=16346922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	16347567	rs4438345	T	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=674;SC=AACACTTGGATGTCGGATGCC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=16347575;WS=16347557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	16350156	rs1009237	T	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=23;PP=1671;SC=TCTACCCAGGTAGAGCCCCTC;SOR=2.185;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=81;WE=16350164;WS=16350146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	16350239	rs2882581	A	G	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.36;SOR=3.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	16351592	rs2351084	T	C	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=97;PP=2587;SC=CCATGATCCCTGCCACTCCCC;SOR=1.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=43;TCR=97;TR=139;WE=16351606;WS=16351582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	16365460	.	TGTCCTCCTTGGGCCTGTCTGCCA	T	2426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=2923;SC=AGGACGGGCTTGTCCTCCTTG;SOR=4.294;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=20;WE=16365490;WS=16365450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	16734809	rs2688010	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.70;QD=25.08;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	16734869	rs62074145	A	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.26;QD=23.46;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	16842912	rs11078355	A	G	8579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=169;PP=2965;SC=TGCCAAGGCCACTGTCTGGGA;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=324;TCF=155;TCR=169;TR=324;WE=16842920;WS=16842902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr17	16852206	rs35062843	A	C	7921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=127;PP=2965;SC=CACATTGCTTAGGGTGCTGTC;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=144;TCR=127;TR=271;WE=16852214;WS=16852196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	16852379	rs372618003	TAA	T	4128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=70;PP=1460;SC=ACATCAAAGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.250;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=92;TCF=3;TCR=89;TR=73;WE=16852389;WS=16852369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	16855878	rs8072293	C	T	9961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=186;NR=185;PP=2965;SC=TAGCCACCCCCGTCCACAGGC;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=372;TCF=187;TCR=185;TR=371;WE=16855886;WS=16855868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr17	16892265	rs9907308	G	A	7003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=165;NR=85;PP=2965;SC=AGGGATGAATGTGATGCAATG;SOR=1.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=165;TCR=85;TR=250;WE=16892273;WS=16892255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	16892334	rs57096150	C	T	10112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=197;NR=176;PP=2965;SC=CAGCAACGAGCGCGGACAGGC;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=198;TCR=176;TR=373;WE=16892342;WS=16892324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr17	16960911	rs7223686	A	G	17799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=380;NR=280;PP=2965;SC=TACGCTGTTCATCACTGTTAC;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=662;TCF=381;TCR=281;TR=660;WE=16960919;WS=16960901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,683:1.00:683
chr17	16960978	rs6502557	G	A	25417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=958;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=442;NR=496;PP=2965;SC=GAAATGAAACGTGGAGCTCAC;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=939;TCF=442;TCR=497;TR=938;WE=16960986;WS=16960968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,954:1.00:954
chr17	16978834	rs4078062	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=355;SC=TCTCCACCCCGGATGCTGCAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=16978842;WS=16978824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	17030331	rs74521076	C	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=726;SC=CTGAGCACAGCAGAAATCAGG;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=17030339;WS=17030321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	17035036	rs2271520	A	G	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=87;PP=2670;SC=GGTTTGCCAGATGGCATCCCC;SOR=1.172;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=67;TCR=87;TR=154;WE=17035044;WS=17035026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	17039561	rs3833098	CCAG	C	2913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.251;NF=14;NR=58;PP=2995;ReadPosRankSum=1.180;SC=GTGGCTGTTACCAGCAGCAGC;SOR=0.500;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=137;TCF=24;TCR=113;TR=72;WE=17039574;WS=17039551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,104:0.97:107
chr17	17046145	rs77888743	C	T	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=23;PP=844;SC=GCACCCCATGCGCCAAGTCCC;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=17046153;WS=17046135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	17046736	rs6502563	T	G	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=6;PP=1870;SC=CTTGCTATGGTGGCTAGGCAG;SOR=4.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=62;TCR=6;TR=68;WE=17046744;WS=17046726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	17050573	rs3744134	G	A	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=74;PP=2965;SC=CCGCCGTGGCGTGGCAGGCAT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=182;WE=17050581;WS=17050563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	17064775	rs5819603	G	GC	5940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=64;PP=2966;SC=CTGAGCAGGGGTGTCTCCCAG;SOR=1.082;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=7;TCR=68;TR=70;WE=17064783;WS=17064765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	17069105	rs3744131	G	A	20120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=315;NR=402;PP=2965;SC=TCAAAGACGTGACCGTGAGGC;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=717;TCF=315;TCR=402;TR=717;WE=17069113;WS=17069095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
chr17	17079636	rs55784627	C	T	6054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=63;PP=2965;SC=GGCTGCCCTGCTCACTGGTGA;SOR=1.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=143;TCR=63;TR=206;WE=17079644;WS=17079626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	17118442	rs34235236	T	C	7238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=86;PP=2965;SC=GGGCAGGCGTTAGCGCGGGGC;SOR=1.160;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=143;TCR=86;TR=228;WE=17118450;WS=17118432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	17120344	rs41424546	C	T	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=34;PP=2265;SC=CAGGCCAATACTGCCCTGCGC;SOR=1.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=79;TCR=34;TR=113;WE=17120352;WS=17120334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	17122286	rs8065572	C	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=1;PP=702;SC=CAGCCCATGACTGGCTCTCCT;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=17122294;WS=17122284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	17124625	rs41400246	C	T	9777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=233;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.652;SC=CCCCACCTAGCTGGGGAACAG;SOR=1.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=234;TCR=110;TR=342;WE=17124633;WS=17124615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,358:0.99:360
chr17	17150952	rs2294155	A	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=706;SC=CACTGTTCACAAGGGTGCTAT;SOR=6.439;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=17150960;WS=17150942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	17152363	rs11336908	GA	G	1498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.001;HP=16;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.323;NF=4;NR=51;PP=677;ReadPosRankSum=0.873;SC=TCTGCAGAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.101;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=72;TCF=8;TCR=64;TR=55;WE=17152374;WS=17152348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,70:0.93:75
chr17	17158128	.	G	GAA	94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;FR=1.0000;HP=23;HapScore=3;MGOF=48;MMLQ=17;MQ=52.31;NF=4;NR=0;PP=94;QD=24.25;SC=ATCTCAAAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=4;WE=17158136;WS=17158118;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:17,4:0.19:21
chr17	17158343	rs117692484	T	A	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=107;PP=2965;SC=CGGCCAGGCGTGGTGGCTCAT;SOR=1.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=58;TCR=107;TR=165;WE=17158351;WS=17158333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	17165012	rs139813720	GA	G	1556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.835;NF=25;NR=22;PP=547;ReadPosRankSum=1.364;SC=TGTCTCTAGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.726;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=47;WE=17165022;WS=17165002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,80:0.90:89
chr17	17168053	rs111722797	A	AT	2833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=22;PP=2195;SC=CCACAAACCTATGGGAGCACT;SOR=1.300;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=48;WE=17168070;WS=17168043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	17168316	rs7219012	A	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=24;PP=664;SC=ATTGATATTAAATCATCACTT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=17168324;WS=17168306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	17179209	rs9892352	A	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=212;SC=TGTGCCAAGAATGTGCCACTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=17179217;WS=17179206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	17179299	rs4985760	C	G	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=22;PP=2094;SC=AGGAAGTGCACAGTGTTCCAT;SOR=2.027;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=74;TCR=22;TR=95;WE=17179307;WS=17179289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	17184399	rs2012954	A	C	8893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=214;NR=115;PP=2965;SC=GATCCAGGCCAGTTCCCGGTA;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=331;TCF=215;TCR=116;TR=329;WE=17184407;WS=17184389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr17	17697093	rs371983878	CCAG	C	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.094;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,26:0.19:138
chr17	17719503	rs7501788	G	T	483.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.35;ReadPosRankSum=-3.130;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr17	17772622	.	GA	G	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.048;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr17	17875407	rs59304093	A	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	17880877	rs7219320	A	G	5510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=83;PP=2965;SC=CCGTGAAGGAAGAATGCGGTG;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=112;TCR=83;TR=194;WE=17880885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	17896090	rs4368210	C	T	6576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=86;PP=2965;SC=TCATCTACCTCCGGCGGTTCA;SOR=1.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=153;TCR=87;TR=239;WE=17896098;WS=17896080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	17896205	rs4584886	C	T	9235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=173;PP=2965;SC=CCTGGACTACCGGCGCATTGA;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=148;TCR=173;TR=321;WE=17896213;WS=17896195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr17	17897739	rs4924832	T	C	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=156;PP=2965;SC=CAAGGTACCGTTCCGGCAGGC;SOR=1.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=76;TCR=156;TR=232;WE=17897747;WS=17897729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	17898243	rs9899355	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=3;PP=713;SC=CTGCCTTCCTCATGGGCCTGT;SOR=2.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=17898251;WS=17898233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	17900990	rs8071238	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=603;SC=TCTCCTGCTGTAGGCCCTCCC;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=24;WE=17900998;WS=17900980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	17919749	rs9913277	G	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=523;SC=CTGGGGAGGCGCTGAAGCAAA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=17919757;WS=17919739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	17932008	rs80251201	A	G	7762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=132;PP=2965;SC=GCAGTTTAAAATAACGTTGAG;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=139;TCR=132;TR=271;WE=17932016;WS=17931998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr17	17960011	rs16960835	C	T	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=38;PP=2602;SC=CATTGACTTCCGTTAGAACAT;SOR=1.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=130;WE=17960019;WS=17960001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	17962351	rs17804843	A	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=34;PP=917;SC=CTACATATTCACTCTAACCAA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=17962359;WS=17962341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	18003648	rs854814	G	A	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=5;PP=1200;SC=TGGACAGCCTGTGAGGGGCTT;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=18003656;WS=18003638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	18003671	rs2272570	T	G	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=19;PP=1979;SC=GGGGTACTCTTCCTAGGTCTC;SOR=2.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=67;TCR=19;TR=86;WE=18003679;WS=18003661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	18005073	rs721669	A	G	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=74;PP=2698;SC=GCTTGAAACCAGGGTTCCAGC;SOR=1.568;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=112;WE=18005081;WS=18005063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	18039263	rs854785	A	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=34;PP=1041;SC=TGGGTCAGGCATGGAGGGGAG;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=18039271;WS=18039253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	18047671	rs11421905	G	GC	1309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=5;PP=1278;SC=CCCCTCACCAGCCTCAGTTTC;SOR=3.442;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=31;WE=18047679;WS=18047661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	18052466	rs4303606	A	G	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=31;PP=2360;SC=GGGTGCAGAAAAAAATTTGGG;SOR=1.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=82;TCR=31;TR=113;WE=18052474;WS=18052456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	18052867	rs2955379	T	C	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=96;PP=2488;SC=ATAGCCTCTTTGACCCTGTGC;SOR=1.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=58;TCR=96;TR=154;WE=18052875;WS=18052857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	18133495	rs2290502	G	A	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=47;PP=1417;SC=GGGCTTCTGCGGAGGTTGGCG;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=18133503;WS=18133485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	18135753	rs2290503	T	C	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=45;PP=2965;SC=TTGGGTGTCTTCCTCACTGTG;SOR=1.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=118;TCR=45;TR=163;WE=18135761;WS=18135743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	18137141	rs2290505	A	G	13502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=229;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GGTGGCTGCCAGCGACATAGC;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=515;TCF=284;TCR=231;TR=512;WE=18137149;WS=18137131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,525:1.00:527
chr17	18139896	rs2746028	G	T	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=17;PP=1342;SC=AACTCGGGTAGCCCTGACATC;SOR=2.035;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=64;WE=18139904;WS=18139886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	18141705	rs2245430	C	T	7054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=91;PP=2965;SC=GAACGTAGGGCGCAAAGCAGG;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=149;TCR=91;TR=240;WE=18141713;WS=18141695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr17	18181546	rs149596894	G	A	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=69;PP=2965;SC=GCTAGCCCTGGGGGGGCCCCC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=100;TCR=70;TR=169;WE=18181554;WS=18181536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	18194362	rs6502645	C	T	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=54;PP=1618;SC=AAGAGGAGTACGAAACTCCCC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=89;WE=18194370;WS=18194352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	18286916	rs112094897	A	AG	2702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=1719;SC=GCCCTCGGGCAGCGGCAGGGC;SOR=1.000;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=35;WE=18286930;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	18286922	rs111736884	A	AG	2503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=1292;SC=GGGCAGCGGCAGGGCGGCAGG;SOR=0.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=18286930;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	18286930	rs200680358	A	AG	2246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.58;QD=46.81;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	18286938	rs145486982	A	AG	2178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=29;PP=1364;SC=GCAGGGCGGCAGGGCGGGAGG;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=18286946;WS=18286928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	18314830	rs62074236	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.379;NF=17;NR=2;PP=242;ReadPosRankSum=-1.889;SC=TTCTTCCTCATCCCGCACCCT;SOR=1.292;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=19;WE=18314838;WS=18314824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr17	18314913	rs62074237	T	C	4050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=7.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-7.167;QD=14.26;ReadPosRankSum=1.372;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,123:0.43:284
chr17	18314964	rs62074238	T	G	6890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-16.181;NF=165;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CCCAATCGTCTTCTTTCCCAG;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=673;TCF=388;TCR=285;TR=284;WE=18314972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:394,283:0.42:677
chr17	18445547	.	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-0.830;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr17	18498059	rs66528329	C	CA	814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.93;MQRankSum=-1.802;QD=33.95;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr17	18498497	rs59933375	G	GA	938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQRankSum=1.377;QD=16.19;ReadPosRankSum=0.200;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr17	18528623	rs34925025	A	G	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=91;PP=2965;SC=AGAAGCCCGAAGACCACTGGT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=92;TCR=91;TR=183;WE=18528631;WS=18528613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	18541296	rs2386412	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.44;QD=31.79;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	18541775	rs9902086	A	G	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.746;NF=33;NR=79;PP=2541;ReadPosRankSum=1.542;SC=GACATGGGGCAACCCCGCAGA;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=33;TCR=80;TR=112;WE=18541783;WS=18541765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr17	18541852	.	ACCCAC	A,AGATGGTGCCCAC	5338.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=7;PP=1345;SC=ACTGAGAGGCACCCACCCAGG;SOR=2.584;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=47;WE=18541876;WS=18541842;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:97
chr17	18541857	.	C	CGATGGTG	5338.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.46;QD=55.04;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	18541868	rs55807264	A	G	6047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=53;PP=2965;SC=CCAGGCCAAAACCATGGGCGC;SOR=1.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=113;TCR=53;TR=166;WE=18541876;WS=18541842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	18542074	rs9908833	G	A	9630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.251;NF=114;NR=212;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GTGGCCCGTGGATGCTGGGTC;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=328;TCF=115;TCR=213;TR=326;WE=18542082;WS=18542064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,340:1.00:341
chr17	18542432	rs201342024	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.28;QD=27.58;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	18542519	rs74452761	T	G	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.24;MQRankSum=-3.958;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.828;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr17	18544392	rs200600755	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	18565143	rs55636053	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.534;NF=22;NR=0;PP=303;ReadPosRankSum=-2.326;SC=TAGATGCATATAGAATTGGTC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=84;TCF=82;TCR=2;TR=22;WE=18565151;WS=18565133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,14:0.19:75
chr17	18602476	rs1969051	A	G	12314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=249;NR=171;PP=2965;SC=GTTTTTGGCAAAATGCTGGCA;SOR=1.067;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=420;TCF=249;TCR=171;TR=420;WE=18602484;WS=18602466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr17	18610134	rs1973459	T	G	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=77;PP=2474;SC=TTGTAAGAGTTGAGCTCTGGC;SOR=1.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=122;WE=18610142;WS=18610124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	18638151	rs9916065	A	G	5693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=86;PP=2965;SC=ATCAGCTGTCAGTTCCTGAAC;SOR=1.079;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=134;TCR=86;TR=220;WE=18638159;WS=18638141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	18643642	rs150131079	T	C	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.04;QD=27.36;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	18647539	rs116483657	G	A	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.97;QD=31.16;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	18647625	rs74502778	T	A	9140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-2.225;NF=263;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.232;SC=ACCGATTCCATCCCTCTATGC;SOR=1.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=402;TCF=264;TCR=138;TR=400;WE=18647633;WS=18647615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,337:0.99:339
chr17	18661953	.	C	CTTAT	120	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=43.23;NF=0;NR=5;PP=120;QD=27.4;SC=ATACCTTCAGCTTTTTTTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=18661961;WS=18661943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,5:0.71:7
chr17	18661956	.	T	A	96.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.41;QD=24.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	18671733	rs10775382	C	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=1;PP=1405;SC=TACCGAGTGACTGGCAGTCAC;SOR=5.709;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=51;TCR=1;TR=52;WE=18671741;WS=18671723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	18694277	rs61075345	G	A	6537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.55;QD=26.68;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	18702220	rs8080471	T	C	15224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=287;NR=289;PP=2965;SC=TGATATTTGCTTTTAGTGCAC;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=577;TCF=288;TCR=289;TR=576;WE=18702228;WS=18702210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr17	18708830	rs55974180	G	GT	2738.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-0.151;QD=16.30;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,136:0.81:168
chr17	18709002	rs59912867	CTT	C	929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.60;QD=42.26;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	18769349	rs2386404	T	C	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=30;PP=867;SC=TATTGTTAAATTTGAAAGCAG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=18769357;WS=18769339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	18770733	rs2305064	G	A	7282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=156;PP=2965;SC=CTATTGAAACGATTTGATTCA;SOR=1.377;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=94;TCR=156;TR=250;WE=18770741;WS=18770723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	18775900	rs4393623	A	G	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=1.648;SC=TGCCAGAAACAAGAGTACAAA;SOR=0.424;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=128;TCR=72;TR=198;WE=18775908;WS=18775890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr17	18776020	rs7503678	A	T	5451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=119;PP=2965;SC=GAGTGTTTAAAATAATGATAG;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=75;TCR=119;TR=194;WE=18776028;WS=18776010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	18793061	rs3803835	C	T	4200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=44;PP=2689;SC=TTCAACTAGCCAAGCATTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=98;TCR=44;TR=142;WE=18793069;WS=18793051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	18793225	rs3826380	A	G	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=89;PP=2965;SC=TTCTGGATCTACTTCTAAGGA;SOR=1.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=161;WE=18793233;WS=18793215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	18814661	rs55971101	T	TTA	2682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.339;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.208;NF=6;NR=86;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CGTTTTTTTTTAGTTGGCAAA;SOR=1.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=6;TCR=88;TR=92;WE=18814669;WS=18814651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr17	18827348	rs145452716	GTTGA	G	3659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=60;PP=2988;SC=TTGTTATTCTGTTGATTGATT;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=3;TCR=91;TR=62;WE=18827359;WS=18827338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	18863105	rs2074276	C	T	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=45;PP=1253;SC=TTGCTATTAGCCCGACTAATA;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=18863113;WS=18863095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	18872337	rs8415	T	C	6136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=133;NR=79;PP=2965;SC=GGAATAACAGTCCCACACAAG;SOR=1.199;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=214;TCF=135;TCR=79;TR=212;WE=18872345;WS=18872327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr17	18874685	rs3071666	C	CGGT	7275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=53;PP=2924;SC=GGGGTCTTTGCGGTCCCGGGG;SOR=0.743;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=95;WE=18874693;WS=18874675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	18874720	rs916823	C	G	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=131;NR=108;PP=2965;SC=GTTTAGAATCCGATGAGGCCC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=132;TCR=108;TR=239;WE=18874728;WS=18874710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	18880268	rs2472715	C	A	9147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=194;PP=2965;SC=GCCTGATCATCATGCCGGGCA;SOR=1.118;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=138;TCR=194;TR=332;WE=18880276;WS=18880245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr17	18882991	rs2472714	T	A	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=62;PP=1861;SC=GAGATTCTGTTTTGGGAACCA;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=118;WE=18882999;WS=18882981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	18916893	rs11652575	T	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=441;SC=GCCCAATGAGTATGGGGACTG;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=18916901;WS=18916883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	18918258	rs28526726	C	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=10;PP=816;SC=CTTGGAGGAGCATGCAAATGG;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=18918266;WS=18918248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	18918510	.	A	ACGGTACGGGGGTGGGGGC	600	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=22;NF=0;NR=18;PP=600;QD=35.7222222222;SC=TGCTGGTGGGACGGTACGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCR=30;TR=18;WE=18918518;WS=18918500;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,18:0.58:31
chr17	18918530	rs9891254	A	G	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=6.628;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.60;MQRankSum=4.904;QD=25.60;ReadPosRankSum=-1.366;SOR=2.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr17	18923818	rs1624825	G	A	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=507;SC=GGGATCCCGAGGCCCCAAGAG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=18923826;WS=18923808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	19188902	.	C	CTGTG,CTG	277.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.08;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.4997,0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6,6;NR=2,2;PP=19,231;SC=GCGTGTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8,8;WE=19188910;WS=19188892;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:7
chr17	19213335	rs2296981	C	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=40;PP=1099;SC=CAGGTCTGCACTGCATTGACT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=19213343;WS=19213325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	19216917	rs3826405	T	C	10818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=191;NR=189;PP=2965;SC=ACACCCAGCGTCCCAGCTGAA;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=191;TCR=189;TR=380;WE=19216925;WS=19216907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr17	19231898	rs7206963	T	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=7;PP=1242;SC=AGTACCCTTTTGATGGCTGTC;SOR=3.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=55;WE=19231906;WS=19231888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	19232078	rs6587220	T	C	10126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=168;NR=187;PP=2965;SC=GGAGCCACCGTACAATCTGTC;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=355;TCF=168;TCR=187;TR=355;WE=19232086;WS=19232068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr17	19233096	rs2296979	T	C	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=88;PP=2761;SC=GAGCCTGAAGTTTCTAATTCT;SOR=2.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=26;TCR=90;TR=114;WE=19233104;WS=19233086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	19240972	rs11652712	G	A	4626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=61;PP=2929;SC=GGCTTCCCGCGGAAGTTTCTC;SOR=1.017;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=96;TCR=62;TR=157;WE=19240980;WS=19240962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	19247075	rs4924987	G	A	5607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=110;PP=2965;SC=TATGGGGGATGGGGGTAAGAG;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=71;TCR=110;TR=181;WE=19247083;WS=19247065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	19265797	rs10445411	C	T	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	19314611	rs739830	T	C	10129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=196;NR=154;PP=2965;SC=CCTCACCTTCTACCTACCGCA;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=197;TCR=154;TR=350;WE=19314619;WS=19314601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr17	19318031	rs1295330	A	G	12303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=196;NR=227;PP=2965;SC=GGTGGGGAAGACATGGGAGGC;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=424;TCF=197;TCR=227;TR=423;WE=19318039;WS=19318021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr17	19319015	rs1295329	C	T	7422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=146;NR=108;PP=2965;SC=CTCCCTGTCACAGGACGTAGC;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=146;TCR=108;TR=254;WE=19319023;WS=19319005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	19437187	rs2252281	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=14;PP=774;SC=TGCGCGGTACTCACTGCCGGC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=19437195;WS=19437177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	19452711	rs2453572	TA	CG	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=1;PP=700;SC=GGGGTTTTACTATGTTAGCCA;SOR=4.680;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=28;WE=19452720;WS=19452706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	19454575	rs2247518	A	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=3;PP=821;SC=GGGCCATAACACCCTGGCCCC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=19454583;WS=19454565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	19454725	rs2247437	G	C	7503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	19454733	rs2247436	G	A	7442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.27;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	19458777	rs2440149	G	C	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=20;PP=1081;SC=GGAGGGTGAGGCTGCTCTGGG;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=19458785;WS=19458767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	19460972	rs1054715	G	A	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.61;QD=29.46;SOR=2.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	19476588	rs2250486	T	C	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=78;PP=1929;ReadPosRankSum=0.586;SC=AATGTGGTTATGGTTTTCTTC;SOR=0.781;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=117;WE=19476596;WS=19476578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr17	19480593	rs35672252	G	GA,GAA	3211.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.412;QD=22.78;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,110,21:0.78,0.15:141
chr17	19561011	rs3841513	GACTGAATT	G	6968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.325;NF=81;NR=62;PP=2978;ReadPosRankSum=-1.138;SC=ATGAATATTTGACTGAATTAC;SOR=0.906;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=184;TCF=107;TCR=77;TR=143;WE=19561026;WS=19561001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr17	19564634	rs1800869	C	G	5454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=120;PP=2965;SC=GCAGTTTTTGCTGACACTACT;SOR=1.597;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=66;TCR=121;TR=185;WE=19564642;WS=19564624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	19568486	rs59755039	CT	C	2873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=62;PP=2442;SC=TGAGGGAGACCTTTTCCTGGT;SOR=1.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=65;WE=19568494;WS=19568476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	19576291	rs71369434	T	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=590;SC=GAGGTGGAGGTTGCAGTGAGC;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=19576299;WS=19576282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	19578873	rs7216	A	T	9633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=175;PP=2965;SC=CTCTCCAGGCAGAATATTACT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=173;TCR=175;TR=347;WE=19578881;WS=19578863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr17	19595585	rs12602112	C	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	19608910	.	CTT	C,CT	320.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.6811;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.548;NF=1;NR=15;PP=231;ReadPosRankSum=-2.166;SC=GACTCAGGGGCTTTTTTTTTT;SOR=0.776;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=16;WE=19608919;WS=19608900;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.47,0.41:17
chr17	19609947	rs12942065	C	G	10962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=237;NR=161;PP=2965;SC=CGCCCCCCATCCTCTTCCACG;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=398;TCF=237;TCR=161;TR=398;WE=19609955;WS=19609937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr17	19642268	rs4646791	T	TG	5331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=33;PP=2966;SC=TGCCCAGCCCTGGGGCCCAGA;SOR=2.173;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=105;WE=19642276;WS=19642258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	19643810	rs3826507	G	A	12101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=196;NR=247;PP=2965;SC=AGAGGTGGGGGCTTCGGGTAA;SOR=1.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=445;TCF=198;TCR=247;TR=443;WE=19643818;WS=19643800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr17	19644226	rs3786036	C	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=598;SC=TGATCCTCCACTCTCTACCTC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=19644234;WS=19644216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	19644472	rs2072330	A	T	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=97;PP=2951;SC=GGATGTAGTCAGGGGCCACGC;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=56;TCR=97;TR=153;WE=19644480;WS=19644462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	19645938	rs887241	A	C	11184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=225;NR=185;PP=2965;SC=AGGACCACTGAGTTCCCTGCA;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=225;TCR=185;TR=410;WE=19645946;WS=19645928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr17	19699358	rs192511	T	C	5078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=68;PP=2965;SC=AATCTATGTTTTACTATTACA;SOR=1.161;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=113;TCR=68;TR=180;WE=19699366;WS=19699348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	19699605	rs10587010	CAT	C	1919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.389;QD=30.96;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,59:0.95:62
chr17	19713740	rs150122	C	T	10067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.244;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GCAGTCCCCACTGGCATATCA;SOR=0.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=375;TCF=183;TCR=192;TR=373;WE=19713761;WS=19713730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,381:1.00:382
chr17	19729495	rs157397	T	C	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=36;PP=1389;SC=GGCTAAAAAATGCTTCTGTAA;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=96;WE=19729503;WS=19729485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	19749952	rs140413803	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr17	19812541	rs203462	T	C	13251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=251;NR=237;PP=2965;SC=TGCTGCATAATGTCACTGACT;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=489;TCF=252;TCR=237;TR=488;WE=19812549;WS=19812531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr17	19835112	rs61749865	C	T	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=37;PP=1423;SC=CGCAATCAGTCAATACCTGAG;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=92;WE=19835120;WS=19835102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	19861458	rs2108978	C	T	8909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=132;PP=2965;SC=CATTTCAAGACGGAGAGAATG;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=172;TCR=132;TR=304;WE=19861466;WS=19861448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr17	20000131	rs4925085	G	T	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=69;PP=2192;SC=AAAATGCACAGGGCCAGGCAG;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=125;WE=20000139;WS=20000121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	20013802	rs3764436	G	A	9955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=165;NR=173;PP=2965;SC=CATCGGGGGTGGTTCGCCTGA;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=165;TCR=173;TR=338;WE=20013810;WS=20013785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr17	20059596	rs200072578	C	CG	8013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=87;PP=2979;SC=ACCCCACCCCCCCTCCAGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=128;WE=20059604;WS=20059586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	20108184	rs9908032	C	G	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=99;PP=2965;SC=GCGACAGCAGCTGCCCAACAT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=110;TCR=99;TR=209;WE=20108192;WS=20108174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	20108239	rs2703806	A	T	7567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=143;NR=112;PP=2965;SC=TGGAAATCAGATGTCCAGTGA;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=143;TCR=112;TR=255;WE=20108247;WS=20108229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr17	20160925	rs3751979	C	T	11854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=162;NR=250;PP=2965;SC=ACTCAGGTATCGTGTTTCAAA;SOR=1.173;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=413;TCF=162;TCR=251;TR=412;WE=20160933;WS=20160908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr17	20163529	rs2703791	A	G	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=45;PP=2071;SC=ACCCTCTGGCAGCCTTGGCCC;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=121;WE=20163537;WS=20163519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	20163616	rs11868429	C	T	6118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=98;PP=2965;SC=CGGTAAGGGACAACATCAGCC;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=216;WE=20163624;WS=20163606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	20209474	rs2120282	C	T	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=49;PP=1432;SC=AACAGTTTCTCGTAGAACATT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=20209482;WS=20209464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	20217375	rs75296798	G	A	7311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=160;PP=2965;SC=ACTTTGAGACGTAACCCTGGA;SOR=1.470;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=91;TCR=160;TR=251;WE=20217383;WS=20217365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr17	20227609	rs55857938	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr17	20254786	rs199507996	T	C	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.52;QD=24.81;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	20297545	rs3874846	T	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.12;QD=29.76;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	20305306	.	CAATAATAATAAT	C	267.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.46;QD=33.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	20361768	rs202049390	G	A	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.34;QD=28.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	20370735	rs4985833	T	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.07;QD=24.34;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	20370767	rs4985834	G	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.71;QD=27.72;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	20370796	rs28699183	T	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.90;QD=41.41;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	20370806	rs8080001	G	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.93;QD=42.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	20436158	rs201599386	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.12;MQRankSum=-0.144;QD=19.67;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr17	20436175	.	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.89;MQRankSum=-2.655;QD=19.86;ReadPosRankSum=-2.655;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr17	20492807	rs199914815	C	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=22.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.92;MQRankSum=-6.774;QD=0.90;ReadPosRankSum=-2.214;SOR=4.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,17:0.15:112
chr17	20768608	rs4347684	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=7.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-3.825;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr17	20799119	rs2279263	A	G	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=44;PP=2231;SC=ATCGTGCTGGAGCTGGTCTAA;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=102;WE=20799127;WS=20799109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	20906251	rs4985956	C	T	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.69;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	20906257	rs4985957	A	G	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.99;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	20908081	rs66644145	CTAGTGGAGCTGCGGGCAGCCAA	C	2174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=1;PP=2925;SC=GCGGCCTTTCCTAGTGGAGCT;SOR=3.745;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=18;WE=20908110;WS=20908071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	20908325	rs9797279	T	C	5845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=111;PP=2965;SC=AACGGCAGGATTCAGCATCAT;SOR=1.241;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=74;TCR=112;TR=185;WE=20908333;WS=20908315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	20916022	rs17770614	A	C	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=6;PP=1124;SC=GGCGTCTATTAATCATTTATC;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=20916043;WS=20916012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	20916035	rs4985962	A	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=9;PP=1329;SC=CATTTATCTCATAGCCTCCTT;SOR=3.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=59;TCR=9;TR=68;WE=20916043;WS=20916012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	20916362	rs719093	G	A	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=640;SC=CGCTTTAAAAGGCCATGTGAG;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=20916370;WS=20916352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	20919334	rs7213684	T	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	20919337	rs7207753	G	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	20921492	rs1038107	C	T	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=41;PP=1093;SC=TGGATCCCAGCGGCTTCCTCT;SOR=5.235;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=42;WE=20921500;WS=20921482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	20924523	rs2291037	G	A	8160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=134;NR=151;PP=2965;SC=AGATGCCTCCGTACATCAGAT;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=134;TCR=151;TR=285;WE=20924531;WS=20924513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	20924620	rs899342	T	C	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=73;PP=1948;SC=TTAAACACAGTGAGGTTCTGT;SOR=1.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=116;WE=20924628;WS=20924610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	20945874	rs10579510	GCA	G	4299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=16;PP=2950;SC=ACAGGGAAAGGCAACGGGGGA;SOR=2.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=73;WE=20945895;WS=20945864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	20945887	rs4985967	G	A	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=84;NR=19;PP=2489;SC=ACGGGGGAAGGGAAGAGGGCA;SOR=2.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=84;TCR=20;TR=103;WE=20945895;WS=20945864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	20946393	rs140762989	T	C	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=43;SC=TCGCGGAGGGTGTCGCGGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=20946401;WS=20946383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	21114398	.	G	GA	4904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.031;NF=23;NR=52;PP=2881;ReadPosRankSum=1.162;SC=TGCTTTCCTAGATGGGCAAGT;SOR=0.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=52;TCR=119;TR=75;WE=21114406;WS=21114388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,157:0.49:322
chr17	21117837	rs4985988	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=543;SC=CCCAGAGCACTGCGCGGAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=21117845;WS=21117827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	21147404	rs897926	A	G	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=36;PP=2365;SC=TGGCCCTGCCACCTGCCTGCC;SOR=1.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=88;TCR=36;TR=124;WE=21147412;WS=21147394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	21156530	rs201190568	G	GC	2558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=29;PP=1388;SC=GGATGGGGCAGCCTGCTCCAG;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=33;WE=21156538;WS=21156520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	21194585	.	G	C	147	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=69;MMLQ=27;MQ=48.56;NF=8;NR=2;PP=147;QD=18.1771212547;SC=CAATACAATAGAATACAATAC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=10;WE=21194593;WS=21194578;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,10:0.36:28
chr17	21194658	rs71160134	T	TACAACACAACACAAC	4161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=15;PP=2989;SC=TACAATACAATACAACACAAC;SOR=2.026;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=38;WE=21194666;WS=21194648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	21194769	rs72840055	C	T	6832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=-3.733;QD=16.91;ReadPosRankSum=2.165;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,178:0.44:404
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chr17	21194859	rs62056394	G	A	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=3.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.686;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,80:0.33:246
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chr17	21198972	.	TGGTGTC	CGGTGTC,CGGTGTT	1344	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=90,59;NR=38,16;PP=765,1344;QD=6.24821259802;SC=GATGCAGGCTTGGTGTCCCCA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=90;TCR=38;TR=128,75;WE=21198986;WS=21198962;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:128
chr17	21198978	rs2363220	C	T	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=21.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=2.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,81:0.58:139
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chr17	21199051	rs56020453	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.278;NF=47;NR=44;PP=2715;ReadPosRankSum=-2.533;SC=TCCCCACCCATCCAGCCCATA;SOR=1.259;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=303;TCF=165;TCR=138;TR=91;WE=21199059;WS=21199027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,70:0.24:286
chr17	21199083	rs4442881	T	A	5297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=6;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.523;NF=112;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=2.953;SC=CCTTGACAGGTGGGGAAACTG;SOR=0.648;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=358;TCF=186;TCR=172;TR=228;WE=21199091;WS=21199073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,232:0.69:338
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chr17	21199111	rs55963016	G	A	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.294;NF=78;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=0.785;SC=GTGAAGGGGGGGCCACATGAT;SOR=0.561;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=377;TCF=196;TCR=181;TR=143;WE=21199119;WS=21199095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,143:0.38:373
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chr17	21199275	rs2363218	G	T	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.658;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,47:0.43:110
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chr17	21199277	rs2363217	G	A	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.753;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.447;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
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chr17	21199390	rs4997717	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=5.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.392;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.041;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,64:0.34:186
chr17	21199403	rs4997718	C	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=4.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.451;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.108;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,57:0.33:175
chr17	21199499	rs2885718	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-0.349;SC=ATCTTGCTTCGTCCTGCAGCA;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=21;WE=21199507;WS=21199489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
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chr17	21201579	rs11651154	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=656;ReadPosRankSum=0.706;SC=GAAGGCCTAACGGCCTGGCTT;SOR=0.384;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=81;TCF=64;TCR=17;TR=41;WE=21201587;WS=21201569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr17	21201719	rs8076154	T	C	8539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=859;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=239;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.028;SC=CTTCTCTCCATTCTAGGAAAA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=854;TCF=488;TCR=366;TR=412;WE=21201727;WS=21201709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:445,414:0.48:859
chr17	21201851	rs8072386	A	G	5187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.857;SC=ACAGGGCTCAATGGAAGGAGT;SOR=0.589;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=500;TCF=177;TCR=323;TR=237;WE=21201859;WS=21201841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,243:0.48:510
chr17	21201884	rs2305875	T	C	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=3.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,127:0.49:261
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chr17	21201894	rs8071865	C	T	4145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.46;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,103:0.48:213
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chr17	21202102	rs35701021	C	T	5422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=37;PP=2428;ReadPosRankSum=1.928;SC=CTCGTCCCCACGCCAGGCCCC;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=326;TCF=249;TCR=77;TR=151;WE=21202110;WS=21202092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,159:0.47:336
chr17	21202191	rs33911218	C	A	9645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1170;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=3.537;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:653,512:0.44:1165
chr17	21202237	rs36047035	G	C	11066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=294;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.327;SC=ATTGGAGACAGAGTAGGTGCC;SOR=0.828;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=1305;TCF=610;TCR=695;TR=534;WE=21202255;WS=21202225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:751,559:0.43:1310
chr17	21202272	rs34880480	C	G	7017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=929;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=203;PP=2962;ReadPosRankSum=1.482;SC=CAGGGCCTCTCACTTCACCTG;SOR=0.829;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=910;TCF=381;TCR=529;TR=337;WE=21202280;WS=21202262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:565,358:0.39:923
chr17	21202310	rs77343934	GC	AT	6586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=4.721;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,179:0.39:461
chr17	21202316	rs78463537	T	C	6210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=2.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.19;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,162:0.40:409
chr17	21202318	rs77591777	G	T	6021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,153:0.40:387
chr17	21202370	rs34794731	G	A	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=40;PP=2168;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GAAGAGCCTCGTCCTGCGCTG;SOR=1.419;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=136;TCF=12;TCR=124;TR=42;WE=21202390;WS=21202360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,43:0.31:139
chr17	21202382	rs35763451	TG	T	1288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.396;NF=4;NR=31;PP=2173;ReadPosRankSum=-1.805;SC=CCTGCGCTGCTGGCTGTGTGG;SOR=0.386;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=102;TCF=5;TCR=97;TR=35;WE=21202390;WS=21202360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr17	21203689	rs71207220	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=154;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GGCTCAGAGAGGTTAAGTGAC;SOR=1.877;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=9;WE=21203697;WS=21203682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr17	21203711	rs73311537	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=226;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TGCTGAGGGTCACACAGCAGG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=13;WE=21203719;WS=21203701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr17	21203820	rs78304829	G	C	4760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=2.353;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,125:0.45:277
chr17	21203825	rs75854955	C	G	4806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=2.362;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,131:0.44:297
chr17	21203893	rs34105301	T	C	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=87;PP=2255;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GGTGACCATCTCAGAACTGGG;SOR=0.884;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=416;TCF=204;TCR=212;TR=161;WE=21203901;WS=21203872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,160:0.37:427
chr17	21203934	rs62057672	G	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=70;PP=1407;ReadPosRankSum=1.901;SC=TAGAGAAGGTGCGGCACGCCC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=122;TCR=184;TR=115;WE=21203942;WS=21203924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,116:0.37:314
chr17	21203949	rs62057673	C	T	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.626;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=60;PP=1156;ReadPosRankSum=2.083;SC=ACGCCCAGAGCGGCACCATCA;SOR=0.995;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=247;TCF=97;TCR=150;TR=92;WE=21203957;WS=21203939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,93:0.37:249
chr17	21203998	rs62057674	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.913;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=635;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GCAGCTGGGAGGGCTCCCTGG;SOR=1.371;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=121;TCF=36;TCR=85;TR=38;WE=21204006;WS=21203988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
chr17	21204153	rs66883103	C	T	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=26;PP=1668;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GCCTCTGCCACGGCAACCTCT;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=218;TCF=165;TCR=53;TR=106;WE=21204161;WS=21204143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,106:0.48:222
chr17	21204187	rs56067280	G	T	7480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.256;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,185:0.43:429
chr17	21204192	rs56216806	C	T	7845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=1.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.87;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,202:0.43:465
chr17	21204210	rs55796947	C	T	8670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.515;SC=CGTGAACTCACAGGAGCAGAA;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=619;TCF=369;TCR=250;TR=260;WE=21204218;WS=21204200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:365,267:0.42:632
chr17	21204257	rs56166328	G	A	14367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1002;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:603,397:0.40:1000
chr17	21204266	rs2230435	T	C	14776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1063;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:644,415:0.39:1059
chr17	21204308	rs55777930	G	T	16906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1168;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:696,469:0.40:1165
chr17	21204314	.	TTG	T	16746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DP=1186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.178;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:727,456:0.39:1183
chr17	21204318	.	A	ACG	16540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.280;ClippingRankSum=0.000;DP=1157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:718,436:0.38:1154
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chr17	21205354	.	GA	AG	2203	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=18;MQ=60.24;NF=20;NR=5;PP=2203;QD=90.2587149945;SC=GCACACGTCGGAGAGGGGGCT;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=83;TCF=71;TCR=12;TR=25;WE=21205371;WS=21205344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:58,25:0.30:83
chr17	21205358	.	GGGGGCT	G	2239	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=18;MQ=60.56;NF=20;NR=5;PP=2239;QD=90.24;SC=ACGTCGGAGAGGGGGCTGGGG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=70;TCR=16;TR=25;WE=21205371;WS=21205344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:61,25:0.29:86
chr17	21205360	rs74998514	G	A	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.370;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.667;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr17	21205361	rs67557217	GGCT	G	1234.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.694;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
chr17	21205396	rs75974715	C	A	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.870;QD=18.36;ReadPosRankSum=-1.879;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr17	21205406	rs72831582	A	G	3233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.830;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,92:0.48:193
chr17	21205460	rs62057721	C	T	4526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.07;MQRankSum=1.773;NF=125;NR=87;PP=2821;ReadPosRankSum=0.544;SC=CACAGGGAGACGTGTGGATCT;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=445;TCF=257;TCR=188;TR=212;WE=21205468;WS=21205450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,221:0.49:451
chr17	21205592	rs66644302	GGC	G	3669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.383;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=3.965;NF=7;NR=76;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TGGGTGGGCTGGCGGGGGGTC;SOR=0.399;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=188;TCF=12;TCR=176;TR=83;WE=21205612;WS=21205582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,103:0.42:246
chr17	21205604	rs62057722	T	C	3439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.896;HP=2;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.639;NF=37;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CGGGGGGTCCTAGGTGCATAG;SOR=0.308;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=225;TCF=70;TCR=155;TR=108;WE=21205612;WS=21205582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,89:0.43:207
chr17	21205642	rs62057723	T	G	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=2;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=1.568;NF=12;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=0.392;SC=CCAGCAGGCATGGAGCCTGCC;SOR=0.415;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=23;TCR=88;TR=55;WE=21205663;WS=21205632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr17	21205654	rs72831585	AT	GA	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;JOINED;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.529;NF=4;NR=37;PP=2944;ReadPosRankSum=0.429;SC=GAGCCTGCCTATTGATGGTGT;SOR=0.740;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=86;TCF=11;TCR=75;TR=41;WE=21205663;WS=21205632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr17	21206269	rs73982750	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=262;ReadPosRankSum=0.026;SC=AGGTGAGCCCGGGAGGATGAG;SOR=0.290;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=17;WE=21206277;WS=21206259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr17	21206294	rs73311581	C	T	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=405;ReadPosRankSum=0.561;SC=GGCAGGAGGCCGAGTGTGTCT;SOR=0.506;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=56;TCR=6;TR=25;WE=21206302;WS=21206284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr17	21206360	rs67280439	A	G	4460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=0.544;SC=GGAGGCTGGGATGAGAGGGTG;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=249;TCF=164;TCR=85;TR=106;WE=21206393;WS=21206350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,112:0.44:255
chr17	21206372	rs72838545	G	C	5690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=0.073;SC=GAGAGGGTGCGTAGCCTGTGC;SOR=0.574;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=314;TCF=204;TCR=110;TR=139;WE=21206393;WS=21206350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,146:0.45:324
chr17	21206385	rs72838547	C	T	5947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=1.054;SC=GCCTGTGCAGCGGGAGCGGGA;SOR=0.607;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=375;TCF=233;TCR=142;TR=164;WE=21206393;WS=21206350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,170:0.44:386
chr17	21206444	rs62057728	A	G	5936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.809;SC=TTTTGACGTGACCAGGAATAA;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=669;TCF=373;TCR=296;TR=287;WE=21206452;WS=21206422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,291:0.43:681
chr17	21206556	rs736103	C	T	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=96;PP=2114;ReadPosRankSum=0.626;SC=GGTCAGTGCCCGGCAGCCACC;SOR=0.517;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=341;TCF=123;TCR=218;TR=157;WE=21206564;WS=21206546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,160:0.47:342
chr17	21206616	rs57761454	G	A	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=51;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.228;SC=GCGGGTGGACGTCTCCCTATG;SOR=1.520;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=120;TCF=19;TCR=101;TR=58;WE=21206624;WS=21206606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr17	21206632	rs35678520	C	T	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.57;ReadPosRankSum=0.297;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr17	21206635	rs77285979	T	A	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=8.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.49;ReadPosRankSum=0.515;SOR=2.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr17	21206642	rs59259996	G	A	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.15;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr17	21206654	rs56821097	G	T	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=33;PP=2860;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GAGGTGATAGGTTGTGACGTG;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=6;TCR=66;TR=36;WE=21206662;WS=21206622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr17	21207602	rs55677712	C	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.167;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GACCCTGGTGCAACCTGCCCA;SOR=0.076;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=16;WE=21207610;WS=21207592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr17	21207649	rs56342308	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-5.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.841;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=600;ReadPosRankSum=-0.240;SC=GGGTCTTGGGCGAGGGAGGGG;SOR=0.113;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=98;TCF=86;TCR=12;TR=42;WE=21207657;WS=21207639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr17	21207835	rs76111309	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FS=6.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=4.241;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.473;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:603,101:0.14:704
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chr17	21207916	rs7209761	A	G	3210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=93;PP=2523;ReadPosRankSum=-0.609;SC=GGCGGGGAGAAATCTGCCCAG;SOR=0.533;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=191;TCF=41;TCR=150;TR=122;WE=21207924;WS=21207906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,127:0.64:199
chr17	21207938	rs75147012	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=6.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,28:0.22:127
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chr17	21208317	rs4456559	G	A	8847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TAGCCATGGGGGCTTACCTGG;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=374;TCF=236;TCR=138;TR=244;WE=21208339;WS=21208307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,250:0.66:379
chr17	21208331	rs1898407	G	A	4454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,131:0.28:469
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chr17	21208349	rs7209860	C	G	3772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=2.333;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:368,197:0.35:565
chr17	21208413	rs1657695	C	T	3851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=105;PP=2589;ReadPosRankSum=1.123;SC=ATGTCAAGTCCGACGTCTGGA;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=604;TCF=292;TCR=312;TR=202;WE=21208421;WS=21208403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,207:0.34:610
chr17	21208449	rs1657694	G	T	5326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,151:0.35:428
chr17	21208456	rs1657693	A	G	4867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,140:0.35:405
chr17	21208640	rs7209152	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GTCACTCATCGTGAAGTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=8;WE=21208648;WS=21208630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr17	21215424	rs35026048	G	A	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=5.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,79:0.44:180
chr17	21215434	rs113634008	A	AC	2428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,96:0.46:208
chr17	21215446	rs62055363	C	T	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.059;QD=10.59;ReadPosRankSum=-2.026;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,115:0.48:239
chr17	21215537	rs55736474	C	A	7115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.03;MQRankSum=0.101;NF=181;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=2.791;SC=AGGAGCCGTCCCCCCAGCTCC;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=720;TCF=396;TCR=324;TR=333;WE=21215545;WS=21215527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,340:0.47:731
chr17	21215552	rs56369732	C	T	13686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=786;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.123;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.603;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,360:0.46:785
chr17	21215557	rs35206134	G	A	13871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=822;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.132;QD=16.90;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:448,373:0.45:821
chr17	21215637	rs66486636	G	A	7883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=4.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,216:0.41:526
chr17	21215643	rs73302034	A	G	7805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=2.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,211:0.43:494
chr17	21215682	rs73302038	G	A	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.361;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=81;PP=1822;ReadPosRankSum=0.991;SC=TTATTCCTTTGGCAAATAAAC;SOR=1.124;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=252;TCF=62;TCR=190;TR=103;WE=21215690;WS=21215672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,99:0.40:250
chr17	21215700	rs73302043	T	G	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=5.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.550;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=63;PP=1421;ReadPosRankSum=0.302;SC=AACCCCCAGATGACTTGGCAT;SOR=0.995;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=184;TCF=33;TCR=151;TR=75;WE=21215708;WS=21215690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,72:0.39:184
chr17	21216661	rs4994551	C	T	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=6.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.160;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.058;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr17	21216664	rs4081986	A	G	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=6.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.153;QD=19.71;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr17	21216686	rs4994549	C	A	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.583;NF=60;NR=10;PP=1288;ReadPosRankSum=0.357;SC=CCCTTCTTCCCTGGGTGCACG;SOR=0.698;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=150;TCF=126;TCR=24;TR=70;WE=21216694;WS=21216676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,72:0.48:149
chr17	21216710	rs4994548	T	C	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.860;NF=73;NR=22;PP=1565;ReadPosRankSum=1.389;SC=CCCCTGCTGCTAGGCCTGGGG;SOR=0.743;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=230;TCF=172;TCR=58;TR=95;WE=21216718;WS=21216700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,97:0.43:226
chr17	21216758	rs5819747	G	GCTTC	8036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=3.237;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:372,215:0.37:587
chr17	21216788	rs1673840	C	T	5477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=845;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.03;MQRankSum=1.875;NF=140;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.382;SC=GCCACAGCTGCACTATTCTCT;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=798;TCF=433;TCR=365;TR=262;WE=21216796;WS=21216776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:536,306:0.36:842
chr17	21216846	rs1657688	G	C	5688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.417;SC=ACCTGGAGCTGATGGTGAGTA;SOR=0.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=732;TCF=352;TCR=380;TR=275;WE=21216854;WS=21216836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:460,287:0.38:747
chr17	21216891	rs934688	G	A	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=90;PP=2089;ReadPosRankSum=1.020;SC=CTTCAGGGCTGGCTGGGGCTG;SOR=0.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=383;TCF=148;TCR=235;TR=143;WE=21216899;WS=21216881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,145:0.38:384
chr17	21216951	rs1673839	C	G	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.937;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=46;PP=1786;ReadPosRankSum=0.174;SC=TGGGTAGCTCCTCTGGCTGGC;SOR=1.348;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=143;TCF=21;TCR=122;TR=51;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,54:0.37:147
chr17	21216964	rs1657686	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-5.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=39;PP=1786;ReadPosRankSum=-1.211;SC=TGGCTGGCCCTGTGTTCTCTC;SOR=1.065;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=120;TCF=15;TCR=105;TR=43;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,45:0.37:121
chr17	21217290	rs1673837	G	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-5.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=22;PP=1021;ReadPosRankSum=-2.058;SC=AGGAGCCACAGATGCCATCTG;SOR=0.234;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=143;TCF=107;TCR=36;TR=73;WE=21217298;WS=21217280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,73:0.51:143
chr17	21217397	rs1657685	A	G	10848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=1.536;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:341,288:0.46:629
chr17	21217400	rs1622401	G	A	10863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.97;ReadPosRankSum=2.417;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:354,286:0.45:640
chr17	21217411	rs1657684	T	C	6240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=1.367;SC=TGGCCACCTCTCCCTCCCGCT;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=660;TCF=370;TCR=290;TR=299;WE=21217419;WS=21217387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:364,305:0.46:669
chr17	21217513	rs2363198	G	A	7950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=830;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=2.177;SC=TGCTGCCTTCGTGAAGGAGAT;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=823;TCF=389;TCR=434;TR=375;WE=21217521;WS=21217503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:446,384:0.46:830
chr17	21217547	rs2363197	T	C	10001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,271:0.48:569
chr17	21217554	rs2363196	C	T	9814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.87;ReadPosRankSum=-2.400;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,254:0.49:520
chr17	21217566	rs2363375	C	T	4400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.494;SC=GACCCCACTCCGGCCCTCCAG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=445;TCF=182;TCR=263;TR=204;WE=21217574;WS=21217537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,209:0.47:445
chr17	21217586	rs2363374	G	T	4885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,147:0.46:318
chr17	21217596	rs2363373	C	G	4376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.77;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,113:0.43:261
chr17	21318521	rs76804083	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=317;ReadPosRankSum=1.244;SC=CCTCCAGTCACGTCTGGGGGC;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=19;WE=21318529;WS=21318511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr17	21318546	rs112960185	A	G	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=11.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.646;SOR=2.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,43:0.36:118
chr17	21318552	rs112854769	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=8.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.271;SOR=1.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,51:0.38:133
chr17	21318555	rs58462457	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,36:0.26:138
chr17	21318569	rs74584621	C	T	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=9;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GCCACCAGCCCAGCCAGACAT;SOR=1.307;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=179;TCF=149;TCR=30;TR=73;WE=21318577;WS=21318536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,77:0.42:185
chr17	21318586	rs59891808	G	C	8026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.77;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,193:0.69:279
chr17	21318586	.	GTCTCTGTTG	CTCTCTGTTC,CTGTCTGTTG	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=62,75;NR=23,23;PP=137,2944;QD=2.24079852779;SC=ACATGCTGTCGTCTCTGTTGC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=276;TCF=199;TCR=77;TR=85,98;WE=21318611;WS=21318576;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.31:276
chr17	21318588	rs77791524	C	G	4258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,112:0.39:290
chr17	21318595	rs58780973	G	C	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,98:0.29:334
chr17	21318603	rs79809401	C	T	4721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=0.684;SC=TTGCAGGAGCCGCCCTGCCTG;SOR=0.768;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=362;TCF=258;TCR=104;TR=132;WE=21318611;WS=21318576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,141:0.38:371
chr17	21318629	rs58862472	C	A	4578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,209:0.51:409
chr17	21318663	rs72846666	G	A	6047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=964;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.271;SC=GGATGACCGCGGCCAGCCGGG;SOR=0.565;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=958;TCF=574;TCR=384;TR=319;WE=21318671;WS=21318653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:632,327:0.34:959
chr17	21318698	rs1657738	C	T	6919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.639;SC=ATCGTGTCATCGGAGGAGGAC;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1276;TCF=740;TCR=536;TR=401;WE=21318706;WS=21318688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:876,398:0.31:1274
chr17	21318741	rs75113504	C	T	8093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=6.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=246;NR=211;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.225;SC=CGGGCGCCAACGGCTTCGGCA;SOR=0.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1474;TCF=787;TCR=687;TR=457;WE=21318749;WS=21318731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1015,453:0.31:1468
chr17	21318760	rs74880280	G	T	8581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=257;NR=227;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.450;SC=CAACGGCAAGGTGCACACGCG;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1572;TCF=829;TCR=743;TR=484;WE=21318768;WS=21318750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1092,479:0.30:1571
chr17	21318782	rs78117732	G	A	9002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=264;NR=252;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CGCAGGTGCCGCAACCGCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1644;TCF=843;TCR=801;TR=516;WE=21318790;WS=21318771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1128,519:0.32:1647
chr17	21318821	rs1714865	A	C	8862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=266;PP=2962;ReadPosRankSum=0.817;SC=TGCAACATTGAGTTCGCCAAC;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1600;TCF=767;TCR=833;TR=506;WE=21318829;WS=21318811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1088,508:0.32:1596
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chr17	21319543	rs80335301	G	A	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=3.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQRankSum=-10.334;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.718;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,91:0.17:527
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chr17	21319860	.	CGGCCTCAG	AGGCCTCAT,TGGCCTCAG	893	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=22,22;NR=23,37;PP=893,316;QD=21.0326194414;SC=GAAGCCGGGACGGCCTCAGCC;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=45,59;WE=21319876;WS=21319850;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.26:172
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chr17	21319908	rs66981137	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.711;NF=18;NR=22;PP=474;ReadPosRankSum=1.383;SC=TCCAGGCTGGCGGCGGGGTCC;SOR=0.505;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=40;WE=21319916;WS=21319898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,41:0.33:126
chr17	21319943	rs5021699	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=4;HapScore=3;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.401;NF=7;NR=18;PP=525;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TACAGACGGGAGTCAGAGATC;SOR=0.993;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=25;WE=21319963;WS=21319933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr17	21319955	rs76506689	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=1;HapScore=3;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.822;NF=10;NR=17;PP=526;ReadPosRankSum=0.531;SC=TCAGAGATCTGAGCCAACCTT;SOR=0.436;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=27;WE=21319963;WS=21319933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr17	21319989	rs5021700	C	A,T	921.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.26;ReadPosRankSum=1.702;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,15,15:0.39,0.39:38
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chr17	21535972	rs10221228	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=4.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQRankSum=-6.402;QD=2.14;ReadPosRankSum=2.524;SOR=1.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,14:0.14:101
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chr17	21536065	rs9325914	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=8.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQRankSum=-15.952;QD=1.71;ReadPosRankSum=-2.570;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,78:0.18:445
chr17	21536106	rs9325915	T	C	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=20.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQRankSum=-21.690;QD=3.20;ReadPosRankSum=3.611;SOR=1.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:415,115:0.22:530
chr17	21536168	rs9325916	G	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.508;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.636;NF=38;NR=70;PP=1430;ReadPosRankSum=3.133;SC=GTTTTTCTTTGCTTTTCCTAT;SOR=0.302;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=310;TCF=103;TCR=207;TR=108;WE=21536176;WS=21536158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,78:0.28:281
chr17	21544462	rs9285742	G	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-2.141;QD=26.62;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
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chr17	21544587	rs9285744	A	G	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.145;NF=65;NR=71;PP=2244;ReadPosRankSum=2.924;SC=TTAAACTGAAAAAGAAACAAG;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=228;TCF=112;TCR=116;TR=136;WE=21544595;WS=21544577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,144:0.60:239
chr17	21544646	rs9285745	T	C	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.849;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1530;ReadPosRankSum=-0.987;SC=TTTCTCCCTATAGAAGATATT;SOR=0.496;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=161;TCF=61;TCR=100;TR=94;WE=21544654;WS=21544636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,97:0.58:166
chr17	21544674	rs9747056	T	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=848;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TTTCCATATTTTGAAACTGTA;SOR=1.113;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=48;WE=21544682;WS=21544664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr17	21730653	rs11656087	G	C	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=27;PP=2138;SC=GAAATACAATGATCCTGAGAT;SOR=2.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=101;WE=21730661;WS=21730643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	22066776	rs75644031	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-13.793;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.594;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,22:0.08:269
chr17	22066780	rs78507742	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=2.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-13.776;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,24:0.09:280
chr17	22066807	rs78727354	G	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-15.464;QD=1.30;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,40:0.12:322
chr17	22066822	rs137955476	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-14.771;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,40:0.14:294
chr17	22066835	rs147079852	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-13.939;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.856;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,38:0.14:266
chr17	22066856	rs138169151	CAG	C	765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=3.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.68;MQRankSum=-13.417;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.140;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,31:0.16:198
chr17	22066870	rs79914182	G	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-12.541;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,27:0.16:165
chr17	22066914	rs62051427	T	C	1558.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.421;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=7.155;NF=13;NR=44;PP=1228;ReadPosRankSum=2.749;SC=TTAGAACTTATTACCCCTGTG;SOR=0.287;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=57;WE=22066922;WS=22066904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,56:0.92:61
chr17	25753033	rs13341669	T	C	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-10.262;NF=40;NR=48;PP=1012;ReadPosRankSum=-1.514;SC=CTGGCTTCTCTGGGTGCTGAA;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=88;WE=25753041;WS=25753023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,79:0.53:150
chr17	25783584	rs112995015	C	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	25783681	rs1829803	A	G	160.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=71;SC=TGGATAGAGCAGCGCTGCGCG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=25783689;WS=25783671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	25887530	rs2945397	G	C	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,78:0.22:362
chr17	25887541	rs2948526	C	T	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,74:0.22:337
chr17	25887571	rs61054489	T	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.087;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,61:0.24:251
chr17	25904580	.	G	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.791;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,19:0.17:109
chr17	25909850	rs2293181	G	T	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=48;PP=1381;ReadPosRankSum=-2.114;SC=TGTCAGCTCTGCCCGCCTCAG;SOR=0.735;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=290;TCF=158;TCR=132;TR=110;WE=25909858;WS=25909840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,115:0.40:290
chr17	25912828	rs2945373	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=755;ReadPosRankSum=1.217;SC=GCTGGTGACCACCTCAGGAAA;SOR=0.536;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=149;TCF=36;TCR=113;TR=51;WE=25912836;WS=25912818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,52:0.34:151
chr17	25917810	rs1403321	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=580;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GCTGGTGCAAACATGTGCCTG;SOR=0.753;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=99;TCR=59;TR=44;WE=25917818;WS=25917800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,50:0.29:170
chr17	25924596	rs16966333	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.004;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=660;ReadPosRankSum=0.975;SC=ACTTGTCCGGCGCCCCAAGCA;SOR=0.140;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=37;WE=25924604;WS=25924586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr17	25931637	rs2289567	G	T	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=37;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TCTCTCCCGGGAGTCCCCGCT;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=94;TCR=59;TR=99;WE=25931645;WS=25931627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,103:0.64:160
chr17	25944235	rs4267373	A	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=9;PP=1070;SC=TGAGAACATCAAAGGGACCCT;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=25944243;WS=25944225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	25972157	.	A	G	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=52.14;NF=5;NR=0;PP=43;QD=15.5542425094;SC=AAAGCCCTGTACACCTGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=5;WE=25972165;WS=25972149;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr17	25972311	rs2304886	C	T	4206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-8.738;NF=124;NR=91;PP=2908;ReadPosRankSum=2.173;SC=CCGCGATAACCACCATTCTGA;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=340;TCF=193;TCR=147;TR=215;WE=25972319;WS=25972301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,202:0.63:320
chr17	26073050	rs138929274	T	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.23;QD=23.37;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	26073136	rs142859551	T	G	141.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQRankSum=-1.383;QD=15.75;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr17	26079737	.	T	G	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=41.82;NF=5;NR=0;PP=63;QD=19.5542425094;SC=AGGAAGGCTTTCTTGGGAGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=5;WE=26079745;WS=26079727;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,5:0.22:23
chr17	26088337	rs59685746	GC	G	89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.01;QD=22.25;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	26089867	rs1060826	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=454;ReadPosRankSum=1.524;SC=GGTGGATCTCTGTGGGCGTGT;SOR=1.044;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=23;WE=26089875;WS=26089857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr17	26092555	rs2297512	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5521;FS=2.124;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=306;ReadPosRankSum=1.252;SC=CTAGCCCGGGGCTCACCACTC;SOR=0.293;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=21;WE=26092563;WS=26092545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr17	26092631	rs1060822	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=452;ReadPosRankSum=0.233;SC=GCTCCAGGATACCTTGGACCA;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=25;WE=26092639;WS=26092621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr17	26099171	rs2274894	T	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=339;ReadPosRankSum=0.353;SC=GTGTAAGTTTTGGAATCCCTG;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=15;WE=26099179;WS=26099161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr17	26100321	rs2248814	A	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=709;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GGCTTGGCTCAGCTCGCGGAT;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=42;WE=26100329;WS=26100311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr17	26101237	rs3729966	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=213;ReadPosRankSum=1.155;SC=CACACATACAGCCACATCTGA;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=12;WE=26101245;WS=26101227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr17	26105932	rs1137933	G	A	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=90;PP=2143;ReadPosRankSum=-1.319;SC=AGCGCTGGACGTCACAGAAGT;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=479;TCF=240;TCR=239;TR=186;WE=26105940;WS=26105922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,198:0.40:500
chr17	26108040	rs2297520	T	C	6906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=103;PP=2965;SC=CAATGGCCGGTGGCTGAGGCT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=132;TCR=103;TR=235;WE=26108048;WS=26108030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	26108928	rs28999368	CCTGGTTTCTCCTGGAG	C	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.146;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr17	26109030	rs3729508	T	C	5926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=87;PP=2965;SC=CCCTGGGAAATGTGCACCGAC;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=123;TCR=87;TR=210;WE=26109050;WS=26109020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	26116848	rs8072199	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,14:0.18:79
chr17	26116896	rs2072324	C	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.83;ReadPosRankSum=0.646;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr17	26125918	rs3730013	G	A	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=64;PP=1693;ReadPosRankSum=1.720;SC=GCTGAAGAAGGGAAGCAGAGG;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=63;TCR=112;TR=99;WE=26125926;WS=26125908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,102:0.55:186
chr17	26206414	rs3751972	C	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=-1.004;SC=AGGCCAATGGCTCTTCCAAAC;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=11;WE=26206422;WS=26206404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr17	26519204	rs3182380	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr17	26574430	rs140528012	T	TTCCACC	1103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.636;NF=15;NR=3;PP=829;ReadPosRankSum=0.462;SC=GCATGGGCTCTTCCACCTCCA;SOR=1.956;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=18;WE=26574438;WS=26574420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr17	26633348	rs6505076	T	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr17	26633351	rs77802327	T	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.09;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr17	26646434	rs5819836	G	GC	4226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=61;PP=2830;SC=AGGCTCTCCCGGCGCTGCGTC;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=2;TCR=64;TR=63;WE=26646442;WS=26646424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	26667226	rs2234116	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GGGCTTTGTGCTCGTGGACCC;SOR=0.094;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=14;WE=26667234;WS=26667216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr17	26669245	rs5819838	A	AG	2420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=17;PP=2382;SC=CCTCACTCCCAGCCGCTTGGC;SOR=1.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=26669253;WS=26669235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	26676135	rs13469	C	T	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1001;ReadPosRankSum=0.596;SC=AAGCCTGCAGCGAGACGTGGC;SOR=0.788;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=225;TCF=105;TCR=120;TR=81;WE=26676143;WS=26676125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,81:0.34:239
chr17	26678960	rs2073867	G	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr17	26684283	rs11314852	GT	G	2505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=21;PP=1379;SC=TCCAGGCCCAGTTCCTCGCGC;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=26684291;WS=26684273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	26684390	rs11448856	G	GC	3879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=34;PP=1865;SC=GCACAGAGCGGCTTTGCCACC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	26684394	rs17856014	T	G	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=34;PP=1193;SC=AGAGCGGCTTTGCCACCGGGC;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=62;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	26684449	rs4795429	G	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=32;PP=944;SC=ACGGCCAGGGGCCGCCGGGCT;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=26684457;WS=26684439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	26684529	rs113967755	G	GGC	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=371;SC=GCGGCCGGGCGGTTCCGCCCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=26684537;WS=26684519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	26687484	rs11379368	G	GC	1775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=7;PP=1740;SC=AGAGGGCTGAGCCAGACTGTC;SOR=3.486;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=41;WE=26687492;WS=26687474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	26687898	rs11382918	G	GC	1135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=968;SC=AGGGCAGGGTGCCCTGGTGGG;SOR=2.649;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=26687906;WS=26687888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	26691321	rs9910163	A	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	26692224	rs11387886	A	AG	11406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=67;NR=96;PP=2936;SC=GGGCCATGCCAGGCTGTGCCC;SOR=0.927;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=167;TCF=67;TCR=100;TR=163;WE=26692232;WS=26692214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr17	26694861	rs704	G	A	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1214;ReadPosRankSum=1.189;SC=GGACAGCCACGTGGCGCGGGA;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=348;TCF=183;TCR=165;TR=104;WE=26694869;WS=26694851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,108:0.29:369
chr17	26695704	rs2227725	A	G	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=36;PP=1508;SC=CCTGAGGAGCAGGGTGGTGGG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=26695712;WS=26695694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	26695832	rs2071379	A	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=3.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,64:0.29:223
chr17	26696101	.	G	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=375;ReadPosRankSum=-2.064;SC=GCTGGGCACAGAGGCAGAGTC;SOR=1.031;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=22;WE=26696109;WS=26696091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr17	26696878	.	G	C	2393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=1736;ReadPosRankSum=0.509;SC=AGTCACTGCAGAGAGTGGATG;SOR=0.710;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=352;TCF=189;TCR=163;TR=118;WE=26696886;WS=26696868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,122:0.33:370
chr17	26699121	rs7212814	G	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=25;PP=998;SC=GGCCCACGGCGGGGCGCCGAG;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=26699129;WS=26699111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	26699195	rs11437592	C	CG	1952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=904;SC=TGCGGGTGGCCCGGGCCCGCG;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=22;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	26699199	rs112387743	G	GC	1973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.86;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	26699205	rs11340312	GA	G	1818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=978;SC=CCGGGCCCGCGAAAGTGTCGC;SOR=0.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	26699367	rs11437594	G	GC	2761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=19;PP=1628;SC=CCTGGCTGCTGCGGCCGTGGG;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=36;WE=26699375;WS=26699357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	26708298	.	A	AGC	17268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr17	26708302	.	GGT	G	17326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr17	26708550	rs11658194	TC	CG	13366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=121;PP=2947;SC=CGAGCTGCTTTCGCTGCACGC;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=261;TCF=132;TCR=129;TR=250;WE=26708559;WS=26708540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	26716821	rs4795433	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=219;ReadPosRankSum=-0.645;SC=GCAGGGGAATCGCTTGGGCCC;SOR=0.703;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=24;WE=26716829;WS=26716811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr17	26716917	rs4795434	G	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=304;ReadPosRankSum=1.475;SC=ATACAAGTTGGTGTAAATGCT;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=28;WE=26716925;WS=26716907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr17	26727721	rs5819844	GA	G	2009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=15;PP=1174;SC=GTGAGTTGAAGAATGCCGGAG;SOR=1.159;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=28;WE=26727729;WS=26727711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	26729428	rs4795436	C	T	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=56;PP=1577;SC=CCATACCCCACGTGGGGCTTA;SOR=2.617;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=71;WE=26729436;WS=26729418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	26729453	rs17719944	A	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=679;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AGACCCAGGAAGAACTTCCTT;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=33;WE=26729461;WS=26729443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr17	26816365	rs11443311	G	GC	6934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=77;PP=2966;SC=TCTGAGGTGAGCCCCATCCAT;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=30;TCR=88;TR=103;WE=26816373;WS=26816355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	26817537	rs11568466	G	A	9604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=176;NR=159;PP=2965;SC=TGGCCATCGCGGTGGAACACT;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=177;TCR=159;TR=335;WE=26817545;WS=26817527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr17	26818676	rs9890678	T	C	10383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=196;NR=166;PP=2965;SC=GATCTGCACATTCACTGGGAG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=362;TCF=196;TCR=166;TR=362;WE=26818684;WS=26818666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr17	26824156	rs11567842	A	G	10659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=179;PP=2965;SC=TGGAGTCCTGATCATCGCACT;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=381;TCF=202;TCR=179;TR=381;WE=26824164;WS=26824146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr17	26850929	rs483434	A	C	5911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=121;NR=101;PP=2965;SC=GTTGGTCCCCACTGGATGCTG;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=121;TCR=101;TR=222;WE=26850937;WS=26850919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	26856261	rs548973	A	G	11784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=231;PP=2965;ReadPosRankSum=2.471;SC=CCCACTCTCCAGGGATGGGAG;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=432;TCF=199;TCR=233;TR=429;WE=26856269;WS=26856251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,443:1.00:445
chr17	26864302	rs532648	G	C	9539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;NR=162;PP=2965;SC=TGACTTGGCAGCCCCGGGCAG;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=340;TCF=174;TCR=166;TR=334;WE=26864310;WS=26864292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr17	26879667	.	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr17	26882135	rs138147529	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr17	26883313	rs631905	A	G	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=51;PP=1021;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TTGCCACAACATCATACCAGG;SOR=0.790;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=302;TCF=137;TCR=165;TR=90;WE=26883321;WS=26883303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,94:0.29:321
chr17	26904517	rs652677	C	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-0.971;SC=GGCAGGAGGCCCAAGCTGCTT;SOR=0.743;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=26904525;WS=26904515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr17	26926160	rs118071028	C	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=641;ReadPosRankSum=-1.562;SC=CGTTGTCGAGCGTTTTCCGCT;SOR=0.210;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=29;WE=26926168;WS=26926150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr17	26947476	rs117972846	T	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=254;ReadPosRankSum=1.223;SC=AAGCACAAAGTCTGGGTGTTC;SOR=0.175;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=17;WE=26947484;WS=26947466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr17	26947652	rs688536	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=573;ReadPosRankSum=-0.854;SC=ACAGCCCCTAGATAATTGTTA;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=59;TCR=64;TR=49;WE=26947660;WS=26947642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,51:0.39:130
chr17	27000391	rs9904043	A	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=995;ReadPosRankSum=0.451;SC=TTCCCTAGTTATCTTCAGGCA;SOR=0.779;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=73;WE=27000399;WS=27000381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,78:0.71:110
chr17	27002402	rs9892089	A	G	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=74;PP=2326;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GCCCCAACCCATCCTTTTCCT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=126;TCR=106;TR=161;WE=27002410;WS=27002392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,172:0.69:248
chr17	27004703	rs7207976	C	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=619;ReadPosRankSum=0.437;SC=AGATAAAGTCCGTCTCACCCT;SOR=2.581;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=33;WE=27004711;WS=27004693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr17	27009749	rs12051648	C	T	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CTTTAGATGGCCTGGCCAAAA;SOR=0.600;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=67;WE=27009757;WS=27009739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,67:0.58:115
chr17	27053568	rs12952249	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=325;ReadPosRankSum=1.603;SC=CCGGGCCACCGGCTACCCCGC;SOR=3.056;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=19;WE=27053576;WS=27053558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
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chr17	27187636	rs9279	G	T	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=139;PP=2965;SC=GACCAGTTCTGTCCTTGGCTG;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=72;TCR=140;TR=211;WE=27187644;WS=27187626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	27188296	rs28448745	A	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=12;PP=659;SC=CCCTACCCCCAATCCCACGCC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=27188304;WS=27188286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	27207571	rs1060244	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=309;ReadPosRankSum=2.784;SC=AGTGGGCCTGCAGGAGCCTCA;SOR=0.585;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=31;WE=27207579;WS=27207561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr17	27210253	rs6505095	T	C	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.963;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=952;ReadPosRankSum=0.698;SC=TCTTCACCTGTCAGTGACGAC;SOR=0.406;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=72;WE=27210261;WS=27210243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,77:0.35:217
chr17	27216152	rs78073990	G	A	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=761;ReadPosRankSum=1.973;SC=ACTTGACAACGCCTACTGTTG;SOR=0.898;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=133;TCF=37;TCR=96;TR=50;WE=27216160;WS=27216142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,52:0.36:144
chr17	27225937	rs4795473	C	T	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=514;SC=AGAAAGGAGTCGGGCTAGGCA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=27225945;WS=27225927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	27238032	rs75491281	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=196;ReadPosRankSum=1.962;SC=CTGGGATCAGGTGTCCCTTCC;SOR=0.467;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=17;WE=27238040;WS=27238022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr17	27246368	rs68042462	CCTCCCCTCCTTGATCCTAACATT	C	1767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=2971;SC=TGTGGAACAGCCTCCCCTCCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=14;WE=27246398;WS=27246358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	27413908	rs4795495	C	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-1.145;SC=TCAGCAGCTACTCAAGGGGCT;SOR=0.336;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=6;WE=27413916;WS=27413903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr17	27417209	rs79749090	A	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=754;ReadPosRankSum=0.973;SC=AGTGACCAGAAGGCAAGGGGA;SOR=1.034;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=35;WE=27417217;WS=27417199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr17	27437134	rs2279958	A	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=762;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CGAGGGGAAGAGACTGCCCTC;SOR=0.654;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=178;TCF=82;TCR=96;TR=64;WE=27437142;WS=27437124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,71:0.36:195
chr17	27437208	rs2279959	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=171;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CACTGCTCACAGGGTAGCAGC;SOR=0.929;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=13;WE=27437216;WS=27437198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr17	27437710	rs1994663	C	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.144;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CGCTCCTCCCCCAAGGCCCCA;SOR=0.353;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=32;WE=27437718;WS=27437700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,34:0.29:119
chr17	27438469	rs8076604	G	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.959;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=672;ReadPosRankSum=-1.174;SC=GAGCCGGGGGGCATTCTGGGT;SOR=0.361;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=128;TCF=98;TCR=30;TR=51;WE=27438477;WS=27438459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,51:0.40:128
chr17	27441077	rs12601535	C	G	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1321;ReadPosRankSum=0.499;SC=AGTCATCCGTCGGGGGTTCCA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=317;TCF=172;TCR=145;TR=109;WE=27441085;WS=27441067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,114:0.34:333
chr17	27449059	rs877492	C	A	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.518;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=710;ReadPosRankSum=2.045;SC=TATCCTCCCCCCCACTGCATC;SOR=1.427;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=140;TCF=48;TCR=92;TR=47;WE=27449067;WS=27449049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,45:0.33:138
chr17	27455707	rs55939148	AC	A	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=-0.776;SC=CCACGAGGCTACCCCAGGAAG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=5;WE=27455715;WS=27455697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	27455736	rs8075284	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr17	27492869	rs6505113	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=418;ReadPosRankSum=-0.997;SC=GGCTCTGATAACAGCTCTTGG;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=41;WE=27492877;WS=27492859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,44:0.30:148
chr17	27613677	rs12452857	G	A	3701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=71;PP=2666;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CAGAAGAGATGGGTGTTAGAG;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=246;TCF=128;TCR=118;TR=150;WE=27613685;WS=27613667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,158:0.61:259
chr17	27807416	rs56387760	A	G	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=61;PP=2235;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TCCTTCTGACAGAACCAGGCC;SOR=1.054;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=238;TCF=136;TCR=102;TR=150;WE=27807424;WS=27807406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,159:0.61:261
chr17	27818673	.	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.625;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=-0.109;SC=ATGAAACTGTATAGTCTCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=27818681;WS=27818663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr17	27835138	rs508706	C	T	5518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=121;PP=2965;SC=ACCAGGCTGCCATGGAGAAAG;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=63;TCR=121;TR=184;WE=27835146;WS=27835128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	27835211	rs622096	A	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=690;ReadPosRankSum=-0.412;SC=AGAATTAACCAACATGGCAGT;SOR=1.888;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=31;WE=27835219;WS=27835201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr17	27857698	rs536327	C	T	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=48;PP=1201;ReadPosRankSum=1.855;SC=ACCACCTGAACGAAATCACAG;SOR=0.933;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=64;WE=27857706;WS=27857688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr17	27861004	rs12945584	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=-1.501;SC=TCCAAGATACAAGAGAGAAAA;SOR=0.061;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=27861012;WS=27860994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	27861113	rs150300324	TTC	T	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.955;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
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chr17	27889963	rs721479	C	G	8190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=152;PP=2965;SC=CATCCCGGAGCGGGTCGTTGC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=129;TCR=152;TR=281;WE=27889971;WS=27889950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	27889986	rs542939	T	C	7792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=139;PP=2965;SC=TCCCAGTAGGTATCCCAGCTG;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=116;TCR=139;TR=255;WE=27889994;WS=27889976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	27890082	rs145924627	T	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,46:0.30:152
chr17	27893015	rs2292973	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,34:0.36:95
chr17	27893565	rs201971667	CA	C	5901.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.246;NF=22;NR=85;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.405;SC=AAGGTCCTACCACCCAGTCCA;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=42;TCR=153;TR=107;WE=27893573;WS=27893555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,178:0.55:325
chr17	27895682	rs200199476	GC	G	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr17	27898828	rs565977	T	C	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=72;PP=1735;ReadPosRankSum=0.966;SC=TTTCCTCTTGTTTGTCCCCAC;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=424;TCF=192;TCR=232;TR=130;WE=27898836;WS=27898818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,136:0.31:444
chr17	27901975	rs550818	A	G	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=51;PP=1342;ReadPosRankSum=0.893;SC=ACTTTAAGCCACCAGCTGAGA;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=373;TCF=205;TCR=168;TR=111;WE=27901983;WS=27901965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,116:0.30:390
chr17	27904322	rs601364	A	G	6930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=151;PP=2965;SC=CTGACGCAGGACGGCAGGGAC;SOR=1.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=73;TCR=151;TR=224;WE=27904330;WS=27904312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	27904617	rs2278217	C	A	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.912;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=31;PP=1128;ReadPosRankSum=-1.300;SC=GGAGGGACCGCGGGGATGAAG;SOR=0.953;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=203;TCF=121;TCR=82;TR=83;WE=27904625;WS=27904604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,88:0.40:222
chr17	27904711	rs11080105	G	A	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=65;PP=1448;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GGAAGGGCACGGCACTGCGCT;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=350;TCF=165;TCR=185;TR=124;WE=27904719;WS=27904701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,135:0.36:376
chr17	27905673	rs563976	A	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.845;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=0.076;SC=TCAGAGGCAGAGGAAGCAAGA;SOR=1.667;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=21;WE=27905681;WS=27905663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr17	27910706	rs2303623	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=-1.181;SC=TGCTCTGGCCCGTGCCAAGCC;SOR=0.183;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=16;WE=27910714;WS=27910696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr17	27916458	.	GGGC	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.595;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr17	27949934	rs77991986	G	GC	1407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=1039;SC=AGAGGGCGGGGCTAGCATAGG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=27949942;WS=27949924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	28011502	rs4794860	A	T	399.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.25;MQRankSum=0.938;QD=14.81;ReadPosRankSum=1.142;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
chr17	28029938	rs3102560	T	C	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=39;PP=2204;SC=ACAAAAGATATAGTTACCAAG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=115;WE=28029946;WS=28029919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	28120887	rs72823964	C	T	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=20;PP=899;ReadPosRankSum=-1.027;SC=ACAAAAATGCCGTAGGATATA;SOR=1.034;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=61;WE=28120895;WS=28120877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr17	28268800	rs4567782	A	C	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=44;PP=1916;SC=TTTGGTGATAACTTTTGGAGT;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=105;WE=28268808;WS=28268790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	28296327	rs9897794	T	G	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=88;PP=2965;SC=TTACCAGAGGTTGATGAAAGA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=182;WE=28296335;WS=28296317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	28320248	rs4795524	T	A	10111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=152;PP=2965;SC=GACAAAATCATAGTCAAGGTG;SOR=0.894;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=350;TCF=198;TCR=152;TR=350;WE=28320256;WS=28320238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr17	28399969	.	ATAT	A	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=623;ReadPosRankSum=0.086;SC=TTATATTCCAATATTATCACT;SOR=0.606;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=20;WE=28399979;WS=28399959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr17	28400079	.	AT	A	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,17:0.21:80
chr17	28434826	rs5819880	ACTTTT	A	1606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=1332;SC=CTCCACTCTTACTTTTCTTTT;SOR=5.031;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=29;WE=28434838;WS=28434816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	28444183	rs6505162	A	C	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=752;SC=TTGCTTCCTAACCCGCGCTTG;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=28444191;WS=28444173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	28444254	rs8067576	T	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=133;SC=CCTGGCTTCCTTAGAGGGCCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=28444262;WS=28444244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	28505024	rs7221154	G	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=16;PP=804;SC=TTCTCAAAAAGCATAGACTTT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=28505032;WS=28505014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	28511978	rs1979572	G	A	8585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=152;PP=2965;SC=ATCAGCACCAGCAGAAGCAAT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=151;TCR=152;TR=303;WE=28511986;WS=28511968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr17	28530414	.	G	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=164;ReadPosRankSum=-2.198;SC=CTCAGATAGAGATGTTTCCGA;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=13;WE=28530422;WS=28530404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr17	28538532	rs140701	C	T	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=46;PP=1387;SC=ACAACAGTTACAATTCTCATC;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=82;WE=28538540;WS=28538522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	28549898	rs6354	G	T	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=97;PP=2674;SC=TATTCTGCAAGAGAGGGCAAG;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=59;TCR=98;TR=156;WE=28549906;WS=28549888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	28549978	rs25528	G	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=807;SC=GGTGGTTGGTGTCGCCGTCCC;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=28549986;WS=28549968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	28651877	rs148543076	T	C	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=52;PP=1324;ReadPosRankSum=-0.993;SC=TTTTCAGAGATGACTTTGCAA;SOR=0.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=355;TCF=210;TCR=145;TR=129;WE=28651885;WS=28651867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,136:0.37:371
chr17	28778720	rs2253256	G	C	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.754;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.835;SC=ATTTCTGTTTGTGCTTCAGTT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=132;TCR=86;TR=217;WE=28778728;WS=28778710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr17	28811834	.	GT	G	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr17	28887667	rs78888987	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-13.134;QD=0.53;ReadPosRankSum=-2.032;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,26:0.15:175
chr17	28890203	rs216455	T	C	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=23;PP=1126;SC=CGGTAGCCTGTTCTCCCCCTC;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=28890211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	28900708	rs3764416	G	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	28900915	rs58713975	C	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=58.87;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=0.810;SC=CCTCTCCCCTCCCTTGGGGTC;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=8;WE=28900923;WS=28900905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr17	29161503	rs11080134	A	G	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1385;ReadPosRankSum=0.701;SC=GCTCCAATTGAAATTAGTAGC;SOR=0.452;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=67;WE=29161511;WS=29161493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,73:0.60:121
chr17	29195444	rs201420202	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.783;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr17	29221227	rs9898911	A	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=34;PP=1015;SC=GGGGAAATCAATAGAGTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=29221235;WS=29221217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	29283603	rs2232281	C	G	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=672;ReadPosRankSum=1.488;SC=TGACTATGCTCTTTTCATTGT;SOR=1.027;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=42;WE=29283611;WS=29283593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,42:0.79:53
chr17	29482878	rs2269855	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=1.246;SC=TGAGATGCAAGTATAGGTATC;SOR=0.082;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=29482886;WS=29482868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr17	29486152	rs2952976	G	A	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=866;ReadPosRankSum=0.081;SC=TTGTGAATTTGATCTTGAGAA;SOR=0.664;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=259;TCF=130;TCR=129;TR=81;WE=29486160;WS=29486142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,93:0.33:286
chr17	29496819	rs2905807	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CTGCCTTGGCCTCCTGAAGTG;SOR=1.140;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=8;WE=29496827;WS=29496809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr17	29508775	rs1801052	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr17	29509791	rs2953000	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr17	29545987	rs67472948	A	AT	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=374;ReadPosRankSum=0.597;SC=CGATTTATTTATTTTTTTAAT;SOR=0.610;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=17;WE=29545995;WS=29545977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr17	29546175	rs2905880	T	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=511;ReadPosRankSum=1.431;SC=GAAGGAAAGATTGTAACTATG;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=37;WE=29546183;WS=29546165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,43:0.34:128
chr17	29553336	.	G	GACACACACAC	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=694;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TGTATGCGGAGACACACACAC;SOR=0.941;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=2;WE=29553344;WS=29553326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr17	29553485	rs2285892	G	A	4153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.076;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.956;NF=105;NR=81;PP=2338;ReadPosRankSum=0.055;SC=GAACCCCCCCGATTTGCCGAC;SOR=0.549;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=300;TCF=174;TCR=126;TR=186;WE=29553493;WS=29553475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,197:0.61:321
chr17	29558082	rs2071009	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=166;ReadPosRankSum=0.748;SC=TATGTAAAGATGCTAATCTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=29558090;WS=29558072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr17	29623288	rs11080149	C	T	3714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=98;PP=2528;ReadPosRankSum=0.582;SC=GCATAAAATACCAGGTGTGAG;SOR=0.972;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=204;TCF=70;TCR=134;TR=144;WE=29623296;WS=29623278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,154:0.70:221
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chr17	29670190	rs7405740	C	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=36;PP=791;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TTATGAAGTACTATTAAGAAA;SOR=3.467;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=36;WE=29670198;WS=29670180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr17	29815385	rs57391434	G	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=835;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GCGGAGAGCGGACTTGGCCTG;SOR=0.702;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=68;WE=29815393;WS=29815375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
chr17	29815404	rs8075239	T	G	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=55;PP=2048;SC=TGGGAGGTCGTGTTACCTGAG;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=118;WE=29815412;WS=29815394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	29848534	rs11653842	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=1.531;SC=TTGCTACCTTCGCACCCTGAT;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=29848542;WS=29848524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr17	29849423	rs72815700	G	A	8832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=226;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GGTAAGGCCCGCCTCGAGGGA;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=575;TCF=243;TCR=332;TR=391;WE=29849431;WS=29849413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,400:0.69:582
chr17	29849479	rs60594701	C	T	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=151;PP=2962;SC=GCCGGGGCTCCCTGCCAGCAG;SOR=2.431;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=50;TCR=151;TR=201;WE=29849500;WS=29849469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	29849492	rs113868347	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=595;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GCCAGCAGCCCGGACTCAGCT;SOR=0.412;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=168;TCF=33;TCR=135;TR=48;WE=29849500;WS=29849469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,48:0.28:171
chr17	29851024	rs73988086	G	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=202;ReadPosRankSum=-1.999;SC=GGTCAAGCAGGCAGCGGCGCT;SOR=2.531;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=14;WE=29851032;WS=29851014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr17	29852092	rs2023795	A	G	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=51;PP=2121;SC=GAGCTTGCCCATTGCGCTGTC;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=127;WE=29852100;WS=29852082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	29852289	rs9916390	C	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=487;SC=GAGGGACCCCCTGTCCTGGGG;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=29852297;WS=29852279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	29855026	rs72817704	C	T	320.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=274;ReadPosRankSum=0.811;SC=AAACAAATGCCGCACCCCCTA;SOR=3.611;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12;WE=29855034;WS=29855016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	30183663	rs71142094	G	GC	560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=513;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GAAGCTCCAAGCAAGGCTTCC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=14;WE=30183671;WS=30183653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr17	30183857	rs8068049	T	C	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=990;ReadPosRankSum=-0.703;SC=CTCTCCTGACTGGAGTGGTCA;SOR=0.885;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=79;WE=30183865;WS=30183847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,88:0.68:129
chr17	30185565	rs9906443	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=130;ReadPosRankSum=1.037;SC=TGTAATAACGGTCTGTAACGT;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=30185573;WS=30185555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr17	30185892	rs11542477	A	G	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=45;PP=1068;ReadPosRankSum=1.279;SC=CTGCTGACCCAGAGCGCCCAC;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=57;WE=30185900;WS=30185882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr17	30186375	.	C	CGGGGGCGGGGCGGCGCA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=2;PP=735;ReadPosRankSum=-0.598;SC=CACGAGCAAGCGGGGGCGGGG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=30186383;WS=30186365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	30219500	rs1034626	C	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TCAAAATTTTCTACCTCAATT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=30219508;WS=30219490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	30228656	rs2074101	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=926;ReadPosRankSum=-0.012;SC=TGAGGTCCGAGGTCTACAACC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=61;TCR=110;TR=64;WE=30228664;WS=30228646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,67:0.38:176
chr17	30303480	rs147986570	TATATC	T	726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.080;NF=13;NR=3;PP=749;ReadPosRankSum=1.253;SC=TAAGGGACCATATATCATAAC;SOR=0.854;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=16;WE=30303492;WS=30303470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr17	30315287	rs530209	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=569;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TCTACAATTTATTTGAATTCA;SOR=0.564;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=33;WE=30315295;WS=30315277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr17	30321567	rs1557731	T	G	1131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,62:0.39:158
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chr17	30376461	rs373339302	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.401;NF=0;NR=22;PP=332;ReadPosRankSum=0.357;SC=ATCATTTAGCGTATGCCAGGA;SOR=0.624;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=2;TCR=75;TR=22;WE=30376469;WS=30376451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr17	30376932	rs1843083	C	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.062;NF=13;NR=1;PP=229;ReadPosRankSum=0.321;SC=ACTCAACTGGCATACTGGGGT;SOR=0.910;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=14;WE=30376940;WS=30376922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr17	30377162	rs16967101	A	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.009;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.124;NF=33;NR=25;PP=685;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TTCAGAATACAATCCTGTGTT;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=185;TCF=103;TCR=82;TR=58;WE=30377170;WS=30377152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,57:0.32:176
chr17	30380381	rs17182434	A	G	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.339;NF=44;NR=62;PP=1226;ReadPosRankSum=0.441;SC=GCCTGGAGCTATGTTTTTAAA;SOR=0.696;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=306;TCF=121;TCR=185;TR=106;WE=30380389;WS=30380371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,112:0.34:330
chr17	30469470	.	C	CCCG	272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.30;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr17	30470028	rs149838766	G	GC	4250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.520;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:416,183:0.31:599
chr17	30509939	rs6505286	C	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=1010;SC=TTACTAAATTCGGGTTTTAAA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=30509947;WS=30509929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	30533970	rs16967164	A	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=668;ReadPosRankSum=-1.308;SC=CTGAAGCTGAAATCATTTGTG;SOR=1.339;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=38;WE=30533978;WS=30533960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr17	30593336	rs9889253	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=331;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GCCCCCTCCCCGCCCGGCAAA;SOR=0.537;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=22;WE=30593344;WS=30593326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr17	30625205	rs4795690	G	A	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=42;PP=978;ReadPosRankSum=0.850;SC=GCTTGTCTACGTGGCCGGTGT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=34;TCR=68;TR=63;WE=30625213;WS=30625195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,69:0.63:110
chr17	30632274	rs16967266	G	A	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=19;PP=2145;SC=GTCTTAGCACGGAGCCTGCAG;SOR=2.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=73;TCR=19;TR=92;WE=30632282;WS=30632264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	30643361	rs2344973	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=35;PP=1034;SC=CCAGGGCCTGAGGTTCAAAGA;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=30643369;WS=30643351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	30659006	rs1019152	T	A	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=444;SC=GCCTAGAAAATGATTACCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=30659014;WS=30658996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	30665005	rs35677406	T	C	4012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=89;PP=2869;SC=AAAGGATGAATAATGAAGACA;SOR=1.461;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=47;TCR=90;TR=136;WE=30665013;WS=30664995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	30687522	rs6505295	G	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=0;PP=557;SC=ATCTCATGAAGTAATTTTACC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=22;WE=30687530;WS=30687512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	30687599	.	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr17	30688355	rs80272250	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=217;ReadPosRankSum=1.105;SC=CATCAAAACTAAAATGAATAT;SOR=0.317;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=10;WE=30688363;WS=30688345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr17	30689814	rs9896320	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=259;SC=ATTCATTTCAGTATTAGAGGT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=30689822;WS=30689804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	30696292	rs2286645	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=650;SC=GTATTTAGCCCTGCGCTTATT;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=30696300;WS=30696282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	30791503	rs2302276	C	T	10006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.51;ReadPosRankSum=1.373;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,326:0.99:328
chr17	30791509	rs2302277	C	G	15871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr17	30815681	rs8192474	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=0.703;SC=CTTTCCCACAGTCTCTCCCTG;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=30815689;WS=30815671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr17	30980972	rs2249638	G	A	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.656;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=51;PP=1317;ReadPosRankSum=-0.692;SC=GCTTCTGAAAGAGAAAGGAAA;SOR=1.134;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=78;WE=30980980;WS=30980962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,87:0.67:130
chr17	31039255	rs11080184	T	C	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=48;PP=910;ReadPosRankSum=-1.691;SC=GAAAACCATATGGTCATCTCA;SOR=1.037;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=56;WE=31039263;WS=31039245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,58:0.71:82
chr17	31072453	rs6505311	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=449;ReadPosRankSum=-0.397;SC=GTATTAAAGGATACCAAATTT;SOR=0.793;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=24;WE=31072461;WS=31072443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr17	31082747	rs4548927	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=568;ReadPosRankSum=1.887;SC=ACCCTGATGCTCCCATTTGTA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=25;WE=31082755;WS=31082737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr17	31107845	rs10512439	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=630;ReadPosRankSum=0.300;SC=CTGTGGTTACAGAGAAATGAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=33;WE=31107853;WS=31107835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr17	31204005	rs118039764	G	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=61;ReadPosRankSum=1.123;SC=TACGGGGAGGGGGCGCGCACG;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=9;WE=31204013;WS=31203995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr17	31258520	rs11558976	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=5.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GATGTGACCGGGACTGAGTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=8;WE=31258528;WS=31258511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr17	31266419	rs2726134	T	C	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=53.98;SOR=1.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	31266438	rs377006515	A	AAGG,AAAGG	7235.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=63.84;QD=73.09;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,26,73:0.26,0.74:99
chr17	31318933	rs34817428	A	ACTG	2039.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,57:0.30:192
chr17	31319024	rs2188953	A	C	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-1.469;QD=26.14;ReadPosRankSum=1.813;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,71:0.69:103
chr17	31319033	rs3922357	G	C	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-1.575;QD=27.67;ReadPosRankSum=1.431;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr17	31319092	rs2188952	T	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=520;ReadPosRankSum=0.029;SC=TAGGGTGGGGTTATCCTGGCC;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=32;WE=31319100;WS=31319082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr17	31319160	rs2346391	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=1.913;SC=TCTGGAGCTGTTGTGAAATGC;SOR=1.508;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=7;WE=31319168;WS=31319150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr17	31323728	rs140981292	A	AG	1831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=4;PP=1795;SC=AGCAGGTGGGAGGCACCTGCC;SOR=4.091;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=43;WE=31323736;WS=31323718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	31324330	.	AGT	A	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.348;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr17	31344549	rs2074215	T	C	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=567;ReadPosRankSum=0.914;SC=TTCCCTCTACTATGATTCTGA;SOR=0.479;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=32;WE=31344557;WS=31344539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr17	31350741	rs75112067	C	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=3;PP=794;ReadPosRankSum=-0.844;SC=GAGCGCAGAGCGTGACACACA;SOR=1.435;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=53;TCR=5;TR=41;WE=31350749;WS=31350731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr17	31355227	rs58042873	A	AG	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=8;PP=1267;SC=GGCAGATCCCAGGGCCCTGTG;SOR=2.461;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=30;WE=31355235;WS=31355217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	31438905	rs9916605	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=0.546;SC=TCCACCATCACCCAATGCCCG;SOR=1.091;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=8;WE=31438913;WS=31438895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr17	31439097	rs140895516	AAG	A	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.367;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,15:0.15:97
chr17	32364722	rs4795846	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=22.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-5.126;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.142;SOR=2.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,19:0.17:111
chr17	32583132	rs2857657	G	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=215;ReadPosRankSum=0.374;SC=TGAGCTCTTTGTCTTCTCCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=13;WE=32583140;WS=32583122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr17	32583269	rs4586	T	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=988;ReadPosRankSum=1.118;SC=TCACCTGCTGTTATAACTTCA;SOR=0.740;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=256;TCF=138;TCR=118;TR=76;WE=32583277;WS=32583259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,83:0.30:274
chr17	32583911	rs13900	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=2.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,97:0.27:364
chr17	32614442	rs4795898	T	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.957;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=653;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GCAAAGATGGTTTTACTGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=28;WE=32614450;WS=32614432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr17	32647544	rs3138036	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=469;ReadPosRankSum=-0.631;SC=AACTCAGTCCATGAGAAGGAG;SOR=0.765;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=27;WE=32647552;WS=32647534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr17	32647744	rs3138037	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=313;ReadPosRankSum=-0.982;SC=GCTGATCAGTTCTAGGGACCA;SOR=0.631;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=20;WE=32647752;WS=32647734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr17	32647831	rs1133763	A	C	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=15;PP=1078;ReadPosRankSum=0.253;SC=CTTCAAGACCAAACGGGGCAA;SOR=1.251;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=59;WE=32647839;WS=32647821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr17	32684389	rs159313	T	C	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=88;NR=38;PP=2626;SC=GTAAGATCTATTTCTTCCTCT;SOR=1.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=88;TCR=38;TR=126;WE=32684397;WS=32684379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	32687442	rs3136682	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=134;ReadPosRankSum=1.785;SC=TAAAGTGCAACAACATAGCTT;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=16;WE=32687450;WS=32687432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr17	32687511	rs3136683	G	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,41:0.39:105
chr17	32687689	rs3136684	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.679;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr17	32688712	rs159271	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=453;SC=AACCTTATTCTGGTAAAATAC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=32688720;WS=32688702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	32688760	rs73288091	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=278;ReadPosRankSum=0.528;SC=CCAGGCTGGCGGGGTTCTGTT;SOR=1.157;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=18;WE=32688768;WS=32688750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr17	32904480	rs887231	G	A	4955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=59;PP=2965;SC=TAAGATGAGCGAAGTGCATGA;SOR=1.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=115;TCR=59;TR=174;WE=32904488;WS=32904470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
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chr17	32906373	rs56322375	G	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=93;ReadPosRankSum=0.510;SC=GCGCCGCCAGGCTAGGAATGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=7;WE=32906381;WS=32906363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr17	32908064	rs4795938	T	C	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=86;PP=2965;SC=CGACTGTTGCTCTCTCGGACC;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=108;TCR=87;TR=194;WE=32908072;WS=32908054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	32908210	rs7218304	T	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=45;PP=1090;SC=CAGGCGCCACTGGAGGGGGTA;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=32908218;WS=32908200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	32957114	rs56879769	G	A	5387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.534;SC=GAATGGCCTCGTCCTGGACAT;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=401;TCF=219;TCR=182;TR=247;WE=32957122;WS=32957104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,252:0.61:413
chr17	32961751	rs2058164	C	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=531;SC=GGCAAGGGTGCGGGGTGTGTA;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=32961759;WS=32961741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	32962004	rs73988752	C	T	4344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=103;PP=2718;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TGGAGGTCACCGACCTAGTCA;SOR=0.762;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=272;TCF=123;TCR=149;TR=183;WE=32962012;WS=32961994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,195:0.67:289
chr17	32962050	rs75594429	C	T	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=82;PP=2027;ReadPosRankSum=1.409;SC=CCGAGTGGCACACATGGTGGA;SOR=0.771;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=215;TCF=97;TCR=118;TR=146;WE=32962058;WS=32962040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,164:0.69:237
chr17	32965285	rs28442132	C	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.325;HP=10;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=492;ReadPosRankSum=0.607;SC=ACCCCCCCCCCCAACGGGGTC;SOR=1.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=36;WE=32965293;WS=32965261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr17	33288882	rs931196	T	G	10594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=175;PP=2965;SC=CAGCGCCTCATTCCGTCAAGA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=180;TCR=175;TR=355;WE=33288890;WS=33288872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr17	33289282	.	G	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=71;PP=1646;ReadPosRankSum=0.441;SC=AGAAATACATGAAAAAGTGGT;SOR=0.948;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=393;TCF=191;TCR=202;TR=127;WE=33289290;WS=33289272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,127:0.32:402
chr17	33307700	rs57311484	GC	G	2697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=51;PP=2100;SC=AAGGCAGCGGGCCCGGGGCGA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=53;WE=33307708;WS=33307690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	33433820	rs936656	A	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=284;SC=TGGAAGAATCAGTGTGAGTAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=33433828;WS=33433814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	33448818	rs1871892	T	C	15941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=308;NR=285;PP=2965;SC=AAAACCCTTTTCAAACCCCAA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=595;TCF=308;TCR=287;TR=593;WE=33448826;WS=33448808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr17	33454415	rs2306508	C	A	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=86;PP=2573;SC=TTGAGCACACCGTCAACAATT;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=41;TCR=86;TR=127;WE=33454423;WS=33454405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	33463568	rs3736143	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=412;SC=CACGCCTGGGCGATTAGCCCC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=33463576;WS=33463558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	33464864	rs7215209	C	T	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=25;PP=1221;SC=GGCCAGCTTCCTGCCATCTGG;SOR=0.971;Source=Platypus;TCR=25;TR=64;WE=33464872;WS=33464854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	33469279	rs1471615	G	C	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=68;PP=2192;SC=ACACCCACCGGCACTGCTGCC;SOR=1.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=108;WE=33469287;WS=33469269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	33478185	rs4796042	C	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	33479867	rs79901966	G	A	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CTGAAATGACGTGGACCCCAC;SOR=0.489;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=72;WE=33479875;WS=33479857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,78:0.60:131
chr17	33497050	rs8066133	C	T	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=51;PP=1606;ReadPosRankSum=0.470;SC=GGACCTCACCCCTGGTTCACC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=319;TCF=182;TCR=137;TR=120;WE=33497058;WS=33497040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,120:0.37:326
chr17	33497331	rs7213921	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr17	33501432	rs1384220	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr17	33502937	rs11657816	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=1.786;SC=CTGCTGCCTGGGAAGGTGTGC;SOR=1.118;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=11;WE=33502945;WS=33502927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr17	33503922	rs9902956	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=325;ReadPosRankSum=-1.638;SC=CTGATTATACGGCAGAATTTT;SOR=0.579;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=19;WE=33503930;WS=33503912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr17	33504465	rs12451132	C	T	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=781;ReadPosRankSum=1.059;SC=GTGAGGCACTCAGGGAACAAA;SOR=0.487;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=47;WE=33504473;WS=33504455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr17	33504809	rs4795065	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=0.792;SC=AAAAATGCTACAAGGCCCTTC;SOR=0.078;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=33504817;WS=33504799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr17	33510656	rs8074705	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=1.519;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr17	33513337	rs11654824	T	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.802;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TGGTTGGAGATCCTCCAGCGG;SOR=1.641;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=13;WE=33513345;WS=33513327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
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chr17	33513649	rs3744366	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=381;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GGTTCTCCTGAAGAGTCAGGT;SOR=0.290;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=23;WE=33513657;WS=33513639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr17	33591987	rs11080334	T	G	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;ReadPosRankSum=-1.364;SC=GCTTTCAGTTTACTTGCTAAA;SOR=0.395;SbPval=0.25;Source=Platypus;TCF=140;TR=113;WE=33591995;WS=33591977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,115:0.34:341
chr17	33592591	rs11651240	C	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1376;ReadPosRankSum=0.998;SC=GGTTATTCTCCGAAGGATATT;SOR=0.803;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=356;TCF=194;TCR=162;TR=107;WE=33592599;WS=33592581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,111:0.30:373
chr17	33680807	rs9897352	G	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.45;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	33680840	rs28571667	T	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=1;PP=1727;SC=CCTCTGCATCTTGCTCCCTGA;SOR=8.189;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=62;TCR=1;TR=63;WE=33680848;WS=33680830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	33689926	rs4796077	T	C	13037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=257;NR=198;PP=2965;SC=TTTAACACATTCACAATTTTG;SOR=0.940;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=455;TCF=257;TCR=198;TR=455;WE=33689934;WS=33689916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr17	33690466	rs12453150	C	A	8602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=144;PP=2965;SC=CGGGGCTTGACAGAGCGATCT;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=128;TCR=144;TR=272;WE=33690474;WS=33690456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr17	33690863	rs4796078	G	T	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=53;PP=1691;SC=AAGAAATGAAGTGTTACATGC;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=33690871;WS=33690853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	33748939	rs2671817	G	A	6314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=141;NR=79;PP=2965;SC=TCTTGCCCCAGATCCCATAGA;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=141;TCR=79;TR=220;WE=33748947;WS=33748929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	33749546	rs2586514	A	G	10089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=183;NR=178;PP=2965;SC=ATATCAACACAGGGCCTCTTT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=361;TCF=183;TCR=178;TR=361;WE=33749554;WS=33749536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr17	33749919	rs1849733	A	C	15837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=271;NR=288;PP=2965;ReadPosRankSum=1.659;SC=CTCGTGAGACACTTTCATTCT;SOR=0.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=562;TCF=272;TCR=290;TR=559;WE=33749927;WS=33749909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,584:1.00:585
chr17	33768199	rs1822403	G	A	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1275;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TCTGAAAGTAGTCCAGAAAGA;SOR=0.532;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=265;TCF=109;TCR=156;TR=98;WE=33768207;WS=33768189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,104:0.37:279
chr17	33768304	rs150808922	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.491;NF=6;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=0.015;SC=TCTGAGCTTCGTCAATGACGA;SOR=1.020;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=23;WE=33768312;WS=33768294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr17	33768354	rs3744371	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.828;NF=11;NR=8;PP=267;ReadPosRankSum=0.942;SC=AGGAAAGTTTCCCGGGTCTCT;SOR=1.002;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=19;WE=33768362;WS=33768344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr17	33769034	rs62078110	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=20.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.59;MQRankSum=-3.693;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.709;SOR=0.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,55:0.50:111
chr17	33805150	rs2304968	T	C	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=63;PP=1590;ReadPosRankSum=0.466;SC=ACGAAGAGGATAACTCTGGGA;SOR=0.742;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=303;TCF=135;TCR=168;TR=117;WE=33805158;WS=33805140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,127:0.40:319
chr17	33806863	rs12451746	G	A	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1010;ReadPosRankSum=1.236;SC=TCACAAAAATGTGAAAGTAGT;SOR=1.073;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=238;TCF=137;TCR=101;TR=78;WE=33806871;WS=33806853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,78:0.32:245
chr17	33807250	rs9905892	T	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=154;ReadPosRankSum=0.467;SC=GAGTTAAGCCTGAGAGACAGC;SOR=0.385;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=15;WE=33807258;WS=33807240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr17	33814735	rs10626701	G	GAA	4485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.109;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,129:0.29:438
chr17	33875262	rs8073060	T	A	3390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.296;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=49;PP=2272;ReadPosRankSum=-2.413;SC=TAATTTTCAGTAGGCTGCCCT;SOR=0.395;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=181;TCF=122;TCR=59;TR=139;WE=33875270;WS=33875252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,143:0.75:191
chr17	33881631	rs321612	T	C	2510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,150:0.35:428
chr17	33881718	rs321613	G	A	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=2.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,85:0.33:255
chr17	33881734	rs321614	A	G	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,62:0.34:182
chr17	33921160	rs225305	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=-0.342;SC=AGGCAGAATGCTGCTGACCTC;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=15;WE=33921168;WS=33921150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr17	33933006	rs225284	A	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=478;ReadPosRankSum=0.060;SC=TCATCCAGGGAAATTCAAACC;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=24;WE=33933014;WS=33932996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr17	33963611	rs11345348	AT	A	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.976;NF=0;NR=18;PP=586;ReadPosRankSum=0.244;SC=AATCGGAAACATTAAAATGGT;SOR=0.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=18;WE=33963619;WS=33963601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr17	33968871	rs225270	A	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
chr17	33998802	rs1049379	G	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.132;NF=20;NR=4;PP=390;ReadPosRankSum=0.904;SC=CATCATCGGTGCCTGCAACCT;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=24;WE=33998810;WS=33998792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
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chr17	34072264	rs112426189	G	T	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=916;ReadPosRankSum=0.664;SC=ACATGCCTTGGCTTTGTCAGA;SOR=0.909;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=230;TCF=127;TCR=103;TR=79;WE=34072272;WS=34072254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,84:0.34:245
chr17	34072555	rs3744374	G	A	6433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.405;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.764;SC=TTCTTGGATGGCTTTGTCATA;SOR=0.933;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=408;TCF=234;TCR=174;TR=257;WE=34072563;WS=34072545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,276:0.65:427
chr17	34077232	rs11654604	G	A	9149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=1.660;SC=TGTGGGCGCCGCAACACCAAA;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=625;TCF=359;TCR=266;TR=397;WE=34077240;WS=34077222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,411:0.64:638
chr17	34077428	rs11650416	A	C	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=66;PP=1614;ReadPosRankSum=-1.386;SC=GGAGGAAAGCACTGGGGTCAT;SOR=0.507;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=9;TCR=96;TR=72;WE=34077436;WS=34077418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr17	34077459	rs117559122	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=313;ReadPosRankSum=-1.031;SC=GGGCAGCAGACATGGGGAGTG;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=20;WE=34077467;WS=34077449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr17	34090958	rs4796106	C	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=337;ReadPosRankSum=-3.389;SC=TAAATAAATACATGAAAAATT;SOR=0.591;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=26;WE=34090966;WS=34090948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr17	34091078	rs4795087	C	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=813;ReadPosRankSum=-1.943;SC=GGGCCGAGGACGCGGAGCAAG;SOR=0.907;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=61;WE=34091086;WS=34091068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,72:0.56:129
chr17	34097039	rs3826404	T	G	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=869;ReadPosRankSum=0.955;SC=CAGGAGGCCTTGGGGGCAGGA;SOR=0.836;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=61;WE=34097047;WS=34097029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,76:0.57:134
chr17	34100350	rs58543174	G	GC	9767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=93;PP=2965;SC=GCCGGCTCCGGAGATGCTCAG;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=25;TCR=93;TR=118;WE=34100358;WS=34100340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	34147533	.	CT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=10.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr17	34160764	rs3785764	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.299;SC=ACATTTAGAACTCTGTGAAAT;SOR=0.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=7;WE=34160772;WS=34160754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr17	34165601	rs4251773	G	GT	2295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=66;PP=2471;ReadPosRankSum=2.712;SC=TTGGATAAATGTTTTCTAGTC;SOR=1.014;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=5;TCR=97;TR=69;WE=34165609;WS=34165591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,85:0.71:120
chr17	34182341	rs2306630	G	A	4402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=109;PP=2893;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CTCATATACAGAGAGAACCTT;SOR=1.065;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=292;TCF=131;TCR=161;TR=187;WE=34182349;WS=34182331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,197:0.63:311
chr17	34183956	rs78655848	G	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.919;NF=15;NR=30;PP=742;ReadPosRankSum=0.323;SC=GAAGCAGACAGGTAAATAGGC;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=45;WE=34183964;WS=34183946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr17	34183983	rs77598005	AG	A	607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.400;NF=0;NR=18;PP=558;ReadPosRankSum=-0.247;SC=AATACTGTGTAGGGGTACACA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=18;WE=34183991;WS=34183973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr17	34185535	rs35283303	AG	A	2065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.096;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.998;NF=1;NR=50;PP=1622;ReadPosRankSum=0.627;SC=AGTGCCTATGAGGGGGCAGGG;SOR=1.140;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=81;TCF=3;TCR=78;TR=51;WE=34185543;WS=34185525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,75:0.68:111
chr17	34191406	rs2291299	T	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=981;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TGGAATACCATCCCCACAACC;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=59;WE=34191414;WS=34191396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,61:0.67:91
chr17	34251452	rs4796137	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.546;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=422;ReadPosRankSum=-0.164;SC=AAAACCCTATGTTGTAAGACA;SOR=0.121;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=23;WE=34251460;WS=34251442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr17	34252537	rs2251660	A	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=573;ReadPosRankSum=0.210;SC=TCCTTTTGGAACACCCATTGA;SOR=1.075;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=25;WE=34252545;WS=34252527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr17	34257050	rs2280787	C	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=256;ReadPosRankSum=-1.234;SC=TTCATTTCAGCGGAGCTAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=14;WE=34257058;WS=34257040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr17	34257065	rs75109155	C	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.49;ReadPosRankSum=-2.098;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr17	34257069	rs9913559	T	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.49;ReadPosRankSum=-1.937;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr17	34257313	rs9907295	C	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=994;ReadPosRankSum=-0.838;SC=AAAACAAAACCGCACATGCCC;SOR=0.969;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=69;WE=34257321;WS=34257303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,71:0.51:139
chr17	34257559	rs11871113	G	T	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=1;PP=760;ReadPosRankSum=1.828;SC=GTGAGGGTCTGAGGCAGGACT;SOR=1.545;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=61;TCF=58;TCR=3;TR=34;WE=34257567;WS=34257549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr17	34261831	rs9754	A	G	4466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.281;SC=CAGCCAGTAGAAGAGTGGCCG;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=164;TCR=114;TR=187;WE=34261839;WS=34261821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,192:0.66:290
chr17	34261981	rs10562162	TGCTA	T	7479.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.739;NF=14;NR=93;PP=2970;ReadPosRankSum=-1.556;SC=TCCCCGTCATTGCTAGCTAGC;SOR=0.742;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=190;TCF=20;TCR=170;TR=107;WE=34261992;WS=34261971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,187:0.65:287
chr17	34264862	rs1052266	T	C	3394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=82;PP=1971;ReadPosRankSum=1.605;SC=AGCTTCCATCTGCATTTTCAT;SOR=0.748;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=238;TCF=119;TCR=119;TR=160;WE=34264870;WS=34264852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,160:0.66:241
chr17	34325532	rs2075746	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.895;NF=10;NR=22;PP=550;ReadPosRankSum=3.089;SC=CCTCCTCGGCTAGCACTTGCT;SOR=0.602;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=32;WE=34325540;WS=34325522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,34:0.46:74
chr17	34328461	rs854625	A	G	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=63;PP=1934;SC=CTCACCATTTATGAACTGGGC;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=116;WE=34328469;WS=34328451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	34340161	rs1734953	T	A	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=111;NR=52;PP=2965;SC=AATGCTTCTTTAAAAAATAAT;SOR=1.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=111;TCR=52;TR=163;WE=34340169;WS=34340151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	34340284	rs1003645	C	T	7305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=130;PP=2965;SC=AGCATTCTCACGCAAACCTGA;SOR=0.943;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=118;TCR=131;TR=248;WE=34340292;WS=34340274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	34341082	rs1719204	C	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=426;SC=GGGTGGGCCACAGCAGGACCA;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=34341090;WS=34341072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	34391783	rs2015070	C	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=453;ReadPosRankSum=0.933;SC=AGTCTGTCATCCATGTGCTTT;SOR=0.787;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=46;WE=34391791;WS=34391773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,51:0.28:183
chr17	34398495	rs14304	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=662;ReadPosRankSum=0.924;SC=CCCTGGAGGCCACCTCTTCTA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=38;WE=34398503;WS=34398485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr17	34416246	rs1719130	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=0.046;SC=TGCCTATCTCTGTCTAGAGAG;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=7;WE=34416254;WS=34416236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr17	34416537	rs1130371	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.893;NF=35;NR=7;PP=787;ReadPosRankSum=0.817;SC=ACATGACACCGGGCTTGGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=42;WE=34416545;WS=34416527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr17	34416665	rs1719133	A	G	7869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=137;NR=141;PP=2965;SC=GGAAGAGAATAAGCCCGAGTC;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=278;TCF=137;TCR=141;TR=278;WE=34416673;WS=34416655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr17	34431287	rs1049750	G	T	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=118;NR=58;PP=2965;SC=AAACCTCTTTGCCACCAATAC;SOR=1.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=119;TCR=58;TR=176;WE=34431295;WS=34431277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	34431403	rs1719144	G	A	4014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.890;NF=74;NR=90;PP=2393;ReadPosRankSum=-1.027;SC=CTGCTATTTCGAGTCAAGGTG;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=126;TCR=156;TR=164;WE=34431411;WS=34431393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,181:0.59:306
chr17	34431961	rs1719146	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.765;NF=20;NR=4;PP=506;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TTTCTTACACTGCGAGGAAGC;SOR=2.925;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=24;WE=34431969;WS=34431951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr17	34432125	rs1719147	A	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=33;PP=1100;SC=GTGATTGAGCATTGGGGAGGC;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=34432133;WS=34432115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	34432581	rs1719149	T	C	11792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=2.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.73;MQRankSum=-7.429;QD=26.86;ReadPosRankSum=2.326;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,294:0.67:439
chr17	34432586	rs1719150	A	G	11916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=4.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-7.328;QD=26.25;ReadPosRankSum=1.858;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,306:0.67:454
chr17	34432663	rs1049807	AT	GA	11428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-7.695;NF=122;NR=140;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.338;SC=ATCCCAGTGAATCCTGGGTCC;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=411;TCF=195;TCR=216;TR=262;WE=34432672;WS=34432653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,287:0.65:441
chr17	34842521	rs4796224	A	G	15840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=301;NR=251;PP=2965;SC=GCGGCGCAGTAAACAGTCTCC;SOR=0.847;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=553;TCF=302;TCR=251;TR=552;WE=34842529;WS=34842511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr17	34855110	rs111268012	GT	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.747;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr17	34862220	rs1109442	T	C	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=51;PP=2525;SC=GCACCGATCCTGGCAGGTGCT;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=98;TCR=51;TR=149;WE=34862228;WS=34862210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	34869150	rs6607296	C	A	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.83;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	34869155	rs8882	G	A	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	35306312	rs2306658	G	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr17	35470230	rs3815059	A	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=899;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TTAGAAATCAAGAAATTTCTC;SOR=0.552;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=196;TCF=68;TCR=128;TR=72;WE=35470238;WS=35470206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,73:0.36:204
chr17	35478362	rs1470452	T	C	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=68;PP=2599;SC=TGGCCTGATATGTCTTAAACG;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=101;TCR=68;TR=169;WE=35478370;WS=35478352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	35486486	rs9789070	C	T	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.36;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	35486486	.	CAGACAAAGA	TAGACAAAGA,TAGACAAAGG	262	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3,0;NR=27,10;PP=262,176;QD=9.89237375157;SC=ACAATAGTTACAGACAAAGAC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30,10;WE=35486503;WS=35486476;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:30
chr17	35486495	rs17848779	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr17	35549275	rs2305099	T	C	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=58;PP=1689;ReadPosRankSum=1.512;SC=GAAAAAACAGTTCACAAGAGG;SOR=0.869;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=95;WE=35549283;WS=35549265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,105:0.71:148
chr17	35550158	rs12603097	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr17	35550179	rs12603098	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CTAAGACACACGTAAGGCAAC;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=12;WE=35550187;WS=35550169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr17	35550448	rs2305097	C	A	345.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=-1.085;SC=CATTTAGAAGCCAGTTTTCTA;SOR=1.911;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=15;WE=35550456;WS=35550438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr17	35557289	rs11659129	C	T	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TATTAGTAAGCATAAGATTAC;SOR=0.450;Source=Platypus;TCF=75;TR=69;WE=35557297;WS=35557279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,73:0.68:107
chr17	35562546	rs2278679	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=313;ReadPosRankSum=-1.126;SC=TATCCCTAAACGCAGAACTAG;SOR=0.638;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=18;WE=35562554;WS=35562536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr17	35581887	rs144469510	TTA	T	687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=561;ReadPosRankSum=1.908;SC=CAGGAAAGGGTTATATATATA;SOR=0.527;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=21;WE=35581900;WS=35581877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr17	35583137	rs17574651	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=322;ReadPosRankSum=0.768;SC=TGAGGAAAACGTGACACATAT;SOR=0.871;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=21;WE=35583145;WS=35583127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr17	35600558	.	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.111;SC=ATTCTGTATACGTGGGAAATT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=35600566;WS=35600548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr17	35608781	rs72010031	CCT	C	1764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.783;NF=31;NR=6;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GTCAACATCCCCTCTCTTTCT;SOR=1.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=37;WE=35608790;WS=35608771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr17	35608889	rs1519091	G	A	5061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.423;NF=121;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TGTACTCAGGGCCATTGATTA;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=170;TCR=126;TR=210;WE=35608897;WS=35608879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,221:0.72:309
chr17	35609746	rs2252757	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=578;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TCATGTAGTGGCAGGGATTGA;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=41;TCR=0;TR=26;WE=35609754;WS=35609736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr17	35632979	rs2542660	C	A	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=52;PP=1265;ReadPosRankSum=-0.013;SC=TGACTGTAACCCCTTGGCCTC;SOR=0.938;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=159;TCF=73;TCR=86;TR=91;WE=35632987;WS=35632969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,106:0.58:182
chr17	35646546	.	G	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.079;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.039;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=41;PP=881;ReadPosRankSum=1.138;SC=TGTGCTCTCCGGCAGTAATAT;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=129;TCF=28;TCR=101;TR=49;WE=35646554;WS=35646536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,52:0.40:131
chr17	35696804	rs58654829	G	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=327;ReadPosRankSum=0.813;SC=TCCACTTCCAGAAAGACCTAG;SOR=0.874;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=23;WE=35696812;WS=35696794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr17	35696820	rs147333574	AAAAG	A	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=428;ReadPosRankSum=1.750;SC=CCTAGAGAGAAAAAGAGAGAA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=11;WE=35696831;WS=35696810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr17	35696841	.	GT	G	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr17	35771468	rs7211875	C	T	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1253;ReadPosRankSum=0.703;SC=CCGTTTGGGTCCCTTTAGCAG;SOR=0.613;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=127;TCF=45;TCR=82;TR=79;WE=35771476;WS=35771458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,86:0.64:135
chr17	35783565	rs8067120	C	T	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.717;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=767;ReadPosRankSum=-0.188;SC=TTAAGATAACCGTAAGGTGGT;SOR=1.256;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=41;WE=35783573;WS=35783555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr17	35818592	rs9897879	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr17	35818739	rs72377203	TTGTGTG	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.212;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=3.104;NF=0;NR=6;PP=227;ReadPosRankSum=2.713;SC=GATTATTGTTTTGTGTGTGTG;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=6;WE=35818752;WS=35818729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr17	35818741	rs4795202	G	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=-2.110;QD=14.51;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr17	35899141	rs1034686	T	A	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=16;PP=1731;SC=AGCCTCACCTTAGATGCATGA;SOR=2.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=81;WE=35899149;WS=35899131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	35902225	rs3110623	C	G	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=50;PP=2351;SC=AACATTCGTTCGGGGTTTCTT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=96;WE=35902233;WS=35902215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	35913589	rs117611723	C	T	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1779;ReadPosRankSum=-0.837;SC=CTGAAGACATCGTACTTGGTA;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=109;WE=35913597;WS=35913579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,113:0.65:173
chr17	35937637	rs12602536	T	C	6039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=111;PP=2965;SC=ACTTCAGAAGTATTTAATTTA;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=92;TCR=111;TR=203;WE=35937645;WS=35937627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	35946814	rs59650365	T	A	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=361;SC=AAATAAAAGATGCAAATATAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=35946822;WS=35946804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	35956263	rs4795207	T	C	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=47;PP=2965;SC=ACTAAAGAAGTAAGTACCTGC;SOR=1.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=100;TCR=47;TR=147;WE=35956271;WS=35956253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	36003275	rs3813911	T	A	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=2;PP=1135;SC=CGGGTGTCCATGTGCGCCGGC;SOR=4.565;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=43;WE=36003283;WS=36003265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr17	36047276	rs2229295	G	T	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CGCAGGTGCCGGTCAGGTCAC;SOR=0.588;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=170;TCF=106;TCR=64;TR=113;WE=36047284;WS=36047265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,116:0.66:177
chr17	36047417	rs3110641	A	G	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,54:0.26:210
chr17	36047501	rs8066605	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.545;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=628;ReadPosRankSum=-0.726;SC=AACCAGCAAAGAGCAGCAGGT;SOR=1.446;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=34;WE=36047509;WS=36047491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr17	36058980	rs2269843	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=4;PP=180;SC=CTCAGAAGGACCTAATTTCTG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=36058988;WS=36058970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	36059246	rs2269842	A	C	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=55;PP=1733;ReadPosRankSum=0.851;SC=TACACAGGCAAAGACACAGGT;SOR=0.639;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=112;WE=36059254;WS=36059236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,124:0.70:178
chr17	36059377	rs2269841	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=831;ReadPosRankSum=0.129;SC=CAAGTCACATAACCAACTCCC;SOR=1.358;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=18;WE=36059393;WS=36059367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr17	36059385	rs12938438	C	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=412;ReadPosRankSum=-0.692;SC=ATAACCAACTCCCGAAAGCAT;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=10;WE=36059393;WS=36059367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr17	36061297	rs2074429	C	T	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=163;SC=GCCTGTTACACAGGAGATTCC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=36061305;WS=36061287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	36093863	rs3216929	G	GCAGA	2213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=1726;ReadPosRankSum=1.857;SC=CCTTCACTCAGCAGACAGACA;SOR=1.184;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=64;TCF=6;TCR=58;TR=34;WE=36093874;WS=36093853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr17	36204767	.	C	CTTAT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr17	36204801	rs12451580	T	C	183.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-1.593;SC=TAATCCAAAGTAAATGGAAAT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=36204809;WS=36204791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr17	36205038	rs12935969	A	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr17	36214798	rs12936785	G	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=2.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TGAGGTGTTTGTCCAGTGCAT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=36214806;WS=36214788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr17	36233775	rs12946744	T	C	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.273;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.103;NF=65;NR=28;PP=1621;ReadPosRankSum=0.299;SC=TCCTTTCTATTTCCCAGCAGT;SOR=0.374;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=153;TCF=111;TCR=42;TR=93;WE=36233783;WS=36233765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,101:0.62:163
chr17	36233930	rs2677184	G	A	8025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=164;PP=2965;SC=CATGGGCCCAGCCTAAAAATA;SOR=1.159;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=278;TCF=113;TCR=165;TR=277;WE=36233938;WS=36233920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr17	36234106	rs2677185	G	A	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=139;SC=ACCACTACTAGAAAAAGCATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=36234114;WS=36234096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	36352408	rs11407739	G	GT	4271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=5.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQRankSum=-0.388;QD=16.88;ReadPosRankSum=4.424;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,211:0.83:253
chr17	36352489	rs4796259	A	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=7.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQRankSum=-1.005;QD=5.82;ReadPosRankSum=2.297;SOR=1.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,44:0.31:144
chr17	36352537	rs62074773	A	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.36;QD=30.29;SOR=7.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	36352572	rs62074774	C	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.96;QD=30.25;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	36353560	rs111638343	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.93;QD=30.63;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	36353761	rs62074778	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=3.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.40;MQRankSum=0.126;QD=0.29;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,32:0.13:244
chr17	36357295	rs79239780	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQRankSum=0.843;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.231;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr17	36357835	rs1848308	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-1.544;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,36:0.13:287
chr17	36358189	.	GATATATAT	G	967.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=0.432;QD=19.75;ReadPosRankSum=-1.216;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr17	36358196	.	A	ATC	991	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=26;MQ=57.66;NF=4;NR=10;PP=991;QD=71.0;SC=TGAGATATATATATATATATA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=14;WE=36358208;WS=36358179;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr17	36358206	.	A	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=1.536;QD=20.82;ReadPosRankSum=-2.250;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,38:0.81:47
chr17	36358212	.	A	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQRankSum=1.653;QD=24.66;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr17	36358227	.	TAC	T	259	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=27;MQ=41.9;NF=2;NR=10;PP=259;QD=21.8333333333;SC=TATATATATATACTCTTGCAT;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=12;WE=36358236;WS=36358217;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
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chr17	36358847	rs77355093	T	A	21102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=487;NR=233;PP=2965;SC=TTTACCTCTATTGCAAATTTT;SOR=1.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=721;TCF=487;TCR=234;TR=720;WE=36358855;WS=36358837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,741:1.00:741
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chr17	36398166	.	C	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQRankSum=-3.980;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.913;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,28:0.18:158
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chr17	36413243	rs7217193	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQRankSum=-0.040;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.712;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr17	36453208	rs149988943	T	C	4153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.845;NF=90;NR=87;PP=2811;ReadPosRankSum=0.370;SC=GGCTGGTGGTTTCGGCAGGTG;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=126;TCR=122;TR=177;WE=36453216;WS=36453191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,179:0.71:253
chr17	36478450	rs34749623	G	T	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=1.030;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,64:0.63:101
chr17	36484462	rs200622631	G	A	3486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=55;PP=2311;ReadPosRankSum=0.100;SC=TCTTGAGGACGTGGTTGTGGG;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=227;TCF=141;TCR=86;TR=140;WE=36484470;WS=36484452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,148:0.63:236
chr17	36485753	rs35803744	G	C	3572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=60;PP=2352;ReadPosRankSum=-1.712;SC=CAGCGCTGCCGAGGGACTGGA;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=119;TCR=95;TR=137;WE=36485761;WS=36485743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,147:0.65:227
chr17	36486004	rs55727040	T	C	4994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.882;SC=AGGGACTCCTTGTCATCGGAG;SOR=0.839;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=344;TCF=168;TCR=176;TR=215;WE=36486012;WS=36485994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,225:0.63:358
chr17	36486802	rs72832277	G	A	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.284;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=53;PP=1907;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GATGGCCTCCGCACCAGGCTG;SOR=0.380;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=191;TCF=115;TCR=76;TR=120;WE=36486810;WS=36486792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,122:0.62:198
chr17	36490427	rs72832278	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=1.239;SC=CAGAAGGGGCATCTGGGGGGT;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=11;WE=36490435;WS=36490426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr17	36490801	rs4795266	C	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=923;ReadPosRankSum=-0.716;SC=AAGATGTGCTCGGGGGAGCCT;SOR=1.013;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=44;WE=36490809;WS=36490791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr17	36491376	rs4794778	T	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=0.526;SC=AGGGGAGTGGTGCTGGCAAGG;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=36491384;WS=36491369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr17	36492825	rs373731064	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=1.380;SC=TGAGATGGGTCGGACATGTGT;SOR=0.097;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=9;WE=36492833;WS=36492815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr17	36493203	rs4312356	C	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=844;ReadPosRankSum=-0.761;SC=TCTCCTGTGACCTGGGGCTCC;SOR=1.697;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=44;WE=36493211;WS=36493193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr17	36493598	rs9894059	A	G	3619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=71;PP=2246;ReadPosRankSum=1.669;SC=TCTCCAGGGGAACACACTATG;SOR=0.500;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=222;TCF=113;TCR=109;TR=152;WE=36493606;WS=36493588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,163:0.68:240
chr17	36493750	rs72832279	TC	AA	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=917;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CCCTCTCTAGTCCTTGGGAAG;SOR=0.741;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=24;WE=36493759;WS=36493740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr17	36508385	rs41377745	T	C	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=35;PP=1586;ReadPosRankSum=0.506;SC=GTCCGTGTCCTCCTCAGCCGC;SOR=0.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=101;WE=36508393;WS=36508375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,106:0.72:148
chr17	36517513	rs41360744	T	G	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=28;PP=1755;ReadPosRankSum=0.702;SC=TCAGTGCATCTGGAACTGAGT;SOR=0.884;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=177;TCF=128;TCR=49;TR=112;WE=36517521;WS=36517503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,119:0.64:185
chr17	36584628	.	G	GGGCC	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	36584681	rs9912941	G	A	170.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=1;PP=62;SC=CCGGGTCCCTGCCGGCGCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=36584689;WS=36584671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	36617210	rs9898977	A	G	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.138;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1062;ReadPosRankSum=-1.269;SC=GGACCTGCACAGGACTCCTCT;SOR=1.045;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=248;TCF=142;TCR=106;TR=84;WE=36617218;WS=36617200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,90:0.34:264
chr17	36622482	rs8075324	G	C	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=80;PP=2210;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CAGAGCCACCGCCGATCTGCT;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=437;TCF=225;TCR=212;TR=164;WE=36622490;WS=36622472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,166:0.36:458
chr17	36623602	rs8065549	A	G	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=68;PP=1780;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GCTGTCCTGGAGGACTTAGCT;SOR=0.572;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=372;TCF=172;TCR=200;TR=133;WE=36623610;WS=36623592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,140:0.35:395
chr17	36638179	rs144390029	G	A	305.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.750;NF=12;NR=2;PP=248;ReadPosRankSum=-1.112;SC=ATCCCCATACGTCCAAATGTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=36638187;WS=36638169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	36638255	rs7503829	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=2.280;QD=3.27;ReadPosRankSum=1.689;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr17	36638388	rs11867891	A	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.975;NF=12;NR=15;PP=401;ReadPosRankSum=0.449;SC=GAACCAGGTGAGTCTCTGCCA;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=27;WE=36638396;WS=36638378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr17	36638695	rs139165577	G	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.236;NF=28;NR=16;PP=662;ReadPosRankSum=1.210;SC=GCCTTGCATTGTCCCCTTCTT;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=44;WE=36638703;WS=36638685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr17	36642473	rs71138626	CT	C	298.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.792;QD=12.45;ReadPosRankSum=1.645;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr17	36646291	rs12937928	A	G	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=72;PP=2850;SC=GGCCGGGAGAACAGGGGAAGG;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=162;WE=36646299;WS=36646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	36646386	rs9891156	A	G	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=71;PP=2202;SC=TTGAGGACGCACGGGAGCGAA;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=116;WE=36646394;WS=36646376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	36666551	rs62074752	T	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,43:0.28:153
chr17	36699322	rs2502364	A	G	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1296;ReadPosRankSum=1.083;SC=AAACACCCACAGGTGAGGTAT;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=313;TCF=165;TCR=148;TR=107;WE=36699330;WS=36699312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,107:0.33:320
chr17	36700148	.	C	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=717;ReadPosRankSum=-0.214;SC=GGGCCGCCTTCAGCCGAGAGG;SOR=0.656;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=190;TCF=102;TCR=88;TR=67;WE=36700156;WS=36700138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,73:0.37:198
chr17	36700163	rs35262222	C	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=839;ReadPosRankSum=0.004;SC=GAGAGGCCCCCGGAGTCACCA;SOR=0.849;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=191;TCF=95;TCR=96;TR=65;WE=36700171;WS=36700153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,67:0.35:193
chr17	36700376	rs2502363	C	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=0.782;SC=TCCACCCTCTCAGTCCCCACT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=7;WE=36700384;WS=36700366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr17	36707305	rs2471622	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=1.052;SC=GATCTTGAGATCCCAGTGCCT;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=15;WE=36707313;WS=36707295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr17	36708648	rs35447171	A	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=344;ReadPosRankSum=0.490;SC=CGGTGTGTGAACCCATGGGAA;SOR=0.454;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=22;WE=36708656;WS=36708638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr17	36716375	.	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=499;ReadPosRankSum=0.106;SC=TCCAGGCCAGCCCCAGACCTT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=30;WE=36716383;WS=36716365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr17	36718610	rs6503709	T	A	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=75;PP=2064;SC=GTCACCAAGGTCACCCCTGTC;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=136;WE=36718618;WS=36718600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	36724309	rs12948141	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=1.501;SC=AAGCAGCAGCCACAGCCTGCA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=36724317;WS=36724299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	36731195	rs56118590	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=302;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TGAGGAGGCATACGGGGTCCA;SOR=1.298;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=23;WE=36731203;WS=36731185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr17	36734700	rs7503695	T	C	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.289;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.660;NF=40;NR=16;PP=2384;ReadPosRankSum=0.803;SC=CCGCTGGCCGTGGCCGCAGCC;SOR=0.090;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=56;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,61:0.82:74
chr17	36734706	rs144253512	CAGCCGG	C	2755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.816;NF=20;NR=22;PP=2628;ReadPosRankSum=0.416;SC=GCCGTGGCCGCAGCCGGAGCC;SOR=0.180;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=42;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,73:0.79:92
chr17	36760753	rs12952883	G	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=687;ReadPosRankSum=0.837;SC=CGGCCCCCAGGGTCCCTCGGT;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=56;WE=36760761;WS=36760743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr17	36830562	rs79676758	G	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=437;ReadPosRankSum=0.617;SC=CGCGCCGCCAGCTCCCCAGGC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=34;WE=36830570;WS=36830552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr17	36861983	rs17855918	T	C	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TGCAGCGTGGTCGTCCACCAA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=123;WE=36861991;WS=36861973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr17	36863026	rs2075054	G	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-6.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=1;PP=712;ReadPosRankSum=-2.045;SC=TGTGGTTGAAGGCTGGTGTTG;SOR=0.351;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=51;TCR=1;TR=35;WE=36863034;WS=36863016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr17	36886720	rs11652810	C	A	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,77:0.57:136
chr17	36886828	rs11658500	G	A	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;ReadPosRankSum=0.608;SC=TCCCTGCCAGGACCTCCGCAG;SOR=0.759;Source=Platypus;WE=36886836;WS=36886818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,110:0.65:169
chr17	36889466	rs5820264	G	GCCTGC	3452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.790;NF=22;NR=15;PP=1844;ReadPosRankSum=1.004;SC=AGCTCCTGCAGCCTGCCCTGC;SOR=0.830;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=37;WE=36889474;WS=36889456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,77:0.63:123
chr17	36889559	rs2879097	C	T	7242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.617;NF=165;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=1.359;SC=CTTCTTCCAACGCACTGGCCT;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=535;TCF=275;TCR=260;TR=323;WE=36889567;WS=36889549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,336:0.61:554
chr17	36891457	rs141585937	A	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
chr17	36896751	rs56171152	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=719;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GGTGGTTCACGCCTGTAATCC;SOR=0.414;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=37;WE=36896759;WS=36896741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr17	36909061	rs228274	A	G	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=88;NR=51;PP=2412;SC=CGATCGAGGGATCCTAGTACA;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=89;TCR=51;TR=139;WE=36909069;WS=36909051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	36927690	rs25540	C	CTAAG	768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=717;SC=CGCGAGCTCTCTCTAATGGGG;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=36927698;WS=36927680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	36932200	rs228293	C	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=2;PP=453;SC=AGCAAAATAACAGAGTCACAA;SOR=6.439;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=24;WE=36932208;WS=36932190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	36934124	rs2075061	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr17	36993655	rs645686	T	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=48;PP=1105;SC=CCAGACCGGGTGCAGTGGCTC;SOR=3.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=36993663;WS=36993645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	36997288	rs595306	T	C	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=217;SC=GAGCGAGACTTTGTCTCAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=36997296;WS=36997283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	37010150	rs923370	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=954;SC=TGGGAGTTGAGGTAGAAGCGC;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=37010158;WS=37010140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	37054772	rs1130638	C	T	12437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=243;NR=220;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.711;SC=AGATCAGTAACGTGAGCTCTT;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=466;TCF=244;TCR=222;TR=463;WE=37054780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,476:1.00:478
chr17	37054884	rs2286883	A	G	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=117;PP=2965;SC=TGCCTCCACTACCCCTGCCCT;SOR=1.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=82;TCR=117;TR=198;WE=37054892;WS=37054874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	37054966	rs78076914	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,54:0.26:208
chr17	37075286	rs144614922	A	AGGGCGAGGCCCGTGG	4974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=6.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.134;QD=10.61;ReadPosRankSum=1.729;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,145:0.31:469
chr17	37076331	rs646097	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr17	37101101	.	A	ATGTGTGTGTGTGTGTGTG	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=576;ReadPosRankSum=0.967;SC=GCGTGCATGCATGTGTGTGTG;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=2;WE=37101109;WS=37101091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,1:0.17:6
chr17	37101380	rs9906595	T	C	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=106;PP=2917;SC=CTCCAGTTTTTGGGCACTTCC;SOR=1.447;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=63;TCR=106;TR=169;WE=37101388;WS=37101370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	37224288	rs4405583	G	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=19;PP=528;SC=GAGCGACAGAGCCAACCAAGA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=37224296;WS=37224278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	37228691	rs62076605	T	C	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=625;ReadPosRankSum=1.063;SC=GGGCAGGCAGTTCTGTACTCA;SOR=0.296;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=41;WE=37228699;WS=37228681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr17	37228765	rs9907595	A	G	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=36;PP=1370;SC=CAGAAGGAGCAAGATTAGTGG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=86;WE=37228773;WS=37228755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	37234111	rs3744078	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr17	37239671	rs9891236	A	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=21;PP=1055;SC=TCCCCTCCACAGTCGGCCAGT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=37239679;WS=37239661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	37243927	rs12602945	A	G	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=81;NR=74;PP=2492;SC=CTATGCGGTGATATTCAAAGA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=155;WE=37243935;WS=37243917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	37244004	rs12600774	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=337;ReadPosRankSum=0.279;SC=CAGGCAGAGGGCATCGAGGCC;SOR=0.767;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=31;WE=37244012;WS=37243994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,33:0.28:116
chr17	37244022	rs75592639	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=0.447;SC=GCCTCTTCCCGGACAGTCTGA;SOR=0.932;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=22;WE=37244030;WS=37244012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr17	37253064	rs4795348	T	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=684;ReadPosRankSum=-1.548;SC=AAGAGTTTCTTAAGCAAATGA;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=48;WE=37253072;WS=37253054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,49:0.30:165
chr17	37253316	rs4795349	G	A	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=65;PP=1904;SC=GAGGCTGTGAGGAGTCCTCCC;SOR=2.409;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=22;TCR=65;TR=87;WE=37253324;WS=37253306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	37262059	rs3744352	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,44:0.25:173
chr17	37262117	rs17705646	C	T	4623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=94;PP=2778;ReadPosRankSum=2.533;SC=CTGGCACATCCGGGGATGGAT;SOR=0.547;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=280;TCF=150;TCR=130;TR=198;WE=37262125;WS=37262107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,209:0.71:293
chr17	37265378	rs16490	C	T	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=48;PP=1434;SC=CCCATGGGAACCCCTGGAAGG;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=37265386;WS=37265368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	37317672	rs511163	C	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=211;ReadPosRankSum=0.055;SC=TGCCCTCTTTCTTTCCCCACT;SOR=0.667;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=19;WE=37317680;WS=37317662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr17	37341235	rs2301775	A	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=509;ReadPosRankSum=0.838;SC=GCCCAGATGTAGGGATCAGGG;SOR=0.647;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=32;WE=37341243;WS=37341225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr17	37349655	rs16531	T	C	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,148:0.33:446
chr17	37349710	rs16532	C	G	9488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=132;NR=198;PP=2965;SC=ACCACCACCACGGTCCGGCTG;SOR=1.216;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=330;TCF=132;TCR=198;TR=330;WE=37349718;WS=37349700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr17	37371141	rs8070891	G	C	8786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=192;NR=111;PP=2965;SC=GAAAGGGTGAGAGGCAGCAGG;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=192;TCR=111;TR=303;WE=37371149;WS=37371131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr17	37371161	rs57363360	C	T	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=45;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.015;SC=GGAGCACCCTCCATTGTACCC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=381;TCF=237;TCR=144;TR=119;WE=37371169;WS=37371151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,118:0.29:400
chr17	37396201	rs34473775	G	T	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=67;PP=2029;ReadPosRankSum=0.100;SC=TCTGGCTCAGGAGTCCTTGTG;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=115;TCR=98;TR=143;WE=37396209;WS=37396191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,147:0.68:217
chr17	37399364	rs2338795	T	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=242;ReadPosRankSum=2.598;SC=GGCTGACAGGTGGCAGGCGGG;SOR=0.409;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=18;WE=37399372;WS=37399354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr17	37399379	rs2879258	G	T	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=19;PP=1036;SC=GGCGGGTAACGGGTTTTGGGT;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=37399387;WS=37399369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	37400109	rs112005308	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=14.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.76;MQRankSum=5.031;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.870;SOR=1.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr17	37401051	rs11078895	A	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=9;PP=854;SC=GTTCCTCACCACCATTCGCTC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=37401059;WS=37401041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	37401999	.	AT	A	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=9.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	37410700	rs752314	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=229;ReadPosRankSum=-1.374;SC=TATGTCTGGACACCTCTCTTC;SOR=2.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=12;WE=37410708;WS=37410699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr17	37410892	rs2879259	C	G	8911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=144;PP=2965;SC=AAAAGGGGTGCAGTTGATCAG;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=165;TCR=145;TR=309;WE=37410900;WS=37410882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr17	37417575	rs3744348	C	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=441;ReadPosRankSum=-0.178;SC=ATGTGTGGCTCTGGGGATCTG;SOR=0.403;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=25;WE=37417583;WS=37417565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr17	37421767	rs2061338	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=274;ReadPosRankSum=-2.115;SC=GAGTCATACCTGATTCTTTTT;SOR=0.258;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=20;WE=37421775;WS=37421757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr17	37425238	rs1966916	T	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=0.610;SC=AATTCTTTGGTGTTTCAGAGC;SOR=1.085;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=37425246;WS=37425228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr17	37425262	rs1966915	A	C	34.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr17	37441679	rs679995	A	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.935;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr17	37441973	rs16968717	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=1.210;SC=TATATCCTACGACCCTTCACA;SOR=0.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=37441981;WS=37441963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr17	37453294	rs632202	C	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=-0.931;SC=AAAATTTGCTCAATAGAGTTA;SOR=0.115;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=15;WE=37453302;WS=37453284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr17	37499604	rs9903363	C	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr17	37499614	rs16965088	A	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=6.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr17	37561613	rs6503513	A	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.595;QD=4.04;ReadPosRankSum=-2.574;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,47:0.27:174
chr17	37561712	.	AT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.41;MQRankSum=2.996;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr17	37580140	rs373440713	CT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.769;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr17	37580203	rs7405667	T	C	326.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TGGCGTGATCTTGGCTCACTG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=11;WE=37580211;WS=37580193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	37596535	rs72825188	T	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=359;ReadPosRankSum=-1.805;SC=CAGTGGCTCATGGAAAAACCT;SOR=0.070;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=59;TCF=58;TCR=1;TR=20;WE=37596543;WS=37596525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr17	37657755	rs187037757	A	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=136;ReadPosRankSum=-2.690;SC=TTTAGTTTCAAATGGTTAATT;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=9;WE=37657763;WS=37657745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
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chr17	37791739	rs77984709	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=476;ReadPosRankSum=0.523;SC=AGTTCTCTCTCCATGCTTCCA;SOR=0.883;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=138;TCF=96;TCR=42;TR=38;WE=37791747;WS=37791729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,39:0.28:140
chr17	37813338	rs2941515	T	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,47:0.30:158
chr17	37813462	rs2952139	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=61;ReadPosRankSum=1.239;SC=CCCATCCTTCGGGAGCCATCA;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=6;WE=37813470;WS=37813452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr17	37814080	rs1877031	G	A	4252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=77;PP=2627;ReadPosRankSum=1.329;SC=GCCGTGCTGCGGCTCCGGCAC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=166;TCR=124;TR=182;WE=37814088;WS=37814070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,195:0.64:307
chr17	37815475	rs2941514	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=-0.177;SC=ACCTCGGGCAATGCCCATCCG;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=6;WE=37815483;WS=37815465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr17	37815623	rs73296106	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CCTCTGGGAAGCATGTGGTAT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=7;WE=37815631;WS=37815614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr17	37815749	rs73296109	G	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=33;PP=1107;ReadPosRankSum=0.031;SC=AGGAGGCCACGGCAGTGGTGG;SOR=0.608;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=218;TCF=138;TCR=80;TR=83;WE=37815757;WS=37815739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,85:0.37:229
chr17	37815899	rs11658786	G	A	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=65;PP=1642;ReadPosRankSum=-0.910;SC=AAGATTACATGGGTTGGAGCC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=48;TCR=105;TR=94;WE=37815907;WS=37815889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,97:0.61:159
chr17	37816461	rs2952149	T	C	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=55;PP=1537;ReadPosRankSum=0.562;SC=GTCCCTGCCATAGGAATATGG;SOR=0.732;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=409;TCF=231;TCR=178;TR=130;WE=37816469;WS=37816451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,137:0.32:425
chr17	37817223	rs2934959	C	A	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=88;PP=1935;ReadPosRankSum=1.479;SC=AACTAACCCTCCCTCCCGCAG;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=506;TCF=236;TCR=270;TR=168;WE=37817231;WS=37817213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,175:0.33:525
chr17	37817389	rs2934960	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=202;ReadPosRankSum=0.454;SC=CCCCTGGGAGCATTGAGCAGT;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=12;WE=37817397;WS=37817379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr17	37818561	rs2941513	T	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.419;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=448;ReadPosRankSum=0.950;SC=ACCCCCGTGTTTGCACCTTTG;SOR=0.627;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=35;WE=37818569;WS=37818551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
chr17	37818932	rs2952150	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=222;ReadPosRankSum=-1.010;SC=GGAGAGGGCGACCCAGGCTGG;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=13;WE=37818940;WS=37818923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr17	37819241	rs2934961	A	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=879;ReadPosRankSum=0.977;SC=TTGGGCTCGCACTGCCCACAT;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=114;TCF=23;TCR=91;TR=50;WE=37819249;WS=37819231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,51:0.44:117
chr17	37821435	rs931992	G	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=266;ReadPosRankSum=0.951;SC=CCTCTGACCGGGGGGCAGCCA;SOR=0.141;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=16;WE=37821443;WS=37821425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr17	37821770	rs2941510	C	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=0.160;SC=CCAGAGCACCCTCACTGAGCC;SOR=0.333;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=15;WE=37821778;WS=37821760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr17	37822311	rs1053651	A	C	7414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=137;PP=2965;SC=AGCCCGGTGCACTTCGTCGCT;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=255;TCF=117;TCR=138;TR=252;WE=37822319;WS=37822301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr17	37825998	rs72554035	C	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,76:0.28:275
chr17	37829129	rs2247862	A	G	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=81;PP=2815;SC=GCTGTGGGCCAAAGGAGTAGC;SOR=1.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=137;WE=37829137;WS=37829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	37830447	rs2934956	T	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=1010;SC=CTGAGTCTTGTGTTCACATCA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=37830455;WS=37830437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	37830900	rs2941504	A	G	7623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=150;NR=111;PP=2965;SC=TGGTGTGGAAAACTGTGGACC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=263;TCF=150;TCR=113;TR=261;WE=37830908;WS=37830890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr17	37831035	rs1565922	A	G	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=75;PP=2201;SC=GGGGCTCTGCAGGACAAGAAA;SOR=2.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=20;TCR=75;TR=95;WE=37831043;WS=37831025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	37855713	.	TA	T	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.459;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.846;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr17	37866005	rs1810132	C	T	12662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=263;NR=199;PP=2965;SC=CTCTCTGTTACTAACCCGTCC;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=464;TCF=264;TCR=200;TR=462;WE=37866013;WS=37865995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr17	37868715	rs4252627	C	T	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=53;PP=1516;SC=AGAGTGGGCACGATGACCTGA;SOR=1.460;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=85;WE=37868723;WS=37868705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	37879762	rs903506	G	A	5537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=86;PP=2965;SC=ACCGGCCCCCGGCACTGACCC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=106;TCR=86;TR=190;WE=37879770;WS=37879752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	37884037	rs1058808	C	G	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=85;NR=88;PP=2965;SC=TCTGGAAAGGCCCAAGACTCT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=173;WE=37884045;WS=37884027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	37898543	rs2952142	T	C	9713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=188;NR=169;PP=2965;SC=GCCCCTCTCTTGCTCAGACGC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=188;TCR=170;TR=357;WE=37898551;WS=37898533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr17	37902887	rs150443878	GAAAAAGAAAAAGA	G	692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.04;MQRankSum=4.610;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.370;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,24:0.29:82
chr17	37921899	rs2952141	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=697;SC=ACAGTGTTTCCCTGGCTACCC;SOR=6.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=37921907;WS=37921889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	37922259	rs907092	G	A	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=56;PP=1391;ReadPosRankSum=-0.461;SC=TCACTTTGACGGAGTCTCTTG;SOR=0.947;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=299;TCF=146;TCR=153;TR=104;WE=37922267;WS=37922249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,111:0.35:315
chr17	37985801	rs3816470	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=0.675;SC=TTATAAATATATATTAAGTAG;SOR=0.161;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=20;WE=37985809;WS=37985791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr17	38020419	rs1453559	T	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=652;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CTGTGGCTACTCGGCCTCTCC;SOR=0.254;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=48;WE=38020427;WS=38020409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr17	38024626	rs11557466	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.965;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,46:0.29:158
chr17	38028634	rs11557467	G	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,23:0.19:122
chr17	38031674	rs10852935	C	T	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=74;PP=1403;ReadPosRankSum=-1.596;SC=ACAGTAATTGCGCTAGCTGTT;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=375;TCF=148;TCR=227;TR=120;WE=38031694;WS=38031664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,126:0.32:397
chr17	38031714	rs10852936	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=12.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,40:0.26:155
chr17	38062196	rs2305480	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=732;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GGCTTGTCTGGGTCCTCCATG;SOR=0.351;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=163;TCF=107;TCR=56;TR=52;WE=38062204;WS=38062186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,55:0.31:175
chr17	38062217	rs2305479	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=750;ReadPosRankSum=0.070;SC=TGTAGCTCCCCGGAAATCAGG;SOR=0.494;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=196;TCF=123;TCR=73;TR=57;WE=38062225;WS=38062207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,59:0.28:209
chr17	38063381	rs883770	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TCCTCACCAGCGTGTGTCAAT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=9;WE=38063389;WS=38063371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr17	38064405	rs11078927	C	T	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=54;PP=1433;ReadPosRankSum=1.667;SC=AAATGACGAACGGGAAGCCCA;SOR=0.672;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=388;TCF=215;TCR=173;TR=123;WE=38064413;WS=38064395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,130:0.32:412
chr17	38064469	rs11078928	T	C	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.463;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,134:0.34:394
chr17	38066240	rs2290400	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.980;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=0.042;SC=ACTGACTCTTTTCCCTCTCTG;SOR=0.225;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=13;WE=38066248;WS=38066230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr17	38066267	rs1008723	G	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-0.686;SC=AGCTCCTATTGAAGATTAATC;SOR=0.323;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=9;WE=38066275;WS=38066257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr17	38068514	rs1011082	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=258;ReadPosRankSum=-1.907;SC=CTGCCACCCTTGAATCCCTTG;SOR=0.793;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=15;WE=38068522;WS=38068504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	38100134	rs4795406	G	C	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.598;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=46;PP=1845;ReadPosRankSum=0.737;SC=TGGCAGTGGGGCATGCGATTC;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=187;TCF=117;TCR=70;TR=115;WE=38100142;WS=38100124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,116:0.60:192
chr17	38121993	rs3894194	G	A	7896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.647;SC=CTAAACCCTCGAGGGGACCTG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=562;TCF=272;TCR=290;TR=348;WE=38122001;WS=38121983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,355:0.62:575
chr17	38126911	rs10531136	AACACACAC	A	854.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.530;NF=1;NR=13;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.324;SC=GTTTGATTCAAACACACACAC;SOR=0.836;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=14;WE=38126928;WS=38126901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr17	38127713	rs3916061	A	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=915;ReadPosRankSum=0.876;SC=CCCCCAACTCACGCTCCCAAT;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=71;WE=38127721;WS=38127703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,76:0.66:116
chr17	38128584	rs5820314	A	AG	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.972;NF=6;NR=10;PP=599;ReadPosRankSum=0.398;SC=CCTCAACTTTAGAAAGACAGA;SOR=0.474;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=16;WE=38128592;WS=38128574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr17	38128648	rs3859192	C	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=768;ReadPosRankSum=0.507;SC=AGACAGAGACCGGAAGGCACA;SOR=0.553;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=37;WE=38128656;WS=38128638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr17	38128714	rs3859191	G	A	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=38;PP=1637;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CATGGGGGTGGATGAGCTAGC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=113;TCR=65;TR=104;WE=38128722;WS=38128704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,108:0.59:183
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chr17	38140524	rs3816471	T	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=753;ReadPosRankSum=1.773;SC=AGTGACATCATTTTCTTCTCT;SOR=0.920;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=49;WE=38140532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr17	38142677	rs3816472	A	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=724;ReadPosRankSum=0.358;SC=GAAAGACTGTAATCTTTATTT;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=30;WE=38142685;WS=38142667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr17	38142978	rs3859188	C	T	3378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=89;PP=1997;ReadPosRankSum=-0.575;SC=ATCCAGGATGCAGTGAGAGCG;SOR=0.659;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=255;TCF=98;TCR=157;TR=148;WE=38142986;WS=38142968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,156:0.58:269
chr17	38144780	rs7222556	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=1.146;SC=ATGAATAATGCTTCTGTGAAC;SOR=0.155;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=8;WE=38144788;WS=38144770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr17	38145088	rs9915252	C	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=550;ReadPosRankSum=-0.174;SC=GGCAGCCAAGCATCTCACTTG;SOR=0.454;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=30;WE=38145096;WS=38145078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr17	38146154	rs9916279	T	C	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.146;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=86;PP=1795;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CCAACAACAATGAGTGGGCCA;SOR=0.500;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=227;TCF=89;TCR=138;TR=147;WE=38146162;WS=38146144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,163:0.67:244
chr17	38153554	rs2241244	G	C	5163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.700;SC=TCCTTCCCTCGCTCATCTCCT;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=318;TCF=200;TCR=118;TR=208;WE=38153562;WS=38153544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,223:0.66:339
chr17	38153714	rs10671123	T	TGA	8418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.732;NF=35;NR=98;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CTGGAAGGGCTGAGCTGCTCT;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=62;TCR=173;TR=133;WE=38153722;WS=38153704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,209:0.66:319
chr17	38172192	rs2227324	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=368;ReadPosRankSum=0.877;SC=TGGAAGGGACGTGGGAGAATA;SOR=0.038;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=21;WE=38172200;WS=38172182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr17	38172305	rs2071369	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=204;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GTGGAGGCATTACATTCAGGA;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=10;WE=38172313;WS=38172301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr17	38172452	rs2071370	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=613;ReadPosRankSum=-0.285;SC=GACCCGGCCATGGCGAGTCTC;SOR=1.352;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=36;WE=38172460;WS=38172442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr17	38172942	rs2227338	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.883;NF=5;NR=27;PP=651;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CACCACAGCCAGGCCTGTGTA;SOR=2.220;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=32;WE=38172950;WS=38172932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr17	38175866	rs11555254	G	A	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=51;PP=1862;ReadPosRankSum=0.991;SC=CCTTGGGGCTGGACATGGCTG;SOR=0.554;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=122;WE=38175874;WS=38175856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,122:0.68:179
chr17	38176476	rs9899955	A	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=849;ReadPosRankSum=-1.570;SC=ATGAGAAGAGAGACTCGTCCA;SOR=0.610;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=45;WE=38176484;WS=38176466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr17	38182844	rs2302775	T	C	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=6;PP=1168;SC=TAACAAGTCATCACTGGCTGG;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=38182852;WS=38182834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	38186106	rs11555255	C	T	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=1075;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GCTCTCGGTCCGCTTTGCTGT;SOR=0.599;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=70;WE=38186114;WS=38186096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,78:0.68:114
chr17	38188844	rs7502514	A	G	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=7;PP=688;SC=CCAGGGTGCCACTGGTCTTGC;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=38188852;WS=38188834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	38189055	rs3935280	A	G	6045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=111;PP=2965;SC=GAGGGTGCCCATACCCCGTCA;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=210;WE=38189063;WS=38189045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	38189793	rs11078934	T	C	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=48;PP=2265;SC=ATTTTGGCACTCCCTCCGGCA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=96;WE=38189801;WS=38189783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	38191924	rs6503534	A	G	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=70;PP=2965;SC=ACCTCTGCACAAAGACAAGGC;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=118;TCR=70;TR=188;WE=38191932;WS=38191914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	38210057	rs8070452	C	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=351;SC=CAGACTCTCTCCTCCTGAACC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=38210065;WS=38210047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	38240005	.	CT	C	3349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.464;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.178;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.974;NF=38;NR=27;PP=2465;ReadPosRankSum=0.204;SC=CTCTCCACCCCTGACCCCTAG;SOR=0.181;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=65;WE=38240013;WS=38239995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,97:0.73:132
chr17	38251385	rs141144358	A	AT	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=439;ReadPosRankSum=0.310;SC=TGGGGGAGGAAAAGATTGAAG;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=14;WE=38251393;WS=38251375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
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chr17	38252667	rs939346	G	A	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=41;PP=2342;SC=GGCGGAAGAAGGGGGGAGGAT;SOR=1.214;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=116;WE=38252675;WS=38252657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr17	38253228	rs2102928	T	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=9;PP=606;SC=CCAGAATAGGTCCTGGCAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=38253236;WS=38253218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	38282379	rs79575939	A	G	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=696;ReadPosRankSum=0.514;SC=GGGGCTAAGTATCTGTGTGTT;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=112;TCR=47;TR=47;WE=38282387;WS=38282369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,48:0.29:164
chr17	38287884	rs72836619	G	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,57:0.41:139
chr17	38297985	rs75957101	T	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=371;ReadPosRankSum=0.418;SC=TCATTTATGCTTCTGAAAAAG;SOR=0.426;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=123;TCF=39;TCR=84;TR=36;WE=38297993;WS=38297975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,39:0.29:135
chr17	38324766	rs11327454	AT	A	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=814;SC=TTGAGAGAACATTTTCAGTGC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=38324774;WS=38324756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	38324788	rs41275668	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-1.231;SC=ACTGATTTGTATGTGACACCA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=38324796;WS=38324778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr17	38334359	rs66989091	A	AG	2204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=9;PP=1571;SC=CCGCCCCCTGAGAGGAAGGAG;SOR=2.080;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=34;WE=38334367;WS=38334349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	38345273	rs137956498	CAG	C	912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.537;NF=3;NR=15;PP=588;ReadPosRankSum=-0.281;SC=CTGAGTGGCTCAGGGGGACAT;SOR=0.260;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=18;WE=38345282;WS=38345263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,28:0.33:86
chr17	38348353	rs55772196	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.663;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=196;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CCCAGCCCCCTACAAGCCATG;SOR=2.152;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=13;WE=38348361;WS=38348343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr17	38349127	rs2280400	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=816;ReadPosRankSum=-2.446;SC=GGCCCCTTTCGAACTCCTCTC;SOR=0.607;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=153;TCF=99;TCR=54;TR=62;WE=38349135;WS=38349117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,67:0.41:165
chr17	38434251	rs112148679	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=0.637;SC=GTGCTGGGATTACAGGCGTGA;SOR=0.336;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=12;WE=38434259;WS=38434241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr17	38457151	rs13706	G	A	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1320;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CATCTCAGAAGTTGATGGTAA;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=315;TCF=171;TCR=144;TR=110;WE=38457161;WS=38457141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,117:0.35:334
chr17	38519291	rs502041	C	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=29;PP=1034;SC=GCGGGGCGCACGGCTCGGGGC;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=38519299;WS=38519281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	38548371	.	TA	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.128;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,13:0.18:73
chr17	38556770	rs471692	T	C	6214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=95;PP=2965;SC=AAGAAATCCATAATTATTTAC;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=123;TCR=95;TR=217;WE=38556778;WS=38556760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	38563710	rs558068	C	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=271;SC=TCCTATTTAACTAATTTATTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=38563718;WS=38563700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	38566396	rs2715548	G	A	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=17;PP=592;SC=GGATAAGCAAGAAGTTTGCTA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=38566404;WS=38566386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	38572366	rs2586112	G	A	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=601;SC=AGTGTTTTAAGAAACATTCTG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=38572374;WS=38572356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	38609187	rs1009727	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,30:0.21:142
chr17	38609207	rs1009728	T	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-2.510;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,47:0.24:199
chr17	38609431	rs5820347	G	GAC	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.303;NF=1;NR=29;PP=1506;ReadPosRankSum=1.214;SC=CATGTGCATAGACACACACAC;SOR=0.668;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=30;WE=38609439;WS=38609421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr17	38640744	rs2290207	C	T	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1386;ReadPosRankSum=0.160;SC=ACCTGGTCGACTCTGAGCAGA;SOR=0.585;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=301;TCF=171;TCR=130;TR=113;WE=38640752;WS=38640734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,118:0.38:310
chr17	38640992	rs2290206	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-2.271;SC=GTACTGTCAAATCTCCACCAT;SOR=1.005;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=12;WE=38641000;WS=38640982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr17	38644752	rs34377860	G	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=612;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GCATGCGTGCGTGTGCCTGTG;SOR=0.553;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=50;WE=38644767;WS=38644742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,56:0.49:115
chr17	38645125	rs3764424	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=812;ReadPosRankSum=1.727;SC=ACCACTGCGAAGGGAGCCGAA;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=184;TCF=103;TCR=81;TR=58;WE=38645133;WS=38645115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,64:0.33:196
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chr17	38856662	rs887376	T	C	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=800;ReadPosRankSum=1.343;SC=AAGACTATCGTGATGCAAACA;SOR=0.724;Source=Platypus;TCF=40;TR=66;WE=38856670;WS=38856652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr17	38857446	rs874889	C	A	4377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=80;PP=2428;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TCTCAATCTGCATCTCCAGGT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=252;TCF=137;TCR=115;TR=176;WE=38857454;WS=38857436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,198:0.71:278
chr17	38858134	rs11309872	CA	C	5454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.844;NF=40;NR=49;PP=2954;ReadPosRankSum=0.714;SC=GCCAATCTGGCATTGTCAATG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=89;WE=38858142;WS=38858124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,156:0.59:265
chr17	38905477	rs10491127	T	G	4466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.542;SC=AAATAAAAAATTAGCATTGCA;SOR=0.674;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=247;TCF=184;TCR=63;TR=166;WE=38905485;WS=38905467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,175:0.69:255
chr17	38910811	rs34344021	G	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=622;ReadPosRankSum=0.147;SC=TTCTCTTTAAGAAATCACAAG;SOR=0.425;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=39;WE=38910819;WS=38910801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr17	38911212	rs12951078	G	A	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=40;PP=1410;ReadPosRankSum=2.188;SC=CCAGGTCAGCGTTGGCCTCCT;SOR=0.663;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=90;WE=38911220;WS=38911202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,97:0.68:143
chr17	38911363	rs12951399	G	A	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=69;PP=2109;ReadPosRankSum=0.797;SC=GTTTCCTCCCGATGAGCTGCC;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=204;TCF=105;TCR=99;TR=136;WE=38911371;WS=38911353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,142:0.66:214
chr17	38922718	rs35253595	TTC	T	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.03;ReadPosRankSum=0.444;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr17	38934118	rs2286648	C	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-1.120;SC=GATTCCACTTCTTCAATATTA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=38934126;WS=38934108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr17	38935812	rs981684	A	G	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=1720;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TTTCATCTCGATAAGCTCATT;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=212;TCF=113;TCR=99;TR=120;WE=38935820;WS=38935802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,125:0.56:224
chr17	38936659	rs17558560	C	T	3152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=66;PP=1829;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CTTCGCAAACCATTGATGTCC;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=115;TCR=105;TR=137;WE=38936667;WS=38936649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,143:0.63:228
chr17	38938216	rs17473777	T	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.630;NF=19;NR=4;PP=456;ReadPosRankSum=0.343;SC=CAAAGCCCTGTTATTGTGATA;SOR=0.836;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=23;WE=38938224;WS=38938206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr17	38938557	rs67771170	G	A	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=61;PP=1280;ReadPosRankSum=1.759;SC=CACTTCCCCCGCCCAGACCTC;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=341;TCF=168;TCR=173;TR=123;WE=38938565;WS=38938547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,130:0.37:350
chr17	38938591	rs2469826	C	G	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=67;PP=1683;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TGCAGATGAGCTGCCCCCAAA;SOR=0.851;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=323;TCF=152;TCR=171;TR=120;WE=38938599;WS=38938581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,126:0.38:335
chr17	38950272	rs2250671	T	C	6547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=97;PP=2965;SC=TCTCGGTCTCTGTCAAGGAGC;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=126;TCR=97;TR=223;WE=38950280;WS=38950262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	38953540	rs3813038	A	G	11128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=209;NR=190;PP=2965;SC=TCTCCTGGAGAGAAGCAAGAG;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=401;TCF=210;TCR=191;TR=399;WE=38953548;WS=38953530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr17	38954687	rs9914044	C	T	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=41;PP=1057;SC=TAAGACTACCCCAAGAAACAG;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=38954695;WS=38954677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	38955991	rs7209228	C	T	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=0.588;SC=ACTGCCCAAGCCCCCTCCCAA;SOR=0.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=149;TCR=151;TR=298;WE=38955999;WS=38955981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,312:1.00:313
chr17	38974612	rs1132367	T	C	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=62;PP=2965;SC=GGGAGACTCTTTCCTCTTGAT;SOR=1.172;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=97;TCR=62;TR=159;WE=38974620;WS=38974602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	38975328	rs17855579	G	A	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.327;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=1.411;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr17	38976716	rs1799915	C	T	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=119;PP=2965;SC=ACACGAGGACCATAATGAACT;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=77;TCR=119;TR=196;WE=38976724;WS=38976706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	38976998	rs1799873	G	A	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=44;PP=1202;SC=TTAAAAAGCAGCTACATAGTT;SOR=1.522;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=38977006;WS=38976988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	38978536	rs4261597	A	C	10199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr17	38990834	rs2240078	G	C	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=35;PP=2965;SC=CCAGCTATGTGCCCTCTGTTG;SOR=1.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=104;TCR=35;TR=139;WE=38990842;WS=38990824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	38991032	rs6694	T	A	20440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=228;NR=248;PP=2965;SC=GTGCTTGCGGTCATCGGTTGA;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=481;TCF=233;TCR=248;TR=476;WE=38991061;WS=38991022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr17	38991052	rs1044806	TT	GA	19567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=182;NR=212;PP=2947;SC=AGAGAAGGACTTCTTCTTCCT;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=406;TCF=188;TCR=218;TR=394;WE=38991061;WS=38991022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr17	39018961	rs9894091	A	G	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=114;PP=2965;SC=GGTCTGAGAAATTAGATTTCC;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=93;TCR=114;TR=207;WE=39018969;WS=39018951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	39022843	rs9903332	T	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=31;PP=1126;ReadPosRankSum=-0.981;SC=AAAAAAAAATTCCCAAAGCGC;SOR=0.665;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=220;TCF=138;TCR=82;TR=79;WE=39022851;WS=39022821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,83:0.36:233
chr17	39033727	rs62065928	T	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=137;ReadPosRankSum=-0.168;SC=ATTATTGCTGTTTTGAAAATG;SOR=0.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=15;WE=39033735;WS=39033717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr17	39080910	rs730927	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=663;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CATGGGTTCACGGGAGAACCC;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=39080934;WS=39080900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr17	39080921	rs730929	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.56;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr17	39080926	rs730928	G	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr17	39081713	rs8037	A	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=793;ReadPosRankSum=0.354;SC=GCTCCAGTTCATGGCGTAGCT;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=54;WE=39081721;WS=39081703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr17	39084504	rs9257	T	C	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=7;PP=1012;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CTGTACTGTGTCTGCAGGTCA;SOR=0.483;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=49;WE=39084512;WS=39084494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr17	39092868	rs2269858	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=0.761;SC=TCCCATCTGTGTTTGGGACGG;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=22;WE=39092876;WS=39092858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr17	39092907	.	C	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.835;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.179;SC=TCCCTGGCACCGCAGAACTGA;SOR=2.437;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=6;WE=39092915;WS=39092897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr17	39114962	rs7213256	C	T	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=62;PP=1648;ReadPosRankSum=0.385;SC=AACCAGTATCCGGGACAGGGG;SOR=0.668;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=202;TCF=95;TCR=107;TR=121;WE=39114970;WS=39114952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,133:0.60:220
chr17	39118553	rs4890151	C	T	5295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.468;SC=AAACACACAGCCAGAGACTGA;SOR=0.940;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=356;TCF=190;TCR=166;TR=219;WE=39118561;WS=39118543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,236:0.62:379
chr17	39119942	rs17843020	G	A	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=1029;ReadPosRankSum=1.134;SC=GTGCCTCTAGGTCGGCCTTGC;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=62;WE=39119950;WS=39119932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,73:0.68:107
chr17	39122599	.	A	G	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=13;PP=728;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CTTGGAAACCATTAATTCACA;SOR=0.779;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=49;WE=39122607;WS=39122589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr17	39122797	rs10491137	G	A	6029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.473;SC=CAAGGCGCTCGTTCAAGATTT;SOR=0.710;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=396;TCF=197;TCR=199;TR=262;WE=39122805;WS=39122776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,266:0.65:411
chr17	39123131	rs5820378	G	GT	2200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.397;NF=4;NR=54;PP=2221;ReadPosRankSum=1.183;SC=GCTTTAGTTTGTTCCAGGTCT;SOR=1.019;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=7;TCR=87;TR=58;WE=39123139;WS=39123121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
chr17	39134455	rs2271277	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=719;ReadPosRankSum=-0.474;SC=ACATTCACAAGCAGCAGTTTT;SOR=0.873;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=45;WE=39134463;WS=39134445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr17	39134528	rs16968862	G	A	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=35;PP=1259;ReadPosRankSum=0.158;SC=GCATGTGGTCGAACATGGGCT;SOR=0.590;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=86;WE=39134536;WS=39134518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,95:0.57:168
chr17	39134561	rs2271278	C	T	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1302;ReadPosRankSum=0.041;SC=GGGGAAAAATCGATTTTCAAC;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=160;TCF=89;TCR=71;TR=95;WE=39134569;WS=39134540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,107:0.60:179
chr17	39134576	rs2271279	A	C	4040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.09;ReadPosRankSum=0.389;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,104:0.59:175
chr17	39134585	rs2271280	G	A	4166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.52;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,105:0.57:185
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chr17	39135084	rs8064733	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.167;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=473;ReadPosRankSum=0.785;SC=AGCAGGCCCCAGTACGTGTTG;SOR=2.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=24;WE=39135092;WS=39135074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
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chr17	39135322	rs8068223	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=676;ReadPosRankSum=0.418;SC=TGCAGTCTCTCGGGCCAGAGT;SOR=0.412;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=39;WE=39135330;WS=39135312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr17	39137104	rs9908389	A	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=733;ReadPosRankSum=-0.858;SC=CAAGATCTCCATCTGGCAGCC;SOR=1.433;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=46;WE=39137112;WS=39137094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr17	39137154	rs721958	C	G	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=35;PP=1767;ReadPosRankSum=0.423;SC=GCTGATTCAGCTCTTCTGTCT;SOR=0.699;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=156;TCF=105;TCR=51;TR=102;WE=39137162;WS=39137144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,108:0.64:169
chr17	39137297	rs721957	C	T	4648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=97;PP=2887;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CACCGTTTCACACTGACAGCG;SOR=0.637;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=342;TCF=175;TCR=167;TR=202;WE=39137305;WS=39137286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,211:0.59:358
chr17	39137387	rs2010027	C	T	3100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=59;PP=2090;ReadPosRankSum=0.148;SC=AAGCTGTTCACGAAGCAAGTT;SOR=0.564;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=116;WE=39137395;WS=39137377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,127:0.64:198
chr17	39137553	rs8074364	T	G	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.039;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=76;PP=1929;ReadPosRankSum=0.626;SC=TTTTCACCACTTAGAAGGGCC;SOR=0.477;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=217;TCF=96;TCR=121;TR=144;WE=39137561;WS=39137543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,154:0.67:229
chr17	39138436	rs11078972	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=221;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GCCCTGCCTCAAGTAGTTTTA;SOR=0.551;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=19;WE=39138444;WS=39138426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr17	39138476	rs11078973	CG	TA	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=1034;ReadPosRankSum=0.123;SC=TGCCCAAATTCGATTTACAAA;SOR=0.796;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=29;WE=39138485;WS=39138466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr17	39138712	rs4243257	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=255;ReadPosRankSum=0.410;SC=GTTCACTCTCGTACCTTTCAC;SOR=0.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=19;WE=39138720;WS=39138702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr17	39139256	rs9910558	A	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=481;ReadPosRankSum=-1.404;SC=GTGAAACTCCATCTCAAAATA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=29;WE=39139264;WS=39139246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr17	39139274	rs34812152	A	T	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.96;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr17	39139279	rs35072663	A	T	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.20;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,62:0.73:85
chr17	39139370	rs9908304	G	A	4032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=83;PP=2293;ReadPosRankSum=-1.344;SC=CTCTGCTTTCGTGCATAAGAT;SOR=0.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=147;TCR=123;TR=179;WE=39139378;WS=39139360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,192:0.67:287
chr17	39139413	rs9910145	C	A	4284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=65;PP=1554;ReadPosRankSum=1.085;SC=ATAAATGATTCTTTGAGAGAA;SOR=0.868;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=115;WE=39139421;WS=39139403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,123:0.62:200
chr17	39139430	rs9908522	G	A	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=58;PP=1374;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AGAAACCTAAGTAAACTTCTA;SOR=0.822;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=48;TCR=88;TR=87;WE=39139438;WS=39139420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,92:0.63:146
chr17	39139961	rs6503570	C	T	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=17;PP=1354;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CTATGTATCACTAACTCTTAG;SOR=0.512;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=98;TCF=78;TCR=20;TR=75;WE=39139969;WS=39139951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,74:0.74:100
chr17	39140221	rs1510068	C	T	4633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=0.844;SC=CTCCAGATAGCTGGCGAGTCT;SOR=0.531;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=298;TCF=172;TCR=126;TR=188;WE=39140229;WS=39140199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,195:0.62:312
chr17	39140417	rs1510069	T	C	6733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.006;SC=GTAGCACAGGTACCGGGGAGA;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=372;TCF=166;TCR=206;TR=263;WE=39140425;WS=39140407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,286:0.71:403
chr17	39191027	rs140428118	G	A	6119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.604;NF=152;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TGTCCCACTGGTGGAGCAGCT;SOR=1.013;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=390;TCF=227;TCR=163;TR=253;WE=39191035;WS=39191017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,268:0.65:415
chr17	39240426	rs11658607	G	A	10014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-11.504;NF=258;NR=238;PP=2962;ReadPosRankSum=1.812;SC=CACTCTCTTGGAAACCCACCC;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=713;TCF=380;TCR=333;TR=496;WE=39240434;WS=39240416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,465:0.67:693
chr17	39240504	rs11655310	A	G	7991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=4.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.03;MQRankSum=-12.854;QD=19.35;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,226:0.55:413
chr17	39240511	rs383835	A	T	3644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=12.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQRankSum=-6.267;QD=9.69;ReadPosRankSum=4.092;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,167:0.44:376
chr17	39240661	rs11650484	C	G	3682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-2.569;NF=61;NR=84;PP=2362;ReadPosRankSum=1.363;SC=TGTCGCCCCACCTGCTGTGAG;SOR=1.074;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=205;TCF=91;TCR=114;TR=145;WE=39240669;WS=39240651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,161:0.73:222
chr17	39240804	.	C	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=25.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-2.307;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=4.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr17	39240805	.	G	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=26.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-2.373;QD=4.17;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=4.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr17	39240807	rs188505452	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=28.491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-2.501;QD=3.70;ReadPosRankSum=-1.040;SOR=4.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr17	39240810	rs143685555	T	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=30.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-2.680;QD=3.09;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=4.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr17	39254335	rs201764113	A	AT	7385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.123;NF=20;NR=97;PP=2954;ReadPosRankSum=0.664;SC=GGAGTTGACCATGGTGTCAGA;SOR=0.852;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=218;TCF=34;TCR=184;TR=117;WE=39254343;WS=39254325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,233:0.59:394
chr17	39254444	rs6416913	T	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.928;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=33;PP=760;ReadPosRankSum=0.579;SC=AGGCCCGTTGTCACCACGTCA;SOR=1.244;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=35;WE=39254452;WS=39254434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr17	39258027	rs7503699	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-1.430;QD=13.56;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr17	39258495	rs168397	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=423;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TGATTTAAAGGTGGAATTCAT;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=26;WE=39258503;WS=39258485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr17	39261608	rs349791	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=77.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=-10.906;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=6.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,35:0.15:227
chr17	39261611	rs11654665	G	A	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=71.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQRankSum=-11.437;QD=4.36;ReadPosRankSum=-2.500;SOR=4.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,43:0.18:240
chr17	39261933	rs7207685	C	T	3116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.358;NF=37;NR=55;PP=1670;ReadPosRankSum=-1.649;SC=TGCCAGCCTGCGTGCTGCCAA;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=92;WE=39261941;WS=39261923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,83:0.62:133
chr17	39261949	rs7212474	T	C	3000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=5.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.726;NF=33;NR=54;PP=1865;ReadPosRankSum=0.541;SC=GCCAACCCACTTGCTGTCGCC;SOR=1.229;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=87;WE=39261957;WS=39261939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,79:0.60:132
chr17	39262122	rs188946528	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.19;MQRankSum=-2.180;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr17	39274069	rs349771	G	C	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.386;NF=18;NR=28;PP=614;ReadPosRankSum=-2.034;SC=CAGGAGACTCGGCCACAGACT;SOR=1.062;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=46;WE=39274077;WS=39274059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr17	39274415	rs425487	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=8.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-8.899;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,27:0.13:212
chr17	39274426	.	T	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=9.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-9.732;QD=1.46;ReadPosRankSum=-2.523;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,21:0.09:222
chr17	39274435	.	A	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=6.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-9.492;QD=0.88;ReadPosRankSum=-5.027;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,19:0.09:218
chr17	39274437	.	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=4.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-9.137;QD=0.73;ReadPosRankSum=-5.185;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,18:0.08:217
chr17	39274518	rs9897031	C	T	5242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.491;NF=125;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.683;SC=GCAGAGGTCTCGGCCACAGCC;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=350;TCF=196;TCR=154;TR=216;WE=39274526;WS=39274508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,226:0.62:363
chr17	39305956	rs1497383	G	A	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=52;PP=1893;ReadPosRankSum=2.225;SC=CAGCTGGGGCGGCAGCAGTTC;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=109;TCR=83;TR=118;WE=39305964;WS=39305946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,127:0.62:206
chr17	39333956	rs377518	T	C	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=11;PP=865;SC=CACAGGTGGATCATATCAAGA;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=39333964;WS=39333946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	39334133	rs389784	T	C	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=80;NR=68;PP=2900;SC=GGGCTGGCAGTACACAGACTG;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=81;TCR=68;TR=148;WE=39334141;WS=39334123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	39334456	rs493514	G	A	8033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=168;PP=2965;SC=TTTCCAGGAAGGTGGGTTTGG;SOR=1.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=100;TCR=168;TR=268;WE=39334464;WS=39334446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	39340597	rs452216	G	A	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=63;PP=2965;SC=ACATGGACAAGTTGATATAAA;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=103;TCR=63;TR=166;WE=39340605;WS=39340587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	39340707	rs398825	C	T	6980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=127;PP=2965;SC=CAGCAAGTTGCACGGCAGCAG;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=121;TCR=127;TR=248;WE=39340715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	39340795	.	ACGGCAGCAGCTGGACATACCACAGCTGGGGTGGCAGGTGGTCTGACAGCAGAGTGGG	A	2562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.12;QD=40.68;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	39340812	.	T	C	870	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=25;MQ=43.74;NF=14;NR=27;PP=870;QD=22.0675905499;SC=CAGCTGGACATACCACAGCTG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WS=39340802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	39340843	.	GCAGAGTGGG	ACAGACTGGG,ACAGAGTGGA	886	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=26;MQ=42.63;NF=5,12;NR=9,12;PP=34,886;QD=6.2477053473;SC=TGGTCTGACAGCAGAGTGGGC;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=14,24;WE=39340860;WS=39340833;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.33:42
chr17	39340910	rs2320231	T	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=31;PP=1165;SC=ACAGACTGGGTGGCAGCAGCT;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=39340918;WS=39340900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	39341158	rs452531	G	A	4843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=93;PP=2965;SC=TGAGTTTTTCGAATGTGGGAA;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=67;TCR=93;TR=160;WE=39341166;WS=39341148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	39341266	rs449817	A	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=35;PP=910;SC=TAGATAGGCAATTATCAAGTT;SOR=3.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=39341274;WS=39341256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	39341294	rs385122	T	A	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=569;SC=TGTGGGAAAATATCTGTATAA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=39341302;WS=39341284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	39346518	rs238824	T	C	9403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=160;NR=166;PP=2965;SC=TATCAAACTATCTGCTTCAGG;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=160;TCR=167;TR=326;WE=39346526;WS=39346508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr17	39346595	rs11283848	T	TGCTGTGGGTCCAGCTGCTGCCAGCCTA	9890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=56.84;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	39406409	rs2191379	C	A	7405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=136;PP=2965;SC=ACCTGTGTGTCCAGCTGCTGT;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=125;TCR=137;TR=261;WE=39406425;WS=39406399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	39406447	rs3967754	A	G	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=112;PP=2965;SC=ATCAAGTCCCAAGAGAACCAC;SOR=1.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=79;TCR=112;TR=191;WE=39406455;WS=39406437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
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chr17	39458765	rs1005197	A	G	8563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=132;PP=2965;SC=GACAACAAGTAGATTCCGAGC;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=292;TCF=159;TCR=133;TR=290;WE=39458783;WS=39458755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr17	39459167	rs1005196	G	A	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=881;SC=AAAGACATCCGATACAGAGGG;SOR=5.421;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=39459175;WS=39459157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr17	39524095	.	A	T	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=60;PP=1483;ReadPosRankSum=1.144;SC=CAGGATAGGGAGCTCATCACT;SOR=0.786;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=414;TCF=223;TCR=191;TR=137;WE=39524103;WS=39524085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,146:0.33:445
chr17	39535859	rs2239710	A	G	10918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=222;NR=155;PP=2965;SC=CCTGCGGTTAATTTCCACCAG;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=223;TCR=155;TR=377;WE=39535867;WS=39535849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr17	39580559	rs9916475	T	A	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,90:0.33:269
chr17	39580562	rs9916484	T	C	3245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=-1.704;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,93:0.35:266
chr17	39580660	rs9916724	T	C	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=674;ReadPosRankSum=0.836;SC=GGAGGCAGCATTGGCCTCTGC;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=76;TCR=96;TR=53;WE=39580668;WS=39580650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,60:0.31:192
chr17	39580739	rs9910204	C	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=238;ReadPosRankSum=-1.869;SC=ATGGTGCAACCCAGAGGGCAT;SOR=0.497;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=22;WE=39580747;WS=39580729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr17	39593620	rs9894044	T	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr17	39593768	rs897416	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=0.844;SC=CAGGAGGGAGACGTGGAGCAC;SOR=1.489;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=9;WE=39593776;WS=39593758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr17	39593872	rs897415	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=5;PP=113;SC=ATGAGGAAGGAGTCCCCACTG;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=39593880;WS=39593862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	39594679	rs7209968	A	G	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=645;ReadPosRankSum=-0.635;SC=AGACCTCCAAAATAAAATGCT;SOR=1.006;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=35;WE=39594687;WS=39594669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr17	39594934	rs71155140	AC	A	11472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=768;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.625;NF=61;NR=207;PP=2980;ReadPosRankSum=-0.784;SC=CTGGTTCTATACCCCCCCCAC;SOR=0.748;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=480;TCF=104;TCR=376;TR=268;WE=39594942;WS=39594924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,449:0.63:718
chr17	39595116	rs9894668	G	T	4396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.700;NF=124;NR=127;PP=2832;ReadPosRankSum=0.825;SC=ACTTCCTGCAGAAGGGAGGAA;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=754;TCF=373;TCR=381;TR=251;WE=39595124;WS=39595106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:519,252:0.33:771
chr17	39595661	rs2071611	T	A	3695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=96;PP=2336;ReadPosRankSum=0.695;SC=CAAGAGCCCCTCTCGGCTGCC;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=224;TCF=84;TCR=140;TR=151;WE=39595669;WS=39595651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,162:0.69:235
chr17	39596393	rs12601328	C	A	5031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.56;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,134:0.60:223
chr17	39596402	rs2071610	G	A	4906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.72;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,125:0.58:216
chr17	39596538	rs2071609	C	T	5004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.868;SC=AGCATCATGCCCTAGGCTCCT;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=190;TCR=150;TR=206;WE=39596546;WS=39596528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,214:0.61:350
chr17	39596611	rs1350046	T	C	12464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=225;NR=200;PP=2965;SC=TTCTCTGAGCTTTACATGGAT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=426;TCF=225;TCR=201;TR=425;WE=39596619;WS=39596601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr17	39616288	rs3840884	TG	T	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=0.401;SC=GGGCTGGCCCTGCTCTTCTGG;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=39616296;WS=39616283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr17	39616430	rs2604953	G	T	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=28;PP=1926;SC=ACGGTGCGGGGCACGCATGGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=99;WE=39616438;WS=39616420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	39616453	rs146527191	G	A	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.852;SC=GGGCACACAGGTGGTGCAGGA;SOR=0.533;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=147;TCF=94;TCR=53;TR=91;WE=39616461;WS=39616443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,95:0.62:154
chr17	39619093	rs2604954	GT	AC	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.986;NF=23;NR=9;PP=959;ReadPosRankSum=1.318;SC=TGCAGTCCTCGTTCTCCAGCA;SOR=0.999;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=32;WE=39619102;WS=39619083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr17	39619115	rs2071563	G	A	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.136;NF=31;NR=14;PP=687;ReadPosRankSum=0.508;SC=GCTCCGGTACGTGTTGATCTC;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=45;WE=39619123;WS=39619105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,58:0.70:83
chr17	39619219	rs2857257	G	A	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=53;PP=1678;ReadPosRankSum=0.089;SC=GGGCCTCAACGTTGGTGATCA;SOR=0.870;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=127;WE=39619227;WS=39619209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,133:0.70:191
chr17	39619388	rs4796636	C	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CCAAATCTCCCTTTGATGCTG;SOR=0.257;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=39619396;WS=39619378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr17	39620399	rs12948056	C	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TGATGTCTGACTGGTAGTTCT;SOR=0.850;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=128;TCF=88;TCR=40;TR=73;WE=39620407;WS=39620389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,77:0.58:133
chr17	39620565	rs72830046	C	T	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=69;PP=1953;ReadPosRankSum=0.777;SC=CACGTCCCTGCGGTTGGCCTC;SOR=0.724;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=509;TCF=284;TCR=225;TR=162;WE=39620573;WS=39620555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,166:0.32:523
chr17	39622068	rs2071561	G	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=459;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CTCCTTCAGGGACTCAACCTG;SOR=0.343;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=29;WE=39622076;WS=39622058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr17	39623363	rs3744786	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=383;ReadPosRankSum=0.049;SC=ACTGGCTGCCTGGCAGGAACT;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=35;WE=39623371;WS=39623353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,36:0.28:127
chr17	39623622	rs1807434	A	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,44:0.28:160
chr17	39623708	rs737487	C	T	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=55;ReadPosRankSum=-2.115;SC=TGTTGATGTTCACACCCAGCC;SOR=1.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=6;WE=39623716;WS=39623698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr17	39633317	rs2239711	A	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=823;SC=CTCAGAACCGACCCCCTGGGC;SOR=2.964;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=33;WE=39633325;WS=39633307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	39633349	rs2071601	G	C	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=18;PP=1021;SC=ATGGGGCGGGGGCTGCAGTTT;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=39633357;WS=39633339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	39634625	rs7216017	A	G	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=4;PP=1617;SC=TGCTGTGCTGAGCCTGCAGCT;SOR=4.375;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=54;TCR=4;TR=58;WE=39634633;WS=39634615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	39636044	rs2011243	G	A	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=45;PP=1917;SC=CTGGAGATATGAAGAAGTTAT;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=104;WE=39636052;WS=39636034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	39637244	rs743686	A	G	5068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=79;PP=2965;SC=AGCTTGCAAGAGCTGCTGGAG;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=83;TCR=79;TR=162;WE=39637252;WS=39637234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	39642814	rs149008991	G	A	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1553;ReadPosRankSum=0.268;SC=CACAAGGTTGGGGAGGAAGCC;SOR=0.515;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=102;WE=39642822;WS=39642804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,116:0.73:158
chr17	39643340	rs11657323	T	G	3337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=69;PP=2098;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GGCCTCCACGTTGCTGATCAG;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=245;TCF=137;TCR=108;TR=153;WE=39643348;WS=39643330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,159:0.62:257
chr17	39643646	rs2301354	G	A	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=19;PP=1580;SC=CGCGTTGACCGTACGTCTCAG;SOR=2.043;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=75;WE=39643654;WS=39643636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	39644057	rs2301353	G	A	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=59;PP=1698;SC=TCAATGACCTGAATTCAAACC;SOR=3.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=68;WE=39644065;WS=39644047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	39646021	rs1003842	A	G	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=122;PP=2965;SC=AGCCCACAGAACGGATGGAGG;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=109;TCR=122;TR=230;WE=39646029;WS=39646011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	39659183	rs4796698	G	A	7170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;PP=2965;SC=TGGGAGGGCCGGGTACCTTGG;SOR=0.759;Source=Platypus;TCF=126;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	39659194	rs4796697	T	C	7360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=134;PP=2965;SC=GGTACCTTGGTGTGGAACCAT;SOR=0.824;Source=Platypus;TCF=134;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	39659529	rs7211835	T	C	5346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=70;PP=2965;SC=AGCCTGCAATTCCCGCTCACC;SOR=0.977;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=110;TCR=70;TR=178;WE=39659537;WS=39659519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	39659913	rs9891361	G	A	3275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=55;PP=1858;SC=GAAGTCGTCCGCAGCCAGCCT;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=116;WE=39659921;WS=39659903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	39661689	rs8182306	G	A	8564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=131;NR=167;PP=2965;SC=CTGATCCCCCGGACACAAACC;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=132;TCR=167;TR=298;WE=39661697;WS=39661679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr17	39670912	rs897420	G	C	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=72;PP=2965;SC=TTCCCTGATGGCAATGCCAGC;SOR=0.947;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=108;TCR=72;TR=180;WE=39670920;WS=39670902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	39671045	rs897421	T	C	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=89;PP=2638;SC=CACCCACACATCTGACTCCTC;SOR=1.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=43;TCR=90;TR=132;WE=39671053;WS=39671035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	39674641	rs1050784	T	C	7007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=129;PP=2965;SC=TCTGGGCTGGTTGGGGTCTGC;SOR=0.776;Source=Platypus;TCF=130;WE=39674649;WS=39674631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	39680580	rs1869719	A	C	9972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=158;PP=2965;SC=TAGGGAACACAAAGCCCTCCC;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=189;TCR=158;TR=347;WE=39680588;WS=39680570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr17	39680796	rs1869720	T	A	7521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=165;PP=2965;SC=TGATTTCCTGTAAAGATACAG;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=95;TCR=165;TR=260;WE=39680804;WS=39680786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	39681475	rs4601	A	G	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=49;PP=1974;SC=CCAGACGGGCATTGTCGATCT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=104;WE=39681483;WS=39681465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	39684321	rs4602	G	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=2016;ReadPosRankSum=1.550;SC=GCCGCCGTAGGCCCCCGAGGA;SOR=0.249;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=113;WE=39684329;WS=39684311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr17	39684410	rs11550883	G	A	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	39723451	rs6503636	A	G	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=2;PP=987;SC=TGAGACCTTGACTCTCCACCC;SOR=4.351;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=40;WE=39723459;WS=39723441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	39723990	rs3890472	T	A	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=61;PP=1890;SC=TTTTTCCAGCTCCGGAGGATT;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=113;WE=39723998;WS=39723980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	39724047	rs1008753	T	C	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=46;PP=1460;SC=GCGGCCCCCATACACATATAT;SOR=1.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=39724055;WS=39724037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	39726276	rs3816510	C	A	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=56;PP=2308;SC=ACCTGCAGACCAGCCAGGGTT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=116;WE=39726284;WS=39726266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	39727816	rs8075921	T	G	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=71;PP=2965;SC=CACCATCACCTCCTCCAGCAC;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=117;TCR=71;TR=188;WE=39727824;WS=39727806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	39728050	rs8070680	G	A	13685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=279;PP=2965;ReadPosRankSum=0.336;SC=AACTGCCACCGCCTCCCCTCC;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=528;TCF=241;TCR=287;TR=519;WE=39728058;WS=39728040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,540:1.00:541
chr17	39728203	rs116077803	G	A	579.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=432;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CACCCCCGCCGCTGCGGCTCA;SOR=1.402;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=25;WE=39728211;WS=39728193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr17	39739996	rs375065140	C	T	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=82;PP=2297;ReadPosRankSum=-1.364;SC=TTCCTTCCACCTCAAATGACA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=110;TCR=132;TR=151;WE=39740004;WS=39739986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,159:0.62:257
chr17	39742894	rs3826551	G	A	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=43.21;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	39742898	rs11551758	GC	AT	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=46.90;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	39766504	rs7406899	A	G	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=45;PP=1600;SC=GGAGAGAAAAAGCAGGGCAGT;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=86;WE=39766512;WS=39766494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	39767744	rs4796681	A	G	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.91;NF=40;NR=49;PP=1712;SC=GGGCCAGTTCATGCTCATACC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=89;WE=39767752;WS=39767734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	39767836	rs2100509	G	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=26;PP=688;SC=TGGGTGGACCGCCCCACTCTT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=39767844;WS=39767826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	39768742	rs62066634	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=-0.411;SC=CCGCCATAGCCGCCCCCCAGC;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=18;WE=39768750;WS=39768732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr17	39871700	rs7220169	G	A	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=68;PP=2644;SC=TGCAGCGACTGTGTGTGTATG;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=158;WE=39871708;WS=39871690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	39874075	rs7213435	C	A	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=28;PP=1671;SC=CTTCTGTATCCCCGGTGGCAA;SOR=1.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=91;WE=39874083;WS=39874065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	39874137	rs7212417	G	A	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=85;PP=2965;SC=TGAGTGGCTGGTGCAGGCATT;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=183;WE=39874145;WS=39874127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	39874267	rs7218465	T	A	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=53;PP=1533;SC=TCTTAGGTCCTCGGCTGGGGC;SOR=1.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=78;WE=39874275;WS=39874257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	39874283	rs11079007	T	A	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=994;SC=GGGGCTCTGTTATAAAAGACA;SOR=2.393;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=43;WE=39874291;WS=39874273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	39881289	rs8075017	G	C	21949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=369;NR=417;PP=2965;SC=CCTGGGGCACGAACTCCTCCG;SOR=0.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=789;TCF=369;TCR=420;TR=786;WE=39881297;WS=39881279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,797:1.00:797
chr17	39881483	rs41314646	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr17	39881487	rs11869104	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.64;SOR=4.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	39883350	rs4523977	G	A	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=976;ReadPosRankSum=-0.991;SC=CCTTAGAGACGTTCTGAGCTC;SOR=0.790;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=222;TCF=135;TCR=87;TR=84;WE=39883370;WS=39883340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,90:0.38:234
chr17	39883559	rs33914436	G	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=793;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CCAGAGGCACGCTGTATGGGT;SOR=0.501;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=205;TCF=87;TCR=118;TR=72;WE=39883567;WS=39883549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,77:0.36:215
chr17	39883595	rs7216154	T	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=651;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CAGTGGACACTGGGGGTTGCT;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=58;TCR=93;TR=59;WE=39883603;WS=39883585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,63:0.40:159
chr17	39883672	rs11867808	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.771;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=238;ReadPosRankSum=-0.624;SC=TACTTCTCCCGCAGGTCCTGC;SOR=1.911;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=19;WE=39883680;WS=39883662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr17	39883972	rs4796600	C	T	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=7;PP=2060;SC=TCTGGGCCAGCGGCTCTCCAG;SOR=4.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=76;TCR=7;TR=81;WE=39883980;WS=39883962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	39884065	rs35612698	C	A	6652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.289;SC=GCTGCTTCTGCAACTTTTCAG;SOR=0.617;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=435;TCF=250;TCR=185;TR=292;WE=39884073;WS=39884055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,296:0.67:439
chr17	39884091	rs4796601	G	C	15004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=293;NR=260;PP=2965;SC=GCCCCATACTGGAAGGACCCA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=553;TCF=293;TCR=260;TR=553;WE=39884108;WS=39884081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr17	39884246	rs4796602	G	A	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=96;PP=2965;SC=GGGGAGTCACGCAGCCTGGTT;SOR=1.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=38;TCR=96;TR=133;WE=39884254;WS=39884236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	39884419	rs4796692	C	T	11947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=251;NR=163;PP=2965;SC=CCCATGGGGCCACGACAAGAG;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=415;TCF=252;TCR=163;TR=414;WE=39884427;WS=39884409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr17	39884583	rs4796693	G	A	6373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=70;NR=143;PP=2965;SC=GCTGGCCTCCGCTGGGGAGGG;SOR=1.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=70;TCR=143;TR=213;WE=39884591;WS=39884573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr17	39884684	rs4796694	C	T	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=608;SC=TCGGCTGCTGCGCTGTGCCAG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=39884692;WS=39884674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	39888455	rs3895103	G	C	10065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=200;NR=154;PP=2965;SC=AGATTGGCCCGCTATCCTCTC;SOR=0.975;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=355;TCF=201;TCR=154;TR=354;WE=39888463;WS=39888445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr17	39890715	rs4796603	A	T	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=74;PP=2706;SC=AGGAACTGGGATCCAGAGGTG;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=149;WE=39890723;WS=39890705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	39890876	rs4796604	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=436;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GCCCAACCTCTTCGGGCGCAT;SOR=0.531;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=36;WE=39890884;WS=39890866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,42:0.32:130
chr17	39912145	rs1126821	T	A	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=74;PP=2225;SC=GTGGCATCCATGTCTGGGGAC;SOR=1.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=120;WE=39912153;WS=39912135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	39912259	rs141010071	A	AC	287.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=4;PP=294;SC=GGTGGGCCTGACCCCTCCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=9;WE=39912267;WS=39912249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	39912581	rs9890858	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=313;SC=GCTGGGTGCCATGGCTCACGC;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=39912589;WS=39912571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	39913645	rs7216034	T	C	7066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.663;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CCAACTACTGTGGTCCAACCT;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=257;TCF=152;TCR=105;TR=256;WE=39913653;WS=39913635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr17	39914070	rs8067890	G	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=39;PP=1102;SC=CAGGGGAGAGGTGGAAAGGGG;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=39914078;WS=39914060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	39923614	rs12942034	A	G	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=21;PP=1709;SC=GCCTCGGGAGAGTTGGGGAGG;SOR=1.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=82;WE=39923622;WS=39923604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	39925925	rs7405731	A	G	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=73;PP=2290;SC=GGTACTCCAGATCACCTGGGG;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=44;TCR=73;TR=117;WE=39925939;WS=39925915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	39959189	rs1065029	C	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.458;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=497;ReadPosRankSum=0.100;SC=CAAGCTTGAGCGGTGTGGGGT;SOR=1.047;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=39;WE=39959197;WS=39959179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,43:0.33:132
chr17	39959511	rs3809877	C	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=5;PP=740;ReadPosRankSum=-1.146;SC=GGCTGCATCCCCACCCCCCAA;SOR=0.676;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=110;TCF=94;TCR=16;TR=42;WE=39959519;WS=39959501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,44:0.39:112
chr17	39977862	rs8072866	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=1.420;SC=GCCCAGACCCCGGCCTGACTA;SOR=0.250;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=5;WE=39977870;WS=39977852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr17	39983644	rs9896766	A	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=108;ReadPosRankSum=1.218;SC=GAGAAGAAAGACATGAAGAGA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=7;WE=39983652;WS=39983634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr17	39983808	rs1046404	G	C	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,99:0.28:352
chr17	39983820	rs1046403	G	A	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,98:0.27:363
chr17	39983849	rs1128966	G	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,93:0.27:349
chr17	39987130	rs4796712	T	C	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=94;PP=1559;ReadPosRankSum=-1.305;SC=GGAGATTGTGTGCTTTGGTCC;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=454;TCF=169;TCR=285;TR=152;WE=39987138;WS=39987120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,162:0.33:487
chr17	39988601	rs7208062	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CAGCCTACTCCATCTCAAGGG;SOR=0.872;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=21;WE=39988609;WS=39988591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr17	39991790	rs1319763	C	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=509;ReadPosRankSum=1.607;SC=TATCAGGTCCCTCCTAAGAGA;SOR=0.525;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=34;WE=39991798;WS=39991780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr17	39991867	rs3039772	A	ATATC	2687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.430;SC=GGGGAGGATAAGGCCCTAGGT;SOR=0.664;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=30;WE=39991875;WS=39991857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,69:0.42:164
chr17	39991988	rs1865841	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.09;MQRankSum=1.229;NF=19;NR=26;PP=679;ReadPosRankSum=0.020;SC=TCAAGCTCCCGGCCATTTCTT;SOR=0.917;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=45;WE=39991996;WS=39991978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,47:0.41:116
chr17	39998141	rs1529933	C	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,86:0.24:359
chr17	40003421	rs4796721	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=1.864;SC=ACTGTACAGACTGGAATTAAG;SOR=0.297;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=5;WE=40003429;WS=40003411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr17	40010979	rs3744782	G	A	3114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=81;PP=2130;ReadPosRankSum=0.798;SC=CATCAACAAAGTATCCCACAC;SOR=0.707;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=519;TCF=264;TCR=255;TR=170;WE=40010987;WS=40010969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,173:0.32:540
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chr17	40024895	rs8079008	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.965;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=371;ReadPosRankSum=-0.419;SC=CAACCCCATGAGTAAGTGGTG;SOR=2.142;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=21;WE=40024903;WS=40024885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr17	40025264	rs9912300	G	T	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:408,181:0.31:589
chr17	40025285	rs9914829	A	G	3951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=91;PP=2563;ReadPosRankSum=0.378;SC=GAAAACAGCTACAATGCTCAC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=685;TCF=379;TCR=306;TR=206;WE=40025293;WS=40025275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:491,223:0.31:714
chr17	40025453	rs3744779	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=403;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CTGTCACTACTATTACTACGA;SOR=0.765;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=88;TCF=13;TCR=75;TR=24;WE=40025461;WS=40025443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
chr17	40025670	rs3744780	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CGTGGCTCCTGTTTCCTCCAA;SOR=0.465;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=6;WE=40025678;WS=40025660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr17	40027869	rs1808787	A	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=0.110;SC=TGGCCTCCCAAAGTGCTGTGA;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=14;WE=40027877;WS=40027859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr17	40028450	rs8071627	A	T	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=67;PP=1635;ReadPosRankSum=0.161;SC=AGTGGGGGGAACAAAGGCCAG;SOR=0.503;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=322;TCF=129;TCR=193;TR=119;WE=40028458;WS=40028432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,124:0.38:326
chr17	40028541	rs8071753	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=419;ReadPosRankSum=0.927;SC=GTAACTACCAATCCAAGTCTA;SOR=1.228;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=24;WE=40028549;WS=40028531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr17	40028568	rs8071234	C	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=342;ReadPosRankSum=-0.576;SC=CCACACAACTCTAAGGCAAAA;SOR=1.112;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=21;WE=40028576;WS=40028558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr17	40048501	.	A	C	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=16;MQ=59.6;NF=4;NR=0;PP=22;QD=14.1928031368;SC=CATGGTCCCCACCCCCCACCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=4;WE=40048509;WS=40048491;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr17	40048613	rs8065502	A	G	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=675;ReadPosRankSum=-1.005;SC=CTACCTCCGGATGCTTCCTCA;SOR=0.547;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=194;TCF=114;TCR=80;TR=58;WE=40048621;WS=40048603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,58:0.29:201
chr17	40049171	rs4796735	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=215;ReadPosRankSum=0.762;SC=GGCTCAAGCAGTTCTCCCACC;SOR=0.527;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=12;WE=40049179;WS=40049161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr17	40049473	rs4796736	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,12:0.18:65
chr17	40053021	rs11652326	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=-0.506;SC=AAAGCCCTCATCATCCCTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=13;WE=40053029;WS=40053011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr17	40058204	rs3816121	C	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=9.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.094;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr17	40058212	rs3816122	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr17	40068613	rs2304499	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=188;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TGCTGACCTGGAGGTGACCAT;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=11;WE=40068621;WS=40068603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr17	40104705	rs117983984	A	C	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,89:0.70:127
chr17	40105401	rs77012779	T	TATG	2495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=1428;ReadPosRankSum=0.859;SC=AAGTCTGACTTATGAACACAA;SOR=0.696;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=117;TCF=38;TCR=79;TR=34;WE=40105409;WS=40105391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,70:0.34:205
chr17	40123829	rs12602950	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=210;ReadPosRankSum=0.852;SC=AGTGTTTTGCGCTGGGCCTCG;SOR=0.629;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=20;WE=40123837;WS=40123819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr17	40125864	rs2070106	G	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=39;PP=980;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCTTCACGGGGTACTACGGGA;SOR=0.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=109;TCR=113;TR=78;WE=40125872;WS=40125854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,84:0.35:237
chr17	40129468	rs77147872	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CCCTCCTTTCCCAACACTTCA;SOR=0.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=19;WE=40129476;WS=40129458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr17	40146970	rs6503679	G	A	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=49;PP=1006;ReadPosRankSum=0.660;SC=GAACTGCACCGGAAAATCAGA;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=182;TCF=49;TCR=133;TR=66;WE=40146978;WS=40146949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,66:0.35:187
chr17	40152431	rs374909941	CT	C	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=539;SC=GCCACCAGGACTTGGCAGCTA;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=40152439;WS=40152421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	40169519	rs4796758	G	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=31;PP=590;ReadPosRankSum=1.096;SC=CCGCGGCGCCGCGCCCAGAAG;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=33;WE=40169527;WS=40169509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr17	40173851	rs9894001	A	C	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=60;PP=1363;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CTGAACAAATACGGAGGGAGA;SOR=0.570;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=308;TCF=133;TCR=175;TR=108;WE=40173859;WS=40173841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,109:0.34:322
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chr17	40215180	rs4796765	A	G	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=58;PP=1688;SC=TGTATCCTCTATATCCCTCTG;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=86;WE=40215188;WS=40215170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr17	40271970	rs8072215	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=0.272;SC=GCTTGAGGAGAATGGAGAACA;SOR=0.458;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=7;WE=40271978;WS=40271960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr17	40272406	rs35184688	G	C	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=50;PP=1343;ReadPosRankSum=1.372;SC=ACAGATGGCAGAGTTAGGAAA;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=141;TCR=148;TR=100;WE=40272414;WS=40272396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,105:0.35:302
chr17	40272594	rs2285657	C	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=299;ReadPosRankSum=1.347;SC=TGGTGCACACCCCCCCCCAAC;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=23;WE=40272602;WS=40272584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr17	40274873	rs1122326	A	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=0.168;SC=ACTCGGATGCAGAGAGTCGGT;SOR=0.022;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=56;TCF=53;TCR=3;TR=19;WE=40274881;WS=40274863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr17	40280291	rs2230326	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=836;ReadPosRankSum=0.755;SC=GGAATTCCACGGCTCTCTTGC;SOR=0.956;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=138;TCF=96;TCR=42;TR=56;WE=40280299;WS=40280281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,58:0.39:147
chr17	40280944	rs739637	G	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=0.011;SC=GAACCCTCAAGCCAGGAGCCA;SOR=0.569;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=20;WE=40280952;WS=40280934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr17	40359505	rs66538430	GCA	G	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.536;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.307;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr17	40447558	rs2293158	T	C	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=41;PP=1839;ReadPosRankSum=1.273;SC=TTGGGGTCTGTAGTATTGGTG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=105;TCR=64;TR=108;WE=40447566;WS=40447548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,114:0.66:174
chr17	40452675	rs2293157	C	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.410;NF=35;NR=11;PP=794;ReadPosRankSum=0.151;SC=TGTCTTGGGGCCTGGCGTCTG;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=46;WE=40452683;WS=40452665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr17	40459562	rs2272087	A	G	4574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.733;SC=GGGCGCAGAGAGACTGTGGCT;SOR=0.505;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=262;TCF=146;TCR=116;TR=183;WE=40459570;WS=40459552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,186:0.70:266
chr17	40459737	rs1135669	C	T	4665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.584;SC=GGAAGTTTGACTCCCGTGAGT;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=299;TCF=126;TCR=173;TR=196;WE=40459745;WS=40459727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,205:0.65:313
chr17	40460989	rs2293155	A	G	4692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.433;SC=GAGGGAGACTACATGGGGCGT;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=147;TCR=161;TR=201;WE=40461011;WS=40460979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,212:0.66:323
chr17	40461003	rs2293154	C	T	4259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.593;SC=GGGGCGTGGGCTTCCACCCCA;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=130;TCR=153;TR=186;WE=40461011;WS=40460979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,195:0.66:294
chr17	40461674	rs12601982	A	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=-0.933;SC=TAGCAGGGTCAAGTCCTCACT;SOR=0.283;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=17;WE=40461682;WS=40461664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr17	40462796	rs143605021	TTGTG	T	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=716;ReadPosRankSum=1.396;SC=ATGCATGTGCTTGTGTGTGTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=22;WE=40462809;WS=40462786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr17	40468489	rs9891867	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=195;ReadPosRankSum=-1.198;SC=CACCCACCTCGGCCTCCCAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=10;WE=40468497;WS=40468479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr17	40475650	rs3830585	G	GA	7918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.068;NF=53;NR=95;PP=2970;ReadPosRankSum=0.708;SC=GGTCCTGAAGGAAAGAAAAAG;SOR=0.682;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=275;TCF=93;TCR=182;TR=148;WE=40475658;WS=40475640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,283:0.64:443
chr17	40476667	rs17881940	C	G	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=-0.972;SC=AATGAACAGCCCTATGGGCCG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=7;WE=40476675;WS=40476657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr17	40481529	rs2293152	G	C	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=37;PP=1720;ReadPosRankSum=0.197;SC=AGCCCTCTCCGGCAGCCAGAG;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=117;TCR=57;TR=115;WE=40481537;WS=40481519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,122:0.65:187
chr17	40490539	rs35162488	T	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.042;NF=7;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GAATACTCCTTGACCTGAGGG;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=7;WE=40490547;WS=40490532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr17	40497828	rs12601611	C	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=127;SC=TGAAGGCTCTCTGTCGGCGGG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=40497836;WS=40497818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr17	40619937	rs4796668	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=240;SC=ACTTTTTGTAACCAGGTCTTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=40619945;WS=40619928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr17	40696233	rs86312	C	G	5495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=101;NR=100;PP=2965;SC=ATATTACCCCCGCTGGGTGGC;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=102;TCR=100;TR=201;WE=40696241;WS=40696223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
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chr17	40699475	rs67843205	G	GC	1489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=1458;SC=CAGGGACCGGGCCCGGAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=37;WE=40699483;WS=40699465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr17	40705100	rs597255	C	T	5874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.237;NF=106;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=0.416;SC=CCTTGGAGGCCAGAAGGGAAG;SOR=0.366;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=193;WE=40705108;WS=40705085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr17	40705955	rs2676530	C	T	5695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=947;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.790;NF=158;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=1.584;SC=GACCTAGAGACGCCGAGCACC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=910;TCF=455;TCR=455;TR=309;WE=40705963;WS=40705945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:623,321:0.34:944
chr17	40706906	rs605059	G	A	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=75;PP=2261;SC=GGCCGGGCGCGGTGCGGTGGG;SOR=2.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=101;WE=40706914;WS=40706896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	40714804	rs615942	C	A	8790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=114;PP=2965;SC=CAGCCCCAGTCCAGCCCCGTG;SOR=1.248;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=190;TCR=114;TR=303;WE=40714812;WS=40714794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr17	40716235	rs668799	C	T	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=55;PP=1911;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GGATGGGGGACGGGGAAGGCC;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=190;TCF=102;TCR=88;TR=123;WE=40716243;WS=40716225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,134:0.66:203
chr17	40716520	rs598126	A	G	8630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=163;PP=2965;SC=TCAGACATACAGAGAATGAAG;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=312;TCF=149;TCR=163;TR=312;WE=40716528;WS=40716510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr17	40720605	rs646174	G	A	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=76;PP=2656;SC=CCCCGACCTCGGGGGGCTCAG;SOR=1.154;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=133;WE=40720613;WS=40720581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	40720632	rs646123	G	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1172;ReadPosRankSum=1.741;SC=CATAATTGTAGTACCTTTCCT;SOR=1.008;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=67;WE=40720640;WS=40720622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,69:0.66:104
chr17	40721042	rs650558	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=450;ReadPosRankSum=1.139;SC=CCCACTCAGACAGTCCCAGGC;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=21;WE=40721050;WS=40721032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr17	40721360	rs632758	C	A	8037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=134;PP=2965;SC=TGGAGCCAAGCGGGGCTGTGA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=139;TCR=134;TR=273;WE=40721368;WS=40721350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr17	40722029	rs665268	A	G	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=966;ReadPosRankSum=-0.280;SC=AAGGCACACCAGGACAACCCC;SOR=0.600;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=64;WE=40722037;WS=40722019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,72:0.63:115
chr17	40725656	rs2292752	G	C	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=76;PP=2342;SC=AACCACATCCGCCTGGGGTCA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=105;WE=40725664;WS=40725646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr17	40735641	rs10454087	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=871;ReadPosRankSum=0.841;SC=CTTCTCCCAGCGTAAAATCCC;SOR=0.403;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=55;WE=40735649;WS=40735631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr17	40737043	rs9889580	G	C	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=19;PP=2186;SC=AACTACCCCCGACTTCCACTT;SOR=2.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=94;WE=40737051;WS=40737033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	40766546	rs1045710	C	G	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.888;NF=78;NR=19;PP=2811;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TCCGGGAACGCAAGTTGGCCA;SOR=1.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=82;TCR=19;TR=97;WE=40766554;WS=40766536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr17	40811781	rs2292750	C	T	15146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=283;NR=250;PP=2965;SC=TCGTGTCAGCCTCTGAGACTA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=533;TCF=283;TCR=250;TR=533;WE=40811789;WS=40811771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr17	40811919	rs525911	A	G	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=155;PP=2965;SC=TCGTGGAGGAATTCGCCACCG;SOR=2.060;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=59;TCR=155;TR=214;WE=40811927;WS=40811909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	40817990	rs7225374	G	A	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=65;PP=2053;SC=CAGAGCGGGCGACTTTCTTGC;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=92;WE=40817998;WS=40817980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	40818451	rs1554227	G	A	14232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=1.723;NF=314;NR=193;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.861;SC=ACCTGCCCTCGGCCCACCGGG;SOR=1.323;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=520;TCF=321;TCR=199;TR=507;WE=40818459;WS=40818441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,514:1.00:516
chr17	40818584	rs2292749	C	T	8843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.872;NF=166;NR=221;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.583;SC=ACTCCTAACCCCCTGGCTCGC;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=673;TCF=297;TCR=376;TR=387;WE=40818592;WS=40818574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,402:0.57:710
chr17	40818699	rs1046097	A	G	11460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=229;NR=181;PP=2965;SC=TAAGGAGGACATGTTCAAGGA;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=229;TCR=181;TR=410;WE=40818707;WS=40818689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr17	40822308	rs8071056	C	A	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=381;SC=AGAAGTCCCGCTGCAGGCTCT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=40822316;WS=40822298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	40826525	rs35595844	AAGG	A	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=645;SC=GGGATTGAGGAAGGAGGAGTC;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14;WE=40826535;WS=40826515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	40835819	rs36108420	A	AT	5247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=27;PP=2957;SC=GCTGACTAACAGTCGGTTTCC;SOR=1.521;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=71;WE=40835827;WS=40835809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	40835922	rs2271029	A	C	6408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=103;PP=2965;SC=TACTGCGCCGAGATTCGCCAG;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=126;TCR=103;TR=229;WE=40835930;WS=40835912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr17	40836975	rs9889373	A	G	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=27;PP=2661;SC=AGCAGAGGGCAGGACGTGGTT;SOR=2.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=109;TCR=27;TR=136;WE=40836983;WS=40836965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	40841397	rs2271028	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=319;ReadPosRankSum=0.739;SC=CCTGCATCTGCGCTTATACCC;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=17;WE=40841405;WS=40841387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr17	40842084	rs3760386	G	A	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=779;ReadPosRankSum=-0.561;SC=AACTGCCTTTGTCTCAACCTA;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=109;TCR=68;TR=62;WE=40842092;WS=40842074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,66:0.35:186
chr17	40849842	rs1553468	A	G	10245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=198;PP=2965;SC=CACAGAGGACAGAAGGGAGGG;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=356;TCF=158;TCR=198;TR=356;WE=40849850;WS=40849832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr17	40850552	.	CGT	C	68	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=19;MQ=58.46;NF=2;NR=0;PP=68;QD=35.5;SC=TCAAAGAGTGCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=2;WE=40850561;WS=40850542;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr17	40854534	rs3841620	G	GT	3777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=18;PP=2390;SC=AAGTGCTGCCGTGGGGCCTGG;SOR=1.656;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=55;WE=40854542;WS=40854524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	40855084	.	C	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=417;ReadPosRankSum=-1.322;SC=AAACATGAATCAAATGGAATT;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=31;WE=40855092;WS=40855074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,32:0.27:118
chr17	40874643	rs59601178	CAA	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr17	40880759	rs368020600	CA	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.645;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr17	40940579	rs61755606	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=612;ReadPosRankSum=0.266;SC=AGACTTTAGAGGTGGGGTCTA;SOR=1.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=33;WE=40940587;WS=40940569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr17	40986454	.	GGA	G	510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.415;NF=8;NR=11;PP=710;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GGAGATACCTGGAGAGAGAGA;SOR=0.663;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=19;WE=40986467;WS=40986444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr17	40990587	rs139362124	G	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr17	41004637	rs33986943	G	A	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=64;PP=2209;ReadPosRankSum=1.830;SC=AAGACAATACGTGATGCCTTT;SOR=0.898;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=112;WE=41004645;WS=41004627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,112:0.74:152
chr17	41006760	rs34908272	G	A	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=1109;ReadPosRankSum=-1.525;SC=GGTGAGTGGCGGGCAGTCAGA;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=63;WE=41006768;WS=41006750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr17	41026192	rs112242883	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.001;NF=42;NR=40;PP=1220;ReadPosRankSum=-2.279;SC=TGTGGGGAACAGCGTGGGCTT;SOR=2.452;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=99;TCR=88;TR=82;WE=41026200;WS=41026182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,28:0.20:142
chr17	41046440	rs324079	T	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=4;PP=735;SC=CCCTACCTGCTCAGTTCAAGG;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=41046448;WS=41046430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	41046727	rs74933984	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=0.254;SC=TTTGCACTTTGGGCTGTAGCC;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=15;WE=41046735;WS=41046717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr17	41063466	rs2229611	T	C	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=71;PP=2142;SC=CTTCGGTGTTTAAAGTCAACA;SOR=4.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=6;TCR=72;TR=77;WE=41063474;WS=41063456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	41103938	rs534720	T	C	8305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=137;PP=2965;SC=GGAGATAAGCTCTGATACTGA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=280;TCF=142;TCR=138;TR=279;WE=41103946;WS=41103928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr17	41113131	rs35166621	CA	C	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.35;MQRankSum=0.759;NF=16;NR=1;PP=525;ReadPosRankSum=0.296;SC=CTAGAGAACCCAAACTACGTC;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=17;WE=41113139;WS=41113121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr17	41113543	rs2670865	C	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=280;SC=CAGTCCTTTTCATTCTAAACA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=41113551;WS=41113533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	41115977	.	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=0.091;SC=AAGCAATTGCTGATAAATACT;SOR=0.144;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=9;WE=41115985;WS=41115975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr17	41116234	rs690941	G	A	12496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=249;PP=2965;SC=CGGGACAGCAGGAGACCACGG;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=431;TCF=182;TCR=249;TR=431;WE=41116242;WS=41116224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr17	41116291	rs11278824	CAGCCCT	C	7612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=101;PP=2980;SC=GCCCCGACCCCAGCCCTAGCC;SOR=1.568;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=145;TCF=15;TCR=130;TR=114;WE=41116304;WS=41116281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	41116565	rs690971	G	T	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=84;PP=2901;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AAGCAGGAGGGTAAGGAATGG;SOR=0.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=90;TCR=84;TR=172;WE=41116573;WS=41116555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr17	41116723	rs690979	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=323;SC=CAAGGCACGTGGTTTAGTGAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=41116731;WS=41116713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	41121207	rs373590793	GGGGC	G	199.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.010;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr17	41121209	.	GGC	G	600	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=8;NR=52;PP=600;QD=10.45;SC=TCATCCTGGGGGCGGGGGGGA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=60;WE=41121226;WS=41121198;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,60:0.91:66
chr17	41121210	rs113173233	GC	G	801.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=52;PP=1764;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CATCCTGGGGGCGGGGGGGAA;SOR=0.682;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=60;WE=41121226;WS=41121198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr17	41121217	rs7217553	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.74;ReadPosRankSum=-2.138;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr17	41121217	.	GG	AA,AG	1684	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=10,37;NR=15,53;PP=574,1684;QD=25.0987149945;SC=GGGGCGGGGGGGAAAAAAGAC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=25,90;WE=41121226;WS=41121198;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.27:93
chr17	41121218	.	G	GAA	509.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=2.195;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr17	41121263	rs4793187	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=4;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=653;ReadPosRankSum=-0.886;SC=AGGAACATTTGTGTTAACAAA;SOR=1.076;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=41;WE=41121271;WS=41121253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr17	41122443	rs2670866	T	C	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=86;PP=2287;SC=GAAGAATGGTTGCAGCCAGAA;SOR=0.991;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=155;WE=41122451;WS=41122433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	41132578	rs692074	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	41133071	rs1708875	T	C	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=71;PP=2594;SC=GGACCGGCCATGGTTGCGGGG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=160;WE=41133079;WS=41133061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	41133242	rs550285	G	A	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=86;PP=2942;SC=TGGAGTGCGGGGCCGGCTGAA;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=57;TCR=86;TR=143;WE=41133250;WS=41133232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	41150949	rs2271539	G	A	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1227;ReadPosRankSum=0.624;SC=TGGGGCAGTAGCCAGTGAGCA;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=76;WE=41150957;WS=41150939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,84:0.74:114
chr17	41150983	rs691954	T	C	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=44;PP=1338;SC=CGTGGGAGAGTTTTTGAGAGA;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=60;WE=41150991;WS=41150973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	41154817	rs11871636	A	C	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.903;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=961;ReadPosRankSum=-1.887;SC=AGGCTTTGGTAGTGAATGGTG;SOR=0.439;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=87;WE=41154825;WS=41154807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,94:0.61:153
chr17	41164126	rs692651	A	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=469;SC=AATAGGCCCCACTTCCCCTGG;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=41164134;WS=41164116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	41165493	rs588703	A	G	6797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=92;PP=2965;SC=CTCCCCCTAGATGTCCAGCCA;SOR=0.924;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=226;TCF=134;TCR=92;TR=224;WE=41165501;WS=41165483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	41165734	rs443759	C	T	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=67;PP=1951;ReadPosRankSum=-1.580;SC=TGCAAGATTACGGTGCAGGGA;SOR=0.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=104;TCR=113;TR=131;WE=41165742;WS=41165724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,139:0.60:231
chr17	41165878	rs13229	C	T	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=50;PP=1615;SC=CGTATGTGAACGGGGAGATCC;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=93;WE=41165886;WS=41165868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	41167957	rs455055	C	A	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=15;PP=985;ReadPosRankSum=-0.184;SC=ACCACAGAGACCTTCGGGGGA;SOR=0.633;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=59;WE=41167965;WS=41167947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
chr17	41170898	rs429464	T	C	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=44;PP=1133;ReadPosRankSum=0.869;SC=GGTACAAGGCTACCTTCTTCC;SOR=0.479;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=68;WE=41170906;WS=41170888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,72:0.73:98
chr17	41170943	rs55845054	GTAA	G	1088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=1042;SC=AATAGTCATGGTAATAATAAT;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=22;WE=41170953;WS=41170933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	41174025	rs2070835	A	C	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=62;NR=45;PP=1573;SC=TGACAGGCAGAGGCGGGAGAC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=107;WE=41174033;WS=41174015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	41180772	rs12944458	C	G,T	685.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=1,6;NR=7,11;PP=122,235;SC=CCCAGGCTTCCTGACCTCCTG;SOR=2.066;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=8,17;WE=41180780;WS=41180762;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.30,0.70:27
chr17	41197939	rs375078966	AT	A	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.629;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.241;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
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chr17	41215825	rs3092994	C	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=902;SC=AGGTGTTAAACGTTAGGTGTA;SOR=4.351;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=41215833;WS=41215815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	41216021	rs8176258	G	A	3788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=82;PP=2221;ReadPosRankSum=-2.436;SC=AAATCAGGAAGTGCTGTCCTA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=244;TCF=114;TCR=130;TR=151;WE=41216029;WS=41216011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,171:0.65:264
chr17	41219560	rs8176235	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=624;ReadPosRankSum=1.975;SC=CATGCGCCACCGTGCCTCGCC;SOR=1.060;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=149;TCF=95;TCR=54;TR=49;WE=41219568;WS=41219550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,56:0.35:159
chr17	41219780	rs8176234	T	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=394;SC=TACTAGTTATTCCACCATGGC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=41219788;WS=41219770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	41219804	rs8176233	T	C	367.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=161;SC=TGTTTACCTATGTAGCAATCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=41219812;WS=41219794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	41223094	rs1799966	T	C	5326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=77;NR=102;PP=2965;SC=GCAGCTGGACTCTGGGCAGAT;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=77;TCR=103;TR=179;WE=41223102;WS=41223084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	41226601	rs273900734	G	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=549;SC=AATCATACTTGCTGGGCAGCC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=41226609;WS=41226591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	41234304	rs3737559	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=271;ReadPosRankSum=1.945;SC=CCATAATTACCCATGTGCTGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=15;WE=41234312;WS=41234294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr17	41234470	rs1060915	A	G	10157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=185;NR=168;PP=2965;SC=CAAGGGCAGAAGAGTCACTTA;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=185;TCR=168;TR=353;WE=41234478;WS=41234460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr17	41244000	rs16942	T	C	9113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=144;NR=151;PP=2965;SC=AAGCTCTCCTTTCTGGACGCT;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=295;TCF=144;TCR=151;TR=295;WE=41244008;WS=41243990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	41244435	rs16941	T	C	7543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TGAGCTGGCTTCTTTAAAAAC;SOR=0.415;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=102;TCR=143;TR=244;WE=41244443;WS=41244425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr17	41244936	rs799917	G	A	12671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=245;NR=195;PP=2965;SC=ATTTGAAAACGGAGCAAATGA;SOR=0.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=440;TCF=245;TCR=195;TR=440;WE=41244948;WS=41244926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr17	41245237	rs16940	A	G	13776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=203;NR=255;PP=2965;SC=CCAGGTACCAATGAAATACTG;SOR=0.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=458;TCF=203;TCR=255;TR=458;WE=41245245;WS=41245227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr17	41245466	rs1799949	G	A	11810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.47;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr17	41245466	.	GCTGTC	ACTGTC,ACTGTT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=156,95;NR=125,84;PP=1340,2944;QD=4.89242424394;SC=GGAAAGTATCGCTGTCATGTC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=157;TCR=125;TR=281,179;WE=41245479;WS=41245456;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:282
chr17	41245471	rs4986850	C	T	4739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=3.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,203:0.66:306
chr17	41249094	rs8176145	A	G	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=110;SC=AAAAAAATCTATACACCAAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=41249102;WS=41249084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	41249363	rs273902772	TA	T	302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=310;SC=TTAAAAGGGTTAAAAAAATGT;SOR=2.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=41249371;WS=41249353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	41256074	rs368252296	CA	C	701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	41256075	.	AAAAAAAAAAAAG	A	2146	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=18;MQ=58.59;NF=8;NR=6;PP=2146;QD=153.714285714;SC=ACTCCATCTCAAAAAAAAAAA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=41256110;WS=41256065;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr17	41256089	rs373413425	AAAAAAAAAGAAAAG	A	707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.63;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	41262549	rs75129942	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr17	41276247	rs3765640	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	41277187	rs799905	G	C	9337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=199;PP=2965;ReadPosRankSum=1.092;SC=CCTACCCCCCGTCAAAGAATA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=410;TCF=207;TCR=203;TR=402;WE=41277195;WS=41277176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,364:0.99:368
chr17	41291779	rs4792978	G	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=1;PP=1104;SC=TCATCATTTAGCTCCCACTTA;SOR=5.330;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=40;TCR=1;TR=41;WE=41291787;WS=41291769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	41291953	rs11657835	C	G	8399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=157;PP=2965;SC=GTTCCTGACACAAGGATTCCT;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=129;TCR=157;TR=285;WE=41291961;WS=41291943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr17	41296197	rs35170910	A	G	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=12;PP=745;SC=CCGAGATTGCACCACTGCACT;SOR=1.662;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=44;WE=41296205;WS=41296187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	41327621	rs2271573	A	G	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=0;PP=1578;SC=TCCTGAAACAATTCCTATTTA;SOR=8.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=55;TCR=0;TR=55;WE=41327629;WS=41327611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	41327648	rs2271574	T	C	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=6;PP=2236;SC=ATGGTAAGTTTCGTAAGAACA;SOR=4.502;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=100;TCF=91;TCR=9;TR=85;WE=41327658;WS=41327638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	41327650	rs3215228	G	GT	4341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=8;PP=2974;SC=GGTAAGTTTCGTAAGAACAGG;SOR=4.615;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=70;TCR=8;TR=78;WE=41327658;WS=41327638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	41327684	rs10684756	C	CTG	8113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=90;NR=44;PP=2957;SC=TTGTTCATTGCTGTCTCCCAA;SOR=2.316;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=140;TCF=95;TCR=45;TR=134;WE=41327692;WS=41327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	41330024	rs11657883	T	C	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=19;PP=1051;SC=AGGTAAAATATATTATGGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=41330032;WS=41330014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	41330234	rs377016401	TA	T	54.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.210;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr17	41330265	rs11656945	A	G	190.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=159;SC=GGGTCTCACTATGTTGCTCAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=41330273;WS=41330255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	41331306	rs11653460	C	T	7028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=149;NR=101;PP=2965;SC=AAAAGCTGAACGCTTGGCCTG;SOR=1.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=149;TCR=101;TR=250;WE=41331314;WS=41331296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	41331460	rs11653231	G	A	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=50;PP=1454;SC=GTTCAGCCTTGTTTAAAAACC;SOR=2.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=41331468;WS=41331450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	41332804	rs9904555	T	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=21;PP=758;SC=TATTTTTTGTTCTTTTAGGAG;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=41;WE=41332812;WS=41332785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	41346283	rs4793217	G	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=7;PP=1064;SC=GTACAGCAGCGTTTTTATTTT;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=41346291;WS=41346273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	41352643	rs35995789	C	T	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=69;PP=2014;SC=TCACAGCCCCCTCAGCTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=105;WE=41352651;WS=41352633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	41353806	rs2306829	C	T	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.987;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=82;PP=2470;ReadPosRankSum=1.045;SC=AGGTAATGATCAGCCTAAGCT;SOR=1.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=36;TCR=83;TR=117;WE=41353814;WS=41353795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr17	41353918	rs138572696	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr17	41353918	.	CA	TG	284	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=284;QD=56.2446458104;SC=CTTCACAGGCCAGGCGTGGTG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=6;WE=41353927;WS=41353908;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,6:0.43:14
chr17	41354888	rs17527933	A	G	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=50;PP=1451;SC=GCTTTGAGCAACACTGAACAA;SOR=2.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=68;WE=41354896;WS=41354878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	41361960	rs8482	A	G	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=101;NR=73;PP=2955;SC=CTGATGGCCCATCTCTTTGAA;SOR=0.912;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=103;TCR=73;TR=174;WE=41361968;WS=41361950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	41364910	rs3803871	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=200;SC=TTCACATCCTATCTTCCTTAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=41364918;WS=41364903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	41454935	rs2061873	T	C	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=40;PP=2965;SC=CAGACTGGTTTATGTGCCAGA;SOR=2.049;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=111;TCR=40;TR=150;WE=41454943;WS=41454925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	41456413	rs56799554	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=0;PP=559;SC=CTGCCCTGTCAGTGGGGACTG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=41456421;WS=41456409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	41456783	rs112710923	CA	C	185.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=7.782;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.180;NF=0;NR=12;PP=145;ReadPosRankSum=-0.108;SC=CAGTTTCTACCAAAAAAAAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=12;WE=41456791;WS=41456773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr17	41456820	rs74966673	T	A	81.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	41465867	rs12600401	A	G	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=979;ReadPosRankSum=0.359;SC=GGTCTGTGGAAGAGACCTGTA;SOR=0.848;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=263;TCF=144;TCR=119;TR=82;WE=41465885;WS=41465857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,89:0.36:249
chr17	41466035	.	A	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=24;MQ=59.55;NF=36;NR=28;PP=2962;QD=20;SC=TCAGGGAAGCAGAAGGCCTGG;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=161;TCF=70;TCR=91;TR=64;WE=41466063;WS=41466009;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:97,64:0.40:161
chr17	41466096	rs62080664	A	G	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.757;SC=CAGGAGGCTGACACCAGACAC;SOR=0.473;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=94;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,67:0.59:114
chr17	41466108	rs62080665	G	C	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=0.073;SC=ACCAGACACCGGGCAGAGGGA;SOR=0.437;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=129;TCF=59;TCR=70;TR=90;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,74:0.64:115
chr17	41466120	rs66825422	GCGGCGCATGGA	G	3341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.508;NF=12;NR=43;PP=2971;ReadPosRankSum=0.054;SC=GCAGAGGGAGGCGGCGCATGG;SOR=0.241;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=84;TCF=14;TCR=70;TR=55;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,85:0.70:122
chr17	41477710	rs3179287	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=1.958;SC=ACGGTGACCCAAGCCCCCCCT;SOR=1.201;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=10;WE=41477718;WS=41477700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr17	41561601	rs140026870	CGGAAGGA	C	12840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=217;PP=2984;SC=TTGAGGGAAGCGGAAGGAGGA;SOR=2.592;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=290;TCF=8;TCR=282;TR=224;WE=41561615;WS=41561591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	41566783	rs141196624	CTCT	C	1156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=656;ReadPosRankSum=-0.008;SC=TTGTTCATGTCTCTTCTTTTC;SOR=0.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=18;WE=41566793;WS=41566773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,34:0.34:99
chr17	41569933	rs11870101	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=449;ReadPosRankSum=-1.141;SC=AACTCTAATTCAGTTCAAAAC;SOR=0.679;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=56;TCR=3;TR=23;WE=41569941;WS=41569923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr17	41585657	rs2293014	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=1144;ReadPosRankSum=2.222;SC=CCTTGTATAGGACACACATAC;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=55;WE=41585665;WS=41585647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
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chr17	41955158	rs231521	A	G	9409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.580;SC=AGTGAGCCAAAGACCAGGTGA;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=321;TCF=185;TCR=136;TR=320;WE=41955166;WS=41955148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,335:1.00:336
chr17	41959808	rs124721	T	C	18406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=312;NR=326;PP=2965;SC=GCAGGCCTTGTTGAGCCACCA;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=639;TCF=312;TCR=327;TR=638;WE=41959816;WS=41959798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,668:1.00:668
chr17	41960343	rs124719	T	C	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=27;PP=892;SC=GGTTGCTGAATGTAGGGTCCA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=41960351;WS=41960333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	41960633	rs412849	CG	GC	8314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=61;PP=2947;SC=TGCTCAGCCACGTGCGCCAGG;SOR=1.172;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=104;TCR=62;TR=161;WE=41960642;WS=41960623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	41961451	rs231518	T	C	5760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=105;NR=90;PP=2965;SC=AGCCACTTTATCCCAAAGTAT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=195;WE=41961459;WS=41961441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	41987062	rs3744416	A	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=425;ReadPosRankSum=0.409;SC=GTATCTCTCTAATAAAGGCCT;SOR=0.887;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=35;WE=41987070;WS=41987052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,38:0.29:133
chr17	41994696	rs61455159	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=458;ReadPosRankSum=-1.361;SC=CCTTGTGGGTGGAGGGTACTT;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=36;WE=41994704;WS=41994686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr17	41994792	rs61231498	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr17	41994794	rs231458	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=1770;ReadPosRankSum=1.475;SC=TCTGAGCCTACGCCGGAAGAC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=61;WE=41994802;WS=41994782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,71:0.59:120
chr17	42018471	rs231473	T	C	7226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=135;NR=118;PP=2965;SC=CCATTTCAGCTCCAGGGAGCT;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=135;TCR=118;TR=253;WE=42018479;WS=42018447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	42030175	rs162431	G	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=253;ReadPosRankSum=0.675;SC=CCCAGGGGGCGGGGGCACCGA;SOR=0.979;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=18;WE=42030183;WS=42030165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr17	42030409	rs162430	G	A	12016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=193;PP=2965;ReadPosRankSum=0.105;SC=ACGTCGTTAAGTGATGTTGCC;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=423;TCF=228;TCR=195;TR=420;WE=42030417;WS=42030399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,443:1.00:445
chr17	42030743	rs229969	G	C	7271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=159;NR=91;PP=2965;SC=GCGTCTTCGCGGGGAGCCTCG;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=159;TCR=91;TR=250;WE=42030751;WS=42030733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	42083840	rs228770	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=0.181;SC=TCCGTGGGGGTAGGGGGGCAG;SOR=0.503;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=21;WE=42083848;WS=42083830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr17	42085150	rs228773	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=445;ReadPosRankSum=-1.177;SC=TGGTAGGTCCTGCCACTCCCA;SOR=0.631;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=43;WE=42085158;WS=42085140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,44:0.38:117
chr17	42090587	rs228778	G	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=0.462;SC=TGGCTTCCCAGAGTGTAGAAC;SOR=2.041;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=10;WE=42090595;WS=42090577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr17	42092328	rs77536093	A	G	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=88;PP=1794;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CATCTTGGGAAAGGGCAGTCC;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=480;TCF=207;TCR=273;TR=154;WE=42092336;WS=42092318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,158:0.32:496
chr17	42152103	rs3815076	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,61:0.25:241
chr17	42155838	rs9913925	G	A	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.239;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=33;PP=1796;ReadPosRankSum=0.700;SC=CAGGGGTGAGGGCAGAGAGGT;SOR=1.298;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=175;TCF=113;TCR=62;TR=112;WE=42155846;WS=42155828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,124:0.65:191
chr17	42170181	rs67111880	TG	T	667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;QD=23.85;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr17	42170871	rs117519930	C	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.134;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=13;PP=533;ReadPosRankSum=0.007;SC=GGCATGGGAACGGAGGCACAA;SOR=1.059;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=161;TCF=105;TCR=56;TR=46;WE=42170879;WS=42170861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,50:0.30:168
chr17	42171206	rs454192	T	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=864;ReadPosRankSum=-0.806;SC=ACCTCCACTGTGGGCAGAAGA;SOR=0.771;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=232;TCF=123;TCR=109;TR=77;WE=42171214;WS=42171196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,81:0.32:255
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chr17	42232442	rs2246287	C	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=1342;ReadPosRankSum=0.130;SC=GGCTTGAGCTCAGGGAAGGCC;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=65;WE=42232450;WS=42232431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr17	42239349	rs730228	T	C	6185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=152;PP=2965;SC=GCTCTGGGCATGTGTCTGGTC;SOR=1.849;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=218;TCF=66;TCR=152;TR=218;WE=42239357;WS=42239339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	42248346	rs7218599	A	T	5499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=116;NR=80;PP=2965;SC=CTGTCCACCAAGCCCTCTTCT;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=117;TCR=80;TR=196;WE=42248354;WS=42248336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	42249717	rs10628218	A	ATG	628.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.672;NF=0;NR=17;PP=709;ReadPosRankSum=0.057;SC=TTGGGGAGAAATGTGTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=17;WE=42249725;WS=42249707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr17	42254011	rs7220138	C	G	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=33;PP=1798;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GGACCTCAAGCTGAGAGGGGT;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=100;WE=42254019;WS=42254001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr17	42254281	rs7212573	A	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=32;PP=995;SC=TGCGCTGAACACGGCGTGCGC;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=42254289;WS=42254271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	42254417	rs7212854	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=14;PP=941;SC=GCTTGTGCCAACGGCTGCGGG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=42254425;WS=42254407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	42254527	rs7217858	T	G	4098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=68;PP=2398;ReadPosRankSum=0.763;SC=CGTCCAGGACTCCCCCAACTG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=84;TCR=69;TR=151;WE=42254535;WS=42254516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr17	42255097	rs3826412	T	C	11317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=246;PP=2965;SC=GAAGGTATGTTTGCCTCAGGG;SOR=1.579;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=379;TCF=131;TCR=248;TR=377;WE=42255105;WS=42255087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr17	42264962	rs4793082	A	G	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=49;PP=2842;SC=CATGGTTAATAACATTAACCT;SOR=1.345;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=133;WE=42264970;WS=42264952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	42266218	rs2240226	C	T	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.73;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	42266224	rs8073555	G	C	116.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	42268274	rs757430	C	T	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=48;PP=1418;SC=TTCTCCTTTACGGCCTCCCCA;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=42268282;WS=42268264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	42287519	rs2071167	C	T	6459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=83;PP=2965;SC=CTTCGGCTGCCTTCTTAATCC;SOR=1.006;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=135;TCR=83;TR=217;WE=42287527;WS=42287509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr17	42294198	rs2269908	G	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=74;PP=1818;SC=CCCATCTGAAGGCACAGACAA;SOR=2.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=16;TCR=75;TR=90;WE=42294206;WS=42294188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	42294215	rs2269907	G	A	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=59;PP=1590;SC=ACAAGATATGGCTCAGCCCTA;SOR=3.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=9;TCR=59;TR=68;WE=42294223;WS=42294205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	42329088	rs375109617	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr17	42335826	.	G	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=850;ReadPosRankSum=1.347;SC=GGGCTGGACTGATAGCGCCTT;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=95;TCR=95;TR=75;WE=42335834;WS=42335816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,82:0.40:205
chr17	42337091	rs2857082	C	T	5791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=78;PP=2965;SC=TGCTTGTGGTCGGTTTTTCAG;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=119;TCR=78;TR=196;WE=42337099;WS=42337081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	42337976	rs2074107	G	A	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=61;PP=1874;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CATCTGCAGGGGGTCCAGAAG;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=170;TCR=148;TR=128;WE=42337984;WS=42337966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,135:0.40:335
chr17	42338248	rs2854528	A	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=874;ReadPosRankSum=2.324;SC=GTGCTCAGCCACTCTCGAGAG;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=35;TCR=103;TR=56;WE=42338256;WS=42338238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,57:0.41:140
chr17	42338998	rs5035	T	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.550;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,87:0.30:294
chr17	42339118	rs13306783	G	GC	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.750;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr17	42392077	rs68030960	T	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=710;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GCCTGCTGCATCCTCTGGCCC;SOR=1.044;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=37;WE=42392085;WS=42392067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr17	42392622	rs708386	T	C	5552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=125;PP=2824;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TCGTCACCGATGAGGACAGCT;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=335;TCF=158;TCR=177;TR=238;WE=42392639;WS=42392612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,255:0.70:364
chr17	42398052	rs2011951	A	G	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=49;PP=1508;ReadPosRankSum=-1.430;SC=TTCGGCCTGAACCCATTGAGC;SOR=0.748;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=96;WE=42398060;WS=42398042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,104:0.57:181
chr17	42398757	rs2011895	C	A	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=71;PP=2440;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GGGTTTGGGCCGAGGTGGGGA;SOR=0.806;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=212;TCF=106;TCR=106;TR=140;WE=42398765;WS=42398747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,150:0.66:226
chr17	42398802	rs34365655	G	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=884;ReadPosRankSum=-1.883;SC=CTATGCTCACGGCGGGCCAGC;SOR=0.569;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=192;TCF=100;TCR=92;TR=68;WE=42398810;WS=42398792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,76:0.36:209
chr17	42400816	rs60776742	C	A	223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=6;PP=185;SC=CATCCCCACCCGCCCCCACCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=42400824;WS=42400806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	42426940	rs9897526	G	A	6954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.554;SC=CATCAGCCCAGTGGAGGGGCT;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=401;TCF=199;TCR=202;TR=286;WE=42426948;WS=42426930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,308:0.72:429
chr17	42427544	rs113219200	G	GAGTC	4725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TGTGATGGGGGAGTCACCTTC;SOR=0.566;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=58;WE=42427559;WS=42427534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,117:0.66:177
chr17	42427630	rs25646	T	C	6305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.548;SC=AGTGCCCTGATAGTCAGTTCG;SOR=0.575;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=416;TCF=212;TCR=204;TR=277;WE=42427638;WS=42427620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,285:0.66:432
chr17	42427732	rs850713	G	A	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,115:0.68:169
chr17	42428538	rs72824736	G	A	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.994;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,72:0.25:286
chr17	42430244	rs5848	C	T	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=775;ReadPosRankSum=0.448;SC=CTAGCACCTCCCCCTAACCAA;SOR=0.361;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=52;WE=42430252;WS=42430234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,60:0.80:75
chr17	42449789	rs5910	G	A	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=97;PP=2965;SC=TGAAGAAGCCGACCTGGGGGT;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=116;TCR=97;TR=212;WE=42449797;WS=42449779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	42453065	rs5911	A	C	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=91;PP=2965;SC=GGGGCTGGGGATGGGCAGCCC;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=163;WE=42453073;WS=42453055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	42454270	rs850731	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=481;SC=TGTGAGCCACTGCGCCTGGCC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=42454278;WS=42454265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	42454463	rs850730	G	C	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=156;NR=148;PP=2965;SC=CTATCTGGGAGATGAGGAGGG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=306;TCF=156;TCR=150;TR=304;WE=42454471;WS=42454453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	42455022	rs34603233	TGAGCCCCTG	T	1564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=2957;SC=TGGTTATTCATGAGCCCCTGG;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=42455038;WS=42455012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	42477715	.	T	A	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1468;ReadPosRankSum=0.223;SC=CCTTGAAAGTTTAAAGTCAAA;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=217;TCF=103;TCR=114;TR=93;WE=42477723;WS=42477705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,94:0.42:222
chr17	42552364	.	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=-0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.133;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr17	42744238	rs9907151	A	C	3723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=82;PP=2513;ReadPosRankSum=0.475;SC=AATAGATACAATGAAAATGTA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=108;TCR=134;TR=149;WE=42744246;WS=42744228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,156:0.62:250
chr17	42751607	rs6416902	C	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=397;SC=GATAAATATACCAAGACATGC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=42751615;WS=42751597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	42808491	rs16970956	G	A	4510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.068;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CACACTCTGCGATATGTAGTA;SOR=0.568;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=284;TCF=144;TCR=140;TR=185;WE=42808499;WS=42808481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,194:0.66:296
chr17	42824648	rs9893320	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=14;PP=810;SC=GCGATCTCTATGCTGCTATGG;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=42824656;WS=42824638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	42846994	rs8070918	T	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	42847438	rs55882072	C	G	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=79;PP=2340;SC=TGCAGGGGACCGGGGCCGGGG;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=119;WE=42847446;WS=42847428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	42852061	rs12942192	C	T	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=80;PP=2873;SC=TGGCTCACCCCTCAGGGGACT;SOR=0.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=153;WE=42852069;WS=42852051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	42852610	rs1558084	T	C	8717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=179;NR=126;PP=2965;SC=TCTCGCGCTGTAGCATCGACG;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=305;TCF=179;TCR=126;TR=305;WE=42852618;WS=42852600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr17	42855472	rs2070604	T	C	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.031;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=971;ReadPosRankSum=-1.557;SC=CTGTCTGTCCTGCTCTCTATG;SOR=1.135;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=254;TCF=117;TCR=137;TR=91;WE=42855480;WS=42855462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,96:0.37:263
chr17	42882836	.	T	C	3378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=63;PP=2364;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GCGCATTGCATAGGGCTTGCT;SOR=0.612;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=203;TCF=106;TCR=97;TR=135;WE=42882844;WS=42882826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,140:0.67:209
chr17	42925559	rs12164	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=258;ReadPosRankSum=0.105;SC=CACCTGACGACGAAGACTGTG;SOR=0.777;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=26;WE=42925567;WS=42925549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr17	42927628	rs2231647	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=139;ReadPosRankSum=0.289;SC=GTGAACCCCTAGGACGCCTGA;SOR=1.096;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=11;WE=42927636;WS=42927618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr17	42927650	rs2231648	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=84;ReadPosRankSum=-0.784;SC=AGCCAGAGGACGGGTGAAGGG;SOR=0.839;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=11;WE=42927658;WS=42927640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr17	42927721	rs1071682	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,35:0.27:132
chr17	42929970	rs2289673	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TAGTCAAACATAGGCCAAAAG;SOR=0.142;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=19;WE=42929978;WS=42929960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
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chr17	42934372	rs6503405	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=3;PP=828;SC=TGGTGGGGGTAGAGGTGGAAG;SOR=3.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=42934380;WS=42934362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	42934694	rs2277615	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=375;ReadPosRankSum=0.094;SC=GCTGTCCAAATCATCACCAAA;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=24;WE=42934702;WS=42934684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr17	42945296	rs2120276	A	G	1180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=844;ReadPosRankSum=1.026;SC=TGAGTGACCCAGGGGAAAAGG;SOR=0.492;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=66;WE=42945304;WS=42945285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,68:0.35:193
chr17	42945867	rs3785890	A	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=641;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GAGGAAAACGAGGACACTGAG;SOR=0.603;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=34;TCR=84;TR=45;WE=42945875;WS=42945857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,45:0.37:122
chr17	42953409	rs2289674	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,36:0.30:120
chr17	42957139	rs2289676	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.716;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=336;ReadPosRankSum=-0.974;SC=CATAACCCCCCACAGGGTAAA;SOR=1.302;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=86;TCF=21;TCR=65;TR=26;WE=42957147;WS=42957129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr17	42957855	rs1443463	A	G	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1194;ReadPosRankSum=2.155;SC=TTCTGCTCCGAAAAGTGAGAG;SOR=0.823;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=279;TCF=149;TCR=130;TR=91;WE=42957863;WS=42957845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,92:0.32:287
chr17	42961009	rs2289677	C	T	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=34;PP=1236;ReadPosRankSum=0.762;SC=CTGAAAGTTCCGTCTTACCTT;SOR=0.904;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=293;TCF=179;TCR=114;TR=95;WE=42961017;WS=42960999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,103:0.33:314
chr17	42979592	rs12451394	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=327;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AAATGAGGCCGCCAAGGACCA;SOR=0.591;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=23;WE=42979600;WS=42979582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr17	42989088	rs2289681	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-2.792;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,33:0.20:169
chr17	43004436	rs61739617	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=401;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GTGAACAGGGGCACAGGTGCC;SOR=0.998;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=36;WE=43004444;WS=43004426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,39:0.37:105
chr17	43008970	rs17546822	T	C	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,92:0.34:268
chr17	43013371	rs142294026	CC	AA	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=1542;ReadPosRankSum=1.111;SC=GGAGGCCAGGCCACTGCCAGG;SOR=0.560;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=38;WE=43013380;WS=43013361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,52:0.69:75
chr17	43101708	rs3837839	G	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	43107449	rs72255860	TAC	T	3506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.407;NF=16;NR=45;PP=2382;ReadPosRankSum=1.735;SC=CAGGGCATGCTACACACTCAC;SOR=0.772;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=186;TCF=45;TCR=141;TR=61;WE=43107458;WS=43107439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,103:0.34:305
chr17	43107589	rs73311379	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=316;ReadPosRankSum=0.167;SC=ATTCTGCAAGCGCACACTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=23;WE=43107597;WS=43107579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr17	43111154	rs10451271	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr17	43111162	rs9303432	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.56;SOR=4.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	43111688	rs9900173	G	A	5737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TTATGTCGCCGTTCTCCAGCA;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=388;TCF=185;TCR=203;TR=246;WE=43111696;WS=43111678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,258:0.64:405
chr17	43163756	rs6416904	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=219;ReadPosRankSum=-1.293;SC=GCCTCCCAAAATGTTGGGATT;SOR=0.165;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=15;WE=43163764;WS=43163746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr17	43163851	rs6503422	T	C	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=949;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TGGGCCTTTTTTCTCCCCAAC;SOR=0.720;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=282;TCF=162;TCR=120;TR=91;WE=43163859;WS=43163828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,99:0.33:296
chr17	43170907	rs2239921	C	T	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=24;PP=2440;SC=GCTGGAAAGACGGTTTGCAGT;SOR=2.691;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=92;TCR=24;TR=115;WE=43170915;WS=43170897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	43171154	rs1132898	C	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=936;ReadPosRankSum=0.789;SC=TGCTTTGGACCTGGGCGATCG;SOR=0.944;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=178;TCF=53;TCR=125;TR=62;WE=43171162;WS=43171144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,64:0.35:184
chr17	43176622	rs877599	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.767;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr17	43176632	rs877598	A	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.105;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr17	43176804	rs2239923	C	T	4220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=92;PP=2732;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CCCACGGAAGCTGATTGAAGT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=174;TCR=161;TR=191;WE=43176812;WS=43176794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,202:0.57:353
chr17	43181287	rs4793167	A	G	5924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=116;PP=2965;SC=TGCAGGGAAGAGGCAGTGGAG;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=86;TCR=116;TR=202;WE=43181295;WS=43181277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	43183028	rs1053733	G	A	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=709;ReadPosRankSum=0.251;SC=GTGCGATTCTGGATAAAGCCA;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=47;WE=43183036;WS=43183018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr17	43183108	rs1053739	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=1.298;SC=GAGAATCCCTGGCAAAGGGAG;SOR=0.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=12;WE=43183116;WS=43183098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr17	43192549	rs35911033	T	TC	6568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=52;PP=2973;SC=GGGTGCAGGGTCGCAGGCGGG;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=82;WE=43192557;WS=43192539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	43192681	rs713102	C	A	3524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,165:0.78:212
chr17	43192821	rs713101	A	G	2784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=64;PP=1752;ReadPosRankSum=1.011;SC=GCAGCGGGCAACTTCTTTCCC;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=189;TCF=86;TCR=103;TR=114;WE=43192829;WS=43192811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,122:0.61:201
chr17	43196584	rs12603813	T	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=518;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CAGGGCAGGATTTTTTGGTTT;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=22;WE=43196592;WS=43196574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr17	43198166	rs11382448	A	AG	1606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=16;PP=1355;SC=CCCTCAGGACAGGGCCCTGCC;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=33;WE=43198174;WS=43198156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	43209727	rs1056619	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=376;ReadPosRankSum=0.621;SC=GGGCGGCCACCGGGGGCTCCT;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=33;WE=43209735;WS=43209717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr17	43213772	rs2306828	A	C	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=63;PP=2965;SC=GGGACCCATCACCACCTCTGC;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=127;WE=43213780;WS=43213762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	43226887	rs12051846	A	G	6417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.285;SC=CAGAAGTGGAACCGACGCCCG;SOR=0.660;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=473;TCF=237;TCR=236;TR=275;WE=43226895;WS=43226877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,290:0.59:495
chr17	43227214	rs1044977	T	C	9536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=0.897;SC=AGGAGCCGGATCTCAAAACCG;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=582;TCF=282;TCR=300;TR=399;WE=43227224;WS=43227204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,415:0.70:597
chr17	43227766	rs78243847	T	TTTGG	1804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=1602;SC=TCCCCCTGGCTTTGGTTTCGT;SOR=2.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=29;WE=43227774;WS=43227756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	43316360	rs12940312	G	A	4807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=93;PP=2837;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TGGTACATTCGGTGGAGAACA;SOR=0.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=168;TCR=150;TR=199;WE=43316368;WS=43316350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,219:0.62:354
chr17	43316520	rs1023995	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=1.095;SC=TGGGGTCAGGTAGACCTGGGT;SOR=0.313;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=22;WE=43316528;WS=43316510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr17	43318778	rs7218169	GC	CG	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=45;PP=2563;SC=CCGCCATGGGGCCCTCCAGGC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=95;WE=43318787;WS=43318767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	43319770	rs1801353	C	T	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=646;ReadPosRankSum=0.482;SC=CTGGGTGGCACTGAAACCCAG;SOR=0.594;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=232;TCF=117;TCR=115;TR=67;WE=43319778;WS=43319760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,73:0.29:256
chr17	43333125	rs11651968	C	T	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=42;PP=1457;ReadPosRankSum=0.036;SC=CAGGCAGACACGTGGTTCTCC;SOR=0.903;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=313;TCF=185;TCR=128;TR=114;WE=43333133;WS=43333115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,119:0.37:320
chr17	43333785	rs76453679	AAGAC	A	1429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.721;NF=5;NR=24;PP=1258;ReadPosRankSum=0.892;SC=AGTCATCTCTAAGACAGAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=85;TCF=20;TCR=65;TR=29;WE=43333796;WS=43333775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,43:0.29:147
chr17	43334649	rs60163605	C	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.425;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr17	43334653	rs58314091	T	C	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr17	43342141	rs1047833	G	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=736;ReadPosRankSum=-0.829;SC=CGTCTTTGGTGACCAAGCTGA;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=91;TCR=104;TR=63;WE=43342149;WS=43342131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,67:0.32:211
chr17	43344073	rs2074293	G	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=718;ReadPosRankSum=-0.123;SC=TTGGGTACGGGCTCAGGGCCC;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=71;TCR=108;TR=66;WE=43344081;WS=43344063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,73:0.38:193
chr17	43351127	rs2072090	G	C	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=355;ReadPosRankSum=-1.063;SC=TAATCGTGGAGGAAGGGAGGA;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=36;WE=43351135;WS=43351117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr17	43364293	rs56405343	C	CG	14577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=110;PP=2969;SC=GAGGCAGAGCCGCCGTAGGCC;SOR=1.062;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=218;TCF=96;TCR=122;TR=204;WE=43364301;WS=43364283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr17	43908364	.	T	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.881;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.74;MQRankSum=1.318;QD=18.25;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr17	43910455	rs17689966	G	A	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=93;PP=2965;SC=CCATGCCATCGAGGTGGACGC;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=122;TCR=93;TR=214;WE=43910463;WS=43910432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	43923180	rs242944	G	A	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.01;QD=28.62;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	43923898	rs171443	A	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.69;QD=28.68;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	43924412	rs242943	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.12;QD=28.27;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	44248848	rs17662853	G	A	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQRankSum=-0.792;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,155:0.64:244
chr17	44321273	rs370516109	A	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.006;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr17	44363616	rs71375340	A	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.40;QD=24.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	44408406	.	A	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.12;QD=25.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	44788253	rs78850923	G	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=0;PP=243;SC=AGCATGTACGGATTATAACTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=44788261;WS=44788243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	44833217	rs35732828	C	A	11767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=240;NR=190;PP=2965;SC=CACACAGTGACCAAGGGAAGT;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=430;TCF=240;TCR=190;TR=430;WE=44833225;WS=44833207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr17	44950122	rs4968281	T	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.86;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	45000529	rs189899	G	C	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=62;PP=2687;SC=GGAAGCCAGAGCCGGAGCCGT;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=153;WE=45000537;WS=45000519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	45000547	rs183199	G	C	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=113;NR=84;PP=2857;SC=CGTGGCCTGCGGGGCCGGCGA;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=113;TCR=84;TR=197;WE=45000555;WS=45000537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	45008570	rs197922	G	A	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=38;PP=1873;SC=CAAAATGCCAGACTGTAAGTG;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=98;WE=45008578;WS=45008560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	45008742	rs197923	G	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=553;SC=GAGTGATGCCGCTCAAAATAA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=45008750;WS=45008732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	45009592	.	G	A	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=-1.951;NF=44;NR=36;PP=913;ReadPosRankSum=0.495;SC=GTGAGGGTCGGCCTGCACTTG;SOR=0.606;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=239;TCF=122;TCR=117;TR=80;WE=45009600;WS=45009582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,87:0.34:253
chr17	45012248	rs169126	T	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=1;PP=821;SC=GCCTTTGCTTTGCTTTTTCTT;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=45012256;WS=45012242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	45017859	rs758392	A	G	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=33;PP=2087;SC=CTAGCGCAGGACTTTTGGTAA;SOR=1.456;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=110;WE=45017867;WS=45017849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	45050533	rs11079746	T	C	4731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=77;PP=2523;SC=AAAACTGGAATGCCGGATGAG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TR=167;WE=45050541;WS=45050523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	45198400	rs938904	G	A	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=62;PP=1915;SC=AAATAAAACAGAAGTCCACAG;SOR=1.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=92;WE=45198408;WS=45198390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	45234406	rs112848754	CA	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-2.797;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.632;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr17	45234707	rs75353677	T	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.704;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr17	45234710	rs78395997	A	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.507;SOR=0.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,6:0.14:44
chr17	45481842	rs10599296	TAA	T	4854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=18;PP=2971;SC=GAGAAATATATAAGTCATATG;SOR=2.615;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=77;WE=45481851;WS=45481832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	45600306	rs201678252	AT	A	7368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=79;NR=96;PP=2951;SC=TCCAACTGTCATTTCAACAGC;SOR=0.813;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=189;TCF=84;TCR=105;TR=175;WE=45600314;WS=45600296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr17	45608592	.	G	T	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=41.62;NF=3;NR=3;PP=34;QD=11.4618687579;SC=AGCCCCTAGCGCTCCGGCTGG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=6;WE=45608600;WS=45608582;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr17	45623439	.	T	TGTGAGAGA,TGAGA	657.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.36;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=0,0;NR=49,49;PP=344,937;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=0;TCR=60;TR=49,49;WE=45623447;WS=45623429;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.65:31
chr17	45646981	.	CTT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-0.708;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr17	45663680	rs372546318	GTA	G	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.605;NF=8;NR=14;PP=595;ReadPosRankSum=0.179;SC=TGATGCAAGAGTATATATATA;SOR=0.614;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=22;WE=45663691;WS=45663670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr17	45669359	rs200616431	T	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FS=3.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQRankSum=-0.816;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:588,123:0.17:711
chr17	45669428	rs59875832	T	TA	4943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-1.272;NF=12;NR=104;PP=1613;ReadPosRankSum=-1.605;SC=GGGGATAAGGTAAAAAAAAAC;SOR=1.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=17;TCR=143;TR=116;WE=45669436;WS=45669407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr17	45669524	rs3865314	A	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.874;NF=1;NR=43;PP=942;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GTTCCCAAATAGTTTCTGGCT;SOR=4.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=44;WE=45669532;WS=45669514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr17	45677192	rs34538095	CT	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=488;ReadPosRankSum=0.197;SC=GGAAATTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=2.476;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=37;WE=45677200;WS=45677181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,33:0.89:37
chr17	45695832	rs3760370	C	T	9562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=160;PP=2965;SC=CAGTAAGTTACGGTGAAAACT;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=335;TCF=175;TCR=160;TR=335;WE=45695840;WS=45695822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr17	45695914	rs3760371	T	C	5587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=119;PP=2965;SC=TTGAGCTGCCTTAACCCTAAC;SOR=1.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=59;TCR=119;TR=178;WE=45695922;WS=45695904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	45700384	rs3065062	C	CCTA	2079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=33;PP=1604;SC=AACAGTATATCCTAATAAGCC;SOR=1.911;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=35;WE=45700392;WS=45700374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	45734209	rs68149542	CTTT	C	5856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=40;PP=1884;SC=TATCTTTTGTCTTTTTTTTTG;SOR=1.473;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=68;WE=45734219;WS=45734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	45750596	rs3809868	G	A	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=75;PP=2077;SC=ACCTAGGTCTGTTTTCCAGAC;SOR=3.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=10;TCR=75;TR=85;WE=45750604;WS=45750586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	45754569	rs11301979	AC	A	2321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=41;PP=1757;SC=TTAAATATCGACCAGGCTGGG;SOR=1.926;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=43;WE=45754577;WS=45754559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	45757598	rs7210738	G	A	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=67;PP=1982;SC=GATGGCAACAGTTCACTTTTT;SOR=1.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=96;WE=45757606;WS=45757588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	45811354	rs41444548	C	G	8889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=186;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GTGCCCGCGCCGGAACAAGAA;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=126;TCR=188;TR=311;WE=45811362;WS=45811344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr17	45885687	rs9907142	A	G	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=22;PP=1431;SC=CCATGTTCCCATAGCCTGGCT;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=78;WE=45885695;WS=45885677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	45885756	rs9911983	C	T	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=67;PP=2965;SC=CGCTGCTATCCGTCTGCCGCC;SOR=1.227;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=121;TCR=67;TR=188;WE=45885764;WS=45885746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	45888251	rs2074188	C	G	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=68;PP=2327;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CACCATTAGGCTACCCCAAAG;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=128;WE=45888259;WS=45888241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,132:0.99:134
chr17	45894735	rs9914156	A	G	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=103;PP=2965;SC=TCTGCGGGGAAAAAGAACAAG;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=78;TCR=105;TR=181;WE=45894743;WS=45894725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	45895571	rs916798	T	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=519;SC=AGGTAACATTTTCCCCTCCTA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=45895579;WS=45895566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	45896478	rs878171	T	C	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=63;PP=1802;SC=GGGGGTGAAGTGTTGGTAGAG;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=56;TCR=63;TR=119;WE=45896486;WS=45896468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	45897531	rs1985407	C	A	10442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=194;NR=183;PP=2965;SC=TGTCTGGTTCCAGCTTGGCCC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=378;TCF=195;TCR=183;TR=377;WE=45897539;WS=45897521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr17	45905850	rs4793671	C	T	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=22;PP=1203;SC=GTGACATGTACCCAAATTCCT;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=45905858;WS=45905840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	45913847	rs16948662	C	A	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=82;PP=2432;SC=ACGAGGTGACCCTGCTTTCCA;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=141;WE=45913855;WS=45913837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	45915395	rs6503875	T	C	5840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=101;PP=2965;SC=CTGAGATGAGTCTGTCCGGGA;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=97;TCR=101;TR=198;WE=45915403;WS=45915385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	45915788	rs7350974	T	C	9957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=185;NR=165;PP=2965;SC=GCCACCCCCATCCCGAAGATG;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=185;TCR=166;TR=350;WE=45915796;WS=45915778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr17	45959620	rs17616603	T	C	6146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=122;PP=2965;SC=TGGATGGTATTTGAACTTTCC;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=81;TCR=122;TR=203;WE=45959628;WS=45959610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	45992622	rs11871969	G	A	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=60;PP=2965;SC=GAGGCAAGTGGGCTTGCGTTC;SOR=1.256;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=106;TCR=60;TR=164;WE=45992630;WS=45992612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	46000406	rs62067380	T	C	10201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=183;NR=172;PP=2965;SC=TGCAGCCACCTCTAACACCAC;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=183;TCR=174;TR=355;WE=46000414;WS=46000396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr17	46030644	rs3833856	T	TG	3637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=74;PP=2969;SC=TGGAGCAGGGTGGGGGAGACA;SOR=1.911;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=8;TCR=92;TR=81;WE=46030652;WS=46030634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	46055036	rs7503584	G	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=7;PP=760;SC=GAGCAGGGATGATGGGCCATA;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=46055044;WS=46055026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	46114620	rs12940701	C	T	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=67;PP=2129;SC=GACAGCGGGCCGAGCCTCCTT;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=134;WE=46114628;WS=46114610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	46115072	rs199699704	C	CG	2778.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	46115084	rs201261614	T	TGG	2754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.69;SOR=1.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	46115122	.	A	AG	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=981;SC=GGACGTGGCCAGCCTCGGGCC;SOR=1.839;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=46115130;WS=46115112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	46132212	rs373501023	T	TG	1705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=38;PP=1852;SC=GGAAGGGGGCTGGCTGGGCCG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=43;WE=46132220;WS=46132202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	46152559	.	CT	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.621;QD=2.51;ReadPosRankSum=2.633;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr17	46190819	rs8080662	G	A	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=71;PP=2077;SC=GGGTGCTTATGTAGGAACTGG;SOR=1.277;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=119;WE=46190827;WS=46190809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	46190928	.	TG	CA	298	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=15;MQ=58.74;NF=0;NR=7;PP=298;QD=50.2096964089;SC=TTTTTTTTGATGTAGGGTCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=46190937;WS=46190918;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr17	46195926	rs8071267	C	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=1;PP=988;SC=GGCGACAGAGCGAGACTCCAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=42;WE=46195947;WS=46195916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	46198876	rs3744346	G	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=15;PP=410;SC=AGTGAGCTCTGGGTTCTGCTC;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=46198884;WS=46198866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	46239985	rs208005	A	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=55;PP=1630;SC=TTTCCGAGGTACCCATGTTTT;SOR=1.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=79;WE=46239993;WS=46239975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	46262171	rs2278868	C	T	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=51;PP=1612;SC=ATCCGTACACCGTAGCCCTTA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=98;WE=46262179;WS=46262161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	46265433	rs2305433	G	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=26;PP=569;SC=CACTCCCACAGGTTATCCCAT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=46265441;WS=46265423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	46607021	rs7226137	T	C	6152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=93;PP=2965;SC=GACCCGACCTTCCTCTCGCTC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=104;TCR=93;TR=196;WE=46607029;WS=46607011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	46607817	rs7207109	C	T	6637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=116;NR=119;PP=2965;SC=GTGCAAAGCTCGCGGTCTGCT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=117;TCR=119;TR=235;WE=46607825;WS=46607807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	46607958	rs12939811	T	A	6137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=94;PP=2965;SC=CTCCTTCTGATTGACCCAGAG;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=116;TCR=95;TR=210;WE=46607966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	46608030	rs12946855	G	A	5794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=CCGAGGGCGCGGAGCTGGGGA;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=189;WE=46608038;WS=46608020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	46608184	rs145570960	G	GGGGCGCTGT	10436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=105;PP=2979;SC=AAAGGAGGTTGGGGCGCTGTG;SOR=1.046;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=165;TCF=15;TCR=150;TR=120;WE=46608192;WS=46608174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	46620402	rs2229302	G	A	8255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=165;NR=117;PP=2965;SC=GAGCGCGGGGGTCGAAAGGAC;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=167;TCR=117;TR=282;WE=46620410;WS=46620392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr17	46621828	rs56128659	T	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=77;SC=CTTCCACTGCTTTTTCTCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=46621836;WS=46621827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	46622335	rs111979968	A	AC	127.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=18;PP=656;SC=ATCGGAAGGGACCCCCCTCCT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=46622356;WS=46622325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	46622348	rs138169880	A	AC	48.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=248;SC=CCCCTCCTGCACCCCCCCCGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=46622356;WS=46622325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	46651061	rs2288277	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=15;PP=1019;SC=GCAAACCTGCTGAAGCATCCA;SOR=1.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=59;WE=46651069;WS=46651051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	46670520	rs7406798	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=645;SC=AGGGGAATATTTGCGGAGTCT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=46670528;WS=46670510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	46688256	rs7406910	T	C	13250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=208;NR=240;PP=2965;SC=GAAAATAAAGTATTCGCATAA;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=450;TCF=208;TCR=242;TR=448;WE=46688264;WS=46688236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr17	46691587	rs112987208	A	AGGCCCCCTGCCC	1834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=1083;SC=CCGGCCTGCCAGGCCTTGGGC;SOR=4.174;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=25;WE=46691595;WS=46691577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	46799812	rs1054072	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=40;PP=1155;SC=CTTGCAAGCAAGCATCGGCCT;SOR=2.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=46799820;WS=46799802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	46840339	.	GA	G	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.637;QD=3.15;ReadPosRankSum=2.433;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,25:0.26:97
chr17	46862675	rs507973	TC	AT	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=661;SC=AGGAAAGCAGTCGATAGTAAA;SOR=2.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=12;WE=46862684;WS=46862665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	46867199	rs1627452	G	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=1;PP=885;SC=GATTACAGGTGTGAGCCACTG;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=46867207;WS=46867189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	46874272	rs585736	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=546;SC=TCTCTCTGAGGGATCCTGGCA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=46874280;WS=46874262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	46881748	rs489005	T	C	7168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=136;PP=2965;SC=AAACAAGAACTGGAATGCACA;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=129;TCR=137;TR=265;WE=46881756;WS=46881738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr17	46923384	rs533842	G	A	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=83;NR=67;PP=2380;SC=GCTCTCCCCAGTGTTCTTTCA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=83;TCR=67;TR=150;WE=46923392;WS=46923374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	46926615	rs550510	G	A	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.91;NF=71;NR=55;PP=2142;SC=CTTTTGTAGGGAGAGGTGGAA;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=126;WE=46926623;WS=46926605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	46926772	rs551605	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=479;SC=ACCTTGGAGCATGGAGATCAG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=46926780;WS=46926762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	46934007	rs2546495	A	C	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=69;PP=2132;SC=CTGTGCATTCATTCATTCATT;SOR=3.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=13;TCR=70;TR=82;WE=46934015;WS=46933997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	46970836	rs684682	A	G	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=61;PP=1950;SC=GCCGCGCCGCAGTGCTCTGTA;SOR=1.390;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=96;WE=46970844;WS=46970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	46972479	rs3080082	ATCTC	A	18643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=176;PP=2977;SC=ATGCCATACTATCTCTCTGCT;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=256;TCF=72;TCR=184;TR=239;WE=46972490;WS=46972469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr17	46973139	rs35074390	TG	T	2078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=50;PP=1490;SC=TGAGGCTCCATGGGGGGGTCA;SOR=2.517;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=54;WE=46973147;WS=46973129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	46985756	rs71144541	AG	A	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=487;SC=GTGGAAGCGGAGGGGGTGGGG;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=14;WE=46985764;WS=46985746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	46993370	rs4378658	G	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=6;PP=874;SC=TGGTGTTGCCGGGCCCCAGGG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=38;WE=46993378;WS=46993360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	47000110	rs2088139	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.07;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	47000251	rs1058018	C	T	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=30;PP=861;SC=ACGACTTCTACGAGGTGGCCT;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=47000259;WS=47000241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	47010795	rs72523750	CAG	C	3353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=45;PP=2480;SC=AGGATACTGACAGAAAATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=53;WE=47010804;WS=47010785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	47011897	rs57901004	C	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	47013382	rs140139274	G	GTTTGT	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=1299;SC=CTTATTTTTTGTTTGTTTTTT;SOR=2.531;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=24;WE=47013401;WS=47013372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	47013717	rs3215074	AT	A	990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=33;PP=666;SC=CTAGTTCCTAATTTTTTTTTA;SOR=3.967;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=34;WE=47013725;WS=47013707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	47014675	rs2132201	C	T	9468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=212;PP=2965;SC=GGTCAGACGGCTCCAGAGGGC;SOR=1.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=315;TCF=103;TCR=212;TR=315;WE=47014683;WS=47014665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr17	47014754	rs2132200	T	C	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=58;PP=1690;SC=CTTTGGGACATCGAGCTAGGT;SOR=6.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=59;WE=47014762;WS=47014744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	47035869	rs4793605	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=2;PP=663;SC=TTCCTTTTCATTGGGTGGTGC;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=47035877;WS=47035859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	47038391	rs6504587	T	C	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=39;PP=1186;SC=TAGCCTGAGCTTCGCCCAGAG;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=47038399;WS=47038381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	47039132	rs2291725	T	C	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=88;NR=59;PP=2212;SC=TTAGCTTGACTGGCCAGCTCC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=147;WE=47039140;WS=47039122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	47044463	rs62078384	C	T	8780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.147;SC=ACCTGTCATCCCCTAACCCCT;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=177;TCR=121;TR=296;WE=47044471;WS=47044453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,324:0.99:326
chr17	47076449	.	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.18;ReadPosRankSum=1.736;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,32:0.14:222
chr17	47076551	rs2411760	G	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.69;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	47076551	.	GGGGGGG	TGGGGGC,TGGGGGG	371	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000,0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=26;MQ=59.65;NF=7,12;NR=19,26;PP=371,10;QD=16.3256874947;SC=AGCTCTTTTCGGGGGGGGTGG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=26,38;WE=47076565;WS=47076541;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.60:43
chr17	47076557	rs1948513	G	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	47109368	rs34685424	TG	T	698.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.415;NF=2;NR=27;PP=282;ReadPosRankSum=0.029;SC=CTGGGTGCGGTGGGGGGGGGT;SOR=0.979;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=8;TCR=85;TR=29;WE=47109376;WS=47109358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr17	47109427	rs8079385	C	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-5.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=246;ReadPosRankSum=-2.388;SC=TCAGGGGGGTCTAGGCAGGCT;SOR=0.180;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=16;WE=47109435;WS=47109417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr17	47118995	rs62078404	G	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=463;ReadPosRankSum=1.250;SC=AAAAACAGTCGAAGTGGTAAA;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=28;WE=47119003;WS=47118985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr17	47119832	rs2289637	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=268;ReadPosRankSum=1.960;SC=TGCCCTGTGCCGTGTGGCCTT;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=24;WE=47119840;WS=47119822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr17	47120776	rs2289636	T	C	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr17	47121551	rs62078405	G	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.718;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=0.399;SC=TGAGAATTCTGTGTGTCATAT;SOR=0.242;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=26;WE=47121559;WS=47121541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr17	47123887	rs58631313	C	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.491;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=-2.087;SC=TGCCCTCTTTCAGGTGCAGAA;SOR=0.023;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=6;WE=47123895;WS=47123877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr17	47210429	rs7207842	A	G	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=1126;ReadPosRankSum=1.487;SC=TCCACGTGGAAGTGGCCTCTC;SOR=0.747;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=71;WE=47210437;WS=47210419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,74:0.65:114
chr17	47210469	rs117575112	G	A	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=1001;ReadPosRankSum=0.514;SC=GGGGACGCCCGAGTGTGGGAA;SOR=0.927;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=65;WE=47210477;WS=47210459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,70:0.70:100
chr17	47230360	rs62079773	T	G	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=91;PP=2261;ReadPosRankSum=0.109;SC=GGCTCATGCCTGTAATTCCAG;SOR=0.922;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=37;TCR=124;TR=116;WE=47230368;WS=47230350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,117:0.71:164
chr17	47237802	rs1523137	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=738;SC=TCTCATCCCAACCAGGACTCT;SOR=3.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=29;WE=47237810;WS=47237792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	47238028	rs8071836	C	T	4819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=89;PP=2965;SC=CTTGGGGCTCCGTGGTGGCAA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=166;WE=47238036;WS=47238018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	47241604	rs8074457	T	C	8066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=173;PP=2965;SC=TTAAAGACAATCACGTGGAGT;SOR=1.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=100;TCR=173;TR=273;WE=47241612;WS=47241594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr17	47280301	rs4794029	T	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,73:0.32:226
chr17	47293848	rs2233368	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr17	47293906	rs2233369	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,41:0.32:130
chr17	47297297	rs616338	T	C	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=73;PP=2450;ReadPosRankSum=0.468;SC=TCCTCTGCGTTTTCCCTGGCC;SOR=0.257;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=121;WE=47297305;WS=47297287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr17	47299789	rs55978930	A	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.835;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=556;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GAAGGCTTGCAAGAAGGCCCC;SOR=0.340;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=33;WE=47299797;WS=47299779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr17	47304058	rs199501222	G	A	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=36;PP=1207;ReadPosRankSum=0.868;SC=ACTCATTGTCGGTGCATTACC;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=154;TCR=101;TR=92;WE=47304066;WS=47304048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,99:0.36:276
chr17	47329705	rs596783	T	C	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,105:0.29:359
chr17	47394206	.	G	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.097;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=497;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TTTTTTCACAGTCTGTTTGCT;SOR=1.578;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=26;WE=47394214;WS=47394196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr17	47583581	rs55759007	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=728;ReadPosRankSum=0.578;SC=GGCAGGCAATAGGGGAGGGAG;SOR=0.658;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=92;TCR=34;TR=47;WE=47583589;WS=47583571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,52:0.39:135
chr17	47583629	.	A	T	4016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=62;PP=2714;ReadPosRankSum=-0.617;SC=CCAAAAGAGCAGACGACTAAA;SOR=0.928;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=280;TCF=176;TCR=104;TR=172;WE=47583637;WS=47583619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,177:0.61:292
chr17	47588000	rs11466155	C	T	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=72;PP=1706;ReadPosRankSum=-1.360;SC=TGGTTGTGGGCCTTGTGGCCT;SOR=0.489;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=414;TCF=191;TCR=223;TR=145;WE=47588008;WS=47587990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,147:0.35:425
chr17	47688881	rs140209761	T	TAGAG	795.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.284;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=1042;ReadPosRankSum=1.919;SC=TGCCAGCAGATAGACGACTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=19;WE=47688889;WS=47688871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr17	47696820	rs7219984	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=0.461;SC=AGACTCAAGAGAGGGAGATGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=18;WE=47696828;WS=47696810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr17	47700315	rs3815474	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=510;ReadPosRankSum=0.563;SC=ACCTGATAGAGGCTGGAAATT;SOR=1.255;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=26;WE=47700323;WS=47700305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr17	47780710	rs201296363	GCACA	G,GCA	905.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.562;QD=24.48;ReadPosRankSum=-2.056;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,8,25:0.22,0.68:37
chr17	47785064	rs9908959	C	A	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=17;PP=934;SC=TGGGGAGAGACTGTCGGCCCG;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=47785072;WS=47785054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	47801651	rs11079874	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=11;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=1.029;SC=CACCCCCCACACAAACCTGTT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=11;WE=47801659;WS=47801641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr17	47882610	.	T	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr17	47888852	rs4462645	A	G	9022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=184;NR=136;PP=2965;SC=CAACGGAGAGACAGCTTCGAT;SOR=0.903;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=320;TCF=184;TCR=136;TR=320;WE=47888860;WS=47888842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr17	47903381	rs61749929	C	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=829;ReadPosRankSum=-0.326;SC=TTTCCAAAGTCGAAGAAAAAG;SOR=1.763;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=44;WE=47903389;WS=47903371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr17	47923640	.	ATT	A,AT	530.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.429;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,14,15:0.44,0.47:32
chr17	47924267	rs56186849	G	C	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=3.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-2.263;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,59:0.29:201
chr17	48068720	rs8081044	T	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=5;PP=244;SC=GTCCATGCAATTGTCATCTGG;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=48068728;WS=48068710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	48069035	rs142563930	T	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=786;ReadPosRankSum=0.593;SC=GGAGGCACTGTATGGGAGCGG;SOR=0.404;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=46;WE=48069043;WS=48069025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr17	48070741	rs2303467	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=296;ReadPosRankSum=0.760;SC=CGCCCCCGCGGCCCTGGACAG;SOR=0.638;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=60;TCR=4;TR=19;WE=48070749;WS=48070731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr17	48070878	rs2303466	C	T	3936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=104;PP=2525;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TGGAGTAGATCGTACGCGGCT;SOR=0.840;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=723;TCF=372;TCR=351;TR=222;WE=48070890;WS=48070868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:513,231:0.31:744
chr17	48072426	rs2278163	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=0.520;SC=ACCGGAGTGCGAGAGAGGCGG;SOR=0.255;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=8;WE=48072434;WS=48072416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	48151908	rs4793639	T	C	7891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=141;NR=131;PP=2965;SC=GGTGAGATTGTTCTGCCCACC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=141;TCR=131;TR=272;WE=48151916;WS=48151898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr17	48155771	rs16948648	C	T	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=56;PP=1575;SC=CAGGCCTCCACTTTCCCTGGA;SOR=3.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=65;WE=48155779;WS=48155761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	48157827	rs371281488	GGTGTGT	G	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-0.000;QD=24.27;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	48165064	rs12951197	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=15;PP=735;SC=AGGATGGGCCTAAGCAGGCTG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=48165072;WS=48165054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	48172779	rs7221362	A	C	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=37;PP=2350;SC=GACCACAACCAAAGTCGCGGC;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=110;WE=48172787;WS=48172769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	48174908	rs9839	C	T	4392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=112;PP=2747;ReadPosRankSum=0.723;SC=GCACACCCTCCGTGCAGCTGG;SOR=0.532;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=288;TCF=116;TCR=172;TR=191;WE=48174916;WS=48174898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,198:0.66:302
chr17	48184011	rs150809455	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=0.132;SC=GAAGGGAGGACAGAAGCGGGG;SOR=0.582;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=19;WE=48184019;WS=48184001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr17	48184288	rs847694	G	A	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=83;PP=2965;SC=GAGAAGCCCCGGGGACCCCTC;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=173;TCF=88;TCR=85;TR=171;WE=48184296;WS=48184278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	48184377	rs847693	A	G	8362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=165;NR=119;PP=2965;SC=CCCAGTATCAATGTCAGGAGG;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=166;TCR=119;TR=284;WE=48184385;WS=48184367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr17	48186131	rs3059824	T	TCTC	4032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=69;PP=2969;SC=GGGAGGCTTCTCTCCTCACTC;SOR=3.492;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=80;TCF=2;TCR=78;TR=70;WE=48186139;WS=48186121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	48186817	rs56409353	C	G	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1086;ReadPosRankSum=0.749;SC=CTGATAGGACCTGGGCAGCCT;SOR=0.551;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=73;WE=48186825;WS=48186807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,74:0.69:108
chr17	48187470	rs60269840	G	A	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=65;PP=1677;ReadPosRankSum=1.576;SC=AAGGGCCGCCGTGCATCTGCA;SOR=0.380;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=159;TCF=59;TCR=100;TR=109;WE=48187478;WS=48187460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,117:0.71:165
chr17	48187546	rs61328000	G	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=592;ReadPosRankSum=-1.857;SC=CCTCCTGGGGGAGCAGGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=23;WE=48187554;WS=48187536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr17	48212647	rs11317638	GA	G	1018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.13;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	48212876	rs3744536	C	T	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=754;ReadPosRankSum=1.873;SC=TTCAATGCTGCTCCCTCCACT;SOR=1.301;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=39;WE=48212884;WS=48212866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr17	48212910	rs3744535	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=266;ReadPosRankSum=-0.636;SC=AGGGCGCCCCAGGCCCACCTT;SOR=0.901;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=90;TCF=69;TCR=21;TR=25;WE=48212918;WS=48212900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,25:0.26:97
chr17	48226445	rs112058541	G	GC	580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=689;SC=TGGCTGGCGAGCGGGGGCGGC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=48226453;WS=48226435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	48227384	.	G	GGC	8447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=100;PP=2957;SC=GCCGCGCCGCGCTCCTTGTCG;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=13;TCR=103;TR=112;WE=48227392;WS=48227373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	48227403	.	G	GGC	6435.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=88;PP=2973;SC=CGCCGCCTGCGCGCTGGGGCG;SOR=1.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=8;TCR=88;TR=96;WE=48227411;WS=48227393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	48243504	rs9911548	C	T	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=59;PP=1916;SC=GGTGGTAAGACGGAGGTGTGG;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=120;WE=48243512;WS=48243494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	48245180	rs2696297	C	T	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=44;PP=2800;SC=GGATTGGGTGCTCATTCACAG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=85;TCR=44;TR=129;WE=48245188;WS=48245170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	48249450	rs2696293	C	G	6824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=140;PP=2965;SC=GAAGTCTCCACTGGGCTGCCC;SOR=1.183;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=95;TCR=142;TR=235;WE=48249458;WS=48249440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	48249801	rs2696292	C	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=344;ReadPosRankSum=0.287;SC=ACGGTGCGTGCACATATGCAT;SOR=0.412;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=20;WE=48249809;WS=48249791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr17	48252804	rs2696288	T	C	8778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.143;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=0.981;SC=ACTGACAGCCTAGCCAGGTAG;SOR=0.330;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=169;TCR=150;TR=317;WE=48252812;WS=48252794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,331:1.00:332
chr17	48258140	rs2586484	T	C	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=26;PP=1261;SC=CTCGCATTCTTTCCCACGCGG;SOR=1.288;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=71;WE=48258148;WS=48258130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	48258321	rs2586485	C	T	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=46;PP=1834;SC=TACTGTATTCCGGTGATAGAA;SOR=1.141;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=93;WE=48258329;WS=48258311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	48263021	rs2249492	C	T	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=70;PP=2859;SC=TGGGGTGGGGCGGAGACAACG;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=143;WE=48263029;WS=48263011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	48264717	rs2696245	C	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=340;SC=GATTCTTCCTCTCTTTGCCCA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=48264725;WS=48264707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	48265426	rs2586488	A	G	10197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=158;NR=210;PP=2965;SC=GTAGAGTTCTAAAGGCATGGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=159;TCR=210;TR=368;WE=48265434;WS=48265416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr17	48265495	rs1800215	T	C	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=89;PP=2123;SC=ACAGGACCGGTGGGACCAGCA;SOR=2.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=24;TCR=89;TR=113;WE=48265503;WS=48265485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	48266669	rs2586489	G	C	10428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=188;NR=165;PP=2965;SC=AGGTGCCAGAGAGCAGCACAG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=188;TCR=167;TR=353;WE=48266677;WS=48266659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr17	48267291	rs2075559	G	C	11510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=219;NR=202;PP=2965;SC=AGAGCACAGAGGCATCAAGCC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=422;TCF=220;TCR=202;TR=421;WE=48267299;WS=48267281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr17	48268223	rs2734272	A	G	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=141;NR=110;PP=2965;SC=CAATGGGGCCAGTCAGACCAC;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=141;TCR=111;TR=251;WE=48268231;WS=48268213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr17	48268626	rs2696246	A	G	8157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.046;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=0.663;SC=AAGGGGAAGAAGGGAGGATTA;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=172;TCR=107;TR=278;WE=48268634;WS=48268616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,296:1.00:297
chr17	48269302	rs2857396	G	A	11396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=207;NR=199;PP=2965;SC=GGCCAAGTACGACGCACCTTG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=407;TCF=207;TCR=200;TR=406;WE=48269310;WS=48269292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr17	48269426	rs2586490	C	T	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=100;PP=2958;SC=GAGCAAAACCCACCTGGGGCC;SOR=1.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=58;TCR=101;TR=158;WE=48269434;WS=48269416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	48271433	rs1007086	A	G	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=76;PP=2528;SC=AGCAGCAGTGAGGACAGCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=125;WE=48271441;WS=48271423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	48272055	rs2253369	C	T	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=105;PP=2965;SC=GAGGGTGGAGCGGGAGGGGGC;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=58;TCR=106;TR=162;WE=48272063;WS=48272045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	48273439	rs2734281	T	C	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NF=75;SC=CATAACCTGCTCCCATTGTCA;SOR=0.969;Source=Platypus;TCF=75;WE=48273447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	48273464	rs2141279	T	C	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=47;PP=2442;SC=CAAGAGCAGATACTGAGACCC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=113;WE=48273472;WS=48273454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	48273903	rs17639446	A	C	7447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=93;PP=2965;SC=TAGATCAGAGAATAATGAGTG;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=147;TCR=93;TR=240;WE=48273911;WS=48273893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	48274291	rs2075555	T	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=292;ReadPosRankSum=0.289;SC=TGCAACTCAGTATCTTTTGGG;SOR=0.243;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=16;WE=48274299;WS=48274281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr17	48274309	rs2075554	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=375;ReadPosRankSum=0.677;SC=GGGGAAGAGGTTGGGACTGGA;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=22;WE=48274317;WS=48274299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr17	48275489	rs35231764	A	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=598;ReadPosRankSum=-0.951;SC=ACCAAAGCCCAAGGAGGCATA;SOR=0.755;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=88;TCR=90;TR=58;WE=48275497;WS=48275479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,68:0.36:191
chr17	48276004	rs5820805	G	GC	4038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=73;PP=2957;SC=AGACATTCCTGCAAAGATGCA;SOR=2.432;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=78;TCF=2;TCR=76;TR=74;WE=48276012;WS=48275994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	48276079	.	A	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=0.084;SC=AACTGGACTCATCAAAACTCC;SOR=0.446;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=48276087;WS=48276069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr17	48276971	rs2256835	G	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,50:0.27:182
chr17	48277059	rs150854949	AGCCCCAGGCCCCAGGCCCCAG	A,AGCCCCAGGCCCCAG	1303.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=12,12;NR=16,16;PP=2891,2987;SC=CCCCAGCCCCAGCCCCAGGCC;SOR=0.811;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=28,28;WE=48277087;WS=48277049;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.62:34
chr17	48356260	rs6504642	G	C	9306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=145;NR=173;PP=2965;SC=GAGCCAGACAGCCCAGTGGAT;SOR=0.910;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=324;TCF=146;TCR=178;TR=318;WE=48356282;WS=48356250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr17	48423415	.	AG	A	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.236;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr17	48431032	rs739990	G	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=657;ReadPosRankSum=-0.013;SC=ACCCTGGCGAGGGTTCCAAGG;SOR=0.731;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=52;WE=48431040;WS=48431022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,55:0.28:193
chr17	48431197	rs739989	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=365;ReadPosRankSum=-1.910;SC=CTGCCCCACCCCCGGAAGCCC;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=27;WE=48431205;WS=48431187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr17	48432042	rs11430429	G	GA	2673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=2033;SC=AGGTAGCCTAGGAGGGAAACT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=48432050;WS=48432032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	48432324	rs12451299	G	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=843;ReadPosRankSum=0.521;SC=AGCCTCCTGAGGATGTACCTG;SOR=0.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=72;WE=48432332;WS=48432314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,72:0.36:201
chr17	48432681	rs2526538	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=370;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GCAAGGGGCAGAGGAAGGATG;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=19;WE=48432689;WS=48432678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr17	48433081	rs886568	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.688;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr17	48433882	.	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=1.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,74:0.16:474
chr17	48433958	rs4794136	T	C	2941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=82;PP=1812;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TCCACCTGTATGGCAGCTACC;SOR=0.588;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=543;TCF=263;TCR=280;TR=171;WE=48433974;WS=48433948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,173:0.31:554
chr17	48440467	.	TA	T	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=5.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
chr17	48440522	rs10656180	T	TCCA	10606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=113;PP=2967;SC=CCTGTCCTTCTCCACCATATT;SOR=1.258;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=142;TCF=25;TCR=117;TR=138;WE=48440544;WS=48440512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	48445674	rs111380254	CCTGGTCAG	C	1732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=3.083;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr17	48445699	rs2586438	C	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=48;PP=1501;ReadPosRankSum=-3.379;SC=AGCTGGTCAGCGAGGTGGTCC;SOR=1.164;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=66;WE=48445707;WS=48445689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr17	48452776	rs3760413	A	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=884;ReadPosRankSum=1.095;SC=CTGTCCCAGAAATAGCTGAAA;SOR=0.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=111;TCR=88;TR=62;WE=48452784;WS=48452766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,64:0.30:214
chr17	48452978	rs3060668	A	AAGC	4063.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=1.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.562;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,118:0.30:399
chr17	48455985	rs2189712	A	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=302;ReadPosRankSum=-1.313;SC=AGGAGCCAACAGTACTGGTGT;SOR=0.224;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=24;WE=48455993;WS=48455975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr17	48456193	rs12450550	T	C	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=850;ReadPosRankSum=-1.518;SC=GTAACTGACATCACAGCAAAG;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=82;TCR=84;TR=59;WE=48456201;WS=48456183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,62:0.34:182
chr17	48457567	rs917029	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=271;ReadPosRankSum=-0.369;SC=GTAACATGGCGCCCACCTCTT;SOR=0.412;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=18;WE=48457575;WS=48457557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr17	48465636	rs3760412	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=2.394;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr17	48469724	rs757509	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=97;ReadPosRankSum=0.475;SC=CCAGGGAGTGTATAAGGAGCC;SOR=0.418;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=11;WE=48469732;WS=48469714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr17	48472270	rs3760407	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=333;ReadPosRankSum=-1.900;SC=GAAGGAGTCACGGCTGCATGC;SOR=0.431;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=31;WE=48472278;WS=48472260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,29:0.28:104
chr17	48474501	rs72832501	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=3.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,80:0.29:280
chr17	48560550	.	A	AAAAG	85.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.63;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	48598785	rs1380657	G	A	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=82;PP=2684;SC=TGAAGACACAGCATACTTGTG;SOR=1.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=141;WE=48598793;WS=48598775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	48599195	rs9893172	T	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=457;SC=GGAAGCTGCGTGGGAGTGGAG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=48599203;WS=48599185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	48599450	rs7216625	A	T	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=54;PP=1541;SC=AAGGTAAAACAGCCTCCACCA;SOR=1.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=48599458;WS=48599428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	48602098	rs373928628	T	TGTGAGAGA	1130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.84;MQRankSum=0.140;QD=33.26;ReadPosRankSum=0.967;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr17	48603503	rs9890721	C	T	7030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=123;PP=2965;SC=GAGTCCTCAGCGGAAGAGCAT;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=124;TCR=123;TR=247;WE=48603511;WS=48603493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	48605780	rs8067733	C	G	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=65;PP=2044;SC=CCTTTCTGTCCGCTGCCAGGA;SOR=3.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=78;WE=48605788;WS=48605770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	48606313	rs2290864	G	A	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=20;PP=1732;SC=GTGAGCTACTGTTGAGGACAT;SOR=2.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=84;WE=48606321;WS=48606303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	48606537	rs1133818	C	G	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=44;PP=1285;SC=ACACCCAGAGCCTGCACAGTG;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=48606545;WS=48606527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	48606606	rs4793659	G	A	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=467;SC=TATTCATTCCGTTCAGTCTGC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=48606614;WS=48606596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	48607280	rs6504671	G	C	7721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=27.88;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr17	48607614	rs4794156	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=354;SC=CAGCACTTTGGGAGGCCAAGG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=48607622;WS=48607604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	48608717	rs1064055	T	C	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=46;PP=1641;SC=CCCTGGTGACTGACCTGATGG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=101;WE=48608725;WS=48608707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	48608951	rs2277627	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=254;SC=GCCCTCAGATCCCCTCCTGCC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=48608959;WS=48608941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	48610272	rs755046	G	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=21;PP=757;SC=GTGCCGTCCCGCTGCTGCACA;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=48610280;WS=48610262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	48613837	rs3785915	A	G	8597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=189;NR=126;PP=2965;SC=CCCATCCTTCAAGACTGTGAC;SOR=1.168;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=316;TCF=190;TCR=126;TR=315;WE=48613845;WS=48613827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr17	48616114	rs4794158	C	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=14;PP=1237;SC=GCTGACTGAGCGGCAAATGGC;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=48616122;WS=48616104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	48616658	rs72835716	G	A	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=742;ReadPosRankSum=0.565;SC=AGGAGGAGGAGAAGCTAAAAA;SOR=0.606;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=161;TCF=82;TCR=79;TR=60;WE=48616666;WS=48616648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,66:0.38:173
chr17	48618106	rs7215760	A	G	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=55;PP=2965;SC=GCCCTGGGCGAGGGATAAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=124;TCR=55;TR=177;WE=48618114;WS=48618096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	48619249	rs4794159	C	A	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=125;PP=2965;SC=CGCGGGCGAGCCGGGCAGGCC;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=108;TCR=126;TR=233;WE=48619257;WS=48619239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	48619637	.	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=156;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GGCGGCTGGTATCCCGCGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=13;WE=48619645;WS=48619627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr17	48625543	rs12943759	G	A	4994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=78;PP=2965;SC=CTGGGAGCAGGGGTCCTACTG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=86;TCR=78;TR=163;WE=48625551;WS=48625533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	48629458	rs8065903	A	G	6646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=127;NR=102;PP=2965;SC=ACACAGGACAAGCTCTTTTGG;SOR=0.742;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=128;TCR=102;TR=229;WE=48629466;WS=48629448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	48646376	.	T	TGTGTGTGTGTGTTG	570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.37;QD=38.05;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	48647011	rs12946808	T	G	9257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.793;SC=TTGACCTCTTTTGACCCCACT;SOR=0.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=193;TCR=130;TR=322;WE=48647019;WS=48647001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,337:1.00:338
chr17	48652875	rs198550	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=3;PP=635;SC=TCTTCAGGACATTTCCTCTTC;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=32;WE=48652883;WS=48652865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	48653354	rs12449998	C	A	14867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=267;NR=262;PP=2965;SC=TGGGTCCCGCCGGCTCATGCT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=531;TCF=268;TCR=263;TR=529;WE=48653362;WS=48653344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr17	48668013	rs8064333	G	C	8245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=105;PP=2965;SC=CTGACTCTCAGTTGAGGAATG;SOR=1.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=75;TCR=105;TR=180;WE=48668029;WS=48668003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	48668021	rs34926473	AT	A	7779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=93;PP=2951;SC=CAGTTGAGGAATGGTAGCAGG;SOR=1.267;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=13;TCR=94;TR=106;WE=48668029;WS=48668003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	48668091	rs8066026	A	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=33;PP=763;SC=GTCTGGAGTCAGGCCCCACTG;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=48668099;WS=48668081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	48668653	rs7359536	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=3;PP=186;SC=GCTCCTGCTTAGAGGTCTGGG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=48668661;WS=48668643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	48668720	rs7359527	C	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=5;PP=644;SC=CCCTTGGGTGCTACTGAGTCC;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=48668728;WS=48668710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	48669026	rs11079918	T	C	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=31;PP=2577;SC=CCGGCCAGGCTGGGGGCAGGA;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=83;TCR=31;TR=113;WE=48669034;WS=48669016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	48678325	rs198530	A	T	5791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=116;NR=68;PP=2965;SC=CTGGGAGGGCACTGGAGGGGC;SOR=1.325;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=116;TCR=68;TR=184;WE=48678333;WS=48678305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	48683200	rs3744521	G	C	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=914;ReadPosRankSum=0.892;SC=GGGCTCAGGAGTCCTGGGCTT;SOR=0.631;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=51;WE=48683208;WS=48683190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr17	48687430	rs11658835	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=36;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GGGGCTGAAGCGCTGGGCTCT;SOR=0.130;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=7;WE=48687438;WS=48687420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr17	48692881	rs8066527	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=606;ReadPosRankSum=-1.430;SC=CAGGTAGGAGCGAGTGGACCA;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=63;TCR=117;TR=53;WE=48692889;WS=48692871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,56:0.30:187
chr17	48693760	rs4794171	G	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,26:0.27:95
chr17	48698906	rs4794172	C	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=1.185;SC=TTCCCGCCCCCCTGTGCTTCG;SOR=1.066;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=11;WE=48698914;WS=48698896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr17	48703752	rs739925	T	C	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=5.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=62;PP=1953;ReadPosRankSum=-0.133;SC=AGCGCCGGCCTACGTCCTGGC;SOR=0.780;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=339;TCF=164;TCR=175;TR=116;WE=48703760;WS=48703742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,117:0.33:351
chr17	48712705	rs12604031	G	A	6199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	48712711	rs9890046	C	G	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.11;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	48734354	rs2301836	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=1.011;SC=GAGAAATGGAGGCAGGTCCAG;SOR=0.146;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=11;WE=48734362;WS=48734344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr17	48735774	rs739923	G	A	7973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=2.216;SC=TGATTCCCCCGTCCTATTCTC;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=512;TCF=255;TCR=257;TR=345;WE=48735782;WS=48735764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,356:0.67:534
chr17	48738491	rs11568581	G	A	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=3.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,99:0.27:370
chr17	48746135	rs879459	C	T	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=35;PP=1921;SC=GTCCTCCTTTCCCCTGCCCCC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=93;WE=48746143;WS=48746125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	48746923	rs4794176	G	C	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=91;PP=2181;SC=AAGAGGCTAGGGCATAGAGCT;SOR=2.035;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=36;TCR=92;TR=127;WE=48746931;WS=48746913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	48752600	rs4148415	C	T	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=8;PP=762;SC=CCTTTCAATCCCCCTCATTTT;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=48752608;WS=48752590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	48752866	rs2072365	C	T	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=42;PP=1199;SC=CCAGCCCTCCCGGAGGCTGTA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=48752874;WS=48752856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	48752890	rs2072366	G	A	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=28;PP=930;SC=GGCCTCCCCAGGCCCTGCCAG;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=48752898;WS=48752880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	48797210	rs11398903	T	TG	7569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=117;PP=2973;SC=CCGCGGGCCTTGGCCTGAGCC;SOR=1.523;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=140;TCF=11;TCR=129;TR=128;WE=48797218;WS=48797200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	48834032	.	G	A	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=57.88;NF=4;NR=0;PP=38;QD=18.1928031368;SC=TAGAAACGGCGACAAGAGCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=48834040;WS=48834022;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr17	48834080	rs9303561	A	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=8;PP=561;SC=AAAAAAAAAAAGAAACCTAAA;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=48834088;WS=48834070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	48917333	rs9675120	C	T	12811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=1.711;SC=AGACAGTGAGCTTCCTCTGTG;SOR=0.250;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=460;TCF=230;TCR=230;TR=459;WE=48917341;WS=48917323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,480:1.00:481
chr17	48940422	rs4626	T	C	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=86;PP=2965;SC=CTACAAAAGATTTCTCATTGA;SOR=0.986;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=127;TCR=87;TR=212;WE=48940430;WS=48940412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	49054439	rs9332407	T	C	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=20;PP=1356;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TCCTATTTGTTCCATGGCAGT;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=98;TCR=33;TR=77;WE=49054447;WS=49054429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,81:0.58:140
chr17	49060107	rs12453116	T	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=669;ReadPosRankSum=1.092;SC=AACATTTTATTTGTTGTATAA;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=33;WE=49060115;WS=49060097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr17	49067763	rs9899816	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=322;ReadPosRankSum=0.224;SC=GGCATCTGAGTGTAGCCTTAG;SOR=1.202;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=20;WE=49067771;WS=49067753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr17	49076907	rs61490626	TA	T	201.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.612;NF=11;NR=18;PP=286;ReadPosRankSum=1.006;SC=ACCCCTAGTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=29;WE=49076915;WS=49076897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr17	49097501	rs2286649	C	A	2533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1500;ReadPosRankSum=0.041;SC=AATATGTCTTCATCTAACATT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=90;TCR=67;TR=106;WE=49097509;WS=49097491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,115:0.70:165
chr17	49124845	rs11400140	G	GA	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=375;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TTTAAAGAAAGAAAAAATACA;SOR=0.350;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=14;WE=49124853;WS=49124835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr17	49124944	rs12453437	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCAGACTACTCGATTCCAAGT;SOR=0.446;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=49124952;WS=49124934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr17	49156907	rs8081821	A	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=835;ReadPosRankSum=0.095;SC=GCCAAGCCCAATCTTTAGTGT;SOR=0.714;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=59;WE=49156915;WS=49156897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr17	49197654	rs5820842	A	AC	1360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.64;SOR=4.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	49281133	rs17574235	G	A	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=52;PP=2965;SC=ATTACGGTAAGGGTAAATAAA;SOR=1.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=123;TCR=52;TR=174;WE=49281141;WS=49281123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	49350802	rs2318789	A	C	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=67;PP=2522;SC=TTCCAAGAGGAATCTTGAAGG;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=142;WE=49350810;WS=49350792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	49350959	.	G	GT	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=14;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=49;QD=18.3333333333;SC=TTATGTTATTGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=49350967;WS=49350949;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,3:0.50:6
chr17	49371230	rs12940196	G	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=354;SC=GCTCCCAGTTGTTACACTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=49371238;WS=49371220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	49371505	rs917654	C	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=277;SC=TTAATAAATTCTAGTCTGTTT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=49371513;WS=49371495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	50149899	rs5820905	C	CT	431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.27;ReadPosRankSum=1.598;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr17	51063941	rs2271474	C	G	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=44;PP=1261;ReadPosRankSum=-1.042;SC=TTTTAATTTCCACACCACTGT;SOR=0.855;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=322;TCF=176;TCR=146;TR=104;WE=51063949;WS=51063931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,110:0.32:342
chr17	51064179	.	C	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.745;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=205;ReadPosRankSum=-0.573;SC=TTGATAATTTCTACTTCAGAG;SOR=0.560;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=12;WE=51064187;WS=51064169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr17	51901084	rs3803825	A	G	5610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=80;PP=2965;SC=AGACAACCTTAAAGGACCTGG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=94;TCR=80;TR=174;WE=51901092;WS=51901074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	51901385	rs3803826	C	T	7922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=117;PP=2965;SC=CATTTATGCTCTGGTGGCACA;SOR=0.962;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=275;TCF=158;TCR=117;TR=274;WE=51901393;WS=51901375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr17	51901643	rs4561518	C	T	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=57;PP=2021;SC=CAGGCAAACACCTGTCAACGC;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=99;WE=51901651;WS=51901633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	51901703	rs4561519	C	G	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=45;PP=1785;SC=GAAGTCAGGACGGATAATGCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=51901711;WS=51901693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	51902252	rs3826355	C	T	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=58;PP=2964;SC=TAGCCAATGGCTGGAAAACAT;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=147;WE=51902260;WS=51902242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	51902492	rs10693171	A	AAAT	1793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=34;PP=1700;SC=AAAACTGTCCAAATTATCTAA;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=34;WE=51902500;WS=51902482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	52992128	rs3834969	TA	T	3141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.235;NF=8;NR=71;PP=2531;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TCATTGCATTTAATTGATGTC;SOR=0.592;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=217;TCF=20;TCR=197;TR=79;WE=52992138;WS=52992112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,115:0.37:312
chr17	52993346	rs2934935	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=600;SC=CCTGATTTCAGTTGATTTCTA;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=52993354;WS=52993336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	53076799	rs1156287	G	A	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=98;PP=2965;SC=CATAATTACCGGAGCCAAGTT;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=70;TCR=99;TR=167;WE=53076807;WS=53076789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	53076986	rs11658717	G	A	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=43;PP=2965;SC=TTTCTTTTTAGTACTAGGTTA;SOR=2.229;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=137;TCR=43;TR=180;WE=53076994;WS=53076976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	53342796	rs10635027	G	GTTTC	8486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.292;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.452;NF=46;NR=46;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GGGGGCGGTTGTTTCTTTCTT;SOR=1.145;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=198;TCF=71;TCR=127;TR=92;WE=53342819;WS=53342786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,206:0.66:313
chr17	53478675	rs3744308	A	G	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=178;SC=CCACCATGCCAAGCTAAACAC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=53478683;WS=53478665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	53491458	rs57789347	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=533;ReadPosRankSum=-2.171;SC=ACTACCCCTTCCTCCCACCAA;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=38;WE=53491466;WS=53491448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,38:0.30:126
chr17	53828678	rs111819298	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=849;ReadPosRankSum=1.173;SC=GGGAGTGCGGGGCGGCAGTCG;SOR=1.208;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=48;WE=53828686;WS=53828668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr17	53828706	rs890488	C	G	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=29;PP=1494;SC=GACAGGGGCGCGTCTTCTCCG;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=59;WE=53828714;WS=53828696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	53844647	rs16956397	C	T	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.213;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=26;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.605;SC=ATGCAGCTTTCTCTCAACTTG;SOR=0.987;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=147;TCF=105;TCR=42;TR=96;WE=53844655;WS=53844637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,107:0.67:159
chr17	53844833	rs57156382	CT	C	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=14;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=784;ReadPosRankSum=1.907;SC=GCTTGCTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.802;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=103;TCF=7;TCR=96;TR=30;WE=53844855;WS=53844823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,41:0.33:123
chr17	53844847	rs35430620	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=2.288;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,35:0.28:126
chr17	53851071	rs2960063	A	G	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	53851078	rs2912558	T	C	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.75;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	53851228	rs2960062	C	T	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=116;PP=2965;SC=GCCTGGCGATCGAGAGTGACG;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=109;TCR=116;TR=225;WE=53851236;WS=53851218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	53852111	rs2960061	T	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=25;PP=1290;SC=ATTTTTCTGGTATTTTTCCTT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=53852119;WS=53852101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	54428067	rs2215756	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=474;SC=ATGATAAAATCATATGTCAAC;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=54428075;WS=54428057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	54428436	rs17759670	A	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=703;SC=GATGCTTGCAATTTTATAAAT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=54428444;WS=54428426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	54450038	rs957724	C	A	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=740;SC=CAATGCACCTCAACACACTGG;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=54450046;WS=54450028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	54450134	rs8069322	G	A	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=39;PP=1517;SC=AGAAAGAGAAGCAGCTGAAAG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=91;WE=54450142;WS=54450124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	54517855	rs7224536	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=429;SC=GTAGCAAATGTCTATTCTGAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=54517863;WS=54517845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	54526301	rs2024316	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.255;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chr17	54534634	rs10852985	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr17	54558249	.	G	GGT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=-0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr17	54558282	rs68128704	GTA	G	54.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	54558284	rs11079234	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr17	54892126	rs4794668	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=1;PP=671;SC=AACTCTAACCAAACCCCTAAC;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=54892134;WS=54892116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	54893318	rs117984213	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=298;ReadPosRankSum=-0.766;SC=GACTCTGAGCGTTTTAGTAAT;SOR=0.906;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=17;WE=54893326;WS=54893308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr17	54912737	rs7225724	A	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=922;SC=TTTTGAGGAAACAAGCTAATA;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=54912745;WS=54912727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	54921322	rs3760157	G	A	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=16;PP=935;SC=TTGTTTTGTGGGTTATCATTG;SOR=1.453;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=54921330;WS=54921312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	54921494	rs3760158	A	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=21;PP=645;SC=GTTATTTAACATCCATTAATC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=54921502;WS=54921484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	54925262	rs6503775	G	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=9;PP=707;SC=AAAATAATTTGTCTTTTTCTT;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=54925270;WS=54925252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	54925480	rs56356802	C	CAT,CATAT	993.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=0,0;NR=19,19;PP=670,124;SC=ATATACTATACATATATATAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=19,19;WE=54925488;WS=54925470;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.24,0.76:25
chr17	54939715	rs9911560	T	C	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=34;PP=798;SC=CAGTGGTTTATGGCTCATGCA;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=54939723;WS=54939705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	54939737	rs3826295	T	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=681;SC=CTGGTCACTGTACACTAGCGG;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=54939745;WS=54939727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	54978794	rs205498	G	A	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=12;PP=1193;SC=ACTGGGGGTGGGCTCCTGGAG;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=55;WE=54978802;WS=54978784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	54981571	.	CAAA	C	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr17	55026912	rs12942251	A	G	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=1.598;SC=GAGCCCTACCAGGAACCCGTA;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=45;TCR=96;TR=138;WE=55026920;WS=55026902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr17	55027850	rs8071691	T	C	6911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=127;PP=2965;SC=CATCACAAGATTCAGACTCCG;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=105;TCR=128;TR=232;WE=55027858;WS=55027840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	55038062	rs9899845	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=533;SC=GTCTAGCGGCTTCAGGCCCGG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=55038070;WS=55038052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	55058689	rs3095499	G	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=403;SC=AGTGAAGGGCGGATTTGGTCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=55058697;WS=55058679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	55065530	rs12453004	A	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=15;PP=999;SC=GTGTGACTCAAAAAGCAATCA;SOR=1.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=55065538;WS=55065520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	55065558	rs11437466	T	TA	2864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=1616;SC=TAATTCTGTGTAATTCCTTTT;SOR=0.902;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=40;WE=55065566;WS=55065548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	55075582	rs1811258	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.671;NF=18;NR=1;PP=369;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TGAGGCAGGAAAATCGCTTGA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=19;WE=55075590;WS=55075575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr17	55075928	rs12941709	C	T	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=61;PP=1462;ReadPosRankSum=1.363;SC=AATTCAGAGACCTGAATTTGT;SOR=0.617;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=26;TCR=97;TR=77;WE=55075936;WS=55075918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,78:0.61:128
chr17	55079683	rs12601413	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=546;ReadPosRankSum=1.002;SC=GCTCATGCCTGTAATCTCAGC;SOR=1.421;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=28;WE=55079691;WS=55079673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr17	55123748	rs3213728	C	T	9980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.750;NF=228;NR=211;PP=2962;ReadPosRankSum=0.990;SC=TGCTCCTCCTCGTCGTCCTCC;SOR=0.627;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=686;TCF=341;TCR=345;TR=439;WE=55123756;WS=55123738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,445:0.64:693
chr17	55123867	rs3217120	G	GGACT	3021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=82;PP=2974;ReadPosRankSum=0.392;SC=GAAACCGCGGGGACTTTCCCA;SOR=0.824;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=155;TCF=8;TCR=147;TR=88;WE=55123877;WS=55123857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,126:0.68:186
chr17	55182811	rs3833091	CT	C	1277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=959;ReadPosRankSum=2.299;SC=GGTGTAATTACTTCAAGCCTC;SOR=0.576;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=27;WE=55182819;WS=55182801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr17	55183203	rs2230772	T	C	8642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CACGCAGAGATGACAGTACAA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=563;TCF=261;TCR=302;TR=381;WE=55183211;WS=55183193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,392:0.67:581
chr17	55183716	rs1050515	T	C	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1743;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AAGCCCAGGATAGAGGTGTCG;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=87;WE=55183724;WS=55183706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,87:0.69:127
chr17	55185241	rs75053167	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1211;ReadPosRankSum=-1.892;SC=CTTGTGGGAGGCTTGAGCTTC;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=84;WE=55185252;WS=55185231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,87:0.55:157
chr17	55189723	rs3094444	T	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=8;PP=1654;SC=AAGTGTTTTGTTACCTCAAAG;SOR=3.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=64;WE=55189731;WS=55189713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	55197802	rs4583	C	A	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=118;PP=2965;SC=TCCTTTCTTTCTCCATACTGT;SOR=1.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=67;TCR=119;TR=185;WE=55197810;WS=55197792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	55334577	rs371473884	GCCC	G	308.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=147;SC=CGGTGTAGGAGCCCCCCCCCC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=55334587;WS=55334567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	55334793	.	T	TC	369	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=17;MQ=59.9;NF=15;NR=21;PP=369;QD=10.6388888889;SC=ACACCTTCTCTCCCCCCCCCA;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=118;TCF=46;TCR=72;TR=36;WE=55334801;WS=55334783;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:82,36:0.31:118
chr17	55363421	rs11079286	G	C	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=47;PP=1711;SC=GCCTCTTTCTGTCTTTCCCTC;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=84;WE=55363429;WS=55363411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	55606875	.	GT	G,GTT	2413.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.13;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=65,65;NR=17,17;PP=410,1280;SC=AAAGACCACTGTTTTTTTTTC;SOR=3.056;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=82,82;WE=55606883;WS=55606865;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.63:107
chr17	55674375	rs74783910	G	T	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=1135;ReadPosRankSum=-1.207;SC=ACCCAGTCTTGCAGACTGGTC;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=72;WE=55674383;WS=55674365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,80:0.65:123
chr17	55704465	rs1861474	A	G	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=717;ReadPosRankSum=0.121;SC=AACCCTCATGAGAGACAAATT;SOR=0.733;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=86;TCR=35;TR=50;WE=55704473;WS=55704455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,52:0.41:126
chr17	55822171	rs12451748	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.233;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=1.704;SC=ACCCACGAGGTTCAGTCAGCC;SOR=1.631;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=17;WE=55822179;WS=55822161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
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chr17	55950300	rs2304943	T	C	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=821;ReadPosRankSum=0.777;SC=GTTGCACACATGCCCTGTCCA;SOR=0.405;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=66;WE=55950308;WS=55950290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,68:0.63:108
chr17	56083934	rs2233911	G	A	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=75;PP=2172;SC=ACCAGGAGGAGAAGCTCGCTC;SOR=1.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=106;WE=56083942;WS=56083924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	56235104	rs3863503	C	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.244;NF=41;NR=25;PP=640;ReadPosRankSum=-1.175;SC=CCTGTGCTTCCCATCCCGCCC;SOR=0.683;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=223;TCF=133;TCR=90;TR=66;WE=56235112;WS=56235094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,73:0.31:236
chr17	56235322	rs1987665	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.212;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=73;ReadPosRankSum=1.056;SC=CACAGCTGAAGTTTGTTCTTT;SOR=0.132;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=8;WE=56235330;WS=56235312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr17	56270121	rs12602891	T	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=18;NR=2;PP=527;SC=CGGCTGGGGGTCCTCAAAGTG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=56270129;WS=56270111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	56270442	rs11079339	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,36:0.23:155
chr17	56271060	rs11079340	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-2.177;SC=GGTCTGCCCATTTGCCTTCCC;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=10;WE=56271068;WS=56271050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr17	56271094	rs11652709	G	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=146;ReadPosRankSum=1.660;SC=CAGAACCACAGCTGCGGCTGC;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=13;WE=56271102;WS=56271084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr17	56271497	rs10853004	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=365;ReadPosRankSum=-1.833;SC=GATCTCTTAAATGCGGGGAGT;SOR=0.658;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=30;WE=56271505;WS=56271487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr17	56272390	rs2240815	A	G	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=95;PP=2202;ReadPosRankSum=0.529;SC=ACCGTGGCCGAGCCCTCATGT;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=481;TCF=225;TCR=256;TR=181;WE=56272398;WS=56272380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,184:0.37:495
chr17	56274781	rs34415223	T	TG	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.167;NF=0;NR=16;PP=562;ReadPosRankSum=-2.808;SC=ATCAGAACGTTGAGTCCCTTT;SOR=0.951;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=16;WE=56274789;WS=56274771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr17	56282763	rs2302312	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=275;ReadPosRankSum=0.774;SC=CCTAGCCATACCAGCAACCTG;SOR=0.204;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=16;WE=56282771;WS=56282753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr17	56283026	rs2302313	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=1.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,25:0.23:109
chr17	56287892	rs72839966	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=536;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TTGGTAAAGTGGATGTGATCT;SOR=0.594;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=120;TCF=87;TCR=33;TR=41;WE=56287900;WS=56287882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,43:0.35:124
chr17	56289545	rs3213698	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ACCTTTTTCTTAGCATTAACA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=7;WE=56289553;WS=56289535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr17	56289717	rs3217067	TGCA	T	2461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.28;MQRankSum=3.625;NF=15;NR=27;PP=1645;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CTCACAGTGCTGCAGGAAGCC;SOR=0.708;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=150;TCF=60;TCR=90;TR=42;WE=56289727;WS=56289707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,73:0.32:229
chr17	56290334	rs3826300	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=462;ReadPosRankSum=-0.642;SC=GGAATGAACTTGCGCTTACAT;SOR=0.788;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=36;WE=56290342;WS=56290324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
chr17	56290556	rs3744105	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=-1.017;SC=ACACCTCACTAAAGTATATGA;SOR=0.399;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=8;WE=56290564;WS=56290546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr17	56321451	rs369027249	GAC	G	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr17	56357654	rs28730838	C	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=576;ReadPosRankSum=0.019;SC=CCTTCAAGCTCCCTGCTGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=28;WE=56357662;WS=56357644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr17	56389083	.	C	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=857;ReadPosRankSum=0.141;SC=ATCAGGTGGGCCTGGGGGCAG;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=48;WE=56389100;WS=56389073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,50:0.72:69
chr17	56398006	rs2526380	C	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GTAGAGAGGGCTGCGAGGGAG;SOR=0.476;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=25;WE=56398014;WS=56397996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr17	56404349	rs2526378	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=1.597;SC=CCACATAGACACCCCCAAACC;SOR=0.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=7;WE=56404357;WS=56404339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
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chr17	56429673	rs2680703	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=1.272;SC=TTCTCCCGCCAGCAGGCGGGG;SOR=2.055;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=19;WE=56429681;WS=56429663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr17	56438301	rs2680701	G	A	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CTGCTGAAGCGGATCCTGGGA;SOR=0.352;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=15;WE=56438309;WS=56438291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr17	56440526	rs2526372	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=371;ReadPosRankSum=1.425;SC=GGACTAGAGGGTTTCCAGGAT;SOR=0.714;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=60;TCR=7;TR=21;WE=56440534;WS=56440516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr17	56440542	rs2680700	G	T	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=6.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=601;ReadPosRankSum=-1.495;SC=AGGATCTCTCGCAGCTCCAGG;SOR=1.010;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=72;TCR=11;TR=29;WE=56440550;WS=56440532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr17	56448297	rs2257205	C	T	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.658;NF=63;NR=40;PP=1489;ReadPosRankSum=2.324;SC=CAGGCAGGGGCGGGGGGCCCG;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=91;TCR=60;TR=103;WE=56448305;WS=56448275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,111:0.69:161
chr17	56499946	rs144922139	G	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=0.665;SC=GGATATTCCTGTAACTCTAAA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=56499954;WS=56499936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr17	56544280	rs1017089	T	G	10231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=183;NR=176;PP=2965;SC=GGAAGAGGCATTGGGAGTGAC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=359;TCF=183;TCR=176;TR=359;WE=56544288;WS=56544270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr17	56569842	rs75741842	T	TGA	6950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.689;NF=41;NR=47;PP=2972;ReadPosRankSum=0.401;SC=CCCTGTTTTTTGTCATACTAA;SOR=0.555;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=185;TCF=92;TCR=93;TR=88;WE=56569850;WS=56569832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,175:0.59:298
chr17	56580997	rs1860262	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GGCGACAAAGTGAGATTCCGT;SOR=0.109;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=21;WE=56581005;WS=56580987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr17	56581651	rs4277402	C	G	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=77;PP=2470;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TTGTCACAGGCCTTAGGACTT;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=96;TCR=124;TR=139;WE=56581659;WS=56581641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,146:0.64:229
chr17	56584508	rs2302190	T	C	3191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.853;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=58;PP=1934;ReadPosRankSum=0.383;SC=CACGCCTCGCTGGTATCATTA;SOR=0.423;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=213;TCF=129;TCR=84;TR=138;WE=56584516;WS=56584498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,146:0.65:224
chr17	56603934	rs60711258	A	AACACAC	114	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.29;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	56618030	rs8073754	C	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.05;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr17	56619441	rs35879249	C	CA	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=565;ReadPosRankSum=-0.126;SC=AAGGTGCCCTCAGCCCTTGGT;SOR=1.230;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=14;WE=56619449;WS=56619431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr17	56621286	rs8071623	G	T	4989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.530;SC=CCAGTCTCGGGTCCCCGAGGA;SOR=0.600;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=308;TCF=155;TCR=153;TR=199;WE=56621306;WS=56621262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,209:0.66:319
chr17	56621359	rs6503867	T	C	6139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.355;SC=AGTCTGATGCTGAATGGGGAG;SOR=0.922;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=392;TCF=217;TCR=175;TR=262;WE=56621367;WS=56621349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,270:0.67:405
chr17	56635346	rs11651960	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=201;ReadPosRankSum=0.238;SC=TTCTGCCAGATAGACTCTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=56635354;WS=56635336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr17	56636854	rs7225128	T	C	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.826;SC=ATTTCCTTCTTTCTGGTGTAA;SOR=0.565;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=147;TCF=87;TCR=60;TR=101;WE=56636862;WS=56636844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,115:0.69:166
chr17	56636908	rs9903050	T	C	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=41;PP=1135;ReadPosRankSum=1.159;SC=CTTTTTGATCTTTGATATTTG;SOR=0.923;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=70;WE=56636916;WS=56636898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,77:0.58:132
chr17	56637002	rs35632156	A	AAAC	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=1.242;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr17	56659018	rs6503870	C	T	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	56676368	rs389389	T	C	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=30;PP=1242;ReadPosRankSum=-1.631;SC=TTGTAGGCATTTGTAAACTCT;SOR=0.772;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=282;TCF=184;TCR=98;TR=92;WE=56676376;WS=56676358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,102:0.34:301
chr17	56690848	rs8077548	T	C	3671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=69;PP=2374;ReadPosRankSum=-1.794;SC=GGGTTTTCTCTAGGTCCTGGG;SOR=0.538;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=224;TCF=122;TCR=102;TR=146;WE=56690856;WS=56690838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,158:0.66:239
chr17	56692800	rs302858	G	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.169;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CAGAGAAATGGTCTCCACACA;SOR=0.086;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=18;WE=56692808;WS=56692790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
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chr17	56708019	rs694720	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-1.636;SC=TACTTTCATATATTGCTGTGA;SOR=2.179;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=11;WE=56708027;WS=56708009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
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chr17	56780459	rs6503874	C	G	99.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ATTTTGTTATCCAAAGGAGAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=56780467;WS=56780449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	56798207	rs28363318	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=2.524;SC=TTTTAGTTTATCACAGTTTTT;SOR=0.551;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=18;WE=56798215;WS=56798197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr17	56833457	rs201186780	G	GGAACCC	7748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.646;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=1.404;NF=23;NR=106;PP=2990;ReadPosRankSum=-0.298;SC=AGCCGGAGCCGGAACCCGAAC;SOR=0.315;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=271;TCF=41;TCR=230;TR=129;WE=56833483;WS=56833447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,298:0.98:304
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chr17	57158345	rs7214402	T	C	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=112;SC=CCTATCAAATTTGCAAATCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=57158353;WS=57158336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	57189706	.	G	A	218.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-0.495;SC=AGTGGTGACAGCTAGAAAATA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=57189714;WS=57189696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr17	57208752	rs9652856	T	C	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CAAATCATTATTGTGTAAACC;SOR=0.518;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=23;WE=57208760;WS=57208742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr17	57247249	rs9914425	T	A	5278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.032;SC=AAGGTAAGGCTTAATGTGGAA;SOR=0.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=153;TCR=182;TR=229;WE=57247257;WS=57247239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,235:0.68:346
chr17	57287454	rs6503905	A	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=698;ReadPosRankSum=0.436;SC=TAATGGGAGCATCAGCCTGGA;SOR=0.575;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=205;TCF=123;TCR=82;TR=62;WE=57287462;WS=57287444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,62:0.29:214
chr17	57311748	.	CA	AA	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.4984;HP=14;HapScore=4;MGOF=34;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=2,4;NR=0,0;PP=28,19;QD=31.3856062736;SC=TGTCTACCCCCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=2,4;WE=57311756;WS=57311738;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr17	57311748	.	CA	C	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.4984;HP=14;HapScore=4;MGOF=34;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=2,4;NR=0,0;PP=28,19;QD=31.3856062736;SC=TGTCTACCCCCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=2,4;WE=57311756;WS=57311738;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr17	57474396	rs3214250	GA	G	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=2.710;QD=5.84;ReadPosRankSum=-2.595;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr17	57676217	.	G	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.50;MQRankSum=-1.282;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr17	57676232	.	G	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.50;MQRankSum=-1.282;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr17	57717737	rs9910530	C	G	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.24;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	57721907	rs113812535	T	TTTTG	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=42.52;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	57725043	rs8071749	T	G	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=59;PP=1970;SC=ATTTTAACTATTTTTTTATGA;SOR=1.413;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=57725051;WS=57725033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	57733479	rs4349212	T	A	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=60;PP=1716;SC=TCCCCAAGATTAAAAAATAGA;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=14;TCR=60;TR=74;WE=57733487;WS=57733469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	57743651	rs17580385	T	C	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=125;PP=2965;SC=GTTTTAGTAATTGTGCAGCGC;SOR=1.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=65;TCR=126;TR=190;WE=57743659;WS=57743641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	57743691	rs9893154	G	A	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=72;PP=2598;SC=AGCTACTGAGGGGCCTACTCC;SOR=1.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=33;TCR=72;TR=105;WE=57743699;WS=57743681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	57750982	rs8065248	T	C	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=26;PP=1169;SC=AAATTTAAAGTTTCCTTTTGT;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=57750990;WS=57750972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	57759019	rs77062632	G	A	3658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=55;PP=2255;ReadPosRankSum=2.017;SC=TCTTAATTGAGCATATTGGAA;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=154;TCR=94;TR=147;WE=57759027;WS=57759009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,160:0.60:268
chr17	57889192	rs2063353	T	G	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=57;PP=2045;SC=ATGAACCCATTACAAGACAAT;SOR=1.538;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=86;WE=57889200;WS=57889182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	58040730	rs4968401	T	C	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=24;PP=708;SC=CTTTATTCACTAAAGGAGTAG;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=58040738;WS=58040720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	58066607	rs200816848	AT	A	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.10;MQRankSum=-4.544;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr17	58149745	rs3744375	G	A	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=138;PP=2965;SC=AATGAGGCTTGCAAAAGACTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=69;TCR=138;TR=207;WE=58149753;WS=58149735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	58180062	rs8075626	T	C	6365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=160;PP=2965;SC=GCTTGGCCGGTGGCGGCGGAG;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=127;TCR=162;TR=285;WE=58180070;WS=58180049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	58180079	rs8074512	C	G	10907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=143;PP=2965;SC=GGAGCTTGGCCGGCGGCGGCG;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=93;TCR=143;TR=236;WE=58180087;WS=58180069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	58180172	rs8075789	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=38;PP=1106;SC=CATTTCTATTTCTCATTCCAT;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=44;WE=58180180;WS=58180162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	58232859	.	TAC	T	149	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=15;MQ=60.42;NF=0;NR=5;PP=149;QD=30.6;SC=GTTCCCAGCATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=5;WE=58232868;WS=58232849;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr17	58504201	rs11655643	C	T	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=86;PP=2290;ReadPosRankSum=0.008;SC=ACATTCCGCCCGAGCACAGCT;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=104;TCR=138;TR=150;WE=58504209;WS=58504191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,152:0.61:248
chr17	58786625	rs2643103	A	G	10625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=206;NR=164;PP=2965;SC=AGTACTGGGAATGAACCGCCT;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=370;TCF=206;TCR=164;TR=370;WE=58786642;WS=58786604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr17	58824567	rs7501675	T	C	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=75;PP=2965;SC=AGATCAGTGGTGAAGCACAAG;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=102;TCR=75;TR=177;WE=58824575;WS=58824557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	59001886	rs118084185	T	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.475;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.02;ReadPosRankSum=3.674;SOR=0.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
chr17	59480289	rs200207014	GAT	G	3444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=3.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	59480291	.	T	G	650	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=193;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=41;NR=6;PP=650;QD=14.569600267;SC=GAAGAACCGATAGAGAGAGAG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=47;WE=59480299;WS=59480281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,47:0.94:50
chr17	59480311	rs202026270	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	G	253.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr17	59480313	rs140392356	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	G	1731.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.000;QD=23.40;ReadPosRankSum=-2.133;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,59:0.80:74
chr17	59482165	rs66504335	GC	G	5148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=39;PP=2971;SC=CAGGGAGGTGGCGGCGGGGGG;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=59482181;WS=59482155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	59482169	rs35619711	C	G	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=45.13;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	59482173	rs9891115	G	A	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	59485393	rs2240736	C	T	12720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=280;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=0.706;SC=GTCTAACCCTCGTCTTGTTCT;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=460;TCF=280;TCR=180;TR=457;WE=59485401;WS=59485383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,470:1.00:471
chr17	59485555	rs1057987	C	T	16692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=301;NR=285;PP=2965;ReadPosRankSum=0.664;SC=TCTCCCGGAGCCCCTTCCTGG;SOR=0.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=593;TCF=307;TCR=286;TR=586;WE=59485563;WS=59485545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,611:1.00:613
chr17	59489893	rs9907379	T	C	11459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=236;PP=2965;ReadPosRankSum=1.613;SC=CGGCAACTCCTCACAGGTCCA;SOR=1.176;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=403;TCF=166;TCR=237;TR=401;WE=59489901;WS=59489882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,420:1.00:422
chr17	59533868	rs3744448	G	C	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=23;PP=567;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CAGGATAAGGGCCTGTCCGAG;SOR=0.646;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=53;WE=59533876;WS=59533858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,61:0.33:184
chr17	59534987	rs3744447	T	G	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.209;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=64;PP=1368;ReadPosRankSum=-1.391;SC=TCACTAAGGCTGGCAGGTCAG;SOR=0.870;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=261;TCF=98;TCR=163;TR=95;WE=59534995;WS=59534977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,99:0.35:284
chr17	59543090	rs35279830	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=0.453;SC=GGGCAGCATCTGTTAGCGGCC;SOR=0.026;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=17;WE=59543098;WS=59543080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr17	59544775	rs1009961	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.347;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=490;ReadPosRankSum=1.278;SC=GCTATTTTTTCCTCTGGTCAA;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=26;WE=59544783;WS=59544765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr17	59544810	rs3744442	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=625;ReadPosRankSum=1.252;SC=AAGAGGGGACGGGGAATCTGG;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=83;TCR=37;TR=42;WE=59544818;WS=59544800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,43:0.36:121
chr17	59760996	rs4986763	A	G	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=42;PP=2106;SC=CTTCAGGATCATAAAGTTCAG;SOR=1.035;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=104;WE=59761004;WS=59760986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	59763114	rs4988357	A	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-2.109;SC=TTAAGGAATTAATCTATACCC;SOR=0.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=11;WE=59763122;WS=59763104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr17	59763347	rs4986764	A	G	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=63;PP=2753;SC=AAATAAGGTGAGGTACTGTAC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=136;WE=59763355;WS=59763337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	59763465	rs4986765	T	C	8254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=158;NR=132;PP=2965;SC=CAGCCAAGGATTCCAGTGCAC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=158;TCR=132;TR=290;WE=59763473;WS=59763455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr17	59955217	rs187603472	T	C	2652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=29;PP=1847;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TATATAATTATCTATTACATG;SOR=0.333;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=155;TCF=118;TCR=37;TR=110;WE=59955225;WS=59955207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,116:0.70:165
chr17	59955426	rs606072	T	G	5948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=132;PP=2965;SC=ACTTGTGTGTTATTTACTGGG;SOR=1.553;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=69;TCR=132;TR=201;WE=59955434;WS=59955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	59971067	rs8077835	A	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr17	59982085	rs72843757	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=1.802;SC=ATCTCAAGTTGCCAAATGCAA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=59982093;WS=59982075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr17	60043884	rs671347	G	A	11455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=230;NR=169;PP=2965;SC=CATTGTTACCGTCAGCTGCCT;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=399;TCF=230;TCR=169;TR=399;WE=60043892;WS=60043874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr17	60070111	rs11375626	G	GT	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=753;SC=GATTCTTACAGTAACAAGTAA;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=17;WE=60070119;WS=60070101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	60070140	rs11375627	C	CT	188.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=183;SC=CTTATTATTACTTTTTTTTGA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=60070148;WS=60070130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	60142662	.	CG	C	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr17	60142710	.	G	GC	754	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=18;PP=754;QD=43.3333333333;SC=AGGCCGCCGGGCGCCCGCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=60142718;WS=60142700;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	60215386	rs3803868	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.386;NF=25;NR=16;PP=679;ReadPosRankSum=-0.854;SC=TTTCGGCCCGTCAAGGGTTGG;SOR=0.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=41;WE=60215394;WS=60215376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr17	60215748	rs11079465	T	C	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=49.89;NF=1;NR=6;PP=139;SC=CAGCTCCCGGTGCAGCTCGGC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=60215756;WS=60215738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	60217236	rs56068498	A	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=27;PP=838;SC=GGCGTTGTACATGTCCAGCGT;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=60217244;WS=60217226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	60324448	rs12325728	C	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.647;NF=22;NR=17;PP=492;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GGATGCCTTACTTCCTCCAGA;SOR=0.973;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=39;WE=60324456;WS=60324438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,38:0.26:149
chr17	60324593	rs11079467	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.047;NF=0;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=0.611;SC=CTATTTTGTGCTTTTCTTGCC;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=12;WE=60324601;WS=60324583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr17	60360238	rs10163525	A	G	3528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-16.873;NF=61;NR=70;PP=1470;ReadPosRankSum=0.244;SC=GGTAGTAAGGATGAACATTCC;SOR=0.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=401;TCF=185;TCR=216;TR=131;WE=60360246;WS=60360228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,120:0.30:399
chr17	60360261	rs62069132	T	C	3331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=3.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQRankSum=-14.915;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,99:0.32:312
chr17	60361602	rs150913339	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.219;NF=39;NR=9;PP=646;ReadPosRankSum=2.049;SC=ATATTTAAAGGAGCAATCATG;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=153;TCF=121;TCR=32;TR=48;WE=60361610;WS=60361592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,33:0.30:111
chr17	60361652	rs139504127	C	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=2.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.50;MQRankSum=-8.031;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,78:0.26:295
chr17	60362802	rs149093464	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.45;MQRankSum=-1.746;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr17	60363906	rs202158824	G	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.32;MQRankSum=-0.639;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.756;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr17	60363941	rs148555715	G	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr17	60365506	rs62069135	G	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.51;MQRankSum=-1.691;NF=4;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=0.409;SC=ACAAGCAAAAGAATTTGACCT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=4;WE=60365514;WS=60365496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr17	60365695	rs62069136	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.37;MQRankSum=-2.414;QD=1.87;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr17	60365992	rs149569922	C	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.89;QD=34.32;SOR=8.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	60366741	rs2668983	C	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.156;NF=19;NR=24;PP=454;ReadPosRankSum=1.040;SC=AGGACAGATACGAATGTGTTA;SOR=0.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=68;TCR=86;TR=43;WE=60366749;WS=60366731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,40:0.28:143
chr17	60374173	rs202112984	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-0.847;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr17	60464688	rs9909704	C	T	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=30;PP=1721;SC=AATATTTTCACATCTTTCCTC;SOR=1.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=101;WE=60464696;WS=60464678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	60472623	rs11079476	C	T	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=67;PP=2216;SC=CAGTCAGCTCCCACTAACATC;SOR=1.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=117;WE=60472631;WS=60472613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	60491298	rs9913294	G	T	316.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.943;NF=0;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=1.011;SC=AAAACCAAGAGAATTTTTATC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=60491306;WS=60491288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr17	60503892	rs2543409	A	G	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=126;PP=2965;SC=AGTGTTCTTCAAAGAGCCTTG;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=67;TCR=126;TR=193;WE=60503900;WS=60503882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	60503921	rs2319055	T	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.65;QD=33.34;SOR=4.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	60597986	rs2430926	C	T	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.81;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	60753904	rs4968617	A	C	9611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=183;PP=2965;SC=TGAGCCCCTTATTTGACTTGC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=332;TCF=148;TCR=184;TR=330;WE=60753912;WS=60753894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr17	60758273	rs2245463	G	C	9135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.03;NF=173;NR=165;PP=2965;SC=AGCTGACCTCGGTGCACAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=339;TCF=174;TCR=165;TR=338;WE=60758281;WS=60758263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr17	60759340	rs2429389	A	G	8147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	60759347	rs2460300	A	G	8231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	60766224	rs2465430	A	G	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=20;PP=1419;SC=CCAGCTGTGCAGTGGTCCTGC;SOR=1.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=77;WE=60766232;WS=60766214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	60766483	rs2465429	A	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=523;SC=TGGAAAAGCAATAGCACCCAC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=60766491;WS=60766473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	60767015	rs2429387	G	A	7082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=121;PP=2965;SC=TGTGAGAGCCGCAATGCCAGC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=129;TCR=121;TR=250;WE=60767023;WS=60767005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	60767135	rs56288724	A	G	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=2.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,74:0.31:240
chr17	60767151	rs740698	C	T	3858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.997;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=87;PP=2500;ReadPosRankSum=1.335;SC=GCCCTGGGCCCCAGCCTTGCC;SOR=0.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=119;TCR=123;TR=174;WE=60767159;WS=60767141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,175:0.68:256
chr17	60767461	rs2465426	C	G	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=38;PP=1844;SC=CATGGGCAAGCTGTCGGTGGC;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=55;TCR=38;TR=93;WE=60767469;WS=60767451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	60767953	rs11357719	GC	G	5961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=68;PP=2870;SC=GGGGGACTCTGCCCCCCCCGG;SOR=1.449;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=124;WE=60767961;WS=60767943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	60768243	rs2465425	A	G	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=35;PP=2329;SC=TCTAGAACACACCTGCTCTCC;SOR=1.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=79;TCR=35;TR=114;WE=60768251;WS=60768233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	60769406	rs35688424	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=486;ReadPosRankSum=0.628;SC=GTGCTTTGTATGTTTACTTAA;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=75;TCR=26;TR=36;WE=60769414;WS=60769396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr17	60769803	rs3826537	A	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-2.637;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr17	60778932	rs2251393	G	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=13;PP=994;SC=AGAGTGGCACGAGGTGAAAAT;SOR=1.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=48;WE=60778940;WS=60778922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	60779025	rs2251391	A	G	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=59;PP=2548;ReadPosRankSum=1.762;SC=AAGGGCTGGCAGGAGAGGTCT;SOR=0.336;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=144;WE=60779033;WS=60779015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr17	60813245	rs17683602	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=0.112;SC=ATGCTAATTTTGGCCTTGGGA;SOR=0.400;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=18;WE=60813253;WS=60813235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr17	60813627	rs2041283	G	A	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=50;PP=1223;ReadPosRankSum=-0.160;SC=CGTGTGCACTGTTTACTGGGA;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=382;TCF=206;TCR=176;TR=112;WE=60813635;WS=60813617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,124:0.30:409
chr17	60814273	rs9891498	A	G	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=30;PP=1238;ReadPosRankSum=1.754;SC=TGTCCCCCCAAATCTACTTCT;SOR=0.939;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=204;TCF=118;TCR=86;TR=79;WE=60814281;WS=60814263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,85:0.41:209
chr17	61315272	rs2460111	G	A	8149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=157;NR=125;PP=2965;SC=AACCTTGGCAGTCTCAAAAAT;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=157;TCR=125;TR=282;WE=61315280;WS=61315262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr17	61432774	rs4968765	A	G	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=940;SC=TCTGTGATAAACAATTCTGAG;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=61432782;WS=61432764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	61457217	rs8065950	G	C	9608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=210;PP=2965;SC=CCATTTTTCCGCCATCTCTAG;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=121;TCR=212;TR=330;WE=61457225;WS=61457207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr17	61473325	rs2270133	C	A	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=91;PP=2854;SC=TTTTCAAGCTCTGTATTGAAG;SOR=1.088;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=68;TCR=91;TR=159;WE=61473333;WS=61473315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	61490196	rs56182741	G	A	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=52;PP=1441;SC=CACCTTAAAAGAAGATTTTTT;SOR=8.015;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=52;WE=61490204;WS=61490186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	61515412	rs4968774	G	T	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=9;PP=1747;SC=CCATCGTCCTGAGGCAGAGGT;SOR=3.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=66;WE=61515420;WS=61515402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	61548918	rs4277405	C	T	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=163;NR=108;PP=2965;SC=GGGAGCCCTGCCATGCCATGT;SOR=1.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=163;TCR=108;TR=271;WE=61548926;WS=61548908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	61548948	rs4459609	C	A	8896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=179;NR=141;PP=2965;SC=TATAGTATATCTATGCCCAGC;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=179;TCR=141;TR=320;WE=61548956;WS=61548938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr17	61556298	rs4295	C	G	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=51;PP=2965;SC=GCTCCTCCTTCTAGCAGCGAG;SOR=1.595;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=160;WE=61556306;WS=61556288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	61556527	rs4296	A	G	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=46;PP=1435;SC=GCTGCACTCCAGACCATGCAG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=59;WE=61556535;WS=61556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	61559923	rs4309	C	T	7839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=105;PP=2965;SC=AGGATCTGCCCGTCTCCCTGC;SOR=1.158;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=168;TCR=106;TR=273;WE=61559931;WS=61559913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr17	61560763	rs4311	T	C	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=88;PP=2965;SC=TCTACAAAAGTTAAATCCATC;SOR=1.137;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=139;TCR=88;TR=227;WE=61560771;WS=61560753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	61562309	rs4316	C	T	6110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=97;PP=2965;SC=TGCTGGTCCCCAGCCAGGAGG;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=121;TCR=98;TR=218;WE=61562317;WS=61562299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	61562553	rs4320	G	A	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=22;PP=2036;SC=AACCTGGAGAGGGGAGGCAGA;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=61562561;WS=61562543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	61562774	rs4321	T	C	11633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=233;PP=2965;SC=AGCATGTGCATACACACAGAG;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=408;TCF=175;TCR=233;TR=408;WE=61562782;WS=61562764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr17	61564052	rs4331	A	G	10665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=213;PP=2965;SC=AACGGGCAGCACTGCCTGCCC;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=165;TCR=213;TR=378;WE=61564060;WS=61564042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr17	61564281	rs4332	T	C	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=54;PP=2965;SC=GGCCTGGGGGTAGTGCAGGCC;SOR=1.416;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=103;TCR=54;TR=156;WE=61564289;WS=61564271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	61564522	rs4333	T	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=38;PP=1120;SC=CAGAGTTGGGTTCCCCTCGCT;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=42;WE=61564530;WS=61564512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	61565990	rs4341	G	C	11539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	61565998	rs4342	A	C	12006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	61566031	rs4343	G	A	8699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=168;NR=147;PP=2965;SC=TGATGGCCACGTCCCGGAAAT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=315;TCF=168;TCR=147;TR=315;WE=61566039;WS=61566021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	61573761	rs4362	T	C	8001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=127;PP=2965;SC=CCAGGTACTTTGTCAGCTTCA;SOR=0.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=160;TCR=127;TR=286;WE=61573769;WS=61573751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	61574492	rs4363	G	A	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=13;PP=735;SC=CTTGCTTCCCGCTCAGCTCGC;SOR=0.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=61574500;WS=61574482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	61660889	rs66502552	CG	C	7853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=93;PP=2972;SC=TTAGCCGGGCCGGGGGGTGGC;SOR=1.064;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=185;TCF=79;TCR=106;TR=157;WE=61660897;WS=61660879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	61710010	rs6504171	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=467;ReadPosRankSum=-1.699;SC=GTATTTAAGTGTCTTAGTCCA;SOR=0.673;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=35;WE=61710018;WS=61710000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr17	61729882	rs8080211	A	G	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=21;PP=1771;ReadPosRankSum=-0.634;SC=TTTTAAGTATACAATTAACCA;SOR=1.578;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=134;TCF=95;TCR=39;TR=87;WE=61729890;WS=61729872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,87:0.64:135
chr17	61735056	rs6504173	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=-2.134;SC=TTCCTCCAAATGTATTTTTAT;SOR=0.132;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=12;WE=61735064;WS=61735046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr17	61763031	rs11658329	G	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=458;ReadPosRankSum=-0.758;SC=GTTAGCTCTGGAGGCCCAGGG;SOR=0.368;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=29;WE=61763039;WS=61763021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr17	61766880	rs1877316	C	A	3152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=50;PP=1881;ReadPosRankSum=0.330;SC=GACTTGCTCTCCTCTGGCCCT;SOR=0.728;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=235;TCF=152;TCR=83;TR=138;WE=61766888;WS=61766870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,149:0.60:249
chr17	61769456	rs7211213	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=255;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GACTCCCCTTTGCTAAATCCT;SOR=0.043;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=16;WE=61769464;WS=61769446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr17	61776479	rs1877317	T	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=27;PP=1284;SC=AGGCCCTGGATCAGGGCTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=61776487;WS=61776469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	61776538	rs3817181	G	C	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=29;PP=1328;ReadPosRankSum=-0.293;SC=AAAGGGGGCCGGCAAACTCTG;SOR=0.978;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=84;WE=61776546;WS=61776528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,87:0.76:115
chr17	61781331	rs3830487	T	TAGAACC	7172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=6.013;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,196:0.34:578
chr17	61781980	rs66871703	TG	T	2008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=15;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.280;NF=2;NR=29;PP=1201;ReadPosRankSum=0.933;SC=CTGTAGCGGGTGGGGGGGGGG;SOR=1.089;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=31;WE=61781992;WS=61781970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr17	61781984	rs372457035	G	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.280;NF=16;NR=28;PP=1003;ReadPosRankSum=1.100;SC=AGCGGGTGGGGGGGGGGGGTG;SOR=1.089;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=44;WE=61781992;WS=61781970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr17	61782325	rs9897229	T	C	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=54;PP=1833;SC=TCTGCCATGCTCAGGTGGATC;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=96;WE=61782333;WS=61782315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	61783908	rs3817182	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=271;SC=TAGTATTCCTAGTCTGTGTCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=61783916;WS=61783904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	61790917	rs16947051	G	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.149;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=55;PP=886;ReadPosRankSum=0.414;SC=CCATACGCAAGGACAAGAACA;SOR=1.043;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=207;TCF=71;TCR=136;TR=76;WE=61790925;WS=61790907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,81:0.37:220
chr17	61805607	rs2137144	G	A	6109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=100;PP=2965;SC=CGACCCTCACGTAGAAAACCA;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=122;TCR=100;TR=221;WE=61805615;WS=61805597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr17	61805747	rs4968597	G	A	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=57;PP=1564;SC=TACTGTGTAGGCCTACTTCAG;SOR=2.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=77;WE=61805755;WS=61805737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	61829157	rs11283431	A	ATAGTGTT	3255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=1;PP=2974;SC=ATTCTTCTTTATAGTGTTATC;SOR=8.410;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=47;WE=61829165;WS=61829147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	61829989	rs3785572	C	T	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=12;PP=1510;SC=TAAGCAAGCACAGGCTTATAG;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=66;WE=61829997;WS=61829979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	61838259	rs11654841	G	A	5753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=132;NR=84;PP=2965;SC=GAAAACCAGCGGGAAGAATAC;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=132;TCR=84;TR=216;WE=61838267;WS=61838249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	61877666	rs3833115	AAT	A	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=607;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TGTTCTTCTGAATATTGCTAT;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=15;WE=61877675;WS=61877656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr17	61884120	rs2251164	G	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=40;PP=1059;SC=GTAGAACCTTGTTGATAAGGA;SOR=7.428;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=40;WE=61884128;WS=61884110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	61888693	rs2584629	T	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=264;SC=GGGATAGACGTAACAAGACTG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=61888701;WS=61888683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	61889213	rs3217509	G	GA	9081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=73;PP=2936;SC=GATGCAGGTAGAAATATAATG;SOR=1.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=152;WE=61889221;WS=61889189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	61892862	rs2247435	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=222;ReadPosRankSum=0.843;SC=CTTTGTCCTCGTTCTCTTCTT;SOR=0.661;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=18;WE=61892870;WS=61892852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr17	61898063	rs3833114	C	CGCTTGAACCTGGAAGACGG	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=2957;SC=CAAGGAGAATCAGGCTGCAGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=61898071;WS=61898053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	61898135	rs2665836	C	A	1226.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.42;MQRankSum=3.131;QD=23.58;ReadPosRankSum=-2.392;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,47:0.90:52
chr17	61901197	rs2727288	T	A	6906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=85;PP=2965;SC=CGGATGGTGCTCAAGGAGAAC;SOR=1.261;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=150;TCR=85;TR=235;WE=61901205;WS=61901187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	61901439	rs2584627	T	C	9299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=162;PP=2965;SC=CCCAGCTCCTTTCACCTCTTC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=312;TCF=150;TCR=162;TR=312;WE=61901447;WS=61901429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr17	61901641	rs894407	T	C	11614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=116;PP=2965;SC=TTCCCAGACTTTTCCCCTGGA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=138;TCR=116;TR=253;WE=61901649;WS=61901631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	61901657	rs894406	A	G	11789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=114;PP=2965;SC=CTGGACACCCAGTCCACACCT;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=156;TCR=114;TR=269;WE=61901665;WS=61901647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	61901880	rs752621	G	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=450;ReadPosRankSum=-0.204;SC=TAAATCAAAAGGCTCAGGCCC;SOR=0.557;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=27;WE=61901888;WS=61901870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr17	61902822	rs716880	C	G	12781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=253;NR=166;PP=2965;SC=AATTAGTTGACGCACTCTGCA;SOR=1.176;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=420;TCF=253;TCR=167;TR=419;WE=61902830;WS=61902812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr17	61903445	rs2584625	G	C	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=8;PP=1641;SC=GTGATGTCCTGCTGGAGAGTC;SOR=3.145;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=65;TCR=9;TR=72;WE=61903453;WS=61903435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	61904337	rs141581810	TCCACTTCCAGTTTC	T	1505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=2973;ReadPosRankSum=2.087;SC=AGCACCAGATTCCACTTCCAG;SOR=1.903;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=30;WE=61904358;WS=61904327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr17	61904465	rs28362566	C	CG	325.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=296;SC=ATGCAGCTAACTACTTCCGCT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=61904473;WS=61904455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	61904724	rs2665834	T	C	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.56;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	61904728	rs2727287	G	A	5873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.56;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	61906679	rs2584623	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=27;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AGGTCCAGAGGGACTCTTGAA;SOR=0.054;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=4;WE=61906687;WS=61906669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr17	61906846	rs2665833	T	C	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=80;NR=68;PP=2356;SC=GTCTCTTGTCTGCCACAGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=148;WE=61906854;WS=61906836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	61908055	rs55833669	CT	C	1074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.419;QD=17.91;ReadPosRankSum=-2.596;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,55:0.92:60
chr17	61908271	rs968719	C	T	7045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=131;PP=2965;SC=TGGCTCTGAACTGGTACAGAA;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=112;TCR=131;TR=243;WE=61908279;WS=61908246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	61908316	rs7220892	G	A	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=1984;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CTAGCAATGTGAGAAGCAAGA;SOR=0.614;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=112;TCR=110;TR=127;WE=61908324;WS=61908306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,137:0.57:239
chr17	61908556	rs13030	C	T	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1176;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TCAACCAGCTCGACGGCTTTG;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=251;TCF=138;TCR=113;TR=89;WE=61908564;WS=61908546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,95:0.35:269
chr17	61912261	rs2665832	C	T	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=572;SC=CCTGGAGCTCCGGATACTGAA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=61912269;WS=61912251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	61958669	rs2006123	G	T	10573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=207;PP=2962;ReadPosRankSum=1.194;SC=GCGGGGGAAAGTCACCCCTTC;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=692;TCF=375;TCR=317;TR=454;WE=61958677;WS=61958659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,470:0.66:714
chr17	61986027	rs2854152	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.206;NF=24;NR=0;PP=554;ReadPosRankSum=0.045;SC=CTTACACCAAATTACCCCAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=43;TCR=0;TR=24;WE=61986035;WS=61986017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr17	61987405	rs2006122	A	T	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.880;NF=72;NR=46;PP=1957;ReadPosRankSum=-0.628;SC=ATGAAGAATAAGGTGAGTTCT;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=102;TCR=66;TR=118;WE=61987413;WS=61987395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,122:0.70:174
chr17	61996204	rs6171	T	C	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.364;NF=47;NR=37;PP=972;ReadPosRankSum=0.308;SC=ATCCTTGAGCTGGTCTCTTGT;SOR=0.447;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=148;TCF=88;TCR=60;TR=84;WE=61996212;WS=61996194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,91:0.57:161
chr17	61996255	rs2005172	A	C	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=1257;ReadPosRankSum=0.746;SC=CCCACTGTTGACCCCACCTGT;SOR=0.815;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=81;WE=61996263;WS=61996245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,81:0.52:157
chr17	62006497	rs1051684	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=229;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TGGGGGGTCCAGGAAAGGGGT;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=62006505;WS=62006487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr17	62007498	rs2070776	A	G	6695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.387;NF=159;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.634;SC=ACTTCTGCTGACAGAAGTAGA;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=410;TCF=243;TCR=167;TR=266;WE=62007506;WS=62007488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,283:0.66:429
chr17	62020572	.	CAG	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=6.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.010;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr17	62022659	rs58028318	A	AG	2296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=16;PP=2535;SC=GTACAACGAGAGGACCGGGGT;SOR=2.412;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=58;WE=62022667;WS=62022649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	62041068	rs6504191	T	C	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=39;PP=1843;SC=TCTCCGCTGCTGCTCTGCCTC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=109;WE=62041076;WS=62041058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	62041317	rs2331408	G	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=370;SC=CAAACTTAGTGCAGGTGGGGG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=62041325;WS=62041307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	62042078	rs2877373	T	C	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=120;SC=TCCCATGACGTCCACCTCCTT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=62042086;WS=62042068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	62048467	rs2302236	A	G	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=47;PP=2001;SC=CCAGGCCTGCACATGGTACGG;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=116;WE=62048475;WS=62048457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	62049235	rs9892013	A	G	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=52;PP=1575;SC=GCCGGCCGGGACAGGCATGTC;SOR=1.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=87;WE=62049243;WS=62049225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	62075994	rs76735942	G	GA	3699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=40;PP=2176;SC=CACTGGCCGGGGGGGTTGGGG;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=60;WE=62076002;WS=62075984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	62076509	rs3181027	G	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=1.509;SC=TTCCTGTTCAGGGGGGAAAAG;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=10;WE=62076517;WS=62076499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	62079286	rs12939821	G	A	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=76;PP=2118;ReadPosRankSum=-0.492;SC=ATCAGTCCCTGCCCCACGCCA;SOR=0.575;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=91;TCR=113;TR=139;WE=62079294;WS=62079276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,140:0.68:207
chr17	62080969	rs4141180	A	C	7304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.597;SC=AAAGTGACTTATCACTCCCAA;SOR=0.532;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=164;TCR=93;TR=255;WE=62080977;WS=62080959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr17	62083929	rs6504194	A	G	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=104;PP=2965;SC=CACAGGGAACAGGGCACCCCC;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=143;TCR=104;TR=247;WE=62083937;WS=62083919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	62121480	rs196912	T	C	6585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=133;NR=120;PP=2965;SC=GGAAGCGAGATGTGAAGTAGC;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=133;TCR=120;TR=253;WE=62121488;WS=62121470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	62122145	rs196915	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=18;PP=901;SC=AAGATTTATAAAGAATGGATG;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=62122153;WS=62122135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	62122677	rs196917	G	A	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=8;PP=1986;ReadPosRankSum=1.535;SC=AGGCGGCAGCGACTTTTGCAA;SOR=2.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=71;TCR=8;TR=78;WE=62122685;WS=62122667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr17	62123022	rs196918	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=498;SC=CTGTTCCTCACGAAGCACAGG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=62123030;WS=62123012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	62125272	rs196923	A	G	5458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=87;PP=2965;SC=GTTTGAGCACATGCTTCGCTG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=108;TCR=87;TR=195;WE=62125280;WS=62125262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	62130389	rs10689374	G	GCCT	814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=718;SC=GCAACCCCAGGCCTCCTCCAA;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=62130397;WS=62130379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	62130937	rs196929	T	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=382;SC=CTCAAGTTCATTGCCTCATAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=62130945;WS=62130927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	62132309	rs196931	C	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=17;PP=500;SC=AGGCACTGCACCCCAGACTGC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=62132317;WS=62132299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	62137930	rs55939178	G	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.431;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,65:0.28:231
chr17	62141455	rs187826	A	G	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=76;PP=2492;SC=CCTTGTCCCCAATGGTGACGC;SOR=1.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=131;WE=62141463;WS=62141445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	62145672	rs196939	A	G	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=47;PP=1651;SC=CAGACCAGCCAGCCCATTACC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=86;WE=62145680;WS=62145662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	62145728	rs196940	A	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=32;PP=908;SC=TTATCTAATTATAACAAACAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=50;WE=62145736;WS=62145718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	62152418	rs76251079	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=183;ReadPosRankSum=0.911;SC=GAAGCACAACCCAGGAAAGAA;SOR=0.056;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=13;WE=62152426;WS=62152408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr17	62156933	rs196947	T	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=743;SC=AAGCTCCAGGTGGGAGACACA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=62156941;WS=62156923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	62158012	rs196950	T	C	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=33;PP=2199;SC=AGACTTTATATGTCACTCACT;SOR=1.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=80;TCR=33;TR=113;WE=62158020;WS=62158002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	62158278	rs196951	T	C	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=66;PP=1538;SC=TTCTCCCTCCTGTTAACCTAC;SOR=3.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=10;TCR=66;TR=76;WE=62158286;WS=62158268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	62158300	rs196952	C	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=44;PP=1143;SC=TGGGCTAGTGCACGTGAAGGT;SOR=6.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=45;WE=62158308;WS=62158290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	62158319	rs196953	T	C	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=32;PP=942;SC=GTTATATGCATTTTTGTATCA;SOR=5.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=33;WE=62158327;WS=62158309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	62232073	rs4968693	A	T	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=44;PP=2965;SC=GGATATTAATAAAAAAACCAT;SOR=1.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=106;TCR=44;TR=148;WE=62232081;WS=62232063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	62254983	rs1967130	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=468;SC=GTCCCACATTGTATTGGTGAC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=62254991;WS=62254973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	62265838	rs36104018	TC	T	4638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=64;PP=2951;SC=GTAAGCGGACTCCCTGAGAAA;SOR=0.838;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=12;TCR=66;TR=76;WE=62265846;WS=62265828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	62270785	rs2166290	T	C	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=7;PP=2123;SC=GTCATGAGAATGCACATTAGG;SOR=4.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=81;TCR=7;TR=88;WE=62270793;WS=62270775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	62270823	rs139320354	G	GCTTCCTTC	3504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.746;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=2980;ReadPosRankSum=1.311;SC=TTCAGGGTGGGCTTCCTTCCT;SOR=1.449;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=45;WE=62270831;WS=62270813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,82:0.57:143
chr17	62385606	rs12952899	C	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr17	62385609	rs113369705	A	AAAAC,AAAACAAAC	2872.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,32,33:0.49,0.51:65
chr17	62385918	rs112933893	C	A	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.981;NF=72;NR=84;PP=2486;ReadPosRankSum=2.837;SC=TCTTTGAGTGCCTGAGGGGAA;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=114;TCR=134;TR=156;WE=62385926;WS=62385908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,139:0.62:226
chr17	62386078	rs28670385	T	C	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=40;PP=1201;SC=GGAAAGGAAATTGGCCACTAT;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=62386086;WS=62386068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	62401118	rs2812	T	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=950;ReadPosRankSum=0.546;SC=ATACAGGGATTATCTGTTCTT;SOR=0.636;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=164;TCF=96;TCR=68;TR=72;WE=62401126;WS=62401108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,73:0.42:175
chr17	62406971	rs2070783	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=301;ReadPosRankSum=-1.416;SC=GGAAGAATTCATGTGAATGCA;SOR=0.416;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=32;WE=62406979;WS=62406961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,37:0.36:104
chr17	62463825	rs199721035	T	TG	2044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=1605;SC=CTGAGGCAGGTGATTACTTGA;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=37;WE=62463833;WS=62463815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	62502435	rs1991401	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=235;ReadPosRankSum=-0.533;SC=AGCCGCTTTTATAGTCTGGAC;SOR=0.316;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=23;WE=62502443;WS=62502425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr17	62506274	rs66540667	AT	A	2959.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,198:0.30:656
chr17	62525311	rs75980081	T	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=430;ReadPosRankSum=0.081;SC=CATTCACTCATCAGTCTCTTT;SOR=0.505;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=120;TCF=92;TCR=28;TR=33;WE=62525319;WS=62525301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,33:0.26:127
chr17	62530885	rs145444747	TAAG	T	3399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,101:0.28:366
chr17	62602762	.	TA	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr17	62754586	rs9908143	T	C	8622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=157;PP=2965;SC=TAAGTTTTCATCCCTTTCCAA;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=132;TCR=157;TR=289;WE=62754594;WS=62754576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr17	62758984	rs11374577	G	GC	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=952;SC=TAAGTTAAAAGTAAAGCTAAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=62758992;WS=62758974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	62782689	rs6504255	T	C	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=30;PP=2063;SC=GCATACCTGATTGTGGTGTCA;SOR=1.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=78;TCR=30;TR=108;WE=62782697;WS=62782679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	62820746	rs9915020	G	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.415;NF=33;NR=21;PP=837;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ATCTCACTTGGGGGTGACAGC;SOR=0.675;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=54;WE=62820754;WS=62820736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr17	62855003	.	TA	T	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.900;SOR=2.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr17	62924044	rs6504263	G	A	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.30;QD=29.69;SOR=6.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	62952689	rs3960389	C	G	4155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.57;QD=28.27;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	63052344	rs12945514	G	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=429;SC=GCGACACAGCGGACCAGGGCG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=63052352;WS=63052334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	63052361	rs7216195	C	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=10;PP=582;SC=GGCGGTGCCCCGCCCCGCACC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=63052369;WS=63052351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	63133804	rs2585858	A	G	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=52;PP=1886;SC=AGGAGTGGAGAGCACCCCTTT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=54;TCR=52;TR=105;WE=63133812;WS=63133794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	63149361	rs16960673	A	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=78;ReadPosRankSum=0.573;SC=GTGTCTGTGGAGCACACCTTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=63149369;WS=63149351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr17	63173756	rs9896245	A	G	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.331;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=37;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.679;SC=TTCTCAGCTCAATCTCACAAT;SOR=1.035;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=286;TCF=168;TCR=118;TR=99;WE=63173764;WS=63173746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,110:0.35:314
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chr17	63532914	rs28760438	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=0.380;SC=CTGCAAAAACAGCCATTCCCA;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=9;WE=63532922;WS=63532904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr17	63533768	rs1133683	G	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=661;ReadPosRankSum=0.383;SC=AGCGGGAGCGGGGGCTATAGC;SOR=0.787;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=46;WE=63533776;WS=63533758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr17	63533789	rs9915936	T	C	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=544;ReadPosRankSum=-0.028;SC=GGCCTACGCCTGGAGACTGGC;SOR=0.801;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=45;WE=63533797;WS=63533779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,43:0.41:106
chr17	63534250	rs8078753	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=234;ReadPosRankSum=-1.161;SC=ACGCACCCCATGCACATGCGC;SOR=0.437;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=18;WE=63534258;WS=63534240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr17	63534538	rs4541111	C	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-0.952;SC=GAGCTTCCCGCACCAGGCGCT;SOR=0.031;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=21;WE=63534546;WS=63534528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr17	63554591	rs2240308	G	A	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=66;PP=1341;ReadPosRankSum=1.468;SC=GAAGAGACAGGCATGGGTTTG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=339;TCF=144;TCR=195;TR=113;WE=63554605;WS=63554581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,117:0.33:356
chr17	63633073	rs2107654	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=0.448;SC=AGCACTGGGATGAGAAGGGGG;SOR=2.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=63633081;WS=63633063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr17	63685174	rs11079582	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=739;ReadPosRankSum=0.958;SC=GTGTGAGCCACTGCACCTGGC;SOR=0.697;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=49;WE=63685182;WS=63685164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,54:0.63:86
chr17	63739352	rs12948946	A	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr17	64001925	rs1015098	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=0.411;SC=ATTGGAAGACGAGTAAAGTTT;SOR=0.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=16;WE=64001933;WS=64001915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr17	64023483	.	A	G	109	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=18;MQ=59.14;NF=4;NR=2;PP=109;QD=23.9618687579;SC=TGACAGAGCAAGACTCTGTCT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=6;WE=64023501;WS=64023473;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr17	64023624	rs17704679	T	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=531;ReadPosRankSum=0.118;SC=ATTACCTTTTTTTCATAGATG;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=32;WE=64023632;WS=64023614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr17	64023642	rs11079628	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.499;SC=ATGTGTTTTAAATGACTTTTC;SOR=0.984;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=9;WE=64023650;WS=64023632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr17	64023781	rs11079629	C	T	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=100;SC=TGTCAAACTTCAGTTCAGAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=64023789;WS=64023771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	64024255	rs56239919	A	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.64;QD=41.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	64024255	.	AA	TA	177	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=37;MMLQ=27;MQ=70.0;NF=5,5;NR=0,0;PP=177,111;QD=48.1691520942;SC=CTACATCTCAAAGCATCAATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5,5;WE=64024263;WS=64024254;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	64024255	.	AA	ATA	177	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000,1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=37;MMLQ=27;MQ=70.0;NF=5,5;NR=0,0;PP=177,111;QD=48.1691520942;SC=CTACATCTCAAAGCATCAATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5,5;WE=64024263;WS=64024254;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:0,5:1.00:5
chr17	64024303	rs4277386	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=5.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.784;NF=12;NR=0;PP=244;ReadPosRankSum=1.384;SC=TATACAATGCGATAAAAGAAT;SOR=3.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=12;WE=64024311;WS=64024293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	64024340	rs9901053	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.220;NF=26;NR=2;PP=550;ReadPosRankSum=-1.742;SC=CATTTCTGAGTTTTATTTTTT;SOR=1.646;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=28;WE=64024348;WS=64024330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr17	64024375	rs9899985	G	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=806;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TGATACATCTGAATCAAGAAA;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=54;WE=64024383;WS=64024365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr17	64025069	rs11079632	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=0.524;SC=TAGACATTTCGAATTTTAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=64025077;WS=64025059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	64025093	rs11651820	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTAAATACCAGTAAAAATTCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=64025101;WS=64025083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr17	64025331	rs11652766	A	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=511;ReadPosRankSum=0.257;SC=GCTCATAATCATTTACAAGAT;SOR=0.798;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=36;WE=64025339;WS=64025321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr17	64025926	rs9908964	G	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=733;SC=GCAGATAACTGATACAGTTAA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=64025934;WS=64025920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr17	64050007	rs11079637	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=279;ReadPosRankSum=0.438;SC=GCTACATCAGGAAATCAAGAG;SOR=0.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=18;WE=64050015;WS=64049997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr17	64050062	rs1401048	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.903;SC=GTAATTCAGCGGAAAAAATGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=64050070;WS=64050052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr17	64062830	rs908713	T	A	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=25;PP=1194;SC=ATCAAATTTTTTTCTCCACAT;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=64062838;WS=64062820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	64129012	rs78069175	C	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=576;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GTTCCATAGCCGGGCGTGGTG;SOR=1.696;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=30;WE=64129020;WS=64129002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr17	64173170	rs2159557	A	G	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.60;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	64735035	rs5821506	C	CT	5133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.389;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.609;NF=20;NR=74;PP=2975;ReadPosRankSum=0.218;SC=TGGAAACTTCCTTTTTTCCCC;SOR=0.825;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=114;TCF=22;TCR=92;TR=94;WE=64735043;WS=64735025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,177:0.98:180
chr17	64735143	rs4324167	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=220;ReadPosRankSum=0.312;SC=TGGGACTACAGGCACACACCA;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=13;WE=64735151;WS=64735133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr17	64737717	rs3803821	T	A	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=58;PP=2884;SC=TTTGAGAATGTAAAGTATACA;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=161;WE=64737725;WS=64737707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	64738635	rs61761552	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=203;ReadPosRankSum=0.408;SC=AGTTAATATTGCCATTGAGCT;SOR=0.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=16;WE=64738643;WS=64738625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr17	64783081	rs6504459	G	A	9612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.364;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.634;SC=GGCTGTTTCTGTCTGCAAAGG;SOR=0.490;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=188;TCR=154;TR=340;WE=64783089;WS=64783071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
chr17	64785191	rs11420909	T	TG	1608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.23;NF=4;NR=36;PP=1797;SC=AGGAGGCCGGTGCCCCTGGCT;SOR=2.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=40;WE=64785199;WS=64785181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	64875035	rs2286676	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=323;ReadPosRankSum=-1.117;SC=TTGTATGGACCAACTTCAAAT;SOR=0.757;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=27;WE=64875043;WS=64875025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr17	64881075	rs2286678	A	G	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=74;PP=1555;ReadPosRankSum=0.762;SC=CAGCGAGCCCATCCTCTGCTG;SOR=0.867;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=305;TCF=123;TCR=182;TR=121;WE=64881083;WS=64881065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,128:0.40:321
chr17	64961275	.	C	CA	178.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=2.451;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr17	64961276	.	C	CACACA	371.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr17	65051104	rs11322532	CA	C	2181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=8;PP=1803;SC=GACACACACACAATGACACAC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=44;WE=65051112;WS=65051094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	65051180	rs2363844	A	G	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=71;PP=2965;SC=AAGAGCTCCCATGCTGAGGCC;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=117;TCR=71;TR=188;WE=65051188;WS=65051170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	65074354	rs35467630	G	GA	899.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.445;NF=9;NR=13;PP=319;ReadPosRankSum=1.555;SC=TCCCTTGAGGGAAAAAAAAAG;SOR=0.543;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=22;WE=65074362;WS=65074344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr17	65104666	rs11657929	T	G	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.693;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1227;ReadPosRankSum=0.645;SC=CAGTCTGCCCTCACTGGCGGC;SOR=0.467;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=75;WE=65104674;WS=65104656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,82:0.68:120
chr17	65104743	rs11653020	G	A	5603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=93;PP=2965;SC=TGGGTATGGAGCGCTGCCCTG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=192;WE=65104751;WS=65104733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	65116491	rs12709454	T	C	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=34;PP=2110;SC=CATCAGTTTATGAACAGGAGA;SOR=1.669;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=80;TCR=34;TR=114;WE=65116499;WS=65116481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	65142070	rs34812114	G	GA	657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=2.034;NF=1;NR=25;PP=364;ReadPosRankSum=-1.623;SC=TCACCCATAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.737;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=26;WE=65142078;WS=65142060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr17	65145874	rs3213754	A	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=641;ReadPosRankSum=1.820;SC=TTGAAGTACTAAAGTTATAAT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=26;WE=65145882;WS=65145864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr17	65156919	rs1035176	G	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=531;ReadPosRankSum=2.116;SC=AGAGCTGCATGAAAACTGTCT;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=25;WE=65156927;WS=65156909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr17	65157277	rs2287127	A	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=-1.717;SC=ATTTCAGTGAACCATTAAAAC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=15;WE=65157285;WS=65157267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr17	65342066	rs17647947	T	C	842.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=487;ReadPosRankSum=1.605;SC=ATATATCCATTTCAAATTTTA;SOR=0.083;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=31;WE=65342074;WS=65342056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,35:0.90:39
chr17	65528801	rs2304278	C	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=24;NR=3;PP=668;SC=ATGTGGCTGCCTTCTCTTCTC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=65528809;WS=65528791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	65548540	rs2916133	G	T	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1356;ReadPosRankSum=0.344;SC=GATTTACAGTGGATTATCCAA;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=93;WE=65548548;WS=65548530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,100:0.64:156
chr17	65549847	rs2570046	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=0.836;SC=GAATAATTCCAAGTCAGAAAT;SOR=0.064;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=11;WE=65549855;WS=65549837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr17	65574283	rs2570035	A	G	6406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GCTAATGAAAATTTGCTTTTC;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=412;TCF=230;TCR=182;TR=261;WE=65574291;WS=65574273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,276:0.64:432
chr17	65665608	.	AT	A	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5041;HP=11;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=67;QD=12.6666666667;SC=AATTTCTTTGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=65665616;WS=65665598;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,6:0.60:10
chr17	65689053	rs147971105	G	GT	686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=1.841;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.451;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr17	65714232	rs3760224	C	G	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=75;PP=1571;ReadPosRankSum=1.346;SC=GGGAGCGCCCCGACTGCCTTC;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=423;TCF=180;TCR=243;TR=128;WE=65714240;WS=65714222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,132:0.30:438
chr17	65714359	rs3760226	G	A	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=54;PP=1564;SC=AGTGAGGTCTGGAATCTGGCT;SOR=5.247;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=3;TCR=54;TR=57;WE=65714367;WS=65714349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	65718798	rs5821454	TA	T	191.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=139;SC=GAAATTTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=65718806;WS=65718788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	65718839	rs999043	C	T	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=100;SC=GTTGCCCTGTCACCCAGGCTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=65718847;WS=65718829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	65720346	rs11654692	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=2.429;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr17	65722849	rs3744268	G	A	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1059;SC=TTTTCATTTCGTTATTACCCA;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=65722857;WS=65722839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	65730259	rs80229149	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TTAATTGTTATTCCTGGTTCA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=65730267;WS=65730254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr17	65730404	rs4790943	G	A	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	65732093	rs3760227	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=0.162;SC=GTGAAGTGTCATCATTAGCAG;SOR=0.732;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=22;WE=65732101;WS=65732083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr17	65732959	rs7223990	A	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=10;PP=342;SC=TATCCTTACAACTCTTAGAGC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=65732967;WS=65732949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	65733119	rs3752647	T	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=313;ReadPosRankSum=0.293;SC=GAGTGTTTCATATCCCTCTAA;SOR=0.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=23;WE=65733127;WS=65733109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr17	65734514	rs1542610	A	G	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=119;PP=2965;SC=TCTTTATAGGATATAGTTATA;SOR=1.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=57;TCR=119;TR=176;WE=65734522;WS=65734504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	65735563	rs2286916	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=211;ReadPosRankSum=1.197;SC=TTCAATCTTCGTGATGGGTTT;SOR=0.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=15;WE=65735571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr17	65736913	rs61602831	T	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.05;MQRankSum=-0.679;NF=30;NR=29;PP=678;ReadPosRankSum=0.554;SC=CCATCCCACATAGAAGCAGTA;SOR=0.603;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=59;WE=65736921;WS=65736903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,66:0.32:205
chr17	65737013	rs201299108	CTTCT	C	189.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.535;NF=1;NR=14;PP=211;ReadPosRankSum=1.272;SC=TAAAAAATAACTTCTTTTTTT;SOR=1.096;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=15;WE=65737024;WS=65737003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr17	65737016	rs34886243	CT	C	164.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.956;NF=1;NR=14;PP=352;ReadPosRankSum=0.489;SC=AAAATAACTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.330;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=15;WE=65737024;WS=65737003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr17	65739627	rs10127	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=187;ReadPosRankSum=0.112;SC=TTCTGGATGCAAATTTTACTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=12;WE=65739635;WS=65739617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	65739789	rs2286917	A	G	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	65739797	rs2286918	A	T	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	65821481	rs12945266	C	T	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=10;PP=1373;SC=AGCCCAGGCGCCCAGGGCTCC;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=65;WE=65821489;WS=65821471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	65849927	rs2046323	T	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=0;PP=904;SC=TGCTTCTTCGTATTATTTTAA;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=65849935;WS=65849923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	65871559	rs9890629	G	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=575;SC=TAAAATGGCCGTTCAATGGAA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=65871567;WS=65871549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	65871598	rs12451707	G	A	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=9;PP=1097;SC=TTTAGTAGTTGACTGAATGTG;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=65871606;WS=65871588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	65882172	rs4318247	A	G	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=5;PP=975;SC=TCCTAAAACAATTGTCTTTTC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=65882180;WS=65882162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	65882457	rs8072824	T	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=33;PP=836;SC=CATCCATTCCTTTAAAGGGAA;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=65882465;WS=65882447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr17	65906928	rs202228218	AT	A	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=40.42;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	65918807	rs12600941	A	G	143.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=2;PP=67;SC=GGCTGCTTTCATGATACAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=65918815;WS=65918806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	65944515	rs11870068	A	C	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=52;PP=1224;SC=TTAAAATTTCAGTATGTTTTC;SOR=1.854;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=76;WE=65944523;WS=65944505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	65955651	rs8068790	T	C	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	65955758	rs139709271	T	TCCTCCAGCC,TCCTCCAGCCCCTCCAGCC	2080.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;NF=7,7;NR=18,18;PP=1402,2982;SC=TGACACCAGCTCCTCCAGCCC;SOR=1.493;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=25,25;WE=65955766;WS=65955748;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.34,0.66:38
chr17	65972188	rs61489754	TA	T	389.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;MQRankSum=0.514;QD=20.51;ReadPosRankSum=1.118;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr17	65989048	rs28368756	T	C	7073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=1.953;SC=TGTCATTGTTTCCCATCGCTC;SOR=0.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=141;TCR=114;TR=254;WE=65989056;WS=65989038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,265:1.00:266
chr17	66036934	rs75756883	A	AT	4955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.597;NF=16;NR=80;PP=1727;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GTGTTTTTAGATTTTTTTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=18;TCR=94;TR=96;WE=66036942;WS=66036924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,195:0.92:211
chr17	66038556	rs62084697	G	A	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=69;PP=2165;SC=TAGTGACTTTGTCAAGTTTTG;SOR=1.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=118;WE=66038564;WS=66038546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	66042639	rs138669765	T	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.029;NF=43;NR=22;PP=953;ReadPosRankSum=0.349;SC=GATCAAAACGTTGTACCAGAA;SOR=0.946;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=65;WE=66042647;WS=66042629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,67:0.58:116
chr17	66121807	rs1964244	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,88:0.26:342
chr17	66122038	rs7210681	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.006;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.30;ReadPosRankSum=1.439;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr17	66122977	rs62085700	C	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=266;ReadPosRankSum=-1.442;SC=TCAGTGCCCACGTTGTTGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=12;WE=66122985;WS=66122967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr17	66124489	rs2240606	G	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=776;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GTCCACAGCTGTATGCCCCAG;SOR=0.679;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=190;TCF=70;TCR=120;TR=66;WE=66124497;WS=66124479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,71:0.35:205
chr17	66195421	rs71387380	A	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.615;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GGGCCCCGACAGCACCCCCGC;SOR=0.377;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=60;WE=66195429;WS=66195411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,62:0.71:87
chr17	66246416	rs3213690	A	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=45;PP=2059;SC=TGAGAAATTAAATGCTGGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=97;WE=66246424;WS=66246406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	66253095	rs7105	T	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=635;SC=AATGCCTGGCTGTTCTCCAAA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=66253103;WS=66253085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	66267650	rs3744307	T	G	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.859;NF=36;NR=22;PP=1218;ReadPosRankSum=0.255;SC=CTTTCCGATTTTCCTGGATGA;SOR=0.617;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=58;WE=66267658;WS=66267640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,60:0.78:77
chr17	66364738	.	G	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.897;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=436;ReadPosRankSum=-0.775;SC=CCACATGCACGTGCCCTTACC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=71;TCR=14;TR=27;WE=66364746;WS=66364728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr17	66366659	rs144503106	C	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=0.901;SC=TTGGCAAACTCGTCAAGGTAA;SOR=0.572;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=22;WE=66366667;WS=66366649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr17	66416357	rs62000424	C	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=850;ReadPosRankSum=0.064;SC=GATGGGAGCACGGGGCCTGAG;SOR=0.502;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=46;WE=66416365;WS=66416347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr17	66420766	rs3785605	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=36;PP=1078;SC=CCTGTAATCCTAGCACTTTGG;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=66420774;WS=66420756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	66422158	rs12946747	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr17	66424923	rs1002446	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.616;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=0.112;SC=GACAACTCTACACGACCAGCT;SOR=1.176;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=16;WE=66424931;WS=66424913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr17	66425995	rs3785610	T	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.94;SOR=4.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	66425995	.	TCC	GCT	850	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=31;NR=2;PP=850;QD=27.3778143898;SC=CTCCCAAGGTTCCGGGATTAC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=33;WE=66426005;WS=66425985;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr17	66425997	rs3785611	C	T	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=4.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	66430923	rs10445211	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=530;ReadPosRankSum=0.624;SC=TATGTGCCATATCAACAATTC;SOR=0.538;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=26;WE=66430931;WS=66430913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr17	66440514	rs1030098	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=233;ReadPosRankSum=0.051;SC=GAGATAAACCTCACTAAGACT;SOR=0.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=18;WE=66440522;WS=66440504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr17	66446803	rs2302782	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=411;ReadPosRankSum=-0.098;SC=TCTTGAAAGATGTCCATCTTT;SOR=1.038;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=31;WE=66446811;WS=66446793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
chr17	66447073	rs2302783	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=651;SC=TTACATGGATTGATCACTTCC;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=66447081;WS=66447063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	66449122	rs883541	G	A	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=72;PP=2567;SC=TTTAGTTCCAGTTGCTAGGGA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=158;WE=66449130;WS=66449112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	66453305	rs71378928	C	G	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=3;PP=745;SC=GTGGGGGGTGCGGCAAACCCC;SOR=4.332;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=66453313;WS=66453295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	66453320	rs67556103	A	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=211;ReadPosRankSum=-0.017;SC=AACCCCACTGAAGGGGTACGG;SOR=0.512;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=13;WE=66453328;WS=66453310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr17	66453344	rs76441646	C	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=879;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TAACAAGATCCCAATGCGTCC;SOR=0.310;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=56;TCR=7;TR=44;WE=66453352;WS=66453334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,43:0.70:61
chr17	66453410	rs71378929	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.562;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCACAAGCTGCTCTCAGGACG;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=237;TCF=140;TCR=97;TR=86;WE=66453418;WS=66453392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,84:0.35:243
chr17	66453572	rs146213184	GGCCCGGGAA	G	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.449;NF=0;NR=18;PP=2938;ReadPosRankSum=0.929;SC=TCGGGGGCTCGGCCCGGGAAG;SOR=1.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=0;TCR=63;TR=18;WE=66453588;WS=66453562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr17	66524987	rs2302230	G	A	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=115;NR=91;PP=2965;SC=ATACAGAGCAGTTATTTTGAT;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=115;TCR=91;TR=206;WE=66524995;WS=66524977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	66526027	rs2302231	G	T	5155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=87;PP=2965;SC=TTGAGAGTGTGTGTTTGTTTA;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=108;TCR=88;TR=194;WE=66526035;WS=66526017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr17	66533655	rs2907373	A	G	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=58;PP=2802;SC=GTCTGGGGCCAACTGTTCCAC;SOR=1.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=104;TCR=59;TR=162;WE=66533663;WS=66533645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	66533979	rs2286556	C	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=0.427;SC=AGCTGATACTCTTGGCGCCTC;SOR=2.786;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=14;WE=66533987;WS=66533969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr17	66536219	rs2286558	G	C	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=25;PP=727;SC=AGACAGGGGTGTGAACGAAGC;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=66536227;WS=66536209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	66536749	rs2015212	C	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-2.138;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,87:0.28:308
chr17	66537065	.	TC	T	1620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.194;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=1043;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TAGATCTGTTTCACTGTGTCA;SOR=0.704;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=25;WE=66537073;WS=66537055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,50:0.65:77
chr17	66538239	rs2302234	G	T	4813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.476;SC=GCAGGTGTGGGTTGCCACAGA;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=290;TCF=172;TCR=118;TR=201;WE=66538247;WS=66538229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,212:0.70:305
chr17	66538418	rs2302235	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=438;ReadPosRankSum=0.105;SC=CTCACAGCTCGGGAAGAGAAA;SOR=0.987;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=4;TCR=59;TR=23;WE=66538426;WS=66538408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr17	66539721	rs74000753	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=273;ReadPosRankSum=0.247;SC=ACCCCTCCCAGAGGATTGGTC;SOR=0.272;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=24;WE=66539729;WS=66539711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr17	66547829	.	AATT	A	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=42;QD=23.5;SC=TAGTATTTTCAATTATTATTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=66547839;WS=66547819;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,2:0.40:5
chr17	66547865	.	T	C	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=4;NR=1;PP=63;QD=19.5542425094;SC=TTATTATTATTATCACCCCAA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=5;WE=66547873;WS=66547855;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,5:0.25:20
chr17	66872802	rs1481	G	C	6664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.89;NF=123;NR=107;PP=2965;SC=AGGTCTTCACGGGAGACTTCA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=124;TCR=108;TR=230;WE=66872810;WS=66872792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	66873743	rs8068987	G	A	5675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.873;NF=133;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.581;SC=CTGTCAGGTTGGGCCACAGCG;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=183;TCR=139;TR=234;WE=66873751;WS=66873733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,251:0.73:343
chr17	66880081	rs8080098	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=8;PP=205;SC=TTCAATATCAAAGATATACTA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=66880089;WS=66880071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	66880371	rs1470293	G	A	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=43;SC=ATAGATACCTGTATCTCTAAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=66880379;WS=66880361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	66883719	rs6501839	A	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=51;PP=1473;SC=AACTATTCAAACAAAACCTTT;SOR=2.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=66883727;WS=66883709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	66890117	rs4148000	C	G	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=206;SC=ATGTTTTGTTCATTTTATTTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=66890125;WS=66890107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	66914350	rs112300412	G	A	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1657;ReadPosRankSum=-0.294;SC=AAGTATATAAGGCGGTTTTCC;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=102;WE=66914358;WS=66914340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,108:0.68:158
chr17	66925116	rs4147980	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=374;ReadPosRankSum=0.567;SC=GTTTGTAAATGATTACAGCCT;SOR=1.355;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=21;WE=66925124;WS=66925106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
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chr17	66938260	rs4147957	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=0.717;SC=CAACAAAAAAACGTAGCCTAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10;WE=66938268;WS=66938250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr17	66972250	rs2191212	A	T	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=57;PP=1807;ReadPosRankSum=-0.412;SC=TCCATGGATGATATAGAATCA;SOR=0.529;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=176;TCF=85;TCR=91;TR=115;WE=66972258;WS=66972240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,126:0.66:190
chr17	66980456	.	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.642;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.432;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
chr17	66985399	.	ACA	TCT	112	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.9892;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=112;QD=55.1559582874;SC=TCTCTCTCTCACACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=3;WE=66985409;WS=66985389;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	66985992	rs2302294	T	G	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=46;PP=2142;ReadPosRankSum=0.009;SC=TGTGGCAATTTTTTTCTTCCT;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=118;TCR=66;TR=129;WE=66986000;WS=66985982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,133:0.70:189
chr17	66986162	rs9902444	A	C	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=104;PP=2965;SC=TTTCCTTATAAAAAATCATGA;SOR=1.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=46;TCR=105;TR=150;WE=66986170;WS=66986152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	66987202	rs2302293	A	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-5.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=-0.400;SC=AGATTCATTCAGAGCACAACA;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=17;WE=66987210;WS=66987192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr17	67017930	rs17684521	T	C	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=933;ReadPosRankSum=-0.720;SC=AAACACCTCATTCAAAGTTGT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=67;WE=67017938;WS=67017920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,74:0.58:128
chr17	67023755	rs6501947	A	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=552;ReadPosRankSum=0.391;SC=TTTTATGGCTATGTGACATCT;SOR=0.660;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=26;WE=67023763;WS=67023745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr17	67024585	rs12940103	T	C	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=19;PP=1114;ReadPosRankSum=0.833;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACC;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=66;TCR=29;TR=63;WE=67024593;WS=67024575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr17	67024799	rs8066758	T	A	1596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=57;PP=1434;ReadPosRankSum=0.622;SC=GGCATGATTTTAAAAAAAATT;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=34;TCR=82;TR=80;WE=67024807;WS=67024789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,74:0.65:113
chr17	67028260	rs2302291	T	C	3694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=55;PP=2514;ReadPosRankSum=-1.107;SC=TGATGGCTTCTTTCCCACAGA;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=218;TCF=134;TCR=84;TR=149;WE=67028268;WS=67028250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,159:0.68:233
chr17	67031369	rs1860448	T	C	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=51;PP=2266;SC=AAAGTGAAAGTGTTACCTTAA;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=135;WE=67031377;WS=67031359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	67031457	rs1860447	C	T	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=106;PP=2965;SC=TGCAGGAAGACGTGTATACAA;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=124;TCR=106;TR=230;WE=67031465;WS=67031447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	67047047	rs35873471	AT	A	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.003;NF=5;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=-0.118;SC=TTGAAAAAAAATCTAGCTTGT;SOR=0.095;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=5;WE=67047055;WS=67047039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr17	67075294	rs2302289	C	T	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=68;PP=2586;SC=CAGGAAAATGCATGTTGCTTT;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=89;TCR=68;TR=157;WE=67075302;WS=67075284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	67080770	rs11657954	A	G	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.622;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr17	67081130	rs62082718	T	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.829;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr17	67081161	rs62082719	G	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=810;ReadPosRankSum=3.071;SC=CGCAGGTCCCGTCTGTACCTT;SOR=0.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=46;WE=67081169;WS=67081151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr17	67081732	rs2302133	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=187;ReadPosRankSum=0.058;SC=TCATGAAATTCCTGTTTTGGA;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=18;WE=67081740;WS=67081722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr17	67081830	rs2302134	T	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=6.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.308;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,45:0.26:175
chr17	67084423	.	T	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=1.548;SC=AATACAGTTATATTTAGGCAT;SOR=0.563;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=18;WE=67084431;WS=67084413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr17	67099129	rs2364315	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.718;SC=AGTTAATAAGAGAAGGCCATA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=67099137;WS=67099119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	67101718	rs7212506	C	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=13;PP=312;SC=ACATAGCATACATTATATTTT;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=19;WE=67101726;WS=67101708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr17	67146149	rs141260911	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=513;ReadPosRankSum=0.300;SC=AAAAAGGCCCGAGATAGAGGG;SOR=0.477;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=39;WE=67146157;WS=67146139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr17	67150176	rs2886232	T	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=717;ReadPosRankSum=-1.056;SC=AATGTCAGATTCACCTTTGGT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=35;TCR=81;TR=45;WE=67150184;WS=67150166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,48:0.40:121
chr17	67160186	rs7208382	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=255;ReadPosRankSum=-0.225;SC=TTATGCAATATATATATTTAG;SOR=0.559;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=17;WE=67160194;WS=67160176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr17	67170736	rs740520	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;ReadPosRankSum=-1.246;SC=TGTGGAAAAAATGATCACTTA;SOR=0.718;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=16;WE=67170744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr17	67171748	rs12940557	A	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-1.386;SC=GAAAAACTCTAGAAGCATTCA;SOR=0.551;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=7;WE=67171756;WS=67171738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr17	67178316	rs4968849	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr17	67181540	rs11658738	C	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=8.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=0.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr17	67181548	rs11655199	T	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr17	67188576	rs8070232	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=0.817;SC=AGACATTTTGAGCTGTTTATT;SOR=0.061;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=6;WE=67188584;WS=67188566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr17	67188668	rs8074259	T	C	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=38;PP=1942;SC=CATATTAATATGCTCATTTAA;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=111;WE=67188676;WS=67188658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	67211058	rs9909045	T	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr17	67212031	rs11077414	A	G	2419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=46;PP=1490;ReadPosRankSum=-1.355;SC=GAAGTTGTCTATATAACACAG;SOR=0.819;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=285;TCF=164;TCR=121;TR=115;WE=67212039;WS=67212021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,121:0.39:308
chr17	67212423	rs9909216	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=333;ReadPosRankSum=1.857;SC=AATACAATTGGGATTGATGTT;SOR=0.350;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=27;WE=67212431;WS=67212413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr17	67212574	rs9912127	A	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=170;ReadPosRankSum=-2.086;SC=GAAATGGTTAAGAGTAAAAGC;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=18;WE=67212582;WS=67212564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr17	67212595	rs11868981	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=1.529;SC=TCTGAAATCAGGACTAAATTT;SOR=1.096;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=8;WE=67212603;WS=67212585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr17	67215712	rs12941264	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr17	67219703	rs11655507	G	A	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=6;PP=1234;SC=TATTAACTTTGTATCTCACTC;SOR=3.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=67219711;WS=67219693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	67220060	rs1468513	T	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=246;SC=GCTTACACTGTGCATACAGGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=67220068;WS=67220050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	67245941	rs1420904	G	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=137;SC=TACAACATAAGTGCTTTTCAA;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=67245949;WS=67245938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	67260926	rs12449649	A	G	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=24;PP=1003;SC=TGAAATGCCAATAAGCTTCCT;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=67260934;WS=67260916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	67273882	rs536009	C	A	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=53;PP=2309;SC=CTCACTAGAGCAGCCTTGGTT;SOR=0.857;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=126;WE=67273890;WS=67273872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	67274054	rs12452340	C	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=378;SC=GAAGCAGGAACATTTAAAGAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=67274062;WS=67274044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	67279959	rs56193366	C	CAGTA	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=158;SC=CTATCACTATCAGTATCTCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=67279967;WS=67279949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	67280310	rs564426	A	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=205;SC=ACAGCCTGTGAAACATATCAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=67280318;WS=67280300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr17	67287327	rs34164530	G	GT	1792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=24;NR=16;PP=582;SC=ATATAATGAAGTTTTTTTTTC;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=40;WE=67287335;WS=67287317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	67293535	rs487382	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=848;SC=GAGTTACCATAATTAGTTTTT;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=67293543;WS=67293525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	67297176	rs12938097	T	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=545;SC=GAATATGACTTAGGGTACCCT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=67297184;WS=67297166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	67501133	rs34498161	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=369;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATTCTACTTCCATTGCTAACT;SOR=0.078;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=28;WE=67501141;WS=67501123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr17	67502138	rs2074027	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=602;ReadPosRankSum=-1.408;SC=ACCTGAAATAGTCATCTTATC;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=29;WE=67502146;WS=67502128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr17	67519542	rs2251160	G	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-6.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=8;PP=1155;ReadPosRankSum=-2.119;SC=GTGTTGGGCAGCTTGGGGAAA;SOR=0.103;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=90;TCF=81;TCR=9;TR=59;WE=67519550;WS=67519532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,59:0.66:90
chr17	67521241	rs2716206	C	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.626;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=40;PP=974;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TCCTGCTGAGCTGGTAGGAGA;SOR=1.301;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=51;WE=67521249;WS=67521231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr17	67522903	rs3729922	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=633;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GATGAGTTCTCATGAATTTCT;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=47;WE=67522911;WS=67522893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,49:0.69:71
chr17	67522919	rs2074030	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=471;ReadPosRankSum=-1.311;SC=TTTCTTCCATCGGGGTTGAAT;SOR=0.476;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=36;WE=67522927;WS=67522909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr17	67523015	rs3729925	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=0.792;SC=CACACTCCCTGCCCTCACTGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=67523023;WS=67523005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr17	69334553	rs4401085	G	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
chr17	69334972	rs4996843	A	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.096;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=2.441;NF=0;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-1.704;SC=TGTTTCTTTTATTTCCTTTCT;SOR=2.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=8;WE=69334980;WS=69334962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr17	70119245	rs12950966	C	G	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=1190;SC=TTGCGCCCGTCCCGCTCCCCT;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=70119253;WS=70119235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	70120551	rs1042667	A	C	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=114;PP=2965;SC=CGAAGGGCGAAGATGGCCGAG;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=87;TCR=115;TR=200;WE=70120559;WS=70120541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr17	70845688	rs12449747	C	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=820;SC=ACAATTGCCCCTTCCCCTTTT;SOR=5.486;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=70845696;WS=70845678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	70846027	rs4998297	G	A	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=39;PP=1222;SC=AGCTACAGCAGGAAGAAGCTT;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=70846035;WS=70846017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	70846116	rs4436821	C	T	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=57.31;NF=5;NR=14;PP=371;SC=CACTGCAGCCCCAACTTCCCG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=70846124;WS=70846106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	70943990	rs2466517	T	C	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.109;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=54;PP=2140;ReadPosRankSum=2.243;SC=AGTGCCAGGGTCGTCTGGGGG;SOR=0.320;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=118;WE=70943998;WS=70943980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr17	71027543	rs9912666	G	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=217;SC=AGAAATCACCGATCAGTTCCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=71027551;WS=71027533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	71081078	rs9891809	G	A	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=87;PP=2775;SC=AAAGAGCCACGCAAATAAAGA;SOR=1.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=144;WE=71081086;WS=71081068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	71166701	rs7220818	A	G	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CATGAGTCCAATTCAGAGAAC;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=300;TCF=171;TCR=129;TR=94;WE=71166709;WS=71166691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,108:0.33:329
chr17	71189155	.	A	AGG	1339	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=17;NR=18;PP=1339;QD=39.0;SC=AAGATGGCGGAGGGGGCGGGA;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=35;WE=71189163;WS=71189145;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr17	71189182	rs3764359	A	G	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1297;ReadPosRankSum=0.179;SC=GGGCGTAGGTAGATCGCCGGG;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=72;WE=71189190;WS=71189172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,89:0.68:130
chr17	71192468	rs1052705	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=47;ReadPosRankSum=1.559;SC=GATCTTACAACACTCCTGACT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=71192476;WS=71192465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr17	71192663	rs1052706	G	A	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=46;PP=1976;ReadPosRankSum=-1.423;SC=AGCCATCCCAGGAGAAGTTCT;SOR=0.845;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=170;TCF=102;TCR=68;TR=120;WE=71192671;WS=71192653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,134:0.73:184
chr17	71192873	rs11544800	A	G	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=61;PP=1597;ReadPosRankSum=-0.852;SC=GGCAGGTGGCAGCCGCCAGCC;SOR=0.911;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=138;TCF=46;TCR=92;TR=89;WE=71192881;WS=71192863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,94:0.64:147
chr17	71192955	rs1010442	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.186;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=644;ReadPosRankSum=-0.299;SC=GGGTTTATGGCGTTTGTCTTC;SOR=0.166;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=31;WE=71192963;WS=71192945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
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chr17	71196809	rs1026128	A	G	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1534;ReadPosRankSum=-1.808;SC=TTACTTACCAATGAGTCCACC;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=158;TCF=90;TCR=68;TR=102;WE=71196817;WS=71196799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,112:0.65:171
chr17	71196995	rs1026129	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=276;ReadPosRankSum=-1.702;SC=GATTTCTGTCGCTTCCCAAGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=14;WE=71197003;WS=71196985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr17	71197200	rs1026130	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=0;PP=454;SC=TGTTTTGAAATGTCCTTAAAG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=71197208;WS=71197195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	71197748	rs1037256	G	A	5053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.948;SC=GCATTGAAGAGGGTGTGCAAG;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=152;TCR=180;TR=212;WE=71197756;WS=71197738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,218:0.63:347
chr17	71201675	rs3829571	T	C	5565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=108;PP=2965;SC=GGGTGGGGACTGGGAATTCAT;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=98;TCR=108;TR=206;WE=71201683;WS=71201665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	71205854	rs8387	A	G	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1394;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TGTCCGGGCTATTGATGCTGC;SOR=0.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=90;TCR=65;TR=105;WE=71205868;WS=71205844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,112:0.69:163
chr17	71206030	rs11655892	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=-0.954;SC=GATGAAGACATATACTGGGCT;SOR=0.171;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=12;WE=71206038;WS=71206020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr17	71208647	rs10717516	GC	G	1686.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.15;MQRankSum=0.651;NF=33;NR=5;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.164;SC=AGGATTTGCAGCCAGCTGCAA;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=38;WE=71208655;WS=71208637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr17	71208960	rs11655656	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.263;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=0.585;SC=CGTACTATAATAGCACAAGGG;SOR=1.489;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=20;WE=71208968;WS=71208950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr17	71223424	rs71154980	GA	G	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.006;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr17	71231604	rs3751925	A	C	3816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=36;PP=2670;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TCTCACATTTACCTTTTTCAG;SOR=0.521;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=203;TCF=153;TCR=50;TR=142;WE=71231612;WS=71231594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,152:0.71:215
chr17	71232687	rs745143	T	C	4331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=0.590;SC=TTTAAGTTTGTTCATTCCGAG;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=129;TCR=120;TR=168;WE=71232695;WS=71232677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,177:0.67:265
chr17	71232804	rs904384	C	A	12715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.19;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr17	71232804	.	CATT	AATC,AATT	2604	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=93,163;NR=85,131;PP=2604,1508;QD=20;SC=CCAGAATCATCATTGTGTCCC;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=300;TCF=165;TCR=135;TR=178,294;WE=71232815;WS=71232794;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.59:300
chr17	71232807	rs904383	T	C	4768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=5.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.435;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,208:0.63:332
chr17	71232881	rs745142	G	C	5330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.099;SC=CTGATAGTCAGTTCCAAGCAT;SOR=0.853;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=379;TCF=204;TCR=175;TR=229;WE=71232889;WS=71232871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,241:0.60:402
chr17	71233130	rs11869253	A	G	5804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.443;SC=AAAGACTCTCACAAGGTAAAC;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=166;TCR=210;TR=249;WE=71233138;WS=71233120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,258:0.67:384
chr17	71238433	rs1566286	G	A	4248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=93;PP=2780;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GGAACCCCCTGCCGGACTTAC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=151;TCR=148;TR=187;WE=71238441;WS=71238423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,194:0.62:312
chr17	71238525	rs1566287	A	G	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=68;PP=1809;ReadPosRankSum=2.035;SC=CTTCTGTTGCAGGTTCTGGGC;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=87;TCR=106;TR=125;WE=71238533;WS=71238502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,135:0.65:207
chr17	71238649	rs5821951	T	TC	693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.042;NF=1;NR=17;PP=689;ReadPosRankSum=-2.749;SC=ATTTTGGAGTTGGACATAATT;SOR=0.102;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=18;WE=71238657;WS=71238639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr17	71238693	rs1566288	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.524;NF=1;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=2.215;SC=CTACCATTTATTCAACAGCTT;SOR=0.346;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=71238701;WS=71238683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr17	71239000	rs2270726	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=0.357;SC=TAGTTTCAGTTGCTGTAACAA;SOR=1.038;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=9;WE=71239008;WS=71238990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr17	71239087	rs1566290	G	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=2.060;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
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chr17	71239228	.	T	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.68;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr17	71257804	rs72849296	A	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=596;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CGTCTCAAAGAAAAAAAAACA;SOR=1.119;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=28;WE=71257812;WS=71257794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr17	71334473	rs3195414	G	A	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1221;ReadPosRankSum=0.252;SC=CCCCAGCTCCGTGTAATTCCC;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=315;TCF=185;TCR=130;TR=110;WE=71334481;WS=71334463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,112:0.34:329
chr17	71344584	rs4969105	G	A	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=30;PP=2605;SC=GGAGGGGACAGATGGCCCATA;SOR=2.321;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=94;TCR=30;TR=123;WE=71344592;WS=71344574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	71344668	rs75637704	C	T	7534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.441;SC=AGCCCATCTACGTTCACTGCC;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=524;TCF=283;TCR=241;TR=339;WE=71344676;WS=71344658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,349:0.65:539
chr17	71344889	rs9905883	C	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=31;PP=953;SC=GGAGTGGGGCCGAGAGGTGCA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=71344897;WS=71344879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	71346347	.	G	GC	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.47;MQRankSum=5.779;QD=8.52;ReadPosRankSum=-2.795;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr17	71346353	rs28397959	A	C,ACCCGGGCACTGCTGGGCCTGGCCCCCC	2691.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=62;NR=23;PP=1795;SC=CCTGGCCCCCAACCCACGCAG;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=71346361;WS=71346343;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.69,0.31:48
chr17	71346750	rs1995163	C	G	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=66;PP=2965;SC=ATACATAAAACTCAAGTCCAG;SOR=1.088;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=100;TCR=66;TR=165;WE=71346759;WS=71346740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	71346943	rs4969107	A	G	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=50;PP=1481;SC=GAGCACAGATAGTCAGGTATA;SOR=2.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=71346951;WS=71346933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	71353985	rs2279730	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=307;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TGGTCCTCAGTTAGCACTAAC;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=20;WE=71353993;WS=71353975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr17	71357810	rs2279732	G	A	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=1116;ReadPosRankSum=-1.228;SC=TGCCTGGTCCGTTGCTCTCCT;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=324;TCF=182;TCR=142;TR=101;WE=71357818;WS=71357800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,109:0.32:339
chr17	71358045	rs11657033	T	C	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=68;PP=1618;SC=CTGGAGGCCATGGGGAAGGGG;SOR=2.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=84;WE=71358053;WS=71358035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	71365314	rs867998	A	G	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=27;PP=910;SC=GCGCTGGCACATCAGCACTTA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=71365322;WS=71365304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	71375175	rs73345936	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.096;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,25:0.25:99
chr17	71375794	rs62072075	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.633;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=0.277;SC=GAGGCACCCCCGCCATTCTAG;SOR=0.147;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=24;WE=71375802;WS=71375784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr17	71376869	rs12941386	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=350;ReadPosRankSum=-1.082;SC=CCTACTTTTCCGTGTGTTTAG;SOR=0.818;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=75;TCF=65;TCR=10;TR=23;WE=71376877;WS=71376859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr17	71380087	rs2270716	G	C	7074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.090;SC=CCTTCATAGAGCAGCTCCCGG;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=463;TCF=212;TCR=251;TR=308;WE=71380095;WS=71380077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,316:0.67:474
chr17	71382166	rs2270720	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=255;ReadPosRankSum=1.625;SC=GGTCCAGATCGCATCGCCCTC;SOR=0.856;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=18;WE=71382174;WS=71382156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr17	71382747	rs7212508	T	C	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=72;PP=2415;SC=CGCCCCATGCTCCCACCAAGG;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=109;WE=71382755;WS=71382737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	71386577	rs61752521	G	T	3428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=73;PP=2130;ReadPosRankSum=0.885;SC=CCACAGTGGCGGTGTTGGCCG;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=109;TCR=116;TR=141;WE=71386585;WS=71386567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,150:0.64:235
chr17	71390366	rs904381	C	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=67;PP=1478;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CCAGCACGAGCCCGTTGCGAT;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=320;TCF=158;TCR=162;TR=129;WE=71390374;WS=71390356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,140:0.40:349
chr17	71394443	rs2291847	G	A	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1719;ReadPosRankSum=0.048;SC=CCTTCTCCCCGGGCCAGTCTC;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=104;WE=71394451;WS=71394433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,111:0.60:185
chr17	71397375	rs7226251	T	G	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=66;PP=2270;SC=CGTGTTGGCATGAGCTTGGCT;SOR=0.916;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=123;WE=71397383;WS=71397365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	71415245	rs8071352	G	A	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=16;PP=1837;SC=GTCCACTCCCGATCTTCCCCC;SOR=2.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=69;TCR=16;TR=85;WE=71415253;WS=71415235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	71418605	rs9894213	T	C	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=97;PP=2965;SC=CAGAAGTGGGTATCTTGGGTG;SOR=2.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=36;TCR=97;TR=133;WE=71418613;WS=71418595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	71420035	rs6501636	T	C	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=25;PP=1755;SC=TCTGCCGGGGTCTGGGAGGGC;SOR=1.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=83;WE=71420043;WS=71420025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	71433756	rs35400033	A	T	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=2813;ReadPosRankSum=-0.019;SC=ACAGCCAGACAGACTCTCTGC;SOR=1.131;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=53;WE=71433766;WS=71433746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,54:0.65:83
chr17	71433758	rs34305420	A	AG	2160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.704;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=2816;ReadPosRankSum=0.416;SC=AGCCAGACAGACTCTCTGCCT;SOR=1.292;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=40;WE=71433766;WS=71433746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr17	71443696	rs7224502	C	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=877;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCCTGGAGCACCATTGCTAAG;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=99;TCF=77;TCR=22;TR=55;WE=71443704;WS=71443686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,60:0.59:102
chr17	71443924	rs7209875	A	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=765;ReadPosRankSum=1.030;SC=ACAGGGGCCTAAGGGGCTCTG;SOR=0.257;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=41;WE=71443932;WS=71443914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr17	71468267	rs12452761	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=678;ReadPosRankSum=0.968;SC=CCTGGACCTCGGTTTGCCGCT;SOR=0.917;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=181;TCF=119;TCR=62;TR=55;WE=71468275;WS=71468257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,54:0.30:180
chr17	71503636	rs9895895	T	C	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=31;PP=1299;SC=TGAACTCCAGTGGCCAGCTGC;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=71503644;WS=71503626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	72209858	rs7206926	A	G	4579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=0.598;SC=ACCAGGAGGTAAGTTTACGCC;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=152;TCR=155;TR=202;WE=72209866;WS=72209848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,209:0.66:316
chr17	72245986	rs36208397	CCACTGTGGGGCTCCTGGGAGACGGAGCCT	C	5424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=44.47;SOR=3.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	72277879	rs3803792	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=1;PP=690;ReadPosRankSum=0.585;SC=CTGTCCTGGCAGGACCTGTGG;SOR=1.453;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=58;TCF=56;TCR=2;TR=38;WE=72277887;WS=72277869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr17	72281367	rs6501706	A	G	11215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=223;PP=2965;SC=CCCCAGCTGCAAGAGCCCCAT;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=387;TCF=164;TCR=223;TR=387;WE=72281375;WS=72281357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr17	72301432	rs8073660	A	G	11209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=273;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.502;SC=CGTCAGCTGAAAAGATTGTGT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=708;TCF=417;TCR=291;TR=462;WE=72301440;WS=72301422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,486:0.66:741
chr17	72303449	rs11867486	G	A	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1077;ReadPosRankSum=0.809;SC=GACCTGTGTCGTAGAACCTGG;SOR=0.675;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=79;WE=72303457;WS=72303439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,85:0.66:129
chr17	72305534	rs2290955	C	T	5252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GAAGGTCACGCGCATGTCCCT;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=365;TCF=175;TCR=190;TR=214;WE=72305542;WS=72305524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,236:0.61:389
chr17	72305688	rs2290956	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.081;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=795;ReadPosRankSum=1.289;SC=CGATTGCTTTTGAGCGTGTGC;SOR=0.963;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=59;WE=72305696;WS=72305678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,58:0.39:147
chr17	72305753	rs2290957	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=614;ReadPosRankSum=-0.790;SC=CACAACAGAACCACCTGGGGG;SOR=1.197;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=43;WE=72305761;WS=72305743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr17	72305815	rs11653157	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=251;ReadPosRankSum=1.404;SC=CCCACAGGCCGATTCCTTCAG;SOR=0.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=18;WE=72305823;WS=72305805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr17	72306116	rs66769719	CCT	C	3938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.078;NF=21;NR=33;PP=2259;ReadPosRankSum=-1.147;SC=TAACTTTGCTCCTCTCTCCTC;SOR=0.732;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=54;WE=72306125;WS=72306106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,108:0.63:172
chr17	72306291	rs28725418	G	A	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=59;PP=1235;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TGAGAAGAACGTAGCCTCTTC;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=247;TCF=103;TCR=144;TR=99;WE=72306299;WS=72306281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,101:0.39:259
chr17	72308319	rs1979370	G	A	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1351;ReadPosRankSum=-1.336;SC=CATCATCTTCGCAGAGCTGAA;SOR=0.780;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=147;TCF=74;TCR=73;TR=101;WE=72308327;WS=72308309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,109:0.68:160
chr17	72308403	rs4239008	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.34;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,44:0.67:66
chr17	72308410	rs4239009	C	T	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.66;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	72308447	rs1979371	G	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=28;PP=790;SC=TCTGCTTGCCGACTTCCTGGG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=72308455;WS=72308437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	72310476	rs2054400	G	A	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=96;PP=2805;SC=GTGGTGGGCTGGGAGCATCGG;SOR=2.081;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=36;TCR=97;TR=132;WE=72310484;WS=72310466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	72321928	rs7207519	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=156;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GTGCAGACACTCACAGCACAG;SOR=0.312;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=13;WE=72321936;WS=72321918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr17	72322881	rs8082699	G	A	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=871;ReadPosRankSum=0.986;SC=CCCAGAAGGAGGGTGGCGGTT;SOR=0.672;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=216;TCF=73;TCR=143;TR=70;WE=72322889;WS=72322871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,77:0.34:226
chr17	72324649	rs11412158	G	GC	1154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,46:0.26:175
chr17	72332849	rs1111596	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.648;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,24:0.25:97
chr17	72338164	rs11285065	TC	T	3820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=79;PP=2969;SC=CAGGAGCCCCTCCCCCACCCT;SOR=2.001;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=4;TCR=87;TR=83;WE=72338172;WS=72338154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	72344723	rs75219617	TGTAA	T	12123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=112;PP=2957;SC=CCCTGAGGGCTGTAAGTTTTA;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=38;TCR=123;TR=147;WE=72344734;WS=72344713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	72346736	rs12451539	C	T	7951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=140;NR=139;PP=2965;SC=TCCCAGGACCCTCCAGGCCCC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=140;TCR=140;TR=279;WE=72346744;WS=72346726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr17	72346855	rs11077744	T	C	8973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=119;PP=2965;SC=GCTGGAAGCATGAGAAGTCCC;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=197;TCR=120;TR=314;WE=72346863;WS=72346845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr17	72348741	rs11655890	T	C	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=33;PP=1264;SC=CACAAATGGCTCCAGCTGCCC;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=72348749;WS=72348731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	72348810	rs1814832	A	C	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=17;PP=1430;SC=CCACAGCTTAACCCCGAGGAC;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=66;WE=72348818;WS=72348800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	72349067	rs2280108	C	T	5558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=126;PP=2965;SC=TGCAGAACAGCGCCCTCCCTC;SOR=1.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=64;TCR=126;TR=190;WE=72349075;WS=72349057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	72350277	rs2382642	T	G	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=32;PP=1908;SC=TCTCGGGTTGTATGTTCCCCG;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=100;WE=72350285;WS=72350267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	72350412	rs2271535	G	A	8133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=168;NR=111;PP=2965;SC=GCGACAGAGCGCAGCAGCCTG;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=168;TCR=111;TR=279;WE=72350420;WS=72350402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	72357585	rs6501712	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=5;PP=733;SC=GTTTCCCAGCACGGCCTTCCC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=72357593;WS=72357575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	72357805	rs12939498	C	T	4984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=73;PP=2965;SC=CCTGGCCGGCCGCGTGCAGCC;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=97;TCR=73;TR=169;WE=72357813;WS=72357795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	72366695	rs2382647	C	A	7899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=140;PP=2965;SC=GCCCACGCCCCACGTCAGCGG;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=288;TCF=148;TCR=140;TR=286;WE=72366703;WS=72366685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr17	72367843	rs11652774	C	T	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=14;PP=1579;ReadPosRankSum=-1.555;SC=ATGCCTCTCCCCTCCCTCACC;SOR=0.695;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=117;TCF=94;TCR=23;TR=80;WE=72367851;WS=72367833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,81:0.69:118
chr17	72368550	rs11658891	T	C	5735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.427;SC=ATGTGGCCAATATGGTGGCCA;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=401;TCF=206;TCR=195;TR=246;WE=72368558;WS=72368540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,255:0.61:415
chr17	72369704	rs12451435	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=135;ReadPosRankSum=1.498;SC=CCAGCCACAGGAGACACAGCC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=72369712;WS=72369694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	72429917	rs75838240	G	T	4235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=103;PP=2814;ReadPosRankSum=1.742;SC=AGTTTGGTTGGCCCTGTGACG;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=113;TCR=145;TR=181;WE=72429929;WS=72429907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,187:0.69:271
chr17	72439700	rs9893663	T	G	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=98;NR=70;PP=2941;SC=GGGGCTGGGGTGTCTACAGTG;SOR=0.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=168;WE=72439708;WS=72439690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr17	72439808	rs3840056	TG	T	6474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=79;PP=2951;SC=ACCCCCAAGTTGGCCACTCCT;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=39;TCR=82;TR=117;WE=72439816;WS=72439798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	72443192	rs2706527	G	T	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=88;PP=2788;SC=GGAGAGGCGGGCGGATTTGGG;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=158;WE=72443200;WS=72443182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	72469958	rs1127737	A	G	10102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQRankSum=-9.518;QD=27.83;ReadPosRankSum=1.368;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,251:0.69:363
chr17	72469966	rs2272111	G	A	10226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQRankSum=-9.189;QD=26.77;ReadPosRankSum=2.144;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,261:0.68:382
chr17	72473553	rs7209406	T	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=695;ReadPosRankSum=0.626;SC=GCCCCGCCCTTACCATCCTGT;SOR=1.327;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=38;WE=72473561;WS=72473543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr17	72519798	rs1472726	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=1.794;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,38:0.28:134
chr17	72521897	rs17553512	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=37;PP=1186;ReadPosRankSum=-1.036;SC=CTGGGTCAACGATCACTTTCA;SOR=0.533;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=299;TCF=197;TCR=102;TR=100;WE=72521905;WS=72521887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,108:0.33:326
chr17	72527718	rs965229	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=446;ReadPosRankSum=0.048;SC=CACAGGGCTTAAGCATCGTCA;SOR=0.306;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=26;WE=72527726;WS=72527708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr17	72537894	rs2140253	A	G	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=732;ReadPosRankSum=-1.224;SC=ACACGGTGACAGGCAGTGAGT;SOR=0.663;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=136;TCF=39;TCR=97;TR=50;WE=72537902;WS=72537884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,51:0.37:137
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chr17	72541838	rs809740	A	G	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=34;PP=1891;SC=AGAGCTCCCCAAGTCCAGGGT;SOR=1.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=100;WE=72541846;WS=72541828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	72541980	rs783230	A	G	5085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=91;PP=2801;SC=ACAAAATGTAATCTCCTCCCA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=71;TCR=91;TR=162;WE=72541988;WS=72541970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	72588326	rs493430	A	C	4519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.293;SC=AGCAGCAGAGATGGGGACAGC;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=285;TCF=147;TCR=138;TR=180;WE=72588334;WS=72588316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,186:0.62:298
chr17	72613589	rs581157	T	G	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=78;PP=2346;SC=GCCGGGGCCCTTCAGAGACAA;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=125;WE=72613597;WS=72613579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	72615293	rs12950039	C	T	9528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=182;NR=145;PP=2965;SC=CCAGCAGCACCTCCTTCTAGG;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=182;TCR=145;TR=327;WE=72615301;WS=72615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr17	72691928	rs2034310	T	C	1182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.908;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,66:0.39:168
chr17	72699384	rs749780	C	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GGGGTCTGGACTGCTACTATG;SOR=1.432;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=5;WE=72699392;WS=72699374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr17	72700943	rs35489971	A	G	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=91;PP=1914;ReadPosRankSum=0.921;SC=GATTTGAGTGACAATGGAGTA;SOR=0.650;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=509;TCF=208;TCR=301;TR=153;WE=72700951;WS=72700933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,153:0.29:524
chr17	72709195	rs67406906	T	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=235;ReadPosRankSum=0.097;SC=CCTGTAATCCTGGCACTTTGG;SOR=1.508;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=15;WE=72709203;WS=72709185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr17	72709210	rs71380839	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=-1.667;SC=CTTTGGGAGGCCAAGGCGGGC;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=72709218;WS=72709200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr17	72736755	rs11651291	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=3;PP=1235;SC=CAGGGTGAAGATGGCGGCTGG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=46;WE=72736763;WS=72736745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	72738324	rs3803786	C	G	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=1200;ReadPosRankSum=-1.701;SC=GGGAACAAGACAGGACGTCTG;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=75;WE=72738332;WS=72738314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,76:0.62:122
chr17	72744798	rs745666	G	C	4734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=59;PP=2949;SC=TTGGTCTGTGGTCCTCTCTCG;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=102;TCR=59;TR=161;WE=72744806;WS=72744788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	72745440	rs9899029	A	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=309;ReadPosRankSum=-1.095;SC=AGCGGGGCCCAAGCCGCGCAG;SOR=0.602;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=26;WE=72745448;WS=72745430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr17	72762901	rs4788849	A	T	1051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.37;ReadPosRankSum=1.735;SOR=3.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr17	72768970	rs2305214	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=0.827;SC=TTGCAGCCTCGGCAGGCTCAG;SOR=0.439;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=16;WE=72768978;WS=72768960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr17	72769694	rs878907	A	G	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=22;PP=1757;SC=GGGCTAGGGGAAGTGGGGGGG;SOR=1.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=81;WE=72769702;WS=72769684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	72769739	rs2305213	A	G	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1271;ReadPosRankSum=-2.084;SC=TGCCAGCTGCACTGCATGGCA;SOR=0.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=102;TCR=61;TR=97;WE=72769747;WS=72769729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,106:0.61:173
chr17	72769888	rs3217575	T	TTATAA	2564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=2171;ReadPosRankSum=0.855;SC=GTCTGACACCTTATGAGGGTC;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=7;TCR=67;TR=40;WE=72769896;WS=72769878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,64:0.63:102
chr17	72771637	rs750018	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=358;ReadPosRankSum=0.032;SC=CTTTTTTCCCCCCTCATATAT;SOR=0.743;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=23;WE=72771645;WS=72771627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr17	72771766	rs4788850	C	G	4651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.333;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.377;SC=GATACCTGGGCACATGCTCCG;SOR=0.970;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=322;TCF=180;TCR=142;TR=209;WE=72771774;WS=72771755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,207:0.65:320
chr17	72773387	rs8074137	G	A	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=727;SC=GGTGAAGCCTGCTCTTTTGTT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=72773395;WS=72773377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	72773794	rs9910691	C	A	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=99;PP=2965;SC=CACGGTGGCTCACGCCTGTAA;SOR=1.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=61;TCR=99;TR=160;WE=72773802;WS=72773784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	72781693	rs200987830	G	A	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.265;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1082;ReadPosRankSum=1.989;SC=ATTCGCCACTGCCGGGTGGCT;SOR=1.037;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=77;WE=72781701;WS=72781683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,84:0.63:134
chr17	72781812	rs2166703	G	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=18;PP=529;SC=CAGGAAGCCCGAACATGAGGG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=72781820;WS=72781802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	72784932	rs2016126	G	A	12918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=238;NR=233;PP=2965;SC=CCTCAGCTTCGTGACCACCAC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=471;TCF=238;TCR=233;TR=471;WE=72784940;WS=72784922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr17	72786912	rs4494584	A	T	73.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.7498;FS=7.782;HP=19;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=1.383;SC=GAATTCCCTTAAAAAAAAAAA;SOR=3.590;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=72786920;WS=72786902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr17	72791088	rs3830567	A	AG	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.23;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,77:0.89:87
chr17	72791266	rs9910463	G	A	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=65;PP=1879;SC=TACCCTCCTGGCCCCCAGGTT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=107;WE=72791274;WS=72791256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	72791618	rs7221435	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=235;ReadPosRankSum=1.484;SC=CAGCCCAGCCAGGCGGCCTCG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=24;WE=72791626;WS=72791608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr17	72838481	rs939536	C	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=269;SC=GATTTCATGGCAGAAGCCAGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=72838489;WS=72838471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	72839130	rs139495021	A	AGCTCCGGGG	1089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=1775;SC=CAGGTCCTCCAGCTCCGGGAA;SOR=0.874;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=72839138;WS=72839120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	72847899	rs11575878	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CCTCACCGCCGCCACCGACAG;SOR=0.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=9;WE=72847907;WS=72847889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr17	72848758	rs75018418	C	CG	8026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=130;PP=2974;SC=CTCCTGGGGGCGGGCGGGGCC;SOR=2.242;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=148;TCF=7;TCR=141;TR=137;WE=72848786;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	72848772	rs199662980	G	GC	7033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=111;PP=2977;SC=CGGGGCCTGAGCGGGGCGGGA;SOR=2.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=5;TCR=111;TR=116;WE=72848786;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	72848778	rs201209302	C	CG	6028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=103;PP=2977;SC=CTGAGCGGGGCGGGAGGGCCG;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=2;TCR=103;TR=105;WE=72848786;WS=72848748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	72851133	rs689730	A	G	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.302;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.06;ReadPosRankSum=1.715;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr17	72862705	rs2070918	G	A	7503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=125;NR=136;PP=2965;SC=CAGGTCCCCCGGGAATGGGAG;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=126;TCR=136;TR=261;WE=72862713;WS=72862695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	72869078	rs492095	A	G	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=69;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.089;SC=ATGGCTGGGAACAGCAACCTG;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=59;TCR=112;TR=105;WE=72869086;WS=72869068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,115:0.62:186
chr17	72888836	rs489152	G	A	5757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=90;PP=2965;SC=GAGGAGGAAGGAGACGGGTCT;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=96;TCR=90;TR=186;WE=72888844;WS=72888826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	72889676	.	G	C	2450	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=52.91;NF=30;NR=36;PP=2450;QD=37.648048675;SC=TAGGTTCCATGGGCTCCGTGG;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=153;TCF=65;TCR=88;TR=66;WE=72889693;WS=72889666;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:87,66:0.43:153
chr17	72889676	.	G	GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC	8234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.56;QD=49.91;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	72889685	.	G	A	2773	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=52.5;NF=23;NR=44;PP=2773;QD=20;SC=TGGGCTCCGTGGGTTCCATGG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=142;TCF=57;TCR=85;TR=67;WE=72889693;WS=72889666;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:75,67:0.47:142
chr17	72927123	rs6501741	G	T	15317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=242;NR=294;PP=2965;SC=ACCCAACCCCGGGCTGGTTAG;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=539;TCF=242;TCR=297;TR=536;WE=72927131;WS=72927103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr17	72929380	rs2035835	G	C	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=2;PP=736;SC=AGGATGGGCCGCCATCTAGCC;SOR=3.545;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=72929388;WS=72929370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	72937605	rs7210616	G	A	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=81;PP=2965;SC=ACCCGGCCCCGGCAGAAGTCC;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=163;WE=72937613;WS=72937595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	72937851	rs9890664	G	A	9005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=152;NR=168;PP=2965;SC=ACCACCCGCCGACCACACGCC;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=152;TCR=168;TR=320;WE=72937859;WS=72937841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr17	72938100	rs1542752	T	C	8361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=156;PP=2965;SC=CCTTGTCTTCTCTGTCATCGA;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=139;TCR=156;TR=295;WE=72938108;WS=72938090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr17	72939446	rs4789110	C	T	10895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=206;PP=2965;SC=CTAGGTAAGACTTCTCTCCCT;SOR=0.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=393;TCF=186;TCR=207;TR=392;WE=72939454;WS=72939436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr17	72939663	rs8069015	G	A	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=18;PP=1228;SC=CTGGGGAGCCGGCCAGGGTGT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=72939671;WS=72939653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	72943126	rs8066909	G	A	7315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=1.573;SC=CGTGCCTGGCGGGCACAGCCA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=129;TCR=119;TR=245;WE=72943134;WS=72943112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr17	72948369	rs17853024	A	G	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=55;PP=2558;SC=CTCACTTGTCAATGCAGATCT;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=93;TCR=55;TR=148;WE=72948377;WS=72948359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	72951823	rs9899490	C	T	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=27;PP=2536;SC=GGCTGTGCCCCCCTTATGTAG;SOR=2.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=87;TCR=27;TR=114;WE=72951831;WS=72951813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	72951845	rs9903414	G	A	6791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=66;PP=2965;SC=AAGTAGGCCCGCTGGCCACCC;SOR=1.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=105;TCR=66;TR=171;WE=72951853;WS=72951835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	72952017	rs9906160	A	G	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=70;PP=2158;SC=ACTTGTTGGCAGTCACCATGG;SOR=1.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=99;WE=72952025;WS=72952007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	72956124	rs3744198	G	A	10427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=182;PP=2965;SC=TCCTTACATCGGCATCATCCA;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=172;TCR=182;TR=354;WE=72956132;WS=72956114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr17	72959000	rs7503218	G	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=13;PP=998;SC=CAACTGGCCCGGCCCCAACCC;SOR=2.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=50;WE=72959008;WS=72958990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	72983888	rs7222918	A	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=5;PP=180;SC=CGTCCCTGCCACTCCACCCTT;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=72983896;WS=72983878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	72995412	rs4789125	G	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.17;QD=28.91;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	73089524	rs4789133	G	A	4294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=73;PP=2507;ReadPosRankSum=1.158;SC=CAAGGCCAACGCGTGGGCCTC;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=174;TCR=113;TR=185;WE=73089532;WS=73089514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,196:0.65:301
chr17	73089706	rs4789134	G	A	3044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=48;PP=2004;ReadPosRankSum=-1.753;SC=TTGGCAGTGAGGCCGTGGCAG;SOR=0.761;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=198;TCF=108;TCR=90;TR=114;WE=73089714;WS=73089696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,125:0.59:213
chr17	73089852	rs4788863	T	C	15223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=267;NR=270;PP=2965;ReadPosRankSum=1.082;SC=CTTCACTGAATTGCAATGGGA;SOR=0.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=538;TCF=267;TCR=271;TR=537;WE=73089860;WS=73089842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,560:1.00:561
chr17	73094072	rs10598249	TCTC	T	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.451;NF=2;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=1.608;SC=CTCCAGCCACTCTCCTCCTCT;SOR=0.175;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=5;WE=73094082;WS=73094062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr17	73094407	rs7212311	C	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=675;ReadPosRankSum=0.745;SC=CCTGTTATCCCAGCACTTTGG;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=35;WE=73094415;WS=73094397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,36:0.77:47
chr17	73096951	rs4238978	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=5.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.219;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.594;SC=TAGTGTGGTAAAAGGGGAACA;SOR=4.029;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=14;WE=73096959;WS=73096941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr17	73110144	rs1531565	G	T	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=14;PP=917;SC=AGCCCCAGTTGCCCAGGTCCC;SOR=1.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=48;WE=73110152;WS=73110134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	73110279	rs1531564	C	T	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=49;PP=1829;SC=GCAGTCTGAACGGTGACGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=104;WE=73110287;WS=73110269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	73124692	rs2291028	C	T	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=6;PP=1109;SC=AGCCTGGGCCCCTACCTGGGG;SOR=2.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=73124700;WS=73124682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73125173	rs2291027	A	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=22;PP=570;SC=CTACTGCTGGAGACCACAGTC;SOR=4.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=73125181;WS=73125163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	73126746	rs10715821	GT	G	13897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=148;PP=2974;SC=GCCTAGGACAGTGAAAGACAG;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=85;TCR=150;TR=229;WE=73126754;WS=73126736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr17	73127024	rs9910084	C	G	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=91;PP=2965;SC=GGGATAGGGACTTGGCTCTAA;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=67;TCR=91;TR=158;WE=73127032;WS=73127014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	73127683	rs4788867	T	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	73138980	rs151283915	TAC	T	355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=334;SC=TATATGAAAATACACACACAC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=73138989;WS=73138970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	73143574	rs1382508	T	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=197;SC=TTCCAGTGGGTGAACTGAAAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=73143582;WS=73143564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	73177444	rs1471453	C	A	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=435;SC=AATGTGAAAGCGGAAAAATCC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=73177452;WS=73177434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	73204530	rs899326	T	C	121.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.03;QD=17.40;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	73208182	rs12946479	C	T	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.294;NF=53;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=0.138;SC=CGCGTGCGCGCGTGTGTGTGT;SOR=1.085;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=181;TCF=53;TCR=128;TR=177;WE=73208190;WS=73208172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr17	73208205	rs56406015	G	GTT,GTGTT	4605.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=2,2;NR=78,78;PP=1545,222;SC=GTGTGTGTGTGGGTATTTTGA;SOR=2.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=2;TCR=87;TR=80,80;WE=73208213;WS=73208195;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:102
chr17	73211642	rs9909306	A	G	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=589;SC=TAAAATCACAACCACTAAAAC;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=73211650;WS=73211632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	73221439	rs2291029	C	T	6480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=110;PP=2965;SC=TCCCTTAGCCCGGGAACACCC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=108;TCR=110;TR=218;WE=73221447;WS=73221429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr17	73222847	rs1551967	C	T	9592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=94;PP=2965;SC=CAGGGATGTTCATTTAAAATA;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=125;TCR=94;TR=219;WE=73222855;WS=73222837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr17	73222865	rs1478785	G	A	10465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=121;PP=2965;SC=ATAACATCGCGGGAAACTACT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=126;TCR=121;TR=246;WE=73222873;WS=73222855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr17	73227827	rs148363627	G	GT	2677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.192;NF=20;NR=30;PP=2018;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TTGGCTCCTTGAAGGCTTCGG;SOR=0.855;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=50;WE=73227835;WS=73227817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,78:0.59:132
chr17	73228101	rs899318	T	C	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=54;PP=1355;SC=CCCAGCCTACTGTCTGTGGGA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=77;WE=73228109;WS=73228091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	73230856	rs9988	C	T	9914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=170;PP=2965;SC=TGCTGACAGACGCCTTGCCCC;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=167;TCR=170;TR=337;WE=73230864;WS=73230846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr17	73231638	rs4788874	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,22:0.28:78
chr17	73231817	rs3841603	AT	A	3091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=70;PP=2069;SC=ATGTATATAGATTTTTTTAAA;SOR=1.449;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=90;TCF=5;TCR=85;TR=75;WE=73231825;WS=73231807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	73236605	rs11077781	C	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=722;SC=GTGAAGGCGCCGGGAGAAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=73236613;WS=73236595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	73240559	rs2306216	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=2;PP=1197;SC=CGTTACCTCCAGGGCCTAGCT;SOR=4.654;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=49;TCR=2;TR=51;WE=73240567;WS=73240549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	73240836	rs4789156	T	C	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=78;PP=1874;SC=AGTGAGGGCGTGCTCGGGGCT;SOR=2.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=98;WE=73240844;WS=73240826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	73242895	rs2242230	A	G	7730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=164;PP=2965;SC=CACAACAAAGAAGAGGACAAG;SOR=1.370;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=100;TCR=164;TR=264;WE=73242903;WS=73242885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	73242935	rs2242231	A	G	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=109;PP=2965;SC=GATGCAATGGAAGGTTTTCTT;SOR=1.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=46;TCR=109;TR=155;WE=73242943;WS=73242925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	73257830	rs2279161	C	T	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.670;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=60;PP=2965;ReadPosRankSum=1.052;SC=TTTTGGCGCTCCCCTTTGGAC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=150;WE=73257838;WS=73257820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr17	73257986	rs8075276	C	T	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=88;PP=2965;SC=GCCAAGATGGCTGCCCCCGCA;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=181;WE=73257994;WS=73257976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	73258085	rs36039201	GGC	G	3205.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=47;PP=2310;SC=GGCGAGCAGCGGCGGGGGGGC;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=52;WE=73258094;WS=73258075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	73258479	rs6501772	C	T	12537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=240;NR=200;PP=2965;SC=CGCGCCGCTCCCCCTCGTCGG;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=442;TCF=242;TCR=200;TR=440;WE=73258487;WS=73258469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr17	73259083	rs2279162	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=906;SC=TGCATGTGTACGGGCTTTAAT;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=73259091;WS=73259073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	73268801	rs3744231	C	T	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=44;PP=1346;SC=CCTGCACGGGCGCTGGGATCT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=77;WE=73268809;WS=73268791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	73269530	rs1809352	A	G	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=36;PP=1529;SC=TCCTTCCTGCACTCAGCGCTG;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=96;WE=73269538;WS=73269520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	73269676	rs4789164	C	T	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=26;PP=851;SC=CTTCCTTTTGCAGCACCTGCT;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=73269684;WS=73269666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	73279624	rs7213318	A	G	4935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=78;PP=2867;ReadPosRankSum=2.351;SC=CCCGGGCGTCATACACGCTGC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=105;TCR=79;TR=182;WE=73279632;WS=73279614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr17	73279700	rs4788882	C	T	5403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=92;PP=2965;SC=AAGAAGTCACCGACAGCCCAA;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=87;TCR=92;TR=179;WE=73279708;WS=73279690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	73282299	rs2306218	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=1;PP=454;SC=CTGCCCTGCGCGGCATTCCTG;SOR=2.753;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=73282307;WS=73282289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	73282636	rs2306219	C	T	6537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=105;PP=2965;SC=GGATAGAATTCCAAGTTTTAG;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=133;TCR=106;TR=238;WE=73282644;WS=73282626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	73316679	rs8079197	G	C	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=60;PP=1953;SC=TTCCTGGTCTGTGACTGGCCA;SOR=2.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=75;WE=73316687;WS=73316669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	73317644	rs12946365	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=545;SC=GAAGGGCGCCCGCATGTTGAG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=73317652;WS=73317634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	73328773	rs1529844	T	C	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=69;PP=2854;SC=TAATGGAGCTTAACTTACGGA;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=155;WE=73328781;WS=73328763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	73389446	rs4788890	A	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=458;SC=ACCACACATCACACCAACTCA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=73389454;WS=73389436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	73402246	rs7220246	C	A	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=44;PP=1764;SC=CCGGATTCTCCAATATAGGCC;SOR=1.028;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=107;WE=73402254;WS=73402236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	73482110	rs11331365	TC	T	1550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=34;PP=1389;SC=CCCCAACCTCTCCAGCTGTGC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=35;WE=73482118;WS=73482100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	73482664	rs9899149	T	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=454;SC=CCACTCTCTTTTGAGCAGGGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=73482672;WS=73482654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	73484753	rs11652993	C	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=27;PP=1592;SC=CTAACCCCAGCGAATGTCTGT;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=82;WE=73484761;WS=73484743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	73485033	rs11867527	T	C	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=107;PP=2633;SC=TGGTGTCTTCTGTGAAGAGGG;SOR=2.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=39;TCR=107;TR=146;WE=73485041;WS=73485023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	73485781	rs8079362	C	T	14959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=250;NR=277;PP=2965;SC=TGCTTCCCTCCGACCCGCAGG;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=527;TCF=250;TCR=277;TR=527;WE=73485789;WS=73485771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr17	73488794	rs4078259	C	T	13205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=211;NR=234;PP=2965;SC=TGTGCAACATCGCCCTGCAAG;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=445;TCF=211;TCR=234;TR=445;WE=73488802;WS=73488784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr17	73489220	rs7215753	T	C	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=145;PP=2965;SC=CCAGGCGAGATCTTCCAGAGC;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=97;TCR=145;TR=242;WE=73489228;WS=73489210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	73489567	rs4078474	C	G	12135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=269;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=0.030;SC=AACTCTCTCCCCCAGGCACAG;SOR=0.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=448;TCF=271;TCR=177;TR=444;WE=73489575;WS=73489557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,473:1.00:475
chr17	73490611	rs8078131	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=5;PP=783;SC=CCTGGGGCCCATATGCTCATT;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=73490619;WS=73490601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	73491894	rs11077792	G	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=6;PP=1030;SC=CAGAAGTGCCGATGTTCACAT;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=73491902;WS=73491884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	73493874	rs12949173	G	C	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.697;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TCTCTCTGCTGGGGAAGCCCC;SOR=1.244;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=89;WE=73493882;WS=73493864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,88:0.64:138
chr17	73494963	rs9894026	G	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=9;PP=901;SC=AAGCAGTGTCGGGTTCACACG;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=73494971;WS=73494953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	73497415	rs8081353	T	C	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	73497415	.	TTT	CTC	1296	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=42;NR=11;PP=1296;QD=25.4616580163;SC=ATCTAGGTGATTTCAACACCT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=53;WE=73497425;WS=73497405;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr17	73497417	rs8081354	T	C	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=2.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	73497439	rs8075850	G	A	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.01;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=15;PP=1546;SC=CTCTTATCCCGTTAGTGCCTG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=66;WE=73497447;WS=73497429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	73497794	rs9892311	T	C	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=82;PP=2965;SC=AAAGGTTGGCTTGGGACTTGG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=94;TCR=84;TR=176;WE=73497802;WS=73497784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	73498483	rs7503373	T	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=18;PP=884;SC=CCCTGGGCTCTCATCTAGTGG;SOR=1.230;Source=Platypus;TCF=28;TR=45;WE=73498491;WS=73498473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	73498623	rs7502835	A	G	6007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=94;PP=2965;SC=TTGGGGTCACACTAGGACTGG;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=127;TCR=94;TR=221;WE=73498631;WS=73498613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	73499697	rs7207376	T	C	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=86;PP=2965;SC=CAGCTGAGGGTGACAGCACGT;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=92;TCR=86;TR=178;WE=73499705;WS=73499687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	73501752	rs8069700	G	A	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=31;PP=965;SC=CGGGGTGGGGGACAGGTGTCA;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=73501760;WS=73501742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	73502118	rs28558885	G	A	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=105;PP=2965;SC=CGATTTTACAGATGAGGACAT;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=57;TCR=105;TR=162;WE=73502126;WS=73502108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	73504416	rs6501815	T	C	5424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=111;PP=2965;SC=CTGCCCTCACTCAGCATCCCT;SOR=1.369;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=70;TCR=112;TR=181;WE=73504424;WS=73504406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	73510012	rs4789206	A	T	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=60;PP=1668;SC=GGAGCAAGTCAGGTGTCCCAG;SOR=4.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=7;TCR=60;TR=67;WE=73510020;WS=73510002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	73512653	rs7216673	G	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=485;SC=TGGAGCCCGAGCCCGAGCCCG;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=73512661;WS=73512643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	73513185	rs7218675	C	A	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=107;PP=2965;SC=CGGGGACCGCCCTCCCTGCCC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=121;TCR=108;TR=227;WE=73513193;WS=73513175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	73517536	rs79508780	G	A	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=-3.805;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,102:0.31:334
chr17	73518203	rs9911502	G	C	7478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=144;PP=2965;SC=GCAAGGAGAAGCTCTCCAGGC;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=104;TCR=145;TR=248;WE=73518215;WS=73518193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	73518284	rs6501820	G	C	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=83;PP=2735;SC=AGGTGCAGCGGTGCTCCAGCT;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=151;WE=73518305;WS=73518274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	73519413	rs8064529	C	T	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=83;PP=2553;SC=GATGGAGGTGCCCGGTAAGTT;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=42;TCR=83;TR=125;WE=73519421;WS=73519403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	73539631	rs6501822	A	G	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TCGGCCAAGCAGCTCAGGCTG;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=76;TCR=100;TR=174;WE=73539639;WS=73539621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr17	73552062	rs2305528	G	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=2.092;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr17	73552185	rs1671036	G	A	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=39;PP=1018;ReadPosRankSum=0.624;SC=CCGTCCCTGCGCATCCTGGCC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=236;TCF=139;TCR=97;TR=96;WE=73552193;WS=73552175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,102:0.40:255
chr17	73554523	rs1671033	C	G	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=15;PP=1228;SC=ACTGGGGCTGCGTGGCCCCAG;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=73554531;WS=73554513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	73559342	rs936060	G	A	4730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.092;SC=CAGAGGCATGGGGTGCAGGCG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=129;TCR=142;TR=186;WE=73559350;WS=73559332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,197:0.69:287
chr17	73559563	rs1671028	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=917;ReadPosRankSum=0.533;SC=TTCACCCGCCGGGCAGGGCCC;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=51;WE=73559571;WS=73559553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr17	73559629	rs1671027	A	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=577;ReadPosRankSum=-1.801;SC=AGCAAACTCCAGGGCCAGAGA;SOR=0.601;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=29;WE=73559637;WS=73559619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr17	73564962	rs34001927	A	G	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=83;PP=2622;ReadPosRankSum=0.693;SC=CCAGTAGGATATGTGGGGTGG;SOR=0.418;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=229;TCF=98;TCR=131;TR=152;WE=73564970;WS=73564952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,163:0.65:249
chr17	73565171	rs1671021	T	C	6296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CAACGAGAACTTCAGTGCCCA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=429;TCF=209;TCR=220;TR=271;WE=73565179;WS=73565161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,279:0.62:448
chr17	73565262	rs2305526	T	A	7002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=0.416;SC=AGCTGGGTCCTGTCCCCGTGG;SOR=0.408;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=98;TCR=135;TR=231;WE=73565270;WS=73565252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr17	73565510	rs936059	T	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=1.231;SC=TCTGTGTCCTTTGCTTTTCCG;SOR=0.197;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=13;WE=73565518;WS=73565500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr17	73566561	rs2305525	G	A	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1514;ReadPosRankSum=-0.463;SC=AGCGGCACCCGGCTGGCCCCC;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=63;TCR=90;TR=98;WE=73566569;WS=73566551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,106:0.64:166
chr17	73567801	rs148020757	G	A	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.250;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=48;PP=1617;ReadPosRankSum=0.000;SC=CACCATCTATGCCTTCTCCCT;SOR=0.680;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=109;WE=73567809;WS=73567791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,112:0.65:171
chr17	73567846	rs1661715	C	T	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=26;PP=1523;ReadPosRankSum=1.996;SC=AATGGATGAGCCTGTGCGGGC;SOR=1.000;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=83;WE=73567854;WS=73567836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,88:0.66:134
chr17	73568055	rs1661714	C	T	7760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=0.688;NF=157;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=1.437;SC=TACCCCTTCCCGAGCCCCTCG;SOR=0.662;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=476;TCF=240;TCR=236;TR=323;WE=73568063;WS=73568045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,340:0.68:499
chr17	73568984	rs1671020	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=466;ReadPosRankSum=0.354;SC=GAGAGCCAAGGGTTTGTCAGG;SOR=1.144;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=32;WE=73568992;WS=73568974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr17	73569010	rs1661713	T	C	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=820;ReadPosRankSum=-1.869;SC=GGGAGGCATGTGGGGAGGGGA;SOR=0.999;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=64;WE=73569018;WS=73569000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,66:0.59:112
chr17	73569776	rs10648915	C	CCT	772.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=534;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TCTGAGATACCGAGGCTCCCA;SOR=0.593;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=13;WE=73569784;WS=73569766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr17	73569927	rs1671019	G	T	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=11;PP=1660;ReadPosRankSum=0.540;SC=CAGGCTCTCCGGCTCAGGACA;SOR=0.262;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=125;TCF=110;TCR=15;TR=81;WE=73569935;WS=73569917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,82:0.65:127
chr17	73570718	rs1126939	C	G	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.853;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CACATCGAGCCGCCGTGGGGT;SOR=0.639;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=108;WE=73570726;WS=73570708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,117:0.67:174
chr17	73570756	rs1661712	G	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=1186;ReadPosRankSum=0.203;SC=GGAGGTGGGGGCTCTGGGCTT;SOR=0.422;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=81;WE=73570764;WS=73570746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,84:0.64:132
chr17	73570774	rs1671016	G	A	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.286;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=1251;ReadPosRankSum=0.408;SC=CTTGAGTGCAGCTGCCAACCG;SOR=0.610;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=76;WE=73570782;WS=73570764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,78:0.61:128
chr17	73570842	rs35199943	T	C	3483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=42;PP=2280;ReadPosRankSum=-1.334;SC=CCCACGGGGCTGACACGTGCC;SOR=1.089;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=211;TCF=142;TCR=69;TR=137;WE=73570850;WS=73570832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,144:0.65:222
chr17	73571030	rs1042861	A	G	5268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.835;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.523;SC=CCCTGCCCCAACCGGAGAGGC;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=358;TCF=147;TCR=211;TR=222;WE=73571038;WS=73571020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,228:0.63:363
chr17	73587274	rs80252608	A	G	6925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CCATCGTGGCATCAGCCTATG;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=510;TCF=246;TCR=264;TR=315;WE=73587282;WS=73587264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,330:0.62:530
chr17	73587414	rs2290454	C	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=850;ReadPosRankSum=-1.146;SC=CTGGAAGCCACTGGTATGCTC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=38;WE=73587422;WS=73587404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr17	73587640	rs707709	T	C	6675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=86;PP=2965;SC=GGTGGTCCTATGTGCCCCTCC;SOR=1.304;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=146;TCR=86;TR=232;WE=73587648;WS=73587617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	73587784	rs936056	A	G	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,83:0.29:290
chr17	73588027	rs746840	C	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=698;ReadPosRankSum=1.348;SC=TACTGCTGCCCAGGGATGCTT;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=51;WE=73588035;WS=73588017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,53:0.35:152
chr17	73588058	rs736522	G	T	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,84:0.38:222
chr17	73588067	rs736523	A	G	7946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.25;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr17	73588199	rs736525	T	C	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=66;PP=2649;SC=TACAATCACTTACCCTTCCTG;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=112;WE=73588207;WS=73588189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	73588542	rs736521	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=-0.419;SC=TGTTTTTTACAAGCTGCTGGC;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=14;WE=73588550;WS=73588532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr17	73590830	rs820256	T	G	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=110;PP=2965;SC=GGAAAGTGCCTTTGATGCCAG;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=135;TCR=110;TR=245;WE=73590838;WS=73590820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	73590888	rs76361517	T	G	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GAGGCACGGCTCTATGTGGCT;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=254;TCF=143;TCR=111;TR=80;WE=73590896;WS=73590878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,80:0.32:251
chr17	73592308	rs113187441	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=-1.947;SC=CCCAAAGGCTCGCAGGAGTGC;SOR=1.402;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=6;WE=73592316;WS=73592298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr17	73592352	rs7359522	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=313;ReadPosRankSum=0.648;SC=GCAGCTAGAGGGACCTGTGGC;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=18;WE=73592360;WS=73592342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr17	73592568	rs145254299	CTG	C	1561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.080;NF=9;NR=44;PP=2047;ReadPosRankSum=2.500;SC=CCTGGAGCAACTGTGCAACAA;SOR=0.860;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=159;TCF=33;TCR=126;TR=53;WE=73592577;WS=73592558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,88:0.31:281
chr17	73592733	rs75861410	C	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=229;ReadPosRankSum=0.537;SC=GAGAGCTCTGCCTGGAAGGCC;SOR=0.963;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=19;WE=73592741;WS=73592723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr17	73598374	rs76113775	G	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=514;ReadPosRankSum=-2.054;SC=TAAAGCCCCAGTGGGGAGAGT;SOR=0.804;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=41;WE=73598382;WS=73598364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,42:0.39:108
chr17	73599195	rs3803725	C	T	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.360;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=1.094;NF=77;NR=72;PP=2097;ReadPosRankSum=1.057;SC=GGCCCTCCCCCTCCCTGCACC;SOR=0.466;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=396;TCF=220;TCR=176;TR=149;WE=73599203;WS=73599185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,150:0.37:403
chr17	73601755	rs936054	G	A	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=28;PP=1098;SC=GAAAGGAGAGGTGCATTCTGG;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=73601763;WS=73601745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73607804	rs3743991	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=485;ReadPosRankSum=0.329;SC=GGGGTGTGTCTGTCCCTTGTG;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=38;WE=73607812;WS=73607794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr17	73607934	rs3743992	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=331;ReadPosRankSum=0.153;SC=ACACCTGGATGCTCCTGGGCT;SOR=0.953;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=22;WE=73607942;WS=73607924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,25:0.34:73
chr17	73608905	rs73995913	G	A	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=74;PP=2012;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GGCCAGGGCAGCCACTGGCGA;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=487;TCF=269;TCR=218;TR=165;WE=73608913;WS=73608895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,165:0.33:505
chr17	73609139	rs3803728	C	T	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=48;PP=2157;ReadPosRankSum=0.727;SC=GGGGCAGTGCCGGCCAGGGCT;SOR=0.977;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=179;TCF=102;TCR=77;TR=120;WE=73609147;WS=73609129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,133:0.68:196
chr17	73610203	rs4789221	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=302;ReadPosRankSum=-0.189;SC=CAGCCCCCTGCCCCCTTGGCC;SOR=0.343;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=19;WE=73610211;WS=73610193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr17	73611467	rs3803729	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GAGAGCAGCCACCAGCTCTGG;SOR=0.581;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=15;WE=73611475;WS=73611457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr17	73611823	rs820144	T	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=473;ReadPosRankSum=-1.757;SC=GAGCAGCAGATGCAGCAGCGG;SOR=0.625;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=47;WE=73611831;WS=73611813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,49:0.33:147
chr17	73611908	rs3803731	C	T	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.80;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,65:0.38:173
chr17	73612461	rs371699907	CAGG	C	650.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=442;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GGGGGAAGCGCAGGAGGAGGA;SOR=0.374;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=13;WE=73612471;WS=73612451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr17	73612642	rs11439064	A	AT	15471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=86;NR=136;PP=2974;SC=TGAAGAAGCCATGAAGCAAGG;SOR=0.842;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=228;TCF=87;TCR=141;TR=222;WE=73612650;WS=73612632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr17	73613081	rs3743993	T	C	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=80;PP=1454;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TGTGTGCTGCTGCACTGGGGA;SOR=0.561;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=459;TCF=194;TCR=265;TR=144;WE=73613089;WS=73613071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,143:0.30:471
chr17	73615887	rs820148	A	G	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=5.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.934;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,110:0.29:382
chr17	73615933	rs820149	T	C	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=887;ReadPosRankSum=2.122;SC=CAAGGTGACCTCAGTTCATGC;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=242;TCF=113;TCR=129;TR=72;WE=73615941;WS=73615923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,77:0.29:265
chr17	73615962	rs820150	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=3.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.226;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,57:0.28:200
chr17	73615983	rs820151	G	A	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=619;ReadPosRankSum=-3.384;SC=TGGGTGTGGAGTGCCGGGGCG;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=53;WE=73615991;WS=73615973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,57:0.35:164
chr17	73616088	rs820152	T	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,77:0.31:246
chr17	73616211	rs3840857	TG	T	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=601;ReadPosRankSum=0.724;SC=GCCAAATCCCTGGAAGTCTGG;SOR=0.504;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=20;WE=73616219;WS=73616201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr17	73616239	rs820153	C	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.956;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;ReadPosRankSum=1.446;SC=GGTGGAGGGGCAGGCCAGCAG;SOR=1.124;Source=Platypus;TCF=32;TR=21;WE=73616247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr17	73617104	rs820182	A	C	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GTTTCTTGTGATCCCAGCGCC;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=247;TCF=155;TCR=92;TR=86;WE=73617112;WS=73617094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,85:0.33:255
chr17	73617377	rs820183	A	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.132;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=521;ReadPosRankSum=0.076;SC=GCTGGGATGAAGGCAGGAGGG;SOR=1.432;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=32;WE=73617385;WS=73617367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,33:0.29:112
chr17	73617403	rs820184	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.072;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr17	73619952	.	GCTTCT	G	9865.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	73619953	.	CT	GG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=102;NR=78;PP=2947;QD=20;SC=GGACCGGTGGCTTCTGGGGGT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=113;TCR=86;TR=180;WE=73619965;WS=73619943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:19,180:0.90:199
chr17	73619955	.	TCTG	T	2948	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.19;NF=46;NR=80;PP=2948;QD=20;SC=ACCGGTGGCTTCTGGGGGTGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=126;WE=73619965;WS=73619943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,126:0.95:133
chr17	73619958	.	G	GGT	9864.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	73620804	rs820187	C	A	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=78;PP=2965;SC=GTGGCAGGGCCGGGTGTGTGT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=165;WE=73620812;WS=73620794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	73621432	rs820188	A	G	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=59;PP=2528;SC=GGGGCCTGTGAACATCTGTCC;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=106;WE=73621440;WS=73621422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	73625430	rs4788902	G	A	3198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=70;PP=2049;ReadPosRankSum=0.426;SC=TCGGGGGCTCGTGCTCGCCTC;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=101;TCR=111;TR=136;WE=73625438;WS=73625420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,142:0.65:220
chr17	73625478	rs820191	T	C	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=102;PP=2965;SC=TGATCCGAGTTGTCTCCATCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=116;TCR=102;TR=217;WE=73625486;WS=73625468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr17	73625629	rs820192	A	C	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=33;PP=1389;SC=CTGGAGCAGTAACTCACATTG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=73625637;WS=73625619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	73626208	rs820193	G	C	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=1;PP=654;SC=CAGCTTCTGCGTCAGAGTATG;SOR=3.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=73626216;WS=73626198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	73626817	rs820194	G	A	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.386;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.907;NF=23;NR=23;PP=615;ReadPosRankSum=0.502;SC=CGCGGCTGGGGGAGGGCCCCG;SOR=0.426;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=46;WE=73626837;WS=73626807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,46:0.33:138
chr17	73626829	rs820195	C	G	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=66;PP=2962;SC=AGGGCCCCGGCGGGTGGCTGA;SOR=1.115;Source=Platypus;TCF=61;TR=127;WE=73626837;WS=73626807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	73626922	.	G	GTGT	756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.55;MQRankSum=1.799;QD=17.60;ReadPosRankSum=1.438;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr17	73626983	rs9896073	G	C	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.261;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=31;PP=1644;ReadPosRankSum=0.454;SC=GTCCCCCACAGCCCGGATGAG;SOR=1.096;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=162;TCF=100;TCR=62;TR=98;WE=73626991;WS=73626973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,92:0.64:144
chr17	73627120	rs371224537	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=808;ReadPosRankSum=0.078;SC=ACCCATGAGGCGTCCTGCCCT;SOR=0.879;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=277;TCF=137;TCR=140;TR=80;WE=73627128;WS=73627110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,78:0.28:283
chr17	73627565	rs820197	A	G	7097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.186;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GGCCTCCCTCATACAGCTCGG;SOR=0.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=134;TCR=130;TR=262;WE=73627573;WS=73627555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr17	73636368	rs117954398	C	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=821;ReadPosRankSum=-1.316;SC=AGGCTGAGCCCGTGGAGATCG;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=226;TCF=126;TCR=100;TR=72;WE=73636376;WS=73636358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,76:0.32:236
chr17	73647366	rs750339	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=833;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AAAATGACCACTTAGCAAGTC;SOR=1.251;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=160;TCF=48;TCR=112;TR=51;WE=73647374;WS=73647356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,51:0.31:164
chr17	73658489	rs820159	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=234;SC=GGTCTTAGACTAATCTCCATC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=73658497;WS=73658485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	73687010	rs186110532	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGAGCGTGCACGCTTATATGG;SOR=1.781;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=10;WE=73687018;WS=73687000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr17	73698557	rs820232	C	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=17;PP=1120;SC=CTCCTCTTCACAGGACAAGAT;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=73698565;WS=73698547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	73700130	rs78580953	AG	A	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=449;ReadPosRankSum=0.800;SC=ACAGCAAAGAAGATGGAACGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=12;WE=73700138;WS=73700120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr17	73702253	rs2305529	G	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=1019;ReadPosRankSum=1.914;SC=CAGACAGCACGTGGATCTGGG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=48;WE=73702261;WS=73702243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr17	73702317	rs820230	A	G	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=24;PP=1299;SC=GGGGTGGGCCACTTCGGGGTC;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=73702325;WS=73702307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	73702402	rs820229	T	C	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=60;PP=2965;SC=GTGATCCTGATTTCTGCTTTA;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=119;TCR=61;TR=179;WE=73702410;WS=73702392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	73713438	.	G	A	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=36;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TCCAGCCTGGGCAACAAGAGC;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=77;TCR=56;TR=85;WE=73713446;WS=73713428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,91:0.64:143
chr17	73720638	rs820166	C	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=889;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CAGGGCCCTGCCTCTGGCGGC;SOR=1.368;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=49;WE=73720646;WS=73720628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr17	73720727	rs3862481	G	A	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=43;PP=1139;ReadPosRankSum=-1.478;SC=TGACGGCACCGACCATGGCTG;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=316;TCF=177;TCR=139;TR=96;WE=73720744;WS=73720717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,100:0.30:335
chr17	73720900	rs820167	A	G	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=68;PP=1984;SC=TCCTGGCAGGATCATCCCTTG;SOR=1.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=103;WE=73720908;WS=73720890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	73723239	rs2584100	G	A	3817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=67;PP=2281;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TTTGCTGAGCGCCTCCCCATT;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=283;TCF=167;TCR=116;TR=169;WE=73723247;WS=73723229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,179:0.61:295
chr17	73723453	rs34275940	GC	G	6159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=89;PP=2974;SC=AATGGGTGCTGCCCCCCAGTG;SOR=0.767;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=142;TCF=43;TCR=99;TR=129;WE=73723461;WS=73723443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	73728127	rs188704955	G	A	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=991;ReadPosRankSum=-1.654;SC=AATGAAGCAGGACTCCTGTGC;SOR=1.010;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=62;WE=73728135;WS=73728117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr17	73732025	rs820174	C	T	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=19;PP=1794;SC=GCTAGCGGCACCCTGGCTCCC;SOR=2.356;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=84;WE=73732033;WS=73732015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	73732045	rs820175	T	C	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=81;NR=31;PP=2505;SC=CACAGCTCTGTTCCCACAGGC;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=82;TCR=31;TR=112;WE=73732053;WS=73732035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	73732522	rs820176	T	G	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=50;PP=1708;SC=CACAGGGCAGTGTGGGCAGGA;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=73732530;WS=73732512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	73732810	rs820177	A	C	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=124;PP=2965;SC=GGTTGCTGAGAGCCTAGGCAG;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=87;TCR=124;TR=211;WE=73732818;WS=73732800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	73733315	rs820179	G	C	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=4;PP=1417;SC=GAGGCAGATCGCAGAGTAGGG;SOR=4.575;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=54;WE=73733323;WS=73733305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	73739715	rs189848011	T	C	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=14;PP=1082;ReadPosRankSum=0.664;SC=TGGGCTGGGCTGGGCAGGGTC;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=71;TCR=20;TR=63;WE=73739723;WS=73739705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,68:0.69:98
chr17	73746146	rs820387	T	C	9537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=204;NR=140;PP=2965;SC=CCCCTGGTGGTGAAGGGGGAT;SOR=1.102;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=205;TCR=140;TR=344;WE=73746157;WS=73746124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr17	73746370	rs820388	T	C	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=53;PP=1652;SC=GGGCTGAGGGTCACGACAGGT;SOR=2.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=73746378;WS=73746360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	73750859	rs8669	C	G	26050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=976;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=449;NR=492;PP=2965;SC=CCACACTGCCCAGGGACTACT;SOR=0.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=943;TCF=449;TCR=494;TR=941;WE=73750867;WS=73750849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,973:1.00:973
chr17	73751042	rs3988219	C	CACAT	4707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=62;PP=2976;SC=CACGTGCACACGCATGCACAC;SOR=1.502;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=80;WE=73751050;WS=73751032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	73751990	rs1008177	T	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=8;PP=257;SC=GGCCCCAGTGTGACACATAGG;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=73751998;WS=73751980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	73752999	rs2249613	C	G	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=59;PP=2965;SC=GGGCCGCAGACGCTGAAGGCA;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=155;WE=73753007;WS=73752989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	73753503	rs871443	T	C	6667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=108;PP=2965;SC=ACAGATGGGCTGACCCTGGGG;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=120;TCR=109;TR=228;WE=73753511;WS=73753493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	73753661	rs9367	C	T	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=127;PP=2965;SC=ACCCCCGCCACGTCCCACTAG;SOR=1.200;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=82;TCR=129;TR=209;WE=73753669;WS=73753651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	73759038	rs35008831	TC	T	7032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=81;PP=2970;SC=GTGGGCACACTCCCACCCAGG;SOR=0.925;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=142;TCF=55;TCR=87;TR=136;WE=73759046;WS=73759028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	73759304	rs820386	G	T	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=56;PP=2365;SC=TCCAGGGAGAGTCCCTGCCAC;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=113;WE=73759312;WS=73759294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	73759552	rs7209235	G	A	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=55;PP=1620;SC=ATGGTAAGAGGGGCTGCCTGG;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=87;WE=73759560;WS=73759542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	73780506	rs11655389	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=285;SC=GAACCTAGCTGTACTAAGTAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=73780514;WS=73780496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	73812909	rs9908146	A	G	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=81;NR=64;PP=2437;SC=CCACCCAGCCAGGTCCTGTCC;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=145;WE=73812917;WS=73812899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	73813181	.	CAGAGCCTGTGCTGATGAGCCTGTAGGACTGG	C	2966	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=1;NR=6;PP=2966;QD=20;SC=GGGCAGTCCCCAGAGCCTGTG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=73813219;WS=73813171;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	73816026	rs11868471	A	G	7888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=0.028;SC=AGAGCTCTGCACCCGTGAACA;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=289;TCF=151;TCR=138;TR=287;WE=73816034;WS=73816015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,303:0.99:305
chr17	73900869	.	G	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=18.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.748;SOR=4.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chr17	73913729	rs4788912	C	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=447;SC=AGTGAGGTCACGGGAGTGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=73913737;WS=73913728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	73913965	rs11288315	TC	T	1792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=24;PP=1343;SC=CAGCAGCTGCTCCCCCTTCCC;SOR=0.728;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=37;WE=73913973;WS=73913955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	73949540	rs1135640	G	C	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=20;PP=1833;SC=ACCCTGGCTTGATTTCAGACT;SOR=2.120;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=83;WE=73949548;WS=73949530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	73951864	rs10852766	T	C	11057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=187;PP=2965;SC=CAGAAGAAAGTGCTCAGTTTC;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=382;TCF=195;TCR=187;TR=382;WE=73951872;WS=73951854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr17	73953404	rs11077798	T	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=0;PP=889;SC=TCAAGTGATCTGCCCACCTCA;SOR=7.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=73953412;WS=73953394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	73969953	rs3744033	A	G	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.989;NF=28;NR=62;PP=1479;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TTGGCCTTCAAGGAGAAGGTC;SOR=0.924;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=58;TCR=121;TR=90;WE=73969961;WS=73969943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,94:0.51:184
chr17	73987493	rs118104688	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=382;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CCTTTTGAGCGTGGTGGTGAT;SOR=0.511;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=65;TCR=28;TR=30;WE=73987501;WS=73987483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr17	73997474	rs2069528	G	A	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=65;PP=2965;SC=CAAATTGCCCGGTGCCTTCTG;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=99;TCR=65;TR=164;WE=73997482;WS=73997464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	74011452	rs2071195	G	A	7529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=163;NR=97;PP=2965;SC=TGGCTCTGCCGCAGAGGAGGC;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=164;TCR=97;TR=260;WE=74011460;WS=74011442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr17	74011721	rs2665970	C	A	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=92;PP=2965;SC=TAAAGAGGGGCGGGGTCAGGG;SOR=1.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=59;TCR=93;TR=150;WE=74011729;WS=74011711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	74014468	rs2071194	C	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=711;SC=GGCTTGGACACCGCAGGGCCG;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=74014476;WS=74014458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	74014628	rs2071193	G	A	5874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=117;NR=89;PP=2965;SC=CGACCCAGGCGTGCGGGTCAG;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=117;TCR=89;TR=206;WE=74014636;WS=74014618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	74014668	rs2071192	T	C	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=91;PP=2585;SC=CCGCTCACCCTGCAGCAGCTG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=82;TCR=91;TR=173;WE=74014676;WS=74014658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	74015158	rs2290249	C	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=306;ReadPosRankSum=-0.448;SC=GGGGCCCAGGCAGTGGGGGAC;SOR=1.195;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=26;WE=74015166;WS=74015148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr17	74015590	rs2244371	C	T	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=45.69;ReadPosRankSum=0.890;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr17	74015595	rs2244370	T	C	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.36;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr17	74017554	rs74955334	G	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-4.240;QD=1.13;ReadPosRankSum=2.223;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,8:0.10:80
chr17	74017573	rs78569674	C	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-4.385;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,8:0.09:85
chr17	74017677	rs200115767	G	GCC	154.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.15;QD=30.97;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	74017700	rs71161251	T	TC	518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=5;PP=329;SC=CCGCCCCACCTCCCCCCTTCC;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=9;WE=74017708;WS=74017690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	74018655	rs2598417	C	T	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=109;PP=2965;SC=CCCAAAGGACCGCGGTGGGGA;SOR=3.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=21;TCR=109;TR=130;WE=74018663;WS=74018645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	74019572	rs2257388	T	C	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=78;PP=2808;SC=CTGCCGCAGCTCCACTCACTC;SOR=1.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=131;WE=74019580;WS=74019562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	74023107	rs2665961	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=0.380;SC=CGCCGCCGCCAGGTGGCTCAA;SOR=0.563;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=16;WE=74023115;WS=74023097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr17	74036468	rs2305346	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=2.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,76:0.26:297
chr17	74076127	rs34700740	TC	T	1477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=27;PP=1166;SC=GCCCTCCTTTTCCCCCATCTA;SOR=1.514;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=33;WE=74076135;WS=74076117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	74076415	rs2257020	G	A	15694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=290;NR=266;PP=2965;SC=CCTGGCCCTCGCCACGGAGAC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=558;TCF=291;TCR=267;TR=556;WE=74076423;WS=74076405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr17	74076642	rs2257028	G	A	12353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=237;NR=199;PP=2965;SC=GAACTCCCAGGTCTGTGTTCA;SOR=0.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=436;TCF=237;TCR=199;TR=436;WE=74076650;WS=74076632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr17	74076810	rs200709249	G	A	7915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=160;PP=2962;ReadPosRankSum=2.271;SC=CCAGAGGTCCGAGCACATCAG;SOR=0.644;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=518;TCF=260;TCR=258;TR=333;WE=74076818;WS=74076800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,349:0.65:537
chr17	74077497	rs8836	G	C	6438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=89;PP=2965;SC=AGTCAAGTCGGGAGGAGGCCG;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=137;TCR=89;TR=226;WE=74077505;WS=74077487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	74079838	rs2665986	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=28;PP=847;SC=AAACCTGAGGAGGCACTGTGG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=74079846;WS=74079828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	74081345	rs2246277	C	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=5;PP=625;SC=AGGAAGAGTGCGTGGTGGCAC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=74081353;WS=74081335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	74081618	rs2598450	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=19;PP=925;SC=TCCCACCTTCCGGGTCCTGGG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=74081626;WS=74081608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	74083905	rs2243481	C	T	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=275;SC=GGCTGGGATCCGCCCAGTGAA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=74083913;WS=74083895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	74084029	rs2243486	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=5;PP=1116;SC=CACAAAGGTGCGAGCGGCTCT;SOR=4.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=48;WE=74084037;WS=74084019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	74084428	rs2305348	C	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=9;PP=430;SC=GCCAGTGGCGCAGCTGGCTGC;SOR=0.784;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=19;WE=74084457;WS=74084418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	74084441	rs2246621	C	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	74084449	rs2246623	C	T	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.55;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	74084737	rs2246632	T	C	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=28;PP=944;SC=TCCATGCACCTTCAGAGCAGA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=74084745;WS=74084727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	74085012	rs2084666	G	A	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=43;PP=1413;SC=ATCCTGAGGGGGCAGGGAGAC;SOR=1.006;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=80;WE=74085020;WS=74085002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	74086633	rs2598451	C	G	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=47;PP=1284;SC=TGAGCCCCTCCTCTACCTCAA;SOR=4.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=52;WE=74086641;WS=74086623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	74090700	rs2250081	G	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=496;SC=CGGCTGCCAGGCCCTGTCTCT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=74090708;WS=74090690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	74094105	rs7208391	C	G	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=105;PP=2965;SC=AGTTTCTGCACAGACAACAGA;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=64;TCR=105;TR=169;WE=74094113;WS=74094095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	74161764	rs35164451	C	CT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.046;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr17	74261677	rs2585751	T	C	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=983;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GGCGAAGCAGTTGCTGCAGGC;SOR=1.098;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=63;WE=74261685;WS=74261667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,68:0.62:110
chr17	74270069	rs71815	T	C	565.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9842;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=393;ReadPosRankSum=-1.028;SC=ACAGCGGGTATTTCCCTTTCC;SOR=1.697;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=22;WE=74270077;WS=74270059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr17	74273165	rs164011	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CTGATTTTCTGGTGGCTTTAG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=74273173;WS=74273164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr17	74274071	rs143270448	G	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=1089;ReadPosRankSum=0.682;SC=CTCCTGTACCGTTTGTAGCAG;SOR=0.690;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=71;WE=74274079;WS=74274061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,75:0.59:127
chr17	74274998	rs347676	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=13;PP=829;ReadPosRankSum=1.031;SC=TCTCCACACTGTCCCACAGCA;SOR=0.252;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=93;TCF=76;TCR=17;TR=59;WE=74275006;WS=74274988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr17	74275030	rs182972	T	C	2454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.413;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=29;PP=1425;ReadPosRankSum=0.026;SC=CACGTTCCGCTGGGCCCTCCG;SOR=0.361;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=158;TCF=115;TCR=43;TR=99;WE=74275038;WS=74275020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,108:0.64:168
chr17	74275160	rs347675	C	T	5743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GTTCAAACACCGTGTAGGGGC;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=449;TCF=212;TCR=237;TR=262;WE=74275168;WS=74275150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,273:0.59:463
chr17	74276067	rs164010	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=-1.226;SC=TCTGCCCTCACCCCCTGAAGA;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=19;WE=74276075;WS=74276057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr17	74283253	rs8072620	A	G	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.344;NF=74;NR=33;PP=1755;ReadPosRankSum=-2.155;SC=CCCTGGAGCTAAAGAGTGGGG;SOR=0.524;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=177;TCF=127;TCR=50;TR=107;WE=74283261;WS=74283243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,108:0.60:179
chr17	74283769	rs346785	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.703;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=370;ReadPosRankSum=-0.509;SC=ACAATCCAGGTCAAAGACAGT;SOR=1.994;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=17;WE=74283777;WS=74283759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr17	74286032	rs370221376	CA	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.123;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr17	74286082	rs4789273	C	T	4568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=56;PP=1883;ReadPosRankSum=1.095;SC=CTTTTGCTTTCTCCTGCCAAA;SOR=0.696;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=108;TCR=87;TR=128;WE=74286090;WS=74286072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,114:0.65:175
chr17	74286106	rs4789274	C	T	4938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=66;PP=1925;ReadPosRankSum=2.085;SC=CTTTGGCTAGCGTCTTTACGG;SOR=0.807;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=220;TCF=120;TCR=100;TR=138;WE=74286114;WS=74286096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,136:0.63:216
chr17	74286173	rs17509527	A	G	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1405;ReadPosRankSum=-1.263;SC=GGAAAGCAGAAGCCTTATGAT;SOR=1.153;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=89;WE=74286181;WS=74286163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,96:0.62:154
chr17	74287204	rs2279052	C	G	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=47;PP=1515;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CTACTGAGCTCTCCCATCAGA;SOR=0.628;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=99;WE=74287212;WS=74287194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,105:0.49:214
chr17	74287389	rs2279053	T	C	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=47;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.336;SC=AGGAATTCCATGTCGGTCCGA;SOR=0.459;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=153;TCF=86;TCR=67;TR=99;WE=74287397;WS=74287379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,109:0.64:170
chr17	74287594	rs2279054	G	A	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1710;ReadPosRankSum=-1.146;SC=TGATCTGGGTGTGTAGATCCC;SOR=0.567;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=109;WE=74287602;WS=74287579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,114:0.67:171
chr17	74288564	rs35035566	CTGA	C	8734.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.749;NF=53;NR=95;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CCAAACCACGCTGATGATCTG;SOR=0.549;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=253;TCF=99;TCR=154;TR=148;WE=74288574;WS=74288554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,221:0.65:342
chr17	74289500	rs3803737	G	A	3833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=63;PP=2510;ReadPosRankSum=0.301;SC=GCTCATCCACGACAAATGGTA;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=248;TCF=142;TCR=106;TR=150;WE=74289508;WS=74289490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,165:0.62:268
chr17	74289705	rs6501880	A	G	7917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.304;SC=GTCTCTGGCCAAGGGTAAGTC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=503;TCF=250;TCR=253;TR=337;WE=74289713;WS=74289695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,351:0.66:528
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chr17	74289875	rs6501882	C	T	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=78;PP=2531;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GCTGCTGTCTCCCAGTACCAG;SOR=0.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=257;TCF=124;TCR=133;TR=152;WE=74289883;WS=74289865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,154:0.57:271
chr17	74289908	rs6501883	A	G	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=75;PP=2799;ReadPosRankSum=-1.657;SC=TTTGTTCCCTACTGGAAACCC;SOR=0.614;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=279;TCF=147;TCR=132;TR=162;WE=74289916;WS=74289898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,170:0.58:293
chr17	74290097	rs7225131	T	A	2398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=70;PP=1624;ReadPosRankSum=-0.256;SC=TAAGTGTTTCTGAGCCCTGGT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=44;TCR=110;TR=97;WE=74290105;WS=74290087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,102:0.63:162
chr17	74324716	rs117578720	A	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.996;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr17	74324729	rs346791	C	A	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.35;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	74326553	rs449114	G	A	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	74326556	rs399029	A	T	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=2.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	74328576	rs382008	C	G	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=54;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TAGAAAAGATCTTGACTTTAT;SOR=0.575;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=129;TCF=35;TCR=94;TR=76;WE=74328584;WS=74328566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,86:0.62:138
chr17	74381555	rs2247856	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr17	74381567	rs346803	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=469;ReadPosRankSum=0.501;SC=CGGTGCTCCTGCAGCCACGGC;SOR=0.554;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=18;WE=74381575;WS=74381545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr17	74387284	rs3803739	C	T	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=1451;ReadPosRankSum=1.575;SC=GAGGCCAGGCCCTGGGCACCG;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=139;TCR=138;TR=109;WE=74387292;WS=74387274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,113:0.39:291
chr17	74398510	rs34234366	C	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.328;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=928;ReadPosRankSum=1.017;SC=CAGAAATAGGCCACGGCAGAT;SOR=4.003;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=21;WE=74398522;WS=74398506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr17	74398514	rs11652985	G	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.328;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=556;ReadPosRankSum=-1.139;SC=AATAGGCCACGGCAGATAAGG;SOR=0.018;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=13;WE=74398522;WS=74398506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr17	74401405	rs11290311	AG	A	9420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=160;PP=2974;SC=GTCCTGGGGGAGGGGAGGAGA;SOR=1.217;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=197;TCF=21;TCR=176;TR=177;WE=74401413;WS=74401395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr17	74468552	rs12942767	A	G	8520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=187;NR=121;PP=2965;SC=AAGATAAATGAGGCGGTGGAG;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=187;TCR=121;TR=308;WE=74468560;WS=74468542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr17	74471298	rs12951122	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=727;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GGGCCACCCTGGCCTGGTCAC;SOR=0.468;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=121;TCF=32;TCR=89;TR=49;WE=74471306;WS=74471288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,49:0.39:125
chr17	74473593	rs3833088	A	AG	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=395;ReadPosRankSum=0.762;SC=ATGGGGGCCCAGCAGCTCCAC;SOR=0.407;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=11;WE=74473601;WS=74473583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr17	74475024	rs3744045	G	A	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=64;PP=2238;SC=CGGTGGGTGCGGGGCGTGGGG;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=130;WE=74475032;WS=74475014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	74475975	rs3809694	C	A	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1074;ReadPosRankSum=-1.210;SC=GTGGTGTGTGCAGCCCAGGTC;SOR=0.477;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=75;WE=74475983;WS=74475965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,86:0.60:144
chr17	74476045	rs3826287	G	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.502;NF=28;NR=37;PP=904;ReadPosRankSum=2.722;SC=CTTCAACCCTGATTTATGCCC;SOR=0.686;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=65;WE=74476053;WS=74476035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,72:0.65:111
chr17	74476089	rs138608987	ATGTGTGTGTG	A	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.589;NF=0;NR=8;PP=523;ReadPosRankSum=-1.593;SC=TATATATATAATGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=74476108;WS=74476079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr17	74477340	rs3826288	A	G	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=15;PP=972;SC=GGCTGCACAGACAGCAGCTGT;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=74477348;WS=74477330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	74477691	rs11870168	C	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=422;SC=AGGACCCTGACGCCAGGGCAC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=74477699;WS=74477681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	74524651	rs4238995	TT	GG	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,38:0.33:115
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chr17	74536336	rs4648338	G	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.23;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr17	74540492	rs2278639	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=288;ReadPosRankSum=1.850;SC=GCTGGGGAGGCGCTCAGGGTG;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=21;WE=74540500;WS=74540482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr17	74540917	rs895157	A	C	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=87;PP=1967;ReadPosRankSum=-0.605;SC=AGGAATTGTCAGGCCAAGGTC;SOR=0.627;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=241;TCF=94;TCR=147;TR=147;WE=74540925;WS=74540907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,155:0.61:256
chr17	74541129	rs4232870	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=253;ReadPosRankSum=0.265;SC=CTGGGGTGCCATGTGGGCCGG;SOR=0.263;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=11;WE=74541145;WS=74541119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr17	74541137	rs4648339	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=905;ReadPosRankSum=-1.885;SC=CCATGTGGGCCGGGTGGGGGG;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=27;WE=74541145;WS=74541119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr17	74541171	rs5742903	T	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=739;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GGGAGCAGGCTGGCTTTGGTG;SOR=0.452;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=54;WE=74541179;WS=74541161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,57:0.83:69
chr17	74554739	rs4648343	C	G	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=9;PP=1531;ReadPosRankSum=0.159;SC=AAATGAGTAGCGTCTTTGCCC;SOR=1.428;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=107;TCF=91;TCR=16;TR=71;WE=74554747;WS=74554729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,77:0.68:114
chr17	74555106	rs4647885	T	C	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=20;PP=1246;ReadPosRankSum=0.294;SC=AGGATCTTCATGATGAAATTT;SOR=0.336;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=107;TCF=81;TCR=26;TR=74;WE=74555114;WS=74555096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,77:0.69:112
chr17	74555455	rs147870028	C	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=-0.698;SC=TGCACCACCACGCCTAGCTAA;SOR=0.368;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=9;WE=74555463;WS=74555445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr17	74557681	rs4510053	A	C	7014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=76;PP=2965;SC=TGTTTGTAAGATTTGTTTACA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=233;TCF=157;TCR=76;TR=233;WE=74557689;WS=74557671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr17	74557803	rs60161580	GT	G	5756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.368;NF=14;NR=149;PP=2915;ReadPosRankSum=0.726;SC=TGGCTCCATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=202;TCF=16;TCR=186;TR=163;WE=74557812;WS=74557793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,230:0.98:234
chr17	74559287	rs4451979	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.227;NF=0;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=-0.289;SC=ATGCGTTCTTTGGGCTTCATC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=74559295;WS=74559277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr17	74563653	rs2241918	A	G	4425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=91;PP=2694;ReadPosRankSum=-1.294;SC=AAAAAGAGACATTTCAGCTCA;SOR=0.867;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=325;TCF=173;TCR=152;TR=198;WE=74563661;WS=74563643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,208:0.61:339
chr17	74563706	rs60647948	A	G	4461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=99;PP=2846;ReadPosRankSum=0.860;SC=TACACATTCAAATAGGTGGGA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=143;TCR=163;TR=186;WE=74563714;WS=74563696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,198:0.62:321
chr17	74570408	rs7207173	A	G	2663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=45;PP=1824;ReadPosRankSum=0.330;SC=GCAGGAAGCTAAGGCAGAAGG;SOR=0.733;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=162;TCF=96;TCR=66;TR=108;WE=74570416;WS=74570398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,112:0.67:168
chr17	74581914	rs3135934	C	G	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=973;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GCGAGCGCCCCGTCCGCTGAC;SOR=0.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=67;WE=74581922;WS=74581904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr17	74581945	rs12449329	AA	GC	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=1226;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GAAGGGAGAGAACCGGGTGGG;SOR=0.491;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=36;WE=74581954;WS=74581935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr17	74582025	rs1867561	G	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=-0.844;SC=TGCGGCGCCTGCCCGCCCGGC;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=74582033;WS=74582015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr17	74621635	rs2286595	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=277;ReadPosRankSum=1.901;SC=AGGAGAAACACGGCCTGTAGT;SOR=0.292;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=18;WE=74621643;WS=74621625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
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chr17	74625870	rs11404475	T	TG	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.38;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=2.035;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
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chr17	74728938	rs4789351	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=377;SC=TTTATACAAACCCAGAAAGAC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=74728946;WS=74728928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	74729223	.	A	G	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=55;PP=1745;ReadPosRankSum=-0.002;SC=ACATGGGGTCATATATCTTGG;SOR=0.831;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=205;TCF=112;TCR=93;TR=127;WE=74729231;WS=74729213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,133:0.62:215
chr17	74732507	rs237058	A	G	18578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=230;NR=402;PP=2965;SC=ACCTGGAACGACTCCGACTCC;SOR=1.385;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=634;TCF=230;TCR=404;TR=632;WE=74732515;WS=74732497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,656:1.00:656
chr17	74733099	rs237057	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NR=54;ReadPosRankSum=0.526;SC=TGGTGTAGCGGTCCCGCGGGA;SOR=0.637;Source=Platypus;WE=74733107;WS=74733089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,102:0.31:327
chr17	74733403	rs3744061	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=0.825;SC=TAGCGCACCTGAGTAACAACT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=74733411;WS=74733393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr17	74734323	rs237054	G	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=598;SC=CCTGGCTCCTGCATCTGCCTT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=74734331;WS=74734313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	74734598	rs237053	C	T	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=111;PP=2965;SC=TGAAAATAAACGTTCATTATA;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=46;TCR=111;TR=157;WE=74734606;WS=74734588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	74734642	rs62086784	T	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=925;ReadPosRankSum=0.860;SC=TCTTTCATTTTTCCCACCCAG;SOR=1.382;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=40;WE=74734650;WS=74734632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr17	74738299	rs117140732	G	A	6518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.149;SC=CAATCAATTCGGATGAGCACA;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=435;TCF=206;TCR=229;TR=265;WE=74738307;WS=74738289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,283:0.61:461
chr17	74739396	.	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=483;ReadPosRankSum=0.188;SC=TCTCTTACAACAAATAATGGG;SOR=0.830;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=33;WE=74739404;WS=74739386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr17	74750215	rs11399997	C	CT	10289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=93;PP=2967;SC=TCAGGAACAACTCGGCATTTG;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=36;TCR=97;TR=127;WE=74750223;WS=74750205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr17	74750331	rs116719	C	T	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=55;PP=1578;SC=CAACATCTCTCTAACATGGGG;SOR=3.126;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=65;WE=74750339;WS=74750321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	74857515	rs499828	A	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	74878128	rs11386896	T	TG	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.953;NF=9;NR=9;PP=549;ReadPosRankSum=-0.191;SC=TGGTTGGTGCTGGGGGACTTT;SOR=0.954;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=18;WE=74878136;WS=74878118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr17	74878259	rs571264	G	A	4104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=78;PP=2360;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GTCCCGCGGCGTCCTGCGCAA;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=160;TCR=120;TR=180;WE=74878267;WS=74878249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,194:0.65:300
chr17	74878420	rs1663456	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=757;ReadPosRankSum=1.203;SC=AGCAGGGGAGCGGTGGCACCT;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=46;WE=74878428;WS=74878410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,46:0.73:63
chr17	74920957	rs3889146	G	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.412;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=12;PP=985;ReadPosRankSum=1.195;SC=CTCTGCACTTGTACAGTTCAT;SOR=1.260;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=53;WE=74920965;WS=74920947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,55:0.57:97
chr17	74921072	rs3889145	G	C	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=55;PP=1258;ReadPosRankSum=0.735;SC=CGCCAGGCCGGGGAAGCTGCC;SOR=0.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=332;TCF=184;TCR=148;TR=124;WE=74921080;WS=74921062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,124:0.37:338
chr17	74922636	rs12450749	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=643;ReadPosRankSum=0.458;SC=AGGGACACACGGGGAGGTTGC;SOR=1.469;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=34;WE=74922644;WS=74922626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr17	74922652	rs11653088	C	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=849;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GTTGCTGACCCTGGTTCCTGG;SOR=1.703;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=44;WE=74922660;WS=74922642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr17	74936429	rs920851	T	C	4226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=1.456;SC=TCCTGGTGCTTACTGGGCTGT;SOR=0.265;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=241;TCF=163;TCR=78;TR=176;WE=74936437;WS=74936419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,179:0.72:248
chr17	74942611	rs79011010	G	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=626;ReadPosRankSum=0.584;SC=TGTCTGCCCAGGGCCCTGCAC;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=44;TCR=93;TR=48;WE=74942619;WS=74942601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,51:0.37:139
chr17	74944151	rs71384132	C	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=774;ReadPosRankSum=0.810;SC=TCCTGAACAGCCAGGACGCCT;SOR=0.471;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=238;TCF=107;TCR=131;TR=74;WE=74944159;WS=74944141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,81:0.31:260
chr17	74944585	rs11870033	T	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=5;PP=1387;SC=CGTAACACATTTCCTTACCCA;SOR=3.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=74944593;WS=74944575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	74944709	rs9894270	T	C	12112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.33;ReadPosRankSum=-0.681;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,458:1.00:460
chr17	74944709	.	TGGTCC	CGGTCC,CGGTCG	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=242,136;NR=191,114;PP=2445,2944;QD=5.72695430149;SC=CGGTGCTGTGTGGTCCCTGCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=243;TCR=192;TR=433,250;WE=74944722;WS=74944699;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:435
chr17	74944714	rs57502449	C	G	6125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=1.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=-2.127;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,287:0.61:473
chr17	74944934	rs3803745	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.291;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=122;ReadPosRankSum=0.319;SC=CGCCTCTGCCGCCCTGCCTGG;SOR=2.062;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=9;WE=74944942;WS=74944924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr17	75085226	rs3214724	TC	T	1804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=1;PP=1966;SC=TGTTACTTTTTCCCCCAAGGT;SOR=5.960;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=62;TCF=59;TCR=3;TR=56;WE=75085234;WS=75085216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	75085260	rs2247814	C	G	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=16;PP=2155;SC=GAGAAATATCCCCCGACGATT;SOR=3.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=90;TCR=16;TR=106;WE=75085268;WS=75085250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	75085329	rs16969660	G	T	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.462;NF=88;NR=61;PP=1911;ReadPosRankSum=0.159;SC=GAGAGCATTCGAAGTGACCTC;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=393;TCF=233;TCR=160;TR=149;WE=75085337;WS=75085319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,156:0.37:418
chr17	75085434	rs2678770	G	A	8680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NR=171;PP=2965;SC=GCCAAGTTGTGGGTGCAGCAT;SOR=1.088;Source=Platypus;TCR=171;WE=75085442;WS=75085424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr17	75085654	rs16969661	A	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=49;PP=963;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TGTTACTGTCATGTCTTTCAT;SOR=0.883;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=192;TCF=65;TCR=127;TR=71;WE=75085662;WS=75085644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,76:0.37:204
chr17	75190846	rs673918	A	C	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=83;PP=2965;SC=TTCCATCACGACCTCTTCAGA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=195;WE=75190854;WS=75190836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	75203092	rs7226135	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=437;SC=TTCTCTGATCCAGGGTTAAGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=75203100;WS=75203082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	75207966	rs2280269	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=0;PP=378;SC=GGAGAGCACGATGCGCTCGCA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=75207974;WS=75207956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	75303102	rs73997467	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=986;ReadPosRankSum=0.275;SC=GATGGGCCCCGTTTCTGGCTC;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=138;TCR=83;TR=72;WE=75303110;WS=75303082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,73:0.33:224
chr17	75303298	rs4789439	T	C	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=86;PP=2727;SC=CTCGCTCCGCTCTGGCCCCAC;SOR=2.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=35;TCR=86;TR=121;WE=75303306;WS=75303288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	75401190	rs2164449	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,44:0.29:152
chr17	75401310	rs2117924	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=-0.142;SC=GAGACTGTGCCGGGAGCCAGG;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=21;WE=75401318;WS=75401300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr17	75441607	rs376552273	CGT	C	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=12.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.692;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,14:0.20:71
chr17	75478481	rs425139	C	T	12205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=1.434;SC=CCCAGGGCGGCCCACAAGCCT;SOR=0.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=434;TCF=209;TCR=225;TR=433;WE=75478489;WS=75478471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,451:1.00:452
chr17	75478694	rs416438	T	C	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=49;PP=1283;SC=TCCTGATGAGTGGTCGCTGCC;SOR=2.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=75478702;WS=75478684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	75478806	rs392287	C	G	360.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	75478809	rs405253	C	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	75483547	.	T	A	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=43;PP=1283;ReadPosRankSum=0.729;SC=CAACACCCTCTTCAAATCCAA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=126;TCR=98;TR=98;WE=75483555;WS=75483537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,106:0.43:249
chr17	75483719	.	A	G	111	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=54.9;NF=0;NR=5;PP=111;QD=29.1542425094;SC=CATCACACACAGTCAGTGGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=75483727;WS=75483709;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	75484156	rs441670	C	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=0;PP=779;SC=CCAGGGGAACCGTCACCGGCC;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=75484164;WS=75484149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	75484200	rs35261301	TC	T	2285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=11;PP=2224;SC=GCCATTAATTTCCCGGTGTCT;SOR=3.226;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=56;WE=75484208;WS=75484190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	75484700	rs378578	A	G	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=4;PP=1431;SC=CTCCCAGGGCATGCATTTCAT;SOR=4.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=61;TCR=4;TR=64;WE=75484708;WS=75484690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	75484781	rs370531	T	C	8774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=127;PP=2965;SC=CTCATGTGCCTGCTGACTCGT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=190;TCR=127;TR=317;WE=75484789;WS=75484771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr17	75485014	rs426885	A	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=44;PP=1275;SC=CTGGGACTGCAAGACGGTGCT;SOR=3.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=50;WE=75485022;WS=75485004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	75488973	rs2627198	C	T	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=30;PP=1786;SC=TTGGGGGACCCCAGGCTCAGG;SOR=1.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=75488981;WS=75488963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	75489015	rs188747	T	C	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=40;PP=2900;SC=GGGGAGGGAATTGCCTTCCCG;SOR=1.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=97;TCR=40;TR=137;WE=75489023;WS=75489005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	75489216	rs312797	C	T	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=79;PP=2259;SC=CTTCTGCTGACCCAGAGCCTG;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=35;TCR=79;TR=114;WE=75489224;WS=75489206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	75489244	rs167498	A	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=52;PP=1485;SC=CGCCTGAGCCAGGGACTCGTG;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=69;WE=75489252;WS=75489234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	75489282	rs61127839	C	CA	820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=957;SC=TTGCCCCACCCAGAGGGAGGG;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=75489290;WS=75489272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	75494705	rs2627223	A	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	75494746	rs1059485	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.649;HP=5;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=0.228;SC=TGTAGACGCCACCCTGCCCAC;SOR=2.575;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=19;WE=75494754;WS=75494736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr17	75494787	rs5822173	T	TC	631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.400;NF=2;NR=19;PP=533;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GTCATTTCCGTCCCCCCCCAG;SOR=1.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=21;WE=75494795;WS=75494777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr17	75495397	rs9038	T	C	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=739;ReadPosRankSum=0.171;SC=GCAGACTGCTTGGCCAGATGC;SOR=0.771;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=210;TCF=111;TCR=99;TR=66;WE=75495405;WS=75495387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,68:0.30:226
chr17	76114101	rs62079068	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr17	76114963	rs2748430	C	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=425;ReadPosRankSum=0.850;SC=GGGGAGGGTTCTAGTGTCCCA;SOR=0.610;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=76114983;WS=76114953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr17	76114975	rs2748429	G	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=420;ReadPosRankSum=0.878;SC=AGTGTCCCAGGCTCTGCCCAG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=11;WE=76114983;WS=76114953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr17	76115181	rs2252496	A	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=789;ReadPosRankSum=0.183;SC=CCTCCCCGAGATCAGGCTGGT;SOR=0.691;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=55;WE=76115189;WS=76115171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,59:0.66:89
chr17	76115353	rs2748428	T	C	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=50;PP=1822;ReadPosRankSum=1.536;SC=GGCCAGACAGTAGGAGGCAAG;SOR=0.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=115;WE=76115361;WS=76115343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,119:0.68:175
chr17	76116017	rs743047	C	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=515;ReadPosRankSum=-1.118;SC=GCGTGAGCCACCACACCGGGC;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=26;WE=76116025;WS=76116007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr17	76116153	rs2926778	T	C	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=1742;ReadPosRankSum=-1.170;SC=GAACATTTTTTAAATGTTCCT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=117;WE=76116161;WS=76116143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,124:0.63:196
chr17	76117361	rs2073285	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	76117570	rs2613520	G	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GCCTCCCCAGGGGGCAGGTGC;SOR=0.622;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=14;WE=76117578;WS=76117569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr17	76117971	rs1997978	G	A	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=126;PP=2965;SC=CCCTCCAGGCGCAGAGAGGAC;SOR=5.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=7;TCR=126;TR=133;WE=76117979;WS=76117961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	76119930	rs55677349	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=0.689;SC=AAGTGGATAGTTGGATAGGTG;SOR=0.124;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=13;WE=76119938;WS=76119920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr17	76120606	rs199717203	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=298;ReadPosRankSum=-0.010;SC=CTTCCTCACCGCGCCTGTGAG;SOR=0.919;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=21;WE=76120614;WS=76120596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr17	76121318	rs12449858	G	A	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1361;ReadPosRankSum=-0.714;SC=AGGCTCTGGAGCTCCTTCACC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=80;TCR=66;TR=101;WE=76121326;WS=76121308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,101:0.69:146
chr17	76128386	rs1354985	G	C	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=59;PP=2965;SC=GACTCTCAGCGCGGCCCCAGC;SOR=1.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=103;TCR=59;TR=162;WE=76128394;WS=76128376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	76128662	rs1396149	G	C	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=1036;SC=CCAGGGCCCAGAGCGTGGCGA;SOR=1.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=76128670;WS=76128652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	76130575	rs7208422	A	T	13162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=268;NR=201;PP=2965;SC=AACGTACTCAACGGGCTCCTG;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=472;TCF=268;TCR=204;TR=469;WE=76130583;WS=76130565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr17	76131070	rs12452890	G	A	10593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=188;NR=190;PP=2965;SC=CCAACACGGAGGTCAACCTCA;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=379;TCF=188;TCR=191;TR=378;WE=76131078;WS=76131060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr17	76134828	rs7221365	C	A	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=69;PP=2651;SC=TCAGGGCAGCCGGGGCCATGG;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=118;WE=76134836;WS=76134818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	76137198	rs369764	T	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=24;PP=664;SC=CTGTAACCCCTACCCCTGCCT;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=76137206;WS=76137188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr17	76142811	rs147459634	GT	G	1287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=2;PP=1078;SC=AAGAGCTTTTGTGAGTGATGG;SOR=3.193;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=76142819;WS=76142801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	76143009	rs7217374	G	A	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=53;PP=1666;SC=GGCATAGCCTGCTGCAGGGAG;SOR=1.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=76143017;WS=76142999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	76156983	rs62079086	T	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=857;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CTTCTTAAGGTGCTTGATCAA;SOR=1.045;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=55;WE=76156991;WS=76156973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr17	76157266	rs4071641	T	C	9231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.88;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr17	76157266	.	TGGGCG	CGGGCA,CGGGCG	2480	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=30,112;NR=53,165;PP=975,2480;QD=12.3911792152;SC=CTACTTCTGCTGGGCGTCCTC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=278;TCF=112;TCR=166;TR=83,277;WE=76157279;WS=76157256;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.30:278
chr17	76157271	rs72898212	G	A	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=6.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,89:0.32:281
chr17	76157343	rs72898214	C	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=230;ReadPosRankSum=1.477;SC=CCAGTGAGTGCGGTGGGGGGC;SOR=0.363;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=17;WE=76157351;WS=76157333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr17	76162134	rs3644	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=2.289;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr17	76164925	rs112700371	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=-2.197;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr17	76166939	rs1079170	C	G	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,147:0.27:544
chr17	76167047	rs1062668	C	T	9727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.410;NF=203;NR=194;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.422;SC=TGGCCTCGGCCTTCTTCTTGG;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=593;TCF=305;TCR=288;TR=397;WE=76167055;WS=76167037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,412:0.67:611
chr17	76170830	rs1065768	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=308;ReadPosRankSum=0.339;SC=GGGCGGCCCTCGCAGGTCCCT;SOR=0.406;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=26;WE=76170838;WS=76170820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr17	76171330	rs2854702	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=625;ReadPosRankSum=0.027;SC=GATTCACAAGCACTGAAGCCA;SOR=0.918;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=45;WE=76171338;WS=76171320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,44:0.32:136
chr17	76178748	rs1143697	T	C	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,43:0.32:134
chr17	76178751	rs1143696	C	T	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,42:0.33:127
chr17	76183043	rs1071664	A	G	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=81;PP=1890;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TGGGGGAGCCAGGCAGCACAG;SOR=0.560;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=511;TCF=239;TCR=272;TR=162;WE=76183051;WS=76183033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:352,164:0.32:516
chr17	76183348	rs118063987	T	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=1.381;SC=TGGGGCCTGGTCTGAGCCCCG;SOR=1.002;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=6;WE=76183356;WS=76183338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr17	76198458	rs11649894	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=534;ReadPosRankSum=1.756;SC=TGCAGTGAGCCGAGATCGCGC;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=24;WE=76198466;WS=76198448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr17	76198595	rs146611868	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=804;ReadPosRankSum=0.724;SC=ACAAGGGCCCGGGCCACCAGG;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=121;TCR=118;TR=75;WE=76198603;WS=76198585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,81:0.32:255
chr17	76198754	rs35822441	T	C	2895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=66;PP=1706;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GGGCGGGCCTTGCTCACACGC;SOR=0.518;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=128;WE=76198762;WS=76198744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,131:0.69:189
chr17	76218857	rs4789559	G	A	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.342;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=20;PP=2732;ReadPosRankSum=1.563;SC=AAAAAATATGGTAGGGAAGGG;SOR=1.327;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=83;TCR=38;TR=70;WE=76218877;WS=76218847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr17	76218869	rs17882271	G	A	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.155;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=28;PP=2732;ReadPosRankSum=0.694;SC=AGGGAAGGGGGTCCCTGGATT;SOR=1.167;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=147;TCF=94;TCR=53;TR=84;WE=76218877;WS=76218847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,88:0.57:154
chr17	76219123	.	TAGACTAGCTGGGGTGCCC	T	969	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=61.94;NF=0;NR=5;PP=969;QD=202.4;SC=CTGGGGTGCCTAGACTAGCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=76219148;WS=76219113;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr17	76219591	rs2071214	G	A	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=54;PP=2078;SC=GGAAACTGCGGAGAAAGTGCG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=68;TCR=54;TR=122;WE=76219599;WS=76219581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	76219783	rs2239680	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr17	76228048	rs186093980	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr17	76228088	rs8068943	T	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=665;SC=ACCCGTCCCCTCCCGCCGGCC;SOR=1.802;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=25;WE=76228096;WS=76228078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	76229983	rs61730389	C	T	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=29;PP=1415;ReadPosRankSum=2.009;SC=CAGGGCAGAACGGCTGCATCC;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=98;TCR=47;TR=90;WE=76229991;WS=76229973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,99:0.64:155
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chr17	76394042	rs16971107	G	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=8;PP=946;ReadPosRankSum=-0.561;SC=ACCTGGTGTCGTAGCGTTTCC;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=45;WE=76394050;WS=76394032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
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chr17	76395421	rs2292643	G	A	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.70;SOR=3.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr17	76395750	rs12450500	C	T	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=5.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	76396963	rs3817294	A	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=51;PP=1503;SC=ACACCCTTCTATGGCTGTGGG;SOR=2.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=76396971;WS=76396953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	76400221	rs55905899	T	C	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=669;ReadPosRankSum=-1.164;SC=GCCACAAACATGGGCAGGGGG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=38;WE=76400229;WS=76400211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr17	76400236	rs3744219	G	A	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=36;PP=967;SC=AGGGGGTGGGGAGCCCTGGCG;SOR=4.271;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=76400244;WS=76400226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	76400258	rs3744217	G	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=5.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	76400268	rs3826323	C	G	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.39;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	76410871	rs3744216	G	A	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=106;NR=60;PP=2707;SC=AGGGCAGGCCGCCTTTCTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=106;TCR=60;TR=166;WE=76410879;WS=76410861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	76411154	rs3833108	T	TG	1062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=1010;SC=AGGGTGTGGCTGGGGGCCCAG;SOR=2.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=27;WE=76411162;WS=76411144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	76421626	rs142772880	A	C	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=55;PP=1456;ReadPosRankSum=2.467;SC=TGGGCAGGGCAAAGTCTGTCG;SOR=0.458;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=133;TCF=41;TCR=92;TR=83;WE=76421634;WS=76421616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,87:0.64:137
chr17	76422473	rs4969188	T	C	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=889;ReadPosRankSum=0.797;SC=GGGTGTGGGGTGTGCCGAGCT;SOR=0.685;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=48;WE=76422481;WS=76422463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr17	76423097	rs2271613	G	A	10567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=188;PP=2965;SC=CGACTACCACGTAGGGGGTCT;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=377;TCF=189;TCR=188;TR=375;WE=76423105;WS=76423087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr17	76424482	rs651806	A	G	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=12;PP=1267;SC=ACCCAAGCCCAAGGCTGGGGC;SOR=2.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=63;WE=76424490;WS=76424472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	76433685	rs2289757	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=722;SC=AGGCCGTGGCATGGGATGGGG;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=76433693;WS=76433679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	76433898	rs12941494	T	C	4909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=103;PP=2838;SC=CGTGCTGTAGTGCTCCAGCTT;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=184;WE=76433906;WS=76433888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	76435448	rs12150123	C	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=179;SC=GTTTTAAAACCCATCTTAAAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=76435456;WS=76435438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	76449505	rs2289751	G	C	9571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=220;PP=2965;SC=CAATGAGCAAGGTGTCCCCTT;SOR=1.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=360;TCF=140;TCR=220;TR=360;WE=76449513;WS=76449495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr17	76451921	rs8069561	A	G	6354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=116;PP=2965;SC=CGACCAGCCTAAAGTGGGATG;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=96;TCR=116;TR=212;WE=76451929;WS=76451911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	76456352	rs623336	T	C	7105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=144;PP=2965;SC=GGAAGGAAGATGGACAGGAGA;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=110;TCR=144;TR=254;WE=76456360;WS=76456342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr17	76456403	rs148454093	C	CGTGCATGTGT,CGTGCATGTGTGTGCATGTGT	2322.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=1,1;NR=25,25;PP=2987,1849;SC=GGGGCGTGTACGTGCATGTGT;SOR=4.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=3;TCR=88;TR=26,26;WE=76456411;WS=76456393;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.41,0.59:49
chr17	76457559	rs692529	T	G	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=4;PP=1173;SC=TGACCACACGTGGAAGCCCAG;SOR=3.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=76457567;WS=76457549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	76457910	rs640292	G	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=655;SC=CGTGTCTTACGACTCCCAGTG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=76457918;WS=76457900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	76462770	rs691225	G	A	9328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=150;PP=2965;SC=GGAAGCGGGCGCTGACGGACA;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=178;TCR=151;TR=328;WE=76462778;WS=76462760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr17	76464916	rs635874	G	A	5557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.265;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=1.297;SC=CAGGAACACCGAGGGAACGTT;SOR=1.027;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=324;TCF=141;TCR=183;TR=223;WE=76464924;WS=76464905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,238:0.69:344
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chr17	76472768	rs7405830	G	A	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=55;PP=1533;ReadPosRankSum=1.873;SC=AAAGGCGGACGAGGTCCAGTG;SOR=0.792;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=97;WE=76472776;WS=76472758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,103:0.59:175
chr17	76472855	rs4969207	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=438;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TCAGCTGTTACGAAGGCGAGC;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=24;WE=76472863;WS=76472845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr17	76475067	rs56372780	A	G	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.929;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=45;PP=2479;ReadPosRankSum=-1.105;SC=CAGGCACTGGACCGTAAGGCA;SOR=0.414;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=203;TCF=143;TCR=60;TR=146;WE=76475075;WS=76475057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,153:0.73:210
chr17	76475809	rs28454411	T	C	246.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=0.801;SC=CCTGTCCTCATGTTCTAAGGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=76475817;WS=76475799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr17	76481608	rs11077370	A	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=378;ReadPosRankSum=1.036;SC=CCGGGTAGGCAGGGCGTGGCC;SOR=0.532;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=26;WE=76481616;WS=76481598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr17	76482256	rs691142	A	G	3603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=69;PP=2368;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CCAGCTAAGCAGGATGCTGAG;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=148;TCR=110;TR=158;WE=76482264;WS=76482246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,168:0.60:278
chr17	76482432	rs691151	A	G	6021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GCAGGTACAGAATCGTTTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=385;TCF=179;TCR=206;TR=253;WE=76482440;WS=76482422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,266:0.65:409
chr17	76490083	rs691912	G	A	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=600;ReadPosRankSum=0.282;SC=CCACCATGCCGGATCCCTGCA;SOR=0.538;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=34;WE=76490091;WS=76490073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr17	76490991	rs72927807	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=4.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,63:0.29:220
chr17	76491127	rs691652	TG	CC	10442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=110;PP=2947;SC=CCCTCGGCCATGAGCATGATC;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=95;TCR=112;TR=203;WE=76491136;WS=76491117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	76491194	rs11077375	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=196;ReadPosRankSum=-1.304;SC=GGAGGTCAGCGGTGCCTGTGG;SOR=0.889;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=16;WE=76491202;WS=76491184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr17	76491211	rs11077376	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=7.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=0.201;SOR=2.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr17	76495050	rs691291	C	T	7395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=158;NR=111;PP=2965;SC=ACGAGCCAGTCACCCGACGTG;SOR=0.975;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=273;TCF=159;TCR=114;TR=269;WE=76495058;WS=76495040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr17	76496350	rs35901117	A	C	5208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=118;NR=73;PP=2963;SC=CTATAAAAGAAGACTCTGGGT;SOR=1.173;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=118;TCR=73;TR=191;WE=76496369;WS=76496340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	76496361	rs34124297	C	G	6478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=85;PP=2965;SC=GACTCTGGGTCCCTCCTCCGG;SOR=1.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=139;TCR=85;TR=224;WE=76496369;WS=76496340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	76496492	rs2028734	A	G	7639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=141;PP=2965;SC=CGGGGCCGGCAGGGGCTCCAC;SOR=0.923;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=121;TCR=142;TR=262;WE=76496500;WS=76496471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr17	76496577	rs2028735	C	T	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=73;PP=2284;SC=TGTGTGCCAGCGACCCCATGG;SOR=1.288;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=49;TCR=73;TR=122;WE=76496585;WS=76496567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	76497778	rs671899	T	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=11;PP=1748;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CTGAACCCGGTGTCCCCTTGC;SOR=1.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=73;WE=76497786;WS=76497768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr17	76497920	rs690844	C	A	14204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=244;NR=265;PP=2965;ReadPosRankSum=0.690;SC=TGAGGTTCCCCATGAGCAGCG;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=511;TCF=245;TCR=266;TR=509;WE=76497928;WS=76497910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,533:1.00:535
chr17	76498692	rs930571	C	T	9777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=170;NR=172;PP=2965;SC=GTTATAATCTCTGATAGCGTT;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=170;TCR=172;TR=342;WE=76498700;WS=76498682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr17	76498909	rs7218324	A	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=10;PP=1180;SC=CATGAACGCAAAGAAACTCGC;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=76498917;WS=76498899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	76501313	rs149999193	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=597;ReadPosRankSum=1.304;SC=TGAGGGCGTGTGGCCCACACG;SOR=0.560;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=29;WE=76501321;WS=76501303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr17	76503593	rs9896398	T	C	6493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=132;PP=2965;SC=GGGAGCTGGGTGCGGATGTCT;SOR=1.193;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=91;TCR=132;TR=223;WE=76503601;WS=76503583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	76506607	rs867654	G	A	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=79;NR=80;PP=2613;SC=AAAAAATCCAGGCAGGATTCA;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=159;WE=76506615;WS=76506597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	76506665	rs2376586	T	C	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=53;PP=1283;SC=TGATCCTTCATGGAGAGCCAT;SOR=1.496;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=76506673;WS=76506655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr17	76525475	rs884714	T	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=3;PP=1044;SC=ATGGTTGCGTTTGATGGGCTG;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=41;WE=76525483;WS=76525465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	76525565	rs4273108	A	G	6946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=160;NR=75;PP=2965;SC=TGCAGCTTCAAGTGGATCTCC;SOR=1.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=161;TCR=75;TR=235;WE=76525573;WS=76525555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	76525805	rs4969212	C	G	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=129;PP=2965;SC=ATTTGTGTGGCCCCAGCCCCC;SOR=2.370;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=42;TCR=129;TR=171;WE=76525818;WS=76525795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	76525864	rs4597380	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=319;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GGGGACGACCGCGGTGAGGTC;SOR=1.460;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=20;WE=76525872;WS=76525854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr17	76526724	rs111543966	G	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=35;PP=807;ReadPosRankSum=0.104;SC=CTGGGGCCAGGGTCAGCAAAG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=37;WE=76526732;WS=76526714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr17	76528591	rs11868065	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=326;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CCAGGGTGGGCGGTGTCTTGG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=23;WE=76528599;WS=76528581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr17	76528790	rs11651537	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=367;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CCTCATCTCTATGAGGTCTGT;SOR=0.426;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=34;WE=76528798;WS=76528780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr17	76528831	rs11077379	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=504;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GAAAGGGGCAGGGGAGAAGCA;SOR=0.516;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=37;WE=76528839;WS=76528821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr17	76533269	rs111781371	A	AAAAG	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.67;MQRankSum=5.874;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr17	76535759	rs7220871	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=180;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CTAGAAACTATAGATTCTAAC;SOR=1.371;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=12;WE=76535767;WS=76535749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr17	76535948	rs7221209	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=799;ReadPosRankSum=-1.265;SC=CTGCCCTGAATAGTTCTGCGT;SOR=0.830;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=182;TCF=77;TCR=105;TR=61;WE=76535956;WS=76535938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,63:0.33:191
chr17	76536048	rs7220203	C	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=477;ReadPosRankSum=1.809;SC=TCTGGACCGCCCGTCCATGTT;SOR=2.468;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=23;WE=76536056;WS=76536038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr17	76554114	rs62075923	A	G	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=27;PP=1123;ReadPosRankSum=0.455;SC=ACATCTCTGAAACACACAAAC;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=275;TCF=180;TCR=95;TR=80;WE=76554122;WS=76554104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,83:0.29:289
chr17	76554147	rs4969171	A	G	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=54;PP=1459;ReadPosRankSum=-1.154;SC=AAACCAAAACAATACAAAGCT;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=407;TCF=241;TCR=166;TR=128;WE=76554155;WS=76554137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,137:0.31:437
chr17	76556811	rs78321431	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=202;ReadPosRankSum=-2.041;SC=GTCCCCACTCCTGGCACCCAC;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=15;WE=76556819;WS=76556801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr17	76557862	rs894966	T	C	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1144;ReadPosRankSum=1.115;SC=CCAGGCTCCATTTGAGCTGCC;SOR=0.964;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=75;WE=76557870;WS=76557852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,79:0.44:179
chr17	76557943	rs1108366	G	A	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=67;PP=1723;ReadPosRankSum=0.840;SC=TCTGGGCATCGTACAAGATCT;SOR=0.528;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=385;TCF=211;TCR=174;TR=138;WE=76557951;WS=76557933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,142:0.36:394
chr17	76558141	.	A	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=683;ReadPosRankSum=0.087;SC=CAAAACGGGCAGGGCCAATCT;SOR=0.217;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=33;WE=76558149;WS=76558131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,35:0.74:47
chr17	76558159	rs2376587	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=30;PP=660;SC=TCTTCAGGAGTGAGAGAATGT;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=76558167;WS=76558149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	76565341	rs72920970	G	A	4961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=1.293;SC=TGTCCTTAGAGGAGAGAAAGA;SOR=0.830;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=291;TCF=160;TCR=131;TR=202;WE=76565349;WS=76565331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,214:0.69:311
chr17	76566963	.	AAAAAG	A	516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;MQRankSum=2.211;QD=17.82;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr17	76567013	rs12948559	C	T	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.771;NF=78;NR=28;PP=1892;ReadPosRankSum=-2.452;SC=AAAGCCGGCTCTCCCTTGCCT;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=127;TCR=47;TR=106;WE=76567021;WS=76567003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,110:0.62:177
chr17	76567332	rs12949510	C	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=378;ReadPosRankSum=0.399;SC=CAGCTTCGTGCAGAACTCATG;SOR=0.321;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=23;WE=76567340;WS=76567322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr17	76567707	rs894968	T	C	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=43;PP=1980;SC=AGCAGCCGAGTGTCCCAGAAC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=77;TCR=43;TR=120;WE=76567715;WS=76567697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr17	76567910	rs4969149	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=587;ReadPosRankSum=-0.336;SC=CGACACACACGTGGGTCCCAC;SOR=0.682;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=41;WE=76567918;WS=76567900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
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chr17	76794774	rs3744799	T	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=43;PP=1034;SC=ATGACCCCTGTGCACGGCGAC;SOR=2.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=76794782;WS=76794764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	76794981	rs2279308	A	G	8002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=126;PP=2965;SC=TCAGCATCACACATCATACCT;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=177;TCR=127;TR=301;WE=76794989;WS=76794971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	76798548	rs71964596	TTTTTTC	T	1309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.805;QD=24.25;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr17	76799795	rs1057040	G	A	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=738;ReadPosRankSum=-0.587;SC=TGTGGGAGGCGCGTCTCTGAG;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=50;WE=76799803;WS=76799785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr17	76799860	rs3088040	T	C	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.460;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=689;ReadPosRankSum=-0.997;SC=AGAGGGGCTCTGGGGGGGCTC;SOR=0.910;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=59;WE=76799868;WS=76799850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,64:0.56:114
chr17	76799898	rs9302885	A	G	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=8.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,76:0.59:128
chr17	76817090	rs3744793	C	T	4842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.189;SC=TCCAGCGCGACGTCCAAGTAG;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=178;TCR=188;TR=220;WE=76817098;WS=76817080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,225:0.60:372
chr17	76832133	rs900349	T	C	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=85;SC=AATATTTAAGTCCATCCACTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=76832141;WS=76832130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	76867185	rs55743137	G	T	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=38;PP=1062;SC=ACAACCTGTAGCTGGGGTACA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=76867193;WS=76867175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	76897733	rs12941365	G	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=-1.324;SC=TAGGCCAAGCGACTTCACTCT;SOR=0.163;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=9;WE=76897741;WS=76897723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr17	76897974	rs4789936	C	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=401;ReadPosRankSum=0.432;SC=CTTGAAATCACTGGGCTGACT;SOR=0.513;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=34;WE=76897982;WS=76897964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr17	76970879	rs3744166	A	G	6527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=123;NR=123;PP=2965;SC=ACTGGACCTCATCCAGCATGA;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=123;TCR=123;TR=246;WE=76970887;WS=76970869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr17	77039835	rs4789924	G	A	7424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=65;PP=2588;ReadPosRankSum=0.483;SC=ACGTGAGTGCGTCGTGAGTGC;SOR=0.687;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=250;TCF=161;TCR=89;TR=177;WE=77039843;WS=77039825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,188:0.70:267
chr17	77039852	rs4789854	G	A	8393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=0.884;SC=GTGCGTGTATGCATGCATGGG;SOR=0.577;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=308;TCF=197;TCR=111;TR=217;WE=77039860;WS=77039842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,230:0.69:333
chr17	77040185	rs4789853	G	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=506;ReadPosRankSum=-0.086;SC=AGCTGCCGTCGCCTCCGGACC;SOR=0.563;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=34;WE=77040193;WS=77040175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr17	77071002	rs8076010	C	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=237;ReadPosRankSum=-1.182;SC=CCTGCGATTGCCTCTCGGCGT;SOR=0.589;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=19;WE=77071010;WS=77070992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr17	77073647	rs62063817	T	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=793;ReadPosRankSum=0.292;SC=GGTCAGCCCCTGCCCCCTCTC;SOR=0.936;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=55;WE=77073655;WS=77073636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
chr17	77073776	rs62063818	A	T	5467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.488;SC=CCACCAAACCAATCAGCTTTT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=201;TCR=177;TR=239;WE=77073789;WS=77073766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,247:0.63:392
chr17	77073941	rs56353542	T	C	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=387;ReadPosRankSum=1.257;SC=GGTACCTGGATGACAGGTGAG;SOR=0.283;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=30;WE=77073949;WS=77073931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr17	77076302	rs62063824	G	A	3387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=49;PP=2175;ReadPosRankSum=0.667;SC=CTTTCATCACGGAGTGGAATG;SOR=0.940;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=183;TCF=112;TCR=71;TR=133;WE=77076310;WS=77076292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,143:0.74:193
chr17	77076856	rs58975852	G	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr17	77076960	rs2889533	A	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.27;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr17	77076960	.	ATA	GTG	943	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=23;NR=10;PP=943;QD=30.1959962079;SC=CTCATGATAGATAGATCTGGG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=33;WE=77076970;WS=77076950;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr17	77076962	rs2889532	A	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.27;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr17	77078109	rs1317421	A	G	6890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.157;SC=TGTTTGCTCGAGGGAACGTGG;SOR=0.803;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=423;TCF=257;TCR=166;TR=279;WE=77078117;WS=77078099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,285:0.66:430
chr17	77078451	rs3744189	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=603;ReadPosRankSum=0.186;SC=GTCCCAGCTGCGTTCCTTGAT;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=36;WE=77078459;WS=77078441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr17	77081222	rs4789984	C	T	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=17;PP=1307;ReadPosRankSum=-0.948;SC=AATCAGGCAGCCTTCTCTGGA;SOR=0.305;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=122;TCF=98;TCR=24;TR=77;WE=77081230;WS=77081212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,84:0.65:129
chr17	77083180	rs57241083	C	G	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.349;NF=52;NR=96;PP=2373;ReadPosRankSum=-1.805;SC=GGAAGTGGCTCTGAGGCAGTC;SOR=0.998;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=228;TCF=86;TCR=142;TR=148;WE=77083188;WS=77083170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,153:0.65:236
chr17	77087005	rs112100897	C	CA	6198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.041;NF=13;NR=72;PP=2966;ReadPosRankSum=0.439;SC=TGCAGCTTCTCGGGGGAGGCA;SOR=0.733;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=139;TCF=20;TCR=119;TR=85;WE=77087013;WS=77086995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,183:0.69:264
chr17	77088790	rs11286198	GA	G	606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr17	77089630	rs371204042	GA	G	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=10.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.023;SOR=2.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr17	77090361	rs111575648	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=0.120;SC=ACTGAGAGGGCGTGAGGGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=77090369;WS=77090351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr17	77090473	rs61042144	A	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=520;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CAAGGGCCTCACCACCCATGC;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=39;WE=77090481;WS=77090463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr17	77093261	.	C	G	241.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=-0.517;SC=ATCCTCCCCCCCCCCAGGTCT;SOR=1.329;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=10;WE=77093269;WS=77093245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr17	77093582	.	G	GC	93.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5852;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=89;SC=CGTACACCTAGCCCCCCCGCG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=77093590;WS=77093572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	77093734	rs59021665	A	G	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=24;PP=1659;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GGGGCCAAGTAGCTGGTCTCA;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=95;TCR=37;TR=83;WE=77093742;WS=77093724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,80:0.63:126
chr17	77093768	rs58352742	T	C	4700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=0.007;SC=CCGCCCCAGCTTTTACCTGCA;SOR=0.513;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=341;TCF=211;TCR=130;TR=208;WE=77093776;WS=77093758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,207:0.62:333
chr17	77100061	.	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.479;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=297;ReadPosRankSum=0.782;SC=TCCTCGGGCGCGAAGCTCTCC;SOR=2.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=17;WE=77100069;WS=77100051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr17	77102966	rs36122090	T	TC	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.968;NF=0;NR=19;PP=606;ReadPosRankSum=0.030;SC=GGCCAGATTCTCCCCACCCTT;SOR=1.226;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=19;WE=77102974;WS=77102956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr17	77704912	rs8074547	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.94;MQRankSum=-1.189;NF=10;NR=6;PP=157;ReadPosRankSum=1.054;SC=ATGAGAGGCCTGGCCGTCCTC;SOR=0.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=16;WE=77704920;WS=77704902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr17	77705045	rs8074728	T	C	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.908;NF=76;NR=35;PP=1501;ReadPosRankSum=0.253;SC=ACGACCAGGATGTGGACACCC;SOR=0.856;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=180;TCF=119;TCR=61;TR=111;WE=77705053;WS=77705035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,122:0.63:195
chr17	77707168	rs375922133	GC	G	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=337;ReadPosRankSum=0.462;SC=GCTCCCCCCAGCCCTGCCCCA;SOR=1.880;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=11;WE=77707176;WS=77707158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr17	77751983	rs71368052	C	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=4;PP=830;SC=GCGCGGCGGTCCGGGCGGGTG;SOR=2.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=34;WE=77751991;WS=77751976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	77758484	rs3751956	G	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1003;ReadPosRankSum=0.283;SC=GTGAGAAGCTGGCTTCCAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=307;TCF=159;TCR=148;TR=91;WE=77758492;WS=77758474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,98:0.30:326
chr17	77758691	rs3751957	G	A	5484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.913;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=1.428;SC=GACAGAACCCGTCAGTGTCCG;SOR=0.534;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=305;TCF=174;TCR=131;TR=227;WE=77758699;WS=77758681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,237:0.75:314
chr17	77768654	rs4889891	C	A	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=47;PP=1920;ReadPosRankSum=1.519;SC=CAGGCCCCCCCCAGAGCTGGG;SOR=0.851;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=91;TCR=65;TR=116;WE=77768662;WS=77768637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,127:0.74:172
chr17	77772068	rs9905914	G	A	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=603;ReadPosRankSum=-1.132;SC=TCCCAACGTGGGCGGCGGACA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=45;WE=77772076;WS=77772058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,55:0.68:81
chr17	77809591	.	GC	G	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=8.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.913;QD=6.38;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,49:0.36:137
chr17	77916134	rs2650236	G	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=699;ReadPosRankSum=-0.215;SC=AGCCCAGCTCGGGGGCCGTGT;SOR=0.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=34;WE=77916142;WS=77916124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr17	77922612	rs8079001	C	T	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=51;PP=2277;ReadPosRankSum=-0.120;SC=CTTCCCAGAGCGGTCAGGTGA;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=137;TCR=73;TR=145;WE=77922620;WS=77922602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,159:0.70:228
chr17	78010548	rs3752041	C	A	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=970;ReadPosRankSum=0.378;SC=TCTCCGTTCACCGCTCCAGGT;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=237;TCF=136;TCR=101;TR=84;WE=78010556;WS=78010538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,86:0.35:247
chr17	78013724	rs2289527	G	C	4946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=74;PP=2965;SC=AGGGGGAGGTGGAGACAGAAG;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=90;TCR=74;TR=164;WE=78013732;WS=78013714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	78020941	rs76104475	GGC	TTT	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=1434;ReadPosRankSum=0.091;SC=CCACGTGCCCGGCCAGGTTTT;SOR=1.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=20;WE=78020951;WS=78020931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr17	78022378	rs2289530	C	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTCTCTCCCCCCAGTGATCCC;SOR=0.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=11;WE=78022386;WS=78022368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
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chr17	78032915	rs11654770	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=370;ReadPosRankSum=0.617;SC=CTGCAAACATCGGGCCCTCCC;SOR=1.121;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=21;WE=78032923;WS=78032905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr17	78039867	rs8082554	C	T	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=38;PP=1498;ReadPosRankSum=1.440;SC=GGGATGGATGCGTGGCTCAGG;SOR=0.408;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=147;TCF=93;TCR=54;TR=101;WE=78039875;WS=78039857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,112:0.71:157
chr17	78055758	rs35578653	T	G	4656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.167;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.191;SC=AGACGGATGCTGCCATCCGGG;SOR=0.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=292;TCF=146;TCR=146;TR=201;WE=78055766;WS=78055748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,209:0.69:301
chr17	78061317	rs11150839	A	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.572;NF=23;NR=3;PP=518;ReadPosRankSum=-0.205;SC=GAGAGACAAAACCTGGCTCAC;SOR=0.516;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=26;WE=78061325;WS=78061307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr17	78061353	rs11150840	G	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=3;PP=720;ReadPosRankSum=0.681;SC=GCCTGCGGGCGAGGACCCGTA;SOR=1.445;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=34;WE=78061361;WS=78061343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr17	78061979	rs12942049	A	C	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=74;PP=1409;ReadPosRankSum=0.284;SC=AAGACCATGTAGGAGGCCAGG;SOR=0.459;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=190;TCF=69;TCR=121;TR=121;WE=78061987;WS=78061969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,128:0.63:202
chr17	78063957	rs7210658	A	G	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=1.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-7.753;QD=10.71;ReadPosRankSum=2.125;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,106:0.32:329
chr17	78063964	rs7210664	A	G	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-8.376;QD=10.45;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,106:0.31:338
chr17	78063966	rs7210665	A	G	3500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=1.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-8.531;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,106:0.31:338
chr17	78063996	rs7210679	A	G	2631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=5.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-9.646;QD=8.86;ReadPosRankSum=-2.020;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,79:0.27:297
chr17	78064015	rs4889953	G	C	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=14.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=-11.240;QD=7.34;ReadPosRankSum=-3.865;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,67:0.26:262
chr17	78064094	.	G	A	842	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=19;MQ=43.92;NF=34;NR=41;PP=842;QD=11.690282834;SC=CGGGACGCGCGCAGGCACGTG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=253;TCF=115;TCR=138;TR=75;WE=78064102;WS=78064084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:178,75:0.30:253
chr17	78064145	.	A	ACAC	2921	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=49.27;NF=20;NR=79;PP=2921;QD=20;SC=TGCACGAACAAGGGACGCGCG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=180;TCF=34;TCR=146;TR=99;WE=78064153;WS=78064135;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:81,99:0.55:180
chr17	78064185	.	CAGCACGTGCATGAACAACACAGGACACACACAGCACGTGCATGAACAACACAGGACACACACA	C	2485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.347;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-2.349;QD=9.45;ReadPosRankSum=-4.297;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,152:0.58:263
chr17	78064216	.	C	CA	830	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=57.3;NF=11;NR=24;PP=830;QD=24.4285714286;SC=AGGACACACACAGCACGTGCA;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=35;WE=78064224;WS=78064206;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:62,35:0.36:97
chr17	78064247	.	CA	C	432	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=55.85;NF=1;NR=14;PP=432;QD=30.5333333333;SC=AGGACACACACAAGCACGTGC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=15;WE=78064255;WS=78064237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr17	78071052	rs12952612	T	C	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=51;PP=2183;ReadPosRankSum=-1.357;SC=AGGCCACCGATGAGTGCACCA;SOR=0.834;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=254;TCF=170;TCR=84;TR=158;WE=78071060;WS=78071042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,159:0.61:261
chr17	78078709	rs1800300	T	C	7478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.871;SC=CCCGCGGCTGTTGCTACATCC;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=446;TCF=243;TCR=203;TR=312;WE=78078717;WS=78078699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,322:0.69:465
chr17	78079481	rs8069491	C	G	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=955;ReadPosRankSum=0.177;SC=CTGTCCTTGGCGTGCGGGTTG;SOR=0.788;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=61;WE=78079489;WS=78079471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,63:0.63:100
chr17	78079509	rs12452721	T	G	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=42;PP=1376;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GAGAGTAAGGTGGCTGTGGGG;SOR=0.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=99;WE=78079517;WS=78079499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,104:0.61:171
chr17	78079544	rs3816256	C	G	3631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.740;NF=89;NR=71;PP=2275;ReadPosRankSum=-1.770;SC=CCCATCTCTTCTAGATCAAAG;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=134;TCR=110;TR=160;WE=78079552;WS=78079534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,166:0.64:259
chr17	78079597	rs1042393	A	G	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=1960;ReadPosRankSum=1.027;SC=GAGACCCCGCATGTCCACAGC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=114;TCR=121;TR=151;WE=78079605;WS=78079587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,159:0.63:252
chr17	78079669	rs1042395	G	A	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=789;ReadPosRankSum=0.543;SC=GTGATCGTGCGCCGGCAGCTG;SOR=1.281;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=47;WE=78079677;WS=78079659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr17	78081526	rs3071247	A	AGCAGCGG	3415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.770;NF=8;NR=43;PP=2775;ReadPosRankSum=-1.743;SC=CCCACGGTACAGCGGCGGGCG;SOR=0.753;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=98;TCF=10;TCR=88;TR=51;WE=78081534;WS=78081514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,96:0.59:163
chr17	78081551	rs2304845	T	C	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=998;ReadPosRankSum=0.139;SC=GCGGGGGCACTGAGCTGGGGA;SOR=0.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=61;WE=78081559;WS=78081541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr17	78081707	rs2252455	G	A	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=55;PP=1416;ReadPosRankSum=-0.447;SC=TAAGCTGCCCGCCGCCCAGCG;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=100;WE=78081715;WS=78081697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,109:0.76:144
chr17	78081982	rs2241888	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=477;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TGAGCTCCTCGTGGGGAGAGA;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=27;WE=78081990;WS=78081972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr17	78082005	rs2241887	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=662;ReadPosRankSum=1.503;SC=CTCAACTCTCCGCCTGTGATT;SOR=0.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=40;WE=78082013;WS=78081995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr17	78082504	rs1800304	G	A	3855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=83;PP=2359;ReadPosRankSum=-0.510;SC=AGGACGTCCAGTGGAACGACC;SOR=0.623;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=253;TCF=130;TCR=123;TR=164;WE=78082512;WS=78082494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,173:0.65:266
chr17	78083565	rs2278620	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=575;ReadPosRankSum=0.633;SC=GTCCTGACTCGCCCGGCCCTG;SOR=0.760;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=29;WE=78083573;WS=78083555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr17	78083726	rs2278619	A	G	4863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.587;SC=TCACCTTGACAGGTTTCCCTC;SOR=0.657;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=320;TCF=167;TCR=153;TR=217;WE=78083734;WS=78083716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,224:0.68:329
chr17	78084507	rs2304844	G	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=391;ReadPosRankSum=0.444;SC=TCTCCCCACTGCAGCCTCTCG;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=20;WE=78084515;WS=78084497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr17	78084688	rs2304843	C	A	5074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.809;SC=GGGGACTACCCCACCCTCCTC;SOR=0.579;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=352;TCF=201;TCR=151;TR=227;WE=78084696;WS=78084678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,234:0.64:365
chr17	78084769	rs1042396	G	A	3688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=85;PP=2335;ReadPosRankSum=-1.333;SC=ACTTCATCAGGGGCTCTGAGG;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=278;TCF=133;TCR=145;TR=163;WE=78084777;WS=78084759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,169:0.57:294
chr17	78084940	rs199788201	GC	G	688.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=0.823;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr17	78084942	rs4889817	G	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=604;ReadPosRankSum=0.292;SC=GGAAAGGGGCGGGGGGGGGAT;SOR=1.058;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=16;WE=78084950;WS=78084930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr17	78086043	rs2304838	C	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=5.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=35;PP=789;ReadPosRankSum=-0.273;SC=TCTCCCCACCCGCTGCCTGCA;SOR=4.119;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=35;WE=78086051;WS=78086033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr17	78086846	rs2304836	A	G	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=-1.395;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,127:0.68:188
chr17	78090928	rs2304832	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.321;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.271;NF=2;NR=40;PP=838;ReadPosRankSum=-2.168;SC=GGGACCCTAAGCCCTGGGGAG;SOR=2.790;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=42;WE=78090936;WS=78090918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,44:0.63:70
chr17	78091405	rs1126690	G	A	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=39;PP=1493;ReadPosRankSum=0.110;SC=CCAGGTGCCAGTAGAGGCCCT;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=82;TCR=54;TR=99;WE=78091413;WS=78091395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,105:0.71:148
chr17	78092063	rs1042397	G	A	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1080;ReadPosRankSum=-1.033;SC=CCAAGGGTGGGGAGGCCCGAG;SOR=0.901;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=66;WE=78092071;WS=78092053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,70:0.64:109
chr17	78092903	.	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=0.906;SC=TGCGCCTGCCGGGGAGGAACC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=9;WE=78092911;WS=78092897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr17	78111877	rs2361710	T	C	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=48;PP=1598;ReadPosRankSum=0.214;SC=TCTTGATTTATGTCATTCAGA;SOR=0.479;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=181;TCF=114;TCR=67;TR=123;WE=78111885;WS=78111867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,126:0.67:187
chr17	78113832	rs2241886	G	A	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=46;PP=1943;ReadPosRankSum=-0.248;SC=GAGTGCCCGCGACAACATGCT;SOR=0.821;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=192;TCF=117;TCR=75;TR=125;WE=78113840;WS=78113822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,133:0.66:203
chr17	78114996	rs12949569	C	T	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=793;ReadPosRankSum=0.218;SC=AAATGTTAATCAGGAAGAAAA;SOR=0.363;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=70;TCR=9;TR=45;WE=78115004;WS=78114986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr17	78155182	rs9906472	A	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=663;ReadPosRankSum=-0.993;SC=GGTCCTGCTTACCTGACAACT;SOR=0.486;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=32;WE=78155190;WS=78155172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr17	78157592	.	C	T	217	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=11;NR=4;PP=217;QD=16.7847475031;SC=CATGCTCACCCGCCCACATGC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=15;WE=78157600;WS=78157582;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr17	78157592	.	C	CGCCCACATGCTCACCT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=-3.204;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr17	78158063	rs4889991	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GCACCCCGGCGCGACCCTGCT;SOR=1.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=23;WE=78158071;WS=78158053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr17	78162170	rs28674001	G	A	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=48;PP=1600;ReadPosRankSum=-1.293;SC=CCTCCCCACCGCACAGCTGTA;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=111;TCR=78;TR=116;WE=78162178;WS=78162160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,122:0.62:198
chr17	78164427	rs12942414	A	G	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.74;ReadPosRankSum=3.719;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr17	78175483	rs2304856	T	C	3889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.355;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=59;PP=2834;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GCGCCTTCTGTCTTCTGGCTG;SOR=1.019;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=257;TCF=161;TCR=96;TR=166;WE=78175491;WS=78175473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,167:0.64:262
chr17	78175854	rs3813063	C	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=336;ReadPosRankSum=0.236;SC=CCCACTGACTCCAGTGCCAGA;SOR=1.115;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=22;WE=78175862;WS=78175844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr17	78176233	rs8069255	T	A	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=49;PP=1148;ReadPosRankSum=-1.163;SC=AGCAGCTGCCTCGAGCTCGGT;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=70;WE=78176241;WS=78176223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,75:0.71:106
chr17	78178170	rs4889996	A	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=1224;ReadPosRankSum=0.072;SC=CACAGGGGCCACTGGCTCCAA;SOR=0.606;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=28;WE=78178197;WS=78178160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr17	78178182	rs4889836	T	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.48;ReadPosRankSum=-1.485;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
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chr17	78178830	rs11653893	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.112;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=375;ReadPosRankSum=0.461;SC=CCTCTCCTCCACAGGCTCCAG;SOR=2.093;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=21;WE=78178838;WS=78178820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr17	78178893	rs11652075	C	T	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=917;ReadPosRankSum=1.987;SC=TACCCTGGTGCGGCCCCATCG;SOR=0.561;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=56;WE=78178901;WS=78178883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr17	78180618	rs4889998	A	C	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=0;PP=849;ReadPosRankSum=0.083;SC=GGCAAGCTCTATTCCCTCATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=59;TCR=2;TR=38;WE=78180626;WS=78180611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr17	78181918	rs111745899	C	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.64;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr17	78184393	rs7503034	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CTGAGCAAAGCGCGGGTCGGT;SOR=0.585;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=274;TCF=145;TCR=129;TR=94;WE=78184401;WS=78184383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,97:0.34:288
chr17	78187720	rs35087113	A	G	3120.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=24;PP=2962;ReadPosRankSum=1.160;SC=CTTAGAACAGACAGACCGGGG;SOR=1.113;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=236;TCF=154;TCR=82;TR=79;WE=78187734;WS=78187710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,86:0.35:244
chr17	78187721	rs34029730	CAG	C	3108.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.672;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.946;NF=35;NR=26;PP=2970;ReadPosRankSum=1.076;SC=TTAGAACAGACAGACCGGGGG;SOR=1.062;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=61;WE=78187734;WS=78187710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,88:0.35:253
chr17	78187954	rs6565647	A	G	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=780;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CCTGAAACACAGGAGGGGCCG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=87;TCR=98;TR=60;WE=78187962;WS=78187944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,62:0.33:189
chr17	78188963	rs4889839	G	A	3020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=72;PP=2028;ReadPosRankSum=1.366;SC=CATGAGGTCCGGGGCCCCCGG;SOR=0.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=93;TCR=109;TR=135;WE=78188971;WS=78188953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,137:0.66:208
chr17	78189009	rs4889840	C	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1021;ReadPosRankSum=0.241;SC=TGTTCTCCCACGGCCCTCCCA;SOR=0.379;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=68;WE=78189017;WS=78188999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,69:0.68:101
chr17	78193831	rs4889841	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-2.295;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr17	78196742	rs5822330	T	TGTG	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr17	78201554	rs6565652	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr17	78201783	rs6565653	T	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-2.185;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,39:0.25:157
chr17	78210944	rs8070283	G	A	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=51;PP=1576;SC=CTGAGGCTGCGGTGGCCCCTG;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=78210952;WS=78210934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	78215441	rs12943906	A	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.048;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=428;ReadPosRankSum=-1.208;SC=AATATTTTAGATGTGTATTCT;SOR=0.303;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=66;TCR=9;TR=27;WE=78215449;WS=78215431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr17	78215566	rs12942462	T	G	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1061;ReadPosRankSum=0.159;SC=TTGGTTCCCTTTAGCATCTCA;SOR=0.807;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=299;TCF=151;TCR=148;TR=90;WE=78215574;WS=78215556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,94:0.29:322
chr17	78219065	rs7406843	C	A	11593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=1.658;SC=GGTGAGTGACCTGTCCGCCTC;SOR=0.419;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=410;TCF=200;TCR=210;TR=406;WE=78219073;WS=78219055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,431:0.99:434
chr17	78219100	rs7406844	C	T	8837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.452;SC=GTTGGACGCCCTAACGTTGTT;SOR=1.161;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=127;TCR=180;TR=304;WE=78219108;WS=78219090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,323:0.99:325
chr17	78219908	rs34818744	T	C	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=87;PP=2583;ReadPosRankSum=0.726;SC=GAGGTCTCCCTTTTCCCGGCC;SOR=0.847;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=535;TCF=281;TCR=254;TR=195;WE=78219916;WS=78219898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,210:0.38:558
chr17	78221850	rs12941437	A	G	218.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=179;SC=GGGGGCAGAAAGCTGTCCCGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=78221858;WS=78221845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	78222280	rs7209848	A	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=14;PP=610;SC=CCTGCAGCACACTAGGTTGGG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=78222288;WS=78222270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	78222565	rs7214131	A	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.60;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	78222638	rs34911974	GC	G	1088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=910;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TCAGCCAGTGGCTGCTGCAGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=23;WE=78222646;WS=78222628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr17	78222661	rs9904116	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=567;SC=GGGTGGTGGCCCCCCACATAT;SOR=3.690;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=24;WE=78222669;WS=78222651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	78223103	rs8064518	C	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	78225055	rs8078855	G	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=23;PP=925;ReadPosRankSum=0.406;SC=TGAGATGGCAGGTCTACCAGG;SOR=0.772;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=71;WE=78225063;WS=78225045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,79:0.44:180
chr17	78252770	rs7219131	T	C	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=59;PP=1476;SC=TGGCACAGCCTGGCACGGCCA;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=82;WE=78252778;WS=78252760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr17	78261805	rs7215243	A	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=606;ReadPosRankSum=0.614;SC=GCCAGCCCCCAGGCACAGCCA;SOR=0.534;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=42;WE=78261813;WS=78261795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr17	78262161	rs17857135	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.011;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=325;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TCAGCCTCTATGGTGAGTCAT;SOR=0.143;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=35;WE=78262169;WS=78262151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr17	78263429	rs62076476	C	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=9.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=3.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr17	78263486	rs17853989	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=0.519;SC=AAGGACGAGATGGCTGCTGCT;SOR=1.388;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=12;WE=78263494;WS=78263476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr17	78263514	rs17853713	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=144;ReadPosRankSum=0.727;SC=AAGTCGGTAAGAATGAACAAG;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=15;WE=78263522;WS=78263504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr17	78264298	rs11651637	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	78268496	rs9890495	C	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr17	78272446	rs140780402	CTT	C	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.042;NF=0;NR=15;PP=514;ReadPosRankSum=-1.376;SC=AACACACGCTCTTTTAACATT;SOR=0.643;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=15;WE=78272455;WS=78272436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr17	78280030	rs8066993	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=-1.370;SC=CTCTTTTCTCCGTCCCTATTT;SOR=0.507;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=11;WE=78280038;WS=78280020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr17	78281088	rs61087724	G	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=2.519;SC=TGACCCACATGTGCTGTTGTA;SOR=0.333;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=13;WE=78281096;WS=78281078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr17	78283084	rs12945169	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.897;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr17	78298938	rs6565674	A	G	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=88;PP=2604;ReadPosRankSum=-1.046;SC=GGACAACTTCAATGACATTTT;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=68;TCR=89;TR=155;WE=78298946;WS=78298928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr17	78299044	rs150847252	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=77;ReadPosRankSum=-0.242;SC=GCAAGGTGGTGTCTTCCTGAT;SOR=0.489;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=7;WE=78299052;WS=78299034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr17	78302157	rs8082521	C	A	6766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=111;PP=2965;SC=CCAGGATGAACAATGTGCTGT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=127;TCR=111;TR=238;WE=78302165;WS=78302147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr17	78305871	rs10782008	G	A	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=62;PP=1438;ReadPosRankSum=0.269;SC=AAATGACACCGTGACAGTGAG;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=312;TCF=155;TCR=157;TR=120;WE=78305879;WS=78305861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,129:0.39:331
chr17	78306102	rs9913636	G	C	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1733;ReadPosRankSum=0.208;SC=CCTTGAGCTTGAAGAGGTGTA;SOR=0.529;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=395;TCF=214;TCR=181;TR=123;WE=78306110;WS=78306092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,126:0.30:414
chr17	78306280	rs8074015	A	G	6928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=1.878;SC=GACCACCAGGACCAAAGAGAT;SOR=0.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=99;TCR=136;TR=234;WE=78306288;WS=78306270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr17	78306308	rs9908287	C	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=678;ReadPosRankSum=1.022;SC=AGGACCGAGTCGAACAGATCA;SOR=0.810;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=174;TCF=70;TCR=104;TR=49;WE=78306316;WS=78306298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,53:0.28:187
chr17	78308136	rs11658902	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr17	78311508	rs4890009	G	A	6681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=149;NR=70;PP=2965;SC=TGATCCAGGCGCCCAAAGGTG;SOR=1.499;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=149;TCR=70;TR=219;WE=78311516;WS=78311498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	78313281	rs147868237	C	A	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=2.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,99:0.27:368
chr17	78319136	rs9674961	G	A	10673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=1.175;SC=GATGCCATCAGTCACTTGACT;SOR=0.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=378;TCF=175;TCR=203;TR=376;WE=78319144;WS=78319126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,394:1.00:395
chr17	78319380	rs4890012	G	C	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=55;PP=1227;ReadPosRankSum=-1.585;SC=GTGGGATCCCGGTTATCATCA;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=295;TCF=153;TCR=142;TR=111;WE=78319388;WS=78319370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,118:0.38:307
chr17	78321157	rs61600413	T	C	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CGAGGCCAAGTGCTCAGAGGA;SOR=0.841;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=150;TCF=79;TCR=71;TR=87;WE=78321165;WS=78321147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,94:0.57:164
chr17	78323445	rs35993981	T	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=4.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=1.836;SC=TTGGATTCTGTGCCGTTGTGT;SOR=3.816;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=14;WE=78323453;WS=78323435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr17	78323500	rs9899221	T	C	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=20;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.659;SC=AGGATCTGTCTAAACCTGGCA;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=76;TCR=30;TR=68;WE=78323508;WS=78323490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,73:0.66:111
chr17	78323757	rs7223115	T	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=476;SC=GCCGCAGCCGTGTGGCTTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=78323765;WS=78323747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	78324048	rs9944443	T	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=-1.937;SC=GAATTTTCTTTTCCATTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=10;WE=78324056;WS=78324038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr17	78325464	.	C	CT	548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=309;ReadPosRankSum=1.346;SC=AATAGGTATTCTTTTTTTTTT;SOR=0.563;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=21;WE=78325472;WS=78325451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr17	78327338	rs140300282	G	A	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1439;ReadPosRankSum=0.036;SC=GGCGGAAGACGGCCATGAGGA;SOR=0.805;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=79;WE=78327346;WS=78327328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,84:0.65:129
chr17	78327358	rs7216493	G	A	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=55;PP=2216;SC=AGGCGATGGAGACGGAGGCCA;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=110;WE=78327366;WS=78327348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	78332396	rs9915562	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=59;PP=1652;SC=CAACGTTGACATGGGTGCTTT;SOR=3.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=69;WE=78332404;WS=78332386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	78333840	rs8067292	T	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=2.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.258;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,81:0.28:293
chr17	78337058	rs35332090	G	C	4602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CTACCCTCAGGTTCTCCACAG;SOR=0.816;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=313;TCF=139;TCR=174;TR=197;WE=78337066;WS=78337048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,203:0.62:326
chr17	78337345	rs72851455	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=0.072;SC=GCTAACAGCCGGGGCCTCTGG;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=12;WE=78337353;WS=78337335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr17	78337584	rs61740658	A	G	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1305;ReadPosRankSum=2.745;SC=GTCATCAGGGAAGTCAGGTGA;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=76;WE=78337592;WS=78337574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,80:0.71:112
chr17	78337684	rs72851458	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AGACGGGCAGGTGCTCCTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=14;WE=78337692;WS=78337674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr17	78342061	rs72851471	A	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-7.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=55;PP=972;ReadPosRankSum=2.014;SC=CTGACCTCAGAGAACTATCAT;SOR=1.556;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=95;TCF=4;TCR=91;TR=56;WE=78342069;WS=78342051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,59:0.58:101
chr17	78348494	rs6565681	A	G	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=38;PP=1090;SC=CCACTGATGCAGCCCATCACG;SOR=3.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=78348502;WS=78348484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	78354661	rs4889848	C	T	12253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=182;PP=2965;SC=AGACCGGCCACGTGCTGGGCA;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=414;TCF=232;TCR=182;TR=414;WE=78354669;WS=78354651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr17	78362300	rs6565683	A	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=14;PP=903;SC=AGGGATACACAGGGCAGCGCG;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=78362308;WS=78362290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	78363847	rs3185057	G	A	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=70;PP=2349;ReadPosRankSum=1.137;SC=GGTACAAAGCGGATCTGAGCC;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=139;WE=78363855;WS=78363837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,137:0.67:203
chr17	78396091	rs9907097	C	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=413;ReadPosRankSum=1.424;SC=TGGGGAAGAGCGGGGGGAGAG;SOR=0.520;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=33;WE=78396099;WS=78396079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr17	78401588	rs8065290	G	T	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=79;PP=2316;SC=CAGGCGCTGCGGCGCTCCTGG;SOR=2.033;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=30;TCR=81;TR=109;WE=78401596;WS=78401578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	78403801	rs41301876	G	A	5482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CACCCCTGGGGGTGGTCTAGG;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=379;TCF=182;TCR=197;TR=241;WE=78403809;WS=78403791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,253:0.64:395
chr17	78403906	rs41301878	C	G	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=911;ReadPosRankSum=0.430;SC=CAGCACAGCCCAGCACCAGGT;SOR=0.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=52;WE=78403914;WS=78403896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr17	78404175	rs113730607	ATTTG	A	890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=3.118;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,30:0.24:125
chr17	78444658	rs12943620	T	G	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=1.681;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,70:0.74:95
chr17	78444948	rs11869626	A	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=595;ReadPosRankSum=0.657;SC=ACTCTCACGGACACTCCTAGG;SOR=1.390;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=27;WE=78444956;WS=78444938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr17	78445702	rs1131609	A	G	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1518;ReadPosRankSum=-0.239;SC=ACAAAAGGCAACTTGGCCACC;SOR=0.588;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=103;WE=78445710;WS=78445692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,113:0.72:156
chr17	78446932	rs11657630	C	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=474;ReadPosRankSum=1.247;SC=GCCCTGTCTCCGCATGCAACA;SOR=0.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=28;WE=78446940;WS=78446922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr17	78599313	rs17848677	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr17	78599562	rs17848685	C	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=-2.389;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr17	78617403	rs55693521	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
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chr17	78681590	rs2306690	A	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=11;PP=865;SC=ATGAGTTCCAAGCATTCCCTG;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=78681598;WS=78681580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	78765219	rs4969429	A	G	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=45;PP=2454;SC=TGTTCCATTCATGCCGTTCAC;SOR=1.530;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=94;TCR=45;TR=138;WE=78765227;WS=78765209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	78795868	rs9911574	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=5;PP=695;ReadPosRankSum=-2.173;SC=GCCGTGCGCCAAGCTTCTGCT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=103;TCR=13;TR=47;WE=78795876;WS=78795858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,49:0.41:119
chr17	78797066	rs2019040	T	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TCCCCCGCCCTCCGTGGCACT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=18;WE=78797074;WS=78797056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr17	78854056	rs6420478	A	G	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=276;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTCTGCAGGCACCGGCTGCAG;SOR=0.488;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=26;WE=78854077;WS=78854046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr17	78854223	rs2289759	A	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=67;PP=1655;ReadPosRankSum=0.878;SC=AGTCGTGCCAAGCGGACCTCG;SOR=0.794;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=389;TCF=191;TCR=198;TR=125;WE=78854231;WS=78854213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,130:0.31:416
chr17	78854316	rs2289760	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,48:0.29:168
chr17	78857844	.	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=486;ReadPosRankSum=0.464;SC=AGGTCTGCTCGCGTGCGGGTG;SOR=0.735;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=25;WE=78857852;WS=78857834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr17	78859004	rs2016817	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=243;ReadPosRankSum=0.405;SC=CCCCGTGACACCTGGGGCCAA;SOR=0.522;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=18;WE=78859012;WS=78858994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr17	78882806	rs1468029	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=2.128;SC=AACTCCAGGTGTGCCCGGGTC;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=78882814;WS=78882796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr17	78896488	rs2271602	C	T	5218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=946;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.433;SC=GAGCACGTCCCGTCTGACCTT;SOR=0.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=908;TCF=483;TCR=425;TR=285;WE=78896496;WS=78896478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:643,297:0.32:940
chr17	78897561	rs6565491	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.064;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=264;ReadPosRankSum=-0.352;SC=AGGCTGCTCACATCACCATGG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=19;WE=78897569;WS=78897551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr17	78914245	rs17848659	G	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=670;ReadPosRankSum=2.059;SC=GATACCAAGAGACAACCCTGT;SOR=0.799;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=214;TCF=126;TCR=88;TR=64;WE=78914253;WS=78914235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,64:0.28:228
chr17	78919349	rs8080910	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.680;NF=11;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=-1.230;SC=CCAAGATTGCACCACTGCACT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=11;WE=78919357;WS=78919339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr17	78919387	rs17848707	G	A	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.206;NF=18;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=1.251;SC=GCGAGACTCCGTCTCAAAAAA;SOR=0.476;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=26;WE=78919395;WS=78919377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr17	78919558	rs1567962	C	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=707;ReadPosRankSum=-2.181;SC=CGTGCATCGCCGTAGCCGACA;SOR=1.150;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=178;TCF=79;TCR=99;TR=60;WE=78919566;WS=78919548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,67:0.34:197
chr17	78923178	rs3751940	C	T	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=765;ReadPosRankSum=-0.025;SC=CTTACCACCACGCACAGAGCA;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=180;TCF=132;TCR=48;TR=58;WE=78923186;WS=78923168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,60:0.32:187
chr17	78934088	rs77734083	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=8.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=1.253;SOR=1.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,29:0.23:126
chr17	78937925	rs3751938	C	T	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.135;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=603;ReadPosRankSum=0.416;SC=CCGGCATTTCCGGGCCTGAGG;SOR=1.675;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=27;WE=78937933;WS=78937915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr17	78938204	rs3751936	G	C	6706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=153;PP=2965;SC=GGGGCACGGGGCGTCGGCTGC;SOR=1.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=67;TCR=153;TR=220;WE=78938212;WS=78938194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	78968524	rs56236825	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.356;NF=2;NR=20;PP=392;ReadPosRankSum=1.031;SC=GGCACCCTGTCGGCTGGGGTG;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=22;WE=78968532;WS=78968514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr17	78969386	rs4969333	G	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-2.879;SC=CGCCCAGCAAGGGTGTCATCC;SOR=0.192;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=10;WE=78969394;WS=78969376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr17	78969590	rs66738175	T	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GGCATGGAGGTGTGGGGAGCC;SOR=0.505;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=23;WE=78969598;WS=78969580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr17	78970779	rs12951796	G	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=6.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.995;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,35:0.26:135
chr17	78970909	rs4969334	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.194;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=441;ReadPosRankSum=0.602;SC=CCCAACTGTGAGAACCCACAA;SOR=1.153;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=27;WE=78970917;WS=78970899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr17	78970962	.	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=316;ReadPosRankSum=-1.664;SC=CTAGAGCGGCCGCCTTCTCTC;SOR=0.183;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=21;WE=78970970;WS=78970952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr17	78971150	.	C	CCCCCAGGACTGAGCACAGTCACTCAGGCAGTGGGA	2751.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=3.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,52:0.26:199
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chr17	78971182	rs9989472	C	T	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.732;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,64:0.26:244
chr17	78972326	rs10871491	A	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=35;PP=1062;SC=GGCCGTGGGCAAGCCCTGCTG;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=78972334;WS=78972316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	78972864	rs11870458	T	C	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1048;ReadPosRankSum=0.004;SC=TGTGGGTCTTTGGCGTGTCAT;SOR=0.425;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=325;TCF=185;TCR=140;TR=108;WE=78972872;WS=78972854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,118:0.34:344
chr17	79004893	rs11548824	G	A	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=80;PP=1925;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TGAAGAACACGGGAGCCCATC;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=494;TCF=245;TCR=249;TR=154;WE=79004901;WS=79004883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,158:0.31:508
chr17	79006850	rs11870986	T	C	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=76;PP=2024;ReadPosRankSum=-1.970;SC=GCAGGCCAGCTCAGGAAGTAA;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=454;TCF=230;TCR=224;TR=147;WE=79006858;WS=79006840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,152:0.32:475
chr17	79007075	rs11150764	C	A	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=67;PP=2183;SC=TTCCTCCAGGCGAGCAGAGCT;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=121;WE=79007083;WS=79007065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	79009061	rs8068528	C	T	5336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.706;SC=GACCATGTCTCTGTCTCGCTC;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=357;TCF=196;TCR=161;TR=234;WE=79009069;WS=79009038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,238:0.64:370
chr17	79009153	rs8073224	T	C	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=106;PP=2848;SC=CGTGTGCGCCTGGGTCGCGCG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=62;TCR=106;TR=168;WE=79009161;WS=79009143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	79010519	rs113714895	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=328;ReadPosRankSum=1.219;SC=AAGGCACAGGCCCTGGGGTTG;SOR=0.515;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=26;WE=79010541;WS=79010509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr17	79010533	rs4969350	G	A	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=24;PP=2054;SC=GGGGTTGTTAGGTTTGGTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=83;WE=79010541;WS=79010509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	79010839	rs6565527	A	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=11;PP=223;SC=ACCGGGCAGTAGGCCTTCACC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=79010847;WS=79010829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	79031789	.	CGCCTG	C	658	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=15;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=17;MQ=58.15;NF=0;NR=13;PP=658;QD=50.8461538462;SC=CCCCCCCCCCCGCCTGGTAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=13;WE=79031801;WS=79031779;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr17	79031825	.	G	A	89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MMLQ=16;MQ=60.54;NF=0;NR=5;PP=89;QD=24.7542425094;SC=GGCAGCTCTGGGGCCCTGTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=79031833;WS=79031815;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,5:0.29:17
chr17	79059230	rs8080815	C	T	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=45;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.269;SC=TGTTTGGAGGCGAGATTGTCC;SOR=0.729;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=343;TCF=186;TCR=157;TR=103;WE=79059238;WS=79059220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,112:0.31:367
chr17	79072011	rs72634327	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=1.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,72:0.24:298
chr17	79077957	rs34057293	T	C	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=121;PP=2965;SC=ACGTGCCTCCTCAGACCCTAC;SOR=2.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=46;TCR=121;TR=167;WE=79077965;WS=79077947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	79077980	rs57792378	A	C	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=91;PP=2738;SC=TCATGCCACAACCCTCAATAG;SOR=3.258;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=110;TCF=17;TCR=93;TR=108;WE=79077988;WS=79077970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	79082862	rs11664	G	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,67:0.26:255
chr17	79089428	rs12450670	A	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=9;PP=701;SC=AAAGCAGCGTATATTGTCTGT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=79089436;WS=79089418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	79090198	rs62073016	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=0.735;SC=TGGGGCTCTCCTGGGCCCCTC;SOR=0.330;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=14;WE=79090206;WS=79090188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr17	79093142	rs144250320	C	CCGCGTGCCCTACCTCT	2234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=483;SC=GCCCTGCCTCCCGCGTGCCCT;SOR=2.303;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=21;WE=79093150;WS=79093132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	79093275	rs8082016	G	A	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.631;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=83;PP=1995;ReadPosRankSum=0.124;SC=GGGAGCGGGCGTGGGCGTGGG;SOR=0.875;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=269;TCF=135;TCR=134;TR=162;WE=79093283;WS=79093265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,177:0.61:289
chr17	79093427	rs62073018	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.905;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=-1.843;SC=CCTGGGACCCCGGCCCGGCCC;SOR=1.863;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=13;WE=79093435;WS=79093417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr17	79093822	rs36000545	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=491;ReadPosRankSum=-1.619;SC=CCCCCTAAGGAACGTAGGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=36;WE=79093830;WS=79093812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,36:0.33:110
chr17	79095144	rs8073904	G	A	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=64;PP=2759;ReadPosRankSum=-0.631;SC=AGGTGGCCTCGGCCGTGTCCT;SOR=0.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=139;WE=79095152;WS=79095134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr17	79095629	rs7503604	C	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=439;ReadPosRankSum=-0.386;SC=TCAGCGTGGCCGCCCGCAGAG;SOR=0.736;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=136;TCF=85;TCR=51;TR=39;WE=79095637;WS=79095619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,43:0.28:152
chr17	79098838	rs141491493	GGCAGGGTGA	G	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr17	79102193	rs66762502	TAGG	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.270;SC=GGGTGGCTCCTAGGAGGAGCA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=2;WE=79102203;WS=79102183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr17	79105850	rs4969253	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr17	79108141	rs4969397	A	G	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=36;PP=1417;ReadPosRankSum=-0.993;SC=GGATCCCACGACAGCTCCCGC;SOR=0.748;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=336;TCF=207;TCR=129;TR=101;WE=79108149;WS=79108131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,106:0.30:348
chr17	79108344	rs55660414	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=466;ReadPosRankSum=0.862;SC=GGCTGAGGGCCGGCCAGGCCC;SOR=0.242;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=31;WE=79108352;WS=79108334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr17	79139473	rs2659034	C	G	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=991;ReadPosRankSum=0.742;SC=CCCTCCGTGCCCCAGTTACCT;SOR=0.538;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=267;TCF=115;TCR=152;TR=83;WE=79139481;WS=79139463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,88:0.32:277
chr17	79140505	rs12946891	C	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=384;ReadPosRankSum=0.633;SC=GCCGCCCCCCCACCCCATGCC;SOR=0.382;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=28;WE=79140513;WS=79140495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr17	79152798	rs9894262	G	A	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.775;SC=GCCCCTGGGAGCTGCCCGTGC;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=82;WE=79152806;WS=79152788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,92:0.74:124
chr17	79152969	.	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=743;ReadPosRankSum=0.109;SC=CCTGCCAAGGAGGGGGGTGTG;SOR=0.789;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=43;WE=79152977;WS=79152958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr17	79155116	rs906180	A	G	9236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=190;PP=2965;SC=TGCTGCCCACAGACATGAGAC;SOR=1.100;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=329;TCF=139;TCR=190;TR=329;WE=79155124;WS=79155106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr17	79165171	rs869370	G	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=910;ReadPosRankSum=0.378;SC=GTTGCCACCCGGAGCCGGCCC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=76;TCR=116;TR=69;WE=79165179;WS=79165161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,71:0.36:195
chr17	79166103	rs870187	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.304;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=8;PP=736;ReadPosRankSum=0.766;SC=CCCACCTGGGTGCCCAGGCCC;SOR=1.883;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=40;WE=79166111;WS=79166093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr17	79167995	rs76300060	A	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.716;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=41;PP=965;ReadPosRankSum=0.047;SC=ACCCTGGCACAAGACCAGCCT;SOR=0.082;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=67;TCF=6;TCR=61;TR=47;WE=79168003;WS=79167985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr17	79170576	rs1542961	C	T	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.553;SC=GCCGGCTCAGCGCCTTCTCTG;SOR=0.503;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=122;TCF=77;TCR=45;TR=78;WE=79170584;WS=79170566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
chr17	79171967	rs2659016	A	G	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=19;PP=1142;SC=GCGGGGCAGCACGTCCGGCTC;SOR=1.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=62;WE=79171975;WS=79171957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	79173184	rs2659015	T	C	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=33;PP=2258;SC=CTCTCACCAGTATTGTTGGCC;SOR=1.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=110;WE=79173192;WS=79173174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	79173224	rs2725419	T	C	4817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=101;NR=71;PP=2617;SC=TGCCGCCTGGTGTGGGGGACA;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=101;TCR=71;TR=172;WE=79173232;WS=79173214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	79173398	rs906176	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;ReadPosRankSum=-0.555;SC=GGACGACCCCAGGCTCCACAG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=29;WE=79173406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr17	79173462	rs906175	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.726;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=0.251;SC=CAGCAGCAGCCCCGCACGGTC;SOR=0.777;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=15;WE=79173470;WS=79173452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr17	79174221	rs2466773	T	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=49;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.661;SC=ATGGTGACAGTGGCCTGGTTC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=84;WE=79174229;WS=79174211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr17	79180369	rs55844247	C	G	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=6;PP=1120;ReadPosRankSum=0.025;SC=TGCAAGACGCCACCTGGCAGC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=104;TCR=11;TR=68;WE=79180377;WS=79180359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr17	79180775	rs2256881	A	G	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=90;NR=31;PP=2965;SC=TCCCATACAGACAGGTGGATG;SOR=2.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=91;TCR=31;TR=121;WE=79180783;WS=79180765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	79182667	rs9896314	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=2;PP=563;SC=GGAGCAGGCCAGGGTGGGGCA;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=79182675;WS=79182657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	79182778	rs62075318	T	C	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=647;ReadPosRankSum=1.951;SC=TGTTGGATCTTCTAAGGTTGT;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=157;TCF=104;TCR=53;TR=50;WE=79182786;WS=79182768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,54:0.32:167
chr17	79193727	rs145522664	G	A	3843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=90;PP=2523;ReadPosRankSum=0.700;SC=GAGACAGAGCGGACGATGGGC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=111;TCR=145;TR=158;WE=79193735;WS=79193717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,170:0.63:269
chr17	79202956	rs2048057	T	C	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,96:0.35:273
chr17	79204661	rs12937612	C	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=0.685;SC=CCAGACACCACAGCCCTGTCC;SOR=2.807;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=13;WE=79204669;WS=79204651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	79205736	rs11655759	G	A	4688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=92;PP=2802;ReadPosRankSum=0.849;SC=TGCTCAGGTCGCTGTTCTGGG;SOR=0.733;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=296;TCF=158;TCR=138;TR=201;WE=79205744;WS=79205726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,214:0.67:321
chr17	79210707	rs2271089	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=549;ReadPosRankSum=1.628;SC=ACCCTGGGCCGCTCGTCTGCT;SOR=0.418;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=31;WE=79210715;WS=79210697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
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chr17	79225330	rs55872261	C	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.090;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
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chr17	79244802	rs2292184	T	C	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,75:0.27:282
chr17	79246270	rs3841622	G	GC	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGATGCCGAAGCCCCGGGTCC;SOR=0.283;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=6;WE=79246278;WS=79246260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr17	79249997	rs9898133	C	T	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=779;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GACATCCTAGCCGAGTGGCAC;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=248;TCF=99;TCR=149;TR=72;WE=79250005;WS=79249987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,74:0.29:254
chr17	79255912	rs7213540	C	T	5971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=148;NR=64;PP=2965;SC=GACCTGGGCACGAGCCTGCTG;SOR=1.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=148;TCR=64;TR=212;WE=79255920;WS=79255902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	79257138	rs76572820	G	A	6687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.543;SC=CGGTCCTCGGGAGGATCCCAC;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=407;TCF=256;TCR=151;TR=277;WE=79257146;WS=79257128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,285:0.68:422
chr17	79258784	rs72850635	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,52:0.25:212
chr17	79258787	rs8077394	A	G	6350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=114;PP=2332;SC=GGGCGATTTCACAGAAACCCA;SOR=1.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=76;TCR=115;TR=189;WE=79258795;WS=79258774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	79258863	rs72850638	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=1.514;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr17	79263397	rs75982513	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CCAAGGAATTCTTGAAGAATC;SOR=1.721;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=10;WE=79263405;WS=79263387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr17	79268562	rs8064597	A	G	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=42;PP=2294;SC=AGGACGACCCAGCCAGACGCC;SOR=1.543;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=88;TCR=43;TR=130;WE=79268570;WS=79268541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	79268733	rs115343321	T	C	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=91;PP=2821;SC=GTGAGAGGTCTAGGGGCCCGG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=145;WE=79268741;WS=79268723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	79278357	rs11871509	C	G	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CGCACACTCTCACGGAGCCCA;SOR=0.530;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=121;TCR=71;TR=191;WE=79278365;WS=79278347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr17	79278810	rs2048058	G	A	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=1140;ReadPosRankSum=0.953;SC=TGGCCTCCACGGTAGGTCCAG;SOR=0.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=267;TCF=138;TCR=129;TR=95;WE=79278818;WS=79278800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,102:0.35:289
chr17	79279017	rs2056439	C	G	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.08;NF=42;NR=62;PP=2303;SC=GGCCCAGGCACAGCCCCTGAG;SOR=1.152;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=104;WE=79279027;WS=79279007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	79279019	rs3215153	G	GC	1609.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.959;NF=3;NR=22;PP=816;ReadPosRankSum=0.437;SC=CCCAGGCACAGCCCCTGAGGC;SOR=0.628;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=10;TCR=61;TR=25;WE=79279027;WS=79279007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr17	79288011	rs59699965	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=2.180;SC=CCCTGACAGACGAGGCCCAGC;SOR=0.804;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=7;WE=79288019;WS=79288001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr17	79288124	rs9891595	C	T	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.121;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=33;PP=1140;ReadPosRankSum=1.806;SC=ATTTCCCTCCCCTGCCCTCCC;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=82;WE=79288132;WS=79288114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,87:0.70:124
chr17	79288154	rs116445173	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.565;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,29:0.25:118
chr17	79288337	rs78567895	C	G	397.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=412;ReadPosRankSum=1.254;SC=TGTACCCCCCCCAAGGTGACC;SOR=0.439;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=16;WE=79288345;WS=79288320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,18:0.78:23
chr17	79372928	.	AGTGTGT	A	1842.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.969;NF=29;NR=21;PP=1993;ReadPosRankSum=0.779;SC=TGTGCGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=1.765;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=50;WE=79372943;WS=79372918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,57:0.70:82
chr17	79372952	rs146560663	T	TGC	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=3.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.69;MQRankSum=-1.601;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,14:0.15:95
chr17	79373791	rs150648447	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=0.414;SC=CCTCCGCTCCCGGGAGCAGAG;SOR=1.314;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=12;WE=79373799;WS=79373781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr17	79380614	rs12450346	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=272;ReadPosRankSum=-1.292;SC=ATGAGGTCGGCGCGGGGTTTG;SOR=0.653;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=19;WE=79380622;WS=79380604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr17	79385318	rs4998275	T	G	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.04;QD=22.20;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	79386952	rs730209	A	G	4443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.281;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.939;SC=ACGCTCCCCAACCCCAGAGTG;SOR=0.947;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=270;TCF=103;TCR=167;TR=175;WE=79386960;WS=79386942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,186:0.65:285
chr17	79389251	rs9897258	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=778;ReadPosRankSum=0.863;SC=GTAACGCGAGCGCGAGGCCCC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=145;TCR=107;TR=73;WE=79389259;WS=79389241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,76:0.28:268
chr17	79389411	rs11655888	C	T	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=48;PP=1191;ReadPosRankSum=1.389;SC=GAGCCAACCTCGTTTTGGGAG;SOR=0.542;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=71;WE=79389419;WS=79389401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,74:0.71:104
chr17	79389486	rs11870740	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr17	79390260	rs151241907	G	GGT,GGTGT	1545.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.996;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.812;NF=7,7;NR=23,23;PP=811,334;ReadPosRankSum=1.733;SC=GTCCATTGAGGGTGTGTGTGT;SOR=1.477;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=30,30;WE=79390269;WS=79390250;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:49
chr17	79390298	.	T	TGCGTGTGCGCGTGTGTGTCCATGAAAATGGGTGTGTGCATGTGTATGTCCATGAGGATGGGTGTGTGC,TGCGTGTGCGCGTGTGTGTCCATGAAAATGGGTGTGTGCATGTGTGTGCATGTGTATGTCCATGAGGATGGGTGTGTGC,TGC	4940.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.37;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=30;NR=38;PP=2971;SC=GATGGGTGTGTGCATGTGTGC;SOR=1.765;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=68;WE=79390314;WS=79390288;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.36,0.64:14
chr17	79390370	rs36169187	CGT	C	3101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=50;PP=1948;ReadPosRankSum=1.620;SC=GGTGTATGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.882;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=163;TCF=38;TCR=125;TR=63;WE=79390379;WS=79390360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,102:0.36:285
chr17	79390508	rs35463915	C	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CTGGCCATCCCGAGCCTGCAC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=66;WE=79390516;WS=79390498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,68:0.67:102
chr17	79395814	rs57878731	AT	A,ATT	1879.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.766;HP=11;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5,5;NR=63,63;PP=704,278;ReadPosRankSum=-2.121;SC=TCCTCTCGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.285;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=6;TCR=85;TR=68,68;WE=79395823;WS=79395804;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.75,0.20:102
chr17	79402603	rs77984483	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,41:0.25:161
chr17	79409189	rs12952981	G	A	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1358;ReadPosRankSum=-0.283;SC=ACCCCGAGGGGCCTGCGAGGG;SOR=0.640;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=88;WE=79409197;WS=79409179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,99:0.73:136
chr17	79409309	rs12938890	A	G	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=65;PP=2037;SC=GCGGCCTGGCACGGGGGTGGT;SOR=1.092;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=117;WE=79409317;WS=79409299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	79409434	rs12939225	A	G	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=19;PP=915;SC=ACGCCGGGCCACCCCCGCCCC;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=79409442;WS=79409424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	79409710	rs12943867	G	A	5059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=3.124;SC=CCCACCTGAAGGCCGAGGGCA;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=322;TCF=170;TCR=152;TR=207;WE=79409718;WS=79409700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,211:0.65:327
chr17	79410811	rs113391801	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,47:0.32:148
chr17	79411662	rs11655860	G	A	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=888;ReadPosRankSum=2.664;SC=CCGAGAGTGCGAGGCCTGACC;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=66;WE=79411670;WS=79411652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr17	79412465	rs116255905	C	A	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=4.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,135:0.43:315
chr17	79414307	rs7213444	A	G	7930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=148;PP=2965;SC=CCCCTACCCTACCGAGCGGGG;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=267;TCF=119;TCR=148;TR=266;WE=79414315;WS=79414297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr17	79414634	rs61745233	G	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=908;ReadPosRankSum=0.648;SC=GGACTGTGGCGGAGCTCCCGA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=120;TCR=82;TR=71;WE=79414642;WS=79414624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,74:0.34:215
chr17	79414804	rs61739649	T	C	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=77;PP=1401;ReadPosRankSum=0.235;SC=CAGGGATTCATGGGATCGCTC;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=423;TCF=198;TCR=225;TR=143;WE=79414812;WS=79414794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,151:0.34:439
chr17	79414897	rs11650750	C	A	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=979;ReadPosRankSum=0.386;SC=GTTGCCGCCACCCCCCAGAGT;SOR=0.512;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=71;WE=79414905;WS=79414887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,76:0.63:120
chr17	79414914	rs10871497	A	G	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=62;PP=1862;SC=GAGTCCCAGCAGTGGGACCCA;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=85;WE=79414922;WS=79414904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	79418260	rs6565571	A	G	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=96;PP=2965;SC=GCTTCCGTGCACGAGGCCTCA;SOR=1.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=58;TCR=97;TR=154;WE=79418268;WS=79418250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	79418599	rs28576195	C	T	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=778;ReadPosRankSum=-1.397;SC=GTCTTCAAGGCTGGGTGGCTT;SOR=1.272;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=52;WE=79418607;WS=79418589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
chr17	79419025	rs35572189	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=815;ReadPosRankSum=0.753;SC=GCCATCGACCGGCTGGACACG;SOR=1.107;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=55;WE=79419033;WS=79419015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr17	79419158	rs374505812	C	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.549;NF=2;NR=3;PP=280;ReadPosRankSum=2.372;SC=GCGGGGGGGCCTGGGAGGGTC;SOR=0.760;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=79419192;WS=79419148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr17	79419159	rs142997686	TGGGAGGGTCGCAGCACCCCCACCCCC	T	146.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.674;NF=0;NR=2;PP=584;ReadPosRankSum=-2.017;SC=CGGGGGGGCCTGGGAGGGTCG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=79419192;WS=79419148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr17	79424537	rs34224936	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=591;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TGTGGCCGTGCTGGGGCCCTC;SOR=0.776;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=35;WE=79424545;WS=79424527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr17	79426021	rs34202212	GC	G	3892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.414;NF=27;NR=59;PP=2964;ReadPosRankSum=0.566;SC=AAGGGTGCCAGCCGCCTGGGG;SOR=0.554;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=133;TCF=36;TCR=97;TR=86;WE=79426029;WS=79426011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,121:0.67:180
chr17	79426416	rs4969272	A	G	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=1247;ReadPosRankSum=-1.162;SC=GGACAAAGGAAGGCCTTGGCC;SOR=0.462;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=63;WE=79426424;WS=79426406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,68:0.66:103
chr17	79426481	rs4969273	A	G	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=35;PP=2093;SC=GCCCTGGGCCAGGCCCCACCT;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=95;WE=79426489;WS=79426471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	79426756	rs11652589	C	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=5.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=40;PP=885;ReadPosRankSum=-1.205;SC=AGACAGAGTACGACAATAAAA;SOR=1.412;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=42;WE=79426764;WS=79426746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr17	79427258	rs72634331	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.785;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=164;ReadPosRankSum=0.490;SC=TGTTTCGGGCGCCTACTGGGG;SOR=0.288;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=18;WE=79427266;WS=79427248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr17	79427822	rs3744148	C	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=550;ReadPosRankSum=-0.137;SC=AGGCAGGGTCCGGGGAGGGGC;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=84;TCR=58;TR=42;WE=79427830;WS=79427812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,45:0.30:148
chr17	79429711	rs3736072	C	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=539;ReadPosRankSum=0.961;SC=CTGGCCGCCACCTGTCCCCAC;SOR=0.510;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=45;WE=79429719;WS=79429701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,50:0.42:120
chr17	79478007	rs1135989	G	A	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1409;ReadPosRankSum=0.492;SC=GCATCCTGTCGGCAATGCCCG;SOR=0.528;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=78;WE=79478027;WS=79477997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,83:0.64:130
chr17	79478019	rs1139405	G	A	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=57;PP=2962;SC=CAATGCCCGGGTACATGGTGG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=111;WE=79478027;WS=79477997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	79478916	rs9910792	G	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,28:0.21:134
chr17	79479469	rs8064532	A	C	9110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=209;PP=2965;SC=TCCCGCGGGGAAGCCTCGGCC;SOR=1.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=101;TCR=209;TR=310;WE=79479477;WS=79479459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr17	79495519	rs2075720	C	T	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=45;PP=2965;SC=ACTCAGAGGGCGCATCCCAGG;SOR=2.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=122;TCR=46;TR=167;WE=79495527;WS=79495509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	79497036	rs12937453	C	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.881;NF=13;NR=0;PP=267;ReadPosRankSum=-2.596;SC=CGGGGTTTCACTGTGTTAGCC;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=13;WE=79497044;WS=79497033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr17	79502316	rs138055235	A	C	267.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.224;NF=1;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=0.112;SC=CACCATCCGCATCCCCATCTC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=79502324;WS=79502306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr17	79504073	rs143561119	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=753;ReadPosRankSum=-0.219;SC=CCGATGCCGACGCCCCGGCCG;SOR=0.475;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=162;TCF=74;TCR=88;TR=63;WE=79504081;WS=79504063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,69:0.39:176
chr17	79508263	rs62076028	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=835;ReadPosRankSum=1.092;SC=CCGAGTGACTAGAGGGGGGCC;SOR=1.408;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=38;WE=79508271;WS=79508253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr17	79508400	rs14422	T	C	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=68;NR=57;PP=1900;SC=GAGCCCTGGGTGGCCTGCTCT;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=125;WE=79508408;WS=79508390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	79508484	rs58483803	G	A	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.827;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=854;ReadPosRankSum=-1.249;SC=ACACCCCTTGGAGCAGGGTGA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=65;WE=79508492;WS=79508474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,75:0.71:105
chr17	79508506	rs2228698	G	T	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=46;PP=1336;SC=CCTCTCCCTCGAGCTGCCTGG;SOR=1.156;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=83;WE=79508514;WS=79508496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	79510899	rs7406506	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=3;PP=583;ReadPosRankSum=-0.922;SC=GCGGCAGAGCAGACTTGGATC;SOR=0.515;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=34;WE=79510907;WS=79510889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr17	79511135	rs8077430	A	G	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=72;PP=1892;ReadPosRankSum=-1.407;SC=GGCACAGGTCAGTCATGGCCA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=88;TCR=116;TR=125;WE=79511143;WS=79511125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,135:0.62:217
chr17	79512647	rs79372565	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=165;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CAGAGTCCTCCGGGAAGCTTG;SOR=0.044;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=15;WE=79512655;WS=79512637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr17	79512944	rs140093334	TC	T	1124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.09;MQRankSum=1.423;NF=1;NR=32;PP=1016;ReadPosRankSum=0.469;SC=CTCAGCCTGATCCTACCAGGT;SOR=0.500;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=103;TCF=6;TCR=97;TR=33;WE=79512952;WS=79512934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,41:0.34:122
chr17	79513892	rs202032434	A	AG	889.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.87;MQRankSum=2.753;QD=14.12;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr17	79514129	rs11552304	G	A	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=39;PP=1788;ReadPosRankSum=0.370;SC=TGTGTGTGGCGGGGCCAGGCC;SOR=0.884;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=107;WE=79514137;WS=79514119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,111:0.66:169
chr17	79514832	rs7224579	G	A	4160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=102;PP=2742;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GTGGAGCCACGCCAGAGAGTG;SOR=0.820;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=239;TCF=96;TCR=143;TR=168;WE=79514840;WS=79514822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,177:0.72:246
chr17	79515075	rs6565593	A	G	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=565;ReadPosRankSum=0.842;SC=TTGGCTCCCCAGAATGTTCCT;SOR=1.318;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=31;WE=79515083;WS=79515065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr17	79515124	rs62076030	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=0.846;SC=TCACAGTGAAAACCAGGGGGG;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=11;WE=79515132;WS=79515114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr17	79517183	rs80125356	CA	TG	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=1238;ReadPosRankSum=0.036;SC=AGAACAAGCCCAGGAAAGGAA;SOR=0.413;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=35;WE=79517192;WS=79517173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr17	79519382	rs4076968	G	A	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=900;ReadPosRankSum=0.030;SC=GTCAGAGTGAGAAGCCCCGGC;SOR=0.483;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=14;TCR=69;TR=46;WE=79519390;WS=79519372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr17	79526569	rs4076819	C	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CAGTGCTGGTCCTGCCCACAC;SOR=0.468;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=21;WE=79526577;WS=79526559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr17	79530993	rs8070929	G	T	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1295;ReadPosRankSum=0.235;SC=TGTAATCCCAGCTACTCGGGA;SOR=0.487;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=91;WE=79531001;WS=79530983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,97:0.73:133
chr17	79567610	rs7213849	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=0.139;SC=ATGCGACACGCCTCCCGGCTT;SOR=1.201;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=14;WE=79567618;WS=79567600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr17	79573860	rs10695650	C	CTTAA	2203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=1515;ReadPosRankSum=-0.407;SC=AGAGAAGCAACTTAAACATCA;SOR=1.189;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=31;WE=79573868;WS=79573850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr17	79577127	rs8077038	T	G	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=1;PP=655;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GTAAGTTCTTTGAACCACTCA;SOR=0.263;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=43;TCR=1;TR=28;WE=79577135;WS=79577117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr17	79580173	.	C	T	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=43;QD=15.5542425094;SC=AAACAAAAACCGATAAAAAGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=5;WE=79580181;WS=79580172;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr17	79589242	rs6565604	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=464;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TTATCTCTCCGGTCTTGTTTC;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=46;WE=79589250;WS=79589232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,50:0.28:180
chr17	79589359	rs6565605	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=570;ReadPosRankSum=0.087;SC=TATCACTACACATACCATACA;SOR=0.480;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=25;WE=79589379;WS=79589349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr17	79589371	rs6565606	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=570;ReadPosRankSum=-0.013;SC=TACCATACACACCAGACACTA;SOR=0.392;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=20;WE=79589379;WS=79589349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr17	79596811	rs9894429	C	T	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,134:0.29:459
chr17	79603831	rs9895741	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr17	79604477	rs57463122	GTTTTT	G	3587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.393;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.881;NF=3;NR=69;PP=2989;ReadPosRankSum=1.140;SC=ACACCTTCATGTTTTTTTTTT;SOR=1.479;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=176;TCF=9;TCR=167;TR=72;WE=79604502;WS=79604467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,96:0.45:214
chr17	79604494	rs28660208	T	C	3619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=9.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.011;QD=19.67;ReadPosRankSum=2.502;SOR=1.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,92:0.50:184
chr17	79609410	rs7406219	G	T	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=676;ReadPosRankSum=0.064;SC=CGGCGCCTGTGCTGGGGGCTT;SOR=0.478;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=58;WE=79609418;WS=79609400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,64:0.44:144
chr17	79609550	rs7406636	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=223;ReadPosRankSum=-0.496;SC=AGTCCCTGGGCTGGGTTCACA;SOR=1.034;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=18;WE=79609558;WS=79609540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr17	79612161	rs6565616	C	T	2895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FS=0.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.986;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:434,179:0.29:613
chr17	79612333	rs6565617	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=678;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GCCCCTGCCCGCAGACCCCAT;SOR=0.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=189;TCF=78;TCR=111;TR=54;WE=79612341;WS=79612323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,60:0.29:205
chr17	79612382	rs7210026	T	C	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=661;ReadPosRankSum=0.567;SC=GTCAGCGCAGTGAGCCTGGCT;SOR=0.714;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=199;TCF=106;TCR=93;TR=58;WE=79612390;WS=79612372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,64:0.30:214
chr17	79612397	rs6420484	A	G	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=768;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CTGGCTGGCTACCTGGGCGCC;SOR=0.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=196;TCF=110;TCR=86;TR=57;WE=79612405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,63:0.30:207
chr17	79612413	rs7210043	T	C	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=560;ReadPosRankSum=0.033;SC=GCGCCCTCTGTGAGAACACCT;SOR=0.536;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=193;TCF=116;TCR=77;TR=55;WE=79612421;WS=79612403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,59:0.29:201
chr17	79612443	rs7210193	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.097;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=770;ReadPosRankSum=-2.856;SC=GTGGCTTCTCTGGGGGCATCC;SOR=0.471;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=211;TCF=126;TCR=85;TR=71;WE=79612451;WS=79612433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,74:0.34:218
chr17	79614481	rs9906358	A	G	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=69;PP=1817;ReadPosRankSum=0.900;SC=TGTCACTGCCAGGTACTGCCT;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=484;TCF=281;TCR=203;TR=163;WE=79614489;WS=79614471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,169:0.33:510
chr17	79614932	rs34872037	TTAAC	T	2669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,78:0.29:267
chr17	79615225	rs7406494	G	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=323;SC=CTGCCCGCAGGGGGGCGGCGT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=79615233;WS=79615215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	79615309	rs7406516	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	79618059	rs8477	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=512;ReadPosRankSum=0.809;SC=GTTTAGAGCACAGTGGGCAGG;SOR=1.098;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=46;WE=79618067;WS=79618049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,48:0.30:158
chr17	79618834	rs12603868	G	C	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=56;PP=1228;ReadPosRankSum=0.045;SC=AGCCCAGTGGGCAGAGACCCG;SOR=0.960;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=253;TCF=82;TCR=171;TR=78;WE=79618842;WS=79618824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,78:0.30:262
chr17	79637349	rs10438817	T	C	7763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=145;PP=2965;SC=AGGGGGAGTCTGACGGGGCCT;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=146;WE=79637357;WS=79637339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr17	79649931	.	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=385;ReadPosRankSum=-1.260;SC=ATGAGTAGTATAGTCACTAAA;SOR=0.582;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=21;WE=79649939;WS=79649923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr17	79664117	rs192701737	A	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=475;ReadPosRankSum=1.434;SC=AATGGTGCGAAGGGTTTTCCC;SOR=0.653;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=31;WE=79664125;WS=79664107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
chr17	79671298	rs148659191	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=338;ReadPosRankSum=0.490;SC=GTGTCTGTGCCGTGCGACATA;SOR=0.783;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=74;TCR=27;TR=28;WE=79671306;WS=79671288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,27:0.27:100
chr17	79769169	rs5386	C	G	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=48;PP=2243;SC=CCCTGGGGGCCCTGCTCCTCG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=106;WE=79769177;WS=79769159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	79784101	rs374374934	GCA	G	647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.077;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,45:0.21:216
chr17	79791538	.	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=-0.266;SC=ACGTGCTGGCCCATGGGCGAC;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=79791546;WS=79791528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr17	79813304	rs113192769	A	G	3172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=57;PP=2027;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GGAAGGAAGGAAGACTGGAAT;SOR=0.684;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=204;TCF=122;TCR=82;TR=137;WE=79813312;WS=79813294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,145:0.67:218
chr17	79816926	rs1533756	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=0.402;SC=GAGAACCCGGCCTGAGGAACG;SOR=1.721;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=79816934;WS=79816916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr17	79826159	rs149162567	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=0.571;SC=GGTTCGCCACCGGGGAAGGGA;SOR=0.641;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=19;WE=79826167;WS=79826149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr17	79862882	rs146889521	C	G	7839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=146;PP=2965;SC=GGGGAGGGCACGGTAAGTCTA;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=114;TCR=146;TR=260;WE=79862890;WS=79862872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	79872129	rs1879568	A	G	12562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=0.092;NF=223;NR=233;PP=2965;ReadPosRankSum=1.721;SC=ACCCTCGGGCAGGCAGGGGCT;SOR=0.237;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=459;TCF=223;TCR=236;TR=456;WE=79872137;WS=79872119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,470:1.00:471
chr17	79872241	rs1879569	A	G	11192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=193;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.251;SC=TCCCAGTTCAAAGGCTGCCCC;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=386;TCF=191;TCR=195;TR=383;WE=79872249;WS=79872231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,392:0.99:394
chr17	79891147	rs61747618	T	C	5631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.360;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=0.377;SC=GGCCAGAAGGTGACAGAGCGG;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=119;TCR=87;TR=202;WE=79891155;WS=79891137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,211:0.99:214
chr17	79893962	rs34419046	G	A	8108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=174;NR=101;PP=2965;SC=AGCCCCACAGGGACTCAGTCT;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=174;TCR=102;TR=275;WE=79893970;WS=79893952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	79894106	.	A	AT	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr17	79898644	rs2293098	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=560;ReadPosRankSum=-0.300;SC=CCCTCGCAGAGCCTGGAGCTG;SOR=1.105;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=102;TCF=80;TCR=22;TR=35;WE=79898652;WS=79898634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr17	79899272	rs4796856	A	G	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=31;PP=1146;ReadPosRankSum=0.195;SC=GGCTCGGGGGAACACTCCCGC;SOR=0.834;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=251;TCF=142;TCR=109;TR=79;WE=79899280;WS=79899262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,90:0.33:272
chr17	79899495	rs4796854	G	A	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1054;ReadPosRankSum=1.633;SC=CACCCCGGTGGGCCACCAGGC;SOR=0.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=222;TCF=93;TCR=129;TR=80;WE=79899503;WS=79899485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,84:0.34:245
chr17	79899698	rs4796852	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=1.067;SC=AGTCCTCTGCGGTAGTGGCAG;SOR=0.542;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=8;WE=79899706;WS=79899688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr17	79911164	rs78951919	A	AG	558.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.031;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=604;ReadPosRankSum=1.311;SC=AAACCGGGGGAGGGGGTCACA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=17;WE=79911172;WS=79911154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr17	79912103	rs4796851	C	T	8302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=174;PP=2965;SC=ATGTCATGGACGCAAGCTGCC;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=127;TCR=175;TR=301;WE=79912111;WS=79912093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	79914661	rs35872546	T	C	9258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NR=180;PP=2965;SC=CTGCCGTGGGTCTCGTCCCCC;SOR=0.868;Source=Platypus;TCR=180;WE=79914669;WS=79914651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr17	79915010	.	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=655;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CCTCCCCCGAGTCTGCTCAGC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=33;WE=79915018;WS=79915000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr17	79915629	rs36023555	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.96;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr17	79915647	rs35069988	A	G	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.69;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr17	79915863	rs34107062	A	G	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=46;PP=1520;SC=GCTGGCAGAGAAGTTCTTGCC;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=87;WE=79915871;WS=79915853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	79935636	rs9906594	C	G	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.89;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	79936986	rs55671960	T	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=13;PP=1388;SC=CTGAATGCCCTTGGCTGACCT;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=79936994;WS=79936976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	79952916	rs116096769	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=1.576;SC=GCCGGCCCTCGGAGCCCGGGC;SOR=0.384;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=18;WE=79952924;WS=79952906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr17	79952944	rs59606152	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=0.037;SC=AAACCTCCCTCGGCGCCCTGT;SOR=0.204;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=17;WE=79952952;WS=79952934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr17	79954544	rs8074498	T	A	6963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GGACAGAGACTGGGGGGCCCT;SOR=0.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=130;TCR=115;TR=244;WE=79954552;WS=79954520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr17	79967963	.	G	GTT	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=16;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=15;MQ=57.78;NF=1;NR=3;PP=51;QD=13.75;SC=AATTTTTGTTGTTTTTTTTTT;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=4;WE=79967971;WS=79967953;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr17	79972901	rs9895872	C	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.150;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=758;ReadPosRankSum=-2.216;SC=AGGCCCTTCCCGGGCCCTGCT;SOR=0.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=46;WE=79972909;WS=79972891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr17	79974731	rs13087	T	C	2403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=43;PP=1407;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CTGCGGCCGATGTGCTGGTGG;SOR=0.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=172;TCF=104;TCR=68;TR=106;WE=79974739;WS=79974721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,112:0.62:182
chr17	79977813	rs4969471	C	G	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=74;PP=2352;SC=GTCAGCGCCACGCCCCGCCCT;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=59;TCR=74;TR=133;WE=79977821;WS=79977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	79980756	rs3934983	C	A	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,119:0.66:180
chr17	79980891	rs4444402	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=490;SC=AGCCAATGAGCCCGGAGCGCG;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=79980899;WS=79980881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	79982477	rs11659000	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=494;ReadPosRankSum=0.835;SC=ACCCCAGGCTTGTCCCCTGGC;SOR=0.467;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=44;WE=79982485;WS=79982467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,45:0.39:114
chr17	79986156	rs72861736	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=558;ReadPosRankSum=2.052;SC=TTGTCTGCTGCCAATGAAAAG;SOR=0.461;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=189;TCF=111;TCR=78;TR=54;WE=79986164;WS=79986146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,58:0.29:199
chr17	79989546	rs190408119	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=0.854;SC=TCCGGCCGATCGCTCGGCGCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=79989554;WS=79989536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr17	79990728	rs72861739	C	T	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=837;ReadPosRankSum=-1.646;SC=GGGCCAGCCCCGGGAGCTGGG;SOR=0.633;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=263;TCF=130;TCR=133;TR=83;WE=79990736;WS=79990714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,90:0.33:276
chr17	79990972	rs10708637	CG	C	1262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=32;PP=1278;SC=AATTGCGATACGGGTTCTGCC;SOR=3.855;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=32;WE=79990980;WS=79990962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	79994019	rs8067668	A	G	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=2.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.522;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,76:0.30:250
chr17	79994026	rs6502047	G	A	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,82:0.31:264
chr17	79994600	rs61739740	C	T	3706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=93;PP=2413;ReadPosRankSum=-0.257;SC=AGCTCACCTGCGACACCTGGA;SOR=0.618;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=461;TCF=212;TCR=249;TR=179;WE=79994608;WS=79994590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,187:0.40:473
chr17	79995320	rs113680823	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr17	79995490	rs113364103	C	CTT	1993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.545;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,61:0.29:210
chr17	79995616	rs57552134	A	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=594;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TCTGGCCACGATGGGCGGGGC;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=84;TCR=82;TR=53;WE=79995624;WS=79995606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,53:0.30:177
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chr17	80006504	rs1128009	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=536;SC=CTCACTGGTGTGGCCGTGGCA;SOR=3.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=80006512;WS=80006494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	80006812	rs8069068	C	T	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=18;PP=677;SC=GGGCCGTGGGCGGAGGGAGCA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=31;WE=80006820;WS=80006802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	80006957	rs12948507	A	C	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=42;PP=2760;SC=TCACCACGTTATGTGGGTTCT;SOR=1.490;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=88;TCR=43;TR=130;WE=80006965;WS=80006947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	80007018	rs12939972	T	C	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=63;PP=2965;SC=GTGGGCAGAGTGTGTGGCCTG;SOR=1.479;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=124;TCR=63;TR=187;WE=80007026;WS=80007008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	80007055	rs62078730	T	C	8338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=103;PP=2965;SC=CGCCTGCCCCTGGCCAGGAGC;SOR=1.332;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=181;TCR=103;TR=283;WE=80007063;WS=80007039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr17	80007080	rs28404464	T	C	18136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.67;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr17	80007088	rs28696285	C	G	18649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.17;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr17	80007307	rs11653935	A	G	30193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=1155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=554;NR=561;PP=2965;SC=CCCAGCTGGCATGGGGCCTCA;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1116;TCF=555;TCR=561;TR=1115;WE=80007315;WS=80007297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1148:1.00:1148
chr17	80007887	rs9915228	A	G	19090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.39;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr17	80007897	rs9915742	G	T	18678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr17	80008018	rs9893491	A	G	7890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.242;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.991;SC=CTTGGAGCAAAAAGAGCCGGG;SOR=0.404;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=142;TCR=115;TR=255;WE=80008026;WS=80008008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,269:1.00:270
chr17	80008392	rs9916764	G	T	7859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=142;PP=2965;SC=GGAGGCTCCTGGCGTTCACAT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=278;TCF=136;TCR=142;TR=278;WE=80008400;WS=80008382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr17	80008676	rs4464142	A	C	6146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=141;PP=2965;SC=CACGTAGAGGATGGCACTGGG;SOR=1.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=62;TCR=142;TR=203;WE=80008684;WS=80008666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	80009156	rs28552909	T	G	5887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,230:0.99:232
chr17	80009668	rs117999554	C	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=5;PP=908;SC=CCCGGCGCTGCGAGCGGAGAA;SOR=2.540;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=80009676;WS=80009658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	80013235	rs4969464	A	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=36;PP=1520;SC=GGGCACATGTACAGGTGTAGG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=80013243;WS=80013225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	80014861	rs4969484	T	G	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=96;PP=2965;SC=GTGGGCTGGCTTGAGGGGGGG;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=208;WE=80014869;WS=80014851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	80018714	rs58204115	C	T	11788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=203;NR=210;PP=2965;SC=CCTGCAAGGCCGGGCTCCCAC;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=414;TCF=204;TCR=210;TR=413;WE=80018722;WS=80018704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr17	80020974	rs4531805	C	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=53;PP=1467;SC=TGGGAGGCAGCCCGGGCCACC;SOR=4.479;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=58;WE=80020982;WS=80020964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	80022656	rs34249409	C	CG	936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=854;SC=ATTCCAGGACCGGGAACCCAA;SOR=2.226;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=22;WE=80022664;WS=80022646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	80038952	rs4246444	T	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=621;SC=CGAAGGGCGGTATGCCTGCCG;SOR=2.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=80038960;WS=80038946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	80039028	rs4246445	A	G	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=49;PP=2348;SC=CCGCCTGGCCACCCACACGCA;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=84;TCR=49;TR=133;WE=80039036;WS=80039018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	80039481	rs1140616	G	A	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GCTCACCCAGGATGTGTGCCA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=99;TCR=77;TR=174;WE=80039489;WS=80039471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,187:0.99:189
chr17	80039801	.	G	A	255	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=27;MMLQ=23;MQ=58.95;NF=11;NR=0;PP=255;QD=26.3428375043;SC=GGGTGGGCAGGGCTGCGGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=11;WE=80039826;WS=80039793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,11:0.46:24
chr17	80039810	.	GAGA	G	891	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=27;MMLQ=21;MQ=60.98;NF=14;NR=0;PP=891;QD=66.0714285714;SC=GGGCTGCGGGGAGAAGGTGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=80039826;WS=80039793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,14:0.93:15
chr17	80039818	.	G	C	614	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=27;MMLQ=21;MQ=60.67;NF=16;NR=0;PP=614;QD=40.5482007842;SC=GGGAGAAGGTGGGGGTGGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=16;WE=80039826;WS=80039793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,16:0.67:24
chr17	80040607	rs4969465	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=28;PP=1206;SC=GTCTCTTCCCTACACGCCGGG;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=80040615;WS=80040597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	80041466	rs2229425	G	A	3114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=85;PP=2331;ReadPosRankSum=-0.644;SC=AGCACCTCACGCTGGCCTGCA;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=546;TCF=267;TCR=279;TR=171;WE=80041474;WS=80041442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,172:0.31:558
chr17	80043349	rs17848939	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-2.107;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,23:0.24:94
chr17	80043739	rs2229422	A	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=25;PP=741;SC=GACCGTGGCCAGCCAGCACCT;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=80043747;WS=80043729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr17	80051183	rs2228309	A	G	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=82;PP=2860;SC=TCAGCAGGACATTGATGCCCC;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=176;WE=80051191;WS=80051173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	80053166	rs45555535	C	T	10315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=189;PP=2965;SC=CAGGAGCCCTCGGCGCAGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=383;TCF=194;TCR=189;TR=383;WE=80053174;WS=80053156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr17	80054375	rs17848934	C	A	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=110;PP=2965;SC=GGCCACGACACCCCCGTCAAC;SOR=2.740;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=30;TCR=111;TR=140;WE=80054383;WS=80054365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	80059596	rs13949	T	C	5269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=83;PP=2965;SC=TTGGGGGGCCTCTGGCAGCCT;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=187;WE=80059604;WS=80059577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	80059758	rs7225637	G	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.718;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=64;PP=2088;ReadPosRankSum=-0.541;SC=AGGTAAAGAGGAAAAAACAGC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=109;WE=80059766;WS=80059746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr17	80065244	rs112663677	C	CGGGAGTG	616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=47.44;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	80071244	rs7211808	T	C	6697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=137;NR=99;PP=2965;SC=CAGCGTGACCTGCTCTCTCAG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=137;TCR=99;TR=236;WE=80071252;WS=80071234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	80085283	rs73360060	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=1;PP=497;SC=AGTCAGCCTGCGCCCGGGTGT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=80085303;WS=80085273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	80085295	rs74001545	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=2;PP=1021;SC=CCCGGGTGTACGGTGCTGCAT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=80085303;WS=80085273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	80085326	rs62078305	G	A	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.231;NF=75;NR=9;PP=1982;ReadPosRankSum=-0.302;SC=TGTGCGCCCGGGTGTACGGTG;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=76;TCR=9;TR=84;WE=80085334;WS=80085316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr17	80085341	rs62078306	A	G	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.196;NF=90;NR=24;PP=2147;ReadPosRankSum=-0.699;SC=ACGGTGCTGCACTAGGAAATG;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=91;TCR=24;TR=114;WE=80085349;WS=80085331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr17	80085633	rs11077969	A	G	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=82;PP=2965;SC=CAACCTCCACATGTCCTGGAG;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=86;TCR=82;TR=167;WE=80085641;WS=80085623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	80085703	rs7213172	G	T	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=97;PP=2965;SC=TCAGGGTGCTGGGGAGCCTGG;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=77;TCR=97;TR=174;WE=80085711;WS=80085693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	80086386	rs7406162	C	T	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.75;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	80086389	rs7406163	C	T	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.51;SOR=2.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	80086395	rs4625783	T	C	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.71;SOR=1.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	80086597	rs4459614	C	T	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=593;SC=AAGACTCACACCATTTGGTGA;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=80086605;WS=80086587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	80092131	rs4789753	T	C	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=65;PP=2296;SC=TCCTCTTGTGTTGAATGCAAA;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=131;WE=80092139;WS=80092121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	80092171	rs4789752	A	G	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=47;PP=1471;SC=GTTCCTTTTCAAAACCAAAGT;SOR=1.375;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=78;WE=80092179;WS=80092161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	80103631	rs35131420	T	C	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=6;PP=1418;SC=TGCAGGCCCCTGAGTGGGGCT;SOR=3.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=54;WE=80103639;WS=80103621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	80141907	.	G	GCGCGCACA,GCGCGCGCA	519	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=63.14;NF=1,1;NR=39,39;PP=519,97;QD=13.05;SC=GCGCGCGCGCGCACACACACA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=40,40;WE=80141915;WS=80141897;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.69:58
chr17	80195582	rs9303026	T	C	11103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=185;NR=210;PP=2965;SC=ACCTGGCGGGTTCTACGGCGG;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=396;TCF=186;TCR=210;TR=395;WE=80195590;WS=80195572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr17	80198007	rs9901910	G	C	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1078;ReadPosRankSum=0.051;SC=CTGGCCTTGCGCCAGCTGGGC;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=288;TCF=128;TCR=160;TR=87;WE=80198015;WS=80197997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,91:0.31:298
chr17	80218800	rs35693344	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=614;ReadPosRankSum=1.152;SC=CCAGGCTGGAGGGCAGTGGCA;SOR=0.614;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=29;WE=80218808;WS=80218790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr17	80273407	rs4530194	G	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.862;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=349;ReadPosRankSum=-0.824;SC=AGACCCCCACGGGGCTCCTCT;SOR=1.308;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=112;TCF=27;TCR=85;TR=30;WE=80273415;WS=80273397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,31:0.27:115
chr17	80275253	rs3176829	T	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=556;ReadPosRankSum=1.043;SC=GGGAGAGCTCTGGAGCTGTGG;SOR=0.439;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=42;WE=80275261;WS=80275243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr17	80320003	rs11651514	C	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.836;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=214;ReadPosRankSum=-1.785;SC=CTGTCCACCCCGGCAGTAGGC;SOR=0.283;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=22;WE=80320011;WS=80319993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,21:0.33:64
chr17	80320561	rs7502620	G	A	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=61;PP=1367;ReadPosRankSum=0.214;SC=AGGGGAGCCCGTGGTGTTGAA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=44;TCR=108;TR=85;WE=80320569;WS=80320551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,89:0.57:157
chr17	80350331	rs11903	G	A	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=45;PP=1455;ReadPosRankSum=0.168;SC=AGGCGATGGTGATGGCGTAAC;SOR=0.629;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=162;TCF=93;TCR=69;TR=99;WE=80350339;WS=80350321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,109:0.61:180
chr17	80352138	rs6502106	T	C	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=11;PP=1277;ReadPosRankSum=0.065;SC=AGTGCTGGGATTACAGGCGTG;SOR=0.342;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=78;TCR=14;TR=65;WE=80352146;WS=80352128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,67:0.70:96
chr17	80356019	rs9905077	C	G	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=730;ReadPosRankSum=0.234;SC=CCACACCCACCGTGCTTGCCT;SOR=1.140;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=44;WE=80356027;WS=80356009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr17	80356187	rs4789767	G	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=62;PP=1319;ReadPosRankSum=0.505;SC=CGAAGGAGCCGTAGGTCACCT;SOR=0.659;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=305;TCF=141;TCR=164;TR=112;WE=80356195;WS=80356176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,114:0.36:315
chr17	80356315	rs6502107	A	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=25;PP=690;SC=TTGCTCCATCACCCAGGCTGG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=80356323;WS=80356305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	80403912	rs79154093	C	T	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=63;PP=1511;ReadPosRankSum=0.231;SC=CTCACCCCCACCCTCACCAGG;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=22;TCR=87;TR=79;WE=80403920;WS=80403902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,79:0.72:110
chr17	80405310	rs55916473	C	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=224;ReadPosRankSum=0.627;SC=GCATGGAGGGCGCGGTGCCCG;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=13;WE=80405318;WS=80405300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr17	80436297	rs77949156	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=437;ReadPosRankSum=0.777;SC=CGGTAGCTGCGTGTCCTGGCT;SOR=2.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=21;WE=80436305;WS=80436287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr17	80441195	.	CA	C	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.888;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,23:0.22:103
chr17	80544855	rs1387545	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=433;ReadPosRankSum=1.550;SC=GTGTGATAGCTATCTGGTTAT;SOR=0.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=22;WE=80544863;WS=80544845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr17	80545156	rs6502124	A	G	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=63;PP=1817;SC=ATGGTAAGACATGCTGGTCGG;SOR=2.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=85;WE=80545164;WS=80545146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	80559167	rs3794716	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.173;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=789;ReadPosRankSum=3.165;SC=TGACTCCCTCGTGTCATTTCA;SOR=0.297;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=48;WE=80559175;WS=80559157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr17	80574082	rs753569	T	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	80574615	rs74962425	G	C	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=64;PP=1737;ReadPosRankSum=2.012;SC=ATACGAAAATGCTCCTTCATA;SOR=0.927;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=140;TCF=47;TCR=93;TR=94;WE=80574623;WS=80574605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,102:0.69:148
chr17	80601769	rs59318270	TA	T	6326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=79;PP=2951;SC=AGGTTAAATTTAAGACTCCGA;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=108;WE=80601777;WS=80601759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	80606079	rs9789075	G	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=9;PP=521;SC=CCCAGGAGAGGCCTGAGAGCC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=80606087;WS=80606069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	80615937	rs61758747	C	T	4141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=94;PP=2539;ReadPosRankSum=2.916;SC=CAATGGGGAGCGGGAGCTTGT;SOR=0.573;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=292;TCF=138;TCR=154;TR=180;WE=80615945;WS=80615917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,191:0.61:311
chr17	80618760	rs79808127	C	T	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=1006;ReadPosRankSum=1.365;SC=TAAGCTTAACCGCCTTGTCCT;SOR=1.158;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=56;WE=80618768;WS=80618750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr17	80619080	rs4789706	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=376;SC=CCAATGTCCCTGAAGGGATCC;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=80619088;WS=80619070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	80622344	rs2279392	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CTGGGGGTGCGGGACGCTCGC;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=16;WE=80622352;WS=80622334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr17	80626210	rs7221877	T	C	8810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=193;PP=2965;SC=CCTTCCAGTCTGCAGGACTGG;SOR=1.189;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=132;TCR=193;TR=325;WE=80626218;WS=80626200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr17	80656616	rs2243606	T	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=261;SC=ACAGCGCGCATCCCCGCCCGG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=80656624;WS=80656606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	80674643	rs2250000	C	G	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=13;PP=1127;SC=TGGAGGAGCTCCTGAGGCGCG;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=80674651;WS=80674633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	80674839	rs10714010	CG	C	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.783;QD=18.33;ReadPosRankSum=1.249;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr17	80676946	rs111661651	A	ACCACCCC	698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=531;SC=GCATCTTCACACCACCCCCCA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=9;WE=80676954;WS=80676936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	80676971	rs7207719	C	G	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=-0.991;SC=GCTTTATTACCTGAGCAGGTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=80676979;WS=80676961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr17	80684638	rs2246103	T	C	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=37;PP=2088;SC=CTGGGGGCGGTGGGGACCTGG;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=107;WE=80684646;WS=80684628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	80685126	rs2243446	T	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=37;PP=795;SC=CTTCACATGCTGGACTAGCTT;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=38;WE=80685134;WS=80685116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr17	80696410	rs2253149	A	C	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	80696542	rs2253132	G	A	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=55;PP=1972;SC=ACCCATATGCGCACATGTGTA;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=121;WE=80696550;WS=80696532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	80696622	rs7216058	A	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=1.798;SC=AGGGAGACAGAAACAGGGAGA;SOR=0.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=17;WE=80696630;WS=80696612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr17	80696692	rs7208565	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=1.971;SC=CCAAGAGTTCCACCCTGCCAT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=80696700;WS=80696682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr17	80699093	rs2252848	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-4.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=0.960;SC=ATATTCTAGCATGCGTAGCCC;SOR=0.157;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=6;WE=80699101;WS=80699090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
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chr17	80700712	rs1994553	T	C	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=96;PP=2499;SC=TCTGTCTCCTTGTCGACGCCC;SOR=1.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=60;TCR=96;TR=156;WE=80700720;WS=80700702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	80706928	rs2243416	G	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,73:0.40:184
chr17	80708601	rs1056534	C	G	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=5.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=1.390;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,70:0.27:263
chr17	80710278	rs2451217	G	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=2.010;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr17	80730527	rs615630	T	C	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=45;PP=1003;SC=TCTGAGGGAGTGTGCAGCAGT;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=80730535;WS=80730517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	80763983	rs582192	C	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=5.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.212;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=39;PP=831;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TTGCTGGTGCCGGCACTGTCT;SOR=2.303;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=40;WE=80763991;WS=80763973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr17	80765322	rs668990	C	A	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=6;PP=977;ReadPosRankSum=0.545;SC=GATTTGAGAACGGAGGGAAGG;SOR=1.480;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=46;WE=80765330;WS=80765312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr17	80785875	rs8067667	A	G	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=670;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=91;PP=2355;ReadPosRankSum=-0.288;SC=AATCGAACGCACACACACCTG;SOR=0.639;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=651;TCF=368;TCR=283;TR=203;WE=80785883;WS=80785865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:460,206:0.31:666
chr17	80786008	rs6502134	G	A	24349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=364;NR=408;PP=2965;SC=CACCCACACAGTTGAATGTGC;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=774;TCF=364;TCR=410;TR=772;WE=80786016;WS=80785998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,771:1.00:771
chr17	80786026	rs78229497	CACAG	C	3536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-1.529;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:474,202:0.30:676
chr17	80786261	rs138156874	T	TACAC	6365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=4.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.614;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,171:0.38:447
chr17	80786427	rs11364632	GC	G	14844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=276;PP=2983;ReadPosRankSum=-1.389;SC=AATGGAATGTGCCCCCCCCGA;SOR=0.340;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=425;TCF=85;TCR=340;TR=346;WE=80786443;WS=80786416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,492:1.00:493
chr17	80786627	rs34655768	GCA	G	2055.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=41;PP=2982;ReadPosRankSum=1.025;SC=ACCCAGAGATGCACACACACA;SOR=0.579;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=9;TCR=74;TR=46;WE=80786649;WS=80786617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr17	80786641	rs7207932	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=1872;ReadPosRankSum=-0.336;SC=ACACACACATCTAATCAGATG;SOR=0.914;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=30;WE=80786649;WS=80786617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr17	80788465	rs12938126	T	C	4754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=105;PP=2627;ReadPosRankSum=0.764;SC=CAGCAGGTTCTGCAGCTCGTG;SOR=0.708;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=320;TCF=163;TCR=157;TR=208;WE=80788473;WS=80788455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,220:0.65:338
chr17	80788492	rs12948179	A	G	4511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=92;PP=2899;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CGGGGAAGGCAGGCCTCGGAG;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=300;TCF=157;TCR=143;TR=194;WE=80788500;WS=80788482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,205:0.64:318
chr17	80790442	rs3744165	T	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=355;SC=TCTTTCCCGATCACTTCTATC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=80790450;WS=80790432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	80827955	rs7222931	A	G	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=5;PP=1945;SC=GGAGCCCCGAACCTCTGGGTG;SOR=4.379;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=67;TCR=5;TR=72;WE=80827963;WS=80827945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	80828057	rs3744161	G	A	14182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=288;NR=206;PP=2965;SC=CGTGTTGCCCGTGTGGTCTGC;SOR=1.013;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=496;TCF=290;TCR=206;TR=494;WE=80828065;WS=80828047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr17	80828303	rs3744160	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,58:0.24:240
chr17	80858669	rs9891862	G	A	11458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=232;PP=2965;SC=AGATTCAGTTGAGCTTATAAG;SOR=1.141;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=405;TCF=172;TCR=233;TR=404;WE=80858677;WS=80858659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr17	80861206	rs2271918	A	G	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=61;PP=2035;ReadPosRankSum=-0.039;SC=TGTCTCCCTCACTTTCTTTTT;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=221;TCF=131;TCR=90;TR=145;WE=80861214;WS=80861196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,149:0.66:227
chr17	80866175	.	G	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=500;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GTTTCCAGCCGTGCATCTGCA;SOR=1.535;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=32;WE=80866183;WS=80866165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr17	80869706	rs12601746	C	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1188;ReadPosRankSum=0.889;SC=AGCCCTTTGCCGCAGCCATCG;SOR=0.546;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=71;WE=80869714;WS=80869696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,71:0.64:111
chr17	80878389	rs1471197	A	G	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.48;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	80878666	.	TACCC	T	103	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=103;QD=73.0;SC=AAATAATGGGTACCCACCGCC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=80878681;WS=80878656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,2:0.67:3
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chr17	80878671	rs10560385	ACC	A	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr17	80878673	.	C	A	111	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=111;QD=72.8856062736;SC=GGGTACCCACCGCCCTCTCCC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=2;WE=80878681;WS=80878656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chr17	80884247	rs1078334	T	C	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,71:0.28:258
chr17	80887206	rs729124	A	G	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=79;PP=1904;ReadPosRankSum=0.211;SC=GATCATTGGCAGCCCGGCCTT;SOR=0.711;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=502;TCF=238;TCR=264;TR=154;WE=80887214;WS=80887196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,157:0.30:524
chr17	80887451	rs2034962	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=494;ReadPosRankSum=1.822;SC=TCTTGGGAGCATGTATGGAGC;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=43;WE=80887459;WS=80887441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr17	80890638	rs898095	T	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=958;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CATGACTTCCTTTCCGATTAA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=167;TCF=83;TCR=84;TR=74;WE=80890646;WS=80890628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,80:0.45:177
chr17	80895253	rs8079398	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=614;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TTCAAGTGCTGCTGGCCTTAG;SOR=0.827;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=145;TCF=53;TCR=92;TR=49;WE=80895261;WS=80895243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,50:0.32:155
chr17	80895745	rs3785520	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=4.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,88:0.26:345
chr17	80895769	rs3785521	A	G	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=0.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,98:0.27:360
chr17	80895933	rs3785522	A	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=66;PP=2066;SC=AGGTTCTGCGAGATGGTGCAG;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=101;WE=80895941;WS=80895923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	80899281	rs9390	G	A	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1310;ReadPosRankSum=-1.156;SC=ACAGGGACGCGGAGCTTGCAG;SOR=0.860;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=329;TCF=172;TCR=157;TR=113;WE=80899289;WS=80899271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,118:0.34:350
chr17	80923432	rs7217917	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CCCGGAGGCATGGCAAGGCGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=80923440;WS=80923431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr17	80923536	rs4986144	C	T	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1393;ReadPosRankSum=1.843;SC=CCTGACCTCCCTCGTTAAAGG;SOR=0.717;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=81;WE=80923544;WS=80923526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,84:0.68:123
chr17	80963331	rs9901757	C	T	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=1165;ReadPosRankSum=-0.481;SC=ACGCGCATCTCGGCGGTGAAC;SOR=1.060;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=73;WE=80963339;WS=80963321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,80:0.71:113
chr17	81006286	rs10852789	G	A	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=32;PP=2806;SC=AAACTGTTTCGGTACGTAAGT;SOR=2.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=98;TCR=32;TR=130;WE=81006294;WS=81006276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	81006387	rs1143006	G	A	11588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=233;NR=184;PP=2965;SC=CAATGATCACGTGGACACCAG;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=417;TCF=233;TCR=184;TR=417;WE=81006395;WS=81006377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr17	81009487	rs73360407	C	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=8;PP=329;SC=GGGCGGAGACCCCGTAGGTGA;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=81009495;WS=81009477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	81042773	rs72854237	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.383;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=233;ReadPosRankSum=1.004;SC=GGGTGTGTGACGGGAGCTCCG;SOR=0.269;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=23;WE=81042781;WS=81042763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr17	81043039	rs9908756	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.430;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=734;ReadPosRankSum=-1.105;SC=TGCTGGTACCAGACGGGGACG;SOR=0.600;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=206;TCF=89;TCR=117;TR=63;WE=81043047;WS=81043029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,62:0.29:214
chr18	166710	rs113002946	TTAAAA	T	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=5.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr18	166819	rs563155	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,42:0.28:148
chr18	196829	rs655781	G	A	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=105;PP=2947;SC=TACATTTACCGTACTTACTGG;SOR=2.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=32;TCR=105;TR=137;WE=196837;WS=196819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr18	197741	rs35489764	AT	A	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.985;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.388;NF=0;NR=20;PP=220;ReadPosRankSum=-0.888;SC=TTATACCTTGATTTTTTTTTT;SOR=2.189;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=20;WE=197749;WS=197731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr18	203081	rs471274	A	C	9614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=163;NR=166;PP=2965;SC=GGATTTCTTTACATTTTGTCT;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=164;TCR=166;TR=329;WE=203089;WS=203071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
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chr18	204816	rs4039610	T	TAAAAA	2377.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=30;PP=1955;SC=ATAGTATTATTTGGATCAATC;SOR=2.480;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=31;WE=204824;WS=204805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr18	334994	rs2305025	A	G	5006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=65;PP=2965;SC=TCCCCACTGGAGCCCTGAGGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=109;TCR=65;TR=174;WE=335002;WS=334984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
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chr18	580623	rs61734344	T	C	11998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=308;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.559;SC=ATGAAGAAAATGATCTCCGAG;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=707;TCF=294;TCR=413;TR=523;WE=580631;WS=580613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,536:0.74:723
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chr18	619050	rs546696	G	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=0;PP=656;SC=GTGGCAGCTGGGTCCATGTGG;SOR=6.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=25;WE=619058;WS=619048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	624783	rs495688	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=7;PP=1481;SC=TTTAGAATGTATACATTTCAA;SOR=3.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=50;TCR=7;TR=57;WE=624791;WS=624773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	624824	rs495799	T	C	4569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=50;PP=2965;SC=GCACATAGATTATGAAATGGA;SOR=1.595;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=153;WE=624832;WS=624814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
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chr18	658332	rs72634355	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=340;ReadPosRankSum=-1.286;SC=TGGCTTTGGCCCCTCCTCCGT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=37;TCR=84;TR=33;WE=658340;WS=658322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,31:0.26:120
chr18	662103	rs1001761	G	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=12;PP=1202;SC=AGATGGCTTAGGATTTACCTG;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=662111;WS=662093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	662370	rs2612095	T	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=66;PP=1678;SC=CTTCCTAGCATGTGTTTGCTC;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=105;WE=662378;WS=662360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	669292	rs147919381	GTTGA	G	5528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=93;PP=2947;SC=CAGCCACATGGTTGATTGTGT;SOR=3.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=3;TCR=101;TR=96;WE=669303;WS=669282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	670541	rs2847609	A	G	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=3;PP=788;SC=ATCGCTGCAGAGGCTGTTATG;SOR=3.477;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=31;WE=670549;WS=670531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	671520	rs2853536	C	T	8660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=177;PP=2965;SC=GTGGAACAGGCATCTGCTCAA;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=123;TCR=177;TR=300;WE=671528;WS=671510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr18	671648	rs2853537	A	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=954;SC=GGCACTTAACATGTCAGGTGC;SOR=4.514;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=671656;WS=671638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	672792	rs1059394	C	T	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=75;NR=18;PP=2068;SC=ACTTGTTTCACGGACATGAGG;SOR=2.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=75;TCR=18;TR=93;WE=672800;WS=672782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	673016	rs699517	C	T	14454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=224;NR=293;PP=2965;SC=CAAAGGAGCTCGAAGGATATT;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=517;TCF=224;TCR=293;TR=517;WE=673024;WS=673006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr18	673086	rs2790	A	G	3334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=93;PP=2433;ReadPosRankSum=0.359;SC=TCTAAAAGAAAAAGGAACTAG;SOR=0.497;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=168;TCF=45;TCR=123;TR=129;WE=673094;WS=673076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,134:0.77:173
chr18	674440	rs11081251	A	C	17325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=304;NR=297;PP=2965;ReadPosRankSum=0.801;SC=TCCTGTTAACAACCACCTGGA;SOR=0.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=603;TCF=305;TCR=298;TR=601;WE=674448;WS=674430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,628:1.00:629
chr18	674535	rs2847172	T	C	6491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=20.277;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=1.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,249:0.97:258
chr18	677214	rs7229142	G	A	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=32;PP=2899;SC=AACCAACTCCGCCTGAGAGTT;SOR=2.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=106;TCR=33;TR=138;WE=677222;WS=677204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr18	677240	rs3819101	G	A	6987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=160;NR=75;PP=2965;SC=ACATGCCAGCGGACAAGGTCT;SOR=1.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=160;TCR=75;TR=235;WE=677248;WS=677230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr18	677302	rs2298583	G	A	13756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=273;NR=198;PP=2965;SC=CCTGGATTGAGGGACCCTACT;SOR=0.989;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=471;TCF=273;TCR=198;TR=471;WE=677310;WS=677289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr18	677452	rs190795784	G	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,74:0.26:288
chr18	677931	rs2298581	C	G	4955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.725;SC=TTCAGGATCTCTAAACCTGGC;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=247;TCF=103;TCR=144;TR=192;WE=677939;WS=677921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,209:0.78:269
chr18	678947	rs2741186	A	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=43;PP=1280;SC=CTGAGCTGCCACCACCAGCCC;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=678955;WS=678937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	683441	rs11081266	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=39;PP=1018;ReadPosRankSum=0.009;SC=GCAGGGCTGCGGCTCCCAGGG;SOR=0.511;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=45;WE=683449;WS=683431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,45:0.76:59
chr18	685797	rs2847329	C	T	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=19;PP=2965;SC=ACTGCAAGACCACAGAAGTGT;SOR=3.434;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=110;TCR=19;TR=129;WE=685805;WS=685787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr18	688428	rs2847152	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr18	688463	rs2612088	G	T	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=16;PP=1693;SC=TGAGCCAGGGGGATCCTAGCC;SOR=2.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=77;WE=688471;WS=688453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	690436	rs2847614	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=534;ReadPosRankSum=0.588;SC=AGGAAAACCACACACATCTGG;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=112;TCR=52;TR=48;WE=690444;WS=690426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,50:0.30:168
chr18	690702	rs145372402	A	AAGCTGTTTCCCCTGGAGAGTCC	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.72;ReadPosRankSum=0.288;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr18	691173	rs2612087	G	A	14479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=256;NR=263;PP=2965;SC=GTGTGTGCACGTCGTGTATCC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=520;TCF=257;TCR=263;TR=519;WE=691181;WS=691163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,538:1.00:538
chr18	691266	rs2612086	A	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,53:0.25:210
chr18	693269	rs2612083	A	C	4663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=1.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:426,159:0.27:585
chr18	693285	rs2606248	A	T	4258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=2.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,124:0.28:450
chr18	693767	rs2612082	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=142;ReadPosRankSum=0.678;SC=GCTTTATCATCGCTATAGTGA;SOR=0.092;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=61;TCF=55;TCR=6;TR=15;WE=693775;WS=693757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr18	693828	rs2305996	A	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,38:0.23:163
chr18	693977	rs2305995	G	A	8131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.695;NF=153;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=0.949;SC=GACAGTAAACGCGTTGGCAGC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=459;TCF=206;TCR=253;TR=344;WE=693995;WS=693967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,355:0.75:475
chr18	693986	rs3217714	GCT	G	18582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=225;PP=2965;SC=CGCGTTGGCAGCTCTAATGCT;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=278;TCF=39;TCR=239;TR=263;WE=693995;WS=693967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr18	694206	rs2847602	A	G	10672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=253;NR=97;PP=2965;SC=TCAGTGTCGTACAGCTCCCAG;SOR=2.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=253;TCR=98;TR=350;WE=694219;WS=694196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr18	697377	rs34911737	CTT	C	3234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=3.345;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,100:0.26:382
chr18	706322	rs3831414	C	CACTG	1869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=1;PP=1798;SC=AACCATGAAACTTTTTACTCA;SOR=5.994;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=33;WE=706330;WS=706320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	706589	rs2612102	A	G	12941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=300;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CTGCAGGAGAAGAGTTCCCCG;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=437;TCF=136;TCR=301;TR=436;WE=706597;WS=706579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,446:1.00:447
chr18	712319	rs34015520	TCGG	T	2506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=14;PP=1723;SC=AGAGCTGCAGTCGGCGGGGCG;SOR=1.329;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=37;WE=712329;WS=712309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	712356	rs3786350	G	T	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.23;QD=40.14;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	724612	rs537141	A	G	10944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=175;NR=206;PP=2965;SC=ACTTGTTCTAATACTTCACGG;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=175;TCR=207;TR=381;WE=724620;WS=724602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr18	742858	rs9961743	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=2.074;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr18	743226	rs3786347	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.143;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr18	743436	rs3786348	T	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=204;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GAATAAACTATACTGTAATAT;SOR=0.812;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=19;WE=743444;WS=743426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr18	751880	.	CA	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr18	904766	rs2231181	G	C	4359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=0.504;SC=GCTCCTCCGCGCTTCACCTCA;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=294;TCF=198;TCR=96;TR=193;WE=904774;WS=904755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,186:0.65:287
chr18	905125	rs1893154	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=3.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,33:0.24:139
chr18	905537	rs2231183	T	C	6799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=180;PP=2965;SC=AGCTGGGGCTTCCCAGGCACA;SOR=2.579;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=234;TCF=52;TCR=182;TR=232;WE=905545;WS=905527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr18	907675	rs8192597	G	A	11805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=199;NR=231;PP=2965;SC=AGGAAGAGGCGTACGGCGAGG;SOR=0.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=431;TCF=199;TCR=232;TR=430;WE=907683;WS=907665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr18	2539016	rs8084295	C	G	14483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=297;NR=208;PP=2965;SC=CCAGACTCCACAGCAATAAAA;SOR=1.104;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=507;TCF=298;TCR=209;TR=505;WE=2539024;WS=2539006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr18	2544356	rs2176451	T	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=684;ReadPosRankSum=0.973;SC=CACAGCTGCATTGATTTTTGT;SOR=1.923;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=29;WE=2544364;WS=2544346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr18	2547500	rs2677879	G	T	6342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.385;SC=GGTATTTGCTGTATTTGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=352;TCF=148;TCR=204;TR=263;WE=2547508;WS=2547490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,272:0.74:367
chr18	2552886	rs10502302	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,16:0.15:107
chr18	2606596	rs4035305	CTT	C	555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,21:0.19:111
chr18	2610978	rs3817350	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr18	2688798	rs637651	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=469;SC=GATAGACGGTGGGACAGAACT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=2688806;WS=2688788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	2698125	rs626994	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=530;SC=ATCGGTTGGGTTATTCAGGTT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=2698133;WS=2698115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	2705700	rs635132	A	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.25;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr18	2707619	rs2276092	G	A	9306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GCCTAATGAGGTTAGGCCTGC;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=331;TCF=159;TCR=172;TR=328;WE=2707627;WS=2707609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,353:0.99:355
chr18	2724930	rs633422	A	T	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=71;PP=2306;SC=AAATAACCAAAGGACCAAATT;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=139;WE=2724938;WS=2724920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr18	2740625	rs521992	G	A	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=231;SC=TTCTAAGCATGTTTTTATAGT;SOR=2.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=2740633;WS=2740615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	2751475	rs300293	A	G	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=85;PP=2438;SC=GTAAATATATAATGTTATATA;SOR=2.691;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=23;TCR=85;TR=108;WE=2751483;WS=2751465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr18	2763697	rs483547	C	T	13894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=249;NR=236;PP=2965;SC=CCATTAAAGGCTCTAATGAGG;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=486;TCF=250;TCR=236;TR=485;WE=2763705;WS=2763687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr18	2771516	rs300291	G	T	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=48;PP=1923;SC=GCAAATTTTTGGTTTTTTATT;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=124;WE=2771524;WS=2771506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr18	2909831	rs607411	C	G	12680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=258;PP=2965;SC=AGTGTTTGAACGGAACTGGTA;SOR=1.062;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=450;TCF=191;TCR=259;TR=449;WE=2909839;WS=2909821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr18	2920288	rs3745012	G	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=15;PP=680;ReadPosRankSum=0.291;SC=CTGAGGTGCCGCCTCAAGACA;SOR=0.991;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=192;TCF=132;TCR=60;TR=56;WE=2920296;WS=2920278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,57:0.29:197
chr18	2921444	rs2282635	T	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=5.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,68:0.24:278
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chr18	2937646	rs3826637	A	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=10.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=1.436;SOR=1.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,61:0.24:253
chr18	2946291	rs643507	C	T	14145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=244;NR=228;PP=2965;SC=AGTTCCTTCTCCTCAGTAGTC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=472;TCF=244;TCR=228;TR=472;WE=2946299;WS=2946281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr18	2951447	rs10570659	TA	T	168.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	2954439	rs7226624	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=3.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,66:0.24:272
chr18	2960969	rs17881253	TTATTAA	T	1374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.803;NF=0;NR=30;PP=1578;ReadPosRankSum=-0.777;SC=ATCATTAGCCTTATTAATTTT;SOR=2.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=30;WE=2960982;WS=2960959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr18	2982817	rs1539792	C	A	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=89;PP=2552;SC=GTATATAATCCAAACAGAAAG;SOR=5.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=4;TCR=89;TR=93;WE=2982825;WS=2982807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	3067278	rs2230164	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=313;ReadPosRankSum=-0.332;SC=CCTTCTTGCCACCTTTCAGGG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=27;WE=3067286;WS=3067268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr18	3072052	.	AT	A	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr18	3075503	rs10667835	C	CAAA	26729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=152;NR=183;PP=2967;SC=AACAAACAGACGAAGAATTTT;SOR=1.035;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=339;TCF=154;TCR=185;TR=335;WE=3075511;WS=3075493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr18	3075554	rs2298540	T	C	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.995;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:533,170:0.24:703
chr18	3075712	rs2298539	C	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,67:0.23:289
chr18	3085191	rs148266515	AT	A	981.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=43;PP=544;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GGTATCTGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.234;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=1;TCR=64;TR=44;WE=3085210;WS=3085181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr18	3089522	rs948298	G	T	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=22;PP=1498;ReadPosRankSum=0.204;SC=CTTTATCCACGGCCTATTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=143;TCF=105;TCR=38;TR=92;WE=3089530;WS=3089512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,96:0.65:147
chr18	3100429	rs7232329	G	A	9704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=211;PP=2962;ReadPosRankSum=0.575;SC=TTCGTCCTTCGGAACAAAATA;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=531;TCF=252;TCR=279;TR=396;WE=3100437;WS=3100419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,415:0.75:555
chr18	3112231	rs8096379	G	C	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=36;PP=2145;SC=AGCACAGAAAGGCCGAACCTT;SOR=1.549;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=112;WE=3112239;WS=3112221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr18	3112568	rs8097874	C	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=880;SC=TCAAACACTACGCAGGTGACT;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=3112576;WS=3112558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	3120060	rs6506068	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=73;PP=1773;SC=TACTTGTTGAGCATTTTATTT;SOR=2.226;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=20;TCR=75;TR=93;WE=3120068;WS=3120050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	3129131	rs8089599	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-0.889;SC=AGAATGGACATTGATGAAAGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=3129139;WS=3129121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr18	3134953	rs200029902	A	ATT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr18	3164385	rs11659820	C	T	5002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.146;SC=TCAGCGTTGCCCGCTCTCCAC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=318;TCF=156;TCR=162;TR=212;WE=3164393;WS=3164375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,222:0.67:333
chr18	3173964	rs2230163	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,74:0.23:324
chr18	3174018	rs17183883	C	T	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:420,131:0.24:551
chr18	3174056	rs10153428	C	A	6385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:603,196:0.25:799
chr18	3174064	rs72860297	G	T	7773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=861;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-1.155;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:631,225:0.26:856
chr18	3174076	rs35188311	A	AAC	6320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=992;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=8.054;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:713,247:0.26:960
chr18	3176017	rs17177479	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,37:0.25:146
chr18	3176040	rs8099021	C	G	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=87;NR=58;PP=2389;SC=GTTCTCTTACCCATTAATCTC;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=145;WE=3176048;WS=3176030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr18	3176063	rs2230162	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,37:0.22:167
chr18	3188664	rs144550875	TAC	T	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.719;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,35:0.24:147
chr18	3215230	rs1662315	C	T	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=154;PP=2965;SC=ATCCTGTGCCCCTTGAAGGAA;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=117;TCR=155;TR=270;WE=3215238;WS=3215220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr18	3253543	rs1791105	G	A	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=92;PP=2520;SC=TAAGGTTTGAGTAAAGTGTGG;SOR=4.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=8;TCR=92;TR=100;WE=3253551;WS=3253533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	3253569	rs6417016	C	T	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=55;PP=1530;SC=TGTTTCCCACCGGATCACCAG;SOR=8.086;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=56;WE=3253577;WS=3253559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	3272744	rs7242012	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=2;PP=641;SC=GTTTAGGTGCATACTTATTCC;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=3272752;WS=3272734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	3272798	rs6506097	AG	TA	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=3;PP=1270;SC=TTTTACCTACAGACTTTAGGT;SOR=5.247;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=54;TCR=3;TR=49;WE=3272807;WS=3272788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	3272855	rs6506099	C	T	5852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=139;NR=69;PP=2965;SC=TTTTGTTTTACGTTTTTGTGT;SOR=1.438;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=140;TCR=69;TR=208;WE=3272882;WS=3272845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr18	3272874	rs7407072	T	A	5838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=8.042;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.93;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,271:0.97:279
chr18	3273153	rs7407045	C	T	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=81;PP=2305;SC=TTTTTTTGTGCGATGTACAAA;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=27;TCR=81;TR=108;WE=3273161;WS=3273143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	3277466	rs6506100	TG	CA	24585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=207;NR=290;PP=2947;SC=AAAGTACTTCTGTGAAATAGA;SOR=1.174;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=521;TCF=215;TCR=306;TR=497;WE=3277475;WS=3277456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr18	3277691	rs6506102	A	T	8231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=84;PP=2965;SC=TACGATTGACAAGCTTTAGGA;SOR=1.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=189;TCR=84;TR=273;WE=3277699;WS=3277681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr18	3447871	rs151472	T	C	9830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=200;PP=2965;SC=TCCCCCCTTCTCCTGGAAAGT;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=343;TCF=142;TCR=201;TR=342;WE=3447879;WS=3447850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr18	3452222	rs11571510	CT	C	5399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.538;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=107;PP=2979;ReadPosRankSum=-1.172;SC=TGCGCCCCCCCTCCTCCACCG;SOR=0.392;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=51;TCR=121;TR=151;WE=3452230;WS=3452211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,192:0.98:196
chr18	3580742	rs475528	A	G	6310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.088;NF=121;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=0.282;SC=GCCACGCACCATCCCCTCAGG;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=383;TCF=175;TCR=208;TR=269;WE=3580750;WS=3580732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,278:0.70:396
chr18	3582272	rs11662259	A	C	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=86;PP=2386;ReadPosRankSum=-1.611;SC=AACAAAGACAATGTGATTTCT;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=58;TCR=118;TR=129;WE=3582280;WS=3582262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,136:0.73:186
chr18	3742572	rs3745050	C	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FS=0.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,114:0.25:461
chr18	5196992	rs292286	T	C	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=101;NR=55;PP=2451;SC=TCCTCTACCCTGCTCCCCTCC;SOR=1.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=101;TCR=56;TR=156;WE=5197000;WS=5196982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr18	5232843	rs9963665	C	T	6180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.175;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.832;SC=ATTGTTACACCCGTCCACAAG;SOR=0.917;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=379;TCF=225;TCR=154;TR=257;WE=5232851;WS=5232833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,268:0.68:395
chr18	5233105	rs3887348	C	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=765;ReadPosRankSum=-1.037;SC=GTTTACTTGGCCCTCTGCCTC;SOR=0.455;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=40;WE=5233113;WS=5233095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr18	5238208	rs1061666	C	T	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.236;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=11;PP=2128;ReadPosRankSum=-0.581;SC=AACGAGCTTACGGACCGGGTG;SOR=0.182;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=129;TCF=118;TCR=11;TR=100;WE=5238216;WS=5238198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,104:0.76:136
chr18	5292030	rs620652	A	G	6799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.904;SC=TTTTAAAGTAAGTGCTGCAGG;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=180;TCR=180;TR=270;WE=5292038;WS=5292020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,280:0.76:370
chr18	5292207	rs11327444	CA	C	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.71;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr18	5395248	rs140104598	C	T	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=984;ReadPosRankSum=0.841;SC=ATTCACTCTTCGAGAATTGAA;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=55;WE=5395256;WS=5395238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,58:0.76:76
chr18	5407839	rs2874686	C	T	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=160;PP=2965;SC=GGCACGTGTACGCTCTTGCAT;SOR=1.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=85;TCR=160;TR=245;WE=5407847;WS=5407829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr18	5407911	rs2322093	A	G	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=52;PP=1470;SC=TAGGAAGCTTAATAAGAATAT;SOR=5.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=55;WE=5407919;WS=5407901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	5410574	rs3817466	A	G	10309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=0.440;SC=CCTCAGTGGCAGTGGTCTCCC;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=373;TCF=177;TCR=196;TR=370;WE=5410582;WS=5410564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,391:0.99:394
chr18	5420021	rs3752061	A	G	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=45;PP=1275;ReadPosRankSum=-0.747;SC=ACTGAAAAAAAAAATACCAAC;SOR=4.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=46;WE=5420029;WS=5420011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
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chr18	5433570	rs2272130	A	C	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:418,129:0.24:547
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chr18	5840674	rs9966028	C	A	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=14;PP=1120;ReadPosRankSum=0.753;SC=AAGGGGTGGGCGTGAGGCGGG;SOR=0.459;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=92;TCF=75;TCR=17;TR=67;WE=5840682;WS=5840664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,74:0.74:100
chr18	5956238	rs3737353	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=699;ReadPosRankSum=0.731;SC=GACTTCTTGGCCTGAGGCAAT;SOR=0.582;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=41;WE=5956246;WS=5956228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr18	5956425	rs3737354	C	T	4019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.04;MQRankSum=0.697;NF=82;NR=84;PP=2545;ReadPosRankSum=0.737;SC=AAATGTTTTGCCACGGAAGCC;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=244;TCF=118;TCR=126;TR=166;WE=5956433;WS=5956415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,177:0.68:261
chr18	5956483	rs3737357	G	C	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.07;MQRankSum=0.798;NF=28;NR=60;PP=1531;ReadPosRankSum=-0.192;SC=TGTGGAACCCGTCATAGCCTC;SOR=0.798;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=141;TCF=47;TCR=94;TR=88;WE=5956491;WS=5956473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,91:0.62:147
chr18	5956502	rs34472471	GCT	G	2437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.256;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.803;NF=1;NR=44;PP=1881;ReadPosRankSum=1.368;SC=TCCGTGTTGAGCTCACCAGTG;SOR=1.168;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=1;TCR=70;TR=45;WE=5956511;WS=5956492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,62:0.62:100
chr18	5960010	.	CAT	C	265	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MMLQ=26;MQ=56.42;NF=9;NR=0;PP=265;QD=30.8888888889;SC=GAAATACATACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=9;WE=5960019;WS=5960000;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,9:0.64:14
chr18	5960012	.	T	TATATATATAC	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr18	5960026	.	T	TAC	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr18	5960038	.	C	CATATATAT	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr18	5960042	.	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.94;ReadPosRankSum=-1.476;SOR=0.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr18	5960048	rs368307522	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=-2.222;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr18	5960060	rs10658145	C	CGT	1134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.02;ReadPosRankSum=-2.338;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr18	5960165	rs505559	G	A	7549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.453;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,354:0.69:514
chr18	6032384	.	T	TACACAC	139	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MMLQ=15;MQ=55.08;NF=0;NR=1;PP=139;QD=142.0;SC=TGAAATATGTTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=1;WE=6032392;WS=6032374;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,1:0.33:3
chr18	6511473	rs4798453	C	T	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=8;PP=1480;SC=CTGTAATAATCGTGGACATCA;SOR=3.511;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=63;WE=6511481;WS=6511463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	6511669	rs4798454	T	G	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=115;PP=2965;SC=GAGCTCTTTGTTGGTGACATT;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=95;TCR=115;TR=210;WE=6511677;WS=6511659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr18	6513872	rs73379446	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr18	6730016	rs57509765	G	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=12;PP=330;SC=GCTGCGCCTTGTGCCTGAGCG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=6730024;WS=6730006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	6851267	rs8087719	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=165;ReadPosRankSum=0.751;SC=TACCTTAGGTGATTTTTAAGG;SOR=1.118;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=9;WE=6851275;WS=6851257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr18	6870524	rs62082833	T	C	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=6;PP=889;ReadPosRankSum=-0.189;SC=ATTTGTTTTATAGCAAATAGT;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=44;WE=6870532;WS=6870514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
chr18	6873354	rs2282522	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,12:0.20:59
chr18	6873646	rs11309322	CT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=6.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.29;ReadPosRankSum=1.877;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,42:0.14:293
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chr18	6890434	rs1116757	A	G	5463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.351;SC=TCCAGGTTCCATCTTTCTTAA;SOR=0.601;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=305;TCF=154;TCR=151;TR=236;WE=6890442;WS=6890424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,247:0.78:318
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chr18	6912004	rs1346931	G	A	21164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=786;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=398;NR=355;PP=2965;SC=ATATGTGTGCGCACGCACACA;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=753;TCF=398;TCR=355;TR=753;WE=6912017;WS=6911994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,783:1.00:783
chr18	6912143	rs1056408	A	C	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=146;PP=2965;SC=AAACCCCAACAAAGTTCTTAA;SOR=2.526;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=45;TCR=146;TR=191;WE=6912151;WS=6912133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr18	6927348	rs2282629	G	A	13221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.75;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,317:0.74:430
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chr18	6928138	rs4798516	A	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=316;ReadPosRankSum=1.729;SC=AAGAGAGCCCAGCAGCTGCCC;SOR=0.835;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=31;WE=6928146;WS=6928128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
chr18	6928180	rs4797265	G	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=520;ReadPosRankSum=0.062;SC=TATGCAGCTCGGTGGACCATG;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=45;WE=6928188;WS=6928170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,48:0.38:127
chr18	6928257	rs4798517	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=345;ReadPosRankSum=-1.130;SC=TTTAGGCAGACAGAATAAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=25;WE=6928265;WS=6928247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr18	6928291	rs4797266	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=417;ReadPosRankSum=0.012;SC=GTTTTCCTTTTAATGAAAAGC;SOR=0.777;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=22;WE=6928299;WS=6928281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr18	6928338	rs4798518	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.770;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=414;ReadPosRankSum=0.067;SC=TCTTTTCTAACAAAGAACAAC;SOR=0.377;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=38;WE=6928346;WS=6928328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,40:0.29:139
chr18	6928422	rs4797267	C	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,86:0.22:384
chr18	6928547	rs4797268	T	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr18	6942295	rs733918	T	C	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1315;ReadPosRankSum=-0.019;SC=ATGCGATCCATAGCACAAAAG;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=78;WE=6942303;WS=6942285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,81:0.77:105
chr18	6943264	rs2016639	G	A	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=2.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=2.438;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,115:0.27:421
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chr18	6947143	rs2155697	A	C	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=69;PP=2773;ReadPosRankSum=-1.513;SC=GAAGACCCTCATGGAGAGGAA;SOR=0.728;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=215;TCF=119;TCR=96;TR=163;WE=6947151;WS=6947133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,170:0.77:221
chr18	6947362	rs12966847	C	G	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=983;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CATTTGGCCTCCTGGCTAGGG;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=56;WE=6947370;WS=6947352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,63:0.74:85
chr18	6948249	.	C	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=4;PP=1039;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGCTTTTTACGCCAAGAAAT;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=49;WE=6948257;WS=6948239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr18	6948614	rs62081479	A	G	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.569;NF=8;NR=54;PP=1341;ReadPosRankSum=-1.703;SC=GGGTTTGGACACATTTTCCTT;SOR=0.098;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=81;TCF=8;TCR=73;TR=62;WE=6948622;WS=6948604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,62:0.77:80
chr18	6948629	rs3840904	TTCA	T	1583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.18;MQRankSum=0.653;NF=0;NR=38;PP=1673;ReadPosRankSum=-1.226;SC=TTCCTTCCACTTCATCAGACT;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=38;WE=6948639;WS=6948619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr18	6949052	rs500355	A	G	5087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.818;SC=TACAAAATAAACACGAACACA;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=190;TCR=100;TR=203;WE=6949060;WS=6949042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,210:0.70:302
chr18	6950999	rs62081480	A	G	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=1093;ReadPosRankSum=0.260;SC=CAGCGTTGAGAAAGGAAACTT;SOR=0.956;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=57;WE=6951007;WS=6950989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr18	6951060	rs17439137	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=333;ReadPosRankSum=0.382;SC=TTGTTTCAGCGTTTACATTGA;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=20;WE=6951068;WS=6951050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr18	6958609	rs543355	T	C	5387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=113;PP=2769;ReadPosRankSum=0.020;SC=TCTACTAATGTGCCCAACTTC;SOR=0.540;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=297;TCF=142;TCR=155;TR=223;WE=6958617;WS=6958599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,247:0.77:322
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chr18	6966370	rs149494876	TCTC	T	4294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.877;NF=5;NR=62;PP=2846;ReadPosRankSum=-1.283;SC=CTTACTGAGTTCTCCTTCACA;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=7;TCR=93;TR=67;WE=6966380;WS=6966360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,110:0.71:156
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chr18	6980523	rs607230	T	C	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=69;PP=2662;SC=CACTTACCTTTAGGAATTGCT;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=138;WE=6980531;WS=6980513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr18	6982443	rs538815	C	T	7106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=93;PP=2965;SC=GGCTGCTCAGCGAGACGCTCA;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=155;TCR=94;TR=248;WE=6982451;WS=6982433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr18	6985506	rs616722	TG	CA	17013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=200;NR=146;PP=2947;SC=GTACTGTGGCTGTGCTGAGAT;SOR=0.983;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=366;TCF=208;TCR=158;TR=346;WE=6985515;WS=6985496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr18	6985631	rs617206	C	T	7815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=2.258;SC=CTTGAACATGCAGCTTTTTAT;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=66;TCR=137;TR=202;WE=6985639;WS=6985621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,207:0.99:209
chr18	6985655	rs617573	C	T	6021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=99;PP=2838;SC=GCAGCAGAAACGGCATTTTAA;SOR=2.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=31;TCR=99;TR=130;WE=6985663;WS=6985645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr18	6986050	rs59480422	C	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=507;ReadPosRankSum=0.210;SC=AGCCACCCAGCCAGGCCAGGG;SOR=0.511;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=25;WE=6986058;WS=6986040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
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chr18	6995512	rs4798524	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=693;ReadPosRankSum=0.646;SC=TAACTAAGAAGCACTTGCATT;SOR=1.157;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=33;WE=6995520;WS=6995502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
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chr18	6999694	rs693754	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=41;PP=1562;SC=GCTTCTAACTTGCGACAGTAA;SOR=1.276;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=68;WE=6999702;WS=6999684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr18	7008591	rs662471	T	C	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,108:0.24:443
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chr18	7011490	rs61695598	A	G	3278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=80;PP=2251;ReadPosRankSum=-0.006;SC=TAAACCACGAAAGGAGGGGAA;SOR=1.105;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=176;TCF=69;TCR=107;TR=127;WE=7011498;WS=7011480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,132:0.73:182
chr18	7011959	rs496865	T	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=631;ReadPosRankSum=2.059;SC=GGGAGTGGGGTTAGAAGCAGA;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=31;WE=7011967;WS=7011949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr18	7012123	rs9946794	A	G	9742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TGCACTGAGGACCAAAGACAT;SOR=0.294;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=177;TCR=170;TR=345;WE=7012131;WS=7012113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,360:1.00:361
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chr18	7034448	rs566825	G	A	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=17;PP=2040;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TACCTTCACCGTAAGTTTTTC;SOR=1.535;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=137;TCF=111;TCR=26;TR=104;WE=7034456;WS=7034438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,106:0.75:142
chr18	7034464	rs674733	T	A	3503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=28;PP=2575;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TTTTCCTCCATTTTCAATACA;SOR=1.062;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=174;TCF=134;TCR=40;TR=132;WE=7034472;WS=7034454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,134:0.76:177
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chr18	7037866	rs647595	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=26;PP=579;SC=TCTCTAGGGATGGCATTAACA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=26;WE=7037874;WS=7037856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	7042099	rs9946620	A	G	8818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=1.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
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chr18	7049294	rs144543039	G	GTTTA	3997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.391;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.614;NF=1;NR=59;PP=2702;ReadPosRankSum=1.115;SC=AATGTCAATTGTTTATTTATT;SOR=3.189;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=124;TCF=7;TCR=117;TR=60;WE=7049302;WS=7049284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,97:0.96:101
chr18	7117623	rs334406	G	C	6720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.418;SC=GCCCGCCTGCGGGGGACAGGG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=409;TCF=234;TCR=175;TR=300;WE=7117631;WS=7117613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,306:0.73:418
chr18	7117782	rs334407	A	G	3063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=83;PP=2097;ReadPosRankSum=1.109;SC=GGAACGCTCCACGGGACGCGA;SOR=0.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=58;TCR=112;TR=126;WE=7117790;WS=7117772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,130:0.76:172
chr18	7117880	rs36201812	CCCCGCCCCGT	C	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.117;NF=0;NR=8;PP=2252;ReadPosRankSum=-2.774;SC=CTGCGCCCCGCCCCGCCCCGT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=8;WE=7117897;WS=7117870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr18	7774104	rs875530	T	C	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=20;PP=2892;SC=ATTCTAGAGGTCTGGTTGGTA;SOR=2.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=103;TCR=20;TR=123;WE=7774112;WS=7774094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr18	7947197	rs8092781	G	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=575;SC=CAGGTGTTCCGGCGCTTGGGC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=7947205;WS=7947187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	8069868	rs2230601	C	T	17654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=283;NR=345;PP=2965;SC=ATACAGAAAACTCACACCCTC;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=630;TCF=283;TCR=347;TR=628;WE=8069876;WS=8069858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,650:1.00:650
chr18	8088969	rs488952	G	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=34;PP=1065;SC=AAATCCATATGTTTATTAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=8088977;WS=8088959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	8089027	rs658110	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=421;SC=TTGATGTAAGGTGATCAAGTA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=8089035;WS=8089017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	8244282	rs60751184	C	CA	481.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.68;MQRankSum=1.621;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.056;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
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chr18	8247734	rs78327892	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=280;ReadPosRankSum=1.893;SC=CAGTGAGTCCCGGAGTCACCG;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=76;TCR=10;TR=23;WE=8247742;WS=8247724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
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chr18	8545617	rs7234996	G	A	11446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.97;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,275:0.72:382
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chr18	8545785	rs7236891	A	G	13707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=269;NR=325;PP=2962;ReadPosRankSum=0.342;SC=GCACCAGAACAAGGACCAGGA;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=857;TCF=388;TCR=469;TR=594;WE=8545793;WS=8545775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,610:0.70:874
chr18	8545823	rs7241117	T	C	9298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TGGTGAGGCGTGAGTGGCTCT;SOR=0.516;Source=Platypus;TCR=336;WE=8545831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,415:0.70:594
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chr18	8705583	.	A	ACGC,ACGCCGCCGCCGC	2282.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.628;NF=16,16;NR=12,12;PP=566,1397;ReadPosRankSum=1.576;SC=GGGAGGCTGCACGCCGCCGCC;SOR=0.955;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=28,28;WE=8705591;WS=8705573;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.73,0.21:91
chr18	8705679	rs8089706	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,33:0.18:179
chr18	8705871	rs142882599	T	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=4.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,15:0.15:101
chr18	8706143	rs11661625	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,40:0.21:195
chr18	8706186	rs11661629	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,84:0.22:384
chr18	8783835	rs35739383	T	C	11111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=240;NR=155;PP=2965;SC=ATGGAGGACATGCGGGGCCAG;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=398;TCF=241;TCR=157;TR=395;WE=8783843;WS=8783825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr18	8784370	rs918272	A	G	19812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=338;NR=330;PP=2965;SC=ACTCGGAGGAAATGTTTGAGA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=669;TCF=338;TCR=331;TR=668;WE=8784378;WS=8784360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,672:1.00:672
chr18	8785897	rs775291	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr18	8786409	rs149413249	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=802;ReadPosRankSum=1.205;SC=TTGTCCAGTCGCAGAGAAAGA;SOR=1.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=36;WE=8786417;WS=8786399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr18	8793236	rs556991	T	C	8750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=210;PP=2965;SC=GCTAGACTCCTGGGCACGTAT;SOR=1.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=112;TCR=210;TR=322;WE=8793244;WS=8793226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr18	8796503	rs2287501	C	T	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=60;PP=1757;SC=TCTGTTTTGTCCTTGACCCCA;SOR=2.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=81;WE=8796511;WS=8796493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	8798185	rs12386117	G	A	8202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=165;PP=2965;SC=CAGTGACCGAGGCTGTGGCTT;SOR=1.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=113;TCR=165;TR=277;WE=8798193;WS=8798175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr18	8821301	rs656602	T	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=8;PP=1304;SC=GATTGTACTTTAAAGGCCTCA;SOR=3.139;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=54;WE=8821309;WS=8821291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	8821556	rs629142	G	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=837;SC=GTCTTAAAATGTTGTTTTGTC;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=8821564;WS=8821546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	8824590	rs610915	C	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr18	8825946	rs72942342	G	A	9109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=0.603;SC=ACCAGAGCTGGGCCCAGGCCA;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=517;TCF=262;TCR=255;TR=382;WE=8825954;WS=8825936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,395:0.74:532
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chr18	9104283	rs78247459	G	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.199;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=452;ReadPosRankSum=0.527;SC=GGAGCTCCTGGCGTGCCATAC;SOR=0.467;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=149;TCF=54;TCR=95;TR=47;WE=9104291;WS=9104273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,51:0.31:162
chr18	9105108	rs1396740	C	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=53;PP=1509;SC=ATTACTTATACAACCAGGCCC;SOR=1.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=83;WE=9105116;WS=9105098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	9117867	rs906807	T	C	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1942;ReadPosRankSum=1.667;SC=CATAAGACAGTTATGCAAAAT;SOR=0.550;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=110;WE=9117875;WS=9117857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr18	9182329	rs149819427	T	TA	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.43;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	9182331	.	A	AACTTCAGGTAGGT	2900	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=0;PP=2900;QD=20;SC=GTGGTGCGTAACCTATTGTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=9182340;WS=9182321;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,8:0.67:12
chr18	9182332	.	C	T	190	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=0;PP=190;QD=28.0964015684;SC=TGGTGCGTAACCTATTGTATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=8;WE=9182340;WS=9182321;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,8:0.44:18
chr18	9182332	rs60039834	C	CTTCAGGTAGGTT	1086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.75;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	9255982	rs4798791	A	G	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=83;PP=2965;SC=AGTAGAGAAAAGATGGATAGG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=162;WE=9255990;WS=9255972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr18	9512985	rs1813100	G	A	10446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=210;NR=182;PP=2965;SC=TTCTCTTGGTGCAGGTGTAAT;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=393;TCF=210;TCR=183;TR=392;WE=9512993;WS=9512975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr18	9522606	rs329007	G	A	8580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=210;PP=2965;SC=TGAACTTGAGGAGATAGGTAA;SOR=2.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=74;TCR=210;TR=284;WE=9522614;WS=9522596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr18	9522666	rs2241943	A	G	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=5.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=54;PP=1359;ReadPosRankSum=1.270;SC=GGACAGTGTCAATGTATAAGA;SOR=0.577;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=2;TCR=76;TR=56;WE=9522674;WS=9522656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr18	9553179	rs403093	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=0;PP=568;SC=AGTAAGACACATATTACAGGA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=9553187;WS=9553169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	9553481	rs407530	G	A	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=50;PP=1401;SC=TCTTTTACTAGAGTGCTTAAA;SOR=5.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=52;WE=9553489;WS=9553471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	9570320	rs329003	T	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,52:0.22:238
chr18	9577352	rs329000	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=407;SC=TTAGCTAGGACTGAAAAATTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=9577360;WS=9577342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	9614324	.	GC	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
chr18	9708582	rs62078920	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,18:0.18:99
chr18	9775220	rs12607206	C	T	5948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.237;SC=GTTAACCTCACAACCTGTGAG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=195;TCR=125;TR=247;WE=9775243;WS=9775210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,255:0.78:325
chr18	9775372	rs6506697	A	G	6493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=155;PP=2965;SC=CCTGTATGTCATTCTCCTTCG;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=78;TCR=155;TR=233;WE=9775380;WS=9775362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr18	9775411	rs6506698	A	G	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=81;PP=2490;SC=CATCAGAATGACCACTCTGTC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=25;TCR=81;TR=106;WE=9775419;WS=9775401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	9815041	.	C	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.804;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr18	9859134	rs10695443	A	AAATATT	3977.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.680;NF=48;NR=14;PP=2903;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TGCACAGCCCAAAGCAGGAGT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=78;TCR=23;TR=62;WE=9859142;WS=9859124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,91:0.69:131
chr18	9886567	rs62078799	T	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=4.012;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,29:0.26:111
chr18	9886568	rs112324257	TTATG	T	466.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=4.140;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,29:0.23:125
chr18	9886890	rs601874	A	G	25522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-3.041;NF=611;NR=534;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.499;SC=CCAAGTCCTCAGAAAAAGCCA;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1580;TCF=839;TCR=741;TR=1145;WE=9886898;WS=9886879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:439,1156:0.72:1595
chr18	9887195	.	C	G	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.049;ClippingRankSum=0.000;DP=1632;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.410;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1357,269:0.17:1626
chr18	9887394	rs2240910	C	T	6707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-8.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=5.693;NF=199;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=4.870;SC=TAGAGGAAGCCATCCAGCCCA;SOR=0.596;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=960;TCF=493;TCR=467;TR=368;WE=9887405;WS=9887384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:426,363:0.46:789
chr18	9887497	rs11081510	G	A	10614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-6.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1047;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=5.134;NF=185;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=1.126;SC=CCAGCCTAAGGAGGGTGACAT;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1159;TCF=577;TCR=582;TR=373;WE=9887516;WS=9887487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:679,366:0.35:1045
chr18	9887546	rs2240906	G	A	9377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1385;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=2.111;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.244;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1020,362:0.26:1382
chr18	9888069	rs2240905	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,45:0.20:229
chr18	10454960	rs28769876	C	G	8157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=162;NR=136;PP=2965;SC=GTGCGGGAGGCCCCAGAGCAG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=298;TCF=162;TCR=136;TR=298;WE=10454968;WS=10454950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
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chr18	10468453	rs539412	C	T	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=66;PP=2532;ReadPosRankSum=0.930;SC=AACTTTCCACCTTTATTTTTC;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=125;TCR=84;TR=161;WE=10468461;WS=10468443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,165:0.75:219
chr18	10672782	rs34134242	T	A	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=82;PP=2314;ReadPosRankSum=-1.683;SC=ATATTCTGTTTCCAGTCAGGT;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=194;TCF=85;TCR=109;TR=144;WE=10672790;WS=10672772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,151:0.73:206
chr18	10677880	rs5823112	GA	G	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.277;NF=2;NR=38;PP=663;ReadPosRankSum=1.538;SC=TTTCTGTGAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.880;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=40;WE=10677888;WS=10677869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr18	10680104	rs1944383	C	T	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=0;PP=892;SC=ATCTAAAGTTCCCATTCTTCC;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=32;TCR=0;TR=32;WE=10680112;WS=10680101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	10680132	rs688237	C	T	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=3.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr18	10680163	rs487037	G	A	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=102;NR=40;PP=2965;SC=ACTGGGGAAAGGGATAAATTA;SOR=2.005;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=104;TCR=40;TR=142;WE=10680171;WS=10680153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr18	10691192	rs3748423	T	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,30:0.25:118
chr18	10691216	rs3748422	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,46:0.25:182
chr18	10691357	rs3748421	G	A	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.919;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,122:0.26:467
chr18	10696043	rs11661737	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,36:0.23:158
chr18	10696227	rs2277860	C	T	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.451;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1089;ReadPosRankSum=0.971;SC=TCACCAAAAACGGCCCCGGGA;SOR=0.986;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=315;TCF=153;TCR=162;TR=96;WE=10696235;WS=10696217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,101:0.30:335
chr18	10696333	rs868525	C	G	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=2.631;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,88:0.23:389
chr18	10696337	rs868526	A	G	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=2.425;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,89:0.23:388
chr18	10698010	rs6146217	C	CGGATGCATTTGTGAACAATTACTGA	1925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=45.85;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	10701898	rs62095568	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-4.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=347;ReadPosRankSum=0.999;SC=CATCACCAATCCTGATGTCCA;SOR=0.638;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=18;WE=10701906;WS=10701895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr18	10704619	rs4796901	C	G	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=74;PP=1794;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TAGAATTTCTCTGACTCTTCA;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=55;TCR=102;TR=115;WE=10704627;WS=10704609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,115:0.73:157
chr18	10705744	rs7227022	G	A	4469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=107;PP=2779;ReadPosRankSum=-0.006;SC=GCGTGGGCTCGCTGTTGGGAG;SOR=0.484;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=261;TCF=110;TCR=151;TR=189;WE=10705752;WS=10705734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,198:0.73:273
chr18	10714679	rs9962475	T	A	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=15;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.774;SC=AACTTTCACCTCACACATTCA;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=110;TCR=23;TR=92;WE=10714687;WS=10714669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,89:0.69:129
chr18	10731428	rs2865121	C	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=2.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,79:0.20:386
chr18	10731665	rs3034920	AT	A,ATTT	516.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=24,24;PP=311,30;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGAGATTCAATTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=24,24;WE=10731674;WS=10731655;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.86:29
chr18	10736476	rs35790059	G	GT	1182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,46:0.28:166
chr18	10736515	rs12455888	T	G	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=3.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,104:0.27:381
chr18	10741011	rs5024299	G	A	9401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=180;NR=153;PP=2965;SC=AGGTTGTAAGGGGATCGAGAA;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=180;TCR=154;TR=333;WE=10741019;WS=10741001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr18	10743986	rs7233917	C	T	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=25;PP=2061;SC=GCATGAGCAACTGCCCCCGCA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=98;WE=10743994;WS=10743976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	10744108	rs8093389	G	A	10033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=152;PP=2965;SC=ATCAGAAGACGGAAGGAGGAT;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=196;TCR=152;TR=348;WE=10744116;WS=10744098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr18	10744296	rs73946010	A	G	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.629;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=55;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.939;SC=TTTCCTGAAAATTATTACTAA;SOR=0.200;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=95;TCF=14;TCR=81;TR=67;WE=10744304;WS=10744286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,66:0.70:94
chr18	10748603	rs8096037	A	T	6749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=153;PP=2965;SC=CCCCACTGGGAAGTGTACAGG;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=73;TCR=153;TR=226;WE=10748611;WS=10748593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr18	10752666	rs7234309	C	T	8629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=178;PP=2962;ReadPosRankSum=0.316;SC=ATCACAAAAACGTTGTATGCG;SOR=0.684;Source=Platypus;TCF=252;WE=10752674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,383:0.70:544
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chr18	10759935	rs2865119	A	G	9148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=177;PP=2965;SC=GAGGCAAAAAAAAAAAATCAG;SOR=1.063;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=132;TCR=178;TR=309;WE=10759943;WS=10759925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr18	10759961	rs2865118	G	A	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=136;PP=2965;SC=TGGGAAAGGGGACTGGTGATA;SOR=1.422;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=79;TCR=136;TR=215;WE=10759969;WS=10759951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr18	10762418	rs8095476	G	A	4714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=1.888;SC=CAAATGTGATGTTAAGCGTCT;SOR=0.692;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=283;TCF=186;TCR=97;TR=196;WE=10762426;WS=10762408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,208:0.69:300
chr18	10762962	rs7241380	G	A	8638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=190;NR=108;PP=2965;SC=TAATGGTTTGGAGCTGGTACA;SOR=1.309;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=191;TCR=109;TR=298;WE=10762970;WS=10762952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr18	10763007	rs7227167	T	C	10181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=0.390;SC=ACGTCCAGACTGTGCAGACAC;SOR=0.351;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=368;TCF=209;TCR=159;TR=364;WE=10763015;WS=10762997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr18	10763218	rs2865131	T	C	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=84;PP=2018;SC=ATTCCTAGCATGCGCAAGGAA;SOR=4.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=9;TCR=84;TR=93;WE=10763226;WS=10763208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	10784733	rs3830641	GA	G	1963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=8;PP=1751;SC=TAGGGTTGAAGAGCTGCCTTC;SOR=2.925;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=40;WE=10784741;WS=10784723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	10785070	rs12604151	A	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=854;SC=TCGTTTATTGAATCCCTCTCT;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=10785078;WS=10785060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	10787047	rs6505592	G	A	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=39;PP=1681;SC=TCTTTTTTCAGTCCAGTCATA;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=97;WE=10787055;WS=10787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	10787199	rs11468237	GAA	G	1227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=487;ReadPosRankSum=1.445;SC=ATCAGACATTGAAAAAAAAAA;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=26;WE=10787208;WS=10787189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr18	10789014	rs2870106	G	A	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=17;PP=1901;SC=AATCTCTGCAGAGGTAGCTCA;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=82;WE=10789022;WS=10789004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	10795041	rs6505594	A	G	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=82;PP=2688;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TGGTCAATACAATGCTCAGTC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=44;TCR=83;TR=126;WE=10795049;WS=10795031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr18	10797303	rs35610200	G	A	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.49;QD=45.78;SOR=4.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	10797308	rs36081769	G	A	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.01;QD=39.73;SOR=3.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	10797338	rs145681764	T	TATC	4867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=14;PP=2971;SC=ATATTATACATATCATATTAT;SOR=3.126;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=79;WE=10797346;WS=10797328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	10797567	rs56112279	A	G	5016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=124;PP=2965;SC=AACATGTGACATTTGTATAAA;SOR=1.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=50;TCR=124;TR=174;WE=10797575;WS=10797557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr18	10979480	rs77367208	C	T	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=9;PP=1333;ReadPosRankSum=0.690;SC=TTATTATGCACGTATATAAAA;SOR=1.159;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=111;TCF=93;TCR=18;TR=70;WE=10979488;WS=10979470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,76:0.64:119
chr18	11066010	rs7236754	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=260;ReadPosRankSum=-1.234;SC=CCATGCCATATTAGCCCTGCT;SOR=0.876;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=15;WE=11066018;WS=11066009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr18	11609903	rs8087561	CA	GG	13446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=873;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.769;NF=291;NR=269;PP=2944;ReadPosRankSum=1.795;SC=TCCGAGGCCGCACCTGCTTCT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=848;TCF=440;TCR=408;TR=560;WE=11609912;WS=11609893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,586:0.67:870
chr18	11619799	rs112261054	ATGT	A	7314.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=89;PP=2971;SC=CAGTTATAGAATGTTGTTGAG;SOR=1.391;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=109;TCF=9;TCR=100;TR=98;WE=11619809;WS=11619789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr18	11752943	rs1895689	C	A	4404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=92;PP=2640;ReadPosRankSum=0.391;SC=GTTCAGTTTGCTTCCAAACTG;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=278;TCF=144;TCR=134;TR=188;WE=11752951;WS=11752933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,198:0.68:293
chr18	11753067	rs5823172	TG	T	1368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=33;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TATTTGCTGTTGGATTTGGTA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=35;WE=11753075;WS=11753057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr18	11753716	rs8095592	G	A	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=64;PP=2351;ReadPosRankSum=-1.118;SC=TTACTAGAAAGGTCAAGTGCT;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=218;TCF=121;TCR=97;TR=140;WE=11753724;WS=11753706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,145:0.64:225
chr18	11754034	rs72865259	T	C	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=56;PP=1493;ReadPosRankSum=-1.964;SC=TTGATACTAATTCATTATTAA;SOR=1.295;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=84;TCF=9;TCR=75;TR=62;WE=11754042;WS=11754024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr18	11824829	rs1647555	A	G	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=99;NR=1;PP=2923;SC=CTTGCAAAAAACAGTTTTTGC;SOR=7.824;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=99;TCR=1;TR=100;WE=11824837;WS=11824820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	11824880	rs1647556	T	A	16316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.71;SOR=2.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr18	11824886	rs1647557	T	G	17148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.87;ReadPosRankSum=1.369;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,399:1.00:400
chr18	11864647	.	A	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.896;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=90.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.208;SOR=6.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,54:0.22:244
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chr18	11884670	rs643652	C	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=16;PP=484;SC=ACCAGGCACACGTTGAACACC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=11884678;WS=11884660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	11999038	rs45442994	G	A	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=49;PP=2239;SC=CCCAAATCCCGTACTTTTATT;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=132;WE=11999046;WS=11999028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr18	12012457	rs635370	A	C	322.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	12012467	rs16976956	A	C	322.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.35;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	12014220	rs45512594	G	A	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=19;PP=663;SC=CACATCAAACGAGTGAACCAT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=12014228;WS=12014210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	12014411	rs643107	T	G	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	12027941	rs45446291	AT	A	1173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=1002;SC=TCGAAAGATGATCCTTACTCT;SOR=2.621;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=23;WE=12027949;WS=12027931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	12076504	rs12966109	A	C	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=88;SC=CCCCTCGGGGACGCCCATCGT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=12076512;WS=12076494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	12076541	.	G	GCGCCGCCGCCGC	141.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.93;QD=35.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	12094031	rs11664969	G	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=4;PP=656;SC=AGGTCAGGGGGTCGTTCCTGG;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=12094039;WS=12094021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	12107493	rs77270132	G	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=404;SC=AGTTAACAGCGGATCACTGTT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=12107501;WS=12107483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	12254956	rs34939372	G	A	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=37;PP=973;SC=AGCCCTCCAGGTTGGTGGTGC;SOR=2.540;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=48;WE=12254964;WS=12254946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	12274104	rs11545881	G	T	9979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=226;NR=109;PP=2965;SC=CAGCCAGCACGTCCCCACTTG;SOR=1.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=338;TCF=229;TCR=109;TR=335;WE=12274112;WS=12274094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr18	12308243	rs8087840	T	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	12308243	.	TGC	AGT	475	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=10;NR=5;PP=475;QD=35.2311916575;SC=GGCCCGCAGTTGCCGCTGTCG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=12308253;WS=12308233;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	12308245	rs8086821	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	12308377	rs8086993	C	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=78;SC=AGGGCCTCTCCGCGGGTCGGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=12308385;WS=12308367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	12348285	rs11553521	T	C	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=21;PP=1605;SC=CAATCACTCGTTCAATTGCCT;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=77;WE=12348293;WS=12348275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	12351342	rs11080572	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=21;PP=847;SC=CCGGCCTAAGCAGCGCGGGGT;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=12351350;WS=12351332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	12358997	rs7407640	A	G	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=47;PP=1471;SC=TCCAGCTTTCACATGTGGTGC;SOR=1.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=75;WE=12359005;WS=12358987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	12359920	rs8097342	G	A	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=138;SC=TTATATTTGAGATTACCCATC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=12359928;WS=12359912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	12363950	rs2298542	C	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=127;SC=GTTTCAGCCACACAAGGAAAG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=12363958;WS=12363940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	12512385	rs5823223	CA	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=2.003;SOR=1.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr18	12512574	rs567709	T	C	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=60;PP=1972;SC=CATTAAGTTATCTTCTCAAAT;SOR=2.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=81;WE=12512582;WS=12512564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	12658075	rs139943173	A	C	83.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	12658191	rs3902981	T	G	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	12658600	rs1062235	A	G	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=75;NR=64;PP=2320;SC=GTCTGGTTGAAAACTTGAACC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=75;TCR=64;TR=139;WE=12658608;WS=12658590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr18	12662148	rs1129214	G	A	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=20;PP=629;SC=CTGGACAAGTGCTCCTAAGAG;SOR=0.968;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=37;WE=12662156;WS=12662138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	12662186	rs71353221	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=14;PP=338;SC=AGTGCACCAGAAAGGAAAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=12662198;WS=12662176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	12673574	rs12959199	C	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=709;SC=GCAAGTAAATCAGTATTTAAA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=12673582;WS=12673564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	12678486	rs12966424	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=713;SC=TAAAAATTAAAAAGGCAGCAT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=12678494;WS=12678476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	12699286	rs45541436	C	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
chr18	12700092	rs2542173	A	G	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=105;SC=ATGTAAACTGATCACTCCTAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=12700100;WS=12700082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr18	12703192	rs3809919	C	T	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1272;ReadPosRankSum=0.506;SC=TCGGGGCTGCCGCCTCCCGAG;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=318;TCF=156;TCR=162;TR=105;WE=12703200;WS=12703182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,109:0.33:335
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chr18	12786059	rs8092305	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=434;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GGTGTGACGCGGCCTCATGTG;SOR=0.823;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=70;TCF=4;TCR=66;TR=25;WE=12786067;WS=12786049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr18	12840879	rs17657106	T	C	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.664;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:437,136:0.24:573
chr18	12963146	rs35999381	AT	A	2322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.883;QD=15.38;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,111:0.74:151
chr18	13460037	rs59728040	G	A	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=33;PP=1017;SC=ACGTCGTCACGCCATGGTCAT;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=13460045;WS=13460027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	13460078	rs59719495	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=25;PP=793;SC=TCCAGCTTCCTTTTGAAGAGG;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=13460086;WS=13460068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	13643179	rs11080665	C	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=555;SC=GTGATCCATCCGCCTCTGCCT;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=13643187;WS=13643171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	13681962	rs35493157	A	T	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=40;PP=1866;SC=TCAGCATTGTATAAAAGTAAA;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=103;WE=13681977;WS=13681952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr18	13731407	.	C	CAA	102.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=0;PP=44;SC=AACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=13731415;WS=13731397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	13740038	rs45585137	T	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=2;PP=742;SC=TTCTTTTCTTTTAAAGGAAAT;SOR=3.477;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=13740046;WS=13740028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	13754232	rs186851706	A	T	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=9;PP=254;SC=AAGGCTGGGCACTGTGGCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=13754240;WS=13754222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	13759816	rs4797812	T	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	13759820	rs4797813	G	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	13762011	rs4461147	C	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=13;PP=701;SC=CACACCTTGTCGTCTAAATGT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=13762019;WS=13762001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	13825727	rs1541276	A	C	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1672;ReadPosRankSum=0.889;SC=GTTTTACAGTAAATTTGCTGC;SOR=0.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=95;WE=13825735;WS=13825717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr18	13826088	rs17848292	C	T	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=104;PP=2965;SC=TGATAGCAGACGCCTTTGTGC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=116;TCR=105;TR=220;WE=13826096;WS=13826078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr18	13826391	rs2236700	C	G	7611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=129;PP=2965;SC=TACACATGTTCCTCCTGGCGC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=116;TCR=130;TR=245;WE=13826399;WS=13826381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr18	13826508	rs2236701	C	T	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=58;PP=2040;SC=GCGTGTTTACCGTGTGCTGGG;SOR=1.074;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=104;WE=13826516;WS=13826498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr18	14105016	rs61609068	C	A	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=26;PP=1101;SC=AGTATGAATTCTCTGATGTTG;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=14105024;WS=14105006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	14105853	rs8094412	C	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=530;SC=AATATAAATTCTTTGATGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=14105861;WS=14105843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	14105923	rs2159940	T	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=8;PP=294;SC=TAAGGCTTTTTTTGAATATGG;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=14105931;WS=14105913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	14124330	.	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=20.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-9.580;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.810;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,26:0.21:122
chr18	14124335	.	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=24.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.79;MQRankSum=-9.792;QD=5.45;ReadPosRankSum=1.985;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,24:0.19:129
chr18	14124343	.	T	C	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=24.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-9.823;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.710;SOR=1.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,23:0.18:131
chr18	14124346	.	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=24.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-9.864;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.188;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,23:0.17:132
chr18	14124359	.	G	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.470;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=30.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-10.699;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.427;SOR=2.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,19:0.13:141
chr18	14156143	rs149108958	A	G	33.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.53;QD=16.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	14156241	rs115684852	A	T	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.74;QD=26.41;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	14157373	rs7505684	T	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=706;SC=ATAAGATAATTTATGAAGTTT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=14157381;WS=14157363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	14179603	rs4797872	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=327;SC=ACAGGTAGCGAGGGCTCAGCC;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=14179611;WS=14179593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	14378533	rs2137484	G	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=267;SC=GCGGCCGTCGGGGAAAGCTCG;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=14378541;WS=14378523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	14378621	rs55811695	C	T	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=9;PP=302;SC=ACCAGGCCCGCGTCCTCCTCC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=14378629;WS=14378611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	14542979	rs200806970	A	G	9231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.841;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.913;NF=150;NR=303;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GCTCCTGAGCATCTTCATAAA;SOR=1.582;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=583;TCF=229;TCR=354;TR=453;WE=14542994;WS=14542969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,408:0.74:549
chr18	14543039	rs45570841	T	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=81.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQRankSum=-14.906;QD=3.66;ReadPosRankSum=-7.457;SOR=5.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,47:0.20:237
chr18	14543139	rs28535987	T	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=40;PP=1269;SC=CAAACCTCAGTCACCATCTGC;SOR=1.532;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=61;WE=14543147;WS=14543129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	14752768	rs45620343	G	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=28;PP=1062;SC=CAACTAGTTTGTGAAACCTGT;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=14752776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	14752957	rs12457503	G	A	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=64;PP=2164;SC=GTGAGAATTTGTTAATGGTGG;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=126;WE=14752965;WS=14752947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr18	14755016	.	CT	C	647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=466;SC=TATGGTAGTTCTTTTTTTTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=24;WE=14755024;WS=14755006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	14779833	.	T	TCCA	145	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=82;MMLQ=26;MQ=49.9;NF=3;NR=0;PP=145;QD=73.6580854686;SC=GTGGTTGTTATTCAATAGAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=14779842;WS=14779823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr18	14779834	.	T	C	186	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=82;MMLQ=26;MQ=49.9;NF=3;NR=0;PP=186;QD=73.5904041824;SC=TGGTTGTTATTCAATAGAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=14779842;WS=14779823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr18	14779925	.	C	T	144	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=59;MMLQ=25;MQ=52.55;NF=6;NR=3;PP=144;QD=19.8634680608;SC=ATAAGGAATGCTCTCATGAAT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=9;WE=14779933;WS=14779915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr18	14779969	rs9675365	C	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=5.337;QD=16.26;ReadPosRankSum=4.238;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr18	14779986	rs76927023	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-5.756;NF=19;NR=16;PP=442;ReadPosRankSum=-2.970;SC=GAATCCAAACGAGAGGAAGAT;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=35;WE=14779994;WS=14779976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr18	14780019	rs72873710	G	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.28;MQRankSum=-7.035;QD=23.66;ReadPosRankSum=1.963;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr18	14780024	rs79199021	T	C	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.95;MQRankSum=-6.886;QD=24.00;ReadPosRankSum=1.435;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr18	14780037	rs72873711	C	A	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.558;HP=1;HapScore=3;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.609;NF=16;NR=18;PP=1510;ReadPosRankSum=0.707;SC=TGTATTATTGCTGTTATTATT;SOR=0.351;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=34;WE=14780045;WS=14780009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr18	14780064	rs78339886	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=79;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.851;NF=4;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=1.528;SC=AAATATTAATATTGAGTGATG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=18;WE=14780072;WS=14780054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr18	14780082	rs11080793	GC	AT	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.331;NF=3;NR=9;PP=396;ReadPosRankSum=1.224;SC=ATGTGAAAATGCAAAATCAGA;SOR=0.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=14780091;WS=14780072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr18	14780108	.	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQRankSum=-2.515;QD=23.86;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr18	14780116	rs79644245	A	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQRankSum=-2.515;QD=23.86;ReadPosRankSum=-1.884;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr18	14780130	rs72873713	G	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.71;MQRankSum=-2.189;QD=18.68;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr18	14796214	rs9303863	G	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=14;PP=639;SC=GTCCCTTTACGTTTAGAGTCT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=14796222;WS=14796204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	14803680	.	C	T	148	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=48.54;NF=2;NR=9;PP=148;QD=16.615564777;SC=TTTGATACTCCTCATTATTGG;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=11;WE=14803688;WS=14803670;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr18	14830262	.	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.361;NF=1;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=-0.654;SC=TTAGAGAAATCCAACTATCAG;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=12;WE=14830270;WS=14830252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr18	14837168	rs56391489	GT	G	1917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.44;NF=22;NR=19;PP=782;SC=TTTTTCTGAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=41;WE=14837176;WS=14837158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	14842846	.	G	A	102	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=43.97;NF=8;NR=2;PP=102;QD=13.6771212547;SC=TTTGTGGCTGGTTTTGTCATA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=10;WE=14842854;WS=14842836;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,10:0.27:37
chr18	14848821	rs28555630	G	A	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.63;QD=27.58;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	14848935	rs3878726	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=415;SC=TGAGGTATGACATCCTAGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=14848943;WS=14848925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	14850375	rs3126404	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=27;PP=767;SC=CAAGTAATTTGAATCAGGTAA;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=14850383;WS=14850365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	14851756	rs148887033	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.53;QD=29.35;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	14852335	rs12386087	C	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.06;QD=29.68;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	14866355	rs1770756	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-2.092;NF=10;NR=8;PP=270;ReadPosRankSum=3.403;SC=GGTAGGAGGGTGGCCTGAGTG;SOR=0.437;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=14866363;WS=14866345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,17:0.85:20
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chr18	18559675	rs7237677	G	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=0.210;SC=TCTGCAATTGGTACAGTGTTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=18559683;WS=18559671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr18	18623974	rs73959778	C	A	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=0.136;SC=TAAATTCTTACACCATTTTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=18623982;WS=18623964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr18	18983766	rs2117317	C	T	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=706;ReadPosRankSum=-1.813;SC=TTATGGATTGCGTCCCCATCA;SOR=0.888;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=96;TCR=17;TR=45;WE=18983774;WS=18983756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr18	19020160	rs9948725	G	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=848;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TTACTCTGGCGTTCTTTCCTT;SOR=0.438;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=93;TCR=28;TR=59;WE=19020168;WS=19020150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,63:0.50:125
chr18	19024150	rs4368249	T	G	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=27;PP=1377;ReadPosRankSum=0.587;SC=TAAAAAGAAATGTTGAACTGT;SOR=0.887;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=83;WE=19024158;WS=19024140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,88:0.55:159
chr18	19034556	rs3794938	T	C	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=73;PP=2015;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GGAGCCCACCTAGATCCAGCT;SOR=0.918;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=279;TCF=137;TCR=142;TR=130;WE=19034564;WS=19034546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,139:0.47:296
chr18	19048666	rs8083036	A	G	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=88;PP=2503;ReadPosRankSum=0.210;SC=CTTTCTCTTCATGTCGTTTTT;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=438;TCF=244;TCR=194;TR=199;WE=19048674;WS=19048656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,205:0.45:459
chr18	19052933	.	CTG	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=10.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,6:0.12:49
chr18	19065494	rs7234335	C	G	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=22;PP=1418;SC=CCTCTTACAGCGGTCATTTCT;SOR=1.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=19065502;WS=19065484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	19075808	rs3764502	C	T	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=50;PP=1229;ReadPosRankSum=0.612;SC=ATGATTAAAACTTGGCTGATG;SOR=1.093;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=131;TCF=41;TCR=90;TR=69;WE=19075816;WS=19075798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,72:0.51:140
chr18	19079537	rs8087553	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=3;PP=336;SC=ACACGGAGCAATGTGGAGAGC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=19079545;WS=19079527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	19079853	rs4800747	A	G	7453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=118;PP=2965;SC=TGAAGCAGGAATGTGACTCCC;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=148;TCR=118;TR=266;WE=19079861;WS=19079843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr18	19100517	rs1395251	T	C	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=17;PP=1415;SC=TTTAAGTTAATATTGGAAAAA;SOR=2.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=19100525;WS=19100507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	19100551	rs116950320	G	A	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=857;ReadPosRankSum=0.271;SC=ACCTTATCCTGAAATAGAGAA;SOR=0.506;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=63;WE=19100559;WS=19100541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,65:0.46:140
chr18	19100758	rs34960489	A	ATCT	7357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=87;PP=2957;SC=GTAGGTGCTGATCTTAAGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=116;TCF=8;TCR=108;TR=94;WE=19100766;WS=19100748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	19100854	rs9947441	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=378;ReadPosRankSum=1.202;SC=GAAGATAAAGATATTTTTAAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=19;WE=19100862;WS=19100844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr18	19115896	rs4800780	A	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=321;SC=ATTAAAACTGATCTTTACATG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=19115904;WS=19115891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	19119801	rs1818274	C	T	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=6;PP=893;SC=AGAGCAAGACCCTGTCTCAGG;SOR=2.833;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=42;WE=19119821;WS=19119791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	19119813	.	TA	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.731;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr18	19119974	.	GATAT	G,GAT	2595.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.777;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.98;MQRankSum=1.015;QD=27.04;ReadPosRankSum=-1.443;SOR=1.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,17,72:0.18,0.75:96
chr18	19153494	rs973730	C	T	6368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=90;PP=2965;SC=TCCCTAAAAACGTACTTTGAG;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=129;TCR=90;TR=219;WE=19153502;WS=19153484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr18	19154143	rs13381941	G	A	4841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.879;SC=AGATCCTTGCGTGCATTGAGA;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=458;TCF=200;TCR=258;TR=219;WE=19154151;WS=19154133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,227:0.47:485
chr18	19154233	rs35087820	T	C	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1972;ReadPosRankSum=0.772;SC=AATTACTAGATTTTCATCTTC;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=85;TCR=112;TR=103;WE=19154241;WS=19154223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,111:0.54:204
chr18	19192255	rs2850556	C	T	2895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=39;PP=1985;ReadPosRankSum=0.816;SC=CCGCCATGCGCCTGCAGTGCT;SOR=0.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=308;TCF=212;TCR=96;TR=134;WE=19192263;WS=19192245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,137:0.44:313
chr18	19208851	rs2847117	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=4.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.474;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=387;ReadPosRankSum=0.618;SC=TGGGGGGTGGAGGGAATCTGA;SOR=2.341;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=20;WE=19208859;WS=19208841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr18	19282515	rs148633631	A	ATTTTG	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.056;NF=0;NR=16;PP=782;ReadPosRankSum=0.063;SC=TCATGTCTTAATTTTAATTCT;SOR=1.259;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=16;WE=19282523;WS=19282505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
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chr18	19423003	rs2276157	T	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=444;ReadPosRankSum=1.223;SC=CAGTGTTCGGTGTTATTTATT;SOR=1.308;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=62;TCF=57;TCR=5;TR=24;WE=19423011;WS=19422993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr18	19423963	rs3216119	GT	G	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.566;NF=8;NR=0;PP=251;ReadPosRankSum=0.501;SC=TCTTCAGTAGGTCCAGGGTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=19423971;WS=19423953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr18	19427096	rs11877131	A	G	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.252;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.854;SC=GGTTTGTATTATTTATTATCA;SOR=0.329;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=72;WE=19427104;WS=19427086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,73:0.47:156
chr18	19444661	rs76056004	A	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=632;ReadPosRankSum=-0.736;SC=TAGCTAATGTATCTAGTCATG;SOR=0.307;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=101;TCF=22;TCR=79;TR=38;WE=19444669;WS=19444651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr18	19756856	rs3764504	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=121;ReadPosRankSum=1.000;SC=CCCGGGGTGACGCGGGGAGGG;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=13;WE=19756864;WS=19756846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr18	19780527	rs11352746	AC	A	7226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=77;PP=2966;SC=GGCTGCACAGACCCCGTTCAT;SOR=1.279;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=146;TCF=63;TCR=83;TR=132;WE=19780535;WS=19780517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr18	19996011	rs7227477	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.429;NF=30;NR=14;PP=659;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TTTGTGGAGGGAGAGCTGAAT;SOR=0.781;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=44;WE=19996019;WS=19996001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr18	20555219	rs2336916	T	C	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=43;PP=1434;SC=TTTTATTTTATTTAGCTATAC;SOR=1.046;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=20555227;WS=20555209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	20564800	rs3052770	TTCA	T	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=717;SC=GATAATGCTTTTCATCATCAT;SOR=3.912;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=14;WE=20564810;WS=20564790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	20716014	rs139352344	GGGCGCCGGC	G	3109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=29;PP=2974;SC=CGGCCAAGCCGGGCGCCGGCG;SOR=0.779;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=36;WE=20716030;WS=20716004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	20816942	rs1966657	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=182;SC=TCACTGGCACACGGAGATGTC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=20816950;WS=20816932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr18	20877908	rs181752989	G	A	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=1763;ReadPosRankSum=0.768;SC=CCAGGGGCTCGTACACAGGTG;SOR=0.572;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=243;TCF=150;TCR=93;TR=127;WE=20877916;WS=20877898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,136:0.52:262
chr18	20932384	rs8084251	A	G	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TGTTTTCTAGATCTGTGATCT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=20932392;WS=20932374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr18	20953485	rs9944662	C	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=0.823;SC=TGCAGCCCTGCGGAGAAGGCA;SOR=0.676;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=15;WE=20953493;WS=20953475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr18	20953720	rs8099409	G	A	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=1200;ReadPosRankSum=0.645;SC=GCCAGGAGGAGGAGGGCACTG;SOR=0.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=43;TCR=94;TR=75;WE=20953728;WS=20953710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,77:0.55:139
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chr18	20965034	rs62095860	G	A	3306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=88;PP=2061;ReadPosRankSum=2.015;SC=GGAATGGCCTGAAAGAAAACA;SOR=0.533;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=278;TCF=101;TCR=177;TR=144;WE=20965042;WS=20965024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,154:0.52:297
chr18	21017836	rs7226498	T	C	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=127;PP=2965;SC=CGTCCCCTTCTCGGGGATCCA;SOR=1.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=84;TCR=128;TR=211;WE=21017844;WS=21017826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr18	21033582	rs8086258	G	C	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=115;PP=2965;SC=GGGACCCCGCGGACCTCGGCA;SOR=1.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=63;TCR=115;TR=178;WE=21033590;WS=21033572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr18	21043106	rs72884533	T	C	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=567;ReadPosRankSum=0.874;SC=ATTTGATGAGTAATTGTCATG;SOR=0.526;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=31;WE=21043114;WS=21043096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
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chr18	21055092	rs7235571	A	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=688;SC=CTTTTAAAAGAATTCACACAC;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=21055100;WS=21055082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr18	21109269	rs1652375	T	C	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=923;ReadPosRankSum=1.378;SC=GAAGGTGGGCTGCAGCTTTCC;SOR=0.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=74;TCR=94;TR=74;WE=21109277;WS=21109259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,75:0.42:179
chr18	21109466	rs1652376	G	T	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=969;ReadPosRankSum=1.565;SC=CTGGAGCGATGTGTGCAAAAC;SOR=0.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=50;WE=21109474;WS=21109456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr18	21113285	rs2510344	T	C	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=55;PP=2223;ReadPosRankSum=-0.993;SC=AATGTCCTTCTATTGTGCCAC;SOR=0.498;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=261;TCF=168;TCR=93;TR=148;WE=21113293;WS=21113275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,156:0.57:272
chr18	21119247	rs56003892	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=16;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.885;SC=GAGGCACGATGCAAATGATTT;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=85;TCR=28;TR=71;WE=21119255;WS=21119237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,82:0.65:127
chr18	21119291	rs6507720	A	G	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1280;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TCAGCAAAACAGGAAAGATTT;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=241;TCF=143;TCR=98;TR=104;WE=21119299;WS=21119271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,111:0.42:263
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chr18	21120035	rs7239575	T	C	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=195;ReadPosRankSum=-1.608;SC=GCGAGGATCATGGAGAATAAG;SOR=0.316;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=16;WE=21120043;WS=21120025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr18	21120381	.	TA	T	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=11.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.104;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.386;SOR=1.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr18	21120444	rs1805082	T	C	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=90;PP=2961;ReadPosRankSum=1.536;SC=TCCAATCCAATATCTACTTTG;SOR=0.686;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=407;TCF=220;TCR=187;TR=192;WE=21120452;WS=21120434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,166:0.46:359
chr18	21124945	.	C	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=784;ReadPosRankSum=-2.023;SC=GACAGCTTTTCATGTGCCCCA;SOR=0.913;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=47;WE=21124953;WS=21124935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,31:0.22:142
chr18	21127910	rs2435307	C	T	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=45;PP=1500;ReadPosRankSum=0.030;SC=AAGTGCTTGCCGCAAGTGTCT;SOR=0.785;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=268;TCF=152;TCR=116;TR=112;WE=21127918;WS=21127900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,124:0.44:285
chr18	21131748	rs189739939	C	T	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=49;PP=1231;ReadPosRankSum=-1.290;SC=ACATCAGGGACCTAAACATTT;SOR=0.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=177;TCF=78;TCR=99;TR=85;WE=21131756;WS=21131738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,91:0.49:185
chr18	21140432	rs1805081	T	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=0.105;SC=CTCCATCCCATGGACTGGAAA;SOR=0.401;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=22;WE=21140440;WS=21140422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr18	21209988	rs11660305	G	A	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=31;PP=880;SC=TAGGGCGGGTGCAGTGGCTCA;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=21209996;WS=21209978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	21214242	.	GTTTTTTTTTTTTTT	G	1113	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=21;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=1113;QD=279.0;SC=CACTTTCCCTGTTTTTTTTTT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=21214263;WS=21214232;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,4:0.67:6
chr18	21294117	rs34200895	TA	T	2339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;MQRankSum=0.209;QD=25.16;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr18	21338276	rs6507894	C	T	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=30;PP=2010;SC=CGTGATGACTCGTGTGTCAGG;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=101;WE=21338284;WS=21338266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	21338515	rs11308832	TC	T	2056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=45;PP=1537;SC=CGTGGCCTTCTCCCCCCTCTC;SOR=2.303;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=48;WE=21338523;WS=21338505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr18	21393229	rs11420756	A	AT	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=270;SC=TGATTTTGTGATTTTTTTTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=22;WE=21393237;WS=21393219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	21395358	rs2155841	G	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=47;PP=1838;SC=ATACAGTGAGGCAGTTTTCAA;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=21395366;WS=21395348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	21400005	rs7244406	A	C	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=43;PP=1301;SC=AGTAGCTCAGATACTTCCCCA;SOR=4.534;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=47;WE=21400013;WS=21399995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	21400028	rs6507956	G	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=28;PP=756;SC=CCAGTCTCAGGGAGCCCCCTG;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=21400036;WS=21400018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	21404334	rs1941521	A	G	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=50;PP=2605;SC=ATCTAAAATCATAACACTGAC;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=102;TCR=50;TR=152;WE=21404349;WS=21404324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr18	21413869	rs9962023	T	C	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=43;PP=2221;SC=CGGAGGCAGCTCAGCTGTTTG;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=116;WE=21413877;WS=21413859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr18	21414100	rs1109949	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	21414110	rs1109950	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.21;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	21422554	.	GTCTC	G	3856.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.141;NF=14;NR=49;PP=2766;ReadPosRankSum=1.813;SC=ATGACAGAAAGTCTCTCTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=180;TCF=37;TCR=143;TR=63;WE=21422565;WS=21422544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,106:0.39:269
chr18	21437721	rs867448	A	G	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=47;PP=2965;SC=GGCTTTGCACACCAATTAGTC;SOR=2.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=131;TCR=47;TR=178;WE=21437729;WS=21437711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr18	21437931	rs867449	G	C	9550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=186;PP=2965;SC=GTGACCCAGGGACCGGGGCTT;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=130;TCR=186;TR=316;WE=21437939;WS=21437921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr18	21441717	rs12965685	C	T	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=146;PP=2965;SC=AGGAGCTGCCCGCAACCATCC;SOR=1.942;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=64;TCR=146;TR=210;WE=21441725;WS=21441707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr18	21444972	rs45564548	A	G	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.374;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=409;ReadPosRankSum=0.213;SC=AATATTTTGCAGAAACTAAAT;SOR=0.141;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=33;WE=21444980;WS=21444962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr18	21495483	rs1541836	T	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=426;SC=GAGATGCTATTGATGTTGCTA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=21495491;WS=21495473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	21511089	rs1154233	A	G	11070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=212;PP=2965;SC=CGATAGCGGCAGCCCAATTTT;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=389;TCF=177;TCR=212;TR=389;WE=21511097;WS=21511079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr18	21511172	rs1258107	G	C	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=95;PP=2349;SC=CTGGGTGAGTGGAATAATACT;SOR=2.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=28;TCR=95;TR=123;WE=21511180;WS=21511162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr18	21526087	rs2288592	C	T	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=9;PP=1011;SC=ATACAACTCACGTATCTTTCT;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=21526095;WS=21526077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	21529722	rs2241643	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=12;PP=1073;SC=TTTCTGCTTGGTTGCAGAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=21529730;WS=21529712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	21531906	rs11873358	C	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=29;PP=779;SC=GCTTCCGTCACTCATGGTTGC;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=21531914;WS=21531896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	21534701	rs1051149	C	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.87;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	21534701	.	CTC	ATT	583	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=23;PP=583;QD=26.5194947859;SC=TCATTCTTCACTCAGGACACA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=21534711;WS=21534691;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr18	21534703	rs1051150	C	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	21662816	rs2305024	A	C	6189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=60;PP=2965;SC=TGGAGTTTTGAAAAATGGAAA;SOR=1.841;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=142;TCR=60;TR=201;WE=21662824;WS=21662806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr18	21693671	rs894931	G	A	9491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=161;NR=163;PP=2965;SC=AGATTAAACTGATGCTTTGAA;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=161;TCR=163;TR=324;WE=21693679;WS=21693661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr18	21694618	rs4800176	G	A	8853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.99;NF=122;NR=181;PP=2965;SC=ATTGGTAAATGTGAAATGTCT;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=303;TCF=122;TCR=181;TR=303;WE=21694626;WS=21694608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr18	21703649	rs9956079	A	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=170;SC=GGGATTACTGACATGAACCAC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=21703657;WS=21703639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	21705624	rs2306811	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=388;SC=ATCGGAGTCAGGGAGAGTACA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=21705632;WS=21705614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	21706607	.	AT	A	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=13.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.604;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.391;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
chr18	21710321	rs12970083	C	T	6657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=138;PP=2965;SC=GTCAGAATAACTTATATGTTC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=98;TCR=138;TR=236;WE=21710329;WS=21710311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr18	21714228	rs4800548	G	T	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	21736933	rs1049683	T	G	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=28;PP=1003;SC=AGAAGGGGAATCAACAGCTGA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=21736941;WS=21736923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	21759593	rs12604451	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=18;PP=1422;SC=ACATCAAAATTGTTAACTTGC;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=21759601;WS=21759583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	21938384	rs7226913	T	C	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=26;PP=1691;SC=CCTGTCCACTTCTTCCCCACC;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=21938404;WS=21938374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr18	22010165	.	A	G	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=65;QD=33.2570708491;SC=TTATACAAATATAAGACCATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=22010173;WS=22010155;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr18	22010421	rs9783924	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=376;ReadPosRankSum=0.646;SC=ACCTGTGAACCCTTTGTTAGA;SOR=0.503;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=28;WE=22010429;WS=22010411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr18	22017752	rs1941814	C	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=1.072;SC=CCTGTATTAACTACTCAGACA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=22017760;WS=22017742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr18	22017800	rs620931	T	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr18	22020467	rs582234	T	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=269;ReadPosRankSum=-1.303;SC=TAGGCCCAGATGTAAAGAAGA;SOR=1.101;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=20;WE=22020475;WS=22020457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr18	22020543	rs677688	C	G	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=40;PP=1561;SC=GGAAAGTTCGCTTAAAGCATT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=92;WE=22020551;WS=22020533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	22029969	rs143010886	A	AT	1304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.034;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.368;NF=5;NR=28;PP=885;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CTGCCTGGGAATTTTTTAAAA;SOR=0.365;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=33;WE=22029977;WS=22029959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr18	22056615	rs17259800	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=1.572;SC=ATGTCTCCATCCTTTGCACAT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=22056623;WS=22056605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr18	22775185	rs1140026	C	T	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=43;PP=1194;ReadPosRankSum=1.593;SC=CCATCTGACACTTGATGCATT;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=74;TCR=76;TR=84;WE=22775193;WS=22775175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,94:0.57:165
chr18	22804244	rs4129657	T	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=285;ReadPosRankSum=0.542;SC=GTGGAGAGTGTAAACATAAAG;SOR=0.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=15;WE=22804252;WS=22804234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr18	22805073	rs114102095	G	C	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=65;PP=2345;ReadPosRankSum=0.281;SC=AAGAAGGTTCGAGAGCACACG;SOR=0.510;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=249;TCF=139;TCR=110;TR=137;WE=22805081;WS=22805063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,139:0.56:250
chr18	22901967	rs45590038	T	C	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=651;ReadPosRankSum=0.449;SC=ATAAGTATTGTTTACCTGTCA;SOR=0.316;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=95;TCF=69;TCR=26;TR=43;WE=22901975;WS=22901957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr18	22931849	rs185260009	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.879;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr18	23854692	rs17224558	C	T	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=80;PP=1986;ReadPosRankSum=2.773;SC=CTGTAACTACCCTGAAGCCTT;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=567;TCF=314;TCR=253;TR=172;WE=23854700;WS=23854682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:408,193:0.32:601
chr18	23866349	rs3744961	G	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=-1.458;NF=35;NR=53;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.287;SC=CTTCTGCTGGGACCACATCTG;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=283;TCF=117;TCR=166;TR=88;WE=23866357;WS=23866339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,95:0.32:299
chr18	23866482	rs8089000	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=1.668;SC=CATTTTGTTTCTTCCCCAGTT;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=12;WE=23866490;WS=23866472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr18	23873463	rs1677016	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.671;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=437;ReadPosRankSum=1.672;SC=CTCAGAAAAATAGAATAAAAG;SOR=0.921;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=31;WE=23873471;WS=23873453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr18	23875336	rs1382260	T	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=593;SC=GACTGATTTCTTGGAAGGCAA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=23875344;WS=23875326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	23895429	rs8084520	A	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=399;ReadPosRankSum=1.185;SC=TTATCAAAAGAGACAACCTGG;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=25;WE=23895437;WS=23895419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr18	23970146	rs3216114	TACAG	T	1066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=1077;ReadPosRankSum=-2.367;SC=ATGGGACTCTTACAGACTCAG;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=0;TCR=67;TR=24;WE=23970157;WS=23970136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr18	24035650	rs146107679	TTTTG	T	2239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.759;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.910;NF=29;NR=11;PP=1744;ReadPosRankSum=2.508;SC=AATGTCCCTTTTTTGTTTGAG;SOR=1.309;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=40;WE=24035661;WS=24035640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,58:0.56:104
chr18	24035675	rs3753	T	C	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.164;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.797;NF=39;NR=20;PP=690;ReadPosRankSum=0.752;SC=TGGTTGTGTGTGTTTTCCTTT;SOR=0.520;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=141;TCF=97;TCR=44;TR=59;WE=24035683;WS=24035665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,61:0.40:154
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chr18	24128324	.	TTCC	T	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,8:0.10:83
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chr18	25562831	rs8092870	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=300;SC=CATTTTCTTACTGATGTATTA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=25562839;WS=25562821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	25565082	rs1220144	A	G	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=50;PP=1664;SC=AAACCTTCACACGCAGGATGG;SOR=1.190;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=86;WE=25565090;WS=25565072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	25570228	rs1628684	G	C	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=71;PP=2160;SC=TTGACTGAGGGGGGTGCTGAA;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=146;WE=25570236;WS=25570218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr18	25572837	rs1662733	G	A	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=41;PP=1230;SC=TCAGAGGAGGGGCATGGACCA;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=25572845;WS=25572827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	25573308	rs1662734	C	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=396;SC=GGATGCCTCACGTAAGGCCCT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=25573316;WS=25573298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	25573622	rs2957286	G	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=793;SC=ATAAAGATAAGAACTTAAATG;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=25573630;WS=25573612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	25727760	.	GA	G	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.944;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr18	28598866	rs5823777	CTG	C	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=574;SC=ACACACACATCTGTGTGTTTC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=13;WE=28598875;WS=28598856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	28605715	rs202439	A	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=9;PP=438;SC=GCATATCAATAAAAGTCCTAC;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=28605723;WS=28605705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	28610901	rs34818241	G	GA	376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=374;SC=GTATTTTAATGAAAAAATGAC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=12;WE=28610909;WS=28610891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	28610988	rs276938	C	T	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=18;PP=1065;SC=TGTCTGTTTCCTTTTGTCAGA;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=28610996;WS=28610978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	28611061	rs276937	A	T	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=49;PP=1662;SC=GTGTACACTGACCCATCATTT;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=96;WE=28611069;WS=28611051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	28611139	rs276936	A	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	28622524	rs276924	C	T	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	28659724	rs1658128	T	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=215;SC=AGTGCATGTATCCAGCTTTAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=28659732;WS=28659714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	28662776	rs1790702	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=51;SC=CGCCCGCCTCGGCCTCCCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=28662784;WS=28662766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	28666526	rs35717505	T	TTAA	2725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=16;PP=1513;SC=TCAGGTTTTATTGTTTATGTT;SOR=1.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=30;WE=28666534;WS=28666516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	28712686	rs1992143	A	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=393;SC=TAAAACACAGACATTAAATCA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=28712694;WS=28712676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	28720147	rs17800159	C	T	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=59;PP=2116;SC=ATAATTTTAACGGTGACAGTT;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=122;WE=28720155;WS=28720137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr18	28721882	rs12455973	T	C	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	28721913	rs12458870	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	28721922	rs12458919	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	28722039	rs2577075	G	A	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=21;PP=1317;SC=TTTCCTTGTAGGATTTTGTAT;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=28722047;WS=28722029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	28722103	rs2577074	T	C	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=40;PP=1680;SC=CCTTCATTCGTAAAATCTCCA;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=28722111;WS=28722093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	28723596	rs2577072	G	C	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=84;SC=AAATCTAGATGAATGAATAGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=28723604;WS=28723586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	28723832	rs12454773	G	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	28723835	rs12454734	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	28728384	rs2577067	C	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=547;SC=AATGATAAAACGTAAACATCT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=28728392;WS=28728374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	28728411	rs3213883	C	T	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=11;PP=904;SC=ATAATACTTACGAAATGTCAA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=28728419;WS=28728401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	28728693	rs3217442	T	TA	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.479;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=0.836;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,25:0.83:30
chr18	28734749	rs2249810	A	G	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=88;NR=58;PP=2368;SC=CAAACTGTTCATATTTCTCAC;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=88;TCR=58;TR=146;WE=28734757;WS=28734739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr18	28737198	rs2246736	C	T	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=97;SC=TTTATTTACACTAATTGTAAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=28737206;WS=28737188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	28737299	rs2118342	T	G	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=18;PP=653;SC=GTAAGCATATTACTGTGCTAG;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=28737307;WS=28737289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	28739495	.	C	CAA	75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=19;MQ=58.85;NF=0;NR=4;PP=75;QD=20.0;SC=GTTAAAACCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=28739503;WS=28739485;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,4:0.36:11
chr18	28916290	rs6506917	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=211;SC=TTCTTATAATGAAACTATTTT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=28916298;WS=28916280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	28916649	rs16961657	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=380;SC=TATAGATTATAAGTATCTGAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=28916657;WS=28916639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	28918204	rs144346664	AC	A	478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=63.29;NF=13;NR=1;PP=505;SC=ACTGAAAAAAACAATACATTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=28918212;WS=28918194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	28919779	rs8091003	A	C	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=35;PP=2285;SC=GACAGGACTAATACAGAGCCG;SOR=1.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=116;WE=28919787;WS=28919769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr18	28919794	rs8091117	C	A	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=51;PP=2794;SC=GAGCCGAACACTAAAATTACT;SOR=1.288;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=140;WE=28919802;WS=28919784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr18	28919884	rs16961689	A	C	5718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=98;PP=2965;SC=AGCCAAGTATATTCTTCTGAA;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=93;TCR=98;TR=191;WE=28919892;WS=28919874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr18	28919911	rs61730306	A	G	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr18	28919911	.	AAG	GAA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=66;NR=83;PP=2947;QD=20;SC=AACGGAGCCAAAGATTTGTTA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=149;WE=28919921;WS=28919901;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,149:0.97:153
chr18	28919913	rs34302455	G	A	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr18	28920081	rs72927192	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=475;SC=ACGTATTTTACAAATTCTCAT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=28920089;WS=28920071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	28923984	rs6506918	T	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=22;PP=667;SC=TTGTTTAACATCTCAAATGCT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=28923992;WS=28923974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	28935375	rs8099566	C	T	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=206;SC=ACTAAAAAACCAACAATGTGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=28935383;WS=28935365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	28957072	rs10502570	A	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=403;SC=AATTTCAAACAACTCTCTCCG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=28957080;WS=28957062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	28966518	rs1460597	G	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=317;SC=GTTGTGAATTGGTGAAAACAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=28966526;WS=28966513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	28968371	rs16959856	G	A	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=66;PP=2631;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TAACATACCGGATTTCTGGAG;SOR=0.599;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=90;TCR=68;TR=156;WE=28968379;WS=28968361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr18	28968959	rs9956865	C	T	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=53;PP=1477;SC=ACACAGCCAGCATTGAAGAAA;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=28968967;WS=28968949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	28969008	rs16959863	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=23;PP=595;SC=TCCTTCTCTACGTCACAGCAT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=28969016;WS=28968998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	28986333	rs4799570	A	C	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=38;PP=1171;SC=CCTGCTACTGATTTGTAAGTA;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=28986341;WS=28986323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	28989674	rs1020839	C	T	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=19;PP=817;SC=TAACATAAAGCGTTTGTTTTT;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=46;WE=28989682;WS=28989664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	29027745	rs10084010	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=411;SC=GCAGCAGAGACGCTGCAGAGG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=29027779;WS=29027735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	29027757	rs8085523	C	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=3;PP=447;SC=CTGCAGAGGGCTTTTCTTAGA;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=29027779;WS=29027735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	29027771	rs8085532	C	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=6;PP=670;SC=TCTTAGACATCAACTGCAGAC;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=29027779;WS=29027735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	29028057	rs141268501	T	TTTTG	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	29036316	rs3848485	A	G	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=119;SC=TATGAACAATAGAATATAATA;SOR=2.584;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=29036324;WS=29036306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	29055957	rs1380866	A	G	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=41;PP=1716;SC=TGCTTTGTCCACCTCTGGGTC;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=29055965;WS=29055947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	29237765	rs1449086	T	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=0;PP=385;SC=CCCTTCAAAATGCGCTTTGCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=29237773;WS=29237755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	29237860	rs1449087	C	T	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=30;PP=1667;SC=CCTGCTCCTGCTGCACTCAAA;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=88;WE=29237868;WS=29237850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	29264182	rs1449081	G	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=305;SC=GCCCCTGTTTGAACAGCTTCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=29264190;WS=29264172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	29426868	rs682279	A	T	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=207;SC=AGTGGAAATAATATGGCCAAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=29426876;WS=29426858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	29493616	rs35203717	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=55;SC=GGAAAAATATAAAAGAGGACA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=29493624;WS=29493606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr18	29708981	rs684359	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=10;PP=487;SC=TGTAATGTGTGTCAAGATGTG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=29708989;WS=29708971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr18	29771974	rs16962783	C	G	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=49;SC=ATGTTCCAGGCTTCATATGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=29771982;WS=29771964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	29775226	rs3217505	TAC	T	420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.05;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	29788107	rs4799640	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	29790378	rs2241891	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=355;SC=TTATGCCTCGCGTAAAGAATC;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=29790386;WS=29790368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	29795101	rs233223	T	C	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=42;PP=1624;SC=GGCTTTGTTCTCTAATGGAAC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=97;WE=29795109;WS=29795091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	29797921	rs616114	C	T	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=69;NR=108;PP=2965;SC=AATTTGACTCCGCAAAATGTA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=69;TCR=108;TR=177;WE=29797929;WS=29797911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr18	29797958	rs680321	T	C	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=71;PP=2231;SC=TGATTATTCATAACCTATTGG;SOR=1.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=32;TCR=71;TR=103;WE=29797966;WS=29797948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	29800119	rs673408	A	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=452;SC=AGACCAGATCATTTTATTATG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=29800127;WS=29800109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	29852590	.	CT	C	37.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5025;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=38;SC=ATTCTGGGGTCTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=29852598;WS=29852580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	30093722	rs11081773	A	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=5;PP=297;SC=GTCTATGAGGATTTCATGAAA;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=30093730;WS=30093712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	30350165	rs61737324	G	A	3733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=68;PP=2166;SC=CGATGGACGAGCAGCCCTGCA;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=127;WE=30350173;WS=30350155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr18	30352057	rs200605696	GCGCCGGCC	G	3046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.73;QD=41.74;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	30672631	rs1995096	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=4;PP=188;SC=GGATATCATCGTCAGATCAGA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=30672639;WS=30672621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	30804756	rs466113	C	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=6;PP=504;SC=TGTTCTTTGTCGAGACTTCTG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=30804764;WS=30804746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	30846895	rs9965081	A	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=6;PP=226;SC=ATTGGTTTTTACTGTTATTTT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=30846903;WS=30846885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	30950168	rs9965655	T	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=47;PP=1469;SC=AGAGAACAAATAGAAGTTCAT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=30950176;WS=30950158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	30976968	rs4447495	C	G	44.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	30977255	rs6507018	G	A	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=11;PP=309;SC=GTAAGGATACGGGAAGAAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=30977263;WS=30977245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	31225030	rs4799705	G	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=913;SC=ACATGTGAAGGTAAACAAAAT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=31225038;WS=31225020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	31241497	rs9304126	C	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=3;PP=724;SC=TTTTCAATTGCAGAAAAGCTC;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=31241505;WS=31241487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	31684975	rs4564652	A	C	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=30;PP=1992;SC=ATTATGAATAAAATTACTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=98;WE=31684983;WS=31684965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	32402808	rs57525293	G	GTCT	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=831;SC=TACAAAATGTGTCTTCTGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=16;WE=32402816;WS=32402798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	32405071	rs1626394	C	T	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=78;SC=TTTCTACCCACCTTGTAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=32405079;WS=32405061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	32408892	rs117594057	A	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	32408900	rs9946576	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.70;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	32409571	rs1790534	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=330;SC=GATAGAGGTCTTCTGGGGTTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=32409579;WS=32409561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	32418186	rs17557695	T	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=18;PP=561;SC=AAACTAAAAATGGAGATTTCT;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=32418194;WS=32418176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	32418265	rs1954861	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=105;SC=CTTTAACCCAGTTAACAGCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=32418273;WS=32418255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	32444040	rs1617318	G	A	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=18;PP=517;SC=AGACCTGCCAGATAAATTTTC;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=32444048;WS=32444030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	32459697	rs76713874	G	A	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=40;PP=1304;SC=AGTATCTTCCGCTTGGAAGCA;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=32459705;WS=32459687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr18	32585367	rs80105629	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=420;SC=CTGGCCACACCCACTAAACTA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=32585375;WS=32585357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	32711893	.	TTC	T	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=39;QD=24.0;SC=TTATTTCTGCTTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=2;WE=32711902;WS=32711883;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr18	32720359	rs3786313	C	T	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=51;PP=1880;SC=CTTGACACTTCCATTGTGTGT;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=101;WE=32720367;WS=32720349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	32833263	rs34145740	A	C	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=36;PP=1741;SC=AATAATCATAACAAACATCTT;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=98;WE=32833271;WS=32833253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	32843417	rs144860213	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=295;SC=AAAATGAACCGTGCCACAGTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=32843425;WS=32843407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	32886528	rs147217916	T	TAGTC	1462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=8;PP=1109;SC=ACAAACATTTTAGAGTTCTGA;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=18;WE=32886536;WS=32886518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	32887933	rs9963614	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=460;SC=CCGGATACGTATGGTGGCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=32887941;WS=32887923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	32917644	rs2032729	T	C	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.98;NF=37;NR=36;PP=1295;SC=AACACCCATATTGAGAGTGCC;SOR=0.897;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=32917652;WS=32917634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	32917780	rs5823970	G	GA	122.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=6;PP=212;SC=TCTATTAAGGGAAAAGAAACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=32917788;WS=32917770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	32948446	.	T	TTTTATTTA	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.31;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	32948510	rs2909340	G	A	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=52;SC=CTGTCTGAGCGGTTCAAGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=32948518;WS=32948500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	33048554	rs3088182	C	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=8;PP=563;SC=CAGCTTTCCACTTCATCTCCC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=33048562;WS=33048544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	33272291	rs201969184	AAT	A	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=151;ReadPosRankSum=-0.400;SC=AGAGGTAAGAAATATATATAT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=33272302;WS=33272281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr18	33611062	.	TA	T	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.9997;HP=15;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=20;MQ=54.16;NF=0;NR=2;PP=26;QD=14.5;SC=TCAGTTTCACTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=33611070;WS=33611052;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr18	33647254	rs1789517	A	C	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=50;PP=2965;SC=TGACGATGGGACGCGAGTGTT;SOR=1.442;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=110;TCR=50;TR=160;WE=33647262;WS=33647244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	33691313	rs1540043	T	G	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=186;SC=TCCAGTGTTTTTGAGAGGGGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=33691321;WS=33691303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	33706614	rs1789528	C	G	6230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=107;PP=2965;SC=GATGCTCGTGCTCTGAGTGAT;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=106;TCR=107;TR=213;WE=33706622;WS=33706604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr18	33709762	rs1632169	G	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=12;PP=1029;SC=TCAGGGGGGCGGGGCTGCCTC;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=33709770;WS=33709752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	33713132	rs1785904	T	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=373;SC=CTGAAATCTGTTTTTACTTAT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=33713140;WS=33713122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	33713287	rs1785905	T	A	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=39;PP=1378;SC=GCTGTAAGTATTAACCAGATT;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=33713307;WS=33713277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	33718326	rs1785934	A	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=35;PP=1117;SC=TGCATTATGTACACTGATCGT;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=33718334;WS=33718316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	33719434	rs1785932	C	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=554;SC=AGCCACCAGCCTCTCTCGCCC;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=33719442;WS=33719424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	33722425	rs1789549	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=32;PP=847;SC=ATGTTTTTCTATTGTCCCAAT;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=33722433;WS=33722415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	33725874	rs1789546	T	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=14;PP=756;SC=ACATGATGATTGTTGATCACC;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=38;WE=33725882;WS=33725864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	33725931	rs1785928	G	A	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=28;PP=1395;SC=ACAGCAGCCAGTGAGATTATT;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=33725939;WS=33725921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	33726447	rs1785927	C	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=323;SC=AGTAGAGGCACTTGAAGTTCA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=33726455;WS=33726437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	33744380	rs12959905	G	A	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=9;PP=812;SC=TTTTTAAAATGTTTTCTCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=33744388;WS=33744370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	33744677	rs684890	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=544;SC=ACAGTTATGTTCATTTTATCT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=33744685;WS=33744667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	33750046	rs8299	C	T	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=43;PP=1702;SC=GGGGTGAGTGCGACTCCACTG;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=107;WE=33750054;WS=33750036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	33750222	rs12953927	A	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=20;PP=489;SC=TGTAGCCCTCATGTCATTTCA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=33750230;WS=33750212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	33750884	.	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=250;ReadPosRankSum=2.674;SC=GTCCTGGGCTGATGCCTGCAG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=20;WE=33750892;WS=33750874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr18	33767479	rs11665282	G	A	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=6;PP=218;SC=GGGCCCGGCCGGCCTGGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=33767487;WS=33767469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	33767749	rs4267398	G	A	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=25;PP=639;SC=GGCGCATTTTGAATCGAAACT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=33767757;WS=33767739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	33778607	rs596644	C	A	4556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=64;PP=2771;SC=ACAAAAGAAGCGACCCTAAGT;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=151;WE=33778615;WS=33778597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	33779821	rs646424	C	A	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=80;PP=2965;SC=AGTGGGTATGCGGAACGTGAC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=176;WE=33779829;WS=33779811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr18	33779855	rs623053	C	T	5083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=71;PP=2965;SC=GTCATATCCACCCCGGTCAGG;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=164;WE=33779863;WS=33779845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr18	33779896	rs540967	A	G	6180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=86;PP=2965;SC=AGAGGAACGTAGTGCTTCAGC;SOR=0.916;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=112;TCR=87;TR=198;WE=33779904;WS=33779886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr18	33780020	rs623558	A	G	7297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=127;PP=2965;SC=GGGCGGTTGCACCCTGTGAGC;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=126;TCR=127;TR=252;WE=33780028;WS=33780010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr18	33783030	rs579596	T	C	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=73;PP=2472;SC=GCACATGGATTGTTTTGACCA;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=161;WE=33783038;WS=33783020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr18	33785093	rs678560	G	A	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=20;PP=832;SC=GTATACCTACGTGGCCCTGTC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=33785101;WS=33785083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	33785185	rs667667	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	33785304	rs667195	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	33793511	rs687387	T	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=143;SC=TTGCTGCCTGTGTGTCTGGGG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=33793519;WS=33793501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	33795425	rs631108	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=1;PP=349;SC=ACTGTTTCCAGTGTCTCTATG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=33795433;WS=33795415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	33848663	rs111317566	A	ATACAT	1373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=1206;SC=AATTTTTAGCATAAAGTTTCT;SOR=3.126;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=25;WE=33848671;WS=33848653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	33877687	rs188660514	T	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=683;SC=AGCCTGCGAGTCCGCGAGCCA;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=33877695;WS=33877677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	34205385	rs2644253	A	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=86;SC=AAAAATCCCTATTAGGGCAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=34205393;WS=34205379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	34261559	rs542241	T	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=330;SC=AGATTTTTTTTAAATAGTGAG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=34261567;WS=34261549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	34261581	rs34100890	AG	A	431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=267;SC=TAAAAATTAAAGGCATGTGAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=34261589;WS=34261571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	34273039	rs479570	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	34273111	rs74480696	C	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	34273440	rs483351	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=19;PP=514;SC=AGACAGGCTTCCTCAGGGCAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=34273448;WS=34273430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	34539578	rs3744904	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=170;SC=CTGTTCCTGGACCCAAAGGTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=34539586;WS=34539568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	35065374	rs5824066	CG	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=130;SC=CGAGCTCAGGCGGGGCGGCGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=35065382;WS=35065364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	35065396	rs4799451	T	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=203;SC=CGCCCTGCCGTCCTCTCCCCG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=35065404;WS=35065386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	35145660	rs138975334	T	TCTCG	887.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5747;FS=3.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.452;NF=1;NR=14;PP=788;ReadPosRankSum=1.046;SC=CGCTCCTCTCTCTCGCTCGCT;SOR=2.303;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=15;WE=35145668;WS=35145650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,22:0.92:24
chr18	37201910	rs2852341	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=344;SC=AGCTTTCTTTGCTCCTACAGT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=37201918;WS=37201900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	37201975	.	T	C	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=20;PP=1120;SC=CTAAAAGCAATCTGCAGACTG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=62;WE=37201983;WS=37201965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	39617865	rs145518234	C	CAG	846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=643;SC=GTTTATGGAACAGAAGTATTT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=39617873;WS=39617855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	39623942	rs534507	A	G	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=214;SC=ATGCTTTGACATAATAGTATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=39623950;WS=39623932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	39629423	rs111995394	C	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=2;PP=813;SC=GCACAAACTGCTTTTATATTC;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=39629431;WS=39629413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	39638115	rs76853733	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=377;SC=GCATTGATCACTTTTTCAAAA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=39638123;WS=39638105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	41559142	.	G	A	48	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=91;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=48;QD=41.3856062736;SC=CCGGAACCTCGCTTCTCTTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=41559150;WS=41559132;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	41559268	rs7230555	T	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=461;SC=GAAATGATGGTTAGTAACAAA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=41559276;WS=41559258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	41559321	rs7229587	C	G	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=23;PP=1264;SC=ATATTTGACACCATCCAGGAT;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=41559329;WS=41559311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	42456653	rs663651	G	A	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=25;PP=963;SC=CCCATTCCCCGCAAAACCCGG;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=57;WE=42456661;WS=42456643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	42456670	rs3085861	C	CTCTT	4073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=2144;SC=CCGGTTCTCTCACTCTTCCTT;SOR=0.714;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=38;WE=42456678;WS=42456660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	42532693	rs1064204	C	A	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=50;PP=2000;SC=TGACATGCAGCCTTCTCTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=108;WE=42532701;WS=42532683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	42533130	rs8096662	A	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=31;PP=1242;SC=GCACGAGATCAGAGAACCTGG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=70;WE=42533138;WS=42533120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	42533315	rs3786177	T	A	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=59;PP=2019;SC=GGTAAGGCTGTTTTTCTTCAG;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=42533323;WS=42533305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	43206985	rs1484873	A	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=345;SC=GGTGATGTTCATCAACAATCC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=43206993;WS=43206975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	43221341	rs7233416	T	C	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=58;PP=2069;SC=AACCAGGTTATTCTGGCTATT;SOR=1.028;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=43221361;WS=43221331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	43243679	rs8092227	A	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=272;SC=GATTTTTCCCAGCTCTCTGCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=43243687;WS=43243669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	43245986	rs7234198	T	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=6;PP=695;SC=GCTTCCTCAGTAGGAACAGGA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=43245994;WS=43245976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	43246156	rs9960464	G	A	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=57;PP=2223;SC=TTTCCCTATCGATACCGGAAG;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=124;WE=43246164;WS=43246146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr18	43246779	rs2170973	C	T	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=142;SC=GGAGGTTAAACAGCAATTTAA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=43246787;WS=43246769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	43247001	rs2156609	C	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=20;PP=655;SC=GGAAAAGGGTCAGCAAAGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=43247009;WS=43246991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	43247784	rs9964193	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=17;PP=915;SC=CTTCCTGCCCCGGTTCCATTT;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=43247792;WS=43247774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	43248504	rs6507631	T	C	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.19;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	43248509	rs10451385	T	C	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	43248578	rs9304319	C	A	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=915;SC=GTCCACTGGACTAATAACTAA;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=43248586;WS=43248568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	43252786	rs1531926	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=17;PP=656;SC=GGAAGGGTTCAGTGCCAAGTC;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=43252794;WS=43252776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	43405792	rs1440822	T	C	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=84;PP=2484;SC=ACAGAATAGATGCTGAAAGCA;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=76;TCR=85;TR=160;WE=43405800;WS=43405782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	43432625	rs57761448	C	T	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=58;PP=2055;SC=CTAAAAGACACGGAAGATGAG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=105;WE=43432633;WS=43432615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	43435738	rs514001	A	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=365;SC=TATGACATAAAAAGATGAACA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=43435746;WS=43435728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	43438156	rs567801	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=49;SC=CACAGGCTAACGGCTGATGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=43438164;WS=43438146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	43446734	rs3826633	T	C	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=26;PP=1654;ReadPosRankSum=1.932;SC=AGGAACAGTCTCTGCCTTTTA;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=82;WE=43446742;WS=43446724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr18	43480926	rs3826634	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=5;PP=799;SC=AGCCACCAACATGGGAACATG;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=43480934;WS=43480916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	43481075	rs1893523	G	A	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=64;PP=2080;SC=CGGGTGCAGAGCAAGGGGAGG;SOR=0.949;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=119;WE=43481083;WS=43481065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	43490602	rs3744996	G	A	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=22;PP=1122;SC=TTGCAGCATGGTGGAAGTCAG;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=43490610;WS=43490592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	43505558	rs4476262	C	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=297;SC=GAGAATTAAACAGAAAATCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=43505566;WS=43505556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	43547127	rs11301517	TG	T	1811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=1306;SC=CTCGGGAGGGTGGGGGAGATC;SOR=1.823;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=36;WE=43547135;WS=43547117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	43670051	.	T	G	600	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=14;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=15;MQ=58.65;NF=0;NR=49;PP=600;QD=12.9545145418;SC=AGTCGGGGGGTGGGGGGGGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=119;TCF=42;TCR=77;TR=49;WE=43670059;WS=43670041;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:70,49:0.41:119
chr18	43914438	rs8084936	A	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=22;PP=610;SC=CCCCCACCCCATTTTAGGGGG;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=43914446;WS=43914428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	44114473	rs436433	T	C	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=63;PP=2041;SC=AGTATGGCCTTGGCAACATCC;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=132;WE=44114481;WS=44114463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr18	44114580	rs9967253	C	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=663;SC=TTGACACACACGCCATGCTTA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=44114588;WS=44114570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	44122010	rs10775482	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=512;SC=CTGGCTGATATCATTAACATG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=44122018;WS=44122000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	44126909	rs1893566	T	C	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=77;PP=2838;ReadPosRankSum=0.874;SC=CCGCCTCCCCTACCCTCCTCG;SOR=0.257;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=80;TCR=78;TR=157;WE=44126917;WS=44126899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr18	44135027	rs732108	A	G	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=12;PP=662;SC=TAAAGCTATAATAATGTTTAA;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=37;WE=44135035;WS=44135017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	44135143	rs11665444	T	C	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=32;PP=1326;SC=CCCAGCCTCATGGTTCTGTGG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=44135151;WS=44135133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	44138902	rs4243280	C	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=767;SC=GGCTTAGCACCGACCACAGCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=44138910;WS=44138892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	44149474	rs2086005	G	A	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=34;PP=1295;SC=CTTTGAGGTTGTTGTCAGAGA;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=82;WE=44149482;WS=44149464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	44173449	rs328145	A	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=202;SC=TCCATCGTACATTTTTGTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=44173457;WS=44173443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	44181227	rs10163657	C	T	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=18;PP=1428;SC=CCATGCCCGACGGAGACCCGA;SOR=2.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=72;WE=44181235;WS=44181217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	44181596	rs674948	G	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	44272034	rs533027	A	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=714;SC=GGGAAGATGCACGCTGAGAGC;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=44272042;WS=44272024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	44416552	rs143295734	T	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=32;PP=913;SC=TGGTCAGTTGTAAAAGTCGGA;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=38;WE=44416560;WS=44416542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	44424105	rs34052557	G	GA	273.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=0.951;QD=17.09;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr18	44426877	rs644731	C	T	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=100;SC=AAGATAGATACAGGATCCTGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=44426885;WS=44426867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	44526798	rs2187092	A	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=6;PP=552;SC=GTAACTGACTACTTTTCTCCC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=44526806;WS=44526788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	44580919	rs2576041	C	T	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=999;SC=GCAATACTGACTGCAGTCATG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=44580927;WS=44580909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	44585955	rs7233515	G	A	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=28;PP=1046;SC=CGCCTGGAAAGTGCCAACTTC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=67;WE=44585963;WS=44585945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	44589856	rs34083574	C	T	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=130;SC=CCCCCACTTGCGCAGGCACTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=44589864;WS=44589846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	44635048	rs2635058	C	T	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=31;PP=1530;SC=GATGCACACACTGCTTCACAA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=44635056;WS=44635038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	44774682	.	TGGC	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-2.079;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr18	45691715	rs9646522	T	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=7;PP=192;SC=TCAGAGACAATGAGTGTCCAG;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=45691723;WS=45691705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	46196856	rs3830253	AC	A	357.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=102;SC=TTACGGGAGGACCCCCCCCCC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=46196864;WS=46196846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	46196880	rs2279304	T	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=284;SC=CACACACAGCTTCTCTAGGGC;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=46196888;WS=46196870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	46284587	rs1038308	T	C	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=102;PP=2805;SC=ACAGCAGCCTTGAGGCCCCCC;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=75;TCR=103;TR=177;WE=46284595;WS=46284577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr18	46284840	rs4556859	T	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=26;PP=697;SC=GTAGGCACTTTGGTAGGTGGG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=46284848;WS=46284830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	46384073	rs937021	A	G	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=44;PP=1308;SC=ATGCCTTAACAGTTCTAGGGG;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=60;WE=46384081;WS=46384063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	46385948	rs3752082	A	G	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=73;PP=2312;SC=GGGGCCTGGCAGGCGGCCCAC;SOR=1.410;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=120;WE=46385956;WS=46385938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr18	46570662	rs895669	C	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=19;PP=555;SC=CTGTGGTGTGCGGGGAGCCCA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=46570670;WS=46570652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	46576238	rs17189079	T	C	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=92;PP=2535;ReadPosRankSum=1.548;SC=CCTCCCTGCATGAAAACCAGA;SOR=0.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=163;WE=46576246;WS=46576228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr18	46645374	rs7240784	C	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=35;PP=1047;SC=AAGAGTAATTCCCTCAAAATT;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=46645382;WS=46645364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	46889624	rs3840892	A	AT	1741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=787;SC=ACATAAAAAGATTTTTTTTTA;SOR=1.341;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=37;WE=46889632;WS=46889614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	47093790	rs2000812	C	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=14;PP=933;SC=GAATAAAAAACAACTTCCACT;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=47093798;WS=47093780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	47102002	rs2276269	T	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=687;ReadPosRankSum=-0.685;SC=CTCAGTTTATTCCATCTCCTT;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=47102010;WS=47101992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr18	47113008	rs6507931	C	T	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=5;PP=944;SC=CGGGGCATGGCATGAAAATTT;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=47113016;WS=47112998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	47563299	rs1815930	T	C	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=43;PP=2456;SC=CCACTGTAGGTATAGATGACA;SOR=1.267;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=126;WE=47563307;WS=47563289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr18	47583036	rs2852104	C	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=54;PP=1462;SC=CTGGGCCAGTCTGTCACCTGT;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=80;WE=47583044;WS=47583026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	47765121	rs35839946	G	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=27;PP=912;SC=TTTCAGACAAGAATTGCCAAC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=47765129;WS=47765111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	47777244	rs35193847	C	T	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=61;PP=2060;SC=TCTATCCTCTCTTGTAGGGCT;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=117;WE=47777252;WS=47777234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	47778172	rs35295154	A	G	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=67;PP=2156;SC=GAAAATTTTAAAAAGACAAAA;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=107;WE=47778180;WS=47778162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	47787402	rs1899671	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=504;SC=ACCAACTTTGGATTCTGTTTG;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=47787410;WS=47787392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	47788256	rs698617	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TTAATATAAACATCTCAGCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=47788264;WS=47788254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	47801800	rs140690	G	A	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=44;PP=1387;SC=GGCGACGCAGGCGGTGAGCAA;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=47801808;WS=47801790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	47802971	rs10775495	A	G	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=43;PP=1634;SC=CCAGCCTAGCATGACACTGGA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=88;WE=47802979;WS=47802961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	47809871	rs12458654	G	T	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=40;PP=2153;ReadPosRankSum=0.532;SC=TCACTGCGTGGCACCCTCACT;SOR=1.123;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=122;WE=47809879;WS=47809861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr18	47810351	rs7228084	A	G	5326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.923;SC=CCTGAAGGCGAGTGCGGGCAC;SOR=0.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=83;TCR=102;TR=184;WE=47810359;WS=47810341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr18	47810731	rs2276367	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=444;SC=CCCTTGAACCTCTCAGGAATG;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=47810739;WS=47810721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	47902337	rs1970679	A	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=509;SC=ATGCATTTTGATTATTCCACT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=47902345;WS=47902327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	47906416	rs1441293	A	G	122.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	47906690	rs1441294	T	C	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=9;PP=272;SC=TTAAGTAATTTTTAAGGATGC;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=47906698;WS=47906680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	47906719	rs1441295	T	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	48190271	rs3752085	T	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=523;SC=TAGCCGAGACTTGGCCTTTCC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=48190279;WS=48190261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	48326352	rs12967343	C	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=6;PP=233;SC=TCCGTGTTAACCACCAGGAGG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=48326360;WS=48326342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	48326378	rs2586778	G	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=10;PP=388;SC=GACCGGAAAAGAATTCTCTCC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=48326386;WS=48326368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	48327815	rs2276186	G	A	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=26;PP=923;SC=ATTTCCTCCCGGCAAAGGCAG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=48327823;WS=48327805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	48331421	rs3764485	A	G	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=156;SC=TCGGCCTCCCAAAGTGCTGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=48331429;WS=48331417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	48331451	rs12458285	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.38;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	48331457	rs12458286	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	48331524	rs2586776	G	A	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=18;PP=1217;SC=ATTTACTTACGTCATCTAATA;SOR=1.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=64;WE=48331532;WS=48331514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	48331553	rs2849233	T	C	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=29;PP=1676;SC=GTCTGAAGGGTGATATCTATG;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=90;WE=48331561;WS=48331543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	48333367	rs2255672	T	C	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=108;SC=TGGGTTTTGTTGGAAATGTAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=48333375;WS=48333357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	48346024	rs3813089	G	T	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=50;PP=2242;SC=GCTTTCCCGGGTAGTAGCCAA;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=128;WE=48346032;WS=48346014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	48446953	rs674210	C	T	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=29;PP=891;SC=AAAAAAACTTCAGGGTTTTGA;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=48446961;WS=48446943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	48447564	rs76082340	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=350;SC=TAAGGTAAGGTATTTAAAATT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=48447572;WS=48447554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	48723145	rs147438518	CGCCGCCGCG	C	4173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=6.133;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.64;MQRankSum=0.387;QD=41.74;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,97:0.97:100
chr18	48723181	.	GGC	G	2970	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=119;MMLQ=28;MQ=60.74;NF=19;NR=41;PP=2970;QD=20;SC=CATCGAACCTGGCGGCTGGCA;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=60;WE=48723190;WS=48723171;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,60:0.77:78
chr18	48723217	rs35675106	C	T	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=107;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=52;PP=1840;SC=GGGACCCGCCCGGGATCTGCT;SOR=0.884;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=100;WE=48723225;WS=48723201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	48723439	rs4396619	C	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=321;SC=ACAGCTCCGCCGCCCGCCGGG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=48723447;WS=48723429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	49867224	rs9951523	T	C	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=56;PP=2141;SC=AGCTTCCTTGTTCAGCGCGCA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=124;WE=49867232;WS=49867214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	50450240	rs2276204	T	G	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=42;PP=1392;SC=ATTTCACATTTAAGACTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=50450261;WS=50450230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	50451821	rs2298654	T	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=50;PP=1511;SC=ATCACTGAATTGATTCCTATG;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=72;WE=50451829;WS=50451811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	50589905	.	G	GA	90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=17;MQ=61.07;NF=0;NR=6;PP=90;QD=16.5;SC=TTTATTTCTTGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=50589913;WS=50589895;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,6:0.60:10
chr18	50731802	rs7227069	G	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=28;PP=836;SC=TAGCTCTAGGGCTGGAGAAAT;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=50731810;WS=50731792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	50731823	rs2298606	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	50731829	rs4497763	A	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	50848468	rs35691189	A	G	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=25;PP=847;SC=ATGACAGTCAATGGTACTGGA;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=50848476;WS=50848458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	50923932	rs7231978	G	T	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=470;SC=ATATAAAATAGTTCATCCTCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=50923940;WS=50923922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	50929098	rs10612041	CAAT	C	4385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=31;PP=2950;SC=AAATTTCCAACAATGTTTATT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=50929108;WS=50929088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	51053218	rs113173464	T	TCACCCCAGGC	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=5;PP=2503;SC=TACTGTCCATTCACCCCAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=51053226;WS=51053208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	51686057	rs9946304	G	C	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=753;SC=CAAGTGCTGGGATTACAGGCA;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=51686065;WS=51686047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	51715418	.	A	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=10.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.790;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr18	51795847	rs3730668	G	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=26.87;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	51795957	rs10584411	GCGA	G	2228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=20;PP=1004;SC=GAAGGCGGCGGCGACGACGAC;SOR=0.853;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=20;WE=51795967;WS=51795947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	51807260	rs3218784	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=19;PP=560;SC=TGAATCACATAAAGGAAATAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=51807268;WS=51807250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	51820805	rs8305	G	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=47;PP=1372;SC=GTGGAAGAGAGCAGGATCAGA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=51820813;WS=51820795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	51880587	rs5825069	T	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	51880841	rs7242085	C	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=7;PP=424;SC=CATAATTTAACTTATTTTCTT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=51880849;WS=51880831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	51880986	rs1370363	C	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=13;PP=404;SC=AAGAATATAACCATATAAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=51880994;WS=51880976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	51889056	rs6508290	A	G	134.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=110;SC=CCAAATGATCAGAACTCTTGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=51889064;WS=51889053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	51900788	rs71297084	T	TTTAA	532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=524;SC=GAGCACACTGTTTACACTAAA;SOR=1.179;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=51900796;WS=51900778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	51904461	rs35286005	C	CTTTA	804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=765;SC=TAATAGTCAACTTTATTTATT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=18;WE=51904469;WS=51904451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	51904641	rs3753056	A	G	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.98;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr18	51904644	rs3753055	G	A	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	52265308	rs9947055	A	C	6268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=99;PP=2965;SC=TGAATCTACAACTTCAACAGC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=103;TCR=99;TR=202;WE=52265316;WS=52265298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr18	52555398	rs4343367	G	A	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=55;PP=1506;SC=CTGCTGTTCAGCAAATGGAGC;SOR=1.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=52555406;WS=52555388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	52571434	rs4801109	T	C	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=81;SC=TTTGTTTGATTTTCTGAAATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=52571442;WS=52571424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	52571741	rs4801110	C	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=343;SC=ATACTATTCACATCAAATCTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=52571749;WS=52571731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	52575002	rs1944382	G	A	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=35;PP=1654;SC=GGGTGGAAGAGGACAGAGACC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=87;WE=52575010;WS=52574992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	52585071	rs138785518	GACACACAC	G	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=466;SC=CACGTGCACAGACACACACAC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=52585086;WS=52585061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	52586576	rs144206846	G	A	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=31;PP=929;SC=TGCTCCTGGAGAATGGAAATC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=52586584;WS=52586566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	52605188	rs1344011	C	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=842;SC=AAAGTCATACCTTGATTTTCA;SOR=3.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=35;WE=52605196;WS=52605178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	52605279	rs72928889	C	T	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=56;PP=2206;SC=CAAACTGCAACAAGAAGGATC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=122;WE=52605287;WS=52605269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr18	52608329	rs8087479	C	A	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=24;PP=889;SC=AGAAGGAAAACAAAACCATTT;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=52608337;WS=52608319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	53070914	rs17522826	G	A	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=41;PP=1135;SC=CCTCACTCTGGCTATGATAAA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=53070922;WS=53070904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	53131202	rs143184224	TGTGTGTGA	T	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.921;NF=5;NR=5;PP=527;ReadPosRankSum=1.981;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGTGAGA;SOR=0.799;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=10;WE=53131217;WS=53131192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr18	53131488	rs3760600	C	A	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=81;SC=AACCAGGCACCGGGCTACCAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=53131496;WS=53131478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	53177740	rs9954890	A	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=168;SC=TTCTAAGGATACAGAAGTCGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=53177748;WS=53177730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	53177774	rs9964328	G	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	53178061	rs67387556	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=105;SC=AATGATACTGGCTGTGTGTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=53178069;WS=53178051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	53252388	rs599550	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=318;SC=TGCAATAACCGTATGATTACA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=53252396;WS=53252378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	53255634	.	GA	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr18	53302845	rs610362	C	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=4;PP=560;SC=TAGAAACTACCGTTATGTTTG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=53302853;WS=53302835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	53303101	rs611326	C	G	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=41;PP=1285;SC=GGCACCTGTGCTATTTTCTCC;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=53303109;WS=53303091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	53332089	rs796742	C	T	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=58.31;NF=2;NR=7;PP=156;SC=GAGGCGGGAGCCGGCTCCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=53332097;WS=53332079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	53696010	rs1477440	A	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GATCAGACTCACTTTGCAAAA;SOR=0.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=70;WE=53696018;WS=53696000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr18	53696180	rs2551452	C	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=646;SC=TTCTAAGAAACATGAGTAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=53696188;WS=53696170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	53696212	rs34257372	ATGAG	A	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=883;SC=CTAAAACAATATGAGTATTTC;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=53696223;WS=53696202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	53727502	rs2535724	T	C	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=53;PP=1337;SC=AATAAGTGTTTGTAGGTGCCC;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=53727510;WS=53727492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	54293843	rs11664091	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=62;SC=GACAGAGTCTCACTCTGTCGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=54293851;WS=54293833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	54339818	rs568078	C	G	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=48;PP=1714;SC=GCATCTCAGCCGTACTTTTAA;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=99;WE=54339826;WS=54339808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr18	54339977	rs566956	A	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=322;SC=TATAGTCCCCAAATGATGCTT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=54339985;WS=54339967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	54346482	rs683248	T	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=352;SC=GTCTTCTATTTTACTATGGCT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=54346490;WS=54346472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	54346510	rs597585	G	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=600;SC=CACTCAAATAGAAGGTTAATT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=54346518;WS=54346500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	54346745	rs11452823	A	AT	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=5.367;HP=11;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=142;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GTAGCGAGGTATTTTTTTTTT;SOR=2.448;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=54346753;WS=54346735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr18	54346804	rs525682	T	G	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=160;SC=TAAATCTAAATGTAGATATTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=54346812;WS=54346794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	54348514	rs605067	C	T	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=23;PP=940;SC=AAAAGTCACACTCAAAGCTGA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=54348522;WS=54348504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	54348650	rs474607	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=15;PP=436;SC=TGACTCTAAGTACAAACTATT;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=54348658;WS=54348640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	54353382	rs609195	A	T	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=200;SC=TTATTTTTTGATAATTTTCTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=54353390;WS=54353372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	54354074	rs1943016	C	T	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=9;PP=611;SC=TTTTACAAATCTTTCTTTTCA;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=30;WE=54354084;WS=54354064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	54354076	rs5825199	T	TTC	1811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=9;PP=893;SC=TTACAAATCTTTCTTTTCAGG;SOR=1.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=20;WE=54354084;WS=54354064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	54354239	rs576095	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=340;ReadPosRankSum=1.399;SC=AGCTGTATTTTTATCCTTCAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=54354247;WS=54354229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr18	54359062	rs2110414	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=262;SC=AAATTCTTGAGGTGTCATTTA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=54359070;WS=54359052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	54363747	rs1468742	A	G	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=160;SC=AAGTTATATTACTATCAGGAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=54363755;WS=54363737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	54448778	rs2302845	G	A	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=20;PP=709;SC=GAGAAGCCGCGCAGGCCCTGC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=54448786;WS=54448768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	54815025	rs11151997	G	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=25;PP=709;SC=GAGCCAGAAGGCCAGGACCCT;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=54815033;WS=54815015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	55019963	.	T	TCACA,TCA	555.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=9.650;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5,5;NR=2,2;PP=227,100;ReadPosRankSum=1.103;SC=GCGCGCGCGCTCACACACACA;SOR=3.236;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7,7;WE=55019971;WS=55019953;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.80:15
chr18	55103512	rs79019704	C	T	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=79;PP=2965;SC=AGCGCCTGTCCGGCAACGTCA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=164;WE=55103520;WS=55103502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr18	55104016	rs61735644	T	C	5052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=87;PP=2754;ReadPosRankSum=0.974;SC=AGGCGATCTTTGCGCAGAGGG;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=89;TCR=88;TR=175;WE=55104024;WS=55104006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr18	55111484	rs4940406	T	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=831;SC=CAATCAGCCTTGGAGATGGTT;SOR=1.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=46;WE=55111492;WS=55111474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	55143589	rs618953	A	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=3;PP=653;SC=ATCTCTTTGTACAACTTTGTC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=55143597;WS=55143579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	55221648	rs536560	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=58;PP=1413;SC=ACCAGGGCATTGGACCAACCT;SOR=2.332;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=77;WE=55221656;WS=55221638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	55221983	rs28617328	A	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=4;PP=347;SC=GAAGAGCCTGACCATGTGTAA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=55221991;WS=55221973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	55226254	rs1736440	T	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=546;SC=AGTCTGAGATTTGAGAATTCA;SOR=4.332;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=55226262;WS=55226244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	55226383	rs536765	G	C	5375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=79;PP=2712;SC=TTACAGACATGGGCAGTGAGT;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=181;WE=55226391;WS=55226373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr18	55240455	rs577152	T	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=18;PP=860;SC=AGGTTATAATTGAGGTGTTTA;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=55240463;WS=55240445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	55240505	rs1041951	C	T	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=34;PP=1279;SC=CATGAGGTCTCGGTCCAAGAA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=55240513;WS=55240495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr18	55253710	rs317815	G	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=11;PP=862;SC=GCGAGGGCCCGGGCGCCAGCT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=55253718;WS=55253700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	55272968	rs4940931	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=391;SC=AGAAGCAGGTCCTGCTGTTAC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=55272976;WS=55272958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	55283236	rs9319918	T	C	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=42;PP=1297;SC=AAAAGACAGTTCTTGAACATT;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=55283244;WS=55283226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	55287739	rs388644	A	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=562;SC=GCAAGTCACAAGAAAATTGAC;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=55287747;WS=55287729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	55288879	rs368935	A	G	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=13;PP=976;SC=CCGAAACCCGACTGGAGCAGA;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=55288887;WS=55288869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	55289076	rs2032938	C	T	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr18	55289180	rs2032937	A	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=573;SC=TTCCGGATCCAGAGACGCCCC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=55289188;WS=55289170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	55317676	rs222581	C	T	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=45;PP=1712;SC=ACAGCAACAGCCAGGATGATA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=104;WE=55317684;WS=55317666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	55335366	rs28424873	G	T	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=57;PP=1895;SC=CAAGAGGGATGGCCCTTTCAG;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=107;WE=55335374;WS=55335356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	55335495	rs317844	A	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=14;PP=997;SC=GATGCAGAAGAATGTGCTGGA;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=55335503;WS=55335485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	55335550	rs28473343	A	C	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=23;PP=1418;SC=CCGTCCAAAGAAACAGTGTTT;SOR=1.349;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=67;WE=55335558;WS=55335540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	55352436	rs319459	G	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=55;PP=1653;SC=AGTGATGGTGGTAAGACCATA;SOR=2.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=76;WE=55352444;WS=55352426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	55352470	rs143958246	TTTA	T	2168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=37;PP=1842;SC=GGCTAAAATATTTATTATCTG;SOR=2.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=39;WE=55352480;WS=55352460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	55362532	rs319443	T	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=31;PP=1083;SC=TTATCTAGTCTGTTATTGGGT;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=55362540;WS=55362522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	55362816	rs319442	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=76;SC=TGAGTTCAAAGTGGAAGTTAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=55362824;WS=55362806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	55364830	rs319439	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=12;PP=588;SC=TTTAAATCAGGCCCATCGAGA;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=55364838;WS=55364820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	55364852	rs319438	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=16;PP=818;SC=ACACTTACCCATCCAGTTCTG;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=49;WE=55364860;WS=55364842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	55397512	rs319432	T	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=5;PP=638;SC=TAGAAAGCCTTCAAGGGCAGA;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=55397520;WS=55397502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	55397624	rs33964473	GATA	G	4913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=40;PP=2782;SC=AGAACACTATGATAATGATTT;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=61;WE=55397634;WS=55397614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	55397674	rs319433	G	C	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=60.67;NF=72;NR=56;PP=1847;SC=TAGAATTTTAGGGAACACCAT;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=128;WE=55397682;WS=55397664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr18	55397871	rs319434	T	C	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=80;PP=2965;SC=TTCTACTGCCTTCAGTGATGT;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=166;WE=55397879;WS=55397861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr18	55398756	rs651867	T	C	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=43;PP=1818;SC=GAGAAGATTCTCTCCTAGACC;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=106;WE=55398764;WS=55398746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	55832896	rs564442	C	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=229;SC=TGCTTATGCTCGAATTGATTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=55832904;WS=55832888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	55983330	rs2288774	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=401;SC=TTGTAGTCAGTGTATTTTCAG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=55983338;WS=55983320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	56008148	rs4149609	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=272;SC=AGTGTTTTCTATATAAATAGA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=56008156;WS=56008138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	56040649	rs1943994	T	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=44;PP=1334;SC=GCAGCACCTTTTTGTCATGCC;SOR=4.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=49;WE=56040657;WS=56040639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	56118493	rs17669	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=293;SC=TAAAGTCTGGCTCTTTTGCAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=56118501;WS=56118483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	56149099	rs7240666	T	C	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=44;PP=2137;SC=GCCTTCTTTATTGTCATAGAG;SOR=1.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=112;WE=56149107;WS=56149089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	56182174	rs7505023	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=380;SC=TCGTCCCTCCTAGTCCCCAAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=56182182;WS=56182164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	56182507	rs4940399	C	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=471;SC=TCTGAGACGTCAAGGAACTGT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=56182515;WS=56182497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	56184107	rs3809985	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=581;SC=GTTCTCACACCAGAAGTGACA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=56184115;WS=56184097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	56191351	rs7228617	C	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=168;SC=TGCATTTTTTCCTAATATACT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=56191359;WS=56191341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	56196451	rs7236563	C	T	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=44;PP=1394;SC=CAGCTTGGATCTTTTTCAGTA;SOR=1.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=56196459;WS=56196441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	56202059	rs10469211	A	G	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=42;PP=2068;SC=CAGCAACAGAACCTCACCTCT;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=112;WE=56202067;WS=56202049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	56202418	rs10469212	T	C	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=68;PP=2920;SC=CCTGCAGTAATTTAGGGGCTT;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=144;WE=56202426;WS=56202408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr18	56202768	rs3809983	C	A	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=57;PP=2741;SC=CCAAGAGAAGCGTGAGTCATT;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=130;WE=56202776;WS=56202758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	56202982	rs3826594	A	T	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=49;PP=1694;SC=GAATTTGTTCAGCCTCCTGCT;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=78;WE=56202990;WS=56202972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	56203074	rs3809982	G	A	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=28;PP=1394;SC=AAAATGGCCGGCTGGATTTCC;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=56203082;WS=56203064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	56203120	rs3809981	C	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=26;PP=1410;SC=TTGATTGACCCCCTTCTCTGG;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=56203128;WS=56203110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	56203411	rs3809980	G	C	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=50;PP=1628;SC=CCAGGAGTCTGGGTTGGCTGA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=99;WE=56203419;WS=56203401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	56203447	rs3809979	A	G	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=49;PP=1908;SC=GACTTCTCCAATGTACACTGA;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=56203455;WS=56203437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	56203891	rs3809978	G	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	56203898	rs3809977	T	G	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	56204250	rs3809976	A	C	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=93;PP=2965;SC=ATATGATCCAACTGCACTTGG;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=191;WE=56204258;WS=56204240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr18	56204387	rs67925233	ACAGTTGATGTGTCCT	A	5073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=33;PP=2933;SC=GGCAATGGTAACAGTTGATGT;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=50;WE=56204418;WS=56204377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	56204410	rs55910046	C	T	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=43;PP=2119;SC=CCTCAGTCTCCCTGGTCGCTT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=94;WE=56204418;WS=56204377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	56204671	rs4940404	A	T	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=28;PP=1006;SC=GGTAGGTGGAATTCTCCACCT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=56204679;WS=56204661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	56204747	rs3826593	G	A	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=23;PP=1024;SC=GAAAGTACTGGTAAAAAGAGG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=56204755;WS=56204737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	56204932	rs3809973	T	G	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=45;PP=2235;SC=GAGGCGAATATTTATCAACTG;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=113;WE=56204953;WS=56204922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	56204945	rs3809972	C	G	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=49;PP=2488;SC=ATCAACTGGTCTCCCAACAAG;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=123;WE=56204953;WS=56204922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr18	56204977	rs3809971	C	T	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=61;PP=2729;SC=TATCAAAACACGTTCCTTGGT;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=138;WE=56204999;WS=56204967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	56204991	rs3809970	C	T	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=64;PP=2887;SC=CCTTGGTCACCAGCCTCAAAA;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=147;WE=56204999;WS=56204967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr18	56205262	rs12103986	A	C	6962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=117;NR=119;PP=2965;SC=GTTTTTCTTCATGCTGTGGAC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=117;TCR=119;TR=236;WE=56205270;WS=56205252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr18	56205481	rs9962203	G	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=25;PP=777;SC=AGTGATATTAGTAGAATTGTT;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=56205489;WS=56205471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	56205551	rs9962964	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=299;SC=CCTCAATGACCGTAATAATGG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=56205559;WS=56205541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	56245970	rs138127797	A	ACACACGCGCGCACGCGCGCG	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5075;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.548;NF=11;NR=1;PP=285;ReadPosRankSum=1.535;SC=GAAGAGACACACACACACACA;SOR=2.833;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=12;WE=56245980;WS=56245960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr18	56246442	rs12606191	T	C	5773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.034;SC=ATAAGTCCTTTCCCCCCACTC;SOR=0.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=108;TCR=90;TR=197;WE=56246450;WS=56246432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr18	56247180	rs9958735	T	C	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=48;PP=2138;SC=TTGCCTCAGATAGCGGGAGGC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=95;WE=56247188;WS=56247170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	56247567	rs9956630	A	G	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=70;PP=2965;SC=CTTCTTCCTTATAAGGATGTT;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=157;WE=56247575;WS=56247557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	56247600	rs9944810	C	A	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=80;PP=2965;SC=TCTGATTTGCCCTTTCTTCTT;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=180;WE=56247608;WS=56247590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr18	56274514	rs6566986	A	G	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=30;PP=1433;SC=ACAGAATATAAGGATATTAGT;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=71;WE=56274522;WS=56274504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	56279025	rs6566987	T	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=11;PP=283;SC=TTCGGAGTCTTTCATCCTTTC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=56279033;WS=56279015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	56646583	rs35743757	A	AAAAT	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=478;SC=GAAAATAAAAAAAAAAGGAGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=56646591;WS=56646573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	56702945	rs17695181	A	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=200;SC=TTTTCTTGGCAGAAGAATGTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=56702953;WS=56702935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	56703194	rs9961940	A	C	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=34;PP=1047;SC=CCACGAGCAGACTTCCTTCTG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=56703202;WS=56703184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	56711225	rs11152115	A	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=235;SC=TTTATTCTGTACAGATTGGGA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=56711233;WS=56711215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	56711284	rs11152116	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=6;PP=564;SC=GTAATTCCTGCGACAATTCTT;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=56711292;WS=56711274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	56807308	rs3744890	C	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=525;SC=GCCGGGACCGCCTGTGCTAGC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=56807316;WS=56807298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	56807339	rs3744891	T	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=16;PP=429;SC=GGCTTCCCAGTCAGGGCTCCG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=56807347;WS=56807329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	56819930	rs3760555	T	C	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=29;PP=845;SC=AAAGAGGCTTTATTTCCTTTT;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=56819938;WS=56819920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	56887507	rs1062557	C	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=6;PP=433;SC=CATGCGCGGCCGTGAGCTCCC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=56887515;WS=56887497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	56963742	rs4940456	C	T	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=115;SC=GTAAGGTTCCCGCTGCAAGGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=56963750;WS=56963738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	57026573	rs140141851	A	AC	918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=26;PP=1022;SC=AGCCCGGGGGACCCCCAAGGG;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=27;WE=57026581;WS=57026563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	57115133	rs3809990	T	C	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=102;SC=CTGGAGAACATTGTCCAGGCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=57115141;WS=57115132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	57134152	rs4940876	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=396;SC=AGAGAATACTAAGTTTCTGAG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=57134160;WS=57134142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	57147351	rs1663548	G	A	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=153;SC=ATGAACATCTGAAGTTGATAG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=57147359;WS=57147341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	57147390	rs1790508	C	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=175;SC=TGAATAAAGTCAGACAATATC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=57147398;WS=57147380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	57567699	rs78800940	G	A	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=41;PP=1613;SC=GACCAAGCCGGATTTGCGATT;SOR=1.150;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=85;WE=57567717;WS=57567689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	57637560	rs112843209	T	TCA	7340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=52;PP=2957;SC=AGCAAGGACCTCAGTCACAAG;SOR=0.861;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=89;WE=57637568;WS=57637550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr18	57637765	rs114758346	C	T	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=85;PP=2965;SC=AACTTCGATCCGATCGATGTT;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=164;WE=57637773;WS=57637755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr18	59157764	rs680530	T	C	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=50;PP=2627;SC=TTCTCCTTCATTTTCTGAAAA;SOR=1.149;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=89;TCR=50;TR=139;WE=59157772;WS=59157754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr18	59158065	rs681902	T	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=409;SC=GACCCGGGTATTGGATATTGA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=59158073;WS=59158055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	59170304	rs595093	C	G	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=18;PP=1040;SC=CCACAACAGTCAACATCACCC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=59170312;WS=59170294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	59206197	rs5825446	C	CT	1454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=626;SC=AACCATTACTCTTTTTTTTCT;SOR=2.833;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=36;WE=59206205;WS=59206187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	59206480	rs11875000	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=513;SC=ACTCCAGAAACGAACAGTTCA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=59206488;WS=59206470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	59751715	rs1560502	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=273;SC=GACTTTATAATCTTAATCAAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=59751723;WS=59751705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	59763015	rs183764005	A	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=322;SC=AAATACTAATAGAGAAAATAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=59763023;WS=59763005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	59772729	rs182630547	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=1.750;SC=TTAATTGAGGAAAAAAAAGTG;SOR=0.148;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=10;WE=59772737;WS=59772719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr18	59777011	rs2163518	T	C	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=19;PP=1541;SC=GCATTTTAAATACAGATTTAA;SOR=2.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=73;WE=59777019;WS=59777001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	59805532	rs9959632	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=299;SC=TCATTTTCACTTGGGAACCAA;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=59805540;WS=59805522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	59806190	rs2298779	C	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=281;SC=CATTTTTGTGCGTGCCTTTTT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=59806211;WS=59806180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	59807635	rs12608212	T	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=9;PP=392;SC=GAGTTGATAATAAAATTTTAT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=59807643;WS=59807625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	59814268	rs9320000	G	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=24;PP=783;SC=TTCCATAGAAGTGGTTAAACA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=59814276;WS=59814258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	59814324	rs9320001	G	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=562;SC=TTAATATTGTGCTTGTAGTCT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=59814332;WS=59814314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	59815284	rs7243994	G	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	59821949	rs11659731	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=372;SC=TAAAATATGAGCTAGTCATTC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=59821957;WS=59821939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	59824209	rs1021952	A	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=270;SC=GGAAAAAAAAATACTGTAATT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=59824217;WS=59824200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	59824490	rs1021953	A	T	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=36;PP=1053;SC=AGTAATAGTTATATACACATG;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=59824498;WS=59824480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	59888588	rs74462707	T	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=20;PP=554;SC=TACTTATGATTTCCTGTTTGC;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=59888596;WS=59888578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	59895014	rs17069628	C	T	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=126;SC=ATTCCAGTTGCAAGGCATAAT;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=59895022;WS=59895004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	59919754	rs147304732	AAAAT	A	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=645;SC=TATCTCAAAAAAAATAAATAA;SOR=3.500;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=16;WE=59919765;WS=59919744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr18	59931106	rs9947311	A	G	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=83;SC=TTTAAAATTTACAATAAGAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=59931114;WS=59931096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	59936630	rs138257442	A	AT	810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.30;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,37:0.88:42
chr18	59941254	rs17069686	A	C	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=51;PP=1912;SC=TAGAAGATGTAATGACGCTGC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=117;WE=59941262;WS=59941244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	59947988	rs1506325	G	A	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=26;PP=864;SC=TATTGATGTGGTCATGATACA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=59947996;WS=59947978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	59954765	rs1567038	G	T	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=23;PP=671;SC=AACTTGGTTGGTAAAGATTGA;SOR=1.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=59954773;WS=59954755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	59972872	rs1045941	G	T	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=47;PP=1396;SC=TTATGTTCTTGCATTATAATT;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=59972880;WS=59972862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	60036083	rs8092336	A	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=60;PP=2258;SC=GTCAGGGCACATGTGTAGGAG;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=124;WE=60036091;WS=60036073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr18	60051888	rs11878130	G	A	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=308;SC=GGGAATCCGGGGAGCCGCCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=60051896;WS=60051878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	60051942	rs77857469	G	T	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=20;PP=1505;SC=GCCTCCGGGCGCTGACTCACC;SOR=2.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=75;WE=60051961;WS=60051932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	60191428	rs7229802	G	A	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=42;PP=2364;SC=GGGCCCAGGAGGAACTGCTGC;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=117;WE=60191436;WS=60191418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	60212013	rs143702074	ATG	A	2168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.254;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=1244;ReadPosRankSum=0.063;SC=ACCATATAATATGTGTGTTTT;SOR=0.458;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=27;WE=60212022;WS=60212003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr18	60225865	rs72941651	G	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=222;SC=TATTATATTTGTTTTCTTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=60225873;WS=60225855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	60227939	rs146609669	TAATTA	T	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=394;SC=ATGTAACATTTAATTAAATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=60227951;WS=60227929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	60231752	rs17668777	C	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=363;SC=AGAGTAAAAACGTCAAAATGG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=60231760;WS=60231742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	60232405	rs4940561	C	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=546;SC=TTAATAGATACTGAGCTGTTG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=60232413;WS=60232395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	60237388	rs8096750	A	G	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=31;PP=1500;SC=AAACATCTTCAGAGAGTTACA;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=89;WE=60237396;WS=60237378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	60562298	rs624821	A	T	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=38;PP=1229;SC=GGGACTTCCCACTGGCAGTCT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=60562306;WS=60562288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	60612536	rs525092	T	G	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=37;PP=1174;SC=ACTCTAAGCTTCAGGTCGGCA;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=60612544;WS=60612526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	60630531	rs547690	T	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=737;SC=TTTTATTTCTTGGATAAAGGT;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=60630539;WS=60630521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	60985879	rs1801018	T	C	9255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.167;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=0.019;SC=TATCGTACCCTGTTCTCCCAG;SOR=0.347;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=338;TCF=169;TCR=169;TR=337;WE=60985887;WS=60985869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,366:1.00:367
chr18	61022634	rs1809319	T	C	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=32;PP=1265;SC=ATTAAACCTATAGAGAAGTTG;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=61;WE=61022642;WS=61022624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	61022791	rs2003149	C	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=25;PP=608;SC=ATATGCAAAGCACCACCTGTT;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=61022799;WS=61022781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	61154043	rs34587228	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=670;SC=GTGCTGAGGTTGAGGAGCCTT;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=61154051;WS=61154033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	61154388	rs2271254	C	T	128.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=99;SC=GTTAGACCTACAACTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=61154396;WS=61154378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	61156606	rs12454742	G	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=22;PP=1740;SC=CGAAGAGACCGTATGCAAAGG;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=85;WE=61156614;WS=61156596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	61160287	rs2289519	T	C	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=103;PP=2965;SC=GAAGAAATTTTCTGAATCAGA;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=92;TCR=104;TR=194;WE=61160295;WS=61160277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr18	61160385	rs2289521	T	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=48;PP=1624;SC=TGAAAAATGATAGGGACAGAG;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=86;WE=61160393;WS=61160375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	61166269	rs56208842	C	T	141.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	61166273	rs12458191	C	T	141.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	61170467	rs1840557	G	A	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=144;SC=CTGCTTTGAAGCTGGGCTTAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=61170475;WS=61170460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	61170500	rs1455557	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=375;SC=TGTTTTCAATTGAGCCAGGTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=61170508;WS=61170490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	61170721	rs1455556	T	C	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=56;PP=2095;SC=ATATCTTCAGTGAAGACACAT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=122;WE=61170729;WS=61170711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr18	61170782	rs1455555	A	G	3877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=57;PP=2665;SC=ATCAAATGTTATCCACAAAGT;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=131;WE=61170790;WS=61170772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	61170925	rs8093128	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=67;PP=2179;SC=CTCGAAACATTATTTTCTTTG;SOR=1.449;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=106;WE=61170933;WS=61170915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	61225801	rs7244584	C	T	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=44;PP=1408;SC=GTGATAGTTGCTTATCCCCAA;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=61225809;WS=61225791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	61226694	rs11152391	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=353;SC=AACAGAGACAGCTGACATCTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=61226702;WS=61226687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	61226740	rs12103954	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=633;SC=TACAAAACACGCATCTTTTAG;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=61226748;WS=61226730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	61228248	rs9676250	T	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=368;SC=CTCAGGAGAGTCTCACTCCTA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=61228256;WS=61228238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	61231417	rs9957786	A	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=56;PP=1701;SC=GGAATGATTTACAATATGTAT;SOR=2.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=70;WE=61231425;WS=61231407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	61233739	rs2077549	T	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=327;SC=TCTTGAAGGTTGTCACTGCCC;SOR=5.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=61233747;WS=61233729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	61254525	rs3216123	A	AT	1873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=28;PP=1033;SC=TTGGGCATAGATTTTTTTTAA;SOR=0.917;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=42;WE=61254533;WS=61254515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	61256117	rs77936810	GC	G	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=221;SC=AATTCATTTGGCGGGGGGGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=61256125;WS=61256107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	61257084	.	A	C	104	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=10;PP=104;QD=13.8771212547;SC=CTTTACTATTAAGCAATAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=10;WE=61257092;WS=61257074;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr18	61261515	rs11152394	T	C	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=39;PP=1614;SC=CAAGTCCATCTGCATCATATT;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=61261523;WS=61261505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	61261540	rs11152395	T	C	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=41;PP=1752;SC=ATACATATTATTTGTCATTTG;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=81;WE=61261548;WS=61261530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	61261565	rs11152396	C	G	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=46;PP=1522;SC=ATGGGTCAACCTTTTTCTGTT;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=85;WE=61261573;WS=61261555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr18	61264298	rs1020694	G	A	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=43;PP=2334;SC=GGTGGAGGACGGTTACGATCT;SOR=1.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=114;WE=61264306;WS=61264288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	61264468	rs1020693	C	T	6390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=99;PP=2965;SC=CAGCTGCCACCGGCATAGGCT;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=113;TCR=100;TR=212;WE=61264476;WS=61264458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr18	61271065	rs7229459	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=228;SC=CAGATTCAACGGATAGTTACA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=61271073;WS=61271055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	61308895	rs2518061	A	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=32;PP=1896;SC=TCTCCACCTGAGTCGGCCAGG;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=100;WE=61308903;WS=61308885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	61325905	rs7228687	T	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=12;PP=331;SC=TAAGAGTAATTTATGTAACTA;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=61325913;WS=61325895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	61326505	rs8089032	T	A	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=14;PP=1080;SC=AACGGAGCTATTGCACTCTGA;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=61326513;WS=61326495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	61326597	rs8085479	A	C	7268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.50;QD=44.87;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr18	61326602	rs8085482	A	G	7455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;QD=45.19;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr18	61326609	rs8089201	T	G	7370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.63;QD=45.50;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr18	61326628	rs11370831	A	AT	6091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=68;PP=2936;SC=GCCAGGTGAAATTACCTGTAA;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=100;WE=61326636;WS=61326618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr18	61377579	rs1395268	A	C	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=41;PP=1298;SC=GGAGAGACTGAAGAGCAATTG;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=61377587;WS=61377569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	61383181	rs8087185	A	C	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=106;SC=TTTTCTCTGCATTAGAATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=61383189;WS=61383171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	61387993	rs12607732	T	C	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=46;SC=ATCCGTGTTATGCAAGGTAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=61388001;WS=61387983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	61390316	rs1395265	C	A	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=57;PP=2111;SC=ACACCTCCCCCGATTCAAACT;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=114;WE=61390324;WS=61390306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	61390332	rs1395266	C	T	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=47;PP=1845;SC=AAACTTGAAACTAAGTATGAG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=100;WE=61390340;WS=61390322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	61390361	rs1395267	T	C	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=41;PP=1740;SC=CCTGTTAAAATCTCTAGGGGT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=88;WE=61390369;WS=61390351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
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chr18	61390649	rs953696	C	T	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=995;ReadPosRankSum=0.613;SC=TGGGGTTGAGCAAGGCTCAGA;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=55;WE=61390657;WS=61390639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr18	61391228	rs2089318	T	C	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=28;PP=1202;SC=AATTTTTGGCTAATTGCTTGA;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=70;WE=61391236;WS=61391218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	61391323	rs147160513	CTCT	C	1214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	61391449	rs144614464	C	CTCTTCT	820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	61391505	rs144622175	CTCT	C	1368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.50;QD=40.26;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	61391697	rs12326861	A	G	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=30;PP=808;SC=TATACTCAGGATAACATGGAG;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=61391705;WS=61391687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	61393442	rs9965604	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=225;SC=CCAACCCAAATCCACAGAAGG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=61393450;WS=61393432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	61393644	rs1893563	T	A	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=25;PP=1022;SC=CTGCTATTTCTGACTCCTAAG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=61393652;WS=61393634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	61394300	rs8097334	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=12;PP=669;SC=GTTCCCTCCACTCTCAGTTCT;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=61394308;WS=61394290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	61394403	rs8098025	A	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=29;PP=938;SC=ACCAGAGGCAACCACACCCTC;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=53;WE=61394411;WS=61394393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	61394522	rs6567386	A	G	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	61650865	rs11537989	G	A	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=64;PP=2139;SC=TGACAAAGCTGGTCCTTGTGA;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=125;WE=61650873;WS=61650855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr18	61654463	rs3826616	A	G	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=38;PP=1368;SC=TTCATCAGGCACCACAAAACC;SOR=1.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=61654471;WS=61654453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	63477317	.	GA	G	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5241;HP=13;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=36;QD=10.25;SC=ATTAAGTACTGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=63477325;WS=63477307;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr18	63481671	.	T	C	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.46;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	63489378	rs8097752	C	T	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=57;PP=2285;SC=ATTTGCTTGTCATTCAGGCAA;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=136;WE=63489386;WS=63489368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr18	63511413	rs201084225	A	T	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	63530016	rs2291343	A	G	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=80;PP=2790;SC=AGCAGCACCAACACCCTCACC;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=143;WE=63530024;WS=63530006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr18	64176365	rs1055335	G	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=25;PP=1000;SC=GGATGGTAAGGGTGTTTGTAC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=64176373;WS=64176355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	65178103	rs112210097	G	GCA	107	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=0;PP=252;SC=ATACACGCGTGCACACACACA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=65178111;WS=65178093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	66358403	rs309228	G	T	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=5;PP=194;SC=AAAACATCAGGCATTCAAGTC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=66358411;WS=66358393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	66358514	rs143627864	TAA	T	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=302;SC=TTACATGAGTTAAAGATTTGG;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=66358523;WS=66358504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	66364396	rs412679	G	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=122;SC=TCACAATTTAGTTTATTAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=66364404;WS=66364386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	66365129	rs433550	T	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=253;ReadPosRankSum=1.248;SC=TAAATTAAATTACAATACATC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=66365137;WS=66365119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr18	66367821	.	A	AATATAT	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=104;QD=69.0;SC=TATTACATAAAATAGTAAATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=66367829;WS=66367811;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	66368825	rs3745058	A	C	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=11;PP=631;SC=AAGCATAAAGAAGCAGTCCCT;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=66368833;WS=66368815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	66504093	rs485613	A	C	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=41;PP=1998;SC=ACATGGTGGCACCTGCCTCAC;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=105;WE=66504101;WS=66504083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr18	66504459	rs572020	A	T	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=26;PP=1053;SC=TAGAAGCTAAAGTTACCCAGG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=66504467;WS=66504449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	66511027	rs9962597	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=232;SC=AATATACATCCCAATTATAAA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=66511035;WS=66511017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	66511207	rs33926572	TA	T	284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=166;SC=ATCTAAATACTAAAAAAAAAT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=66511215;WS=66511197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	66513256	rs8088575	A	G	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=8;PP=324;SC=TTATGAGTGAAAGGAATTGAG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=66513264;WS=66513246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	66513471	rs1954878	C	G	198.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=177;SC=TAGGAAAATGCCTATAAAATT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=66513479;WS=66513461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	66513662	rs1977942	T	C	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=50;PP=1688;SC=GAAAGAGGTATGGGGGAATAT;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=116;WE=66513670;WS=66513652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	66513749	rs1970675	T	C	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=37;PP=1234;SC=GCACAACAGATAAGAGGAAGG;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=66513757;WS=66513739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	66513769	rs1539895	A	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=30;PP=971;SC=GGAGGTTAAAAATTGGAATTT;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=66513777;WS=66513759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	66513840	rs1970674	C	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.49;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	66513846	rs1970673	C	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	66542006	rs745894	G	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=18;PP=604;SC=AGAGTGATTTGTGAGTTAAGA;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=66542014;WS=66541996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	66542108	rs2004027	T	A	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=212;SC=AGGGTAACGGTCGTGCCTTTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=66542116;WS=66542098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	66678131	rs7234663	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=502;SC=TTTTATCAGAATAGACTATAA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=66678139;WS=66678121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	66678453	rs930164	A	G	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=102;SC=ATAAATATTCATATCTTAATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=66678461;WS=66678443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	67345034	rs8099030	T	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=24;PP=756;SC=GGCTCAATGATATCAGCCTTG;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=67345042;WS=67345024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	67365585	rs4581806	A	G	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=43;PP=2063;SC=TCGTATGGCCATAGACACTCA;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=117;WE=67365593;WS=67365575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr18	67365668	rs4426448	A	G	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=84;PP=2950;SC=TTATGCCTACACCAAACCTGG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=81;TCR=84;TR=165;WE=67365676;WS=67365658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr18	67531642	rs763361	T	C	4946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=96;NR=72;PP=2384;SC=GTAGGTTGACTGGTAGAGATG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=96;TCR=72;TR=168;WE=67531650;WS=67531632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr18	67563309	rs1630425	A	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=33;PP=1019;SC=ATGATTAGATACAGGTTGTCA;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=67563317;WS=67563299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	67563348	rs1788115	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=22;PP=619;SC=TGGAAGATACTTAATCATAAA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=67563356;WS=67563338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	67613926	rs10782036	A	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=0;PP=473;SC=AAATGTTGTAAGTGGATAAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=67613934;WS=67613916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	67614674	rs3214811	T	TA	565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=29.78;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	67718688	rs4891392	A	G	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=54;PP=1847;SC=CACGGTAACAAACGGGAGTGT;SOR=1.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=99;WE=67718696;WS=67718678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	67724802	rs12968602	A	G	115.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=89;SC=TCTCTTTTCTAACATCCAGAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=67724810;WS=67724798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	67726975	rs11876398	A	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=337;SC=GAGCCTAAAAAAGAATAAAGC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=67726983;WS=67726965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	67727003	rs1435086	A	T	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=383;SC=CCAGGTCACAAGAAATCTTGT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=67727011;WS=67726993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	67733234	rs11151561	T	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=423;SC=ACACACAAGATATCCTTAAAC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=67733242;WS=67733224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	67741117	rs1369292	G	A	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=23;PP=1473;SC=TCAAAATAAAGGACTTATGCA;SOR=1.339;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=72;WE=67741125;WS=67741107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	67741309	rs1369293	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=757;SC=CGCATTACAGGAAACCAATTC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=67741317;WS=67741299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	67742801	rs285228	G	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=25;PP=796;SC=GGGAAAGAAGGAGGAGACACT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=67742809;WS=67742791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	67759549	rs4891394	C	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=703;SC=ATGAAAACAACGTGAAAATGT;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=67759557;WS=67759539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	67809647	.	A	C	179	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.9999;HP=14;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=26;MQ=54.36;NF=0;NR=7;PP=179;QD=30.5387446496;SC=AAAAAAAAAAACCAAAATTAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=67809655;WS=67809637;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,7:0.70:10
chr18	67812773	rs11662011	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=411;SC=ACAAACTGAAGAATGTCACAT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=67812781;WS=67812763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	67817744	rs12606964	T	C	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=326;SC=GGTTTCTTTTTAGTTTCTCAC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=67817752;WS=67817734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	67818046	rs12604751	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=46;SC=CTTCTGTTTACAATCCCATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=67818054;WS=67818036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	67860719	rs283250	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=362;SC=ATAAAATTATTCTTTAGTAGA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=67860727;WS=67860709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	67863850	rs74941514	T	TCTC	3288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=30;PP=1980;SC=ATGCTTTCCATCTCCAAAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=41;WE=67863858;WS=67863840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	67871343	rs3911730	A	C	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=28;PP=1478;SC=GTTTGGTATGAGGCAGAAGAT;SOR=1.380;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=67871351;WS=67871333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	70209321	rs7237888	C	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=26;PP=811;SC=CGCAGCCGCCCGGCTCGCGCA;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=70209329;WS=70209311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	70417396	rs922999	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=13;PP=656;SC=TTGCGAGTAGCTGTGTTTCAT;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=70417404;WS=70417386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	70532840	rs10164255	T	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=16;PP=651;SC=CATCTCTGAATGAAGAGAGGG;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=40;WE=70532848;WS=70532830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	70532977	rs10163845	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=262;SC=CAGACTGTGGAGGAGGAGAAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=70532985;WS=70532967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	70534401	rs6566677	G	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=205;SC=GGGTCCGCCGGAGCGCGGCGC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=70534409;WS=70534391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	71442075	rs11872509	T	C	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	71442077	rs11875403	G	T	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	71815050	rs77229530	C	A	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=52;PP=1707;SC=CAGGACCGCGCCAGGGCTGAA;SOR=0.903;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=102;WE=71815058;WS=71815040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	71920966	rs1790871	T	C	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.464;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=56;PP=1829;ReadPosRankSum=-1.187;SC=AAATCTTTGCTCCTTCTAACA;SOR=0.581;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=105;WE=71920974;WS=71920944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr18	71927852	rs7238784	G	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	71928150	rs7238987	C	T	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=60;PP=1865;SC=TCACACTTACCGGAGGCTTGT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=114;WE=71928158;WS=71928140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	71930734	rs2032262	T	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=39;PP=1191;SC=AGAGGTAGAATAAAAATTTTT;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=65;WE=71930742;WS=71930724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	71930834	rs144732931	C	CTG	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=587;SC=CAACAGGAGACTAACTTGTCC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=71930852;WS=71930824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	71930844	rs2032264	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=204;SC=CTAACTTGTCCATAAATGTGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=71930852;WS=71930824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	71959075	rs76198400	G	A	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=64;PP=1846;SC=CCTCTAGGGTGTAGTACTTCA;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=107;WE=71959083;WS=71959065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	71987895	rs28701630	G	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=159;SC=AATAATTTAGGTATTATAGCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=71987903;WS=71987885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	72021145	rs8093952	T	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=16;PP=1000;SC=AGTGCAGTATTTGTGGTGTCA;SOR=1.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=51;WE=72021153;WS=72021135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	72021717	rs12606060	T	C	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=22;PP=1163;SC=AAATCAAAACTTAAGAAATCT;SOR=1.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=72021725;WS=72021707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	72109174	rs1559805	C	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=9;PP=760;SC=CCAGCCCTGGCGGACTCTCAT;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=72109182;WS=72109164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	72113730	rs3861310	A	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=904;ReadPosRankSum=1.478;SC=CTGCAGAAGCAACAGTAGTTT;SOR=1.447;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=49;WE=72113738;WS=72113720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr18	72114455	rs8087020	C	T	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=89;PP=2700;SC=AACAGCAGCTCTCCCGCCACA;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=58;TCR=89;TR=147;WE=72114463;WS=72114445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr18	72180723	rs2241511	G	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=0;PP=520;SC=TCCTGGGGTCGGTGCAGGAAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=72180731;WS=72180713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	72186059	rs733062	G	A	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=6;PP=960;SC=GACCTTGAACGCGGGCTTGCT;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=72186067;WS=72186049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	72186175	rs5826329	T	TC	4151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.976;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.246;NF=11;NR=56;PP=2240;ReadPosRankSum=0.133;SC=TTATTTCATTTCCCCCCAGTT;SOR=0.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=67;WE=72186183;WS=72186165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr18	72186404	rs2241508	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTTCCCCCCGTGTGCAGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=72186412;WS=72186394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr18	72226455	rs12605490	A	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=288;SC=CTTGATCAACAGAAAAGTACC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=72226463;WS=72226445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	72226504	rs12605520	C	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=13;PP=1080;SC=TCGCTCCCCCCGCAGAGCAGA;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=72226512;WS=72226494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	72226539	rs12607796	T	C	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=30;PP=1513;SC=GCTAATGGCCTGCTTGCTCTT;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=95;WE=72226547;WS=72226529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	72228124	rs4263028	A	G	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=57;PP=2008;SC=AATACCTCCCATCATCCTGGC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=126;WE=72228132;WS=72228114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	72234337	rs4891562	A	C	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=160;SC=CCATGATTCAATTACCTCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=72234345;WS=72234327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	72234635	rs12960862	C	T	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=20;PP=599;SC=CAATCACTTACGGAACCCGGG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=72234643;WS=72234625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	72238283	rs4892244	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=360;SC=TGAGAAACACAGAAAGTGAAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=17;WE=72238291;WS=72238273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	72247278	rs4892247	C	T	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=411;SC=ATTAACTGTACTAATCAGTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=72247286;WS=72247268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	72250762	rs11659237	T	C	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=93;NR=48;PP=2710;SC=GTTCTTGTCCTTACCCTATTC;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=141;WE=72250770;WS=72250752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr18	72264397	rs7505285	A	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.44;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	72264406	rs7505289	A	G	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.73;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	72264473	rs7505334	C	T	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=24;PP=1065;SC=TTTTTCTCATCATCTAAAGTA;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=72264481;WS=72264463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	72343008	rs7243081	T	C	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=66;PP=2633;SC=CCGAAAATGATGAGGATGAAA;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=90;TCR=66;TR=156;WE=72343016;WS=72342998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	72493314	rs7228438	G	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=248;SC=TTATTCTTAAGTTCTCTTTGT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=72493322;WS=72493304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	72593118	rs2628126	C	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=16;PP=403;SC=GCAGAGAGGACGGCAAGACAC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=72593126;WS=72593108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	72776121	rs3744913	G	A	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=58;PP=2115;SC=TCATCGTGACGGAGGAGCTGG;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=125;WE=72776129;WS=72776111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr18	74082584	rs9676093	G	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=751;SC=ACAGATCAGCGTGTGAGCTTC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=74082592;WS=74082574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	74082655	rs690035	G	C	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=218;SC=AAAGACACCAGCGCCTAGCCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=74082663;WS=74082645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	74090957	rs56087742	CG	C	1874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=1155;SC=GAGTGTAGGACGGGGGGGCGC;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=40;WE=74090965;WS=74090947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	74092366	rs12970367	G	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=689;SC=TGTCTTCAGCGGGAGAAGCCA;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=74092374;WS=74092356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	74208485	rs3841258	CG	C	1129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=19;PP=451;SC=GGCGATCAGACGGGGGGGGGC;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22;WE=74208493;WS=74208475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	74208553	.	C	G	93	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.9995;HP=13;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=16;MQ=56.49;NF=0;NR=8;PP=93;QD=15.9714015684;SC=GGTCGGGGGGCGGGGGGGAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=74208561;WS=74208543;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,8:0.62:13
chr18	74208573	.	G	A	183	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=15;MQ=55.02;NF=1;NR=8;PP=183;QD=24.1968013941;SC=TCAGGCAGAAGGACAGGGACA;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=74208581;WS=74208563;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	74591992	rs5826483	G	GT	138.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	74611127	rs608433	A	G	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=81;PP=2627;SC=CAAGACGAATATTCCAGTCCC;SOR=1.216;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=139;WE=74611135;WS=74611117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr18	74648536	rs630229	G	T	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=28;PP=804;SC=TTTATGAGATGTATTTTGACC;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=74648544;WS=74648526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	74680259	rs657066	C	T	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=1106;ReadPosRankSum=2.075;SC=TGCAGGAGGCCGCCGGCGAGT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=74680267;WS=74680249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr18	74680369	rs470774	C	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=18;PP=475;SC=TTGGAATCTCCGTTTTAAAGC;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=74680377;WS=74680359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	74692336	rs9199	A	G	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	74702864	rs9676113	G	A	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=52;PP=1918;SC=CTCAGTGTGCGGCTCTCCTGA;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=116;WE=74702872;WS=74702854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr18	74702999	rs9676140	C	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=744;SC=GGGCTGAATACAGGAAAATGC;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=74703007;WS=74702989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	74778515	rs7241461	G	T	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr18	74962447	rs13306375	A	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	74962645	rs5374	T	C	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=51;PP=2107;SC=TCGCGCTGGGTGTGCTGGGCA;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=119;WE=74962661;WS=74962635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	74980809	rs5376	G	A	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=61;PP=2256;SC=ACTAAAGAAAGTAAAAGTCGA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=128;WE=74980817;WS=74980799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr18	76753588	rs7240860	A	G	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=36;PP=1652;SC=ACTGCCGCCCACTGTCCCTGG;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=76753596;WS=76753578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr18	76754466	rs2472644	C	T	3936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=77;PP=2563;SC=TCCTGTCCTACGCGGGGTCCT;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=134;WE=76754474;WS=76754456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr18	76829549	.	C	CG	661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=451;SC=GCGGCACTGGCCCCGTTCCCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=76829557;WS=76829539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	76829599	rs4312374	C	T	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=5;PP=105;SC=CGCAGGAACCCGGAGCCGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=76829607;WS=76829589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	76870347	rs617890	T	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=12;PP=893;SC=ATCTTTTGTTTCATACAGTTG;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=76870355;WS=76870337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	76870397	rs492657	G	A	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=28;PP=1510;SC=GAAAGAAAGAGCTGAAAGCTC;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=76870405;WS=76870387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	76874946	rs35748278	C	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=225;SC=TAATTGAATACCCTTTATTTC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=76874954;WS=76874936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	76886482	.	GTAT	G	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=475;SC=ATTGAAAATAGTATTATGTGA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=76886492;WS=76886472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	76934122	rs72996104	A	G	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=2;PP=473;SC=AGGAAGAATAAGAAAGAGTAC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=76934130;WS=76934112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	76934379	rs72996107	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=460;SC=AGCATTTACAGATTACAACCA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=76934387;WS=76934369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	77097360	rs585033	A	T	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=62;PP=2246;ReadPosRankSum=-1.159;SC=GGAGAGGGAGATGGAACTGCT;SOR=0.264;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=137;WE=77097368;WS=77097350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr18	77107598	rs304918	C	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	77156449	rs58346397	G	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.52;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	77170006	rs182507	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	77210902	rs680802	C	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=8;PP=979;SC=CAGGCCTTTACGCTCCCGCGT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=77210910;WS=77210892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	77287385	rs451691	T	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=204;SC=TGGACCAGGGTGGGACCGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=77287393;WS=77287375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	77420703	rs868678	C	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=22;PP=1109;SC=AGCTCCCTCCCGGGGTCTTTC;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=77420711;WS=77420693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	77439637	rs75667721	G	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=327;SC=CACGGTGCCGGCGCTCCGAGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=77439645;WS=77439627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	77473127	rs2279103	C	T	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=38;PP=1147;SC=GAATCTCAGACGAGAAAGAAA;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=77473135;WS=77473117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	77477515	rs8084175	C	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=5;PP=356;SC=AACAGCCTGACGCAGCCGGGT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=77477523;WS=77477505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	77478166	rs55830009	G	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=23;PP=535;SC=TGGGAGCGCCGCCCCCGCTTG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=77478174;WS=77478156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	77489169	rs9956086	G	A	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=3;PP=52;SC=CCTGGAGGCCGAGCTAGAGTC;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=77489177;WS=77489159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	77513465	rs8086389	G	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=537;SC=CTTCTCCTGCGCTGGGGCTCT;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=77513473;WS=77513464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	77513721	rs626169	T	C	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=94;PP=2433;SC=GCAACGAGGATGAGGGCAGCA;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=47;TCR=94;TR=141;WE=77513729;WS=77513711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr18	77513841	rs76088733	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=17;PP=491;SC=AGCAGCACTCGGACGTCCCCG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=77513849;WS=77513831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	77694128	rs3837882	TA	T	552.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=276;ReadPosRankSum=0.149;SC=TGCATTTCTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=27;WE=77694137;WS=77694118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr18	77694168	rs2277725	T	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=621;SC=GATCACAAGATTTTGGTTTTT;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=77694176;WS=77694158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	77728045	rs2298644	C	T	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=715;SC=TGTGCCTCGGCGGCTCTGGAC;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=77728053;WS=77728035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	77728135	rs2298645	G	T	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=36;PP=1432;SC=AGAATGTCAAGGACTTAATGG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=77728143;WS=77728125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	77736735	rs4799116	T	C	6610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=98;PP=2965;SC=GAGGCTCCACTTTTGGAGAAT;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=115;TCR=98;TR=212;WE=77736743;WS=77736725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr18	77797321	rs748337	C	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	77805949	rs3744873	A	C	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=61;PP=2477;SC=AACGCAGATGAAAAAGGGAAG;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=132;WE=77805957;WS=77805939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr18	77894844	rs3744877	G	A	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=86;PP=2965;SC=AGGTGGTCCCGTCTGGGCTTC;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=92;TCR=86;TR=178;WE=77894852;WS=77894834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr18	77926862	rs72978384	G	A	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=45;PP=1710;SC=ACTCTCTGGCGAGGAAGGGTG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=101;WE=77926870;WS=77926852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	77927028	rs1879105	A	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=601;SC=GAGAGCTTGCACCGGGGTGGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=77927036;WS=77927018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	282631	.	C	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,27:0.15:181
chr19	287970	.	G	GT	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=-0.042;SC=GGGTAAAGCTGGCCCCACCCC;SOR=0.754;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=4;WE=287978;WS=287960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr19	312143	rs10416918	T	C	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=35;PP=2726;SC=CGGTCAGCAGTGCCCAGGGCG;SOR=1.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=96;TCR=35;TR=130;WE=312151;WS=312133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	335946	rs3816322	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=5;PP=871;SC=CCATCTGAACGGGTGGGAGCT;SOR=2.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=38;WE=335954;WS=335936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	367313	rs585487	G	A	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=79;PP=2270;SC=GAGCAACACTGAAAGACACAA;SOR=1.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=36;TCR=80;TR=115;WE=367321;WS=367303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	371365	rs72228674	TGG	T	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.094;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr19	371369	rs644609	G	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.918;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr19	371396	rs644644	G	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.56;SOR=3.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	372551	rs652081	A	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=23;PP=1429;SC=CCTTTCCCACACAGCATCCTG;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=79;WE=372559;WS=372541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	373673	rs2303814	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=322;ReadPosRankSum=2.177;SC=AAGGACAGTGGGGGGGCCGGC;SOR=0.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=20;WE=373681;WS=373663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr19	373690	rs74176336	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5346;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=-0.414;SC=CGGCGGGACGCGTGGATTATT;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=13;WE=373698;WS=373680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr19	373897	rs668447	G	C	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.330;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,80:0.27:293
chr19	374492	rs10410345	G	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=0.823;SC=CCAGAGAAGCGTGGGTCTTGC;SOR=0.635;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=29;WE=374500;WS=374482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr19	374547	rs648770	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=3.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=246;ReadPosRankSum=0.053;SC=CCGCCTCTCCTTTCCCTCGAG;SOR=1.061;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=374555;WS=374537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr19	375779	rs61745664	A	G	7112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CCTCGGGGGGAAGCTCCTCTT;SOR=0.514;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=468;TCF=218;TCR=250;TR=329;WE=375787;WS=375768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,326:0.70:467
chr19	407900	rs10411998	A	G	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,63:0.25:255
chr19	422543	rs2287958	G	A	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=818;SC=CGGGTTCCCCGGGGAGTCCCT;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=422563;WS=422533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	422555	rs2287957	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=556;SC=GGAGTCCCTCGTGCACCCGTC;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=422563;WS=422533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	425290	rs73916977	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=15;PP=378;SC=GGCTCGCAGGGAGCAAGGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=425298;WS=425280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	438911	rs117033020	C	T	9277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=196;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.377;SC=ATGGCCGCAGCGTCCCCACAG;SOR=0.596;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=590;TCF=320;TCR=270;TR=420;WE=438929;WS=438901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,415:0.71:588
chr19	439055	rs112380345	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.461;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,46:0.26:175
chr19	463810	rs60512152	GC	G	981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=679;SC=AGGCCCGCCAGCCCCCCGTTC;SOR=1.681;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=21;WE=463818;WS=463800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	498212	rs12461640	A	C	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=140;PP=2965;SC=GATTGCAGGCAGGGTCCCAGC;SOR=1.312;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=82;TCR=140;TR=222;WE=498220;WS=498202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	499978	rs12982646	G	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.93;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr19	501701	.	G	GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA	887.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.76;ReadPosRankSum=0.987;SOR=0.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr19	501743	.	T	TCTCCCGACACCACCTCCCAGGAGCCTCCCGACACCACCTCCCAGGAGC	2025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-3.856;QD=42.20;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr19	504830	rs7246543	C	G	2600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=51;PP=1702;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CCTTGCCCACCTATCACCTCT;SOR=0.872;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=188;TCF=109;TCR=79;TR=125;WE=504838;WS=504820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,128:0.64:199
chr19	505071	rs1140823	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.159;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=654;ReadPosRankSum=-1.427;SC=CATCCCTCTGTTCACAGAGAT;SOR=0.129;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=36;WE=505079;WS=505061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr19	507450	rs7246920	G	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=668;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GCCTTGGGGGGGCTCTAGCGC;SOR=0.642;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=49;WE=507458;WS=507440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr19	519336	rs112370786	G	A	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=76;NR=47;PP=1902;SC=CCGTCGGGGGGCGGCGGCCCA;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=123;WE=519344;WS=519311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	536086	rs112405171	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=55.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.462;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=4.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr19	536090	rs10426138	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=46.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.404;QD=1.35;ReadPosRankSum=-2.535;SOR=4.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,7:0.11:63
chr19	544277	rs12981692	C	G	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=33;PP=1101;SC=TGGGGCATCCCGAGCTCCTCA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=544285;WS=544267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	544315	rs3760874	A	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=26;PP=802;SC=ACATCCCGGGACCGTGGGAGA;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=544323;WS=544305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	547224	rs4919846	A	G	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=49;PP=2479;SC=GGACAGTCGCAGCAGGCAGCA;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=93;TCR=50;TR=142;WE=547232;WS=547214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	547491	rs2070795	C	T	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=485;SC=CCGACGGCGCCCATTCTCTGC;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=547499;WS=547481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	548865	.	C	T	74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=74;QD=36.2570708491;SC=TGCCGCCCCCCGCCCCCGCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=548873;WS=548855;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	549595	rs1599883	T	C	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=16;PP=2110;SC=CCTCAGCAGGTGCAGAGGCTG;SOR=2.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=77;TCR=16;TR=93;WE=549603;WS=549585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	549678	rs1599882	A	G	9663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=200;NR=153;PP=2965;SC=GGTGTTGGCCAGAGTCCTGTC;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=354;TCF=200;TCR=154;TR=353;WE=549686;WS=549668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr19	571781	rs62132624	T	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-3.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=304;ReadPosRankSum=0.363;SC=CTCTGTCCTTTCCCTGTTGGC;SOR=0.166;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=18;WE=571789;WS=571771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr19	578239	rs2283571	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.436;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=161;ReadPosRankSum=-1.343;SC=CGCTGTGCCCCGTTGGGCCCA;SOR=0.140;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=16;WE=578247;WS=578229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr19	579010	rs7253615	G	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=405;ReadPosRankSum=0.213;SC=GATTACAGGCGTGAGCCTCCG;SOR=1.184;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=25;WE=579018;WS=579000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr19	579035	rs2283572	C	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=532;ReadPosRankSum=-1.596;SC=CGGCCACCACCGCGCCCAGCT;SOR=0.501;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=132;TCF=84;TCR=48;TR=38;WE=579043;WS=579025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,41:0.30:137
chr19	580268	rs2108832	G	C	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,58:0.20:287
chr19	580333	rs11879069	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=5.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,82:0.24:336
chr19	580665	rs4682	T	C	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,112:0.29:383
chr19	580793	rs10416339	A	C	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.607;QD=7.88;ReadPosRankSum=-2.760;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,79:0.28:285
chr19	580810	rs10422916	TG	CA	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-0.367;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,53:0.24:217
chr19	580887	rs28992478	C	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQRankSum=1.142;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr19	581190	rs149750330	TCCCGGACTCAGCCC	T	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-0.227;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr19	582253	rs4919862	T	C	4922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=65;PP=2864;SC=GTGGGGCCAGTGCTGACAGGC;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=103;TCR=65;TR=168;WE=582261;WS=582243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	582468	rs2074962	A	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=616;ReadPosRankSum=-1.630;SC=ACTTGGAGAGAGTGACTTGCG;SOR=0.745;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=167;TCF=80;TCR=87;TR=51;WE=582476;WS=582458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,53:0.30:178
chr19	582505	rs2072309	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=2.094;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,65:0.32:206
chr19	582693	rs2072310	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-0.899;SC=GCTCCTGGGTCCCGCCTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=582701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr19	582775	rs8637	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=329;ReadPosRankSum=-1.919;SC=TCCCTGCTCCACGTCTGCGCC;SOR=0.383;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=31;WE=582783;WS=582765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr19	582927	rs8259	T	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=659;ReadPosRankSum=0.164;SC=GTTCCTTAGGTTTTTTTCCTT;SOR=0.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=225;TCF=96;TCR=129;TR=65;WE=582935;WS=582917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,68:0.28:241
chr19	590172	rs113534512	G	A	72.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	603513	rs4919815	C	T	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=725;ReadPosRankSum=0.199;SC=GGGGAGGCACCGGCCTGAGGT;SOR=0.884;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=41;WE=603521;WS=603503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr19	605171	rs12981860	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=20;PP=621;SC=TCCTGGTGCCTATGCTGCAGG;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=605179;WS=605161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	613554	.	G	GGGGGCTGGGGCC	413	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5003;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=15;MQ=64.65;NF=0;NR=15;PP=413;QD=28.3333333333;SC=TGCAGAGCCAGGGGGCCGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=15;WE=613562;WS=613544;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr19	613560	rs149420100	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.68;QD=24.03;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	613898	rs1054786	T	C	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=26;PP=959;SC=GCGTGCGGGCTGACACCTACT;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=613906;WS=613888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	614062	.	A	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-1.805;SC=CTGGCGGGGGAGGGGCGTGGC;SOR=1.214;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=9;WE=614070;WS=614052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr19	616509	rs55810748	G	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	617195	rs11670098	C	T	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	617205	rs2072122	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	617614	rs41551212	G	A	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=32;PP=1643;SC=GGTCCTGCAGGATGGGCTCGC;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=95;WE=617622;WS=617604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	617963	rs41546612	T	G	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=30;PP=834;SC=AAGCCCACCCTCCTGCAGGCC;SOR=2.554;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=38;WE=617971;WS=617953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	619021	rs14155	G	C	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=9;PP=552;SC=CCAGGCGATAGGGCTGGATGA;SOR=1.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=619029;WS=619011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	619099	rs149476145	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GGGCACTCTCGGTCAGCCAGT;SOR=0.681;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=28;WE=619107;WS=619089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr19	619574	rs10853990	T	G	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=35;PP=1344;SC=CAGCGCGACATGCCTGGCGCA;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=77;WE=619582;WS=619564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	619772	rs11669381	G	C	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=50;NR=36;PP=1140;SC=CCACCTGCACGGCGGGTGGGC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=86;WE=619780;WS=619762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	621020	.	T	C	534	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=34;MMLQ=23;MQ=58.82;NF=20;NR=2;PP=534;QD=25.853236934;SC=GGCGCGGGGGTGCCGGGAGGG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=621028;WS=621010;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	621712	rs2238547	A	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=8;PP=803;SC=TGAGCAGGAAAGCACCAGAGT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=621720;WS=621702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	622000	rs2238548	C	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=343;SC=CGGCCGGACACCTGCATGGAC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=622008;WS=621990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	622336	rs2238549	T	G	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=29;PP=963;SC=CGCCCCCAGCTCCTCCCAGTA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=622344;WS=622326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	623003	rs2017580	G	A	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	623080	rs41563114	A	AT	1604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=1311;SC=CAGAGACCTCATGGCCCTCAA;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=29;WE=623088;WS=623070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	624894	rs138732981	T	A	6737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.487;NF=138;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.075;SC=CTGGCTCATCTGTTCCAGACA;SOR=0.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=459;TCF=219;TCR=240;TR=287;WE=624902;WS=624884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,301:0.62:486
chr19	625198	rs1056766	A	G	5236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=86;PP=2965;SC=GCAGGTCCGGAGTCAAGCCGG;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=198;WE=625206;WS=625188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	629438	rs2283576	G	C	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=207;SC=AAAAACAAAGGACTTGAACCT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=629446;WS=629428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	629503	rs2283577	G	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=12;PP=508;SC=TGTCTCCAACGACCAGGGCAG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=629511;WS=629493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	629846	rs11550305	G	A	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=30;PP=1387;SC=CCAGGCACCCGGCCATCTGCT;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=78;WE=629854;WS=629836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	633381	rs11669858	A	G	9382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=160;PP=2965;SC=GGAGGAGCCCACGCCGTGGCC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=336;TCF=175;TCR=161;TR=335;WE=633389;WS=633371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr19	633529	.	G	GGCGCCGCCGCCGCCGCCGCC	5761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=38;PP=1106;SC=CGCCGCTCCAGGCCACCCCAC;SOR=1.665;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=42;WE=633537;WS=633518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	641215	rs7246140	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,39:0.30:128
chr19	643103	.	GG	AT	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MMLQ=25;MQ=59.79;NF=5;NR=0;PP=117;QD=34.0935749724;SC=CGTCGTGGTCGGGAGGGGACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=5;WE=643112;WS=643094;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,5:0.24:21
chr19	643104	.	G	GGAGGGGACTCGTGGTCTGGGGCAGGGGGGGCTCCTCGTGTCTGTCGTGGTCAT	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=11.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.67;ReadPosRankSum=0.622;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr19	646891	rs10403235	G	A	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.495;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=2117;ReadPosRankSum=0.846;SC=CAGACACGTCGCGGGACACAG;SOR=0.647;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=76;WE=646908;WS=646881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,85:0.36:233
chr19	646900	rs7249518	A	G	3334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.235;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.305;SC=CGCGGGACACAGTGAAGAGTG;SOR=0.867;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=206;TCF=104;TCR=102;TR=135;WE=646908;WS=646881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,148:0.65:226
chr19	647039	rs2074460	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=1.059;SC=CTCCGTTAGCTGTCTCCATCG;SOR=0.859;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=35;WE=647047;WS=647029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
chr19	649110	rs2040736	G	C	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr19	652206	rs8102953	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=567;ReadPosRankSum=-2.074;SC=TGACACGATCGGGAAGCACGA;SOR=0.593;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=46;WE=652214;WS=652196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,53:0.40:131
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chr19	727552	rs3746170	C	T	10053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.76;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,245:0.60:406
chr19	731055	rs10405821	G	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=0.366;SC=GCCCCACCGGGGATGCAGGAG;SOR=0.525;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=30;WE=731063;WS=731045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,30:0.28:106
chr19	731077	rs10405836	GG	CT	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.895;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=941;ReadPosRankSum=-2.048;SC=CACCCTCACAGGCACACCCTC;SOR=0.392;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=31;WE=731086;WS=731067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr19	731144	rs1050457	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=0.679;SC=CGCCCCAGCCACTGCCAAGGA;SOR=0.651;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=39;WE=731152;WS=731134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,39:0.27:146
chr19	740272	rs7245884	C	T	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.593;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=14;PP=1834;ReadPosRankSum=-0.657;SC=CTGGCTCCCCCCTCCCTGGCT;SOR=1.554;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=152;TCF=122;TCR=30;TR=93;WE=740305;WS=740262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,101:0.63:161
chr19	740560	rs10419493	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=54;PP=1287;SC=CGTGTGGGTCTGGCGTCTGCC;SOR=4.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=58;WE=740568;WS=740550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	746206	rs2384776	C	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=550;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GCCAAGGTTTCCCTCCTGCCT;SOR=0.194;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=29;WE=746214;WS=746196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr19	746712	rs10421265	C	T	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1190;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CCACGGAGGCCGCCTCCAGGG;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=265;TCF=123;TCR=142;TR=102;WE=746720;WS=746702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,107:0.39:277
chr19	756923	rs112164901	G	C	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1386;ReadPosRankSum=2.787;SC=CGGGAGGAAGGCTGAGGCCAA;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=165;TCR=122;TR=103;WE=756931;WS=756913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,105:0.36:289
chr19	799342	rs8100561	G	C	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.734;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=31;PP=1781;ReadPosRankSum=1.760;SC=CTCCTGGCCCGGGGACAGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=188;TCF=131;TCR=57;TR=114;WE=799350;WS=799332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,116:0.61:191
chr19	804396	rs3180287	C	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=986;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TCCAGTTCTCCAACCACAAGG;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=58;WE=804404;WS=804386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
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chr19	805398	rs115813123	C	T	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
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chr19	808586	rs13169	C	G	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=48;PP=1321;ReadPosRankSum=-2.129;SC=ACGGGAAGCCCATCCGCATCA;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=100;WE=808594;WS=808576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,108:0.64:168
chr19	808742	rs1135908	G	T	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,66:0.59:111
chr19	808824	rs62131353	C	T	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=779;ReadPosRankSum=-0.346;SC=CTTGGCTGTCCTACCGCGTCG;SOR=0.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=53;WE=808832;WS=808814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,57:0.62:92
chr19	808920	rs62131354	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=1.350;SC=GAGCTTGAGCCGAGGGCTGCT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=13;WE=808928;WS=808910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
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chr19	814680	rs56944467	G	T	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.069;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1618;ReadPosRankSum=-2.421;SC=GGCAGTGAGGGGCCGGACTCA;SOR=0.485;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=94;WE=814688;WS=814670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,96:0.64:149
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chr19	827975	rs649411	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=511;ReadPosRankSum=-1.832;SC=AACTCAGACTTAAAGCACAGA;SOR=0.765;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=38;WE=827983;WS=827965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr19	829568	rs12460890	C	T	4737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.540;SC=TCAGGAACCCCGGGGTTAGCA;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=279;TCF=192;TCR=87;TR=181;WE=829576;WS=829558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,196:0.66:297
chr19	829723	rs678976	A	G	7546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=0.473;SC=GGATGGTGCCACCTGTGATCC;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=542;TCF=225;TCR=317;TR=349;WE=829731;WS=829698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,347:0.63:549
chr19	830621	rs653847	A	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=14;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.697;SC=GACTACAGTTAATGTCGCTGA;SOR=0.405;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=75;TCR=20;TR=63;WE=830629;WS=830611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr19	830854	rs595844	T	C	11695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=852;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=271;NR=241;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.350;SC=TTCCCAGGTTTGTCAACGTGA;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=816;TCF=425;TCR=391;TR=512;WE=830862;WS=830844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,534:0.63:850
chr19	840984	rs2074639	C	T	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1312;ReadPosRankSum=0.734;SC=AGGAGCTTGACCGTGGGTGCA;SOR=0.934;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=135;TCF=83;TCR=52;TR=89;WE=840992;WS=840974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,98:0.64:153
chr19	844020	rs351111	G	A	4658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=106;PP=2658;ReadPosRankSum=0.674;SC=ACTGAACGACGTTCTCCTCAT;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=115;TCR=133;TR=195;WE=844028;WS=844010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,212:0.80:266
chr19	844077	rs351112	A	C	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=61;PP=1309;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GCACGGCCAGAGGGCTCCGGG;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=99;WE=844085;WS=844067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,105:0.80:131
chr19	860852	rs1629038	G	C	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=49;PP=2380;ReadPosRankSum=1.864;SC=GACTCCGTCCGGTCCCCAGGG;SOR=0.877;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=226;TCF=149;TCR=77;TR=151;WE=860860;WS=860842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,149:0.67:224
chr19	861102	rs1626564	C	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.616;NF=5;NR=41;PP=820;ReadPosRankSum=0.992;SC=CCAGCCTCGACCTCTCCTGCT;SOR=1.552;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=46;WE=861110;WS=861092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr19	861593	rs1683563	C	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=194;ReadPosRankSum=0.000;SC=GACCCACGCCCCTGCCCTGAT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=13;WE=861601;WS=861592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr19	862024	rs1683561	C	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.174;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,36:0.40:90
chr19	868115	rs13090	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=240;ReadPosRankSum=-1.670;SC=GGACGGTCCTCTGGATGCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=20;WE=868123;WS=868105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr19	868551	rs1631848	T	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=499;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GGGCCTCCCTTACGCCTGCCC;SOR=0.572;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=40;WE=868559;WS=868541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr19	868620	rs1651891	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-0.851;SC=TGCTCCCCACGTCCCCACCTG;SOR=0.430;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=11;WE=868628;WS=868610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr19	869037	rs1683591	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr19	871135	rs1683569	A	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=415;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GCAGGCGGCTAACCAGGCCGT;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=29;WE=871143;WS=871125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr19	871447	rs1683570	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=267;ReadPosRankSum=-1.786;SC=GTGACCCCAGAGTTCTCTCCC;SOR=0.400;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=20;WE=871455;WS=871437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr19	871724	rs73492568	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr19	871898	.	A	C	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=50.82;NF=5;NR=0;PP=58;QD=18.5542425094;SC=GAGCGGGGAGAGGGGAGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=5;WE=871906;WS=871888;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr19	871987	rs78047294	G	A	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=46;PP=1548;ReadPosRankSum=0.405;SC=GGGTATCCGAGGTGGCCGTAT;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=202;TCR=120;TR=122;WE=871995;WS=871977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,124:0.37:333
chr19	875389	rs11546307	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=0.752;SC=CGCACACGCGGGTCACCGTGC;SOR=0.330;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=21;WE=875397;WS=875379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr19	879887	.	C	G	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=52.56;NF=4;NR=1;PP=34;QD=13.7542425094;SC=TCGCCTTCCCCTGGTTGTCAA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=5;WE=879895;WS=879879;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	884782	rs2965294	C	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=626;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CGAGGCGAGACGATCGCTTAG;SOR=0.534;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=95;TCR=40;TR=46;WE=884790;WS=884772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,47:0.34:139
chr19	885818	rs1060442	A	G	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=43;PP=1482;ReadPosRankSum=1.530;SC=TGATGGCGGGAAACTTGTCCT;SOR=0.800;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=352;TCF=206;TCR=146;TR=111;WE=885835;WS=885808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,118:0.33:363
chr19	890165	rs6678	G	A	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.328;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=573;ReadPosRankSum=0.841;SC=GGCAGGTGATGGCCTCGTGGT;SOR=0.398;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=52;WE=890173;WS=890155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
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chr19	960187	rs1637993	G	C	6161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=1.381;SC=CCCCCACCCCGCTGGAGGGAG;SOR=1.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=91;TCR=141;TR=230;WE=960195;WS=960176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr19	960266	rs1683584	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=658;ReadPosRankSum=0.338;SC=GTGAGCACCCCGTGGCTGGAG;SOR=0.465;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=36;WE=960274;WS=960256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr19	965043	rs12608658	T	C	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=50;PP=1337;SC=CAAGCACCAATGGCAGCTCCA;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=965051;WS=965033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	966693	rs6510986	C	T	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=84;PP=2758;ReadPosRankSum=0.884;SC=CAGCTGTGGCCGCACAGGCAG;SOR=0.600;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=98;TCR=109;TR=159;WE=966701;WS=966683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,163:0.74:219
chr19	968318	rs8105235	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.018;NF=18;NR=3;PP=384;ReadPosRankSum=2.068;SC=GAGATCGCGCCACTGCACTCC;SOR=0.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=21;WE=968326;WS=968308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	968345	rs7251219	CA	TG	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.394;NF=25;NR=5;PP=1202;ReadPosRankSum=-2.210;SC=GGCAACAGAGCAAGACTCTGT;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=30;WE=968366;WS=968335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr19	971933	rs1051504	A	G	4064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.861;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=66;PP=2370;ReadPosRankSum=3.014;SC=CCAACAAAGGAGGCGGCGGCG;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=110;TCR=94;TR=144;WE=971941;WS=971923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,108:0.65:167
chr19	971949	rs1051505	G	A	4825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=2382;ReadPosRankSum=1.625;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=110;TCR=97;TR=151;WE=971957;WS=971939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,136:0.71:191
chr19	984231	rs34402804	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=9.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr19	984533	rs2301810	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=488;ReadPosRankSum=0.955;SC=TGGGCAAGAATTACATCAGCG;SOR=1.186;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=38;WE=984541;WS=984523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,46:0.29:158
chr19	984554	rs4806884	C	G	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CCTGGGAGCTCCAGCGGAAGG;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=29;WE=984562;WS=984544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,35:0.30:115
chr19	984578	rs2301811	T	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=0.143;SC=GGCGGTGCGGTCTCGCTGCTG;SOR=0.927;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=20;WE=984586;WS=984568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr19	985815	rs2074573	T	G	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=22;PP=1004;ReadPosRankSum=2.003;SC=ACTGCTGTAGTAGCTCCCGTG;SOR=0.554;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=198;TCF=140;TCR=58;TR=72;WE=985823;WS=985805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,76:0.37:207
chr19	985997	rs2074574	C	G	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=73;PP=1626;ReadPosRankSum=0.513;SC=AAAGCGTGAGCGTTTCCCACA;SOR=0.826;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=362;TCF=146;TCR=216;TR=116;WE=986005;WS=985987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,120:0.31:381
chr19	990185	rs10409367	G	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=459;ReadPosRankSum=0.282;SC=TGTTCCCTCCGCTCCCCGCCT;SOR=0.967;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=28;WE=990193;WS=990175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr19	990281	rs2158367	G	A	11817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=209;NR=217;PP=2965;SC=GTCTCACCACGCGCTCCCCAT;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=426;TCF=209;TCR=217;TR=426;WE=990289;WS=990271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr19	990394	rs2240148	T	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,82:0.32:255
chr19	990819	rs2240149	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.335;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=13;PP=683;ReadPosRankSum=0.910;SC=TCCCCCTGCCGGGCCGAGCCC;SOR=0.902;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=158;TCF=115;TCR=43;TR=50;WE=990827;WS=990809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,50:0.30:168
chr19	991196	rs60416441	CGTCCCAG	CCCCAG,C	11148.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=101;PP=2957;SC=CTGTCTGGCACGTCCCAGGTG;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=136;TCF=28;TCR=108;TR=126;WE=991212;WS=991186;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:249
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chr19	991204	.	G	C	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=105;NR=99;PP=2965;QD=20;SC=CACGTCCCAGGTGACCCCTGT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=226;TCF=115;TCR=111;TR=204;WE=991212;WS=991186;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:22,204:0.90:226
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chr19	1009550	rs142516571	GGCCCCCGCGGAGGCCCCACCACACTCT	G	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.001;NF=3;NR=7;PP=2915;ReadPosRankSum=-0.320;SC=AGGCCAGAGCGGCCCCCGCGG;SOR=0.602;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=10;WE=1009584;WS=1009540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,16:0.21:77
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chr19	1010910	rs7252527	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,14:0.17:83
chr19	1011823	rs2240161	A	G	5437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=58;PP=2182;ReadPosRankSum=0.224;SC=AGGAAGCGCTATGAGGGGCTG;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=435;TCF=275;TCR=160;TR=155;WE=1011831;WS=1011813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,160:0.35:457
chr19	1011846	rs10420656	T	C	6044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,189:0.35:534
chr19	1011856	rs113138803	C	A	7100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,203:0.36:569
chr19	1012379	rs2240162	C	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=8.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.011;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr19	1012379	.	CGT	GGC	561	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=14;NR=1;PP=561;QD=40.9645249908;SC=CACAGCCCCCCGTCCCGCACC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=15;WE=1012389;WS=1012369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr19	1012381	rs2240163	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=5.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.172;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr19	1012416	rs112926823	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.592;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=472;ReadPosRankSum=0.364;SC=AGGGAGGAGGGGAGGCCCCGC;SOR=1.589;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=102;TCF=77;TCR=25;TR=31;WE=1012424;WS=1012406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr19	1012611	rs970100	A	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-2.404;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,37:0.26:142
chr19	1014398	rs7146	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=577;ReadPosRankSum=-1.022;SC=TGTCACGCACATGCTCCAGGC;SOR=0.663;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=180;TCF=95;TCR=85;TR=57;WE=1014406;WS=1014388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,66:0.33:201
chr19	1014537	rs67806247	ACGTGATGGGG	A	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr19	1031212	rs7247087	A	G	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=754;ReadPosRankSum=0.962;SC=GCAGGGACACAGGCTGTCTCA;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=266;TCF=129;TCR=137;TR=77;WE=1031220;WS=1031202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,83:0.29:283
chr19	1031340	rs12978059	C	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=20;PP=527;SC=AGGGTGGTGGCGGGGGGCGGT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=1031348;WS=1031330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	1032369	rs10401325	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,16:0.17:92
chr19	1032702	rs4315451	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=0.943;SC=GAAGGTGAGGCCCAGAGAGGG;SOR=0.765;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=15;WE=1032710;WS=1032692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr19	1032756	rs55784632	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr19	1036018	rs930232	G	A	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=32;PP=1831;SC=GGCTCTGCGCGGCAGGCAGAG;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=99;WE=1036026;WS=1036008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	1036444	rs930231	G	A	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=41;PP=2965;SC=CCAGCCAGTCGGGCATGACTG;SOR=2.019;Source=Platypus;TCF=113;TR=153;WE=1036452;WS=1036434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	1036552	rs2304262	T	C	17858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=359;NR=270;PP=2965;SC=CGAACAAGTGTGCCAGCCAGG;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=630;TCF=359;TCR=271;TR=629;WE=1036560;WS=1036542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,652:1.00:652
chr19	1037932	rs3848639	G	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=7;PP=278;SC=CACATCGTCTGCCCATCTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=1037940;WS=1037922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	1042809	rs3764645	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=2.147;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,37:0.22:165
chr19	1043103	rs72973581	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=759;ReadPosRankSum=-0.120;SC=AGGGACCAGCGGCCCCCTGGA;SOR=0.521;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=215;TCF=163;TCR=52;TR=61;WE=1043111;WS=1043093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,61:0.27:224
chr19	1043864	rs4622634	G	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,50:0.30:164
chr19	1044753	rs3764648	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=-2.948;SC=GGTGAGGGCCTGTCCACCTGC;SOR=0.340;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=12;WE=1044761;WS=1044743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr19	1047002	rs3752234	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,55:0.25:219
chr19	1047161	rs3752237	A	G	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.944;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,152:0.28:546
chr19	1049012	rs4147912	A	C	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=351;ReadPosRankSum=0.430;SC=AGGGTGAGGCACTACGAGGCT;SOR=0.732;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=24;WE=1049020;WS=1049002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr19	1049466	.	GCCCCCCCACTCCCACCCCGTGAGC	G	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr19	1049471	.	C	CCA	436	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=57.52;NF=1;NR=15;PP=436;QD=28.5625;SC=CGTGAGCCCCCCCACTCCCAC;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=16;WE=1049479;WS=1049461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:41,16:0.28:57
chr19	1049489	.	GC	G	136	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=7;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=53.2;NF=0;NR=9;PP=136;QD=17.4444444444;SC=CACCCCGTGAGCCCCCCCACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=9;WE=1049499;WS=1049479;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr19	1049491	.	C	G	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=6;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=51.98;NF=0;NR=4;PP=122;QD=39.1928031368;SC=CCCCGTGAGCCCCCCCACCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=4;WE=1049499;WS=1049479;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr19	1050836	rs55999131	T	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr19	1050874	rs12151021	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,35:0.23:153
chr19	1051214	rs3752240	A	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,45:0.28:163
chr19	1056492	rs3752246	G	C	3417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=101;PP=2302;ReadPosRankSum=-1.738;SC=CTGTCTGAGGGTGCACTGTGA;SOR=0.626;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=585;TCF=258;TCR=327;TR=185;WE=1056500;WS=1056482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:406,192:0.32:598
chr19	1062370	rs34606911	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=335;ReadPosRankSum=0.030;SC=ACCCAGGCCGTGCCTCTAAAG;SOR=1.201;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=108;TCF=21;TCR=87;TR=32;WE=1062378;WS=1062360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,29:0.28:102
chr19	1063930	rs4807499	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr19	1064193	rs4147930	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,44:0.30:145
chr19	1065018	rs4147934	G	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.718;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=455;ReadPosRankSum=0.390;SC=GTTCCCTGGGGCGGAGCTGCG;SOR=0.415;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=35;WE=1065026;WS=1065008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,37:0.32:114
chr19	1065044	rs4147935	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.075;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=380;ReadPosRankSum=0.684;SC=CACATGGAGGCCGCCTGCGCT;SOR=0.361;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=34;WE=1065052;WS=1065034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
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chr19	1066256	rs4147938	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=149;ReadPosRankSum=1.874;SC=ACTTGGGGAGGGGGGAGAGAG;SOR=0.871;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=16;WE=1066264;WS=1066246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr19	1071312	rs4807506	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=112;ReadPosRankSum=0.548;SC=GACGGCGCACCCGGTGCTGGA;SOR=0.548;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=13;WE=1071320;WS=1071302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr19	1073409	rs2074441	C	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=2.025;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,28:0.22:130
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chr19	1074064	rs12610818	C	G	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=47;PP=2352;SC=GGCCATTGCGCGGGTCGGGCC;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=115;WE=1074072;WS=1074054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	1074252	rs11084881	T	G	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=50;PP=1448;ReadPosRankSum=0.142;SC=TGAGAGCTGGTGTCCCAGCAG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=187;TCR=152;TR=112;WE=1074260;WS=1074242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,114:0.33:350
chr19	1074315	rs12974537	C	T	6087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.617;SC=CTTGTCCCAGCACCTCACACC;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=372;TCF=180;TCR=192;TR=265;WE=1074323;WS=1074305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,266:0.71:373
chr19	1078101	rs72975505	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=0.366;SC=CCAATGCTTGGTGTGACATTT;SOR=1.981;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=11;WE=1078109;WS=1078091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr19	1079959	rs36084354	G	A	13239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=278;NR=294;PP=2962;ReadPosRankSum=0.895;SC=TGATGCATATGCAGACGGCGC;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=801;TCF=397;TCR=404;TR=572;WE=1079967;WS=1079949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,587:0.71:826
chr19	1080311	rs2074454	G	C	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:428,134:0.24:562
chr19	1081120	rs8113708	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr19	1081462	rs34275968	C	CG	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.540;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr19	1081617	rs10404947	A	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=2.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,62:0.24:256
chr19	1085509	.	T	TTGTCTCTCC	164	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=25;MQ=61.53;NF=6;NR=0;PP=164;QD=31.0;SC=TTGTCTCTCCTCCATCTCTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=6;WE=1085517;WS=1085499;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr19	1085966	rs3761028	A	G	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,92:0.25:364
chr19	1086043	rs3761026	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=2.233;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,21:0.22:95
chr19	1089992	rs56377324	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr19	1090020	rs61585798	TG	T	1237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=13;PP=1004;SC=GGGGTGTGTGTGGGGGGGGAA;SOR=3.716;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=40;WE=1090028;WS=1090007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	1094004	rs12459404	G	A	9263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.061;SC=CTTGTCCCCAGATTGGGCTTT;SOR=0.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=352;TCF=199;TCR=153;TR=351;WE=1094012;WS=1093994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,360:1.00:361
chr19	1095151	rs10416031	A	G	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=20;PP=1016;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CCGGCCCTTCATCGCTGCTGC;SOR=1.065;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=103;TCR=38;TR=78;WE=1095159;WS=1095141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,84:0.55:154
chr19	1095336	rs1046041	C	T	7991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CCGCCGCCGCCGCTCGCACCC;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=466;TCF=221;TCR=245;TR=333;WE=1095344;WS=1095312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,345:0.72:478
chr19	1105839	rs146333943	TGGGGTG	T	1270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=36.711;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=38;PP=1787;ReadPosRankSum=1.205;SC=GTACGGCTGCTGGGGTGGGGG;SOR=4.038;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=38;WE=1105852;WS=1105829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr19	1106130	rs116958457	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	1106615	rs713041	T	C	6785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.939;SC=CCCACGCCCTTGGAGCCTTCC;SOR=0.533;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=405;TCF=172;TCR=233;TR=300;WE=1106623;WS=1106605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,314:0.73:428
chr19	1109213	rs2159133	A	G	8638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.026;SC=GCGGTGACCTAGGGACACAGG;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=475;TCF=283;TCR=192;TR=342;WE=1109221;WS=1109203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,354:0.73:488
chr19	1110829	rs2302109	G	A	10215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=0.448;SC=GGAACAGGGCGTTCTGCTTGT;SOR=0.810;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=608;TCF=322;TCR=286;TR=430;WE=1110837;WS=1110819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,441:0.71:622
chr19	1111895	rs11881821	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-0.615;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.621;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr19	1112579	rs62131217	C	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=601;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GTGCAAGGCCCGCCCCAGCGT;SOR=0.541;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=44;WE=1112587;WS=1112569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
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chr19	1115782	rs2072281	G	A	4872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.64;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,117:0.76:154
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chr19	1116935	rs7251039	G	A	3787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=98;PP=2692;ReadPosRankSum=1.241;SC=ACTGTGGGACGGCAGAGGACT;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=74;TCR=133;TR=153;WE=1116943;WS=1116925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,156:0.73:214
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chr19	1119019	rs2074920	C	T	4243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=66;PP=2809;ReadPosRankSum=-1.414;SC=CCAGCAGGGCCGCGCGGTTGT;SOR=0.544;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=267;TCF=173;TCR=94;TR=181;WE=1119027;WS=1119009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,183:0.68:269
chr19	1119639	rs202131814	G	A	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.261;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,118:0.27:434
chr19	1119699	rs7249751	A	G	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.049;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=77;PP=1788;ReadPosRankSum=0.679;SC=AGTTGGGACCACCCGACGAGG;SOR=1.161;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=142;TCF=26;TCR=116;TR=91;WE=1119707;WS=1119689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,93:0.65:143
chr19	1119876	rs8107205	T	G	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.524;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=8;PP=1322;ReadPosRankSum=0.515;SC=CTGCTGCGGGTGGGTCACGTG;SOR=0.214;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=78;TCF=69;TCR=9;TR=59;WE=1119884;WS=1119866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,60:0.76:79
chr19	1119963	rs2074921	A	G	6332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.954;SC=GGTCTAGCACAGCCTTGCCCA;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=390;TCF=231;TCR=159;TR=277;WE=1119971;WS=1119953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,290:0.71:410
chr19	1120101	rs2074922	C	G	4314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.470;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=110;PP=2929;ReadPosRankSum=0.608;SC=ACCCAAGACCCCACCTTCCTG;SOR=0.462;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=269;TCF=100;TCR=169;TR=182;WE=1120109;WS=1120091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,189:0.67:282
chr19	1122147	rs2072280	G	A	5734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.810;SC=CGACGCCCTCGAAGGCCTCCC;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=387;TCF=240;TCR=147;TR=251;WE=1122155;WS=1122137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,251:0.65:386
chr19	1122201	rs62131221	G	A	9008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.438;SC=GGTGCTGGCCGCCGGCCTGGC;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=548;TCF=320;TCR=228;TR=394;WE=1122209;WS=1122191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,398:0.71:562
chr19	1122731	rs56212604	G	A	6848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,320:0.72:446
chr19	1124053	rs2024093	A	G	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=904;ReadPosRankSum=0.640;SC=AGCCCGGGCCAGACGGGACAG;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=59;WE=1124061;WS=1124043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr19	1147430	rs372686808	AT	A	67.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.93;MQRankSum=2.369;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr19	1147432	.	G	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.93;MQRankSum=2.369;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr19	1219274	rs34928889	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=13.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.042;SOR=1.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,50:0.25:198
chr19	1222012	rs2075607	G	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,69:0.29:240
chr19	1231142	rs8110590	T	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,61:0.27:222
chr19	1233597	rs3746102	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=339;ReadPosRankSum=-1.700;SC=CTGCAGCCCCGGGCCCTCCAG;SOR=0.792;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=22;TCR=61;TR=23;WE=1233605;WS=1233587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr19	1242048	rs2074513	C	T	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,57:0.23:253
chr19	1268178	rs12975875	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=68;ReadPosRankSum=1.290;SC=GGGGCAGAGAGGCAGGGGTCC;SOR=1.262;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=1268186;WS=1268168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr19	1268398	rs72979539	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=702;ReadPosRankSum=0.475;SC=GCCTGTGGAAGGAGAGAAAAG;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=53;WE=1268406;WS=1268388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
chr19	1270231	rs56378951	GC	G	580.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.829;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr19	1271274	rs12609287	C	T	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,138:0.30:465
chr19	1271529	rs4807050	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=450;ReadPosRankSum=-0.191;SC=AGCTGGTACTCACTTTTTCCT;SOR=0.757;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=40;WE=1271537;WS=1271519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,39:0.36:108
chr19	1272040	rs12488	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,96:0.26:376
chr19	1274539	rs8108009	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=174;ReadPosRankSum=-2.366;SC=TATGGCCCCATGGCGGGCGCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=14;WE=1274547;WS=1274529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr19	1277275	rs757292	G	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,52:0.23:223
chr19	1354983	rs10555657	AGCG	A	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	1356516	rs149297811	CAGG	C	2601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.844;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.024;NF=2;NR=47;PP=1798;ReadPosRankSum=1.581;SC=AAATCTTGATCAGGAGATACC;SOR=0.851;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=157;TCF=10;TCR=147;TR=49;WE=1356526;WS=1356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,75:0.33:227
chr19	1357082	rs713042	T	C	4858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=106;PP=2965;SC=AAATCCTCTCTCTAGAGGAAA;SOR=1.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=49;TCR=106;TR=155;WE=1357090;WS=1357072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	1358726	rs2285972	C	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.429;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,86:0.28:303
chr19	1360575	rs3826942	G	A	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.994;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=58;PP=1869;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TAAGAGGGGAGGAAACTCAGC;SOR=0.899;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=386;TCF=216;TCR=170;TR=140;WE=1360583;WS=1360559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,142:0.36:391
chr19	1366179	rs72377165	CGCTGGGGTCACCCCCAGA	C	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.686;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,14:0.12:113
chr19	1366422	rs2668418	C	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=5.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,40:0.27:146
chr19	1367412	rs72983524	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GAATTCTCACAACTGTCCTGG;SOR=0.162;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=13;WE=1367420;WS=1367402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr19	1387926	.	T	G	132	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=12;HapScore=4;MGOF=6;MMLQ=17;MQ=57.12;NF=0;NR=4;PP=132;QD=41.6928031368;SC=GGGTGGGGGGTGGGGGGAGCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=1387934;WS=1387909;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr19	1397446	.	C	T	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=76;PP=2085;ReadPosRankSum=0.080;SC=CACCTCCGTACGGATGTTCTC;SOR=0.756;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=226;TCF=117;TCR=109;TR=151;WE=1397454;WS=1397436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,156:0.67:234
chr19	1407618	.	AGCC	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.378;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr19	1453705	rs12985827	T	C	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=32;PP=759;SC=CATATGTCTCTGCCCACACCT;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=1453713;WS=1453695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	1455933	rs146334923	C	CAGAGTCAGAGCCCAGGGCGAAGTCATCCCAGGA	1019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=121;SC=AGGGAGAAGGCAGAGGTAGGG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=3;WE=1455941;WS=1455923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	1456544	rs2656869	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	1456730	rs3896893	G	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=471;SC=CCCCTCATCTGTCCCCCAGGT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=1456738;WS=1456720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	1457875	.	G	A	72	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MMLQ=18;MQ=59.16;NF=6;NR=0;PP=72;QD=17.7952020912;SC=GATCCTTCAGGCCTGGGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=1457883;WS=1457865;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr19	1457894	.	C	CGGGGGGGG,CGG	344.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.24;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=423;SC=GGGCGGGTTGCGGGACCTTCG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=1457902;WS=1457884;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:2
chr19	1467684	rs265273	A	C	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=37;PP=2123;SC=GGGCAAGAACAGAGCAGGGCT;SOR=1.321;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=100;WE=1467692;WS=1467674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	1487083	rs4807119	C	T	3696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.017;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=70;PP=2600;ReadPosRankSum=-1.366;SC=CCAGGAGGGGCGGGGAGGGGG;SOR=0.734;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=255;TCF=132;TCR=123;TR=154;WE=1487091;WS=1487073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,159:0.60:264
chr19	1487561	rs62128466	C	G	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=28;PP=847;ReadPosRankSum=-1.280;SC=ACCCCCTTCCCTCTCTGTCCC;SOR=0.965;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=257;TCF=162;TCR=95;TR=83;WE=1487569;WS=1487551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,84:0.32:265
chr19	1488147	rs4807120	C	T	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=61;PP=1965;ReadPosRankSum=0.208;SC=AGGGCGCCAGCGGCCCCGTCC;SOR=0.660;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=206;TCF=103;TCR=103;TR=126;WE=1488155;WS=1488137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,135:0.63:215
chr19	1489766	rs79975727	G	T	3930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=3.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,116:0.34:342
chr19	1489770	rs791468	T	G	3849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=3.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,111:0.34:331
chr19	1490285	rs73516829	G	A	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=789;ReadPosRankSum=1.064;SC=ACAGCCCGGGGGCGGACAAGG;SOR=0.528;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=51;WE=1490293;WS=1490275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr19	1490377	rs791469	T	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=63;ReadPosRankSum=0.340;SC=CCTGCGCAAATCCCCTCCCTC;SOR=0.787;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=7;WE=1490385;WS=1490367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr19	1491171	rs791473	T	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=151;ReadPosRankSum=-1.676;SC=GGCCGGAGCATCGCGGCTCAG;SOR=1.119;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=9;WE=1491179;WS=1491161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr19	1495277	rs12459408	C	T	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1204;ReadPosRankSum=0.938;SC=GGCACACCACCGCCTCTCTCC;SOR=0.479;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=305;TCF=180;TCR=125;TR=107;WE=1495285;WS=1495267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,113:0.36:316
chr19	1495634	rs2277748	G	A	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=62;PP=1264;ReadPosRankSum=-1.167;SC=GGGCACAGCCGTGGAGCGCAT;SOR=1.183;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=225;TCF=73;TCR=152;TR=84;WE=1495642;WS=1495624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,85:0.36:234
chr19	1495668	rs72985569	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=534;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TCCTGGGAGGCGCTGGGGCCA;SOR=1.083;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=127;TCF=34;TCR=93;TR=38;WE=1495676;WS=1495658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,38:0.29:133
chr19	1496263	rs2244686	A	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=467;ReadPosRankSum=0.284;SC=GCCCGCGTGTAACTCCTGCCC;SOR=0.543;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=30;WE=1496271;WS=1496253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
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chr19	1497144	rs2292456	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=316;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TGCCTCACGGCCCTCCCCCAC;SOR=1.232;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=23;WE=1497152;WS=1497134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr19	1497543	rs1050017	A	G	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=50;PP=1382;ReadPosRankSum=0.793;SC=TACTTCCTCCAGCCCCTCCCA;SOR=0.817;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=363;TCF=205;TCR=158;TR=124;WE=1497551;WS=1497520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,131:0.35:376
chr19	1506710	rs3215149	TC	T	750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=465;ReadPosRankSum=1.252;SC=TCCCCACTCATCCCCCACCCT;SOR=0.734;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=16;WE=1506718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr19	1507483	rs791460	T	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.040;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=947;ReadPosRankSum=-0.495;SC=GGCCTCAGTCTCCCCATCTGT;SOR=0.465;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=294;TCF=125;TCR=169;TR=85;WE=1507491;WS=1507473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,91:0.29:310
chr19	1507535	rs791461	T	C	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=100;PP=2965;SC=CGGGTGCCTCTCGCCTCACAT;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=77;TCR=100;TR=177;WE=1507543;WS=1507525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	1507710	rs791462	T	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=736;ReadPosRankSum=0.212;SC=CTTGAGGATTTAATGAGCTAC;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=58;WE=1507718;WS=1507692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,60:0.35:172
chr19	1508738	rs265296	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=283;ReadPosRankSum=-0.325;SC=GGTGCTCTGCGTCCAGCAACC;SOR=0.471;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=18;WE=1508746;WS=1508728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr19	1510661	rs265291	A	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=8;PP=772;SC=GGCTGCGCACAGAGACGCCAC;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=1510669;WS=1510651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	1526931	rs2656858	A	C	8594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=173;NR=134;PP=2965;SC=AACTTCCTGGACCCTGAGGTT;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=173;TCR=135;TR=307;WE=1526939;WS=1526921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr19	1527051	rs11288093	CG	C	932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	1527806	rs7254791	G	A	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=9;PP=1532;SC=AGGTGCAGGCGGATGTTGGGA;SOR=3.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=56;TCR=9;TR=64;WE=1527814;WS=1527796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	1528149	rs139924905	C	CGGCGTGGGGTCCCT	2053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=18;PP=2974;SC=CGGCGGTCCTCGGCGTGGGGT;SOR=1.714;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=87;TCF=13;TCR=74;TR=25;WE=1528157;WS=1528139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	1528231	rs2668408	T	C	5009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=64;PP=2965;SC=CCCCGCCCTGTCCCAGGTAAC;SOR=1.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=111;TCR=64;TR=175;WE=1528239;WS=1528221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	1528365	rs116095010	C	T	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=75;PP=1463;ReadPosRankSum=1.898;SC=GCCATACCCCCGCCTCTGGGC;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=400;TCF=177;TCR=223;TR=133;WE=1528373;WS=1528350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,138:0.33:413
chr19	1528780	rs2656861	A	C	283.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=141;ReadPosRankSum=1.212;SC=CCTGCCCACAACTGCCACCTG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=1528788;WS=1528770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr19	1529527	rs2668409	G	C	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=54;PP=1779;SC=GCTGCAGGTGGGGAGGGAGGA;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=1529558;WS=1529517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	1529550	rs2656863	A	G	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=41;PP=1755;SC=TACAAGTGACAGGGGGACCAA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=1529558;WS=1529517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	1530015	rs2668410	C	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GAGGGCTCTGCGGCAGCCTTA;SOR=0.307;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=1530023;WS=1530005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr19	1531869	rs118008362	C	T	5252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=1.052;SC=CATGGCCCTGCGACCCCCCGG;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=369;TCF=153;TCR=216;TR=229;WS=1531859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,233:0.62:376
chr19	1533868	.	TGTGGGGGCGAGGG	T	474	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=474;QD=254.5;SC=GGGTGCTGGGTGTGGGGGCGA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=2;WE=1533891;WS=1533858;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,2:0.12:16
chr19	1533869	rs61257352	GT	G	160.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr19	1533870	rs265286	T	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=601;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GTGCTGGGTGTGGGGGCGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=14;WE=1533891;WS=1533858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr19	1533871	rs201797915	GGGGGCGAGGGGT	G	145.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr19	1533883	.	T	G	238	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=8;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=238;QD=68.1928031368;SC=GGGCGAGGGGTGGGGACGCCC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=4;WE=1533891;WS=1533858;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,4:0.17:23
chr19	1533972	rs11084897	C	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=227;ReadPosRankSum=0.290;SC=TGGACCCGGCCTCTGCCTCCT;SOR=0.485;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=21;WE=1533980;WS=1533962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr19	1534042	rs10853954	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
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chr19	1534198	rs12608783	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=-0.447;QD=5.51;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
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chr19	1624007	rs55677929	A	G	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=69;PP=1640;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TGTCTGTTAGAAGCAAAAGGG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=438;TCF=224;TCR=214;TR=140;WE=1624015;WS=1623997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,148:0.33:454
chr19	1625811	rs11084904	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
chr19	1650134	rs1860661	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,39:0.27:142
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chr19	1783027	rs60482625	T	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=427;ReadPosRankSum=1.519;SC=TCCTGAGGTGTCACTGTGACT;SOR=0.596;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=28;WE=1783035;WS=1783017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr19	1783146	rs16994559	T	G	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=2.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,159:0.63:252
chr19	1784890	rs3764605	A	G	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=875;ReadPosRankSum=0.628;SC=TTATGGACACACTCAGCAGGA;SOR=1.169;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=59;WE=1784898;WS=1784880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,64:0.57:112
chr19	1784944	rs3764606	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=349;ReadPosRankSum=1.043;SC=TGAGGTCGGCATCTGGGGACA;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=32;WE=1784952;WS=1784934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr19	1785185	rs16994563	C	T	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=45;PP=1612;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GTGGGGGATACTCTGAAGAGC;SOR=0.943;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=115;WE=1785193;WS=1785166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,122:0.68:180
chr19	1785736	rs7252201	G	T	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=61;PP=1556;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TCTTGGGATTGGGTGGGGGGC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=43;TCR=87;TR=91;WE=1785744;WS=1785726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,94:0.80:118
chr19	1789556	rs12978609	C	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=764;ReadPosRankSum=-1.178;SC=CTCTGGAGTCCTGGGCTGGCG;SOR=0.461;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=64;TCR=79;TR=53;WE=1789564;WS=1789546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,56:0.36:154
chr19	1789721	rs56335545	T	C	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.876;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=1060;ReadPosRankSum=-2.312;SC=ACACCAGCAGTTTGTCCTGGC;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=63;WE=1789729;WS=1789711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,66:0.65:102
chr19	1789857	rs151224036	G	A	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=51;PP=2043;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CCTGGCGCCGGGACCCCGCCG;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=125;TCR=81;TR=128;WE=1789865;WS=1789847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,130:0.63:207
chr19	1792190	rs2286004	A	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=338;SC=TCCGAGGCTCAGCCCTCCCCA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=1792198;WS=1792180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	1796943	rs62127692	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=720;ReadPosRankSum=-0.563;SC=TCCCCCTCACCGTCCCGCGCT;SOR=0.808;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=56;WE=1796951;WS=1796933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,58:0.35:165
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chr19	1806083	rs56193578	A	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.702;NF=33;NR=29;PP=845;ReadPosRankSum=-0.401;SC=CCTCGGGGTCAACCCCAGCTC;SOR=0.663;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=189;TCF=98;TCR=91;TR=62;WE=1806091;WS=1806073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,66:0.34:196
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chr19	1809836	rs8107742	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=194;ReadPosRankSum=0.108;SC=ACCCAGGCACTGGGGAGGCCC;SOR=0.560;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=14;WE=1809844;WS=1809826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr19	1810605	rs716993	T	C	4017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=71;PP=2124;ReadPosRankSum=0.017;SC=CCGCCCCCTCTGCCCAGGATC;SOR=0.461;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=258;TCF=154;TCR=104;TR=169;WE=1810613;WS=1810595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,182:0.67:272
chr19	1811547	rs12609187	A	G	5030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GCCTCCTCTCAGGTGCCCCTC;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=199;TCR=169;TR=229;WE=1811555;WS=1811537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,247:0.63:393
chr19	1817134	.	C	CCCAGATGGGG	1560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.361;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.116;NF=15;NR=3;PP=2979;ReadPosRankSum=0.025;SC=GTGAGCCAGGCCCAGATGGGG;SOR=0.275;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=18;WE=1817142;WS=1817124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr19	1818459	rs1610106	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=720;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TGGGAAGGGGAAGGACCCGGG;SOR=0.992;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=42;WE=1818467;WS=1818449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr19	1818952	rs893538	C	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=753;ReadPosRankSum=-1.365;SC=CCGTGTGGCACAGCAGGGGCT;SOR=1.228;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=35;WE=1818960;WS=1818942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr19	1819234	rs113598561	ACT	A	663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.269;NF=0;NR=14;PP=521;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CTCTGCCTCAACTCCCCCTTT;SOR=1.101;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=14;WE=1819243;WS=1819224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr19	1821637	rs4807145	A	G	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=69;PP=1804;ReadPosRankSum=-1.378;SC=CCGTTGGAGGACTGGCTGCCG;SOR=0.551;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=183;TCF=76;TCR=107;TR=121;WE=1821645;WS=1821627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,134:0.68:196
chr19	1848243	rs12984809	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr19	1863628	rs112570276	A	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=13;PP=347;SC=GCCGCCGCCGACGCCCGCGCT;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=1863636;WS=1863618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	1880950	rs4807160	T	C	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1440;ReadPosRankSum=0.151;SC=CCCCAGCTCTTGCCCAGCAGG;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=97;WE=1880958;WS=1880940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,106:0.72:147
chr19	1908694	rs4806818	C	T	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=49;PP=1286;ReadPosRankSum=1.336;SC=AACAGGGTCTCTCTATCTTGC;SOR=1.547;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=63;WE=1908702;WS=1908684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,64:0.77:83
chr19	1914795	rs11666645	C	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=1;PP=459;SC=GCACTGGAGCCGAGGGGAGGG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=1914803;WS=1914785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	1914940	rs11084918	A	G	4830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=96;NR=80;PP=2875;SC=TGCCCAGGGCAGCTCAGGGTT;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=96;TCR=80;TR=176;WE=1914948;WS=1914930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	1915118	rs10853957	A	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=636;SC=GCCGTTGGCAAACAGTGTCCT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=1915126;WS=1915108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	1918023	rs10415845	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=8;PP=1170;SC=ATGGGGTCACTGGGCTGGGGA;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=1918031;WS=1918013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	1918760	rs376128461	CA	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=1.068;SOR=3.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	1924005	rs28719567	T	C	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=156;SC=ACAGTCTGTCTGCCTCGGCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=7;WE=1924013;WS=1923995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	1954126	rs34622118	C	CA	3712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=3.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,107:0.30:361
chr19	1954128	rs34797288	T	C	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=3.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,108:0.30:357
chr19	1970021	rs2074881	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=0.069;SC=CCCGAGTCACCGGAGCCTCTG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=1970029;WS=1970011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr19	1978271	rs740423	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=786;ReadPosRankSum=-0.974;SC=GTGGGCCCTGCGCTGGCGGTG;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=107;TCR=65;TR=65;WE=1978279;WS=1978261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,68:0.38:179
chr19	1979386	rs11550450	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.991;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,71:0.29:248
chr19	1980081	rs71337071	G	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=785;ReadPosRankSum=1.727;SC=GGGGTGGGAGGGCCTGAGGCC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=63;WE=1980089;WS=1980071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,62:0.28:225
chr19	1986414	rs2286352	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.690;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=19;PP=1023;ReadPosRankSum=0.550;SC=TGGTGGGGGGGCCCCAGCAGC;SOR=0.129;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=96;TCF=76;TCR=20;TR=67;WE=1986422;WS=1986404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,68:0.70:97
chr19	1986455	rs7254820	A	G	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=45;PP=1863;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GGCTATCCCCACGGAGGGAGG;SOR=0.488;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=178;TCF=115;TCR=63;TR=117;WE=1986463;WS=1986445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,117:0.66:178
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chr19	1987279	rs11669527	C	T	9275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=144;NR=186;PP=2965;SC=CAGGCAGCAGCGTGGATACCC;SOR=1.043;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=145;TCR=186;TR=330;WE=1987287;WS=1987269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr19	1987386	rs8111128	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=383;ReadPosRankSum=0.280;SC=CGGCCCCCCCGCCGTCTTCAT;SOR=0.903;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=23;WE=1987394;WS=1987376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr19	1990825	rs8102506	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.101;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=248;ReadPosRankSum=0.576;SC=GTCGCGCCTGGCAAGAGACAT;SOR=0.429;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=26;WE=1990833;WS=1990815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr19	1997363	rs1610045	A	G	6945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=107;PP=2965;SC=CGAGGAAGGCAGCGGGTTCCA;SOR=1.058;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=151;TCR=107;TR=258;WE=1997371;WS=1997353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr19	2015540	.	GGGCGGCGGCGGC	G	145.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	2041032	rs2287003	T	C	5561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=68;PP=2965;SC=GTGCGGCTGGTACTCACCCCC;SOR=1.282;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=119;TCR=69;TR=187;WE=2041040;WS=2041022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	2042886	rs7253052	A	G	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=64;PP=1983;SC=AGGGCAGGGCAGGGCAGGACA;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=23;TCR=64;TR=87;WE=2042894;WS=2042876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	2043271	rs2302585	G	A	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=68;PP=2143;SC=CGGCCTAGGAGGGGCCCACCC;SOR=2.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=94;WE=2043279;WS=2043261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	2073466	rs758145	T	C	3851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=95;PP=2431;ReadPosRankSum=-1.236;SC=CAGCCACTCCTAAAAGGGGTG;SOR=0.614;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=585;TCF=305;TCR=280;TR=198;WE=2073474;WS=2073456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,214:0.35:610
chr19	2078409	rs2074893	A	G	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1451;ReadPosRankSum=0.351;SC=CCCGGGGGCAACTGCACGGCC;SOR=0.650;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=143;TCR=170;TR=105;WE=2078417;WS=2078399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,109:0.34:321
chr19	2078488	rs2074894	T	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.995;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,78:0.28:274
chr19	2098063	rs45506200	A	T	5264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=836;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.749;SC=ATCTTCCAGTACGAGACCATC;SOR=0.795;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=802;TCF=419;TCR=383;TR=278;WE=2098071;WS=2098053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:545,289:0.35:834
chr19	2099109	rs2240649	G	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.18;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr19	2099109	.	GCT	TCG	2072	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=19;NR=26;PP=2072;QD=47.2326194414;SC=TGCACACCCTGCTGACATCCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=45;WE=2099119;WS=2099099;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr19	2099111	rs12984606	T	G	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.77;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr19	2099362	rs1051767	C	T	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=62;PP=1559;ReadPosRankSum=2.191;SC=TGGGCCTGCCCCAGGGCAACG;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=169;TCF=66;TCR=103;TR=103;WE=2099370;WS=2099352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,107:0.60:177
chr19	2109019	rs2072306	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=2.527;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,31:0.24:128
chr19	2109071	rs56150334	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,56:0.26:219
chr19	2109157	rs25673	T	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=824;ReadPosRankSum=1.606;SC=TCGACTTTGATTGAGCTCATG;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=88;TCR=107;TR=57;WE=2109178;WS=2109147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,63:0.30:207
chr19	2109812	rs79162849	G	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=1.661;SC=ACAGGTGTCTGCAAGGTAGAG;SOR=1.051;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=10;WE=2109820;WS=2109802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr19	2109988	rs77265501	A	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=566;ReadPosRankSum=0.914;SC=TGCAGTTGAGAGGGGAGTCGG;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=48;WE=2109996;WS=2109978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,48:0.35:136
chr19	2110019	rs2074958	T	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.431;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=562;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GGGCTCAGGGTTCCCCAGGCA;SOR=0.553;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=45;WE=2110027;WS=2110009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,49:0.37:131
chr19	2110108	rs113684349	T	C	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=772;ReadPosRankSum=-2.312;SC=GAGTCGGCTCTTCAACGCCAA;SOR=0.679;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=58;WE=2110116;WS=2110098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,65:0.34:189
chr19	2110746	rs20567	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.785;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=510;ReadPosRankSum=1.820;SC=CATCGTGGACGGAGGAGCCCT;SOR=0.299;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=34;WE=2110754;WS=2110736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,37:0.32:117
chr19	2111382	rs17604954	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=-0.500;SC=CTCCGTCTCAGCGAAGACTCC;SOR=0.828;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=17;WE=2111390;WS=2111372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr19	2111397	rs75865123	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=94;ReadPosRankSum=0.214;SC=GACTCCAGTATGGCCCAATAC;SOR=1.130;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=12;WE=2111405;WS=2111387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr19	2111649	rs2074959	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=577;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AACCCCGGCGTGGGGCGGGGG;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=12;WE=2111669;WS=2111639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
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chr19	2114175	rs55698722	T	C	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=47;PP=1704;ReadPosRankSum=0.051;SC=TCTCTTTGTGTTTTTTCTCTT;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=345;TCF=218;TCR=127;TR=125;WE=2114183;WS=2114165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,134:0.36:368
chr19	2115439	rs2066764	C	G	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.991;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=1532;ReadPosRankSum=1.467;SC=CAGCGGGCAGCCACTCAGCAC;SOR=0.841;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=295;TCF=160;TCR=135;TR=108;WE=2115447;WS=2115429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,109:0.36:305
chr19	2115493	rs2066775	A	G	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=88;PP=2313;ReadPosRankSum=1.028;SC=AGCACCCCACAGCCCATGTGA;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=471;TCF=247;TCR=224;TR=188;WE=2115501;WS=2115483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,189:0.39:485
chr19	2116400	rs9676693	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.435;SC=ACTGAGCTTTCACTAACAGGG;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=79;TCR=114;TR=83;WE=2116408;WS=2116390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,86:0.43:201
chr19	2116466	rs734727	G	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=507;ReadPosRankSum=0.332;SC=AATCGCTAACGCTCTGGGAGG;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=28;WE=2116474;WS=2116456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr19	2116649	rs2074960	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.288;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=695;ReadPosRankSum=-0.902;SC=GGTGCTTGGGACGCCGCTGCT;SOR=0.318;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=47;WE=2116657;WS=2116639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr19	2116760	rs78648742	A	G	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.24;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,63:0.48:130
chr19	2116764	rs114460651	C	T	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.12;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr19	2117075	rs75223679	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=174;ReadPosRankSum=2.025;SC=TGGTGAGTCCGTGTGAGGGAT;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=15;WE=2117083;WS=2117065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr19	2118692	rs34569645	C	T	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=758;ReadPosRankSum=1.074;SC=TCTGCCTCCCCGGCCTGCTCC;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=125;TCR=88;TR=73;WE=2118700;WS=2118682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,80:0.35:228
chr19	2121316	rs11667435	C	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.341;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=949;ReadPosRankSum=0.155;SC=GACACCTGGGCAAAAGTGTAC;SOR=1.088;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=210;TCF=70;TCR=140;TR=72;WE=2121324;WS=2121306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,77:0.35:223
chr19	2123328	rs76578931	A	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,29:0.25:115
chr19	2123516	rs2072304	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.693;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=327;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CGTCAGCCCCACCCACCAATC;SOR=0.464;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=33;WE=2123524;WS=2123506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr19	2123712	rs2072305	G	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.547;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=212;ReadPosRankSum=-0.216;SC=CTCCCAAGCCGCAAGATGGCG;SOR=0.080;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=13;WE=2123720;WS=2123702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr19	2123928	rs75483641	C	T	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1119;ReadPosRankSum=1.353;SC=TGGCCAGCGCCGACACCAACT;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=308;TCF=136;TCR=172;TR=105;WE=2123936;WS=2123918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,110:0.34:322
chr19	2127272	rs4807203	A	G	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=951;ReadPosRankSum=1.406;SC=CAGTGCCGGCAGCTCAGCTGG;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=53;TCR=117;TR=66;WE=2127280;WS=2127262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,67:0.37:179
chr19	2129026	.	CG	AG	766	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=58.75;NF=9,8;NR=1,2;PP=757,766;QD=79.1771212547;SC=GGCCCGCCCCCGCCGCTCCGA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=10,10;WE=2129037;WS=2129011;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:45,10:0.18:55
chr19	2129026	.	CG	C	766	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=58.75;NF=9,8;NR=1,2;PP=757,766;QD=79.1771212547;SC=GGCCCGCCCCCGCCGCTCCGA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=10,10;WE=2129037;WS=2129011;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr19	2129473	rs758287	TC	CG	5040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=46;PP=2591;ReadPosRankSum=0.827;SC=AACAAGGGGTTCTCATCAGCA;SOR=0.895;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=98;WE=2129482;WS=2129463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,128:0.70:184
chr19	2137870	rs2240658	C	T	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.557;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1180;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TTTTGAGCCGCGGCATCAAGC;SOR=1.129;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=80;WE=2137878;WS=2137860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,82:0.64:128
chr19	2138654	rs25672	T	G	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.950;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=45;PP=1591;ReadPosRankSum=-1.445;SC=CCTTCACCGCTATGTTGTCCT;SOR=0.896;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=213;TCF=125;TCR=88;TR=112;WE=2138662;WS=2138644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,120:0.52:230
chr19	2138848	rs12980238	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=0.528;SC=ATCACGAGGTCGGGAGTTTGA;SOR=1.453;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=16;WE=2138856;WS=2138838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr19	2164351	rs12985346	T	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr19	2190947	rs35301355	TTGG	T	1525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=1;PP=1337;ReadPosRankSum=-0.683;SC=GTCCCGGGTCTTGGTGGTGGA;SOR=1.938;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=33;WE=2190957;WS=2190937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,39:0.61:64
chr19	2194657	rs4807212	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.028;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.003;NF=4;NR=9;PP=723;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TCCTTTCTTGCCGATGTTGGC;SOR=0.191;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=13;WE=2194668;WS=2194647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr19	2194660	rs11268058	A	ATGTTGGCACATGGC	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.396;NF=0;NR=3;PP=1123;ReadPosRankSum=-2.636;SC=TTTCTTGCCGATGTTGGCACA;SOR=0.116;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=3;WE=2194668;WS=2194647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr19	2208859	rs2301799	T	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=881;ReadPosRankSum=1.186;SC=GTTGCTGTTGTTACCTGGGTG;SOR=0.259;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=56;WE=2208867;WS=2208849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,62:0.64:97
chr19	2211050	rs2301800	C	T	3809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=48;PP=2691;ReadPosRankSum=0.746;SC=CTCTGCCCACCGCTCTCCCGA;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=259;TCF=172;TCR=87;TR=152;WE=2211058;WS=2211040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,159:0.59:271
chr19	2214057	rs2074552	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=452;ReadPosRankSum=-0.159;SC=GTCCTCTGTGCGGGTGGGAGG;SOR=0.927;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=22;WE=2214065;WS=2214047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr19	2220720	rs78566095	G	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=305;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GACACTGCAGGCCTGTCTGTT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=16;WE=2220728;WS=2220710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr19	2221792	rs12462556	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.147;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=160;ReadPosRankSum=1.096;SC=GCCCTGAGCCTTGAGCTTGCC;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=12;WE=2221800;WS=2221791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr19	2226676	rs3815308	G	A	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=52;PP=2116;ReadPosRankSum=-0.915;SC=GGGCAGCCGCGGCAAGGAGGC;SOR=0.566;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=222;TCF=140;TCR=82;TR=138;WE=2226684;WS=2226666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,140:0.61:228
chr19	2244849	rs45486197	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,30:0.28:107
chr19	2244903	rs6510652	T	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=924;SC=CCTGGGCGCTTGAGTACGGTT;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=2244911;WS=2244893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	2245622	rs45521740	G	A	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=603;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TTAGTCTCCAGTGCGGGAGGT;SOR=0.168;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=49;WE=2245630;WS=2245612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,56:0.59:95
chr19	2246652	rs2074861	G	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=811;SC=GGCCTCCCCCGGGGTCCCGCT;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=2246660;WS=2246642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	2249477	rs10407022	G	T	5051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=82;PP=2877;SC=CCTCCAGGCAGCCCACAAGAG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=176;WE=2249485;WS=2249467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	2250528	rs8112524	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=286;ReadPosRankSum=-1.976;SC=GGGGGGCATGGATTTGTTGCA;SOR=0.434;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=17;WE=2250536;WS=2250518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr19	2251512	rs7252789	T	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	2251817	rs10417628	T	C	10568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=215;PP=2965;SC=AAGATGCAGGTCCGTGGGGCC;SOR=1.441;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=129;TCR=215;TR=344;WE=2251825;WS=2251807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr19	2253590	rs3746158	C	T	5624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	2255336	rs886363	A	G	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=29;PP=832;SC=AGCAGGTCCCAGGCCAGGCTG;SOR=2.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=43;WE=2255344;WS=2255326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	2269829	rs4806836	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.411;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=509;ReadPosRankSum=-1.846;SC=CCAGATAGGTCCCCGGCGCGC;SOR=1.665;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=30;WE=2269837;WS=2269819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr19	2271282	rs2074457	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=4;PP=751;SC=GCGGGGTCTTTTGGCCGAGGC;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=2271290;WS=2271272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	2271323	rs2523175	A	G	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=28;PP=1733;SC=GGCCGCCCGGACGCCCTGGAG;SOR=1.489;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=90;WE=2271331;WS=2271313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	2271577	rs28384674	CT	C	3844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=55;PP=2919;SC=GCCACAGGTACTTTCTTGTGC;SOR=1.049;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=73;WE=2271585;WS=2271567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	2271741	rs2074458	G	A	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=1018;ReadPosRankSum=-1.550;SC=GTCCTGTGGGGTGAGTCAGGG;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=261;TCF=159;TCR=102;TR=86;WE=2271749;WS=2271731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,96:0.34:283
chr19	2278508	rs78048915	AT	GC	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.161;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=539;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GAAAGGCCAAATGAAACAAGC;SOR=1.508;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=17;WE=2278517;WS=2278498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr19	2278755	rs73518414	C	T	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=26;PP=955;ReadPosRankSum=-0.965;SC=ATAGATGGTACGGAGGCCCTG;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=65;WE=2278763;WS=2278745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,75:0.74:101
chr19	2280885	rs55662626	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr19	2290870	rs8111892	G	C	4477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.721;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=103;PP=2684;ReadPosRankSum=0.930;SC=GCAGGGCCCCGGCCAGGTGCA;SOR=0.543;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=290;TCF=129;TCR=161;TR=191;WE=2290878;WS=2290860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,203:0.68:300
chr19	2321854	rs886881	C	G	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.785;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=61;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.224;SC=GACTGAGGGACCTCCAGGAAG;SOR=0.957;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=169;TCF=81;TCR=88;TR=113;WE=2321862;WS=2321844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,118:0.66:179
chr19	2321939	rs77028998	G	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=541;ReadPosRankSum=0.062;SC=CCACGAGCACGCAGGGACCTC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=33;WE=2321947;WS=2321929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr19	2324060	rs2302057	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=247;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CCCTCGTCCCGCTGCCCCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=2324068;WS=2324050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
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chr19	2324384	rs10404826	A	G	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=45;PP=1304;SC=GCAGCAGACCACGTCTGCGGG;SOR=4.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=50;WE=2324392;WS=2324374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr19	2328281	rs11666344	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.99;SOR=5.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	2337377	rs3752204	C	G	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=42;PP=2267;SC=GGTGGGAGAACGGGCAGCTGG;SOR=1.323;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=119;WE=2337394;WS=2337367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	2339702	rs11883146	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=319;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CACTTCAGTCCCCCCCGGGTC;SOR=1.146;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=69;TCF=63;TCR=6;TR=21;WE=2339710;WS=2339701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr19	2339949	rs3746285	T	C	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=4.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,106:0.35:307
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chr19	2339975	rs117324377	C	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.427;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=48;PP=965;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GGTGCGCGGCCCCGGGCGGGT;SOR=1.092;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=210;TCF=74;TCR=136;TR=70;WE=2339983;WS=2339965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,72:0.34:212
chr19	2340050	rs1609753	C	T	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.223;NF=54;NR=60;PP=1696;ReadPosRankSum=1.626;SC=GCCTGGCCCCCGGCCTCACGG;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=114;WE=2340058;WS=2340040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,123:0.62:198
chr19	2340154	rs5826760	G	GC	4317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=55;PP=2515;SC=TGCGGCGGCTGCCTTCGGCAA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=58;WE=2340162;WS=2340144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	2341047	rs55818311	C	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=1.576;SC=CGGCGGGCAGCGGAGTCCTCG;SOR=0.644;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=292;TCF=153;TCR=139;TR=103;WE=2341082;WS=2341037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,104:0.35:299
chr19	2341059	rs11880345	G	A	3849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=-2.253;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,174:0.65:266
chr19	2341059	.	GT	AC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=79;NR=77;PP=2944;QD=20;SC=GAGTCCTCGGGTGCACCAGGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=260;TCF=128;TCR=132;TR=156;WE=2341082;WS=2341037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:104,156:0.60:260
chr19	2341060	rs7245824	T	C	10189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=126;PP=2962;SC=AGTCCTCGGGTGCACCAGGGC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=127;TCR=132;TR=249;WE=2341082;WS=2341037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr19	2343142	rs3746289	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=660;ReadPosRankSum=1.984;SC=TGTGTGGCTCGTGGGAGGCGG;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=36;WE=2343150;WS=2343132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr19	2344022	rs1128392	G	A	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TGTTCATCACGCCCTTCCTGA;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=85;WE=2344030;WS=2344012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,99:0.70:142
chr19	2344484	rs55704748	A	G	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.788;SC=CGGAGCGGATAGGGCTCGAGG;SOR=0.505;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=254;TCF=121;TCR=133;TR=87;WE=2344492;WS=2344474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,94:0.35:268
chr19	2353150	rs1128402	C	A	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=79;PP=1981;ReadPosRankSum=1.218;SC=CAGCTGAATCCGAGGGCCGGG;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=196;TCF=71;TCR=125;TR=121;WE=2353158;WS=2353140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,121:0.63:192
chr19	2363785	rs143993232	TGA	T	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr19	2363803	rs143124624	CGT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr19	2363813	.	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=1.085;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chr19	2382603	rs145510194	G	GACAC	11474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.152;NF=15;NR=128;PP=2971;ReadPosRankSum=1.240;SC=CACACACACAGACACATGCAC;SOR=0.657;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=250;TCF=29;TCR=221;TR=143;WE=2382611;WS=2382580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,295:0.70:422
chr19	2382678	rs148093377	TACAC	T	2181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=60;PP=2444;ReadPosRankSum=0.518;SC=CGTGCACACATACACACATGC;SOR=0.288;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=99;TCF=2;TCR=97;TR=61;WE=2382689;WS=2382668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,56:0.65:86
chr19	2389872	rs891174	G	C	2776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=72;PP=1795;ReadPosRankSum=-1.886;SC=CGAGCGGCCAGCATTGGCGTG;SOR=0.658;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=442;TCF=216;TCR=226;TR=147;WE=2389905;WS=2389862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,157:0.34:462
chr19	2389954	rs891175	G	A	3300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=10.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,91:0.41:221
chr19	2389958	rs891176	T	A	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=11.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,87:0.42:209
chr19	2396556	rs7252886	C	T	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=49;PP=1303;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CTACACAGGGCTTCCACGTGG;SOR=0.652;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=101;WE=2396564;WS=2396546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,108:0.61:177
chr19	2396611	rs17685098	C	T	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1267;ReadPosRankSum=0.510;SC=CAGCAGTTTGCGGCGGGAGAC;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=81;TCR=86;TR=101;WE=2396619;WS=2396601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,107:0.62:173
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chr19	2433890	rs11084940	A	G	7236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=1.794;SC=TGCTGACGCTACCCGAGGCCG;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=232;TR=306;WE=2433898;WS=2433880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,316:0.62:509
chr19	2524477	rs4807289	T	C	7051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=111;PP=2965;SC=CATGTATGTGTGTATGTGTAT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=138;TCR=112;TR=249;WE=2524485;WS=2524467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr19	2524659	rs4807290	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=40;PP=1403;SC=CGTGTGTGCGTCTGCATATGA;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=2524667;WS=2524649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	2524685	rs4807291	C	A	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=34;PP=1256;SC=TGCATAGGTGCATTTGCATAC;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=2524693;WS=2524675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	2524819	rs8111910	C	T	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	2524824	rs8101230	T	G	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	2524834	rs8111050	G	A	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	2524925	rs8112435	A	C	172.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	2538074	rs71337145	C	CAAACA	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=207;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GACTCTCTCTCAAACAAAACA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=2538082;WS=2538064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr19	2538668	rs16989558	A	G	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=50;PP=1155;ReadPosRankSum=-1.386;SC=TATTTTACTTACAAGGTTCAC;SOR=0.580;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=333;TCF=179;TCR=154;TR=101;WE=2538676;WS=2538658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,107:0.31:350
chr19	2538760	rs7250546	A	T	5222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=116;PP=2965;SC=AGATATATATATTTTTCTTTT;SOR=1.309;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=69;TCR=116;TR=185;WE=2538768;WS=2538750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	2557323	rs71929279	GCA	G	5043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=26;PP=2975;SC=ACACACATGTGCACACAGACA;SOR=2.404;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=82;WE=2557332;WS=2557313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	2557392	rs10421267	C	G	8254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=124;PP=2965;SC=CACGCAGGAGCGAGCGCCTCC;SOR=0.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=167;TCR=124;TR=290;WE=2557400;WS=2557382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr19	2576272	rs1029753	T	C	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=58;PP=1363;SC=CCCAGGGGACTGCAGCAAAAA;SOR=3.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=7;TCR=58;TR=65;WE=2576280;WS=2576262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	2643436	rs7247161	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQRankSum=2.689;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,39:0.33:119
chr19	2717880	rs7343093	A	G	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=866;ReadPosRankSum=-1.500;SC=GAGCCTGTGCAGAGAGGAGGG;SOR=0.541;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=53;WE=2717888;WS=2717870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,51:0.61:84
chr19	2732679	rs186074896	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=466;ReadPosRankSum=0.455;SC=ACGCGCGGCCGGGGGACGCGG;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=27;WE=2732687;WS=2732669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr19	2732986	rs759073	T	C	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=38;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.763;SC=TCATGGCGCTTACGGTGACCG;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=114;TCR=65;TR=106;WE=2732994;WS=2732976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,114:0.60:191
chr19	2733250	rs61736898	C	T	3683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=82;PP=2566;ReadPosRankSum=1.789;SC=CGTGGGGCTCCACGTACAGCG;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=227;TCF=106;TCR=121;TR=151;WE=2733258;WS=2733240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,157:0.67:234
chr19	2755339	rs2238614	G	A	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=69;PP=1991;ReadPosRankSum=-1.342;SC=CTCCTGAGCCGCGGAGGCGTG;SOR=0.618;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=115;TCR=112;TR=143;WE=2755347;WS=2755329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,156:0.64:245
chr19	2761334	rs3745813	C	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=261;ReadPosRankSum=0.556;SC=ACAGACAAGACCCATCTGGTT;SOR=1.127;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=13;WE=2761342;WS=2761327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr19	2761358	rs3745814	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=365;ReadPosRankSum=-1.454;SC=GAAGCCAGCAGTGCCAAGGCA;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=20;WE=2761366;WS=2761348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr19	2761603	rs3745815	C	T	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.946;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=66;PP=1665;ReadPosRankSum=0.202;SC=AAACAACGGCCCCCCACGGGG;SOR=0.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=81;TCR=91;TR=123;WE=2761611;WS=2761593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,129:0.72:179
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chr19	2762585	rs2302491	A	C	3427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=67;PP=1667;ReadPosRankSum=-1.036;SC=CCAGCTCCAGAGCCTTCTTGT;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=127;TCR=106;TR=147;WE=2762593;WS=2762575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,162:0.63:256
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chr19	2767192	rs1128925	G	T	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=47;PP=1421;SC=GGGTTCGCGCGGGGCTCCTCA;SOR=1.364;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=81;WE=2767200;WS=2767182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	2767718	rs150615462	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=559;ReadPosRankSum=1.190;SC=CCATTCATTGCACGCAGCCCC;SOR=1.371;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=41;WE=2767726;WS=2767708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr19	2790394	rs1736176	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=496;ReadPosRankSum=-0.655;SC=AGACCCGCCCGGCACTGGGTT;SOR=0.998;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=27;WE=2790402;WS=2790384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr19	2796021	rs1736180	G	A	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=49;PP=1789;ReadPosRankSum=1.195;SC=CTGCCAAACTGCTCTTTGGAG;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=114;TCR=73;TR=124;WE=2796029;WS=2796011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,136:0.66:205
chr19	2807375	rs1640274	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5082;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=161;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GGCCGCGGGCGGGCGAGCCCA;SOR=0.527;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=2807383;WS=2807374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr19	2810248	rs1736184	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=400;ReadPosRankSum=0.918;SC=CCAGGCCGGCGGGAACGGGCT;SOR=0.495;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=23;WE=2810256;WS=2810238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr19	2811788	rs2004186	T	C	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5061;FS=12.424;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.484;NF=3;NR=26;PP=481;ReadPosRankSum=0.069;SC=ACGCGGGGACTGGGGACAGGG;SOR=3.788;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=29;WE=2811796;WS=2811778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr19	2812153	rs941407	A	G	4512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.910;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=2.756;SC=CCTTCTCTGGAGAAGGCTTGG;SOR=0.468;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=316;TCF=177;TCR=139;TR=195;WE=2812161;WS=2812143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,201:0.61:327
chr19	2813000	rs1736185	A	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=627;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CTCCCTGGGAACCTGGAAGGG;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=29;WE=2813008;WS=2812990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr19	2819965	rs2741993	A	G	179.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=94;ReadPosRankSum=-0.282;SC=AGCGCCGAGGAGCCGAGCGGA;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=8;WE=2819973;WS=2819955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr19	2820105	rs2537856	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr19	2823257	rs6510702	CT	AC	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=1576;SC=TGAGGTACTCCTGCTGCTCCC;SOR=2.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=39;WE=2823277;WS=2823247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	2823269	rs6510704	G	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=835;SC=GCTGCTCCCAGGTGTAAAGAG;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=2823277;WS=2823247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	2833576	rs8107668	G	A	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=1;PP=990;SC=TTGAACATCAGTCCGCACAGG;SOR=5.784;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=36;WE=2833584;WS=2833566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	2833617	rs8107771	G	A	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=17;PP=1831;SC=CTTCTGTCCCGCTGGTTTTCA;SOR=2.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=82;WE=2833625;WS=2833607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	2834808	rs8102063	T	C	10050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TCATTGACTGTGGGAAAGCGT;SOR=0.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=177;TCR=197;TR=372;WE=2834816;WS=2834798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,385:1.00:386
chr19	2841360	rs1006717	G	A	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=40;PP=2321;ReadPosRankSum=1.018;SC=ACAGCGCCAGGGGACGGACTG;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=85;TCR=40;TR=124;WE=2841368;WS=2841350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr19	2841695	rs10412693	G	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=159;SC=GGCGCAGGACGGGAGCCTGGG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=2841703;WS=2841685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	2841718	rs11667713	C	T	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	2851678	rs11880407	A	T	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=90;PP=2689;ReadPosRankSum=1.165;SC=AGAACATAGTATTTCAGGAGA;SOR=0.829;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=43;TCR=91;TR=133;WE=2851686;WS=2851668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr19	2853566	rs10412087	A	G	10739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=219;PP=2965;SC=ATATGAGAAGACATACCGCAG;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=369;TCF=150;TCR=219;TR=368;WE=2853574;WS=2853556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr19	2867583	rs8104536	C	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=272;SC=CCTCCCCTGCCCCAGTCTTCA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=2867591;WS=2867573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	2873439	rs9304900	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=462;SC=AGTTCAGTTCCGCAGTGCTGT;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=2873447;WS=2873429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	2877365	rs10421121	C	T	5573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=2.201;SC=TCGTCATCTGCGCAAGAATTG;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=378;TCF=232;TCR=146;TR=237;WE=2877373;WS=2877353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,246:0.63:390
chr19	2878397	rs11084965	A	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.076;NF=6;NR=29;PP=660;ReadPosRankSum=1.967;SC=GGCCGGGCGCAGTGGCTCACG;SOR=1.008;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=35;WE=2878405;WS=2878387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr19	2896818	rs8100809	C	T	7637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.127;SC=CAAATGTCCTCGAAAAGATGA;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=153;TCR=116;TR=268;WE=2896826;WS=2896798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr19	2896948	rs8104326	T	C	6742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.78;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	2896953	rs8101379	A	G	6803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	2897133	rs8103080	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=155;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TTTTTCTCCCGTGTGCATTCT;SOR=0.127;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=11;WE=2897141;WS=2897123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr19	2900865	rs10420989	G	A	272.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=1;PP=193;SC=GGGGCTTAGAGATTGTCCAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=2900873;WS=2900862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	2900915	rs7255359	GA	AT	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=480;ReadPosRankSum=1.257;SC=CCGAGGGCGGGACGTTTCGTC;SOR=1.473;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=11;WE=2900938;WS=2900905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr19	2900930	rs12981209	C	T	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=11;PP=887;SC=TTCGTCCTCCCTGCCGCGCGT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=2900938;WS=2900905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	2901114	rs11279103	CGCCGAAGTCT	C	2877.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=36;PP=2967;SC=AACCAGAGTCCGCCGAAGTCT;SOR=1.646;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=37;WE=2901131;WS=2901104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	2915738	rs2043336	T	A	4991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=115;PP=2965;SC=GGGAAAGGACTAAGACAGACA;SOR=1.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=61;TCR=116;TR=176;WE=2915746;WS=2915728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	2916048	rs2043335	T	A	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=35;PP=2361;ReadPosRankSum=-0.923;SC=CTTATTCCTTTTGAGATTTGT;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=94;TCR=35;TR=128;WE=2916056;WS=2916038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr19	2916358	rs34115054	C	CA	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.452;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr19	2917186	rs2288959	T	C	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=103;PP=2965;SC=ACGGAAGAACTGACACTGAGG;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=201;WE=2917194;WS=2917176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	2917287	rs2288958	C	A	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=62;PP=1992;ReadPosRankSum=0.880;SC=GCAGAGAAAACCTACAAATGC;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=265;TCF=145;TCR=120;TR=140;WE=2917295;WS=2917277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,142:0.52:273
chr19	2917612	rs10410539	T	C	7034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=111;PP=2965;SC=GGATCCACACTGGGGACAAAC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=242;WE=2917620;WS=2917602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr19	2933480	rs3786948	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=2;PP=756;SC=CCACTGTATTCGTAGATTCAC;SOR=3.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=2933488;WS=2933479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	2934282	rs3746073	T	C	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=50;PP=1885;SC=CTCGAAAGTATGAGGGACAGC;SOR=0.909;Source=Platypus;TCR=50;WE=2934290;WS=2934272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	2936443	rs7251272	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=550;SC=CCCTGTGCCCAGCCGATACTT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=2936451;WS=2936433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	2936623	rs4807371	C	T	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=59;PP=2267;SC=ACTTTACAATCTCTTCATCAT;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=117;WE=2936631;WS=2936613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	2939267	.	CACCACCCTTACCCAAGGAGGCA	C	2371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.47;MQRankSum=2.544;QD=16.94;ReadPosRankSum=7.977;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
chr19	2939289	.	A	C	1236	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=65.9;NF=49;NR=15;PP=1236;QD=19.855800196;SC=CCAAGGAGGCAAGGTTCCTGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=125;TCR=37;TR=64;WE=2939297;WS=2939279;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:98,64:0.40:162
chr19	2939396	rs12609268	T	C	8231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,231:0.34:686
chr19	2939401	rs12610412	C	G	8384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=717;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:472,240:0.34:712
chr19	2978135	rs445657	G	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=-1.045;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,40:0.27:148
chr19	2980269	rs4807380	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.364;SC=GTGGTCTAGAGGCTGCTGGCC;SOR=0.846;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=4;WE=2980277;WS=2980259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr19	2981487	rs10407929	G	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=445;ReadPosRankSum=1.203;SC=ACTCTGGGGAGGGAGTCCTGA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=45;WE=2981495;WS=2981477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,46:0.36:129
chr19	2982047	rs10445609	G	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=698;ReadPosRankSum=0.271;SC=AATTTAAGGTGGGGGAGTAGG;SOR=0.340;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=36;WE=2982055;WS=2982037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr19	2982293	rs11673024	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.687;NF=12;NR=44;PP=851;ReadPosRankSum=0.385;SC=CCCAGCACTTTGGGAGGCCGA;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=56;WE=2982301;WS=2982283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,53:0.66:80
chr19	2989380	rs3746075	C	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=680;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TTGAGTCTGGCAGAGCCCAGA;SOR=0.518;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=34;WE=2989388;WS=2989370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr19	2989697	rs6510730	T	C	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=60.05;MQRankSum=0.720;NF=67;NR=60;PP=1486;ReadPosRankSum=1.021;SC=AGGCCCTGGATGCCAACCTGG;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=127;WE=2989705;WS=2989687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,133:0.67:200
chr19	2989801	rs143049112	G	GA	2664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.319;NF=7;NR=31;PP=2495;ReadPosRankSum=0.498;SC=TGGGGGGTGGGAAGGGGAAGC;SOR=0.636;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=66;TCF=9;TCR=57;TR=38;WE=2989818;WS=2989791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,68:0.64:106
chr19	2989810	rs504199	G	T	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.050;NF=18;NR=31;PP=2489;ReadPosRankSum=0.228;SC=GGAAGGGGAAGCATCCTGTGC;SOR=0.618;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=49;WE=2989818;WS=2989791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,66:0.65:101
chr19	2991814	rs428113	T	C	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=124;PP=2965;SC=CTTGACCTGATTGCCTCCCGA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=122;TCR=125;TR=246;WE=2991822;WS=2991796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	2993427	rs435806	T	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.605;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=733;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GCCCATTACCTAGATAATGAG;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=54;WE=2993435;WS=2993417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,55:0.32:172
chr19	2993946	rs35271493	G	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=15;PP=747;SC=AAAAAGGTGGGTGGGGAGGAT;SOR=0.798;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=34;WE=2993954;WS=2993936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	2994107	rs34438430	C	CT	570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=714;SC=CTGCGGTGGGCTGGGGGCAGG;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=2994115;WS=2994097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	2994814	rs439808	T	C	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=33;PP=1648;SC=TTTGAAGAGATGATGCTTCAT;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=91;WE=2994822;WS=2994804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	2994837	rs401886	A	G	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=44;PP=1842;SC=TTGAGCTGACAGGTGGAGACC;SOR=0.951;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=105;WE=2994845;WS=2994827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	2994885	rs11084986	G	T	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=854;ReadPosRankSum=-0.222;SC=ACTGCCCACTGCCCCCCCTCC;SOR=0.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=64;WE=2994893;WS=2994875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr19	2997790	rs14089	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=0.344;SC=ATGTCTGTCCTGGCTGCTGAT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=13;WE=2997798;WS=2997780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr19	3000822	.	C	CT	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;FR=0.5000;HP=17;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=16;MQ=52.61;NF=0;NR=4;PP=37;QD=10.0;SC=TGGCCTCTCCCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=4;WE=3000830;WS=3000812;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr19	3006236	rs3050847	A	AAT	1827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.723;NF=2;NR=34;PP=1671;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CAGATTGGCCAGAGCCCCACC;SOR=0.833;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=36;WE=3006244;WS=3006226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr19	3009788	rs216284	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=16;PP=535;SC=GCCTTTCATTTAGAGTTTCCA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=3009796;WS=3009778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	3013616	rs216271	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.44;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	3013616	.	GGGCCCCCG	AGGCCCCCA,AGGCCCCCG	417	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=17,24;NR=1,3;PP=417,73;QD=26.137104159;SC=GTCTGCTTCGGGGCCCCCGGG;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=18,27;WE=3013632;WS=3013606;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:27
chr19	3013624	rs3760963	G	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=0.928;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr19	3015545	rs12984941	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=264;ReadPosRankSum=-1.091;SC=TGGGAGGCTCCGGAGTGAGAG;SOR=0.076;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=16;WE=3015553;WS=3015541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr19	3015937	rs67167576	CTGTTT	C	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,20:0.21:94
chr19	3028871	rs2288950	G	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CCCGCAGTCCGCACTCACCGG;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=9;WE=3028879;WS=3028861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr19	3045589	rs56801494	C	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr19	3053802	rs425485	T	C	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=55;PP=2548;SC=CCAACCTCCCTGTCCCGGCCC;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=145;WE=3053810;WS=3053792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	3056213	rs3888377	G	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=0;PP=186;SC=GCCGAGGGCCGGCCGCTACCT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=3056221;WS=3056209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	3061344	rs62125457	G	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=613;SC=GCGCAGCTGCGGCGCCCCCCC;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=3061352;WS=3061334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	3062857	rs11539938	T	C	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=1873;ReadPosRankSum=-0.728;SC=TGCTGAGCCTTAGTTTCCTTT;SOR=0.652;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=220;TCF=113;TCR=107;TR=125;WE=3062865;WS=3062847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,133:0.57:234
chr19	3113305	rs1682811	G	C	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=11;PP=1461;SC=AGCTCTCGACGTCTCCCCTGC;SOR=2.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=60;WE=3113313;WS=3113295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	3115124	rs10407783	C	T	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=113;PP=2965;SC=CTCATTTGCCCGGTGTGCCGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=60;TCR=113;TR=173;WE=3115132;WS=3115114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	3119184	rs308046	T	G	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=49;PP=2524;SC=TCTGATTCCCTCTGCCTTCGC;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=121;WE=3119192;WS=3119174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	3119405	rs370286	T	G	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	3121299	rs201102241	A	AT	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.636;NF=0;NR=22;PP=289;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GCGGGAGGAGATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=22;WE=3121307;WS=3121289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr19	3136692	rs411210	T	C	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=244;ReadPosRankSum=-0.308;SC=AGGTCAGACATTGGCATCGTG;SOR=2.049;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=3136700;WS=3136682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr19	3148819	rs8113569	G	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CAGGGGCCCAGGGCAGGGTTC;SOR=2.799;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=16;WE=3148827;WS=3148809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr19	3148869	rs74675399	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=0.208;SC=CAGACTTCAGGGCAGGGCAGG;SOR=1.584;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=9;WE=3148877;WS=3148859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr19	3149990	rs170159	G	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=1;PP=830;SC=GTGCGGGGGGGTCGGGAGCTC;SOR=4.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=3149998;WS=3149986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	3150238	rs310680	A	G	7288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=145;PP=2965;SC=ATCCGGGCCTACTATGAGCGT;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=121;TCR=145;TR=266;WE=3150246;WS=3150228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	3162909	rs1637656	C	T	16089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=302;NR=262;PP=2965;SC=CCCGACGCCTCTTCAGCCACT;SOR=0.860;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=565;TCF=302;TCR=263;TR=564;WE=3162917;WS=3162899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,592:1.00:592
chr19	3186085	rs11551095	G	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.857;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=1.112;SC=CTTGTCTGCCGCTCGGCTTCA;SOR=0.603;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=29;WE=3186093;WS=3186075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr19	3207348	rs312069	G	C	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=59;PP=1597;ReadPosRankSum=-0.234;SC=TGTTACTGCCGCGCACCATCC;SOR=0.548;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=313;TCF=147;TCR=166;TR=114;WE=3207356;WS=3207338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,118:0.36:326
chr19	3224700	.	CCCG	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,4:0.13:30
chr19	3224896	rs17852497	G	C	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=88;PP=2235;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GCCAGATCCCGCGGCACCTGG;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=452;TCF=221;TCR=231;TR=168;WE=3224904;WS=3224886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,171:0.37:458
chr19	3284819	rs3746064	T	C	3549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=49;PP=2288;SC=TTTGTTGCTGTCCTTGCGGCT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=124;WE=3284827;WS=3284809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	3285012	rs59656659	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=31;PP=931;SC=CGCCCCCGCCTAGGGCCCCGC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=3285020;WS=3285002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	3285042	rs113646375	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=356;SC=CCGCCCCGGACGTGTCGTTCT;SOR=3.500;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=3285050;WS=3285032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	3293593	rs313784	A	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=44;PP=1327;SC=GTGATGCTTCAAGAGGCTACA;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=46;WE=3293601;WS=3293583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	3434224	rs2302219	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr19	3434413	rs2302220	C	G	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=2.313;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,98:0.30:327
chr19	3435254	rs2072349	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.226;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=228;ReadPosRankSum=0.134;SC=TGAGTCACCGTGGCGGGAACT;SOR=2.066;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=20;WE=3435262;WS=3435244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr19	3448869	rs4807473	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=442;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TAATGGGCTCACAGCCTCTCC;SOR=1.432;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=29;WE=3448877;WS=3448859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr19	3452683	rs8105687	A	G	4608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=1.332;SC=GGCGGGGCGCATTCGGGCCTC;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=78;TCR=203;TR=184;WE=3452691;WS=3452673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,194:0.67:291
chr19	3456656	rs76909566	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=0.996;SC=AGGCCGGCTGGTGGGGTGGGA;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=31;WE=3456664;WS=3456646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr19	3456738	rs2240665	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=200;ReadPosRankSum=0.106;SC=GCCACACCCCTGGCACAGGGG;SOR=0.264;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=15;WE=3456746;WS=3456728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr19	3462849	rs8047	C	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=729;ReadPosRankSum=1.290;SC=CCCACGTTTTCGGTGGAAAAT;SOR=0.559;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=25;TCR=83;TR=47;WE=3462857;WS=3462839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,47:0.44:108
chr19	3478646	rs10413312	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=131;ReadPosRankSum=1.510;SC=CTTGGGGAGACGGGCGGGTGC;SOR=0.141;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=10;WE=3478654;WS=3478636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr19	3480232	rs2240666	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.790;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=0.585;SC=GCCCAGCGAGAGGGAGGCCGG;SOR=0.227;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=14;WE=3480240;WS=3480222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr19	3480358	rs2074961	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-1.386;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,29:0.20:145
chr19	3492433	rs200085356	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=307;ReadPosRankSum=1.080;SC=TCCCGCCGCCGGCTCCCCGCC;SOR=1.401;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=23;WE=3492441;WS=3492423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr19	3527110	rs10420193	G	T	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=60;PP=1311;ReadPosRankSum=-0.617;SC=TCTCCCGTCAGCAGCAAGAGG;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=278;TCF=102;TCR=176;TR=96;WE=3527118;WS=3527100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,95:0.35:275
chr19	3534655	rs740685	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=776;ReadPosRankSum=1.905;SC=GTCATGTGTCGGGGCAGTGTG;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=39;WE=3534663;WS=3534645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr19	3534696	rs740686	C	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.217;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=18;PP=929;ReadPosRankSum=-3.280;SC=CACCTCCCAGCCCCTCAGGAC;SOR=0.928;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=155;TCF=108;TCR=47;TR=63;WE=3534704;WS=3534686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,64:0.41:158
chr19	3538646	rs114420443	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr19	3538647	rs113259909	C	CGTGGGTGCGTG	682.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,14:0.20:71
chr19	3538654	rs1128872	G	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.924;QD=6.24;ReadPosRankSum=1.103;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,20:0.22:92
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chr19	3544120	rs11667842	G	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=365;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CTCGCTGGCCGCCCACAACCA;SOR=0.718;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=7;TCR=57;TR=21;WE=3544128;WS=3544110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
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chr19	3595923	rs1131882	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=544;ReadPosRankSum=0.383;SC=CTGTCTGGGCGATGAAGACCT;SOR=0.684;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=33;WE=3595931;WS=3595913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
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chr19	3633192	rs542462	A	G	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=3.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,135:0.60:226
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chr19	3653525	rs2074957	C	T	4018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=99;PP=2579;ReadPosRankSum=1.318;SC=TCTTGCCCCCCGACTGCACGC;SOR=0.575;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=265;TCF=111;TCR=154;TR=174;WE=3653533;WS=3653515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,179:0.66:272
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chr19	3667461	rs7257360	T	C	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=46;PP=1139;SC=TGTGTAACTCTGCGTGGGGCT;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=3667469;WS=3667451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	3721770	rs630335	G	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr19	3729989	rs116985866	C	T	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.177;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=20;PP=775;ReadPosRankSum=0.579;SC=GTCTCCCCTGCAAAGCCTCCT;SOR=0.381;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=171;TCF=130;TCR=41;TR=65;WE=3729997;WS=3729979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,68:0.37:182
chr19	3730041	rs7258176	C	T	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=74;PP=1864;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GCGACCACATCGTCATGGTGA;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=455;TCF=264;TCR=191;TR=171;WE=3730049;WS=3730031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,175:0.37:475
chr19	3730754	rs117091984	C	T	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=625;ReadPosRankSum=0.407;SC=CACAGGGCACCGTGGTCGGAT;SOR=0.428;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=143;TCF=55;TCR=88;TR=54;WE=3730762;WS=3730744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr19	3731985	rs1879040	G	A	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=1328;ReadPosRankSum=2.004;SC=TTACAGATTCGGGCCTGGCTG;SOR=0.660;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=292;TCF=125;TCR=167;TR=101;WE=3731993;WS=3731975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,104:0.33:311
chr19	3733831	rs34564453	G	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1139;ReadPosRankSum=0.748;SC=AGCTAAGCCTGCTGGTGCTGA;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=232;TCF=112;TCR=120;TR=97;WE=3733839;WS=3733821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,102:0.41:247
chr19	3733925	rs117778290	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=333;ReadPosRankSum=1.522;SC=GGACCTAGAGGTTAGGACCTG;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=21;WE=3733933;WS=3733915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr19	3734175	rs3746122	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=340;ReadPosRankSum=1.070;SC=GTGAGCCACCGTGCCCAGCTC;SOR=1.246;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=20;WE=3734183;WS=3734165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr19	3738649	rs599587	A	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
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chr19	3740658	rs10416362	T	G	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.96;NF=64;NR=45;PP=1908;SC=TGCGGGGTCTTCGTCGAGGAG;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=3740666;WS=3740648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
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chr19	3752515	rs61735536	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=436;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CGCGGACAGCGGCCTGGCACG;SOR=0.136;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=32;WE=3752523;WS=3752505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr19	3752874	rs8102086	A	G	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=73;PP=2293;ReadPosRankSum=-1.575;SC=TGGAGGTGGCAGGCGCCTGGG;SOR=0.667;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=122;TCR=110;TR=157;WE=3752882;WS=3752864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,161:0.67:239
chr19	3753656	rs12609548	T	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.460;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=19;PP=1157;ReadPosRankSum=1.269;SC=AAAAAGAATTTAAAAATAAGC;SOR=1.314;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=67;WE=3753664;WS=3753646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr19	3762698	rs13960	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=516;ReadPosRankSum=0.056;SC=CGCAATACGTCATGGCGACCA;SOR=1.569;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=31;WE=3762706;WS=3762688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr19	3762926	rs7245624	G	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=625;ReadPosRankSum=2.166;SC=CAAGCGCAGAGAGGCGGATGC;SOR=0.395;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=42;WE=3762934;WS=3762916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr19	3770965	rs79588413	G	A	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,76:0.68:112
chr19	3772028	.	C	CG	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr19	3779934	rs12610723	A	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=17;PP=538;SC=TGAAACACAGACCCCATGCTC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=3779942;WS=3779924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	3781791	rs72990578	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.260;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=640;ReadPosRankSum=0.745;SC=ATACACATTTGAGTGGCTGCT;SOR=0.139;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=32;WE=3781799;WS=3781781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr19	3784757	rs2074976	T	G	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=111;NR=88;PP=2965;SC=CAGGAAGGGGTCTCAGGGTGT;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=112;TCR=88;TR=199;WE=3784765;WS=3784747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	3785223	rs4807509	T	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=58;PP=1703;SC=CACAGGCCAGTCGGCTGGCAC;SOR=3.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=68;WE=3785231;WS=3785213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	3789138	rs74479793	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GGGCTGGGGACGCTGCAGCTG;SOR=0.188;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=5;WE=3789146;WS=3789128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr19	3811457	rs10413220	G	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr19	3819275	rs2301840	A	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.449;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.837;NF=3;NR=14;PP=211;ReadPosRankSum=-1.054;SC=GTCTGTGGGGACCCTTGGGGA;SOR=0.172;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=17;WE=3819283;WS=3819265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr19	3820191	rs2301843	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=498;ReadPosRankSum=2.162;SC=TGGAGTGGGGCGCTGGCGGGT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=39;WE=3820199;WS=3820181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,42:0.41:102
chr19	3820293	rs2301844	A	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=1072;ReadPosRankSum=-1.197;SC=AGCCGCCTGCAGGACCGAGAC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=31;WE=3820313;WS=3820270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr19	3820305	rs2301845	T	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=1072;ReadPosRankSum=-1.175;SC=GACCGAGACGTGACAGAGCAT;SOR=0.754;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=35;WE=3820313;WS=3820270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,40:0.31:128
chr19	3820389	rs2301846	A	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=422;ReadPosRankSum=-0.254;SC=GCAAGGAAGGAAGGGCCAAAG;SOR=0.838;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=24;WE=3820397;WS=3820379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr19	3820441	rs2301847	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=0.624;SC=TGCCTGCTGTATGCACAGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=11;WE=3820449;WS=3820431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr19	3822008	rs28510805	C	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=182;ReadPosRankSum=-0.953;SC=GGCCCGACCACAGGCCTCCCA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=10;WE=3822016;WS=3821998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr19	3823192	rs34503630	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=571;ReadPosRankSum=1.891;SC=GCCTGATCCATGGGAAGGTCC;SOR=0.500;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=183;TCF=118;TCR=65;TR=59;WE=3823200;WS=3823182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,61:0.33:186
chr19	3823237	rs2240231	G	A	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=48;PP=1255;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TGACAGCCTCGACTTACCTCC;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=354;TCF=206;TCR=148;TR=111;WE=3823245;WS=3823224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,113:0.31:363
chr19	3831198	rs12461577	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=308;ReadPosRankSum=-0.503;SC=ACCTTCTTTCAGCAGGCAGCG;SOR=0.741;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=24;WE=3831206;WS=3831188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr19	3831449	rs2240232	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=427;ReadPosRankSum=-0.930;SC=CGCGGGCGGCGGGGGCAGCTG;SOR=0.631;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=30;WE=3831457;WS=3831439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
chr19	3831525	rs2240233	C	A	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,92:0.37:249
chr19	3831765	rs2240235	G	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=164;ReadPosRankSum=-0.604;SC=GGTGTATCCCGAGGACAAGGT;SOR=0.373;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=19;WE=3831773;WS=3831755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr19	3833572	rs56713158	TA	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.111;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr19	3902722	rs2060247	C	G	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=39;PP=1079;SC=TGATGGCGCTCTCATGAAGCC;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=49;WE=3902730;WS=3902712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	3908201	rs3810373	T	C	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=28;PP=1698;SC=TGGTGGGTGGTGCGCGGGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=90;WE=3908209;WS=3908191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	3910933	rs4807527	G	A	7639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=164;PP=2965;SC=CTCAGTGTGCGTGTGTGCGTG;SOR=1.491;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=257;TCF=93;TCR=164;TR=257;WE=3910941;WS=3910923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	3911012	rs4807528	T	A	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=51;PP=1550;SC=TGTGTGTGCATCCATGTGTGT;SOR=5.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=53;WE=3911020;WS=3910987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	3918721	rs11667520	A	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=15;PP=1339;SC=CAGGAAAACCAGAGAGGCCAG;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=58;TCR=15;TR=73;WE=3918729;WS=3918711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	3920616	rs8108660	T	C	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	3938782	rs12459191	C	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.709;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=58;PP=1480;ReadPosRankSum=0.774;SC=GCTCTGGCCCCAGGCATGGCC;SOR=1.094;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=140;TCF=51;TCR=89;TR=93;WE=3938790;WS=3938772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,91:0.71:129
chr19	3958324	rs3745980	C	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=415;ReadPosRankSum=-0.450;SC=CCCGGTTTGTCCCCTCCTTCC;SOR=0.871;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=24;WE=3958332;WS=3958314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr19	3958397	rs7255123	A	G	6171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=140;NR=91;PP=2965;SC=GCATATCCCCAGTGGCCAAGG;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=140;TCR=91;TR=231;WE=3958405;WS=3958387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr19	3963724	rs2278437	G	A	4244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=113;PP=2839;ReadPosRankSum=0.900;SC=ACCCTCCCAGGACCGTGGCGT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=110;TCR=161;TR=188;WE=3963732;WS=3963714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,190:0.68:278
chr19	3963744	rs34381972	C	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,48:0.28:170
chr19	3964106	rs2278438	C	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=377;ReadPosRankSum=-0.704;SC=AGACCTCCCGCAAAGCCGGGC;SOR=0.573;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=20;WE=3964114;WS=3964096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr19	3964448	rs111417247	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr19	3964458	rs368569460	CG	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=352;ReadPosRankSum=-0.897;SC=TCACGCTCCCCGCAACCTCAC;SOR=0.074;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=6;WE=3964466;WS=3964438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr19	3969505	rs2304194	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=1.812;SC=ATTCACAGCCGGGGCTGTCTG;SOR=0.990;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=17;WE=3969513;WS=3969495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr19	3977486	rs36527	A	G	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.602;SC=GCACACTGGCATAGAGGCAGC;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=96;WE=3977494;WS=3977476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,107:0.69:154
chr19	3979408	rs36526	A	G	3565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=71;PP=2339;ReadPosRankSum=-0.351;SC=CCGCGATGATATGCTCTCCCG;SOR=0.550;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=320;TCF=182;TCR=138;TR=158;WE=3979416;WS=3979398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,167:0.49:342
chr19	3980824	rs36525	A	G	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.055;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1570;ReadPosRankSum=-1.338;SC=GGGCCCGGCCACCGGGACCAC;SOR=0.454;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=102;WE=3980832;WS=3980814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,109:0.69:159
chr19	4013322	rs2289865	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=394;ReadPosRankSum=-0.936;SC=ATATGCTGGATGAGCTGCTGA;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=45;TCR=95;TR=42;WE=4013330;WS=4013312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,44:0.31:144
chr19	4024020	rs2028827	G	A	12843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=280;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.040;SC=CCCTGACCCCGTGTTTGTCTT;SOR=0.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=484;TCF=281;TCR=203;TR=482;WE=4024028;WS=4024010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,487:1.00:488
chr19	4028067	rs4520954	C	T	6972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=87;PP=2965;SC=CGGTCTCCACCTTGTCGGGTG;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=155;TCR=88;TR=242;WE=4028075;WS=4028057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	4028290	rs72976957	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCTGCTAACAGCAGAGCCCAG;SOR=0.090;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=4028298;WS=4028280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
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chr19	4032949	rs895333	A	G	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=25;PP=2567;SC=CCAATCCCTCACGGCCCCGAG;SOR=2.851;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=105;TCR=25;TR=129;WE=4032957;WS=4032939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
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chr19	4033614	rs12460140	G	A	2987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=87;PP=2180;ReadPosRankSum=1.369;SC=GGCCGGAGCCGGACATCCGTG;SOR=0.927;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=189;TCF=55;TCR=134;TR=119;WE=4033622;WS=4033604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,123:0.62:197
chr19	4037322	rs75488612	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.550;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
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chr19	4037966	rs72976977	T	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.153;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=496;ReadPosRankSum=0.051;SC=TTTCTTTTTCTTTTTATTGTC;SOR=0.287;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=34;WE=4037974;WS=4037956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr19	4042077	rs4410205	C	A	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=30;PP=1249;SC=CTCTGAAGCACAGAGGTTAGG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=71;WE=4042085;WS=4042067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	4101062	rs10250	G	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=0.657;QD=11.60;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr19	4102449	rs17851657	G	A	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.662;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,151:0.42:360
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chr19	4153659	rs350879	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GAGCTTGCCCGGCCCCAGGTA;SOR=0.664;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=25;WE=4153667;WS=4153649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr19	4156866	rs112691598	AC	A	682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,21:0.24:87
chr19	4156869	rs63310862	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,24:0.26:91
chr19	4156881	rs350871	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=1617;ReadPosRankSum=-1.830;SC=TCTTGGAGAAGGGAAGGACAC;SOR=0.768;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=110;TCF=95;TCR=15;TR=33;WE=4156889;WS=4156856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,33:0.30:110
chr19	4159509	rs66603362	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCCTTCAACTCAGGCCTTGGG;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=7;WE=4159517;WS=4159499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr19	4169998	rs350852	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=1.807;SC=CTGACCTGCCGAGTAACCTTG;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=4170006;WS=4169992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	4170378	rs350851	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.934;NF=1;NR=16;PP=296;ReadPosRankSum=0.813;SC=AGGCCGAGGCGGGTGGATCAC;SOR=3.056;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=17;WE=4170386;WS=4170368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr19	4174950	rs350845	A	G	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=637;ReadPosRankSum=-2.447;SC=GGTCCTGCCGAGGGGCGGGAC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=54;WE=4174958;WS=4174940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,56:0.36:157
chr19	4177051	rs350844	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=277;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CAGAGCCCCCACCCCTGCACC;SOR=0.627;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=31;WE=4177059;WS=4177041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr19	4177331	rs350843	A	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=166;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GGGCAAGTGGACCAACCTCTC;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=10;WE=4177339;WS=4177321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	4180585	rs117385980	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-4.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=317;ReadPosRankSum=-0.690;SC=ACCATATTGGCCAGGCTGGTC;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=15;WE=4180593;WS=4180579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr19	4180690	rs7260071	T	G	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=72;PP=2965;SC=CAGATGGATGTGTTCTCATTC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=115;TCR=72;TR=187;WE=4180698;WS=4180680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	4180836	rs352493	C	T	7838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=137;NR=132;PP=2965;SC=GAACACCACACTGGAAGACTG;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=137;TCR=132;TR=269;WE=4180844;WS=4180826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	4186395	rs2159983	T	G	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1154;ReadPosRankSum=0.824;SC=AGGTGGCCTGTGGAGAGGAGA;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=70;WE=4186403;WS=4186385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,74:0.65:113
chr19	4202683	rs352513	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=451;SC=CCTCAAATTCTCAGCTGCTTC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=4202691;WS=4202673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	4215989	rs186947505	T	C	9451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=206;PP=2962;ReadPosRankSum=1.968;SC=AGCGGGAGAATACTAGCTATG;SOR=0.595;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=625;TCF=321;TCR=304;TR=410;WE=4215997;WS=4215979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,424:0.66:647
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chr19	4237067	rs4905	A	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=671;ReadPosRankSum=-1.004;SC=CCACTGCCACAATGAGCCTGG;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=41;WE=4237075;WS=4237057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr19	4250917	rs3803907	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.898;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=225;ReadPosRankSum=-1.957;SC=GGAGCTCCCCGTTGCTGGAGG;SOR=0.089;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=14;WE=4250925;WS=4250907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr19	4250991	rs3803908	A	G	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=980;ReadPosRankSum=1.220;SC=CAGCGTCCCAAGACAGCTCAC;SOR=0.417;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=65;WE=4250999;WS=4250981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr19	4251069	rs1045750	T	C	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=58;PP=1465;ReadPosRankSum=-1.987;SC=AGAAATTCAATGCTCGGAAGG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=111;TCR=93;TR=126;WE=4251077;WS=4251059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,134:0.61:220
chr19	4254211	rs10853970	T	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=-0.034;SC=ATCTCACCAGTCAAAGCAATA;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=4254219;WS=4254201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr19	4254308	rs11085067	T	C	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=765;ReadPosRankSum=-0.294;SC=AAGATTCTAGTGCCTGGGGAT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=54;WE=4254316;WS=4254298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,54:0.58:93
chr19	4254375	rs11085068	C	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=940;ReadPosRankSum=-0.704;SC=ACACAGACTACACCATGGAGC;SOR=0.746;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=76;WE=4254383;WS=4254365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,76:0.55:138
chr19	4268543	rs4807565	G	C	3222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=41;PP=2080;ReadPosRankSum=-0.217;SC=CCTGTCTGCTGTGGAGCTGAG;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=123;TCR=59;TR=126;WE=4268551;WS=4268533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,135:0.69:195
chr19	4280186	rs10419363	C	T	5823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=1.893;SC=ACCTGGACTTCGAGGACCCCT;SOR=0.689;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=378;TCF=193;TCR=185;TR=246;WE=4280194;WS=4280176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,263:0.65:404
chr19	4280207	rs56261530	G	C	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,120:0.32:374
chr19	4292597	rs888932	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=193;ReadPosRankSum=1.372;SC=TGGGATCTCTCACTCCTCTCC;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=20;WE=4292605;WS=4292587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr19	4292961	rs11287595	CT	C	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.188;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.540;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr19	4294551	rs62129297	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=228;ReadPosRankSum=-1.614;SC=TCCTCCGCCCTACCCTCCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=16;WE=4294559;WS=4294541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr19	4297855	rs112590213	TA	T	95.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr19	4297968	rs6510801	C	T	3959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=70;PP=2383;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TCCCTCTCCCCGCTGGCTCCC;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=259;TCF=149;TCR=110;TR=163;WE=4297976;WS=4297958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,174:0.63:278
chr19	4304666	.	C	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr19	4311942	rs34953789	C	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=738;ReadPosRankSum=-0.976;SC=TTGACCACTACGTGCTGGAGT;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=66;WE=4311950;WS=4311932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,74:0.39:192
chr19	4312103	rs3745989	C	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr19	4325115	rs2002349	G	A	382.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5077;FS=9.574;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.400;NF=10;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=1.437;SC=CAGCCTGGGCGACAGAGTGAG;SOR=1.770;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=15;WE=4325123;WS=4325105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr19	4325327	rs10411394	G	A	4022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=79;PP=2537;ReadPosRankSum=-1.103;SC=AAAGTGTAACGTGTCACATCA;SOR=0.428;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=279;TCF=160;TCR=119;TR=169;WE=4325335;WS=4325317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,179:0.62:290
chr19	4325433	rs1138253	G	A	3309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.326;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=80;PP=2103;ReadPosRankSum=-0.488;SC=CATCTCCAATGGGGGTCACGT;SOR=0.422;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=233;TCF=92;TCR=141;TR=139;WE=4325441;WS=4325423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,151:0.60:250
chr19	4328614	.	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr19	4328860	rs11882358	T	C	3939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,187:0.67:281
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chr19	4352763	rs11668153	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=210;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TGCTCCCTCCCTCCCTCTAGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=11;WE=4352771;WS=4352753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
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chr19	4363289	rs62129346	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-1.541;SC=CACCCCACAGCGAGGTGTGCT;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=4363297;WS=4363279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr19	4400314	rs62129356	C	T	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.798;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=50;PP=1760;ReadPosRankSum=1.454;SC=CCTGGGCCTGCGCTCACCTGG;SOR=0.503;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=181;TCF=110;TCR=71;TR=122;WE=4400322;WS=4400304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,126:0.68:186
chr19	4402659	rs200677191	G	GGCGGCAGCA	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=1809;SC=CGGCGGCCGCGGCGGCAGCAG;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=4402667;WS=4402649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	4402840	rs77734548	G	A	180.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.02;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr19	4406160	rs243342	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=1.315;SC=ACTTATGCACGATTGGTGTTT;SOR=1.501;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=15;WE=4406168;WS=4406150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr19	4408751	rs243347	A	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=556;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCA;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=4408759;WS=4408741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	4409756	rs2230636	A	G	3499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=102;PP=2622;ReadPosRankSum=0.388;SC=CCCTCCGCAGAGTGAGTATCT;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=205;TCF=47;TCR=158;TR=133;WE=4409764;WS=4409746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,136:0.65:209
chr19	4417845	rs34080966	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=145;ReadPosRankSum=0.525;SC=CCGTAGTCTCTCTTGTTATCT;SOR=0.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=11;WE=4417853;WS=4417835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr19	4423419	rs11668886	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=55;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.421;SC=AGAGCTTCCCCGTCCCAGCCC;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=70;TCR=110;TR=91;WE=4423427;WS=4423409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,98:0.51:193
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chr19	4442336	rs9352	C	T	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.776;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=58;PP=1543;ReadPosRankSum=-0.434;SC=CCGGATGCTGCGGGTGAGAAG;SOR=0.789;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=112;WE=4442344;WS=4442326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,123:0.62:200
chr19	4442529	rs243382	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=2.860;SC=ATGCCAGGCATCGTTCTGGCC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=14;WE=4442537;WS=4442519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr19	4442999	rs243383	T	G	5596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=137;NR=64;PP=2965;SC=CACCCTGACCTCGAGCCCACT;SOR=1.543;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=137;TCR=64;TR=201;WE=4443007;WS=4442989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	4446995	rs243389	C	T	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=42;PP=1005;ReadPosRankSum=0.181;SC=GTCCAGGGGCCCGGCTCTCGC;SOR=0.928;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=48;WE=4447003;WS=4446985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,50:0.63:79
chr19	4448480	rs62130982	G	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=582;ReadPosRankSum=-1.896;SC=CGCTGCCCAGGTAACAGGGGC;SOR=0.546;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=85;TCF=20;TCR=65;TR=38;WE=4448488;WS=4448470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr19	4453235	rs72990638	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GGCTCGTGTACCTGAGGCCCA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=4453243;WS=4453234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	4453324	rs376965	T	C	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.99;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	4453324	.	TG	CC,CG	818	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=34,69;NR=18,38;PP=818,704;QD=16.7589975935;SC=CCACAACCTGTGTCCACCTTG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=52,107;WE=4453333;WS=4453314;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.47:110
chr19	4453325	rs411833	G	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr19	4454000	rs11909	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=661;ReadPosRankSum=-0.502;SC=GGGCTAGGGCGGCAGCGGCTG;SOR=0.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=49;WE=4454008;WS=4453990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,54:0.38:142
chr19	4454083	rs1127888	C	T	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=849;ReadPosRankSum=2.821;SC=TCTTTGTGGGCCTTTTCCCTG;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=59;WE=4454091;WS=4454073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,65:0.60:109
chr19	4457496	rs10425328	CG	GC	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=2;PP=1273;SC=CTGACCCTCGCGTGCCGCTCC;SOR=4.615;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=49;TCR=2;TR=46;WE=4457505;WS=4457486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	4457518	rs56153949	C	G	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.876;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=10;PP=1064;ReadPosRankSum=0.429;SC=AGCCCCTCATCCTCTCCGATC;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=74;TCR=14;TR=59;WE=4457526;WS=4457508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,66:0.69:95
chr19	4472322	rs61606737	C	T	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.76;ReadPosRankSum=2.364;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,104:0.70:149
chr19	4472460	rs182316418	G	T	81.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr19	4472484	.	G	GAGGC	136	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5001;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=18;MQ=54.52;NF=3;NR=0;PP=136;QD=54.0;SC=CCCCGGGCCGGAGGCGGGCAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=4472492;WS=4472474;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,3:1.00:3
chr19	4472503	.	C	A	33	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=33;QD=16.9428031368;SC=ACTGGAGGGCCGGGGTTGTCC;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=4472511;WS=4472493;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr19	4475362	rs2288932	T	G	4136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=77;PP=2691;ReadPosRankSum=0.589;SC=AGTGTCCCCTTCTGGGGCTTG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=288;TCF=156;TCR=132;TR=173;WE=4475370;WS=4475352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,186:0.61:306
chr19	4475606	rs3816048	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.461;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,28:0.28:100
chr19	4488632	rs10422594	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=230;ReadPosRankSum=-0.816;SC=AATCCACCCACGACTGGTGGT;SOR=1.085;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=15;WE=4488640;WS=4488622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr19	4488926	rs10421685	G	A	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=68;PP=1744;SC=CTGATGTCTCGCCTGGCAGCT;SOR=1.702;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=121;TCF=33;TCR=88;TR=101;WE=4488934;WS=4488916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	4491476	rs11878416	G	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=592;SC=GAGCTCAGCTGTCGTGGGTGG;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=4491484;WS=4491466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	4493708	rs892161	A	G	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=20;PP=2000;SC=AGAAGGCGCCATCAGCCTCCG;SOR=2.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=91;TCR=20;TR=110;WE=4493716;WS=4493698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	4496198	rs2288930	A	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GTGGAGGGCGACAGAAAGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=51;WE=4496206;WS=4496188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr19	4498154	rs919798	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.835;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr19	4498157	rs919797	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr19	4498212	rs2288927	A	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=305;ReadPosRankSum=1.424;SC=CCCATGACAAATCCTCCAGAG;SOR=0.669;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=15;WE=4498220;WS=4498202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr19	4498245	rs2288926	A	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=10;PP=958;SC=CTGCCCTTGAACAGCTGGCCC;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=4498253;WS=4498235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	4498440	rs2288924	T	C	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=640;ReadPosRankSum=-0.217;SC=CTCCCTTAGATGTCTCGGGAA;SOR=0.327;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=53;WE=4498448;WS=4498430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
chr19	4498700	rs10406139	A	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=364;SC=TTCTGCAGATACAGCTCCCCT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=4498708;WS=4498697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	4499597	rs180870155	A	G	4578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.03;MQRankSum=-1.368;NF=88;NR=97;PP=2734;ReadPosRankSum=-0.727;SC=CAGAAAGTGAACAAGGCTGGG;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=282;TCF=127;TCR=155;TR=185;WE=4499605;WS=4499587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,206:0.65:315
chr19	4499632	rs72100503	AAGCTGGCCGGGGAGG	A	2488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.407;NF=1;NR=47;PP=2933;ReadPosRankSum=0.067;SC=GGCCGAGGAGAAGCTGGCCGG;SOR=2.200;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=110;TCF=4;TCR=106;TR=48;WE=4499654;WS=4499622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr19	4501117	rs75785925	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=446;ReadPosRankSum=-0.397;SC=CTCAGCTTGGCCCCTGGTCCA;SOR=0.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=41;WE=4501125;WS=4501107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,44:0.43:102
chr19	4502201	rs8887	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr19	4502282	rs13041	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=26;ReadPosRankSum=-1.373;SC=TGAGCTGGGGCGCAGGCGGCA;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=4;WE=4502295;WS=4502272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr19	4502287	rs7254167	G	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=433;SC=TGGGGCGCAGGCGGCAGTGTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=4502295;WS=4502272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	4504474	rs117659123	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=361;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CCTACAGCTACTGCCCGCCAG;SOR=0.777;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=25;WE=4504482;WS=4504464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr19	4508945	rs8105775	A	G	7263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=138;PP=2965;SC=CCTTTGGCCCAGGCTGGGAGG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=130;TCR=139;TR=267;WE=4508953;WS=4508935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	4509059	rs4991027	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=403;ReadPosRankSum=0.038;SC=CGGCGGTTCCCGCCTGTGATC;SOR=0.317;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=25;WE=4509067;WS=4509049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr19	4510389	rs8105610	C	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr19	4511140	rs7255715	C	G	6102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TCTGGACGGTCCCTTTGGCCA;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=457;TCF=205;TCR=252;TR=248;WE=4511148;WS=4511130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,264:0.55:481
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chr19	4511647	rs7256387	C	G	9095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=149;PP=2965;SC=CTTTGGCCAACTTCACAGCCC;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=91;TCR=149;TR=240;WE=4511655;WS=4511637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr19	4511725	rs73920825	T	C	1998.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.62;MQRankSum=-2.138;QD=41.64;ReadPosRankSum=0.940;SOR=4.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr19	4511725	.	TTGGATGGCCCCT	CTGGACGGCCCCC,CTGGACGGCCCCT	2934	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=26;MQ=52.78;NF=91,139;NR=47,117;PP=2934,2760;QD=20;SC=CCAGGCCCCCTTGGATGGCCC;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=353;TCF=186;TCR=167;TR=138,256;WE=4511754;WS=4511715;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.39:353
chr19	4511730	rs62115190	T	C	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=28.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.26;MQRankSum=-5.915;QD=34.19;ReadPosRankSum=3.053;SOR=7.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,40:0.87:46
chr19	4511830	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=17;MQ=58.58;NF=172;NR=207;PP=2962;QD=20;SC=TGGTCTGGACAGTCCCTTTGG;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=860;TCF=431;TCR=429;TR=379;WE=4511838;WS=4511820;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:481,379:0.44:860
chr19	4511920	rs28460600	T	C	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FS=12.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-19.730;QD=3.88;ReadPosRankSum=-5.567;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:655,136:0.17:791
chr19	4511927	rs10422025	G	A	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FS=20.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-22.558;QD=3.12;ReadPosRankSum=-5.396;SOR=2.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:682,101:0.13:783
chr19	4511929	rs10424401	A	G	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FS=21.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-23.238;QD=2.64;ReadPosRankSum=-5.730;SOR=2.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:684,94:0.12:778
chr19	4511935	rs113821070	T	C	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FS=30.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-25.083;QD=1.70;ReadPosRankSum=-6.122;SOR=3.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:706,74:0.09:780
chr19	4511955	rs7260518	T	C	22560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.319;NF=390;NR=385;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TTCACAGCACTGGTCACCCCA;SOR=0.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=780;TCF=392;TCR=388;TR=775;WE=4511963;WS=4511945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,800:1.00:803
chr19	4512669	rs55901236	T	C	11452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=189;PP=2965;SC=CTGCAGACGGTGTCCTTTGTA;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=399;TCF=210;TCR=189;TR=398;WE=4512677;WS=4512659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr19	4512748	rs112063407	T	C	8118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=1.831;NF=177;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=0.925;SC=TCGCTGCCCCTGTGAGCCCAG;SOR=0.695;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=571;TCF=286;TCR=285;TR=357;WE=4512756;WS=4512738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,362:0.63:579
chr19	4513143	rs4807595	CA	TG	4261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.329;NF=62;NR=37;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.884;SC=TTCATGGCACCAGTCACCCCA;SOR=0.764;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=191;TCF=122;TCR=69;TR=99;WE=4513152;WS=4513133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,108:0.61:178
chr19	4513559	rs4807597	A	G	7633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=139;PP=2965;SC=GCTGGACACCACCTCCTTGGT;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=126;TCR=139;TR=264;WE=4513567;WS=4513549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr19	4525046	rs1610090	A	G	4975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	4529622	rs56850019	T	TACAC	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.96;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	4550383	rs28667487	G	T	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=6;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.883;NF=14;NR=30;PP=2182;ReadPosRankSum=0.139;SC=CGACCCTCAGGTTTTTTGTTT;SOR=0.369;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=44;WE=4550394;WS=4550373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr19	4550386	rs138569803	T	TTTTG	1839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=5;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.809;NF=2;NR=24;PP=2190;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CCCTCAGGTTTTTTGTTTGTT;SOR=0.292;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=26;WE=4550394;WS=4550373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,48:0.67:72
chr19	4550698	rs2043328	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=448;SC=AACTGTATAACGGGTACAGCT;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=4550706;WS=4550688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	4554583	rs1610094	A	C	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=68;PP=2085;SC=AAGGGGGGACATAGGCTGGTT;SOR=2.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=22;TCR=68;TR=90;WE=4554591;WS=4554573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	4555310	rs10853973	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=8;PP=479;SC=AAGCCCCAAATCCCGCTGAGC;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=4555318;WS=4555300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	4556816	rs62115778	C	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=173;ReadPosRankSum=0.114;SC=CCAGGGCTGGCAGTTGGGCGG;SOR=0.197;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=4556824;WS=4556806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr19	4557056	rs10422881	A	C	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=87;PP=2965;SC=TGAGGGGGTAACGGGTCCCAG;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=174;WE=4557064;WS=4557046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	4557299	rs17434453	C	T	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=70;PP=2015;ReadPosRankSum=0.247;SC=TCCATCCTTCCCACTGCCAAT;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=95;TCR=103;TR=136;WE=4557307;WS=4557289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,141:0.69:205
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chr19	4558431	rs2304213	C	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=0.408;SC=GCAGAAGCAGCAGGGCCGGGC;SOR=0.521;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=16;WE=4558439;WS=4558421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr19	4769740	rs11878617	C	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=726;ReadPosRankSum=2.741;SC=GGCTCCGTTTCGTCTCCAGAA;SOR=0.507;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=220;TCF=92;TCR=128;TR=65;WE=4769748;WS=4769730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,70:0.30:233
chr19	4770870	rs34288325	CT	C	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=606;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AGTGGGGGGGCTGGCTCACTC;SOR=0.399;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=15;WE=4770878;WS=4770860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr19	4772202	rs3760955	A	C	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=42;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TCCACCTCCAACCAGAGCTCC;SOR=0.637;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=177;TCF=116;TCR=61;TR=118;WE=4772210;WS=4772192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,126:0.67:189
chr19	4772449	rs2885717	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=495;ReadPosRankSum=-1.390;SC=CTGCTGTGTCCCCAGCGCCTG;SOR=0.187;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=16;WE=4772471;WS=4772439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr19	4772463	rs3760951	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.403;HP=4;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=495;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GCGCCTGGTCCGGGGCCCGGC;SOR=0.035;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=12;WE=4772471;WS=4772439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr19	4816160	rs8120	A	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	4816719	rs2292151	G	A	4416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=71;PP=2936;ReadPosRankSum=0.381;SC=TCCGCTCACCGTCCAGGTGTT;SOR=0.824;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=341;TCF=209;TCR=132;TR=194;WE=4816727;WS=4816709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,200:0.57:353
chr19	4818378	rs7255265	T	C	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=68;PP=1377;ReadPosRankSum=-0.559;SC=GTGATGGGCCTGTGCAGGCCA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=77;TCR=109;TR=115;WE=4818386;WS=4818368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,122:0.63:195
chr19	4844633	rs17363814	C	T	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=578;ReadPosRankSum=0.144;SC=AGAGTGGCATCGGGACTCCAA;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=26;WE=4844641;WS=4844623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr19	4844665	rs36066928	TC	T	2064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=14;PP=1521;SC=CACCCCCCAGTCCCCTCATGG;SOR=1.888;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=41;WE=4844673;WS=4844655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	4847713	rs9973235	A	G	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=20;PP=1265;SC=CAGGCTTAGGACCTGCGACAG;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=4847721;WS=4847703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	4847874	rs9304915	A	G	6694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=116;PP=2965;SC=ACGCGACGTCAAAGCCATCCA;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=113;TCR=117;TR=229;WE=4847882;WS=4847864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	4852106	rs2271058	A	G	22137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=409;NR=396;PP=2965;SC=ACCCCACTCAACACCATCTGG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=806;TCF=409;TCR=397;TR=805;WE=4852114;WS=4852096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,812:1.00:812
chr19	4852137	rs1055919	C	T	3830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=117;PP=2538;ReadPosRankSum=2.316;SC=AGCCCATGACCGATTGGACGC;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=744;TCF=362;TCR=382;TR=226;WE=4852145;WS=4852112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:519,225:0.30:744
chr19	4859937	rs8289	T	C	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=42;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.964;SC=ACAGTCTTGATGTGCGGGTAG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=98;WE=4859945;WS=4859927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,105:0.70:149
chr19	4902950	rs2602717	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=-1.769;SC=CTCAGAGTTCCGGGAAGTGGG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=4902958;WS=4902940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr19	4929124	rs5826865	GC	G	2362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.971;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.544;NF=47;NR=20;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GATGCAGATTGCCCCCCCCCC;SOR=1.467;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=67;WE=4929132;WS=4929114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,91:0.94:97
chr19	4929413	rs2251520	T	C	8113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=175;PP=2965;SC=CCACCCACGGTGAGGCGGCCG;SOR=1.205;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=118;TCR=176;TR=293;WE=4929421;WS=4929403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr19	4929473	rs2123731	A	G	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=121;PP=2965;SC=ATGAGACGGAATTGGGGCTGT;SOR=1.408;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=73;TCR=121;TR=194;WE=4929481;WS=4929463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	4944555	rs2602730	G	A	11219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=1.676;SC=CCAGGGGTCAGGGTGGTTACC;SOR=0.471;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=399;TCF=159;TCR=240;TR=397;WE=4944563;WS=4944545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,414:1.00:415
chr19	4945914	rs2250982	A	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	4945974	rs2250978	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.96;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	4954455	rs17883331	G	A	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=36;PP=1384;SC=GGGGGGCTTCGCGTCCCCCAG;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=4954463;WS=4954445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	4954679	rs55946225	G	GC	3315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=11;PP=2936;SC=CCCGAGCAGGGCGGGTCCCCG;SOR=3.334;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=73;TCR=13;TR=79;WE=4954687;WS=4954669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	5041178	rs2240678	T	C	9841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=189;NR=165;PP=2965;SC=AGGACTTTGATGACCTTGAAC;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=354;TCF=189;TCR=165;TR=354;WE=5041186;WS=5041168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr19	5047442	rs141865002	T	TG	3700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=31;PP=2969;SC=TCGCAGGTTCTGGGGGTGGCC;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=80;WE=5047450;WS=5047432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	5047691	rs2620818	G	A	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=154;PP=2965;SC=GTGAGTGTCTGCACTGGCCCT;SOR=2.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=50;TCR=154;TR=204;WE=5047699;WS=5047681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	5111994	rs2613736	A	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=64;PP=1766;SC=GCCAGGCACGATCGCTCACAC;SOR=2.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=80;WE=5112002;WS=5111984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	5132051	rs2620839	G	A	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=57;PP=1607;SC=GGCTCTCATCGGCCCTGCTCC;SOR=3.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=67;WE=5132059;WS=5132041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	5135392	rs2620836	A	G	11606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=243;NR=178;PP=2965;SC=CTCCCTCGGAAAGGGCTGCCC;SOR=1.060;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=421;TCF=243;TCR=178;TR=421;WE=5135400;WS=5135382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr19	5206775	rs1143700	A	G	9868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=213;NR=133;PP=2965;SC=GCCTGGGGGGAACCATGGCTT;SOR=1.195;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=350;TCF=216;TCR=134;TR=346;WE=5206783;WS=5206755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr19	5208236	rs55727125	G	A	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=35;PP=1871;ReadPosRankSum=1.652;SC=TGGGACACTCGAGGGAGCTCA;SOR=0.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=108;TCR=51;TR=109;WE=5208244;WS=5208226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,114:0.68:167
chr19	5210622	rs2302224	G	A	7390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.374;SC=AGGAGATGGCGGCCGTGGTCA;SOR=0.896;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=387;TCF=238;TCR=149;TR=275;WE=5210630;WS=5210612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,291:0.73:400
chr19	5210762	rs1143699	G	A	25241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1029;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=303;NR=367;PP=2962;ReadPosRankSum=1.695;SC=TGCGCCAGAAGTCTTCCGTGG;SOR=0.887;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1003;TCF=466;TCR=537;TR=670;WE=5210770;WS=5210752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,687:0.67:1028
chr19	5210782	rs1143698	G	A	23443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=872;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=321;PP=2962;ReadPosRankSum=1.023;SC=GTCTCCGCCAGCGGCCCCTGT;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=854;TCF=381;TCR=473;TR=574;WE=5210790;WS=5210772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,584:0.67:872
chr19	5211568	rs55858361	G	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.688;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr19	5212380	rs1064300	C	T	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=59;PP=1756;ReadPosRankSum=0.901;SC=CGGCATCTGGCGGGTTGCAGG;SOR=0.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=125;WE=5212388;WS=5212370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,141:0.74:190
chr19	5214533	rs9304921	A	G	10002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=177;NR=153;PP=2965;SC=GGACAGGCTGACTGGCAGGGG;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=177;TCR=153;TR=330;WE=5214541;WS=5214523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr19	5214697	rs4807697	A	G	9825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=187;PP=2965;SC=GCGTTCTGACACCGGTAGCCG;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=159;TCR=188;TR=345;WE=5214705;WS=5214687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr19	5215472	rs10407635	C	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.203;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=1197;ReadPosRankSum=1.794;SC=GCCTGTGAGGCCGAGGTGATG;SOR=0.265;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=72;WE=5215480;WS=5215462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,74:0.68:109
chr19	5218836	rs73543273	G	A	3415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=53;PP=2169;ReadPosRankSum=-0.445;SC=ACACAGGTGAGAAGGGGGAAA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=117;TCR=73;TR=139;WE=5218844;WS=5218826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,148:0.73:204
chr19	5220900	rs10412973	T	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=4;PP=919;SC=TGATAGGGTCTGTGTTTCATA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=5220908;WS=5220890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	5222071	rs3746132	G	C	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=11;PP=1504;SC=TGAGCCTTAAGCCCTGCTGAA;SOR=2.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=5222079;WS=5222061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	5223313	rs150239914	G	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=0.781;SC=CCAGCACTGCGGGGATACGGG;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=20;WE=5223321;WS=5223303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr19	5239175	.	G	GGA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	5257341	rs112290142	G	A	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.312;SC=AACAAGCTTCGCTGGGTGCCG;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=279;TCF=137;TCR=142;TR=104;WE=5257349;WS=5257331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,105:0.36:292
chr19	5257367	rs74757134	G	A	3612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=87;PP=2401;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GCCCCAGCTCGGTGCAACTAC;SOR=0.961;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=248;TCF=112;TCR=136;TR=153;WE=5257375;WS=5257357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,163:0.63:259
chr19	5260878	rs36016542	T	C	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=3.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=4.257;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,64:0.28:225
chr19	5260879	rs10708972	GT	G	2106.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=3.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=4.245;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,64:0.29:224
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chr19	5263061	rs55840918	G	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
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chr19	5595354	rs10413286	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=7;PP=640;SC=GCCCACAGCCTCACCCAGCTC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=5595362;WS=5595344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	5600370	rs2285969	A	G	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=65;PP=1434;ReadPosRankSum=-0.620;SC=ACGTCCACACAAAACAAATCA;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=154;TCR=206;TR=114;WE=5600378;WS=5600360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,116:0.31:371
chr19	5653972	rs11085146	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=272;ReadPosRankSum=0.249;SC=GGCTGGTCTCGAACTCCCGGT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=14;WE=5653980;WS=5653971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr19	5661945	rs144191205	G	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.712;NF=0;NR=18;PP=339;ReadPosRankSum=-1.467;SC=GCGGAGGCTGGAGTGCAGTGA;SOR=1.519;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=18;WE=5661953;WS=5661935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr19	5663920	rs3745628	T	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,30:0.23:129
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chr19	5694630	rs2436514	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-1.308;SC=GGTGGGGTGACGGGCACAGAA;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=21;WE=5694638;WS=5694620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr19	5696146	rs3745624	G	A	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=48;PP=1098;ReadPosRankSum=0.402;SC=GCTCGGGGATGGTGTCCGTGA;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=180;TCR=155;TR=104;WE=5696154;WS=5696136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,113:0.32:352
chr19	5696245	rs4073993	A	G	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=876;ReadPosRankSum=0.304;SC=CCCAGGCCCCAGACAGGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=108;TCR=108;TR=69;WE=5696253;WS=5696235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,72:0.33:218
chr19	5707204	rs945828	T	C	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=116;PP=2965;SC=GGCATCTGTGTGTGTAGGGCC;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=102;TCR=116;TR=218;WE=5707212;WS=5707194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	5739320	.	CTT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.615;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr19	5746121	rs77656808	C	CA	1469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=31;PP=1472;SC=TGGCCTCCTCCAGAGGGGCCG;SOR=3.003;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=32;WE=5746129;WS=5746111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	5749070	rs58136456	C	T	9833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=159;PP=2965;SC=CAGAAATGACCAGCATTTCAA;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=187;TCR=159;TR=346;WE=5749078;WS=5749060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr19	5759231	rs11879365	T	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=41;PP=1290;SC=GAGAAGCAGGTCTGAGATCAG;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=5759239;WS=5759221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	5766090	rs2446200	T	C	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=50;PP=1985;SC=CCTGGGTCCATATTTCTGTCT;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=116;WE=5766098;WS=5766080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	5768331	rs10680062	T	TTTTA	835.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.693;NF=0;NR=20;PP=967;ReadPosRankSum=-0.226;SC=AAATTAGGAATTTTATTTATT;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=0;TCR=58;TR=20;WE=5768339;WS=5768321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
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chr19	5785449	rs12977803	C	T	4411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=91;PP=2524;ReadPosRankSum=2.099;SC=TCCAGGTAGTCGCGGCCCAGG;SOR=0.536;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=242;TCF=113;TCR=129;TR=176;WE=5785457;WS=5785439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,193:0.74:261
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chr19	5866654	rs778983	A	G	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.638;NF=43;NR=54;PP=1478;ReadPosRankSum=1.406;SC=TCTGGTACCTAGATTCCTGCT;SOR=0.917;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=97;WE=5866662;WS=5866644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,94:0.69:137
chr19	5866724	rs4807054	G	A	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.913;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.309;NF=9;NR=23;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.616;SC=AGGCCGCAGCGTCTCCCGCCA;SOR=2.476;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=32;WE=5866744;WS=5866714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr19	5866736	rs57100281	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.551;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.857;NF=6;NR=17;PP=1053;ReadPosRankSum=0.592;SC=CTCCCGCCAGTGAAAGTAGCT;SOR=2.613;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=23;WE=5866744;WS=5866714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr19	5867177	rs778970	G	A	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.078;NF=30;NR=33;PP=1261;ReadPosRankSum=0.547;SC=GCCGGACCACGGCTCCAGCCA;SOR=0.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=63;WE=5867185;WS=5867167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr19	5867748	rs778971	G	T	6740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.996;NF=101;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GGTCAGAGTAGCTGGGAAGAG;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=424;TCF=155;TCR=269;TR=280;WE=5867756;WS=5867738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,293:0.66:441
chr19	5892317	rs1626918	C	T	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=397;SC=CCTCAGCGCGCGCATCCGTGG;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=5892325;WS=5892307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	5892382	rs1678867	C	T	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=14;PP=950;SC=CCTGGAGGGCCGGGGAAGGGC;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=5892390;WS=5892372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	5892433	rs1627779	C	T	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1160;ReadPosRankSum=0.086;SC=GTCCCAGAAGCGGCCATGGTG;SOR=0.732;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=75;WE=5892441;WS=5892423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,80:0.73:109
chr19	5892486	rs1628564	C	T	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=43;PP=2502;SC=ACTAGTCTTTCCTCCTGTCCA;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=129;WE=5892494;WS=5892476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
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chr19	5892585	rs60236148	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.984;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=896;ReadPosRankSum=-0.257;SC=AGGATGCATGGGAAGGAAGGG;SOR=0.626;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=220;TCF=111;TCR=109;TR=71;WE=5892593;WS=5892575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,75:0.32:231
chr19	5892743	rs10432306	C	T	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1283;ReadPosRankSum=0.562;SC=CCCTGCCGGCCGCAGTAGAGA;SOR=0.452;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=88;WE=5892751;WS=5892733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,95:0.73:131
chr19	5892770	rs1631032	C	T	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=51;PP=2097;SC=CCGGTGCCCTCGAGTGGATGC;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=123;WE=5892778;WS=5892760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	5892954	rs1678868	T	C	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=53;PP=1863;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GAACCCAGAGTGTTTAACAAT;SOR=0.956;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=199;TCF=110;TCR=89;TR=129;WE=5892962;WS=5892944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,142:0.65:217
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chr19	5905141	rs10406399	G	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=24;PP=797;SC=GGTAGGCGGAGGCAGAGCCGA;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=46;WE=5905149;WS=5905131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	5908969	rs10404195	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,81:0.29:278
chr19	5918603	.	C	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=2.448;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,70:0.24:295
chr19	5928185	rs274793	T	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=46;PP=1124;SC=CACCAGATCATGTACTCCACA;SOR=3.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=54;WE=5928193;WS=5928175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	5994823	rs71942694	CGAG	C	1438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.609;NF=7;NR=10;PP=631;ReadPosRankSum=-0.607;SC=TTTGGAACCTCGAGGAGGCGC;SOR=0.502;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=17;WE=5994833;WS=5994813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,42:0.38:111
chr19	5995582	rs2302222	T	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=3.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=2.800;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,69:0.25:273
chr19	6002917	rs28421560	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.360;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=366;ReadPosRankSum=0.282;SC=AGGGGTTCGCAGGGAGAGCCT;SOR=1.130;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=27;WE=6002925;WS=6002907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr19	6026288	rs34910462	GA	G	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=1.458;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr19	6042059	rs2288846	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,50:0.26:190
chr19	6141471	rs10853992	C	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=12;PP=1273;SC=TTGGCCTCATCCCTACAGCCC;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=6141479;WS=6141461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	6141758	rs9304926	G	T	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=26;PP=805;SC=CCACCCTTTTGTTTTGAGACA;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=34;WE=6141766;WS=6141743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	6141809	rs9304927	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=326;SC=CAGTGGTGCAGTCATAGCTCA;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=6141817;WS=6141799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	6147743	rs9304929	G	C	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=95;PP=2924;SC=ATAGGTAACAGACATACATAC;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=21;TCR=95;TR=116;WE=6147751;WS=6147733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	6151549	rs10422296	T	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=4;PP=723;SC=CTCGAACTTCTGGCCTCAAGC;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=6151557;WS=6151539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	6151703	rs7252466	C	T	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=65;PP=2338;SC=TTTCTGTTTGCTTTTTCCTTC;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=133;WE=6151711;WS=6151688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	6156483	rs4807840	T	C	14631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=274;NR=241;PP=2965;SC=TCTGCCGAGGTTTGTCAATAT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=515;TCF=274;TCR=241;TR=515;WE=6156491;WS=6156473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr19	6187475	rs76846243	G	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=604;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CTCTGCAGCCGGTCTTGGGTT;SOR=0.880;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=44;WE=6187483;WS=6187465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,48:0.36:133
chr19	6190809	rs72157010	CAT	C	281.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.31;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	6230771	rs2233185	T	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=3.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-2.747;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,43:0.28:156
chr19	6262355	rs2227261	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,117:0.26:445
chr19	6306971	rs4807863	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=22;PP=724;SC=ACTTCTCATGGCTCTTGACCA;SOR=1.675;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=33;WE=6306979;WS=6306961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	6333290	rs2335192	T	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=2;PP=1691;SC=ACCACAGAGCTTGGCATCAAG;SOR=6.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=60;TCR=2;TR=62;WE=6333298;WS=6333280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	6333476	rs16993553	G	A	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=96;PP=2115;ReadPosRankSum=1.441;SC=TCACCGTGTTGTAGAACTCGG;SOR=0.622;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=596;TCF=288;TCR=308;TR=192;WE=6333484;WS=6333466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:420,198:0.32:618
chr19	6361845	rs57445020	G	GC	9073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.228;NF=36;NR=123;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.658;SC=TCGGCTGGCTGCCCCGGCCCC;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=43;TCR=139;TR=159;WE=6361853;WS=6361835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,354:0.99:356
chr19	6415443	rs1616305	T	C	14470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=260;NR=286;PP=2965;SC=GCTGTGGGGGTGCTCCGGGCT;SOR=0.815;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=546;TCF=260;TCR=286;TR=546;WE=6415451;WS=6415433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr19	6415795	rs8103311	T	C	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=1040;ReadPosRankSum=0.511;SC=GGGCCTGCCCTCCGCCAGGTG;SOR=0.530;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=71;WE=6415803;WS=6415785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr19	6416443	rs146253337	G	GT	6950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.226;NF=43;NR=70;PP=2933;ReadPosRankSum=-1.339;SC=AGTAACCAAGGTAAGTGGGCT;SOR=0.737;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=163;TCF=57;TCR=106;TR=113;WE=6416451;WS=6416433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,214:0.76:281
chr19	6417855	rs2258496	G	A	5838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=1.709;SC=ACTGGCACCTGGGGAGGGAGG;SOR=0.937;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=327;TCF=197;TCR=130;TR=240;WE=6417863;WS=6417845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,253:0.74:343
chr19	6419275	rs2305059	A	G	3766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.231;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=72;PP=2430;ReadPosRankSum=-0.985;SC=CCGCTGTCTGAAAAGAGGAGA;SOR=0.483;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=143;WE=6419283;WS=6419265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,159:0.71:223
chr19	6426271	rs66673060	CCAGCCT	C	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.86;MQRankSum=1.773;QD=22.16;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr19	6436304	rs2860182	TC	CT	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=1413;ReadPosRankSum=-1.559;SC=TCCAGTTGTTTCGGTGGAGGG;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=29;WE=6436313;WS=6436294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr19	6443675	rs348341	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=443;ReadPosRankSum=-1.917;SC=CATCTCCAGTGAAAATCACAA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=66;TCR=78;TR=43;WE=6443683;WS=6443665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,51:0.32:160
chr19	6452305	rs173229	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=579;ReadPosRankSum=0.171;SC=GGGAAAGAGGAACGCGCTGCC;SOR=0.528;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=49;WE=6452313;WS=6452295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,46:0.29:160
chr19	6466368	.	ATG	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.824;SOR=1.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,5:0.12:41
chr19	6468907	rs35001260	G	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=1091;ReadPosRankSum=1.901;SC=CGGTCTGAGCGGCTGGGGAGG;SOR=0.539;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=73;TCR=38;TR=70;WE=6468915;WS=6468897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,81:0.65:125
chr19	6469042	rs150679157	CT	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr19	6471170	rs11882213	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=299;ReadPosRankSum=2.395;SC=TTGCCCTAACCGGTCTCAAAC;SOR=0.858;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=24;WE=6471178;WS=6471160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
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chr19	6477324	rs348399	G	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-2.216;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,45:0.27:167
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chr19	6495079	rs449824	G	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=394;ReadPosRankSum=0.015;SC=AGTCAGCCTTGGAGGGAAAGC;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=29;WE=6495087;WS=6495069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
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chr19	6535080	rs2234182	T	C	3135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=73;PP=2239;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CGGAATAACGTCCAGCCTGGG;SOR=0.435;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=58;TCR=97;TR=119;WE=6535088;WS=6535070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,125:0.76:165
chr19	6583556	.	ATTGTAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	A	713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.047;NF=0;NR=9;PP=2210;ReadPosRankSum=1.018;SC=CTTTTTGTTAATTGTAGTCTT;SOR=1.697;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=9;WE=6583590;WS=6583546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr19	6585921	rs453462	G	C	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=160;SC=CCACCACTACGCCCCACCACA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=6585929;WS=6585911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	6589960	rs11361927	CT	C	2685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=12;PP=2664;SC=CTGTCTCCCCCTCTCCGTTTC;SOR=2.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=61;WE=6589968;WS=6589951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	6665020	rs344560	T	C	24171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=865;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=384;NR=451;PP=2965;SC=ACGACCACCTTCTCCCCAGCC;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=839;TCF=384;TCR=455;TR=835;WE=6665028;WS=6665010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,864:1.00:864
chr19	6666908	rs147441311	AAAATAAAT	A	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=0.566;SC=GACTGTCTCAAAAATAAATAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=6666923;WS=6666898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	6677799	rs11569585	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=1.079;SC=CAGGTGAGGCGGCTGGGGATT;SOR=0.634;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=7;WE=6677807;WS=6677789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr19	6679360	rs344555	T	C	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=51;PP=2965;SC=ATGGGATAGATGACCTGGGTA;SOR=1.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=106;TCR=51;TR=157;WE=6679368;WS=6679350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	6679578	rs11569560	G	A	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,86:0.28:306
chr19	6681991	rs7951	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=411;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TATCGGAGAAGGCTTTGTCCA;SOR=0.586;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=35;WE=6681999;WS=6681981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,39:0.38:103
chr19	6685304	rs2241393	G	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=693;SC=ATAACTGGAGGTCACTGGACT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=6685312;WS=6685294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	6689309	rs370834365	CCT	C	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.600;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,25:0.25:101
chr19	6689371	.	C	CCT	110.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr19	6690613	rs3745568	T	G	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=50;PP=1981;ReadPosRankSum=1.685;SC=TAAGGTAGGGTAGGGTGGGAA;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=118;WE=6690621;WS=6690603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,127:0.72:177
chr19	6696496	rs2287847	T	C	6941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=3.053;SC=GAGTGAGAGATACCGATGGCT;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=478;TCF=269;TCR=209;TR=306;WE=6696504;WS=6696486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,312:0.64:484
chr19	6696794	rs11569479	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=439;ReadPosRankSum=0.078;SC=GGCTCGTGCCTGTGATCCTAG;SOR=0.476;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=32;WE=6696802;WS=6696784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr19	6697406	rs423490	A	G	7457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.327;SC=GATGGTAGACAGCAGCCTTGA;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=519;TCF=280;TCR=239;TR=340;WE=6697414;WS=6697396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,355:0.65:548
chr19	6702598	rs406514	G	A	6340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=1.047;SC=TACCTGCAGGGGGTTTAGATC;SOR=0.935;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=369;TCF=141;TCR=228;TR=260;WE=6702606;WS=6702588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,270:0.71:380
chr19	6708107	rs10659507	T	TTCTC	1912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.057;QD=28.98;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,49:0.74:66
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chr19	6710584	rs112132860	GGA	G	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,11:0.14:76
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chr19	6731057	rs2279624	T	C	3897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=75;PP=2599;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ACGGGTTGTTTCCTGTGGGCT;SOR=0.488;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=260;TCF=152;TCR=108;TR=171;WE=6731065;WS=6731047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,178:0.66:270
chr19	6731766	rs1702375	C	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=497;ReadPosRankSum=2.076;SC=GAAAGAGAGGCCAGACTGGGG;SOR=1.292;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=35;WE=6731774;WS=6731756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr19	6732018	rs2291666	C	T	9681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=230;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=1.943;SC=AGCCTCAGCCCGGGGGCAGGG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=559;TCF=314;TCR=245;TR=404;WE=6732026;WS=6732008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,418:0.73:576
chr19	6737481	rs340138	T	C	7767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=1.333;SC=CAGCGCCAGCTGGTGGATGCG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=432;TCF=247;TCR=185;TR=333;WE=6737489;WS=6737471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,342:0.77:443
chr19	6737509	rs339401	G	A	9266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=0.190;SC=CAGCCACCCAGCAGCAGCACC;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=517;TCF=280;TCR=237;TR=403;WE=6737517;WS=6737499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,413:0.79:526
chr19	6739934	rs344633	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=496;ReadPosRankSum=-0.131;SC=CACCCTCCGCTCTCTCTCGAA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=28;WE=6739942;WS=6739924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr19	6743399	rs381897	A	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.30;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr19	6743405	rs2277986	A	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.75;ReadPosRankSum=0.121;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr19	6743626	rs145584075	CG	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,14:0.16:89
chr19	6744762	rs339405	A	C	7975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=1.635;SC=AGAGGGAGGTACCCATAGGCT;SOR=0.545;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=443;TCF=261;TCR=182;TR=331;WE=6744770;WS=6744752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,344:0.74:462
chr19	6754188	rs2305807	T	C	6525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.038;SC=GGAGAAGAGATCTGAGCACGC;SOR=0.643;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=409;TCF=207;TCR=202;TR=274;WE=6754196;WS=6754178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,280:0.67:420
chr19	6754774	rs168129	C	A	11898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=194;NR=208;PP=2965;SC=TCAGGTGAAGCGTGATTATGT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=403;TCF=195;TCR=208;TR=402;WE=6754782;WS=6754764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr19	6755007	rs2305806	T	C	6101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CCTGTGGTCTTGTAAAACATC;SOR=0.501;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=391;TCF=193;TCR=198;TR=265;WE=6755015;WS=6754997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,272:0.68:401
chr19	6755155	rs12608960	T	C	4559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TTCAGAGGCATCAGGCAGTTC;SOR=0.936;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=265;TCF=124;TCR=141;TR=183;WE=6755165;WS=6755145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,189:0.69:274
chr19	6760499	rs10417123	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.464;NF=12;NR=1;PP=271;ReadPosRankSum=0.599;SC=AACCTGAGAGGTGGAGGTTGC;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=13;WE=6760507;WS=6760495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	6760520	rs10419595	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.516;NF=16;NR=2;PP=399;ReadPosRankSum=-1.079;SC=AGTGAGCTGAAATCATGCCAC;SOR=0.317;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=18;WE=6760528;WS=6760510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr19	6760566	.	CA	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.037;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr19	6760974	rs7258236	T	C	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=83;PP=2525;ReadPosRankSum=0.525;SC=AAGTCGCCATTTTGCTGAAGA;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=228;TCF=111;TCR=117;TR=159;WE=6760982;WS=6760964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,176:0.70:251
chr19	6761011	rs7246122	T	G	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=54;PP=1425;ReadPosRankSum=0.613;SC=GTGGATGAAGTTCAGGGGGCA;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=96;WE=6761019;WS=6761001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,108:0.70:155
chr19	6763718	rs2305805	A	G	2571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=33;PP=1609;ReadPosRankSum=0.607;SC=CGTGGTACCAAGGTTGGCCAG;SOR=0.532;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=98;WE=6763726;WS=6763708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,106:0.83:127
chr19	6820951	rs164016	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=0.913;SC=ATATACAAGACGCAAATAGCA;SOR=1.863;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=14;WE=6820959;WS=6820941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr19	6825032	rs12979659	T	C	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=52;PP=1792;SC=GGGAATCTTATCTTCCGTCAT;SOR=0.918;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=102;WE=6825040;WS=6825022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
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chr19	6832060	rs625828	T	A	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=28;PP=1883;SC=TCCCACCCTCTGCGGGGGCAG;SOR=1.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=96;WE=6832068;WS=6832050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr19	6836271	rs308196	A	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=485;SC=AAATAGTTTTACAAAGAGTAT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=6836279;WS=6836261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	6836836	rs308194	G	A	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=8;PP=821;SC=CCATTGAGCAGAGAGATGGAC;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=6836875;WS=6836826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	6836844	rs6146454	GACACACACACACACACACACAC	G	1576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5576;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=6;PP=684;SC=CAGAGAGATGGACACACACAC;SOR=2.073;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=12;WE=6836875;WS=6836826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	6848220	rs331679	G	A	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=1084;ReadPosRankSum=0.692;SC=AGAAGTGTACGGTAATAGCAT;SOR=0.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=59;WE=6848228;WS=6848210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr19	6896483	rs330877	G	A	7267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=161;PP=2965;SC=TTACTATTGCGCTTGCAAACA;SOR=1.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=95;TCR=162;TR=256;WE=6896491;WS=6896473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	6897392	rs330879	G	A	5728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.773;NF=122;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.660;SC=TTTCTGAACTGAGGCACCCAA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=161;TCR=136;TR=225;WE=6897400;WS=6897382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,236:0.75:314
chr19	6897464	rs330880	C	G	5771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.369;NF=124;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.109;SC=TCACCAGCAGCGTCTGCCCTG;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=179;TCR=167;TR=241;WE=6897472;WS=6897454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,253:0.68:371
chr19	6898219	rs330881	C	T	560.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9848;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.778;NF=19;NR=1;PP=407;ReadPosRankSum=-1.331;SC=CAAAGTGAAGCGCATATGGGA;SOR=1.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=20;WE=6898227;WS=6898209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr19	6898487	rs330882	G	T	4084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.567;NF=92;NR=79;PP=2651;ReadPosRankSum=-0.139;SC=ATGCCCTCAGGTTCCCAGGGA;SOR=0.684;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=253;TCF=134;TCR=119;TR=171;WE=6898495;WS=6898477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,181:0.67:269
chr19	6901891	rs897738	G	A	4570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=86;PP=2743;ReadPosRankSum=1.437;SC=TTCAGACGTGGATGAATGTGC;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=274;TCF=147;TCR=127;TR=189;WE=6901899;WS=6901881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,205:0.70:291
chr19	6903920	rs443658	A	G	6909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=2.429;SC=GCACCAAGCAATGGACAGTTG;SOR=0.526;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=424;TCF=242;TCR=182;TR=285;WE=6903928;WS=6903910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,300:0.68:440
chr19	6904137	rs370094	C	T	3773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.364;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=97;PP=2413;ReadPosRankSum=-0.629;SC=GGCTGCATTGCAGGCTTTCAT;SOR=0.969;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=252;TCF=103;TCR=149;TR=159;WE=6904145;WS=6904127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,168:0.63:267
chr19	6906321	rs447684	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=364;ReadPosRankSum=1.241;SC=ATTTTCCCCCTTGTGTATTAG;SOR=0.586;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=24;WE=6906329;WS=6906311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr19	6906357	rs366181	C	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=779;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TTAAGTCGGGCACGGGAGGAC;SOR=0.958;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=53;WE=6906365;WS=6906347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr19	6908456	rs452907	A	G	3895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=72;PP=2499;ReadPosRankSum=0.691;SC=AGCTGGTTTCAGCAATCACTA;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=130;TCR=94;TR=169;WE=6908464;WS=6908446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,180:0.75:239
chr19	6908557	rs8113805	G	A	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=53;PP=1807;ReadPosRankSum=0.037;SC=ATGAGTTTTAGTTTCCCTGAG;SOR=0.852;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=96;WE=6908565;WS=6908547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,95:0.65:146
chr19	6913811	rs457857	A	G	5542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=121;PP=2965;SC=CTCAGCAAATATCACTCCGGC;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=66;TCR=121;TR=187;WE=6913819;WS=6913801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	6913878	rs462913	G	T	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=988;SC=TACACCTAGGGGATGATTTTG;SOR=3.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=6913886;WS=6913868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	6919529	rs171674	T	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=1;PP=563;SC=AAACGATTCCTTCCTTTTTTT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=6919537;WS=6919519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	6919624	rs373533	A	C	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=33;PP=2142;SC=GCGCTTCTTCAAAGACCACCA;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=105;WE=6919632;WS=6919614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	6919753	rs461645	A	G	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=72;PP=2196;SC=TCTGGAGAACATTCAGGTTTG;SOR=1.290;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=54;TCR=73;TR=126;WE=6919761;WS=6919743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	6919879	rs252566	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=275;SC=CCACAATTTCCAGCAATTCAA;SOR=5.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=6919887;WS=6919869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	6924672	rs2290634	A	G	3535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=33;PP=2583;ReadPosRankSum=0.310;SC=GCCAACTCTGAAATTCCTTCC;SOR=1.005;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=211;TCF=155;TCR=56;TR=135;WE=6924680;WS=6924662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,145:0.64:226
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chr19	6926378	rs2228539	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=186;ReadPosRankSum=2.523;SC=CCCCTCCAGATGGGCTGCGCC;SOR=0.420;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=15;WE=6926386;WS=6926368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
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chr19	6954725	rs11085209	G	A	9787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=191;PP=2965;SC=AAATTTGAGTGGAGAGGTCCG;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=144;TCR=191;TR=334;WE=6954733;WS=6954715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr19	6960834	rs459883	A	C	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=2;PP=1151;SC=GAATCCAAGGAAAGAAAAGTG;SOR=4.565;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=43;WE=6960842;WS=6960824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	6961182	rs460698	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=41;PP=1145;SC=ATTTTAGATGGAGTCAGATGT;SOR=7.523;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=41;WE=6961190;WS=6961172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	6971250	rs142404555	A	G	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=1046;ReadPosRankSum=-2.210;SC=GGAGAGCTCTAGATGGAGGGA;SOR=0.932;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=56;WE=6971258;WS=6971240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,57:0.77:74
chr19	6974564	rs466123	C	T	7570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=118;PP=2965;SC=TTCAAACCGACGGTGCCGCTC;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=155;TCR=118;TR=273;WE=6974572;WS=6974554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr19	6977211	rs4807919	A	G	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=63;PP=2965;SC=AAATAAAACAATGATGTGTAG;SOR=1.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=151;TCR=63;TR=214;WE=6977219;WS=6977201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	6977409	rs7255801	C	T	5838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=137;PP=2965;SC=AAGTCTCATACCTAAATAATT;SOR=2.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=49;TCR=137;TR=186;WE=6977417;WS=6977399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	6980939	rs2035972	T	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=8;PP=1088;SC=TTTTTGAAAATGGAGTCCTTC;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=6980947;WS=6980929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	6981582	rs2035971	A	T	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=6;PP=1771;SC=GTGTCCCCAGACATTGACAGA;SOR=4.294;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=66;TCR=6;TR=72;WE=6981590;WS=6981572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	6981849	rs1874003	T	C	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=105;PP=2965;SC=TCCCTTCTTCTAGTCACCCTC;SOR=3.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=16;TCR=105;TR=121;WE=6981857;WS=6981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	6981885	rs1874002	T	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=57;PP=1343;SC=CTAATAATTCTGCAGCCCATC;SOR=5.283;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=60;WE=6981893;WS=6981875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	6984708	rs7247453	G	A	6934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=123;PP=2965;SC=GGTTCTTACCGTAACAATCCG;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=124;TCR=123;TR=247;WE=6984716;WS=6984698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	6984927	rs34752448	T	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=862;SC=CCCATGAAATTTTTATTGCCC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=6984935;WS=6984917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	6988662	rs8107779	T	C	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=8;PP=851;SC=AAACAGCTCTTGGGACCTCCA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=6988670;WS=6988652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	6988791	rs8103492	G	C	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=87;PP=2965;SC=GCTATGAATAGACTCACCTCC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=105;TCR=87;TR=191;WE=6988799;WS=6988781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	6988914	rs1466715	A	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=32;PP=978;SC=GCTGAAGACTAGGTGAGTTAG;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=6988922;WS=6988904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	6990702	rs12972391	A	G	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=31;PP=1548;SC=GAAAATGCCAAATTTGAGGAA;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=80;WE=6990710;WS=6990692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	6991010	rs8108538	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=294;SC=ATCGCATCACCGCACTCCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=6991018;WS=6991000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	6994972	rs10416745	G	A	14036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=305;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=1.549;SC=TCTGCAAAACGTAGCTAAGAA;SOR=1.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=509;TCF=306;TCR=203;TR=507;WE=6994980;WS=6994962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,520:1.00:522
chr19	7005905	rs62126094	T	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.03;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	7011766	rs6510942	T	C	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=25;PP=1013;SC=TCTTGCTTCTTGTTGGCAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=7011774;WS=7011756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	7074872	rs2967648	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=-0.407;NF=22;NR=3;PP=386;ReadPosRankSum=-1.583;SC=CGGGCAGGAGGGGGGGTGACC;SOR=0.610;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=25;WE=7074880;WS=7074862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr19	7116963	rs1051690	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=515;SC=CTGAACTCCATTGGACATGGT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=7116971;WS=7116955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr19	7427607	rs11260007	T	C	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=17;PP=2126;SC=AGAATCCAGGTCCTGGCTTCC;SOR=2.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=88;WE=7427615;WS=7427597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	7504669	rs11668829	C	T	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=330;SC=ATGAAGCACGCCAGGCTCACC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=7504677;WS=7504668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	7504767	rs10401415	G	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=18;PP=1038;SC=GCCTGGAGGGGTTGTTTTTTT;SOR=1.524;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=53;WE=7504775;WS=7504757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	7504982	rs10422503	C	T	7503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=180;NR=83;PP=2965;SC=GAGCCCCGGGCGCGAACATGG;SOR=1.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=180;TCR=84;TR=263;WE=7504990;WS=7504972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	7506668	rs2287909	T	G	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=140;PP=2965;SC=TCATCTCCGCTCTCTCGCGGC;SOR=1.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=62;TCR=141;TR=202;WE=7506676;WS=7506658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	7506755	rs2287910	A	G	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=40;PP=1775;SC=TTGGGGTGGCATGGCTCTGGG;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=79;WE=7506763;WS=7506745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	7506982	rs10424311	C	G	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=64;PP=1929;SC=GCCCTCCACTCTCTTCTCTGC;SOR=1.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=93;WE=7506990;WS=7506972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	7507010	rs200202576	CCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT	C	1191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.84;QD=44.14;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	7518268	rs11463454	T	TC	1737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=10;PP=1519;SC=ACCTCATAGATCCACATGTCC;SOR=2.256;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=36;WE=7518276;WS=7518258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	7524743	rs11259996	G	C	9191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=1.372;SC=GCCGAGGCTGGCCTGCCTGGG;SOR=0.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=179;TCR=155;TR=332;WE=7524751;WS=7524733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,345:1.00:346
chr19	7528734	rs2287918	A	G	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=106;NR=45;PP=2599;SC=ATCTGCAGGCAGCTGGGCAGC;SOR=1.594;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=106;TCR=45;TR=151;WE=7528742;WS=7528724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	7533767	rs10405143	T	G	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=81;PP=2965;SC=AGGGCCCTCGTGTGAGCATGC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=175;WE=7533775;WS=7533757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	7533850	rs9329368	A	G	5240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=88;PP=2965;SC=CCCACCGAGAACCGGCTGGCC;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=97;TCR=88;TR=185;WE=7533858;WS=7533840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr19	7534075	rs2241396	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=13;PP=307;SC=CAGGCTCTAGCGGCTCGCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=7534083;WS=7534065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	7538039	rs11880122	A	G	5785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=96;PP=2965;SC=GGCCATGAGTATGAAATCATC;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=204;WE=7538047;WS=7538029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	7538117	rs11880140	A	G	6502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=113;PP=2965;SC=AGGGTTTCCCATCACAAGGGG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=122;TCR=114;TR=235;WE=7538125;WS=7538107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	7568966	rs113706007	A	ATCTCTCTC	1121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=452;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GGGAATCTCAATCTCTCTCTC;SOR=1.040;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=22;WE=7568974;WS=7568956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr19	7570729	rs683729	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=736;ReadPosRankSum=-2.089;SC=AGTGCTACCAGGTGGGGCCCA;SOR=1.157;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=44;TCR=3;TR=33;WE=7570737;WS=7570719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr19	7570978	rs685034	T	C	7569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=2.743;SC=ACTACTGCCCTTCAGAGTGGA;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=435;TCF=177;TCR=258;TR=315;WE=7570986;WS=7570968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,327:0.72:453
chr19	7571094	rs3826735	G	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=469;ReadPosRankSum=0.056;SC=GCCCCGCCCCGGGAAGCCCCA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=26;WE=7571102;WS=7571084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr19	7584223	rs11555037	A	G	14506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=951;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=349;NR=268;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.167;SC=CTAGACCCCAATCCTGAAGAT;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=914;TCF=507;TCR=407;TR=617;WE=7584231;WS=7584213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,636:0.67:946
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chr19	7594159	rs625910	G	A	4974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CCCTACACACGCAGCCCTCAC;SOR=0.612;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=318;TCF=122;TCR=196;TR=232;WE=7594167;WS=7594138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,225:0.73:309
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chr19	7607441	rs574930	C	T	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=94;PP=2965;SC=CCCTGCCTGCCTGCAGGCTTG;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=132;TCR=94;TR=226;WE=7607449;WS=7607431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	7607564	rs620744	T	C	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=84;PP=2965;SC=CGGGTAAGGCTTGGGACCCTG;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=173;WE=7607572;WS=7607554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	7615585	rs577219	T	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=298;ReadPosRankSum=-1.553;SC=CCTCGACAACTCACACACATC;SOR=0.124;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=15;WE=7615593;WS=7615575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr19	7615903	rs8107538	G	A	5643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.352;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.101;SC=CCCGGCAGCCGCGAGCCACGA;SOR=0.395;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=314;TCF=132;TCR=182;TR=243;WE=7615911;WS=7615882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,248:0.77:324
chr19	7618660	rs508740	A	G	3099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=48;PP=2029;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CACAGGAGCAAGAATTTCAGA;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=102;TCR=62;TR=123;WE=7618668;WS=7618650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,130:0.76:172
chr19	7619199	rs534464	C	G	3937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.832;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=101;PP=2669;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GGTGGGTGGGCCTGGAGCCTC;SOR=0.948;SbPval=0.62;Source=Platypus;TCF=108;TR=169;WE=7619207;WS=7619189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,175:0.69:255
chr19	7619229	rs563266	T	C	5194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.39;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,138:0.65:213
chr19	7619239	rs597582	T	C	4988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.72;ReadPosRankSum=1.919;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,126:0.65:194
chr19	7619329	rs598023	G	A	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=24.91;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,61:0.62:98
chr19	7619338	rs598028	G	C	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=24.47;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr19	7619647	rs599328	GT	CC	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=2;HapScore=1;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=1394;ReadPosRankSum=0.796;SC=CCCACCTCGGGTCCCGTCCTT;SOR=1.143;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=32;WE=7619656;WS=7619637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr19	7619700	rs524530	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=681;ReadPosRankSum=0.088;SC=CCCTCGCCATGGGGGTAGGCG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=41;WE=7619708;WS=7619690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr19	7621648	rs489056	C	T	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=888;ReadPosRankSum=-0.245;SC=ACCGCTGACGCCACGTGGGGT;SOR=0.456;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=45;WE=7621656;WS=7621638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr19	7621981	rs2446176	A	G	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1072;ReadPosRankSum=2.409;SC=CAGCGAGCCCATCGGGCCGGC;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=73;WE=7621989;WS=7621971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,73:0.78:94
chr19	7622226	rs1645800	G	A	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=97;PP=2368;ReadPosRankSum=0.478;SC=CCACACACACGCACACGCGTG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=140;TCR=171;TR=176;WE=7622234;WS=7622206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,179:0.57:316
chr19	7623700	rs535208	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=393;ReadPosRankSum=1.798;SC=CCGGGCCCCCGAGGGGAGCAG;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=23;WE=7623708;WS=7623690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr19	7624078	rs538850	C	T	4362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.846;SC=ATAGGTGGTCCGGCTAAGCTT;SOR=0.966;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=248;TCF=80;TCR=168;TR=174;WE=7624086;WS=7624068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,179:0.70:254
chr19	7625864	rs35902090	G	GC	610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,40:0.22:181
chr19	7626013	rs11307097	AC	A	1490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=1.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=3.925;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,79:0.25:319
chr19	7626669	rs2303178	G	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,55:0.21:260
chr19	7660831	.	GCAGCC	G	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=3.855;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.771;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr19	7670033	rs56244737	G	GGT,GGTGTGTGTGTGTGTGT	1069.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=4.997;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-0.395;QD=26.74;ReadPosRankSum=0.445;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,13,20:0.32,0.50:40
chr19	7671027	.	G	C	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=9;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=57.65;NF=6;NR=0;PP=117;QD=25.2952020912;SC=CACTGGCCCCGCCCCCTCAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=7671044;WS=7671017;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,6:0.55:11
chr19	7671032	.	CTCAAG	C	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=55.59;NF=3;NR=0;PP=55;QD=27.0;SC=GCCCCGCCCCCTCAAGCCCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=7671044;WS=7671017;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr19	7675369	rs62113420	C	T	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,98:0.27:365
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chr19	7685981	rs4134863	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=8.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr19	7686282	rs4134861	A	T	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=35;PP=647;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CCTGCCAGGAACTCCCTTGGG;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=31;TCR=100;TR=46;WE=7686290;WS=7686272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,49:0.37:133
chr19	7687626	rs4134851	C	G	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,111:0.28:398
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chr19	7688039	rs4134846	C	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,60:0.22:270
chr19	7688614	rs2335521	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=481;ReadPosRankSum=1.157;SC=AGGCTTCATGTACCTCCCGGG;SOR=0.705;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=38;WE=7688622;WS=7688604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,41:0.28:145
chr19	7691001	rs4134838	G	C	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,102:0.24:420
chr19	7692058	rs794084	G	A	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=24;PP=1265;SC=GACATCCTACGCGGAGCTAGT;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=7692066;WS=7692048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	7692076	rs4134826	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=1.815;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr19	7692083	rs4134825	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,33:0.33:100
chr19	7694393	rs4134809	G	A	21877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=431;NR=363;PP=2965;ReadPosRankSum=1.383;SC=CGGGCCGCGAGAGTCGCGCCA;SOR=0.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=795;TCF=432;TCR=363;TR=794;WE=7694401;WS=7694383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,806:1.00:807
chr19	7695620	rs11260004	T	C	6166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=116;PP=2965;SC=TGCTGGGGACTAATGTCTGCC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=89;TCR=116;TR=204;WE=7695628;WS=7695610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	7696294	rs376677773	GT	G	117.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.282;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr19	7697168	rs2279042	C	T	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=21;PP=1835;SC=GTCAGGGCAGCGGATGGACAG;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=66;TCR=21;TR=87;WE=7697176;WS=7697158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	7697779	rs56272042	T	C	9775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=37.74;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	7697779	.	TAGCCAGCT	CAGCCAGCC,CAGCCAGCT	2320	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=18;MQ=60.04;NF=61,110;NR=81,140;PP=2320,1037;QD=16.714562499;SC=CCAAACTTCCTAGCCAGCTTG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=250;TCF=110;TCR=140;TR=142,250;WE=7697795;WS=7697769;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:250
chr19	7697787	rs56262542	T	C	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.714;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,151:0.67:226
chr19	7697885	rs78473084	TGA	T	1036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.818;NF=2;NR=19;PP=848;ReadPosRankSum=-2.569;SC=GAATGAGACATGAGTCTCCTT;SOR=0.941;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=21;WE=7697894;WS=7697875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr19	7698226	rs151032321	C	CTAAT	9389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.199;NF=56;NR=61;PP=2957;ReadPosRankSum=2.403;SC=GCCCTACAAACTAGTCTTGTC;SOR=1.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=117;WE=7698234;WS=7698216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chr19	7698320	rs1862514	C	T	7936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=150;PP=2965;SC=AGCCTTCCTCCGTCTTCTCCT;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=124;TCR=150;TR=274;WE=7698328;WS=7698310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr19	7703605	rs8104339	C	T	5912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;NR=92;PP=2965;SC=CCCTCCCTTCCCTGCAGAAAT;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=115;TCR=92;TR=207;WE=7703613;WS=7703595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	7704815	rs138165596	TATGTGTGTGC	T	1498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=2987;SC=TGTCCATGTGTATGTGTGTGC;SOR=2.964;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=28;WE=7704832;WS=7704805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	7708214	rs2303115	G	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=20;PP=440;SC=AGAGATGGGGGGTTCTGGGGG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=7708222;WS=7708204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	7710040	rs929807	T	C	8195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=166;NR=123;PP=2965;SC=ACCTGGGAGCTCACCTGGCCG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=166;TCR=123;TR=289;WE=7710048;WS=7710030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr19	7710210	rs889187	A	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=72;PP=2050;SC=AGGAGCGGGCATGGGGGGACC;SOR=2.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=27;TCR=72;TR=99;WE=7710218;WS=7710200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr19	7711221	rs10001	T	C	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
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chr19	7735089	rs10402265	G	C	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=24;PP=1517;SC=CCACGCTCCTGTGTTCCGGGC;SOR=1.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=86;WE=7735097;WS=7735079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	7735318	rs112669651	AGATGATGAT	A	829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=9;PP=2994;SC=ATAAACCTGGAGATGATGATG;SOR=1.402;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=7735334;WS=7735308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	7742335	rs146580993	ATG	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr19	7743159	rs74489689	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-1.155;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,76:0.26:296
chr19	7743821	rs72996468	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=612;ReadPosRankSum=-1.370;SC=CATAAAAAACATTGACACAAA;SOR=1.101;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=49;WE=7743829;WS=7743811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr19	7743879	rs4804766	C	T	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=1046;ReadPosRankSum=1.417;SC=CGTAAGTTGGCGCCCCGACAG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=73;WE=7743887;WS=7743869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr19	7747129	rs80109157	G	C	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=790;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TCCCCGCAGGGTGGCGGCGGC;SOR=1.139;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=38;WE=7747137;WS=7747119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr19	7747293	rs6952	T	G	4870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.409;SC=CGAGCTGCAGTCGCGCCTGGC;SOR=0.614;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=279;TCF=141;TCR=138;TR=205;WE=7747301;WS=7747283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,214:0.74:289
chr19	7761812	rs2277989	A	G	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1008;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TTGGGGAGTCAACAAGGGGCG;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=262;TCF=122;TCR=140;TR=80;WE=7761824;WS=7761802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,80:0.29:272
chr19	7763878	rs12981234	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=735;SC=TCTCAGTGGACCCCCAGCTCC;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=7763886;WS=7763868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	7764157	rs12984870	A	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=8;PP=793;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CTCCCCAGCCACTTTCCCAGG;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=49;WE=7764165;WS=7764147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr19	7764363	rs61499635	GTTTTT	G	4107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.493;HP=15;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=1.621;NF=3;NR=94;PP=1491;ReadPosRankSum=2.347;SC=AGCTGAAGCCGTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=3;TCR=114;TR=97;WE=7764375;WS=7764353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,110:0.95:116
chr19	7764436	rs12980031	G	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=26;PP=1065;SC=CCCTCAATTTGCCACTCCTTC;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=41;WE=7764444;WS=7764426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	7764545	rs3214456	G	GC	3074.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=20;PP=2321;SC=GGACTGGGGAGCCCCGCTTCT;SOR=1.896;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=60;WE=7764553;WS=7764535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	7764741	rs2287867	G	A	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=78;PP=2392;SC=GCTGATTTGGGATTTAATGAT;SOR=1.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=127;WE=7764749;WS=7764731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	7764772	rs2287868	T	C	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=65;PP=1989;SC=AGCCATCAAATCCTAGTTACC;SOR=2.229;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=88;WE=7764780;WS=7764762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	7794605	rs2277997	T	C	6618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=73;PP=2965;SC=CATCCCTAAGTATGGAGCCCC;SOR=1.589;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=157;TCR=73;TR=230;WE=7794613;WS=7794595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr19	7795813	rs6603117	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=11;PP=686;SC=ACCAGCCCCCGCCCCGCACCA;SOR=1.061;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=37;WE=7795821;WS=7795803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	7796235	rs12978097	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,55:0.28:197
chr19	7796366	rs12978401	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=0.614;SC=CGCGGGGACTCGCGCACATAC;SOR=1.302;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=13;WE=7796374;WS=7796356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
chr19	7796497	rs11260026	C	G	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=149;NR=89;PP=2965;SC=TGGGGGTTTTCTGTCCCCAGG;SOR=1.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=150;TCR=90;TR=238;WE=7796513;WS=7796487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr19	7831700	rs562607	G	C	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=140;PP=2965;SC=GCAGGTACACGTGGTGGGGGT;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=46;TCR=141;TR=186;WE=7831708;WS=7831690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr19	7833690	rs3745376	G	T	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=12;PP=1507;ReadPosRankSum=-1.719;SC=CTACTGGGCAGGGCAGAGGCT;SOR=0.955;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=87;TCR=17;TR=77;WE=7833698;WS=7833680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,78:0.73:107
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chr19	7918103	rs526464	A	G	14855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.088;NF=187;NR=307;PP=2965;ReadPosRankSum=0.143;SC=GGTACTGGTAAGAAGGGGGGA;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=497;TCF=188;TCR=309;TR=494;WE=7918114;WS=7918087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,520:1.00:521
chr19	7926937	rs3217320	GC	G	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.052;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,18:0.18:100
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chr19	7938306	rs58971992	A	AG	4236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=51;PP=1570;SC=CTGGGGTACCAGGTTTCGGGA;SOR=0.885;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=61;WE=7938316;WS=7938296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr19	7944806	rs55746021	T	C	4151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=94;PP=2296;ReadPosRankSum=-1.861;SC=ACCATCTTCATGTTGAGAGTC;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=116;TCR=128;TR=178;WE=7944814;WS=7944796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,191:0.73:260
chr19	7963914	rs524029	A	C	16652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=246;NR=331;PP=2965;SC=TATCCGAGGTATCCGGGGAGA;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=577;TCF=246;TCR=331;TR=577;WE=7963922;WS=7963904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr19	7963976	rs2115108	T	C	5606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.885;SC=ATAGTGGCCATGGCAGGGACC;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=337;TCF=142;TCR=195;TR=242;WE=7963984;WS=7963966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,244:0.72:340
chr19	7970635	rs4804833	A	G	5277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TGGACGAATCAGTCGTTTCTG;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=355;TCF=189;TCR=166;TR=237;WE=7970643;WS=7970625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,245:0.66:369
chr19	7970823	rs138545009	G	GC	1051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.534;NF=2;NR=27;PP=982;ReadPosRankSum=-0.278;SC=GCGTCCCCCAGCCCCCATGCT;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=29;WE=7970831;WS=7970813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr19	7975183	rs34562033	C	T	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=91;PP=2106;ReadPosRankSum=1.198;SC=AGAACTTGGGCGAGATGGGCA;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=501;TCF=242;TCR=259;TR=180;WE=7975191;WS=7975173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,184:0.35:519
chr19	7975464	rs11879199	A	C	10105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=209;PP=2962;ReadPosRankSum=1.658;SC=CAACGTGAGTACCTGGCCGCG;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=647;TCF=335;TCR=312;TR=438;WE=7975472;WS=7975454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,443:0.68:650
chr19	7976116	rs10412007	T	C	5037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=90;NR=97;PP=2965;SC=AGATACGTCTTCTCCTCCCCC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=90;TCR=98;TR=187;WE=7976129;WS=7976106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	7976529	rs2303700	T	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=727;SC=GGGGAGGCAATGGCAGGAGGG;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=37;WE=7976537;WS=7976519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr19	7990134	rs112578370	T	G	2294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=30;PP=1429;ReadPosRankSum=-2.465;SC=GCCGGCCCTCTGAGACCCCGG;SOR=0.780;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=102;TCR=48;TR=100;WE=7990146;WS=7990124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,107:0.68:158
chr19	7992976	rs11542187	T	C	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:563,165:0.23:728
chr19	7995987	.	TA	T	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=7.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.168;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,24:0.18:136
chr19	8006186	rs373554761	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.158;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr19	8121369	rs1129763	C	T	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=110;PP=2965;SC=CACCACAACACGCAGACCTTC;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=75;TCR=110;TR=185;WE=8121377;WS=8121359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr19	8122767	rs2303165	T	C	9051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=163;PP=2965;SC=TCAGCAGCAGTAAGAGGAATG;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=153;TCR=163;TR=316;WE=8122775;WS=8122757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
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chr19	8137850	rs376197094	CGTGTGTGT	CGT,C	1409.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.422;NF=16,16;NR=8,8;PP=186,860;ReadPosRankSum=-1.374;SC=CACAAAGCCCCGTGTGTGTGT;SOR=0.627;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=24,24;WE=8137869;WS=8137840;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.95:39
chr19	8137902	rs7254691	C	T	6811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=45.41;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr19	8138054	rs7257948	C	A	9744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=173;NR=184;PP=2965;SC=ACTCATCCACCTCCTGGCAGC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=173;TCR=184;TR=357;WE=8138062;WS=8138044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr19	8145801	rs61501857	T	C	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=21;PP=1336;SC=CCATTGCGCCTGGCCAACTTG;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=8145809;WS=8145791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	8145921	rs2303168	C	T	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=67;PP=2688;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGAAGCCGGGCGGACAGCGGC;SOR=0.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=90;TCR=67;TR=156;WE=8145929;WS=8145911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr19	8146114	rs2303169	T	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=11;PP=1034;SC=GAGAAAGACCTCGGAGATGGT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=8146122;WS=8146104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	8146510	rs35618038	G	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=686;SC=AAAAAGCCAGGTGGGAAATAC;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=8146518;WS=8146500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	8148301	rs17202517	G	A	10665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=226;PP=2965;SC=GCTGCTTCGCGCCTCCACCGA;SOR=1.355;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=372;TCF=145;TCR=227;TR=371;WE=8148309;WS=8148291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr19	8151239	rs8103000	G	C	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=71;PP=1423;ReadPosRankSum=0.728;SC=GCAGGTGGGCGGGGAGGCCAC;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=48;TCR=105;TR=103;WE=8151247;WS=8151229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,113:0.69:163
chr19	8152725	rs12460643	A	G	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=66;PP=1863;ReadPosRankSum=-2.251;SC=ACATGGCCCCATCCTCCCGCA;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=217;TCF=120;TCR=97;TR=144;WE=8152733;WS=8152715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,149:0.65:228
chr19	8154760	rs35033566	T	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=528;ReadPosRankSum=0.669;SC=GCTCTTAGCATGTGGGTGAGG;SOR=1.375;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=28;WE=8154768;WS=8154750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr19	8154990	rs35002391	C	T	4668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=0.550;SC=CACCGCTGCCCTCCTGGGGAC;SOR=0.903;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=271;TCF=163;TCR=108;TR=184;WE=8154998;WS=8154980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,190:0.67:283
chr19	8156290	rs8104453	A	G	7061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=0.308;SC=TTTTCTGGGCAATCTGACCCT;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=477;TCF=246;TCR=231;TR=328;WE=8156298;WS=8156280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,337:0.68:492
chr19	8159362	rs7245429	G	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=5.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,32:0.30:107
chr19	8159409	rs7245552	G	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=1.804;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr19	8160334	rs12608849	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,71:0.29:248
chr19	8160517	rs10413994	A	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=657;SC=TGTATAGACTATGTATATTAG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=8160525;WS=8160507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	8160812	rs10404258	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,37:0.18:210
chr19	8162121	rs45624733	C	T	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1577;ReadPosRankSum=0.959;SC=TGCACAGTGGCGGACATGCAT;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=94;WE=8162129;WS=8162111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,98:0.65:151
chr19	8165868	rs56182050	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=712;ReadPosRankSum=1.028;SC=TGCGCAAAGGGGAACAAAGCT;SOR=0.887;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=216;TCF=100;TCR=116;TR=63;WE=8165876;WS=8165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,67:0.29:233
chr19	8167830	rs12986396	A	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=40;PP=1269;SC=CCAAAGAGATAGGAACTCCTT;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=8167838;WS=8167820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	8167873	rs56921504	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TGGCTTGTCCAGGCACAGTGG;SOR=0.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=5;WE=8167881;WS=8167863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr19	8168326	rs3865463	G	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=338;SC=ACTGCCACATGTCAGCACTTC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=8168334;WS=8168316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr19	8168545	rs33967815	C	T	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=938;ReadPosRankSum=0.781;SC=CCACAGATGCCGGAGTGTGTG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=72;WE=8168553;WS=8168535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,79:0.65:121
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chr19	8191323	rs7260558	T	C	6632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=130;PP=2965;SC=TTCCCATGGGTGCCTGGGAGG;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=115;TCR=131;TR=245;WE=8191331;WS=8191313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
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chr19	8196073	rs67775982	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=1.459;SC=CCCACATCTGGTAGGGGCAGG;SOR=0.650;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=15;WE=8196081;WS=8196063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr19	8196222	rs3813777	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,59:0.26:223
chr19	8196444	rs4804271	C	T	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=145;NR=81;PP=2965;SC=TCACCGGAGTCTTTGGCAGGA;SOR=1.232;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=227;TCF=146;TCR=81;TR=226;WE=8196452;WS=8196434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr19	8196508	rs12974280	G	C	5768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=3.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,271:0.74:368
chr19	8197865	rs11666450	C	T	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1409;ReadPosRankSum=0.369;SC=GCTCCAGGCTCACCCATGCAG;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=86;WE=8197873;WS=8197855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,89:0.72:124
chr19	8198144	rs112342830	A	AT	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=1.562;SC=GAGCTTGTATATTAGTCCGTC;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=5;WE=8198152;WS=8198134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr19	8200759	rs6603148	G	T	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=159;SC=AGGTGGGTTTGGGGGCACAGT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=8200767;WS=8200751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	8201051	rs8112525	T	C	25257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=446;NR=461;PP=2965;SC=ACATCACCCCTACTCTTGGAT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=910;TCF=446;TCR=464;TR=907;WE=8201059;WS=8201041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,927:1.00:927
chr19	8201249	rs9749144	C	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,60:0.26:230
chr19	8202944	rs1531547	G	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=789;SC=CCTGGACACCGTCCCCTGTTT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=8202952;WS=8202934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	8203328	rs7246376	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;ReadPosRankSum=1.283;SC=CTCAGGGACCGGGCCAGCTGC;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TCF=79;TR=47;WE=8203336;WS=8203318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,49:0.28:176
chr19	8206827	.	G	GGCATCCTCATCCCATC	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=37.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.835;SOR=5.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,32:0.08:405
chr19	8212107	rs11669201	C	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=969;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TGAGCCCCTGCCCGTGTGGAC;SOR=0.754;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=269;TCF=159;TCR=110;TR=88;WE=8212115;WS=8212097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,94:0.33:289
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chr19	8315847	rs379983	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=613;ReadPosRankSum=0.417;SC=CTGGTTGTCAACTGCGCTGAT;SOR=0.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=28;WE=8315855;WS=8315837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr19	8320656	rs144397154	TGGGGCGGGGC	T	10970.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.17;QD=42.69;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
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chr19	8322733	rs148417916	GA	TT	10829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.370;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=93;PP=2944;ReadPosRankSum=0.736;SC=CCCTGGTCCTGAGCCCATTTC;SOR=1.026;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=400;TCF=239;TCR=161;TR=247;WE=8322742;WS=8322716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,271:0.64:424
chr19	8326772	rs76022690	T	C	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1127;ReadPosRankSum=1.131;SC=AAGCTCCTCCTTCCTCCCTGC;SOR=0.793;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=274;TCF=135;TCR=139;TR=83;WE=8326780;WS=8326762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,85:0.29:294
chr19	8326904	rs36259	G	A	7244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=140;PP=2965;SC=AAAGAACGGGGCAGCTGGAGG;SOR=0.939;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=121;TCR=140;TR=261;WE=8326919;WS=8326894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	8367033	rs250510	T	C	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=606;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CAACTTTAATTGCCACCCTCA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=8367041;WS=8367023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr19	8367158	rs9426	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,52:0.25:209
chr19	8367359	rs2227289	G	C	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=3.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,126:0.30:425
chr19	8367709	rs2336573	C	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=1103;ReadPosRankSum=0.797;SC=GACTGGTCTCCGGCAGAGGAG;SOR=0.771;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=283;TCF=151;TCR=132;TR=92;WE=8367717;WS=8367699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,99:0.33:298
chr19	8368758	rs2232784	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=8.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-1.809;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,31:0.20:154
chr19	8368794	rs2232783	C	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=4.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.951;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,50:0.22:224
chr19	8369078	rs3214909	CA	C	1144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.200;NF=3;NR=39;PP=752;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CAGCTGAGCCCAAAAAAATGC;SOR=0.930;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=149;TCF=8;TCR=141;TR=42;WE=8369086;WS=8369068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,66:0.29:224
chr19	8369896	rs2232780	A	C	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=-0.789;SC=AAGCCCCGCCAAGGGGCGTGG;SOR=0.539;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=17;WE=8369904;WS=8369886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr19	8370120	rs2232778	T	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=45;PP=1456;SC=CTGGCTGTGATCCGCAGGAGA;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=8370128;WS=8370110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	8373023	rs2232776	C	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr19	8373152	rs2232775	T	C	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.990;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,59:0.25:238
chr19	8373176	rs2232773	C	T	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,63:0.24:263
chr19	8381595	rs3214554	CCT	C	3357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.370;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.050;NF=3;NR=57;PP=2556;ReadPosRankSum=0.296;SC=GCTGTGGGCCCCTGTCACCTC;SOR=1.200;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=3;TCR=77;TR=60;WE=8381604;WS=8381585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,85:0.74:115
chr19	8385652	rs2288414	C	G	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=768;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TGTCAGCCCTCCGTTTCAGGG;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=108;TCR=63;TR=60;WE=8385660;WS=8385642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,65:0.37:178
chr19	8386306	rs2241592	G	A	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TGCTGGGAAAGACGCGGCGTG;SOR=0.650;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=78;WE=8386314;WS=8386296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,84:0.66:127
chr19	8386662	rs4147645	T	C	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,121:0.30:403
chr19	8386701	rs2241590	G	A	11019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=201;NR=189;PP=2965;SC=ATTTCATCACGGGGTTCTGAT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=392;TCF=201;TCR=191;TR=390;WE=8386709;WS=8386691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr19	8386998	rs4147644	T	C	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=1152;ReadPosRankSum=-1.524;SC=AGGACACCCCTTTGATAGACC;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=185;TCR=131;TR=92;WE=8387006;WS=8386988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,92:0.29:319
chr19	8387207	rs1057232	G	A	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=54;PP=1488;SC=GTCTGTCACAGTCTGCTCCTT;SOR=3.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=63;WE=8387215;WS=8387197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	8387619	rs4147653	TAGCCTCTG	T	1974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.735;NF=18;NR=6;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.379;SC=CGGCCAGTGTTAGCCTCTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=24;WE=8387634;WS=8387609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr19	8388410	rs7253567	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=0.038;SC=AGATTGTGCCGCTGCACTCCA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=8388418;WS=8388400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr19	8389723	rs2972571	T	A	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.388;NF=87;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.099;SC=GTCTGGGGAGTGGGGAGGAAG;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=230;TCF=116;TCR=114;TR=173;WE=8389731;WS=8389713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,177:0.74:239
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chr19	8503574	rs11259981	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=508;SC=GACACCATGCAGAGCCTAGTC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=8503582;WS=8503564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	8528310	rs8102587	A	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=24;PP=2237;SC=ACTGTCATTGATATTTACTAT;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=97;WE=8528318;WS=8528300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	8533504	rs7258281	T	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=11;PP=1170;SC=ATAGGAAGCATGCTCCGCATG;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=8533512;WS=8533494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	8536373	rs12973706	A	G	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=47;PP=1327;SC=AATTATTGGGACAACTGGACT;SOR=1.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=8536381;WS=8536363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	8548175	rs1599871	A	C	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=89;PP=2221;SC=AGTGGTGAGAAGTGCGGGTTC;SOR=1.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=44;TCR=90;TR=133;WE=8548183;WS=8548165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	8551094	rs2230647	T	C	8121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=148;PP=2965;SC=GCATGGGCCCTGCCATGGGCC;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=142;TCR=148;TR=290;WE=8551102;WS=8551084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	8551852	rs11669139	A	G	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=66;PP=2957;SC=GCTGCAAGGCATGCCTTAGGA;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=108;TCR=66;TR=173;WE=8551860;WS=8551842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	8553457	rs78149642	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.266;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=8;PP=1121;ReadPosRankSum=-1.324;SC=ATTGGTTCTCGCCATTGTATT;SOR=1.372;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=65;TCR=12;TR=58;WE=8553465;WS=8553447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,60:0.73:82
chr19	8553630	rs6992	C	T	7363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=133;PP=2965;SC=AGGGGTGTGGCGTGGTTAAGT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=125;TCR=133;TR=257;WE=8553638;WS=8553620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
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chr19	8563456	rs2910435	C	G	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=60;PP=2655;SC=GTGTCCCAGCCGCTCCAAACC;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=142;WE=8563464;WS=8563446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
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chr19	8657092	rs71179860	C	CGGGATGGGGCTGGAAG	673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.567;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=2897;ReadPosRankSum=0.282;SC=TCAGCCTCTCCGGGATGGGCA;SOR=0.343;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=10;WE=8657100;WS=8657082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr19	8662350	rs7248483	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr19	8808373	rs4804079	G	T	3340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=65;PP=2118;ReadPosRankSum=-1.726;SC=GCGGTCAGGTGGTTGCCCGCC;SOR=0.280;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=200;TCF=111;TCR=89;TR=135;WE=8808381;WS=8808363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,145:0.70:207
chr19	8808900	rs10410943	A	G	4695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.774;SC=AATAACCACCACGCCGGTCTT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=358;TCF=188;TCR=170;TR=218;WE=8808908;WS=8808890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,224:0.61:367
chr19	8808942	rs2340550	A	G	4265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=93;PP=2894;ReadPosRankSum=0.332;SC=CATGCCGGGGAAGTCCCGCTG;SOR=0.753;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=159;TCR=153;TR=185;WE=8808950;WS=8808932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,192:0.59:326
chr19	8809100	rs62117992	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.411;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=302;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GTTGGGGTTGTGGGGAGAAGA;SOR=0.096;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=26;WE=8809108;WS=8809090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr19	8841558	rs28324	T	C	5836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.145;SC=CCCGGCTCCATACACCCATGT;SOR=0.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=171;TCR=167;TR=241;WE=8841566;WS=8841548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,250:0.71:354
chr19	8923117	rs250315	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-5.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=273;ReadPosRankSum=0.125;SC=CCAGGAACACAGCATTCTCAA;SOR=0.121;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=23;WE=8923125;WS=8923107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr19	8932092	rs2910347	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.667;NF=0;NR=20;PP=388;ReadPosRankSum=0.395;SC=AGCACGAGATGTTGGGGGGGG;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=20;WE=8932100;WS=8932082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr19	8932524	rs12978839	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=139;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CACACTGACATTTTCTGGGCA;SOR=0.036;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=10;WE=8932532;WS=8932520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr19	8953801	rs2969292	T	C	5790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=85;PP=2965;SC=AATTTCTGGTTACTGAGGAAG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=100;TCR=85;TR=185;WE=8953809;WS=8953791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	8953922	rs2972588	C	T	5711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=110;PP=2965;SC=CCAAGAAGGCCGTCCTGAAAA;SOR=1.120;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=80;TCR=110;TR=190;WE=8953930;WS=8953912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	8961772	rs2972591	A	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=464;SC=ATTATTTGTCAATTAATTAAA;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=8961780;WS=8961762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	8961981	rs1035442	C	G	11852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=221;PP=2965;SC=CATGTGATGACTCCCAGGAGT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=422;TCF=200;TCR=222;TR=421;WE=8961989;WS=8961971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr19	8962315	rs2910353	C	A	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	8974237	rs11670820	G	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=519;SC=GGCATTGCAGGAGCTCTTAGA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=8974245;WS=8974227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	8976471	rs3764554	G	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=28;PP=868;SC=GAGAGGTCCCGAGACCTCTGC;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=8976479;WS=8976461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	8976504	rs3764553	G	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=19;PP=762;SC=GTGGAGGGAGGAGCAGGGGAA;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=8976512;WS=8976494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	8976713	rs3764552	A	G	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=65;PP=2965;SC=TTATCCCACCAGGAGCTGCTG;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=107;TCR=65;TR=172;WE=8976721;WS=8976703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	8976921	rs11085755	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=43;PP=1248;SC=GATCAGACTGCGCTCATTATT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=8976929;WS=8976911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	8977514	rs1469077	A	G	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=13;PP=1338;SC=TATGCCAGGTATCTCACCCCA;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=8977522;WS=8977504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	8982084	rs3752139	C	G	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=10;PP=877;SC=AGAGAACCGGCAAACAGACAC;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=8982092;WS=8982074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	8987133	rs3764555	T	C	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=97;NR=74;PP=2965;SC=AGAAGGGAGCTTGGGTTGGTC;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=97;TCR=74;TR=171;WE=8987141;WS=8987123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
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chr19	8992981	.	T	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-5.112;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr19	8992988	rs371102230	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-5.421;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,4:0.10:42
chr19	8994113	rs2009979	T	C	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=7;PP=1470;SC=ACACTTGGGGTAGCCAGACTG;SOR=3.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=60;WE=8994121;WS=8994103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	8994285	rs752410	T	A	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=63;PP=2081;SC=TGGAAGGGGCTGTAATCAGGG;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=107;WE=8994293;WS=8994275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	8994373	rs873869	A	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=29;PP=1373;SC=TAGGTGGAACAAGACAAGGTG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=8994381;WS=8994363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	8995853	rs11672574	T	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=9;PP=469;SC=CTCTCAGATCTTTCCCTCATG;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=8995861;WS=8995843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	8997415	.	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=17.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-10.698;QD=2.39;ReadPosRankSum=-3.167;SOR=1.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,11:0.09:116
chr19	8997421	.	A	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=23.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQRankSum=-11.235;QD=2.75;ReadPosRankSum=-2.876;SOR=1.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,15:0.12:128
chr19	8997424	.	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.810;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=25.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-11.098;QD=2.36;ReadPosRankSum=-3.055;SOR=1.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,21:0.14:149
chr19	8997454	rs76629162	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=30.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-12.504;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.122;SOR=1.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,28:0.14:198
chr19	8997463	rs73001893	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=27.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-13.429;QD=2.32;ReadPosRankSum=3.110;SOR=1.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,28:0.12:227
chr19	8997472	rs113387108	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=26.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-13.823;QD=2.02;ReadPosRankSum=3.327;SOR=1.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,28:0.12:240
chr19	8997481	.	C	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=23.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-14.177;QD=1.82;ReadPosRankSum=2.679;SOR=1.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,28:0.11:252
chr19	8997482	.	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=23.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-14.236;QD=1.83;ReadPosRankSum=2.534;SOR=1.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,28:0.11:254
chr19	8997499	.	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=16.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-15.076;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=1.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,27:0.09:286
chr19	8997515	.	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.542;ClippingRankSum=0.000;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=36.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-16.874;QD=0.17;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,17:0.06:305
chr19	8998532	rs57902801	T	C	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=741;SC=GTGTCCCCTTTCTTATCCCTA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=8998540;WS=8998522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	8998752	.	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.670;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=5.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-9.485;QD=2.37;ReadPosRankSum=-1.821;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,22:0.12:177
chr19	8998763	rs375722672	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-8.737;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,17:0.11:154
chr19	8998766	.	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-8.490;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,18:0.12:155
chr19	8998775	.	G	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.408;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-8.253;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,16:0.11:146
chr19	8998782	.	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.535;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-5.732;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,15:0.11:136
chr19	8998790	.	GTGTTGAACC	G	165.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.579;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=12.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-4.972;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.983;SOR=2.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,13:0.11:119
chr19	8998800	.	C	CAGCAAGCAT	222.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=12.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-2.528;QD=2.10;ReadPosRankSum=2.101;SOR=2.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,13:0.12:106
chr19	8998830	.	G	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.382;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=11.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-4.393;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.099;SOR=2.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr19	8998832	.	AT	A	540.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.282;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=20.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-1.824;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=4.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
chr19	8998834	.	T	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=20.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-1.765;QD=7.43;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=4.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr19	8998837	.	T	TGA	510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=21.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-1.773;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=4.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr19	8998839	.	GAC	G	516.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=18.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-1.880;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.057;SOR=4.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
chr19	8998840	.	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-4.348;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,6:0.09:69
chr19	8998849	.	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-5.077;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.887;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,6:0.09:66
chr19	8998851	.	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.713;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=21.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-0.833;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.149;SOR=4.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,13:0.20:65
chr19	8998857	.	G	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=18.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-0.784;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.280;SOR=4.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr19	8998863	.	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=16.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-1.484;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
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chr19	8998870	.	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=16.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=-0.860;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.050;SOR=3.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,9:0.15:62
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chr19	9009206	.	A	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-7.709;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,6:0.10:61
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chr19	9009215	.	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.297;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-7.902;QD=0.57;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,6:0.09:64
chr19	9009239	.	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-9.931;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,12:0.10:122
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chr19	9009254	rs375943736	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-12.099;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.483;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,16:0.09:171
chr19	9009570	rs80323209	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=4.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-8.184;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.922;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
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chr19	9025676	.	GGC	G	587.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.808;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=61.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-10.749;QD=3.00;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=6.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,27:0.14:196
chr19	9025679	.	A	AAG	593.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.032;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=61.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-10.630;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=6.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,27:0.14:192
chr19	9025682	.	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.615;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=43.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-10.007;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=4.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,26:0.14:187
chr19	9025686	.	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.504;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=49.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-9.984;QD=2.84;ReadPosRankSum=-1.708;SOR=5.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,23:0.13:175
chr19	9025689	.	A	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.614;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=49.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-9.735;QD=2.93;ReadPosRankSum=-2.666;SOR=5.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,23:0.14:167
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chr19	9025695	.	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.249;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=34.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-8.266;QD=2.13;ReadPosRankSum=-2.018;SOR=5.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,17:0.11:156
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chr19	9043347	rs10425275	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.780;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=-0.741;SC=AGGGAATGGGGGATACTTTCC;SOR=0.061;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=9;WE=9043355;WS=9043337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
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chr19	9047267	rs10410169	C	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,61:0.27:227
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chr19	9048170	rs10417600	G	A	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=995;ReadPosRankSum=0.825;SC=AGTGACCAGAGAGGTCACCAT;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=114;TCR=75;TR=62;WE=9048178;WS=9048160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,65:0.33:197
chr19	9048342	rs10854118	C	T	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=50;PP=2011;ReadPosRankSum=-1.922;SC=GGGGTCACCACTCCTGATACC;SOR=0.658;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=180;TCF=94;TCR=86;TR=117;WE=9048350;WS=9048332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,125:0.66:190
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chr19	9049339	rs11883220	C	G	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1017;ReadPosRankSum=0.962;SC=ATGAGGCTATCGTCTTTGGTT;SOR=0.737;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=270;TCF=133;TCR=137;TR=81;WE=9049347;WS=9049329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,84:0.30:279
chr19	9049396	rs10425044	C	G	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=996;ReadPosRankSum=-2.977;SC=TTCTGTCTGTCCCAGAACTAG;SOR=1.104;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=241;TCF=129;TCR=112;TR=74;WE=9049404;WS=9049386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,74:0.29:252
chr19	9049726	rs11670328	G	A	4879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.074;SC=CTGAGCTGACGTCTGCCCCAT;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=132;TCR=105;TR=183;WE=9049734;WS=9049716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,201:0.79:256
chr19	9056930	rs918535	T	G	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=0.722;SC=GGGACATGTTTGTCTTCCTAA;SOR=0.690;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=291;TCF=166;TCR=125;TR=104;WE=9056949;WS=9056908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,109:0.34:316
chr19	9056941	rs10410136	A	G	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GTCTTCCTAAATCCAGAAGTC;SOR=0.523;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=302;TCF=165;TCR=137;TR=113;WE=9056949;WS=9056908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,119:0.37:325
chr19	9056982	rs11670318	G	A	4724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=94;PP=2937;ReadPosRankSum=0.006;SC=CTCAAATCCTGTGGTCTCAAA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=169;TCR=153;TR=200;WE=9056990;WS=9056972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,215:0.62:344
chr19	9057408	rs1423051	A	G	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=100;PP=2965;SC=TTCCACAAAGAGAGAGCTCTT;SOR=0.930;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=131;TCR=101;TR=231;WE=9057416;WS=9057398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
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chr19	9057704	rs12984130	G	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=681;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TAGAGGACATGATTTCTGTCA;SOR=0.889;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=188;TCF=100;TCR=88;TR=57;WE=9057712;WS=9057694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,60:0.30:197
chr19	9057721	rs2216662	C	T	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=59;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GTCATGGAGACTTCAGTAGTA;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=105;TCR=84;TR=130;WE=9057729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,137:0.69:199
chr19	9057750	rs12982113	T	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.691;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=686;ReadPosRankSum=1.261;SC=GGGCACTCCATAAAGGACTGC;SOR=0.986;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=177;TCF=89;TCR=88;TR=52;WE=9057758;WS=9057740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,56:0.31:182
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chr19	9058907	rs1833777	G	C	2971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=41;PP=2051;ReadPosRankSum=-2.094;SC=TTTCAAAAACGTGAATTGCCT;SOR=0.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=106;WE=9058915;WS=9058897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,118:0.75:158
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chr19	9070837	rs2547067	G	A	8545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=150;PP=2965;SC=GCTATTGTGGGCCGATCAAGG;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=279;TCF=129;TCR=150;TR=279;WE=9070850;WS=9070827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
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chr19	9072296	rs7254970	G	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,45:0.28:163
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chr19	9072742	rs2591590	T	C	4886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=108;PP=2941;ReadPosRankSum=1.218;SC=TCCTGGGAGATGCTGGTCTCC;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=275;TCF=128;TCR=147;TR=202;WE=9072750;WS=9072732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,217:0.73:298
chr19	9074265	rs10406209	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=761;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TGCAGCTCCAGTAGGACCTGT;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=89;TCR=97;TR=63;WE=9074273;WS=9074255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,65:0.32:201
chr19	9074950	rs2591591	G	T	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=77;PP=2489;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GTTGTAGCATGGATAGGTACC;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=244;TCF=127;TCR=117;TR=163;WE=9074958;WS=9074940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,170:0.66:257
chr19	9075217	rs2547068	T	A	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.475;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;PP=1625;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GACAGCCTGGTGATGGCTTCT;SOR=0.568;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=103;WE=9075225;WS=9075207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,114:0.73:157
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chr19	9075584	rs2547069	T	A	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;ReadPosRankSum=0.144;SC=TGACCCAGCCTGTGGTCTCTA;SOR=0.548;Source=Platypus;TCF=45;WE=9075592;WS=9075574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,78:0.67:116
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chr19	9076858	rs2547074	C	T	3654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=73;PP=2424;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GCTGTGGTTACGTCCAGGATG;SOR=0.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=211;TCF=103;TCR=108;TR=143;WE=9076866;WS=9076848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,154:0.68:228
chr19	9076929	rs2547075	T	G	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=56;PP=1940;ReadPosRankSum=2.036;SC=AATGTCACTTTTCACTGCACT;SOR=0.610;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=166;TCF=85;TCR=81;TR=119;WE=9076937;WS=9076919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,135:0.74:183
chr19	9076950	rs2547076	C	A	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=57;PP=1902;ReadPosRankSum=1.392;SC=TACATTGGCCCTCAGAGTCTC;SOR=0.604;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=167;TCF=87;TCR=80;TR=122;WE=9076958;WS=9076940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,134:0.74:181
chr19	9076991	rs2591595	C	T	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1848;ReadPosRankSum=-1.532;SC=TGACAGATGACGCAGAGCTTG;SOR=0.848;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=114;WE=9076999;WS=9076981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,127:0.71:178
chr19	9077060	rs2591596	C	T	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1452;ReadPosRankSum=0.077;SC=AGGGCAGAGACACTAGTGAGG;SOR=0.795;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=94;WE=9077068;WS=9077050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,101:0.62:163
chr19	9077264	rs1862461	T	G	4363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=84;PP=2940;ReadPosRankSum=1.834;SC=CTGTGGTGCTTACCCATGTCT;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=303;TCF=160;TCR=143;TR=185;WE=9077272;WS=9077254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,194:0.61:320
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chr19	9077803	rs2591597	T	C	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=804;ReadPosRankSum=-0.841;SC=GGGCTGATGCTGGGTTCCTTG;SOR=0.654;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=69;WE=9077811;WS=9077793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,75:0.60:124
chr19	9077902	rs2547077	A	G	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=595;ReadPosRankSum=-2.131;SC=GTATATGCAAATGGTACAGAA;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=40;WE=9077910;WS=9077892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr19	9077984	rs2547078	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TTCCTCCTTCTCTGGGAAAGA;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=9077992;WS=9077974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr19	9080283	.	G	GAGAA	334.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=0.000;QD=25.75;ReadPosRankSum=1.747;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr19	9080343	.	GAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGA	G	1356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.859;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr19	9080462	rs2547065	C	G	5980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=66;PP=2965;SC=TGCTGGACTGCTCCCCGTCTC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=120;TCR=66;TR=186;WE=9080470;WS=9080452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	9083124	rs12608495	G	A	3071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=66;PP=1974;ReadPosRankSum=0.772;SC=CCAAACTTGGGACCTCAGAAA;SOR=0.825;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=185;TCF=92;TCR=93;TR=127;WE=9083132;WS=9083114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,134:0.69:195
chr19	9083143	rs7245949	G	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=828;ReadPosRankSum=0.830;SC=AAACTCAAATGTCAAGGTAGA;SOR=0.698;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=58;WE=9083151;WS=9083133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,61:0.32:192
chr19	9083174	rs7245960	G	A	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.779;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=807;ReadPosRankSum=1.779;SC=CCCCAAGTTGGGGGAGCTGTA;SOR=0.793;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=186;TCF=94;TCR=92;TR=58;WE=9083182;WS=9083164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,61:0.31:198
chr19	9084183	rs1609460	G	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,59:0.25:238
chr19	9084216	rs1609459	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,66:0.26:257
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chr19	9086123	rs10402812	A	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=649;ReadPosRankSum=-1.090;SC=TTCTCTGTGTAAGTCATGGAA;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=44;WE=9086131;WS=9086113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,48:0.31:154
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chr19	9087615	rs1596798	T	A	12161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=220;NR=211;PP=2965;SC=TTTCTGCCAATTTTGTGTAAT;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=432;TCF=221;TCR=211;TR=431;WE=9087623;WS=9087605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr19	9088017	rs1596797	T	G	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=1482;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CCATGGTAAGTTTGATGGTGC;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=375;TCF=191;TCR=184;TR=119;WE=9088025;WS=9088007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,120:0.31:391
chr19	9090531	rs12976721	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,46:0.28:165
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chr19	9226017	rs2217657	C	G	6860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=120;PP=2965;SC=TCAGCAAGCCCCAGAAATGGA;SOR=0.812;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=240;TCF=120;TCR=120;TR=237;WE=9226025;WS=9226007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	9226192	rs6511874	A	G	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=42;PP=943;ReadPosRankSum=-1.415;SC=TTGGATGTTCACTAGGATCTT;SOR=0.735;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=254;TCF=120;TCR=134;TR=76;WE=9226200;WS=9226182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,80:0.30:265
chr19	9226540	rs36095111	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.255;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=0.294;SC=GAAAAGGGGTAGATTCTAAGG;SOR=0.022;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=9;WE=9226548;WS=9226530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr19	9236698	rs111867493	G	GATGGT	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=427;ReadPosRankSum=2.433;SC=TCAATGGAAAGATGGTATCCT;SOR=0.446;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=9;WE=9236706;WS=9236688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr19	9236886	rs10424352	A	G	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,135:0.29:468
chr19	9237435	rs10407484	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=408;ReadPosRankSum=-2.211;SC=AGGACAGGATAGAGAGGAGGA;SOR=0.350;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=34;WE=9237443;WS=9237425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,35:0.28:126
chr19	9237542	rs10414255	T	C	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=892;ReadPosRankSum=-0.791;SC=AGGAACAGCATGAAGAGGATG;SOR=0.601;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=120;TCR=87;TR=73;WE=9237550;WS=9237532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,82:0.37:224
chr19	9237746	rs369468829	TTTTC	T	205.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;QD=29.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr19	9346427	rs1968136	T	C	13790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=239;NR=264;PP=2965;SC=TATGTGGCCATGGCACTGCTG;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=504;TCF=240;TCR=264;TR=503;WE=9346435;WS=9346417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr19	9346599	rs1985937	C	G	7183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;PP=2965;SC=GGGTCTATCTCAGTTCTGCTG;SOR=0.805;SbPval=0.57;Source=Platypus;TCF=122;WE=9346607;WS=9346589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	9415942	.	TAC	T	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=2.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,17:0.20:83
chr19	9434869	.	C	T	8001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=1.113;SC=GCATAACGGCCGCCATCTTAA;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=439;TCF=252;TCR=187;TR=320;WE=9434877;WS=9434859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,342:0.73:467
chr19	9434930	rs10411624	T	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.721;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,97:0.24:400
chr19	9435320	rs368039177	GA	G	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=9.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.31;MQRankSum=2.859;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.491;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr19	9448917	rs8113427	T	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GATCAGTTTCTTTTTTGGCAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=9448925;WS=9448907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	9449149	rs8110197	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=2.030;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr19	9449337	rs8110584	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=1.137;SC=AGTGGAACAGGGCCCCTGCAA;SOR=0.719;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=11;WE=9449345;WS=9449327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr19	9452026	rs55837495	ACT	A	964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.751;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,31:0.25:124
chr19	9489132	rs2304110	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=579;ReadPosRankSum=0.242;SC=CTTCATCTTCCGCAGCTCCCA;SOR=0.545;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=191;TCF=85;TCR=106;TR=58;WE=9489140;WS=9489122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,61:0.30:204
chr19	9490358	rs12461520	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=98;ReadPosRankSum=0.328;SC=TTGGGAATGTCACTCAGTGAA;SOR=0.354;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=10;WE=9490366;WS=9490348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr19	9490814	rs2217652	C	T	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,95:0.27:354
chr19	9491210	rs1347165	C	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr19	9492141	rs3826783	C	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=722;ReadPosRankSum=-0.929;SC=AAGCCTTCATCGATCAGTCAT;SOR=0.778;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=71;WE=9492149;WS=9492131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,78:0.31:254
chr19	9492370	rs2230752	A	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,67:0.27:245
chr19	9524185	rs2241356	A	G	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.166;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=898;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GAAACTTAAAAGCTTTGCCAC;SOR=0.459;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=196;TCF=109;TCR=87;TR=72;WE=9524193;WS=9524175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,74:0.36:206
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chr19	9646739	rs888872	C	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=470;SC=ACAGGCAGAGCCTGACTCACA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=9646747;WS=9646729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	9673271	rs147918159	CTCT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.647;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.375;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr19	9771286	.	GA	G	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=3.536;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr19	9804539	rs56153942	C	T	9973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.787;NF=190;NR=230;PP=2962;ReadPosRankSum=1.455;SC=ATGAACACTGCCATGAATGTT;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=686;TCF=317;TCR=369;TR=420;WE=9804547;WS=9804529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,439:0.62:713
chr19	9805397	rs77670201	A	G	4642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.556;NF=100;NR=86;PP=2862;ReadPosRankSum=-1.206;SC=AGAAGGAAATATGTCTACCTA;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=147;TCR=126;TR=186;WE=9805405;WS=9805387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,201:0.69:293
chr19	9958878	rs2010457	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=116;ReadPosRankSum=-0.582;SC=GGTAGAGGCCAGGAGGGTCTG;SOR=1.445;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=10;WE=9958886;WS=9958868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr19	9964823	rs8111802	A	G	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.286;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=13;PP=1763;ReadPosRankSum=0.194;SC=CCCAGCCCCCAGAGGCCCCCC;SOR=2.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=74;TCR=14;TR=86;WE=9964831;WS=9964813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr19	9968139	rs11556087	G	A	5174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=1.893;SC=CAACAGTTCCGTCATCCTGTC;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=131;TCR=167;TR=223;WE=9968147;WS=9968129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,233:0.75:310
chr19	9968434	rs2303100	C	T	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=39;PP=1224;ReadPosRankSum=-1.018;SC=TGCCCGGAGCCGCGCATCCAG;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=73;WE=9968442;WS=9968424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr19	10071063	rs10406152	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=224;ReadPosRankSum=0.719;SC=GGCTCCCTCATGGTCCCTCCC;SOR=0.871;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=19;WE=10071071;WS=10071053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,19:0.28:69
chr19	10071347	rs2277969	C	T	6959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=0.935;SC=TCCTGGGGGACGCTGACAGTG;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=398;TCF=191;TCR=207;TR=276;WE=10071355;WS=10071337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,299:0.69:432
chr19	10071634	rs918542	T	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=48;PP=1106;SC=AGCCACCCCCTGGAATCTCCA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=57;WE=10071642;WS=10071624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	10071669	rs2277968	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=0.047;SC=AGCCACCCCCCCCATGTCACC;SOR=0.223;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=15;WE=10071677;WS=10071659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr19	10077158	rs3745582	C	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,44:0.33:134
chr19	10077419	rs3745584	C	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr19	10078012	.	G	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,54:0.28:192
chr19	10078171	rs3074540	TCACA	T	848.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=6.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=1.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,27:0.25:108
chr19	10078208	rs2059144	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.862;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=138;ReadPosRankSum=1.608;SC=CATACACACTCACTCACACAC;SOR=2.186;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=14;WE=10078216;WS=10078198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr19	10079013	rs3815747	G	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=270;ReadPosRankSum=0.160;SC=TCTCTCAACCGACCCCCTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=20;WE=10079021;WS=10079003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr19	10079093	rs3815746	C	T	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,66:0.26:257
chr19	10080410	rs2277965	C	G	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=60;ReadPosRankSum=0.392;SC=TTCCTGCCTCCTGACCCCTGC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=168;TR=111;WE=10080418;WS=10080400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,114:0.30:386
chr19	10080619	rs57674179	A	AG	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr19	10081193	rs62104327	T	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.809;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr19	10081200	rs62104328	T	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=1.091;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr19	10081276	rs1895371	C	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=404;ReadPosRankSum=-0.901;SC=GCTGAGGACCCAGGAGGTGGC;SOR=0.970;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=135;TCF=97;TCR=38;TR=38;WE=10081284;WS=10081266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr19	10084292	rs2287813	C	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=425;ReadPosRankSum=0.101;SC=AGCGTCCCCTCGCTCACCCTG;SOR=0.891;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=140;TCF=89;TCR=51;TR=40;WE=10084300;WS=10084282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,44:0.29:151
chr19	10084422	rs2287812	C	T	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.422;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=37;PP=964;ReadPosRankSum=2.432;SC=CCCTGCCTTCCCTCACTCACC;SOR=0.479;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=264;TCF=154;TCR=110;TR=83;WE=10084430;WS=10084412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,87:0.31:277
chr19	10084551	rs2287811	T	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,93:0.23:408
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chr19	10089262	rs12610207	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=476;ReadPosRankSum=2.334;SC=TGGCCCCCACGGGCCCTGGGG;SOR=0.657;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=43;WE=10089270;WS=10089252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,45:0.35:129
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chr19	10091267	rs144086896	A	ATCTC	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=0.753;SC=TCCACTCAGAATCTCTCTCTC;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=22;WE=10091286;WS=10091257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr19	10091294	rs71188870	TCA	T	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.370;NF=14;NR=10;PP=795;ReadPosRankSum=0.506;SC=ACACACACATTCACACACACA;SOR=0.791;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=24;WE=10091303;WS=10091284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr19	10096650	rs1862474	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,41:0.25:161
chr19	10096686	rs1862473	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=399;ReadPosRankSum=1.324;SC=TTGGGGAAACGAGGTTCAAGT;SOR=0.653;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=31;TCR=69;TR=31;WE=10096694;WS=10096676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr19	10097187	rs60604169	G	GC	2916.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=5.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.214;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,137:0.29:471
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chr19	10097554	rs3214451	A	AG	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.335;NF=1;NR=7;PP=152;ReadPosRankSum=0.698;SC=AGAAGCTGGGAGGGGCAGCTT;SOR=0.297;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=8;WE=10097562;WS=10097544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr19	10099744	rs11879755	C	T	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.709;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,45:0.27:164
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chr19	10099910	rs2287805	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=2.045;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,81:0.18:444
chr19	10100061	rs2287804	C	A	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=1.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,126:0.28:457
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chr19	10102676	rs7252953	A	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,66:0.25:269
chr19	10103583	rs2010448	C	T	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=846;ReadPosRankSum=-0.430;SC=GAATTATTTCCACATCACCTC;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=237;TCF=143;TCR=94;TR=71;WE=10103591;WS=10103573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,72:0.29:247
chr19	10104154	rs2277964	G	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=440;ReadPosRankSum=0.534;SC=GGGTGTGGGCGGAGAGACCAG;SOR=1.214;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=31;WE=10104162;WS=10104144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr19	10104272	rs2277963	G	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=13;PP=771;ReadPosRankSum=0.733;SC=CTTAGACTTGGGGGAGGGACC;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=139;TCR=41;TR=57;WE=10104280;WS=10104262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,55:0.31:177
chr19	10106671	rs3745592	C	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,67:0.28:243
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chr19	10107023	rs191965866	C	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.593;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=407;ReadPosRankSum=1.041;SC=AGAAAAATAACCCCCTTCTCC;SOR=0.828;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=25;WE=10107031;WS=10107013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr19	10107455	rs139398421	A	AAG	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=182;ReadPosRankSum=0.283;SC=ATGAGTCAGAAAGAGAGAGAG;SOR=0.525;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=6;WE=10107463;WS=10107445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr19	10108714	rs7254800	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=48;PP=1211;ReadPosRankSum=0.048;SC=GAAGGGAGAAGTGAGTGTCGG;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=340;TCF=194;TCR=146;TR=110;WE=10108722;WS=10108704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,116:0.32:358
chr19	10108929	rs3745596	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CACACACACACACACGGAGTC;SOR=1.247;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=19;WE=10108937;WS=10108919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr19	10112148	rs12980478	T	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1144;ReadPosRankSum=1.827;SC=TAAAAAAATTTTAATAGGAAT;SOR=0.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=79;WE=10112156;WS=10112138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,86:0.60:144
chr19	10112346	rs2287803	T	C	13955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=271;NR=225;PP=2965;SC=TCCAAGCTCCTCTGAGAACGT;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=499;TCF=272;TCR=227;TR=496;WE=10112354;WS=10112336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,515:1.00:515
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chr19	10114759	rs76321360	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,37:0.27:137
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chr19	10116703	rs11085530	A	G	5381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.048;SC=AGGGCCCAGCAGTGCCTCCCT;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=356;TCF=186;TCR=170;TR=237;WE=10116711;WS=10116693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,247:0.66:373
chr19	10120887	rs8108121	C	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=790;ReadPosRankSum=1.113;SC=TTCCCCTCCACGCCCCTCCAC;SOR=0.660;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=55;WE=10120895;WS=10120877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,54:0.76:71
chr19	10129262	rs1644733	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=447;ReadPosRankSum=0.200;SC=GTTTAAAGGTTACCAAGGTTT;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=21;WE=10129270;WS=10129252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr19	10129552	rs1122206	C	G	4041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=95;PP=2834;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GGCAGGGCCACATCGTGGTGA;SOR=0.672;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=77;TCR=127;TR=152;WE=10129560;WS=10129542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,164:0.75:219
chr19	10131756	rs117289720	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=0.732;SC=GAGGCTGAGGCGGAGGATTGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=10131764;WS=10131746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	10131852	rs2255079	A	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.343;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr19	10131866	rs2016307	A	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.18;ReadPosRankSum=1.243;SOR=1.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,67:0.86:78
chr19	10131999	rs1644731	TG	CA	8840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=89;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.336;SC=CAGGTTTCTATGGCTGAGTTC;SOR=0.591;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=302;TCF=162;TCR=140;TR=190;WE=10132008;WS=10131989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,221:0.68:325
chr19	10149131	rs17210660	G	T	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=73;PP=1975;SC=CTCCTCCCAGGATCTGTCCCA;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=120;WE=10149139;WS=10149121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	10149207	rs57198581	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=26;PP=768;SC=ATCTCTCTCAGGTTCCCGAGA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=10149215;WS=10149197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	10149223	rs16997792	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=468;SC=CGAGAGCCTGATGTACCTCCC;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=10149231;WS=10149213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	10160578	rs11085554	C	T	3083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=27;PP=2323;SC=CTGTCACCTACGCAGGCATCT;SOR=2.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=79;TCR=27;TR=106;WE=10160586;WS=10160568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	10165844	rs60321046	G	A	6850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	10165854	rs56717463	T	C	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.07;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr19	10165932	rs8113341	A	G	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=90;PP=2965;SC=GGCTACACTCAGATGCTGACC;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=108;TCR=90;TR=198;WE=10165940;WS=10165922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	10166114	rs10426597	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=30;PP=1595;SC=TGGGGTGTCCAGCGCACGGCC;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=10166122;WS=10166104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	10166233	rs10405132	C	T	17007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.72;SOR=1.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr19	10166243	rs10403535	G	T	20365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.66;SOR=1.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr19	10166253	rs10411594	T	C	21836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=1.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr19	10169245	rs1993466	A	G	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=62;PP=2965;SC=CATCCACAGGATGGCTACCAA;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=114;TCR=62;TR=175;WE=10169253;WS=10169235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	10169261	rs11667703	C	T	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=88;PP=2965;SC=ACCAAGGCTCCGAGGAGGATG;SOR=1.111;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=136;TCR=88;TR=224;WE=10169269;WS=10169251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	10169278	rs4552116	T	G	7062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.477;SC=GATGTATCCCTCACAGCTCTT;SOR=0.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=155;TCR=113;TR=267;WE=10169286;WS=10169268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr19	10169477	rs11667515	G	A	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.840;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=2.289;SC=CCTCCCTCTGGCCCTCTAGAA;SOR=0.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=134;TCR=90;TR=223;WE=10169485;WS=10169467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr19	10192425	rs112439574	G	GGAA	977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.03;QD=37.61;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	10197488	rs139505689	G	GC	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=3.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr19	10218030	rs1551570	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=0.199;SC=CTGCGTCCGACTGACTCTAAA;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=10218038;WS=10218020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr19	10218434	rs55752217	C	T	4142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=84;PP=2847;ReadPosRankSum=0.063;SC=CTCCGGGCACCTCTGCTAGAC;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=120;TCR=122;TR=166;WE=10218449;WS=10218424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,172:0.68:254
chr19	10221151	rs2305792	C	G	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=1726;ReadPosRankSum=-1.836;SC=ACCCGCGTCTCTTGGCTCAGT;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=80;TCR=109;TR=117;WE=10221159;WS=10221141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,120:0.61:198
chr19	10222558	rs2010353	G	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GAGGTCGAGGGGGGTGGAACA;SOR=0.148;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=10222566;WS=10222548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr19	10224526	rs3745600	C	T	6595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.653;SC=TGCTCTGCGCCCTGACGCTGC;SOR=0.830;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=371;TCF=183;TCR=188;TR=252;WE=10224534;WS=10224516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,270:0.68:397
chr19	10225682	rs3816556	G	C	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1161;ReadPosRankSum=-1.009;SC=AGAACAAAAAGAACCAAGTAG;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=252;TCF=142;TCR=110;TR=84;WE=10225690;WS=10225672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,86:0.33:260
chr19	10225777	rs7401	A	G	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=63;PP=1760;ReadPosRankSum=-1.811;SC=CCGAGTACACAGTGGCAGCTG;SOR=0.583;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=127;WE=10225785;WS=10225767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,131:0.65:202
chr19	10226052	rs2305795	G	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=340;ReadPosRankSum=1.276;SC=AAAACCAGCCGGGGGACTGTT;SOR=0.450;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=22;WE=10226060;WS=10226042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr19	10226256	rs7710	A	G	3507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=55;PP=2330;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TGATGAAGGCAAAGCCCTGTG;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=153;TCR=86;TR=155;WE=10226264;WS=10226246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,161:0.66:245
chr19	10226340	rs71188883	GTGCC	G	5741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.934;NF=30;NR=119;PP=2979;ReadPosRankSum=0.348;SC=CAGCCCCACCGTGCCTGCCTG;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=269;TCF=56;TCR=213;TR=149;WE=10226351;WS=10226330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,257:0.66:392
chr19	10229297	rs11667630	C	A	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.748;NF=66;NR=44;PP=1818;ReadPosRankSum=0.698;SC=TCCGGGAGCACGGTTTTCCAA;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=100;TCR=67;TR=110;WE=10229305;WS=10229287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,109:0.65:168
chr19	10229521	rs2290687	C	T	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=77;PP=2491;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AGGGTCCCCACTCCCTGCACC;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=130;TCR=109;TR=168;WE=10229529;WS=10229511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,176:0.72:245
chr19	10229726	rs149991692	TGGCAGTCCTCACTCACCTCCC	T	2125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.91;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr19	10251747	rs2290684	A	G	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1318;ReadPosRankSum=3.285;SC=GTTACAGAAGAATAACTTGAA;SOR=0.562;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=77;WE=10251755;WS=10251737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,80:0.58:138
chr19	10257245	rs2288349	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=486;ReadPosRankSum=-1.742;SC=TGAGGTGGCCGGCAGTGGCCG;SOR=0.853;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=114;TCF=31;TCR=83;TR=35;WE=10257253;WS=10257235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,37:0.31:119
chr19	10265248	rs2114724	T	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=754;ReadPosRankSum=0.271;SC=CTCTGGTCCCTGCCGCATCCT;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=111;TCR=94;TR=64;WE=10265256;WS=10265238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,61:0.29:210
chr19	10265312	rs721186	T	C	5542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=102;PP=2965;SC=GCATGCAGGGTGTCAGGAAGA;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=104;TCR=103;TR=206;WE=10265320;WS=10265302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	10267077	rs2228611	T	C	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,89:0.34:264
chr19	10270746	rs3079962	GA	G	1269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.614;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,76:0.41:185
chr19	10334443	rs2116941	A	C	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	10334663	rs2116942	T	G	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=597;ReadPosRankSum=-0.048;SC=ACCCCCGGCCTCCAGCACTGC;SOR=0.451;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=104;TCF=81;TCR=23;TR=48;WE=10334671;WS=10334653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,49:0.49:101
chr19	10363455	rs35087032	C	CT	1905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.403;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=1141;ReadPosRankSum=-1.595;SC=TGACTTTGGGCTTGTACCCTT;SOR=0.322;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=31;WE=10363463;WS=10363445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,64:0.68:94
chr19	10370542	rs11115	C	T	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=86;PP=1955;ReadPosRankSum=-0.351;SC=TTGGGAGCCTCAGGCCCACGC;SOR=0.953;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=194;TCF=63;TCR=131;TR=124;WE=10370550;WS=10370532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,126:0.64:197
chr19	10385743	rs5030352	C	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=756;ReadPosRankSum=-0.284;SC=TAGGCAGACCCGGTGGGAGAG;SOR=0.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=37;WE=10385751;WS=10385733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr19	10395683	rs5498	A	G	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=787;ReadPosRankSum=-0.108;SC=GGTCACCCGCAAGGTGACCGT;SOR=0.460;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=60;WE=10395691;WS=10395673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,60:0.41:146
chr19	10402131	rs901886	T	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=47;PP=1040;ReadPosRankSum=0.287;SC=CAAGTCCCGGTGTTCAAAGAG;SOR=0.766;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=259;TCF=134;TCR=125;TR=91;WE=10402139;WS=10402121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,90:0.34:265
chr19	10402938	rs1056538	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,52:0.32:161
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chr19	10404519	rs17852402	G	A	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=942;ReadPosRankSum=2.142;SC=CCGTCATCGAGGGGCTGTTGC;SOR=0.623;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=211;TCF=99;TCR=112;TR=71;WE=10404527;WS=10404509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,73:0.33:218
chr19	10405906	rs34124276	C	CT	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.992;NF=10;NR=3;PP=464;ReadPosRankSum=-0.567;SC=AGGCAGGATCCTCTTCTGCCC;SOR=0.993;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=13;WE=10405914;WS=10405896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr19	10407169	rs710845	G	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.390;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr19	10415781	rs2291473	T	C	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=508;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CCTTCCTGAATGGGGTCCAGG;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=103;TCR=51;TR=49;WE=10415789;WS=10415771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,50:0.31:160
chr19	10416444	rs73510898	G	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=939;ReadPosRankSum=-0.900;SC=ATGGAGAAGGGGGGGGCAGGG;SOR=0.437;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=58;WE=10416452;WS=10416434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,62:0.72:86
chr19	10416777	rs35251981	A	ATAT	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.619;NF=0;NR=6;PP=231;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTCATTAGTAATATTATTATT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=10416785;WS=10416767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr19	10419130	rs281417	C	T	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=687;ReadPosRankSum=-1.469;SC=GCCCCAGGACCGGGGTGTCCT;SOR=0.835;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=92;TCR=91;TR=64;WE=10419138;WS=10419120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,67:0.36:188
chr19	10426512	rs78295726	C	T	15203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=286;NR=255;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CTGCCCGCCCCGGGCGCCCCA;SOR=0.304;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=544;TCF=288;TCR=256;TR=541;WE=10426525;WS=10426502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,570:1.00:571
chr19	10429120	rs281427	T	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=49;PP=1341;SC=ATCTTCCCTCTGCCTCCCAGG;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=10429128;WS=10429110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	10444603	rs2230399	C	G	3166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2212;ReadPosRankSum=-1.899;SC=CAGATAGGTGCTCTCCTCCCT;SOR=0.828;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=506;TCF=265;TCR=241;TR=165;WE=10444611;WS=10444593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,169:0.32:524
chr19	10444826	rs2278442	G	A	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,143:0.30:473
chr19	10445165	rs61198164	C	A	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=60;PP=1276;ReadPosRankSum=1.505;SC=CTTTCCAGGGCAGGGGTGGAG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=362;TCF=169;TCR=193;TR=114;WE=10445173;WS=10445155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,121:0.32:375
chr19	10449392	rs2304240	A	G	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=68;PP=2965;SC=CTGTTATCTGAGAGCCATTGC;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=100;TCR=68;TR=167;WE=10449400;WS=10449382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	10464687	rs280497	A	G	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=69;NR=30;PP=1619;SC=ACGCCCCCTCAAGTCTCTAGG;SOR=1.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=99;WE=10464695;WS=10464677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	10467565	rs12720307	C	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr19	10468668	rs12720299	C	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=810;ReadPosRankSum=-0.306;SC=CAGGTCCCCTCAGGTACTCAC;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=101;TCR=71;TR=59;WE=10468676;WS=10468658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,63:0.32:194
chr19	10469975	rs12720356	A	C	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=42;PP=1545;ReadPosRankSum=0.887;SC=TGTCACCATGATATCTGTAAA;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=189;TCF=104;TCR=85;TR=98;WE=10469983;WS=10469965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,110:0.53:206
chr19	10471977	rs12720279	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=256;ReadPosRankSum=0.553;SC=GAGGGTCGACGTGTTGGGATG;SOR=0.660;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=15;WE=10471985;WS=10471970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr19	10472933	rs280519	A	G	6224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=114;NR=106;PP=2965;SC=TCCCCCTATCATCGTACCTCC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=114;TCR=106;TR=220;WE=10472941;WS=10472923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	10473138	rs280520	A	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=667;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GGTGCCTGGCAGGAGGTGGCA;SOR=0.810;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=54;WE=10473146;WS=10473128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,57:0.37:156
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chr19	10475652	rs2304256	C	A	4670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GGCTGGCCGACTGCCTTGTGA;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=141;TCR=161;TR=201;WE=10475660;WS=10475642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,208:0.66:315
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chr19	10543272	rs139275433	CCT	C	1344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.372;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.031;NF=0;NR=24;PP=893;ReadPosRankSum=-0.243;SC=GCCAGTCAGTCCTCTCTTTTA;SOR=0.916;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=24;WE=10543281;WS=10543262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr19	10577843	rs1051738	C	A	4291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=85;PP=2830;ReadPosRankSum=0.581;SC=GCATTGACTGCGCAGGGATTG;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=158;TCR=136;TR=184;WE=10577851;WS=10577833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,189:0.63:302
chr19	10600442	rs1048290	G	C	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=78;PP=2965;SC=CGGCATAAAGGAGACGATTGA;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=107;TCR=78;TR=185;WE=10600450;WS=10600432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	10624735	rs35483143	A	T	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.013;SC=GACCAGGCGCAGGAGCGCGTG;SOR=0.817;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=225;TCF=140;TCR=85;TR=90;WE=10624743;WS=10624725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,91:0.40:230
chr19	10625067	rs6511701	A	C	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=56;PP=1355;ReadPosRankSum=-0.007;SC=GTGCACAGATAGCGGCCAGGA;SOR=0.673;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=402;TCF=234;TCR=168;TR=130;WE=10625075;WS=10625057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,136:0.32:420
chr19	10665691	rs10419405	T	C	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.60;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	10665691	.	TTGAC	CTGAC,CTGAT	336	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=22,15;NR=4,2;PP=83,336;QD=4.52966202105;SC=CAACAAGAGGTTGACGGAGCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26,17;WE=10665703;WS=10665681;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:26
chr19	10665695	rs10413128	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.827;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr19	10665912	rs6146467	C	CCCGCCCTGCCCGCAGCGCACCTGGCT	8297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.31;NF=4;NR=17;PP=2975;SC=CCCGAGGCTGCCCGCCCTGCC;SOR=1.625;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=21;WE=10665920;WS=10665902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr19	10666112	rs12459941	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TAGTCAAAACGGTAATGCCGC;SOR=0.294;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=20;WE=10666120;WS=10666102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr19	10668383	rs3745256	T	C	8727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=217;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.322;SC=GCCAGGCTGCTGGGCTATGCC;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=599;TCF=283;TCR=316;TR=405;WE=10668391;WS=10668372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,397:0.68:588
chr19	10668452	rs3745255	A	G	9130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=194;PP=2965;SC=CACCGGGTTCAAACACGGGCT;SOR=1.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=111;TCR=194;TR=305;WE=10668460;WS=10668442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr19	10668673	rs1982074	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=929;ReadPosRankSum=-1.259;SC=CTCACAGTGCAGCTCCTGCTG;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=140;TCR=155;TR=86;WE=10668681;WS=10668652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,86:0.29:297
chr19	10668953	rs875569	G	A	3321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=86;PP=2239;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GAGCCCACTCGAGACATAGGA;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=75;TCR=123;TR=137;WE=10668961;WS=10668943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,142:0.71:201
chr19	10669032	rs892084	T	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=39;PP=1205;SC=TAGGGCTCCCTACAGCCCTCC;SOR=4.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=43;WE=10669040;WS=10669022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	10670184	rs3826709	C	G	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.965;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=41;PP=1330;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TGCTTGAGCTCTTCCTGCTTC;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=307;TCF=177;TCR=130;TR=102;WE=10670192;WS=10670174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,109:0.34:325
chr19	10670451	rs11672122	T	C	6334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.966;SC=GCCTGAACCCTGGGGGCTGAG;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=190;TCR=205;TR=277;WE=10670459;WS=10670441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,287:0.71:402
chr19	10670992	rs3745249	C	T	3189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=56;PP=1948;ReadPosRankSum=-0.338;SC=GCTCACCCCTCCTCTTCCTCC;SOR=0.956;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=213;TCF=121;TCR=92;TR=137;WE=10671000;WS=10670982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,145:0.65:224
chr19	10671585	rs11672425	A	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=650;ReadPosRankSum=0.793;SC=AGAGATGTACATATCCCATCT;SOR=0.336;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=39;WE=10671593;WS=10671575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr19	10671664	rs7259124	T	C	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,83:0.29:282
chr19	10673302	rs35523350	C	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=-0.399;SC=AGCCACCATGCCCGGCCCAGG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=7;WE=10673310;WS=10673293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr19	10676342	rs140326356	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.650;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=1209;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TCGGGGTGCAGAGGGGGGCTT;SOR=0.330;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=78;TCR=23;TR=36;WE=10676351;WS=10676332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr19	10676343	rs3745246	A	T	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.460;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=14;PP=2632;ReadPosRankSum=1.309;SC=CGGGGTGCAGAGGGGGGCTTG;SOR=1.222;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=80;TCR=23;TR=63;WE=10676351;WS=10676332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,63:0.62:102
chr19	10676423	rs3745245	G	A	4384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.380;NF=108;NR=63;PP=2856;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCGACTCGGAGCTGGAGTCGC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=286;TCF=179;TCR=107;TR=171;WE=10676431;WS=10676413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,185:0.61:301
chr19	10676487	rs61702518	G	GC	6299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=107;PP=2551;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CAGACGGGATGCCCCCCCCCA;SOR=0.680;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=351;TCF=108;TCR=243;TR=166;WE=10676498;WS=10676477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,281:0.58:488
chr19	10676681	rs3218222	T	C	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=52;PP=1338;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GGCATGGCGGTTCTGTGGCCC;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=10;TCR=71;TR=60;WE=10676689;WS=10676671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,61:0.74:82
chr19	10679067	rs33926515	GAGA	G	2990.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.388;NF=21;NR=26;PP=1948;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TGAAAGCCTAGAGAAGAAGGA;SOR=0.426;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=47;WE=10679077;WS=10679057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,77:0.62:125
chr19	10679240	rs1968445	C	G	9806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=181;NR=170;PP=2965;SC=GCACCAGCTCCCGGTGCAGAA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=181;TCR=170;TR=351;WE=10679248;WS=10679230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr19	10685859	rs1560712	G	C	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=64;PP=2081;SC=GAGATACCATGTCTACAAAAA;SOR=1.956;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=90;WE=10685867;WS=10685849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	10687757	rs7252007	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=355;ReadPosRankSum=0.299;SC=TCATGAGCCATCACACCTGAC;SOR=1.781;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=21;WE=10687765;WS=10687747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr19	10689518	rs73018654	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,16:0.18:88
chr19	10690557	rs10426276	G	C	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=65;PP=2069;SC=GTGGAGAGTGGAGAGTGACCC;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=106;WE=10690565;WS=10690547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	10692000	rs1045361	T	C	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=31;PP=822;ReadPosRankSum=2.197;SC=CTGGCATTCCTGACAGAAACA;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=142;TCR=88;TR=82;WE=10692008;WS=10691990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,90:0.37:245
chr19	10692117	rs2304161	T	C	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=0.423;SC=CTCCGTCTCCTGCAGCCAGGC;SOR=0.569;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=373;TCF=208;TCR=165;TR=116;WE=10692137;WS=10692107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,121:0.31:390
chr19	10692129	rs2304160	G	A	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CAGCCAGGCCGTGGAAGGGGT;SOR=0.581;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=364;TCF=205;TCR=159;TR=114;WE=10692137;WS=10692107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,119:0.31:382
chr19	10694239	rs11085739	A	G	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=6.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.597;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.964;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,33:0.28:120
chr19	10694244	rs11085740	C	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=6.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.026;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,37:0.31:121
chr19	10713322	rs74436647	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=346;ReadPosRankSum=-0.859;SC=GAGACCCTAGGCACCGGCGCT;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=26;WE=10713330;WS=10713312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr19	10736181	rs139154013	G	A	342.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=289;ReadPosRankSum=0.483;SC=GGTTTGGGCCGCCCCGCCTGG;SOR=1.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=14;WE=10736189;WS=10736171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr19	10738639	rs3087969	C	T	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=68;PP=1223;ReadPosRankSum=0.841;SC=ACCCCACTGACAGCCGGGGCG;SOR=0.942;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=364;TCF=164;TCR=200;TR=115;WE=10738647;WS=10738629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,119:0.32:374
chr19	10741622	rs12710257	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.596;NF=13;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=-2.338;SC=CGGAGGTTGCAGTGAGCCGAG;SOR=0.204;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=13;WE=10741630;WS=10741612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr19	10741681	.	CA	C	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.776;QD=5.50;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr19	10741907	rs12972963	A	G	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=79;PP=1767;ReadPosRankSum=0.232;SC=AGTCCTGAGCAGTCTGCCCCA;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=492;TCF=245;TCR=247;TR=159;WE=10741915;WS=10741897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:344,164:0.32:508
chr19	10742170	rs2288904	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,60:0.25:242
chr19	10742287	rs1560711	C	T	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.985;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=44;PP=1527;ReadPosRankSum=2.122;SC=TGGTGCCATCCTCTGCTCCAT;SOR=0.927;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=303;TCF=171;TCR=132;TR=108;WE=10742295;WS=10742277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,107:0.35:305
chr19	10742443	rs1560710	C	T	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.370;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=72;PP=1931;ReadPosRankSum=-1.180;SC=TATTGGCGCACCGCGCCAGGG;SOR=0.569;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=397;TCF=216;TCR=181;TR=144;WE=10742451;WS=10742433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,149:0.36:410
chr19	10742463	rs1560709	G	T	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=68;PP=1703;ReadPosRankSum=0.572;SC=GTCTCACTTTGCTGGGTGGGA;SOR=0.814;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=366;TCF=186;TCR=180;TR=127;WE=10742471;WS=10742453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,131:0.35:376
chr19	10745764	rs2163832	T	C	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=75;PP=1517;ReadPosRankSum=0.169;SC=GGGGCCAGGGTGCCAGGGGCC;SOR=0.612;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=486;TCF=258;TCR=228;TR=152;WE=10745780;WS=10745754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,151:0.30:505
chr19	10748820	rs3859514	T	C	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1425;ReadPosRankSum=1.645;SC=GATTTCTGTCTTCTGTGATGA;SOR=0.729;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=247;TCF=122;TCR=125;TR=88;WE=10748828;WS=10748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,98:0.38:261
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chr19	10794793	rs892087	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=147;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AGACGGCCCTCGACCCCCACC;SOR=2.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=11;WE=10794801;WS=10794783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr19	10818092	rs892085	G	A	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=64;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.762;SC=GGGATATGTGGTGGGAGGGGA;SOR=0.918;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=337;TCF=134;TCR=203;TR=103;WE=10818100;WS=10818082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,108:0.31:347
chr19	10823940	rs11672431	G	T	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1387;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GAATCACACTGGGCTGACCTG;SOR=0.614;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=92;WE=10823948;WS=10823930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,101:0.69:147
chr19	10883126	rs3826803	C	G	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1160;ReadPosRankSum=0.898;SC=AGCTCTTTCTCATTTTCAGCA;SOR=0.700;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=222;TCF=142;TCR=80;TR=84;WE=10883134;WS=10883116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,86:0.37:230
chr19	10907425	rs11672991	T	A	3900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=81;PP=2350;ReadPosRankSum=0.998;SC=GGGCAGCCCATTTTTGGATCC;SOR=0.539;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=256;TCF=124;TCR=132;TR=163;WE=10907433;WS=10907415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,174:0.65:266
chr19	10939792	rs2229920	T	C	4068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=71;PP=2462;ReadPosRankSum=0.130;SC=AGGAGTCGGCTGACCAGGCAC;SOR=0.605;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=182;TCR=114;TR=181;WE=10939800;WS=10939782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,189:0.60:314
chr19	10961024	rs73009507	C	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=629;ReadPosRankSum=1.476;SC=ATGCATGGCCCCTGGGAACTT;SOR=0.686;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=173;TCF=104;TCR=69;TR=56;WE=10961032;WS=10961014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,57:0.31:183
chr19	10961273	rs11085749	G	A	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=82;PP=2376;ReadPosRankSum=-0.520;SC=TCTCACTGCCGGGGGCTTAAT;SOR=0.557;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=72;TCR=124;TR=131;WE=10961281;WS=10961263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,138:0.66:210
chr19	10969134	rs34464972	G	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.477;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=35;PP=823;ReadPosRankSum=-0.088;SC=GGCATGCTGCGTAATAGGAAC;SOR=1.460;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=40;WE=10969142;WS=10969124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr19	10970558	rs8100581	A	G	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=13;PP=1556;SC=GGCAACCCTGATCCCTGTCAC;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=10970566;WS=10970548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	11019994	rs4804546	T	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=574;ReadPosRankSum=0.855;SC=TTTATCTCAGTTACTGCAGAG;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=26;WE=11020002;WS=11019984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr19	11030664	rs2288843	A	G	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=53;PP=1321;ReadPosRankSum=0.013;SC=AGAGCAGCCCATGCTGCCTCC;SOR=0.575;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=47;TCR=86;TR=83;WE=11030672;WS=11030654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,88:0.62:141
chr19	11038843	rs892010	G	C	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=30;PP=1327;SC=TAGGGTTGACGCTGGGATGGG;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=56;WE=11038851;WS=11038833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	11123823	rs374732304	G	A	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=67;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.401;SC=CCCACACGCCGCTCACACGCT;SOR=0.571;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=309;TCF=128;TCR=181;TR=121;WE=11123831;WS=11123813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,132:0.41:324
chr19	11135189	rs145033590	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=388;ReadPosRankSum=-1.388;SC=AGAGCAGAGCGTGCTCTGACC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=22;WE=11135197;WS=11135179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr19	11170677	rs117490455	A	G	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=58;PP=1605;ReadPosRankSum=0.343;SC=GGGGTGCTGCATTCCCAGAGC;SOR=0.643;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=208;TCF=107;TCR=101;TR=112;WE=11170685;WS=11170667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,120:0.54:221
chr19	11221454	rs2738442	T	C	21990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.39;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,800:1.00:803
chr19	11221457	rs12710260	G	C	22023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.96;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,815:1.00:817
chr19	11224181	rs1003723	C	T	8427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=166;NR=117;PP=2965;SC=GGGCTCCTGGCGCTGATGCCC;SOR=1.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=166;TCR=117;TR=283;WE=11224189;WS=11224171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr19	11224265	rs5930	A	G	16876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.02;NF=329;NR=235;PP=2965;SC=TCATCAGCAGAGACATCCAGG;SOR=1.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=566;TCF=330;TCR=236;TR=564;WE=11224273;WS=11224255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr19	11224491	rs1569372	A	G	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=135;PP=2965;SC=AGCAGGAAGGAGCTTCAGGAA;SOR=2.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=40;TCR=135;TR=175;WE=11224499;WS=11224481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	11227480	rs2738447	A	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=489;SC=GGCCCTCAGGACCCTCTGGGA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=11227488;WS=11227470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	11227602	rs688	C	T	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=35;PP=2667;SC=TCGATGTCAACGGGGGCAACC;SOR=1.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=87;TCR=35;TR=122;WE=11227610;WS=11227592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	11227814	rs58321173	CT	C	205.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.14;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	11230645	rs2569549	T	C	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=5;PP=1519;SC=AGTGAAACTCTGTCTGAAACA;SOR=4.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=55;WE=11230665;WS=11230635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	11230650	rs145643854	GAAAC	G	3120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=5;PP=2167;SC=AACTCTGTCTGAAACAAACAA;SOR=4.528;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=42;WE=11230665;WS=11230635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	11230881	rs5925	T	C	15992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=256;NR=282;PP=2965;SC=AGGATATGGTTCTCTTCCACA;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=538;TCF=256;TCR=282;TR=538;WE=11230889;WS=11230871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr19	11233941	rs5927	A	G	15970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=255;NR=310;PP=2965;SC=CAACCACCCGACCTGTTCCCG;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=566;TCF=255;TCR=311;TR=565;WE=11233949;WS=11233926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr19	11234058	.	G	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,42:0.28:152
chr19	11238492	rs12459476	A	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=4;PP=1061;SC=ACCTTCTTAAACCGGAATTGA;SOR=3.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=11238500;WS=11238482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	11238548	rs2569538	A	G	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=39;PP=2712;SC=GTGGCCTCTCACAGACTTGGG;SOR=1.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=104;TCR=40;TR=142;WE=11238556;WS=11238538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	11241915	rs6413504	A	G	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=49;PP=2965;SC=TGTTTCCTGAATGCTGGACTG;SOR=1.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=119;TCR=49;TR=168;WE=11241923;WS=11241905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	11242307	rs2738464	G	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=275;SC=GATGAAAGGGGAGGGGATGTC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=11242315;WS=11242297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr19	11258593	rs372171481	AAAAAAAAAAAAAAG	A	3258.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=2.816;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,165:0.59:279
chr19	11266584	rs892114	A	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=52;PP=1421;SC=GGGGAACAGGATCTTAGACTG;SOR=2.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=68;WE=11266592;WS=11266574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	11277232	rs4804573	G	A	3528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=67;PP=2395;ReadPosRankSum=0.018;SC=CCTCCCTCACGGCTACTCTTC;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=342;TCF=206;TCR=136;TR=165;WE=11277240;WS=11277222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,172:0.48:361
chr19	11277278	rs117057052	T	C	5599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.217;SC=TCATCTGACATTGGGGCAAAC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=539;TCF=290;TCR=249;TR=259;WE=11277286;WS=11277268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,274:0.49:564
chr19	11285390	rs440677	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=-0.307;SC=TCAGGTGGGAGAGGATGTGAG;SOR=1.251;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=14;WE=11285398;WS=11285380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr19	11286705	rs11880059	G	A	5340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.045;SC=AGTAAGCCCCGCTGCGGTGCC;SOR=0.653;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=435;TCF=206;TCR=229;TR=241;WE=11286723;WS=11286695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,249:0.55:454
chr19	11288976	rs139114831	A	AG	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=432;ReadPosRankSum=0.633;SC=TGAATGGAGGAGGGGCGGGAA;SOR=0.123;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=13;WE=11288984;WS=11288966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr19	11303422	rs12972022	G	A	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.267;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.679;NF=79;NR=33;PP=1567;ReadPosRankSum=1.651;SC=GGACCCTGGCGTTCTGAGAGT;SOR=1.121;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=261;TCF=175;TCR=86;TR=112;WE=11303430;WS=11303412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,109:0.41:263
chr19	11303459	rs58206854	GCC	G,GC	7533.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.732;HP=12;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.193;NF=47,47;NR=72,72;PP=2992,2992;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GAAGAAAGAGGCCCCCCCCCC;SOR=0.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=106;TCR=164;TR=119,119;WE=11303477;WS=11303449;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.57:343
chr19	11303469	rs7254270	C	G,A	12109.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=2.844;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.050;QD=33.00;ReadPosRankSum=-1.719;SOR=0.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,208,157:0.57,0.43:367
chr19	11303469	.	CC	GC	2992	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=11;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.01;NF=49,116;NR=72,78;PP=2992,2962;QD=20;SC=GCCCCCCCCCCCCAAGCCATT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=257;TCF=106;TCR=151;TR=121,194;WE=11303477;WS=11303449;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:176,194:0.52:370
chr19	11303469	.	CC	CAC	2992	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000,0.5000;HP=11;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.01;NF=49,116;NR=72,78;PP=2992,2962;QD=20;SC=GCCCCCCCCCCCCAAGCCATT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=257;TCF=106;TCR=151;TR=121,194;WE=11303477;WS=11303449;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:136,121:0.47:257
chr19	11303554	rs17616661	A	G	6227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.986;NF=159;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.256;SC=CTTCTTCACCATATGGACGTT;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=623;TCF=325;TCR=298;TR=309;WE=11303562;WS=11303544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,309:0.49:625
chr19	11303943	rs3745681	A	G	9925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=194;NR=155;PP=2965;SC=CCCGTTCTCGAACCCAGGTGC;SOR=0.839;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=349;TCF=194;TCR=155;TR=349;WE=11303951;WS=11303933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr19	11304404	rs755237	C	T	8333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=772;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=159;PP=2962;ReadPosRankSum=1.696;SC=TTGAAGCCACCGCGGGTCTCC;SOR=0.816;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=746;TCF=420;TCR=326;TR=377;WE=11304412;WS=11304394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,394:0.51:772
chr19	11304498	rs755238	C	T	4914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TGGAGCACAGCGACTCAGTGG;SOR=0.858;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=508;TCF=231;TCR=277;TR=223;WE=11304506;WS=11304488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,235:0.45:524
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chr19	11305245	rs754528	T	C	3933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=114;PP=2340;ReadPosRankSum=0.487;SC=TCAGACTGCCTGCAGCACCGG;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=457;TCF=210;TCR=247;TR=206;WE=11305253;WS=11305235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,206:0.45:462
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chr19	11314748	rs117890966	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=213;ReadPosRankSum=0.298;SC=TCCACCAAGGCTGACTCACCT;SOR=0.866;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=14;WE=11314756;WS=11314738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
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chr19	11324890	rs12609620	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=30;PP=1783;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CATGAGCCACTGTGCTCAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=97;WE=11324898;WS=11324880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
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chr19	11325924	rs11673129	C	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-6.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=3;PP=706;ReadPosRankSum=-1.381;SC=CGGCCCATGCCCGGCTAATTT;SOR=0.187;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=80;TCF=76;TCR=4;TR=43;WE=11325932;WS=11325918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr19	11326119	rs2304155	A	G	9367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=0.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,251:0.49:509
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chr19	11326629	rs10403991	C	A	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=92;PP=2854;SC=ACTGGGGTTCCAGGCTGACTC;SOR=1.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=45;TCR=93;TR=137;WE=11326637;WS=11326619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	11327571	rs4804150	C	T	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.947;SC=TCCATCATCTCCTGCCCACGC;SOR=0.573;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=205;TCF=130;TCR=75;TR=97;WE=11327579;WS=11327561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,103:0.49:212
chr19	11327608	rs4804151	T	C	16245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=215;NR=139;PP=2965;SC=CAAAGGCAGCTAGGCAAAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=355;TCF=216;TCR=139;TR=354;WE=11327616;WS=11327598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr19	11327626	rs4804152	A	G	17690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=236;NR=177;PP=2965;SC=GGTACAGCAAATCCAACAGAC;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=415;TCF=236;TCR=179;TR=413;WE=11327634;WS=11327616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr19	11332570	rs3810307	T	A	5841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GTGCAATCGATAGCAGTGGCA;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=558;TCF=276;TCR=282;TR=261;WE=11332578;WS=11332560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,277:0.48:582
chr19	11346252	rs6511729	A	C	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=64;PP=2374;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TTCTCGTCTCACAGGGATTTC;SOR=0.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=302;TCF=181;TCR=121;TR=165;WE=11346260;WS=11346242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,171:0.54:314
chr19	11347598	rs78327524	T	C	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=89;PP=1643;ReadPosRankSum=-0.815;SC=CAGCCCTCCCTGACTGATCAG;SOR=0.889;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=254;TCF=86;TCR=168;TR=128;WE=11347606;WS=11347588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,132:0.50:263
chr19	11348911	rs7252937	A	G	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=78;PP=1999;ReadPosRankSum=-0.965;SC=GCACTCGCACAGCAAGGTTGC;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=268;TCF=121;TCR=147;TR=144;WE=11348919;WS=11348895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,147:0.54:274
chr19	11348960	rs12609039	G	A	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=57;PP=1429;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GAGGCTGTGCGGGTACACGTA;SOR=1.091;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=168;TCF=70;TCR=98;TR=90;WE=11348968;WS=11348950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,89:0.53:168
chr19	11350340	rs892066	C	G	4745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=0.783;SC=TGTGCCTGCTCTGGGCCCTGG;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=421;TCF=195;TCR=226;TR=215;WE=11350348;WS=11350330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,220:0.51:434
chr19	11358700	rs4804579	T	C	3377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=68;PP=1759;ReadPosRankSum=-0.419;SC=CCCATGTGGTTGCTTCACGCA;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=251;TCF=141;TCR=110;TR=151;WE=11358708;WS=11358690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,163:0.61:267
chr19	11364495	rs7252293	C	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=460;ReadPosRankSum=0.153;SC=GATTGTGGAACGAAATAAATA;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=33;WE=11364503;WS=11364485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr19	11406839	rs453766	C	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=-1.073;SC=AACCATCAGGCAGCCAGGACA;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=11;WE=11406847;WS=11406829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr19	11406952	rs374409	A	G	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=40;PP=1188;ReadPosRankSum=-2.279;SC=TTAAATGTTCAGGGTGCCCCA;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=125;TCR=85;TR=98;WE=11406960;WS=11406942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,102:0.47:219
chr19	11409061	rs377665	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=303;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TCCCCACACACACAAATCTTT;SOR=0.487;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=20;WE=11409069;WS=11409051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr19	11409494	rs423304	G	A	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=10;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AGGGTATAAGGTCGGGAGGAG;SOR=1.530;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=119;TCF=92;TCR=27;TR=59;WE=11409502;WS=11409484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
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chr19	11473415	rs12983706	C	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1080;ReadPosRankSum=-1.088;SC=CACCAGCTCTCTGACCCAAGA;SOR=0.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=141;TCF=54;TCR=87;TR=71;WE=11473423;WS=11473405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr19	11474335	rs8108707	G	A	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.587;SC=GTATTTACATGGCTCCTATGT;SOR=0.540;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=215;TCF=134;TCR=81;TR=88;WE=11474343;WS=11474325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,97:0.44:222
chr19	11495381	rs71164195	T	TTTCC	140.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.04;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	11507855	rs3816865	G	A	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.605;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=21;PP=1331;ReadPosRankSum=0.654;SC=TCCATCCTTGGGCGTGGTCAG;SOR=1.165;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=202;TCF=141;TCR=61;TR=85;WE=11507863;WS=11507845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,86:0.42:203
chr19	11512826	rs317910	A	G	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.383;QD=16.38;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,68:0.44:156
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chr19	11512968	rs3833251	TC	T	4165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.484;NF=20;NR=58;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GGGTCAAGGGTCAAGGGTCAA;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=41;TCR=119;TR=78;WE=11512976;WS=11512958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,124:0.48:259
chr19	11516007	rs10416704	T	G	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=869;ReadPosRankSum=-1.019;SC=ACCGGCTCACTGCCCCCCAGC;SOR=0.350;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=60;WE=11516015;WS=11515997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,60:0.50:120
chr19	11526759	rs160838	G	A	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.630;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=2204;ReadPosRankSum=0.383;SC=GTCCGAATGGGCAGGGGGGTC;SOR=0.398;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=64;WE=11526773;WS=11526749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr19	11526765	rs167479	G	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.758;HP=5;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=1987;ReadPosRankSum=-0.418;SC=ATGGGCAGGGGGGTCTCGGAA;SOR=1.096;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=52;WE=11526773;WS=11526749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr19	11529958	rs1549168	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr19	11534503	.	TGG	T,TG	4098.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.205;QD=30.82;ReadPosRankSum=-1.546;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,97,35:0.73,0.26:133
chr19	11541712	rs34094	T	C	10864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=196;PP=2965;SC=ACCCCTTTGCTCCTTACCTTG;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=371;TCF=175;TCR=196;TR=371;WE=11541720;WS=11541702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr19	11557235	rs35753565	A	AG	2333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.085;NF=5;NR=46;PP=1567;ReadPosRankSum=0.065;SC=AGGGCACAGGAGGGGGACCAA;SOR=0.805;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=122;TCF=15;TCR=107;TR=51;WE=11557245;WS=11557225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,93:0.48:192
chr19	11558052	rs160840	T	C	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=60;PP=1221;ReadPosRankSum=0.954;SC=GAGCTGCCTCTGGTTCTGGCA;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=145;TCF=28;TCR=117;TR=75;WE=11558060;WS=11558042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,74:0.52:142
chr19	11558240	rs186375	T	C	11037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=226;NR=178;PP=2965;SC=CCGACCGCACTGCTCACCCGC;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=408;TCF=229;TCR=179;TR=404;WE=11558248;WS=11558230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr19	11558340	rs3217229	AGAG	A	3097.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.694;NF=6;NR=62;PP=2667;ReadPosRankSum=1.469;SC=CGTCGCCCACAGAGGAGGAGG;SOR=1.129;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=160;TCF=11;TCR=149;TR=68;WE=11558353;WS=11558330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,84:0.57:147
chr19	11558451	rs111813645	A	G	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.174;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,75:0.59:128
chr19	11559158	rs160841	A	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=646;ReadPosRankSum=0.147;SC=CTGCTCCTTGACTCCCAGGGG;SOR=0.319;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=32;WE=11559166;WS=11559148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr19	11559489	rs45626947	C	T	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.266;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=80;PP=2015;ReadPosRankSum=1.240;SC=GGGTGGGAGGCGGGTGGCCCC;SOR=0.501;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=225;TCF=70;TCR=155;TR=117;WE=11559497;WS=11559479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,123:0.53:233
chr19	11565284	rs35334288	TTC	T	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr19	11569397	rs61744781	G	A	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.849;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=74;PP=1963;ReadPosRankSum=0.031;SC=CATCCCGGATGGATGCTGAAC;SOR=0.845;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=329;TCF=167;TCR=162;TR=146;WE=11569405;WS=11569387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,153:0.44:349
chr19	11577655	rs187966240	G	A	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=66;PP=1695;ReadPosRankSum=0.572;SC=GGAGATAACAGGTCGCATCCG;SOR=0.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=76;TCR=134;TR=103;WE=11577663;WS=11577645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,99:0.50:198
chr19	11595121	rs55643734	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TTTGCCCACAGACGCCATCAA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=11595129;WS=11595111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr19	11609271	rs60785386	C	CCTTTT	833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=1014;ReadPosRankSum=3.261;SC=TAAATCTGAACTTTTTGAGAT;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=18;WE=11609279;WS=11609261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr19	11618766	rs8108598	A	C	4963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=78;PP=2244;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GGGCCTGGGTAAGGTTAGAGA;SOR=0.819;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=322;TCF=150;TCR=172;TR=140;WE=11618774;WS=11618756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,140:0.43:324
chr19	11618783	rs8111571	T	C	5018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=78;PP=1781;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GAGACTTGGCTGCCCCCATGC;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=335;TCF=160;TCR=175;TR=144;WE=11618791;WS=11618773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,144:0.42:339
chr19	11623849	rs12609928	C	G	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=359;ReadPosRankSum=0.136;SC=TGGCAGCTGACGCTGTAGACA;SOR=0.789;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=19;WE=11623857;WS=11623839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr19	11624176	rs8113534	G	C	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=64;PP=1472;ReadPosRankSum=-0.156;SC=ACAGTGAAGTGAGGGAATTGA;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=41;TCR=129;TR=84;WE=11624184;WS=11624166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,90:0.53:170
chr19	11624491	rs4804168	C	G	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=16;PP=1909;SC=AAGAGGGATTCGGAGAGGGAG;SOR=2.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=81;WE=11624499;WS=11624481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	11649692	rs8109708	T	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=587;ReadPosRankSum=0.903;SC=CCGCTGCCTCTGTTCTCAGCG;SOR=0.407;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=47;WE=11649700;WS=11649682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr19	11650457	rs13347094	T	G	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=73;PP=2348;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TGGAGAACTTTAAGTTTCCAG;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=322;TCF=174;TCR=148;TR=161;WE=11650465;WS=11650447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,167:0.49:339
chr19	11651810	rs7246527	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=165;ReadPosRankSum=-0.295;SC=TAGGAAGTTCAGACAGGACCC;SOR=0.616;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=12;WE=11651818;WS=11651800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr19	11651856	rs150549133	CTT	C	1053.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.175;NF=10;NR=8;PP=613;ReadPosRankSum=-1.377;SC=ATCCTCACCCCTTTCTCTGTG;SOR=0.784;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=18;WE=11651865;WS=11651846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr19	11657814	rs113148999	T	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=690;ReadPosRankSum=-2.691;SC=GGGCAGGGGGTGGTGGGCAGC;SOR=0.703;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=27;TCR=67;TR=53;WE=11657822;WS=11657804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr19	11660012	rs8100751	T	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-1.210;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr19	11660213	rs75731155	C	T	6227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.762;SC=CGACCCCAAGCTGGGCACAGA;SOR=0.766;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=572;TCF=274;TCR=298;TR=291;WE=11660221;WS=11660203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,301:0.51:593
chr19	11660311	rs111663173	G	A	4172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=98;PP=2688;ReadPosRankSum=0.856;SC=GGGACACGCCGTCAAGGCCCA;SOR=0.831;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=344;TCF=161;TCR=183;TR=180;WE=11660319;WS=11660301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,190:0.53:356
chr19	11849736	rs72986630	C	T	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=70;PP=1670;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TCTCTCAGCGCCAGAGCCAGG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=75;TCR=135;TR=108;WE=11849744;WS=11849726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,112:0.50:223
chr19	11891003	rs799193	G	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=63;PP=2474;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TAATTGCTACGTTAGAGTTGA;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=312;TCF=181;TCR=131;TR=158;WE=11891011;WS=11890993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,166:0.52:321
chr19	11916914	rs141870350	A	G	5078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.374;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TTCATGGGATATTCATCCTTT;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=366;TCF=212;TCR=154;TR=204;WE=11916922;WS=11916904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,214:0.55:388
chr19	11943697	rs400106	G	A	10805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=189;NR=185;PP=2965;SC=ATGGAGAGAAGCCCTATGCAT;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=189;TCR=185;TR=374;WE=11943705;WS=11943687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr19	12024208	.	CT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	12058536	rs4804175	C	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=606;SC=TATATTTAAACGTGACTGAGG;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=12058544;WS=12058526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	12059700	.	T	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.726;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=324.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=3.900;SOR=8.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,87:0.37:234
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chr19	12128613	.	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr19	12541547	rs10402252	T	G	26577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=965;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.267;NF=477;NR=467;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.945;SC=TTTCCCAAGTTTGCATTTATA;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=948;TCF=478;TCR=470;TR=944;WE=12541555;WS=12541537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,957:1.00:959
chr19	12542772	rs1134389	C	T	12252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.87;QD=28.76;SOR=2.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr19	12542848	rs4804692	G	C	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.85;QD=43.51;SOR=9.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	12542851	rs4804693	AT	GC	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.83;QD=46.20;SOR=9.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	12542891	rs140908232	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.72;QD=31.79;SOR=6.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	12542904	rs78266625	C	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.69;QD=30.78;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	12543333	rs3979432	C	T	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=101;PP=2823;SC=ACACTGCAATCGTTCAAAATG;SOR=4.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=10;TCR=101;TR=111;WE=12543341;WS=12543323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	12551616	rs35084134	C	G	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=151;NR=20;PP=2965;SC=GGACCCGGGTCCGTAGATCCC;SOR=3.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=152;TCR=20;TR=171;WE=12551624;WS=12551609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	12551715	rs11881297	A	C	27900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1022;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.022;NF=612;NR=401;PP=2965;ReadPosRankSum=1.444;SC=ACGCCGGCCCAGCACACGCAC;SOR=0.465;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1017;TCF=616;TCR=401;TR=1013;WE=12551723;WS=12551696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1019:1.00:1020
chr19	12576049	rs7259240	G	A	16424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=294;NR=295;PP=2965;SC=ACGTTTTCCCGCATTCTTTAC;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=589;TCF=294;TCR=295;TR=589;WE=12576057;WS=12576039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr19	12576573	rs10404972	G	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=50;PP=1373;SC=AAAACAAAACGCACAATTAGT;SOR=3.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=59;WE=12576581;WS=12576563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	12659875	rs146138143	C	CCATA	1041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=921;SC=GAGAAACCTACCATACATGTT;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=17;WE=12659883;WS=12659865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	12661335	rs2861411	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=182;SC=CCGGTCGTGGCGGCGCATGCC;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=12661343;WS=12661325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	12662318	rs79749579	G	GC	24330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=832;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=339;PP=2973;SC=GTTGAACATTGCCCCTGTCCC;SOR=1.246;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=429;TCF=47;TCR=382;TR=381;WE=12662327;WS=12662308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,752:1.00:752
chr19	12692001	rs3745651	G	A	10877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;NR=185;PP=2965;SC=GAGTCCTTTCGTGGGTTAGAA;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=384;TCF=199;TCR=185;TR=384;WE=12692009;WS=12691991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr19	12694089	rs12461643	T	G	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=9;PP=2960;SC=TCCTGACCTCTTAATCCGCCC;SOR=4.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=127;TCR=9;TR=136;WE=12694097;WS=12694079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	12707904	rs1864082	T	C	7687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=198;NR=66;PP=2965;SC=GGTCTTCCCATAGCCGGTTCC;SOR=2.197;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=198;TCR=66;TR=264;WE=12707912;WS=12707894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr19	12707978	rs1864081	G	A	20996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=787;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=425;NR=348;PP=2965;SC=CTCGGCTTACGGAGGCTCCAG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=775;TCF=426;TCR=349;TR=773;WE=12707986;WS=12707968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,782:1.00:782
chr19	12720631	rs8100964	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=382;SC=ATAATAGACACTGGAGATGCC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=12720639;WS=12720621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	12760287	rs12984441	A	C	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=51;PP=1457;SC=CTGGCTCCCCAACTCTTTTTT;SOR=1.678;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=101;TCF=20;TCR=81;TR=71;WE=12760295;WS=12760277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	12760664	rs3815914	T	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=11;PP=1255;SC=CAAATTTCCCTCACCACCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=12760672;WS=12760654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	12768391	rs73002392	G	A	9878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=181;NR=169;PP=2965;SC=CAATGAGTCCGGTGAGGTTCT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=182;TCR=169;TR=350;WE=12768399;WS=12768381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr19	12768843	rs34324185	G	T	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=51;PP=2965;SC=AACTTCAGCCGCAAACCTCTT;SOR=1.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=137;TCR=51;TR=187;WE=12768851;WS=12768833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	12772090	rs1133330	C	T	7193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.898;SC=ATTTACCAGCCGGATGAGCTT;SOR=1.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=161;TCR=86;TR=245;WE=12772098;WS=12772080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr19	12772165	rs1054487	G	A	11222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=226;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=1.906;SC=GGTCATCACAGTGTGGTTGGT;SOR=0.851;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=410;TCF=228;TCR=182;TR=407;WE=12772173;WS=12772155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,421:1.00:423
chr19	12772263	rs2303731	T	C	8938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=185;PP=2965;SC=TTTTGATGTATATGGGGTCAA;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=130;TCR=187;TR=314;WE=12772271;WS=12772253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr19	12774208	rs1054486	G	C	19058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=977;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=402;NR=401;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TCCTCCACCAGCGGCTGATCG;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=961;TCF=482;TCR=479;TR=803;WE=12774216;WS=12774194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,814:0.84:970
chr19	12787002	rs34820996	G	GAGAC	2478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=47;PP=2948;SC=CCAGTCACAGGAGACAGACAC;SOR=4.332;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=48;WE=12787010;WS=12786992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	12830193	rs45603335	C	A	3846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=98;PP=2772;ReadPosRankSum=1.132;SC=GGCCTTCCCCCAGCCAGGTCC;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=59;TCR=116;TR=148;WE=12830201;WS=12830183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,151:0.85:178
chr19	12868839	rs149797899	C	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=927;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.010;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:797,127:0.14:924
chr19	12876278	rs1205169	C	A	10205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=255;PP=2965;SC=GAAAAGAAAGCAGGCCAGGCG;SOR=2.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=323;TCF=68;TCR=255;TR=323;WE=12876286;WS=12876268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr19	12876964	rs897804	G	C	8112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.959;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=0.873;SC=CATCCTCCAGGTGGCGCTGCA;SOR=0.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=384;TCF=160;TCR=224;TR=323;WE=12876972;WS=12876954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,332:0.84:395
chr19	12936881	rs4804736	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.865;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,29:0.16:185
chr19	12944663	.	AGCC	A	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=1.164;SC=CCCTCCCCTCAGCCGCCGCCG;SOR=1.272;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=4;WE=12944673;WS=12944653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr19	12945415	rs118145687	C	A	23157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=353;NR=602;PP=2962;ReadPosRankSum=0.091;SC=CACCGCGATCCTCAAGTCCAG;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1103;TCF=408;TCR=695;TR=955;WE=12945424;WS=12945405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,962:0.87:1109
chr19	13029188	rs2965214	G	A	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=105;PP=2965;SC=AAGGAGGGAGGATGAGGAGTG;SOR=2.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=31;TCR=105;TR=136;WE=13029196;WS=13029178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
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chr19	13039284	rs2293683	A	G	19050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=400;NR=304;PP=2965;ReadPosRankSum=1.047;SC=GGTGGGAGACACAGCCTGACT;SOR=0.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=708;TCF=403;TCR=305;TR=704;WE=13039292;WS=13039274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,727:1.00:728
chr19	13044544	rs2974750	C	A	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=166;PP=2965;SC=TGTCCGGGCCCGGGTGGGCGG;SOR=1.238;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=103;TCR=166;TR=269;WE=13044560;WS=13044534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	13081089	rs11670895	G	A	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=28;PP=2965;SC=ACCTTGCATGGCTCCCACTTT;SOR=3.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=191;TCR=29;TR=217;WE=13081097;WS=13081079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	13081324	rs142635302	T	A	4626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CAAGCAATCCTCCCACCTCAG;SOR=0.424;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=207;TCF=30;TCR=177;TR=175;WE=13081332;WS=13081314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,185:0.85:217
chr19	13220703	rs35601737	C	G	12959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=305;PP=2962;ReadPosRankSum=2.501;SC=CTGGGACTCCCCTTCTTCTCC;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=625;TCF=272;TCR=353;TR=541;WE=13220711;WS=13220693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,550:0.86:636
chr19	13226433	rs202088629	GC	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,16:0.11:150
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chr19	13255536	rs2304095	T	C	17527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=296;NR=309;PP=2965;ReadPosRankSum=1.507;SC=CACACCAGGGTGGCCGAGAGC;SOR=0.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=606;TCF=296;TCR=310;TR=605;WE=13255544;WS=13255526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,622:1.00:623
chr19	13260240	.	A	AAAAG	2185.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.056;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;MQRankSum=-0.168;QD=26.02;ReadPosRankSum=-1.952;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,80:0.95:84
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chr19	13319989	rs10413221	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.97;ReadPosRankSum=2.372;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,11:0.12:93
chr19	13320002	rs2304093	C	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.545;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,12:0.12:101
chr19	13323124	rs16048	T	G	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,25:0.13:193
chr19	13335432	rs3816027	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:364,55:0.13:419
chr19	13338180	rs143245670	AAAG	A	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=8.218;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,26:0.10:271
chr19	13355900	rs16039	T	G	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=17;PP=2965;SC=AGCTATGGCTTCCGGGACACA;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=111;TCR=18;TR=127;WE=13355908;WS=13355890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	13356150	rs16035	T	G	16694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=230;NR=371;PP=2965;SC=GCTGGCCGGGTGCATGTTAGA;SOR=1.310;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=602;TCF=231;TCR=371;TR=601;WE=13356158;WS=13356140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,609:1.00:609
chr19	13364012	rs8103699	C	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=48;PP=1241;SC=GGCAACACTCCAGCCCCAGGC;SOR=3.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=7;TCR=49;TR=55;WE=13364020;WS=13364002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	13373477	rs16031	A	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=4;PP=1098;SC=TGAGCAGTGTACAACCTGCTC;SOR=3.564;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=13373485;WS=13373467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	13445375	.	TTG	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.616;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr19	13616693	rs16003	C	T	7127.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.672;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.60;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:37,309:0.89:346
chr19	13866793	rs392725	A	G	933.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.6856;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=759;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TAAATAAATAAGAGAGGGACT;SOR=1.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=32;WE=13866801;WS=13866790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr19	13866866	rs417186	T	G	3094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.218;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=13;PP=2564;ReadPosRankSum=-0.768;SC=TGCCCCCTATTGCTATGAACA;SOR=1.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=131;TCF=114;TCR=17;TR=110;WE=13866874;WS=13866856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,109:0.84:130
chr19	13866957	rs2910225	T	C	14003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=345;NR=240;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.167;SC=GGCAGAAAATTGTGAGCTCCT;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=695;TCF=412;TCR=283;TR=585;WE=13866965;WS=13866947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,588:0.84:698
chr19	13867018	rs12974461	C	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1021;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:880,138:0.14:1018
chr19	13868117	rs693151	A	G	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.150;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=23;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.222;SC=TCCCGTTAACAGGGCAGTCTA;SOR=1.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=91;TCR=27;TR=106;WE=13868138;WS=13868107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,111:0.90:123
chr19	13868669	rs6511886	G	A	6315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.841;SC=AGGTAAGGGCGGCTTGGTGGC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=122;TCR=186;TR=252;WE=13868677;WS=13868659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,256:0.82:312
chr19	13870153	rs371671	C	A	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.592;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=47;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.373;SC=TCCAGCCCTCCCCCCACCACA;SOR=1.300;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=58;WE=13870161;WS=13870143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,59:0.83:71
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chr19	13879344	rs62111897	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:569,106:0.16:675
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chr19	13883099	rs1469071	A	G	22654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=827;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=336;NR=468;PP=2965;ReadPosRankSum=1.283;SC=GATGTAACCAACTCAGCTCTC;SOR=0.396;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=805;TCF=336;TCR=469;TR=804;WE=13883116;WS=13883089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,824:1.00:825
chr19	13884312	rs1559153	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr19	13884444	.	TTA	T	1463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.56;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	13884469	rs3029143	G	GAACAA	1311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=1336;SC=AATCCATGATGAACAAAACAA;SOR=2.019;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=29;WE=13884477;WS=13884459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	13884655	rs1128028	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=343;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TATTTTTATTGGAGACACCAT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=23;WE=13884663;WS=13884645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr19	13884724	rs1128030	G	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=354;ReadPosRankSum=0.745;SC=CGCGGCCTCCGAAAGTGCTGG;SOR=0.725;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=24;WE=13884732;WS=13884714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr19	13884800	rs1044733	T	C	318.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5204;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=244;ReadPosRankSum=0.263;SC=ACCCCGCACTTGTGCCTTGAG;SOR=0.169;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=15;WE=13884808;WS=13884790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr19	13885309	rs1128749	C	T	7779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.860;SC=AGGGGCAGCGCAAGTTTCAGG;SOR=0.530;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=415;TCF=278;TCR=137;TR=325;WE=13885317;WS=13885299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,336:0.78:430
chr19	13885437	rs1559149	C	A	21441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=468;NR=454;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CCCGGCTTCCCGGCCTCACGT;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1173;TCF=589;TCR=584;TR=922;WE=13885445;WS=13885414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,921:0.79:1160
chr19	13885484	rs10104	A	G	20064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1071;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=389;NR=474;PP=2962;ReadPosRankSum=1.781;SC=ATCGCTCCCAAGAAGGCGCGC;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1081;TCF=487;TCR=594;TR=863;WE=13885492;WS=13885469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,857:0.80:1069
chr19	13885614	rs2287752	A	G	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=94;PP=2106;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GAGCCCGGGGATCAGTGAGGG;SOR=0.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=32;TCR=131;TR=117;WE=13885622;WS=13885604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,115:0.72:159
chr19	13892285	rs8104574	G	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=1.383;SC=TGTCAGCCTGGGTGACAGAGT;SOR=0.655;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=19;WE=13892293;WS=13892275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr19	13900059	rs62111900	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.231;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,21:0.17:120
chr19	13900981	rs57398315	G	A	5830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.192;SC=CACTGCACCCGGCCATCCTTT;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=306;TCF=188;TCR=118;TR=245;WE=13900996;WS=13900971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,255:0.80:317
chr19	13910539	rs28480458	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=1.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:513,96:0.16:609
chr19	13940959	rs10403445	G	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,19:0.16:118
chr19	13947292	rs895819	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=4.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.368;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,40:0.16:256
chr19	13988040	rs897790	C	T	11048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=243;NR=137;PP=2965;SC=TGACTCCTTCCGCCTGGCACA;SOR=1.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=382;TCF=244;TCR=138;TR=380;WE=13988048;WS=13988030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr19	13988416	rs2016163	A	G	25864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=986;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=523;NR=449;PP=2965;SC=GCGGCGCCACACGTGAGCGCG;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=975;TCF=524;TCR=451;TR=972;WE=13988424;WS=13988406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,983:1.00:983
chr19	13993457	rs2242130	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=713;SC=CAGGTGAGGCCAGGACCTCAC;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=13993465;WS=13993447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	13996587	rs3803894	G	A	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=6;PP=1020;SC=GGTCACTGTCGCCCATTCTCT;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=13996595;WS=13996577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	13996647	rs3803893	T	C	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=35;PP=2965;SC=AGGGCTCAGCTCCCCTGCTGG;SOR=2.288;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=125;TCR=35;TR=158;WE=13996655;WS=13996637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	14000170	rs3803892	T	C	17089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=681;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=347;NR=317;PP=2965;ReadPosRankSum=0.210;SC=TGGAATGCCCTGCTGAGCCCC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=667;TCF=348;TCR=319;TR=664;WE=14000188;WS=14000159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,646:1.00:648
chr19	14000400	rs3803891	A	G	19431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=296;NR=410;PP=2965;ReadPosRankSum=2.303;SC=CTCCGCTCCCAGGTGCCAGAG;SOR=0.192;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=709;TCF=296;TCR=413;TR=706;WE=14000408;WS=14000390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,715:1.00:717
chr19	14000870	rs2305775	C	T	16410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=338;NR=225;PP=2965;SC=TGGGGCCCTCCAGGCAGGCCA;SOR=1.149;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=564;TCF=339;TCR=225;TR=563;WE=14000878;WS=14000860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,573:1.00:573
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chr19	14015711	rs6511898	C	A	14922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=239;NR=303;PP=2965;SC=GTCATTTTATCTTCCCCTTGA;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=542;TCF=239;TCR=303;TR=542;WE=14015719;WS=14015701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr19	14015815	rs6511899	T	C	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=0.829;SC=AGGTTACCCCTACCTCCACCT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=61;TCR=110;TR=170;WE=14015823;WS=14015805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr19	14020573	rs12971500	T	C	17946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=390;NR=252;PP=2965;SC=TCTCTGGCCATCATGGCTGCC;SOR=1.202;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=642;TCF=390;TCR=252;TR=642;WE=14020581;WS=14020563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,657:1.00:657
chr19	14023495	rs8111764	T	C	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=112;PP=2965;SC=AGATGGAGTCTTGCTGTGTCA;SOR=1.408;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=69;TCR=112;TR=181;WE=14023503;WS=14023485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	14029269	rs2305776	A	C	15803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=333;NR=247;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CACAGGGTCCAAGCCCCCAAC;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=584;TCF=335;TCR=249;TR=580;WE=14029277;WS=14029257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,587:1.00:589
chr19	14029539	rs45509395	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.847;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,12:0.14:87
chr19	14030689	rs10410239	T	C	8256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=172;NR=124;PP=2965;SC=GTCTGGTGGGTGTCCTGGAGA;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=172;TCR=124;TR=296;WE=14030697;WS=14030679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr19	14037768	rs750580	C	T	25119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=453;NR=448;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CACCCAACTTCCTCTCCCTCC;SOR=0.265;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=907;TCF=453;TCR=454;TR=901;WE=14037776;WS=14037758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,920:1.00:921
chr19	14038102	rs10405523	G	A	9233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=210;PP=2965;SC=ATTCATCCGCGTGCTCCGGTA;SOR=1.539;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=112;TCR=210;TR=322;WE=14038110;WS=14038092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	14044287	rs2305778	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,25:0.17:143
chr19	14045311	rs369502229	AGT	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=0.235;SC=GGTCGCCTTCAGTGTGTGTGT;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=14045320;WS=14045301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	14049143	rs79805695	G	C	4679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.542;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.940;SC=CTGTTCTCCCGGGGCTTTGGG;SOR=1.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=69;TCR=197;TR=219;WE=14049151;WS=14049133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,212:0.82:260
chr19	14049191	rs74933767	G	A	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=74;PP=1879;ReadPosRankSum=0.864;SC=TGGGGAGGACGGGCAGGCGGC;SOR=0.574;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=14;TCR=89;TR=86;WE=14049199;WS=14049181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,86:0.82:105
chr19	14065534	rs1056142	A	C	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=88;PP=2245;ReadPosRankSum=0.030;SC=GGTCACAGCAACCTCTGAGCC;SOR=0.342;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=151;TCF=40;TCR=111;TR=123;WE=14065542;WS=14065524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,129:0.83:156
chr19	14083761	rs2305780	T	C	2529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.637;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=38;PP=1515;ReadPosRankSum=0.003;SC=CCAGTGCTGGTGGAGCTGGCG;SOR=1.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=87;TCR=51;TR=104;WE=14083769;WS=14083751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,111:0.72:154
chr19	14091543	rs146048336	T	TGCATCCTCTCTGGGGTGGGCTC	8921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=10.476;NF=18;NR=59;PP=2897;ReadPosRankSum=0.965;SC=GGGGTGGGCTTGCATCCTCTC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=37;TCR=121;TR=77;WE=14091551;WS=14091532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,215:0.74:289
chr19	14104251	rs12459114	G	A	370.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5216;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=307;ReadPosRankSum=-0.923;SC=TGGGGGGCATGGCAGCCCTGT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=17;WE=14104259;WS=14104241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr19	14139004	rs1982632	A	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=3;PP=901;ReadPosRankSum=0.519;SC=CGTTCAAAGCATCTCCGTCCA;SOR=1.347;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=77;TCF=71;TCR=6;TR=55;WE=14139012;WS=14138994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
chr19	14141480	rs4263049	A	G	8076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=1.071;SC=TGGGTGCAGCAGCAGCTGAGC;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=434;TCF=256;TCR=178;TR=352;WE=14141488;WS=14141470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,359:0.82:439
chr19	14141666	rs78161395	G	T	5893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.879;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GGAACCCCTGGGGTTCTTCGG;SOR=1.119;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=307;TCF=132;TCR=175;TR=241;WE=14141674;WS=14141656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,241:0.79:306
chr19	14142616	rs6511905	C	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=2;PP=701;ReadPosRankSum=-0.754;SC=ACCCAGAGCTCGAAGAGGAGC;SOR=1.270;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=30;WE=14142624;WS=14142606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr19	14153190	.	G	GA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.783;QD=1.29;ReadPosRankSum=-1.247;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr19	14156840	rs149367806	AAAAC	A	1678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.690;NF=24;NR=3;PP=1171;ReadPosRankSum=2.127;SC=TCCGTCTCAAAAAACAAACAA;SOR=1.127;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=27;WE=14156851;WS=14156830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,43:0.83:52
chr19	14161745	rs10404803	T	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=733;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TACTCCACAGTGGGGAGAGGT;SOR=2.030;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=33;WE=14161753;WS=14161735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr19	14162347	rs10404921	C	G	2140.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.7900;FS=2.997;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=21;PP=1447;ReadPosRankSum=0.031;SC=GGGCAAGACTCTGTCTCAAAA;SOR=1.283;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=82;WE=14162355;WS=14162337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,84:0.88:95
chr19	14162676	rs2306190	A	C	4846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=1.102;SC=TGCCCTGACTACTCCTGTCTT;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=142;TCR=112;TR=199;WE=14162684;WS=14162666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,213:0.78:274
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chr19	14194458	rs35357458	C	A	11099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=239;PP=2962;ReadPosRankSum=1.340;SC=AGCTGGCCTGCGAGGAGTGGG;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=521;TCF=230;TCR=291;TR=433;WE=14194466;WS=14194448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,443:0.83:533
chr19	14200896	.	C	CG	288	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=22;NF=6;NR=0;PP=288;QD=51.5;SC=TGTGGCGGCGCCGGCGGGGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=6;WE=14200904;WS=14200885;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr19	14231256	rs3745463	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.154;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,26:0.21:122
chr19	14294288	rs61051191	GC	G	10356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=130;PP=2983;SC=CATTTTATCTGCCCCCCCCAG;SOR=1.013;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=234;TCF=89;TCR=145;TR=204;WE=14294304;WS=14294278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr19	14301821	rs35845368	A	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.242;NF=48;NR=6;PP=1100;ReadPosRankSum=1.300;SC=AATTGCTTGAACCTGGGAGGC;SOR=0.458;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=60;TCR=7;TR=54;WE=14301829;WS=14301811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr19	14492265	rs2302997	T	C	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=6.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-9.480;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.915;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:372,55:0.13:427
chr19	14492272	rs2302996	T	C	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=4.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-9.087;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.147;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:419,67:0.14:486
chr19	14499357	rs2302094	T	A	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.03;QD=30.85;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	14499410	rs2302092	G	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=31;PP=1837;SC=GAAAGAGAGGGCTCGCGCACG;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=14499418;WS=14499400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	14499450	rs35363541	C	G	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.927;NF=76;NR=15;PP=1669;ReadPosRankSum=0.798;SC=CCATCTCCCCCAGTGCCCCCT;SOR=0.990;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=94;TCR=21;TR=91;WE=14499472;WS=14499440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,96:0.81:118
chr19	14508223	rs10412108	A	G	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.322;NF=8;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=1.626;SC=ACTGAGGGGGAAGGCTCAGGG;SOR=2.602;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=8;TCR=158;TR=161;WE=14508231;WS=14508212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,166:0.98:170
chr19	14508385	rs10410071	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQRankSum=-0.499;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=1.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr19	14508964	rs7508244	T	C	12756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=190;NR=286;PP=2965;SC=AAGGGCAGGATGCTGGGGGAC;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=477;TCF=191;TCR=286;TR=476;WE=14508972;WS=14508954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr19	14522434	rs55968966	GCCTTA	G	31353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=752;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.132;NF=88;NR=321;PP=2971;ReadPosRankSum=0.561;SC=TAAGAAGAGGGCCTTACCTTA;SOR=0.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=471;TCF=103;TCR=368;TR=409;WE=14522446;WS=14522424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,703:1.00:704
chr19	14524126	rs12985089	T	C	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=866;ReadPosRankSum=1.032;SC=CCTCCTTCCATGAGTGAGCCC;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=53;WE=14524134;WS=14524116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,58:0.84:69
chr19	14551219	rs79985728	T	C	3507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=68;PP=2198;ReadPosRankSum=-0.963;SC=CCCCGGGTACTTCTCAGTTTG;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=138;WE=14551227;WS=14551209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,149:0.75:198
chr19	14561722	rs8107892	A	G	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=43;PP=2146;SC=AGGAGAAATTAACAGAATCCA;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=124;WE=14561730;WS=14561712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	14581756	rs59891980	TGCCTCAAGGGCCTCGTTGC	T	1141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=4.491;QD=8.99;ReadPosRankSum=-2.294;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,34:0.27:127
chr19	14590236	rs3815715	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.625;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr19	14591297	.	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=2.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,58:0.16:355
chr19	14627050	rs4926222	G	A	5004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=1.818;SC=CCCAGAGGCCGTCTGCCATAG;SOR=0.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=92;TCR=156;TR=199;WE=14627058;WS=14627040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,208:0.81:257
chr19	14627093	rs117304157	T	C	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=68;PP=1647;ReadPosRankSum=1.133;SC=AGCTAAGACCTGGCCCCCAAA;SOR=1.265;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=100;WE=14627101;WS=14627083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,98:0.81:121
chr19	14655812	rs73002853	T	C	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=32;PP=2713;ReadPosRankSum=1.623;SC=ACTCCTTCCCTTCTCTGTTCC;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=168;TCF=129;TCR=39;TR=136;WE=14655820;WS=14655802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,141:0.81:174
chr19	14655865	rs7252966	T	C	6828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.904;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=0.416;SC=GAGTTGTTTCTAAGCCTCTCA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=358;TCF=210;TCR=148;TR=284;WE=14655873;WS=14655855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,294:0.80:368
chr19	14674235	rs891089	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=162;ReadPosRankSum=0.262;SC=CGTGGCACTCCGCAGGAACGC;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=15;WE=14674243;WS=14674225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
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chr19	14682804	rs9543	G	C	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,29:0.16:187
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chr19	14744181	rs899217	T	A	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=60;PP=1724;SC=ACATAAAGTGTCTCTTTTCCT;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=105;WE=14744189;WS=14744171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr19	14779550	rs4239642	C	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=1;PP=670;SC=CCACTGGAGACCATGAGTGGC;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=14779558;WS=14779540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	14804183	rs10407394	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,28:0.13:216
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chr19	14817062	rs4808319	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,45:0.26:171
chr19	14817145	rs4809215	G	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=-1.690;SC=TGCCTGCTCCGCATTCACGCA;SOR=0.259;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=14;WE=14817153;WS=14817135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr19	14817548	rs6511961	T	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,19:0.12:156
chr19	14819310	rs34925577	C	CAG	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.064;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,27:0.19:140
chr19	14826849	rs4078586	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=4.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.255;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,26:0.13:204
chr19	14827076	.	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.016;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.243;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,24:0.17:140
chr19	14829749	rs3764626	C	T	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-3.576;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,126:0.25:505
chr19	14846897	rs1859257	T	A	14771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=321;NR=196;PP=2965;SC=ATTGAATGCCTAGCACGCCTT;SOR=1.276;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=520;TCF=324;TCR=196;TR=517;WE=14846905;WS=14846887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
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chr19	14854338	rs117617387	C	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=1.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,91:0.22:417
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chr19	14857179	rs1029476	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
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chr19	14862517	rs3752189	A	G	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FS=0.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:479,112:0.19:591
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chr19	14866698	rs28420691	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=5.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=126;ReadPosRankSum=0.797;SC=GCCTGCAGGGCGAGGCCAAGG;SOR=0.089;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=11;WE=14866706;WS=14866688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr19	14866974	rs2253472	T	C	9792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=1.293;SC=ATCTTTAAATTTCTTATTTTT;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=216;TCR=118;TR=332;WE=14866982;WS=14866964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,348:1.00:349
chr19	14867186	rs2524386	G	A	5320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=120;PP=2965;SC=ACATAAGGGGGGTTAGGTTAG;SOR=1.994;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=50;TCR=120;TR=170;WE=14867194;WS=14867176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	14875201	rs7253782	G	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=2.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-1.766;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,60:0.27:224
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chr19	14910573	rs10415562	C	T	9065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=149;NR=169;PP=2965;SC=GGGTGACAGACGGCCACGAAG;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=150;TCR=172;TR=318;WE=14910581;WS=14910563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr19	14938616	rs2190686	T	C	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,121:0.21:563
chr19	14951898	rs3752195	G	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=2.329;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,34:0.17:195
chr19	14952706	rs141373725	CAG	C	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,37:0.26:141
chr19	14974930	rs10407452	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:433,117:0.21:550
chr19	14975368	rs10415965	A	G	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.198;NF=50;NR=71;PP=1494;ReadPosRankSum=-1.048;SC=GTGTGGAGGCAGGAGTCTGAG;SOR=0.650;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=397;TCF=165;TCR=232;TR=121;WE=14975376;WS=14975358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,122:0.29:417
chr19	14975471	rs11085912	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.323;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,47:0.24:198
chr19	14991963	rs10404119	C	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-4.332;QD=2.33;ReadPosRankSum=-2.227;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,93:0.20:459
chr19	14992031	rs10405129	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-8.964;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,48:0.17:281
chr19	14992042	rs10405136	A	G	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-9.332;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,48:0.16:300
chr19	14992045	rs10404335	C	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-9.444;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,48:0.16:306
chr19	14992226	rs10410793	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr19	15052983	rs3044711	T	TATC	24157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=244;PP=2957;SC=GTCCTAAGAGTATCTGCCAGA;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=354;TCF=74;TCR=280;TR=307;WE=15052994;WS=15052973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr19	15064065	rs10417793	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=1.177;SC=ATCCCCACCCACCCCGCCCCT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=15064073;WS=15064055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr19	15064858	rs2269913	A	C	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GCTCCAGCTGAGGCCCCCTCC;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=69;WE=15064866;WS=15064848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,72:0.77:93
chr19	15065169	rs757465	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=230;ReadPosRankSum=-1.418;SC=GGACTGAGGATGGGGCGTGGC;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=22;WE=15065177;WS=15065159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
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chr19	15075020	rs10407669	A	G	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=6;PP=1179;ReadPosRankSum=-1.117;SC=ACCCCTGCCCATTGCTCTGTC;SOR=0.907;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=78;TCR=7;TR=68;WE=15075028;WS=15075010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,69:0.79:87
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chr19	15131213	rs7248834	G	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=564;ReadPosRankSum=1.051;SC=GAAATCACTTGCATCCACTTC;SOR=2.115;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=26;WE=15131221;WS=15131203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr19	15131261	rs4405675	C	T	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=17;PP=1179;ReadPosRankSum=-1.350;SC=TTCTCCTCCCCTCCCCACCCA;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=65;WE=15131269;WS=15131251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,67:0.83:81
chr19	15131330	rs35352238	G	A	3655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.978;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=68;PP=2304;ReadPosRankSum=0.850;SC=GCTCCAAGCCGTGGACCTCAT;SOR=0.438;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=197;TCF=114;TCR=83;TR=154;WE=15131338;WS=15131320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,159:0.78:205
chr19	15132574	rs757463	C	G	8433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.583;SC=GTGCCGGTGGCTGGAGGCTGG;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=224;TCR=171;TR=337;WE=15132591;WS=15132564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,336:0.86:392
chr19	15133762	rs8111625	G	C	46845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=1198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=611;NR=568;PP=2965;SC=AAGAACCTCAGCTGGGGCCTC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1182;TCF=613;TCR=569;TR=1179;WE=15133770;WS=15133752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1190:1.00:1190
chr19	15133787	rs10424547	C	A	23640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=501;NR=522;PP=2962;ReadPosRankSum=1.230;SC=GCAAGAACATCGGGCATGAGG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1281;TCF=630;TCR=651;TR=1023;WE=15133795;WS=15133777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,1032:0.80:1291
chr19	15133926	rs8112667	C	A	4358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.883;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.631;SC=CAGCGCGGACCCCTAGTGACC;SOR=0.409;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=203;TCF=48;TCR=155;TR=163;WE=15133934;WS=15133916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,171:0.81:210
chr19	15164439	rs61755277	C	T	5213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.147;SC=ACCCCACTGCCGAGGTATTGG;SOR=0.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=120;TCR=143;TR=201;WE=15164447;WS=15164429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,215:0.78:277
chr19	15165818	rs3181162	A	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=667;ReadPosRankSum=0.413;SC=TGGTGCAATCATGGCTCACTG;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=36;WE=15165826;WS=15165817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr19	15166762	rs73518121	G	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr19	15166997	rs11574685	C	T	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=77;PP=1931;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CTTCTGTTCCCAAGGCCAAAT;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=45;TCR=101;TR=111;WE=15167011;WS=15166987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,117:0.75:155
chr19	15198024	rs59166286	A	T	29040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1018;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=597;NR=402;PP=2965;ReadPosRankSum=0.237;SC=CCTGGCCATCATCACGGACTC;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1001;TCF=598;TCR=403;TR=999;WE=15198032;WS=15198014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1012:1.00:1014
chr19	15198263	rs8105277	A	G	28382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=1037;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=513;NR=491;PP=2965;SC=TTGTCCACCCACAGCGTTACT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1006;TCF=515;TCR=491;TR=1004;WE=15198282;WS=15198253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1031:1.00:1031
chr19	15198292	rs8104843	C	G	30967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=1173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.01;NF=623;NR=514;PP=2965;SC=ATGTGCTCCCCTGTCTGTGGG;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1137;TCF=623;TCR=514;TR=1137;WE=15198300;WS=15198282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1166:1.00:1166
chr19	15198441	rs73008811	G	T	32398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=1150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=522;NR=604;PP=2965;SC=GAAGCTCTCCGGCTCAGACAC;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=1128;TCF=522;TCR=606;TR=1126;WE=15198449;WS=15198415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1146:1.00:1146
chr19	15198507	rs8108721	T	C	24983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=868;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=367;NR=489;PP=2965;SC=CACCAGCCCATTCTCCTGCAT;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=860;TCF=368;TCR=492;TR=856;WE=15198515;WS=15198497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,867:1.00:867
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chr19	15198751	rs16980312	T	C	14034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=233;NR=252;PP=2965;SC=ATCTACAGCATACGGAACAAG;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=486;TCF=234;TCR=252;TR=485;WE=15198772;WS=15198741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
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chr19	15220850	rs2240297	G	A	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=68;PP=2965;SC=GGTGGGTCCCGCAGCCCGGGC;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=125;TCR=68;TR=193;WE=15220858;WS=15220840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	15222428	rs2040858	A	G	15113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=308;NR=270;PP=2965;SC=ACCAGAGGGGACCCTGTGTTC;SOR=0.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=581;TCF=310;TCR=271;TR=578;WE=15222436;WS=15222418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr19	15223466	rs4808977	A	G	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=63;PP=2021;SC=TCAGTGTCTTAGGCTTGAAGC;SOR=3.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=13;TCR=63;TR=76;WE=15223474;WS=15223456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	15226780	.	G	GAGC	14224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.716;NF=105;NR=199;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.157;SC=AGGACCTAGAGAGCAGCAAGT;SOR=0.633;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=481;TCF=157;TCR=324;TR=304;WE=15226790;WS=15226770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,576:0.78:743
chr19	15227638	rs875803	A	G	12542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=263;NR=158;PP=2965;SC=GAAACACTCAATGAAAAGAGC;SOR=1.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=421;TCF=263;TCR=158;TR=421;WE=15227646;WS=15227628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr19	15229993	rs1131177	A	G	10852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=231;NR=172;PP=2965;SC=GGACAATGACATCCGCCTTCT;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=404;TCF=231;TCR=173;TR=403;WE=15230001;WS=15229975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr19	15230219	rs12463209	C	G	10701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=0.769;SC=GCAGGGCTGGCGCTTCTCACC;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=389;TCF=192;TCR=197;TR=387;WE=15230227;WS=15230208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,392:0.99:394
chr19	15233581	rs2074265	C	A	11684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=1.522;SC=AGTAGGGGTACAGCACGTCAA;SOR=0.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=415;TCF=252;TCR=163;TR=414;WE=15233589;WS=15233571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,427:1.00:428
chr19	15233631	rs2074266	G	A	14837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=287;NR=232;PP=2965;SC=GGGACAGGGAGGACGCTGAGT;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=520;TCF=288;TCR=232;TR=519;WE=15233639;WS=15233621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr19	15233732	rs59102460	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FS=2.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.890;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:585,125:0.18:710
chr19	15234344	rs34963992	G	A	11741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=284;PP=2962;ReadPosRankSum=0.475;SC=CCTCAGCACAGCGGCCACGTT;SOR=0.640;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=610;TCF=254;TCR=356;TR=491;WE=15234352;WS=15234334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,494:0.80:617
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chr19	15271771	rs1044009	G	A	4454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=96;PP=2679;ReadPosRankSum=1.021;SC=TGCCCCAGCCGCCGGGTACTC;SOR=0.500;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=94;TCR=115;TR=177;WE=15271779;WS=15271761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,189:0.86:221
chr19	15273221	rs757472	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr19	15273248	rs4809029	A	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=13;PP=1268;SC=CACTGCTGACACCCAGTGGAC;SOR=1.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=15273256;WS=15273238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	15273381	rs4809030	A	G	5476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=92;PP=2965;SC=TCCCTGGAGGATGAAGGGGAG;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=97;TCR=92;TR=188;WE=15273389;WS=15273371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	15276007	rs2886698	C	A	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=4.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=1;PP=1260;ReadPosRankSum=0.350;SC=CCCTGAGGCACCCTAAGGACT;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=70;TCR=1;TR=54;WE=15276015;WS=15275997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr19	15276055	rs2074617	C	G	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=46;PP=2965;SC=CTTCATGAAGCCTGGTTATGT;SOR=2.106;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=184;TCF=138;TCR=46;TR=183;WE=15276063;WS=15276045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	15276143	rs2074618	C	T	16231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=319;NR=268;PP=2965;SC=CAGGTGACACCAACCCAGCTT;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=587;TCF=319;TCR=268;TR=587;WE=15276151;WS=15276125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,598:1.00:598
chr19	15276919	rs2074619	G	A	15368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=1.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr19	15276923	rs10416777	C	T	15089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=1.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr19	15277006	rs45591935	T	C	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	15277009	rs62113791	CA	TG	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.23;SOR=4.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	15277938	rs1548554	C	T	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=53;PP=2965;SC=TTGCTGAATACACACACCCTT;SOR=2.047;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=146;TCR=53;TR=199;WE=15277946;WS=15277928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
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chr19	15281386	rs2074620	C	A	7978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NR=208;PP=2962;ReadPosRankSum=0.795;SC=AAGCAGAGGGCGGGGCTTCAG;SOR=0.714;Source=Platypus;TCR=255;WE=15281394;WS=15281376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,320:0.82:391
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chr19	15285272	rs10422818	T	C	8820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=156;NR=168;PP=2965;SC=ACAATCCCCTTCCATGCATTC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=156;TCR=168;TR=324;WE=15285280;WS=15285262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
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chr19	15290125	rs56061231	G	A	8215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.627;SC=GGTCAAGAGGGAATGAAGACA;SOR=0.464;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=390;TCF=210;TCR=180;TR=329;WE=15290133;WS=15290115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,333:0.85:394
chr19	15290412	rs2074621	G	A	4929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.675;SC=GACACACACAGATGTTCAGCG;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=61;TCR=167;TR=190;WE=15290420;WS=15290402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,196:0.84:232
chr19	15292088	rs7257550	G	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=387;SC=CCCTTATCTCGGCAAGAAGCT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=15292096;WS=15292078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	15292366	rs11669982	C	T	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=23;PP=1791;SC=TCCCTGCTCTCCAAGCAGAGG;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=79;WE=15292374;WS=15292356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	15292437	rs1043997	T	C	7486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=101;PP=2965;SC=CTCCGTAGCCTGGCGGGCAGG;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=266;TCF=165;TCR=101;TR=266;WE=15292445;WS=15292427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	15294991	rs2074616	C	T	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=26;PP=2202;SC=ATAAATAAAACGGGAAAAGTA;SOR=1.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=80;TCR=26;TR=106;WE=15294999;WS=15294981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	15295134	rs1043996	G	A	10318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TGTCCTGATCGCAGGAAGGGC;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=549;TCF=286;TCR=263;TR=433;WE=15295142;WS=15295124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,450:0.80:564
chr19	15300069	rs10423702	T	C	25117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=958;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=483;NR=450;PP=2965;SC=TCACAGACGATGGAGCTCCCC;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=934;TCF=483;TCR=451;TR=933;WE=15300077;WS=15300059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,952:1.00:952
chr19	15302844	rs1043994	T	C	14023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=231;NR=279;PP=2965;SC=ATGGTGAGGGTGCACAGGGCA;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=513;TCF=233;TCR=280;TR=510;WE=15302852;WS=15302834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr19	15303225	rs3815188	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:439,81:0.16:520
chr19	15349524	rs139618415	C	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=461;ReadPosRankSum=-1.101;SC=AATCCTTAGACCAGGGTCCCC;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=28;WE=15349532;WS=15349514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr19	15349545	rs200578182	C	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr19	15364453	rs149982995	G	C	17435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=869;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=379;NR=328;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GCCAGCAGCAGACTGGCGATG;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=842;TCF=450;TCR=392;TR=707;WE=15364461;WS=15364443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,729:0.85:861
chr19	15375073	.	T	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=1;PP=691;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GGGCGCTGAGTTTCTTCGAGT;SOR=1.189;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=32;WE=15375081;WS=15375068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr19	15466240	rs111237991	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=6.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=1.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,22:0.16:140
chr19	15471856	rs4809184	T	C	18572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=306;NR=389;PP=2965;SC=ACTCCCCATCTGGGCCCACGT;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=695;TCF=306;TCR=389;TR=695;WE=15471864;WS=15471846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,719:1.00:719
chr19	15485350	rs4809185	C	T	12966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=323;NR=113;PP=2965;SC=CGGGCTGACCCGCCTGGCCTT;SOR=2.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=441;TCF=325;TCR=116;TR=436;WE=15485358;WS=15485340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr19	15490485	rs57295859	C	T	11538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=328;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CCGCACAGAGCCTTCCCTCCC;SOR=0.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=578;TCF=389;TCR=189;TR=486;WE=15490493;WS=15490475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,493:0.84:587
chr19	15508130	rs7247749	G	A	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=90;PP=2875;SC=GGGCCCAGGTGCCTAAGATAG;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=66;TCR=90;TR=156;WE=15508138;WS=15508120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	15508362	rs2058322	G	C	4818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=53;PP=2965;SC=TGTAGATTTGGTGGATGAGGC;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=111;TCR=53;TR=164;WE=15508370;WS=15508352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	15511205	.	CT	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.556;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr19	15539439	rs887898	A	G	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=65;PP=1835;SC=TCCAAGACTCAGGCCGCAGAT;SOR=3.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=9;TCR=65;TR=74;WE=15539447;WS=15539429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	15549255	rs1005953	C	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=487;SC=AGGTGGCCTTCACTGTGGCTC;SOR=3.816;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=21;WE=15549263;WS=15549250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	15549939	rs929613	C	T	9702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.20;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,372:0.97:385
chr19	15648148	rs4310987	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=817;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TTTTGAGTCACCATTTTCCCT;SOR=0.657;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=47;WE=15648156;WS=15648138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,48:0.84:57
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chr19	15651551	rs372614865	T	G	6586.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=3.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	15651553	rs62113202	C	G	6586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.06;SOR=3.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	15651556	.	G	GAGC	6352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.37;SOR=3.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	15651560	rs62113205	C	G	5731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.60;SOR=4.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	15651562	rs139932061	CG	C	5529.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=112;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=23;PP=987;SC=GCTGGCCTCCCGAGGGCTGGC;SOR=4.443;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=15651576;WS=15651552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	15651564	rs60465772	A	T	5403.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.41;SOR=4.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	15651568	rs55832992	C	A	5223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.49;SOR=4.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	15726487	rs4646523	G	T	9479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=221;NR=118;PP=2965;SC=CCCCGTGGCTGCTCCTGCTGG;SOR=1.414;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=339;TCF=221;TCR=118;TR=339;WE=15726495;WS=15726477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr19	15726560	rs73001907	G	T	19412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.99;NF=360;NR=348;PP=2965;SC=CTATCACAACGGCCGCCGCCT;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=708;TCF=360;TCR=348;TR=708;WE=15726571;WS=15726550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,713:1.00:713
chr19	15726721	rs148338083	A	AACTCACTCATTCCTCTGATC	1836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.10;SOR=7.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	15730498	rs55848814	G	GC	11667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=132;PP=2965;SC=ACCGTCGCTTGTGACGCCTGC;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=66;TCR=140;TR=192;WE=15730506;WS=15730488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr19	15730606	rs28669833	C	T	9157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=183;PP=2965;SC=CCAGCTGCAGCCTTGGGGTGG;SOR=1.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=325;TCF=142;TCR=183;TR=324;WE=15730614;WS=15730596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr19	15754893	rs2203998	A	G	24065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=412;NR=462;PP=2965;SC=GGTGGGTGCTATGGTGCATTT;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=877;TCF=413;TCR=464;TR=874;WE=15754901;WS=15754883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,884:1.00:884
chr19	15754975	rs2203999	C	T	8853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=227;PP=2965;SC=CTTTCCTTCTCTCTCAGCCAT;SOR=2.365;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=76;TCR=227;TR=303;WE=15754983;WS=15754965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr19	15757927	rs1290626	T	C	11210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.089;NF=190;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.618;SC=TGAGTATCTGTAGGTGAACAG;SOR=0.342;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=391;TCF=191;TCR=200;TR=390;WE=15757935;WS=15757917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,409:1.00:410
chr19	15760213	rs2283612	C	T	8042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=190;PP=2965;SC=TATACCTGATCGTTGAAGGAC;SOR=1.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=276;TCF=86;TCR=190;TR=276;WE=15760221;WS=15760203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	15760881	rs1805040	C	A	12004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.548;NF=178;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=0.197;SC=TTCACAGATGCCGTCATCCAG;SOR=1.187;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=420;TCF=179;TCR=241;TR=418;WE=15760889;WS=15760871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,422:1.00:424
chr19	15763721	rs1805042	G	A	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=92;PP=2965;SC=GGCAGGAGGTGCAAGAGCTTC;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=107;TCR=92;TR=199;WE=15763729;WS=15763711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	15769253	rs4646513	C	A	16226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=288;NR=313;PP=2965;SC=GGAAGAGGGGCCCCTCAGGCA;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=602;TCF=288;TCR=314;TR=601;WE=15769261;WS=15769243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr19	15769270	rs4646514	A	C	16053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=269;NR=302;PP=2965;ReadPosRankSum=1.051;SC=GGCAGGGAGCATTGTCCTGAC;SOR=0.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=573;TCF=269;TCR=304;TR=571;WE=15769278;WS=15769260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,582:1.00:583
chr19	15769379	rs4646515	G	C	8711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.293;SC=CGGGCCCCCCGTCTCTGTTTT;SOR=0.369;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=308;TCF=133;TCR=175;TR=302;WE=15769387;WS=15769369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,311:1.00:312
chr19	15769449	rs4646516	A	G	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=75;PP=2466;SC=ATCCAACATCACCTCCCTCCA;SOR=1.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=111;WE=15769457;WS=15769439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	15769529	rs4646518	GC	TT	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=48;PP=2947;SC=TCTTGGTCTCGCCTCCAGGTC;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=103;WE=15769538;WS=15769519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	15769625	rs1915390	A	G	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=68;PP=2965;SC=CCCAGGTAAGAGCGGCCTGTG;SOR=0.815;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=159;WE=15769633;WS=15769615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	15769775	rs4646520	A	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=36;PP=991;SC=ACAGAGTAGGATTGGGTTGGT;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=15769783;WS=15769765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	15769805	rs10404163	A	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=579;SC=ATCCCTAGTGAGCTCAGAGCT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=15769813;WS=15769795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	15769965	rs2176919	A	C	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.84;QD=27.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	15769992	rs2460817	A	T	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.49;QD=26.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	15770012	rs56167713	T	C	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.03;QD=22.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	15770027	rs55876862	A	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.00;QD=28.23;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	15784061	rs7254013	C	A	8323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=130;PP=2965;SC=TTCCTGGTAACTGGACTCCTA;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=168;TCR=131;TR=297;WE=15784069;WS=15784051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr19	15784116	rs7253210	G	A	9782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=173;NR=178;PP=2965;SC=GACTCTAATCGGCCCATCTCT;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=173;TCR=178;TR=351;WE=15784124;WS=15784106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr19	15784167	rs7254627	A	G	5867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=1.362;SC=GAGGCCACTTAGTTGTTGGTT;SOR=0.466;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=84;TCR=122;TR=205;WE=15784175;WS=15784157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr19	15784195	rs10414690	G	C	7001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	15784200	rs55794585	C	T	6763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	15784214	rs56398124	C	T	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=77;PP=2467;SC=TCTCAGCCCTCGTTTACTCAC;SOR=1.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=40;TCR=78;TR=117;WE=15784222;WS=15784185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	15784285	rs56205003	C	T	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=31;PP=1422;SC=ACACTGTCCCCGGAGCTCTTC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=15784293;WS=15784275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	15784319	rs56124328	G	T	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=23;PP=2337;SC=TCCTCACCCTGCATCCCCTCT;SOR=2.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=95;WE=15784327;WS=15784309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	15784386	rs16995378	C	T	7790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=184;NR=85;PP=2965;SC=CCGGTGGCAACGTCCCCATGG;SOR=1.618;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=185;TCR=85;TR=269;WE=15784394;WS=15784376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	15784617	.	A	G	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=59.51;NF=42;NR=118;PP=2965;QD=20;SC=TCAGTGAGCTAGGTATTGATG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=42;TCR=118;TR=160;WE=15784625;WS=15784607;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	15784660	.	A	G	1530	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MMLQ=28;MQ=58.4;NF=3;NR=55;PP=1530;QD=26.9788140094;SC=GAGAAGCAAGAGAGATGGCTC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=3;TCR=55;TR=58;WE=15784668;WS=15784650;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	15789034	rs28416595	C	A	11237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=240;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=2.045;SC=CTAAAATTAACCATCACAGGA;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=408;TCF=243;TCR=165;TR=404;WE=15789042;WS=15789024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,410:1.00:412
chr19	15789098	rs609636	A	G	13268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=236;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.009;SC=GGGCTTGAAGAACTCGACCCA;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=483;TCF=241;TCR=242;TR=476;WE=15789106;WS=15789088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,485:0.99:489
chr19	15789140	rs609290	A	G	9486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=1.214;SC=GGGCTTTACGATATGGCTGGG;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=139;TCR=193;TR=330;WE=15789148;WS=15789130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,340:0.99:342
chr19	15791180	rs8100667	C	T	12623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=272;PP=2965;SC=CTCTTGCCCACTGTCCTTGGC;SOR=1.415;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=432;TCF=158;TCR=274;TR=430;WE=15791188;WS=15791170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr19	15793062	rs7253816	G	A	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.20;QD=44.02;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	15793068	rs7254785	C	T	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.30;QD=41.99;SOR=4.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	15795842	rs2018030	C	T	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=46;PP=1856;SC=GTCCACCCTCCGGTGCTGAAG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=96;WE=15795850;WS=15795832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	15838746	rs11672695	A	G	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=92;NR=8;PP=2674;SC=GCTTGGACAGATGAAGGAGGC;SOR=4.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=92;TCR=8;TR=100;WE=15838761;WS=15838736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	15838753	rs34728106	AG	A	5359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=11;PP=2967;SC=CAGATGAAGGAGGCGCTCTCA;SOR=3.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=95;TCR=13;TR=102;WE=15838761;WS=15838736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	15838967	rs2285955	G	A	13711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=1.193;NF=236;NR=258;PP=2965;ReadPosRankSum=2.097;SC=ACCTGTTCACGCTGCTGGGCA;SOR=0.350;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=538;TCF=265;TCR=273;TR=494;WE=15838975;WS=15838957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:32,510:0.94:542
chr19	15839174	rs2285956	C	T	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=37.776;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.33;MQRankSum=2.540;QD=26.87;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,168:0.92:183
chr19	15852223	rs1966357	A	C	7211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=173;NR=50;PP=2965;SC=AGAACTACAGAACCATATCTG;SOR=2.478;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=173;TCR=50;TR=223;WE=15852231;WS=15852213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr19	15852872	rs2240228	G	A	12608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=245;NR=226;PP=2965;SC=TGTCTTCATTGTGGCTGCCAT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=472;TCF=246;TCR=226;TR=471;WE=15852880;WS=15852862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr19	15881751	rs8112713	A	C	17196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=370;NR=221;PP=2965;SC=CATTTGACATAAAGCTCCATT;SOR=1.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=595;TCF=372;TCR=223;TR=591;WE=15881759;WS=15881741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr19	15881953	rs4807986	A	G	14812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.153;NF=236;NR=273;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.815;SC=CGGAAGCGCCACCCGTCATGG;SOR=0.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=510;TCF=237;TCR=273;TR=509;WE=15881961;WS=15881943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,529:1.00:530
chr19	15884810	rs10421246	A	T	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=71;PP=2965;SC=ATTCCAGACCAGATCTGTCCA;SOR=1.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=221;TCF=150;TCR=71;TR=220;WE=15884818;WS=15884800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	15890388	rs7259595	A	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=6;PP=1414;SC=GAGTGAGTGAATGAGCCGCCT;SOR=3.180;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=54;WE=15890396;WS=15890383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	15890517	rs11669449	A	C	9813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=198;NR=138;PP=2965;SC=CTGCTGCCACACTCACGAGGT;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=200;TCR=138;TR=336;WE=15890525;WS=15890507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr19	15890625	rs11673423	C	G	11050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=186;NR=225;PP=2965;SC=GCCAGGAAGCCGGCCAGGAGC;SOR=0.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=411;TCF=186;TCR=225;TR=411;WE=15890633;WS=15890615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr19	15890771	rs56317414	T	G	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.27;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	15890777	rs55926517	G	T	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.36;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr19	15905941	rs56117700	T	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=31.31;SOR=3.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr19	15989857	rs376410257	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.485;NF=0;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-1.511;SC=GTTTGAGGAATAGAGAAGGGG;SOR=1.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=8;WE=15989865;WS=15989847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
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chr19	15997136	rs3093159	A	AC	6008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.776;NF=37;NR=108;PP=2972;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GAAGGCAGTAACCCCCCCCAA;SOR=0.666;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=181;TCF=44;TCR=137;TR=145;WE=15997153;WS=15997126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,230:0.92:249
chr19	16024538	rs1060467	A	G	9396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
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chr19	16025176	rs1060463	C	T	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=88;NR=64;PP=2724;SC=TTCTCTTGGTCGAAACGGAAG;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=88;TCR=64;TR=152;WE=16025184;WS=16025166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
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chr19	16034714	rs8104361	A	G	23630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=880;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=349;NR=495;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.261;SC=GGGAGGGTGCAGCGCCGCTCC;SOR=0.787;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=850;TCF=353;TCR=497;TR=844;WE=16034722;WS=16034704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,873:1.00:875
chr19	16035517	rs3746156	G	A	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=3;PP=1689;SC=TCCTTTTCCAGCCTACTCCCT;SOR=5.010;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=59;TCR=3;TR=62;WE=16035525;WS=16035516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	16038334	rs2219358	G	A	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=162;PP=2965;SC=GGAGAGGGGTGAGAGAAGGAC;SOR=2.093;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=60;TCR=162;TR=222;WE=16038342;WS=16038324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	16038390	rs2305803	G	T	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=74;PP=2075;SC=GCACTTCCACGCATCCCACCC;SOR=4.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=7;TCR=74;TR=81;WE=16038398;WS=16038380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr19	16040473	rs4808414	T	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=51;PP=1613;SC=CCTGAATTAATCATGAATTCC;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=86;WE=16040481;WS=16040463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	16045141	rs2305801	T	C	11829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=159;NR=262;PP=2965;SC=GCCAGGAGCCTCCAACCAGCA;SOR=1.304;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=423;TCF=160;TCR=263;TR=421;WE=16045149;WS=16045131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr19	16060827	rs1594685	T	G	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=75;PP=2391;SC=CTGTTGTAAGTGTTCAGGTAT;SOR=1.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=50;TCR=75;TR=125;WE=16060835;WS=16060817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	16130594	rs11669662	G	C	5715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.41;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,142:0.78:182
chr19	16130604	rs7250074	T	C	5859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.52;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,149:0.78:192
chr19	16130974	rs73928322	C	T	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=57;PP=2607;ReadPosRankSum=0.216;SC=GGCGCACCCTCAGTGCCCTGG;SOR=0.926;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=122;TCR=74;TR=152;WS=16130964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,155:0.78:199
chr19	16131030	rs16981049	T	C	7074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GGAAATGCTGTTGGGACCGGA;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=361;TCF=193;TCR=168;TR=293;WE=16131038;WS=16131020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,300:0.82:367
chr19	16131679	rs757545	T	C	11159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=271;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.500;SC=ATGTTGGGACTCCACCAACGC;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=573;TCF=239;TCR=334;TR=466;WE=16131687;WS=16131669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,486:0.82:593
chr19	16136405	rs4808423	C	T	5599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GCCCTGAAACCCGGCCCTGCC;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=182;TCR=110;TR=228;WE=16136413;WS=16136395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,240:0.78:307
chr19	16136923	rs757546	T	C	6574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=166;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.076;SC=AGCACTCATCTGGGGTTGGCA;SOR=0.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=377;TCF=161;TCR=216;TR=296;WE=16136931;WS=16136913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,297:0.78:381
chr19	16137025	rs757547	C	A	1787.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=57;PP=1387;ReadPosRankSum=0.299;SC=AAACCCAGCCCAGCAAGCAGC;SOR=1.044;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=70;WE=16137033;WS=16137015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,67:0.91:74
chr19	16137052	rs757548	A	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.401;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=749;ReadPosRankSum=-0.594;SC=CCGGGCCCCCAAGCCCGCCAG;SOR=0.211;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=37;WE=16137060;WS=16137042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr19	16186772	rs7260235	G	A	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=3;PP=1237;SC=GAGGACTCTTGTGAATATTGG;SOR=4.664;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=49;WE=16186780;WS=16186762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	16186813	.	AC	A	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=6.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr19	16229236	rs1862603	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr19	16236557	rs10416989	G	A	3199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=78;PP=2474;SC=GCCCCACCCCGGAGCCCCTCG;SOR=2.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=24;TCR=78;TR=102;WE=16236565;WS=16236547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	16238279	rs1043308	C	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,89:0.18:491
chr19	16254694	rs2446366	A	G	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=58;PP=1940;SC=GGGATTTTCTAGGGGCATGGG;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=95;WE=16254702;WS=16254684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	16263202	.	G	T	187	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=26;MQ=53.25;NF=8;NR=1;PP=187;QD=24.6412458386;SC=CACTCCAGCCGGGGGGACAGA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=16263210;WS=16263198;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr19	16263620	rs73005210	G	A	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=1.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,74:0.22:333
chr19	16265494	rs111524	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=380;SC=CTTTCTGCCTGTCACCTACCC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=16265502;WS=16265484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	16268207	rs5827321	TA	T	22501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=342;PP=2975;SC=CGGCAGCAGCTAAAAAAGCCA;SOR=0.898;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=550;TCF=165;TCR=385;TR=497;WE=16268215;WS=16268197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,768:1.00:768
chr19	16275515	rs6512086	A	G	7934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=75;PP=2965;SC=GTGGGCGGTGACGGAGAGCAT;SOR=1.929;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=270;TCF=195;TCR=75;TR=269;WE=16275523;WS=16275505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	16275655	rs6512087	C	T	20614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=782;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=372;NR=381;PP=2965;SC=GGCACTCAGCCCCCCCCGCGT;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=754;TCF=372;TCR=382;TR=753;WE=16275663;WS=16275645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,779:1.00:779
chr19	16275772	rs4808461	A	G	5147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=127;PP=2965;SC=CAGGAGGGCTAGGCCGGCTGT;SOR=2.373;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=169;TCF=40;TCR=129;TR=167;WE=16275780;WS=16275762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	16280634	rs2003419	A	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=1111;ReadPosRankSum=1.202;SC=TTTTTGAGACAGAGTCTCGGT;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=53;WE=16280642;WS=16280624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr19	16283852	.	TAC	T	91	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=15;MQ=57.12;NF=5;NR=4;PP=91;QD=10.4444444444;SC=AAAGACTACTTACACACACAC;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=9;WE=16283861;WS=16283842;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr19	16301312	rs206231	A	G	3454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.381;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=64;PP=1993;ReadPosRankSum=1.043;SC=ACTCACCTCCATGTCTCTTCT;SOR=0.561;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=111;TCR=78;TR=151;WE=16301320;WS=16301302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,158:0.79:200
chr19	16301544	rs2242143	G	C	3522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=42;PP=2268;ReadPosRankSum=-1.439;SC=GGGAGCCCAGGGTTCAGGAGT;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=124;TCR=54;TR=136;WE=16301552;WS=16301534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,144:0.76:190
chr19	16308786	.	T	TCGCTGCCGCCGCCACCGCCCTCGGC	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.917;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,10:0.09:109
chr19	16318781	rs2290657	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,11:0.15:72
chr19	16320075	rs2290802	C	G	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.824;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=79;PP=2071;ReadPosRankSum=0.842;SC=GGCAAAGCCCCGAGAGCCGTT;SOR=0.406;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=18;TCR=101;TR=94;WE=16320083;WS=16320065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,97:0.81:120
chr19	16321047	rs7258138	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=387;SC=TTTATATTTATTTTCTGTTCT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=16321055;WS=16321045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	16321073	rs68150030	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.474;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=48;ReadPosRankSum=-0.259;SC=ACAGAAGGACATTTGGGTGGT;SOR=0.105;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=8;WE=16321081;WS=16321063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr19	16337423	rs2305939	T	C	9166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=116;NR=196;PP=2965;SC=CATTACAGCCTAGGGCAGGGT;SOR=1.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=312;TCF=116;TCR=196;TR=312;WE=16337431;WS=16337413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr19	16338274	rs2305938	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=4.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.650;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,27:0.16:167
chr19	16338532	rs2124904	G	A	7277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=177;PP=2965;SC=CTGGGCTGTCGGCAGACTCCT;SOR=1.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=75;TCR=177;TR=252;WE=16338540;WS=16338522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	16339014	.	A	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.430;ClippingRankSum=0.000;DP=793;ExcessHet=3.0103;FS=130.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=10.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:601,190:0.24:791
chr19	16339069	rs2305937	G	A	7280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=0.064;SC=TCTCTGGCCCGTCCCAGGAGC;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=103;TCR=240;TR=288;WE=16339077;WS=16339059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,300:0.84:356
chr19	16339715	rs3752797	C	T	19327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1092;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=362;NR=463;PP=2962;ReadPosRankSum=0.511;SC=ACAGCGAGATCGTGTGGTCCA;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1060;TCF=468;TCR=592;TR=825;WE=16339723;WS=16339705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,850:0.78:1086
chr19	16344528	rs2279060	C	G	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=110;PP=2965;SC=CAGTCAGCTGCAATCAGGACC;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=33;TCR=110;TR=143;WE=16344536;WS=16344518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	16345099	rs897774	T	C	8268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=131;PP=2965;SC=AGTGAGGCCCTACCCGTGGGG;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=152;TCR=131;TR=283;WE=16345107;WS=16345089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr19	16435717	rs8106384	T	C	10537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=186;NR=190;PP=2965;SC=CCGCGTCCTTTCTCCCCGGGT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=376;TCF=186;TCR=190;TR=376;WE=16435727;WS=16435707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr19	16436262	rs3745318	T	C	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=97;PP=2702;SC=GATGCGCCGCTGGGGCCCGCA;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=77;TCR=97;TR=173;WE=16436270;WS=16436252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	16466444	rs55712949	A	G	8426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.92;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,367:0.74:498
chr19	16472811	rs141885889	G	GA	1263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.206;HP=11;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.891;NF=5;NR=57;PP=788;ReadPosRankSum=-0.640;SC=AAGTTTAGGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.264;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=10;TCR=103;TR=62;WE=16472819;WS=16472799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr19	16487905	rs11086030	T	C	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=824;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CGGTAGGCGGTGGCTGCGAGA;SOR=0.628;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=55;WE=16487913;WS=16487895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,62:0.78:79
chr19	16495891	.	G	A	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=14;PP=1801;ReadPosRankSum=0.863;SC=CATGACAAGAGGCACAAAGAC;SOR=1.529;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=84;TCR=17;TR=86;WE=16495899;WS=16495881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,87:0.85:102
chr19	16513313	rs73021136	T	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=-1.753;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,51:0.18:276
chr19	16513357	rs34782743	CT	C	2225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.675;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.770;NF=9;NR=69;PP=967;ReadPosRankSum=0.151;SC=AGAAAAGACGCTTTTTTTTTT;SOR=0.317;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=111;TCF=10;TCR=101;TR=78;WE=16513366;WS=16513347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,106:0.82:129
chr19	16514771	rs873636	A	G	4046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=103;PP=2916;ReadPosRankSum=1.300;SC=GATGTTAAAGAGATTCACAGT;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=77;TCR=130;TR=165;WE=16514779;WS=16514761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,168:0.80:211
chr19	16539347	rs71178694	G	GAAGA	3169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.67;QD=51.96;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	16539356	rs4808510	C	A	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.63;MQRankSum=-0.517;QD=22.86;ReadPosRankSum=1.147;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,71:0.86:83
chr19	16552914	rs2305781	G	A	5472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CCGCTCAGCCGGGCTTCTATT;SOR=0.898;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=256;TCF=141;TCR=115;TR=211;WE=16552922;WS=16552904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,218:0.83:264
chr19	16591464	rs9305079	G	A	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=1.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,97:0.22:449
chr19	16593189	rs138347151	CAACAA	C	3938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=11;PP=2658;SC=GACCCTGTCTCAACAAAACAA;SOR=2.833;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=48;WE=16593211;WS=16593179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	16593203	rs75847259	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQRankSum=-0.769;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,31:0.27:115
chr19	16593415	rs8100755	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,60:0.18:332
chr19	16593573	rs10403020	G	A	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1080;ReadPosRankSum=-0.757;SC=TGGTGCTGGCGTCCAGAAAAT;SOR=0.575;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=68;WE=16593581;WS=16593563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,75:0.77:98
chr19	16594967	rs10413787	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.200;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr19	16594979	rs7252242	C	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=2.586;QD=3.13;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,3:0.14:21
chr19	16596142	.	CT	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.447;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr19	16601154	rs3810196	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=10.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=2.129;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,35:0.20:177
chr19	16601168	rs3810197	G	A	4518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.622;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GTTGCACCACGTAAACTCACC;SOR=0.261;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=224;TCF=165;TCR=59;TR=176;WE=16601176;WS=16601144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,183:0.80:230
chr19	16601194	rs3810198	C	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=2.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,95:0.25:385
chr19	16606742	rs3810199	G	C	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=107;PP=2965;SC=GGGGACCCTCGAGGATTCGAG;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=59;TCR=107;TR=165;WE=16606750;WS=16606732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	16606766	rs3810200	G	C	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TCGCTGCCGTGGACCCCGTGG;SOR=0.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=51;TCR=78;TR=128;WE=16606774;WS=16606756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr19	16611527	rs62118143	T	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=607;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TGTGAGCTTTTGCCAAGTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=31;WE=16611535;WS=16611517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
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chr19	16631322	rs2303119	T	C	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.244;SC=GGGTCCGCTGTGGGGAGAGGC;SOR=0.603;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=291;TCF=105;TCR=186;TR=233;WE=16631330;WS=16631312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,237:0.78:303
chr19	16631776	rs8111801	G	C	9892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=1.153;SC=CCACAAGGAAGTCGTGAAAAA;SOR=0.568;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=536;TCF=240;TCR=296;TR=404;WE=16631784;WS=16631766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,426:0.76:557
chr19	16633950	rs1043481	T	C	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=82;PP=2469;SC=TGATGTGGGGTGGGCCCTGTC;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=126;WE=16633958;WS=16633940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	16664679	rs117188970	G	A	4152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=95;PP=2643;ReadPosRankSum=0.119;SC=TGGTGACGGGGAGGAGGTGCT;SOR=0.903;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=204;TCF=85;TCR=119;TR=159;WE=16664687;WS=16664669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,172:0.78:221
chr19	16665857	rs731617	C	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=17;PP=1249;ReadPosRankSum=1.467;SC=TGGCAAAGCTCTGACATACAA;SOR=0.577;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=68;WE=16665865;WS=16665847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,72:0.74:97
chr19	16666101	rs2287869	G	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FS=2.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:406,92:0.18:498
chr19	16797240	rs2249827	A	G	6932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=114;PP=2965;SC=TTCTTGCAGCATTCTTGCCTT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=134;TCR=114;TR=248;WE=16797248;WS=16797230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	16798927	rs2547112	T	C	20457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=456;NR=297;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CTGTCTCTCTTGCTGTCTCCC;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=756;TCF=458;TCR=298;TR=753;WE=16798935;WS=16798917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,760:1.00:761
chr19	16842221	rs57820084	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.181;NF=3;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=1.429;SC=GGGTTCAAGCGATTCTCCTGC;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=16842229;WS=16842211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr19	16855265	rs812847	A	G	8082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CCCCTGTCTGATTCCCTCGCG;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=419;TCF=244;TCR=175;TR=329;WE=16855273;WS=16855255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,338:0.79:428
chr19	16860105	rs706764	G	A	20338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=348;NR=385;PP=2965;SC=CTGCCTGGACGCTGATGCCCA;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=734;TCF=348;TCR=386;TR=733;WE=16860113;WS=16860095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,751:1.00:751
chr19	16872940	rs773852	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=2.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.770;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,66:0.19:341
chr19	16876099	rs4808526	T	C	5587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=125;PP=2965;SC=TTTTCATCAATTCTCATACCT;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=65;TCR=125;TR=190;WE=16876107;WS=16876089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	16899838	rs2608737	A	T	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=15;PP=1511;SC=ACCCTCGCCAACTCTGCTTCA;SOR=2.359;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=63;TCR=15;TR=78;WE=16899846;WS=16899828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	16905474	rs2431802	G	T	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=19;PP=488;SC=GGTTAGCAACGTTTTCTGCCA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=16905482;WS=16905464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	16910747	rs112320677	C	T	5562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.575;SC=TGGAAGGCGTCGGGGCCCCCG;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=188;TCR=106;TR=233;WE=16910755;WS=16910737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,241:0.79:307
chr19	16957638	rs2241377	A	C	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=4;PP=1176;ReadPosRankSum=0.937;SC=AAGATCCACAAGTGTGCAGAC;SOR=2.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=47;WE=16957646;WS=16957629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr19	16976117	rs10625481	A	AC	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.842;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	16976286	rs773911	A	G	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=81;PP=2965;SC=AGAAGAAGCTATCTCGGATGG;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=175;WE=16976294;WS=16976276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	16988456	rs2303090	A	G	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=70;PP=2213;SC=CAGAGGTAAGAGGCCCTGAGA;SOR=1.323;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=117;WE=16988464;WS=16988446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	16988476	rs2258663	T	C	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=61;PP=1495;SC=ATGCATGCTCTGTTCCTTCCT;SOR=1.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=92;WE=16988484;WS=16988466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	16999897	rs773905	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GGTTTATCTCTACCGGCGCGA;SOR=0.418;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=11;WE=16999905;WS=16999888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
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chr19	17000632	rs773902	G	A	8291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=1.194;SC=GAACCTCGCGGCTGCTGACCT;SOR=0.554;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=432;TCF=237;TCR=195;TR=336;WE=17000640;WS=17000622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,353:0.78:450
chr19	17003789	rs773901	T	G	7452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.418;SC=ACGTGTATTCTTGTCAATATC;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=426;TCF=244;TCR=182;TR=325;WE=17003797;WS=17003779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,342:0.77:444
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chr19	17006738	rs2981474	A	G	1425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.433;SC=ACACACACACACGCGCGCGTG;SOR=0.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=65;WE=17006746;WS=17006728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,67:0.76:88
chr19	17008578	rs2608732	G	C	3541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=43;PP=2351;ReadPosRankSum=-0.571;SC=GTGGGCTGTGGGTGCTGACGT;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=192;TCF=130;TCR=62;TR=141;WE=17008586;WS=17008568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,145:0.74:197
chr19	17011950	rs77345177	A	AC	15264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=124;PP=2936;SC=AGCCAGCCTGACCTGGGTGCC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=77;TCR=129;TR=197;WE=17011958;WS=17011940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr19	17017878	rs56408444	G	A	5431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.097;SC=GGCCAGGGGCGCAGCAGACTC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=272;TCF=122;TCR=150;TR=220;WE=17017886;WS=17017868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,239:0.81:294
chr19	17025292	rs706761	G	A	15392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=282;NR=268;PP=2965;SC=CAGCGGGACAGTGCCGTGGAT;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=552;TCF=283;TCR=269;TR=550;WE=17025300;WS=17025282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr19	17119560	rs897768	T	C	5425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.688;SC=CAGAAGGGGATGGGCTGGGCC;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=72;TCR=136;TR=206;WE=17119568;WS=17119550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr19	17122630	rs35560062	G	A	15515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=278;NR=297;PP=2965;SC=AGATACTGGGGAAGGAGTTTG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=576;TCF=278;TCR=298;TR=575;WE=17122638;WS=17122620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,583:1.00:583
chr19	17137290	rs11878608	A	C	31327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=1168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=626;NR=533;PP=2965;SC=TCGCTGCAACACTCTGAGCCA;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1162;TCF=628;TCR=534;TR=1159;WE=17137298;WS=17137280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1163:1.00:1163
chr19	17166896	rs3214849	TAA	T	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.898;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,20:0.11:186
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chr19	17186136	rs2305751	C	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1223,199:0.14:1422
chr19	17212992	rs3745349	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1967,267:0.12:2234
chr19	17273893	rs7256689	G	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,48:0.23:210
chr19	17283383	rs11463235	A	AG	1810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=32;PP=2048;SC=GCGAGGTTCCAGGTGCTCAGA;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=17283391;WS=17283373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	17283657	rs2279006	C	T	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,98:0.27:368
chr19	17286438	rs8113494	A	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=268;ReadPosRankSum=-0.152;SC=ATAGGAGGCCATCCCCACCAC;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=18;WE=17286446;WS=17286428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr19	17298679	rs7249926	G	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=221;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GCCTGAGCCAGCAACAGACTT;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=12;WE=17298687;WS=17298669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr19	17298724	rs9305088	G	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=364;ReadPosRankSum=-1.056;SC=CCTGCCTGATGTCTCGCATTC;SOR=0.597;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=105;TCF=75;TCR=30;TR=30;WE=17298732;WS=17298714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,30:0.28:107
chr19	17298893	rs3826689	G	T	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=756;ReadPosRankSum=-0.171;SC=CACCTGTTCCGTGGCAAAGGC;SOR=0.866;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=211;TCF=90;TCR=121;TR=63;WE=17298901;WS=17298883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,66:0.30:220
chr19	17298946	rs3826690	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=591;ReadPosRankSum=0.330;SC=GAGTGTAAACTCAGCAGGTTG;SOR=1.012;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=43;TCR=78;TR=38;WE=17298954;WS=17298936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,40:0.30:132
chr19	17299009	rs3826691	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=-2.890;SC=AGGCTGAGGCAGGCGGATCAC;SOR=0.782;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=15;WE=17299017;WS=17298999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr19	17301733	rs34092109	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=6.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr19	17301863	rs962919	G	A	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=2.152;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,122:0.24:519
chr19	17301880	rs4808072	T	C	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=1.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=2.235;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,125:0.24:527
chr19	17302056	rs962918	A	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=295;ReadPosRankSum=0.022;SC=TCGGGGCACTACAAACCCACA;SOR=1.736;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=18;WE=17302064;WS=17302046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
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chr19	17303774	rs1545620	T	G	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.860;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=664;ReadPosRankSum=-1.814;SC=CCTCCAGGCCTCATGGAGGGG;SOR=0.394;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=173;TCF=102;TCR=71;TR=57;WE=17303782;WS=17303764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,56:0.32:176
chr19	17305440	rs1064305	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=297;ReadPosRankSum=-0.501;SC=CAAGAGCAGGTGCTGAGGAGG;SOR=0.652;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=32;WE=17305448;WS=17305430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,37:0.29:129
chr19	17305781	rs45541337	T	G	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=2.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,76:0.28:272
chr19	17306031	rs2279003	T	C	3046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:512,197:0.28:709
chr19	17311226	rs117099942	G	A	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=965;ReadPosRankSum=-1.270;SC=CATGAAGAAGGGCCTGGAAGG;SOR=0.305;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=52;WE=17311234;WS=17311216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr19	17316261	rs10423542	G	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,27:0.19:139
chr19	17316697	rs12327728	C	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=6;PP=1197;SC=GACCAGGAGGCAGAGGCCCCC;SOR=2.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=46;WE=17316705;WS=17316692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	17318110	rs78889477	C	T	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=2.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,99:0.27:363
chr19	17320308	rs76331713	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=2.133;SC=AACCACTGCCCCCCAGGCACC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=6;WE=17320316;WS=17320298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr19	17322800	rs117297085	T	C	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=2.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,86:0.27:316
chr19	17326116	.	G	C	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=800;ReadPosRankSum=3.265;SC=GCCAGCTAACGAGCGCGGGGG;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=48;WE=17326124;WS=17326106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr19	17326567	rs388484	A	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=741;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CATGATCAGGACATGGGAAAG;SOR=0.843;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=42;WE=17326575;WS=17326557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr19	17329935	.	CAAA	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=7.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=2.481;SOR=1.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,10:0.15:65
chr19	17330060	rs414528	T	C	9670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=185;NR=185;PP=2965;SC=GAGAAGCAGTTGGCAGCTGAG;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=372;TCF=186;TCR=186;TR=370;WE=17330068;WS=17330050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr19	17336904	rs7254151	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=198;ReadPosRankSum=0.219;SC=CAAACTTGAGGGTCGAGGTCG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=13;WE=17336912;WS=17336894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr19	17336962	rs7255142	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=417;ReadPosRankSum=0.769;SC=GCCAGGTCAGCCCCGCCCCCA;SOR=1.133;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=29;WE=17336970;WS=17336952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr19	17337223	rs2288542	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.798;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr19	17337733	rs3745164	C	T	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-2.669;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:447,140:0.24:587
chr19	17337871	rs891204	A	G	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:585,137:0.19:722
chr19	17337882	rs891203	C	G	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:592,146:0.20:738
chr19	17338099	rs891201	G	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,26:0.20:133
chr19	17339112	rs14129	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-1.807;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,45:0.18:245
chr19	17339193	rs113462551	CT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr19	17343560	rs6512178	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=2.354;SC=GATGGCTCACGGCCACAGTCC;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=12;WE=17343568;WS=17343550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr19	17351535	rs2288539	G	A	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.367;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:606,198:0.25:804
chr19	17360878	rs3745168	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-0.099;SC=GCCTGGCCACACCCCATCAGG;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=5;WE=17360886;WS=17360868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr19	17362526	rs10469471	A	G	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=58;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GTTGCGAAGGAGAAGAGAGGG;SOR=0.780;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=253;TCF=66;TCR=187;TR=76;WE=17362534;WS=17362516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,76:0.29:263
chr19	17362941	rs7247493	A	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.832;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr19	17366110	rs35026554	CA	C	508.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=4.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.761;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,41:0.29:141
chr19	17366278	rs4430871	T	C	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,137:0.26:519
chr19	17366313	rs12459398	C	T	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,99:0.26:376
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chr19	17370190	rs11880383	T	G	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,116:0.23:508
chr19	17374726	rs8112782	G	C	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=153;NR=74;PP=2965;SC=GTAGGTGTGTGAGCAGAGCAG;SOR=1.589;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=155;TCR=74;TR=227;WE=17374734;WS=17374716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	17382505	rs10420922	A	T	5011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=126;PP=2965;SC=CAGCCATGGCAGGGAGGGTCC;SOR=2.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=49;TCR=127;TR=175;WE=17382513;WS=17382495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	17392483	rs7246262	C	G	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=85;NR=48;PP=2118;SC=TCCTCCCACCCGGGCTCTTAT;SOR=1.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=133;WE=17392491;WS=17392473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	17393015	rs1864116	C	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=775;SC=GACCCCAACGCTCGGTAAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=17393023;WS=17393005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	17393504	rs1864113	G	C	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=16;PP=1301;SC=TGGCCGCCGCGTGGGGCTGCC;SOR=1.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=66;WE=17393512;WS=17393494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	17393925	rs56069439	C	A	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=27;PP=1157;SC=CTATTTGTGGCCAGCTCTTTC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=17393933;WS=17393915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	17394504	rs891017	A	C	23303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=403;NR=422;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.550;SC=ACGGACACCAACCCCTGGAGC;SOR=0.250;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=827;TCF=403;TCR=424;TR=825;WE=17394512;WS=17394494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,853:1.00:854
chr19	17395003	rs11086065	A	G	6530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=145;PP=2965;SC=CAGTTTGAGCAGCCAGATCCT;SOR=1.630;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=76;TCR=146;TR=221;WE=17395011;WS=17394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	17395055	rs11882562	C	G	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=72;PP=2156;SC=CTAGCTTCACCTATCTGCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=38;TCR=72;TR=110;WE=17395063;WS=17395045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	17395182	rs4808614	G	T	454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=17;PP=480;SC=ATCATCAGCTGCTTCTTCTTC;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=17395200;WS=17395172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	17395192	rs60208686	CT	C	305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=218;SC=GCTTCTTCTTCTTTTTTTTTA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=17395200;WS=17395172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	17396549	rs751599	T	C	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=92;PP=2965;SC=GTGGTTGCGGTGTTGTGTCCC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=96;TCR=93;TR=188;WE=17396557;WS=17396539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	17396761	rs891018	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=424;SC=AACCTGCACATGCATGTATTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=17396769;WS=17396751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	17397483	rs367668712	G	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.67;MQRankSum=-1.110;QD=22.23;ReadPosRankSum=2.009;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,36:0.84:43
chr19	17397493	rs371454519	G	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=67.00;MQRankSum=-1.145;QD=22.86;ReadPosRankSum=1.836;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr19	17397497	.	GTGTT	G	816.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=67.16;MQRankSum=-0.751;QD=22.69;ReadPosRankSum=2.017;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr19	17397700	rs10401700	A	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=26;PP=743;SC=GGGCAACTCCACCTGGAATAG;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=17397708;WS=17397690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	17403414	rs113634768	C	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=7;PP=1385;SC=GGCGCAGGCTCGGGCCTCCTC;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=17403422;WS=17403407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	17416590	rs3217329	CT	C	7038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=81;PP=2975;SC=CCAACGGCCTCTTTTTTGCAC;SOR=1.431;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=94;TCR=95;TR=162;WE=17416598;WS=17416580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	17417080	rs11548548	C	T	13124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=266;NR=232;PP=2965;SC=AGCCGAGCAACATCAAACGCA;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=498;TCF=266;TCR=232;TR=498;WE=17417088;WS=17417070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr19	17424932	rs2288463	A	G	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=57;SC=TGTTCCTGGGACTGGGAGGAA;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=108;WE=17424940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	17424947	rs12327712	T	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=46;PP=2142;SC=GAGGAATTGGTCACTTCCAGG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=17424955;WS=17424937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	17434587	rs12977101	T	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	17435851	rs755124	G	T	10574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TGGTGGCTCCGGCCCCTGCAG;SOR=0.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=206;TCR=172;TR=374;WE=17435859;WS=17435841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,377:1.00:378
chr19	17435884	rs755123	T	C	10938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=192;NR=196;PP=2965;SC=ATGTGGCCCCTGACGAGAGGA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=192;TCR=197;TR=388;WE=17435892;WS=17435874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr19	17438642	rs8102944	A	G	19375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=303;NR=395;PP=2965;SC=AGAAGAGCACAACGTAGCCGA;SOR=1.009;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=698;TCF=303;TCR=395;TR=698;WE=17438650;WS=17438632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,722:1.00:722
chr19	17438923	rs113207944	C	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=7;PP=1397;SC=CGGTGTGTCCCGTCCCCGGCG;SOR=0.818;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=83;TCF=65;TCR=18;TR=60;WE=17438949;WS=17438913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	17438930	.	G	GGCGAGGCCCCGCCCCCT	1556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=67.68;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	17439320	rs76655932	C	T	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	17441093	rs75616124	G	T	9436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=172;NR=149;PP=2965;SC=GCTCATCCCAGCTGCAGGGCT;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=321;TCF=172;TCR=149;TR=321;WE=17441101;WS=17441083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr19	17441909	rs61734355	T	G	15496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=255;NR=291;PP=2965;SC=GATCAGCCTCTGTGAATGTGT;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=546;TCF=255;TCR=291;TR=546;WE=17441917;WS=17441899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr19	17443891	rs79771034	G	A	10231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=180;PP=2965;SC=TGCATGCGGGGGCCCAGAGCC;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=354;TCF=174;TCR=180;TR=354;WE=17443899;WS=17443881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr19	17448961	rs1864112	A	C	26075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=998;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=484;NR=488;PP=2965;SC=GAATTCTCACAGCACCCCGAG;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=975;TCF=486;TCR=489;TR=972;WE=17448969;WS=17448951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,994:1.00:994
chr19	17449157	rs75326392	C	G	17017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=290;NR=311;PP=2965;SC=CCTCCTGTCACCTGTCTGTCA;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=602;TCF=291;TCR=311;TR=601;WE=17449165;WS=17449147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr19	17449602	rs75211789	C	T	22530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=331;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.969;SC=TCTGTGCAACCCCTGCATGAG;SOR=1.092;Source=Platypus;TCF=332;WE=17449610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,819:1.00:821
chr19	17449699	rs45541332	A	G	10008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GGGCTGGACAAATTGGGTGTG;SOR=0.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=156;TCR=162;TR=317;WE=17449707;WS=17449689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,333:1.00:334
chr19	17450016	rs3810206	T	C	7773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=157;PP=2965;SC=CGCTCAGGGGTGCACGTAGTG;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=278;TCF=119;TCR=159;TR=276;WE=17450024;WS=17450006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	17451736	rs75893526	C	T	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1074;SC=TCCTCCCTCCCGACCTCACGC;SOR=3.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=45;WE=17451744;WS=17451726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	17452527	rs919333	G	T	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=46;PP=1351;SC=ATCCAGGGAAGTCGCACCCAA;SOR=1.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=65;WE=17452535;WS=17452517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	17488141	rs10417806	A	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,26:0.23:115
chr19	17502698	rs2278235	G	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=924;ReadPosRankSum=0.845;SC=AGGCAGAGGAGAGGAGGAGTG;SOR=0.218;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=47;WE=17502706;WS=17502688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr19	17514440	rs919265	G	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=929;SC=TCCCCGCCCCGCTTCCCCAGC;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=17514448;WS=17514430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	17514646	rs113321277	T	TGGG	11310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=167;PP=2924;ReadPosRankSum=-0.012;SC=GCGGTACAGATGGCAAATCAG;SOR=0.992;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=211;TCF=27;TCR=184;TR=194;WE=17514656;WS=17514636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,424:1.00:426
chr19	17516400	rs111617488	A	AGCTGAAAG	9223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=79;PP=2965;SC=TCTCCCCTTTAGAGTCTGGCC;SOR=1.836;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=127;TCF=13;TCR=114;TR=92;WE=17516408;WS=17516390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	17531450	rs2303680	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=2.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,57:0.20:280
chr19	17533126	rs2303678	A	G	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=35;PP=1978;ReadPosRankSum=2.481;SC=TCACTCCCCTACCCCCCACTC;SOR=0.691;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=160;TCF=111;TCR=49;TR=110;WE=17533134;WS=17533116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,109:0.68:161
chr19	17534693	rs2288408	T	C	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=104;PP=2965;SC=ATCTTCCTACTTCCCTCTCCC;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=127;TCR=105;TR=231;WE=17534701;WS=17534683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr19	17534898	rs13345062	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=2.101;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,46:0.26:180
chr19	17535546	rs4808636	C	T	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=47;PP=2965;SC=CCTGAGGGGCCGGCACCCGCC;SOR=1.224;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=127;WE=17535554;WS=17535536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	17535658	rs4808637	A	C,G	10804.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=172,77;NR=140,63;PP=2962,1405;SC=CTAAGTACCCACTCTGCCATT;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=456;TCF=252;TCR=204;TR=312,140;WE=17535666;WS=17535648;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.69,0.31:458
chr19	17535867	rs201974585	CCTCACTGCATCCTGGGGCCACCCCCA	C	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr19	17544039	rs62125232	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5034;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=2;PP=622;ReadPosRankSum=-0.090;SC=ACTGTCCACACCCTAGAACAT;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=29;WE=17544047;WS=17544029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
chr19	17544165	rs10415889	C	T	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=92;PP=2965;SC=AGATCACCTCCGTTTGTAAAG;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=119;TCR=92;TR=211;WE=17544173;WS=17544155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	17544375	rs55761990	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=-0.168;SC=TCCCCTTCCAGGCAGTGCAGA;SOR=1.469;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=14;WE=17544383;WS=17544365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr19	17547292	rs4808641	A	G	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=874;ReadPosRankSum=-0.716;SC=GTCCTTCCCCATGCTCCCTGG;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=64;WE=17547300;WS=17547282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,70:0.65:107
chr19	17547546	rs117008413	G	A	4837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.677;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=0.408;SC=TGGAGACTTCGGCAGGGCGGG;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=259;TCF=141;TCR=118;TR=191;WE=17547554;WS=17547536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,205:0.74:277
chr19	17556054	rs3810209	A	G	3588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=96;PP=2465;ReadPosRankSum=2.087;SC=CAAGGGCCACATGTCTGAGGA;SOR=0.469;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=198;TCF=67;TCR=131;TR=147;WE=17556062;WS=17556044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,154:0.75:206
chr19	17559076	rs4808643	T	C	4594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.680;SC=GGCAGCAGCGTCCCGGCCGCG;SOR=0.662;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=260;TCF=119;TCR=141;TR=194;WE=17559084;WS=17559054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,197:0.74:267
chr19	17571200	rs12984622	A	G	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=375;ReadPosRankSum=-0.453;SC=CATGGAAGCCAGCATGTGGAA;SOR=0.739;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=24;WE=17571208;WS=17571190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
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chr19	17612251	rs11668681	T	C	4427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=89;PP=2887;ReadPosRankSum=0.543;SC=CCCACTCCAATCTCTCTCTTC;SOR=0.646;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=142;TCR=133;TR=183;WE=17612259;WS=17612241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,197:0.66:297
chr19	17622614	rs11086075	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.871;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,41:0.32:128
chr19	17628587	rs6743	A	G	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.390;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:636,175:0.22:811
chr19	17628737	rs8104468	T	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.372;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,28:0.27:103
chr19	17643065	rs12984143	T	C	6256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=77;PP=2965;SC=GCTCCCTCTTTCTGCAGAAGC;SOR=1.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=142;TCR=77;TR=218;WE=17643073;WS=17643055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	17644224	.	CAAA	C	240.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=26.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	17648350	rs8107859	T	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=35;PP=1078;SC=CTTCAGGGCATAGGTGGGTCT;SOR=1.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=17648358;WS=17648340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	17650608	rs57070010	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr19	17651370	rs11878663	A	G	7207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=117;PP=2965;SC=AGAGCCCCTCAGGCACGCGGC;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=142;TCR=117;TR=258;WE=17651378;WS=17651360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr19	17654181	rs45532635	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=3.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,47:0.22:214
chr19	17660300	rs11666267	G	A	12057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=243;NR=174;PP=2965;SC=CACTCTGGACGGCTGCTTGGA;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=417;TCF=243;TCR=174;TR=417;WE=17660308;WS=17660290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr19	17666636	rs7259723	C	T	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=28;PP=799;SC=ACGCCTACTTCCCCGAGGAGC;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=17666644;WS=17666626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	17678077	rs11878403	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.170;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=325;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AACGGGGTCCCTGCTTCATTT;SOR=0.139;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=76;TCF=74;TCR=2;TR=22;WE=17678085;WS=17678067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr19	17679597	rs3848645	A	G	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=109;PP=2965;SC=CCAGTTCAGAACACACTGAAG;SOR=2.351;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=34;TCR=112;TR=143;WE=17679605;WS=17679587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	17689004	rs141346573	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=213;ReadPosRankSum=0.388;SC=GGCTAGGCATCCAGCCTCAGC;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=19;WE=17689012;WS=17688994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr19	17691751	rs891184	C	T	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=105;PP=2965;SC=TGGGGTTTCACGGTGGGTCTG;SOR=2.370;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=35;TCR=106;TR=140;WE=17691759;WS=17691731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	17692324	rs8100092	T	G	5630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=117;PP=2965;SC=GGACATCAGGTCCACCTCTGG;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=76;TCR=117;TR=193;WE=17692332;WS=17692314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	17716896	rs3746198	G	T	4924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=1.519;SC=CCTCCTCGGCGGAGCGCGTGT;SOR=0.978;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=277;TCF=172;TCR=105;TR=203;WE=17716904;WS=17716886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,209:0.72:292
chr19	17734488	rs10419420	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=446;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CCAGCCCAGAAGAGGTGGAAG;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=24;WE=17734496;WS=17734478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr19	17739976	rs11667290	T	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=566;ReadPosRankSum=-1.275;SC=GTCAGGGCCCTGGGGAGAAGG;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=27;WE=17739984;WS=17739966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr19	17741047	rs10413821	A	G	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=60;PP=1874;ReadPosRankSum=0.688;SC=GTTGGGAGAAAACATCCACCA;SOR=0.686;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=87;TCR=81;TR=127;WE=17741055;WS=17741037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,142:0.77:184
chr19	17743622	rs75595663	C	A	3839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=78;PP=2642;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TCCTTGAAGGCGGGAAGTTCC;SOR=0.510;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=222;TCF=122;TCR=100;TR=167;WE=17743630;WS=17743612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,170:0.74:229
chr19	17746947	rs4239634	A	G	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=102;PP=2965;SC=TTCCTCTGGGAGAACTTCCCC;SOR=1.166;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=75;TCR=102;TR=177;WE=17746955;WS=17746937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	17758368	rs4808675	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=276;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CCAAGGCGAGAGCCCCGCCCC;SOR=0.501;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=95;TCF=12;TCR=83;TR=25;WE=17758376;WS=17758358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr19	17760232	rs11665838	C	T	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.085;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=27;PP=1200;ReadPosRankSum=0.029;SC=CCCCCAACCCCAGGTTGACCA;SOR=0.930;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=234;TCF=146;TCR=88;TR=82;WE=17760240;WS=17760222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,83:0.34:247
chr19	17760508	rs73009926	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=5.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=238;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TGGGTCCCTCAAAAAAAAGAT;SOR=1.450;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=14;WE=17760516;WS=17760498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr19	17760561	rs11665951	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=427;SC=GGTGACCTTACTTGGAAACGG;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=17760569;WS=17760551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	17763392	rs1159365	A	G	12606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=256;NR=203;PP=2965;SC=CCAGCCTTGGACTTGGGGTTC;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=460;TCF=257;TCR=203;TR=459;WE=17763400;WS=17763382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr19	17766900	rs34752754	C	T	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=82;PP=2965;SC=TCACGCTGGGCATAGCTGCCC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=184;WE=17766908;WS=17766890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	17769166	rs7258943	C	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=964;SC=CTTACGGTGCCGCTACCGAAG;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=17769174;WS=17769156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	17774512	rs12151017	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.652;SC=GAGTACCTTCCCTGAGTATCA;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=10;WE=17774520;WS=17774502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr19	17777431	rs10424761	A	G	5817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=86;PP=2965;SC=TTCAGCTGATACCCAAGGAAG;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=113;TCR=86;TR=199;WE=17777439;WS=17777421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr19	17777508	rs9305092	C	G	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=75;PP=2498;SC=CATCTTGGAACGAATACTGAA;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=123;WE=17777516;WS=17777498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	17778832	rs7248783	A	G	7927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=72;PP=2965;SC=AGGGAAAGACAAGCTTAGAGA;SOR=2.155;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=211;TCR=72;TR=283;WE=17778840;WS=17778822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr19	17779041	rs111451373	TGCCGCTCA	T	5232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.750;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.836;NF=4;NR=83;PP=2967;ReadPosRankSum=-0.849;SC=AGACCCTCCCTGCCGCTCAGC;SOR=1.553;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=5;TCR=115;TR=87;WE=17779056;WS=17779031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,129:0.82:158
chr19	17783019	rs4808677	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr19	17830278	rs77749111	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.199;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr19	17830507	.	GGGC	G	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=-2.019;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr19	17835831	rs3761055	T	G	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FS=0.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:658,195:0.23:853
chr19	17837090	rs12975100	C	T	3827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.381;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=96;PP=2698;ReadPosRankSum=0.051;SC=ACAGCCTCCCCGGCCTCAACA;SOR=0.980;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=224;TCF=90;TCR=134;TR=157;WE=17837098;WS=17837080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,158:0.70:226
chr19	17837425	rs17710707	C	G	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=4.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,53:0.24:218
chr19	17837512	rs12983721	G	A	5394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CCGCCCGCCTGCCTCCTGGAC;SOR=0.545;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=314;TCF=164;TCR=150;TR=234;WE=17837520;WS=17837502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,244:0.74:329
chr19	17837981	rs7253548	A	G	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,123:0.27:455
chr19	17844325	rs2287860	T	C	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.863;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=72;PP=2543;ReadPosRankSum=0.242;SC=TAAGCTGTGTTCCCCAGGCCA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=127;WE=17844333;WS=17844313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr19	17881834	rs13345061	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.75;MQRankSum=0.076;NF=0;NR=5;PP=31;ReadPosRankSum=0.412;SC=AGGCCGAGGCGGGAGGATCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=5;WE=17881842;WS=17881824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr19	17885336	rs2287856	C	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=709;SC=CCGAGATCCCCTCCCCTGCCC;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=17885344;WS=17885326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	17885880	rs2287855	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,68:0.22:311
chr19	17887024	rs2287853	T	C	10458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=201;NR=181;PP=2965;SC=GCTGGATGCATTCGTGTGTGA;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=382;TCF=201;TCR=181;TR=382;WE=17887032;WS=17887014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr19	17887563	rs13345379	G	A	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=41;PP=1117;SC=CCATGTCTCCGCCTGGTGTTC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=17887571;WS=17887553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	17888847	.	C	CA	245	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=12;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=15;MQ=59.65;NF=5;NR=11;PP=245;QD=15.6875;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=16;WE=17888855;WS=17888837;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,16:0.62:26
chr19	17889044	rs34062212	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=575;ReadPosRankSum=0.645;SC=ACAGGTGATGGGGATAAGGGA;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=41;WE=17889052;WS=17889034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,44:0.63:70
chr19	17892193	rs2287852	G	C	7891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=124;PP=2965;SC=TGGGGGTCGCGTCTGGGGTCC;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=147;TCR=124;TR=271;WE=17892201;WS=17892183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	17892478	rs2042299	A	G	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=35;PP=1900;SC=CTATATTCACACTGTCTATCC;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=83;WE=17892486;WS=17892468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	17892591	rs2042298	A	G	7941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=154;NR=133;PP=2965;SC=CAGCCTTCACAGAGTATGTCC;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=154;TCR=133;TR=287;WE=17892599;WS=17892581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr19	17894878	rs265558	C	T	4790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=2.517;SC=GGGCATGTCCCGAGGATTGGG;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=131;TCR=130;TR=197;WE=17894886;WS=17894868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,207:0.76:272
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chr19	18193191	rs2305743	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-1.914;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,34:0.22:156
chr19	18197635	rs436857	G	A	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=2.621;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:434,127:0.23:561
chr19	18197744	rs393548	T	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,118:0.22:528
chr19	18218444	rs62123561	A	G	7840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=143;NR=117;PP=2965;SC=TTCACCTGGGACTGGCGGGCT;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=144;TCR=117;TR=260;WE=18218452;WS=18218434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	18218610	rs67234314	A	T	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=84;PP=2431;SC=CAAACATGGGAGGCCATGCCA;SOR=2.183;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=29;TCR=84;TR=113;WE=18218618;WS=18218600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	18232778	rs273483	A	G	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=120;PP=2965;SC=ACCACGGGCAAGGGTTGGGCA;SOR=1.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=60;TCR=120;TR=180;WE=18232786;WS=18232768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	18233279	rs273486	C	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=5;PP=860;SC=GGCAGCTGGACTCACGGGGGG;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=18233287;WS=18233269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	18235352	rs123202	T	G	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=62;NR=21;PP=2314;SC=GGAGACCCAGTGGGTGAGCTG;SOR=2.140;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=83;WE=18235360;WS=18235342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	18235424	rs123203	T	C	8608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.977;SC=AACCAAGCCCTGGGTGACCAG;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=318;TCF=201;TCR=117;TR=315;WE=18235432;WS=18235414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,319:0.99:322
chr19	18242675	rs273497	C	T	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=4.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	18245813	rs273499	T	C	5436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.852;SC=TCCACGGGCCTGGGTTTGAGC;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=90;TCR=114;TR=202;WE=18245821;WS=18245803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr19	18246728	.	G	A	772.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=638;ReadPosRankSum=0.197;SC=GATAGCGCCCGGGGTAGACAA;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=28;WE=18246736;WS=18246718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr19	18248146	rs541225	T	C	27550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=1066;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=506;NR=541;PP=2965;SC=AGCTCGAAGCTGAGGATGATA;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1051;TCF=507;TCR=544;TR=1047;WE=18248154;WS=18248121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1058:1.00:1058
chr19	18252829	rs613339	A	G	5585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=104;NR=90;PP=2965;SC=ACATCCGGTAAGTGGCCTGGG;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=194;WE=18252837;WS=18252819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	18256418	rs11305984	TC	T	2563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=2;PP=2890;SC=GAGTAGGAGTTCCCCCAGGAT;SOR=6.543;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=86;TCR=2;TR=79;WE=18256426;WS=18256416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	18257875	rs273279	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=29;PP=755;SC=GGCGGGGCCACGGGGACTGGG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=18257883;WS=18257865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	18258459	rs1566030	A	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=41;PP=1138;SC=ACCCCCCACCACCCCGGCTAC;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=18258467;WS=18258449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	18272190	rs2241088	A	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=11;PP=345;SC=CCGCGTGGCCAGCCGCGCCCC;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=18272198;WS=18272180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	18273047	rs1011320	T	C	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=46;PP=2622;SC=AAAGCCGGCCTCCACAGTCCT;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=111;WE=18273055;WS=18273037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	18273410	rs2006885	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=41;PP=1131;SC=TCAAGAATGGAGGGCCAGGCA;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=18273418;WS=18273400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	18276856	rs4808755	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=415;SC=AATGACACTCTGATAGAGGGA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=18276864;WS=18276854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	18277206	rs3730179	G	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=797;SC=CAGCCACTTGGAGGCAAAGAG;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=18277214;WS=18277196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	18279638	rs273269	T	C	17168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=331;NR=317;PP=2965;ReadPosRankSum=1.466;SC=AGATGCTGAGTGGCAAGCGGG;SOR=0.237;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=651;TCF=334;TCR=317;TR=648;WE=18279646;WS=18279628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,659:1.00:660
chr19	18279816	rs3746187	A	G	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=55;PP=2963;SC=CATCCGGGACAGGGGAGCACG;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=137;WE=18279824;WS=18279806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	18285944	rs11554159	G	A	19998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=320;NR=378;PP=2965;SC=GGTGGCTGCCGAGCCTTCCTG;SOR=0.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=698;TCF=320;TCR=378;TR=698;WE=18285952;WS=18285934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,726:1.00:726
chr19	18286546	rs200373	T	A	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=75;PP=2434;SC=GAGGGGGACATGGGTGGTAAC;SOR=1.313;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=50;TCR=75;TR=125;WE=18286554;WS=18286536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	18288069	rs7125	A	G	13301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=244;NR=244;PP=2965;SC=TCCAGCCACCACACGAGTATG;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=488;TCF=244;TCR=244;TR=488;WE=18288077;WS=18288059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr19	18304700	rs874628	A	G	8878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=208;NR=127;PP=2965;SC=GGGCTGCAGCATGGGTCCCTT;SOR=1.202;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=337;TCF=210;TCR=127;TR=335;WE=18304708;WS=18304690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr19	18305578	rs16982263	G	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=20;PP=1103;SC=TTCTTGGTTTGCTTCCCAGGC;SOR=1.430;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=18305586;WS=18305568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	18305824	rs2271881	C	T	19892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=775;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=420;NR=338;PP=2965;ReadPosRankSum=1.086;SC=TCGTGCCCCCCCAATTTCGAG;SOR=0.145;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=765;TCF=425;TCR=340;TR=758;WE=18305832;WS=18305814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,770:1.00:772
chr19	18307108	rs1044821	C	T	22101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=375;NR=411;PP=2965;SC=GAACCTCATGCGACCTGTGAC;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=787;TCF=376;TCR=411;TR=786;WE=18307116;WS=18307098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,803:1.00:803
chr19	18308576	.	CAACTTATTGAAGGTACTGACAAATCCCACAGAGAAGA	C	709	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=61.53;NF=1;NR=3;PP=709;QD=200.752211262;SC=CAGTGCCAAGCAACTTATTGA;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=18308620;WS=18308566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,4:0.29:14
chr19	18309365	rs2271882	A	G	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=4;PP=1446;SC=TCTGCATGGCAAACTCCTACA;SOR=4.205;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=64;TCR=4;TR=68;WE=18309373;WS=18309355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	18322095	rs12611244	G	A	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=76;PP=2400;SC=ACCTGTGGCGGGGGGTGGGGC;SOR=2.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=28;TCR=76;TR=104;WE=18322103;WS=18322085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	18324329	rs2302209	C	T	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.086;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=84;PP=2342;ReadPosRankSum=-1.229;SC=AGGTGACAGGCGCGAGGACCC;SOR=2.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=23;TCR=84;TR=107;WE=18324337;WS=18324319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr19	18329240	rs1042050	T	C	17063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=293;NR=310;PP=2965;SC=GGTAGTGACCTTCCAGCATCA;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=605;TCF=294;TCR=311;TR=603;WE=18329248;WS=18329230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,619:1.00:619
chr19	18331357	rs5827400	AC	A	5142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=130;PP=2979;SC=GGCCTGCCCAACCCCCCCGCT;SOR=2.751;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=150;TCF=5;TCR=145;TR=135;WE=18331365;WS=18331347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	18331859	.	T	TCCGCCAGGCCCCGCCCCACC	814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	18332917	rs115826530	G	A	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=52;PP=1756;ReadPosRankSum=1.754;SC=TAGAGGCGGTGTCATCCCACC;SOR=0.573;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=124;TCR=80;TR=129;WE=18332925;WS=18332907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,135:0.64:212
chr19	18344273	rs35421958	AC	A	10106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.173;NF=57;NR=166;PP=2986;ReadPosRankSum=0.560;SC=GGCTGAAGAGACCCCCCCCCA;SOR=0.717;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=250;TCF=63;TCR=187;TR=223;WE=18344290;WS=18344263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,344:0.99:346
chr19	18358783	rs4808122	A	G	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=11;PP=1210;SC=ACACCTGTCCAGGTTCAGCAG;SOR=2.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=59;WE=18358791;WS=18358773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	18368810	rs999813	G	T	5772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.577;SC=CCGCCTGGGAGGCACCACCGC;SOR=0.569;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=478;TCF=252;TCR=226;TR=259;WE=18368818;WS=18368800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,269:0.54:498
chr19	18375118	rs77207395	C	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=633;ReadPosRankSum=0.206;SC=TCCAAGGGCCCGGCAGGTTGG;SOR=0.390;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=35;WE=18375126;WS=18375108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr19	18375608	rs8102923	G	A	6632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.212;SC=CCTTGGACAGGGCCTGGTTCA;SOR=0.496;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=459;TCF=259;TCR=200;TR=267;WE=18375616;WS=18375598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,272:0.60:455
chr19	18375815	rs8103177	G	A	10900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=270;PP=2962;ReadPosRankSum=1.491;SC=AGGACTCAACGTTGCATGTGG;SOR=0.580;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=750;TCF=316;TCR=434;TR=470;WE=18375823;WS=18375805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,482:0.63:766
chr19	18375846	rs2277921	G	A	9338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=220;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GGGTGCCATCGGCGGCACCAG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=611;TCF=267;TCR=344;TR=388;WE=18375854;WS=18375836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,400:0.63:630
chr19	18376407	rs8110972	T	A	6989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=172;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TACAGGCACATACACGTGAGG;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=511;TCF=290;TCR=221;TR=305;WE=18376415;WS=18376397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,314:0.60:526
chr19	18376509	rs16982285	G	A	7161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GTCTGTTTTCGCCTGTTTCTG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=519;TCF=264;TCR=255;TR=297;WE=18376530;WS=18376499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,315:0.59:537
chr19	18376522	rs2277922	T	G	6772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.199;SC=TGTTTCTGGGTGCCAGTCTTG;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=477;TCF=249;TCR=228;TR=274;WE=18376530;WS=18376499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,285:0.58:488
chr19	18376780	rs12462974	T	C	5238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.873;SC=TTTGCCACTGTTGGAGAGGCC;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=367;TCF=160;TCR=207;TR=210;WE=18376788;WS=18376770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,218:0.57:381
chr19	18377274	rs3746186	A	G	3952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=79;PP=2513;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GGTGGTGGTCATCGTGGACGC;SOR=0.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=158;TCR=135;TR=171;WE=18377282;WS=18377264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,186:0.59:313
chr19	18423402	rs2232968	T	C	4644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1082;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.336;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:784,293:0.27:1077
chr19	18426790	rs60931638	TG	T	5679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.456;NF=46;NR=66;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.299;SC=GTGCTGAGGCTGGCCCCCTCT;SOR=0.612;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=76;TCR=101;TR=112;WE=18426798;WS=18426780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,176:0.71:249
chr19	18426950	rs2232965	T	C	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.681;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,60:0.28:217
chr19	18433714	rs76378167	G	A	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,121:0.64:190
chr19	18451381	rs7251555	A	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.446;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,31:0.29:108
chr19	18453629	rs66732430	G	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=25;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.039;SC=ACTGGGAAGGGCCACTCTTGG;SOR=0.684;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=233;TCF=159;TCR=74;TR=81;WE=18453637;WS=18453616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,82:0.35:237
chr19	18453813	rs35175980	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr19	18466840	rs34068189	C	T	7458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=0.268;SC=TGCCAAGGGGCGGCACTTCCT;SOR=0.491;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=452;TCF=159;TCR=293;TR=318;WE=18466848;WS=18466830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,327:0.70:464
chr19	18497024	rs1059519	G	C	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=16;PP=2869;SC=ACTCAGGACGGTGAATGGCTC;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=100;TCR=17;TR=115;WE=18497032;WS=18497014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	18497137	rs6413435	G	A	9792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=245;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.234;SC=CCTCAGAGTTGCACTCCGAAG;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=607;TCF=338;TCR=269;TR=438;WE=18497145;WS=18497127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,442:0.72:612
chr19	18499151	rs1059022	C	T	4178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=53;PP=2683;ReadPosRankSum=0.710;SC=CCGCCCTTCCCGAGGGGCTCC;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=163;TCR=79;TR=164;WE=18499159;WS=18499141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,176:0.69:256
chr19	18499422	rs1058587	C	G	3139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:516,196:0.28:712
chr19	18499780	rs1227733	A	G	8483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.63;SOR=1.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	18499780	.	AGGAC	GGGAC,GGGAG	2087	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=92,26;NR=155,41;PP=2087,832;QD=8.59016685242;SC=ACCTGCGCGGAGGACGCGACC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=92;TCR=155;TR=247,67;WE=18499792;WS=18499770;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:247
chr19	18499784	rs1055150	C	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,72:0.30:238
chr19	18502728	rs6512264	C	A	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=3;PP=1204;SC=GCCATGGAGGCGTTAGGACGC;SOR=3.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=51;TCR=3;TR=53;WE=18502736;WS=18502718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	18502835	rs6512265	G	A	8096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=160;NR=118;PP=2965;SC=TCATCCATTGGGGCCTGGCCC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=160;TCR=119;TR=278;WE=18502843;WS=18502825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr19	18503019	rs7254789	T	C	3359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=94;PP=1958;ReadPosRankSum=-1.090;SC=AAGTCCAGAGTGGGCCAGGTG;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=200;TCF=70;TCR=130;TR=146;WE=18503027;WS=18503009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,153:0.74:208
chr19	18503093	rs6512266	T	G	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=43;PP=1274;SC=CCTGAGATCATGAGTTCAAGA;SOR=3.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=49;WE=18503101;WS=18503083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	18538742	rs10405636	A	C	3922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=896;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=1.270;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:638,256:0.29:894
chr19	18541579	rs11395316	G	GA	11523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=63;PP=2979;SC=CTGCAGAGAGGGGGGGCACAC;SOR=1.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=110;TCR=65;TR=172;WE=18541587;WS=18541569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr19	18541785	rs35742476	C	T	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.02;MQRankSum=-0.666;NF=68;NR=88;PP=1568;ReadPosRankSum=0.060;SC=TCTGGCTGAACATGCGTTTGA;SOR=0.654;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=509;TCF=216;TCR=293;TR=156;WE=18541793;WS=18541775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,160:0.31:516
chr19	18542000	rs146733624	GGTCCTGGTGACCACTGGTGCCTGA	G	1367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.078;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,40:0.31:127
chr19	18542701	rs10408290	C	T	5376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1136;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:811,321:0.28:1132
chr19	18543054	rs10409003	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,85:0.26:325
chr19	18544284	rs151008041	GGGCGGGGGCGCGTC	G	728.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=5.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=2.556;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr19	18544467	rs2288428	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr19	18544498	rs2544723	A	C	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=45.20;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	18544501	rs62122438	C	T	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=45.39;SOR=3.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	18544505	rs2544724	G	C	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=43.02;SOR=3.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	18544677	rs78783575	G	GC	11299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=117;PP=2966;SC=GGCCGGAGGGGCTGGCGGGCA;SOR=0.824;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=150;TCF=29;TCR=121;TR=141;WE=18544685;WS=18544667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr19	18545786	rs1045631	G	T	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=41;PP=1179;ReadPosRankSum=1.314;SC=TGCAGCCATTGGTGGCAGCGG;SOR=0.524;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=257;TCF=158;TCR=99;TR=99;WE=18545794;WS=18545776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,101:0.37:271
chr19	18546029	rs35926638	AG	A	1073.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.321;NF=6;NR=26;PP=679;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TAGCTTAGCCAGGGGGGTATC;SOR=0.806;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=32;WE=18546037;WS=18546019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,47:0.37:127
chr19	18546678	rs2303697	T	C	10270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1779;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=275;NR=282;PP=2962;ReadPosRankSum=1.036;SC=ATGGCGCCGATAGGTTCTCCC;SOR=0.683;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=1751;TCF=884;TCR=867;TR=557;WE=18546691;WS=18546668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1201,571:0.32:1772
chr19	18547305	rs4595905	T	A	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=104;PP=2837;ReadPosRankSum=-2.568;SC=GGTTGGATGGTGAGGGTGTGG;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=585;TCF=285;TCR=300;TR=203;WE=18547313;WS=18547295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,207:0.35:591
chr19	18548884	rs2303696	T	C	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=470;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AGGCCGTCCCTGCCCCGAACC;SOR=0.625;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=98;TCF=5;TCR=93;TR=34;WE=18548892;WS=18548874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr19	18557657	rs2303692	C	T	4022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=695;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=121;PP=2558;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CCTGAGTCTGCGCCCATGGCA;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=670;TCF=308;TCR=362;TR=220;WE=18557665;WS=18557647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:464,229:0.33:693
chr19	18576484	rs2278238	T	C	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=906;ReadPosRankSum=-0.454;SC=GCCTGGAAAATGGACTCTGTC;SOR=0.828;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=222;TCF=94;TCR=128;TR=82;WE=18576492;WS=18576474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,87:0.37:236
chr19	18650278	rs7247733	T	C	7401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=113;PP=2965;SC=GCCTGGGGTGTGTGGGGATAG;SOR=1.006;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=272;TCF=159;TCR=113;TR=271;WE=18650286;WS=18650268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr19	18650692	rs11086113	C	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=41;PP=994;SC=ACTCTGCCACCAGAGTGGGGA;SOR=5.330;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=44;WE=18650700;WS=18650682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	18675612	rs62137086	T	G	9773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=271;NR=86;PP=2965;SC=ATGAACAGTCTTCTGGGCCAG;SOR=2.349;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=357;TCF=271;TCR=86;TR=357;WE=18675620;WS=18675602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr19	18675854	rs10692700	G	GGGC	16526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=210;PP=2972;SC=TGCCACCCCAGCCCAGCTGAC;SOR=1.889;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=257;TCF=16;TCR=241;TR=226;WE=18675862;WS=18675843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr19	18679155	rs1468475	C	T	10343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=248;NR=119;PP=2965;SC=ACAATAAGTCCTACATCACAG;SOR=1.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=249;TCR=119;TR=367;WE=18679163;WS=18679145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr19	18679379	rs7648	C	G	20820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=314;NR=423;PP=2965;SC=CCATGTCCAGCCTGGCTCCCC;SOR=1.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=741;TCF=316;TCR=425;TR=737;WE=18679387;WS=18679369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,753:1.00:753
chr19	18684563	rs2302055	C	T	15763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=336;NR=231;PP=2965;ReadPosRankSum=0.258;SC=AGAAAGGTACCGGGGTTGGGG;SOR=1.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=570;TCF=338;TCR=232;TR=567;WE=18684571;WS=18684553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,578:1.00:580
chr19	18685964	rs6554	G	T	7603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=164;PP=2965;SC=CAAATAAGGTGGTTCTTTCCT;SOR=1.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=104;TCR=164;TR=268;WE=18685972;WS=18685954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	18699489	rs10415257	T	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=268;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GCGGTCTTGGTTCCCCTTTCT;SOR=0.375;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=15;WE=18699497;WS=18699479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr19	18699990	rs2074174	T	C	7351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.407;SC=GGTCCTTGTGTGGCTGCAGAG;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=478;TCF=312;TCR=166;TR=312;WE=18699998;WS=18699980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,311:0.66:474
chr19	18700047	rs2074175	A	G	15511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=968;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=376;NR=276;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.525;SC=ACCTTCACGAAAAAGGCCCCA;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=955;TCF=541;TCR=414;TR=652;WE=18700055;WS=18700037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,661:0.68:966
chr19	18703077	rs3170474	T	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-6.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=51;PP=988;ReadPosRankSum=-1.094;SC=TGGCTGGGGTTGCGCCCCACT;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=14;TCR=67;TR=62;WE=18703085;WS=18703067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,64:0.74:86
chr19	18704528	rs7256319	C	T	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.403;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=69;PP=1573;ReadPosRankSum=-0.030;SC=TGCCCCTCTCCGGGCCTTGGC;SOR=1.250;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=25;TCR=93;TR=86;WE=18704536;WS=18704518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,87:0.73:120
chr19	18707878	rs7247346	A	C	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=119;PP=2965;SC=CAGAGGAGGGACCCTCTCAGC;SOR=3.993;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=17;TCR=120;TR=136;WE=18707886;WS=18707868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	18710535	rs2238647	G	A	5514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.371;SC=GGCGGCGCCCGTTGAGGGTCC;SOR=0.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=195;TCR=135;TR=233;WE=18710543;WS=18710525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,238:0.71:336
chr19	18717389	rs34503316	GAGC	G	1210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=564;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CGAGGACGCAGAGCAGCAGCA;SOR=0.821;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=12;WE=18717399;WS=18717379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr19	18726856	rs709679	T	C	8686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=2.066;SC=GCAATGACCTTGTCAACTCAG;SOR=0.529;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=546;TCF=291;TCR=255;TR=382;WE=18726864;WS=18726846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,389:0.70:556
chr19	18775077	rs1076235	C	T	5655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=0.956;SC=GCAGCACGGCCGACAAGAACG;SOR=0.589;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=299;TCF=215;TCR=84;TR=223;WE=18775085;WS=18775067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,226:0.74:305
chr19	18778445	rs10421503	C	G	11290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=238;NR=174;PP=2965;SC=CAGCCACTGCCAGCCACACGT;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=414;TCF=240;TCR=174;TR=412;WE=18778453;WS=18778435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr19	18857939	rs373778758	AC	A	558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=22.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=2.445;SOR=0.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,35:0.31:113
chr19	18886415	rs56033554	G	A	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.983;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=11;PP=1424;ReadPosRankSum=0.842;SC=GCAGGCCCGCGGTGGCCCTCA;SOR=1.776;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=97;TCF=80;TCR=17;TR=74;WE=18886423;WS=18886405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,77:0.77:100
chr19	18897526	rs5827423	A	AG	6357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=103;PP=2970;SC=CATTAGGATGAGCCAGCCTGA;SOR=1.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=3;TCR=107;TR=106;WE=18897534;WS=18897516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	18942888	rs4808161	C	G	4098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=24;PP=2965;SC=CGCCGGGGCGCGCGGTTTGGT;SOR=2.374;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=102;TCR=24;TR=125;WE=18942896;WS=18942878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	18956699	rs59045002	G	A	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-6.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=4;PP=1733;ReadPosRankSum=0.605;SC=ATGAGGCCAGGGTGTCACACC;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=114;TCR=6;TR=77;WE=18956707;WS=18956689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,81:0.66:123
chr19	18971194	rs45505499	C	T	3150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=722;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:514,203:0.28:717
chr19	18971322	rs757115	T	C	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=75;PP=1984;ReadPosRankSum=-1.235;SC=ATTCTACTTATTTTTAACATG;SOR=1.549;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=11;TCR=90;TR=83;WE=18971330;WS=18971312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,85:0.83:103
chr19	18974200	rs2238658	A	G	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=6.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.853;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,77:0.27:281
chr19	18979324	rs11673194	A	C	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=29;PP=2118;SC=CCTCCCCACCACCCAGGCAAG;SOR=1.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=103;WE=18979332;WS=18979314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	18980172	rs4808863	G	A	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=964;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CGCGGCCGAGGCAGGCTCCGA;SOR=0.853;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=65;WE=18980180;WS=18980162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,70:0.74:95
chr19	18980213	rs4808864	A	G	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=35;PP=1104;SC=GGGAGGTAGGAACAGGAACTC;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=18980221;WS=18980203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	18993503	rs62138063	C	T	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=131;SC=TATTTATGTACGTGTTTGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=18993511;WS=18993493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	19006648	rs113536478	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr19	19006666	rs3746263	G	C	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=31;PP=941;SC=CGGAGCGCAGGGCGGTCCAGC;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=19006674;WS=19006656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr19	19014248	rs55988241	C	T	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1025;ReadPosRankSum=2.088;SC=GGGAGGGTCCCGCATCATTGC;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=333;TCF=157;TCR=176;TR=98;WE=19014256;WS=19014238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,105:0.30:352
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chr19	19018866	rs758032	A	G	5659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=2.224;SC=AAGCTTCCTGAGGCTCCAGCA;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=206;TCR=152;TR=237;WE=19018874;WS=19018844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,250:0.66:376
chr19	19019800	rs73003090	G	A	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=2.547;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:515,198:0.28:713
chr19	19021970	rs1468461	T	C	13021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=131;NR=305;PP=2965;SC=AGACAGGAAGTCCCTGCCCCA;SOR=1.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=436;TCF=131;TCR=305;TR=436;WE=19021978;WS=19021960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr19	19022007	rs1468462	C	A	4244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=0.178;SC=CCAGCATGGGCCACCTCCACT;SOR=0.474;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=237;TCF=53;TCR=184;TR=168;WE=19022015;WS=19021997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,169:0.71:238
chr19	19023853	rs3177137	T	C	14838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=931;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=314;NR=326;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CTGGGCTTGATAGCTGTGGGA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=910;TCF=451;TCR=459;TR=640;WE=19023861;WS=19023843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,654:0.71:925
chr19	19030689	rs2231993	C	G	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=877;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.092;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:655,218:0.25:873
chr19	19032637	rs2231997	T	C	18200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=338;NR=338;PP=2965;SC=CTGCCTCTCATGCTCTGTCCC;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=678;TCF=338;TCR=340;TR=676;WE=19032645;WS=19032627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,693:1.00:693
chr19	19033089	rs2158004	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,66:0.25:267
chr19	19033387	rs2106660	G	A	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=967;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:706,259:0.27:965
chr19	19034946	rs2872205	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=42;PP=1248;ReadPosRankSum=2.158;SC=GCTGCATGAGGCCACTGTGCT;SOR=0.545;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=336;TCF=215;TCR=121;TR=110;WE=19034954;WS=19034936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,114:0.33:349
chr19	19035159	rs5827425	CT	C	6288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=118;PP=2951;SC=CCTGGGATACCTTCCCCGCCT;SOR=1.733;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=8;TCR=124;TR=126;WE=19035167;WS=19035149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	19035354	rs2301659	GC	TT	13236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=82;PP=2944;ReadPosRankSum=0.662;SC=GACTGTCCCGGCCTCCACCCT;SOR=0.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=425;TCF=299;TCR=126;TR=276;WE=19035363;WS=19035344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,322:0.72:447
chr19	19035370	rs1476505	G	C	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FS=1.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,159:0.26:614
chr19	19035428	rs61750860	G	T	4788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:896,314:0.26:1210
chr19	19037053	rs2301661	T	C	15455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=947;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=326;NR=334;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.678;SC=AGGATCTACCTTTATTCGCCC;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=927;TCF=461;TCR=466;TR=660;WE=19037061;WS=19037043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,678:0.72:947
chr19	19037294	rs2301662	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.953;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=545;ReadPosRankSum=0.122;SC=GCCTGCTCCCGTGAGCAGATT;SOR=2.206;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=29;WE=19037302;WS=19037284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr19	19039908	rs62138076	G	A	3624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=26;PP=2725;ReadPosRankSum=-0.501;SC=ATCTGCAAGCGGCTTATAACT;SOR=0.336;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=183;TCF=152;TCR=31;TR=138;WE=19039916;WS=19039898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,141:0.77:184
chr19	19040312	rs1059240	G	C	7557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=139;PP=2965;SC=GCTCAAACAGGCTGACGTCCA;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=272;TCF=133;TCR=139;TR=272;WE=19040320;WS=19040302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	19049198	rs1064351	G	A	9647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=176;PP=2962;ReadPosRankSum=0.395;SC=AGCCCAGGCCGTAGACTGTGT;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=599;TCF=347;TCR=252;TR=414;WE=19049206;WS=19049188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,424:0.70:609
chr19	19105773	rs3180770	G	A	12138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=240;NR=198;PP=2965;SC=ACAGAAAGGAGCCCTGTAAAC;SOR=0.918;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=439;TCF=241;TCR=198;TR=438;WE=19105781;WS=19105763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,450:1.00:450
chr19	19135319	rs6511010	A	G	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=14;PP=2965;SC=TAAAATCCTGATATGTTTCCA;SOR=4.271;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=127;TCR=14;TR=139;WE=19135327;WS=19135309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	19136541	rs4808907	C	T	36116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=633;NR=609;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.063;SC=ACTTGACTGCCGCCCCTAAGC;SOR=0.281;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1244;TCF=634;TCR=610;TR=1242;WE=19136549;WS=19136531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1275:1.00:1276
chr19	19145193	rs2269806	G	A	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=109;PP=2965;SC=AGATAGAGAAGGTGCGGATAA;SOR=2.416;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=35;TCR=110;TR=143;WE=19145201;WS=19145183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	19150183	rs12979565	C	T	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=19;PP=2965;SC=AGACTTGAAACAGTCCTCCCA;SOR=3.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=123;TCR=19;TR=142;WE=19150191;WS=19150173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	19151692	rs8104799	T	C	21489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=381;NR=423;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTACCAGGCATCCCTTAGGGT;SOR=0.319;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=810;TCF=386;TCR=424;TR=804;WE=19151700;WS=19151682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,815:1.00:819
chr19	19153801	rs3214143	G	GC	1885.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=46;PP=2163;SC=GAAACCAGGTGCCATTGGGCC;SOR=3.912;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=50;WE=19153809;WS=19153791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	19164983	rs142816550	C	T	7728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.159;SC=ACCCTGGCATCCTGAGCGAGC;SOR=0.381;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=430;TCF=295;TCR=135;TR=321;WE=19164991;WS=19164973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,329:0.75:437
chr19	19168183	rs7258637	C	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=5;PP=745;SC=GGACCCCACCCCAAAGCCCCA;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=31;WE=19168191;WS=19168173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	19215612	rs56247515	T	TA	4959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=26;PP=2975;SC=GGGACAAGATTGGGGGGAAAA;SOR=2.138;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=96;WE=19215620;WS=19215602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	19230868	rs756791	A	G	4452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=63;PP=2810;SC=GGCCACCCAGAGCCCCGGCAA;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=152;WE=19230876;WS=19230858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	19243843	rs10414676	T	C	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=12;PP=2592;SC=GGGCCGGTCCTGTGTCCCTGA;SOR=3.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=92;TCR=12;TR=103;WE=19243851;WS=19243833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	19245771	rs3746259	A	G	6528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=128;PP=2965;SC=AACCCAGGCTATTTATAGAGA;SOR=1.025;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=103;TCR=129;TR=231;WE=19245779;WS=19245761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr19	19256870	rs2238663	G	A	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=25;PP=830;SC=TGAGCTCAGCGAGGAAGGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=19256878;WS=19256860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	19267910	rs12162274	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=2.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.780;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,49:0.19:252
chr19	19267990	rs7257072	C	T	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,68:0.24:286
chr19	19268114	rs12162246	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=0.730;SC=GACAAGAATGTTTTCTACAGC;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=9;WE=19268122;WS=19268104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr19	19348947	rs12981871	T	C	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=8;PP=2716;SC=GAGGGGTGATTTCGCCCCGCA;SOR=3.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=98;TCR=8;TR=105;WE=19348955;WS=19348937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	19416975	.	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.694;SOR=1.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr19	19431423	rs3934667	T	G	3716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.548;HP=12;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=222;PP=2839;ReadPosRankSum=0.234;SC=CGACTGGGTTTTTTTTTTTTT;SOR=1.257;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=310;TCF=61;TCR=249;TR=278;WE=19431431;WS=19431410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,188:0.86:218
chr19	19431963	rs12460764	G	T	20561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=322;NR=427;PP=2965;SC=GGGCCGGGCCGCGAGGGAGGA;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=751;TCF=322;TCR=429;TR=749;WE=19431971;WS=19431953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,753:1.00:753
chr19	19446936	rs769267	G	A	13528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=293;NR=188;PP=2965;SC=ACTAGATCCCGCAGTTCGAAG;SOR=1.214;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=481;TCF=293;TCR=188;TR=481;WE=19446944;WS=19446926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr19	19447933	rs34414052	G	GT	4024.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.480;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,200:0.82:245
chr19	19449603	rs2074089	G	A	17184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=355;NR=269;PP=2965;SC=GGCAGGTACCGTAAAACTGAT;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=629;TCF=360;TCR=269;TR=624;WE=19449611;WS=19449593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr19	19449686	rs2074090	G	T	20177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=746;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=332;NR=403;PP=2965;SC=ACCTGGTGTCGGCCTGTGACC;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=735;TCF=332;TCR=403;TR=735;WE=19449694;WS=19449676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,743:1.00:743
chr19	19451591	rs2965190	A	G	9662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=156;PP=2965;SC=CCTTGGGGTAATCACAGTCAT;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=184;TCR=156;TR=340;WE=19451599;WS=19451581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr19	19453521	rs2965191	T	G	9103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=0.495;SC=GGGCCAGGGCTGGGGGCGGGG;SOR=0.797;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=387;TCF=186;TCR=201;TR=347;WE=19453529;WS=19453511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,343:0.99:345
chr19	19453560	rs2301669	C	A	11479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=213;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CCCTGGTAACCCCTGCTGTCT;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=464;TCF=249;TCR=215;TR=462;WE=19453568;WS=19453550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,422:1.00:423
chr19	19453742	rs2965192	A	G	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=122;PP=2965;SC=GCCAGACGCTAGCTGTACCAG;SOR=2.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=29;TCR=122;TR=151;WE=19453750;WS=19453732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	19454828	rs2965193	G	A	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=130;PP=2965;SC=GACTGAATTCGCCAAGTGCAT;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=61;TCR=130;TR=191;WE=19454836;WS=19454818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	19466293	rs62135557	C	G	5046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.261;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.980;SC=CTCTTTTGTCCAACAAACCCT;SOR=0.960;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=268;TCF=117;TCR=151;TR=204;WE=19466301;WS=19466283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,217:0.77:281
chr19	19547086	rs2916077	T	C	7209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=221;PP=2965;SC=CAGCAGGCTTTGGTCAGCTTC;SOR=3.391;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=40;TCR=221;TR=261;WE=19547094;WS=19547076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	19637930	rs7251447	A	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=13;PP=1371;SC=CTCTGCCCACAGCCCTTGCCC;SOR=2.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=68;WE=19637938;WS=19637920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	19680564	.	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.219;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr19	19681102	.	G	A	5621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.158;SC=GTGAACTCACGACAGGCCTGG;SOR=0.549;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=324;TCF=141;TCR=183;TR=237;WE=19681110;WS=19681092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,245:0.73:335
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chr19	19751456	rs2043293	C	A	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.681;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=346;ReadPosRankSum=0.045;SC=CCCAGACCAGCCCAGTGGCAC;SOR=0.359;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=26;WE=19751464;WS=19751446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr19	19754149	rs4808975	G	C	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.250;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=26;PP=2216;ReadPosRankSum=0.457;SC=GAAGGGCTGGGGTCCTGAACC;SOR=1.131;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=193;TCF=148;TCR=45;TR=125;WE=19754157;WS=19754139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,123:0.65:190
chr19	19756662	rs10405234	T	C	8780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=202;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=2.626;SC=AGTGAATGTTTGGGCAGGGCC;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=516;TCF=276;TCR=240;TR=374;WE=19756670;WS=19756652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,374:0.71:525
chr19	19758190	rs892035	T	C	11242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.53;ReadPosRankSum=1.140;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,497:1.00:499
chr19	19765568	rs2288867	C	T	3828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=100;PP=2682;ReadPosRankSum=-0.734;SC=AAGCTGCATCCCCACCAGCAG;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=83;TCR=141;TR=160;WE=19765576;WS=19765558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,162:0.72:224
chr19	19766940	.	G	C	6841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.915;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.887;SC=GTGCAGCCGGGAATCAGCCTG;SOR=1.076;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=349;TCF=133;TCR=216;TR=266;WE=19766948;WS=19766930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,276:0.76:363
chr19	19770329	rs10403579	T	C	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=6;PP=928;ReadPosRankSum=-0.888;SC=CAGATGCCTCTGTCCCGCTTC;SOR=0.473;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=47;WE=19770337;WS=19770319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,49:0.80:61
chr19	19772722	rs919778	G	A	2271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=28;PP=1515;ReadPosRankSum=-0.309;SC=GAGGCTATACGCTGTGATGGC;SOR=0.460;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=120;TCF=87;TCR=33;TR=96;WE=19772730;WS=19772712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,97:0.79:123
chr19	19773923	rs884480	G	A	14651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=842;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=315;PP=2962;ReadPosRankSum=1.729;SC=GTGGGGTCATGATTAAGCCTG;SOR=0.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TCF=410;WE=19773931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,631:0.75:840
chr19	19822049	rs7246866	T	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=3;PP=1265;SC=CTGGAACAATTAAGGGCTTTA;SOR=4.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=49;WE=19822057;WS=19822039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	19823270	rs12973901	T	A	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.389;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:439,114:0.21:553
chr19	19824850	rs11085270	T	G	7388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=1.585;SC=TTGCTTGCTTTCTTTTGAAAT;SOR=0.543;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=453;TCF=292;TCR=161;TR=347;WE=19824869;WS=19824836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,311:0.74:419
chr19	19843551	rs247774	A	G	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=2.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:296,97:0.25:393
chr19	19868879	rs247782	A	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=4.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,60:0.25:236
chr19	19910183	rs34277739	A	G	6396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.942;SC=TAATGAAGGTATAGAGAACAC;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=203;TCR=135;TR=253;WE=19910191;WS=19910173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,265:0.75:351
chr19	19916736	rs12973032	T	C	5573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=19;PP=2962;ReadPosRankSum=0.943;SC=AACTATTTCCTTGGGAACACA;SOR=1.209;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=260;TCF=232;TCR=28;TR=199;WE=19916744;WS=19916729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,205:0.78:264
chr19	19976683	.	A	T	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=24;PP=2345;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CTGCAGCGGGAGCTCCAGGTT;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=167;TCF=136;TCR=31;TR=126;WE=19976691;WS=19976673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,133:0.77:172
chr19	20044582	rs139974656	C	A	9213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.643;NF=210;NR=178;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.107;SC=TCGACACTTACTAAACATAAG;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=535;TCF=288;TCR=247;TR=388;WE=20044590;WS=20044572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,400:0.73:549
chr19	20044932	rs62135329	G	A	12780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.818;NF=264;NR=247;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.692;SC=ACATAAGAGAGTTCATACTGG;SOR=0.653;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=681;TCF=347;TCR=334;TR=511;WE=20044940;WS=20044922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,527:0.75:704
chr19	20150075	rs2286920	A	G	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=137;NR=65;PP=2965;SC=GGGAGGCCCCAGTCCCGTCAC;SOR=1.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=138;TCR=65;TR=202;WE=20150083;WS=20150065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	20150125	rs2286921	T	C	12136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=265;NR=177;PP=2965;SC=TGCCCCCACCTCGGGATGCGC;SOR=1.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=442;TCF=265;TCR=177;TR=442;WE=20150133;WS=20150115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr19	20150175	rs2286922	G	C	17197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=329;NR=303;PP=2965;SC=CCGGGATGTCGTGGAGTCTTA;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=633;TCF=330;TCR=303;TR=632;WE=20150183;WS=20150165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,629:1.00:629
chr19	20150247	rs2286923	A	C	12025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=250;PP=2965;SC=GTCACCGGGAACTACTAGAGC;SOR=1.241;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=418;TCF=168;TCR=250;TR=418;WE=20150255;WS=20150237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr19	20150380	rs2335896	T	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=33;PP=960;SC=GTTCCCACTCTAGCGCCCATG;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=20150388;WS=20150370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	20242379	.	C	CT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.364;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
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chr19	20806770	rs34554673	T	TCA	3054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=31;PP=2970;SC=ATATCAATTCTTAGTTAGAAA;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=65;WE=20806778;WS=20806762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	20806824	rs10409289	T	C	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=43;PP=2271;SC=CACATTCACATGGTTTCTCTC;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=126;WE=20806832;WS=20806814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	20808149	rs1991528	A	G	8274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=148;PP=2965;SC=AAGCTTTGCCACATTCTATAT;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=143;TCR=148;TR=291;WE=20808157;WS=20808139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr19	20808515	rs1968385	T	A	6124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=0.844;SC=AATATAAATATATATATGCAG;SOR=2.417;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=220;TCF=51;TCR=169;TR=217;WE=20808523;WS=20808504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr19	20844340	rs3217340	G	GAAGT	25913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=202;PP=2969;SC=GCCTTTAGGAGAAGAACCAGA;SOR=0.837;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=298;TCF=67;TCR=231;TR=262;WE=20844350;WS=20844330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,577:1.00:577
chr19	20973560	rs377604472	GAAA	G	10162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.898;NF=19;NR=131;PP=2983;ReadPosRankSum=0.808;SC=ATCAGAAAGAGAAAAAAAAAG;SOR=0.820;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=224;TCF=33;TCR=191;TR=150;WE=20973570;WS=20973550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,251:0.72:351
chr19	20976742	rs1808542	A	G	6353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=0.720;SC=CAAGGTCAAAAAGAAAGCCAG;SOR=0.837;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=400;TCF=147;TCR=253;TR=264;WE=20976750;WS=20976732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,267:0.65:408
chr19	20988637	rs6511163	G	A	6996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.023;SC=TTTCAGTTTTGTGTTCTCATT;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=412;TCF=280;TCR=132;TR=288;WE=20988645;WS=20988627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,304:0.71:430
chr19	21129128	.	G	A	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=50;PP=1665;ReadPosRankSum=-1.130;SC=AAAGAATGTCGTATGAGCTAT;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=99;TCR=75;TR=117;WE=21129136;WS=21129118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,130:0.66:197
chr19	21203552	rs2081054	C	T	17608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=378;NR=230;PP=2965;ReadPosRankSum=0.657;SC=CCCTGTGACCCGCAGGTATTG;SOR=0.499;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=610;TCF=380;TCR=230;TR=608;WE=21203560;WS=21203542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,619:1.00:620
chr19	21205531	rs7252588	C	T	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=39;PP=2965;SC=CCAAGATATCCGCCATGGTTA;SOR=2.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=130;TCR=39;TR=169;WE=21205539;WS=21205521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	21216536	rs3760839	G	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=36;PP=981;SC=TTCCATATAGGAAAGAATTTT;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=36;WE=21216544;WS=21216526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	21217211	rs1470020	A	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=564;SC=CAAGTTTGCTATCAGAACCAA;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=21217219;WS=21217201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	21299774	rs36125838	T	TATA	15829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=155;PP=2924;SC=CAAAAAAGGTTATGAACTAAA;SOR=1.013;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=226;TCF=51;TCR=175;TR=202;WE=21299782;WS=21299764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr19	21300462	rs2884554	A	G	8940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=158;NR=141;PP=2965;SC=ACAAAACATAAAAGAATTCAT;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=158;TCR=141;TR=299;WE=21300470;WS=21300452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr19	21349311	rs7256576	C	T	7884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=172;PP=2965;SC=CTAAATGTTTCATGTCTCTTT;SOR=1.254;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=112;TCR=172;TR=284;WE=21349319;WS=21349301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr19	21350520	rs113788883	TA	T	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FS=0.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=5.105;QD=0.91;ReadPosRankSum=-1.735;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:467,96:0.17:563
chr19	21477403	rs1781872	T	G	3669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=95;PP=2284;ReadPosRankSum=-1.026;SC=GTGACCTCCTTTGTGCAACTT;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=352;TCF=158;TCR=194;TR=172;WE=21477411;WS=21477393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,180:0.49:369
chr19	21477431	rs1781873	T	C	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=84;PP=2240;ReadPosRankSum=2.423;SC=TCCACACTTTTACAGCCTTTC;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=111;TCR=173;TR=138;WE=21477439;WS=21477421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,146:0.49:297
chr19	21492062	rs547516	G	A	22998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=880;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=408;NR=453;PP=2965;SC=GGGTTTGGCTGCCATCTCGTG;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=861;TCF=408;TCR=453;TR=861;WE=21492077;WS=21492052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,879:1.00:879
chr19	21493255	rs11665988	A	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr19	21493258	rs669560	T	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr19	21493278	rs34067558	TA	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr19	21541806	rs2012013	T	C	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=954;ReadPosRankSum=0.595;SC=TTCTTTGTCTTTGGCTGCCGC;SOR=0.424;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=131;TCF=93;TCR=38;TR=56;WE=21541814;WS=21541796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,64:0.47:137
chr19	21544503	rs12981775	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=1210;ReadPosRankSum=-0.528;SC=ACCGAGATATCTGCCATGGTT;SOR=0.551;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=77;TCR=28;TR=33;WE=21544522;WS=21544493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,33:0.30:109
chr19	21544514	rs12981564	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.351;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=1210;ReadPosRankSum=-1.982;SC=TGCCATGGTTATGTCAGCTAG;SOR=0.306;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=44;WE=21544522;WS=21544493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,44:0.36:123
chr19	21544571	rs1142653	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=904;ReadPosRankSum=1.414;SC=CCCATAGGACGACCTGAGGTA;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=131;TCR=96;TR=78;WE=21544579;WS=21544561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,83:0.35:240
chr19	21544714	rs12982282	C	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=508;ReadPosRankSum=0.900;SC=AAAACATGCTCTACTAAAAAT;SOR=0.597;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=32;WE=21544722;WS=21544704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,35:0.48:73
chr19	21558169	rs2358993	G	A	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.022;NF=47;NR=86;PP=2190;ReadPosRankSum=1.596;SC=GTTCTTGGGTGAGAATAACTT;SOR=0.985;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=263;TCF=104;TCR=159;TR=133;WE=21558177;WS=21558159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,140:0.51:276
chr19	21558311	rs2914645	C	T	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=718;SC=ATTATCCATGCAGAAAAAAAT;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=21558319;WS=21558301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	21558818	rs376940300	CA	C	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,35:0.29:120
chr19	21560141	rs1875256	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=1;PP=145;SC=ACTGCCTTCAGTTCCTCTCTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=21560149;WS=21560135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	21560314	.	G	GCA	756	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=2;NR=29;PP=756;QD=24.5483870968;SC=ACACAGACGTGCACACACACA;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=92;TCF=10;TCR=82;TR=31;WE=21560327;WS=21560304;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr19	21560336	.	A	AC	1098.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=3.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,47:0.34:137
chr19	21560337	.	A	C	828	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=23;NR=38;PP=828;QD=14.1437903696;SC=CACACACACAAAATTTGTCAT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=133;TCF=54;TCR=79;TR=61;WE=21560345;WS=21560327;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr19	21560337	.	A	AC	1860.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
chr19	21587918	rs7254059	G	T	3377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-4.855;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,159:0.50:319
chr19	21588165	rs2650847	G	A	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=70;PP=1907;SC=TGAGTTTCTGGTGCCTGTTTT;SOR=5.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=4;TCR=70;TR=74;WE=21588173;WS=21588155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	21588692	rs1055753	T	C	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.967;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=445;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TTGACATAGATGAAAGGTTGA;SOR=1.388;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=42;TCR=78;TR=35;WE=21588700;WS=21588682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,33:0.33:101
chr19	21605645	rs11666213	G	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=0.497;SC=TAATATTATAGTTTAGATTTG;SOR=0.160;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=21605653;WS=21605635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	21606429	rs4621113	G	T	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.133;NF=58;NR=26;PP=1224;ReadPosRankSum=0.678;SC=CCCTATAAATGTGAAGAATGT;SOR=1.227;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=211;TCF=131;TCR=80;TR=84;WE=21606437;WS=21606419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,87:0.39:221
chr19	21606719	rs10414834	C	G	3613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.899;NF=89;NR=85;PP=2421;ReadPosRankSum=1.115;SC=GTCTTCACACCTTACTACACA;SOR=0.616;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=314;TCF=157;TCR=157;TR=174;WE=21606727;WS=21606709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,177:0.55:322
chr19	21607825	rs139042507	C	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=786;ReadPosRankSum=-0.826;SC=TATTCCCTTACTAAAGAATGT;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=52;WE=21607833;WS=21607815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr19	21688495	rs73017722	C	T	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=3.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,81:0.25:330
chr19	21688602	rs10420016	C	G	4170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=898;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:630,263:0.29:893
chr19	21719401	rs35782355	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,53:0.21:258
chr19	21736788	rs2562502	T	C	8682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=188;PP=2965;SC=TTGGTTTTTTTACATACTCCC;SOR=1.304;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=309;TCF=121;TCR=188;TR=309;WE=21736796;WS=21736778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr19	21736838	rs2681370	T	C	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=66;PP=1735;ReadPosRankSum=1.683;SC=TTTGTTATTTTTTCTCTAATG;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=9;TCR=86;TR=73;WE=21736846;WS=21736828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,75:0.77:98
chr19	21838002	rs7351091	G	T	5578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.289;NF=144;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.876;SC=AGCAGGACATGAAAGATTCTT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=166;TCR=92;TR=222;WE=21838010;WS=21837992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,229:0.86:267
chr19	21838113	rs34320073	A	AGAT	7333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.784;NF=29;NR=90;PP=2966;ReadPosRankSum=1.079;SC=TACACAAAGAAGATAACAAAC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=42;TCR=122;TR=119;WE=21838121;WS=21838103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,183:0.82:222
chr19	21838146	rs7351088	CA	TG	5504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.342;NF=38;NR=66;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.920;SC=TGATAACTACCAAGAGCAATA;SOR=1.231;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=147;TCF=60;TCR=87;TR=104;WE=21838155;WS=21838136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,135:0.78:174
chr19	21838240	rs6511279	C	A	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=119;NR=65;PP=2965;SC=TAGAAAGAAACCTTTCAAATG;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=119;TCR=65;TR=184;WE=21838248;WS=21838230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	21838351	rs7508059	A	G	9333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.765;NF=203;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=1.178;SC=TTGTGGCAAAACCTTCAACTG;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=529;TCF=277;TCR=252;TR=393;WE=21838359;WS=21838341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,400:0.73:546
chr19	21838492	rs6511280	C	G	7487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.981;SC=TGGAGAGAAACCGTACAGATG;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=363;TCF=216;TCR=147;TR=274;WE=21838500;WS=21838482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,281:0.76:370
chr19	21838565	rs6511281	T	C	14576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.767;NF=346;NR=246;PP=2962;ReadPosRankSum=1.590;SC=AGAATTCATATTGGAGAGAAA;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=747;TCF=434;TCR=313;TR=592;WE=21838573;WS=21838555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,603:0.79:761
chr19	21838657	rs7508494	G	A	18336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=951;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=342;NR=413;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.057;SC=TGCTGGAGAGGAGCCCTACAA;SOR=0.544;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=919;TCF=412;TCR=507;TR=755;WE=21838665;WS=21838647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,778:0.82:944
chr19	21838785	rs10422946	C	T	9330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=1.171;SC=TTAACCACTCCTCAACTCCTA;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=415;TCF=196;TCR=219;TR=355;WE=21838793;WS=21838775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,374:0.86:435
chr19	21838830	rs10422804	A	C	8976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.572;NF=167;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GAGAGAAACCATACAAATGTG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=398;TCF=196;TCR=202;TR=344;WE=21838838;WS=21838820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,368:0.86:429
chr19	21909948	rs7246400	G	A	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=117;PP=2965;SC=CTTATGTTTAGTAAGGTATGA;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=111;TCR=117;TR=227;WE=21909956;WS=21909938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	21933486	.	GGGCGGGTCGCGGGGTGGGCGGGTGAACTGCCAGCGAGGA	G	1483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=2963;ReadPosRankSum=1.122;SC=GCCCTGCCCGGGGCGGGTCGC;SOR=0.586;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=21933532;WS=21933476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr19	21948748	rs11085493	T	C	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=50;PP=1439;SC=TTTTTCCAAATCAAAACCTTG;SOR=4.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=55;WE=21948756;WS=21948738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	21950402	rs6511291	T	C	8979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=194;PP=2965;SC=CCGGAAGCCGTCCAGTCCGCT;SOR=1.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=309;TCF=115;TCR=194;TR=309;WE=21950410;WS=21950392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr19	22115982	rs807958	A	G	228.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.72;QD=45.77;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	22115990	rs807957	G	A	292.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.58;QD=36.60;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	22153495	rs2359812	A	T	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=49;PP=2100;SC=TCATTTGTAGAGTTTCTCTCC;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=120;WE=22153503;WS=22153485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	22154954	rs2214301	C	T	5186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=75;PP=2965;SC=CTTATGATAACTAAGGGTTGA;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=86;TCR=75;TR=161;WE=22154962;WS=22154944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	22157302	rs10419899	G	A	12791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=221;NR=211;PP=2965;SC=ATGATCTGACGTATTCTTTAC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=432;TCF=221;TCR=211;TR=432;WE=22157310;WS=22157285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr19	22171646	rs202153431	A	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FS=12.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-12.511;QD=0.51;ReadPosRankSum=4.316;SOR=2.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:648,56:0.08:704
chr19	22171651	rs199911466	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FS=14.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.26;MQRankSum=-12.984;QD=0.54;ReadPosRankSum=3.828;SOR=2.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:648,58:0.08:706
chr19	22171880	rs4574045	C	T	1401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.15;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	22193451	rs2040654	C	G	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=33;PP=2336;SC=ATGGCTGAACCGGACTGAGGT;SOR=1.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=86;TCR=33;TR=118;WE=22193459;WS=22193441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	22235307	rs415291	C	G	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=32;PP=2801;SC=CGCTCTAGCCCGAGCTGCAGG;SOR=2.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=109;TCR=32;TR=141;WE=22235315;WS=22235297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	22235491	rs387343	T	G	11092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.96;NF=184;NR=207;PP=2965;SC=GGTTGGAACCTGTGGGAAGTC;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=394;TCF=186;TCR=208;TR=391;WE=22235499;WS=22235481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr19	22235526	rs387315	T	C	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.97;NF=106;NR=164;PP=2965;SC=CAGGCCTCCTTGCAGTCAGCC;SOR=1.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=107;TCR=164;TR=270;WE=22235534;WS=22235516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr19	22235577	rs408312	C	T	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=82;PP=2352;SC=AGCTCGGCCTCGGTCCCCCTC;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=23;TCR=82;TR=105;WE=22235585;WS=22235567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	22235620	rs423926	G	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=45;PP=1358;SC=TGACAGCCGGGACCCCGGGCG;SOR=4.450;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=49;WE=22235628;WS=22235610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	22255796	.	AT	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.21;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,22:0.13:164
chr19	22270846	rs74572877	C	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=21.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-11.916;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.988;SOR=2.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,24:0.09:275
chr19	22270897	.	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-12.766;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.942;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,37:0.09:400
chr19	22270899	.	G	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-12.732;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.712;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,37:0.09:398
chr19	22270912	.	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-12.413;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.924;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,33:0.08:413
chr19	22270921	.	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-12.725;QD=0.27;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:375,31:0.08:406
chr19	22270928	.	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.035;ClippingRankSum=0.000;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-12.837;QD=0.12;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:388,29:0.07:417
chr19	22270929	.	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-12.853;QD=0.08;ReadPosRankSum=-1.612;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,29:0.07:418
chr19	22363826	rs7252593	G	C	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=7.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-5.765;QD=4.09;ReadPosRankSum=-3.358;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,60:0.19:314
chr19	22363844	rs7252604	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=8.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-9.830;QD=2.03;ReadPosRankSum=-5.706;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,32:0.11:302
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chr19	22469233	rs808373	G	C	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=55;PP=2965;SC=CGTTGTTTCTGGTTGCAGCCG;SOR=1.361;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=115;TCR=55;TR=169;WE=22469241;WS=22469223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	22486535	rs9304996	A	G	4233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=76;PP=2825;ReadPosRankSum=1.290;SC=GGAAATGTATATGTGTCTTTC;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=446;TCF=264;TCR=182;TR=186;WE=22486559;WS=22486525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,192:0.41:467
chr19	22585517	rs35315232	A	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-5.443;NF=54;NR=10;PP=1033;ReadPosRankSum=0.465;SC=ATTTTAAGGAATGGCTTTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=176;TCF=132;TCR=44;TR=64;WE=22585542;WS=22585507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr19	22585521	rs35112061	CT	C	1077.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.47;MQRankSum=-5.336;QD=15.62;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr19	22586192	rs1368476	A	G	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.713;NF=81;NR=50;PP=1902;ReadPosRankSum=-4.080;SC=CCTCACCCACAAAGACCAGGT;SOR=0.500;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=319;TCF=203;TCR=116;TR=131;WE=22586200;WS=22586182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,83:0.29:289
chr19	22605103	rs11669353	G	C	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=87;PP=1892;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GACACAGAAGGGCGAAGACGA;SOR=0.843;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=285;TCF=105;TCR=180;TR=134;WE=22605111;WS=22605093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,140:0.47:297
chr19	22605120	rs11669356	G	T	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=71;PP=1588;ReadPosRankSum=-1.489;SC=ACGAGACCAGGAACTCCGGCT;SOR=0.753;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=228;TCF=79;TCR=149;TR=106;WE=22605128;WS=22605110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,113:0.47:242
chr19	22836873	rs35837772	GA	G	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=3.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.856;QD=0.38;ReadPosRankSum=1.457;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,21:0.15:141
chr19	23328940	rs7247102	G	A	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CATACTGGAGGGAAACCCTAC;SOR=0.349;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=87;TCR=86;TR=172;WE=23328948;WS=23328930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr19	23329292	.	T	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=2.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,31:0.13:230
chr19	23406165	rs2885604	T	C	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=68;PP=1933;SC=TAAGGGTTGATGATTGGTTAA;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=123;WE=23406173;WS=23406155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	23406742	rs117473206	T	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=746;ReadPosRankSum=0.582;SC=TTTTTCATATTTTCTCAGTAT;SOR=1.108;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=111;TCF=48;TCR=63;TR=51;WE=23406750;WS=23406732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr19	23406801	rs8110795	G	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=424;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GAAGGTCTTGGGCAAAATAAC;SOR=0.979;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=39;WE=23406809;WS=23406791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,44:0.46:96
chr19	23413937	rs7256859	A	G	3940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=11;PP=2965;SC=TGCCCGCCTTAGCCTCTCCAA;SOR=4.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=107;TCR=11;TR=117;WE=23413945;WS=23413927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	23414167	rs4932841	T	G	3270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.307;NF=42;NR=101;PP=2290;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GCAATACCTGTTTTATTAAAA;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=268;TCF=81;TCR=187;TR=143;WE=23414175;WS=23414157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,147:0.54:273
chr19	23433107	rs10405424	G	C	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=81;PP=2399;ReadPosRankSum=0.806;SC=TTGCAGGTCAGAGGGCCACAG;SOR=0.455;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=223;TCF=83;TCR=140;TR=134;WE=23433115;WS=23433097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,139:0.60:230
chr19	23542290	rs428549	AG	GC	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-4.106;NF=27;NR=12;PP=1327;ReadPosRankSum=-1.190;SC=CTCCCAAAGTAGTGGGATTAC;SOR=0.679;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=39;WE=23542299;WS=23542280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,43:0.33:129
chr19	23542697	rs1821845	G	C	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=49;PP=2020;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TAAAAGCTTTGCCACATTCTT;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=107;TCR=83;TR=110;WE=23542705;WS=23542687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,113:0.57:197
chr19	23543834	rs7255296	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.268;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.184;NF=36;NR=39;PP=917;ReadPosRankSum=0.068;SC=TATGAATTCTCTTATGTTTAG;SOR=0.481;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=75;WE=23543842;WS=23543827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,72:0.33:220
chr19	23545004	rs296092	G	A	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1367;ReadPosRankSum=0.333;SC=CTTTAGCACAGATTATTTTAT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=125;TCR=147;TR=109;WE=23545012;WS=23544994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,113:0.40:283
chr19	23545250	rs1044095	A	G	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1337;ReadPosRankSum=-1.720;SC=ATTTCTTTCCAGTATGTCTTA;SOR=0.711;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=79;WE=23545258;WS=23545240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,82:0.65:126
chr19	23557966	rs12976946	T	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=1.262;SC=CCACTCAAAATTTTTTTTTTT;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=8;WE=23557974;WS=23557955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr19	23837145	rs11671053	A	G	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=813;ReadPosRankSum=0.110;SC=GCAGAAATTCACCTTGGTATA;SOR=0.520;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=49;WE=23837153;WS=23837135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr19	23837365	rs4380159	A	C	5987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=102;PP=2965;SC=CCCTTGTGCAACTTACATTCA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=108;TCR=102;TR=210;WE=23837373;WS=23837355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	23845038	rs10418600	T	G	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.19;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	23845042	rs10418602	T	C	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=1.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr19	23927468	rs1818989	A	G	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=59;PP=2209;SC=AGTAAGGGTTAAGGACTGATT;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=23927476;WS=23927458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	23927741	rs61397759	CCA	C	942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.995;NF=7;NR=9;PP=614;ReadPosRankSum=0.895;SC=AAAGGCTTTTCCACAGTCTTC;SOR=0.616;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=16;WE=23927750;WS=23927731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr19	23928102	rs7248674	C	G	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=101;PP=2965;SC=GGTGAAAAGTCTTGGGCAAAA;SOR=1.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=42;TCR=102;TR=143;WE=23928110;WS=23928092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	23941459	rs6417220	G	A	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=58;PP=2965;ReadPosRankSum=1.856;SC=GGAGAACTCAGGGCGCAAATT;SOR=0.540;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=106;TCR=58;TR=163;WE=23941467;WS=23941449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr19	24115369	rs56014490	T	C	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.900;SC=TGGTAAATATTTGAAAGTCTT;SOR=0.801;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=252;TCF=127;TCR=125;TR=102;WE=24115377;WS=24115359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,106:0.40:265
chr19	29704002	rs11666764	T	C	8126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.31;QD=44.65;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	29704010	rs8100724	A	C	8572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.47;QD=42.65;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
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chr19	30021023	rs62104163	G	C	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=2342;ReadPosRankSum=-0.110;SC=CGGCCGCGGCGACAAGAGCCC;SOR=0.516;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=312;TCF=168;TCR=144;TR=151;WE=30021031;WS=30021013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,162:0.50:324
chr19	30097268	rs2303754	C	G	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=42;PP=1362;ReadPosRankSum=0.773;SC=GGGTTGGGGACGTTAAGGGTC;SOR=0.834;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=201;TCF=110;TCR=91;TR=97;WE=30097276;WS=30097258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,100:0.47:214
chr19	30099457	rs1465585	A	G	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=71;NR=25;PP=2173;SC=GACTACAGGTATGAGCCACTG;SOR=2.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=72;TCR=26;TR=96;WE=30099465;WS=30099447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	30102856	rs2288477	A	G	3649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=90;PP=2451;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CGTAAGTTGCATTCCTGAAGC;SOR=0.825;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=306;TCF=134;TCR=172;TR=157;WE=30102864;WS=30102846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,166:0.51:325
chr19	30103153	rs4804893	A	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=664;ReadPosRankSum=0.024;SC=GTGGAGACCCAGGGCGTGTGT;SOR=1.058;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=34;WE=30103161;WS=30103143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr19	30193721	rs10424582	G	A	2847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=55;PP=1984;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TGACCAGCGCGGTCAGCTGCA;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=158;TCR=115;TR=132;WE=30193729;WS=30193711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,137:0.48:288
chr19	30303714	rs3218029	T	TC	3316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.888;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=53;PP=2016;ReadPosRankSum=0.728;SC=TTGGGGAGCATCCCCCCCATC;SOR=0.827;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=159;TCF=52;TCR=107;TR=84;WE=30303727;WS=30303704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,136:0.61:224
chr19	30313576	rs3218069	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-0.212;SC=ATAGGCCAGCCGCGGTGGTTC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=30313584;WS=30313566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr19	30314666	rs7257694	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=847;ReadPosRankSum=-0.421;SC=AGCAGAGCAGCGGGCCGGAAA;SOR=0.904;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=54;WE=30314674;WS=30314656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr19	30414572	rs3745643	C	G	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=759;ReadPosRankSum=0.925;SC=TCACTCTTTTCCAGGCTCCTT;SOR=0.858;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=46;WE=30414580;WS=30414562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,51:0.43:120
chr19	30414587	rs3745642	G	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=755;ReadPosRankSum=0.414;SC=CTCCTTGGAGGTCACTGCCCT;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=50;WE=30414595;WS=30414577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,56:0.43:129
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chr19	30476079	rs200418994	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.642;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
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chr19	31769763	rs12461253	G	A	4777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.858;SC=TTTTGGCGGCGACAGGAGTGA;SOR=0.673;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=402;TCF=202;TCR=200;TR=198;WE=31769771;WS=31769753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,208:0.50:416
chr19	31840190	rs71173962	AG	A	2287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=40;PP=1635;SC=ACAGGGAGGGAGGGGGCGGCG;SOR=1.451;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=44;WE=31840198;WS=31840180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	31840511	.	G	GC	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.570;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr19	31930388	rs8103449	A	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=12;PP=977;ReadPosRankSum=0.773;SC=GGTCTGGATAACTTGCACAGA;SOR=1.002;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=115;TCF=89;TCR=26;TR=57;WE=31930396;WS=31930378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr19	32083696	rs7245697	T	C	14865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=247;NR=288;PP=2965;SC=ATGGCTCTACTGCCGTCCACC;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=536;TCF=247;TCR=289;TR=535;WE=32083704;WS=32083686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr19	32102190	rs150081063	CA	C	1318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.087;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=761;ReadPosRankSum=0.870;SC=TCACTTTTGGCAAAGGTAACA;SOR=1.251;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=24;WE=32102198;WS=32102180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr19	32873698	rs2270399	A	G	7412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=122;PP=2965;SC=CTGGAAGTTCAGAAAATGCAG;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=139;TCR=122;TR=261;WE=32873706;WS=32873688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr19	32930069	rs6510249	G	A	10690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=179;NR=184;PP=2965;SC=AGAACTGGGCGCTGCCATTCT;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=364;TCF=180;TCR=184;TR=363;WE=32930077;WS=32930059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr19	32948885	rs11385163	A	AT	1066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.408;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.141;NF=19;NR=8;PP=863;ReadPosRankSum=0.036;SC=ACATTTACTGATTTTGTACAC;SOR=1.483;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=27;WE=32948893;WS=32948875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr19	32954725	rs1544511	G	A	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=46;PP=1855;SC=CAGAATCCAGGTTTATATACA;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=107;WE=32954733;WS=32954715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	32955406	rs7252536	A	T	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=111;SC=ATTTCTGGTAATTTTTTAAGG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=32955414;WS=32955400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	33072266	rs10411464	T	C	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=54;PP=1700;SC=GGCTTGGCCCTCGCGGGGCGC;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=97;WE=33072274;WS=33072256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	33076973	rs10500262	T	A	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=7.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=54;PP=1305;ReadPosRankSum=0.259;SC=GAGAATAAATTGCCTTTCCTA;SOR=1.481;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=108;TCF=8;TCR=100;TR=57;WE=33076981;WS=33076963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr19	33093084	rs8100168	G	A	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=53;PP=1158;ReadPosRankSum=1.393;SC=TTTTTTAATAGGTTATTATTT;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=27;TCR=116;TR=65;WE=33093092;WS=33093074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,69:0.46:150
chr19	33095463	rs8109768	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.899;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.507;NF=4;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=-0.034;SC=AAATTTGGGGAGGAAAAGTAA;SOR=0.227;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=18;WE=33095471;WS=33095453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr19	33096718	rs7248845	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=398;ReadPosRankSum=-1.131;SC=GTGTGTAGAATGAGGACAGGA;SOR=2.576;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=21;WE=33096726;WS=33096708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr19	33096786	rs7247420	G	A	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=41;PP=1498;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CGGAGCAGGCGTAAATGAGGG;SOR=0.958;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=226;TCF=137;TCR=89;TR=113;WE=33096794;WS=33096776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,118:0.50:234
chr19	33096816	rs7248273	C	T	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=2.070;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,154:0.48:320
chr19	33096932	rs10645270	A	AAAAT	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr19	33098535	rs201306513	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=115;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AACACACAGCCCGAACCTGAA;SOR=0.148;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=10;WE=33098543;WS=33098525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	33098632	rs2302970	G	C	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=14;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CAGCAGGAGGGGGATGAGGTC;SOR=0.770;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=90;TCR=27;TR=66;WE=33098640;WS=33098622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,67:0.57:118
chr19	33098870	rs2903755	C	T	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=8.107;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.96;ReadPosRankSum=1.627;SOR=3.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr19	33098875	rs2868150	T	C	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.85;SOR=4.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	33106390	rs614370	T	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	33106621	rs405858	C	T	7396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=114;PP=2965;SC=ATTCGGGGTCCGCTGCACTGA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=139;TCR=115;TR=253;WE=33106629;WS=33106611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	33106742	rs395136	A	G	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=64;PP=1689;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TTGCATGCACAATATCTTAAA;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=90;TCR=124;TR=111;WE=33106750;WS=33106732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,120:0.52:229
chr19	33106761	rs414496	A	G	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=-3.019;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,87:0.52:167
chr19	33106770	.	T	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,30:0.22:135
chr19	33110149	rs28615461	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=469;ReadPosRankSum=0.274;SC=CCCCAGCCCTTCCTCTGGAAG;SOR=1.121;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=28;WE=33110157;WS=33110139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr19	33110204	rs2287669	T	C	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=856;ReadPosRankSum=0.928;SC=TGCCTTGAGCTGGCTGACATG;SOR=1.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=62;WE=33110212;WS=33110194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,63:0.44:143
chr19	33117666	rs6510271	T	C	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=76;PP=2965;SC=GCGGAGTGGCTCCATGGTAGT;SOR=1.111;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=200;WE=33117674;WS=33117656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	33117842	rs6510272	C	A	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=138;PP=2965;SC=GGCATGAAACCCACGGTAGAT;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=73;TCR=138;TR=211;WE=33117850;WS=33117832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr19	33117884	rs6510273	T	C	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=73;PP=2247;SC=CTACAGCTAATATAAAGTAAG;SOR=3.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=11;TCR=73;TR=84;WE=33117892;WS=33117874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	33119883	rs6510274	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=691;SC=CTGGAGTGCAATGGTGTGATC;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=33119891;WS=33119873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	33130496	rs11084666	T	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=38;PP=870;SC=TCTAGTCAGTTGGTTCGCTCA;SOR=4.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=33130504;WS=33130486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	33131112	rs3760943	G	A	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=1;PP=2358;SC=CTCGTGATCCGCCCGCCTTGG;SOR=7.636;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=90;TCR=1;TR=89;WE=33131120;WS=33131102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	33131336	rs10416829	T	C	19155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=740;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=273;NR=438;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GAGATTCAAATGGACTGACAA;SOR=1.272;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=714;TCF=274;TCR=440;TR=711;WE=33131344;WS=33131326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,732:1.00:734
chr19	33133936	rs3841621	CG	C	1700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=5;PP=1540;SC=ATCAAACCAGCGTGTCACCTC;SOR=3.109;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=35;WE=33133944;WS=33133926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	33134425	rs259229	G	A	6986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=110;NR=130;PP=2965;SC=AAAGGGCTTGGATTTGCATGG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=111;TR=240;WE=33134433;WS=33134415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	33134635	rs259228	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=353;SC=AAGTGCTAACACAAGCTTTAT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=33134643;WS=33134625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	33135458	rs259225	C	T	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=50;PP=1395;SC=TCCTACAGGGCCTAGGCCCTC;SOR=3.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=57;WE=33135466;WS=33135448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	33137629	rs259220	T	A	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=55;PP=1457;SC=CTTCACCCCATTGTGGGTTTG;SOR=4.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=61;WE=33137637;WS=33137619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	33149768	rs259251	G	A	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=8;PP=1579;SC=AGTCTACCACGTCTCTGGAAC;SOR=3.489;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=60;TCR=9;TR=68;WE=33149776;WS=33149758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	33150045	rs11486502	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=26.61;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	33167455	rs259290	G	T	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=50;PP=2390;SC=CATGCGACGCGCGCTGGAGCT;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=110;WE=33167463;WS=33167445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	33167879	rs259291	G	A	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=49;PP=1526;SC=CTGAGCTGACGGACACCCGAC;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=62;WE=33167887;WS=33167869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	33182802	rs8108837	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GGGGTCCCTGCAGGGCCGGGC;SOR=0.242;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=33182810;WS=33182792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr19	33183291	rs8108621	G	A	10982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=237;PP=2962;ReadPosRankSum=0.151;SC=CTGCTGCTGCGGCCCAGGACT;SOR=0.812;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=646;TCF=195;TCR=451;TR=332;WE=33183299;WS=33183268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,339:0.51:665
chr19	33183316	rs8109823	A	G	8455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CACCAGGCCCAGCACCCGGGC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=421;TCF=94;TCR=327;TR=220;WE=33183324;WS=33183306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,222:0.52:430
chr19	33183352	rs61732600	G	C	3383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=106;PP=2309;ReadPosRankSum=-1.876;SC=AGCCACCGCCGGGCCTGGCCT;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=89;TCR=215;TR=150;WE=33183360;WS=33183342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,155:0.50:312
chr19	33211069	rs13346373	C	T	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=48;PP=1329;SC=CAGCCGCGCACAGCCTCCCAC;SOR=6.399;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=51;TCF=3;TCR=48;TR=50;WE=33211077;WS=33211059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	33239450	rs4805805	C	G	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=176;PP=2965;SC=AAGCCAGTGCCTGATCACTGC;SOR=1.863;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=256;TCF=80;TCR=176;TR=256;WE=33239458;WS=33239440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr19	33240570	rs9783983	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=935;SC=GGTCCTGCCCGAGGAAGACAT;SOR=2.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=33240578;WS=33240560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	33264348	rs12608647	G	T	11798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=234;NR=183;PP=2965;SC=CTGAAGAAAAGTTTTCTTTTA;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=418;TCF=235;TCR=183;TR=417;WE=33264356;WS=33264338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr19	33281924	rs11881633	A	G	6695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=129;NR=112;PP=2965;SC=GAACAAGATCAAGCCCTGCTT;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=129;TCR=112;TR=241;WE=33281932;WS=33281914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	33282109	rs11878874	C	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=604;SC=TTTGAGATTACAGGCATGAGC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=33282117;WS=33282099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	33292568	rs12976876	A	T	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=51;PP=2770;SC=TCACAGATAAATTAAAGTGCT;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=98;TCR=51;TR=149;WE=33292576;WS=33292558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	33293607	rs11673502	C	T	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=29;PP=1568;ReadPosRankSum=0.760;SC=ACCGATGCCACGTGTGTGATT;SOR=0.587;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=190;TCF=138;TCR=52;TR=102;WE=33293615;WS=33293597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,107:0.54:198
chr19	33294082	rs10404371	G	A	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=782;ReadPosRankSum=-1.379;SC=TTAAACTGATGTATAACCTGC;SOR=1.029;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=181;TCF=80;TCR=101;TR=60;WE=33294090;WS=33294061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,64:0.32:198
chr19	33304690	rs8107900	C	T	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=55;PP=1824;SC=ATGGTAAGTACGCATTTTTTC;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=33304698;WS=33304680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	33304711	rs67051599	ATTTG	A	1374.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=910;ReadPosRankSum=1.590;SC=TTAGAAATAAATTTGTTTGAA;SOR=0.973;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=23;WE=33304733;WS=33304701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr19	33304713	rs8111278	T	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=1642;ReadPosRankSum=-1.590;SC=AGAAATAAATTTGTTTGAATG;SOR=0.453;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=47;WE=33304733;WS=33304701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr19	33304717	rs61062732	T	C	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=906;ReadPosRankSum=2.214;SC=ATAAATTTGTTTGAATGGGCG;SOR=0.973;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=30;WE=33304733;WS=33304701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr19	33308824	rs34549089	AG	A	1153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.383;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=13;PP=1754;ReadPosRankSum=0.103;SC=CAGCCCACCCAGGCATCCTAG;SOR=0.173;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=88;TCF=72;TCR=16;TR=61;WE=33308832;WS=33308814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr19	33309030	rs12151363	A	T	2982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=77;PP=1919;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GCTCAAGACCAGGATCATCCA;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=251;TCF=101;TCR=150;TR=126;WE=33309038;WS=33309020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,137:0.51:269
chr19	33316928	rs140235732	G	GTA	1000.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.752;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=868;ReadPosRankSum=1.537;SC=GTACAAAAAAGTATATATATA;SOR=1.347;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=22;WE=33316936;WS=33316918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr19	33321447	rs2287884	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=205;ReadPosRankSum=0.535;SC=TTTATTCGTAAGAAAAAAAGG;SOR=1.071;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=12;WE=33321455;WS=33321437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr19	33321717	rs10645053	A	AGG	7466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.06;NF=5;NR=95;PP=2930;SC=CCCTGTGCTCAGGATGGCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=5;TCR=104;TR=100;WE=33321725;WS=33321707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	33321775	rs17272190	C	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=250;ReadPosRankSum=-0.660;SC=CTTCTGTCTTCTCCCAGAATT;SOR=0.074;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=16;WE=33321783;WS=33321765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr19	33332952	rs2287882	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=490;ReadPosRankSum=1.026;SC=CTCTAAAATACGATATTTTAA;SOR=0.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=55;TCR=4;TR=26;WE=33332960;WS=33332942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr19	33333155	rs2287881	G	A	3359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=85;PP=2235;ReadPosRankSum=-0.452;SC=ACAGCCATGCGGCAAAGCTGA;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=351;TCF=157;TCR=194;TR=152;WE=33333163;WS=33333145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,162:0.44:372
chr19	33349295	rs2287880	T	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=338;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GGGGGTGATATTGCTTTCGCC;SOR=0.268;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=26;WE=33349303;WS=33349285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr19	33349488	rs2287879	T	C	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=103;PP=2546;SC=GGGTCTTTCTTGGCCTCCAAG;SOR=1.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=62;TCR=103;TR=165;WE=33349496;WS=33349478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	33351695	rs2287878	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=24;PP=686;SC=AGGTGAATTTTTTTCCAGGTG;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=33351703;WS=33351685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	33353041	rs1007161	G	A	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=17;PP=1380;SC=CATAGGCCCAGAGTCCATTGT;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=33353049;WS=33353031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	33353061	rs1007160	G	T	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=29;PP=1607;SC=TAAAACGCCAGGCTGATGGCT;SOR=1.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=90;WE=33353069;WS=33353051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	33353343	rs11084671	A	G	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=17;PP=2064;SC=GTGCCCGTGCAGGGCCCACCC;SOR=2.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=88;WE=33353365;WS=33353333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	33353357	rs11084672	C	T	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=14;PP=1065;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CCCACCCTCCCGTGGGTCACC;SOR=0.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=92;TCR=27;TR=64;WE=33353365;WS=33353333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr19	33353464	rs11084673	G	A	8423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr19	33354992	rs6510300	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=411;ReadPosRankSum=0.125;SC=CCCTGGGCTCAGGTACTCACA;SOR=1.162;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=28;WE=33355000;WS=33354982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr19	33355055	rs12150889	A	G	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=77;PP=2965;SC=CTTGCAGCCCACATAGAAGGG;SOR=1.259;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=136;TCR=77;TR=212;WE=33355089;WS=33355045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	33355069	rs12150890	A	G	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AGAAGGGCGCACACACATACT;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=258;TCF=157;TCR=101;TR=139;WE=33355089;WS=33355045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,143:0.54:267
chr19	33355081	rs35170371	G	A	2943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=0.610;SC=ACACATACTCGGAGAAGCTGA;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=291;TCF=171;TCR=120;TR=135;WE=33355089;WS=33355045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,140:0.47:301
chr19	33355356	rs12151145	C	T	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=454;ReadPosRankSum=0.101;SC=CACCGTGGTCCGCCCTCGCTG;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=25;WE=33355364;WS=33355346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr19	33355513	rs12150904	A	C	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=23;PP=2965;SC=CGGGGCTGCAACAGGCTCCCA;SOR=2.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=112;TCR=24;TR=135;WE=33355521;WS=33355503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	33370070	rs745961	A	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.239;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=1235;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CGCAGATTCTAGCAGGTGGGG;SOR=0.039;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=56;TCF=54;TCR=2;TR=23;WE=33370092;WS=33370060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr19	33370084	rs745960	T	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.483;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=1235;ReadPosRankSum=-0.846;SC=GGTGGGGGCATGAGACTTCAG;SOR=0.089;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=78;TCF=71;TCR=7;TR=33;WE=33370092;WS=33370060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr19	33370161	rs745959	A	C	3418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=54;PP=2407;ReadPosRankSum=0.927;SC=GGCTGGGGGCAACCAGAGCTC;SOR=0.814;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=312;TCF=200;TCR=112;TR=155;WE=33370169;WS=33370151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,159:0.49:325
chr19	33373040	rs17272274	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=345;ReadPosRankSum=0.697;SC=TAGCAACCCCGGATAAGTTTG;SOR=0.252;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=15;WE=33373048;WS=33373030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr19	33390796	rs10418340	G	A	4929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CCTGGGTTATGTTTTCTGCCA;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=554;TCF=324;TCR=230;TR=239;WE=33390804;WS=33390786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,250:0.44:573
chr19	33392087	rs7253415	C	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=9;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CCACTGTACCCAGACCATTTG;SOR=1.198;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=116;TCF=96;TCR=20;TR=62;WE=33392095;WS=33392077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr19	33406442	rs7246178	A	G	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=51;PP=1185;ReadPosRankSum=-1.010;SC=CAAAAGAGGAAGATAAAAACT;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=64;TCR=122;TR=77;WE=33406450;WS=33406432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,79:0.40:196
chr19	33406484	rs7260149	G	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=731;ReadPosRankSum=2.979;SC=ACACAATTATGGGCTATTAGG;SOR=0.547;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=126;TCF=38;TCR=88;TR=56;WE=33406492;WS=33406474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,53:0.42:127
chr19	33406549	rs7246326	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=-1.369;SC=CTTTTGAGCCAGACGTGGTGG;SOR=1.569;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=14;WE=33406557;WS=33406539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr19	33418037	.	C	CCCAT	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.130;NF=0;NR=6;PP=296;ReadPosRankSum=1.877;SC=TACCCACCTACCCATCCATCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=6;WE=33418045;WS=33418027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	33430816	rs12461782	T	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=574;ReadPosRankSum=1.629;SC=GAGAGAGAGATAAACTTTTAA;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=38;WE=33430824;WS=33430806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr19	33439158	rs12710001	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=344;ReadPosRankSum=-0.653;SC=AAAATTGTGGTTTTTTTTTTC;SOR=1.013;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=21;WE=33439166;WS=33439148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr19	33439187	rs3764633	G	A	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=471;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TGTTGTGTCCGCTGTGGTGCA;SOR=1.257;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=39;WE=33439195;WS=33439177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr19	33444453	rs75223967	T	G	7400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=0.914;NF=156;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.840;SC=TCCTTAGCAATGCACTAATTT;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=489;TCF=300;TCR=189;TR=260;WE=33444464;WS=33444443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,272:0.55:497
chr19	33444456	rs2944021	A	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.436;QD=1.09;ReadPosRankSum=-2.843;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:432,84:0.16:516
chr19	33444511	rs80283382	T	C	7006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=1.804;SC=ACTGGGAACATAGAAAACACC;SOR=0.602;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=711;TCF=349;TCR=362;TR=349;WE=33444519;WS=33444501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,339:0.48:709
chr19	33444556	rs73579706	T	C	3209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=147;PP=2782;ReadPosRankSum=-3.288;SC=AGGTCATCACTGTGGCCTCCT;SOR=0.709;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=566;TCF=245;TCR=321;TR=217;WE=33444564;WS=33444546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,194:0.35:555
chr19	33444576	rs74504201	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=4.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-6.439;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,103:0.23:447
chr19	33444588	rs73035551	T	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=14.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-8.874;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,68:0.17:400
chr19	33462564	.	T	TA	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=1.835;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr19	33464253	.	T	TA	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,31:0.15:202
chr19	33467620	rs7247715	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.592;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=0.951;SC=CATCTTCTCCTGAGACCACAA;SOR=0.262;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=16;WE=33467628;WS=33467610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr19	33470874	rs8099835	A	G	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.830;NF=89;NR=49;PP=2044;ReadPosRankSum=-0.220;SC=GGAAATGTTCAGGGCCTGAAC;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=166;TCR=94;TR=138;WE=33470882;WS=33470864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,148:0.55:271
chr19	33481388	rs7250684	C	T	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=49;PP=2965;SC=TCCACGCCACCACTGACTGCC;SOR=1.975;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=132;TCR=49;TR=181;WE=33481396;WS=33481378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
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chr19	33486810	rs4805026	A	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=0;PP=972;SC=CTCAGTCCCTACCCTGTGCAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=34;WE=33486830;WS=33486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	33486822	rs8110267	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=0;PP=1273;SC=CCTGTGCAGCTCTCCTTGTGC;SOR=7.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=45;TCR=0;TR=45;WE=33486830;WS=33486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr19	33487071	rs12610600	G	C	13691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=254;NR=246;PP=2965;SC=TGCAGAGGCTGGCCTCCCGCA;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=502;TCF=255;TCR=247;TR=500;WE=33487079;WS=33487061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr19	33487182	rs11084689	A	G	4300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=110;PP=2965;SC=CAGAGCATAAAGGCCCAAGGG;SOR=2.472;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=35;TCR=110;TR=145;WE=33487190;WS=33487172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	33487251	rs8110730	T	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.319;NF=5;NR=37;PP=801;ReadPosRankSum=-0.648;SC=AGCTAGAGCCTGTGATACCCT;SOR=3.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=42;WE=33487259;WS=33487241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr19	33490462	.	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=8.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-8.564;QD=0.54;ReadPosRankSum=-1.218;SOR=2.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,10:0.13:75
chr19	33490480	rs74603434	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=6.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQRankSum=-7.110;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=1.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,17:0.19:90
chr19	33490487	.	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=10.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.47;MQRankSum=-4.915;QD=0.35;ReadPosRankSum=-2.891;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,12:0.12:104
chr19	33490488	rs12608926	G	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.488;NF=29;NR=15;PP=596;ReadPosRankSum=-0.562;SC=AGGGGGACACGCACCCAGCTG;SOR=0.311;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=44;WE=33490496;WS=33490470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
chr19	33490585	rs78615454	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.53;MQRankSum=-3.623;QD=0.30;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,35:0.13:260
chr19	33490667	rs200498530	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-10.260;QD=1.93;ReadPosRankSum=-5.617;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,21:0.19:108
chr19	33490685	rs8109247	T	C	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=45;PP=1103;SC=TTCTCTACCATGTCTCCAGCT;SOR=1.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=65;WE=33490693;WS=33490675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	33493334	rs12610963	G	A	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.058;NF=20;NR=37;PP=900;ReadPosRankSum=0.929;SC=ACACTGGGAAGGGGCAGCCCG;SOR=1.018;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=57;WE=33493342;WS=33493324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
chr19	33498978	rs2163807	A	G	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.91;MQRankSum=-1.074;NF=38;NR=13;PP=730;ReadPosRankSum=-1.710;SC=TCTGCCGATCACACCGGGTCC;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=82;TCR=30;TR=51;WE=33498986;WS=33498968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,52:0.46:114
chr19	33499071	rs10410414	G	A	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-2.470;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,128:0.50:256
chr19	33502714	rs2288854	A	G	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1225;ReadPosRankSum=0.030;SC=ACAAGCCTGCAAGGAAAAGAA;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=176;TCF=74;TCR=102;TR=85;WE=33502722;WS=33502704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,87:0.47:187
chr19	33503799	rs12460205	T	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=1.884;SC=TAGTTTTTTTTAATACGGAGT;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=13;WE=33503807;WS=33503789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr19	33512632	rs34594918	CA	C	10085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-2.118;NF=19;NR=200;PP=2948;ReadPosRankSum=1.199;SC=CTCAGCAGCCCAAGCTCAGGT;SOR=0.796;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=480;TCF=47;TCR=433;TR=219;WE=33512640;WS=33512622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,328:0.47:699
chr19	33635761	rs3848596	C	T	4399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=84;PP=2648;ReadPosRankSum=-0.986;SC=ATCCGGTGGACGGTTCTGTGG;SOR=0.911;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=409;TCF=218;TCR=191;TR=200;WE=33635769;WS=33635751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,213:0.50:427
chr19	33635853	rs3848597	G	A	3870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=76;PP=1705;ReadPosRankSum=-1.651;SC=CCTTTCCCTCGTCTTACACTG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=78;TCR=155;TR=114;WE=33635861;WS=33635843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,117:0.49:238
chr19	33635877	rs3848598	T	C	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=4.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.04;ReadPosRankSum=-2.256;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,81:0.46:175
chr19	33635887	rs3848599	T	G	2615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=5.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-1.694;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,69:0.44:158
chr19	33635991	rs10410058	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=0.629;SC=GGTCTCAAGCGATTCTCCTCC;SOR=1.473;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=10;WE=33635999;WS=33635981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr19	33636010	rs10411610	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CCTGCATTGGCCTCCCAAAGT;SOR=1.075;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=33636018;WS=33636000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr19	33638586	rs74994260	C	G	3460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.340;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=78;PP=2205;ReadPosRankSum=-0.618;SC=ACAGTGAGGGCCTGGGACCTG;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=306;TCF=151;TCR=155;TR=159;WE=33638594;WS=33638576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,168:0.51:330
chr19	33685836	rs60145560	T	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	33695830	rs11666900	G	A	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=100;PP=2965;SC=CCGGCCCACAGGGGCGGCACC;SOR=3.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=22;TCR=100;TR=122;WE=33695838;WS=33695820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	33696708	rs2112800	T	C	9503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=181;PP=2965;SC=GCCGCCTCACTGTGGCCTACC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=162;TCR=181;TR=343;WE=33696716;WS=33696698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr19	33698291	rs3745974	T	C	5848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=86;PP=2965;SC=GAGCCACTGGTAGACGGCCCA;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=117;TCR=86;TR=203;WE=33698299;WS=33698281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	33698655	rs376080905	C	CGG	1055.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=42.23;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	33699664	rs57394649	T	TA	3044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=15;PP=2899;SC=AGGGCTTCCTTAAACAGGCTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=69;WE=33699672;WS=33699654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	33700445	rs2303093	C	T	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=80;PP=2378;SC=GCTGTCTGTACCCCCGACCCC;SOR=2.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=24;TCR=80;TR=104;WE=33700453;WS=33700435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	33702245	rs2241378	A	G	11934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=198;NR=239;PP=2965;SC=CTGGGTGGGCACAGTAGAGAG;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=437;TCF=198;TCR=239;TR=437;WE=33702253;WS=33702235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr19	33703103	rs11669156	C	T	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=112;NR=19;PP=2965;SC=AGGACCAGCCCGAGCCTTGGG;SOR=3.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=112;TCR=19;TR=131;WE=33703111;WS=33703093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	33703706	rs11673535	A	G	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=17;PP=1462;SC=GGCAGGATGGAGCCCGGGCAG;SOR=1.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=61;WE=33703714;WS=33703696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	33792631	rs34529039	C	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=8.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.914;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=63;PP=1452;ReadPosRankSum=1.160;SC=TGGGCACGGGCGTGGGCGGCG;SOR=1.285;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=140;TCF=14;TCR=126;TR=68;WE=33792639;WS=33792621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,69:0.48:144
chr19	33892681	rs200931112	C	T	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=64;PP=1855;ReadPosRankSum=-0.811;SC=GCCTCATAGACGGCCTTCTGG;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=132;TCR=118;TR=135;WE=33892689;WS=33892671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,139:0.55:251
chr19	33953743	rs6510386	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-5.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=7;PP=541;ReadPosRankSum=0.494;SC=GGGCGCAGTCAGAAGAAAAAT;SOR=0.825;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=41;WE=33953751;WS=33953733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr19	33968814	rs35273650	GA	G	1626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.301;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.545;NF=34;NR=15;PP=1568;ReadPosRankSum=-0.708;SC=AAGCAAAACAGAAAAGGCTAT;SOR=1.026;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=49;WE=33968822;WS=33968804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,65:0.46:141
chr19	33984050	rs10411395	T	C	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=1096;ReadPosRankSum=2.191;SC=TCAAGGCACTTGGATAACAGG;SOR=1.560;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=137;TCF=99;TCR=38;TR=63;WE=33984058;WS=33984040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,67:0.46:145
chr19	34012861	rs40500	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=13;PP=449;SC=GCGGGGCTCCCGGAGATTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=34012869;WS=34012851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	34288184	rs138328510	TGTGTGCGCGC	T	446.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.163;NF=50;NR=6;PP=635;ReadPosRankSum=-1.429;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC;SOR=0.487;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=56;WE=34288210;WS=34288172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr19	34288186	rs372197494	TGTGCGCGC	T	351.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.771;NF=50;NR=6;PP=748;ReadPosRankSum=2.726;SC=TGTGTGTGTGTGTGCGCGCGC;SOR=0.356;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=56;WE=34288210;WS=34288172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr19	34288202	rs1139231	C	T	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=9;PP=1794;SC=CGCGCGCGCGCGCGCGCTTGT;SOR=3.664;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=78;TCR=9;TR=83;WE=34288210;WS=34288172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	34291283	rs28609628	C	G	7373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=147;NR=108;PP=2965;SC=CCCCATGGTACATGACTAGGA;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=147;TCR=108;TR=255;WE=34291291;WS=34291273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	34291303	rs2303175	C	T	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=67;PP=2124;ReadPosRankSum=-0.348;SC=AGGAATAAGCCTTCTCTGGTT;SOR=0.610;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=297;TCF=165;TCR=132;TR=150;WE=34291311;WS=34291293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,158:0.50:317
chr19	34302280	rs10426916	C	G	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=53;PP=2127;ReadPosRankSum=-1.653;SC=TGGTGGTGCGCGTCACGCCCG;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=168;TCR=105;TR=137;WE=34302288;WS=34302270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,143:0.51:281
chr19	34304260	rs60235724	A	AT	4561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=53;PP=2899;SC=GAGATGGCTTATTTTCTACAG;SOR=0.707;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=20;TCR=60;TR=72;WE=34304268;WS=34304250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	34583658	rs16968855	G	A	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TTCTTCCCCAGTTAGCACCTC;SOR=0.803;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=72;WE=34583666;WS=34583648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,75:0.50:150
chr19	34583700	rs2121139	C	T	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=46;PP=1521;ReadPosRankSum=0.743;SC=CAGTGTCGAACTTCAAAGCAG;SOR=0.685;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=107;TCR=86;TR=104;WE=34583708;WS=34583690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,110:0.55:201
chr19	34583716	rs2121140	T	G	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=48;PP=1591;ReadPosRankSum=2.256;SC=AGCAGTGATGTTGCCAGTCTC;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=120;TCR=89;TR=111;WE=34583724;WS=34583706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,118:0.54:218
chr19	34584137	rs574004	A	G	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=30;PP=1371;ReadPosRankSum=0.240;SC=CGAGCAGCAAACACACCAGTC;SOR=0.954;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=189;TCF=119;TCR=70;TR=86;WE=34584145;WS=34584127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,88:0.44:198
chr19	34685617	rs872236	C	G	3346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=107;PP=2519;ReadPosRankSum=1.774;SC=TTTTTTCTCTCTAGTTGAATG;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=301;TCF=94;TCR=207;TR=149;WE=34685625;WS=34685607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,147:0.49:303
chr19	34687746	rs3119815	C	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=720;SC=AACTCAACACCAACTATTAGA;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=34687754;WS=34687736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	34687809	rs8112123	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr19	34710817	rs59123546	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=1146;ReadPosRankSum=0.165;SC=ATCTTATGATATTGATTGAAG;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=30;WE=34710825;WS=34710797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr19	34712654	rs536367	C	T	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1020;ReadPosRankSum=0.695;SC=GTAAGTGTTACTGTTAATAAA;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=190;TCF=93;TCR=97;TR=84;WE=34712666;WS=34712644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,92:0.46:202
chr19	34712736	rs537252	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=377;ReadPosRankSum=0.588;SC=GTGAATTGTTTTGAGGACATT;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=25;WE=34712744;WS=34712726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr19	34717269	.	CAT	C	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=55.57;NF=2;NR=0;PP=38;QD=36.0;SC=CTCCTGTCCCCATCTCTTTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=2;WE=34717278;WS=34717259;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr19	34718251	rs181820603	A	T	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=9;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CATGAGCTAAATTTTTTTTTC;SOR=0.120;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=34718259;WS=34718240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr19	34857811	.	C	G	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=57;PP=1745;ReadPosRankSum=-2.608;SC=TGGGGTTTATCTGACTGTTAG;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=284;TCF=153;TCR=131;TR=128;WE=34857819;WS=34857801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,133:0.45:298
chr19	34885006	rs8108038	A	G	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=91;PP=2869;SC=GGAGTCAGCAAGATTTGTGGG;SOR=1.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=46;TCR=91;TR=137;WE=34885014;WS=34884996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	34890322	rs2301263	G	A	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=53;PP=2002;SC=GGCTTGGGGCGTGCCTGGCTT;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=96;WE=34890330;WS=34890312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	34904539	rs9653103	C	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=295;SC=ACTGCGCCTGCCCTGATAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=34904547;WS=34904529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	34922865	rs3217243	T	TGTATAAA	3112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=30;PP=2159;SC=ATTGCAAAGTTGTATAAGGGT;SOR=1.852;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=33;WE=34922873;WS=34922855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	34942872	rs2161472	A	T	1611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.99;SOR=4.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	34945331	.	CT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.900;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr19	34954873	rs10412944	C	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=3;PP=603;SC=TTTAAAAAATCAACCTGACTG;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=34954881;WS=34954863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	34959812	rs7258977	A	G	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=14;PP=1569;SC=CGTAATGTGTAAAGTGAAAAT;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=63;WE=34959820;WS=34959802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	34959979	rs7259160	A	G	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;SC=TAGTTGATTCAGATGAAGAAG;SOR=0.746;Source=Platypus;TCF=75;WE=34959987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	34971763	rs7257588	T	C	6784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=74;PP=2965;SC=CCCTGACAGATAACGGTTTGG;SOR=1.534;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=162;TCR=74;TR=235;WE=34971771;WS=34971753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	34971846	rs4344866	C	T	11152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=186;PP=2965;SC=CCCTAGTCACCTCTCGATTCC;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=391;TCF=205;TCR=186;TR=391;WE=34971854;WS=34971836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr19	34971998	rs7248705	G	A	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=105;PP=2965;SC=GGGGAGGCTCGCCGCCCACCG;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=122;TCR=106;TR=227;WE=34972006;WS=34971977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	34972146	rs7248847	G	C	8637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=171;PP=2965;SC=TTCAGAGGCCGGTGCGCGGCC;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=141;TCR=171;TR=312;WE=34972154;WS=34972136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr19	34972892	rs12609305	A	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=7;PP=300;SC=GCAGCGCTCCAGGGCGGGCGC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=34972900;WS=34972882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	34973413	rs1465433	T	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=28;PP=968;SC=CGGGGCCGGCTCCCTTCCCGC;SOR=1.390;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=46;WE=34973421;WS=34973403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	34973476	rs8107479	G	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=12;PP=473;SC=GCGCGGCCGAGCGGCGGCTGG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=34973484;WS=34973466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	34981505	rs4321301	G	A	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=72;PP=1929;SC=CCCAGGCTGGGCTGTGGAGGA;SOR=3.206;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=15;TCR=72;TR=86;WE=34981513;WS=34981495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	34985466	rs11671685	C	T	6336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=105;PP=2965;SC=CAGCTGATCACTTCTGGTTTC;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=112;TCR=106;TR=217;WE=34985474;WS=34985456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	34986767	rs35126035	A	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr19	34986776	rs35570240	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr19	35036089	rs7259820	G	A	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=11;PP=1295;SC=GAATTCAGCCGTTTACTTAGG;SOR=2.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=51;WE=35036097;WS=35036083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr19	35420841	rs2546001	A	G	3640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=92;PP=2304;ReadPosRankSum=-1.270;SC=AGTTCTTACAATTCTCAAAGC;SOR=1.016;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=298;TCF=136;TCR=162;TR=161;WE=35420849;WS=35420831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,170:0.54:313
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chr19	35422808	rs10422961	C	T	6061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.206;SC=ATAGCCTTCTCCCAGCAGGAG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=564;TCF=259;TCR=305;TR=280;WE=35422816;WS=35422798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,287:0.49:581
chr19	35424504	rs2859486	C	A	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=42;PP=1661;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TATTTTATTTCTTTTCTACAT;SOR=0.613;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=217;TCF=144;TCR=73;TR=119;WE=35424512;WS=35424494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,119:0.54:221
chr19	35424739	rs2546002	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=753;ReadPosRankSum=-0.275;SC=AGCCCTAGGGCCTGGGTGGAA;SOR=0.562;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=37;WE=35424747;WS=35424729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr19	35424759	rs2651101	G	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=525;ReadPosRankSum=-0.250;SC=AAAAGGCTGAGACTTGGGTAA;SOR=1.308;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=25;WE=35424767;WS=35424749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr19	35434238	rs1811	A	G	4371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=96;PP=2741;ReadPosRankSum=-0.857;SC=CGTGAATGTCAGGAATATGGA;SOR=0.780;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=439;TCF=227;TCR=212;TR=209;WE=35434246;WS=35434228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,225:0.48:472
chr19	35434448	rs62122088	A	G	3248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=64;PP=2226;ReadPosRankSum=-2.671;SC=GCCTTTGTTAAGCATGGGAGA;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=288;TCF=157;TCR=131;TR=142;WE=35434456;WS=35434438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,148:0.49:302
chr19	35434512	rs2651109	T	C	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.149;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=67;PP=1771;ReadPosRankSum=-1.004;SC=AGACTATTAGTGGTAGCTATC;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=278;TCF=133;TCR=145;TR=133;WE=35434520;WS=35434502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,141:0.48:293
chr19	35435006	rs1345658	G	A	5011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=2.526;SC=GAATGCGGGAGAACCTTCAGT;SOR=0.724;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=431;TCF=216;TCR=215;TR=222;WE=35435014;WS=35434996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,236:0.52:458
chr19	35448803	rs1063235	C	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=473;ReadPosRankSum=-2.880;SC=CGCTGATAAACTCTACAGTAA;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=28;WE=35448811;WS=35448793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr19	35449409	rs2651081	G	A	3088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.639;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=2024;ReadPosRankSum=-0.601;SC=CACCACACCCGTGAGGCCGCT;SOR=0.811;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=209;TCF=109;TCR=100;TR=129;WE=35449417;WS=35449399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,137:0.62:222
chr19	35449760	rs2651080	G	C	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1216;ReadPosRankSum=1.251;SC=GGCTTTCACCGGTGTGAACCC;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=103;TCR=91;TR=85;WE=35449768;WS=35449750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,95:0.44:216
chr19	35450229	rs2651079	C	T	6148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.200;SC=CACCTGTTTCCGGGGAAGGTT;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=567;TCF=278;TCR=289;TR=285;WE=35450237;WS=35450219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,297:0.50:596
chr19	35451330	rs2546024	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=0.151;SC=ATAGACTACAAGACAGGAAGC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=17;WE=35451338;WS=35451320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr19	35451742	rs2651078	G	A	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=28;PP=1538;ReadPosRankSum=0.431;SC=AGAGGAGCTCGGGACACCGGG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=127;TCR=55;TR=93;WE=35451750;WS=35451732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,98:0.52:188
chr19	35452045	rs2546026	A	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=715;ReadPosRankSum=-1.082;SC=CCACTGTGTCAGCCCGCAGCA;SOR=0.467;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=15;TCR=63;TR=46;WE=35452053;WS=35452035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr19	35454604	rs2546028	AA	CG	4577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=74;PP=2944;ReadPosRankSum=1.454;SC=ACGGTGCGGGAAACCACGGGG;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=56;TCR=151;TR=101;WE=35454613;WS=35454594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,119:0.56:214
chr19	35491326	rs3072398	A	AGCCCT	1104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=10;PP=808;SC=CGCGCAGCCCAGCCCTGCCCT;SOR=1.051;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=13;WE=35491334;WS=35491316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	35500919	rs11084797	T	C	7324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=194;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=3.075;SC=CCCAGCCCTGTGACTCTCCGC;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=709;TCF=408;TCR=301;TR=337;WE=35500927;WS=35500909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,350:0.48:726
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chr19	35541330	rs57035236	TA	T	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.19;NF=15;NR=10;PP=943;SC=CTGTCCCTGGTAATTAGCTCC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=35541338;WS=35541320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	35556123	rs2305744	G	A	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=996;ReadPosRankSum=-1.067;SC=GCAGGCCAGCGGGGGCTGGAC;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=66;WE=35556131;WS=35556113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr19	35556281	rs2305745	G	A	3716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=90;PP=2425;ReadPosRankSum=0.444;SC=TGATGCCACCGTTTGGGAGAC;SOR=0.811;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=390;TCF=197;TCR=193;TR=178;WE=35556289;WS=35556265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,183:0.46:402
chr19	35556300	rs2305746	A	G	13157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=192;PP=2965;SC=ACTCTGAACTAGGCTGGGGAT;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=372;TCF=179;TCR=193;TR=371;WE=35556308;WS=35556290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr19	35556357	rs2305747	C	T	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=61;PP=2002;ReadPosRankSum=0.088;SC=GGAGTAGGGACGCTGAGGGGA;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=143;TCR=132;TR=125;WE=35556365;WS=35556347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,120:0.44:272
chr19	35556640	rs1688031	T	C	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-7.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=58;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.249;SC=GGGATGGAGATGCAGGGGAGT;SOR=1.266;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=119;TCF=15;TCR=104;TR=65;WE=35556648;WS=35556630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,66:0.55:121
chr19	35556659	rs1672991	A	G	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=73;PP=2226;SC=GTGGGTGGTCAGGCTCCCCAT;SOR=3.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=13;TCR=73;TR=86;WE=35556667;WS=35556649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	35556744	rs1688030	T	C	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=16;PP=1298;SC=ACTTTGGCCTTCAGCCAGACC;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=35556752;WS=35556735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	35557260	rs1042328	T	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.01;BaseQRankSum=2.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=644;ReadPosRankSum=-1.228;SC=ACGCTGGGCCTAGGATGGGAC;SOR=0.351;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=33;WE=35557268;WS=35557250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr19	35577870	rs7250814	G	A	17114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=360;NR=249;PP=2965;SC=CTGTGTGTCCGTCTTTGCCGA;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=611;TCF=361;TCR=250;TR=609;WE=35577878;WS=35577860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr19	35590180	rs1687994	T	A	8039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=133;NR=152;PP=2965;SC=CCTGTGGGTGTGACATGCATA;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=286;TCF=134;TCR=152;TR=285;WE=35590188;WS=35590170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr19	35597352	rs2445826	T	C	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=23;PP=2038;SC=ACCACCCGGCTGGGGAGGCCT;SOR=2.049;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=76;TCR=23;TR=98;WE=35597360;WS=35597342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	35602445	rs71856123	TG	T	803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=219;SC=TGAGTCAGGCTGGGGGGGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=35602453;WS=35602435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	35608092	rs1006162	C	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=5;PP=822;SC=GAATGGGGAACGTGAGGGCAG;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=35608100;WS=35608082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	35608148	rs1688021	C	T	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=21;PP=1762;SC=TGGGACTGGACGTTGTTTTGC;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=84;WE=35608156;WS=35608138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	35609972	rs10543115	GGAC	G	6281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=28;PP=2948;SC=TGTCCAGTGAGGACAACAGCG;SOR=2.392;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=75;TCR=29;TR=102;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	35609981	rs10426785	C	T	6652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=39;PP=2965;SC=AGGACAACAGCGGGCAGTGGC;SOR=2.034;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=114;TCR=39;TR=152;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	35610245	rs2278994	A	G	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=111;PP=2965;SC=TGCTAAGGCCAGACCTCCCGC;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=96;TCR=111;TR=207;WE=35610253;WS=35610235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	35612168	rs1688016	T	A	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.308;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=39;PP=1196;ReadPosRankSum=0.922;SC=CCGTGCCCCCTTTCCCCTCCC;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=89;WE=35612176;WS=35612158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,88:0.49:179
chr19	35612286	rs2290650	A	G	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GTTACTGAATATGCCACACAG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=75;TCR=78;TR=83;WE=35612294;WS=35612276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,94:0.54:174
chr19	35613623	rs1688017	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=272;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GGGACAGATGGAGAGGACACA;SOR=0.238;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=14;WE=35613631;WS=35613620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	35614272	rs937088	A	G	3769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=4.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=2.065;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,123:0.52:236
chr19	35614274	rs937089	G	A	1653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=4.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=2.274;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,92:0.43:213
chr19	35614336	rs1672974	T	C	3533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=80;PP=2442;ReadPosRankSum=-1.090;SC=ACCCCATCACTTCCCGCAGGC;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=327;TCF=174;TCR=153;TR=164;WE=35614344;WS=35614326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,166:0.50:335
chr19	35615995	rs14358	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=0;PP=478;ReadPosRankSum=-1.082;SC=ACGTGGCCCACGGTCAGCAGC;SOR=0.586;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=52;TCR=1;TR=24;WE=35616003;WS=35615985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr19	35616016	rs1048690	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=1;PP=834;ReadPosRankSum=0.113;SC=TCACAGGCGGGCCATCACCCC;SOR=1.518;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=84;TCF=77;TCR=7;TR=41;WE=35616024;WS=35616006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr19	35616086	rs11084800	C	T	4520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=83;PP=2953;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CCCAGAGTCCCGTTGGTGGTC;SOR=0.761;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=365;TCF=212;TCR=153;TR=205;WE=35616094;WS=35616076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,210:0.56:375
chr19	35616315	rs12610146	GC	AT	4416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=2944;ReadPosRankSum=0.495;SC=AGGATGGCCAGCTGGTCCCTG;SOR=0.583;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=203;TCF=101;TCR=102;TR=102;WE=35616324;WS=35616305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,115:0.52:220
chr19	35616464	rs12976269	G	C	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=30;PP=1383;ReadPosRankSum=-1.971;SC=TCTGGGGGCCGTGGAACAGCT;SOR=0.998;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=74;WE=35616472;WS=35616454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr19	35616562	rs12978414	C	G	5275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.862;SC=CACACACATGCAGTTGTTCTG;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=495;TCF=294;TCR=201;TR=246;WE=35616570;WS=35616552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,251:0.50:501
chr19	35616663	rs1630545	A	G	6521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=170;PP=2962;ReadPosRankSum=0.040;SC=TTCTCCCACCACCTCTGGCTG;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=680;TCF=314;TCR=366;TR=316;WE=35616671;WS=35616653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,331:0.47:704
chr19	35616692	rs1672976	C	T	5204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.261;SC=CCCCTCCTGACTGGACCATCC;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=530;TCF=217;TCR=313;TR=237;WE=35616700;WS=35616682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,253:0.46:553
chr19	35616953	rs1632457	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=447;ReadPosRankSum=1.090;SC=GAGCCAGCATTTGGGGGTAGA;SOR=1.685;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=23;WE=35616961;WS=35616943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr19	35617122	rs937087	A	G	6233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TTAGTGTGCAAGATTGGGTCA;SOR=0.700;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=534;TCF=268;TCR=266;TR=291;WE=35617130;WS=35617112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,296:0.54:544
chr19	35617270	rs1319969	T	C	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=72;PP=1838;ReadPosRankSum=-0.822;SC=CGGGGATGTCTGTGCGTCTCT;SOR=0.672;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=337;TCF=170;TCR=167;TR=160;WE=35617278;WS=35617260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,168:0.48:349
chr19	35617639	rs1687998	C	G	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=1006;ReadPosRankSum=0.985;SC=CGAAGAGGCTCGGGCCCAGCA;SOR=0.836;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=56;WE=35617647;WS=35617629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,58:0.57:102
chr19	35622492	rs1688001	C	T	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=567;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GGCTGCGACCCGGCTTCCACG;SOR=0.384;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=43;WE=35622500;WS=35622482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr19	35622695	rs1673007	A	G	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=30;PP=1704;SC=AGCCTCACACATGAGTAAGGG;SOR=1.431;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=98;WE=35622703;WS=35622685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	35624890	rs11666576	C	T	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=34;PP=1252;ReadPosRankSum=-1.106;SC=TGTGCATAAACGCACACTCCC;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=132;TCR=76;TR=91;WE=35624898;WS=35624880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,100:0.45:224
chr19	35632165	rs151269496	TCTGGCCCCGCCTCTCCCTGGCCCCGCCTCTCCCTAGCCCCCCTCTCC	T	692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=-2.881;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr19	35632634	rs12461849	G	A	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=65;PP=1527;ReadPosRankSum=0.788;SC=CTGGGACCAAGCGAGGAAAAA;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=200;TCF=76;TCR=124;TR=108;WE=35632642;WS=35632624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,115:0.54:212
chr19	35633236	rs1687986	G	A	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.836;SC=CCTCATTTCTGGCGGACCCCG;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=192;TCF=123;TCR=69;TR=89;WE=35633244;WS=35633226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,89:0.47:191
chr19	35633503	rs1673004	C	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=1260;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TCCCTGGCTGCGTAGAGGGAA;SOR=0.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=93;TCR=38;TR=61;WE=35633511;WS=35633493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,62:0.47:132
chr19	35649281	rs1128882	A	G	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=75;PP=1834;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CCACCTCTCCAACCCCAACCT;SOR=1.288;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=228;TCF=81;TCR=147;TR=109;WE=35649289;WS=35649271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,108:0.46:233
chr19	35649324	rs1633915	C	G	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=91;PP=2704;SC=CAGGGGCAGGCGGCGGGGACA;SOR=2.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=30;TCR=92;TR=121;WE=35649332;WS=35649314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	35651531	rs1617607	A	G	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=18;PP=1462;SC=ATACAGACATAAGCCACCGCG;SOR=1.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=35651539;WS=35651521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	35654855	rs17612800	C	T	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.264;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=6;PP=843;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TAGTCGCAACCGGGGCTATGT;SOR=1.623;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=78;TCF=64;TCR=14;TR=43;WE=35654863;WS=35654845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr19	35655151	rs1672994	T	C	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=144;PP=2965;SC=GCCATCTGGTTAGTAACTGCC;SOR=2.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=47;TCR=145;TR=191;WE=35655159;WS=35655141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	35657351	rs8106303	A	C	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=37;PP=1162;SC=AGCTGCATATACATACAAACC;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=35657359;WS=35657341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr19	35660508	rs12110	G	A	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=101;PP=2965;SC=TGCCGGAATCGTTGCAGGTGA;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=76;TCR=101;TR=177;WE=35660519;WS=35660498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
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chr19	35718819	rs542977	C	A	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=5.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=9;PP=1359;ReadPosRankSum=0.106;SC=GATCCCCTGACCGGAAGAATC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=101;TCR=16;TR=66;WE=35718827;WS=35718809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr19	35719020	rs541169	C	T	8898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=206;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=1.230;SC=AGCGGCTAGACCACACCAGCA;SOR=0.565;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=745;TCF=405;TCR=340;TR=391;WE=35719029;WS=35719010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,403:0.53:761
chr19	35719106	rs565791	A	G	8328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=171;NR=211;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.849;SC=AGGCGTTTACACTCGCCCGGC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=739;TCF=335;TCR=404;TR=382;WE=35719114;WS=35719096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,398:0.52:768
chr19	35739702	rs16970163	G	A	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=28;PP=1976;ReadPosRankSum=-0.768;SC=GGAGGACCGCGGCGGGTCAAG;SOR=0.856;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=226;TCF=163;TCR=63;TR=113;WE=35739710;WS=35739692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,113:0.50:227
chr19	35752888	.	CG	C	5217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.08;MQRankSum=1.692;NF=53;NR=75;PP=2972;ReadPosRankSum=-0.023;SC=ATAGAAGGTACGGGGGGTGGA;SOR=0.636;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=299;TCF=132;TCR=167;TR=128;WE=35752896;WS=35752878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,204:0.51:397
chr19	35757427	rs34259399	G	A	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=77;PP=1896;ReadPosRankSum=1.011;SC=GTTGACAGGAGTAGCTCAGGT;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=86;TCR=154;TR=120;WE=35757435;WS=35757417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,124:0.50:248
chr19	35758275	rs142507475	G	GGGA	9065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.680;NF=65;NR=64;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GAGTAATGGTGGGAGAAGCCG;SOR=0.746;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=298;TCF=141;TCR=157;TR=129;WE=35758283;WS=35758265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,227:0.52:439
chr19	35760167	rs2515621	G	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr19	35760930	rs150053370	TG	T	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=95;ReadPosRankSum=-0.455;SC=CACCCCTGGGTGGGGGGGGGA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=8;WE=35760938;WS=35760920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr19	35786868	rs2301600	C	T	4096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=112;PP=2574;ReadPosRankSum=-2.949;SC=CAGAGCACAGCGTCCTGGATA;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=469;TCF=215;TCR=254;TR=200;WE=35786876;WS=35786858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,208:0.42:494
chr19	35800720	rs10411883	G	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=289;ReadPosRankSum=0.178;SC=AGGAGTCTCCGGGGCCGGGCC;SOR=0.304;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=16;WE=35800728;WS=35800717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr19	35832910	.	GTCCTTCCTTCCTTCCT	G	2995	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=19;MQ=59.88;NF=2;NR=14;PP=2995;QD=20;SC=GTGGTGGTCAGTCCTTCCTTC;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=16;WE=35832933;WS=35832900;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr19	35836751	rs4805119	A	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=6.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=50;PP=1108;ReadPosRankSum=2.835;SC=CCTCATTCCCACTCGGCAACA;SOR=1.065;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=2;TCR=87;TR=51;WE=35836759;WS=35836741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr19	35836859	rs4805120	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TCAAGACCTCATGATACACAC;SOR=1.773;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=8;WE=35836867;WS=35836849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr19	35837694	rs73031792	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=-1.400;SC=TCCTCCTGCGCGCATGTGCGC;SOR=0.086;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=35837702;WS=35837684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr19	35941248	rs409093	T	A	6724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TCCCAGCCCCTTGTGGGGGCC;SOR=0.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=623;TCF=301;TCR=322;TR=306;WE=35941256;WS=35941238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,319:0.49:648
chr19	35991043	rs11666154	G	T	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=75;PP=2289;SC=ACACCTGCCTGCTCCCCTCCT;SOR=2.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=101;WE=35991051;WS=35991033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	35991075	rs73928210	T	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=46;PP=1605;SC=TTTTCTTTTATACAATCTCCT;SOR=2.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=35991083;WS=35991065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	35991373	rs2293695	C	T	7389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=142;PP=2965;SC=ATTGCCCAGACCCGGGAGCAA;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=123;TCR=145;TR=265;WE=35991393;WS=35991363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr19	35991442	rs909072	T	G	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=92;PP=2859;SC=CACCTGATCGTCTCTGCCTGC;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=49;TCR=92;TR=141;WE=35991450;WS=35991432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	35992691	rs8100640	A	G	10594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr19	35992864	rs2293699	C	T	6793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=113;PP=2965;SC=GTCCTCCCACCCTGCTCCTCA;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=117;TCR=113;TR=230;WE=35992872;WS=35992854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	35997363	rs6510492	C	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=667;ReadPosRankSum=1.274;SC=ACACCTCAAGCAAATGAGATT;SOR=0.536;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=108;TCF=72;TCR=36;TR=51;WE=35997371;WS=35997353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
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chr19	35998213	rs4358061	A	C	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=901;ReadPosRankSum=-1.256;SC=GGATCCCAGAACCCTGTTTTG;SOR=0.763;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=93;TCR=45;TR=56;WE=35998221;WS=35998203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,58:0.39:149
chr19	35998362	rs4254439	T	G	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=55;PP=1480;ReadPosRankSum=-0.956;SC=AGGCTCACCCTATAATTGTCT;SOR=0.616;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=207;TCF=89;TCR=118;TR=99;WE=35998370;WS=35998339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,105:0.48:220
chr19	35999251	rs11084818	C	G	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=71;PP=1591;ReadPosRankSum=0.667;SC=TAATGGCACTCTCTTTTGGAA;SOR=0.867;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=238;TCF=93;TCR=145;TR=111;WE=35999259;WS=35999241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,113:0.46:248
chr19	36002393	.	C	CGCCACTGCTGCT	1132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=6.143;NF=5;NR=4;PP=486;ReadPosRankSum=0.133;SC=CCACTGCTGCCGCCACTGCTG;SOR=0.929;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=9;WE=36002401;WS=36002383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr19	36003962	rs7247001	T	C	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=51;PP=2219;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CCAAGCACCATTGTGGCCAGG;SOR=0.556;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=308;TCF=208;TCR=100;TR=147;WE=36003970;WS=36003952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,156:0.48:322
chr19	36004106	rs4806163	A	G	8472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=886;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=205;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.426;SC=AGCATCTGCTACGCCAAAGCC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=865;TCF=425;TCR=440;TR=403;WE=36004114;WS=36004079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:473,409:0.46:882
chr19	36029422	.	T	A	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.299;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=999;ReadPosRankSum=-0.737;SC=AAGAGGGGACTCTCTAGGGAT;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=66;WE=36029430;WS=36029412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,68:0.62:109
chr19	36048741	rs2230181	G	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=329;ReadPosRankSum=-0.929;SC=CCAGCGTATGGATGGACAGCT;SOR=0.813;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=32;WE=36048749;WS=36048731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr19	36048791	rs748214	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr19	36050969	rs2733743	A	G	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=101;PP=2512;ReadPosRankSum=0.651;SC=CAGGCCCTGCACGGTGCCTGC;SOR=0.565;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=333;TCF=122;TCR=211;TR=163;WE=36050977;WS=36050959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,167:0.49:338
chr19	36051623	.	G	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.855;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.702;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,32:0.25:127
chr19	36135279	rs3835005	C	CT	3763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.943;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.155;NF=10;NR=50;PP=2355;ReadPosRankSum=1.049;SC=CAGCCAAATCCGCCCCGTCTC;SOR=0.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=18;TCR=93;TR=60;WE=36135287;WS=36135269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,107:0.60:177
chr19	36145409	rs377609041	CA	C	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.550;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,37:0.34:110
chr19	36208922	.	TGGC	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr19	36214632	rs11373774	A	AG	2624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=13;PP=1752;SC=CTGTTCCCGCAGCCGGACGAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=39;WE=36214640;WS=36214622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	36228954	rs2242522	G	T	9072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=187;NR=127;PP=2965;SC=TGTTCATCCTGCCCTGCAGAT;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=188;TCR=127;TR=314;WE=36228962;WS=36228944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	36236120	rs231597	A	G	8036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=819;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=1.073;SC=AACCCTGGAAAAGGTGCAAAG;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=818;TCF=423;TCR=395;TR=385;WE=36236140;WS=36236110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,387:0.47:818
chr19	36243089	rs170758	T	C	9503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=200;NR=132;PP=2965;SC=CTGGAGATGGTCAAAGCCCGG;SOR=1.034;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=333;TCF=200;TCR=133;TR=332;WE=36243097;WS=36243079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr19	36243813	rs231243	G	A	11388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=204;NR=183;PP=2965;SC=CTCCCTACGCGGGCCATCTGC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=388;TCF=205;TCR=183;TR=387;WE=36243821;WS=36243803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr19	36258937	rs5827939	AG	A	5574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=69;PP=2951;SC=CTGCTTGCCCAGGGCCGCCCT;SOR=0.731;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=112;WE=36258945;WS=36258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	36259480	.	CT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.915;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,15:0.20:75
chr19	36279862	rs59882609	AG	A	1821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=39;PP=1607;SC=ATCTGCAGAGAGGGGAACCAT;SOR=2.876;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=41;WE=36279870;WS=36279852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	36321910	rs731934	G	A	3634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=80;PP=2338;ReadPosRankSum=-1.792;SC=TCCAGGCGTCGGGGGTACCTC;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=139;TCR=140;TR=157;WE=36321918;WS=36321900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,164:0.57:288
chr19	36322270	rs2071327	C	T	5464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.981;SC=GGTCCTCTTCCGACCTTCCAG;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=521;TCF=288;TCR=233;TR=243;WE=36322278;WS=36322260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,250:0.47:531
chr19	36342103	rs412175	T	C	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=62;PP=1757;ReadPosRankSum=-1.477;SC=ACTTCCGGGTTGCGGGGTAGG;SOR=0.690;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=270;TCF=151;TCR=119;TR=136;WE=36342111;WS=36342093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,135:0.50:268
chr19	36342212	rs3814995	C	T	4242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=107;PP=2843;ReadPosRankSum=-1.413;SC=GGCCCCATCTCAGAGCGGCCG;SOR=0.698;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=470;TCF=232;TCR=238;TR=208;WE=36342220;WS=36342202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,209:0.44:480
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chr19	36351935	rs35854130	G	T	6077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.018;SC=GCGGTGGCGCGCAGGTACAGC;SOR=0.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=503;TCF=265;TCR=238;TR=279;WE=36351943;WS=36351925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,283:0.55:514
chr19	36352024	rs35423326	G	A	4668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.409;SC=CCTGTCGCAGGTGCTGGGCTC;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=385;TCF=173;TCR=212;TR=214;WE=36352032;WS=36352014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,218:0.55:398
chr19	36355595	rs382789	A	G	5628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=107;NR=96;PP=2965;SC=TCTGGAGGAGAAAGGGACTCT;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=107;TCR=96;TR=203;WE=36355603;WS=36355585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	36363470	rs230261	G	A	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1248;ReadPosRankSum=0.800;SC=GGTTCCTGAGGGCCAAGATGG;SOR=0.404;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=140;TCF=92;TCR=48;TR=79;WE=36363478;WS=36363460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr19	36365368	rs230263	C	A	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.657;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=707;ReadPosRankSum=0.805;SC=TTTGACCCATCTTCTCCTCTC;SOR=0.203;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=90;TCF=72;TCR=18;TR=45;WE=36365376;WS=36365358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr19	36365786	rs230264	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=929;ReadPosRankSum=2.189;SC=TCACATCCTTCCAGCTCCCAA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=69;WE=36365794;WS=36365776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,75:0.62:120
chr19	36369380	.	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.137;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=491;ReadPosRankSum=0.068;SC=CCCAGGAAGTTGAGGCTGCAG;SOR=1.352;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=25;WE=36369388;WS=36369370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr19	36370011	rs2227909	G	A	4506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=102;PP=2943;ReadPosRankSum=-0.587;SC=GTGAGGCTGTGTCGGGTCTGC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=194;TCR=188;TR=206;WE=36370019;WS=36370001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,214:0.55:391
chr19	36370223	rs11084834	T	G	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=78;PP=2607;ReadPosRankSum=-1.015;SC=ACACTGTCCTTTCCCTCCCCT;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=307;TCF=155;TCR=152;TR=160;WE=36370231;WS=36370213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,165:0.52:315
chr19	36370352	rs2871778	C	T	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.053;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=72;PP=1813;ReadPosRankSum=-2.498;SC=GACCCGGCCCCCTTCACCCCT;SOR=0.475;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=207;TCF=80;TCR=127;TR=122;WE=36370360;WS=36370342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,126:0.59:215
chr19	36387378	rs73590883	C	G	4569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.098;SC=GCTCTGCTCCCAGGTTCAACA;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=391;TCF=172;TCR=219;TR=204;WE=36387386;WS=36387368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,210:0.53:399
chr19	36387881	rs8113704	A	G	8485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=680;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=216;PP=2962;ReadPosRankSum=0.131;SC=AGCTCGGGCCACCTCCAGCGA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=653;TCF=271;TCR=382;TR=366;WE=36387889;WS=36387871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,381:0.56:677
chr19	36393563	.	G	A	4578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=2.146;SC=TACAGGGGATGGTAGGCAGAG;SOR=0.709;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=437;TCF=168;TCR=269;TR=212;WE=36393571;WS=36393553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,217:0.47:458
chr19	36399233	rs59399698	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=430;ReadPosRankSum=0.723;SC=TGGCAGAAGGGAGGAGGAGAC;SOR=0.529;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=36;WE=36399241;WS=36399223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr19	36430368	rs34933126	C	T	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=36;PP=1341;ReadPosRankSum=0.429;SC=CTGCCGCTGGCCCCTGCCTCA;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=111;TCR=60;TR=103;WE=36430376;WS=36430358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,106:0.60:178
chr19	36430465	rs2242590	A	C	3463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=73;PP=2185;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TGCTGTGCCCAGGGGCAGGCC;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=200;TCR=154;TR=166;WE=36430473;WS=36430455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,170:0.46:369
chr19	36430798	rs1057265	A	G	11473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=283;NR=258;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GTGCCGAGACACTGGAGGACC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1116;TCF=581;TCR=535;TR=541;WE=36430806;WS=36430788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:581,553:0.49:1134
chr19	36435936	rs144984680	CT	C	716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=770;SC=GCGCCCCCCCCTCTAAGGGTC;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=36435944;WS=36435926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	36486445	rs7249826	G	C	7911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=116;PP=2965;SC=GGCGTGGGTTGCCAGCCTGAC;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=271;TCF=155;TCR=116;TR=271;WE=36486453;WS=36486435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	36496121	rs10469279	A	G	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.59;SOR=3.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	36497358	rs2285422	C	G	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=18;PP=1309;SC=GGGGCCCCCTCTGGCCACACA;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=36497366;WS=36497348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	36499173	rs2285424	C	T	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=838;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TTGACCATCTCGGGGGGTGAG;SOR=0.827;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=71;WE=36499181;WS=36499163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,80:0.43:188
chr19	36501445	rs2073894	C	T	9849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=201;NR=154;PP=2965;SC=CTACAAGCAGCTGGGGCAGTG;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=201;TCR=154;TR=355;WE=36501466;WS=36501435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
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chr19	36515560	rs10403729	A	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=719;ReadPosRankSum=0.206;SC=AAAAGAAGGCAGGGACTCAGT;SOR=0.487;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=57;WE=36515568;WS=36515550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,60:0.39:153
chr19	36517655	rs10418015	C	T	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=76;PP=2152;SC=GTCCCCTGCGCGATAGGCCGG;SOR=2.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=19;TCR=76;TR=95;WE=36517663;WS=36517645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	36536938	rs7258807	A	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=37;PP=1124;SC=AAACTATGGTAATGTGGTTTG;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=36536946;WS=36536928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	36550723	.	C	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=674;ReadPosRankSum=0.387;SC=GAATTCTCAGCGTAAACACCT;SOR=0.652;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=65;TCR=12;TR=41;WE=36550731;WS=36550713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr19	36558113	rs12608517	T	C	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=6;PP=902;SC=AGACTTGGAGTGGGGACGAGC;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=36558121;WS=36558103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	36574063	rs45567532	C	T	7197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=145;PP=2965;SC=CACCCATGGACGTGAAAGCCG;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=114;TCR=145;TR=259;WE=36574071;WS=36574053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	36577579	rs4806263	C	T	5776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=133;NR=66;PP=2965;SC=CTCATTCTCTCCTCTCACAGG;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=133;TCR=66;TR=199;WE=36577587;WS=36577569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	36583651	rs61494900	G	A	13813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=220;NR=269;PP=2965;SC=AGCACTTGCTGGAGATTGACC;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=489;TCF=220;TCR=269;TR=489;WE=36583659;WS=36583641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr19	36585174	rs62109756	G	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=595;SC=CTCAGGAGTCGACAGGGTGCG;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=36585182;WS=36585164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	36590329	rs2285745	T	C	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=10;PP=2658;SC=GCAGATGGCTTGGCCTTCCAC;SOR=4.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=94;TCR=10;TR=104;WE=36590337;WS=36590319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	36594063	rs17851502	C	T	10905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=164;NR=199;PP=2965;SC=TGCAGGTCCTCGCTGCAGGGA;SOR=1.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=363;TCF=164;TCR=199;TR=363;WE=36594071;WS=36594053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr19	36594659	rs2074435	A	T	18895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=272;NR=386;PP=2965;SC=GGGCTCCTGCAGCCCCCCGTG;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=659;TCF=272;TCR=387;TR=658;WE=36594668;WS=36594649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,672:1.00:672
chr19	36595436	rs1008328	A	C	11678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=255;NR=153;PP=2965;SC=TTGGTCTGTTACAGGGCAGCC;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=408;TCF=255;TCR=153;TR=408;WE=36595444;WS=36595426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr19	36603703	rs2072605	T	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=631;ReadPosRankSum=-0.086;SC=CCAGGGGCCCTGGGACGCTGG;SOR=1.148;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=43;WE=36603711;WS=36603693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr19	36605647	rs2227260	T	C	10911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=211;PP=2965;ReadPosRankSum=1.254;SC=AGGGGTTAGTTCTGGAGCCAT;SOR=0.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=410;TCF=198;TCR=212;TR=408;WE=36605655;WS=36605637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,412:1.00:413
chr19	36605794	rs2231568	C	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=44;PP=1226;SC=CCCAGCCTTCCGCGCTTGCTC;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=53;WE=36605802;WS=36605784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	36606379	rs199646187	C	CCAG	1679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=1059;ReadPosRankSum=-2.525;SC=GGCTGATAGCCCAGCAGCAGC;SOR=0.928;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=21;WE=36606387;WS=36606369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,42:0.52:81
chr19	36612396	rs2075474	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.160;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=824;ReadPosRankSum=-1.930;SC=CCCGGCCGACACCCCAACTGA;SOR=1.113;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=70;WE=36612404;WS=36612386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,79:0.41:194
chr19	36633277	rs2075475	C	G	4981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.837;SC=CCTGCCAAGGCCTCTTCGAGG;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=615;TCF=340;TCR=275;TR=251;WE=36633285;WS=36633267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,261:0.42:619
chr19	36640327	rs17880878	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=105;ReadPosRankSum=-1.323;SC=GCCAATACCTGGAAAGCACTT;SOR=0.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=8;WE=36640335;WS=36640317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr19	36640569	rs200436917	C	T	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=53;PP=1627;ReadPosRankSum=-1.539;SC=GTATGGGTGCCTGGGAGGACC;SOR=0.565;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=210;TCF=100;TCR=110;TR=107;WE=36640577;WS=36640559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,109:0.50:217
chr19	36640769	rs14100	T	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=48;PP=1247;SC=GCCCCCTCACTGCCTTGCTAT;SOR=1.552;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=73;WE=36640777;WS=36640759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	36642310	rs2008683	T	C	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=18;PP=2774;SC=CAGCCACCTCTTACTCTGGGT;SOR=3.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=92;TCR=18;TR=110;WE=36642318;WS=36642300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	36642561	.	G	GC	1051.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=65.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.535;QD=5.54;ReadPosRankSum=2.740;SOR=4.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,56:0.29:190
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chr19	36674305	rs4805162	A	G	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=70;PP=2530;ReadPosRankSum=-1.358;SC=ACCAGTGTGAATTTTCTGATG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=203;TCR=147;TR=167;WE=36674313;WS=36674295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,165:0.46:355
chr19	36685310	rs2287897	C	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
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chr19	36685753	rs7259854	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=358;ReadPosRankSum=1.518;SC=TTGACCCAGGAGCTCTGGAAG;SOR=2.200;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=17;WE=36685761;WS=36685743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr19	36686103	rs114258457	T	G	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=55;PP=1262;ReadPosRankSum=0.240;SC=AGAAACTTTTTTCATTTATTA;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=72;TCR=124;TR=86;WE=36686111;WS=36686093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,90:0.43:207
chr19	36686205	rs56206115	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=-0.651;SC=TTAACAAGGTGTACCCTGTTT;SOR=0.264;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=12;WE=36686213;WS=36686195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr19	36727365	rs2070132	G	A	4084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=87;PP=2876;ReadPosRankSum=-0.779;SC=AGCCAGCAGAGAATTTACAGT;SOR=0.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=419;TCF=225;TCR=194;TR=187;WE=36727373;WS=36727355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,191:0.45:427
chr19	36728290	rs4806293	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=441;ReadPosRankSum=1.443;SC=TGCCCCAGAAATAATCCTTCT;SOR=0.194;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=24;WE=36728298;WS=36728280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr19	36896668	rs142442911	GTAAT	G	718.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.31;MQRankSum=0.920;NF=3;NR=14;PP=738;ReadPosRankSum=-0.276;SC=TGTCAAAACAGTAATTAATAA;SOR=0.077;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=17;WE=36896679;WS=36896658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr19	36900778	rs2271842	A	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.927;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=276;ReadPosRankSum=0.567;SC=ATCTAGGGAGAGGAAAACAAG;SOR=0.504;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=29;WE=36900786;WS=36900768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr19	36940760	rs2967532	G	T	16586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=284;NR=308;PP=2965;SC=TTAAACTGCCGATTACATTCC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=593;TCF=284;TCR=309;TR=592;WE=36940768;WS=36940750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,616:1.00:616
chr19	36940965	rs2912441	A	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=544;SC=CAAAACTTCAATCAATATGGG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=36940973;WS=36940955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	36963637	rs2967539	C	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=706;SC=AGGAGAAAAGCAGGCAAAGTG;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=36963645;WS=36963627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	36964376	rs2967540	C	T	8833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=191;PP=2965;SC=ACAATAACCACGTATATGACT;SOR=1.211;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=318;TCF=127;TCR=191;TR=318;WE=36964384;WS=36964366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr19	36967352	rs150830509	T	TTTTC	2019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=7;PP=1772;SC=AAGGTGTTGTTTTTCTAACAT;SOR=2.687;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=33;WE=36967360;WS=36967342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	36981218	rs2967473	G	A	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=111;PP=2965;SC=AATGAGTGGGGCAGGAAGTAA;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=77;TCR=111;TR=188;WE=36981226;WS=36981196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	37004938	rs2967505	T	C	4746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=49;PP=2965;SC=TAATGTGATGTGACTTTTGGC;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=110;TCR=49;TR=159;WE=37004946;WS=37004928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	37039069	rs2912444	A	C	14049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=267;NR=236;PP=2965;SC=GGTCCTTGTAAGTCAATCTTG;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=505;TCF=268;TCR=237;TR=503;WE=37039077;WS=37039054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr19	37064240	rs2967442	A	G	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=40;PP=2407;SC=CGCGGCCCTGAGGCCTGTGGG;SOR=1.510;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=87;TCR=40;TR=127;WE=37064248;WS=37064230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	37064267	rs3096618	C	T	5178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=113;NR=69;PP=2965;SC=AGTCCAACAACGAAAGAGCCC;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=113;TCR=70;TR=182;WE=37064275;WS=37064257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	37065914	rs3108597	G	A	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=687;SC=AGTTTGCTTTGCTATGTTTGT;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=37065922;WS=37065904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	37068081	rs2912410	G	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=437;SC=GGGCTGGTCTGGAACTCCTGA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=37068089;WS=37068071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	37068235	rs3108598	T	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=367;ReadPosRankSum=-1.136;SC=GGTCCTCCCATGTTACATTGT;SOR=0.751;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=37;WE=37068243;WS=37068225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr19	37101042	rs139700097	G	C	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.065;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=46;PP=1064;ReadPosRankSum=-1.277;SC=TCAGGGATTAGAGGTGATTAT;SOR=1.183;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=132;TCF=30;TCR=102;TR=56;WE=37101050;WS=37101032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,59:0.44:135
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chr19	37241141	rs1673082	A	G	10727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=187;NR=186;PP=2965;SC=GTTGAATAAGATGTGCAGACG;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=374;TCF=188;TCR=186;TR=373;WE=37241149;WS=37241131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
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chr19	37465414	rs1375477	A	G	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=87;PP=2065;ReadPosRankSum=1.535;SC=ACTGGTTTTCAGGACAGTGTC;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=246;TCF=84;TCR=162;TR=131;WE=37465422;WS=37465404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,133:0.53:253
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chr19	37482151	rs1667354	A	G	12251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=205;NR=220;PP=2965;SC=GCTCAGAAGGATTTGTACCGA;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=427;TCF=206;TCR=221;TR=425;WE=37482159;WS=37482141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
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chr19	37482772	rs1644682	G	A	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	37482803	rs78428491	T	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=457;ReadPosRankSum=2.033;SC=ACTTAGCTCATCTGTGAGAAG;SOR=1.244;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=28;WE=37482825;WS=37482793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr19	37482817	rs2547049	G	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=37;PP=1171;SC=TGAGAAGGCAGCACTTCAGGG;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=37482825;WS=37482793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr19	37487873	rs1667364	C	A	9529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	37487975	rs16971886	G	A	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=66;PP=1893;ReadPosRankSum=-0.714;SC=AAGGCTTTTCGTTATGACACA;SOR=0.703;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=336;TCF=172;TCR=164;TR=145;WE=37487983;WS=37487965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,152:0.43:350
chr19	37488055	rs10405238	T	G	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=61;PP=2207;ReadPosRankSum=-1.223;SC=TGGAAAGGTGTACAGTTGTGC;SOR=0.665;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=244;TCF=124;TCR=120;TR=127;WE=37488063;WS=37488045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,134:0.51:262
chr19	37488197	rs1345748	G	A	8362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=156;NR=135;PP=2965;SC=GAGAAACCCTGTAAGTGTAAG;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=156;TCR=135;TR=291;WE=37488205;WS=37488187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	37488299	rs1363752	A	G	11774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=206;NR=197;PP=2965;SC=AAGGAATGTGAAAAGGCCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=403;TCF=206;TCR=197;TR=403;WE=37488307;WS=37488289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr19	37488472	rs1644698	C	G	9454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
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chr19	37488499	rs1667366	T	C	8446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=90;PP=2965;SC=AGAACTTAGTTGACACCAGAA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=179;WE=37488507;WS=37488489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	37488565	rs3745770	C	G	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=732;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GGCCTTCATTCGGGCCTCACA;SOR=0.733;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=53;WE=37488573;WS=37488555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,56:0.35:161
chr19	37488677	rs3833257	G	GA	1194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.323;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=573;ReadPosRankSum=-1.170;SC=TACTGATTTGGAAAAAAAAAC;SOR=1.213;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=28;WE=37488685;WS=37488667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
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chr19	37605917	rs7258360	G	A	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.025;NF=59;NR=29;PP=1214;ReadPosRankSum=-1.608;SC=GAATTTTAATGGAGCTAAGAG;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=193;TCF=132;TCR=61;TR=88;WE=37605925;WS=37605907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,97:0.48:201
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chr19	37642917	rs77675231	G	A	5551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=-0.769;QD=16.38;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,150:0.44:339
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chr19	37643522	rs61733481	C	T	5138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.573;NF=108;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.398;SC=ATTTGATGTGCAATCAAGTGT;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=533;TCF=235;TCR=298;TR=241;WE=37643530;WS=37643512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,248:0.45:554
chr19	37643777	rs16972020	C	T	5113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.660;NF=124;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=1.269;SC=TTATGTGTAACGAGGTTGGAA;SOR=0.514;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=518;TCF=281;TCR=237;TR=241;WE=37643785;WS=37643767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,239:0.46:519
chr19	37644051	rs57916401	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.617;NF=32;NR=35;PP=1106;ReadPosRankSum=-1.592;SC=TTTGTGTGAATGCTTTGCCAC;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=87;TCR=92;TR=67;WE=37644059;WS=37644041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,71:0.38:188
chr19	37676528	rs75662394	G	A	5209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.901;NF=110;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TCCCACACTCGGCACACACAT;SOR=0.764;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=479;TCF=240;TCR=239;TR=230;WE=37676536;WS=37676518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,238:0.48:493
chr19	37677748	rs45626541	T	A	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.183;NF=49;NR=37;PP=1309;ReadPosRankSum=1.840;SC=TTCTCATGTATACTGAGATCT;SOR=0.797;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=86;WE=37677756;WS=37677738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,90:0.46:196
chr19	37689998	rs12459637	C	T	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=49;PP=1423;ReadPosRankSum=0.096;SC=CTTTATCATACACTTGTATAG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=128;TCR=106;TR=109;WE=37690006;WS=37689988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,119:0.46:256
chr19	37690375	rs73023557	C	T	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=23;PP=1314;ReadPosRankSum=0.432;SC=TACAGTGAGCCGTGATTGCAC;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=109;TCR=46;TR=80;WE=37690383;WS=37690365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,87:0.54:161
chr19	37690420	rs1234250	C	T	7178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=144;NR=112;PP=2965;SC=AGTGAGACCCCGTTTCAAAAA;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=257;TCF=144;TCR=113;TR=256;WE=37690428;WS=37690410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr19	37721404	rs56895666	T	TA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=10.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.733;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.792;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr19	37726433	rs320880	G	A	3020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=39;PP=2080;ReadPosRankSum=-1.304;SC=CAAGTAATACGTATGTTTATT;SOR=1.033;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=213;TCF=142;TCR=71;TR=127;WE=37726441;WS=37726423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,131:0.59:223
chr19	37835668	rs116402786	G	A	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1492;ReadPosRankSum=0.474;SC=CGGGGCTGGAGGAATAACGGT;SOR=0.851;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=205;TCF=86;TCR=119;TR=94;WE=37835676;WS=37835658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,98:0.46:214
chr19	37854580	rs3745764	C	T	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=76;PP=2041;ReadPosRankSum=-3.636;SC=CACCAGAGGACACATTCAGGA;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=378;TCF=187;TCR=191;TR=147;WE=37854588;WS=37854570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,152:0.40:381
chr19	37864925	rs61161652	A	AC	1960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=13;PP=1732;SC=CCACCCCGCCACCCTGGCCAG;SOR=2.001;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=42;WE=37864933;WS=37864915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	37879852	rs376931538	C	CTGTG	5122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=2915;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TGGAGAAAAACCATATGCATG;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=46;TCR=101;TR=60;WE=37879870;WS=37879842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,127:0.50:252
chr19	37879854	rs200420244	AT	A	5122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.381;SC=GAGAAAAACCATATGCATGCA;SOR=0.724;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=42;TCR=96;TR=60;WE=37879870;WS=37879842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,127:0.50:252
chr19	37918609	rs7254009	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=215;SC=AATCATGATGCTTGCAATAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=37918617;WS=37918599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	37958983	.	T	TTG	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr19	37966661	rs1236810	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=-0.015;SC=CCCTGAGTACAAATATGATAA;SOR=1.048;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=15;WE=37966669;WS=37966651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr19	38046946	rs112514764	C	A	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1151;ReadPosRankSum=1.229;SC=TTTTTCTGCACCTTTGGAGCT;SOR=1.069;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=152;TCF=95;TCR=57;TR=79;WE=38046954;WS=38046936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,81:0.50:161
chr19	38077661	rs8111055	G	A	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=67;PP=1481;ReadPosRankSum=-1.278;SC=ACAAGGAAAAGAAGCCACAAG;SOR=0.958;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=214;TCF=76;TCR=138;TR=99;WE=38077669;WS=38077650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,101:0.45:222
chr19	38135403	rs2972458	T	C	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=80;NR=17;PP=2199;SC=CCACTGCACTTCAGCCTGGTG;SOR=2.488;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=80;TCR=17;TR=97;WE=38135411;WS=38135393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	38135444	rs71298747	C	CAAAAAG	8903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.504;NF=87;NR=61;PP=2906;ReadPosRankSum=-1.449;SC=TGGAAAAAAACAAAGACAGCC;SOR=1.529;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=102;TCR=71;TR=148;WE=38135453;WS=38135434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,291:0.99:293
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chr19	38161070	rs73037036	A	T	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=595;ReadPosRankSum=0.259;SC=CTGATGTTTCATATGATTTGT;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=32;WE=38161078;WS=38161060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr19	38184262	rs17246792	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=741;ReadPosRankSum=-1.574;SC=GAGGGTTTCCCGGTGGCCCTC;SOR=0.466;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=52;WE=38184270;WS=38184252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr19	38189440	rs958305	T	C	15425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=247;NR=298;PP=2965;SC=TTCAAAGGGTTTCTTACCACT;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=545;TCF=247;TCR=298;TR=545;WE=38189448;WS=38189430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr19	38189616	rs2075284	T	C	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=76;PP=2791;SC=GTTTCTCTCCTGTATGAATTC;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=154;WE=38189624;WS=38189606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	38190845	rs5827990	GT	G	597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=603;SC=AAATGTCAATGTTATTGTAGA;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=38190853;WS=38190835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	38202515	rs12461753	G	A	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=4.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.712;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,112:0.42:264
chr19	38202515	.	GA	AC	1166	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=58;NR=41;PP=1166;QD=12.3178573218;SC=ACTTACATAGGACATGGTTTG;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=252;TCF=158;TCR=94;TR=99;WE=38202524;WS=38202505;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:153,99:0.39:252
chr19	38202516	rs2909097	A	C	9310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=155;NR=95;PP=2594;SC=CTTACATAGGACATGGTTTGA;SOR=1.272;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=254;TCF=158;TCR=96;TR=250;WE=38202524;WS=38202505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr19	38229378	rs1291	G	A	7200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=83;PP=2965;SC=TGGCGCGCTCGTACTCTTTAC;SOR=1.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=171;TCR=83;TR=254;WE=38229386;WS=38229368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr19	38229824	rs3095726	T	C	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=39;PP=2106;SC=TAGGGTTTCATACCAGTATGA;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=104;WE=38229832;WS=38229814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	38230720	rs3752365	C	G	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1314;ReadPosRankSum=1.144;SC=AAAGGCCTTCCCACACTGCCT;SOR=0.229;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=162;TCF=64;TCR=98;TR=88;WE=38230728;WS=38230710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,91:0.54:167
chr19	38375666	rs73027451	C	T	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=65;PP=1949;ReadPosRankSum=0.182;SC=GATCCCATACCGGGCAATGCC;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=301;TCF=161;TCR=140;TR=141;WE=38375674;WS=38375656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,154:0.47:325
chr19	38376485	rs10408510	T	A	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=60;PP=1908;ReadPosRankSum=-0.730;SC=AATGGCTTCATGTTTGGCCAG;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=313;TCF=156;TCR=157;TR=123;WE=38376493;WS=38376475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,126:0.39:322
chr19	38377409	rs7252765	A	T	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.70;SOR=2.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	38377564	rs7253969	T	C	10274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=960;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=249;NR=215;PP=2962;ReadPosRankSum=0.606;SC=AAAACTTTTCTTTTGGTTTGT;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=931;TCF=512;TCR=419;TR=464;WE=38377572;WS=38377554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:479,474:0.50:953
chr19	38378539	rs10422056	G	C	6679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CCAGTATCTTGTTGAACATTC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=539;TCF=229;TCR=310;TR=280;WE=38378547;WS=38378529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,295:0.52:569
chr19	38379446	rs6508750	C	T	6437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.205;SC=TTTTTCAGCTCGGGCTCGTTT;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=628;TCF=326;TCR=302;TR=303;WE=38379454;WS=38379422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,304:0.48:628
chr19	38381043	rs34144200	T	TA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.787;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr19	38382328	rs953370	C	T	4729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=121;PP=2927;ReadPosRankSum=1.918;SC=AAGAAAAAGCCGGCTTTTCAT;SOR=0.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=488;TCF=232;TCR=256;TR=222;WE=38382336;WS=38382318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,228:0.46:497
chr19	38384399	rs185192747	G	A	3722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.652;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=79;PP=2487;ReadPosRankSum=1.716;SC=CTGGGCCAAAGTGCAGTGATG;SOR=0.399;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=301;TCF=139;TCR=162;TR=160;WE=38384407;WS=38384389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,165:0.54:306
chr19	38384421	rs3894129	C	G	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=2003;ReadPosRankSum=-1.536;SC=GTCCAGAATGCCTATGAGTCT;SOR=0.979;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=266;TCF=124;TCR=142;TR=120;WE=38384429;WS=38384411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,122:0.44:275
chr19	38597326	rs1654370	C	T	2844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-6.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=101;PP=2081;ReadPosRankSum=0.698;SC=GTTGGCTGCCCACCCACCAGC;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=41;TCR=183;TR=124;WE=38597347;WS=38597316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,125:0.54:231
chr19	38621473	rs861304	G	A	4930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=120;PP=2965;SC=CTGGCATGAGGCCTCCCTGGC;SOR=1.947;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=49;TCR=121;TR=169;WE=38621481;WS=38621463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	38633159	rs2304132	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.083;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=534;ReadPosRankSum=-0.846;SC=CCTCCCAGGGCAGGGGTACCC;SOR=0.267;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=34;WE=38633167;WS=38633149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr19	38652993	rs332864	C	T	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=51;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.650;SC=GCAAAGATTCCCCCAACAGGC;SOR=0.549;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=168;TCF=65;TCR=103;TR=85;WE=38653001;WS=38652983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,84:0.48:174
chr19	38673126	rs3833273	GT	G	1335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=608;ReadPosRankSum=0.427;SC=AATGGATTTGGTTTTTTTTAT;SOR=0.457;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=40;WE=38673134;WS=38673103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,64:0.50:128
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chr19	38709568	rs2255456	C	T	7006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=0.941;SC=GAGGTGGGCCCACCTGACAGT;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=738;TCF=401;TCR=337;TR=344;WE=38709576;WS=38709558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,351:0.47:754
chr19	38755744	rs117631419	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=2.044;SC=ACTGGGGGCTACTTGATGGCG;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=7;WE=38755752;WS=38755734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr19	38794974	rs117478214	C	T	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1380;ReadPosRankSum=-0.481;SC=GGACTCAAGCCCAGAAGCTGC;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=111;TCR=93;TR=93;WE=38794982;WS=38794964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,106:0.49:216
chr19	38796286	rs77027192	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=1.212;SC=CTGCAGCCTCAGGTTTCTGCT;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=38796294;WS=38796276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr19	38817110	rs7250755	A	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.911;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=768;ReadPosRankSum=-1.725;SC=AGGATCACTTAGGTCCAGGAG;SOR=0.052;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=80;TCF=73;TCR=7;TR=40;WE=38817118;WS=38817100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr19	38910787	rs41465445	C	T	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1310;ReadPosRankSum=1.568;SC=GAAGAGTCTCCCAGTCTTCTC;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=173;TCF=81;TCR=92;TR=85;WE=38910795;WS=38910777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,89:0.50:179
chr19	38912597	rs4310986	G	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=29;PP=1557;SC=CTGCTGGGGAGAGGACACTTA;SOR=1.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=84;WE=38912605;WS=38912587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	38912764	rs892055	A	G	7293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=101;PP=2965;SC=TCGCCCTCCTATTTTTCCGGT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=140;TCR=101;TR=241;WE=38912772;WS=38912754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr19	38935280	rs2229139	A	G	4211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.834;NF=96;NR=67;PP=2344;ReadPosRankSum=0.713;SC=TGCAGACACTATGGAACATGA;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=357;TCF=214;TCR=143;TR=163;WE=38935288;WS=38935270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,194:0.50:385
chr19	38935350	rs35018208	T	TC	8039.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.13;MQRankSum=2.842;NF=25;NR=113;PP=2972;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TAAATGGAGATCCCCCCAAAA;SOR=0.738;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=408;TCF=81;TCR=327;TR=138;WE=38935362;WS=38935340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,334:0.47:712
chr19	38939408	rs10406027	T	C	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=759;ReadPosRankSum=-2.534;SC=TCACCTATGCTGCTCCAGACC;SOR=0.563;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=71;WE=38939416;WS=38939398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,72:0.52:138
chr19	38939505	rs4476278	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=-1.124;SC=ATCGCTTGAGTCCAGGAGGTC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=18;WE=38939513;WS=38939495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr19	38942714	rs4802469	G	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=384;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GGATCGCTTGGGCCCAGGAGC;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=19;WE=38942722;WS=38942704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr19	38943728	rs12460768	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=569;ReadPosRankSum=0.895;SC=GGGCCACGGCGCTGGGCGGGG;SOR=1.056;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=33;WE=38943736;WS=38943718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr19	38945851	rs7254832	T	C	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=23;PP=1056;ReadPosRankSum=2.312;SC=CCTATTGTGATGCCTCTTATT;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=147;TCF=99;TCR=48;TR=74;WE=38945867;WS=38945841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,73:0.49:148
chr19	38946182	rs2288888	G	A	5429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=1.418;SC=TGGAGGCCTCGTCTGGTAGGA;SOR=0.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=507;TCF=215;TCR=292;TR=250;WE=38946190;WS=38946172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,256:0.49:524
chr19	38946215	rs2288889	G	C	3207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=97;PP=2049;ReadPosRankSum=-0.616;SC=GTGGGACAGAGGCTTGTGGGA;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=337;TCF=126;TCR=211;TR=151;WE=38946223;WS=38946205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,156:0.46:342
chr19	38948356	rs2071085	T	C	3108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=85;PP=2160;ReadPosRankSum=-0.819;SC=ATGGATGTCCTTTCCTTAATC;SOR=0.588;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=299;TCF=119;TCR=180;TR=144;WE=38948364;WS=38948346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,147:0.48:307
chr19	38949904	rs3745847	C	T	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=1551;ReadPosRankSum=-1.065;SC=ACGGCTGCCCCGTGCAGGGTG;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=221;TCF=119;TCR=102;TR=121;WE=38949912;WS=38949894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,126:0.55:228
chr19	38950947	rs2304147	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.421;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=13;PP=833;ReadPosRankSum=-1.512;SC=GCTTCCATGTCCCCCACTGAC;SOR=0.323;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=112;TCF=89;TCR=23;TR=56;WE=38950955;WS=38950937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,62:0.53:118
chr19	38953996	rs2304148	A	G	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=53;PP=2120;ReadPosRankSum=0.627;SC=GTGTTCTTGGAAAGAGGGGTC;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=304;TCF=184;TCR=120;TR=140;WE=38954004;WS=38953986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,148:0.47:315
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chr19	39191544	rs73038909	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.333;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=240;ReadPosRankSum=-0.569;SC=ACCTGCTTTTGGAGAACAGAG;SOR=1.123;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=15;WE=39191552;WS=39191534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr19	39195558	rs2287728	C	T	5170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.752;SC=CCCTCTGCCCCCTTCCCTGTG;SOR=0.544;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=494;TCF=305;TCR=189;TR=244;WE=39195566;WS=39195548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,245:0.49:505
chr19	39196736	rs11553600	G	A	3525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=71;PP=2325;ReadPosRankSum=1.595;SC=AGACAGCCCCGTATAAGAACG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=191;TCR=148;TR=163;WE=39196744;WS=39196726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,169:0.48:351
chr19	39200843	rs12984794	C	T	4645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=101;PP=2957;ReadPosRankSum=-2.455;SC=CAGTGAGTGACGCCTCCACCC;SOR=0.532;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=425;TCF=241;TCR=184;TR=218;WE=39200858;WS=39200833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,226:0.51:440
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chr19	39214411	rs62120068	C	T	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=78;PP=1908;ReadPosRankSum=-1.145;SC=CCTGCTGCCCCGGGGCTGGTG;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=226;TCF=80;TCR=146;TR=117;WE=39214419;WS=39214401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,125:0.51:244
chr19	39215172	rs12986337	T	C	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.521;NF=81;NR=75;PP=1615;ReadPosRankSum=0.293;SC=GCCAGGCCAATGTTGTGGGGC;SOR=0.629;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=353;TCF=175;TCR=178;TR=156;WE=39215180;WS=39215162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,169:0.46:365
chr19	39218694	rs12981131	A	G	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=956;ReadPosRankSum=-1.258;SC=CCAGCGGACCATGGCATTAAC;SOR=0.566;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=186;TCF=92;TCR=94;TR=78;WE=39218717;WS=39218684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,80:0.43:186
chr19	39219124	rs12975079	T	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=201;ReadPosRankSum=0.621;SC=CTCCAGAGCTTCCTCGTCCTC;SOR=0.622;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=14;WE=39219132;WS=39219114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr19	39219780	rs1136956	T	C	14677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=264;NR=267;PP=2965;SC=CTTCAAGGTCTTAGCAGGGGA;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=531;TCF=264;TCR=267;TR=531;WE=39219788;WS=39219770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr19	39221715	rs141208726	CCCATGCCCCA	C	3083.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.843;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.872;NF=8;NR=38;PP=2973;ReadPosRankSum=-1.208;SC=ACCCCTTCCCCCCATGCCCCA;SOR=0.974;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=46;WE=39221732;WS=39221705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,81:0.54:150
chr19	39224413	rs4801861	A	G	11239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=1.007;SC=CGAACTTGTTAAATATGGCCT;SOR=0.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=396;TCF=188;TCR=208;TR=395;WE=39224421;WS=39224403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,411:1.00:412
chr19	39224902	rs35807146	G	A	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=67;PP=2066;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GGGGAGGAGAGACCCCAACGT;SOR=0.918;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=349;TCF=187;TCR=162;TR=153;WE=39224910;WS=39224892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,156:0.44:358
chr19	39224934	rs62120072	C	T	3686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=79;PP=2284;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CTCCCTCCCTCACCCAGGCAC;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=389;TCF=212;TCR=177;TR=182;WE=39224954;WS=39224924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,188:0.47:401
chr19	39225046	rs45599933	G	A	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.772;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=52;PP=1089;ReadPosRankSum=0.106;SC=GAAAAACAAAGTCAAACCACA;SOR=1.446;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=137;TCF=34;TCR=103;TR=64;WE=39225054;WS=39225036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr19	39226648	.	AGGTCTCGGG	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr19	39226927	rs62120074	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=179;ReadPosRankSum=-1.445;SC=CAGGAGCGCATGGCTGCGCGG;SOR=0.818;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=16;WE=39226935;WS=39226917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
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chr19	39229316	rs12983550	A	G	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=50;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.570;SC=TGGTGAGGCCAAGGTAGGGGA;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=81;TCR=121;TR=85;WE=39229324;WS=39229306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,91:0.43:213
chr19	39230748	rs34911882	C	G	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=31;PP=1614;ReadPosRankSum=0.815;SC=GGGCAGAGAACAGCCCCATGC;SOR=0.993;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=219;TCF=144;TCR=75;TR=101;WE=39230756;WS=39230738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,106:0.45:235
chr19	39232968	.	CA	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr19	39233146	rs936524	A	G	6054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=134;PP=2965;SC=GGGAGGCGGCAGCTGCAAGGA;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=79;TCR=134;TR=213;WE=39233154;WS=39233136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	39233221	rs1106372	G	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=724;ReadPosRankSum=1.463;SC=GGCCTGGTGCGGTGGCTCATG;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=36;WE=39233229;WS=39233211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr19	39234511	rs4802775	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=400;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CCCAGGAGTCCATGCCTCCAG;SOR=0.174;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=28;WE=39234519;WS=39234501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr19	39279713	rs4802853	A	G	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=97;SC=CGCCACTCCCACTTCGCCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=39279721;WS=39279703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	39297007	rs74176466	C	CA	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.754;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr19	39299280	.	A	AAAAG	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	39306425	rs2075588	A	C	6509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.021;SC=ATAAAGCATGAGAGCACCCTG;SOR=0.857;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=615;TCF=267;TCR=348;TR=315;WE=39306433;WS=39306415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,320:0.51:631
chr19	39307925	rs2287953	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=465;ReadPosRankSum=0.257;SC=ACCTGGGGAGCACCCGAGCAG;SOR=0.879;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=26;WE=39307933;WS=39307915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr19	39322087	rs9419	T	G	4622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TCCGGAAGCCTCCTCTTGTGC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=393;TCF=167;TCR=226;TR=207;WE=39322095;WS=39322077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,214:0.52:410
chr19	39328145	rs2278010	A	C	4156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=85;PP=2659;ReadPosRankSum=-1.534;SC=GGGGAAAAGTAAAGGTTTTAG;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=339;TCF=175;TCR=164;TR=180;WE=39328153;WS=39328135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,193:0.53:364
chr19	39330868	.	T	G	371	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=15;MQ=57.45;NF=0;NR=27;PP=371;QD=15.0285634277;SC=GGGGAGGGGGTGGGGGGTGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=27;WE=39330876;WS=39330858;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:43,27:0.39:70
chr19	39334811	rs2278011	T	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=52;PP=1204;ReadPosRankSum=-1.089;SC=TACCCCAGAGTGTGATAAGGA;SOR=1.572;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=121;TCF=36;TCR=85;TR=67;WE=39334819;WS=39334801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,68:0.54:126
chr19	39334830	rs2278012	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=746;ReadPosRankSum=0.945;SC=GACAAGGTAGCACCCCAAGAC;SOR=1.928;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=90;TCF=22;TCR=68;TR=46;WE=39334838;WS=39334820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr19	39338125	rs862454	G	A	3701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=82;PP=2156;ReadPosRankSum=0.158;SC=ACAAGATGACGCCCCACTGGC;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=153;TCR=163;TR=158;WE=39338133;WS=39338115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,173:0.52:332
chr19	39338142	rs862455	A	G	3241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=71;PP=2037;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TGGCCTCTGTACTGTTGTAGA;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=129;TCR=147;TR=135;WE=39338150;WS=39338132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,149:0.51:293
chr19	39360720	rs8110393	G	A	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.263;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=80;PP=1949;ReadPosRankSum=-0.650;SC=GGCGGGGGCGGGGCTCTGCCC;SOR=0.392;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=232;TCF=59;TCR=173;TR=112;WE=39360728;WS=39360710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,117:0.49:240
chr19	39361658	rs8100220	G	C	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=61;PP=2326;ReadPosRankSum=-1.834;SC=GCATTCGGTCGCCTAGAACAG;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=260;TCF=141;TCR=119;TR=128;WE=39361666;WS=39361648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,128:0.48:264
chr19	39364415	rs6508823	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=-1.316;SC=ATCCACCCGCCTCGACCTACC;SOR=0.264;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=13;WE=39364423;WS=39364405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr19	39366899	rs1529713	A	G	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=43;PP=1501;ReadPosRankSum=-2.074;SC=AATTTGTGTCATGTTTGTCAC;SOR=0.595;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=245;TCF=159;TCR=86;TR=115;WE=39366907;WS=39366889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,119:0.47:254
chr19	39367111	rs1001413	T	C	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1470;ReadPosRankSum=-1.315;SC=TCTGCTTTGTTCACCTGTGGT;SOR=0.825;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=175;TCF=72;TCR=103;TR=89;WE=39367119;WS=39367101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,93:0.51:184
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chr19	39398416	rs3136642	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=693;ReadPosRankSum=0.250;SC=GAACTCAGGCAGCAGCGCCAG;SOR=1.001;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=36;WE=39398424;WS=39398406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
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chr19	39409236	rs11083489	C	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=418;ReadPosRankSum=0.567;SC=TTTTACAGTCCCAACCCCAGC;SOR=0.726;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=135;TCF=55;TCR=80;TR=39;WE=39409244;WS=39409226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,39:0.28:140
chr19	39410986	rs12460327	C	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=409;ReadPosRankSum=-2.654;SC=GAGATAAAAACAGAGACAGGG;SOR=0.706;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=25;WE=39410994;WS=39410976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr19	39412756	rs59946162	A	AT	3495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.175;NF=36;NR=82;PP=1289;ReadPosRankSum=1.358;SC=AATAGAGCCTATTTTTTTTTT;SOR=0.772;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=329;TCF=82;TCR=247;TR=118;WE=39412764;WS=39412746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,198:0.43:462
chr19	39421388	rs730078	A	G	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=65;PP=1483;ReadPosRankSum=0.083;SC=TTGGACCGGGAACAAGGCGGC;SOR=0.945;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=175;TCF=40;TCR=135;TR=83;WE=39421396;WS=39421378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,83:0.46:179
chr19	39433299	rs8113389	A	G	4940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=104;PP=2903;ReadPosRankSum=-0.119;SC=CAAGGGCGCCATAGTGCCCCA;SOR=0.577;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=455;TCF=262;TCR=193;TR=237;WE=39433307;WS=39433289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,244:0.52:470
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chr19	39435485	rs10416055	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=304;ReadPosRankSum=-1.379;SC=AGAAGGGCTCGATACTTCTTA;SOR=0.048;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=19;WE=39435493;WS=39435475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr19	39435933	rs11672849	C	G	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=25.01;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	39437258	rs10568003	TCA	T	5189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=70;PP=2970;ReadPosRankSum=4.144;SC=GGCATTCAAGTCACAGTCAGA;SOR=0.902;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=230;TCF=54;TCR=176;TR=93;WE=39437283;WS=39437248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,140:0.39:362
chr19	39437270	rs2278412	G	A	5127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=3.427;SC=ACAGTCAGAAGCCACCTCCTC;SOR=0.855;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=328;TCF=162;TCR=166;TR=135;WE=39437283;WS=39437248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,140:0.40:350
chr19	39440918	rs2304117	T	C	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=716;ReadPosRankSum=-1.628;SC=GGGCCAGGGATGGGTCCGCCG;SOR=1.126;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=124;TCF=49;TCR=75;TR=58;WE=39440926;WS=39440908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,62:0.47:132
chr19	39440966	rs2304118	T	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=469;ReadPosRankSum=0.393;SC=CCATCTCCAGTAGCCAGAGTC;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=37;WE=39440974;WS=39440956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,43:0.41:104
chr19	39441046	rs78365239	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TTGTCCCCCAGGGCGCAAGGC;SOR=1.296;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=9;WE=39441054;WS=39441036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr19	39517715	rs57724551	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=0.283;SC=CTACCTTGTCCGAATGCCCTT;SOR=0.095;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=13;WE=39517723;WS=39517705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr19	39745628	.	A	G	3730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=66;PP=2599;ReadPosRankSum=-1.625;SC=ATATTCATTCAGAATCGGGAC;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=325;TCF=191;TCR=134;TR=173;WE=39745636;WS=39745618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,178:0.53:339
chr19	39745912	rs117772046	C	T	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.590;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=1006;ReadPosRankSum=0.507;SC=AATGACATGGCGCCGCCAGGA;SOR=1.031;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=156;TCF=64;TCR=92;TR=72;WE=39745920;WS=39745902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,78:0.45:172
chr19	39759918	rs62120533	T	G	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.119;NF=124;NR=103;PP=2845;ReadPosRankSum=1.680;SC=CCCACTCACCTGGCTCTGTAG;SOR=0.598;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=467;TCF=259;TCR=208;TR=227;WE=39759926;WS=39759908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,229:0.49:471
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chr19	39826479	rs3786949	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=0.038;SC=TCTTCCAGCCGGGCTGTTCAC;SOR=0.770;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=7;WE=39826487;WS=39826469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr19	39826597	rs251905	A	G	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=851;ReadPosRankSum=3.459;SC=CTTCCCATAGAACCCCTGGCC;SOR=0.702;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=136;TCF=85;TCR=51;TR=65;WE=39826605;WS=39826587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,70:0.49:142
chr19	39826838	rs251906	C	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=356;ReadPosRankSum=0.453;SC=ACCAGGGTTCCAAAGCTTCCT;SOR=0.385;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=22;WE=39826846;WS=39826828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr19	39870528	rs11667792	C	G	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=18;PP=1097;ReadPosRankSum=0.593;SC=AATATTTGAACAAATGAATGG;SOR=0.377;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=108;TCF=80;TCR=28;TR=59;WE=39870536;WS=39870518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr19	39888390	rs1057745	G	C	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=64;PP=1331;ReadPosRankSum=1.471;SC=GGTGTGCAAAGGGAATGAAGA;SOR=0.769;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=200;TCF=79;TCR=121;TR=104;WE=39888398;WS=39888380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,110:0.51:215
chr19	39888449	rs519575	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=694;ReadPosRankSum=2.387;SC=GCCTGAGCACCGCAGCGGGAG;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=54;WE=39888457;WS=39888439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr19	39905903	rs3859551	A	G	4616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.374;SC=TCGTGGAGGTAAGGCGGGCAG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=447;TCF=216;TCR=231;TR=210;WE=39905911;WS=39905893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,214:0.47:456
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chr19	39907036	rs2277743	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=444;ReadPosRankSum=1.793;SC=GGGGTATTGCCGAGTGCTTCG;SOR=0.414;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=31;WE=39907044;WS=39907026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr19	39907781	rs10402009	G	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=637;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GAGCCACCGCGCACAGCCCTA;SOR=3.056;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=77;TCF=9;TCR=68;TR=34;WE=39907801;WS=39907771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
chr19	39908574	rs35466645	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=373;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GTGGCTGGACCGGACCAGAGC;SOR=0.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=31;WE=39908582;WS=39908564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr19	39948871	rs376659194	CCCA	C	760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.699;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;MQRankSum=0.000;QD=29.26;ReadPosRankSum=0.401;SOR=2.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr19	39955351	rs62120671	G	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=466;ReadPosRankSum=-0.972;SC=TAAATTCCTAGAAGAGGGACT;SOR=0.234;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=28;WE=39955359;WS=39955341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr19	40009396	rs56149652	A	G	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.099;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=70;PP=2212;ReadPosRankSum=0.446;SC=CTACTGAAAAAGAGCCTGGAG;SOR=0.668;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=288;TCF=149;TCR=139;TR=150;WE=40009404;WS=40009386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,151:0.50:301
chr19	40009683	rs4802034	C	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=54;PP=1494;ReadPosRankSum=1.003;SC=GGTGGGAGACCTGTGTGCTTT;SOR=0.504;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=196;TCF=85;TCR=111;TR=98;WE=40009691;WS=40009659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,95:0.49:195
chr19	40023308	rs1123301	A	G	3179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=63;PP=2087;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GGCCTTCCCGAGCCTCCTGCA;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=305;TCF=157;TCR=148;TR=138;WE=40023316;WS=40023298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,146:0.46:318
chr19	40030541	rs3746086	T	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=348;ReadPosRankSum=-1.581;SC=CATCCGACCTTCCCTGGCCGC;SOR=0.349;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=18;WE=40030549;WS=40030531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr19	40030654	rs76765165	G	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=886;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CCGCCTGCGGGACGTCTCTGT;SOR=0.529;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=262;TCF=148;TCR=114;TR=77;WE=40030662;WS=40030639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,84:0.30:282
chr19	40093111	rs3764843	C	A	5725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=65;PP=2965;SC=GAATGAAGCCCGAGGGCAAGG;SOR=1.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=134;TCR=65;TR=198;WE=40093119;WS=40093101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	40096127	rs2233709	C	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=37;PP=1052;SC=CAGGGTCCATCTCCCATAACT;SOR=4.921;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=40096135;WS=40096117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr19	40149330	rs997104	G	C	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=60;PP=1553;ReadPosRankSum=-0.068;SC=CCAGGAGCTCGCAGTACCCAG;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=55;TCR=121;TR=86;WE=40149338;WS=40149320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,90:0.48:187
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chr19	40354067	rs2405	T	C	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=41;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.459;SC=CTTCAGCCACTGCAACCTCCA;SOR=0.517;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=225;TCF=143;TCR=82;TR=103;WE=40354075;WS=40354057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,111:0.46:242
chr19	40354576	rs2302523	C	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=43;PP=902;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GGCCACAGCCCCAGAATAGCT;SOR=0.397;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=96;TCF=10;TCR=86;TR=49;WE=40354584;WS=40354566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr19	40357247	rs887806	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=456;ReadPosRankSum=1.354;SC=AAATCCAGAGACTAAACCGCA;SOR=0.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=63;TCR=2;TR=24;WE=40357255;WS=40357237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr19	40357341	rs4436880	A	G	2860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.393;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=48;PP=1959;ReadPosRankSum=-1.202;SC=GCAAAAGCCCAGGGAGACATT;SOR=1.084;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=417;TCF=265;TCR=152;TR=152;WE=40357349;WS=40357331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,157:0.37:429
chr19	40357360	rs2075097	C	G	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.374;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=69;PP=2494;ReadPosRankSum=-1.376;SC=TTCCCTACCCCCTACTCACAA;SOR=0.978;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=497;TCF=296;TCR=201;TR=191;WE=40357368;WS=40357350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,201:0.39:516
chr19	40357683	rs759120	T	G	3327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=82;PP=2073;ReadPosRankSum=-1.449;SC=GGCAGCCAGCTGCCTGGCATG;SOR=0.414;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=278;TCF=111;TCR=167;TR=148;WE=40357691;WS=40357673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,156:0.53:293
chr19	40362573	rs10422312	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=727;ReadPosRankSum=-0.129;SC=GTGGGAGAAGAAGTTGTGTGG;SOR=0.737;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=44;WE=40362581;WS=40362563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr19	40363916	rs77005739	C	T	4125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=78;PP=2622;ReadPosRankSum=-0.060;SC=AACCAGGAGGCGTTGGAGATC;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=409;TCF=245;TCR=164;TR=194;WE=40363924;WS=40363906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,201:0.47:427
chr19	40366240	rs62106922	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.297;NF=19;NR=8;PP=374;ReadPosRankSum=0.835;SC=GCAGGCGTCCGGGCCGCCGAA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=27;WE=40366248;WS=40366230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr19	40366362	rs3855679	G	C	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.717;NF=24;NR=24;PP=716;ReadPosRankSum=-1.538;SC=CCACAGCCTTGAGGTCGTCTG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=48;WE=40366370;WS=40366352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr19	40367862	rs6508920	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.786;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.411;NF=18;NR=6;PP=306;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GACAGCTGGCTGGGCAGGGTG;SOR=1.822;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=24;WE=40367870;WS=40367852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr19	40368274	.	C	A	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=67.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQRankSum=-11.214;QD=13.53;ReadPosRankSum=-1.618;SOR=3.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,60:0.38:157
chr19	40368280	rs62106924	A	G	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=61.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQRankSum=-11.859;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=2.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,74:0.38:194
chr19	40368376	rs75204711	A	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQRankSum=-0.093;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,74:0.16:471
chr19	40368391	rs76288738	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQRankSum=-2.444;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.001;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,55:0.12:456
chr19	40368395	rs28472548	C	T	6443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.443;NF=142;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=1.608;SC=AAGAATGTCACGGTCCCCACC;SOR=0.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=470;TCF=216;TCR=254;TR=317;WE=40368403;WS=40368381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,295:0.67:438
chr19	40368498	rs12610683	AA	CC	7016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=86;PP=2947;SC=GTGCCAGATGAAAGGGGTCCG;SOR=1.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=143;WE=40368507;WS=40368488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	40368520	rs36079378	G	C	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.408;NF=20;NR=42;PP=1033;ReadPosRankSum=0.285;SC=AGAAGCCAGGGCCCTCGTACT;SOR=0.893;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=37;TCR=73;TR=62;WE=40368528;WS=40368510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,61:0.54:112
chr19	40374034	rs138587194	A	G	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.17;MQRankSum=-4.261;QD=14.36;ReadPosRankSum=2.041;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,86:0.64:135
chr19	40376261	.	A	G	232	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=44.43;NF=11;NR=1;PP=232;QD=22.2309343789;SC=GGGCTGATGAACAGTGGGAGG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=12;WE=40376269;WS=40376251;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr19	40376675	rs77872255	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=1.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.58;MQRankSum=-8.075;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:479,101:0.17:580
chr19	40382178	rs76154158	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.860;NF=17;NR=6;PP=394;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CGGGAAGGAAAGTGGCCCCTG;SOR=0.716;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=23;WE=40382186;WS=40382168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr19	40384445	.	G	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.55;MQRankSum=-1.106;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.845;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr19	40384518	rs149161739	T	C	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr19	40392280	rs371090011	C	G	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQRankSum=-0.157;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr19	40392359	rs56242719	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.83;QD=28.93;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	40392482	rs62108883	A	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=24;PP=1643;SC=GCTTGTGGCAAGAGGACAGTG;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=40392490;WS=40392472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr19	40406029	rs61735676	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=3.398;NF=32;NR=28;PP=1946;ReadPosRankSum=-1.656;SC=GCACTGCTGCCGACAGTTGTC;SOR=0.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=78;TCR=72;TR=60;WE=40406037;WS=40406009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,63:0.41:153
chr19	40408146	rs56186636	G	A	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.947;NF=27;NR=31;PP=847;ReadPosRankSum=-0.625;SC=CTGCAAGGAGGGGGTGCCGAT;SOR=0.794;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=58;WE=40408154;WS=40408136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,65:0.46:140
chr19	40408268	rs34938990	G	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.40;MQRankSum=-4.364;QD=30.03;ReadPosRankSum=1.717;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
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chr19	40408857	rs4802064	T	C	11601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=229;NR=200;PP=2965;SC=ACCTGGGAGGTGAGAGAGGCA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=430;TCF=230;TCR=200;TR=429;WE=40408865;WS=40408847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr19	40408910	rs11083544	T	C	3452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=89;PP=2423;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GGTAGGACCCTAGTTCAAGCC;SOR=0.599;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=310;TCF=131;TCR=179;TR=157;WE=40408918;WS=40408900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,162:0.51:319
chr19	40711333	rs892117	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=382;ReadPosRankSum=0.781;SC=CCTTTTTTGCATATTAAGAAA;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=22;WE=40711341;WS=40711323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr19	40719076	rs1129156	T	C	14230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=232;NR=301;PP=2965;SC=CCCCTGGCTTTGCCAGCCTCA;SOR=0.971;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=537;TCF=232;TCR=305;TR=533;WE=40719084;WS=40719066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr19	40719410	rs3746006	C	T	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=35;PP=1879;ReadPosRankSum=1.838;SC=AGTGATGGCCCTCTCCGGTTG;SOR=0.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=256;TCF=172;TCR=84;TR=113;WE=40719418;WS=40719400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,114:0.45:256
chr19	40720079	rs3746005	C	T	5351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=116;PP=2965;SC=CGCCATCGGACGGGGCGCTGG;SOR=1.226;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=72;TCR=116;TR=188;WE=40720087;WS=40720069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	40721877	rs8106744	G	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=519;SC=CATTCCCCCCGACCCCACACA;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=22;WE=40721885;WS=40721867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	40723747	rs73933218	C	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=3.495;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr19	40723844	rs79666308	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=500;ReadPosRankSum=0.848;SC=CCCATCCCCCCACCCCCCGAC;SOR=0.516;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=40;WE=40723852;WS=40723834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr19	40739513	rs33933140	A	G	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=89;PP=2207;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TAAAACCTGAATCTCCAACCG;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=361;TCF=171;TCR=190;TR=168;WE=40739521;WS=40739503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,177:0.46:382
chr19	40739721	rs2304186	G	T	4135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.363;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=106;PP=2691;ReadPosRankSum=1.205;SC=AAGTTAGGGGGAAAAAACCAC;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=416;TCF=216;TCR=200;TR=220;WE=40739729;WS=40739711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,213:0.53:403
chr19	40742105	rs2304188	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=408;ReadPosRankSum=1.393;SC=AACACACAGGTCTGGGGGATC;SOR=1.824;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=21;WE=40742113;WS=40742095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr19	40742320	rs2304189	T	C	6241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=119;PP=2965;SC=GGATCTCAGGTGCATGCTCCC;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=104;TCR=119;TR=223;WE=40742328;WS=40742310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	40770982	rs3730050	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=395;SC=GTCCACGAAATGGGGGCATAA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=40770990;WS=40770972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	40788641	rs11880261	T	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=807;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TCTGATAAGATGCGGTGGAAG;SOR=2.526;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=40;WE=40788649;WS=40788631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr19	40839664	rs8103796	A	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=2;PP=669;SC=TCTACCTTTGAAAATTACAGG;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=40839672;WS=40839654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	40872551	.	T	G	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=59;PP=1929;ReadPosRankSum=-2.484;SC=GCCAATGAGCTGCCCATGAAT;SOR=0.812;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=282;TCF=153;TCR=129;TR=136;WE=40872559;WS=40872541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,142:0.49:292
chr19	40875800	rs3745198	C	G	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.93;ReadPosRankSum=-1.905;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
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chr19	40882486	rs3745200	C	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=335;ReadPosRankSum=0.827;SC=CCTCTGCATCCTGCCCCACCT;SOR=0.415;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=23;WE=40882494;WS=40882476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
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chr19	40886993	rs11670988	C	T	5395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.160;SC=GAAGGTTAGCCGACTGGCCAC;SOR=0.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=634;TCF=317;TCR=317;TR=271;WE=40887001;WS=40886983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,276:0.43:646
chr19	40895306	rs150667354	G	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.04;MQRankSum=-0.848;NF=70;NR=30;PP=1362;ReadPosRankSum=0.482;SC=AAAAGACAAGGAACTAGGGAC;SOR=1.151;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=235;TCF=155;TCR=80;TR=100;WE=40895314;WS=40895296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,104:0.42:246
chr19	40900865	rs268674	C	T	6199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=116;NR=89;PP=2965;SC=ACCACCTGCCCGGCTGTGGAC;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=116;TCR=89;TR=205;WE=40900873;WS=40900855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	40978640	rs73931308	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=993;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GGAGCAGCCGGCTGCGTCCAC;SOR=0.443;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=123;TCF=39;TCR=84;TR=61;WE=40978648;WS=40978630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,68:0.50:137
chr19	41008049	rs814526	A	G	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=63;PP=2073;ReadPosRankSum=0.151;SC=TGGACCAGGTATTGGAGGTGG;SOR=0.590;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=252;TCF=132;TCR=120;TR=130;WE=41008057;WS=41008039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,126:0.50:253
chr19	41018832	rs814533	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=381;ReadPosRankSum=1.347;SC=GCGGGCGGCGAGCGTTGCTGC;SOR=1.059;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=26;WE=41018840;WS=41018822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr19	41021089	rs34104750	GAGA	G	1009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=586;ReadPosRankSum=0.415;SC=GCAAGTAGAAGAGAAGGAGCC;SOR=0.339;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=16;WE=41021099;WS=41021079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr19	41025243	rs814538	G	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1068;ReadPosRankSum=1.040;SC=ACCCTGGGTCGGCGGGCCCTC;SOR=0.366;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=134;TCF=93;TCR=41;TR=75;WE=41025251;WS=41025233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,79:0.56:141
chr19	41072893	rs201200184	C	CA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.39;ReadPosRankSum=-2.278;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	41074162	rs118048177	G	A	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=910;ReadPosRankSum=0.355;SC=AACAGGAGATGCCCATCAGAG;SOR=0.612;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=89;TCR=79;TR=77;WE=41074170;WS=41074152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,82:0.47:174
chr19	41082868	rs16974365	T	C	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=1.265;SC=GGGAAGTCATTCATCTGAATG;SOR=0.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=172;WE=41082876;WS=41082858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr19	41082993	rs35684786	GC	G	960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.476;NF=1;NR=30;PP=462;ReadPosRankSum=0.360;SC=GGGTTGCTCCGCCCCCCCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=31;WE=41083002;WS=41082983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr19	41083444	rs2290682	C	T	28014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=1028;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=530;NR=476;PP=2965;SC=CATCCATCCTCTGCCCCCCTT;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1007;TCF=530;TCR=477;TR=1006;WE=41083452;WS=41083434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1025:1.00:1025
chr19	41083854	rs61373446	TACAC	T	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.431;QD=20.97;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	41084471	rs3217684	A	AG	3858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=68;PP=2098;SC=AATGGAATGGAGGGGCGCGGA;SOR=1.649;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=76;TCF=3;TCR=73;TR=70;WE=41084480;WS=41084461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	41094470	rs45616834	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=14;PP=1126;ReadPosRankSum=-1.071;SC=GGCTCTGGACGGGCAGGCAGC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=91;TCR=25;TR=64;WE=41094478;WS=41094460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,69:0.57:122
chr19	41095086	.	TGAGGACAGTCCTGTCCAACAGGGAGG	T	1616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.211;ClippingRankSum=0.000;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=3.441;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,92:0.38:241
chr19	41096189	rs396118	A	G	2646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=3.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,140:0.45:308
chr19	41104977	rs55815263	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=746;ReadPosRankSum=-3.006;SC=GGAGAAGAACCTCGTTAGTCA;SOR=1.101;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=122;TCF=77;TCR=45;TR=48;WE=41104985;WS=41104967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,50:0.40:125
chr19	41111069	rs2303729	G	A	5684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=1.187;SC=GGCCCCGGCTGTACCAGGCCT;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=611;TCF=319;TCR=292;TR=286;WE=41111077;WS=41111059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,289:0.46:622
chr19	41114065	rs2303728	G	T	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=1252;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CAGAGTCTGGGCTGGCCATCG;SOR=0.594;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=123;TCR=73;TR=86;WE=41114073;WS=41114055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,90:0.45:202
chr19	41116397	rs1318544	G	A	2846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=57;PP=1930;ReadPosRankSum=-2.147;SC=TTCTCCCGGGGCTGTCTGCCC;SOR=0.762;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=278;TCF=165;TCR=113;TR=138;WE=41116405;WS=41116387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,139:0.49:282
chr19	41117624	rs2278246	T	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=434;ReadPosRankSum=-0.080;SC=ACGAGGAAGGTGTCTGTCTTC;SOR=0.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=23;WE=41117632;WS=41117615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr19	41117869	rs1131620	A	G	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=60;PP=1551;ReadPosRankSum=-1.037;SC=CCAACCCAACACTGCTGGCTC;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=246;TCF=110;TCR=136;TR=104;WE=41117877;WS=41117859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,107:0.42:255
chr19	41118056	rs1051303	A	G	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1194;ReadPosRankSum=0.120;SC=CCAGTGCAGGACCTGTCCTTC;SOR=0.352;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=85;WE=41118064;WS=41118046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,92:0.49:189
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chr19	41123093	rs59030801	A	AG	7433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=128;PP=2936;SC=CTCTGTGACCAGGTTACGAGG;SOR=1.904;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=142;TCF=7;TCR=135;TR=134;WE=41123101;WS=41123083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr19	41125159	rs7259237	A	G	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=16;PP=1014;ReadPosRankSum=-1.922;SC=TTAAATATACACATTATATTT;SOR=1.498;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=166;TCF=119;TCR=47;TR=72;WE=41125167;WS=41125149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,76:0.43:178
chr19	41125177	rs7259554	G	C	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=29;PP=1528;ReadPosRankSum=0.291;SC=TTTGAAAGCTGAGACTTTCGG;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=224;TCF=150;TCR=74;TR=97;WE=41125185;WS=41125167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,100:0.42:236
chr19	41128162	rs12979249	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=1.860;SC=GACAGAGGAGCGTGAGAGGTG;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=13;WE=41128170;WS=41128152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr19	41128309	rs10880	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=813;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TCCCCAGGCACGTTCCCAGGC;SOR=0.600;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=62;WE=41128317;WS=41128299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,74:0.45:166
chr19	41129842	rs7367	C	T	5215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.282;SC=TCTCCCTAGACAATGACGAGT;SOR=0.710;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=578;TCF=289;TCR=289;TR=265;WE=41129850;WS=41129832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,272:0.45:602
chr19	41131675	rs2278242	C	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=347;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GCAGAGGGTGCCTGGGCTGCT;SOR=0.531;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=24;WE=41131683;WS=41131665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr19	41132022	rs2278243	C	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.960;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=296;ReadPosRankSum=-1.792;SC=CAAACTCTGTCCCCTAGACCA;SOR=0.157;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=18;WE=41132030;WS=41132012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr19	41133844	rs41512448	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=267;ReadPosRankSum=0.292;SC=TAGGGGGTGCTGGTCAGGGAC;SOR=1.255;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=20;WE=41133852;WS=41133834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr19	41135475	rs1051481	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=725;ReadPosRankSum=-2.079;SC=CCCGCTGGCCGCCCACCCGCG;SOR=0.934;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=27;TCR=84;TR=52;WE=41135483;WS=41135465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr19	41188890	rs3833218	TG	T	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=3.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,49:0.14:353
chr19	41211056	rs3865452	T	C	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=36;PP=2110;SC=CTCAAAGATGTGCTGCAGCTG;SOR=1.467;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=83;TCR=36;TR=119;WE=41211064;WS=41211046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	41220218	rs113358395	G	A	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=38;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.595;SC=CGGGCCTCCCGTGCCCTGCGA;SOR=0.524;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=188;TCF=114;TCR=74;TR=93;WE=41220226;WS=41220208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,95:0.50:191
chr19	41251180	rs2369302	T	G	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=56;PP=1739;SC=CTGGGAGTGGTCGTATCCAGG;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=12;TCR=57;TR=68;WE=41251188;WS=41251170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	41255309	rs147606106	AC	A	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.503;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr19	41255500	rs2254343	C	G	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=59;PP=2255;SC=GAAGACATGACGGGGAGCAGG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=111;WE=41255508;WS=41255490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	41257176	rs1457141	G	C	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=25;PP=2171;SC=CTCCGTCCTTGCCCCTACTCC;SOR=2.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=73;TCR=25;TR=98;WE=41257184;WS=41257166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	41265201	rs736625	C	T	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=37;NR=2;PP=1002;SC=GTGATCTGCTCGCTTTAGCCT;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=41265209;WS=41265191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	41269076	rs2305797	T	C	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.239;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=46;PP=910;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TTGGGTGGTCTGGGCAGGCCC;SOR=1.347;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=125;TCF=42;TCR=83;TR=64;WE=41269084;WS=41269066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,67:0.52:129
chr19	41283365	rs2233159	C	G	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=62;PP=1853;SC=CCCTCCTTGGCTTTATGCAAA;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=106;WE=41283373;WS=41283355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	41286163	rs2287691	C	G	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=16;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CTAGGTTCTCCTTGACCTCAA;SOR=1.228;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=139;TCF=104;TCR=35;TR=72;WE=41286171;WS=41286153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,72:0.51:140
chr19	41289756	rs2287692	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=774;ReadPosRankSum=1.246;SC=GTGGGTGCCCGGGGTGGGTGG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=50;WE=41289764;WS=41289746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr19	41290078	rs182344497	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=0.319;SC=GCAGGGGAACGTGGAGGTTCA;SOR=1.309;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=22;WE=41290086;WS=41290068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr19	41306362	rs11547373	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=152;ReadPosRankSum=-2.189;SC=CCTGCCCCACGCCAGGCCCGG;SOR=0.754;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=13;WE=41306370;WS=41306352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
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chr19	41313437	rs34636581	C	T	3443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=90;PP=2146;ReadPosRankSum=-2.191;SC=GGGCAGCAGCCAAAGACAAGT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=154;TCR=186;TR=164;WE=41313445;WS=41313427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,168:0.48:350
chr19	41316355	rs41530251	T	C	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=5.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.442;NF=12;NR=58;PP=1342;ReadPosRankSum=0.342;SC=ACAGATAACATTGGATACAGC;SOR=1.388;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=155;TCF=32;TCR=123;TR=70;WE=41316363;WS=41316345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,73:0.45:161
chr19	41316370	rs11552615	T	C	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.874;NF=6;NR=45;PP=979;ReadPosRankSum=-0.151;SC=TACAGCATTATCCAGTAGCCG;SOR=0.963;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=114;TCF=15;TCR=99;TR=51;WE=41316378;WS=41316360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr19	41324832	.	T	C	172	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=50.73;NF=1;NR=15;PP=172;QD=12.9232007842;SC=TGGGGAGCGGTGGTGAGATAA;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=16;WE=41324840;WS=41324822;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:31,16:0.34:47
chr19	41327313	rs2604863	C	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.38;QD=23.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	41349640	rs7248240	G	C	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=10;PP=2540;SC=TCCCAAGCCCGGTCTTGGCCC;SOR=3.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=92;TCR=10;TR=102;WE=41349648;WS=41349630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	41349786	rs145014075	G	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=862;ExcessHet=3.0103;FS=1.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.53;MQRankSum=-11.439;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:702,160:0.19:862
chr19	41350664	rs1809810	A	T	6768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=148;PP=2965;SC=CAGCATAGGGAACACTTCGGT;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=99;TCR=148;TR=246;WE=41350672;WS=41350654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr19	41354496	rs8192726	C	A	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.962;NF=52;NR=23;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CTCCTGCCCCCGCACTCGGGG;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=129;TCR=59;TR=75;WE=41354504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,77:0.39:195
chr19	41354606	rs4986892	G	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=6.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.37;MQRankSum=-10.028;QD=3.17;ReadPosRankSum=6.112;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,84:0.24:343
chr19	41354661	rs79584535	T	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-6.863;QD=4.84;ReadPosRankSum=-2.307;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,44:0.27:162
chr19	41354688	rs148803816	AA	GG	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-7.913;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,10:0.12:82
chr19	41354712	rs8192725	A	G	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=35;PP=1149;SC=AGGGGGCGGCAGGGGCAGGAG;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=41354720;WS=41354702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	41355820	rs199702575	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQRankSum=-5.465;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,34:0.12:278
chr19	41355828	rs200582200	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=1.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQRankSum=-5.932;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,38:0.13:298
chr19	41355849	rs2302990	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQRankSum=-9.779;QD=1.18;ReadPosRankSum=1.979;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,56:0.17:328
chr19	41355896	rs376970015	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=6.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-16.239;QD=1.08;ReadPosRankSum=-6.200;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,43:0.16:267
chr19	41356281	rs1137115	T	C	17434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=309;NR=310;PP=2965;SC=TCAAGACCATTACAGTCAGGC;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=621;TCF=310;TCR=311;TR=619;WE=41356289;WS=41356271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,633:1.00:633
chr19	41356379	rs28399433	A	C	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=74;PP=1827;ReadPosRankSum=-0.825;SC=GTTTGCCTTTATACTGCCTGA;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=52;TCR=139;TR=102;WE=41356387;WS=41356369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,109:0.55:200
chr19	41381647	rs12460590	A	C	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.857;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.23;MQRankSum=-1.413;QD=29.50;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=2.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr19	41381683	rs71358943	G	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.21;MQRankSum=-0.506;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr19	41382607	rs2316206	AG	CA	3771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.49;QD=43.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	41382612	rs2316208	CG	TA	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.97;QD=46.16;SOR=3.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	41382645	rs3865455	G	A	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.71;QD=42.86;SOR=3.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	41382653	rs2388869	A	G	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.70;QD=45.36;SOR=3.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	41382655	rs2316210	T	G	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.07;QD=46.34;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	41382665	rs3852869	G	A	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.81;QD=45.09;SOR=4.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	41383215	rs2302986	G	C	3176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.316;NF=66;NR=73;PP=1926;ReadPosRankSum=0.314;SC=AGGGCATCTTGGTCCGGTCCT;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=259;TCF=118;TCR=141;TR=139;WE=41383223;WS=41383205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,148:0.54:276
chr19	41383344	rs2302988	T	C	4830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=104;PP=2752;SC=AATGATAGTCTGAATAGGTAA;SOR=1.057;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=75;TCR=106;TR=179;WE=41383352;WS=41383334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	41383378	rs16958956	C	A	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=73;PP=2108;SC=ATACGGCTCCCCCTATGAGAC;SOR=1.530;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=39;TCR=73;TR=112;WE=41383386;WS=41383368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	41383799	rs3869579	G	A	10862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=210;NR=177;PP=2965;SC=AAGCCATAGCGCAGGGTGGTG;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=387;TCF=210;TCR=177;TR=387;WE=41383807;WS=41383789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr19	41384637	rs4079367	C	T	5923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=65;PP=2965;SC=TGGCTTTGCACCTCCCCGCAC;SOR=1.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=148;TCR=65;TR=213;WE=41384645;WS=41384627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	41384675	rs4079366	T	C	9259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=192;NR=145;PP=2965;SC=CTCCTGCATGTGGATGAGAAA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=339;TCF=194;TCR=145;TR=337;WE=41384683;WS=41384665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
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chr19	41386420	rs56081734	A	C	11651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=200;NR=208;PP=2965;SC=AGGAAGCCCGACTCCTCCTGG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=409;TCF=201;TCR=208;TR=408;WE=41386428;WS=41386410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
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chr19	41387620	rs10425150	A	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.46;QD=33.38;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr19	41387907	rs116439249	G	C	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.272;NF=64;NR=47;PP=1759;ReadPosRankSum=2.178;SC=CCCCCACCCTGTGCCACCCAT;SOR=0.739;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=247;TCF=145;TCR=102;TR=111;WE=41387915;WS=41387897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,115:0.44:259
chr19	41397370	rs3852870	A	C	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=62;PP=1930;SC=TCACATAGAAACTTATGACTT;SOR=2.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=86;WE=41397378;WS=41397360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	41397806	rs8106551	C	A	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=4;PP=1153;SC=TGTTTATATCCCTCTAAAATC;SOR=3.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=49;WE=41397814;WS=41397796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	41397868	rs35809263	C	A	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.024;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.135;NF=48;NR=32;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CAGTCAGCCCCTCCTCTTGTG;SOR=0.427;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=141;TCF=90;TCR=51;TR=80;WE=41397876;WS=41397858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,83:0.56:149
chr19	41399799	rs11880938	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=518;ReadPosRankSum=-1.641;SC=ACGCTTCTCCCTGACCATCCT;SOR=0.297;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=40;WE=41399807;WS=41399789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,45:0.57:79
chr19	41400906	rs10626476	C	CAGAG	4064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=32;PP=2819;SC=AGAGAAAAGACAGGCTGAAAA;SOR=0.715;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=49;WE=41400924;WS=41400896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr19	41401384	rs12984358	T	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=4;PP=717;ReadPosRankSum=1.204;SC=TTTCGCCATGTTGGCCAGGCT;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=66;TCR=9;TR=37;WE=41401392;WS=41401374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr19	41401924	rs11878463	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.394;NF=21;NR=2;PP=361;ReadPosRankSum=0.670;SC=CTGACACCAACGGACCATCTG;SOR=0.264;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=23;WE=41401932;WS=41401914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr19	41401950	rs4803398	G	C	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=14;PP=1431;SC=CTGCCTTTTCGGGGTGTTAAA;SOR=2.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=66;WE=41401958;WS=41401940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr19	41402365	rs35870895	C	CT	5695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=60.02;MQRankSum=1.056;NF=53;NR=74;PP=2198;ReadPosRankSum=0.847;SC=AGCCTCACATCTTTTTTTTCA;SOR=0.722;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=345;TCF=138;TCR=207;TR=127;WE=41402373;WS=41402355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,263:0.49:542
chr19	41402579	rs6508953	A	G	13689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=246;NR=235;PP=2965;SC=TCTTTGATGGACATTATCGAG;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=481;TCF=246;TCR=235;TR=481;WE=41402587;WS=41402569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr19	41403325	rs7252852	T	C	11951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=192;NR=243;PP=2965;SC=ATCCCTAAAGTGCAGAGGAGT;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=438;TCF=193;TCR=245;TR=435;WE=41403333;WS=41403315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr19	41403982	rs11083583	G	GT	6199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=44;PP=2975;ReadPosRankSum=-1.802;SC=AAAAACACCTGTTTTATTTTG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=121;WE=41403994;WS=41403972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,198:0.98:202
chr19	41404196	rs10419393	A	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=76;PP=2609;SC=AACATCATCCAGGACACTCAG;SOR=2.471;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=26;TCR=76;TR=102;WE=41404204;WS=41404186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr19	41415112	rs3844442	T	A	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=18;PP=1620;SC=AGTAGTAGCCTGGCAGCAAAC;SOR=2.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=77;WE=41415120;WS=41415102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr19	41512841	rs3745274	G	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=677;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TCCTCTTCCAGTCCATTACCG;SOR=0.331;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=72;TCF=60;TCR=12;TR=38;WE=41512849;WS=41512831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr19	41515263	rs2279343	A	G	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.42;QD=33.43;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	41515702	rs2279345	T	C	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=4;PP=1544;SC=GAAACAGAGTTAGGAAGACTA;SOR=4.479;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=53;TCR=4;TR=57;WE=41515710;WS=41515696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	41515814	rs8192718	G	A	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=62;PP=2064;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TTAGGCCAACGGAGGGCAGCC;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=329;TCF=194;TCR=135;TR=146;WE=41515822;WS=41515804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,154:0.45:343
chr19	41518773	rs8192719	C	T	18004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.109;NF=327;NR=346;PP=2965;ReadPosRankSum=1.731;SC=GGTACTATCCCCAACTTGAGA;SOR=0.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=674;TCF=327;TCR=347;TR=673;WE=41518781;WS=41518763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,686:1.00:687
chr19	41531487	rs11670798	A	G	7845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=0.403;SC=GGGGCGTGACAGCCAGGCTGC;SOR=0.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=296;TCF=185;TCR=111;TR=294;WE=41531495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,306:1.00:307
chr19	41531522	rs11670865	G	T	10058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=151;PP=2965;SC=CCCGTGGAGGGTGCCGTGAAC;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=352;TCF=201;TCR=151;TR=351;WE=41531530;WS=41531512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr19	41531656	rs7249735	A	C	8104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=172;PP=2965;ReadPosRankSum=0.296;SC=AAGGTGGGATAGATGCTGGAG;SOR=0.413;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=127;TR=299;WE=41531664;WS=41531646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,309:1.00:310
chr19	41531705	rs3745275	G	A	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=99;PP=2965;SC=GAAGGGGGTTGGGAAGAGAGT;SOR=1.391;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=63;TCR=99;TR=161;WE=41531713;WS=41531695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	41531825	rs3745276	A	G	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=32;PP=1555;SC=TTTCCCCACCAAGGCCCGGTC;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=74;WE=41531833;WS=41531815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	41531859	rs7254767	C	G	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=44;PP=2525;SC=CGCGCGGGTTCCTCGCCCTGG;SOR=1.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=83;TCR=45;TR=126;WE=41531867;WS=41531849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	41531915	rs3745277	G	A	6190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=132;NR=94;PP=2965;SC=TCTGCTCACCGCGCGTGCCCT;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=132;TCR=95;TR=226;WE=41531923;WS=41531905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr19	41532126	rs7255146	C	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=821;SC=AAGCCTCGCGCAGGAGAACTG;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=41532134;WS=41532116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	41532141	rs71742418	CTCAG	C	1498.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=1050;SC=GAACTGCAAACTCAGTCAGAG;SOR=1.308;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=20;WE=41532152;WS=41532131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	41633747	rs147518799	G	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.961;NF=12;NR=4;PP=298;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GGAATGTGGGGTTGCAGCCTC;SOR=0.100;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=16;WE=41633755;WS=41633737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr19	41700343	rs338600	C	T	7709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=185;NR=86;PP=2965;SC=TGGTAGAGGGCGTAGAAGCTA;SOR=1.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=185;TCR=87;TR=271;WE=41700351;WS=41700333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	41700493	rs338599	G	C	11674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=237;PP=2965;SC=ACCTGGGACCGTGGCGGCCTG;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=403;TCF=166;TCR=237;TR=403;WE=41700501;WS=41700483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr19	41703503	rs338595	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.431;NF=2;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TACTCAGGAGGCTGAGGCAGG;SOR=0.105;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=41703511;WS=41703495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr19	41703660	rs338594	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=563;ReadPosRankSum=-1.907;SC=GCCGGTCCCTTTTTGAGTCTA;SOR=0.877;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=37;WE=41703668;WS=41703650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
chr19	41704304	rs338593	T	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=14;PP=957;ReadPosRankSum=-0.735;SC=TGGGTTCAGCTCCAACCTGCT;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=87;TCR=30;TR=58;WE=41704312;WS=41704294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr19	41704832	rs338592	A	G	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=122;PP=2965;SC=CTGAATGGGCATGGTGACCTG;SOR=1.025;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=94;TCR=122;TR=216;WE=41704840;WS=41704822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	41707094	rs1628289	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=150;ReadPosRankSum=1.188;SC=TTTACTTCCCAAAGGCTGTGT;SOR=0.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=14;WE=41707102;WS=41707084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr19	41711755	rs338586	G	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=211;ReadPosRankSum=-0.036;SC=GATGCCATTAGGTTTTGTGAA;SOR=2.271;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=13;WE=41711763;WS=41711745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr19	41711815	rs338585	G	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=12;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.033;SC=AGGACCAAATGGACTGGGGTG;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=102;TCR=23;TR=62;WE=41711823;WS=41711805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,62:0.50:123
chr19	41712113	rs338584	C	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=1.119;SC=GCTCCTCCACCTGCTGTTCCC;SOR=1.371;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=16;WE=41712121;WS=41712110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr19	41712424	rs338583	A	G	4903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.210;SC=GTGGGTGCCCAGGACGGTGCC;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=465;TCF=227;TCR=238;TR=222;WE=41712432;WS=41712414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,234:0.48:487
chr19	41725271	rs10411012	A	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=474;ReadPosRankSum=3.068;SC=TGGGAGCCCAACAACTTCTGA;SOR=0.495;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=39;WE=41725279;WS=41725261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr19	41737344	rs79855742	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=575;ReadPosRankSum=-0.071;SC=GCCAGATGTCCTGGGTTCGAA;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=31;WE=41737352;WS=41737334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr19	41743861	rs7249222	A	G	20027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=375;NR=353;PP=2965;SC=TGTGCTGTCAAACGATGGGAT;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=732;TCF=378;TCR=354;TR=728;WE=41743869;WS=41743851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,732:1.00:732
chr19	41748753	rs2304234	T	C	7208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GATCCAAGGCTTCATCCATGA;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=673;TCF=392;TCR=281;TR=334;WE=41748761;WS=41748735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,339:0.49:695
chr19	41759631	rs372123509	ACC	A	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=7.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=0.545;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr19	41777841	rs113299999	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=-0.124;SC=AGCAGGCTTCTGTTGAACTCA;SOR=0.235;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=15;WE=41777849;WS=41777831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr19	41797679	rs112830426	G	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=1.029;SC=CTTGAGTCCAGGATTTCAAGA;SOR=2.807;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=41797687;WS=41797669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr19	41807363	rs77856552	G	A	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=8;PP=931;ReadPosRankSum=0.871;SC=TCAGTCCCTGGCCTACATAAT;SOR=1.012;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=76;TCR=16;TR=50;WE=41807371;WS=41807353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr19	41811730	rs12745	T	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=46;PP=1211;SC=CACCCCCCACTGCACAGACCT;SOR=2.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=71;WE=41811738;WS=41811720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	41847860	rs1800472	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=21;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CTCCAGCGGGGTGGCCATGAG;SOR=0.695;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=151;TCF=107;TCR=44;TR=75;WE=41847868;WS=41847850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,80:0.51:157
chr19	41847942	rs55659002	TG	T	5605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.160;NF=51;NR=79;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.387;SC=AACCCTGCTTTGGTGTGGGAG;SOR=0.651;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=254;TCF=104;TCR=150;TR=130;WE=41847950;WS=41847932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,190:0.52:365
chr19	41850883	.	C	T	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=49;PP=1157;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CCAGAAAGTTCCCAGGCACTA;SOR=1.005;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=123;TCF=41;TCR=82;TR=71;WE=41850891;WS=41850873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,77:0.58:132
chr19	41858921	rs1800470	G	A	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1556;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TAGCAGCAGCGGCAGCAGCCG;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=208;TCF=93;TCR=115;TR=105;WE=41858929;WS=41858911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,106:0.50:210
chr19	41863777	rs11668109	A	C	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=1045;ReadPosRankSum=1.445;SC=CTCAGCCTGGACCCGGGTCCA;SOR=0.945;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=156;TCF=92;TCR=64;TR=74;WE=41863785;WS=41863767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,82:0.48:171
chr19	41869392	rs2241714	T	C	2711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.690;NF=60;NR=64;PP=1710;ReadPosRankSum=-1.145;SC=CGCTGGCCCCTATGATCTGCC;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=240;TCF=118;TCR=122;TR=124;WE=41869400;WS=41869382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,131:0.52:254
chr19	41869468	rs2241713	G	C	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.806;NF=24;NR=38;PP=1023;ReadPosRankSum=-1.368;SC=TGTGAGGTAAGTGTATTATCT;SOR=0.782;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=62;WE=41869476;WS=41869458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,66:0.49:136
chr19	41869487	rs3217387	C	CA	1608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.811;NF=6;NR=32;PP=1391;ReadPosRankSum=-1.193;SC=CTCCATTTGACGGGGGGGAAA;SOR=0.843;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=11;TCR=64;TR=38;WE=41869495;WS=41869477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr19	41889423	rs11880674	A	T	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=46.58;SOR=1.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	41889429	rs7259900	A	T	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=43.11;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	41889748	rs12602	T	C	5970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=101;NR=114;PP=2965;SC=TGACCCTGGCTGCCTACCTTG;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=102;TCR=114;TR=215;WE=41889756;WS=41889738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	41897674	rs878082	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=5;PP=1157;SC=CTAGCAGTGAGGGTATATGTA;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	41897688	rs878083	G	A	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=11;PP=1195;SC=ATATGTATCCGCCAGGAGGGA;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=53;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	41903220	rs10853751	G	A	15950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=240;NR=320;PP=2965;SC=GTCAGTATGCGTCTCCTCCTC;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=561;TCF=241;TCR=320;TR=560;WE=41903228;WS=41903210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr19	41903671	rs892044	A	G	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	41903675	rs892043	A	G	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.23;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	41919944	rs3213861	A	C	5617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=69;PP=2965;SC=GGTCCCCTCTACACCCCCAGG;SOR=1.162;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=121;TCR=69;TR=190;WE=41919952;WS=41919934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	41920030	rs34442879	C	T	3386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=78;PP=2130;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CTGGACAACACGGACCTGGTG;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=305;TCF=152;TCR=153;TR=155;WE=41920038;WS=41920020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,161:0.50:320
chr19	41920211	rs3213860	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=27;PP=870;SC=AAGCCAGGGTTAGGACTCTGG;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=41920219;WS=41920201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	41928336	rs284651	T	C	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=69;PP=1952;SC=TCCCCAATCCTGCCACCTTCC;SOR=2.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=93;WE=41928344;WS=41928326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	41928652	rs284652	C	T	10523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=180;PP=2965;SC=ACCAGCCCTTCCTCATCGAGG;SOR=0.747;Source=Platypus;TCR=181;WE=41928660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr19	41928701	rs284653	C	T	14086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=167;NR=153;PP=2965;SC=CCCGTCAGCACCCCCACAGCA;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=168;TCR=154;TR=320;WE=41928709;WS=41928691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr19	41928724	rs284654	G	A	16613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=212;NR=201;PP=2965;SC=GACAGCCACCGTAGCATCTTC;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=414;TCF=213;TCR=201;TR=413;WE=41928732;WS=41928714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr19	41928765	rs284655	C	T	17768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=323;NR=289;PP=2965;SC=CAAAACATGGCCTTATCACCT;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=612;TCF=323;TCR=289;TR=612;WE=41928773;WS=41928755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,651:1.00:651
chr19	41928867	rs3217385	G	GC	16463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.189;NF=53;NR=213;PP=2936;ReadPosRankSum=-1.412;SC=ACTCCAGGGAGCCCACACTGA;SOR=0.340;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=299;TCF=55;TCR=244;TR=266;WE=41928875;WS=41928857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,491:1.00:492
chr19	41930396	rs4674	A	G	34134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=1235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=621;NR=600;PP=2965;SC=ACCCCAACCTACTCTTCTCAG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=1221;TCF=621;TCR=600;TR=1221;WE=41930404;WS=41930386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1233:1.00:1233
chr19	41931454	rs113478859	A	AGGCCAGGGCCGG	3866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=12;PP=2290;SC=CCAGAGGCCCAGGCCAGGTCA;SOR=2.400;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=35;WE=41931462;WS=41931444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	41932084	rs284660	G	T	12615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=222;NR=232;PP=2965;SC=GGCTCTCCCAGGCCACTAGTG;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=459;TCF=223;TCR=236;TR=454;WE=41932092;WS=41932074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr19	41932120	rs284661	C	T	11925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=214;PP=2965;SC=CCGCCTCACCCACCGGAGACC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=426;TCF=211;TCR=215;TR=425;WE=41932128;WS=41932110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr19	41932275	rs284662	T	C	10116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=186;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.103;SC=GAGACTTGGCTGCCACCACCT;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=369;TCF=187;TCR=182;TR=366;WE=41932283;WS=41932265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,378:0.99:380
chr19	41932612	rs284663	C	T	9151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=168;PP=2965;SC=CGGATGTCCACTCGATGTACA;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=154;TCR=168;TR=322;WE=41932620;WS=41932602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr19	41949870	rs3745286	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=289;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CCCCTTGCTCTCTGGGGTGGC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=16;WE=41949878;WS=41949860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr19	42027500	rs4803475	A	G	5285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.985;NF=69;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=0.412;SC=CCAAATCTCCATTAAGTGTAT;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=316;TCF=150;TCR=166;TR=144;WE=42027522;WS=42027490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,148:0.46:323
chr19	42027514	rs4803476	T	A	5195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.543;NF=60;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.817;SC=AGTGTATTTTTTGAACAGTGA;SOR=0.695;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=286;TCF=127;TCR=159;TR=132;WE=42027522;WS=42027490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,141:0.47:298
chr19	42090770	.	T	C	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=65;PP=2148;ReadPosRankSum=-1.409;SC=CACTTGTGTGTTTCCTGCTCC;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=113;TCR=109;TR=133;WE=42090778;WS=42090760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,140:0.59:237
chr19	42125660	rs1041994	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.275;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=576;ReadPosRankSum=0.100;SC=CTGGGAGCTTTGGGGACGCTC;SOR=1.508;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=36;WE=42125668;WS=42125650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr19	42126089	rs3745932	G	A	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=1069;ReadPosRankSum=1.574;SC=AGGGGCCTGGGCAGGGGAGAG;SOR=0.500;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=147;TCF=58;TCR=89;TR=78;WE=42126097;WS=42126079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,77:0.53:146
chr19	42126448	rs9967607	T	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=584;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GGATCCTGGCTGGAGGCACTC;SOR=0.127;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=27;WE=42126456;WS=42126438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr19	42127907	rs4803488	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=445;ReadPosRankSum=2.517;SC=GGAATGAGAGGGAAGGATTCC;SOR=0.443;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=24;WE=42127915;WS=42127897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr19	42132274	rs148045742	G	A	3960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=106;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.918;SC=AGCACTGGACGGCAGGGCTTC;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=97;TCR=183;TR=162;WE=42132282;WS=42132264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,165:0.59:280
chr19	42188032	rs34670266	GC	G	1978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.028;NF=2;NR=51;PP=1543;ReadPosRankSum=0.123;SC=GCCCTGTGTGGCCCCCTTGGT;SOR=0.665;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=124;TCF=5;TCR=119;TR=53;WE=42188040;WS=42188022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,80:0.44:181
chr19	42190859	rs8102488	A	T	4004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=79;PP=2753;ReadPosRankSum=1.810;SC=AGGGTATAGAATCCTGCGTCA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=357;TCF=198;TCR=159;TR=179;WE=42190867;WS=42190849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,186:0.51:366
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chr19	42219306	rs62117363	C	A	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.937;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=71;PP=1550;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GACTTTCTGCCCCAGAAAAAC;SOR=1.039;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=218;TCF=76;TCR=142;TR=103;WE=42219314;WS=42219296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,106:0.48:222
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chr19	42265889	rs11548735	G	T	4730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=52;PP=1877;ReadPosRankSum=1.867;SC=GGCCCAGATGGCCCCACCATT;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=306;TCF=187;TCR=119;TR=137;WE=42265897;WS=42265879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,140:0.44:317
chr19	42312933	rs3752172	G	A	5529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=1.319;SC=TGGTGGCCGCGCTGGTGTGTT;SOR=0.882;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=502;TCF=265;TCR=237;TR=255;WE=42312941;WS=42312923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,266:0.51:523
chr19	42313840	.	C	T	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.704;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=4;PP=874;ReadPosRankSum=-2.295;SC=TAAAGCCTTTCCTCAACTCCC;SOR=1.850;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=93;TCF=79;TCR=14;TR=46;WE=42313848;WS=42313830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr19	42314559	.	G	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.899;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=570;ReadPosRankSum=0.468;SC=TACAGGGTCAGGACCACCCAC;SOR=0.633;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=41;TCR=87;TR=51;WE=42314567;WS=42314549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr19	42342319	rs2290695	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=656;ReadPosRankSum=1.035;SC=TAAAGCCCACAACTCCCCTTG;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=39;WE=42342327;WS=42342309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr19	42342923	rs10414356	T	A	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.385;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=22;PP=1328;ReadPosRankSum=0.982;SC=AGAGCAAGCATAACGAAATTG;SOR=0.398;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=155;TCF=118;TCR=37;TR=83;WE=42342931;WS=42342913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,86:0.54:159
chr19	42343155	rs4130852	G	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-5.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.611;SC=CTGAGCCCGTGAACTGCCAAC;SOR=0.701;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=57;WE=42343163;WS=42343145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
chr19	42343526	rs3922888	G	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=832;ReadPosRankSum=0.986;SC=ATAGGCTCCCGCAGACCTTCT;SOR=0.437;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=92;TCF=15;TCR=77;TR=47;WE=42343534;WS=42343516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr19	42354629	rs2305809	T	C	3401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=80;PP=2636;ReadPosRankSum=0.447;SC=GGACATCTGGTCCCTCAGAGT;SOR=0.824;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=354;TCF=176;TCR=178;TR=155;WE=42354637;WS=42354619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,156:0.43:361
chr19	42397462	rs372278716	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.759;NF=6;NR=21;PP=503;ReadPosRankSum=-1.588;SC=AGGGAGGAGGAGGCTGGGGGG;SOR=0.918;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=27;WE=42397470;WS=42397452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr19	42400789	rs79725225	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.166;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr19	42474392	rs45606534	C	T	4522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=101;PP=2823;ReadPosRankSum=0.411;SC=TGTCCGTCCGCGGGTTCCTGG;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=484;TCF=256;TCR=228;TR=221;WE=42474400;WS=42474382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,229:0.46:498
chr19	42489516	rs2217342	A	C	9197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=171;PP=2965;SC=GGTTGTCGTGAGTGCAGTCGG;SOR=0.815;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=155;TCR=171;TR=326;WE=42489524;WS=42489506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr19	42558629	rs3736109	G	A	3592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=101;PP=2508;ReadPosRankSum=-2.195;SC=TGACAGCTGCGGTGGGACAGA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=349;TCF=139;TCR=210;TR=167;WE=42558637;WS=42558619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,169:0.47:357
chr19	42603776	rs1205817	A	G	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=76;PP=2036;ReadPosRankSum=0.830;SC=CAGGCCTGGAAAGACAAGGGG;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=283;TCF=133;TCR=150;TR=142;WE=42603784;WS=42603766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,147:0.50:295
chr19	42621028	.	AGGC	A	819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.401;NF=4;NR=12;PP=531;ReadPosRankSum=0.181;SC=GAGGAGGCGGAGGCGGCGGCG;SOR=0.629;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=16;WE=42621038;WS=42621018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr19	42703833	rs2303652	A	G	7851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.806;SC=CACAAACCACAGAGCCCAGGT;SOR=0.762;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=751;TCF=359;TCR=392;TR=376;WE=42703841;WS=42703823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,388:0.50:773
chr19	42713835	rs3745231	A	G	4161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=88;PP=2727;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GCATTGCCAAAGCCTACAGAC;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=423;TCF=231;TCR=192;TR=192;WE=42713843;WS=42713825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,203:0.46:446
chr19	42728836	rs3810151	T	C	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.126;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=63;PP=2539;ReadPosRankSum=0.358;SC=ACACAGAATGTTGGCCTGGAG;SOR=0.988;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=325;TCF=170;TCR=155;TR=142;WE=42728844;WS=42728826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,147:0.43:339
chr19	42735177	rs74259566	C	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=437;ReadPosRankSum=0.320;SC=TAAAGGGCCACGATAGTAACT;SOR=1.347;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=25;WE=42735185;WS=42735167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr19	42736267	rs851609	A	G	6581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=142;NR=85;PP=2965;SC=GAGGAGGGATAAGAATGGCGT;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=142;TCR=85;TR=227;WE=42736275;WS=42736257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr19	42741124	rs2302485	A	G	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=48;PP=1042;ReadPosRankSum=-1.500;SC=CTCAGAATACAACCAACTCTC;SOR=0.496;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=145;TCF=39;TCR=106;TR=68;WE=42741132;WS=42741114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,73:0.48:151
chr19	42747229	rs11878620	GG	AC	6878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=98;PP=2944;ReadPosRankSum=0.878;SC=TTAAGCCCCAGGTGGATACTG;SOR=0.761;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=413;TCF=186;TCR=227;TR=173;WE=42747238;WS=42747219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,183:0.43:421
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chr19	42753034	rs35493131	A	G	5035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.373;SC=CTGCCCCCTCAGCCAGCCCGC;SOR=0.842;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=496;TCF=234;TCR=262;TR=232;WE=42753042;WS=42753024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,241:0.47:508
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chr19	42753649	rs11557114	G	C	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=48;PP=1898;ReadPosRankSum=0.312;SC=GTGGTCGGGCGCGGGGATCCT;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=279;TCF=175;TCR=104;TR=131;WE=42753657;WS=42753639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,134:0.48:282
chr19	42754403	rs76292187	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=750;ReadPosRankSum=-1.295;SC=CAGACCCAATGCTTGTTCCCA;SOR=0.433;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=133;TCF=81;TCR=52;TR=64;WE=42754411;WS=42754393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr19	42758947	.	TC	T	1849.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.419;NF=21;NR=22;PP=1404;ReadPosRankSum=1.052;SC=GAGCCAGGAATCGGGGGTCCC;SOR=0.639;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=43;WE=42758955;WS=42758937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,64:0.35:185
chr19	42793590	rs3826706	G	A	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=824;ReadPosRankSum=-0.124;SC=ATCTTGCCCAGGACCCAGCAG;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=63;WE=42793605;WS=42793580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,70:0.55:128
chr19	42824353	rs147833102	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=592;ReadPosRankSum=1.125;SC=CACTGGCTTCCCTCCAGTTTG;SOR=0.730;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=31;WE=42824361;WS=42824343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr19	42848764	rs874002	A	G	8684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=159;NR=170;PP=2965;SC=GTGGGCCGGCAGGAGGGGGCC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=159;TCR=170;TR=329;WE=42848772;WS=42848754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr19	42873169	rs118098511	G	A	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=93;PP=2201;ReadPosRankSum=0.153;SC=GGCCGCAGGCGGCGCTGGGGC;SOR=0.896;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=345;TCF=129;TCR=216;TR=143;WE=42873177;WS=42873159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,146:0.41:353
chr19	42893091	rs139046031	G	A	4979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.853;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.095;SC=CAGGCATGTCGTTGCAGCAGT;SOR=0.427;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=365;TCF=165;TCR=200;TR=218;WE=42893099;WS=42893081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,227:0.61:372
chr19	42893236	rs73556315	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.328;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=381;ReadPosRankSum=-0.127;SC=CCTCGCAGCATCTCCTGGGCC;SOR=1.695;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=25;WE=42893244;WS=42893226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr19	42893754	rs8108964	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=597;ReadPosRankSum=0.224;SC=GTCCAAGGGACGCTGGATACT;SOR=0.602;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=41;WE=42893762;WS=42893744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr19	42906271	rs35595562	G	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.32;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr19	42906271	.	GAC	CAG	762	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=8;NR=14;PP=762;QD=37.0667215846;SC=GTGGGGGACAGACAGACCGGG;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=22;WE=42906281;WS=42906261;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,22:0.50:44
chr19	42906273	rs35639038	C	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.24;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr19	42927521	rs10422283	T	C	3635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=77;PP=2554;ReadPosRankSum=2.247;SC=CACTGCCCCGTAGGATGTACG;SOR=0.426;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=315;TCF=182;TCR=133;TR=166;WE=42927529;WS=42927511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,168:0.52:324
chr19	42931022	rs145456377	C	T	4718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TGCTGTGGTGCGGGCTTCTGT;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=420;TCF=220;TCR=200;TR=209;WE=42931030;WS=42931012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,214:0.50:430
chr19	42946867	rs11380022	T	TC	698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=5;PP=786;SC=TTGCCACATTTCTCCCCCCGT;SOR=1.721;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=18;WE=42946875;WS=42946864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	42947113	rs11673645	C	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=41;PP=1248;SC=TAGTCCCAGGCCAGCGTTCCC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=42947121;WS=42947103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	43013363	rs11666350	A	G	7658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=116;PP=2965;SC=TCAGGGTAGAATAAGTAACTT;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=145;TCR=116;TR=261;WE=43013371;WS=43013353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr19	43013394	rs10405906	A	G	8129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=145;NR=141;PP=2965;SC=AAAAGCACAAATAATGATCAG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=145;TCR=141;TR=286;WE=43013402;WS=43013384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr19	43021011	rs10412463	G	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=10;PP=483;SC=ATGGTGAAACGCCATCTCTAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=31;WE=43021019;WS=43021001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	43032561	rs8102519	G	A	8591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=154;PP=2965;SC=CACCTGTGGAGGAGAGCTTGG;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=301;TCF=147;TCR=154;TR=301;WE=43032569;WS=43032551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr19	43032624	rs8103285	T	C	7655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=135;PP=2965;SC=TGTTTTCCACTCTCTGTGCTG;SOR=0.897;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=259;TCF=123;TCR=136;TR=258;WE=43032632;WS=43032614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	43087484	rs1126458	A	C	8387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=155;PP=2965;SC=CCTTGTACTAAAGCATCTGTC;SOR=1.062;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=120;TCR=155;TR=275;WE=43087492;WS=43087474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr19	43226036	rs75040189	G	T	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-5.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=480;ReadPosRankSum=2.242;SC=ATAAAATTGGGTTTTTTTCTT;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=54;TCR=0;TR=26;WE=43226044;WS=43226026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
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chr19	43244485	rs11880551	G	C	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.625;NF=83;NR=47;PP=2547;ReadPosRankSum=-1.195;SC=GTGAGCAGGAGCCCCTTCCAG;SOR=0.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=84;TCR=47;TR=130;WE=43244493;WS=43244475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr19	43244530	rs148595855	GC	TT	4221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.808;NF=57;NR=42;PP=2944;ReadPosRankSum=-2.357;SC=GCTGAGAGGGGCCCCATGGTC;SOR=0.865;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=209;TCF=115;TCR=94;TR=99;WE=43244539;WS=43244520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,111:0.50:221
chr19	43244650	rs112959447	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.847;NF=13;NR=31;PP=614;ReadPosRankSum=0.730;SC=AGCCTCTTCCCGGGGCAGGAG;SOR=0.947;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=44;WE=43244658;WS=43244640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr19	43257439	rs80050376	G	T	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.794;NF=36;NR=9;PP=698;ReadPosRankSum=-1.279;SC=AGCTTATAGGGCTTCTGGAAC;SOR=0.984;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=127;TCF=98;TCR=29;TR=45;WE=43257447;WS=43257429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr19	43268069	rs7255164	A	G	15934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1017;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.077;NF=364;NR=317;PP=2962;ReadPosRankSum=0.528;SC=ATCACTCACGATATAAGGTGA;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=994;TCF=536;TCR=458;TR=681;WE=43268077;WS=43268059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,695:0.69:1012
chr19	43268216	rs7256456	T	G	4741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=851;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.019;NF=127;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.577;SC=GTCCACTGTATGCAGGCCCAT;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=848;TCF=412;TCR=436;TR=255;WE=43268224;WS=43268206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:592,255:0.30:847
chr19	43269699	rs7260508	C	T	8567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-2.274;QD=27.11;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,210:0.66:316
chr19	43269704	rs62112127	TG	CA	8893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-2.097;QD=27.03;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,215:0.65:329
chr19	43439793	rs7245978	G	A	14499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.580;NF=210;NR=286;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TACCAGATGTGGCCAGTAAGA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=500;TCF=214;TCR=286;TR=496;WE=43439801;WS=43439783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,499:1.00:500
chr19	43530640	rs60941975	GT	G	5218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=93;PP=2951;SC=ACTCTTCCCGGTGGAAGGAGC;SOR=2.165;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=99;TCF=5;TCR=94;TR=97;WE=43530648;WS=43530630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	43708992	rs201922842	A	G	4474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=131;PP=2864;ReadPosRankSum=0.509;SC=TTTCCCCCCAATTGTTGAGGT;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=536;TCF=222;TCR=314;TR=224;WE=43709000;WS=43708969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,231:0.42:554
chr19	43860053	rs71350665	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.217;NF=12;NR=6;PP=301;ReadPosRankSum=-1.565;SC=GAGGAGGGTGGGCCTGGCTTC;SOR=1.296;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=18;WE=43860061;WS=43860043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr19	43860076	rs71350666	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-1.051;QD=19.25;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr19	43860192	rs71337594	T	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.92;QD=30.06;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	43860251	rs199668750	G	A	287.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.88;QD=35.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	43860255	rs200662237	T	G	226.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=45.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	43864507	rs57802244	T	C	5480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.099;NF=114;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=0.798;SC=AATACCGAGATGTGCGAGGTG;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=816;TCF=321;TCR=495;TR=303;WE=43864515;WS=43864497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:525,308:0.37:833
chr19	43864548	rs10425835	C	A	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=7.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-3.677;QD=4.86;ReadPosRankSum=2.216;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,102:0.28:361
chr19	43865499	rs71339512	T	C	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.29;QD=25.29;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	43865692	rs61625631	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.13;MQRankSum=0.637;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,45:0.41:111
chr19	43865840	rs28464741	G	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.522;NF=4;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GGGAGGAGGCGCTGGGGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=22;WE=43865848;WS=43865830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr19	43876931	rs66774479	G	A	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=56;PP=2164;ReadPosRankSum=-0.006;SC=CCACAGCGCTGGGGCCAGTGC;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=127;TCR=104;TR=126;WE=43876939;WS=43876921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,123:0.54:228
chr19	43876979	rs71774559	GC	G	5745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=4;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.03;MQRankSum=0.955;NF=39;NR=49;PP=2970;ReadPosRankSum=1.975;SC=CAGGCCCCCAGCCCCACCTCC;SOR=0.657;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=201;TCF=94;TCR=107;TR=88;WE=43877009;WS=43876969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,136:0.53:258
chr19	43876983	rs114301694	C	T	6201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.938;QD=22.31;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,149:0.54:278
chr19	43876991	rs10404818	T	G	6684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.942;QD=22.13;ReadPosRankSum=0.905;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,161:0.53:302
chr19	43876994	rs10404822	T	G	6614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.928;QD=21.55;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,166:0.54:307
chr19	43877001	rs10403027	A	G	6793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=1.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.953;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,184:0.53:349
chr19	43877285	rs139347448	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.352;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=408;ReadPosRankSum=0.596;SC=CCCAGCCCCTTCTCCCTCAGT;SOR=0.252;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=33;WE=43877293;WS=43877275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
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chr19	43883013	rs4803620	C	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=1.286;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
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chr19	43922300	rs2278834	G	A	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=53;PP=2965;SC=TGTCTCTCCCGATCCTTCCTT;SOR=1.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=103;TCR=54;TR=156;WE=43922308;WS=43922290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	43969757	rs2259013	A	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=41;PP=838;ReadPosRankSum=-1.933;SC=TCCCCCCTGGATGTGCCGCCT;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=18;TCR=78;TR=49;WE=43969765;WS=43969747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr19	43979589	rs1055099	G	T	3225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=65;PP=1922;ReadPosRankSum=0.821;SC=CGTCAGCGGCGGTCACGATGA;SOR=0.603;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=285;TCF=164;TCR=121;TR=148;WE=43979597;WS=43979579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,155:0.53:295
chr19	43982467	rs2682543	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GAGACTGGGCACAGAAACTGG;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=17;WE=43982475;WS=43982457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr19	43983740	rs1133929	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr19	43991327	rs79480963	T	G	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=101;PP=2965;SC=ATCTCCAACCTAAGTCAGAGC;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=105;TCR=101;TR=206;WE=43991335;WS=43991317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	43999256	.	A	G	313	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=110;MMLQ=28;MQ=51.12;NF=15;NR=0;PP=313;QD=23.1847475031;SC=TGGACTCCTGAGTCTGAGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=15;WE=43999264;WS=43999250;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr19	43999271	.	G	GA	1998	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=20;MQ=51.42;NF=19;NR=2;PP=1998;QD=96.4285714286;SC=GAGGGAGGAGGGGCTGGGGCC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=21;WE=43999300;WS=43999261;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,21:0.78:27
chr19	43999292	.	G	GGTCTGAGGGAGGAGGAGACTCGGGGCAGGACCCCTGA	1985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.96;QD=86.34;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	43999634	rs1125030	A	C	9328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=143;PP=2965;SC=AGGGCAGGTGACAGGTAGCTC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=327;TCF=184;TCR=143;TR=326;WE=43999642;WS=43999624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	44001891	rs2682549	T	C	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=34;PP=2169;SC=AAGAACCAGATGCCATTACCT;SOR=1.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=84;TCR=34;TR=118;WE=44001899;WS=44001881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	44005876	rs112058634	CCAAA	C	9694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.725;NF=30;NR=114;PP=2944;ReadPosRankSum=1.772;SC=ACCCGGTGAGCCAAACAGACC;SOR=0.576;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=343;TCF=62;TCR=281;TR=144;WE=44005887;WS=44005866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,257:0.45:572
chr19	44012005	rs2599452	G	A	514.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.021;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.839;NF=17;NR=6;PP=520;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CAGGAGTCCAGGCCCCCAGCC;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=23;WE=44012013;WS=44011995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr19	44012880	rs2682578	A	G	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=46;PP=1739;SC=TTTACACTCCACTTTCAAAGT;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=99;WE=44012888;WS=44012870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	44031324	rs3810381	C	T	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.915;NF=24;NR=56;PP=1229;ReadPosRankSum=0.677;SC=GTACAGCCTCCGCCATCGCGC;SOR=0.597;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=149;TCF=42;TCR=107;TR=80;WE=44031332;WS=44031314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,86:0.55:156
chr19	44047493	rs72484243	CGTGT	C,CGTGTGT	122.75	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=7,7;NR=0,0;PP=368,126;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TTAAATGCATCGTGTGTGTGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7,7;WE=44047504;WS=44047483;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.80:5
chr19	44047826	rs2682557	T	A	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=109;NR=128;PP=2965;SC=TCACTCATATTGTCCTCGAGC;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=109;TCR=129;TR=237;WE=44047834;WS=44047816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	44050195	rs25479	C	T	6321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=120;NR=108;PP=2965;SC=CCCCCAGCCCCAGCCCTACCT;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=228;WE=44050203;WS=44050185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	44050966	rs25484	T	C	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.327;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=41;PP=1571;ReadPosRankSum=-2.591;SC=AGTGGGAAGTTTGGGGTGCCA;SOR=0.983;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=223;TCF=128;TCR=95;TR=106;WE=44050974;WS=44050956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,117:0.48:245
chr19	44055582	rs2139720	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=404;ReadPosRankSum=-0.089;SC=CCAGCCCCTGCCCCGCTCCTC;SOR=0.243;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=23;WE=44055590;WS=44055572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr19	44055726	rs25487	T	C	8659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=147;PP=2965;SC=GCCTTACCTCTGGGAGGGCAG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=174;TCR=147;TR=320;WE=44055734;WS=44055716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr19	44055898	rs25486	C	T	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=73;PP=2167;SC=CAAAGGGGAACGAGACAGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=121;WE=44055906;WS=44055888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	44056323	rs375143036	G	A	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,104:0.23:461
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chr19	44098903	rs304726	T	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=0.228;SC=ACCTCCATGGTCGCACCTAGG;SOR=0.156;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=15;WE=44098911;WS=44098893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr19	44098963	rs304725	C	G	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=10;PP=942;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GCACTCACCTCCGCAGCGCTT;SOR=0.612;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=90;TCR=22;TR=53;WE=44098971;WS=44098953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr19	44099538	rs116968052	C	T	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.118;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1085;ReadPosRankSum=-1.742;SC=GAGCACCTAGCCTTTTCCTTT;SOR=0.435;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=185;TCF=79;TCR=106;TR=93;WE=44099546;WS=44099528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,104:0.53:198
chr19	44111524	.	T	TAC	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=2;PP=492;ReadPosRankSum=1.224;SC=CCAGGGGGAATACACACACAC;SOR=1.802;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=26;WE=44111533;WS=44111514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr19	44111568	rs35296355	TAC	T	2112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.008;NF=44;NR=13;PP=1896;ReadPosRankSum=0.902;SC=CGGGCGGGAATACACACACAC;SOR=1.531;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=134;TCF=79;TCR=55;TR=57;WE=44111581;WS=44111558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,82:0.56:147
chr19	44116956	rs13343696	A	G	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=60;PP=1966;ReadPosRankSum=-0.843;SC=ATTCCCTCCAAGGAGAAGAGT;SOR=0.558;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=257;TCF=141;TCR=116;TR=125;WE=44116964;WS=44116946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,135:0.49:276
chr19	44118191	rs34163641	G	A	7431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=0.525;SC=CAAGGAGAGCGACCCCAGTCA;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=723;TCF=360;TCR=363;TR=343;WE=44118199;WS=44118181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,348:0.47:733
chr19	44128437	rs2240633	A	G	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=59;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TCAGAGGACGATCCCAGTCTG;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=32;TCR=122;TR=74;WE=44128445;WS=44128427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,75:0.47:160
chr19	44131297	rs407049	T	C	9249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=185;NR=148;PP=2965;SC=AGGATGCGTCTGACAAGGGGG;SOR=0.858;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=334;TCF=186;TCR=148;TR=333;WE=44131305;WS=44131287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr19	44153100	rs4760	A	G	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=10;PP=819;ReadPosRankSum=0.368;SC=GGTGATGGTGAGGCTGAGATG;SOR=1.134;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=46;WE=44153108;WS=44153090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr19	44254972	rs164070	C	T	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=58;PP=1722;SC=CTAGACTATACGAAGTCCCTT;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=86;WE=44254980;WS=44254962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	44276370	rs3760979	A	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=61;PP=1670;SC=ATACCCTCCCATCCCCTTCCC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=80;WE=44276378;WS=44276360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	44280837	rs514328	G	A	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=24.72;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	44280869	rs373080093	AT	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=1.883;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
chr19	44280980	rs35773079	T	G	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=231;SC=CCCAGTGCGGTGGCTCACACC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=44280988;WS=44280970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	44302624	rs349053	T	C	9917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=183;NR=173;PP=2965;SC=CATTCTGCCATTGCCCTGGAA;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=356;TCF=183;TCR=173;TR=356;WE=44302632;WS=44302614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr19	44303066	rs11547806	C	G	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=88;PP=2965;SC=AGCGCGTCCGCGTTCGATTGC;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=74;TCR=88;TR=162;WE=44303074;WS=44303056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	44306389	rs72214885	GCCCCCA	G	10436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=70;PP=2973;SC=AGGAGTCCAGGCCCCCAGTCT;SOR=1.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=142;WE=44306402;WS=44306378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	44351107	rs10421861	G	A	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=12;PP=1710;SC=AGTCAAAAACGTATGAGACCA;SOR=2.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=63;TCR=12;TR=74;WE=44351115;WS=44351097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	44351166	rs79626467	GGGAGAT	G	8935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=63;PP=2945;SC=TTTTCCCAGTGGGAGATGAAG;SOR=1.496;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=108;WE=44351179;WS=44351156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	44351694	rs2195980	C	T	10142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=188;NR=172;PP=2965;SC=AAAATTCATACTGGTGTGAAA;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=360;TCF=188;TCR=172;TR=360;WE=44351702;WS=44351684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr19	44351836	rs957569	G	A	6744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=115;PP=2965;SC=GTGGCTATCAGCTTACTCAGC;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=106;TCR=115;TR=221;WE=44351844;WS=44351826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	44352665	rs2356437	TG	CA	10994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=87;NR=117;PP=2947;SC=GACCTTTACTTGTGGCTCAAA;SOR=1.142;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=221;TCF=92;TCR=129;TR=204;WE=44352674;WS=44352655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
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chr19	44377357	rs239942	C	T	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.041;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GAGCCCTTACCAAAAGCCTTT;SOR=0.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=138;TCR=134;TR=269;WE=44377365;WS=44377347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr19	44419030	rs420242	A	G	15230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=288;NR=251;PP=2965;SC=TCTCTCCTGCATGAGCCCTTT;SOR=0.811;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=540;TCF=289;TCR=251;TR=539;WE=44419038;WS=44419020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr19	44469577	rs451601	T	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=60;PP=1785;ReadPosRankSum=0.765;SC=TTGCCAAACTTCTTTCATAAC;SOR=2.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=68;WE=44469585;WS=44469567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr19	44470189	rs454301	T	A	14566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=243;NR=256;PP=2965;SC=TAAACAGTCCTTCAGTGATGT;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=499;TCF=243;TCR=256;TR=499;WE=44470197;WS=44470179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr19	44470420	rs439676	T	C	15410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=298;NR=250;PP=2965;SC=ACCATTCAAATGTGGGCAATG;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=550;TCF=299;TCR=251;TR=548;WE=44470428;WS=44470410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr19	44470548	rs453640	A	G	14087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=220;NR=209;PP=2965;SC=CACAGCTTCAAGAACATCAGA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=431;TCF=220;TCR=211;TR=429;WE=44470556;WS=44470538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr19	44470663	rs435590	G	C	23784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=866;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=417;NR=413;PP=2965;SC=AGGAGAAAAAGCATTCAGATG;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=832;TCF=417;TCR=415;TR=830;WE=44470671;WS=44470653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,857:1.00:857
chr19	44471209	rs365745	T	A	8495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=136;PP=2965;SC=TACTCAGAGTTCACAACTTCA;SOR=0.930;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=306;TCF=170;TCR=136;TR=306;WE=44471217;WS=44471199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr19	44471323	rs366111	G	A	12925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=223;NR=209;PP=2965;SC=GAGGGTCCACGGGGGAGAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=432;TCF=223;TCR=209;TR=432;WE=44471331;WS=44471313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr19	44471632	rs56887248	CT	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=2.230;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr19	44500478	rs398235	A	T	8263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=151;PP=2965;SC=TAAACAGTCCATCAGTGATGT;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=113;TCR=151;TR=264;WE=44500486;WS=44500468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	44500761	rs448921	G	A	22883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=851;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=403;NR=403;PP=2965;SC=AATGTTCATCGTAAATTACAC;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=807;TCF=404;TCR=403;TR=806;WE=44500776;WS=44500751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,845:1.00:845
chr19	44501116	rs388812	A	G	16918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=263;NR=294;PP=2965;SC=ACACAGGAGAAAAACCATATA;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=557;TCF=263;TCR=294;TR=557;WE=44501124;WS=44501106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr19	44501227	rs388471	A	G	14753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=270;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.681;SC=AAGAATGTGGAAAGGGATTTT;SOR=0.291;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=512;TCF=239;TCR=273;TR=508;WE=44501235;WS=44501217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,519:1.00:520
chr19	44501627	rs35292176	T	C	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=55;PP=1668;SC=TGACACATAATTGTTCATATT;SOR=6.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=57;WE=44501635;WS=44501617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	44503379	rs452554	C	T	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=41;PP=2107;SC=TACATTTCATCCAGTCCTGTA;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=113;WE=44503387;WS=44503369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	44503541	rs11314755	TA	T	3560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=61;PP=2571;SC=AGACAGACCTTAAGAGTTCAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=63;WE=44503549;WS=44503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	44503569	rs7252394	G	A	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=45;PP=1311;SC=TTTACAAAACGAATCATGAAC;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=44503577;WS=44503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	44503607	rs7253205	T	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=779;SC=CACTAGAATGTCAGTGACATG;SOR=3.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=44503615;WS=44503597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	44511202	rs2356549	A	T	8835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.191;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=163;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=0.929;SC=TACTCAAGACACTGAAGACTC;SOR=0.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=163;TCR=139;TR=301;WE=44511210;WS=44511192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr19	44511223	rs424147	T	G	9135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=166;NR=141;PP=2965;SC=CAAAAAGTAGTAGGAAAAATG;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=308;TCF=166;TCR=142;TR=307;WE=44511231;WS=44511213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr19	44511389	rs2191566	G	T	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=117;PP=2965;SC=TGTCTCTTTTGTGTTGACTTT;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=66;TCR=117;TR=183;WE=44511397;WS=44511379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	44530390	rs8101750	T	C	5690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.05;NF=60;NR=131;PP=2965;SC=TACATGATCTTCACAGTGGCA;SOR=1.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=60;TCR=131;TR=191;WE=44530398;WS=44530380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	44530444	rs3830527	GAC	G	2154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=44;PP=2106;SC=ATGGGCGTGAGACACAGGTGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=44;WE=44530453;WS=44530434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	44535999	rs7258517	G	T	8318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=86;PP=2965;SC=GATGGAGACTGTTCCAGAAGC;SOR=1.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=197;TCR=86;TR=282;WE=44536007;WS=44535989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr19	44564401	rs12610472	T	C	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=62;PP=2032;SC=AAGACTTCTTTGTCGTTGGAC;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=124;WE=44564409;WS=44564391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	44564981	rs3826941	G	A	17573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=287;NR=311;PP=2965;SC=CAACCCAAAGGGAAGGGAATT;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=598;TCF=287;TCR=311;TR=598;WE=44564989;WS=44564971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,625:1.00:625
chr19	44565125	rs4502339	A	G	4908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=112;PP=2965;SC=CCTTCCAGCTAGTGGCCCTGC;SOR=1.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=50;TCR=113;TR=162;WE=44565133;WS=44565115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	44570393	rs6509138	C	A	7799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=155;PP=2965;SC=TGAGGAAGGACTATCTATAAT;SOR=1.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=105;TCR=155;TR=260;WE=44570401;WS=44570383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	44570551	rs4375771	G	A	5286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=103;NR=76;PP=2965;SC=ACATCTCAGCGCTTCATATTC;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=179;WE=44570559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
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chr19	44580440	rs201907991	CT	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
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chr19	44585159	rs4803674	T	A	9006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CATACGTTTGTTGTTGTAGGA;SOR=0.402;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=313;TCF=191;TCR=122;TR=310;WE=44585167;WS=44585149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,330:1.00:331
chr19	44586076	rs4553729	T	C	7020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=93;PP=2965;SC=ACCATATCAGTGTTCAAGTTC;SOR=1.188;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=155;TCR=93;TR=247;WE=44586084;WS=44586066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	44589999	rs139900131	TCTC	T	17471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=179;PP=2965;SC=AGCTCTCAGTTCTCCACACAA;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=252;TCF=64;TCR=188;TR=238;WE=44590009;WS=44589989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr19	44590558	rs7255701	C	T	7711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=151;NR=100;PP=2965;SC=CCATGGTCCACATGCAAGAGA;SOR=1.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=151;TCR=100;TR=251;WE=44590566;WS=44590548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr19	44591360	rs8113249	G	A	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=83;PP=2313;SC=GAAGCGCTACGAGAGGCGCTT;SOR=2.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=23;TCR=83;TR=106;WE=44591368;WS=44591350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	44604914	rs62115526	T	C	9014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=193;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=1.677;SC=CCAGGAATCATTGGTCATGAG;SOR=0.393;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=327;TCF=194;TCR=133;TR=326;WE=44604922;WS=44604904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,330:1.00:331
chr19	44610665	rs2068061	A	G	14922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=272;NR=252;PP=2965;ReadPosRankSum=1.215;SC=TCAAGACTTGATGATAAATAG;SOR=0.350;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=525;TCF=272;TCR=253;TR=524;WE=44610673;WS=44610655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,535:1.00:536
chr19	44610798	rs4239529	A	T	12766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=199;NR=232;PP=2965;SC=GATGTCTCCCACTTTGATTTT;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=431;TCF=199;TCR=232;TR=431;WE=44610806;WS=44610788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr19	44611066	rs7508149	T	C	22440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=20.174;NF=378;NR=403;PP=2965;ReadPosRankSum=1.207;SC=ATGTTCATCATAAATTACACA;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=783;TCF=379;TCR=404;TR=781;WE=44611074;WS=44611056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,810:1.00:812
chr19	44611420	rs4508518	A	G	21404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=336;NR=405;PP=2965;SC=ACACGGGAGAAAAGCCATATA;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=742;TCF=337;TCR=405;TR=741;WE=44611428;WS=44611410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,760:1.00:760
chr19	44612005	rs3746321	A	G	12969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=43.82;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
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chr19	44612231	rs3746319	A	G	8150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=144;NR=123;PP=2965;SC=TTCATTCTCTAAAGTGCAAGA;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=144;TCR=123;TR=267;WE=44612239;WS=44612221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	44634903	rs10413195	A	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=2;PP=1210;SC=AACATTCCCTATATTTATTAA;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=40;TCR=2;TR=42;WE=44634911;WS=44634893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr19	44677233	rs12459795	A	G	5674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=48;NR=135;PP=2965;SC=CACCCTTTGTACTGCTTGCCC;SOR=2.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=48;TCR=135;TR=183;WE=44677241;WS=44677223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	44721699	rs9304640	C	T	13966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=260;NR=238;PP=2965;SC=CATTGCCTCTCGTTTCCTGCT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=498;TCF=260;TCR=238;TR=498;WE=44721707;WS=44721689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr19	44739303	rs2279073	T	C	10123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=189;NR=157;PP=2965;SC=ATGGCTCCAATCAGAAATTAC;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=348;TCF=189;TCR=159;TR=346;WE=44739311;WS=44739293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr19	44739399	rs2279072	T	C	8689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=133;PP=2965;SC=CGAATGTTCATACAGGAGAAA;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=155;TCR=133;TR=288;WE=44739407;WS=44739389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr19	44764064	rs1233444	A	G	9751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=1.394;SC=AGGAGGGCGAAGCAGCCGTCA;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=180;TCR=171;TR=349;WE=44764072;WS=44764054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,362:1.00:363
chr19	44769974	rs12462723	C	T	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=36;PP=1646;SC=GTACAAACACCTTTTTCAGCG;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=44769982;WS=44769964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	44778405	rs1233428	A	C	7649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=135;NR=122;PP=2965;SC=AGAGTTCACAAAGGAGAGAAG;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=135;TCR=123;TR=257;WE=44778413;WS=44778395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
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chr19	44792969	rs2609908	G	A	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=53;PP=2584;SC=AATATACATAGTTTGTTTTTC;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=72;TCR=53;TR=125;WE=44792977;WS=44792959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	44807359	rs67283809	GAT	G	494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=0;PP=388;SC=GAAATTAACAGATATATATAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=44807368;WS=44807349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr19	44832875	rs2722722	A	G	13069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=229;NR=218;PP=2965;SC=CCTTGAAGATATAAATTATGG;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=447;TCF=229;TCR=218;TR=447;WE=44832883;WS=44832865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr19	44832992	rs2722723	C	G	10109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=201;PP=2965;SC=CCACACTCCTCAGAATTATAT;SOR=1.032;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=351;TCF=149;TCR=202;TR=350;WE=44833000;WS=44832982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr19	44833506	rs4325673	C	T	10272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=163;PP=2965;SC=GCTGATGAACCTCAGAGCTGG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=349;TCF=186;TCR=163;TR=349;WE=44833514;WS=44833496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr19	44833851	rs4280359	G	C	7665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=140;NR=110;PP=2965;SC=CTATATGAGTGAATATATAGT;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=141;TCR=110;TR=250;WE=44833859;WS=44833841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr19	44840789	rs2571104	T	C	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=1.959;SC=AACATCCATCTCTTGGGGTTT;SOR=0.338;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=106;TCR=78;TR=183;WE=44840797;WS=44840779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr19	44845385	rs74260472	C	T	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=45;PP=1212;SC=TCTTCTATCCCATTTCTGGGC;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=44845393;WS=44845375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	44847480	rs5828194	GA	G	12135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=181;PP=2951;SC=AGGGTAATACGAAAGAAGCCA;SOR=1.013;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=37;TCR=187;TR=217;WE=44847488;WS=44847470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr19	44871173	rs2722747	G	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.647;NF=48;NR=19;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GGAACAGAGCGCACAAAATAC;SOR=1.094;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=141;TCF=94;TCR=47;TR=67;WE=44871181;WS=44871163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,68:0.47:145
chr19	44871293	rs2571074	T	C	2277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.978;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.167;NF=44;NR=58;PP=1567;ReadPosRankSum=-1.202;SC=TTCTTGAAGATAAGGAGGGCC;SOR=0.989;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=192;TCF=90;TCR=102;TR=102;WE=44871301;WS=44871283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,105:0.51:206
chr19	44871374	rs16978991	T	C	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.751;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.889;NF=18;NR=25;PP=615;ReadPosRankSum=0.221;SC=ATGACCTCACTTTCATGGAGC;SOR=0.415;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=43;WE=44871382;WS=44871364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr19	44890697	rs1836280	A	G	10942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=227;NR=155;PP=2965;SC=CACGCTCACAATGTGTGTACT;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=382;TCF=227;TCR=155;TR=382;WE=44890705;WS=44890687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr19	44890801	rs12610859	T	C	12086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=193;NR=208;PP=2965;SC=GGCCTCTCTCTTGTGTGGACT;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=402;TCF=193;TCR=209;TR=401;WE=44890809;WS=44890791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr19	44891405	rs151111866	A	G	5585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GGACTCGATGATGGTTGTGAA;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=527;TCF=250;TCR=277;TR=250;WE=44891413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,259:0.47:549
chr19	44891784	rs2571089	T	C	10061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.081;NF=183;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.251;SC=TTTCCCACAGTTGGGATGTCT;SOR=0.268;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=183;TCR=157;TR=339;WE=44891792;WS=44891774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,348:1.00:349
chr19	44892333	rs2571090	A	T	4455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=0.071;SC=TGAGAAAATGAAATATGATGG;SOR=1.783;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=153;TCF=27;TCR=126;TR=152;WE=44892341;WS=44892323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr19	44896487	rs2571123	G	C	6000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=145;NR=43;PP=2965;SC=CCAGTGGTCTGATGCTCAGTT;SOR=2.451;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=145;TCR=43;TR=188;WE=44896495;WS=44896477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	44896857	rs2571122	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=43;PP=1172;SC=GTGTCCTTACGTGGCAGAGGG;SOR=6.229;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=44;WE=44896865;WS=44896847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	44898575	rs56836152	T	TA	100.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=74;SC=TAAAGTATAATAAAAAAAAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=44898583;WS=44898565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	44898662	rs2571124	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=7;PP=209;SC=CCGCAACACACAATTTACCCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=44898670;WS=44898652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	44901526	rs2722650	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=786;SC=TCCTCTCACTAGATATCATCT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=44901534;WS=44901516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	44901557	rs2722651	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=325;SC=TGAACAGACTAAACTCCCACC;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=44901565;WS=44901547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	44932972	rs1434579	C	T	4676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.801;SC=AAGCCCTTTCCGCACTCTTGG;SOR=0.686;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=423;TCF=216;TCR=207;TR=204;WE=44932980;WS=44932962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,212:0.48:439
chr19	44933947	rs12151338	G	A	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=69;PP=1806;ReadPosRankSum=2.035;SC=GGGTGGTTACGTATGTGCGTG;SOR=0.897;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=241;TCF=101;TCR=140;TR=117;WE=44933955;WS=44933937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,128:0.50:254
chr19	44934489	rs2571174	G	A	8104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=94;NR=169;PP=2965;SC=ACTGTCCAGGGAATTCTCAAT;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=94;TCR=169;TR=263;WE=44934497;WS=44934479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr19	44947050	rs204548	T	C	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=70;PP=1851;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CTGCTAGGTTTTCTGCGAGCA;SOR=0.844;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=252;TCF=95;TCR=157;TR=104;WE=44947058;WS=44947040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,112:0.44:256
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chr19	44977405	rs1897821	C	T	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.635;NF=48;NR=90;PP=2120;ReadPosRankSum=0.216;SC=AAGGACCTTCCGACTCATCAA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=304;TCF=109;TCR=195;TR=138;WE=44977413;WS=44977395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,143:0.46:311
chr19	44981375	rs954314	T	C	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=1147;ReadPosRankSum=0.377;SC=ACTTTCCACATTGATTGCATT;SOR=0.455;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=65;WE=44981383;WS=44981365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,68:0.54:125
chr19	44981883	rs1897820	C	G	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.233;SC=AAATCCATAGCATTTATCTTT;SOR=0.961;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=170;TCF=86;TCR=84;TR=75;WE=44981891;WS=44981873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,79:0.44:178
chr19	44983567	rs2253563	C	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=828;ReadPosRankSum=0.111;SC=GAGCAGGGTTCCAAGTACCCT;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=72;TCR=67;TR=65;WE=44983575;WS=44983557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,71:0.48:149
chr19	44983728	rs35167767	TG	T	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.067;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.227;NF=0;NR=12;PP=350;ReadPosRankSum=0.581;SC=ATTGGTGACCTGGGGAGTTGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=12;WE=44983736;WS=44983718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	45001232	rs2571109	C	T	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=41;PP=1303;ReadPosRankSum=-1.930;SC=CATGAGGGCCCCAAACCCCCT;SOR=0.563;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=88;WE=45001240;WS=45001222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,92:0.51:180
chr19	45001346	rs2571108	G	A	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1076;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CTGTGCACAGGCCTTCGGGGG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=70;WE=45001354;WS=45001336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr19	45004042	rs12459496	T	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=410;ReadPosRankSum=-1.102;SC=GTTCTCAAGATGTCCCCTTAC;SOR=0.465;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=29;WE=45004050;WS=45004041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr19	45004305	rs12977470	G	C	6483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GACACCAAGCGCTGCCCCACG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=495;TCF=190;TCR=305;TR=279;WE=45004313;WS=45004295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,285:0.56:505
chr19	45015596	rs1004605	T	G	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TGCCATGAAATGTTTAGACAA;SOR=0.721;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=156;TCF=98;TCR=58;TR=76;WE=45015604;WS=45015586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,83:0.48:172
chr19	45016116	rs8100718	A	G	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=1077;ReadPosRankSum=-1.326;SC=GATATATTGCAATACTCAGGA;SOR=0.532;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=173;TCF=103;TCR=70;TR=81;WE=45016124;WS=45016106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,92:0.47:196
chr19	45016990	rs5828200	CT	C	8266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=89;PP=2951;SC=GACTGGGGTCCTTCTGTTGTT;SOR=0.898;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=52;TCR=90;TR=138;WE=45016998;WS=45016980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	45017477	rs10706694	TA	T	3530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=66;PP=2948;SC=CGTTGGGAGGTAATCAGATTG;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=2;TCR=68;TR=68;WE=45017494;WS=45017467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	45017486	rs4802229	T	C	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=697;ReadPosRankSum=1.439;SC=GTAATCAGATTGTGGTTTTTG;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=17;TCR=66;TR=44;WE=45017494;WS=45017467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr19	45024581	rs12982449	C	G	6555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=160;NR=81;PP=2965;SC=CATAGGGCCCCGTGTCATTCC;SOR=1.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=161;TCR=81;TR=241;WE=45024589;WS=45024571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr19	45024875	rs12975863	T	C	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=65;PP=2130;SC=TCCAGGAGTGTGTGCGTGTGT;SOR=2.359;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=19;TCR=68;TR=84;WE=45024887;WS=45024865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	45024879	rs144346131	C	CGT,CGTGT	1444.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=34,34;PP=427,1019;ReadPosRankSum=1.197;SC=GGAGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.322;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=1;TCR=65;TR=35,35;WE=45024887;WS=45024865;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.36:50
chr19	45028169	rs7260180	C	T	10108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=197;NR=165;PP=2965;SC=TGGAACACAACGGAGAGGTTG;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=362;TCF=197;TCR=165;TR=362;WE=45028177;WS=45028159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr19	45033379	.	GCACA	G,GCA	1961.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.50;MQRankSum=0.308;QD=28.43;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,32,35:0.46,0.51:69
chr19	45116776	rs846898	G	A	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=7;PP=1724;SC=CTGACTCTGGGGCAGGCACTA;SOR=4.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=62;TCR=7;TR=68;WE=45116784;WS=45116766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	45117163	rs111463774	C	T	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=84;PP=2965;SC=GCTGCAGACGCGACTGTACAG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=103;TCR=84;TR=187;WE=45117171;WS=45117153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	45121424	rs10412507	G	A	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=114;PP=2965;SC=CTGCCTTCTCGGAGCTGCCCT;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=153;TCR=114;TR=267;WE=45121432;WS=45121414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
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chr19	45126994	rs846857	A	G	11916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=246;NR=165;PP=2965;SC=TTCCCTGTTTACACAGACAGC;SOR=1.157;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=413;TCF=248;TCR=165;TR=411;WE=45127002;WS=45126984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr19	45138648	rs140576977	TTC	T	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=426;ReadPosRankSum=1.312;SC=ATGATTCTTATTCTCTCTCTC;SOR=0.859;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=15;WE=45138657;WS=45138638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr19	45147518	rs5828211	C	CA	15146.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=135;PP=2973;SC=GTCTGGCTCCCGCTCCGCATC;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=31;TCR=137;TR=165;WE=45147526;WS=45147508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr19	45147542	rs439446	T	C	11766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=116;PP=2965;SC=GCCGGGTACTTGCCCCCTTGG;SOR=0.953;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=88;TCR=116;TR=204;WE=45147550;WS=45147532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	45147576	rs5828212	CG	C	5725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=84;PP=2969;SC=ACGGCCCCGCCGCGGCGCCAC;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=9;TCR=85;TR=93;WE=45147584;WS=45147566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	45157113	rs71171278	A	AG	18833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=167;PP=2974;SC=AATCCCGCGTACCCCAGGCCC;SOR=1.205;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=352;TCF=180;TCR=172;TR=341;WE=45157121;WS=45157103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr19	45162038	rs203710	A	G	5250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=75;PP=2965;SC=ACTCAGGCATATCCCGTAACG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=100;TCR=75;TR=174;WE=45162046;WS=45162028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	45176028	rs35695969	C	T	4109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=90;PP=2589;ReadPosRankSum=-2.896;SC=AGGAGACGTACGGAGGCACGA;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=396;TCF=217;TCR=179;TR=190;WE=45176036;WS=45176018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,200:0.48:420
chr19	45184619	rs62119326	A	G	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=78;PP=1698;ReadPosRankSum=-0.913;SC=CCTGAAGCCAATGCTAACAGG;SOR=1.652;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=197;TCF=55;TCR=142;TR=97;WE=45184627;WS=45184609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,99:0.49:204
chr19	45203837	rs2919848	G	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=314;ReadPosRankSum=0.512;SC=GCATGAGCCAGTGCACCCGGC;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=22;WE=45203845;WS=45203827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr19	45206532	rs2965167	G	A	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=19;PP=1652;SC=GGCTGGGGACGTGCCCCGAGC;SOR=2.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=81;WE=45206540;WS=45206522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	45211407	rs61744497	C	T	5263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.475;SC=CACTCAAGACCGTCACAGTGC;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=512;TCF=259;TCR=253;TR=249;WE=45211415;WS=45211397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,259:0.48:538
chr19	45213752	rs62120572	C	T	5518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.687;SC=GCCCCCTCGCCCCATATGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=517;TCF=308;TCR=209;TR=250;WE=45213760;WS=45213742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,261:0.49:532
chr19	45323073	rs3669	T	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=838;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CAACCACATCTTATCCTCCAC;SOR=1.641;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=123;TCF=34;TCR=89;TR=45;WE=45323081;WS=45323063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
chr19	45324138	rs28399637	G	A	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1426;ReadPosRankSum=-1.340;SC=GAGCACGCCCGTGGGCACAGG;SOR=0.566;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=210;TCF=120;TCR=90;TR=113;WE=45324146;WS=45324128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,123:0.54:226
chr19	45349963	rs2306149	C	A	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.726;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.145;NF=76;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=0.064;SC=CCGCCCACCCCCGGCTCCCCG;SOR=1.432;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=199;TCF=84;TCR=115;TR=188;WE=45349971;WS=45349953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,189:0.99:190
chr19	45389224	rs283814	A	G	17738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=344;NR=312;PP=2965;SC=ACAAGCCACCAACCCCAAAAG;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=657;TCF=344;TCR=313;TR=656;WE=45389232;WS=45389214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,687:1.00:687
chr19	45430280	rs5112	C	G	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.35;MQRankSum=-1.379;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,52:0.40:129
chr19	45430994	.	TACAACA	T	7405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.131;NF=39;NR=68;PP=2987;ReadPosRankSum=1.645;SC=GTCTCAAAACTACAACAACAA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=83;TCR=149;TR=107;WE=45431007;WS=45430984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,193:0.53:366
chr19	45448036	rs1132899	T	C	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=74;NR=44;PP=1912;SC=GAAGGAACCCTGAGCCCCCCA;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=118;WE=45448044;WS=45448026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	45448465	rs5167	T	G	12644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=287;NR=313;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CTGGGTCCGCTCACCAAGGCC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1078;TCF=522;TCR=556;TR=600;WE=45448473;WS=45448444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:492,614:0.56:1106
chr19	45451620	rs5120	T	A	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=22;PP=2572;SC=GACACCGAGCTCACACAGAGC;SOR=2.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=95;TCR=22;TR=117;WE=45451628;WS=45451610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	45451656	rs10422603	T	G	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=31;PP=1753;ReadPosRankSum=0.198;SC=CCCACCAGAGTGGGGCGTGAC;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=157;TCR=67;TR=105;WE=45451664;WS=45451646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,111:0.47:236
chr19	45452335	rs4803776	T	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=12;PP=1494;SC=GGAGTCCAGGTCCCCAGACCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=64;WE=45452343;WS=45452325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr19	45458593	rs2238682	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CGCGCGATTGCGCTGCGAAGT;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=9;WE=45458601;WS=45458583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
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chr19	45477910	rs11318909	CT	C	4405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=127;PP=2966;SC=ACTGAAGGACCTTTTCCTCCA;SOR=5.610;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=137;TCF=2;TCR=135;TR=128;WE=45477918;WS=45477900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	45488434	rs204472	A	G	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=28;PP=2066;SC=TGCAGGTGCCAGCAGGTCTCA;SOR=1.923;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=86;TCR=28;TR=113;WE=45488442;WS=45488424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	45488567	rs204471	T	C	7993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=169;PP=2965;SC=TCAAGGTAAATGGGCAGGGTT;SOR=1.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=133;TCR=169;TR=302;WE=45488575;WS=45488557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr19	45489548	rs58800134	A	AG	2568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=14;PP=2353;SC=GCTTGAGCCCAGAATTCGAGA;SOR=2.439;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=51;WE=45489556;WS=45489538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	45490570	rs3786505	A	G	9185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=229;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.370;SC=CCTTCTGCCCACTCTCGCTTT;SOR=0.626;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=753;TCF=334;TCR=419;TR=414;WE=45490578;WS=45490560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,421:0.55:768
chr19	45490636	rs204468	T	C	4222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=126;PP=2492;ReadPosRankSum=0.743;SC=ACTTCCTGGGTGATGAGTTGT;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=480;TCF=196;TCR=284;TR=207;WE=45490644;WS=45490626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,217:0.44:498
chr19	45494247	rs11405080	A	AC	17607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=236;PP=2936;SC=GTCTCCAGGTACCACGTATCC;SOR=1.254;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=290;TCF=37;TCR=253;TR=273;WE=45494255;WS=45494237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,499:1.00:499
chr19	45494349	rs11333249	TC	T	3585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=62;PP=2951;SC=CATAACTGCTTCCCTGGGCGA;SOR=1.352;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=91;WE=45494357;WS=45494339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	45495668	rs2075618	G	C	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=2844;ReadPosRankSum=0.321;SC=GGTGAGGCCCGGTGGGCAGGT;SOR=0.548;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=172;TCF=64;TCR=108;TR=87;WE=45495690;WS=45495658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,94:0.53:178
chr19	45495682	rs2075619	A	G	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=2844;ReadPosRankSum=0.551;SC=GGCAGGTGGGAGCTCCCACCG;SOR=0.485;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=147;TCF=58;TCR=89;TR=77;WE=45495690;WS=45495658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,83:0.54:154
chr19	45496303	rs9193	T	C	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=52;PP=1161;ReadPosRankSum=0.144;SC=CAGCGTGTGATGTAGGGGCCG;SOR=1.033;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=91;WE=45496311;WS=45496293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,99:0.51:193
chr19	45506772	rs7251460	T	A	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=65;PP=2375;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GACAGGTAAATCTTACCACCT;SOR=0.644;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=248;TCF=141;TCR=107;TR=143;WE=45506780;WS=45506762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,130:0.57:227
chr19	45528799	rs2288918	T	C	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=77;PP=2965;SC=CCCTTCCCCGTTCCCCTGTAC;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=105;TCR=77;TR=182;WE=45528807;WS=45528789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	45532009	rs12609547	G	T	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=5;PP=2024;SC=GTTCCATGAGGATCAGATGCC;SOR=5.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=75;TCR=5;TR=80;WE=45532017;WS=45531999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	45535672	rs147163954	CA	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=1.679;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr19	45536036	rs10424046	C	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=419;ReadPosRankSum=0.393;SC=GGTGACCCACCACCTCGGAGA;SOR=1.056;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=23;WE=45536044;WS=45536026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr19	45537417	rs143167603	AAAAT	A	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.844;NF=6;NR=2;PP=287;ReadPosRankSum=-0.469;SC=ACTGTCTCTAAAAATAAATAA;SOR=0.883;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=8;WE=45537428;WS=45537407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr19	45561063	rs4803794	A	G	8240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=150;NR=141;PP=2965;SC=CACGGTGGCCAAGGTAGAGAA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=151;TCR=141;TR=291;WE=45561071;WS=45561053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr19	45571781	rs10445571	T	C	4044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.258;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=86;PP=2591;ReadPosRankSum=0.170;SC=AGCTCTTCTTTCCCTTGGCAG;SOR=0.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=193;TCR=168;TR=181;WE=45571789;WS=45571771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,193:0.51:379
chr19	45571900	rs34337168	G	GCC	1451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=2186;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CAGCTCCGCTGCCGCTATGCT;SOR=0.665;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=3;TCR=68;TR=29;WE=45571911;WS=45571890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr19	45571903	rs36097205	G	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=2179;ReadPosRankSum=0.142;SC=CTCCGCTGCCGCTATGCTGGG;SOR=0.610;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=34;WE=45571911;WS=45571890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,38:0.48:79
chr19	45643957	rs116863911	C	T	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=36;PP=994;SC=AGGAGGGGGTCCCCTAGACAA;SOR=4.125;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=45643965;WS=45643947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr19	45649386	rs968445	A	G	7204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=117;PP=2965;SC=CCTGTTGTGGACCTCAGTTTC;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=147;TCR=119;TR=264;WE=45649394;WS=45649376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
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chr19	45998247	rs10401270	A	G	3396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;ReadPosRankSum=-1.380;SC=CTCGAAAATCAGAGTCGTCGT;SOR=0.605;Source=Platypus;WE=45998255;WS=45998237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,168:0.49:343
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chr19	46003399	rs147723657	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.315;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.788;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
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chr19	46025388	rs2301284	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=523;ReadPosRankSum=1.070;SC=CATCCTTAGGGCCCTGATTGA;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=28;WE=46025396;WS=46025378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr19	46026970	rs11880111	T	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1138;ReadPosRankSum=1.092;SC=CAGGGACTCTTCTTGCCCTAC;SOR=0.669;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=186;TCF=95;TCR=91;TR=75;WE=46026978;WS=46026960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,79:0.40:198
chr19	46027752	rs4802260	C	T	6382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=72;PP=2965;SC=CTCAATGTGACCCCTGGAATA;SOR=1.630;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=234;TCF=162;TCR=72;TR=231;WE=46027760;WS=46027742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	46029187	rs56216986	T	C	3926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.924;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=72;PP=2564;ReadPosRankSum=-1.328;SC=TGATTAGTTTTACCCCATTAA;SOR=0.529;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=370;TCF=226;TCR=144;TR=175;WE=46029195;WS=46029177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,187:0.49:385
chr19	46032735	rs149252540	CAG	C	6968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.925;NF=13;NR=113;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.565;SC=AGACAGGAGTCAGGGGTCTTT;SOR=0.645;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=324;TCF=30;TCR=294;TR=126;WE=46032744;WS=46032725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,192:0.40:482
chr19	46032841	rs12971437	G	C	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=521;ReadPosRankSum=0.756;SC=GCGTGCTGGCGGGGACGCCTT;SOR=1.799;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=31;WE=46032849;WS=46032831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr19	46057081	rs3826860	A	G	15198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=287;NR=264;PP=2965;SC=CGCCCAGCTCAGCTGCCGCCT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=551;TCF=287;TCR=264;TR=551;WE=46057089;WS=46057071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,564:1.00:564
chr19	46087812	rs62111684	C	G	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=734;ReadPosRankSum=0.432;SC=AGAAGTCCATCCCCTAAGCAA;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=47;WE=46087820;WS=46087802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr19	46094597	rs3745820	G	A	5458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=1.039;SC=AGGCCACCCAGCCTTCCATGG;SOR=0.693;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=644;TCF=331;TCR=313;TR=278;WE=46094605;WS=46094587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,285:0.43:660
chr19	46118127	rs3816046	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=0.945;SC=GGGGTCTTCACAGCCCGCAGC;SOR=0.372;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=19;WE=46118135;WS=46118117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr19	46119867	rs2241722	C	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=50;PP=1123;ReadPosRankSum=1.693;SC=TCCATCCCCTCCTCGCCCAGA;SOR=0.909;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=149;TCF=52;TCR=97;TR=73;WE=46119875;WS=46119857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,70:0.48:145
chr19	46121020	rs12985660	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=448;ReadPosRankSum=-1.407;SC=GGACATTCTCTTGCCTCAGGG;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=27;WE=46121028;WS=46121010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr19	46122208	.	GA	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.849;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr19	46124950	rs56225956	C	G	2990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=83;PP=2080;ReadPosRankSum=0.590;SC=TATGCTGACCCCTGAAAGCAT;SOR=0.792;Source=Platypus;TCF=138;TR=147;WE=46124958;WS=46124940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,147:0.47:312
chr19	46130191	rs1548026	T	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=435;ReadPosRankSum=0.253;SC=CGGCTGTTTGTGTTGTATGCT;SOR=0.715;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=29;WE=46130199;WS=46130181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr19	46142053	rs7252448	C	T	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1379;ReadPosRankSum=0.831;SC=TCCAGCCTGTCACCCCAACAA;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TCF=113;TR=103;WE=46142061;WS=46142043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,101:0.51:197
chr19	46145025	rs2286756	G	T	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=77;PP=1873;ReadPosRankSum=1.429;SC=GAGCACACAGGTGGGGGCAGA;SOR=0.430;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=206;TCF=49;TCR=157;TR=106;WE=46145033;WS=46145015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,109:0.52:209
chr19	46175976	rs13306396	TATC	T	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=243;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TATAAGGGTTTATCATCATCA;SOR=1.012;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=7;WE=46175986;WS=46175966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr19	46177235	rs55669001	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=199;ReadPosRankSum=-1.342;SC=AAATAGGGTATTTGGGCAGAA;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=13;WE=46177243;WS=46177228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr19	46180150	rs4803846	A	G	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=20;PP=1350;ReadPosRankSum=0.280;SC=GCTGGGGGAGACTGGGAGACA;SOR=1.503;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=183;TCF=124;TCR=59;TR=82;WE=46180158;WS=46180140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,86:0.45:192
chr19	46180184	rs11672660	C	T	2910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=54;PP=2085;ReadPosRankSum=-1.346;SC=GACTACCCCTCTACCGGTCTG;SOR=0.853;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=307;TCF=185;TCR=122;TR=141;WE=46180192;WS=46180174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,141:0.45:315
chr19	46180414	rs34783010	G	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=410;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CCTCTCCTCGGCTCCCCCAAC;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=24;WE=46180422;WS=46180404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr19	46181392	rs1800437	G	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=-0.710;SC=GGGTGTCCACGAGGTGGTGTT;SOR=1.445;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=18;WE=46181400;WS=46181382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr19	46196634	rs2302593	C	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=315;ReadPosRankSum=2.469;SC=GGGGGTTGCTCTCATTCTTCC;SOR=1.071;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=19;WE=46196642;WS=46196624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr19	46199106	.	CTTTT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr19	46202172	rs2287019	C	T	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=56;PP=1204;ReadPosRankSum=-0.407;SC=AGGGTGAATGCGGAGGTGGGC;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=79;TCR=130;TR=92;WE=46202180;WS=46202162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,99:0.46:216
chr19	46204938	rs4803847	C	T	4807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=125;NR=38;PP=2965;SC=CTGGCATTCACTCTTGTTGGG;SOR=2.389;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=125;TCR=39;TR=163;WE=46204946;WS=46204928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	46205050	rs4803848	T	C	19909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=379;NR=332;PP=2965;SC=TCGCCCCCACTTCCAGAGAAG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=711;TCF=379;TCR=332;TR=711;WE=46205058;WS=46205032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,728:1.00:728
chr19	46206098	rs62111730	G	A	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=25;PP=1889;ReadPosRankSum=1.329;SC=CTAGAGGTTGGGCTTGGGCTC;SOR=0.821;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=212;TCF=164;TCR=48;TR=105;WE=46206106;WS=46206088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,107:0.53:201
chr19	46206425	rs11672416	T	C	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=35;PP=834;ReadPosRankSum=0.224;SC=TACCTTTGTCTCCTAATTGTG;SOR=0.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=8;TCR=73;TR=39;WE=46206433;WS=46206415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr19	46214700	rs138545162	TA	T	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.978;QD=8.05;ReadPosRankSum=-1.748;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr19	46238555	rs2041975	T	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=8;PP=1194;SC=ATAGGGAAGATGAAGGGTGCC;SOR=2.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=46238563;WS=46238545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	46248407	rs10404220	G	A	7288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=157;NR=107;PP=2965;SC=TGTGGAATTCGTTTTGGATGT;SOR=1.092;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=157;TCR=107;TR=264;WE=46248415;WS=46248397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	46258024	rs918164	A	G	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=74;PP=2245;SC=TTTCAGTAAGATGCCACTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=39;TCR=74;TR=113;WE=46258032;WS=46258014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	46260375	rs4802275	C	T	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=13;PP=1495;SC=CCAAAGGGGCCCCATAGCAGT;SOR=2.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=73;WE=46260383;WS=46260365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	46265029	rs8112282	C	T	7191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=164;PP=2965;SC=TCTCGCTGAGCGGGAACAGCA;SOR=1.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=84;TCR=164;TR=248;WE=46265037;WS=46265019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr19	46265047	rs139434566	A	ATCCAGC	3953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=42;PP=2937;ReadPosRankSum=-0.662;SC=GCAAGGCGCCATCCAGCTCCA;SOR=0.990;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=128;TCF=5;TCR=123;TR=43;WE=46265055;WS=46265037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr19	46269076	rs2014576	G	A	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GGGGAGAAGGGCAGGCTGGTG;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=79;TCR=109;TR=187;WE=46269084;WS=46269066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr19	46269313	rs2014377	G	C	4598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=92;PP=2634;SC=CCCTGCTGCAGGGCCACACCC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=171;WE=46269321;WS=46269303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	46274171	rs635299	A	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=6;PP=248;SC=GCGGGTGGCAAGGGGCGGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=46274179;WS=46274161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	46274972	rs915915	A	C	11919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=218;NR=203;PP=2965;SC=ACGAGAGGGGATGCCAAGGGT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=421;TCF=218;TCR=203;TR=421;WE=46274980;WS=46274962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr19	46276056	rs16939	C	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=28;PP=799;SC=AATGCTGATTCTCTGGTGGAG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=46276064;WS=46276046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	46281745	rs1799894	A	G	5160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=44;PP=2965;SC=GCCATGCTGCACCCACCTGTG;SOR=2.388;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=144;TCR=44;TR=188;WE=46281753;WS=46281735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	46287200	rs617988	C	G	4435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=56;PP=2752;SC=GGCGGGGAGTCTCTCCCCAGG;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=150;WE=46287208;WS=46287190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	46288706	rs3760843	A	T	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=682;SC=GAGGTCTTGTACTGAGACACT;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=46288714;WS=46288696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	46289392	rs8110017	G	C	5507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=126;NR=68;PP=2965;SC=GGGCCAGGGGGGGGTGCGGGT;SOR=1.373;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=126;TCR=69;TR=194;WE=46289400;WS=46289382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	46289509	rs11545326	G	A	6185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.575;SC=AGAGCGGGGCGCCCCCGGCCG;SOR=0.689;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=481;TCF=246;TCR=235;TR=279;WE=46289517;WS=46289499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,291:0.58:503
chr19	46313758	rs10402263	G	C	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=4;PP=1481;SC=ACTGGATTGTGCAATGCTGTC;SOR=5.174;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=53;TCR=4;TR=56;WE=46313766;WS=46313748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	46313825	rs10407137	A	T	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=156;NR=66;PP=2965;SC=GCCCCCACTGACCCTGATGCC;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=156;TCR=67;TR=222;WE=46313833;WS=46313815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	46318963	rs3810331	C	A	5223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=88;PP=2965;SC=CTCCTGGTGACCGGGGAAGGA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=95;TCR=89;TR=183;WE=46318971;WS=46318953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	46326200	rs12976060	A	G	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=94;PP=2803;SC=TGGGGAGCTGAGGGCAAGCTC;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=136;WE=46326208;WS=46326190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	46327185	rs7252416	G	C	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=73;PP=2255;SC=TTAGGGGAGGGTCAGGTGTTG;SOR=3.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=15;TCR=73;TR=88;WE=46327193;WS=46327175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	46327209	rs11284049	CT	C	2090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=50;PP=2134;SC=GGCAGGGTGGCTTGCGGGGCA;SOR=4.029;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=53;WE=46327217;WS=46327199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	46329438	rs7246155	G	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=24;PP=1609;SC=GGCCCAGAGCGCGGACACAGC;SOR=1.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=80;WE=46329446;WS=46329428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	46331302	rs4239535	C	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=38;PP=1093;SC=CAAGCCCCTGCTTATAAAGCT;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=46331310;WS=46331292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	46332194	rs3745929	C	T	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=85;NR=27;PP=2393;SC=GGAAGCCTCTCGGGGACAGGA;SOR=2.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=85;TCR=27;TR=112;WE=46332202;WS=46332184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	46333444	rs372177278	C	T	3085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=73;PP=1994;ReadPosRankSum=-0.999;SC=TTTTCTTGCGCCCACCAGCGC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=180;TCR=167;TR=152;WE=46333452;WS=46333434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,158:0.44:359
chr19	46333632	rs4516331	G	A	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=40;PP=1144;SC=GTGGGTAAGAGGAAGGAAGAG;SOR=5.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=46333640;WS=46333622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	46334955	rs4803866	C	T	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=71;PP=2223;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CACAAAACCTCGTTTAAATCC;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=100;WE=46334963;WS=46334945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr19	46367901	rs1363538	T	C	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=77;PP=2015;SC=CTTGGGCAGCTGAGGAACTGG;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=134;WE=46367909;WS=46367891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	46443739	rs28742045	T	G	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=86;ReadPosRankSum=0.863;SC=AGCCGTAACTTGCCAGCGTGT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=229;TR=181;WE=46443747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,191:0.42:460
chr19	46443886	rs1047061	C	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CCGCGGCTGGCAGCACATCCG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=60;WE=46443894;WS=46443876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,62:0.50:125
chr19	46498353	rs892217	C	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=782;ReadPosRankSum=0.046;SC=GCATGCACACCCGGCTCTCCC;SOR=0.809;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=227;TCF=130;TCR=97;TR=77;WE=46498361;WS=46498343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,90:0.37:246
chr19	46498827	rs746401	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.46;ReadPosRankSum=0.787;SOR=0.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr19	46498835	rs55951953	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.60;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr19	46511548	rs2287305	T	C	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=78;PP=2441;SC=AGATCTGGCATCTGCGGGAGC;SOR=1.481;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=127;WE=46511556;WS=46511538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	46511617	rs9676886	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.098;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=-1.225;SC=TCATGCACCGCGGGGCCCATG;SOR=2.712;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=11;WE=46511625;WS=46511607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr19	46520026	rs2287306	A	G	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=4.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=2.429;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,122:0.45:272
chr19	46520728	rs11669048	G	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=418;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GGCAATTGTAGCTCACGGCAG;SOR=0.754;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=24;WE=46520736;WS=46520718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr19	46640551	rs1990765	C	A	7010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.347;SC=ACACCACATGCAATATTATCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=651;TCF=354;TCR=297;TR=322;WE=46640559;WS=46640541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,334:0.49:681
chr19	46652396	rs138711585	TCTCTCTCTCTCC	T	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.576;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=1003;ReadPosRankSum=-2.598;SC=TGGGCAACCATCTCTCTCTCT;SOR=2.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=10;WE=46652416;WS=46652386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr19	46664168	rs2270403	G	A	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=79;PP=2032;ReadPosRankSum=0.761;SC=CCAGGGGGTCGGGGGAAGGGA;SOR=0.674;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=281;TCF=114;TCR=167;TR=130;WE=46664176;WS=46664158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,131:0.46:286
chr19	46664400	rs10408162	A	G	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1673;ReadPosRankSum=-0.028;SC=ACATAGGCTAAGGTAATATGT;SOR=0.943;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=222;TCF=122;TCR=100;TR=100;WE=46664408;WS=46664390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,107:0.44:242
chr19	46733409	rs75105417	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=541;ReadPosRankSum=2.564;SC=CTGCTCACACGGAGCCCCAGG;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=34;WE=46733417;WS=46733399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr19	46733912	rs2286802	A	G	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr19	46733916	rs2286803	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.56;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr19	46734255	rs2286804	A	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=292;ReadPosRankSum=1.411;SC=CCCACCCTGCAGCTGCCCTGA;SOR=1.552;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=46734263;WS=46734245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr19	46800433	rs3826795	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr19	46808371	rs4802306	C	T	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1044;ReadPosRankSum=0.297;SC=TAGGATGTACCCCCACTTCCT;SOR=0.581;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=183;TCF=109;TCR=74;TR=73;WE=46808379;WS=46808361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,79:0.41:195
chr19	46811857	rs73059757	C	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=2;PP=702;SC=GCCAGGGTGCCGGAGGGCACT;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=46811865;WS=46811847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	46811984	rs2311054	A	G	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=59;PP=1920;SC=TGAAGAGTACACTCACCAGCC;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=118;WE=46811992;WS=46811974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	46812126	rs757638	A	G	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=20;PP=590;SC=GGCATCTCCTAGGCTGGGGAC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=46812134;WS=46812116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	46812336	rs759299	G	A	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=19;PP=1399;ReadPosRankSum=0.556;SC=CCCTCAGGACGCATCTTCCAA;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=122;TCR=36;TR=87;WE=46812344;WS=46812326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,89:0.54:165
chr19	46815297	rs8101216	T	C	12403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.02;NF=243;NR=175;PP=2965;SC=TTCTCTCGGTTACAATCCTTC;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=419;TCF=244;TCR=175;TR=418;WE=46815305;WS=46815287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr19	46815499	rs8101480	T	C	16289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=293;NR=293;PP=2965;SC=TGGACTCCGATGCGGTCAGCA;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=591;TCF=295;TCR=296;TR=586;WE=46815507;WS=46815489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,618:1.00:618
chr19	46815705	rs3752207	A	C	13644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=235;NR=250;PP=2965;SC=GTCCCCAGATATTTCTCTCCC;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=486;TCF=236;TCR=250;TR=485;WE=46815713;WS=46815695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr19	46815969	rs146459631	G	GGTGTGT,GGTGTGTGT	1396.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=25,25;PP=166,808;ReadPosRankSum=1.681;SC=TGTGTGGACAGGTGTGTGTGT;SOR=2.242;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=27,27;WE=46815977;WS=46815959;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.24,0.73:33
chr19	46857257	rs41275764	G	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=694;ReadPosRankSum=0.223;SC=GTGAGCTGGGGAGTGGGCCAG;SOR=0.968;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=44;WE=46857265;WS=46857247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr19	46857286	rs2075144	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=376;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CCTGAGCCAGGCAGATACTGA;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=25;WE=46857294;WS=46857276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr19	46878989	rs4239538	G	A	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.827;NF=29;NR=53;PP=1099;ReadPosRankSum=0.561;SC=TGGTGGACTCGCTGGACATCG;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=167;TCF=57;TCR=110;TR=82;WE=46878997;WS=46878979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,87:0.50:173
chr19	46887007	rs1024781	G	C	10412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=227;NR=137;PP=2965;SC=CTCTCGGCCCGTCCCTCTCCG;SOR=1.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=227;TCR=138;TR=364;WE=46887015;WS=46886997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr19	46887199	rs4803937	A	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=43;PP=1032;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TCAGGTCTGCACAGAGTGGGA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=13;TCR=77;TR=50;WE=46887207;WS=46887189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,51:0.56:91
chr19	46892111	rs759290	C	T	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.27;ReadPosRankSum=0.654;SOR=1.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,63:0.97:65
chr19	46892111	.	CGAACACC	TGAACACC,TGAACACG	558	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=8,3;NR=52,19;PP=558,407;QD=9.87952020912;SC=AAGAACATGACGAACACCCCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=60,22;WE=46892126;WS=46892101;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:62
chr19	46892118	rs3815505	C	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr19	46892168	rs8106745	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=398;SC=AGCCTGTGAGTGCTGACCAGC;SOR=3.160;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=46892176;WS=46892158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	46893238	rs759291	A	C	5934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=74;PP=2965;SC=TTGCCCAGCCATTCCTTCTCT;SOR=1.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=126;TCR=74;TR=200;WE=46893246;WS=46893228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	46893465	rs2311213	A	G	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=99;PP=2965;SC=GGTAAGGGGCAGGGGTAGGTT;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=121;TCR=99;TR=220;WE=46893473;WS=46893455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	46914547	rs2279517	C	G	3456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=71;PP=2451;ReadPosRankSum=0.110;SC=TGGGGACTCTCTTGGGCAGGG;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=191;TCR=147;TR=161;WE=46914555;WS=46914537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,162:0.46:354
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chr19	46974307	rs3826852	C	T	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CGGCTCTGAACCTACTATGTG;SOR=0.519;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=240;TCF=87;TCR=153;TR=120;WE=46974315;WS=46974296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,119:0.49:245
chr19	46974324	rs3826853	A	G	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=59;PP=1286;ReadPosRankSum=0.978;SC=TGTGTAGTAAATAGTCTATCA;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=51;TCR=117;TR=83;WE=46974332;WS=46974314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,83:0.50:167
chr19	46974399	rs3826854	C	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=436;ReadPosRankSum=0.884;SC=AGCGAGGTCACGTTCCCAGGA;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=22;WE=46974407;WS=46974389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr19	46996928	rs4803966	C	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=771;ReadPosRankSum=-1.518;SC=TGGGCCCCGGCGCCCGCGCTC;SOR=0.880;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=61;WE=46996936;WS=46996918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,71:0.42:168
chr19	46997016	rs147338403	C	CCGGCCT	2295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.945;QD=22.07;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr19	46997160	rs187904708	C	T	9856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=911;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=252;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=0.961;SC=GCTCCGACGCCTCGCTCTCGG;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=872;TCF=494;TCR=378;TR=436;WE=46997168;WS=46997150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:451,459:0.50:910
chr19	46998236	rs4803967	C	T	6389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.411;SC=TTTCTGCGACCCCGACGGCCC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=539;TCF=279;TCR=260;TR=286;WE=46998244;WS=46998226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,295:0.53:561
chr19	47028898	rs3745792	C	T	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=5;PP=1245;ReadPosRankSum=0.935;SC=CCCGGGTGCCCGGTACCTGAC;SOR=1.662;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=149;TCF=130;TCR=19;TR=63;WE=47028906;WS=47028888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,66:0.43:154
chr19	47030432	rs3745795	T	C	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=77;PP=1943;SC=GAAGTCAGGCTGCCCGGGCAC;SOR=2.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=27;TCR=78;TR=104;WE=47030440;WS=47030422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	47104535	rs150954567	T	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=296;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CGGCGGCCGTTGAGGGACCGT;SOR=0.976;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=20;WE=47104543;WS=47104525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr19	47105585	rs35630463	A	AT	4987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.420;NF=19;NR=95;PP=2617;ReadPosRankSum=2.602;SC=GAAAGACAGAATTTTTTTAAC;SOR=0.704;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=278;TCF=45;TCR=233;TR=114;WE=47105593;WS=47105575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,215:0.51:422
chr19	47105716	rs73056645	G	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=426;ReadPosRankSum=1.786;SC=TGGCAGTCAGGGGGGCCTAGG;SOR=0.801;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=26;WE=47105724;WS=47105706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr19	47109011	rs3729510	T	C	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=6;PP=816;ReadPosRankSum=0.140;SC=GGGCCGAGGGTCTGGGCTGAG;SOR=1.044;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=45;WE=47109019;WS=47109001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr19	47111663	rs3729760	T	C	4475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.371;SC=AGGGAGCCTCTCTCAGGGTGA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=219;TCR=146;TR=193;WE=47111671;WS=47111653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,202:0.52:387
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chr19	47112740	rs710889	C	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-5.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=69;PP=1561;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TGGCTCTCCTCCATTTTGGTT;SOR=0.595;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=16;TCR=131;TR=77;WE=47112748;WS=47112730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,75:0.51:148
chr19	47124714	rs2229129	T	G	3187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=73;PP=2220;ReadPosRankSum=-1.195;SC=CCCTCCTCCCTGAGGCGAGCT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=145;TCR=142;TR=147;WE=47124722;WS=47124704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,154:0.52:299
chr19	47126614	rs12459883	C	G	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=921;ReadPosRankSum=0.121;SC=CACGATGTCTCACCTCTTTTG;SOR=0.336;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=135;TCF=93;TCR=42;TR=59;WE=47126622;WS=47126604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,63:0.44:142
chr19	47127324	rs2229128	C	G	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=39;PP=1012;ReadPosRankSum=-2.800;SC=CCAGTCCGGTCACCAGCACCG;SOR=0.659;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=65;WE=47127332;WS=47127314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr19	47137162	rs1005774	C	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=430;ReadPosRankSum=0.437;SC=TCCACGTCCACCCCTACCCCC;SOR=1.143;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=20;WE=47137170;WS=47137152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
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chr19	47193850	rs314671	T	C	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=46;PP=2785;SC=GGCGGCCTGGTGGTTACCTGC;SOR=1.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=141;WE=47193858;WS=47193840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	47200618	rs10413222	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=31;PP=733;SC=GCACCTACCCCACGCCGTAAC;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=37;WE=47200626;WS=47200608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	47207654	rs11083846	G	A	4718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.346;SC=CGGCTCTGTCGTTGGCAAGAA;SOR=0.672;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=545;TCF=310;TCR=235;TR=233;WE=47207676;WS=47207644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,235:0.43:546
chr19	47212593	rs10423365	A	G	6249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.583;SC=AAGAACTGGGAAGAGAAGGCC;SOR=1.015;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=229;TCF=102;TCR=127;TR=226;WE=47212601;WS=47212582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,233:0.99:235
chr19	47217113	rs12461666	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=458;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CGGCCACCACCTCTCACCCGA;SOR=0.399;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=28;WE=47217121;WS=47217103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr19	47228985	rs313844	G	C	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.41;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	47228985	.	GCCCCT	CCCCCC,CCCCCT	207	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.03;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0,2;NR=9,23;PP=103,207;QD=17.3853194291;SC=GGGCTTGAGGGCCCCTGTCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=9,25;WE=47228998;WS=47228975;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.35:26
chr19	47228990	rs3848529	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.083;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr19	47236268	rs11666600	G	C	5456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.033;SC=GGAACAGAGAGACACACCTGC;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=529;TCF=306;TCR=223;TR=264;WE=47236276;WS=47236258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,258:0.49:531
chr19	47239919	rs2270685	G	C	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=9;PP=635;ReadPosRankSum=0.085;SC=CCCCAGGCCAGGCTCCGCCCA;SOR=0.701;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=70;TCR=20;TR=45;WE=47239927;WS=47239909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr19	47241599	rs56374620	C	T	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=56;PP=1323;ReadPosRankSum=0.548;SC=AGGGCCTCCCCCAGCTCGTCT;SOR=0.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=56;TCR=110;TR=85;WE=47241607;WS=47241589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,89:0.51:174
chr19	47241659	rs12976352	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=486;ReadPosRankSum=-1.690;SC=GTGGAAGAAACCACTCCCTGG;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=25;WE=47241667;WS=47241649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr19	47249296	rs12984041	G	C	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=6.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.75;ReadPosRankSum=-1.087;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
chr19	47249707	rs1693994	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.70;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	47258674	rs3201779	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=329;ReadPosRankSum=-2.169;SC=CCCAGGATGCCCCGGAGGCCC;SOR=0.965;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=19;WE=47258682;WS=47258664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr19	47278859	rs3027961	C	G	9951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.234;SC=TCAGTGGGGACTGGCAGCGGA;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=358;TCF=175;TCR=183;TR=355;WE=47278867;WS=47278849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,362:0.99:364
chr19	47280789	rs313835	C	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=492;SC=CCACCCCACCCAGTGGATCCC;SOR=4.174;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=24;WE=47280797;WS=47280779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	47282240	rs3745609	A	G	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.917;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=85;PP=2051;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TCAGCACCCTACCCACATCTT;SOR=0.483;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=247;TCF=70;TCR=177;TR=123;WE=47282248;WS=47282230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,130:0.51:254
chr19	47287169	rs313852	G	A	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.121;NF=36;NR=10;PP=885;ReadPosRankSum=0.049;SC=AAGAGCCTGGGCACCTGGGGT;SOR=0.939;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=78;TCR=23;TR=46;WE=47287177;WS=47287159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr19	47287186	rs139412466	AGAG	A	2383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.114;NF=24;NR=17;PP=1854;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GGGTGGGAAAAGAGGGGACAA;SOR=0.699;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=41;WE=47287196;WS=47287176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr19	47287405	rs3027958	T	C	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=48;PP=1267;ReadPosRankSum=0.265;SC=TAGAGTACTGTAGGTGGGGTT;SOR=0.855;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=43;TCR=90;TR=69;WE=47287413;WS=47287395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr19	47287507	rs3027957	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=-1.500;SC=CCTTTCAATGTGATCTCATTT;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=13;WE=47287515;WS=47287497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr19	47287939	rs313853	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=384;ReadPosRankSum=-1.599;SC=TGCACGCAAATACAGCCCCTA;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=25;WE=47287947;WS=47287929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
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chr19	47524151	.	GCC	G	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
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chr19	47548327	rs10423289	A	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.62;SOR=4.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr19	47549155	rs889170	AT	GC	15991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=204;NR=123;PP=2947;SC=ACACGAACCAATACTCTGCAT;SOR=1.282;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=209;TCR=130;TR=327;WE=47549164;WS=47549145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr19	47549730	rs117870772	G	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=400;ReadPosRankSum=1.589;SC=GGGGAAGAATGGGGGTTCTAT;SOR=0.533;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=31;WE=47549738;WS=47549720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr19	47549791	rs1862499	A	G	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=53;PP=2494;SC=TCACCAGGGCAGGTGATAGGG;SOR=1.139;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=86;TCR=55;TR=139;WE=47549799;WS=47549781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	47584699	rs3745619	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=0;PP=546;SC=AGGCAGGCCACAGCACTGAGG;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=47584707;WS=47584689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	47585517	rs7250850	G	C	12449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=233;NR=201;PP=2965;SC=GCTTCTTTGGGAGTTCGATGT;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=436;TCF=234;TCR=202;TR=434;WE=47585525;WS=47585507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr19	47585698	rs7251104	G	C	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=69;PP=2015;SC=GAAGACAGGTGTAGGAAGGGC;SOR=4.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=5;TCR=70;TR=74;WE=47585706;WS=47585688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	47587772	rs2303107	G	A	7139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=152;PP=2965;SC=AGATGGGATCGGGGTTAATAA;SOR=1.498;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=85;TCR=152;TR=237;WE=47587780;WS=47587762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	47588202	rs7248181	G	T	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=14;PP=1554;SC=CAGCCCTTTGGGGGGTGGCTG;SOR=2.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=70;WE=47588210;WS=47588192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	47588325	rs2287842	G	A	17239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=356;NR=279;PP=2965;ReadPosRankSum=1.903;SC=CCATGTCCTCGTCATAGAAGT;SOR=0.940;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=638;TCF=358;TCR=280;TR=635;WE=47588333;WS=47588315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,657:1.00:659
chr19	47597102	rs10408163	T	C	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=634;SC=GGGGATTAAATTAATACCTGA;SOR=4.255;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=25;WE=47597110;WS=47597099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	47615559	rs371203061	TTCC	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,7:0.14:51
chr19	47634313	rs177918	T	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=45;PP=1479;SC=TTGAGGCCGCTAGGGTCTGGA;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=47634321;WS=47634303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	47658320	rs11666272	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.562;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=433;ReadPosRankSum=-1.058;SC=TTGATTCCAATAACATGATTC;SOR=0.073;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=25;WE=47658328;WS=47658310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr19	47658482	rs11670191	G	A	2049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1231;ReadPosRankSum=0.360;SC=TATGTGTAACGTGGGGGCAGA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=91;WE=47658490;WS=47658472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,98:0.51:192
chr19	47761646	rs12985905	G	C	3633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=74;PP=2343;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TTGGCTCCACGCAGCCAGCGA;SOR=0.529;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=319;TCF=179;TCR=140;TR=159;WE=47761654;WS=47761636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,172:0.51:338
chr19	47778101	.	T	TC	98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=98;QD=47.0;SC=AGCGGGGCGGTCTGCGGGGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=47778109;WS=47778091;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr19	47813165	rs11670330	G	A	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=53;PP=1809;ReadPosRankSum=-1.571;SC=GGTGAGTCTCGAAGGGGAATG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=243;TCF=138;TCR=105;TR=122;WE=47813173;WS=47813155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,126:0.49:255
chr19	47823038	rs4467185	G	A	10953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=241;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=1.620;SC=TTCCCCTTAGGACTCCTTCAA;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=393;TCF=242;TCR=151;TR=389;WE=47823046;WS=47823028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,403:1.00:404
chr19	47823484	rs4804049	T	C	12454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=236;PP=2965;SC=TCCGAGGGGCTGGCTTGGCCT;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=449;TCF=211;TCR=238;TR=447;WE=47823497;WS=47823474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr19	47823871	rs11880097	G	T	15699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=303;NR=253;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.126;SC=TGCTGCTGAAGAAGCTGGACT;SOR=0.533;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=557;TCF=303;TCR=254;TR=556;WE=47823892;WS=47823861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,576:1.00:577
chr19	47858180	rs2694562	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=467;ReadPosRankSum=1.899;SC=CAAAGTGCTGGGATTACAGGC;SOR=0.032;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=59;TCF=56;TCR=3;TR=29;WE=47858188;WS=47858170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr19	47858251	rs2547391	C	T	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=41;PP=1950;ReadPosRankSum=-1.453;SC=GGGCTGGTACCCAGGCTCAGG;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=265;TCF=179;TCR=86;TR=132;WE=47858259;WS=47858241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,141:0.52:272
chr19	47858424	rs2245046	G	A	5869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.941;SC=TCCTGATTGTGGATGAAGTCC;SOR=0.590;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=602;TCF=288;TCR=314;TR=275;WE=47858432;WS=47858414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,278:0.45:617
chr19	47861010	rs10626942	CTG	C	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=462;ReadPosRankSum=2.162;SC=ACCCGTTGCACTGTGTCTTCT;SOR=0.627;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=12;WE=47861019;WS=47861000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr19	47865911	rs2547390	A	G	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=773;ReadPosRankSum=-0.446;SC=ACCCCGTCCCAGAAATTCGGA;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=51;WE=47865919;WS=47865901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,54:0.50:107
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chr19	47875891	rs201391535	AGGAGGGCAGGCG	A	1118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.752;NF=14;NR=7;PP=2970;ReadPosRankSum=0.130;SC=GGGTGGGAGCAGGAGGGCAGG;SOR=1.066;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=21;WE=47875910;WS=47875881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr19	47876199	.	GCCCTCTGTCTGTCA	G	1717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.015;NF=1;NR=36;PP=2932;ReadPosRankSum=2.391;SC=GGTGGTGGGGGCCCTCTGTCT;SOR=0.444;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=2;TCR=93;TR=37;WE=47876220;WS=47876184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,67:0.50:134
chr19	47876807	rs2547381	C	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.658;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=1573;ReadPosRankSum=-0.008;SC=GCCCCTCCCTCCCCGCACTGG;SOR=1.692;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=96;TCF=71;TCR=25;TR=40;WE=47876826;WS=47876797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr19	47876818	rs150144402	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=1573;ReadPosRankSum=-0.112;SC=CCCGCACTGGCCAGGCCCTGA;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=121;TCF=85;TCR=36;TR=51;WE=47876826;WS=47876797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,49:0.41:120
chr19	47877041	rs2547380	A	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.848;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=535;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TCCCCTTCCCAGACAGTGGTC;SOR=0.404;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=42;WE=47877049;WS=47877031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr19	47878858	rs61751860	C	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.179;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1032;ReadPosRankSum=1.189;SC=GGGCGCGGGGCGCAGGCGCAA;SOR=1.010;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=67;WE=47878866;WS=47878848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,69:0.51:134
chr19	47879023	rs11452607	TG	T	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=287;ReadPosRankSum=-1.476;SC=TGGCCTCTCCTGGGGGGGTCC;SOR=0.392;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=14;WE=47879031;WS=47879013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr19	47879279	rs2694558	G	A	1566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TGCTGAAGCTGGTGCTGGGCC;SOR=0.561;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=70;WE=47879287;WS=47879269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
chr19	47879538	rs2280694	A	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=501;ReadPosRankSum=2.206;SC=TTGGGGAGTCAAGAGCACTAT;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=26;WE=47879546;WS=47879528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr19	47879613	rs2253022	A	G	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=44;PP=2397;SC=TGGAGGAGGGAACCTGGGCCA;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=117;WE=47879621;WS=47879603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	47879874	rs10419083	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=1.274;SC=GCAGGGATACCGTGAACTCCC;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=47879882;WS=47879864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr19	47882957	rs2694556	T	C	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=25;PP=987;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TTCTGCCCCCTCTCTTTCAGT;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=116;TCR=60;TR=73;WE=47882965;WS=47882947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,76:0.42:181
chr19	47883086	rs28522883	T	G	4157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=91;PP=2731;ReadPosRankSum=0.163;SC=TCCTGGCGGCTTCCCTGCGGC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=178;TCR=166;TR=189;WE=47883094;WS=47883071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,194:0.55:355
chr19	47885180	rs889167	A	G	7121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=85;PP=2965;SC=ATTTGGGTGCAGGTAGACCTG;SOR=1.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=184;TCR=85;TR=269;WE=47885202;WS=47885170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr19	47885194	rs117477245	A	G	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=51;PP=1972;ReadPosRankSum=-1.771;SC=AGACCTGTGCACTGGAACACG;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=220;TCR=118;TR=147;WE=47885202;WS=47885170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,162:0.46:353
chr19	47922426	rs62130535	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=326;SC=CTGACGGCCCGCGGTGTTGAC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=47922434;WS=47922416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	47933190	rs142312177	A	AG	2842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=25;PP=1960;SC=GACACAGAACAGGGCAATCAA;SOR=1.302;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=48;WE=47933198;WS=47933180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	47933728	rs8104926	A	G	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=106;PP=2965;SC=CGTGTCTGCGAGGCAGAGACA;SOR=1.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=53;TCR=106;TR=159;WE=47933736;WS=47933718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	47935352	rs4801722	T	C	8329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=186;NR=95;PP=2965;SC=CACCTCATTTTGGCAGGATCC;SOR=1.536;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=281;TCF=186;TCR=95;TR=281;WE=47935360;WS=47935342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	47944710	rs2254560	T	C	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=66;PP=2192;SC=GTGCAGGGGGTAAGGGGGAGG;SOR=1.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=111;WE=47944718;WS=47944700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	47980153	rs2293424	G	A	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=77;PP=2577;SC=GGTCACTGCCGGGCAGGAGAA;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=150;WE=47980161;WS=47980143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
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chr19	48182522	rs56106931	A	G	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=1016;ReadPosRankSum=0.336;SC=GCTGTGGCCTAAGCGTAGCCC;SOR=0.227;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=58;WE=48182530;WS=48182512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr19	48182568	rs2911005	C	T	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=54;PP=1682;ReadPosRankSum=3.659;SC=CCACCTTTCCCGGCCTGCAGC;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=146;TCR=105;TR=129;WE=48182576;WS=48182558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,134:0.51:261
chr19	48182787	rs4802382	C	T	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=941;ReadPosRankSum=1.641;SC=CGCTGGAGGCCGAGGCTGAGC;SOR=0.634;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=72;WE=48182795;WS=48182777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,84:0.55:152
chr19	48182946	rs2911006	T	C	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=964;ReadPosRankSum=1.360;SC=AGGGCCCGCCTACCGTGCTGA;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=88;TCR=63;TR=71;WE=48182954;WS=48182936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,75:0.47:161
chr19	48183114	rs2914438	A	G	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1068;ReadPosRankSum=0.517;SC=CGGCGGCCACACTGGGCCTGG;SOR=0.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=74;WE=48183122;WS=48183104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
chr19	48183771	rs1035938	C	T	14030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=339;NR=331;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.847;SC=AACCCATGAGCGTCCACCTCC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=1388;TCF=702;TCR=686;TR=670;WE=48183793;WS=48183761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:738,685:0.48:1423
chr19	48184474	rs3745762	C	T	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=3.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,146:0.42:345
chr19	48184642	rs58014830	TG	T	521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.559;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=289;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTGTGGCAGCTGGGGGGGGAA;SOR=1.747;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=19;WE=48184650;WS=48184632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr19	48198675	rs13346368	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=513;ReadPosRankSum=-1.520;SC=CAACCTCCCGACCCTGAATGT;SOR=1.113;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=41;WE=48198683;WS=48198665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,47:0.36:131
chr19	48198817	rs2241612	T	A	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=756;ReadPosRankSum=0.535;SC=AGGGAGACACTGGAAGACGCG;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=50;WE=48198825;WS=48198807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr19	48202125	rs7248050	C	G	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=34;PP=1895;ReadPosRankSum=2.244;SC=AGCCGCAGGTCCACGGTGCGC;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=107;TCR=58;TR=96;WE=48202133;WS=48202115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,98:0.59:167
chr19	48205725	rs3745760	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr19	48219893	rs11550017	C	T	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=46;PP=1625;ReadPosRankSum=0.148;SC=TGAAGCGGGGCGGGGCACGGG;SOR=0.687;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=137;TCR=87;TR=117;WE=48219901;WS=48219882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,119:0.52:231
chr19	48229169	rs8111184	A	G	8346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=190;PP=2962;ReadPosRankSum=1.759;SC=ACGAGTTCTCAGAGGCCATCG;SOR=0.568;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=733;TCF=342;TCR=391;TR=370;WE=48229177;WS=48229159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,393:0.51:764
chr19	48239557	rs11669035	TG	GA	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GAGTGGGGCCTGCAGCCTGTG;SOR=0.346;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=31;WE=48239566;WS=48239547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr19	48244045	rs34197064	C	CT	1185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.232;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.301;NF=16;NR=9;PP=971;ReadPosRankSum=0.416;SC=CAGCTACCCCCGAGCTTCTCC;SOR=1.038;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=25;WE=48244053;WS=48244035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr19	48244194	rs7255434	A	G	3382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=66;PP=2237;ReadPosRankSum=0.033;SC=CGAAGCTGCTAGAGGCACTGG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=152;TCR=129;TR=144;WE=48244202;WS=48244184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,154:0.51:301
chr19	48244401	rs35910701	G	A	5037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TGGTGACCAAGGACAAGTCCA;SOR=0.888;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=605;TCF=341;TCR=264;TR=251;WE=48244409;WS=48244391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,248:0.41:609
chr19	48244692	rs3833256	C	CG	1008.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.339;NF=1;NR=29;PP=968;ReadPosRankSum=0.607;SC=CCGAGTGAGCCGGCCCCCCTC;SOR=0.665;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=71;TCF=1;TCR=70;TR=30;WE=48244700;WS=48244682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr19	48245075	rs28384119	T	C	4652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=72;PP=2901;ReadPosRankSum=0.883;SC=TCATGGAAGGTGACGTTCCCA;SOR=0.641;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=371;TCF=241;TCR=130;TR=204;WE=48245083;WS=48245060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,212:0.55:386
chr19	48245169	rs17703870	G	A	5917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GCAGCCCTGTGGCTGAAATGA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=527;TCF=232;TCR=295;TR=263;WE=48245177;WS=48245159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,279:0.51:546
chr19	48248834	rs10404034	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr19	48250203	rs2334292	T	A	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=1166;ReadPosRankSum=0.654;SC=CTGGCTGATGTTCTGCATTTC;SOR=0.689;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=92;WE=48250211;WS=48250193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,101:0.51:198
chr19	48250320	rs2334293	G	C	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=600;ReadPosRankSum=0.685;SC=GTGGAATGGCGGTTATTCATT;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=53;WE=48250328;WS=48250310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,59:0.56:105
chr19	48250414	rs3745756	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=0.556;SC=GGTCAACCTTAATATAAACAA;SOR=0.560;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=14;WE=48250422;WS=48250404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr19	48253579	rs3745754	A	G	4836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.428;SC=CTTCTTTCCCACCAGACTCTG;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=496;TCF=198;TCR=298;TR=233;WE=48253587;WS=48253569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,235:0.47:500
chr19	48254392	rs10402957	T	C	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.574;SC=CACCTATGAATGGGGACAGGA;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=80;TCR=120;TR=96;WE=48254400;WS=48254382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,96:0.48:198
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chr19	48255988	rs10415778	G	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-7.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.209;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=44;PP=1017;ReadPosRankSum=1.128;SC=TCCGCAACGGGGCTCACGGTC;SOR=0.111;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=105;TCF=13;TCR=92;TR=54;WE=48255996;WS=48255978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr19	48258551	rs10406879	T	C	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1059;ReadPosRankSum=0.424;SC=AGAGAGAAGGTCTCCCTGTGT;SOR=0.703;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=212;TCF=115;TCR=97;TR=84;WE=48258569;WS=48258541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,87:0.39:225
chr19	48258578	rs10405135	A	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1017;ReadPosRankSum=1.187;SC=CACCGGCCTGAGCCCTGACCC;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=216;TCF=109;TCR=107;TR=86;WE=48258586;WS=48258568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,89:0.38:232
chr19	48258717	rs1804994	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.583;NF=9;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=1.031;SC=GCGCGGCGGCAGAGGCGGCGG;SOR=0.230;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=19;WE=48258725;WS=48258707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr19	48258772	rs11083895	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GAAGGCTGGGGCGGCTCAAGT;SOR=0.625;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=13;WE=48258780;WS=48258762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr19	48258826	rs10411523	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=1.458;SC=GGAGGGGGCCGGGTCCCAGGT;SOR=1.402;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=7;WE=48258834;WS=48258816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr19	48260079	rs889142	T	C	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=1201;ReadPosRankSum=-2.079;SC=CAGGGCCCCTTCCAGAGTGTG;SOR=0.954;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=61;WE=48260087;WS=48260069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr19	48282077	rs111841672	C	CGCAGCGG	4387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=7.267;NF=13;NR=52;PP=2974;ReadPosRankSum=0.571;SC=TATTGGTAAGCCCAGCGGCCA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=34;TCR=134;TR=65;WE=48282085;WS=48282065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,126:0.43:294
chr19	48282172	rs1862485	T	C	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.541;NF=14;NR=37;PP=836;ReadPosRankSum=0.033;SC=ATGGGAGCCCTTGTATGGGAA;SOR=1.465;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=134;TCF=47;TCR=87;TR=51;WE=48282180;WS=48282162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,56:0.39:144
chr19	48305542	.	TGGGCCTGGGATCGGGCCTGGGTTC	T	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-1.623;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.836;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr19	48305654	rs73036913	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.723;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr19	48321645	.	C	CTCCA	640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.598;NF=19;NR=3;PP=735;ReadPosRankSum=-0.331;SC=CCATCCATCCCTCCATCCATC;SOR=0.544;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=22;WE=48321653;WS=48321639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr19	48337812	rs62128766	C	T	3952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=110;PP=2555;ReadPosRankSum=-1.117;SC=TGAGTACAGTCGTTTCTCTTG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=357;TCF=136;TCR=221;TR=177;WE=48337820;WS=48337802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,185:0.51:366
chr19	48337897	rs62128767	G	A	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=34;PP=641;ReadPosRankSum=0.698;SC=AATCACAGGGGCGACTTCAGG;SOR=1.581;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=79;TCF=5;TCR=74;TR=35;WE=48337905;WS=48337887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr19	48389425	rs11083907	A	G	14985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=264;NR=271;PP=2965;SC=CCCTTATCACAAACTCATCAC;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=536;TCF=265;TCR=271;TR=535;WE=48389440;WS=48389415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr19	48484150	rs10422554	G	A	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=594;ReadPosRankSum=0.358;SC=GAAAAGAAACGCTAATAAAAG;SOR=1.242;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=46;WE=48484158;WS=48484140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr19	48495128	rs11671612	T	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr19	48512121	rs7249129	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=794;ReadPosRankSum=1.132;SC=AGCTGGGCGCGGTGGCTGACA;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=38;WE=48512129;WS=48512111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr19	48522894	rs2115100	C	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=150;ReadPosRankSum=-1.949;SC=TGGGATAAAGCGTGGCACAGT;SOR=0.089;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=10;WE=48522902;WS=48522884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr19	48523197	rs2303691	C	A	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.130;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=506;ReadPosRankSum=-0.547;SC=GCTCAACAAACACCTCCTGAA;SOR=1.291;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=26;WE=48523205;WS=48523187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr19	48525379	rs11671666	T	C	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=983;ReadPosRankSum=0.363;SC=TCTACGACAGTGTGAAGCCTG;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=176;TCF=112;TCR=64;TR=80;WE=48525387;WS=48525369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,88:0.48:185
chr19	48525507	rs2303690	G	A	3805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=76;PP=2306;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CTGCACTAACGAAGGATCAAA;SOR=0.544;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=325;TCF=180;TCR=145;TR=165;WE=48525515;WS=48525497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,178:0.52:341
chr19	48533741	rs35341698	T	G	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=908;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CTGGGGCTTTTGGGCTTTGGT;SOR=0.437;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=56;TCR=9;TR=44;WE=48533749;WS=48533731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
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chr19	48537585	rs3745746	A	G	4421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.070;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.065;SC=CTGTAGCTCCACCAGGGTGAT;SOR=0.467;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=442;TCF=197;TCR=245;TR=210;WE=48537593;WS=48537575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,218:0.48:458
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chr19	48558003	rs744399	A	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=702;SC=GAGGCCTCTCAATCCATGCTG;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=48558011;WS=48557993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	48558286	rs2307281	G	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GGCGGCAGTAGTCAGTGGTAG;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=25;WE=48558294;WS=48558276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr19	48558342	rs3217328	TCTCCAGAAGACCC	T	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.476;SC=TTGCAAGACCTCTCCAGAAGA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=6;WE=48558362;WS=48558332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr19	48565468	rs4802425	G	T	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=78;PP=1671;ReadPosRankSum=2.285;SC=GCAAGACTTGGAAATGGAAGG;SOR=0.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=101;TCR=151;TR=130;WE=48565476;WS=48565458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,139:0.52:269
chr19	48571026	rs2307278	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=638;ReadPosRankSum=2.374;SC=AGACCAGGGCGGTGGGAAGAG;SOR=0.434;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=40;WE=48571034;WS=48571016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr19	48581142	rs1019786	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=250;ReadPosRankSum=0.214;SC=ATAGAAAATACAGATTACCTG;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=19;WE=48581150;WS=48581132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr19	48581253	rs1019785	C	G	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=110;SC=TCTGTGCTCGCTGACCTCATG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=48581261;WS=48581243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr19	48601454	rs251684	T	C	4254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=96;PP=2521;ReadPosRankSum=3.367;SC=CTGCAAATATTGGGTAGGGTA;SOR=0.531;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=369;TCF=196;TCR=173;TR=195;WE=48601462;WS=48601444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,197:0.52:376
chr19	48601528	rs251683	G	T	2647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=75;PP=1784;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TTTGGGAGAAGGTGCCAAGAC;SOR=1.205;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=248;TCF=105;TCR=143;TR=118;WE=48601536;WS=48601518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,124:0.48:257
chr19	48601593	rs11432234	A	AT	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.129;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=234;ReadPosRankSum=0.102;SC=CGTAGGCCACATTTTTTTTTA;SOR=1.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=5;TCR=68;TR=21;WE=48601601;WS=48601583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr19	48613602	rs138934663	CA	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr19	48613788	rs138501838	T	TGCTCCGGAATCCGGTGCGGAGGCTTGG	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.697;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.416;SOR=1.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr19	48621036	rs13436	C	G	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=1783;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GCAGCACCAGCGCCTGCAGTG;SOR=0.718;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=223;TCF=115;TCR=108;TR=125;WE=48621044;WS=48621026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,132:0.57:232
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chr19	48622483	rs156647	A	G	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.453;SC=AGGCTCAGCCAGCCACAGGCC;SOR=1.152;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=172;TCF=99;TCR=73;TR=91;WE=48622491;WS=48622473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,93:0.51:181
chr19	48624625	rs153023	C	T	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=72;PP=1805;ReadPosRankSum=-0.286;SC=GCGCCCAAGGCGGGGCCCTCA;SOR=0.592;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=207;TCF=70;TCR=137;TR=112;WE=48624633;WS=48624615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,115:0.55:211
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chr19	48631408	rs156641	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=1.079;SC=CAGGTGCACACAGATGCTTTT;SOR=0.511;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=16;WE=48631416;WS=48631398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
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chr19	48646883	rs2288878	T	C	4568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=101;PP=2690;ReadPosRankSum=1.468;SC=GACGCAAGAGTGACAGTGGTG;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=407;TCF=224;TCR=183;TR=218;WE=48646891;WS=48646873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,223:0.52:426
chr19	48646993	rs415465	C	T	10898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=208;PP=2965;SC=CCCAGGGCTGCCTCTCTGTCC;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=386;TCF=178;TCR=208;TR=385;WE=48647001;WS=48646983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr19	48654553	rs20580	G	T	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1170;ReadPosRankSum=-2.082;SC=CCTTCTCTGTGGCCACTTCAG;SOR=0.881;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=205;TCF=103;TCR=102;TR=87;WE=48654561;WS=48654543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,90:0.41:222
chr19	48657077	.	T	TCACACACACA	703	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=22;MQ=54.42;NF=4;NR=2;PP=703;QD=117.666666667;SC=CCTCTTGGCTTCACACACACA;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=6;WE=48657088;WS=48657067;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,6:0.22:27
chr19	48690906	rs10416739	G	A	111.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=2;PP=65;SC=ATGTAATATTGATAATATAAT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=48690914;WS=48690896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	48692832	rs10418095	C	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	48693928	rs57930203	C	G	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=63;PP=1759;SC=TCTTGGCAAGCGGCAAAAGAT;SOR=3.943;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=71;WE=48693936;WS=48693918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	48697808	rs34897645	TGG	T	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=577;SC=AATGAATGGGTGGTCCCATTT;SOR=2.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=48697817;WS=48697807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	48697961	rs12973411	C	T	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=58;PP=2229;SC=GGTGTTCTTCCTGACGTCGCG;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=125;WE=48697969;WS=48697951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	48707401	rs3745717	G	T	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=11;PP=945;SC=GCAGTCTCTGGGTGAGGAGGC;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=48707409;WS=48707391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	48707665	rs2015209	G	A	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=30;PP=827;SC=GAGTGTTTTGGTGAATTCCTA;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=48707673;WS=48707655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	48707714	rs2015211	A	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=530;SC=GAAATCGACAAGTTACTAGAT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=48707722;WS=48707704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	48715269	rs2008521	T	C	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=36;PP=1195;SC=TTGAGAATCGTTCACTTACAG;SOR=1.835;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=51;WE=48715277;WS=48715259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	48734018	rs2304134	G	A	8351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.902;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CACAGCCTCCGCTCACCCCAC;SOR=0.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=308;TCF=129;TCR=179;TR=303;WE=48734026;WS=48734008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,306:0.99:308
chr19	48735287	rs4802448	A	G	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=48;PP=1443;SC=ATTCCATAAGACTTTCTGGGA;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=63;WE=48735295;WS=48735277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	48737706	rs2043211	A	T	13297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=235;NR=244;PP=2965;SC=ACAGCACGGAACAATAATGGC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=479;TCF=235;TCR=244;TR=479;WE=48737714;WS=48737696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr19	48744025	rs34345721	CA	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.231;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr19	48744345	rs16981853	T	C	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=65;PP=1946;SC=GGAGGTTGTATTTAGGTACTT;SOR=2.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=82;WE=48744353;WS=48744335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	48788904	rs140236127	GGAAAGAAA	G	3301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=44.02;SOR=4.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	48789933	.	TAAG	T	2134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.018;NF=20;NR=22;PP=1644;ReadPosRankSum=1.653;SC=AATAAACATTTAAGAAAGCAT;SOR=0.531;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=42;WE=48789943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr19	48800338	rs7252988	A	G	11730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=258;NR=180;PP=2965;SC=CGCTCGAATCAGACGCTGTGC;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=438;TCF=258;TCR=180;TR=438;WE=48800346;WS=48800328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr19	48800751	rs61747754	C	A	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=70;PP=2965;SC=TGGCGCTGCGCCTCCGCCTGC;SOR=0.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=164;WE=48800759;WS=48800741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
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chr19	48801047	rs73047511	T	C	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=71;PP=2131;SC=GCCCTTCCCTTCTGGGGCACC;SOR=2.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=19;TCR=71;TR=90;WE=48801055;WS=48801037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr19	48821896	rs73047547	C	A	8616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TCACTAAAGGCAGGACCCAGG;SOR=0.258;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=147;TCR=155;TR=301;WE=48821904;WS=48821886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,313:1.00:314
chr19	48830286	rs10415654	T	A	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=1.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr19	48876661	rs2569713	A	G	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=18;PP=2522;SC=AAAGAGGGAGAGGTCCAGACG;SOR=2.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=87;TCR=18;TR=105;WE=48876669;WS=48876651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	48893834	.	G	GAGAGAGAGAGAC	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=1863;ReadPosRankSum=2.870;SC=GAGAGAGAGAGAGACAGACAG;SOR=0.659;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=2;TCR=68;TR=24;WE=48893850;WS=48893810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr19	48908631	rs34833452	AG	A	2768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.970;NF=11;NR=53;PP=2057;ReadPosRankSum=-1.772;SC=CTGGAATGGGAGGGGTGTGGG;SOR=0.782;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=128;TCF=14;TCR=114;TR=64;WE=48908639;WS=48908621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,100:0.51:195
chr19	48918288	.	A	T	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.567;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,115:0.24:471
chr19	48922772	rs11302654	CT	C	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.395;NF=25;NR=33;PP=615;ReadPosRankSum=-0.779;SC=GTAGTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.954;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=58;WE=48922782;WS=48922762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr19	48923101	rs276709	C	A	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=87;PP=2334;SC=TGGGCTGGAGCTGGGGCTGGG;SOR=2.360;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=30;TCR=88;TR=116;WE=48923109;WS=48923091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	48924963	rs1654671	G	A	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=29;PP=2285;SC=GCCAGATAGCGGGTGTGTCTC;SOR=1.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=85;TCR=29;TR=113;WE=48924971;WS=48924953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	48945880	rs62130268	T	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	48946325	rs111420822	T	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	48946405	rs112893228	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=228;SC=TGCTGGGGCCAGGCGCGGGCG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=48946413;WS=48946395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	48949286	rs1643487	G	T	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=26;PP=2014;SC=AGGGTCGGCGGCGCACGTGTG;SOR=1.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=79;TCR=26;TR=105;WE=48949294;WS=48949276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	48949766	rs929743	C	G	10257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;PP=2965;SC=ACAGGTAAGACCCGAGGCTTT;SOR=1.060;Source=Platypus;TCF=144;WE=48949774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr19	48954571	rs1799274	A	T	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=819;SC=TCCTCCTTGAATAGTTTTACA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=48954579;WS=48954561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	48977019	rs1799258	C	T	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=33;PP=2965;SC=ATTGGTGAGACTGGATCATGT;SOR=2.173;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=108;TCR=33;TR=141;WE=48977027;WS=48977009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	49090368	rs34482710	T	TA	1203.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.406;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.561;NF=38;NR=6;PP=645;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GACTCTGTCTTAAAAAAAAAT;SOR=2.226;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=44;WE=49090376;WS=49090358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,52:0.88:59
chr19	49102399	rs1132054	C	T	5538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=97;PP=2965;SC=CAGGGGTCTGCGGCGACTGGA;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=203;WE=49102407;WS=49102389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	49102599	rs17842463	C	T	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=64;PP=1731;ReadPosRankSum=1.895;SC=GAGCCCAGACCCAACTCCAGC;SOR=0.780;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=262;TCF=129;TCR=133;TR=119;WE=49102616;WS=49102589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,122:0.45:271
chr19	49104308	rs1236093	C	T	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=13;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.269;SC=GGCTCTGAGCCGACAGTTGTC;SOR=0.470;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=125;TCF=103;TCR=22;TR=65;WE=49104316;WS=49104298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,69:0.53:131
chr19	49107027	rs186446771	C	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=996;ReadPosRankSum=0.114;SC=CACCTATGACCGAGGGTTTCT;SOR=0.412;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=156;TCF=100;TCR=56;TR=85;WE=49107035;WS=49107017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,87:0.55:157
chr19	49114236	rs454715	T	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.856;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=354;ReadPosRankSum=-0.975;SC=AAAGTTCAGGTGGGCTAAAGG;SOR=0.169;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=24;WE=49114244;WS=49114226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr19	49116076	rs2617801	C	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=246;ReadPosRankSum=0.000;SC=TAGGGGTGTGCGCTTGCAAGT;SOR=0.641;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=15;WE=49116084;WS=49116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr19	49116134	rs2617800	T	G	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=13;PP=1976;SC=CCCAGTCTGGTGAATGGACAC;SOR=2.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=66;TCR=13;TR=79;WE=49116142;WS=49116124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	49116359	rs447802	T	C	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.295;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=43;PP=1716;ReadPosRankSum=1.149;SC=TCCACATCGGTGGTGGTGGCT;SOR=0.870;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=210;TCF=123;TCR=87;TR=112;WE=49116367;WS=49116349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,120:0.54:223
chr19	49116555	rs368654	A	G	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1147;ReadPosRankSum=0.264;SC=CGGAATATAGAAAGCCGGGGC;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=76;WE=49116563;WS=49116545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,82:0.54:153
chr19	49119900	.	C	CCAGCA	928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.687;NF=2;NR=16;PP=890;ReadPosRankSum=1.473;SC=TGAGGATGGACCAGCACAGCA;SOR=0.429;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=18;WE=49119908;WS=49119890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
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chr19	49122440	rs201598688	C	G	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=72;PP=1950;ReadPosRankSum=2.571;SC=AAAGAGAGAACGGGCTGGGGT;SOR=0.900;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=241;TCF=102;TCR=139;TR=121;WE=49122448;WS=49122430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,122:0.51:238
chr19	49131764	rs34630951	A	AAG	6281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.416;NF=38;NR=63;PP=2927;ReadPosRankSum=1.862;SC=GAGCAAATGAAAGATGACCAG;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=85;TCR=141;TR=101;WE=49131772;WS=49131754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,163:0.50:325
chr19	49133761	rs2301139	C	T	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=53;PP=2035;ReadPosRankSum=0.355;SC=CCGGAGCTGCCCACGGGCTGC;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=156;TCR=100;TR=135;WE=49133769;WS=49133751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,141:0.54:263
chr19	49134388	rs3745734	G	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.022;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=448;ReadPosRankSum=-3.351;SC=CCCCAGCAGCGGGGCCTAAAC;SOR=1.718;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=32;WE=49134396;WS=49134378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr19	49136651	rs12608544	G	A	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=23;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.470;SC=CTCCCTGGCTGTGGGGCATGT;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=102;TCR=40;TR=80;WE=49136659;WS=49136641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,83:0.57:146
chr19	49138654	.	ATT	A	10621.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=69;PP=2947;ReadPosRankSum=0.698;SC=CCATGGATCCATTGGTCCCTG;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=57;TCR=220;TR=87;WE=49138665;WS=49138630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,247:0.45:555
chr19	49138657	.	G	GAAGACCAA	10622.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.455;ClippingRankSum=0.000;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=69;PP=2897;ReadPosRankSum=0.645;SC=TGGATCCATTGGTCCCTGACC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=59;TCR=224;TR=87;WE=49138665;WS=49138630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,251:0.44:569
chr19	49141406	rs137896889	AAGAC	A	1044.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=666;ReadPosRankSum=0.274;SC=CATCCACTGTAAGACAGAGAA;SOR=0.720;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=16;WE=49141417;WS=49141396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr19	49141532	rs3848543	T	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=240;SC=CAGAATGTACTAGGTCGAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=49141540;WS=49141522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	49143025	rs2303147	T	C	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=39;PP=2265;SC=TCCCTCCCTCTGAATCTCGCC;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=105;WE=49143033;WS=49143015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	49148781	rs10426317	C	T	5181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=60.02;MQRankSum=1.045;NF=114;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=1.094;SC=TCCCCACCTCCACCCTCCCTC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=530;TCF=238;TCR=292;TR=255;WE=49148789;WS=49148771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,262:0.48:546
chr19	49164952	rs281392	A	G	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.277;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=1096;ReadPosRankSum=0.611;SC=CCGGCCTGGGACTGGGTGTGG;SOR=1.038;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=180;TCF=87;TCR=93;TR=76;WE=49164960;WS=49164942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,78:0.41:189
chr19	49166875	rs371690	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=659;ReadPosRankSum=2.183;SC=CCATCCCTCCGTTCCATCTTG;SOR=0.409;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=81;TCF=19;TCR=62;TR=35;WE=49166883;WS=49166865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr19	49168182	rs373002	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=-0.167;SC=ATTATCTTTTTTTTTTGAGAC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=49168190;WS=49168172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr19	49183284	rs3826838	G	A	5485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CCCCACAGCCGTCAAGGGATT;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=470;TCF=255;TCR=215;TR=258;WE=49183292;WS=49183274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,264:0.54:489
chr19	49183705	rs3826846	G	A	3969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.095;ReadPosRankSum=0.189;SC=CGCTGTGTCCGCCTCACGGGC;SOR=0.692;Source=Platypus;WE=49183713;WS=49183695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,196:0.45:433
chr19	49206603	rs281377	C	T	11364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=231;NR=203;PP=2965;SC=ACCACCTGAACGACTGGATGG;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=435;TCF=231;TCR=204;TR=434;WE=49206611;WS=49206593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr19	49216926	rs281384	A	G	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=42;PP=2965;SC=GCAGGAGTCCAGAACCTCAGC;SOR=2.470;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=147;TCR=42;TR=189;WE=49216934;WS=49216916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	49217261	rs281385	A	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=57;PP=1777;SC=TATCCGCGGCACGTGGAAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=87;WE=49217269;WS=49217251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	49217305	rs281386	A	G	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=36;PP=1128;SC=GGCTTGACCTAGAGCAGCCAA;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=49217313;WS=49217295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	49217520	rs281387	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=10;PP=965;SC=TTCCTACCGCTGGTCCTCGCC;SOR=2.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=49217528;WS=49217510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	49217605	rs281388	T	G	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=70;PP=2965;SC=GTCCGCAAGCTCATAGCCCCG;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=108;TCR=71;TR=176;WE=49217613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	49228140	rs34043113	C	G	4570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.692;SC=CCCCCAGCTCCGCGCCAGGCC;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=370;TCF=172;TCR=198;TR=209;WE=49228148;WS=49228130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,215:0.56:386
chr19	49244219	rs2307018	CG	AA	7113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=69;PP=2947;SC=TTTGCTCGGCCGCTCCACTGC;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=135;WE=49244228;WS=49244209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	49246866	rs838147	A	G	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=76;PP=2235;SC=CTGGGGCCAGATCATCTATGA;SOR=2.572;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=22;TCR=76;TR=98;WE=49246874;WS=49246856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	49247601	rs11672046	C	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=30;PP=1383;SC=AAGGAGGAGGCAGTTGGGGAA;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=69;WE=49247609;WS=49247591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr19	49247900	rs8111288	G	A	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=63;PP=1776;SC=AGGAAAGGGCGCTACAACTGA;SOR=2.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=80;WE=49247908;WS=49247890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	49248640	rs12982115	A	G	4297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=81;PP=2840;SC=CACTGGGCAAAGATAGGCCTG;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=136;WE=49248648;WS=49248630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	49248730	rs838145	G	A	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=18;SC=TAGGGAAAACGGTATTTACTA;SOR=2.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=69;TCR=18;TR=87;WE=49248738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	49253389	rs4015	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=3;PP=818;SC=TCTGAAGCCACGTACTGCTGG;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=49253397;WS=49253379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	49259529	rs838133	A	G	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=79;PP=2965;SC=AGCACTCAGGACTGTGGGTTT;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=193;WE=49259537;WS=49259519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	49261267	rs3745710	C	T	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=86;PP=2221;ReadPosRankSum=0.483;SC=CCGAAGCCCACGGCCTCCCGC;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=423;TCF=226;TCR=197;TR=182;WE=49261275;WS=49261257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,187:0.43:437
chr19	49261368	rs739320	T	C	7423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=113;NR=145;PP=2965;SC=CCCCCCGCACTCCCGGAGCCA;SOR=1.087;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=113;TCR=146;TR=258;WE=49261376;WS=49261358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	49261613	rs3745707	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=1.860;SC=AGTGTCTGAGGGAAGACATGG;SOR=1.112;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=49261621;WS=49261603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr19	49299533	rs557106	A	G	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=70;PP=2066;ReadPosRankSum=-1.360;SC=AGAGCAGCACAGAAAGCCCAC;SOR=0.626;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=336;TCF=188;TCR=148;TR=154;WE=49299541;WS=49299523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,160:0.46:351
chr19	49300605	rs526744	T	C	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=650;ReadPosRankSum=0.137;SC=TGGAGGGCAGTCTGGTTGGGT;SOR=0.842;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=115;TCF=42;TCR=73;TR=43;WE=49300613;WS=49300595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,46:0.39:118
chr19	49336014	.	GT	G	874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=10.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.950;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.188;SOR=1.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr19	49340700	.	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,76:0.21:357
chr19	49378180	.	AT	A	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=4.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.474;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.956;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr19	49379053	.	G	T	6676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=1.037;SC=CCAGAGCCTGGGCACGCCTCA;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=625;TCF=343;TCR=282;TR=312;WE=49379061;WS=49379043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,317:0.50:639
chr19	49388654	rs3826818	C	A	3413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=59;PP=2331;ReadPosRankSum=-1.425;SC=GTCCCCCTGTCCCTAAGCTCC;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=342;TCF=221;TCR=121;TR=163;WE=49388662;WS=49388644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,167:0.47:356
chr19	49401204	.	C	CTTTATTTA	613.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=7.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.65;MQRankSum=1.231;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr19	49401205	.	CT	TT	1178	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=62.69;NF=0,4;NR=21,23;PP=1178,453;QD=56.4285714286;SC=AATCTTTAGCCTTATTTATTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=21,27;WE=49401213;WS=49401195;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr19	49401205	.	CT	CTTATTTATT	1178	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=62.69;NF=0,4;NR=21,23;PP=1178,453;QD=56.4285714286;SC=AATCTTTAGCCTTATTTATTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=21,27;WE=49401213;WS=49401195;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr19	49401205	rs17847559	C	CTTATTTAT,T	1173.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=63.23;QD=41.92;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,18:0.36,0.64:28
chr19	49416456	rs2387579	G	A	7465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.666;NF=163;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.133;SC=ACGTGCCTGTGAGGACCCCAT;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=616;TCF=299;TCR=317;TR=337;WE=49416464;WS=49416446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,353:0.55:638
chr19	49416554	rs5828369	CA	C	6627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=152;PP=2979;SC=GCCCTTGAGGCAAAAAAACTC;SOR=1.620;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=201;TCF=29;TCR=172;TR=175;WE=49416562;WS=49416543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	49416936	rs746075	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=808;SC=GGCCCAAGAGCCAAGCCTATG;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=49416944;WS=49416926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	49421829	rs2287834	A	G	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=27;PP=1772;ReadPosRankSum=0.758;SC=CTAGTGGGGTACTAAAGCCTG;SOR=0.591;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=184;TCF=135;TCR=49;TR=97;WE=49421837;WS=49421819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,97:0.53:183
chr19	49421903	rs2287835	A	G	5087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.329;SC=ACCCCACATCAGCCCAAAATT;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=604;TCF=353;TCR=251;TR=259;WE=49421911;WS=49421893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,267:0.44:613
chr19	49421966	rs2287836	T	C	9896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=227;NR=216;PP=2962;ReadPosRankSum=0.048;SC=GATACCTTGCTATCCTCTTCC;SOR=0.605;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=790;TCF=414;TCR=376;TR=443;WE=49421974;WS=49421956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,455:0.57:805
chr19	49424354	rs12979307	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=401;ReadPosRankSum=0.455;SC=CCCTCTCCAACATGGGTGGGC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=31;WE=49424362;WS=49424344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr19	49424381	rs12979328	C	A	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=745;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TGGACCTGTGCCCCTGATGGC;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=51;WE=49424389;WS=49424371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,54:0.43:127
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chr19	49425772	rs1532704	T	C	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=48;PP=1141;SC=CCCTGGGGGCTGGTGTCATGT;SOR=3.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=57;WE=49425780;WS=49425762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	49458262	rs4645881	C	T	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=27;PP=1188;SC=CGAGCCCCCTCGCCGGCCCGT;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=71;WE=49458270;WS=49458252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	49459104	rs1805419	A	G	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=80;PP=2388;SC=TGGGCCCCTGAGGACCCAGAA;SOR=2.113;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=30;TCR=80;TR=110;WE=49459112;WS=49459094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	49464971	rs704243	G	A	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=46;PP=1291;SC=ATTGGGGGACGTGGGCATTTT;SOR=2.019;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=65;WE=49464979;WS=49464961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	49469087	rs2230267	T	C	11287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=245;NR=143;PP=2965;SC=CTTCCGCGAATTGGCCGAGGA;SOR=1.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=390;TCF=247;TCR=143;TR=388;WE=49469095;WS=49469077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr19	49474027	rs2270938	A	T	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=64;PP=1991;SC=GGTCTCCAGGACTCTGTGGCA;SOR=1.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=93;WE=49474035;WS=49474017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	49485548	rs5464	G	A	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=46;PP=2305;SC=ATGCCTCCAGGAAGACGTCAG;SOR=1.099;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=117;WE=49485556;WS=49485538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	49485758	rs2270937	C	T	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=35;PP=1157;SC=AGAGGCATCACGGGGCCTCCT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=49485766;WS=49485748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	49513273	rs1062708	C	T	7170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=0.733;SC=GATCTCCAAGCTGGGCCGCTC;SOR=0.694;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=724;TCF=365;TCR=359;TR=348;WE=49513281;WS=49513263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,357:0.48:743
chr19	49513349	rs2287760	C	G	11559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=171;NR=241;PP=2965;SC=CCGGGATCCCCTCGCCCCCAG;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=413;TCF=171;TCR=242;TR=412;WE=49513357;WS=49513339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr19	49518484	rs753307	C	T	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=65;PP=2099;SC=TCCAGGGTTCCGATTTCATCC;SOR=1.063;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=124;WE=49518492;WS=49518474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	49518575	rs753308	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=616;SC=TATAGTAGGTATCAGTAAATC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=49518583;WS=49518565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	49519058	rs749776	T	C	8415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=0.004;SC=CCATGTGGCCTTCCTTCTCCC;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=143;TR=286;WE=49519066;WS=49519048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr19	49519230	rs2013039	T	G	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=61;PP=1727;SC=GAAAGACACCTCCAGAGTGCG;SOR=2.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=76;WE=49519238;WS=49519220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	49519466	rs1056917	A	G	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=26;PP=963;SC=CGGGGTCCACACCACGCGGGC;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=56;WE=49519474;WS=49519456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	49519785	rs140502544	CT	C	223.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.72;QD=37.30;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	49519793	rs2387588	A	G	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.50;QD=46.96;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	49519855	rs1056914	T	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=12;PP=485;SC=TGATGCACACTGGGCAGCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=49519863;WS=49519845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	49519873	rs6521	G	C	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=13;PP=566;SC=CCTCCTTCTCGACAGCCAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=37;WE=49519881;WS=49519863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	49519997	rs4002462	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=9;PP=259;SC=TGCTTCACCCAGGTCTGAGAC;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=49520005;WS=49519987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	49520315	rs2387589	T	C	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=37;PP=2112;SC=AGGGGCCCTGTAGTCTTACCT;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=111;WE=49520323;WS=49520305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	49520372	rs3752210	A	T	6289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=92;PP=2965;SC=GTATCTGGCTATATACCTCGG;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=127;TCR=93;TR=219;WE=49520380;WS=49520362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	49520502	rs1960072	C	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=44;PP=1192;SC=CTCAGCAGAGCGCCCCAGCCC;SOR=4.493;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=51;WE=49520510;WS=49520492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	49522106	rs8108340	G	A	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=14;PP=602;SC=GCAGGAGGCGGTGCCGAGCGA;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=49522114;WS=49522096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	49528937	rs4802537	T	C	7159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=102;PP=2965;SC=GGCCTCGAAGTGGGCAACAAA;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=151;TCR=103;TR=252;WE=49528945;WS=49528927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr19	49529379	rs7255292	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=23;PP=609;SC=TCAGAGCACATGGAGACAGGG;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=49529387;WS=49529369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr19	49535491	rs10413257	T	C	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-7.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.898;NF=4;NR=41;PP=614;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GTGTGAGCTGTGGAAGGAGGC;SOR=0.307;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=105;TCF=7;TCR=98;TR=45;WE=49535499;WS=49535481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
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chr19	49558779	rs12461088	G	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.684;NF=11;NR=18;PP=279;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GGGAGGCACAGGAGTGGCTCA;SOR=0.601;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=29;WE=49558787;WS=49558769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr19	49558833	rs12461505	G	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=170;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TAGCGCCAAGGATGAGGCGGA;SOR=0.288;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=13;WE=49558841;WS=49558823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr19	49559329	rs3810179	G	A	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=14;PP=1733;SC=GGAGGACATTGTCTGGACTTA;SOR=2.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=72;TCR=14;TR=86;WE=49559337;WS=49559319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	49559518	rs3810180	C	G	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=56;PP=1597;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GGGGCTGGCCCGGCAGGCTCC;SOR=0.546;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=222;TCF=107;TCR=115;TR=112;WE=49559526;WS=49559508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,115:0.51:227
chr19	49559693	rs79891871	T	C	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=775;ReadPosRankSum=1.216;SC=GAGCTGTAGGTTTCCTGAGCC;SOR=0.922;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=53;WE=49559701;WS=49559683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr19	49560461	rs3810182	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.516;NF=21;NR=18;PP=590;ReadPosRankSum=-1.831;SC=ATACTGTGAAGGGTGGGCCAG;SOR=0.452;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=39;WE=49560469;WS=49560451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr19	49560521	rs3810183	G	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=28;PP=853;SC=CAAGATTGGGGGAGGAGGCAT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=49560529;WS=49560511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	49573206	rs11083959	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=380;ReadPosRankSum=-0.847;SC=CCACTCGTTACGACTTAACCT;SOR=0.180;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=28;WE=49573214;WS=49573196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr19	49573362	rs10535426	TGGA	T	5944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.323;NF=36;NR=64;PP=2945;ReadPosRankSum=1.126;SC=GTGCCCAGAGTGGAGGTGGTA;SOR=0.612;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=224;TCF=87;TCR=137;TR=100;WE=49573372;WS=49573352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,157:0.48:324
chr19	49573438	rs1017219	A	G	9746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=208;NR=149;PP=2965;SC=ACAAGGCTGCATGTCCACATG;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=357;TCF=208;TCR=149;TR=357;WE=49573446;WS=49573428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr19	49573518	rs3810188	G	A	6754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=0.993;SC=AGACAATGACGGGCACTGGCA;SOR=0.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=576;TCF=314;TCR=262;TR=300;WE=49573526;WS=49573508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,308:0.52:591
chr19	49574125	rs1611775	G	C	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=62;PP=1473;SC=GCCATTCAGCGGAGCGGGGAA;SOR=3.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=71;WE=49574133;WS=49574115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	49575304	rs77059600	G	A	3971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=57;PP=2677;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GGCTGCGGCTGCAGCAGCAAG;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=377;TCF=254;TCR=123;TR=182;WE=49575312;WS=49575294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,188:0.49:386
chr19	49575618	rs71352730	A	G	5228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.343;SC=GCAGCCGCCCACCGGACTGGT;SOR=0.949;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=501;TCF=240;TCR=261;TR=238;WE=49575626;WS=49575608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,247:0.48:518
chr19	49575868	rs183707813	G	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=722;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GGCGACCCGCGAACCGACGTG;SOR=0.973;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=43;WE=49575876;WS=49575858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
chr19	49588746	rs11539822	C	T	4559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=141;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TGAGCAGCGGCCTGGTGCGCT;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=531;TCF=316;TCR=215;TR=233;WE=49588754;WS=49588736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,233:0.43:537
chr19	49604855	rs78616533	CCT	C	1072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=2.751;QD=14.30;ReadPosRankSum=-1.508;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr19	49605530	rs10419811	A	G	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=91;PP=2559;SC=CCCTCCTCCCACCCCAGTCGC;SOR=2.111;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=34;TCR=91;TR=124;WE=49605538;WS=49605520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	49617901	rs35903102	A	C	161.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5102;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CCGCCTTACAACCCGGCCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=49617909;WS=49617891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
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chr19	49621964	rs2232003	T	C	4656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=113;PP=2701;ReadPosRankSum=0.829;SC=AGGACAACGCTGCCTACCCTT;SOR=0.571;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=480;TCF=260;TCR=220;TR=236;WE=49621972;WS=49621954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,236:0.48:487
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chr19	49661582	rs3760664	T	C	8270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.839;SC=CCGCGGATGGTCACGCCCCAG;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=88;TCR=196;TR=283;WE=49661590;WS=49661572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr19	49685708	rs201110201	CCCAT	C	1749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=7.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=3.310;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr19	49693348	rs7256621	G	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=401;ReadPosRankSum=-1.780;SC=CAATAGTTGTGGCTGTGACAT;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=21;WE=49693356;WS=49693338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr19	49713868	rs76193804	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-4.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=729;ReadPosRankSum=-0.962;SC=ACCAGGGGCTGGGTCTGGGAT;SOR=0.852;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=74;TCR=16;TR=47;WE=49713876;WS=49713858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr19	49797887	rs3214611	TA	T	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.038;NF=1;NR=10;PP=262;ReadPosRankSum=0.900;SC=ATCTTCAAGATAAAAAAGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=11;WE=49797895;WS=49797877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr19	49838891	rs354020	C	A	6332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=0.558;SC=GGCTACCCAGCCGGGGCCCAG;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=618;TCF=329;TCR=289;TR=296;WE=49838899;WS=49838881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,304:0.48:629
chr19	49839015	rs354021	T	C	4593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=140;PP=2589;ReadPosRankSum=-1.783;SC=GGATCCTCATTGACAAGACCA;SOR=0.904;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=485;TCF=194;TCR=291;TR=222;WE=49839023;WS=49839005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,234:0.47:499
chr19	49841054	rs354026	G	T	1936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-7.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NR=23;ReadPosRankSum=-0.173;SC=AGTACACAGAGCTAGCCATTC;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TCR=43;WE=49841062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,75:0.53:142
chr19	49842824	rs164820	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=-0.550;SC=ACCGGAGGGTGGGGGCGGCCC;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=11;WE=49842832;WS=49842814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr19	49846398	rs30003	T	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=436;ReadPosRankSum=0.562;SC=ACTCCCTCCATGCATACTCCC;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=32;WE=49846406;WS=49846388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr19	49851941	rs254661	G	A	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1273;ReadPosRankSum=0.004;SC=CTCAGCGACTGTACCAAAATT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=114;TCR=103;TR=109;WE=49851949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,118:0.50:234
chr19	49863041	rs3745306	C	G	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.447;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=10;PP=915;ReadPosRankSum=-1.224;SC=GCTCCATAAACCTTGGTTACT;SOR=1.487;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=45;WE=49863049;WS=49863031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr19	49867913	rs919364	G	A	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.626;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=54;PP=1628;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GATCCCCTCCGCTGCAGCTCC;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=215;TCF=121;TCR=94;TR=120;WE=49867921;WS=49867903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,129:0.57:227
chr19	49868959	rs2303758	G	T	5369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.470;SC=CCTCCATCCCGCCATCCCTCG;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=486;TCF=235;TCR=251;TR=243;WE=49868967;WS=49868949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,249:0.50:495
chr19	49894027	rs61018355	T	TC	2919.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=2193;ReadPosRankSum=-0.132;SC=AGGACACCATTTCCTGCTTCT;SOR=1.034;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=35;WE=49894036;WS=49894017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,76:0.49:155
chr19	49894028	rs57104627	T	C	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=2222;ReadPosRankSum=0.039;SC=GGACACCATTTCCTGCTTCTC;SOR=0.995;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=49;WE=49894036;WS=49894017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,77:0.49:156
chr19	49894152	rs7256629	C	T	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1037;ReadPosRankSum=1.498;SC=TGGACCTGCCCGAGGGCCCGG;SOR=0.626;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=74;WE=49894160;WS=49894142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,79:0.46:171
chr19	49894217	rs7256984	G	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=702;ReadPosRankSum=0.473;SC=CCCCGGGGAGGGTGAGGAGGG;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=59;WE=49894225;WS=49894207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,63:0.43:146
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chr19	49901318	rs10421748	T	C	3152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=76;PP=2052;ReadPosRankSum=0.933;SC=GAATGCCAAATTGCAGCGGAG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=276;TCF=122;TCR=154;TR=136;WE=49901326;WS=49901308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,146:0.49:296
chr19	49901484	rs12980364	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=1.888;SC=CCCATGCTCGTGTCTGCATCC;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=10;WE=49901492;WS=49901474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	49902990	rs9807898	A	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=353;ReadPosRankSum=0.600;SC=GAGGCCACCTACATAAGAGTG;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=18;WE=49902998;WS=49902980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr19	49903008	rs8110789	G	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=594;SC=GTGGACCAGTGCCTCCCTTCT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=49903016;WS=49902998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	49920805	rs17206868	A	G	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=1648;ReadPosRankSum=-2.389;SC=GTCTAGCTCAATAAATCCCCT;SOR=0.927;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=223;TCF=110;TCR=113;TR=117;WE=49920813;WS=49920795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,128:0.54:238
chr19	49925667	rs12974629	T	G	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=28;PP=1610;ReadPosRankSum=-1.497;SC=GCGCAGGAACTAGGCGCAGTC;SOR=0.857;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=251;TCF=185;TCR=66;TR=116;WE=49925675;WS=49925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,122:0.46:264
chr19	49930721	rs4802605	T	C	10104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=196;PP=2965;SC=GAGTCCAACGTCCCTCCTCCC;SOR=1.043;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=346;TCF=150;TCR=196;TR=346;WE=49930729;WS=49930711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr19	49930786	rs4801798	C	A	2972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=78;PP=1942;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TCAGTTGGCCCCTGCCACTCT;SOR=0.899;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=256;TCF=107;TCR=149;TR=131;WE=49930794;WS=49930776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,137:0.52:264
chr19	49935927	rs5828394	A	AG	3616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=57;PP=2668;SC=ACAGGTGTACAGGGACACTAG;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=9;TCR=63;TR=64;WE=49935935;WS=49935917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	49939719	rs2946848	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=642;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GGCCTGGACGTCTGGTGGGTG;SOR=0.489;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=57;TCR=9;TR=36;WE=49939727;WS=49939709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr19	49940131	rs3826718	G	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=83;PP=1894;SC=CCAGGATCCAGGGCAAAACCT;SOR=2.100;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=29;TCR=83;TR=112;WE=49940139;WS=49940121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	49944730	rs58045148	CA	C	3797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=92;PP=2951;SC=TCCCGGGGTCCAGCCCCGGCC;SOR=5.464;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=96;TCF=0;TCR=96;TR=92;WE=49944738;WS=49944720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	49949652	rs7462	G	A	7775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=154;NR=118;PP=2965;SC=AGAAGGCACCGGCAGAAGCGG;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=154;TCR=118;TR=272;WE=49949660;WS=49949642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	49950298	rs13394	C	T	12443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=272;PP=2965;ReadPosRankSum=1.903;SC=GGGAGGTCAACTTCGGCCAAG;SOR=0.462;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=448;TCF=175;TCR=273;TR=446;WE=49950306;WS=49950288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,454:1.00:455
chr19	49950356	rs12443	C	G	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=155;PP=2965;SC=GCTTTTCAGGCCTGAGGAGGA;SOR=2.177;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=53;TCR=155;TR=208;WE=49950364;WS=49950346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	49950413	rs2335090	C	G	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=55;PP=1693;SC=GCCTGGCGTGCTGTCCCTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=68;WE=49950421;WS=49950403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	49953051	.	CTTTTTT	C	526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=40.52;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	49954356	rs6509432	G	A	144.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.69;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	49954803	rs2293013	C	T	16715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.34;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr19	49954807	rs2293012	T	G	16870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr19	49955016	rs2293011	G	T	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=100;PP=2708;SC=TCAAATCCGTGGGGAATATGT;SOR=3.690;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=15;TCR=100;TR=115;WE=49955024;WS=49955006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	49962892	rs62128062	G	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=2;PP=942;SC=GCTGAGGGCCGTTGGAAAATG;SOR=4.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=49962900;WS=49962882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	49962986	rs145883954	C	G	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=43;PP=1648;ReadPosRankSum=-2.767;SC=TCCCTGGTGACTGGGCGGGCT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=151;TCR=89;TR=117;WE=49962994;WS=49962976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,120:0.48:251
chr19	49964833	.	T	C	804	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MMLQ=24;MQ=55.32;NF=28;NR=2;PP=804;QD=27.9590404182;SC=GAGGAGGGGCTGGGCCTGGAC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=49964841;WS=49964823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	49964833	.	T	TGGGCCTGGACTCCTGGGTCTGAGGGAGGAGGGGCC	1231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.68;QD=102.64;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	49964977	rs1320303	C	G	8418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=134;PP=2965;SC=CCTGAATGTCCTCAGTGGCCC;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=167;TCR=134;TR=300;WE=49964985;WS=49964967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr19	49967808	rs34601909	C	T	8458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.340;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=0.987;SC=CGTCACCAGCCCCCCCGCCGC;SOR=0.474;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=165;TCR=143;TR=307;WE=49967816;WS=49967798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,314:1.00:315
chr19	49967981	rs11558188	T	G	8081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.125;NF=103;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.118;SC=GCCTCGCTGTTCCCTCAACCC;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=279;TCF=104;TCR=175;TR=277;WE=49967989;WS=49967971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,288:0.99:290
chr19	49969085	rs10853810	C	T	12753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=225;NR=226;PP=2965;SC=CGTCTGGCAACCTCCATGGCT;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=451;TCF=225;TCR=226;TR=451;WE=49969093;WS=49969075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr19	49969310	rs2914668	A	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=8;PP=460;SC=CCAGGATGCCAACCCCCACTG;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=49969318;WS=49969300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	50093454	rs4429389	A	T	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=9;PP=2014;SC=CCCCATGCAAAGGTCTAGGGG;SOR=3.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=73;TCR=10;TR=82;WE=50093462;WS=50093444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	50123756	rs372317811	AG	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=6.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=1.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr19	50139119	rs731861	G	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=442;ReadPosRankSum=0.214;SC=CCTGGGGGTAGGGGGGACACG;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=40;WE=50139127;WS=50139109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr19	50154904	rs7251334	A	C	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=34;PP=1811;SC=CGCCCGGCCTACACCGGCCGC;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=90;WE=50154912;WS=50154894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	50156733	rs186765168	A	G	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=2.239;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,95:0.46:205
chr19	50156896	rs10401743	T	C	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=93;NR=122;PP=2965;SC=GCTGCCCACGTTGCCCCCGCC;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=93;TCR=122;TR=215;WE=50156904;WS=50156886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr19	50168174	rs34739574	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GTTTCCGCACCCAGACCTCCT;SOR=0.314;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=19;WE=50168182;WS=50168164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr19	50168915	.	C	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GGCGTGCGGGCAGCTGGAACC;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=4;WE=50168923;WS=50168910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr19	50182697	rs8109314	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=1.008;SC=TGTGGGCATATCCTGCCAGCC;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=50182705;WS=50182687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr19	50183980	rs1433102	TT	CC	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=49;PP=1409;SC=TGCTGCGCACTTCCTAGGGTC;SOR=4.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=56;WE=50183989;WS=50183970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	50187111	rs3816047	C	G	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1190;ReadPosRankSum=1.802;SC=TCCCCAGGCTCTAGCCCCCGG;SOR=0.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=105;TCR=55;TR=82;WE=50187122;WS=50187101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,87:0.51:172
chr19	50216118	rs56405217	T	TG	11766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=130;PP=2974;SC=TGAGTGGAGCTGGGCGCGCTG;SOR=0.789;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=221;TCF=77;TCR=144;TR=201;WE=50216126;WS=50216108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr19	50250872	rs8109529	G	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=40;PP=1160;SC=CCTTGGCTAAGGGGATGGCTT;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=50250880;WS=50250862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	50265230	rs1273634	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=164;ReadPosRankSum=-2.000;SC=GACCTCGGTCCTCCCCAGCGG;SOR=0.147;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=15;WE=50265238;WS=50265220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr19	50265549	rs3745477	T	G	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=75;PP=2233;SC=TGGGCCCTCCTGCCTTCCTTT;SOR=1.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=39;TCR=76;TR=114;WE=50265557;WS=50265539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	50304336	rs1003424	A	G	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=75;PP=1844;ReadPosRankSum=0.415;SC=CTCAGCCTGCAGGGGAGAACA;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=119;TCR=168;TR=127;WE=50304344;WS=50304325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,132:0.46:287
chr19	50304392	rs10421561	T	C	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=822;ReadPosRankSum=-0.860;SC=CCCAGGGGTCTCAGGGCAGGC;SOR=1.200;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=105;TCF=22;TCR=83;TR=43;WE=50304400;WS=50304382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
chr19	50304439	rs10421754	T	C	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=468;ReadPosRankSum=1.751;SC=TCCACCCCAATCCACCTAGCA;SOR=1.539;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=22;WE=50304447;WS=50304429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr19	50305688	rs2159984	G	C	5511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FS=0.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,263:0.48:547
chr19	50306198	rs28736735	G	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=656;ReadPosRankSum=2.219;SC=TCTGCTCCATGCCTCCAGCCC;SOR=0.201;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=44;WE=50306206;WS=50306188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr19	50308893	rs8101959	T	C	3522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=53;PP=2152;ReadPosRankSum=-0.716;SC=CGGGGCCTAATGGAGCCTCCC;SOR=0.947;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=308;TCF=196;TCR=112;TR=158;WE=50308901;WS=50308883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,163:0.51:319
chr19	50312653	rs2305921	C	T	4192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=96;PP=2639;ReadPosRankSum=-1.923;SC=TCCCGTGCGGCAGGTACACCG;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=403;TCF=214;TCR=189;TR=203;WE=50312661;WS=50312643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,208:0.49:425
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chr19	50315423	rs8104825	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.347;SC=AAGTGTTGGTGGTCTGCACTC;SOR=0.197;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=7;WE=50315431;WS=50315413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
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chr19	50354211	rs7260222	C	T	6739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.430;SC=CCACCCCATTCGGTAGGGGCT;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=732;TCF=336;TCR=396;TR=337;WE=50354219;WS=50354201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,342:0.47:735
chr19	50358133	rs75478119	T	G	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=71;PP=2425;ReadPosRankSum=1.246;SC=AGCTGATCCCTCAGCAGCTGC;SOR=0.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=247;TCF=134;TCR=113;TR=157;WE=50358141;WS=50358123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,134:0.64:211
chr19	50358183	rs2278836	C	A	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=84;PP=2626;ReadPosRankSum=0.159;SC=ACTCTGAGCACCCCCATGCCT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=148;TCR=143;TR=169;WE=50358191;WS=50358173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,147:0.60:245
chr19	50363175	rs1290646	A	G	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=20;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CCACGGCATGATGCCGTGGTT;SOR=0.263;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=162;TCF=129;TCR=33;TR=81;WE=50363183;WS=50363165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr19	50368361	rs1290649	T	A	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-5.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=9;PP=1079;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GGCGGCTCCCTCAGCCCTCGG;SOR=0.388;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=95;TCF=82;TCR=13;TR=58;WE=50368369;WS=50368351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr19	50375035	rs2290774	T	C	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=65;PP=2328;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GTGCCTGCCCTCAGGTCGGGA;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=295;TCF=165;TCR=130;TR=152;WE=50375043;WS=50375024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,165:0.53:312
chr19	50375242	rs2290775	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=118;ReadPosRankSum=0.612;SC=ACAGCCACCACCTCCACCTCC;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=10;WE=50375250;WS=50375232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr19	50380858	rs731826	T	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=464;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CACCCGCTCCTTCTCTAGAAC;SOR=1.218;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=74;TCF=62;TCR=12;TR=33;WE=50380866;WS=50380848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr19	50383591	rs8109661	A	G	14498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=259;NR=265;PP=2965;SC=TTTGACCCCGACTATGAACCT;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=528;TCF=260;TCR=268;TR=524;WE=50383599;WS=50383581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,538:1.00:538
chr19	50383636	rs3745486	T	C	3321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=93;PP=2454;ReadPosRankSum=0.174;SC=CGGCCACAGCTCTGCCACTCA;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=338;TCF=133;TCR=205;TR=156;WE=50383644;WS=50383626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,157:0.46:344
chr19	50386340	rs746738	T	C	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=92;PP=2767;ReadPosRankSum=0.619;SC=AAACGTGAGTTCTCAGGAGGC;SOR=0.575;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=331;TCF=156;TCR=175;TR=181;WE=50386348;WS=50386330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,185:0.54:343
chr19	50392014	rs11668716	T	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-6.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=689;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TGCAGTTGGCTTCTTGTTGGT;SOR=0.044;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=35;WE=50392022;WS=50392004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr19	50399384	rs3840921	G	GC	1639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.116;NF=10;NR=33;PP=1449;ReadPosRankSum=0.452;SC=TTGTTCCAGAGCCCCTCCCCT;SOR=0.968;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=91;TCF=19;TCR=72;TR=43;WE=50399392;WS=50399374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,65:0.45:144
chr19	50411742	rs892028	A	G	21630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=421;NR=386;PP=2965;SC=TGAGCTGTGCATCGATGTTCT;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=808;TCF=422;TCR=386;TR=807;WE=50411750;WS=50411732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,826:1.00:826
chr19	50412217	rs1062798	C	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=935;ReadPosRankSum=0.926;SC=GCTGCTGCTGCTGGTGGTGGT;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=63;WE=50412225;WS=50412195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,64:0.60:106
chr19	50412417	rs999583	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=43;PP=2023;SC=TGGGCCCAGTGCTGGTGATGG;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=50412425;WS=50412407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	50435747	rs283525	T	C	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=111;PP=2687;ReadPosRankSum=-2.458;SC=GGAGCCTCCCTTACCCCCCGG;SOR=0.994;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=388;TCF=161;TCR=227;TR=183;WE=50435755;WS=50435737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,174:0.45:384
chr19	50435862	rs283526	C	T	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=55;PP=1801;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GATGCCCCGCCCCTCCCACCA;SOR=0.922;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=105;WE=50435870;WS=50435852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr19	50436115	rs61742136	C	T	5093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.237;SC=ATCCTGCCACCACCCGAGGGG;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=513;TCF=280;TCR=233;TR=256;WE=50436123;WS=50436105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,265:0.50:529
chr19	50436371	rs8667	G	A	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=64;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.381;SC=TGTGGCTTCTGGGGGCTGGTC;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=67;TCR=134;TR=96;WE=50436379;WS=50436361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,96:0.48:201
chr19	50474653	.	T	C	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.86;MQRankSum=-2.723;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
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chr19	50720795	rs10412634	G	A	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=44;PP=2653;ReadPosRankSum=1.206;SC=GCAGTGCACGGCCTGCTCAGC;SOR=0.527;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=308;TCF=232;TCR=76;TR=165;WE=50720819;WS=50720785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,171:0.53:320
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chr19	50726459	rs654877	T	C	4778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.783;SC=GGAGCTTGCCTGAGGTCATTG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=530;TCF=286;TCR=244;TR=236;WE=50726467;WS=50726449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,237:0.45:530
chr19	50726570	rs4801822	G	A	3849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=111;PP=2443;ReadPosRankSum=0.107;SC=CCCACGTGGCGTCGTCTCCAA;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=340;TCF=123;TCR=217;TR=176;WE=50726578;WS=50726560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,181:0.53:342
chr19	50727312	rs7258667	C	T	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.948;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=32;PP=1848;ReadPosRankSum=3.622;SC=TTCCCCCACCCCCCATGCCAC;SOR=1.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=191;TCF=136;TCR=55;TR=116;WE=50727320;WS=50727302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,116:0.69:168
chr19	50728148	rs61389250	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=577;ReadPosRankSum=0.855;SC=GATTGCTTGAGGCCAGGAGTT;SOR=0.425;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=31;WE=50728156;WS=50728138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr19	50728955	rs12983888	G	A	3461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=86;PP=2153;ReadPosRankSum=1.434;SC=GGGGTGGGCAGTGCTGGCTGT;SOR=0.785;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=304;TCF=144;TCR=160;TR=158;WE=50728963;WS=50728945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,164:0.52:314
chr19	50730047	rs71180683	TG	T	1318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.463;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=5;PP=993;ReadPosRankSum=-0.771;SC=AGCAAGGAAGTGGGGGGGCAG;SOR=0.281;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=94;TCR=12;TR=46;WE=50730055;WS=50730037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,53:0.55:97
chr19	50735024	rs34062561	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.974;NF=37;NR=2;PP=780;ReadPosRankSum=0.051;SC=AGGTGCTAAACGCCCACTCCA;SOR=0.814;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=71;TCR=3;TR=39;WE=50735032;WS=50735014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr19	50750419	rs607227	C	T	10310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=198;PP=2965;SC=GAAAGAGCCGCGCACCCCGGC;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=162;TCR=198;TR=360;WE=50750427;WS=50750409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr19	50750497	rs1947424	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=42;PP=876;ReadPosRankSum=1.421;SC=GTGCCCGCTCCGTTACCGATC;SOR=1.015;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=128;TCF=34;TCR=94;TR=54;WE=50750505;WS=50750487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,56:0.41:137
chr19	50760716	rs378811	C	G	7088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.959;SC=GTTTTGTCCGCTGCATTGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=799;TCF=402;TCR=397;TR=357;WE=50760732;WS=50760706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:456,362:0.44:818
chr19	50762418	rs1651553	A	G	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=66;PP=1835;ReadPosRankSum=1.957;SC=AGCTGGAGCCACGGCTGGTGC;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=125;TCR=133;TR=126;WE=50762426;WS=50762408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,134:0.49:274
chr19	50763889	rs12981413	C	T	8895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=221;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=0.866;SC=CCCACCCCTCCCTGCTCATTG;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=800;TCF=427;TCR=373;TR=412;WE=50763897;WS=50763879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:398,418:0.51:816
chr19	50764017	rs146099002	T	TGC	10592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=182;PP=2987;SC=TGTGTGTGTGTGCGTGCATGA;SOR=2.235;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=226;TCF=7;TCR=219;TR=187;WE=50764026;WS=50764007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,257:0.96:268
chr19	50764079	rs140241247	A	AGT	2628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=80;PP=2795;SC=TGTGTGTGCAAGTGTGTGTGC;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=81;TCF=0;TCR=81;TR=80;WE=50764087;WS=50764069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	50766707	rs1529492	T	C	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=850;ReadPosRankSum=-1.005;SC=GTGGCCCCAGTAGGGAGAGGA;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=58;WE=50766715;WS=50766697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr19	50771609	rs3745504	G	A	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=72;NR=61;PP=2272;SC=AGAAGAGGCTGCAGCAGCACA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=133;WE=50771617;WS=50771599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	50771635	rs930086	T	C	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=62;PP=2479;SC=GTCTGGCCCCTTGCATGCCCA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=142;WE=50771643;WS=50771625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	50775742	rs1651543	A	G	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	50779151	rs8108435	C	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=528;ReadPosRankSum=-0.082;SC=TGGGACTGGCCACTCCCAAAG;SOR=0.388;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=42;WE=50779159;WS=50779141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr19	50779245	rs78192108	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.848;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=677;ReadPosRankSum=1.470;SC=TTGTCACCCCCAGGGCAGAAG;SOR=0.787;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=60;WE=50779253;WS=50779235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,68:0.46:149
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chr19	50779500	rs708133	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-1.025;SC=GCCTGTGCACATACAGGGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=50779508;WS=50779490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr19	50780186	rs7259185	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=363;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GACAGGGCAGGGGGGCCACGG;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=23;WE=50780194;WS=50780176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr19	50796352	rs651044	C	A	7189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=160;NR=89;PP=2965;SC=CTGTAGGTTGCAGCTCATTCC;SOR=1.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=160;TCR=89;TR=249;WE=50796360;WS=50796342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	50796905	rs3745509	G	A	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=46;PP=1837;SC=AGAGCAACTCGGAGCTGCTCA;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=108;WE=50796921;WS=50796895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	50796960	rs3745510	C	T	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=51;PP=1794;SC=CGTGATTGACCGCCCCCACCA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=102;WE=50796968;WS=50796950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	50797131	rs4801826	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=201;SC=TTCAGGGCTAAATCCAAAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=50797139;WS=50797121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	50805138	rs3826772	C	T	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=63;PP=1421;ReadPosRankSum=0.321;SC=TAGGTGAGAGCGGAGGCCACA;SOR=0.566;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=192;TCF=74;TCR=118;TR=104;WE=50805146;WS=50805128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,105:0.54:195
chr19	50812221	rs889002	A	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=347;ReadPosRankSum=0.529;SC=GAGTGATGACAGTACCTGGAG;SOR=0.720;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=25;WE=50812229;WS=50812211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr19	50813169	rs12978083	A	C	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=71;PP=1861;ReadPosRankSum=0.658;SC=ATGGTGCAGCACTCTGGCATT;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=343;TCF=158;TCR=185;TR=134;WE=50813177;WS=50813159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,146:0.40:366
chr19	50813263	rs627491	T	G	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=508;ReadPosRankSum=-0.720;SC=AGGGAGGCAATGACTGGAGCT;SOR=0.787;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=12;TCR=60;TR=31;WE=50813271;WS=50813253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr19	50832152	rs375912738	T	C	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.11;SOR=2.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	50837859	rs56849250	C	CA	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=8.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.294;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr19	50880741	rs2695121	T	C	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=8;PP=1393;ReadPosRankSum=0.240;SC=AGTAGGGTCTTTGGAGAGATG;SOR=1.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=107;TCR=15;TR=65;WE=50880760;WS=50880731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr19	50881820	rs55652650	A	AAAC	18258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=148;PP=2924;SC=GAAGATTCGGAAACAGCAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=225;TCF=59;TCR=166;TR=203;WE=50881828;WS=50881810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr19	50882169	rs2248949	A	G	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=40;PP=883;ReadPosRankSum=0.306;SC=TGGGAAGAGGATCCCCCAGGG;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=8;TCR=76;TR=44;WE=50882177;WS=50882159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr19	50909389	rs1673041	T	G	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=24;PP=1679;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TCTTCAGGCTTATGTGACGGG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=171;TCF=126;TCR=45;TR=88;WE=50909397;WS=50909379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,90:0.50:180
chr19	50909765	rs2230245	C	T	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=943;ReadPosRankSum=0.063;SC=GCATCATCACCGACCTGCAGG;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=57;TCR=92;TR=66;WE=50909773;WS=50909755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,70:0.45:155
chr19	50919797	rs3218776	C	T	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,67:0.41:165
chr19	50922370	rs2244095	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=15;PP=529;SC=GGAGGGGTCCACCCTGTCTCT;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=50922378;WS=50922360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	50926264	rs1673030	TG	CC	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.287;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=64;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.392;SC=CTGGCCTCCCTGCATACCCCA;SOR=2.117;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=88;WE=50926273;WS=50926254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr19	50926742	rs3745516	A	G	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=6;PP=1167;SC=AAAGGCCAAAATCTAGGCTGT;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=50926750;WS=50926732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	50941000	rs73054411	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=-0.840;SC=TGGCACAGAGAGGGGAGATGG;SOR=0.535;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=28;WE=50941008;WS=50940990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr19	50946647	rs147720211	TGA	T	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr19	50951689	rs2445835	A	G	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=908;ReadPosRankSum=-0.933;SC=TAGGGTGTGCATAGCAGTTAG;SOR=0.238;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=109;TCF=25;TCR=84;TR=57;WE=50951697;WS=50951679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr19	50958995	rs12980584	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=202;ReadPosRankSum=1.645;SC=GGGACAGAGATGGGTGCAGTG;SOR=0.293;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=15;WE=50959003;WS=50958985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr19	50962062	rs3745518	G	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.867;HP=5;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=1036;ReadPosRankSum=0.416;SC=GCGTCGTCCCGCCTGCCCTTT;SOR=0.350;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=56;WE=50962070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
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chr19	50969325	rs1274604	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-2.236;SC=ACAGTGGCCTAGGATGGGGCG;SOR=0.148;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=10;WE=50969333;WS=50969315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
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chr19	51014850	rs7254387	C	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=424;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TCAGAGACGCCAGGCGGTGCG;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=32;WE=51014858;WS=51014840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr19	51015099	rs73062136	G	A	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=2.123;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr19	51015404	rs12977172	T	C	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=18;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CAGGAGGCTCTGCCAGAAGGC;SOR=0.843;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=62;WE=51015412;WS=51015394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr19	51015574	rs12976250	G	C	5780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.341;SC=AGTCAGTCTGGAGAGCCTGGA;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=521;TCF=278;TCR=243;TR=268;WE=51015582;WS=51015564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,275:0.51:538
chr19	51015869	rs2305761	G	A	3381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=67;PP=2427;ReadPosRankSum=0.822;SC=AGGGGGAGTGGGGTCTTTGCA;SOR=0.613;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=278;TCF=155;TCR=123;TR=147;WE=51015877;WS=51015859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,149:0.54:278
chr19	51017835	rs889131	G	A	11096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=258;PP=2965;SC=CCCAGCTCGCGTCAGCCCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=390;TCF=132;TCR=258;TR=390;WE=51017843;WS=51017825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr19	51020903	rs61751956	A	G	3639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.367;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=94;PP=2338;ReadPosRankSum=2.259;SC=AGTTGAGGCCAGGCGGGCCTT;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=375;TCF=175;TCR=200;TR=178;WE=51020911;WS=51020893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,186:0.48:388
chr19	51021057	rs61751957	A	G	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.537;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=24;PP=877;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CCCACTGGCCACGGCGGCCGC;SOR=0.895;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=61;WE=51021065;WS=51021047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,64:0.58:110
chr19	51021983	.	C	G	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=70;PP=1623;ReadPosRankSum=1.627;SC=TGCTGGGCACCGTCTCCTTGA;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=425;TCF=205;TCR=220;TR=131;WE=51021991;WS=51021973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,132:0.30:435
chr19	51052189	rs11880112	T	C	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=7;PP=151;SC=CCATGTGGCCTGGGTGCTTGC;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=51052197;WS=51052179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	51128661	rs16986142	T	C	10614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=0.856;SC=AGTCGTAGTCTACCACGGCGA;SOR=0.407;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=378;TCF=198;TCR=180;TR=375;WE=51128669;WS=51128651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,390:0.99:393
chr19	51128856	rs10426057	A	C	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=99;PP=2965;SC=ACAGAGACTCACTCCCTCAGA;SOR=1.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=65;TCR=99;TR=164;WE=51128864;WS=51128846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	51132979	.	G	A	477	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=57.1;NF=23;NR=7;PP=477;QD=17.0590404182;SC=CCTCAGACCCGGGAGTCCAGA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=30;WE=51132987;WS=51132969;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:34,30:0.47:64
chr19	51133356	rs10407511	C	G	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=62;PP=1596;ReadPosRankSum=0.715;SC=GGGCAGGTGGCCGCTCCTCAC;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=217;TCF=101;TCR=116;TR=111;WE=51133364;WS=51133346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,115:0.50:228
chr19	51140654	rs3815749	G	A	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,114:0.47:244
chr19	51140689	rs2287820	T	C	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=57;PP=1448;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TGGTCCTGTGTGTGGGAGGGA;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=146;TCR=117;TR=125;WE=51140697;WS=51140679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,122:0.46:267
chr19	51140752	rs2287819	T	C	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=851;ReadPosRankSum=-0.395;SC=TGGGCAGGTGTGGAGATAAGG;SOR=0.897;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=174;TCF=71;TCR=103;TR=82;WE=51140760;WS=51140742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,84:0.47:178
chr19	51159571	rs4801844	T	G	3623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=96;PP=2555;ReadPosRankSum=-0.330;SC=ACCACCAGCTTCCCAGCCCCT;SOR=0.846;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=348;TCF=149;TCR=199;TR=159;WE=51159579;WS=51159561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,168:0.46:369
chr19	51161088	rs10404821	C	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=0.358;SC=CTCCTTTGACCATAGCGACAG;SOR=1.855;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=14;WE=51161096;WS=51161078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr19	51170706	rs3745521	A	G	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=40;PP=1655;SC=TCCGCTCGTCACAGGGGCCCG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=51170714;WS=51170696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	51170978	rs750577	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=-1.446;SC=GCGCAGGGTCCGGCGGGGAGG;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=16;WE=51170986;WS=51170968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr19	51171188	rs750578	G	A	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=805;ReadPosRankSum=-1.367;SC=GGGCCTTGCCGGTCAGCGGGT;SOR=0.891;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=49;WE=51171196;WS=51171178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr19	51172281	.	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr19	51200145	rs80022716	G	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=794;ReadPosRankSum=1.423;SC=AGTATATACAGAGCAGGGCAG;SOR=0.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=75;TCR=17;TR=48;WE=51200153;WS=51200135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr19	51200290	rs34959666	G	GC	4409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.429;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.097;NF=22;NR=77;PP=2596;ReadPosRankSum=-0.961;SC=ACGTTCACACGCCCCCCAGGC;SOR=1.020;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=257;TCF=61;TCR=196;TR=99;WE=51200303;WS=51200280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,182:0.48:380
chr19	51217550	rs3745530	G	A	3534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=83;PP=2220;ReadPosRankSum=0.713;SC=AACCCCGTCTGAGCCATGGGC;SOR=0.615;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=371;TCF=184;TCR=187;TR=172;WE=51217558;WS=51217540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,181:0.46:390
chr19	51227977	rs114190815	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=326;ReadPosRankSum=1.172;SC=TGCTGTGTGCTAGCGGACGGG;SOR=1.096;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=19;WE=51227985;WS=51227967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr19	51228634	rs11084024	G	A	8158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=195;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.095;SC=GCACGCTCGAGAACTGCGTGG;SOR=0.682;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=732;TCF=366;TCR=366;TR=380;WE=51228642;WS=51228624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,381:0.51:741
chr19	51228802	rs1053020	T	G	7709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=181;PP=2965;SC=CTCCGGAATCTCCCTTCCCTT;SOR=1.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=88;TCR=181;TR=269;WE=51228810;WS=51228792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	51262620	rs10424138	A	C	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=110;PP=2965;SC=CCAGTCTTTGACTTCTGCCCT;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=73;TCR=110;TR=183;WE=51262628;WS=51262610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	51262668	rs12983009	C	T	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-1.415;NF=7;NR=65;PP=1798;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TCTGTCATCCCGTCCCCGTGG;SOR=3.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=72;WE=51262676;WS=51262658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr19	51294003	rs1978605	T	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.473;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=0.466;SC=GGGTGGGGAGTGGTAGGCTGA;SOR=0.269;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=18;WE=51294011;WS=51293993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr19	51297825	rs55716643	GC	AA	6573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.367;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=84;PP=2944;ReadPosRankSum=1.275;SC=GGGGAATCCCGCCAAAGATGG;SOR=0.729;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=381;TCF=196;TCR=185;TR=170;WE=51297834;WS=51297815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,176:0.45:389
chr19	51297944	rs266123	A	G	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=55;PP=1473;ReadPosRankSum=1.979;SC=GCATGGGATGATGCTGGGAGG;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=99;WE=51297952;WS=51297934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,104:0.55:190
chr19	51301395	rs4801853	C	T	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=32;PP=1624;ReadPosRankSum=0.151;SC=CTGCTTCACCCCTGGAGCACC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=184;TCF=121;TCR=63;TR=97;WE=51301403;WS=51301385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,101:0.53:190
chr19	51301456	rs4802741	G	A	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=70;PP=2595;ReadPosRankSum=-0.410;SC=TCACGGTGGCGTATGGACAGC;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=340;TCF=197;TCR=143;TR=175;WE=51301464;WS=51301446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,183:0.52:349
chr19	51302154	rs1043315	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=491;ReadPosRankSum=-1.687;SC=GGGTGGCAGCGCTTTCCTAGC;SOR=0.852;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=36;WE=51302162;WS=51302144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr19	51302202	rs3745526	T	A	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1148;ReadPosRankSum=-0.755;SC=AACAGCAGAGTGTCTGGAGGG;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=166;TCF=103;TCR=63;TR=76;WE=51302210;WS=51302192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,83:0.47:176
chr19	51302473	rs3833237	T	TAAG	1938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=1504;ReadPosRankSum=1.597;SC=ACAGGGTTACTAAGGTTAATG;SOR=0.409;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=7;TCR=78;TR=32;WE=51302481;WS=51302463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr19	51305784	rs2560931	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=303;ReadPosRankSum=0.443;SC=CTCACGCCTGCAACCTCAGCA;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=20;WE=51305792;WS=51305774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr19	51321813	rs2411334	A	G	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=70;PP=1740;ReadPosRankSum=1.077;SC=TCCTCACAGTACCTCCACCCC;SOR=0.740;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=320;TCF=159;TCR=161;TR=143;WE=51321821;WS=51321803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,155:0.45:344
chr19	51321919	rs3212841	C	CCAGCCTTCGCAGGCCACACCCTGAAGCCACTCTCCACCCGCT	3878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.30;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	51321961	rs3212840	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=1.264;SC=CCGGAGTTCCGGCCTCAGCTC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=13;WE=51321969;WS=51321951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr19	51322312	rs5519	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=676;ReadPosRankSum=-0.573;SC=AGGCATGAGATTGACACAGCT;SOR=0.262;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=59;TCR=13;TR=37;WE=51322320;WS=51322302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr19	51323232	rs5517	T	C	6345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.714;SC=TGGGCTTTTTTGCACTCATCA;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=540;TCF=333;TCR=207;TR=288;WE=51323240;WS=51323216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,298:0.54:550
chr19	51323473	rs5516	C	G	14805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=218;NR=289;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.357;SC=TCGGGTTCCTCGGTGGGCAAC;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=508;TCF=219;TCR=289;TR=507;WE=51323481;WS=51323463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,525:1.00:526
chr19	51323501	rs1054713	A	G	10747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.040;SC=CCTTCACAGCATCTGTGATGG;SOR=0.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=161;TCR=216;TR=376;WE=51323509;WS=51323491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,394:1.00:395
chr19	51323881	rs2659103	T	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=18;PP=642;SC=AGATGAAAGATTTTGAGAGTG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=51323889;WS=51323871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	51327163	rs35641597	GC	G	1094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=33.17;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	51327172	rs56125748	C	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.868;NF=2;NR=10;PP=250;ReadPosRankSum=0.464;SC=TGCCCCCCCCCCCTCCGATCC;SOR=1.241;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=12;WE=51327180;WS=51327153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr19	51330423	rs61752560	C	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TGAAGCTGTGCGGGCGAGTGG;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=67;WE=51330431;WS=51330413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,66:0.50:132
chr19	51330932	rs3745522	G	T	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=839;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TTTGGCAGTGGGCCGCAGACA;SOR=0.699;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=101;TCF=73;TCR=28;TR=58;WE=51330940;WS=51330922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,64:0.59:108
chr19	51331199	rs142271509	G	GT	2790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=42.93;SOR=2.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	51331204	.	T	TTG	1606	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.33;NF=2;NR=42;PP=1606;QD=37.0909090909;SC=GCCCTGTTTTTGTTTGTTGTT;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=44;WE=51331213;WS=51331189;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,44:0.85:52
chr19	51331205	.	G	T	1208	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=7;NR=38;PP=1208;QD=27.6171380566;SC=CCCTGTTTTTGTTTGTTGTTG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=45;WE=51331213;WS=51331189;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,45:0.90:50
chr19	51331205	rs372866981	G	GT	2821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=2.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	51358394	rs2292186	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=509;ReadPosRankSum=1.682;SC=CAGCCCCACTCCAAGCCCATA;SOR=0.829;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=28;WE=51358402;WS=51358384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr19	51359453	rs2271095	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.851;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=258;ReadPosRankSum=1.264;SC=CCCCAGTTCCTCCTGTCAACC;SOR=0.195;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=16;WE=51359461;WS=51359443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr19	51359497	rs11573	T	C	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	51359503	rs1135766	A	G	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	51361315	rs12946	C	T	5592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GTCGGCACAGCCTGTTTCATC;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=527;TCF=317;TCR=210;TR=263;WE=51361323;WS=51361305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,267:0.49:541
chr19	51361472	rs2003783	C	A	3702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=114;PP=2678;ReadPosRankSum=1.567;SC=GCCTGCCGAGCTCACGGATGC;SOR=0.810;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=356;TCF=119;TCR=237;TR=167;WE=51361480;WS=51361462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,171:0.47:367
chr19	51361644	rs1810020	A	G	8294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=90;PP=2965;SC=CAGGACTCCTAGGTCTGAGGG;SOR=1.482;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=183;TCR=91;TR=272;WE=51361652;WS=51361634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr19	51361850	rs61729813	C	G	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=4.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=82;PP=2106;ReadPosRankSum=-0.863;SC=AGCACCTGCTCGGTGAGTCAT;SOR=0.942;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=239;TCF=76;TCR=163;TR=116;WE=51361858;WS=51361840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,115:0.49:234
chr19	51362716	rs66592214	T	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=693;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CCTGGGCCCTTACCCAGCCTC;SOR=0.600;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=75;TCR=25;TR=44;WE=51362724;WS=51362706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr19	51362803	rs35192866	C	T	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=56;PP=1770;ReadPosRankSum=0.208;SC=TTCTGATCACCGAACTGACCA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=267;TCF=146;TCR=121;TR=128;WE=51362811;WS=51362793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,136:0.49:280
chr19	51362955	rs45588133	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=547;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TTGTCCCACCGACCTGTCTAC;SOR=0.559;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=33;WE=51362963;WS=51362945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr19	51363026	rs2659122	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTCCCTTCCCCACCGGCCAGG;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=11;WE=51363034;WS=51363016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	51363398	rs1058205	C	T	11235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=221;PP=2965;ReadPosRankSum=0.154;SC=CCCTATCAACCCCCTATTGTA;SOR=0.326;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=403;TCF=180;TCR=223;TR=401;WE=51363406;WS=51363376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,415:1.00:416
chr19	51379893	rs198972	C	T	3942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=114;PP=2655;ReadPosRankSum=-1.432;SC=TCATGCTGCTCCGCCTGTCAG;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=482;TCF=204;TCR=278;TR=193;WE=51379901;WS=51379883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,199:0.40:499
chr19	51380110	rs6070	T	A	4180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=83;PP=2746;ReadPosRankSum=0.099;SC=CACAGCCCAGTTTTTCTCTGA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=398;TCF=229;TCR=169;TR=198;WE=51380118;WS=51380100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,201:0.49:409
chr19	51380445	rs8105275	G	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=44;PP=871;ReadPosRankSum=1.582;SC=CAACACAAGAGGTGATTCTCA;SOR=1.565;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=108;TCF=15;TCR=93;TR=49;WE=51380453;WS=51380435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr19	51381777	rs198977	C	T	6573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=1.046;SC=GGTGCATTACCGGAAGTGGAT;SOR=0.578;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=567;TCF=307;TCR=260;TR=295;WE=51381785;WS=51381753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,309:0.52:593
chr19	51411636	rs2569527	G	T	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=110;NR=49;PP=2965;SC=CCTTCTGGTCGTGCCCTCCGC;SOR=1.552;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=111;TCR=49;TR=159;WE=51411644;WS=51411626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	51430868	rs59881416	G	A	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=51;PP=1200;ReadPosRankSum=1.049;SC=TGTCTGCAAAGCCTATTTTAA;SOR=0.800;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=140;TCF=34;TCR=106;TR=66;WE=51430876;WS=51430858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,68:0.45:151
chr19	51447065	rs1701949	T	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=522;ReadPosRankSum=0.341;SC=AAGGGGGGCATGAGAGAGGCA;SOR=0.403;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=40;WE=51447073;WS=51447055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr19	51452250	rs183854	T	C	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=76;PP=2638;SC=AGCATGAGGTTGTTAGAGTGG;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=161;WE=51452258;WS=51452240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	51453056	.	C	A	100	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=4;HapScore=4;MGOF=100;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7;NR=3;PP=100;QD=13.4771212547;SC=CACTTCCCCACCCCCACCCCC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=51453068;WS=51453046;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,10:0.45:22
chr19	51455814	rs2739412	A	C	12801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr19	51456005	rs2659093	T	G	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=2.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	51456015	rs11553092	G	A	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr19	51480840	rs1654528	C	G	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=53;PP=1571;ReadPosRankSum=-0.668;SC=TGAACTTGCACACTTGAGTGT;SOR=0.600;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=99;TCR=113;TR=100;WE=51480848;WS=51480830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,108:0.45:238
chr19	51480931	rs148515610	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=719;ReadPosRankSum=-0.661;SC=GCACACCAACGGTCCCCCTGA;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=43;WE=51480939;WS=51480921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr19	51480982	rs1654527	T	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=354;ReadPosRankSum=-0.895;SC=AACTTTGGCTTCAGATCAAAG;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=18;WE=51480990;WS=51480972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	51482969	rs1701924	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=502;ReadPosRankSum=0.822;SC=CCCAGTCACTCGGGTCAAGCT;SOR=0.539;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=32;WE=51482977;WS=51482959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr19	51484984	rs1991820	C	T	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.00;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
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chr19	51485013	rs1991818	C	T	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.650;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=875;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GAGACTTGGGCGGCACCTACT;SOR=0.351;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=66;WE=51485027;WS=51485003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr19	51485194	rs1654523	C	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1135;ReadPosRankSum=1.474;SC=TGGAGGAGCACGTGGGTAGCT;SOR=0.901;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=175;TCF=77;TCR=98;TR=82;WE=51485202;WS=51485184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,87:0.47:187
chr19	51485622	rs2659067	A	G	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=1808;ReadPosRankSum=1.468;SC=GATAGCAGTAAGATCTGCAGG;SOR=0.678;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=237;TCF=116;TCR=121;TR=138;WE=51485630;WS=51485612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,142:0.57:251
chr19	51487067	rs1275221	T	C	3510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.314;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=72;PP=2188;ReadPosRankSum=0.492;SC=AGCATCACCCTCTCCCCTACA;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=303;TCF=176;TCR=127;TR=161;WE=51487081;WS=51487057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,169:0.53:320
chr19	51487175	rs1624358	T	G	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=54;PP=1206;ReadPosRankSum=1.158;SC=AAAATCTTCATCCCTCTGCTG;SOR=0.520;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=165;TCF=52;TCR=113;TR=80;WE=51487183;WS=51487165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,82:0.49:169
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chr19	51503524	rs1701946	T	C	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=109;PP=2965;SC=CCTGTAATGGTGGGGATAGTT;SOR=1.313;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=187;WE=51503532;WS=51503514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	51504075	rs1701947	A	T	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=38;PP=1024;SC=ACAGGCCCCGAGTACTCCCAG;SOR=2.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=51504083;WS=51504065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr19	51518222	rs2075696	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=453;ReadPosRankSum=1.361;SC=GGGGTGGCAGGAAGGAGAGAT;SOR=0.631;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=26;WE=51518230;WS=51518212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr19	51519114	rs2075691	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=61;ReadPosRankSum=-1.336;SC=CCTGAGGTTCCGGCCTCAGAG;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=8;WE=51519122;WS=51519104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr19	51519236	rs2075690	A	G	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=42;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.594;SC=GCGGGGCCCCAGCACTACGGG;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=234;TCF=142;TCR=92;TR=108;WE=51519244;WS=51519226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,114:0.45:251
chr19	51519259	rs2075689	C	T	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,144:0.45:318
chr19	51519346	rs1061368	G	C	2761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=68;PP=1561;ReadPosRankSum=0.298;SC=CAGAGCGAGTGGTCCGGCGGA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=136;TCR=139;TR=134;WE=51519354;WS=51519336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,141:0.48:293
chr19	51519364	rs2075688	T	G	8291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=109;PP=2965;SC=GGAGCTGCTCTCCCTGAAGAA;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=107;TCR=109;TR=215;WE=51519372;WS=51519354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	51519451	rs2075687	T	C	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=790;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AAACCCTTCATAGGGACTGGG;SOR=0.921;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=53;WE=51519459;WS=51519441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr19	51519480	rs12981039	C	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=484;ReadPosRankSum=1.362;SC=TGGGCAGTGACGCAGGGCCTG;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=32;WE=51519488;WS=51519470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
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chr19	51522286	rs2304156	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr19	51522291	rs2304157	G	C	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.54;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr19	51528041	rs3745539	C	T	3402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.832;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=82;PP=2183;ReadPosRankSum=0.514;SC=GGTCTCTCCCCCTACAAGCCC;SOR=0.554;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=341;TCF=157;TCR=184;TR=159;WE=51528049;WS=51528031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,167:0.47:353
chr19	51530693	rs1474520	G	A	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=128;NR=51;PP=2965;SC=CAGGCAGCCCGAGTCCAGCTG;SOR=1.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=128;TCR=51;TR=179;WE=51530701;WS=51530683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	51535130	rs3745540	A	G	16275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=241;NR=316;PP=2965;SC=TGGGCCCCTTACTCCGTGGGT;SOR=1.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=558;TCF=242;TCR=316;TR=557;WE=51535142;WS=51535120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr19	51535460	rs10635364	T	TCC	1702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=22;PP=1284;SC=CCACGGACACTCAGGCGCTCC;SOR=1.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=25;WE=51535468;WS=51535450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	51537682	rs3865443	C	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=749;ReadPosRankSum=0.902;SC=GAGCAGTACCCTGAGAGCTGC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=57;WE=51537690;WS=51537672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,59:0.44:134
chr19	51537903	rs71185791	G	GA	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.383;NF=3;NR=10;PP=439;ReadPosRankSum=-2.485;SC=AAGTCTGGGGGAAAAGGGGAA;SOR=0.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=13;WE=51537911;WS=51537893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr19	51563965	rs2569474	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=442;SC=GGTAAGGGTCGGATTATTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=51563973;WS=51563955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	51566873	rs10426620	G	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=19;PP=1565;SC=TCCACAAGGCGTAGCGTGTGG;SOR=1.952;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=78;WE=51566881;WS=51566863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	51583003	rs6509518	A	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=49;PP=1414;SC=GGTCTGAGCCAGAGACTCCTC;SOR=3.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=57;WE=51583011;WS=51582993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	51584743	rs2569489	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=301;SC=AGGGCTTTAGACTCTGGAATT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=51584751;WS=51584733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	51584916	rs2569491	G	A	5868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=98;PP=2965;SC=GTGCACGTATGGCCACCAATT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=111;TCR=98;TR=209;WE=51584924;WS=51584906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	51584951	rs35287116	T	C	5554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=105;PP=2965;SC=CTCTTGGCTCTGTGTCATGGC;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=99;TCR=105;TR=204;WE=51584959;WS=51584941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	51585112	rs62114143	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=383;SC=GTGAGACATGCCCAATATTGA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=51585120;WS=51585102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	51607507	rs17855403	G	A	6288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CTCCCAGCGCGCCGCCTGGCG;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=663;TCF=297;TCR=366;TR=299;WE=51607515;WS=51607497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,310:0.45:686
chr19	51628529	rs2075803	A	G	5227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=1.370;SC=CCCACATACCAAGAATTGCAC;SOR=0.544;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=479;TCF=201;TCR=278;TR=247;WE=51628537;WS=51628519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,250:0.52:485
chr19	51630482	rs2258983	C	A	2869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=1868;ReadPosRankSum=0.820;SC=CTGAGGGATGCAGCTGAATTC;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=219;TCF=97;TCR=122;TR=120;WE=51630490;WS=51630472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,128:0.55:233
chr19	51631165	rs867188	C	A	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1192;ReadPosRankSum=0.592;SC=AGACCCAATTCTCTATGATAT;SOR=0.633;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=90;WE=51631173;WS=51631155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,89:0.43:208
chr19	51646140	rs140185670	G	C	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.249;NF=35;NR=73;PP=1482;ReadPosRankSum=0.575;SC=CACATGTCCTGGGAGGGGGCC;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=65;TCR=136;TR=108;WE=51646148;WS=51646130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,111:0.55:201
chr19	51656218	rs273661	G	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=3;PP=864;SC=CTATACAGAGGAATATATCCG;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=51656226;WS=51656208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	51656454	rs273662	A	T	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=68;PP=2261;SC=ACCTATCAGGACAAGAAGCCA;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=56;TCR=69;TR=124;WE=51656462;WS=51656444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	51728477	rs12459419	C	T	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.481;NF=84;NR=51;PP=1952;ReadPosRankSum=0.146;SC=CCCACAGGGGCCCTGGCTATG;SOR=0.498;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=258;TCF=167;TCR=91;TR=135;WE=51728485;WS=51728467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,141:0.52:271
chr19	51728641	rs2455069	A	G	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.138;NF=54;ReadPosRankSum=-0.935;SC=CATTATATCCAGGGACTCTCC;SOR=0.669;Source=Platypus;TCF=95;WE=51728649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,121:0.56:216
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chr19	51767205	rs6509523	C	T	6225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=98;PP=2965;SC=CTGCTCTCCCCATCCCCACAT;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=123;TCR=98;TR=221;WE=51767213;WS=51767195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
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chr19	51835892	rs11402251	T	TG	10255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=124;PP=2965;SC=CTGGGGTCTGTGCCTGGAAGA;SOR=1.090;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=33;TCR=131;TR=154;WE=51835900;WS=51835882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr19	51837332	rs10418551	A	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=572;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GTAGGAGGGCAGGATGGATGA;SOR=0.560;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=35;WE=51837340;WS=51837322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr19	51840877	.	A	G	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=47;MMLQ=15;MQ=56.45;NF=0;NR=4;PP=23;QD=14.4428031368;SC=TCTGAGGGGGAGGGGGCTGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=4;WE=51840885;WS=51840867;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr19	51841417	rs34380065	C	T	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=72;PP=1728;ReadPosRankSum=1.813;SC=CTCCCCCAACCGTGTCTCTGC;SOR=0.538;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=237;TCF=86;TCR=151;TR=116;WE=51841425;WS=51841407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,128:0.49:262
chr19	51843589	rs6509528	G	T	3352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=57;PP=2021;ReadPosRankSum=0.971;SC=CGAGTGTCAGGGTCACCTGGG;SOR=0.668;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=265;TCF=169;TCR=96;TR=152;WE=51843597;WS=51843579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,157:0.56:280
chr19	51843808	rs7259266	C	T	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=68;PP=1587;ReadPosRankSum=-1.861;SC=CCTCTGAGCGCATCCGGGGCG;SOR=0.883;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=211;TCF=83;TCR=128;TR=110;WE=51843816;WS=51843798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,120:0.52:230
chr19	51844978	rs8105710	G	T	3685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=81;PP=2341;ReadPosRankSum=1.050;SC=CAGAGAAGGGGGAAACCGGGC;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=284;TCF=137;TCR=147;TR=155;WE=51844986;WS=51844968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,168:0.55:304
chr19	51845371	rs10414211	T	G	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1029;ReadPosRankSum=0.671;SC=AGCCTGTGGGTTGTCCATGGT;SOR=0.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=74;WE=51845379;WS=51845361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,81:0.50:161
chr19	51850290	rs1130426	G	A	7610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=137;NR=135;PP=2965;SC=CCCCTCCAGCGTCACCTGGGA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=138;TCR=136;TR=272;WE=51850298;WS=51850280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr19	51853468	rs4802789	C	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=2;PP=758;SC=TGAGGCAATCCGAGGGAACAG;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=51853476;WS=51853467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	51856619	rs2004309	T	C	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=73;PP=2195;SC=AGCCCCTCCTTCCTCAGACCC;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=32;TCR=73;TR=105;WE=51856649;WS=51856609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	51856631	rs3889312	G	A	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.05;QD=47.17;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr19	51869346	rs3786625	G	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=565;ReadPosRankSum=-1.971;SC=CGTGACCCCGGAGGGATCGGA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=40;WE=51869354;WS=51869336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr19	51874950	rs3009	G	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=516;ReadPosRankSum=0.555;SC=GGGCAGATGTGGGACCAGACT;SOR=0.929;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=32;WE=51874958;WS=51874940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr19	51883727	rs2547318	G	A	6522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=93;PP=2965;SC=TCTGCCCCAGGCACTGACCTT;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=147;TCR=94;TR=240;WE=51883735;WS=51883717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	51914246	rs200056653	AAG	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,8:0.12:69
chr19	51919231	rs112584540	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQRankSum=-5.937;QD=5.89;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr19	51919235	rs201089294	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQRankSum=-6.345;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.248;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr19	51919237	rs199590261	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-5.969;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=1.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr19	51919243	rs199660336	GG	AC	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.424;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.77;MQRankSum=-5.651;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr19	51919434	rs375392809	GA	G	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=6.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.340;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,29:0.22:131
chr19	51919507	rs62114257	T	C	4318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.946;NF=123;NR=109;PP=2866;ReadPosRankSum=0.210;SC=CCTCATCCCCTGAAGCCTTTT;SOR=0.639;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=481;TCF=251;TCR=230;TR=232;WE=51919521;WS=51919497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,215:0.47:453
chr19	51919949	rs9304711	G	A	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=11;PP=1151;SC=GGTCCTCTGTGCGCTCACACC;SOR=2.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=60;WE=51919957;WS=51919939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	51920613	rs1010425	C	T	11745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=218;NR=187;PP=2965;SC=CTGTCCAGTCCTGTCGGGGGT;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=406;TCF=218;TCR=188;TR=405;WE=51920621;WS=51920603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
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chr19	52000624	rs3752135	T	G	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=38;PP=2327;SC=GATGCAGAAGTACAGGAAGAC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=52000632;WS=52000614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr19	52002317	rs4801871	G	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=11;PP=533;SC=GGAGGGGGGGGCCGGGGCTCA;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=52002325;WS=52002307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr19	52002493	rs59372820	T	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,55:0.60:92
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chr19	52003058	rs10420446	C	T	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.069;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=787;ReadPosRankSum=-1.136;SC=CTTACTCCTCCCCTGAGCCAG;SOR=0.876;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=52;WE=52003066;WS=52003048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,58:0.42:138
chr19	52003089	rs10420457	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=1463;ReadPosRankSum=0.353;SC=CCTCCAACTCCCTCCCAGGAT;SOR=0.919;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=33;WE=52003098;WS=52003079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr19	52003090	rs45554634	C	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=2327;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CTCCAACTCCCTCCCAGGATG;SOR=0.511;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=54;WE=52003098;WS=52003079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr19	52003331	rs6509544	G	C	8185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=118;PP=2965;SC=GGAATCGACCGTGGGTATCCT;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=146;TCR=118;TR=264;WE=52003339;WS=52003321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	52004469	rs3810108	C	T	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.048;NF=55;NR=27;PP=1545;ReadPosRankSum=-0.856;SC=CCATCACCCCCGGCCCCCTCC;SOR=0.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=104;TCR=53;TR=82;WE=52004477;WS=52004459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,84:0.53:159
chr19	52004551	rs3810109	C	T	11517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=1.586;NF=227;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=1.654;SC=TCTTGGAGCCCGTGCCTTACC;SOR=0.328;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=403;TCF=228;TCR=175;TR=401;WE=52004559;WS=52004541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,418:1.00:419
chr19	52004743	rs3810110	G	A	6348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.346;SC=CACTGCTCGAGCTGGGTTGTT;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=614;TCF=315;TCR=299;TR=278;WE=52004751;WS=52004733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,294:0.46:639
chr19	52004791	rs66949844	G	GC	10520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=102;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.433;SC=ATGGTCCCCTGCCCGGAACCA;SOR=0.708;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=413;TCF=135;TCR=278;TR=161;WE=52004803;WS=52004781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,273:0.47:579
chr19	52004795	rs61742108	G	T	10614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.421;SC=TCCCCTGCCCGGAACCAGTAG;SOR=0.701;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=539;TCF=284;TCR=255;TR=219;WE=52004803;WS=52004781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,278:0.46:603
chr19	52004903	rs16982743	G	A	7170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=185;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.429;SC=ACGGACTTCTGCATTGTCAGC;SOR=0.601;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=632;TCF=273;TCR=359;TR=333;WE=52004911;WS=52004893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,344:0.53:653
chr19	52031148	rs77020082	T	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.627;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=1307;ReadPosRankSum=0.324;SC=AAGAAAACCATCTCCCCACTC;SOR=0.408;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=44;WE=52031170;WS=52031138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr19	52031162	rs897783	A	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=1924;ReadPosRankSum=-1.353;SC=CCCACTCCCTATGGAGAGTAC;SOR=1.030;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=52;WE=52031170;WS=52031138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr19	52031648	rs10419617	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=484;ReadPosRankSum=-1.295;SC=TGAACCCGGAACCAGCCTCTT;SOR=0.517;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=40;WE=52031656;WS=52031638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr19	52032964	rs3976745	C	G	3793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=84;PP=2722;ReadPosRankSum=0.629;SC=TCGCGCACCTCCCCCCACACT;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=477;TCF=261;TCR=216;TR=188;WE=52032972;WS=52032953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,191:0.40:481
chr19	52033108	rs74352887	G	A	4338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=99;PP=2847;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TGGGGGTGGCGTTCAGGGCGG;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=150;TCR=177;TR=185;WE=52033116;WS=52033098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,192:0.57:339
chr19	52033742	rs2305772	G	A	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=67;PP=1784;ReadPosRankSum=-1.969;SC=GGAGCATCTGGGGTGGAAAGA;SOR=0.612;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=254;TCF=114;TCR=140;TR=121;WE=52033750;WS=52033732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,124:0.47:266
chr19	52034338	rs146883710	CG	C	1170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.797;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=1.118;NF=17;NR=14;PP=953;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CCTCCCAAGACGGGGCTCCCG;SOR=0.851;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=31;WE=52034346;WS=52034328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr19	52034469	rs1993462	C	T	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=60;PP=2031;ReadPosRankSum=0.151;SC=TCCATTTGGACTTCAACCGAA;SOR=0.677;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=305;TCF=171;TCR=134;TR=140;WE=52034477;WS=52034459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,149:0.47:317
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chr19	52085291	rs1543923	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=393;ReadPosRankSum=0.199;SC=GCTATAAATGTTAAATGTCCT;SOR=2.726;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=18;WE=52085299;WS=52085281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr19	52090014	rs35625154	C	T	4553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=1.997;SC=GGATGCTGACCGCACAAAGAA;SOR=0.887;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=438;TCF=217;TCR=221;TR=213;WE=52090022;WS=52090004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,216:0.47:457
chr19	52090100	rs45541134	T	C	4614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.082;SC=CAGAAAGCAATTGTGAATATA;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=489;TCF=273;TCR=216;TR=206;WE=52090108;WS=52090090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,213:0.42:502
chr19	52097177	rs7253296	T	C	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=18;PP=1149;ReadPosRankSum=0.440;SC=TCCTTGGTTTTGGGATCTTGC;SOR=0.555;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=140;TCF=108;TCR=32;TR=72;WE=52097185;WS=52097167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
chr19	52101918	rs1868947	T	C	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=47;PP=1090;ReadPosRankSum=1.659;SC=GTGCAGCACATGGTGCTTGTG;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=77;TCR=93;TR=84;WE=52101926;WS=52101908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,86:0.49:177
chr19	52102232	rs58593232	TGA	T	2242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.950;NF=3;NR=39;PP=1672;ReadPosRankSum=-0.659;SC=ATCATCTTAGTGAGAGATGAA;SOR=0.819;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=89;TCF=9;TCR=80;TR=42;WE=52102241;WS=52102222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,61:0.54:114
chr19	52104489	rs8113451	C	G	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=59.99;NF=70;NR=43;PP=1998;SC=ACATGGTGGACACCGTGCTCA;SOR=0.971;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=71;TCR=45;TR=113;WE=52104497;WS=52104479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	52104560	rs3752127	T	C	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=74;PP=2780;SC=GCTAGGGGGGTGCCCTTCCGC;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=95;TCR=75;TR=169;WE=52104568;WS=52104550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	52104713	rs3752126	G	C	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=59;PP=1415;SC=TGCTGGACCTGGTGCACTCGG;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=52104721;WS=52104703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	52115645	rs3829655	G	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=242;ReadPosRankSum=0.185;SC=TGATCTCCGGGGCTGTCTGGC;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=26;WE=52115653;WS=52115635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr19	52115833	rs12462938	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=0.483;SC=CACAATTTCCAATTCTCTACC;SOR=0.446;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=52115841;WS=52115823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr19	52130830	rs8107754	C	A	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=90;PP=2622;SC=TGGCCCAGGGCCCAGCTGAGC;SOR=2.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=37;TCR=90;TR=127;WE=52130838;WS=52130820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	52132524	rs112581861	T	TAC,TACACAC	496.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=8,8;NR=2,2;PP=120,189;SC=CTGTCTTCCTTACACACACAC;SOR=3.611;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=10,10;WE=52132532;WS=52132514;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:12
chr19	52148617	rs4544342	A	G	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GGGAGCAGGAAGGACCCAGAC;SOR=1.101;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=131;TCF=94;TCR=37;TR=64;WE=52148625;WS=52148607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,67:0.50:134
chr19	52148804	rs885266	A	C	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=67;PP=1640;ReadPosRankSum=-1.510;SC=AAGATACAGCACCAGCTTCAG;SOR=0.861;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=270;TCF=115;TCR=155;TR=112;WE=52148812;WS=52148794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,118:0.41:286
chr19	52148918	rs1868952	C	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.817;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=345;ReadPosRankSum=0.059;SC=CACGAGTTTTCCCTGGTTATC;SOR=0.173;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=22;WE=52148926;WS=52148908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr19	52148980	rs11424909	C	CA	903.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.64;QD=33.47;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	52148981	.	C	A	838	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=18;MQ=42.16;NF=33;NR=14;PP=838;QD=18.569600267;SC=ACACACACACCCCCCTCACTC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=47;WE=52148989;WS=52148971;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,47:0.90:52
chr19	52148981	rs2100297	C	CA	903.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.53;QD=30.12;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	52149165	rs71358847	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=8.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.94;MQRankSum=-2.208;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.058;SOR=2.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr19	52196453	rs12976445	T	C	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1430;ReadPosRankSum=0.963;SC=TCTCTGTGCCTATCTCCATCT;SOR=0.680;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=268;TCF=140;TCR=128;TR=109;WE=52196475;WS=52196443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,117:0.41:285
chr19	52208277	rs11382950	G	GC	5138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=25;PP=2936;SC=TGGTGTCCAGGCTCCGGGACC;SOR=2.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=66;TCR=25;TR=90;WE=52208285;WS=52208267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	52222552	rs11084112	G	A	4466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=94;PP=2860;ReadPosRankSum=-0.312;SC=ACACGCACCTGCGAGTCCTCA;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=354;TCF=189;TCR=165;TR=203;WE=52222560;WS=52222542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,213:0.57:371
chr19	52223121	rs7248778	A	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=418;ReadPosRankSum=0.566;SC=GAGCAGCGGCAGGCTGCAGGA;SOR=0.749;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=32;WE=52223129;WS=52223111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr19	52223251	rs59168688	T	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr19	52223266	rs57088533	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.41;ReadPosRankSum=-1.868;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	52223329	.	GTC	G	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=42;QD=17.0;SC=CTGTCTCGCTGTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=52223338;WS=52223319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr19	52227137	rs58597876	T	TACAC	662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.42;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr19	52249211	rs867228	T	G	6393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=95;PP=2965;SC=TGCCTGTAACTCCACCTCTGC;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=145;TCR=95;TR=240;WE=52249219;WS=52249201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	52249672	rs1042229	A	C	3641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.714;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=87;PP=2609;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CAACGGCCACATTTATCCTCT;SOR=0.931;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=338;TCF=165;TCR=173;TR=160;WE=52249680;WS=52249661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,167:0.47:354
chr19	52249947	rs2070745	C	G	4026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=93;PP=2766;ReadPosRankSum=-0.491;SC=ATGGTAAAGACGAATTTGCAC;SOR=0.516;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=400;TCF=183;TCR=217;TR=179;WE=52249955;WS=52249937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,187:0.45:416
chr19	52250070	.	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.653;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,72:0.27:263
chr19	52250216	rs5030878	A	G	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=65;PP=1767;SC=CCCTCCAGAGATGTTCGTGGG;SOR=1.502;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=37;TCR=65;TR=102;WE=52250224;WS=52250206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	52403516	rs1549931	T	C	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=70;PP=1829;ReadPosRankSum=2.271;SC=CCTTCCTTCATTTGAACTCTC;SOR=0.499;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=211;TCF=70;TCR=141;TR=109;WE=52403524;WS=52403506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,115:0.52:222
chr19	52468203	rs2278415	T	A	5158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.934;SC=GTGCAAATCCTCTGTTATCTC;SOR=0.604;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=522;TCF=259;TCR=263;TR=243;WE=52468211;WS=52468193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,249:0.46:544
chr19	52468587	rs3764538	G	T	3184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.151;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=82;PP=2309;ReadPosRankSum=1.804;SC=TACATTCAAAGGGTTTCTCTC;SOR=0.992;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=358;TCF=172;TCR=186;TR=146;WE=52468595;WS=52468577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,150:0.41:369
chr19	52468998	rs4988334	A	G	3691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=67;PP=2644;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CACATAGACTACATCTGTGGG;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=374;TCF=222;TCR=152;TR=166;WE=52469006;WS=52468988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,170:0.44:389
chr19	52471769	rs2278417	C	T	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=712;ReadPosRankSum=0.061;SC=CACAGCTGTGCTGCCTTCTCT;SOR=0.544;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=47;WE=52471777;WS=52471759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr19	52471785	rs2278418	T	A	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=828;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TCTCTGACTGTCTAGAATGTG;SOR=0.571;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=57;WE=52471793;WS=52471775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr19	52471813	rs2278419	T	C	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1183;ReadPosRankSum=0.122;SC=TAGCCTTCTGTCTTGTGGGTT;SOR=0.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=69;WE=52471821;WS=52471803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,71:0.51:139
chr19	52471872	rs2278420	A	G	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=48;PP=1582;ReadPosRankSum=-0.494;SC=AATTGTCCACAGTTGTTCTCC;SOR=0.428;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=199;TCF=119;TCR=80;TR=106;WE=52471880;WS=52471862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,111:0.53:208
chr19	52472295	rs4986773	A	G	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.977;NF=62;NR=38;PP=1399;ReadPosRankSum=0.159;SC=CCAACATCACATCCCGGTACA;SOR=0.810;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=188;TCF=114;TCR=74;TR=100;WE=52472303;WS=52472285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,102:0.54:190
chr19	52496149	rs16983353	C	T	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.188;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;PP=1871;ReadPosRankSum=-2.051;SC=GTGAATTCTCCTGTGTTTAAC;SOR=0.450;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=275;TCF=156;TCR=119;TR=127;WE=52496157;WS=52496139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,139:0.48:292
chr19	52497250	rs1978717	G	A	4410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=103;PP=2880;ReadPosRankSum=-2.099;SC=ATGATGTGCAGTAAGACGCCT;SOR=0.753;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=416;TCF=211;TCR=205;TR=202;WE=52497258;WS=52497240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,206:0.49:421
chr19	52497943	rs10500311	G	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=871;ReadPosRankSum=0.809;SC=TAAGTCAAACGTATCACAATC;SOR=0.832;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=54;WE=52497951;WS=52497933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr19	52503658	rs58197197	T	C	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr19	52504920	rs2903709	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
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chr19	52506985	rs1433089	T	C	2292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.868;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=30;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.380;SC=ATTTGGGAAATGACTGCTAAC;SOR=0.907;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=248;TCF=165;TCR=83;TR=106;WE=52506993;WS=52506975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,113:0.43:262
chr19	52516360	rs11671702	C	T	104.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	52519608	rs8104890	C	T	4247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=96;PP=2658;ReadPosRankSum=0.006;SC=TGATGTATAACGAGAGTGCGT;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=427;TCF=221;TCR=206;TR=198;WE=52519616;WS=52519598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,206:0.46:447
chr19	52520607	rs61574510	C	T	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=62;PP=1306;ReadPosRankSum=0.798;SC=TCAACTTTCCCGATTCCTAAG;SOR=0.836;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=243;TCF=102;TCR=141;TR=101;WE=52520615;WS=52520597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,104:0.42:250
chr19	52520714	rs12976476	G	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=21;PP=553;SC=CCCAGCACTTGGGGAGGCTGA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=52520722;WS=52520704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	52521192	rs61287503	A	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=663;ReadPosRankSum=-0.392;SC=TACTTCATATATGTGACACCT;SOR=1.031;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=39;WE=52521200;WS=52521182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
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chr19	52587907	rs11084141	G	A	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,73:0.38:191
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chr19	52620269	rs35582075	G	A	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=758;ReadPosRankSum=-0.803;SC=ACACATTTAGGAGAGATACCT;SOR=0.555;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=62;WE=52620277;WS=52620259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,70:0.41:170
chr19	52704961	rs10420138	T	C	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=80;PP=2610;ReadPosRankSum=-0.642;SC=GGTGTCACCTTCATAAGACCC;SOR=0.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=346;TCF=177;TCR=169;TR=168;WE=52704969;WS=52704951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,172:0.47:366
chr19	52786700	.	CT	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=4.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.285;QD=4.88;ReadPosRankSum=2.196;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr19	52800396	rs117653975	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=675;ReadPosRankSum=-1.147;SC=GCCCCCGCCCCGCTCGGACCC;SOR=0.527;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=44;WE=52800404;WS=52800386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr19	52800516	rs67621412	C	A	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=69;PP=1762;ReadPosRankSum=0.557;SC=CGCTTCCCAACTCCCCCGCGC;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=280;TCF=142;TCR=138;TR=145;WE=52800524;WS=52800506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,147:0.52:284
chr19	52803669	rs3217319	CTG	C	10442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=116;PP=2969;SC=AAGAGTCATGCTGTGTGATGA;SOR=0.888;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=169;TCF=40;TCR=129;TR=153;WE=52803692;WS=52803659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	52852523	rs321953	T	C	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=117;PP=2965;SC=GTTCTCTCTGTTTCTTTCTGA;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=82;TCR=117;TR=199;WE=52852531;WS=52852513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	52856955	rs1961205	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=929;ReadPosRankSum=2.237;SC=CATTCATGGACGTGGCCATCG;SOR=0.365;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=122;TCF=101;TCR=21;TR=63;WE=52856963;WS=52856945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
chr19	52869022	rs2241586	G	T	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=45;PP=1760;SC=AACCCTTGAGGCACATCTGTC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=52869030;WS=52869012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	52869278	rs321937	G	C	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=61;PP=2838;SC=TTTAGAGTCCGTGCAAGCCTT;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=134;WE=52869286;WS=52869268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	52869312	rs162120	T	C	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=49;PP=2193;SC=TAATCCATACTGCAGAGAAAC;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=116;WE=52869320;WS=52869302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	52869534	rs162119	G	A	7552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=128;PP=2965;SC=GAGAGTGTTCGGGACTTACTA;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=128;TCR=128;TR=256;WE=52869542;WS=52869524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr19	52870052	rs1054612	C	G	6845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=165;PP=2965;SC=GAATTCACACCTAGCACAACA;SOR=1.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=83;TCR=165;TR=248;WE=52870060;WS=52870042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	52873023	rs707312	A	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=564;SC=CTCTGCCGGGACACAATCTAT;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=22;WE=52873031;WS=52873021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	52877716	.	AT	A	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=4.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=3.489;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.899;SOR=1.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,30:0.25:121
chr19	52882733	rs10445583	T	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=14;PP=810;SC=ACTGCAACCTTCGCTTCCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=52882741;WS=52882723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	52882805	rs10445584	C	T	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=27;PP=855;SC=TGAGCCTCCGCGCCTGGCCTC;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=52882813;WS=52882795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	52882824	rs10445585	T	A	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=22;PP=669;SC=TCATTTTTAATTTTTTTAGAG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=52882832;WS=52882814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	52887145	rs34470614	TA	T	3751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=59;PP=2955;SC=ACAAGTCTCTTAAAAATCAAC;SOR=0.828;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=85;WE=52887153;WS=52887135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	52887246	rs34678014	T	TCAA	5746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=55;PP=2967;SC=GAAAAACCTATCAACAATTCC;SOR=0.709;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=84;WE=52887254;WS=52887236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	52887427	rs8104808	A	C	16073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.56;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,368:1.00:369
chr19	52887437	rs8104812	A	C	16026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.79;ReadPosRankSum=-0.620;SOR=0.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,365:1.00:366
chr19	52887904	rs2042913	T	C	5768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=94;PP=2965;SC=GTAATAAATGTGGCAAGGTCT;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=98;TCR=94;TR=192;WE=52887912;WS=52887894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	52888210	rs56151179	T	C	6630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=2.074;SC=GATTTCATACTGGAGAGAAAC;SOR=0.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=116;TCR=103;TR=218;WE=52888218;WS=52888200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
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chr19	52888620	rs3170100	T	G	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=43;PP=1339;SC=CAGCATGAGATAATTCATTCA;SOR=1.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=52888628;WS=52888610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	52893473	rs7253837	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=543;SC=TGTCCCCTGCACTGGCCCGCA;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=52893481;WS=52893463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr19	52909458	rs2245620	T	G	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=43;PP=1143;SC=CTTTCTTCAGTTATTCTCCTC;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=52909466;WS=52909448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	52909989	rs11668956	A	G	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=44;PP=1145;ReadPosRankSum=1.854;SC=TGCGGTGGCAATCATAGCTCA;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=48;WE=52909997;WS=52909979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr19	52917590	rs162124	G	A	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=110;PP=2965;SC=GGGACTGAACGAAGGGGGCGA;SOR=2.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=33;TCR=110;TR=143;WE=52917598;WS=52917580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	52917626	rs162123	A	G	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=61;PP=1671;SC=ACAAAGGTGTATATTTGGAAG;SOR=3.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=70;WE=52917634;WS=52917616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	52920006	rs10664588	C	CTG	10439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=128;PP=2957;SC=TCCCTACAAACTGTATGGCAA;SOR=1.419;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=159;TCF=16;TCR=143;TR=144;WE=52920014;WS=52919996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr19	52937100	rs2560996	G	T	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=957;ReadPosRankSum=0.936;SC=TGTGGATTTGGCGCAGTGCTC;SOR=1.189;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=63;WE=52937108;WS=52937090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,74:0.51:145
chr19	52937339	rs17780173	G	A	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=98;PP=2581;ReadPosRankSum=-0.850;SC=CCCTAGGTGAGGATAATGTCC;SOR=0.847;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=452;TCF=224;TCR=228;TR=189;WE=52937347;WS=52937329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,197:0.42:464
chr19	52937487	rs2608546	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.164;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=412;ReadPosRankSum=2.485;SC=AGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=1.103;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=28;WE=52937495;WS=52937477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr19	52937530	rs2560997	C	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=34;PP=920;SC=AAATGGTTCACGAGGTCAGGA;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=52937538;WS=52937520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	52938361	rs11084161	C	A	9732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=-0.079;NF=201;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=1.404;SC=CTGAGTGTTACCTCCATGTTG;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=202;TCR=145;TR=345;WE=52938369;WS=52938351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,368:1.00:369
chr19	52938417	rs11084162	A	G	10639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=197;PP=2965;SC=AGTGAAAATAATAAACAATCC;SOR=0.913;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=367;TCF=170;TCR=197;TR=366;WE=52938425;WS=52938407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr19	52938459	rs11084163	A	G	7260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=153;PP=2965;SC=AGGTGTGAACACAGGTGAGAG;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=88;TCR=153;TR=241;WE=52938467;WS=52938449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	52940931	rs1428179	A	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=383;SC=TTTCTGTCAGACTTTAAACAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=52940939;WS=52940921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	52941171	rs1428180	T	C	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=47;PP=2853;SC=ATAAGTTTTTTCAGTGTCAAA;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=119;WE=52941179;WS=52941161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	52941540	rs1366257	G	A	5868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=100;NR=86;PP=2965;SC=AAAGAATGTGGGAAAGTCTTT;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=100;TCR=86;TR=186;WE=52941548;WS=52941530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	52941618	rs1366258	A	C	6358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=75;PP=2965;SC=AAATGTAGTGAATGTGGCAAA;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=115;TCR=75;TR=190;WE=52941626;WS=52941608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	52941847	rs1366259	A	T	6528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=110;PP=2965;SC=TTCATACTGGAGAGAAACCTT;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=219;WE=52941855;WS=52941837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	52942159	rs2608497	A	G	9730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=166;NR=157;PP=2965;SC=CAAACCTTCAACGACATAGGA;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=166;TCR=157;TR=323;WE=52942167;WS=52942149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr19	52942445	rs2608498	C	T	19761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=265;NR=258;PP=2965;SC=AGAGAAGCCTCACAGTTGTAA;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=523;TCF=265;TCR=258;TR=523;WE=52942453;WS=52942435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr19	52942495	rs2561001	G	A	18701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=240;NR=236;PP=2965;SC=CACACCTTGCGCGACATAGGA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=476;TCF=240;TCR=236;TR=476;WE=52942503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr19	52942693	.	G	GC	2400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.334;NF=2;NR=47;PP=1696;ReadPosRankSum=0.913;SC=CCAGAGAGAAGCCTTAAAAAT;SOR=0.763;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=114;TCF=7;TCR=107;TR=49;WE=52942701;WS=52942683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,84:0.49:173
chr19	52942734	rs2446079	C	T	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=68;PP=1862;SC=CAGTGGCTCACGTCTGTAATC;SOR=2.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=20;TCR=68;TR=88;WE=52942742;WS=52942724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	52954507	rs324104	T	C	5518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=1.889;SC=CCGGAGGTGCTGAGGAGCCAA;SOR=0.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=119;TCR=98;TR=215;WE=52954515;WS=52954497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,218:1.00:219
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chr19	53014346	rs161931	G	A	11218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.076;NF=195;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=1.736;SC=TGAGACTGGCGAAGCCTTTAA;SOR=0.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=388;TCF=197;TCR=191;TR=385;WE=53014354;WS=53014336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,393:1.00:394
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chr19	53075519	rs8104138	G	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=331;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TGTTGGTCAGGATGGTCTCGA;SOR=0.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=24;WE=53075527;WS=53075509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr19	53075734	rs3826655	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=0.272;SC=AAGGAAGTTTCTTTATCCCAG;SOR=0.445;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=27;WE=53075742;WS=53075724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr19	53077411	rs162832	T	C	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=86;PP=2849;ReadPosRankSum=-0.185;SC=ATGGCTCTTCTTCAGGTGAGA;SOR=0.648;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=307;TCF=151;TCR=156;TR=164;WE=53077419;WS=53077401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,167:0.53:317
chr19	53085416	rs12975229	G	A	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=5.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=14;PP=1498;ReadPosRankSum=1.764;SC=TATAACTTCCGTACTTAATTT;SOR=1.011;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=195;TCF=160;TCR=35;TR=87;WE=53085424;WS=53085406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,88:0.45:196
chr19	53085659	rs366793	C	T	4077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=98;PP=2732;ReadPosRankSum=0.426;SC=ATGACAAAAACCAAAAAGTTG;SOR=0.678;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=426;TCF=217;TCR=209;TR=191;WE=53085667;WS=53085649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,197:0.44:445
chr19	53085813	rs3745101	T	C	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1651;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TTGAGAAGGCTATCAACGATG;SOR=0.686;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=220;TCF=107;TCR=113;TR=97;WE=53085821;WS=53085803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,109:0.45:242
chr19	53086124	rs373554	C	A	4283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=94;PP=2787;ReadPosRankSum=0.650;SC=AATCCTTACACGTGTAATGAG;SOR=0.524;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=358;TCF=170;TCR=188;TR=190;WE=53086132;WS=53086114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,200:0.53:376
chr19	53086598	rs3745102	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.221;NF=49;NR=45;PP=1505;ReadPosRankSum=0.217;SC=GCATGTCATCGTAGACTTCAT;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=113;TCR=106;TR=94;WE=53086606;WS=53086588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,79:0.39:205
chr19	53099965	rs2279151	A	G	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	53099975	rs2279152	C	G	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.31;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	53100585	rs1802617	G	T	8162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=150;NR=144;PP=2965;SC=ATACTGGACAGAAATCTTACA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=294;TCF=150;TCR=144;TR=294;WE=53100593;WS=53100575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr19	53116933	.	GCCACACTCATTACATTTGTAAGGTTTCTCTCCAGTGTGGATTCTCTGATGTTGTGCAAGGTGTGAAATATGATGGAAGACCTTT	G	1510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-1.181;QD=9.50;ReadPosRankSum=-3.218;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,56:0.35:159
chr19	53117017	.	T	G	251	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=59.28;NF=11;NR=11;PP=251;QD=12.9896005703;SC=GGAAGACCTTTCCACATACAT;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=22;WE=53117025;WS=53117007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:48,22:0.31:70
chr19	53117531	rs1056185	C	T	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.274;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=2078;ReadPosRankSum=0.569;SC=GCCACGCTCACTACATTTGTA;SOR=0.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=105;WE=53117539;WS=53117521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr19	53117809	rs10406458	C	A	6141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=2.393;SC=CATCCTTTCTCCCATGCATGT;SOR=1.174;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=90;TCR=133;TR=220;WE=53117817;WS=53117799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,230:0.99:232
chr19	53270384	rs1820128	A	G	11338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=220;PP=2965;SC=TGACATCTACAATGGCATGTA;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=414;TCF=194;TCR=220;TR=414;WE=53270392;WS=53270374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr19	53270460	rs4614842	G	A	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.797;NF=61;NR=74;PP=2481;ReadPosRankSum=2.055;SC=CTCCTAAATGGGGTATCTGGT;SOR=0.945;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=304;TCF=147;TCR=157;TR=135;WE=53270468;WS=53270450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,122:0.45:272
chr19	53303527	rs8107444	A	G	9564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=160;PP=2965;SC=TTCATTACACATGTATGGTTT;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=345;TCF=184;TCR=161;TR=344;WE=53303535;WS=53303517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr19	53303705	rs10417163	T	G	8384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=142;NR=127;PP=2965;SC=TTGTATGGTTTCTCTGCAGTA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=143;TCR=127;TR=269;WE=53303713;WS=53303695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	53304144	.	C	G	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=3.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:280,108:0.28:388
chr19	53311395	rs7257656	G	A	8806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=137;NR=170;PP=2965;SC=CCCTGAAATGGAAACACATTT;SOR=0.987;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=309;TCF=137;TCR=172;TR=307;WE=53311403;WS=53311385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr19	53344051	rs112227284	T	C	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.261;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.110;NF=75;NR=87;PP=2431;ReadPosRankSum=-1.988;SC=CTTGCCACACTCATTACACTT;SOR=0.955;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=389;TCF=190;TCR=199;TR=162;WE=53344059;WS=53344041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,152:0.39:388
chr19	53344118	rs10419826	C	G	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=7.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.942;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.242;NF=50;NR=46;PP=1715;ReadPosRankSum=0.443;SC=GATGTCTGACCGAAGGTCTTG;SOR=0.868;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=274;TCF=139;TCR=135;TR=96;WE=53344126;WS=53344108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,81:0.30:266
chr19	53344426	rs12462929	T	C	3549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=83;PP=2252;ReadPosRankSum=-1.130;SC=ATGAAGTCTATGATGGCGTGC;SOR=0.664;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=341;TCF=179;TCR=162;TR=172;WE=53344434;WS=53344416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,174:0.49:353
chr19	53344701	rs10420793	A	G	5411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.661;NF=120;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=0.043;SC=GGGATGAATTATGACCAAAGG;SOR=0.742;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=509;TCF=255;TCR=254;TR=245;WE=53344709;WS=53344691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,251:0.48:526
chr19	53345060	rs61747364	G	C	3991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.715;NF=67;NR=68;PP=2576;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TTCTCAACTTGATTACCAATT;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=310;TCF=154;TCR=156;TR=135;WE=53345068;WS=53345052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,110:0.40:273
chr19	53345076	rs61747369	T	C	5230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.191;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.745;NF=81;NR=75;PP=2784;ReadPosRankSum=-1.780;SC=CAATTTTCCCTTCAGACTGAA;SOR=0.727;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=321;TCF=160;TCR=161;TR=156;WE=53345084;WS=53345066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,133:0.46:290
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chr19	53345110	rs61729942	A	G	5751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.329;NF=100;NR=64;PP=2641;ReadPosRankSum=1.867;SC=AGGCAGATGCAAATGAAAGCT;SOR=1.268;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=305;TCF=172;TCR=133;TR=164;WE=53345118;WS=53345100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,157:0.53:298
chr19	53345176	rs61732713	C	T	6360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.168;NF=152;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.111;SC=ATCATGTTGGCCTGTACTACC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=479;TCF=265;TCR=214;TR=274;WE=53345184;WS=53345166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,280:0.57:488
chr19	53345447	rs60596790	C	T	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.014;NF=16;NR=89;PP=1868;ReadPosRankSum=0.823;SC=TAAGTACAGACGGTATATAAT;SOR=1.340;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=219;TCF=42;TCR=177;TR=105;WE=53345455;WS=53345437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,107:0.49:219
chr19	53351266	rs7256165	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=941;ReadPosRankSum=-0.887;SC=ACGAGAAATACCCACAGGTAT;SOR=0.965;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=154;TCF=99;TCR=55;TR=66;WE=53351274;WS=53351256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,67:0.41:165
chr19	53369486	.	CAT	C,CATAT	275	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=15;MQ=58.9;NF=9,9;NR=1,1;PP=275,196;QD=28.5;SC=TATGATTATACATATATATAT;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=10,10;WE=53369495;WS=53369478;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.62:16
chr19	53370013	rs12973227	C	G	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=802;ReadPosRankSum=-0.262;SC=AATGCAGCTACTCAGTTGGCC;SOR=0.473;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=70;WE=53370021;WS=53370003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,74:0.47:157
chr19	53384185	rs6509701	C	T	4102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=87;PP=2679;ReadPosRankSum=0.666;SC=ATGCGAGGTACGCTTTTGTAC;SOR=0.626;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=301;TCF=158;TCR=143;TR=180;WE=53384193;WS=53384175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,184:0.60:307
chr19	53411347	rs7256037	C	A	4296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=110;PP=2842;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GATGACTTGCCAGTCTTTGCA;SOR=0.592;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=517;TCF=236;TCR=281;TR=206;WE=53411355;WS=53411337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,216:0.40:546
chr19	53411368	rs7256260	G	A	3894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.790;NF=90;NR=100;PP=2553;ReadPosRankSum=-0.532;SC=ATGTCCCTGTGTGGATCACTT;SOR=0.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=485;TCF=228;TCR=257;TR=190;WE=53411376;WS=53411358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,197:0.38:516
chr19	53411448	rs7256400	G	A	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=73;PP=1646;ReadPosRankSum=2.250;SC=AAATATAAACGCCAATAGTTT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=98;TCR=177;TR=113;WE=53411456;WS=53411438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,123:0.41:298
chr19	53553125	rs150642692	C	T	4330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.975;NF=143;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=0.418;SC=ACACTGTCCCCACATGGCCAA;SOR=0.544;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=668;TCF=306;TCR=362;TR=306;WE=53553133;WS=53553115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,225:0.48:466
chr19	53553497	rs2195311	G	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=29.65;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	53553686	rs12975552	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.577;NF=13;NR=19;PP=561;ReadPosRankSum=0.085;SC=TCTTAGCAGAGCAGGGTGGAG;SOR=0.880;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=32;WE=53553694;WS=53553676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr19	53571306	rs2288421	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=-1.408;SC=AAGGAGTGAATTGTACCTAAT;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=11;WE=53571314;WS=53571298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr19	53576465	rs329734	C	G	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=1;PP=1840;SC=ATGTAAGTGACAACATGCAGT;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=65;TCR=1;TR=66;WE=53576473;WS=53576455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	53576589	rs329733	C	G	17500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=343;NR=263;PP=2965;SC=TGAGAACAATCTTAGAAGATA;SOR=0.958;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=607;TCF=344;TCR=263;TR=606;WE=53576597;WS=53576579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr19	53577419	rs8105668	G	C	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=49;PP=2714;SC=GACACATTCCGGCGTTCTTGG;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=97;TCR=49;TR=145;WE=53577427;WS=53577395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	53577668	rs167918	C	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=839;SC=TGCCTGTAATCCCAGCATTTT;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=53577676;WS=53577658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	53589677	rs329718	C	T	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=98;PP=2139;ReadPosRankSum=-1.288;SC=CACAGTCACACGCACAGATCT;SOR=0.899;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=368;TCF=147;TCR=221;TR=155;WE=53589685;WS=53589667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,163:0.43:382
chr19	53612311	rs4803051	T	C	3545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=84;PP=1805;ReadPosRankSum=0.404;SC=ACTCTTTACATGTGTAAGGTT;SOR=0.613;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=297;TCF=142;TCR=155;TR=163;WE=53612322;WS=53612301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,174:0.55:318
chr19	53612720	rs1560099	T	C	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=68;PP=2283;ReadPosRankSum=0.266;SC=ATCAGTCCCATATTTATTAGA;SOR=0.579;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=260;TCF=137;TCR=123;TR=138;WE=53612728;WS=53612710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,141:0.52:272
chr19	53612745	rs1133327	T	C	3283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TGGGTTTTGATGGTAGAAGAA;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=291;TCF=166;TCR=125;TR=153;WE=53612765;WS=53612735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,157:0.52:304
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chr19	53612989	rs1054484	A	G	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2166;ReadPosRankSum=2.567;SC=AATTTCTTTCATCATCTCTCC;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=149;TCR=149;TR=148;WE=53612997;WS=53612979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,151:0.48:313
chr19	53618445	rs8099853	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=0.464;SC=AAAATTAGCCAGGCATGGTGG;SOR=1.230;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=53618453;WS=53618435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr19	53618698	rs12609961	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=157;ReadPosRankSum=1.386;SC=AGAGAGTTCACGGAAGTCAGA;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=11;WE=53618706;WS=53618688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr19	53619741	rs12608974	T	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=-1.971;SC=GGAGTTACCATCTTCACACAA;SOR=0.683;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=27;WE=53619749;WS=53619731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,28:0.38:73
chr19	53626112	rs2303689	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=416;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GTCCTCTGCCGCCCACTACAC;SOR=0.910;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=26;WE=53626120;WS=53626102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr19	53643497	rs1650972	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=8;PP=769;ReadPosRankSum=-0.537;SC=AATTCTCTGACGTTGTCAAAG;SOR=1.092;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=45;WE=53643505;WS=53643487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr19	53645291	rs2195310	T	C	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=75;PP=2458;ReadPosRankSum=0.115;SC=CCACATCCATTAGATTTGTAA;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=338;TCF=180;TCR=158;TR=157;WE=53645299;WS=53645281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,158:0.46:347
chr19	53651845	rs10694633	T	TTC	6230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=83;NR=19;PP=2930;SC=GAATTCAAACTTGTTTTCCCA;SOR=3.275;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=109;TCF=86;TCR=23;TR=102;WE=53651853;WS=53651835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	53667637	rs4803054	C	T	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=9;PP=720;SC=GTGATCCCCCCGCCTCGGCCT;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=53667645;WS=53667627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	53667804	rs4801958	C	T	9659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=195;NR=141;PP=2965;SC=CCAGTATGGACTGCCATATGG;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=195;TCR=141;TR=336;WE=53667812;WS=53667794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr19	53667913	rs12459469	A	G	6563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=122;PP=2965;SC=CAAGATGTGAATTTTGAGTGA;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=99;TCR=122;TR=220;WE=53667921;WS=53667903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	53667940	rs12459471	A	G	5961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=114;PP=2965;SC=TGCCACATTCATTACATTTGT;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=99;TCR=115;TR=212;WE=53667948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	53668697	rs45499997	T	C	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=63;PP=2219;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GCCACATTCATTACATTTGTA;SOR=0.813;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=328;TCF=179;TCR=149;TR=144;WE=53668705;WS=53668687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,150:0.43:352
chr19	53669273	rs4801959	T	C	7640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=165;NR=97;PP=2965;SC=TTTCCCTTCATGTTGAAATTG;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=166;TCR=99;TR=262;WE=53669281;WS=53669263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	53669492	rs12460170	A	G	7948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=117;NR=142;PP=2965;SC=GGACAAGCCTACAGTGTCACA;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=117;TCR=142;TR=259;WE=53669500;WS=53669482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	53669653	rs12460233	C	T	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=614;SC=AGGTAAATAACTATTTCCCAT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=53669661;WS=53669643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	53678924	rs4289099	C	A	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=70;PP=2124;SC=GTTCAATTCACGTAAGCAGAC;SOR=2.520;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=90;WE=53678932;WS=53678914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	53706984	rs12610332	G	A	11229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=252;NR=152;PP=2965;SC=TCTTCCTAACGTCCCTAAATG;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=404;TCF=252;TCR=152;TR=404;WE=53706992;WS=53706974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr19	53707097	rs11084225	T	C	9891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=204;PP=2965;SC=CTCTCCCCCATGTGCTTGGTA;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=149;TCR=204;TR=353;WE=53707114;WS=53707087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr19	53707289	rs7249771	C	T	7508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=155;NR=88;PP=2965;SC=CATTCAGGGACGTGGCCATCG;SOR=1.359;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=156;TCR=88;TR=243;WE=53707297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	53716190	rs10775558	A	G	7263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=106;PP=2965;SC=TACCAAATGCAGCAAGGCCTT;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=163;TCR=107;TR=269;WE=53716198;WS=53716180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	53716278	rs10853858	A	G	9623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=163;NR=175;PP=2965;SC=GAGTGTGGAAAAACCTTTACC;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=163;TCR=175;TR=338;WE=53716286;WS=53716268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr19	53716460	rs10853859	A	G	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=42;PP=2349;SC=GTCAAAATTCACACCTTGTAA;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=108;WE=53716468;WS=53716450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	53727097	rs36114232	G	A	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=10;PP=976;SC=CTTGGTATTGGTTTTGTTTTT;SOR=1.961;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=49;WE=53727108;WS=53727087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	53727100	rs35443981	T	TTA	2616.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=13;PP=1807;SC=GGTATTGGTTTTGTTTTTGCC;SOR=1.903;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=53727108;WS=53727087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	53727282	rs11084227	A	G	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=50;PP=2121;SC=CAAAGGGGTAAGACCTCCAGC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=61;TCR=50;TR=111;WE=53727290;WS=53727272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	53727392	rs10401578	T	C	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=46;PP=2936;SC=CTGTCAAATCTTCATAGTAAT;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=122;WE=53727400;WS=53727382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr19	53727591	rs10401984	T	C	11534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.48;QD=44.19;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	53727591	.	TCA	CCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=49.88;NF=94;NR=138;PP=2947;QD=20;SC=GTGATACTTTTCAACTGGCTT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=102;TCR=146;TR=232;WE=53727601;WS=53727559;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,232:0.94:248
chr19	53727593	rs11673594	A	G	11534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.51;QD=45.06;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	53727644	rs12972588	T	C	5247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=102;PP=2965;SC=CATATACTCTTATTGGAGGTA;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=64;TCR=102;TR=166;WE=53727652;WS=53727634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	53728096	rs7248561	A	G	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.29;QD=44.53;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	53728105	rs7248883	G	C	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.66;QD=42.67;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	53728160	rs7248781	C	T	5875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.96;NF=116;NR=91;PP=2965;SC=TGGCTCTCTTCCAATTCCTTT;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=207;WE=53728168;WS=53728150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	53728218	rs11666631	G	C	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=87;PP=2444;SC=TTTGCTTTAGGGGGGTTATAC;SOR=0.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=71;TCR=88;TR=158;WE=53728226;WS=53728208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	53728280	rs7248812	A	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=48;PP=1412;SC=ACTTCATGTAAAGCATCAGAT;SOR=3.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=53728288;WS=53728270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	53740822	rs8113436	T	C	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=63;PP=2379;SC=GGCTTGAACGTTCAGCAAAGG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=100;WE=53740830;WS=53740812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	53741068	rs12984188	C	T	6399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=111;PP=2965;SC=TAGTGAGGTTCGAACACTGGT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=103;TCR=111;TR=214;WE=53741076;WS=53741058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	53741188	rs12984473	C	T	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=75;PP=2965;SC=AGTCATTACACTTGTATGATT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=88;TCR=76;TR=163;WE=53741196;WS=53741178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	53754736	rs2965240	T	C	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=44;PP=2241;SC=GTCCAAAATATGGCATTTCAG;SOR=1.505;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=84;TCR=44;TR=128;WE=53754744;WS=53754726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	53760825	rs2914370	C	T	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CCTCTGTGGACCTGAAAATTG;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=211;TCF=81;TCR=130;TR=102;WE=53760833;WS=53760815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,104:0.47:220
chr19	53761740	rs2965249	T	C	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=81;SC=TAAATATCAGTGCAGCCTGGC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=53761748;WS=53761739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	53770261	rs12977715	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=21.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQRankSum=-6.691;QD=0.96;ReadPosRankSum=-2.229;SOR=1.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,17:0.15:112
chr19	53784647	rs11084232	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.724;NF=20;NR=0;PP=406;ReadPosRankSum=0.390;SC=TACAGTGGGCGTGACTCAGTG;SOR=0.850;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=39;TCR=0;TR=20;WE=53784655;WS=53784637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr19	53784704	rs55943466	G	A	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-7.032;QD=17.34;ReadPosRankSum=1.691;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,73:0.45:162
chr19	53784709	rs57846138	C	T	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-6.866;QD=16.98;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,79:0.46:172
chr19	53784788	rs28669322	G	A	3500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.285;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.195;NF=81;NR=76;PP=2300;ReadPosRankSum=0.555;SC=AAGAATGATCGGAAGTTCAAG;SOR=0.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=329;TCF=173;TCR=156;TR=157;WE=53784796;WS=53784778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,168:0.49:345
chr19	53786255	rs8102543	G	T	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.53;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr19	53786258	rs8102246	A	T	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=4.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.68;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,60:0.52:116
chr19	53793042	rs8109165	G	A	5613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=143;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=0.894;SC=ACAGCGATATGTCTGTCCATG;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=471;TCF=269;TCR=202;TR=247;WE=53793050;WS=53793032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,262:0.54:489
chr19	53793574	rs2865248	A	G	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=74;PP=2020;ReadPosRankSum=0.559;SC=GCTCTTTGTTAACGGAGTACA;SOR=0.805;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=258;TCF=136;TCR=122;TR=138;WE=53793582;WS=53793564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,147:0.54:273
chr19	53803121	rs75059813	C	G	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.847;NF=58;NR=81;PP=2254;ReadPosRankSum=0.922;SC=CAGTTGAGGTCAATCGTTGTG;SOR=0.935;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=320;TCF=141;TCR=179;TR=139;WE=53803129;WS=53803111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,100:0.36:275
chr19	53818473	rs7257010	C	T	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.797;NF=56;NR=53;PP=1483;ReadPosRankSum=0.090;SC=CTCTTCTTCTCCATTATCTCT;SOR=0.641;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=277;TCF=149;TCR=128;TR=109;WE=53818481;WS=53818463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,102:0.37:274
chr19	53818502	rs2865265	A	G	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.373;NF=50;NR=49;PP=1368;ReadPosRankSum=0.835;SC=TGCACTGGGTACAGGTTAAGG;SOR=0.671;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=139;TCR=133;TR=99;WE=53818510;WS=53818492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,85:0.33:261
chr19	53818565	rs56741265	G	T	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.994;NF=48;NR=50;PP=1290;ReadPosRankSum=-1.442;SC=TTAGCTCTCCGCTGTAAAGGA;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=129;TCR=141;TR=98;WE=53818573;WS=53818555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,77:0.31:250
chr19	53819176	rs11880867	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.248;NF=24;NR=10;PP=581;ReadPosRankSum=0.283;SC=TGGATAATCCCAATAGTTTAC;SOR=1.096;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=34;WE=53819184;WS=53819166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr19	53849446	rs4803089	G	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=302;SC=TCTGTTTCATGTTATCTGTAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=53849454;WS=53849436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr19	53875569	rs7253278	G	A	4852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.941;NF=105;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.444;SC=TATTCTCAGTGGATTGTTCTG;SOR=0.721;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=408;TCF=208;TCR=200;TR=217;WE=53875577;WS=53875559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,226:0.53:428
chr19	53884200	.	C	T	4388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=103;PP=2800;ReadPosRankSum=-0.975;SC=ATGGGTAGTACAGAGCAATAT;SOR=0.783;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=435;TCF=215;TCR=220;TR=197;WE=53884208;WS=53884178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,207:0.45:458
chr19	53884412	rs4438413	G	A	4700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=111;PP=2962;ReadPosRankSum=0.162;SC=TAACTATGGGGATAATTTTCT;SOR=0.706;Source=Platypus;TCF=220;WE=53884420;WS=53884402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,222:0.49:456
chr19	53885276	rs60179423	C	A	3337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=88;PP=2213;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CAAATAAAATCTTGAAATACG;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=108;TCR=169;TR=145;WE=53885284;WS=53885266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,150:0.52:288
chr19	53885352	rs58896082	C	T	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TTCAGTCATACGTCATCCATT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=117;TCF=40;TCR=77;TR=59;WE=53885360;WS=53885342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,60:0.50:120
chr19	53905129	rs111753331	TA	T	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.664;NF=26;NR=27;PP=542;ReadPosRankSum=1.155;SC=ACTCCACCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=53;WE=53905151;WS=53905119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,67:0.91:74
chr19	53910912	rs2061773	G	A	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=101;NR=24;PP=2641;SC=TTTACCATCTGTACTTAATTT;SOR=2.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=101;TCR=24;TR=125;WE=53910920;WS=53910902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	53911510	rs8182488	G	A	6091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.501;NF=139;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GGAAACATCAGTTAATCCATT;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=562;TCF=302;TCR=260;TR=263;WE=53911518;WS=53911500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,280:0.47:596
chr19	53911973	rs10425136	A	G	17518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=291;NR=306;PP=2965;SC=TAATGAGTGTAGCAAGACCTT;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=597;TCF=291;TCR=306;TR=597;WE=53911981;WS=53911963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,622:1.00:622
chr19	53912242	rs10426347	G	A	12773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=225;PP=2965;SC=TCAGCCGGACGTCATCCCTTA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=434;TCF=209;TCR=225;TR=434;WE=53912250;WS=53912232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr19	53912521	rs73059151	G	A	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.330;NF=43;NR=59;PP=1755;ReadPosRankSum=0.377;SC=CAGAAAATTCGTACTGAAGAG;SOR=0.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=195;TCF=83;TCR=112;TR=102;WE=53912529;WS=53912511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,109:0.53:206
chr19	53926318	rs36087592	T	A	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.09;QD=43.61;SOR=1.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	53926320	rs34818233	T	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.15;QD=46.62;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	53958126	rs2708743	T	G	6086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.024;NF=132;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.636;SC=TTGACAGGTATTACAGAACGA;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=459;TCF=236;TCR=223;TR=259;WE=53958134;WS=53958116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,268:0.56:480
chr19	53958263	rs1984432	G	A	6535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.772;NF=133;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=0.212;SC=TGTGAAGTCTGTCCACGATGC;SOR=0.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=572;TCF=285;TCR=287;TR=287;WE=53958271;WS=53958253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,302:0.51:597
chr19	53959343	rs2708742	G	A	4576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.415;SC=TAATGAGTGCGGCAAGACCTT;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=440;TCF=229;TCR=211;TR=194;WE=53959351;WS=53959333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,205:0.45:459
chr19	53959568	rs2617726	G	C	5358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.622;NF=104;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.260;SC=TCATACTGAAGAGAATCCTTA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=512;TCF=243;TCR=269;TR=226;WE=53959586;WS=53959558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:295,244:0.45:539
chr19	53991335	rs2617675	G	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=200;SC=CTGGAGTGCAGTGGCACAATC;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=53991343;WS=53991330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	53995004	rs2708845	G	A	6126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.739;NF=106;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=8.854;SC=GTTTTAATCGGAAAACACACC;SOR=0.661;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=106;TCR=110;TR=216;WE=53995012;WS=53994984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:63,228:0.78:291
chr19	54007145	rs72487103	G	A	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.263;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=4.681;NF=89;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=1.308;SC=ATACTGTTCTGCTGCTGATCA;SOR=0.852;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=233;TCF=108;TCR=125;TR=203;WE=54007153;WS=54007135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,189:0.93:204
chr19	54072757	rs3746304	C	T	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-5.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=51;PP=1213;ReadPosRankSum=-0.577;SC=TGTTTCCCAGCTCTTTCTATT;SOR=0.209;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=106;TCF=15;TCR=91;TR=62;WE=54072765;WS=54072738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
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chr19	54080144	rs8109631	A	G	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.267;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1417;ReadPosRankSum=0.456;SC=ATGTCAAAAGACCTGCTACTA;SOR=1.077;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=172;TCF=83;TCR=89;TR=81;WE=54080152;WS=54080134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,87:0.48:182
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chr19	54135534	rs11669354	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.265;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=1.100;SC=GGCTGTCATCGTTTTTGTTGT;SOR=1.721;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=9;WE=54135542;WS=54135524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr19	54177273	rs7258128	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=1;PP=939;SC=TCCTATGCTATGTGTGCATTT;SOR=4.125;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=37;TCR=1;TR=38;WE=54177281;WS=54177263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	54182249	rs7256893	T	C	4342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.942;NF=111;NR=96;PP=2421;ReadPosRankSum=0.773;SC=AGTTTTGGAGTGAGAAGATCT;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=444;TCF=236;TCR=208;TR=207;WE=54182257;WS=54182239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,218:0.47:463
chr19	54185306	rs28542169	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=7.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-2.174;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr19	54185311	rs28653280	C	T	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=20;PP=991;SC=CAGGCATGAGCCACTGCGCCC;SOR=2.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=88;WE=54185319;WS=54185281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	54188219	rs2060230	G	A	11364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.96;NF=235;NR=173;PP=2965;SC=TTAACCAGGTGAGGAAAATTC;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=408;TCF=235;TCR=173;TR=408;WE=54188227;WS=54188209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr19	54191869	rs1988088	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=478;ReadPosRankSum=0.982;SC=TTTGCAGAGCATGCTTATCAT;SOR=1.561;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=138;TCF=51;TCR=87;TR=39;WE=54191877;WS=54191859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,41:0.28:149
chr19	54194034	rs12975184	T	C	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.068;NF=78;NR=22;PP=1575;ReadPosRankSum=2.090;SC=CCAGAAAACATGCAAACAGGG;SOR=1.327;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=219;TCF=161;TCR=58;TR=100;WE=54194042;WS=54194024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,106:0.47:225
chr19	54194049	rs57963210	GAA	G	4744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.162;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.464;NF=57;NR=32;PP=2966;ReadPosRankSum=1.520;SC=ACAGGGCCAGGAAAAATGCAT;SOR=1.149;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=204;TCF=115;TCR=89;TR=89;WE=54194058;WS=54194039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,133:0.49:274
chr19	54194080	rs12973198	A	C	4528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.112;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.988;NF=124;NR=77;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.183;SC=GTGTCCATTTAAACCTGGTCA;SOR=1.005;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=403;TCF=236;TCR=167;TR=201;WE=54194088;WS=54194069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,210:0.51:413
chr19	54197633	rs10413288	A	G	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=34;PP=2671;SC=CCACGGCATCAGAGCAAGAAG;SOR=2.160;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=102;TCR=34;TR=135;WE=54197641;WS=54197623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	54197761	rs10415265	T	C	5225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=0.350;SC=TGCTGATCTTTGTAATATCTT;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=571;TCF=295;TCR=276;TR=255;WE=54197769;WS=54197751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,267:0.44:602
chr19	54198461	rs11672638	A	G	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.702;NF=63;NR=36;PP=1415;ReadPosRankSum=0.830;SC=TGGAGCAAGAAGATCCCATGC;SOR=1.002;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=283;TCF=169;TCR=114;TR=99;WE=54198469;WS=54198451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,108:0.35:307
chr19	54198559	rs10420348	A	G	3373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.274;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=77;PP=1955;ReadPosRankSum=0.563;SC=GGAAAGCAACAGTGAAGTTGA;SOR=0.815;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=330;TCF=161;TCR=169;TR=148;WE=54198567;WS=54198549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,165:0.48:347
chr19	54200922	rs57056811	T	C	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1058;ReadPosRankSum=2.480;SC=TTGCAGAGCATGCTTATAATT;SOR=0.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=79;WE=54200930;WS=54200912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,88:0.61:144
chr19	54201756	rs73057685	C	G	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.885;NF=37;NR=42;PP=1292;ReadPosRankSum=1.177;SC=GCTGATCTTGCTAATACATTT;SOR=0.780;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=79;WE=54201764;WS=54201746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,85:0.71:119
chr19	54203199	rs2116850	G	A	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=54;PP=1673;ReadPosRankSum=-0.361;SC=ATGCATCTTTGTTTTTGTGTC;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=194;TCR=128;TR=135;WE=54203207;WS=54203189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,151:0.44:347
chr19	54204686	rs34886598	G	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=306;ReadPosRankSum=0.129;SC=CTATTGCCCAGGCTGGAGTGC;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=21;WE=54204694;WS=54204676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr19	54205961	rs10414727	T	A	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=61;PP=1753;ReadPosRankSum=-1.648;SC=AACAGCAACATCAAAAAACCA;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=261;TCF=137;TCR=124;TR=130;WE=54205969;WS=54205951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,138:0.50:278
chr19	54209600	rs4803164	A	G	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=73;PP=1936;ReadPosRankSum=0.309;SC=GAAAAACAACATTGAAGTTAA;SOR=0.581;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=234;TCF=98;TCR=136;TR=129;WE=54209608;WS=54209590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,142:0.55:256
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chr19	54211903	rs7256241	T	G	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=8;PP=1235;ReadPosRankSum=0.742;SC=CAGAAAACGGTCAAACAGCGA;SOR=1.255;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=93;TCF=78;TCR=15;TR=57;WE=54211911;WS=54211893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,63:0.62:102
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chr19	54216813	rs2865855	A	T	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.86;SOR=5.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	54219769	rs4801998	G	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=696;ReadPosRankSum=0.314;SC=GGGCCAATACGTGCATCTTTA;SOR=0.564;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=73;TCR=26;TR=48;WE=54219777;WS=54219759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr19	54220019	rs11306531	GT	G	992.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=12;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.08;MQRankSum=0.950;NF=4;NR=44;PP=471;ReadPosRankSum=0.482;SC=GTGGGCGTCTGTTTTTTTTTT;SOR=1.039;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=100;TCF=5;TCR=95;TR=48;WE=54220028;WS=54220009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr19	54224191	rs12973211	A	G	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=0;PP=1593;SC=GCTTGAACCCAGGAGGCGGAG;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=68;TCR=0;TR=68;WE=54224199;WS=54224181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	54224285	rs58416318	CA	C	12285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=-9.798;QD=25.07;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,488:1.00:490
chr19	54225616	rs10426037	T	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=2.669;SC=TAAGACAGGGTCTCTGTGGCC;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=14;WE=54225624;WS=54225606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr19	54230337	rs73600866	T	A	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,133:0.47:282
chr19	54252047	rs117527330	G	A	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=96;PP=2095;ReadPosRankSum=2.663;SC=AGACTTGGACGACGGTGTAGT;SOR=0.769;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=312;TCF=114;TCR=198;TR=146;WE=54252055;WS=54252037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,151:0.46:328
chr19	54255878	rs56196717	GTTT	G	672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.57;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	54257185	rs611356	C	G	6655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.66;QD=48.23;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	54257190	rs62144158	AC	GA	7053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.09;QD=45.80;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	54261644	rs3901466	C	T	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=38;PP=1055;SC=TGGACGGTGGCGGGGTTCTGT;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=54261652;WS=54261634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	54307322	rs12460528	G	A	13141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=202;NR=264;PP=2965;SC=GGTTGGTGCCGAGCACAGAAG;SOR=1.029;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=467;TCF=203;TCR=264;TR=466;WE=54307330;WS=54307312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr19	54308554	rs4806773	C	T	7189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=153;NR=101;PP=2965;SC=GCAGCCTGCACTGGGGATGCC;SOR=1.077;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=153;TCR=101;TR=254;WE=54308562;WS=54308544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	54310961	rs2866112	G	C	5867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=73;NR=120;PP=2965;SC=TGTTACTGGTGCTTGACAACT;SOR=1.553;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=73;TCR=120;TR=193;WE=54310969;WS=54310951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	54311090	rs11084300	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=0.380;SC=CCACAACCTCCGCCTCCTGGG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=54311098;WS=54311080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	54314585	rs6509827	G	A	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=79;PP=2398;SC=CTCATCAGCAGCCTCTAATGA;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=47;TCR=79;TR=126;WE=54314593;WS=54314575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	54327313	rs34436714	C	A	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=64;PP=1768;ReadPosRankSum=0.395;SC=CTTGCCTTCTCCCAGCTCTGT;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=303;TCF=160;TCR=143;TR=133;WE=54327321;WS=54327303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,137:0.44:314
chr19	54327440	rs4539722	G	A	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=61;PP=1368;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GGGGTGCCGTGAGCCCCAAAG;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=68;TCR=116;TR=96;WE=54327448;WS=54327430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,105:0.54:194
chr19	54385437	rs307942	A	C	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=37;PP=2398;SC=CGCCTCCCCCAACCCGGGGCT;SOR=1.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=90;TCR=37;TR=127;WE=54385445;WS=54385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	54385820	rs2547362	C	T	7224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=185;PP=2965;SC=GAAAGGGGGCCCTGAGGCAGA;SOR=2.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=53;TCR=185;TR=238;WE=54385828;WS=54385810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	54387313	rs307956	A	T	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=35;PP=2108;SC=TGGTTTTCTCAGTGTCCGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=109;WE=54387321;WS=54387303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	54396006	.	G	GCGCA	242	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MMLQ=15;MQ=60.13;NF=5;NR=11;PP=242;QD=15.3125;SC=CCCAGCATGCGCACACACACA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=16;WE=54396016;WS=54395993;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr19	54396008	rs45509194	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.237;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.407;SOR=1.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr19	54396034	.	ACG	A	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.21;MQRankSum=2.300;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.572;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr19	54396040	.	ACACACG	A	749	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=18;MQ=61.49;NF=14;NR=9;PP=749;QD=33.5652173913;SC=ACACACGCACACACACGCACA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=23;WE=54396053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:37,23:0.38:60
chr19	54396042	rs41275814	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=6.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.63;MQRankSum=2.391;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.222;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,7:0.16:45
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chr19	54554572	rs140900569	CAAAT	C	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.085;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.886;NF=10;NR=0;PP=303;ReadPosRankSum=0.954;SC=AACAAACAAACAAATAAATAA;SOR=3.586;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=10;WE=54554583;WS=54554562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
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chr19	54554942	rs4442924	C	A	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=158;SC=TATGAATGACCCTGCTAACGC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=54554950;WS=54554932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr19	54600232	rs1657535	A	C	6567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=80;PP=2965;SC=GCAGCGGTAAATTCCCCCTTG;SOR=1.372;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=145;TCR=80;TR=224;WE=54600240;WS=54600222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	54604194	rs3760698	G	C	11747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=183;NR=227;PP=2965;SC=TTACGGAAGAGAGTATCGAGG;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=411;TCF=183;TCR=228;TR=410;WE=54604202;WS=54604184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr19	54606209	rs254260	T	G	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=71;PP=2965;SC=AAGTGCAGGTTCCGGTGGCGC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=95;TCR=71;TR=166;WE=54606217;WS=54606199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	54606405	rs254259	T	C	8181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=101;PP=2965;SC=GGGTGACGCTTCTTGCCACCC;SOR=1.167;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=270;TCF=169;TCR=101;TR=269;WE=54606413;WS=54606395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	54609027	rs254257	A	G	8709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=206;PP=2965;SC=GTTAGGCTCCAACCCCTACCT;SOR=1.520;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=311;TCF=105;TCR=206;TR=311;WE=54609035;WS=54609017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	54609170	rs254256	A	G	14899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=1.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr19	54609178	rs254255	C	G	16035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.76;SOR=1.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr19	54609692	rs254266	T	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=408;SC=TAGCCAGGATTGTCTCGATCT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=54609700;WS=54609682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	54609746	rs8100254	G	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=14;PP=782;SC=AAAGTGCTGGGATTACAGGTG;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=54609754;WS=54609736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	54611287	rs621147	G	A	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=18;PP=1913;SC=CACTGGCGCCGGCTCTGGAGC;SOR=2.383;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=71;TCR=18;TR=89;WE=54611295;WS=54611277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	54611560	rs254263	C	G	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=61;PP=2774;SC=TCCTGGCAGGCAGGAGGGGGA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=126;WE=54611568;WS=54611550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	54627039	rs35291886	GCACA	G	2507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=34;PP=2626;SC=ATACACACATGCACACACACA;SOR=1.278;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=51;WE=54627050;WS=54627029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	54627097	rs2303557	T	C	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=18;PP=1585;SC=AGGCGGGAGATCCAGGAGGCT;SOR=1.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=65;WE=54627105;WS=54627087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	54631376	rs12977981	G	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.62;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	54631378	rs171703	T	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	54631381	rs45513391	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr19	54631877	.	T	TC	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5065;HP=4;HapScore=4;MGOF=36;MMLQ=19;MQ=61.75;NF=2;NR=3;PP=34;QD=12.6;SC=TGCCCCAGCCTCCTCCCCCCC;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=54631888;WS=54631867;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,5:0.62:8
chr19	54631880	.	T	C	155	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=9;HapScore=4;MGOF=36;MMLQ=16;MQ=61.95;NF=2;NR=5;PP=155;QD=27.110173221;SC=CCCAGCCTCCTCCCCCCCGGC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=54631888;WS=54631867;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	54632352	rs608608	C	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=8;PP=483;SC=GCTGGGCTTCCGGCTGGTGGA;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=54632360;WS=54632342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr19	54647078	rs34281370	T	TG,TGG	556.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.93;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,12:0.33,0.67:18
chr19	54647172	.	CCT	C	1963.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.684;NF=17;NR=20;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TCTCTCCATCCCTCAGCTCCA;SOR=0.660;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=37;WE=54647181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,54:0.42:129
chr19	54649671	rs36665	T	C	9592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.308;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.157;SC=CCACCTCCCCTCCCAGCCACA;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=419;TCF=197;TCR=222;TR=409;WE=54649679;WS=54649650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,389:0.98:398
chr19	54651774	rs35247489	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=670;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GTGGGGGCAGCGAGGCCAGAG;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=36;WE=54651782;WS=54651764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr19	54652203	rs43211	T	C	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=82;PP=2521;SC=GCAGCGGAGGTGGAGGGAGCA;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=70;TCR=82;TR=152;WE=54652211;WS=54652193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	54657434	rs143843746	C	T	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=915;ReadPosRankSum=1.826;SC=ATCCCCCTCTCCACTGTTCCT;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=52;WE=54657442;WS=54657424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,53:0.46:114
chr19	54657877	rs4806718	T	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=719;ReadPosRankSum=2.711;SC=GCACACTCGCTTGGGGTGTGG;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=15;TCR=74;TR=40;WE=54657885;WS=54657867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,41:0.44:94
chr19	54664209	rs36657	G	C	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=66;PP=2232;ReadPosRankSum=0.217;SC=CTCACCGTCTGTCTCTGACGT;SOR=0.551;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=291;TCF=170;TCR=121;TR=150;WE=54664217;WS=54664199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,159:0.52:306
chr19	54664752	rs36656	A	C	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=50;PP=1556;ReadPosRankSum=0.850;SC=ATGGACCACAAAGCTTAGAAG;SOR=0.827;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=261;TCF=140;TCR=121;TR=115;WE=54664760;WS=54664742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,127:0.46:274
chr19	54665970	rs36655	C	T	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=869;ReadPosRankSum=2.568;SC=CCTGGAACTCCTGGGTCCCCG;SOR=0.575;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=141;TCF=44;TCR=97;TR=62;WE=54665978;WS=54665960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,65:0.45:146
chr19	54666060	rs12978996	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=2.015;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr19	54666357	rs2289146	C	G	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=468;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CGATGGGGCACGGCCTCGTCC;SOR=0.053;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=26;WE=54666365;WS=54666347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr19	54667748	rs36654	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.767;NF=1;NR=10;PP=148;ReadPosRankSum=-1.836;SC=TCGCTCTGTTGCCCAGCCTAG;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=11;WE=54667756;WS=54667738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	54668487	rs36653	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=0.810;SC=TGGTTCCACCCGCTCCAGGAA;SOR=0.936;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=15;WE=54668495;WS=54668477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr19	54672460	rs6509847	C	T	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.951;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.781;NF=9;NR=22;PP=496;ReadPosRankSum=0.523;SC=CAGGACCAGCCCCTCCTACCC;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=31;WE=54672468;WS=54672450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr19	54672535	.	CT	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=38.68;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	54672540	.	CTTTCTTTCT	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=38.68;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	54676763	rs641738	C	T	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.373;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.044;NF=68;NR=92;PP=2317;ReadPosRankSum=1.080;SC=GGCCAGCCACCCCCTAGAGGA;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=381;TCF=162;TCR=219;TR=160;WE=54676771;WS=54676751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,165:0.42:393
chr19	54676814	.	G	GC	1827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.343;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.100;NF=3;NR=55;PP=2052;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TTCTTCCATGGCCCAGGCTGG;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=7;TCR=133;TR=58;WE=54676822;WS=54676804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,72:0.41:176
chr19	54677759	rs4806721	T	C	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=4;PP=1324;SC=GGAGCTTCTCTGGGGCAAGGC;SOR=4.450;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=47;TCR=4;TR=51;WE=54677767;WS=54677749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	54687334	rs254283	C	G	2636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=36;PP=1874;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CGGGAACACACAACAGGCACT;SOR=0.884;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=221;TCF=142;TCR=79;TR=108;WE=54687342;WS=54687324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,115:0.50:228
chr19	54691225	rs1865961	T	C	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=70;PP=2229;SC=GCCTTGGCCATTCACTCCACG;SOR=1.299;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=115;WE=54691233;WS=54691215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	54694334	rs16985457	G	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=884;ReadPosRankSum=-0.184;SC=TGGACGGCGGGTGTCCAGGGG;SOR=0.521;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=55;WE=54694342;WS=54694324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr19	54695163	rs593073	T	C	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=126;SC=TGCAGCGGTCTGCGGCGCGCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=54695171;WS=54695153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	54697079	rs7595	C	T	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=56;PP=2503;SC=GCTGGGCCCCCGAGGACACCA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=82;TCR=57;TR=137;WE=54697087;WS=54697069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	54697602	rs36622	G	A	4093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=88;PP=2861;SC=GGCCTGGAGGGGGGGGACTGA;SOR=1.218;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=146;WE=54697610;WS=54697592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
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chr19	54711258	rs2304523	T	G	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=65;PP=2491;SC=CCTTGTCGCTTCTTCCAGGGT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=140;WE=54711266;WS=54711248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	54722275	rs1132609	G	A	5815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=74;PP=2965;SC=TGTCCTTCACGGCAGCATCTG;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=125;TCR=74;TR=199;WE=54722283;WS=54722265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	54723029	rs61734492	TC	GA	9395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=130;PP=2944;ReadPosRankSum=0.420;SC=GACGCTGACGTCGGAGGAGGA;SOR=0.713;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=536;TCF=273;TCR=263;TR=246;WE=54723038;WS=54723016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,256:0.47:543
chr19	54723738	rs255772	G	C	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=37;PP=2017;SC=CCTCACTCACGATTCTGAGGG;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=100;WE=54723746;WS=54723728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	54723891	.	C	CCG	5583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.56;MQRankSum=2.844;QD=40.17;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,135:0.97:139
chr19	54723893	.	CA	GA	2869	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000,1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=66.98;NF=11,50;NR=48,47;PP=2869,1864;QD=20;SC=CTCGACCCCCCACTCTTCACC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=59,97;WE=54723906;WS=54723882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,97:0.86:113
chr19	54723893	.	CACT	C,CCT	5874.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000,1.0000;FS=3.479;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=2.133;NF=11,50;NR=48,47;PP=2869,1864;ReadPosRankSum=1.542;SC=CTCGACCCCCCACTCTTCACC;SOR=0.589;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=59,97;WE=54723906;WS=54723882;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:128
chr19	54723896	.	TCT	CCC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=15;MQ=66.45;NF=47;NR=46;PP=2947;QD=20;SC=GACCCCCCACTCTTCACCAGC;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=93;WE=54723906;WS=54723882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:17,93:0.85:110
chr19	54723898	rs149120972	T	C	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.513;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.50;MQRankSum=2.103;QD=44.34;ReadPosRankSum=1.340;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr19	54724006	rs4806726	C	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-5.133;NF=35;NR=46;PP=1349;ReadPosRankSum=-1.457;SC=GCGCTCCCCACGAGGCCTCAG;SOR=1.717;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=81;WE=54724014;WS=54723996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,61:0.73:84
chr19	54725835	rs201948566	G	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.49;QD=28.15;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	54726162	rs56182917	T	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.36;QD=30.32;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	54726226	rs75672336	T	C	6106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.88;QD=45.57;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	54726241	rs77279742	C	T	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.73;QD=42.51;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	54726630	rs201587814	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	54726665	rs373978777	G	A	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.26;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	54726701	rs200031404	G	GTCC	1531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.47;QD=52.82;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	54726711	rs140063405	G	T	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.35;QD=40.72;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	54726816	rs80332440	A	T	4157.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=2.617;NF=100;NR=88;PP=2823;ReadPosRankSum=2.171;SC=AAATCTCACCAAGGCAGAGCA;SOR=0.456;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=249;TCF=142;TCR=107;TR=188;WE=54726824;WS=54726806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,182:0.89:205
chr19	54726833	rs149695852	T	C	6713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=3.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQRankSum=2.358;QD=34.61;ReadPosRankSum=1.833;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,165:0.85:194
chr19	54726839	rs141453251	C	T	6964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=6.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.01;MQRankSum=1.957;QD=34.82;ReadPosRankSum=1.618;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,168:0.84:200
chr19	54726843	rs138124247	C	G	6879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=6.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.10;MQRankSum=1.553;QD=35.10;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,162:0.83:196
chr19	54726861	rs114813697	C	T	3636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.604;NF=73;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.805;SC=CGTCTCCTCCCGGTGACCCCG;SOR=1.040;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=258;TCF=132;TCR=126;TR=165;WE=54726880;WS=54726851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,158:0.79:200
chr19	54726872	rs140228691	C	G	3337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.610;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.841;NF=64;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.604;SC=GGTGACCCCGCGCTCTGCAGA;SOR=1.171;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=246;TCF=118;TCR=128;TR=154;WE=54726880;WS=54726851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,145:0.79:183
chr19	54742738	rs448461	G	C	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.134;NF=56;NR=21;PP=1028;ReadPosRankSum=-0.966;SC=CCCCTCTGGAGGTCCTAGATT;SOR=0.482;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=172;TCF=131;TCR=41;TR=77;WE=54742746;WS=54742728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,77:0.43:178
chr19	54742900	rs117376661	C	G	5230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.972;SC=CCGAGGAACACCAGGACCAAG;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=553;TCF=267;TCR=286;TR=252;WE=54742908;WS=54742890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,257:0.45:575
chr19	54743747	rs10403230	C	G	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=8.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.020;NF=2;NR=53;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TGGGGGAGGCCGCGCTCCCCA;SOR=3.033;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=129;TCF=14;TCR=115;TR=55;WE=54743755;WS=54743737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr19	54744104	rs11084326	T	G	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.116;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.203;NF=77;NR=13;PP=1364;ReadPosRankSum=-3.011;SC=GGCCTGGGCCTGAGCTGAGCC;SOR=1.478;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=169;TCF=135;TCR=34;TR=90;WE=54744112;WS=54744094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,91:0.51:177
chr19	54744209	rs8105096	TA	CG	14275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.258;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.635;NF=213;NR=141;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.164;SC=GTTGGAGCTGTATGAGCCGTA;SOR=1.000;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=714;TCF=401;TCR=313;TR=354;WE=54744218;WS=54744199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,368:0.50:735
chr19	54744361	rs2361801	A	C	18102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=655;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=285;NR=359;PP=2965;SC=TGTCAAAATAACCCCGTGACT;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=645;TCF=285;TCR=360;TR=644;WE=54744369;WS=54744351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,649:1.00:649
chr19	54744387	rs71263238	C	T	14098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=2.627;NF=214;NR=315;PP=2965;ReadPosRankSum=0.522;SC=AGCAGGGTCACGTTCTCTCCT;SOR=0.452;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=530;TCF=214;TCR=316;TR=529;WE=54744395;WS=54744377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,523:1.00:524
chr19	54745497	rs146470981	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.85;MQRankSum=0.831;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr19	54745507	rs61734496	TG	CA	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=19.417;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.40;MQRankSum=-2.095;QD=5.43;ReadPosRankSum=2.732;SOR=3.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr19	54746051	rs620207	A	C	18238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.812;NF=362;NR=375;PP=2965;ReadPosRankSum=1.351;SC=ATTTCTGTCCAAGGGCTCTGG;SOR=0.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=741;TCF=363;TCR=378;TR=737;WE=54746059;WS=54746041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,675:1.00:676
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chr19	54756142	rs72087	T	C	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.403;HP=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;ReadPosRankSum=-0.455;SC=CCCAGACCCCTCCCAGCCTGT;SOR=1.792;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=28;WE=54756150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr19	54756302	rs415860	A	G	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=29;PP=1467;SC=GGGCAGTGAGAGGGCTGTGCG;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=54756310;WS=54756292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	54778694	rs62134981	G	A	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=13.655;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.11;MQRankSum=3.195;QD=26.25;ReadPosRankSum=1.049;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,55:0.95:58
chr19	54781466	rs3859538	C	G	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=43;PP=1651;SC=TGGGTCAGGACGGGGAGGTGA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=54781474;WS=54781456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	54781509	rs1808548	C	T	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=46;PP=2112;SC=CACATCAGCCCGGCTGCTCCT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=109;WE=54781517;WS=54781499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	54781843	rs4022330	C	T	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=71;PP=2091;SC=TTCCTGAAGTCTCCACCTCAA;SOR=2.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=24;TCR=71;TR=95;WE=54781851;WS=54781833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	54782407	rs1128646	C	T	13193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=209;PP=2965;SC=GGGTGTGCCACGGATCTGTCC;SOR=1.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=310;TCF=101;TCR=209;TR=310;WE=54782428;WS=54782397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	54782420	rs11666104	G	A	11754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=174;PP=2965;SC=ATCTGTCCTGGAGAGAAGAAG;SOR=1.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=73;TCR=174;TR=247;WE=54782428;WS=54782397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	54782704	rs7247451	G	C	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.68;QD=45.55;SOR=4.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	54782710	rs7247208	A	G	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.80;QD=40.75;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	54782724	rs7247538	G	A	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-1.053;NF=76;NR=5;PP=2001;ReadPosRankSum=1.121;SC=GAGAGGTTGTGTGCACCGTAG;SOR=4.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=77;TCR=5;TR=81;WE=54782732;WS=54782694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr19	54783375	rs373032	T	A	15136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.303;NF=283;NR=256;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GTGGGTGTTCTTCTTCTCCTT;SOR=0.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=541;TCF=285;TCR=256;TR=539;WE=54783383;WS=54783365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,547:1.00:548
chr19	54783923	rs366337	A	G	5007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=117;PP=2965;SC=TGGGCTTGGGAATGGTCCCTG;SOR=2.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=50;TCR=117;TR=167;WE=54783931;WS=54783913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	54786022	rs4112253	G	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=15;PP=678;SC=TCTTCAGATGGACAAGGAGAC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=54786030;WS=54786012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	54848741	rs12985462	T	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=244;ReadPosRankSum=-0.728;SC=CGCCGTAGCATCTGTACTGGC;SOR=1.449;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=15;WE=54848749;WS=54848731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr19	54849463	rs12976217	C	T	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1380;ReadPosRankSum=-0.226;SC=CTCCTGAGGTCACCACAGGGC;SOR=0.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=113;WE=54849471;WS=54849453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,120:0.56:213
chr19	54849481	rs7256494	T	G	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=54;PP=1661;ReadPosRankSum=0.645;SC=GGCTTGGCAGTGCGGACAGGG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=119;TCR=103;TR=117;WE=54849489;WS=54849471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,123:0.53:231
chr19	54849566	rs2241385	T	C	1882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.969;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CACCTTATCCTACAAGGCTGG;SOR=1.033;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=77;WE=54849575;WS=54849556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,80:0.55:146
chr19	54850418	rs35407007	G	A	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.990;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=63;PP=1511;ReadPosRankSum=0.157;SC=CACGGTGCCCGTAGACACAGA;SOR=0.258;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=153;TCF=41;TCR=112;TR=92;WE=54850426;WS=54850408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,95:0.61:157
chr19	54867572	rs7257187	C	T	5115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=84;PP=2965;SC=CCGAGGTGTCCGTCTCTCTGT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=88;TCR=84;TR=172;WE=54867580;WS=54867562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	54871664	rs74463408	G	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.765;NF=25;NR=20;PP=547;ReadPosRankSum=2.293;SC=CGGGGAGTCCGGGCCTCCAGA;SOR=0.533;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=45;WE=54871672;WS=54871654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
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chr19	54932733	rs1077829	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.794;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=498;ReadPosRankSum=1.443;SC=ACCCAACCCCCGACCCTGGCT;SOR=1.976;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=30;WE=54932741;WS=54932723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
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chr19	54964019	rs963352	C	T	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=556;ReadPosRankSum=0.931;SC=GGGATGGGGCCGGGTGGTGGA;SOR=0.532;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=78;TCF=11;TCR=67;TR=35;WE=54964027;WS=54964009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr19	54965527	rs7247170	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=0.387;SC=CTGTGACCACCGCGTCCTCAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=54965535;WS=54965522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr19	54965860	rs3813148	G	A	5593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.120;SC=ACCGCATGAAGCGTAAGTTGG;SOR=0.855;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=608;TCF=280;TCR=328;TR=276;WE=54965868;WS=54965850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,281:0.45:626
chr19	54965889	rs3813147	G	C	3671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=105;PP=2006;ReadPosRankSum=-1.169;SC=CGTGGAGGTCGGAGCGGTTGG;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=428;TCF=186;TCR=242;TR=188;WE=54965897;WS=54965879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,195:0.44:446
chr19	54966579	rs889147	C	G	3803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.195;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=97;PP=2517;ReadPosRankSum=-0.169;SC=CTGGGAAGCCCGATGACTGGC;SOR=0.862;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=378;TCF=180;TCR=198;TR=177;WE=54966587;WS=54966569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,186:0.47:394
chr19	54969075	rs45605939	C	T	3924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=90;PP=2377;ReadPosRankSum=2.454;SC=TCCTGCCTCCCGCTCCTTGTG;SOR=0.504;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=352;TCF=192;TCR=160;TR=180;WE=54969083;WS=54969065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,189:0.51:373
chr19	54971229	rs3745437	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.071;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=421;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CACCTTCCCCTCAAGGAGGCT;SOR=0.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=28;WE=54971237;WS=54971219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr19	54973280	rs10423424	C	G	3216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=74;PP=2072;ReadPosRankSum=-1.857;SC=TCACTCCAGGCGGATCTCAGC;SOR=0.572;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=326;TCF=164;TCR=162;TR=152;WE=54973288;WS=54973270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,162:0.47:342
chr19	54973988	rs140013148	GCCT	G	5425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.116;NF=26;NR=59;PP=2971;ReadPosRankSum=2.108;SC=TGGCTTCAGTGCCTCCTCAGT;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=228;TCF=73;TCR=155;TR=85;WE=54973998;WS=54973978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,143:0.45:319
chr19	54974318	rs10406453	T	C	4278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=109;PP=2450;ReadPosRankSum=-0.034;SC=AAGGCGGCCATGGAAGCGGAA;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=534;TCF=277;TCR=257;TR=226;WE=54974326;WS=54974308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,228:0.42:548
chr19	54974774	rs1981829	A	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=1.931;SC=GCGGCTCCCCATGGATGCACC;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=11;WE=54974782;WS=54974764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr19	55009317	rs3865498	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.85;MQRankSum=-2.474;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.596;SOR=0.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr19	55009497	rs3865495	A	C	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.088;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-12.831;NF=55;NR=81;PP=2110;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CTGCTACCACACCACCCTCAG;SOR=1.060;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=355;TCF=160;TCR=195;TR=136;WE=55009505;WS=55009487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,112:0.33:335
chr19	55014172	rs73070113	A	T	5733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GGCCTAGGTGAGTCCTGGAGG;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=473;TCF=230;TCR=243;TR=259;WE=55014180;WS=55014162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,271:0.54:501
chr19	55019402	rs2277974	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=0.759;SC=GGTGAAAGGTAAGGACGTCAC;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=17;WE=55019410;WS=55019392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr19	55020233	rs149731338	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.140;NF=22;NR=23;PP=514;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CTTCTCCTGCCCCTGTTTACA;SOR=0.896;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=45;WE=55020241;WS=55020223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr19	55021777	rs62131570	T	A	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.105;NF=21;NR=8;PP=448;ReadPosRankSum=-1.902;SC=TGATGCACCATGAATGAGGAG;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=29;WE=55021785;WS=55021767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr19	55043810	rs17606773	G	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=3;PP=815;SC=GTTCAAGTCAGGCCTTTGTTA;SOR=4.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=55043818;WS=55043800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr19	55044241	.	CT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
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chr19	55144974	rs147765519	G	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.994;NF=37;NR=5;PP=863;ReadPosRankSum=1.398;SC=GACAGGAGAGGCGGGTGGAGG;SOR=1.253;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=87;TCF=74;TCR=13;TR=42;WE=55144982;WS=55144964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
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chr19	55175063	rs202203906	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-5.304;QD=2.07;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,7:0.13:54
chr19	55175066	.	T	TA	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-5.304;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,7:0.13:54
chr19	55175073	.	AG	A	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-5.358;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.340;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,7:0.13:55
chr19	55175082	rs200867776	C	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-5.358;QD=2.03;ReadPosRankSum=1.328;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,7:0.13:55
chr19	55175596	rs3050015	T	TGTGGGAG	4448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.022;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.788;NF=46;NR=23;PP=2966;ReadPosRankSum=1.588;SC=CTGGGGATGATGTGGGAGCCC;SOR=1.148;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=203;TCF=117;TCR=86;TR=69;WE=55175604;WS=55175586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,101:0.45:225
chr19	55175740	rs3745871	C	T	7208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=159;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.083;SC=TGGACACTTTCCTTCTGATCA;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;WE=55175748;WS=55175730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,341:0.51:674
chr19	55176262	rs731170	A	G	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=58;PP=1993;ReadPosRankSum=0.365;SC=TCCTTGGAGGATCCCAGGCCC;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=275;TCF=161;TCR=114;TR=138;WE=55176270;WS=55176252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,144:0.51:280
chr19	55176535	rs1925241	C	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=567;ReadPosRankSum=0.290;SC=CGAGCTGATGCGGGGAGCAGG;SOR=1.214;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=33;WE=55176543;WS=55176525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr19	55315307	rs112963206	C	G	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.24;QD=24.49;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr19	55317524	rs374413343	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.46;MQRankSum=0.674;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr19	55328959	rs149236621	G	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.76;QD=29.13;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	55329854	rs144994606	G	A	6180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=14.904;NF=143;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.464;SC=TGTCACTATCGTCATAGGTTT;SOR=0.157;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=323;TCF=200;TCR=123;TR=255;WE=55329862;WS=55329844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,264:0.87:302
chr19	55329892	rs149123986	A	G	7422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-6.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=61.672;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=16.529;NF=168;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.201;SC=CAAAGAAGACAGAATCCACAT;SOR=0.010;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=393;TCF=236;TCR=157;TR=315;WE=55329909;WS=55329882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,325:0.91:359
chr19	55329901	rs643347	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=71.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-16.757;QD=0.82;ReadPosRankSum=1.202;SOR=4.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,41:0.11:376
chr19	55329922	rs1049150	A	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=11.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQRankSum=-15.279;QD=2.50;ReadPosRankSum=-4.558;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,84:0.20:427
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chr19	55331419	rs143886704	C	T	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.060;NF=59;NR=102;PP=2552;ReadPosRankSum=0.014;SC=TACTCACACCCCCTATCAGTT;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=407;TCF=156;TCR=251;TR=161;WE=55331427;WS=55331409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,156:0.40:393
chr19	55333096	rs181336705	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.55;MQRankSum=-1.397;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.757;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr19	55333139	rs202189595	G	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.92;MQRankSum=0.018;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr19	55340835	rs45459293	CA	TG	4277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-15.534;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,125:0.27:460
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chr19	55340906	rs45542639	G	A	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.357;NF=34;NR=56;PP=1144;ReadPosRankSum=1.915;SC=CATCTCTGGTGCTCCAACAAA;SOR=0.652;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=276;TCF=110;TCR=166;TR=90;WE=55340921;WS=55340896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,93:0.33:286
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chr19	55344340	.	A	ATGGGCCTGGAGTGGAGATC	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-3.490;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.891;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr19	55346373	rs4806583	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=407;ReadPosRankSum=0.407;SC=TGGGTCTCTGCACAGCCGAGA;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=26;WE=55346381;WS=55346363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr19	55346409	rs4806584	T	A	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=31;PP=1866;SC=GCAGGTAGGCTCTGATGGTGA;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=71;TCR=31;TR=102;WE=55346417;WS=55346399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	55346424	rs4806585	C	A	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.300;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=931;ReadPosRankSum=0.346;SC=TGGTGAGTTTCCCTTCGGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=68;WE=55346432;WS=55346414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr19	55346629	rs139958085	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.774;NF=5;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TTTCCTGAAACGGGAGGGAAG;SOR=0.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=20;WE=55346637;WS=55346619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr19	55350963	.	T	TCCCGGAGCTCCTATGACATGTA	1593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-13.677;QD=6.53;ReadPosRankSum=-7.122;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,27:0.11:244
chr19	55350979	rs4806590	A	G	5197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.096;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=6.468;NF=113;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=3.846;SC=TATCCAGGGAAGGGGAGGCCC;SOR=0.307;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=259;TCF=155;TCR=104;TR=204;WE=55350987;WS=55350969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,220:0.74:297
chr19	55361858	.	A	G	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.62;QD=23.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	55363719	rs3188286	C	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.62;MQRankSum=-4.292;QD=10.05;ReadPosRankSum=2.293;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr19	55386890	rs11084377	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.900;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=0.157;SC=AAGAAATTGAAGAATAGCCTG;SOR=0.166;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=32;WE=55386898;WS=55386880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr19	55396613	rs10402324	G	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=5;PP=1196;SC=TCCCCATGGCGAGCCACCTCA;SOR=3.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=48;WE=55396621;WS=55396603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	55396900	rs1865096	A	G	5665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=122;PP=2965;SC=GGCACTACAGATTCCGGTACA;SOR=1.405;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=75;TCR=122;TR=197;WE=55396908;WS=55396890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	55399311	rs7258679	G	T	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=7;PP=1120;SC=ATAACAATAAGAAGAAGAAGA;SOR=3.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=55399319;WS=55399301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	55401170	rs16986050	A	G	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1590;ReadPosRankSum=0.571;SC=ACCGAGCTGGAGCCAACAGAT;SOR=0.743;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=192;TCF=82;TCR=110;TR=96;WE=55401178;WS=55401160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,97:0.48:201
chr19	55435267	rs34438464	TC	T	3736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.750;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=66;PP=2420;ReadPosRankSum=0.102;SC=ACACAAATGTTCCCAGAAATT;SOR=0.905;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=180;TCF=20;TCR=160;TR=73;WE=55435275;WS=55435257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,132:0.42:311
chr19	55438940	.	AAAAC	A	3833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.76;MQRankSum=4.297;QD=17.27;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,107:0.48:222
chr19	55439166	rs269933	T	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=582;ReadPosRankSum=-0.967;SC=AACATGGAAATCCACGCATTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=27;WE=55439174;WS=55439156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr19	55439197	rs269934	A	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=100;ReadPosRankSum=-2.181;SC=TAGTGGCTCAAGCGTGTAATC;SOR=1.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=9;WE=55439205;WS=55439187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr19	55441769	rs269949	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.560;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=0.865;SC=GACCGAAGCCGCAGTGAGCCG;SOR=0.050;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=12;WE=55441777;WS=55441759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr19	55441902	rs269950	T	C	3447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=61;PP=1964;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GATTCTCTAATGCCTGACAGA;SOR=0.692;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=292;TCF=182;TCR=110;TR=157;WE=55441910;WS=55441892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,165:0.53:311
chr19	55441995	rs269951	A	G	2852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=74;PP=1895;ReadPosRankSum=-0.429;SC=CCTCTGAGAGATATCTACAGC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=93;TCR=132;TR=125;WE=55442012;WS=55441985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,130:0.56:233
chr19	55445775	rs104895521	G	GC	1850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=1430;ReadPosRankSum=0.465;SC=CCACGTGGGTGGCGCAGTAAG;SOR=1.348;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=39;WE=55445783;WS=55445765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
chr19	55447572	rs775876	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-0.412;SC=TAGATCCCCCAGCAACACGGT;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=8;WE=55447580;WS=55447562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
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chr19	55451797	rs775883	C	T	5100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=0.493;SC=AGACCAAAGACTGTTTCTCCA;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=516;TCF=237;TCR=279;TR=221;WE=55451805;WS=55451787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,233:0.43:541
chr19	55451890	rs775884	T	C	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=72;PP=1835;ReadPosRankSum=2.524;SC=TTCTGAATTATTTTGTCAAGT;SOR=0.492;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=239;TCF=80;TCR=159;TR=112;WE=55451898;WS=55451880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,118:0.47:249
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chr19	55458801	rs7248636	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=389;ReadPosRankSum=0.044;SC=CCTTAAACGAGAAGACAAAGA;SOR=0.448;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=34;WE=55458809;WS=55458791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr19	55481398	rs269912	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=2;PP=765;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TGTCTTCGGCGCAGATGGGCT;SOR=0.166;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=64;TCF=62;TCR=2;TR=35;WE=55481406;WS=55481388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr19	55481669	rs269913	T	C	9282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=207;PP=2965;SC=CAGAGGTGAGTGGAAATCGGT;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=139;TCR=208;TR=346;WE=55481677;WS=55481659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr19	55485786	rs703468	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=310;ReadPosRankSum=0.242;SC=CCAGTTCTAAGTGTCATCTTT;SOR=0.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=22;WE=55485794;WS=55485776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr19	55488287	rs775897	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr19	55489349	rs775900	G	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=40;PP=818;ReadPosRankSum=-1.208;SC=CCTCCCTTCCGTAAGAATAGA;SOR=1.320;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=50;WE=55489357;WS=55489339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,54:0.49:111
chr19	55495106	rs7254951	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=416;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GGTGAGAACCGTTTCACTCTA;SOR=0.476;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=30;WE=55495114;WS=55495096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr19	55501579	rs1654495	A	C	9598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=167;PP=2965;ReadPosRankSum=1.709;SC=CTCCTCTCTTACAGAGCAGCT;SOR=0.237;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=337;TCF=168;TCR=169;TR=335;WE=55501587;WS=55501569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,350:1.00:351
chr19	55501834	rs1654496	C	A	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=36;PP=1714;ReadPosRankSum=1.582;SC=GAAGTTGGACCTGTCAACCGT;SOR=1.050;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=212;TCF=132;TCR=80;TR=107;WE=55501842;WS=55501824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,112:0.50:223
chr19	55505557	rs1654504	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=653;SC=GTCTAACCCACGGCTCAAGAG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=55505565;WS=55505547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	55511959	.	TTAAA	T	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	55512011	rs16986158	A	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=18;PP=1140;ReadPosRankSum=1.089;SC=CACCTAGAATAATCAGGAAAG;SOR=1.141;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=197;TCF=141;TCR=56;TR=74;WE=55512019;WS=55512001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,72:0.42:171
chr19	55512137	rs12768	C	A	13650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=229;NR=239;PP=2965;ReadPosRankSum=1.191;SC=GGTTGAAAATCGATGACTTTA;SOR=0.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=469;TCF=230;TCR=239;TR=468;WE=55512145;WS=55512127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,493:1.00:494
chr19	55512232	rs1043673	C	A	9185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=191;PP=2965;SC=CATCCCTGGGCAGAAAGGCCT;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=126;TCR=191;TR=317;WE=55512240;WS=55512222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr19	55512316	rs1043678	T	G	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=64;PP=1962;SC=TTCCAGGTGTTGGTGAACTGC;SOR=2.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=82;WE=55512324;WS=55512306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	55512347	rs1043680	G	C	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=45;PP=1103;SC=TCTCCTCCCCGGCCCCTACCC;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=7;TCR=46;TR=52;WE=55512355;WS=55512337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	55525388	rs10417981	G	T	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=65;PP=2547;SC=AATGTATACAGAATTGTACAT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=90;TCR=65;TR=155;WE=55525396;WS=55525378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	55525497	rs1671150	A	G	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=63;PP=2247;SC=TTTGAGACAAAGTCAGGCTTC;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=112;WE=55525505;WS=55525487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	55525596	rs1654412	T	C	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=26;PP=1322;SC=CTCAGCCCCCTGAGTTGCTGG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=55525604;WS=55525586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	55525894	rs1671151	G	A	10390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=182;NR=169;PP=2965;SC=AGGGAAGCACGGGAGGATTTT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=183;TCR=170;TR=351;WE=55525902;WS=55525884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr19	55526345	rs1671152	T	G	20125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;NF=200;NR=269;PP=2965;SC=TGACCCCCGTTTGATTTCCGG;SOR=1.063;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=470;TCF=200;TCR=270;TR=469;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr19	55526359	rs1654413	A	T	19362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=230;PP=2965;SC=TTTCCGGGTCAGCGGGAGGGG;SOR=1.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=407;TCF=175;TCR=232;TR=404;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr19	55526373	rs2304166	G	C	15926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=141;NR=205;PP=2965;SC=GGAGGGGCGGGAGGGGCGGAA;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=349;TCF=143;TCR=206;TR=346;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr19	55527081	rs2304167	C	T	5190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=64;PP=2965;SC=TTTGGACTGGCGGTGATACTC;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=118;TCR=64;TR=182;WE=55527089;WS=55527071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	55527189	rs1671153	G	T	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=96;NR=115;PP=2965;SC=ACACACATGGGGAGGCACAAT;SOR=0.959;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=212;TCF=97;TCR=115;TR=211;WE=55527197;WS=55527179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	55527276	rs1654484	T	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=33;PP=1032;SC=GAGGCTGAGGTAGGAGGCTGG;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=55527284;WS=55527266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	55529836	rs1654415	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=435;SC=TCACCCAAAACGCTCCTCCTT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=55529844;WS=55529826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	55529933	rs1671192	A	G	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=29;PP=2317;SC=CGGTGAAGTGATTAAAAGCCT;SOR=1.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=83;TCR=29;TR=112;WE=55529941;WS=55529923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	55530035	rs1654416	C	T	10862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=220;NR=175;PP=2965;SC=GTGAAGACTTCGTTTGTGAAT;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=220;TCR=175;TR=395;WE=55530043;WS=55530025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr19	55536595	rs1613662	G	A	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=19;PP=2171;SC=CCTGCTACCGGGGAAGGTGGT;SOR=2.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=76;TCR=19;TR=94;WE=55536603;WS=55536585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	55538980	rs1654425	T	C	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=41;PP=2941;SC=CGCTGGGGGCTGACCACAGGT;SOR=1.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=109;TCR=41;TR=150;WE=55538988;WS=55538970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	55539061	rs892089	A	G	9032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=185;NR=142;PP=2965;SC=TGATGATGGGAAAACTAGCCC;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=185;TCR=143;TR=327;WE=55539080;WS=55539051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr19	55539072	rs892090	T	G	8924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=158;PP=2965;SC=AAACTAGCCCTGTACCATCTC;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=178;TCR=158;TR=335;WE=55539080;WS=55539051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr19	55558922	rs3745913	C	T	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1048;ReadPosRankSum=-0.512;SC=TGTGGCAGCCCACACCCAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=168;TCF=71;TCR=97;TR=85;WE=55558930;WS=55558912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,88:0.50:176
chr19	55559715	rs2305543	G	A	3879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.558;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=98;PP=2551;ReadPosRankSum=1.992;SC=CGCCGGCTCAGCTCCTTGGTG;SOR=0.910;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=353;TCF=158;TCR=195;TR=167;WE=55559723;WS=55559705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,179:0.48:376
chr19	55570574	rs1654447	A	G	6830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=130;PP=2965;SC=CTGTGTTGGCACCCGTCACGA;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=111;TCR=131;TR=240;WE=55570582;WS=55570564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	55574403	rs1654455	C	G	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.672;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,80:0.59:136
chr19	55574412	rs1654456	G	T	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.59;QD=43.73;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	55574429	rs113253419	A	AGGCGTCC	5269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=50;PP=2561;SC=GTCAGGCGTCAGGGGTCGGCG;SOR=1.052;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=58;WE=55574437;WS=55574419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	55574468	rs1654458	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.788;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.142;NF=13;NR=28;PP=639;ReadPosRankSum=-2.083;SC=AGCCGCCTGGGTAGCTCCGAG;SOR=0.970;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=41;WE=55574476;WS=55574458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr19	55574512	rs3816043	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.056;NF=6;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=-1.798;SC=GGCGAGCGGAGGCGCAGGCGC;SOR=0.936;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=15;WE=55574520;WS=55574502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr19	55587648	rs372742476	TG	T	1005.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.994;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=2214;ReadPosRankSum=-0.535;SC=GAGGAGGGGCTGGGGGCCTGG;SOR=1.362;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=25;WE=55587676;WS=55587638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr19	55587658	rs62124197	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr19	55587668	rs61448344	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,36:0.35:102
chr19	55587822	rs12609976	G	A	5504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=141;PP=2962;ReadPosRankSum=0.254;SC=CATGAGCACCGCCACAGGGTA;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=553;TCF=257;TCR=296;TR=266;WE=55587830;WS=55587812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,272:0.49:559
chr19	55589591	.	T	C	560	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=59.45;NF=5;NR=23;PP=560;QD=21.2418290195;SC=GGGCTGGGGGTCTGGACTCCT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=28;WE=55589599;WS=55589581;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,28:0.53:53
chr19	55589628	rs12984365	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=-0.794;SC=GTGCTGGGGGTCTGGACTCCT;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=13;WE=55589636;WS=55589618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr19	55591392	rs56378581	C	T	3022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=41;PP=1931;ReadPosRankSum=-0.844;SC=TCCCTAACCCCCTAACCGCCT;SOR=0.632;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=252;TCF=170;TCR=82;TR=124;WE=55591400;WS=55591382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,133:0.52:257
chr19	55593417	rs17700138	C	T	6733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.300;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CTGCCTGGTGCTGGCCCCGCG;SOR=0.488;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=471;TCF=254;TCR=217;TR=287;WE=55593425;WS=55593407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,286:0.61:470
chr19	55594996	rs1628576	C	G	4255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=104;PP=2806;ReadPosRankSum=0.203;SC=AAGCGCCCCCCAGGTCGCTGT;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=390;TCF=186;TCR=204;TR=198;WE=55595004;WS=55594986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,209:0.52:405
chr19	55598724	rs1054940	A	G	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=21;PP=1239;SC=TCGCTGCAGAAGGAGGAGCTG;SOR=1.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=55598732;WS=55598714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	55603309	.	CAGA	C	6072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.153;NF=6;NR=95;PP=2968;ReadPosRankSum=2.361;SC=CAGGGGTCAGCAGAAGAAGCC;SOR=0.825;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=264;TCF=19;TCR=245;TR=101;WE=55603319;WS=55603299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,161:0.43:373
chr19	55603388	rs10410929	T	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=74;PP=2203;SC=CCACAAGCCCTTCCCCCACGG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=21;TCR=74;TR=95;WE=55603396;WS=55603378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	55605658	rs370611782	GCCCCAGCCCCTCCTCCCTCAGACCCAGGAGTCCAGA	G	1512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=8.907;NF=24;NR=11;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.762;SC=AGGAGTCCAGGCCCCAGCCCC;SOR=0.878;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=35;WE=55605713;WS=55605648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,55:0.42:132
chr19	55605704	rs3803899	AC	CT	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.031;NF=58;NR=22;PP=2944;ReadPosRankSum=2.147;SC=ACCCCAGCCCACCCCACACCT;SOR=0.669;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=157;TCF=112;TCR=45;TR=80;WE=55605713;WS=55605648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,91:0.55:164
chr19	55610066	rs55805974	CG	C	1725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.465;NF=33;NR=18;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TGTCAGAAGTCGGGGGGGTTC;SOR=1.030;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=51;WE=55610074;WS=55610056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr19	55614923	rs2532060	T	C	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.008;SC=GCTTGGCTGCTTCCACATCCA;SOR=0.695;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=201;TCF=103;TCR=98;TR=97;WE=55614931;WS=55614913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,99:0.48:206
chr19	55623806	rs604216	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=261;ReadPosRankSum=0.052;SC=AGGTGTCCCCCACCCCACACA;SOR=0.765;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=26;WE=55623814;WS=55623796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr19	55644123	rs10414711	G	C	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.730;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=648;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CAAGTAACTTGTTGGTAATAA;SOR=1.112;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=45;WE=55644131;WS=55644113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,49:0.43:114
chr19	55644325	rs890868	A	C	6077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=108;NR=96;PP=2965;SC=CTGCCCCCTTACGGCTGTAGA;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=108;TCR=96;TR=204;WE=55644335;WS=55644315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	55644442	rs891186	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.033;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=513;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TCCCTGCCCAGAGGAAGCAGT;SOR=0.211;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=32;WE=55644450;WS=55644432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr19	55652162	rs200177206	G	GTAA	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=1.260;QD=21.84;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr19	55652758	rs2560942	A	G	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=397;ReadPosRankSum=0.015;SC=TGGTGAACTGAACCGTTTCCC;SOR=1.508;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=21;WE=55652766;WS=55652748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr19	55653297	rs67795913	A	C	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1358;ReadPosRankSum=0.331;SC=GGCTGAGTGGACAGAAACACA;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=85;TCR=114;TR=95;WE=55653305;WS=55653287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,97:0.47:206
chr19	55657041	rs2434454	C	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=1.207;SC=CCCCCAGGACCCCAGGGAAGG;SOR=0.273;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=10;WE=55657049;WS=55657031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr19	55660537	rs9636153	T	C	14771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=247;NR=300;PP=2965;SC=ACCTAGGCTGTGTCTGAGATG;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=547;TCF=247;TCR=300;TR=547;WE=55660545;WS=55660527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr19	55665584	rs7252610	A	C	7438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=134;NR=126;PP=2965;SC=TCTGGGGGCAAACGAGGGGGT;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=134;TCR=126;TR=260;WE=55665592;WS=55665574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr19	55671337	rs890872	C	T	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	55672967	rs12104158	G	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=0.924;SC=TCCTCCCTCAGACCCAGGGGT;SOR=0.658;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=8;WE=55672975;WS=55672957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr19	55677523	rs3848619	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=468;ReadPosRankSum=0.559;SC=CTGGGATTCGCAGTCCGCAGA;SOR=0.924;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=28;WE=55677531;WS=55677513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr19	55699454	rs890870	T	C	6067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=91;PP=2965;SC=ACCTGGTACTTGTCTGCAAAA;SOR=1.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=134;TCR=91;TR=224;WE=55699462;WS=55699444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	55708557	rs2288521	A	G	6870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=2.145;SC=AAATTGTACAACGTCCCGGGT;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=577;TCF=338;TCR=239;TR=302;WE=55708565;WS=55708535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,314:0.52:601
chr19	55709928	rs2288519	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=5;PP=588;ReadPosRankSum=-0.218;SC=TACTCTTCATCTCCCAAGGAG;SOR=0.662;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=70;TCR=13;TR=36;WE=55709936;WS=55709918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr19	55710074	rs16986309	G	A	4356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=93;PP=2952;ReadPosRankSum=1.179;SC=CAGACGGTGAGGTGGTACAGG;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=373;TCF=195;TCR=178;TR=195;WE=55710082;WS=55710064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,203:0.52:389
chr19	55713535	rs2288515	G	A	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.168;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.819;NF=59;NR=87;PP=2521;ReadPosRankSum=0.500;SC=ATGTTGGTGTGTGCTGTGCTT;SOR=1.007;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=284;TCF=125;TCR=159;TR=146;WE=55713543;WS=55713525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,154:0.52:296
chr19	55715359	rs45493898	A	G	5349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.554;SC=CTCCCAGCTCAGGGAGATGGA;SOR=0.599;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=508;TCF=198;TCR=310;TR=254;WE=55715367;WS=55715349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,260:0.50:523
chr19	55738425	rs3745919	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=0.811;SC=CGGCGGCAGCGGCGCCTGCAG;SOR=0.204;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=55738433;WS=55738415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	55738634	rs4644955	T	C	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=28;PP=1584;SC=GATCACCAGGTGGGCATGGGG;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=86;WE=55738642;WS=55738624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	55739515	rs4255895	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.941;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
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chr19	55758628	rs7258327	C	T	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=80;PP=2415;SC=GGCCCCGCCCCGGGACTGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=44;TCR=81;TR=123;WE=55758636;WS=55758618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	55773933	.	G	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,55:0.28:197
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chr19	55777143	rs62126349	T	C	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=34;PP=1366;ReadPosRankSum=0.455;SC=CCTTCCTCTCTACGGGAAGGT;SOR=0.864;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=217;TCF=137;TCR=80;TR=96;WE=55777151;WS=55777133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,96:0.44:220
chr19	55790886	rs10701478	A	AGCCGCCGCC	4338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=25.52;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,91:0.54:170
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chr19	55795758	rs201695409	A	AC	475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=279;SC=AGACGGGGCGACGGCCGCAGG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=55795766;WS=55795748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	55800789	rs62126358	C	G	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=19;PP=2392;SC=AGTGGGAGACCAGGCCCTTTG;SOR=3.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=98;TCR=19;TR=117;WE=55800797;WS=55800779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	55854313	rs2384685	G	A	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=82;PP=2375;SC=GCCAACCGGGGAAAAGCGAGG;SOR=2.977;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=18;TCR=82;TR=100;WE=55854321;WS=55854303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr19	55865350	rs12461665	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.241;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=334;ReadPosRankSum=2.319;SC=GCGGGCGGGGGTCACGCGGCA;SOR=1.839;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=27;WE=55865358;WS=55865340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr19	55866468	rs12971931	G	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=304;ReadPosRankSum=0.009;SC=CGGGGCCTGTGGGGTTAAGAG;SOR=1.075;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=27;WE=55866476;WS=55866458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr19	55869419	rs11418715	C	CA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.689;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr19	55870104	rs12974819	G	C	13290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=257;NR=217;PP=2965;SC=GGATTTCGAGGGCTGCTCTTT;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=476;TCF=258;TCR=218;TR=474;WE=55870112;WS=55870094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,497:1.00:497
chr19	55870289	rs12974907	C	T	14440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=260;NR=244;PP=2965;ReadPosRankSum=1.171;SC=CTTCAAGCTTCGCCCAGTGGG;SOR=0.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=505;TCF=260;TCR=245;TR=504;WE=55870297;WS=55870279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,522:1.00:523
chr19	55870351	rs12976922	T	C	11447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=224;PP=2965;ReadPosRankSum=0.965;SC=GTCACCTCCTTGGTTTGGCTA;SOR=0.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=406;TCF=181;TCR=225;TR=405;WE=55870359;WS=55870341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,424:1.00:425
chr19	55870600	rs12460416	C	G	9783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=156;NR=187;PP=2965;SC=ATCTGGTATTCGGTAGGTGAG;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=343;TCF=156;TCR=187;TR=343;WE=55870608;WS=55870590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr19	55871019	rs12609732	A	G	7285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=120;PP=2965;SC=AGATGTGACAAGGCCAGATGG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=132;TCR=121;TR=250;WE=55871027;WS=55871009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	55872191	rs897799	G	A	8645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=198;NR=129;PP=2965;SC=GCCACACACTGTGGCAAGGGG;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=200;TCR=130;TR=327;WE=55872199;WS=55872181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr19	55872397	rs2124918	A	G	10458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=199;PP=2965;SC=TCCTGACGTCAGCATGCTCCA;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=363;TCF=164;TCR=199;TR=363;WE=55872405;WS=55872387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr19	55872531	rs11084397	C	G	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1192;ReadPosRankSum=0.010;SC=CACACCACCCCGCCGGCTCAC;SOR=0.831;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=84;WE=55872539;WS=55872521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,89:0.51:176
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chr19	55872864	rs11673515	G	C	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.95;NF=29;NR=46;PP=1469;SC=CCTACCCAGCGAGAGGCCTAG;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=55872872;WS=55872854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	55872955	rs11673554	G	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=433;SC=CCGCTCCTCCGTCAGACCCAG;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=55872963;WS=55872945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	55873642	rs4252574	C	T	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=52;PP=2516;SC=GCAGGCGCTTCGGCCAGCGGC;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=81;TCR=52;TR=133;WE=55873650;WS=55873632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	55877231	rs1042505	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=0.860;SC=GGCACAGATGCCCCCCAGGCC;SOR=0.569;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=55877239;WS=55877221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr19	55879872	rs1126757	C	T	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.403;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=59;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CCAGTGCCCCCGCACTCATGG;SOR=0.534;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=82;TCR=119;TR=99;WE=55879880;WS=55879857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,106:0.49:216
chr19	55880385	rs62128183	G	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.434;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGACTCCCGGGTCTGAGGGA;SOR=1.802;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=9;WE=55880393;WS=55880375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr19	55888537	rs370170404	G	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=321;ReadPosRankSum=-1.142;SC=TGAGGGAGGAGGGGCTGGGGG;SOR=1.301;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=19;WE=55888545;WS=55888527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr19	55889451	rs77912983	G	A	4730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=129;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CCAAGAAGACGCCGTCCACGG;SOR=0.847;Source=Platypus;TCF=272;WE=55889459;WS=55889441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,240:0.46:517
chr19	55895588	rs1870074	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=34;PP=974;SC=GCACCCGGCGGGCTCCCCTGC;SOR=2.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=44;WE=55895596;WS=55895578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	55903158	rs10653185	C	CAG	2635.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=43;PP=2154;SC=CAGATGGACTCATGATCACAG;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=43;WE=55903166;WS=55903148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	55913038	rs7608	C	T	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=37;PP=2460;SC=GGGCCCGAGCCGCATACTCCT;SOR=1.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=84;TCR=37;TR=121;WE=55913046;WS=55913028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	55913286	rs11393810	T	TC	1026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=1243;SC=TCATCTTTGCTCCTGTCTCCC;SOR=3.912;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=30;WE=55913294;WS=55913276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	55914374	rs11672075	C	T	2767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=63;PP=1832;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TAGACCAGGACGCCTCCACCT;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=325;TCF=174;TCR=151;TR=138;WE=55914382;WS=55914364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,141:0.43:325
chr19	55966346	rs2277959	C	T	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=1.121;SC=GGCGGCCAGGCGGGCATTACC;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=168;TCR=149;TR=155;WE=55966355;WS=55966336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,156:0.49:319
chr19	55966347	rs113162090	G	A	3202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.037;SC=GCGGCCAGGCGGGCATTACCT;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=165;TCR=149;TR=156;WE=55966355;WS=55966336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,161:0.51:318
chr19	55967280	rs4801642	C	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=2.122;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr19	55993260	rs34864744	A	G	7462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=165;PP=2965;SC=CGCCCCGGGTACCGCCTCCGC;SOR=1.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=86;TCR=165;TR=251;WE=55993268;WS=55993250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr19	55993790	rs7254184	A	G	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=75;PP=2427;SC=GCCACGTGGAAGAGGCCGCGG;SOR=0.924;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=147;WE=55993798;WS=55993780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	55993876	rs10423355	T	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=38;PP=1266;SC=GCCGCCCCCGTCCCGCCGCCA;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=55993884;WS=55993866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	55994240	rs12981044	C	T	3934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=82;PP=2696;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GCCACGTGCACACTGGCGAGA;SOR=0.800;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=340;TCF=173;TCR=167;TR=172;WE=55994248;WS=55994230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,178:0.51:349
chr19	55995272	rs11550705	G	A	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1265;ReadPosRankSum=1.017;SC=TCACTGGCCCGGGCCCCGGGG;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=87;TCR=73;TR=77;WE=55995280;WS=55995262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,86:0.50:173
chr19	55996939	rs3745450	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=11;PP=750;SC=GTCCTGATCTGGGAAGTGCCG;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=55996947;WS=55996929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	55998262	rs77664073	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr19	55999993	rs4405662	A	G	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=130;NR=121;PP=2965;SC=TGAGTGATCCATTCTCCTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=130;TCR=121;TR=251;WE=56000001;WS=55999983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	56000429	rs57080356	GCC	G,GC	413.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0,0;NR=27,27;PP=104,305;SC=CCATCTGCCCGCCCCCCCCCC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=27,27;WE=56000438;WS=56000419;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:14
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chr19	56000492	rs11084399	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=0.086;SC=ACTGGGTCCCCGGCCCATCCG;SOR=1.347;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=10;WE=56000500;WS=56000482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr19	56001871	rs4274529	C	T	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=46;PP=1312;SC=TCTCCTTAGCCGGGGCCCTGG;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=71;WE=56001879;WS=56001861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	56004901	rs889090	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=1.366;SC=CCTGAGCATAGCTTAGTCCCC;SOR=0.275;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=56004909;WS=56004892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr19	56009215	rs7254234	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=404;ReadPosRankSum=0.713;SC=CGGCTTCCCCGACTCTAATTC;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=27;WE=56009223;WS=56009205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr19	56009465	rs11672130	G	A	3140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=63;PP=1975;ReadPosRankSum=-2.057;SC=AGATGATGTGGGCTGTGTGGG;SOR=0.541;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=285;TCF=142;TCR=143;TR=134;WE=56009473;WS=56009455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,146:0.49:301
chr19	56009741	rs4801701	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=0.221;SC=TGTGTTATGCCCATTTTACTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=56009749;WS=56009731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr19	56011091	rs4801314	G	A	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=11;PP=1121;SC=AATGGGAACTGGGTGAGTGAC;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=56011099;WS=56011081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	56011460	rs4801713	C	T	21691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=395;NR=374;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.968;SC=CAGACCTAACCTCACAGACCA;SOR=0.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=772;TCF=395;TCR=377;TR=769;WE=56011468;WS=56011440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,794:1.00:795
chr19	56012590	rs11669496	G	A	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.25;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	56012597	rs11669422	A	G	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=4.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	56015448	rs7257434	C	T	11816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=231;NR=198;PP=2965;SC=TGGGTGGGCTCCAGCTGTGAG;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=431;TCF=233;TCR=198;TR=429;WE=56015456;WS=56015438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr19	56024519	rs671542	T	C	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=66;PP=1661;SC=CCTCCAACTCTGAGAGTCCAT;SOR=1.588;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=101;WE=56024527;WS=56024509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	56024563	rs514574	G	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=39;PP=1255;SC=CTGGGGTGAGGAGACTGGGAC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=56024571;WS=56024553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	56024599	rs671152	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=643;SC=GTAAAGAGACAGATTCCAGAC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=56024607;WS=56024589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	56029371	rs199879378	C	T	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=1.391;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,102:0.53:193
chr19	56029465	rs4801331	G	A	4436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;QD=25.07;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	56030428	rs10217	C	A	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.416;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=76;PP=2010;ReadPosRankSum=0.726;SC=ACAAAAAAAACCCCCAAAGTA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=19;TCR=79;TR=94;WE=56030436;WS=56030409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr19	56041255	rs620251	C	G	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=73;PP=2539;SC=TCGGCCGCGGCGGCCAGGCCG;SOR=0.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=144;WE=56041263;WS=56041245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	56047448	rs310453	A	G	7995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=160;NR=141;PP=2965;SC=CGGCCATAGCAACCCTGGCCC;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=161;TCR=141;TR=301;WE=56047456;WS=56047438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	56052008	rs34837414	C	T	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=28;PP=1574;SC=CTGGATCCTGCGTCTGAGAGA;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=56052016;WS=56051998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	56052337	rs55643341	A	AC	23229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=921;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.486;NF=67;NR=361;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.454;SC=GCTCCCCAAAACCCAGGTCCC;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=462;TCF=73;TCR=389;TR=428;WE=56052348;WS=56052327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,868:0.99:875
chr19	56052770	rs654439	C	T	9076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=179;NR=134;PP=2965;SC=GGCTGCAGACCGGGTCGAAGA;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=313;TCF=179;TCR=134;TR=313;WE=56052778;WS=56052760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr19	56055436	rs694398	A	G	5099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=107;NR=84;PP=2965;SC=TGGGATAAGCACTCCCAACCT;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=109;TCR=86;TR=191;WE=56055444;WS=56055426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	56056184	rs491639	A	G	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=22;PP=766;SC=GAGGCTGGGCAAGGAGCACGC;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=50;WE=56056192;WS=56056174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	56104136	rs7247236	T	C	6504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=129;PP=2965;SC=CGGGCGGCGGTCGCCGCCTCC;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=98;TCR=129;TR=227;WE=56104144;WS=56104126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	56114045	rs1077806	C	T	8042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.052;SC=CGCACCACCACCGCGTGCACT;SOR=0.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=292;TCF=150;TCR=142;TR=289;WE=56114053;WS=56114035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,296:1.00:297
chr19	56114237	rs310459	G	A	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=92;PP=2762;SC=GGGCCGAGGAGGAGGAGGAGA;SOR=1.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=47;TCR=92;TR=139;WE=56114245;WS=56114227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	56125944	rs2280254	C	T	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=20;PP=1421;ReadPosRankSum=0.819;SC=CAGCCACGCCCGTGGCGCCTG;SOR=0.428;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=155;TCF=122;TCR=33;TR=85;WE=56125952;WS=56125934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,93:0.54:171
chr19	56127597	rs3852898	G	A	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1358;ReadPosRankSum=0.569;SC=GCTGCCACACGGAACAGCGGC;SOR=0.650;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=186;TCF=111;TCR=75;TR=93;WE=56127605;WS=56127587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,102:0.50:202
chr19	56134038	rs908668	C	T	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=59;PP=1370;ReadPosRankSum=-0.206;SC=AAAGAGGAGCCTGTGGAACCT;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=188;TCF=68;TCR=120;TR=90;WE=56134046;WS=56134028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,99:0.49:204
chr19	56136059	rs57314044	G	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=376;ReadPosRankSum=1.710;SC=GGGCGTGGCGGGGCGGGGCGT;SOR=0.573;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=29;WE=56136067;WS=56136049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr19	56146924	rs8111497	G	C	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=36;PP=1951;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CTGATTGCCAGCCTCGCTGGA;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=224;TCF=151;TCR=73;TR=115;WE=56146932;WS=56146914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,116:0.51:227
chr19	56153868	rs310475	G	A	8509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.585;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.727;SC=CCCAGCTGCCGCTCCAGATGC;SOR=0.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=316;TCF=184;TCR=132;TR=314;WE=56153876;WS=56153858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,330:1.00:331
chr19	56154339	rs12981222	C	T	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=73;PP=1693;ReadPosRankSum=-0.898;SC=GCCCGCTCTGCCCACGCCGCT;SOR=0.516;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=202;TCF=55;TCR=147;TR=103;WE=56154347;WS=56154329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,104:0.51:205
chr19	56160399	rs7246799	T	C	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=0;PP=707;SC=CTGGGGTCCGTAGGAAGCCGC;SOR=3.797;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=29;WE=56160407;WS=56160389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	56162776	rs2287791	C	T	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=45;PP=1541;SC=AAGAAGGCAGCGCCAGTGAGA;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=56162784;WS=56162766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	56162881	rs519856	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=0.558;SC=GTGCATGGGGCGGGCGCTGAG;SOR=0.502;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=11;WE=56162889;WS=56162871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr19	56170751	rs2271757	C	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=578;ReadPosRankSum=1.854;SC=GCCTGGGAGTCGGGGGGTCGG;SOR=0.501;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=40;WE=56170759;WS=56170741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr19	56170771	rs537728	G	A	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=41;PP=1146;SC=GTGTTGGCCGGCCTGTGGGTG;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=56170779;WS=56170761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	56171778	rs507498	A	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=22;PP=2284;SC=TGGAGCTTACATGGTTGCGGG;SOR=1.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=81;WE=56171786;WS=56171769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	56175149	rs310444	G	A	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=84;PP=2408;SC=TTCTCCCCCAGTCCTGTTCCC;SOR=1.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=38;TCR=84;TR=122;WE=56175157;WS=56175139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	56180732	rs681804	T	C	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=41;PP=1796;ReadPosRankSum=1.762;SC=TGGGGGGGCATGTGAGGGGCC;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=103;WE=56180740;WS=56180722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr19	56180968	rs617073	C	T	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=49;PP=1554;SC=TCGTGGAGGACGTGCGGGACG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=90;WE=56180976;WS=56180958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	56185250	rs664684	G	A	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=60;PP=2043;ReadPosRankSum=-0.557;SC=ACGCTGACTGGCTGTTGGGCG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=316;TCF=196;TCR=120;TR=160;WE=56185258;WS=56185240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,168:0.51:331
chr19	56200057	rs34046411	C	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=313;ReadPosRankSum=-0.247;SC=ACCCTTCCTCCTCTGAGCACC;SOR=0.075;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=19;WE=56200065;WS=56200047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr19	56220245	rs2287832	C	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=351;ReadPosRankSum=1.847;SC=CAAGGAAAGCCTTTGTGAGAC;SOR=1.209;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=22;WE=56220253;WS=56220235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr19	56220430	.	G	GT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.142;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,17:0.18:95
chr19	56220444	rs2287831	T	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.053;QD=10.38;ReadPosRankSum=2.083;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chr19	56235537	rs10423927	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=730;ReadPosRankSum=0.177;SC=AAAAAATAGCATCATGCAATG;SOR=0.443;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=49;WE=56235545;WS=56235527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr19	56241265	rs193384	A	G	5927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=120;NR=98;PP=2965;SC=AGGGATCATCAAGGCTGGTAT;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=120;TCR=98;TR=218;WE=56241273;WS=56241255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	56249445	rs755804	A	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=9;PP=1068;SC=TCCTCGCCCCATCATCCAGCA;SOR=2.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=43;TCR=9;TR=52;WE=56249453;WS=56249435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	56273136	rs59333538	T	C	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=50;PP=2758;SC=ATTCTAATTCTGTGTTCATTT;SOR=1.419;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=108;TCR=50;TR=157;WE=56273144;WS=56273126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
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chr19	56273868	rs200686834	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.75;MQRankSum=-2.848;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
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chr19	56421775	rs11670284	C	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=554;SC=CTACTTTGCCCAAGTAGCAGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=56421783;WS=56421765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr19	56421861	rs12982043	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=515;ReadPosRankSum=0.133;SC=CAACCACACTCATCAAAAGAG;SOR=1.204;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=85;TCF=71;TCR=14;TR=30;WE=56421869;WS=56421851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
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chr19	56423074	rs977070	C	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=695;ReadPosRankSum=1.513;SC=ATACTCACTCCAGAATTTCCA;SOR=0.934;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=87;TCR=29;TR=51;WE=56423082;WS=56423064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,51:0.42:122
chr19	56423254	rs304002	G	A	5000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.585;SC=CCTGGGACTCGTGTAGGCAGT;SOR=0.589;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=523;TCF=267;TCR=256;TR=241;WE=56423273;WS=56423236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,250:0.46:540
chr19	56423668	rs304001	G	A	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=60;PP=2788;SC=CCAGGCCCTCGATCTCAGTGT;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=140;WE=56423676;WS=56423658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	56423692	rs304000	C	T	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=95;NR=64;PP=2965;SC=CTTTGTTAAACGTGAAGTTCA;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=95;TCR=64;TR=159;WE=56423700;WS=56423682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	56423728	rs303999	A	G	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=65;PP=2965;SC=CTATGGCCAGACTGCAGAGGG;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=111;TCR=65;TR=176;WE=56423736;WS=56423718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	56423893	rs303998	G	A	10299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=169;NR=181;PP=2965;SC=AGGAACATACGGTCCAACACA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=350;TCF=169;TCR=181;TR=350;WE=56423901;WS=56423883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr19	56424443	rs303997	T	C	8009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=137;NR=146;PP=2965;SC=CAGCATAGCCTGCATTGCCAA;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=283;TCF=137;TCR=146;TR=283;WE=56424451;WS=56424433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	56424532	rs731338	G	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=889;ReadPosRankSum=-0.834;SC=GATCCAGTAGGCGCTGCAGTT;SOR=1.065;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=57;WE=56424540;WS=56424522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,65:0.49:132
chr19	56443864	rs145915426	T	TTTTTTG	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.502;NF=0;NR=9;PP=479;ReadPosRankSum=1.027;SC=AGTACACTTTTTTGTTGTTGT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=56443872;WS=56443854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr19	56459342	rs306507	C	T	3885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=82;PP=2356;ReadPosRankSum=0.412;SC=TCTCATATTCCGCCCTGGACA;SOR=0.583;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=391;TCF=216;TCR=175;TR=180;WE=56459350;WS=56459332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,190:0.47:408
chr19	56459614	rs306506	G	C	5211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=1.303;SC=AATGTGTGTTGTAGTCCGCAG;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=492;TCF=230;TCR=262;TR=238;WE=56459622;WS=56459604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,250:0.49:514
chr19	56459703	rs1436077	A	G	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=5.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=41;PP=877;ReadPosRankSum=-0.655;SC=TACTCTAGTCACCACCCCTAT;SOR=0.978;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=108;TCF=14;TCR=94;TR=46;WE=56459711;WS=56459693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,51:0.46:110
chr19	56464058	rs306501	C	G	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=1166;ReadPosRankSum=-1.758;SC=CTAAGGCAAGCCAGATTTTAA;SOR=0.508;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=142;TCF=54;TCR=88;TR=74;WE=56464066;WS=56464048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,80:0.53:151
chr19	56464152	rs73613404	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=255;ReadPosRankSum=-0.080;SC=ACTAGCCGGGCGTGGTGGCAG;SOR=0.341;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=18;WE=56464160;WS=56464142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr19	56467375	rs41481648	C	T	3626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=91;PP=2460;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TTGCCTGAAGCGGTGTCAATA;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=420;TCF=206;TCR=214;TR=177;WE=56467383;WS=56467359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,179:0.41:432
chr19	56473460	rs6509975	T	C	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=44;PP=1510;ReadPosRankSum=0.670;SC=GGCTGCATCGTTGGTGGCAAG;SOR=0.797;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=239;TCF=128;TCR=111;TR=101;WE=56473468;WS=56473450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,106:0.42:251
chr19	56477687	rs306497	A	G	5459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=106;PP=2965;SC=TGGAGTCCAAAGCTGTGAAGC;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=74;TCR=106;TR=180;WE=56477695;WS=56477677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	56477710	rs306496	T	C	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=758;ReadPosRankSum=0.031;SC=CTATGCAGGGTGCTGAGATCC;SOR=0.465;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=42;TCR=83;TR=64;WE=56477718;WS=56477700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
chr19	56487430	rs306483	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr19	56487450	rs306482	T	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr19	56487603	rs306481	A	G	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=59;PP=1965;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AATAGCCTGAAGGATGATGGG;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=247;TCF=132;TCR=115;TR=129;WE=56487611;WS=56487593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,142:0.54:265
chr19	56490778	rs306475	C	T	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=9;PP=1021;SC=ACTGCCTGTTCACCTCCATCT;SOR=2.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=53;WE=56490786;WS=56490768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	56490943	rs11084419	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=588;ReadPosRankSum=0.319;SC=AAGTCTCCACCGGGTTTCCTG;SOR=0.597;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=52;WE=56490951;WS=56490933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,65:0.50:129
chr19	56499279	rs306457	G	C	8792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=205;PP=2965;SC=TTAATCCTTAGGCCGTCCAGT;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=122;TCR=205;TR=327;WE=56499287;WS=56499269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr19	56499337	rs306456	C	T	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=7.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.74;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,62:0.42:149
chr19	56499345	rs306455	A	G	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr19	56510965	rs62123572	C	T	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=19;PP=911;ReadPosRankSum=-2.053;SC=CCAGCCCTTCCGACCGGCTCA;SOR=0.430;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=60;WE=56510973;WS=56510955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,61:0.61:100
chr19	56511082	rs35427984	C	G	8430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.316;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CTTTCCATGGCGATGTTATCA;SOR=0.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=162;TCR=133;TR=292;WE=56511090;WS=56511072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,308:1.00:309
chr19	56511217	rs12462690	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=474;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CATGACACACGGATCGAATCC;SOR=0.608;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=30;WE=56511225;WS=56511207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr19	56520091	rs12460573	C	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=675;ReadPosRankSum=-1.088;SC=ACATTCTTATCCTTGGCTTGG;SOR=0.549;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=39;WE=56520099;WS=56520081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr19	56520129	rs12460633	G	A	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1197;ReadPosRankSum=0.802;SC=ATTGAGGCCAGTCTCCCTTTT;SOR=0.954;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=171;TCF=111;TCR=60;TR=75;WE=56520137;WS=56520119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,75:0.44:170
chr19	56520150	rs12460592	C	G	3303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;PP=1563;ReadPosRankSum=-1.324;SC=TCTTTGTCTTCCAGGACATTC;SOR=0.868;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=212;TCF=124;TCR=88;TR=98;WE=56520158;WS=56520140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,101:0.47:213
chr19	56530664	rs306428	A	G	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-15.204;NF=120;NR=65;PP=2536;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TCTCTGACTCAAATAATAAAC;SOR=0.829;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=345;TCF=219;TCR=126;TR=185;WE=56530672;WS=56530654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,194:0.54:360
chr19	56538203	rs3103612	C	A	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=849;SC=TGACCTCCCACAGTGCTGGGA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=56538211;WS=56538193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	56539240	rs397977	C	T	4733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CAGTGTTTGACGGTGACGACC;SOR=0.603;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=468;TCF=218;TCR=250;TR=216;WE=56539248;WS=56539230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,221:0.46:478
chr19	56561749	rs2574762	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=1;PP=711;SC=GGGAATGAGCATCACGATCTT;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=56561757;WS=56561739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	56564916	rs35553570	G	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=15;PP=1095;SC=AGGAATAAAGGAAACTCCAGT;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=56564924;WS=56564906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	56565164	rs3103057	G	A	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=96;PP=2834;SC=CAGTGTTCTGGCGAGACTCGG;SOR=1.325;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=63;TCR=96;TR=159;WE=56565172;WS=56565154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	56569917	rs386875	G	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=574;SC=TGCCCACTACGTTCTGAGTAC;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=56569925;WS=56569907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	56599405	rs4077285	C	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=505;SC=GCCCTCCCCACCGCGGCACTC;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=56599413;WS=56599395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	56599437	rs5828672	CTCG	C	2806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=19;PP=1576;SC=CGCCCGCGGCCTCGTCGTCGT;SOR=1.318;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=34;WE=56599447;WS=56599427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	56688669	rs4801681	A	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=49;PP=1072;ReadPosRankSum=-1.961;SC=GTCCTGGGGAAGAAGCTCAAA;SOR=0.710;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=151;TCF=41;TCR=110;TR=66;WE=56688677;WS=56688659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr19	56691912	rs274171	G	C	6544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=141;NR=90;PP=2965;SC=CGCCTGCCCCGCTTTCTGTCT;SOR=1.137;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=142;TCR=90;TR=231;WE=56691920;WS=56691902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr19	56693620	rs3745833	C	G	3352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=83;PP=2295;ReadPosRankSum=2.033;SC=GGAAGGCCATCGGTGAGTGAG;SOR=0.553;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=130;TCR=171;TR=147;WE=56693628;WS=56693610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,155:0.49:317
chr19	56693643	rs274174	T	C	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=136;PP=2965;SC=GGGAGTTAGATGTCTTCTCCT;SOR=1.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=87;TCR=136;TR=223;WE=56693651;WS=56693633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	56694505	rs575756	C	T	3325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=55;PP=2178;ReadPosRankSum=2.133;SC=TGTTTCTAGACGGGCTCCCCT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=180;TCR=112;TR=147;WE=56694513;WS=56694495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,154:0.50:306
chr19	56703248	rs527025	G	A	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=33;PP=1555;ReadPosRankSum=0.708;SC=GCGACCCTGGGCAGGATCTGC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=183;TCF=121;TCR=62;TR=102;WE=56703256;WS=56703238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,105:0.54:194
chr19	56719405	rs12979551	A	C	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=17;PP=977;ReadPosRankSum=-0.265;SC=ATTCTCAGGAAGAGGACTTCC;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=101;TCR=35;TR=65;WE=56719413;WS=56719395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr19	56719644	.	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.897;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.963;NF=13;NR=30;PP=696;ReadPosRankSum=1.302;SC=CTGGGGGAGTTGGCACTCAGC;SOR=0.685;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=43;WE=56719652;WS=56719634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr19	56719822	rs1865101	G	T	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-19.134;NF=86;NR=69;PP=1967;ReadPosRankSum=3.720;SC=TTCCAGCAGGGGTGGTGGGAG;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=409;TCF=226;TCR=183;TR=155;WE=56719830;WS=56719812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,137:0.34:405
chr19	56719853	rs1865102	C	A	2274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-17.941;NF=70;NR=71;PP=1984;ReadPosRankSum=-3.394;SC=GAAGGAACCCCAAAAAAGAGC;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=384;TCF=190;TCR=194;TR=141;WE=56719861;WS=56719829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,123:0.32:381
chr19	56888446	.	G	A	5886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.99;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,152:0.49:310
chr19	56888450	rs2304124	A	G	5876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.72;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,155:0.49:314
chr19	56901293	rs6509995	C	T	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=30;PP=2147;SC=CAGGGAAGATCTTCTAAGACA;SOR=1.679;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=98;WE=56901301;WS=56901283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
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chr19	56978525	rs11881919	T	G	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=58;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GGCCACATCATGCTAAGGGGA;SOR=0.898;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=185;TCF=66;TCR=119;TR=87;WE=56978533;WS=56978515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,88:0.47:187
chr19	56981382	rs3760848	T	C	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=116;PP=2965;SC=TCTGGCTTTATCTCTTGTCCT;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=81;TCR=116;TR=196;WE=56981390;WS=56981372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	57023025	rs67525856	CTT	C	13403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.16;NF=44;NR=150;PP=2969;SC=CTGTTTAGGACTTTTTGTAAT;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=47;TCR=158;TR=194;WE=57023034;WS=57023015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr19	57027606	rs10419939	C	T	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=25;PP=2965;SC=TCTTTGGACACGAGCATTGGT;SOR=2.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=111;TCR=25;TR=136;WE=57027614;WS=57027596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	57035672	rs142277230	C	CT	671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.926;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=396;ReadPosRankSum=1.803;SC=GGAACATTCACTTTTTTTTAA;SOR=1.695;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=23;WE=57035680;WS=57035662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr19	57036653	rs3752176	G	A	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=55;PP=2061;SC=TACAAATGTGGTGTGTGTGGA;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=91;WE=57036661;WS=57036643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	57036678	rs3752177	G	A	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=36;PP=1800;SC=CCTTCAGCTCGGGTTCATCCC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=57036686;WS=57036668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	57050430	rs189847863	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=503;ReadPosRankSum=1.437;SC=GCCGACGCCGCTCCCGGGTAG;SOR=0.467;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=36;WE=57050438;WS=57050420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr19	57050515	rs7258088	C	G	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=1130;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GCCCTCCCTGCCCGGGGAAGG;SOR=0.465;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=195;TCF=114;TCR=81;TR=90;WE=57050523;WS=57050505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,97:0.46:209
chr19	57050721	rs78346163	G	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=176;ReadPosRankSum=1.623;SC=TTTGAAGCTGGTGGAGTGGGA;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=10;WE=57050729;WS=57050711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr19	57058998	rs34136271	C	G	7590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=807;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.021;SC=AACCTGGCATCGCTGGGTAAG;SOR=0.751;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=783;TCF=414;TCR=369;TR=348;WE=57059006;WS=57058988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:443,360:0.45:803
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chr19	57060573	rs2074941	C	T	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=14;PP=328;SC=ATGACTACAACAACTATAAGA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=57060581;WS=57060563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	57062073	rs379214	T	C	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=41;PP=1731;SC=TAGGAAACTTTACCCAGGGTC;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=88;WE=57062081;WS=57062063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	57088850	rs3752180	T	C	8899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=153;NR=144;PP=2965;SC=CTTTTAGTGATTGCTCATCCC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=153;TCR=144;TR=297;WE=57088858;WS=57088840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr19	57089050	rs4801177	C	T	7439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=109;NR=144;PP=2965;SC=CATAAGAGAACTCATACTGGA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=109;TCR=144;TR=253;WE=57089058;WS=57089040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
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chr19	57176198	rs8108756	T	G	4801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.236;SC=AGATGAACGCTGAACAGTAGC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=589;TCF=264;TCR=325;TR=241;WE=57176206;WS=57176188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,249:0.41:604
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chr19	57293394	rs2286751	A	G	6675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=109;PP=2965;SC=CACTAAGGGAACTAAGTTCCT;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=120;TCR=109;TR=229;WE=57293402;WS=57293384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	57293831	rs12610778	G	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1076;ReadPosRankSum=-1.139;SC=TTAAGCCTCAGGGTCCCACCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=83;TCR=114;TR=83;WE=57293839;WS=57293821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,83:0.41:201
chr19	57325083	rs34051133	C	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=32;PP=1077;ReadPosRankSum=-1.613;SC=GAGGGACAGGCGGTCATTGAA;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=113;TCR=63;TR=88;WE=57325091;WS=57325073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,96:0.50:193
chr19	57326721	rs36044899	C	T	4456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=107;PP=2944;ReadPosRankSum=1.803;SC=ACATTTGTTCCGCGCTTGCTC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=383;TCF=181;TCR=202;TR=200;WE=57326729;WS=57326711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,203:0.52:391
chr19	57335022	rs1860565	G	A	3367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=56;PP=2054;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TGTCGTCGTCGCTGGTCACGT;SOR=0.887;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=343;TCF=211;TCR=132;TR=156;WE=57335030;WS=57335012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,164:0.45:365
chr19	57335179	rs1860566	T	C	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=136;PP=2965;SC=CATTTCTGAGTTCAAAACCCT;SOR=2.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=51;TCR=136;TR=187;WE=57335187;WS=57335169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr19	57641146	rs1027392	A	G	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1712;ReadPosRankSum=0.026;SC=TTTTCTGGCAACATGCAGAAT;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=109;TCR=116;TR=96;WE=57641154;WS=57641136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,101:0.43:235
chr19	57642098	rs3764574	G	A	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=59;PP=2046;ReadPosRankSum=-1.723;SC=TTCAAGAGGTGCCTCAACATC;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=149;TCR=104;TR=142;WE=57642106;WS=57642088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,143:0.54:264
chr19	57642782	rs9973206	C	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=596;ReadPosRankSum=1.410;SC=AGGGGGAATACGAAGGTGACT;SOR=0.936;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=30;WE=57642790;WS=57642772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr19	57646570	rs4801433	T	C	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=63;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.215;SC=TTATGTTGAATGAGGTTTTTC;SOR=0.922;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=194;TCF=99;TCR=95;TR=112;WE=57646578;WS=57646560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,118:0.58:205
chr19	57647015	rs7251328	A	G	5121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GCTTGTAGGCATTTCCACAGT;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=517;TCF=309;TCR=208;TR=246;WE=57647023;WS=57647005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,255:0.47:540
chr19	57647236	rs7252632	T	C	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=79;PP=2015;ReadPosRankSum=1.455;SC=GATGGATTATTGCCAACTAAT;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=331;TCF=151;TCR=180;TR=142;WE=57647244;WS=57647226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,154:0.44:348
chr19	57648277	rs4801200	A	T	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=1541;ReadPosRankSum=2.345;SC=TCTTCCTCCAACCATGGCTCC;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=160;TCR=107;TR=110;WE=57648285;WS=57648267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,115:0.40:286
chr19	57648433	rs2370135	T	C	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=48;PP=873;ReadPosRankSum=-1.519;SC=CGTATGCTTGTGTGAATATTT;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=58;TCR=107;TR=73;WE=57648441;WS=57648423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,75:0.42:177
chr19	57653864	rs11084488	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=175;ReadPosRankSum=0.339;SC=GTAGAGTGTGTGTTACCTTTT;SOR=3.797;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=57653872;WS=57653854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr19	57654065	rs58537382	T	C	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=57;PP=1473;ReadPosRankSum=1.289;SC=TGAGGGAAAATGGAAAAGAAC;SOR=0.628;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=258;TCF=140;TCR=118;TR=116;WE=57654073;WS=57654055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,120:0.43:278
chr19	57654104	rs59976893	T	C	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1620;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GCTTTGGAAGTTGGGGATCAT;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=233;TCF=116;TCR=117;TR=106;WE=57654112;WS=57654094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,110:0.44:250
chr19	57654217	rs10426157	T	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.538;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
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chr19	57666840	rs12459119	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-2.034;SC=TTGAGACAGCGGTCTCTCTCA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=57666848;WS=57666830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr19	57742493	rs142269286	AGGACGAGCAGGATT	A	3917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.718;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.26;MQRankSum=3.423;NF=26;NR=29;PP=2971;ReadPosRankSum=1.970;SC=GTGAGGCTGCAGGACGAGCAG;SOR=1.197;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=167;TCF=58;TCR=109;TR=55;WE=57742514;WS=57742479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,110:0.38:290
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chr19	57743067	rs2361127	C	G	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=5.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.204;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,104:0.52:201
chr19	57743334	rs758099	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-5.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=391;ReadPosRankSum=0.354;SC=GGAGCATTGGCATCCCTGACT;SOR=0.742;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=23;WE=57743342;WS=57743324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr19	57743766	rs2074859	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=2.942;SC=TCCTGTTCTCCGTTCTCCCCT;SOR=0.250;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=14;WE=57743774;WS=57743756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr19	57760289	rs73629343	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=0.589;SC=CTGGTCCTGGGGCTGCAGCCT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=57760297;WS=57760279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr19	57796192	rs117683431	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=-1.774;QD=21.99;ReadPosRankSum=1.665;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr19	57802024	rs45619736	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=153;ReadPosRankSum=0.985;SC=CATTTCTTCTGTACTATCTTA;SOR=0.914;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=12;WE=57802032;WS=57802014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr19	57802806	rs2041109	C	T	4546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=59;PP=1651;ReadPosRankSum=-1.890;SC=TCTTGCATAACAAGAGCCACA;SOR=0.729;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=292;TCF=149;TCR=143;TR=125;WE=57802814;WS=57802796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,130:0.42:306
chr19	57802824	rs2041110	G	A	4442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.822;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=61;PP=1724;ReadPosRankSum=0.630;SC=ACAATGAGAAGAAACCCTTCG;SOR=0.519;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=287;TCF=135;TCR=152;TR=121;WE=57802832;WS=57802814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,128:0.43:300
chr19	57832089	rs4801461	G	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=12;PP=670;SC=CGCTTTGTGCGCATTTTTCTC;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=57832097;WS=57832079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	57832257	rs4801462	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=399;ReadPosRankSum=2.119;SC=GACGAGGTTTTGGCCTTGCTG;SOR=0.801;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=35;WE=57832265;WS=57832247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr19	57832292	rs66494727	C	T	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=408;ReadPosRankSum=1.645;SC=CTGGAGGCCTCGTGGGCAGGC;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=32;WE=57832300;WS=57832282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr19	57835252	rs4801216	C	T	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=948;ReadPosRankSum=0.482;SC=CTCCACAGCCCACTTGTTCTG;SOR=0.521;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=15;TCR=72;TR=53;WE=57835260;WS=57835242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr19	57835279	rs4801467	G	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=536;ReadPosRankSum=1.262;SC=CTGGCACCACGCAGGGGTGTT;SOR=0.434;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=27;WE=57835287;WS=57835269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr19	57837926	rs8110400	C	A	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=768;ReadPosRankSum=0.074;SC=CCCCATCCTGCAGTCCCAGAT;SOR=0.822;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=52;WE=57837934;WS=57837916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr19	57838018	rs6510057	C	G	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=52;PP=1561;ReadPosRankSum=1.633;SC=TTTGTTCAAACCAGAGCTGAT;SOR=0.538;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=207;TCF=114;TCR=93;TR=105;WE=57838026;WS=57838008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,113:0.50:224
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chr19	57839567	rs1968090	T	A	11606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;PP=2965;SC=CTTCAGCACCTCATCATCCAC;SOR=0.987;Source=Platypus;WE=57839575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
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chr19	57922664	rs4801480	T	C	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=10;PP=1477;SC=TGAGGCTCGGTTGAATCGGTT;SOR=2.867;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=63;WE=57922672;WS=57922654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr19	57922910	rs34675948	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=962;ReadPosRankSum=0.284;SC=GTCCGCGGTGCTGTGAGGCGG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=73;WE=57922926;WS=57922900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,76:0.51:148
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chr19	57946924	rs56241253	G	C	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=976;ReadPosRankSum=1.504;SC=TCTTCCCTGGGTGGACTGGAG;SOR=0.376;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=64;WE=57946932;WS=57946914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
chr19	57955244	rs12986235	A	G	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=1754;ReadPosRankSum=-0.481;SC=ATTAAATATCAGCAAAATCAT;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=245;TCF=126;TCR=119;TR=118;WE=57955252;WS=57955234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,127:0.48:262
chr19	57983457	rs10153521	A	G	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=1286;ReadPosRankSum=0.425;SC=ACAGGTATGGAAATATTTCTG;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=116;TCR=55;TR=77;WE=57983465;WS=57983447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,82:0.46:177
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chr19	57985566	rs2074060	G	C	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=55;PP=1881;ReadPosRankSum=1.820;SC=TTGCACTGAAGCAGAACTGTT;SOR=0.468;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=204;TCF=99;TCR=105;TR=113;WE=57985574;WS=57985556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,115:0.55:208
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chr19	57986184	rs2285607	G	A	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=1870;ReadPosRankSum=-1.363;SC=GAAACACTAAGTACAGGCCAA;SOR=0.615;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=240;TCF=127;TCR=113;TR=127;WE=57986192;WS=57986174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,131:0.53:249
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chr19	58002819	rs6510085	T	A	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.720;NF=76;NR=52;PP=1770;ReadPosRankSum=1.433;SC=AGATAAACTCTACTCTGTCCA;SOR=0.553;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=270;TCF=166;TCR=104;TR=128;WE=58002827;WS=58002809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,129:0.46:278
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chr19	58004563	rs7259303	G	A	3693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.152;NF=90;NR=63;PP=2433;ReadPosRankSum=0.345;SC=AAAGCCTTTGGTCAGAAATAT;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=302;TCF=172;TCR=130;TR=153;WE=58004571;WS=58004553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,167:0.53:317
chr19	58004931	rs2074077	A	G	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.025;NF=87;NR=64;PP=2613;ReadPosRankSum=-2.578;SC=ACATCAGAGAATTCACACTGG;SOR=1.199;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=343;TCF=191;TCR=152;TR=151;WE=58004939;WS=58004921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,139:0.40:344
chr19	58016474	rs150811873	T	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=21.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.58;MQRankSum=0.005;QD=4.36;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,50:0.28:179
chr19	58038964	rs12461014	T	A	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=96;PP=2965;SC=GCGCTAGTGATTACGCCGCAG;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=121;TCR=96;TR=217;WE=58038972;WS=58038954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	58058536	rs1548476	A	G	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=70;PP=1840;ReadPosRankSum=0.125;SC=CTGGTGCTGTATGAGTTCTGA;SOR=0.534;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=279;TCF=133;TCR=146;TR=139;WE=58058544;WS=58058526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,146:0.51:286
chr19	58058739	rs10410631	T	C	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1522;ReadPosRankSum=0.963;SC=CCTTTCGACATTGACTACACT;SOR=0.589;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=218;TCF=119;TCR=99;TR=104;WE=58058747;WS=58058729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,107:0.48:225
chr19	58071195	rs75946741	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr19	58083467	rs73060436	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=695;ReadPosRankSum=1.315;SC=AGGCTTTTCTCAGGTTTGGAG;SOR=0.592;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=49;WE=58083475;WS=58083457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr19	58084930	rs3746222	G	A	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=68;PP=2051;ReadPosRankSum=0.907;SC=GCAAAATGTCGGTCAGGAATG;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=251;TCF=111;TCR=140;TR=123;WE=58084938;WS=58084920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,134:0.50:266
chr19	58089521	rs886265	G	C	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=507;ReadPosRankSum=0.165;SC=AGCTCCATGGGCTGATGCCTC;SOR=1.387;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=29;WE=58089529;WS=58089511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr19	58095678	rs11880137	C	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=462;ReadPosRankSum=0.421;SC=CTAGGTCCCTCCGCCCGTAGC;SOR=0.842;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=91;TCF=73;TCR=18;TR=31;WE=58095686;WS=58095668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,34:0.35:97
chr19	58100092	rs45569842	T	C	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=69;PP=1640;ReadPosRankSum=1.949;SC=TGCTGACTTCTCCACTTTCTT;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=282;TCF=108;TCR=174;TR=113;WE=58100100;WS=58100082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,118:0.40:298
chr19	58115803	rs11881999	C	A	5492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TCCCAGTTTCCTTTGTGGGTC;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=667;TCF=308;TCR=359;TR=278;WE=58115811;WS=58115793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,284:0.42:677
chr19	58117223	rs2360543	T	A	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=73;PP=2965;SC=TTGAGCTCCATGCCTCACCCT;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=165;WE=58117231;WS=58117213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	58118715	rs10715037	CT	C	792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.848;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,52:0.81:64
chr19	58151338	rs34418076	TG	T	3476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=2.000;NF=20;NR=51;PP=2685;ReadPosRankSum=-0.069;SC=AAGTGCCCTCTGTTCTTCACA;SOR=0.631;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=143;TCF=43;TCR=100;TR=71;WE=58151346;WS=58151328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,112:0.50:222
chr19	58193345	rs140695060	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=282;ReadPosRankSum=0.470;SC=GCGACGGGCCGGAACTTCCGG;SOR=1.678;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=17;WE=58193353;WS=58193335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr19	58213693	rs61730373	C	T	3613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.406;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=64;PP=2639;ReadPosRankSum=-0.997;SC=TGTGAACTCTCCGGTGCTGAA;SOR=1.003;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=322;TCF=183;TCR=139;TR=160;WE=58213701;WS=58213683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,165:0.49:338
chr19	58213773	rs2188736	G	C	3825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=78;PP=2664;ReadPosRankSum=0.708;SC=CCAGTGTGAAGTCTCCAATGG;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=311;TCF=166;TCR=145;TR=160;WE=58213781;WS=58213763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,172:0.50:342
chr19	58214279	rs35063765	T	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=483;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CGTCTCACAGTGGTGGGCCTT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=23;WE=58214287;WS=58214269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
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chr19	58258466	rs60751243	G	T	4886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=1.101;SC=TCAGGTAATTGTGGCGTCTTC;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=440;TCF=214;TCR=226;TR=220;WE=58258474;WS=58258456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,229:0.51:449
chr19	58262454	rs11419013	C	CT	2388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=56;PP=2608;SC=ACTGCCCTCTCTCTCCTTGAG;SOR=5.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=0;TCR=64;TR=56;WE=58262462;WS=58262444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	58281192	rs74911211	T	TC	4338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=3.164;NF=21;NR=100;PP=2006;ReadPosRankSum=0.002;SC=GAGCCCGCGTTCCCCCCCCGC;SOR=0.674;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=324;TCF=39;TCR=285;TR=121;WE=58281203;WS=58281182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,236:0.47:504
chr19	58281374	rs2285614	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=407;ReadPosRankSum=0.639;SC=GCGCCGGCGGGTGGGATCCCT;SOR=1.503;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=27;WE=58281382;WS=58281364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr19	58288169	rs2285615	C	T	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=5.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=77;PP=1719;ReadPosRankSum=-0.242;SC=TGTTGTTGGTCGGACTGAGGT;SOR=0.745;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=22;TCR=131;TR=89;WE=58288177;WS=58288159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,95:0.57:166
chr19	58291228	rs2158013	A	G	7226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=169;PP=2965;SC=AGTTCACACCAGATCAAGGTG;SOR=1.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=75;TCR=170;TR=243;WE=58291236;WS=58291218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	58301766	rs72530696	TG	T	7897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.209;NF=46;NR=125;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.631;SC=ATATCCTCCCTGGGTAAGGTA;SOR=0.765;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=358;TCF=90;TCR=268;TR=171;WE=58301774;WS=58301756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,272:0.48:563
chr19	58301946	rs9789253	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=404;ReadPosRankSum=1.106;SC=CTTTCCTTGAGCAGCCCCAGT;SOR=0.602;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=21;WE=58301954;WS=58301936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr19	58326001	rs2303817	A	G	21121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=373;NR=362;PP=2965;SC=AGAGCCGTAAACAGGTGCCGC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=737;TCF=374;TCR=363;TR=735;WE=58326009;WS=58325991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,758:1.00:758
chr19	58326149	rs73068539	C	T	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=97;PP=2398;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GAGCAGCGGGCGCCGTTAAAG;SOR=0.738;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=328;TCF=126;TCR=202;TR=158;WE=58326157;WS=58326139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,164:0.49:334
chr19	58341843	rs12983990	A	G	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=52;PP=1615;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TCATGCCCATATCTCCTGGCT;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=276;TCF=165;TCR=111;TR=124;WE=58341851;WS=58341833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,131:0.45:289
chr19	58342011	rs6510107	A	G	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.050;NF=41;NR=62;PP=1497;ReadPosRankSum=0.832;SC=AAGAGTCTTTAAGGTGGCAGA;SOR=0.558;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=191;TCF=72;TCR=119;TR=103;WE=58342019;WS=58342001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,110:0.53:208
chr19	58352522	rs12981244	G	A	23939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=891;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=494;NR=409;PP=2965;SC=TTGTGAAGAGGTGTAAGTTGC;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=905;TCF=496;TCR=409;TR=903;WE=58352530;WS=58352512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,891:1.00:891
chr19	58352806	rs35313547	T	C	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1843;ReadPosRankSum=-0.586;SC=AGCAAATATGTTAGCTTCAGT;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=101;WE=58352814;WS=58352796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,105:0.57:184
chr19	58361328	rs28374851	G	C	3496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQRankSum=0.177;QD=17.23;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,92:0.45:203
chr19	58361334	rs28577146	G	A	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=2.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQRankSum=0.468;QD=16.69;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,96:0.46:210
chr19	58361549	rs58754895	A	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=657;ReadPosRankSum=0.186;SC=CCGGCGTAGGAACACTGAGGC;SOR=0.165;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=77;TCF=16;TCR=61;TR=40;WE=58361557;WS=58361539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr19	58370262	rs143709083	G	A	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.64;MQRankSum=-7.170;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.069;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,83:0.33:248
chr19	58370727	rs77825740	T	G	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.594;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-18.591;NF=103;NR=49;PP=1785;ReadPosRankSum=0.884;SC=AGCCATCAGCTTGTTCACACT;SOR=1.908;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=435;TCF=247;TCR=188;TR=152;WE=58370735;WS=58370717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,122:0.29:419
chr19	58374130	rs7253130	C	T	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.055;NF=40;NR=36;PP=1308;ReadPosRankSum=1.026;SC=ATGGGACATTCTGAGGGACCC;SOR=0.633;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=76;WE=58374138;WS=58374120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr19	58385954	.	T	C	1312	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=56.89;NF=50;NR=18;PP=1312;QD=19.805459008;SC=CACATTCATGTTTTTTTTCAG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=105;TCR=38;TR=68;WE=58385962;WS=58385944;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:75,68:0.48:143
chr19	58386651	rs12610589	C	A	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.218;NF=56;NR=36;PP=1285;ReadPosRankSum=-1.510;SC=AAGGCACAGACCACCCACAAG;SOR=0.633;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=120;TCR=78;TR=92;WE=58386659;WS=58386641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,89:0.46:192
chr19	58386762	rs7252219	A	G	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.072;NF=38;NR=57;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CTGGACTATAACGGTCACAGA;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=180;TCF=69;TCR=111;TR=95;WE=58386770;WS=58386752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,103:0.54:190
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chr19	58419180	rs73068597	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.073;NF=4;NR=13;PP=222;ReadPosRankSum=0.238;SC=GTCTGCACAGGGACTGGAGAT;SOR=0.376;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=17;WE=58419188;WS=58419170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
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chr19	58421128	rs201944488	C	T	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.59;QD=26.13;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr19	58446618	rs62126278	G	A	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1302;ReadPosRankSum=0.517;SC=CGGGGCCTAAGATCTGCCTCT;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=223;TCF=98;TCR=125;TR=93;WE=58446626;WS=58446608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,97:0.42:232
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chr19	58455381	rs257652	C	T	13892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=261;NR=235;PP=2965;SC=GAAGACCCCACTCCTTCCAGG;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=497;TCF=261;TCR=236;TR=496;WE=58455389;WS=58455371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr19	58485439	rs257676	C	T	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=111;NR=34;PP=2965;SC=GATTCTCACTCCACTGAATGA;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=111;TCR=34;TR=145;WE=58485447;WS=58485429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	58490276	.	G	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,67:0.21:326
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chr19	58514715	rs4801540	C	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=342;ReadPosRankSum=0.400;SC=GTGAGTTTTCCTCTATCGATA;SOR=0.749;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=21;WE=58514723;WS=58514705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr19	58549593	rs2241406	C	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=950;ReadPosRankSum=-1.137;SC=CGCAGGCTTCCTGCCCCGGGC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=104;TCR=67;TR=75;WE=58549601;WS=58549583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,71:0.42:171
chr19	58565431	rs8104122	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.283;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=197;ReadPosRankSum=-0.386;SC=TGGCCAGCCTCGGGCCTCGGC;SOR=0.390;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=22;WE=58565439;WS=58565421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr19	58572959	rs2288274	G	A	5454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=79;PP=2965;SC=AGCAAGTGACGTTTGAGGACG;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=193;WE=58572967;WS=58572949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	58572979	rs1469087	G	A	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=85;PP=2965;SC=GTGGTAGTGGGCTTCAGCCAG;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=119;TCR=85;TR=204;WE=58572987;WS=58572969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	58579927	rs12461217	A	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=51;PP=1458;SC=ACGTACATTCATACACAAGCC;SOR=5.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=54;WE=58579935;WS=58579917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	58596449	rs2258557	C	T	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=73;PP=2840;ReadPosRankSum=2.958;SC=GAGGCTCTGCCCGTCCCCATC;SOR=1.082;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=349;TCF=194;TCR=155;TR=183;WE=58596460;WS=58596439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,191:0.53:361
chr19	58598670	rs2287837	C	T	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=45;PP=1576;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CCCACCTGCTCGTGCCCACCC;SOR=1.011;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=204;TCF=116;TCR=88;TR=109;WE=58598678;WS=58598660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,113:0.52:218
chr19	58598784	rs2260914	A	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=65;PP=2097;SC=GGGGAGAAGGAGAGGCAGAGC;SOR=1.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=113;WE=58598792;WS=58598774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	58600048	rs1529329	C	T	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=19;PP=1209;ReadPosRankSum=0.461;SC=GCTAGCTGGGCACTCACGTGT;SOR=0.902;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=175;TCF=131;TCR=44;TR=80;WE=58600056;WS=58600038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,83:0.46:182
chr19	58600284	rs73058516	C	T	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.363;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=52;PP=1089;ReadPosRankSum=1.625;SC=ACCACAGGGACCTGCAGGCTC;SOR=0.970;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=201;TCF=68;TCR=133;TR=76;WE=58600292;WS=58600274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,86:0.40:214
chr19	58601221	rs2547354	T	C	5223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.675;SC=TTCTCCTCTGTGACAGCCCAC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=485;TCF=268;TCR=217;TR=245;WE=58601229;WS=58601211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,250:0.51:491
chr19	58629830	rs8108978	A	T	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=42;PP=1771;SC=GCCTAGTGCGACGAGGGCGGG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=60;WE=58629844;WS=58629820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	58629836	rs200243319	G	GCGGGGC	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr19	58629878	rs8109275	G	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=17;PP=550;SC=GGCCGCAGCTGCCTGGCAGCC;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=58629886;WS=58629868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	58640964	rs45589034	G	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=336;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TAGGTGTAAAGATGTGTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=19;WE=58640972;WS=58640954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr19	58718360	rs59557917	A	AG	3011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=51;PP=2723;SC=GGTCCCCGGGAGCCCTGGACC;SOR=1.501;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=58;WE=58718368;WS=58718350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	58723066	rs45503599	C	T	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=62;PP=1317;ReadPosRankSum=0.783;SC=AGGCTGTGCCCCCTCTTCACC;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=59;TCR=119;TR=91;WE=58723074;WS=58723056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,95:0.51:187
chr19	58791253	rs141708687	TA	T	87.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.363;HP=7;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=12;PP=109;ReadPosRankSum=0.647;SC=TACTTTTTTTTATTTTTTGTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=12;WE=58791262;WS=58791235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	58791254	rs77570482	A	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr19	58858231	rs3214663	GC	G	4177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=29;PP=2965;SC=TTTAAACAGAGCCTCTCTTCA;SOR=1.898;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=79;WE=58858239;WS=58858221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	58858614	rs11345647	AG	A	5187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=45;PP=2966;SC=AGCGCTAACCAGGGGTGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=100;WE=58858622;WS=58858604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	58858676	rs1265957	A	G	8590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=184;NR=134;PP=2965;SC=CCAGGCAAACATCAGCAGACG;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=184;TCR=135;TR=318;WE=58858684;WS=58858666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr19	58859055	rs144085420	C	CCCCAGGCCGCG	1208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=2966;SC=CCAGGCCACGCCCCAGGCCAC;SOR=3.767;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=34;WE=58859074;WS=58859045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	58859066	rs1265959	A	G	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=34;PP=1004;SC=CCCAGGCCACACCCCAGGCCA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=58859074;WS=58859045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	58864479	rs893184	T	C	9187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=163;PP=2965;SC=AGTCTCCAGGTGGGCCTGGCA;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=170;TCR=163;TR=332;WE=58864487;WS=58864455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr19	58864867	rs2375470	A	G	5467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=98;PP=2965;SC=ATGAGGCCCCAAGGGAGGGCG;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=71;TCR=99;TR=169;WE=58864887;WS=58864857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	58864879	rs3833872	T	TG	4901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=81;PP=2971;SC=GGGAGGGCGGTGGGGTGGCTC;SOR=1.334;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=105;TCF=10;TCR=95;TR=91;WE=58864887;WS=58864857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	58868480	rs12609654	G	T	11654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=185;PP=2965;SC=TGAGCTGCGAGTGCGCGCGGA;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=407;TCF=219;TCR=188;TR=404;WE=58868488;WS=58868470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr19	58869515	rs6146577	GTCCCC	G	11850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=82;PP=2957;SC=TCCCTGGGTAGTCCCCTCCAC;SOR=1.128;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=133;WE=58869527;WS=58869505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr19	58879965	rs7255489	A	G	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.208;SC=ACACTGGGGGACTCTTGCCCG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=78;TCR=89;TR=164;WE=58879984;WS=58879954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr19	58879976	rs7255596	C	T	7420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=81;PP=2819;SC=CTCTTGCCCGCCTGCTGCTGC;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=75;TCR=81;TR=156;WE=58879984;WS=58879954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	58898436	rs731835	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=15;PP=413;SC=GTAGCGGACATCCGCCAGGCA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=58898444;WS=58898426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	58907443	rs12611212	C	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=452;SC=TCCTCTCCTCCCAGGTCCATC;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=58907451;WS=58907433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	58908150	rs13343526	C	G	7125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=127;PP=2965;SC=CTCCGGCCCCCCGCGGCCCCA;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=143;TCR=127;TR=270;WE=58908158;WS=58908140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr19	58920104	rs145105239	ACGGGAGTTC	A	2620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=7;PP=2982;SC=GGCGCGGGCCACGGGAGTTCC;SOR=2.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=38;WE=58920120;WS=58920094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	58928302	rs10423138	T	C	5969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=1.606;SC=ATGGGGCAGCTTTCCCACCTG;SOR=0.404;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=127;TCR=76;TR=202;WE=58928310;WS=58928292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr19	58928786	rs7257872	A	G	6885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=100;NR=125;PP=2965;SC=CTATGAGTGTACAGAATGTGG;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=100;TCR=125;TR=225;WE=58928794;WS=58928776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	58929052	rs3764535	G	A	7421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=122;NR=130;PP=2965;SC=AGTGTGGGAAGGCCTTCAAAC;SOR=0.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=122;TCR=130;TR=252;WE=58929060;WS=58929042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr19	58929136	rs3764534	G	A	4008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=88;PP=2752;SC=CACATGGGAAGGTCGTTAGCT;SOR=1.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=45;TCR=88;TR=133;WE=58929144;WS=58929126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	58929194	rs3764533	A	G	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=41;PP=1220;SC=AAAGGAGGTTAAGGAGAGTGG;SOR=3.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=58929202;WS=58929184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	58945962	rs9941466	C	T	8536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=147;NR=150;PP=2965;SC=CAGTGTGAAACTTTTTATTAC;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=148;TCR=150;TR=297;WE=58945981;WS=58945952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr19	58946056	rs1465789	G	A	8193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=133;NR=143;PP=2965;SC=CAGATGGTTGGGGAGAGTGGA;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=133;TCR=143;TR=276;WE=58946064;WS=58946046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
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chr19	58962958	rs893188	C	T	8563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=149;NR=164;PP=2965;SC=GCAATGTGAGCTCTGGGGGCT;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=315;TCF=151;TCR=164;TR=313;WE=58962966;WS=58962948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr19	58963018	rs893187	C	G	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=99;PP=2965;SC=CAGGCCACACCGGTGGTCTGG;SOR=1.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=54;TCR=99;TR=153;WE=58963026;WS=58963008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	58981075	rs370809378	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=689;ReadPosRankSum=0.189;SC=TGGACTCTAACCTGCACCTCC;SOR=1.336;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=47;WE=58981083;WS=58981065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr19	58982384	rs10418774	A	G	12918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=237;NR=240;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.238;SC=TCCGGCTTAGAGAAAAGACAC;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=480;TCF=239;TCR=241;TR=477;WE=58982392;WS=58982373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,482:0.99:486
chr19	58983549	rs11673703	G	A	5271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=123;PP=2965;SC=CTGGCCTTCTGTGAATCCCTT;SOR=1.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=65;TCR=123;TR=188;WE=58983557;WS=58983539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	58989495	rs893185	A	C	7834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=157;NR=130;PP=2965;SC=CCCTGAGGGGAACCATGGACA;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=157;TCR=130;TR=287;WE=58989503;WS=58989485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	58991900	rs882610	G	A	10756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=225;PP=2965;SC=CACCCCCGACGCTCACTCACA;SOR=1.212;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=378;TCF=151;TCR=227;TR=374;WE=58991908;WS=58991890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr19	59010593	rs4801274	A	G	15169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=193;NR=333;PP=2965;SC=TCCATCTGCAAGGAGGGAGCC;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=528;TCF=195;TCR=333;TR=526;WE=59010601;WS=59010583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr19	59025685	rs4801602	A	C	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=72;PP=1750;SC=CCCCTGCGGAAGACAGGGCGG;SOR=2.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=101;WE=59025693;WS=59025675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	59063022	.	C	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,41:0.22:189
chr19	59082605	rs3752109	C	T	3719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=75;PP=2561;ReadPosRankSum=-1.069;SC=CTCCTCATAGCGGAAGCACCG;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=393;TCF=228;TCR=165;TR=172;WE=59082613;WS=59082595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,174:0.43:402
chr20	76962	rs6111385	T	C	18925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=715;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=334;NR=339;PP=2965;SC=TGCCACCATCTGAGGCCACTA;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=673;TCF=334;TCR=339;TR=673;WE=76970;WS=76952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,711:1.00:711
chr20	126310	rs11467417	ACC	A	25423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=328;PP=2969;SC=GATGGCTCCTACCCCCGTTTC;SOR=1.266;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=407;TCF=44;TCR=363;TR=371;WE=126319;WS=126300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,582:1.00:582
chr20	138004	rs6055356	G	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=201;SC=TGGGTGGCCTGAAATTTCCTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=138012;WS=137995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	138125	rs2298108	G	T	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=19;PP=1419;SC=GAGGAAGGTAGCATAGTGTGC;SOR=1.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=138133;WS=138115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	138148	rs2298109	C	T	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=25;PP=1673;SC=TTCACTGGACCAAAAGCTTTG;SOR=1.538;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=87;WE=138156;WS=138138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	139409	rs12624951	G	A	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=18;PP=2496;SC=TCCTTTCTGTGTATAGTAACC;SOR=3.318;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=93;TCR=18;TR=110;WE=139417;WS=139399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	139456	rs12624954	G	A	7211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=85;PP=2965;SC=CTATGTACAAGGACATTGCAG;SOR=1.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=159;TCR=85;TR=244;WE=139464;WS=139446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr20	139576	rs16995685	C	A	9403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=183;PP=2965;SC=AAAGCCACCTCGTCCAAAGCC;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=316;TCF=133;TCR=183;TR=316;WE=139584;WS=139566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr20	139745	rs4142304	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=515;SC=CTTCTTCCTTTTGGTTTCTTG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=139753;WS=139735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	207889	rs2298149	G	A	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=23;PP=1642;SC=GAGCTCAGGAGCATCAACCCA;SOR=1.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=78;WE=207897;WS=207879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	208168	rs6110460	T	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=438;SC=AACTGCCAGATTGTGTCCAGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=208176;WS=208158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	210061	rs13045643	G	A	6384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=91;PP=2965;SC=AAAACTACCTGCAATATGGAA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=121;TCR=91;TR=212;WE=210069;WS=210051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr20	256573	rs6075567	A	G	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=30;PP=1178;ReadPosRankSum=0.702;SC=TCAGAGTGTGACTGGTTTAAG;SOR=0.557;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=79;WE=256581;WS=256563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,89:0.70:128
chr20	256727	rs3827147	T	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=820;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TGGTCAATAATCTGAGAGGAA;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=58;WE=256735;WS=256710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,60:0.71:85
chr20	257320	rs2277779	G	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=4;PP=808;ReadPosRankSum=0.017;SC=CAACACCAGAGTCAGAGACCT;SOR=1.547;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=40;WE=257328;WS=257310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,46:0.74:62
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chr20	257803	rs6075583	G	C	5114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.59;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,137:0.66:208
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chr20	271135	rs3215551	G	GC	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.112;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=639;ReadPosRankSum=0.049;SC=AAGACCGAGGGCGACCTCGAG;SOR=0.264;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=20;WE=271143;WS=271125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
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chr20	334317	rs5839855	TC	T	17242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.203;NF=63;NR=271;PP=2973;ReadPosRankSum=0.821;SC=CCTGGATCCTTCCCCCCTTCT;SOR=0.801;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=352;TCF=65;TCR=287;TR=334;WE=334325;WS=334307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,546:1.00:548
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chr20	400504	rs67470622	AGTGACCCTGCACCTGGCT	A	656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.651;NF=1;NR=8;PP=2954;ReadPosRankSum=0.393;SC=TGCTGCTGGCAGTGACCCTGC;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=9;WE=400529;WS=400494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr20	402710	rs2057251	A	G	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=40;PP=2824;SC=CATGTGAGGGATGGAGTCCCC;SOR=1.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=97;TCR=40;TR=137;WE=402718;WS=402700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr20	402921	rs6051905	C	G	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=1500;ReadPosRankSum=-2.955;SC=CAAGTCCCAACTCCTAAGGAA;SOR=0.495;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=170;TCF=65;TCR=105;TR=100;WE=402929;WS=402911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,103:0.62:165
chr20	425606	rs2273465	C	A	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=39;PP=1975;SC=GTCCCTGAGGCGGCAGGGTCC;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=109;WE=425614;WS=425596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr20	442937	.	C	G	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=25;QD=19.9237375157;SC=CCCCCCGGGCCGCCCTCGCAG;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=3;WE=442945;WS=442927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
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chr20	590542	rs2754502	CG	GC	11037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=121;PP=2947;SC=GCCAGGCGCACGGTCTCGATC;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=105;TCR=122;TR=225;WE=590551;WS=590532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr20	590900	rs183989	T	C	1734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1131;ReadPosRankSum=0.178;SC=GCCGCGTCCCTCCGTGCGCCG;SOR=0.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=72;WE=590908;WS=590890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,72:0.83:87
chr20	656407	rs146589074	T	TGGC	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GGCTCGGGCTTGGCGGCGGCG;SOR=0.399;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=4;WE=656415;WS=656397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr20	741847	rs910857	A	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=1022;ReadPosRankSum=-1.110;SC=CCTTGACGTAACTGAGGCAGC;SOR=1.198;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=55;WE=741855;WS=741837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,62:0.51:121
chr20	742239	rs6054589	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=303;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CCCGGGAGGGTCCCACAGACC;SOR=0.046;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=16;WE=742247;WS=742235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr20	744662	rs3833341	A	ACAGGTCAAT	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.491;NF=1;NR=13;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.952;SC=AAAGGACAAGACAGATCCCTG;SOR=0.643;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=14;WE=744670;WS=744652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr20	746423	rs11467076	GTATCTGCCC	G	4390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.226;NF=6;NR=49;PP=2938;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GGCCATGGCGGTATCTGCCCT;SOR=0.784;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=84;TCF=7;TCR=77;TR=55;WE=746439;WS=746413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,110:0.73:150
chr20	825394	.	GCTC	G	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=42;QD=37.5;SC=CGGATCTCTGGCTCCTCATCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=2;WE=825404;WS=825392;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,2:0.29:7
chr20	825678	rs538094	T	C	6449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.263;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AGCCGCTCTTTAGCCCTGAGA;SOR=0.991;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=420;TCF=242;TCR=178;TR=258;WE=825686;WS=825668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,272:0.62:436
chr20	854940	rs944110	T	C	4448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=2.035;SC=CAGACATCACTTGGGCACACT;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=136;TCR=145;TR=182;WE=854948;WS=854930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,190:0.63:302
chr20	860336	.	C	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,15:0.15:101
chr20	865664	rs55955946	TC	T	2935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.983;NF=27;NR=34;PP=2084;ReadPosRankSum=0.763;SC=GAGCAGGGTCTCCCCTCCCCT;SOR=0.954;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=61;WE=865672;WS=865654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,100:0.68:147
chr20	1099329	rs2072962	A	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=3;PP=702;SC=AGAGGGAAGCAGAGTTATAGC;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=37;WE=1099337;WS=1099328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	1099523	rs1803415	T	G	14875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=262;NR=267;PP=2965;ReadPosRankSum=0.523;SC=CACGGTTACTTCGGCTTGGGT;SOR=0.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=530;TCF=263;TCR=267;TR=529;WE=1099531;WS=1099513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,552:1.00:553
chr20	1099666	rs2072961	G	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=51;PP=1572;SC=GTCTGGGGCAGATGGCAGCGT;SOR=4.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=57;WE=1099674;WS=1099656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr20	1108122	rs6514113	C	T	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=85;PP=1909;ReadPosRankSum=0.012;SC=ATGATTATATCGATGCAGAAC;SOR=0.646;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=408;TCF=184;TCR=224;TR=160;WE=1108130;WS=1108112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,167:0.39:430
chr20	1108262	rs6040024	C	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=37;PP=1016;SC=ATGGAAGAACCTTTTATTTCT;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=1108270;WS=1108252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	1115529	rs4813939	A	G	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=159;NR=93;PP=2965;SC=GGTGGTAAACAAGGAGGGGCA;SOR=1.183;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=159;TCR=94;TR=252;WE=1115537;WS=1115519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr20	1115681	rs45443791	C	T	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=5.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.239;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,63:0.34:187
chr20	1187752	rs80125338	C	G	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1490;ReadPosRankSum=0.602;SC=CTTAACTGGACGGAGATGACA;SOR=0.936;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=174;TCF=83;TCR=91;TR=101;WE=1187760;WS=1187742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,108:0.58:187
chr20	1187878	rs79521191	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=-0.914;SC=CCCTCATCTGCTGTGCATCCC;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=1187886;WS=1187868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr20	1210647	rs450739	T	C	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=857;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GATGACATTTTGCCCAGGTAT;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=78;WE=1210655;WS=1210637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,87:0.61:143
chr20	1212030	rs79496133	G	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=-1.550;SC=ATAGAGAATGGACTACACAAG;SOR=0.074;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=1212038;WS=1212020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr20	1214814	rs203534	A	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=697;ReadPosRankSum=0.566;SC=CAATGATCTAATTTTCCAAGC;SOR=0.510;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=40;WE=1214822;WS=1214804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr20	1247246	rs6078405	T	C	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.64;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,82:0.73:113
chr20	1277157	rs6109320	G	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=57;PP=1639;SC=TGCAGTATGTGTTTGAGCAAA;SOR=4.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=63;WE=1277165;WS=1277147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	1285933	rs3795139	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,60:0.29:208
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chr20	1291076	rs1048628	G	C	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=14;PP=980;SC=GCCCTGCCCTGCAGTGGCTTC;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=1291084;WS=1291066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	1292964	rs4814110	T	C	6685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=71;PP=2965;SC=CCCTCCCTGGTGCGGCCACCA;SOR=1.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=157;TCR=71;TR=227;WE=1292972;WS=1292954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr20	1292989	rs4814111	C	T	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-1.952;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,94:0.25:377
chr20	1293008	rs2273958	C	T	12504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=265;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=2.233;SC=TCTGCCCGTCCACCTCACACA;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=449;TCF=267;TCR=182;TR=444;WE=1293016;WS=1292998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,459:1.00:461
chr20	1298794	rs6078610	G	A	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=77;NR=50;PP=2091;SC=AGTGGTTTTCGTGAAGCCTCA;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=127;WE=1298802;WS=1298784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr20	1300433	rs11087032	C	T	113.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.180;SC=GGAGTGTGCACCAACCCTCAG;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=1300441;WS=1300423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	1350672	rs6041749	T	C	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=21;PP=1214;ReadPosRankSum=0.343;SC=TCCATATGGATTCATGTGCAC;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=70;WE=1350680;WS=1350662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,71:0.76:93
chr20	1356261	rs6074549	G	C	13719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=256;NR=221;PP=2965;SC=TGAAAAAGACGACTGTAACAT;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=477;TCF=256;TCR=221;TR=477;WE=1356269;WS=1356251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr20	1424303	rs6891	G	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=16;PP=805;SC=ACTGCTGGGTGTGCACAAGGG;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=1424311;WS=1424293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	1426393	rs9575	C	T	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=19;PP=1767;SC=TCTGATTCGTCGATTAAGATG;SOR=2.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=79;WE=1426401;WS=1426383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	1435905	rs6042377	T	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=26;PP=792;SC=TACTGGCTAGTTGGGAACACA;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=1435913;WS=1435895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	1447563	rs28372738	C	CGATGAGGGCCCAGCA	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=2.542;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.223;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr20	1459060	rs6042507	T	G	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=56;PP=2629;SC=CACCGCTGTCTCCTTGGGGTG;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=142;WE=1459068;WS=1459050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr20	1460638	.	C	A	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.812;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=68;PP=1553;ReadPosRankSum=-0.388;SC=AAGTGTCTCACCTTCTGCCAC;SOR=1.198;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=142;TCF=40;TCR=102;TR=91;WE=1460646;WS=1460628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,95:0.63:150
chr20	1520883	rs2256520	T	C	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=871;ReadPosRankSum=-0.971;SC=AGGGAATATGTTCTCTCCTAG;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=177;TCF=105;TCR=72;TR=66;WE=1520891;WS=1520873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,71:0.37:190
chr20	1532595	rs2249317	T	C	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=57;PP=1193;ReadPosRankSum=0.706;SC=GGTAAGGTATTGGGTACGCTG;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=178;TCR=166;TR=117;WE=1532603;WS=1532585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,132:0.35:373
chr20	1538379	rs73604175	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GCAGAGAAGACAGTTCTTGCC;SOR=0.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=27;WE=1538387;WS=1538369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr20	1546742	rs2243602	T	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=940;ReadPosRankSum=1.004;SC=TGGGCCCTCCTGCTGGCCTTG;SOR=0.673;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=220;TCF=145;TCR=75;TR=72;WE=1546750;WS=1546732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,76:0.33:232
chr20	1546911	rs2243603	C	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=786;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GCCAGCGCTGCTTCTGGAAAT;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=49;TCR=95;TR=58;WE=1546919;WS=1546901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,60:0.40:151
chr20	1551485	rs2254458	C	T	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1381;ReadPosRankSum=-0.151;SC=CCTTCTGGTGCGCTGAGATCT;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=180;TCR=110;TR=105;WE=1551493;WS=1551475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,110:0.36:304
chr20	1552430	rs2253427	T	C	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-2.017;NF=82;NR=75;PP=1841;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TGATGTGGGCTATCTCGCAGA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=488;TCF=250;TCR=238;TR=157;WE=1552438;WS=1552420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,168:0.33:510
chr20	1600524	rs1535882	T	C	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=67;PP=2195;ReadPosRankSum=-2.229;SC=CCTGTGAGTCTCCCCAGCAGT;SOR=0.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=99;TCR=95;TR=135;WE=1600532;WS=1600514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,147:0.69:214
chr20	1610939	rs3746722	G	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	1615959	rs9305125	T	C	6955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=85;PP=2965;SC=CTGTGACCTCTAGGGCAAGGC;SOR=1.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=150;TCR=86;TR=235;WE=1615967;WS=1615949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr20	1616206	rs6043409	A	G	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=90;PP=2673;SC=CTGGTTCCCCACCCTCATGGG;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=24;TCR=90;TR=114;WE=1616214;WS=1616196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	1616816	rs71964196	GGT	G	8681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=68;PP=2967;SC=GCTTGGGCTGGGTGTGAGGGT;SOR=1.539;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=136;WE=1616825;WS=1616806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr20	1617069	rs2277761	A	G	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;PP=2965;SC=GAGAGAAGCCATGGGACTCAC;SOR=1.298;Source=Platypus;TCF=56;WE=1617077;WS=1617059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr20	1629547	rs6110775	T	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=691;SC=GTCCCTGGGCTTCAACTCACC;SOR=5.353;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=1629555;WS=1629537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr20	2082732	rs6112857	C	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=545;ReadPosRankSum=0.492;SC=TGCTCGGTCCCGGAGGCAGCC;SOR=1.292;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=30;WE=2082740;WS=2082722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr20	2083467	rs372482538	G	A	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,108:0.72:149
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chr20	2290333	rs214803	C	A	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=17;PP=1453;SC=AACTGGCAGACGGCCTTCAAC;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=63;WE=2290341;WS=2290323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	2290532	rs214804	T	G	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=77;PP=2443;SC=TAGCCCTTGTTCATTCAAGGA;SOR=1.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=128;WE=2290540;WS=2290522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr20	2290547	rs214805	C	T	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=63;PP=1883;SC=CAAGGACTGACGGGGACCACA;SOR=1.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=2290555;WS=2290537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	2315929	rs2076406	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=519;ReadPosRankSum=0.080;SC=GGTAATGGGGCTCCCCATCCT;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=31;WE=2315937;WS=2315919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr20	2321105	rs214830	G	C	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=45;PP=1901;ReadPosRankSum=0.299;SC=GCCCAAGGAGGGGTCCCGGGT;SOR=0.553;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=209;TCF=138;TCR=71;TR=128;WE=2321113;WS=2321095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,130:0.61:213
chr20	2321363	rs214831	A	G	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=508;ReadPosRankSum=0.118;SC=ATGGACCTCCAGGCTCCAGCA;SOR=0.184;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=33;WE=2321371;WS=2321353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr20	2321665	rs214832	T	C	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=48;PP=1288;ReadPosRankSum=1.182;SC=GGATGGTTAGTCACCTGCCCC;SOR=0.444;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=86;WE=2321673;WS=2321655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,91:0.61:150
chr20	2361505	rs9680025	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GGAGTGTCCCAAGGTTTTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=5;WE=2361513;WS=2361495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr20	2375262	rs2076405	A	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=37;PP=1323;SC=CATCTTCACGATGGAGACAGG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=76;WE=2375270;WS=2375252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	2380396	rs2076404	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=341;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TACCCTGGGAGAGAAGGGCCC;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=31;WE=2380404;WS=2380386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr20	2398017	rs2295077	G	A	3272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=58;PP=1967;ReadPosRankSum=0.694;SC=CTGCCACCAAGCCCAGCATCG;SOR=0.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=91;TCR=86;TR=124;WE=2398025;WS=2398002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,139:0.72:193
chr20	2413126	rs6036467	C	T	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=23;PP=1386;SC=CTCCCCTCCCCTTCCTCCAGC;SOR=1.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=78;WE=2413134;WS=2413116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	2442273	rs6049216	C	A	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=503;SC=AAATAAAGATCCATAGGTGCA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=2442281;WS=2442263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	2451503	rs4815262	G	A	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=76;PP=2231;SC=TGGAGTTCCGGCCCCGGAGCG;SOR=1.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=46;TCR=76;TR=122;WE=2451511;WS=2451493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	2474081	rs4815270	T	C	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=41;PP=2313;SC=CGCCTTTTCCTTTCCCAAGAA;SOR=1.828;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=84;TCR=45;TR=125;WE=2474089;WS=2474071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr20	2474136	rs371945940	GA	G	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,41:0.18:232
chr20	2542669	rs7270277	C	T	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=52;PP=1550;SC=GAGCAGGCTGCGGGTCAGCCA;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=91;WE=2542677;WS=2542659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	2552802	.	CT	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.440;QD=2.65;ReadPosRankSum=2.064;SOR=1.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr20	2618033	.	CA	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=6.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-1.786;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.143;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
chr20	2633234	rs6115305	T	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	2633244	rs4815467	A	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	2633325	rs150527448	GGGGCGC	G	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=9.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.58;MQRankSum=-0.934;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.168;SOR=2.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr20	2633378	rs149713688	A	AGAGCCTGGGCCT	1759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=2988;SC=GGCCGCAGACAGGGCCTGGGC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=2633386;WS=2633368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	2633404	rs6115307	C	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=87;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=21;PP=1010;SC=CCTGGGCCTGCGCCTGCGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=2633412;WS=2633394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	2633936	rs2073194	T	C	6497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=79;PP=2965;SC=TGGAGGAGTCTGTGCTCAACC;SOR=1.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=148;TCR=79;TR=226;WE=2633944;WS=2633926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr20	2637071	rs8958	T	C	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=64;PP=2186;SC=GGGGTAACACTCCAAAATATG;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=125;WE=2637079;WS=2637061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	2644407	rs2073193	C	G	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=74;PP=2613;SC=TCCTCGGCCTCAATTGGGGGA;SOR=1.323;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=116;WE=2644415;WS=2644397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr20	2673644	.	GGGCGCT	G	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=378;SC=GGGGCACGCGGGGCGCTGGCG;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=2673657;WS=2673634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	2690122	rs7267225	A	G	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=9;PP=1337;SC=ACAGGACATCAGCACCCTCAG;SOR=3.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=64;WE=2690130;WS=2690112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	2690165	rs7273910	G	A	6937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr20	2732934	rs60014511	G	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=13;PP=459;SC=CCTCCCCGCCGTCCTCGGGCG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=2732942;WS=2732924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	2775332	rs127078	T	C	7417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.125;NF=103;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=1.033;SC=GGCAGGATAATGTGCTGTTTA;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=281;TCF=104;TCR=177;TR=277;WE=2775340;WS=2775322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,288:1.00:289
chr20	2775425	rs11480464	G	GA	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.29;MQRankSum=1.050;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.741;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr20	2777459	rs1985525	T	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=5;PP=717;SC=GAGGAAGGGGTAGGACTGGGG;SOR=2.432;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=34;WE=2777467;WS=2777449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	2778075	rs127076	T	C	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=56;PP=1823;SC=CCTCCAAGCTTACTGTCTCCC;SOR=2.425;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=2778083;WS=2778065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	2779257	rs215541	G	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=49;PP=1586;SC=TGAGCCTAAGGTTGCTCCTGC;SOR=1.965;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=69;WE=2779265;WS=2779247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	2796133	rs2073127	G	A	4570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GTAGGCGGGCGGGCCAGTGGA;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=192;WE=2796141;WS=2796123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,200:0.75:268
chr20	2796485	rs3830832	C	CCTTTT	9943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=106;PP=2969;SC=CATCAGGCCCCCTTTTCTCCT;SOR=1.976;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=164;TCF=11;TCR=153;TR=112;WE=2796493;WS=2796475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr20	2797137	rs11469869	GCC	G	1832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=35.94;SOR=1.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	2797764	rs11475330	AG	A	2221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=56;PP=2242;SC=CTGCCTTGGCAGGGCCCAGAC;SOR=4.615;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=57;WE=2797772;WS=2797754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	2816821	rs2274669	C	T	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	2821400	rs2297046	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.477;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr20	2840773	rs3818605	C	T	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=740;ReadPosRankSum=0.469;SC=ACTCTGCTTCCGGCATGCCTC;SOR=0.714;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=220;TCF=120;TCR=100;TR=64;WE=2840781;WS=2840763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,65:0.28:234
chr20	2842685	rs6051449	A	C	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=70;NR=59;PP=2335;SC=CTCACTCACCAACTCCCTTCC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=129;WE=2842693;WS=2842675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr20	2845130	rs730819	G	A	7848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=154;NR=123;PP=2965;SC=GGGCAGGGTTGTGGTGTAGCC;SOR=0.852;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=277;TCF=154;TCR=123;TR=277;WE=2845138;WS=2845120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr20	2846289	rs677344	G	A	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=485;SC=ACACATTTGTGGGCAGGCATC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=2846297;WS=2846279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	2904143	rs633284	A	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	2996423	rs1178015	T	A	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=28;PP=1651;SC=CTGGTTGGAGTCAGACTGGAG;SOR=1.485;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=84;WE=2996431;WS=2996413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	2996497	rs1178016	C	T	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=74;PP=2920;SC=CACCCCAGGGCTACCAAGAAA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=156;WE=2996505;WS=2996487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr20	2996589	rs1178017	G	T	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=48;PP=1573;SC=AATGGGTTTGGTTTTTTTCTC;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=2996597;WS=2996578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	3002889	rs544090	A	C	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.208;SC=TGACCCTTGTACCCCCACCCC;SOR=1.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=43;TCR=125;TR=167;WE=3002897;WS=3002879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr20	3005413	rs568235	G	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=325;SC=CTCGTACTCTGGTAACTCTCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=3005421;WS=3005403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	3007193	rs6138982	T	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=6;PP=1019;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCTGAACATATGGGAACAGAG;SOR=0.202;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=58;TCF=52;TCR=6;TR=48;WE=3007201;WS=3007183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr20	3007228	rs571058	G	A	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=104;NR=31;PP=2965;SC=GAGAAGAGCAGTATGGAGCCA;SOR=2.370;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=104;TCR=31;TR=135;WE=3007236;WS=3007218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr20	3007492	rs599538	T	C	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=67;PP=2035;SC=ACCCCTTCCATTTCTCAGGTA;SOR=3.180;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=80;WE=3007500;WS=3007482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	3007694	rs10668644	A	AGGT	1966.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=10;PP=1244;SC=CCAGGGCCTGAGGTGGGAGCA;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=27;WE=3007702;WS=3007684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr20	3026238	rs6138994	G	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=252;ReadPosRankSum=-0.015;SC=CATGGGGACTGGGGGGGACGA;SOR=1.036;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=22;WE=3026246;WS=3026228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr20	3026345	rs16996832	A	AGCCCC	1543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.847;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,51:0.23:223
chr20	3026415	rs8184100	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.566;QD=4.67;ReadPosRankSum=2.918;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,108:0.29:371
chr20	3026531	rs16988242	A	C	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=41;PP=834;ReadPosRankSum=0.033;SC=CCTGGCGGGAAGGCCGGGCCA;SOR=1.338;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=47;WE=3026539;WS=3026521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr20	3027220	rs2277757	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=697;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CCTGGGAGAAGCCCGGGCCCC;SOR=0.465;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=48;WE=3027228;WS=3027210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,49:0.83:59
chr20	3147024	rs7260750	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=783;ReadPosRankSum=-0.909;SC=AAACGCAGGAGGGGGCTGGGG;SOR=0.839;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=186;TCF=74;TCR=112;TR=60;WE=3147032;WS=3147014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,66:0.33:199
chr20	3147468	rs17853865	G	A	4429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=2.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,204:0.67:303
chr20	3147762	rs6051612	A	G	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=65;PP=1949;SC=CCAGGAGAGGATCCCGCCCTG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=96;WE=3147770;WS=3147752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr20	3171628	rs2295546	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=31;ReadPosRankSum=0.494;SC=GTCGAATCAGGCTGCCCTGCC;SOR=2.683;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=5;WE=3171636;WS=3171618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr20	3172246	rs2295547	A	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=479;ReadPosRankSum=0.077;SC=TCGTCCATTAAAAATGCAGGA;SOR=0.640;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=36;WE=3172254;WS=3172236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr20	3175556	rs2295549	C	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,39:0.29:133
chr20	3176009	rs2295552	T	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=40;PP=819;ReadPosRankSum=-0.976;SC=CCTGTGGACATAGGAGGCAAA;SOR=0.889;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=198;TCF=72;TCR=126;TR=61;WE=3176017;WS=3175999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,65:0.31:212
chr20	3176072	rs7263489	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-4.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=187;ReadPosRankSum=0.909;SC=TTGCTGCTACCCCTGCAGGAC;SOR=0.347;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=17;WE=3176080;WS=3176062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr20	3180666	rs35327491	C	A	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=66;PP=2385;ReadPosRankSum=1.199;SC=CTCCTCCAGGCGAAGCCGCTC;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=117;TCR=95;TR=146;WE=3180674;WS=3180656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,149:0.67:221
chr20	3199373	rs2422861	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GGTGGTGGGAGGGGCGCCTTG;SOR=2.468;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=22;WE=3199381;WS=3199363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr20	3211064	rs3810561	A	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=15;PP=906;SC=TTGGGGCAGCAATATGGTGGG;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=3211072;WS=3211062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	3212222	rs147477986	T	TG	4144.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.605;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.664;NF=5;NR=48;PP=2954;ReadPosRankSum=1.020;SC=GAGTCACCCCTAGAAACAGAG;SOR=0.274;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=96;TCF=7;TCR=89;TR=53;WE=3212233;WS=3212212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,102:0.70:145
chr20	3212223	.	A	T	4174.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.373;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=7.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.79;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,102:0.70:145
chr20	3212223	.	AGA	TGG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=14;NR=47;PP=2944;QD=20;SC=AGTCACCCCTAGAAACAGAGG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=24;TCR=83;TR=61;WE=3212233;WS=3212212;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr20	3212225	.	A	G	4146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=6.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.20;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,102:0.72:142
chr20	3214819	rs3827075	T	G	7445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.356;SC=TCAGGGTCCCTGGCGAAGCGG;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=559;TCF=277;TCR=282;TR=345;WE=3214827;WS=3214809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,355:0.61:586
chr20	3215548	rs3803957	C	A	4782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=2.869;SC=AGCCTAGAGACCCCCAAGAGC;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=336;TCF=171;TCR=165;TR=212;WE=3215556;WS=3215538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,218:0.62:351
chr20	3218355	rs3827076	C	G	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=52;PP=1403;ReadPosRankSum=0.129;SC=ATGCAACCCACGCCACCCTAG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=27;TCR=78;TR=69;WE=3218363;WS=3218345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,70:0.67:104
chr20	3218634	rs3810562	G	C	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.380;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=66;PP=1663;ReadPosRankSum=-1.598;SC=CTCTCTCCTCGGATGCCAAGG;SOR=0.457;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=182;TCF=81;TCR=101;TR=123;WE=3218653;WS=3218624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,137:0.68:202
chr20	3219692	rs6084314	C	T	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1274;ReadPosRankSum=0.731;SC=GAGACGGTGGCGGAGACCCGG;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=89;TCR=41;TR=79;WE=3219700;WS=3219682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,86:0.61:142
chr20	3219894	rs6107260	A	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=871;ReadPosRankSum=1.411;SC=ACACACCCCCACGCCGCGCCT;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=47;WE=3219902;WS=3219884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr20	3236015	rs1569942	A	G	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=69;PP=2215;SC=TCTATTACACAACTAAGATCT;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=124;WE=3236023;WS=3236005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr20	3245108	.	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,28:0.24:116
chr20	3245276	rs6051694	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.605;SC=AGTGCAGTGGTGCAATCTTGG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=3245284;WS=3245266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr20	3275377	rs2281506	G	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=752;ReadPosRankSum=2.173;SC=CAATGACAGAGTCAACTCTTC;SOR=0.894;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=47;WE=3275385;WS=3275367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr20	3285126	rs2254916	A	T	4844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.317;SC=GATCCTTGGAAATGATGATAC;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=131;TCR=169;TR=213;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,214:0.70:306
chr20	3285140	rs2422864	T	C	4329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.068;SC=ATGATACTTCTATGACGACAG;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=101;TCR=149;TR=170;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,174:0.67:258
chr20	3355567	rs2208030	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=202;ReadPosRankSum=0.944;SC=TTGGTAAAAATAGACGAAGGG;SOR=0.921;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=14;WE=3355575;WS=3355557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr20	3541633	rs235577	A	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=48;PP=1389;SC=TGTTTAGAAAAGTTCAACCTA;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=3541641;WS=3541623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	3546013	rs143368565	T	C	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,159:0.35:459
chr20	3557342	.	G	GTCTGTCTA,GTCTGTCTGTCTGTCTA	918.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.786;NF=31,31;NR=1,1;PP=767,221;ReadPosRankSum=2.098;SC=CTGTCTGTCTGTCTATCTATC;SOR=4.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=32,32;WE=3557350;WS=3557337;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.64,0.32:22
chr20	3564672	rs235540	C	T	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=83;PP=2733;SC=CCAATGCCTACGTGGCCTCCT;SOR=1.097;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=62;TCR=83;TR=145;WE=3564680;WS=3564662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	3564772	rs170976	T	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=908;SC=GCATGCCCTCTGTATAGGCAA;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=3564780;WS=3564762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	3565546	rs235538	C	G	6900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=148;PP=2965;SC=CCTTGCATATCCAAATTCAAG;SOR=1.495;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=86;TCR=149;TR=234;WE=3565554;WS=3565536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr20	3575248	rs235532	G	C	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=101;PP=2499;SC=GGACCACCAGGGAGGACCAAG;SOR=1.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=44;TCR=101;TR=145;WE=3575256;WS=3575238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr20	3605059	rs235519	A	G	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1085;ReadPosRankSum=1.791;SC=CTTCTTTAAAATGTAAGCTCT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=133;TCR=61;TR=70;WE=3605067;WS=3605049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,70:0.35:202
chr20	3624704	rs2246799	G	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=21;PP=1379;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TTATATACCTGAAATTGATGG;SOR=0.608;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=121;TCF=93;TCR=28;TR=83;WE=3624712;WS=3624694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,86:0.67:129
chr20	3624830	rs2246808	G	A	5912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.588;SC=CACTGGAGCCGTGTTTTGGCA;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=430;TCF=213;TCR=217;TR=268;WE=3624838;WS=3624820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,275:0.62:441
chr20	3640467	rs635674	C	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=10;PP=1299;SC=GGTAAGCCAGCCCCTTCTCAA;SOR=2.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=62;WE=3640475;WS=3640457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	3640499	rs679393	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=502;ReadPosRankSum=0.866;SC=GCCACAGAGGCGGCCCAGGCA;SOR=0.573;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=42;WE=3640507;WS=3640489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,46:0.40:116
chr20	3641881	rs6084431	C	T	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=1585;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GCGCGTCCGCCGTGCAGGCTT;SOR=0.666;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=122;WE=3641893;WS=3641871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,134:0.57:237
chr20	3643876	rs12624874	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=366;ReadPosRankSum=-1.225;SC=GCGCACAGGCCTCTCACTGGC;SOR=0.529;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=30;WE=3643884;WS=3643866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,31:0.27:113
chr20	3649679	rs543749	G	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=-0.087;SC=TGTCCCCTAAGGACTGGGGCC;SOR=0.659;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=23;WE=3649687;WS=3649669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr20	3649713	rs628965	A	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=1.445;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr20	3649721	rs628977	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=2.435;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr20	3650066	rs630712	C	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-2.167;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr20	3651742	rs528557	C	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=1.316;SC=CCAGGCCGGCCCCTGGGAGCA;SOR=0.489;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=26;WE=3651750;WS=3651732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr20	3651765	rs3918396	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=367;ReadPosRankSum=1.307;SC=GGCAGCAGGACGCTGAGGAGC;SOR=0.511;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=29;WE=3651773;WS=3651755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,31:0.29:107
chr20	3652207	rs612709	G	A	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.228;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=56;PP=1695;ReadPosRankSum=0.768;SC=GGCAAGGAGGGGTCGGGTGGG;SOR=0.424;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=365;TCF=213;TCR=152;TR=120;WE=3652215;WS=3652197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,123:0.33:375
chr20	3655085	rs511898	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=0.444;SC=TGTGAATTCCCGTCTCTTCTG;SOR=0.114;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=6;WE=3655093;WS=3655075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr20	3657803	rs568251	AT	GA	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GGGCAAGAAAATGTGTGGAGC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=94;WE=3657812;WS=3657793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,100:0.63:159
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chr20	3670945	rs609203	C	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
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chr20	3672410	rs755240	T	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-2.334;SC=GTGGGAGCTGTGCCCCCTCCA;SOR=0.047;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=12;WE=3672418;WS=3672402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr20	3672836	rs910653	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=69;ReadPosRankSum=0.671;SC=ACAGGACAGCGTCCTGAGGGG;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=6;WE=3672844;WS=3672826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr20	3673445	rs3746637	C	T	3587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=69;PP=2323;ReadPosRankSum=-1.524;SC=CAGGATCAGCCGGGCCCAGCC;SOR=0.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=111;TCR=100;TR=146;WE=3673453;WS=3673435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,152:0.69:220
chr20	3673815	rs2474436	A	G	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=48;PP=1586;SC=AGTCACAGGCAGCAGCCTGCA;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=91;WE=3673823;WS=3673805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	3675333	rs3746638	G	A	5499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=83;PP=2965;SC=GCTGATGGGTGCAGCTAGGCT;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=114;TCR=83;TR=196;WE=3675341;WS=3675323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr20	3675498	rs709012	T	G	8114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=149;PP=2965;SC=GACTCCTGTGTGTACCTGGCA;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=128;TCR=149;TR=277;WE=3675506;WS=3675488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr20	3677095	rs11471725	T	TGCTG	669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=0;PP=649;SC=GGAGGCCTTCTGCTGGCTGGA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=12;WE=3677103;WS=3677094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	3677357	rs501538	T	C	8095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=152;PP=2965;SC=TGGCCTCAGCTTTAGCCTGGA;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=135;TCR=152;TR=287;WE=3677365;WS=3677347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr20	3677736	rs673114	T	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=8;PP=1225;SC=ACCCACAGAGTACACTCAGGA;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=3677744;WS=3677726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	3682011	rs1018493	G	A	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=57;PP=2965;SC=AGTCCAGGGTGGAGGTTGCAT;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=99;TCR=57;TR=156;WE=3682019;WS=3682001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr20	3682275	rs1018492	A	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=49;PP=1549;SC=TCAGGACTGGAGTGAGAGGCG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=3682283;WS=3682265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	3684022	rs611847	A	G	9895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=211;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.678;SC=TGGGTGCCTCATTGGGTGTGT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=356;TCF=143;TCR=213;TR=353;WE=3684030;WS=3684012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,372:0.99:375
chr20	3684729	rs625372	T	C	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=81;PP=2441;SC=CTTCACACCCTTGGGGGCATC;SOR=3.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=9;TCR=81;TR=90;WE=3684737;WS=3684719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	3686436	rs6037651	C	T	7501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=114;PP=2965;SC=TGATTGGCCACGGAGAGCTGG;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=139;TCR=114;TR=253;WE=3686444;WS=3686426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr20	3721456	rs3827077	C	T	4012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=72;PP=2757;ReadPosRankSum=-1.791;SC=CGTCTCTTCTCTGCAGGCTCC;SOR=0.585;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=274;TCF=160;TCR=114;TR=170;WE=3721464;WS=3721446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,175:0.62:283
chr20	3723091	rs611073	A	G	4120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=79;PP=2522;SC=GAGGTGGGGAAGGTGGGGAGT;SOR=0.982;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=66;TCR=80;TR=145;WE=3723099;WS=3723081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr20	3726687	rs41279388	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.630;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=770;ReadPosRankSum=-1.904;SC=TGGTGAGGACGTGCAGGCGGG;SOR=0.898;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=175;TCF=79;TCR=96;TR=66;WE=3726695;WS=3726677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,73:0.40:182
chr20	3731622	rs2474437	C	T	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.924;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=64;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AATTCCCCCCCATCAGTGCCT;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=303;TCF=132;TCR=171;TR=108;WE=3731630;WS=3731605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,111:0.35:314
chr20	3732633	rs541760	C	T	5423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=806;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TGCGCAAATGCGGCGCGCTCA;SOR=0.535;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=783;TCF=428;TCR=355;TR=280;WE=3732641;WS=3732623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:521,285:0.35:806
chr20	3759200	rs2281477	G	A	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=840;ReadPosRankSum=-1.110;SC=AGCTGGGGTGGGAAGCAGCTT;SOR=0.428;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=28;TCR=88;TR=50;WE=3759208;WS=3759190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr20	3759528	rs2281478	C	T	2798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=76;PP=1888;ReadPosRankSum=-0.482;SC=CTTCCACTCTCACAAGTGACA;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=482;TCF=248;TCR=234;TR=161;WE=3759536;WS=3759518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,164:0.32:510
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chr20	3778433	rs3746644	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.422;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=591;ReadPosRankSum=0.432;SC=TCTGCCTGTGTCAGGAGAGTT;SOR=0.311;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=110;TCF=31;TCR=79;TR=41;WE=3778441;WS=3778423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,43:0.37:117
chr20	3780857	rs140901750	T	TGGACTGGAGACCTGGTGCTAG	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.934;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
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chr20	3838441	rs17857295	C	G	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=38;PP=1019;ReadPosRankSum=-1.912;SC=CTCTGTCTACCAGAGCTACCA;SOR=0.597;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=316;TCF=196;TCR=120;TR=94;WE=3838449;WS=3838431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,95:0.29:333
chr20	3844929	rs45437096	C	T	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.081;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=28;PP=988;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CACACCATCCCGTGGGCCTGT;SOR=0.984;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=285;TCF=170;TCR=115;TR=83;WE=3844937;WS=3844919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,90:0.30:298
chr20	3846843	rs3746660	C	T	7378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=147;PP=2965;SC=TCCTGCAGTACACCTGGCCCC;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=258;TCF=111;TCR=147;TR=257;WE=3846851;WS=3846833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr20	3870124	rs3737084	G	C	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=54;PP=1529;SC=CGGATGGGAGGGGGCCGGCTC;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=97;WE=3870132;WS=3870114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	3954789	rs2143236	T	A	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=217;SC=TTAACTGATTTAAAAAAAACA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=3954797;WS=3954780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	4053254	rs6139288	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=746;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GAAGAAGGGAAACCAGGCAGG;SOR=0.833;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=47;WE=4053262;WS=4053244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,52:0.38:137
chr20	4155948	rs1741315	G	A	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=122;PP=2965;SC=ACCTCCCCAGGTCACCTTTAG;SOR=1.195;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=86;TCR=123;TR=208;WE=4155956;WS=4155938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr20	4162411	rs1124983	T	C	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=31;PP=2218;SC=GATGGAGGTGTGATGAGGTGT;SOR=1.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=77;TCR=31;TR=108;WE=4162419;WS=4162401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr20	4163302	rs1051904	A	G	11263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=208;NR=191;PP=2965;ReadPosRankSum=1.106;SC=AGGACGAAGCAGAGAGCCACA;SOR=0.227;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=401;TCF=209;TCR=192;TR=399;WE=4163310;WS=4163283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,424:1.00:425
chr20	4163513	rs45449404	C	T	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=711;ReadPosRankSum=1.799;SC=ACGTGCCCCACGACCCGCTTC;SOR=0.432;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=44;WE=4163521;WS=4163503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr20	4164283	rs1741327	A	G	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=76;PP=2532;SC=TGCCGTACACAGAGAGCTCAA;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=126;WE=4164291;WS=4164273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr20	4202802	rs835873	A	G	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=116;PP=2965;SC=GACCGATACTATTTAGCTGCT;SOR=1.184;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=83;TCR=116;TR=199;WE=4202810;WS=4202792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr20	4705718	rs2245220	C	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,66:0.27:247
chr20	4705756	rs2756263	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=324;ReadPosRankSum=0.067;SC=CAGTACAGAGTGCAGCAGCGA;SOR=1.210;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=120;TCF=26;TCR=94;TR=34;WE=4705764;WS=4705746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,36:0.28:128
chr20	4713176	rs2735677	A	G	4809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=2.450;SC=GCCATGCAGTATGGGGAAGTG;SOR=0.628;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=268;TCF=137;TCR=131;TR=183;WE=4713184;WS=4713166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,204:0.69:294
chr20	4765034	rs41279440	C	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=7.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.709;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,40:0.26:152
chr20	4768136	rs55900827	T	C	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=14;PP=1226;SC=CTGCAAAAGCTGGCTTCGAGA;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=4768144;WS=4768126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	4768475	rs111533115	A	AAGGGACT	969.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=1334;ReadPosRankSum=-1.275;SC=CAGGGGTCCAAAGGCACCTTA;SOR=2.232;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=21;WE=4768483;WS=4768465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr20	4768846	rs66613512	GT	G	2711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.410;NF=28;NR=32;PP=1991;ReadPosRankSum=0.037;SC=AAAGTACACTGTGGTCTTCAG;SOR=0.660;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=200;TCF=88;TCR=112;TR=60;WE=4768854;WS=4768836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,93:0.30:306
chr20	4770440	rs2422992	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=369;SC=ACGATACTCAGAATGTACTCC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=4770448;WS=4770430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	4773332	rs55990291	G	C	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr20	4773338	rs1998291	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.533;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr20	4776445	rs2423004	G	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=0.342;SC=TCCCTGCCCCGTCTCTCCTCA;SOR=1.445;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=12;WE=4776453;WS=4776435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr20	4776659	rs4549182	G	A	3617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=82;PP=2252;ReadPosRankSum=0.014;SC=AGCCCCCACAGAAGCCAAGAC;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=251;TCF=110;TCR=141;TR=149;WE=4776667;WS=4776649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,166:0.62:267
chr20	4776718	rs2423005	C	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=440;ReadPosRankSum=0.814;SC=GGCTGGGGGCCCCCAGACTGT;SOR=0.596;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=37;WE=4776726;WS=4776708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr20	4776764	rs2423006	G	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=252;ReadPosRankSum=-1.989;SC=AGTTCACACCGCAGCTCTGAG;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=18;WE=4776772;WS=4776754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr20	4776789	rs57821058	C	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=-0.411;SC=TTTCTGACGTCAACTACTCCA;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=5;WE=4776797;WS=4776779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr20	4778754	rs2281639	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,59:0.26:223
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chr20	4839897	rs6052941	T	A	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=42.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-1.292;QD=3.12;ReadPosRankSum=-2.175;SOR=2.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr20	4842776	rs6116557	C	T	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.488;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=52;PP=1382;ReadPosRankSum=2.187;SC=ACCACTACAGCGGGGACAGCT;SOR=0.173;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=133;TCF=45;TCR=88;TR=86;WE=4842784;WS=4842766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,87:0.64:135
chr20	4843370	rs3737321	C	T	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=53;PP=2129;ReadPosRankSum=-1.216;SC=AACACCATGACCCCTATTAAA;SOR=0.844;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=237;TCF=148;TCR=89;TR=147;WE=4843378;WS=4843360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,154:0.62:247
chr20	4843609	rs6052943	G	A	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=688;ReadPosRankSum=1.720;SC=CAAAATCACCGTAAGTTACTA;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=33;WE=4843617;WS=4843599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr20	4854682	rs1110277	A	G	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1187;ReadPosRankSum=0.801;SC=GAGGGAAGACATCTGTCACCG;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=91;WE=4854690;WS=4854672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,101:0.65:156
chr20	4864570	rs2298174	G	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=544;ReadPosRankSum=-0.465;SC=AAGGCAATAAGTTATTACATC;SOR=0.601;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=26;WE=4864578;WS=4864560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr20	4865602	rs35589475	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=1.163;SC=AAAATTCAACCTCCAACAGTA;SOR=2.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=16;WE=4865610;WS=4865592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr20	4880132	rs71993570	AGCTCAATGCCTTCTGC	A	1928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=2957;SC=CAAACGGCGCAGCTCAATGCC;SOR=3.912;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=23;WE=4880155;WS=4880122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	4880308	rs1776964	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=832;ReadPosRankSum=0.801;SC=ACATGGCATCGGCCAACAGGA;SOR=1.042;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=147;TCF=69;TCR=78;TR=62;WE=4880316;WS=4880298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,64:0.41:155
chr20	5099636	rs25406	G	A	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=69;PP=1919;SC=TGGAGGGTAAGCGGACTGCTG;SOR=3.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=14;TCR=69;TR=83;WE=5099644;WS=5099626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	5149064	rs6116671	A	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr20	5149065	rs6116672	A	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr20	5149085	rs11287231	GA	G	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=10.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr20	5159344	rs2295508	C	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=549;SC=TGAGCTGTCCCGGGGGACTCA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=5159352;WS=5159336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	5169877	rs6038087	A	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=58;PP=1630;SC=TCCCTCACCCATCTTCTGCCT;SOR=2.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=76;WE=5169885;WS=5169867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	5261029	rs6038114	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-0.689;SC=TGGTCACAATGTTTTTGTCAA;SOR=0.412;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=9;WE=5261037;WS=5261019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr20	5261132	rs6038115	G	A	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=768;ReadPosRankSum=0.629;SC=ACTCACCTCCGATACCAACAT;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=203;TCF=119;TCR=84;TR=74;WE=5261140;WS=5261122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,85:0.37:231
chr20	5261206	rs4553880	T	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=578;ReadPosRankSum=-0.528;SC=CAGAGCCTTCTTGTACTTAAG;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=47;WE=5261214;WS=5261196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,52:0.31:166
chr20	5283256	rs3746682	C	G	1630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=1126;ReadPosRankSum=-2.332;SC=TAAAGAGGACCGTTTCTGTTG;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=296;TCF=133;TCR=163;TR=87;WE=5283264;WS=5283246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,94:0.30:310
chr20	5283376	rs3746684	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=4.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,35:0.24:147
chr20	5294461	rs8116536	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=283;ReadPosRankSum=0.914;SC=AGATTGGTGAGCATTCCTATC;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=14;WE=5294469;WS=5294456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr20	5294496	rs8116897	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.225;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=401;ReadPosRankSum=0.790;SC=CCTGTCAGAGCCTAAATGAGG;SOR=1.282;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=58;TCR=6;TR=24;WE=5294504;WS=5294486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr20	5296798	rs7351709	T	C	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=59;PP=1501;ReadPosRankSum=0.030;SC=CCACGGACGCTTGCTGTTTCC;SOR=0.745;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=379;TCF=187;TCR=192;TR=112;WE=5296806;WS=5296788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,113:0.29:391
chr20	5482307	rs6053447	G	A	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.80;QD=27.93;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	5539564	rs41282126	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=2.431;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr20	5539599	rs73596113	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=0.748;SC=CTGTAATCCCAACACTTTGGG;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=5539607;WS=5539589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr20	5547384	rs73078112	C	T	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=742;ReadPosRankSum=0.738;SC=CATACCTTTCCGATCCTTAGA;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=43;WE=5547392;WS=5547374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,46:0.79:58
chr20	5547951	rs3736765	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=0.045;SC=AATGGTTGGAGAAGACAGCTG;SOR=1.051;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=6;WE=5547959;WS=5547941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr20	5548081	rs4815840	T	C	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.377;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,91:0.70:130
chr20	5551034	rs1056244	G	C	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=43;PP=1288;SC=AAAACAATGGGTTTTCTCTTT;SOR=3.657;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=49;WE=5551042;WS=5551024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	5551073	rs73896224	A	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr20	5554689	rs2295371	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=248;ReadPosRankSum=-0.979;SC=AAGCAAAGTGTACTTTCAACA;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=13;WE=5554697;WS=5554679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr20	5556512	rs2273373	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=241;ReadPosRankSum=-0.957;SC=GATGGGAAGAGTAAGAATTCC;SOR=1.314;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=13;WE=5556520;WS=5556502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr20	5556686	.	TAC	T	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=60.6;NF=1;NR=5;PP=100;QD=17.6666666667;SC=TACATACATATACACACACAC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=5556695;WS=5556676;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr20	5556743	rs151308594	GTA	G	232.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=176;SC=TATGAAATGTGTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=5556752;WS=5556733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	5559292	rs6038208	T	C	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=-2.114;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,52:0.36:146
chr20	5559441	rs6053512	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TTTTATAAAATACTGATGTTA;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=6;WE=5559449;WS=5559431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr20	5560875	.	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr20	5564774	rs6053517	T	C	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=291;SC=CATATGAGACTGCTGCTGCAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=5564782;WS=5564764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	5574134	rs1983694	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=451;SC=TTCACAAAACTCCTCAAATAA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=5574142;WS=5574124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	5584843	rs2273375	G	A	60.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GAGGTTTTTGGTGTGTTTACT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=5584851;WS=5584833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr20	5752917	rs237420	A	G	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=48;PP=1509;SC=GGGGCCATTAATAAGTAAAAT;SOR=1.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=5752925;WS=5752907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	5753579	rs237422	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=370;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CTGCCATCAGCGTGTGACATA;SOR=0.646;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=33;WE=5753587;WS=5753569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr20	5897362	rs236146	G	A	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=16;PP=1509;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TAAGAATACTGCATCAGCCCA;SOR=1.050;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=99;TCR=25;TR=85;WE=5897370;WS=5897352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,90:0.69:130
chr20	5902970	rs6139872	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,24:0.21:114
chr20	5903067	rs6085324	T	A	4828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=97;PP=2868;ReadPosRankSum=0.675;SC=AGCTGATGCCTCGGAAGCCCA;SOR=0.525;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=260;TCF=135;TCR=125;TR=195;WE=5903075;WS=5903057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,209:0.76:276
chr20	5903223	rs6133278	G	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=797;ReadPosRankSum=0.642;SC=CTATCCCTCCGACAGCCAAGT;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=95;TCR=84;TR=70;WE=5903231;WS=5903213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,77:0.39:195
chr20	5903323	rs910122	G	A	4022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.500;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=72;PP=2695;ReadPosRankSum=1.831;SC=AAAGGGGAGCGAGGGGAAGAT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=139;TCR=100;TR=171;WE=5903331;WS=5903313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,176:0.70:253
chr20	5903485	rs6139873	G	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=50;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.410;SC=ACACATAGCCGAGAGAAGAGT;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=157;TCR=153;TR=101;WE=5903493;WS=5903475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,104:0.32:328
chr20	5903517	rs236151	A	G	9119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.376;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=1.240;SC=TGGAGAGGAGACAGGGAGCCA;SOR=0.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=304;TCF=139;TCR=165;TR=303;WE=5903525;WS=5903507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,321:1.00:322
chr20	5903848	rs236152	C	G	4343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=81;PP=2897;ReadPosRankSum=-1.045;SC=GGCGTCCAGGCCCCTGAGGAC;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=127;TCR=117;TR=168;WE=5903856;WS=5903838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,180:0.70:256
chr20	5903894	rs236153	A	G	3788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2499;ReadPosRankSum=0.735;SC=GAGGAAGTGAAGAATACAGGG;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=118;TCR=115;TR=148;WE=5903902;WS=5903884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,162:0.65:249
chr20	5904040	rs742711	G	A	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.144;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=64;PP=1865;ReadPosRankSum=-0.316;SC=GGAAAGGGACGCCATCACAGA;SOR=0.384;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=172;TCF=82;TCR=90;TR=129;WE=5904048;WS=5904030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,137:0.75:183
chr20	5904289	rs74621755	G	A	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,77:0.26:291
chr20	5905550	rs236155	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=527;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TTGCACTCATGCTCCATCAAA;SOR=0.208;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=35;WE=5905558;WS=5905540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
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chr20	5948712	rs236101	C	T	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.60;SOR=1.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	5987212	rs149662716	AGGC	A	520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=229;ReadPosRankSum=1.378;SC=CGTACCGATGAGGCGGCGGCG;SOR=0.612;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=5987222;WS=5987202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr20	5987267	rs2294971	A	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
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chr20	6011882	rs2423132	G	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=307;SC=TAATGCATATGAGTACTCTTC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=6011890;WS=6011872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	6033004	rs6117050	G	A	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=736;ReadPosRankSum=-0.106;SC=AGGGCGCGGAGGCTGCTCAGC;SOR=0.386;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=38;WE=6033012;WS=6032994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr20	6033025	rs1884643	T	C	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.043;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=498;ReadPosRankSum=-0.669;SC=GCGGGCCCGGTGCACGGCGGC;SOR=0.616;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=35;WE=6033033;WS=6033015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,39:0.80:49
chr20	6033628	rs751681	T	G	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=5.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=630;ReadPosRankSum=1.028;SC=CTCCCCTGTCTGCTTTTGCCC;SOR=3.040;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=27;WE=6033636;WS=6033618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr20	6058041	rs35637712	GA	G	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.159;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=178;ReadPosRankSum=-0.678;SC=AAGGAATGATGAAAAAAAAAG;SOR=1.691;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=14;WE=6058049;WS=6058031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr20	6064554	rs753929	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=374;ReadPosRankSum=-0.535;SC=AAGTGTCAGGACTATTTATAA;SOR=2.219;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=19;WE=6064562;WS=6064544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr20	6064635	rs753928	G	A	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.098;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=35;PP=1558;ReadPosRankSum=2.303;SC=CTCCCCAAAAGCCACTTAAAA;SOR=1.103;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=190;TCF=121;TCR=69;TR=104;WE=6064643;WS=6064625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,107:0.54:200
chr20	6064710	rs753927	A	G	3155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=70;PP=2042;ReadPosRankSum=-0.537;SC=AGGTGAGGCCAAACTCAGGCA;SOR=0.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=116;TCR=123;TR=137;WE=6064718;WS=6064700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,148:0.56:265
chr20	6064839	rs2232077	T	C	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=37;PP=1150;SC=TCAACCTCTCTTCACATGCAC;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=6064847;WS=6064829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	6065729	rs2232074	C	T	11711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr20	6065729	.	CTT	TTC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=153;NR=89;PP=2947;QD=20;SC=GGATTTGTGTCTTTTTGCACA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=158;TCR=91;TR=242;WE=6065739;WS=6065719;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,242:0.97:249
chr20	6065731	rs2232073	T	C	11711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr20	6096695	rs2295435	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=744;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GATATATCTGCAAAAATGAAA;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=105;TCR=112;TR=66;WE=6096703;WS=6096685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,69:0.30:228
chr20	6100002	rs6038363	C	A	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=14;PP=1173;SC=TGGTGATGCACCAGACAGGGT;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=6100010;WS=6099992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	6100088	rs10373	A	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=808;ReadPosRankSum=2.311;SC=CTCCTCCAACATGAAGGTCTC;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=206;TCF=114;TCR=92;TR=73;WE=6100096;WS=6100078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,76:0.35:216
chr20	6100230	rs2273423	A	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CTGCTGAACAAAAAGGCAGAC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=23;WE=6100238;WS=6100220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr20	6750882	rs2273073	T	G	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=45;PP=1588;ReadPosRankSum=3.979;SC=CGCGGCGGCGTCGTCGGGCCG;SOR=0.662;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=294;TCF=181;TCR=113;TR=112;WE=6750890;WS=6750872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,92:0.34:274
chr20	6751034	rs1049007	A	G	10956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=181;NR=209;PP=2965;SC=GCAGGCACTCAGGTCAGCCGG;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=391;TCF=181;TCR=210;TR=390;WE=6751042;WS=6751024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr20	6759115	rs235768	A	T	7650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=135;PP=2965;SC=CCGTGACCAGACTTTTGGACA;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=129;TCR=135;TR=264;WE=6759123;WS=6759105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr20	7887025	rs6055387	G	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=-0.752;SC=TTAGAAATACGTTTCCAATGA;SOR=0.317;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=7887033;WS=7887015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr20	7980390	rs1012891	C	T	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=74;PP=2965;SC=TTAGAGAAGCCGGGGATTTCC;SOR=0.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=108;TCR=74;TR=181;WE=7980398;WS=7980380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
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chr20	8696722	rs2076690	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=322;ReadPosRankSum=0.748;SC=TCAGTGCCTTCGCTGTCCATC;SOR=0.211;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=17;WE=8696730;WS=8696721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr20	8703145	rs6086563	C	G	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-5.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=63;PP=1403;ReadPosRankSum=1.111;SC=TGGTCACTTTCTGCCATCTAG;SOR=0.523;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=123;TCF=26;TCR=97;TR=81;WE=8703153;WS=8703135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,88:0.66:133
chr20	8705496	rs6056043	A	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.056;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=351;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CTTAATAGAGAGATTTATGCT;SOR=0.210;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=26;WE=8705504;WS=8705486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr20	8707900	rs1015171	A	G	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=7;PP=1074;SC=ATAATTTATAACAATGAATTG;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=8707908;WS=8707890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	8707927	rs1015170	C	T	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=19;PP=2026;SC=TCACCTTCCCCTTTTTTGTTT;SOR=2.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=89;WE=8707935;WS=8707917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	8713842	rs993670	G	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=15;PP=833;SC=CTTACCCCAAGTATAGATAAA;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=8713850;WS=8713832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	8741188	rs2294596	A	G	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=59;PP=1658;ReadPosRankSum=0.350;SC=GGAAATTTCCATTCATATCTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=90;WE=8741196;WS=8741178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr20	8741247	rs3886935	C	T	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=576;SC=TAGAGACATACACTTTTAGTT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=8741255;WS=8741237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	8769180	rs2327089	C	T	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=93;PP=2965;SC=GAAGTAAGCCCTCATTCCCAT;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=182;WE=8769188;WS=8769170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr20	8770108	rs4633993	A	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=8;PP=1161;SC=GTCTGAGATTACCATTTGTCA;SOR=2.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=8770116;WS=8770098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	8770130	rs2327090	A	G	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=16;PP=1710;SC=TTCTGGATGAATTGGTATAAT;SOR=2.133;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=75;WE=8770138;WS=8770120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr20	8773096	rs6086599	C	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=0;PP=776;SC=ACTGGGTAGACAGGTTACATA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=28;TCR=0;TR=28;WE=8773104;WS=8773093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	8773155	rs6056118	C	T	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=74;NR=6;PP=2072;SC=TTCTTCCTTTCTGGCCCCTTG;SOR=4.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=74;TCR=6;TR=80;WE=8773163;WS=8773145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	8773295	rs6056119	T	C	11484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=196;NR=228;PP=2965;ReadPosRankSum=0.877;SC=CATCTTTTTGTGTCTGGATTT;SOR=0.450;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=426;TCF=198;TCR=228;TR=424;WE=8773303;WS=8773285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,446:1.00:448
chr20	8782901	rs6056128	G	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=418;SC=GGACTTGCTCGTTTGTCCTTC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=8782909;WS=8782891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	8862395	rs28390202	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=4.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,53:0.29:180
chr20	9404639	rs184997360	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=1.573;SC=ATATAGATGAGGTCCTAGATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=9404647;WS=9404629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr20	9424810	rs6039471	A	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=276;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TTTTGATTCTATTTTTCTCCC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=19;WE=9424818;WS=9424800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr20	9424904	rs6056629	C	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=317;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CAGTGCTCTACAGCTACTATT;SOR=0.995;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=31;WE=9424912;WS=9424894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,33:0.26:128
chr20	9438172	rs3746548	A	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=632;ReadPosRankSum=-0.845;SC=AGTGACTTGCAGAAGACACTT;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=184;TCF=98;TCR=86;TR=57;WE=9438180;WS=9438162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,59:0.30:196
chr20	9453567	rs2206389	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=489;SC=AGCCACCAGATCTCTAGCTAA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=9453575;WS=9453557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	9496285	rs148870783	T	TC	3309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.569;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=82;PP=2082;ReadPosRankSum=-0.171;SC=AAGGAATCTTTCCCCCCCCTC;SOR=2.244;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=7;TCR=102;TR=88;WE=9496293;WS=9496275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,121:0.97:125
chr20	9496716	rs2232264	C	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=710;ReadPosRankSum=-0.097;SC=TGGCCACAGCCAGTCGGAGCT;SOR=0.819;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=244;TCF=145;TCR=99;TR=74;WE=9496724;WS=9496706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,80:0.31:256
chr20	9497057	rs2232267	A	G	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=64;PP=1897;SC=AACTCGCAGAACAGGCTTGGA;SOR=3.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=78;WE=9497065;WS=9497047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	9498657	rs143992809	T	TCTGCCAGCAGGAGGGGC	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=2900;SC=CAATGAGGGTTCTAACTATTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=9498665;WS=9498647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	9520142	rs12329540	G	A	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=49;PP=1875;SC=TGAGGGGGACGATGCAAGACG;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=98;WE=9520150;WS=9520132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr20	9560712	rs3746545	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.209;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=199;ReadPosRankSum=-1.490;SC=TTTACAATCCAATCGTATAAA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=14;WE=9560720;WS=9560702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr20	9625003	rs4816157	G	A	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=79;PP=2563;SC=AAATATAAATGGAAAAGAGGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=40;TCR=79;TR=119;WE=9625011;WS=9624993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	10019093	rs575534	A	G	5895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CCATTAATGGACTTAGTGCTT;SOR=0.633;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=351;TCF=175;TCR=176;TR=238;WE=10019101;WS=10019083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,249:0.69:359
chr20	10023689	rs4813909	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.099;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=1.148;SC=AGCTAAATATGGATTTTTAAT;SOR=0.144;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=13;WE=10023697;WS=10023679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr20	10026357	rs685723	T	C	3050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=75;PP=2124;ReadPosRankSum=0.046;SC=TAAAATTGTCTAGCAATTTTG;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=57;TCR=107;TR=115;WE=10026365;WS=10026347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,123:0.71:173
chr20	10030188	rs652633	T	A	4474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=1.078;SC=CCAAATCCACTGTGGGCCCTT;SOR=0.559;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=283;TCF=138;TCR=145;TR=194;WE=10030196;WS=10030178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,195:0.69:284
chr20	10030452	rs524625	G	A	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=65;PP=2079;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GGATCGTATGGACCTAAGAAA;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=98;TCR=102;TR=130;WE=10030460;WS=10030442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,140:0.66:213
chr20	10030931	rs656111	C	A	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=45;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.629;SC=AAAAGATGACCGAATTTTAGT;SOR=0.393;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=63;WE=10030939;WS=10030921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,70:0.74:95
chr20	10032413	rs683145	T	G	3605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=85;PP=2315;ReadPosRankSum=-1.191;SC=AATCTGGAGCTTTAATAGATG;SOR=0.594;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=109;TCR=125;TR=159;WE=10032421;WS=10032403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,164:0.67:243
chr20	10273694	.	CT	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr20	10393145	rs221667	C	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=0;PP=552;ReadPosRankSum=0.130;SC=GATTTATTAACTGTAAGAGGC;SOR=1.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=23;WE=10393153;WS=10393135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr20	10438780	rs6104617	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.798;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=335;ReadPosRankSum=1.196;SC=CCAAATAAAAAGAAATTTTAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=14;WE=10438788;WS=10438770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr20	10439002	rs6039947	T	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=518;ReadPosRankSum=0.906;SC=CTCTGCAAAATTTTTTTTTTT;SOR=0.386;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=36;WE=10439010;WS=10438992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr20	10439037	rs6039948	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=279;ReadPosRankSum=-1.772;SC=GTTCTGGGGCATGTGTGCAGG;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=18;WE=10439045;WS=10439027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr20	10603750	rs6077853	G	A	3474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=59;PP=2183;ReadPosRankSum=-0.719;SC=GGAAGTGATCGATTAGTCCCG;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=221;TCF=123;TCR=98;TR=138;WE=10603758;WS=10603740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,149:0.63:237
chr20	10620386	rs1051419	A	G	10947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=202;PP=2965;SC=TCTTGTTCTCATAATCCTTGA;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=392;TCF=190;TCR=202;TR=390;WE=10620394;WS=10620376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr20	10621305	rs6074164	A	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=459;ReadPosRankSum=-1.154;SC=CTCAGTTCTCAGTTAAATTGG;SOR=0.430;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=22;WE=10621313;WS=10621295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr20	10622080	rs55818737	C	CA	846.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=448;ReadPosRankSum=1.885;SC=ATCCACCATTCAAAAAAAAAA;SOR=0.754;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=34;WE=10622088;WS=10622070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr20	10624502	rs56225585	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.857;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=483;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CACAGGTGCCGCTGTTGTAAC;SOR=1.194;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=129;TCF=46;TCR=83;TR=38;WE=10624510;WS=10624492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,41:0.29:139
chr20	10624924	.	TCACA	T	1548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.22;ReadPosRankSum=0.802;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,47:0.89:53
chr20	10624930	rs368807351	A	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr20	10624932	.	A	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr20	10624934	.	A	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,9:0.14:63
chr20	10628894	rs73075352	A	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TGTAAGATACATCTCTATGCT;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=10628902;WS=10628884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
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chr20	10633313	rs6040055	T	C	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=63;PP=1598;SC=ACAATTCAAATGGAAGACTGC;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=111;WE=10633321;WS=10633303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	10653469	rs1051415	C	T	4052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=91;PP=2746;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TGCAGGGCCCCCCGGCCGTGA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=532;TCF=294;TCR=238;TR=205;WE=10653481;WS=10653459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,209:0.38:545
chr20	11008382	rs4813955	A	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=9;PP=1007;SC=CTAATATTATACTCTGTGTTT;SOR=2.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=47;WE=11008390;WS=11008372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	11009079	rs45609436	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=582;SC=GGAGAAAACATATATGGTTTT;SOR=4.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=11009087;WS=11009069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	11791008	rs803665	C	T	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=41;PP=1613;SC=CCACTAGCTTCGCCTCTGTCC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=11791016;WS=11790998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr20	11830180	rs33956420	CT	C	771.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=1.194;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr20	12990044	rs3761895	T	C	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=64;PP=2033;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TAAGAGGCACTCTCCCCTACT;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=211;TCF=110;TCR=101;TR=135;WE=12990052;WS=12990034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,150:0.64:233
chr20	13029764	rs1431433	A	C	10710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=201;PP=2965;SC=AGCTGTGGAAAGAAAAGAACA;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=379;TCF=177;TCR=202;TR=378;WE=13029772;WS=13029754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr20	13029862	rs919604	C	T	6929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=123;PP=2965;SC=AGGTGCAGATCCTAGAAAGCA;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=102;TCR=123;TR=224;WE=13029870;WS=13029852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr20	13029920	rs934335	C	G	6805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=116;PP=2965;SC=ATCTCCACCTCCTAAACCCCA;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=105;TCR=118;TR=220;WE=13029928;WS=13029910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr20	13053018	rs243887	T	G	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=52;PP=1973;SC=TCTGTTTGATTTGATGGAGAG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=114;WE=13053026;WS=13053008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr20	13053035	rs243888	A	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=51;PP=1873;SC=AGAGGGTATCAGACGACTATA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=110;WE=13053043;WS=13053025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	13055258	rs6131426	C	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=477;ReadPosRankSum=1.237;SC=GTGTTATAAACTGCAGAAAGA;SOR=3.056;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=16;WE=13055275;WS=13055248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr20	13055267	rs150837910	G	GA	271	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=433;ReadPosRankSum=2.198;SC=ACTGCAGAAAGAAAAAAAAGA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=10;WE=13055275;WS=13055248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr20	13060220	rs8119959	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=490;ReadPosRankSum=-1.003;SC=TGAGTAAAATGAAACTACTGA;SOR=0.509;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=26;WE=13060228;WS=13060210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr20	13060331	rs8120012	G	A	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=48;PP=1766;ReadPosRankSum=0.569;SC=CTTCTTTTCTGGTTTGTTGCT;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=182;TCF=109;TCR=73;TR=113;WE=13060339;WS=13060321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,121:0.62:196
chr20	13073963	rs1030561	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=175;ReadPosRankSum=1.839;SC=CTAACTGCTATACATGATTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=10;WE=13073971;WS=13073957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr20	13073988	rs41280326	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=276;ReadPosRankSum=0.144;SC=ACATAGACACCAGGTTAAACT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=14;WE=13073996;WS=13073978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr20	13074235	rs708937	G	A	7128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.05;SOR=1.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr20	13074235	.	GTGTATTTT	ATGTATTTA,ATGTATTTT	1865	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=41,60;NR=74,111;PP=1865,512;QD=16.6823293466;SC=GTGAGTATCAGTGTATTTTCT;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=171;TCF=60;TCR=111;TR=115,171;WE=13074251;WS=13074225;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:171
chr20	13074243	rs1011290	T	A	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.95;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,126:0.76:165
chr20	13134931	rs2073303	C	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=227;ReadPosRankSum=0.292;SC=CCACCTGTCACTCTATCAGCT;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=18;WE=13134939;WS=13134921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr20	13260252	rs911642	C	T	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=803;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TGACTCCACACTGACCCCAGC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=54;WE=13260260;WS=13260242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr20	13269438	rs34117863	C	CT	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.198;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.953;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr20	13464030	rs2273480	C	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,39:0.23:170
chr20	13509263	rs3761890	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr20	13695607	rs34414644	T	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=613;ReadPosRankSum=-0.297;SC=GCAGGATCAATGGACTTCCTT;SOR=0.854;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=42;WE=13695615;WS=13695597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
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chr20	13747441	rs3180370	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.913;SOR=1.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr20	13763896	rs28372964	C	CATTA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=70;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TTTTAAAACACATTCACAATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=13763904;WS=13763886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr20	13765942	rs3831170	CCCGCGGGG	C	4160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.281;NF=8;NR=101;PP=2939;ReadPosRankSum=4.739;SC=AGGAGGTGAGCCCGCGGGGCG;SOR=0.434;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=141;TCF=9;TCR=132;TR=109;WE=13765957;WS=13765932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,176:0.81:218
chr20	13769127	rs6042362	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=-1.418;SC=AGATGATGTAACCTTCTGGAA;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=12;WE=13769135;WS=13769117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr20	13782409	rs1015517	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=42;PP=1095;SC=AGAAAACTGTATGTGTTCATG;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=43;WE=13782417;WS=13782399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	13830102	rs2073289	C	T	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=49;PP=1845;ReadPosRankSum=-0.675;SC=AACTGATTCCCGTGAGCAGGT;SOR=0.894;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=118;TCR=83;TR=121;WE=13830110;WS=13830092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,126:0.57:221
chr20	13830137	rs2073290	A	C	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=62;PP=2177;ReadPosRankSum=0.348;SC=CATCCTACCCATGGTGATTTC;SOR=0.777;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=240;TCF=127;TCR=113;TR=137;WE=13830159;WS=13830127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,147:0.55:266
chr20	13845726	rs2073292	T	C	329.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5052;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=220;ReadPosRankSum=1.043;SC=TTGCTGCCTATGTGCACAAAC;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=13;WE=13845734;WS=13845718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr20	13845987	rs761811	C	T	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=70;PP=2965;SC=AATTTTAACTCATCTTACTAG;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=166;WE=13845995;WS=13845977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr20	13847420	rs660710	A	G	7997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=154;PP=2965;ReadPosRankSum=1.772;SC=AATAAATGGCAAGGGGCTGCC;SOR=0.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=146;TCR=155;TR=300;WE=13847428;WS=13847410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,311:1.00:312
chr20	13856558	rs73085418	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=406;ReadPosRankSum=0.093;SC=ACTTCTCCAGGACACAAAACT;SOR=0.653;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=29;WE=13856566;WS=13856548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
chr20	13868745	rs243910	T	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=1019;SC=CCTAGCTCCATAATGACCCAT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=13868753;WS=13868735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	14306896	rs6042672	G	A	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=49;PP=1215;ReadPosRankSum=1.890;SC=TGGTATCAGAGGTGACAGACT;SOR=0.835;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=282;TCF=137;TCR=145;TR=91;WE=14306904;WS=14306886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,95:0.31:305
chr20	14306953	rs6079391	G	T	4141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=81;PP=2735;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CTGTGGTTTGGTGATCCTTAG;SOR=0.633;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=119;TCR=113;TR=166;WE=14306961;WS=14306943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,178:0.72:247
chr20	14830453	rs438632	C	T	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=7;PP=1341;SC=TAAGTAGTAACTCTCACATCT;SOR=3.461;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=50;TCR=8;TR=57;WE=14830461;WS=14830443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	14830596	rs6079581	C	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-2.459;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,94:0.29:329
chr20	15480308	rs2145014	G	T	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=38;PP=1695;ReadPosRankSum=0.021;SC=TGTACTTATTGGTTGAACTGA;SOR=0.557;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=168;TCF=114;TCR=54;TR=113;WE=15480316;WS=15480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,119:0.66:179
chr20	15480548	rs2145015	T	A	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.290;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.72;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=2.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr20	15480548	.	TTCCCCCC	ATCCCCCA,ATCCCCCC	835	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=10,24;NR=17,58;PP=280,835;QD=12.3506620319;SC=TGATGCTCAGTTCCCCCCAAA;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=27,82;WE=15480563;WS=15480538;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:85
chr20	15480555	rs6079854	C	A	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.729;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr20	15874227	rs8118541	A	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=262;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CATACAATTCATTCAAATTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=13;WE=15874235;WS=15874217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr20	15874325	rs932501	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,63:0.29:221
chr20	15874488	rs6135591	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=978;ReadPosRankSum=-1.092;SC=GGAAGCAGAAGTGCAGGATAA;SOR=0.668;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=228;TCF=116;TCR=112;TR=77;WE=15874496;WS=15874478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,79:0.33:237
chr20	15874715	rs6034319	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.989;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr20	15967295	.	G	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=363;ReadPosRankSum=1.290;SC=ATTAAAGCACGGTTTCTGAAG;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=29;WE=15967303;WS=15967285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr20	15967327	rs34675181	A	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr20	15967390	rs41275442	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=-1.410;SC=AATGATTCAACGAAGAATGAA;SOR=0.582;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=18;WE=15967398;WS=15967380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr20	16030604	.	T	G	295	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=16;MQ=58.25;NF=0;NR=23;PP=295;QD=14.3378788064;SC=AGGGTGGGGGTGGGGGGAAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=23;WE=16030612;WS=16030594;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,23:0.48:48
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chr20	16362265	rs41276372	T	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,72:0.26:274
chr20	16474864	rs78970970	TAA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr20	16553701	rs6135800	G	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=0.221;SC=CAATGTGAACGGGACAGCAGT;SOR=0.116;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=16553709;WS=16553691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr20	16553754	rs78834911	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr20	16554067	rs4814510	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=645;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GTTCCGCGGCAGCCCCACCTG;SOR=0.283;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=32;WE=16554075;WS=16554057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr20	16729262	rs6080387	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=187;ReadPosRankSum=1.765;SC=TGAATCTTCTCCAATGTGTAT;SOR=0.195;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=12;WE=16729270;WS=16729252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr20	16729654	rs10627353	A	AAGATG	885.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=3.508;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr20	16730464	rs6075100	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=301;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TGATTCTCACTATCAGCAAAG;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=18;WE=16730472;WS=16730454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr20	16730479	rs6075101	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=300;ReadPosRankSum=0.714;SC=GCAAAGAGGACGCCTGCGAGT;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=22;WE=16730487;WS=16730469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr20	16730522	rs6135878	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=349;ReadPosRankSum=1.454;SC=AGCTTTTTCCTGATTGCTATT;SOR=0.677;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=31;WE=16730530;WS=16730512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr20	16732004	rs12479958	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=-0.577;SC=CTCAAATGGGTAAATTGAGAC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=16732012;WS=16731994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr20	17350043	rs111813860	GCA	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,13:0.13:98
chr20	17389830	rs2217182	T	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=5;PP=1075;SC=GGACTAGAAATGTTTAAAGTC;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=48;WE=17389838;WS=17389820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	17436895	rs2021789	G	A	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.44;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,115:0.98:117
chr20	17462150	rs11907226	C	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=648;ReadPosRankSum=0.749;SC=CCCTTTCCGCCACCTGAAGCT;SOR=0.555;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=36;WE=17462158;WS=17462140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr20	17474690	rs6105762	T	G	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=2.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,93:0.26:353
chr20	17474968	rs6080718	T	C	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=623;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CAGGTATAGATGGTTCCTCTG;SOR=0.995;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=217;TCF=110;TCR=107;TR=65;WE=17474976;WS=17474958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,71:0.31:230
chr20	17475217	rs6136118	C	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CAGAGTCTTCCGCAACAGAAA;SOR=0.752;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=269;TCF=137;TCR=132;TR=85;WE=17475225;WS=17475207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,91:0.32:288
chr20	17477592	rs6080719	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=1.440;SC=CCTTTCCCACCGGATCCAGTG;SOR=0.334;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=15;WE=17477600;WS=17477582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr20	17477751	rs6044850	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-0.112;SC=AAAAATGAAAAAAAAGCTTTC;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=18;WE=17477759;WS=17477741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr20	17477865	rs6136120	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=1.006;SC=TTTCTTTGAGCTCAAGAGTCA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=17477873;WS=17477855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr20	17539168	rs6044883	A	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=13;PP=1103;SC=TCAGACTACTACTGAGCCAAT;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=17539176;WS=17539158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	17594714	rs35586556	GC	G	569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=542;SC=TTCTCTCGGAGCTACCGGAAG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=17594722;WS=17594704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	17595329	rs7261001	G	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=3;PP=537;SC=CTGCCTCCCCGGGGCTCCCGG;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=17595337;WS=17595319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	17596731	rs2236250	C	T	10310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=202;PP=2965;SC=GCACAGGCACCGCTCTCTAGC;SOR=1.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=363;TCF=161;TCR=202;TR=363;WE=17596739;WS=17596721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr20	17597331	rs911347	C	T	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=18;PP=1676;SC=GGCCTGCACTCTTCTGGGATT;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=79;WE=17597339;WS=17597321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	17597361	rs911348	A	G	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=28;PP=2229;SC=TCTGGGGACCAGCTCACCGCC;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=91;TCR=28;TR=119;WE=17597369;WS=17597351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	17599214	rs2328181	T	C	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=19;PP=1909;SC=GTCACACTCCTGGCATGGGGA;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=79;TCR=19;TR=98;WE=17599222;WS=17599204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr20	17600357	rs11960	G	A	10380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.117;SC=CTCCAAATGCGACGTGTGCTC;SOR=0.304;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=375;TCF=198;TCR=177;TR=373;WE=17600365;WS=17600347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,398:1.00:399
chr20	17602028	rs2236253	T	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=23;PP=1665;SC=GGCCACCTCCTGCCCCATAGG;SOR=1.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=86;WE=17602036;WS=17602018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	17605016	rs2236254	T	C	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=5;PP=881;SC=TCCTAGTGCCTCTGTGTGTCC;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=17605024;WS=17605006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	17605240	rs6034867	A	T	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=76;PP=2567;SC=GGTCAGGGAGAGCAGCTTCTC;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=126;WE=17605248;WS=17605230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr20	17606372	rs2295672	T	C	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=100;PP=2965;SC=GGACGGTCCCTTCTGGCTGCC;SOR=1.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=56;TCR=100;TR=156;WE=17606380;WS=17606362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr20	17610729	rs6044917	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=19;PP=497;SC=CTGGTCCATGTGGGAAGGAAA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=17610737;WS=17610719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	17617531	rs6044923	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=217;SC=CCAGCTGCAGTGGGAACGACG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=17617539;WS=17617521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	17622385	rs35748180	G	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=281;SC=TGGATGGGGCGGGGGTCCTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=17622393;WS=17622375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	17639876	rs202069077	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQRankSum=-1.745;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.884;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,20:0.23:86
chr20	17639880	rs367977419	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQRankSum=-2.421;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.326;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,18:0.21:87
chr20	17640009	rs13040917	A	C	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=86;NR=89;PP=2965;SC=GCCCCCTCGGACTTTTTGCCC;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=175;WE=17640017;WS=17639999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr20	17674193	rs68085938	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=434;ReadPosRankSum=-1.106;SC=GAGTGCTAAACACGCCAATTT;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=38;WE=17674201;WS=17674183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,42:0.37:115
chr20	17674451	rs6080781	G	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=346;SC=TGTGTCCAGTGGGAGGAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=17674459;WS=17674441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	17705664	rs2296905	G	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=637;ReadPosRankSum=1.750;SC=CACTGCTGTCGCAGGAGATGG;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=35;WE=17705685;WS=17705654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr20	17705677	rs4814640	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=11;PP=1032;SC=GGAGATGGACAACATGTCTCC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=17705685;WS=17705654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	17705849	rs2296907	C	T	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=81;PP=2699;SC=TTTCTTCCCCCAGTCCTGCCA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=74;TCR=81;TR=155;WE=17705857;WS=17705839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr20	17716416	rs1053993	C	G	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=51;PP=1259;ReadPosRankSum=0.834;SC=GCCCAGCAGACTTCTCACTGC;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=46;TCR=81;TR=79;WE=17716424;WS=17716406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,79:0.64:124
chr20	18022171	rs1571431	C	T	7216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=0.332;SC=ACGCACTCCCCGCTCACCTGT;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=460;TCF=238;TCR=222;TR=310;WE=18022179;WS=18022161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,325:0.67:487
chr20	18118740	rs1205190	T	G	9680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=173;PP=2965;SC=GCGCGCGGCGTCGACCTGGGG;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=345;TCF=172;TCR=173;TR=343;WE=18118748;WS=18118730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr20	18123084	rs78016265	CT	C	459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=246;SC=GTATCTTCATCTTTTTTTTTG;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=13;WE=18123092;WS=18123074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	18139598	rs1205229	C	A	243.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCCTGCCTCTCGTGCTCTGCT;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=18139606;WS=18139588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr20	18142564	rs3828013	A	G	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.163;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=2072;ReadPosRankSum=1.853;SC=TAAAAGAGAAAAGGTCTCGAA;SOR=0.769;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=110;WE=18142572;WS=18142554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,116:0.58:199
chr20	18143117	rs1205193	T	G	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=93;PP=2965;SC=GTGGTTGGGGTCAGAAAGAAG;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=82;TCR=93;TR=175;WE=18143125;WS=18143107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr20	18143355	rs1205194	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=577;ReadPosRankSum=0.884;SC=AAGCTTGTCCCGGTGCTGTTG;SOR=0.697;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=58;WE=18143363;WS=18143345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,58:0.30:192
chr20	18167977	rs2747404	T	C	6325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.580;SC=CAAGCAACCCTGCTATGCTAC;SOR=0.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=122;TCR=99;TR=220;WE=18167985;WS=18167967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr20	18278814	rs34250688	T	TA	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.930;NF=0;NR=12;PP=435;ReadPosRankSum=0.644;SC=CAATTCCTCTTACTTGCTCCC;SOR=0.560;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=12;WE=18278822;WS=18278804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr20	18287450	rs11368034	TA	T	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.912;NF=0;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=-1.362;SC=AATGGAATTCTAAAAAAAACT;SOR=0.190;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=18287458;WS=18287440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr20	18290979	rs7274963	A	G	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=65;PP=1518;ReadPosRankSum=0.906;SC=CGGTTTCATTATTCTATATTT;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=50;TCR=105;TR=96;WE=18290987;WS=18290969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,96:0.62:155
chr20	18291064	rs2424155	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TTAATTTTCTCGGCTGTTTCA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=21;WE=18291072;WS=18291054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr20	18295730	rs34099160	C	T	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=31;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.707;SC=AGAGCCAGAGCTCTACCTCGA;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=86;WE=18295738;WS=18295720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,89:0.67:133
chr20	18296072	rs1033545	T	A	8552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.70;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr20	18296072	.	TCAGG	ACAGA,ACAGG	2581	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=66,100;NR=68,105;PP=2581,841;QD=20;SC=CCCAGCTCAGTCAGGGAACCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=101;TCR=105;TR=134,205;WE=18296084;WS=18296062;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.65:206
chr20	18296076	rs2228273	G	A	3668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.391;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,150:0.67:223
chr20	18361603	rs1883938	T	C	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=2.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,62:0.30:209
chr20	18375252	rs201687729	T	C	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=757;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CGTCTCACATTGGGACCATCA;SOR=0.616;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=46;WE=18375260;WS=18375242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr20	18377029	rs2295069	A	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=14;PP=1159;ReadPosRankSum=-1.242;SC=TTTCCTTTCTATGGATTACAC;SOR=0.590;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=77;TCR=21;TR=62;WE=18377037;WS=18377019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,68:0.65:104
chr20	18377353	rs74805733	G	A	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=551;ReadPosRankSum=-1.893;SC=AAAACTAGACGAGATAAATAG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=25;WE=18377361;WS=18377343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr20	18393312	rs6075337	C	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=22;PP=1271;SC=TGATGGCTGTCAGGAGGGGTT;SOR=1.263;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=18393320;WS=18393302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	18393499	rs6075338	C	T	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=48;PP=1468;SC=ACATCGGGGCCATGCGTGAGG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=82;WE=18393507;WS=18393489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	18395988	rs6035037	C	T	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=70;PP=2916;SC=CCACACCAGCCGCAGAAGGAC;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=106;TCR=70;TR=176;WE=18395996;WS=18395978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr20	18414356	rs6035042	A	G	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=53;PP=2098;SC=CACACACCACACAGATGGGAG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=115;WE=18414364;WS=18414346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr20	18429497	rs6081147	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.77;MQRankSum=0.136;QD=18.28;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr20	18432690	rs2424196	T	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.708;NF=0;NR=19;PP=349;ReadPosRankSum=0.580;SC=CAACCATACCTGACCGTTAGA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=19;WE=18432698;WS=18432680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr20	18433335	rs41276436	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,47:0.27:173
chr20	18433457	rs16979192	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.632;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=0.415;SC=ATCTTCACAGCGGGAGACCTT;SOR=0.097;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=19;WE=18433465;WS=18433447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr20	18434306	rs76713485	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr20	18435800	rs6045413	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=771;ReadPosRankSum=1.151;SC=TGTGAGCAGAGGTAAGGTAAT;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=108;TCR=52;TR=48;WE=18435808;WS=18435790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,50:0.29:171
chr20	18445963	rs6035051	A	G	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.343;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,106:0.32:329
chr20	18446024	rs6111974	C	A	3187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.71;MQRankSum=0.950;QD=22.45;ReadPosRankSum=2.150;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,129:0.91:142
chr20	18446024	.	CT	AT	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=81;MMLQ=25;MQ=60.54;NF=41,0;NR=92,45;PP=2962,344;QD=20;SC=CTCTCTCTCTCTATATATATA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=46;TCR=102;TR=133,45;WE=18446032;WS=18446014;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,133:0.90:148
chr20	18446024	.	CT	CTAT	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=81;MMLQ=25;MQ=60.54;NF=41,0;NR=92,45;PP=2962,344;QD=20;SC=CTCTCTCTCTCTATATATATA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=46;TCR=102;TR=133,45;WE=18446032;WS=18446014;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr20	18446050	rs111987137	A	ATGTGCACTTATAGC	3794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=43;PP=2900;SC=ATAAATTCCAATGTACACAAA;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=0;TCR=68;TR=43;WE=18446058;WS=18446040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	18448079	rs1474974	C	A	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=25;PP=1798;SC=TCCACTGGTTCCCCGGGTTCC;SOR=2.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=70;TCR=25;TR=95;WE=18448087;WS=18448069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	18460614	rs6035056	A	T	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=21;PP=1694;SC=CTGTTCCAAAATATAGGTGTT;SOR=2.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=83;WE=18460622;WS=18460604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	18460641	rs6081160	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=531;ReadPosRankSum=0.720;SC=TTTGGAAATTGTTATCTTATA;SOR=0.490;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=48;WE=18460649;WS=18460631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,48:0.32:150
chr20	18461237	rs57962043	GT	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5955;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.452;NF=0;NR=26;PP=292;ReadPosRankSum=0.941;SC=GACCCACATTGTTTTTTTTTT;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=26;WE=18461246;WS=18461226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr20	18462421	rs1055171	A	G	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=124;PP=2965;SC=TCCCTCCCACAGGTTTGGTCC;SOR=1.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=61;TCR=124;TR=185;WE=18462429;WS=18462411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr20	18462492	rs4813332	A	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=33;PP=947;SC=TTGACTGCCCACGGGTGCAAG;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=18462500;WS=18462482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	18462518	rs6111983	C	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=24;PP=666;SC=CATTAAGAAACAGAGCAAGCA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=18462526;WS=18462508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	18464110	rs3827965	T	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.87;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	18470646	rs3748449	A	C	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.599;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TATGGGGAAAAAAAAATGATC;SOR=0.348;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=65;WE=18470654;WS=18470636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,71:0.76:94
chr20	18470664	rs3748450	A	G	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=42;PP=1388;SC=ATCTTTCAGTACCCATGGATA;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=18470672;WS=18470654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	18470980	rs2424217	A	G	10526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=218;NR=144;PP=2965;SC=TTTACAACCTAAACAGACAGC;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=220;TCR=144;TR=362;WE=18470988;WS=18470970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr20	18477614	rs2247746	A	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.220;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=904;ReadPosRankSum=0.758;SC=GGGCTTTGCTAGAGGGGATTA;SOR=0.566;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=188;TCF=120;TCR=68;TR=66;WE=18477622;WS=18477604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,68:0.35:196
chr20	18477870	rs2247757	T	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=481;ReadPosRankSum=0.018;SC=CCCAGCCTGCTCCCGCAGGGA;SOR=0.743;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=34;WE=18477878;WS=18477860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr20	18505403	rs3762200	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GCCCAGGCTGGAGTTCAGTGG;SOR=0.984;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=11;WE=18505411;WS=18505393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr20	18505563	.	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,14:0.18:78
chr20	18506616	rs911115	T	C	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=50;PP=1253;SC=ATCATACAAATGTGCTCTCAG;SOR=1.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=18506624;WS=18506606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	18506677	rs1109030	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=0.561;SC=CTAAGTCAACCGTCTGTGTTA;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=14;WE=18506685;WS=18506667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr20	18511456	rs6081189	A	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.67;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr20	18522933	rs2273525	C	T	2848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=49;PP=1938;ReadPosRankSum=2.526;SC=GGCCTCTCATCCTACAGCACA;SOR=0.584;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=199;TCF=124;TCR=75;TR=121;WE=18522941;WS=18522923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,126:0.59:212
chr20	18529233	rs3736775	T	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,43:0.28:154
chr20	18535982	rs1555363	A	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=496;SC=GAATAACATTACTGGGCCGGA;SOR=5.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=18535990;WS=18535972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	18548411	rs6035077	T	G	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=1181;ReadPosRankSum=0.282;SC=AGAACTAGACTCCAGGAATTA;SOR=1.402;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=30;WE=18548433;WS=18548401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr20	18548425	rs6075366	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=651;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GGAATTATTAATACCTTGTAA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=15;WE=18548433;WS=18548401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr20	18568902	rs6075371	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CTCGGTCCGCGCAGCCGCGAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=18568910;WS=18568892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr20	18568918	rs6075372	A	G	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=52;SC=GCGAGTCCCCAGGGCCGGCTT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=18568926;WS=18568908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	18576912	rs1884875	C	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=27;PP=835;SC=CATCCAGGAACGGGTCTTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=18576920;WS=18576902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	18608937	rs3818221	C	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=1.856;SC=TCCCTTTAGTCCCTGGAAGAG;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=18608945;WS=18608927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr20	18794714	rs1053834	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,44:0.26:168
chr20	18794754	rs1053839	C	T	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,40:0.26:156
chr20	18806046	rs6136525	C	T	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=43;PP=1737;SC=GTTAGCTCAGCGATAACAATA;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=102;WE=18806054;WS=18806036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr20	18810705	rs6136530	C	T	11922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=194;NR=222;PP=2965;SC=TTTGCTTGGACCATGAAGGAA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=416;TCF=194;TCR=222;TR=416;WE=18810713;WS=18810695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr20	19261623	rs1569767	G	A	6573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=88;PP=2965;SC=CATGGACCTCGTAGGGGAAGA;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=229;TCF=139;TCR=90;TR=227;WE=19261631;WS=19261613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr20	19261922	rs3790176	G	A	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=75;SC=CTCTGTGTTCGTTTTCTACTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=19261930;WS=19261912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	19560555	rs11087288	GA	G	5770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.08;NF=59;NR=41;PP=2967;SC=GATGACAGAAGACATTATCAA;SOR=1.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=100;WE=19560563;WS=19560545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr20	19560664	rs3790261	G	A	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.736;NF=62;NR=79;PP=2000;ReadPosRankSum=1.219;SC=TGTTCTATGCGCTGGCCATTG;SOR=0.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=96;TCR=123;TR=141;WE=19560672;WS=19560654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,157:0.65:240
chr20	19565693	rs3790267	G	A	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=5.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,56:0.27:205
chr20	19634732	rs3790278	G	A	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=80;PP=2917;SC=CCTGGTGCCTGCTGAGGGATT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=103;TCR=80;TR=182;WE=19634740;WS=19634722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr20	19634747	rs3790279	T	C	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=75;PP=2965;SC=GGGATTCTATTTACTACACGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=93;TCR=75;TR=168;WE=19634755;WS=19634737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr20	19646436	.	CGTGT	C,CGT	745.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.462;QD=22.60;ReadPosRankSum=0.606;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,16,14:0.48,0.42:33
chr20	19654454	rs1406971	A	G	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=40;PP=1247;SC=GAGTCACTGTAATTTTGATTA;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=19654462;WS=19654444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	19677615	rs113059140	AAGGGAGGGAGGG	A	1740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.33;QD=41.45;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	19951534	rs3803981	T	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=867;ReadPosRankSum=0.935;SC=AACAGCCAAGTCGGAGGCTCA;SOR=1.005;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=273;TCF=135;TCR=138;TR=79;WE=19951542;WS=19951524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,86:0.29:299
chr20	19970705	rs2076584	C	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.036;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=636;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TCAAGGGGCACGTGGAGGCCA;SOR=0.542;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=104;TCR=55;TR=56;WE=19970713;WS=19970695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,63:0.37:169
chr20	20013259	.	AT	A	1632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.426;NF=11;NR=26;PP=1154;ReadPosRankSum=0.258;SC=ATAGAGTACTATTCGGCCAGC;SOR=0.597;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=106;TCF=24;TCR=82;TR=37;WE=20013267;WS=20013249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,59:0.33:177
chr20	20032998	rs2255255	T	C	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=29;PP=1298;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TCTGCAGCAGTCGACCTCTGG;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=305;TCF=206;TCR=99;TR=93;WE=20033006;WS=20032988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,94:0.30:312
chr20	20033137	rs2255258	T	A	3708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=108;PP=2387;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GACCTCTCGCTTGAGCCGTGA;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=562;TCF=260;TCR=302;TR=197;WE=20033145;WS=20033127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,200:0.34:582
chr20	20033242	rs2273057	A	T	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.117;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=843;ReadPosRankSum=-1.411;SC=TGAGGTGGGTAACGCCGTGCT;SOR=0.903;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=162;TCF=61;TCR=101;TR=57;WE=20033250;WS=20033232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,58:0.34:170
chr20	20033319	rs2273058	A	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=570;ReadPosRankSum=1.522;SC=AGCCTCCGGAACTGGGATGAC;SOR=0.669;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=42;WE=20033327;WS=20033309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,47:0.33:142
chr20	20033367	rs7508949	C	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=911;ReadPosRankSum=-1.344;SC=CCGTGGCGCCCTGCAAGGGAG;SOR=0.882;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=39;WE=20033388;WS=20033357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,51:0.39:132
chr20	20033380	rs3817995	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,42:0.37:113
chr20	20033423	rs6046572	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=2.130;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr20	20037222	rs1509573	T	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CAGTTTTGTGTGTATTATAAC;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=20037230;WS=20037212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr20	20050397	rs200183	G	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=35;PP=838;ReadPosRankSum=-0.208;SC=AGATTTTCTCGTTCTTGTCTG;SOR=0.550;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=270;TCF=160;TCR=110;TR=81;WE=20050405;WS=20050387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,83:0.30:276
chr20	20056038	rs11482118	T	TA	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=433;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TTAGAACAATTAAGCACAATT;SOR=0.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=13;WE=20056046;WS=20056028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr20	20071634	rs6046614	T	C	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.712;SC=AGTGACTGATTCATGTGGGAA;SOR=0.601;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=244;TCF=95;TCR=149;TR=80;WE=20071642;WS=20071624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,82:0.32:253
chr20	20123624	rs7265615	G	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=207;ReadPosRankSum=-1.325;SC=TGCCTAGGGTGGGGGGATGGG;SOR=0.340;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=14;WE=20123632;WS=20123614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr20	20139951	rs11475376	GC	G	3865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.276;NF=46;NR=42;PP=2965;ReadPosRankSum=1.417;SC=TTGCTCCAGAGCTTGGACTCT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=88;WE=20139959;WS=20139941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr20	20140196	rs2179823	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=774;SC=TCCCTGCCTGTCTCCACCAGT;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=20140204;WS=20140186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr20	20146875	rs6046679	C	T	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=490;SC=TACTGACATACGAAGCTTGCG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=20146883;WS=20146865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr20	20150182	rs6112802	A	T	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=47;PP=1497;SC=CCCTGCTATTATAATTTAATA;SOR=1.375;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=20150190;WS=20150172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr20	20152462	rs996197	A	C	8817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=174;NR=144;PP=2965;SC=GCATCACCAGAGTGTCAAAGG;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=318;TCF=174;TCR=144;TR=318;WE=20152470;WS=20152452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr20	20152581	rs2328500	G	A	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=73;PP=2093;SC=ACAGGGAAGGGTGGAATGAGA;SOR=2.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=19;TCR=73;TR=92;WE=20152589;WS=20152571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr20	20168497	rs2179825	A	G	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=687;SC=AGTGTGATATATTACAATTCT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=20168505;WS=20168487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	20243562	rs41279010	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=196;ReadPosRankSum=-1.095;SC=CACTTTATCTATTATCACTGA;SOR=0.518;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=17;WE=20243570;WS=20243552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr20	20269631	rs1410263	C	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=0.505;SC=TTAGGTATGGCTCAGCAGTCA;SOR=0.291;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=25;WE=20269639;WS=20269621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr20	20350516	rs6137007	T	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=56;PP=1577;SC=CGCCCTGCACTCCCCGAACCC;SOR=4.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=61;WE=20350524;WS=20350506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	20377421	rs11426947	A	AC	12430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=31.47;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr20	20493222	rs35039408	G	A	3951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=72;PP=2738;ReadPosRankSum=-0.076;SC=AGGGTCCTCGGGGCTCCACTG;SOR=0.576;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=238;TCF=136;TCR=102;TR=160;WE=20493230;WS=20493212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,170:0.67:252
chr20	20582599	rs117509135	T	G	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr20	20609964	rs11471446	A	AACAC	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-1.952;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr20	21106714	rs5840900	C	CG	3500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=2079;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CCCGGCCGAACGGCCACCCAG;SOR=0.639;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=124;TCF=45;TCR=79;TR=56;WE=21106722;WS=21106704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,118:0.53:224
chr20	21117240	rs11476720	GT	G	189.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.612;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr20	21126194	rs6047271	C	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=353;ReadPosRankSum=-1.225;SC=ATCAAACTTTCTTTATATTTA;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=25;WE=21126202;WS=21126184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr20	21142454	rs73133315	A	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr20	21142523	rs4815025	C	G	4751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=2.442;SC=TTGCAGTGCACGAGGGGATTA;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=183;TCR=111;TR=199;WE=21142531;WS=21142513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,201:0.68:296
chr20	21142813	rs2236178	T	C	6830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.408;SC=GGTGAGAAAATGCCAGTCACA;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=437;TCF=213;TCR=224;TR=294;WE=21142821;WS=21142803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,306:0.67:454
chr20	21186161	rs11087346	A	AG	6628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=60;PP=2936;SC=AGACGTACCGAGGCACAGGTG;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=87;WE=21186169;WS=21186151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr20	21227314	rs6047326	C	T	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=38;PP=1056;SC=AGTTTTCTCACTGTTTTATGG;SOR=7.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=38;WE=21227322;WS=21227304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	21307107	rs2296728	A	G	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1144;ReadPosRankSum=-1.051;SC=ATTATATTACATTGTTTGGTT;SOR=0.497;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=76;WE=21307115;WS=21307097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,85:0.70:122
chr20	21312288	rs202837	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=-1.449;SC=CTTACTTACCAATATTTGATT;SOR=0.283;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=13;WE=21312296;WS=21312278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr20	21313109	rs11481754	T	TA	1513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.533;NF=2;NR=57;PP=670;ReadPosRankSum=-0.440;SC=GTTGCCTCATTAAAAAAAAAA;SOR=0.522;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=4;TCR=123;TR=59;WE=21313117;WS=21313099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,76:0.57:134
chr20	21314079	rs202840	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=186;ReadPosRankSum=-0.411;SC=ACTTGTGATATTAAAATGGAT;SOR=0.175;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=16;WE=21314087;WS=21314069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr20	21319828	rs202844	A	G	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=38;PP=1380;SC=AGTAGGACTTAGTCAGGGACG;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=21319836;WS=21319818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	21321294	rs202845	C	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=38;NR=1;PP=1047;SC=GCCCTTCTTTCCTTTCTGTCA;SOR=6.043;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=39;WE=21321302;WS=21321284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	21328715	rs11087351	GT	G	1123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=811;SC=TCTAATTTTTGTTTTTTTTAA;SOR=3.365;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=35;WE=21328723;WS=21328705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	21336825	rs3787500	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=47;PP=1080;ReadPosRankSum=0.329;SC=GGTATGTTACGCAATTTGGTT;SOR=1.024;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=75;WE=21336833;WS=21336815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,80:0.65:123
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chr20	22562674	rs1212275	T	C	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,78:0.37:213
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chr20	23065342	rs3746732	A	G	8311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=162;PP=2965;SC=CTGTTGCAGCACGGGGCACGG;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=147;TCR=164;TR=308;WE=23065350;WS=23065332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr20	23334781	rs41282288	C	T	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=61;PP=2187;ReadPosRankSum=-0.587;SC=GCGGCGTTTGCTGTCCCGCCT;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=114;TCR=91;TR=138;WE=23334789;WS=23334771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,146:0.68:215
chr20	23345844	rs6048760	A	C	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.233;NF=62;NR=39;PP=1483;ReadPosRankSum=1.158;SC=GAGATGGAGCAGGTTTCCAAA;SOR=0.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=103;TCR=67;TR=101;WE=23345852;WS=23345834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,110:0.61:181
chr20	23346515	rs6137910	C	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=558;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TTCGAGACAGCGTTTAGTTCT;SOR=0.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=36;WE=23346523;WS=23346505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr20	23347553	rs999072	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TTGGAGTAAACGATTTTTGCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=23347561;WS=23347543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	23350525	rs17830281	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=477;ReadPosRankSum=-0.290;SC=GGAACGCTCACGGAATGAATG;SOR=1.296;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=25;WE=23350533;WS=23350515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr20	23360369	rs6137917	G	A	537.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5747;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=312;ReadPosRankSum=1.049;SC=CCTATAATACGAAAGCAGGAA;SOR=1.101;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=21;WE=23360377;WS=23360359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr20	23377642	rs3736755	C	T	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=25;PP=977;ReadPosRankSum=0.041;SC=CTGACCTTAACGTTGAGGGAA;SOR=0.642;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=72;WE=23377650;WS=23377632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,77:0.62:125
chr20	23401904	.	ACC	A,AC	4435.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.355;QD=27.21;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,116,42:0.71,0.26:163
chr20	23421101	rs17757442	G	A	7618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=3.021;SC=CGAGTCCAGAGGCTAATTCGA;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=467;TCF=217;TCR=250;TR=308;WE=23421109;WS=23421091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,321:0.65:491
chr20	23424613	rs3746736	T	C	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.688;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=42;PP=1656;ReadPosRankSum=0.378;SC=GAAGATTGGCTGGACCAAATG;SOR=0.452;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=175;TCF=114;TCR=61;TR=112;WE=23424621;WS=23424603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,117:0.64:183
chr20	23424638	rs3746737	C	T	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=56;PP=2157;ReadPosRankSum=-0.245;SC=AGGAATGACACGAGCAATTCT;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=219;TCF=134;TCR=85;TR=140;WE=23424646;WS=23424628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,151:0.64:235
chr20	23432528	rs2236021	A	G	3831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=100;PP=2445;ReadPosRankSum=1.183;SC=GCATTTCCACATTCAGGTGAT;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=68;TCR=142;TR=149;WE=23432536;WS=23432518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,162:0.73:223
chr20	23472391	rs2983288	A	G	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=85;PP=2965;SC=AGAATGAGACAGGGGTGCTGA;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=118;TCR=86;TR=202;WE=23472400;WS=23472380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr20	23528536	rs6076084	T	C	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=841;ReadPosRankSum=-2.192;SC=GGGCTTGGGATGCAGAAGCTT;SOR=1.027;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=68;WE=23528544;WS=23528526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr20	23528662	rs6083145	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=0.611;SC=GACTTTCAGGGTGATCTGTGG;SOR=0.175;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=6;WE=23528670;WS=23528652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr20	23529377	rs3004129	G	A	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=19;PP=1162;SC=ACCTGTGTCCGCACCACACCC;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=23529396;WS=23529367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr20	23529388	rs2983611	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=199;ReadPosRankSum=1.295;SC=CACCACACCCCATGCGGCATC;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=21;WE=23529396;WS=23529367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr20	23529418	rs6083147	G	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=918;ReadPosRankSum=0.120;SC=ATCCAGGAGGGAAGCTGGTGT;SOR=0.875;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=59;WE=23529426;WS=23529408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr20	23530941	rs1028560	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=355;ReadPosRankSum=2.092;SC=TAGACTACAAATGGTGAACCA;SOR=1.127;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=15;WE=23530949;WS=23530931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr20	23531276	rs1028561	G	A	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1328;ReadPosRankSum=0.280;SC=CCTGCTCGGCGGCAGACTCCA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=80;WE=23531284;WS=23531266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,86:0.69:124
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chr20	23548774	rs2983617	T	C	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=20;PP=1676;SC=AGACCCCCTGTCCCCACCCCA;SOR=2.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=80;WE=23548782;WS=23548764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	23549166	rs6083172	C	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=432;ReadPosRankSum=-0.092;SC=CAGACCCAGCCCTTAATCTTA;SOR=1.402;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=22;WE=23549174;WS=23549156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr20	23584116	rs726217	G	A	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=24;PP=1921;SC=TAAGGCACAAGCAGGGCAGCC;SOR=1.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=73;TCR=24;TR=97;WE=23584124;WS=23584106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	23586184	rs2983639	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=15;PP=1045;SC=AGACTAGACATCTTGGTCCCT;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=23586192;WS=23586174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	23586360	rs2983640	G	A	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=80;PP=2965;SC=ACTGTGGCGAGGAACATAGGA;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=173;WE=23586368;WS=23586350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr20	23615819	.	TCA	T	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=542;ReadPosRankSum=1.077;SC=AACATGTGCATCACACACACA;SOR=0.919;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=20;WE=23615832;WS=23615809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr20	23618395	rs6138024	T	C	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=41;PP=1504;SC=GGCCTCCCACTAGGCGCGGCG;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=73;WE=23618403;WS=23618385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	23729722	rs3188314	G	T	22688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=850;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-1.258;NF=469;NR=380;PP=2965;ReadPosRankSum=1.000;SC=TACATATGGTGCGGCCCACCT;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=853;TCF=470;TCR=383;TR=849;WE=23729730;WS=23729712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,844:1.00:846
chr20	23805832	rs6036548	G	A	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.165;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.310;NF=87;NR=17;PP=1896;ReadPosRankSum=0.315;SC=CCTGGGACCCGCATCAGGAAC;SOR=0.220;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=154;TCF=132;TCR=22;TR=104;WE=23805840;WS=23805822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,117:0.70:167
chr20	23807028	rs4407312	A	C	5152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=1.023;SC=GGCAACAAACAAGGCTGGGAC;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=380;TCF=195;TCR=185;TR=228;WE=23807036;WS=23807018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,235:0.58:403
chr20	24524218	rs4815274	C	G	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=76;PP=2432;SC=CTGGAGGTCACAGGATGTGTT;SOR=2.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=105;WE=24524226;WS=24524208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	24524245	rs4813519	A	G	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=55;PP=1657;SC=AGGCCCTCTAAGAATGTGTGA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=12;TCR=55;TR=67;WE=24524253;WS=24524235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	24645939	rs2892217	G	A	7579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=157;NR=112;PP=2965;SC=TGCTTGTTCCGACTTGCTTAC;SOR=1.046;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=157;TCR=112;TR=269;WE=24645947;WS=24645929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr20	24930365	.	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=434;ReadPosRankSum=0.617;SC=AGGGGCAAGGGGCTCCATCTG;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=24;WE=24930373;WS=24930355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr20	25004071	rs4813543	G	T	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=13;PP=1107;SC=ATATGACCTCGCCTCAAACTG;SOR=2.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=52;WE=25004079;WS=25004061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr20	25027526	rs6083730	G	A	5599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.420;SC=TAAGAAATGCGTGCTGTATAG;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=386;TCF=197;TCR=189;TR=250;WE=25027534;WS=25027516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,256:0.64:400
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chr20	25027692	rs6115015	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=-0.571;SC=AGCATCACTCGTCTGCCTCCA;SOR=0.622;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=15;WE=25027700;WS=25027682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr20	25038372	rs62217194	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.908;SC=CCCAAGAGTTGGGGGCGTCCT;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=315;TCF=183;TCR=132;TR=102;WE=25038380;WS=25038362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,103:0.32:323
chr20	25038798	rs7265950	C	T	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=53;SC=CCCGGGGCGCCCCGTGGAGTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=25038806;WS=25038788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr20	25059381	rs56157240	A	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=950;ReadPosRankSum=1.390;SC=GCTATAGAGAAGGGACTGCTG;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=132;TCR=93;TR=81;WE=25059389;WS=25059371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,82:0.34:243
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chr20	25062001	rs7344824	T	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=813;ReadPosRankSum=-1.032;SC=GGGGGAAAAATGGCCCTCTGG;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=70;WE=25062009;WS=25061991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,75:0.35:217
chr20	25062145	rs6050306	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=594;ReadPosRankSum=0.025;SC=GGGCAGGCGGCGCAGCTCCGC;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=167;TCF=72;TCR=95;TR=55;WE=25062153;WS=25062135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,55:0.32:172
chr20	25176296	rs6083773	A	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	25190598	rs1007707	A	G	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=56;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GTTCAACTGCAGAATGTGTTC;SOR=0.427;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=114;TCF=33;TCR=81;TR=80;WE=25190606;WS=25190588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,83:0.70:118
chr20	25193849	rs6115089	C	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=811;ReadPosRankSum=0.640;SC=CACGTGTGACCCTGTATGCTG;SOR=0.794;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=147;TCF=102;TCR=45;TR=58;WE=25193857;WS=25193839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,57:0.37:154
chr20	25195394	rs6050445	C	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=110;SC=CAGATTTTTTCGTTCTTCTCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=25195402;WS=25195384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	25195509	rs6050446	A	G	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=34;PP=1754;SC=TTAGGTGAAAAAAGTATTTAA;SOR=1.222;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=99;WE=25195517;WS=25195499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	25197982	rs4815394	T	C	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=30;PP=2133;SC=ATTGGCTCCTTATTGCCTGCT;SOR=1.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=98;WE=25197990;WS=25197972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr20	25229231	rs2273473	C	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.422;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=150;ReadPosRankSum=-1.886;SC=GTCGGCGGGGCCCGGGCGTCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=25229239;WS=25229221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr20	25252161	rs2281559	C	T	3887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=107;PP=2792;ReadPosRankSum=-0.498;SC=TTCCAGCTCTCGTTCACACAA;SOR=1.006;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=256;TCF=97;TCR=159;TR=163;WE=25252169;WS=25252151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,168:0.61:277
chr20	25257215	rs2254046	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=624;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AGGCTGGGCCGGGGAGAGGCA;SOR=0.304;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=33;WE=25257223;WS=25257205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr20	25257260	rs2257370	G	C	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=26;PP=1741;ReadPosRankSum=1.661;SC=ACTCCGTCCTGAGCAACCCGT;SOR=0.579;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=175;TCF=130;TCR=45;TR=97;WE=25257268;WS=25257250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,107:0.60:178
chr20	25257462	rs2424699	G	A	5268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.186;SC=CTCGCCCACAGCCTTTACCGC;SOR=0.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=334;TCF=133;TCR=201;TR=233;WE=25257470;WS=25257452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,241:0.70:346
chr20	25258916	rs11466827	G	GCCCTGGGACTGGGTCATGGGGCATGTGCC	1051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.27;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr20	25259006	rs2228976	G	T	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=40;PP=1916;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CGTGGTGGCCGCCACGCTCCA;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=137;TCR=74;TR=118;WE=25259014;WS=25258996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,130:0.58:224
chr20	25259200	rs2261109	T	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=902;ReadPosRankSum=1.370;SC=AGTGGAATGGTACATGCCCCT;SOR=0.376;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=51;WE=25259208;WS=25259190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr20	25259807	rs2261115	G	A	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.037;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=66;PP=1695;ReadPosRankSum=-1.185;SC=GGAAAAGGGCGGCACCTCCCC;SOR=0.873;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=60;TCR=102;TR=102;WE=25259815;WS=25259797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,105:0.62:169
chr20	25260931	rs2227890	A	G	5710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=0.798;SC=AGACCTGTGCATACACCAACC;SOR=0.853;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=405;TCF=215;TCR=190;TR=247;WE=25260939;WS=25260921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,268:0.62:434
chr20	25261784	rs2261747	G	A	3718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=103;PP=2450;ReadPosRankSum=0.312;SC=GGCCAGCTCTGTCTGACACCC;SOR=0.858;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=231;TCF=81;TCR=150;TR=155;WE=25261799;WS=25261774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,162:0.67:241
chr20	25262536	rs10582106	TCTC	T	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=400;ReadPosRankSum=-1.435;SC=GTCACTCTGTTCTCCTTAGAA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=10;WE=25262546;WS=25262526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr20	25262769	rs2227891	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=808;ReadPosRankSum=2.145;SC=GGGGCTGGCCGATACCATCGT;SOR=0.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=49;WE=25262777;WS=25262759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
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chr20	25263648	rs2145126	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=371;ReadPosRankSum=0.596;SC=AGGGGCTGCTGGGGTAACCCT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=19;WE=25263656;WS=25263638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
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chr20	25270339	rs2257991	T	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=1;PP=1032;ReadPosRankSum=0.154;SC=GCAGGAAGAATTGTAGCAAAA;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=69;TCR=1;TR=47;WE=25270347;WS=25270329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr20	25271033	rs2258053	C	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.301;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=197;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCCTCACCCCCCTACAGACCC;SOR=0.263;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=15;WE=25271041;WS=25271024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr20	25271086	rs2257432	T	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=697;ReadPosRankSum=1.934;SC=AAGGCATTTTTGTGCTAAAAA;SOR=0.468;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=47;WE=25271094;WS=25271076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr20	25271326	rs2258066	C	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.487;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=811;ReadPosRankSum=0.893;SC=GTACTGGCCCCGGGCCTTTCA;SOR=0.250;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=50;WE=25271334;WS=25271316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr20	25275553	rs16436	GTTAGTT	G	2389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=1973;SC=CTGCCTTTGGGTTAGTTTTAG;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=36;WE=25275566;WS=25275543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	25275843	rs2258719	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=1.118;SC=AGACTTAAGACGGCAAATGGA;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=16;WE=25275851;WS=25275833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr20	25276297	rs1130694	G	A	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=50;PP=1504;ReadPosRankSum=1.817;SC=AGGTGGACCAGCTGTACCGGG;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=105;TCR=78;TR=115;WE=25276305;WS=25276287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,128:0.64:201
chr20	25276343	rs2258728	G	A	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=53;PP=1521;ReadPosRankSum=-0.783;SC=GGGAGCAGCTGGGTGGGTCCA;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=120;WE=25276351;WS=25276333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,134:0.68:198
chr20	25276398	.	A	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=557;ReadPosRankSum=0.649;SC=AGCTGAGTAGATTCTTGGCCT;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=68;TCR=75;TR=47;WE=25276406;WS=25276388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,49:0.32:155
chr20	25281398	rs2424708	C	T	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=9;PP=1048;ReadPosRankSum=-0.522;SC=GCCGGCCCCCCGGGGCTTCAG;SOR=1.038;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=64;TCR=14;TR=53;WE=25281406;WS=25281388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr20	25282944	rs10966	A	G	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=793;ReadPosRankSum=0.880;SC=GAACTTTGAAATCTCGGAAGC;SOR=0.654;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=61;WE=25282952;WS=25282934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,67:0.71:94
chr20	25284343	rs2260197	T	C	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=100;PP=2798;SC=GGCAGGGATCTGGGTTCAGGG;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=82;TCR=101;TR=182;WE=25284351;WS=25284333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr20	25288632	rs6107027	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=3.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.041;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr20	25295787	rs2297496	T	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=253;ReadPosRankSum=0.357;SC=AGATGCCAACTGCCACTGCAG;SOR=0.495;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=19;WE=25295795;WS=25295777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr20	25320228	rs6050544	T	A	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=37;PP=1266;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TTGAAAGACATAGAAATAGCT;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=269;TCF=163;TCR=106;TR=100;WE=25320236;WS=25320218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,105:0.37:285
chr20	25371112	rs139848340	GGCCCCC	G	666.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=355;ReadPosRankSum=0.512;SC=GTGAGGGACCGGCCCCCCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=14;WE=25371133;WS=25371102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr20	25371125	rs77202707	C	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.47;ReadPosRankSum=2.521;SOR=1.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr20	25371378	rs145380090	G	GGCCTCCGCC	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=1031;ReadPosRankSum=0.616;SC=GGCGCCCGCTGGCCTGCGCCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=3;WE=25371386;WS=25371368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr20	25398876	rs4815425	G	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=522;ReadPosRankSum=-0.718;SC=AAATGCTAAAGTTCTGGCATT;SOR=1.075;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=116;TCF=38;TCR=78;TR=32;WE=25398884;WS=25398866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,34:0.28:121
chr20	25426693	rs5841057	CA	C	3306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.765;NF=8;NR=49;PP=2342;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTCTCTCCACCACTCCCTTCA;SOR=0.983;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=57;WE=25426701;WS=25426683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,94:0.63:150
chr20	25434014	rs16987764	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.745;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
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chr20	25442992	rs2387889	C	G	860.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr20	25443278	rs113237945	A	ATTTGTTTTGT	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.441;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=1470;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTAAGTAGTCATTTGTTTTGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=25443286;WS=25443268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr20	25447896	rs404394	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=438;ReadPosRankSum=0.710;SC=CCTGGGGGCCAGTCAGCAACT;SOR=2.232;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=26;WE=25447904;WS=25447886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr20	25447931	rs404148	A	G	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=15;PP=1770;SC=TTAGAAGAATATTCTCTACTT;SOR=2.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=81;WE=25447939;WS=25447921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	25456888	rs437635	A	G	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=2084;ReadPosRankSum=1.699;SC=CAACCTCCACACTGTGCTTGT;SOR=0.530;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=130;WE=25456896;WS=25456878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,136:0.63:215
chr20	25457049	rs68078266	GCTCCCA	G	5370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.440;NF=34;NR=50;PP=2942;ReadPosRankSum=1.770;SC=CTCAGGGGTGGCTCCCACATC;SOR=0.516;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=84;WE=25457062;WS=25457039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,136:0.66:205
chr20	25459660	rs148734140	T	C	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,84:0.33:253
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chr20	25469844	rs2072977	A	G	7381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CAGAGCCTGGACATGAGACTA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=516;TCF=282;TCR=234;TR=328;WE=25469852;WS=25469834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,333:0.64:524
chr20	25470056	rs431579	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=386;ReadPosRankSum=0.404;SC=GCCCAGCTTCTGCCAACACCA;SOR=0.416;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=24;WE=25470064;WS=25470046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr20	25472182	.	C	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=63;PP=1095;ReadPosRankSum=0.467;SC=TCACACATCACACGTCAGACA;SOR=0.851;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=341;TCF=146;TCR=195;TR=104;WE=25472190;WS=25472172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,105:0.30:352
chr20	25479058	rs400357	A	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=525;ReadPosRankSum=0.413;SC=TCCCTCCCTGATCCAGGGCCT;SOR=0.910;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=38;WE=25479066;WS=25479048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr20	25520566	rs148775678	C	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=511;ReadPosRankSum=3.287;SC=CACTGCACACCCCTGCGGGTT;SOR=1.501;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=31;WE=25520574;WS=25520556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr20	25520827	rs11472175	A	AAC	7890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=92;PP=2930;SC=GATAAAAAGCAACAGTTTCTC;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=9;TCR=104;TR=100;WE=25520835;WS=25520817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr20	25666807	rs926486	C	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=451;ReadPosRankSum=0.734;SC=GTTGCACTCACGCAGTTGGAG;SOR=0.210;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=31;WE=25666815;WS=25666797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr20	25745709	rs3865552	G	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.164;NF=35;NR=60;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.643;SC=TGGAAACACAGGAGAAAGTTC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=243;TCF=91;TCR=152;TR=95;WE=25745717;WS=25745699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,94:0.40:237
chr20	25755526	rs112684378	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.14;MQRankSum=0.417;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.487;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
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chr20	25755988	rs138477230	AAGAGAG	A	745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-4.314;NF=0;NR=29;PP=769;ReadPosRankSum=-2.920;SC=ATCAGAAAGAAAGAGAGAGAG;SOR=1.406;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=75;TCF=1;TCR=74;TR=29;WE=25756001;WS=25755974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr20	25756020	rs139676733	CA	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQRankSum=-3.050;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr20	25829184	rs74788234	A	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.366;NF=41;NR=4;PP=978;ReadPosRankSum=0.994;SC=GTTATGAGGGATGCTGCCTCT;SOR=0.111;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=90;TCF=85;TCR=5;TR=45;WE=25829192;WS=25829179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
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chr20	26094483	rs146324498	CAT	C	7001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.823;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.244;NF=47;NR=70;PP=2973;ReadPosRankSum=0.444;SC=ACACAAAAAACATGTGCAATT;SOR=0.854;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=323;TCF=151;TCR=172;TR=117;WE=26094493;WS=26094465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,185:0.43:428
chr20	26094501	rs76641988	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-2.929;QD=0.35;ReadPosRankSum=-2.482;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,71:0.12:578
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chr20	26094567	rs62211581	T	C	11600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.50;MQRankSum=-6.111;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.340;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,306:0.49:620
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chr20	29625838	rs62198353	C	A	10319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-15.427;NF=240;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=4.251;SC=ATTTTCTCTCCGTTTTTAACT;SOR=0.522;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=629;TCF=379;TCR=250;TR=403;WE=29625846;WS=29625828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,384:0.63:608
chr20	29625854	.	C	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.383;ClippingRankSum=0.000;DP=708;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQRankSum=-7.682;QD=0.89;ReadPosRankSum=2.938;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:643,64:0.09:707
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chr20	29625905	.	T	C	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DP=736;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQRankSum=-10.569;QD=2.28;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:598,130:0.18:728
chr20	29625924	.	A	ACTT	3873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.866;ClippingRankSum=0.000;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=19.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQRankSum=-13.879;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=1.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,123:0.26:478
chr20	29625928	.	G	A	3814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.129;ClippingRankSum=0.000;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=29.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.28;MQRankSum=-15.887;QD=8.52;ReadPosRankSum=-2.650;SOR=2.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,114:0.25:448
chr20	29625935	rs62198354	A	G	3402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=43.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQRankSum=-18.016;QD=9.15;ReadPosRankSum=-2.891;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,98:0.26:372
chr20	29625946	rs80340867	A	G	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=32.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQRankSum=-15.639;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.739;SOR=2.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,64:0.21:303
chr20	29625950	rs78096528	G	A	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=33.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=-15.090;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.912;SOR=2.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,63:0.22:290
chr20	29625965	rs79873624	G	A	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=53.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQRankSum=-13.188;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.786;SOR=3.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,60:0.25:241
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chr20	29625985	rs79368216	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=30.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQRankSum=-9.617;QD=7.55;ReadPosRankSum=3.180;SOR=3.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,39:0.24:161
chr20	29625997	rs62198355	A	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=8.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.11;MQRankSum=-1.938;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.027;SOR=0.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,18:0.16:115
chr20	29626027	rs2137756	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=18.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQRankSum=-1.417;QD=2.44;ReadPosRankSum=2.611;SOR=0.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
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chr20	29628158	rs73605203	G	A	3505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=2.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQRankSum=-5.001;QD=12.66;ReadPosRankSum=-1.650;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,102:0.37:277
chr20	29628164	rs62199575	G	A	10056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=3.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.29;MQRankSum=-12.682;QD=29.15;ReadPosRankSum=-4.652;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,250:0.72:345
chr20	29628167	rs181840913	C	T	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=3.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.58;MQRankSum=-3.458;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,120:0.30:403
chr20	29628181	rs371105330	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FS=9.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQRankSum=-11.058;QD=2.24;ReadPosRankSum=-8.887;SOR=1.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:521,101:0.16:622
chr20	29628226	rs78710112	G	A	3061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1197;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.49;MQRankSum=-0.468;QD=2.56;ReadPosRankSum=4.418;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:970,226:0.19:1196
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chr20	29633853	.	T	TTA	358.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.780;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQRankSum=2.456;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.794;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,17:0.12:136
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chr20	29633916	rs2554494	G	A,T	3486.77	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=5.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.156;NF=102,24;NR=48,38;PP=2962,2405;ReadPosRankSum=-2.569;SC=ATTGAAAGCCGACAGATACTG;SOR=1.082;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=330;TCF=197;TCR=133;TR=150,62;WE=29633984;WS=29633906;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.59:242
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chr20	29633929	rs7509092	A	G	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=46.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQRankSum=-0.061;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=1.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,55:0.17:322
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chr20	29634037	rs4006816	G	A	3219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.891;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.120;NF=15;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.488;SC=TGAAATTATTGTTTAGCTAGT;SOR=1.703;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=160;TCF=36;TCR=124;TR=89;WE=29634057;WS=29634027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,92:0.59:156
chr20	29634049	rs2379675	G	C	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=5.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.109;NF=6;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.064;SC=TTAGCTAGTAGCTAGTTTAAC;SOR=2.369;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=120;TCF=19;TCR=101;TR=65;WE=29634057;WS=29634027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,67:0.58:115
chr20	29634102	rs113531250	TC	T	270.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.88;MQRankSum=-3.923;QD=16.92;ReadPosRankSum=-2.542;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr20	29652010	rs78663325	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.695;NF=24;NR=1;PP=337;ReadPosRankSum=0.075;SC=TTCTTAGCCTCCATAACCACA;SOR=0.108;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=86;TCF=81;TCR=5;TR=25;WE=29652018;WS=29652000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,25:0.32:79
chr20	29652036	.	C	T	991	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=27;MQ=59.35;NF=55;NR=1;PP=991;QD=18.3173430812;SC=CAATTCCTTACAATAAACCTA;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=152;TCF=141;TCR=11;TR=56;WE=29652044;WS=29652026;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:96,56:0.37:152
chr20	29652065	rs73611950	A	G	2026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=3.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-2.714;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.786;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,70:0.21:328
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chr20	29652102	.	C	CT	3498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=625;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=1.101;QD=5.74;ReadPosRankSum=2.170;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:489,121:0.20:610
chr20	29652105	rs76299428	T	C	4333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-5.817;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:489,149:0.23:638
chr20	29652107	rs62206782	T	G	4355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-6.032;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.787;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:499,155:0.24:654
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chr20	29652165	rs62206783	C	T	4840.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1004;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=2.997;QD=4.95;ReadPosRankSum=3.883;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:799,178:0.18:977
chr20	29652166	rs79732696	G	A	3098.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1004;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-12.631;QD=3.30;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:767,173:0.18:940
chr20	29652172	rs78862124	T	C	33398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=988;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.962;NF=489;NR=511;PP=2962;ReadPosRankSum=0.928;SC=AGGCGACCCATGGAGTGCCTC;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1157;TCF=567;TCR=590;TR=1000;WE=29652181;WS=29652154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,823:0.85:972
chr20	29652173	rs79057885	G	A	13177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=980;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=6.836;QD=13.66;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:608,357:0.37:965
chr20	29652182	rs36076351	C	T	4024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=929;ExcessHet=3.0103;FS=5.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-12.500;QD=4.68;ReadPosRankSum=3.010;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:681,179:0.21:860
chr20	29652183	rs71276709	G	A	4991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=910;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=4.167;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:735,165:0.18:900
chr20	29652191	rs62206784	C	T	27115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=859;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-5.174;QD=31.90;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,656:0.77:850
chr20	29652191	.	CGTC	TGTC,TGTT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MMLQ=27;MQ=57.8;NF=347,108;NR=459,156;PP=2962,2917;QD=20;SC=TCGGCAGCCTCGTCATTGCAT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=1035;TCF=454;TCR=581;TR=806,264;WE=29652213;WS=29652181;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.78:1035
chr20	29652194	rs34913243	C	T	4292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=836;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=4.582;QD=5.19;ReadPosRankSum=-1.871;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:674,153:0.19:827
chr20	29652196	rs62206785	T	C	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=830;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-2.493;QD=1.99;ReadPosRankSum=2.507;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:617,144:0.19:761
chr20	29652205	rs71265694	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=4.099;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:639,113:0.15:752
chr20	29652236	rs62206786	G	C	16746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.645;NF=153;NR=334;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.213;SC=CTGCAACCACGTTTCTACAGG;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=623;TCF=196;TCR=427;TR=487;WE=29652244;WS=29652225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,439:0.85:518
chr20	29652254	rs77357187	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=4.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQRankSum=1.749;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.521;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,61:0.17:353
chr20	29652294	rs148337041	C	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.65;MQRankSum=-0.570;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,22:0.15:143
chr20	29652302	rs74429828	A	G	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=7.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.92;MQRankSum=-1.223;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,21:0.19:110
chr20	29652303	rs62206787	T	C	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=6.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.409;NF=2;NR=79;PP=1339;ReadPosRankSum=-1.092;SC=TCATTTTACATACTAAGGACA;SOR=1.791;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=114;TCF=4;TCR=110;TR=81;WE=29652311;WS=29652284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,78:0.82:95
chr20	29847211	rs6088879	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=345;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TCTTTAATTGTATTTATTTTT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=16;WE=29847219;WS=29847201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
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chr20	29966275	rs2223527	G	A	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=93;PP=2626;SC=AAAAACATCCGCGTTCCAGCA;SOR=1.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=56;TCR=95;TR=149;WE=29966283;WS=29966265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
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chr20	30060720	rs111402081	G	GCA	1119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=677;ReadPosRankSum=0.033;SC=GCACACATGTGCACACACACA;SOR=0.539;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=24;WE=30060729;WS=30060710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr20	30064331	rs1006459	A	G	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=94;PP=2296;ReadPosRankSum=-0.352;SC=CCACGGGGCCACCAGCCTGGC;SOR=0.753;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=545;TCF=272;TCR=273;TR=182;WE=30064339;WS=30064314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:375,188:0.33:563
chr20	30115140	rs34469982	CA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
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chr20	30437522	rs3746599	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=327;ReadPosRankSum=1.374;SC=GCGCTGGGCAATGGGTCGGGG;SOR=1.118;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=28;WE=30437530;WS=30437512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr20	30449181	rs12569	G	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=1112;ReadPosRankSum=0.274;SC=AGTCGGAAGTGGGGAGCCACG;SOR=0.840;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=65;WE=30449189;WS=30449171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,71:0.59:121
chr20	30449325	rs947310	C	G	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=776;ReadPosRankSum=-0.143;SC=AGGCGCTGCACGGTTCCCTCG;SOR=0.936;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=46;WE=30449333;WS=30449315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,48:0.76:63
chr20	30449516	rs11417441	G	GC	334.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=7;PP=390;SC=GTCAAGGCCGGCGCGGGGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=30449524;WS=30449506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	30452562	rs8124961	G	A	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=19;PP=1993;SC=TGAGGCTCGGGGAGGTGGAGA;SOR=2.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=72;TCR=19;TR=91;WE=30452570;WS=30452552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	30458226	rs145887255	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;ReadPosRankSum=1.547;SC=GCCCAGGCCCGACGCCTGCAG;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=53;WE=30458234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr20	30460700	rs73903669	G	C	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=35;PP=1822;SC=CCATGATTGGGAGTTAAAGTT;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=100;WE=30460708;WS=30460690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr20	30460869	rs6058475	T	C	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=35;PP=1148;SC=TGACCTGGGATAGAGTGGGAC;SOR=1.532;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=30460877;WS=30460859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	30467826	.	C	G	163	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=15;MQ=54.24;NF=0;NR=13;PP=163;QD=15.2131701959;SC=GGCGGGGGGGCGGGGTGGGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=13;WE=30467834;WS=30467816;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr20	30472021	rs138716259	ATTAT	A	1098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=764;SC=CCTTATAGTTATTATTTATTT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=15;WE=30472032;WS=30472011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	30507554	rs74399667	G	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=472;ReadPosRankSum=0.972;SC=GGGGAGAGTTGGGGGTTCATA;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=31;WE=30507562;WS=30507544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr20	30507643	rs144893358	CT	C	2872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=49;PP=2354;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TAAGAGCTGGCTTTCTGCCCC;SOR=0.645;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=83;TCR=158;TR=74;WE=30507651;WS=30507633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,113:0.30:373
chr20	30512680	rs55687083	C	T	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.626;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1355;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GCGCCTAGCCCCTTGTGTAGT;SOR=0.370;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=94;WE=30512688;WS=30512670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,100:0.69:145
chr20	30521932	rs6089122	A	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=3;PP=966;SC=GATATCTTCTATTGGTCAACG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=30521940;WS=30521922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	30526041	rs73102639	C	T	3980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=84;PP=2386;ReadPosRankSum=1.333;SC=ATTCCTAAACCACTCACTGTG;SOR=0.675;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=267;TCF=140;TCR=127;TR=174;WE=30526049;WS=30526031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,182:0.65:280
chr20	30527065	rs6061043	T	C	11226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=199;NR=211;PP=2965;SC=CCAACACACATCTCGGTATGT;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=410;TCF=199;TCR=211;TR=410;WE=30527073;WS=30527055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr20	30606897	rs190244994	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.645;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr20	30640311	.	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=1.600;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
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chr20	30747679	rs4911553	C	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=602;SC=GCCAGGCCCACGGGCCCTGAT;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=30747687;WS=30747669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	30753270	rs14316	T	C	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=90;PP=2965;SC=ACGGCCAAGCTTGCTCCGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=66;TCR=91;TR=156;WE=30753278;WS=30753260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr20	30777800	rs11907716	T	C	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=64;PP=1885;SC=CGCTGGCTCCTGCCCGAGTCC;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=121;WE=30777808;WS=30777790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr20	30777860	rs11907235	A	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=49;PP=1691;SC=GGACCCGGCCATTTTCCAGGC;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=105;WE=30777868;WS=30777850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	30795819	rs1923095	T	C	8397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=161;NR=140;PP=2965;SC=CGGGGATGCCTGCGGGCTCCT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=301;TCF=161;TCR=140;TR=301;WE=30795827;WS=30795809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr20	30898883	rs41288638	G	A	2417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1422;ReadPosRankSum=0.552;SC=TCACAGCTTGGTTGCAGAGGA;SOR=0.846;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=178;TCF=90;TCR=88;TR=101;WE=30898891;WS=30898873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,113:0.59:193
chr20	30914706	rs3746606	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=16;PP=425;SC=CTATTAACTTCAAGTATATTT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=30914714;WS=30914696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	30954295	rs2295454	A	G	7390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=1.702;SC=GTTGCTTAACATGAGGGTTTC;SOR=0.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=113;TCR=151;TR=263;WE=30954303;WS=30954285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr20	31016314	rs3818190	A	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=565;SC=AGCTGTGAACATGTTCAGAGA;SOR=4.332;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=31016322;WS=31016304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	31019024	rs2295765	C	T	10103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=170;NR=172;PP=2965;SC=GCAGATAACTCCTGGGTAGCT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=342;TCF=170;TCR=172;TR=342;WE=31019032;WS=31019014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr20	31019508	rs367732350	G	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-3.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=277;ReadPosRankSum=-0.441;SC=CATCTCGGACGGCTTGCGACG;SOR=0.356;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=20;WE=31019516;WS=31019498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr20	31022959	rs6058694	T	C	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=66;PP=2965;SC=GGTCCCATTCTGTCTCTAGTG;SOR=1.166;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=110;TCR=66;TR=175;WE=31022967;WS=31022949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr20	31024274	rs4911231	T	C	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=115;PP=2965;SC=CACAGGACAGTAATTCAAATG;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=83;TCR=116;TR=198;WE=31024282;WS=31024264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr20	31024762	rs146759903	A	G	5283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.329;SC=TTACCCCGAGAGCCAGGGAAG;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=204;TCR=170;TR=229;WE=31024770;WS=31024752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,240:0.62:390
chr20	31025163	rs2295764	A	G	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=67;PP=1984;SC=CATGGGAAACATTGTATATTT;SOR=1.309;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=44;TCR=67;TR=111;WE=31025171;WS=31025153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	31025231	rs2295763	T	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=959;SC=ATCATTGATATAATACTCTTT;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=31025239;WS=31025221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	31074372	rs6141734	G	A	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=28;PP=2485;SC=TGGGACTCTGGTTTGCCATTA;SOR=2.282;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=90;TCR=28;TR=118;WE=31074380;WS=31074362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	31097877	rs293566	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=287;SC=CTCCTGCAGCTCAAACTACTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=31097885;WS=31097867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	31099311	rs159428	T	C	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=51;PP=1383;SC=GCGGGCCTGTTGCCCACATGG;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=31099319;WS=31099301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	31108805	rs6141745	T	A	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GGTCTGAGCTTTGGTGGCAGG;SOR=0.868;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=70;WE=31108813;WS=31108795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,75:0.54:138
chr20	31189411	rs2029086	A	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.279;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=595;ReadPosRankSum=1.467;SC=AGGGAGCATGAAGCACCTTGC;SOR=0.195;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=35;WE=31189419;WS=31189401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr20	31238139	rs35103329	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=0.145;SC=GGAGCAGAATGATTGTGGGGG;SOR=0.873;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=17;WE=31238147;WS=31238133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr20	31291161	rs9421	C	T	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=21;PP=1870;SC=GGAACGGGGCCAGGGGAGATG;SOR=2.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=88;WE=31291169;WS=31291151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	31291625	rs28620238	A	G	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=991;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CGGCTCTTCAACTGTGGGGGC;SOR=0.901;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=58;WE=31291633;WS=31291615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr20	31291919	rs35093495	GGGCA	G	1286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.740;NF=0;NR=27;PP=1120;ReadPosRankSum=0.935;SC=GATGACAACTGGGCAAAGAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=27;WE=31291930;WS=31291909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr20	31294655	rs28548540	A	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=22;PP=696;SC=GACCTAAAGGACAAAAGGAAC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=31294663;WS=31294645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr20	31381229	rs993419	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=480;ReadPosRankSum=-1.692;SC=CGCCGAGATCGCACCACTGCA;SOR=0.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=24;WE=31381237;WS=31381224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr20	31386347	rs6058891	T	C	3774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=73;PP=2616;ReadPosRankSum=-1.207;SC=CCTGGAGCTGTTACATGTGTC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=250;TCF=132;TCR=118;TR=155;WE=31386355;WS=31386337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,161:0.62:261
chr20	31386449	rs2424922	T	C	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=72;PP=1591;ReadPosRankSum=0.489;SC=GGCTTGAATATGTAAGCCACA;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=79;TCR=110;TR=125;WE=31386457;WS=31386439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,133:0.67:199
chr20	31387954	rs1997797	C	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=609;ReadPosRankSum=-0.461;SC=CTCTGGCCCCCACAGGCTACC;SOR=0.800;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=41;WE=31387962;WS=31387944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr20	31388636	rs2424928	T	C	3780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=74;PP=2539;ReadPosRankSum=1.368;SC=GTCTCTCTCTTTCAGATTGAA;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=131;TCR=113;TR=159;WE=31388658;WS=31388626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,167:0.66:254
chr20	31389009	rs2065576	C	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=555;ReadPosRankSum=0.163;SC=TGGGAACCTGCTGGTCTCAGG;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=38;WE=31389017;WS=31388999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr20	31427694	rs55860691	C	T	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=1014;ReadPosRankSum=0.412;SC=ACGTGAGTCACCTCGGGGGAT;SOR=1.078;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=62;WE=31427702;WS=31427684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,70:0.61:115
chr20	31446645	rs853853	A	G	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1097;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TCATTTCCCTAGTTCTAAATA;SOR=0.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=75;TCR=25;TR=64;WE=31446653;WS=31446635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,73:0.67:109
chr20	31466347	rs13037174	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=308;SC=GACGGAGTCTCGCTCTGTCGC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=31466355;WS=31466338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	31466364	rs13037187	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=540;SC=TCGCCCAGGTCGGACTGCGGA;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=22;WE=31466372;WS=31466354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	31466387	rs13037762	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=3;PP=852;SC=GCAGTGGCGCAATCTCGGCTC;SOR=3.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=31466395;WS=31466377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	31466534	rs13037496	C	T	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,86:0.26:331
chr20	31473483	rs6119300	G	C	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=55;PP=1696;SC=ACACATGGGTGATTGGAGAGC;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=73;WE=31473491;WS=31473473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	31480938	rs2377733	C	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=2.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,70:0.29:240
chr20	31480961	rs2377734	C	T	8243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=167;NR=117;PP=2965;SC=CAACCTCTTCCGTCTCCATCT;SOR=1.009;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=167;TCR=117;TR=284;WE=31480969;WS=31480951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr20	31484417	rs11167186	T	A	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=71;PP=1448;ReadPosRankSum=0.616;SC=AAAGTGGATTTACTCCCTGGG;SOR=0.799;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=320;TCF=130;TCR=190;TR=116;WE=31484425;WS=31484407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,118:0.36:332
chr20	31486206	rs6058948	A	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=2;PP=630;SC=ATCTCTGGGCACCTCCAGTCC;SOR=4.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=31486214;WS=31486196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	31494382	rs6120033	G	A	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=96;NR=77;PP=2939;SC=TCAGTGCTGCGTTTAAGGAAA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=173;WE=31494390;WS=31494372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr20	31495977	rs17370942	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=3;PP=479;ReadPosRankSum=0.197;SC=CTTGGACGGACGATGTGCCCT;SOR=1.476;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=101;TCF=81;TCR=20;TR=34;WE=31495985;WS=31495967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,34:0.34:99
chr20	31505292	rs13037781	C	T	3279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=98;PP=2148;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AGGAGCCCCTCGCCCTTGCAG;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=607;TCF=271;TCR=336;TR=180;WE=31505300;WS=31505282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,190:0.30:626
chr20	31531544	rs13045180	C	T	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.586;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=743;ReadPosRankSum=-1.412;SC=GGACAACTTCCAGCTGGTTAT;SOR=0.427;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=243;TCF=111;TCR=132;TR=73;WE=31531552;WS=31531534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,80:0.32:251
chr20	31549424	rs11167189	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=538;ReadPosRankSum=1.128;SC=GAGGTGCTCCGCTGTCTTCTC;SOR=0.888;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=124;TCF=37;TCR=87;TR=40;WE=31549432;WS=31549414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,40:0.30:132
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chr20	31577572	rs6088057	C	T	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.988;NF=12;NR=43;PP=2837;ReadPosRankSum=0.169;SC=CACGTGTCCACGGGAGGTAAC;SOR=1.078;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=55;WE=31577591;WS=31577562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr20	31577582	rs141745544	CAG	C	1690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.177;NF=2;NR=36;PP=2607;ReadPosRankSum=-0.569;SC=CGGGAGGTAACAGGGGGCTGC;SOR=0.975;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=38;WE=31577591;WS=31577562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr20	31583384	rs2070310	A	G	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=62;PP=2336;ReadPosRankSum=-1.446;SC=CATCAAACAAAGAGAAATTAG;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=237;TCF=135;TCR=102;TR=148;WE=31583392;WS=31583374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,156:0.61:255
chr20	31583966	rs2070311	T	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-1.559;SC=CCAGAGAGAATAGGTGACTTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=31583974;WS=31583956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr20	31584178	rs6141862	G	A	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=945;ReadPosRankSum=0.992;SC=GTGGAGTATTGAGAAAGTAAG;SOR=0.872;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=64;WE=31584186;WS=31584168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr20	31585351	rs452299	C	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=449;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TGAGGGGCCCCATTTGGTGAG;SOR=0.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=29;WE=31585359;WS=31585337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr20	31585415	rs190097	T	C	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1160;ReadPosRankSum=1.620;SC=ACCTGTCAGCTGTGGGGCCTG;SOR=0.535;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=78;WE=31585423;WS=31585405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,83:0.67:124
chr20	31585545	rs440139	C	T	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=74;PP=1943;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AGATGAAGAGCCTAGGTGCTG;SOR=0.928;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=136;WE=31585553;WS=31585535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,148:0.68:218
chr20	31587752	rs414191	G	C	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=34;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.064;SC=AATTCTCACAGCAACACCCAT;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=114;TCR=64;TR=95;WE=31587760;WS=31587742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,100:0.54:186
chr20	31587793	rs15850	A	G	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=57;PP=1757;ReadPosRankSum=-0.336;SC=GTCACGTGGCAGTGCAGTGTC;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=234;TCF=127;TCR=107;TR=129;WE=31587801;WS=31587783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,135:0.56:243
chr20	31590745	rs6059011	T	C	2068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1292;ReadPosRankSum=1.192;SC=ATAAGATTCATAGTCGCATTT;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=83;WE=31590753;WS=31590735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,92:0.69:133
chr20	31598781	rs6120085	T	C	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=44;PP=1610;ReadPosRankSum=-1.352;SC=TTCTTGCTACTTGGTGGTTCC;SOR=0.979;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=175;TCF=97;TCR=78;TR=102;WE=31598789;WS=31598771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,101:0.56:179
chr20	31598994	rs6141358	G	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=527;ReadPosRankSum=-2.323;SC=CCAGGTGGGTGCTTCAGTCCA;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=33;WE=31599002;WS=31598984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr20	31603405	rs35897534	TAA	T	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr20	31606237	rs3746388	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=368;ReadPosRankSum=1.437;SC=CCTAAAGGAGCGGGGGAGTGG;SOR=0.965;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=18;WE=31606245;WS=31606227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr20	31607654	rs45626037	T	C	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.725;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=70;PP=1874;ReadPosRankSum=0.376;SC=CACACTATTGTCTTCGCTGTT;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=51;TCR=92;TR=108;WE=31607662;WS=31607644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,113:0.74:153
chr20	31608250	rs6057703	C	A	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.992;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=88;PP=2808;ReadPosRankSum=0.665;SC=TCTTCTGTGCCATGGGTCCAT;SOR=0.877;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=259;TCF=125;TCR=134;TR=162;WE=31608258;WS=31608240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,171:0.64:267
chr20	31609246	rs62207506	G	A	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=828;ReadPosRankSum=-1.126;SC=CCACCTCCCAGGCTCACAGGG;SOR=1.189;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=40;WE=31609254;WS=31609236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr20	31609433	rs13043556	T	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=693;ReadPosRankSum=-1.166;SC=GCATCCATCTTCCAGATGCCT;SOR=0.647;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=37;WE=31609441;WS=31609423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr20	31609581	rs17124003	C	T	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=76;PP=2297;ReadPosRankSum=0.213;SC=TCCACTATGTCGCCCCTGAGA;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=133;TCR=121;TR=155;WE=31609589;WS=31609571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,156:0.60:261
chr20	31619500	rs17301126	C	T	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=707;ReadPosRankSum=0.173;SC=CTGACTGGCACGCGAGCTGAC;SOR=0.721;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=153;TCF=95;TCR=58;TR=57;WE=31619508;WS=31619490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,62:0.38:165
chr20	31619578	rs6059027	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=598;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CCGGGCGTGCAGCTGGGAGGC;SOR=0.715;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=178;TCF=90;TCR=88;TR=55;WE=31619586;WS=31619568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,61:0.31:194
chr20	31621583	rs2070316	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GGCTGAGGTCGGAGATGCTAT;SOR=0.510;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=20;WE=31621591;WS=31621573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr20	31622083	rs2070317	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,40:0.27:146
chr20	31622120	rs73256621	G	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,27:0.26:102
chr20	31623649	rs17301231	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=91;ReadPosRankSum=-1.562;SC=GCCTGAAGTCCCCAGGGAATC;SOR=0.208;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=10;WE=31623657;WS=31623639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr20	31624300	rs17373408	C	T	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-1.315;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,161:0.29:558
chr20	31630724	rs439255	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=221;ReadPosRankSum=1.302;SC=GTGCCAAGAAGCACTTTAAGC;SOR=1.165;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=14;WE=31630732;WS=31630714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr20	31630971	rs411001	C	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=401;ReadPosRankSum=-1.124;SC=TAGCTCTTTGCTTGTACAGCT;SOR=0.343;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=32;WE=31630979;WS=31630961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr20	31643511	rs384430	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=0.627;SC=CAGGAGTGAAAGTTTCCCTTG;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=8;WE=31643519;WS=31643501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr20	31644520	rs408538	T	C	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr20	31647935	rs2424936	G	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=520;ReadPosRankSum=-1.014;SC=GCCAGCTGCGGGGGCCTGAAC;SOR=0.849;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=108;TCF=32;TCR=76;TR=37;WE=31647943;WS=31647925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr20	31649781	rs398444	T	C	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=66;PP=1528;SC=CCGGGCCTGCTGACCGGCCTT;SOR=3.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=79;WE=31649789;WS=31649771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	31651583	rs403461	A	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=576;SC=GCAGGATCTCAGGGTCCTTTA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=31651591;WS=31651573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	31652596	rs2093066	C	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=831;ReadPosRankSum=0.922;SC=TTCAACACCACGTTTGGACTC;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=99;TCR=139;TR=80;WE=31652604;WS=31652586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,84:0.33:253
chr20	31656837	rs2424938	G	A	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=48;PP=1313;SC=GGGGGTGACTGTCTCCAGGAC;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=63;WE=31656845;WS=31656827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	31660489	rs11700200	T	C	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=55;PP=1622;ReadPosRankSum=0.070;SC=TCCCCACCAATGTACCTTTGT;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=110;TCR=77;TR=130;WE=31660497;WS=31660479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,138:0.69:201
chr20	31660543	rs378098	C	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=788;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TGTTGGAATTCCCCTGCCTAA;SOR=0.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=65;WE=31660551;WS=31660533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,72:0.32:226
chr20	31661650	rs7267265	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=413;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CCTGTATCTCGGTATCTCCTG;SOR=2.560;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=19;WE=31661658;WS=31661640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr20	31669467	rs221983	T	A	1925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1220;ReadPosRankSum=0.350;SC=GGGTGAGGGTTGGCATGGGGT;SOR=0.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=290;TCF=148;TCR=142;TR=98;WE=31669475;WS=31669457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,108:0.35:306
chr20	31669517	rs221984	C	T	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=891;ReadPosRankSum=1.399;SC=ACCCAGGAACCTCCTCCTGCT;SOR=0.750;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=197;TCF=84;TCR=113;TR=65;WE=31669525;WS=31669507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,70:0.34:205
chr20	31669544	rs221985	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=683;ReadPosRankSum=0.404;SC=GTTCACATCGGGAGGCTGGGT;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=33;TCR=85;TR=41;WE=31669552;WS=31669534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,45:0.36:125
chr20	31671209	rs13036385	G	C	4384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=87;PP=2919;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TTCCATGTCCGAGGACCCCCC;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=174;TCR=136;TR=197;WE=31671221;WS=31671199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,200:0.62:320
chr20	31671599	rs4339026	A	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=453;ReadPosRankSum=0.225;SC=CTCCTTGGTGATGGAGGACTT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=31;WE=31671607;WS=31671589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr20	31671619	rs2424943	G	T	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr20	31671628	rs2424944	C	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr20	31671663	rs2424945	T	C	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=25;PP=679;SC=TCCTCAGCACTGTGCAAGGCA;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=31671671;WS=31671653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	31671693	rs3926669	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr20	31671766	rs1547004	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GTTGCCGGAGGGAAGGTCTTC;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=31671774;WS=31671756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr20	31672882	rs73264111	C	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.795;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr20	31673983	rs41305787	C	T	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=832;ReadPosRankSum=1.792;SC=GAGTGCTAGCCGGCAGTGGAG;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=215;TCF=102;TCR=113;TR=67;WE=31673991;WS=31673973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,69:0.30:229
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chr20	31680234	rs2070327	C	T	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=17;PP=1352;SC=TTCTCCCTCCCTGTGACCCCT;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=71;WE=31680242;WS=31680224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr20	31688241	rs11699009	T	C	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=64;PP=2739;SC=GGACACAGAATTCTTGGCCTC;SOR=0.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=154;WE=31688249;WS=31688231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr20	31688260	rs11696307	C	T	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
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chr20	31812923	rs3818222	G	A	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=52;PP=1757;ReadPosRankSum=-1.322;SC=TAACAACATCGTAAAGATGTG;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=99;TCR=76;TR=122;WE=31812931;WS=31812913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,135:0.70:193
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chr20	31897554	rs1999663	G	C	3641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=77;PP=2354;ReadPosRankSum=0.256;SC=TGGAAACCCAGCTCTCCTGTC;SOR=0.557;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=98;TCR=111;TR=148;WE=31897562;WS=31897544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,161:0.71:226
chr20	31954535	rs111360441	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=631;ReadPosRankSum=-1.391;SC=CTACTTGGGAGGCTGAGGCAG;SOR=2.073;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=37;TCR=0;TR=27;WE=31954543;WS=31954525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr20	31954819	rs368904466	TA	T	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
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chr20	31961860	rs291676	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=378;ReadPosRankSum=0.491;SC=ACAAGGACACTGTTTGGTCAT;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=18;WE=31961868;WS=31961850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr20	31981849	rs291700	T	C	5379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=132;PP=2892;ReadPosRankSum=1.316;SC=TGATAGAGCATGTGACAAGGA;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=409;TCF=195;TCR=214;TR=256;WE=31981857;WS=31981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,268:0.62:429
chr20	32000351	rs291694	A	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=652;ReadPosRankSum=-1.697;SC=CGGAAGAGAGAGAGGGATAGG;SOR=0.206;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=31;WE=32000359;WS=32000341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr20	32077925	rs75667555	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	32212690	rs3803939	C	T	6004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=74;PP=2965;SC=TCATGAATCCCGGGGGCCAAT;SOR=1.140;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=119;TCR=74;TR=192;WE=32212698;WS=32212680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr20	32245546	rs13037669	T	C	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	32245869	rs3746461	C	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=19;PP=670;SC=AGTGACCTCGCTCTCCCCACT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=32245877;WS=32245859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	32248163	rs3746460	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=537;ReadPosRankSum=0.214;SC=GCAGGAAGCGCGTCACAAACT;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=47;WE=32248171;WS=32248153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,54:0.30:183
chr20	32248281	rs17124895	C	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=298;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCTTGCCCATCAGAGCAGCGG;SOR=1.931;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=16;WE=32248289;WS=32248271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr20	32255233	rs3746459	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=239;SC=GACTCGCCGTTGGCGCCGCCC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=32255241;WS=32255228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	32295541	rs910397	C	T	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=33;PP=1998;SC=TTGTTATAGACGAGGAAGTCT;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=106;WE=32295549;WS=32295531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr20	32298323	rs2626529	C	T	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=7;PP=1070;SC=TGCTGAACCACGCCCCCTTCA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=32298331;WS=32298313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	32319894	rs2281402	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
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chr20	32379263	rs2626551	T	C	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.826;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=432;ReadPosRankSum=-0.688;SC=AGCTGCAGGCTGGGGCCGAGG;SOR=1.019;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=39;WE=32379271;WS=32379253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,44:0.63:70
chr20	32664864	rs10649600	C	CCAG	2286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.591;NF=27;NR=9;PP=1438;ReadPosRankSum=1.242;SC=GGAGGTGGCGCCGGCGGCGGC;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=36;WE=32664872;WS=32664854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr20	32891200	rs819146	G	T	6531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=149;PP=2965;SC=TATCTTCCTCGCACTTGCATA;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=72;TCR=149;TR=221;WE=32891208;WS=32891190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr20	32996689	rs3761147	G	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.99;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	33012500	.	G	A	91.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TAGCTTATCGGATTAGAGCTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=33012508;WS=33012490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr20	33057974	rs10716089	CT	C	2520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=51;PP=1659;ReadPosRankSum=0.436;SC=TGTTGTGTTGCTTTATATTAC;SOR=0.491;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=175;TCF=14;TCR=161;TR=54;WE=33057982;WS=33057964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,92:0.37:249
chr20	33104122	rs137942933	G	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.648;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr20	33104592	rs2424993	G	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=3.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-2.597;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,58:0.22:262
chr20	33147737	rs6059915	C	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=704;ReadPosRankSum=-0.965;SC=GGGAGTCGGGCGGCCCCGGTC;SOR=0.588;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=46;WE=33147745;WS=33147726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr20	33148861	rs6059916	T	G	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=44;PP=1120;ReadPosRankSum=0.233;SC=CTGGCAGGTGTTGTTGGAAGA;SOR=0.944;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=69;WE=33148869;WS=33148851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,70:0.65:108
chr20	33169495	rs11467128	AAGAG	A	1140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.93;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr20	33297810	rs369052205	G	GC	297.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=0.269;SC=GCGCCCTCTAGACCCCCCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=33297819;WS=33297801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr20	33297811	rs2378257	A	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=225;ReadPosRankSum=1.003;SC=CGCCCTCTAGACCCCCCGCCC;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=33297819;WS=33297801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr20	33326876	rs6060025	A	G	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=790;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GGAACATGTCAGGGAAGGGAA;SOR=0.340;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=44;WE=33326884;WS=33326866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,48:0.80:60
chr20	33334540	rs910872	T	C	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=671;ReadPosRankSum=-0.733;SC=ATTGTTTCCTTGAAGACATGG;SOR=0.556;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=39;WE=33334548;WS=33334530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
chr20	33337751	rs3787220	T	C	4531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=88;PP=2593;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CTTGCATGTTTGGAGTTGGTC;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=298;TCF=158;TCR=140;TR=193;WE=33337759;WS=33337741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,203:0.65:310
chr20	33342439	rs1884432	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=274;ReadPosRankSum=-0.657;SC=CCAAGACTTATTACTTATCTG;SOR=1.493;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=15;WE=33342447;WS=33342429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr20	33364584	rs6060043	C	T	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=910;ReadPosRankSum=-0.647;SC=AGGCAATGAACGGAAAGCCGT;SOR=0.908;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=73;WE=33364592;WS=33364574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,84:0.62:135
chr20	33370266	rs6060048	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.179;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=480;ReadPosRankSum=1.802;SC=CAACAATGTATAATTCATAGT;SOR=1.352;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=25;WE=33370274;WS=33370248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr20	33447162	rs60789653	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=7.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.147;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr20	33447915	rs2295094	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=280;ReadPosRankSum=-1.393;SC=GGGGAGGGGGGTTCCTGGGAA;SOR=0.541;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=21;WE=33447923;WS=33447905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr20	33451148	rs11546155	G	A	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=73;PP=1552;ReadPosRankSum=1.257;SC=TGCATGACCAGCGCCACGGTG;SOR=0.632;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=446;TCF=204;TCR=242;TR=137;WE=33451156;WS=33451138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,143:0.31:455
chr20	33460366	rs11697978	G	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=393;ReadPosRankSum=-3.179;SC=TAAGGAGATGGAGCTGGAGGT;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=81;TCR=45;TR=36;WE=33460374;WS=33460356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,41:0.30:137
chr20	33464710	rs2295096	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.769;SC=TCCCTTGGGAAGCTGAGGGGT;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=6;WE=33464718;WS=33464700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr20	33470694	rs4911163	C	T	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1096;ReadPosRankSum=-1.301;SC=GGAAAATCTTCATTGAGTGGA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=100;TCR=142;TR=91;WE=33470702;WS=33470684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,97:0.38:257
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chr20	33533736	rs734111	A	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=419;ReadPosRankSum=-2.508;SC=CTGGCCCCCCAATGCTTCACT;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=32;WE=33533744;WS=33533726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr20	33565480	rs6060137	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.386;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=731;ReadPosRankSum=1.148;SC=ACCGTGGTGCCGAGGTAGGTG;SOR=1.213;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=167;TCF=59;TCR=108;TR=52;WE=33565488;WS=33565470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,55:0.32:173
chr20	33572941	rs2425007	A	G	4588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=103;PP=2852;ReadPosRankSum=0.519;SC=CTGTGAGTCAACCCCCTGCGG;SOR=0.577;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=270;TCF=116;TCR=154;TR=184;WE=33572949;WS=33572931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,197:0.69:287
chr20	33574022	rs2425008	G	C	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=907;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GTACGATGAAGGGGGTGGGAG;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=74;WE=33574030;WS=33574012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,80:0.61:131
chr20	33575347	rs3053708	C	CAT	4662.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.698;NF=33;NR=31;PP=2954;ReadPosRankSum=0.308;SC=TTACCCCACTCGTGCCCTGCC;SOR=1.134;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=64;WE=33575355;WS=33575337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,113:0.68:166
chr20	33578899	rs2425009	T	C	3102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=83;PP=2199;ReadPosRankSum=0.436;SC=CCCCAACAGGTTGCTCTACAC;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=51;TCR=130;TR=116;WE=33578907;WS=33578889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,125:0.65:191
chr20	33581955	rs2425012	G	A	6845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.260;SC=CTAGGGATGCGCTGTTCACCA;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=443;TCF=245;TCR=198;TR=297;WE=33581963;WS=33581945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,307:0.67:460
chr20	33583033	rs10536288	CAAA	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=0.385;SC=AGAGCACAGCCAAACTTTGCT;SOR=0.132;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=33583045;WS=33583032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr20	33583037	rs61501849	C	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=0.385;SC=CACAGCCAAACTTTGCTACAG;SOR=0.132;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=33583045;WS=33583032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr20	33583114	rs2425014	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=99;ReadPosRankSum=1.678;SC=TCCCCCAACCTGGCCCCGTTC;SOR=1.863;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=33583122;WS=33583104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr20	33583331	rs2425015	A	G	5498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=90;PP=2965;SC=TGATGACCTGAAGCTGACACT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=188;WE=33583339;WS=33583321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr20	33584289	rs3746438	C	T	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=1280;ReadPosRankSum=1.380;SC=GCGCGCTGACCAAGGCCAAGC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=86;WE=33584297;WS=33584279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,101:0.61:165
chr20	33584822	rs11167250	T	TG	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=115;SC=GGGGGCGTTATGGGGTCCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=33584830;WS=33584813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	33584864	rs11167251	C	CT	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=4;PP=352;SC=CCTGTGCTGGCCACCCACTCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=33584872;WS=33584854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	33587553	rs369393561	TCC	T	1820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.152;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.904;NF=8;NR=27;PP=548;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CCACTGGCCATCCCCCCCCCC;SOR=0.147;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=35;WE=33587562;WS=33587543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,55:0.87:63
chr20	33590096	rs4911167	A	G	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=611;ReadPosRankSum=-1.489;SC=TGCTGCCTTCAGCCTTCCCTG;SOR=0.593;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=32;WE=33590104;WS=33590086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr20	33591197	rs11481073	A	AG	4169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.234;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=2787;ReadPosRankSum=0.176;SC=CACCCCCTTGAGGGTGGGGCA;SOR=0.453;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=76;WE=33591205;WS=33591187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,145:0.67:215
chr20	33592474	rs752449	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=0.342;SC=CTCTGAAGCTAGGAGCTCATC;SOR=0.100;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=13;WE=33592482;WS=33592464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr20	33593457	rs3746431	T	C	4527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=0.862;SC=CCAGCATTCTTACCCTGCATG;SOR=0.477;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=272;TCF=154;TCR=118;TR=187;WE=33593465;WS=33593447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,195:0.69:284
chr20	33593674	rs3746430	T	C	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=26;PP=615;ReadPosRankSum=1.088;SC=CCCGGGGGGATAGTCACTACA;SOR=2.649;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=27;WE=33593682;WS=33593664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr20	33594226	rs6060151	G	T	2575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=44;PP=1662;ReadPosRankSum=0.728;SC=CAGAGCCCTGGGTTAACTTTA;SOR=0.549;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=89;TCR=58;TR=109;WE=33594234;WS=33594216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,112:0.75:150
chr20	33595300	rs2273636	C	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=11;PP=992;ReadPosRankSum=0.011;SC=GACACAGCAACGCGTGGGCTG;SOR=1.539;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=85;TCF=65;TCR=20;TR=60;WE=33595308;WS=33595290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,64:0.74:87
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chr20	33657126	rs1998233	G	A	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1207;ReadPosRankSum=1.329;SC=AGTCAAAAATGTAAGTATTTG;SOR=0.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=86;WE=33657134;WS=33657116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,90:0.60:149
chr20	33706187	rs6088722	T	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=387;ReadPosRankSum=1.074;SC=AGGAACTAATTCTAGCTCTAC;SOR=0.512;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=20;WE=33706195;WS=33706177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr20	33711624	rs6120838	T	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=215;ReadPosRankSum=0.140;SC=GATGGAGCCTTGTAGAGGGGA;SOR=0.264;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=33711632;WS=33711614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr20	33713963	rs2295885	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=446;ReadPosRankSum=1.752;SC=ACTCAAGCAATTAACAAAGTA;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=33713983;WS=33713953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr20	33713975	rs2295886	A	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=450;ReadPosRankSum=0.443;SC=AACAAAGTACATTATTTGACT;SOR=0.914;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=12;WE=33713983;WS=33713953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr20	33714187	rs2295887	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=553;ReadPosRankSum=2.237;SC=CTCTGCAGTGGGGGAGATGGG;SOR=0.922;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=33;WE=33714195;WS=33714177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr20	33734905	rs945959	G	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=2.885;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,80:0.25:322
chr20	33762489	rs2069948	C	T	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=40;PP=1286;ReadPosRankSum=0.640;SC=CAGGCTGAAGCTGACTCTGCC;SOR=0.726;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=342;TCF=198;TCR=144;TR=100;WE=33762497;WS=33762479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,105:0.30:355
chr20	33763951	rs2069952	C	T	1374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=796;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AGTCCCCTGACCCTGACTGTC;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=140;TCR=85;TR=72;WE=33763959;WS=33763941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,75:0.32:238
chr20	33764632	rs9574	C	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.623;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=434;ReadPosRankSum=-0.985;SC=CTCCAGCCCCCTCAGAAGGGG;SOR=0.349;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=44;WE=33764640;WS=33764622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,48:0.33:147
chr20	33867697	rs619865	A	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.997;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=801;ReadPosRankSum=-1.477;SC=AACACTAGGCAAAAGGATCTG;SOR=1.080;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=49;WE=33867705;WS=33867687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr20	33971914	rs4911494	C	T	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=130;NR=90;PP=2965;SC=ACCACATGCTCGGGACTGGCT;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=220;TCF=130;TCR=90;TR=220;WE=33971922;WS=33971904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr20	33972053	rs4911496	C	T	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=73;PP=2076;SC=CCCACTTCCCCGTGATCAGCT;SOR=2.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=98;WE=33972061;WS=33972043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	33972451	.	T	TA	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5028;HP=15;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=15;MQ=54.95;NF=1;NR=4;PP=52;QD=11.0;SC=ACCCTGTCTGTAAAAAAAAAA;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=5;WE=33972459;WS=33972441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,5:0.33:15
chr20	33974051	rs6141549	T	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=9;PP=450;SC=AAAAATCTAGTTTCCAAACTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=33974059;WS=33974041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	33974163	rs6088812	T	A	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=20;PP=551;SC=ATGGAACACATGGAATGAAAA;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=33974171;WS=33974153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	33997291	.	T	A	559	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=22;NR=8;PP=559;QD=19.7923737516;SC=AAAAAAAAAGTTTAAAAGGTA;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=30;WE=33997299;WS=33997281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr20	34054609	rs224354	G	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CCTCTGACCTGTCGAATCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=34054617;WS=34054599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr20	34054729	rs2296402	T	C	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=26;PP=1299;ReadPosRankSum=0.741;SC=AATCCAAGACTCTTGTGTTGG;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=79;WE=34054737;WS=34054719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,86:0.72:119
chr20	34055453	rs5841213	AG	A	588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=589;ReadPosRankSum=0.240;SC=AGGGACAGGCAGGGGGAGGTG;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=20;WE=34055461;WS=34055443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr20	34061578	rs224361	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.169;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=319;ReadPosRankSum=-1.090;SC=AAAAAAGTTTTGCACTAGAAA;SOR=0.118;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=22;WE=34061586;WS=34061568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr20	34062642	rs224362	C	T	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1183;ReadPosRankSum=1.044;SC=ATGAGAGCAACGTTTTGGAAA;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=83;WE=34062650;WS=34062632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,90:0.58:154
chr20	34062710	rs224363	C	T	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.962;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=1411;ReadPosRankSum=0.509;SC=CAGGGATATACCTTCATCTTT;SOR=0.398;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=95;WE=34062718;WS=34062700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,100:0.63:158
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chr20	34096725	rs2236165	A	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=527;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CTCTGCTCCAACCACAGAGCC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=21;WE=34096733;WS=34096715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr20	34116307	rs35756561	C	T	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=52;PP=1287;ReadPosRankSum=0.081;SC=CTGAAGTCCACACCAGGTCAG;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=102;WE=34116315;WS=34116297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,111:0.63:176
chr20	34144107	rs224420	T	C	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=74;PP=1981;SC=TCCTGCATTTTGTTCCGTCAG;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=119;WE=34144115;WS=34144097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr20	34144746	rs8825	A	G	6040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=0.910;SC=CACCCCAGGTACTGAGGACAA;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=371;TCF=219;TCR=152;TR=252;WE=34144754;WS=34144736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,261:0.68:384
chr20	34146779	rs8120157	T	C	5176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.368;NF=110;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.740;SC=AAGACAAAGGTCTTCAGCGGG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=310;TCF=163;TCR=147;TR=206;WE=34146787;WS=34146769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,217:0.67:324
chr20	34146827	rs139711045	TGAG	T	8881.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.494;NF=42;NR=96;PP=2964;ReadPosRankSum=0.507;SC=GGGCGGCTGTTGAGGAGAAGA;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=69;TCR=155;TR=138;WE=34146837;WS=34146817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,226:0.68:330
chr20	34147998	rs224424	A	G	10599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=3.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.48;ReadPosRankSum=1.395;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,266:0.61:433
chr20	34148001	rs2145021	C	T	10579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=3.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.27;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,268:0.61:436
chr20	34148322	rs41293076	T	G	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=53;PP=1797;ReadPosRankSum=1.120;SC=CACATAGATGTCACTCGACAT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=121;WE=34148330;WS=34148312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,134:0.66:204
chr20	34152684	rs55799727	C	T	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1424;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GGGAGGCCAGCCCACAGTTTG;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=94;WE=34152692;WS=34152674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,99:0.63:156
chr20	34153341	rs224430	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr20	34164422	rs1557202	T	C	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=113;NR=106;PP=2965;SC=AATTCTTCCTTCAGGGACCTG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=113;TCR=107;TR=219;WE=34164430;WS=34164412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr20	34164463	rs1557203	A	G	3524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=72;PP=2488;ReadPosRankSum=0.642;SC=GACTTCAGCAACAGCCCGATG;SOR=0.641;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=218;TCF=112;TCR=106;TR=142;WE=34164471;WS=34164453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,148:0.65:229
chr20	34166984	.	G	C	6616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.173;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=0.289;SC=TCACCTTCAGGAGCTGTCTGG;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=417;TCF=184;TCR=233;TR=274;WE=34166992;WS=34166974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,291:0.66:442
chr20	34170035	rs6060486	C	G	8031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=145;PP=2965;SC=GACTCCACACCTTGCCCAGCC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=149;TCR=145;TR=294;WE=34170043;WS=34170025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr20	34170174	rs6119628	C	A	6193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.790;SC=AAATGGGCACCCGGATGTTGG;SOR=0.260;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=108;TCR=103;TR=211;WE=34170182;WS=34170164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr20	34170316	rs6060487	C	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=42;PP=1144;SC=GGGGCTCCACCTCACTGGGCA;SOR=2.187;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=34170324;WS=34170306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	34173046	rs1536147	C	T	14290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=280;NR=238;PP=2965;ReadPosRankSum=1.315;SC=GTCCCCTCACCGTGAGCATTA;SOR=0.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=521;TCF=282;TCR=239;TR=518;WE=34173054;WS=34173036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,543:1.00:544
chr20	34173178	rs6060488	A	G	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=128;PP=2965;SC=AGACCAGCACATCGGGGAGGG;SOR=1.347;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=73;TCR=129;TR=201;WE=34173186;WS=34173168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr20	34208516	rs2425067	C	T	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=1.026;SC=ATTGAATACACAGAAGATCCT;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=34208524;WS=34208506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr20	34286610	rs12479454	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=480;ReadPosRankSum=-0.918;SC=TGGAGGTGAGATAAGTGTAAG;SOR=0.807;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=27;WE=34286618;WS=34286600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr20	34328274	rs1538426	G	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=3;PP=942;SC=TTATAAGACTGTTAGAAGATT;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=34328282;WS=34328264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	34435246	rs374986194	CT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr20	34501126	rs201946490	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=1.754;SC=CACCCCAGCATTGAAAACAAA;SOR=1.292;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=13;WE=34501134;WS=34501116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
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chr20	34568262	rs10627329	C	CAT	635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=554;ReadPosRankSum=1.364;SC=GCACTCATCACGTCAGCCACT;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=13;WE=34568270;WS=34568252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
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chr20	34572834	rs6141583	G	A	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=39;PP=888;ReadPosRankSum=1.211;SC=GTCCCACCTCGTACCCACCTT;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=86;TCF=20;TCR=66;TR=49;WE=34572842;WS=34572824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr20	34596371	rs6060750	C	T	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1340;ReadPosRankSum=1.801;SC=AGACACTCTCCCCAAGATGCT;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=84;WE=34596379;WS=34596361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,86:0.75:115
chr20	34611450	rs11477706	GA	G	1099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=6.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=1.213;SOR=1.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr20	34775551	rs2247688	A	G	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.014;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=45;PP=2159;ReadPosRankSum=-1.184;SC=GCAGGACTAAACCTGGGCCTT;SOR=1.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=118;TCR=70;TR=121;WE=34775559;WS=34775541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,130:0.62:209
chr20	34828609	rs709050	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=0.451;SC=GAGGTGTTTTGGAATAGGGAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=16;WE=34828617;WS=34828599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr20	34832601	rs35283785	CCT	C	2366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=1501;ReadPosRankSum=1.259;SC=AATCACTTCTCCTCTCTGCAC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=36;WE=34832610;WS=34832591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr20	34858360	rs2425206	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=33;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CAGGCGTGAGTCACCGCACCT;SOR=0.148;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=34858368;WS=34858359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr20	35064912	rs1275393	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=44;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TGCTTCTTGAGAGAACCCCTT;SOR=0.673;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=7;WE=35064920;WS=35064902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr20	35068018	rs1275396	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=8;PP=649;SC=ACAGTCAAATACAAGCTGGTG;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=35068026;WS=35068008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	35090820	rs1275391	C	G	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=22;PP=1867;SC=CTGAAGGCCCCCCTTTGAGCC;SOR=2.442;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=76;TCR=22;TR=98;WE=35090828;WS=35090810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	35491551	rs6029806	A	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=883;ReadPosRankSum=-0.771;SC=CCGTGAGGAGAACGCGGCGCT;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=55;WE=35491559;WS=35491541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr20	35507330	.	C	T	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-4.832;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=6;PP=1246;ReadPosRankSum=0.676;SC=GCAAACTGCTCTATCGCCTGT;SOR=0.566;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=88;TCF=80;TCR=8;TR=60;WE=35507338;WS=35507320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr20	35508959	rs1291125	T	C	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=27;PP=1782;SC=TTCCCAGGTGTCCTCTAGGAT;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=35508967;WS=35508949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	35559352	rs6072746	A	C	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=133;PP=2965;SC=CAAGAACTTCAGTATGTTTCC;SOR=1.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=62;TCR=133;TR=195;WE=35559360;WS=35559342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr20	35738841	rs1744759	G	C	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=93;PP=2965;SC=TGGGGTCAGAGACTCTATCAG;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=70;TCR=94;TR=163;WE=35738849;WS=35738831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr20	35740794	rs1744760	T	C	10217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=186;NR=199;PP=2965;SC=GTACACTTCTTGGGGCAGCTT;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=386;TCF=186;TCR=200;TR=385;WE=35740802;WS=35740784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr20	35748024	rs1780670	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.24;QD=31.32;SOR=3.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	35748039	.	G	GAAAGAAAAGAAAAGA,GAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGA	2123.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.91;QD=64.36;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,25,8:0.76,0.24:33
chr20	35748894	rs1624888	C	G	7431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=127;PP=2965;SC=AGCTTCTAAACAATGAGTCTT;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=140;TCR=127;TR=267;WE=35748902;WS=35748884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr20	35769592	rs1744769	T	C	8620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=171;NR=149;PP=2965;SC=CTGTATTTTTTGCCAAAGTTA;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=322;TCF=171;TCR=151;TR=320;WE=35769600;WS=35769582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr20	35769647	rs1780680	G	T	6764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.044;SC=ATGTTTCAGGGTTTTCAGGGT;SOR=0.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=101;TCR=124;TR=223;WE=35769655;WS=35769637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr20	35783494	rs1615246	T	C	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=112;NR=57;PP=2965;SC=GGATAGGCACTTCAGAACTTG;SOR=1.471;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=113;TCR=59;TR=169;WE=35783502;WS=35783484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr20	35786188	rs1780687	A	C	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=65;NR=22;PP=2013;SC=ACCACTGAATACTTCCACATT;SOR=2.059;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=87;WE=35786196;WS=35786178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	35787473	rs1744775	A	G	6362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=125;PP=2965;SC=AGCAAGCTGGAAAGACGGTTT;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=91;TCR=126;TR=216;WE=35787481;WS=35787463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr20	35807790	rs11467214	G	GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT	3432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=2900;SC=GTTGCGCGTGGCTTTGGGGAG;SOR=0.800;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=8;WE=35807798;WS=35807780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	35826683	rs2076399	T	G	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=5;PP=1200;SC=ACTAAATTCATGTAGCTCATT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=35826691;WS=35826673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	35827028	rs146714866	A	ATT	258.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=10;PP=253;SC=CATTCCTGTGATTTTTTTTTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=35827036;WS=35827018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	35827682	rs2076398	G	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=641;SC=GGTCCTATCCGAAGAGGGCTC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=35827690;WS=35827672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	35828696	rs6032013	A	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=332;SC=CCGGCTGCCCAGCTAATTTTT;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=35828704;WS=35828686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	35828757	.	ATT	A	1179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=5;PP=487;SC=GCCGGTTGTAATTTTTTTTTT;SOR=3.321;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=30;WE=35828766;WS=35828747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	35835657	rs11698281	C	T	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=21;PP=1507;SC=GAAACAGCTGCATTTCGCATT;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=78;WE=35835665;WS=35835647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	35835889	rs1079657	A	G	6318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=1.662;SC=CCCTCTGATTATCATTCCTAG;SOR=0.354;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=94;TCR=119;TR=211;WE=35835897;WS=35835879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,233:1.00:234
chr20	35838372	rs2272950	T	A	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=8;PP=732;SC=TTGCAACCTATAGATAAAGCA;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=35838380;WS=35838362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	35838591	rs2050091	T	C	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=61;PP=1818;SC=CATATTTTGGTGGGGCGCTGA;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=109;WE=35838599;WS=35838581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr20	35838756	rs3817885	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=245;SC=TTCATTCTCTGTTTCTAGTTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=35838764;WS=35838746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	35852395	rs2076397	A	C	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=76;PP=2266;SC=CCACCTGATCACTCAGGGAGC;SOR=2.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=23;TCR=77;TR=99;WE=35852403;WS=35852385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr20	35852450	rs2076396	G	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=39;PP=1159;SC=ACTGAGCCCTGCAGGCATCAG;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=41;WE=35852458;WS=35852440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	35865054	rs4608	C	T	7901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=120;NR=146;PP=2965;SC=CCTGGCCATCCTGGGCAGTGT;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=120;TCR=146;TR=266;WE=35865062;WS=35865044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr20	35869619	rs2050093	C	T	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=55;PP=2601;SC=GGGAGAGTACCTTAGTCTCTC;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=87;TCR=56;TR=142;WE=35869627;WS=35869609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr20	36022154	rs6018256	T	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=328;ReadPosRankSum=0.146;SC=TGGCATGCTGTGGGGACTCAC;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=15;WE=36022162;WS=36022144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr20	36022539	rs6018257	T	C	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=43;PP=1727;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GGCAGAAGCCTGGACAGTCAG;SOR=0.521;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=162;TCF=99;TCR=63;TR=106;WE=36022547;WS=36022529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,111:0.66:167
chr20	36030939	rs1885257	G	C	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=84;NR=77;PP=2317;SC=GCAAAGTGGCGGACTTTGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=161;WE=36030947;WS=36030929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr20	36031097	rs2145792	A	G	5704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=113;NR=71;PP=2965;SC=TGCTTATCTAACAGAGCGGTC;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=113;TCR=71;TR=184;WE=36031105;WS=36031087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr20	36150582	rs149299117	C	CA	79.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=0;PP=73;SC=AATTGCTTTACAAAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=36150590;WS=36150573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	36150600	rs5841264	T	TA	188.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.59;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	36375071	rs2297154	T	C	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=82;PP=2771;SC=CTGTTACTCTTTCTCCTGTCT;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=147;WE=36375079;WS=36375061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr20	36405667	rs6020846	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=636;ReadPosRankSum=-1.035;SC=AACTCAGATCATAGTACTCGT;SOR=0.928;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=174;TCF=112;TCR=62;TR=58;WE=36405675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,64:0.34:190
chr20	36531628	.	C	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=292;ReadPosRankSum=1.070;SC=CCGGGGACAGCGGGCGAGGGG;SOR=0.586;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=16;WE=36531636;WS=36531618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr20	36572310	rs11365082	AC	A	968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=8.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.258;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.565;SOR=0.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr20	36624780	rs34900517	C	T	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.070;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=51;PP=2278;ReadPosRankSum=0.040;SC=GACGTACCTCCTGGCAGCCTC;SOR=0.460;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=210;TCF=132;TCR=78;TR=132;WE=36624788;WS=36624770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,145:0.65:224
chr20	36628853	rs150432768	A	ACGGCCAGCGCAGGCTTCCCTCCCGCGTGGG	2810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=50.19;SOR=4.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr20	36932660	rs1341023	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=634;ReadPosRankSum=-0.649;SC=CCGAGATGGGCGTCCCTGATG;SOR=0.860;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=175;TCF=72;TCR=103;TR=55;WE=36932668;WS=36932650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,60:0.32:188
chr20	36932676	rs1341024	G	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-1.566;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,59:0.34:172
chr20	36937246	rs2066252	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=242;ReadPosRankSum=-0.031;SC=GGTGGGGGACGAGTCTGCATT;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=20;WE=36937254;WS=36937236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr20	36946848	rs4358188	G	A	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=63;PP=1769;ReadPosRankSum=1.865;SC=TGTATCCTCCGAGCTGCAACC;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=70;TCR=98;TR=108;WE=36946856;WS=36946838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,114:0.63:181
chr20	36959318	rs5743533	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.759;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=3;PP=746;ReadPosRankSum=-0.192;SC=GCTGTGACCCGTGGAAGGGGA;SOR=2.147;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=36;WE=36959326;WS=36959308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr20	36959353	rs5743534	A	G	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=1176;ReadPosRankSum=0.861;SC=GGAAAACCAGACAGTATCCAC;SOR=0.948;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=61;WE=36959361;WS=36959343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,62:0.67:92
chr20	36959566	rs2425357	A	G	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=54;NR=67;PP=2158;SC=TCATAGGCTCAAGGCATTATT;SOR=1.187;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=121;WE=36959574;WS=36959556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	36959732	rs6127771	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCCAGACCTTCCCCACCTGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=36959740;WS=36959722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr20	36965617	rs1131847	A	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=72;PP=2163;SC=GCTGTCAGCCACACCTGTTCC;SOR=1.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=109;WE=36965625;WS=36965607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	37055875	rs707578	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=1;PP=719;SC=AAGCATGATGTCCCCCCGCAC;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=28;WE=37055883;WS=37055865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	37062583	rs788347	T	C	8474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=164;NR=134;PP=2965;SC=CGCGATTTCTTTCCCTGCACT;SOR=0.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=164;TCR=134;TR=298;WE=37062596;WS=37062573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr20	37187110	rs36061549	AT	A	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr20	37191391	rs11479954	GT	G	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=2.409;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,12:0.19:64
chr20	37230486	rs6070740	C	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=203;SC=ACTGGGTGCGCCACGGGGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=37230494;WS=37230476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	37252210	rs6064778	C	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=1250;ReadPosRankSum=0.517;SC=GGGTGAGAGACCCTGGCGGGG;SOR=0.817;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=116;TCF=40;TCR=76;TR=76;WE=37252218;WS=37252200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,80:0.65:123
chr20	37255681	.	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=11;PP=898;ReadPosRankSum=1.127;SC=CAGGCCTGTCGGGCCTCCTTG;SOR=0.895;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=51;WE=37255689;WS=37255671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,52:0.68:77
chr20	37255995	rs148944768	A	ATGTGTGTTGGTG	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.90;MQRankSum=2.222;QD=18.75;ReadPosRankSum=1.501;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr20	37257384	rs35399405	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=0.674;SC=AGCCAGCCAGACTTGGGCCCC;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=37257392;WS=37257374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr20	37257590	rs6070809	C	G	2631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=49;PP=1564;ReadPosRankSum=-1.626;SC=CAGAGAATGGCGACTCCGGTA;SOR=0.748;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=156;TCF=84;TCR=72;TR=112;WE=37257598;WS=37257580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,119:0.73:162
chr20	37266205	rs6026964	C	A	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.612;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=516;ReadPosRankSum=0.890;SC=TCAAGAGGAGCGGTTTGGGTC;SOR=1.776;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=26;WE=37266213;WS=37266195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr20	37272589	rs419162	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=462;ReadPosRankSum=1.290;SC=CCCTCTGGGTGCAGCTGCCGT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=22;WE=37272597;WS=37272579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr20	37274559	rs11426603	C	CA	2409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.093;NF=43;NR=13;PP=2078;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GTCCCGTGTCCAACAAATGCA;SOR=0.701;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=56;WE=37274567;WS=37274549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,81:0.72:112
chr20	37274861	rs117796	A	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=9.235;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=822;ReadPosRankSum=-0.908;SC=ACAGGTGGAGAAGGGCCGAGG;SOR=2.403;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=40;WE=37274869;WS=37274851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,45:0.80:56
chr20	37277153	rs220527	G	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=449;ReadPosRankSum=-0.993;SC=TCCTTATGCTGCTTCTCCCCA;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=28;WE=37277161;WS=37277143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr20	37277271	rs220526	C	T	2527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,113:0.65:175
chr20	37278558	rs6027039	C	T	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.676;SC=TGTCCATGTACCCAGCATGAG;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=68;TCR=114;TR=113;WE=37278577;WS=37278548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,120:0.62:194
chr20	37278569	rs6027040	A	C	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=0.377;SC=CCAGCATGAGAACAAAGCTAT;SOR=0.937;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=156;TCF=57;TCR=99;TR=96;WE=37278577;WS=37278548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,103:0.62:167
chr20	37278612	rs220522	T	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=671;ReadPosRankSum=-0.796;SC=ATTCCAAGGCTTCCTTTTCTG;SOR=1.136;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=38;WE=37278620;WS=37278602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr20	37278823	rs220521	T	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=456;ReadPosRankSum=0.433;SC=CCCTCCACCCTCCAGCCCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=21;WE=37278831;WS=37278813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr20	37278946	rs220520	T	C	3638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=57;PP=2350;ReadPosRankSum=-2.140;SC=AAAAATGCAGTACCTTTATCA;SOR=0.451;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=190;TCF=119;TCR=71;TR=145;WE=37278954;WS=37278936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,153:0.76:200
chr20	37279255	rs220519	C	T	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=989;ReadPosRankSum=0.606;SC=AATATGTAAACGTAATTGTTT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=64;WE=37279263;WS=37279245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,69:0.63:109
chr20	37279376	rs67738971	TGACGA	T	3911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=50;PP=2937;ReadPosRankSum=-1.270;SC=GGGAGCTTGGTGACGAGAGCA;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=10;TCR=84;TR=56;WE=37279388;WS=37279366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,99:0.64:155
chr20	37279458	rs6015551	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=691;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CCACCGGGGGCGGGAGGGCAG;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=32;WE=37279466;WS=37279448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr20	37383482	rs35702444	T	G	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.62;QD=47.06;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	37383484	rs35956429	G	A	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.70;QD=45.52;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	37383487	.	TC	CT	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.78;QD=43.82;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	39609426	rs4812473	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,35:0.26:136
chr20	39634704	rs73257868	G	A	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=504;ReadPosRankSum=2.129;SC=TCGGCCATGCGGGAAACGAGG;SOR=0.791;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=45;WE=39634712;WS=39634694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,49:0.34:146
chr20	39690342	rs1997833	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GCAAGTATGTTTAATTTTCTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=39690350;WS=39690332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr20	39704995	rs6072262	G	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.743;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=790;ReadPosRankSum=0.540;SC=ACCTTTGAAAGCAGATATCTT;SOR=1.249;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=147;TCF=45;TCR=102;TR=50;WE=39705003;WS=39704985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,52:0.33:158
chr20	39726776	rs78221809	T	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=4.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=1;PP=750;ReadPosRankSum=0.681;SC=GGTGCTTGGGTGTATTTGCAA;SOR=2.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=33;WE=39726784;WS=39726766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr20	39743905	rs6072275	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=8.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=2.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr20	39788855	rs2076148	A	G	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=66;PP=1969;SC=AACCTTAGCCAGGCCTCTAAG;SOR=2.059;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=90;WE=39788863;WS=39788845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	39791741	rs34454281	C	T	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=50;PP=1191;ReadPosRankSum=-1.685;SC=CCATGCTGGACCATTCTGGGA;SOR=1.222;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=61;WE=39791749;WS=39791731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr20	39792063	rs2228246	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,73:0.23:314
chr20	39794489	rs6124323	G	A	6584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=136;PP=2965;SC=ATGCAGATGCGTATGTTCAGT;SOR=1.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=101;TCR=136;TR=237;WE=39794497;WS=39794479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr20	39797465	rs753381	T	C	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=113;NR=113;PP=2965;SC=CTGACCTTCATCAAGAGCGCC;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=113;TCR=114;TR=226;WE=39797473;WS=39797455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr20	39797646	rs909708	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=400;ReadPosRankSum=-0.116;SC=GCATGGGAACCCCTACCAAAG;SOR=0.402;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=21;WE=39797654;WS=39797636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr20	39813729	rs2664537	G	A	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=905;ReadPosRankSum=-1.475;SC=CCCAGCAGCCGGGCATGGGAA;SOR=0.592;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=84;TCR=93;TR=62;WE=39813737;WS=39813719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,68:0.36:188
chr20	39830122	rs2235367	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=294;SC=TTTCGAGTACAATCCAGAGAA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=39830130;WS=39830112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr20	39990614	rs2235592	C	T	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1342;ReadPosRankSum=0.374;SC=TGCCACGAGGCTGTCCAGGAT;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=278;TCF=152;TCR=126;TR=96;WE=39990622;WS=39990604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,103:0.35:293
chr20	39990700	rs41278104	T	C	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=64;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GCTCTGTCTGTACAAGGGGCC;SOR=0.727;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=382;TCF=195;TCR=187;TR=125;WE=39990708;WS=39990690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,129:0.32:402
chr20	39991144	rs41307177	A	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=643;ReadPosRankSum=-0.666;SC=CCCGGCCATCAAGGCTCTGGT;SOR=0.600;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=55;WE=39991152;WS=39991134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,57:0.34:167
chr20	39991171	rs61739307	G	A	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=752;ReadPosRankSum=1.765;SC=TCCGGCTGGCGGCCTGACCCT;SOR=0.660;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=230;TCF=123;TCR=107;TR=70;WE=39991179;WS=39991161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,74:0.31:238
chr20	39993931	rs45585435	C	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-3.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=890;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CTCTGTGTCCCTGGGAGCCAA;SOR=0.618;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=3;TCR=46;TR=39;WE=39993939;WS=39993921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
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chr20	40045573	rs742433	G	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=1.219;SC=ACTTTATAAGGCTTAAAATAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=40045581;WS=40045563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
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chr20	40066117	rs2179452	T	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=298;ReadPosRankSum=0.702;SC=ACATTCACATTACTTTTATTA;SOR=1.449;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=22;WE=40066125;WS=40066107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
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chr20	40120211	rs4810321	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=239;ReadPosRankSum=0.253;SC=TGTGCAAAGACTACCACCCTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=12;WE=40120219;WS=40120201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
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chr20	40179781	rs4812524	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=175;ReadPosRankSum=0.754;SC=AGAAAAATCCATATTATTAAG;SOR=0.854;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=17;WE=40179789;WS=40179771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr20	40179909	rs6129863	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=1640;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CAAGATACCCGGATGCATTCA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=80;TCR=87;TR=56;WE=40179928;WS=40179899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,61:0.34:179
chr20	40179920	rs6072417	C	T	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=1640;ReadPosRankSum=-0.232;SC=GATGCATTCACTTAAAAGAAA;SOR=0.538;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=51;WE=40179928;WS=40179899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,53:0.34:158
chr20	40714305	rs143180826	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.92;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr20	40714305	.	TCG	CCA	429	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=8;NR=0;PP=429;QD=60.3084843578;SC=GGATCCTCTCTCGGCAGCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=40714315;WS=40714295;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,8:0.62:13
chr20	40714307	rs3092662	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=9.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.36;ReadPosRankSum=-0.179;SOR=3.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr20	40714524	rs722898	C	G	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=66;PP=2019;SC=ACAGAAGGAGCTCAAAGGCAG;SOR=1.028;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=119;WE=40714532;WS=40714514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	40714540	rs1569548	G	C	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=57;PP=1445;SC=GGCAGGGGGCGGGTATCAAAG;SOR=1.313;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=94;WE=40714548;WS=40714530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	40733082	rs2076247	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=10;PP=999;SC=AAGCTTGATGCTGGGCTTCTC;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=40733090;WS=40733072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	40743829	rs2076248	A	G	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=31;PP=1989;SC=ACAGCCTCCAAGAAGCTTACC;SOR=1.449;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=94;WE=40743837;WS=40743819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr20	40747211	rs16986527	C	T	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.372;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=938;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TTTGTCCCCCCGGTTGGTCAA;SOR=0.418;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=71;WE=40747219;WS=40747201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,77:0.42:184
chr20	40863182	rs6030076	C	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=583;SC=TACACTGATACCTATCCCCTG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=40863190;WS=40863172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	40863305	rs6072666	G	A	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=82;PP=2965;SC=AGATAGGCTTGCATACTGTGA;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=109;TCR=82;TR=190;WE=40863313;WS=40863295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr20	41100774	rs760704	G	A	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=1;PP=1049;SC=TTCATTGAAGGCCTAAGAAAA;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=39;TCR=1;TR=40;WE=41100782;WS=41100764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	41101274	rs6065487	C	A	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=518;SC=TGTTCTGCTACAACAGGGAAC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=41101282;WS=41101264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	41306488	rs3091760	G	GAA	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=234;ReadPosRankSum=0.248;SC=TGGAGCCTGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=15;WE=41306496;WS=41306478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr20	41400229	rs6030462	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,15:0.19:77
chr20	41419718	rs208244	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=137;ReadPosRankSum=-0.492;SC=GAGGAGAAGCACAGTAAACAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=10;WE=41419726;WS=41419708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr20	41514690	.	C	CAT	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=1.860;SC=GAAGATTTTCCATATATATAT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=7;WE=41514698;WS=41514680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr20	41818289	rs2867655	C	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=148;SC=CACTCACCTGCGGCGCTCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=41818297;WS=41818279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	42089140	rs34934568	T	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=266;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GACTTCATTGTTTTTCTCCTA;SOR=0.293;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=16;WE=42089148;WS=42089130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr20	42089511	rs2235611	T	C	7734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=102;PP=2965;SC=CCCGATCCCCTAAAGAAAATG;SOR=1.158;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=158;TCR=102;TR=260;WE=42089519;WS=42089501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr20	42157237	rs2071972	C	T	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=810;ReadPosRankSum=-0.884;SC=CAGGGGAAGCCGAAGAAAGTC;SOR=1.148;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=60;WE=42157245;WS=42157227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr20	42163768	rs2071968	C	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=156;ReadPosRankSum=1.015;SC=AGCAGTGCTTCTGGCTACCCC;SOR=0.874;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=11;WE=42163776;WS=42163758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr20	42199704	rs11467250	GGTGT	G	614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=36.16;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	42199925	rs3127060	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=534;SC=CATGTACATAGGGGGCAGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=42199933;WS=42199915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	42205061	rs763227	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=36;PP=977;SC=CATGGGGCTCGCAGCTTCCTG;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=42205069;WS=42205051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	42208522	rs2301483	T	G	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=13;PP=1526;SC=GCCAGTTGCTTGTGGAGCTCT;SOR=2.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=42208530;WS=42208512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	42225114	rs2664519	G	A	5124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=58;PP=2965;SC=TAAATGGAGTGAAACTGTGGA;SOR=1.305;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=112;TCR=58;TR=170;WE=42225122;WS=42225104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr20	42242700	rs4473450	C	T	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=49;PP=1480;SC=CAGAAGGCTTCTATATGTTTT;SOR=4.443;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=54;WE=42242708;WS=42242690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	42249398	rs1555348	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=421;SC=TTTAATCTTTCTTCCTTTATC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=42249406;WS=42249388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	42249479	rs11483104	C	CT	1348.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;MQRankSum=0.401;QD=18.73;ReadPosRankSum=-1.237;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,63:0.88:72
chr20	42264502	rs6031007	G	A	7014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=94;PP=2965;SC=ACACAGTGTGGTCAGTTAGAC;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=151;TCR=94;TR=245;WE=42264510;WS=42264492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr20	42264726	rs2273523	T	C	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=44;PP=1005;SC=AGGCATTCGCTGTGGTCCCTT;SOR=5.507;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=45;WE=42264734;WS=42264716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	42265700	rs6065638	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=652;SC=TTAGTTATGATTTTGGACAAG;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=42265708;WS=42265690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	42265966	rs6031008	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=510;SC=GCAATGGTGCGATCTCGGCTC;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=42265974;WS=42265956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	42275499	rs393115	G	T	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=72;NR=13;PP=2013;SC=AATCTCTAAAGTCCAAAGCAC;SOR=3.417;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=73;TCR=14;TR=85;WE=42275507;WS=42275489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr20	42302201	rs826949	C	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=407;SC=CATTTGAGTCCAGGAGTTCAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=42302209;WS=42302191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	42302371	rs826950	C	T	6731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GTGGGCTGGCCGCTGCCTACA;SOR=0.341;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=230;WE=42302379;WS=42302361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr20	42310509	rs442143	T	C	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=26;PP=727;SC=AGTACAGTCCTGCTGTGGCCC;SOR=1.314;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=42310517;WS=42310499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	42328639	rs285162	T	C	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=65;PP=1768;SC=TCCTCATCCCTGCTGTGGGTT;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=117;WE=42328647;WS=42328629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	42328749	rs285163	A	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=565;SC=CTTCTCTCTCAGGCCCACATC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=42328757;WS=42328739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	42574442	rs4812769	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=1.373;SC=CTTATACGAATGGGATGGGGG;SOR=0.343;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=12;WE=42574450;WS=42574432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr20	42693572	rs76310705	C	T	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=57;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.863;SC=AACTGGGGCCCGTGGGAAGGG;SOR=2.165;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=82;TCF=9;TCR=73;TR=62;WE=42693580;WS=42693562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,64:0.75:85
chr20	42697255	rs8125734	C	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=386;ReadPosRankSum=-0.226;SC=GGAGAGGTACCCAACAGCTTT;SOR=1.123;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=28;WE=42697263;WS=42697245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr20	42743454	rs6093935	A	G	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=59;PP=2769;SC=GGAGGTGAACAAAGAGGATGG;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=99;TCR=59;TR=157;WE=42743462;WS=42743444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr20	42744265	rs56061946	G	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=174;ReadPosRankSum=1.022;SC=GCTACCTCTAGGGAACCCGAC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=42744273;WS=42744255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr20	42744587	rs74352869	G	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
chr20	42745115	rs6073336	T	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=0.060;SC=CGAGCCTCATTCATGGGCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=16;WE=42745123;WS=42745105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr20	42788732	.	C	T	4486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=104;PP=2692;ReadPosRankSum=1.932;SC=CGACTCTGCGCGCCGCAGCTT;SOR=0.599;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=317;TCF=146;TCR=171;TR=198;WE=42788740;WS=42788722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,205:0.63:325
chr20	42806429	rs2064381	A	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=559;ReadPosRankSum=1.429;SC=TTGTCCTCAAATATCCTCCCG;SOR=1.479;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=29;WE=42806437;WS=42806419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr20	42814931	rs6031442	T	C	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.284;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=17;PP=1199;ReadPosRankSum=-1.095;SC=CCTCCCTGGCTCCACCCCACC;SOR=0.209;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=104;TCF=81;TCR=23;TR=69;WE=42814939;WS=42814921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,73:0.68:107
chr20	42815190	rs1883790	G	A	6696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.061;SC=TGGGCCAGGTGTAGACACCTG;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=418;TCF=179;TCR=239;TR=274;WE=42815198;WS=42815180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,290:0.66:437
chr20	42825929	rs8268	C	T	3499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=82;PP=2250;ReadPosRankSum=-1.882;SC=AAAAGGAATACACTTCCATAT;SOR=0.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=101;TCR=123;TR=151;WE=42825937;WS=42825919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,154:0.67:230
chr20	42826350	rs9346	A	C	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=724;ReadPosRankSum=0.304;SC=CTGAGTTCTCACTGCTCCTCG;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=44;WE=42826358;WS=42826340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr20	42826379	rs11274	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.970;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TCCTTGTAGACCTAAAGAGGA;SOR=1.352;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=31;WE=42826387;WS=42826369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr20	42939750	rs6073401	T	C	12819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=245;NR=215;PP=2965;ReadPosRankSum=1.037;SC=GCACCAGCGTTCCCCGCAACA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=463;TCF=247;TCR=216;TR=460;WE=42939758;WS=42939740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,484:1.00:486
chr20	43034660	rs736824	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=194;SC=TGACATTCTGTTCTTCCTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=43034668;WS=43034650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	43034693	rs745975	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=273;SC=TCTCTCCTGGCGCAGACACGT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=43034701;WS=43034683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	43036649	rs8121034	A	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=244;SC=ACAAGACCCCAGACCCATCCT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=43036657;WS=43036639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	43036691	rs8122476	T	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=597;SC=GAGCACAACATTTATTAAGGT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=43036699;WS=43036681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	43048470	rs141943140	T	C	6185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.022;SC=TGCAGATCGATGACAATGAGT;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=421;TCF=240;TCR=181;TR=278;WE=43048478;WS=43048460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,286:0.65:437
chr20	43052570	rs2273618	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-1.131;SC=CCTTGTGTGATACAAGTCAGG;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=7;WE=43052578;WS=43052560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr20	43058018	rs3746574	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.524;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr20	43058096	rs3746575	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=331;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CTTTCCCGGGCCTCTTCATTT;SOR=0.805;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=33;WE=43058104;WS=43058086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,37:0.28:134
chr20	43090929	rs11482024	T	TA	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=-1.481;SC=CACTCTAGTTTAAAAAAAAAT;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=13;WE=43090937;WS=43090919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr20	43142720	rs41303901	A	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.883;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=797;ReadPosRankSum=1.069;SC=GACCGCCTTCAGTATACTCCT;SOR=1.784;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=40;WE=43142728;WS=43142710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr20	43246794	rs71654145	GTCCAGC	G	1457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.736;NF=21;NR=2;PP=1260;ReadPosRankSum=0.552;SC=CACCACCTCAGTCCAGCTCCA;SOR=2.251;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=23;WE=43246807;WS=43246784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr20	43251434	rs6031679	C	T	4853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.986;SC=TTGGGACAGCCGGGGATGGTT;SOR=0.620;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=273;TCF=159;TCR=114;TR=190;WE=43251442;WS=43251424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,203:0.70:288
chr20	43252915	rs244076	T	C	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1183;ReadPosRankSum=-1.213;SC=GGTCAATGGCTACCACGGTCT;SOR=0.619;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=82;WE=43252923;WS=43252905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,90:0.66:136
chr20	43254298	rs61737144	C	T	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=48;PP=1486;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CCACTAGGGCCACCACCTCGT;SOR=0.547;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=114;WE=43254306;WS=43254288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,119:0.70:171
chr20	43254490	rs244074	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=348;SC=CCAGGCCCTAACATGTCCCTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=43254498;WS=43254480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	43264927	rs394105	C	T	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=54;NR=42;PP=1432;SC=CATGCAGTTCCACCTGCAAGG;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=96;WE=43264935;WS=43264917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr20	43343895	rs376618937	TGTGTGTGAGC	T	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5990;FS=5.229;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.728;NF=8;NR=2;PP=557;ReadPosRankSum=-1.001;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGTGAGC;SOR=3.383;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=43343916;WS=43343883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr20	43343908	rs1980803	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5990;FS=8.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=62.41;MQRankSum=1.171;NF=11;NR=3;PP=471;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GTGTGAGCGCGCGCGCGCGCG;SOR=2.541;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=14;WE=43343916;WS=43343883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr20	43343930	rs1980804	T	G	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=674;SC=GCGTGTGTACTCGTGCGTGTG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=43343938;WS=43343920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	43438782	rs150963275	C	T	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.39;ReadPosRankSum=-1.763;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,175:0.66:265
chr20	43530234	rs4931	A	C	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=4.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,65:0.27:242
chr20	43530236	.	A	C	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=4.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,67:0.27:244
chr20	43534903	rs16989481	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=1.415;SC=AATCATCCCTGTCTGCAGTGA;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=13;WE=43534911;WS=43534893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr20	43535101	rs6876	T	C	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr20	43535169	.	G	A	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=21;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=50.65;NF=0;NR=3;PP=40;QD=24.9237375157;SC=AAAAAAAAAAGAGAATCGTAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=43535177;WS=43535159;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,3:0.30:10
chr20	43538733	rs2072727	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=-0.422;SC=AGCGCGGGGCTGCTGGGTGAC;SOR=0.267;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=18;WE=43538741;WS=43538723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr20	43547537	rs2072728	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=398;ReadPosRankSum=-1.202;SC=CCAGTGTGTCATGTCCACAGC;SOR=0.536;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=29;WE=43547545;WS=43547527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr20	43550045	rs2425686	A	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=0.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr20	43560914	rs3746582	T	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr20	43561533	rs2664567	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-4.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=441;ReadPosRankSum=0.193;SC=CCCCCTTTCTGGAGTTCTGGG;SOR=0.843;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=25;WE=43561541;WS=43561523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr20	43561654	rs12798	C	T	7354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,193:0.47:410
chr20	43561660	rs12031	A	G	7489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=17.75;ReadPosRankSum=-0.001;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,203:0.48:422
chr20	43565559	rs3746583	G	C	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=39;PP=1467;ReadPosRankSum=-0.397;SC=GTCTTAAAACGCTGGTCAGAC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=83;TCR=66;TR=88;WE=43565567;WS=43565549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,92:0.61:152
chr20	43566518	rs6031872	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=166;ReadPosRankSum=-1.139;SC=GGCTGACCACCAATACCAGGC;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=43566526;WS=43566511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr20	43566787	rs11780	A	G	3851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=79;PP=2499;ReadPosRankSum=0.406;SC=TTGACAACTCAGAGCTGTTGC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=120;TCR=111;TR=163;WE=43566795;WS=43566777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,172:0.70:247
chr20	43566863	rs2273357	G	A	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=55;PP=1295;ReadPosRankSum=-2.016;SC=CAGGGAGCCCGAGGGGGCAGG;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=35;TCR=82;TR=79;WE=43566871;WS=43566853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,82:0.67:122
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chr20	43572217	rs1804644	T	C	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=905;ReadPosRankSum=0.322;SC=AATAGCAGAGTGCTCTGAAGG;SOR=0.488;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=70;WE=43572225;WS=43572207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,76:0.64:119
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chr20	43588802	rs2234200	A	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.476;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=571;ReadPosRankSum=0.658;SC=TGGTTGCGGGAGTTGGAGGAG;SOR=0.265;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=31;WE=43588810;WS=43588792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr20	43600673	rs6130717	C	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=-1.325;SC=TGTTCTAGTTCCTAGCAAATA;SOR=0.039;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=9;WE=43600681;WS=43600663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr20	43629135	rs17420378	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=2.029;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,47:0.27:173
chr20	43681951	rs2284275	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.658;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=415;ReadPosRankSum=0.466;SC=TAAATGCCTGCGGTTTTTGAC;SOR=0.152;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=30;WE=43681959;WS=43681941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr20	43723627	rs734784	T	C	12820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=244;NR=199;PP=2965;ReadPosRankSum=1.240;SC=ACCCCATCAATGCTGCTCAGC;SOR=0.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=446;TCF=246;TCR=200;TR=443;WE=43723635;WS=43723617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,483:1.00:484
chr20	43727155	rs13043825	C	T	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=70;PP=2448;SC=GCCGCGCCTGCTCCTCCGACG;SOR=1.064;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=122;WE=43727163;WS=43727145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	43727367	rs34643859	T	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=46;PP=1670;SC=CGCTGAGGAGTTCCCGGGCTT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=97;WE=43727375;WS=43727357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	43727443	rs35456522	G	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=26;PP=853;SC=GTTGGAGGCTGTGTGTGAAGC;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=43727451;WS=43727433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	43728070	rs6073643	T	C	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=45;PP=1303;SC=TGACCTTGAATCTTGACTCTC;SOR=4.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=50;WE=43728078;WS=43728060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	43743520	.	G	GCA	677	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=17;MQ=59.91;NF=17;NR=30;PP=677;QD=14.7872340426;SC=ACGCACGCACGCACACACACA;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=146;TCF=70;TCR=76;TR=47;WE=43743542;WS=43743508;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:99,47:0.32:146
chr20	43743530	rs137896112	ACGCG	ACG,A	269.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=677;ReadPosRankSum=3.087;SC=GCACACACACACGCGCACACA;SOR=0.492;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=149;TCF=69;TCR=80;TR=46;WE=43743542;WS=43743508;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.17:151
chr20	43743532	rs11700134	G	A	3398.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.96;ReadPosRankSum=-2.947;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,122:0.82:148
chr20	43743532	.	GCG	ACA	2944	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=19;MQ=59.94;NF=99;NR=47;PP=2944;QD=20;SC=ACACACACACGCGCACACACA;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=224;TCF=143;TCR=81;TR=146;WE=43743542;WS=43743508;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:78,146:0.65:224
chr20	43743534	rs11700135	G	A	5721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=1.793;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.89;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,159:0.97:164
chr20	43752737	rs34841068	G	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=402;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CTGGGAGGCAGGTCTCCTTAC;SOR=1.074;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=37;WE=43752745;WS=43752727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
chr20	43803725	rs1983649	T	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=1.280;SC=AGGGAGCACTTCTGAAGCAGT;SOR=0.404;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=14;WE=43803733;WS=43803715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr20	43926536	rs2227274	G	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=483;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GAGAGGAGGAGCCCCGAGAGA;SOR=0.401;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=39;WE=43926544;WS=43926526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,39:0.29:135
chr20	43926573	rs2227275	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=800;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CAGATGCTGCCTCTGAGGTTC;SOR=0.666;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=203;TCF=117;TCR=86;TR=63;WE=43926581;WS=43926563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,67:0.31:216
chr20	43929659	rs2076023	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.057;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=899;ReadPosRankSum=-0.650;SC=ACTGAAAGGAGAGACAGGTCA;SOR=1.056;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=213;TCF=123;TCR=90;TR=70;WE=43929667;WS=43929649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,72:0.32:224
chr20	43933021	rs2072788	G	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=700;ReadPosRankSum=0.697;SC=TCAATGCCGCGGGCGCGCGCC;SOR=0.950;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=49;WE=43933029;WS=43933011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr20	43933163	rs2233094	T	C	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=28;PP=2025;ReadPosRankSum=-1.586;SC=CGTACTGGATTGCCAGTCCCG;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=145;TCR=45;TR=119;WE=43933171;WS=43933153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,121:0.62:195
chr20	43940112	rs2743327	C	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=479;ReadPosRankSum=1.475;SC=AAAAGCGTTGCGGGGAGCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=77;TCR=24;TR=34;WE=43940120;WS=43940102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,34:0.30:113
chr20	43964407	rs2072791	G	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=306;ReadPosRankSum=-1.698;SC=CGCCTGCCCAGCACACCTTCC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=19;WE=43964415;WS=43964397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr20	43976807	rs2078423	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=281;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CCCGTGACCCCGGAGCAAAGT;SOR=1.085;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=58;TCF=53;TCR=5;TR=17;WE=43976815;WS=43976797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
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chr20	43976991	rs2228384	A	G	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=122;PP=2590;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CCTACGAAGAACAGCAGCAGC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=708;TCF=323;TCR=385;TR=226;WE=43976999;WS=43976981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:503,242:0.32:745
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chr20	44002665	rs2231626	C	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,32:0.23:138
chr20	44004155	rs10546815	CATT	C	1400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.704;NF=2;NR=22;PP=796;ReadPosRankSum=0.023;SC=TGGAACTCTTCATTATTTTGT;SOR=0.482;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=73;TCF=8;TCR=65;TR=24;WE=44004165;WS=44004145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr20	44006078	rs2231614	C	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=-2.063;SC=AGCCAAGGGCCGGCCTGCTGG;SOR=0.504;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=13;WE=44006086;WS=44006068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr20	44038574	rs1127497	A	G	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=25;PP=741;ReadPosRankSum=0.680;SC=CTGGGCAGGGATGGACAACCA;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=148;TCR=86;TR=68;WE=44038582;WS=44038564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,71:0.29:247
chr20	44048972	rs61753669	A	C	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=62;PP=2350;ReadPosRankSum=1.700;SC=TGTTTCTCAGACTGGTCCCTC;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=450;TCF=257;TCR=193;TR=152;WE=44048980;WS=44048962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,157:0.34:465
chr20	44052992	rs13217	G	A	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=66;PP=1877;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CCGAGTACACGCCAGATCCTA;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=474;TCF=265;TCR=209;TR=152;WE=44053000;WS=44052982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,156:0.32:487
chr20	44053069	rs2741566	T	C	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FS=2.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:417,162:0.28:579
chr20	44054349	rs707577	T	C	3435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=117;PP=1974;ReadPosRankSum=-0.114;SC=CCGTGTGCTATGGCTCCTTCT;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=535;TCF=229;TCR=306;TR=196;WE=44054357;WS=44054339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,199:0.37:542
chr20	44098542	rs75766050	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-2.020;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,33:0.24:139
chr20	44141201	rs11470736	TCACACA	T	729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.694;NF=13;NR=3;PP=818;ReadPosRankSum=0.174;SC=AACCTCTTGTTCACACACACA;SOR=1.708;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=16;WE=44141214;WS=44141191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr20	44141331	rs6032259	A	G	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=50;PP=1707;ReadPosRankSum=-2.269;SC=TTCTTTCCTCAAAAAGTTGTT;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=113;TCR=76;TR=121;WE=44141339;WS=44141321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,130:0.65:200
chr20	44144118	rs8125061	C	T	3031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=1.398;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,141:0.68:206
chr20	44163988	rs6032274	T	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.616;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=860;ReadPosRankSum=-2.122;SC=GATCGCAGAATAGAGCTGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=39;WE=44163996;WS=44163978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr20	44170712	rs11594	C	A	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=9;PP=1357;SC=CTGGAGCATCCGTCAGGTACA;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=59;WE=44170720;WS=44170702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	44170799	.	G	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,58:0.28:210
chr20	44174423	rs765156	G	A	5452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=133;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.974;SC=GGGAAAGAGCGGTTTTACACC;SOR=1.162;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=297;TCF=111;TCR=186;TR=204;WE=44174431;WS=44174413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,225:0.69:326
chr20	44180813	rs17348421	G	A	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=73;PP=1987;ReadPosRankSum=0.680;SC=GACTTTATGGGGTAAAAGAAA;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=81;TCR=133;TR=119;WE=44180821;WS=44180803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,129:0.57:228
chr20	44180868	rs17433181	A	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.034;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=995;ReadPosRankSum=-0.612;SC=GACAAATTTGAGGAATCTTGG;SOR=0.186;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=55;WE=44180876;WS=44180858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,60:0.60:100
chr20	44181723	rs2294559	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=-1.248;SC=AGACAGCATGACATCCTTGGC;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=44181731;WS=44181713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr20	44181980	rs3817886	C	A	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1153;ReadPosRankSum=0.777;SC=TTCAAAGAGCCTTTCCTTCTC;SOR=0.903;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=82;WE=44181988;WS=44181970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,86:0.67:129
chr20	44182081	rs6032299	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=-0.306;SC=TCATCATATCATGGGATATGG;SOR=0.368;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=11;WE=44182089;WS=44182071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
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chr20	44184375	rs2250860	T	C	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=417;ReadPosRankSum=0.582;SC=GGCATCCTCATTTAAGAAGTT;SOR=1.347;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=25;WE=44184383;WS=44184365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
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chr20	44208011	rs7273669	C	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-6.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.679;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=55;PP=1312;ReadPosRankSum=-1.109;SC=GCCAGTCTGCCCCTCTAGCCC;SOR=0.337;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=10;TCR=73;TR=64;WE=44208019;WS=44208001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,64:0.76:84
chr20	44238741	rs2245898	T	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=967;ReadPosRankSum=0.204;SC=GGGATCTTTGTTCCAGAAGCT;SOR=0.591;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=107;TCR=53;TR=68;WE=44238749;WS=44238731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,72:0.43:167
chr20	44259490	rs1487323	G	A	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=1264;ReadPosRankSum=-1.808;SC=TTTATTTACCGTTCTATTCTC;SOR=0.908;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=249;TCF=149;TCR=100;TR=84;WE=44259498;WS=44259480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,89:0.34:263
chr20	44259673	rs1487322	G	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=431;ReadPosRankSum=-0.873;SC=AGAGTGGGCTGGGATGTGCAT;SOR=0.669;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=35;WE=44259681;WS=44259663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,39:0.30:130
chr20	44314609	rs232729	A	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=472;ReadPosRankSum=-0.027;SC=AACCAGGACAAGCAGCAGAGT;SOR=0.615;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=42;WE=44314617;WS=44314599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,46:0.38:121
chr20	44331043	rs6032445	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=-0.311;SC=ATCTGGGCCTCAGGTTTTTAT;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=44331051;WS=44331033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr20	44333052	rs980984	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=0.445;SC=CCTGTTGGTGAGGCCCTTCTC;SOR=0.752;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=10;WE=44333060;WS=44333042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr20	44333326	rs11361717	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.871;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr20	44334394	rs232291	A	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=245;ReadPosRankSum=1.193;SC=GGCAAGAGAAATGAGCTTCAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=12;WE=44334402;WS=44334384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr20	44334588	rs232290	C	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=2.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,87:0.27:319
chr20	44350931	rs232262	C	G	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=849;ReadPosRankSum=2.116;SC=TAGGTGAGCTCAACCGTCTCA;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=130;TCR=68;TR=69;WE=44350939;WS=44350921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,72:0.34:210
chr20	44352620	rs6017667	G	A	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.368;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=54;PP=1247;ReadPosRankSum=0.610;SC=TGTCTTCTCCGGCTGTAATGG;SOR=0.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=336;TCF=167;TCR=169;TR=101;WE=44352628;WS=44352610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,108:0.30:360
chr20	44352740	rs1487317	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,47:0.27:177
chr20	44354087	rs6032473	G	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=1.061;SC=CACATACTAAGCAATGATTAA;SOR=0.409;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=18;WE=44354095;WS=44354077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr20	44354372	rs6032474	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=-2.246;SC=TTTCCATAATGCTTTAAGCTT;SOR=0.422;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=22;WE=44354380;WS=44354362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr20	44354387	rs232259	A	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=-0.637;SC=AAGCTTCCATATGTTTGCTAT;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=11;WE=44354395;WS=44354377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr20	44378577	rs380421	T	C	5237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=111;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.402;SC=AACTATCCTCTGAAGAAGGGC;SOR=0.696;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=336;TCF=173;TCR=163;TR=225;WE=44378585;WS=44378567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,238:0.68:351
chr20	44402970	rs73122720	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=430;ReadPosRankSum=0.194;SC=GCCATGAGTGCCCCTGGAAAT;SOR=2.066;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=23;WE=44402978;WS=44402960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr20	44417643	rs6032537	A	G	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.290;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=74;PP=2129;ReadPosRankSum=-0.046;SC=ACAATTCATCACCCTGGCACA;SOR=0.437;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=201;TCF=87;TCR=114;TR=136;WE=44417651;WS=44417633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,144:0.68:213
chr20	44417675	rs6032538	G	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=64;PP=1359;ReadPosRankSum=-0.804;SC=GGGTTCTTATGGGGAGGGCAT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=54;TCR=98;TR=98;WE=44417683;WS=44417665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,106:0.65:162
chr20	44418471	rs411945	G	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.484;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=776;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CAGGGGATGAGTTCTCCTCTC;SOR=1.473;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=45;WE=44418479;WS=44418461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr20	44418564	rs3746493	A	G	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AGGATTCCAGAGACCCAAGAG;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=97;WE=44418572;WS=44418554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,100:0.68:147
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chr20	44420682	rs2664591	T	C	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=585;ReadPosRankSum=-0.576;SC=CGCGGGGACCTAGCGGGGCCG;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=38;WE=44420690;WS=44420662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
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chr20	44468982	rs11418101	A	AC	2287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=1532;ReadPosRankSum=-0.296;SC=AGAAGAACTAATGCTCTATGG;SOR=0.733;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=38;WE=44468990;WS=44468972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,65:0.67:97
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chr20	44501458	rs6130959	A	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=1009;ReadPosRankSum=0.388;SC=CACTGTGCACACAATAGGTAC;SOR=0.467;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=56;WE=44501466;WS=44501448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
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chr20	44506418	rs1045493	G	A	4160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.133;SC=GCCTCTTTCGGGAACAGCAGT;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=136;TCR=126;TR=168;WE=44506426;WS=44506408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,172:0.65:266
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chr20	44515322	rs76638086	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=598;ReadPosRankSum=-0.276;SC=GTCCTCTTCCCGAACTCCTGG;SOR=0.651;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=194;TCF=99;TCR=95;TR=59;WE=44515330;WS=44515312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,66:0.32:205
chr20	44516444	rs7268221	A	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=677;ReadPosRankSum=2.029;SC=TCTTGCCCTAACCTTGAACGA;SOR=1.714;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=31;WE=44516452;WS=44516434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr20	44517360	rs1516580	T	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=251;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GGTCTGGGGCTCCAGGATGCA;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=15;WE=44517368;WS=44517350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr20	44518843	rs3817731	A	T	3610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=38;PP=2366;ReadPosRankSum=1.403;SC=AGTAGATTCCAGTCCCCACAC;SOR=0.894;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=212;TCF=150;TCR=62;TR=137;WE=44518851;WS=44518833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,147:0.67:221
chr20	44519643	rs2868362	G	A	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=446;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CTCGGCCATAGGGCAGGCCAG;SOR=0.624;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=37;WE=44519651;WS=44519633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr20	44520237	rs3080212	CCTG	C	3191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.060;NF=47;NR=38;PP=2989;ReadPosRankSum=1.612;SC=CGCCGCTGTTCCTGCTGCTGC;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=85;TCR=68;TR=85;WE=44520250;WS=44520227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,127:0.64:197
chr20	44522005	rs742034	A	G	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=69;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.721;SC=ACATGATCTCAGGTCTGTCCT;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=159;TCF=50;TCR=109;TR=102;WE=44522013;WS=44521995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,104:0.63:164
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chr20	44523547	rs2075961	G	A	4088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.671;NF=80;NR=85;PP=2627;ReadPosRankSum=-0.307;SC=TCAGGTGTGCGAGGGCGTGGG;SOR=0.709;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=259;TCF=133;TCR=126;TR=165;WE=44523555;WS=44523537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,177:0.65:274
chr20	44523782	rs4608591	C	T	4731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=1.374;SC=AGTGAGGTTCCGTGGCCACCT;SOR=0.543;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=281;TCF=117;TCR=164;TR=200;WE=44523790;WS=44523772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,206:0.71:290
chr20	44525464	rs11468785	GC	G	839.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.776;NF=15;NR=9;PP=355;ReadPosRankSum=-3.081;SC=TAGAGAGGTGGCCCCCCCCCA;SOR=1.038;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=24;WE=44525472;WS=44525454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr20	44526783	rs7270170	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=967;ReadPosRankSum=-1.451;SC=TAACTGGGCCGGAGGCAAAGG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=65;WE=44526791;WS=44526773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,70:0.59:118
chr20	44530838	rs553359	G	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=388;ReadPosRankSum=0.673;SC=TACTTTAAGCGCAACATCCCT;SOR=0.155;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=20;WE=44530846;WS=44530828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr20	44538427	rs378114	T	C	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=51;PP=1871;SC=CTACCAAACCTTCCTATCAAC;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=44538435;WS=44538417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	44538484	rs435306	G	T	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=19;PP=1404;SC=ATGAAGAAACGGAAACTCAGG;SOR=1.262;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=53;WE=44538492;WS=44538474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	44540178	rs394643	A	G	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=46;PP=1428;ReadPosRankSum=0.913;SC=CATAAGTGGGAACTAGCCTGG;SOR=0.979;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=62;TCR=74;TR=82;WE=44540186;WS=44540168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,92:0.61:150
chr20	44574533	rs11696196	C	T	3814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=79;PP=2503;ReadPosRankSum=0.314;SC=GTAAGAGCTGCGGGGAGGAAG;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=242;TCF=124;TCR=118;TR=159;WE=44574541;WS=44574523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,165:0.65:253
chr20	44576502	rs7679	T	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=443;ReadPosRankSum=0.554;SC=ATGAAGATTATGGTTCTGCCA;SOR=0.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=31;WE=44576510;WS=44576492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr20	44578776	rs6065910	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=27;PP=1122;SC=CTGCTACTGTACCCAGTGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=44578784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	44586036	rs3746506	G	A	376.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=222;ReadPosRankSum=0.749;SC=GATACCCTGCGGCCTCCGTGG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=14;WE=44586044;WS=44586030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr20	44588109	rs3746507	G	A	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=59;PP=1696;SC=AAGTCTGCCCGTCCCTAGCCT;SOR=1.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=84;WE=44588117;WS=44588099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	44596207	rs6032606	C	G	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.083;SC=TTCCTCTTGGCTCTTGGTGGA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=97;TCR=92;TR=187;WE=44596215;WS=44596196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr20	44596545	rs3848719	G	A	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=61;PP=1594;ReadPosRankSum=0.221;SC=GCACCGGGGAGCTGGGCCCAC;SOR=0.947;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=113;WE=44596553;WS=44596535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,124:0.68:183
chr20	44599839	rs6017715	G	C	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=66;NR=38;PP=1441;SC=CCGTCCAGCCGGGTCCATACC;SOR=0.936;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=104;WE=44599847;WS=44599829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	44638781	rs3918251	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.071;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=83;ReadPosRankSum=2.071;SC=CGGGGAGGCCAGGTCTGGCTC;SOR=1.630;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=9;WE=44638789;WS=44638771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr20	44639511	rs3918253	C	T	5079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.747;SC=AGCGCACAATCTGCGCAGCAG;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=199;TCR=134;TR=220;WE=44639519;WS=44639501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,225:0.66:341
chr20	44639692	rs2274755	G	T	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GGGCGTCGGTGAGATTCTGAG;SOR=0.959;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=336;TCF=170;TCR=166;TR=105;WE=44639700;WS=44639682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,105:0.30:349
chr20	44640225	rs17576	A	G	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.718;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,128:0.27:483
chr20	44640959	rs3918256	G	A	3895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=89;PP=2452;ReadPosRankSum=-1.963;SC=CAAGGTAGGCGTGGTCCCGCG;SOR=0.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=254;TCF=113;TCR=141;TR=159;WE=44640967;WS=44640949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,170:0.63:271
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chr20	44642833	rs13969	A	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.182;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=275;ReadPosRankSum=0.690;SC=TGGGCCTGGGAGCCGACGTGG;SOR=0.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=23;WE=44642841;WS=44642823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
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chr20	44650318	rs10432735	A	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr20	44663475	rs11699481	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=376;ReadPosRankSum=-1.270;SC=AGCCCCATTTTCCCAATGCGC;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=21;WE=44663483;WS=44663465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr20	44669346	.	A	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=685;ReadPosRankSum=0.070;SC=CCTGCCCCTCAGAATCTCAGA;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=29;TCR=74;TR=42;WE=44669354;WS=44669336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,44:0.40:109
chr20	44674743	rs2297199	A	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=8.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,22:0.21:103
chr20	44675136	rs3848727	T	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=34;PP=986;SC=CCAATCCTCATCTTACTCCAG;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=44675144;WS=44675126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	44678348	rs6032635	G	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=60;PP=2509;SC=AGCTGAAGGCGGGGAAGGGCC;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=142;WE=44678356;WS=44678338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr20	44678510	rs73112831	C	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=-0.454;SC=ACTTTCCTTCCTCATCACCTT;SOR=0.377;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=41;WE=44678518;WS=44678500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr20	44681510	rs55947855	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=1125;ReadPosRankSum=0.325;SC=AGTGCTGGCTGCCAGGAGCCC;SOR=0.628;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=85;TCF=68;TCR=17;TR=61;WE=44681518;WS=44681500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr20	44693897	rs17450969	G	A	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1103;ReadPosRankSum=-1.771;SC=CCAGGTGAGCGACCAACTCCA;SOR=1.011;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=64;WE=44693905;WS=44693887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,69:0.73:95
chr20	44746982	rs1883832	T	C	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=42;PP=2697;SC=CTCACCTCGCTATGGTTCGTC;SOR=1.428;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=86;TCR=42;TR=128;WE=44746990;WS=44746972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr20	44747086	rs745307	G	A	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr20	44757213	rs3765457	A	G	3928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=100;PP=2556;ReadPosRankSum=2.164;SC=AGAGCCTAACACTGGCTGTTC;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=558;TCF=281;TCR=277;TR=199;WE=44757221;WS=44757203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,213:0.36:585
chr20	44806875	rs2281335	G	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=808;ReadPosRankSum=-0.364;SC=ACTTGGGGCCGGGGGTCAGCA;SOR=0.450;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=58;WE=44806883;WS=44806865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,65:0.43:150
chr20	44839322	rs2425785	G	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=-1.247;SC=AGGGGCGGCAGGGATGTTTGG;SOR=0.141;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=17;WE=44839330;WS=44839312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr20	44979641	rs4810503	TA	GC	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=1145;SC=ATCAAGATCTTACTGAAATCC;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=44979650;WS=44979631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	44985307	rs911435	T	G	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=66;PP=2007;ReadPosRankSum=-1.038;SC=ACAGGACAGCTTGGGAGGTCC;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=120;WE=44985315;WS=44985297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
chr20	44996182	rs2257495	A	G	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=77;PP=2965;SC=CACTGAGGCCATCAATCCAGA;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=110;TCR=77;TR=187;WE=44996190;WS=44996172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr20	44996265	rs41310002	C	A	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=957;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CTGCCAAGGTCTCTTTTCTGA;SOR=1.102;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=59;WE=44996273;WS=44996255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr20	44998791	rs2261964	C	T	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=24;PP=1862;SC=CAATGTTATACACTATACGAT;SOR=2.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=93;WE=44998799;WS=44998781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	45003326	rs2261213	A	G	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=51;PP=1395;SC=GTCTCCGTGTATGCAGGGACC;SOR=1.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=71;WE=45003334;WS=45003316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	45003788	rs2257545	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=333;SC=CACCATGGGGTTGGTTGTCAG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=45003796;WS=45003778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	45169805	rs2411	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=178;ReadPosRankSum=0.333;SC=CCATCTAACAAGTAGAGCAGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=9;WE=45169813;WS=45169795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr20	45170213	rs847078	A	G	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=909;ReadPosRankSum=1.513;SC=TGGGGACGCAAGAAGGATCCC;SOR=0.520;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=220;TCF=99;TCR=121;TR=75;WE=45170221;WS=45170203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,87:0.36:239
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chr20	45174026	rs202396	A	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=704;ReadPosRankSum=0.833;SC=AGTCCACAGTAGCCTGTGCCA;SOR=0.429;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=66;WE=45174034;WS=45174016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,66:0.33:201
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chr20	45192249	.	A	AAGAGAGAG	553	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=3;NR=15;PP=553;QD=32.6666666667;SC=CGACCACAGCAAGAGGGAGAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=18;WE=45192263;WS=45192239;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:37,18:0.33:55
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chr20	45192254	.	G	A	1276	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=10;NR=20;PP=1276;QD=43.6923737516;SC=ACAGCAAGAGGGAGAGAGAGA;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=30;WE=45192263;WS=45192239;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:43,30:0.41:73
chr20	45192254	rs35374760	G	GAGAGAGA	1001.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr20	45194904	rs202391	C	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.600;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=545;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TGATGATGGTCGCCGTGTTGC;SOR=1.094;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=40;WE=45194912;WS=45194894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,42:0.34:123
chr20	45195274	rs56923216	C	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-4.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.960;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=34;PP=761;ReadPosRankSum=0.942;SC=GGGACCCAAACCCCTGGGTCT;SOR=0.123;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=40;WE=45195282;WS=45195264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr20	45204266	rs1880898	G	A	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1766;ReadPosRankSum=1.230;SC=TGATGTTCCAGGGCACTGTCT;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=119;WE=45204274;WS=45204256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,127:0.68:188
chr20	45212455	rs389905	T	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=283;ReadPosRankSum=-1.555;SC=ATTCTGTCCTTCAGTGCGCTC;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=20;WE=45212463;WS=45212445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr20	45242269	rs2273024	G	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=786;ReadPosRankSum=-1.082;SC=TGAAGGGGAAGAGGACGATGG;SOR=0.599;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=214;TCF=109;TCR=105;TR=68;WE=45242277;WS=45242259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,71:0.31:232
chr20	45315786	rs34983477	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=649;ReadPosRankSum=0.753;SC=AATATAATCTCGAACAGTCAC;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=152;TCF=73;TCR=79;TR=49;WE=45315794;WS=45315776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,51:0.31:166
chr20	45358145	rs2425906	T	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1648;ReadPosRankSum=-0.618;SC=GCTGACAGGGTGGGTCTGGGG;SOR=0.343;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=87;WE=45358159;WS=45358135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr20	45358223	rs2425907	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=501;SC=CTTTTGCAAGCGGGCATTCCT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=45358231;WS=45358213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	45725959	rs947018	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr20	45795744	rs3091782	T	C	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,51:0.43:120
chr20	45797749	.	TTC	T	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=3.954;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,21:0.13:158
chr20	45797883	rs3091653	C	T	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1170;ReadPosRankSum=0.184;SC=CATTGATTGACTGATTGATTA;SOR=0.682;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=283;TCF=133;TCR=150;TR=98;WE=45797891;WS=45797873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,107:0.36:297
chr20	45797954	rs3091593	T	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.018;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=328;ReadPosRankSum=0.718;SC=AAGGACAAGGTGTGCCTGCCT;SOR=0.966;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=95;TCF=27;TCR=68;TR=28;WE=45797962;WS=45797944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,31:0.32:98
chr20	45798014	rs3091985	C	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.252;SC=TCACAACTAGCCGGGTGTGGT;SOR=0.175;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=6;WE=45798022;WS=45798004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr20	45853037	rs2664544	A	G	7472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=113;PP=2965;SC=CACAGTAGCTAGTGTTCCAAC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=138;TCR=113;TR=251;WE=45853045;WS=45853027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr20	45856045	rs1124178	A	G	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=70;PP=2046;SC=GAGAGTGAGCATCTTCAAAAG;SOR=1.430;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=115;WE=45856053;WS=45856035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr20	46256797	rs2273023	C	G	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=535;ReadPosRankSum=-0.806;SC=CTCTCTCTCTCTCTGTGTATA;SOR=0.429;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=131;TCF=48;TCR=83;TR=50;WE=46256805;WS=46256775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,53:0.38:138
chr20	46264888	rs2230782	G	C	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=1346;ReadPosRankSum=1.394;SC=CAATGTGTCAGTCAAATAGCA;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=370;TCF=191;TCR=179;TR=110;WE=46264896;WS=46264878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,116:0.30:388
chr20	46266543	.	GT	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr20	46267950	rs4810648	C	T	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=77;PP=2348;SC=AGTATGGGTACGTTATTTCTA;SOR=1.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=113;WE=46267958;WS=46267940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	46279613	rs2745724	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=224;ReadPosRankSum=1.829;SC=TTAAAAAAAAGAAGGCCCTGG;SOR=0.505;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=50;TCR=2;TR=14;WE=46279621;WS=46279603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,9:0.19:47
chr20	46279814	.	TGCAGCAGCA	T	2531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.809;NF=20;NR=88;PP=2986;ReadPosRankSum=1.752;SC=GCTATGATGATGCAGCAGCAG;SOR=0.742;Source=Platypus;TCF=33;TR=108;WE=46279846;WS=46279804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,77:0.52:147
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chr20	46282339	rs3092324	A	AAT	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.698;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,17:0.27:64
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chr20	47242313	rs11553082	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=-1.889;SC=GTCCCGGAACGGGCGGCTGCG;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=47242321;WS=47242303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
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chr20	47256479	rs4611698	T	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,44:0.31:140
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chr20	47258763	rs16993997	C	T	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=98;PP=2558;ReadPosRankSum=1.647;SC=CGGCTCATGACTGGCCCCTTG;SOR=0.633;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=554;TCF=269;TCR=285;TR=197;WE=47258771;WS=47258753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,216:0.37:583
chr20	47260936	rs6019344	A	G	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=45;PP=1064;ReadPosRankSum=0.148;SC=GGCCGCTGCCACTCCACTCAC;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=350;TCF=201;TCR=149;TR=105;WE=47260944;WS=47260926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,107:0.29:364
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chr20	47266452	rs41283552	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=437;ReadPosRankSum=0.141;SC=CAGCCCTGGACGGCTGACCTT;SOR=0.388;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=36;WE=47266460;WS=47266442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,37:0.38:97
chr20	47267480	rs41283556	A	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=3.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.301;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,67:0.28:239
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chr20	47272963	rs3091871	G	GC	13411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=116;PP=2975;SC=GGCCTCCAGGGCTGGACCCCG;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=61;TCR=117;TR=173;WE=47272971;WS=47272953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
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chr20	47273543	rs7271528	G	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=0.535;SC=GCCTGAGAGGGAGGGCTGCCG;SOR=0.191;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=11;WE=47273551;WS=47273533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr20	47273726	rs55904123	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=2.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,58:0.26:224
chr20	47276639	rs11086257	A	AT	1681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.576;NF=2;NR=34;PP=1249;ReadPosRankSum=1.219;SC=TCAGATTCACAGGGAAAGTTT;SOR=0.761;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=122;TCF=9;TCR=113;TR=36;WE=47276654;WS=47276629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,58:0.29:200
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chr20	47317529	rs12479966	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=124;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CCAAAAACTCCACCAGCAAGT;SOR=2.165;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=10;WE=47317537;WS=47317519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
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chr20	47364603	rs183621565	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=250;ReadPosRankSum=0.978;SC=AGCAGCCCTCACTCCCACACG;SOR=0.266;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=17;WE=47364611;WS=47364593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr20	47558417	rs73113975	C	T	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:319,109:0.25:428
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chr20	47582712	rs73115812	G	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CTTTGTATTAGCAGGTTCAGT;SOR=0.255;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=6;WE=47582720;WS=47582702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr20	47585642	rs3764683	T	C	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=55;PP=2821;SC=GGACTACAGGTGGGTGCCACC;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=98;TCR=55;TR=152;WE=47585650;WS=47585632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr20	47589122	rs2273102	T	C	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=687;SC=TTTTAGAGGATGACCAACTTA;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=47589130;WS=47589112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	47604825	rs4810905	G	A	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=54;PP=2626;SC=TTGATGTCTCGAATTTTTTTC;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=93;TCR=55;TR=147;WE=47604833;WS=47604815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	47614665	rs3764681	G	A	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=20;PP=1754;SC=CCAAAGTGCTGAGATTACAGG;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=88;WE=47614673;WS=47614655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	47621554	rs4810910	G	A	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=39;PP=2691;SC=AGAGACCCACGTCGGTCATTA;SOR=1.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=96;TCR=39;TR=135;WE=47621562;WS=47621544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr20	47621837	.	G	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.482;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,10:0.12:81
chr20	47628363	rs1535268	G	A	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-5.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=20;PP=1854;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AATTATCTCTGATGTATGTGT;SOR=0.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=160;TCF=127;TCR=33;TR=104;WE=47628377;WS=47628353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,103:0.66:155
chr20	47628368	rs371203595	ATG	A	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,29:0.16:178
chr20	47630449	rs2281582	C	T	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=66;PP=2014;ReadPosRankSum=-0.195;SC=TGTTCAGAATCGTGTTTCGGA;SOR=0.499;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=134;WE=47630457;WS=47630439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,149:0.73:204
chr20	47632754	rs1473718	A	G	4378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=46;PP=2746;SC=CCAGGAGTGTACAAGAATGCC;SOR=1.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=93;TCR=46;TR=139;WE=47632762;WS=47632744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr20	47634006	rs11086275	A	AT	7962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=154;PP=2979;ReadPosRankSum=0.359;SC=CACATTGATTATTTTTTTTCT;SOR=1.149;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=221;TCF=20;TCR=201;TR=170;WE=47634022;WS=47633996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,291:0.98:296
chr20	47639464	rs2426106	G	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=608;SC=CCAGCCTGGAGAACGTAGTGA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=47639472;WS=47639454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	47648454	rs3091900	CA	C	565.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=16.955;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.516;NF=30;NR=0;PP=355;ReadPosRankSum=0.914;SC=GACCCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=55;TCR=5;TR=30;WE=47648463;WS=47648444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr20	47649510	rs200019014	CA	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-0.580;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,32:0.22:146
chr20	47675176	rs2064853	T	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	47682893	rs2246266	C	T	9517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.307;SC=TAATCTTTTCCTCTCCTAGTT;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=319;TCF=177;TCR=142;TR=316;WE=47682901;WS=47682881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,335:0.99:337
chr20	47683568	rs60161542	CAAAAAAAAAAA	C	253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=20;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;NF=4;NR=1;PP=86;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=3.611;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=47683601;WS=47683558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	47683895	rs56145535	G	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-0.479;SC=TTAAGAGAATGCTTTGAAAGC;SOR=1.038;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=47683903;WS=47683885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr20	47691445	rs3092153	C	T	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=42;PP=1201;SC=TAAGGTGGTTCTCTTTCTAGT;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=47691453;WS=47691435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	47731605	rs62210399	T	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=0.705;SC=AAGGAGAGTGTGTGTACTTAT;SOR=0.323;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=14;WE=47731613;WS=47731595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr20	47770461	rs2273652	A	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=11.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
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chr20	47775685	.	TA	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
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chr20	47846586	rs171130	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=174;ReadPosRankSum=-0.441;SC=AGTGCGTTTCTGGGAAACCCA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=10;WE=47846594;WS=47846576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr20	47850182	rs238148	C	T	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=931;ReadPosRankSum=-0.708;SC=TGGCTCCCTTCCTGCGGCAGG;SOR=0.885;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=220;TCF=109;TCR=111;TR=78;WE=47850190;WS=47850172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,81:0.36:224
chr20	47852822	rs238152	G	A	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=1525;ReadPosRankSum=0.508;SC=TTGCCTCTTCGCACCCCCCTT;SOR=0.665;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=332;TCF=172;TCR=160;TR=125;WE=47852830;WS=47852812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,132:0.37:355
chr20	47856037	rs238156	T	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.998;SC=GGTGTGGGGGTTGCATTAGAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=47856045;WS=47856027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr20	47859015	rs238204	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.956;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=347;ReadPosRankSum=0.515;SC=ACAGAATGAAAATAGTCTTTG;SOR=0.066;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=77;TCF=74;TCR=3;TR=22;WE=47859023;WS=47859005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr20	47859254	rs71186444	CTTTTTTTTTTTTTT	C	1215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.837;HP=22;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.730;NF=2;NR=21;PP=1016;ReadPosRankSum=3.062;SC=CCTTGGTATTCTTTTTTTTTT;SOR=3.117;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=51;TCF=3;TCR=48;TR=23;WE=47859275;WS=47859241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr20	47863409	rs144647523	ATT	A	1109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=5.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.461;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr20	47865372	rs238208	G	A	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=39;PP=1468;ReadPosRankSum=0.514;SC=TCTGAACACAGCTGCACACAG;SOR=0.867;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=331;TCF=192;TCR=139;TR=101;WE=47865380;WS=47865362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,104:0.30:347
chr20	47865509	rs238209	G	A	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=1.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:384,161:0.30:545
chr20	47866411	rs6063378	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=262;ReadPosRankSum=-1.261;SC=GTTAGTCATTGTGTGCTTCAT;SOR=0.207;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=17;WE=47866419;WS=47866401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr20	47869191	rs6122777	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=303;ReadPosRankSum=-2.599;SC=TCTTTTGCTGGCAACTGGCAG;SOR=0.302;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=23;WE=47869199;WS=47869181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr20	47872327	rs238220	A	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=526;ReadPosRankSum=0.445;SC=TGGGTTGGCTAGATGTGGAAC;SOR=0.720;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=170;TCF=98;TCR=72;TR=50;WE=47872335;WS=47872317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,55:0.29:187
chr20	47872377	rs238221	C	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=4.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.672;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,45:0.26:173
chr20	47874239	rs11295162	CT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.988;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr20	47882893	rs238178	T	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr20	47886684	rs57950	G	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=486;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GGGTAAAGTCGTATCTGCCCC;SOR=0.732;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=50;WE=47886692;WS=47886674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,55:0.28:195
chr20	47892270	rs238191	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
chr20	47942184	.	G	GATTAAATGAAGTCATGTATGGGACTTGCTTGGTTTAGCATCCAAAGCACAATGAACGGGGTTATTAGATGGATGTTGTGAGA	8759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;ClippingRankSum=0.000;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=13.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.84;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,66:0.23:284
chr20	47956674	.	T	TATA	145	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=0.524;SC=AAACTGATGCTATAATAATAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=1;WE=47956682;WS=47956664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr20	48099623	rs74361372	C	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.63;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr20	48099637	rs34725736	CTTT	C	734.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.86;MQRankSum=0.558;QD=31.92;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr20	48129706	rs5629	G	T	3054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=65;PP=1810;ReadPosRankSum=1.434;SC=TTGAATTCTCGCCCGTCTGCC;SOR=0.907;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=121;WE=48129714;WS=48129696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,134:0.71:188
chr20	48130628	rs6019879	T	C	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=0;PP=1079;SC=TGTGTGAAGATAGGAGGCTTA;SOR=7.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=41;TCR=0;TR=41;WE=48130636;WS=48130624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	48130982	rs7274202	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=5.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=-1.390;SC=AGAGCTGACTCGTCTCTGCCA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=20;WE=48130990;WS=48130972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr20	48184462	rs6091005	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=0.566;SC=TCGCCTTGCCCGGGATACTGG;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=48184471;WS=48184452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr20	48273299	rs4810968	T	C	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=92;PP=2965;SC=TAAAAAAACATACCACATAGC;SOR=1.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=54;TCR=93;TR=146;WE=48273307;WS=48273289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr20	48300990	rs6019972	C	T	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=0;PP=1025;SC=GTCCCAGCTGCTGGGGAGGCT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=41;TCR=0;TR=41;WE=48300998;WS=48300980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	48301102	rs11477014	GA	G	1877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.918;NF=17;NR=49;PP=927;ReadPosRankSum=-1.062;SC=TCCTCAAGAAGAAAAAAAAGT;SOR=0.600;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=206;TCF=59;TCR=147;TR=66;WE=48301110;WS=48301092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,102:0.35:291
chr20	48301146	rs6512586	G	A	5521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.654;NF=118;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.377;SC=ACATATCAAGGACATAAGCAC;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=384;TCF=186;TCR=198;TR=242;WE=48301154;WS=48301136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,254:0.64:399
chr20	48330030	rs12329570	G	C	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=15;PP=1567;ReadPosRankSum=1.447;SC=CTCCCGGCCGGGGCCCCTTAG;SOR=0.929;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=103;TCR=25;TR=85;WE=48330038;WS=48330020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,90:0.69:131
chr20	48467560	rs532237	G	C	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=563;SC=TGAATCAAAAGTATCCTAAAG;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=48467568;WS=48467550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	48479356	rs3092598	TATGA	T	1137.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=0;PP=1038;SC=TGAATGATGGTATGAATGAAT;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=20;WE=48479367;WS=48479352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	48491258	rs542234	T	G	15438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=294;NR=258;PP=2965;ReadPosRankSum=1.142;SC=TGGCCATCCTTTTCTCAGGCA;SOR=0.273;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=558;TCF=297;TCR=261;TR=552;WE=48491266;WS=48491248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,575:1.00:576
chr20	48522330	rs495337	G	A	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=61;PP=1948;ReadPosRankSum=0.674;SC=CTGGGCGGTTGCAGAAGCCAC;SOR=0.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=113;WE=48522338;WS=48522320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr20	48522585	rs492702	G	A	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=44;PP=2317;SC=TGGAGAGGGCGGACTCTTTGG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=72;TCR=44;TR=116;WE=48522593;WS=48522575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	48522676	rs369935597	C	T	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,80:0.33:240
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chr20	48561893	rs4810993	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=14;PP=1145;SC=TCACTAACTTATGGGCTCTGA;SOR=1.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=60;WE=48561901;WS=48561883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	48562083	rs11473738	G	GTTGGACACC	3525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=34;PP=2900;SC=ATACAAAGAGGTTGCATGCCC;SOR=1.771;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=42;WE=48562091;WS=48562073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr20	48568503	rs2281216	C	T	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=4;PP=924;SC=GGGATCCGGTCCCTGGCAACC;SOR=3.745;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=42;WE=48568511;WS=48568493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	48568518	.	C	CCGGATCCAGTTGCTAGGCTGTCCTGCTT	1473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=9.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.61;MQRankSum=6.146;QD=24.16;ReadPosRankSum=0.072;SOR=2.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr20	48599473	rs113842434	AC	A	361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=1;PP=364;SC=ACCCCCCACCACCCCCCCGGA;SOR=3.767;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=13;WE=48599481;WS=48599460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	48713049	rs6012831	G	A	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=22;PP=1415;SC=GCATCAGAGGGGGTTCAAATA;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=76;WE=48713057;WS=48713039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	48729677	rs126907	C	G	7697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=145;PP=2965;SC=TTGCGTCGCTCTTGCTTGAAG;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=129;TCR=146;TR=272;WE=48729685;WS=48729667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr20	48746189	rs6122878	C	T	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TGATAGCTGTCGGGTCAATGT;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=311;TCF=155;TCR=156;TR=99;WE=48746197;WS=48746179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,104:0.32:325
chr20	48770159	rs232733	T	C	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=59;PP=1984;SC=CCCGGCCAGTTCTCGGCGCCC;SOR=1.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=48770167;WS=48770149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr20	48892144	rs11086306	GT	G	1001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=3.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.918;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,59:0.38:154
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chr20	49194866	rs3215684	A	AT	2310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=5;PP=2075;ReadPosRankSum=0.337;SC=TTAGAGGTAGAGAGTGGAAGG;SOR=0.537;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=74;TCR=7;TR=51;WE=49194874;WS=49194856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,66:0.67:98
chr20	49210953	rs914458	G	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=251;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AGCTGAGAAAGCTCCTCCGTC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=13;WE=49210961;WS=49210943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr20	49225953	rs73615305	A	G	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=55;PP=1373;ReadPosRankSum=0.964;SC=AGGGCCTCTAACCATCCCTGC;SOR=0.790;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=112;TCF=22;TCR=90;TR=69;WE=49225961;WS=49225943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr20	49227294	rs4811083	T	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=448;ReadPosRankSum=0.821;SC=CTGATCCCTGTTTCGAGGGCA;SOR=0.573;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=25;WE=49227302;WS=49227284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr20	49227544	rs144167038	G	GGGCTTAGTGCCGGGCC	3623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.226;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.974;NF=7;NR=26;PP=2963;ReadPosRankSum=-1.671;SC=TCAGAGAATGGGGCCCCTCAC;SOR=1.672;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=17;TCR=75;TR=33;WE=49227552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,83:0.69:121
chr20	49236478	rs6122953	G	A	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=47;PP=2027;ReadPosRankSum=0.512;SC=AGGAGGCGAGGTAGAGGAATG;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=211;TCF=140;TCR=71;TR=136;WE=49236486;WS=49236468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,140:0.64:219
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chr20	49434669	rs5841815	TA	T	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.763;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
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chr20	50071258	rs228840	A	G	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=37;PP=882;ReadPosRankSum=-1.183;SC=TCACTGTGATAAGGGGAGATG;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=5;TCR=55;TR=41;WE=50071266;WS=50071248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,40:0.68:59
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chr20	50092287	rs6021231	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TCATGGGCAGTAGAGAGACTA;SOR=0.188;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=13;WE=50092295;WS=50092277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr20	50230462	rs2235863	A	G	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=970;ReadPosRankSum=0.520;SC=CATTGTAGGAAATCTTTGAAG;SOR=0.589;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=60;WE=50230470;WS=50230452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
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chr20	50233857	rs76764338	T	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=710;ReadPosRankSum=-1.145;SC=CTGTAAGATGTAGCAATACAG;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=32;WE=50233865;WS=50233847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
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chr20	50256107	rs2426334	T	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=749;SC=CAGGCTGTGCTATGAACACAA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=50256115;WS=50256097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	50273594	rs144683002	G	A	3642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=63;PP=2430;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GGCAGAGCGCGATGGCCTTCA;SOR=0.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=243;TCF=140;TCR=103;TR=157;WE=50273602;WS=50273584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,164:0.65:254
chr20	50286484	rs5841856	T	TA	2771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.426;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.635;NF=41;NR=43;PP=890;ReadPosRankSum=1.514;SC=ATATAGCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.301;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=84;WE=50286492;WS=50286474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,117:0.91:128
chr20	50287736	rs2255341	C	T	14962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=291;NR=245;PP=2965;ReadPosRankSum=1.340;SC=CGGGGATTTTCGAGTCCCTTC;SOR=0.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=539;TCF=293;TCR=246;TR=536;WE=50287744;WS=50287726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,552:1.00:553
chr20	50287790	rs2255342	A	G	14677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=270;NR=277;PP=2965;SC=CCAGGTTCACACGCAAACTAG;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=550;TCF=272;TCR=278;TR=547;WE=50287798;WS=50287780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr20	50287925	rs2255358	A	G	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=80;PP=2411;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GCACACTGCCAGAGCTGAACG;SOR=2.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=9;TCR=81;TR=89;WE=50287933;WS=50287915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr20	50290654	rs6091346	T	C	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=45;PP=2318;SC=GAGAAGAAGATGTCACGGCAG;SOR=1.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=133;WE=50290662;WS=50290644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr20	50305755	rs6067898	G	A	4878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.10;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,128:0.71:180
chr20	50305761	rs6067899	G	A	4666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.99;ReadPosRankSum=0.659;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,114:0.71:161
chr20	50307502	rs4811222	G	C	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=88;PP=2100;SC=GGAAAGAAGAGGAAAGTCCTC;SOR=2.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=22;TCR=88;TR=110;WE=50307510;WS=50307492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	50310483	rs143733288	A	ATC	10707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=78;PP=2957;SC=CCCCCCAGGTATGAGTTTGAG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=39;TCR=87;TR=113;WE=50310491;WS=50310473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr20	50314052	rs58432772	C	T	9950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=150;NR=201;PP=2965;SC=GATACATCACCATCTTAATTC;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=150;TCR=201;TR=351;WE=50314060;WS=50314042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr20	50314200	rs1205690	A	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=29;PP=799;SC=TTCAACCGCTACAGAGGCCGT;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=50314208;WS=50314190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	50329416	rs1205698	T	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=12;PP=1093;SC=TTCCCACACCTGCGGCCCGGG;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=50329424;WS=50329406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	50342285	rs1205708	A	G	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=25;PP=2963;SC=CCAGATGCCTAAGTGAGAGAA;SOR=2.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=97;TCR=25;TR=122;WE=50342293;WS=50342275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	50342555	rs1205709	C	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=42;PP=1185;SC=TGAATAACATCTAAAAACATT;SOR=5.464;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=44;WE=50342563;WS=50342545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	50384821	rs3746416	A	G	6054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr20	50406985	rs13043248	G	A	3205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=78;PP=2249;ReadPosRankSum=-0.829;SC=AGATAGCGCCGGTGCTGCCGT;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=570;TCF=305;TCR=265;TR=173;WE=50406993;WS=50406975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,180:0.30:591
chr20	50407162	rs6021437	T	C	6464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.96;MQRankSum=-1.018;NF=143;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=2.476;SC=TCTTAATGGATGTGTTGGTTC;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=428;TCF=223;TCR=205;TR=283;WE=50407170;WS=50407152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,296:0.66:450
chr20	50407502	rs6126344	A	C	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1121;ReadPosRankSum=-0.336;SC=CCCAGGCTGCAGGTCACCGGG;SOR=0.861;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=75;WE=50407510;WS=50407492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,78:0.67:116
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chr20	50408482	rs6013281	A	G	6686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=121;PP=2965;SC=GCAAGGTCACATTAGTGTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=124;TCR=121;TR=245;WE=50408490;WS=50408472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
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chr20	50734144	rs67451131	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=307;ReadPosRankSum=-0.055;SC=GGCGACAGAGCGAAACTCTGT;SOR=0.564;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=28;WE=50734152;WS=50734134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,30:0.33:91
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chr20	50734331	rs62216888	T	G	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.298;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=42;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.866;SC=ATTTTATGATTATTATTCTTT;SOR=1.118;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=56;WE=50734339;WS=50734321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,58:0.64:90
chr20	50734367	rs2180366	T	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=31;PP=915;SC=CCTCTGCTTGTTCTGTCACTC;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=50734375;WS=50734357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	50734398	rs8116847	G	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=-0.377;SC=ACAGTGATGCGATCACAGCTC;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=15;WE=50734406;WS=50734388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr20	50768672	rs3838014	GT	G	1343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=875;SC=CACTCCTTTTGTTTTTTTAAG;SOR=2.655;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=32;WE=50768680;WS=50768662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	50769183	rs3746415	G	A	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1505;ReadPosRankSum=0.142;SC=TCACTGCAGCGGCGGCAGCCT;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=150;TCR=131;TR=110;WE=50769191;WS=50769173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,118:0.39:303
chr20	50769379	rs3746414	C	T	3300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=83;PP=2472;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CTTACTCTCACTGTACTCACT;SOR=0.816;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=610;TCF=311;TCR=299;TR=184;WE=50769387;WS=50769369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:440,186:0.30:626
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chr20	50770577	rs3787179	T	A	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
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chr20	50771610	rs6096799	A	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=787;ReadPosRankSum=-1.004;SC=TATAAAAGAAACTAATTATAT;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=42;WE=50771618;WS=50771600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr20	50771635	rs1555328	C	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=698;SC=ATAGTTATTACAGAGAAAAAA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=50771643;WS=50771625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	50773094	rs116860964	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=-0.820;SC=CCAGCCAAGGTCAGCTGGTTT;SOR=0.922;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=18;WE=50773102;WS=50773084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr20	50775605	rs6021760	G	C	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=915;ReadPosRankSum=-2.960;SC=GATCCCCAGGGAAATCTGAAA;SOR=0.407;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=175;TCF=108;TCR=67;TR=72;WE=50775613;WS=50775595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,74:0.41:179
chr20	50777026	rs3818198	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.252;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=304;ReadPosRankSum=-1.617;SC=AGAATATTCCAAAAACCCTAA;SOR=0.297;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=85;TCF=15;TCR=70;TR=25;WE=50777034;WS=50777016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr20	50781725	rs6021770	G	A	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=854;ReadPosRankSum=1.307;SC=AAAGGACATCGGTGGGACACT;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=250;TCF=127;TCR=123;TR=74;WE=50781733;WS=50781715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,79:0.29:270
chr20	50782102	rs2038429	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-1.759;SC=GGAAAGAAAATTCTTACTGGA;SOR=0.654;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=8;WE=50782110;WS=50782092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr20	50782303	rs6021771	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=195;ReadPosRankSum=0.294;SC=GTAGTTTGGAACACATCCATG;SOR=1.234;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=12;WE=50782311;WS=50782293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr20	50782343	rs6021772	C	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=324;ReadPosRankSum=0.140;SC=TGAGGAGGAGCCCTGGAGCCT;SOR=1.460;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=23;WE=50782351;WS=50782333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,24:0.27:90
chr20	50782608	rs2273472	G	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.966;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=-0.348;SC=ATAAATGCCCGCTAGCTATGG;SOR=1.300;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=21;WE=50782616;WS=50782598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr20	51802132	rs2010156	T	C	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.201;NF=93;NR=31;PP=2493;ReadPosRankSum=-1.681;SC=GCACTCCAGCTGGGGATACAG;SOR=1.278;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=94;TCR=31;TR=124;WE=51802140;WS=51802122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr20	51870336	rs739869	G	C	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=59;PP=1645;ReadPosRankSum=1.071;SC=CTCACGTCAGGCTTCCAAACG;SOR=0.814;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=314;TCF=162;TCR=152;TR=110;WE=51870344;WS=51870326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,112:0.34:327
chr20	51870849	rs739870	T	C	11849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=211;NR=207;PP=2965;SC=GCGACTCCTTTGATTCCCTCC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=422;TCF=213;TCR=209;TR=418;WE=51870857;WS=51870827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr20	52185814	rs4602270	C	A	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=36;PP=1084;SC=CTAAGGAAAACAACATTTTTT;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=52185822;WS=52185804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	52557934	rs74179252	G	GGTGT,GGTGTGT	577.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=6.314;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.992;NF=9,9;NR=7,7;PP=244,825;ReadPosRankSum=-1.125;SC=CTGGAAGGGAGGTGTGTGTGT;SOR=0.139;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=16,16;WE=52557942;WS=52557924;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.61:28
chr20	52557949	rs72548465	G	GTT	507.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.48;MQRankSum=3.924;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.561;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr20	52557950	.	T	TTTGTGTGTGCGCGC	2261	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=28;MQ=61.19;NF=12;NR=9;PP=2261;QD=107.904761905;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=21;WE=52557966;WS=52557940;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr20	52557958	.	C	T	889	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=60.99;NF=11;NR=5;PP=889;QD=57.7357007842;SC=TGTGTGTGTGCGCGTGTGTGT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=16;WE=52557966;WS=52557940;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr20	52557958	.	C	CGCGCGTGTGTGT	745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.38;MQRankSum=3.730;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.137;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr20	52558099	rs6013842	T	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=0.234;SC=ATAATAATAATAAGAAAGTCA;SOR=0.861;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=17;WE=52558107;WS=52558089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr20	52561372	rs2072241	A	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=3;PP=1083;SC=TCAGAAGAATATATACATGGA;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=52561380;WS=52561362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	52592140	rs11474654	G	GTA	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.912;QD=13.37;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr20	52611427	rs146234679	TACACACAC	T	2248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=2447;ReadPosRankSum=0.486;SC=ATAGATATGATACACACACAC;SOR=1.381;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=29;WE=52611444;WS=52611417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,63:0.78:81
chr20	52645534	rs466264	T	C	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=87;PP=2196;SC=ACATAAACAGTGGTTATTCAG;SOR=1.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=54;TCR=87;TR=141;WE=52645542;WS=52645524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr20	52674615	rs465184	A	G	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=49;PP=2328;SC=TTCCCAGAGTAGCACTGACCT;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=122;WE=52674623;WS=52674605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	52675188	rs394732	G	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=18;PP=1101;SC=TACACTACCTGGTAAGTCTCT;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=52675196;WS=52675178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	52675259	rs2020975	G	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr20	52684837	rs3787551	G	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,47:0.27:171
chr20	52685084	rs290446	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=52;ReadPosRankSum=1.189;SC=TCACACACATTGTCTCCTTTT;SOR=0.041;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=8;WE=52685092;WS=52685074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr20	52781251	rs2762939	G	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=-0.726;SC=CTCTGCACCGGTCCTGGGAGC;SOR=1.287;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=17;WE=52781259;WS=52781241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr20	52786219	rs2296241	G	A	11904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=223;PP=2965;SC=CCATAAAATCGGCCAAGACCT;SOR=1.084;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=393;TCF=170;TCR=223;TR=393;WE=52786227;WS=52786209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr20	52831705	rs1964861	G	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=470;ReadPosRankSum=0.779;SC=TACAAATTAAGGTCTTATTCT;SOR=0.439;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=33;WE=52831713;WS=52831695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr20	52840743	.	CTT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.520;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr20	52841011	rs13039589	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=247;ReadPosRankSum=1.674;SC=TAGTTGGGGTAGGCAAAAACA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11;WE=52841019;WS=52841001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr20	53259964	rs6064099	G	C	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=38;PP=1692;ReadPosRankSum=-1.247;SC=CCCCAGTGTTGCTGACGCACA;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=172;TCF=111;TCR=61;TR=104;WE=53259972;WS=53259954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,118:0.61:193
chr20	54823779	rs13044293	G	T	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=49;PP=2874;SC=AAACTCTAAGGCCAGATTGAA;SOR=1.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=104;TCR=49;TR=153;WE=54823787;WS=54823769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr20	54956707	rs6024840	A	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=0.921;SC=CAAACTCTTCATGTAAAACCA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=25;WE=54956715;WS=54956697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr20	54959296	rs2298016	G	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=546;ReadPosRankSum=0.292;SC=TAGTAGAACAGTACAGAACTT;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=33;WE=54959304;WS=54959286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr20	54959505	rs372933040	GTT	G	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5193;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=82;ReadPosRankSum=0.225;SC=TGATAAATCTGTTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=54959514;WS=54959495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr20	54961463	rs1047972	T	C	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1506;ReadPosRankSum=0.663;SC=TGCAAAGGAATGCGCTGGGAA;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=86;WE=54961471;WS=54961453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,88:0.61:144
chr20	54963164	.	C	G	350	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=19;NR=7;PP=350;QD=14.7988927903;SC=AGACCAACCTCCATGTGGGTT;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=79;TCF=55;TCR=24;TR=26;WE=54963172;WS=54963154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr20	54963164	.	C	CCATGTGGGTTTATAAATGTGAATGAGATTACAGATTATTCAATTTAGACAAGACCAACCTG	1815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.47;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr20	54963320	rs6014713	C	T	3215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=64;PP=1818;ReadPosRankSum=1.144;SC=TGCTGTTGCTCGATAGGCAGC;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=106;TCR=105;TR=131;WE=54963328;WS=54963310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,148:0.64:232
chr20	54974424	rs2426617	C	A	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=33;PP=1043;SC=GTATGTGAGACGTTGATGTTA;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=54974432;WS=54974414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	55028167	rs2870738	G	A	5003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.379;SC=AGAAAAATAGGGCAAATATCT;SOR=0.652;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=309;TCF=158;TCR=151;TR=204;WE=55028175;WS=55028157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,219:0.66:332
chr20	55033476	rs3746623	C	G	4607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.555;SC=ACTGCCGGCTCTACTTTGGGG;SOR=0.665;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=348;TCF=178;TCR=170;TR=196;WE=55033484;WS=55033466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,205:0.57:360
chr20	55033635	rs3746624	C	T	3636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=1.142;SC=ACGTGCGCAACGAGATCCTCC;SOR=0.845;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=225;TCF=113;TCR=112;TR=146;WE=55033655;WS=55033625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,157:0.65:240
chr20	55033647	rs3746625	T	C	3596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.229;SC=AGATCCTCCGTGGCAGCAGTC;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=112;TCR=101;TR=146;WE=55033655;WS=55033625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,156:0.69:226
chr20	55033713	rs3746626	G	A	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=65;PP=1982;ReadPosRankSum=2.371;SC=CCGTGCTCACGTACCCCAGCC;SOR=0.516;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=196;TCF=100;TCR=96;TR=137;WE=55033721;WS=55033703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,149:0.70:214
chr20	55033856	rs4811697	A	C	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=42;PP=1072;ReadPosRankSum=-1.123;SC=CACACCCACAACTTGTGCAAC;SOR=0.921;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=63;WE=55033864;WS=55033846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr20	55045632	rs6024898	G	A	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=57;PP=2153;ReadPosRankSum=-1.422;SC=CCTGGGTGACGGGATCATCTT;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=214;TCF=125;TCR=89;TR=142;WE=55045640;WS=55045622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,158:0.68:234
chr20	55045843	rs6014740	T	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=771;ReadPosRankSum=-0.517;SC=AGTTGAGGGTTTGGAGATTTT;SOR=0.387;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=38;WE=55045851;WS=55045833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr20	55047632	rs11482055	T	TA	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5036;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=-1.691;SC=TTCTGAACTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=55047640;WS=55047622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr20	55048283	rs6024901	A	G	295.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=243;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TACTGAATATACTTTTATATG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=55048291;WS=55048273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr20	55048496	rs11471796	T	TGAG	1254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=915;ReadPosRankSum=0.658;SC=TAAGTGATTTTGAGAATTTTG;SOR=0.680;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=18;WE=55048504;WS=55048486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr20	55049908	rs1474890	A	G	1972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=56;PP=1353;ReadPosRankSum=0.376;SC=CGCCTTAAAGACTGAACTCAG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=32;TCR=82;TR=77;WE=55049916;WS=55049898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,82:0.67:122
chr20	55071620	rs6014752	T	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=144;ReadPosRankSum=1.501;SC=AGTCAGTCAATCAATCAATCA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=55071628;WS=55071612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr20	55072472	rs6024911	A	G	4075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=75;PP=2845;ReadPosRankSum=-1.667;SC=TTTGCAATTTAGGGGGCCGCC;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=241;TCF=128;TCR=113;TR=157;WE=55072480;WS=55072462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,167:0.67:251
chr20	55088404	rs1059768	A	G	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=28;PP=1113;ReadPosRankSum=1.254;SC=TGATGTCATCATGCTCAATGG;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=78;WE=55088412;WS=55088394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,81:0.61:132
chr20	55100005	rs2426632	T	C	5083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.183;NF=104;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TTCGGCAGAATCTACCAGAGC;SOR=0.908;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=613;TCF=285;TCR=328;TR=244;WE=55100013;WS=55099995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,259:0.41:636
chr20	55100054	rs2019515	C	T	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=24.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQRankSum=-13.223;QD=6.08;ReadPosRankSum=-5.728;SOR=2.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,55:0.21:261
chr20	55100056	.	T	G	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=38.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=-13.832;QD=6.22;ReadPosRankSum=-5.227;SOR=3.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,50:0.20:254
chr20	55100061	rs707554	T	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=41.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-14.194;QD=5.04;ReadPosRankSum=-3.999;SOR=4.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,36:0.16:225
chr20	55108506	.	C	CAATA	2522.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.65;QD=58.67;SOR=7.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	55108507	.	CGTGT	C	2522.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.62;QD=43.50;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr20	55108617	rs3209183	C	A	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=75;PP=2436;SC=TGTGATACTGCAGTGTCAAAG;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=43;TCR=75;TR=118;WE=55108625;WS=55108607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr20	55205661	rs6025019	C	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=-0.906;SC=CCTGTGCGCGCGCTCCCTCTT;SOR=0.089;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=11;WE=55205669;WS=55205651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
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chr20	55803299	rs41274738	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=392;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CCAAGTGCTCCTGGAGCACCT;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=27;WE=55803307;WS=55803289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr20	55910542	rs3764674	T	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.124;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=0.040;SC=CTATTTAAACTTTTGGAATGT;SOR=1.215;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=15;WE=55910550;WS=55910532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr20	55929881	rs4811837	T	C	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=57;PP=1472;ReadPosRankSum=-0.312;SC=ATGTAAGTGCTCCTTAAATAC;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=145;TCR=176;TR=104;WE=55929889;WS=55929871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,114:0.34:340
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chr20	56064157	rs6128051	C	T	3805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.686;NF=103;NR=63;PP=2561;ReadPosRankSum=-1.923;SC=CCGGCGCTGTCTCTATGGAGC;SOR=0.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=285;TCF=173;TCR=112;TR=166;WE=56064165;WS=56064147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,170:0.59:289
chr20	56064267	rs6099656	T	C	6917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=150;PP=2965;SC=CTGTGCAAGATGTCTACGATA;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=98;TCR=151;TR=248;WE=56064275;WS=56064257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr20	56071296	rs11086611	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr20	56071399	rs62204254	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=157;ReadPosRankSum=1.553;SC=CCAACATCATCCTTCCTGTAC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=56071407;WS=56071389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr20	56075580	rs6099660	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GCTGGTGTACCGGCAGAGCAG;SOR=0.148;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=56075588;WS=56075570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr20	56078690	rs6128059	G	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.947;SC=CACACAAGGCGAGTGAGATGG;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=66;WE=56078698;WS=56078680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,69:0.73:94
chr20	56089869	rs11086612	GT	G	3114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=1.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.895;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.321;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,166:0.70:237
chr20	56098733	rs6025606	T	C	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=60;PP=2495;ReadPosRankSum=0.169;SC=ATCAGTCCAGTAGTTTCAGCC;SOR=0.533;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=235;TCF=146;TCR=89;TR=151;WE=56098741;WS=56098723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,158:0.64:245
chr20	56099114	rs6070128	C	G	7372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.403;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=1.250;SC=GAGGTACGCTCGGCCTCCAAC;SOR=0.499;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=469;TCF=220;TCR=249;TR=309;WE=56099122;WS=56099104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,319:0.66:486
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chr20	56131053	rs17496809	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=294;ReadPosRankSum=2.017;SC=CATCCCTTCGGTGTTCCCGTC;SOR=1.508;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=17;WE=56131061;WS=56131043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr20	56131216	rs11908628	A	G	5338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.253;SC=TCCAGCTGTGAAATTCCTTAT;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=169;TCR=153;TR=221;WE=56131224;WS=56131206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,233:0.69:339
chr20	56137895	rs707555	G	C	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1147;ReadPosRankSum=0.271;SC=CCTGGAAGCAGTGGGCGATGG;SOR=0.867;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=66;WE=56137903;WS=56137885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,68:0.55:124
chr20	56138040	rs2070755	G	C	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=31;PP=1455;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GGACCCCCAAGCAGGGCCCTG;SOR=0.496;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=86;TCR=46;TR=87;WE=56138048;WS=56138030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,90:0.65:138
chr20	56139403	rs2070756	T	C	5505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.059;SC=TAGCTTCAGGTGTCACCATCA;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=324;TCF=142;TCR=182;TR=227;WE=56139411;WS=56139393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,244:0.71:343
chr20	56139967	rs1023049	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=1.519;SC=GCTTGGTGAACGCAAAACTAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=56139975;WS=56139957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr20	56179422	rs6064572	C	A	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=103;NR=62;PP=2904;SC=CCCAAGGCAACTCCCTGTCAT;SOR=1.146;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=103;TCR=62;TR=165;WE=56179430;WS=56179412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
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chr20	56182296	rs6123711	A	C	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=62;PP=2022;SC=AGTCTGGAAGAAGTTGATTCC;SOR=1.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=56182304;WS=56182286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	56185209	rs41275646	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-1.396;SC=GCTCACCTGCGTCCTCCCCTG;SOR=0.242;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=13;WE=56185217;WS=56185199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr20	56186884	rs2865394	T	C	6591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=126;NR=112;PP=2965;SC=CAGTATGGACTGCTCCATGTG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=126;TCR=112;TR=238;WE=56186892;WS=56186874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr20	56190634	rs2073145	C	T	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TGGGGCCTCTCGGCTGCAGAA;SOR=1.013;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=77;WE=56190642;WS=56190624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,82:0.64:129
chr20	56191172	rs11468882	CAG	C	6875.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.499;NF=28;NR=88;PP=2970;ReadPosRankSum=1.165;SC=AACCAAGGCACAGAGAGAGGA;SOR=0.532;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=229;TCF=64;TCR=165;TR=116;WE=56191181;WS=56191162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,191:0.60:320
chr20	56227532	rs6025699	T	C	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=71;PP=1817;SC=AGATGGTGGGTGGCAGGTCGA;SOR=1.304;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=117;WE=56227540;WS=56227522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	56228019	rs8183538	G	C	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=14;PP=1353;SC=AGCCCACACTGTTCCAGCCGC;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=63;WE=56228027;WS=56228009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	56470471	rs73177830	G	A	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=46;PP=1466;ReadPosRankSum=-0.313;SC=GGAGCCCGGCGGTGAAGCTCC;SOR=0.687;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=101;WE=56470479;WS=56470461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,107:0.61:175
chr20	56726107	rs6070358	C	T	8301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=148;PP=2965;SC=TGGGATCGGGCAACGCGGTGG;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=304;TCF=156;TCR=148;TR=304;WE=56726115;WS=56726097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr20	56793546	rs583987	A	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=21;PP=1588;SC=CGTTCCCACCAGGAGCTAATG;SOR=2.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=81;WE=56793554;WS=56793536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	56793706	rs584855	G	A	6652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=116;NR=118;PP=2965;SC=TGGTTCAGGCGGTGTGCAATG;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=116;TCR=118;TR=234;WE=56793714;WS=56793696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr20	56793764	rs1192511	G	A	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=94;PP=2889;SC=TGGAGGCCCCGTGCTGGAGCA;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=53;TCR=94;TR=147;WE=56793772;WS=56793754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr20	56796267	rs521615	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=297;SC=GGGACCCTGACTGGTGGCTGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=56796275;WS=56796257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	56798017	rs573485	T	C	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=5;PP=1587;SC=GAAACTGTTATTCACATATCC;SOR=4.343;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=60;TCR=5;TR=64;WE=56798025;WS=56798007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	56803353	rs1192514	C	T	8593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=159;NR=140;PP=2965;SC=CTTTGAGCTCCCGCACGGTCA;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=159;TCR=141;TR=299;WE=56803361;WS=56803343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr20	56806821	rs586193	A	C	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=75;PP=2965;SC=TCATCACGGAAGTAGTTAATT;SOR=1.455;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=139;TCR=75;TR=213;WE=56806829;WS=56806811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr20	56807792	rs2274932	C	T	7579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=122;NR=136;PP=2965;SC=AGAACCCTCACGTTGGGCACA;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=122;TCR=136;TR=258;WE=56807800;WS=56807782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr20	56809652	rs619838	T	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=37;PP=1763;SC=GTGCCCGCCATGACACATTAC;SOR=1.380;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=105;WE=56809660;WS=56809642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	56810446	rs633276	A	G	6722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=61;NR=158;PP=2965;SC=AAAAACATCAAAAGAGCACAT;SOR=2.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=61;TCR=158;TR=219;WE=56810454;WS=56810436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr20	56810484	rs503900	C	T	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=108;PP=2965;SC=ATTTGAATTACGAATACTACT;SOR=3.207;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=22;TCR=108;TR=130;WE=56810492;WS=56810474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr20	56811400	rs474212	C	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=417;SC=GGCAAAAAAACAAAATTATTG;SOR=3.258;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=30;WE=56811408;WS=56811389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	56813472	rs678936	G	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=271;SC=TCACTGGCAAGAACTTTTGCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=56813480;WS=56813462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	56814195	rs3831236	A	AC	2827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=13;PP=2090;SC=AGAAAGCTAAAAACTGCATTG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=51;WE=56814203;WS=56814185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	56814892	rs614507	G	T	5823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=111;PP=2965;SC=AGCGGCTGAGGTATTACATCC;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=87;TCR=111;TR=198;WE=56814900;WS=56814882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr20	56815878	rs514706	A	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=458;SC=TTTTAAGTGCAAAGGAAAATT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=56815886;WS=56815868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	56820702	rs595292	G	T	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=12;PP=1721;SC=CCTCTCAATGGGTATACAGTG;SOR=2.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=64;TCR=12;TR=76;WE=56820710;WS=56820692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	56823395	rs518929	T	A	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.75;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	56884186	rs483569	T	G	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=39;NR=10;PP=1206;SC=CGACAAGGAGTGCCTGGCTTG;SOR=2.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=56884194;WS=56884176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	56886062	rs542165	A	G	9212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=138;PP=2965;SC=GCCAAAAGGTAAACTTTTTCT;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=169;TCR=138;TR=307;WE=56886070;WS=56886052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr20	57009796	rs2234487	C	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=25;PP=633;SC=TTTTCAGTAACAATAATTTAA;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=57009804;WS=57009786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	57011273	rs6026273	G	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=19;PP=507;SC=AATGTACATTGTGGGAAATTT;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=57011281;WS=57011263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	57013873	rs2234489	G	A	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=0;PP=53;SC=GCAGACTTCAGTTCTTTATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=57013881;WS=57013863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	57089814	rs77359399	G	A	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=41;PP=944;ReadPosRankSum=-1.214;SC=GGTGCGCAAGGGGAGGCGCGG;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=49;WE=57089822;WS=57089804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,52:0.66:79
chr20	57210712	rs58749102	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=1.375;SC=CTCCCTCGACCTCTCTCTTCT;SOR=0.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=58;TCR=7;TR=16;WE=57210720;WS=57210702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr20	57234503	.	TA	T	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=3.075;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,15:0.25:60
chr20	57244493	rs2296524	G	A	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=53;PP=1948;SC=GGCACGCACAGTCAGGCTACC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=116;WE=57244501;WS=57244483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr20	57245596	rs147137636	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.740;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,61:0.26:234
chr20	57246480	rs11474130	T	TTTA	715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5134;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=17;PP=610;SC=CACCTGTCCTTTATGTGTGTG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=57246501;WS=57246470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	57246493	rs6100160	G	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	57266592	rs6128401	C	G	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=32;PP=1048;SC=GCTGAGCAGACAGACCTGGAG;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=52;WE=57266600;WS=57266582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	57266700	rs6123822	T	C	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=568;SC=GGAAAACCTCTCACACCACGC;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=57266708;WS=57266690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	57266781	rs6128402	C	T	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=36;PP=1782;SC=CATTTTTAGGCTGGTTATGAA;SOR=1.375;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=92;WE=57266789;WS=57266771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	57266913	rs6123823	T	C	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=85;PP=2774;SC=TTTAAATGACTCCTGGGTGGA;SOR=1.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=53;TCR=86;TR=138;WE=57266921;WS=57266903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr20	57267942	rs6092682	T	C	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr20	57268867	rs3746396	C	A	15726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=264;NR=306;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.148;SC=ACTACGCCACCGTGGCTGCCC;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=572;TCF=265;TCR=307;TR=570;WE=57268875;WS=57268857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,595:1.00:597
chr20	57268994	rs6100166	G	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=55;PP=1288;SC=TGCTTCGAGAGGAGGCAGCCA;SOR=4.277;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=6;TCR=55;TR=61;WE=57269002;WS=57268984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	57273545	rs6092683	G	A	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=8;PP=1316;SC=TCTTTCTACAGGTGGCCGGTG;SOR=2.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=49;WE=57273553;WS=57273541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	57273885	rs2296526	T	C	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=136;PP=2965;SC=TGTCATAGACTCCCAGGAGAG;SOR=1.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=58;TCR=136;TR=194;WE=57273893;WS=57273875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr20	57274077	rs6092684	T	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=416;SC=GAAATGAGAGTGTGTGGAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=57274085;WS=57274067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	57274151	rs2296528	G	C	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=10;PP=1343;SC=TCCCCGACGCGGCACAGGCAG;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=61;WE=57274159;WS=57274141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	57275949	rs6070554	A	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=3;PP=1188;SC=GGCAGGGAGCACCAGGCTCAG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=43;WE=57275957;WS=57275939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	57280575	rs6100174	T	C	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=119;PP=2965;SC=ACGAATACAGTGGCTCCCGGA;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=114;TCR=119;TR=233;WE=57280583;WS=57280565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr20	57282190	rs41310841	G	A	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=1.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.548;QD=14.44;ReadPosRankSum=0.367;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,163:0.68:239
chr20	57288744	rs1570894	G	A	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=35;PP=1042;SC=GGAGCTGCCCGTCAAGCTTGG;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=57288752;WS=57288734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	57290347	rs6026468	C	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=26;PP=1091;SC=GGAGGGGGACCTGGGGAGGGA;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=57290355;WS=57290337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	57292888	rs2426776	G	A	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=108;PP=2965;SC=TTTCCAGGTCGTGGCCACAGC;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=228;TCF=119;TCR=109;TR=227;WE=57292896;WS=57292878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr20	57293089	rs6026470	A	G	7838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=98;PP=2965;SC=GGCCTGGGAGAGGACCCAGAT;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=128;TCR=98;TR=226;WE=57293097;WS=57293079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr20	57293118	rs2426777	T	C	14602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=110;PP=2965;SC=CCAGAACTGATGGAAAATCTC;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=143;TCR=113;TR=252;WE=57293132;WS=57293108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr20	57293124	rs10470038	A	AG	15028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=118;PP=2969;SC=CTGATGGAAAATCTCTCCCCA;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=78;TCR=122;TR=192;WE=57293132;WS=57293108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr20	57293350	rs12480759	G	T	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=66;PP=1776;SC=ATTCAGAAGGGACTGGGTGTT;SOR=2.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=17;TCR=66;TR=83;WE=57293358;WS=57293340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	57299030	rs201658287	GGAGGAGGAA	G	2324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.47;MQRankSum=0.632;QD=36.90;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,58:0.92:63
chr20	57360930	rs6092694	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=1.735;SC=AGGCATTAGCTCTGTCCTCCA;SOR=1.802;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=57360938;WS=57360920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr20	57415110	rs1800900	A	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=2;PP=1388;SC=CTTCGGAGCCACTCTCTGCAG;SOR=6.666;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=60;TCR=2;TR=62;WE=57415118;WS=57415100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	57415995	rs1800905	A	G	6040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=127;PP=2965;SC=GGAGCAGCGCAGGTGGAAAGG;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=86;TCR=128;TR=213;WE=57416003;WS=57415985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr20	57474720	rs35714680	GCA	G	298.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=5;PP=310;SC=ACACACACACGCACACACATG;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=57474729;WS=57474710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	57475191	rs13831	A	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=308;SC=ACGAAAAATGAACTGAAATCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=57475199;WS=57475181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	57478807	rs7121	C	T	9769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=149;NR=189;PP=2965;SC=TGGACTACATCCTGAGTGTGA;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=339;TCF=149;TCR=190;TR=338;WE=57478815;WS=57478797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr20	57556295	rs151333	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr20	57556488	rs3746703	C	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.165;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=1077;ReadPosRankSum=0.614;SC=GCGGGCCGGCCCCACTCCCGG;SOR=1.118;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=70;WE=57556496;WS=57556478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,79:0.76:104
chr20	57564070	rs2273360	C	T	3486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=69;PP=1974;ReadPosRankSum=-1.330;SC=TGAACTTCACCGTTAAGGTAG;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=236;TCF=124;TCR=112;TR=142;WE=57564078;WS=57564060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,157:0.62:255
chr20	57564448	rs12479566	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=422;ReadPosRankSum=0.120;SC=CCAGCGCACACTTACTCCACC;SOR=0.914;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=23;WE=57564456;WS=57564438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr20	57565943	rs163782	G	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=1.489;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,63:0.24:263
chr20	57566637	rs149265	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=129;ReadPosRankSum=-0.889;SC=TGTGTTTCTGCGTAGAGAAAG;SOR=0.045;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=11;WE=57566645;WS=57566627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr20	57569860	rs1043219	C	G	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=823;ReadPosRankSum=0.016;SC=AGGTGGATGACTTCTTTACAA;SOR=0.457;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=38;WE=57569868;WS=57569850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr20	57570568	rs13720	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CGCAGCCAGTGCCACGCTGTC;SOR=0.189;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=7;WE=57570576;WS=57570558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr20	57571763	rs9760	A	G	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=1.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.848;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,124:0.28:440
chr20	57572675	rs163785	A	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=5;PP=622;SC=GACCATTTGCATAGATTTCTG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=57572683;WS=57572665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	57582285	rs71181993	C	CCGGCCT	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=307;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GGCCTCGGCCCAGCACCCGGC;SOR=0.998;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=57582293;WS=57582275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr20	57594684	rs34524896	C	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=47;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TCCATAGAGGCGGACAACCAA;SOR=0.839;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=83;WE=57594692;WS=57594674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,85:0.59:144
chr20	57597970	rs463312	AG	CC	6824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.721;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=81;PP=2944;ReadPosRankSum=0.406;SC=TCGGCCTTGCAGCTGGAGAGA;SOR=0.935;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=242;TCF=112;TCR=130;TR=154;WE=57597979;WS=57597960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,173:0.67:257
chr20	57599016	rs163777	T	G	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=53;PP=2965;SC=TGTCGGACACTGTGGTGGAGC;SOR=1.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=101;TCR=54;TR=151;WE=57599024;WS=57599006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr20	57612390	rs151359	C	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr20	57767043	rs259984	G	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=792;ReadPosRankSum=-0.689;SC=CGACGGCAGCGGAGAAGCCCT;SOR=0.517;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=220;TCF=127;TCR=93;TR=69;WE=57767051;WS=57767033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,74:0.32:234
chr20	57768399	rs442091	T	C	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=840;ReadPosRankSum=0.600;SC=ATGTAGAGGCTCCCAGGCCAG;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=58;WE=57768407;WS=57768389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,63:0.43:148
chr20	57768607	rs181984	G	C	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,84:0.34:249
chr20	57769854	rs454356	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=226;ReadPosRankSum=0.999;SC=TTGAGAGAGCATGTTGTTATC;SOR=1.027;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=15;WE=57769862;WS=57769844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr20	57828914	rs56738506	T	TC	86.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.366;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	57828923	rs259957	A	C	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.051;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;MQRankSum=0.516;QD=29.67;ReadPosRankSum=1.092;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr20	57829301	rs259956	T	C	8527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=152;PP=2965;SC=CAGTGCTGAATCACGAGACCA;SOR=0.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=132;TCR=152;TR=284;WE=57829309;WS=57829291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
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chr20	58415393	rs11479086	AT	A	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.039;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr20	58416667	rs6064846	T	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=11.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
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chr20	58425413	rs2865768	C	T	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=47;PP=1911;SC=AAATCCTAATCGTACTATTAA;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=113;WE=58425421;WS=58425403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr20	58439322	rs6070976	C	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=0.091;SC=CAGTTATATACAGAGAATAAT;SOR=0.904;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=10;WE=58439330;WS=58439312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr20	58439454	rs11086679	G	GAA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-2.643;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr20	58439512	rs11086680	GAA	G	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr20	58440738	rs75543385	T	A	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TAACCTTGTATTTATCAATAA;SOR=0.760;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=5;WE=58440746;WS=58440728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr20	58441502	rs6070980	G	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=1.793;SC=TCAGAATATAGGAATATGTAG;SOR=0.416;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=11;WE=58441510;WS=58441492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr20	58442826	rs6070981	C	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr20	58442920	rs142112394	TCTG	T	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=305;ReadPosRankSum=0.755;SC=ATGAAAACAATCTGCTGAAGT;SOR=0.306;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=8;WE=58442930;WS=58442910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr20	58443798	rs6070982	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=-0.275;SC=AGTTGAATAACGGTATGACTT;SOR=0.155;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=11;WE=58443806;WS=58443788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr20	58449145	rs78214780	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=1.611;SC=AAAAAGAAAATAGATGGCAAG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=58449153;WS=58449135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	58452582	rs61733222	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr20	58453226	rs11473766	T	TTA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr20	58456249	rs117766988	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=-0.385;SC=AAATAACTATATTGGATTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=58456257;WS=58456239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr20	58456599	rs141269569	G	GA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=94;ReadPosRankSum=0.179;SC=AAATAAAAAAGATTAAAAGGA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=58456607;WS=58456589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr20	58467157	rs6071006	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.850;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=279;ReadPosRankSum=-1.285;SC=GCAAGTAGCAGTATTCACATC;SOR=0.420;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=26;WE=58467165;WS=58467147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr20	58467801	rs6071007	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=1.749;SC=ACATTAGCCTGTGACTTTAAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=9;WE=58467809;WS=58467791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr20	58468098	rs11481480	A	AC	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=-0.122;SC=GATTAATACTAATTCTAATCA;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=3;WE=58468106;WS=58468088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr20	58468777	rs6071008	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=404;ReadPosRankSum=-1.953;SC=CTATTTTTATATATTTCATAA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=17;WE=58468798;WS=58468767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
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chr20	58476774	rs6027186	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=542;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CTAGTGATGCGTCAAAATACA;SOR=0.478;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=46;WE=58476782;WS=58476764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,48:0.37:131
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chr20	58533744	rs6071043	T	G	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.915;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=625;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GGACTGGTCATCAGCTGCACG;SOR=0.655;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=48;WE=58533752;WS=58533734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,53:0.32:166
chr20	58533759	rs6071044	G	T	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=711;ReadPosRankSum=-1.140;SC=TGCACGTTCTGGGTCTGTCTT;SOR=0.815;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=54;WE=58533767;WS=58533749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,59:0.34:173
chr20	58545317	rs78153451	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=101;ReadPosRankSum=-0.322;SC=GGAAGATTAAGTCTTGAAAGG;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=7;WE=58545325;WS=58545307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr20	58587841	rs910695	A	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=492;SC=ATCACTATTCAGGGATTTTTC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=58587849;WS=58587831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	58644995	rs6071100	T	C	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=16;PP=1302;ReadPosRankSum=0.674;SC=GAGGCTCTTCTGGGGCCAGCC;SOR=1.092;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=81;TCR=26;TR=72;WE=58645003;WS=58644985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,73:0.66:110
chr20	59091946	rs6064934	A	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=208;SC=AAAACACATAAAATTATATTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=59091954;WS=59091936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	59431577	rs36227877	TACACAC	T	566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=40.48;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	59827498	.	TCGG	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=0.501;SC=GGCGGTGGTCTCGGCGGCGGC;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=4;WE=59827508;WS=59827488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr20	59829847	rs3752252	C	T	3712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=70;PP=2404;ReadPosRankSum=2.689;SC=TTTCTGTGAACTTATTGTTTT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=143;TCR=104;TR=166;WE=59829855;WS=59829837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,170:0.65:263
chr20	59908320	rs72064063	TACAC	T	1195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=843;ReadPosRankSum=1.638;SC=CACACACATGTACACACACAC;SOR=0.167;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=0;TCR=71;TR=28;WE=59908333;WS=59908310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr20	59908349	rs11086735	A	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=313;ReadPosRankSum=-0.402;SC=ACACATGCACACACACCTGCA;SOR=0.129;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=23;WE=59908357;WS=59908339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr20	60145672	rs2252560	T	G	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=33;PP=1758;SC=CCTGGTGTGTTTGGGAATGGG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=98;WE=60145680;WS=60145662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	60293919	rs2892179	C	A	10643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=187;PP=2965;SC=TTCACTGTTCCTGCTGTCAGG;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=173;TCR=187;TR=360;WE=60293927;WS=60293909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr20	60294279	rs4925275	A	G	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=57;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GTTTTTGTTCATTGCTAATAC;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=80;WE=60294287;WS=60294269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,82:0.73:112
chr20	60294296	rs4925196	G	A	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=48;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.525;SC=ATACAGAGAAGGATGCAAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=55;WE=60294304;WS=60294286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr20	60348084	rs34937312	C	T	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,65:0.28:235
chr20	60419750	rs34912551	C	T	7695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ACAATGACATCCCCATCCGGT;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=554;TCF=293;TCR=261;TR=344;WE=60419758;WS=60419740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,356:0.61:582
chr20	60485327	rs1776237	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=567;SC=TGGGCTGACACGGTGTGTTCT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=60485335;WS=60485317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	60485627	rs2427240	C	T	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=78;PP=2323;SC=TCCGCACAGACCCCGTAACCA;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=41;TCR=78;TR=119;WE=60485635;WS=60485617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	60498459	rs2427245	T	C	4025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=71;PP=2832;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CCATGCCCACTCCCACGGGAG;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=286;TCF=169;TCR=117;TR=179;WE=60498467;WS=60498449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,183:0.62:293
chr20	60498832	rs11484270	A	AC	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=2.295;SC=GTCCAGAAATACCCCATGAAA;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=10;WE=60498840;WS=60498822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr20	60503350	rs6142884	A	G	4826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1037;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:737,297:0.29:1034
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chr20	60572663	rs2296081	C	A	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=79;PP=2965;SC=TGGGCCCGATCGCTGCTAGTG;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=108;TCR=79;TR=187;WE=60572671;WS=60572653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr20	60573983	rs2296082	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=212;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGAGCTCATCAGGTTGTGGCT;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=13;WE=60573991;WS=60573973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr20	60574216	rs2296083	C	T	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=62;PP=1773;SC=GCCCAGCAAGCAAAGGGGTTG;SOR=1.227;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=107;WE=60574224;WS=60574206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	60575830	rs2281733	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=529;ReadPosRankSum=0.245;SC=TCATCGGGAGGTGGGCTGGGG;SOR=1.136;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=31;WE=60575838;WS=60575820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr20	60582540	rs2281735	T	A	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=11;PP=1447;SC=GCACACTTGGTGCATCTGCGC;SOR=2.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=60582548;WS=60582530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	60584072	rs2296086	T	G	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=23;PP=974;ReadPosRankSum=0.055;SC=GCAACAGGCTTTAGGGGAAAG;SOR=0.973;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=239;TCF=152;TCR=87;TR=73;WE=60584080;WS=60584062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,76:0.31:248
chr20	60584328	rs2296087	T	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=535;ReadPosRankSum=1.092;SC=AAAAGATACATATATTTCTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=24;WE=60584336;WS=60584318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr20	60587836	rs3818344	T	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.328;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-1.572;SC=TCGTGGCCCCTGCAGCCTCAA;SOR=0.045;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=9;WE=60587844;WS=60587826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr20	60588049	rs2273991	G	C	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=1.798;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,113:0.30:375
chr20	60639883	rs1886009	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=6;PP=149;SC=CGGGCCCGGGTTGGCCGCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=60639891;WS=60639873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	60640305	rs200074661	TGCCAGG	T	445.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.420;NF=0;NR=8;PP=257;ReadPosRankSum=0.653;SC=CCGGCGGGCTTGCCAGGGCCA;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=60640318;WS=60640295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr20	60704117	rs4925345	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=34;PP=898;SC=TTTCCTCCTGATTCAGAGGGC;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=60704125;WS=60704107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	60708216	rs6089657	G	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=4.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=409;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CAGAGCTGACGGGGCCGCCCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=18;WE=60708224;WS=60708206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr20	60712174	rs3078903	CAGCAGT	C	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=61.24;MQRankSum=1.219;NF=5;NR=10;PP=802;ReadPosRankSum=0.849;SC=AAGTATTAAGCAGCAGTAGCA;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=15;WE=60712187;WS=60712164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr20	60712284	rs2057169	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=4;PP=900;ReadPosRankSum=-0.995;SC=GACGTATGGGGAGCCTCAGAA;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=57;TCR=6;TR=41;WE=60712292;WS=60712274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr20	60712347	rs2057168	G	A	4555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=1.505;SC=GTTTCCTTCGGAACTGGTACT;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=187;TCR=65;TR=178;WE=60712355;WS=60712337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,181:0.71:256
chr20	60712511	rs2281740	A	G	8514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=0.056;SC=AGGAGCATTAACCACCTTTCC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=536;TCF=240;TCR=296;TR=349;WE=60712519;WS=60712501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,362:0.65:559
chr20	60713311	rs7076	G	A	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.021;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=89;PP=2082;ReadPosRankSum=0.275;SC=CCAGGAACTCGCGCACTGACT;SOR=0.518;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=233;TCF=85;TCR=148;TR=142;WE=60713319;WS=60713301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,156:0.62:253
chr20	60713332	rs1135961	A	G	2863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=73;PP=1850;ReadPosRankSum=0.106;SC=TGGCACCCCGACCTATGGCAT;SOR=0.507;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=186;TCF=59;TCR=127;TR=110;WE=60713340;WS=60713322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,123:0.61:202
chr20	60718236	.	C	CGGCCCCGCGCA	1714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.38;ReadPosRankSum=1.569;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr20	60718420	rs3746651	C	T	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=993;ReadPosRankSum=-0.807;SC=ACTCACGGCCCGCGCGCACCC;SOR=1.037;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=73;WE=60718428;WS=60718410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,82:0.72:114
chr20	60733639	rs6142963	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=1.535;SC=CTCAACCTATATGAAAACTAG;SOR=0.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=9;WE=60733647;WS=60733636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr20	60733672	rs6062094	C	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=380;ReadPosRankSum=-0.846;SC=GGCTGTTCATCCCGAGGGTCA;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=23;WE=60733680;WS=60733662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr20	60735098	rs6121926	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=612;ReadPosRankSum=-2.279;SC=GGGCATGTCATCTCAGGTAGC;SOR=0.791;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=41;WE=60735106;WS=60735088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,43:0.34:126
chr20	60739079	rs56285165	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=872;ReadPosRankSum=-0.078;SC=ATGACAGCGTGGGGTGTTCTC;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=26;WE=60739100;WS=60739069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr20	60739092	rs61598322	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=872;ReadPosRankSum=-0.314;SC=GTGTTCTCCTCGGGTGGGTGA;SOR=0.879;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=33;WE=60739100;WS=60739069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,36:0.33:110
chr20	60739353	rs146750123	GGGGCAAGGA	G	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-1.855;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr20	60740362	rs6142964	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=227;ReadPosRankSum=1.512;SC=GGTCCTGCCGGCTCTTGTTGC;SOR=0.659;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=13;WE=60740370;WS=60740361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
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chr20	60773684	rs4925355	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=329;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GCCTGCTGTTCCCCAGGTCCC;SOR=0.866;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=30;WE=60773692;WS=60773674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr20	60774035	rs6142990	A	G	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=41;PP=837;ReadPosRankSum=-0.862;SC=CCATCAGTACACTGCTGACTT;SOR=0.674;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=43;TCR=118;TR=55;WE=60774043;WS=60774025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,56:0.33:168
chr20	60776182	rs1054885	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-1.031;SC=GCAAACCTGGGTGTGAATTCG;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=11;WE=60776190;WS=60776172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr20	60791404	rs3787429	C	T	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=75;PP=2382;SC=GCTTCTCCAGCGAGGCCGAGG;SOR=1.407;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=119;WE=60791412;WS=60791394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	60791422	rs3787430	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=403;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AGGACGCCGACGGCTTGGAGC;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=29;WE=60791430;WS=60791412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr20	60792029	rs1739583	G	A	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=228;ReadPosRankSum=-1.950;SC=GGAATATTGGGCTGGGTGCGC;SOR=1.189;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=20;WE=60792037;WS=60792019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr20	60808026	rs6089695	C	T	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=927;ReadPosRankSum=-0.601;SC=AAACCCATGGCGCCACCCTCA;SOR=0.695;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=183;TCF=94;TCR=89;TR=78;WE=60808034;WS=60808016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,81:0.42:193
chr20	60831300	rs6089706	G	A	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=49;PP=1443;SC=AGAACCAACTGGGGACGTACT;SOR=1.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=60831308;WS=60831290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr20	60848248	rs6061476	G	T	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=197;SC=AACTGAAAACGCACACGGAAC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=60848256;WS=60848247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	60848348	rs2236526	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=426;ReadPosRankSum=-0.258;SC=CCTGTCCCCCCCGTGGATTAT;SOR=0.735;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=32;WE=60848356;WS=60848338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr20	60857034	rs2274938	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=132;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CTACGTGCATGAGACGCGGGT;SOR=1.423;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=10;WE=60857042;WS=60857024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr20	60859381	rs4925225	A	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=25.69;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr20	60859430	rs11306058	AT	A	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=1.177;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr20	60859486	rs4925226	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=500;SC=AGGCTGGAGTACAGTGGTGCA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=60859494;WS=60859476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	60861782	rs2297592	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=576;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GTGTCCCTCCATGGCCTGACG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=34;WE=60861790;WS=60861772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr20	60864390	rs3746657	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr20	60881330	rs2427273	G	A	10313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=196;NR=168;PP=2965;SC=TGCCTGGGGCGCTGGGGGCCA;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=197;TCR=168;TR=364;WE=60881338;WS=60881320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr20	60881643	rs2427274	T	C	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=19;PP=794;SC=GCGCAGGCAGTGCGGTGGGGC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=60881651;WS=60881633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	60881780	rs2427275	T	C	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=52;PP=2269;SC=CAGCCGGCCTTGGAGGACTGG;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=84;TCR=52;TR=136;WE=60881788;WS=60881770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr20	60882277	rs2427277	C	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=326;SC=ACCCGCCCCACGCCGCTCCTC;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=60882285;WS=60882273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	60882888	rs2427278	A	G	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=86;PP=2965;SC=CAGCAAGGTAACGTGTGCTGT;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=59;TCR=86;TR=145;WE=60882896;WS=60882878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	60883273	rs2236523	A	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=459;ReadPosRankSum=0.009;SC=CTGTGTGCTCAGGGAGTGGGC;SOR=0.821;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=40;WE=60883281;WS=60883263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr20	60885142	rs2379129	C	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=987;ReadPosRankSum=-1.734;SC=CAGGACCTGGCGGGGTAGGAA;SOR=0.682;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=77;WE=60885150;WS=60885132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,86:0.43:202
chr20	60885428	rs41310032	C	A	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.896;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=68;PP=1813;ReadPosRankSum=0.523;SC=CCTCCTGGAGCCCCCTGCCCT;SOR=0.487;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=219;TCF=119;TCR=100;TR=137;WE=60885436;WS=60885417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,136:0.62:220
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chr20	60887581	rs944895	G	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=52;PP=1099;ReadPosRankSum=0.850;SC=GGGAAGAGCCGTCGCAGGCTG;SOR=0.724;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=292;TCF=136;TCR=156;TR=96;WE=60887589;WS=60887571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,97:0.32:301
chr20	60888921	rs34102933	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=585;ReadPosRankSum=-1.148;SC=GAGTGGGCACGGAGAGATGAG;SOR=0.593;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=33;WE=60888929;WS=60888911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr20	60889313	rs72487383	A	C	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-4.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.044;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=14;PP=943;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CGAACGGGCAAGGGCCCTGCA;SOR=0.170;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=59;WE=60889321;WS=60889303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,57:0.68:84
chr20	60890375	rs6062210	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=42;ReadPosRankSum=0.114;SC=CCCTATGGATCGTGTGAGACC;SOR=0.315;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=6;WE=60890383;WS=60890365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr20	60891288	rs2065578	A	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=646;SC=GTCTCAGCGTAGCCTCTGTTC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=60891296;WS=60891278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	60892116	rs2236521	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GTGGGTAAGCGCAGACGCCCT;SOR=0.517;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=17;WE=60892124;WS=60892106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr20	60892526	rs2427281	A	G	8451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=163;NR=147;PP=2965;SC=TCCGAGCCCCATCCAGGCTGG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=163;TCR=148;TR=310;WE=60892534;WS=60892516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr20	60892692	rs6062216	C	T	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=45;PP=1666;SC=GATGGGGTGGCGACAGGGGCC;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=60892700;WS=60892682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	60893458	rs73144993	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=287;ReadPosRankSum=0.495;SC=GAGGGATTGCAGGGAGGAGGC;SOR=0.760;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=20;WE=60893466;WS=60893448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr20	60893506	rs113604626	T	G	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=22;PP=1163;ReadPosRankSum=0.042;SC=TCCGGGGTCCTCACCAGGGCT;SOR=0.710;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=135;TCF=100;TCR=35;TR=82;WE=60893514;WS=60893496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,86:0.61:142
chr20	60893639	rs6089732	G	C	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=43;PP=780;ReadPosRankSum=0.627;SC=GCCGGTCGCGGGTTTGTGTGG;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=241;TCF=110;TCR=131;TR=78;WE=60893648;WS=60893629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,81:0.32:253
chr20	60894870	rs73149117	C	T	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=65;PP=1602;ReadPosRankSum=0.598;SC=GAAGAGCCCACTAGCCCACGC;SOR=0.590;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=115;WE=60894878;WS=60894860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,121:0.71:170
chr20	60895697	rs2297587	C	T	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=797;ReadPosRankSum=0.468;SC=CGTCTCATGGCGGGGGCCCAG;SOR=0.899;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=60;WE=60895705;WS=60895687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr20	60895738	rs6089346	A	G	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=53;PP=2277;SC=GTGGGAGGCGAAAGGTGAAGG;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=120;WE=60895746;WS=60895728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	60897071	rs2274936	A	G	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=67;PP=2565;SC=TGTTGAGGACACACCTTCACA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=154;WE=60897079;WS=60897061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr20	60897487	rs2274934	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=1417;ReadPosRankSum=0.614;SC=CCGCAGCCATCGAAACCAAAA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=48;WE=60897496;WS=60897477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,51:0.36:142
chr20	60897488	rs2274933	G	A	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=2575;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CGCAGCCATCGAAACCAAAAT;SOR=0.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=77;WE=60897496;WS=60897477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,90:0.64:141
chr20	60897561	rs76706776	CC	GA	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.41;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr20	60897570	rs71323580	C	G	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.14;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr20	60897772	rs6143021	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=221;ReadPosRankSum=2.778;SC=GTGCCCGCTGTGGGGGTCGCA;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=23;WE=60897780;WS=60897762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr20	60898505	rs2379128	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=1.285;SC=CCCAGCCCGACGCCTACGGGT;SOR=0.362;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=14;WE=60898513;WS=60898495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr20	60899182	rs11698080	C	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.776;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=747;ReadPosRankSum=1.003;SC=ACACAGGGGGCGCTGGGGTCG;SOR=0.315;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=56;WE=60899190;WS=60899172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,64:0.72:89
chr20	60899206	rs2427283	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=292;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CTGCTGCTCACGAAGCCAGCC;SOR=0.969;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=31;WE=60899214;WS=60899196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,33:0.30:110
chr20	60899422	rs34599961	C	T	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.510;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1847;ReadPosRankSum=-1.685;SC=GAAGTGCAGCCCCTGGTCTTC;SOR=1.191;Source=Platypus;TCF=79;TR=89;WE=60899430;WS=60899412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,91:0.65:139
chr20	60900481	rs2427284	A	G	5897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=76;PP=2965;SC=CCTGCGCAGGAAGACAGCCGA;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=125;TCR=76;TR=200;WE=60900489;WS=60900471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr20	60900579	rs2427285	C	A	11782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=221;NR=193;PP=2965;SC=CAGTGTTGCGCGTCTCCGTAT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=414;TCF=221;TCR=193;TR=414;WE=60900587;WS=60900569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr20	60902214	rs944894	G	A	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=12;PP=742;SC=GACAGACCCCGCTCCTGGCTC;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=60902222;WS=60902204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	60902490	rs944892	C	T	18581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=698;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=377;NR=302;PP=2965;SC=TGGCTGCACACGGGTGGATGC;SOR=0.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=680;TCF=378;TCR=302;TR=679;WE=60902498;WS=60902480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,695:1.00:695
chr20	60902544	rs944891	A	C	21072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=379;NR=394;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.506;SC=CCCACCTAAGACCTCCCCGAG;SOR=0.243;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=774;TCF=379;TCR=395;TR=773;WE=60902552;WS=60902534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,789:1.00:790
chr20	60902883	rs4925375	C	T	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.749;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1133;ReadPosRankSum=-1.626;SC=CTGATGAGGCCGGAGGGAGAG;SOR=1.055;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=290;TCF=157;TCR=133;TR=90;WE=60902891;WS=60902873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,91:0.30:301
chr20	60903419	rs7262393	C	T	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GCTGGCACAGCAGGCAGTCGG;SOR=0.876;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=83;WE=60903427;WS=60903409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,86:0.70:122
chr20	60903484	rs199655569	G	A	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=652;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TCACAGAGGCGGGCACCGCAG;SOR=1.072;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=44;WE=60903492;WS=60903474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr20	60904421	rs3065756	GCAGCC	G	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.157;NF=0;NR=10;PP=431;ReadPosRankSum=-1.348;SC=CCTGGCAGCAGCAGCCCAGCC;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=10;WE=60904433;WS=60904411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr20	60904853	rs2427286	T	C	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=72;PP=2718;SC=CACCGGCCCTTGGGCACACGC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=160;WE=60904861;WS=60904843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr20	60905717	rs2095235	T	C	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=95;NR=91;PP=2641;SC=GAGCCCCTGCTGCCCCCTGGA;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=95;TCR=91;TR=186;WE=60905725;WS=60905707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr20	60905878	rs3810548	A	G	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=22;PP=985;SC=AGCTGGGGACATGGCTGGAGT;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=60905886;WS=60905868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	60906055	rs73613564	C	T	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=60;PP=1637;ReadPosRankSum=3.412;SC=GGCCCTCGGCCGCGCCCCTCC;SOR=0.814;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=326;TCF=179;TCR=147;TR=137;WE=60906063;WS=60906045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,139:0.41:336
chr20	60906269	rs35653162	C	T	201.96	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.009;HP=4;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=0.298;SC=GGGGTGCAGGCGGTACGATGG;SOR=1.445;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=60906285;WS=60906259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr20	60907446	rs2151513	T	C	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=71;PP=2917;SC=AGCGTGCCTGTTCGGCTGTGA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=154;WE=60907454;WS=60907436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr20	60907675	rs6142734	G	A	7647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=159;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=1.810;SC=GGGTGTGCACGGCCACGCCCA;SOR=0.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=160;TCR=112;TR=271;WE=60907683;WS=60907665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr20	60908882	rs12481057	G	A	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=3;SC=GGAAGGTGGCGGGGCTTGGGA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=60908900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	60908892	rs141833594	A	AGTGGG	497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NR=0;SC=GGGGCTTGGGAGTGGGGTGGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCR=2;WE=60908900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	60908964	rs13044266	G	A	5875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=45.55;SOR=1.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr20	60908969	rs13042941	T	C	6216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=42.58;SOR=1.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr20	60909060	rs13038331	A	G	10398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=183;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.747;SC=AGAAAAGGTCAGGGGAGGTCA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=404;TCF=218;TCR=186;TR=399;WE=60909069;WS=60909049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,406:1.00:408
chr20	60909466	rs2379127	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=247;SC=GCGGCCCCGGGTCTCCAGGGA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=60909474;WS=60909456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	60909518	rs1105019	G	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=362;SC=GACACGGAGAGGCCCGGAGGA;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=60909526;WS=60909508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	60909809	.	C	CAGGGCTCAGGGCGAGGGCG	374.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=5;PP=718;SC=GCTCAGGGCTCAGGGCGAGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=60909817;WS=60909799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	60909974	rs12625368	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=15;PP=1701;SC=TCACCCGGGCTTCATGCTGCC;SOR=2.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=58;TCR=15;TR=72;WE=60909982;WS=60909964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	60910124	rs79319629	T	G	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=60;PP=1255;ReadPosRankSum=0.979;SC=GAAGCCATCCTTGCAGGACGC;SOR=0.833;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=362;TCF=181;TCR=181;TR=114;WE=60910132;WS=60910114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,122:0.32:380
chr20	60911958	rs2890083	G	A	3918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=110;PP=2510;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CAGCACAGGTGCCTCTCATCC;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=637;TCF=315;TCR=322;TR=216;WE=60911966;WS=60911948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,222:0.34:656
chr20	60912117	rs3810550	C	T	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=73;PP=1776;ReadPosRankSum=0.802;SC=GTGTGACACACGTCTGAACAA;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=44;TCR=107;TR=104;WE=60912125;WS=60912107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,105:0.67:156
chr20	60912683	rs2427289	T	C	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=87;PP=2965;SC=CGGGCACACATGTGTCACACC;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=111;TCR=87;TR=197;WE=60912691;WS=60912673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr20	60913127	rs8124907	A	G	4428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=98;PP=2831;ReadPosRankSum=-2.001;SC=AATGAGGTCCAGCAAACTCAG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=330;TCF=164;TCR=166;TR=193;WE=60913135;WS=60913117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,207:0.59:349
chr20	60913495	rs2151512	T	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=822;ReadPosRankSum=-0.982;SC=CGAGCGCAGGTAGAGGTTGAG;SOR=0.713;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=176;TCF=109;TCR=67;TR=55;WE=60913503;WS=60913485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,57:0.30:188
chr20	60917294	rs4925380	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=175;ReadPosRankSum=-0.352;SC=AGGAGGCAGAGGTTGAAGTGA;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=13;WE=60917302;WS=60917284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr20	60920545	rs6143034	T	C	171.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TCACTGCAGCTTCGGCCTTCC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=60920553;WS=60920537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr20	60920700	rs6143035	T	C	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=696;ReadPosRankSum=0.832;SC=GGCTTTATGCTGACCTATATT;SOR=0.417;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=53;WE=60920708;WS=60920690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,60:0.67:90
chr20	60920887	rs11204472	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,46:0.26:179
chr20	60921044	rs4925386	T	C	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;ReadPosRankSum=0.274;SC=CAGGATAACATGGTCCATCCC;SOR=0.610;Source=Platypus;TCF=44;TR=37;WE=60921052;WS=60921034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr20	60921324	rs2427291	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CTCAAGGGGTGGGCTCCAAGA;SOR=0.886;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=64;WE=60921332;WS=60921314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,67:0.59:114
chr20	60921643	rs4925229	T	C	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=73;PP=2965;SC=TTGACGCCGGTGGTGTGGTGC;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=165;WE=60921651;WS=60921633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr20	60921701	rs4925387	A	G	12894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=197;NR=126;PP=2965;SC=GCCCCACCTCAGGGCCAGCCC;SOR=1.172;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=323;TCF=197;TCR=126;TR=323;WE=60921709;WS=60921691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr20	60921721	rs6143036	C	A	5912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=2.358;SC=CATTCCCAGCCCTCTAGCCCA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=378;TCF=224;TCR=154;TR=256;WE=60921729;WS=60921711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,272:0.69:396
chr20	60921896	rs4925388	A	G	12047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=236;PP=2965;ReadPosRankSum=0.344;SC=CGCCCTCCACAGGCCCGGGCA;SOR=0.578;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=435;TCF=198;TCR=237;TR=433;WE=60921904;WS=60921886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,450:1.00:451
chr20	60927257	rs2427294	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.415;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,55:0.81:68
chr20	60927349	rs483876	C	T	8016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=159;NR=118;PP=2965;SC=TGCAGATGGCCGCGTCGTCCC;SOR=0.943;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=278;TCF=159;TCR=119;TR=277;WE=60927357;WS=60927339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr20	60927412	rs624313	G	A	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=956;ReadPosRankSum=-0.737;SC=AGTCCCTCTTGGAGGCTGCGG;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=226;TCF=104;TCR=122;TR=75;WE=60927420;WS=60927402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,79:0.33:238
chr20	60927431	rs2427295	G	A	3335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=77;PP=2082;ReadPosRankSum=0.075;SC=GGGGAATGGCGGGAGGGGAGG;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=199;TCF=82;TCR=117;TR=133;WE=60927439;WS=60927421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,140:0.67:209
chr20	60927475	rs2427296	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.366;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=52;PP=2540;ReadPosRankSum=-0.240;SC=GGGTCCCCGCGGTGCCCGGGC;SOR=1.267;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=114;TCF=36;TCR=78;TR=71;WE=60927490;WS=60927465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,72:0.63:115
chr20	60927482	rs482220	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=1335;ReadPosRankSum=0.686;SC=CGCGGTGCCCGGGCCCCTTGA;SOR=0.479;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=40;WE=60927490;WS=60927465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr20	60927538	rs623834	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=437;ReadPosRankSum=-0.491;SC=CAAGAGGCCGCGTGACAGAGA;SOR=0.357;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=15;WE=60927559;WS=60927528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr20	60927551	rs482010	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=437;ReadPosRankSum=-1.354;SC=GACAGAGACCACAGCTCACTG;SOR=0.432;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=14;WE=60927559;WS=60927528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr20	60937597	rs477859	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.927;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,35:0.26:137
chr20	60962624	rs755726	T	C	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=83;PP=2337;ReadPosRankSum=0.315;SC=CTTTCATTCTTACCGCCCAAG;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=186;TCF=60;TCR=126;TR=120;WE=60962632;WS=60962614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,115:0.63:183
chr20	60963346	rs11315364	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-1.582;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,16:0.16:100
chr20	60963494	rs6089356	C	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1023;ReadPosRankSum=0.914;SC=TTAACGTTGTCCTTTTCCCCT;SOR=0.699;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=230;TCF=97;TCR=133;TR=72;WE=60963502;WS=60963484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,74:0.30:243
chr20	60966318	rs6089219	G	T	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=53;PP=2693;SC=GATGAGCTGCGTCACGCCGCT;SOR=1.027;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=124;WE=60966326;WS=60966308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
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chr20	60969886	rs2427309	G	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=313;ReadPosRankSum=-0.617;SC=GGGGGCAGCCGCACCTGGGGG;SOR=0.544;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=18;WE=60969894;WS=60969876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
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chr20	60970123	rs2427311	A	G	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1179;ReadPosRankSum=2.110;SC=GGCTCAAGGTACTGCTGCTTC;SOR=0.522;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=79;WE=60970131;WS=60970113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,84:0.67:125
chr20	60971327	rs748037	A	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.928;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=8;PP=965;ReadPosRankSum=1.567;SC=CCGTGGGCTTATGGAGACCAC;SOR=0.254;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=73;TCF=64;TCR=9;TR=49;WE=60971335;WS=60971317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
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chr20	60987706	.	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=413;ReadPosRankSum=-1.497;SC=CGAGGCCCGCTTCCTCTTCCG;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=23;WE=60987714;WS=60987696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr20	60989365	rs3810553	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=397;ReadPosRankSum=-0.213;SC=AGGCGAAGGTCCTGCATGCCC;SOR=1.104;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=22;WE=60989373;WS=60989355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr20	60990075	rs911078	T	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr20	60990170	rs911079	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=369;ReadPosRankSum=-0.866;SC=GTGGGGCAGGCGGGCACCTGT;SOR=0.397;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=38;WE=60990178;WS=60990160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,44:0.38:115
chr20	60990606	rs3810554	A	C	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=532;ReadPosRankSum=0.138;SC=CCAGCTGCACATGGTGGGCTC;SOR=0.633;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=37;WE=60990614;WS=60990596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr20	60992224	rs2427325	T	C	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1846;ReadPosRankSum=-0.070;SC=TGTCACCTCCTCCTCTCCTGA;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=91;TCR=76;TR=113;WE=60992232;WS=60992213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,121:0.67:180
chr20	60992402	rs6061521	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=790;ReadPosRankSum=-1.228;SC=CTAAAGTGGGGTCCTGTTCCA;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=53;WE=60992410;WS=60992392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,61:0.73:83
chr20	61162267	rs6062251	T	C	4931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=73;PP=2700;SC=ACCCAGCAGGTGGCGCGGGGA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=171;WE=61162275;WS=61162257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr20	61162423	rs6062250	T	C	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=54;PP=1723;SC=AGCTGGGTGCTCCTGCTTGTT;SOR=1.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=61162431;WS=61162413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	61167632	rs11483745	G	GT	1088.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.971;HP=11;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.819;NF=26;NR=16;PP=437;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CCTGCCCTGGGTTTTTTTTTT;SOR=1.468;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=42;WE=61167640;WS=61167622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,54:0.86:63
chr20	61167883	rs6143064	G	A	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=68;PP=1912;SC=AGCCACTGCTGAAGGGACTCC;SOR=3.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=15;TCR=68;TR=83;WE=61167891;WS=61167873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	61167934	rs6143063	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=21;PP=587;SC=AACGGGTATCTAGGCCCACCC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=61167942;WS=61167924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	61273578	rs6089951	C	T	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.926;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=61;PP=1284;ReadPosRankSum=0.952;SC=GGGGCGGCGTCGCCACCGCGC;SOR=0.486;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=370;TCF=167;TCR=203;TR=121;WE=61273586;WS=61273568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,123:0.32:384
chr20	61273640	rs74455850	G	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=548;ReadPosRankSum=-1.346;SC=AGCTGGAGCGGGGAGTCCAGG;SOR=0.572;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=40;TCR=98;TR=50;WE=61273648;WS=61273630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,54:0.36:152
chr20	61273717	rs6122141	G	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.781;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=172;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TGTGCCCTGGGGGGGAGGAGG;SOR=2.232;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=13;WE=61273725;WS=61273707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr20	61288038	rs1047099	G	A	3922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=85;PP=2691;ReadPosRankSum=0.968;SC=GGTGCGGTACGTCTCGGCCGG;SOR=0.630;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=260;TCF=127;TCR=133;TR=168;WE=61288046;WS=61288028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,171:0.64:267
chr20	61288355	rs3195701	G	T	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.348;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1690;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TGGGCACGGGGTCGCTGGTGT;SOR=0.422;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=153;TCF=69;TCR=84;TR=107;WE=61288363;WS=61288345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,118:0.74:159
chr20	61289958	rs2427369	G	A	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=14;PP=1700;SC=TCCCAGGCACGGGGCCCCACA;SOR=2.432;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=59;TCR=15;TR=72;WE=61289966;WS=61289948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	61292373	rs144381587	G	GAGCCCCC	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=581;SC=CCACCTCCGGGAGCCCCCAGC;SOR=4.003;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=16;WE=61292381;WS=61292363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	61326380	rs2427394	C	T	6468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=123;NR=92;PP=2965;SC=TAGGATCCAGCCCTGAGCTTC;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=123;TCR=92;TR=215;WE=61326388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr20	61326439	rs145607453	T	TCTGCACCTGCACCTGCAC	5165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.286;NF=7;NR=20;PP=2988;ReadPosRankSum=1.373;SC=CCGTCTGCCGTCTGCACCTGC;SOR=0.414;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=100;TCF=16;TCR=84;TR=27;WE=61326447;WS=61326429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr20	61331678	rs4809531	C	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=632;ReadPosRankSum=0.730;SC=CATCCTTAGCCCAAGGAGGAA;SOR=0.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=95;TCR=61;TR=53;WE=61331686;WS=61331668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,56:0.33:169
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chr20	61455666	rs2746258	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr20	61455965	rs2734514	G	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=50;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CCTGGTTCCAGGGTTGCCCCA;SOR=0.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=7;WE=61455973;WS=61455955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr20	61457062	rs2734515	G	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,39:0.26:150
chr20	61457670	rs11699142	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.900;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,10:0.14:73
chr20	61458547	rs2249766	A	T	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=17;PP=1409;SC=TCTCCGACCAACTCCATGGTG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=69;WE=61458555;WS=61458537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	61458811	rs2249780	C	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=680;SC=AGGGCCCGAGCTCTCTCCCTG;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=61458819;WS=61458801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	61459366	rs34492576	C	T	6618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=107;NR=118;PP=2965;SC=GCTCCTCCCCCGGGTCCTGGG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=226;TCF=108;TCR=118;TR=225;WE=61459374;WS=61459356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr20	61460053	rs2249897	A	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=13;PP=879;SC=CCCCCAGGGCAGGACTGTAGA;SOR=1.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=61460061;WS=61460043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	61460338	rs6062700	C	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.08;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	61460338	.	CGG	TGC	754	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=13;PP=754;QD=47.498110286;SC=GGTGAGTGCCCGGCGGGTGGG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=17;WE=61460348;WS=61460328;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr20	61460340	rs114458036	G	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	61460372	rs73157303	C	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=308;SC=GCCACAGCTTCTGCCTGCTCA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=61460380;WS=61460362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	61460913	rs3215568	T	TG	3388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.202;NF=23;NR=52;PP=2448;ReadPosRankSum=-0.867;SC=GGCAAGGGGCTGGGGGGCCAG;SOR=0.252;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=75;WE=61460921;WS=61460903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr20	61461795	rs3830838	T	TG	5615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=74;PP=2975;SC=GGGCCTGGCATGGGGGGCGGC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=29;TCR=96;TR=96;WE=61461803;WS=61461785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr20	61462009	.	CATGA	C	608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.58;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	61462015	.	A	ACC	608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	61462018	.	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	61462020	.	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=60.25;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	61462024	rs8119815	A	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	61463501	rs741758	T	C	7128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=0.862;SC=TCTCTCCACATCCAGGGTCCG;SOR=0.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=104;TCR=142;TR=245;WE=61463509;WS=61463491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr20	61467898	rs910152	G	C	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=123;PP=2965;SC=AGTCAGCCACGTGCACCGGCT;SOR=2.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=53;TCR=123;TR=176;WE=61467906;WS=61467888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr20	61468571	rs2294995	T	C	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.038;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.032;SC=GAGGACCCCCTGGATACCGCG;SOR=0.279;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=221;TCF=105;TCR=116;TR=217;WE=61468579;WS=61468560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,220:0.98:224
chr20	61492426	.	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	61512185	rs41282984	G	C	10395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.045;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=185;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=0.293;SC=CCTTCCAGCAGAATGAAGATT;SOR=0.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=369;TCF=187;TCR=182;TR=365;WE=61512193;WS=61512175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,378:1.00:379
chr20	61512606	rs910148	T	C	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CCGGTCTCAGTGGCCAGGCGC;SOR=0.243;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=108;TCR=103;TR=209;WE=61512614;WS=61512596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,209:1.00:210
chr20	61513649	rs6011441	G	T	10038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=160;NR=181;PP=2965;SC=CGCTTCTTCCGGTTGAAGTCG;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=160;TCR=181;TR=341;WE=61513657;WS=61513639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
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chr20	61524384	rs11362069	CT	C	483.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=262;ReadPosRankSum=-0.806;SC=AGTAGAAAGCCTTTTTTTTTT;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=23;WE=61524393;WS=61524374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
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chr20	61528074	rs910149	T	C	6459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=111;PP=2965;SC=AGGCAGCCGTTGCCGCTGCAG;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=104;TCR=112;TR=215;WE=61528082;WS=61528064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr20	61528306	rs1883848	A	G	6114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=138;PP=2965;SC=TGAGGCTGCCATGGCTGCCGC;SOR=1.353;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=84;TCR=138;TR=222;WE=61528314;WS=61528296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr20	61536938	rs2295000	G	A	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=51;PP=2797;SC=AAGAGAATACGAATACTTACC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=95;TCR=53;TR=146;WE=61536946;WS=61536928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr20	61572760	rs13039291	C	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=1;PP=825;SC=TGGGATTCTCCGGCTCACAGC;SOR=4.680;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=61572768;WS=61572758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	61584683	rs2277770	C	T	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=43;PP=1276;SC=CCTGCCACCACGTGCCAGCTG;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=61584691;WS=61584673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	61594493	rs3729555	G	A	4070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.297;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=38;PP=2922;ReadPosRankSum=0.596;SC=GGAGGCTGGCGCCCATGTGCA;SOR=1.417;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=226;TCF=168;TCR=58;TR=162;WE=61594501;WS=61594483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,163:0.71:229
chr20	61594679	rs2427463	A	G	18121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=270;NR=357;PP=2965;ReadPosRankSum=1.329;SC=TCCAGGCACAACAGAGTCCCC;SOR=0.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=628;TCF=270;TCR=358;TR=627;WE=61594687;WS=61594669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,657:1.00:658
chr20	61595537	rs2427464	A	G	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=41;PP=2740;SC=AGATGGCCAGATGCCGGCCCT;SOR=1.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=90;TCR=41;TR=131;WE=61595545;WS=61595527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr20	61595636	rs2248900	C	T	4425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=99;PP=2770;ReadPosRankSum=0.386;SC=GTCTATTCAGCGGGTTTCTCT;SOR=0.657;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=347;TCF=177;TCR=170;TR=203;WE=61595644;WS=61595626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,210:0.57:368
chr20	61597946	rs5842409	CT	C	13836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=170;PP=2951;SC=AGGACCTTGCCTTACCCCAGC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=78;TCR=177;TR=245;WE=61597954;WS=61597936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr20	61598899	rs3746750	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=318;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CAGCAGCCCCAGGACACAGGG;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=23;WE=61598907;WS=61598889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,29:0.36:81
chr20	61640934	rs11281878	A	AGCGGCTCCGC	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=756;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GAGGCTGCGAAGCGGCGGAGG;SOR=4.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=2;WE=61640942;WS=61640924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr20	61809962	.	G	T	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.236;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=60;PP=1562;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CATGGAAATGGCCCGCGAGCC;SOR=1.394;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=97;WE=61809970;WS=61809952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,99:0.65:152
chr20	61834092	rs41282994	G	A	10443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=171;NR=199;PP=2965;SC=GGTGGATGTCGTCCTCAGAGT;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=370;TCF=171;TCR=199;TR=370;WE=61834100;WS=61834082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr20	61834695	rs6122103	G	A	15094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=280;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.334;SC=CCGTCTTGACGGCGGAGGAGC;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=533;TCF=252;TCR=281;TR=530;WE=61834703;WS=61834685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,555:1.00:557
chr20	61847056	rs45518532	C	T	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=28;PP=877;SC=CCGCGAGCTCCGCCGGCCCCG;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=61847076;WS=61847046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	61847068	rs6090310	C	G	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=27;PP=956;SC=CCGGCCCCGACGCGCGGTCAC;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=61847076;WS=61847046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	61847357	.	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=614;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CCAATTCCCCGGGCGCCGGCC;SOR=0.735;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=32;WE=61847365;WS=61847347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr20	61867454	rs6011691	A	G	8916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=158;NR=151;PP=2965;SC=CCTCCATGGGACCTAAAGACA;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=309;TCF=158;TCR=151;TR=309;WE=61867465;WS=61867444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr20	61867828	rs6011692	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=483;SC=CCTTCCTGCCGTGGGCCTGGG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=61867836;WS=61867818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	61869223	rs6062855	T	C	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=56;PP=2799;SC=TGGGTGGGACTTGGCTGGGGC;SOR=1.013;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=98;TCR=56;TR=154;WE=61869231;WS=61869213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr20	61869595	rs145521816	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=411;ReadPosRankSum=-0.848;SC=AAGCCCCATGGAGGCGTCTCC;SOR=0.412;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=30;WE=61869615;WS=61869585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr20	61869607	rs6010878	C	A	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=31;PP=1872;SC=GGCGTCTCCACAGCAGCCCTC;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=61869615;WS=61869585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	61869826	rs2273487	C	T	8064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=155;NR=128;PP=2965;SC=TGCTGGGCTCCTGGGTGAGCG;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=156;TCR=129;TR=283;WE=61869834;WS=61869816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr20	61870075	rs744590	C	T	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=54;PP=2714;SC=GTGACGGGCACGTGACAGGGT;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=122;WE=61870083;WS=61870065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	61870167	rs744591	C	A	11833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=262;NR=169;PP=2965;SC=CCCCCAGTGCCAGGCCCCATT;SOR=1.210;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=432;TCF=262;TCR=170;TR=431;WE=61870175;WS=61870157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr20	61870220	rs744592	T	C	17382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=341;NR=313;PP=2965;SC=GCCCATTGCCTGTCGCCATAC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=654;TCF=341;TCR=313;TR=654;WE=61870240;WS=61870210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,678:1.00:678
chr20	61870465	rs1075557	A	G	3711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=48;PP=2061;SC=GGGCCGGCCCAGCTTTCTCCT;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=122;WE=61870473;WS=61870455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr20	61870634	rs1075556	A	G	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=37;PP=1884;SC=GGGAGGGCTGAGGGACCCCGA;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=84;WE=61870642;WS=61870624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	61872905	rs1047826	A	G	7483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=166;NR=109;PP=2965;SC=GGGCTGGGGCAGCCACTGGGG;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=166;TCR=109;TR=275;WE=61872913;WS=61872895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr20	61875497	rs2236186	A	C	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=74;PP=1943;SC=GGTGTCATTGAGGCGATGTGG;SOR=2.212;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=25;TCR=75;TR=99;WE=61875505;WS=61875487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	61875513	rs41282998	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=53;PP=1522;ReadPosRankSum=0.782;SC=TGTGGGCCGAAGCACTGGAGC;SOR=1.493;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=66;WE=61875521;WS=61875503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr20	61876025	rs201244146	T	TGGGAG	942.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=719;ReadPosRankSum=1.197;SC=GGGGAGGGACTGGGAGTCCAG;SOR=0.492;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=12;WE=61876033;WS=61876015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr20	61880073	rs78017705	G	A	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=40;PP=2965;SC=CCCTGCCTCAGACGACAGATG;SOR=1.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=106;TCR=41;TR=146;WE=61880081;WS=61880063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr20	61880274	rs2273497	A	G	4782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=108;PP=2965;SC=ATGGGGCGGCAGCTGAACACA;SOR=1.415;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=64;TCR=108;TR=172;WE=61880282;WS=61880264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr20	61885452	rs34203226	G	T	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	61907075	rs6011712	T	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=110;ReadPosRankSum=0.561;SC=AGCCTGTAGTTCTGGGACCCT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=9;WE=61907083;WS=61907065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr20	61912715	rs2236195	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=265;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TCACTGCCCCTGCCATGCCAC;SOR=0.490;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=27;WE=61912723;WS=61912705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,27:0.30:89
chr20	61917241	rs6090342	A	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=19;PP=1766;SC=TATGGAAACAACTTGGCCCAC;SOR=1.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=71;WE=61917249;WS=61917231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr20	61918164	rs6062431	C	G	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=52;PP=2161;SC=GCTGGCGCTGCTCTGCTGTTC;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=126;WE=61918172;WS=61918154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr20	61937296	rs753686	C	T	4239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.655;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=78;PP=2682;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TCTGGAGCCCCGGAGCCCACC;SOR=0.541;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=271;TCF=150;TCR=121;TR=169;WE=61937304;WS=61937286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,177:0.62:286
chr20	61941747	rs4809287	A	G	6118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=99;PP=2965;SC=TGGTGGAGGGACCCGCCGCCT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=123;TCR=99;TR=222;WE=61941755;WS=61941737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr20	61943803	rs6011729	C	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr20	61946692	rs6090357	C	T	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=114;NR=99;PP=2965;SC=CCCTCCCCAGCGGTCTGTCAG;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=213;WE=61946700;WS=61946682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr20	61951326	rs11478836	CT	C	3135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=25;PP=2389;SC=CTGGCCTGGCCTTGGGGGCTC;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=60;WE=61951334;WS=61951316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr20	61951489	rs6089881	G	C	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=51;PP=1458;SC=CACCCGCTGCGGGCTTCGTCA;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=93;WE=61951497;WS=61951479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	61951789	rs6062891	C	T	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=56;PP=1607;SC=GGTCACAGTGCCTGGGGTCAG;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=88;WE=61951797;WS=61951779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	61952490	rs4809533	A	G	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=61;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.783;SC=ACCAGGGAACACTGGCCAATG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=92;WE=61952498;WS=61952480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr20	61953365	rs1884821	T	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=12;PP=806;SC=TCCTCTACCTTGGTTGGGTAG;SOR=1.848;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=45;WE=61953373;WS=61953355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	61956782	rs2314251	T	C	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2225;ReadPosRankSum=-0.059;SC=CAGCCCATCTTCCCCCTCCAG;SOR=0.601;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=215;TCF=117;TCR=98;TR=147;WE=61956790;WS=61956772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,152:0.67:227
chr20	61957213	rs76244047	C	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=166;ReadPosRankSum=0.282;SC=TGCACCACCCCCTTCAGCCTG;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=12;WE=61957221;WS=61957203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr20	61960762	rs5842416	CTG	C	2001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.651;NF=23;NR=14;PP=1614;ReadPosRankSum=0.812;SC=CAGGAGGCGCCTGTGTGGAGC;SOR=0.460;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=37;WE=61960771;WS=61960752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr20	61981104	rs1044397	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=851;ReadPosRankSum=-0.028;SC=GCGGGGGCGGCGCTTTGGTGC;SOR=0.442;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=179;TCF=85;TCR=94;TR=65;WE=61981112;WS=61981085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,69:0.37:186
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chr20	61981554	rs2229959	C	A	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=355;ReadPosRankSum=0.885;SC=ACGGTGAGGGCGGGTGCAGGC;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=33;WE=61981562;WS=61981544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,35:0.33:105
chr20	61982085	rs1044394	A	G	18443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=379;NR=295;PP=2965;SC=AGATCTCGGCACAGCACTCGT;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=675;TCF=380;TCR=295;TR=674;WE=61982093;WS=61982075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,691:1.00:691
chr20	61982124	rs1044393	A	G	4877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=914;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.403;SC=TGCCCACGGCATCCACGATGA;SOR=0.812;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=887;TCF=493;TCR=394;TR=285;WE=61982132;WS=61982114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:620,292:0.32:912
chr20	61982496	rs13041103	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=1.655;SC=CACGCCCACATCCACGTCCAC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=61982504;WS=61982486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr20	61986863	rs45473291	C	G	3795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=85;PP=2542;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TCCAGGGCACCCTGCAGTCCA;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=293;TCF=148;TCR=145;TR=174;WE=61986871;WS=61986853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,182:0.59:306
chr20	61986949	rs2273500	T	C	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1121;ReadPosRankSum=1.723;SC=CTCCTGCAGCTGTCAAGGGTG;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=142;TCF=52;TCR=90;TR=92;WE=61986957;WS=61986939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,96:0.65:148
chr20	61987822	rs2273502	C	T	3719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=96;PP=2436;ReadPosRankSum=0.961;SC=TTTCTCTGGCCCTAGGTTTCC;SOR=0.463;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=238;TCF=89;TCR=149;TR=159;WE=61987830;WS=61987812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,166:0.67:247
chr20	61990874	rs6090384	T	C	11153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.86;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr20	61990874	.	TGCAC	CGCAC,CGCAT	2760	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=152,100;NR=117,81;PP=763,2760;QD=2.96569223995;SC=TCAGTCACAGTGCACGATGGC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=153;TCR=120;TR=269,181;WE=61990886;WS=61990864;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:273
chr20	61990878	rs2273505	C	T	4636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,208:0.68:305
chr20	61990939	rs2273506	G	A	4933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=2.015;SC=CGAAGCGGACGAGGACCACGT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=298;TCF=140;TCR=158;TR=202;WE=61990947;WS=61990929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,218:0.68:319
chr20	61992285	rs11698563	A	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.307;SC=GTGCGAGCGCAGCCTGTGCGG;SOR=0.892;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=61992293;WS=61992275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr20	61992547	rs6090387	G	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr20	62005137	.	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=0.277;SC=CTGGAACGTGCAGCCCAGAGC;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=62005145;WS=62005127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr20	62005458	rs35318934	G	C	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=85;PP=2707;SC=CACAGATGCCGCCATCCGTCC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=122;WE=62005466;WS=62005448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr20	62038277	rs1801475	T	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,58:0.27:214
chr20	62043113	rs41283014	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.560;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GTCGGAGAGGCGCTGGCATCC;SOR=0.050;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=10;WE=62043121;WS=62043103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr20	62045653	rs76685684	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=84;ReadPosRankSum=0.726;SC=GCCCCTCGAGGCTCCCTGTGG;SOR=0.346;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=10;WE=62045661;WS=62045643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr20	62046496	rs112006486	C	CGACAGACA	8351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.231;NF=13;NR=118;PP=2980;ReadPosRankSum=2.212;SC=CCACGGGAACCGACAGACAGA;SOR=1.046;Source=Platypus;TCF=18;TR=131;WE=62046509;WS=62046486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,313:0.97:322
chr20	62119588	rs71799118	GC	G	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	62119594	rs71792296	GC	G	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	62119595	.	C	G	216	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MMLQ=18;MQ=57.65;NF=7;NR=1;PP=216;QD=31.3464015684;SC=GGGGCCCGGGCCCGGGGTTCG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=62119603;WS=62119580;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr20	62119615	rs2750402	A	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=1;PP=481;SC=GGAGCGCGGCACCGCCGGGGA;SOR=3.056;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=62119623;WS=62119605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	62119875	rs7265428	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=343;SC=GCGTCGGGAATGTCCTCGGAA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=62119883;WS=62119865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	62121702	rs310607	A	G	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=55;PP=2965;SC=ACAGGCGTGAACCACTGCGCC;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=124;TCR=55;TR=179;WE=62121710;WS=62121692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr20	62121726	rs310608	T	C	7308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=84;PP=2965;SC=CCTGAGGGTCTGGTTTTCTCC;SOR=1.397;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=169;TCR=84;TR=253;WE=62121734;WS=62121716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr20	62124674	rs76476893	G	A	7187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=0.781;SC=TCCGTTAAGAGACATTGGTGG;SOR=0.641;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=462;TCF=236;TCR=226;TR=309;WE=62124682;WS=62124664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,327:0.67:485
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chr20	62173029	rs310656	A	G	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=293;SC=CGGTGAGGCCAGCGTCCACCC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=62173037;WS=62173019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	62173562	rs56130722	G	T	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.796;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,96:0.27:359
chr20	62174724	rs4809309	G	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=682;ReadPosRankSum=0.249;SC=TGGCCTTGTAGTAGGTGAGCA;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=205;TCF=119;TCR=86;TR=66;WE=62174732;WS=62174714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,70:0.32:220
chr20	62191321	rs3810477	A	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,55:0.31:180
chr20	62191558	rs3810479	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=0.204;SC=CGGCCACCCCGGCGATGCCCT;SOR=0.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=39;WE=62191566;WS=62191548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr20	62193019	rs11551684	C	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,76:0.27:281
chr20	62193132	rs140284797	G	A	6146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GTCCTGCCCCGCGTGCCAGCT;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=338;TCF=175;TCR=163;TR=255;WE=62193140;WS=62193122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,266:0.75:355
chr20	62193414	rs310629	A	G	9147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.035;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=0.069;SC=CTCCCCCGGCATGGGCCCTAC;SOR=0.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=335;TCF=175;TCR=160;TR=334;WE=62193422;WS=62193395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,349:1.00:350
chr20	62193445	rs3810481	G	A	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=2.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-2.233;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,72:0.25:289
chr20	62194030	rs3810483	G	C	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=749;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TCCCAGTCCTGCGTCTGCCCG;SOR=0.981;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=54;WE=62194038;WS=62194020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,61:0.33:183
chr20	62194103	rs3810484	A	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.477;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=760;ReadPosRankSum=-2.803;SC=TGCTGGGCCCAGGGCGTGGGC;SOR=1.023;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=185;TCF=106;TCR=79;TR=61;WE=62194111;WS=62194093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,64:0.34:189
chr20	62194713	rs3810486	A	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.776;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,42:0.33:126
chr20	62195087	rs310630	A	G	7103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CAGAGTAGGCAGAGCCCCCAT;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=491;TCF=241;TCR=250;TR=319;WE=62195095;WS=62195077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,327:0.65:504
chr20	62195220	rs3827022	C	T	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=55;PP=1641;ReadPosRankSum=1.907;SC=CTGGTGGCCCCGGGCGCAGCG;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=282;TCF=149;TCR=133;TR=119;WE=62195228;WS=62195210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,122:0.42:292
chr20	62195672	rs3827023	C	T	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=78;PP=1842;ReadPosRankSum=0.850;SC=AGTCGGACCGCAGGCGGTGCC;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=408;TCF=194;TCR=214;TR=148;WE=62195680;WS=62195662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,152:0.36:426
chr20	62196033	rs3810487	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=639;ReadPosRankSum=0.351;SC=CACCCCGTCCCTGGGCACGAA;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=141;TCF=94;TCR=47;TR=46;WE=62196041;WS=62196023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,51:0.33:155
chr20	62196182	rs3810488	G	C	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1194;ReadPosRankSum=0.280;SC=CTCGGCGGCCGGCAACCCGGC;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=339;TCF=186;TCR=153;TR=109;WE=62196190;WS=62196172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,114:0.32:356
chr20	62196253	rs310631	C	A	5072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=1.322;SC=GACGGGGGCACCCTCAAGCTG;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=155;TCR=158;TR=210;WE=62196261;WS=62196243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,219:0.68:323
chr20	62196807	rs310632	T	C	12689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=229;NR=238;PP=2965;SC=GGGCTCCGCGTGCAGCAGCTT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=469;TCF=230;TCR=239;TR=467;WE=62196815;WS=62196797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr20	62196884	rs310633	A	G	9797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=0.953;SC=GCCTGGCGACAGTGTCCAGCA;SOR=0.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=356;TCF=177;TCR=179;TR=354;WE=62196892;WS=62196874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
chr20	62198236	rs415304	G	A	8569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=200;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=1.000;SC=ACCTCTGCTCGCGGCCGCCCC;SOR=0.543;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=519;TCF=291;TCR=228;TR=367;WE=62198244;WS=62198226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,381:0.71:534
chr20	62198348	rs438363	C	T	13792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=228;NR=259;PP=2965;SC=CCGGTCTGGGCTGCCCGCCAC;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=487;TCF=228;TCR=259;TR=487;WE=62198356;WS=62198338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr20	62198662	rs367440	A	G	8255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=1.702;SC=CGTGCGAGGCATAGGCCAGCG;SOR=0.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=150;TCR=154;TR=303;WE=62198670;WS=62198652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,314:1.00:315
chr20	62199100	rs422888	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=961;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GGCTGTCAGAGGTGAGCAGCA;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=64;WE=62199108;WS=62199090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,71:0.53:133
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chr20	62200471	rs6089923	C	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,18:0.20:88
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chr20	62200575	.	TG	CA,CG	1098	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=13,50;NR=12,49;PP=226,1098;QD=11.1787149945;SC=AGTTGGTTGGTGAGATGGGGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=25,99;WE=62200584;WS=62200565;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.25:101
chr20	62200576	rs6090457	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,30:0.27:111
chr20	62200860	rs1757752	A	G	14230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=253;NR=272;PP=2965;SC=CGAACGAGGCAGCCTGCACAC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=525;TCF=253;TCR=272;TR=525;WE=62200868;WS=62200850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr20	62202240	rs402211	A	G	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=26;PP=736;SC=CAGGGAGGTCAGCAGGGCTAC;SOR=1.314;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=62202248;WS=62202230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	62202301	rs3746346	A	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.055;SC=CCCTCAGCCCAATACTGGCCT;SOR=0.293;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=62202309;WS=62202291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr20	62203748	rs34681475	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr20	62221364	rs2297427	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CCAGCCCTGCGGCCTCTGCCC;SOR=0.850;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=12;WE=62221372;WS=62221356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr20	62221610	rs311496	T	C	7833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=124;PP=2965;SC=TGAGCAGCTGTAGCGGGCTGA;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=138;TCR=124;TR=262;WE=62221618;WS=62221600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr20	62221766	rs2297428	C	T	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=886;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GCGGGGAGGCCGGGGAGCTGG;SOR=0.724;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=69;WE=62221774;WS=62221756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,74:0.39:192
chr20	62222211	rs1291170	T	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=0.646;SC=TCTGCTCACCTGATGCCACAA;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=13;WE=62222219;WS=62222201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr20	62223371	rs311494	A	G	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=26;PP=2965;SC=TGGTCTCAGCATACCTGCCAG;SOR=3.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=145;TCR=26;TR=170;WE=62223379;WS=62223361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr20	62224083	rs2236502	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=674;ReadPosRankSum=2.768;SC=GGGCAGCCACCACAGCCACAA;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=52;WE=62224091;WS=62224073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr20	62224595	rs2236503	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=281;ReadPosRankSum=0.404;SC=AAGTGTACCTGCCTTATATTT;SOR=0.683;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=23;WE=62224603;WS=62224585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr20	62227081	rs311489	A	G	8363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=168;NR=144;PP=2965;SC=AGACCTTGTCATGCTGGTAGA;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=312;TCF=168;TCR=144;TR=312;WE=62227089;WS=62227071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr20	62227180	rs2282157	C	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=489;ReadPosRankSum=0.079;SC=GCACCTGGCCCGCCCACCCTG;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=45;TCR=88;TR=42;WE=62227188;WS=62227170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,44:0.32:136
chr20	62229244	rs2297430	T	C	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=62;PP=1639;ReadPosRankSum=1.071;SC=TGGGTCAAGCTTGGCCGGGAC;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=322;TCF=152;TCR=170;TR=115;WE=62229252;WS=62229234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,117:0.35:335
chr20	62229337	rs414897	G	A	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=78;PP=2282;SC=GGCTCTGACCGGTGCAGGCCT;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=97;WE=62229345;WS=62229327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr20	62234240	rs4809312	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=12.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.140;SOR=0.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr20	62234240	.	CA	TG	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=6;NR=3;PP=100;QD=17.0519860958;SC=AGGATGCACTCAGCACAGCTG;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=9;WE=62234249;WS=62234230;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr20	62234241	rs2145262	A	G	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=4;PP=596;SC=GGATGCACTCAGCACAGCTGC;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=62234249;WS=62234230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	62234273	rs766915	A	G	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=10;PP=1168;SC=AGTCACAGACACCATGAGGCC;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=58;WE=62234281;WS=62234263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	62236148	rs6090471	T	C	5936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=122;PP=2965;SC=CGGCAGCTGCTGCCGCTGCAT;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=100;TCR=122;TR=222;WE=62236156;WS=62236138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr20	62272658	rs2150910	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.248;NF=3;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=0.718;SC=GAACGTGTTCTGTCGCAGGAT;SOR=0.330;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=6;WE=62272666;WS=62272648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr20	62273435	rs186744824	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=1.696;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr20	62275844	rs6010986	TC	CT	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=1090;ReadPosRankSum=0.509;SC=CTTCCAGACGTCGGCACTGTC;SOR=0.680;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=23;WE=62275853;WS=62275834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr20	62291008	rs6089953	A	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.230;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=41;PP=1005;ReadPosRankSum=0.205;SC=AGGTGGGGTCAGAGAGAGGAT;SOR=2.107;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=45;WE=62291016;WS=62290998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr20	62292986	.	T	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=190;ReadPosRankSum=0.111;SC=AGCTGCTGTATAATTTCTCGC;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=12;WE=62292994;WS=62292976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr20	62294015	rs2297434	C	T	4281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=87;PP=2841;ReadPosRankSum=0.653;SC=GCTCAGTGTCCGACAGGCGAG;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=132;TCR=137;TR=172;WE=62294023;WS=62294005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,180:0.64:283
chr20	62303794	rs6062300	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=324;ReadPosRankSum=0.943;SC=CGACATCGCCGGCGCTGTTGC;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=20;WE=62303802;WS=62303784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr20	62309554	rs41309367	C	T	4946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.856;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=107;PP=2904;ReadPosRankSum=0.315;SC=TTGCCCTCCCCGCCTCCTTGC;SOR=0.457;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=335;TCF=155;TCR=180;TR=211;WE=62309562;WS=62309539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,220:0.64:345
chr20	62312299	rs2297440	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.310;SC=CCCAGGGTGATGCTGGTGAGG;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=9;WE=62312307;WS=62312289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr20	62319464	rs2738785	T	C	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1736;ReadPosRankSum=-0.095;SC=AGGCCTGAGGTCCTGAGCAGT;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=96;TCR=71;TR=100;WE=62319472;WS=62319454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,107:0.60:177
chr20	62319561	rs2777940	C	G	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=77;PP=2161;ReadPosRankSum=0.656;SC=CCAGCTGTGCCCATCCTGGAT;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=134;TCR=126;TR=158;WE=62319569;WS=62319551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,167:0.61:273
chr20	62319604	rs2777941	A	C	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=56;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CTGGTAGGGAACCCTGCAGAC;SOR=0.893;Source=Platypus;TCF=93;WE=62319612;WS=62319594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,136:0.61:222
chr20	62320968	rs6062302	T	C	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=72;PP=1661;ReadPosRankSum=2.183;SC=AGTTCCTGGATGAGATGAAGG;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=89;TCR=100;TR=139;WE=62320976;WS=62320958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,149:0.73:205
chr20	62321655	rs2236506	G	A	5498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.892;SC=AGATGCCAGCGCCGGCCCCCC;SOR=0.590;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=363;TCF=154;TCR=209;TR=234;WE=62321667;WS=62321645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,244:0.64:381
chr20	62322288	rs3208007	T	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.079;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=518;ReadPosRankSum=-1.792;SC=CGGGGAGCCCTGGCGAGGAGC;SOR=1.437;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=46;WE=62322296;WS=62322278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr20	62323006	rs2236507	G	C	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=40;PP=1613;ReadPosRankSum=0.636;SC=GGGCTCCTTGGGACCATCTTC;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=176;TCF=110;TCR=66;TR=113;WE=62323021;WS=62322996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,120:0.66:183
chr20	62326110	rs3208008	A	C	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=21;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CTGGCAGCCAACCACAGTGGG;SOR=0.845;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=139;TCF=103;TCR=36;TR=87;WE=62326118;WS=62326100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,95:0.66:145
chr20	62328267	rs2257440	C	T	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.008;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1098;ReadPosRankSum=-0.081;SC=GGCTGGTGTGCGCCCAGTGCC;SOR=0.918;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=298;TCF=169;TCR=129;TR=95;WE=62328283;WS=62328257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,100:0.32:312
chr20	62328375	rs2738787	A	G	11859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=204;NR=211;PP=2965;SC=GGAACTACCTAGAGCGCTGCC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=419;TCF=206;TCR=213;TR=415;WE=62328383;WS=62328365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr20	62328453	rs2258056	T	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=42;PP=718;ReadPosRankSum=2.412;SC=CCCACAACCGTGCCTGCCGCT;SOR=1.012;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=188;TCF=64;TCR=124;TR=60;WE=62328461;WS=62328443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,63:0.32:194
chr20	62328742	rs909341	C	T	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1055;ReadPosRankSum=1.952;SC=CAGCCAGCAGCTCCAGCTCAG;SOR=0.689;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=255;TCF=138;TCR=117;TR=88;WE=62328750;WS=62328732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,89:0.34:263
chr20	62328829	rs1291205	C	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.793;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,62:0.20:308
chr20	62331989	rs1048665	T	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=736;ReadPosRankSum=0.934;SC=TCAGGCAATCTCGCCTGCCGA;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=115;TCR=97;TR=65;WE=62331997;WS=62331979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,73:0.32:230
chr20	62332436	rs2738788	A	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=2;PP=959;SC=TCAGTGATGGAGGCAGTCTGC;SOR=4.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=34;WE=62332444;WS=62332426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	62332638	rs374497353	A	AC	4293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=72;PP=2933;ReadPosRankSum=0.561;SC=GTGAAGATTCACCTGGCCCTC;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=41;TCR=128;TR=93;WE=62332649;WS=62332628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,180:0.64:281
chr20	62332641	rs2257818	T	C	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.309;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=2269;ReadPosRankSum=-0.892;SC=AAGATTCACCTGGCCCTCTGG;SOR=0.511;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=240;TCF=114;TCR=126;TR=106;WE=62332649;WS=62332628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,107:0.36:296
chr20	62333115	rs2236508	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GTGCACACCTGCTCCCCTTGC;SOR=0.798;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=10;WE=62333123;WS=62333105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr20	62333350	.	GCCCC	G	83	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=14;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=19;MQ=59.25;NF=1;NR=5;PP=83;QD=14.5;SC=CACTCCCTCTGCCCCCCCCCC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=6;WE=62333361;WS=62333340;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr20	62340115	rs1291212	C	G	6673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=109;PP=2965;SC=GGAAGAGCAGCTTGTTGGCCG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=118;TCR=109;TR=227;WE=62340123;WS=62340105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
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chr20	62372706	rs4809221	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=680;ReadPosRankSum=0.624;SC=CCCGCACCCCGCCCCCATCTC;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=53;WE=62372714;WS=62372696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,56:0.76:74
chr20	62372813	rs2427536	G	A	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=83;NR=63;PP=2618;SC=TGGGGGCCCCGGTTGCAGCCT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=146;WE=62372821;WS=62372793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr20	62372956	rs2253823	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=157;ReadPosRankSum=1.158;SC=AATGGACTCCCGCACCCTCAG;SOR=0.139;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=17;WE=62372964;WS=62372946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
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chr20	62373983	rs2256814	G	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1201;ReadPosRankSum=-1.951;SC=GTGAGGCCACGGGTGGCAGCT;SOR=0.652;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=266;TCF=141;TCR=125;TR=86;WE=62373991;WS=62373973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,94:0.33:284
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chr20	62374389	rs1058319	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=466;ReadPosRankSum=-1.926;SC=TCCCTCCCCACCCCCTCCAGG;SOR=0.854;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=42;WE=62374397;WS=62374379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,43:0.29:146
chr20	62374441	rs6742	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=1074;SC=AGGGGCTGGCTTTCACCAGCT;SOR=2.891;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=40;WE=62374449;WS=62374431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr20	62578077	rs111264888	A	AT	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=523;SC=CCCACAGGGCACCCCCCCCAC;SOR=1.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=62578085;WS=62578067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	62594247	rs2275294	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.130;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=429;ReadPosRankSum=-1.697;SC=CAGTGTGCTGGGGACATGGCT;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=22;WE=62594255;WS=62594237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
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chr20	62594899	rs817324	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=0.119;SC=GTTAGAAACCGGGGGCACTGC;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=13;WE=62594907;WS=62594889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
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chr20	62595990	rs817326	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,26:0.24:110
chr20	62597433	.	G	A	77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=56.49;NF=6;NR=0;PP=77;QD=18.6285354245;SC=CCTGACCTGGGACGAGCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=62597441;WS=62597430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,6:0.35:17
chr20	62597455	.	T	C	941	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=57.83;NF=13;NR=0;PP=941;QD=75.0593240421;SC=TACCTTTTCTTACCACTGTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=13;WE=62597473;WS=62597445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,13:0.43:30
chr20	62597463	.	TTCC	T	943	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=59.55;NF=14;NR=0;PP=943;QD=69.7142857143;SC=CTTACCACTGTTCCTCCCCGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=14;WE=62597473;WS=62597445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,14:0.37:38
chr20	62597666	rs45486695	C	T	3221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=70;PP=2186;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GTGACCGGCACGGGTTTCGTA;SOR=0.636;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=450;TCF=263;TCR=187;TR=165;WE=62597674;WS=62597656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,172:0.36:472
chr20	62597694	rs817329	T	G	4304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=0.145;SC=CAAGCTTTGTTACCGTAATGG;SOR=0.647;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=578;TCF=333;TCR=245;TR=211;WE=62597702;WS=62597684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,217:0.37:593
chr20	62598815	rs817330	C	T	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;PP=1269;ReadPosRankSum=2.124;SC=CTGGACTTCCCGGGTCAAAGC;SOR=0.687;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=364;TCF=187;TCR=177;TR=127;WE=62598823;WS=62598805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,135:0.35:388
chr20	62599141	rs817331	C	T	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=1032;ReadPosRankSum=0.151;SC=CACTTGCTGCCCAGAACCATC;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=226;TCF=131;TCR=95;TR=78;WE=62599149;WS=62599131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,93:0.37:254
chr20	62608720	rs145097158	T	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TGACACCGTGTGCTCCAGGAG;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=27;WE=62608728;WS=62608710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr20	62630644	rs117249806	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=-1.655;SC=TTGAAATGTATCTGTATCCAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=62630652;WS=62630634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr20	62648292	rs371911604	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr20	62679464	.	C	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=332;ReadPosRankSum=0.455;SC=GCGGTCGGATCGGTCGCGGGG;SOR=2.814;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=18;WE=62679472;WS=62679454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr20	62697751	rs4809251	T	C	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=59;PP=2641;SC=CCTTGTGTTCTCCTCCAGTAG;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=141;WE=62697759;WS=62697727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr20	62703777	rs182841611	G	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-4.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=343;ReadPosRankSum=0.115;SC=TGTGGACAAGGCCCCTCCCTG;SOR=0.523;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=20;WE=62703785;WS=62703767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr20	62705589	.	C	G	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=83;PP=2141;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TTCAGCTCCTCGCAGGCCAAC;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=474;TCF=230;TCR=244;TR=157;WE=62705597;WS=62705579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,158:0.33:485
chr20	62714783	rs6010717	C	G	6206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=100;PP=2965;SC=CACTCTCAGTCGCCGTCACCG;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=116;TCR=100;TR=215;WE=62714791;WS=62714773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr20	62715089	rs4337532	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr20	62715548	rs4431000	C	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=2.174;SOR=0.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr20	62724438	rs6010719	C	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=0.949;SC=TGTTTTTGACCCTGTCCAGGA;SOR=0.458;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=17;WE=62724446;WS=62724428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr20	62729577	rs2295448	C	T	6125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=0.187;SC=TCTGGGCCCACGTGCCCTCCA;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=364;TCF=197;TCR=167;TR=251;WE=62729585;WS=62729562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,256:0.68:374
chr20	62737318	rs13036542	G	A	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1082;ReadPosRankSum=0.774;SC=GTGGGGTCTGGGGCAGGTCCG;SOR=0.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=112;TCR=123;TR=81;WE=62737326;WS=62737308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,89:0.35:251
chr20	62737537	rs4809400	C	A	5082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=1.044;SC=CCAGGACCAACGTGTAGACAC;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=300;TCF=173;TCR=127;TR=201;WE=62737545;WS=62737527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,220:0.68:323
chr20	62737568	rs4809401	T	C	5392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GAACCAGACCTGCTCGGGCCA;SOR=0.570;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=345;TCF=195;TCR=150;TR=221;WE=62737576;WS=62737558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,241:0.66:365
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chr20	62838933	rs6090069	T	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=21;PP=1101;ReadPosRankSum=0.562;SC=CACGTTGATTTTGATTTTGTG;SOR=0.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=247;TCF=178;TCR=69;TR=78;WE=62838941;WS=62838920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,77:0.31:249
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chr21	9907345	.	C	T	11597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.491;NF=244;NR=283;PP=2962;ReadPosRankSum=1.555;SC=ATGGCAGTGACGTCCTTCTCC;SOR=0.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=629;TCF=288;TCR=341;TR=527;WE=9907353;WS=9907335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,491:0.84:583
chr21	9907375	rs146622385	T	C	14525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.19;MQRankSum=-5.402;QD=34.26;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,365:0.86:424
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chr21	9907397	rs150294462	C	T	12223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.127;NF=121;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=1.580;SC=GGGACTGCTCCGCTTGTAGAA;SOR=0.661;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=365;TCF=137;TCR=228;TR=313;WE=9907405;WS=9907355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,288:0.87:332
chr21	9907416	.	C	T	9341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.7012;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.018;NF=81;NR=162;PP=2964;ReadPosRankSum=0.326;SC=AAGCTTCTCCCGCAGCGCTGT;SOR=0.690;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=275;TCF=89;TCR=186;TR=243;WE=9907424;WS=9907406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,218:0.89:244
chr21	9907503	.	C	A	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.362;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=20.83;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr21	9907592	.	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.11;MQRankSum=-0.431;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr21	10793776	rs368569117	GGAGTT	G	946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.16;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	10793781	.	T	G	430	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=144;MMLQ=27;MQ=52.96;NF=20;NR=0;PP=430;QD=23.2385606274;SC=AGAATGGAGTTGAATGGAGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=10793789;WS=10793771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr21	10793860	.	T	TGG	7009.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=6.287;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.32;MQRankSum=-1.179;QD=69.40;ReadPosRankSum=-1.151;SOR=1.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,98:0.97:101
chr21	10793861	.	A	AATGGAATGGAATGGAGTG	7962.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.56;QD=66.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr21	10793864	.	A	ATGGAATGGAATGGAG	2983	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=24;MQ=56.73;NF=17;NR=10;PP=2983;QD=20;SC=ATGGAGTAGAATGGAATGGAA;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=27;WE=10793872;WS=10793851;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:74,27:0.27:101
chr21	10793891	rs28490105	T	G	10696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=86;PP=2965;SC=GGACACGAATTGGATGGACTT;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=113;TCR=87;TR=199;WE=10793899;WS=10793881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr21	10793925	rs28641787	T	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.77;MQRankSum=0.868;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,76:0.26:297
chr21	10793961	.	T	TGAATGGAATGGACTC	7186.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=61;PP=2974;SC=AGAATGCACTTGAATGGAATG;SOR=1.522;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=4;TCR=102;TR=64;WE=10793969;WS=10793951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr21	10794022	rs28971978	A	G	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=196;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=63;PP=1656;SC=GAGTGTAATCAAACAGAATGG;SOR=4.343;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=6;TCR=63;TR=69;WE=10794030;WS=10794012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	10794047	rs28970391	G	A	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;QD=48.99;SOR=7.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	10794047	.	GTAGTG	ATAGCA,ATAGTG	1078	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=133;MMLQ=27;MQ=62.45;NF=0,0;NR=21,36;PP=1078,665;QD=54.3556130887;SC=GGATGGAATGGTAGTGGATGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=21,36;WE=10794060;WS=10794037;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.58:36
chr21	10794051	rs200584440	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.43;MQRankSum=0.185;QD=23.19;ReadPosRankSum=1.012;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr21	10794052	rs74672900	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.43;MQRankSum=0.185;QD=23.19;ReadPosRankSum=1.012;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr21	10862599	rs3883945	C	T	9919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=75;PP=2965;SC=CTAGAGAAGCCCCTGAGAGCA;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=137;TCR=75;TR=212;WE=10862607;WS=10862589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr21	10862618	rs3916251	T	C	11127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=107;PP=2965;SC=CACAGCTCCTTACCATGGACT;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=148;TCR=107;TR=255;WE=10862626;WS=10862608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr21	10862846	rs3916645	A	T	8530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.97;QD=38.08;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr21	10862846	.	ATCACCAG	TTCACCAA,TTCACCAG	2324	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=52.46;NF=74,130;NR=49,86;PP=2324,1293;QD=19.3290071127;SC=TGGATACACCATCACCAGCTA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=130;TCR=86;TR=123,216;WE=10862861;WS=10862836;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.57:216
chr21	10862853	rs1961808	G	A	3567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.15;MQRankSum=0.066;QD=14.93;ReadPosRankSum=-1.002;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,148:0.62:239
chr21	10862874	rs1807747	A	G	7394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=111;PP=2965;SC=CACTGGGTGCACCAGGTCCAT;SOR=1.084;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=156;TCR=111;TR=266;WE=10862882;WS=10862864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
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chr21	10908844	.	A	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=630;ReadPosRankSum=-0.351;SC=TCAATAAAAGATGTGTGCAAC;SOR=0.763;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=49;WE=10908852;WS=10908834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,54:0.34:158
chr21	10910291	rs150480	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=14.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQRankSum=-12.277;QD=3.87;ReadPosRankSum=2.041;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,60:0.24:247
chr21	10910311	rs9996	T	G	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.444;NF=62;NR=35;PP=1341;ReadPosRankSum=-1.629;SC=ACTCACCGAATAGAAAAACTG;SOR=1.152;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=296;TCF=181;TCR=115;TR=97;WE=10910319;WS=10910301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,98:0.31:319
chr21	10910347	rs150482	A	G	5413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.692;NF=116;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.719;SC=ATACAGAGGTAGACCGTCGAA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=329;TCF=173;TCR=156;TR=218;WE=10910355;WS=10910337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,234:0.66:356
chr21	10916293	rs150483	A	G	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.989;NF=26;NR=13;PP=487;ReadPosRankSum=2.370;SC=CTGTATATACAACTATGAGCA;SOR=1.015;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=39;WE=10916301;WS=10916283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr21	10920098	rs212146	T	C	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=94;PP=2965;SC=GAAGGAGTTTTTACTCCCTGA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=86;TCR=94;TR=180;WE=10920106;WS=10920088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr21	10935116	.	T	G	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=51.51;NF=0;NR=6;PP=82;QD=19.4618687579;SC=CATCTTCTAGTGGAGATTCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=6;WE=10935124;WS=10935106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,6:0.32:19
chr21	10944828	rs146327494	CAAG	C	858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.664;NF=0;NR=17;PP=656;ReadPosRankSum=-1.296;SC=TTCCCCCCTGCAAGAAGAGAT;SOR=0.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=17;WE=10944838;WS=10944818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr21	10959881	rs212112	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.951;NF=2;NR=18;PP=280;ReadPosRankSum=-1.592;SC=TATTTGAATAGCAAGAATCCC;SOR=0.885;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=20;WE=10959889;WS=10959871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr21	10969894	.	AATGG	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=7.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,6:0.10:63
chr21	10971892	rs10433039	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TCTTTGTTTTGGCTGGGATTT;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=10;WE=10971900;WS=10971882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr21	10973787	rs469953	T	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.048;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.634;NF=11;NR=47;PP=2258;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CTAGAGGATGTCAAAAGAATA;SOR=1.523;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=191;TCF=49;TCR=142;TR=58;WE=10973806;WS=10973777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,58:0.29:198
chr21	10973798	rs469961	T	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=8.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.206;NF=7;NR=40;PP=2258;ReadPosRankSum=0.436;SC=CAAAAGAATATAGTCAGACAG;SOR=1.665;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=163;TCF=37;TCR=126;TR=47;WE=10973806;WS=10973777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,48:0.28:169
chr21	10998165	rs364232	C	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.01;QD=29.54;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	11026874	rs6582728	G	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.764;NF=6;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.066;SC=AACATTCTGTGACAGCCCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=11026882;WS=11026865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr21	11027085	rs6421268	A	C	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.984;NF=15;NR=41;PP=1031;ReadPosRankSum=0.006;SC=TATCAGCAAGACTTTGCATGA;SOR=0.373;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=56;WE=11027093;WS=11027075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,57:0.71:80
chr21	11027129	rs4577378	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=4.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.952;NF=2;NR=24;PP=541;ReadPosRankSum=0.032;SC=TTCTCGGTGACGACAACAACT;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=26;WE=11027137;WS=11027119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr21	11038722	rs62209718	C	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQRankSum=-0.201;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,26:0.25:102
chr21	11038802	rs56253511	G	A	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.028;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-6.747;NF=56;NR=29;PP=1125;ReadPosRankSum=3.274;SC=GTTTTTTGGAGTGACTGAGAT;SOR=1.066;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=285;TCF=170;TCR=115;TR=85;WE=11038810;WS=11038792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,90:0.30:296
chr21	11038843	rs10433076	G	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQRankSum=-6.440;QD=3.36;ReadPosRankSum=3.124;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,77:0.24:325
chr21	11038868	rs67736403	C	T	2125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-11.394;NF=134;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.491;SC=AGGGTAATTACGCAGCATGTC;SOR=0.886;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=426;TCF=262;TCR=164;TR=178;WE=11038890;WS=11038858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,102:0.29:355
chr21	11038909	rs28473122	G	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=15.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.07;MQRankSum=-7.550;QD=1.48;ReadPosRankSum=-2.264;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:447,85:0.16:532
chr21	11038957	rs10433077	T	C	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.50;MQRankSum=-6.509;QD=2.79;ReadPosRankSum=1.429;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:528,148:0.22:676
chr21	11038998	rs1625628	G	A	5077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-14.710;NF=190;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.409;SC=TTGCCTCCTTGGTATGAAACA;SOR=1.120;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=943;TCF=501;TCR=442;TR=340;WE=11039006;WS=11038988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:538,282:0.34:820
chr21	11039072	rs1625833	G	T	7241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-4.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.842;NF=185;NR=199;PP=2962;ReadPosRankSum=1.037;SC=AGAAAGTTCAGAATCTTCTTT;SOR=0.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=928;TCF=445;TCR=483;TR=384;WE=11039080;WS=11039062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:515,366:0.42:881
chr21	11039142	rs2537265	T	A	4596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=799;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-2.507;QD=5.79;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:637,157:0.20:794
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chr21	11058349	rs209032	T	G	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=22.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.77;MQRankSum=1.873;QD=3.88;ReadPosRankSum=2.739;SOR=2.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,54:0.23:235
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chr21	11059799	rs74827812	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.653;NF=13;NR=1;PP=235;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TCCTGGCTGACACAGTGAAAC;SOR=1.051;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=14;WE=11059807;WS=11059789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr21	11059841	rs77547988	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.443;NF=21;NR=11;PP=1604;ReadPosRankSum=0.041;SC=AAAAATTAGCCGGACGTGGTG;SOR=0.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=32;WE=11059862;WS=11059831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
chr21	11059845	rs7364036	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=1.214;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.136;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr21	11059853	rs75278999	C	T	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-2.078;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,42:0.32:133
chr21	11059853	.	CA	TG	1640	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=59.81;NF=23;NR=14;PP=1640;QD=45.7694020233;SC=GACGTGGTGGCAGGCACCTGT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=37;WE=11059862;WS=11059831;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:93,37:0.28:130
chr21	11059854	rs75079963	A	G	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-1.739;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,54:0.40:136
chr21	11059877	rs7364059	T	C	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.939;NF=67;NR=47;PP=1655;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CCCAGCTACTTAGGAGGCTGA;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=94;TCR=67;TR=114;WE=11059885;WS=11059867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,121:0.69:175
chr21	11059951	rs75112368	T	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-0.918;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,46:0.41:111
chr21	11060013	rs2838200	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.18;MQRankSum=-2.483;QD=23.71;ReadPosRankSum=1.900;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr21	11060029	rs112803135	A	AAAAAT	377.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.30;MQRankSum=-1.890;QD=31.48;ReadPosRankSum=1.608;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr21	11098626	rs1967649	G	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.539;NF=52;NR=34;PP=1137;ReadPosRankSum=1.570;SC=ATCTCTAGCCGGTCAAGAGCA;SOR=0.568;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=160;TCF=101;TCR=59;TR=86;WE=11098634;WS=11098616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,92:0.54:171
chr21	11098674	rs1752238	T	C	6476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=125;NR=100;PP=2962;SC=ACTCAGGCTGTACTCCTACCA;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=125;TCR=101;TR=225;WE=11098703;WS=11098664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr21	14756438	rs3126400	T	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.51;ReadPosRankSum=0.091;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr21	14756449	rs200837066	A	G	1019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	14756481	rs12627112	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=39.63;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	14756481	.	ATA	GTG	378	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=15;MQ=59.6;NF=24;NR=7;PP=378;QD=13.9183185439;SC=GTGTGTGTGTATATATATATA;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=31;WE=14756491;WS=14756469;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,31:0.66:47
chr21	14756483	rs12627113	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=39.63;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	14756973	rs2821831	T	A	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=88;PP=2965;SC=GCTTTTGGATTTCCTTTGAGC;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=109;TCR=88;TR=197;WE=14756981;WS=14756963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr21	14757095	rs148845140	G	GT	5895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.58;QD=29.78;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr21	14757565	rs2821832	C	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=696;SC=ATAACTTGTACGTTTATACAA;SOR=5.211;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=14757573;WS=14757555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	14758516	rs2821833	T	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=2;PP=759;SC=TAGACCTGAATAACACATACT;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=14758524;WS=14758506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	14760151	rs2775777	T	C	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=44;PP=1590;SC=ACTTATTTTTTGTTTGTTCCA;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=103;WE=14760159;WS=14760141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr21	14766093	rs2775805	G	A	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-1.367;NF=15;NR=10;PP=389;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ATTTATTATCGGTCATAAGTA;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=25;WE=14766101;WS=14766083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr21	14771327	rs143695938	TC	T	4019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=55;PP=2898;SC=CTTCTTTTCTTCCTAATTCTG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=68;WE=14771335;WS=14771317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr21	15373420	rs1297087	C	A	8532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=179;PP=2965;SC=GTTGATCTTACGGTAACATGC;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=307;TCF=128;TCR=179;TR=307;WE=15373428;WS=15373410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr21	15399864	rs2298673	T	C	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=70;NR=46;PP=1776;SC=TGTGACCTGCTGGCATTGAAT;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=70;TCR=46;TR=116;WE=15399872;WS=15399854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr21	15481157	rs1136522	T	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=410;SC=ACTGTATGCATTTTTTATTTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=15481176;WS=15481147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	15481168	rs62208635	C	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=425;SC=TTTTTATTTTCTTTATTTTTG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=15481176;WS=15481147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	15481234	rs7279700	C	T	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=19;PP=1253;SC=TTGAACAGTGCATTATAAAAG;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=66;WE=15481242;WS=15481224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	15481365	rs7278737	G	T	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=54;PP=1764;SC=CTTCCTCTCTGTCTTTAAGTA;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=90;WE=15481373;WS=15481355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	15516976	rs7283442	T	A	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr21	15554338	rs381352	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=327;SC=AGTGAATGAATAGCAGGTAAC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=15554346;WS=15554328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	15558203	.	C	CAAA	154	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=15;MQ=57.15;NF=7;NR=1;PP=154;QD=19.875;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=8;WE=15558211;WS=15558193;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,8:0.73:11
chr21	15558346	rs397517	G	A	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=90;NR=57;PP=2529;SC=GAGCCCCTAAGCTCACACCTA;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=147;WE=15558354;WS=15558336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr21	15558464	rs397825	G	A	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=57;PP=1729;SC=CTCATATATCGACATTTCAAA;SOR=1.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=86;WE=15558472;WS=15558454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr21	15561781	rs416402	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=350;SC=TACTGGGATAGTATTTTATTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=15561789;WS=15561771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	15583220	rs440287	G	A	6282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=96;PP=2965;SC=AGGAAATTCCGTAACTCATTG;SOR=0.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=126;TCR=96;TR=222;WE=15583228;WS=15583210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr21	15583332	rs380272	T	C	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=61;PP=1963;SC=GGTAGTTTGTTTTCTCCCACT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=15583340;WS=15583322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	15596772	rs409782	T	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	15596882	rs410052	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=165;SC=GCATTTTATTTAGTATATAAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=15596890;WS=15596872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	15599144	rs2822444	T	C	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=31;PP=1977;SC=AAACTGTTAATTTTTTTTCCT;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=101;WE=15599152;WS=15599134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr21	15646397	rs8129984	A	G	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=17;PP=1069;SC=GCCAGCGGCCAGGCGCCCCGC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=15646405;WS=15646387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	15652160	rs2276212	T	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=116;SC=GTACTAATATTCCTCCAATAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=15652168;WS=15652150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	15659778	rs1014538	C	T	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=131;SC=TAAAATAATGCAAAAATCAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=15659786;WS=15659768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	15660716	rs1153305	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=4;PP=653;SC=ATTTTCTTTAGTTATGTAGGT;SOR=2.621;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=31;WE=15660724;WS=15660706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	15663777	rs34559607	A	AGT,AGTGT	1166.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16,16;NR=8,8;PP=249,665;ReadPosRankSum=0.650;SC=AACAGGTAAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=24,24;WE=15663785;WS=15663767;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.22,0.75:32
chr21	15748186	rs2822642	C	A	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=57;PP=1642;SC=AGGATGCGATCAAGTAATCTC;SOR=1.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=83;WE=15748194;WS=15748176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	15755182	rs34742635	G	A	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=0;PP=630;SC=CCCTGGGATGGACACAGCTGG;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=15755190;WS=15755172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	15755205	rs17274128	C	A	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=857;SC=GCCGTCTATCCTACCTTGGCC;SOR=4.294;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=15755213;WS=15755195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	15755349	rs7281846	T	C	12956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr21	15870638	rs2274796	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=408;SC=ATGAAAATACCTATTTTATGG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=15870646;WS=15870629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	15918601	rs118133999	C	T	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=69;PP=2813;SC=CTGACTACTCCTAGTGAGTGC;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=154;WE=15918609;WS=15918591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr21	15918714	rs12329657	A	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=39;PP=1139;SC=TTCCTCCTTCAGTCAGGATAT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=15918722;WS=15918704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	15974409	rs456067	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=545;SC=AGAAAATCATTTTCATTTAGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=15974417;WS=15974399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	15984982	rs2822809	C	A	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=45;SC=TAAATATAAACGGAAAATATT;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=15984990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	16015250	rs458292	A	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=12;PP=1308;SC=TGTATTAATAAGTATCATTAG;SOR=2.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=16015258;WS=16015240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	17238521	rs147076784	AAT	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TTGATTTACAAATATATATAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=3;WE=17238530;WS=17238511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr21	17533027	rs34485071	C	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;QD=38.86;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr21	17533071	rs57492212	C	CT	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.32;MQRankSum=-1.242;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr21	17533075	rs147455337	T	TTC,TTTCTTC	1756.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=63.96;MQRankSum=0.517;QD=67.57;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,17:0.31,0.65:26
chr21	17533255	rs34726086	G	A	7265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=140;NR=131;PP=2965;SC=CGTTATCCAAGATACTAGGGA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=271;TCF=140;TCR=131;TR=271;WE=17533263;WS=17533245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr21	17560174	rs10629120	T	TTCCTTCCC	3384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.33;QD=45.74;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	18814243	rs208893	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=34.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	18814246	rs5842640	G	GT	469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=36.13;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	18914370	rs1542800	T	A	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=22;PP=793;SC=GGTGATTTTTTAATAAGATTT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=18914378;WS=18914360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	18915188	rs2824340	C	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=413;SC=GGGCCGCTGTCTGAGACCAAG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=18915196;WS=18915178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	18915218	rs2824341	G	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=10;PP=458;SC=TTTGTCTTATGTAATTTGTGT;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=18915226;WS=18915208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	18933828	rs2824359	A	G	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=92;NR=78;PP=2837;SC=ACTGATGTATACCAAATATAT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=92;TCR=78;TR=170;WE=18933836;WS=18933818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr21	18966724	rs5842649	GACAA	G	2111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=36;PP=1764;SC=TCTCATTAAAGACAAACAAAG;SOR=3.080;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=36;WE=18966735;WS=18966714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	18976385	rs67787603	C	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=438;SC=TGATCTTTCACAACTCTATTC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=25;WE=18976393;WS=18976375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	19167479	rs2258119	T	C	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=25;PP=1642;SC=TGATTTTCTATGTCAAAATTT;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=93;WE=19167487;WS=19167469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr21	19169218	rs2824495	G	C	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=59;NR=102;PP=2965;SC=GATGCTGGGGGTTTTTAGAAC;SOR=1.450;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=163;TCF=59;TCR=104;TR=161;WE=19169226;WS=19169208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr21	19190427	rs243556	C	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=184;SC=TCATTGAAGACATTTTAGTTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=19190435;WS=19190424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	19628809	rs200762308	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr21	19651489	rs201132740	AT	A	212.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=175;ReadPosRankSum=0.290;SC=AAAAACATGTATTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=12;WE=19651497;WS=19651479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr21	19653342	rs3215891	AT	A	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr21	19687376	rs2144203	G	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=6;PP=1849;SC=GGTCCTAATAGACACAGTTAT;SOR=4.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=64;TCR=6;TR=70;WE=19687384;WS=19687366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	19701421	rs68023548	GCT	G	3030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=17;PP=1898;SC=ATTAAGAAACGCTCTTTCCAT;SOR=1.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=42;WE=19701430;WS=19701411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr21	19704296	rs1155847	C	T	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=4;PP=887;SC=ACATGATAGGCGTACCCATGT;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=19704304;WS=19704286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	19713821	rs2824751	C	T	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=92;PP=2686;SC=TGTCATCCAACGCAATATCAC;SOR=1.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=63;TCR=92;TR=155;WE=19713829;WS=19713811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr21	19744415	.	A	ATGTGTG,ATG	229.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.4987,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=85;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=4,4;NR=0,0;PP=22,156;ReadPosRankSum=0.135;SC=TGAGATTAGAATGTGTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4,4;WE=19744423;WS=19744405;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.62:8
chr21	19756040	rs2824790	C	G	8541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=173;NR=112;PP=2965;SC=TTTACATTTTCATCTGACACC;SOR=1.128;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=173;TCR=113;TR=285;WE=19756048;WS=19756030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr21	22643720	rs8127865	A	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=577;SC=TGCTCCTAGCAAATAGTACAG;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=22643728;WS=22643710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	22652720	rs9306013	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=299;SC=AAATGCATAACAAAGTAATAT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=22652728;WS=22652710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	22653099	rs1012523	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	22656409	rs34246223	AT	A	471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=349;SC=CTGTTACATAATTTTTTTTCT;SOR=4.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=22656417;WS=22656399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	22658544	rs111713483	TTTTGTGA	T	3567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.13;NF=36;NR=12;PP=2987;SC=GCAATGATACTTTTGTGATTT;SOR=3.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=48;WE=22658558;WS=22658534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr21	22696837	rs232467	C	G	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=30;PP=1172;SC=TATGCACCCCCCTCCCTCTGG;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=22696845;WS=22696827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	22696881	rs11334381	TG	T	2123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=33;PP=1583;SC=GGAACAGTATTGGGGATCTTA;SOR=1.010;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=42;WE=22696889;WS=22696871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	22804674	rs2826833	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=315;SC=TTGGCTTTTTCGGTTTCCTCC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=22804682;WS=22804664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	26960189	rs2829806	T	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=680;SC=GCTTAACCAGTGTTTGTGGCA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=26960197;WS=26960179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	26961086	rs2829807	T	C	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=34;PP=1822;SC=TTGGTTGTTATTGGTTAATTT;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=87;WE=26961094;WS=26961076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	26965100	rs2829809	C	A	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=34;PP=1858;SC=AATTGGAAGACCTAGAACTTT;SOR=1.290;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=100;WE=26965108;WS=26965090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr21	26965148	rs1135638	G	A	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=68;PP=2697;SC=GTAAAGACACGCCCTGGAATC;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=163;WE=26965156;WS=26965138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr21	26965205	rs1057885	T	C	3864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=66;PP=2407;SC=GAACTGCTGATACTTCATACT;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=125;WE=26965213;WS=26965195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr21	26966317	rs13048408	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=715;SC=CAAAATATGTAAAAAGGTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=26966325;WS=26966307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	26969703	rs1135618	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=11;PP=524;SC=CATGAGCATCTTTTGTGAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=33;WE=26969711;WS=26969693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	26973663	rs140202502	A	ATATACT	7197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=36;PP=2969;SC=ACAAAAAGACATATATGTATA;SOR=1.270;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=63;WE=26973671;WS=26973653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr21	26976250	rs7278164	A	G	8596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=124;NR=166;PP=2965;SC=GCTTAAATCTAGAAATTTAAA;SOR=1.097;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=292;TCF=124;TCR=168;TR=290;WE=26976258;WS=26976240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr21	26978950	rs3989369	A	G	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=84;PP=2732;ReadPosRankSum=1.737;SC=TGAGAAGCTGACGATGTTGCT;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=62;TCR=86;TR=146;WE=26978958;WS=26978940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr21	26979628	rs9653688	G	A	14752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.11;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,563:1.00:565
chr21	27056099	rs2829863	C	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=247;SC=TGTCACCAAACTTTAGGACAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=27056107;WS=27056089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	27254194	rs2829966	C	T	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=154;SC=GCCAAGATTGCAGAACACCCA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=27254202;WS=27254184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	27254218	rs7278223	C	T	93.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=67;SC=TTTTCTCCCCCACTTTGACAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=27254226;WS=27254208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	27318418	rs2409160	G	C	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=57;PP=1808;SC=TTAACTGTAAGAGCTAAAACT;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=27318426;WS=27318408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr21	27327100	rs417676	G	A	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=163;SC=ACGGAGTCTCGCTCTGTCGCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=27327108;WS=27327090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	27327862	rs2251337	G	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=0;PP=830;SC=CGGAGAATGCGTGGGATCCTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=33;WE=27327870;WS=27327852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	27369481	rs2051504	C	T	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=411;SC=GTCAATGATGCTCTTAGCCCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=27369489;WS=27369471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	27382267	.	TA	T	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,26:0.29:90
chr21	27382362	rs11455808	A	AG	8215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=94;PP=2957;SC=GGGAAGACTGACATGTACACC;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=17;TCR=96;TR=110;WE=27382370;WS=27382352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr21	27382417	rs2409166	C	G	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=71;PP=2119;SC=AGCAGGCAAACAACCTACAGA;SOR=3.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=10;TCR=71;TR=81;WE=27382425;WS=27382407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	27423561	rs2070655	G	T	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=60;PP=1862;SC=GTGTTTCATTGTAAGAAAACT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=27423569;WS=27423551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr21	27852724	rs966410	A	G	9963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=169;NR=176;PP=2965;SC=CTATTCCAAAAACAATGCCCG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=170;TCR=176;TR=345;WE=27852742;WS=27852714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr21	27945141	rs62216535	G	A	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=73;NR=42;PP=2024;SC=GTGACCCAAGGGCAGCCCCGA;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=115;WE=27945149;WS=27945131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr21	28210657	rs229042	T	C	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=72;PP=2803;SC=ATTATTTAGCTTAAAAACACA;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=125;WE=28210665;WS=28210647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr21	28212760	rs436525	G	A	6195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.201;SC=TGGCTGCATCGGGGCAGTGTT;SOR=0.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=203;WE=28212768;WS=28212750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr21	28215619	rs422381	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=139;SC=CCAGGCATGATTGATTATTTG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=28215627;WS=28215609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	28215826	rs373460567	C	CACA	8221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=69;PP=2971;SC=AAGCACTGCACAGAGAGAAGG;SOR=0.807;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=17;TCR=74;TR=86;WE=28215844;WS=28215816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr21	28215836	rs3838077	GC	G	6045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=73;PP=2951;SC=CAGAGAGAAGGCCGTAGCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=16;TCR=75;TR=89;WE=28215844;WS=28215816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr21	28215987	rs417301	T	C	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=29;PP=1163;SC=TCAGCCCGCCTGGGTCAGCCT;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=28215995;WS=28215977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr21	28216038	rs422803	C	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=31;PP=1150;SC=GAACAGAGATCCTAGCGTAGC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=28216046;WS=28216028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	28216059	rs400852	A	G	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr21	28216066	rs370850	C	T	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.25;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	28216240	rs451792	G	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=33;PP=1039;SC=GCTCCAACTCGCTAAAGGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=28216248;WS=28216230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	28216299	rs428616	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=625;SC=TGCTTTGCTTTAGTTTGCAGA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=28216307;WS=28216289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	28216445	rs408358	A	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=694;SC=CGGACTTATGATCCTGCCTGC;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=28216453;WS=28216435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	28216595	rs428785	C	G	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GACCACTGAGCCCCTTCGTCC;SOR=0.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=163;WE=28216603;WS=28216585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr21	28216674	rs409630	G	C	11459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=138;NR=110;PP=2965;SC=CGTCGTCCACGACCCCGCACG;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=138;TCR=110;TR=248;WE=28216682;WS=28216664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr21	28216692	rs445784	G	T	11149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=104;PP=2965;SC=ACGTGCCGCCGACGTCGCCCT;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=136;TCR=104;TR=240;WE=28216700;WS=28216682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr21	28217178	rs434857	T	G	7975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=162;NR=127;PP=2965;SC=GCGTGGGTACTGGCCCAAAGC;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=290;TCF=163;TCR=127;TR=289;WE=28217186;WS=28217168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr21	28217320	rs402007	C	G	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=87;PP=2780;SC=GAGCGAGGGACCTTTAGTTCG;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=50;TCR=87;TR=137;WE=28217328;WS=28217310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr21	28296324	rs151065	A	G	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=43;PP=2236;SC=CGACTGCATCAGTGCTGAATC;SOR=1.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=123;WE=28296332;WS=28296314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr21	28302147	rs229091	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=678;SC=TTTATCAATTCTGCAAGAGTC;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=28302155;WS=28302137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	28302355	rs226794	A	G	6045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=120;PP=2965;SC=ATTACTGTACAGCCTACATTC;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=83;TCR=120;TR=203;WE=28302363;WS=28302345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr21	28307173	rs162495	C	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=258;SC=GAGCACGAGGCACCCATGAAT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=28307181;WS=28307163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	28326276	rs233894	G	A	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=488;SC=GCAAAAATTGGGCTCATTTAG;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=28326284;WS=28326266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	30250555	rs2205446	T	C	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=29;PP=1607;SC=GAATAATCCTTTTGGTGAAAG;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=82;WE=30250563;WS=30250545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr21	30250615	rs2205447	T	C	4893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=73;PP=2965;SC=CCGACCATTTTTGCCACCAGC;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=168;WE=30250623;WS=30250605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr21	30250812	rs2205448	T	C	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=211;SC=TCATCATTTTTTAGTGTGTAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=30250820;WS=30250802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	30252088	rs2205449	T	A	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=109;SC=ATCAGAGTAGTCTGTGATAGC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=30252096;WS=30252078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	30254695	rs2254507	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=43;PP=1221;SC=AAAATTAGAACGTATTCAATA;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=30254703;WS=30254685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	30257418	rs1997605	G	A	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.781;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=25;PP=2062;ReadPosRankSum=1.745;SC=TCATCTGCAAGTGGACCCCGC;SOR=2.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=101;WE=30257426;WS=30257408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr21	30257560	rs1997606	C	G	19425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr21	30257568	rs1997607	T	C	19741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.39;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr21	30257729	rs2859734	A	G	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=48;PP=1418;SC=GCATGCCCTCACCCTCATGCG;SOR=3.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=57;WE=30257737;WS=30257719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	30315730	rs2274800	G	A	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=289;SC=AGAGCAGAAAGACCAATACTT;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=30315738;WS=30315720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	30316304	.	T	TTTAA,TTTAAGATTTAAGAA	1523.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.21;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=2957;SC=AACAATCAAATGTCATTTAAG;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=14;WE=30316316;WS=30316294;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:35
chr21	30316305	rs3053575	G	GATTTAAGAAA	1519.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.66;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	30316308	rs2026246	A	T	1154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.19;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	30319637	rs2832143	A	T	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=229;SC=GGTAACAGCCACTGTCTAACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=30319645;WS=30319627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	30324644	rs2832145	T	G	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=27;PP=836;SC=AATAAAATGTTTAAACACTGG;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=44;WE=30324652;WS=30324634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	30324755	rs2832146	G	A	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=115;SC=TATCCAAAGAGCTGAGAGTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=30324763;WS=30324745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	30325875	rs2243491	A	T	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=203;SC=CTGAGAATATATGTCTGATAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=30325883;WS=30325865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	30332911	rs34635840	C	T	11446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=230;NR=174;PP=2965;SC=TCTGAAGATACCCTGGATTCC;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=405;TCF=231;TCR=174;TR=404;WE=30332919;WS=30332901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr21	30338293	rs5843357	G	GC	1254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=14;PP=897;SC=ATGGGGTTTTGTATGTTGCCC;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=30338301;WS=30338283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	30339205	.	AT	A	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,32:0.16:197
chr21	30341891	rs2254796	A	G	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=54;PP=1682;SC=CGAGGACTCTAAAGAGCTGGT;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=84;WE=30341899;WS=30341881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	30356973	rs72190333	TA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=8.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=3.009;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr21	30357307	rs2245434	C	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=690;SC=CAGACATTTCCGGATATGCTA;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=30357315;WS=30357297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	30391671	rs138840391	GAAAA	GA,G	647.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2,2;NR=14,14;PP=159,40;SC=CGACCTACCGGAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=16,16;WE=30391682;WS=30391661;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:18
chr21	30400110	rs8133768	G	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=424;SC=CATAATATACGTGGCTTAGTT;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=30400118;WS=30400100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	30408670	rs2274802	A	T	7697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=123;NR=151;PP=2965;SC=TCAGAAAACAAGCCAGCATTA;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=123;TCR=151;TR=274;WE=30408678;WS=30408660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr21	30442475	rs2183569	T	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.85;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	30442481	rs2183570	C	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.99;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	30464141	rs8132105	G	A	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=41;PP=1122;SC=ACTCCCATCTGCTGAGTGCTT;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=30464149;WS=30464131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	30464623	rs147901306	A	AACTCCAGTTTATAGG	1085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=2900;SC=TCCAGATTTAAACCATTAACA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=30464631;WS=30464613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	30464916	rs2832170	C	T	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=64;PP=1871;SC=AGTATTCCGTCCACTTTCTGG;SOR=3.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=12;TCR=64;TR=76;WE=30464924;WS=30464906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	30481371	rs2832181	G	T	5886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=128;NR=70;PP=2965;SC=GTTGACATTCGTAACCTTCCT;SOR=1.433;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=129;TCR=71;TR=198;WE=30481379;WS=30481361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr21	30481612	rs2832182	G	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=37;PP=1029;SC=TGCTTATTTTGTGCCCATTTA;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=30481620;WS=30481602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	30532146	rs66780570	TA	T	1399.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.535;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=568;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GTTCTCACGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.401;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=48;WE=30532155;WS=30532136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,71:0.90:79
chr21	30532437	rs2832224	G	A	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=60;PP=1756;SC=AGGACCAGGGGCAATGGGCAG;SOR=1.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=91;WE=30532445;WS=30532427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	30714776	rs388707	T	C	6163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=87;PP=2965;SC=CAACTCTGGGTGAGACAAAGC;SOR=1.184;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=138;TCR=87;TR=225;WE=30714784;WS=30714766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr21	30715275	rs425989	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=333;SC=TAGTTTACCATAAGGGAATTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=30715283;WS=30715265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	30830393	rs9981313	T	G	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=43;PP=1711;SC=GGGATTTCAGTTAACTTATCA;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=100;WE=30830401;WS=30830383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr21	30910230	.	AC	A	314.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=1058;ReadPosRankSum=0.731;SC=AGAAAAAAAAACAATTTTAAA;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=23;WE=30910238;WS=30910220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr21	30925877	rs368349162	T	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	30949175	rs112484674	A	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.93;NF=25;NR=1;PP=758;SC=TAAAAAAATTACCCAACATCT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=30949183;WS=30949165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	30961186	rs2229899	G	A	9092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.663;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=184;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=1.316;SC=TAACCATCCCGTTCCACTCCC;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=184;TCR=136;TR=319;WE=30961194;WS=30961176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,343:1.00:344
chr21	30969759	rs55746131	C	G	177.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=122;SC=CTTTTCTTCCCCCTTCAGTGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=30969767;WS=30969749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	30969901	rs363431	T	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=16;PP=862;SC=CAACATCCCATGCACCATCGT;SOR=1.199;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=30969909;WS=30969891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	31233814	rs468206	A	G	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=60;SC=TTGTAGAGACAGGGTTTTGTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=31233822;WS=31233806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	31233892	.	GGGATT	G	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=59.62;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	31233898	.	A	AACCAACACT	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=59.62;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	31233900	rs55707309	A	G	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	31233904	rs142587327	G	GT	1204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=160;SC=GATTATAGGTGTGAGCCAACA;SOR=4.407;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=31233912;WS=31233882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	31233994	rs468413	T	C	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=35;PP=1250;SC=TGAATGAATATTGGGTTTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=31234002;WS=31233984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr21	31655212	rs1557291	A	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=40;PP=1297;SC=TACTGCAGACACCAGGATAGC;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=31655220;WS=31655202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	31802768	rs2226548	G	A	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=127;PP=2965;SC=CTGGGAGCCCGCCAGCTGCCA;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=127;TCR=127;TR=254;WE=31802776;WS=31802758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr21	31803159	rs1539783	T	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=41;PP=1273;SC=TCCCAATATCTTTTTATTCTT;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=31803167;WS=31803149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr21	31803210	rs1539784	C	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=426;SC=TGGCAGACTGCGAAATTAATG;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=31803218;WS=31803200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	31812772	rs2832873	C	A	6671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=103;PP=2965;SC=TACCTGCCAACTGGGCTCCTC;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=125;TCR=103;TR=227;WE=31812780;WS=31812762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr21	31869286	rs2298437	T	C	9965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;PP=2965;SC=TGGGCGGCAGTAGCCATATCC;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=179;WE=31869294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr21	31913981	rs5843453	AG	A	15736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=98;NR=134;PP=2976;SC=GTTTTTTAGTAGAATCCAGAG;SOR=1.106;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=238;TCF=99;TCR=139;TR=232;WE=31913989;WS=31913971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr21	31914000	rs1023364	T	A	15825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=211;NR=150;PP=2965;SC=AGAATCCATATCCTTCACGGC;SOR=0.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=363;TCF=211;TCR=152;TR=361;WE=31914008;WS=31913990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr21	31964916	rs9305426	A	C	5914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=97;PP=2965;SC=GGCTTTGGCTATGGAGGCCTG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=120;TCR=97;TR=216;WE=31964924;WS=31964906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr21	31973516	rs198915	T	A	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=69;PP=2803;SC=GGCTGTGGTCTTAGCGGCTAT;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=76;TCR=69;TR=145;WE=31973524;WS=31973506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr21	31973685	rs1961491	C	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=597;SC=AAAATTTAGCCCACATTGCCA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=31973693;WS=31973675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	31992864	rs1702405	A	G	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=4;PP=707;SC=ATATGAAACCAAACGGCCTCA;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=31992872;WS=31992854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	32201969	rs35359062	GA	G	7050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=87;PP=2951;SC=TGGTCCCATAGAATAGGGTAT;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=29;TCR=89;TR=115;WE=32201977;WS=32201959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr21	32253629	rs71321355	C	T	8018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=134;PP=2965;SC=TGAAGTTCGCCGGTAACAGGT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=139;TCR=135;TR=273;WE=32253637;WS=32253619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr21	32253966	rs71321356	T	C	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=607;SC=CTGGTCTCCGTGGCTTCTTTG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=32253974;WS=32253956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	32493031	rs762194	A	G	6740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CAGTGTCCCCACCACCGGGGG;SOR=0.395;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=98;TCR=129;TR=226;WE=32493039;WS=32493021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,242:1.00:243
chr21	32493204	rs2073371	G	A	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=52;PP=1513;SC=CATGCTTTACGTGAGATGAAA;SOR=1.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=94;WE=32493212;WS=32493194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr21	32499473	rs2070410	A	G	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.627;SC=CTCTGCATCTAAAGAAATTAA;SOR=0.351;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=175;WE=32499481;WS=32499463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr21	32502414	rs2070413	G	A	145.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.24;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr21	32524852	rs9305453	A	G	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=27;PP=1724;SC=CCTTAGGAACAGACCCCACTG;SOR=1.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=99;WE=32524860;WS=32524842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr21	32525302	rs723470	A	C	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=48;PP=2965;SC=TTTCAGTGTTACGCATGTCCC;SOR=1.521;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=102;TCR=48;TR=150;WE=32525310;WS=32525292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr21	32525345	rs723469	G	A	6158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=98;PP=2965;SC=GTCAAACCACGGTATGATGGT;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=123;TCR=98;TR=221;WE=32525353;WS=32525335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr21	32526668	rs75483199	T	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=78;PP=2584;SC=CCCCGTGGAGTCCTGAGGAGA;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=155;WE=32526676;WS=32526658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr21	33073985	rs204734	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=399;SC=GAAAAGCAGATGTATTTTCTC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=33073993;WS=33073975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	33368188	rs2070371	T	C	7381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=152;PP=2965;SC=CAGGCTCGCTTATGACACAGA;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=251;TCF=99;TCR=152;TR=251;WE=33368196;WS=33368178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr21	33370900	rs9305483	T	C	11619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=0.498;SC=TGGCTTCTTCTTCCATGGAGT;SOR=0.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=408;TCF=220;TCR=188;TR=406;WE=33370908;WS=33370890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,427:1.00:428
chr21	33371508	rs2073360	C	T	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=85;PP=2535;SC=CTTGGGCCAGCGGGGTTTGGG;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=58;TCR=85;TR=143;WE=33371516;WS=33371498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr21	33371540	rs2070372	T	G	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=58;PP=1683;SC=AAACAGCAACTGAACAGAGCT;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=81;WE=33371548;WS=33371530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr21	33641152	rs8129993	A	G	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=189;SC=AGACTAGAACACAGTAGTGGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=33641160;WS=33641150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	33671479	rs2254251	T	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=38;PP=1107;SC=CATTCACTTATTAACTCCGGT;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=33671487;WS=33671469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	33684415	rs2833761	A	G	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=55;PP=1750;SC=CAGAAAGGGCACCTAGGTCAA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=74;WE=33684423;WS=33684405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	33688865	rs7279896	A	G	7638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.383;SC=GGCCCTGGGCAGCCACCAGCT;SOR=0.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=147;TCR=130;TR=275;WE=33688873;WS=33688855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr21	33691502	rs11402028	G	GC	1329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=998;SC=GGCCAGAAGGGCCCCCTGGCG;SOR=2.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=28;WE=33691510;WS=33691492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	33694224	rs3761342	C	G	7774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=119;PP=2965;SC=TGCCGCAGAACGCCAAACACC;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=271;TCF=152;TCR=119;TR=270;WE=33694232;WS=33694214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr21	33694257	rs2833765	A	T	7402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GTTTTTTGCTATAACCCAGGC;SOR=0.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=130;TCR=128;TR=256;WE=33694265;WS=33694247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr21	33697000	rs2070377	G	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=22;PP=623;SC=ACCAGGGCTCGGCAGGGTGTG;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=33697008;WS=33696990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	33711229	rs9978210	G	C	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=68;PP=1657;SC=GAGAGTCAAAGGGAAAAGAGC;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=109;WE=33711237;WS=33711219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	33713885	rs2833778	T	C	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=97;PP=2965;SC=GTCTACAAAATACTAAAAGGC;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=178;WE=33713902;WS=33713875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr21	33717877	rs2833779	G	A	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=45;PP=1512;SC=GAATGACAGCGGAAGACACTA;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=33717885;WS=33717867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	33719400	rs9981151	A	G	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=46;PP=2196;SC=AACCACAGCAAGTGGGTGCAG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=104;WE=33719408;WS=33719390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr21	33719695	rs2070378	C	T	7322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=131;NR=122;PP=2965;SC=GGTGTCTTTCCTTCCCGGGGG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=131;TCR=122;TR=253;WE=33719708;WS=33719685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr21	33721455	rs73903307	T	C	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=5;PP=1279;SC=TTAAACCGCATGCTGGGCGGG;SOR=3.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=49;TCR=5;TR=54;WE=33721463;WS=33721445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	33721843	rs743306	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=31;PP=931;SC=GGTTCACAGCTACCAGGCAGT;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=33721851;WS=33721833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	33726201	rs2298363	C	T	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=13;PP=1145;SC=ACAGACTAGCCGGCCAGGTGC;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=33726209;WS=33726191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	33730056	rs8133439	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=77;SC=ATACCATGGGGCCAGGCGTGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=33730064;WS=33730046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	33734410	rs8127715	G	A	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=56;PP=1571;SC=TTAACAAGATGCAAAAAACAG;SOR=1.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=33734418;WS=33734400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr21	33738861	rs10222082	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=539;SC=TCAGAATAATCACATCATGTA;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=33738869;WS=33738851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	33738920	rs10222086	G	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=16;PP=1398;SC=CAACCACATGGCCTTACGTTT;SOR=1.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=68;WE=33738928;WS=33738910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	33740637	rs7276783	G	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=0;PP=894;SC=TCGGCCTCCCGAAGTGCTGGG;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=34;WE=33740645;WS=33740627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	33740676	rs7277593	T	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=12;PP=1573;SC=CACGCCCAGCTTAGCTAACAG;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=64;WE=33740684;WS=33740666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	33740702	rs11323440	GT	G	3298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=32;PP=2202;SC=TAAATATCATGTTTTTTTACC;SOR=1.931;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=80;WE=33740710;WS=33740692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr21	33749533	rs4816431	A	C	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=34;PP=2948;SC=AGCCTACGGGAACAGAGGCCA;SOR=2.169;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=101;TCR=34;TR=134;WE=33749541;WS=33749523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr21	33755763	rs2833795	G	A	4756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=87;PP=2784;SC=AGGGTGTACAGGGTCTTTTTA;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=167;WE=33755771;WS=33755753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr21	33757947	rs58978310	A	T	11191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=220;NR=171;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CATCATACACATCTTCTCGTG;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=393;TCF=221;TCR=172;TR=391;WE=33757955;WS=33757937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,411:1.00:413
chr21	33765320	rs374019516	AGGAAGAGGCGGGGCTGGC	A	2427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=40.46;SOR=1.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr21	33765496	rs112644530	A	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=127;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=13;PP=515;SC=TTGGGGCTCCATGTGAGTTTG;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=25;WE=33765504;WS=33765486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	33765560	rs11702306	C	T	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=16;PP=1495;SC=CCACGACACCCCCCGCCCCCG;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=33765568;WS=33765550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	33840208	rs4816434	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=29;PP=907;SC=GGACAGAATTAATAGAATATA;SOR=2.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=38;WE=33840221;WS=33840198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	33840213	rs112923132	A	AAT	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=192;ReadPosRankSum=-0.535;SC=GAATTAATAGAATATATATAT;SOR=0.385;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=6;WE=33840221;WS=33840198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr21	33840317	rs34740520	C	CATAT	295.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=287;SC=AATAAACTCCCGTGTGTGTGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=33840325;WS=33840307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	33867280	rs2096458	A	G	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=33;PP=2086;SC=GCTGTAGGCTATGTGGTGGCC;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=74;TCR=33;TR=107;WE=33867288;WS=33867270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	33887629	rs1046769	A	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=270;SC=TCGTGAGGCCAGGAAGCTATT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=33887637;WS=33887619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	33949059	rs7520	G	A	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.954;SC=GAGTGACACAGGTGTCCGAGG;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=127;TCR=87;TR=212;WE=33949067;WS=33949049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
chr21	33956362	rs2833916	T	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=664;SC=CCCGGGGTGGTGCATTCCTAC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=33956370;WS=33956352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	33956579	rs2017816	T	C	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=54;PP=2343;SC=GGGTGCCCTCTTTGGGGTCCC;SOR=0.823;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=127;WE=33956587;WS=33956569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr21	33964537	rs7284048	G	A	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=24;PP=903;SC=AAACAAAGACGTGGCTGAAAG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=33964545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	33964605	rs1783091	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.13;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	33964612	rs7278762	G	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	33964755	rs73194245	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=193;SC=TCTGAGTGGGCCCAAGGGGCA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=33964763;WS=33964745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	33974322	rs16989559	G	A	7139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=127;PP=2965;SC=GGCATTTCAGGAAAGTGTTTT;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=132;TCR=127;TR=259;WE=33974330;WS=33974312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr21	33982072	.	CA	C	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.003;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=6.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.748;QD=1.06;ReadPosRankSum=1.310;SOR=1.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,18:0.20:89
chr21	33997466	rs701730	A	G	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=39;PP=1238;SC=TCTATTGACTACTTTTTTTTT;SOR=3.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=33997474;WS=33997456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	34003928	rs71640263	A	AAGTATT	16837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=121;PP=2966;SC=ACAGAACTCAAAACATTACTT;SOR=0.721;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=201;TCF=61;TCR=140;TR=176;WE=34003936;WS=34003918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr21	34017857	rs2406	T	A	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=102;SC=TAGAAAAAACTGTAAAATCCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=34017865;WS=34017847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	34018437	rs844978	C	T	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=107;PP=2965;SC=AAATAGTTAACGGGTTCATAC;SOR=2.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=28;TCR=108;TR=135;WE=34018445;WS=34018427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr21	34038983	rs844998	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=203;SC=CAAATATCCTAAGACTCTGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=34038991;WS=34038973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	34053961	rs844988	T	A	7741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=91;NR=164;PP=2965;SC=GCTAGCATCTTAAAAAGCAAA;SOR=1.476;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=257;TCF=91;TCR=166;TR=255;WE=34053969;WS=34053951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr21	34059207	rs844975	C	T	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=7;PP=714;SC=CTGGAAGAATCTGATTACTGT;SOR=2.012;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=32;WE=34059215;WS=34059197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	34115455	rs2298365	T	C	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=34;PP=1428;SC=TAGATATAAATAGATCTAAGC;SOR=1.302;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=55;WE=34115463;WS=34115445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	34117067	rs200949840	GA	G	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.405;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr21	34127438	rs5843565	TA	T	175.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr21	34128717	rs7279405	G	A	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=92;PP=2612;SC=GTGGAATACAGAGATGTCTGT;SOR=1.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=38;TCR=92;TR=130;WE=34128725;WS=34128707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr21	34141995	rs2051384	C	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=448;SC=CAGAACTGTACTGCTACTCAA;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=34142003;WS=34141985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	34166190	rs74617086	A	T	6020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=94;PP=2965;SC=TATATGATTTAAAGGCTGAGT;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=113;TCR=94;TR=207;WE=34166198;WS=34166180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr21	34169181	rs762228	A	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=17;PP=1419;SC=CCTTAAAAGAAAAAAGAGGGG;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=34169189;WS=34169171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	34169317	rs72564613	C	CT	7835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=80;PP=2936;SC=TATTGGTTTGCGGAACATGTG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=18;TCR=80;TR=98;WE=34169325;WS=34169307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr21	34400146	rs9982080	G	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=18;PP=529;SC=CAAGTGAGCCGACTGGCGCCG;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=34400154;WS=34400136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	34538065	rs11444667	C	CT	6184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=94;PP=2936;SC=TGGCCTCCTTCTTGTATCCCC;SOR=1.237;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=14;TCR=99;TR=108;WE=34538073;WS=34538055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr21	34540594	rs11379155	C	CT	2577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=6;PP=2683;SC=TGCTATAGAGCTGGAATTTAT;SOR=4.468;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=58;WE=34540602;WS=34540584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	34542017	rs79010120	C	T	7814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=2.294;SC=GAATGGACTGCGACCCTCAAG;SOR=0.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=288;TCF=162;TCR=126;TR=285;WE=34542025;WS=34542005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,298:0.99:301
chr21	34616157	rs2834156	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=648;SC=TCTTTCTCTGTAAAAGGAGCT;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=23;WE=34616165;WS=34616147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	34617213	rs2834158	T	C	7135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.026;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.447;SC=AGAATACAACTGTGGGTTCCA;SOR=0.246;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=260;TCF=135;TCR=125;TR=259;WE=34617221;WS=34617203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr21	34617729	rs2252639	A	G	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=33;PP=1366;SC=AAGTCCTGTTATCTGAGGACA;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=34617737;WS=34617719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr21	34617950	rs2252650	A	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=175;SC=GACATAATGGATGGAGTCCTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=34617958;WS=34617940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	34624917	rs2236757	A	G	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=17;NR=0;PP=487;SC=ATTAAGGCCTACCTCTAAATG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=34624925;WS=34624916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	34635079	rs34865572	CT	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr21	34660686	rs368346970	GCA	G	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr21	34666111	.	CAAA	C,CAA,CA	56.27	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001,0.4999;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=7,7;NR=1,1;PP=78,33;ReadPosRankSum=1.282;SC=GACTCGATCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8,8;WE=34666120;WS=34666109;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.80:5
chr21	34666160	rs999261	A	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=8;PP=1175;SC=GCATGAACTAAGAATCCTCTA;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=34666168;WS=34666150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	34666376	rs1467845	A	G	5510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=126;PP=2965;SC=CTGCTGGCATAAGCTCTCACC;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=67;TCR=126;TR=193;WE=34666398;WS=34666366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr21	34666390	rs999260	G	A	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=105;PP=2965;SC=TCTCACCTCCGAGGCTAGAAG;SOR=1.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=45;TCR=105;TR=150;WE=34666398;WS=34666366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr21	34668747	rs3171425	A	G	8299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=150;PP=2965;SC=GGCAGCAAACAAGGGCCAAGA;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=151;TCR=151;TR=300;WE=34668755;WS=34668737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr21	34668976	rs8178562	G	A	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=195;SC=AAACAGGGCCGAGCACAGTGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=34668984;WS=34668966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	34697264	rs2850015	T	C	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=34;PP=1613;SC=GCAGCGCGTGTGCAGAGGGGC;SOR=1.298;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=98;WE=34697272;WS=34697254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	34726127	rs2856973	T	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=748;SC=AACAGCTAGGTAATGAACAGA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=34726135;WS=34726117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	34799084	rs371608644	CTA	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=145;ReadPosRankSum=1.701;SC=TCTACACCCACTATATATATA;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=34799093;WS=34799074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr21	34799350	rs11910627	C	G	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=99;PP=2965;SC=GCAAGAGCATCTTTCTTTTTT;SOR=1.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=73;TCR=99;TR=172;WE=34799358;WS=34799340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr21	34804966	rs1532	T	C	6733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=97;PP=2965;SC=CATTAACTGATGTTTGTGTTG;SOR=1.135;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=151;TCR=97;TR=247;WE=34804974;WS=34804956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr21	34805196	rs193922682	TC	T	72.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=10.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.088;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr21	34805197	rs17883129	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=10.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr21	34809049	rs2040120	T	A	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	34823252	rs2834220	C	T	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=29;PP=820;SC=TATGCTTTGACAGGTACTTCA;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=34823260;WS=34823242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	34837623	rs2248820	C	A	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=28;PP=1110;SC=TTGTCAACACCCATTAACAGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=63;WE=34837631;WS=34837613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr21	34871133	rs7278879	C	T	154.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=-0.674;SC=TTAGGCCAGGCGCGGTGGCTC;SOR=3.020;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=34871141;WS=34871123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr21	34878454	.	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-0.491;QD=1.18;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr21	34894623	rs2834234	T	C	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=60;PP=1796;SC=CACCTAAACGTCAGGGAAAAT;SOR=1.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=84;WE=34894631;WS=34894613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	34897113	rs8788	C	T	6810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=1.189;SC=CGAAAGCCGACGTCTTTCCTA;SOR=0.549;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=158;TCR=87;TR=244;WE=34897121;WS=34897103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr21	34903875	.	ATT	A	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=-0.725;QD=2.22;ReadPosRankSum=2.150;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr21	34915324	rs1041745	CG	GC	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=11;PP=2637;SC=CGAATTGGCCCGTGCGCCTCC;SOR=2.867;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=58;WE=34915333;WS=34915314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	34925142	rs13433428	C	T	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=97;PP=2965;SC=GTGCCATCATCACCATCTGAA;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=83;TCR=97;TR=180;WE=34925150;WS=34925132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr21	34926260	rs13047599	C	T	12529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=234;NR=210;PP=2965;SC=GACTAAACAGCGCACAGTATT;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=444;TCF=234;TCR=210;TR=444;WE=34926268;WS=34926250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr21	34948684	rs34377180	G	GA	6578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=57;PP=2936;SC=TTGAGAAATGGAGCCCTTACC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=79;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr21	34948696	rs34373121	GA	G	6783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=59;PP=2957;SC=GCCCTTACCAGACCCAATTGT;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=22;TCR=59;TR=81;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr21	34954602	rs77179527	AG	A	652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=749;SC=AGTATTTAACAGGCATGCTGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=18;WE=34954610;WS=34954592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	34959776	rs7283856	G	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=242;SC=CAAATCCTATGAAAAAAAAGT;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=34959784;WS=34959766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	34969423	rs3761351	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=216;SC=TGATCCGCCCGCCGCGGCCTC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=34969431;WS=34969418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	35012719	rs6517185	GG	CT	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=1584;SC=AGTTTGAATCGGGGCTTTCCT;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=35012728;WS=35012709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	35124253	rs2834255	A	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=26;PP=706;SC=GGTTAAGGCCATTACCTGATT;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=35124261;WS=35124243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	35127735	rs2154434	C	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=52;PP=1535;SC=GAAATATGATCTTTGTTTTCA;SOR=3.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=65;WE=35127743;WS=35127725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	35134084	rs11444980	G	GC	4614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=30;PP=2243;SC=TTTTTACAAAGCCCTGCGGTA;SOR=1.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=77;WE=35134092;WS=35134074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr21	35174897	rs11390596	T	TA	1685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.465;NF=1;NR=57;PP=984;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TTGTGCTTTTTAAAAAAAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=73;TCF=2;TCR=71;TR=58;WE=35174907;WS=35174887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,67:0.94:71
chr21	35209174	.	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=1.892;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr21	35239702	.	T	G	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=50;PP=1494;SC=GCTGGGGTCATGGACAAGATT;SOR=1.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=77;WE=35239710;WS=35239692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr21	35275955	rs9980730	G	A	9033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=157;NR=166;PP=2965;SC=TACAAAAGAAGTAAGACTGGA;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=157;TCR=169;TR=323;WE=35275963;WS=35275945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr21	35446136	rs79607614	C	G	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=54;PP=1591;SC=GCCGCGGGACCCCGGGCCTTC;SOR=1.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=86;WE=35446144;WS=35446126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr21	35467372	rs11295804	AC	A	814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=0;PP=910;SC=AAAGACTTTGACCCTGCTGTG;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=35467380;WS=35467362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	35467472	rs11295803	AG	A	7743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=56;PP=2965;SC=CTGTCATTGGAGCGCTATTAT;SOR=1.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=77;TCR=57;TR=132;WE=35467480;WS=35467462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr21	35467645	rs8129891	A	G	6483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=107;PP=2965;SC=GACCTGGGTAACAATTGGTGC;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=103;TCR=107;TR=210;WE=35467653;WS=35467635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr21	35467879	.	G	T	9056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=166;NR=153;PP=2965;SC=CTATTTTGCAGCCTTGTCTCT;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=166;TCR=154;TR=319;WE=35467887;WS=35467869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr21	35469193	rs4817617	C	A	6595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=135;NR=94;PP=2965;SC=GGAACCATACCAAATGCAAGA;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=135;TCR=94;TR=229;WE=35469201;WS=35469183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr21	35469708	rs35685523	G	GA	208.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=247;SC=GGTCTTTGGGGAAAAAAGTTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=35469716;WS=35469698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	35774491	rs72279748	AT	A	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.516;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr21	35985895	rs915540	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=3;PP=909;SC=AGGAAAAGGTCTGAAATGCTG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=35985903;WS=35985885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	36041978	rs7280973	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=290;SC=AGGTGCCCCAAGGAGGGGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=36041986;WS=36041968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	36042203	rs9680380	G	C	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=5;PP=107;SC=ACATAGAAGCGGAGGGCCCGG;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=11;WE=36042211;WS=36042193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	36079735	.	G	GCACACACACACA	2328	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=15;MQ=57.9;NF=0;NR=6;PP=2328;QD=388.5;SC=CTAGTTCTCTGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=6;WE=36079743;WS=36079725;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,6:0.30:20
chr21	36080204	rs6517253	A	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=488;SC=CCAGATTCTCACGGTGGCCCA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=36080212;WS=36080194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	36080398	rs2070368	T	C	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=48;PP=1481;SC=GTTCATAACTTGATTGTCACT;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=95;WE=36080406;WS=36080388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	36080908	rs2834597	G	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=464;SC=TCATTTTTATGCCCAGAGAAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=36080916;WS=36080898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	36081626	rs3819041	C	G	6022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=126;NR=71;PP=2965;SC=GCAAACCTCTCTTTGTGATTT;SOR=1.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=127;TCR=71;TR=197;WE=36081634;WS=36081616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr21	36164405	rs13051066	G	T	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	36165041	rs11700756	T	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=217;SC=ATGCTACTGCTGGGGAGGACG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=36165049;WS=36165031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	36193871	rs2018329	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=236;SC=CTGAGGGCTGTCATCTTTCTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=36193879;WS=36193861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	36206932	rs11702841	G	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.45;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	36265323	rs376929893	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.905;QD=1.25;ReadPosRankSum=2.163;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr21	36410869	.	C	CCT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr21	36410912	rs201895144	G	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=27;NR=2;PP=341;ReadPosRankSum=1.710;SC=CTCTCTCTCTGTGTGTGTGTG;SOR=2.303;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=29;WE=36410921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr21	36422282	.	AAC	A	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=51;QD=27.0;SC=GTACAGTCTTAACACACACAC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=2;WE=36422291;WS=36422272;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,2:0.14:14
chr21	37408608	rs68024241	AACGT	A	1828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=1703;SC=TATTTCACAGAACGTACGTAC;SOR=3.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=33;WE=37408619;WS=37408598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	37412752	rs2255858	T	C	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=51;PP=2965;SC=CTCCAATGTATGACATCCCTT;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=131;TCR=51;TR=182;WE=37412760;WS=37412742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr21	37413946	rs2835243	C	T	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=11;PP=839;SC=TCCTCCACAACATCAAGCGCA;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=37413954;WS=37413936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	37414194	rs11404455	C	CA	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5128;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=123;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TTTCTATATTCAAAAAAAAAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=37414202;WS=37414184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr21	37420785	rs880221	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=514;SC=CCCACAATCACCTACCAGTAA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=37420793;WS=37420775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	37425955	rs762360	C	T	4992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=129;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.653;SC=TAAATCCTACCATAACTTCAA;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=200;TCF=65;TCR=135;TR=194;WE=37425963;WS=37425945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr21	37425971	rs762361	C	T	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=41;NR=117;PP=2965;SC=TTCAAGGTCCCAGAGATAACT;SOR=1.889;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=160;TCF=41;TCR=119;TR=158;WE=37425979;WS=37425961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr21	37429679	rs7282629	G	C	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=42;PP=1342;SC=CGCAATGACTGACTTCTGTAT;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=37429687;WS=37429669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr21	37431265	rs2051395	G	T	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=59;PP=1680;SC=CTGTGGAAATGCTCAATCTAA;SOR=4.047;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=7;TCR=59;TR=66;WE=37431273;WS=37431255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	37442340	rs41549312	G	A	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=7;PP=923;SC=GCAGTCTCTGGAACACGCTGC;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=37442348;WS=37442330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	37443156	rs113589610	T	TG	146.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=24;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=254;SC=ACTAAGTTTTTTTTTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=37443171;WS=37443146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	37443162	.	T	TG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	37443349	rs41557318	C	T	8790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=144;PP=2965;SC=TCTAATAAAACCCCAAGGTGA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=307;TCF=163;TCR=144;TR=307;WE=37443357;WS=37443339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr21	37443480	rs1005696	T	G	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=107;PP=2965;SC=TCTGTGCTTTTTCTCCTGCCA;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=203;WE=37443488;WS=37443470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr21	37443565	rs1005695	G	C	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=55;PP=1698;SC=CCTCCCTGTCGCACTGGTCTT;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=80;WE=37443573;WS=37443555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr21	37507501	rs8133052	G	A	6896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=145;NR=103;PP=2965;SC=ATGTCGTCCTGCAGCCGCGTG;SOR=1.013;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=145;TCR=103;TR=248;WE=37507509;WS=37507491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr21	37507745	rs881711	C	T	12611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=140;PP=2965;SC=GGGGGCTCAACGTACTGGTCA;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=280;TCF=140;TCR=140;TR=279;WE=37507753;WS=37507723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr21	37507769	rs881712	C	T	11584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=117;NR=127;PP=2965;SC=ACGCGGCCGTCGCCTTCAAGA;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=117;TCR=127;TR=244;WE=37507777;WS=37507759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr21	37509995	rs12626192	C	T	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=485;SC=TCACCGACCTCGTTCTTAAAA;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=37510003;WS=37509993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	37518362	rs2835286	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=601;ReadPosRankSum=0.385;SC=TATATTTATCATTCTGTTTCA;SOR=0.324;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=35;WE=37518370;WS=37518352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr21	37571667	rs7281674	T	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=35;PP=959;SC=TGCAACAGTTTATCATAAAGC;SOR=4.021;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=39;WE=37571675;WS=37571657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	37571692	rs2835316	G	A	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=604;SC=ACCAGGAGACGTCACTGGGCG;SOR=4.332;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=26;WE=37571700;WS=37571682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	37586877	rs2850079	T	C	6237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=123;PP=2965;SC=ATGCTGCTTCTATCCTATGCT;SOR=1.312;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=82;TCR=124;TR=205;WE=37586885;WS=37586867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr21	37617630	rs4817788	T	G	14913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=276;NR=266;PP=2965;ReadPosRankSum=0.394;SC=TACAAGCTCCTGCCACACGGA;SOR=0.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=543;TCF=276;TCR=267;TR=542;WE=37617638;WS=37617620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,563:1.00:564
chr21	37619724	rs1023367	C	T	6404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=155;NR=52;PP=2965;SC=GTGATCTCTCCCTAGTTCCTG;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=155;TCR=52;TR=207;WE=37619732;WS=37619714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr21	37619931	rs5843755	A	AT	3274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.108;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.444;NF=5;NR=115;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.681;SC=AAAAAGGTAAATTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=166;TCF=8;TCR=158;TR=120;WE=37619939;WS=37619921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,146:0.92:159
chr21	37623447	rs2298450	C	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=21;PP=1179;SC=ACTTTTTTTTCCCTATTTTCT;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=37623455;WS=37623437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	37625935	.	C	CAA	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.8698;HP=15;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=17;MQ=52.95;NF=4;NR=0;PP=42;QD=11.25;SC=GACCGTGTTTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=4;WE=37625943;WS=37625925;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,4:0.20:20
chr21	37626011	rs62232368	C	T	4273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=36;PP=2965;SC=AAGGATGTGTCATCCTTATTT;SOR=2.176;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=114;TCR=36;TR=150;WE=37626019;WS=37626001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr21	37642196	rs11700664	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=5;PP=1093;SC=TTAATGGTACGTATATGCTCA;SOR=4.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=37642204;WS=37642186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	37649170	rs7279450	A	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=3;PP=386;SC=AAAAGCTGAAAGTTAACAGAG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=37649178;WS=37649160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	37650182	rs2070516	C	T	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=259;SC=TCAAGTGATCCGCCCTCCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=37650190;WS=37650172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	37650235	rs2070517	T	C	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=5;PP=1166;SC=CCGTCGCACCTGGCCAGTTTC;SOR=3.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=37650243;WS=37650225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	37653705	rs7277281	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=0;PP=435;SC=ATAGAATTACACTAGTATGAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=19;WE=37653713;WS=37653695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	37660161	rs2268299	G	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=0;PP=558;SC=GGGATTACAAGTGCGAGCCAC;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=23;WE=37660169;WS=37660151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	37661180	rs9979272	A	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=37;PP=1423;SC=TTAGATATAGAGTTGTCTAAT;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=37661188;WS=37661170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	37664372	rs9977791	C	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=6;PP=719;SC=CTCTTACCAGCAGACCTGACC;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=37664380;WS=37664362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	37664501	rs9978057	G	A	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.41;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	37692507	rs62229372	C	T	13500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=253;NR=240;PP=2965;SC=AGTCGTTCCGCCACCTCCCAG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=493;TCF=253;TCR=240;TR=493;WE=37692515;WS=37692497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr21	37728892	rs141327973	C	CTTGAA	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=675;SC=AGAATTTTTTCTTGATTTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=37728900;WS=37728882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	37729088	rs2835339	G	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=26;PP=824;SC=AGAGTAAAGGGATTGTACAAT;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=37729096;WS=37729078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	37759957	rs62229404	C	T	6652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=135;NR=99;PP=2965;SC=TCCAATCTTGCTCGTCATACC;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=135;TCR=99;TR=234;WE=37759965;WS=37759947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr21	37784070	rs218630	G	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=264;SC=TCTGTCACCCGGGCTGGAGTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=37784078;WS=37784060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	37787572	.	CT	C	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.993;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,35:0.20:172
chr21	38081562	rs2070647	T	G	6935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=126;PP=2965;SC=TAGAGCGGCCTCGCCGGGGGA;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=111;TCR=126;TR=237;WE=38081570;WS=38081552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr21	38081577	rs2070648	C	G	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=107;PP=2965;SC=GGGGGAGGAGCGCAGCCGCCG;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=104;TCR=107;TR=211;WE=38081585;WS=38081567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr21	38084773	rs2835443	G	A	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=4;PP=1013;SC=CTGTACCATTGTTAGATTTAA;SOR=3.467;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=38084781;WS=38084763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	38092072	rs79727992	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=471;SC=CTCCCCCTGCGCCAATCCCAG;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=38092080;WS=38092062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	38139632	rs2073421	C	A	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=43;PP=1204;SC=ATGGACACGCCCGCGGCACCA;SOR=2.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=38139640;WS=38139622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	38302769	rs2073425	C	T	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=74;PP=1968;SC=AAACTGAGGGCACTCACAGGC;SOR=1.510;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=113;WE=38302777;WS=38302759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr21	38338651	rs1055699	C	T	184.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=98;SC=CCGGGGCTCCCGAACTCCCGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=38338673;WS=38338641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38338665	rs1055700	C	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=115;SC=CTCCCGGGCTCCCGGCGGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=38338673;WS=38338641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	38338969	rs9980304	T	C	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=80;PP=1858;SC=GAGCCCGCCTTGCCCGCCCGC;SOR=1.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=49;TCR=80;TR=129;WE=38338977;WS=38338959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr21	38339023	rs184468430	G	A	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=28;PP=786;SC=GAAGGGCCGCGCCGCCCCCCC;SOR=3.383;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=35;WE=38339031;WS=38339013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	38385925	rs77429661	T	C	4006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=83;PP=2772;SC=TAAGGTAATATACGACTTCAC;SOR=1.478;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=48;TCR=84;TR=131;WE=38385933;WS=38385915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr21	38437763	rs7337	C	G	113.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	38444863	rs2507733	C	T	6115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=120;PP=2965;SC=ACAATCAGCGCCAGCGATGTG;SOR=1.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=92;TCR=120;TR=212;WE=38444871;WS=38444853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr21	38495185	rs11440324	G	GT	2090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=17;PP=1046;SC=TAAATTTGAGGTCCTTACTAT;SOR=0.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=29;WE=38495193;WS=38495175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	38495213	rs11440325	G	GA	2356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=25;PP=1613;SC=AAGTAAATTTGAAATCTTTTA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=38495221;WS=38495203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	38495270	rs11440326	A	AT	3054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=30;PP=1417;SC=TGTGTGTGTGATGACTTTTAT;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=43;WE=38495278;WS=38495257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	38498178	rs67628252	GT	G	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=124;SC=TCAAGAATTTGTTCGTTGCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=38498193;WS=38498168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	38498185	rs66532388	GC	G	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=124;SC=TTTGTTCGTTGCCATATCATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=38498193;WS=38498168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	38498585	rs12185849	G	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=183;SC=AGAAAATATTGAATATTTATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=38498593;WS=38498575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	38512956	rs1133001	A	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	38517021	rs1344047	G	A	5338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=84;NR=92;PP=2965;SC=ATCAGGAGGCGGAGAGGTAGG;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=84;TCR=92;TR=176;WE=38517029;WS=38517011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr21	38517058	rs764175	C	T	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=74;PP=2182;SC=CTCCCTTACACGCATTTCCCC;SOR=2.175;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=106;WE=38517066;WS=38517048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	38520091	rs9978203	C	T	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=197;SC=TGCAGTGGCACGATCTTGGCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=38520099;WS=38520081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	38522353	rs35491163	GT	G	36.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=1;PP=82;SC=CATTTTTCTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=38522361;WS=38522343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	38522618	rs2257091	G	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=133;SC=AGGAAATACTGGGATGTGAGA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=38522626;WS=38522608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	38523266	rs3737540	C	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=16;PP=457;SC=CTAAATTATGCCTTTTTAAAA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=38523274;WS=38523256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	38525198	rs2051162	G	A	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=26;PP=1409;SC=CTAAGTTTATGTAATTGTGAA;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=38525206;WS=38525188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr21	38525356	rs1053808	T	C	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=63;PP=1621;SC=AATACAGCCATGCTTCTCAAA;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=101;WE=38525364;WS=38525346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	38525652	rs767998	T	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=24;PP=609;SC=CATTTTCATTTTCCTGCCATA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=38525660;WS=38525642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	38528866	rs2835635	A	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=3;PP=651;SC=GCAAACTATAATCAGCTGGCT;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=38528880;WS=38528856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	38528872	rs10706050	TG	T	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=4;PP=1033;SC=TATAATCAGCTGGCTTTCAGA;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=38528880;WS=38528856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	38531863	rs4817852	T	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=518;SC=GTTTCTAAACTACACTTGTGT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=38531871;WS=38531853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	38531921	rs1787365	C	A	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=12;PP=1008;SC=TAGTATGAGGCGTTATTTTAA;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=38531929;WS=38531911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr21	38532068	rs113972351	G	GA	6378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=91;PP=2974;SC=TGGATCACTTGAATCTTACGT;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=21;TCR=91;TR=112;WE=38532076;WS=38532048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr21	38532086	rs34586966	TG	T	6849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=90;PP=2957;SC=CGTTCTAATCTGATGTTAAAC;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=12;TCR=90;TR=102;WE=38532094;WS=38532076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr21	38532192	rs34367119	A	AT	929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=26;PP=1069;SC=ACGTACTATTATTCATTAGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=38532200;WS=38532182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	38532901	rs5843796	G	GT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=217;SC=CTTAATTTTAGTATACATTAG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=38532918;WS=38532892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	38532904	rs5843798	T	TA	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.77;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr21	38534228	rs11424055	A	AT	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=125;SC=AATTTTAATGATTTTTCTCTT;SOR=2.584;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=38534242;WS=38534218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	38534234	rs57522570	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=2;PP=144;SC=AATGATTTTTCTCTTTAATGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=38534242;WS=38534218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	38539673	rs1793885	C	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.10;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	38539677	rs4988831	A	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	38539681	rs1793886	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.88;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	38539718	rs2000413	G	A	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=5;PP=653;SC=ACATGTTTACGGAAAGCATGG;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=38539726;WS=38539708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	38539745	rs5843802	G	GA	1619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=16;PP=550;SC=ATCTAAATGGGAAAAAAAACT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=38539753;WS=38539735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	38539836	rs5843803	T	TA	4495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=43;PP=2529;SC=AAGTGAATTTTATTTTTTGTT;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=60;WE=38539852;WS=38539826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr21	38539844	rs2000415	G	A	4603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=48;PP=1547;SC=TTTATTTTTTGTTTTGCCCAC;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=89;WE=38539852;WS=38539826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr21	38540089	rs2000416	T	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=49;SC=TTGTTGAAATTTGAGAAGGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=38540097;WS=38540079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	38563725	rs2835655	G	A	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=31;PP=1042;SC=AGAAAGCAAAGGTAAGTTGTA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=38563733;WS=38563715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	38567902	rs2835659	C	T	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.49;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	38567911	rs7280251	T	C	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.02;SOR=2.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr21	38568009	rs1053966	G	C	11415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=216;NR=176;PP=2965;SC=GTCTTCAGGCGACGATGGCCA;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=395;TCF=219;TCR=176;TR=392;WE=38568017;WS=38567999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr21	38568308	rs6579	C	T	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=104;PP=2965;SC=TTATTGAGCACCTGTCAGTGG;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=81;TCR=104;TR=185;WE=38568316;WS=38568298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr21	38574018	rs1053984	C	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=169;SC=GTTAATATCGCTGATATTAAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=38574026;WS=38574008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	38599934	rs11300896	TG	T	4992.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=45;PP=2951;SC=CCATGAGGGCTGGGAGGCGAG;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=87;WE=38599942;WS=38599924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr21	38600154	rs10716173	CG	C	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=30;PP=1253;SC=GCAGAGGCTGCGGGGTCCACA;SOR=3.145;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=32;WE=38600162;WS=38600144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	38604651	rs117381241	G	A	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=11;PP=1234;SC=AGATACCCACGGCATTCGCCT;SOR=2.200;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=59;WE=38604659;WS=38604641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	38792786	rs143066663	TGGG	T	2708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=39;PP=1517;SC=TAGCAGTTAGTGGGGGGAATT;SOR=3.150;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=41;WE=38792796;WS=38792776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	38850640	rs928763	G	A	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=93;PP=2622;SC=CTATCTTGCAGTATGTCATTG;SOR=3.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=14;TCR=93;TR=107;WE=38850648;WS=38850630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	38858938	rs55650427	G	A	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=100;PP=2965;SC=GGCAAACAGCGCAGTGTGCCC;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=81;TCR=100;TR=181;WE=38858946;WS=38858928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr21	38862862	rs67837743	C	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=402;SC=TTGCGGTTTTCGCCATTGCAG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=38862870;WS=38862852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	38865507	rs2835772	C	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=73;PP=2075;SC=TTCATAATTTCTTTTTGTCTT;SOR=2.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=19;TCR=73;TR=92;WE=38865515;WS=38865497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	39086965	rs2070995	T	C	6538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=107;PP=2965;SC=TAATTCCCTCTGGGCATTTAT;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=226;TCF=118;TCR=108;TR=225;WE=39086973;WS=39086955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr21	39089242	rs3061015	ACT	A	2599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=8;PP=2171;SC=CTTTATGGACACTCTGTTTTT;SOR=3.370;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=49;WE=39089251;WS=39089232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	39089582	rs857961	A	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=648;SC=CAAATACCAGAATAGGTGTTG;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=39089590;WS=39089572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	39213020	rs2836016	G	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=895;SC=TCCTGGAGGTGAGAAGAAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=39213028;WS=39213010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	39870310	rs2836441	G	A	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=42;PP=1325;SC=GCCATAATGCGATCAAGTTTA;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=39870318;WS=39870300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	40190620	rs10854389	C	G	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=49;PP=1455;SC=ATTCTGAGAACCCCAGAGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=40190628;WS=40190610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	40191431	rs457705	T	G	7799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=167;NR=116;PP=2965;SC=TGCCAGGGACTCCCAAAGACC;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=167;TCR=116;TR=283;WE=40191439;WS=40191421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr21	40191638	rs461155	A	G	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=95;NR=128;PP=2965;SC=GGAGTGACCCAGTGGAGCAAG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=95;TCR=128;TR=223;WE=40191646;WS=40191628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr21	40553845	rs6517522	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=20;PP=575;SC=AACTTCAATATAAACAGTATC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=40553853;WS=40553835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	40571246	rs1041439	A	G	10387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=183;NR=155;PP=2965;SC=CACTGGTAATAGTTGATTTTC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=183;TCR=155;TR=338;WE=40571254;WS=40571236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr21	40574305	rs2183573	A	G	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=33;PP=1995;SC=CTTTCTGATGATTCTGCTGAA;SOR=1.462;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=102;WE=40574313;WS=40574295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	40584598	rs6517529	C	T	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=39;PP=1588;SC=TTACTCTCCTCCTTCCAGAAG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=88;WE=40584606;WS=40584588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr21	40587003	rs11434832	G	GC	563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=1;PP=453;SC=CACCATGTTGGTACGCTGGTC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=40587011;WS=40586993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	40587049	rs4818004	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=6;PP=445;SC=GACGGCCTTCACTTCCCAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=40587057;WS=40587039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	40597215	rs139986112	A	AAAG	2621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=46;PP=2465;SC=TACAGATAAAAAAGCCAAAAG;SOR=3.334;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=47;WE=40597223;WS=40597205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	40597236	rs9977787	A	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=39;PP=975;SC=CACAATACAAAAACAGGCAAG;SOR=5.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=40;WE=40597244;WS=40597226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	40600313	rs11702268	T	C	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=8;PP=540;SC=ATATCTCTTCTGGAATTTACA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=40600321;WS=40600303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	40636351	rs200408431	C	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.20;QD=20.85;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	40641858	rs61740760	T	G	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=43;PP=1829;SC=TGGTACCTTTTGTAATATCCC;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=97;WE=40641866;WS=40641848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr21	40642189	rs6517532	C	T	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=27;PP=1591;SC=ATTTGTTACACTGTACCAGAA;SOR=1.497;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=81;WE=40642197;WS=40642179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr21	40646226	rs145636658	AGAGC	AGCGAGC,A	1562.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.766;NF=44,49;NR=21,21;PP=209,2119;ReadPosRankSum=0.776;SC=AGAGACACAGAGAGCGAGAGA;SOR=0.875;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=65,70;WE=40646238;WS=40646213;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.64:90
chr21	40646230	rs9977574	C	A	3819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.756;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.433;NF=68;NR=19;PP=2109;ReadPosRankSum=1.533;SC=ACACAGAGAGCGAGAGAGAGA;SOR=2.599;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=119;TCF=90;TCR=29;TR=87;WE=40646238;WS=40646213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,103:0.90:115
chr21	40648265	rs2836969	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=36;PP=996;SC=GTGTTGCTTAGCCCTGTCATT;SOR=2.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=40648273;WS=40648255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	40649088	rs139067275	TA	T	1271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=1163;SC=AAATTAAAAATAAAAGTAGAG;SOR=3.003;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=31;WE=40649096;WS=40649078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	40650567	rs9985148	G	C	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=0;PP=261;SC=AACACCAGAAGTCATTTACCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=40650575;WS=40650557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	40650621	rs973521	G	A	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.41;SOR=1.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	40652040	rs2836971	A	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=19;PP=2218;SC=CTACATTAAAAAACAAAACCT;SOR=2.507;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=84;TCR=19;TR=103;WE=40652048;WS=40652030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr21	40684641	rs2272578	C	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=265;SC=ACGCAGCTATCCCCGGGCCGC;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=40684649;WS=40684631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	40685239	rs34240248	A	G	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.83;QD=44.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	40685246	rs34436313	A	G	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.83;QD=44.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	40685283	.	C	CCGGGG	2232.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.53;QD=42.13;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	40685284	.	A	AGCCG	2232.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.98;QD=44.65;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	40686078	rs9981301	G	C	12410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=232;NR=229;PP=2965;SC=TTCGAGGACAGGAAAGCTTTT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=463;TCF=232;TCR=231;TR=461;WE=40686086;WS=40686068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr21	40686327	rs4624474	T	C	5389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=101;PP=2965;SC=ACGGCTCGGCTGGATCCATCC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=200;WE=40686335;WS=40686317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr21	40686382	rs9981349	A	G	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=80;PP=2513;SC=GGTGGTGCAGACGGGCCGCAG;SOR=1.187;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=134;WE=40686390;WS=40686372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr21	40715132	rs2070867	G	A	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=48;PP=1318;SC=ACACGTTGTCGTTTTATTTAT;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=40715140;WS=40715122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	40715167	rs2070866	A	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=499;SC=TCTTTAAAAAAGTCAATAACC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=40715175;WS=40715157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	40719241	rs2249666	C	T	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=160;SC=ACATAGTTAACATTTTTACAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=40719249;WS=40719231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	40719477	rs144316302	T	TA	1080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=728;SC=AACTCTCACCTAAGTTTTGGA;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=40719485;WS=40719467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	40721611	rs2735313	A	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=231;SC=GGGCGTGGGAAGGAGAGCCGA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=40721619;WS=40721601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	40969620	rs2091883	G	A	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=7;PP=899;SC=AATGGAAGAGGCGGGAGAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=40969628;WS=40969610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	40969826	rs662571	G	C	9367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=172;NR=157;PP=2965;SC=CGTGGATCCTGCACCAGAGCT;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=329;TCF=172;TCR=157;TR=329;WE=40969834;WS=40969816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr21	40977826	rs506382	A	G	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=40;PP=2534;SC=TTGCAGGCACAAGACATCATT;SOR=1.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=94;TCR=40;TR=134;WE=40977834;WS=40977816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr21	40978013	rs2837096	G	A	12725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=212;NR=231;PP=2965;SC=GAATGTATAGGCTTCCAATCA;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=444;TCF=212;TCR=232;TR=443;WE=40978021;WS=40978003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr21	40981609	rs71316683	A	G	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=58;PP=2139;SC=GGGGAGACAGAGCATGGACAA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=111;WE=40981617;WS=40981599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr21	41032740	rs3746887	T	C	8477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=173;NR=145;PP=2965;SC=AAAGAGAGGATGGTGAAGGGA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=173;TCR=146;TR=318;WE=41032748;WS=41032730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr21	41032804	rs734413	G	A	7541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=139;NR=126;PP=2965;SC=CAGCGGAAACGAAAGAGGTGG;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=139;TCR=126;TR=265;WE=41032812;WS=41032794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr21	41117368	rs403527	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=6;PP=818;SC=ATCAGAGGAAGTAGATTCAGA;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=41117376;WS=41117358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	41117533	rs425320	T	C	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=53;PP=1289;SC=GCTGGGAGGTTGGGACGACAG;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=41117541;WS=41117523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	41137362	rs9784201	A	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=10;PP=1264;SC=TGGATGGACAACCTGGGGGTT;SOR=2.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=41137370;WS=41137352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	41137507	rs2205204	G	C	12759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=234;NR=203;PP=2965;SC=CAAAATGCAAGAGTCCTGAAG;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=438;TCF=235;TCR=203;TR=437;WE=41137515;WS=41137497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr21	41142775	rs73217279	A	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	41142803	rs2837199	T	C	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=211;SC=GCGAGAGGCATGGTCATGTCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=41142811;WS=41142793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	41142940	rs2837200	G	A	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=46;PP=2055;SC=CCCGGCTCCCGGATATTTCCT;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=110;WE=41142948;WS=41142930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	41143246	rs62237180	G	C	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=29;PP=831;SC=ATCATATGGCGACCTTGATTT;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=41143254;WS=41143236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	41160242	rs456818	A	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=29;PP=962;SC=ATTAAGTACCAGAGGTAGACA;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=61;WE=41160250;WS=41160232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	41165301	rs464574	A	G	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=747;SC=CATTCTAAAGAGATGGGATCT;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=41165309;WS=41165291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	41165566	rs460504	T	C	8757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=182;PP=2965;SC=TTCCCCCTTTTTGGACTTTTT;SOR=1.365;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=113;TCR=182;TR=295;WE=41165574;WS=41165556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr21	41165677	rs463903	G	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=927;SC=CTCCATATCAGCTGGTCAGCA;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=37;WE=41165685;WS=41165667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	41506058	rs403892	A	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=674;SC=TCATCTGGACACGAGAATTCT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=41506066;WS=41506048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	41514421	rs11701139	G	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=2;PP=874;SC=AACTAGGAGGGGTCTGCAAAT;SOR=3.855;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=41514429;WS=41514411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	41514688	rs35155500	TA	T	1888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=36;PP=1439;SC=AGCAAAGCAATAACCGAAAAA;SOR=1.893;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=36;WE=41514696;WS=41514678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	42717662	rs417708	T	C	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=51;NR=77;PP=1870;SC=TGTATGAAGGTGGTAAGAAAA;SOR=1.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=128;WE=42717670;WS=42717652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr21	42767733	rs440364	T	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=24;PP=690;SC=TCAGGAAAGCTCTGGAATTAG;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=42767741;WS=42767723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	42775179	rs112479250	G	GT	3215.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=22;PP=1375;ReadPosRankSum=-2.009;SC=TCTCCTTTTTGCTTTTTTTGG;SOR=1.455;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=83;WE=42775188;WS=42775169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,117:0.98:120
chr21	42775180	rs459763	C	T	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=86;NR=23;PP=2485;SC=CTCCTTTTTGCTTTTTTTGGT;SOR=2.049;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=109;WE=42775188;WS=42775169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr21	42775555	rs462161	A	G	8838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=182;NR=130;PP=2965;SC=CTCCACCGAGAACTGGCTGGT;SOR=0.973;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=182;TCR=130;TR=312;WE=42775563;WS=42775545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr21	42808015	rs468207	A	G	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=81;PP=2498;SC=TACCACAGACAGGGTGGCTTA;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=28;TCR=81;TR=109;WE=42808023;WS=42808005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	42808054	rs468451	C	G	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=46;PP=1334;SC=TCTCACAGTTCTGGAGACTGG;SOR=4.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=50;WE=42808062;WS=42808044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	42809206	rs468646	A	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=45;PP=1349;SC=ACATCAGGCCACGGTTCCTTC;SOR=3.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=53;WE=42809214;WS=42809196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	42812891	rs467960	C	T	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=71;PP=2161;SC=ATGTGGACATCGCCACCACAG;SOR=1.152;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=122;WE=42812899;WS=42812881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr21	42813933	rs145807679	A	AGTGTGT	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=530;SC=AGATGTGTGGAGTGTGTGTGT;SOR=3.442;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=15;WE=42813941;WS=42813923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr21	42817582	rs469288	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=17;PP=463;SC=TTCCTTCTTCACTCCCCCAAG;SOR=1.708;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=42817590;WS=42817572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	42817612	rs469382	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=324;SC=AAGACATCTGGCCCGTAGCAC;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=42817620;WS=42817602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	42817930	rs469390	G	A	5755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=122;NR=82;PP=2965;SC=TTGACAGAAAGTTAATGCCTT;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=204;TCF=122;TCR=82;TR=204;WE=42817938;WS=42817920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr21	42818106	rs467773	C	T	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=56;PP=1543;SC=CTGCTACAACCGAATACCTGA;SOR=3.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=67;WE=42818114;WS=42818096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	42818132	rs364199	A	G	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=42;PP=1196;SC=GGTCATTTATAAACAGTAGAA;SOR=4.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=46;WE=42818140;WS=42818122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	42824733	rs469304	G	A	5292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=82;NR=105;PP=2965;SC=GGGCTTTCCAGTCCAGCTCGG;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=82;TCR=105;TR=187;WE=42824741;WS=42824723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr21	42824874	rs467798	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=774;SC=TAGTCTTGCTCTCTCTGTAGG;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=42824882;WS=42824864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	42838138	rs73905370	A	T	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=44;PP=1304;SC=AAAGGTGGAAAATAATTTTTT;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=42838146;WS=42838128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	42838198	rs55896064	G	A	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=490;SC=AAGCTTAATAGCACAAAGGGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=42838206;WS=42838188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	42842713	rs112132031	C	CCTAAGGCCTCGGG	3219.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=2900;SC=GCGGGTATCACCTATGTCTCC;SOR=2.505;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=27;WE=42842721;WS=42842703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	42843960	rs464431	A	G	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=57;PP=1727;SC=CAGAGCTCTCAGTGGATGAAC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=76;WE=42843968;WS=42843950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr21	42845374	rs2298659	G	A	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=55;PP=1844;SC=GCGCGCTCTCGCCGCCCACAA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=111;WE=42845382;WS=42845364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr21	42848560	rs140530035	CAG	C	11027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=133;PP=2957;SC=GCAAAAAGAACAGGGGAAATT;SOR=1.098;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=17;TCR=135;TR=150;WE=42848569;WS=42848550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr21	42848684	rs9985159	C	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=586;SC=AGTTACAACTCCAATAAGGTA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=42848692;WS=42848674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	42852497	rs12329760	C	T	9045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=149;NR=178;PP=2965;SC=GATGAGTACACCTGAAGGATG;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=150;TCR=178;TR=327;WE=42852505;WS=42852487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr21	42860494	rs3819138	C	G	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=65;PP=1924;SC=CGCAATGAGCCTCATGGAGTG;SOR=1.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=42860502;WS=42860484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr21	42860593	rs3787947	C	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=18;PP=452;SC=GAGATGAAGTCTCATTCTGTC;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=42860601;WS=42860583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	43161022	rs7276592	C	T	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=18;PP=1484;SC=GCCGCAGGAGCGTGGCGGCGG;SOR=2.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=79;WE=43161030;WS=43161012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr21	43161357	rs3746891	T	C	6027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=107;PP=2965;SC=TCTGAGGTCATGGCCTCCTTG;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=103;TCR=109;TR=210;WE=43161365;WS=43161347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr21	43161805	rs2838113	G	A	14413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=281;NR=229;PP=2965;SC=TGCTAGACTCGTCCCCGTTCT;SOR=0.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=511;TCF=282;TCR=229;TR=510;WE=43161813;WS=43161795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr21	43161877	rs3746893	C	T	14218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=254;NR=252;PP=2965;SC=TGATCTTCCGCGCCAGCAGGA;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=506;TCF=254;TCR=252;TR=506;WE=43161885;WS=43161867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr21	43162150	rs3746894	G	A	5664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.813;SC=CGTCTGTGGTGCCCAGATCTG;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=97;TCR=105;TR=199;WE=43162158;WS=43162139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr21	43162200	rs3746895	T	C	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=75;PP=2362;SC=TGGCTGCACATCCAGGGACGT;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=123;WE=43162208;WS=43162190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr21	43164232	rs2277789	C	A	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=76;PP=2599;SC=GCTGTGAGAGCAGCTCGGAGA;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=56;TCR=76;TR=132;WE=43164240;WS=43164222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr21	43164345	rs2277790	A	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=18;PP=498;SC=CCTGCCATAGACCGCATGGCC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=43164353;WS=43164335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	43177124	rs59885183	C	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=372;SC=TGTCACATCACGAATGCAGGG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=43177132;WS=43177114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	43221483	rs3850706	A	G	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=40;PP=2701;SC=TGCGGCTGCGAGGGTGGCAAG;SOR=1.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=99;TCR=40;TR=139;WE=43221491;WS=43221473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr21	43231296	rs28461265	A	T	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.265;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=0.044;SC=TAGGGCCTTCAGGAGAAGGTG;SOR=2.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=50;TCR=125;TR=172;WE=43231304;WS=43231285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr21	43231342	rs28484650	C	T	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=71;PP=1948;ReadPosRankSum=1.733;SC=AACGCTCATCCCCAGCCTCGG;SOR=3.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=7;TCR=72;TR=78;WE=43231350;WS=43231332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr21	43236252	rs28657504	A	G	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=114;PP=2965;SC=CTGGGGGCCCATGCCCGAGAC;SOR=2.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=36;TCR=114;TR=149;WE=43236260;WS=43236242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr21	43239972	rs28477638	A	G	13863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.97;NF=235;NR=280;PP=2965;SC=ACTCGCGGACATTGTCGTGCA;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=516;TCF=235;TCR=281;TR=515;WE=43239980;WS=43239962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr21	43242207	rs28360603	G	A	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=11;PP=1210;SC=GCCTTGAAACGACCACCTTCC;SOR=2.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=57;WE=43242215;WS=43242197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	43243585	rs28545527	A	G	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=69;PP=2864;SC=TGCCCTGCCCACAGAACTCTG;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=152;WE=43243593;WS=43243575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr21	43246223	rs28559700	C	T	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=21;PP=1785;SC=CAAATCTTCCCTGCAATATTC;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=85;WE=43246231;WS=43246213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr21	43246495	rs28473463	T	G	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=1.641;SC=GCCAGCATCCTTTCCAGCGCA;SOR=1.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=64;TCR=143;TR=204;WE=43246503;WS=43246485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr21	43254463	rs2839388	A	G	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=15;PP=2870;SC=CCCATGTGCGACAGCCCTGGT;SOR=3.553;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=100;TCR=16;TR=113;WE=43254471;WS=43254453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	43255359	rs2839391	G	C	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=2;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.818;SC=TTACTGGAAAGTTTCCATCTG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=47;WE=43255367;WS=43255349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr21	43255727	rs2839393	T	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=50;PP=1459;SC=TCCACGCCTGTGTCTGTTATG;SOR=3.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=59;WE=43255735;WS=43255717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	43256073	rs8129229	C	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-0.497;QD=31.81;ReadPosRankSum=1.784;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr21	43256076	rs8129333	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-0.674;QD=29.37;ReadPosRankSum=2.305;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr21	43256082	rs8132216	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-0.812;QD=41.42;ReadPosRankSum=1.884;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr21	43256103	rs113924224	C	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=11.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-2.817;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr21	43256106	rs112373687	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=8.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-3.308;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr21	43256112	.	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-4.238;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,4:0.10:40
chr21	43256252	rs4920098	C	T	6085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=88;PP=2965;SC=AGGAAACGTGCTGCTTTAGGC;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=123;TCR=88;TR=210;WE=43256260;WS=43256242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr21	43256438	rs4920101	T	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=35;PP=1001;SC=GCTGCAGAGATGATCGCCCAC;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=43256446;WS=43256428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	43258000	rs8127003	T	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=9;PP=1316;SC=GCTGCCAGCATTGTCTGTCCA;SOR=2.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=43258008;WS=43257990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	43258353	rs6586335	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=628;SC=ACATTTACTAGTACAAACAGA;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=43258361;WS=43258343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	43267260	rs2277793	C	T	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=87;NR=67;PP=2740;SC=ACTGGCTGGGCTCCGACTCCA;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=87;TCR=68;TR=154;WE=43267268;WS=43267250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr21	43277279	rs3833355	C	CT	5786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=54;PP=2936;SC=TGGCAACAGCCTTTACCTTCA;SOR=1.030;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=90;WE=43277287;WS=43277269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr21	43298846	rs143393748	C	T	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.146;NF=72;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=0.380;SC=GGTCCAGGGACCCCCCCGTGC;SOR=1.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=73;TCR=132;TR=203;WE=43298854;WS=43298836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chr21	43298954	rs202107842	C	CG	634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=30.23;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	43299261	rs112381381	G	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	43299327	rs185321045	C	A	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	43309191	rs2839403	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=362;SC=GGTAGTTAACATGGGTGCACG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=43309199;WS=43309181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	43314865	rs2839410	T	C	10464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GAAAGCCTGTTTCGACTTGGA;SOR=0.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=200;TCR=164;TR=363;WE=43314873;WS=43314855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,379:1.00:380
chr21	43319534	rs511247	A	C	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=73;PP=2281;SC=TTTGAAAAGAACTGAAAAGCA;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=55;TCR=74;TR=128;WE=43319542;WS=43319524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr21	43319605	rs2839416	T	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=790;SC=GTGGGCCTCATAGAAGGCGCT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=43319613;WS=43319595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	43327117	rs2277795	C	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=6;PP=813;SC=TCAGCGGGGACGCCCTCCCCA;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=43327125;WS=43327107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	43327793	rs3746904	C	T	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=12;PP=1211;SC=AGCCCAGCACCGAGCTGCCGC;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=43327801;WS=43327783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	43327925	rs79187053	G	A	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=64;PP=1944;SC=AAGGGGTGCCGCTGATGTTTC;SOR=0.971;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=119;WE=43327933;WS=43327915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr21	43329572	rs61735800	T	C	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=41;PP=1788;SC=ACCCACCTTCTGAGGATCGCC;SOR=1.131;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=107;WE=43329580;WS=43329562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr21	43334896	rs3746908	A	G	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=71;PP=2235;SC=GGAAGTAGCCACTGGACTCCT;SOR=1.205;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=123;WE=43334904;WS=43334886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr21	43338175	rs3827223	C	T	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=14;PP=1588;SC=TGGTGCCTAACGGGGTTCAGA;SOR=2.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=70;WE=43338183;WS=43338165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr21	43338400	rs2245036	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=20;PP=528;SC=CCCAATCTCACGTCTTCAGGT;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=43338408;WS=43338390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	43338933	rs12483229	A	T	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=8;PP=936;SC=TTCTCACGCCAATGGAAGAAT;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=43338941;WS=43338923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	43338948	rs2245127	A	C	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=10;PP=1269;SC=AAGAATCATAAAAACTTACGG;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=43338956;WS=43338938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	43339143	rs10681050	C	CTGTG	10301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=99;PP=2975;SC=GTGCATGTGACTGTGTGAGCA;SOR=1.234;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=132;TCF=9;TCR=123;TR=107;WE=43339162;WS=43339133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr21	43339154	rs2277796	T	C	9714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=50;NR=108;PP=2711;SC=TGTGTGAGCATGTGTGTGTGC;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=50;TCR=108;TR=158;WE=43339162;WS=43339133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr21	43342046	rs3746909	G	A	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=71;PP=2965;SC=GAACTGTGACGGGTCTCATAA;SOR=1.283;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=129;TCR=71;TR=200;WE=43342054;WS=43342036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr21	43342272	rs9974090	C	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.37;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	43413731	rs915837	C	T	8261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.94;NF=115;NR=165;PP=2965;SC=TTTTTCCTTGCGCTTCGTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=115;TCR=165;TR=280;WE=43413739;WS=43413721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr21	43496017	rs220285	C	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=9;PP=1237;ReadPosRankSum=2.035;SC=GGGAGGTGTGCTCTCACTTGC;SOR=2.998;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=54;WE=43496025;WS=43496007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr21	43496381	rs220286	G	T	4183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=93;PP=2664;SC=GCTGGGCTGGGGCGGGGCCAC;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=54;TCR=94;TR=147;WE=43496389;WS=43496371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr21	43519032	rs220312	G	A	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=35;PP=1643;SC=CTGTGCTTTCGTAGATTGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=98;WE=43519040;WS=43519022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	43522349	rs220109	T	C	10351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=179;NR=200;PP=2965;SC=ACCGCAGCAGTGTGGAGTACC;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=180;TCR=200;TR=379;WE=43522357;WS=43522339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr21	43523941	rs220111	C	A	11090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=181;NR=193;PP=2965;SC=GTCGTGAAGACGTTGATGGAT;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=181;TCR=193;TR=374;WE=43523949;WS=43523931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr21	43529515	rs220120	G	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=3;PP=973;SC=AGGCCGTAAGGTTGTCATGAG;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=41;WE=43529523;WS=43529505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	43529548	rs35742122	A	AG	3109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=16;PP=2377;SC=ATGCCCCAAAATGCCCCTGCT;SOR=2.272;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=53;WE=43529556;WS=43529538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	43530897	rs220125	G	A	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=10;PP=1292;SC=GGGATGCAGAGCAGTCCTGCT;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=43530905;WS=43530887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	43531008	rs220126	T	C	7874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=122;PP=2965;SC=GTGAGCCCCATGGGCGGTGGA;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=160;TCR=122;TR=282;WE=43531016;WS=43530998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr21	43531403	rs220127	C	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=16;PP=807;SC=CCCCAGCCAGCGGAGCACCAG;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=43531411;WS=43531393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	43531553	rs220128	A	C	11371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=257;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.612;SC=CCCGAAGGCTACTGGGTCAAC;SOR=1.433;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=397;TCF=258;TCR=139;TR=394;WE=43531561;WS=43531543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,402:1.00:404
chr21	43531632	rs220129	T	C	17508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=335;NR=304;PP=2965;SC=GGAAACTCCATCATGGAGCCA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=642;TCF=336;TCR=306;TR=639;WE=43531654;WS=43531622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,653:1.00:653
chr21	43531848	rs220131	C	T	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=132;PP=2965;SC=TGCATGGGGACTAGGACTAAT;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=72;TCR=132;TR=204;WE=43531856;WS=43531838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr21	43539523	rs220147	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=419;SC=TGAAAGATGTCGTGTTGTGCC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=43539531;WS=43539513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	43541342	rs220150	C	T	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=37;PP=1346;SC=AAGGTAATGTCGTCAGAGTTT;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=81;WE=43541350;WS=43541332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr21	43541478	.	CGT	C	343.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=1.748;SC=TGTGGGTGCACGTGTGTGTGT;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=43541487;WS=43541468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr21	43546705	rs220157	T	C	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=41;PP=979;SC=TTCCTTGAGATGGAATATACA;SOR=4.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=44;WE=43546713;WS=43546695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	43547788	rs220158	T	C	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=39;PP=2078;SC=TCAGCTGCCCTGTGCCCAACA;SOR=1.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=81;TCR=39;TR=120;WE=43547796;WS=43547778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr21	43548239	rs2839470	T	C	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=76;PP=2637;SC=CTTGCCATGATACCTAGTGCT;SOR=1.207;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=135;WE=43548247;WS=43548229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr21	43704650	rs2234719	C	T	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=136;NR=53;PP=2965;SC=AGGCGTCTCACGGTGCCTCTT;SOR=1.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=136;TCR=53;TR=189;WE=43704658;WS=43704640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr21	43766560	rs225334	G	A	9843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=1.689;SC=ATTTCATGAAGTATGAAGCTG;SOR=0.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=358;TCF=193;TCR=165;TR=356;WE=43766568;WS=43766550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr21	43769909	rs34333540	G	A	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=414;SC=GGCCTCCTCCGGCCCCTGCTC;SOR=4.294;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=43769917;WS=43769899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	43770926	rs5844113	CT	C	476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=193;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TATGGTTGTGCTTTTTTTTTT;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=14;WE=43770934;WS=43770916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr21	43782547	rs13276	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=492;SC=GTGCTGGGGACGGCACCGCGT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=43782555;WS=43782537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	43786512	rs225358	C	T	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=48;PP=2328;SC=GGAAGAAGCACGCCTTACCTG;SOR=1.213;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=127;WE=43786520;WS=43786502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr21	43796913	rs1078272	T	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=616;SC=CTCTGGTGTGTCGCAACAGCG;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=43796921;WS=43796903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	43803412	rs8129105	T	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=39;PP=890;SC=TCACTGCCCCTGCTCCCAGAG;SOR=3.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=43803420;WS=43803402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	43805637	rs2839501	C	T	6866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=118;PP=2965;SC=TATCTGAACTCACATAGCTGC;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=116;TCR=118;TR=234;WE=43805645;WS=43805627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr21	43805656	rs8130564	T	C	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=107;PP=2965;SC=GCAAGCACATTGGAAAGACAG;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=103;TCR=107;TR=210;WE=43805664;WS=43805646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr21	43824106	rs2277798	A	G	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=46;PP=1597;SC=CAAGCTCAAGAGCCGCAGCAG;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=43824114;WS=43824096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr21	43826391	rs3746924	T	C	14011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=213;NR=285;PP=2965;SC=CGACGTGACTTTGTGTCTGTG;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=499;TCF=213;TCR=286;TR=498;WE=43826399;WS=43826381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr21	43829758	rs11702374	G	A	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=86;PP=2473;SC=ACGGCAGCTGGAGGCATTTTT;SOR=2.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=26;TCR=86;TR=112;WE=43829766;WS=43829748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	43855067	rs1893592	A	C	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=82;PP=2795;SC=AATTGCAGGTATGTTTGAGGA;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=150;WE=43855075;WS=43855057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr21	43862466	rs2254368	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=435;SC=TGATTTAGACGTGTGTGTGAC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=43862474;WS=43862456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	43863521	rs868092	A	G	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=97;PP=2965;SC=ACACCTGTCCACAGGACAGTA;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=72;TCR=98;TR=168;WE=43863529;WS=43863511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr21	43864519	rs4920104	G	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=689;SC=CTTCTAGCCCGGGGGTCTCGC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=43864527;WS=43864515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	43867059	rs3827232	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=482;SC=CCTGGGCAGTCGCAGACCCTC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=43867067;WS=43867049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	43897349	.	G	A	358	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=58.9;NF=15;NR=1;PP=358;QD=24.5482007842;SC=CAGCCCGGGGGTGCCCCACAC;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=16;WE=43897357;WS=43897339;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr21	43955427	rs228056	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=319;SC=GAAACTGAACAGAAAATGCAC;SOR=5.549;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=43955435;WS=43955417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr21	43963759	rs228075	A	G	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=50;PP=1355;SC=GAGGCCTCGGATTTCCCTGCC;SOR=2.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=67;WE=43963767;WS=43963749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr21	43984126	rs7282730	C	T	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=43;PP=1271;SC=AGGGTCAGGCCGTCACCTGGG;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=43984134;WS=43984116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	43985016	rs915874	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=463;SC=TGACAAGCCCGCTTCATTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=43985024;WS=43985006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	43985955	rs228104	G	A	6338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=88;PP=2965;SC=CTTCTCCACCGTCAGCAAGAT;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=134;TCR=88;TR=221;WE=43985963;WS=43985945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr21	43986117	rs36113965	T	TC	7788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=121;PP=2973;SC=GCTAAAATTGTCCGTGTCCTC;SOR=1.577;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=9;TCR=129;TR=130;WE=43986125;WS=43986107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr21	43986175	rs4919992	C	T	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=59;PP=1642;SC=CTCCCCAGTGCGAGGCTTGCC;SOR=2.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=69;WE=43986183;WS=43986165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	43987325	rs9977293	C	T	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	43987329	rs9979646	G	C	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	43988437	rs7280392	G	A	10218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=191;NR=164;PP=2965;SC=ATGCTGTGGCGATAACTGCAC;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=192;TCR=165;TR=355;WE=43988445;WS=43988427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr21	43999983	rs453592	T	C	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=74;PP=2106;SC=ATCTGCCTTCTGCACCTGGCT;SOR=1.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=59;TCR=75;TR=133;WE=43999991;WS=43999973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr21	44000052	rs380152	A	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=38;PP=1137;SC=CTTCACTCTCACTTTTTCTTT;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=44000071;WS=44000042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	44000063	rs380161	T	G	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=33;PP=1008;SC=CTTTTTCTTTTCTAATAAATA;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=44000071;WS=44000042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	44000078	rs453647	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=698;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TAAATACCTCTGGATGGGTTA;SOR=1.094;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=38;WE=44000086;WS=44000068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr21	44000366	rs388907	A	G	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=16;PP=1122;SC=GGCTCCCCATAGGATTTGCAC;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=44000374;WS=44000356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	44073833	rs185830982	C	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr21	44107989	rs2839574	A	G	8223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=97;PP=2965;SC=CCCAGAGCACACTATGGGCGA;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=195;TCR=98;TR=291;WE=44107997;WS=44107979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr21	44118958	rs1515755	T	A	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	44152149	rs2269153	G	A	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=74;PP=2965;SC=TCTTGTCCGTGTTCCATCTGT;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=96;TCR=74;TR=170;WE=44152157;WS=44152139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr21	44163839	rs6586344	A	G	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=76;NR=47;PP=1986;SC=GAGATCCTCCACATTCGTCCG;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=123;WE=44163847;WS=44163829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr21	44174275	rs4919999	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.05;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr21	44180443	rs13047953	C	T	13051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=275;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=1.390;SC=CGCAGTTCTGCGTCCACGACA;SOR=0.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=482;TCF=277;TCR=205;TR=477;WE=44180451;WS=44180433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,492:1.00:493
chr21	44180866	rs55905735	ACC	A	2295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=4;PP=1560;SC=ACCCAATTCCACCCCCCCTCA;SOR=4.443;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=50;TCR=4;TR=52;WE=44180875;WS=44180856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	44189376	rs34742413	C	T	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=69;PP=2016;SC=GACACACACTCATGCACACAC;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=107;WE=44189384;WS=44189366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr21	44279668	rs149300976	C	CCAGGGGCCAGCGATCCA	574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=1741;SC=CCACAGCCAGCCAGGGGCCAG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=5;WE=44279676;WS=44279658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	44279888	rs11909507	G	A	5727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=93;PP=2965;SC=GCAGGGACCGGGAGGCCTGGG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=101;TCR=93;TR=194;WE=44279896;WS=44279878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr21	44283574	rs11911090	C	T	12068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=236;NR=192;PP=2965;SC=TAGACAGGTGCCCCAGCTCTA;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=432;TCF=237;TCR=195;TR=428;WE=44283582;WS=44283564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr21	44283785	rs112237505	G	A	6356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CCACGTGGGCGGTGGCAGGCA;SOR=1.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=74;TCR=142;TR=214;WE=44283793;WS=44283775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr21	44296934	rs7279447	T	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,88:0.95:93
chr21	44323590	rs4148973	T	G	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=74;PP=2477;SC=CTTCATCCTCTTCCAGCTCCT;SOR=1.027;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=129;WE=44323598;WS=44323580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr21	44324365	rs10595	G	A	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=68;PP=1895;SC=CGCGCCAGGGGACGACCGAGG;SOR=1.945;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=96;WE=44324373;WS=44324355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	44327015	rs2839604	G	A	5137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=100;PP=2965;SC=CTCTTTAAATGAGACATCGTT;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=82;TCR=100;TR=182;WE=44327023;WS=44327005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr21	44328830	rs4148976	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=634;SC=AAGCGCCTGTATGTGAGCCAA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=44328838;WS=44328820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	44371114	rs451887	T	C	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=77;PP=2430;SC=TGTGATATTATTCATAATATC;SOR=2.170;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=24;TCR=77;TR=101;WE=44371122;WS=44371104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr21	44424689	rs3216136	G	GA	1794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=49;PP=1456;SC=TTCGTGTTCAGAAAAAAAGCC;SOR=3.647;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=0;TCR=60;TR=49;WE=44424697;WS=44424679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	44430325	rs234781	T	C	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=73;PP=1770;SC=ATCCAGAAACTGATAATTTAG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=114;WE=44430333;WS=44430315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr21	44448763	rs170916	G	C	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=49;PP=2965;SC=TCCTGTATAGGGTCTTTACGA;SOR=1.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=122;TCR=49;TR=171;WE=44448783;WS=44448753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr21	44448775	rs234728	G	A	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=72;PP=2965;SC=TCTTTACGAAGGCTGTTTTCA;SOR=1.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=147;TCR=72;TR=219;WE=44448783;WS=44448753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr21	44449095	rs234729	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=454;SC=TGGTGAACGAGAGTGCGTGGT;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=44449103;WS=44449085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	44475786	rs2124460	C	T	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	44475796	rs2124461	T	C	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	44475876	rs35307078	C	T	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=57;PP=2965;SC=GTCTTGGGGGCCGTGCCGTCT;SOR=1.353;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=101;TCR=57;TR=157;WE=44475884;WS=44475866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr21	44476000	.	C	CT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,31:0.14:219
chr21	44476759	rs234701	A	G	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=211;SC=TGGGAGGCCCAGGCATAAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=44476767;WS=44476754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	44478393	rs6586281	G	A	9045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=197;PP=2965;SC=AGGGGTCAGCGCTCATACCTC;SOR=1.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=120;TCR=197;TR=317;WE=44478401;WS=44478383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr21	44478497	rs6586282	C	T	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=37;PP=997;SC=AGCCTACACGCGGCAGGAACC;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=44478505;WS=44478487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	44480392	.	G	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=1;PP=423;SC=CAGCGTGAGGGCACGTGGGCA;SOR=3.500;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=44480400;WS=44480382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	44483276	rs55767206	C	T	6347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=133;PP=2965;SC=TGGCCAATACCGCCGTTAACA;SOR=1.063;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=99;TCR=135;TR=232;WE=44483284;WS=44483266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr21	44485350	rs234706	G	A	8507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=152;NR=144;PP=2965;SC=CGGTGGTGTCGTAGTGAGCCA;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=152;TCR=144;TR=296;WE=44485358;WS=44485340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr21	44486324	rs234708	T	C	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=29;PP=1325;SC=CAGCCAGCCCTGGCCACCCCC;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=84;WE=44486332;WS=44486314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	44488033	rs234714	T	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=68;PP=1981;SC=TCCCTCCACGTTCTTGAGCCT;SOR=3.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=15;TCR=68;TR=83;WE=44488041;WS=44488023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	44589215	rs872331	C	T	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=86;PP=2965;SC=TGAACATGGACGTGACCATCC;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=114;TCR=86;TR=199;WE=44589223;WS=44589205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr21	44589920	.	G	GC	88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5002;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=58.28;NF=0;NR=6;PP=88;QD=16.1666666667;SC=GGCAATGGACGCCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=44589928;WS=44589910;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr21	44590059	rs870137	C	T	77.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	44837551	rs430552	G	A	10331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.19;ReadPosRankSum=2.619;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,378:0.99:380
chr21	44837555	rs430554	G	A	17221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr21	44838908	rs28510483	G	A	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=20;PP=1119;SC=TACATGGCGCGGTGAGTGGGG;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=60;WE=44838916;WS=44838898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	44839654	rs229346	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=6;PP=320;SC=CCTGGGACCCACTGCCCACGC;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=44839662;WS=44839648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	45107518	rs7279959	A	G	6972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=138;PP=2965;SC=GTGCAGCCCCATCCCTGGAAC;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=249;TCF=111;TCR=138;TR=249;WE=45107526;WS=45107508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr21	45163714	rs114593958	T	G	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=61;PP=1903;SC=CCCTCGGGTCTGGCTGTGTGG;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=86;WE=45163722;WS=45163704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr21	45169005	rs9974827	A	G	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=48;PP=1423;SC=TTATTTTTCAAGATGGGTCTC;SOR=1.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=75;WE=45169013;WS=45168995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr21	45170285	rs1106797	A	G	5432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=111;NR=67;PP=2965;SC=GGGGATGGGGATTTCCAGAGC;SOR=1.139;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=112;TCR=67;TR=178;WE=45170293;WS=45170275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr21	45170614	rs3042235	A	ATG	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=363;ReadPosRankSum=-1.248;SC=ATGTTTGTGCATGTGTGTGTG;SOR=3.912;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=13;WE=45170622;WS=45170604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr21	45175717	rs35040005	C	T	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;SC=AGAGCTGGCACGTGCTGGTTT;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=22;WE=45175725;WS=45175707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	45175958	rs7527	T	C	6009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=109;PP=2965;SC=CCCCGCCGCTTGCCCGTGACA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=113;TCR=109;TR=222;WE=45175966;WS=45175948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr21	45209714	rs2276245	C	T	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=594;SC=CGGCGGCGGCCGGAGCTGGGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=45209722;WS=45209704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	45215046	rs2838371	T	C	10635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.26;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr21	45215055	rs2838373	C	G	11257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.48;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr21	45217559	rs2838378	T	C	10176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=195;PP=2965;SC=TCTGCAGAATTGCTGCCCGGA;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=369;TCF=173;TCR=196;TR=367;WE=45217567;WS=45217549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr21	45217753	rs2070538	C	T	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=37;PP=2429;SC=TCCAGCATAACGGGCCTGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=78;TCR=37;TR=115;WE=45217761;WS=45217743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr21	45217929	rs2838379	T	C	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=161;PP=2965;SC=CCTCTGAGGGTGGTGAGCGTG;SOR=1.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=105;TCR=162;TR=266;WE=45217937;WS=45217919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr21	45219308	.	A	AC	68	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9998;HP=3;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=68;QD=47.0;SC=ACCAGGGTGCAGGGTGGGCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=45219320;WS=45219298;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr21	45219310	.	GGT	AGC	97	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=97;QD=75.2339374311;SC=CAGGGTGCAGGGTGGGCTGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=2;WE=45219320;WS=45219298;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,2:0.40:5
chr21	45219524	rs4566449	T	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=23;PP=795;SC=GCGGCCCCGTTCTCCAGGTGG;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=45219532;WS=45219514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	45220483	rs915770	A	G	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=88;PP=2828;SC=CGTCTCTACAAAGTGATCCGG;SOR=1.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=60;TCR=88;TR=148;WE=45220491;WS=45220473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr21	45220570	rs731935	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=27;PP=772;SC=TGGGTGCCTTTGCCTTGTCCT;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=45220578;WS=45220560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	45220626	rs3216106	A	AC	807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=9;PP=757;SC=GGACCCTGAGACCGTCCCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=18;WE=45220634;WS=45220616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	45220787	rs2329576	A	G	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=115;NR=69;PP=2965;SC=GGCACTGACAATGGCACCACC;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=116;TCR=69;TR=184;WE=45220795;WS=45220777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr21	45222058	rs4818868	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=347;SC=ACACATTGTCAGGAGGTGGTG;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=45222066;WS=45222057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	45375174	rs733085	G	A	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=798;SC=CAGGCTGGGTGGGGAAGGACT;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=45375182;WS=45375164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	45478904	rs71326023	C	CGTAAT	1086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=1028;SC=CTTTCTCTGTCGTTTAATGGC;SOR=2.215;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=17;WE=45478912;WS=45478894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	45494183	rs2277805	G	A	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=17;PP=1664;SC=CCCCTCACACGTTCGCATTTG;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=67;TCR=17;TR=84;WE=45494191;WS=45494173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	45509650	rs2277806	A	C	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=54;PP=2253;SC=TCTGGGCAGCAGTGGTGGTGG;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=70;TCR=54;TR=124;WE=45509658;WS=45509640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr21	45512094	rs3788104	G	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=32;PP=845;SC=CTGGATCGAGGCTTGCTCCTG;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=45512102;WS=45512084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	45514141	rs11287102	TG	T	1749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=820;SC=TTTGGGAGGGTGGGGGTGAAA;SOR=0.954;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=45514157;WS=45514131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	45514149	rs9941801	A	G	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.28;NF=15;NR=17;PP=613;SC=GGTGGGGGTGAAAAAATGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=45514157;WS=45514131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	45514168	rs4819371	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=16;PP=534;SC=AAGATGGCATCATGTTCTTTA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=45514176;WS=45514158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	45514188	rs4818879	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=294;SC=ATAATCTGAAAAACTGAATAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=45514196;WS=45514178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	45518131	rs2242950	A	T	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=6;PP=1007;SC=ATAGGTGTCTATCCTCAGCTC;SOR=3.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=42;WE=45518139;WS=45518121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	45522605	.	G	T	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=21;PP=1837;SC=CGTGACTCTCGCCTGAGTACT;SOR=2.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=85;WE=45522613;WS=45522595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr21	45547736	rs58898739	TA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.88;MQRankSum=1.645;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr21	45550460	rs11311220	TC	T	822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=7;PP=551;SC=GCATTGACCATCCCCTGTGTG;SOR=1.358;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=45550468;WS=45550450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr21	45649499	rs9974245	G	A	3749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr21	45649848	rs13052840	T	C	9076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=146;NR=161;PP=2965;SC=CTTTTGCCTTTTGAAAGTTTT;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=307;TCF=146;TCR=161;TR=307;WE=45649856;WS=45649828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr21	45650008	rs145424134	A	AC	3534.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=48;PP=2717;SC=GGCAGCAGCGATGGGGGGTGT;SOR=2.557;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=1;TCR=69;TR=49;WE=45650017;WS=45649998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	45650009	rs2236668	T	G	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=47;PP=1697;SC=GCAGCAGCGATGGGGGGTGTC;SOR=2.513;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=87;TCF=19;TCR=68;TR=57;WE=45650017;WS=45649998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr21	45651413	rs3746962	A	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=50;PP=1465;SC=AAGTGTTGCAAGGAAGTATTT;SOR=3.113;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=60;WE=45651421;WS=45651403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	45655124	rs2070557	A	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=4;PP=1110;SC=ACTGTCGGGCACAGCTCAGCA;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=45655132;WS=45655114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	45656774	rs11558819	C	T	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=148;NR=88;PP=2965;SC=GTAACCTCAACGCTCAAAACC;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=149;TCR=89;TR=236;WE=45656787;WS=45656760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr21	45660835	rs2847224	C	A	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	45674407	rs11909012	G	A	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=41;PP=2618;SC=CCCTGCTGCCGCCTCCTTGCC;SOR=1.626;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=92;TCR=42;TR=133;WE=45674415;WS=45674397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr21	45675920	rs75141318	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.033;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=10;PP=1161;ReadPosRankSum=0.901;SC=GCATCTTTCCATGTGTGTCTT;SOR=2.604;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=53;WE=45675928;WS=45675909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr21	45681153	rs2070565	T	C	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	45705988	rs3746964	T	C	6680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr21	45706738	rs62220372	T	C	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=36;PP=1456;SC=AGGACCGTCTTGGATCCTAAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=73;WE=45706746;WS=45706728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	45707525	rs62220373	G	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=50;PP=1384;SC=CAGGGGCAAGGGGTCAGGGGT;SOR=2.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=63;WE=45707533;WS=45707515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	45709906	rs1800520	C	G	11846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=255;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=1.155;SC=AGCAGGGCAGCGTTCCCGCCC;SOR=0.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=422;TCF=256;TCR=166;TR=420;WE=45709914;WS=45709896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,434:1.00:435
chr21	45712977	rs1800521	T	C	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.497;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,131:0.99:132
chr21	45714520	rs41296229	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=13;PP=291;SC=GCACTGACCATGTGCTCATTA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=45714528;WS=45714510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	45717412	rs3746965	G	A	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=58;PP=2518;SC=ATGGGGCCTCGGGCCTCAGTT;SOR=1.119;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=147;WE=45717420;WS=45717402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr21	45717550	rs1133779	T	C	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=86;NR=91;PP=2761;SC=ACACCTTCGATGGCATCCTGC;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=86;TCR=91;TR=177;WE=45717558;WS=45717540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr21	45723986	rs79934442	G	C	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=16;PP=1278;SC=GTGGCCATGTGACATGGCCAC;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=45723994;WS=45723976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	45724141	rs73231239	C	T	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=50;PP=1744;SC=ATCCTGGGGCCCCTTTGCCGT;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=97;WE=45724149;WS=45724131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr21	45732116	rs1057034	C	T	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=58;PP=1653;SC=ATGGCAGCCTCACAGGTGCCA;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=102;WE=45732124;WS=45732106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr21	45738491	.	C	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=25;PP=835;SC=AAGCCCTGGGCCCCCCCCATC;SOR=1.201;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=45738499;WS=45738481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	45741854	rs4818904	T	C	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=44;PP=1199;SC=AGGTGGAGGCTGAGACCTGGG;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=45741862;WS=45741844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	45742115	rs2277808	G	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=26;PP=801;SC=GTACCTGGGGGCAGGAGGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=45742123;WS=45742105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	45742822	rs11088947	T	C	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=36;PP=1633;SC=TGCGTGTTCATGCGGATGTGT;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=71;TCR=36;TR=107;WE=45742830;WS=45742812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	45743594	rs12482028	C	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=2;PP=1274;SC=AGCCTGTCCCCGGCCCACCCT;SOR=5.330;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=47;WE=45743602;WS=45743584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	45746214	rs4818905	A	C	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=42;PP=1002;SC=TCCCTGAGGCAGGTGTGCCAG;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=45746233;WS=45746204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	45746225	rs4818906	G	A	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=37;PP=1004;SC=GGTGTGCCAGGCCCAGCCCCA;SOR=3.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=45746233;WS=45746204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	45750248	rs11552067	G	A	6308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=96;PP=2965;SC=CACCCGGCACGGCGAGGCTGC;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=118;TCR=96;TR=214;WE=45750256;WS=45750238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr21	45751890	rs145523761	C	T	9313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=175;NR=155;PP=2965;SC=GCTCCTCCTCCGTCACAGCTT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=176;TCR=155;TR=330;WE=45751898;WS=45751880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr21	45789011	rs34543751	A	AG	1711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=9;PP=1451;SC=CCTGGGTGTCAGGTGCCCCTC;SOR=2.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=35;WE=45789019;WS=45789001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	45815573	rs67099101	AG	A	849.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=368;SC=AGGGGTGTGGAGGGCTGTGGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=45815594;WS=45815563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	45815575	rs150668005	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	45815580	.	TG	T	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.52;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	45815583	.	AGGATGTGG	A,AGGGATGTGG	637.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.12;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=375;SC=AGGGCTGTGGAGGATGTGGAG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=45815594;WS=45815563;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:15
chr21	45815586	.	A	G	228	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=33;MMLQ=28;MQ=57.21;NF=1;NR=9;PP=228;QD=26.2771212547;SC=GCTGTGGAGGATGTGGAGGGG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=45815594;WS=45815563;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	45817620	rs1785436	T	C	4877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=102;NR=81;PP=2814;SC=GTGGCTCCTCTGGTCCCCAGA;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=183;WE=45817628;WS=45817610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr21	45821794	rs1785437	C	T	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.567;SC=CAGCCCCACCCGCTTTTCCAC;SOR=1.496;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=34;TCR=128;TR=161;WE=45821802;WS=45821784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr21	45825975	rs1614122	G	A	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=83;PP=2456;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GGTGGGCCTCGGGGAGGGCAG;SOR=1.385;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=26;TCR=84;TR=109;WE=45825983;WS=45825965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr21	45826434	rs1785454	C	T	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=21;PP=1289;SC=CAGTGAGCATCGGGGGCCAGG;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=45826442;WS=45826424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr21	45826462	rs1618355	C	A	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=43;PP=2108;SC=AGCCCACACACTCTCTGTCCT;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=116;WE=45826470;WS=45826452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr21	45826717	rs45483495	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=11;PP=301;SC=GGAAAGGGGCCGCATGAGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=45826725;WS=45826707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	45826744	rs1785439	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=283;SC=GGCCGGCTCCATCAGGGGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=45826752;WS=45826734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	45834025	rs915779	T	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=59;PP=1322;SC=GCAGTGGCCATGCTGTCTCCA;SOR=4.943;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=4;TCR=59;TR=63;WE=45834033;WS=45834015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	45837790	rs1785452	T	C	9989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=0.442;SC=CTCGAGGTGTTGCTTTCTCCT;SOR=0.417;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=215;TCR=146;TR=359;WE=45837798;WS=45837780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,371:1.00:372
chr21	45843707	rs35058894	TGAG	T	897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=639;SC=AGGAGGGCTCTGAGGAGTGAT;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=45843717;WS=45843697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	45844751	rs9978351	A	G	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=32;PP=1130;SC=CAGACAGCCCAAGCCCTGCAC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=45844759;WS=45844741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	45845807	rs762428	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=215;SC=ATCCTGGCTCCCAGCCACTGC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=45845815;WS=45845797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	45854925	rs41277556	G	A	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=24;PP=1300;SC=GGCTCCTGACGCCCGCTGTCC;SOR=1.340;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=45854933;WS=45854915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	45942111	rs233230	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=514;SC=ACCCACGAGGACAAGGCCAAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=45942119;WS=45942101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	45951460	rs75933048	G	GGT	1835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=913;SC=ACATGAATTCGGGGGGGGCAC;SOR=2.726;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=30;WE=45951468;WS=45951450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	45959195	rs233316	G	A	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=25;PP=1235;SC=TCAGCAGGCCGGGCGGGAGCA;SOR=1.032;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=68;WE=45959203;WS=45959185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	45959312	rs233317	C	T	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=36;PP=1912;SC=GCAGGCGGGCCGGCATACAGG;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=94;WE=45959320;WS=45959302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	45959386	rs233318	G	A	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.211;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=3.078;NF=117;NR=62;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.513;SC=AAGCCGGCTGGCAGCTAGACT;SOR=1.329;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=186;TCF=123;TCR=63;TR=179;WE=45959394;WS=45959376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,182:0.94:194
chr21	45959556	.	A	ATG	18870.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=45.36;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr21	45959557	.	ATC	TGA	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=59.71;NF=165;NR=196;PP=2937;QD=20;SC=ATGAAGAGGAATCCTCAGAGC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=387;TCF=173;TCR=214;TR=361;WE=45959567;WS=45959546;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:26,361:0.93:387
chr21	45959557	.	ATC	A	18870.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=45.04;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr21	45959918	rs233320	G	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=25;PP=1145;SC=GCAGGGGGCCGGGGCGCAGCA;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=45959926;WS=45959908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	45970812	rs2329834	G	A	8966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.050;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=156;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.612;SC=CTGCTGACACGGGGAGGAGGT;SOR=0.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=324;TCF=167;TCR=157;TR=322;WE=45970820;WS=45970802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
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chr21	45978518	rs59607155	A	G	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=22;PP=1055;SC=AGGGGGGCTCACAGCAGCTCT;SOR=1.121;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=68;WE=45978526;WS=45978508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	45978591	rs79221051	G	A	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=36;PP=1363;SC=CATGGTAGACGTGGCCATGCT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=89;WE=45978599;WS=45978581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr21	46020473	rs113686885	C	CTCAT	6374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=39;PP=2988;SC=GACTCACTCACTCACTCACTC;SOR=1.390;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=81;WE=46020481;WS=46020463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr21	46020527	rs1211103	C	T	7863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=116;PP=2965;SC=CCAGCATGGCCGCGTCCACTA;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=122;TCR=116;TR=236;WE=46020535;WS=46020517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr21	46020655	rs36208679	CCTGCTGCGCCCCCAG	C	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.57;MQRankSum=0.346;QD=17.80;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr21	46021088	rs388827	C	T	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=96.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.94;MQRankSum=1.837;QD=19.13;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=2.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr21	46021179	rs363877	C	A	6077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.419;NF=142;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.012;SC=GTCTAGCTGCCAGCCGGCTTG;SOR=0.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=142;TCR=75;TR=217;WE=46021187;WS=46021169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,220:1.00:221
chr21	46021205	rs389167	C	T	8910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.271;NF=193;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=0.573;SC=CCTCCTCCCCCTGCCAGCAGG;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=194;TCR=121;TR=312;WE=46021213;WS=46021195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr21	46021370	rs437149	T	C	14763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=170;NR=199;PP=2965;SC=GCTGTGTGCCTGTCTGCTCTG;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=369;TCF=170;TCR=199;TR=369;WE=46021378;WS=46021360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr21	46021390	rs446817	G	C	12959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=161;PP=2965;SC=GGGGCTTCCAGTTCATGCTGC;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=127;TCR=161;TR=288;WE=46021398;WS=46021380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr21	46021481	rs437334	T	C	8598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=98;PP=2965;SC=TCTGCCGCCCTGTGTGCAGGC;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=94;TCR=99;TR=192;WE=46021502;WS=46021471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr21	46021494	rs369720	A	G	9072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=101;PP=2965;SC=GTGCAGGCCCACCTGCTGCGT;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=113;TCR=101;TR=214;WE=46021502;WS=46021471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr21	46021607	rs370092	A	G	14743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.166;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=288;NR=256;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.176;SC=GCTCCCGCCCAGCCTGCTGTG;SOR=0.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=549;TCF=289;TCR=260;TR=544;WE=46021615;WS=46021597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,570:0.99:574
chr21	46021759	rs659638	A	G	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=66;PP=1762;SC=TGCAGTGGACATCAGTGGTCA;SOR=6.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=2;TCR=66;TR=68;WE=46021767;WS=46021749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr21	46032094	rs411254	A	G	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=92;PP=2965;SC=GACGTGGGCCATGTCAGCCGA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=124;TCR=92;TR=216;WE=46032102;WS=46032084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr21	46047418	rs8126553	C	T	10271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=213;NR=146;PP=2965;SC=CTGTGTGCTGCGTGCCCGTCT;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=359;TCF=213;TCR=146;TR=359;WE=46047426;WS=46047408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr21	46047633	rs8127342	A	G	18443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=302;NR=321;PP=2965;SC=CAGCAGTCCTACTGTGTGCCT;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TR=623;WE=46047641;WS=46047623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,645:1.00:645
chr21	46047710	rs8131142	T	C	12394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;PP=2965;SC=GGCTTCCTCTTTGTGCTGCCA;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;WE=46047718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr21	46047857	rs9980129	C	T	9755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=182;NR=175;PP=2965;SC=CACCTCCTCCCGCCAGCCCAG;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=357;TCF=182;TCR=175;TR=357;WE=46047865;WS=46047847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr21	46047925	rs9979457	G	T	9139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=143;NR=171;PP=2965;SC=GCTCCCGCCCGGCCTGCTACA;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=314;TCF=143;TCR=171;TR=314;WE=46047933;WS=46047915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr21	46047971	rs463217	T	C	6484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=124;PP=2965;SC=CTGCTGACGGTCATGTCCCCC;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=87;TCR=124;TR=211;WE=46047979;WS=46047961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr21	46048053	rs59484649	G	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.27;QD=41.66;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	46048060	rs57944973	A	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.88;QD=45.14;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	46057393	rs2838602	T	A	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1640;ReadPosRankSum=1.465;SC=TGGCGGGTAGTCGACTGCCCA;SOR=0.451;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=91;WE=46057401;WS=46057383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr21	46057548	rs4818947	A	C	4330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.863;NF=101;NR=47;PP=2965;ReadPosRankSum=0.281;SC=CTCCTGCACAACCCCATGCTA;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=102;TCR=48;TR=148;WE=46057556;WS=46057536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,160:0.99:162
chr21	46057612	rs66931310	CCTGCTGTGTGCCTGT	C	12337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=79;PP=2974;SC=TGCCAGCAGGCCTGCTGTGTG;SOR=1.601;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=150;WE=46057634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr21	46057806	rs4818950	G	A	10481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=160;NR=211;PP=2965;SC=CGTCTGCTATGTGCCTGTGTG;SOR=1.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=372;TCF=160;TCR=212;TR=371;WE=46057823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr21	46057958	rs4818951	C	T	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=69;PP=2710;SC=CCGTCCCCTCCTGCGGTGCCT;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=133;WE=46057966;WS=46057948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr21	46058060	rs13051517	C	T	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=67;PP=2164;SC=CCTGCTACAGCCTCTGCTCTG;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=129;WE=46058068;WS=46058050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr21	46066764	rs4818952	C	T	9838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=164;PP=2965;SC=TGCCGGCAGTCTAGCTGCCAG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=345;TCF=180;TCR=165;TR=344;WE=46066772;WS=46066754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr21	46067180	rs462007	C	T	7592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=111;PP=2965;SC=CAGCTGCTGCCGCCCGGCCTC;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=150;TCR=112;TR=261;WE=46067188;WS=46067170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr21	46074104	rs2073437	T	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=262;SC=CAGTTTGCTGTGGGAGGATGT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=46074112;WS=46074094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	46074202	rs9984726	A	G	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=26;PP=1470;SC=CTCAGCAGCCAGTGGGGGTGC;SOR=1.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=46074210;WS=46074192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr21	46074436	rs145544560	C	T	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=41;PP=1320;SC=AGCAGGAGGTCCCATAGCCCT;SOR=1.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=46074444;WS=46074426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	46077812	rs2838617	A	G	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=31;PP=2026;SC=CCCAGATGACAGGACCCAGGT;SOR=1.885;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=109;WE=46077820;WS=46077802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr21	46077946	rs9306111	A	G	9039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=195;NR=150;PP=2965;SC=TGCTGCATACACAGCCCCTGC;SOR=0.973;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=196;TCR=151;TR=345;WE=46077954;WS=46077936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr21	46078220	rs9306112	T	C	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=45;PP=1004;SC=GGTACACACCTGTATCCCTCC;SOR=6.316;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=46;WE=46078228;WS=46078210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	46086377	rs2838622	A	G	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=10;PP=2153;SC=CAGCAGGAAGAGATACTGTAG;SOR=3.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=74;TCR=10;TR=84;WE=46086385;WS=46086367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr21	46086718	rs7275281	GA	CG	14905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=180;PP=2947;SC=TGCCTGGCAGGAGCTGGGCAC;SOR=1.327;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=310;TCF=119;TCR=191;TR=293;WE=46086727;WS=46086708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr21	46086757	rs7275298	GC	AT	7653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=112;PP=2947;SC=GGGGCTGGGCGCGCAGCAGGC;SOR=2.625;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=33;TCR=118;TR=145;WE=46086766;WS=46086747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr21	46191270	rs11569	C	T	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=10;PP=864;SC=GCGGTGTGTGCGCGCCTGTGC;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=46191278;WS=46191260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	46191447	rs2838679	T	C	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=89;PP=2932;SC=GGGAGTCTTATACGTAAGCAG;SOR=1.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=62;TCR=89;TR=151;WE=46191455;WS=46191437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr21	46233836	rs2838697	C	A	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=43;PP=2178;SC=ATGCCTGGAACGCACAGGACC;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=117;WE=46233844;WS=46233826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr21	46234079	rs9306116	T	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=43;PP=1234;SC=GCGACTTGAATGGGCAAGTCT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=46234087;WS=46234069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	46271660	rs235315	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=241;SC=AACAACGGGCATTGTAAGCAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=46271668;WS=46271650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	46275047	rs235317	A	C	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=10;PP=1213;SC=ATCTCAGGCCACACTGGCACT;SOR=2.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=58;WE=46275055;WS=46275037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	46281314	rs235276	T	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=51;PP=1501;SC=AACCTCCCCCTCAACGCCTCA;SOR=3.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=6;TCR=51;TR=57;WE=46281322;WS=46281304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	46293692	rs235373	T	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=53;PP=1361;SC=CCTCGCCATCTGCCCCGCCCC;SOR=2.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=73;WE=46293700;WS=46293682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr21	46306594	rs33973568	G	A	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=21;PP=2649;SC=GCAGGAGGTCGCATAGTGTGG;SOR=2.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=92;TCR=21;TR=113;WE=46306602;WS=46306584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	46311813	rs235326	A	G	8369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=155;NR=144;PP=2965;SC=ACTGGGGAAGAACCTGCACGG;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=156;TCR=144;TR=299;WE=46311821;WS=46311803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr21	46314907	rs235330	T	A	6672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=98;PP=2965;SC=TCTTAATGAGTTGGACCACAT;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=138;TCR=98;TR=236;WE=46314915;WS=46314897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr21	46318940	rs2838728	A	G	8874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=202;NR=142;PP=2965;SC=TGGCTGAAACATGCCCCCACC;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=344;TCF=202;TCR=142;TR=344;WE=46318948;WS=46318930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr21	46354055	rs9974172	A	G	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=11;PP=875;SC=TTGGGCTGGCACCCAGGGCCT;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=46354063;WS=46354045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	46355531	rs11088970	A	G	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=AGAGTGCAACATGTCACCTAC;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=108;TCR=82;TR=189;WE=46355539;WS=46355521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr21	46355710	rs11088971	A	G	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=85;PP=2872;SC=CAGGATCCTCACGCGTGCCGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=151;WE=46355718;WS=46355700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr21	46355833	rs11701737	A	G	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	46355856	rs35607013	A	AT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr21	46357365	rs4818991	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=325;SC=GGAGGTCACCATTACAATGAG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=46357373;WS=46357355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	46359427	rs12482042	A	G	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=45;PP=1839;ReadPosRankSum=-0.894;SC=AAGACCAGCCAGACAACACAG;SOR=0.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=108;WE=46359435;WS=46359417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr21	46360061	.	C	T	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=34;PP=1144;SC=GCGCCCCCTGCCCCGGAGGCG;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=46360069;WS=46360051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	46572572	rs420085	A	G	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=72;PP=2692;SC=CTTTTTCAGCATCATGGGGCG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=164;WE=46572580;WS=46572562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr21	46602483	rs373179300	CT	C	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.924;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr21	46825001	.	CCCCGCCCCCTGCCCGGCCCCTGCCCGGCCCCTG	C	234.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.13;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	46825200	.	C	CGGCTGCGG	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=254;SC=CGCCAAGATGCGGCTGCGGGG;SOR=2.670;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=46825208;WS=46825190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	46825214	rs113272297	G	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.25;MQRankSum=1.370;QD=29.21;ReadPosRankSum=0.596;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr21	46825223	rs60499034	G	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.18;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr21	46825229	.	C	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr21	46825235	rs185357103	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr21	46841328	rs11701479	G	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=15;PP=985;SC=GCCAGAGTCCGCCCGTGTGGA;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=46841336;WS=46841318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	46875564	rs914230	T	C	14007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=307;NR=200;PP=2965;SC=ACACCAGCCATGCAGCTACCA;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=507;TCF=307;TCR=200;TR=507;WE=46875572;WS=46875554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr21	46876083	rs2236451	A	G	7042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=119;PP=2965;SC=TGCCACCACCATCTTCAGGTA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=126;TCR=119;TR=245;WE=46876091;WS=46876073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr21	46876173	rs2236452	C	T	6784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.645;SC=GACTCTCGCCCGCCGCAGCCG;SOR=0.226;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=242;TCF=127;TCR=115;TR=240;WE=46876181;WS=46876163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
chr21	46876306	rs11702494	G	A	9880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=192;NR=167;PP=2965;SC=GCTCCCGGGCGCACTGTCTCA;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=361;TCF=193;TCR=168;TR=359;WE=46876314;WS=46876296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr21	46876580	rs8133886	C	T	6289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=125;NR=97;PP=2965;SC=CTGCTGCAGACGCACTGCCAC;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=125;TCR=97;TR=222;WE=46876588;WS=46876570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr21	46895521	rs35616809	CAT	C	6400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=63;PP=2967;SC=TGGGGTGACACATGTGCACAC;SOR=0.866;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=93;WE=46895530;WS=46895511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr21	46896458	rs80289899	T	G	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=74;PP=2416;ReadPosRankSum=-0.141;SC=TAACGTGTGTTTGTGTGATGG;SOR=0.983;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=31;TCR=78;TR=104;WE=46896466;WS=46896446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,102:0.96:106
chr21	46896489	rs79633299	T	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=50;PP=1504;SC=GTGTGATGTATGGTGTGTGTA;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=56;WE=46896497;WS=46896479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	46898174	rs2236464	T	C	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=21;PP=1686;SC=TGCATTTCCATGTAGACACTG;SOR=2.330;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=85;WE=46898182;WS=46898164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	46899947	rs9979845	G	A	6205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.212;SC=GGCTGTGTGCGTGCCCAGGGT;SOR=0.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=110;TCR=103;TR=212;WE=46899955;WS=46899923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr21	46900214	rs9980181	G	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=10;PP=1220;SC=TGTGGTGGGAGCCCCCATCCA;SOR=2.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=53;WE=46900222;WS=46900204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	46900334	rs367920042	G	A	8678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=1.467;SC=TAGGCCAGGCGGGGGGCCGAG;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=309;TCF=166;TCR=143;TR=306;WE=46900349;WS=46900324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,324:1.00:325
chr21	46900546	rs28608951	C	T	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=97;NR=70;PP=2965;SC=GAGGCCCGTTCTGGGGGTGGT;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=97;TCR=70;TR=167;WE=46900554;WS=46900536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr21	46900856	rs9983599	C	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=25;PP=751;SC=GCCCCTGCCCCGCCTCAGGCC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=46900875;WS=46900846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	46901973	rs12482088	A	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=71;PP=2328;SC=GTGAGTGGGAACCAGCACCAC;SOR=1.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=104;WE=46901981;WS=46901963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	46902180	rs12482563	T	C	6774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.263;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=1.681;SC=ATGGGCACCCTGCGAGATCTG;SOR=0.420;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=138;TCR=117;TR=253;WE=46902188;WS=46902170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr21	46902273	rs2236468	A	G	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=97;PP=2927;SC=CCGGGGCCCCAGGCGTTTGTG;SOR=1.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=75;TCR=97;TR=172;WE=46902281;WS=46902263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr21	46902380	rs12482373	G	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.06;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	46902390	rs2236469	G	A	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	46906627	rs2274808	C	T	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=489;SC=AGAAAGGCTGCTGTGGGGCCT;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=46906635;WS=46906617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	46906711	rs2274809	G	A	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=29;PP=1131;SC=ACGTGTCTACGCTGGGGTTGC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=46906719;WS=46906701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr21	46906960	rs3818662	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=325;SC=CCGTTGCCCCAGCCCTACTAC;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=46906968;WS=46906950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	46907287	rs9977268	C	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.351;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=697;ReadPosRankSum=-0.966;SC=TCCTCTCGGGCAGTGCCACCC;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=46907295;WS=46907277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr21	46907479	rs9976784	G	A	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=43;PP=1428;SC=TGTTGCCTGGGGCAGGAGAGT;SOR=1.233;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=75;WE=46907487;WS=46907469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	46908355	rs11702425	T	C	8091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=127;NR=157;PP=2965;SC=TGCCGGGACTTAAGGTCAGTG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=128;TCR=158;TR=284;WE=46908363;WS=46908345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr21	46909516	rs8131819	G	A	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=63;NR=48;PP=1909;SC=AGATCAGCTCGGGGCGGCCTT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=111;WE=46909524;WS=46909506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr21	46910321	rs2838947	T	C	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=28;PP=960;SC=GGGACTATGCTAAGATGAAAG;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=46910329;WS=46910311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr21	46910352	rs116274237	CC	GT	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=22;PP=542;SC=ATGTGCCCTCCCGGGTCCCTG;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=46910373;WS=46910342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	46910365	rs73228766	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=24;PP=668;SC=GGTCCCTGGGTCTCCATGTGC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=46910373;WS=46910342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	46910398	rs111450913	G	A	603.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=37.72;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr21	46910408	.	C	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-0.365;QD=32.67;ReadPosRankSum=2.031;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr21	46910409	.	C	T	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-0.365;QD=32.67;ReadPosRankSum=1.862;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr21	46910414	.	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-0.319;QD=31.90;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr21	46910415	rs74504453	T	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=41.31;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	46910426	rs151172738	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-0.385;QD=29.28;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr21	46910432	rs71851609	CCA	C	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-0.549;QD=20.14;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr21	46910445	.	T	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=-0.608;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr21	46910574	rs71240730	G	GGGTCTCT	1329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=1259;SC=GCCCACTCCCGGAGCGCCAGG;SOR=5.283;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=20;WE=46910582;WS=46910564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	46911276	rs62216329	G	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=18;NR=27;PP=699;SC=GACCCCCCACGGGGTGCAGAG;SOR=1.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=45;WE=46911284;WS=46911266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	46911299	rs148502711	G	GC	306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=208;SC=CCCTCCCCGAGCCCCCCCCAC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=46911307;WS=46911289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	46912658	rs11270246	G	GCCCGCCACTGCCCT	950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=2973;SC=GCTGCATGCTGCCCGGCTGGG;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=46912666;WS=46912648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	46912970	rs2297289	T	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=3;PP=350;SC=GGTCGGGCTGTCGAGGCAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=46912978;WS=46912964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	46913300	rs749625	G	A	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=1554;ReadPosRankSum=0.999;SC=GTCACCTCCCGTGAAAGGACC;SOR=0.333;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=65;WE=46913308;WS=46913290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr21	46913517	rs749627	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=38;PP=1140;SC=TCCTTCCGGCAGGCGTGGGGG;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=46913525;WS=46913507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	46914242	rs192701728	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=303;SC=CCCCAAACCCGACCCTCCCCT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=46914250;WS=46914232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	46914261	rs60331963	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=5;PP=362;SC=CTCACCAGTGGCTCCTGTCCT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=46914269;WS=46914251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	46914642	rs9977637	A	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=20;PP=718;SC=GTGAGGCTGCAGTGGGCTCCT;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=46914650;WS=46914632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	46916516	rs5844240	AC	A	3121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=51;PP=2479;SC=TCCTACAGCCACCCTTGGCTG;SOR=1.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=61;WE=46916524;WS=46916506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr21	46918574	rs2282120	T	C	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=44;PP=1490;SC=ATGGAAGATGTGCCCATGCCA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=93;WE=46918582;WS=46918564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr21	46924425	rs149296338	CGGCCCCCCA	C	3447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.59;QD=42.05;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	46926002	rs10483080	C	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=490;SC=GCCAGCGCTTCTTAAACTTTC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=46926010;WS=46925992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	46927489	rs12483761	A	G	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr21	46927604	rs148777640	G	A	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=66;PP=1833;SC=GTCCTTTGGAGTCCTGGAGCT;SOR=1.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=117;WE=46927612;WS=46927594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr21	46929553	rs78487064	C	G	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=39;PP=1236;SC=CTCCATCTAGCCCCTCGGCTC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=68;WE=46929561;WS=46929543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	46929618	rs138768565	G	A	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=468;SC=CCCAGGCTTCGGCCATGGGTG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=46929626;WS=46929608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	46930865	.	AACACCCCACATACACCCCCAAACACCCCCCACACCC	A	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.73;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	46930909	.	ACAACACACCCCCCC	A	682.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=42.67;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	46930924	.	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=43.24;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	46930929	.	ACATCC	A	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.12;QD=54.88;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	46930948	rs116087241	A	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;QD=44.09;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	46930959	rs147164507	CA	C	1731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=40.27;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	46931004	rs148407279	T	TAC	6927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=40;PP=1780;SC=CACACACACATACACACGGTT;SOR=0.912;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=63;WE=46931015;WS=46930994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr21	46931109	rs12483377	G	A	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=76;PP=2356;SC=CTTCTCCTTTGACGGCAAGGA;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=148;WE=46931117;WS=46931099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr21	46951556	rs12659	A	G	11009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=216;PP=2965;SC=CGCCTGGGCCAGGATTCATGC;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=158;TCR=216;TR=374;WE=46951564;WS=46951546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr21	46952094	rs914231	T	C	6059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=133;PP=2965;SC=CCCCACCAGGTGTTAGCAATG;SOR=1.154;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=95;TCR=133;TR=228;WE=46952102;WS=46952084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr21	46954343	rs2330184	T	C	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=38;PP=2774;SC=GGGCACAGGTTCTGCCCACAG;SOR=1.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=94;TCR=38;TR=132;WE=46954351;WS=46954333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr21	46957634	.	CCCCG	C	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5003;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=21;MQ=58.95;NF=1;NR=2;PP=73;QD=35.6666666667;SC=AGACGCTGCTCCCCGCCCACC;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=46957645;WS=46957624;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr21	46957794	rs1051266	T	C	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr21	46957916	rs1131596	G	A	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=41;PP=1182;SC=CGAAGGTGACGCTGTGCCTGG;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=46957924;WS=46957906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	46957982	rs13052294	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=321;SC=TCCCTACCCCGCAAAACGAGG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=46957990;WS=46957972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	47329352	rs2277812	T	C	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=151;PP=2965;SC=CCAGCCAGTGTGGGTCCCTGA;SOR=1.435;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=87;TCR=151;TR=238;WE=47329360;WS=47329342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr21	47350587	rs407651	C	T	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=471;SC=TGGCTGTGGCCAGAGAGAGCG;SOR=2.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=47350595;WS=47350577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	47404397	rs3746993	A	G	11110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=234;PP=2965;ReadPosRankSum=0.334;SC=AGTGGCCCCCAGCCTCCTGCC;SOR=0.436;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=160;TCR=235;TR=394;WE=47404405;WS=47404387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,412:1.00:413
chr21	47406421	rs741956	G	A	9517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=173;NR=161;PP=2965;SC=GAGGTCTCACGCTGCCCTCTC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=173;TCR=161;TR=334;WE=47406429;WS=47406411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr21	47406612	rs754507	C	A	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=39;PP=1018;SC=AGGCACCGGCCCCCCCCGGCA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=47406620;WS=47406602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	47409113	rs8129814	C	T	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=34;PP=1060;SC=GACTAGGCCTCGGAAACTTCC;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=47409121;WS=47409103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	47409503	rs2277814	A	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=12;PP=1108;SC=GTGTCTCACCATCTCCTCCTG;SOR=2.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=47409511;WS=47409493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	47409580	rs34495634	C	A	6149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=88;PP=2965;SC=CGTGCCCCCCCTTTCCTGGCC;SOR=0.993;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=133;TCR=88;TR=221;WE=47409588;WS=47409570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr21	47410378	.	GAATGGGGC	G	1790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=6.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=32.56;ReadPosRankSum=1.506;SOR=2.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,46:0.84:55
chr21	47410388	.	AGATGGGGAGGGACGGAGTGGACGGCGTGAAGGTGACC	A	1712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.655;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=37.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.24;ReadPosRankSum=0.178;SOR=2.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr21	47410423	.	AC	A	623	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=74;MMLQ=25;MQ=55.99;NF=1;NR=12;PP=623;QD=51.6946846054;SC=CGTGAAGGTGACCCGGGGAGG;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=13;WE=47410431;WS=47410394;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr21	47410626	rs1980981	T	G	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=35;PP=1498;SC=AGTCTGACAGTTGATTGGCCT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=47410634;WS=47410616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr21	47410931	rs1980982	T	C	10877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=216;NR=186;PP=2965;SC=GAGACCCCGGTGCCTTTGGAC;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=402;TCF=216;TCR=186;TR=402;WE=47410939;WS=47410921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr21	47412751	rs2850173	A	C	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=38;PP=1326;SC=GGAGCTGGGAACCACCCCAGG;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=47412759;WS=47412741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	47412840	rs2075893	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=17;PP=437;SC=GGCCCCTCAACGTGGCCAGCC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=47412848;WS=47412830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	47417147	rs148786363	CCAGGCCCTTCGTG	C	1023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=2936;SC=ACACTTGTGCCCAGGCCCTTC;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=13;WE=47417167;WS=47417143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	47417206	rs11701583	A	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=11;PP=800;SC=CTCCCCCTGCACTGATGGGAC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=47417214;WS=47417196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	47417303	rs2839077	T	C	6350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=108;PP=2965;SC=GTGAGGCCTGTGGTCCAACGT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=123;TCR=108;TR=230;WE=47417311;WS=47417293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr21	47417415	rs2276254	C	A	5089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=87;PP=2922;SC=CCACTCCCCACCCACACCCGC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=168;WE=47417423;WS=47417405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr21	47417432	rs3216137	A	AG	3730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=60;PP=2413;SC=CCGCCCACCCAGGGGGGCCTG;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=14;TCR=69;TR=72;WE=47417440;WS=47417422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr21	47417975	rs3737437	A	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=24;PP=1261;SC=GGCCTGTGCCAGCCAGTGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=47417983;WS=47417965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	47418728	rs141212516	C	CT	2964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=17;PP=1958;SC=CCTCTCTTATCTTTATTTTTT;SOR=1.744;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=47;WE=47418736;WS=47418718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr21	47419697	rs8131101	C	T	7284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=89;PP=2521;SC=CTCCTGTAGACGCTGCTCACG;SOR=1.083;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=57;TCR=90;TR=145;WE=47419714;WS=47419687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr21	47419706	rs11464071	C	CG	6701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=61;PP=1936;SC=ACGCTGCTCACGGGGGGGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=6;TCR=74;TR=66;WE=47419714;WS=47419687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr21	47419747	rs8131632	A	G	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=95;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=45;PP=1278;SC=GCCAGGCCCTAGGGACCCGTG;SOR=2.683;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=54;WE=47419755;WS=47419737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	47419770	rs73908116	G	A	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	47419775	.	C	CGTGAAGATCATAGGGGGACGT	1627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.51;SOR=4.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	47419788	.	G	GA,GGGGGACGTGTGAGGATCATAGA	637.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.27;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=29;PP=876;SC=GAGGATCATAGGGGGATGTGT;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=30;WE=47419825;WS=47419760;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:14
chr21	47419794	rs8126900	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	47419804	rs8131227	C	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	47419829	.	T	TAG	377	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=170;MMLQ=27;MQ=51.35;NF=0;NR=10;PP=377;QD=40.8;SC=GTGAGGATCATGGGGGACATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=47419838;WS=47419819;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,10:0.91:11
chr21	47419830	.	G	A	373	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=170;MMLQ=27;MQ=51.21;NF=0;NR=4;PP=373;QD=101.942803137;SC=TGAGGATCATGGGGGACATGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=47419838;WS=47419819;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr21	47420565	rs142824931	AGGAGGGCGGCCGGGGAG	A	4829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=30;PP=2967;SC=AGGCCGGGGAAGGAGGGCGGC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=83;WE=47420589;WS=47420555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr21	47420726	rs7276098	C	G	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=114;PP=2965;SC=TCCCGGGGGTCGGGGAGCGAG;SOR=1.361;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=73;TCR=114;TR=187;WE=47420734;WS=47420716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr21	47420761	rs7283989	G	A	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.90;SOR=2.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr21	47420769	rs7276782	A	G	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=2.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	47421315	rs11701124	C	T	8157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GGCCTCGCCCCGCCCGGCTTT;SOR=1.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=101;TCR=180;TR=279;WE=47421323;WS=47421302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr21	47421793	rs8132377	C	T	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.01;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	47421797	rs8131313	G	A	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr21	47421864	rs8132521	C	T	6327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=96;PP=2965;SC=ACCCCGGTGCCGGTCCCACAG;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=116;TCR=96;TR=212;WE=47421872;WS=47421854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr21	47422412	rs35796750	C	T	13430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=256;NR=213;PP=2965;SC=GAGCAGGCTGCGCCACACCGA;SOR=0.845;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=469;TCF=256;TCR=213;TR=469;WE=47422420;WS=47422402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr21	47422639	rs2236485	A	G	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.19;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	47422644	rs2236486	G	A	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.00;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr21	47422679	rs2236487	G	A	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=29;PP=719;SC=GCGCGGGGCCGCCCGGGCAGT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=37;WE=47422687;WS=47422669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	47423133	rs2236489	C	G	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=93;PP=2898;SC=TCTGAGAGGACGGGGCTCTGG;SOR=1.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=46;TCR=94;TR=139;WE=47423141;WS=47423123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr21	47423233	rs59769541	C	T	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=14;PP=835;SC=GGAGCTTAGACGCTCTCTGGC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=47423241;WS=47423223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	47536799	rs147649367	A	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=32;PP=866;SC=GGGCCCCCAGATCCAGCCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=47536807;WS=47536789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	47542654	rs5844253	G	GC	4692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=50;NR=31;PP=2957;SC=TTCAGGCTTTGCAAAAAAACC;SOR=1.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=81;WE=47542662;WS=47542644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr21	47557074	rs9284510	A	G	6449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=75;PP=2965;SC=CACTGCCCACAGCCAGTCGGC;SOR=1.600;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=155;TCR=75;TR=229;WE=47557082;WS=47557064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr21	47558586	rs60525628	A	G	6637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr21	47558591	rs62214031	A	G	6534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr21	47558994	rs1980983	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=29;PP=955;SC=TATAGCCCTTAGCATCAGGCT;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=47559002;WS=47558984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr21	47571383	rs34248722	C	CA	1213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=6;PP=1060;SC=GTGCCCCATCCCCACCGACCT;SOR=2.621;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=26;WE=47571391;WS=47571373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr21	47608580	rs2968	G	A	9687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=188;NR=156;PP=2965;SC=AGTCCTCTTCGTGGAACAGGA;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=188;TCR=156;TR=344;WE=47608588;WS=47608570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr21	47609510	rs9717	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=419;SC=AGCCCTGGACTGCACACCAAG;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=47609518;WS=47609500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	47609677	rs914247	A	G	4814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=69;PP=2965;SC=AAGAGCAGATAAGGAGGTATA;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=90;TCR=69;TR=158;WE=47609685;WS=47609667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr21	47612466	rs2187120	A	G	6621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.53;QD=44.74;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr21	47612471	rs2187121	T	C	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.07;QD=45.85;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr21	47612512	rs146297977	C	CTG	7138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=73;PP=2969;SC=GTACGTATGTCTGTGTGGCAC;SOR=0.897;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=118;WE=47612520;WS=47612502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr21	47614469	rs2254524	A	C	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=56;PP=2810;SC=GCACTCTGCAAATAACGCCGC;SOR=1.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=91;TCR=56;TR=146;WE=47614477;WS=47614459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr21	47616071	rs7282841	G	C	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.03;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	47616080	rs2839140	G	A	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.34;SOR=2.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	47628375	rs73144751	G	T	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=59;PP=1643;SC=TGCGAGGCGCGCGAGGGCCTG;SOR=2.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=13;TCR=60;TR=72;WE=47628383;WS=47628365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	47633789	rs9974665	C	G	8341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=172;PP=2965;SC=CGCTCCAGACCCACAGCAGCC;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=123;TCR=172;TR=295;WE=47633797;WS=47633779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr21	47635302	rs5844259	T	TC	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=404;SC=GACTTGCCCTTCCCAGGGTTT;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=47635310;WS=47635292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	47635627	rs9980968	C	G	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=69;PP=2965;SC=GCCAGCTGTGCGGCGTGTACA;SOR=1.100;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=114;TCR=69;TR=182;WE=47635635;WS=47635617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr21	47635713	rs11701729	G	A	4791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=99;PP=2965;SC=AGCTCCTGGTGGGGGCAGTGT;SOR=1.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=82;TCR=99;TR=181;WE=47635721;WS=47635703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr21	47635856	rs2839153	C	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=19;PP=571;SC=GACCCCGAGGCCACATGAAGG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=47635864;WS=47635846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	47639492	rs2277826	C	G	9519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=97;NR=216;PP=2965;SC=ACCACCTGAGCGGGGAGAGAA;SOR=1.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=97;TCR=217;TR=313;WE=47639500;WS=47639482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr21	47641700	rs2839157	G	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=379;SC=TTTCTGTATCGCGTTTGTGAG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=47641708;WS=47641690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	47656712	rs2839166	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=31;PP=1774;SC=TTAATTCTTATGTAAATGCCA;SOR=1.587;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=100;WE=47656720;WS=47656702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr21	47662920	rs60691594	C	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.33;QD=26.57;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	47678774	rs2839178	A	G	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=39;PP=2965;SC=TACAGAAACTAATAGCTCATA;SOR=1.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=105;TCR=40;TR=144;WE=47678782;WS=47678764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr21	47681127	rs2839180	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=698;SC=GCATCGTGGCTAGGGTCAGTT;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=47681135;WS=47681117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	47686152	rs2839182	C	T	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=40;PP=1164;SC=AGTGCCCTGCCGAGTACTGCA;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=47686160;WS=47686142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	47686174	rs4818831	T	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=34;PP=822;SC=GCCCCTTGGGTGTCACCACAG;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=47686182;WS=47686164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	47687144	rs2839183	G	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=40;PP=1065;SC=CATGGCCAGCGTGGGGCACAT;SOR=4.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=47687152;WS=47687134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	47697650	rs17182664	A	G	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=41;PP=1283;SC=TAAACACCACACTGAGGGCCC;SOR=1.090;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=47697658;WS=47697640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	47703649	rs11702450	G	A	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.315;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=65;PP=2032;ReadPosRankSum=-0.780;SC=AGTCAGGGATGTTCTTGCACT;SOR=1.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=93;WE=47703657;WS=47703639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr21	47704896	rs9975588	G	A	4685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=86;PP=2965;SC=CAGCACAGATGAACTTGAAGG;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=152;WE=47704904;WS=47704886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr21	47716230	rs1888539	T	C	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=56;PP=1650;SC=ACCCTCCATCTTGACCGCCCC;SOR=6.630;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=62;WE=47716238;WS=47716220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	47717350	rs2839206	C	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=3;PP=413;SC=GGGCGGCCGGCTTCCCCCAAA;SOR=2.419;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=47717358;WS=47717349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	47717616	rs8651	G	A	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=57;PP=1831;SC=GGTCGCACACGAATAAATAAC;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=110;WE=47717624;WS=47717606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr21	47717686	rs2839207	G	A	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=28;PP=772;SC=GGTATTTTTCGTTATTGTAAA;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=47717694;WS=47717676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	47722391	rs1556337	A	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=13;PP=957;SC=GCTGGGGGCTAAGCCTACCTG;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=47722399;WS=47722381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	47722578	rs1974171	G	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=36;PP=982;SC=CCAGAGAACAGGTGTGTCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=47722586;WS=47722568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	47744037	rs3842460	CG	C	1892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=17;PP=1214;SC=ACAGTTGTCGCGGGGGGAGGG;SOR=1.727;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=40;WE=47744045;WS=47744027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	47754471	.	G	A	328	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=18;MQ=53.72;NF=20;NR=11;PP=328;QD=11.7022971789;SC=CCAGAACAGCGTGGGATGTTC;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=31;WE=47754479;WS=47754461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:81,31:0.28:112
chr21	47754471	.	G	GTGGGATGTTCACAGTCAGTGACCACCCACCAGAACAGCA	585.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.43;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,0:0:0
chr21	47766139	rs9982233	T	C	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=67;PP=1631;SC=CGGCGGGGCCTGCACAGGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=100;WE=47766147;WS=47766129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr21	47766650	rs2839217	G	A	4026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=62;PP=2499;SC=CCTTTTCTCCGCCGCAGGCCG;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=142;WE=47766658;WS=47766640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr21	47777063	rs2839223	G	A	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=56;PP=2466;SC=AATTTGTATGGGAAGTTGCAG;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=127;WE=47777071;WS=47777053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr21	47777222	rs2839224	A	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=403;SC=AGTGCTGTACATGGCACATTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=47777230;WS=47777212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	47783796	rs8131546	T	C	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=93;PP=2454;SC=GGGAGCTTGCTGCGCTCCACG;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=63;TCR=93;TR=156;WE=47783804;WS=47783786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr21	47786449	rs9637173	T	A	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=91;NR=38;PP=2607;SC=GCAAGGGTCATTGCTTCCTGA;SOR=1.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=91;TCR=38;TR=129;WE=47786457;WS=47786439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr21	47786494	rs2839226	C	T	6678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=133;NR=91;PP=2965;SC=ACTTTGTTGCCGCAGGTTTTT;SOR=0.982;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=133;TCR=91;TR=224;WE=47786502;WS=47786484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr21	47786817	rs2839228	C	G	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=64;PP=2965;SC=CCTGTTACCTCTCTGAATTTC;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=135;WE=47786825;WS=47786807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr21	47787002	rs6518289	T	C	4805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=105;PP=2845;SC=CGAACCGAAGTGAGCACAGAG;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=71;TCR=105;TR=176;WE=47787010;WS=47786992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr21	47811272	rs3737438	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=401;SC=CAGCCACGGACGCCGAGGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=47811280;WS=47811262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	47832989	rs4300932	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=31;PP=872;SC=GGGAAGGCACGAGGCCCACCC;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=47832997;WS=47832979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	47845992	rs11702810	T	C	304.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.93;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr21	47850405	rs2839257	C	T	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=38;PP=1706;SC=GATTGTTCTGCGATGTCTCCA;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=99;WE=47850413;WS=47850395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr21	47850484	rs2070426	G	C	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=52;PP=1516;SC=AGAGTGAGCAGGGGAAGGGGC;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=101;WE=47850492;WS=47850474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr21	47851753	rs2073376	A	G	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=76;PP=2965;SC=GCTCTGCTGCAGAAGCTGAAG;SOR=1.138;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=127;TCR=76;TR=203;WE=47851761;WS=47851743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr21	47852085	rs35147998	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=852;SC=GAGCCCAGCGGCTGCGGAGCA;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=47852093;WS=47852075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	47852151	rs5844270	A	AG	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=568;SC=CTGCCGGCGGACGTCCACACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=47852159;WS=47852141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	47856106	rs2236616	C	A	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=29;PP=766;SC=CTTGCAGCCACCCCTCTGTCC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=47856114;WS=47856096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	47860764	rs2839260	T	C	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=7;PP=1486;SC=TTTTTTTCTTTTAGATGGAAA;SOR=3.370;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=52;TCR=7;TR=59;WE=47860772;WS=47860754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	47862624	rs2839262	A	G	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=59;PP=1988;SC=ATTCCGTCAGAGCAGTCGTCC;SOR=1.168;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=100;WE=47862632;WS=47862614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr21	47910659	rs9976530	A	G	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=31;PP=876;SC=GGCAGTGGGGAAGGTGGACGG;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=47910667;WS=47910649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	47916823	rs150329133	AC	A	2844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=51;NR=10;PP=2975;SC=CTGAAAACAAACAAAAACATG;SOR=3.365;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=61;WE=47916831;WS=47916813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	47917047	rs11315869	CT	C	8890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=199;PP=2983;SC=TCAAGTGTGGCTTTTTTTTGA;SOR=1.336;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=237;TCF=17;TCR=220;TR=216;WE=47917055;WS=47917037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr21	47959731	rs117443865	C	G	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=82;NR=30;PP=2513;SC=TGTCCAGCCACCCCTTCCCTG;SOR=1.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=82;TCR=30;TR=112;WE=47959739;WS=47959721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr21	47959976	rs142952810	G	GCTGTGC	2477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=2441;SC=TTATCCTGGAGCTGTGCCTGT;SOR=2.066;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=36;WE=47959984;WS=47959966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	47966016	rs4818845	C	G	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=48;PP=1399;SC=GACCTCCCTGCCCATCACCCT;SOR=3.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=57;WE=47966024;WS=47966006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	47966810	rs2839318	G	C	5405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=126;NR=54;PP=2965;SC=GAGTCTTGACGCACACCCTTT;SOR=1.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=126;TCR=54;TR=180;WE=47966818;WS=47966800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr21	47966977	rs16979358	C	T	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=112;PP=2965;SC=CGGACCCCCACGCCGGGAGTA;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=73;TCR=112;TR=185;WE=47966985;WS=47966967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr21	47969793	rs17302700	C	T	8013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=161;PP=2965;SC=GAGCCGTGTGCTGCAGGTGGG;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=113;TCR=162;TR=273;WE=47969801;WS=47969783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr21	47969962	rs79100421	T	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=639;SC=GCTGTATGTATTTACGGGATA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=47969970;WS=47969952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	47971539	rs2255526	G	A	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=43;PP=2208;SC=GAGTTCCCCCGTTTCTAGAGG;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=128;WE=47971547;WS=47971529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr21	47978321	rs34920477	G	GC	6266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=60;PP=2966;SC=GGTGCCTGGGGCTGCGGTTCT;SOR=0.705;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=35;TCR=67;TR=93;WE=47978329;WS=47978311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr21	47978421	rs2839323	G	A	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=86;PP=2836;SC=TCCTTCTCTGGGCCTTTGATA;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=67;TCR=86;TR=153;WE=47978429;WS=47978411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr21	47980570	rs2070429	A	G	6067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=130;NR=75;PP=2965;SC=ATGCAGCTGTACCTGTAGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=130;TCR=75;TR=205;WE=47980578;WS=47980560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr21	47980760	rs2839324	T	G	5683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=122;PP=2965;SC=AAACCAGGTCTGCACTGACTA;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=78;TCR=122;TR=200;WE=47980768;WS=47980750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr21	47983657	rs762253	G	A	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=13;PP=1926;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GACCTGACATGAGCACATCAG;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=75;TCR=14;TR=87;WE=47983665;WS=47983647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr21	47986633	rs3819044	C	A	7077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=162;PP=2965;SC=CACGTGGTCCCTCCAGCCCTT;SOR=1.697;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=79;TCR=162;TR=241;WE=47986641;WS=47986623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr21	48063476	rs10854485	C	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=21;PP=793;SC=GCAGTGAGGCCGGTCTCCTGC;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=48063484;WS=48063466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	16157603	rs370790235	G	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.90;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	17055569	rs3729688	T	G	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=51;PP=1571;SC=TTCACTGCAGTGGGGCAGAGT;SOR=3.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=61;WE=17055577;WS=17055559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	17063359	rs2006108	A	G	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=31;PP=2750;SC=TGGCAGGGAAAGGTTGCTGTC;SOR=2.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=94;TCR=31;TR=125;WE=17063367;WS=17063349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	17072483	rs2236639	A	G	10949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=228;NR=218;PP=2965;SC=ATCTCCATCCAAGACCTAGCT;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=448;TCF=229;TCR=219;TR=446;WE=17072491;WS=17072473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr22	17073066	rs5747988	A	G	7202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=143;NR=113;PP=2965;SC=GAGGCAGGCCAGCCTTCAGCA;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=143;TCR=113;TR=256;WE=17073074;WS=17073056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr22	17156061	rs8142573	A	G	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.810;NF=40;NR=20;PP=1071;ReadPosRankSum=0.661;SC=TTTCTTTTAAAAGAGTGCATT;SOR=0.982;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=60;WE=17156069;WS=17156051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,57:0.72:79
chr22	17325892	rs74846257	CA	C	851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.708;NF=1;NR=16;PP=635;ReadPosRankSum=0.028;SC=CCCTCATCCCCATATCAGCTG;SOR=0.643;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=17;WE=17325900;WS=17325882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr22	17326914	rs165927	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=0.799;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,24:0.18:133
chr22	17327068	rs165588	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=35;PP=990;SC=CCGGGCACTGACCAAGCTCCC;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=17327076;WS=17327058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	17445502	rs5748765	A	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=325;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TGCCTGATACACCTGTGCTCA;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=15;WE=17445510;WS=17445493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr22	17446991	rs4819925	C	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.339;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=11;PP=1293;ReadPosRankSum=-0.716;SC=AAGACTTACCCTTCTGGTTAG;SOR=2.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=59;WE=17446999;WS=17446981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr22	17449076	rs5748768	C	G	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=15;PP=1876;SC=ACCTAGGCAGCCTCCTAGGAG;SOR=2.642;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=79;WE=17449084;WS=17449066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	17488727	rs5748800	A	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=1;PP=199;SC=AGTCGCCTCCACCCGCAGCTC;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=17488735;WS=17488723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	17488823	rs11378060	C	CG	3330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=17;PP=1470;SC=CCCCACTGCCCCACTCACAAA;SOR=1.065;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=35;WE=17488831;WS=17488813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr22	17565932	rs917864	T	C	15339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=270;NR=261;PP=2965;SC=AGAACGTTCGTTCGCTGCGTC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=531;TCF=270;TCR=261;TR=531;WE=17565940;WS=17565922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr22	17565974	rs917865	G	C	10477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=195;PP=2965;SC=CGCGACGCCAGCCGGGCCATG;SOR=0.882;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=365;TCF=170;TCR=195;TR=365;WE=17565982;WS=17565964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr22	17566206	rs2270241	G	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=8;PP=376;SC=GGGACTACGCGCCCGGGCTGG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=17566214;WS=17566196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	17566229	rs2270242	T	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=9;PP=327;SC=AGGCAGGAAGTCCGCGCCGCG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=17566237;WS=17566219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	17582776	rs17807076	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GGGCCACCTGCGGACAGGCTC;SOR=0.053;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=7;WE=17582784;WS=17582766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr22	17586471	rs2241046	C	T	4274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=75;PP=2534;SC=TTCCTCTGTTCTCATTGCAGA;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=149;WE=17586479;WS=17586461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	17586583	rs2241047	C	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.907;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
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chr22	17586614	rs35078252	G	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr22	17586631	rs4819959	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr22	17586715	rs56736183	ATCAC	A	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr22	17589246	rs879576	G	A	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=42;PP=1581;ReadPosRankSum=-0.023;SC=AGCCCAGGAAGGTCTGGATCA;SOR=0.699;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=103;WE=17589254;WS=17589236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,107:0.72:148
chr22	17590180	rs41323645	G	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.762;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=829;ReadPosRankSum=0.904;SC=TGACGGTGCCGCAGTCCGGCT;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=46;WE=17590188;WS=17590170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,50:0.85:59
chr22	17600148	rs9605220	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=248;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GGTGCAGAAGAACACCCTGGC;SOR=0.352;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=15;WE=17600156;WS=17600138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr22	17600977	rs5994165	G	A	5436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.385;SC=CCGTGGTGCCGAAGGGCGCGC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=280;TCF=157;TCR=123;TR=219;WE=17600985;WS=17600967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,233:0.80:293
chr22	17601748	rs9606620	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=383;ReadPosRankSum=1.999;SC=CGGCGTTGGGCACCAGCGGCT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=35;WE=17601756;WS=17601738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr22	17602839	rs5992629	G	A	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=36;PP=1490;ReadPosRankSum=-0.269;SC=CCCTGGGGTCGCGAGCCATCT;SOR=0.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=78;TCR=49;TR=95;WE=17602847;WS=17602829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,104:0.73:143
chr22	17603477	rs5748871	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=445;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TTGCAGCGTGATAACACCATG;SOR=0.321;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=33;WE=17603485;WS=17603467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr22	17623880	rs34058953	G	GC	1160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=915;ReadPosRankSum=0.655;SC=TGACTCCAAGGCCCCTTGCTG;SOR=0.990;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=25;WE=17623888;WS=17623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr22	17669151	rs2231496	C	T	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=5;PP=1060;SC=TAGGCTCTAACCCTGAGGCAT;SOR=3.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=17669159;WS=17669141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	17680306	rs144627322	T	TCCTCCCTCCCCTCCTCTATCCTCTTCC	1063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=1;PP=707;SC=TCTCAGCGTCTCCTCCCTCCC;SOR=1.802;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=4;WE=17680314;WS=17680296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	17680519	rs17807317	A	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,23:0.18:130
chr22	17690409	rs362129	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=0.294;SC=CCTCCTTGGTGTTCAGCACCA;SOR=0.553;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=20;WE=17690417;WS=17690399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr22	17956759	rs4819593	C	G	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=81;PP=2586;SC=CATTTCTTGCCCCAAGAACTA;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=46;TCR=81;TR=127;WE=17956767;WS=17956749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr22	17978600	rs7284169	G	C	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=80;PP=1704;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TTCAGTGTTAGGGCATGATAG;SOR=0.490;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=175;TCF=67;TCR=108;TR=133;WE=17978608;WS=17978590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,146:0.77:190
chr22	18021505	rs2268776	T	C	5276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.007;SC=TTTCCTCTTCTTGCTTTGTTC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=144;TCR=127;TR=216;WE=18021513;WS=18021495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,230:0.78:295
chr22	18022046	rs41277560	T	C	4861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=90;PP=2948;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CTCCCCGGCATGGGGGGGCTC;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=284;TCF=152;TCR=132;TR=201;WE=18022054;WS=18022036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,213:0.71:298
chr22	18030096	.	TAA	T	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.787;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
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chr22	18209613	rs4488761	A	G	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=80;PP=2533;ReadPosRankSum=1.399;SC=TGTCACTGTCAGCTAGCCAGA;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=148;WE=18209621;WS=18209603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,151:0.75:200
chr22	18209920	rs9306198	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=7.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.845;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,38:0.22:173
chr22	18218464	rs181382	T	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=577;ReadPosRankSum=2.101;SC=TGCAAAAACATGTTCTCCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=19;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr22	18218475	rs181383	C	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=734;ReadPosRankSum=-0.162;SC=GTTCTCCAGACCCCTGAAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=15;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr22	18222263	rs181390	A	G	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=88;PP=2359;ReadPosRankSum=0.835;SC=ATCTGTGTTCAGGCAGGGGCG;SOR=0.846;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=205;TCF=89;TCR=116;TR=158;WE=18222271;WS=18222253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,168:0.79:213
chr22	18233000	rs181405	G	A	1605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=1136;ReadPosRankSum=-0.126;SC=AGGACCCCTCGGGAGGACGAC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=76;WE=18233008;WS=18232990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,70:0.78:90
chr22	18257138	rs443912	T	G	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr22	18273463	rs62238879	G	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=719;ReadPosRankSum=0.611;SC=CTGGCCAGGCGGATGCCAACA;SOR=0.949;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=49;WE=18273471;WS=18273453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,56:0.63:89
chr22	18291791	rs423710	C	A	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=102;PP=2482;ReadPosRankSum=-0.162;SC=AGGGGAAACACAGGAGTTGCC;SOR=1.030;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=195;TCF=68;TCR=127;TR=151;WE=18291799;WS=18291781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,152:0.76:201
chr22	18293650	rs436590	A	G	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.065;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=47;PP=1210;ReadPosRankSum=0.826;SC=CAGCAGGCCAACAGGGGCCTG;SOR=1.030;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=66;WE=18293658;WS=18293640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,69:0.72:96
chr22	18300240	rs5992854	T	C	7657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.446;SC=CGGCTTCTTCTAGGAGGTTGG;SOR=0.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=151;TCR=125;TR=275;WE=18300248;WS=18300230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr22	18300594	rs11704160	G	A	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=91;PP=2965;SC=TGGCCATGGCGTCCCGCAGCG;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=115;TCR=91;TR=205;WE=18300602;WS=18300584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr22	18300879	rs11704809	G	A	12979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=241;NR=239;PP=2965;SC=TCTCCTCCACGCTCTCCACAA;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=482;TCF=241;TCR=241;TR=480;WE=18300887;WS=18300869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr22	18301693	rs8135914	T	C	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=22;PP=1241;SC=CACGGGTGGCTGGGGCTGCGG;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=18301701;WS=18301683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	18304392	rs2305006	G	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=270;SC=TCGCTGAGTCGGCTCCCAGTT;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=18304400;WS=18304382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	18304695	rs5992112	A	G	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=14;PP=1411;SC=GGTGTGCACCATGGCTCTGCT;SOR=2.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=73;WE=18304703;WS=18304685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	18310363	rs5992872	C	T	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.88;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	18310367	rs5992121	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.25;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	18310700	rs143017613	T	TACAC,TAC	416.82	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.640;NF=0,0;NR=12,12;PP=398,58;ReadPosRankSum=0.671;SC=TGCACATGTATACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12,12;WE=18310708;WS=18310690;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.92:13
chr22	18314989	rs5992123	C	T	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=58;PP=1577;SC=GCTGAGCAGGCGGAGAGAGAC;SOR=2.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=74;WE=18314997;WS=18314979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	18317423	rs11705197	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=17;PP=656;SC=AACACAAGCACGGTGGGCGGA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=18317431;WS=18317413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	18325541	rs61626259	T	C	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=75;PP=2065;ReadPosRankSum=-0.909;SC=TCGTCGGCGATCTTGGCCGGA;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=40;TCR=94;TR=108;WE=18325549;WS=18325531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,109:0.81:135
chr22	18347851	.	TTTTA	T	129	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=129;QD=33.5;SC=TGGTTTTAAATTTTATTTATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=18347862;WS=18347841;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr22	18354766	rs9617630	C	T	6209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CCAGGTTCTGCGGGAACTCCT;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=117;TCR=192;TR=247;WE=18354774;WS=18354756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,261:0.79:329
chr22	18370066	rs4819472	C	A	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=56;NR=72;PP=2552;SC=CTTTGCAGCCCATCAAGAGAC;SOR=1.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=128;WE=18370074;WS=18370056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	18372020	rs3747032	A	G	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=762;ReadPosRankSum=1.327;SC=CAAGGAAAACATATCAAGATA;SOR=0.557;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=50;WE=18372028;WS=18372010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
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chr22	18379160	rs3213927	T	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.600;NF=11;NR=28;PP=710;ReadPosRankSum=-0.678;SC=ATAATTAAAATATAACACACC;SOR=0.623;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=39;WE=18379168;WS=18379150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr22	18560825	rs62239019	A	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=1045;SC=TGAGTCTTTGATCGTAACCAG;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=38;WE=18560833;WS=18560819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	18562888	rs464541	C	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=729;SC=CCCTCCAGATCGGATTCTTTC;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=18562896;WS=18562878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	18571008	rs464385	G	A	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=1889;ReadPosRankSum=0.520;SC=ACCCTACTTCGGCTGGTCGCG;SOR=0.259;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=134;TCF=53;TCR=81;TR=110;WE=18571016;WS=18570998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,120:0.85:141
chr22	18607090	rs71703459	GGGA	G	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=290;ReadPosRankSum=1.219;SC=AGGAGGGCAGGGGACGGGTGG;SOR=0.883;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=9;WE=18607100;WS=18607080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr22	18628715	rs361534	C	T	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=77;PP=2235;SC=TTTCTTGTACCGAATATTTAC;SOR=2.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=31;TCR=77;TR=108;WE=18628723;WS=18628705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	18649922	rs9605536	A	G	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=23;PP=2872;SC=AGGGCTAGGAAGAGACAAAGT;SOR=2.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=95;TCR=23;TR=118;WE=18649930;WS=18649912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	18650682	rs3180408	C	T	7715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=173;NR=120;PP=2965;SC=GCCCTGTATACGATCCGGGTG;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=173;TCR=120;TR=293;WE=18650690;WS=18650672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr22	18655860	rs4819484	G	A	5813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=134;NR=84;PP=2965;SC=GTATAAATGTGTGAGGCAGTC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=134;TCR=85;TR=218;WE=18655868;WS=18655850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr22	18896169	rs426065	C	T	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.30;MQRankSum=0.667;QD=19.55;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,101:0.75:135
chr22	18896189	rs425576	T	C	3600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.044;NF=97;NR=58;PP=2849;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GTGAGCACTTTCTTGCTTTCT;SOR=0.673;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=201;TCF=125;TCR=76;TR=155;WE=18896197;WS=18896179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,147:0.77:190
chr22	18896301	rs5746636	G	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.445;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.096;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,37:0.16:234
chr22	18897416	rs436638	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=58.65;NF=11;NR=2;PP=290;SC=CCCGCCTGCCCCCTCCAGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=18897424;WS=18897406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	18898289	rs441862	G	C	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=47;PP=2227;SC=GGAGAGGCCTGGGTGTGGTGA;SOR=1.301;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=85;TCR=48;TR=131;WE=18898297;WS=18898279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	18898874	.	G	A	214	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=18;MQ=56.97;NF=5;NR=10;PP=214;QD=16.5847475031;SC=TGGGGGCAGAGGCTCAGATTC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=15;WE=18898882;WS=18898865;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,15:0.58:26
chr22	18899016	rs428224	G	A	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=14;PP=700;SC=GGGCCTGGGGGTCACTCTGGC;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=18899024;WS=18899006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	18900669	rs383964	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=5;PP=530;SC=GCTGGAGGCTAAGGGTGTGCT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=18900677;WS=18900659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	18900750	rs372055	G	A	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=33;PP=1462;SC=AGCCACAGCAGCTGCCGCTCC;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=83;WE=18900758;WS=18900740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	18901004	rs450046	C	T	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.184;SC=AAAGTACACCCGGTGGTCAGC;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=84;TCR=105;TR=188;WE=18901012;WS=18900994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr22	18901090	rs385440	A	G	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=36;PP=1029;SC=CACTGTCCCCAGTGCAGGGAT;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=18901098;WS=18901080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	18904414	rs455072	A	G	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.447;NF=58;NR=25;PP=1498;ReadPosRankSum=-1.381;SC=TGCGCAGTGCAAAGCGCACTG;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=83;WE=18904422;WS=18904404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr22	18904606	rs375115	T	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=916;SC=GATCCATCCATTGAGCTGGCT;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=18904614;WS=18904596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	18907124	rs1076466	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-1.106;QD=3.50;ReadPosRankSum=2.465;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,28:0.24:119
chr22	18908875	rs1808320	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-3.079;QD=2.93;ReadPosRankSum=2.465;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr22	18910284	rs5844366	AC	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.682;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,10:0.16:61
chr22	18910301	rs2008904	A	G	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=1.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,14:0.16:85
chr22	18910307	rs2008903	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-2.032;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,21:0.21:100
chr22	18910756	rs2008878	C	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr22	18912678	rs4819756	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,67:0.23:288
chr22	18913312	rs17810231	G	A	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=46;PP=1161;ReadPosRankSum=1.143;SC=TCCCACTGAGGCTGCACGGAG;SOR=1.416;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=68;WE=18913320;WS=18913302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,76:0.71:107
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chr22	19048449	rs2238740	G	A	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=3.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,59:0.16:370
chr22	19050599	rs111427599	T	TCCATGTC	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.436;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,15:0.15:102
chr22	19050635	rs5993488	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,42:0.17:253
chr22	19050878	rs9617765	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chr22	19076797	rs73158837	C	A	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,126:0.27:463
chr22	19077049	rs2800960	C	T	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=46;PP=1267;SC=TGGCAGTAGGCCAGCAAACCA;SOR=4.534;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=19077057;WS=19077039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	19109609	rs62223868	A	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,28:0.25:113
chr22	19109751	.	G	GCGT	1028.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-3.327;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.263;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr22	19109753	.	A	ACCCCGCTGGG	1025.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-3.301;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.802;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr22	19109764	rs11550626	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.704;NF=6;NR=13;PP=1027;ReadPosRankSum=0.540;SC=AGGCCGGACCAGGCCGGACTG;SOR=1.221;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=19;WE=19109772;WS=19109737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr22	19109812	rs11550627	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GGTCAGGCGGAGCTGAACCTG;SOR=0.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=11;WE=19109820;WS=19109802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr22	19118701	rs3747050	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,56:0.21:264
chr22	19119545	rs45604134	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,52:0.25:208
chr22	19119686	rs1052756	C	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,95:0.22:437
chr22	19119751	rs1052763	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,80:0.22:365
chr22	19119938	rs1052773	G	A	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=1.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,110:0.27:408
chr22	19122498	rs2240110	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=1;PP=643;ReadPosRankSum=-1.175;SC=TGCCTCCACACGGTCAGGGCA;SOR=1.561;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=32;WE=19122506;WS=19122488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr22	19122665	rs2240111	C	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.968;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,66:0.24:278
chr22	19125136	rs3765612	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.736;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GCTCCCAGCAGGCCCGAGGCA;SOR=0.066;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=7;WE=19125144;WS=19125126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr22	19126631	rs2298273	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=-1.359;SC=GGCAGCCCTGTCCAACCTGGC;SOR=0.214;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=13;WE=19126639;WS=19126621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr22	19136365	rs78313563	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.381;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,13:0.16:80
chr22	19137658	rs34341950	G	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=306;SC=GGGCTCTGGCGACCGGCGGGC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=19137666;WS=19137648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	19163577	rs35359423	C	CAT	2193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=6;PP=1894;SC=GCACTGGAATCGTGAGACAAA;SOR=3.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=19163585;WS=19163567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	19172006	rs1018764	T	C	5653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=119;NR=82;PP=2965;SC=TCTCCCCCGCTGGCATGCTGC;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=119;TCR=83;TR=201;WE=19172014;WS=19171988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr22	19184095	rs1061325	T	C	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=97;PP=2447;SC=TCAGTGAACATGCCCATGTGG;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=55;TCR=97;TR=152;WE=19184103;WS=19184085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr22	19187375	rs9605957	G	A	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=57;PP=1646;SC=GGGCAAGCGTGAGGGTCCCCA;SOR=1.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=19187383;WS=19187365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	19187427	rs2236759	C	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=716;SC=ACAAGGCACACAGTTGCAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=19187435;WS=19187417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	19189003	rs11386977	A	AC	6153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=58;PP=2936;SC=GCGGTCTCCAACTACGGATAA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=76;WE=19189011;WS=19188993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr22	19197896	rs698423	T	C	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=99;PP=2862;SC=CCTCATACAGTGCGCTGCTGA;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=85;TCR=100;TR=184;WE=19197904;WS=19197886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr22	19211665	rs9604935	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=28;PP=879;SC=GATGACCCTGCTCCACTCTCC;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=19211673;WS=19211655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	19217613	rs2800963	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.06;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	19217617	rs113338080	C	T	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=55.60;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	19217621	rs9306213	G	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	19220648	rs807458	G	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=9;PP=1551;SC=TCAACCACACGTGAGTAATCT;SOR=3.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=63;WE=19220656;WS=19220638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	19318622	rs1210690	T	C	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=5;PP=257;SC=AGCAGCATGGTGCCTGCAGCA;SOR=1.292;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=19318630;WS=19318612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	19349590	rs916594	G	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=314;SC=TGCCTCAAAAGTAAAGGAGAA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=19349598;WS=19349580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	19419093	rs8140291	A	G	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=60;PP=1685;SC=CTCCCGCGCCACCCGCCCTCC;SOR=3.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=69;WE=19419101;WS=19419083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	19455376	rs5746742	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=5;PP=542;SC=AGAAGAACTCCGCTTATTTGA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=19455384;WS=19455366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	19455836	rs756658	A	G	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=60;PP=2057;SC=ATAGTCACTCACTGTACTTCC;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=19455844;WS=19455826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	19455871	rs756657	A	C	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=52;PP=1374;ReadPosRankSum=-1.120;SC=GCAAATTATAAGGCCCTGCGT;SOR=0.358;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=96;WE=19455879;WS=19455861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr22	19458224	rs5993648	C	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=377;SC=TTTGGCCTTCCGAAGTGCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=19458232;WS=19458214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	19462466	rs5746744	C	G	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=118;SC=ATGCCCTCCACGGACAATTCA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=19462474;WS=19462456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	19467652	rs5748232	T	C	9300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=179;NR=159;PP=2965;SC=CGGGTCGCCGTGTTCAGCCGG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=340;TCF=179;TCR=161;TR=338;WE=19467660;WS=19467642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr22	19468655	rs5993650	C	T	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=50;PP=1374;SC=ATAGATTAAGCGTGTATTTAA;SOR=3.538;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=58;WE=19468663;WS=19468645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	19471609	rs737858	A	G	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=48;PP=1416;SC=CTGCCAGGCCAAGGTGTACTG;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=12;TCR=48;TR=60;WE=19471617;WS=19471599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	19492692	rs8136840	C	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=2;PP=195;SC=CACACCCCCCCGCTCCATCCA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=19492700;WS=19492690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr22	19504318	rs2073733	G	A	5440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.795;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=0.212;SC=CCTGGCCCCCGACATGTCTTG;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=139;TCR=106;TR=241;WE=19504326;WS=19504308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,201:0.99:203
chr22	19504470	rs2073732	T	C	12904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=229;NR=231;PP=2965;SC=TTTGAGGCTATTGCAGGCCCT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=461;TCF=229;TCR=232;TR=460;WE=19504478;WS=19504460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr22	19506456	rs2073760	G	T	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.829;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=1139;ReadPosRankSum=1.984;SC=GTTCTGCAGGGGTGGCTGCAG;SOR=1.521;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=65;WE=19506464;WS=19506446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr22	19511925	rs885985	G	A	5789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=109;PP=2965;SC=CGCACCTCCTGGGTCTGCCAG;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=93;TCR=109;TR=202;WE=19511933;WS=19511915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr22	19706231	.	C	A	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=59;PP=1587;ReadPosRankSum=-0.839;SC=GGGGTCCGAGCGTGCCCCCGG;SOR=0.530;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=143;TCF=50;TCR=93;TR=96;WE=19706239;WS=19706221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,101:0.69:146
chr22	19710805	rs185431344	C	T	3713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=56;PP=2281;ReadPosRankSum=0.386;SC=AATGCCGCGTCCTGTCCTGGT;SOR=1.057;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=188;TCF=112;TCR=76;TR=148;WE=19710813;WS=19710795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,161:0.79:204
chr22	19712094	rs1059196	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=1;PP=21;SC=TGGACCGGTCCCCGCCTCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=19712102;WS=19712084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	19747082	rs737868	G	C	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=853;ReadPosRankSum=0.362;SC=TGGTTGCAGCGGAGGCGGCGG;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=46;WE=19747090;WS=19747072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,46:0.79:58
chr22	19750773	rs41298814	T	C	4816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=0.282;SC=GGCGGATGTTTCCCACCTTCC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=241;TCF=138;TCR=103;TR=193;WE=19750781;WS=19750763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,207:0.81:254
chr22	19752007	rs41298826	T	C	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=588;ReadPosRankSum=-2.045;SC=CCTGCGAGGCTAGAGGCTGAG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=26;WE=19752015;WS=19751997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr22	19753449	rs41298840	A	G	3054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=83;PP=2150;ReadPosRankSum=-0.395;SC=GGCCCGGCGCACTGCCGCTCA;SOR=0.848;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=47;TCR=114;TR=115;WE=19753457;WS=19753439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,122:0.73:168
chr22	19753848	rs72646966	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=1.078;SC=AGGGCCTCGCATGGGGCGTCG;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=8;WE=19753856;WS=19753838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr22	19754091	rs72646967	A	C	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=1003;ReadPosRankSum=1.406;SC=CAGTCCCCCGAACCCCGAGCT;SOR=0.808;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=66;WE=19754099;WS=19754081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,73:0.76:96
chr22	19776365	rs73148914	G	A	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=1242;ReadPosRankSum=-0.008;SC=TGGCTGCATCGTCCGCCAGTG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=69;WE=19776373;WS=19776355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,71:0.87:82
chr22	19794366	rs737860	C	A	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=65;PP=1968;SC=GCGATTAGCCCGGGCTGCTGT;SOR=2.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=22;TCR=65;TR=87;WE=19794374;WS=19794356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	19868218	rs1139793	A	G	6516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=137;PP=2965;SC=CATGATCGCTATGGGTGTCAG;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=85;TCR=137;TR=222;WE=19868226;WS=19868208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr22	19921003	rs5746847	T	C	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=1156;ReadPosRankSum=1.557;SC=GCAGGGCCCTTGTTAGGTCAT;SOR=0.904;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=86;WE=19921011;WS=19920993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,94:0.72:130
chr22	19950235	rs4633	C	T	7611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.779;SC=TCCTGAACCACGTGCTGCAGC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=147;TCR=122;TR=265;WE=19950243;WS=19950225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,283:0.99:285
chr22	19951271	rs4680	G	A	8839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TTTCGCTGGCGTGAAGGACAA;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=321;TCF=150;TCR=171;TR=319;WE=19951279;WS=19951261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,331:0.99:333
chr22	19954916	rs61143203	AT	A	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=5.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=3.101;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,27:0.17:155
chr22	19956262	rs362204	G	GC	1581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.172;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.301;NF=2;NR=45;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GGCCCTGACTGCCCCCCCGGC;SOR=2.129;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=63;TCF=4;TCR=59;TR=47;WE=19956277;WS=19956252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,59:0.95:62
chr22	19958669	rs165849	G	A	9715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=211;NR=125;PP=2965;SC=TGCAGGCAGCGGAGACTAACA;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=212;TCR=125;TR=336;WE=19958677;WS=19958659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr22	19959366	rs165824	G	A	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=99;NR=51;PP=2902;SC=CCCTAGACACGGGGCCTCACC;SOR=1.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=99;TCR=51;TR=150;WE=19959374;WS=19959356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	19959473	rs165815	C	T	9162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=160;NR=165;PP=2965;SC=CCGCTCCCTCCGGTCCACCGT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=326;TCF=160;TCR=166;TR=325;WE=19959481;WS=19959463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr22	19959955	rs2073744	A	G	6550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=155;PP=2965;SC=GGAGGAGGAGACGGGCTGCAT;SOR=2.086;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=55;TCR=155;TR=210;WE=19959963;WS=19959945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr22	19960184	rs71313931	C	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.34;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,42:0.84:50
chr22	19960188	rs2518823	T	C	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.64;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	19960198	rs71313932	G	C	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.96;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,53:0.87:61
chr22	19964418	rs2240718	T	G	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=51;PP=1499;SC=CCACCAGGGGTACAAGAAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=19964426;WS=19964408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	19968971	rs2073748	G	A	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1502;ReadPosRankSum=-1.308;SC=ACCAGGGCCTGGGCCAAGGGG;SOR=0.591;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=79;WE=19968979;WS=19968961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,82:0.73:112
chr22	19969075	rs2073747	A	G	5655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=112;NR=94;PP=2965;SC=AGCCACCCCCACTGCTGAGGT;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=112;TCR=94;TR=206;WE=19969083;WS=19969065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr22	19969106	rs2240717	A	G	3804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=73;PP=2310;ReadPosRankSum=1.146;SC=GAGTGTGGCCACTGGGCCACC;SOR=0.537;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=119;TCR=102;TR=158;WE=19969114;WS=19969096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,174:0.73:237
chr22	19974583	rs7284393	A	G	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=57;PP=2051;ReadPosRankSum=-0.930;SC=CCCCAAGCCAACTTCCCTCCA;SOR=0.952;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=200;TCF=116;TCR=84;TR=142;WE=19974591;WS=19974573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,154:0.72:214
chr22	19974654	rs7292055	G	A	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1175;ReadPosRankSum=0.470;SC=AGCAGCGGGGGAGGCGGTGGC;SOR=0.440;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=75;WE=19974662;WS=19974644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,79:0.79:100
chr22	19978022	rs4819527	C	T	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=32;PP=1863;ReadPosRankSum=-0.275;SC=AATAAGCGAGCGCATGCTGGC;SOR=0.895;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=102;TCR=43;TR=111;WE=19978030;WS=19978012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,114:0.76:150
chr22	20020889	rs9605051	T	C	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=73;PP=1480;ReadPosRankSum=0.614;SC=CTGCTGCCCCTGCACCCTGGC;SOR=0.618;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=25;TCR=94;TR=93;WE=20020897;WS=20020879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,98:0.78:125
chr22	20096314	rs146291827	G	GCGCCTACCTTGCCAGACCCTGGGCA	1418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.34;ReadPosRankSum=0.131;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
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chr22	20385739	rs146242498	TTGTC	T	3587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.45;MQRankSum=1.844;QD=43.23;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
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chr22	20394526	rs201289136	C	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.40;QD=23.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	20718525	rs2277833	T	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.73;MQRankSum=0.044;QD=18.46;ReadPosRankSum=0.409;SOR=1.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr22	20718692	rs1807536	G	A	4665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.340;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.548;NF=56;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CCCGAGGCCCGACTCTGGGAC;SOR=0.510;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=229;TCF=69;TCR=160;TR=184;WE=20718700;WS=20718682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,190:0.81:234
chr22	20718726	rs28540966	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=13.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-10.149;QD=0.26;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,10:0.09:117
chr22	20721058	rs71312755	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.22;MQRankSum=-1.125;QD=0.86;ReadPosRankSum=-2.932;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,14:0.15:95
chr22	20724622	rs79737013	C	T	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=5.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.816;NF=1;NR=46;PP=1076;ReadPosRankSum=1.692;SC=AAGGCTAAGTCGGCACGACAG;SOR=1.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=47;WE=20724630;WS=20724612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,47:0.78:60
chr22	20739059	rs13056016	G	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,37:0.17:213
chr22	20741890	rs2108744	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.489;SC=TAAAATTATATATATCTACAT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=20741898;WS=20741880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr22	20743761	.	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.737;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=516;ReadPosRankSum=1.260;SC=AAGAAACGCCGCGCCTGGGGC;SOR=0.193;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=14;WE=20743779;WS=20743751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr22	20743771	rs361766	C	T	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=4;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=3;PP=1558;ReadPosRankSum=-1.204;SC=GCGCCTGGGGCATGACTGCCC;SOR=1.522;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=48;TCR=5;TR=38;WE=20743779;WS=20743751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,44:0.76:58
chr22	20745201	rs362125	A	G	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=48;PP=1242;ReadPosRankSum=-0.696;SC=ACAGTGAGGCACACACACACA;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=19;TCR=72;TR=61;WE=20745209;WS=20745191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr22	20749042	rs35012563	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.483;QD=1.93;ReadPosRankSum=-2.108;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,33:0.20:166
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chr22	20755098	rs1990249	A	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=4.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.114;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,49:0.22:226
chr22	20759534	rs5761555	A	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr22	20779604	rs7286419	T	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=361;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GCGTGGGAGGTGTGGGGTGGC;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=20779612;WS=20779594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr22	20779768	rs874101	G	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=697;ReadPosRankSum=0.010;SC=GGTCTCAGGCGCGGGCAAGTC;SOR=1.197;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=44;WE=20779776;WS=20779758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,50:0.79:63
chr22	20779946	rs759612	C	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	20779946	.	CG	GC	794	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=7;NR=10;PP=794;QD=49.8510514625;SC=TTGCCGCGCACGTCAGCGGCC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=17;WE=20779955;WS=20779936;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr22	20779947	rs759611	G	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	20779973	rs5844418	C	CG	663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=6;PP=519;SC=GAGGCAGCCTCGGCGCGCTTC;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=13;WE=20779981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	20780024	rs5844420	G	GC	1257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=972;SC=AGAGGCCGGGGCGCGGCGCGC;SOR=2.468;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=20780039;WS=20780014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr22	20780097	rs759609	G	C	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	20783485	rs5997411	C	A	12300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=260;NR=266;PP=2962;ReadPosRankSum=0.084;SC=GGTGTTTCTCCCAGATACCCC;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=690;TCF=337;TCR=353;TR=526;WE=20783493;WS=20783475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,543:0.75:720
chr22	20785639	rs361566	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,24:0.21:112
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chr22	20843885	rs165613	T	G	183.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=148;SC=CTCCCCAATTTTAAAAAGAGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=20843893;WS=20843875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	20862646	rs5750324	T	G	4943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.515;SC=TCAGAGGAACTCTAGCCCCTC;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=294;TCF=137;TCR=157;TR=205;WE=20862654;WS=20862636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,221:0.70:316
chr22	20891545	rs4821915	A	G	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=775;ReadPosRankSum=1.369;SC=AGAGGAGAGCATCACAGACTC;SOR=0.336;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=48;WE=20891553;WS=20891535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,53:0.78:68
chr22	20907303	rs165829	T	C	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=17;PP=901;SC=CCCCCAGTAGTGGGGAGTACT;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=51;WE=20907311;WS=20907293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	20920813	rs361923	A	ACAG	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=4.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr22	20929286	rs165842	C	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr22	20937601	rs165643	C	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=39;PP=1048;SC=TTAGTGTGTACCCTCTTCTGT;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=20937609;WS=20937591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	20938775	rs165747	T	C	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=73;PP=1996;SC=CTGGGAGTGCTGCTGAGAGGG;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=138;WE=20938783;WS=20938765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr22	20940794	rs93173	G	A	12413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=266;NR=182;PP=2965;SC=GCACTGCCGGGTGTGCCAGGA;SOR=1.068;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=449;TCF=267;TCR=182;TR=448;WE=20940802;WS=20940784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr22	21034809	rs28668558	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.304;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,9:0.16:57
chr22	21064356	rs5760149	A	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.458;NF=8;NR=26;PP=653;ReadPosRankSum=0.646;SC=AGTCCTGTGGACTGGCTGATG;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=34;WE=21064364;WS=21064346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr22	21066789	rs5996654	A	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.923;NF=14;NR=14;PP=359;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GGAAGGCCAGAGTGGACTCAT;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=28;WE=21066797;WS=21066779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr22	21068878	rs2329478	C	T	5007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.104;NF=108;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CGCACGCGGACGCGTGGAAGT;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=142;TCR=135;TR=210;WE=21068886;WS=21068868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,222:0.75:295
chr22	21073122	rs1807692	G	A	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1163;ReadPosRankSum=1.206;SC=TGCCAAGGAAGCAAAGAGGCT;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=72;WE=21073130;WS=21073112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,79:0.83:95
chr22	21075537	rs5751800	A	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=501;ReadPosRankSum=1.465;SC=GGTGCTTGGCAGTGCACTGAA;SOR=1.106;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=35;WE=21075545;WS=21075527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr22	21079909	rs5751806	A	G	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=762;ReadPosRankSum=-0.559;SC=GGAGATGGGCACAGTGGCTCA;SOR=0.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=47;WE=21079917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr22	21080721	rs11462205	T	TG	2978.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.575;NF=26;NR=38;PP=2431;ReadPosRankSum=2.271;SC=GGGCACAAGCTGGTGTGGAAC;SOR=0.498;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=64;WE=21080729;WS=21080711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,94:0.76:123
chr22	21081964	rs4820583	C	T	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=1.612;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=13;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AGTTGCCAAGCGGCTGTTTTT;SOR=1.276;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=58;WE=21081972;WS=21081954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,59:0.87:68
chr22	21088146	rs17819969	C	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.355;NF=0;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=0.175;SC=GAGGGAGCCCCGGACCCAGTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=21088154;WS=21088136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr22	21107153	rs2329583	T	C	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=1064;ReadPosRankSum=-1.213;SC=GAAGTTTATATACATACACAC;SOR=1.154;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=58;WE=21107161;WS=21107143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr22	21118918	rs165764	T	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=196;ReadPosRankSum=0.194;SC=GGTGTTACTATACGTGGTGTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=21118926;WS=21118909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr22	21141300	rs4675	T	C	5204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.241;SC=TCTACGAGCATCGCACCAGCT;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=280;TCF=124;TCR=156;TR=218;WE=21141308;WS=21141290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,227:0.78:292
chr22	21147293	rs165793	A	G	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=4;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GGAGTGAAGGATGTGCCATGG;SOR=2.133;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=53;TCR=6;TR=47;WE=21147301;WS=21147283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,49:0.79:62
chr22	21150340	rs165924	T	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=447;ReadPosRankSum=0.128;SC=ACAAAGAAAGTGCCATATTCC;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=21;WE=21150348;WS=21150330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr22	21152730	rs165682	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=146;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GGTTTTCACTTCCCCCCTTAT;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=21152738;WS=21152729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr22	21153590	rs165758	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=485;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CAGAAGCGCCCTAGCAACAGT;SOR=2.147;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=22;WE=21153598;WS=21153580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr22	21167605	rs362114	G	GACA	3782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=2752;ReadPosRankSum=2.369;SC=CAATTTTACTGACATATCCAT;SOR=1.519;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=56;WE=21167613;WS=21167595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,90:0.80:113
chr22	21167787	rs165854	G	A	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=53;PP=1285;ReadPosRankSum=-1.663;SC=CATCGGGCAAGCAGGAGGCTG;SOR=0.956;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=77;WE=21167795;WS=21167777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,81:0.72:113
chr22	21174312	rs165691	C	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-1.335;SC=TGAAGGTTCACAATAAGCCAC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=21174320;WS=21174302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr22	21178484	rs165733	C	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=0;PP=661;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GGTCTGCTGTCAACAGGATGA;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=27;WE=21178492;WS=21178474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr22	21188732	rs165729	C	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=8;PP=1013;ReadPosRankSum=1.255;SC=CAGTTGTTTCCCAGCCAGGAG;SOR=0.887;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=50;WE=21188740;WS=21188722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,49:0.84:58
chr22	21213380	rs1061063	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,73:0.20:370
chr22	21213416	rs1061064	A	G	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FS=3.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:504,138:0.21:642
chr22	21241854	rs165877	T	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=0.623;SC=GTGGGTGCAGTCCCCCCAGGC;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=21241862;WS=21241844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr22	21311531	rs81027	C	T	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=16;PP=1089;SC=TTACCTGGGGCTGGGGAGGTG;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=21311539;WS=21311521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	21311721	rs178251	T	G	6951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=126;NR=116;PP=2965;SC=TTTACTCATGTCCCCGCATCG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=126;TCR=116;TR=242;WE=21311729;WS=21311711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr22	21322325	rs11334069	TC	T	4484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.90;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	21322351	rs178254	T	C	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=125;PP=2965;SC=CTGCACTCGGTAGGCCTCCGA;SOR=6.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=4;TCR=127;TR=129;WE=21322359;WS=21322341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	21322376	rs74610147	T	G	3769.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.35;SOR=5.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr22	21322377	rs75810376	C	G	3769.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	21322380	rs71317868	A	G	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.21;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	21322383	rs432390	A	G	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.75;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	21322409	rs2097674	C	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=912;ReadPosRankSum=-0.342;SC=AATACGCTGCCGCCAGGAGGG;SOR=0.322;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=41;WE=21322417;WS=21322399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,41:0.82:50
chr22	21327834	rs178265	C	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=31;PP=1007;SC=TGCCTGGGAGCGGGGATCAGG;SOR=0.846;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=57;WE=21327842;WS=21327824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	21329123	rs733455	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=570;SC=GGGTGGGGCAAGTAGGGACCC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=21329131;WS=21329113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	21330608	rs34766252	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=9.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,74:0.22:344
chr22	21331043	rs178269	A	T	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=66;PP=2965;SC=GCGTGGGTCGAGCCCTCATGA;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=102;TCR=66;TR=168;WE=21331051;WS=21331033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr22	21331950	rs178276	C	G	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=823;SC=ACGCAGAAGGCAGGGACAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=21331958;WS=21331940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	21334873	rs13057408	G	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=605;SC=TCACCCTCTGGGAGAGAGCTC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=21334881;WS=21334863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	21337415	rs178281	C	G	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=74;PP=2529;SC=GGACCAGGTACGGAGAAGTAC;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=143;WE=21337423;WS=21337405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr22	21340088	rs178287	T	C	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=65;PP=2965;SC=CACTGCAGAGTAGACCTGGCT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=104;TCR=65;TR=169;WE=21340096;WS=21340078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	21343982	.	TGGGGAGCCAGGGCGCAGGTAGAGGAGGTGAGGGGCAC	T	2966	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=17;MQ=64.56;NF=11;NR=38;PP=2966;QD=20;SC=GTGAGGGGCGTGGGGAGCCAG;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=49;WE=21344040;WS=21343972;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:28,49:0.64:77
chr22	21343992	.	GGGCGCA	G	3702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.90;QD=41.60;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	21344001	.	TAGAGGAGGTGAGGGGCACGGGGAGCCAGGGC	T	3699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.04;QD=40.66;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr22	21344884	rs2073989	C	T	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=59;PP=1673;SC=ATATGAAGAACGCCTCTTGCA;SOR=2.484;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=77;WE=21344892;WS=21344874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	21344905	rs178290	A	G	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=43;PP=1201;SC=CCTGGTGGCCATGGTAACCAT;SOR=3.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=51;WE=21344913;WS=21344895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	21344920	rs17820542	G	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=34;PP=1038;SC=AACCATCCTTGTGAGCTCTGC;SOR=4.461;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=21344928;WS=21344910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	21346485	rs112544	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=451;SC=CTCATGCCCATGTGTCTCCCC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=21346493;WS=21346475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	21346719	rs756876	A	C	8222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=166;PP=2965;SC=TGTGATCAACACCTCTCACAC;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=286;TCF=120;TCR=166;TR=286;WE=21346727;WS=21346709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr22	21348084	rs178291	T	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=55;PP=1977;SC=CTGCTGTGCCTGGGCAGTGGG;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=94;WE=21348092;WS=21348074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	21349037	rs178292	A	G	4203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=65;PP=2846;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GGGTCAGCGCAATCAGGGTTG;SOR=0.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=151;WE=21349045;WS=21349027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr22	21350461	rs178294	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=18;PP=493;SC=CACCCACCTCAGGTGGCTTTG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=21350469;WS=21350451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	21350936	rs11704198	G	A	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=54;PP=2965;SC=TCCCTGGGAGGGTGCGGGCGG;SOR=1.506;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=116;TCR=54;TR=169;WE=21350944;WS=21350926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr22	21354970	rs426938	C	G	8353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTGACTTCAGCGGGGCCAGGT;SOR=0.597;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=182;TCR=142;TR=317;WE=21354978;WS=21354959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,331:0.99:336
chr22	21355635	.	C	A	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=99;PP=2314;ReadPosRankSum=-1.117;SC=GCCCTGGCCGCTGGGGTCCAG;SOR=0.717;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=437;TCF=199;TCR=238;TR=178;WE=21355643;WS=21355625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,186:0.41:458
chr22	21356538	rs368989	A	T	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=73;PP=2020;SC=CGAGTTTCTGACGCGCCCGCG;SOR=3.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=15;TCR=73;TR=88;WE=21356546;WS=21356528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	21357006	rs4822808	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=455;SC=CGGCTCACTGCAAACTCCGCC;SOR=2.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=21357014;WS=21356996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	21365668	rs1210564	A	G	31.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=15.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	21365743	rs389623	GG	AT	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=40.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	21365759	rs146547300	G	A	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.91;QD=28.64;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	21369676	rs3893495	G	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=284;SC=GGGAAGAGGTGGGGGGTGGGG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=21369684;WS=21369666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	21372405	rs2073598	G	T	13265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=206;NR=268;PP=2965;SC=CAGCCCCAGGGGGCCACCCGT;SOR=1.025;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=474;TCF=206;TCR=268;TR=474;WE=21372413;WS=21372395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr22	21372467	rs2073599	C	G	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=145;PP=2965;SC=TGCTCGGTGTCCCCCAGGCAC;SOR=2.506;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=43;TCR=145;TR=188;WE=21372475;WS=21372457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr22	21383637	.	A	C	5033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=0.221;SC=ATCAGCAGCCAGATGGAGAAG;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=315;TCF=158;TCR=157;TR=220;WE=21383645;WS=21383627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,225:0.70:321
chr22	21385985	rs402931	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,60:0.24:252
chr22	21403360	rs201821840	C	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=12.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.68;MQRankSum=-1.266;QD=4.03;ReadPosRankSum=-2.296;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr22	21403375	rs28504593	CC	AT	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=11.467;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.05;MQRankSum=-1.051;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr22	21576361	rs200542750	T	C	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.38;QD=19.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	21797094	rs486362	C	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=34.11;QD=43.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	21797102	rs1210228	G	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=34.11;QD=43.34;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	21800042	rs467181	T	C	8251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=157;NR=137;PP=2965;SC=CGGCCTCTGCTCCTCCCGTTG;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=295;TCF=157;TCR=138;TR=294;WE=21800050;WS=21800020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr22	21800444	rs128477	T	C	7070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=112;PP=2965;SC=GCAGCGGCCATGCCAGCGCCC;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=139;TCR=112;TR=251;WE=21800452;WS=21800434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr22	21822725	rs430214	T	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=760;SC=CTGCAGGTGCTTGAGCGGGAC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=21822733;WS=21822715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	21822744	rs395295	G	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.56;QD=43.43;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	21822774	rs452545	T	G	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.65;QD=29.64;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	21829480	rs402694	G	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.17;QD=30.05;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	21829507	rs140118179	G	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.10;QD=50.94;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	21829513	rs113567369	TTGTC	T	1298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.63;QD=43.29;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	21832031	.	A	G	184.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=32.60;QD=46.23;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	21832041	.	G	A	216.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=34.31;QD=36.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr22	21842655	rs143994138	C	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.22;QD=30.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr22	21989959	rs140863589	AAG	A	4348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.717;NF=8;NR=66;PP=2972;ReadPosRankSum=1.716;SC=ACAGGTGCTCAAGGTCAAGGT;SOR=0.760;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=108;TCF=9;TCR=99;TR=74;WE=21989968;WS=21989949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,109:0.67:163
chr22	22007143	rs395006	G	A	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=173;SC=GAAGACCCCAGGGACGCACCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=22007151;WS=22007133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr22	22007426	rs373001	C	T	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=1528;ReadPosRankSum=1.531;SC=GCCCTCCCCTCCCCCCTACCC;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=91;WE=22007434;WS=22007416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,95:0.79:121
chr22	22024150	rs2247115	C	T	2316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1570;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CCAAAGACTTCGTCCTCTTTA;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=91;WE=22024158;WS=22024140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,93:0.82:113
chr22	22024456	rs55762853	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr22	22024507	rs402225	G	A	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.67;NF=13;NR=3;PP=392;SC=ATAAGTAAATGAAATACAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=22024515;WS=22024497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	22036832	rs1669112	T	C	4326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=112;PP=2762;SC=GTCCCCTGCCTGCCTGCCCCA;SOR=1.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=48;TCR=115;TR=160;WE=22036840;WS=22036822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	22036883	.	G	GCTGCCTCCTCAGTCTAGCTCTTACATCTCCTCCCCGATC	1393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=10.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.87;ReadPosRankSum=0.458;SOR=3.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr22	22042079	rs741617	G	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
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chr22	22055280	rs710172	A	G	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=8;PP=1126;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GAGATGGCCGAGAGTGTCAAG;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=52;WE=22055288;WS=22055270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,57:0.79:72
chr22	22055394	rs1860	A	G	5891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=112;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.746;SC=AACAGCATTCAAAGGAGAAGG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=293;TCF=155;TCR=138;TR=242;WE=22055402;WS=22055384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,258:0.84:308
chr22	22055581	rs861816	C	A	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-4.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=452;ReadPosRankSum=-1.255;SC=TTGGCAAAAACCCCCCCCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=26;WE=22055589;WS=22055571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr22	22058355	rs2236643	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=-1.865;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,33:0.23:146
chr22	22221530	rs9610504	G	A	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1098;ReadPosRankSum=-1.809;SC=GCCTGAGGCCGAGGCGCGGGC;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=67;WE=22221538;WS=22221520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,71:0.81:88
chr22	22287964	rs2027790	T	C	4546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.671;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=110;PP=2578;ReadPosRankSum=0.463;SC=GGTGGGGATGTGGTGGGAGTC;SOR=0.950;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=248;TCF=115;TCR=133;TR=200;WE=22287972;WS=22287954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,204:0.80:254
chr22	22288309	rs94194	T	C	347.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=1.280;SC=TCAGCCTTGGTGGGCAGCTCT;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=22288317;WS=22288299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr22	22313829	rs239918	A	C	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=422;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GGTGTCACTGACCTGGCCTAC;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=18;WE=22313837;WS=22313819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr22	22326326	rs139565922	GC	G	3342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.041;NF=3;NR=55;PP=2257;ReadPosRankSum=-2.777;SC=CCCTCCACCTGCCACACAGCA;SOR=0.828;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=4;TCR=67;TR=58;WE=22326334;WS=22326316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,102:0.83:123
chr22	22330082	rs239927	T	C	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.001;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=31;PP=1081;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CAGTCTTCATTTTGTCTCGGT;SOR=0.223;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=69;WE=22330090;WS=22330072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,74:0.80:93
chr22	22516883	rs34221567	TC	T	2184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.531;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,83:0.23:365
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chr22	22550760	rs5757323	A	G	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=57;PP=1718;SC=TGTCTCCACCAGAGAGGGTAG;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=70;WE=22550768;WS=22550750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr22	22599674	rs5995719	C	T	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=77;PP=2923;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GGGCCCGCAGCTCGGAGAAGG;SOR=0.525;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=153;WE=22599682;WS=22599664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr22	22599705	rs5995720	G	A	5118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.453;SC=GAGGGAGTGGGAGGAAGAAAT;SOR=0.228;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=95;TCR=85;TR=178;WE=22599713;WS=22599695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,183:0.99:184
chr22	22599764	rs6001563	A	G	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.267;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=79;PP=2835;ReadPosRankSum=1.784;SC=AAGACAGCAGAGGCACGCATC;SOR=0.431;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=152;WE=22599772;WS=22599754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr22	22673639	rs737765	T	C	5906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=118;PP=2965;SC=ACTCTCCTGGTCTAGTGAAAT;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=82;TCR=118;TR=200;WE=22673647;WS=22673629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr22	22673683	rs148243432	CAG	C	3870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=69;PP=2957;SC=AAATCTAGCTCAGGGGGTGAC;SOR=2.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=1;TCR=69;TR=70;WE=22673692;WS=22673673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr22	22677182	rs11703618	C	A	11133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.99;QD=43.49;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr22	22682301	rs113244510	G	GTCCAGGGGCA	813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=2976;SC=TTCCCCCATGGTCCAGGGGCA;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=10;WE=22682309;WS=22682291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	22697490	rs6519245	C	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=354;SC=ATGTCCCTGCCCACTTCTTCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=22697498;WS=22697480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	22698027	rs1894246	A	G	6892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=125;PP=2965;ReadPosRankSum=1.324;SC=TCCAGGAAGAAGATGAGAGTG;SOR=0.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=117;TCR=126;TR=242;WE=22698035;WS=22698017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
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chr22	22707419	.	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.206;ClippingRankSum=0.000;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=12.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-13.108;QD=0.68;ReadPosRankSum=-4.054;SOR=1.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,31:0.08:373
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chr22	22707423	.	T	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.360;ClippingRankSum=0.000;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=24.272;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-12.856;QD=1.36;ReadPosRankSum=-4.117;SOR=2.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,36:0.09:394
chr22	22707429	rs73153802	T	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=13.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-13.118;QD=2.01;ReadPosRankSum=-3.985;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:382,44:0.10:426
chr22	22707433	.	A	ATC	776.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.806;ClippingRankSum=0.000;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=17.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-12.823;QD=1.74;ReadPosRankSum=-3.306;SOR=2.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:399,48:0.11:447
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chr22	22712027	rs66722503	GA	G	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=1076;SC=AAACCGGGGGGATCTGATTTG;SOR=3.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=30;WE=22712035;WS=22712011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	22712261	rs3753077	C	T	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.741;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.38;MQRankSum=-2.172;QD=31.21;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
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chr22	22712742	rs3753078	A	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=31;PP=832;SC=CATGGGTCCAAGGGCATCCAG;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=32;WE=22712750;WS=22712732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	22723864	rs9611592	G	A	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=623;SC=TGCTCTCAGGGCTGTGGACCC;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=22723872;WS=22723854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr22	22724341	rs9607803	A	C	5549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=83;PP=2965;SC=ACTCCTGGACACCTGCCCGGT;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=108;TCR=83;TR=191;WE=22724349;WS=22724331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
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chr22	22730463	.	C	CT	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.787;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-12.842;QD=1.11;ReadPosRankSum=-2.126;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,26:0.09:280
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chr22	22730534	.	T	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.951;ClippingRankSum=0.000;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-17.786;QD=0.07;ReadPosRankSum=3.086;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:512,37:0.07:549
chr22	22730584	rs1985918	T	G	6926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=0.264;SC=GACTCAGCCGTCTTCCCTCTC;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=421;TCF=196;TCR=225;TR=286;WE=22730592;WS=22730574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,307:0.71:430
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chr22	22730702	rs61731373	A	G	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=4.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-3.188;QD=15.61;ReadPosRankSum=3.362;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,87:0.41:210
chr22	22730787	rs201218283	GG	AA	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.622;NF=39;NR=27;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.917;SC=AAGATGCTTCGGCCAATGCAG;SOR=0.566;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=224;TCF=148;TCR=76;TR=66;WE=22730808;WS=22730777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,74:0.32:232
chr22	22730799	rs199678761	GA	CC	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.508;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=-4.769;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,79:0.31:256
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chr22	22730849	.	GTA	G	4715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-4.444;QD=10.19;ReadPosRankSum=2.771;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,134:0.29:463
chr22	22730853	.	G	GCC	5051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-4.684;QD=10.77;ReadPosRankSum=2.590;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,136:0.29:469
chr22	22730860	rs117244515	C	T	5510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-4.911;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.396;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,156:0.31:508
chr22	22730869	rs114666913	G	A	5582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-5.710;QD=10.55;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:368,161:0.30:529
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chr22	22735732	rs10618613	CAA	C	3126.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.507;NF=12;NR=47;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.005;SC=TGCTCCAGGCCAATAGGGAAC;SOR=0.866;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=59;WE=22735744;WS=22735722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,79:0.61:130
chr22	22735735	rs200574153	T	TG	3126.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-9.507;NF=12;NR=47;PP=2954;ReadPosRankSum=0.680;SC=TCCAGGCCAATAGGGAACTGA;SOR=0.866;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=59;WE=22735744;WS=22735722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,79:0.61:130
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chr22	22735789	rs7284647	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.851;NF=15;NR=44;PP=975;ReadPosRankSum=1.439;SC=TGAGCCCCAGCAGCTGCTGCT;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=59;WE=22735797;WS=22735779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr22	22758488	rs407401	A	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.048;NF=18;NR=1;PP=397;ReadPosRankSum=1.663;SC=ATTTGCATGGATGGACCCTCC;SOR=2.712;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=19;WE=22758496;WS=22758478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr22	22758660	rs28507943	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.26;MQRankSum=1.219;QD=18.32;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr22	22758721	rs426552	C	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.194;NF=35;NR=28;PP=1027;ReadPosRankSum=0.280;SC=CAAGAATCACCGTGTCTGTGT;SOR=0.960;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=63;WE=22758729;WS=22758711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr22	22782394	rs165704	A	G	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,109:0.28:385
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chr22	22890792	rs17497547	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,39:0.28:141
chr22	22901979	.	C	G	229	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=9;HapScore=3;MGOF=49;MMLQ=15;MQ=58.74;NF=0;NR=15;PP=229;QD=17.5847475031;SC=TGAAAGGGGTCGGGGGGGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=15;WE=22901987;WS=22901969;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr22	22930610	rs2236731	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.601;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TCCTCTGAGGCGGGGGGATAA;SOR=0.018;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=7;WE=22930618;WS=22930608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr22	22930770	rs6002909	A	G	8078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=148;NR=127;PP=2965;SC=CCTCTGAGCTAATGCTTGGTC;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=148;TCR=127;TR=275;WE=22930778;WS=22930760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr22	22989256	rs2904923	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-9.683;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.615;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,36:0.14:255
chr22	23010943	rs406876	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.675;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,70:0.26:270
chr22	23029263	rs443102	T	C	8647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.040;NF=179;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=0.942;SC=TCTCCCCCTCTTCACTCTCTG;SOR=0.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=180;TCR=123;TR=301;WE=23029271;WS=23029253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,315:1.00:316
chr22	23029374	rs451369	G	A	10538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=161;NR=198;PP=2965;SC=AAGCCCAGACGCAGCCTCTGG;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=360;TCF=161;TCR=199;TR=359;WE=23029382;WS=23029364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr22	23029698	rs443756	T	C	9311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=171;PP=2965;SC=AGGCAGAAGATGAGGCTGACT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=158;TCR=171;TR=329;WE=23029706;WS=23029688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr22	23029846	rs200665672	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=4.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-7.483;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,18:0.16:111
chr22	23029871	.	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.470;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-6.764;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,8:0.15:55
chr22	23029876	.	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-6.883;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.657;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chr22	23040362	rs5996349	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=602;SC=CTCTGAGGCAAAGGGGATAAG;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=23040370;WS=23040352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	23040389	rs6003229	G	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=879;SC=CTGGGGCAGGGCCAGTGCTGG;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=41;WE=23040397;WS=23040379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr22	23040586	rs150422907	T	C	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.86;MQRankSum=-1.664;QD=18.01;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,99:0.73:136
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chr22	23101301	rs4822305	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=-7.026;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,28:0.20:141
chr22	23101347	rs1894245	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.59;MQRankSum=-1.674;QD=2.24;ReadPosRankSum=2.394;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
chr22	23101559	rs4134484	G	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-0.929;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,25:0.21:118
chr22	23135588	rs2016511	G	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=33;PP=967;SC=CCCTGTGCAAGGGGCTTCCTG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=23135596;WS=23135578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	23165839	rs5844528	G	GC	4580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=58;PP=2866;SC=GGGCTCTCAGGCCCCTTCTTG;SOR=0.842;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=71;WE=23165847;WS=23165829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	23223070	rs378183	G	A	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.929;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=83;PP=2135;ReadPosRankSum=2.239;SC=CAGGGCCCCCGCCTGTGGTGG;SOR=1.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=42;TCR=102;TR=116;WE=23223078;WS=23223060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,123:0.81:151
chr22	23241620	rs462915	A	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=4;PP=771;SC=TCCTGCTGTGAGTCACAGGAC;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=31;WE=23241628;WS=23241610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	23241705	rs62218846	G	A	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=23;PP=1772;SC=TGCCACCAGGGCCACTGGCCC;SOR=1.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=59;TCR=23;TR=82;WE=23241713;WS=23241695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	23241753	rs202036213	T	TA	6684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=65;PP=2981;SC=GGGCTGGGGCTGGGGCATCCC;SOR=1.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=109;WE=23241761;WS=23241743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr22	23241864	rs463830	G	A	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.403;NF=25;NR=67;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CTCCTTCCCCGCTCTTGGGAC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=29;TCR=76;TR=92;WE=23241872;WS=23241854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,89:0.84:106
chr22	23243489	rs139432625	AC	A	218.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.37;QD=27.34;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	23247028	rs464478	A	G	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.854;NF=56;NR=17;PP=1464;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TCTGTGGGTTAAGTGTGGGGG;SOR=0.855;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=73;WE=23247036;WS=23247018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,71:0.77:92
chr22	23247082	rs2009433	C	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQRankSum=-1.188;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.999;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,33:0.13:248
chr22	23247169	.	TG	GT	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.666;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=39.282;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-12.750;QD=2.70;ReadPosRankSum=-2.123;SOR=3.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,31:0.13:233
chr22	23247174	rs17851780	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=56.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-13.362;QD=2.04;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=6.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,24:0.11:220
chr22	23256464	rs463185	G	C	8331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=144;PP=2965;SC=GTGAGGGGACGGAGCTGACCG;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=308;TCF=161;TCR=147;TR=302;WE=23256472;WS=23256454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr22	23260271	rs113011938	TG	T	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=463;ReadPosRankSum=-0.985;SC=TGCAGGGGGTTGGGGGGCGGG;SOR=0.427;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=47;WE=23260287;WS=23260261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr22	23260278	rs59884698	CGG	C,AGG	3229.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=9,17;NR=5,27;PP=455,2368;SC=GGTTGGGGGGCGGGGTGGCCT;SOR=1.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=14,44;WE=23260287;WS=23260261;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.22:81
chr22	23260507	rs410521	T	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=466;SC=CTGGCCCCAATTTCCTCCAGC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=23260515;WS=23260497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	23262162	rs375081	C	A	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=196;SC=ATCCTCAGTCCACCAGAAACC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=23262170;WS=23262152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	23263602	rs373405	C	T	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=43;PP=1768;SC=CAGCTGACCGCCCTCGGTAAG;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=95;WE=23263610;WS=23263592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	23405957	rs8139280	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=170;SC=GCTCCCTCCTGCCCCTGGGCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=23405965;WS=23405947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	23478695	rs9612240	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.225;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=529;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TATCAGGTCCCTGGTCAGGGA;SOR=0.264;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=38;WE=23478703;WS=23478685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr22	23479758	rs34504974	G	GT	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=84;ReadPosRankSum=0.650;SC=CTTTCCTGCTGTTTTTTTTCC;SOR=0.926;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=8;WE=23479766;WS=23479748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr22	23480962	rs5759598	T	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=0.674;SC=GCAGCTCAAGTGCATCCACCC;SOR=0.048;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=23480970;WS=23480952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr22	23482460	rs4822360	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr22	23482483	rs35211242	G	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=766;ReadPosRankSum=0.398;SC=TTTCTGCCTCGTCTGGAGGTC;SOR=0.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=53;WE=23482491;WS=23482473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,59:0.81:73
chr22	23482718	rs4822361	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=54;ReadPosRankSum=0.347;SC=TACTTCTCATCTGATCCTCCA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=6;WE=23482726;WS=23482708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr22	23482744	rs4822362	C	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=0.975;SC=TGAGGGCAGGCAAATGGGTAT;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=4;WE=23482752;WS=23482734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr22	23492236	rs9612248	C	T	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=2.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.648;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,46:0.23:201
chr22	23494833	rs5759603	T	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.516;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr22	23494860	rs143628700	G	A	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=1.117;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr22	23494904	rs2301555	T	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=305;SC=TGGGCAGAAATTGTGGCGTCC;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=23494912;WS=23494894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	23501286	rs2246716	T	G	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=60;PP=2377;SC=GGCAGCTGCCTATCCCCCTGG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=129;WE=23501294;WS=23501276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr22	23502987	rs9612252	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=414;SC=AGGGTAGGCTAGCCTGGCTTT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=23502995;WS=23502977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	23503008	rs9612253	T	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=7;PP=511;SC=CACACCCAGATGCATTAAGGG;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=23503016;WS=23502998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	23503170	rs5759612	A	G	6879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=124;PP=2965;SC=CCAGGTCGGCAATGGAGACCT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=127;TCR=124;TR=251;WE=23503188;WS=23503160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr22	23503205	rs5759613	G	C	6258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=117;PP=2965;SC=GGTGTGACTGGGTTGGGCTGG;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=105;TCR=117;TR=222;WE=23503213;WS=23503195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr22	23503266	rs5759614	G	A	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=86;PP=2647;SC=GTCACCTGAGGCCTTGCCATT;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=53;TCR=86;TR=139;WE=23503278;WS=23503256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	23503319	rs5759615	A	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=42;PP=1311;SC=CCCTCCTCTCAGGGTGTCACT;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=23503327;WS=23503309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	23503533	rs5759617	G	T	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=813;SC=GTGCCTGGAAGGCCCTCTCTT;SOR=2.432;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=23503541;WS=23503523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	23503569	rs10775764	T	C	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=16;PP=1809;SC=ATTCAGGCCTTGAACAGCAGG;SOR=2.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=64;TCR=16;TR=80;WE=23503588;WS=23503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	23503580	rs9608085	C	T	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=21;PP=2131;SC=GAACAGCAGGCCCAGAAGCTT;SOR=2.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=75;TCR=21;TR=96;WE=23503588;WS=23503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	23503651	rs713682	C	T	6342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=129;NR=92;PP=2965;SC=TACAGGATTCCTGGTTGATGC;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=129;TCR=92;TR=221;WE=23503659;WS=23503641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr22	23503756	rs737818	G	A	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=84;PP=2654;SC=TGCTAACTGGGGCCTGCGTGG;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=36;TCR=84;TR=120;WE=23503764;WS=23503746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	23503819	rs737819	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=30;PP=732;SC=GACTGTGGTGTGGAGACTGGA;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=23503827;WS=23503809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	23504862	rs5759619	C	T	16736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=308;NR=275;PP=2965;SC=AGCCCCAGGCCCCTGTCACCT;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=583;TCF=308;TCR=275;TR=583;WE=23504870;WS=23504852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,616:1.00:616
chr22	23504916	rs5759620	G	A	13341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=198;NR=260;PP=2965;SC=GTTGCTTCCCGTAGATGGCGA;SOR=1.031;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=458;TCF=198;TCR=260;TR=458;WE=23504924;WS=23504906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr22	23504959	rs5759621	C	T	8050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=170;PP=2965;SC=ATCAGTACTGCTCTCCTAGGG;SOR=1.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=96;TCR=171;TR=266;WE=23504967;WS=23504949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr22	23505084	rs5751594	G	C	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=47;PP=1336;SC=ATTTTTTGTAGTTTTTTATAT;SOR=2.129;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=62;WE=23505092;WS=23505074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr22	23523082	rs199698427	G	GC	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.26;NF=11;NR=1;PP=540;SC=GGCTGGCGAGGCGCCGCGCCG;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=23523090;WS=23523071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	23540609	rs4822371	A	G	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=78;PP=2665;SC=AAGGTTGGTGACCCCCAAAGA;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=139;WE=23540617;WS=23540599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	23585132	rs1004040	A	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=43;PP=1275;SC=CCTGGTGACAACATCTCTCCA;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=23585140;WS=23585122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	23596756	rs11435513	G	GC	1619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.428;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,79:0.33:238
chr22	23603746	rs149721723	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=33;ReadPosRankSum=0.349;SC=CCCAGGGCCGGTGCTGGGACT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=5;WE=23603754;WS=23603736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr22	23610878	rs9612268	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=423;ReadPosRankSum=-1.588;SC=TGCGCAGACCGAAGGAGCAGC;SOR=0.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=21;WE=23610886;WS=23610868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr22	23613539	rs9608093	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=228;ReadPosRankSum=-0.053;SC=CATCCAGGGCATCCTGCGTGC;SOR=0.267;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=17;WE=23613547;WS=23613529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr22	23626081	rs8139664	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr22	23627369	rs140504	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.631;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr22	23627441	rs131675	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=288;SC=GTGGCAGCAGTCCCCGCACAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=23627449;WS=23627431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	23629552	rs5759681	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr22	23631639	rs11090228	T	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.005;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=621;ReadPosRankSum=1.126;SC=GGAGGTCCAGTGGGAGGGGCC;SOR=0.428;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=122;TCF=97;TCR=25;TR=46;WE=23631647;WS=23631629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,44:0.37:120
chr22	23631801	rs2227939	T	C	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.06;MQRankSum=1.910;NF=45;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.414;SC=TGACCATCAATAAGGAAGGTG;SOR=0.555;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=320;TCF=133;TCR=187;TR=104;WE=23631831;WS=23631791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,121:0.36:340
chr22	23631813	rs113087899	G	GC	1732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,82:0.35:237
chr22	23631823	rs62219796	T	C	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.923;NF=22;NR=42;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.140;SC=GCCCCCCCGTTTCCGTGTACA;SOR=0.719;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=212;TCF=77;TCR=135;TR=64;WE=23631831;WS=23631791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,82:0.35:232
chr22	23632513	rs16802	A	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,52:0.24:213
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chr22	23632665	rs131677	C	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.559;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,43:0.28:152
chr22	23637200	rs2239666	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,24:0.21:113
chr22	23735649	rs8135826	C	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=1.016;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr22	23779599	rs5996543	G	C	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.344;NF=28;NR=14;PP=629;ReadPosRankSum=0.373;SC=GGGTGTGCCTGGGACTTTAGG;SOR=0.192;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=42;WE=23779607;WS=23779589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr22	23915652	rs73157031	G	A	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.367;NF=40;NR=42;PP=908;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TGCCTTCCAGGTCACCGTCAA;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=263;TCF=130;TCR=133;TR=82;WE=23915660;WS=23915642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,92:0.33:282
chr22	23961742	rs5844566	G	GGCACCCATAA	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=2.824;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr22	23982724	rs56397271	T	C	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=1.211;QD=8.12;ReadPosRankSum=2.107;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,110:0.25:434
chr22	23982727	rs28645846	A	G	3514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=1.192;QD=8.04;ReadPosRankSum=2.099;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,110:0.25:437
chr22	24034288	rs738786	A	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=753;ReadPosRankSum=-1.436;SC=GCTGTGCTCCAGGGCCTTTGG;SOR=0.866;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=211;TCF=115;TCR=96;TR=61;WE=24034296;WS=24034278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,68:0.29:231
chr22	24035970	rs2070446	C	T	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=978;ReadPosRankSum=-1.255;SC=GGTGGTGCTCCACGAATGCTT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=133;TCR=104;TR=82;WE=24035978;WS=24035960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,82:0.33:252
chr22	24038847	rs1007298	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CCCCAGAGAGTCCAGATGAGG;SOR=0.703;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=26;WE=24038855;WS=24038837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr22	24086107	rs5759985	A	G	4240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TATAGTGCTCAATGAGGGCTG;SOR=0.958;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=294;TCF=179;TCR=115;TR=200;WE=24086115;WS=24086097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,197:0.67:294
chr22	24094912	rs4820566	T	C	4882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GCCAGGATCTTATGACCCTCA;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=294;TCF=182;TCR=112;TR=196;WE=24094920;WS=24094902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,208:0.67:312
chr22	24096400	rs2070453	T	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.225;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=168;ReadPosRankSum=-2.293;SC=TCCCAGGACCTGCCCTACTGT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=12;WE=24096408;WS=24096390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr22	24096674	rs2070454	A	C	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.625;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=61;PP=1387;ReadPosRankSum=0.336;SC=CTATTGACTGAGGAAGGAGGG;SOR=0.633;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=103;WE=24096682;WS=24096664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,114:0.68:167
chr22	24106674	rs140181	G	A	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=70;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.416;SC=GGCCCTGTCCGGCCTCCCACC;SOR=0.971;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=395;TCF=195;TCR=200;TR=126;WE=24106682;WS=24106664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,126:0.31:413
chr22	24108288	rs140182	C	G	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.696;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,81:0.34:240
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chr22	24109550	rs131444	T	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr22	24121378	rs738792	C	T	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=94;NR=80;PP=2965;SC=GCCTAGGACGCCCACCACCTC;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=94;TCR=80;TR=174;WE=24121386;WS=24121368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr22	24122499	rs9612427	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr22	24125565	rs2877173	G	A	4687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.548;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.962;SC=CCCAGTGTCCGCTCGCCCAGG;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=109;TCR=58;TR=166;WE=24125573;WS=24125555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr22	24129240	rs11090285	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=310;ReadPosRankSum=-0.595;SC=CAGTACCCGGCCCGGTCCGCA;SOR=1.169;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=65;TCR=8;TR=22;WE=24129248;WS=24129230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr22	24129553	rs55705149	GGC	G	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.467;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.796;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr22	24143502	rs738797	C	G	8469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=174;PP=2965;SC=CTCTCTGGCCCCTCAAGTGGA;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=126;TCR=175;TR=300;WE=24143510;WS=24143492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr22	24145395	rs5760030	A	G	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=33;PP=2463;SC=GGTTTGCAGAAGCCTGCTGTG;SOR=1.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=78;TCR=33;TR=111;WE=24145403;WS=24145385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	24145675	rs5751738	G	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=1030;SC=GAACAGTCCCGTTTCCTGCCA;SOR=3.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=24145683;WS=24145665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	24158899	rs2070457	C	A	3713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=26;PP=2719;ReadPosRankSum=0.331;SC=TGAGGGAGGCCGGTCCATGCC;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=180;TCF=147;TCR=33;TR=139;WE=24158907;WS=24158889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,143:0.77:185
chr22	24176959	rs35305666	CA	C	6481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=64;PP=2951;SC=AGGCTCAGGGCAAGAGGCTCT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=32;TCR=65;TR=95;WE=24176967;WS=24176949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr22	24179724	rs2070462	G	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=1.454;SC=GCAGGAAGATGGGGATGGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=5;WE=24179732;WS=24179723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr22	24199764	.	AC	A	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.845;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.562;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr22	24204158	rs2275979	A	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=244;SC=TCTGTGCCTCACTTTCCTCAT;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=24204166;WS=24204157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	24209759	rs2330626	G	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=391;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TGCGCTTATGGTAATGAGATG;SOR=2.225;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=24209767;WS=24209749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr22	24210050	rs4428104	A	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=0.194;SC=CCATCTGGCTATTCATGAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=24210058;WS=24210040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr22	24224655	rs9608213	G	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	24224659	rs9612499	C	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	24226242	rs2070460	A	G	5161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=100;PP=2965;SC=CTGGGCATCCATCATCACATA;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=186;WE=24226250;WS=24226232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr22	24237463	rs2070767	T	C	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=57;PP=2586;SC=AGAGCCGGGATATTGGGGAGC;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=135;WE=24237471;WS=24237453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	24284825	rs6003982	C	G	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=6.161;NF=71;NR=37;PP=2144;ReadPosRankSum=1.797;SC=CTCAACAGCTCCAAGCTAGCT;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=108;WE=24284833;WS=24284815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr22	24285057	rs201546417	TAAAACAAAAACA	T	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=17;PP=2988;SC=AAGGAAATACTAAAACAAAAA;SOR=3.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=17;WE=24285076;WS=24285047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	24302486	rs185856170	A	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.33;QD=27.37;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	24323222	rs138324852	G	A	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQRankSum=-11.446;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.941;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,189:0.37:506
chr22	24325006	rs200925305	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.27;MQRankSum=-3.633;QD=21.71;ReadPosRankSum=2.479;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr22	24325024	rs201723657	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.27;MQRankSum=-3.633;QD=21.71;ReadPosRankSum=2.479;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr22	24325047	rs149686121	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.27;MQRankSum=-3.633;QD=21.71;ReadPosRankSum=2.417;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr22	24340650	rs72348255	G	GT	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-0.502;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr22	24340851	rs7291160	G	C	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.961;NF=52;NR=65;PP=1976;ReadPosRankSum=0.137;SC=AAAGAGGCCAGAGCCAATATT;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=85;TCR=106;TR=117;WE=24340859;WS=24340841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,121:0.61:198
chr22	24340938	rs140290	A	G	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=1.306;NF=30;NR=52;PP=1619;ReadPosRankSum=1.805;SC=CATGGGCTGTAGATAGACGAA;SOR=0.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=82;WE=24340946;WS=24340928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr22	24345691	rs140302	A	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=260;SC=TGAGGCTGGGAAGCTTCCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=24345699;WS=24345681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	24376322	rs4630	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=650;SC=GCAAGTCTTAGGCAAGCCATT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=24376330;WS=24376312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	24377034	rs140308	A	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=350;SC=GAGTTACTGGAGTAGGGAGTT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=24377042;WS=24377024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	24383954	rs140313	C	T	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=67;NR=81;PP=2602;SC=TGGGGAGCCCCGACTCTTGGA;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=67;TCR=81;TR=148;WE=24383962;WS=24383944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	24452885	rs2070467	A	G	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=41;PP=1232;SC=TACACCATCAATAACATTTCT;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=24452893;WS=24452875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	24459438	rs762273	T	C	8420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=0.824;SC=CTCGGAACTGTCCTGCTGGTA;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=179;TCR=118;TR=294;WE=24459446;WS=24459428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,307:0.99:309
chr22	24472270	rs2283807	A	G	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=62;PP=1833;SC=CTGCCAGTGCAGGGCAGGGCT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=88;WE=24472278;WS=24472260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	24480503	rs4820581	G	A	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=149;NR=53;PP=2965;SC=TGAATGTGTTGCTAATCTGCC;SOR=2.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=149;TCR=53;TR=202;WE=24480511;WS=24480493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr22	24492061	rs2236622	T	C	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=78;PP=2408;SC=TAGCACCCTTTAGGCGACCCC;SOR=1.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=37;TCR=78;TR=115;WE=24492069;WS=24492051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	24578987	.	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQRankSum=-4.264;QD=8.87;ReadPosRankSum=-3.391;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr22	24578995	rs62231980	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQRankSum=-5.050;QD=8.93;ReadPosRankSum=-3.161;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr22	24579049	rs62231981	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-6.376;NF=30;NR=15;PP=459;ReadPosRankSum=2.619;SC=TGCTCCATGCGCTGTGGCGCC;SOR=0.379;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=119;TCF=85;TCR=34;TR=45;WE=24579057;WS=24579039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,43:0.36:118
chr22	24579157	rs200945728	GA	TC	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.26;MQRankSum=-2.881;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.078;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,46:0.23:200
chr22	24580322	rs111311684	G	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,33:0.27:124
chr22	24628763	rs35676668	G	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=437;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TTGAACCCAGGAACCCAGGGC;SOR=0.872;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=40;WE=24628771;WS=24628753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,42:0.35:119
chr22	24629461	rs75413656	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=1.208;SC=TCCATGGGGCGTCACCTGTGC;SOR=1.508;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=5;WE=24629469;WS=24629451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr22	24629596	rs34162764	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=231;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TGGTCATGGACCCTGCAGACA;SOR=0.730;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=24;WE=24629604;WS=24629586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr22	24717518	rs3747113	G	A	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.913;NF=32;NR=28;PP=664;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ATCTTCTCACGCTGGCAAAAA;SOR=0.661;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=208;TCF=110;TCR=98;TR=60;WE=24717531;WS=24717508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,67:0.30:226
chr22	24717850	rs204710	A	G	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=107;NR=100;PP=2965;SC=ATCACCCCTGATAACCAGAGC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=108;TCR=100;TR=207;WE=24717858;WS=24717840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr22	24730587	rs5760351	C	T	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=42;PP=1208;SC=CGGTTGTGTTCACTTACCTTA;SOR=1.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=24730595;WS=24730577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	24761467	rs204718	G	A	7337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=151;NR=104;PP=2965;SC=TAGTGAAGAAGTGAAACGGGA;SOR=0.989;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=255;TCF=151;TCR=104;TR=255;WE=24761475;WS=24761457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr22	24808435	rs743363	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=808;SC=GAGGGTGGCCGGGCCTAGTGC;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=24808443;WS=24808425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	24837301	rs5751876	T	C	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=72;PP=2793;ReadPosRankSum=-0.841;SC=CCAATGGCTATGCCCTGGGGC;SOR=0.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=141;WE=24837309;WS=24837291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr22	24891292	rs2070474	C	G	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=4;PP=1377;SC=GGGCGCCTGACCGGGCCTGGG;SOR=3.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=53;WE=24891300;WS=24891282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	24898310	rs2232866	C	T	14181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=235;NR=260;PP=2965;SC=GAAAGTTCTCCGTCCACATCA;SOR=0.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=495;TCF=235;TCR=260;TR=495;WE=24898318;WS=24898300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
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chr22	24944782	rs1003580	A	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=44;PP=2162;SC=AGCCCCAACCAAAGATAGCTA;SOR=1.379;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=125;WE=24944790;WS=24944772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr22	24953571	rs5760472	A	G	5750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=1.146;SC=GATGTGTGCCACATGCCTTTT;SOR=0.591;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=149;TCR=73;TR=221;WE=24953579;WS=24953561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr22	24964128	rs4597	T	C	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=98;PP=2965;SC=GAAAAGCTGCTATTCTCAAGG;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=91;TCR=98;TR=189;WE=24964136;WS=24964118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr22	25119284	rs131472	G	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=241;SC=AGTACACAGTGTATTGAAACA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=25119292;WS=25119274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	25119300	rs140345	T	C	220.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=181;SC=AAACATCTGCTTTACATTTAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=25119308;WS=25119290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	25144912	rs11703684	C	T	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=75;PP=1647;ReadPosRankSum=2.177;SC=TTTTTCAAAACTCTTCCCGGG;SOR=0.625;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=470;TCF=218;TCR=252;TR=143;WE=25144920;WS=25144902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,149:0.30:502
chr22	25145453	rs1892723	C	T	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=96;PP=2833;SC=AATTCTTTCACAATGCTATAA;SOR=1.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=47;TCR=97;TR=143;WE=25145461;WS=25145443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	25145471	rs1892722	A	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=487;ReadPosRankSum=-1.689;SC=TAATCTTTACATATTTCATCT;SOR=1.078;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=118;TCF=38;TCR=80;TR=37;WE=25145479;WS=25145461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,37:0.32:117
chr22	25147324	rs11705460	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.603;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr22	25150694	rs8142601	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=208;ReadPosRankSum=0.278;SC=GAATAACTTTCTCAAAAAATC;SOR=0.784;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=17;WE=25150702;WS=25150684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr22	25151890	rs143403523	CA	C	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr22	25241101	rs140360762	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GTAGAGAAACAATTAAAAATG;SOR=0.598;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=20;WE=25241109;WS=25241091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr22	25263048	rs56022312	G	A	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=52;PP=1960;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CTGACCCTCCGTCCGCTTCCA;SOR=0.615;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=122;TCR=79;TR=131;WE=25263056;WS=25263038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,138:0.65:212
chr22	25282765	rs139719	T	C	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=630;ReadPosRankSum=-0.813;SC=GGCTGGGGAGTGCTGGTTCCA;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=42;TCR=109;TR=56;WE=25282773;WS=25282755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,60:0.38:156
chr22	25291182	rs143669914	TTTC	T	1531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.667;NF=9;NR=17;PP=913;ReadPosRankSum=0.674;SC=TGCTCTTTCTTTTCTCAGTCC;SOR=0.518;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=26;WE=25291192;WS=25291172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr22	25320256	rs9612811	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=472;ReadPosRankSum=0.398;SC=CACCTCACCCCGGCAGCCTCA;SOR=0.668;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=39;WE=25320264;WS=25320246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr22	25577554	rs9612886	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=877;ReadPosRankSum=-0.335;SC=AGCGTCTTCTGTGCAGGTCTG;SOR=0.279;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=64;TCR=12;TR=49;WE=25577562;WS=25577544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr22	25577688	rs763279	G	A	4381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.339;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CCAGGAAGGAGGAGTCGGATG;SOR=0.946;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=326;TCF=155;TCR=171;TR=188;WE=25577696;WS=25577678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,196:0.57:346
chr22	25577733	rs9612887	T	C	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=65;PP=1331;ReadPosRankSum=0.990;SC=AGAGGACCCCTGTCAGCCATC;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=208;TCF=89;TCR=119;TR=109;WE=25577741;WS=25577723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,116:0.52:224
chr22	25577846	rs6004466	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=220;ReadPosRankSum=0.677;SC=ACCTTAGCAGTGTAAAGAATA;SOR=0.425;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=16;WE=25577854;WS=25577836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr22	25586564	rs713707	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.934;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=715;ReadPosRankSum=0.461;SC=GCTTGCCCCAACCCCGCCTGG;SOR=1.657;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=34;WE=25586572;WS=25586554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr22	25597331	rs2269672	T	C	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=892;ReadPosRankSum=3.091;SC=AACCATTTTCTTTTGGTTTGA;SOR=0.868;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=57;WE=25597339;WS=25597321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,70:0.69:102
chr22	25601196	rs9608378	C	G	13239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=243;NR=217;PP=2965;SC=GGATAGTCCACATCACAAGCT;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=461;TCF=244;TCR=217;TR=460;WE=25601204;WS=25601186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr22	25617602	rs739315	A	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=0.185;SC=ACACAGTTGGAGCTGATACTG;SOR=0.293;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=14;WE=25617610;WS=25617592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr22	25624049	rs5760923	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=639;ReadPosRankSum=1.267;SC=ACCAGGAAGGGGCCCGCCCCT;SOR=0.995;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=32;WE=25624057;WS=25624039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr22	25625554	rs55700037	G	A	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.827;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.520;NF=44;NR=78;PP=1967;ReadPosRankSum=-1.043;SC=ACGTAAGTGCGTTGCCAGCCC;SOR=0.936;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=180;TCF=68;TCR=112;TR=122;WE=25625562;WS=25625544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,126:0.68:186
chr22	25627604	rs8140949	G	A	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=79;PP=2960;ReadPosRankSum=0.562;SC=GCTACCGTGGGCTGCAGTACC;SOR=0.618;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=283;TCF=168;TCR=115;TR=187;WE=25627612;WS=25627594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,198:0.67:297
chr22	25713933	rs133156	A	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.95;QD=32.59;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	25714110	rs2064141	T	C	4387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-0.332;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.619;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:305,129:0.30:434
chr22	25714113	rs2330574	A	G	4318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-0.248;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.239;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,126:0.29:436
chr22	25714218	rs2072869	A	T	7416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.077;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.715;NF=128;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.221;SC=TGCCCCTCACACCCAGCAGGT;SOR=0.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=252;TCF=129;TCR=123;TR=250;WE=25714226;WS=25714208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr22	25716068	rs133162	C	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	25750814	rs141812512	C	CAGGGCA	3906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=59;PP=2972;SC=CTGGATGGGCCAGGGCCATGC;SOR=3.284;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=79;TCF=2;TCR=77;TR=60;WE=25750822;WS=25750804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	25753231	rs133194	G	A	3144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=84;NR=25;PP=2224;SC=CCTCGATCTTGTCTGTCTTGG;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=84;TCR=25;TR=109;WE=25753239;WS=25753221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	26158910	rs2331158	C	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,63:0.28:222
chr22	26159289	rs133885	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=0.114;SC=CTGGTCCGGGGGACTGAAAAA;SOR=0.537;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=26;WE=26159297;WS=26159279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,30:0.29:103
chr22	26163996	rs133901	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=428;ReadPosRankSum=0.418;SC=AAGTGAACAATGAAATGAATG;SOR=0.376;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=31;WE=26164004;WS=26163986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr22	26164079	rs133902	C	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=1001;ReadPosRankSum=-1.618;SC=TTCTTTCTCCCAGATCCCAGA;SOR=0.567;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=280;TCF=174;TCR=106;TR=86;WE=26164087;WS=26164069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,90:0.31:295
chr22	26166011	rs133903	C	A	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=3;PP=127;SC=GAGAAACCCCCGTGTAAGGTA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=26166019;WS=26166001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	26166900	rs3859866	G	C	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=78;PP=2965;SC=TGAGACTTTGGATTGATGCTG;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=69;TCR=78;TR=146;WE=26166908;WS=26166890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	26173661	rs5761170	T	C	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=54;PP=2017;SC=GGCCCTGGGCTGGAGTGGCGC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=116;WE=26173669;WS=26173651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	26177593	rs28729695	G	A	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=267;SC=AAAAAAAAAAGAGTGGATCAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=26177601;WS=26177585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	26181594	rs13053299	T	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=532;SC=GTGGAAGAGTTGGCACTGCCT;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=26181602;WS=26181584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	26193824	rs2877299	C	T	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=20;PP=1228;SC=AAATGACCCCCGCATTCCTTC;SOR=1.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=26193832;WS=26193814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	26193982	rs738642	C	G	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=67;PP=2235;SC=TGGAGATGCTCGGCATCTCAG;SOR=1.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=115;WE=26193990;WS=26193972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	26194045	rs738643	T	C	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=46;PP=1221;SC=ACCACCTGGGTGCGGCGGGGG;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=26194053;WS=26194035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	26194093	rs738644	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=22;PP=733;SC=GCTCACCTGGGAGGGCAGCTG;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=26194101;WS=26194083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	26219412	rs5752226	T	C	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=6;PP=1435;SC=TCCTCTCGGGTGTTCATTCAC;SOR=3.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=56;WE=26219420;WS=26219402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	26222505	rs2331162	G	A	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=53;PP=1542;SC=TTGGCCTCTTGCAGGTGCACA;SOR=2.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=26222513;WS=26222495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	26228797	rs3859879	A	G	7498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=159;NR=105;PP=2965;SC=GGTGATGGAAATCCTCTCCGC;SOR=1.149;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=159;TCR=105;TR=264;WE=26228805;WS=26228787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr22	26239850	rs5761268	C	A	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=64;PP=1804;SC=AGGTCCTGCACCAGTCAAAAA;SOR=2.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=85;WE=26239858;WS=26239840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	26239906	rs5761269	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=34;PP=973;SC=CATTGGAGGCACTGTGTTTTC;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=26239914;WS=26239896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	26239950	rs5761271	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=380;SC=ACTACAACACAGTGTGGGAGG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=26239958;WS=26239940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	26241928	rs2072011	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=286;SC=GGGAGCAGCTGGGACACATGA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=26241936;WS=26241918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	26241994	rs2072012	T	C	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=15;PP=925;SC=CTTGTTCCCTTTGCCACCACC;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=26242002;WS=26241984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	26273789	rs5761293	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=221;ReadPosRankSum=-1.729;SC=TTATTTGTTATAGTCACCATT;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=19;WE=26273797;WS=26273779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr22	26273834	rs4822666	A	C	4314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.31;ReadPosRankSum=1.793;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr22	26273834	.	ACG	CCT	2932	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=60;NR=32;PP=2932;QD=20;SC=ATTCCTCCTAACGGAAACTTT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=92;WE=26273858;WS=26273824;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:55,92:0.63:147
chr22	26273836	rs4822667	G	T	4314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.68;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,112:0.67:168
chr22	26273850	rs695428	G	C	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=67;PP=2962;SC=ACTTTGTGCCGTTTGCTCACT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=114;TCR=67;TR=181;WE=26273858;WS=26273824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr22	26273889	rs5752240	C	T	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=2278;ReadPosRankSum=1.282;SC=TAATCTCTGGCCTGGAATGGT;SOR=0.786;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=218;TCF=124;TCR=94;TR=72;WE=26273901;WS=26273879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,78:0.33:237
chr22	26273893	rs4822668	G	C	3629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=64;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.380;SC=CTCTGGCCTGGAATGGTTTCT;SOR=0.505;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=215;TCF=122;TCR=93;TR=142;WE=26273901;WS=26273879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,155:0.66:234
chr22	26298754	rs2072016	G	A	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=40;PP=1286;SC=GCTAAATCTCGGGAAACTGCA;SOR=1.150;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=26298762;WS=26298744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	26298874	rs2072017	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=9;PP=292;SC=TGGTGGCTGGTAAATTGATAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=26298882;WS=26298864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	26298891	rs5761306	T	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=239;SC=ATAATCAGACTTTGAGCAAGA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=26298899;WS=26298881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	26317155	rs739284	A	G	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=1.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	26317160	rs739285	G	A	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.05;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	26342056	rs4820662	C	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	26343805	rs2072007	A	G	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=50;PP=1770;SC=GTAGTGAATGAGACCTTGGTG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=101;WE=26343813;WS=26343795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	26346311	rs10600754	AT	A	947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.340;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;MQRankSum=0.316;QD=23.12;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr22	26346494	rs6004852	G	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	26388337	rs916425	C	T	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=956;ReadPosRankSum=-1.243;SC=AGGAGAAGTACGTGGAGGAAC;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=290;TCF=145;TCR=145;TR=95;WE=26388345;WS=26388327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,98:0.32:309
chr22	26688292	rs11702954	A	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.870;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=550;ReadPosRankSum=0.220;SC=CGCCCTTAGGAGGGCCACCCT;SOR=1.445;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=139;TCF=98;TCR=41;TR=42;WE=26688300;WS=26688282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,47:0.31:153
chr22	26689201	rs653361	A	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=430;ReadPosRankSum=-1.311;SC=AATCTCAAGAAGCCCCGGCCC;SOR=0.968;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=23;WE=26689209;WS=26689191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr22	26690407	rs137204	T	C	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=1036;ReadPosRankSum=0.640;SC=CCCAGGAGAGTACCTCACAGA;SOR=1.172;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=58;WE=26690415;WS=26690397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,59:0.71:83
chr22	26695077	rs663048	G	T	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=898;ReadPosRankSum=-1.761;SC=GCGCTAAGATGCTGACATGCA;SOR=0.668;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=56;WE=26695085;WS=26695067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr22	26702015	rs1210894	A	C	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=38;PP=1555;ReadPosRankSum=0.387;SC=CTGAAAACACAAATGGGAGCC;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=93;WE=26702023;WS=26702005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,95:0.68:139
chr22	26706500	rs35444510	C	CA	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=9;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=294;ReadPosRankSum=-1.516;SC=GAAACTCTGTCAAAAAAAAAG;SOR=1.569;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=22;WE=26706508;WS=26706494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr22	26706826	rs666999	T	C	2427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=68;PP=1814;ReadPosRankSum=0.223;SC=GGAGCTTCCCTTTCTCTTGTG;SOR=0.917;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=26;TCR=99;TR=85;WE=26706834;WS=26706816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,91:0.68:133
chr22	26769234	rs1076660	T	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=332;SC=CTTCTCTTGGTAACTTAGGAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=26769242;WS=26769224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	26769308	rs669184	C	T	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=19;PP=816;SC=ATACCACTAACTTCACCAAAG;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=26769316;WS=26769298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	26777795	rs482902	A	T	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=8;PP=1055;SC=ACAGACGGGCACAGTGGCATT;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=48;WE=26777803;WS=26777785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	26777951	rs601548	T	G	8170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=148;NR=147;PP=2965;SC=TTAAGCAAGATAGGGAAAGTT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=148;TCR=147;TR=295;WE=26777959;WS=26777941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr22	26778076	rs143254900	GA	G	3588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=55;PP=2582;SC=ATATACTCCTGAAGGCATGAG;SOR=1.337;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=63;WE=26778084;WS=26778066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr22	26830316	rs11705277	G	A	4627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=1.148;SC=GGAACTGTAGGAAGTGCCCAC;SOR=0.523;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=302;TCF=167;TCR=135;TR=190;WE=26830324;WS=26830306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,202:0.64:315
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chr22	26853905	rs1894704	C	A	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=34;PP=1152;SC=AGCGGCGATCCTGCGGGGTGG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=26853913;WS=26853895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	26853980	rs1894705	T	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=10;PP=351;SC=AGTTACCTTCTGCCCTCCCAC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=26853988;WS=26853970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	26854441	rs1894706	G	A	6389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=2.367;SC=CGGTCGTAATGTGTGAAGTTG;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=135;TCR=102;TR=235;WE=26854449;WS=26854431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr22	26854682	rs4822722	T	C	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.67;NF=3;NR=13;PP=275;SC=CAGTGCTTTGTGAGACCGAGG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=26854690;WS=26854672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	26859942	rs5752330	C	T	5579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=124;NR=61;PP=2965;SC=AGGGACAGCACCAGCCCTTTG;SOR=1.333;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=124;TCR=61;TR=185;WE=26859950;WS=26859932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr22	26860269	rs2014410	G	C	3065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=62;PP=2065;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TGGTCTTCGAGCTGCTCTTGG;SOR=0.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=179;TCF=86;TCR=93;TR=115;WE=26860277;WS=26860259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,124:0.65:190
chr22	26861545	rs3213583	A	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=50;PP=1571;SC=TATGAACAGGACTTTCCCCTG;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=72;WE=26861553;WS=26861535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	26862153	rs739289	C	A	8051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=152;PP=2965;SC=CATAAAAGACCGCCGTTCTCA;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=120;TCR=152;TR=272;WE=26862161;WS=26862143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr22	26862212	rs713998	T	C	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=90;PP=2790;SC=CGGGGCATCCTCTCCCGTAGG;SOR=1.417;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=56;TCR=91;TR=146;WE=26862220;WS=26862202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	26864658	rs739290	A	G	7924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=153;PP=2965;SC=AATTTTAAAGATGCCTAACAG;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=285;TCF=131;TCR=154;TR=284;WE=26864666;WS=26864648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr22	26867490	rs5761549	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=2.357;SC=TGGAGCCTCCGGAGCTGCTGA;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=13;WE=26867498;WS=26867480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr22	26877539	rs739291	C	T	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=1;PP=881;SC=CGATGGCTCACGTGCTTGATT;SOR=4.977;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=35;WE=26877547;WS=26877529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	26879823	rs968425	C	A	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=278;SC=GATGACGTGCCGAGTGCGCCG;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=26879831;WS=26879813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	26879946	rs66831137	GGAGGCGGCGCCCCGGGGGAGA	G	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=1717;SC=CGCGGCGGAGGGAGGCGGCGC;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=26879974;WS=26879936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	26882142	rs5761561	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.191;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=74;ReadPosRankSum=0.647;SC=AACGCCGCCCGCCCCTTACAG;SOR=0.078;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=8;WE=26882150;WS=26882132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr22	26884039	rs4820682	G	A	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=92;NR=41;PP=2610;SC=ACAACTGAAGGCCCCTGTGGG;SOR=1.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=133;WE=26884047;WS=26884029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr22	26886953	rs34878449	GT	G	2903.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=25;PP=1531;SC=TAATCATGGTGTTTTTTTTTT;SOR=2.543;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=84;WE=26886961;WS=26886943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	26887099	rs4820683	T	A	7371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=147;PP=2965;SC=AATTCTATCTTTCTTTACAGG;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=117;TCR=147;TR=264;WE=26887107;WS=26887089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr22	26887829	rs1045523	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=487;SC=GCATTGTCCCATTTTACATCC;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=26887837;WS=26887819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	26890682	rs11703192	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=456;ReadPosRankSum=0.848;SC=GGAATTGTACCTACAGTCAGG;SOR=0.573;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=24;WE=26890690;WS=26890672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr22	26890927	rs138218986	T	C	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.372;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=61;PP=1795;ReadPosRankSum=1.488;SC=ACCCGGTCTGTAAGGCACAGC;SOR=0.458;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=143;TCF=55;TCR=88;TR=101;WE=26890935;WS=26890917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,101:0.70:145
chr22	26892898	rs5761562	C	T	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=-0.228;SC=ATTACACTGACTGGTTTCAAA;SOR=0.387;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=23;WE=26892906;WS=26892888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr22	26894985	rs2187956	C	T	5435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=102;NR=91;PP=2965;SC=GGCTCTCCAGCCCTCCCTGCC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=193;WE=26894993;WS=26894975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr22	26895061	rs2157586	G	A	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=99;NR=80;PP=2965;SC=GATTTTCCCAGCAACTCACTT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=99;TCR=80;TR=179;WE=26895069;WS=26895051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr22	26895337	rs1008530	G	A	11554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=221;NR=190;PP=2965;SC=TCTCCAGCTCGTGGAAGAGGT;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=412;TCF=222;TCR=190;TR=411;WE=26895345;WS=26895327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
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chr22	26924336	rs2283823	C	T	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=734;ReadPosRankSum=-1.913;SC=TGCTTATTCACGTAGTATTTA;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=46;WE=26924344;WS=26924326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,52:0.81:64
chr22	26928446	rs4149482	C	T	356.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=232;ReadPosRankSum=0.287;SC=GGGGTTTCACCGTTTTGGTCA;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=13;WE=26928454;WS=26928443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr22	26932150	rs3752523	G	A	6729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=110;NR=113;PP=2965;SC=CAGATGACCAGGAATTGAGAG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=110;TCR=113;TR=223;WE=26932158;WS=26932140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr22	26936897	rs12169509	G	A	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1315;ReadPosRankSum=0.204;SC=TACACAGGCAGGCACTTCTCC;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=240;TCF=122;TCR=118;TR=91;WE=26936905;WS=26936887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,94:0.38:249
chr22	26937087	rs5761587	C	A	7783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=171;PP=2962;ReadPosRankSum=0.124;SC=GGAACAGGCGCGACAGGTAGA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=486;TCF=242;TCR=244;TR=339;WE=26937095;WS=26937077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,345:0.70:496
chr22	26937327	rs4822735	C	G	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=38;PP=2965;SC=CCTCGGGGTGCGCGTCCAGCA;SOR=1.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=108;TCR=38;TR=146;WE=26937335;WS=26937317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	26951317	rs28402932	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=218;SC=GAATGCAATCATCGTGGAGTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=26951325;WS=26951307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	27004089	rs5761626	A	C	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=95;PP=2905;SC=AGCCCTGAGGACAGTAGGAAA;SOR=2.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=22;TCR=95;TR=117;WE=27004097;WS=27004079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	27021425	rs4276	A	G	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=117;NR=66;PP=2965;SC=CCTCCTGCACACTCTACCCTC;SOR=1.184;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=117;TCR=66;TR=183;WE=27021433;WS=27021415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr22	27021457	rs5761637	T	C	7022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=144;NR=110;PP=2965;SC=GGGTGGGCTTTGAGCATGCTG;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=144;TCR=110;TR=254;WE=27021465;WS=27021447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr22	27445883	rs9613355	C	T	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=18;PP=1243;SC=TTTCTCAAAACGTATCCCTGT;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=27445891;WS=27445873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	28146770	rs28501997	A	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	28256019	rs12160891	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr22	28293980	rs738451	G	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-2.795;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr22	28315268	rs28372773	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=0.933;SC=CCCCGCCTCCCTGCCCCCCCG;SOR=0.113;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=19;WE=28315276;WS=28315258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr22	28316591	rs75321888	T	TG	2678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=23;PP=1860;SC=AGGCAGTCCCTGGAGTCACCG;SOR=1.164;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=45;WE=28316599;WS=28316581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr22	28386620	rs470100	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.118;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr22	28559120	rs17486417	G	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=448;ReadPosRankSum=-1.450;SC=CCCGGTCCTTGAGATCCTCAG;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=31;WE=28559128;WS=28559110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr22	28559595	rs16986103	G	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=559;ReadPosRankSum=0.310;SC=TGCCTGGAGAGAAAAGGATAA;SOR=0.520;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=46;WE=28559603;WS=28559585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,52:0.35:148
chr22	29091037	rs5762749	G	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.730;NF=23;NR=6;PP=512;ReadPosRankSum=-1.342;SC=AAACACCATGGAATTTGGGAA;SOR=0.194;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=29;WE=29091045;WS=29091027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr22	29104940	rs374623367	CAA	C	2403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=18.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.361;QD=46.23;ReadPosRankSum=0.521;SOR=3.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,48:0.92:52
chr22	29104955	rs5762756	A	C	4552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=17.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.556;QD=36.13;ReadPosRankSum=0.844;SOR=1.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,115:0.91:126
chr22	29104959	rs5762757	A	C	4766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=12.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.653;QD=33.33;ReadPosRankSum=2.438;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,126:0.88:143
chr22	29106174	rs9625541	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr22	29108082	rs142417218	G	GTATTAGAATTTACAGACATTCCA	1116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=4.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.547;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.053;SOR=1.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,33:0.30:110
chr22	29108112	rs16986640	A	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,22:0.21:104
chr22	29126347	rs200932714	GAAAGGA	G	2810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.903;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,82:0.32:256
chr22	29137944	rs2236142	G	C	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=58;NR=3;PP=1706;SC=GTTTAGAAGGGAGAGCGGAAC;SOR=5.318;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=58;TCR=3;TR=61;WE=29137952;WS=29137934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr22	29490497	rs134657	G	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=8;PP=197;SC=ACAACTAGGGGAAGTCTTTTG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=29490505;WS=29490487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	29495079	rs134665	G	A	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=28;PP=781;SC=CATCCTGGGCGAGGATTTTCA;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=29495087;WS=29495069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	29562853	rs132316	T	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=2;PP=820;ReadPosRankSum=-1.496;SC=TCCAAGAGTTTGAGGCTGCAG;SOR=0.721;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=36;WE=29562861;WS=29562843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
chr22	29562893	rs132317	G	C	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=15;PP=1210;ReadPosRankSum=0.271;SC=CGCACTCCAGGCTGGGTGACA;SOR=1.347;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=65;WE=29562901;WS=29562883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,70:0.75:93
chr22	29626860	rs3765297	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=317;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CAGAAGGATCGCTTAAGCCCG;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=16;WE=29626868;WS=29626850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr22	29630337	rs3950176	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=357;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GCTGGGCAGCGGGTAAGTGTT;SOR=0.756;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=20;WE=29630345;WS=29630327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr22	29656389	rs2231398	G	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=553;ReadPosRankSum=-1.457;SC=CAAGAAGCGAGGCCTGGATGC;SOR=0.606;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=51;WE=29656397;WS=29656379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,56:0.36:154
chr22	29659715	rs2231396	G	A	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=586;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GTGTGTGCACGGCTCCTTGGT;SOR=1.206;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=35;WE=29659723;WS=29659705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr22	29664423	rs2301291	G	A	2655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=74;PP=1735;ReadPosRankSum=1.056;SC=TGGCTGGGAAGACTGAGTGGA;SOR=0.792;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=60;TCR=118;TR=113;WE=29664431;WS=29664407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,119:0.65:184
chr22	29682881	.	CT	C	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=6.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.232;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,30:0.24:123
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chr22	29704125	rs11090564	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr22	29707639	rs34777709	G	GC	3968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=53;PP=2596;SC=ACGGCCTCCTGCCTGCGCAGC;SOR=1.392;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=60;WE=29707647;WS=29707629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	29711251	rs2519485	T	C	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=65;PP=2041;SC=GCCGGCGCTGTCGCTCCCCGC;SOR=1.516;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=103;WE=29711259;WS=29711241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr22	29725893	rs2071578	T	C	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=41;PP=1200;SC=AGAAGCAGAGTTTGGGGCTGT;SOR=4.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=29725901;WS=29725883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	29727866	rs174765	C	T	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=83;PP=2340;ReadPosRankSum=-0.963;SC=GGCTGAGTGGCGCGTGGACCT;SOR=1.406;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=57;TCR=88;TR=139;WE=29727874;WS=29727856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr22	29727886	rs2857465	T	C	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=69;PP=1673;SC=TGGAGGGGGGTGGCGGGGGCC;SOR=1.402;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=43;TCR=72;TR=112;WE=29727894;WS=29727876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	29734797	rs6006098	G	A	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=4;PP=411;SC=CCTCTGGAAAGCCTTCCTAGG;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=29734805;WS=29734787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	29736593	rs185573921	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=795;ReadPosRankSum=-0.265;SC=ATTCAGTGACTGCTCCTCTGA;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=66;WE=29736601;WS=29736583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,73:0.65:113
chr22	29737823	rs2301587	T	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=60;PP=1521;SC=CCTGCAGCCATGAGCCAGGTG;SOR=1.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=100;WE=29737831;WS=29737813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	29745509	.	G	GT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr22	29746253	rs737883	T	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=19;PP=537;SC=ACCTTCCTCATCACAGTGGGA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=29746261;WS=29746243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	29755888	rs2072051	T	C	6235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=104;PP=2965;SC=AGAGGTATACTAGCTTCTTCA;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=111;TCR=104;TR=214;WE=29755896;WS=29755878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr22	29759188	rs6006105	C	G	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.23;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	29819081	rs459310	G	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.75;QD=31.16;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	29833639	rs174718	C	G	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=21;PP=1159;SC=ACCAATAAAACGCCCTCATGT;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=29833647;WS=29833629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	29881884	rs4823040	G	A	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=54;PP=1741;SC=TTGTGTTCCTGCGAGACGCTA;SOR=1.313;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=89;WE=29881892;WS=29881874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	29885567	rs147489453	A	AAAGTCCCCTGAGAAGGCC	13287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=83;PP=2900;SC=AGGAGGAAGCAAAGTCCCCTG;SOR=0.792;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=171;TCF=32;TCR=139;TR=109;WE=29885575;WS=29885557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr22	29885861	rs165923	T	C	13263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=257;NR=232;PP=2965;SC=AGGAAGAAGCTAAGTCCCCAG;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=492;TCF=259;TCR=233;TR=489;WE=29885869;WS=29885851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr22	29886413	rs165625	A	G	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=36;PP=1581;SC=AGACAGAGGTAGCCAAGAAGG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=88;WE=29886421;WS=29886403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	29886893	rs1061373	G	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=607;SC=CCTGCCCCCAGGCCCTCCCCA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=29886901;WS=29886883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	29904519	rs2283859	T	C	4820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=2.050;SC=CCTAGAGAAATAGGAGAACGG;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=172;TCR=146;TR=203;WE=29904527;WS=29904509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,216:0.65:331
chr22	29908154	rs2007668	G	T	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=63;PP=1938;SC=GGGGAAATGCGCAGTTCTAAG;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=29908162;WS=29908144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	29912885	rs12161054	G	A	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=11;PP=1309;SC=TTGCTGAACAGGCTCTCACGA;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=29912893;WS=29912875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	29913272	rs737976	C	T	7987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=153;NR=130;PP=2965;SC=TCATGGGCAACTGTCACCCAT;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=283;TCF=153;TCR=130;TR=283;WE=29913280;WS=29913262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr22	29915144	rs2072301	C	T	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=88;PP=2447;SC=CACGTGTGCTCCCCCATCCCT;SOR=2.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=31;TCR=88;TR=119;WE=29915152;WS=29915134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr22	29952016	rs148052790	CAG	C	4394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=55;PP=2834;SC=AGAGGTCACACAGGGGGCTCA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=61;WE=29952025;WS=29952006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	29956923	rs75948048	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=6.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=444;ReadPosRankSum=3.074;SC=TGGAACCCACGGTCCTCCGGG;SOR=2.833;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=20;WE=29956931;WS=29956913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr22	29957570	rs1058642	G	A	6752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.209;SC=AGCTGAACTCGAGGAGCAGCT;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=129;TCR=111;TR=239;WE=29957578;WS=29957560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,259:0.99:261
chr22	29957911	rs469295	T	C	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=32;PP=945;SC=GATGACCTCCTCAAGGTTGGC;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=29957919;WS=29957901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	29966083	rs456285	C	T	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=44;PP=2765;SC=GAGGATGTTCCGCAAATTTGC;SOR=1.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=94;TCR=44;TR=138;WE=29966091;WS=29966073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr22	30077361	rs140086	G	A	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=1;PP=121;SC=CTTGTGGGCCGCAGAGCACCT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=30077369;WS=30077351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	30124614	rs140096	A	T	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=89;NR=29;PP=2610;SC=CTGTGCCTCCACCAGGTGATG;SOR=2.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=89;TCR=29;TR=118;WE=30124622;WS=30124604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	30124833	rs140097	T	C	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=116;PP=2965;SC=GGATGACCACTTCAGGCTTGT;SOR=2.122;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=44;TCR=117;TR=160;WE=30124841;WS=30124823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	30134523	rs146621560	T	TG	1360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=947;ReadPosRankSum=0.315;SC=TGGTAGGCCCTGAGCAAGCCT;SOR=0.630;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=5;TCR=74;TR=25;WE=30134531;WS=30134513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,48:0.37:131
chr22	30136606	rs2232900	C	T	2332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=30;PP=1554;ReadPosRankSum=0.570;SC=CAGCACCCCACTCCCGCTTAG;SOR=1.294;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=97;WE=30136614;WS=30136596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,100:0.74:135
chr22	30138548	rs140120	T	C	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1761;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CACAGGGGCATATGGACCCTT;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=104;WE=30138556;WS=30138538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,114:0.70:164
chr22	30138689	rs140121	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.012;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=1.319;SC=TCCCACCCCACGCAGGACGGG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=30138697;WS=30138679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr22	30144608	rs2232898	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GAAAACACATCCCTCACCAGC;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=30144616;WS=30144598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr22	30184950	rs7954	A	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=12;PP=836;ReadPosRankSum=1.449;SC=CGATGGGAGCACGGCCTGGTG;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=56;WE=30184958;WS=30184940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr22	30200893	rs2074706	G	C	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=57;PP=1452;ReadPosRankSum=1.246;SC=TCCCTCCCCAGCATCTGACCA;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=145;TCF=56;TCR=89;TR=96;WE=30200901;WS=30200883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,103:0.66:155
chr22	30200936	rs36572	T	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=766;ReadPosRankSum=-0.968;SC=CTGGGCTATATCTAAGTGGTA;SOR=0.907;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=40;WE=30200944;WS=30200926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr22	30202774	rs737945	G	C	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=27;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.562;SC=GAGGCAATTCGTGAGGGCTTA;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=73;WE=30202782;WS=30202764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,82:0.61:134
chr22	30212194	rs713656	C	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=0.266;SC=GCAGCTAGGACCTAGGACGAG;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=22;WE=30212202;WS=30212184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr22	30217827	rs2057882	A	T	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.213;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr22	30217992	rs5763521	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=-2.875;SC=TGTCTTTTTTCTTTTTTTTTG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=22;WE=30218000;WS=30217981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr22	30221826	rs9306465	T	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=29;PP=632;ReadPosRankSum=0.767;SC=GAGGGCCCATTTGCCAACCCA;SOR=2.682;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=31;WE=30221834;WS=30221816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr22	30223796	.	T	TCTC	599	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=72;MMLQ=27;MQ=57.88;NF=0;NR=14;PP=599;QD=48.2124468861;SC=GGCTACTCATTCTGACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=30223808;WS=30223786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,14:0.88:16
chr22	30223799	.	GAC	G	159	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=72;MMLQ=25;MQ=57.75;NF=0;NR=14;PP=159;QD=11.7857142857;SC=TACTCATTCTGACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=30223808;WS=30223786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr22	30229399	rs3958025	C	G	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=5;PP=1184;SC=AAGAATAGAACGACATGAGAA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=44;WE=30229407;WS=30229389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	30234192	rs10559800	TGCC	T	1875.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=1096;ReadPosRankSum=1.094;SC=ACCGGCTCTGTGCCGCCGCCG;SOR=0.646;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=24;WE=30234205;WS=30234182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr22	30366924	rs34749290	C	CT	598.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.52;ReadPosRankSum=1.379;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr22	30366947	rs10222281	C	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.61;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr22	30367014	rs16988135	A	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr22	30374872	rs372775454	CT	C	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.570;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr22	30374920	rs737907	C	T	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.819;NF=67;NR=30;PP=1607;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TCTTTCATTTCGAAGGTTCCT;SOR=0.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=105;TCR=46;TR=97;WE=30374928;WS=30374910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,82:0.61:135
chr22	30394623	rs5763689	T	C	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=104;SC=CAGAGTGGAATCCTGTCTCAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=30394631;WS=30394620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	30394731	rs151302635	G	GT	682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.923;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=594;ReadPosRankSum=2.316;SC=CCTTTCTGCTGTTTATCTTTG;SOR=0.539;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=19;WE=30394739;WS=30394721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,31:0.32:96
chr22	30398732	rs138165493	CT	C	1174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.905;NF=21;NR=7;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.335;SC=AATAAAGCGCCTCATTGCCTT;SOR=0.271;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=28;WE=30398740;WS=30398722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr22	30399000	rs12165769	A	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.335;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=33;PP=809;ReadPosRankSum=-1.763;SC=AAACTGGACCAGTCCCAGCTT;SOR=2.044;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=37;WE=30399008;WS=30398990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr22	30403769	rs56174651	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=550;ReadPosRankSum=-1.053;SC=AAGGGTTTTGGTTAGGGGATT;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=34;WE=30403777;WS=30403759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr22	30403996	rs2074204	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr22	30405151	rs41157	T	C	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=100;PP=2603;SC=CATTTTGCATTGCTCTTAAAT;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=61;TCR=100;TR=161;WE=30405159;WS=30405141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	30412759	rs17647135	T	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.909;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=652;ReadPosRankSum=2.189;SC=GAGAGCCTTTTTGAGTAGTGA;SOR=0.180;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=32;WE=30412767;WS=30412749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr22	30414091	rs11705418	C	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=774;ReadPosRankSum=-1.433;SC=ACAGGCCTGACAGCCTGTGTG;SOR=0.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=41;WE=30414099;WS=30414081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr22	30418161	rs41168	A	C	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=53;PP=1670;SC=GAGTGCCATCAATTTAACTGT;SOR=2.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=11;TCR=53;TR=64;WE=30418169;WS=30418151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	30660517	rs1476576	A	C	4870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=98;PP=2965;SC=ACAGACAAGTAAGCCTTGAAA;SOR=1.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=65;TCR=98;TR=163;WE=30660525;WS=30660507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr22	30661184	rs5763918	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.146;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,17:0.18:97
chr22	30681796	rs56979117	CT	C	4867.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.707;NF=45;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=1.553;SC=TCACTCTCCCCTCTGCCCCAG;SOR=0.628;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=105;WE=30681805;WS=30681786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,142:0.67:211
chr22	30681797	rs6147585	T	TCTGCCCCAGCCCTTGGTGCTCCCC	2101.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.569;NF=35;NR=60;PP=2309;ReadPosRankSum=0.849;SC=CACTCTCCCCTCTGCCCCAGC;SOR=0.547;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=119;TCF=41;TCR=78;TR=95;WE=30681805;WS=30681786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,48:0.25:190
chr22	30688488	rs61730760	T	C	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=835;ReadPosRankSum=-0.870;SC=CGGGGGCACATGCTGTGGGGG;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=226;TCF=107;TCR=119;TR=82;WE=30688496;WS=30688478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,84:0.37:229
chr22	30689998	rs11089442	G	A	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=86;PP=1889;ReadPosRankSum=-1.626;SC=CTGTCATATAGAGGAGCGGGT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=487;TCF=232;TCR=255;TR=165;WE=30690006;WS=30689988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,170:0.34:494
chr22	30690904	rs77539689	C	A	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=80;PP=2403;ReadPosRankSum=0.330;SC=CACCCACCCCCCTGCCTGCCC;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=229;TCF=111;TCR=118;TR=157;WE=30690912;WS=30690894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,163:0.70:232
chr22	30691631	rs2097919	G	A	8093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=114;PP=2965;SC=TGGGGGCACCGAGCTTCTAAA;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=186;TCR=116;TR=300;WE=30691639;WS=30691621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr22	30714684	rs740219	A	C	11282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.971;SC=TGAACCAAGCACTAATGATTT;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=395;TCF=216;TCR=179;TR=393;WE=30714692;WS=30714674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,412:1.00:414
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chr22	30733914	rs2074731	C	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,31:0.19:160
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chr22	30738161	rs9608885	C	T	7440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=165;NR=95;PP=2965;SC=CCTGGCTCCCCATCTGGAGTC;SOR=1.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=165;TCR=95;TR=260;WE=30738169;WS=30738151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr22	30738737	rs5753080	G	A	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=53;PP=2704;SC=ACTGTTTTCAGACATAAAACA;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=87;TCR=54;TR=140;WE=30738745;WS=30738727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	30742623	rs740221	T	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=30;PP=823;SC=AACCAGCCCATCCCTCAGCAG;SOR=5.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=30742631;WS=30742613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	30752696	rs5994293	G	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.808;NF=26;NR=21;PP=576;ReadPosRankSum=1.919;SC=CCGGCTGCAGGCTGAGGGGCG;SOR=0.615;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=60;TCR=51;TR=47;WE=30752704;WS=30752686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,51:0.40:126
chr22	30762139	rs41281641	C	T	5417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.237;SC=CCTGTGACCTCGACATGGTGG;SOR=0.707;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=345;TCF=189;TCR=156;TR=232;WE=30762147;WS=30762129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,241:0.66:366
chr22	30769997	rs147092496	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=765;ReadPosRankSum=0.930;SC=GAGCTAGAACGGGAGCTGGAG;SOR=0.541;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=63;WE=30770005;WS=30769987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,68:0.39:175
chr22	30770603	rs5749082	T	A	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=1329;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GGGCAAATCCTTTTGCAGAGC;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=369;TCF=182;TCR=187;TR=116;WE=30770611;WS=30770593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,117:0.31:377
chr22	30771554	rs2015035	T	G	21982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=809;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.01;NF=349;NR=436;PP=2965;SC=GCAAGTGCAGTCCAACGACAT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=786;TCF=350;TCR=436;TR=785;WE=30771562;WS=30771544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,808:1.00:808
chr22	30774340	rs9619104	A	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=605;SC=TTGAGAAGCCAGGCGCAGTGG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=30774348;WS=30774330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	30776106	rs139785680	G	C	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=62;PP=1301;ReadPosRankSum=1.630;SC=ACCCGGATCTGGGAGGCCCTG;SOR=0.703;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=405;TCF=209;TCR=196;TR=120;WE=30776119;WS=30776096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,127:0.30:425
chr22	30782731	rs12171261	G	A	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=1.575;SC=CCTCCTGCTCGGCATCCACGA;SOR=0.517;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=55;WE=30782739;WS=30782721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,66:0.35:189
chr22	30794719	rs11089447	C	T	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,77:0.36:212
chr22	30812549	rs5997642	C	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=274;ReadPosRankSum=1.402;SC=AGAAATCTAGCCTTGGAGACT;SOR=0.865;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=19;WE=30812557;WS=30812539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr22	30820707	rs5994305	A	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=368;ReadPosRankSum=1.470;SC=CGGCACAGCTAGGATTTGAAC;SOR=1.230;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=30;WE=30820715;WS=30820697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr22	30822920	rs5844906	T	TG	7843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=104;PP=2965;SC=AAAGTCCCTGTGGACACTCCA;SOR=1.333;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=124;TCF=12;TCR=112;TR=116;WE=30822928;WS=30822910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr22	30823113	rs2072160	T	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=435;ReadPosRankSum=0.681;SC=TCGCAGGATTTTCTGCCTCTG;SOR=0.859;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=96;TCF=73;TCR=23;TR=32;WE=30823121;WS=30823103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chr22	30823196	rs5753130	T	C	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=869;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CCAGGGTGACTGTGGCTGTGG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=154;TCR=107;TR=80;WE=30823204;WS=30823186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,81:0.30:269
chr22	30857373	rs2240345	A	C	9424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=170;NR=156;PP=2965;SC=TGGGTAGAACATCTGTCATCT;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=170;TCR=157;TR=326;WE=30857381;WS=30857363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr22	30857448	rs5749104	A	G	9517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=166;PP=2965;SC=TGTCCGCACCATCAGATGAGA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=339;TCF=173;TCR=166;TR=338;WE=30857456;WS=30857438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr22	30860830	rs2269961	C	T	3992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=88;PP=2453;ReadPosRankSum=0.564;SC=AATTTTCCTGCGAGTGTCCTC;SOR=0.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=127;TCR=135;TR=172;WE=30860838;WS=30860820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,180:0.66:272
chr22	30862146	rs1047917	C	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=780;SC=TAAGGCCAACCCTAGAAGTTA;SOR=4.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=29;WE=30862154;WS=30862136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	30862400	rs1057995	T	A	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=74;NR=118;PP=2965;SC=CCAAGAGAGATCCCTTCAGAG;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=74;TCR=118;TR=192;WE=30862408;WS=30862390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr22	30863163	rs5997653	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=37;PP=1028;SC=TTCTAGACCCCGACTCTGTCC;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=47;WE=30863171;WS=30863153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	30863234	rs58327765	A	ACATCCATC	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=296;SC=CCATCCATCCACATCCATCCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=5;WE=30863242;WS=30863224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	30864610	rs4820853	A	G	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=61;PP=1768;ReadPosRankSum=-1.157;SC=AAGTGGCCCAATGATGTCATA;SOR=0.667;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=446;TCF=261;TCR=185;TR=143;WE=30864618;WS=30864600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,144:0.32:455
chr22	30864692	rs4820854	G	A	14026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=241;NR=258;PP=2965;SC=ACCTGGGCATGAAAAGATGCA;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=501;TCF=241;TCR=260;TR=499;WE=30864700;WS=30864682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr22	30864792	rs2269962	C	T	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=40;PP=791;ReadPosRankSum=0.124;SC=ATAAAAAGCACTGTCCCTCCC;SOR=0.690;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=170;TCF=48;TCR=122;TR=57;WE=30864800;WS=30864782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,60:0.34:175
chr22	30864817	rs2269963	A	G	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=96;PP=2682;SC=AGACAGTGCTATTGTCTCAGG;SOR=3.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=17;TCR=96;TR=113;WE=30864825;WS=30864807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	30867139	rs5997658	GC	TT	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=301;ReadPosRankSum=-0.224;SC=AGGTGTGGTGGCACATGCCTG;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=30867148;WS=30867129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr22	30886388	rs73392179	C	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=201;ReadPosRankSum=-2.172;SC=CTGTCCAGGACAGTGGGTGGG;SOR=0.033;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=12;WE=30886396;WS=30886378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr22	30927975	rs5749118	C	T	8356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=127;NR=163;PP=2965;SC=TTTCTCCACCCTCTTCCCCAG;SOR=1.056;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=293;TCF=127;TCR=166;TR=290;WE=30927983;WS=30927965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr22	30929905	rs4820864	A	G	2076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=30;PP=1372;ReadPosRankSum=0.489;SC=TGGATGGATGAATGAATGAAT;SOR=0.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=84;WE=30929913;WS=30929895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,90:0.79:114
chr22	30930080	rs5753187	T	A	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=1492;ReadPosRankSum=0.412;SC=CACTCCAGGCTTCTGGAGAGA;SOR=1.128;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=101;WE=30930088;WS=30930070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,106:0.70:152
chr22	30930158	rs2899151	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.900;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=312;ReadPosRankSum=-1.096;SC=GTTCTTGACCTGGGGAGCCAC;SOR=1.893;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=18;WE=30930166;WS=30930148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr22	30934816	rs5753190	T	C	5678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.318;SC=ATCCTTACCTTGGAGCCAGCG;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=361;TCF=166;TCR=195;TR=242;WE=30934824;WS=30934806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,261:0.68:385
chr22	30934887	rs5753191	G	A	3787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=91;PP=2436;ReadPosRankSum=0.514;SC=TGTTCTCCCGGAACTGAGGAC;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=222;TCF=88;TCR=134;TR=152;WE=30934895;WS=30934877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,163:0.69:237
chr22	30953295	rs2267161	C	T	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=69;PP=2150;ReadPosRankSum=1.173;SC=TAGGAGTACACCAGCAGCAGG;SOR=0.533;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=239;TCF=135;TCR=104;TR=160;WE=30953303;WS=30953285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,170:0.68:250
chr22	30973146	rs34323294	AG	A	988.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=670;ReadPosRankSum=0.394;SC=GGTCAGGCTGAGGTATGTGTA;SOR=0.778;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=22;WE=30973154;WS=30973136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr22	30981508	rs4820017	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=142;ReadPosRankSum=1.139;SC=GCCCAAGCGGACAGACAGAGC;SOR=0.126;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=10;WE=30981516;WS=30981498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr22	30987861	rs737953	G	C	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.720;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,103:0.32:323
chr22	30987933	rs17526668	T	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=6.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,48:0.24:199
chr22	30987960	rs16988803	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=7.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.022;SOR=1.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,26:0.19:134
chr22	31006860	rs9606756	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=402;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TTTCTAAGAAATACCAGAGAT;SOR=0.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=35;WE=31006868;WS=31006850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
chr22	31011557	rs2267163	T	C	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-1.377;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,116:0.28:409
chr22	31011610	rs1801198	G	C	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=60;PP=1981;ReadPosRankSum=0.649;SC=TCCCCCATGCGTGGGGCAGAA;SOR=0.805;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=423;TCF=225;TCR=198;TR=136;WE=31011619;WS=31011590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,141:0.33:432
chr22	31011882	rs4820021	A	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=38;PP=1079;SC=TCAGCACAAGATTGTGGGTGT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=31011890;WS=31011872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	31013419	rs9621049	C	T	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=60;PP=1440;ReadPosRankSum=0.575;SC=CAGTCCATCTCTGTTCTGGCC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=313;TCF=152;TCR=161;TR=114;WE=31013427;WS=31013409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,123:0.37:334
chr22	31018777	rs2301956	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TCGGGGGTCTGGAGGGGAAGG;SOR=0.746;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=8;WE=31018785;WS=31018767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr22	31022272	rs2072194	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.558;SC=GGAACCCTGTGGGAAGCTGAG;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=5;WE=31022280;WS=31022262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
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chr22	31089958	rs11383654	G	GA	270.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.179;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr22	31127525	rs148912779	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=-1.411;SC=GAGGCATCATCGAGAGAGACA;SOR=0.919;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=24;WE=31127533;WS=31127515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr22	31127728	.	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=514;ReadPosRankSum=-1.072;SC=GTACAAATCCCATCAGTGACA;SOR=1.188;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=35;WE=31127736;WS=31127718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr22	31266546	rs2301816	T	C	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=66;PP=1408;ReadPosRankSum=-0.894;SC=AGCACGGCGCTGCACTCCAGC;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=330;TCF=161;TCR=169;TR=124;WE=31266554;WS=31266522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,129:0.37:350
chr22	31266777	rs4820909	T	C	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=6;PP=139;SC=CCATTTCCTGTGGTTCCACGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=31266785;WS=31266767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	31285680	rs5749186	G	A	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=53;PP=1221;ReadPosRankSum=1.048;SC=TTTCCTGTGCGTGGATGAGCA;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=7;TCR=72;TR=58;WE=31285688;WS=31285670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,63:0.72:87
chr22	31301734	rs10625967	A	AGG	3138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=2125;SC=GCGACCCGGGAGGAGACACCG;SOR=1.897;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=46;WE=31301742;WS=31301724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	31318341	rs9609157	C	T	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.511;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=20;PP=1465;ReadPosRankSum=0.251;SC=GAGCGTGTGGCGGGATTGCGG;SOR=0.320;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=120;TCF=95;TCR=25;TR=88;WE=31318349;WS=31318331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,91:0.72:127
chr22	31329056	rs2074578	G	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=727;ReadPosRankSum=1.753;SC=GAAAACTAGCGTAGAGTCCCT;SOR=1.252;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=32;WE=31329064;WS=31329046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr22	31329954	rs5753398	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=397;ReadPosRankSum=1.159;SC=CTGCTGGTGGATGGTATAGAC;SOR=0.286;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=21;WE=31329962;WS=31329944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr22	31335724	rs1005252	T	A	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=791;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TGAGGGGAGGTGGCACTCTAG;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=44;WE=31335732;WS=31335714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr22	31342594	rs5753403	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=673;SC=CCACAGCCCTCGTTCCCTCTC;SOR=5.211;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=31342602;WS=31342584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	31493164	rs41282559	C	T	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=1106;ReadPosRankSum=1.297;SC=TCTCTGCCTGCGGCTATCACC;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=59;WE=31493172;WS=31493154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr22	31493460	rs5753458	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.456;NF=0;NR=20;PP=330;ReadPosRankSum=-0.973;SC=GAGGCCGAGGTGGGCGGATCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=20;WE=31493468;WS=31493450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr22	31494568	rs33991833	A	AC	1443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=1043;ReadPosRankSum=0.530;SC=GTGCTACAAGACCCCCCCTCC;SOR=0.890;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=40;WE=31494576;WS=31494558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,56:0.75:75
chr22	31497054	rs5753459	A	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=704;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CGCCGCCTCTACCACCTGCCC;SOR=1.218;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=48;WE=31497062;WS=31497044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr22	31521404	rs2240432	G	A	4819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=0.866;SC=GGCATCAGGCGCAGCCTCTGT;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=183;TCR=130;TR=200;WE=31521412;WS=31521394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,206:0.62:331
chr22	31521850	rs2240431	A	C	5118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.098;SC=GGCTTGGCACACAGAGTACAG;SOR=0.543;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=343;TCF=169;TCR=174;TR=203;WE=31521858;WS=31521840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,220:0.60:366
chr22	31529043	rs9917541	C	A	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1504;ReadPosRankSum=0.724;SC=ACTAGAGGGTCTCCCCTGATG;SOR=0.596;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=77;TCR=82;TR=106;WE=31529064;WS=31529033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,116:0.67:173
chr22	31529772	rs728206	C	T	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-5.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1520;ReadPosRankSum=0.061;SC=CTACATTCTGCTCCTTGAGTT;SOR=0.544;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=74;WE=31529780;WS=31529762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,77:0.73:105
chr22	31532568	rs757872	G	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=902;ReadPosRankSum=0.547;SC=AGAGGTCTCCGGATCCCTTCC;SOR=0.272;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=57;WE=31532576;WS=31532558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr22	31532608	rs2232184	G	A	2530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=39;PP=1610;ReadPosRankSum=1.237;SC=ATTCAAAGTGGGTATAGGCAA;SOR=0.556;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=162;TCF=105;TCR=57;TR=105;WE=31532616;WS=31532598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,113:0.65:174
chr22	31600328	.	CA	C	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.733;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr22	31663066	rs9606828	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.267;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr22	31669267	rs2040532	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GTTCACCTACAGCTGAGGAAG;SOR=0.138;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=10;WE=31669275;WS=31669257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr22	31687142	rs5753544	G	C	8772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=157;NR=153;PP=2965;SC=CCAGCCCCGGGGCCGTCCCCC;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=310;TCF=157;TCR=153;TR=310;WE=31687155;WS=31687132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr22	31687313	rs4820044	A	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,64:0.27:238
chr22	31739023	rs145232999	TAC	T	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,14:0.13:111
chr22	31741067	rs714909	G	A	8980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=188;NR=131;PP=2965;SC=GGGGGCGAAAGAGCATTATAT;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=189;TCR=131;TR=319;WE=31741075;WS=31741057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr22	31743032	rs9609261	A	C	6084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.446;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CTGCTTCTGCACCCGGTACAT;SOR=0.506;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=208;TCR=124;TR=241;WE=31743040;WS=31743022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,253:0.74:344
chr22	31795866	rs4820047	T	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=54;PP=1622;SC=TCTGCCACGATTAGGAGTCCC;SOR=3.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=61;WE=31795874;WS=31795856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	31843567	rs2273251	G	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=26;PP=900;SC=GAAAAGGAGAGGGGAGGGTCA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=31843575;WS=31843557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	31844293	rs738658	A	C	10139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=169;NR=191;PP=2965;SC=TTAATGCATGACATTTCTTGC;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=360;TCF=169;TCR=191;TR=360;WE=31844301;WS=31844283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr22	31854434	rs11293411	AT	A	5774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=70;PP=2975;SC=TTAACCACACATTTTTTAAGT;SOR=1.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=119;WE=31854442;WS=31854424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr22	31904170	rs2413054	A	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=24;PP=1263;SC=GAGCTGGCATATAGTTCAGAA;SOR=1.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=67;WE=31904178;WS=31904160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	31926725	rs3818134	C	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=27;PP=762;SC=AGGCATTTGCCGGCCATTTTA;SOR=1.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=31926733;WS=31926715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	31942770	rs1968023	G	A	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=2;PP=668;SC=TTCATGAGACGGCAAGAATAT;SOR=3.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=31942778;WS=31942760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	31971071	.	CGTGTGTGT	C,CGTGT	382	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=16;MQ=57.7;NF=10,10;NR=0,0;PP=49,382;QD=5.2;SC=AAACTTAGTGCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10,10;WE=31971086;WS=31971061;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.91:11
chr22	31971172	rs10657905	A	ATCT	4333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=22;PP=2957;SC=TTTCCAGCTCATCTAACCTTA;SOR=1.251;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=55;WE=31971180;WS=31971162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	31971258	rs5753700	T	C	6317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.13;NF=107;NR=103;PP=2965;SC=GCTCCAGATATACTTCTGTGA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=210;TCF=107;TCR=103;TR=210;WE=31971266;WS=31971248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr22	31983287	rs112798271	A	ATTTGTTTTGT	8854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.541;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.217;NF=13;NR=65;PP=2979;ReadPosRankSum=1.424;SC=ATGCCAATTTATTTGTTTTGT;SOR=1.310;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=143;TCF=14;TCR=129;TR=78;WE=31983295;WS=31983277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr22	32046534	.	G	A	182	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=9;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=17;MQ=58.05;NF=10;NR=0;PP=182;QD=21.6771212547;SC=AAAAGAAAAAGAAAACCTAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=10;WE=32046542;WS=32046518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:28,10:0.26:38
chr22	32084131	rs141627283	T	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=-0.006;SC=TTCCCAGCTATAAGTACCTAC;SOR=0.546;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=30;WE=32084139;WS=32084121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,32:0.40:80
chr22	32179850	rs138286	G	C	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=353;ReadPosRankSum=-0.165;SC=AACTGAAACTGTATATGGCAT;SOR=0.518;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=68;TCR=19;TR=26;WE=32179858;WS=32179840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr22	32334229	rs3788443	A	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.231;SC=GCCCCTCCCAACCCAGCCCAC;SOR=0.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=65;WE=32334237;WS=32334219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,67:0.71:94
chr22	32334295	rs3788444	C	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.951;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=490;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CAAGCCAAAACGTCTAGAAAA;SOR=1.645;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=25;WE=32334303;WS=32334285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr22	32340565	rs71697452	TGCCTGCA	T	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.77;NF=8;NR=1;PP=494;SC=GCGGCGGCGCTGCCTGCAGCC;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=32340579;WS=32340555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	32340837	rs71845980	CG	C	451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.23;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	32340880	rs138873821	C	CG	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=155;SC=TGGCCGCGGGCGCGTTCCCCT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=32340888;WS=32340870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	32341667	rs201521027	AAATG	A	328.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=598;ReadPosRankSum=1.391;SC=CGTTTTCTGTAAATGAATATT;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=9;WE=32341692;WS=32341657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
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chr22	32341684	rs7290696	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=1418;ReadPosRankSum=0.281;SC=TATTTCCTCTCCCTGCGTCAA;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=18;WE=32341692;WS=32341657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr22	32343613	rs10631788	G	GCTCT	4129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=74;PP=2965;SC=GTATCTTCAAGCTCTATCTCA;SOR=4.385;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=2;TCR=90;TR=76;WE=32343621;WS=32343603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr22	32352791	rs1049583	G	A	4722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=102;PP=2755;ReadPosRankSum=3.228;SC=GATCCTTCAGGTCCCCTGGCC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=301;TCF=139;TCR=162;TR=191;WE=32352799;WS=32352781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,210:0.64:326
chr22	32445946	rs17683011	A	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=486;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TTTTCCACCAATCGTGGGACT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=39;WE=32445954;WS=32445936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,41:0.34:119
chr22	32446000	rs199683554	C	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=764;ReadPosRankSum=1.963;SC=GTGTGGTGGCCGGTAAGTTTT;SOR=0.901;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=61;WE=32446008;WS=32445990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,64:0.30:210
chr22	32478972	rs131880	A	AG	6358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=52;PP=2975;SC=GAAGGCCAGCAGAAGTAGAGG;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=90;WE=32478980;WS=32478962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	32482321	rs5998233	T	G	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=84;PP=2582;SC=AATGGTGAGATTCTTTCTTGG;SOR=2.443;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=27;TCR=85;TR=111;WE=32482329;WS=32482311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	32487700	rs17683430	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,93:0.23:396
chr22	32487744	rs17683448	C	T	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,93:0.27:341
chr22	32487815	rs17683471	C	G	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.371;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=640;ReadPosRankSum=0.139;SC=TGTGTTACCCCTCAAGCTAGG;SOR=0.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=61;TCR=114;TR=52;WE=32487823;WS=32487805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,52:0.28:183
chr22	32501006	rs77132907	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGTGAGGAGTAGGGTGGGGA;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=3;WE=32501014;WS=32500996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr22	32506041	rs17683704	A	G	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,92:0.33:283
chr22	32506050	rs33954001	C	G	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=1.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=1.330;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,89:0.32:275
chr22	32506143	rs33954397	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=399;ReadPosRankSum=0.431;SC=CAGTGTTGAACGTCAATGGCA;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=141;TCF=48;TCR=93;TR=41;WE=32506151;WS=32506133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,46:0.31:149
chr22	32545762	rs45494991	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.388;NF=18;NR=12;PP=340;ReadPosRankSum=0.873;SC=CATATCTCTCCTTTGCCTGCA;SOR=0.550;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=30;WE=32545770;WS=32545752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr22	32545789	rs45462396	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.734;NF=16;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=-0.419;SC=GAAAGGAAAACGCCATGAGGA;SOR=0.630;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=31;WE=32545797;WS=32545779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,37:0.29:127
chr22	32545849	rs58570639	C	CA	2514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=32;PP=1555;SC=CACTTGGTGACGTAGAAAACA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=34;WE=32545857;WS=32545839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	32546946	rs2019949	C	T	4908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=82;PP=2965;SC=GTCAACTACACGTAAATAAAG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=102;TCR=83;TR=184;WE=32546954;WS=32546936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr22	32547012	rs3888536	G	A	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=77;PP=2241;SC=ATTTCCTGCAGTAAGAGAAAA;SOR=1.501;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=124;WE=32547020;WS=32547002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr22	32547086	rs2019952	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.42;QD=32.42;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	32547626	rs5998254	T	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=38;PP=864;SC=GGGGCTGGAGTGTGTGGAGGT;SOR=5.186;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=40;WE=32547634;WS=32547616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	32547861	rs11272724	TTGGGAAAGACAGAGGAG	T	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=0;PP=2973;SC=GGTGTGGGAGTTGGGAAAGAC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=32547885;WS=32547860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	32547983	rs67223520	AC	A	2577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.295;NF=19;NR=26;PP=1692;ReadPosRankSum=0.719;SC=TGAATCACTTACGTTAAATGA;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=45;WE=32547991;WS=32547973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,74:0.69:107
chr22	32548389	rs138313512	C	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=5.319;NF=19;NR=1;PP=344;ReadPosRankSum=-2.769;SC=CATCGTCAATCAGGCCTCAGT;SOR=0.051;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=49;TCF=48;TCR=1;TR=20;WE=32548397;WS=32548379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr22	32548421	rs9609456	G	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=11.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.46;MQRankSum=-6.987;QD=19.16;ReadPosRankSum=1.002;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr22	32548425	rs7293186	T	G	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.93;MQRankSum=-6.853;QD=18.64;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr22	32554860	rs8141332	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=397;ReadPosRankSum=-1.488;SC=GCTATGGGCAGGAGGGAGCTG;SOR=1.122;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=21;WE=32554868;WS=32554850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
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chr22	32554996	rs12160688	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=752;ReadPosRankSum=0.029;SC=GCATCTTCGGCGTCTTCGGGA;SOR=0.678;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=196;TCF=109;TCR=87;TR=67;WE=32555004;WS=32554975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,75:0.36:211
chr22	32579550	rs136428	T	C	12160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr22	32579559	rs136429	A	G	12595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr22	32579676	rs136430	A	G	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=71;PP=2198;SC=AAGAATCACTATATTTATCAG;SOR=1.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=109;WE=32579684;WS=32579666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr22	32579751	rs136431	C	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=830;SC=CCAGACCTATCAGCATGATAA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=32579759;WS=32579741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	32586632	rs136466	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=412;SC=AGATTAAGTACAATCAAGAAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=32586640;WS=32586623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	32586854	rs136467	C	T	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.69;QD=31.64;SOR=2.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	32586875	rs136468	G	A	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.56;QD=43.46;SOR=2.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	32586878	rs136469	A	G	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.68;QD=44.55;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	32586926	rs136470	T	C	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.21;QD=32.19;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	32587023	rs55974778	C	G	14077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.49;QD=44.98;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr22	32587027	rs136472	G	C	14423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.80;QD=43.58;SOR=1.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr22	32587478	rs136473	T	C	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=40;PP=1213;SC=CTTCATGAGGTAACTTCCCTG;SOR=4.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=32587486;WS=32587468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	32589023	rs136478	C	T	17673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=202;NR=183;PP=2965;SC=CATGGAAGAGCAACAGCAAAG;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=385;TCF=202;TCR=183;TR=385;WE=32589042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr22	32589034	rs136479	T	C	17864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=208;NR=194;PP=2965;SC=AACAGCAAAGTAGATCCTCCC;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=403;TCF=209;TCR=194;TR=402;WE=32589042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr22	32590449	rs108211	G	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=26;PP=851;SC=ACTGGGTCACGCCCTTCCACA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=32590457;WS=32590439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	32590522	rs136484	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=-0.955;SC=ACTGGTGATATATCTCCAGTT;SOR=2.093;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=7;WE=32590530;WS=32590512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr22	32617062	rs5998317	G	A	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=80;PP=2154;ReadPosRankSum=0.701;SC=GTTTGCAATAGTATAATAGAA;SOR=0.594;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=67;TCR=115;TR=126;WE=32617070;WS=32617052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,137:0.70:195
chr22	32617129	rs78572284	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=5.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=1.452;SC=CAGGAGAATATAGATCACAAA;SOR=1.356;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=14;WE=32617137;WS=32617119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr22	32621619	rs2294208	C	T	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=57;PP=2245;ReadPosRankSum=0.782;SC=AGCAGGGAAACTTTTTTTCCA;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=145;TCR=101;TR=139;WE=32621627;WS=32621609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,144:0.56:258
chr22	32626908	rs2068209	G	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.099;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=446;ReadPosRankSum=1.534;SC=CTCGAGGCCCGTCTTAGACAG;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=21;WE=32626916;WS=32626898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr22	32633505	rs5998328	G	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CCCTTGCCTTGCCCTGATTCA;SOR=0.399;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=32633513;WS=32633495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr22	32756652	rs201161881	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=35.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.13;MQRankSum=-11.481;QD=1.27;ReadPosRankSum=-3.217;SOR=2.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,44:0.15:287
chr22	32756684	rs61729165	C	A	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=5.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=-15.611;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,83:0.24:340
chr22	32756703	rs73166367	C	T	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.99;MQRankSum=-15.961;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.321;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,118:0.31:386
chr22	32756744	rs2076035	A	G	3322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=7.989;NF=86;NR=69;PP=2092;ReadPosRankSum=-2.550;SC=ATGGTGATCAAGGTGTCTTGA;SOR=0.705;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=383;TCF=184;TCR=199;TR=155;WE=32756752;WS=32756722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,161:0.43:373
chr22	32783904	rs12530	T	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=484;ReadPosRankSum=1.463;SC=TTGAGTCTGATGTCAGAAGAG;SOR=0.560;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=34;WE=32783912;WS=32783894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr22	32790101	.	C	CTT	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.7810;HP=16;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=16;MQ=57.06;NF=1;NR=3;PP=51;QD=13.75;SC=ACCCAGACTTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=32790109;WS=32790091;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr22	32791003	rs2072818	A	C	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=5;PP=796;SC=ACAAACGTAGAGCTACGTACT;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=32791011;WS=32790993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	32791929	rs3215463	GC	G	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.83;NF=21;NR=3;PP=651;SC=CTTGTGATCCGCCCCCCCTCG;SOR=3.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=24;WE=32791937;WS=32791919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	32795641	rs5749426	C	T	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=63;PP=1863;ReadPosRankSum=-1.370;SC=TGGGGTCAGCCTGCAGCATCC;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=113;WE=32795649;WS=32795631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,125:0.73:172
chr22	32795751	rs9609527	A	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=635;ReadPosRankSum=-1.178;SC=AAGTCTCTGGATAAGTATAAA;SOR=0.605;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=47;WE=32795759;WS=32795741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,51:0.66:77
chr22	32796247	rs737779	G	C	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.573;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=64;PP=2028;ReadPosRankSum=1.091;SC=ATTTTAAGCTGTTTTCCCATC;SOR=0.483;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=131;WE=32796255;WS=32796237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,141:0.71:199
chr22	32804313	rs5754073	G	A	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=56;PP=1509;SC=ACTGTATAACGTGAAGAGGTA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=73;WE=32804321;WS=32804303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	32804656	rs2076043	G	A	6029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.69;SOR=2.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr22	32804656	.	GAATTATAAT	AAATTATAAC,AAATTATAAT	2188	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=40,128;NR=16,40;PP=863,2188;QD=16.3654977654;SC=CAATATTTCAGAATTATAATT;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=168;TCF=128;TCR=40;TR=56,168;WE=32804673;WS=32804646;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.33:168
chr22	32804665	rs2076044	T	C	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,70:0.34:208
chr22	32811952	rs5998478	A	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=37;PP=1158;SC=TGTGGATTGGACAGAGGAAAT;SOR=1.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=32811960;WS=32811942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	32813176	.	CTTT	C	115.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.431;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr22	32827423	rs200172840	A	AT	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=31.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-4.510;SOR=4.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,23:0.25:91
chr22	32827426	.	A	ATTTATTTATTTATTTATTTTTTTT	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.931;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=36.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-4.952;SOR=5.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
chr22	32828343	rs9609551	T	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=-1.743;SC=GCTGCTCCACTGTCTCCCCAG;SOR=1.241;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=10;WE=32828351;WS=32828333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr22	32871230	rs11703157	G	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=1.685;SC=GATAGGCCAAGTGCGGGGACG;SOR=0.439;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=11;WE=32871238;WS=32871220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr22	32871365	rs9621461	G	A	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=1196;ReadPosRankSum=2.405;SC=CGGCCTCCCGGGGGCTCTGGT;SOR=0.664;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=78;WE=32871373;WS=32871355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,86:0.70:123
chr22	32875190	rs11107	G	A	4671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.694;SC=AGACTAGCATGCAGGATGAAC;SOR=0.581;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=289;TCF=122;TCR=167;TR=193;WE=32875198;WS=32875180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,206:0.67:308
chr22	32886998	rs738982	T	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=3.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=443;ReadPosRankSum=0.303;SC=ACCATGTTGATTGGGTTTGGC;SOR=2.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=20;WE=32887006;WS=32886988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr22	32887150	rs9726	C	T	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.011;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=1491;ReadPosRankSum=1.049;SC=GTATCCTCTTCTGGCTTTTAC;SOR=0.407;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=92;WE=32887158;WS=32887140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,95:0.62:152
chr22	32891368	rs111356060	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.17;MQRankSum=2.362;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr22	32909866	rs144075794	A	G	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=49;PP=1207;ReadPosRankSum=0.790;SC=TATCAAAGAAATGGGTCTTGG;SOR=0.406;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=120;TCF=44;TCR=76;TR=80;WE=32909874;WS=32909856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,87:0.66:131
chr22	32924733	rs135123	C	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=3;PP=1236;SC=TTCGTCCACACCCCCATTCCT;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=45;WE=32924741;WS=32924723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	33229685	rs242077	T	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TGGCATGCTATGTCCACCACT;SOR=0.378;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=40;WE=33229700;WS=33229675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr22	33229804	rs11703156	G	A	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=87;PP=2599;ReadPosRankSum=-1.897;SC=AGGCTCAAATGGGAAAATCCA;SOR=0.695;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=260;TCF=131;TCR=129;TR=169;WE=33229812;WS=33229794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,182:0.66:277
chr22	33229830	rs242076	A	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1021;ReadPosRankSum=0.582;SC=AGCATTTAGCACTGATCATGC;SOR=0.491;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=236;TCF=110;TCR=126;TR=85;WE=33229838;WS=33229820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,88:0.35:253
chr22	33253280	rs9862	T	C	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=73;PP=2856;SC=AGTACATCCATACGGAAGCTT;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=77;TCR=74;TR=150;WE=33253288;WS=33253270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr22	33254011	.	C	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.024;ClippingRankSum=0.000;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.381;NF=48;NR=41;PP=979;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TAGGTCGCGTCTATGATGGCA;SOR=0.541;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=272;TCF=150;TCR=122;TR=89;WE=33254019;WS=33254001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,96:0.34:281
chr22	33562887	rs9609729	G	T	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=56;PP=1531;SC=TCTATGCAATGATACTGGCTA;SOR=2.484;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=73;WE=33562895;WS=33562877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	33670584	rs17722172	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=943;ReadPosRankSum=1.477;SC=TCATGTAGGCGTTGGGCAGCA;SOR=0.595;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=275;TCF=122;TCR=153;TR=87;WE=33670597;WS=33670574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,93:0.32:290
chr22	33670679	rs41282597	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=324;ReadPosRankSum=0.173;SC=AGGCCCAAGCGAATGATTGAA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=18;WE=33670687;WS=33670669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr22	33679425	rs1018365	G	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr22	33828068	rs16992336	A	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=-0.131;SC=GAGCTTTTGCAATCTCCTCTC;SOR=0.632;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=15;WE=33828076;WS=33828058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
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chr22	35463179	rs361668	T	C	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=40;PP=1621;SC=CCTTCTCCATTGAGGCGATCC;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=35463187;WS=35463169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	35463249	rs362090	C	T	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=60;PP=2436;SC=TGAAGAGGGCCCCGGAGAAGC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=142;WE=35463257;WS=35463239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr22	35478748	.	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.970;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=35;PP=757;ReadPosRankSum=0.532;SC=TTTTCGGGTTGCCCCATCTAA;SOR=1.092;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=37;WE=35478756;WS=35478738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr22	35658225	rs4820189	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=158;ReadPosRankSum=1.065;SC=CCTTCCAGTCAGCCCTTGGAT;SOR=1.355;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=12;WE=35658233;WS=35658215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr22	35660875	rs1053593	G	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.460;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,36:0.24:152
chr22	35679951	rs2272789	T	C	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.316;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=35;PP=1201;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CTATGCGGCATTAGCCAAAAA;SOR=1.028;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=251;TCF=141;TCR=110;TR=88;WE=35679959;WS=35679941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,88:0.33:264
chr22	35680095	rs2272790	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.657;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=491;ReadPosRankSum=0.012;SC=GAAGCAGTGCGATTAATTTCT;SOR=1.742;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=32;WE=35680103;WS=35680085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr22	35683238	rs741995	T	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=-0.881;SC=GCCCGCCTCTTACTATTGCCT;SOR=0.116;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=6;WE=35683246;WS=35683228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr22	35695802	rs4461	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CGAGCTTCGCGGTGCCACCGC;SOR=1.296;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=10;WE=35695810;WS=35695792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr22	35696077	rs138728	G	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=139;ReadPosRankSum=0.295;SC=GGGAGGGCAAGGAGGCTGGCG;SOR=1.244;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=13;WE=35696085;WS=35696067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr22	35726280	rs145024189	A	G	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.730;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.019;NF=56;NR=28;PP=1521;ReadPosRankSum=1.470;SC=ACAAAAAAAAAAAGAGACGGC;SOR=1.199;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=84;WE=35726288;WS=35726261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,88:0.67:131
chr22	35741820	rs133398	G	A	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.203;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=74;PP=2066;ReadPosRankSum=-1.364;SC=AGGAGGACCCGTTGTTCTCAC;SOR=0.465;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=207;TCF=96;TCR=111;TR=145;WE=35741828;WS=35741810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,164:0.71:230
chr22	35741863	rs133399	A	G	5008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=95;PP=2965;SC=GGGTAGACTTATATAGCATAT;SOR=1.210;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=70;TCR=95;TR=164;WE=35741871;WS=35741853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr22	35742925	rs743810	T	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=481;ReadPosRankSum=-1.991;SC=CTTCCCAGGGTAATGATGCGG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=86;TCR=24;TR=37;WE=35742933;WS=35742915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,41:0.35:117
chr22	35743124	rs2071745	G	C	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=57;PP=1452;ReadPosRankSum=-0.344;SC=CAGCTGAGGGGCCCCCGGGTC;SOR=0.626;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=345;TCF=160;TCR=185;TR=109;WE=35743141;WS=35743114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,114:0.32:353
chr22	35777280	rs138724100	G	A	3314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=75;PP=2229;ReadPosRankSum=0.377;SC=GCCACACAGCGACAGAGCCCA;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=110;TCR=118;TR=145;WE=35777288;WS=35777270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,149:0.62:241
chr22	35796605	rs2307335	C	T	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=41;PP=978;ReadPosRankSum=0.223;SC=ACAGGTGCGGCTCCTGCGGGG;SOR=1.176;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=10;TCR=60;TR=47;WE=35796613;WS=35796595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr22	35796652	rs743813	C	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=490;SC=GCTCACACGCCTCTACCAGCC;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=35796660;WS=35796642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	35797333	rs743815	T	C	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=78;PP=2965;SC=TAGGATTCACTTCACTTCGCT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=191;WE=35797341;WS=35797323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr22	35799542	rs713618	C	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=47;PP=1324;SC=GAAGGTGGGTCGGAGGGCAGT;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=35799550;WS=35799532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	35810052	rs80433	T	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=4.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=672;ReadPosRankSum=1.506;SC=CTCTGGGTCCTCAGGACACCT;SOR=2.596;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=30;WE=35810060;WS=35810042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr22	35817553	rs2071744	C	T	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.549;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CAGTGTGTGTCTTGCTTCTCT;SOR=0.297;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=66;WE=35817561;WS=35817543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,68:0.59:115
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chr22	35947585	rs41279993	C	A	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=2.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,79:0.28:284
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chr22	36055661	rs144721389	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.299;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
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chr22	36122517	rs17723764	T	C	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=83;PP=2082;ReadPosRankSum=1.088;SC=ACGAGTTGCTTACCAAGACCA;SOR=0.645;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=544;TCF=260;TCR=284;TR=162;WE=36122525;WS=36122507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,164:0.29:556
chr22	36123083	rs2076672	C	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=857;ReadPosRankSum=0.498;SC=GGGGCAAGGACGGAGACAGCA;SOR=0.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=73;WE=36123091;WS=36123073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,79:0.42:188
chr22	36140124	.	GTTT	G	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=2.618;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.069;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr22	36155834	.	T	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=0.468;SC=GCCTACTCTGTGACACGGCAA;SOR=0.223;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=9;WE=36155842;WS=36155824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr22	36157110	rs193238024	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=0.612;SC=AAGCAGGACAGGGCACTGGGA;SOR=0.336;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=12;WE=36157118;WS=36157100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr22	36335309	rs5756005	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=687;ReadPosRankSum=0.826;SC=ACACTAAGCCGTTAGCACCCC;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=91;TCR=84;TR=63;WE=36335317;WS=36335299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,70:0.36:194
chr22	36424170	rs76819114	C	A	186.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=3.979;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GAATGGCCCCCCATCCCACCT;SOR=1.198;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=9;WE=36424178;WS=36424160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr22	36424450	rs9607299	A	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=12;PP=374;SC=GAGGCGGCTGATGCGGCTGGG;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=36424458;WS=36424440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	36537500	rs132618	A	T	5375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.808;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CTGCTTGACCACCACTTCCAG;SOR=0.887;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=300;TCF=145;TCR=155;TR=212;WE=36537508;WS=36537490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,218:0.71:309
chr22	36537725	rs61731692	G	A	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1001;ReadPosRankSum=2.030;SC=CTGATGATGTGTATGAGTGCT;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=107;TCR=116;TR=83;WE=36537733;WS=36537715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,90:0.38:238
chr22	36541725	rs1807672	G	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=296;SC=GGTGGTTCGAGGTTAATCCTC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=36541733;WS=36541715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	36545137	rs132642	A	T	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=31;PP=1617;SC=GAGACTTTCCATGGAGCTCTC;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=84;WE=36545145;WS=36545127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	36545780	rs7290574	C	T	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=14;PP=928;SC=GACTGGGCTCCACTCCCTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=36545788;WS=36545770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	36545826	rs132644	T	C	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=31;PP=2098;SC=TACATGCTTATTGTAAATGAC;SOR=1.571;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=81;TCR=31;TR=112;WE=36545834;WS=36545816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr22	36550537	rs66799354	CAAG	C	1425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.880;NF=18;NR=4;PP=916;ReadPosRankSum=-1.048;SC=TTGGTTTTAACAAGAAGAGCA;SOR=1.325;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=22;WE=36550547;WS=36550527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr22	36550782	rs9610413	T	C	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=812;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TGTCTAAGTATAGACAGAAAC;SOR=0.323;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=44;WE=36550790;WS=36550772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr22	36553181	rs132649	A	G	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=66;PP=1640;ReadPosRankSum=-0.546;SC=TTGTACGAGGAGAAAGAAAAA;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=41;TCR=96;TR=93;WE=36553189;WS=36553171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,93:0.68:137
chr22	36556823	rs132653	G	T	6870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=101;PP=2965;SC=CGTTCTCCAGGCTCTGAGATA;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=139;TCR=102;TR=239;WE=36556831;WS=36556813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr22	36556964	rs916334	C	T	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=44;PP=1002;ReadPosRankSum=1.878;SC=CACCCTTGGTCCCACCCTCCT;SOR=1.148;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=55;WE=36556972;WS=36556954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr22	36587704	rs132700	T	C	9849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=186;NR=140;PP=2965;SC=GGTGCCAACATAACGCCAATG;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=186;TCR=140;TR=326;WE=36587712;WS=36587694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr22	36591274	rs132704	T	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=7;PP=1040;SC=CTGGAGGAGGTGTGCCTGCCA;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=36591282;WS=36591264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	36593628	rs112900962	A	AC	6352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=33;PP=2418;SC=AACAGCTGTAACCCCCCATGA;SOR=1.340;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=71;WE=36593648;WS=36593618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	36593640	rs6000178	A	T	6892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=39;PP=2204;SC=CCCCCATGAAACTGCAAGCTA;SOR=1.172;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=113;WE=36593648;WS=36593618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	36623731	rs132760	T	C	13532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=200;NR=244;PP=2965;SC=CGCCCAATGATATGCGGGGGT;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=444;TCF=200;TCR=244;TR=444;WE=36623739;WS=36623721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr22	36629466	rs2010499	T	A	4169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=104;PP=2589;ReadPosRankSum=0.842;SC=AGCTTCCTCTTCCCTCACTCT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=86;TCR=145;TR=166;WE=36629474;WS=36629456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,179:0.73:245
chr22	36633564	rs916263	T	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=15;PP=801;SC=AAGTGATCCTTCTGCCTCAGC;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=36633572;WS=36633554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	36633836	rs916264	A	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=449;SC=GATGCTCTGGACCCCACCTTC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=36633844;WS=36633826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	36634586	rs55880164	A	C	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=13;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TATTGAAGCAAAAATGGGTGA;SOR=0.364;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=81;TCF=66;TCR=15;TR=62;WE=36634594;WS=36634576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,66:0.80:83
chr22	36634670	rs1894493	G	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.926;NF=46;NR=26;PP=897;ReadPosRankSum=-1.645;SC=CACTCCTGTAGTTATACTCAC;SOR=0.858;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=237;TCF=140;TCR=97;TR=72;WE=36634678;WS=36634660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,74:0.31:241
chr22	36635430	rs113056287	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=492;ReadPosRankSum=-0.673;SC=ATCCTTCCCTTATAGAGCTAT;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=23;WE=36635452;WS=36635428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr22	36635444	rs136144	A	G	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=3;PP=950;SC=GAGCTATTGCAAGAATAAGGA;SOR=4.125;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=36635452;WS=36635428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	36651231	rs28360494	T	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=450;ReadPosRankSum=2.126;SC=AGGCTAACGGTCAATATCCGG;SOR=0.465;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=35;WE=36651239;WS=36651221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,36:0.30:122
chr22	36657596	rs713929	A	G	11128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=242;NR=170;PP=2965;SC=GCTGTTATGCACTCCCACACT;SOR=1.048;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=412;TCF=242;TCR=170;TR=412;WE=36657604;WS=36657586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr22	36657628	rs136163	T	G	13498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.031;NF=272;NR=235;PP=2965;ReadPosRankSum=0.434;SC=TTATCCTTTCTTCTTTCCAAC;SOR=0.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=509;TCF=274;TCR=235;TR=507;WE=36657648;WS=36657618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,526:1.00:527
chr22	36657789	rs136164	T	C	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=102;PP=2965;SC=TGGGGTTACCTCCATTGGGCA;SOR=2.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=35;TCR=103;TR=137;WE=36657797;WS=36657779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr22	36661149	rs136169	A	G	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.15;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	36661152	rs28480494	G	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.79;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	36661330	rs2239785	G	A	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=123;NR=75;PP=2965;SC=GTTGAAAAGTGAGCTTGAGGA;SOR=1.098;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=199;TCF=124;TCR=75;TR=198;WE=36661338;WS=36661320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr22	36661536	rs136174	C	A	14442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=253;NR=258;PP=2965;SC=GAATCACAGCCGCTTTGACCG;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=511;TCF=253;TCR=258;TR=511;WE=36661544;WS=36661526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr22	36661566	rs136175	G	A	12840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=230;NR=229;PP=2965;SC=GCAGTACCATGGACTACGGAA;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=461;TCF=231;TCR=230;TR=459;WE=36661574;WS=36661556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr22	36661646	rs136176	G	A	9503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=162;NR=164;PP=2965;SC=AAGGAGGTGAGGGAGTTTTTG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=326;TCF=162;TCR=164;TR=326;WE=36661654;WS=36661636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr22	36661842	rs136177	G	A	7135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=108;PP=2965;SC=AGGTGGAGAGGGTTAATGAAC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=126;TCR=108;TR=232;WE=36661850;WS=36661832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr22	36690113	rs4821478	G	A	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=25;PP=2217;SC=CACTGCCCGCGCCAGGGTCCT;SOR=2.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=80;TCR=25;TR=105;WE=36690121;WS=36690103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	36691607	rs710181	A	C	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=13;PP=935;SC=CTGTTTTCAGAGCCTCTAGCT;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=36691615;WS=36691597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	36695173	rs2187776	C	T	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=52;PP=1538;SC=GCCCGGAAATCTGGGGCTGAA;SOR=2.269;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=69;WE=36695181;WS=36695163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	36695247	rs4821480	G	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=284;SC=GGATAATTTTGAAAGGTCACG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=36695255;WS=36695237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	36705529	rs1557529	A	G	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=89;PP=2391;SC=AACCCCATGCATGGAAAAGTC;SOR=3.176;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=18;TCR=89;TR=107;WE=36705537;WS=36705519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	36708084	rs2413396	C	T	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=13;PP=1505;SC=TCCCCGTGAGCGCTCCTCACC;SOR=2.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=59;TCR=13;TR=71;WE=36708092;WS=36708074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	36708338	rs2157257	A	G	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=80;PP=2481;SC=AAGAAGCCAAAGCCCGGACAT;SOR=1.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=38;TCR=80;TR=118;WE=36708346;WS=36708328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	36708400	rs34645860	C	CA	1120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=1003;SC=CCAGGAGAAGCAAAGCACTGT;SOR=2.115;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=24;WE=36708408;WS=36708390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	36710047	rs5756141	T	C	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.87;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr22	36710183	rs3752462	T	C	9974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=192;NR=155;PP=2965;SC=GCAAGCCTGGTACTCACTGGC;SOR=0.879;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=192;TCR=155;TR=347;WE=36710191;WS=36710173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr22	36712387	rs5756150	A	G	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.93;QD=33.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	36712400	rs67607973	GA	G	378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.74;QD=37.87;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	36712414	rs5756151	C	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.03;QD=35.37;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	36712472	rs5756152	A	G	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=15;PP=1660;SC=AGATCGATGCAGGACCATGAG;SOR=2.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=68;TCR=15;TR=83;WE=36712480;WS=36712462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	36716202	rs3833922	C	CT	8765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=64;NR=49;PP=2966;SC=CCTGATGCCCCGAGGCCGTGG;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=113;WE=36716217;WS=36716192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr22	36716209	rs3752463	G	A	9514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.48;NF=121;NR=68;PP=2965;SC=CCCCGAGGCCGTGGGTACCAG;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=122;TCR=68;TR=189;WE=36716217;WS=36716192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr22	36718478	.	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=672;ReadPosRankSum=-1.602;SC=ACTCACGAAGCGGGAGGAGTT;SOR=0.614;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=214;TCF=119;TCR=95;TR=69;WE=36718486;WS=36718468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,76:0.32:234
chr22	36722534	rs8136336	G	A	2794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=32;PP=1878;SC=AGCTGAAGCCGGGACCACTAA;SOR=1.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=94;WE=36722542;WS=36722524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	36722838	rs11316214	CG	C	2777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=67;PP=2756;SC=TGGCAGAAAACGGGACTGCCA;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=2;TCR=73;TR=69;WE=36722846;WS=36722828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	36723697	rs5756157	T	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=459;SC=AGGAGCATCTTCGGGGGAGAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=36723705;WS=36723687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	36744886	rs56147525	GC	G	5009.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.369;HP=15;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=2995;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GGGAAGACCCGCCCCCCCCCC;SOR=2.167;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=86;WE=36744898;WS=36744876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr22	36744888	rs56084634	C	G	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.340;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.73;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr22	36744888	.	CCC	GCT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=97;NR=30;PP=2947;QD=20;SC=GAAGACCCGCCCCCCCCCCCC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=168;TCF=123;TCR=45;TR=127;WE=36744898;WS=36744876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:41,127:0.76:168
chr22	36744890	rs55932404	C	T	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.294;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.14;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=2.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr22	36864687	rs12158096	G	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=607;ReadPosRankSum=0.234;SC=CAGGAGGATCGCTTGAGCCTG;SOR=0.586;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=36;WE=36864695;WS=36864677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr22	36864767	rs34760321	CA	C	1505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.692;NF=4;NR=41;PP=706;ReadPosRankSum=0.749;SC=GACCCTGCCTCAAAAAAAAAG;SOR=0.768;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=7;TCR=55;TR=45;WE=36864776;WS=36864757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr22	36872750	rs2281082	T	G	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=10;PP=1297;SC=TATACTGGCTTCCCTGTGGCA;SOR=2.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=52;WE=36872758;WS=36872740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	36891786	rs5756218	G	C	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1099;ReadPosRankSum=0.175;SC=GCCTGGCGGAGAGCACGACAC;SOR=0.769;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=243;TCF=145;TCR=98;TR=80;WE=36891794;WS=36891776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,87:0.33:265
chr22	36891858	rs5756219	C	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.576;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=62;PP=1271;ReadPosRankSum=-1.049;SC=GTTCATCATTCTCGGACCTTC;SOR=0.868;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=383;TCF=192;TCR=191;TR=112;WE=36891866;WS=36891848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,122:0.30:409
chr22	36900271	rs2277841	T	C	12164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=236;NR=202;PP=2965;SC=CTGGTTGGTGTTGGCTTCTTC;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=439;TCF=236;TCR=203;TR=438;WE=36900279;WS=36900261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr22	36900806	rs760718	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=5.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,58:0.27:215
chr22	36907098	rs728785	T	C	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,124:0.27:454
chr22	36962353	rs2267338	C	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=11.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.086;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,63:0.23:274
chr22	36983404	rs2235681	C	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=242;ReadPosRankSum=0.759;SC=TTTTCCTGCCCTCTGCTGTGA;SOR=1.246;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=17;WE=36983412;WS=36983394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr22	36983428	rs2235682	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=365;ReadPosRankSum=1.561;SC=GGGCCTCTAGGTAGGCCTGGT;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=69;TCR=13;TR=25;WE=36983436;WS=36983418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr22	37159819	rs739002	T	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=4.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=530;ReadPosRankSum=2.626;SC=GGCTGCTAAGTGGCAGGGCCA;SOR=0.996;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=114;TCF=92;TCR=22;TR=36;WE=37159827;WS=37159809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,36:0.32:113
chr22	37163329	rs1048012	C	T	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=75;PP=1860;ReadPosRankSum=1.556;SC=CTGAGTTCCCCTGGGTAAAGG;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=450;TCF=223;TCR=227;TR=145;WE=37163337;WS=37163319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,148:0.32:469
chr22	37196871	rs3484	G	A	3174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=45;PP=1920;SC=GGAGGGTGGCGAGAGGGGCCG;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=37196879;WS=37196861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	37196971	rs2001063	C	A	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1454;ReadPosRankSum=1.504;SC=TTCTGCAGAACAAAATGACAA;SOR=0.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=37196979;WS=37196961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr22	37207319	rs141085901	C	CTAAATAAA	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	37266322	rs2075938	A	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=3;PP=1030;SC=TAAACAACGCATTTCTGTTAT;SOR=4.450;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=45;TCR=3;TR=48;WE=37266330;WS=37266312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	37267767	rs2072708	A	G	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=79;PP=2597;SC=CCCCGCCCCCACGCTGGCCAG;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=139;WE=37267775;WS=37267757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr22	37268257	rs5756374	C	T	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=66;NR=30;PP=2110;SC=CTTATTCTCCCCAAGCCTCAG;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=96;WE=37268265;WS=37268247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	37268501	rs2072710	A	G	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=64;PP=2056;SC=GGTGAGATTGAAGGTGAGGTT;SOR=1.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=37268509;WS=37268491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	37268555	rs2072711	A	G	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=25;PP=876;SC=GTGGAAGTGCAATTGGAGGTG;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=37268563;WS=37268545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	37271882	rs2075939	T	C	16583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=261;NR=337;PP=2965;SC=CTACGACCACTGCCCCTCACA;SOR=0.999;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=601;TCF=261;TCR=340;TR=598;WE=37271891;WS=37271872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,610:1.00:610
chr22	37318426	rs2280976	C	T	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=33;PP=880;SC=CGCCAGCCCTCCTCCTGCTCC;SOR=1.430;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=37318434;WS=37318416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	37318446	rs2075940	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.99;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	37318515	rs2075941	T	C	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=5;PP=108;SC=TCATCCTGTCTTGGAAAGTCC;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=37318523;WS=37318505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	37319425	rs2072713	G	T	6070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=2.605;SC=TGATGCTGGGGGCAGGGGCCA;SOR=1.598;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=76;TCR=137;TR=212;WE=37319433;WS=37319411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr22	37319947	rs4437064	C	G	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=115;PP=2965;SC=CTCTCCCAGGCCCCCCCTCCG;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=110;TCR=115;TR=224;WE=37319955;WS=37319937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr22	37328751	rs2075936	A	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=822;SC=AGACACGGGGAATGTTCCGTT;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=37328759;WS=37328741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	37328966	rs1534879	G	C	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=105;NR=141;PP=2965;SC=TTTGCCCAGGGAGGGGAGAAA;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=105;TCR=141;TR=246;WE=37328974;WS=37328956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	37330082	rs2075937	T	C	4819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=106;PP=2965;SC=GACCAGCTCATAGTTTCTCAC;SOR=1.388;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=65;TCR=106;TR=171;WE=37330090;WS=37330072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr22	37331305	rs2239749	A	G	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=147;NR=79;PP=2965;SC=CGGGGTCTTAAGGAATACTGC;SOR=1.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=148;TCR=79;TR=226;WE=37331313;WS=37331295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr22	37333657	rs1801122	C	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.349;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,64:0.25:258
chr22	37333794	rs131840	A	G	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=67;PP=2965;SC=CGATGGGACCAGGACAGGCCG;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=98;TCR=67;TR=164;WE=37333802;WS=37333784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	37387461	rs6000523	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=457;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CCCTTAGAGCCAACACACCCT;SOR=0.637;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=23;WE=37387469;WS=37387451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr22	37387505	rs9610625	C	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=884;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TCCCATCACCCGCAGCTCCTC;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=40;WE=37387513;WS=37387495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr22	37398195	rs743749	C	T	5395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.25;ReadPosRankSum=-1.796;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,136:0.71:191
chr22	37398201	rs743750	C	A	5442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=3.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.91;ReadPosRankSum=-1.918;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,138:0.71:195
chr22	37447855	rs113687833	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=1.744;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,42:0.26:162
chr22	37453259	rs710184	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=325;ReadPosRankSum=-0.278;SC=GGTGCCTGGTAAATGCCTGGT;SOR=1.101;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=15;WE=37453267;WS=37453249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr22	37453452	rs710185	C	T	3272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=68;PP=1879;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CACCCAAGCACGTGTACCGCG;SOR=0.478;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=140;WE=37453460;WS=37453442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,149:0.80:186
chr22	37462926	rs2235321	G	A	8386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.88;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,212:0.68:312
chr22	37462936	rs855791	A	G	8474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=1.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.32;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,216:0.67:322
chr22	37464624	rs877908	T	C	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1471;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GTTCTAATCTTTGCTCCAGTC;SOR=0.622;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=91;WE=37464632;WS=37464614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,89:0.72:123
chr22	37467270	rs5756504	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CTCAGACTGGCCTATTGAGCA;SOR=1.426;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=37467278;WS=37467260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr22	37469386	rs111916270	AGATG	A	918.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.301;NF=18;NR=6;PP=1027;ReadPosRankSum=1.599;SC=GGAGACCAGAAGATGGATGGA;SOR=0.588;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=24;WE=37469397;WS=37469376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr22	37469591	rs4820268	G	A	5529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.456;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.186;SC=ACTGCTCTTCGTCGCTGCCGT;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=302;TCF=160;TCR=142;TR=219;WE=37469599;WS=37469581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,238:0.73:325
chr22	37470536	rs2076086	C	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=690;ReadPosRankSum=0.609;SC=TTCCTGGGTGCTCATAATGGA;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=47;WE=37470544;WS=37470526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
chr22	37470604	rs2072860	G	A	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.220;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=36;PP=1950;ReadPosRankSum=0.217;SC=TGAGGAAGGAGAAGGGATGGG;SOR=1.298;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=151;TCF=98;TCR=53;TR=113;WE=37470612;WS=37470594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,117:0.75:157
chr22	37480797	rs2111833	C	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=14;PP=917;SC=GGGTTTGGGGCGAGTAGTAGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=48;WE=37480805;WS=37480787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	37481041	rs2179229	G	C	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=109;PP=2965;SC=TCTGTAAAATGAGGACAGTAA;SOR=2.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=37;TCR=109;TR=146;WE=37481049;WS=37481031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr22	37485595	rs2235326	T	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	37485724	rs2235324	T	C	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=89;PP=2717;SC=ATGAGGTCCTTGGGGCCCTGC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=91;TCR=91;TR=180;WE=37485732;WS=37485714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr22	37491545	rs2743824	T	C	10562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=23.53;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,448:1.00:449
chr22	37491839	rs2543509	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=638;SC=TGGGGGGCCCACCCTGACAGC;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=37491847;WS=37491837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	37492201	rs2743825	T	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=15;PP=534;SC=CCCCTGCTCATGCACATCGAG;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=37492209;WS=37492191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	37492585	rs5756512	C	T	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=28;PP=1619;SC=TTAGTTTCCCCATTTGAAACA;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=37492593;WS=37492575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	37499692	rs5756515	A	G	5387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=2.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	37499699	rs5756516	C	T	5229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.69;SOR=2.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	37528362	rs2072861	T	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.888;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=271;ReadPosRankSum=0.880;SC=GCTACTAACCTGCCACCCCCT;SOR=1.860;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=21;WE=37528370;WS=37528352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr22	37528576	rs3218318	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr22	37528606	rs2072862	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=0.849;SC=GCACGGAGCCGCACCACATTT;SOR=0.720;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=13;WE=37528614;WS=37528596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr22	37531257	rs3830742	A	AGT	1421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.591;NF=39;NR=2;PP=1732;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TGTTCATGTAAGTGTGTGTGT;SOR=0.920;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=57;TCF=51;TCR=6;TR=41;WE=37531265;WS=37531247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,48:0.77:62
chr22	37531436	rs228953	G	A	6506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.888;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.359;SC=CCCCGCTGAGGCCCACGAGGA;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=380;TCF=164;TCR=216;TR=278;WE=37531444;WS=37531426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,290:0.73:397
chr22	37533530	rs3218292	G	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr22	37533786	rs228957	C	G	4250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=5.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.15;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,116:0.69:169
chr22	37533795	rs228958	G	C	3907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.58;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,97:0.66:147
chr22	37535328	rs2281093	C	G	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=5.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,76:0.77:99
chr22	37580442	rs11089827	A	T	6826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=102;NR=141;PP=2965;SC=GCCGTCAGCCACCACAGCCTG;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=102;TCR=141;TR=243;WE=37580450;WS=37580432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr22	37581383	rs7290488	C	T	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,39:0.24:164
chr22	37581422	rs229526	G	C	3046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.588;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=55;PP=1718;ReadPosRankSum=0.532;SC=CTCCACCATAGGGATCTCACA;SOR=0.710;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=154;TCF=85;TCR=69;TR=128;WE=37581430;WS=37581412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,134:0.82:163
chr22	37581485	rs229527	C	A	2899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.288;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=68;PP=1936;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GGCGGCTGTCCCCATGGTGAC;SOR=0.924;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=122;WE=37581493;WS=37581475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,124:0.75:165
chr22	37584323	.	A	AGGAGGGAGAGAGGAGGGGAT	635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=26.49;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr22	37602583	rs11406761	G	GC	10852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=94;PP=2936;SC=CTTTCCCCAGGCCCTACAGGT;SOR=1.008;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=70;TCR=98;TR=157;WE=37602593;WS=37602573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr22	37627845	rs8135343	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=-0.844;SC=GCCCTGGTTGGCACTGGGGAC;SOR=0.536;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=11;WE=37627853;WS=37627835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
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chr22	37770630	rs2071856	G	A	9726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=224;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.677;SC=AGGGGTGTGGGATGATGACCA;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=551;TCF=247;TCR=304;TR=406;WE=37770638;WS=37770620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,423:0.74:570
chr22	37771158	rs2071857	G	A	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,117:0.30:390
chr22	37888868	rs5756696	G	C	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=79;PP=2661;SC=ATACCAGCTCGTCGATACCCC;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=65;TCR=80;TR=144;WE=37888876;WS=37888858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	37902177	rs738304	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=5;PP=1007;SC=TGCCAGGACCTCCACAATCTT;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=37902185;WS=37902167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	37904957	rs932326	C	G	5895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=88;PP=2965;SC=GACAAGTTCACCCAGGATTAT;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=120;TCR=88;TR=207;WE=37904965;WS=37904947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr22	37906262	rs9610775	C	T	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.956;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=14;PP=1477;ReadPosRankSum=0.577;SC=CGCCGTCAGCCGCTGGTTCTC;SOR=1.392;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=114;TCF=89;TCR=25;TR=77;WE=37906270;WS=37906252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,81:0.68:119
chr22	37964299	rs2281098	C	G	4448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.04;MQRankSum=0.640;NF=77;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TCATGAGCCTCCCAGAAGCCC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=273;TCF=112;TCR=161;TR=192;WE=37964307;WS=37964288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,198:0.71:277
chr22	37964408	rs200195385	CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT	C	1756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=6.752;NF=13;NR=31;PP=2972;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TGCAAACCCCCCAGCGCCTGC;SOR=0.808;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=44;WE=37964436;WS=37964398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr22	38004651	.	AAAAGCAGGCGGC	ACGGC,A	457.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.7500;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=1;PP=1356;SC=CCGGGAACGGAAAAGCAGGCG;SOR=1.802;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=38004686;WS=38004641;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr22	38004664	.	CGGT	C	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	38004670	.	CAGCTG	CGCTG,C	492.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.17;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=198;SC=CGGCCGGTCCCAGCTGCGACG;SOR=0.593;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=38004686;WS=38004641;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.92:13
chr22	38004673	.	CTGCGA	C	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.72;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr22	38004678	.	A	C	203	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=5;NR=1;PP=203;QD=39.6285354245;SC=CCCAGCTGCGACGTAGACGCC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=6;WE=38004686;WS=38004641;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr22	38015671	rs8138728	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.551;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,35:0.22:157
chr22	38025375	rs2071766	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.403;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=2.691;SC=CAGAAAGGGGTAGGGAGCCCC;SOR=2.749;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=13;WE=38025383;WS=38025365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr22	38037105	rs71723818	TC	T	137.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.875;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr22	38042972	rs145479470	G	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr22	38043444	rs3213528	C	A	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.626;NF=51;NR=62;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CCACTCCCCCCCAGCCTGAAG;SOR=0.620;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=385;TCF=176;TCR=209;TR=113;WE=38043452;WS=38043428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,113:0.29:396
chr22	38044497	rs62235997	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=254;ReadPosRankSum=-0.624;SC=CCCATCCCAACTATCTGTTGT;SOR=0.412;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=20;WE=38044505;WS=38044487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr22	38061520	rs62236667	C	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=1;PP=652;ReadPosRankSum=0.173;SC=CTGACGCTGTCCCTGCCGCCC;SOR=0.787;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=85;TCF=81;TCR=4;TR=31;WE=38061528;WS=38061510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,29:0.35:84
chr22	38074343	rs62236672	C	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=635;ReadPosRankSum=0.528;SC=GAGCAGGTGGCATGGCCAGAG;SOR=0.741;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=123;TCR=43;TR=50;WE=38074351;WS=38074333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,52:0.30:173
chr22	38074434	rs9622682	G	A	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=63;PP=1777;ReadPosRankSum=0.987;SC=CAGATTAGTCGGTCAGTGGGG;SOR=0.449;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=467;TCF=278;TCR=189;TR=138;WE=38074442;WS=38074424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,143:0.30:472
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chr22	38106693	rs144572916	G	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=3.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=-1.579;SC=TGGGTCACGTGGTCAGTCCTC;SOR=2.494;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=22;WE=38106701;WS=38106683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr22	38120542	rs142024473	C	T	19198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.511;NF=455;NR=407;PP=2962;ReadPosRankSum=0.362;SC=GATCCCAGAGCCTCCTCTCCT;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1248;TCF=662;TCR=586;TR=862;WE=38120550;WS=38120524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:387,887:0.70:1274
chr22	38121013	rs41302575	C	G	14491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=884;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=298;NR=308;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.980;SC=AACCCCAGAACTTGTATTCAA;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=844;TCF=421;TCR=423;TR=606;WE=38121021;WS=38121003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,627:0.71:878
chr22	38122462	rs739138	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GGCCGCACCCACAGCCCTGGC;SOR=0.540;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=30;WE=38122470;WS=38122452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr22	38130459	rs8140207	G	T	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=88;PP=1935;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GCCAAGCAGAGCCCCCTCATC;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=552;TCF=261;TCR=291;TR=172;WE=38130480;WS=38130448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:400,174:0.30:574
chr22	38130472	rs8140958	T	C	14362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=241;NR=284;PP=2965;SC=CCCTCATCCTTGGAGTCCTGA;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=526;TCF=242;TCR=284;TR=525;WE=38130480;WS=38130448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr22	38142468	rs5756803	A	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=14;PP=500;SC=AGGCCGGGAGAAGGGCGACGA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=31;WE=38142476;WS=38142458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	38146585	rs4821704	C	T	3030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.934;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=62;PP=1933;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TACAGAGCAGCGGGACAAACG;SOR=0.537;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=127;WE=38146593;WS=38146575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,133:0.73:181
chr22	38146847	rs6519081	T	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=565;SC=CACCGCCCACTCCACTGAGCC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=38146855;WS=38146837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	38155317	rs5756810	C	G	9866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=199;NR=153;PP=2965;SC=CAGATTTCTGCTTGCCGTGTT;SOR=0.860;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=352;TCF=199;TCR=153;TR=352;WE=38155325;WS=38155307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr22	38161835	rs3833924	T	TG	890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.433;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.150;NF=6;NR=16;PP=434;ReadPosRankSum=1.142;SC=GTATGGACCCTGGGGGGGGCA;SOR=0.506;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=22;WE=38161843;WS=38161825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr22	38164106	rs4821708	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,106:0.27:390
chr22	38165223	rs34979986	CG	C	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.958;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,36:0.26:141
chr22	38168508	rs762984	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=5;PP=1027;SC=TGAAGCGAGGTATCTGCGGGG;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=38168516;WS=38168498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	38204089	rs710187	C	T	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=58;PP=2187;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GGAAGGCATCCGCGGAGCTGG;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=196;TCF=115;TCR=81;TR=148;WE=38204097;WS=38204079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,158:0.75:211
chr22	38204259	rs2071910	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,6:0.16:38
chr22	38205894	rs2285177	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=4.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=2;PP=457;ReadPosRankSum=-1.314;SC=CTGTAGCTGTTGAATTTGGTG;SOR=2.010;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=105;TCF=88;TCR=17;TR=28;WE=38205902;WS=38205884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr22	38205989	rs2285178	T	C	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=53;PP=1208;ReadPosRankSum=0.464;SC=GGCCTGCCCTTGCCCCACCTG;SOR=0.775;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=402;TCF=215;TCR=187;TR=119;WE=38205997;WS=38205979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,122:0.30:410
chr22	38211954	rs2285179	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GCTTCTGCCTGTTCCCCTCCC;SOR=0.386;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=20;WE=38211962;WS=38211944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr22	38212068	rs739269	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=300;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CCTGGCTCCCCTCTGCCTCTT;SOR=1.210;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=19;WE=38212076;WS=38212058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr22	38212414	.	C	T	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.690;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.772;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=863;ReadPosRankSum=-0.764;SC=GCCCCGTACCCAGCCACGCTG;SOR=0.876;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=52;WE=38212422;WS=38212404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr22	38212762	rs13911	A	G	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=46;PP=1212;ReadPosRankSum=0.966;SC=AGGTCCGCCTACTGCCACAGG;SOR=0.485;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=96;TCF=22;TCR=74;TR=61;WE=38212770;WS=38212752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,63:0.63:100
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chr22	38221032	.	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
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chr22	38308048	rs3041723	ATGTG	A	1714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.720;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.155;NF=1;NR=47;PP=1903;ReadPosRankSum=0.030;SC=GGCTCTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.456;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=143;TCF=6;TCR=137;TR=48;WE=38308063;WS=38308038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr22	38308291	rs1003689	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GCTGAGGGGTCGCCCCCTAAC;SOR=0.368;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=9;WE=38308299;WS=38308281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr22	38341134	rs139859	T	C	3077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=53;PP=1513;ReadPosRankSum=0.703;SC=TGTCCTTCCCTGTGGCAAAGA;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=185;TCF=104;TCR=81;TR=126;WE=38341142;WS=38341124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,141:0.70:202
chr22	38369976	rs139884	A	G	3283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.615;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=51;PP=2229;ReadPosRankSum=-0.619;SC=AGCTGCTCACATGGCCTGGGT;SOR=0.462;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=202;TCF=131;TCR=71;TR=139;WE=38369984;WS=38369966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,146:0.70:210
chr22	38453679	rs5845366	A	AG	1341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=3;PP=1459;SC=GTCCCGTATGAGGTGGTGGAG;SOR=4.461;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=33;WE=38453687;WS=38453669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	38463652	rs2076369	T	G	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=39;PP=1577;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CAGTCTTGGCTGGGAAGGGGC;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=111;TCR=65;TR=109;WE=38463660;WS=38463642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,112:0.62:180
chr22	38463968	rs2076370	A	G	9190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=1.252;SC=CTCTCCCTGCATCTGTTCTTG;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=584;TCF=356;TCR=228;TR=415;WE=38463985;WS=38463958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,422:0.71:598
chr22	38467560	rs116986102	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=5.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.481;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=1;PP=860;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GTGGTTGGGCGGTGGGGAAAG;SOR=2.256;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=38;WE=38467568;WS=38467554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr22	38467784	rs760975	G	C	5845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.086;SC=TGGTGTGACCGTGGGCAATCC;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=320;TCF=134;TCR=186;TR=235;WE=38467792;WS=38467774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,245:0.73:334
chr22	38474696	rs2076371	A	G	6919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=134;PP=2965;SC=GTTCTTCAACACATCCACCAG;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=115;TCR=134;TR=249;WE=38474704;WS=38474686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr22	38474852	rs1004764	G	A	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=498;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CTTTATTCCTGTTTTACAGAT;SOR=3.352;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=38474860;WS=38474842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr22	38477589	rs148254406	G	T	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.152;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=41;PP=1218;ReadPosRankSum=0.687;SC=ACACGGGGCTGCCCGCCGCCG;SOR=0.378;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=94;WE=38477597;WS=38477579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,110:0.69:160
chr22	38481287	rs74529277	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=576;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GCACTGTGGGGTACGACCTCG;SOR=0.394;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=39;WE=38481295;WS=38481277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr22	38481516	rs9610902	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=1.310;SC=TCCTTGCCCCGCTTCATCTTT;SOR=1.140;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=8;WE=38481524;WS=38481506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr22	38483155	rs142739979	T	TTCATGGGTG	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.741;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,32:0.29:110
chr22	38485064	rs62235125	C	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=4.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.076;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,32:0.32:101
chr22	38485540	rs17856487	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=0.333;SC=ATGTCCAGGCAGGTGGGCGTC;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=10;WE=38485548;WS=38485530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr22	38490056	rs4373009	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=156;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GGAAGCCAGTCGCAAAAGAGC;SOR=0.129;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=13;WE=38490064;WS=38490046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr22	38494005	rs147676763	CGGTCTCGCCCCGA	C	1004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.842;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,31:0.34:91
chr22	38503732	rs147395191	C	T	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=24;PP=1695;ReadPosRankSum=0.724;SC=CCCACAGAGCCGGGTGCTGGG;SOR=0.939;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=167;TCF=124;TCR=43;TR=102;WE=38503740;WS=38503722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,108:0.62:174
chr22	38503847	rs6001006	C	T	15100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=266;NR=278;PP=2965;SC=GGCCCTGGGGCCTGATACTCA;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=547;TCF=269;TCR=278;TR=544;WE=38503855;WS=38503837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr22	38504372	rs5750540	T	C	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=58;PP=1714;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GGGACAGGTCTGGTCCAGCCC;SOR=0.628;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=111;WE=38504380;WS=38504362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr22	38505266	rs60600671	A	G	3416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=68;PP=2149;ReadPosRankSum=1.491;SC=GGGGAGCGAGAAGGAACCACG;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=133;WE=38505274;WS=38505256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,145:0.78:187
chr22	38505347	rs6001008	G	A	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	38505356	rs6001009	A	G	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=2.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	38506509	rs4820313	A	G	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=82;PP=2667;SC=TGGACCTGTAAAACTGGTCCA;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=85;TCR=82;TR=167;WE=38506517;WS=38506499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	38512402	rs11089863	G	A	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=120;PP=2965;SC=CTGGAGGAGTGTCAGATTGGT;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=90;TCR=121;TR=210;WE=38512410;WS=38512392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr22	38512562	rs12167576	G	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=30;PP=913;SC=CACTGCAGACGTTAGAAAAAG;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=38512570;WS=38512552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	38535946	rs12329956	G	A	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=148;NR=65;PP=2965;SC=CAGGAGAGCTGGAGCCCAGCA;SOR=1.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=149;TCR=65;TR=213;WE=38535954;WS=38535936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr22	38539041	rs4375	T	C	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=93;NR=26;PP=2714;SC=CACCTGAGCCTAGGGGCCCAA;SOR=2.443;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=93;TCR=26;TR=119;WE=38539049;WS=38539031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	38540837	rs149247706	CATAAAATAAA	C	1361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=8;PP=2023;SC=CATAACGTAACATAAAATAAA;SOR=2.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=17;WE=38540854;WS=38540827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	38543453	rs2284060	T	C	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,64:0.30:211
chr22	38559448	rs731821	C	A	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=0.576;SC=GCGTGGCACACCACCAGGCAT;SOR=1.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=114;TCR=58;TR=170;WE=38559456;WS=38559438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr22	38564041	rs9622746	C	G	12842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=206;NR=231;PP=2965;SC=CTTCCAGACGCAGAGTAGCTC;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=438;TCF=206;TCR=232;TR=437;WE=38564049;WS=38564021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr22	38626556	rs5756982	G	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=3;PP=296;SC=GGGTGCTGGGGGCCTGGGGTG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=38626564;WS=38626549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	38689984	rs5757022	T	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=105;SC=GTCCTGGCTCTACAGAAGGGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=38689992;WS=38689974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	38699050	rs3830720	GAGGC	G	12687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=151;PP=2973;SC=TCAGGGGTCAGAGGCAGGCAG;SOR=0.858;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=239;TCF=72;TCR=167;TR=208;WE=38699061;WS=38699040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr22	38822698	rs1063134	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr22	38823136	rs196059	T	C	8548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=147;PP=2965;SC=TGTGAAAACGTGAGTAGTCCA;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=165;TCR=149;TR=312;WE=38823144;WS=38823126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr22	38875549	rs401933	C	T	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.983;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=32;PP=2367;ReadPosRankSum=1.583;SC=GTAAATAGGCCGGGAAATGAC;SOR=1.606;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=85;TCR=33;TR=117;WE=38875557;WS=38875539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr22	38877461	rs12004	T	G	3980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=84;PP=2672;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TACTTGTATGTGACCAAAGGT;SOR=0.604;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=241;TCF=114;TCR=127;TR=162;WE=38877469;WS=38877451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,172:0.67:257
chr22	38881822	.	T	TA	31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=13;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=22;MQ=59.02;NF=2;NR=0;PP=31;QD=18.0;SC=GGGGAAAAATTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=38881830;WS=38881812;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr22	38889657	rs2267390	C	T	4021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=79;PP=2279;ReadPosRankSum=0.842;SC=AGAGCATGAACATTCACTTAT;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=122;TCR=105;TR=170;WE=38889665;WS=38889647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,183:0.75:243
chr22	38895521	rs3833951	AAAG	A	7395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.034;NF=2;NR=114;PP=2971;ReadPosRankSum=0.210;SC=AAAAAAAATGAAAGAAGTTAG;SOR=0.727;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=180;TCF=6;TCR=174;TR=116;WE=38895531;WS=38895511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,183:0.74:247
chr22	38982321	rs5750627	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CATGGAATATTGAGGGCGTGC;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=38982329;WS=38982311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr22	38993370	rs5757162	C	T	3100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=84;PP=2000;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CAGTGGCTTCCGCTGTCAAGG;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=61;TCR=110;TR=130;WE=38993378;WS=38993360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,134:0.77:173
chr22	39003495	rs5757169	G	A	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=108;PP=2865;ReadPosRankSum=0.554;SC=CAGGAGACAAGAGAGAGAAAG;SOR=0.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=117;TCR=146;TR=196;WE=39003509;WS=39003485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,205:0.76:270
chr22	39016182	rs4821797	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=-1.818;SC=CTTATGGGACTCCAAAGGGGT;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=17;WE=39016190;WS=39016172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr22	39016403	rs5995598	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=182;ReadPosRankSum=-1.318;SC=GACACCCACCAGATCTAGGGT;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=21;WE=39016411;WS=39016393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,23:0.28:83
chr22	39024961	rs5995602	G	T	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=61;PP=1866;SC=AAAATTCACAGTATTATTATT;SOR=2.102;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=87;WE=39024969;WS=39024951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	39034867	rs5757193	G	A	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=88;PP=2648;ReadPosRankSum=1.522;SC=AGTAACCACAGGGTCTGTCCA;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=90;TCR=126;TR=150;WE=39034875;WS=39034857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,161:0.70:231
chr22	39045889	rs12169659	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr22	39064209	rs2072795	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=770;ReadPosRankSum=-1.749;SC=TGAATGGAAAGTGTGGTCCTC;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=42;WE=39064217;WS=39064199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,44:0.73:60
chr22	39064230	rs2072796	A	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=541;ReadPosRankSum=-1.594;SC=CAGAGGCATCAGTGCAGGAGG;SOR=2.461;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=24;WE=39064238;WS=39064220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
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chr22	39069181	rs3747174	T	C	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=37;PP=1261;ReadPosRankSum=0.174;SC=AGTCCACTGCTGAATCCCACT;SOR=0.815;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=88;TCR=55;TR=94;WE=39069189;WS=39069171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,96:0.64:149
chr22	39079151	rs59060602	G	GC	82.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.19;QD=41.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr22	39079964	.	T	C	176	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=12;PP=176;QD=17.5642677123;SC=TATCTAAACCTGGTGGGGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=39079972;WS=39079954;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,12:0.80:15
chr22	39126508	rs909564	A	G	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=37;PP=2290;ReadPosRankSum=0.393;SC=AGGACCACGCAGCCTGCTCAC;SOR=0.614;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=159;TCR=53;TR=148;WE=39126516;WS=39126498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,160:0.71:226
chr22	39134715	rs1062687	T	C	3269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=48;PP=2368;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CGGCGAAGCCTTGTGGCCCCT;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=122;WE=39134723;WS=39134705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,130:0.68:191
chr22	39141600	rs138712	G	A	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=30;PP=1577;ReadPosRankSum=-2.184;SC=TGTGTGTACGGTGTGAGGCAG;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=99;WE=39141608;WS=39141590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,99:0.76:131
chr22	39148483	rs2072798	G	A	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1277;ReadPosRankSum=-1.774;SC=GGGGCTGTCAGGGGCCGTGGC;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=81;WE=39148491;WS=39148473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,91:0.69:131
chr22	39150543	rs2072794	G	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-4.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=248;ReadPosRankSum=0.364;SC=GGGACCGATTGGTAGTAGGAA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=13;WE=39150551;WS=39150533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr22	39151057	rs470107	CG	C	903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.080;NF=2;NR=23;PP=849;ReadPosRankSum=-0.612;SC=AAACGCTCATCGGAAAGCATC;SOR=0.836;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=25;WE=39151065;WS=39151047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr22	39178701	rs760482	A	G	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=1037;ReadPosRankSum=-0.341;SC=GTCGCTTATAATCAGCCTCAT;SOR=0.955;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=61;WE=39178709;WS=39178691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr22	39218858	.	G	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,72:0.28:258
chr22	39222652	rs5757299	G	A	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=65;PP=2121;ReadPosRankSum=-1.838;SC=CGGTGAATGCGTAGAGCTCGG;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=198;TCF=104;TCR=94;TR=132;WE=39222660;WS=39222642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,138:0.66:209
chr22	39224248	rs5757300	T	C	3982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=75;PP=2722;ReadPosRankSum=0.484;SC=GGCTCTGTCATCCTGAGGACC;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=252;TCF=145;TCR=107;TR=175;WE=39224256;WS=39224238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,184:0.69:265
chr22	39239172	rs3747176	C	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr22	39267312	rs1122771	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=0.625;SC=TGGCTGAGGCCTGCCATCAGG;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=4;WE=39267320;WS=39267302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr22	39355415	rs1977069	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=194;ReadPosRankSum=0.058;SC=GAGGTTTGGAAGTGTGCTAAG;SOR=0.214;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=14;WE=39355423;WS=39355405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr22	39355717	rs5750717	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=321;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ATCCGAATCCGGGCAGGGCCC;SOR=1.252;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=18;WE=39355725;WS=39355707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr22	39358241	rs372764555	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.233;NF=25;NR=4;PP=377;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TCCCTCTGCCCGGTGCCCCAT;SOR=1.387;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=29;WE=39358249;WS=39358231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,17:0.20:87
chr22	39358337	.	G	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQRankSum=-0.628;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,20:0.16:125
chr22	39381826	rs2076109	A	G	5540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.333;NF=170;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=0.113;SC=GGTGTATTTCAAGCCTCAGTA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=376;TCF=236;TCR=140;TR=269;WE=39381834;WS=39381816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,266:0.71:375
chr22	39381999	rs2076111	T	C	2694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.402;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.908;NF=78;NR=91;PP=2775;ReadPosRankSum=-0.293;SC=TGACCATCTCTGCCGCCCGCC;SOR=0.468;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=243;TCF=108;TCR=135;TR=169;WE=39382007;WS=39381989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,112:0.60:188
chr22	39382079	rs5995649	C	A	6479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=125;PP=2965;SC=GCCCGCGTGACGATCATGGAC;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=238;TCF=113;TCR=125;TR=238;WE=39382087;WS=39382069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr22	39387558	rs1065184	C	T	4815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-3.302;NF=121;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TCTATGATTACGACCCCCTAT;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=517;TCF=251;TCR=266;TR=249;WE=39387566;WS=39387548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,239:0.48:498
chr22	39388207	rs5757413	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=19.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQRankSum=-4.513;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.017;SOR=3.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr22	39388216	rs5757414	T	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=25.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.72;MQRankSum=-5.111;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.216;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr22	39388486	rs150925968	T	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=2.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.28;MQRankSum=0.535;QD=2.76;ReadPosRankSum=-2.248;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,42:0.22:194
chr22	39413668	rs1969643	C	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=11;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.637;SC=AATAAGGAAACGGCCCGGGGC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=74;TCR=15;TR=69;WE=39413676;WS=39413658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,69:0.78:89
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chr22	39419112	rs71326743	CTATT	C,CTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATT	379.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=37.97;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,6:0.40,0.60:10
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chr22	39441096	rs2020390	G	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQRankSum=-9.601;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,46:0.17:266
chr22	39441203	rs4821862	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.765;NF=40;NR=49;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CAGGGGCCCGCGTGAAGATTA;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=259;TCF=120;TCR=139;TR=89;WE=39441211;WS=39441193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,87:0.32:268
chr22	39445380	rs2014881	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=304;ReadPosRankSum=-1.281;SC=CATCAGCTCCGAGGAATCCAG;SOR=0.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=20;WE=39445388;WS=39445370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr22	39445554	rs2076101	G	A	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=52;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.027;SC=CCACTCACCTGTCTCCTGGAA;SOR=0.585;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=259;TCF=105;TCR=154;TR=91;WE=39445562;WS=39445544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,97:0.36:269
chr22	39448711	rs6001402	C	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=759;ReadPosRankSum=2.303;SC=GGGGTCTCCCCGGGCCTCATG;SOR=0.718;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=203;TCF=87;TCR=116;TR=62;WE=39448719;WS=39448701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,67:0.31:218
chr22	39448750	rs5757451	T	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=587;ReadPosRankSum=-1.005;SC=CCTGCTCATGTTGTGCAGGCC;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=43;TCR=90;TR=42;WE=39448758;WS=39448740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,46:0.32:142
chr22	39477123	rs5757465	T	C	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,178:0.32:556
chr22	39496134	rs139290	G	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=276;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GCCAAGATCGGGCCACTGCAC;SOR=0.859;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=15;WE=39496142;WS=39496124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr22	39496199	rs139291	T	C	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.450;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=13;PP=1030;ReadPosRankSum=0.806;SC=AAGAGTTGGGTTTGAAAAGTG;SOR=0.386;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=68;TCR=19;TR=57;WE=39496207;WS=39496189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr22	39496322	rs140936762	TAAC	T	9365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.11;MQRankSum=1.468;NF=39;NR=105;PP=2968;ReadPosRankSum=0.536;SC=GCTTACAGTTTAACAACAAGC;SOR=0.705;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=225;TCF=55;TCR=170;TR=144;WE=39496344;WS=39496312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,235:0.65:360
chr22	39496336	rs139293	G	T	5339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.03;MQRankSum=0.736;NF=117;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=3.014;SC=AACAAGCGCCGCCTCAGAAGG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=345;TCF=176;TCR=169;TR=228;WE=39496344;WS=39496312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,238:0.65:365
chr22	39496412	rs139294	G	C	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.06;MQRankSum=0.640;NF=46;NR=83;PP=2200;ReadPosRankSum=0.246;SC=CCACGCCCACGAGAGGCTACT;SOR=0.517;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=177;TCF=60;TCR=117;TR=129;WE=39496420;WS=39496402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,132:0.72:184
chr22	39497181	rs9611092	T	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=278;ReadPosRankSum=2.060;SC=CCGCCCCCAGTCACATGACTC;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=18;WE=39497189;WS=39497171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr22	39497404	rs139297	G	C	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=53;PP=1262;ReadPosRankSum=0.121;SC=TCTGAACCTGGGCATCTTCGC;SOR=0.583;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=94;WE=39497412;WS=39497394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,97:0.68:143
chr22	39497452	rs139298	A	G	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.63;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr22	39497452	.	AAG	GAC	1723	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=18;NR=36;PP=1723;QD=32.8975532382;SC=GCCCCAGCAGAAGGGGCTGCG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=54;WE=39497462;WS=39497442;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr22	39497454	rs139299	G	C	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.25;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr22	39497509	rs139300	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=695;SC=GGGCTTCCCAAGTAGGAAAGA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=39497517;WS=39497499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	39497811	rs139301	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.728;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=328;ReadPosRankSum=-2.676;SC=AGAATTCCCCAGACAGAGCAA;SOR=2.019;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=22;WE=39497819;WS=39497803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr22	39498038	rs139302	G	C	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GACGGCTTGAGAGGATAAAGG;SOR=0.695;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=217;TCF=81;TCR=136;TR=168;WE=39498046;WS=39498028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,175:0.78:225
chr22	39498373	rs139304	TA	T	751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=634;SC=AGGCTGGTCTTAGAACTCTTG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=39498381;WS=39498363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	39498677	rs139305	A	C	292.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5065;FS=5.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=214;ReadPosRankSum=0.208;SC=TCTATTATTTACATCTTTATG;SOR=3.442;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=10;WE=39498685;WS=39498667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr22	39499575	rs139313	G	T	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-4.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=3;PP=763;ReadPosRankSum=0.454;SC=CAGGCCTTCTGGGCCCTTCTG;SOR=1.426;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=34;WE=39499583;WS=39499565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr22	39499604	rs139314	T	C	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=7;PP=1153;ReadPosRankSum=1.071;SC=TCTTTTCTCTTCCTAATGATC;SOR=0.496;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=66;TCR=9;TR=55;WE=39499612;WS=39499594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,53:0.70:76
chr22	39499653	rs139315	C	T	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=36;PP=1911;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CTGTGGTGTCCCACCAGTTGG;SOR=0.486;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=117;TCR=51;TR=116;WE=39499661;WS=39499643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,121:0.69:176
chr22	39499763	rs139316	T	C	6318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=0.758;SC=ATCCCACTCATTATCAAGAAG;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=171;TCR=194;TR=255;WE=39499771;WS=39499753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,268:0.70:381
chr22	39499902	rs139317	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-4.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=523;ReadPosRankSum=-0.109;SC=AGAAGACCTTCCTTTCCTCCT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=24;WE=39499910;WS=39499892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr22	39626375	rs4821874	A	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=376;ReadPosRankSum=-0.292;SC=GTGGGGCAAAAGCTTTGGCCC;SOR=1.685;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=23;WE=39626383;WS=39626365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr22	39629609	rs9622979	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTGGGCAGGCGGGAGGTTTGC;SOR=0.286;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=24;WE=39629617;WS=39629599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr22	39636899	rs150503603	G	GTCTC	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=9.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.76;MQRankSum=-1.601;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr22	39636928	rs5757575	A	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.86;MQRankSum=0.463;QD=31.03;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr22	39636928	.	ACA	GCG	1162	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=61.36;NF=6;NR=36;PP=1162;QD=28.9397113062;SC=TCAGATGCGCACACACACACA;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=42;WE=39636957;WS=39636918;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,42:0.89:47
chr22	39636930	rs5757576	A	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.762;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.90;MQRankSum=0.667;QD=29.04;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr22	39636944	rs138673005	ACACTCT	ACT,A	631.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.471;NF=1,1;NR=34,34;PP=933,82;ReadPosRankSum=-0.274;SC=ACACACACACACACTCTCTCT;SOR=4.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=35,35;WE=39636957;WS=39636918;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.95:21
chr22	39639853	rs1800817	G	T	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=182;NR=109;PP=2965;SC=GGTCAGAAGGGGGGGGCGAAG;SOR=1.259;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=296;TCF=182;TCR=114;TR=291;WE=39639861;WS=39639843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr22	39709009	rs2014842	G	A	6907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=2.467;SC=GAGAGGCAGTGGTCAGAGGTA;SOR=0.567;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=412;TCF=217;TCR=195;TR=306;WE=39709017;WS=39708999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,316:0.75:422
chr22	39709776	rs137620	T	C	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=-0.667;NF=86;NR=61;PP=1898;ReadPosRankSum=-1.539;SC=CAGGAGGGGATTGTCGTGCAG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=468;TCF=270;TCR=198;TR=147;WE=39709784;WS=39709766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,154:0.31:496
chr22	39710244	rs137621	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=2.280;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,21:0.19:108
chr22	39711351	rs2076125	A	G	6717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=0.824;SC=TTGCACAGCAACTCAAGCCAC;SOR=0.574;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=406;TCF=160;TCR=246;TR=280;WE=39711359;WS=39711341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,283:0.69:412
chr22	39712981	rs137623	A	G	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=99;PP=2965;SC=CTTTTCCACCAGCAAGCGGAG;SOR=0.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=86;TCR=99;TR=185;WE=39712989;WS=39712971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr22	39713105	rs470081	C	T	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=39;PP=1204;SC=CCTTTCTGCCCTGGGGAAGCC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=39713113;WS=39713095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	39713128	rs2072872	A	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=29;PP=734;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CTCAGTGATGAAGGAAATGGG;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=37;WE=39713136;WS=39713118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,39:0.83:47
chr22	39714490	rs6509	C	T	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.246;NF=26;NR=56;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CCGGCTTGGACGGGTCATCCT;SOR=0.509;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=270;TCF=81;TCR=189;TR=82;WE=39714498;WS=39714480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,83:0.30:277
chr22	39714704	rs1569498	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=690;ReadPosRankSum=0.421;SC=AGAATCCTGACCAGACACCCA;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=37;WE=39714712;WS=39714694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr22	39714908	rs137625	A	G	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=23;PP=1847;SC=GCAGCTTTATATGCCAATTAG;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=91;WE=39714916;WS=39714898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	39715140	rs470082	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,25:0.26:95
chr22	39746168	rs3747177	C	A	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=136;PP=2965;SC=GGGGTGTGAGCAAAGGCGGCG;SOR=1.272;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=89;TCR=137;TR=224;WE=39746176;WS=39746146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr22	39770597	rs4821888	A	G	7954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=127;NR=143;PP=2965;SC=CACAGAGTCTACAGAGGGCTG;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=127;TCR=143;TR=270;WE=39770605;WS=39770587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr22	39770780	rs4820377	G	A	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=670;SC=GCAGGGGAGCGTGGATGGGAT;SOR=4.332;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=39770788;WS=39770770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	39777822	rs149306472	C	CCAA	22993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=196;PP=2924;SC=TACGTGGAGCCCACTGGGCCG;SOR=1.128;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=240;TCF=32;TCR=208;TR=227;WE=39777830;WS=39777812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,514:1.00:514
chr22	39795683	rs4821892	G	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=358;SC=CCCTCTTCGGGCGTGGGGTGG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=39795691;WS=39795673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr22	39969767	rs5750851	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=-0.304;SC=CTCACCTCCATCCTCAGGTCA;SOR=0.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=23;WE=39969775;WS=39969757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,24:0.25:95
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chr22	39994105	rs760546	A	G	8084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=180;NR=121;PP=2965;SC=GGTGCACCCCAGCCCCCACGG;SOR=1.128;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=180;TCR=121;TR=301;WE=39994113;WS=39994095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr22	39994293	rs148307297	C	CGCCCT	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.122;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr22	40015493	rs12628643	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=0.443;SC=TAGCCAATGCCCACCCCCCCA;SOR=0.080;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=13;WE=40015501;WS=40015483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr22	40075473	rs7288746	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
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chr22	40161181	.	T	TTGTGTG	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.787;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr22	40271614	rs137945	C	G	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=58;PP=1926;SC=AGAGAAAGCACCGAGGCTAGG;SOR=3.578;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=78;WE=40271622;WS=40271604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	40364394	rs138009	C	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=168;ReadPosRankSum=-1.110;SC=CTGGACCCCCCCAAATGGCAG;SOR=0.315;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=17;WE=40364402;WS=40364384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr22	40364415	rs2267423	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=0.482;SC=AAATAGGGAAACTGTTCTTGG;SOR=1.828;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=18;WE=40364423;WS=40364405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr22	40545595	rs6001804	A	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr22	40545797	rs34190441	T	TA	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=203;SC=GTGTCAAAACTAAAAATTGTA;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=40545805;WS=40545787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	40545998	rs35899845	C	CA	2411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=1541;ReadPosRankSum=0.501;SC=TGAAAGCCAACAAAAAATTGA;SOR=0.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=40546006;WS=40545988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr22	40546041	rs35629137	C	CA	4167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=49;PP=2565;SC=AAAGTAGAGTCAAAAAGGTTT;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=67;WE=40546049;WS=40546018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr22	40546153	rs5995826	G	A	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=36;PP=1061;SC=AGGCCAAGGCGGGCAGATCAC;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=40546161;WS=40546143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	40574170	rs6001827	T	A	7572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.686;SC=CAATTTTTTTTAACCAATTGA;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=176;TCR=85;TR=260;WE=40574178;WS=40574160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr22	40649823	rs138047404	CCTT	C	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.381;NF=0;NR=8;PP=283;ReadPosRankSum=-1.838;SC=CTGTAAATCTCCTTCTTCTTC;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=40649833;WS=40649813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr22	40661149	rs78817490	T	C	4293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.640;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.652;SC=TTAACCCAAATAGCAACCCAT;SOR=0.694;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=348;TCF=180;TCR=168;TR=181;WE=40661157;WS=40661139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,189:0.52:361
chr22	40669648	rs733381	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=391;ReadPosRankSum=0.814;SC=TCGCTCTGAGAAGGCAGAACT;SOR=0.418;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=26;WE=40669656;WS=40669638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr22	40673999	rs2413621	C	T	7764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=150;NR=114;PP=2965;SC=TCTTTATTTTCCAGAGTCAGA;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=150;TCR=114;TR=264;WE=40674007;WS=40673989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr22	40677001	rs929070	T	C	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=11;PP=1623;SC=ATTCCATCCTTGGTTATTGCT;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=57;TCR=11;TR=68;WE=40677009;WS=40676991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	40681788	rs6001862	C	T	7439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=154;PP=2965;SC=AGCAATTTTACGTTCCTGTGA;SOR=1.187;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=109;TCR=154;TR=263;WE=40681796;WS=40681778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr22	40697377	rs5995843	A	G	5681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=130;PP=2965;SC=TTAGAAATCTACCTCTCTAGG;SOR=1.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=69;TCR=130;TR=199;WE=40697385;WS=40697367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr22	40708679	rs2072858	T	C	14220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=233;NR=269;PP=2965;SC=GCATCTCTTATATGTTCAACA;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=503;TCF=234;TCR=269;TR=502;WE=40708687;WS=40708669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr22	40711227	rs3830738	A	AT	1329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=1;PP=1355;ReadPosRankSum=-0.525;SC=ACTCATGTGTATTTGTCAACA;SOR=0.896;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=135;TCF=122;TCR=13;TR=43;WE=40711235;WS=40711217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,56:0.37:152
chr22	40754826	rs3830737	GTCTC	G	4628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.185;NF=32;NR=40;PP=2970;ReadPosRankSum=1.090;SC=ATGATTTAAGGTCTCGGTCTG;SOR=0.608;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=72;WE=40754837;WS=40754816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,124:0.42:296
chr22	40757228	rs8135371	A	C	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=27;PP=1676;ReadPosRankSum=-0.820;SC=CCCAGACTCTACTGCACACTG;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=128;TCR=53;TR=97;WE=40757236;WS=40757218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,102:0.54:188
chr22	40798227	rs55740286	T	G	4424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=101;PP=2679;ReadPosRankSum=-0.378;SC=TGAGCCCCTTTTGTGTGTCAT;SOR=0.626;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=411;TCF=192;TCR=219;TR=198;WE=40798235;WS=40798217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,212:0.49:430
chr22	40800518	rs760701	G	A	6146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=769;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.192;SC=ATGATCAGGTGTCACGAGAAA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=742;TCF=359;TCR=383;TR=304;WE=40800526;WS=40800508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:452,315:0.41:767
chr22	40800544	rs2235318	C	T	5256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=0.137;SC=AGTGCCCTTGCGGCTCCCTTC;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=675;TCF=317;TCR=358;TR=268;WE=40800552;WS=40800534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:423,276:0.39:699
chr22	40801312	rs12483888	A	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=38;PP=878;ReadPosRankSum=-0.616;SC=CAGAAAGGGCAGTGGCAGCCC;SOR=3.401;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=71;TCF=7;TCR=64;TR=39;WE=40801320;WS=40801302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,40:0.56:71
chr22	40803112	rs55844816	C	T	2041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;PP=1318;ReadPosRankSum=0.028;SC=TGTGGGCATGCGGGAGTCTGT;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=196;TCF=121;TCR=75;TR=98;WE=40803120;WS=40803102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,100:0.47:211
chr22	40803186	rs2018393	G	T	8220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=168;NR=109;PP=2965;SC=TGGTCACCATGGTTCTCTGGG;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=168;TCR=109;TR=277;WE=40803194;WS=40803176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr22	40813064	.	GA	G	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=1.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr22	40814500	rs878756	T	C	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.379;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=99;PP=2487;ReadPosRankSum=0.410;SC=TTGATGAGGCTGGGGCCCTGA;SOR=0.666;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=360;TCF=175;TCR=185;TR=196;WE=40814508;WS=40814490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,201:0.55:365
chr22	40814594	rs56211152	C	T	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=76;PP=1936;ReadPosRankSum=0.440;SC=ACGGGGGCCCCGGGGCCACAG;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=110;TCR=143;TR=136;WE=40814602;WS=40814584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,143:0.54:265
chr22	40816841	rs2072857	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=371;ReadPosRankSum=1.232;SC=AGTGAGGAGCGGGTGCCTACT;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=24;WE=40816849;WS=40816831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr22	40820516	rs9611346	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=0.315;SC=CAGGCAAGCCGAGGAGACTAG;SOR=1.426;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=15;WE=40820524;WS=40820506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr22	40825814	rs1106673	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=-1.487;SC=TATATGAGTGGACGTGGTTCT;SOR=1.012;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=14;WE=40825822;WS=40825804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr22	40827319	rs2294352	G	A	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.116;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=45;PP=1552;ReadPosRankSum=0.430;SC=AATGGGAGAAGAAAGAGGCAG;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=253;TCF=150;TCR=103;TR=105;WE=40827327;WS=40827297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,108:0.41:264
chr22	40832375	rs9306345	A	G	9729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=0.084;SC=TCCACTCGGCACTATTTCCTT;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=348;TCF=157;TCR=191;TR=346;WE=40832383;WS=40832365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,363:0.99:365
chr22	40832501	rs12158872	G	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=0.919;SC=CGACAGCTGAGACGAAGGGCT;SOR=0.184;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=9;WE=40832509;WS=40832491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr22	40915718	rs5757976	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=1.027;SC=TTCTGAAAAGCACAATAATGG;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=40915726;WS=40915708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr22	41075543	rs133072	A	G	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=53;PP=2525;SC=CCCCCTTCCCAACTGCGGGGC;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=143;WE=41075551;WS=41075533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr22	41075695	rs133073	C	T	8856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=158;PP=2965;SC=CTGGTCCCAACGCCAGCAACA;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=322;TCF=163;TCR=159;TR=320;WE=41075703;WS=41075685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr22	41172351	rs6002128	A	G	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=51;PP=1551;SC=GAGTGCTTCAAAAAAGCTAAA;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=41172359;WS=41172341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	41194909	rs138306	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=4;PP=1386;SC=ATCATGCCATCGCACTCCAGC;SOR=5.838;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=73;TCF=65;TCR=8;TR=67;WE=41194917;WS=41194899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	41194947	.	C	CA	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=9.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr22	41195191	rs113851841	A	AGTGGCATGGTT	1849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=33;PP=2957;SC=GCTGGAGTGCAGTGGTTTACG;SOR=7.523;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=33;WE=41195199;WS=41195181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	41210063	rs138323	T	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=10;PP=251;SC=TTGACATAAGTAACTCCATCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=41210071;WS=41210053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	41215418	rs200414768	G	GGGGT	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr22	41227086	rs138335	C	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=43;PP=1281;SC=TTGTCTTGTACAAAAAGACCT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=41227094;WS=41227076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr22	41302973	rs5995963	A	T	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=26;PP=1303;ReadPosRankSum=0.925;SC=ACCAAGCCCCATTATGGTCAC;SOR=0.450;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=158;TCF=111;TCR=47;TR=81;WE=41302981;WS=41302963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,82:0.50:164
chr22	41460489	rs9611487	C	T	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1335;ReadPosRankSum=0.991;SC=GTGAACATCCCGTCCTTCATT;SOR=0.908;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=155;TCF=72;TCR=83;TR=91;WE=41460497;WS=41460479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,96:0.57:169
chr22	41513094	rs2144342	G	T	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=479;SC=GAGTGAGGTTGGGAAATGACA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=41513102;WS=41513084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr22	41548008	rs20551	A	G	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1392;ReadPosRankSum=-1.626;SC=GCCGGAGGATATTTCAGAGGT;SOR=0.564;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=182;TCF=80;TCR=102;TR=97;WE=41548016;WS=41547998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,106:0.53:199
chr22	41550954	rs4822011	C	T	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=30;PP=2965;SC=TAAAGTTCTTCTGCTTAATTG;SOR=2.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=171;TCF=138;TCR=33;TR=168;WE=41550962;WS=41550944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	41551039	rs20552	T	A	16521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=360;NR=298;PP=2965;SC=TGATGCCAACTTTGGAGGCAC;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=666;TCF=366;TCR=300;TR=658;WE=41551047;WS=41551029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr22	41566595	rs6002271	C	T	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=68;PP=1550;ReadPosRankSum=0.695;SC=GACATAGGGGCCAGGTGCTGA;SOR=0.992;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=148;TCF=29;TCR=119;TR=85;WE=41566603;WS=41566585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,83:0.61:135
chr22	41568480	rs2076577	T	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=89;NR=10;PP=2494;SC=GAAATTCCTATATGTACATGC;SOR=4.091;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=91;TCR=10;TR=99;WE=41568488;WS=41568470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	41569609	rs2076578	C	T	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=7;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.435;SC=TTCTTGTCTCCTTTGTGCTAC;SOR=0.711;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=151;TCF=132;TCR=19;TR=63;WE=41569617;WS=41569599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,64:0.42:153
chr22	41574969	rs35508493	TGTA	T	4003.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=63;PP=2964;ReadPosRankSum=0.121;SC=AGAGACACCTTGTAGTATTTT;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=8;TCR=133;TR=67;WE=41574979;WS=41574959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,105:0.55:191
chr22	41604399	rs4820432	G	A	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=20;PP=970;SC=CTCCCAAAGTGCTGGGATTAC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=41604407;WS=41604389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	41613188	rs9611519	C	T	3977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.646;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=90;PP=2519;ReadPosRankSum=-0.364;SC=AGGCTGCTCCCGTCAGCTGTT;SOR=0.522;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=312;TCF=144;TCR=168;TR=173;WE=41613207;WS=41613178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,181:0.56:325
chr22	41613303	rs9611520	C	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=611;ReadPosRankSum=-0.014;SC=TGGACAGTGACAGTGGGGAGG;SOR=2.247;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=33;WE=41613311;WS=41613293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr22	41615376	rs2273085	C	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=461;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GTCTCCCCTGCTAGCACAGTT;SOR=0.568;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=33;WE=41615384;WS=41615366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr22	41617160	rs139471	T	TG	907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=859;ReadPosRankSum=0.919;SC=TCAGTGGAGGTTTGTCAGTCT;SOR=0.181;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=25;WE=41617168;WS=41617150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr22	41617318	rs139472	G	C	6013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.893;SC=TAACTGATGTGCCTCCTTCCG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=501;TCF=270;TCR=231;TR=269;WE=41617326;WS=41617308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,280:0.54:521
chr22	41621714	rs2179744	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=5.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=445;ReadPosRankSum=-2.241;SC=CATTTGCCTCGTGTCCCTATT;SOR=0.843;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=45;TCR=2;TR=23;WE=41621722;WS=41621706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr22	41636835	.	C	G	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQ=60.03;MQRankSum=-0.718;NF=57;NR=49;PP=1141;ReadPosRankSum=-3.061;SC=GGCCACTGAGCTGCTCTGAAT;SOR=0.719;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=314;TCF=164;TCR=150;TR=106;WE=41636843;WS=41636813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,114:0.34:331
chr22	41645500	rs139500	TG	T	4954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.912;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.252;NF=15;NR=94;PP=2482;ReadPosRankSum=-0.990;SC=CAAAGTCACCTGGGGGGGCCC;SOR=0.499;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=226;TCF=27;TCR=199;TR=109;WE=41645508;WS=41645490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,197:0.58:340
chr22	41645757	rs71948	C	G	4010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=81;PP=2810;ReadPosRankSum=0.540;SC=TGTGCACGAGCAGCCTGGTGA;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=341;TCF=185;TCR=156;TR=179;WE=41645777;WS=41645747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,185:0.52:354
chr22	41650190	rs7364221	C	A	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=16;PP=1221;ReadPosRankSum=-1.441;SC=ATCATGCAATCAAAAAAAAAT;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=112;TCR=32;TR=73;WE=41650198;WS=41650179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
chr22	41652846	rs4820435	G	T	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=103;PP=2446;ReadPosRankSum=-0.280;SC=GGGGAAGCAAGGGTCCAGAGT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=324;TCF=129;TCR=195;TR=164;WE=41652854;WS=41652836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,165:0.50:328
chr22	41657626	rs2235850	C	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=47;PP=1100;ReadPosRankSum=1.615;SC=GGCAGGAGCCCCTTCTCCCAG;SOR=0.468;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=12;TCR=78;TR=55;WE=41657634;WS=41657616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,59:0.62:95
chr22	41660964	rs139520	A	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=4.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=39;PP=921;ReadPosRankSum=0.312;SC=TGCAGAACCAACACAGACACA;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=6;TCR=63;TR=43;WE=41660972;WS=41660954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
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chr22	41736267	rs5751080	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=629;ReadPosRankSum=0.233;SC=TAGCAATCCCAGGCCATGTCT;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=36;WE=41736275;WS=41736257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr22	41739370	rs1883828	T	C	3077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=49;PP=2130;ReadPosRankSum=1.194;SC=CAGCCATCACTCTTCAATTCT;SOR=0.884;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=286;TCF=177;TCR=109;TR=137;WE=41739378;WS=41739360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,148:0.49:303
chr22	41744022	rs761366	C	G	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.112;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=24;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CAGCTCACCCCCTTCCCAGGT;SOR=0.323;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=123;TCF=89;TCR=34;TR=73;WE=41744030;WS=41744012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,75:0.58:129
chr22	41745355	rs2281331	A	G	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=821;ReadPosRankSum=0.405;SC=GGTGAGGGGTAGGCGGCGCAG;SOR=0.485;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=44;WE=41745363;WS=41745345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,49:0.53:93
chr22	41747717	rs3817999	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=707;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CAAACAGGAAGGCTCTAATTT;SOR=0.134;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=36;WE=41747725;WS=41747707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr22	41752747	rs12484074	G	A	5431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.511;SC=AGGTCTTCACGTCCGACAGTG;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=498;TCF=231;TCR=267;TR=261;WE=41752755;WS=41752737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,264:0.52:510
chr22	41779073	rs3788584	T	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=3.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=806;ReadPosRankSum=0.591;SC=GTGGGTGCACTGAGGTATACT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=38;WE=41779081;WS=41779063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,40:0.62:64
chr22	41783659	rs11546403	C	T	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=88;PP=2184;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CCTCTGAAACCGTGTCCAGCA;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=266;TCF=113;TCR=153;TR=153;WE=41783667;WS=41783649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,165:0.58:285
chr22	41829794	rs6609	C	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=8.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQRankSum=-8.396;QD=0.49;ReadPosRankSum=-2.244;SOR=1.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,24:0.12:198
chr22	41833116	rs202641	C	T	10497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=250;NR=253;PP=2962;ReadPosRankSum=0.271;SC=CATCTTCCACCGCCAGGCCAC;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1161;TCF=569;TCR=592;TR=503;WE=41833124;WS=41833106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:670,515:0.43:1185
chr22	41863681	rs150112406	GGGGAAATATACTAGTCTCCT	G	3484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.96;MQRankSum=10.543;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,108:0.41:263
chr22	41864216	rs505533	A	C	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=65;PP=1741;ReadPosRankSum=0.368;SC=GGAGAAGTACATCCTCGAGCT;SOR=0.886;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=272;TCF=132;TCR=140;TR=121;WE=41864224;WS=41864206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,127:0.45:285
chr22	41903743	rs2076199	G	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=401;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GGCAGGGCGGGAGGAGGCCGT;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=26;WE=41903751;WS=41903735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr22	41903813	rs137831	A	C	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.869;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=54;PP=2192;ReadPosRankSum=-0.974;SC=GGCCGCTGACACTCTCGGAGA;SOR=0.907;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=288;TCF=173;TCR=115;TR=144;WE=41903821;WS=41903803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,150:0.51:295
chr22	41913477	rs203320	T	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=718;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GTAGCAGGTGTGTGGGACCCT;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=69;TCR=14;TR=39;WE=41913485;WS=41913467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr22	41914593	rs203319	C	T	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,70:0.46:153
chr22	41919330	rs12484694	A	G	5654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=2.062;SC=CACAGGGTACAGAGCCCCAGA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=452;TCF=181;TCR=271;TR=247;WE=41919338;WS=41919320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,258:0.54:474
chr22	41925535	rs4822032	T	C	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1715;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GCGCAGACCCTTCTCCAGGGA;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=77;WE=41925543;WS=41925525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,79:0.56:141
chr22	41927888	.	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.289;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=391;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TGATGGCCCCGACAAAGACAG;SOR=0.527;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=20;WE=41927896;WS=41927883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr22	41939739	rs12484228	A	G	5363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=0.114;SC=GAGGCCCAGAAGGGGTCAGTA;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=389;TCF=280;TCR=109;TR=225;WE=41939747;WS=41939729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,228:0.58:396
chr22	41973200	.	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,60:0.24:249
chr22	42059768	rs132788	G	T	3763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.824;NF=55;NR=91;PP=2750;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TGAAGAGTGGGCTGAAGAAGC;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=209;TCF=83;TCR=126;TR=146;WE=42059776;WS=42059758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,153:0.69:221
chr22	42101711	.	A	T	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=12;MMLQ=17;MQ=53.58;NF=0;NR=5;PP=43;QD=15.5542425094;SC=TTTGTTTTTTACTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=5;WE=42101720;WS=42101701;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr22	42177453	rs4822050	G	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=655;SC=GTGGTCCTCTGTATCTCAACT;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=42177461;WS=42177443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	42177899	rs45500192	A	G	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=21;PP=741;SC=CACTCAAAGGAGTGTTGAAGA;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=42177907;WS=42177889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	42191636	rs139559	A	G	9009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=111;NR=178;PP=2965;SC=GGCCACAGCAACCAAGGAATG;SOR=1.280;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=111;TCR=178;TR=289;WE=42191644;WS=42191626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr22	42195410	rs139561	T	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=47;PP=1511;SC=TATGGAGCCATATACTCTATT;SOR=1.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=42195418;WS=42195400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	42206084	rs4512	G	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=6;PP=414;SC=GTTCCCTAACGGGTTGGTGTT;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=42206092;WS=42206074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	42209922	rs9611672	A	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=381;SC=GTGGCTTTGGACTTGGAGCCA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=42209930;WS=42209912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	42276853	rs377649542	G	A	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=104;NR=91;PP=2965;SC=CAGAAGCTACGCCTGGTGCGC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=195;WE=42276861;WS=42276843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr22	42377878	rs2269665	G	A	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=56;PP=1636;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GCCTGGTGGCGGGCAGCACCA;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=76;WE=42377886;WS=42377868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr22	42381892	rs56177503	G	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=19;PP=1005;SC=GTGTGGCCTGGATCATGGCTC;SOR=1.421;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=57;WE=42381900;WS=42381882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	42388841	rs133299	G	A	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=43;PP=1215;SC=GCATCTATAGGTCAAGGCACT;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=42388849;WS=42388831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	42390093	rs133301	C	T	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=2;PP=1168;SC=GATGTCGTGCCCATTGTAGCT;SOR=5.376;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=43;WE=42390101;WS=42390083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	42390887	rs370320875	CTGTG	C,CTG	461.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=7.597;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.08;ReadPosRankSum=0.775;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,9,10:0.39,0.43:23
chr22	42416056	rs133335	A	G	6078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=118;NR=97;PP=2965;SC=AGAAATGGAGATGCCATTGAA;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=119;TCR=97;TR=215;WE=42416064;WS=42416046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr22	42418185	rs133341	T	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=8;PP=1612;SC=GTTAATTGTTTAGTTGATATC;SOR=3.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=54;TCR=8;TR=62;WE=42418193;WS=42418175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	42423110	rs2301521	G	C	4885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=76;PP=2965;SC=CCAGGCCTCAGGAATCTACAG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=173;WE=42423118;WS=42423100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr22	42428727	rs133349	A	T	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=39;PP=1612;SC=GGTGGGGCAGACAACCATGGA;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=90;WE=42428735;WS=42428717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	42463366	rs133367	C	T	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=74;PP=2002;SC=TATCTGACCCCGTCCCATTAA;SOR=1.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=110;WE=42463374;WS=42463356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	42463689	rs133368	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=720;SC=ATCTCAATCATGTAAGTGAGC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=42463697;WS=42463679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	42463814	rs133369	C	T	7062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=109;PP=2965;SC=GCTTGGGATCCGGCATCAGGC;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=139;TCR=109;TR=248;WE=42463822;WS=42463804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr22	42473603	rs133383	C	T	8756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=1.808;SC=ACCTGCTGGCCGCAGAAGGGC;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=290;TCF=155;TCR=135;TR=288;WE=42473611;WS=42473593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,306:0.99:308
chr22	42522613	rs1135840	G	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=28;PP=1317;SC=GGGGGATGGGGTCACCAGGAA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=42522621;WS=42522603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	42523309	.	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-2.663;QD=9.30;ReadPosRankSum=-2.857;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr22	42523315	.	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-2.886;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.962;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr22	42523409	rs1985842	G	T	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=4.839;NF=55;NR=17;PP=1256;ReadPosRankSum=-2.211;SC=TATCACCAGGGGCTGGTGCTG;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=89;TCR=27;TR=72;WE=42523417;WS=42523399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,72:0.60:120
chr22	42523943	rs16947	A	G	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=98;PP=2965;SC=ACCACTATGCACAGGTTCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=115;TCR=98;TR=213;WE=42523951;WS=42523933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr22	42524708	rs111564371	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-3.086;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr22	42524713	rs112568578	C	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-2.810;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr22	42524743	rs113889384	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.150;NF=19;NR=9;PP=337;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GGCACCTCTCGGGAGCTCGCC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=28;WE=42524751;WS=42524733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
chr22	42524795	.	A	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.349;NF=31;NR=23;PP=579;ReadPosRankSum=1.038;SC=CCTCGCGCAGAAAGCCCGACT;SOR=0.647;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=110;TCR=77;TR=54;WE=42524803;WS=42524785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,50:0.27:185
chr22	42525132	rs1058164	G	C	7431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=163;NR=113;PP=2965;SC=GCAAGGTGGAGACGGAGAAGC;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=163;TCR=113;TR=276;WE=42525140;WS=42525122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr22	42525625	rs1081004	C	T	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=57;PP=2870;SC=CCGCTGTCCCCACTCGCTGGC;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=126;WE=42525633;WS=42525615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	42525952	rs71328650	C	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.91;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr22	42526549	rs56011157	C	T	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=21;PP=1113;SC=TCACCCACCACCCATGTTTGC;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=42526588;WS=42526539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr22	42538103	rs3021083	T	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=69;PP=2151;SC=TCTGCGTTCATCTGGACCAGT;SOR=2.069;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=27;TCR=70;TR=95;WE=42538111;WS=42538093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr22	42539623	rs769261	C	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr22	43026792	rs5758820	A	G	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=3;PP=593;SC=TGCACAGGGCAGGAGCGGGAG;SOR=2.517;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=31;WE=43026800;WS=43026782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	43027356	rs743889	G	A	9176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=1.288;SC=GCCGGGCTCCGAATGGGCCCA;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=159;TCR=169;TR=326;WE=43027364;WS=43027333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,339:0.99:341
chr22	43088549	rs3747194	C	T	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=35;PP=2080;ReadPosRankSum=-0.892;SC=CCCTTAGCACCGGCCTCTGCC;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=108;WE=43088557;WS=43088539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr22	43195147	rs1128013	A	G	9816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=198;PP=2965;SC=TGGGCAGCACACTGGACAGGC;SOR=1.163;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=338;TCF=140;TCR=198;TR=338;WE=43195155;WS=43195137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr22	43203137	rs738535	C	T	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=67;PP=2238;SC=AGGAACTTGCCGACAGCCTCT;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=121;WE=43203145;WS=43203127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr22	43206950	rs1018448	A	C	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=82;PP=2960;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CGTCAAAGTAACTGTAGGAGC;SOR=0.499;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=156;WE=43206958;WS=43206940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr22	43213631	rs147339109	C	CA	2080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.711;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=6;PP=846;ReadPosRankSum=-1.797;SC=TAATGAATAACAAAAAAAAAT;SOR=3.014;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=73;TCF=61;TCR=12;TR=57;WE=43213639;WS=43213621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr22	43218463	rs5758957	C	T	6258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.741;SC=TTGAAAGCTTCTGTGACTACA;SOR=0.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=96;TCR=119;TR=214;WE=43218471;WS=43218453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr22	43223095	rs10654612	C	CAT	1791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=1543;SC=CTCAGTGCTACATCTTATCCA;SOR=2.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=31;WE=43223103;WS=43223085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	43230140	rs2273142	C	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=1;PP=892;SC=TATGTTTCAGCACTTCTTGTT;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=43230148;WS=43230130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	43253986	rs3046483	C	CTT	570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=233;SC=GCGCCCGACTCTTTTTAATTC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=43253994;WS=43253976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	43267336	rs3842298	T	TC	2270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=8;PP=1772;ReadPosRankSum=0.190;SC=GCCGCCTCCGTCCCCCCGCTG;SOR=2.219;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=72;TCF=58;TCR=14;TR=55;WE=43267344;WS=43267326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr22	43272085	rs5751396	G	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=383;SC=AAAAAAGACCGCCCACAGCCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=43272093;WS=43272076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	43272792	rs5751397	C	T	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=11;PP=1603;SC=CTGCAGAGCTCCGTGCATTGC;SOR=2.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=67;WE=43272800;WS=43272782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	43272830	rs35041824	C	CAG	6679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=37;PP=2979;SC=GACCCCTGGACAGAGAGAGAG;SOR=1.352;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=74;WE=43272838;WS=43272820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr22	43275250	rs2073199	G	A	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=85;PP=2505;SC=CTCAGTTCCTGCCCAGCGAGC;SOR=1.309;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=58;TCR=85;TR=143;WE=43275258;WS=43275240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	43278162	rs4822217	T	C	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=48;PP=2155;SC=TCCAGGCTGATGAGCTCATGG;SOR=1.060;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=135;WE=43278170;WS=43278152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr22	43278220	rs2899365	C	T	5361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=92;PP=2965;SC=TGGCCATGCCCGGCCCGTGAT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=96;TCR=93;TR=188;WE=43278228;WS=43278210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr22	43280650	rs2273143	T	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=31;PP=978;SC=TCTCAGGCCTTCCCAGATTCC;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=43280658;WS=43280640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	43286876	rs5759012	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=12;PP=831;SC=AGGAAGTCCTAGGTGCAGGAG;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=42;WE=43286884;WS=43286866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	43289473	rs5759013	G	A	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=45;NR=8;PP=1172;SC=CTTTCTCCACGAGCTGCCTCC;SOR=2.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=43289481;WS=43289463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	43464335	rs184620039	C	T	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	43520258	rs4988417	A	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	43520263	rs2076079	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	43523921	rs4988434	A	ACT	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=1005;SC=GTGCCTTGACACTGGGGCTAT;SOR=3.690;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=20;WE=43523929;WS=43523911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	43524487	rs4988438	CCT	C	2732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=22;PP=1868;SC=GTCCCCCCATCCTCTTTGTCT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=42;WE=43524496;WS=43524477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	43529029	rs7402	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=8;PP=934;SC=AGGGGGTCATCGCATTTGAGC;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=43529037;WS=43529019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	43529314	rs13815	G	C	9065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.96;NF=166;NR=153;PP=2965;SC=GTATCTATGCGCGTGGACGTT;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=321;TCF=167;TCR=154;TR=319;WE=43529322;WS=43529304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr22	43529517	rs2066910	C	T	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=39;PP=1237;SC=AGGTTTCAGCCGAGCAATGTC;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=43529525;WS=43529507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	43538806	rs5759181	A	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	43558926	rs6971	A	G	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr22	43564963	rs138931	C	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=433;SC=TCAGAACAGCCTCTCAAGAGG;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=43564971;WS=43564953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	43565443	rs138932	C	T	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=15;PP=1924;SC=GGAGCAGCTCCTGCAGGCCCC;SOR=2.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=68;TCR=15;TR=83;WE=43565451;WS=43565433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	43565855	rs138933	C	T	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=78;PP=2370;SC=GACTTTGCCACGCAGCTGTGA;SOR=1.036;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=141;WE=43565863;WS=43565845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	43569608	rs138938	C	A	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=15;PP=1147;SC=TGTAAGCCACCCTGCCCAGCC;SOR=1.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=61;WE=43569616;WS=43569598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	43572308	rs56293701	T	TG	1688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.777;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.476;NF=27;NR=18;PP=566;ReadPosRankSum=-0.852;SC=GCCCAAGCAGTGGGGGGGGGC;SOR=1.240;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=45;WE=43572316;WS=43572298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,69:0.92:75
chr22	43572420	rs9612019	G	A	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=99;NR=131;PP=2965;SC=GAAACACACCGGAAGTAGAGA;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=231;TCF=99;TCR=132;TR=230;WE=43572428;WS=43572410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr22	43575616	rs4822261	G	A	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=10;PP=798;SC=GGGTGGAGGAGGGCTGCACCT;SOR=1.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=43575624;WS=43575606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	43575774	rs138945	A	C	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=72;PP=2676;SC=CCAAGACATGAGTGCCCATCA;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=162;WE=43575782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr22	43576904	rs2071723	G	A	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=53;PP=1527;SC=GCTGGCGCGCGTGCTCCACAC;SOR=2.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=73;WE=43576912;WS=43576894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	43606143	rs5759217	C	T	7498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=146;NR=129;PP=2965;SC=TTGGGGGAGGCGCGATGTGCC;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=146;TCR=130;TR=275;WE=43606151;WS=43606133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr22	43610053	.	G	C	92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=8;HapScore=4;MGOF=18;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=92;QD=31.6928031368;SC=AGGAGCCCCCGCCCACCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=43610072;WS=43610043;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr22	43610207	rs138993	A	G	6441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=113;PP=2965;SC=GGCATACATGACACACACTGG;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=117;TCR=113;TR=230;WE=43610215;WS=43610197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr22	43618632	rs139005	CG	C	1601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=1256;SC=ATGGACAGGCCGGGGGGGTTA;SOR=3.300;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=45;WE=43618640;WS=43618622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	43619200	rs6003114	G	A	4865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=82;PP=2965;SC=AGGTCTTGGCGCGAGAAAGAC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=178;WE=43619208;WS=43619190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr22	43619404	rs6003115	C	G	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=231;SC=ATGCTGGGCCCAGACAGCTGG;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=43619412;WS=43619394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	43623353	rs129414	G	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=17;PP=1463;SC=GCAGGGGAGGGGCCAGCAGCA;SOR=2.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=53;TCR=17;TR=69;WE=43623361;WS=43623343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	43623395	rs129415	C	G	4070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=54;PP=2545;SC=CAATCCTTCCCGTTCCAGTGG;SOR=1.305;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=97;TCR=54;TR=151;WE=43623403;WS=43623385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr22	43625225	rs34045808	G	T	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=105;PP=2965;SC=AAAGTTGGGGGAGGAGTTTGA;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=93;TCR=105;TR=198;WE=43625233;WS=43625215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr22	43735185	rs41307223	T	C	8520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=150;NR=159;PP=2965;SC=TTCTGACAGATGGCATCGATG;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=150;TCR=159;TR=309;WE=43735193;WS=43735175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr22	43814244	rs5759334	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=30;PP=814;SC=GGCACAGGGACAGCAGATGTG;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=43814252;WS=43814234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	43976396	rs9614382	G	A	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=26;PP=1704;SC=CTTCCTCACAGCCTCCTGTGG;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=66;TCR=26;TR=92;WE=43976404;WS=43976386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	43976675	rs4823114	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=23;PP=604;SC=TTCGCTGTACGTGCAGACATG;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=43976683;WS=43976665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	44112845	rs5764234	C	T	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=40;PP=1138;SC=GATTCTCCAACGAGACCTCTG;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=44112853;WS=44112835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	44223635	rs71313366	C	CCACA	216.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.13;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	44229492	rs138069	G	C	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=42;PP=1784;SC=CAGGGCACCCGGAGGACAGCT;SOR=1.068;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=117;WE=44229500;WS=44229482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	44236005	rs4149443	G	A	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=12;PP=339;SC=AGGAAGGGGTGGGGTTCAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=44236013;WS=44235995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	44258311	.	ACGCGCC	A	540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=352;SC=CGCAGCCCGCACGCGCCCGCG;SOR=2.303;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=7;WE=44258324;WS=44258301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	44280412	rs5764011	G	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=43;PP=1197;SC=GTGAGACAAGGGGTGTATGCC;SOR=4.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=46;WE=44280420;WS=44280402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	44282276	rs739231	A	G	6591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=105;NR=124;PP=2965;SC=CCCCCCTTCCAGCGTTGGTCA;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=106;TCR=124;TR=229;WE=44282284;WS=44282266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	44282307	rs739232	G	A	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=94;PP=2887;SC=CCCAGTTTCCGTCAGCCGGGG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=53;TCR=96;TR=145;WE=44282315;WS=44282297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	44283556	rs5764380	A	G	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=71;PP=2599;SC=GGCAAGGGTGAGATGGGCAAG;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=74;TCR=72;TR=145;WE=44283564;WS=44283546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	44283676	.	G	GAC	4411.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.3;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=35;PP=2092;SC=AGGGCTCAGGGCAGGAGCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=43;WE=44283697;WS=44283666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr22	44283677	.	CAGGAG	C	4460.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=1.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr22	44283687	rs143992164	GGCA	G	4099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=35;PP=2948;SC=CAGGAGCCTGGGCAGGACCTT;SOR=1.429;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=44283697;WS=44283666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	44285667	rs713864	G	A	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=17;PP=830;SC=CGGGGTTCCAGAGTGCACTCA;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=44285675;WS=44285657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	44285765	rs2017461	A	G	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=47;PP=1996;SC=AAGAGTCAGCAGGAACACAAC;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=115;WE=44285773;WS=44285755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr22	44287062	rs2071884	A	G	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=45;PP=1899;SC=GGGGCAGAGCATCCTGCAGCT;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=44287070;WS=44287052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	44323074	rs139047	G	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=50;PP=1440;SC=TCTGGACGTTGTCAAGTTAGA;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=68;WE=44323082;WS=44323064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	44341986	rs2294917	T	C	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=27;PP=1484;SC=GACTGCACACTGCAGCAGCGG;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=87;WE=44341994;WS=44341976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	44342116	rs2294918	A	G	8049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=120;PP=2965;SC=CTGCTCCCCCAAGGGCTGTCC;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=167;TCR=121;TR=287;WE=44342124;WS=44342106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr22	44342325	rs2294919	C	T	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=71;PP=2172;SC=CATCTTTGTGCAGCTACCTCC;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=105;WE=44342333;WS=44342315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	44364594	rs5764434	C	T	6348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=123;NR=94;PP=2965;SC=CCTTGTTTTTCTTCCCCCATT;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=123;TCR=94;TR=217;WE=44364602;WS=44364578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr22	44364794	rs2273031	T	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=350;SC=AGCAGAGCACTGCTCCCTGCT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=44364802;WS=44364784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	44368204	rs3177036	A	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=38;PP=1291;SC=CCATGGTTGGAAACAATGAAG;SOR=1.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=44368212;WS=44368194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	44368741	rs932430	C	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	44379822	rs10452	T	C	10413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=189;NR=190;PP=2965;SC=GGTTTTACCTTGGGGGACCCA;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=379;TCF=189;TCR=190;TR=379;WE=44379830;WS=44379812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr22	44379838	rs8418	A	G	9671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=191;PP=2965;SC=ACCCACAAGCATCCGCGGATT;SOR=0.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=359;TCF=167;TCR=192;TR=358;WE=44379846;WS=44379828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr22	44386281	rs7587	C	T	10020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=174;NR=181;PP=2965;SC=TACAGACAGGCGACAGGTACG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=355;TCF=174;TCR=181;TR=355;WE=44386289;WS=44386271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr22	44420156	rs112388263	T	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=317;SC=GCCCTCGGCCTCTCCCCGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=44420164;WS=44420146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	44489868	rs1983609	T	C	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=67;PP=1868;SC=CCCGCCCTGGTGGATGTTCAC;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=110;WE=44489876;WS=44489858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	44489896	rs738479	T	C	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=53;PP=1374;SC=ACACCCAGCTTGGTACGGGGG;SOR=1.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=79;WE=44489904;WS=44489886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	44527227	rs2281269	T	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=492;SC=TCACCATATTTGCCAGGCTGG;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=44527235;WS=44527217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	44535904	rs11270419	G	GCTTTCTGGCTGGCTCTGTCCCTCATCCTCCA	627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=78.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	44564402	rs6006687	G	A	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=70;NR=34;PP=1833;SC=GTGTCATGCTGGAGACGTGGC;SOR=1.297;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=104;WE=44564410;WS=44564392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	44582499	rs79478	T	C	8496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=165;PP=2965;SC=GGACACCATCTGTGGTCTTGC;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=136;TCR=165;TR=301;WE=44582507;WS=44582489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr22	44586522	rs2272942	C	T	6900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=141;PP=2965;SC=CAACCAACGTCCAGGTGGAGG;SOR=1.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=90;TCR=142;TR=230;WE=44586530;WS=44586512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr22	44594476	rs139151	T	C	6007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=62;PP=2965;SC=TTCCATGTGATTGTCTCCAGT;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=139;TCR=62;TR=201;WE=44594484;WS=44594466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr22	44594584	rs139152	C	G	10715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=173;NR=205;PP=2965;SC=ACCTCACTCCCAACTCTCCTG;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=173;TCR=205;TR=378;WE=44594592;WS=44594574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr22	44602001	rs139185	G	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=433;SC=ATTCAGAGGAGGACTGGCCAG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=44602009;WS=44601991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	44602229	rs139186	A	C	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=95;PP=2891;SC=GAGCACACTGAGGGTGCTCTA;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=197;WE=44602237;WS=44602219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr22	44681612	rs135388	A	G	4865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=104;PP=2965;SC=ACTCCCAACAAGGCGGTGTAA;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=66;TCR=104;TR=170;WE=44681620;WS=44681602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr22	44965320	rs138593	G	A	6949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=108;PP=2965;SC=TGTGACATGGGAGTAAGTTTG;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=132;TCR=108;TR=240;WE=44965328;WS=44965310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr22	44967767	rs138596	C	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=5;PP=928;SC=AGAGAAATAACGAGGCCCGAA;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=44967775;WS=44967757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	45126775	rs3761485	T	C	6892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=138;NR=103;PP=2965;SC=CACCCCTGGCTACTGCCCTTA;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=138;TCR=104;TR=241;WE=45126783;WS=45126765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr22	45182207	rs739176	G	A	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=23;PP=1335;SC=GTGGGTGCACGGCTGAGGTAG;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=75;WE=45182215;WS=45182197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	45198009	rs2239813	A	G	7687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=146;NR=129;PP=2965;SC=GCCGGATGCCACCCTCCCACG;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=147;TCR=129;TR=275;WE=45198017;WS=45197999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr22	45218223	rs136662	C	T	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=67;PP=2965;SC=CCTAATCGTTCTTTATTCTCT;SOR=1.130;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=108;TCR=68;TR=175;WE=45218231;WS=45218210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr22	45255527	rs4490294	A	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=661;SC=TGTCCTTCCTACACCCCTGTT;SOR=4.255;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=25;WE=45255541;WS=45255517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	45255532	rs3216832	CCT	C	1298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=1147;SC=TTCCTACACCCCTGTTCTCCT;SOR=3.912;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=25;WE=45255541;WS=45255517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	45255580	rs7510897	G	C	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=25;PP=1642;SC=GGCCCCTCTGGAGCTCAGCAG;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=77;WE=45255588;WS=45255570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	45255630	rs61756769	T	C	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;QD=44.63;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	45255637	rs6007344	G	C	7407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=43.32;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr22	45255802	rs9614955	T	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=28;PP=803;SC=CTCCTTGCCCTGGGTCTGGGG;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=45255810;WS=45255792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	45258053	rs8139133	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=390;SC=GTCCAGTGCTCCTCTCACTAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=45258061;WS=45258043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	45258333	rs9614957	C	G	6850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=108;PP=2965;SC=CCGGAGGCACCTGGGGAGCAC;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=137;TCR=108;TR=244;WE=45258341;WS=45258323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr22	45258495	rs8777	A	G	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=108;PP=2965;SC=CACTCTGTATATTTCGAGCTA;SOR=1.173;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=75;TCR=108;TR=183;WE=45258503;WS=45258485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr22	45279320	rs3747224	A	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=301;SC=CACAAAAACCAGGCAGTGGTG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=45279328;WS=45279310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	45309653	rs3213527	C	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=0;PP=375;SC=CCTCAGATGGCACCTGCAGAC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=45309661;WS=45309643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	45316507	rs4823420	T	A	1426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=38;PP=1142;SC=TTATGATTTTTAAAAAATCAC;SOR=1.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=45316515;WS=45316497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	45577372	rs372438307	TCAAGTGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTA	TTGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTA,T	1740.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=2967;SC=TTGCCTGCTCTCAAGTGGAAC;SOR=3.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=45577419;WS=45577362;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:41
chr22	45577377	rs376698610	TGGAACAGGAAAGAATTCTTGGCCAGTTTATTTAA	T	1735.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.33;SOR=3.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	45577411	.	A	T	396	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=14;PP=396;QD=30.7693723248;SC=AGTTTATTTAAAAATCCAGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=14;WE=45577419;WS=45577362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,14:0.74:19
chr22	45579422	rs6006950	A	G	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=27;PP=1061;SC=TTTTTCAGTTAGCACAAAATC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=45579430;WS=45579412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	45593661	rs55790105	C	T	9226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=194;NR=138;PP=2965;SC=CCCACATCCGCCAGCATTACC;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=334;TCF=196;TCR=138;TR=332;WE=45593669;WS=45593651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr22	45595721	rs5765217	A	G	5324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=102;NR=88;PP=2965;SC=ACTGAAGGGCACGGGGACCCT;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=102;TCR=89;TR=190;WE=45595729;WS=45595711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr22	45603485	rs11705584	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=346;SC=GATTACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=45603493;WS=45603475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	45603501	rs11703294	A	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=458;SC=CACCGCGCCCAGCCTGGCTTT;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=45603509;WS=45603491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	45603545	rs11705041	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=1005;SC=CTGGGGGCCTCTGGTCCCGGT;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=45603553;WS=45603535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	45603638	rs11703323	A	G	6222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=118;NR=96;PP=2965;SC=GCACCCCCCAAAGGCAGAGCT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=118;TCR=96;TR=214;WE=45603646;WS=45603628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr22	45622014	rs6007506	C	T	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=5;PP=908;SC=AGAGAGCACGCGGCAGCCTCT;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=45622022;WS=45622004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	45680824	rs2255432	A	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=353;SC=GTGCCCTGGCAGGGACAGGTC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=45680832;WS=45680814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	45682975	rs2673087	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=329;SC=AAGGATGATCAGGCATTTGAT;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=45682983;WS=45682965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	45683246	rs2673088	C	T	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=89;PP=2965;SC=CCTACCTGGTCAGGGTGGGTG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=93;TCR=89;TR=182;WE=45683254;WS=45683236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr22	45683304	rs1057353	G	C	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=105;NR=117;PP=2965;SC=CCTCTGTAACGCACCCCTGTC;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=105;TCR=117;TR=222;WE=45683312;WS=45683294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr22	45718922	rs34063912	C	CTG	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr22	45723854	rs9615108	C	G	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=89;PP=2965;SC=GCGCCATGGTCCTGACCACCA;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=70;TCR=89;TR=159;WE=45723862;WS=45723844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	45723960	rs9614638	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=10.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.96;MQRankSum=4.410;QD=24.23;ReadPosRankSum=-3.195;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr22	45723968	rs28412847	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=9.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQRankSum=4.162;QD=23.99;ReadPosRankSum=-3.045;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr22	45724248	.	C	T	470	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MMLQ=19;MQ=44.71;NF=17;NR=14;PP=470;QD=16.2829423402;SC=CCATGGAGTCCCTGGACTTGA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=31;WE=45724256;WS=45724238;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr22	45726345	rs7285172	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=1;PP=872;SC=TTTTGAAGGTATAAGTGTAAA;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=45726353;WS=45726335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	45731182	rs738176	C	T	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=18;PP=1581;SC=CCGAGGAGGACGAGCTCTTGG;SOR=2.242;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=75;WE=45731190;WS=45731172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	45732328	rs11704481	G	A	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=69;PP=2029;SC=GAGCTGCCTCGGGTCTCTCTT;SOR=1.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=106;WE=45732336;WS=45732318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	45736153	rs3827393	G	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=716;SC=GGTTTTCAAAGTCTTCCGTAC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=45736161;WS=45736143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	45736485	rs2064068	C	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=45;PP=1196;SC=AGGAGGGTGACGCGGACACAT;SOR=6.316;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=46;WE=45736493;WS=45736475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	45741543	rs5765260	G	C	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=56;PP=1656;SC=AGTCTGGTCAGTTTAGGTGAC;SOR=2.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=77;WE=45741551;WS=45741533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	45748284	rs11375006	C	CT	3111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=23;PP=2125;SC=GGAAGGTCCCCTGGCTTCTGC;SOR=1.192;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=48;WE=45748292;WS=45748274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	45748339	rs5765275	A	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.337;NF=64;NR=46;PP=1871;ReadPosRankSum=2.094;SC=ACCTGTGCACAGCAAACAGGA;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=110;WE=45748347;WS=45748329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr22	45749983	rs5764698	G	T	11281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=202;NR=195;PP=2965;SC=TGCCTACACAGTCTGGCTTCC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=397;TCF=202;TCR=195;TR=397;WE=45749991;WS=45749973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr22	45754517	rs5764701	G	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=355;SC=AAAATGATTCGGTAAGATTTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=45754525;WS=45754507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	45754558	rs5765281	A	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=8;PP=705;SC=GTGATAAACAACAGAAAGCTT;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=45754566;WS=45754548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	45755666	rs1012493	C	T	9681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=203;NR=145;PP=2965;SC=ACATATTTTACAGTCATTTGC;SOR=0.979;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=349;TCF=204;TCR=145;TR=348;WE=45755674;WS=45755656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr22	45757987	rs5764704	C	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=887;SC=TATGTGCTACCTGACCTTCCA;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=45757995;WS=45757977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	45758758	rs719925	T	C	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=87;PP=2965;SC=TACCCATTATTAATTACCTTC;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=174;WE=45758766;WS=45758748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr22	45789642	rs136603	A	C	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=54;PP=1793;SC=TCTTCATTAAATTCAGACATT;SOR=1.637;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=45789650;WS=45789632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	45810278	rs59404993	A	AC	8983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.61;NF=22;NR=106;PP=2936;SC=TAGACATGAAACTTTGGTGAG;SOR=0.869;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=130;TCF=22;TCR=108;TR=128;WE=45810286;WS=45810268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr22	45897997	rs3810631	T	C	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=5;PP=1487;SC=CCCAGTGGCGTTCCTATGCGT;SOR=4.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=53;TCR=5;TR=58;WE=45898005;WS=45897987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	45898074	rs3810632	T	C	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=100;PP=2965;SC=ATAAATCTACTTGTGGTTCCA;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=144;TCR=100;TR=244;WE=45898082;WS=45898064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	45898117	rs3810633	T	C	9971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=1.848;SC=CCCCGGTAGCTATGAATTCCT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=191;TCR=177;TR=365;WE=45898138;WS=45898107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,375:0.99:377
chr22	45898130	rs3810634	A	T	9937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=179;NR=186;PP=2965;SC=GAATTCCTATACAAGAGGCTC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=179;TCR=186;TR=365;WE=45898138;WS=45898107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr22	45898252	rs3810635	T	G	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=42;PP=1162;SC=ATTTTGGTTGTTTGTTGGCCT;SOR=3.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=45898260;WS=45898242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	45914541	rs76711905	C	T	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.194;NF=83;NR=29;PP=2270;ReadPosRankSum=-1.236;SC=CACCTCTCAGCTTGTTCTCTT;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=112;WE=45914549;WS=45914531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr22	45914675	rs78488153	T	C	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=116;PP=2965;SC=CAGGTACGTTTGCCAGTGGCC;SOR=0.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=95;TCR=116;TR=211;WE=45914683;WS=45914665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr22	45914692	rs77035925	T	G	5134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=101;PP=2965;SC=GGCCACTGTTTCACTGGAACA;SOR=1.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=69;TCR=101;TR=170;WE=45914700;WS=45914682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr22	45923827	rs136730	A	G	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=77;NR=53;PP=2033;SC=CAGGTCTTCCAGGCATGCTGT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=130;WE=45923835;WS=45923817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr22	45924001	rs136731	T	TG	418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=417;SC=CATGTGATCGTGGGGCTGGCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=45924009;WS=45923991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	45929577	rs105199	T	C	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=41;PP=2843;SC=CACATTCCTTTCTAGGATGTA;SOR=1.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=98;TCR=41;TR=139;WE=45929585;WS=45929567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	45931262	rs2071938	C	T	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=49;PP=1364;SC=CCAGGAGGGGCCAGCGACCTA;SOR=3.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=55;WE=45931270;WS=45931252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	45954029	rs2097484	G	A	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.53;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr22	45961213	rs1118	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=744;SC=CTTTGAGCTGCACCTGCCCCA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=45961221;WS=45961203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	45961904	rs1985671	G	T	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	46114244	rs2071852	C	T	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=19;PP=2367;SC=GGGCATGTCTCTTTTACTATG;SOR=2.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=81;TCR=19;TR=100;WE=46114252;WS=46114234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	46114398	rs138156	G	T	8044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=155;PP=2965;SC=AGCGTGGTCTGGAGTATTTAG;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=285;TCF=130;TCR=155;TR=284;WE=46114406;WS=46114388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr22	46345714	rs10448591	C	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=2;PP=525;SC=TGCAGAACAGCGGCCTAGGCT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=46345722;WS=46345704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	46346121	rs10448592	G	A	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=30;PP=829;SC=CTCAGTCACAGGCCCTGCACT;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=46346129;WS=46346111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	46368130	rs62226057	T	C	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	46402714	rs28477160	A	G	8554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=175;NR=133;PP=2965;SC=AGGCCCAGCCAGGGCAGGGGA;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=175;TCR=133;TR=308;WE=46402722;WS=46402704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr22	46449891	rs12159707	G	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	46499120	rs9616125	G	C	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=80;PP=2965;SC=GGCCTGGGCTGAGTCCTCAGG;SOR=1.008;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=150;WE=46499128;WS=46499110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	46501355	rs8139990	G	T	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=59;PP=2840;SC=GCCTGTGTTCGCCACGTGGCC;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=131;WE=46501363;WS=46501345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr22	46505337	rs11090905	G	A	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=216;SC=AGGTCCTTAGGTGGGGACTTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=46505345;WS=46505327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	46505986	rs2474020	T	C	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=45;PP=1454;SC=GTGAGCACTGTAGGCTCTAGG;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=46505994;WS=46505976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	46508765	rs731085	C	G	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=21;PP=665;SC=GCGGGCAGGGCCAGGTTTGGG;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=46508773;WS=46508755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	46652959	rs4508712	A	G	5521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=95;PP=2965;SC=GGCAGATGCCAGGGAGGGCAG;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=98;TCR=95;TR=193;WE=46652967;WS=46652949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr22	46677607	rs130642	T	C	6916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=117;NR=119;PP=2965;SC=CTCAGAGACCTTCTGGAAGGT;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=117;TCR=119;TR=236;WE=46677615;WS=46677597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr22	46683138	rs55746052	C	G	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=40;PP=1144;SC=CAGGGTTGGGCAAGAGCTCAT;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=46683146;WS=46683128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	46722400	rs140054	T	C	7886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=171;NR=109;PP=2965;SC=GCTGAGCGCATGGCGTGTGTC;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=280;TCF=171;TCR=109;TR=280;WE=46722408;WS=46722390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr22	46724558	rs140053	T	C	7345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=133;NR=119;PP=2965;SC=AGAGACATTTTCTCATAAGTT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=252;TCF=133;TCR=119;TR=252;WE=46724566;WS=46724548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr22	46762116	.	G	A	1191	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=58.88;NF=24;NR=0;PP=1191;QD=51.0738005228;SC=GGCGGGGAGGGAAGGTGCGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=24;WE=46762160;WS=46762106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,24:0.83:29
chr22	46762126	.	GGCA	G	1621	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=24;MQ=59.17;NF=18;NR=0;PP=1621;QD=91.9444444444;SC=GAAGGTGCGGGGCAGGGAGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=46762160;WS=46762106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,18:0.95:19
chr22	46762146	.	GT	G	2265	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=21;MQ=60.81;NF=27;NR=6;PP=2265;QD=70.1221484809;SC=GAAGTTGCGGGTGGGAAGAAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=33;WE=46762160;WS=46762106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,33:0.94:35
chr22	46762152	rs9615353	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.89;MQRankSum=1.097;QD=23.23;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr22	46762214	rs73889254	T	G	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=26.10;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	46765181	rs11273699	G	GTCAGGTCGCCGAC	10825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=72;PP=1767;SC=GCCGATCAATGTCTTCTCTCT;SOR=1.289;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=113;TCF=16;TCR=97;TR=81;WE=46765189;WS=46765171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr22	46768811	rs35852431	G	A	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=71;PP=2965;SC=CCCAGCCCACGACGTAGTAGA;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=161;WE=46768819;WS=46768801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr22	46858687	rs5768788	G	A	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=25;PP=1930;SC=TTTCTGTACCGCTCTCGGGGT;SOR=2.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=92;WE=46858695;WS=46858677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	46859003	rs3788696	G	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=43;PP=1260;SC=TTTCTTTTAAGTGGATCTCAC;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=47;WE=46859011;WS=46858993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	46929359	rs5767248	C	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=441;SC=GGGCCTAGGCCGGGCGCCCAC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=46929367;WS=46929353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	46929692	rs4823561	A	G	12174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=237;NR=202;PP=2965;SC=GCCGGGATGCAGCCGATCACG;SOR=0.835;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=440;TCF=238;TCR=202;TR=439;WE=46929700;WS=46929682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr22	46931077	rs4823850	G	C	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=65;PP=2409;ReadPosRankSum=-0.929;SC=CATGGGGGGCGAGCCGTGGTC;SOR=0.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=125;WE=46931085;WS=46931067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr22	46931793	rs1009154	G	C	8061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=149;PP=2965;SC=CCTCCACCAGGAGCTGGTACT;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=132;TCR=149;TR=281;WE=46931801;WS=46931783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr22	46931838	rs1009155	G	A	8863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=172;NR=149;PP=2965;SC=CCGCCCGTGTGCTCACCACGC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=322;TCF=172;TCR=150;TR=321;WE=46931846;WS=46931828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr22	47057191	rs2076707	C	T	10314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.24;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr22	47057197	rs2076708	C	T	10867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.96;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr22	47058992	rs2542040	T	C	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=46;PP=1898;SC=ACGAGCGGTTTGGGGAGTACG;SOR=0.929;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=121;WE=47059000;WS=47058982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	47059597	rs2542035	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=9;PP=625;SC=GTGCATGGCCATTCTGTGCAC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=47059605;WS=47059587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	47064164	rs2748338	C	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=350;SC=CGCCGGCCTCCGCTGCTGCCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=47064172;WS=47064154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	47064665	rs9616088	C	T	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=117;PP=2965;SC=CTGCGGCGCCCGCCCGGCCTG;SOR=2.163;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=177;TCF=60;TCR=117;TR=169;WE=47064673;WS=47064655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr22	47064837	rs2076711	A	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=610;SC=CTGTAGCTTCAGGAGGAGGGA;SOR=3.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=47064845;WS=47064827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	47070432	rs2073275	G	C	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=15;PP=1265;SC=CTCACTGTGGGTGTGACGTGA;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=47070440;WS=47070422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	47071531	rs2073276	T	C	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=105;PP=2965;SC=CCCTATAGACTTCTGCCAGCC;SOR=1.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=51;TCR=107;TR=156;WE=47071539;WS=47071521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr22	47072477	rs2236028	G	A	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	47073199	rs375658129	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,16:0.22:74
chr22	47083010	rs2542014	T	C	10263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.62;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr22	47083010	.	TGT	CGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=123;NR=81;PP=2947;QD=20;SC=TTTCCCAGTTTGTGAGCAGGA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=212;TCF=129;TCR=83;TR=204;WE=47083020;WS=47083000;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,204:0.96:212
chr22	47083012	rs2748349	T	A	10263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr22	47083172	.	CTGGACAGGGGCTGCAGTAAACCCCACGTGTCCCTCACTCAAAGCTGGCCCTGAGCACCGCTCT	C	2352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=29.41;SOR=1.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	47083219	.	GC	G	568	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=57.05;NF=2;NR=13;PP=568;QD=41.1353933247;SC=CTCAAAGCTGGCCCTGAGCAC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=47083243;WS=47083209;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	47091321	rs135676	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=5;PP=131;SC=CTGCCTAAACCGTCTGCAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=47091329;WS=47091311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	47097450	rs135688	C	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=1;PP=160;SC=GGCTGGAACACGCGACGGGGA;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=47097458;WS=47097440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	47106800	rs135701	T	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=624;SC=CAGAGAGGAGTGTGTGACTGC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=47106808;WS=47106790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	47116274	rs6008965	C	T	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=34;PP=901;SC=AAAAAACATCCGATCTTTCAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=47116282;WS=47116264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	47116905	rs12166204	G	A	7637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=121;NR=134;PP=2965;SC=CAGGCACAGAGCAGGCATCTG;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=121;TCR=134;TR=255;WE=47116913;WS=47116895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr22	47134147	.	G	GGCGGGCT	625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=41.72;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	47158793	rs201148729	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=14;PP=544;SC=TCAGAGGTCAGGTGGCCGCGT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=47158801;WS=47158783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	47185265	rs801606	G	T	4767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=54;PP=2965;SC=CTCGTGATCCGCCCGCCTCGG;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=105;TCR=54;TR=159;WE=47185273;WS=47185255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr22	47307814	.	CA	C	63.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr22	47370060	rs4436	A	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=10;PP=1023;SC=TCATTTAGCTAGACTGATGAG;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=47370068;WS=47370050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	47857657	rs71687944	TA	T	125.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.57;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	47859199	rs2294230	C	T	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=31;PP=1026;SC=CTCAGTGCCGCGGAGAAAAGA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=47859207;WS=47859189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	48942294	rs5845854	CG	C	4782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=28;PP=2966;SC=CTTTCTCAAACGGGGTGTGTG;SOR=2.189;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=114;TCF=78;TCR=36;TR=96;WE=48942302;WS=48942284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	48942339	rs111870101	C	T	7720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=108;PP=2965;SC=CTGGGCAGCCCGCGGCTGTGG;SOR=1.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=154;TCR=108;TR=262;WE=48942347;WS=48942329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr22	49103380	rs130147	A	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=1;PP=635;SC=CCCTGGGCCCAGTGTCCCTGT;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=49103388;WS=49103370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	49103660	rs132234	T	C	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=56;PP=1272;SC=CACCACGGTATGTGGCCCTCG;SOR=2.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=68;WE=49103668;WS=49103650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	49246458	rs28384366	T	C	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=17;PP=1209;SC=CCTTGGGGTTTCTACATCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=49246466;WS=49246448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	49246723	rs28394186	A	C	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=385;SC=GCCCAGCCAGAGCCCCCCACA;SOR=1.528;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=26;WE=49246731;WS=49246713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	49246747	rs28556787	T	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=10;PP=269;SC=TCGCAGCGGATAGCTAAAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=49246755;WS=49246737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	49246786	rs28635747	C	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=133;SC=GCCTGGAGTCCGCCAAGAAGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=49246794;WS=49246776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	49575794	.	A	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=0.147;SC=AGTCATGGAGATGCAATTGGA;SOR=0.569;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=49575802;WS=49575788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr22	49667912	rs9616543	C	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=547;SC=GTGGAGCCAGCGTCCCCGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=49667920;WS=49667902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	49667985	rs7289562	G	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=25;PP=1201;SC=GAAAGTCCCCGGGCAAACAGG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=49667993;WS=49667975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	49668137	rs7288663	T	G	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=24;PP=807;SC=CTACTAGCTTTGAAAACCTGT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=49668145;WS=49668127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	49668188	rs2688112	T	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=467;SC=CCAGGCTAGATGCAATTTAGC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=49668196;WS=49668178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	50014002	rs135877	A	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=614;SC=CTGCTGTCCCAAGCTTGTCAC;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=50014010;WS=50013992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	50017234	rs916362	A	G	7428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=124;NR=136;PP=2965;SC=CACGTGCTGCAGAGCTCAGGG;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=124;TCR=136;TR=260;WE=50017242;WS=50017224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr22	50018045	rs763128	G	A	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=19;PP=1173;SC=AGTGATGCTCGGGGCTGCTGA;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=61;WE=50018053;WS=50018035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	50018069	rs2011097	A	G	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=24;PP=1678;SC=TTGTGGGGAGAGCACAGTGAT;SOR=1.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=80;WE=50018077;WS=50018059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	50018497	rs5770594	G	A	7281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=115;PP=2965;SC=TGCCTCTGATGACACCCACCT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=247;TCF=132;TCR=115;TR=247;WE=50018505;WS=50018480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr22	50018639	rs4524218	G	A	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.161;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=44;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.081;SC=CCCTGACGCCGGGCTGACGGC;SOR=2.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=56;WE=50018662;WS=50018629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr22	50018651	rs135879	C	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.97;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr22	50018654	rs135880	T	A	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.02;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr22	50051007	rs6009803	A	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=20;PP=1072;SC=GAAAGACCTAACTGAGACTGG;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=50051015;WS=50050997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	50277835	rs910796	T	C	8707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=140;PP=2965;SC=AAAATGGCAGTGTGTCTGCCG;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=164;TCR=142;TR=302;WE=50277843;WS=50277825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr22	50277883	rs910797	A	G	10677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=169;PP=2965;SC=TGCTTCCACCACAGCCTGCGG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=378;TCF=209;TCR=169;TR=378;WE=50277891;WS=50277873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr22	50278438	rs910798	A	G	8658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.335;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CCTCGTCTCCAGTAAAGCCGG;SOR=0.470;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=148;TCR=158;TR=305;WE=50278446;WS=50278428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,318:1.00:319
chr22	50278568	rs910799	A	G	7865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.557;SC=TTCCGATGACATAGGGGAGGC;SOR=0.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=152;TCR=121;TR=272;WE=50278576;WS=50278558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr22	50278642	rs910800	C	T	9592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=178;NR=147;PP=2965;SC=TTGAATCTGGCGCCATCTTCC;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=326;TCF=178;TCR=148;TR=325;WE=50278650;WS=50278632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr22	50280136	rs5770755	T	C	16449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=256;NR=337;PP=2965;ReadPosRankSum=0.963;SC=CCTTCGAGGCTGCGAGCCGGG;SOR=0.388;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=595;TCF=257;TCR=338;TR=593;WE=50280144;WS=50280126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,621:1.00:622
chr22	50354744	.	G	T	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.750;SC=GCCCCGGGCCGCACCAACCCC;SOR=0.287;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=163;WE=50354752;WS=50354734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr22	50356274	rs28645887	C	T	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=10;PP=1207;SC=CCAGCAGGGACCTCGCCGTCT;SOR=3.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=56;WE=50356282;WS=50356264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	50356302	rs28691713	C	T	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=78;NR=20;PP=2224;SC=GGCTCTGCCTCTGTGGTGGGC;SOR=2.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=78;TCR=20;TR=98;WE=50356310;WS=50356292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	50356555	rs4078443	T	C	6144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=119;PP=2965;SC=CTCGCCCTGCTTGGGCCCTCC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=80;TCR=119;TR=198;WE=50356563;WS=50356545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr22	50356693	rs4077129	T	C	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=76;PP=2598;SC=GACGGGGGCGTCCCGGAGAGC;SOR=0.944;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=140;WE=50356701;WS=50356683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	50356850	rs1801645	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;PP=675;SC=CCCTGACTTTCTCCTGCGTGG;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=50356858;WS=50356840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	50499964	rs137919	T	C	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=14;PP=1503;SC=TGCGTTTCCATGCTTGGGGCC;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=73;WE=50499972;WS=50499954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	50518723	rs79301	A	G	4898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=66;PP=2965;SC=ACTGTCTGTCAGCCCCTCCGG;SOR=1.277;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=116;TCR=67;TR=181;WE=50518731;WS=50518713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr22	50530651	rs738490	G	A	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=91;PP=2704;SC=GTTTTTCTTCGCCACGGGACT;SOR=2.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=26;TCR=91;TR=117;WE=50530659;WS=50530641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr22	50547247	rs138217	A	G	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=98;PP=2965;SC=TCTGGAGGGCACTTTGTATGA;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=69;TCR=100;TR=167;WE=50547255;WS=50547237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr22	50555486	rs126241	G	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=370;SC=CTAAAGATGAGTCTTAACTCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=50555494;WS=50555476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	50555619	rs138222	C	T	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=93;PP=2965;SC=TCCTTTTGCTCTGTTTTTCCG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=122;TCR=93;TR=214;WE=50555627;WS=50555609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr22	50555686	rs760749	A	C	6924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=125;PP=2965;SC=GGAGTCACTAATTGCTGCGCG;SOR=1.013;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=104;TCR=125;TR=229;WE=50555700;WS=50555676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	50563708	rs2272833	C	T	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.609;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=10;PP=1356;ReadPosRankSum=1.222;SC=ATCGCCCCACCTGGGGGGCCA;SOR=2.958;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=56;WE=50563716;WS=50563698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr22	50564413	rs138242	A	G	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=2;PP=177;SC=AGTAGAGATGAGGTTTCGCCG;SOR=1.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=50564421;WS=50564403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	50564535	rs5771077	T	C	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=19;PP=1196;SC=CCCAGTAACGTTTTATTGAAC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=50564543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	50572406	rs3736686	A	G	10771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=219;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=0.056;SC=ATGTAAGGTTAGTTATTTTAT;SOR=1.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=220;TCR=156;TR=374;WE=50572414;WS=50572395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,391:0.99:393
chr22	50587979	rs138270	T	G	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=51;PP=2462;SC=TTTGCCAGTGTGTCAGAGGCA;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=140;WE=50587987;WS=50587969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr22	50589196	rs2294396	C	A	5213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=67;PP=2965;SC=TGCAGCTCGGCCCAGTCATTA;SOR=1.277;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=121;TCR=67;TR=187;WE=50589204;WS=50589186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr22	50591683	rs738337	G	A	10197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=1.065;SC=TGACCGTGTCGGGTAAGGACA;SOR=0.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=348;TCF=169;TCR=179;TR=346;WE=50591694;WS=50591673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,378:1.00:379
chr22	50599111	rs2272841	T	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=10;PP=1656;SC=CTCTGTGTGCTTTTAGGTACG;SOR=2.939;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=67;WE=50599119;WS=50599101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	50616656	rs7286904	T	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=678;SC=CGCCCGCCCCTGACAAGAAGC;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=36;WE=50616664;WS=50616646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	50616806	rs5771206	A	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=33;PP=1143;SC=ACTGTGGGCTAGGCCTGGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=50616814;WS=50616796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	50633048	rs730559	T	G	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=45;PP=1348;SC=ACCGCAGGCCTCCTGCTTCAA;SOR=3.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=54;WE=50633056;WS=50633038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	50635848	rs2272844	C	G	8967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=164;NR=152;PP=2965;SC=GGGGTTCCCACTGCTCCCCAA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=317;TCF=165;TCR=152;TR=316;WE=50635856;WS=50635838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr22	50637597	rs8238	G	C	5817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=92;PP=2965;SC=TCCAAAGGGAGAGAATTCGTG;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=204;WE=50637605;WS=50637587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr22	50646859	rs58098510	CA	C	203.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.641;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.680;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr22	50646936	rs5771102	G	C	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=37;PP=2238;SC=TCAGGTTTGGGCTGTTGACGC;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=117;WE=50646944;WS=50646926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	50648577	rs2294401	C	T	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=15;PP=1987;SC=GGCAGGACCCCGAGGAGGGAG;SOR=2.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=70;TCR=15;TR=85;WE=50648585;WS=50648567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	50655098	rs2272851	A	G	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=37;PP=1666;SC=GCTACCTCCCAGACACCCTGG;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=92;WE=50655106;WS=50655088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	50656096	rs2038050	A	G	10277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=205;NR=182;PP=2965;SC=CTCAGCCCCCACCCAGGAGAG;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=387;TCF=205;TCR=182;TR=387;WE=50656104;WS=50656086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr22	50657010	rs4838864	C	G	9770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=165;NR=172;PP=2965;SC=TACTTGCTCACGCAGCCCTCG;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=339;TCF=167;TCR=172;TR=337;WE=50657018;WS=50657000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr22	50658053	rs6537642	A	G	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=50;PP=2296;SC=CTCCCTGCCAACAGCAACTGC;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=118;WE=50658061;WS=50658043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	50658494	rs5771241	C	A	7010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=147;PP=2965;SC=GTGCCTGTGGCGGGTACAGAG;SOR=1.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=87;TCR=148;TR=233;WE=50658502;WS=50658484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr22	50658698	rs5771107	T	A	12960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=223;NR=242;PP=2965;SC=TCAGAGACACTGTCTCCCGGG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=466;TCF=223;TCR=243;TR=465;WE=50658706;WS=50658688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr22	50664612	rs4838865	A	G	15532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=283;NR=281;PP=2965;SC=TGTCCAGTACAACTTATCTAA;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=565;TCF=283;TCR=282;TR=564;WE=50664620;WS=50664602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,580:1.00:580
chr22	50682061	.	AAAG	A	803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.371;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;MQRankSum=0.000;QD=25.93;ReadPosRankSum=-1.558;SOR=1.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr22	50684296	rs13058062	T	C	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=60;PP=2515;ReadPosRankSum=-0.747;SC=ACTGGTCCTTTCCCTCGTCCC;SOR=0.318;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=130;WE=50684304;WS=50684286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr22	50684708	rs2294404	G	A	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=43;PP=2817;SC=CTGCCTTGCCGCGTGGCATGG;SOR=1.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=89;TCR=43;TR=132;WE=50684716;WS=50684698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr22	50685508	rs4838866	A	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=37;PP=938;SC=TCAGCCACACATCTTCTTACA;SOR=2.049;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=51;WE=50685516;WS=50685498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	50687655	.	AGGGGGTG	GGGGGGGG	653	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=56.77;NF=1,0;NR=4,4;PP=653,32;QD=136.0;SC=GGCCCGGGGGAGGGGGTGGGT;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=5,4;WE=50687669;WS=50687645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,4:0.11:37
chr22	50687655	.	AGGGGGTG	AGGGGGGTG	653	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=56.77;NF=1,0;NR=4,4;PP=653,32;QD=136.0;SC=GGCCCGGGGGAGGGGGTGGGT;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=5,4;WE=50687669;WS=50687645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr22	50688235	rs738334	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=24;PP=1680;SC=CCTCCTGCGCTGCCCCTTGCT;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=50688243;WS=50688225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	50688348	rs1555048	A	G	7185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=103;PP=2965;SC=TGTTGAACACACAGAACCCGT;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=152;TCR=103;TR=255;WE=50688356;WS=50688338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr22	50689030	rs909688	A	G	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=52;PP=1503;SC=CCTGGGATTCATGGTGGGAGT;SOR=2.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=69;WE=50689038;WS=50689020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	50693479	rs5771281	A	G	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=11;PP=1150;SC=CAGGGCCCACAGGGTCCACAC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=64;WE=50693487;WS=50693469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	50693521	rs5771282	C	T	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=87;NR=18;PP=1970;SC=ACTCACGGGTCCACACAGGCC;SOR=2.606;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=89;TCR=19;TR=105;WE=50693546;WS=50693511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	50693534	rs6010218	A	G	5731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.22;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	50693538	rs6010219	G	A	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.75;SOR=2.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	50693554	rs6010220	A	G	7183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=134;NR=50;PP=2965;SC=CCCAACTCACAGGTCCACACA;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=136;TCR=53;TR=184;WE=50693562;WS=50693544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	50694297	rs1129880	A	G	8550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=143;NR=159;PP=2965;SC=TGCAGCCCACAGACCAGATGT;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=143;TCR=159;TR=302;WE=50694305;WS=50694287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr22	50695270	rs5771284	A	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=19;PP=1843;SC=GTGGCTCAGCACCCAGACCCC;SOR=2.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=73;WE=50695278;WS=50695260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	50699487	rs2272856	G	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=1;PP=616;SC=ACCCCCGCCCGGCCCCACAGC;SOR=3.611;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=24;WE=50699495;WS=50699479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	50699668	rs2272857	A	G	10351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=191;PP=2965;SC=CGGACTGGAAAGGCCGATACA;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=187;TCR=191;TR=378;WE=50699676;WS=50699658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr22	50703572	rs10626765	C	CAG	4629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=66;PP=2957;SC=AGCCTCAGCACAGTCTGGGAG;SOR=2.147;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=13;TCR=71;TR=79;WE=50703580;WS=50703562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	50704661	rs2076139	T	C	8434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.614;SC=TCACGTGTTCTGAGGAGATTT;SOR=0.283;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=177;TCR=146;TR=320;WE=50704669;WS=50704651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,328:1.00:329
chr22	50705059	rs742185	A	G	19284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=370;NR=341;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GGGCGAGGGGACCTCCATCAG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=714;TCF=372;TCR=342;TR=711;WE=50705067;WS=50705049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,724:1.00:726
chr22	50705466	rs760748	A	G	12117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=217;NR=210;PP=2965;SC=GCGCCAGCCCAAAATCCAGGA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=427;TCF=217;TCR=210;TR=427;WE=50705474;WS=50705456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr22	50713866	rs1042979	G	C	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=45;PP=1689;SC=TCAAATCACTGGAGACTCGAC;SOR=0.876;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=112;WE=50713874;WS=50713856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	50715029	rs5771119	T	C	7361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=98;PP=2965;SC=CGGGGAGGGCTGTGGGTGCGT;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=165;TCR=98;TR=263;WE=50715037;WS=50715019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr22	50715973	rs28637964	G	T	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=15;PP=1828;SC=GCCTCCTGGGGACAGACCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=68;TCR=15;TR=83;WE=50715981;WS=50715963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	50716167	rs1127000	G	A	11967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=204;NR=225;PP=2965;ReadPosRankSum=1.550;SC=GGAGCGGTAAGCTGAGGCAGA;SOR=0.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=430;TCF=204;TCR=226;TR=429;WE=50716175;WS=50716157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,444:1.00:445
chr22	50717129	rs28718510	T	G	5347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=95;PP=2965;SC=CGCCACTCTGTGGGAAGAGAC;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=94;TCR=95;TR=189;WE=50717137;WS=50717119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr22	50717547	rs28633213	T	C	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=78;PP=1819;SC=GCGGCACCCTTGGGCAGCAGG;SOR=3.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=11;TCR=78;TR=89;WE=50717555;WS=50717537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	50718397	rs28611220	A	G	6452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=81;PP=2965;SC=AGTCTGCCTCATCCCTCAAGC;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=156;TCR=82;TR=237;WE=50718405;WS=50718387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr22	50719165	rs28540713	T	C	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=37;PP=1665;SC=GCCCGACGCCTGGCTCACATT;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=50719173;WS=50719155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	50719251	rs11547734	A	G	7730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=101;PP=2965;SC=GCCGCGGCTCAGGGATGTCCA;SOR=1.301;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=288;TCF=187;TCR=101;TR=288;WE=50719259;WS=50719241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr22	50720181	rs28442189	C	G	8241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=144;PP=2965;SC=CCTGGGGAGGCGGCAGTGGTC;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=283;TCF=139;TCR=144;TR=281;WE=50720189;WS=50720171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr22	50720622	rs11547728	C	T	10961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=159;NR=202;PP=2965;SC=CCGTCATGGGCTGCAGGGATT;SOR=1.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=159;TCR=203;TR=361;WE=50720630;WS=50720612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr22	50722134	rs11547731	T	C	20168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=402;NR=351;PP=2965;SC=GACCCCAGGATGGTGATGCGG;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=753;TCF=402;TCR=351;TR=753;WE=50722142;WS=50722124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,780:1.00:780
chr22	50724172	rs56015849	A	AC	1196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=3;PP=1040;SC=ACCGGCCGGCACCCCTCCCTC;SOR=5.211;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=27;WE=50724180;WS=50724162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	50724190	rs28604596	G	T	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.128;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.113;NF=35;NR=11;PP=914;ReadPosRankSum=1.144;SC=CTCCGCACCTGAGCCTGCCTG;SOR=2.350;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=46;WE=50724198;WS=50724180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr22	50751529	rs67248662	G	C	4850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=80;PP=2757;SC=GCTGGATCTGGGGGGGAGTCT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=91;TCR=80;TR=171;WE=50751537;WS=50751519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr22	50752150	rs68178377	C	T	11432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=105;PP=2965;SC=TTCTTCTGCACGCCCTGCAGG;SOR=1.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=148;TCR=105;TR=253;WE=50752177;WS=50752140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr22	50752169	rs73891220	G	A	10134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GGGGAGAGAGGGCCAGGCCCT;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=157;TCR=109;TR=264;WE=50752177;WS=50752140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr22	50753334	rs73439311	G	A	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=101;PP=2955;SC=ATATGAGTCAGCACAGGCCGG;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=68;TCR=101;TR=169;WE=50753342;WS=50753324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr22	50753973	rs62241228	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=746;SC=CTGCCTCCCTTGGGCAGTCCC;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=50753981;WS=50753963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	50754052	rs71964200	TACTC	T	5682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=40;PP=2957;SC=CGCACACACATACTCACACAC;SOR=1.366;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=70;WE=50754063;WS=50754042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr22	50754363	rs35812349	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=7;PP=893;SC=GGGTGAACCAAGGAAGCAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=50754371;WS=50754362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	50754466	rs62241230	C	T	5873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=134;NR=71;PP=2965;SC=CTTGGTCAAACTGCTTCGGAG;SOR=1.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=134;TCR=71;TR=205;WE=50754474;WS=50754456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr22	50754648	rs11553141	T	C	9608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=151;PP=2965;SC=TCTGCCCAGGTGCAGGCGCCG;SOR=0.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=185;TCR=151;TR=335;WE=50754656;WS=50754638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr22	50757470	rs67488807	T	C	6901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=155;PP=2965;SC=ACACCATCTGTCCGAGGAGGC;SOR=1.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=85;TCR=155;TR=240;WE=50757478;WS=50757460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr22	50757541	rs62241233	T	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=60;PP=1432;SC=CATCTGTCTGTGGGGCGCAGG;SOR=2.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=76;WE=50757549;WS=50757531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	50857140	rs7293044	G	A	101.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	50898302	rs190798895	C	T	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=145;NR=58;PP=2965;SC=GACCAGAAGCCGTGGCCCAGG;SOR=1.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=147;TCR=59;TR=203;WE=50898310;WS=50898292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr22	50899755	rs35628474	AG	A	594.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.966;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,34:0.35:98
chr22	50925098	rs2232873	G	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=602;SC=GATAACCCTAGGCAGGTCAGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=50925106;WS=50925088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	50925405	rs2232876	C	T	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=99;PP=2936;SC=CAGCCACTCCCGCCCTCTTCT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=65;TCR=99;TR=164;WE=50925413;WS=50925395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr22	50925432	rs145924823	CCCT	C	3019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=51;PP=2495;SC=CACTGGCCAGCCCTCCTCCTC;SOR=2.704;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=67;TCF=3;TCR=64;TR=52;WE=50925442;WS=50925422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	50925672	rs2232878	T	C	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=58;NR=25;PP=1344;SC=GATGATGGCGTGGGAGAGGCT;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=83;WE=50925680;WS=50925662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	50926894	rs74714772	C	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=248;SC=CACGGCCCCCCGACGGCTGCC;SOR=2.670;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=13;WE=50926902;WS=50926884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	50927447	rs139170143	C	CGTCCCTCCT	5924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=17;PP=2803;SC=CATGGCCTCCCGTCCCTCCTG;SOR=2.564;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=60;WE=50927455;WS=50927437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	50944128	rs743615	G	A	9072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=183;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=2.440;SC=TGCGGCTGCCGTGGCCAGGCT;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=325;TCF=185;TCR=140;TR=322;WE=50944136;WS=50944118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,341:0.99:343
chr22	50946965	rs131823	T	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=14;PP=394;SC=CGCCCCACCGTCTCCACGCCT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=50946973;WS=50946955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	50957520	rs3091397	G	A	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=14;PP=967;SC=TCTGGGCTCCGTGACTAAAGC;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=50957528;WS=50957510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	50960682	rs140524	C	T	7624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=131;NR=135;PP=2965;SC=AGGAGGGAGGCAAGTCCCAGC;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=131;TCR=135;TR=266;WE=50960690;WS=50960672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr22	50961169	rs131813	A	G	6635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=124;NR=105;PP=2965;SC=GGTTAGAGGGAGACGGGGAGG;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=125;TCR=106;TR=229;WE=50961177;WS=50961159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr22	50964153	rs131805	T	C	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=45;PP=2256;SC=CCCTGGATCCTTCCGCTCCCG;SOR=1.188;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=118;WE=50964161;WS=50964143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	50964236	rs11479	G	A	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=108;NR=97;PP=2965;SC=TGCGAAGGGCGAGGGGGCGGC;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=108;TCR=97;TR=205;WE=50964244;WS=50964226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr22	50968826	.	CAG	C	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.356;ClippingRankSum=0.000;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.584;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.947;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,47:0.15:323
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chr22	50988317	rs148213739	C	T	6939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=151;PP=2965;SC=TGGGGAGCACCGGGGTCCTCA;SOR=1.323;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=92;TCR=152;TR=243;WE=50988325;WS=50988307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr22	51008850	rs2073605	A	G	10226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=193;PP=2965;ReadPosRankSum=2.231;SC=AATGGAGGCCACAGCTGGTCA;SOR=0.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=370;TCF=175;TCR=195;TR=367;WE=51008858;WS=51008840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,391:1.00:392
chr22	51008925	rs2073604	G	A	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=86;NR=114;PP=2965;SC=AGCCAGACACGGTTCTGCTGA;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=86;TCR=114;TR=200;WE=51008933;WS=51008915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr22	51010788	rs131761	T	A	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=97;PP=2965;SC=TGTCCAGAGGTGCCTGACCTG;SOR=1.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=49;TCR=97;TR=146;WE=51010796;WS=51010778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr22	51011241	rs5770911	C	T	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=36;PP=1903;SC=TATCTTTAATCCTCTAACCAT;SOR=1.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=103;WE=51011249;WS=51011231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr22	51011376	rs8142477	G	C	4386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=78;PP=2788;SC=GGGGTCATAGGAGTAGGATTC;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=151;WE=51011384;WS=51011366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr22	51011933	rs115743514	T	C	6018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.30;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	51011936	rs131760	TA	CG	6258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=1.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr22	51012311	rs17848459	G	T	5085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=73;PP=2965;SC=CAGGCCCTGTGCTGGGTGCTT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=110;TCR=73;TR=183;WE=51012319;WS=51012301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr22	51012381	rs12627787	C	T	7815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=141;PP=2965;SC=GAGGAAACGACGCACTAGAGG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=146;TCR=141;TR=287;WE=51012389;WS=51012371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr22	51013072	rs1557503	G	A	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=77;PP=2184;SC=CTCTGTCTGGGTGTCACCTGA;SOR=2.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=18;TCR=77;TR=95;WE=51013080;WS=51013062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	51015210	rs140515	G	C	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=114;NR=55;PP=2965;SC=TGCCTCTCCCGTCTAGCTCAG;SOR=1.555;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=114;TCR=55;TR=169;WE=51015218;WS=51015200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr22	51015674	rs3213446	C	T	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=96;NR=12;PP=2796;SC=TGTATCTGCCCAGCTCAGGAA;SOR=3.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=96;TCR=12;TR=108;WE=51015682;WS=51015664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr22	51015838	rs3213445	T	C	17681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=687;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=311;NR=348;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GTTGCCATGATGACGACCAGC;SOR=0.438;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=660;TCF=312;TCR=348;TR=659;WE=51015846;WS=51015828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,685:1.00:686
chr22	51016098	rs5770916	A	G	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=33;PP=2225;SC=CACAACCTGTACCGGGCAGAA;SOR=1.499;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=71;TCR=34;TR=102;WE=51016106;WS=51016088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	51017713	rs762677	G	A	9612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=155;NR=186;PP=2965;SC=CCCACACAGTGGTGAGAAGAC;SOR=0.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=343;TCF=157;TCR=186;TR=341;WE=51017721;WS=51017703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr22	51017794	rs762676	A	G	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=79;PP=2906;ReadPosRankSum=0.812;SC=CTCCTGGAAGAGTGTGGCTGC;SOR=0.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=131;WE=51017802;WS=51017784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr22	51018911	rs2269382	C	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=26;PP=1015;SC=GCCACCCTAACAGGCCAGGCC;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=51018919;WS=51018901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	51020069	rs2269381	G	C	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=46;PP=1878;SC=AGGGTTTTGGGGGAAATTCCC;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=81;WE=51020077;WS=51020056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	51020668	rs86337	C	A	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=30;PP=1718;ReadPosRankSum=-0.651;SC=GGCGCTCACACCCCCCTCACC;SOR=0.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=96;WE=51020676;WS=51020658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr22	51021264	rs144647670	GGCTCGGTTCCTTCCGGCCGC	G	3099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=45;PP=2927;SC=CCTTCGGACGGGCTCGGTTCC;SOR=4.499;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=45;WE=51021291;WS=51021254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	51042513	rs140511	C	CG	10107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=40.11;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr22	51043278	rs3219201	G	A	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=23;PP=1127;SC=TGGTGGATGAGCACACGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=51043286;WS=51043268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	51045190	rs1140555	C	T	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=73;PP=2712;SC=GAGGAGGGCCCGAGGTGGGAG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=138;WE=51045198;WS=51045180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr22	51045433	rs131736	C	T	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=101;PP=2965;SC=AGAGTCTGACCGTCCCCGAGT;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=180;WE=51045441;WS=51045423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr22	51045480	rs131735	G	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=54;PP=1392;SC=GAGTCCAACCGCCCCCTGAGT;SOR=2.185;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=76;WE=51045488;WS=51045470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	51048721	rs14136	G	A	9822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=119;NR=215;PP=2965;SC=CCATGAGGCCGGTGGCGCAGA;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=121;TCR=215;TR=334;WE=51048729;WS=51048711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr22	51048781	rs5770941	T	G	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=101;PP=2699;SC=GGGTGCAGGGTTACGGAGGTG;SOR=3.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=18;TCR=101;TR=119;WE=51048789;WS=51048771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	51063987	rs762674	G	C	10333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=218;NR=154;PP=2965;SC=CGGGGGGAGGGATCCACGGGG;SOR=1.079;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=375;TCF=218;TCR=157;TR=372;WE=51063995;WS=51063977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr22	51064141	rs762673	G	A	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=142;PP=2965;SC=ACGGGGCGGGGCAGGCCCCAA;SOR=1.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=63;TCR=142;TR=204;WE=51064149;WS=51064119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr22	51064818	rs762672	T	C	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=64;PP=1534;SC=GTGCCCAGCATGAGCCCGGCA;SOR=4.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=6;TCR=64;TR=70;WE=51064826;WS=51064808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	51113001	.	CCG	C	415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.79;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	51113801	.	C	CTGTGTG	92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	51135973	.	T	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=94.77;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,0:0:1
chr22	51135974	.	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=94.77;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,0:0:1
chr22	51135975	.	CGAAT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr22	51135980	.	T	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	51135983	.	A	C	178.78	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=44.69;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr22	51135984	.	G	GGCCCCGGCCCCGCGCCCGGC	663.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=221.24;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	51135986	.	T	C	663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=47.41;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	51135989	.	GTT	G	661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.36;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	51150167	rs5770819	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=44;PP=1109;SC=CAGGGTGGCCTGGAAGCCTGG;SOR=2.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=51150175;WS=51150157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	51169045	rs8140772	C	T	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=20;PP=968;SC=CTCCCGCCAGCCGCAGCCCCA;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=51169053;WS=51169035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	51171667	rs41281537	G	A	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=54;SC=CTGCTTGAGGGGATATTTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=51171675;WS=51171657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	51178607	rs6010067	G	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=46;PP=1079;SC=TCTACGGGGGGGCTGACAGCA;SOR=2.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=60;WE=51178615;WS=51178597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	51179000	rs2283675	C	A	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=12;PP=1541;SC=GGAAGGGGACCGGTGGTTGGT;SOR=2.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=70;WE=51179008;WS=51178990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	51183017	rs58651371	C	T	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=4;PP=599;SC=CAGAGCCTTCCGACCCCTCTG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=51183025;WS=51183007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	51183255	rs5771002	A	G	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.51;QD=27.91;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	51211392	rs3888396	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.72;QD=22.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	51215203	rs369564416	C	T	4979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.06;QD=27.67;SOR=1.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chrX	2699968	rs2306737	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=7;PP=680;SC=AGACAATGGCAATCTATAAAC;SOR=2.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=37;WE=2699976;WS=2699958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	2700027	rs2306736	T	C	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=32;PP=1796;SC=ATAGTCACGCTGATGAGCTTG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=101;WE=2700035;WS=2700017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	2715425	rs4484858	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	2724760	rs3749988	T	C	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=11;PP=1099;SC=GGCTATAGACTCAACTCTCGT;SOR=2.494;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=49;WE=2724768;WS=2724750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	2726396	rs6567645	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=497;SC=GTATGTATATAAAGTAGCTCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=2726404;WS=2726386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	2729540	rs11439714	T	TA	603.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.498;NF=2;NR=23;PP=312;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AAGCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.425;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=25;WE=2729548;WS=2729530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chrX	2732166	rs5939337	A	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=51;SC=TCTTTTTTTTAAAATAGATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=2732174;WS=2732161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	2732356	rs34201156	C	CT	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chrX	2748051	rs57068689	T	C	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=19;PP=908;SC=GGGGTGACACTGGCGGGGCCT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=2748062;WS=2748041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	2748253	rs6642032	G	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=43;PP=1415;SC=AGCTCAAGCTGCTTCAGTTCA;SOR=1.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=2748261;WS=2748243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	2748292	rs6641656	C	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=26;PP=730;SC=GCTTGGGTGACAGATTGGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=2748300;WS=2748282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	2774478	rs5939132	A	G	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=34;PP=1356;SC=CACATCTCGCATTCTTGGAGT;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=2774486;WS=2774468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chrX	2777985	rs2306734	C	T	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=41;PP=1234;SC=CAAGGCTCAGCGTCCAGCAGC;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=2777993;WS=2777975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chrX	2779570	rs2306735	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=7;PP=546;SC=CAGCTTTGCCACAGTGATGTG;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=2779578;WS=2779560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chrX	2833489	.	C	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.298;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-1.304;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chrX	2833506	rs211649	G	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.929;HP=2;HapScore=4;MGOF=143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.736;NF=2;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=0.292;SC=TTTATTGCAAGTTGGTTCATA;SOR=0.048;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=3;WE=2833515;WS=2833496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chrX	2833507	rs73632956	T	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.929;HP=1;HapScore=4;MGOF=143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.736;NF=8;NR=1;PP=318;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TTATTGCAAGTTGGTTCATAT;SOR=3.056;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=2833515;WS=2833496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chrX	2833533	rs369423737	GTTACGCCC	G	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.078;NF=6;NR=2;PP=1388;ReadPosRankSum=2.560;SC=TGGCCAGTCTGTTACGCCCTA;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=2833560;WS=2833523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chrX	2833551	rs114724695	A	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-0.943;QD=27.10;ReadPosRankSum=1.266;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
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chrX	2833552	rs115030126	C	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-0.905;QD=25.67;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chrX	2833580	rs112594989	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=318;ReadPosRankSum=0.306;SC=GTGAGGCTCCATGGTACCTTG;SOR=0.818;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=21;WE=2833588;WS=2833570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chrX	2833605	rs111939179	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=452;ReadPosRankSum=-0.289;SC=ACCTATGAGCCAGTCCATCTC;SOR=1.046;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=27;WE=2833613;WS=2833595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chrX	2833628	rs373216270	A	C	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.08;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chrX	2833631	rs377542415	A	G	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chrX	2833638	rs370769167	C	T	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
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chrX	2833749	rs112924969	T	C	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
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chrX	2833855	.	TT	GC	81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=47;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=81;QD=22.411312477;SC=ACCTTCTGAGTTCATCAGTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=2833864;WS=2833845;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,6:0.40:15
chrX	2833856	rs211650	T	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=144;SC=CCTTCTGAGTTCATCAGTGGG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=2833864;WS=2833845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	2835831	rs75490251	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=359;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CTTTAAGATGCGATGGTTGCT;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=26;WE=2835839;WS=2835821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chrX	2835863	rs78034736	G	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
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chrX	2835985	.	G	A	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,53:0.35:150
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chrX	2835993	.	G	A	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=4.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.430;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,49:0.34:143
chrX	2835995	rs150899882	C	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=3.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=0.029;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,49:0.35:139
chrX	2835998	rs113556864	CCCACGCCGG	C	1722.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,49:0.33:148
chrX	2836037	rs211653	G	C	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=0.517;SC=CGCGGAGACAGAGAAGAAACC;SOR=0.698;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=76;WE=2836068;WS=2836027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,82:0.65:127
chrX	2836041	rs67272620	A	T	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,45:0.37:121
chrX	2836047	rs67359049	C	T	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chrX	2836060	rs113318393	G	A	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=2192;ReadPosRankSum=-0.922;SC=AGGTCTGGCCGGCAGCCAGGG;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=42;WE=2836068;WS=2836027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chrX	2836084	rs73632973	C	G	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=421;ReadPosRankSum=0.130;SC=GAATCCCCAGCGCCAGGAACT;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=38;WE=2836092;WS=2836074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chrX	2836138	rs73632974	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=456;ReadPosRankSum=-1.648;SC=CGTCCACTTCGGGGGGCCTGC;SOR=0.691;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=40;WE=2836146;WS=2836128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,44:0.38:116
chrX	2836181	rs73632975	A	T	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chrX	2836184	rs73632976	C	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chrX	2836211	rs73632977	A	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=-0.017;SC=TCCGTGGTTCAGGGGGTGGTG;SOR=0.530;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=25;WE=2836219;WS=2836201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chrX	2836238	rs73632978	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=1.674;SC=ATCCCCGCGGGATGCACAATT;SOR=0.667;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=16;WE=2836246;WS=2836228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chrX	2836283	rs115556892	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chrX	2836285	rs114112932	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chrX	2836293	rs138206271	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-2.144;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chrX	2836336	.	G	C	134	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=70;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=134;QD=42.1928031368;SC=AAAGAACCTCGGAATCATTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=2836357;WS=2836326;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chrX	2836373	.	A	G	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5060;HP=2;HapScore=2;MGOF=170;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=21;QD=27.8856062736;SC=AAAAGTCTGCAAAGAGCAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=2836381;WS=2836363;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chrX	2852951	rs11222	G	A	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=7;PP=427;SC=GTCTCCAGATGTTGCCCAGCC;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=2852959;WS=2852941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	2856155	rs35143646	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=423;SC=GGCACCTCGCCGCCCGCCAGC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=2856163;WS=2856145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	2871011	rs211640	G	C	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=428;SC=TATTTCTTGAGTATCTACTTT;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=2871019;WS=2871001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	2942109	rs5939407	T	C	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=28;PP=1442;SC=CAACCACACCTTGGTGTACTT;SOR=0.934;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=72;WE=2942117;WS=2942099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	2950961	rs5982634	A	G	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=181;SC=GAGTATTATCAATCACTAGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=2950969;WS=2950951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	2950998	rs5939411	C	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=631;SC=ACATCTTTAACGAAAAGAGTC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=2951006;WS=2950988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	2951434	rs5939155	C	G	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=100;SC=TGAGACCATGCGGACCACGTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=2951442;WS=2951424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	2998812	rs113654711	G	A	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=143;SC=CCTCCTAAAAGCCCTACCTCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=2998820;WS=2998802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	2999141	rs5983001	G	A	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=541;SC=TCTTGGAAACGCTGTATTTTA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=2999149;WS=2999131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	3002219	rs5983002	T	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=721;SC=CTCACATGGTTTTTGCAATGT;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=3002227;WS=3002209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	3002475	rs112461718	A	G	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=49;PP=1751;SC=TGCCATTGCCATCCTCACCCT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=3002483;WS=3002465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	3002687	rs5983003	A	G	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=22;PP=716;SC=TGGTGAAGGAAGCGATTTCCT;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=3002695;WS=3002677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	3028260	rs17051478	C	T	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=43;PP=1559;SC=TGGCTCCTACCTGCACGCCGT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=85;WE=3028268;WS=3028250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chrX	3028289	rs5983011	C	T	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=47;PP=1469;SC=TCCCCAAGGACGACAGTGAGT;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=91;WE=3028297;WS=3028279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	3028385	rs5983012	G	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=380;SC=TCTCTAGACCGGTCCTTTCAT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=3028393;WS=3028375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	3028405	rs5982644	C	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=224;SC=TTCCAGGGCTCACTGAACACA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=3028413;WS=3028395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	3030181	rs7053230	G	A	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=0;PP=659;SC=GCTGAAGTGCGCATCATTTGA;SOR=5.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=3030189;WS=3030171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	3030426	rs10522044	G	A	4544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=80;PP=2869;ReadPosRankSum=-0.667;SC=TTAAAAAGGTGGCCAACGCCC;SOR=0.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=148;WE=3030434;WS=3030416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chrX	3190004	rs1726214	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=257;ReadPosRankSum=2.337;SC=CCGGGGCACCGGTAAATATTT;SOR=1.250;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=13;WE=3190012;WS=3189994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chrX	3190121	.	C	CGT	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=524;ReadPosRankSum=-0.414;SC=GCTTAATGAGCGTGTGTGTGT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=3190129;WS=3190111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chrX	3190161	.	A	AACACAC	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=33.87;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chrX	3190191	rs1726212	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=97;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=266;SC=GAAAGCACCATCTTCCTCAAA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=3190199;WS=3190181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	3190297	rs1726211	C	T	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=49;PP=2104;SC=TTCATAGAGACTCCATTTCTC;SOR=0.983;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=117;WE=3190305;WS=3190287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chrX	3195109	rs1635207	C	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=523;SC=CTTGGACTTCCAGCCTCCAGA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=3195117;WS=3195099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	3228144	rs112101834	C	G	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=27;PP=1066;SC=ACACCGAGGCCTCACGAACCG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=3228152;WS=3228134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	3228411	rs1635233	G	A	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=38;PP=1359;SC=GGTAGGCCCCGGCGTCCACCG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=3228419;WS=3228401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	3228891	rs1635235	A	G	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=21;PP=1143;SC=TCTCCCGCACAGTGGTGATGG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=3228899;WS=3228881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	3235724	rs1635242	C	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=11;PP=500;SC=GTGATGCGGCCCTCCACGGGG;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=3235732;WS=3235714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	3238167	rs1635245	T	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=356;SC=TGAGGATTTGTGGCTTTTCCC;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=3238175;WS=3238157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	3238733	rs1974522	G	A	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=78;NR=93;PP=2965;SC=GATAATCTTGGAGTTGTAAAC;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=78;TCR=93;TR=171;WE=3238741;WS=3238723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chrX	3239545	rs1726199	C	T	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=15;PP=480;SC=AACAGGTATGCCTGTCTGTAG;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=3239553;WS=3239535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	3240343	rs1635246	G	A	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	3241050	rs1635247	G	A	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=19;PP=1068;SC=CAGTCTTCTCGGAAAGGTCAT;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=3241058;WS=3241040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	3241256	rs5983119	T	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=23;PP=984;SC=GGGGGAGAAATAGCAGGAAAA;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=3241264;WS=3241246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	3241284	rs1635248	A	G	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=23;PP=966;SC=TGACTTCTAGACTCAAGGATG;SOR=0.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=50;WE=3241292;WS=3241274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	3241317	rs1635249	T	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=21;PP=794;SC=TTTTAATCAATGGGGGTACTT;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=3241325;WS=3241307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	3241791	rs1635250	G	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=23;PP=887;SC=AGTAACCACTGTCACTGACTT;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=3241799;WS=3241781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	3539248	rs12394147	G	A	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=25;PP=978;SC=GGTGTTAGACGGCAGACACGC;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=3539256;WS=3539233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	3736489	rs1133336	C	T	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=31;PP=1758;SC=TCACCAACAGCGTATAAGCAA;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=91;WE=3736497;WS=3736479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chrX	6975782	rs868756	C	G	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=37;PP=1646;SC=CAGTTGATTACACAGAAGGAG;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=90;WE=6975790;WS=6975772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	6995315	rs2379206	C	T	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=15;PP=855;SC=GGAAGATGTCCGGGTCTGGCT;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=6995323;WS=6995305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	6995417	rs2379207	C	T	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=43;PP=1602;SC=TATCGAACGACGCGGACCCCG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=91;WE=6995425;WS=6995407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	6995438	rs1803675	C	T	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=46;PP=1743;SC=AGCTGGTGGCCAGTGCAAAGG;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=99;WE=6995446;WS=6995428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	7023678	rs1131197	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=327;SC=GAGCGCAGCCGTGGGGAACAC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=7023686;WS=7023668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	7066051	rs1473666	A	C	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chrX	7175408	rs67369571	ACCT	A	3002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=19;PP=1580;SC=CGATCAGGTAACCTCCTATCT;SOR=1.098;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=33;WE=7175418;WS=7175398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	8095173	rs1037521	T	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=13;PP=355;SC=AAACATAATGTTATGTGGAAA;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=8095181;WS=8095163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	8138080	rs1058239	G	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.18;QD=24.66;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	8138160	rs1058238	T	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.76;QD=42.05;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	8138165	rs1058237	C	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.42;QD=42.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	8138170	rs75657421	CT	GC	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.02;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	8138182	rs41305169	A	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=108;SC=CTCCTGACTCAGGGGGTCGTG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=8138190;WS=8138150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	8270569	rs199979341	AAAAGAAAGAAAG	A	1203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.83;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	8503641	rs809446	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=16;PP=736;SC=CGGAAGGCAGGATCTGGGACT;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=8503649;WS=8503631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	8504773	rs808120	G	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=500;SC=TGCTGACACCGTAGACCTAGA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=8504781;WS=8504763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	8504833	rs808119	C	T	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=22;PP=1052;SC=AGGCAGCCAACAGGCTTGTGG;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=8504841;WS=8504823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	8700168	rs1236390	A	C	57.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	8761625	rs2188935	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=488;SC=CCATACATTCGGAAACAAACA;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=8761633;WS=8761615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	8766291	rs2018496	T	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=255;SC=TGGGAAGATATGTCTTATGTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=8766299;WS=8766281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	9000594	rs200449273	TG	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.162;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chrX	9859098	rs6640543	A	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.975;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1426;ReadPosRankSum=2.018;SC=CGGCCTCCCCATTCACCTCCA;SOR=0.538;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=97;WE=9859106;WS=9859088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chrX	9859197	rs6640544	A	G	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1651;ReadPosRankSum=2.213;SC=AGCCTTCTGCAGGGAGCGCAC;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=107;WE=9859205;WS=9859187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chrX	9935526	rs5934730	G	T	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=61;PP=2810;SC=AAGACACCTCGCTCTACCCCC;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=88;TCR=62;TR=149;WE=9935534;WS=9935516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chrX	9935844	rs5934731	C	T	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=48;PP=1737;SC=TCCAGAACTACGATGCCGTCA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=9935852;WS=9935834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	10085674	rs6530368	T	C	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=44;PP=1293;SC=TCCCCGGGGATGGGGAAGGGC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=10085682;WS=10085664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	10093298	rs2285493	T	C	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=29;PP=648;SC=GATTTGAGGCTGGTGAAGGTG;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=10093306;WS=10093288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	10094434	rs12687524	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	10098330	rs2285498	A	G	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=143;SC=CGAGGCTCCCAGGGAGGAGAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=10098338;WS=10098320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	10102338	rs5934760	T	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=351;SC=AGATATCAGCTTTTCCATTGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=10102346;WS=10102328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	10104585	rs4830697	G	T	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=14;PP=928;SC=AGGATGAAAAGAATCCATTCT;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=10104593;WS=10104575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	10104606	rs3815014	C	T	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=23;PP=1288;SC=GAGACTCTGACTACACACACA;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=10104614;WS=10104596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	10107329	rs68029463	G	A	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	10166198	rs2240019	A	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=482;SC=TTTTACTTCTACTAACTCATT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=10166206;WS=10166188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	11313027	rs946252	T	C	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=41;PP=1241;SC=AAAAATCTGCTCATAGTTGGT;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=11313035;WS=11313017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	12516777	rs111618469	CT	C	723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.7625;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=505;ReadPosRankSum=0.510;SC=TGTAATGATGCTTTTTTTTTT;SOR=0.869;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=33;WE=12516797;WS=12516766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,37:0.88:42
chrX	12722616	rs4469660	C	G	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=40;PP=1341;SC=TATCACATTTCCATCTTAAAA;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=12722624;WS=12722606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	12809661	rs1731469	G	A	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=68;PP=2331;SC=ATCAGGACCTGTCCCAGCGCG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=77;TCR=68;TR=144;WE=12809669;WS=12809651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	12939928	rs2109135	T	C	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=39;PP=1571;SC=GGGATTGGGATCCGGGATTGG;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=84;WE=12939936;WS=12939918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	13337059	rs4830842	C	T	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=33;PP=1833;SC=CTGTACTGTGCCTTCACTGAT;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=101;WE=13337067;WS=13337049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	13607881	rs2885181	C	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=213;SC=GCCAGTGGATCTCTCAGGCAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=13607889;WS=13607871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	13681115	rs2361159	C	T	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=82;PP=2882;SC=GGCAAGAGATCGAGTGAGTTG;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=162;WE=13681123;WS=13681105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chrX	13681638	rs5935649	C	T	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=39;PP=1252;SC=TAATTTGTAACGAATGTGGGG;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=13681646;WS=13681628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	13681679	rs5935650	G	T	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=915;SC=TGGGTGTGCTGGTAACTGTAA;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=13681687;WS=13681669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	13734539	rs2285633	T	C	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=147;SC=GAAACTTACATTTTCACCTGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=13734547;WS=13734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	13734919	rs35084098	C	CTTTG	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=382;SC=TGCTTTTATACTTTGTTATTG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=13734927;WS=13734909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	13758375	rs2238908	G	A	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=67;PP=1979;SC=CGTCCAGTGTGACTCTCTGTG;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=108;WE=13758383;WS=13758365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	13765097	.	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=161;SC=TATTTTATGGGTGGCTATTTC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=13765105;WS=13765087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	13769593	rs3214141	GA	G	87.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=75;SC=TTTAGTGTTTGAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=13769601;WS=13769583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	13771576	rs3815049	A	G	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	13803960	rs5978663	C	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=26;PP=793;SC=ATAGCCGTTACGGGCAAGAAC;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=13803968;WS=13803950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	14599230	rs2074210	A	G	221.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=0;PP=182;SC=AATCAGGGAGAAGAATGAGAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=14599238;WS=14599220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	14599572	rs2074211	A	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=521;SC=CCATTTCTCCACTAATGTAGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=14599580;WS=14599562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	14708781	rs374170979	TTC	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=1.202;SC=TAGTCTTTCTTTCTCTCTCTC;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=14708792;WS=14708771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chrX	14868806	rs2905223	A	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=10;PP=260;SC=TCTAAAAAAAAAAGTTTAAAT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=17;WE=14868814;WS=14868796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	14930353	rs11400370	C	CT	159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=0;PP=140;SC=AATAGTTATCCTTTTTTTTTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=14930361;WS=14930343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	15262814	rs28628283	T	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.12;QD=42.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	15262815	.	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.12;QD=42.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	15267107	rs56088357	C	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	15301533	rs5935925	G	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=6;PP=379;SC=AAAGATACTAGGAGTCTAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=15301541;WS=15301523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	15307563	rs5935930	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=397;SC=AACTTCATCTTTGAAGCTGTA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=15307571;WS=15307553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	15308163	rs6628942	A	T	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	15332558	rs5935944	A	G	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	15343401	rs35222742	C	CAA	345.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.19;NF=1;NR=6;PP=250;SC=TTCTCCACCTCAAGATTAGTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=15343409;WS=15343391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	15353483	rs45538433	G	C	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=22;PP=1045;SC=CTACTCTGGAGACCCTCCGAC;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=15353491;WS=15353473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	15353689	rs4830938	T	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=21;PP=717;SC=TCCCTGCTGTTCCGCAGCACC;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=15353697;WS=15353679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	15552564	rs1877752	T	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=362;SC=TAGGGAACCATGAAAGTAGGA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=15552581;WS=15552554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	15552573	rs34879154	G	GA	511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=417;SC=ATGAAAGTAGGAAAAAATCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=15552581;WS=15552554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	15554602	rs28505625	T	G	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	15596143	rs113691336	C	CATAAG	1288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=1114;SC=ATATTTCCTACATAATAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=18;WE=15596151;WS=15596133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	15607650	rs971249	T	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=13;PP=337;SC=ACAAAATACATAGATTAGCCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=15607658;WS=15607640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	15706830	rs4060	C	A	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.83;QD=28.67;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	15711209	rs1996225	C	T	1525.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.928;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=3.740;NF=18;NR=45;PP=1183;ReadPosRankSum=-1.202;SC=CTTTAAATGACGTGTTGTATT;SOR=1.850;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=63;WE=15711217;WS=15711199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,61:0.88:69
chrX	15792527	rs4364812	T	A	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.31;QD=28.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	15794815	rs5936050	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	15800600	rs4830548	A	G	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=11;PP=518;SC=TTCTGTTTCTATTTCTAGCTT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=15800608;WS=15800590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	15800751	rs1808	G	A	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=52;PP=1844;SC=ATGTACAAGCGAAACCCAAGC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=111;WE=15800759;WS=15800741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	15808795	rs4830994	T	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=517;SC=TGGTGCGCGCTCTGGTGCCCT;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=15808803;WS=15808785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	15817963	rs5980192	A	G	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	15818114	rs62985661	AT	A	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=154;SC=GAATGAAGTTATTTTATTGGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=15818122;WS=15818104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	15819715	rs41304723	C	T	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=45;SC=TAAAGTCAATCACAGTATCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=15819723;WS=15819705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	15822022	rs5934280	C	T	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=26;PP=728;SC=GCTGAGATCACGCCATTGCAC;SOR=2.012;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=37;WE=15822030;WS=15822012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	15826162	rs57639759	CA	C	116.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=45;SC=GACCCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=15826170;WS=15826152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	15826556	rs5936061	T	C	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	15827524	rs5980193	T	G	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=370;SC=GAGAGGCGCATGTTTCCATTT;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=15827532;WS=15827514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	15827563	rs6629131	C	T	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=4;PP=113;SC=CATCTGCTGCCTTCTTGCTGC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=15827571;WS=15827553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	15836648	rs5936062	T	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=12;PP=755;SC=CAAACAACATTTGATGAATGG;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=15836656;WS=15836638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	15838366	rs2301724	C	T	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=28;PP=1392;ReadPosRankSum=1.927;SC=CTCTGTTTAACGGACGATGGT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=89;WE=15838374;WS=15838356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chrX	16142472	rs35636070	G	A	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=30;PP=1111;SC=TCACACTCACGGCGCTCTCGG;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=16142480;WS=16142462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	16608793	rs1527805	G	A	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=24;PP=1544;SC=CCTGTGAGGCGAGTCCTATAA;SOR=1.497;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=75;WE=16608801;WS=16608783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	16762002	rs4830562	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=504;SC=CATGGCCTCCATTATGTGCTC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=16762010;WS=16761992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	16852327	rs3747367	A	C	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=188;SC=AGAAGGATGAAGCCTAACTCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=16852335;WS=16852317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	16859628	rs5924530	G	A	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=64;NR=40;PP=1773;SC=GGGCTCTTCAGACAGAAAGGA;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=104;WE=16859636;WS=16859618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	16872015	rs11305571	AT	A	46.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=-0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chrX	16873058	rs5924532	A	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.49;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	16876980	rs4828536	G	A	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=44;PP=2670;SC=ATTCTAATGTGAGGAGAAAGA;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=16877000;WS=16876970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	17070688	rs933946	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=133;SC=GACTACAGGAGTGAATACAAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=17070696;WS=17070678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chrX	17818961	rs149778741	C	T	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.411;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=970;ReadPosRankSum=-1.309;SC=CCTCATGGGACGTGGCAGGGG;SOR=0.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=58;WE=17818969;WS=17818951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chrX	17819377	rs6527818	T	C	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=32;PP=1144;SC=CTCTGAGGCATCGGGATGGGG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=17819385;WS=17819367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	18343206	.	G	A	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5366;HP=18;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=55;QD=17.9542425094;SC=CCTCTTAAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=18343214;WS=18343196;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,5:0.62:8
chrX	18671795	rs56396491	AT	GA	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=857;SC=TGTTGTTAAGATCAAAAACCA;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=18671804;WS=18671785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	18824794	rs2239437	T	G	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=6;PP=129;SC=CAACAAAATGTAAATAGTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=18824802;WS=18824784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	18844012	rs2273247	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=337;SC=TGTATGTTGGGGATACAAAAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=18844020;WS=18844002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	18938391	rs16980924	C	T	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=72;SC=CACTGAGAGACTTTTGCACAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=18938399;WS=18938381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	19041592	rs5909263	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=12;PP=467;SC=ACAAAAAACACGTATACACAT;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=19041600;WS=19041582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	19058405	rs6633185	C	T	158.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=102;SC=TAAAATTGTACTATATTAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=19058413;WS=19058395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	19361961	rs5955750	G	A	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=134;SC=GCCTTTAGCGGGGGCGGGGCA;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=19361969;WS=19361951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	19364612	.	A	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	19364644	rs7883320	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=4;PP=276;SC=GGTCTTGCTACGTTGCCCAGT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=19364652;WS=19364634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	19372431	rs66727455	G	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=1;PP=519;SC=TATTACTTTAGTGCTTTATTG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=19372439;WS=19372421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	19373647	rs11278403	GGGCCAA	G	3966.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=45;PP=2983;SC=GGTGGGGCCGGGGCCAAGGCC;SOR=1.080;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=54;WE=19373660;WS=19373637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	19373789	rs7058209	C	A	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=29;PP=912;SC=TCGCCCCTCCCCTGTTTATTA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=19373797;WS=19373779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	19373839	rs1126565	A	G	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=24;PP=740;SC=TCCGAGAGGCAACAAGGTTTG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=19373847;WS=19373829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	19373967	rs7058518	C	G	146.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=86;SC=TTAGTGGGTACCTGCTAATTG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=19373975;WS=19373957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	19375710	rs7059233	C	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=15;PP=952;SC=CCGTGGATTGCCGGCCTGTTC;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=19375718;WS=19375700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	19376976	rs12006562	G	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=2;PP=782;SC=TCATCACGCCGTCCTTGCTCT;SOR=4.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=19376984;WS=19376966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	19377584	rs5955760	T	C	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=8;PP=740;SC=CTAAAACCTTTTACACTGTTA;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=19377592;WS=19377574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	19377881	rs709610	C	T	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=203;SC=TTCTTGGAAACTTCCATTAAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=19377889;WS=19377871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	19378784	rs1042456	C	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=135;SC=GTAAACACAGCGGAATTCGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=19378792;WS=19378774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	19378830	rs15816	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=185;SC=AACATGTAGCGTGGTGGGACA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=19378838;WS=19378820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	19379453	rs55744630	T	C	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=155;SC=TTTGAGGCTCTTACCGTAGTC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=19379461;WS=19379443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	19426765	rs201864618	AAAAAT	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=1;PP=37;SC=AGCAAGACAAAAAAATAAAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=0;TCR=1;TR=1;WE=19426777;WS=19426755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	19449839	rs5955779	A	G	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=97;SC=CGAAGCGGGTAGATCATTTGA;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=19449847;WS=19449829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	19478294	rs5909118	T	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=367;SC=AAACACAAAATCCTCCAGTCA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=19478302;WS=19478284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	19478336	rs61014139	C	CA	250.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=294;SC=GTCTTGCGCCCAAAATGGTTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=19478344;WS=19478326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	19482476	rs5909299	C	T	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=24;PP=802;SC=AAATAATCAGCGCACGGTGTC;SOR=0.966;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=19482484;WS=19482466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	19725230	rs188830651	G	A	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=53;PP=1680;SC=GACATGGCTTGAGGCACGGCA;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=19725238;WS=19725220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	20284862	rs11276983	GGCGGCA	G	1090.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.720;QD=33.05;ReadPosRankSum=0.841;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,30:0.91:33
chrX	21444852	rs3752330	C	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=21;PP=695;SC=TTTTCTTCTCCTCTTTTGATA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=21444860;WS=21444842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	21516016	rs12387312	T	C	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=57;SC=CTTTTATTGCTAACAACTTAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=21516024;WS=21516006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	21627677	.	AGAG	A	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chrX	21861434	rs3213451	A	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=36;PP=988;SC=TGCTTTACCAATGGTATTCTT;SOR=1.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=21861442;WS=21861424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	21874560	rs730678	C	T	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	21875821	rs11339991	TA	T	173.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=6;PP=126;SC=CTAAGAGTTTTAAAAAAAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=21875829;WS=21875811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	21985464	rs3747276	C	T	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=25.15;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	21990455	rs7051872	G	C	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=5;PP=809;SC=AGGGATAGTTGGTATGGGAGA;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=21990463;WS=21990445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	22002711	rs2239674	A	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=536;SC=CTGCCACTCAATGAGTGAACT;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=22002719;WS=22002701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	23398214	rs5926304	T	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=35;NR=37;PP=1636;SC=CCATCCTGTGTTGCTCTATGC;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=23398222;WS=23398204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	23682877	rs477914	T	C	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=14;PP=433;SC=GCTGGCATCATCTTTTTCATC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=23682885;WS=23682867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	23682929	rs478051	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=189;SC=AGAAAGCAGAGTATACAGTGG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=23682937;WS=23682919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	23685964	rs496067	T	C	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=56;NR=65;PP=2057;SC=GGAGGGGAGATTCCGGAGACA;SOR=1.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=121;WE=23685972;WS=23685954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chrX	23689636	rs513572	AT	TC	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=26;PP=1222;SC=CATGTATTTTATTTTCTTAGT;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=77;WE=23689645;WS=23689626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	23693084	.	AT	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chrX	23697485	rs795493	G	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=311;SC=TTATGAAATAGAAGAACAAAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=23697493;WS=23697475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	23700473	rs552105	G	A	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=257;SC=ACATAAATGAGAAGAAATGAC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=23700481;WS=23700463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	23700693	rs795489	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=413;SC=AGATAGCATAATTAGTTAGGT;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=23700701;WS=23700683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	23701662	rs2665364	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=105;SC=TCATGTGCTCGGTGGTCTGGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=23701670;WS=23701652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	23723554	rs580192	C	T	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=13;PP=1363;SC=CAGACTGGTCCGAAATGTTTC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=65;WE=23723562;WS=23723544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	23724984	rs546321	C	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=494;SC=ACTGCAGAGGCCACATAAAAC;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=23724992;WS=23724974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	23731205	rs146371808	T	G	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=104;SC=GTCTTATGTATCTTTGAAATT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=23731213;WS=23731195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	23928489	rs2707164	C	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=10;PP=360;SC=ACAAAAAGTTCGCAGAGTACA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=23928497;WS=23928479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	23934202	rs2520230	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=27;SC=TTCATTACCAATTCTTTACAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=23934210;WS=23934192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	23945611	rs2707144	G	T	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	24073761	rs36018672	C	T	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=35;PP=1336;SC=CACTTTCACACGAAGTTATCA;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=88;WE=24073769;WS=24073751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chrX	24382373	rs371342199	TTGC	T	573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.9981;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=12;PP=989;SC=GCTGCTGCTATTGCTGCTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=17;WE=24382389;WS=24382363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	24382426	.	GCTC	G	332	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MMLQ=18;MQ=59.29;NF=5;NR=13;PP=332;QD=18.6111111111;SC=TGCTGCTGCTGCTCCTGCTCC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=18;WE=24382436;WS=24382416;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chrX	24580746	rs1882403	A	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=212;SC=ACCTACACTCATACCACATCC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=24580754;WS=24580736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chrX	24593513	rs3747401	T	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=419;SC=CACATTAAAGTTCATATTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=24593521;WS=24593503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	24665381	rs140304068	A	AC	117.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	24751958	rs4058344	T	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=12;PP=472;SC=ATATGAAGCATCTGTTTGTTT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=24751966;WS=24751948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	24766651	rs3764770	G	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=255;SC=GAGTAAACAGGATGCTGGGCA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=24766659;WS=24766641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	28807442	rs6526806	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=7;PP=478;SC=TTTAGGGAACGGCCTTTAAGA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=28807450;WS=28807432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	29417510	rs4829347	C	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=105;SC=GATATTTTTACTCTCTAAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=29417518;WS=29417500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	30236878	rs2529541	G	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=22;PP=798;SC=CATTCCCCAGGAGCCTCAGAG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=30236886;WS=30236868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	30254376	rs2071309	T	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=17;PP=672;SC=GACCCTCTAATCATGAAGACA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=30254384;WS=30254366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	30261002	rs2071311	A	G	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=16;PP=984;SC=AAGATCTGGTACAGGAAAAAT;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=30261010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	30261158	rs2856733	G	C	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=49;PP=2009;SC=ACTTCCCACTGCTTTATGAAG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=30261166;WS=30261148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	30577846	rs887369	A	C	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=54;NR=38;PP=1882;SC=ACTCATTCAGAACTGCATTAG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=92;WE=30577854;WS=30577836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chrX	30671896	rs12854653	G	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=10;PP=249;SC=GGATGCCCCAGCCAGGCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=30671904;WS=30671886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	30686141	rs34795481	G	A	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=78;SC=GGGTGGAACAGGACCCTAAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=30686149;WS=30686131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	30705813	rs41309689	T	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=187;SC=TGCTGCCAGATCTGGATCTGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=30705821;WS=30705803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	30712796	rs5927587	G	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=302;SC=AACAGGAGAAGTTTTCAGCTT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=30712804;WS=30712786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	30714817	rs41305205	C	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	30715827	rs2035432	C	T	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chrX	30736755	rs2035431	G	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	30738878	rs41311819	T	C	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=20;PP=1271;SC=TCTTCATTCCTTTAAACTCCC;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=30738886;WS=30738868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	30745790	rs5927596	A	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=306;SC=GAAAATCAATAAAAGGTCTAA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=30745798;WS=30745780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	30872602	rs5927629	A	G	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=54;PP=1870;SC=TGTTGATTCCATGGAGATGGT;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=117;WE=30872610;WS=30872592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chrX	30877477	.	CCA	C	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.4999;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=34;QD=12.3333333333;SC=AAATCCTGCTCCACACACACA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=30877486;WS=30877472;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,3:0.75:4
chrX	31165667	rs200534475	AAAAG	A	297.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=37.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	31191589	rs2404496	C	T	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=1;PP=855;SC=TTTAAAATATCATAGGTTAGC;SOR=5.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=33;WE=31191597;WS=31191579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	31200832	rs3833412	A	AT	831.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5307;FS=1.905;HP=10;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.497;NF=15;NR=12;PP=339;ReadPosRankSum=-0.273;SC=AAAAAATGACATTTTTTTTTT;SOR=0.342;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=27;WE=31200840;WS=31200822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chrX	31224684	rs2293668	A	G	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=30;PP=1741;SC=TACAGCATTAATATACACGAC;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=94;WE=31224692;WS=31224674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	31224881	rs2293667	G	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=537;SC=GAAAAATAAAGGAGTAAAGTG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=31224889;WS=31224871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	31496350	rs1800280	C	T	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=24;PP=1059;SC=TTGAAGTTCCCGGAGTCTTTC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=31496358;WS=31496340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	31697636	rs1801188	A	G	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=35;PP=1381;SC=TTAACATTTCATTCAACTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=31697644;WS=31697626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	31986607	rs1800273	G	A	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=41;PP=1245;SC=ACAGTTTGCCGCTGCCCAATG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=31986615;WS=31986597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	32459169	rs41303185	G	A	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=143;SC=CAAAGTACCAGTGCTGAGTGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=32459177;WS=32459159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	32503194	rs228406	T	C	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=43;PP=1387;SC=AGGTTGAAGATCTGATAGCCG;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=32503202;WS=32503184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	34148805	.	CGAGACTGGACGTCCGACGAGTCTTGGGAGGCTCCGAGCG	C	1064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.21;QD=36.71;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	37027219	rs148119466	C	T	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=30;PP=1190;SC=AGTGTCCCATCTCCGCCCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=37027227;WS=37027209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	37028127	rs73631164	A	G	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=51;NR=41;PP=1429;SC=ATCTCCGCCCAGAGCCTCCTG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=92;WE=37028135;WS=37028117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	37028629	rs61999275	G	C	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=44;PP=1822;SC=CAGTCTCCACGCGGAGCCTCC;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=97;WE=37028637;WS=37028619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	37029254	rs1995914	A	C	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=46;SC=AAAATCCAGAATGCACCAAAT;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=37029262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	37883167	rs145326096	AAAGT	A	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=170;SC=GGTTGGTGTAAAAGTAATTGC;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=37883178;WS=37883157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	37883303	rs34578085	G	GA	231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5726;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=37;SC=AAGTTCTGTAGAAAAAAAAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=37883311;WS=37883293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	38037479	rs5918489	A	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=459;SC=TCACAAGGCAAAAAGGAAAGT;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=38037487;WS=38037469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	38080703	rs7877137	G	T	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=47;PP=1427;SC=CCATACTACAGATTTTTTGTT;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=84;WE=38080711;WS=38080693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	38132628	rs4084271	A	G	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=136;SC=AAGACAATTCATTTCACTTAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=38132636;WS=38132618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	38158193	rs5918522	T	C	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=8;PP=548;SC=TTATACAGAATAGGCCACAAT;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=38158201;WS=38158183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	38169777	rs35587043	T	TA	1813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.328;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=921;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CTTACCACAATAAAAAAATGA;SOR=1.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=33;WE=38169785;WS=38169767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,66:0.94:70
chrX	38226603	rs1800321	A	G	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=71;PP=2222;SC=CTCACTCTAAAAAACTTTACC;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=56;TCR=71;TR=127;WE=38226611;WS=38226593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chrX	38240555	rs143626513	G	GT	1211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=7;PP=775;SC=CACTTTAGTTGTTTTTTCAAA;SOR=2.038;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=24;WE=38240563;WS=38240545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	38240587	rs73196229	T	A	1769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.443;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.072;SC=CTTTTTTTTTTATTGTAGGCT;SOR=0.041;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=73;WE=38240595;WS=38240577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,84:0.94:89
chrX	38505492	rs73198486	T	C	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=6;PP=748;SC=TATAATATCTTTTGTATTACA;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=38505500;WS=38505482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	38515168	rs5917614	G	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=214;SC=AAGCCAAATAGGTTCAACATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=38515176;WS=38515158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	39933339	rs5917933	A	G	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GTGAGCTGCCATCTTTTCTGT;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=101;TCR=90;TR=188;WE=39933347;WS=39933329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,208:0.99:210
chrX	40456961	rs3112299	G	C	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=34;PP=1117;SC=ATTAATTTCCGTCTTTTTAAA;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=40456969;WS=40456951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	40499403	rs4827221	C	T	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=103;SC=GGCAACAAAGCAAGACTCCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=40499411;WS=40499393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	40506697	rs6610447	A	G	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=60;PP=2611;SC=CGCAGCAGTAACAGGCAGTGG;SOR=1.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=87;TCR=60;TR=147;WE=40506705;WS=40506687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chrX	40514322	rs11266293	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=9;PP=317;SC=ACTATTTTGAGGGGGAAAAAT;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=40514330;WS=40514312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	40556492	rs5918029	C	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	41002844	rs5918122	T	C	77.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=56;SC=CAGGAATCTTTTTGAAATAAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=41002852;WS=41002834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	41010474	.	CT	C	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=9;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=20.0;SC=CATCTACCTCCTTTTTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=41010482;WS=41010464;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	41012486	rs55649554	TAA	T	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=220;SC=GCCAGCAGTTTAAGAGTCTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=41012495;WS=41012476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	41055311	rs6520734	G	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=523;SC=CCTGGACATAGAGCTTAAGTT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=41055319;WS=41055301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	41056845	rs201157305	TATC	T	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=73;SC=TTTATAGTAGTATCATGTCTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=41056855;WS=41056835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	41091941	rs10463	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=408;SC=CTGTCAATATATAACCCGCCT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=41091949;WS=41091931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	41203119	rs2275944	G	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=38;PP=1273;SC=AACTTTGTAGGTGGCCATTGA;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=41203127;WS=41203109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	41383001	rs5918194	C	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=121;SC=TGGGATGCCTCGGTCCTGGTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=41383009;WS=41382994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chrX	44833841	rs6611055	C	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=433;SC=ATCTTGTTACCGTGTTTGTTA;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=44833849;WS=44833831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	44935924	rs10605935	CT	C	94.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chrX	45011340	rs4824527	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=529;SC=CGGTGGCTCATGCCTGTAATC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=45011348;WS=45011330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	45016802	rs6521006	C	T	96.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=99;SC=AGCCACAGCACTTTCACACTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=45016810;WS=45016792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	45017166	rs5952693	A	C	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	45050973	rs4239958	C	T	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=112;SC=TTCACACCCCCTTCCCATGGC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=45050981;WS=45050963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	46387921	rs56160764	G	A	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=56;PP=1885;SC=TATTAATGCTGAGGAATTCCA;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=111;WE=46387929;WS=46387911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chrX	46388442	rs2003665	G	A	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=635;SC=TGCCCTTTGAGGTCCTTTACA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=46388450;WS=46388432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	46388458	rs5906232	T	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=259;SC=TTACATGTACTAAAGATTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=46388466;WS=46388448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	46466775	rs1883255	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=105;SC=AGCCTCTAGCGTGGTAACTGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=46466783;WS=46466765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	46472826	rs3208940	G	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=12;PP=383;SC=TGGGCTTCAGGTAACTTTAAA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=46472834;WS=46472816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	46618321	rs1056846	C	G	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=24;PP=780;SC=TGCTGTCCTCCGCCGCCGCCC;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=46618329;WS=46618311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	46893249	rs5906311	G	A	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=203;SC=GTTCCCCACAGCATTCAGACT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=46893257;WS=46893239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	46952470	.	T	C	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=116;SC=TAAGTTTTAATTTACAACTTT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=46952478;WS=46952460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	47007061	rs200972382	C	CCTGTGCT	545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=492;SC=TGAGCCAGGACCTGTGCTAGG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=47007069;WS=47007051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	47036113	rs375726080	GTC	G	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.618;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chrX	47057647	rs4468050	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=15;PP=717;SC=TCCCGCCGCCATCCCTGGGAT;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=47057655;WS=47057637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	47060844	rs4239963	C	G	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=58;PP=2344;SC=GTACCCTGGGCCTGTTTCTGA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=125;WE=47060852;WS=47060834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chrX	47061018	rs4239964	C	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=28;PP=858;SC=GGGTGAGCTGCGACCATGGGG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=47061026;WS=47061008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	47065186	rs4339766	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=21;SC=CTGGGAAGTTGAGGCTGCAGT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=47065194;WS=47065180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	47086681	rs5902386	A	AC	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=124;ReadPosRankSum=0.794;SC=GGAAACAGGGACCCCCCCCCT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=9;WE=47086689;WS=47086671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chrX	47430165	rs2858769	C	T	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	47430457	rs2854412	A	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=563;SC=TGACTCTGGGATAGAGGAAGA;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=47430465;WS=47430447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	47430509	.	A	AGTGT	116	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=15;MQ=57.84;NF=1;NR=1;PP=116;QD=59.5;SC=TCAGAGGTATAGTGTGTGTGT;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=2;WE=47430517;WS=47430499;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,2:0.18:11
chrX	47430611	.	GGTGTGTGT	G,GGT	367	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=16;MQ=58.62;NF=12,12;NR=0,0;PP=189,367;QD=16.0;SC=GGGACTGTTGGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12,12;WE=47430633;WS=47430601;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.86:14
chrX	47430614	.	GT	G	556.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.77;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	47430616	.	GTGTGTGT	G	556.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.12;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	47430625	.	T	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.72;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	47443111	rs55696512	G	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=25;PP=691;SC=GCCCACCACAGGATCTGCATG;SOR=4.479;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=47443119;WS=47443101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	47444879	rs5953060	G	C	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=22;PP=1072;SC=CGGGCCTTTGGCAGCTTGGCA;SOR=0.728;Source=Platypus;TCF=27;TR=49;WE=47444887;WS=47444869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	47444985	rs4898	T	C	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=31;PP=1165;SC=CCTGCAGTTTTGTGGCTCCCT;SOR=0.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=77;WE=47444993;WS=47444975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	47445286	rs6609533	A	G	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=61;PP=2337;SC=CCGTGTGATCACCTGTCCCTC;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=126;WE=47445294;WS=47445276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chrX	47464291	rs3842471	GC	G	326.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=362;SC=TCTTGATATCGCACTGCTGAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=47464299;WS=47464281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	47487912	rs11436787	T	TG	2588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=23;PP=1660;SC=ATTGGAAGGCTGCATGGCCAA;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=37;WE=47487920;WS=47487902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	47658046	rs723119	C	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=19;PP=851;SC=CTACATTATACAGTCCACTGA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=47658054;WS=47658036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	47662972	rs909713	T	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=47;PP=1814;SC=TCACTGCAAGTAATCAACACC;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=91;WE=47662980;WS=47662962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	47663200	rs1207505	G	A	3429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=49;PP=2236;SC=CAGGACACCAGGGATATCATG;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=111;WE=47663208;WS=47663190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chrX	47747532	rs11091216	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=23;PP=608;SC=TGGGTAAGGACAACCATCCTG;SOR=1.067;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=47747540;WS=47747522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	47755110	rs11796175	C	T	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=135;SC=TCCTCCTTGACTTGTCTGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=47755118;WS=47755100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	47755164	rs3949810	C	A	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=189;SC=CTCAGTTCCCCATGAAATGTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=47755172;WS=47755154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	47757758	rs5906510	T	G	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=27;PP=964;SC=TCACTGGGAGTGGGCAGTCTC;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=47757766;WS=47757748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	48049666	rs5906557	C	T	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=33;PP=945;SC=GCACTCCCTTCGAATCATTTC;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=48049674;WS=48049656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	48053521	rs4239967	T	C	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=24;PP=1723;SC=TGAAAAGCAGTTGCGCTTGAG;SOR=1.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=59;TCR=24;TR=82;WE=48053529;WS=48053511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	48054740	rs4824675	C	G	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=54;PP=2167;SC=TGCATCTTCTCTGGTATTTGA;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=120;WE=48054748;WS=48054730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chrX	48116786	rs7886344	C	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=30;PP=1241;SC=GTCCAGGGGACAGAGTAGGGT;SOR=0.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=48116794;WS=48116776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	48123139	rs56131009	G	A	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=169;SC=GGTAATGCATGTGAAGACGCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=48123147;WS=48123136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	48158947	rs41310647	T	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=6;PP=1239;SC=TGGAGCTGGGTGAGCTCCTCA;SOR=2.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=47;TCR=6;TR=53;WE=48158955;WS=48158937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	48163105	rs4598385	A	G	5990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=105;PP=2965;SC=CCTGTATTACACATGAAAGGT;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=87;TCR=105;TR=192;WE=48163113;WS=48163095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chrX	48163717	rs3901052	C	T	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=33;PP=1631;SC=TGATTTTCTCCGAGGATTTCA;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=94;WE=48163725;WS=48163707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	48163886	rs3885827	G	A	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=40;PP=1245;SC=ATGATATTCCGTCCTGGTTGA;SOR=2.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=48163894;WS=48163876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	48164138	rs5906631	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=592;SC=CAGTATCTCTATCCTCCCCTC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=48164146;WS=48164129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	48382174	rs3048	G	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=607;SC=CTACCAACGCGGGCCCCTTGC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=48382182;WS=48382164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	48398141	.	TG	T	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chrX	48398147	.	G	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chrX	48418126	rs2293948	A	G	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=34;PP=1696;SC=CAGCGAGCGAACCCTGAGGAC;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=48418134;WS=48418103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	48418659	rs235836	G	A	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=51;PP=1606;SC=AGTGGCAGACGCTGGTTTTGG;SOR=1.028;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=98;WE=48418667;WS=48418649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	48432791	rs2661105	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=162;SC=ACCACTCCGCTCCTGCTGGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=48432799;WS=48432781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	48435402	rs926152	T	C	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.65;ReadPosRankSum=1.259;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chrX	48435405	rs926153	C	T	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.35;ReadPosRankSum=1.179;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chrX	48435928	rs235829	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=461;SC=GGAGCTGCACCGAAGCATCTT;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=48435936;WS=48435918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	48459102	rs57467079	C	G	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=38;PP=1169;SC=GGAGGGACAGCCAGGGGGGGC;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=48459110;WS=48459092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	48460314	rs235842	A	G	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=51;PP=1903;SC=GGTGATGACCATGGCAGTGTC;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TCF=70;TR=121;WE=48460322;WS=48460304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chrX	48460625	rs235841	G	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=32;PP=734;SC=TCCTGGAGACGGAGGACCTGC;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=48460633;WS=48460615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	48544650	rs235423	A	G	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=112;SC=ATGGACGAGCAGGTGCATGGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=48544658;WS=48544640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	48620183	rs5906707	G	A	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=8;PP=575;SC=GGGCAAAGACGCCTACCCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=48620191;WS=48620173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	48649426	rs139472040	A	AG	678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=39.93;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	48649449	rs62600348	T	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	48649456	rs66717003	T	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	48672788	rs2075840	G	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=14;PP=1177;SC=TGTTGGGTTGGGGGTGTCTAT;SOR=1.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=57;WE=48672796;WS=48672778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	48676839	rs2075837	G	A	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=48;PP=1545;SC=AGGATAGATCGCAGGACGTAT;SOR=1.156;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=48676847;WS=48676829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	48690416	rs6520383	G	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=4;PP=181;SC=GCTGGGCTGCGAGGGCGGCAG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=48690424;WS=48690406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	48751471	rs1128363	A	G	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=36;PP=1488;SC=GGCCACAGTCAATGGTGGAGA;SOR=0.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=89;WE=48751479;WS=48751461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chrX	48759204	rs741932	C	T	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=14;PP=1273;SC=TGCGGCCCCACAGCGGGCTCC;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=48759212;WS=48759194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	48760793	rs2239453	C	T	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=50;PP=1299;SC=GCTAGGCTGGCAGGCGGGTTT;SOR=1.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=72;WE=48760801;WS=48760783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	48768695	.	G	GCA	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=230;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CTGACAATGTGCACACACACA;SOR=1.179;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=48768703;WS=48768685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chrX	48775681	rs371733807	GAC	G	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=231;ReadPosRankSum=-0.883;SC=CACGGACACGGACACACACAC;SOR=0.502;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=7;WE=48775690;WS=48775673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chrX	48838151	rs3027476	C	T	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=75;PP=2653;SC=AGCCTCTGTCCTCCCAGGAGG;SOR=1.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=142;WE=48838159;WS=48838141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chrX	48858802	rs28727466	G	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=388;SC=AAACCGACGAGTCAGGTGAAC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=48858810;WS=48858792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	48887958	rs149649619	C	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=25;PP=938;SC=AGGTCCCCCCCCTACATGGAA;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=48887966;WS=48887948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	48898183	rs7056903	C	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=290;SC=AGACAGAGAGCGGGGGAGAAC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=48898191;WS=48898173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	48900900	rs4824738	T	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=418;SC=GGGCGGCGTCTGGGAGATGGG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=48900908;WS=48900890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	49021256	rs5906744	A	G	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=73;PP=2241;SC=GGTAAGGCACATAGTGCTCCG;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=139;WE=49021264;WS=49021246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	49021537	rs5905720	G	C	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=74;PP=2917;SC=GGTCGGGGACGTCGTGCTCCA;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=73;TCR=74;TR=145;WE=49021545;WS=49021527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chrX	49022276	rs5953269	C	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	49022286	rs72619037	C	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	49022291	.	GT	G	848.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.15;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	49022293	rs75416104	C	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	49022295	rs138365388	A	G	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	49022309	rs73634213	C	A	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.19;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	49022311	rs7880193	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.09;SOR=2.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	49022700	rs4824462	T	C	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	49104815	rs2280882	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.84;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	49105610	rs2294021	T	C	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=44;PP=1589;SC=GGCTCATGGCTGCCATGGTGT;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=104;WE=49105618;WS=49105600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	49369711	rs3747318	A	G	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=23;PP=701;SC=ATCAAATGGCAAGAGACCGTT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=49369719;WS=49369701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	49370511	rs35846904	A	AAAT	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=104;SC=ACTCCATCTAAAATAATAATA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=49370519;WS=49370501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	49767832	rs456615	A	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	49767835	rs456617	A	G	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	49767904	rs149259	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=265;SC=AAGGGAGGTAAACCCTCTCTT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=49767912;WS=49767894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	50054578	rs192481077	T	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	50056814	rs5915179	A	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=9;PP=696;SC=TTGAACTATAAGAAGAGTTTA;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=50056822;WS=50056804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	50121146	rs11415594	A	AG	1255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=905;SC=AATTTTGATAAGCCTGGTCTC;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=50121154;WS=50121136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	50341598	rs2295544	G	A	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=37;PP=1176;SC=ACTGATTTGTGCCTGTAACCT;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=50341606;WS=50341588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	50341675	rs2295543	G	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=487;SC=GGAAACTTGGGCAAGTCATGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=50341683;WS=50341665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	50350674	rs3747282	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=14;PP=511;SC=GCAGCTCCTCTTCCTCCTCCT;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=50350682;WS=50350664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	50350728	rs143151534	T	TTCC	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.77;ReadPosRankSum=1.923;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chrX	50350758	rs201922875	C	CTGCTGCTGCTGT	972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=1080;SC=CCTGTTGCTTCTGCTGCTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=10;WE=50350766;WS=50350748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	50653971	rs369329828	T	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=19;PP=665;SC=CCCCGGCTCCTAGGGCATTCA;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=50653979;WS=50653961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	51075841	rs2625875	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-3.520;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,29:0.17:168
chrX	51239295	.	ATCCTCGAGGCAGCC	A	2204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.182;NF=8;NR=34;PP=2957;ReadPosRankSum=-1.378;SC=TTTGCACTTCATCCTCGAGGC;SOR=0.760;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=42;WE=51239316;WS=51239285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,91:0.96:95
chrX	51486659	rs974285	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=273;SC=ACCCCGCCGGCGGAGCCCGCT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=51486667;WS=51486649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	52825471	rs2806837	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=594;SC=CTAGGTCTTCATCCTCCTGTG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=52825479;WS=52825461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	52825546	rs2806838	C	G	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=40;PP=1595;SC=GGTCATTCTCCAGTTGATTTG;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=52825554;WS=52825536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chrX	52891512	rs78471253	A	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chrX	52891513	rs114568211	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chrX	52891523	rs75536354	G	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chrX	52891542	rs78672295	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=75;ReadPosRankSum=-0.211;SC=ATGAACAAAAAATGTGCAAGA;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=52891550;WS=52891532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chrX	52891565	rs79831867	A	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=224;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TCTTTGGAGAAAGCTGCAAAA;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=11;WE=52891573;WS=52891555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chrX	52891584	rs5943751	C	A,T	1256.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=14,17;NR=6,6;PP=262,301;SC=AAGTTTATTTCGATATTTTTA;SOR=1.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=20,23;WE=52891592;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.54:46
chrX	52891619	.	GT	G	777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.769;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=455;ReadPosRankSum=2.008;SC=GATAAAAACAGTTTTGTGTTG;SOR=0.294;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=16;WE=52891627;WS=52891609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chrX	52891645	rs75808475	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
chrX	52891653	rs73206488	C	T	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chrX	52891732	rs201414570	G	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chrX	52891736	rs75971120	G	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chrX	52891738	rs79449844	CA	TG	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
chrX	52891818	rs73488230	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.651;HP=2;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=-1.453;SC=CATTCAGTTAGACCTCTGTAG;SOR=0.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=3;WE=52891840;WS=52891808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chrX	52891832	.	CT	C	138	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=19;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=138;QD=93.515449935;SC=TCTGTAGAGACTTTGAAGATA;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=2;WE=52891840;WS=52891808;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,2:0.14:14
chrX	52895579	.	GGT	G	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.05;QD=27.16;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	53116796	.	CCA	C	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=195;SC=TTGAGTACACCCACACACACT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=53116805;WS=53116786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	53222043	rs146836963	A	AC	582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	53225751	rs1536247	A	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=292;SC=GGGGAGAGTCAATACAGTAAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=53225759;WS=53225741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	53228148	rs1977364	C	A	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=59;PP=2606;SC=TCCAGAAAGGCCCATGCTCAC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=140;WE=53228156;WS=53228138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chrX	53265835	rs2296541	T	C	182.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=8;PP=133;SC=GACCAGCCCTTGTCTCCCCCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=53265843;WS=53265825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	53271147	rs2274307	T	G	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=197;SC=GCTTCAGGCCTCCTGGCACCT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=53271155;WS=53271137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	53280421	rs7886988	G	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	53436232	rs1264008	G	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=17;PP=664;SC=GAGTTACTCCGGCTGGTGAGA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=35;WE=53436240;WS=53436222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	53449336	rs11462431	A	AG	211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=68;SC=GGAACCCGTAAGGTCCGCGAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=53449344;WS=53449329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	53449568	rs1264011	G	A	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=83;PP=2932;SC=CGGCGCCGGCGGCAGTAGGAC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=81;TCR=83;TR=164;WE=53449576;WS=53449558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chrX	53457622	rs1264013	T	C	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=36;PP=1632;SC=AAAGCCAGACTATGAGCTCAG;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=81;WE=53457630;WS=53457612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	53461359	rs1264014	G	C	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=28;PP=841;SC=CCGAGGCGAAGCGGCGGAAGG;SOR=1.464;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=42;WE=53461367;WS=53461349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	53563589	rs426298	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=19;PP=566;SC=GCAGGAGCCCACCAGCATCCT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=53563597;WS=53563579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	53607754	rs266786	A	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=383;SC=CCAGGCCACAAACTTAATATC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=53607762;WS=53607744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	53622078	rs1244413	T	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=3;PP=204;SC=CCATTTTAAGTAGTATAGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=53622086;WS=53622068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	53652852	.	T	TGCCGGG	1028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=7;PP=785;SC=CCGGGGCCGGTGCCGGGACTG;SOR=0.859;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=15;WE=53652860;WS=53652842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	54020421	.	G	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=238;ReadPosRankSum=0.520;SC=TCCTGGTACTGGTGGTACTGC;SOR=1.688;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=16;WE=54020429;WS=54020411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chrX	54107692	rs2516098	T	C	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=52;PP=2914;ReadPosRankSum=1.893;SC=TAGGCATTTTTCCAAGGAGGC;SOR=0.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=144;WE=54107700;WS=54107682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chrX	54117740	rs2495797	C	A	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=10;PP=627;SC=GGTACATGAACTCACCTTGAG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=54117748;WS=54117730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	54161859	rs4826523	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=347;SC=ATATATAGCCCTGACAGTCTA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=54161867;WS=54161849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	54209302	.	G	GGGCGGC	1792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5086;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=1170;SC=GCAGCTGAGGGGGCGGCGGCG;SOR=1.270;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=27;WE=54209310;WS=54209292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	54209387	rs2495783	A	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=11;PP=419;SC=ATGGTGCCGAATCGGCCCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=54209395;WS=54209377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	54952989	rs75731260	CCT	C	1517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=1077;SC=AATTTCTGTCCCTGTCTCCTC;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=54952998;WS=54952979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	54953647	rs2273138	G	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=9;PP=217;SC=AGAGGGATGGGCATCCTGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=54953655;WS=54953637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	54972134	.	CGT	C	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=52;QD=19.6666666667;SC=AGTGTGTATGCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=3;WE=54972143;WS=54972124;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,3:0.18:17
chrX	55116466	rs1845444	C	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=5;PP=322;SC=GAGTGAGCTTCTAAGAGCAAG;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=55116474;WS=55116456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	55173732	rs11327722	TA	T	5937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=60;PP=2951;SC=GGTCACACAGTAACACTGTCC;SOR=0.853;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=83;WE=55173740;WS=55173722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chrX	55246965	rs5914272	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=10;PP=474;SC=GGACAGGTCCCGTGGCACAGT;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=55246973;WS=55246955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	55247030	rs5914273	C	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=10;PP=305;SC=CCCCCAGGTCCTGATGCAGGC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=55247038;WS=55247020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	55248376	rs5914275	A	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=60;PP=1631;SC=ATTTTGTGACATACCAGTAAC;SOR=4.438;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=6;TCR=61;TR=66;WE=55248384;WS=55248366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	55249049	rs2148982	T	C	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=25.84;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	55289593	rs2148981	C	T	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=6;PP=661;SC=CTTTCTATTGCTTTTTTCCTC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=55289601;WS=55289583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	55289774	rs4826381	T	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=31;PP=997;SC=AGCTGGTCATTACTGGGCAGC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=55289782;WS=55289764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	55514818	rs3126255	C	T	3918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=69;NR=63;PP=2053;SC=CAAACTCGACCTCCAGCAACC;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=132;WE=55514826;WS=55514808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chrX	55651001	rs2375465	T	C	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=19;PP=923;SC=GAGACTCGTGTCTTAGCCTTT;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=55651009;WS=55650991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	55748820	rs1473761	A	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=235;SC=GAGGTTGGGGAATTTGTTATG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=55748828;WS=55748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	55757744	rs5960480	T	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=303;SC=AGGCTATAAGTAGGAGTGATT;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=55757752;WS=55757734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	56291516	rs1033565	T	G	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=107;SC=ATTCCTTCCATGTGAAATGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=56291524;WS=56291506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	56295245	rs3747284	T	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=12;PP=859;SC=TAATAAGGAATATTTGACAGC;SOR=1.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=56295253;WS=56295235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	56295438	rs59394346	AAC	A	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=789;ReadPosRankSum=-0.712;SC=AGTTCAATTCAACACACACAC;SOR=0.749;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=22;WE=56295449;WS=56295428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,34:0.92:37
chrX	56295958	rs200952140	ATG	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5448;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.485;NF=0;NR=14;PP=560;ReadPosRankSum=-1.556;SC=GTCTTTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=14;WE=56295967;WS=56295948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chrX	56296488	rs12862304	G	C	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=648;SC=TTTCTTTTTGGGGGGACCTAG;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=22;WE=56296496;WS=56296478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	57405163	rs4826543	T	C	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=46;PP=1721;SC=CTATGTGCCGTTATGCTGAAG;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=57405171;WS=57405153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	57474943	rs1821118	A	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=492;SC=TTGATATATGATATCATTCTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=57474951;WS=57474933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	57475132	rs1367830	T	C	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=113;PP=2965;SC=TAACACGGCCTTTCAACTTTG;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=92;TCR=113;TR=205;WE=57475140;WS=57475122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chrX	57619648	rs1057328	G	T	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=83;PP=2965;SC=ACTTCGAACCGGAGAGGCCTT;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=186;WE=57619656;WS=57619638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chrX	63557104	rs41305415	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=570;SC=TTTGTCGCAATCTGTCTCTTA;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=63557112;WS=63557094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	64887865	rs45588031	G	T	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9987;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=83;SC=GAGGGGACCGGAGTGGGATCC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=64887873;WS=64887855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	65393658	rs5918591	A	G	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=71;PP=2210;SC=AGGTCCCAAGAATAAGCTATG;SOR=1.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=32;TCR=71;TR=102;WE=65393666;WS=65393648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	65420609	rs1264215	A	G	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=196;SC=GTGCCTTAGCAGCTGGCCCTA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=65420617;WS=65420599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	65478922	rs11433175	T	TA	263.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=237;SC=AACAATTAGTTAAAGAGCAGA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=65478930;WS=65478912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	65486172	rs2054180	C	T	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=15;PP=1194;SC=TAAGGACAGGCCTCCTGTCCT;SOR=2.041;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=65486180;WS=65486162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	65819223	rs4827499	A	G	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=237;SC=ACTCCTAGTGAATAATACTAT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=65819231;WS=65819213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	65819286	rs11379040	G	GT	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=669;SC=TGCTTTTTTTGTTTTTTTCTG;SOR=3.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=23;WE=65819294;WS=65819276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	65822607	rs1385698	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=19;PP=696;SC=ACTGTGGGTGTATCTGCCTCC;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=65822615;WS=65822597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	65824986	rs1385699	C	T	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=34;PP=1278;SC=ACTCTGACATCTGTGGTGGCC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=71;WE=65824994;WS=65824976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	66765158	.	T	TGCAGCAGCA	339.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=42.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	66941597	rs1337076	T	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=3;PP=433;SC=TGGCGAGGGATGGCAATCAGA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=66941605;WS=66941596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	67331932	.	GAG	CAC	279	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=279;QD=66.4935749724;SC=CACACACACAGAGAGAGATTC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=67331942;WS=67331922;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chrX	67339025	rs184308091	C	T	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=67;PP=2777;SC=ACGTTAACTCCGCTCAACACC;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=155;WE=67339033;WS=67339015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chrX	67412906	rs1191948	G	A	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=69;PP=2110;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GGTACACTAGGGTCAATTCAG;SOR=1.549;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=34;TCR=69;TR=102;WE=67412914;WS=67412896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chrX	67429834	rs78913959	CTT	C	299.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.41;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,10:0.71:14
chrX	67431814	rs2225124	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=618;SC=TATACTAAATATTTGTGATCC;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=67431822;WS=67431804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	67719085	rs12843249	G	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=20;PP=677;SC=GGCCCTTCTTGTACCCGATGC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=67719093;WS=67719075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	68381912	rs3761646	G	A	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=71;PP=2965;SC=CCCAGCTTTCGCCACTGGAGG;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=93;TCR=71;TR=164;WE=68381920;WS=68381902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chrX	69080840	rs1203003	G	A	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=59;PP=1754;SC=CTGTTAAATGGACATTTATAT;SOR=1.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=94;WE=69080848;WS=69080830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chrX	69262423	rs2296767	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=15;PP=414;SC=GGGAGCAAAGTAGCAGTAAGC;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=69262431;WS=69262413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	69459945	rs1152194	C	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=8;PP=655;SC=AAGAGGAGGTCCTAACACTTT;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=69459953;WS=69459935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	69496228	rs1572732	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=15;PP=738;SC=CCATTTCTTTTGTATTTGTTT;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=69496236;WS=69496218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	69502054	rs5936549	A	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=9;PP=841;SC=TTTGGCTGCAACCTACCTGAA;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=69502062;WS=69502044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	69502479	rs1626469	A	G	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=65;PP=2618;SC=CATTTTTGCCACTCTTCTTGG;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=149;WE=69502487;WS=69502469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chrX	69504073	rs2275412	T	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.65;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	69504078	rs12556489	T	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.80;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	69510335	rs1199470	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=409;SC=AGGGAATTCCCGTAAGAGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=69510343;WS=69510325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	69572242	rs1199428	G	A	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=53;SC=TTTTATAAGAGCTACACAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=69572250;WS=69572235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	69615684	.	C	T	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=60;PP=2454;SC=CGGGTAAGTACGCTTATGAAA;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=136;WE=69615692;WS=69615674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chrX	69639698	rs1886892	G	T	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=48;PP=1616;SC=TTATCTATGAGAGACCAGTAG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=69639706;WS=69639688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	69652762	rs2296542	A	G	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=32;PP=1541;SC=CTCCCCACAGAAGATTTGTTA;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=87;WE=69652770;WS=69652752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chrX	69749852	rs1536250	AT	GA	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=44;PP=2844;SC=TAGTCTTTCTATAATCCAAGA;SOR=1.547;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=65;WE=69749861;WS=69749842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	69774517	rs4844240	A	T	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=30;PP=1543;SC=TTGTTTCAAAAGTTTTAGTTT;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=69774525;WS=69774507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	69844797	rs1325094	G	A	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=29;PP=752;SC=AATATAATACGTTAAATTACA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=69844805;WS=69844787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	69898742	.	GA	G	27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=0.9998;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=27;QD=16.0;SC=TTGGTGAGCTGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=69898750;WS=69898732;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chrX	69964084	.	G	GA	80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=0.9999;HP=8;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=16;MQ=64.48;NF=0;NR=5;PP=80;QD=19.4;SC=CATTAAAAAGGAAAAAAAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=69964092;WS=69964074;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chrX	70093038	rs5937008	C	T	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=44;NR=8;PP=1123;SC=AGTAAGAACACGCCTCATAAT;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=70093046;WS=70093028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	70146398	rs4360450	A	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=22;PP=884;SC=GGGGAGTGGAACTCTGTGGCT;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=70146406;WS=70146388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	70148927	rs5936605	T	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=38;PP=1073;SC=AGTCCCTGCCTTTTTCACCTA;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=70148935;WS=70148917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	70149360	rs5936606	G	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=401;SC=CAGCAAACCCGCACATTTAGG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=70149368;WS=70149357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	70282696	rs34211894	A	G	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=26;PP=1344;SC=CAGAGAACAAAGCCATACCTT;SOR=1.233;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=70282704;WS=70282686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	70321631	rs5980742	T	G	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=79;PP=2645;SC=CATAGCCTATTACCACTCCTA;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=139;WE=70321639;WS=70321621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chrX	70324157	rs1130009	C	T	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=54;PP=2022;SC=CCGGGACACTCGCAGGGGGTT;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=108;WE=70324165;WS=70324147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	70324397	rs12857595	G	A	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=617;SC=GGAGATATACGGAGAAGATGG;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=70324405;WS=70324387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	70339498	rs12850852	C	T	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=15;PP=961;SC=CCTGTCTGCCCCTTCTTCCCA;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=70339506;WS=70339488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	70340738	rs4844282	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=4;PP=677;SC=GATTACAGGCATGAGCCACCG;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=37;WE=70340746;WS=70340728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	70341122	.	T	TACTTTATCTGCTTC	855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=2900;SC=TCTTTTCATTTACTTTATCTG;SOR=2.712;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=11;WE=70341130;WS=70341112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	70341169	rs62609586	A	C	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=46;NR=13;PP=1185;SC=CTCCCCTGGTACCCATAGGAT;SOR=1.926;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=59;WE=70341177;WS=70341159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	70342820	rs7053139	A	G	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=55;NR=50;PP=2469;SC=AGCAGAGCATATCTGCAGAAA;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=105;WE=70342828;WS=70342810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	70343621	rs12841977	A	G	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	70344331	rs59024650	G	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=457;SC=TTGCCTGGGGGAGGGGGGTAG;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=70344339;WS=70344321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	70344763	rs5030616	G	T	7111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.480;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.349;SC=CTTTTGGCATGTTTTTTTGCC;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=164;TCR=142;TR=297;WE=70344771;WS=70344751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,278:0.98:285
chrX	70345683	rs73214869	T	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=42;PP=1258;SC=AAACCTTTGCTTCACTGTCCC;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=70345691;WS=70345673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	70348344	rs5030618	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=719;SC=GCAGGGGGCTGGTTGTGATCC;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=70348352;WS=70348334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	70349947	rs5030619	A	C	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=62;PP=1890;SC=TGCAAGACCCAGTGTTGAGTA;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=121;WE=70349955;WS=70349937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chrX	70352417	rs10521349	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=23;PP=723;SC=TGGACCAAGATTGAGGGGTAG;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=70352425;WS=70352407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	70352516	rs12843026	A	G	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=7;PP=190;SC=AAGAGTGGGCATGGCTGAGCA;SOR=1.802;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=70352524;WS=70352506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	70352617	.	CCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTT	C	908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.25;QD=36.35;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	70355258	rs34862123	CTT	C	578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=472;SC=GAGCAAATCACTTAACTTTCC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=70355267;WS=70355248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	70361608	rs7056408	T	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=45;SC=GCCAAGATCATGCCACTGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=70361616;WS=70361598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	70361651	.	C	CA	124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=20.79;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	70361967	rs36072155	G	A	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=61;PP=2201;SC=AGCTTTCCTCGTGCATACCCA;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=85;TCR=61;TR=145;WE=70361975;WS=70361957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chrX	70368779	.	GGA	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chrX	70390007	.	GCA	G	249	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=249;QD=42.5;SC=AGGAACACATGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=6;WE=70390018;WS=70389997;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chrX	70469182	rs2341539	G	A	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=38;PP=2170;SC=AAAACATAACGGATACAATTG;SOR=1.431;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=100;WE=70469190;WS=70469172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	70617443	rs5980760	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=30;PP=777;SC=AGTGATTCTCATGCCTCAACT;SOR=6.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30;WE=70617451;WS=70617433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	70636542	.	CCTT	C	5919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.78;QD=44.51;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chrX	71349753	rs12397326	G	A	5866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=130;NR=70;PP=2965;SC=GCACAGGGGGGCGTCTTCGAA;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=131;TCR=71;TR=200;WE=71349761;WS=71349743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chrX	71349774	rs12393722	T	C	8737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=180;NR=109;PP=2965;SC=CTTGGCGTTGTCCTAAACGAC;SOR=1.208;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=289;TCF=180;TCR=109;TR=289;WE=71349782;WS=71349764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chrX	71351443	rs62614085	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=734;SC=GGGAACTGGAACTACGGGCGG;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=71351451;WS=71351433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	71352187	rs7471996	C	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=12;PP=421;SC=AAGATAAAGACAGAGAGTTTA;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=20;WE=71352195;WS=71352177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	71357093	rs6625949	G	A	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=53;PP=1487;SC=CACCACAGCTGATTCCCCAGT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=69;WE=71357101;WS=71357083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	71357160	rs6625950	G	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=352;SC=TGTGGTGATGGGGAACAGGAA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=71357168;WS=71357150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	71363415	rs6624597	C	T	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=84;PP=2720;SC=CCGATAACCCCAGTACCTAAG;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=159;WE=71363423;WS=71363405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chrX	71364479	rs11094247	A	C	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=71;PP=2233;SC=CTGTTCCAAAAACCAAGAACA;SOR=2.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=27;TCR=71;TR=98;WE=71364487;WS=71364469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chrX	71379702	rs7884806	T	C	5880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=81;PP=2965;SC=ATCATGATTATCTACTGGGAC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=107;TCR=81;TR=188;WE=71379710;WS=71379692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chrX	71379853	rs7880917	C	T	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=44;PP=1576;SC=GAAATGCCTCCGCTGAAGGCC;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=75;WE=71379861;WS=71379843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	71380152	rs7881332	C	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=30;PP=832;SC=TGGTGTGACCCGATATATGAT;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=43;WE=71380160;WS=71380142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	71401607	rs6525589	G	A	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	71401614	rs7058353	C	A	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	71493691	rs7580	C	T	6595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.97;NF=112;PP=2965;SC=TGCCAGTCTCCAAATCAATCT;SOR=0.710;Source=Platypus;TCF=112;WE=71493699;WS=71493681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chrX	71493865	rs111804543	T	G	6144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=128;PP=2965;SC=CCATCTCACATGTACTTTTTA;SOR=1.251;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=83;TCR=130;TR=211;WE=71493873;WS=71493855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chrX	71495344	rs3827426	C	T	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=40;PP=2174;SC=TATTTGGATACCATAGGGCTG;SOR=1.100;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=114;WE=71495352;WS=71495334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	71495388	rs34563981	T	TCTA	8953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=62;PP=2967;SC=ATTTAAAACTTCTTACCCATG;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=23;TCR=66;TR=83;WE=71495396;WS=71495378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chrX	71495869	rs3747303	A	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=10;PP=626;SC=TTGGAAGTGGAGGACAGCTAG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=71495877;WS=71495859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	71497088	.	G	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=2.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,52:0.21:246
chrX	71518799	rs5958780	G	T	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=86;PP=2658;SC=CTCAGACCAAGGCTTACACCA;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=72;TCR=86;TR=158;WE=71518807;WS=71518789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chrX	71521867	rs3012627	G	C	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=47;PP=2075;SC=GTTTCTGCAGGTGCATACTAG;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=71521875;WS=71521857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	71549512	rs660392	G	C	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=42;PP=1726;SC=AACCCTGCCTGTCAGCTGCCT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=98;WE=71549520;WS=71549502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	71791797	rs183204695	G	A	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=32;PP=1910;SC=TTCACAGAAAGCTAAAATAAT;SOR=1.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=68;TCR=32;TR=100;WE=71791805;WS=71791787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	71791975	rs3830710	TA	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.476;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chrX	71813191	rs200569284	C	CT	189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=3.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chrX	71896110	.	CAT	C	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=64;QD=36.5;SC=ACTAATTTGCCATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=2;WE=71896119;WS=71896100;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,2:0.18:11
chrX	71933512	.	TCACACA	T,TCA	1682.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15,15;NR=16,16;PP=997,234;ReadPosRankSum=-1.475;SC=AAGGTCTCCGTCACACACACA;SOR=0.342;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=31,31;WE=71933527;WS=71933500;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.25,0.63:60
chrX	72223371	.	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=364;SC=TGCGGATGCGAATGCGAAGGT;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=72223379;WS=72223364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	73749319	rs5937843	T	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=274;SC=AGGGAGTCCTTTTTTCCCTGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=73749327;WS=73749309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	74332585	rs4148838	G	GT	275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=0;PP=156;SC=CAATTAATATGTTTTTTTTTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=74332593;WS=74332575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	74375871	rs1039123	G	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=12;PP=1033;SC=CCCGAGGTCAGGAGGGCAACC;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=74375879;WS=74375861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	74376420	rs5981325	C	T	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=16;PP=1386;SC=AACGAATCATCTCTTCGTGCG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=74376428;WS=74376410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	74494470	rs4892396	T	G	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=105;PP=2965;SC=CCATCATCCGTGACAAGTAAG;SOR=1.487;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=56;TCR=105;TR=161;WE=74494498;WS=74494460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chrX	74494483	rs5981831	A	G	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=89;PP=2747;SC=CAAGTAAGCCAAGAGCGGAAG;SOR=1.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=43;TCR=89;TR=132;WE=74494498;WS=74494460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chrX	74511202	rs5981834	G	C	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=448;SC=TTATCAGATAGAAGATAATTA;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=74511210;WS=74511192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	74523367	rs972561	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=359;SC=TAAAATAATTATCTTATGTAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=74523375;WS=74523357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	74598903	rs5937369	G	A	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=6;PP=656;SC=CTCCCAAGCCGCCTTCTTAGC;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=74598911;WS=74598893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	74961968	rs5938183	G	A	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=31;PP=871;SC=GTTCCTTATCGTTTCCATCAT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=74961976;WS=74961958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	75395172	rs2301863	T	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=410;SC=TGATTTCATCTAGGATGTAGA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=75395180;WS=75395162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	75395187	rs2301862	C	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=564;SC=TGTAGACTGTCGACACTTCCT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=75395195;WS=75395177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	76139959	rs232961	C	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=161;SC=TTTTTTAAGACGCATGTGTAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=76139967;WS=76139949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	76936949	rs45577534	AAC	A	356.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=286;SC=GAGGAAATTAAACAATGTAGT;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=76936958;WS=76936939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	77296047	rs5913631	G	C	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=25;PP=1723;SC=TCTCCTTTCAGTATATTCCAA;SOR=1.496;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=91;WE=77296055;WS=77296037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	77298857	rs4826245	G	A	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=14;PP=746;SC=CTTATCAAGAGAGACAGTCAA;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=77298865;WS=77298847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	77528317	rs320995	G	A	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=0.262;SC=AATGCTTTCTGAATGTAGACA;SOR=0.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=100;TCR=59;TR=158;WE=77528325;WS=77528307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chrX	77913569	rs4077512	G	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=26;PP=842;SC=GTTGCTGGAGGCGCCAGGGAC;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=77913577;WS=77913559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	78617053	rs1736662	A	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=381;SC=TAAAAGTGCAAGTTTGTTACT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=78617061;WS=78617043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	78617999	rs1751133	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=293;SC=TTTGGACAAATTCATTATTTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=78618007;WS=78617989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	78618050	rs1751134	A	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=13;PP=1240;SC=AAATGCTTATATAAAAATTTG;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=78618058;WS=78618040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	79698593	rs1113265	C	G	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=54;PP=2627;SC=CCATGTTAGACTTCTACAGTG;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=133;WE=79698601;WS=79698583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chrX	79937084	rs3122406	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=384;SC=CCATATCTCTGTTATTTTATT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=79937092;WS=79937074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	79942599	rs72065200	GTA	G	74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	79943569	rs3122407	T	C	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=88;PP=2965;SC=TTTACTCACCTTTCTTCCAGA;SOR=0.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=168;WE=79943577;WS=79943559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chrX	79999796	rs58601634	T	TCAC	879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=874;SC=AAGCAGAAATTCACAATACCC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=17;WE=79999804;WS=79999786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	82764040	rs5921978	A	G	6344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chrX	82764040	.	AGG	GGC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=73;NR=54;PP=2947;QD=20;SC=GCAGGTTCGAAGGCTTGCAGC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=127;WE=82764050;WS=82764030;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,127:0.95:133
chrX	82764042	rs5921979	G	C	6344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chrX	83119939	rs5922000	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=450;SC=TTGAATAGCCTAAAAACTTAG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=83119947;WS=83119929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	83124802	rs5968237	A	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=23;SC=GATAGATTACATAAAAAAATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=83124810;WS=83124792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	83352970	rs10521366	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=211;SC=AAAACTTCAATCATTTTATGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=83352978;WS=83352960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	83403148	.	CA	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.376;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chrX	83403178	rs1539517	G	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=456;SC=CACATTTCTAGTCATTCTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=24;WE=83403186;WS=83403168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	83588660	rs5922965	A	G	58.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=37;SC=GAATTAATGCAGAGCCTTAGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=83588668;WS=83588655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	84258843	rs3747422	C	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=11;PP=522;SC=TGGGGCTGTCCTAAGGGAAGC;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=84258851;WS=84258833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	84349807	rs4828124	G	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=139;SC=AAAAAAACTGGGTTTATACAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=84349815;WS=84349797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	84350010	rs4828326	A	G	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=48;PP=1562;SC=AATCTGAAATATCAATTCATA;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=84;WE=84350018;WS=84350000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	84350128	rs4828327	G	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=20;PP=553;SC=AAACTGAAGTGAATATTTTGG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=84350136;WS=84350118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	84358864	rs5922146	C	T	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=33;PP=1130;SC=CCACAAAACACCTTACCAGCT;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=84358872;WS=84358854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	84363140	rs10126146	A	G	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=38;PP=2121;SC=CTTGCACTCCATTGGTTCATG;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=81;TCR=38;TR=118;WE=84363148;WS=84363130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chrX	84534383	rs2227090	A	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.16;ReadPosRankSum=-1.665;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chrX	84563135	rs363774	T	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=22;PP=1408;SC=CTTACTGTCATATCATTTTGA;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=84563143;WS=84563125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	85969618	.	T	A	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=33;PP=1397;SC=CTGCATCAGTTGCCATGGCAA;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=85969626;WS=85969608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	86071151	rs12837683	C	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=6;PP=227;SC=TATGTGACCCCTGGGGATGAG;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=13;WE=86071159;WS=86071141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	88008423	rs5940915	A	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=206;SC=AGGATGAGTTATCCTACTAAA;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=88008431;WS=88008413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	88009322	rs5984613	A	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=382;SC=TGGGAATTAAATTAAATTGGG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=88009330;WS=88009312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	89177024	rs5983979	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=298;SC=TCCCAAACCTACCTTTGTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=89177032;WS=89177014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	89177673	rs2290380	G	A	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.46;NF=72;NR=58;PP=2191;SC=CAAGGTTTCTGTCACATCCCC;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=130;WE=89177681;WS=89177663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chrX	89177701	.	T	G	3749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=60;PP=2272;SC=CCAGAACTTGTGTCTCCAGAG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=126;WE=89177709;WS=89177691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chrX	91758965	rs5942264	C	T	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.26;QD=23.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	92927634	rs1045686	G	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=46;PP=2136;SC=ATTTCTTTAGGAACTTCCTTT;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=101;WE=92927642;WS=92927624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chrX	95990839	rs20386	A	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=15;PP=509;SC=GTTGCCTTTTAATTAAAATGG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=27;WE=95990847;WS=95990829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	95990883	rs5949989	A	G	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=336;SC=TGTAAGATACAAAATGTCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=95990891;WS=95990873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	96013128	rs2297827	CC	TT	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=7;PP=1478;SC=TTATCAATGCCCACAGTAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=36;WE=96013137;WS=96013118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	96018052	rs11339405	GT	G	1027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=25.07;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	96197175	rs5920973	G	A	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=325;SC=ATTGTGTTTTGTGCCTTCTGT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=96197183;WS=96197165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	96502650	rs1409192	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=425;SC=GATAATGTCTCCTTTTAGATG;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=96502658;WS=96502640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	96724467	rs6620284	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	99919733	rs2022475	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=8;PP=553;SC=CCAGATAGTCGCACAAGCCAC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=99919741;WS=99919723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	99930886	.	T	TAC	82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=56.57;NF=3;NR=0;PP=82;QD=36.0;SC=TACATGTTTGTACACATACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=99930900;WS=99930876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chrX	99930892	.	T	C	106	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=56.57;NF=5;NR=0;PP=106;QD=28.1542425094;SC=TTTGTACACATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=99930900;WS=99930876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	99936147	rs4828043	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=260;SC=AACAGTGCTAACCAGTAGCCA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=99936155;WS=99936137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	99941705	rs2022039	T	C	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=29;PP=1389;SC=AGTGGATTAATAGTGTCCCGC;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=99941713;WS=99941695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	100075741	rs2859166	T	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.49;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	100075747	rs2859167	T	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.90;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	100077193	rs2859168	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=291;SC=AGCAGGAACCCTGTATGTGTG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=100077201;WS=100077183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	100087557	rs5921665	A	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=179;SC=TCTAGAATACATGGATTTATA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=100087565;WS=100087552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	100098355	rs148448908	TAAG	T	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=645;SC=TGAGCAAAAATAAGAATAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=100098365;WS=100098345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	100105418	rs5921669	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=745;SC=AACTCTAATGACGACAGGGAC;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=100105426;WS=100105408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	100240691	rs200943867	G	A	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=57;PP=2365;SC=CATGAAATCGGAACTGACTAC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=74;TCR=57;TR=131;WE=100240699;WS=100240681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chrX	100243459	rs3934462	G	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=37;PP=986;SC=CTAGGAGAATGAGAGCTCAGA;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=100243467;WS=100243449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	100547933	rs5951328	A	G	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=43;PP=1827;SC=ACGGTCGACAAGAATTTGGGG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=100547941;WS=100547923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	100604757	rs700	T	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=618;SC=AGGGGCCTTTTTGTATTGAGT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=100604765;WS=100604747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	100609547	rs2071223	G	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=12;PP=796;SC=GATTAAAACTGTAACACCTAC;SOR=1.567;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=100609555;WS=100609537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	100615025	rs5951412	G	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=199;SC=TATATATATAGAGAGAGAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=100615033;WS=100615015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	100615478	rs2855259	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=725;SC=ATGCTGATCACGGGAATTATG;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=100615486;WS=100615468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	100617372	rs2071222	T	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	100742551	rs2361298	G	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=711;SC=TGTTCTACCAGGGACTCGGTT;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=100742559;WS=100742541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	100743037	rs963618	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=11;PP=505;SC=TTAGGGTGTACTGCCAAGAGA;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=100743045;WS=100743027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	100743546	rs6621080	C	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.267;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.76;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chrX	100743826	rs5951332	A	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=27;PP=1181;SC=AAGTGGGCCTAGGGCTGAAGT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=62;WE=100743834;WS=100743816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	100745825	rs5951333	T	C	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=35;PP=1650;SC=TCTGCCCGGCTCCAGGCTGTG;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=100745833;WS=100745815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chrX	100748078	rs5991911	A	G	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=22;PP=850;SC=TCCTGGGCTGACACTGGGGAC;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=100748086;WS=100748068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	100749127	rs5951336	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=3;PP=158;SC=TGGGGCTGGGATTTGGTCCTG;SOR=1.112;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=12;WE=100749135;WS=100749117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	100749585	rs3174476	C	T	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=22;PP=1034;SC=AGTTTGCACACCAAAGTGAGG;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=100749593;WS=100749575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	100807909	rs6616255	A	G	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=29;PP=1160;SC=TGTCCCAGCTATACCATGGGC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=100807917;WS=100807899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chrX	100911066	rs3850315	C	T	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=22;PP=911;SC=CAAGCAGGTGCTGGTAGTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=100911074;WS=100911056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chrX	101139758	rs17282855	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=35;PP=1080;SC=TTGTGTCTTCCTTGAATTCTT;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=101139766;WS=101139748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	101141776	rs67953349	AC	A	221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=203;SC=TTAGAACTGGACCAAAAATTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=101141784;WS=101141766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	101395780	rs11408120	T	TG	1130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.82;QD=32.31;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	102174079	rs143668551	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=290;SC=AAAATAATATATCACTAACTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=102174087;WS=102174069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	102174240	rs1014218	T	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.67;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	102174254	rs187680057	C	G	497.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.25;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	102471531	rs1064784	G	T	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=778;SC=AGCCTTTTGGGGTTTACACTT;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=102471539;WS=102471506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	102564583	rs7557	A	G	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=43;PP=1551;SC=ACTGCCCGCAAACTATGACTC;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=102564591;WS=102564573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	102565203	rs2246252	G	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=1;PP=161;SC=TGCTAAGTGTGGGGGTGAAGG;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=102565211;WS=102565193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	102831217	rs221946	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=163;SC=GTAAATATTTCAGGCTTTGTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=102831225;WS=102831207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	102864442	.	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.102;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQRankSum=-5.713;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.867;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chrX	102930960	rs874	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=173;SC=AACAGAACGGAAAACAAACTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=102930968;WS=102930950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	103031700	rs11371342	A	AG	478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.92;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	103295543	rs3213517	A	C	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=76;PP=2448;SC=TATATGGCTAAATAAAATTTT;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=117;WE=103295551;WS=103295533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	104464276	rs375033944	CA	C	4746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=44;PP=2429;SC=CCACAACCTCCAACATCCCCT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=62;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	104464281	rs367644904	TC	T	4746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=44;PP=2298;SC=ACCTCCAACATCCCCTCTGCT;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=60;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	105125794	.	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=9;PP=363;SC=AAGTTCTCATTAATACCCAAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=105125802;WS=105125784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	105153001	rs209372	A	G	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=40;PP=1583;SC=TGAAGGCTAAAGCCTCTAAAC;SOR=0.965;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=105153009;WS=105152991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	105179132	rs209095	C	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=10;PP=1054;SC=TAGTAATTTCCCTTATTATCT;SOR=2.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=105179140;WS=105179122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	106097565	.	A	AT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chrX	106882506	.	C	T	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.326;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=898;ReadPosRankSum=2.110;SC=ATTTCATGTTCTTTCTTTCCT;SOR=0.500;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=116;TCF=75;TCR=41;TR=63;WE=106882514;WS=106882496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,67:0.53:127
chrX	107328436	rs807178	G	A	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=681;SC=TAGGTAGTCTGAAGTGCATAT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=107328444;WS=107328426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	107332133	rs201894843	GA	G	3197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=55;PP=1356;ReadPosRankSum=1.573;SC=AAAAAAGCAAGAAAAAAAATA;SOR=0.399;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=60;WE=107332141;WS=107332123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chrX	107371904	rs61191454	TA	T	260.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=223;SC=AGCCCCATAATAATGGAATTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=107371912;WS=107371894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	107393330	rs3215492	T	TG	1066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=11;PP=954;SC=ACAACAGCAGTGGGCCAGGAC;SOR=1.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=23;WE=107393338;WS=107393320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	107396365	rs1883411	G	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=8;PP=220;SC=ACATATAGCAGTTGTTTTATG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=107396373;WS=107396355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	107415825	rs2881142	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=12;PP=351;SC=CCCTCTTACTTCCTCACCCCT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=107415833;WS=107415815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	107418281	rs2295914	C	T	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=13;PP=807;SC=TATGAAGCCTCTCTTGAGCAT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=107418289;WS=107418271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	107418906	rs4623610	A	G	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=26;PP=1183;SC=GAGTACCAGCACGTCCAGATG;SOR=1.164;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=107418914;WS=107418896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	107423674	.	TACAC	T	1287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=41.54;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	107430579	rs1266715	G	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=801;SC=TCTGACTACAGGAAAGAGGTA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=107430587;WS=107430569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	107433688	rs1042065	A	G	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=40;PP=1716;SC=GGGAACCCTGACTCTTTGTTG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=92;WE=107433696;WS=107433678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	107437848	rs1266719	G	C	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=35;PP=1351;SC=CCACTAAGTGGAAAGTATGAG;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=77;WE=107437856;WS=107437838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	107438119	rs1266720	G	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=6;PP=304;SC=GGCAAGGCACGGAATTTGACA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=107438127;WS=107438115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	107448639	rs1266730	G	T	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=38;PP=1324;SC=GCATATGGAAGGCAGACTGTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=83;WE=107448647;WS=107448629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chrX	107449938	rs1266731	G	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=145;SC=TCAAAAATTGGAAATGTTCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=107449946;WS=107449928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	107450101	rs1266732	T	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=7;PP=160;SC=AAGGCTAGAGTTTATATCATT;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=107450109;WS=107450091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	107455014	rs1266736	C	T	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=181;SC=CACACACTTACAGTCTTTTTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=107455022;WS=107455004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	107463090	rs201304389	CCCATATTGTATT	C	757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=2963;ReadPosRankSum=0.260;SC=TACCCCCCTCCCCATATTGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=107463109;WS=107463080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,19:0.95:20
chrX	107827760	.	GT	G	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chrX	107918015	.	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chrX	107918021	.	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chrX	108636057	.	CT	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=2.252;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chrX	108708516	rs502209	C	T	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=37;PP=1777;SC=CCTTAGGACCCGGTAGGGGGT;SOR=1.069;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=98;WE=108708524;WS=108708506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chrX	108868153	rs17003955	G	A	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=58;PP=1821;SC=CTGGGACGAGGGCCAGCGCCC;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=91;WE=108868161;WS=108868143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chrX	108904729	rs839408	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=7;PP=286;SC=TTTTGACTTACGAAACAAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=108904737;WS=108904719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	108917757	rs5942830	T	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=175;SC=AAACATGTTGTAATTCAAGTA;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=108917765;WS=108917747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	108917773	rs5943413	A	G	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=142;SC=AAGTATTAATAACAAATACAG;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=108917781;WS=108917763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	109387928	rs946820	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=10;PP=892;SC=TGGGATTGCTGAAATATGGGT;SOR=2.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=46;WE=109387936;WS=109387918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	109694685	rs2073787	T	A	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=42;PP=1803;SC=CTTCTGGAGGTACATCACCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=109694693;WS=109694675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chrX	109694900	rs200006075	C	T	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=101;NR=87;PP=2965;SC=GCACTAATGACGGCCCTACCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=101;TCR=87;TR=188;WE=109694908;WS=109694890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chrX	109931799	rs5943052	A	G	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=80;NR=46;PP=2094;SC=GTCAACCAAAAGCAGGGCCTC;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=126;WE=109931807;WS=109931789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chrX	109931856	rs5943053	T	C	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=62;PP=2397;SC=CCTTGCAGCATTTTCCGTCTA;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=144;WE=109931864;WS=109931846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chrX	110395612	rs16986385	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=403;SC=TGAAACAAAAATGACCTCTCT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=110395620;WS=110395602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	110395817	rs144388761	T	C	112.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=86;SC=AAAATTCACCTATTTTCAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=110395825;WS=110395807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	114082535	rs5946005	G	A	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=805;SC=TTTGGATGACGTGTTCTTGTC;SOR=3.797;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=114082543;WS=114082525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	114400318	rs4361922	T	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=7;PP=413;SC=TGTAAGAGTTTGCTAAAGACA;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=114400326;WS=114400308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	114425181	.	A	AGAGGCCGCTCGCCCAACGCCCACAGCG	7964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=32;PP=937;SC=CGAGGAGTACAGAGGCCGCTC;SOR=0.945;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=44;WE=114425189;WS=114425168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chrX	114425400	rs12857270	G	A	6305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=97;NR=103;PP=2965;SC=CGACTGCTGCGGAGGAGGAGG;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=97;TCR=103;TR=200;WE=114425408;WS=114425390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chrX	114426171	rs5946294	C	T	9158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=168;NR=158;PP=2965;SC=CAGCGGAGGCCGCTCGCCTGA;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=326;TCF=168;TCR=158;TR=326;WE=114426179;WS=114426161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chrX	114426917	rs4911809	C	T	5216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=94;NR=73;PP=2965;SC=TCAAGAGTTACGGCCTGAGCG;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=167;WE=114426925;WS=114426907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chrX	115568092	rs2312054	A	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=411;SC=AAGAAAGAAAAGCTCTTACTC;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=115568100;WS=115568082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	115575989	rs12391221	A	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=474;SC=ATACAATATTAATGAAGCTTC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=115575997;WS=115575979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	117677349	rs1294781	G	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=272;SC=CATAAAGGAAGATCCCAGTAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=117677357;WS=117677339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	117677642	rs1294780	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=716;SC=GGCCGGGTGCAGTGGCTCACG;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=117677650;WS=117677632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	117679234	rs55694052	CT	C	775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.359;QD=20.97;ReadPosRankSum=1.518;SOR=2.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chrX	117718669	rs1781091	TT	AA	369.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	117722176	rs41312765	G	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=23;PP=724;SC=AGGTTGAAGAGTTTGTTCCAG;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=117722184;WS=117722166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	117810737	rs17331656	T	A	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=44;PP=1328;SC=CATTATTTGTTAGTTCCAGGC;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=117810745;WS=117810727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	117815650	rs2275917	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=401;SC=CTTCTATTGTGATATAGGTCA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=117815658;WS=117815640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	117817266	rs4372173	C	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=20;PP=558;SC=TCAAAATGCACAACCTTAAAG;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=117817274;WS=117817256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	117819773	rs2379118	A	C	7586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=132;NR=128;PP=2965;SC=AAGTGTGAGGAAATGCAGATG;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=132;TCR=129;TR=260;WE=117819781;WS=117819763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chrX	117819902	rs2186106	A	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=32;PP=909;SC=ATGTGTTCCAACAGGGTGCTT;SOR=5.670;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=117819910;WS=117819892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	117874898	rs2246663	T	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=539;SC=TACTGTCTTGTCCTCTAGGAC;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=117874906;WS=117874888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	117892291	rs2997048	C	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=353;SC=AAAAAATGATCATTCTGGGTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=117892299;WS=117892281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	117904185	rs2248849	A	G	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=64;PP=2838;SC=CATCCAGTCAATGAGTGCACC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=82;TCR=64;TR=146;WE=117904193;WS=117904175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chrX	117904229	rs2248846	T	C	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=88;PP=2965;SC=CACCCTGCAATGTCATCACCA;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=201;WE=117904237;WS=117904219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chrX	117904433	rs2248841	T	C	11017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=188;NR=201;PP=2965;SC=CAACTGGCGCTGGCTGGTCTA;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=390;TCF=188;TCR=202;TR=389;WE=117904441;WS=117904423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chrX	117925898	rs2495636	A	G	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=426;SC=GAACTTATTAAATGGAAACTG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=117925906;WS=117925888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	117938928	rs2495639	G	A	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=51;PP=2066;SC=GAAAGTATCCGGGATCTGAAA;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=113;WE=117938936;WS=117938918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	118124694	rs3827453	G	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=393;SC=CCCCTTCCCAGAGACTGCATT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=118124702;WS=118124684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	118146810	rs5910481	C	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=12;PP=709;SC=AGCAGTTACACGAATACATTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=118146818;WS=118146800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	118281538	rs5910522	C	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=14;PP=339;SC=CACTGCAGTGCCACAAAAGCA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=118281546;WS=118281528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	118281635	rs11405916	G	GC	161.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=22;SC=CTAAGAGCTAGCCCTGGGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=118281643;WS=118281625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	118284579	rs5957121	G	A	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=106;SC=TGTGTCCCCCGACCTGCCGAG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=118284587;WS=118284569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	118514072	rs217941	A	G	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=64;PP=2282;SC=CAGTGAAGGAAGAATGGAAGA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=110;WE=118514080;WS=118514062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chrX	118544448	rs16274	T	C	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=328;SC=TGACTGCTCATAAATACTGTG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=118544456;WS=118544438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chrX	118585943	rs425331	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=11;PP=721;SC=TGTTTCAATCACCTCATCCCA;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=118585951;WS=118585933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chrX	118892888	rs2782222	G	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=7;PP=318;SC=CGGCTCCTGCGGGGTGGCTGT;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=17;WE=118892896;WS=118892878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chrX	118893413	rs2782225	T	C	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=49;PP=1857;SC=ACAACAGCAGTGGCACCACTG;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=110;WE=118893421;WS=118893403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chrX	118920809	rs7885997	C	T	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=47;PP=1444;SC=TTTCTCTCCTCTAACAAGTTT;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=118920817;WS=118920799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	118921530	rs73214964	A	C	290.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=241;SC=AGGGTATATAATCTTACGTAC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=118921538;WS=118921520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	118925181	rs41304508	C	A	13579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=246;PP=2965;ReadPosRankSum=1.031;SC=ACGGGCAGCCCACAGTCAGGC;SOR=0.388;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=479;TCF=232;TCR=247;TR=477;WE=118925189;WS=118925171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,512:1.00:513
chrX	118925705	rs2240448	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=17;PP=499;SC=GGTGCGCTCCCGTGGCGCCGT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=118925713;WS=118925695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	119387833	rs201958171	C	CTGA	8117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=57;PP=2988;ReadPosRankSum=-1.596;SC=GTTACCGATTCTGATGATGAT;SOR=0.552;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=83;WE=119387841;WS=119387823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,183:0.98:186
chrX	119394904	rs3752341	G	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=9;PP=218;SC=AAAAGAAAACGTTAGTTTAGG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=119394912;WS=119394894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	119402264	rs41300936	A	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=427;SC=CACAAATTAGAAACAACATAA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=119402272;WS=119402254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	119421166	.	AC	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chrX	119421167	rs45453700	C	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=764;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TTTGAATACACACACACACAC;SOR=2.093;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=28;WE=119421177;WS=119421153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chrX	119421168	.	AC	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chrX	119510144	rs3213723	C	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=556;SC=CCTGAGGAAGCATGACTGGGA;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=119510152;WS=119510134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	119510456	rs3213724	G	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=574;SC=TTTCCAGAAAGCATTCAATTC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=119510464;WS=119510446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	119590533	rs12097	T	A	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	119760629	rs17261572	A	T	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=68;PP=2620;SC=CTCTATACTTATCAAAGGCGT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=127;WE=119760637;WS=119760619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chrX	120008979	rs871733	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=6;PP=388;SC=CCTCGCCTTCTGGGGCTGCAG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=120008987;WS=120008969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	120504847	.	T	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-1.497;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chrX	122318386	rs58044961	A	AG	3741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.12;NF=20;NR=38;PP=2710;SC=TTTTAGGCGTACATGGCCAGG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=58;WE=122318394;WS=122318376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chrX	122319917	rs2269551	T	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=45;PP=1117;SC=ACTTAGGGTCTGTGTATGTGC;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=122319925;WS=122319907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	122336448	rs2285127	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=3;PP=369;SC=AGGAGACCTATGGCCAGAAGC;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=122336456;WS=122336438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	122336600	rs11452643	T	TG	1637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=1058;SC=GTTCACCAGGTGGGCCCGCCA;SOR=0.773;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=26;WE=122336608;WS=122336590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	122528803	rs550640	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=296;SC=TCATGATCCTTTCAATGTCTT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=122528811;WS=122528793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	122537277	rs502434	T	C	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=26;PP=1430;SC=GCTACTGGAATGAGTATGAAA;SOR=1.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=88;WE=122537285;WS=122537267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	122537418	rs504096	C	T	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=45;PP=1358;SC=GCAAGACTTCCGTTTTCTGAA;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=74;WE=122537426;WS=122537408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	122805421	rs2105889	C	A	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=16;PP=812;SC=TTGAGAACCTCGAACCAACCC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=122805429;WS=122805411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	123034511	rs5956583	A	C	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=37;PP=1334;SC=GACAGTATGCAAGATGAGTCA;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=123034519;WS=123034501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	123200307	rs34494691	GT	G	398.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.87;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	123200311	.	TTA	T	215	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=215;QD=49.2;SC=AGTAGTGTTTTTATTAGACTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=123200322;WS=123200301;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chrX	123200313	rs34397445	AT	A	398.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.87;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	123200314	.	T	A	111	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=5;PP=111;QD=18.2214015684;SC=AGTGTTTTTATTAGACTAAAT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=123200322;WS=123200301;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	123204978	.	CT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.790;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chrX	123498120	rs12393085	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=49;SC=GGCTAATGTGCGTATTTGTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=123498128;WS=123498110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	123498355	.	C	A	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=86;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=51;QD=28.5904041824;SC=ATTATTGAAGCGATACAGTTT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=123498370;WS=123498345;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	123498379	.	C	G	53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=72;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=53;QD=29.2570708491;SC=TTTTTTGAGACAATCTCGCTC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=123498387;WS=123498369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	123587110	rs2223416	C	A	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=38;PP=2141;SC=CATTCTACCTCATTTCTACAT;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=75;TCR=38;TR=113;WE=123587118;WS=123587100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	123615545	.	G	GTATATATATATA	46	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BRF=0.0;FR=0.9990;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=46;QD=55.0;SC=TGACCCAAGGGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=1;TCR=0;TR=1;WE=123615553;WS=123615535;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	./.:0,1:1.00:1
chrX	123699462	rs142765142	C	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=473;SC=AAACCAGCATCCATTCTTCCA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=123699470;WS=123699452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	124456399	rs3135237	A	G	5626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=85;PP=2965;SC=CCTGGGGTTCAGCAGAATCCA;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=190;WE=124456407;WS=124456389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chrX	124456694	rs3135238	T	C	4455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=81;PP=2965;SC=AGGCCCCAGGTAACCCCTCTG;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=70;TCR=83;TR=151;WE=124456702;WS=124456684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chrX	125953932	rs5931715	A	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=53;PP=1516;SC=ACAGGGATGAATGGGTTGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=97;WE=125953940;WS=125953922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	125955428	rs2269777	G	A	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=58;PP=2362;SC=CTCCTCCTCCGATATTTGGTC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=130;WE=125955436;WS=125955418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chrX	125955644	rs2269776	A	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=14;PP=375;SC=ACTTGAAACCACGTACCCTCC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=125955652;WS=125955634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chrX	128885576	.	AAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGG	A	248.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-0.253;QD=24.88;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chrX	128889464	rs5932674	G	A	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=145;SC=GAAGGTCCGAGGCCCCTAGCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=128889472;WS=128889454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	128922100	.	T	G	23	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=15;MQ=57.62;NF=0;NR=5;PP=23;QD=11.5542425094;SC=GGCAGGGGGGTGGGGGTGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=5;WE=128922108;WS=128922090;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,5:0.29:17
chrX	128925156	rs5932684	T	G	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=112;SC=GTAAGAGAAATGAATGCTTAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=128925164;WS=128925146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	128948893	rs5932686	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	128957640	rs2275605	T	C	3981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=70;PP=2116;SC=GCAATGTCCCTGTAGTTTTAC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=138;WE=128957648;WS=128957630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chrX	129047434	.	T	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=0.259;SC=AAAAGTTTGATTCCACCCGTG;SOR=0.278;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=18;WE=129047442;WS=129047424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chrX	129147079	rs4830173	T	C	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=106;NR=71;PP=2965;SC=GGCTGAGGGCTTCTTGGTGCC;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=106;TCR=71;TR=177;WE=129147087;WS=129147064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chrX	129267464	.	TA	T	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.100;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chrX	130217020	rs5932835	G	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=8;PP=677;SC=TTCGCCCGCTGGGCAGAGCTC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=130217028;WS=130217010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	130408030	rs45609931	G	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=40;PP=1839;SC=GTTCACAGAAGGGGGCCATAA;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=130408038;WS=130408020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	130408745	rs6529473	G	A	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=41;PP=2184;SC=CATGTTCTAGGACAAATTCAA;SOR=1.215;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=116;WE=130408753;WS=130408735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chrX	130412178	rs4524963	C	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=419;SC=CTCAGGGTCACTTTGTCAGCA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=130412186;WS=130412168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	130415818	rs1128617	T	C	5443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=96;PP=2965;SC=CCAGAGAAAATTCCAGTACTG;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=85;TCR=97;TR=181;WE=130415826;WS=130415808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chrX	130416958	rs5932877	C	T	4544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=68;PP=2489;SC=TCTTACCAGTCACCCAGATTT;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=157;WE=130416966;WS=130416948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chrX	130420006	rs5930458	T	C	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=25;PP=722;SC=TCCACAACTCTGGTTGAGGGT;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=130420014;WS=130419996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	130420415	rs4495600	T	C	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=48;PP=1925;SC=ACTTACCTATTGATGTCATAC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=119;WE=130420423;WS=130420405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chrX	130423050	rs5932879	G	A	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=30;PP=1593;SC=TGAAGCGGGTGGGGGGACAGA;SOR=1.449;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=92;WE=130423058;WS=130423040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	130433683	rs12010062	T	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=5;PP=238;SC=ACCCAGGAGGTTGAAGCTGCA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=130433691;WS=130433673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	130678467	rs499030	A	G	5776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=103;NR=85;PP=2965;SC=ATGGCCCAGTATGTGTCTGCT;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=103;TCR=85;TR=188;WE=130678475;WS=130678457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chrX	130678844	rs655415	A	C	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=81;PP=2965;SC=TCCAAGTCCTACCCTGACCAG;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=145;WE=130678852;WS=130678834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	131231430	.	TAC	T	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.137;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chrX	131516423	rs5933151	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=439;SC=ATCATAACGATGAATACATCA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=131516431;WS=131516413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	131518737	rs3736748	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=6;PP=213;SC=CTGTACACCACGCAGAAAAGC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=131518745;WS=131518727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	131803352	rs10550199	ATC	A	160.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=7;PP=291;SC=CCCCTGGCCAATCTCTCTCTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=131803361;WS=131803342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	132161673	rs41304540	C	T	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=31;PP=1593;SC=TCAAGAATTCCTCATTCATCT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=132161681;WS=132161663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	132838466	rs7052290	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TACGTCACACGAGATCCTTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=132838474;WS=132838456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	133379551	rs2428577	C	T	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=71;NR=60;PP=2296;SC=GAACAGAAATCTAAAAGAAGC;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=131;WE=133379559;WS=133379541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chrX	133511988	rs5978001	G	A	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=154;SC=GTTTTACTGTGATTAATTTAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=133511996;WS=133511978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	133699960	rs1982	T	G	289.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=240;SC=GCTATAGGTTTCTCTTTCTCA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=133699968;WS=133699950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	134025744	rs6529648	A	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=22;PP=643;SC=AACACTGGCCACCACAGACCA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=134025752;WS=134025734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	134155904	rs62599865	G	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=22;PP=624;SC=GGCTGAGCTGGCACGAGAGGG;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=134155912;WS=134155894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	134156121	rs2475853	G	C	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=23;PP=1255;SC=CCAGAGCACCGGTCCCCAGGC;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=134156129;WS=134156111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	134185997	rs2498776	T	A	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=17;PP=928;SC=ATGTAGGAGCTCGTCTGCACG;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=134186005;WS=134185987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	134421168	rs1129093	C	T	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=37;PP=1303;SC=ATAAGCTACACGTATAAGGCT;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=134421176;WS=134421158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	134493747	rs4829778	A	T	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=14;PP=839;SC=CTGTCCAAGAAATCAGCCTAA;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=45;WE=134493755;WS=134493737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	134703108	rs1937729	T	G	78.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=0;PP=57;SC=ATATATAATTTTGGTAAATAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=134703116;WS=134703098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	134715274	rs3737330	G	A	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=109;SC=CATAGCCTCAGGTAGGCTTGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=134715282;WS=134715264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	134948034	rs2034920	A	G	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=72;PP=1966;SC=TGCTGGTAACATTTCCTCCCA;SOR=4.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=7;TCR=72;TR=79;WE=134948042;WS=134948024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	135055694	rs6635201	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=563;SC=CCCTTAGAAGTGCGCCCACAC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=135055702;WS=135055684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	135080623	rs370833071	C	CT	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chrX	135252234	rs3215593	AC	A	1336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=1149;SC=CTTTATTTGTACCAGGAGGTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=29;WE=135252242;WS=135252224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	135292022	rs2076705	C	T	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5114;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=0;PP=87;SC=CTTTTTTTTTCCCCCCAGGGT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=135292030;WS=135292011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	135307049	rs5929742	G	A	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=47;PP=1465;SC=TCTATTTAAAGGAAAATAAAA;SOR=2.129;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=64;WE=135307057;WS=135307039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	135310765	rs2273220	G	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=23;PP=1202;SC=GTATAGGAAGGAAGACTTTGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=135310773;WS=135310755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	135310785	rs2273221	T	C	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=27;PP=1298;SC=TGCTGACCTTTGCTGCATTTC;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=135310793;WS=135310775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	135313034	rs1055497	T	G	10364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=0.670;SC=ACAAGCATTTTCAGGAGATGA;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=182;TCR=180;TR=362;WE=135313042;WS=135313024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,383:0.99:385
chrX	135322440	rs5975706	A	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=436;SC=TTCTGAAATAAACATAAATGT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=135322448;WS=135322430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	135323452	rs5975707	G	A	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=38;PP=1065;SC=TAAAATAAAAGCCAACATATT;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=135323460;WS=135323442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	135338312	rs5975709	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=718;SC=CTCCTCTCGTCGCTCACTCTT;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=135338320;WS=135338302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	135390818	rs5930928	T	A	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=4;PP=336;SC=CTTTAAGCAATAGGAAAAAAC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=135390826;WS=135390808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	135426693	rs4829829	A	G	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=103;NR=80;PP=2965;SC=GCATACCTATATTTGCAACTG;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=104;TCR=80;TR=183;WE=135426701;WS=135426683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chrX	135426968	rs5930931	C	A	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=72;PP=2757;SC=TTTCAACCACCTACACCTTCT;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=127;WE=135426976;WS=135426958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chrX	135429503	rs4829830	C	A	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=61;PP=2632;SC=GTTGATGAGACCACACCCTCA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=136;WE=135429511;WS=135429493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chrX	135430044	rs877761	T	C	8631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=152;PP=2965;SC=CTCCCAGGACTGTGGAAATGA;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=310;TCF=156;TCR=154;TR=306;WE=135430052;WS=135430034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chrX	135430483	rs912002	T	C	7003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=111;PP=2965;SC=AACTAAATCTTCTAAAACAAT;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=124;TCR=111;TR=235;WE=135430491;WS=135430473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chrX	135431236	rs5930932	T	C	6642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=120;NR=95;PP=2965;SC=CACCAATTGCTTTTCTTCTAA;SOR=0.903;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=120;TCR=97;TR=215;WE=135431244;WS=135431226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chrX	135431358	rs5930933	C	T	9235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=167;PP=2965;SC=CAACTCTACCCTCTTTGACAT;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=151;TCR=168;TR=318;WE=135431366;WS=135431348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chrX	135435475	rs5903915	AT	A	1142.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.298;NF=31;NR=7;PP=766;ReadPosRankSum=0.189;SC=ACTAAAACTGATTTTTTTTTG;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=38;WE=135435483;WS=135435465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chrX	135438388	rs6635268	A	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=15;PP=442;SC=ATGTAAGTCAATAGCTCTTCC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=135438396;WS=135438378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	135474420	rs1329546	C	A	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=31;PP=1950;SC=CATTAACCACCTATGTTGTGA;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=103;WE=135474428;WS=135474410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chrX	135474444	rs34255702	AGAT	A	6757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=49;PP=2967;SC=CCAGCATTTCAGATGATATGT;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=83;WE=135474454;WS=135474434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chrX	135480126	rs5974595	T	C	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=58;PP=2061;SC=CCTCCATTTTTCTGGGAGTTG;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=121;WE=135480134;WS=135480116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chrX	135496398	rs5930942	G	A	5768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=90;PP=2965;SC=AACTGTTGACGCCATCTCTCA;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=112;TCR=90;TR=202;WE=135496406;WS=135496388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chrX	135829842	rs585356	G	A	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.43;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	135957782	.	GAAA	G	3157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=1305;SC=CATAGCCAGAGAAAAAAGTTA;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=34;WE=135957792;WS=135957772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	135961587	.	GT	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-0.510;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chrX	136112707	rs5931046	A	G	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=63;PP=2847;SC=ACTGGGTGGGAGGCTCTCCGG;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=142;WE=136112715;WS=136112697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	136648984	.	ACGC	A	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.778;QD=1.50;ReadPosRankSum=-2.233;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,7:0.12:59
chrX	137749997	rs5976185	A	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=15;PP=423;SC=TCTGTTGTGAATCTATGTGGG;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=137750005;WS=137749987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	138724725	rs926563	G	A	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=42;PP=1338;SC=TCAACGCAACGTTGATGAAAT;SOR=0.963;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=83;WE=138724733;WS=138724715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chrX	138774209	rs4824861	C	T	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=52;PP=1748;SC=GTGCAGCCATCTGGGTTCTGG;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=138774217;WS=138774199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	138811003	rs2094702	G	A	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=11;PP=753;SC=AGTGTGTTGCGTATCAAGTAT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=138811011;WS=138810993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	138825675	rs1268015	T	C	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=76;SC=GAAAGTATTATAAAAACAGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=138825683;WS=138825665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	138882172	.	ACC	A	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=17.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.363;SOR=2.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chrX	138897130	rs2491014	A	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=20;PP=613;SC=TGTGTCTCAGACAATCCTCAT;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=138897138;WS=138897120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	139099429	rs5907565	T	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=14;PP=1122;SC=TGGGTATACATAAGGAGGTCA;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=139099437;WS=139099419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	139099699	rs5909001	C	T	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.61;QD=27.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	139099828	rs5909002	T	A	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=19;PP=1525;SC=TCATAAAGGTTAAAAAACCCC;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=73;WE=139099836;WS=139099818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	139099962	rs142324994	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=49.466;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.15;MQRankSum=-7.624;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.352;SOR=5.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,19:0.09:203
chrX	139099965	.	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.303;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=52.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.96;MQRankSum=-7.966;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.381;SOR=5.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,20:0.10:199
chrX	139100090	rs190133643	G	A	4868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=30.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=5.694;NF=118;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GATCAGAAACGTACAACTAGC;SOR=0.353;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=352;TCF=164;TCR=188;TR=224;WE=139100098;WS=139100080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,223:0.65:344
chrX	139298295	rs396467	C	T	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.21;QD=26.28;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	139298418	rs137936945	T	C	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=93;NR=48;PP=2385;SC=GTGCTTGCTCTTCTGATTTTT;SOR=1.386;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=93;TCR=49;TR=141;WE=139298426;WS=139298408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chrX	139298612	rs411420	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=550;SC=AGAAGGACATTGGTTAAGGGG;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=139298620;WS=139298602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	139298684	rs188067370	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.82;QD=28.91;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	140008385	rs5907732	G	T	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	140008515	rs5907733	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=275;SC=AGTGAATATACAGACTTTAAT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=140008523;WS=140008505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	140983031	rs176023	A	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=4;PP=758;SC=AGGAGGCCCCACCCCACGCTG;SOR=2.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=140983039;WS=140983021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	140983064	rs176024	G	A	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=18;PP=1195;SC=GCCCTGGTCAGCCTTGGCAGG;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=140983072;WS=140983054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	140983127	rs176026	G	A	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=85;NR=60;PP=2401;SC=AGGACCTGAAGCATTTTGCGA;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=85;TCR=60;TR=145;WE=140983135;WS=140983117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chrX	142803571	rs851092	A	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.693;NF=12;NR=2;PP=262;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GGCATTAAGCAGGTCCCCCAC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=142803579;WS=142803563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chrX	145075633	rs5919984	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=0;PP=325;SC=CTCTGAAAAATAGGTATTTCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=145075641;WS=145075623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	146312362	rs5905008	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=36;PP=1745;SC=TGGTGGTGGCACTGACCATCT;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=99;WE=146312370;WS=146312352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	146312603	rs144088020	A	AAT	3237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=2220;SC=CACAGCGGAAAATGTCCCTCA;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=46;WE=146312611;WS=146312593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	146312673	rs5905009	G	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=477;SC=GCAGAATATAGTCAATAGATT;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=146312691;WS=146312663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	146312683	rs375595449	TA	T	252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=13;PP=216;SC=GTCAATAGATTAAAAAAAAAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=146312691;WS=146312663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	146340338	rs36092315	CT	C	2891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.715;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.10;MQRankSum=-0.117;QD=37.55;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chrX	147003564	rs1270092	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=13;PP=424;SC=GCTAATTCTATTCTTCATTTT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=147003572;WS=147003554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	147014960	rs4824232	C	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=5;PP=167;SC=TCTAAAAAGTCCCAAAGCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=147014968;WS=147014950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	147015021	rs4824233	C	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=5;PP=252;SC=TAGTAATTCTCCATTTTGACT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=147015029;WS=147015011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	147022284	rs25701	A	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=279;SC=CCTGTGCAAAACACTGTATGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=147022292;WS=147022274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	147026330	rs11293471	AC	A	105	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=156;SC=GCTTCTGTTAACCCTCTTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=147026338;WS=147026320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	147733265	rs5904246	G	GA	1310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=7;PP=677;SC=CAAGGGAAGAGATTTTGCTTT;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=147733273;WS=147733255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	147891558	rs11117555	T	C	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=145;SC=GGAATCCTGATATTCTACTTC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=147891566;WS=147891548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	147919063	rs375432534	CAGTTA	C	1570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=3;PP=1371;SC=AGTATTAGGTCAGTTAAGTTA;SOR=3.912;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=28;WE=147919075;WS=147919053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	148035344	rs10608807	GAC	G	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chrX	148037055	rs16994868	G	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=1;PP=730;SC=GCTTTTAGTAGTAGTCTCTGT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=30;WE=148037063;WS=148037045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	148055144	rs5980615	A	G	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=37;PP=1174;SC=TCAGGTGAATAGCCTTTCTGC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=67;WE=148055152;WS=148055134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	148062377	rs12688573	G	A	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=17;PP=499;SC=ATAGACCCCAGATATTTTGCA;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=148062385;WS=148062367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	148062498	rs5936462	C	G	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=104;SC=AAAAGATGTGCTTCAGAGTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=148062506;WS=148062488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	148582699	rs74514769	A	AG	3985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=56;PP=2720;SC=CATCTACAAAAGTCCCCTCTA;SOR=1.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=4;TCR=60;TR=60;WE=148582707;WS=148582689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chrX	148615469	rs370320908	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.33;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	148615475	rs375507084	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.33;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	148615539	rs376352823	C	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.89;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	148615567	.	T	TAGG	131	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.77;QD=32.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	148619842	rs374287912	AG	A	397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=390;SC=CGGCAGCCACAGAGTCTTACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=148619850;WS=148619832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	148622730	rs3747443	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=393;SC=GTCTCGGGGAGGCAGAGGACT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=148622738;WS=148622720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	148622745	rs3747442	T	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=7;PP=396;SC=AGGACTGTTCTTTCCTGTGGC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=148622753;WS=148622735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	148627384	rs145921071	A	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.50;QD=32.46;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chrX	149613617	rs6526057	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=490;SC=AGGAATGTGGTTGACTCCACA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=149613625;WS=149613607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	149862214	rs222346	A	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.45;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chrX	149904115	rs5970468	A	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=38;PP=1004;SC=CTTCTTTTTTAAAAAAAACTT;SOR=4.921;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=149904123;WS=149904105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	149931106	rs16995747	C	T	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=53;PP=1639;SC=GTGTGGAGGGCCTACAGCGGG;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=85;WE=149931114;WS=149931096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	150336814	rs644345	G	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=827;ReadPosRankSum=1.143;SC=GGAGACTCAGGAAGTGTTTTT;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=33;WE=150336822;WS=150336804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chrX	150348228	rs1202874	C	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=18;PP=973;SC=CTCCCTCCCTCGATATGTTTT;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=150348236;WS=150348218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chrX	150349557	rs68058591	CCACCACTGGCCA	C	11911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.577;NF=47;NR=125;PP=2974;SC=CACCCTAAACCCACCACTGGC;SOR=0.590;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=53;TCR=130;TR=172;WE=150349576;WS=150349547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,271:0.98:277
chrX	150349649	rs561077	A	G	9115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.148;NF=151;NR=185;PP=2965;ReadPosRankSum=1.572;SC=CCCTAAGCCCACTGCTGCTGA;SOR=0.293;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=338;TCF=151;TCR=187;TR=336;WE=150349657;WS=150349639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,334:1.00:335
chrX	150349871	rs13440581	A	G	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=74;PP=2223;SC=TGTCGTGGTTATTGATGTTGA;SOR=1.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=120;WE=150349879;WS=150349861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chrX	150789334	rs5904324	T	TA	879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=617;SC=TTAACACAGATAAAAAAGTTT;SOR=2.019;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=19;WE=150789342;WS=150789324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	150789950	rs945815	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=8;PP=390;SC=TCTCTTTTTACTAGAAACACA;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=150789958;WS=150789940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	150791503	rs5924977	A	G	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	150791512	rs5924978	C	T	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=2.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	150794129	rs142544047	A	AC	419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=369;SC=AAAAAGAAACAAACGGGCCAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=150794137;WS=150794119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	150817094	rs5924658	C	G	3580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=72;NR=48;PP=2001;SC=TAGTAGCTCTCAAGGTCAAAG;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=120;WE=150817102;WS=150817084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chrX	150840185	rs6627174	T	C	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=37;PP=1758;ReadPosRankSum=-0.958;SC=GTTTCTGTGGTTTATCTTTAT;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=97;WE=150840193;WS=150840175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chrX	150844702	rs4553055	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=186;SC=TTCAAGGTGCGTAAAGTCCCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=150844710;WS=150844692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	150868799	rs4469605	C	G	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=21;PP=731;SC=TTGCCTGACTCTTTTGGGGTC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=150868807;WS=150868789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	150869267	rs4323608	A	G	4701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=98;PP=2965;SC=GAGGCAGCGAACAGCCCCCAG;SOR=1.405;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=61;TCR=99;TR=159;WE=150869275;WS=150869257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chrX	150873651	rs3761541	G	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=350;SC=ACTCTACTCCGTTATTTATCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=150873659;WS=150873641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	150909307	rs35350051	G	T	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=11;PP=503;SC=GCTGGGGATTGGTACTACTGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=150909315;WS=150909297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	150911512	.	GT	AC	277	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=27;MQ=58.38;NF=5;NR=0;PP=277;QD=66.0935749724;SC=ACATATATATGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=150911521;WS=150911502;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chrX	151092126	rs1047246	C	G	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=70;PP=2572;SC=GCTGCCCTGACCAGAGTCATC;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=112;WE=151092134;WS=151092116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	151092220	rs1047248	A	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=23;PP=1895;SC=TGGTGGGTGCACAGGCTCCTA;SOR=1.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=83;WE=151092228;WS=151092210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	151092653	rs1047251	G	A	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=67;PP=2510;SC=AGTGGACCCCGCCAGCAACAC;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=131;WE=151092661;WS=151092643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chrX	151125971	rs763539	A	G	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=41;PP=1379;SC=GCAATTTAAGACACTTCTAAT;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=151125979;WS=151125961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	151142982	rs7341952	G	T	5284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=51;PP=2965;SC=GAGCCGTCCCGGCTCCCGGGG;SOR=1.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=129;TCR=51;TR=180;WE=151142990;WS=151142972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chrX	151303393	rs210586	C	T	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=56;PP=2555;ReadPosRankSum=0.353;SC=TCTATGAAGACTATGCTTAGG;SOR=0.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=126;WE=151303401;WS=151303383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chrX	151303596	rs210585	C	T	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=112;NR=110;PP=2965;SC=TTCATAATTTCTTATGACACT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=113;TCR=111;TR=222;WE=151303604;WS=151303586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chrX	151337092	rs145701879	C	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=20;PP=615;SC=CTAATTAATTCATTACACAGA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=151337100;WS=151337082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	151817820	rs6627251	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=25;PP=854;SC=CTATGGCCCCCTCTTCCGTAC;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=151817828;WS=151817810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	151821277	rs3810651	T	A	8100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=146;NR=139;PP=2965;SC=TGACAGTATTTTTCCTACCGA;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=146;TCR=139;TR=285;WE=151821285;WS=151821267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chrX	151899760	rs2515830	A	G	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=2;PP=1426;SC=TGGGCCTCATATCACACGAGG;SOR=5.670;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=50;TCR=2;TR=52;WE=151899768;WS=151899750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	151909156	rs2515848	A	G	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=91;NR=120;PP=2965;SC=AGACAACCCAAAAGGGAAAAG;SOR=1.053;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=91;TCR=120;TR=211;WE=151909164;WS=151909138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chrX	152018832	rs5969919	T	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=15;PP=837;SC=CAGTGATCGGTGGCTCTGGAT;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=152018840;WS=152018822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	152089039	rs2071258	G	A	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=25;PP=887;SC=ATGAAAGGGTGGGTGGAGAGA;SOR=0.960;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=152089047;WS=152089029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	152090551	rs2071259	T	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=8;PP=1110;SC=CAGTATGCTGTCCTTATCCTG;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=152090559;WS=152090541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	152090809	rs12558188	T	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=41;PP=1342;SC=AGGTAATCCATTGCGCTCATC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=152090817;WS=152090799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	152091153	rs2071261	A	C	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=26;PP=1567;SC=TGGCAGTAGCATGCCATTGTC;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=81;WE=152091161;WS=152091143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	152106850	rs5969927	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=257;SC=AGAAGCCCCAACCAGAACCCT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=152106858;WS=152106840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	152128543	.	C	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-6.072;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=547;ReadPosRankSum=-1.429;SC=GCCTGTTTATCCTCTGCAGGT;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=32;WE=152128551;WS=152128533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chrX	152159323	rs144036507	C	T	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=53;PP=2221;SC=CTCTTGTGCACGGCTTTCTGC;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=127;WE=152159331;WS=152159313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	152226542	rs6526155	T	C	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=49;PP=2148;SC=AGTTTTGATGTGAGGCCTTCC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=108;WE=152226550;WS=152226532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chrX	152482824	rs2233044	C	T	9394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.048;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.587;SC=GTGGGAAAGGCGGAGGCTCCC;SOR=0.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=175;TCR=162;TR=336;WE=152482832;WS=152482814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,344:1.00:345
chrX	152727446	rs3020966	T	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=163;SC=GAAAACCAGCTGTAGCCCAAC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=152727454;WS=152727436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	152727535	rs138590468	TA	T	753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=351;SC=TCTTCAGATATAAAAAAAAGA;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=152727543;WS=152727525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	152728155	rs2980032	T	C	5539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=87;PP=2965;SC=GAGCCCATCATGGCAGGCACC;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=108;TCR=87;TR=195;WE=152728163;WS=152728145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chrX	152736686	rs2980037	C	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=562;SC=CCTCTTTGCCCTCACCTAATG;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=152736694;WS=152736676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	152751332	rs116117083	G	C	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=64;PP=2584;ReadPosRankSum=0.200;SC=CACATCGAGCGCATCCCTGGC;SOR=0.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=141;WE=152751340;WS=152751322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,154:0.99:155
chrX	152751497	rs56165949	G	A	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=29;PP=749;SC=GCCATCCCACGCGGCCTCCTG;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=152751505;WS=152751487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	152770402	rs2980053	A	G	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=40;PP=1093;SC=TCTGAAGGGGACACATGCTGG;SOR=3.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=48;WE=152770410;WS=152770392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	152771214	rs11363938	GA	G	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=356;SC=AGCATGGACTGAACCTCCTCG;SOR=5.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=152771222;WS=152771208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	152771509	rs1126499	C	T	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=105;PP=2965;SC=GAGTGTTCAGCGGGCTCCGGA;SOR=1.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=69;TCR=105;TR=174;WE=152771517;WS=152771499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chrX	152773615	rs5945215	G	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=1;PP=802;SC=TTGAAGTAGGGTGCAGAGGCA;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=152773623;WS=152773605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	152807425	rs762733	G	A	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=43;PP=1279;SC=AAGGAAGCTCGGCTCCTGCTT;SOR=2.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=152807433;WS=152807415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	152807665	rs2980012	A	G	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=1;PP=682;SC=GTTCCCCAGAAGGAGGAGGGC;SOR=4.332;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=26;WE=152807673;WS=152807655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	152807923	rs2980013	G	C	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=79;NR=109;PP=2843;SC=GCCACCCTCCGGGCCAGCCTG;SOR=1.173;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=79;TCR=111;TR=188;WE=152807931;WS=152807913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chrX	152814373	rs2285034	T	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=262;SC=TAAGAAGTCATTGGGCGCCTT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=152814381;WS=152814363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	152815089	rs3020949	A	G	6398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=129;NR=96;PP=2965;SC=CCTACCTAGGAGACACCCACT;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=129;TCR=96;TR=225;WE=152815097;WS=152815079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chrX	152821887	rs3020957	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=362;SC=GTAGCCGAGCCCCCACACCCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=152821895;WS=152821877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	152825414	rs3020959	G	T	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=63;PP=1787;SC=GGCTGGCCAGGGGCACCCGGG;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=152825422;WS=152825404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	152825433	rs2980018	A	G	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=50;PP=1426;SC=GGAGGACTTCAGGACACTGTT;SOR=2.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=152825441;WS=152825423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	152830322	rs4243536	A	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=15;PP=1281;SC=GGGACCTTACACCAGGCAGAT;SOR=2.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=66;WE=152830330;WS=152830312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	152864477	rs199537978	G	GC	129.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=56.15;NF=2;NR=1;PP=22;SC=GGCGCCGGCTGCCCTCCGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=152864485;WS=152864467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	152864513	rs200645137	G	GC	211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=150;SC=CCCCTCCGCCGCCTCCGGGGC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=152864521;WS=152864503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	152864609	rs201833882	G	GC	111	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=133;SC=CGCGGCGGGCGTGCCGCCCCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=152864617;WS=152864599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	152909047	rs72616448	G	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=30;PP=752;SC=GAGAGAGCCCGGCGCTGAAAT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=152909055;WS=152909037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	152913814	rs7882888	C	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=27;PP=827;SC=CCAGGGGGTTCGGGATTCATT;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=152913822;WS=152913804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	152914603	rs7883986	C	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=651;SC=CCAAGTTGTCCAGGGTCATCT;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=152914611;WS=152914593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	152938409	.	TACAC	T,TAC	2165.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.493;QD=28.13;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,20,52:0.26,0.68:77
chrX	152954025	rs384573	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	153035798	rs2266879	G	A	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=53;PP=1809;SC=CCCAGACCACGTCACTGTGCC;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=104;WE=153035806;WS=153035788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	153037275	rs6643644	C	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=372;SC=CAGAGTGGAGCGTGGGTGCGG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=153037283;WS=153037265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	153037594	rs11156607	C	G	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=41;PP=1933;SC=GCTGTCCCCTCCGTCCCTGAG;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=90;WE=153037602;WS=153037584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	153037808	rs2266882	G	A	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=70;PP=2186;SC=AAGGACAGGCGCCTAGTAAGG;SOR=1.152;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=122;WE=153037816;WS=153037798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chrX	153037999	rs2266883	G	C	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=6;PP=215;SC=GAGCAGTGAGGGCAGGGGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=153038007;WS=153037989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	153038516	rs5945161	C	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=740;SC=CACTCCCATACGCCTCAGTGG;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=153038524;WS=153038506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	153038661	rs2266885	G	C	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=23;PP=994;SC=GCCGAGATGAGAGACCCCACT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=153038669;WS=153038651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	153039502	rs6643791	G	C	5279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=90;NR=111;PP=2965;SC=TCAGCCGCGAGGGGCCTGCCC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=90;TCR=111;TR=201;WE=153039510;WS=153039492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chrX	153039615	rs1543781	A	G	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=58;PP=2164;SC=GGGGGCCAGCAGCTTAGGCTC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=132;WE=153039623;WS=153039605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chrX	153041544	rs5987155	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=45;PP=1297;SC=AGCAGCGAGATGCAGCGCGTG;SOR=1.264;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=74;WE=153041552;WS=153041534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	153042237	rs1894294	G	A	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=0;PP=111;SC=AGGCGAGGCAGGGCAGGGCGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=153042245;WS=153042230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	153042419	rs34966902	G	A	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=21;PP=1619;SC=TGGCCCAGAGGTGCCCCTTGG;SOR=1.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=86;WE=153042427;WS=153042409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	153047809	rs1981439	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=524;SC=CCCCGCCCCCAGGTAACTGTG;SOR=4.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=20;WE=153047817;WS=153047799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	153048647	rs201302475	GTC	GC,G	712.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2,2;NR=21,21;PP=47,301;SC=GTTCCTCCCTGTCCCCCCCCA;SOR=2.833;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=23,23;WE=153048656;WS=153048637;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:23
chrX	153048656	rs201877372	CA	C	271.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chrX	153048657	rs2314343	A	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.114;HP=10;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=809;ReadPosRankSum=0.029;SC=GTCCCCCCCCACCGCTCCCCA;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=29;WE=153048665;WS=153048637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chrX	153052661	rs2269482	A	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=527;SC=ACAGTCAGCCAGAGGGACGGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=153052669;WS=153052651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	153073752	rs3761532	T	C	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=29;PP=1645;SC=AGGTGGCCTGTCCTCTCTGGA;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=86;WE=153073760;WS=153073742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	153149708	rs77883713	G	GC	4597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=59;PP=2957;SC=ACTGCCCATCGTGGGATCCTG;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=64;WE=153149723;WS=153149698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	153149715	rs6643650	C	G	4326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=60;PP=1859;SC=ATCGTGGGATCCTGAGCGCCT;SOR=1.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=85;WE=153149723;WS=153149698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	153151277	rs56026845	C	G	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=24;PP=751;SC=CATCTGGGGCCCCGCAGGTTA;SOR=0.877;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=47;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	153151280	rs143464562	G	GCC	2625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=1302;SC=CTGGGGCCCCGCAGGTTACCC;SOR=0.914;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=26;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	153151284	rs199975679	GT	G	2527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=1031;SC=GGCCCCGCAGGTTACCCCTCA;SOR=0.960;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=25;WE=153151292;WS=153151267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	153151423	rs58566947	G	GCGGC	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=143;SC=ACCGGGCCGGGACTCCCTGGT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=153151431;WS=153151413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	153151456	rs12837217	T	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	153151461	rs12837218	T	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	153151467	.	CG	C	47	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9999;HP=5;HapScore=4;MGOF=71;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=47;QD=39.0;SC=GTGGTGTCGCCGGGGGATCGC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=153151475;WS=153151446;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	153151491	rs36095229	GT	G	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=79;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=1;PP=41;SC=CGCGGCCCGGGTCGCACGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=153151499;WS=153151481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	153170447	rs55712963	G	GC	776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=536;SC=TACTGCCACCGACACGTGCAC;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=153170455;WS=153170437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	153170980	rs56689668	T	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=654;ReadPosRankSum=0.748;SC=CCCGACTCCTTCCCAGCTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=36;WE=153170988;WS=153170970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chrX	153174819	rs11394527	T	TG	7632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=109;PP=2936;ReadPosRankSum=1.830;SC=CCACTCCCACTGGCCAAAGCC;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=46;TCR=110;TR=155;WE=153174827;WS=153174809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,309:0.99:313
chrX	153174867	rs11405331	T	TG	11085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=131;PP=2967;SC=AGCACACGTGTGGCCCCCTGA;SOR=0.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=29;TCR=136;TR=159;WE=153174875;WS=153174857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chrX	153175053	rs56015121	G	GC	1218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=1481;SC=AGGGCCAGCAGCTCCGCGCCA;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=153175061;WS=153175043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	153178459	rs5904376	G	GC	1935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=31;PP=1340;SC=CAGGGCCCCAGCCCTCAGGGA;SOR=1.217;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=33;WE=153178467;WS=153178449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	153186412	rs34153599	A	AG	2073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=16;NR=30;PP=1907;SC=CTAGGGAGAGAGGCCTTTGCC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=153186420;WS=153186402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	153186484	rs11428457	T	TC	2713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=2047;ReadPosRankSum=-1.670;SC=GCGGTGTTCCTCCCCACTGTG;SOR=0.952;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=55;WE=153186492;WS=153186474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chrX	153208197	rs11372702	T	TG	667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=452;SC=CTTCCCCAGGTGGGACATCCC;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=12;WE=153208205;WS=153208196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	153210179	rs146096296	T	TG	3747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.214;NF=6;NR=62;PP=2669;ReadPosRankSum=-0.408;SC=CCGCTGGGCCTGGGGCGGGGC;SOR=0.732;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=6;TCR=68;TR=68;WE=153210187;WS=153210169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chrX	153210195	.	G	GGC	4192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=58;PP=2719;SC=GGGGCTTTGAGCCCGACCCCC;SOR=2.006;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=62;WE=153210207;WS=153210185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	153210199	rs377619070	GA	G	4049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=51;PP=2310;SC=CTTTGAGCCCGACCCCCGCAC;SOR=2.276;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=53;WE=153210207;WS=153210185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	153215839	rs3027875	G	A	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=49;PP=2025;SC=GGCTGGGCCCGCAGTACACCC;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=123;WE=153215847;WS=153215829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chrX	153277889	rs2239673	C	T	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=105;SC=GGCTGCCCCACGCCCTCAGCG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=153277897;WS=153277887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	153278829	rs1059703	G	A	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=37;PP=1450;SC=GGCGGCCTCCGAATGCCCGGG;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=79;WE=153278837;WS=153278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	153279858	rs5945174	G	A	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=173;SC=ATGGGGTCTCGCTTTGTTGGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=153279866;WS=153279848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	153284192	rs1059702	A	G	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=102;PP=2965;SC=GCAAAACGGAAAGGGGCGGGC;SOR=1.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=53;TCR=102;TR=155;WE=153284200;WS=153284182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chrX	153284483	rs1059701	G	A	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=23;PP=1354;SC=CAGGGCTTGGGACCAGGCCGA;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=74;WE=153284491;WS=153284473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	153418514	rs79866052	G	A	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.22;QD=44.61;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	153418514	.	GTG	ATT	2443	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=58.18;NF=33;NR=38;PP=2443;QD=35.1615193643;SC=GCTGGCCATCGTGGGCATTGC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=71;WE=153418524;WS=153418504;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chrX	153418516	rs55676401	G	T	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.22;QD=44.61;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chrX	153482563	rs138416189	G	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.57;MQRankSum=1.480;QD=19.97;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chrX	153482675	rs199901667	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.55;MQRankSum=-0.855;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.591;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,41:0.32:129
chrX	153553781	rs4898475	G	A	7644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=144;PP=2965;SC=AAGGGCTTACGCGCTCCTGCG;SOR=1.100;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=113;TCR=144;TR=257;WE=153553789;WS=153553771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chrX	153577132	rs201431046	C	CCA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=6;PP=762;SC=CCAGGGCGGCCTGGGCCGGGG;SOR=1.127;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=15;WE=153577141;WS=153577122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	153577133	.	T	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.14;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=6;PP=408;SC=CAGGGCGGCCTGGGCCGGGGT;SOR=1.292;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=18;WE=153577141;WS=153577122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	153578299	rs2070819	A	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=325;SC=GCCACCCAGCACAGGCTTGTC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=153578307;WS=153578289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	153579448	rs2070822	A	G	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=4;PP=113;SC=GGGGTGCTTGAGCCAGGGCAA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=153579456;WS=153579438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	153581932	rs2070825	A	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=13;PP=578;SC=CTGTGACCCGAGCAGTGAAGG;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=153581940;WS=153581922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	153582198	rs2070826	T	C	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=80;SC=GGGAGCCCCATTCAGGAGTAT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=153582206;WS=153582188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	153582703	rs2070827	G	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=23;PP=743;SC=CATTGGCACAGTCTGGCCTCC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=153582711;WS=153582693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	153592314	rs148985076	AC	A	1048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=10;PP=623;SC=GTGTGCCACAACCACTTGAAA;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=153592322;WS=153592304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	153595246	rs4898478	G	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	153595259	rs4898479	G	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=18;PP=519;SC=CAGCTGTTAAGGCCACAGCCT;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=153595267;WS=153595236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	153596477	rs2070817	C	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=30;PP=902;SC=AGAAGAGTGGCCACGCTGGGC;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=43;WE=153596485;WS=153596467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	153599180	rs5987249	A	G	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=10;PP=2019;SC=CCGCCCGGGGAGATGGAAGGA;SOR=3.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=68;TCR=10;TR=77;WE=153599188;WS=153599170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	153609616	rs17426	GC	CT	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=5;PP=111;SC=CTGGCTGACTGCCTTAGCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=153609625;WS=153609606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	153626533	rs142941833	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=16;PP=1109;SC=CGCCCGCGGCCCTGGTACCCG;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=153626541;WS=153626523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	153626649	rs915941	A	C	5579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=82;PP=2965;SC=CCCGTCTTCGACAGGACTCTA;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=109;TCR=82;TR=191;WE=153626657;WS=153626639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chrX	153626738	rs915942	G	A	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=103;PP=2965;SC=TCGGTGTGGTGAGTAAGCGCA;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=211;TCF=108;TCR=103;TR=211;WE=153626746;WS=153626728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chrX	153663372	rs113612593	G	A	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=10;PP=1003;SC=TCTTCAGGTGGCTGCAAGGAC;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=153663380;WS=153663362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	153665794	rs189578067	A	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=245;SC=CTGCTCCCCCAGCGACGTCGC;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=153665802;WS=153665784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	153666533	rs73638281	C	G	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=44;PP=1665;SC=GTGTTTTATCCGCCTTTTTGT;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=103;WE=153666541;WS=153666523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	153667176	rs4834	T	C	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=103;PP=2767;SC=GAGACTGGAATGTTGACCTGA;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=82;TCR=103;TR=185;WE=153667184;WS=153667166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chrX	153668022	rs370252579	CA	C	69.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.6257;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=3;WE=153668030;WS=153668012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chrX	153668172	rs68141802	A	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=17;PP=1005;SC=AAAAAGGGTGAAGAGGTTAAC;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=153668180;WS=153668162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	153672533	.	T	C	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=19;PP=1017;SC=CCGCTGTCGCTGTCGCCGCCG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=153672541;WS=153672523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	153672550	.	CCCG	C	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,10:0.14:70
chrX	153677700	rs2070643	T	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=65;PP=1631;SC=GGCTCCAGCCTGGGTGCCAGA;SOR=1.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=93;WE=153677708;WS=153677690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chrX	153881525	rs17328091	G	C	10794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
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chrX	154009617	rs11318110	AG	A	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=27.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chrX	154132090	rs4898352	A	T	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=207;SC=GTCTGCTTTGATCACTGATTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=154132098;WS=154132080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	154158285	rs1800291	G	C	3580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=56;PP=2284;SC=CATATGCCCCGTCATATGAAC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=114;WE=154158293;WS=154158275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chrX	154194989	rs7058826	C	T	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=56;PP=1771;SC=CAAACAATGTCAGAGTGTCTT;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=102;WE=154194997;WS=154194979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chrX	154301622	rs376767171	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.176;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chrX	154437045	rs73641118	A	G	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	154437056	rs73641119	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=341;SC=TAATATTTACTCTAGGGGGCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=154437064;WS=154437035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	154456644	rs57301248	AT	A	2842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.150;HP=12;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=54;PP=1079;ReadPosRankSum=0.305;SC=TGGTACTGTCATTTTTTTTTT;SOR=0.560;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=84;WE=154456664;WS=154456633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,134:0.92:146
chrX	154456747	rs572013	A	G	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=81;PP=2545;SC=TACCGATAAAATGTGTCTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=138;WE=154456755;WS=154456737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chrX	154507173	rs559165	T	G	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=12;PP=1087;SC=ATATAGCCTTTTCTCCTGTAA;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=154507181;WS=154507163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrY	13310559	.	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQRankSum=-9.631;QD=5.88;ReadPosRankSum=-4.217;SOR=1.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,18:0.18:99
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chrY	13310578	rs200185916	C	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQRankSum=-11.209;QD=7.56;ReadPosRankSum=-2.528;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,32:0.24:133
chrY	13310581	rs201255328	GG	CA	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=3.822;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-11.385;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.608;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,32:0.23:137
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chrY	13310610	rs74510459	A	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-11.568;QD=8.47;ReadPosRankSum=4.332;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,44:0.26:170
chrY	13310621	rs74943081	CC	AA	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.101;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.736;NF=39;NR=23;PP=2944;ReadPosRankSum=4.837;SC=GCAGGTACAGCCGGGTCTGGG;SOR=0.974;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=183;TCF=108;TCR=75;TR=62;WE=13310630;WS=13310592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,45:0.26:174
chrY	13310679	rs75367388	A	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=4.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-10.751;QD=4.37;ReadPosRankSum=-2.657;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,22:0.17:132
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chrY	13310688	.	TG	T	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.295;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=13.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=-10.436;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.802;SOR=1.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,19:0.15:125
chrY	13310691	.	TC	T	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.616;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=13.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQRankSum=-10.183;QD=3.66;ReadPosRankSum=-2.104;SOR=1.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,19:0.16:119
chrY	13310719	rs79308907	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=14.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=-9.684;QD=6.30;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=1.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,23:0.22:106
chrY	13310719	.	GCC	ACA	1512	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MMLQ=27;MQ=48.28;NF=18;NR=16;PP=1512;QD=46.0431727901;SC=CGCAGCATCTGCCGACAGGAC;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=34;WE=13310729;WS=13310709;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:75,34:0.31:109
chrY	13310721	rs62599741	C	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=12.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-9.599;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,22:0.22:102
chrY	13310740	rs75526384	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.216;NF=17;NR=21;PP=634;ReadPosRankSum=1.970;SC=AGTGCCCCTTGGGCCTGTGCC;SOR=0.782;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=38;WE=13310748;WS=13310730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chrY	13310768	rs79431658	G	C	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.25;MQRankSum=-4.921;QD=20.90;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chrY	13310775	rs79927335	A	G	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQRankSum=-4.825;QD=22.18;ReadPosRankSum=2.110;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chrY	13310784	rs75891039	T	G	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.63;MQRankSum=-4.620;QD=23.16;ReadPosRankSum=1.820;SOR=0.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chrY	14107068	.	A	C	60	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=46.59;NF=6;NR=0;PP=60;QD=15.7952020912;SC=GTTCTGCCAGATCCATACTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=6;WE=14107076;WS=14107058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chrY	14898094	rs13305774	A	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=423;SC=TTAATAACACATGAGTTACAC;SOR=2.737;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=14898102;WS=14898084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrY	14958218	rs13304344	C	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=105;SC=ACCCTCTTAGCTTTTTTTTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=14958226;WS=14958208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrY	15026424	rs2032624	A	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=115;SC=CATTTAGAACACTTTGTCATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=15026432;WS=15026414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrY	15027529	rs2032636	T	G	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=17;PP=1207;SC=TCAACTGAGGTTTTTCGTAAT;SOR=1.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=15027537;WS=15027519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrY	21154323	rs10465459	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=299;ReadPosRankSum=-0.817;SC=AGATGGGGAAGTTTAGAAGAC;SOR=3.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=13;WE=21154331;WS=21154313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chrY	21154466	rs10465460	T	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=787;ReadPosRankSum=0.344;SC=GCCAACCCAGTGTTGGAAGTA;SOR=1.442;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=46;WE=21154474;WS=21154456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chrY	21154569	rs17855271	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-1.417;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=1.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chrY	21154603	rs79788321	A	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-1.099;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.376;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24